Date: 2019-12-25 22:22:16 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 8411 171
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | ||
|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.975 | 0.990 | ** |
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.972 | 0.986 | ** |
| ATC:pam | 3 | 0.863 | 0.899 | 0.957 | |
| ATC:NMF | 2 | 0.835 | 0.899 | 0.956 | |
| CV:skmeans | 2 | 0.748 | 0.898 | 0.951 | |
| SD:skmeans | 2 | 0.699 | 0.863 | 0.935 | |
| CV:kmeans | 2 | 0.696 | 0.899 | 0.934 | |
| MAD:skmeans | 2 | 0.667 | 0.827 | 0.918 | |
| SD:kmeans | 2 | 0.662 | 0.866 | 0.917 | |
| ATC:mclust | 2 | 0.662 | 0.933 | 0.958 | |
| CV:NMF | 2 | 0.658 | 0.837 | 0.929 | |
| CV:mclust | 2 | 0.642 | 0.884 | 0.928 | |
| MAD:NMF | 2 | 0.600 | 0.823 | 0.922 | |
| SD:NMF | 2 | 0.598 | 0.831 | 0.923 | |
| MAD:mclust | 5 | 0.578 | 0.642 | 0.768 | |
| MAD:pam | 2 | 0.457 | 0.756 | 0.894 | |
| MAD:kmeans | 2 | 0.413 | 0.827 | 0.881 | |
| SD:pam | 2 | 0.377 | 0.742 | 0.876 | |
| CV:pam | 2 | 0.339 | 0.749 | 0.871 | |
| ATC:hclust | 3 | 0.320 | 0.607 | 0.813 | |
| SD:mclust | 3 | 0.266 | 0.628 | 0.754 | |
| SD:hclust | 3 | 0.203 | 0.618 | 0.773 | |
| MAD:hclust | 3 | 0.190 | 0.656 | 0.789 | |
| CV:hclust | 3 | 0.159 | 0.439 | 0.731 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.598 0.831 0.923 0.490 0.506 0.506
#> CV:NMF 2 0.658 0.837 0.929 0.493 0.503 0.503
#> MAD:NMF 2 0.600 0.823 0.922 0.484 0.510 0.510
#> ATC:NMF 2 0.835 0.899 0.956 0.484 0.518 0.518
#> SD:skmeans 2 0.699 0.863 0.935 0.489 0.521 0.521
#> CV:skmeans 2 0.748 0.898 0.951 0.487 0.521 0.521
#> MAD:skmeans 2 0.667 0.827 0.918 0.493 0.512 0.512
#> ATC:skmeans 2 0.522 0.860 0.922 0.479 0.523 0.523
#> SD:mclust 2 0.259 0.838 0.856 0.423 0.557 0.557
#> CV:mclust 2 0.642 0.884 0.928 0.450 0.557 0.557
#> MAD:mclust 2 0.292 0.670 0.790 0.422 0.574 0.574
#> ATC:mclust 2 0.662 0.933 0.958 0.440 0.565 0.565
#> SD:kmeans 2 0.662 0.866 0.917 0.447 0.561 0.561
#> CV:kmeans 2 0.696 0.899 0.934 0.450 0.553 0.553
#> MAD:kmeans 2 0.413 0.827 0.881 0.453 0.549 0.549
#> ATC:kmeans 2 0.454 0.635 0.815 0.462 0.570 0.570
#> SD:pam 2 0.377 0.742 0.876 0.491 0.502 0.502
#> CV:pam 2 0.339 0.749 0.871 0.496 0.498 0.498
#> MAD:pam 2 0.457 0.756 0.894 0.496 0.500 0.500
#> ATC:pam 2 0.773 0.912 0.954 0.423 0.594 0.594
#> SD:hclust 2 0.220 0.690 0.819 0.369 0.589 0.589
#> CV:hclust 2 0.179 0.638 0.797 0.350 0.604 0.604
#> MAD:hclust 2 0.184 0.740 0.825 0.379 0.557 0.557
#> ATC:hclust 2 0.243 0.569 0.812 0.418 0.579 0.579
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.269 0.444 0.671 0.341 0.762 0.565
#> CV:NMF 3 0.282 0.406 0.649 0.334 0.818 0.655
#> MAD:NMF 3 0.272 0.468 0.686 0.361 0.762 0.566
#> ATC:NMF 3 0.495 0.598 0.767 0.365 0.697 0.478
#> SD:skmeans 3 0.469 0.589 0.803 0.368 0.725 0.511
#> CV:skmeans 3 0.466 0.620 0.816 0.374 0.747 0.542
#> MAD:skmeans 3 0.461 0.582 0.806 0.356 0.683 0.453
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.975 0.990 0.386 0.717 0.504
#> SD:mclust 3 0.266 0.628 0.754 0.461 0.768 0.597
#> CV:mclust 3 0.412 0.498 0.678 0.380 0.769 0.588
#> MAD:mclust 3 0.246 0.532 0.740 0.486 0.741 0.566
#> ATC:mclust 3 0.667 0.842 0.893 0.433 0.769 0.600
#> SD:kmeans 3 0.367 0.467 0.727 0.440 0.680 0.473
#> CV:kmeans 3 0.394 0.555 0.728 0.425 0.754 0.566
#> MAD:kmeans 3 0.386 0.506 0.743 0.439 0.721 0.519
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.972 0.986 0.421 0.729 0.542
#> SD:pam 3 0.346 0.604 0.780 0.304 0.785 0.599
#> CV:pam 3 0.356 0.678 0.790 0.295 0.771 0.573
#> MAD:pam 3 0.402 0.667 0.812 0.292 0.784 0.595
#> ATC:pam 3 0.863 0.899 0.957 0.500 0.735 0.568
#> SD:hclust 3 0.203 0.618 0.773 0.408 0.917 0.861
#> CV:hclust 3 0.159 0.439 0.731 0.536 0.818 0.723
#> MAD:hclust 3 0.190 0.656 0.789 0.386 0.927 0.871
#> ATC:hclust 3 0.320 0.607 0.813 0.335 0.842 0.736
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.366 0.353 0.547 0.1312 0.751 0.414
#> CV:NMF 4 0.365 0.357 0.563 0.1307 0.741 0.408
#> MAD:NMF 4 0.362 0.334 0.601 0.1309 0.678 0.306
#> ATC:NMF 4 0.466 0.510 0.716 0.1299 0.860 0.615
#> SD:skmeans 4 0.498 0.485 0.710 0.1210 0.844 0.581
#> CV:skmeans 4 0.480 0.541 0.710 0.1195 0.886 0.678
#> MAD:skmeans 4 0.503 0.531 0.720 0.1238 0.794 0.475
#> ATC:skmeans 4 0.796 0.747 0.877 0.1187 0.880 0.662
#> SD:mclust 4 0.331 0.207 0.561 0.1152 0.768 0.503
#> CV:mclust 4 0.388 0.402 0.654 0.0949 0.885 0.684
#> MAD:mclust 4 0.288 0.435 0.643 0.1125 0.909 0.755
#> ATC:mclust 4 0.827 0.867 0.929 0.1138 0.919 0.780
#> SD:kmeans 4 0.429 0.470 0.683 0.1326 0.787 0.491
#> CV:kmeans 4 0.441 0.500 0.666 0.1356 0.819 0.537
#> MAD:kmeans 4 0.432 0.479 0.684 0.1218 0.792 0.496
#> ATC:kmeans 4 0.674 0.652 0.803 0.1094 0.934 0.810
#> SD:pam 4 0.379 0.430 0.684 0.1110 0.907 0.754
#> CV:pam 4 0.369 0.500 0.719 0.1018 0.967 0.904
#> MAD:pam 4 0.384 0.455 0.708 0.1084 0.951 0.862
#> ATC:pam 4 0.735 0.804 0.899 0.1684 0.839 0.590
#> SD:hclust 4 0.286 0.520 0.703 0.1950 0.915 0.841
#> CV:hclust 4 0.229 0.476 0.674 0.1706 0.916 0.842
#> MAD:hclust 4 0.324 0.522 0.708 0.1862 0.978 0.955
#> ATC:hclust 4 0.397 0.613 0.768 0.2132 0.841 0.664
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.453 0.319 0.553 0.0687 0.844 0.488
#> CV:NMF 5 0.438 0.326 0.563 0.0676 0.807 0.400
#> MAD:NMF 5 0.464 0.336 0.585 0.0680 0.752 0.290
#> ATC:NMF 5 0.490 0.399 0.621 0.0664 0.857 0.521
#> SD:skmeans 5 0.525 0.433 0.643 0.0664 0.857 0.524
#> CV:skmeans 5 0.504 0.413 0.616 0.0661 0.899 0.645
#> MAD:skmeans 5 0.539 0.451 0.624 0.0661 0.905 0.654
#> ATC:skmeans 5 0.748 0.680 0.847 0.0613 0.894 0.628
#> SD:mclust 5 0.541 0.618 0.746 0.1141 0.801 0.484
#> CV:mclust 5 0.505 0.559 0.701 0.1150 0.867 0.589
#> MAD:mclust 5 0.578 0.642 0.768 0.1092 0.862 0.574
#> ATC:mclust 5 0.684 0.729 0.831 0.0552 0.906 0.703
#> SD:kmeans 5 0.512 0.482 0.658 0.0754 0.860 0.557
#> CV:kmeans 5 0.509 0.497 0.661 0.0711 0.872 0.570
#> MAD:kmeans 5 0.525 0.492 0.658 0.0716 0.823 0.479
#> ATC:kmeans 5 0.669 0.671 0.800 0.0722 0.896 0.665
#> SD:pam 5 0.438 0.475 0.674 0.0672 0.889 0.670
#> CV:pam 5 0.434 0.517 0.706 0.0688 0.927 0.771
#> MAD:pam 5 0.452 0.483 0.696 0.0719 0.884 0.657
#> ATC:pam 5 0.799 0.714 0.842 0.0699 0.859 0.523
#> SD:hclust 5 0.374 0.473 0.646 0.1124 0.962 0.919
#> CV:hclust 5 0.350 0.470 0.630 0.1019 0.924 0.838
#> MAD:hclust 5 0.366 0.368 0.626 0.1108 0.886 0.766
#> ATC:hclust 5 0.465 0.531 0.699 0.0839 0.950 0.855
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.513 0.331 0.555 0.0424 0.928 0.681
#> CV:NMF 6 0.489 0.285 0.491 0.0430 0.887 0.544
#> MAD:NMF 6 0.511 0.334 0.540 0.0420 0.856 0.444
#> ATC:NMF 6 0.541 0.335 0.576 0.0396 0.899 0.594
#> SD:skmeans 6 0.577 0.434 0.619 0.0417 0.908 0.600
#> CV:skmeans 6 0.554 0.393 0.596 0.0421 0.900 0.582
#> MAD:skmeans 6 0.580 0.434 0.602 0.0413 0.950 0.772
#> ATC:skmeans 6 0.733 0.650 0.802 0.0470 0.920 0.657
#> SD:mclust 6 0.612 0.546 0.729 0.0470 0.870 0.528
#> CV:mclust 6 0.613 0.553 0.733 0.0524 0.857 0.498
#> MAD:mclust 6 0.640 0.494 0.725 0.0463 0.934 0.723
#> ATC:mclust 6 0.693 0.657 0.798 0.0660 0.953 0.812
#> SD:kmeans 6 0.586 0.505 0.639 0.0433 0.926 0.680
#> CV:kmeans 6 0.582 0.458 0.648 0.0492 0.909 0.615
#> MAD:kmeans 6 0.601 0.523 0.662 0.0460 0.946 0.763
#> ATC:kmeans 6 0.679 0.531 0.677 0.0503 0.884 0.550
#> SD:pam 6 0.502 0.407 0.647 0.0477 0.911 0.673
#> CV:pam 6 0.496 0.447 0.673 0.0445 0.947 0.797
#> MAD:pam 6 0.529 0.411 0.659 0.0484 0.954 0.820
#> ATC:pam 6 0.870 0.823 0.914 0.0413 0.938 0.710
#> SD:hclust 6 0.429 0.320 0.612 0.0658 0.885 0.738
#> CV:hclust 6 0.426 0.302 0.560 0.0654 0.901 0.758
#> MAD:hclust 6 0.425 0.376 0.624 0.0637 0.866 0.672
#> ATC:hclust 6 0.530 0.450 0.652 0.0640 0.944 0.819
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 841, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1682, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2524, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3365, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4206, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 841, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1682, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2524, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3365, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4206, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 841)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1682)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2524)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3365)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4206)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 157 5.45e-02 1.50e-03 5.05e-07 2
#> CV:NMF 157 7.45e-03 9.48e-03 3.67e-08 2
#> MAD:NMF 157 1.91e-01 1.03e-04 4.49e-06 2
#> ATC:NMF 163 1.06e-11 2.39e-05 2.29e-04 2
#> SD:skmeans 160 1.45e-02 3.18e-01 7.38e-11 2
#> CV:skmeans 167 1.57e-02 4.97e-01 2.38e-11 2
#> MAD:skmeans 159 3.96e-02 6.12e-02 1.75e-09 2
#> ATC:skmeans 167 2.16e-20 1.83e-01 3.58e-08 2
#> SD:mclust 170 4.67e-02 6.73e-01 1.24e-11 2
#> CV:mclust 169 4.31e-02 6.21e-01 1.38e-11 2
#> MAD:mclust 153 1.93e-01 2.50e-01 2.37e-10 2
#> ATC:mclust 168 5.13e-21 8.23e-01 3.09e-09 2
#> SD:kmeans 167 3.60e-02 6.71e-01 9.25e-12 2
#> CV:kmeans 167 3.05e-02 7.38e-01 4.43e-12 2
#> MAD:kmeans 166 2.09e-02 6.44e-01 2.05e-11 2
#> ATC:kmeans 134 5.72e-17 8.90e-04 8.40e-06 2
#> SD:pam 148 1.55e-01 1.27e-07 5.76e-04 2
#> CV:pam 151 7.81e-02 1.75e-05 1.84e-04 2
#> MAD:pam 149 2.03e-01 2.36e-08 3.75e-03 2
#> ATC:pam 166 5.92e-16 8.18e-02 2.58e-07 2
#> SD:hclust 151 1.26e-01 9.41e-01 4.48e-12 2
#> CV:hclust 151 8.27e-02 9.41e-01 4.48e-12 2
#> MAD:hclust 156 7.23e-02 9.33e-01 4.42e-12 2
#> ATC:hclust 125 2.03e-04 4.99e-10 2.01e-03 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 89 1.55e-03 7.96e-03 3.22e-07 3
#> CV:NMF 77 4.33e-02 4.19e-02 1.79e-04 3
#> MAD:NMF 98 1.73e-03 4.00e-03 4.05e-08 3
#> ATC:NMF 147 2.06e-17 5.05e-12 1.49e-04 3
#> SD:skmeans 122 1.76e-05 7.11e-01 7.07e-15 3
#> CV:skmeans 133 2.13e-05 6.63e-01 1.64e-14 3
#> MAD:skmeans 126 6.06e-06 6.58e-01 1.87e-15 3
#> ATC:skmeans 170 3.77e-18 1.05e-14 7.39e-05 3
#> SD:mclust 137 5.56e-05 3.65e-01 3.32e-14 3
#> CV:mclust 96 8.45e-05 6.02e-02 2.27e-09 3
#> MAD:mclust 119 6.75e-05 6.66e-01 8.89e-14 3
#> ATC:mclust 164 5.83e-20 3.31e-17 7.79e-04 3
#> SD:kmeans 100 1.41e-04 5.83e-01 2.96e-12 3
#> CV:kmeans 121 2.55e-05 5.70e-01 7.15e-14 3
#> MAD:kmeans 102 5.18e-05 7.15e-01 5.98e-12 3
#> ATC:kmeans 171 5.97e-17 1.28e-15 8.51e-05 3
#> SD:pam 132 1.28e-01 1.64e-14 3.00e-03 3
#> CV:pam 146 2.90e-01 3.56e-14 4.27e-03 3
#> MAD:pam 146 1.52e-01 6.36e-18 3.28e-02 3
#> ATC:pam 165 5.07e-15 2.04e-23 7.98e-03 3
#> SD:hclust 137 8.74e-05 1.00e+00 1.81e-20 3
#> CV:hclust 93 NA NA NA 3
#> MAD:hclust 144 2.43e-05 9.99e-01 4.59e-21 3
#> ATC:hclust 126 4.14e-09 8.92e-10 1.62e-07 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 51 5.98e-03 8.15e-02 1.61e-05 4
#> CV:NMF 55 1.23e-04 2.93e-01 1.06e-05 4
#> MAD:NMF 37 7.10e-03 1.80e-01 6.92e-05 4
#> ATC:NMF 108 1.46e-14 4.45e-13 1.02e-02 4
#> SD:skmeans 99 3.80e-10 8.68e-01 1.27e-17 4
#> CV:skmeans 120 3.84e-07 8.96e-01 2.08e-19 4
#> MAD:skmeans 106 1.95e-09 8.80e-01 1.41e-18 4
#> ATC:skmeans 152 1.14e-15 9.25e-22 3.92e-02 4
#> SD:mclust 27 NA NA NA 4
#> CV:mclust 63 1.32e-05 5.15e-01 2.93e-06 4
#> MAD:mclust 93 2.99e-04 4.16e-01 1.37e-12 4
#> ATC:mclust 161 3.19e-20 1.71e-15 3.89e-06 4
#> SD:kmeans 92 1.63e-06 9.72e-01 9.74e-17 4
#> CV:kmeans 107 1.06e-06 9.47e-01 1.23e-18 4
#> MAD:kmeans 89 1.04e-05 8.35e-01 3.18e-15 4
#> ATC:kmeans 138 8.72e-14 9.87e-15 3.22e-04 4
#> SD:pam 81 7.73e-02 2.32e-10 1.13e-01 4
#> CV:pam 104 2.81e-02 6.92e-10 7.81e-03 4
#> MAD:pam 87 1.00e-01 2.88e-10 1.05e-01 4
#> ATC:pam 158 9.10e-12 9.76e-30 7.06e-02 4
#> SD:hclust 115 1.21e-05 1.00e+00 2.43e-24 4
#> CV:hclust 95 2.72e-02 1.00e+00 2.05e-08 4
#> MAD:hclust 118 4.83e-06 1.00e+00 3.16e-24 4
#> ATC:hclust 137 1.44e-13 3.01e-09 3.76e-13 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 37 1.11e-02 3.76e-02 1.81e-04 5
#> CV:NMF 37 7.70e-02 3.56e-02 7.93e-03 5
#> MAD:NMF 49 2.07e-02 8.37e-02 1.26e-05 5
#> ATC:NMF 79 6.99e-10 3.17e-11 1.15e-02 5
#> SD:skmeans 81 1.09e-07 8.14e-01 4.12e-14 5
#> CV:skmeans 80 2.20e-07 7.14e-01 1.43e-12 5
#> MAD:skmeans 72 1.41e-06 9.60e-01 5.00e-09 5
#> ATC:skmeans 132 1.69e-12 5.39e-16 4.70e-04 5
#> SD:mclust 137 8.71e-06 6.25e-01 9.79e-25 5
#> CV:mclust 121 1.10e-04 2.93e-01 1.27e-18 5
#> MAD:mclust 143 6.66e-05 4.61e-01 1.45e-26 5
#> ATC:mclust 151 9.77e-15 5.87e-15 1.04e-12 5
#> SD:kmeans 100 1.80e-06 9.17e-01 9.65e-22 5
#> CV:kmeans 113 1.08e-08 9.92e-01 2.10e-27 5
#> MAD:kmeans 86 7.57e-07 9.00e-01 2.78e-19 5
#> ATC:kmeans 141 3.50e-13 7.10e-15 2.32e-07 5
#> SD:pam 86 2.00e-04 7.15e-10 1.54e-02 5
#> CV:pam 103 1.33e-05 4.51e-09 1.33e-04 5
#> MAD:pam 95 5.05e-02 1.58e-11 1.75e-02 5
#> ATC:pam 146 3.30e-12 2.51e-28 6.48e-03 5
#> SD:hclust 110 2.95e-08 1.00e+00 9.45e-31 5
#> CV:hclust 80 NA NA NA 5
#> MAD:hclust 63 4.06e-05 9.99e-01 7.74e-10 5
#> ATC:hclust 124 3.30e-13 2.34e-10 2.41e-12 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 34 9.66e-05 1.08e-01 1.36e-03 6
#> CV:NMF 19 3.36e-03 1.51e-02 6.11e-02 6
#> MAD:NMF 39 8.21e-06 2.14e-02 4.05e-03 6
#> ATC:NMF 47 4.12e-06 1.37e-07 1.47e-01 6
#> SD:skmeans 72 1.35e-09 5.85e-01 1.95e-17 6
#> CV:skmeans 51 2.89e-03 3.21e-01 8.87e-08 6
#> MAD:skmeans 73 2.80e-08 8.72e-01 3.68e-17 6
#> ATC:skmeans 140 4.26e-13 2.50e-18 1.38e-07 6
#> SD:mclust 119 5.69e-09 6.87e-02 4.96e-19 6
#> CV:mclust 122 1.07e-08 6.34e-01 1.89e-22 6
#> MAD:mclust 98 4.12e-05 8.90e-02 4.99e-15 6
#> ATC:mclust 133 1.08e-13 3.26e-09 1.89e-11 6
#> SD:kmeans 95 1.16e-13 8.69e-01 2.03e-24 6
#> CV:kmeans 100 7.19e-06 9.98e-01 1.09e-22 6
#> MAD:kmeans 99 2.63e-08 8.79e-01 7.99e-23 6
#> ATC:kmeans 106 4.61e-09 4.28e-08 2.80e-10 6
#> SD:pam 57 2.20e-09 9.33e-02 1.60e-04 6
#> CV:pam 77 8.54e-07 4.76e-07 1.58e-03 6
#> MAD:pam 69 3.43e-05 8.29e-08 3.24e-03 6
#> ATC:pam 157 2.19e-15 2.38e-26 5.77e-05 6
#> SD:hclust 46 2.66e-10 8.90e-01 1.26e-12 6
#> CV:hclust 31 4.36e-05 9.87e-01 5.87e-04 6
#> MAD:hclust 57 1.33e-10 1.00e+00 1.60e-09 6
#> ATC:hclust 89 6.50e-08 5.13e-09 1.14e-07 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.220 0.690 0.819 0.3686 0.589 0.589
#> 3 3 0.203 0.618 0.773 0.4077 0.917 0.861
#> 4 4 0.286 0.520 0.703 0.1950 0.915 0.841
#> 5 5 0.374 0.473 0.646 0.1124 0.962 0.919
#> 6 6 0.429 0.320 0.612 0.0658 0.885 0.738
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.9988 -0.3613 0.520 0.480
#> GSM29786 2 0.9970 0.5139 0.468 0.532
#> GSM29789 2 0.8763 0.7722 0.296 0.704
#> GSM29792 2 0.4298 0.6631 0.088 0.912
#> GSM29795 2 0.9427 0.7029 0.360 0.640
#> GSM29798 1 0.8861 0.4293 0.696 0.304
#> GSM29801 1 0.3879 0.8242 0.924 0.076
#> GSM29804 1 0.2948 0.8278 0.948 0.052
#> GSM29807 1 0.8267 0.5109 0.740 0.260
#> GSM29816 1 0.2043 0.8293 0.968 0.032
#> GSM29821 1 0.6048 0.7839 0.852 0.148
#> GSM29824 1 0.2603 0.8319 0.956 0.044
#> GSM29827 1 0.1414 0.8209 0.980 0.020
#> GSM29830 1 0.1414 0.8209 0.980 0.020
#> GSM29833 1 0.1843 0.8244 0.972 0.028
#> GSM29784 2 0.9460 0.7393 0.364 0.636
#> GSM29787 2 0.9970 0.5139 0.468 0.532
#> GSM29790 2 0.8763 0.7722 0.296 0.704
#> GSM29793 2 0.4298 0.6631 0.088 0.912
#> GSM29796 2 0.9427 0.7029 0.360 0.640
#> GSM29799 1 0.8861 0.4293 0.696 0.304
#> GSM29802 1 0.4161 0.8209 0.916 0.084
#> GSM29805 1 0.2948 0.8278 0.948 0.052
#> GSM29814 1 0.8267 0.5109 0.740 0.260
#> GSM29817 1 0.2236 0.8295 0.964 0.036
#> GSM29822 1 0.6048 0.7839 0.852 0.148
#> GSM29825 1 0.2603 0.8319 0.956 0.044
#> GSM29828 1 0.1414 0.8209 0.980 0.020
#> GSM29831 1 0.1414 0.8209 0.980 0.020
#> GSM29834 1 0.1843 0.8244 0.972 0.028
#> GSM29785 2 0.9460 0.7393 0.364 0.636
#> GSM29788 2 0.9970 0.5139 0.468 0.532
#> GSM29791 2 0.8763 0.7722 0.296 0.704
#> GSM29794 2 0.4298 0.6631 0.088 0.912
#> GSM29797 2 0.9427 0.7029 0.360 0.640
#> GSM29800 1 0.8861 0.4293 0.696 0.304
#> GSM29803 1 0.4022 0.8219 0.920 0.080
#> GSM29806 1 0.2948 0.8278 0.948 0.052
#> GSM29815 1 0.8267 0.5109 0.740 0.260
#> GSM29819 1 0.3114 0.8275 0.944 0.056
#> GSM29823 1 0.6048 0.7839 0.852 0.148
#> GSM29826 1 0.2603 0.8319 0.956 0.044
#> GSM29829 1 0.3114 0.8210 0.944 0.056
#> GSM29832 1 0.3114 0.8167 0.944 0.056
#> GSM29835 1 0.6887 0.6999 0.816 0.184
#> GSM29836 2 0.3431 0.6479 0.064 0.936
#> GSM29839 2 0.9522 0.7115 0.372 0.628
#> GSM29842 1 0.9732 0.0210 0.596 0.404
#> GSM29845 1 0.7376 0.6625 0.792 0.208
#> GSM29848 1 0.9998 -0.4035 0.508 0.492
#> GSM29851 1 0.4161 0.8204 0.916 0.084
#> GSM29854 1 0.4562 0.8148 0.904 0.096
#> GSM29857 1 0.3114 0.8282 0.944 0.056
#> GSM29860 2 0.9358 0.7211 0.352 0.648
#> GSM29863 1 0.3733 0.8247 0.928 0.072
#> GSM29866 1 0.1843 0.8295 0.972 0.028
#> GSM29869 1 0.1633 0.8284 0.976 0.024
#> GSM29872 2 0.9358 0.6504 0.352 0.648
#> GSM29875 1 0.2423 0.8290 0.960 0.040
#> GSM29878 1 0.9754 -0.0405 0.592 0.408
#> GSM29837 2 0.3431 0.6479 0.064 0.936
#> GSM29840 2 0.9522 0.7115 0.372 0.628
#> GSM29843 2 0.8813 0.7798 0.300 0.700
#> GSM29846 1 0.7376 0.6625 0.792 0.208
#> GSM29849 1 0.9998 -0.4035 0.508 0.492
#> GSM29852 1 0.4161 0.8204 0.916 0.084
#> GSM29855 1 0.4562 0.8148 0.904 0.096
#> GSM29858 1 0.3114 0.8282 0.944 0.056
#> GSM29861 2 0.9358 0.7211 0.352 0.648
#> GSM29864 1 0.3733 0.8247 0.928 0.072
#> GSM29867 1 0.1843 0.8295 0.972 0.028
#> GSM29870 1 0.1633 0.8284 0.976 0.024
#> GSM29873 2 0.9358 0.6504 0.352 0.648
#> GSM29876 1 0.2423 0.8290 0.960 0.040
#> GSM29879 1 0.9754 -0.0405 0.592 0.408
#> GSM29838 2 0.3431 0.6479 0.064 0.936
#> GSM29841 2 0.9522 0.7115 0.372 0.628
#> GSM29844 2 0.8813 0.7798 0.300 0.700
#> GSM29847 1 0.7376 0.6625 0.792 0.208
#> GSM29850 1 0.9998 -0.4035 0.508 0.492
#> GSM29853 1 0.4161 0.8204 0.916 0.084
#> GSM29856 1 0.5059 0.8040 0.888 0.112
#> GSM29859 1 0.3114 0.8282 0.944 0.056
#> GSM29862 2 0.9358 0.7211 0.352 0.648
#> GSM29865 1 0.3733 0.8247 0.928 0.072
#> GSM29868 1 0.6343 0.7379 0.840 0.160
#> GSM29871 1 0.1633 0.8284 0.976 0.024
#> GSM29874 2 0.9358 0.6504 0.352 0.648
#> GSM29877 1 0.2423 0.8290 0.960 0.040
#> GSM29880 1 0.9286 0.3468 0.656 0.344
#> GSM29881 1 0.4298 0.8223 0.912 0.088
#> GSM29884 2 0.8861 0.7770 0.304 0.696
#> GSM29887 2 0.8861 0.7770 0.304 0.696
#> GSM29890 1 0.1184 0.8188 0.984 0.016
#> GSM29893 1 0.5519 0.7821 0.872 0.128
#> GSM29896 1 0.0938 0.8208 0.988 0.012
#> GSM29899 1 0.0938 0.8228 0.988 0.012
#> GSM29902 1 0.2423 0.8295 0.960 0.040
#> GSM29905 1 0.7056 0.6717 0.808 0.192
#> GSM29908 1 0.2423 0.8240 0.960 0.040
#> GSM29955 1 0.2778 0.8219 0.952 0.048
#> GSM29958 1 0.1843 0.8244 0.972 0.028
#> GSM29961 1 0.2603 0.8247 0.956 0.044
#> GSM29882 1 0.4298 0.8223 0.912 0.088
#> GSM29885 2 0.8861 0.7770 0.304 0.696
#> GSM29888 2 0.8909 0.7767 0.308 0.692
#> GSM29891 1 0.1184 0.8188 0.984 0.016
#> GSM29894 1 0.5519 0.7821 0.872 0.128
#> GSM29897 1 0.1184 0.8205 0.984 0.016
#> GSM29900 1 0.0672 0.8207 0.992 0.008
#> GSM29903 1 0.1414 0.8191 0.980 0.020
#> GSM29906 1 0.7056 0.6717 0.808 0.192
#> GSM29909 1 0.1843 0.8231 0.972 0.028
#> GSM29956 1 0.2778 0.8217 0.952 0.048
#> GSM29959 1 0.1843 0.8244 0.972 0.028
#> GSM29962 1 0.2603 0.8247 0.956 0.044
#> GSM29883 1 0.4298 0.8223 0.912 0.088
#> GSM29886 2 0.8813 0.7794 0.300 0.700
#> GSM29889 2 0.8861 0.7789 0.304 0.696
#> GSM29892 1 0.1414 0.8191 0.980 0.020
#> GSM29895 1 0.5629 0.7779 0.868 0.132
#> GSM29898 1 0.4022 0.8126 0.920 0.080
#> GSM29901 1 0.0938 0.8264 0.988 0.012
#> GSM29904 1 0.2778 0.8266 0.952 0.048
#> GSM29907 1 0.6973 0.6699 0.812 0.188
#> GSM29910 1 0.6801 0.7061 0.820 0.180
#> GSM29957 1 0.3114 0.8204 0.944 0.056
#> GSM29960 1 0.4939 0.7915 0.892 0.108
#> GSM29963 1 0.6801 0.7061 0.820 0.180
#> GSM29964 2 0.8386 0.7753 0.268 0.732
#> GSM29967 2 0.9732 0.6477 0.404 0.596
#> GSM29970 2 0.9983 0.4997 0.476 0.524
#> GSM29973 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> GSM29976 1 0.3584 0.8285 0.932 0.068
#> GSM29979 2 0.9552 0.6982 0.376 0.624
#> GSM29982 1 0.9850 -0.1172 0.572 0.428
#> GSM29985 1 0.3584 0.8273 0.932 0.068
#> GSM29988 1 0.7528 0.6167 0.784 0.216
#> GSM29991 1 0.8327 0.4977 0.736 0.264
#> GSM29994 1 0.3114 0.8306 0.944 0.056
#> GSM29997 1 0.6148 0.7023 0.848 0.152
#> GSM30000 1 0.5178 0.7730 0.884 0.116
#> GSM30003 1 0.2236 0.8295 0.964 0.036
#> GSM29965 2 0.8386 0.7753 0.268 0.732
#> GSM29968 2 0.9732 0.6477 0.404 0.596
#> GSM29971 2 0.9983 0.4997 0.476 0.524
#> GSM29974 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> GSM29977 1 0.3584 0.8285 0.932 0.068
#> GSM29980 2 0.9552 0.6982 0.376 0.624
#> GSM29983 1 0.9850 -0.1172 0.572 0.428
#> GSM29986 1 0.3584 0.8273 0.932 0.068
#> GSM29989 1 0.7528 0.6167 0.784 0.216
#> GSM29992 1 0.8327 0.4977 0.736 0.264
#> GSM29995 1 0.2236 0.8258 0.964 0.036
#> GSM29998 1 0.6148 0.7023 0.848 0.152
#> GSM30001 1 0.5178 0.7730 0.884 0.116
#> GSM30004 1 0.2236 0.8295 0.964 0.036
#> GSM29966 2 0.8386 0.7753 0.268 0.732
#> GSM29969 2 0.9732 0.6477 0.404 0.596
#> GSM29972 2 0.9983 0.4997 0.476 0.524
#> GSM29975 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> GSM29978 1 0.3584 0.8285 0.932 0.068
#> GSM29981 2 0.9248 0.6798 0.340 0.660
#> GSM29984 1 0.9850 -0.1172 0.572 0.428
#> GSM29987 1 0.3584 0.8273 0.932 0.068
#> GSM29990 1 0.7528 0.6167 0.784 0.216
#> GSM29993 1 0.8327 0.4977 0.736 0.264
#> GSM29996 1 0.2948 0.8272 0.948 0.052
#> GSM29999 1 0.6343 0.6900 0.840 0.160
#> GSM30002 1 0.5178 0.7730 0.884 0.116
#> GSM30005 1 0.2236 0.8295 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.997 -0.419 0.364 0.340 0.296
#> GSM29786 3 0.983 0.354 0.260 0.324 0.416
#> GSM29789 2 0.606 0.583 0.132 0.784 0.084
#> GSM29792 2 0.492 0.521 0.020 0.816 0.164
#> GSM29795 2 0.895 0.155 0.148 0.532 0.320
#> GSM29798 1 0.891 0.244 0.564 0.176 0.260
#> GSM29801 1 0.409 0.797 0.876 0.036 0.088
#> GSM29804 1 0.314 0.806 0.912 0.020 0.068
#> GSM29807 1 0.804 0.400 0.600 0.312 0.088
#> GSM29816 1 0.140 0.812 0.968 0.004 0.028
#> GSM29821 1 0.646 0.704 0.756 0.080 0.164
#> GSM29824 1 0.210 0.815 0.944 0.004 0.052
#> GSM29827 1 0.188 0.808 0.956 0.012 0.032
#> GSM29830 1 0.188 0.808 0.956 0.012 0.032
#> GSM29833 1 0.232 0.811 0.944 0.028 0.028
#> GSM29784 2 0.894 0.226 0.164 0.552 0.284
#> GSM29787 3 0.983 0.354 0.260 0.324 0.416
#> GSM29790 2 0.606 0.583 0.132 0.784 0.084
#> GSM29793 2 0.492 0.521 0.020 0.816 0.164
#> GSM29796 2 0.895 0.155 0.148 0.532 0.320
#> GSM29799 1 0.891 0.244 0.564 0.176 0.260
#> GSM29802 1 0.393 0.798 0.880 0.028 0.092
#> GSM29805 1 0.314 0.806 0.912 0.020 0.068
#> GSM29814 1 0.804 0.400 0.600 0.312 0.088
#> GSM29817 1 0.171 0.812 0.960 0.008 0.032
#> GSM29822 1 0.646 0.704 0.756 0.080 0.164
#> GSM29825 1 0.210 0.815 0.944 0.004 0.052
#> GSM29828 1 0.188 0.808 0.956 0.012 0.032
#> GSM29831 1 0.188 0.808 0.956 0.012 0.032
#> GSM29834 1 0.219 0.810 0.948 0.024 0.028
#> GSM29785 2 0.894 0.226 0.164 0.552 0.284
#> GSM29788 3 0.983 0.354 0.260 0.324 0.416
#> GSM29791 2 0.606 0.583 0.132 0.784 0.084
#> GSM29794 2 0.492 0.521 0.020 0.816 0.164
#> GSM29797 2 0.895 0.155 0.148 0.532 0.320
#> GSM29800 1 0.891 0.244 0.564 0.176 0.260
#> GSM29803 1 0.393 0.797 0.880 0.028 0.092
#> GSM29806 1 0.314 0.806 0.912 0.020 0.068
#> GSM29815 1 0.804 0.400 0.600 0.312 0.088
#> GSM29819 1 0.280 0.805 0.924 0.016 0.060
#> GSM29823 1 0.646 0.704 0.756 0.080 0.164
#> GSM29826 1 0.210 0.815 0.944 0.004 0.052
#> GSM29829 1 0.336 0.807 0.908 0.056 0.036
#> GSM29832 1 0.326 0.805 0.912 0.048 0.040
#> GSM29835 1 0.578 0.682 0.768 0.200 0.032
#> GSM29836 2 0.481 0.507 0.008 0.804 0.188
#> GSM29839 2 0.771 0.450 0.196 0.676 0.128
#> GSM29842 1 0.968 -0.118 0.456 0.300 0.244
#> GSM29845 1 0.736 0.601 0.700 0.112 0.188
#> GSM29848 2 0.984 -0.106 0.296 0.424 0.280
#> GSM29851 1 0.406 0.792 0.876 0.032 0.092
#> GSM29854 1 0.479 0.787 0.844 0.044 0.112
#> GSM29857 1 0.298 0.807 0.920 0.024 0.056
#> GSM29860 2 0.681 0.519 0.212 0.720 0.068
#> GSM29863 1 0.401 0.795 0.876 0.028 0.096
#> GSM29866 1 0.140 0.814 0.968 0.004 0.028
#> GSM29869 1 0.117 0.812 0.976 0.008 0.016
#> GSM29872 2 0.822 0.415 0.248 0.624 0.128
#> GSM29875 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
#> GSM29878 1 0.784 -0.119 0.476 0.472 0.052
#> GSM29837 2 0.481 0.507 0.008 0.804 0.188
#> GSM29840 2 0.771 0.450 0.196 0.676 0.128
#> GSM29843 2 0.706 0.557 0.112 0.724 0.164
#> GSM29846 1 0.736 0.601 0.700 0.112 0.188
#> GSM29849 2 0.984 -0.106 0.296 0.424 0.280
#> GSM29852 1 0.406 0.792 0.876 0.032 0.092
#> GSM29855 1 0.479 0.787 0.844 0.044 0.112
#> GSM29858 1 0.298 0.807 0.920 0.024 0.056
#> GSM29861 2 0.681 0.519 0.212 0.720 0.068
#> GSM29864 1 0.401 0.795 0.876 0.028 0.096
#> GSM29867 1 0.140 0.814 0.968 0.004 0.028
#> GSM29870 1 0.117 0.812 0.976 0.008 0.016
#> GSM29873 2 0.822 0.415 0.248 0.624 0.128
#> GSM29876 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
#> GSM29879 1 0.784 -0.119 0.476 0.472 0.052
#> GSM29838 2 0.481 0.507 0.008 0.804 0.188
#> GSM29841 2 0.771 0.450 0.196 0.676 0.128
#> GSM29844 2 0.706 0.557 0.112 0.724 0.164
#> GSM29847 1 0.736 0.601 0.700 0.112 0.188
#> GSM29850 2 0.984 -0.106 0.296 0.424 0.280
#> GSM29853 1 0.406 0.792 0.876 0.032 0.092
#> GSM29856 1 0.500 0.780 0.832 0.044 0.124
#> GSM29859 1 0.298 0.807 0.920 0.024 0.056
#> GSM29862 2 0.681 0.519 0.212 0.720 0.068
#> GSM29865 1 0.401 0.795 0.876 0.028 0.096
#> GSM29868 1 0.597 0.723 0.784 0.148 0.068
#> GSM29871 1 0.117 0.812 0.976 0.008 0.016
#> GSM29874 2 0.822 0.415 0.248 0.624 0.128
#> GSM29877 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
#> GSM29880 1 0.776 0.340 0.580 0.360 0.060
#> GSM29881 1 0.441 0.779 0.844 0.016 0.140
#> GSM29884 2 0.631 0.602 0.100 0.772 0.128
#> GSM29887 2 0.631 0.602 0.100 0.772 0.128
#> GSM29890 1 0.175 0.807 0.960 0.012 0.028
#> GSM29893 1 0.602 0.745 0.788 0.092 0.120
#> GSM29896 1 0.153 0.807 0.964 0.004 0.032
#> GSM29899 1 0.164 0.808 0.956 0.000 0.044
#> GSM29902 1 0.301 0.815 0.920 0.028 0.052
#> GSM29905 1 0.730 0.588 0.704 0.108 0.188
#> GSM29908 1 0.269 0.810 0.932 0.036 0.032
#> GSM29955 1 0.311 0.805 0.916 0.056 0.028
#> GSM29958 1 0.219 0.810 0.948 0.024 0.028
#> GSM29961 1 0.293 0.810 0.924 0.040 0.036
#> GSM29882 1 0.441 0.779 0.844 0.016 0.140
#> GSM29885 2 0.631 0.602 0.100 0.772 0.128
#> GSM29888 2 0.638 0.601 0.104 0.768 0.128
#> GSM29891 1 0.175 0.807 0.960 0.012 0.028
#> GSM29894 1 0.602 0.745 0.788 0.092 0.120
#> GSM29897 1 0.171 0.808 0.960 0.008 0.032
#> GSM29900 1 0.153 0.808 0.960 0.000 0.040
#> GSM29903 1 0.218 0.809 0.948 0.020 0.032
#> GSM29906 1 0.730 0.588 0.704 0.108 0.188
#> GSM29909 1 0.231 0.811 0.944 0.024 0.032
#> GSM29956 1 0.315 0.805 0.916 0.048 0.036
#> GSM29959 1 0.219 0.810 0.948 0.024 0.028
#> GSM29962 1 0.293 0.810 0.924 0.040 0.036
#> GSM29883 1 0.441 0.779 0.844 0.016 0.140
#> GSM29886 2 0.631 0.603 0.100 0.772 0.128
#> GSM29889 2 0.638 0.602 0.104 0.768 0.128
#> GSM29892 1 0.219 0.811 0.948 0.024 0.028
#> GSM29895 1 0.610 0.741 0.784 0.096 0.120
#> GSM29898 1 0.461 0.791 0.856 0.092 0.052
#> GSM29901 1 0.234 0.816 0.940 0.012 0.048
#> GSM29904 1 0.378 0.808 0.892 0.064 0.044
#> GSM29907 1 0.732 0.585 0.704 0.112 0.184
#> GSM29910 1 0.657 0.684 0.748 0.172 0.080
#> GSM29957 1 0.331 0.803 0.908 0.064 0.028
#> GSM29960 1 0.502 0.772 0.836 0.108 0.056
#> GSM29963 1 0.657 0.684 0.748 0.172 0.080
#> GSM29964 2 0.517 0.594 0.056 0.828 0.116
#> GSM29967 3 0.589 0.569 0.036 0.200 0.764
#> GSM29970 3 0.690 0.637 0.100 0.168 0.732
#> GSM29973 2 0.589 0.610 0.096 0.796 0.108
#> GSM29976 1 0.346 0.805 0.900 0.024 0.076
#> GSM29979 2 0.861 0.472 0.204 0.604 0.192
#> GSM29982 3 0.814 0.570 0.276 0.108 0.616
#> GSM29985 1 0.375 0.798 0.884 0.020 0.096
#> GSM29988 1 0.760 0.512 0.660 0.252 0.088
#> GSM29991 1 0.899 0.167 0.552 0.176 0.272
#> GSM29994 1 0.359 0.814 0.900 0.048 0.052
#> GSM29997 1 0.652 0.639 0.752 0.168 0.080
#> GSM30000 1 0.670 0.658 0.748 0.108 0.144
#> GSM30003 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
#> GSM29965 2 0.517 0.594 0.056 0.828 0.116
#> GSM29968 3 0.589 0.569 0.036 0.200 0.764
#> GSM29971 3 0.690 0.637 0.100 0.168 0.732
#> GSM29974 2 0.589 0.610 0.096 0.796 0.108
#> GSM29977 1 0.346 0.805 0.900 0.024 0.076
#> GSM29980 2 0.861 0.472 0.204 0.604 0.192
#> GSM29983 3 0.814 0.570 0.276 0.108 0.616
#> GSM29986 1 0.375 0.798 0.884 0.020 0.096
#> GSM29989 1 0.760 0.512 0.660 0.252 0.088
#> GSM29992 1 0.899 0.167 0.552 0.176 0.272
#> GSM29995 1 0.244 0.811 0.940 0.028 0.032
#> GSM29998 1 0.652 0.639 0.752 0.168 0.080
#> GSM30001 1 0.670 0.658 0.748 0.108 0.144
#> GSM30004 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
#> GSM29966 2 0.517 0.594 0.056 0.828 0.116
#> GSM29969 3 0.589 0.569 0.036 0.200 0.764
#> GSM29972 3 0.690 0.637 0.100 0.168 0.732
#> GSM29975 2 0.589 0.610 0.096 0.796 0.108
#> GSM29978 1 0.346 0.805 0.900 0.024 0.076
#> GSM29981 2 0.891 0.392 0.212 0.572 0.216
#> GSM29984 3 0.814 0.570 0.276 0.108 0.616
#> GSM29987 1 0.375 0.798 0.884 0.020 0.096
#> GSM29990 1 0.760 0.512 0.660 0.252 0.088
#> GSM29993 1 0.899 0.167 0.552 0.176 0.272
#> GSM29996 1 0.343 0.810 0.904 0.064 0.032
#> GSM29999 1 0.670 0.622 0.736 0.188 0.076
#> GSM30002 1 0.670 0.658 0.748 0.108 0.144
#> GSM30005 1 0.158 0.812 0.964 0.008 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.948 -0.1246 0.312 0.356 0.120 0.212
#> GSM29786 4 0.974 0.2017 0.164 0.304 0.208 0.324
#> GSM29789 2 0.638 0.5695 0.044 0.684 0.220 0.052
#> GSM29792 2 0.604 0.4947 0.008 0.676 0.244 0.072
#> GSM29795 2 0.897 0.2037 0.072 0.428 0.224 0.276
#> GSM29798 1 0.908 0.1874 0.484 0.184 0.156 0.176
#> GSM29801 1 0.458 0.7057 0.828 0.028 0.072 0.072
#> GSM29804 1 0.369 0.7135 0.876 0.040 0.040 0.044
#> GSM29807 3 0.832 0.6778 0.352 0.200 0.420 0.028
#> GSM29816 1 0.230 0.7269 0.932 0.012 0.024 0.032
#> GSM29821 1 0.715 0.5722 0.660 0.060 0.120 0.160
#> GSM29824 1 0.265 0.7285 0.912 0.004 0.028 0.056
#> GSM29827 1 0.374 0.7001 0.848 0.016 0.124 0.012
#> GSM29830 1 0.379 0.7035 0.844 0.016 0.128 0.012
#> GSM29833 1 0.409 0.6972 0.828 0.028 0.136 0.008
#> GSM29784 2 0.804 0.2950 0.092 0.580 0.116 0.212
#> GSM29787 4 0.974 0.2017 0.164 0.304 0.208 0.324
#> GSM29790 2 0.638 0.5695 0.044 0.684 0.220 0.052
#> GSM29793 2 0.604 0.4947 0.008 0.676 0.244 0.072
#> GSM29796 2 0.897 0.2037 0.072 0.428 0.224 0.276
#> GSM29799 1 0.908 0.1874 0.484 0.184 0.156 0.176
#> GSM29802 1 0.457 0.7079 0.832 0.040 0.060 0.068
#> GSM29805 1 0.369 0.7135 0.876 0.040 0.040 0.044
#> GSM29814 3 0.832 0.6778 0.352 0.200 0.420 0.028
#> GSM29817 1 0.259 0.7237 0.920 0.012 0.036 0.032
#> GSM29822 1 0.715 0.5722 0.660 0.060 0.120 0.160
#> GSM29825 1 0.265 0.7285 0.912 0.004 0.028 0.056
#> GSM29828 1 0.374 0.7001 0.848 0.016 0.124 0.012
#> GSM29831 1 0.374 0.7001 0.848 0.016 0.124 0.012
#> GSM29834 1 0.393 0.7002 0.836 0.024 0.132 0.008
#> GSM29785 2 0.804 0.2950 0.092 0.580 0.116 0.212
#> GSM29788 4 0.974 0.2017 0.164 0.304 0.208 0.324
#> GSM29791 2 0.638 0.5695 0.044 0.684 0.220 0.052
#> GSM29794 2 0.604 0.4947 0.008 0.676 0.244 0.072
#> GSM29797 2 0.897 0.2037 0.072 0.428 0.224 0.276
#> GSM29800 1 0.908 0.1874 0.484 0.184 0.156 0.176
#> GSM29803 1 0.455 0.7077 0.832 0.036 0.068 0.064
#> GSM29806 1 0.360 0.7138 0.880 0.040 0.040 0.040
#> GSM29815 3 0.832 0.6778 0.352 0.200 0.420 0.028
#> GSM29819 1 0.342 0.7177 0.888 0.040 0.036 0.036
#> GSM29823 1 0.715 0.5722 0.660 0.060 0.120 0.160
#> GSM29826 1 0.265 0.7285 0.912 0.004 0.028 0.056
#> GSM29829 1 0.495 0.6829 0.780 0.048 0.160 0.012
#> GSM29832 1 0.487 0.6814 0.776 0.036 0.176 0.012
#> GSM29835 1 0.733 0.4340 0.612 0.160 0.200 0.028
#> GSM29836 2 0.616 0.4868 0.000 0.656 0.240 0.104
#> GSM29839 2 0.785 0.4580 0.092 0.568 0.264 0.076
#> GSM29842 1 0.915 -0.0731 0.408 0.324 0.120 0.148
#> GSM29845 1 0.744 0.4984 0.648 0.108 0.100 0.144
#> GSM29848 2 0.971 0.0212 0.168 0.368 0.232 0.232
#> GSM29851 1 0.466 0.6973 0.824 0.032 0.060 0.084
#> GSM29854 1 0.613 0.6642 0.740 0.056 0.104 0.100
#> GSM29857 1 0.341 0.7153 0.888 0.040 0.040 0.032
#> GSM29860 2 0.730 0.2556 0.088 0.588 0.284 0.040
#> GSM29863 1 0.464 0.7000 0.828 0.044 0.052 0.076
#> GSM29866 1 0.272 0.7333 0.912 0.012 0.056 0.020
#> GSM29869 1 0.285 0.7240 0.900 0.008 0.076 0.016
#> GSM29872 3 0.778 0.0286 0.076 0.396 0.472 0.056
#> GSM29875 1 0.250 0.7223 0.920 0.004 0.044 0.032
#> GSM29878 2 0.829 -0.2490 0.344 0.432 0.196 0.028
#> GSM29837 2 0.616 0.4868 0.000 0.656 0.240 0.104
#> GSM29840 2 0.785 0.4580 0.092 0.568 0.264 0.076
#> GSM29843 2 0.574 0.5678 0.048 0.764 0.100 0.088
#> GSM29846 1 0.744 0.4984 0.648 0.108 0.100 0.144
#> GSM29849 2 0.971 0.0212 0.168 0.368 0.232 0.232
#> GSM29852 1 0.466 0.6973 0.824 0.032 0.060 0.084
#> GSM29855 1 0.619 0.6632 0.736 0.056 0.104 0.104
#> GSM29858 1 0.341 0.7153 0.888 0.040 0.040 0.032
#> GSM29861 2 0.730 0.2556 0.088 0.588 0.284 0.040
#> GSM29864 1 0.464 0.7000 0.828 0.044 0.052 0.076
#> GSM29867 1 0.272 0.7333 0.912 0.012 0.056 0.020
#> GSM29870 1 0.285 0.7240 0.900 0.008 0.076 0.016
#> GSM29873 3 0.778 0.0286 0.076 0.396 0.472 0.056
#> GSM29876 1 0.250 0.7223 0.920 0.004 0.044 0.032
#> GSM29879 2 0.829 -0.2490 0.344 0.432 0.196 0.028
#> GSM29838 2 0.616 0.4868 0.000 0.656 0.240 0.104
#> GSM29841 2 0.785 0.4580 0.092 0.568 0.264 0.076
#> GSM29844 2 0.574 0.5678 0.048 0.764 0.100 0.088
#> GSM29847 1 0.744 0.4984 0.648 0.108 0.100 0.144
#> GSM29850 2 0.971 0.0212 0.168 0.368 0.232 0.232
#> GSM29853 1 0.466 0.6973 0.824 0.032 0.060 0.084
#> GSM29856 1 0.633 0.6492 0.724 0.052 0.112 0.112
#> GSM29859 1 0.341 0.7153 0.888 0.040 0.040 0.032
#> GSM29862 2 0.730 0.2556 0.088 0.588 0.284 0.040
#> GSM29865 1 0.457 0.7013 0.832 0.044 0.052 0.072
#> GSM29868 1 0.740 0.4550 0.600 0.096 0.256 0.048
#> GSM29871 1 0.285 0.7240 0.900 0.008 0.076 0.016
#> GSM29874 3 0.778 0.0286 0.076 0.396 0.472 0.056
#> GSM29877 1 0.250 0.7223 0.920 0.004 0.044 0.032
#> GSM29880 1 0.887 -0.2683 0.400 0.264 0.284 0.052
#> GSM29881 1 0.470 0.6922 0.816 0.028 0.048 0.108
#> GSM29884 2 0.274 0.5873 0.052 0.912 0.024 0.012
#> GSM29887 2 0.274 0.5873 0.052 0.912 0.024 0.012
#> GSM29890 1 0.307 0.6963 0.868 0.004 0.124 0.004
#> GSM29893 1 0.732 0.5494 0.624 0.040 0.204 0.132
#> GSM29896 1 0.292 0.7106 0.876 0.000 0.116 0.008
#> GSM29899 1 0.344 0.7073 0.856 0.000 0.120 0.024
#> GSM29902 1 0.441 0.6863 0.804 0.024 0.160 0.012
#> GSM29905 1 0.800 0.3881 0.584 0.136 0.200 0.080
#> GSM29908 1 0.437 0.6902 0.808 0.040 0.148 0.004
#> GSM29955 1 0.492 0.6785 0.776 0.040 0.172 0.012
#> GSM29958 1 0.399 0.6981 0.832 0.024 0.136 0.008
#> GSM29961 1 0.456 0.6887 0.800 0.040 0.152 0.008
#> GSM29882 1 0.470 0.6922 0.816 0.028 0.048 0.108
#> GSM29885 2 0.274 0.5873 0.052 0.912 0.024 0.012
#> GSM29888 2 0.285 0.5877 0.052 0.908 0.028 0.012
#> GSM29891 1 0.307 0.6963 0.868 0.004 0.124 0.004
#> GSM29894 1 0.732 0.5494 0.624 0.040 0.204 0.132
#> GSM29897 1 0.316 0.7108 0.868 0.004 0.120 0.008
#> GSM29900 1 0.339 0.7072 0.856 0.000 0.124 0.020
#> GSM29903 1 0.322 0.7026 0.864 0.008 0.124 0.004
#> GSM29906 1 0.800 0.3881 0.584 0.136 0.200 0.080
#> GSM29909 1 0.317 0.7137 0.868 0.016 0.116 0.000
#> GSM29956 1 0.474 0.6843 0.788 0.036 0.164 0.012
#> GSM29959 1 0.399 0.6981 0.832 0.024 0.136 0.008
#> GSM29962 1 0.456 0.6887 0.800 0.040 0.152 0.008
#> GSM29883 1 0.470 0.6922 0.816 0.028 0.048 0.108
#> GSM29886 2 0.256 0.5930 0.048 0.920 0.016 0.016
#> GSM29889 2 0.267 0.5932 0.048 0.916 0.020 0.016
#> GSM29892 1 0.333 0.6985 0.856 0.008 0.132 0.004
#> GSM29895 1 0.743 0.5426 0.616 0.044 0.208 0.132
#> GSM29898 1 0.634 0.6259 0.696 0.064 0.200 0.040
#> GSM29901 1 0.382 0.7200 0.852 0.012 0.108 0.028
#> GSM29904 1 0.533 0.6458 0.744 0.048 0.196 0.012
#> GSM29907 1 0.801 0.3847 0.584 0.140 0.196 0.080
#> GSM29910 1 0.774 0.3705 0.564 0.096 0.280 0.060
#> GSM29957 1 0.508 0.6738 0.768 0.048 0.172 0.012
#> GSM29960 1 0.642 0.6126 0.688 0.060 0.208 0.044
#> GSM29963 1 0.774 0.3705 0.564 0.096 0.280 0.060
#> GSM29964 2 0.261 0.5834 0.024 0.916 0.052 0.008
#> GSM29967 4 0.349 0.6396 0.020 0.108 0.008 0.864
#> GSM29970 4 0.439 0.6754 0.064 0.088 0.016 0.832
#> GSM29973 2 0.443 0.5462 0.032 0.824 0.120 0.024
#> GSM29976 1 0.367 0.7197 0.876 0.032 0.040 0.052
#> GSM29979 2 0.833 0.3151 0.120 0.556 0.212 0.112
#> GSM29982 4 0.557 0.6052 0.164 0.012 0.080 0.744
#> GSM29985 1 0.400 0.7157 0.860 0.036 0.040 0.064
#> GSM29988 3 0.792 0.6168 0.412 0.144 0.420 0.024
#> GSM29991 1 0.918 0.0656 0.436 0.256 0.200 0.108
#> GSM29994 1 0.469 0.6916 0.788 0.032 0.168 0.012
#> GSM29997 1 0.689 -0.3755 0.488 0.072 0.428 0.012
#> GSM30000 1 0.730 0.4658 0.636 0.156 0.164 0.044
#> GSM30003 1 0.259 0.7260 0.920 0.012 0.036 0.032
#> GSM29965 2 0.261 0.5834 0.024 0.916 0.052 0.008
#> GSM29968 4 0.349 0.6396 0.020 0.108 0.008 0.864
#> GSM29971 4 0.439 0.6754 0.064 0.088 0.016 0.832
#> GSM29974 2 0.443 0.5462 0.032 0.824 0.120 0.024
#> GSM29977 1 0.367 0.7197 0.876 0.032 0.040 0.052
#> GSM29980 2 0.833 0.3151 0.120 0.556 0.212 0.112
#> GSM29983 4 0.557 0.6052 0.164 0.012 0.080 0.744
#> GSM29986 1 0.400 0.7157 0.860 0.036 0.040 0.064
#> GSM29989 3 0.792 0.6168 0.412 0.144 0.420 0.024
#> GSM29992 1 0.918 0.0656 0.436 0.256 0.200 0.108
#> GSM29995 1 0.375 0.7037 0.836 0.012 0.144 0.008
#> GSM29998 1 0.689 -0.3755 0.488 0.072 0.428 0.012
#> GSM30001 1 0.730 0.4658 0.636 0.156 0.164 0.044
#> GSM30004 1 0.259 0.7260 0.920 0.012 0.036 0.032
#> GSM29966 2 0.261 0.5834 0.024 0.916 0.052 0.008
#> GSM29969 4 0.349 0.6396 0.020 0.108 0.008 0.864
#> GSM29972 4 0.439 0.6754 0.064 0.088 0.016 0.832
#> GSM29975 2 0.443 0.5462 0.032 0.824 0.120 0.024
#> GSM29978 1 0.367 0.7197 0.876 0.032 0.040 0.052
#> GSM29981 2 0.867 0.1117 0.064 0.416 0.360 0.160
#> GSM29984 4 0.557 0.6052 0.164 0.012 0.080 0.744
#> GSM29987 1 0.400 0.7157 0.860 0.036 0.040 0.064
#> GSM29990 3 0.792 0.6168 0.412 0.144 0.420 0.024
#> GSM29993 1 0.918 0.0656 0.436 0.256 0.200 0.108
#> GSM29996 1 0.491 0.6872 0.780 0.044 0.164 0.012
#> GSM29999 1 0.714 -0.4001 0.484 0.084 0.416 0.016
#> GSM30002 1 0.730 0.4658 0.636 0.156 0.164 0.044
#> GSM30005 1 0.259 0.7260 0.920 0.012 0.036 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.923 -0.3876 0.180 0.308 0.280 0.184 0.048
#> GSM29786 1 0.902 0.7172 0.364 0.196 0.092 0.276 0.072
#> GSM29789 2 0.714 0.2999 0.256 0.556 0.016 0.052 0.120
#> GSM29792 2 0.671 0.4278 0.136 0.544 0.000 0.036 0.284
#> GSM29795 2 0.871 -0.3932 0.300 0.328 0.036 0.252 0.084
#> GSM29798 3 0.851 -0.1030 0.236 0.152 0.444 0.136 0.032
#> GSM29801 3 0.467 0.6481 0.128 0.016 0.780 0.064 0.012
#> GSM29804 3 0.346 0.6660 0.040 0.032 0.872 0.036 0.020
#> GSM29807 5 0.695 0.6647 0.044 0.156 0.220 0.008 0.572
#> GSM29816 3 0.226 0.6780 0.060 0.008 0.916 0.012 0.004
#> GSM29821 3 0.696 0.5110 0.168 0.044 0.612 0.148 0.028
#> GSM29824 3 0.285 0.6815 0.068 0.000 0.884 0.040 0.008
#> GSM29827 3 0.393 0.6336 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> GSM29830 3 0.389 0.6384 0.268 0.000 0.724 0.000 0.008
#> GSM29833 3 0.448 0.6316 0.272 0.008 0.700 0.000 0.020
#> GSM29784 2 0.776 -0.2248 0.224 0.508 0.048 0.188 0.032
#> GSM29787 1 0.902 0.7172 0.364 0.196 0.092 0.276 0.072
#> GSM29790 2 0.714 0.2999 0.256 0.556 0.016 0.052 0.120
#> GSM29793 2 0.671 0.4278 0.136 0.544 0.000 0.036 0.284
#> GSM29796 2 0.871 -0.3932 0.300 0.328 0.036 0.252 0.084
#> GSM29799 3 0.851 -0.1030 0.236 0.152 0.444 0.136 0.032
#> GSM29802 3 0.451 0.6478 0.100 0.028 0.804 0.052 0.016
#> GSM29805 3 0.346 0.6660 0.040 0.032 0.872 0.036 0.020
#> GSM29814 5 0.695 0.6647 0.044 0.156 0.220 0.008 0.572
#> GSM29817 3 0.268 0.6731 0.096 0.004 0.884 0.012 0.004
#> GSM29822 3 0.696 0.5110 0.168 0.044 0.612 0.148 0.028
#> GSM29825 3 0.285 0.6815 0.068 0.000 0.884 0.040 0.008
#> GSM29828 3 0.393 0.6336 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> GSM29831 3 0.393 0.6336 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> GSM29834 3 0.441 0.6374 0.280 0.004 0.696 0.000 0.020
#> GSM29785 2 0.776 -0.2248 0.224 0.508 0.048 0.188 0.032
#> GSM29788 1 0.902 0.7172 0.364 0.196 0.092 0.276 0.072
#> GSM29791 2 0.714 0.2999 0.256 0.556 0.016 0.052 0.120
#> GSM29794 2 0.671 0.4278 0.136 0.544 0.000 0.036 0.284
#> GSM29797 2 0.871 -0.3932 0.300 0.328 0.036 0.252 0.084
#> GSM29800 3 0.851 -0.1030 0.236 0.152 0.444 0.136 0.032
#> GSM29803 3 0.437 0.6489 0.108 0.020 0.808 0.048 0.016
#> GSM29806 3 0.338 0.6663 0.040 0.032 0.876 0.032 0.020
#> GSM29815 5 0.695 0.6647 0.044 0.156 0.220 0.008 0.572
#> GSM29819 3 0.336 0.6701 0.044 0.036 0.876 0.024 0.020
#> GSM29823 3 0.696 0.5110 0.168 0.044 0.612 0.148 0.028
#> GSM29826 3 0.285 0.6815 0.068 0.000 0.884 0.040 0.008
#> GSM29829 3 0.531 0.6086 0.300 0.020 0.640 0.000 0.040
#> GSM29832 3 0.501 0.5976 0.324 0.004 0.632 0.000 0.040
#> GSM29835 3 0.766 0.3538 0.260 0.108 0.492 0.004 0.136
#> GSM29836 2 0.714 0.4151 0.132 0.516 0.000 0.068 0.284
#> GSM29839 2 0.787 -0.0976 0.348 0.444 0.044 0.056 0.108
#> GSM29842 3 0.895 -0.2575 0.164 0.276 0.380 0.124 0.056
#> GSM29845 3 0.704 0.4345 0.164 0.072 0.620 0.116 0.028
#> GSM29848 1 0.911 0.7021 0.328 0.288 0.112 0.212 0.060
#> GSM29851 3 0.449 0.6369 0.100 0.020 0.800 0.068 0.012
#> GSM29854 3 0.632 0.6154 0.156 0.040 0.680 0.084 0.040
#> GSM29857 3 0.321 0.6665 0.036 0.036 0.884 0.024 0.020
#> GSM29860 2 0.621 0.1951 0.028 0.528 0.040 0.016 0.388
#> GSM29863 3 0.463 0.6481 0.092 0.028 0.800 0.060 0.020
#> GSM29866 3 0.285 0.6891 0.108 0.008 0.872 0.008 0.004
#> GSM29869 3 0.286 0.6788 0.112 0.000 0.868 0.008 0.012
#> GSM29872 5 0.649 0.1679 0.048 0.292 0.040 0.028 0.592
#> GSM29875 3 0.253 0.6681 0.080 0.000 0.896 0.012 0.012
#> GSM29878 2 0.817 -0.2070 0.076 0.388 0.292 0.012 0.232
#> GSM29837 2 0.714 0.4151 0.132 0.516 0.000 0.068 0.284
#> GSM29840 2 0.787 -0.0976 0.348 0.444 0.044 0.056 0.108
#> GSM29843 2 0.582 0.3513 0.156 0.708 0.020 0.076 0.040
#> GSM29846 3 0.704 0.4345 0.164 0.072 0.620 0.116 0.028
#> GSM29849 1 0.911 0.7021 0.328 0.288 0.112 0.212 0.060
#> GSM29852 3 0.449 0.6369 0.100 0.020 0.800 0.068 0.012
#> GSM29855 3 0.637 0.6143 0.156 0.040 0.676 0.088 0.040
#> GSM29858 3 0.321 0.6665 0.036 0.036 0.884 0.024 0.020
#> GSM29861 2 0.621 0.1951 0.028 0.528 0.040 0.016 0.388
#> GSM29864 3 0.463 0.6481 0.092 0.028 0.800 0.060 0.020
#> GSM29867 3 0.290 0.6889 0.112 0.008 0.868 0.008 0.004
#> GSM29870 3 0.286 0.6788 0.112 0.000 0.868 0.008 0.012
#> GSM29873 5 0.649 0.1679 0.048 0.292 0.040 0.028 0.592
#> GSM29876 3 0.253 0.6681 0.080 0.000 0.896 0.012 0.012
#> GSM29879 2 0.817 -0.2070 0.076 0.388 0.292 0.012 0.232
#> GSM29838 2 0.714 0.4151 0.132 0.516 0.000 0.068 0.284
#> GSM29841 2 0.787 -0.0976 0.348 0.444 0.044 0.056 0.108
#> GSM29844 2 0.582 0.3513 0.156 0.708 0.020 0.076 0.040
#> GSM29847 3 0.704 0.4345 0.164 0.072 0.620 0.116 0.028
#> GSM29850 1 0.911 0.7021 0.328 0.288 0.112 0.212 0.060
#> GSM29853 3 0.449 0.6369 0.100 0.020 0.800 0.068 0.012
#> GSM29856 3 0.655 0.6009 0.160 0.040 0.664 0.088 0.048
#> GSM29859 3 0.321 0.6665 0.036 0.036 0.884 0.024 0.020
#> GSM29862 2 0.621 0.1951 0.028 0.528 0.040 0.016 0.388
#> GSM29865 3 0.456 0.6495 0.092 0.028 0.804 0.056 0.020
#> GSM29868 3 0.777 0.4033 0.232 0.068 0.504 0.020 0.176
#> GSM29871 3 0.286 0.6788 0.112 0.000 0.868 0.008 0.012
#> GSM29874 5 0.649 0.1679 0.048 0.292 0.040 0.028 0.592
#> GSM29877 3 0.253 0.6681 0.080 0.000 0.896 0.012 0.012
#> GSM29880 3 0.877 -0.2273 0.196 0.196 0.324 0.012 0.272
#> GSM29881 3 0.446 0.6361 0.072 0.012 0.800 0.100 0.016
#> GSM29884 2 0.168 0.4936 0.020 0.948 0.016 0.004 0.012
#> GSM29887 2 0.168 0.4936 0.020 0.948 0.016 0.004 0.012
#> GSM29890 3 0.402 0.6385 0.200 0.000 0.764 0.000 0.036
#> GSM29893 3 0.694 0.4266 0.388 0.004 0.468 0.068 0.072
#> GSM29896 3 0.379 0.6591 0.224 0.000 0.760 0.000 0.016
#> GSM29899 3 0.434 0.6568 0.212 0.000 0.748 0.012 0.028
#> GSM29902 3 0.548 0.6064 0.216 0.024 0.688 0.004 0.068
#> GSM29905 3 0.867 0.2065 0.236 0.136 0.448 0.060 0.120
#> GSM29908 3 0.447 0.6267 0.292 0.004 0.684 0.000 0.020
#> GSM29955 3 0.525 0.5921 0.308 0.008 0.632 0.000 0.052
#> GSM29958 3 0.414 0.6341 0.276 0.000 0.708 0.000 0.016
#> GSM29961 3 0.453 0.6213 0.304 0.004 0.672 0.000 0.020
#> GSM29882 3 0.446 0.6361 0.072 0.012 0.800 0.100 0.016
#> GSM29885 2 0.168 0.4936 0.020 0.948 0.016 0.004 0.012
#> GSM29888 2 0.177 0.4919 0.024 0.944 0.016 0.004 0.012
#> GSM29891 3 0.402 0.6385 0.200 0.000 0.764 0.000 0.036
#> GSM29894 3 0.694 0.4266 0.388 0.004 0.468 0.068 0.072
#> GSM29897 3 0.385 0.6580 0.232 0.000 0.752 0.000 0.016
#> GSM29900 3 0.429 0.6570 0.216 0.000 0.748 0.012 0.024
#> GSM29903 3 0.420 0.6353 0.212 0.004 0.752 0.000 0.032
#> GSM29906 3 0.867 0.2065 0.236 0.136 0.448 0.060 0.120
#> GSM29909 3 0.424 0.6434 0.228 0.004 0.740 0.000 0.028
#> GSM29956 3 0.490 0.6009 0.316 0.004 0.644 0.000 0.036
#> GSM29959 3 0.414 0.6341 0.276 0.000 0.708 0.000 0.016
#> GSM29962 3 0.453 0.6213 0.304 0.004 0.672 0.000 0.020
#> GSM29883 3 0.446 0.6361 0.072 0.012 0.800 0.100 0.016
#> GSM29886 2 0.188 0.4935 0.028 0.940 0.012 0.008 0.012
#> GSM29889 2 0.197 0.4921 0.032 0.936 0.012 0.008 0.012
#> GSM29892 3 0.438 0.6319 0.216 0.004 0.740 0.000 0.040
#> GSM29895 3 0.705 0.4185 0.392 0.008 0.460 0.068 0.072
#> GSM29898 3 0.694 0.5518 0.264 0.044 0.572 0.020 0.100
#> GSM29901 3 0.470 0.6648 0.208 0.008 0.740 0.020 0.024
#> GSM29904 3 0.614 0.5713 0.224 0.036 0.640 0.004 0.096
#> GSM29907 3 0.868 0.2029 0.232 0.140 0.448 0.060 0.120
#> GSM29910 3 0.803 0.2907 0.316 0.068 0.424 0.020 0.172
#> GSM29957 3 0.535 0.5830 0.316 0.008 0.620 0.000 0.056
#> GSM29960 3 0.621 0.5088 0.376 0.016 0.528 0.008 0.072
#> GSM29963 3 0.803 0.2907 0.316 0.068 0.424 0.020 0.172
#> GSM29964 2 0.181 0.5087 0.012 0.940 0.008 0.004 0.036
#> GSM29967 4 0.328 0.7489 0.020 0.084 0.012 0.868 0.016
#> GSM29970 4 0.363 0.7918 0.008 0.072 0.052 0.852 0.016
#> GSM29973 2 0.368 0.5034 0.024 0.820 0.008 0.004 0.144
#> GSM29976 3 0.365 0.6755 0.060 0.016 0.856 0.052 0.016
#> GSM29979 2 0.773 0.2655 0.044 0.520 0.068 0.100 0.268
#> GSM29982 4 0.507 0.6492 0.152 0.000 0.120 0.720 0.008
#> GSM29985 3 0.417 0.6658 0.068 0.020 0.828 0.064 0.020
#> GSM29988 5 0.723 0.6849 0.068 0.120 0.268 0.008 0.536
#> GSM29991 3 0.936 -0.2117 0.228 0.260 0.312 0.080 0.120
#> GSM29994 3 0.550 0.6143 0.252 0.028 0.668 0.004 0.048
#> GSM29997 5 0.693 0.5655 0.096 0.052 0.352 0.004 0.496
#> GSM30000 3 0.823 0.3283 0.216 0.160 0.488 0.036 0.100
#> GSM30003 3 0.226 0.6774 0.060 0.004 0.916 0.012 0.008
#> GSM29965 2 0.181 0.5087 0.012 0.940 0.008 0.004 0.036
#> GSM29968 4 0.328 0.7489 0.020 0.084 0.012 0.868 0.016
#> GSM29971 4 0.363 0.7918 0.008 0.072 0.052 0.852 0.016
#> GSM29974 2 0.368 0.5034 0.024 0.820 0.008 0.004 0.144
#> GSM29977 3 0.365 0.6755 0.060 0.016 0.856 0.052 0.016
#> GSM29980 2 0.773 0.2655 0.044 0.520 0.068 0.100 0.268
#> GSM29983 4 0.507 0.6492 0.152 0.000 0.120 0.720 0.008
#> GSM29986 3 0.417 0.6658 0.068 0.020 0.828 0.064 0.020
#> GSM29989 5 0.723 0.6849 0.068 0.120 0.268 0.008 0.536
#> GSM29992 3 0.936 -0.2117 0.228 0.260 0.312 0.080 0.120
#> GSM29995 3 0.427 0.6450 0.232 0.004 0.736 0.000 0.028
#> GSM29998 5 0.693 0.5655 0.096 0.052 0.352 0.004 0.496
#> GSM30001 3 0.823 0.3283 0.216 0.160 0.488 0.036 0.100
#> GSM30004 3 0.226 0.6774 0.060 0.004 0.916 0.012 0.008
#> GSM29966 2 0.181 0.5087 0.012 0.940 0.008 0.004 0.036
#> GSM29969 4 0.328 0.7489 0.020 0.084 0.012 0.868 0.016
#> GSM29972 4 0.363 0.7918 0.008 0.072 0.052 0.852 0.016
#> GSM29975 2 0.368 0.5034 0.024 0.820 0.008 0.004 0.144
#> GSM29978 3 0.365 0.6755 0.060 0.016 0.856 0.052 0.016
#> GSM29981 5 0.796 -0.0520 0.056 0.340 0.032 0.144 0.428
#> GSM29984 4 0.507 0.6492 0.152 0.000 0.120 0.720 0.008
#> GSM29987 3 0.417 0.6658 0.068 0.020 0.828 0.064 0.020
#> GSM29990 5 0.723 0.6849 0.068 0.120 0.268 0.008 0.536
#> GSM29993 3 0.936 -0.2117 0.228 0.260 0.312 0.080 0.120
#> GSM29996 3 0.525 0.6204 0.260 0.024 0.672 0.000 0.044
#> GSM29999 5 0.717 0.6071 0.092 0.068 0.332 0.008 0.500
#> GSM30002 3 0.823 0.3283 0.216 0.160 0.488 0.036 0.100
#> GSM30005 3 0.226 0.6774 0.060 0.004 0.916 0.012 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 3 0.840 -0.30962 0.036 0.244 0.312 0.284 0.100 0.024
#> GSM29786 4 0.657 0.44453 0.056 0.068 0.064 0.640 0.148 0.024
#> GSM29789 4 0.545 0.29892 0.032 0.384 0.000 0.528 0.000 0.056
#> GSM29792 2 0.751 0.38312 0.132 0.484 0.000 0.164 0.036 0.184
#> GSM29795 4 0.673 0.58743 0.048 0.172 0.020 0.592 0.144 0.024
#> GSM29798 3 0.773 0.10584 0.056 0.092 0.464 0.280 0.088 0.020
#> GSM29801 3 0.445 0.44062 0.092 0.012 0.792 0.040 0.048 0.016
#> GSM29804 3 0.314 0.47383 0.044 0.028 0.876 0.012 0.024 0.016
#> GSM29807 6 0.514 0.65842 0.036 0.120 0.140 0.000 0.004 0.700
#> GSM29816 3 0.290 0.46519 0.080 0.000 0.872 0.020 0.016 0.012
#> GSM29821 3 0.674 0.26358 0.116 0.032 0.624 0.088 0.116 0.024
#> GSM29824 3 0.313 0.44404 0.104 0.000 0.848 0.004 0.032 0.012
#> GSM29827 3 0.385 -0.22231 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 3 0.384 -0.21385 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 3 0.449 -0.26265 0.460 0.012 0.516 0.000 0.000 0.012
#> GSM29784 4 0.672 0.34885 0.020 0.372 0.040 0.464 0.092 0.012
#> GSM29787 4 0.657 0.44453 0.056 0.068 0.064 0.640 0.148 0.024
#> GSM29790 4 0.545 0.29892 0.032 0.384 0.000 0.528 0.000 0.056
#> GSM29793 2 0.751 0.38312 0.132 0.484 0.000 0.164 0.036 0.184
#> GSM29796 4 0.673 0.58743 0.048 0.172 0.020 0.592 0.144 0.024
#> GSM29799 3 0.773 0.10584 0.056 0.092 0.464 0.280 0.088 0.020
#> GSM29802 3 0.402 0.46290 0.060 0.024 0.828 0.024 0.044 0.020
#> GSM29805 3 0.314 0.47383 0.044 0.028 0.876 0.012 0.024 0.016
#> GSM29814 6 0.514 0.65842 0.036 0.120 0.140 0.000 0.004 0.700
#> GSM29817 3 0.300 0.46606 0.096 0.000 0.860 0.020 0.016 0.008
#> GSM29822 3 0.674 0.26358 0.116 0.032 0.624 0.088 0.116 0.024
#> GSM29825 3 0.313 0.44404 0.104 0.000 0.848 0.004 0.032 0.012
#> GSM29828 3 0.385 -0.22231 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> GSM29831 3 0.385 -0.22231 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> GSM29834 3 0.452 -0.24583 0.448 0.008 0.528 0.004 0.000 0.012
#> GSM29785 4 0.672 0.34885 0.020 0.372 0.040 0.464 0.092 0.012
#> GSM29788 4 0.657 0.44453 0.056 0.068 0.064 0.640 0.148 0.024
#> GSM29791 4 0.545 0.29892 0.032 0.384 0.000 0.528 0.000 0.056
#> GSM29794 2 0.751 0.38312 0.132 0.484 0.000 0.164 0.036 0.184
#> GSM29797 4 0.673 0.58743 0.048 0.172 0.020 0.592 0.144 0.024
#> GSM29800 3 0.773 0.10584 0.056 0.092 0.464 0.280 0.088 0.020
#> GSM29803 3 0.394 0.46109 0.060 0.016 0.832 0.032 0.040 0.020
#> GSM29806 3 0.306 0.47293 0.044 0.028 0.880 0.012 0.020 0.016
#> GSM29815 6 0.514 0.65842 0.036 0.120 0.140 0.000 0.004 0.700
#> GSM29819 3 0.311 0.47481 0.032 0.028 0.880 0.020 0.020 0.020
#> GSM29823 3 0.674 0.26358 0.116 0.032 0.624 0.088 0.116 0.024
#> GSM29826 3 0.313 0.44404 0.104 0.000 0.848 0.004 0.032 0.012
#> GSM29829 1 0.517 0.45658 0.500 0.016 0.448 0.012 0.004 0.020
#> GSM29832 1 0.463 0.48163 0.528 0.000 0.440 0.012 0.000 0.020
#> GSM29835 1 0.764 0.49356 0.400 0.100 0.340 0.044 0.004 0.112
#> GSM29836 2 0.778 0.37874 0.132 0.452 0.000 0.168 0.048 0.200
#> GSM29839 4 0.556 0.54342 0.056 0.240 0.024 0.648 0.004 0.028
#> GSM29842 3 0.808 -0.02235 0.036 0.228 0.416 0.220 0.068 0.032
#> GSM29845 3 0.618 0.30281 0.048 0.040 0.648 0.180 0.072 0.012
#> GSM29848 4 0.713 0.50843 0.064 0.120 0.096 0.580 0.132 0.008
#> GSM29851 3 0.410 0.44737 0.056 0.012 0.820 0.044 0.052 0.016
#> GSM29854 3 0.617 0.28276 0.168 0.032 0.660 0.040 0.068 0.032
#> GSM29857 3 0.327 0.47222 0.052 0.028 0.868 0.012 0.020 0.020
#> GSM29860 2 0.623 0.21873 0.060 0.504 0.004 0.048 0.016 0.368
#> GSM29863 3 0.395 0.45628 0.060 0.016 0.828 0.032 0.052 0.012
#> GSM29866 3 0.359 0.35443 0.188 0.004 0.784 0.008 0.008 0.008
#> GSM29869 3 0.364 0.37805 0.200 0.000 0.772 0.008 0.008 0.012
#> GSM29872 6 0.691 0.20316 0.116 0.240 0.016 0.068 0.016 0.544
#> GSM29875 3 0.268 0.46370 0.100 0.000 0.872 0.008 0.012 0.008
#> GSM29878 2 0.843 -0.11208 0.116 0.352 0.204 0.068 0.008 0.252
#> GSM29837 2 0.778 0.37874 0.132 0.452 0.000 0.168 0.048 0.200
#> GSM29840 4 0.556 0.54342 0.056 0.240 0.024 0.648 0.004 0.028
#> GSM29843 2 0.582 0.08668 0.028 0.580 0.012 0.320 0.024 0.036
#> GSM29846 3 0.618 0.30281 0.048 0.040 0.648 0.180 0.072 0.012
#> GSM29849 4 0.713 0.50843 0.064 0.120 0.096 0.580 0.132 0.008
#> GSM29852 3 0.410 0.44737 0.056 0.012 0.820 0.044 0.052 0.016
#> GSM29855 3 0.624 0.27741 0.168 0.032 0.656 0.040 0.068 0.036
#> GSM29858 3 0.327 0.47222 0.052 0.028 0.868 0.012 0.020 0.020
#> GSM29861 2 0.623 0.21873 0.060 0.504 0.004 0.048 0.016 0.368
#> GSM29864 3 0.395 0.45628 0.060 0.016 0.828 0.032 0.052 0.012
#> GSM29867 3 0.351 0.35325 0.192 0.004 0.784 0.004 0.008 0.008
#> GSM29870 3 0.364 0.37805 0.200 0.000 0.772 0.008 0.008 0.012
#> GSM29873 6 0.691 0.20316 0.116 0.240 0.016 0.068 0.016 0.544
#> GSM29876 3 0.268 0.46370 0.100 0.000 0.872 0.008 0.012 0.008
#> GSM29879 2 0.843 -0.11208 0.116 0.352 0.204 0.068 0.008 0.252
#> GSM29838 2 0.778 0.37874 0.132 0.452 0.000 0.168 0.048 0.200
#> GSM29841 4 0.556 0.54342 0.056 0.240 0.024 0.648 0.004 0.028
#> GSM29844 2 0.582 0.08668 0.028 0.580 0.012 0.320 0.024 0.036
#> GSM29847 3 0.618 0.30281 0.048 0.040 0.648 0.180 0.072 0.012
#> GSM29850 4 0.713 0.50843 0.064 0.120 0.096 0.580 0.132 0.008
#> GSM29853 3 0.416 0.44717 0.060 0.012 0.816 0.044 0.052 0.016
#> GSM29856 3 0.645 0.24065 0.180 0.032 0.636 0.048 0.068 0.036
#> GSM29859 3 0.327 0.47222 0.052 0.028 0.868 0.012 0.020 0.020
#> GSM29862 2 0.623 0.21873 0.060 0.504 0.004 0.048 0.016 0.368
#> GSM29865 3 0.389 0.45657 0.060 0.016 0.832 0.032 0.048 0.012
#> GSM29868 3 0.749 -0.45166 0.356 0.060 0.396 0.048 0.004 0.136
#> GSM29871 3 0.364 0.37805 0.200 0.000 0.772 0.008 0.008 0.012
#> GSM29874 6 0.691 0.20316 0.116 0.240 0.016 0.068 0.016 0.544
#> GSM29877 3 0.268 0.46370 0.100 0.000 0.872 0.008 0.012 0.008
#> GSM29880 1 0.849 0.09371 0.300 0.176 0.216 0.052 0.004 0.252
#> GSM29881 3 0.327 0.45877 0.040 0.012 0.856 0.012 0.076 0.004
#> GSM29884 2 0.215 0.53201 0.016 0.912 0.004 0.060 0.004 0.004
#> GSM29887 2 0.215 0.53201 0.016 0.912 0.004 0.060 0.004 0.004
#> GSM29890 3 0.459 0.14701 0.312 0.000 0.640 0.012 0.000 0.036
#> GSM29893 1 0.602 0.59087 0.572 0.000 0.300 0.060 0.032 0.036
#> GSM29896 3 0.423 0.02503 0.364 0.000 0.616 0.012 0.008 0.000
#> GSM29899 3 0.486 0.10036 0.312 0.000 0.632 0.020 0.008 0.028
#> GSM29902 3 0.593 0.01573 0.312 0.016 0.568 0.028 0.004 0.072
#> GSM29905 3 0.882 0.01400 0.200 0.108 0.384 0.168 0.032 0.108
#> GSM29908 3 0.463 -0.31014 0.456 0.008 0.516 0.012 0.000 0.008
#> GSM29955 1 0.513 0.48147 0.488 0.004 0.456 0.020 0.000 0.032
#> GSM29958 3 0.421 -0.23987 0.460 0.004 0.528 0.000 0.000 0.008
#> GSM29961 3 0.463 -0.33653 0.460 0.008 0.512 0.012 0.000 0.008
#> GSM29882 3 0.327 0.45877 0.040 0.012 0.856 0.012 0.076 0.004
#> GSM29885 2 0.215 0.53201 0.016 0.912 0.004 0.060 0.004 0.004
#> GSM29888 2 0.224 0.52939 0.020 0.908 0.004 0.060 0.004 0.004
#> GSM29891 3 0.459 0.14701 0.312 0.000 0.640 0.012 0.000 0.036
#> GSM29894 1 0.602 0.59087 0.572 0.000 0.300 0.060 0.032 0.036
#> GSM29897 3 0.416 -0.01195 0.376 0.000 0.608 0.012 0.004 0.000
#> GSM29900 3 0.479 0.10546 0.304 0.000 0.640 0.020 0.004 0.032
#> GSM29903 3 0.470 0.07736 0.332 0.004 0.620 0.008 0.000 0.036
#> GSM29906 3 0.882 0.01400 0.200 0.108 0.384 0.168 0.032 0.108
#> GSM29909 3 0.462 -0.00641 0.348 0.008 0.612 0.004 0.000 0.028
#> GSM29956 1 0.473 0.45238 0.500 0.000 0.464 0.020 0.000 0.016
#> GSM29959 3 0.421 -0.23987 0.460 0.004 0.528 0.000 0.000 0.008
#> GSM29962 3 0.463 -0.33653 0.460 0.008 0.512 0.012 0.000 0.008
#> GSM29883 3 0.327 0.45877 0.040 0.012 0.856 0.012 0.076 0.004
#> GSM29886 2 0.247 0.52123 0.020 0.892 0.004 0.076 0.004 0.004
#> GSM29889 2 0.252 0.51752 0.020 0.888 0.004 0.080 0.004 0.004
#> GSM29892 3 0.496 0.10989 0.320 0.000 0.616 0.016 0.004 0.044
#> GSM29895 1 0.605 0.58665 0.576 0.000 0.292 0.060 0.032 0.040
#> GSM29898 3 0.677 -0.39651 0.400 0.032 0.440 0.036 0.012 0.080
#> GSM29901 3 0.489 0.14023 0.300 0.000 0.640 0.012 0.016 0.032
#> GSM29904 3 0.612 -0.23229 0.380 0.024 0.492 0.008 0.008 0.088
#> GSM29907 3 0.883 0.01431 0.196 0.112 0.384 0.168 0.032 0.108
#> GSM29910 1 0.731 0.56307 0.492 0.052 0.248 0.052 0.004 0.152
#> GSM29957 1 0.519 0.50084 0.496 0.004 0.444 0.024 0.000 0.032
#> GSM29960 1 0.518 0.60612 0.588 0.000 0.340 0.044 0.004 0.024
#> GSM29963 1 0.731 0.56307 0.492 0.052 0.248 0.052 0.004 0.152
#> GSM29964 2 0.186 0.55378 0.004 0.928 0.000 0.036 0.004 0.028
#> GSM29967 5 0.354 0.76308 0.012 0.060 0.008 0.080 0.836 0.004
#> GSM29970 5 0.261 0.79998 0.008 0.052 0.040 0.004 0.892 0.004
#> GSM29973 2 0.333 0.55911 0.036 0.840 0.000 0.020 0.004 0.100
#> GSM29976 3 0.344 0.46018 0.084 0.016 0.844 0.008 0.044 0.004
#> GSM29979 2 0.760 0.31311 0.072 0.516 0.052 0.032 0.100 0.228
#> GSM29982 5 0.569 0.66616 0.128 0.000 0.140 0.048 0.668 0.016
#> GSM29985 3 0.306 0.47224 0.040 0.020 0.872 0.008 0.056 0.004
#> GSM29988 6 0.566 0.68017 0.060 0.092 0.184 0.008 0.000 0.656
#> GSM29991 3 0.941 -0.10966 0.176 0.220 0.248 0.204 0.044 0.108
#> GSM29994 3 0.599 -0.03501 0.320 0.016 0.560 0.036 0.004 0.064
#> GSM29997 6 0.569 0.57581 0.108 0.016 0.248 0.016 0.000 0.612
#> GSM30000 3 0.837 -0.00654 0.236 0.144 0.420 0.076 0.024 0.100
#> GSM30003 3 0.282 0.46149 0.088 0.000 0.872 0.016 0.012 0.012
#> GSM29965 2 0.186 0.55378 0.004 0.928 0.000 0.036 0.004 0.028
#> GSM29968 5 0.354 0.76308 0.012 0.060 0.008 0.080 0.836 0.004
#> GSM29971 5 0.261 0.79998 0.008 0.052 0.040 0.004 0.892 0.004
#> GSM29974 2 0.333 0.55911 0.036 0.840 0.000 0.020 0.004 0.100
#> GSM29977 3 0.344 0.46018 0.084 0.016 0.844 0.008 0.044 0.004
#> GSM29980 2 0.760 0.31311 0.072 0.516 0.052 0.032 0.100 0.228
#> GSM29983 5 0.569 0.66616 0.128 0.000 0.140 0.048 0.668 0.016
#> GSM29986 3 0.306 0.47224 0.040 0.020 0.872 0.008 0.056 0.004
#> GSM29989 6 0.566 0.68017 0.060 0.092 0.184 0.008 0.000 0.656
#> GSM29992 3 0.941 -0.10966 0.176 0.220 0.248 0.204 0.044 0.108
#> GSM29995 3 0.462 0.02735 0.340 0.000 0.616 0.012 0.000 0.032
#> GSM29998 6 0.569 0.57581 0.108 0.016 0.248 0.016 0.000 0.612
#> GSM30001 3 0.837 -0.00654 0.236 0.144 0.420 0.076 0.024 0.100
#> GSM30004 3 0.282 0.46149 0.088 0.000 0.872 0.016 0.012 0.012
#> GSM29966 2 0.186 0.55378 0.004 0.928 0.000 0.036 0.004 0.028
#> GSM29969 5 0.354 0.76308 0.012 0.060 0.008 0.080 0.836 0.004
#> GSM29972 5 0.261 0.79998 0.008 0.052 0.040 0.004 0.892 0.004
#> GSM29975 2 0.333 0.55911 0.036 0.840 0.000 0.020 0.004 0.100
#> GSM29978 3 0.344 0.46018 0.084 0.016 0.844 0.008 0.044 0.004
#> GSM29981 6 0.834 -0.05534 0.112 0.296 0.020 0.064 0.132 0.376
#> GSM29984 5 0.569 0.66616 0.128 0.000 0.140 0.048 0.668 0.016
#> GSM29987 3 0.306 0.47224 0.040 0.020 0.872 0.008 0.056 0.004
#> GSM29990 6 0.566 0.68017 0.060 0.092 0.184 0.008 0.000 0.656
#> GSM29993 3 0.941 -0.10966 0.176 0.220 0.248 0.204 0.044 0.108
#> GSM29996 3 0.565 -0.18368 0.384 0.016 0.532 0.016 0.008 0.044
#> GSM29999 6 0.592 0.60971 0.096 0.028 0.232 0.020 0.004 0.620
#> GSM30002 3 0.837 -0.00654 0.236 0.144 0.420 0.076 0.024 0.100
#> GSM30005 3 0.282 0.46149 0.088 0.000 0.872 0.016 0.012 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:hclust 151 1.26e-01 0.941 4.48e-12 2
#> SD:hclust 137 8.74e-05 1.000 1.81e-20 3
#> SD:hclust 115 1.21e-05 1.000 2.43e-24 4
#> SD:hclust 110 2.95e-08 1.000 9.45e-31 5
#> SD:hclust 46 2.66e-10 0.890 1.26e-12 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.662 0.866 0.917 0.4466 0.561 0.561
#> 3 3 0.367 0.467 0.727 0.4397 0.680 0.473
#> 4 4 0.429 0.470 0.683 0.1326 0.787 0.491
#> 5 5 0.512 0.482 0.658 0.0754 0.860 0.557
#> 6 6 0.586 0.505 0.639 0.0433 0.926 0.680
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.7139 0.8311 0.196 0.804
#> GSM29786 2 0.7602 0.8112 0.220 0.780
#> GSM29789 2 0.2236 0.8930 0.036 0.964
#> GSM29792 2 0.2236 0.8930 0.036 0.964
#> GSM29795 2 0.8386 0.7607 0.268 0.732
#> GSM29798 2 0.8016 0.7931 0.244 0.756
#> GSM29801 1 0.0938 0.9216 0.988 0.012
#> GSM29804 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29807 1 0.9393 0.5748 0.644 0.356
#> GSM29816 1 0.1184 0.9241 0.984 0.016
#> GSM29821 1 0.0938 0.9216 0.988 0.012
#> GSM29824 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29830 1 0.2043 0.9213 0.968 0.032
#> GSM29833 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29784 2 0.3733 0.8929 0.072 0.928
#> GSM29787 2 0.7674 0.8116 0.224 0.776
#> GSM29790 2 0.1633 0.8962 0.024 0.976
#> GSM29793 2 0.2236 0.8930 0.036 0.964
#> GSM29796 2 0.7453 0.8232 0.212 0.788
#> GSM29799 2 0.7950 0.7931 0.240 0.760
#> GSM29802 1 0.1633 0.9230 0.976 0.024
#> GSM29805 1 0.1633 0.9230 0.976 0.024
#> GSM29814 1 0.9393 0.5748 0.644 0.356
#> GSM29817 1 0.0672 0.9226 0.992 0.008
#> GSM29822 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29831 1 0.1633 0.9230 0.976 0.024
#> GSM29834 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29785 2 0.1633 0.8993 0.024 0.976
#> GSM29788 2 0.7453 0.8170 0.212 0.788
#> GSM29791 2 0.2236 0.8930 0.036 0.964
#> GSM29794 2 0.2043 0.8939 0.032 0.968
#> GSM29797 2 0.5059 0.8812 0.112 0.888
#> GSM29800 2 0.7528 0.8153 0.216 0.784
#> GSM29803 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29806 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29815 1 0.9909 0.3669 0.556 0.444
#> GSM29819 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29823 1 0.0938 0.9216 0.988 0.012
#> GSM29826 1 0.1843 0.9227 0.972 0.028
#> GSM29829 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29832 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29835 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29836 2 0.1184 0.8955 0.016 0.984
#> GSM29839 2 0.7376 0.8241 0.208 0.792
#> GSM29842 2 0.1184 0.8970 0.016 0.984
#> GSM29845 2 0.7528 0.8187 0.216 0.784
#> GSM29848 2 0.8081 0.8052 0.248 0.752
#> GSM29851 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29857 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29860 2 0.2043 0.8939 0.032 0.968
#> GSM29863 1 0.0376 0.9244 0.996 0.004
#> GSM29866 1 0.1843 0.9225 0.972 0.028
#> GSM29869 1 0.2423 0.9194 0.960 0.040
#> GSM29872 1 0.7674 0.7454 0.776 0.224
#> GSM29875 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.9393 0.5141 0.644 0.356
#> GSM29837 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29840 2 0.6048 0.8645 0.148 0.852
#> GSM29843 2 0.1843 0.8955 0.028 0.972
#> GSM29846 2 0.7299 0.8288 0.204 0.796
#> GSM29849 2 0.8081 0.8052 0.248 0.752
#> GSM29852 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29858 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29861 2 0.2043 0.8939 0.032 0.968
#> GSM29864 1 0.0672 0.9246 0.992 0.008
#> GSM29867 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0672 0.9226 0.992 0.008
#> GSM29873 1 0.7674 0.7467 0.776 0.224
#> GSM29876 1 0.0938 0.9244 0.988 0.012
#> GSM29879 1 0.6048 0.8356 0.852 0.148
#> GSM29838 2 0.0672 0.8963 0.008 0.992
#> GSM29841 2 0.3584 0.8931 0.068 0.932
#> GSM29844 2 0.2236 0.8930 0.036 0.964
#> GSM29847 2 0.7139 0.8331 0.196 0.804
#> GSM29850 2 0.7950 0.8093 0.240 0.760
#> GSM29853 1 0.0376 0.9235 0.996 0.004
#> GSM29856 1 0.2423 0.9212 0.960 0.040
#> GSM29859 1 0.4298 0.8957 0.912 0.088
#> GSM29862 2 0.2043 0.8939 0.032 0.968
#> GSM29865 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29868 1 0.2236 0.9223 0.964 0.036
#> GSM29871 1 0.5408 0.8710 0.876 0.124
#> GSM29874 1 0.9286 0.5629 0.656 0.344
#> GSM29877 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.2043 0.8939 0.032 0.968
#> GSM29881 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29884 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29887 2 0.0000 0.8964 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.1184 0.9235 0.984 0.016
#> GSM29893 1 0.2043 0.9213 0.968 0.032
#> GSM29896 1 0.0672 0.9226 0.992 0.008
#> GSM29899 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.3274 0.9200 0.940 0.060
#> GSM29905 1 0.2778 0.9235 0.952 0.048
#> GSM29908 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29955 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29958 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29961 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29882 1 0.1184 0.9241 0.984 0.016
#> GSM29885 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29888 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29891 1 0.1414 0.9237 0.980 0.020
#> GSM29894 1 0.1184 0.9221 0.984 0.016
#> GSM29897 1 0.0938 0.9216 0.988 0.012
#> GSM29900 1 0.1184 0.9241 0.984 0.016
#> GSM29903 1 0.2603 0.9249 0.956 0.044
#> GSM29906 1 0.2778 0.9235 0.952 0.048
#> GSM29909 1 0.2603 0.9243 0.956 0.044
#> GSM29956 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29959 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29962 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29883 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29886 2 0.0000 0.8964 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.8964 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.2423 0.9242 0.960 0.040
#> GSM29895 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29898 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29901 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29904 1 0.2778 0.9240 0.952 0.048
#> GSM29907 1 0.3114 0.9209 0.944 0.056
#> GSM29910 1 0.2423 0.9209 0.960 0.040
#> GSM29957 1 0.3733 0.9086 0.928 0.072
#> GSM29960 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29963 1 0.3274 0.9230 0.940 0.060
#> GSM29964 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29967 2 0.4690 0.8829 0.100 0.900
#> GSM29970 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29973 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29976 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29979 1 0.9552 0.5359 0.624 0.376
#> GSM29982 1 0.8813 0.4978 0.700 0.300
#> GSM29985 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29988 1 0.8016 0.7456 0.756 0.244
#> GSM29991 1 0.9988 -0.0868 0.520 0.480
#> GSM29994 1 0.3274 0.9200 0.940 0.060
#> GSM29997 1 0.3733 0.9032 0.928 0.072
#> GSM30000 1 0.3879 0.9138 0.924 0.076
#> GSM30003 1 0.2043 0.9210 0.968 0.032
#> GSM29965 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29968 2 0.4562 0.8841 0.096 0.904
#> GSM29971 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29974 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29977 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29980 1 0.8763 0.6768 0.704 0.296
#> GSM29983 1 0.0938 0.9228 0.988 0.012
#> GSM29986 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29989 1 0.7950 0.7506 0.760 0.240
#> GSM29992 1 0.9909 0.0598 0.556 0.444
#> GSM29995 1 0.2236 0.9204 0.964 0.036
#> GSM29998 1 0.5519 0.8671 0.872 0.128
#> GSM30001 1 0.3114 0.9186 0.944 0.056
#> GSM30004 1 0.1414 0.9237 0.980 0.020
#> GSM29966 2 0.0376 0.8964 0.004 0.996
#> GSM29969 2 0.4562 0.8841 0.096 0.904
#> GSM29972 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29975 2 0.0938 0.8962 0.012 0.988
#> GSM29978 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29981 2 0.1414 0.8959 0.020 0.980
#> GSM29984 2 0.8861 0.6900 0.304 0.696
#> GSM29987 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> GSM29990 1 0.8016 0.7456 0.756 0.244
#> GSM29993 2 0.9087 0.6551 0.324 0.676
#> GSM29996 1 0.2236 0.9238 0.964 0.036
#> GSM29999 1 0.7815 0.7607 0.768 0.232
#> GSM30002 1 0.5059 0.8863 0.888 0.112
#> GSM30005 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.7842 0.46539 0.072 0.600 0.328
#> GSM29786 3 0.6521 -0.31226 0.004 0.496 0.500
#> GSM29789 2 0.2187 0.77388 0.028 0.948 0.024
#> GSM29792 2 0.2569 0.77026 0.032 0.936 0.032
#> GSM29795 2 0.9862 0.26790 0.316 0.412 0.272
#> GSM29798 3 0.6521 -0.30581 0.004 0.492 0.504
#> GSM29801 1 0.6180 -0.03892 0.584 0.000 0.416
#> GSM29804 3 0.6500 0.22180 0.464 0.004 0.532
#> GSM29807 2 0.9070 -0.12682 0.136 0.436 0.428
#> GSM29816 3 0.6274 0.29789 0.456 0.000 0.544
#> GSM29821 1 0.6126 -0.00301 0.600 0.000 0.400
#> GSM29824 1 0.2959 0.68960 0.900 0.000 0.100
#> GSM29827 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.0424 0.70998 0.992 0.000 0.008
#> GSM29784 2 0.4931 0.69098 0.004 0.784 0.212
#> GSM29787 2 0.6521 0.28860 0.004 0.500 0.496
#> GSM29790 2 0.1289 0.77892 0.000 0.968 0.032
#> GSM29793 2 0.1711 0.77828 0.008 0.960 0.032
#> GSM29796 2 0.6999 0.62898 0.052 0.680 0.268
#> GSM29799 3 0.6442 -0.16423 0.004 0.432 0.564
#> GSM29802 3 0.5835 0.46081 0.340 0.000 0.660
#> GSM29805 3 0.6286 0.26854 0.464 0.000 0.536
#> GSM29814 3 0.9266 0.13827 0.156 0.420 0.424
#> GSM29817 1 0.6309 -0.21547 0.500 0.000 0.500
#> GSM29822 1 0.6309 -0.19506 0.504 0.000 0.496
#> GSM29825 1 0.5529 0.34788 0.704 0.000 0.296
#> GSM29828 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0592 0.71002 0.988 0.000 0.012
#> GSM29785 2 0.3686 0.74562 0.000 0.860 0.140
#> GSM29788 2 0.6518 0.30802 0.004 0.512 0.484
#> GSM29791 2 0.2569 0.77119 0.032 0.936 0.032
#> GSM29794 2 0.2689 0.76994 0.032 0.932 0.036
#> GSM29797 2 0.6402 0.67816 0.040 0.724 0.236
#> GSM29800 2 0.6521 0.29028 0.004 0.500 0.496
#> GSM29803 3 0.4834 0.54169 0.204 0.004 0.792
#> GSM29806 3 0.6387 0.46966 0.300 0.020 0.680
#> GSM29815 2 0.8141 0.00212 0.068 0.472 0.460
#> GSM29819 3 0.5480 0.51125 0.264 0.004 0.732
#> GSM29823 3 0.6825 0.15685 0.488 0.012 0.500
#> GSM29826 3 0.6148 0.42043 0.356 0.004 0.640
#> GSM29829 1 0.1964 0.70065 0.944 0.000 0.056
#> GSM29832 1 0.1989 0.69241 0.948 0.004 0.048
#> GSM29835 1 0.3234 0.66819 0.908 0.020 0.072
#> GSM29836 2 0.2496 0.77091 0.004 0.928 0.068
#> GSM29839 2 0.6398 0.69101 0.060 0.748 0.192
#> GSM29842 2 0.2448 0.76982 0.000 0.924 0.076
#> GSM29845 3 0.6460 -0.17641 0.004 0.440 0.556
#> GSM29848 2 0.6521 0.28691 0.004 0.500 0.496
#> GSM29851 1 0.6291 -0.14469 0.532 0.000 0.468
#> GSM29854 3 0.5815 0.50015 0.304 0.004 0.692
#> GSM29857 3 0.6434 0.38080 0.380 0.008 0.612
#> GSM29860 2 0.3530 0.76057 0.032 0.900 0.068
#> GSM29863 3 0.6204 0.34293 0.424 0.000 0.576
#> GSM29866 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29869 1 0.2772 0.69169 0.916 0.004 0.080
#> GSM29872 1 0.9510 0.20265 0.492 0.244 0.264
#> GSM29875 1 0.6286 -0.12663 0.536 0.000 0.464
#> GSM29878 1 0.7824 0.19248 0.564 0.376 0.060
#> GSM29837 2 0.2448 0.76966 0.000 0.924 0.076
#> GSM29840 2 0.5905 0.70772 0.044 0.772 0.184
#> GSM29843 2 0.2448 0.77012 0.000 0.924 0.076
#> GSM29846 3 0.6451 -0.17386 0.004 0.436 0.560
#> GSM29849 3 0.6520 -0.28760 0.004 0.488 0.508
#> GSM29852 1 0.6309 -0.19707 0.504 0.000 0.496
#> GSM29855 3 0.5016 0.53369 0.240 0.000 0.760
#> GSM29858 3 0.6095 0.36915 0.392 0.000 0.608
#> GSM29861 2 0.3499 0.76146 0.028 0.900 0.072
#> GSM29864 3 0.6225 0.32207 0.432 0.000 0.568
#> GSM29867 1 0.3412 0.65649 0.876 0.000 0.124
#> GSM29870 1 0.4121 0.61516 0.832 0.000 0.168
#> GSM29873 1 0.9811 0.06505 0.404 0.244 0.352
#> GSM29876 3 0.6302 0.22638 0.480 0.000 0.520
#> GSM29879 1 0.7047 0.46493 0.712 0.204 0.084
#> GSM29838 2 0.2448 0.77097 0.000 0.924 0.076
#> GSM29841 2 0.5355 0.72811 0.032 0.800 0.168
#> GSM29844 2 0.2486 0.77637 0.008 0.932 0.060
#> GSM29847 3 0.6521 -0.30805 0.004 0.496 0.500
#> GSM29850 3 0.6521 -0.32173 0.004 0.496 0.500
#> GSM29853 3 0.5926 0.41643 0.356 0.000 0.644
#> GSM29856 3 0.5020 0.53763 0.192 0.012 0.796
#> GSM29859 3 0.7496 0.47060 0.240 0.088 0.672
#> GSM29862 2 0.4137 0.74880 0.032 0.872 0.096
#> GSM29865 3 0.4733 0.54459 0.196 0.004 0.800
#> GSM29868 1 0.4473 0.64486 0.828 0.008 0.164
#> GSM29871 3 0.8955 0.26387 0.332 0.144 0.524
#> GSM29874 2 0.9588 0.23093 0.284 0.476 0.240
#> GSM29877 1 0.6308 -0.18780 0.508 0.000 0.492
#> GSM29880 2 0.4489 0.73662 0.036 0.856 0.108
#> GSM29881 3 0.5247 0.54084 0.224 0.008 0.768
#> GSM29884 2 0.1964 0.77579 0.000 0.944 0.056
#> GSM29887 2 0.1529 0.77771 0.000 0.960 0.040
#> GSM29890 1 0.1964 0.70101 0.944 0.000 0.056
#> GSM29893 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29896 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29899 1 0.1411 0.70680 0.964 0.000 0.036
#> GSM29902 1 0.5659 0.54925 0.740 0.012 0.248
#> GSM29905 1 0.5420 0.55964 0.752 0.008 0.240
#> GSM29908 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0661 0.71070 0.988 0.004 0.008
#> GSM29958 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5363 0.51372 0.276 0.000 0.724
#> GSM29885 2 0.2165 0.77436 0.000 0.936 0.064
#> GSM29888 2 0.1529 0.77774 0.000 0.960 0.040
#> GSM29891 1 0.5138 0.54869 0.748 0.000 0.252
#> GSM29894 1 0.0592 0.70984 0.988 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29900 1 0.5926 0.22671 0.644 0.000 0.356
#> GSM29903 1 0.4912 0.60768 0.796 0.008 0.196
#> GSM29906 1 0.5420 0.56326 0.752 0.008 0.240
#> GSM29909 1 0.3295 0.68458 0.896 0.008 0.096
#> GSM29956 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0237 0.71177 0.996 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.0000 0.71229 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5012 0.54311 0.204 0.008 0.788
#> GSM29886 2 0.1860 0.77793 0.000 0.948 0.052
#> GSM29889 2 0.0892 0.77887 0.000 0.980 0.020
#> GSM29892 1 0.5692 0.54537 0.724 0.008 0.268
#> GSM29895 1 0.4345 0.62762 0.848 0.016 0.136
#> GSM29898 1 0.5690 0.51833 0.708 0.004 0.288
#> GSM29901 3 0.6345 0.35109 0.400 0.004 0.596
#> GSM29904 1 0.5728 0.54543 0.720 0.008 0.272
#> GSM29907 1 0.5928 0.51005 0.696 0.008 0.296
#> GSM29910 1 0.3832 0.66740 0.880 0.020 0.100
#> GSM29957 1 0.5826 0.59629 0.764 0.032 0.204
#> GSM29960 1 0.2703 0.67737 0.928 0.016 0.056
#> GSM29963 1 0.5406 0.59007 0.764 0.012 0.224
#> GSM29964 2 0.2165 0.77184 0.000 0.936 0.064
#> GSM29967 2 0.6398 0.48519 0.004 0.580 0.416
#> GSM29970 3 0.5072 0.54158 0.196 0.012 0.792
#> GSM29973 2 0.2448 0.76942 0.000 0.924 0.076
#> GSM29976 3 0.6228 0.41068 0.372 0.004 0.624
#> GSM29979 2 0.8045 0.17316 0.064 0.504 0.432
#> GSM29982 3 0.8113 0.33451 0.312 0.092 0.596
#> GSM29985 3 0.5378 0.53743 0.236 0.008 0.756
#> GSM29988 3 0.9820 0.12406 0.296 0.276 0.428
#> GSM29991 3 0.8525 0.39994 0.188 0.200 0.612
#> GSM29994 1 0.5775 0.53395 0.728 0.012 0.260
#> GSM29997 1 0.6659 0.47896 0.668 0.028 0.304
#> GSM30000 1 0.5843 0.54690 0.732 0.016 0.252
#> GSM30003 3 0.6168 0.36238 0.412 0.000 0.588
#> GSM29965 2 0.2356 0.77147 0.000 0.928 0.072
#> GSM29968 2 0.6386 0.48535 0.004 0.584 0.412
#> GSM29971 3 0.4963 0.54310 0.200 0.008 0.792
#> GSM29974 2 0.2537 0.76876 0.000 0.920 0.080
#> GSM29977 3 0.6026 0.40990 0.376 0.000 0.624
#> GSM29980 3 0.8649 0.20722 0.112 0.360 0.528
#> GSM29983 3 0.6849 0.30757 0.380 0.020 0.600
#> GSM29986 3 0.4504 0.54335 0.196 0.000 0.804
#> GSM29989 3 0.9764 0.12288 0.312 0.252 0.436
#> GSM29992 3 0.7595 0.46353 0.176 0.136 0.688
#> GSM29995 1 0.0983 0.70902 0.980 0.004 0.016
#> GSM29998 1 0.7491 0.41632 0.620 0.056 0.324
#> GSM30001 3 0.6950 0.09588 0.476 0.016 0.508
#> GSM30004 3 0.6252 0.31745 0.444 0.000 0.556
#> GSM29966 2 0.2066 0.77236 0.000 0.940 0.060
#> GSM29969 2 0.6330 0.51115 0.004 0.600 0.396
#> GSM29972 3 0.4840 0.53114 0.168 0.016 0.816
#> GSM29975 2 0.2537 0.76876 0.000 0.920 0.080
#> GSM29978 3 0.6129 0.44935 0.324 0.008 0.668
#> GSM29981 2 0.6698 0.55606 0.036 0.684 0.280
#> GSM29984 3 0.7411 0.21068 0.076 0.256 0.668
#> GSM29987 3 0.4291 0.54410 0.152 0.008 0.840
#> GSM29990 3 0.9760 0.11957 0.276 0.280 0.444
#> GSM29993 3 0.7489 0.29509 0.080 0.256 0.664
#> GSM29996 1 0.4978 0.60724 0.780 0.004 0.216
#> GSM29999 3 0.9559 0.13614 0.308 0.220 0.472
#> GSM30002 3 0.7905 0.25814 0.376 0.064 0.560
#> GSM30005 3 0.5517 0.51144 0.268 0.004 0.728
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.7685 0.22463 0.016 0.360 0.144 0.480
#> GSM29786 4 0.6446 0.68569 0.008 0.204 0.124 0.664
#> GSM29789 2 0.2976 0.70931 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM29792 2 0.2805 0.71182 0.012 0.888 0.000 0.100
#> GSM29795 1 0.8087 -0.20422 0.412 0.224 0.012 0.352
#> GSM29798 4 0.6515 0.71444 0.008 0.172 0.156 0.664
#> GSM29801 3 0.7665 0.31482 0.360 0.000 0.424 0.216
#> GSM29804 3 0.6010 0.51985 0.220 0.000 0.676 0.104
#> GSM29807 3 0.6781 0.22383 0.024 0.404 0.524 0.048
#> GSM29816 3 0.6033 0.51353 0.204 0.000 0.680 0.116
#> GSM29821 1 0.7888 -0.27226 0.400 0.004 0.368 0.228
#> GSM29824 1 0.4937 0.61788 0.764 0.000 0.172 0.064
#> GSM29827 1 0.0524 0.74184 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM29830 1 0.0707 0.74039 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29833 1 0.0469 0.74038 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29784 2 0.6143 0.22737 0.000 0.496 0.048 0.456
#> GSM29787 4 0.6446 0.68569 0.008 0.204 0.124 0.664
#> GSM29790 2 0.3907 0.68125 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM29793 2 0.2675 0.71591 0.008 0.892 0.000 0.100
#> GSM29796 2 0.6432 0.27930 0.044 0.532 0.012 0.412
#> GSM29799 4 0.6670 0.69238 0.008 0.132 0.220 0.640
#> GSM29802 3 0.6429 0.46239 0.144 0.000 0.644 0.212
#> GSM29805 3 0.5609 0.53250 0.200 0.000 0.712 0.088
#> GSM29814 3 0.6725 0.22780 0.028 0.404 0.528 0.040
#> GSM29817 3 0.7540 0.35380 0.304 0.000 0.480 0.216
#> GSM29822 3 0.7517 0.36156 0.304 0.000 0.484 0.212
#> GSM29825 1 0.7020 -0.03598 0.500 0.000 0.376 0.124
#> GSM29828 1 0.0592 0.74128 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM29831 1 0.0707 0.74059 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29834 1 0.0817 0.73954 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM29785 2 0.5483 0.35361 0.000 0.536 0.016 0.448
#> GSM29788 4 0.6528 0.66170 0.008 0.220 0.120 0.652
#> GSM29791 2 0.3324 0.70576 0.012 0.852 0.000 0.136
#> GSM29794 2 0.3047 0.70757 0.012 0.872 0.000 0.116
#> GSM29797 2 0.5919 0.37171 0.020 0.564 0.012 0.404
#> GSM29800 4 0.6536 0.70487 0.008 0.188 0.144 0.660
#> GSM29803 3 0.5810 0.44502 0.064 0.000 0.660 0.276
#> GSM29806 3 0.4710 0.54494 0.088 0.000 0.792 0.120
#> GSM29815 3 0.6569 0.19585 0.004 0.408 0.520 0.068
#> GSM29819 3 0.4586 0.53477 0.068 0.000 0.796 0.136
#> GSM29823 3 0.8821 0.21289 0.312 0.044 0.372 0.272
#> GSM29826 3 0.5208 0.54115 0.080 0.000 0.748 0.172
#> GSM29829 1 0.3385 0.70572 0.880 0.008 0.072 0.040
#> GSM29832 1 0.3213 0.71447 0.896 0.024 0.040 0.040
#> GSM29835 1 0.4389 0.68357 0.840 0.076 0.040 0.044
#> GSM29836 2 0.2053 0.70669 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM29839 2 0.6148 0.52966 0.028 0.680 0.048 0.244
#> GSM29842 2 0.5233 0.58854 0.000 0.648 0.020 0.332
#> GSM29845 4 0.6574 0.69793 0.008 0.132 0.208 0.652
#> GSM29848 4 0.6771 0.69911 0.008 0.216 0.144 0.632
#> GSM29851 3 0.7490 0.35411 0.328 0.000 0.476 0.196
#> GSM29854 3 0.5911 0.53223 0.112 0.000 0.692 0.196
#> GSM29857 3 0.3587 0.55415 0.104 0.000 0.856 0.040
#> GSM29860 2 0.2221 0.67759 0.020 0.936 0.024 0.020
#> GSM29863 3 0.7508 0.35078 0.232 0.000 0.496 0.272
#> GSM29866 1 0.0707 0.74162 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29869 1 0.5302 0.39221 0.628 0.004 0.356 0.012
#> GSM29872 3 0.8681 0.18713 0.224 0.324 0.408 0.044
#> GSM29875 3 0.7573 0.34557 0.332 0.000 0.460 0.208
#> GSM29878 2 0.6102 -0.00308 0.472 0.492 0.024 0.012
#> GSM29837 2 0.3877 0.67422 0.004 0.840 0.032 0.124
#> GSM29840 2 0.5990 0.54653 0.028 0.688 0.040 0.244
#> GSM29843 2 0.4844 0.61140 0.000 0.688 0.012 0.300
#> GSM29846 4 0.6574 0.69793 0.008 0.132 0.208 0.652
#> GSM29849 4 0.6675 0.70289 0.008 0.204 0.144 0.644
#> GSM29852 3 0.7517 0.35849 0.304 0.000 0.484 0.212
#> GSM29855 3 0.6229 0.45718 0.088 0.000 0.628 0.284
#> GSM29858 3 0.3372 0.55265 0.096 0.000 0.868 0.036
#> GSM29861 2 0.2221 0.67759 0.020 0.936 0.024 0.020
#> GSM29864 3 0.7643 0.33509 0.256 0.000 0.468 0.276
#> GSM29867 1 0.5475 0.36058 0.656 0.000 0.308 0.036
#> GSM29870 1 0.5775 0.20165 0.560 0.000 0.408 0.032
#> GSM29873 3 0.8076 0.28851 0.152 0.320 0.492 0.036
#> GSM29876 3 0.7417 0.38037 0.284 0.000 0.508 0.208
#> GSM29879 1 0.7552 0.35004 0.556 0.248 0.180 0.016
#> GSM29838 2 0.2542 0.69753 0.000 0.904 0.012 0.084
#> GSM29841 2 0.5856 0.55782 0.020 0.680 0.036 0.264
#> GSM29844 2 0.3710 0.67795 0.004 0.804 0.000 0.192
#> GSM29847 4 0.6468 0.71475 0.008 0.176 0.148 0.668
#> GSM29850 4 0.6856 0.65122 0.008 0.268 0.120 0.604
#> GSM29853 3 0.6833 0.41309 0.144 0.000 0.584 0.272
#> GSM29856 3 0.5784 0.36547 0.032 0.000 0.556 0.412
#> GSM29859 3 0.3189 0.54267 0.048 0.020 0.896 0.036
#> GSM29862 2 0.2797 0.65965 0.016 0.912 0.028 0.044
#> GSM29865 3 0.5966 0.40683 0.060 0.000 0.624 0.316
#> GSM29868 1 0.6450 0.57511 0.680 0.044 0.220 0.056
#> GSM29871 3 0.4821 0.51089 0.076 0.088 0.812 0.024
#> GSM29874 2 0.7663 0.36768 0.120 0.624 0.168 0.088
#> GSM29877 3 0.7493 0.36525 0.304 0.000 0.488 0.208
#> GSM29880 2 0.3146 0.66375 0.016 0.896 0.032 0.056
#> GSM29881 3 0.5836 0.43081 0.056 0.000 0.640 0.304
#> GSM29884 2 0.4973 0.64954 0.004 0.692 0.012 0.292
#> GSM29887 2 0.4661 0.67327 0.004 0.724 0.008 0.264
#> GSM29890 1 0.4690 0.55781 0.724 0.000 0.260 0.016
#> GSM29893 1 0.1059 0.74085 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM29896 1 0.1042 0.74188 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM29899 1 0.3862 0.66364 0.824 0.000 0.152 0.024
#> GSM29902 1 0.5575 0.14505 0.504 0.004 0.480 0.012
#> GSM29905 1 0.5273 0.22107 0.536 0.000 0.456 0.008
#> GSM29908 1 0.0524 0.74166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM29955 1 0.0927 0.74032 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM29958 1 0.0804 0.74118 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM29961 1 0.0524 0.74166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM29882 3 0.6634 0.41491 0.116 0.000 0.592 0.292
#> GSM29885 2 0.5045 0.63835 0.004 0.680 0.012 0.304
#> GSM29888 2 0.4725 0.67722 0.004 0.728 0.012 0.256
#> GSM29891 3 0.5600 -0.08023 0.468 0.000 0.512 0.020
#> GSM29894 1 0.0921 0.73867 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM29897 1 0.1151 0.74105 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM29900 3 0.6707 0.16280 0.444 0.000 0.468 0.088
#> GSM29903 1 0.5398 0.31158 0.580 0.000 0.404 0.016
#> GSM29906 1 0.5277 0.21764 0.532 0.000 0.460 0.008
#> GSM29909 1 0.3681 0.64524 0.816 0.000 0.176 0.008
#> GSM29956 1 0.0469 0.74129 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29959 1 0.0707 0.74059 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29962 1 0.0469 0.74129 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29883 3 0.5639 0.42198 0.040 0.000 0.636 0.324
#> GSM29886 2 0.4134 0.66645 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM29889 2 0.3801 0.69548 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM29892 3 0.6503 -0.17035 0.460 0.004 0.476 0.060
#> GSM29895 1 0.4743 0.67653 0.824 0.052 0.068 0.056
#> GSM29898 3 0.6449 -0.15575 0.452 0.000 0.480 0.068
#> GSM29901 3 0.5594 0.49769 0.180 0.000 0.720 0.100
#> GSM29904 3 0.6744 -0.18224 0.460 0.008 0.464 0.068
#> GSM29907 3 0.6369 -0.12050 0.444 0.004 0.500 0.052
#> GSM29910 1 0.5128 0.65344 0.800 0.052 0.096 0.052
#> GSM29957 1 0.6123 0.56351 0.708 0.040 0.200 0.052
#> GSM29960 1 0.3470 0.70388 0.884 0.052 0.024 0.040
#> GSM29963 1 0.6441 0.52835 0.680 0.040 0.220 0.060
#> GSM29964 2 0.3736 0.68587 0.004 0.844 0.024 0.128
#> GSM29967 4 0.4919 0.49243 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM29970 3 0.5789 0.39781 0.024 0.008 0.600 0.368
#> GSM29973 2 0.3890 0.68074 0.004 0.836 0.028 0.132
#> GSM29976 3 0.3616 0.54708 0.112 0.000 0.852 0.036
#> GSM29979 3 0.8166 0.13781 0.036 0.380 0.436 0.148
#> GSM29982 4 0.7633 0.20180 0.128 0.048 0.232 0.592
#> GSM29985 3 0.5546 0.48283 0.052 0.000 0.680 0.268
#> GSM29988 3 0.7383 0.37023 0.072 0.288 0.584 0.056
#> GSM29991 3 0.8042 -0.07424 0.100 0.056 0.468 0.376
#> GSM29994 3 0.5669 -0.09370 0.464 0.004 0.516 0.016
#> GSM29997 3 0.7698 0.16881 0.304 0.112 0.544 0.040
#> GSM30000 1 0.5838 0.22260 0.528 0.004 0.444 0.024
#> GSM30003 3 0.5678 0.53558 0.172 0.000 0.716 0.112
#> GSM29965 2 0.3790 0.68119 0.004 0.840 0.024 0.132
#> GSM29968 4 0.4919 0.49243 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM29971 3 0.5427 0.35053 0.016 0.000 0.568 0.416
#> GSM29974 2 0.3836 0.67737 0.004 0.840 0.028 0.128
#> GSM29977 3 0.3821 0.54460 0.120 0.000 0.840 0.040
#> GSM29980 3 0.7775 0.28015 0.024 0.324 0.508 0.144
#> GSM29983 4 0.7350 0.03586 0.160 0.008 0.284 0.548
#> GSM29986 3 0.5736 0.40437 0.044 0.000 0.628 0.328
#> GSM29989 3 0.7138 0.37796 0.068 0.280 0.604 0.048
#> GSM29992 3 0.7558 -0.01540 0.076 0.048 0.524 0.352
#> GSM29995 1 0.1902 0.72980 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM29998 3 0.7615 0.21128 0.268 0.120 0.572 0.040
#> GSM30001 3 0.5292 0.38660 0.252 0.004 0.708 0.036
#> GSM30004 3 0.5947 0.51356 0.200 0.000 0.688 0.112
#> GSM29966 2 0.3280 0.69226 0.000 0.860 0.016 0.124
#> GSM29969 4 0.4957 0.48374 0.000 0.204 0.048 0.748
#> GSM29972 3 0.5756 0.34764 0.012 0.012 0.552 0.424
#> GSM29975 2 0.3707 0.68219 0.000 0.840 0.028 0.132
#> GSM29978 3 0.3383 0.55145 0.076 0.000 0.872 0.052
#> GSM29981 2 0.7262 0.32028 0.004 0.560 0.188 0.248
#> GSM29984 4 0.5925 0.31025 0.016 0.052 0.244 0.688
#> GSM29987 3 0.5300 0.42457 0.028 0.000 0.664 0.308
#> GSM29990 3 0.7703 0.33095 0.052 0.312 0.544 0.092
#> GSM29993 3 0.7306 -0.14919 0.044 0.056 0.496 0.404
#> GSM29996 1 0.6380 0.28930 0.536 0.008 0.408 0.048
#> GSM29999 3 0.7005 0.39105 0.060 0.236 0.640 0.064
#> GSM30002 3 0.7611 0.35672 0.204 0.100 0.616 0.080
#> GSM30005 3 0.4804 0.53106 0.072 0.000 0.780 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.6466 0.372507 0.000 0.256 0.148 0.572 0.024
#> GSM29786 4 0.4994 0.613627 0.000 0.096 0.208 0.696 0.000
#> GSM29789 2 0.1701 0.739228 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM29792 2 0.1386 0.743460 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM29795 1 0.6918 0.179580 0.516 0.116 0.020 0.328 0.020
#> GSM29798 4 0.4995 0.609319 0.000 0.068 0.264 0.668 0.000
#> GSM29801 3 0.5617 0.519986 0.244 0.004 0.656 0.084 0.012
#> GSM29804 3 0.6363 0.446230 0.164 0.000 0.588 0.020 0.228
#> GSM29807 5 0.5786 0.495294 0.000 0.204 0.148 0.008 0.640
#> GSM29816 3 0.4490 0.553062 0.088 0.000 0.776 0.012 0.124
#> GSM29821 3 0.6093 0.475627 0.284 0.008 0.600 0.096 0.012
#> GSM29824 1 0.4771 0.616089 0.772 0.000 0.116 0.040 0.072
#> GSM29827 1 0.0000 0.765763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.5420 0.008457 0.000 0.396 0.052 0.548 0.004
#> GSM29787 4 0.5024 0.618045 0.000 0.096 0.212 0.692 0.000
#> GSM29790 2 0.2909 0.728242 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012
#> GSM29793 2 0.1386 0.743460 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM29796 2 0.5525 0.384809 0.012 0.560 0.016 0.392 0.020
#> GSM29799 4 0.4938 0.574758 0.000 0.040 0.308 0.648 0.004
#> GSM29802 3 0.3968 0.586608 0.088 0.000 0.820 0.076 0.016
#> GSM29805 3 0.4816 0.546552 0.112 0.000 0.744 0.008 0.136
#> GSM29814 5 0.6370 0.470497 0.004 0.204 0.204 0.008 0.580
#> GSM29817 3 0.5028 0.555135 0.172 0.000 0.724 0.092 0.012
#> GSM29822 3 0.5140 0.556422 0.168 0.000 0.720 0.096 0.016
#> GSM29825 3 0.6208 0.202614 0.440 0.000 0.468 0.052 0.040
#> GSM29828 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29785 4 0.4887 -0.172160 0.000 0.444 0.012 0.536 0.008
#> GSM29788 4 0.5212 0.602155 0.000 0.112 0.192 0.692 0.004
#> GSM29791 2 0.2124 0.735015 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM29794 2 0.1830 0.739418 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> GSM29797 2 0.5521 0.476949 0.004 0.608 0.020 0.332 0.036
#> GSM29800 4 0.4930 0.616610 0.000 0.072 0.244 0.684 0.000
#> GSM29803 3 0.5145 0.542195 0.032 0.000 0.740 0.116 0.112
#> GSM29806 3 0.5606 0.415031 0.036 0.004 0.632 0.032 0.296
#> GSM29815 5 0.5553 0.494536 0.000 0.204 0.124 0.008 0.664
#> GSM29819 3 0.5138 0.448277 0.020 0.000 0.672 0.040 0.268
#> GSM29823 3 0.7313 0.435140 0.192 0.024 0.584 0.120 0.080
#> GSM29826 3 0.6634 0.360315 0.056 0.000 0.556 0.092 0.296
#> GSM29829 1 0.3288 0.702082 0.864 0.000 0.040 0.020 0.076
#> GSM29832 1 0.3255 0.707775 0.872 0.008 0.032 0.016 0.072
#> GSM29835 1 0.4154 0.689350 0.832 0.052 0.024 0.024 0.068
#> GSM29836 2 0.2932 0.731102 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM29839 2 0.4010 0.653772 0.000 0.784 0.032 0.176 0.008
#> GSM29842 2 0.4718 0.569651 0.000 0.636 0.008 0.340 0.016
#> GSM29845 4 0.5053 0.573940 0.000 0.048 0.304 0.644 0.004
#> GSM29848 4 0.5809 0.591049 0.000 0.116 0.280 0.600 0.004
#> GSM29851 3 0.5241 0.546072 0.204 0.000 0.696 0.088 0.012
#> GSM29854 3 0.6288 0.467317 0.048 0.000 0.628 0.112 0.212
#> GSM29857 3 0.5026 0.350434 0.028 0.000 0.632 0.012 0.328
#> GSM29860 2 0.2929 0.698150 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM29863 3 0.6104 0.537486 0.144 0.000 0.672 0.108 0.076
#> GSM29866 1 0.0290 0.764821 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29869 1 0.7273 -0.138915 0.360 0.008 0.332 0.008 0.292
#> GSM29872 5 0.6083 0.522726 0.100 0.164 0.068 0.000 0.668
#> GSM29875 3 0.5458 0.542329 0.208 0.000 0.684 0.088 0.020
#> GSM29878 2 0.5247 0.458934 0.272 0.652 0.004 0.000 0.072
#> GSM29837 2 0.5863 0.611503 0.000 0.604 0.008 0.112 0.276
#> GSM29840 2 0.3767 0.663661 0.000 0.800 0.024 0.168 0.008
#> GSM29843 2 0.3661 0.629808 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM29846 4 0.5053 0.573940 0.000 0.048 0.304 0.644 0.004
#> GSM29849 4 0.5828 0.587370 0.000 0.116 0.284 0.596 0.004
#> GSM29852 3 0.4833 0.556030 0.168 0.000 0.736 0.088 0.008
#> GSM29855 3 0.4814 0.583425 0.052 0.000 0.756 0.156 0.036
#> GSM29858 3 0.4691 0.392488 0.028 0.000 0.684 0.008 0.280
#> GSM29861 2 0.2929 0.698150 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM29864 3 0.5707 0.540895 0.156 0.000 0.692 0.112 0.040
#> GSM29867 1 0.5230 -0.093850 0.504 0.000 0.452 0.000 0.044
#> GSM29870 3 0.6849 0.235253 0.332 0.000 0.452 0.012 0.204
#> GSM29873 5 0.5995 0.517369 0.036 0.168 0.136 0.000 0.660
#> GSM29876 3 0.5093 0.562177 0.164 0.000 0.728 0.088 0.020
#> GSM29879 1 0.8415 0.000529 0.348 0.288 0.224 0.004 0.136
#> GSM29838 2 0.4199 0.703468 0.000 0.764 0.000 0.056 0.180
#> GSM29841 2 0.3977 0.667946 0.000 0.792 0.024 0.168 0.016
#> GSM29844 2 0.2864 0.703127 0.000 0.852 0.000 0.136 0.012
#> GSM29847 4 0.5010 0.615990 0.000 0.076 0.248 0.676 0.000
#> GSM29850 4 0.6183 0.586682 0.000 0.160 0.252 0.580 0.008
#> GSM29853 3 0.5627 0.543650 0.076 0.000 0.716 0.108 0.100
#> GSM29856 3 0.7071 0.285034 0.016 0.004 0.472 0.240 0.268
#> GSM29859 3 0.5112 0.218808 0.016 0.000 0.560 0.016 0.408
#> GSM29862 2 0.3530 0.685372 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204
#> GSM29865 3 0.5462 0.513410 0.028 0.000 0.708 0.128 0.136
#> GSM29868 1 0.7134 0.266385 0.512 0.012 0.180 0.024 0.272
#> GSM29871 5 0.5148 0.088638 0.012 0.012 0.464 0.004 0.508
#> GSM29874 5 0.5992 -0.077826 0.020 0.424 0.028 0.020 0.508
#> GSM29877 3 0.5166 0.559416 0.172 0.000 0.720 0.088 0.020
#> GSM29880 2 0.3151 0.701383 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> GSM29881 3 0.5583 0.526595 0.024 0.000 0.680 0.200 0.096
#> GSM29884 2 0.4576 0.659832 0.000 0.692 0.000 0.268 0.040
#> GSM29887 2 0.4150 0.700554 0.000 0.748 0.000 0.216 0.036
#> GSM29890 1 0.6994 -0.030308 0.448 0.000 0.228 0.016 0.308
#> GSM29893 1 0.0162 0.764729 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0162 0.764597 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.4508 0.603040 0.780 0.000 0.100 0.016 0.104
#> GSM29902 5 0.6967 0.385524 0.328 0.000 0.196 0.020 0.456
#> GSM29905 5 0.7026 0.308769 0.372 0.000 0.196 0.020 0.412
#> GSM29908 1 0.0000 0.765763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0451 0.762616 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM29958 1 0.0000 0.765763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.765763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5155 0.540645 0.060 0.000 0.720 0.188 0.032
#> GSM29885 2 0.4644 0.650341 0.000 0.680 0.000 0.280 0.040
#> GSM29888 2 0.4342 0.687299 0.000 0.728 0.000 0.232 0.040
#> GSM29891 3 0.7134 -0.100989 0.228 0.000 0.408 0.020 0.344
#> GSM29894 1 0.0771 0.760399 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM29897 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.6343 0.313022 0.340 0.000 0.536 0.024 0.100
#> GSM29903 1 0.7241 -0.263207 0.360 0.000 0.264 0.020 0.356
#> GSM29906 5 0.7130 0.306980 0.356 0.000 0.224 0.020 0.400
#> GSM29909 1 0.4268 0.593474 0.772 0.000 0.144 0.000 0.084
#> GSM29956 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0290 0.765859 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5951 0.504924 0.020 0.000 0.640 0.208 0.132
#> GSM29886 2 0.3852 0.692212 0.000 0.760 0.000 0.220 0.020
#> GSM29889 2 0.3224 0.730083 0.000 0.824 0.000 0.160 0.016
#> GSM29892 5 0.6804 0.411249 0.268 0.000 0.156 0.036 0.540
#> GSM29895 1 0.4325 0.670483 0.816 0.020 0.044 0.024 0.096
#> GSM29898 5 0.7119 0.344166 0.316 0.000 0.168 0.040 0.476
#> GSM29901 3 0.7466 0.069442 0.132 0.000 0.420 0.080 0.368
#> GSM29904 5 0.6414 0.371951 0.304 0.000 0.104 0.032 0.560
#> GSM29907 5 0.6741 0.423623 0.272 0.000 0.164 0.028 0.536
#> GSM29910 1 0.4860 0.618270 0.764 0.016 0.048 0.020 0.152
#> GSM29957 1 0.6268 0.458212 0.644 0.020 0.088 0.028 0.220
#> GSM29960 1 0.3481 0.702416 0.864 0.016 0.028 0.020 0.072
#> GSM29963 1 0.6026 0.425187 0.636 0.008 0.084 0.024 0.248
#> GSM29964 2 0.5136 0.682089 0.000 0.688 0.000 0.116 0.196
#> GSM29967 4 0.5378 0.437584 0.000 0.088 0.076 0.736 0.100
#> GSM29970 4 0.7194 -0.149522 0.004 0.008 0.320 0.336 0.332
#> GSM29973 2 0.5516 0.649648 0.000 0.640 0.000 0.128 0.232
#> GSM29976 3 0.5879 0.138835 0.048 0.000 0.540 0.028 0.384
#> GSM29979 5 0.6670 0.429660 0.000 0.152 0.092 0.136 0.620
#> GSM29982 4 0.7418 0.161182 0.060 0.016 0.296 0.508 0.120
#> GSM29985 3 0.6468 0.440353 0.024 0.000 0.580 0.232 0.164
#> GSM29988 5 0.4982 0.523096 0.012 0.064 0.168 0.012 0.744
#> GSM29991 4 0.7846 0.020520 0.044 0.016 0.212 0.408 0.320
#> GSM29994 5 0.6891 0.420610 0.272 0.000 0.212 0.020 0.496
#> GSM29997 5 0.5731 0.478744 0.108 0.004 0.204 0.016 0.668
#> GSM30000 1 0.7236 -0.218306 0.432 0.004 0.124 0.052 0.388
#> GSM30003 3 0.4768 0.536594 0.064 0.000 0.760 0.028 0.148
#> GSM29965 2 0.5589 0.644242 0.000 0.628 0.000 0.128 0.244
#> GSM29968 4 0.5430 0.434904 0.000 0.092 0.076 0.732 0.100
#> GSM29971 3 0.7036 0.103454 0.004 0.008 0.396 0.364 0.228
#> GSM29974 2 0.5599 0.629310 0.000 0.620 0.000 0.120 0.260
#> GSM29977 3 0.5772 0.226090 0.048 0.000 0.580 0.028 0.344
#> GSM29980 5 0.6984 0.436653 0.000 0.132 0.144 0.132 0.592
#> GSM29983 4 0.7613 0.121493 0.076 0.016 0.320 0.476 0.112
#> GSM29986 3 0.4693 0.543001 0.024 0.000 0.752 0.176 0.048
#> GSM29989 5 0.5149 0.509536 0.008 0.064 0.200 0.012 0.716
#> GSM29992 4 0.7350 0.036571 0.016 0.008 0.252 0.404 0.320
#> GSM29995 1 0.4069 0.625072 0.792 0.000 0.096 0.000 0.112
#> GSM29998 5 0.5503 0.478124 0.080 0.004 0.220 0.016 0.680
#> GSM30001 5 0.7395 0.270998 0.132 0.004 0.320 0.068 0.476
#> GSM30004 3 0.4752 0.534240 0.084 0.000 0.756 0.016 0.144
#> GSM29966 2 0.4768 0.699483 0.000 0.724 0.000 0.096 0.180
#> GSM29969 4 0.5424 0.428447 0.000 0.096 0.072 0.732 0.100
#> GSM29972 5 0.7147 -0.019637 0.004 0.008 0.272 0.352 0.364
#> GSM29975 2 0.5516 0.649648 0.000 0.640 0.000 0.128 0.232
#> GSM29978 5 0.5576 -0.086613 0.024 0.000 0.472 0.028 0.476
#> GSM29981 5 0.7112 0.210713 0.000 0.212 0.060 0.188 0.540
#> GSM29984 4 0.6736 0.173695 0.000 0.020 0.296 0.512 0.172
#> GSM29987 3 0.5939 0.492501 0.008 0.000 0.624 0.180 0.188
#> GSM29990 5 0.4634 0.533810 0.016 0.096 0.088 0.012 0.788
#> GSM29993 4 0.7476 0.101813 0.016 0.020 0.216 0.428 0.320
#> GSM29996 5 0.6615 0.296125 0.348 0.000 0.136 0.020 0.496
#> GSM29999 5 0.4256 0.515448 0.004 0.028 0.172 0.016 0.780
#> GSM30002 5 0.7582 0.375032 0.128 0.020 0.248 0.076 0.528
#> GSM30005 3 0.5229 0.468153 0.028 0.000 0.684 0.044 0.244
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.3973 0.48275 0.000 0.144 0.084 0.768 0.004 0.000
#> GSM29786 4 0.3932 0.64693 0.000 0.008 0.184 0.760 0.048 0.000
#> GSM29789 2 0.2500 0.60268 0.000 0.868 0.012 0.116 0.004 0.000
#> GSM29792 2 0.1719 0.61986 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016 0.000
#> GSM29795 1 0.6922 0.21202 0.512 0.076 0.008 0.224 0.176 0.004
#> GSM29798 4 0.3941 0.65096 0.000 0.008 0.244 0.724 0.024 0.000
#> GSM29801 3 0.3020 0.62156 0.092 0.000 0.860 0.028 0.008 0.012
#> GSM29804 3 0.6437 0.53799 0.116 0.000 0.592 0.028 0.060 0.204
#> GSM29807 6 0.7466 0.33272 0.008 0.228 0.056 0.080 0.120 0.508
#> GSM29816 3 0.4583 0.58207 0.028 0.000 0.720 0.024 0.016 0.212
#> GSM29821 3 0.4123 0.56927 0.148 0.000 0.780 0.024 0.036 0.012
#> GSM29824 1 0.5608 0.52773 0.672 0.000 0.108 0.008 0.148 0.064
#> GSM29827 1 0.0291 0.83707 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM29830 1 0.0000 0.83779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.83779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.3376 0.35234 0.000 0.220 0.016 0.764 0.000 0.000
#> GSM29787 4 0.4407 0.64374 0.000 0.020 0.188 0.732 0.060 0.000
#> GSM29790 2 0.3394 0.55759 0.000 0.752 0.000 0.236 0.012 0.000
#> GSM29793 2 0.1867 0.62109 0.000 0.916 0.000 0.064 0.020 0.000
#> GSM29796 2 0.6397 0.29589 0.020 0.508 0.008 0.284 0.176 0.004
#> GSM29799 4 0.3955 0.61001 0.000 0.004 0.316 0.668 0.012 0.000
#> GSM29802 3 0.2139 0.63729 0.024 0.000 0.920 0.028 0.008 0.020
#> GSM29805 3 0.5217 0.60738 0.052 0.000 0.712 0.028 0.048 0.160
#> GSM29814 6 0.7692 0.31566 0.000 0.228 0.100 0.080 0.120 0.472
#> GSM29817 3 0.2862 0.62541 0.056 0.000 0.880 0.036 0.016 0.012
#> GSM29822 3 0.2645 0.62460 0.056 0.000 0.892 0.020 0.016 0.016
#> GSM29825 3 0.6622 0.42209 0.260 0.000 0.528 0.016 0.144 0.052
#> GSM29828 1 0.0551 0.83671 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29831 1 0.0551 0.83671 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29834 1 0.0363 0.83585 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM29785 4 0.3215 0.31814 0.000 0.240 0.004 0.756 0.000 0.000
#> GSM29788 4 0.4392 0.64156 0.000 0.024 0.176 0.740 0.060 0.000
#> GSM29791 2 0.2952 0.59708 0.000 0.848 0.012 0.124 0.008 0.008
#> GSM29794 2 0.2267 0.61565 0.000 0.904 0.004 0.064 0.020 0.008
#> GSM29797 2 0.6286 0.34429 0.004 0.532 0.008 0.244 0.196 0.016
#> GSM29800 4 0.3698 0.65592 0.000 0.004 0.212 0.756 0.028 0.000
#> GSM29803 3 0.4254 0.58176 0.000 0.000 0.776 0.044 0.068 0.112
#> GSM29806 3 0.6170 0.48418 0.012 0.000 0.572 0.044 0.112 0.260
#> GSM29815 6 0.7283 0.31645 0.000 0.224 0.044 0.084 0.144 0.504
#> GSM29819 3 0.5440 0.53849 0.000 0.000 0.628 0.040 0.084 0.248
#> GSM29823 3 0.5778 0.47828 0.080 0.024 0.708 0.028 0.100 0.060
#> GSM29826 3 0.6659 0.41821 0.016 0.000 0.492 0.028 0.232 0.232
#> GSM29829 1 0.4316 0.74143 0.792 0.004 0.020 0.020 0.080 0.084
#> GSM29832 1 0.3965 0.76019 0.820 0.008 0.016 0.020 0.076 0.060
#> GSM29835 1 0.4813 0.73754 0.776 0.052 0.016 0.028 0.084 0.044
#> GSM29836 2 0.3812 0.60924 0.000 0.816 0.004 0.068 0.080 0.032
#> GSM29839 2 0.4452 0.48471 0.000 0.696 0.032 0.248 0.024 0.000
#> GSM29842 4 0.4580 -0.15818 0.000 0.384 0.008 0.584 0.020 0.004
#> GSM29845 4 0.4526 0.60500 0.000 0.004 0.284 0.664 0.044 0.004
#> GSM29848 4 0.5694 0.53966 0.000 0.060 0.316 0.572 0.048 0.004
#> GSM29851 3 0.2309 0.62683 0.084 0.000 0.888 0.028 0.000 0.000
#> GSM29854 3 0.6736 0.48048 0.040 0.000 0.540 0.032 0.208 0.180
#> GSM29857 3 0.5617 0.43401 0.028 0.000 0.572 0.032 0.032 0.336
#> GSM29860 2 0.3550 0.59292 0.000 0.836 0.004 0.044 0.044 0.072
#> GSM29863 3 0.5607 0.55521 0.072 0.000 0.696 0.036 0.132 0.064
#> GSM29866 1 0.0436 0.83691 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM29869 3 0.6848 -0.02538 0.172 0.004 0.396 0.024 0.020 0.384
#> GSM29872 6 0.7485 0.37712 0.048 0.184 0.036 0.072 0.112 0.548
#> GSM29875 3 0.2756 0.62423 0.076 0.000 0.880 0.016 0.016 0.012
#> GSM29878 2 0.5498 0.49455 0.156 0.696 0.012 0.040 0.012 0.084
#> GSM29837 2 0.7281 0.46840 0.000 0.468 0.012 0.220 0.180 0.120
#> GSM29840 2 0.4358 0.49785 0.000 0.704 0.028 0.244 0.024 0.000
#> GSM29843 2 0.4024 0.37080 0.000 0.592 0.004 0.400 0.004 0.000
#> GSM29846 4 0.4526 0.60500 0.000 0.004 0.284 0.664 0.044 0.004
#> GSM29849 4 0.5827 0.53446 0.004 0.060 0.316 0.568 0.048 0.004
#> GSM29852 3 0.2164 0.62973 0.056 0.000 0.908 0.028 0.000 0.008
#> GSM29855 3 0.5153 0.56855 0.028 0.000 0.696 0.020 0.192 0.064
#> GSM29858 3 0.5090 0.48009 0.020 0.000 0.640 0.028 0.024 0.288
#> GSM29861 2 0.3615 0.59302 0.000 0.832 0.004 0.044 0.048 0.072
#> GSM29864 3 0.4902 0.57838 0.068 0.000 0.752 0.048 0.104 0.028
#> GSM29867 3 0.5213 0.41220 0.324 0.000 0.588 0.008 0.004 0.076
#> GSM29870 3 0.6126 0.27421 0.152 0.004 0.528 0.012 0.008 0.296
#> GSM29873 6 0.7460 0.38906 0.024 0.184 0.068 0.068 0.108 0.548
#> GSM29876 3 0.2688 0.62945 0.048 0.000 0.892 0.016 0.020 0.024
#> GSM29879 2 0.8634 -0.07071 0.176 0.336 0.228 0.040 0.024 0.196
#> GSM29838 2 0.6030 0.55115 0.000 0.620 0.004 0.156 0.148 0.072
#> GSM29841 2 0.4428 0.50379 0.000 0.708 0.020 0.240 0.024 0.008
#> GSM29844 2 0.3383 0.55082 0.000 0.776 0.004 0.208 0.008 0.004
#> GSM29847 4 0.4395 0.63928 0.000 0.008 0.212 0.720 0.056 0.004
#> GSM29850 4 0.5938 0.54243 0.000 0.088 0.280 0.576 0.052 0.004
#> GSM29853 3 0.3478 0.60457 0.012 0.000 0.844 0.044 0.028 0.072
#> GSM29856 5 0.6408 0.07416 0.004 0.000 0.332 0.044 0.484 0.136
#> GSM29859 3 0.5704 0.36758 0.000 0.000 0.524 0.036 0.076 0.364
#> GSM29862 2 0.3894 0.58549 0.000 0.816 0.008 0.044 0.052 0.080
#> GSM29865 3 0.5256 0.52919 0.000 0.000 0.684 0.048 0.152 0.116
#> GSM29868 1 0.7709 0.33326 0.480 0.008 0.116 0.040 0.156 0.200
#> GSM29871 6 0.5740 0.05238 0.012 0.004 0.428 0.032 0.040 0.484
#> GSM29874 2 0.7612 0.06720 0.004 0.396 0.028 0.084 0.172 0.316
#> GSM29877 3 0.2558 0.62672 0.056 0.000 0.896 0.016 0.016 0.016
#> GSM29880 2 0.3752 0.59111 0.000 0.828 0.012 0.052 0.036 0.072
#> GSM29881 3 0.5669 0.38722 0.016 0.000 0.584 0.016 0.300 0.084
#> GSM29884 2 0.5672 0.44977 0.000 0.504 0.000 0.384 0.088 0.024
#> GSM29887 2 0.5516 0.47884 0.000 0.536 0.000 0.360 0.084 0.020
#> GSM29890 6 0.5949 0.40600 0.292 0.000 0.176 0.008 0.004 0.520
#> GSM29893 1 0.0767 0.82942 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012 0.008
#> GSM29896 1 0.0146 0.83733 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29899 1 0.5263 0.51729 0.676 0.000 0.116 0.000 0.040 0.168
#> GSM29902 6 0.4934 0.53302 0.240 0.000 0.068 0.008 0.012 0.672
#> GSM29905 6 0.5326 0.51851 0.264 0.000 0.076 0.008 0.020 0.632
#> GSM29908 1 0.0146 0.83739 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.0260 0.83730 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.83779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.83779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.4702 0.42857 0.016 0.000 0.684 0.024 0.256 0.020
#> GSM29885 2 0.5678 0.44402 0.000 0.500 0.000 0.388 0.088 0.024
#> GSM29888 2 0.5659 0.45980 0.000 0.512 0.000 0.376 0.088 0.024
#> GSM29891 6 0.5515 0.28330 0.108 0.000 0.316 0.008 0.004 0.564
#> GSM29894 1 0.1353 0.82080 0.952 0.000 0.024 0.000 0.012 0.012
#> GSM29897 1 0.0405 0.83706 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM29900 3 0.6638 0.31648 0.228 0.000 0.496 0.008 0.040 0.228
#> GSM29903 6 0.5620 0.46214 0.244 0.000 0.156 0.008 0.004 0.588
#> GSM29906 6 0.5624 0.50914 0.256 0.000 0.100 0.008 0.024 0.612
#> GSM29909 1 0.4373 0.58634 0.740 0.000 0.100 0.004 0.004 0.152
#> GSM29956 1 0.0260 0.83739 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0260 0.83739 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0260 0.83739 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5306 0.33666 0.000 0.000 0.596 0.020 0.304 0.080
#> GSM29886 2 0.5183 0.49167 0.000 0.568 0.004 0.348 0.076 0.004
#> GSM29889 2 0.4637 0.53435 0.000 0.628 0.000 0.308 0.064 0.000
#> GSM29892 6 0.5708 0.51675 0.156 0.004 0.056 0.028 0.072 0.684
#> GSM29895 1 0.5169 0.71613 0.744 0.016 0.028 0.032 0.108 0.072
#> GSM29898 6 0.6958 0.42194 0.224 0.004 0.052 0.032 0.156 0.532
#> GSM29901 6 0.7705 -0.00225 0.096 0.000 0.312 0.028 0.204 0.360
#> GSM29904 6 0.6225 0.49284 0.176 0.004 0.044 0.036 0.108 0.632
#> GSM29907 6 0.6539 0.48993 0.188 0.004 0.060 0.032 0.116 0.600
#> GSM29910 1 0.5479 0.67145 0.712 0.016 0.020 0.032 0.104 0.116
#> GSM29957 1 0.6100 0.58841 0.644 0.012 0.020 0.040 0.116 0.168
#> GSM29960 1 0.4168 0.75382 0.812 0.016 0.016 0.024 0.080 0.052
#> GSM29963 1 0.6330 0.53002 0.612 0.008 0.028 0.032 0.144 0.176
#> GSM29964 2 0.6432 0.51318 0.000 0.540 0.000 0.248 0.120 0.092
#> GSM29967 5 0.4742 0.40857 0.000 0.012 0.020 0.340 0.616 0.012
#> GSM29970 5 0.5340 0.57051 0.004 0.000 0.128 0.020 0.656 0.192
#> GSM29973 2 0.6817 0.48734 0.000 0.492 0.000 0.248 0.152 0.108
#> GSM29976 6 0.4877 0.17726 0.028 0.000 0.376 0.004 0.016 0.576
#> GSM29979 6 0.7726 0.11738 0.004 0.168 0.032 0.092 0.324 0.380
#> GSM29982 5 0.5723 0.59527 0.032 0.000 0.216 0.100 0.636 0.016
#> GSM29985 3 0.6387 0.21320 0.012 0.000 0.448 0.012 0.344 0.184
#> GSM29988 6 0.5150 0.48623 0.008 0.076 0.052 0.044 0.068 0.752
#> GSM29991 4 0.6703 0.08992 0.048 0.004 0.056 0.452 0.048 0.392
#> GSM29994 6 0.4730 0.54223 0.200 0.000 0.072 0.008 0.012 0.708
#> GSM29997 6 0.4881 0.53062 0.052 0.028 0.088 0.020 0.040 0.772
#> GSM30000 6 0.6364 0.30201 0.376 0.000 0.032 0.024 0.092 0.476
#> GSM30003 3 0.4713 0.57401 0.036 0.000 0.704 0.024 0.012 0.224
#> GSM29965 2 0.6688 0.49156 0.000 0.504 0.000 0.260 0.132 0.104
#> GSM29968 5 0.4742 0.40857 0.000 0.012 0.020 0.340 0.616 0.012
#> GSM29971 5 0.5231 0.56007 0.000 0.000 0.196 0.020 0.656 0.128
#> GSM29974 2 0.7037 0.48103 0.000 0.484 0.004 0.232 0.156 0.124
#> GSM29977 6 0.4896 0.10121 0.020 0.000 0.420 0.004 0.020 0.536
#> GSM29980 6 0.7666 0.12687 0.000 0.172 0.036 0.092 0.316 0.384
#> GSM29983 5 0.5801 0.56739 0.024 0.000 0.248 0.104 0.608 0.016
#> GSM29986 3 0.4957 0.43971 0.008 0.000 0.648 0.016 0.280 0.048
#> GSM29989 6 0.5335 0.48295 0.000 0.076 0.080 0.044 0.072 0.728
#> GSM29992 4 0.6564 0.10793 0.020 0.000 0.096 0.448 0.048 0.388
#> GSM29995 1 0.4597 0.49500 0.688 0.000 0.056 0.008 0.004 0.244
#> GSM29998 6 0.4878 0.52887 0.040 0.028 0.104 0.020 0.040 0.768
#> GSM30001 6 0.7155 0.46038 0.112 0.004 0.156 0.048 0.120 0.560
#> GSM30004 3 0.4649 0.55634 0.032 0.000 0.696 0.024 0.008 0.240
#> GSM29966 2 0.6314 0.52390 0.000 0.556 0.000 0.240 0.120 0.084
#> GSM29969 5 0.4742 0.40857 0.000 0.012 0.020 0.340 0.616 0.012
#> GSM29972 5 0.4593 0.57885 0.000 0.000 0.084 0.020 0.724 0.172
#> GSM29975 2 0.6817 0.48734 0.000 0.492 0.000 0.248 0.152 0.108
#> GSM29978 6 0.5235 0.23516 0.008 0.000 0.328 0.008 0.068 0.588
#> GSM29981 5 0.7118 0.07013 0.000 0.172 0.012 0.088 0.468 0.260
#> GSM29984 5 0.5214 0.60978 0.000 0.000 0.200 0.108 0.664 0.028
#> GSM29987 3 0.6102 0.33952 0.000 0.000 0.516 0.032 0.308 0.144
#> GSM29990 6 0.6337 0.39235 0.000 0.124 0.036 0.072 0.140 0.628
#> GSM29993 4 0.6454 0.20459 0.012 0.004 0.076 0.492 0.060 0.356
#> GSM29996 6 0.6763 0.43483 0.232 0.004 0.048 0.028 0.140 0.548
#> GSM29999 6 0.4109 0.51002 0.000 0.044 0.052 0.028 0.064 0.812
#> GSM30002 6 0.7079 0.43346 0.084 0.012 0.080 0.064 0.184 0.576
#> GSM30005 3 0.5541 0.53156 0.000 0.000 0.616 0.044 0.084 0.256
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:kmeans 167 3.60e-02 0.671 9.25e-12 2
#> SD:kmeans 100 1.41e-04 0.583 2.96e-12 3
#> SD:kmeans 92 1.63e-06 0.972 9.74e-17 4
#> SD:kmeans 100 1.80e-06 0.917 9.65e-22 5
#> SD:kmeans 95 1.16e-13 0.869 2.03e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.699 0.863 0.935 0.4891 0.521 0.521
#> 3 3 0.469 0.589 0.803 0.3681 0.725 0.511
#> 4 4 0.498 0.485 0.710 0.1210 0.844 0.581
#> 5 5 0.525 0.433 0.643 0.0664 0.857 0.524
#> 6 6 0.577 0.434 0.619 0.0417 0.908 0.600
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0672 0.9436 0.008 0.992
#> GSM29786 2 0.5294 0.8704 0.120 0.880
#> GSM29789 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.6712 0.8068 0.176 0.824
#> GSM29798 2 0.7056 0.7858 0.192 0.808
#> GSM29801 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29807 2 0.9833 0.1663 0.424 0.576
#> GSM29816 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0672 0.9184 0.992 0.008
#> GSM29824 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0376 0.9200 0.996 0.004
#> GSM29830 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0672 0.9183 0.992 0.008
#> GSM29784 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29787 2 0.5737 0.8536 0.136 0.864
#> GSM29790 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.3431 0.9170 0.064 0.936
#> GSM29799 2 0.7219 0.7748 0.200 0.800
#> GSM29802 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29814 2 0.9909 0.0920 0.444 0.556
#> GSM29817 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.2948 0.9241 0.052 0.948
#> GSM29791 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.1184 0.9410 0.016 0.984
#> GSM29800 2 0.3274 0.9193 0.060 0.940
#> GSM29803 1 0.6247 0.7924 0.844 0.156
#> GSM29806 1 0.6623 0.8016 0.828 0.172
#> GSM29815 2 0.2778 0.9152 0.048 0.952
#> GSM29819 1 0.0376 0.9199 0.996 0.004
#> GSM29823 1 0.8016 0.6693 0.756 0.244
#> GSM29826 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29829 1 0.0672 0.9187 0.992 0.008
#> GSM29832 1 0.0376 0.9199 0.996 0.004
#> GSM29835 1 0.9977 0.1035 0.528 0.472
#> GSM29836 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.3114 0.9224 0.056 0.944
#> GSM29842 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.2236 0.9331 0.036 0.964
#> GSM29848 2 0.5178 0.8747 0.116 0.884
#> GSM29851 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0672 0.9186 0.992 0.008
#> GSM29860 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.2778 0.8993 0.952 0.048
#> GSM29872 1 0.9580 0.4769 0.620 0.380
#> GSM29875 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.1633 0.9366 0.024 0.976
#> GSM29837 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.2236 0.9328 0.036 0.964
#> GSM29843 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM29849 2 0.5178 0.8747 0.116 0.884
#> GSM29852 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0672 0.9186 0.992 0.008
#> GSM29861 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.9358 0.5377 0.648 0.352
#> GSM29876 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.9963 0.2231 0.536 0.464
#> GSM29838 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0376 0.9443 0.004 0.996
#> GSM29844 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM29850 2 0.2778 0.9262 0.048 0.952
#> GSM29853 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29856 1 0.8267 0.6535 0.740 0.260
#> GSM29859 1 0.9552 0.4855 0.624 0.376
#> GSM29862 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29865 1 0.9983 0.0687 0.524 0.476
#> GSM29868 1 0.3584 0.8813 0.932 0.068
#> GSM29871 1 0.7950 0.7225 0.760 0.240
#> GSM29874 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29881 1 0.0672 0.9184 0.992 0.008
#> GSM29884 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29905 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29908 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29958 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29882 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29885 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29906 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29909 1 0.1184 0.9155 0.984 0.016
#> GSM29956 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.0376 0.9199 0.996 0.004
#> GSM29886 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.1633 0.9119 0.976 0.024
#> GSM29895 1 0.9580 0.4289 0.620 0.380
#> GSM29898 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.3733 0.8827 0.928 0.072
#> GSM29907 1 0.0938 0.9171 0.988 0.012
#> GSM29910 1 0.6973 0.7911 0.812 0.188
#> GSM29957 2 0.5842 0.8207 0.140 0.860
#> GSM29960 1 0.3431 0.8812 0.936 0.064
#> GSM29963 1 0.7950 0.7296 0.760 0.240
#> GSM29964 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM29970 1 0.4562 0.8652 0.904 0.096
#> GSM29973 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.3584 0.9138 0.068 0.932
#> GSM29985 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29988 1 0.9087 0.5916 0.676 0.324
#> GSM29991 2 0.6343 0.8264 0.160 0.840
#> GSM29994 1 0.2043 0.9073 0.968 0.032
#> GSM29997 1 0.4562 0.8657 0.904 0.096
#> GSM30000 1 0.7815 0.7339 0.768 0.232
#> GSM30003 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM29971 1 0.3733 0.8829 0.928 0.072
#> GSM29974 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29980 2 0.0938 0.9404 0.012 0.988
#> GSM29983 1 0.9323 0.4882 0.652 0.348
#> GSM29986 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29989 1 0.7950 0.7227 0.760 0.240
#> GSM29992 2 0.8499 0.6574 0.276 0.724
#> GSM29995 1 0.1633 0.9117 0.976 0.024
#> GSM29998 1 0.4431 0.8683 0.908 0.092
#> GSM30001 1 0.6887 0.7869 0.816 0.184
#> GSM30004 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM29972 1 0.9635 0.4532 0.612 0.388
#> GSM29975 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.9451 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.4022 0.9053 0.080 0.920
#> GSM29987 1 0.5629 0.8171 0.868 0.132
#> GSM29990 1 0.9522 0.4999 0.628 0.372
#> GSM29993 2 0.4939 0.8798 0.108 0.892
#> GSM29996 1 0.2423 0.9025 0.960 0.040
#> GSM29999 1 0.7745 0.7375 0.772 0.228
#> GSM30002 2 0.2043 0.9289 0.032 0.968
#> GSM30005 1 0.1184 0.9142 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.3009 0.7617 0.028 0.920 0.052
#> GSM29786 2 0.6154 0.4298 0.000 0.592 0.408
#> GSM29789 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29792 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29795 2 0.8409 0.4181 0.308 0.580 0.112
#> GSM29798 2 0.6192 0.4097 0.000 0.580 0.420
#> GSM29801 3 0.6274 0.3178 0.456 0.000 0.544
#> GSM29804 3 0.5363 0.4908 0.276 0.000 0.724
#> GSM29807 3 0.7466 0.2320 0.036 0.444 0.520
#> GSM29816 3 0.4750 0.6246 0.216 0.000 0.784
#> GSM29821 1 0.6307 -0.2101 0.512 0.000 0.488
#> GSM29824 1 0.2261 0.7684 0.932 0.000 0.068
#> GSM29827 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0237 0.7761 0.996 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.1031 0.7856 0.000 0.976 0.024
#> GSM29787 2 0.6126 0.4416 0.000 0.600 0.400
#> GSM29790 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.5519 0.6949 0.068 0.812 0.120
#> GSM29799 2 0.6308 0.2509 0.000 0.508 0.492
#> GSM29802 3 0.3340 0.6681 0.120 0.000 0.880
#> GSM29805 3 0.5016 0.6019 0.240 0.000 0.760
#> GSM29814 3 0.7534 0.2827 0.040 0.428 0.532
#> GSM29817 3 0.5882 0.4891 0.348 0.000 0.652
#> GSM29822 3 0.5621 0.5342 0.308 0.000 0.692
#> GSM29825 1 0.6180 0.0840 0.584 0.000 0.416
#> GSM29828 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0237 0.7761 0.996 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29788 2 0.6095 0.4532 0.000 0.608 0.392
#> GSM29791 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29794 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29797 2 0.3886 0.7411 0.024 0.880 0.096
#> GSM29800 2 0.6192 0.4097 0.000 0.580 0.420
#> GSM29803 3 0.0848 0.6743 0.008 0.008 0.984
#> GSM29806 3 0.3851 0.6240 0.004 0.136 0.860
#> GSM29815 3 0.6291 0.1933 0.000 0.468 0.532
#> GSM29819 3 0.0237 0.6734 0.004 0.000 0.996
#> GSM29823 3 0.6410 0.3078 0.420 0.004 0.576
#> GSM29826 3 0.2537 0.6607 0.080 0.000 0.920
#> GSM29829 1 0.2711 0.7538 0.912 0.000 0.088
#> GSM29832 1 0.2356 0.7592 0.928 0.000 0.072
#> GSM29835 1 0.2496 0.7590 0.928 0.004 0.068
#> GSM29836 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29839 2 0.3678 0.7506 0.028 0.892 0.080
#> GSM29842 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29845 2 0.6252 0.3634 0.000 0.556 0.444
#> GSM29848 2 0.6204 0.4025 0.000 0.576 0.424
#> GSM29851 3 0.5988 0.4743 0.368 0.000 0.632
#> GSM29854 3 0.2261 0.6806 0.068 0.000 0.932
#> GSM29857 3 0.3983 0.6433 0.144 0.004 0.852
#> GSM29860 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29863 3 0.5465 0.5172 0.288 0.000 0.712
#> GSM29866 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.4526 0.6989 0.856 0.104 0.040
#> GSM29872 1 0.9527 0.2580 0.464 0.332 0.204
#> GSM29875 3 0.6180 0.4044 0.416 0.000 0.584
#> GSM29878 1 0.6267 0.2213 0.548 0.452 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.1647 0.7817 0.004 0.960 0.036
#> GSM29843 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29846 2 0.6305 0.2720 0.000 0.516 0.484
#> GSM29849 2 0.6225 0.3872 0.000 0.568 0.432
#> GSM29852 3 0.5706 0.5270 0.320 0.000 0.680
#> GSM29855 3 0.2796 0.6766 0.092 0.000 0.908
#> GSM29858 3 0.3752 0.6458 0.144 0.000 0.856
#> GSM29861 2 0.0237 0.7915 0.004 0.996 0.000
#> GSM29864 3 0.5882 0.4843 0.348 0.000 0.652
#> GSM29867 1 0.4178 0.6535 0.828 0.000 0.172
#> GSM29870 1 0.5618 0.5277 0.732 0.008 0.260
#> GSM29873 2 0.9985 -0.2152 0.324 0.360 0.316
#> GSM29876 3 0.5254 0.5789 0.264 0.000 0.736
#> GSM29879 1 0.7475 0.3248 0.580 0.376 0.044
#> GSM29838 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.1399 0.7850 0.004 0.968 0.028
#> GSM29844 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.6140 0.4350 0.000 0.596 0.404
#> GSM29850 2 0.6111 0.4482 0.000 0.604 0.396
#> GSM29853 3 0.4931 0.5703 0.232 0.000 0.768
#> GSM29856 3 0.1878 0.6721 0.044 0.004 0.952
#> GSM29859 3 0.5098 0.5304 0.000 0.248 0.752
#> GSM29862 2 0.2173 0.7570 0.008 0.944 0.048
#> GSM29865 3 0.2926 0.6683 0.036 0.040 0.924
#> GSM29868 1 0.4531 0.7197 0.824 0.008 0.168
#> GSM29871 3 0.7379 0.3466 0.040 0.376 0.584
#> GSM29874 2 0.8470 0.1487 0.344 0.552 0.104
#> GSM29877 3 0.5760 0.5189 0.328 0.000 0.672
#> GSM29880 2 0.1999 0.7642 0.012 0.952 0.036
#> GSM29881 3 0.2448 0.6781 0.076 0.000 0.924
#> GSM29884 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29890 1 0.1964 0.7652 0.944 0.000 0.056
#> GSM29893 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.1753 0.7724 0.952 0.000 0.048
#> GSM29902 1 0.5650 0.5642 0.688 0.000 0.312
#> GSM29905 1 0.5497 0.5886 0.708 0.000 0.292
#> GSM29908 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0424 0.7773 0.992 0.000 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.4178 0.6429 0.172 0.000 0.828
#> GSM29885 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29891 1 0.6180 0.3268 0.584 0.000 0.416
#> GSM29894 1 0.1163 0.7675 0.972 0.000 0.028
#> GSM29897 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.6308 -0.0699 0.508 0.000 0.492
#> GSM29903 1 0.4842 0.6459 0.776 0.000 0.224
#> GSM29906 1 0.5497 0.5814 0.708 0.000 0.292
#> GSM29909 1 0.3116 0.7396 0.892 0.000 0.108
#> GSM29956 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.7771 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0424 0.6755 0.008 0.000 0.992
#> GSM29886 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 1 0.5497 0.6246 0.708 0.000 0.292
#> GSM29895 1 0.3896 0.7335 0.864 0.008 0.128
#> GSM29898 1 0.5905 0.5522 0.648 0.000 0.352
#> GSM29901 3 0.4555 0.5335 0.200 0.000 0.800
#> GSM29904 1 0.5706 0.5895 0.680 0.000 0.320
#> GSM29907 1 0.5948 0.5414 0.640 0.000 0.360
#> GSM29910 1 0.3112 0.7500 0.900 0.004 0.096
#> GSM29957 1 0.6001 0.6945 0.784 0.072 0.144
#> GSM29960 1 0.1860 0.7635 0.948 0.000 0.052
#> GSM29963 1 0.5366 0.6905 0.776 0.016 0.208
#> GSM29964 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29967 2 0.5363 0.5960 0.000 0.724 0.276
#> GSM29970 3 0.2446 0.6807 0.052 0.012 0.936
#> GSM29973 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29976 3 0.3192 0.6731 0.112 0.000 0.888
#> GSM29979 2 0.6632 0.4029 0.036 0.692 0.272
#> GSM29982 3 0.9395 -0.0412 0.172 0.396 0.432
#> GSM29985 3 0.2356 0.6792 0.072 0.000 0.928
#> GSM29988 3 0.9305 0.2585 0.164 0.380 0.456
#> GSM29991 3 0.9666 0.1725 0.216 0.356 0.428
#> GSM29994 1 0.5882 0.5143 0.652 0.000 0.348
#> GSM29997 1 0.7901 0.4888 0.608 0.080 0.312
#> GSM30000 1 0.6781 0.6282 0.704 0.052 0.244
#> GSM30003 3 0.4121 0.6516 0.168 0.000 0.832
#> GSM29965 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29968 2 0.5397 0.5914 0.000 0.720 0.280
#> GSM29971 3 0.2496 0.6820 0.068 0.004 0.928
#> GSM29974 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29977 3 0.3192 0.6724 0.112 0.000 0.888
#> GSM29980 3 0.6825 0.1334 0.012 0.492 0.496
#> GSM29983 3 0.7245 0.4442 0.368 0.036 0.596
#> GSM29986 3 0.2625 0.6770 0.084 0.000 0.916
#> GSM29989 3 0.8586 0.3413 0.104 0.376 0.520
#> GSM29992 3 0.8263 0.4230 0.120 0.268 0.612
#> GSM29995 1 0.0237 0.7761 0.996 0.000 0.004
#> GSM29998 1 0.8739 0.2799 0.496 0.112 0.392
#> GSM30001 3 0.8591 0.2043 0.300 0.128 0.572
#> GSM30004 3 0.4235 0.6503 0.176 0.000 0.824
#> GSM29966 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29969 2 0.5178 0.6164 0.000 0.744 0.256
#> GSM29972 3 0.2434 0.6702 0.036 0.024 0.940
#> GSM29975 2 0.0000 0.7929 0.000 1.000 0.000
#> GSM29978 3 0.1289 0.6726 0.032 0.000 0.968
#> GSM29981 2 0.3755 0.6844 0.008 0.872 0.120
#> GSM29984 2 0.6302 0.3084 0.000 0.520 0.480
#> GSM29987 3 0.0000 0.6729 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 3 0.9260 0.2306 0.160 0.376 0.464
#> GSM29993 3 0.7777 0.0373 0.052 0.416 0.532
#> GSM29996 1 0.4605 0.7002 0.796 0.000 0.204
#> GSM29999 3 0.8486 0.3391 0.104 0.348 0.548
#> GSM30002 3 0.9105 0.1862 0.140 0.412 0.448
#> GSM30005 3 0.0424 0.6738 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.5559 0.57803 0.004 0.740 0.120 0.136
#> GSM29786 2 0.6840 0.21959 0.000 0.520 0.108 0.372
#> GSM29789 2 0.2310 0.69503 0.004 0.920 0.068 0.008
#> GSM29792 2 0.2602 0.69183 0.008 0.908 0.076 0.008
#> GSM29795 2 0.8231 0.23856 0.336 0.472 0.148 0.044
#> GSM29798 4 0.6653 -0.00333 0.000 0.436 0.084 0.480
#> GSM29801 4 0.5099 0.58169 0.200 0.004 0.048 0.748
#> GSM29804 4 0.7277 0.39017 0.204 0.000 0.260 0.536
#> GSM29807 3 0.4814 0.45419 0.000 0.316 0.676 0.008
#> GSM29816 4 0.5662 0.53641 0.072 0.000 0.236 0.692
#> GSM29821 4 0.5980 0.49695 0.300 0.008 0.048 0.644
#> GSM29824 1 0.4669 0.65443 0.796 0.000 0.104 0.100
#> GSM29827 1 0.0188 0.76497 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29830 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29784 2 0.3900 0.64440 0.000 0.844 0.084 0.072
#> GSM29787 2 0.6867 0.19265 0.000 0.508 0.108 0.384
#> GSM29790 2 0.1211 0.70106 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM29793 2 0.2197 0.69211 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM29796 2 0.5765 0.58715 0.036 0.748 0.152 0.064
#> GSM29799 4 0.6259 0.36484 0.000 0.300 0.084 0.616
#> GSM29802 4 0.3525 0.62309 0.040 0.000 0.100 0.860
#> GSM29805 4 0.6134 0.51525 0.104 0.000 0.236 0.660
#> GSM29814 3 0.5668 0.47391 0.000 0.300 0.652 0.048
#> GSM29817 4 0.4233 0.62095 0.120 0.008 0.044 0.828
#> GSM29822 4 0.4144 0.62438 0.104 0.000 0.068 0.828
#> GSM29825 1 0.7362 -0.11652 0.444 0.000 0.160 0.396
#> GSM29828 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29831 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.0657 0.76177 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM29785 2 0.3037 0.66526 0.000 0.888 0.076 0.036
#> GSM29788 2 0.6682 0.33761 0.000 0.576 0.112 0.312
#> GSM29791 2 0.2781 0.69132 0.008 0.904 0.072 0.016
#> GSM29794 2 0.3255 0.68346 0.012 0.880 0.092 0.016
#> GSM29797 2 0.5321 0.60686 0.012 0.760 0.160 0.068
#> GSM29800 2 0.6708 0.05591 0.000 0.464 0.088 0.448
#> GSM29803 4 0.2164 0.62128 0.004 0.004 0.068 0.924
#> GSM29806 4 0.5952 0.35959 0.008 0.032 0.364 0.596
#> GSM29815 3 0.5538 0.44142 0.000 0.320 0.644 0.036
#> GSM29819 4 0.4621 0.49975 0.008 0.000 0.284 0.708
#> GSM29823 4 0.5801 0.52911 0.196 0.024 0.056 0.724
#> GSM29826 4 0.6042 0.39568 0.048 0.000 0.392 0.560
#> GSM29829 1 0.2408 0.74410 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM29832 1 0.2494 0.74179 0.916 0.000 0.036 0.048
#> GSM29835 1 0.2864 0.73836 0.908 0.024 0.016 0.052
#> GSM29836 2 0.3479 0.66491 0.000 0.840 0.148 0.012
#> GSM29839 2 0.3911 0.65295 0.028 0.856 0.024 0.092
#> GSM29842 2 0.1820 0.69438 0.000 0.944 0.036 0.020
#> GSM29845 4 0.6725 0.22091 0.000 0.348 0.104 0.548
#> GSM29848 4 0.6495 0.00973 0.000 0.436 0.072 0.492
#> GSM29851 4 0.4150 0.61850 0.120 0.000 0.056 0.824
#> GSM29854 4 0.5453 0.52124 0.032 0.000 0.320 0.648
#> GSM29857 4 0.5526 0.35770 0.020 0.000 0.416 0.564
#> GSM29860 2 0.4946 0.57775 0.016 0.736 0.236 0.012
#> GSM29863 4 0.4030 0.62532 0.092 0.000 0.072 0.836
#> GSM29866 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29869 1 0.7803 0.31468 0.560 0.056 0.276 0.108
#> GSM29872 3 0.7833 0.36674 0.248 0.260 0.484 0.008
#> GSM29875 4 0.4839 0.58064 0.200 0.000 0.044 0.756
#> GSM29878 2 0.7584 0.03378 0.420 0.432 0.136 0.012
#> GSM29837 2 0.4072 0.58133 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM29840 2 0.3536 0.66783 0.020 0.876 0.028 0.076
#> GSM29843 2 0.1510 0.69177 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM29846 4 0.6570 0.29956 0.000 0.320 0.100 0.580
#> GSM29849 4 0.6435 0.12752 0.000 0.396 0.072 0.532
#> GSM29852 4 0.3948 0.62061 0.096 0.000 0.064 0.840
#> GSM29855 4 0.4149 0.62198 0.028 0.000 0.168 0.804
#> GSM29858 4 0.5582 0.36085 0.024 0.000 0.400 0.576
#> GSM29861 2 0.4798 0.58606 0.012 0.744 0.232 0.012
#> GSM29864 4 0.3577 0.62626 0.072 0.004 0.056 0.868
#> GSM29867 1 0.6597 0.15145 0.540 0.000 0.088 0.372
#> GSM29870 1 0.7825 -0.07751 0.404 0.004 0.212 0.380
#> GSM29873 3 0.6920 0.47832 0.132 0.256 0.604 0.008
#> GSM29876 4 0.3810 0.62176 0.092 0.000 0.060 0.848
#> GSM29879 1 0.9084 -0.13189 0.388 0.328 0.204 0.080
#> GSM29838 2 0.3681 0.64687 0.000 0.816 0.176 0.008
#> GSM29841 2 0.2901 0.69194 0.016 0.908 0.036 0.040
#> GSM29844 2 0.1863 0.69603 0.004 0.944 0.040 0.012
#> GSM29847 2 0.6862 0.13878 0.000 0.488 0.104 0.408
#> GSM29850 2 0.6658 0.09402 0.000 0.472 0.084 0.444
#> GSM29853 4 0.2197 0.62688 0.024 0.000 0.048 0.928
#> GSM29856 4 0.5499 0.53042 0.024 0.012 0.284 0.680
#> GSM29859 3 0.5671 0.09480 0.000 0.028 0.572 0.400
#> GSM29862 2 0.5487 0.54627 0.016 0.712 0.240 0.032
#> GSM29865 4 0.3216 0.60695 0.004 0.008 0.124 0.864
#> GSM29868 1 0.5922 0.63087 0.724 0.012 0.140 0.124
#> GSM29871 3 0.6437 0.48979 0.012 0.128 0.676 0.184
#> GSM29874 2 0.8286 0.12094 0.160 0.476 0.320 0.044
#> GSM29877 4 0.3486 0.62776 0.092 0.000 0.044 0.864
#> GSM29880 2 0.5394 0.57118 0.020 0.732 0.216 0.032
#> GSM29881 4 0.4252 0.57991 0.004 0.000 0.252 0.744
#> GSM29884 2 0.0921 0.70011 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM29887 2 0.1211 0.69990 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM29890 1 0.5420 0.52430 0.684 0.000 0.272 0.044
#> GSM29893 1 0.0657 0.76384 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29896 1 0.0336 0.76482 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29899 1 0.4872 0.64567 0.776 0.000 0.148 0.076
#> GSM29902 3 0.5409 -0.15419 0.492 0.000 0.496 0.012
#> GSM29905 1 0.5383 0.22426 0.536 0.000 0.452 0.012
#> GSM29908 1 0.0188 0.76497 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.0707 0.76304 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29958 1 0.0188 0.76497 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0376 0.76460 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29882 4 0.3907 0.62323 0.032 0.000 0.140 0.828
#> GSM29885 2 0.1118 0.69903 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM29888 2 0.1637 0.69831 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM29891 3 0.7762 0.16470 0.316 0.000 0.428 0.256
#> GSM29894 1 0.1610 0.75335 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM29897 1 0.0336 0.76414 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29900 4 0.7752 0.14675 0.360 0.000 0.236 0.404
#> GSM29903 1 0.6270 0.24269 0.536 0.000 0.404 0.060
#> GSM29906 1 0.5657 0.22614 0.540 0.000 0.436 0.024
#> GSM29909 1 0.3464 0.71007 0.860 0.000 0.108 0.032
#> GSM29956 1 0.0188 0.76493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0336 0.76414 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29962 1 0.0376 0.76501 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29883 4 0.3583 0.60169 0.004 0.000 0.180 0.816
#> GSM29886 2 0.0336 0.69912 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM29889 2 0.1211 0.70000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM29892 1 0.6064 0.24894 0.512 0.000 0.444 0.044
#> GSM29895 1 0.3802 0.71964 0.860 0.008 0.068 0.064
#> GSM29898 1 0.6702 0.15870 0.476 0.000 0.436 0.088
#> GSM29901 4 0.7425 0.03056 0.168 0.000 0.412 0.420
#> GSM29904 1 0.6008 0.21544 0.496 0.000 0.464 0.040
#> GSM29907 3 0.6137 -0.10856 0.448 0.000 0.504 0.048
#> GSM29910 1 0.3732 0.71009 0.852 0.000 0.092 0.056
#> GSM29957 1 0.5005 0.67820 0.800 0.036 0.116 0.048
#> GSM29960 1 0.2111 0.74707 0.932 0.000 0.024 0.044
#> GSM29963 1 0.4701 0.66187 0.780 0.000 0.164 0.056
#> GSM29964 2 0.3528 0.63551 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM29967 2 0.6790 0.45739 0.000 0.608 0.196 0.196
#> GSM29970 3 0.5050 -0.11554 0.004 0.000 0.588 0.408
#> GSM29973 2 0.3801 0.61499 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM29976 3 0.5846 -0.19964 0.032 0.000 0.516 0.452
#> GSM29979 3 0.5860 0.23706 0.000 0.380 0.580 0.040
#> GSM29982 4 0.9024 0.29810 0.104 0.240 0.192 0.464
#> GSM29985 4 0.5161 0.42613 0.008 0.000 0.400 0.592
#> GSM29988 3 0.4301 0.58236 0.008 0.192 0.788 0.012
#> GSM29991 3 0.7926 0.28969 0.072 0.280 0.552 0.096
#> GSM29994 3 0.5912 -0.02712 0.440 0.000 0.524 0.036
#> GSM29997 3 0.6722 0.49893 0.196 0.080 0.676 0.048
#> GSM30000 1 0.6273 0.37927 0.588 0.024 0.360 0.028
#> GSM30003 4 0.5774 0.47999 0.040 0.004 0.316 0.640
#> GSM29965 2 0.3837 0.61204 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM29968 2 0.6756 0.45535 0.000 0.612 0.188 0.200
#> GSM29971 4 0.5137 0.33318 0.004 0.000 0.452 0.544
#> GSM29974 2 0.4164 0.56588 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM29977 4 0.5987 0.27973 0.040 0.000 0.440 0.520
#> GSM29980 3 0.5599 0.45797 0.000 0.288 0.664 0.048
#> GSM29983 4 0.7533 0.49183 0.140 0.052 0.192 0.616
#> GSM29986 4 0.3105 0.62279 0.004 0.000 0.140 0.856
#> GSM29989 3 0.5037 0.58321 0.012 0.168 0.772 0.048
#> GSM29992 3 0.8009 0.18672 0.028 0.248 0.520 0.204
#> GSM29995 1 0.2489 0.73742 0.912 0.000 0.068 0.020
#> GSM29998 3 0.6556 0.54424 0.128 0.084 0.712 0.076
#> GSM30001 3 0.7553 0.48802 0.136 0.076 0.632 0.156
#> GSM30004 4 0.5979 0.49272 0.076 0.000 0.272 0.652
#> GSM29966 2 0.3486 0.63811 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM29969 2 0.6475 0.49631 0.000 0.644 0.184 0.172
#> GSM29972 3 0.5269 0.02831 0.000 0.016 0.620 0.364
#> GSM29975 2 0.3907 0.60426 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM29978 4 0.5296 0.17228 0.008 0.000 0.496 0.496
#> GSM29981 2 0.6659 0.17876 0.004 0.492 0.432 0.072
#> GSM29984 4 0.7692 0.35006 0.016 0.236 0.208 0.540
#> GSM29987 4 0.4222 0.56046 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM29990 3 0.5140 0.56577 0.016 0.200 0.752 0.032
#> GSM29993 3 0.7589 0.18933 0.012 0.324 0.508 0.156
#> GSM29996 1 0.6028 0.40488 0.584 0.000 0.364 0.052
#> GSM29999 3 0.4864 0.57601 0.008 0.144 0.788 0.060
#> GSM30002 3 0.6813 0.55171 0.064 0.152 0.688 0.096
#> GSM30005 4 0.4769 0.47649 0.000 0.008 0.308 0.684
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.6103 0.0970 0.004 0.556 0.088 0.340 0.012
#> GSM29786 4 0.6436 0.4198 0.000 0.332 0.140 0.516 0.012
#> GSM29789 2 0.3120 0.6925 0.000 0.864 0.004 0.048 0.084
#> GSM29792 2 0.3715 0.6895 0.000 0.824 0.004 0.064 0.108
#> GSM29795 1 0.7301 -0.0821 0.388 0.224 0.016 0.364 0.008
#> GSM29798 4 0.6927 0.4817 0.000 0.280 0.252 0.456 0.012
#> GSM29801 3 0.6716 0.4719 0.220 0.040 0.612 0.108 0.020
#> GSM29804 3 0.6637 0.4735 0.164 0.000 0.604 0.056 0.176
#> GSM29807 5 0.5498 0.4370 0.000 0.216 0.080 0.024 0.680
#> GSM29816 3 0.4088 0.5753 0.032 0.000 0.812 0.040 0.116
#> GSM29821 3 0.6989 0.3638 0.280 0.012 0.472 0.232 0.004
#> GSM29824 1 0.5561 0.5311 0.688 0.000 0.064 0.204 0.044
#> GSM29827 1 0.0451 0.7480 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29830 1 0.0324 0.7473 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29833 1 0.0451 0.7480 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29784 2 0.5170 0.2991 0.000 0.648 0.044 0.296 0.012
#> GSM29787 4 0.6321 0.4369 0.000 0.332 0.152 0.512 0.004
#> GSM29790 2 0.3291 0.6504 0.000 0.840 0.000 0.120 0.040
#> GSM29793 2 0.3051 0.6974 0.000 0.852 0.000 0.028 0.120
#> GSM29796 2 0.5582 0.0972 0.044 0.492 0.012 0.452 0.000
#> GSM29799 4 0.6852 0.3702 0.000 0.192 0.384 0.412 0.012
#> GSM29802 3 0.2472 0.5762 0.012 0.000 0.908 0.044 0.036
#> GSM29805 3 0.4323 0.5794 0.028 0.000 0.788 0.040 0.144
#> GSM29814 5 0.5653 0.4444 0.000 0.208 0.112 0.016 0.664
#> GSM29817 3 0.4610 0.5461 0.092 0.008 0.760 0.140 0.000
#> GSM29822 3 0.4387 0.5732 0.076 0.004 0.796 0.108 0.016
#> GSM29825 1 0.7363 -0.2042 0.380 0.000 0.328 0.264 0.028
#> GSM29828 1 0.0290 0.7477 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0290 0.7477 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0566 0.7462 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM29785 2 0.4524 0.4069 0.000 0.692 0.020 0.280 0.008
#> GSM29788 4 0.6142 0.3646 0.000 0.368 0.120 0.508 0.004
#> GSM29791 2 0.4381 0.6649 0.004 0.784 0.004 0.112 0.096
#> GSM29794 2 0.4320 0.6774 0.000 0.780 0.004 0.096 0.120
#> GSM29797 2 0.5250 0.2892 0.008 0.564 0.008 0.400 0.020
#> GSM29800 4 0.6678 0.4454 0.000 0.316 0.180 0.492 0.012
#> GSM29803 3 0.4999 0.5014 0.000 0.012 0.732 0.148 0.108
#> GSM29806 3 0.6221 0.4236 0.004 0.016 0.584 0.108 0.288
#> GSM29815 5 0.5677 0.4195 0.000 0.224 0.072 0.036 0.668
#> GSM29819 3 0.5115 0.5244 0.000 0.012 0.720 0.108 0.160
#> GSM29823 3 0.8434 0.1731 0.180 0.060 0.376 0.336 0.048
#> GSM29826 4 0.7213 -0.2788 0.024 0.000 0.352 0.396 0.228
#> GSM29829 1 0.4235 0.6715 0.812 0.008 0.016 0.068 0.096
#> GSM29832 1 0.4016 0.6766 0.828 0.016 0.008 0.072 0.076
#> GSM29835 1 0.5985 0.5974 0.696 0.068 0.016 0.160 0.060
#> GSM29836 2 0.4269 0.6834 0.000 0.780 0.004 0.076 0.140
#> GSM29839 2 0.4370 0.5535 0.036 0.784 0.032 0.148 0.000
#> GSM29842 2 0.4307 0.5483 0.000 0.768 0.024 0.184 0.024
#> GSM29845 4 0.6863 0.4395 0.000 0.212 0.320 0.456 0.012
#> GSM29848 4 0.6668 0.4742 0.000 0.296 0.264 0.440 0.000
#> GSM29851 3 0.4367 0.5484 0.128 0.000 0.784 0.076 0.012
#> GSM29854 3 0.6484 0.3459 0.012 0.000 0.484 0.368 0.136
#> GSM29857 3 0.4525 0.5200 0.000 0.000 0.724 0.056 0.220
#> GSM29860 2 0.4726 0.5951 0.000 0.696 0.004 0.044 0.256
#> GSM29863 3 0.6736 0.3957 0.100 0.008 0.524 0.336 0.032
#> GSM29866 1 0.0566 0.7462 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM29869 1 0.7652 -0.1150 0.380 0.028 0.244 0.012 0.336
#> GSM29872 5 0.6738 0.4488 0.140 0.176 0.024 0.036 0.624
#> GSM29875 3 0.4982 0.5457 0.176 0.000 0.732 0.072 0.020
#> GSM29878 2 0.6930 0.2840 0.296 0.520 0.004 0.032 0.148
#> GSM29837 2 0.5272 0.5666 0.000 0.624 0.004 0.060 0.312
#> GSM29840 2 0.4523 0.5454 0.016 0.760 0.036 0.184 0.004
#> GSM29843 2 0.3128 0.5731 0.000 0.824 0.004 0.168 0.004
#> GSM29846 4 0.6844 0.4145 0.000 0.200 0.340 0.448 0.012
#> GSM29849 4 0.6624 0.4831 0.000 0.280 0.264 0.456 0.000
#> GSM29852 3 0.3572 0.5654 0.068 0.000 0.844 0.076 0.012
#> GSM29855 3 0.5303 0.4051 0.004 0.000 0.576 0.372 0.048
#> GSM29858 3 0.4210 0.5073 0.000 0.000 0.740 0.036 0.224
#> GSM29861 2 0.4870 0.5845 0.000 0.680 0.008 0.040 0.272
#> GSM29864 3 0.6040 0.4189 0.084 0.008 0.592 0.304 0.012
#> GSM29867 3 0.5527 0.1095 0.468 0.000 0.480 0.012 0.040
#> GSM29870 3 0.7437 0.2360 0.284 0.012 0.472 0.032 0.200
#> GSM29873 5 0.6138 0.4976 0.072 0.164 0.064 0.016 0.684
#> GSM29876 3 0.3581 0.5777 0.060 0.000 0.848 0.072 0.020
#> GSM29879 2 0.8878 -0.1284 0.244 0.340 0.180 0.020 0.216
#> GSM29838 2 0.4497 0.6667 0.000 0.732 0.000 0.060 0.208
#> GSM29841 2 0.4316 0.5922 0.016 0.796 0.024 0.144 0.020
#> GSM29844 2 0.3250 0.6405 0.000 0.844 0.008 0.128 0.020
#> GSM29847 4 0.6462 0.4693 0.000 0.292 0.160 0.536 0.012
#> GSM29850 4 0.6569 0.4199 0.000 0.336 0.216 0.448 0.000
#> GSM29853 3 0.5162 0.4919 0.008 0.020 0.732 0.172 0.068
#> GSM29856 4 0.6405 0.0397 0.012 0.024 0.220 0.620 0.124
#> GSM29859 5 0.6094 -0.0826 0.000 0.024 0.436 0.064 0.476
#> GSM29862 2 0.5339 0.5620 0.000 0.652 0.004 0.084 0.260
#> GSM29865 3 0.6177 0.3180 0.000 0.008 0.496 0.388 0.108
#> GSM29868 1 0.8491 0.2859 0.460 0.052 0.088 0.180 0.220
#> GSM29871 5 0.5553 0.3779 0.000 0.064 0.292 0.016 0.628
#> GSM29874 5 0.7073 0.1033 0.072 0.336 0.004 0.088 0.500
#> GSM29877 3 0.4355 0.5715 0.072 0.000 0.796 0.108 0.024
#> GSM29880 2 0.5637 0.5419 0.004 0.636 0.004 0.096 0.260
#> GSM29881 3 0.5766 0.3472 0.000 0.000 0.516 0.392 0.092
#> GSM29884 2 0.3242 0.6349 0.000 0.844 0.000 0.116 0.040
#> GSM29887 2 0.3281 0.6672 0.000 0.848 0.000 0.092 0.060
#> GSM29890 1 0.6686 0.1014 0.484 0.000 0.204 0.008 0.304
#> GSM29893 1 0.1124 0.7428 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM29896 1 0.0771 0.7432 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM29899 1 0.5368 0.6008 0.736 0.000 0.108 0.076 0.080
#> GSM29902 5 0.6366 0.1369 0.400 0.000 0.128 0.008 0.464
#> GSM29905 1 0.6411 -0.0830 0.444 0.000 0.120 0.012 0.424
#> GSM29908 1 0.0162 0.7468 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.0968 0.7438 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM29958 1 0.0451 0.7480 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0451 0.7471 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM29882 3 0.5574 0.4410 0.016 0.000 0.592 0.340 0.052
#> GSM29885 2 0.3445 0.6192 0.000 0.824 0.000 0.140 0.036
#> GSM29888 2 0.3639 0.6613 0.000 0.824 0.000 0.100 0.076
#> GSM29891 3 0.6815 -0.0218 0.208 0.000 0.424 0.008 0.360
#> GSM29894 1 0.2853 0.6989 0.876 0.000 0.052 0.072 0.000
#> GSM29897 1 0.0451 0.7481 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29900 3 0.7841 0.3016 0.288 0.000 0.440 0.144 0.128
#> GSM29903 5 0.6781 0.1019 0.392 0.000 0.196 0.008 0.404
#> GSM29906 1 0.6536 -0.1205 0.420 0.000 0.168 0.004 0.408
#> GSM29909 1 0.4462 0.6113 0.788 0.004 0.096 0.012 0.100
#> GSM29956 1 0.0162 0.7476 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0290 0.7477 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0290 0.7476 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5895 0.3134 0.000 0.000 0.460 0.440 0.100
#> GSM29886 2 0.2416 0.6447 0.000 0.888 0.000 0.100 0.012
#> GSM29889 2 0.2922 0.6786 0.000 0.872 0.000 0.072 0.056
#> GSM29892 5 0.7163 0.2267 0.308 0.012 0.116 0.048 0.516
#> GSM29895 1 0.6046 0.5633 0.660 0.036 0.008 0.208 0.088
#> GSM29898 5 0.7259 0.0741 0.356 0.008 0.044 0.132 0.460
#> GSM29901 4 0.8392 -0.2168 0.116 0.004 0.284 0.308 0.288
#> GSM29904 5 0.6452 0.2368 0.312 0.032 0.020 0.060 0.576
#> GSM29907 5 0.6616 0.2310 0.312 0.000 0.064 0.076 0.548
#> GSM29910 1 0.5660 0.5907 0.712 0.032 0.012 0.092 0.152
#> GSM29957 1 0.6596 0.5357 0.652 0.064 0.020 0.104 0.160
#> GSM29960 1 0.4126 0.6749 0.820 0.024 0.004 0.088 0.064
#> GSM29963 1 0.6550 0.4799 0.604 0.020 0.012 0.164 0.200
#> GSM29964 2 0.4547 0.6444 0.000 0.704 0.000 0.044 0.252
#> GSM29967 4 0.4202 0.4172 0.000 0.228 0.016 0.744 0.012
#> GSM29970 4 0.6188 0.0318 0.000 0.000 0.176 0.540 0.284
#> GSM29973 2 0.4863 0.6146 0.000 0.672 0.000 0.056 0.272
#> GSM29976 3 0.6277 0.2309 0.036 0.000 0.520 0.068 0.376
#> GSM29979 5 0.6941 0.1864 0.000 0.300 0.020 0.204 0.476
#> GSM29982 4 0.5339 0.2956 0.072 0.060 0.112 0.748 0.008
#> GSM29985 3 0.6312 0.3089 0.000 0.000 0.452 0.392 0.156
#> GSM29988 5 0.4193 0.5446 0.016 0.060 0.080 0.020 0.824
#> GSM29991 4 0.9202 0.2259 0.048 0.188 0.168 0.304 0.292
#> GSM29994 5 0.6169 0.2925 0.324 0.000 0.136 0.004 0.536
#> GSM29997 5 0.5185 0.4891 0.144 0.000 0.128 0.012 0.716
#> GSM30000 1 0.7112 0.1142 0.492 0.036 0.028 0.084 0.360
#> GSM30003 3 0.3653 0.5631 0.012 0.000 0.828 0.036 0.124
#> GSM29965 2 0.4883 0.5976 0.000 0.652 0.000 0.048 0.300
#> GSM29968 4 0.4065 0.4363 0.000 0.212 0.020 0.760 0.008
#> GSM29971 4 0.6287 -0.0233 0.004 0.000 0.260 0.552 0.184
#> GSM29974 2 0.5069 0.5476 0.000 0.620 0.000 0.052 0.328
#> GSM29977 3 0.5547 0.3280 0.028 0.000 0.600 0.036 0.336
#> GSM29980 5 0.7064 0.2876 0.000 0.240 0.048 0.184 0.528
#> GSM29983 4 0.5610 0.1748 0.128 0.008 0.172 0.684 0.008
#> GSM29986 3 0.5202 0.4317 0.000 0.000 0.596 0.348 0.056
#> GSM29989 5 0.4147 0.5277 0.004 0.052 0.128 0.012 0.804
#> GSM29992 4 0.8910 0.2359 0.020 0.160 0.260 0.292 0.268
#> GSM29995 1 0.4058 0.6113 0.796 0.000 0.052 0.008 0.144
#> GSM29998 5 0.4681 0.4897 0.076 0.000 0.148 0.016 0.760
#> GSM30001 5 0.7905 0.3605 0.076 0.052 0.180 0.148 0.544
#> GSM30004 3 0.4292 0.5608 0.048 0.000 0.788 0.020 0.144
#> GSM29966 2 0.4163 0.6591 0.000 0.740 0.000 0.032 0.228
#> GSM29969 4 0.3910 0.3928 0.000 0.248 0.008 0.740 0.004
#> GSM29972 4 0.5699 0.1340 0.000 0.008 0.092 0.612 0.288
#> GSM29975 2 0.4969 0.5919 0.000 0.652 0.000 0.056 0.292
#> GSM29978 5 0.5943 -0.1961 0.008 0.000 0.444 0.080 0.468
#> GSM29981 5 0.6926 0.0940 0.000 0.296 0.004 0.320 0.380
#> GSM29984 4 0.4268 0.3517 0.000 0.064 0.104 0.804 0.028
#> GSM29987 3 0.6415 0.2803 0.000 0.004 0.424 0.424 0.148
#> GSM29990 5 0.3912 0.5384 0.000 0.092 0.028 0.052 0.828
#> GSM29993 4 0.8620 0.3435 0.008 0.228 0.160 0.340 0.264
#> GSM29996 5 0.6727 0.0979 0.380 0.008 0.048 0.068 0.496
#> GSM29999 5 0.2692 0.5256 0.000 0.016 0.092 0.008 0.884
#> GSM30002 5 0.7676 0.4006 0.052 0.116 0.072 0.196 0.564
#> GSM30005 3 0.5421 0.5090 0.000 0.016 0.696 0.120 0.168
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.3777 0.54580 0.000 0.124 0.040 0.808 0.020 0.008
#> GSM29786 4 0.3383 0.66106 0.000 0.032 0.076 0.840 0.052 0.000
#> GSM29789 2 0.3709 0.61719 0.004 0.804 0.012 0.148 0.020 0.012
#> GSM29792 2 0.2563 0.63783 0.004 0.872 0.000 0.108 0.008 0.008
#> GSM29795 1 0.7798 -0.13301 0.308 0.216 0.000 0.232 0.240 0.004
#> GSM29798 4 0.3317 0.65153 0.000 0.012 0.168 0.804 0.016 0.000
#> GSM29801 3 0.6017 0.46462 0.200 0.012 0.640 0.088 0.044 0.016
#> GSM29804 3 0.7751 0.35548 0.172 0.008 0.500 0.072 0.152 0.096
#> GSM29807 6 0.5997 0.34335 0.000 0.352 0.052 0.008 0.064 0.524
#> GSM29816 3 0.5628 0.45305 0.024 0.000 0.660 0.028 0.100 0.188
#> GSM29821 3 0.7528 0.27571 0.232 0.020 0.464 0.084 0.188 0.012
#> GSM29824 1 0.5759 0.38570 0.576 0.000 0.060 0.012 0.312 0.040
#> GSM29827 1 0.0603 0.77609 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM29830 1 0.0146 0.77753 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0146 0.77703 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.3632 0.37921 0.000 0.228 0.008 0.752 0.008 0.004
#> GSM29787 4 0.4587 0.63550 0.000 0.068 0.084 0.756 0.092 0.000
#> GSM29790 2 0.4075 0.53491 0.000 0.668 0.004 0.312 0.012 0.004
#> GSM29793 2 0.2821 0.63782 0.000 0.832 0.000 0.152 0.000 0.016
#> GSM29796 2 0.7046 0.05211 0.052 0.392 0.008 0.316 0.232 0.000
#> GSM29799 4 0.3421 0.55557 0.000 0.000 0.256 0.736 0.008 0.000
#> GSM29802 3 0.3141 0.51058 0.000 0.000 0.852 0.084 0.040 0.024
#> GSM29805 3 0.5461 0.47870 0.036 0.004 0.720 0.056 0.096 0.088
#> GSM29814 6 0.6295 0.37540 0.000 0.336 0.096 0.008 0.052 0.508
#> GSM29817 3 0.4821 0.48982 0.072 0.000 0.744 0.100 0.080 0.004
#> GSM29822 3 0.4604 0.49715 0.056 0.000 0.772 0.084 0.072 0.016
#> GSM29825 3 0.6829 0.08815 0.312 0.000 0.356 0.004 0.296 0.032
#> GSM29828 1 0.0725 0.77632 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM29831 1 0.0909 0.77446 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012
#> GSM29834 1 0.1049 0.76688 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008 0.000
#> GSM29785 4 0.4124 0.20564 0.000 0.324 0.004 0.656 0.012 0.004
#> GSM29788 4 0.4087 0.63771 0.000 0.080 0.044 0.792 0.084 0.000
#> GSM29791 2 0.4271 0.59838 0.004 0.764 0.004 0.152 0.064 0.012
#> GSM29794 2 0.3401 0.62605 0.000 0.832 0.004 0.104 0.048 0.012
#> GSM29797 2 0.6465 0.24508 0.012 0.468 0.004 0.212 0.296 0.008
#> GSM29800 4 0.2793 0.66171 0.000 0.004 0.112 0.856 0.028 0.000
#> GSM29803 3 0.5998 0.39843 0.000 0.000 0.608 0.184 0.136 0.072
#> GSM29806 3 0.7331 0.28921 0.000 0.024 0.488 0.116 0.168 0.204
#> GSM29815 6 0.6369 0.35367 0.000 0.312 0.060 0.008 0.100 0.520
#> GSM29819 3 0.6555 0.34936 0.000 0.000 0.552 0.124 0.180 0.144
#> GSM29823 3 0.8610 0.08912 0.160 0.080 0.344 0.124 0.276 0.016
#> GSM29826 5 0.7153 0.17517 0.044 0.004 0.268 0.032 0.476 0.176
#> GSM29829 1 0.4353 0.69572 0.788 0.004 0.024 0.016 0.072 0.096
#> GSM29832 1 0.3737 0.72393 0.832 0.016 0.008 0.012 0.068 0.064
#> GSM29835 1 0.6100 0.60426 0.656 0.120 0.024 0.024 0.148 0.028
#> GSM29836 2 0.3327 0.64355 0.000 0.844 0.000 0.076 0.044 0.036
#> GSM29839 2 0.4835 0.39604 0.012 0.584 0.020 0.372 0.012 0.000
#> GSM29842 4 0.4705 -0.12134 0.000 0.388 0.008 0.576 0.012 0.016
#> GSM29845 4 0.3660 0.62611 0.000 0.004 0.188 0.772 0.036 0.000
#> GSM29848 4 0.5850 0.55828 0.000 0.084 0.204 0.620 0.092 0.000
#> GSM29851 3 0.4797 0.51319 0.088 0.000 0.736 0.136 0.032 0.008
#> GSM29854 5 0.6224 0.10025 0.012 0.000 0.380 0.052 0.484 0.072
#> GSM29857 3 0.6274 0.40643 0.000 0.000 0.564 0.096 0.104 0.236
#> GSM29860 2 0.2110 0.61379 0.000 0.900 0.000 0.004 0.012 0.084
#> GSM29863 3 0.7251 0.17762 0.080 0.000 0.408 0.152 0.340 0.020
#> GSM29866 1 0.1465 0.77127 0.948 0.000 0.024 0.004 0.004 0.020
#> GSM29869 6 0.8065 0.24029 0.244 0.116 0.268 0.012 0.020 0.340
#> GSM29872 6 0.6903 0.34855 0.088 0.328 0.020 0.012 0.064 0.488
#> GSM29875 3 0.4865 0.50121 0.132 0.000 0.740 0.068 0.048 0.012
#> GSM29878 2 0.5895 0.47330 0.188 0.664 0.024 0.020 0.036 0.068
#> GSM29837 2 0.5900 0.47851 0.000 0.632 0.004 0.116 0.072 0.176
#> GSM29840 2 0.5065 0.42988 0.004 0.612 0.032 0.320 0.032 0.000
#> GSM29843 2 0.4521 0.32755 0.000 0.532 0.008 0.444 0.012 0.004
#> GSM29846 4 0.3891 0.60439 0.000 0.004 0.200 0.756 0.036 0.004
#> GSM29849 4 0.6026 0.52066 0.000 0.080 0.228 0.592 0.100 0.000
#> GSM29852 3 0.4218 0.51485 0.044 0.000 0.792 0.112 0.032 0.020
#> GSM29855 5 0.5170 0.06050 0.000 0.000 0.468 0.044 0.468 0.020
#> GSM29858 3 0.5544 0.40456 0.000 0.000 0.620 0.052 0.076 0.252
#> GSM29861 2 0.2313 0.60447 0.000 0.884 0.000 0.004 0.012 0.100
#> GSM29864 3 0.6925 0.35433 0.084 0.000 0.528 0.152 0.216 0.020
#> GSM29867 3 0.5430 0.20077 0.412 0.000 0.500 0.000 0.020 0.068
#> GSM29870 3 0.6475 0.21579 0.180 0.012 0.532 0.008 0.020 0.248
#> GSM29873 6 0.6643 0.41224 0.048 0.292 0.052 0.008 0.056 0.544
#> GSM29876 3 0.4149 0.50486 0.032 0.000 0.808 0.072 0.056 0.032
#> GSM29879 2 0.8274 -0.08168 0.172 0.364 0.268 0.016 0.032 0.148
#> GSM29838 2 0.4163 0.62739 0.000 0.788 0.000 0.088 0.056 0.068
#> GSM29841 2 0.5055 0.51036 0.004 0.652 0.008 0.264 0.064 0.008
#> GSM29844 2 0.4491 0.52665 0.000 0.680 0.004 0.268 0.040 0.008
#> GSM29847 4 0.3940 0.64899 0.000 0.020 0.096 0.800 0.080 0.004
#> GSM29850 4 0.6023 0.54403 0.000 0.136 0.156 0.616 0.092 0.000
#> GSM29853 3 0.6204 0.43133 0.012 0.008 0.616 0.192 0.124 0.048
#> GSM29856 5 0.5395 0.41759 0.012 0.020 0.160 0.040 0.708 0.060
#> GSM29859 3 0.7811 0.10090 0.000 0.072 0.356 0.076 0.144 0.352
#> GSM29862 2 0.3320 0.58852 0.000 0.844 0.004 0.016 0.056 0.080
#> GSM29865 3 0.6902 0.12960 0.000 0.000 0.408 0.180 0.336 0.076
#> GSM29868 1 0.8720 0.19441 0.376 0.072 0.080 0.048 0.204 0.220
#> GSM29871 6 0.6910 0.33893 0.000 0.148 0.292 0.012 0.072 0.476
#> GSM29874 2 0.6748 0.11017 0.044 0.524 0.008 0.016 0.140 0.268
#> GSM29877 3 0.4674 0.48931 0.040 0.000 0.764 0.072 0.104 0.020
#> GSM29880 2 0.4550 0.59585 0.012 0.784 0.012 0.044 0.056 0.092
#> GSM29881 5 0.5791 0.33016 0.000 0.000 0.308 0.064 0.564 0.064
#> GSM29884 2 0.4747 0.46941 0.000 0.548 0.000 0.412 0.024 0.016
#> GSM29887 2 0.4620 0.50842 0.000 0.580 0.000 0.384 0.016 0.020
#> GSM29890 6 0.6220 0.35574 0.272 0.000 0.204 0.000 0.024 0.500
#> GSM29893 1 0.1862 0.76869 0.928 0.000 0.004 0.008 0.044 0.016
#> GSM29896 1 0.1121 0.77645 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> GSM29899 1 0.6612 0.38561 0.564 0.000 0.104 0.008 0.144 0.180
#> GSM29902 6 0.5394 0.46827 0.256 0.000 0.088 0.004 0.024 0.628
#> GSM29905 6 0.5537 0.44209 0.264 0.000 0.088 0.008 0.024 0.616
#> GSM29908 1 0.0551 0.77686 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM29955 1 0.1313 0.77191 0.952 0.000 0.000 0.004 0.016 0.028
#> GSM29958 1 0.0291 0.77743 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.0260 0.77792 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5622 -0.02266 0.016 0.000 0.500 0.036 0.416 0.032
#> GSM29885 2 0.4861 0.43161 0.000 0.512 0.000 0.444 0.024 0.020
#> GSM29888 2 0.4922 0.49940 0.000 0.556 0.000 0.392 0.020 0.032
#> GSM29891 6 0.5872 0.29731 0.124 0.000 0.304 0.000 0.028 0.544
#> GSM29894 1 0.2978 0.72142 0.856 0.000 0.084 0.008 0.052 0.000
#> GSM29897 1 0.0458 0.77659 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.7584 0.14813 0.264 0.000 0.388 0.008 0.156 0.184
#> GSM29903 6 0.6236 0.36956 0.240 0.000 0.220 0.004 0.020 0.516
#> GSM29906 6 0.6038 0.42538 0.268 0.000 0.132 0.008 0.028 0.564
#> GSM29909 1 0.5574 0.43281 0.644 0.012 0.128 0.008 0.008 0.200
#> GSM29956 1 0.0291 0.77762 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM29959 1 0.0260 0.77677 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0458 0.77570 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29883 5 0.5478 0.32385 0.000 0.000 0.312 0.028 0.580 0.080
#> GSM29886 2 0.4667 0.54445 0.000 0.624 0.000 0.328 0.032 0.016
#> GSM29889 2 0.4172 0.57477 0.000 0.672 0.000 0.300 0.016 0.012
#> GSM29892 6 0.5978 0.46485 0.168 0.008 0.068 0.008 0.100 0.648
#> GSM29895 1 0.6464 0.54013 0.580 0.056 0.012 0.024 0.256 0.072
#> GSM29898 6 0.7336 0.24372 0.216 0.008 0.044 0.024 0.276 0.432
#> GSM29901 5 0.7511 0.18134 0.092 0.000 0.160 0.036 0.444 0.268
#> GSM29904 6 0.5989 0.43839 0.220 0.024 0.028 0.008 0.092 0.628
#> GSM29907 6 0.5806 0.45650 0.148 0.000 0.076 0.020 0.088 0.668
#> GSM29910 1 0.6121 0.59399 0.660 0.060 0.016 0.020 0.100 0.144
#> GSM29957 1 0.7552 0.43305 0.524 0.088 0.024 0.036 0.148 0.180
#> GSM29960 1 0.4201 0.70704 0.804 0.044 0.008 0.012 0.092 0.040
#> GSM29963 1 0.7529 0.35852 0.476 0.040 0.036 0.024 0.212 0.212
#> GSM29964 2 0.4607 0.59787 0.000 0.724 0.000 0.180 0.028 0.068
#> GSM29967 5 0.4770 0.25823 0.000 0.040 0.000 0.380 0.572 0.008
#> GSM29970 5 0.5254 0.50277 0.000 0.008 0.072 0.056 0.696 0.168
#> GSM29973 2 0.5639 0.55363 0.000 0.648 0.000 0.160 0.060 0.132
#> GSM29976 6 0.6013 0.15705 0.012 0.000 0.340 0.016 0.116 0.516
#> GSM29979 5 0.7030 -0.06726 0.000 0.312 0.000 0.060 0.320 0.308
#> GSM29982 5 0.5552 0.49558 0.012 0.064 0.076 0.144 0.696 0.008
#> GSM29985 5 0.5651 0.36391 0.004 0.000 0.228 0.016 0.604 0.148
#> GSM29988 6 0.5119 0.50343 0.008 0.176 0.044 0.004 0.060 0.708
#> GSM29991 4 0.6910 0.17839 0.016 0.008 0.088 0.464 0.076 0.348
#> GSM29994 6 0.4816 0.49739 0.160 0.000 0.100 0.004 0.020 0.716
#> GSM29997 6 0.5442 0.53842 0.060 0.112 0.068 0.004 0.036 0.720
#> GSM30000 1 0.8036 -0.00588 0.412 0.052 0.028 0.056 0.172 0.280
#> GSM30003 3 0.5846 0.45882 0.004 0.000 0.624 0.092 0.068 0.212
#> GSM29965 2 0.5565 0.53388 0.000 0.640 0.000 0.184 0.040 0.136
#> GSM29968 5 0.5250 0.25394 0.000 0.072 0.008 0.352 0.564 0.004
#> GSM29971 5 0.5218 0.49480 0.000 0.004 0.116 0.056 0.704 0.120
#> GSM29974 2 0.5660 0.51824 0.000 0.648 0.000 0.132 0.064 0.156
#> GSM29977 3 0.5643 0.01986 0.012 0.000 0.484 0.012 0.072 0.420
#> GSM29980 5 0.7592 -0.07828 0.000 0.284 0.028 0.064 0.312 0.312
#> GSM29983 5 0.5660 0.46208 0.028 0.020 0.140 0.136 0.672 0.004
#> GSM29986 5 0.5354 0.11334 0.000 0.000 0.456 0.048 0.468 0.028
#> GSM29989 6 0.5134 0.49933 0.000 0.192 0.072 0.000 0.052 0.684
#> GSM29992 4 0.6632 0.24897 0.004 0.008 0.100 0.492 0.068 0.328
#> GSM29995 1 0.5084 0.42762 0.644 0.000 0.116 0.000 0.008 0.232
#> GSM29998 6 0.5126 0.51986 0.036 0.092 0.096 0.000 0.040 0.736
#> GSM30001 6 0.8870 0.19329 0.072 0.092 0.116 0.104 0.212 0.404
#> GSM30004 3 0.5355 0.35129 0.024 0.000 0.628 0.032 0.032 0.284
#> GSM29966 2 0.4277 0.61399 0.000 0.764 0.000 0.128 0.024 0.084
#> GSM29969 5 0.5258 0.20780 0.000 0.092 0.000 0.364 0.540 0.004
#> GSM29972 5 0.4715 0.51264 0.000 0.008 0.048 0.056 0.744 0.144
#> GSM29975 2 0.5647 0.54939 0.000 0.648 0.000 0.144 0.060 0.148
#> GSM29978 6 0.6074 0.17230 0.004 0.000 0.272 0.020 0.168 0.536
#> GSM29981 5 0.6635 0.03819 0.000 0.356 0.008 0.032 0.424 0.180
#> GSM29984 5 0.4835 0.50642 0.004 0.040 0.056 0.156 0.736 0.008
#> GSM29987 5 0.6245 0.25072 0.000 0.000 0.288 0.100 0.536 0.076
#> GSM29990 6 0.5855 0.42131 0.000 0.232 0.028 0.012 0.120 0.608
#> GSM29993 4 0.6253 0.36659 0.000 0.016 0.072 0.568 0.072 0.272
#> GSM29996 6 0.7184 0.36768 0.240 0.040 0.060 0.016 0.112 0.532
#> GSM29999 6 0.4299 0.50525 0.000 0.148 0.032 0.000 0.060 0.760
#> GSM30002 6 0.8548 0.12226 0.016 0.148 0.072 0.136 0.272 0.356
#> GSM30005 3 0.6858 0.34273 0.000 0.000 0.512 0.168 0.164 0.156
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:skmeans 160 1.45e-02 0.318 7.38e-11 2
#> SD:skmeans 122 1.76e-05 0.711 7.07e-15 3
#> SD:skmeans 99 3.80e-10 0.868 1.27e-17 4
#> SD:skmeans 81 1.09e-07 0.814 4.12e-14 5
#> SD:skmeans 72 1.35e-09 0.585 1.95e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.377 0.742 0.876 0.4915 0.502 0.502
#> 3 3 0.346 0.604 0.780 0.3039 0.785 0.599
#> 4 4 0.379 0.430 0.684 0.1110 0.907 0.754
#> 5 5 0.438 0.475 0.674 0.0672 0.889 0.670
#> 6 6 0.502 0.407 0.647 0.0477 0.911 0.673
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29786 2 0.9087 0.4765 0.324 0.676
#> GSM29789 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.2236 0.8633 0.036 0.964
#> GSM29798 2 0.4161 0.8453 0.084 0.916
#> GSM29801 2 0.5178 0.8260 0.116 0.884
#> GSM29804 2 0.9795 0.2470 0.416 0.584
#> GSM29807 2 0.8443 0.5617 0.272 0.728
#> GSM29816 1 0.2423 0.8273 0.960 0.040
#> GSM29821 2 0.9580 0.4150 0.380 0.620
#> GSM29824 1 0.6438 0.7610 0.836 0.164
#> GSM29827 2 0.5178 0.8147 0.116 0.884
#> GSM29830 2 0.5294 0.8206 0.120 0.880
#> GSM29833 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29784 2 0.0376 0.8736 0.004 0.996
#> GSM29787 2 0.8267 0.6676 0.260 0.740
#> GSM29790 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29799 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29802 1 0.9170 0.5705 0.668 0.332
#> GSM29805 1 0.9661 0.4156 0.608 0.392
#> GSM29814 2 0.8661 0.5318 0.288 0.712
#> GSM29817 1 0.9922 0.2655 0.552 0.448
#> GSM29822 1 0.7139 0.7455 0.804 0.196
#> GSM29825 1 0.4562 0.8136 0.904 0.096
#> GSM29828 2 0.7883 0.6857 0.236 0.764
#> GSM29831 2 0.7528 0.6959 0.216 0.784
#> GSM29834 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29785 2 0.3733 0.8512 0.072 0.928
#> GSM29788 1 0.9129 0.5387 0.672 0.328
#> GSM29791 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0376 0.8735 0.004 0.996
#> GSM29797 2 0.4431 0.8435 0.092 0.908
#> GSM29800 1 0.9608 0.4542 0.616 0.384
#> GSM29803 1 0.0938 0.8292 0.988 0.012
#> GSM29806 1 0.1414 0.8304 0.980 0.020
#> GSM29815 1 0.9710 0.4560 0.600 0.400
#> GSM29819 1 0.0672 0.8278 0.992 0.008
#> GSM29823 1 0.0938 0.8288 0.988 0.012
#> GSM29826 1 0.0376 0.8272 0.996 0.004
#> GSM29829 1 0.2423 0.8280 0.960 0.040
#> GSM29832 1 0.3584 0.8244 0.932 0.068
#> GSM29835 1 0.8443 0.6179 0.728 0.272
#> GSM29836 2 0.0672 0.8733 0.008 0.992
#> GSM29839 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29848 2 0.4431 0.8356 0.092 0.908
#> GSM29851 2 0.3879 0.8511 0.076 0.924
#> GSM29854 1 0.1843 0.8308 0.972 0.028
#> GSM29857 1 0.6887 0.7725 0.816 0.184
#> GSM29860 2 0.0376 0.8735 0.004 0.996
#> GSM29863 1 0.0376 0.8272 0.996 0.004
#> GSM29866 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29869 2 0.0376 0.8730 0.004 0.996
#> GSM29872 2 0.0376 0.8732 0.004 0.996
#> GSM29875 2 0.7299 0.7486 0.204 0.796
#> GSM29878 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29849 2 0.4161 0.8405 0.084 0.916
#> GSM29852 1 0.9580 0.4571 0.620 0.380
#> GSM29855 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.8327 0.6915 0.736 0.264
#> GSM29861 2 0.1414 0.8721 0.020 0.980
#> GSM29864 1 0.2423 0.8256 0.960 0.040
#> GSM29867 2 0.7376 0.6914 0.208 0.792
#> GSM29870 2 0.1414 0.8713 0.020 0.980
#> GSM29873 2 0.2948 0.8580 0.052 0.948
#> GSM29876 2 0.7602 0.7200 0.220 0.780
#> GSM29879 2 0.0376 0.8730 0.004 0.996
#> GSM29838 2 0.4690 0.8304 0.100 0.900
#> GSM29841 1 0.9922 0.3153 0.552 0.448
#> GSM29844 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.2603 0.8658 0.044 0.956
#> GSM29850 2 0.4431 0.8361 0.092 0.908
#> GSM29853 1 0.1633 0.8296 0.976 0.024
#> GSM29856 1 0.0376 0.8272 0.996 0.004
#> GSM29859 1 0.2948 0.8235 0.948 0.052
#> GSM29862 1 0.9922 0.2709 0.552 0.448
#> GSM29865 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29868 1 0.2043 0.8293 0.968 0.032
#> GSM29871 1 0.5178 0.8068 0.884 0.116
#> GSM29874 1 0.9970 0.2365 0.532 0.468
#> GSM29877 1 0.8327 0.6812 0.736 0.264
#> GSM29880 2 0.6343 0.7846 0.160 0.840
#> GSM29881 2 0.6623 0.7828 0.172 0.828
#> GSM29884 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.9580 0.4223 0.620 0.380
#> GSM29893 1 0.8144 0.6852 0.748 0.252
#> GSM29896 2 0.5178 0.8274 0.116 0.884
#> GSM29899 1 0.8016 0.7021 0.756 0.244
#> GSM29902 2 0.8499 0.6020 0.276 0.724
#> GSM29905 2 0.9710 0.2175 0.400 0.600
#> GSM29908 2 0.0376 0.8735 0.004 0.996
#> GSM29955 2 0.3431 0.8553 0.064 0.936
#> GSM29958 2 0.1633 0.8679 0.024 0.976
#> GSM29961 2 0.5946 0.8047 0.144 0.856
#> GSM29882 1 0.7299 0.7287 0.796 0.204
#> GSM29885 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.5737 0.7984 0.864 0.136
#> GSM29894 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.9044 0.5898 0.680 0.320
#> GSM29900 1 0.5629 0.7929 0.868 0.132
#> GSM29903 2 0.8813 0.5883 0.300 0.700
#> GSM29906 2 0.9286 0.4215 0.344 0.656
#> GSM29909 2 0.5294 0.7992 0.120 0.880
#> GSM29956 2 0.8081 0.6568 0.248 0.752
#> GSM29959 2 0.3584 0.8564 0.068 0.932
#> GSM29962 2 0.1843 0.8663 0.028 0.972
#> GSM29883 1 0.1184 0.8291 0.984 0.016
#> GSM29886 2 0.0672 0.8735 0.008 0.992
#> GSM29889 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.5629 0.7980 0.868 0.132
#> GSM29895 1 0.0376 0.8263 0.996 0.004
#> GSM29898 1 0.0376 0.8272 0.996 0.004
#> GSM29901 1 0.1184 0.8296 0.984 0.016
#> GSM29904 1 0.1414 0.8303 0.980 0.020
#> GSM29907 1 0.2236 0.8308 0.964 0.036
#> GSM29910 1 0.0672 0.8282 0.992 0.008
#> GSM29957 1 0.7299 0.7541 0.796 0.204
#> GSM29960 1 0.1184 0.8302 0.984 0.016
#> GSM29963 1 0.1414 0.8302 0.980 0.020
#> GSM29964 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.3114 0.8564 0.056 0.944
#> GSM29970 1 0.9044 0.5951 0.680 0.320
#> GSM29973 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.9491 0.4672 0.632 0.368
#> GSM29979 2 0.5408 0.8193 0.124 0.876
#> GSM29982 1 0.9896 0.2621 0.560 0.440
#> GSM29985 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29988 2 0.1633 0.8714 0.024 0.976
#> GSM29991 2 0.7299 0.7092 0.204 0.796
#> GSM29994 2 0.9635 0.2709 0.388 0.612
#> GSM29997 1 0.8861 0.6523 0.696 0.304
#> GSM30000 2 0.1843 0.8678 0.028 0.972
#> GSM30003 1 0.9815 0.3945 0.580 0.420
#> GSM29965 2 0.0376 0.8730 0.004 0.996
#> GSM29968 2 0.4431 0.8434 0.092 0.908
#> GSM29971 1 0.0672 0.8282 0.992 0.008
#> GSM29974 2 0.0672 0.8732 0.008 0.992
#> GSM29977 1 0.0938 0.8291 0.988 0.012
#> GSM29980 2 0.9970 -0.0485 0.468 0.532
#> GSM29983 1 0.6343 0.7642 0.840 0.160
#> GSM29986 1 0.3431 0.8194 0.936 0.064
#> GSM29989 2 0.7950 0.6571 0.240 0.760
#> GSM29992 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000
#> GSM29995 2 0.5946 0.7987 0.144 0.856
#> GSM29998 1 0.9944 0.3051 0.544 0.456
#> GSM30001 2 0.9580 0.3081 0.380 0.620
#> GSM30004 1 0.7453 0.7384 0.788 0.212
#> GSM29966 2 0.0376 0.8730 0.004 0.996
#> GSM29969 1 0.9970 0.1253 0.532 0.468
#> GSM29972 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29975 2 0.7674 0.6542 0.224 0.776
#> GSM29978 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29981 1 0.2603 0.8286 0.956 0.044
#> GSM29984 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29987 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000
#> GSM29990 1 0.4022 0.8221 0.920 0.080
#> GSM29993 2 0.9795 0.1679 0.416 0.584
#> GSM29996 1 0.0938 0.8292 0.988 0.012
#> GSM29999 1 0.3584 0.8240 0.932 0.068
#> GSM30002 1 0.4298 0.8147 0.912 0.088
#> GSM30005 1 0.2423 0.8285 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29786 2 0.5845 0.5148 0.004 0.688 0.308
#> GSM29789 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0237 0.8303 0.004 0.996 0.000
#> GSM29795 2 0.2680 0.8028 0.068 0.924 0.008
#> GSM29798 2 0.3425 0.7871 0.004 0.884 0.112
#> GSM29801 2 0.6546 0.6770 0.096 0.756 0.148
#> GSM29804 1 0.9868 0.3173 0.384 0.360 0.256
#> GSM29807 1 0.9229 0.5122 0.496 0.336 0.168
#> GSM29816 1 0.5619 0.5463 0.744 0.012 0.244
#> GSM29821 2 0.8322 0.4588 0.120 0.604 0.276
#> GSM29824 3 0.8101 0.5534 0.228 0.132 0.640
#> GSM29827 2 0.7126 0.6258 0.164 0.720 0.116
#> GSM29830 2 0.7944 0.5592 0.196 0.660 0.144
#> GSM29833 2 0.1529 0.8198 0.040 0.960 0.000
#> GSM29784 2 0.0237 0.8303 0.000 0.996 0.004
#> GSM29787 2 0.6875 0.6427 0.080 0.724 0.196
#> GSM29790 2 0.0424 0.8297 0.008 0.992 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29799 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29802 1 0.8921 0.5473 0.516 0.136 0.348
#> GSM29805 1 0.9017 0.4392 0.516 0.148 0.336
#> GSM29814 1 0.8334 0.5923 0.616 0.248 0.136
#> GSM29817 1 0.9319 0.5347 0.484 0.176 0.340
#> GSM29822 1 0.6825 0.2839 0.500 0.012 0.488
#> GSM29825 1 0.6168 0.5309 0.740 0.036 0.224
#> GSM29828 2 0.9059 -0.1334 0.408 0.456 0.136
#> GSM29831 1 0.7339 0.4348 0.572 0.392 0.036
#> GSM29834 2 0.2165 0.8140 0.064 0.936 0.000
#> GSM29785 2 0.2165 0.8135 0.000 0.936 0.064
#> GSM29788 3 0.4784 0.5625 0.004 0.200 0.796
#> GSM29791 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0983 0.8297 0.016 0.980 0.004
#> GSM29797 2 0.4165 0.7875 0.076 0.876 0.048
#> GSM29800 3 0.5335 0.5354 0.008 0.232 0.760
#> GSM29803 3 0.1289 0.7094 0.032 0.000 0.968
#> GSM29806 3 0.1751 0.7265 0.028 0.012 0.960
#> GSM29815 3 0.9822 -0.1563 0.280 0.292 0.428
#> GSM29819 3 0.0983 0.7199 0.016 0.004 0.980
#> GSM29823 3 0.1525 0.7098 0.032 0.004 0.964
#> GSM29826 3 0.3784 0.7198 0.132 0.004 0.864
#> GSM29829 3 0.1399 0.7177 0.028 0.004 0.968
#> GSM29832 3 0.3134 0.7267 0.052 0.032 0.916
#> GSM29835 3 0.8271 0.3876 0.156 0.212 0.632
#> GSM29836 2 0.0475 0.8304 0.004 0.992 0.004
#> GSM29839 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29848 2 0.4618 0.7469 0.024 0.840 0.136
#> GSM29851 2 0.3886 0.7891 0.024 0.880 0.096
#> GSM29854 3 0.3769 0.7212 0.104 0.016 0.880
#> GSM29857 1 0.8635 0.5258 0.532 0.112 0.356
#> GSM29860 2 0.0848 0.8298 0.008 0.984 0.008
#> GSM29863 3 0.3454 0.7223 0.104 0.008 0.888
#> GSM29866 2 0.0237 0.8301 0.004 0.996 0.000
#> GSM29869 2 0.2796 0.7881 0.092 0.908 0.000
#> GSM29872 2 0.1163 0.8269 0.028 0.972 0.000
#> GSM29875 2 0.9355 0.0512 0.340 0.480 0.180
#> GSM29878 2 0.0424 0.8297 0.008 0.992 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29849 2 0.4662 0.7501 0.032 0.844 0.124
#> GSM29852 1 0.8708 0.4548 0.488 0.108 0.404
#> GSM29855 1 0.6045 0.4442 0.620 0.000 0.380
#> GSM29858 1 0.8280 0.5488 0.564 0.092 0.344
#> GSM29861 2 0.6096 0.5549 0.280 0.704 0.016
#> GSM29864 3 0.6280 -0.2639 0.460 0.000 0.540
#> GSM29867 1 0.8277 0.3584 0.464 0.460 0.076
#> GSM29870 1 0.6420 0.6009 0.688 0.288 0.024
#> GSM29873 1 0.6944 0.3151 0.516 0.468 0.016
#> GSM29876 1 0.6778 0.6126 0.732 0.080 0.188
#> GSM29879 2 0.1411 0.8238 0.036 0.964 0.000
#> GSM29838 2 0.4411 0.7361 0.016 0.844 0.140
#> GSM29841 3 0.5835 0.4187 0.000 0.340 0.660
#> GSM29844 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.1529 0.8247 0.000 0.960 0.040
#> GSM29850 2 0.4799 0.7444 0.032 0.836 0.132
#> GSM29853 3 0.0983 0.7128 0.016 0.004 0.980
#> GSM29856 3 0.2959 0.7215 0.100 0.000 0.900
#> GSM29859 1 0.6489 0.4129 0.540 0.004 0.456
#> GSM29862 3 0.7961 0.2545 0.076 0.336 0.588
#> GSM29865 3 0.0592 0.7122 0.012 0.000 0.988
#> GSM29868 3 0.2550 0.7085 0.056 0.012 0.932
#> GSM29871 1 0.7464 0.4825 0.560 0.040 0.400
#> GSM29874 3 0.8714 0.1455 0.108 0.408 0.484
#> GSM29877 1 0.8891 0.3420 0.448 0.120 0.432
#> GSM29880 2 0.6731 0.6533 0.088 0.740 0.172
#> GSM29881 2 0.6184 0.7105 0.108 0.780 0.112
#> GSM29884 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29890 1 0.4915 0.5627 0.804 0.012 0.184
#> GSM29893 3 0.7319 0.6293 0.164 0.128 0.708
#> GSM29896 2 0.8310 0.3961 0.312 0.584 0.104
#> GSM29899 3 0.8101 0.5510 0.228 0.132 0.640
#> GSM29902 2 0.9502 0.1164 0.308 0.480 0.212
#> GSM29905 2 0.9944 -0.3805 0.344 0.372 0.284
#> GSM29908 2 0.4399 0.7355 0.188 0.812 0.000
#> GSM29955 2 0.5848 0.6519 0.268 0.720 0.012
#> GSM29958 2 0.3272 0.7939 0.104 0.892 0.004
#> GSM29961 2 0.7287 0.6236 0.212 0.696 0.092
#> GSM29882 1 0.5012 0.5969 0.788 0.008 0.204
#> GSM29885 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29891 1 0.8082 0.5335 0.608 0.096 0.296
#> GSM29894 3 0.5905 0.5579 0.352 0.000 0.648
#> GSM29897 1 0.8243 0.1322 0.548 0.084 0.368
#> GSM29900 1 0.3637 0.6164 0.892 0.024 0.084
#> GSM29903 1 0.2383 0.6192 0.940 0.044 0.016
#> GSM29906 1 0.6644 0.6305 0.748 0.160 0.092
#> GSM29909 1 0.5058 0.6128 0.756 0.244 0.000
#> GSM29956 1 0.3670 0.6110 0.888 0.092 0.020
#> GSM29959 1 0.6955 -0.1524 0.496 0.488 0.016
#> GSM29962 2 0.4233 0.7621 0.160 0.836 0.004
#> GSM29883 3 0.2301 0.7088 0.060 0.004 0.936
#> GSM29886 2 0.0237 0.8303 0.000 0.996 0.004
#> GSM29889 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 3 0.8561 0.3465 0.368 0.104 0.528
#> GSM29895 3 0.3340 0.7229 0.120 0.000 0.880
#> GSM29898 3 0.4178 0.7103 0.172 0.000 0.828
#> GSM29901 3 0.3295 0.7251 0.096 0.008 0.896
#> GSM29904 3 0.5698 0.6624 0.252 0.012 0.736
#> GSM29907 3 0.2947 0.7288 0.060 0.020 0.920
#> GSM29910 3 0.2448 0.7247 0.076 0.000 0.924
#> GSM29957 3 0.5635 0.6283 0.036 0.180 0.784
#> GSM29960 3 0.6252 0.5853 0.344 0.008 0.648
#> GSM29963 3 0.3213 0.7245 0.092 0.008 0.900
#> GSM29964 2 0.0000 0.8302 0.000 1.000 0.000
#> GSM29967 2 0.3752 0.7823 0.096 0.884 0.020
#> GSM29970 3 0.9019 0.4517 0.224 0.216 0.560
#> GSM29973 2 0.0424 0.8303 0.008 0.992 0.000
#> GSM29976 1 0.5708 0.5530 0.768 0.028 0.204
#> GSM29979 2 0.5276 0.7465 0.128 0.820 0.052
#> GSM29982 3 0.9657 0.2717 0.240 0.300 0.460
#> GSM29985 3 0.6192 0.3004 0.420 0.000 0.580
#> GSM29988 2 0.6548 0.4061 0.372 0.616 0.012
#> GSM29991 2 0.8408 0.3474 0.272 0.600 0.128
#> GSM29994 1 0.7213 0.6172 0.700 0.212 0.088
#> GSM29997 1 0.9485 0.3781 0.484 0.212 0.304
#> GSM30000 2 0.2176 0.8193 0.032 0.948 0.020
#> GSM30003 3 0.6229 0.4240 0.008 0.340 0.652
#> GSM29965 2 0.0424 0.8294 0.008 0.992 0.000
#> GSM29968 2 0.4636 0.7671 0.104 0.852 0.044
#> GSM29971 1 0.3918 0.5927 0.856 0.004 0.140
#> GSM29974 2 0.0475 0.8299 0.004 0.992 0.004
#> GSM29977 1 0.4178 0.5985 0.828 0.000 0.172
#> GSM29980 2 0.9908 -0.4879 0.360 0.372 0.268
#> GSM29983 3 0.6918 0.6065 0.128 0.136 0.736
#> GSM29986 1 0.7069 0.3981 0.568 0.024 0.408
#> GSM29989 1 0.5689 0.6303 0.780 0.184 0.036
#> GSM29992 2 0.1411 0.8185 0.036 0.964 0.000
#> GSM29995 1 0.3528 0.6272 0.892 0.092 0.016
#> GSM29998 1 0.4062 0.6268 0.836 0.164 0.000
#> GSM30001 1 0.9547 0.4749 0.416 0.392 0.192
#> GSM30004 3 0.7569 0.5126 0.248 0.088 0.664
#> GSM29966 2 0.1643 0.8189 0.044 0.956 0.000
#> GSM29969 2 0.8676 0.2580 0.116 0.532 0.352
#> GSM29972 3 0.4733 0.6943 0.196 0.004 0.800
#> GSM29975 2 0.5473 0.6823 0.052 0.808 0.140
#> GSM29978 3 0.4291 0.6057 0.180 0.000 0.820
#> GSM29981 3 0.4540 0.7229 0.124 0.028 0.848
#> GSM29984 3 0.2711 0.7238 0.088 0.000 0.912
#> GSM29987 3 0.0747 0.7139 0.016 0.000 0.984
#> GSM29990 3 0.4920 0.6899 0.108 0.052 0.840
#> GSM29993 2 0.6680 -0.0989 0.008 0.508 0.484
#> GSM29996 3 0.4834 0.6815 0.204 0.004 0.792
#> GSM29999 3 0.7001 0.3170 0.340 0.032 0.628
#> GSM30002 3 0.4868 0.7131 0.100 0.056 0.844
#> GSM30005 3 0.0592 0.7161 0.000 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29786 2 0.4677 0.3497 0.004 0.680 0.316 0.000
#> GSM29789 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.1059 0.7239 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM29795 2 0.1930 0.7058 0.004 0.936 0.004 0.056
#> GSM29798 2 0.2737 0.6867 0.008 0.888 0.104 0.000
#> GSM29801 2 0.7969 0.3194 0.116 0.604 0.136 0.144
#> GSM29804 2 0.9983 -0.4050 0.244 0.276 0.252 0.228
#> GSM29807 1 0.8663 0.2243 0.476 0.288 0.160 0.076
#> GSM29816 1 0.5727 0.4917 0.688 0.000 0.236 0.076
#> GSM29821 2 0.8439 0.0955 0.080 0.528 0.236 0.156
#> GSM29824 3 0.7885 0.2457 0.072 0.068 0.476 0.384
#> GSM29827 2 0.7824 -0.2316 0.088 0.440 0.048 0.424
#> GSM29830 2 0.8368 -0.0121 0.080 0.508 0.120 0.292
#> GSM29833 2 0.3726 0.5722 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM29784 2 0.0188 0.7221 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM29787 2 0.6800 0.4560 0.056 0.684 0.164 0.096
#> GSM29790 2 0.0469 0.7232 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0469 0.7225 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29799 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29802 1 0.8402 0.4335 0.520 0.100 0.272 0.108
#> GSM29805 1 0.9464 0.2383 0.356 0.116 0.312 0.216
#> GSM29814 1 0.7151 0.4405 0.672 0.096 0.124 0.108
#> GSM29817 1 0.8775 0.3978 0.504 0.132 0.236 0.128
#> GSM29822 1 0.6846 0.2516 0.476 0.008 0.440 0.076
#> GSM29825 1 0.7100 0.4545 0.632 0.024 0.184 0.160
#> GSM29828 2 0.9333 -0.3112 0.316 0.360 0.096 0.228
#> GSM29831 1 0.8339 0.1773 0.472 0.244 0.032 0.252
#> GSM29834 2 0.4546 0.5147 0.012 0.732 0.000 0.256
#> GSM29785 2 0.2412 0.6948 0.000 0.908 0.084 0.008
#> GSM29788 3 0.5049 0.5298 0.012 0.112 0.788 0.088
#> GSM29791 2 0.0779 0.7237 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM29794 2 0.1509 0.7237 0.012 0.960 0.008 0.020
#> GSM29797 2 0.3533 0.6749 0.008 0.864 0.024 0.104
#> GSM29800 3 0.5389 0.4328 0.016 0.208 0.736 0.040
#> GSM29803 3 0.3081 0.6425 0.048 0.000 0.888 0.064
#> GSM29806 3 0.3043 0.6431 0.008 0.004 0.876 0.112
#> GSM29815 3 0.9858 -0.0984 0.252 0.208 0.332 0.208
#> GSM29819 3 0.2773 0.6503 0.028 0.000 0.900 0.072
#> GSM29823 3 0.3851 0.6138 0.056 0.004 0.852 0.088
#> GSM29826 3 0.4864 0.6277 0.060 0.000 0.768 0.172
#> GSM29829 3 0.2773 0.6289 0.004 0.000 0.880 0.116
#> GSM29832 3 0.3268 0.6540 0.028 0.024 0.892 0.056
#> GSM29835 4 0.8648 0.0110 0.080 0.128 0.396 0.396
#> GSM29836 2 0.1732 0.7217 0.004 0.948 0.008 0.040
#> GSM29839 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29848 2 0.4090 0.6372 0.044 0.832 0.120 0.004
#> GSM29851 2 0.5694 0.5776 0.040 0.764 0.092 0.104
#> GSM29854 3 0.4773 0.6015 0.016 0.012 0.756 0.216
#> GSM29857 1 0.8264 0.4295 0.508 0.096 0.308 0.088
#> GSM29860 2 0.2555 0.7153 0.032 0.920 0.008 0.040
#> GSM29863 3 0.4464 0.6112 0.024 0.000 0.768 0.208
#> GSM29866 2 0.1305 0.7187 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM29869 2 0.3542 0.6608 0.120 0.852 0.000 0.028
#> GSM29872 2 0.2908 0.7047 0.040 0.896 0.000 0.064
#> GSM29875 2 0.9348 -0.2527 0.340 0.368 0.136 0.156
#> GSM29878 2 0.1520 0.7219 0.020 0.956 0.000 0.024
#> GSM29837 2 0.1256 0.7205 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM29840 2 0.0592 0.7226 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM29843 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29849 2 0.5049 0.6127 0.064 0.800 0.104 0.032
#> GSM29852 1 0.8306 0.3050 0.424 0.064 0.400 0.112
#> GSM29855 1 0.7433 0.3973 0.504 0.000 0.288 0.208
#> GSM29858 1 0.6940 0.4750 0.616 0.048 0.280 0.056
#> GSM29861 2 0.6175 0.3784 0.324 0.616 0.008 0.052
#> GSM29864 3 0.7421 -0.2124 0.400 0.000 0.432 0.168
#> GSM29867 2 0.7782 -0.2423 0.424 0.440 0.040 0.096
#> GSM29870 1 0.5518 0.3808 0.708 0.244 0.016 0.032
#> GSM29873 1 0.6756 0.1367 0.536 0.392 0.024 0.048
#> GSM29876 1 0.5202 0.4991 0.788 0.048 0.124 0.040
#> GSM29879 2 0.1398 0.7210 0.040 0.956 0.000 0.004
#> GSM29838 2 0.6767 0.4675 0.052 0.656 0.060 0.232
#> GSM29841 3 0.6190 0.3393 0.004 0.268 0.648 0.080
#> GSM29844 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.1389 0.7182 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM29850 2 0.6577 0.4970 0.060 0.708 0.128 0.104
#> GSM29853 3 0.3344 0.6141 0.020 0.004 0.868 0.108
#> GSM29856 3 0.4781 0.6045 0.036 0.000 0.752 0.212
#> GSM29859 1 0.6734 0.3887 0.532 0.004 0.380 0.084
#> GSM29862 3 0.9277 -0.0982 0.096 0.232 0.396 0.276
#> GSM29865 3 0.1545 0.6487 0.008 0.000 0.952 0.040
#> GSM29868 3 0.4129 0.6210 0.036 0.012 0.836 0.116
#> GSM29871 1 0.7048 0.4544 0.584 0.032 0.312 0.072
#> GSM29874 4 0.9830 0.1292 0.172 0.240 0.268 0.320
#> GSM29877 1 0.8697 0.2766 0.452 0.088 0.328 0.132
#> GSM29880 2 0.6513 0.4911 0.120 0.700 0.144 0.036
#> GSM29881 2 0.6618 0.4822 0.060 0.704 0.100 0.136
#> GSM29884 2 0.1792 0.7081 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM29887 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29890 1 0.5947 0.4055 0.688 0.000 0.112 0.200
#> GSM29893 3 0.7279 0.3628 0.032 0.100 0.588 0.280
#> GSM29896 4 0.8336 0.3404 0.156 0.304 0.052 0.488
#> GSM29899 3 0.7944 0.2248 0.104 0.052 0.504 0.340
#> GSM29902 2 0.9634 -0.3461 0.196 0.384 0.172 0.248
#> GSM29905 1 0.9881 -0.0637 0.300 0.272 0.248 0.180
#> GSM29908 2 0.6499 0.0263 0.076 0.524 0.000 0.400
#> GSM29955 4 0.6919 0.1401 0.092 0.440 0.004 0.464
#> GSM29958 2 0.4428 0.4939 0.004 0.720 0.000 0.276
#> GSM29961 4 0.7134 0.1596 0.036 0.440 0.052 0.472
#> GSM29882 1 0.5055 0.5026 0.768 0.004 0.160 0.068
#> GSM29885 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.7218 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29891 1 0.6193 0.4734 0.644 0.044 0.292 0.020
#> GSM29894 3 0.7456 0.3384 0.236 0.000 0.508 0.256
#> GSM29897 4 0.8067 0.0291 0.248 0.020 0.244 0.488
#> GSM29900 1 0.4675 0.5120 0.816 0.016 0.080 0.088
#> GSM29903 1 0.3200 0.4878 0.880 0.012 0.012 0.096
#> GSM29906 1 0.5732 0.4872 0.768 0.088 0.064 0.080
#> GSM29909 1 0.5647 0.4236 0.720 0.164 0.000 0.116
#> GSM29956 4 0.6240 -0.1219 0.380 0.044 0.008 0.568
#> GSM29959 4 0.7812 0.2820 0.236 0.304 0.004 0.456
#> GSM29962 2 0.5249 0.4828 0.044 0.708 0.000 0.248
#> GSM29883 3 0.4717 0.5993 0.084 0.004 0.800 0.112
#> GSM29886 2 0.4114 0.6053 0.004 0.788 0.008 0.200
#> GSM29889 2 0.2530 0.6818 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM29892 1 0.8488 -0.0538 0.416 0.056 0.380 0.148
#> GSM29895 3 0.4776 0.5800 0.016 0.000 0.712 0.272
#> GSM29898 3 0.5174 0.6144 0.124 0.000 0.760 0.116
#> GSM29901 3 0.4038 0.6402 0.032 0.004 0.828 0.136
#> GSM29904 3 0.6444 0.5471 0.188 0.004 0.660 0.148
#> GSM29907 3 0.3339 0.6522 0.052 0.016 0.888 0.044
#> GSM29910 3 0.3243 0.6556 0.036 0.000 0.876 0.088
#> GSM29957 3 0.5352 0.5445 0.008 0.156 0.756 0.080
#> GSM29960 4 0.6859 -0.1032 0.108 0.000 0.380 0.512
#> GSM29963 3 0.3271 0.6432 0.012 0.000 0.856 0.132
#> GSM29964 2 0.2737 0.6884 0.008 0.888 0.000 0.104
#> GSM29967 2 0.6612 0.3330 0.056 0.568 0.016 0.360
#> GSM29970 3 0.9288 0.0805 0.132 0.188 0.436 0.244
#> GSM29973 2 0.4956 0.5612 0.036 0.732 0.000 0.232
#> GSM29976 1 0.6631 0.3987 0.648 0.012 0.116 0.224
#> GSM29979 2 0.6300 0.4538 0.032 0.660 0.044 0.264
#> GSM29982 4 0.9408 0.1268 0.124 0.184 0.332 0.360
#> GSM29985 1 0.7587 0.0298 0.412 0.000 0.392 0.196
#> GSM29988 1 0.8190 -0.1287 0.412 0.284 0.012 0.292
#> GSM29991 2 0.8899 -0.1838 0.300 0.448 0.092 0.160
#> GSM29994 1 0.7537 0.4067 0.632 0.144 0.072 0.152
#> GSM29997 1 0.9380 0.2040 0.400 0.116 0.268 0.216
#> GSM30000 2 0.3745 0.6600 0.024 0.864 0.024 0.088
#> GSM30003 3 0.5074 0.2565 0.004 0.332 0.656 0.008
#> GSM29965 2 0.1545 0.7197 0.040 0.952 0.000 0.008
#> GSM29968 2 0.6739 0.3621 0.048 0.588 0.032 0.332
#> GSM29971 1 0.5454 0.4720 0.732 0.000 0.096 0.172
#> GSM29974 2 0.4979 0.5648 0.032 0.740 0.004 0.224
#> GSM29977 1 0.3570 0.5131 0.860 0.000 0.092 0.048
#> GSM29980 2 0.9612 -0.3964 0.300 0.324 0.252 0.124
#> GSM29983 3 0.8118 0.3193 0.112 0.072 0.536 0.280
#> GSM29986 1 0.6907 0.3831 0.572 0.008 0.316 0.104
#> GSM29989 1 0.5242 0.4720 0.788 0.096 0.028 0.088
#> GSM29992 2 0.1302 0.7151 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.4718 0.3959 0.708 0.012 0.000 0.280
#> GSM29998 1 0.4532 0.4445 0.792 0.052 0.000 0.156
#> GSM30001 1 0.9274 0.1850 0.376 0.332 0.184 0.108
#> GSM30004 3 0.6251 0.4673 0.260 0.064 0.660 0.016
#> GSM29966 2 0.6019 0.5052 0.100 0.672 0.000 0.228
#> GSM29969 4 0.8846 0.1973 0.064 0.252 0.240 0.444
#> GSM29972 3 0.6216 0.5568 0.120 0.000 0.660 0.220
#> GSM29975 2 0.8563 0.1492 0.108 0.496 0.108 0.288
#> GSM29978 3 0.4542 0.5209 0.228 0.000 0.752 0.020
#> GSM29981 3 0.6979 0.3888 0.116 0.008 0.576 0.300
#> GSM29984 3 0.3850 0.6422 0.044 0.000 0.840 0.116
#> GSM29987 3 0.2751 0.6512 0.040 0.000 0.904 0.056
#> GSM29990 3 0.6172 0.5810 0.136 0.032 0.724 0.108
#> GSM29993 3 0.6483 -0.0575 0.012 0.456 0.488 0.044
#> GSM29996 3 0.6522 0.4700 0.152 0.004 0.652 0.192
#> GSM29999 3 0.6774 0.2296 0.388 0.008 0.528 0.076
#> GSM30002 3 0.5449 0.6247 0.076 0.024 0.768 0.132
#> GSM30005 3 0.0804 0.6523 0.000 0.008 0.980 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29786 2 0.4147 0.395604 0.000 0.676 0.008 0.000 0.316
#> GSM29789 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.1697 0.750860 0.008 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM29795 2 0.2171 0.740617 0.016 0.924 0.028 0.032 0.000
#> GSM29798 2 0.2416 0.726452 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> GSM29801 2 0.7989 0.233679 0.180 0.528 0.120 0.032 0.140
#> GSM29804 3 0.9560 0.164626 0.116 0.244 0.276 0.108 0.256
#> GSM29807 3 0.8478 0.331674 0.048 0.240 0.456 0.096 0.160
#> GSM29816 3 0.5027 0.518789 0.060 0.000 0.724 0.024 0.192
#> GSM29821 2 0.8220 0.113371 0.132 0.496 0.104 0.044 0.224
#> GSM29824 5 0.8623 0.191456 0.324 0.048 0.100 0.144 0.384
#> GSM29827 1 0.4926 0.520474 0.696 0.256 0.028 0.012 0.008
#> GSM29830 1 0.6300 0.369477 0.512 0.392 0.024 0.008 0.064
#> GSM29833 2 0.4249 0.104847 0.432 0.568 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0324 0.759384 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29787 2 0.6624 0.479485 0.040 0.660 0.092 0.052 0.156
#> GSM29790 2 0.0671 0.760124 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> GSM29793 2 0.0609 0.758303 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29796 2 0.0162 0.759364 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM29799 2 0.0162 0.758918 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.7489 0.485435 0.056 0.076 0.556 0.064 0.248
#> GSM29805 3 0.8899 0.270906 0.108 0.100 0.396 0.104 0.292
#> GSM29814 3 0.6333 0.480067 0.032 0.024 0.664 0.160 0.120
#> GSM29817 3 0.7734 0.442300 0.132 0.112 0.528 0.016 0.212
#> GSM29822 3 0.6545 0.208852 0.100 0.004 0.452 0.020 0.424
#> GSM29825 3 0.6275 0.475788 0.088 0.008 0.664 0.068 0.172
#> GSM29828 1 0.7773 0.290517 0.368 0.308 0.264 0.000 0.060
#> GSM29831 3 0.7046 0.148200 0.372 0.144 0.452 0.008 0.024
#> GSM29834 2 0.4294 0.015840 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.2414 0.732888 0.000 0.900 0.008 0.012 0.080
#> GSM29788 5 0.4836 0.590624 0.104 0.088 0.016 0.016 0.776
#> GSM29791 2 0.0740 0.760713 0.008 0.980 0.008 0.004 0.000
#> GSM29794 2 0.1564 0.758423 0.024 0.948 0.004 0.024 0.000
#> GSM29797 2 0.3756 0.699044 0.084 0.848 0.020 0.028 0.020
#> GSM29800 5 0.5253 0.481379 0.020 0.220 0.028 0.024 0.708
#> GSM29803 5 0.2878 0.656496 0.048 0.000 0.048 0.016 0.888
#> GSM29806 5 0.3536 0.650808 0.048 0.004 0.032 0.056 0.860
#> GSM29815 4 0.8914 0.010120 0.040 0.120 0.204 0.340 0.296
#> GSM29819 5 0.2930 0.661423 0.032 0.000 0.048 0.032 0.888
#> GSM29823 5 0.4330 0.619930 0.116 0.000 0.064 0.024 0.796
#> GSM29826 5 0.5615 0.633511 0.084 0.000 0.080 0.120 0.716
#> GSM29829 5 0.3293 0.650676 0.160 0.000 0.008 0.008 0.824
#> GSM29832 5 0.3000 0.680749 0.072 0.020 0.012 0.012 0.884
#> GSM29835 1 0.7213 0.323549 0.576 0.092 0.056 0.036 0.240
#> GSM29836 2 0.2352 0.730072 0.004 0.896 0.000 0.092 0.008
#> GSM29839 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29848 2 0.3701 0.673375 0.000 0.824 0.060 0.004 0.112
#> GSM29851 2 0.5998 0.517095 0.156 0.692 0.052 0.012 0.088
#> GSM29854 5 0.5966 0.604620 0.108 0.016 0.060 0.108 0.708
#> GSM29857 3 0.7202 0.456543 0.032 0.084 0.548 0.052 0.284
#> GSM29860 2 0.3196 0.721395 0.016 0.864 0.012 0.100 0.008
#> GSM29863 5 0.5549 0.616972 0.112 0.000 0.064 0.104 0.720
#> GSM29866 2 0.1518 0.752992 0.048 0.944 0.004 0.004 0.000
#> GSM29869 2 0.3876 0.676301 0.028 0.828 0.112 0.028 0.004
#> GSM29872 2 0.3744 0.711535 0.048 0.844 0.024 0.080 0.004
#> GSM29875 3 0.9030 -0.035511 0.168 0.312 0.344 0.068 0.108
#> GSM29878 2 0.1525 0.756839 0.036 0.948 0.012 0.004 0.000
#> GSM29837 2 0.1892 0.739103 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM29840 2 0.0609 0.758242 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0162 0.758735 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29849 2 0.5285 0.620295 0.048 0.764 0.076 0.024 0.088
#> GSM29852 3 0.7540 0.268594 0.156 0.044 0.412 0.012 0.376
#> GSM29855 3 0.7100 0.417385 0.088 0.000 0.556 0.132 0.224
#> GSM29858 3 0.6049 0.509122 0.024 0.044 0.648 0.036 0.248
#> GSM29861 2 0.6717 0.207729 0.016 0.516 0.272 0.196 0.000
#> GSM29864 3 0.7233 0.192843 0.084 0.000 0.416 0.096 0.404
#> GSM29867 3 0.7237 0.210745 0.116 0.400 0.432 0.016 0.036
#> GSM29870 3 0.5421 0.436470 0.060 0.204 0.704 0.016 0.016
#> GSM29873 3 0.7010 0.258359 0.028 0.308 0.528 0.116 0.020
#> GSM29876 3 0.4924 0.504544 0.044 0.040 0.784 0.028 0.104
#> GSM29879 2 0.1518 0.756266 0.004 0.944 0.048 0.004 0.000
#> GSM29838 4 0.4604 0.623751 0.000 0.292 0.016 0.680 0.012
#> GSM29841 5 0.5969 0.459023 0.108 0.236 0.008 0.012 0.636
#> GSM29844 2 0.0000 0.758464 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.1197 0.756539 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM29850 2 0.6582 0.460845 0.140 0.652 0.064 0.016 0.128
#> GSM29853 5 0.3983 0.612610 0.160 0.000 0.028 0.016 0.796
#> GSM29856 5 0.5897 0.603529 0.104 0.000 0.076 0.128 0.692
#> GSM29859 3 0.5777 0.420062 0.020 0.000 0.580 0.060 0.340
#> GSM29862 5 0.9349 -0.044949 0.156 0.120 0.104 0.292 0.328
#> GSM29865 5 0.1442 0.666768 0.032 0.000 0.012 0.004 0.952
#> GSM29868 5 0.4388 0.631048 0.152 0.004 0.040 0.020 0.784
#> GSM29871 3 0.6159 0.468125 0.032 0.024 0.608 0.040 0.296
#> GSM29874 4 0.8957 0.317293 0.136 0.152 0.120 0.456 0.136
#> GSM29877 3 0.8346 0.262585 0.184 0.076 0.412 0.032 0.296
#> GSM29880 2 0.6417 0.496555 0.024 0.668 0.112 0.048 0.148
#> GSM29881 2 0.6900 0.458928 0.076 0.660 0.084 0.100 0.080
#> GSM29884 2 0.2329 0.684576 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM29887 2 0.0162 0.758327 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29890 3 0.6692 0.303557 0.312 0.000 0.540 0.056 0.092
#> GSM29893 5 0.7358 0.373862 0.288 0.076 0.036 0.064 0.536
#> GSM29896 1 0.5098 0.481541 0.744 0.164 0.056 0.012 0.024
#> GSM29899 1 0.7364 -0.151404 0.432 0.036 0.060 0.060 0.412
#> GSM29902 2 0.9219 -0.365370 0.292 0.340 0.152 0.076 0.140
#> GSM29905 2 0.9311 -0.411352 0.268 0.268 0.216 0.044 0.204
#> GSM29908 1 0.4165 0.494115 0.672 0.320 0.008 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.6462 0.445151 0.548 0.328 0.060 0.064 0.000
#> GSM29958 2 0.4437 0.002994 0.464 0.532 0.004 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.5628 0.508746 0.640 0.284 0.020 0.008 0.048
#> GSM29882 3 0.5148 0.504902 0.044 0.004 0.752 0.076 0.124
#> GSM29885 2 0.0162 0.758327 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29888 2 0.0162 0.758327 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29891 3 0.6066 0.454832 0.040 0.044 0.616 0.012 0.288
#> GSM29894 5 0.7919 0.313101 0.252 0.004 0.224 0.084 0.436
#> GSM29897 1 0.5313 0.348635 0.716 0.008 0.136 0.008 0.132
#> GSM29900 3 0.3892 0.512486 0.048 0.008 0.844 0.044 0.056
#> GSM29903 3 0.3707 0.476346 0.116 0.000 0.828 0.044 0.012
#> GSM29906 3 0.5764 0.484058 0.088 0.080 0.736 0.032 0.064
#> GSM29909 3 0.6029 0.405258 0.152 0.172 0.648 0.028 0.000
#> GSM29956 1 0.2877 0.356729 0.848 0.004 0.144 0.004 0.000
#> GSM29959 1 0.5657 0.495926 0.660 0.192 0.140 0.004 0.004
#> GSM29962 2 0.4497 0.317947 0.352 0.632 0.016 0.000 0.000
#> GSM29883 5 0.5048 0.609912 0.112 0.000 0.080 0.052 0.756
#> GSM29886 4 0.4562 0.299362 0.000 0.496 0.000 0.496 0.008
#> GSM29889 2 0.3661 0.401978 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM29892 3 0.8600 0.050783 0.212 0.060 0.352 0.052 0.324
#> GSM29895 5 0.5186 0.588058 0.260 0.000 0.028 0.036 0.676
#> GSM29898 5 0.5079 0.650594 0.068 0.000 0.124 0.056 0.752
#> GSM29901 5 0.4716 0.651553 0.052 0.004 0.064 0.092 0.788
#> GSM29904 5 0.6362 0.576867 0.120 0.000 0.152 0.080 0.648
#> GSM29907 5 0.2784 0.675002 0.036 0.008 0.040 0.016 0.900
#> GSM29910 5 0.2949 0.679468 0.076 0.000 0.016 0.028 0.880
#> GSM29957 5 0.4931 0.618645 0.112 0.112 0.008 0.012 0.756
#> GSM29960 1 0.4644 0.343792 0.716 0.000 0.040 0.008 0.236
#> GSM29963 5 0.3768 0.664096 0.048 0.004 0.044 0.056 0.848
#> GSM29964 2 0.3707 0.456733 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM29967 4 0.4238 0.602238 0.012 0.164 0.036 0.784 0.004
#> GSM29970 5 0.9530 0.140312 0.208 0.144 0.132 0.160 0.356
#> GSM29973 4 0.3774 0.619851 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM29976 3 0.7203 0.323246 0.272 0.012 0.544 0.076 0.096
#> GSM29979 2 0.7255 0.232247 0.100 0.560 0.052 0.256 0.032
#> GSM29982 1 0.9712 0.039146 0.284 0.140 0.144 0.168 0.264
#> GSM29985 3 0.8087 0.145885 0.220 0.000 0.376 0.108 0.296
#> GSM29988 4 0.8581 0.000463 0.260 0.136 0.284 0.312 0.008
#> GSM29991 2 0.8898 -0.222832 0.200 0.396 0.248 0.084 0.072
#> GSM29994 3 0.7819 0.333452 0.244 0.140 0.516 0.040 0.060
#> GSM29997 3 0.9076 0.202149 0.308 0.108 0.320 0.060 0.204
#> GSM30000 2 0.4168 0.622342 0.148 0.800 0.012 0.020 0.020
#> GSM30003 5 0.4967 0.383149 0.028 0.304 0.004 0.008 0.656
#> GSM29965 2 0.2305 0.729526 0.000 0.896 0.012 0.092 0.000
#> GSM29968 4 0.5207 0.566701 0.012 0.180 0.072 0.724 0.012
#> GSM29971 3 0.5972 0.449134 0.112 0.000 0.676 0.156 0.056
#> GSM29974 4 0.3928 0.620133 0.000 0.296 0.004 0.700 0.000
#> GSM29977 3 0.4284 0.501682 0.084 0.000 0.808 0.036 0.072
#> GSM29980 3 0.9017 0.213252 0.048 0.280 0.304 0.104 0.264
#> GSM29983 5 0.8460 0.316553 0.276 0.040 0.140 0.108 0.436
#> GSM29986 3 0.6430 0.374777 0.040 0.004 0.592 0.092 0.272
#> GSM29989 3 0.6429 0.428946 0.168 0.072 0.668 0.064 0.028
#> GSM29992 2 0.1282 0.747624 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> GSM29995 3 0.5562 0.289550 0.384 0.004 0.548 0.064 0.000
#> GSM29998 3 0.5688 0.392525 0.232 0.028 0.660 0.080 0.000
#> GSM30001 3 0.8459 0.303771 0.032 0.304 0.396 0.088 0.180
#> GSM30004 5 0.5700 0.499825 0.036 0.044 0.252 0.008 0.660
#> GSM29966 4 0.4584 0.631092 0.000 0.228 0.056 0.716 0.000
#> GSM29969 4 0.4233 0.519717 0.020 0.068 0.052 0.828 0.032
#> GSM29972 5 0.6991 0.561816 0.124 0.000 0.120 0.168 0.588
#> GSM29975 4 0.5000 0.625044 0.012 0.184 0.056 0.736 0.012
#> GSM29978 5 0.4536 0.526705 0.020 0.000 0.212 0.028 0.740
#> GSM29981 4 0.4975 0.411136 0.016 0.000 0.060 0.716 0.208
#> GSM29984 5 0.4897 0.648090 0.040 0.000 0.060 0.144 0.756
#> GSM29987 5 0.3383 0.666972 0.012 0.000 0.060 0.072 0.856
#> GSM29990 5 0.6172 0.581967 0.056 0.024 0.108 0.116 0.696
#> GSM29993 5 0.6732 0.095366 0.012 0.388 0.008 0.132 0.460
#> GSM29996 5 0.6674 0.460862 0.232 0.000 0.104 0.072 0.592
#> GSM29999 5 0.7076 0.221485 0.060 0.012 0.332 0.084 0.512
#> GSM30002 5 0.5509 0.632891 0.052 0.016 0.072 0.120 0.740
#> GSM30005 5 0.1441 0.673638 0.024 0.008 0.004 0.008 0.956
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29786 2 0.3905 0.44958 0.000 0.668 0.000 0.000 0.316 0.016
#> GSM29789 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.1970 0.77437 0.008 0.900 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM29795 2 0.1387 0.77561 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM29798 2 0.1957 0.75830 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM29801 2 0.7499 0.12933 0.080 0.432 0.084 0.004 0.332 0.068
#> GSM29804 6 0.6636 0.31506 0.016 0.188 0.164 0.004 0.060 0.568
#> GSM29807 3 0.8219 0.07100 0.028 0.212 0.384 0.100 0.028 0.248
#> GSM29816 3 0.5788 0.32826 0.040 0.000 0.636 0.008 0.144 0.172
#> GSM29821 2 0.7443 0.08626 0.104 0.436 0.044 0.000 0.312 0.104
#> GSM29824 6 0.6532 0.26649 0.156 0.044 0.052 0.008 0.120 0.620
#> GSM29827 1 0.4639 0.52907 0.756 0.108 0.056 0.000 0.004 0.076
#> GSM29830 1 0.4773 0.62539 0.724 0.188 0.020 0.000 0.028 0.040
#> GSM29833 1 0.3727 0.45573 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0436 0.79093 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM29787 2 0.5640 0.49963 0.000 0.628 0.044 0.000 0.208 0.120
#> GSM29790 2 0.0520 0.79123 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0865 0.78988 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0146 0.78978 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29799 2 0.0146 0.79004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29802 3 0.7003 0.16540 0.024 0.048 0.484 0.000 0.224 0.220
#> GSM29805 6 0.6107 0.29002 0.012 0.072 0.268 0.000 0.068 0.580
#> GSM29814 3 0.6278 0.23508 0.012 0.012 0.560 0.144 0.016 0.256
#> GSM29817 3 0.7216 0.31364 0.120 0.096 0.508 0.000 0.236 0.040
#> GSM29822 5 0.6459 -0.05382 0.116 0.004 0.376 0.004 0.456 0.044
#> GSM29825 3 0.7460 0.27703 0.104 0.016 0.484 0.016 0.140 0.240
#> GSM29828 1 0.6999 0.29569 0.452 0.236 0.252 0.000 0.040 0.020
#> GSM29831 3 0.6235 0.18411 0.376 0.108 0.476 0.000 0.016 0.024
#> GSM29834 1 0.3499 0.54919 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.2322 0.76413 0.000 0.896 0.000 0.004 0.064 0.036
#> GSM29788 5 0.2050 0.45577 0.004 0.036 0.008 0.000 0.920 0.032
#> GSM29791 2 0.0881 0.79117 0.000 0.972 0.000 0.012 0.008 0.008
#> GSM29794 2 0.1921 0.78512 0.032 0.928 0.004 0.024 0.000 0.012
#> GSM29797 2 0.3469 0.73224 0.068 0.844 0.004 0.008 0.016 0.060
#> GSM29800 5 0.4118 0.34551 0.008 0.208 0.020 0.008 0.748 0.008
#> GSM29803 5 0.4178 0.32382 0.008 0.000 0.036 0.000 0.708 0.248
#> GSM29806 5 0.4483 0.13037 0.016 0.004 0.000 0.004 0.548 0.428
#> GSM29815 6 0.8099 0.23217 0.012 0.084 0.100 0.308 0.100 0.396
#> GSM29819 5 0.4490 0.25071 0.004 0.000 0.032 0.000 0.604 0.360
#> GSM29823 5 0.2076 0.43261 0.016 0.000 0.040 0.004 0.920 0.020
#> GSM29826 6 0.4787 0.01022 0.012 0.000 0.028 0.000 0.472 0.488
#> GSM29829 5 0.2882 0.45596 0.060 0.000 0.004 0.000 0.860 0.076
#> GSM29832 5 0.4171 0.42987 0.036 0.016 0.008 0.000 0.756 0.184
#> GSM29835 1 0.5885 0.48559 0.624 0.048 0.012 0.000 0.216 0.100
#> GSM29836 2 0.2256 0.77209 0.004 0.892 0.000 0.092 0.008 0.004
#> GSM29839 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0146 0.79004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29848 2 0.3621 0.69881 0.000 0.812 0.048 0.004 0.124 0.012
#> GSM29851 2 0.5826 0.43725 0.068 0.608 0.040 0.000 0.264 0.020
#> GSM29854 6 0.4150 0.12195 0.012 0.000 0.004 0.000 0.372 0.612
#> GSM29857 3 0.6830 0.15785 0.012 0.064 0.520 0.008 0.128 0.268
#> GSM29860 2 0.3229 0.74464 0.020 0.836 0.000 0.124 0.008 0.012
#> GSM29863 6 0.4293 0.08825 0.016 0.000 0.004 0.000 0.396 0.584
#> GSM29866 2 0.2053 0.74515 0.108 0.888 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 2 0.4226 0.69084 0.040 0.804 0.076 0.044 0.000 0.036
#> GSM29872 2 0.4526 0.69010 0.040 0.772 0.016 0.108 0.000 0.064
#> GSM29875 3 0.9130 0.10748 0.212 0.224 0.264 0.016 0.148 0.136
#> GSM29878 2 0.1841 0.77233 0.064 0.920 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.2092 0.75595 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM29840 2 0.0551 0.79034 0.008 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM29843 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0146 0.79004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29849 2 0.5430 0.61286 0.056 0.720 0.064 0.000 0.100 0.060
#> GSM29852 5 0.6456 -0.11869 0.088 0.036 0.380 0.000 0.468 0.028
#> GSM29855 6 0.5300 -0.07550 0.008 0.000 0.448 0.000 0.076 0.468
#> GSM29858 3 0.5527 0.29212 0.004 0.024 0.660 0.008 0.120 0.184
#> GSM29861 2 0.6663 0.22465 0.012 0.488 0.192 0.272 0.000 0.036
#> GSM29864 6 0.6393 0.26427 0.024 0.000 0.244 0.004 0.236 0.492
#> GSM29867 3 0.6902 0.22814 0.172 0.360 0.404 0.000 0.008 0.056
#> GSM29870 3 0.6518 0.39255 0.080 0.200 0.616 0.032 0.024 0.048
#> GSM29873 3 0.7631 0.30259 0.080 0.220 0.476 0.172 0.008 0.044
#> GSM29876 3 0.5341 0.42254 0.064 0.020 0.728 0.012 0.116 0.060
#> GSM29879 2 0.1282 0.78941 0.004 0.956 0.024 0.012 0.000 0.004
#> GSM29838 4 0.3133 0.70644 0.000 0.212 0.008 0.780 0.000 0.000
#> GSM29841 5 0.3371 0.35622 0.008 0.192 0.004 0.000 0.788 0.008
#> GSM29844 2 0.0000 0.78904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.1453 0.78745 0.000 0.944 0.000 0.008 0.040 0.008
#> GSM29850 2 0.5865 0.39625 0.032 0.576 0.036 0.008 0.320 0.028
#> GSM29853 5 0.2136 0.42852 0.064 0.000 0.016 0.000 0.908 0.012
#> GSM29856 6 0.4355 0.14671 0.004 0.000 0.008 0.008 0.396 0.584
#> GSM29859 3 0.5871 0.15580 0.004 0.000 0.548 0.008 0.188 0.252
#> GSM29862 5 0.8163 -0.09890 0.024 0.072 0.052 0.252 0.408 0.192
#> GSM29865 5 0.3243 0.39690 0.008 0.000 0.004 0.000 0.780 0.208
#> GSM29868 5 0.3126 0.42039 0.072 0.004 0.028 0.004 0.864 0.028
#> GSM29871 3 0.6540 0.22100 0.004 0.016 0.548 0.032 0.200 0.200
#> GSM29874 4 0.8046 0.27227 0.032 0.080 0.060 0.472 0.216 0.140
#> GSM29877 5 0.7817 -0.08857 0.096 0.060 0.308 0.028 0.440 0.068
#> GSM29880 2 0.6818 0.47178 0.012 0.612 0.068 0.064 0.144 0.100
#> GSM29881 2 0.5967 0.44617 0.032 0.608 0.020 0.008 0.072 0.260
#> GSM29884 2 0.2092 0.73293 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0260 0.78967 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29890 3 0.7034 0.34701 0.220 0.000 0.516 0.032 0.064 0.168
#> GSM29893 5 0.7053 0.09986 0.284 0.032 0.012 0.004 0.396 0.272
#> GSM29896 1 0.7344 0.42361 0.532 0.132 0.064 0.000 0.108 0.164
#> GSM29899 1 0.8169 -0.13803 0.324 0.028 0.128 0.008 0.240 0.272
#> GSM29902 2 0.8948 -0.38012 0.176 0.248 0.224 0.008 0.104 0.240
#> GSM29905 3 0.9217 0.14513 0.184 0.192 0.264 0.016 0.168 0.176
#> GSM29908 1 0.3228 0.63241 0.804 0.176 0.012 0.000 0.004 0.004
#> GSM29955 1 0.7175 0.38910 0.432 0.240 0.092 0.004 0.000 0.232
#> GSM29958 1 0.3592 0.52991 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.4747 0.62565 0.716 0.176 0.012 0.000 0.008 0.088
#> GSM29882 3 0.5408 0.41221 0.032 0.000 0.696 0.024 0.116 0.132
#> GSM29885 2 0.0260 0.78967 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0260 0.78967 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29891 3 0.4965 0.33555 0.004 0.024 0.660 0.004 0.268 0.040
#> GSM29894 5 0.7678 0.00891 0.264 0.000 0.128 0.008 0.304 0.296
#> GSM29897 1 0.4275 0.49010 0.728 0.000 0.076 0.000 0.192 0.004
#> GSM29900 3 0.4410 0.44130 0.016 0.012 0.768 0.012 0.040 0.152
#> GSM29903 3 0.2945 0.47532 0.028 0.000 0.872 0.032 0.004 0.064
#> GSM29906 3 0.3606 0.47154 0.024 0.016 0.848 0.012 0.060 0.040
#> GSM29909 3 0.5110 0.46493 0.056 0.136 0.724 0.016 0.000 0.068
#> GSM29956 1 0.2000 0.53353 0.916 0.000 0.048 0.000 0.032 0.004
#> GSM29959 1 0.3508 0.56442 0.812 0.080 0.104 0.000 0.000 0.004
#> GSM29962 2 0.4487 0.08410 0.420 0.552 0.024 0.000 0.000 0.004
#> GSM29883 5 0.3027 0.41660 0.012 0.000 0.044 0.012 0.868 0.064
#> GSM29886 4 0.4083 0.29891 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008 0.000
#> GSM29889 2 0.3428 0.42689 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> GSM29892 3 0.8828 0.17116 0.124 0.052 0.336 0.044 0.196 0.248
#> GSM29895 5 0.5655 0.24732 0.228 0.000 0.004 0.004 0.576 0.188
#> GSM29898 5 0.5905 0.34384 0.032 0.000 0.076 0.024 0.596 0.272
#> GSM29901 6 0.4456 -0.11677 0.008 0.000 0.008 0.004 0.484 0.496
#> GSM29904 5 0.6881 0.05531 0.032 0.000 0.144 0.032 0.400 0.392
#> GSM29907 5 0.4639 0.40111 0.008 0.008 0.064 0.000 0.704 0.216
#> GSM29910 5 0.4398 0.40203 0.024 0.000 0.028 0.004 0.716 0.228
#> GSM29957 5 0.6564 0.28671 0.100 0.100 0.008 0.000 0.544 0.248
#> GSM29960 1 0.4205 0.50178 0.708 0.000 0.012 0.000 0.248 0.032
#> GSM29963 5 0.3915 0.21579 0.004 0.000 0.000 0.000 0.584 0.412
#> GSM29964 2 0.3531 0.43975 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM29967 4 0.3426 0.71277 0.000 0.064 0.004 0.816 0.000 0.116
#> GSM29970 6 0.8061 0.14732 0.092 0.104 0.060 0.072 0.156 0.516
#> GSM29973 4 0.2527 0.73178 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM29976 3 0.7034 0.36276 0.156 0.008 0.500 0.016 0.060 0.260
#> GSM29979 2 0.6659 0.22546 0.028 0.516 0.020 0.168 0.004 0.264
#> GSM29982 6 0.8778 0.05059 0.232 0.076 0.040 0.080 0.236 0.336
#> GSM29985 3 0.7796 0.17346 0.120 0.000 0.360 0.024 0.208 0.288
#> GSM29988 3 0.8338 0.15228 0.164 0.072 0.336 0.276 0.000 0.152
#> GSM29991 3 0.8459 0.10373 0.104 0.316 0.352 0.036 0.052 0.140
#> GSM29994 3 0.7160 0.39369 0.172 0.076 0.560 0.008 0.052 0.132
#> GSM29997 3 0.8981 0.23263 0.256 0.068 0.304 0.036 0.144 0.192
#> GSM30000 2 0.4795 0.58283 0.112 0.748 0.020 0.016 0.004 0.100
#> GSM30003 5 0.5497 0.30890 0.052 0.236 0.004 0.000 0.640 0.068
#> GSM29965 2 0.2378 0.74035 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM29968 4 0.5143 0.60780 0.008 0.068 0.016 0.680 0.008 0.220
#> GSM29971 3 0.5934 0.31326 0.024 0.000 0.540 0.076 0.020 0.340
#> GSM29974 4 0.2454 0.73529 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM29977 3 0.2831 0.47322 0.012 0.000 0.876 0.008 0.032 0.072
#> GSM29980 6 0.8135 0.16587 0.008 0.232 0.236 0.076 0.064 0.384
#> GSM29983 5 0.7866 0.08738 0.120 0.028 0.076 0.060 0.484 0.232
#> GSM29986 3 0.6266 0.22914 0.000 0.004 0.508 0.020 0.216 0.252
#> GSM29989 3 0.6501 0.46360 0.064 0.052 0.644 0.064 0.024 0.152
#> GSM29992 2 0.0937 0.78541 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM29995 3 0.6720 0.33519 0.276 0.000 0.492 0.056 0.008 0.168
#> GSM29998 3 0.5953 0.42728 0.160 0.004 0.636 0.048 0.008 0.144
#> GSM30001 6 0.7301 -0.02978 0.004 0.272 0.324 0.024 0.032 0.344
#> GSM30004 5 0.5930 0.36579 0.052 0.032 0.196 0.000 0.644 0.076
#> GSM29966 4 0.2942 0.73486 0.000 0.132 0.032 0.836 0.000 0.000
#> GSM29969 4 0.3096 0.62944 0.000 0.008 0.004 0.812 0.004 0.172
#> GSM29972 6 0.6326 -0.07724 0.020 0.000 0.032 0.092 0.408 0.448
#> GSM29975 4 0.2306 0.73060 0.004 0.092 0.016 0.888 0.000 0.000
#> GSM29978 5 0.5421 0.31101 0.008 0.000 0.224 0.004 0.620 0.144
#> GSM29981 4 0.3690 0.58798 0.000 0.000 0.012 0.804 0.116 0.068
#> GSM29984 5 0.5474 0.35309 0.008 0.000 0.020 0.084 0.612 0.276
#> GSM29987 5 0.4429 0.36426 0.004 0.000 0.024 0.012 0.668 0.292
#> GSM29990 6 0.7060 0.02437 0.024 0.020 0.052 0.088 0.380 0.436
#> GSM29993 5 0.6838 0.09501 0.004 0.368 0.012 0.124 0.436 0.056
#> GSM29996 5 0.7229 0.13193 0.116 0.000 0.176 0.012 0.476 0.220
#> GSM29999 6 0.7266 0.09047 0.000 0.008 0.320 0.064 0.284 0.324
#> GSM30002 5 0.5942 0.03447 0.020 0.004 0.028 0.048 0.460 0.440
#> GSM30005 5 0.3916 0.43035 0.048 0.000 0.004 0.000 0.752 0.196
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:pam 148 1.55e-01 1.27e-07 0.000576 2
#> SD:pam 132 1.28e-01 1.64e-14 0.003000 3
#> SD:pam 81 7.73e-02 2.32e-10 0.112851 4
#> SD:pam 86 2.00e-04 7.15e-10 0.015422 5
#> SD:pam 57 2.20e-09 9.33e-02 0.000160 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.259 0.838 0.856 0.423 0.557 0.557
#> 3 3 0.266 0.628 0.754 0.461 0.768 0.597
#> 4 4 0.331 0.207 0.561 0.115 0.768 0.503
#> 5 5 0.541 0.618 0.746 0.114 0.801 0.484
#> 6 6 0.612 0.546 0.729 0.047 0.870 0.528
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.8081 0.807 0.248 0.752
#> GSM29786 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> GSM29789 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29792 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29795 2 0.9983 0.176 0.476 0.524
#> GSM29798 2 0.8386 0.792 0.268 0.732
#> GSM29801 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM29804 1 0.2778 0.884 0.952 0.048
#> GSM29807 1 0.9170 0.708 0.668 0.332
#> GSM29816 1 0.0376 0.864 0.996 0.004
#> GSM29821 1 0.4298 0.885 0.912 0.088
#> GSM29824 1 0.3584 0.887 0.932 0.068
#> GSM29827 1 0.6438 0.871 0.836 0.164
#> GSM29830 1 0.6343 0.872 0.840 0.160
#> GSM29833 1 0.6623 0.873 0.828 0.172
#> GSM29784 2 0.6247 0.873 0.156 0.844
#> GSM29787 2 0.7950 0.821 0.240 0.760
#> GSM29790 2 0.3114 0.882 0.056 0.944
#> GSM29793 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29796 2 0.7139 0.843 0.196 0.804
#> GSM29799 2 0.9087 0.708 0.324 0.676
#> GSM29802 1 0.0672 0.864 0.992 0.008
#> GSM29805 1 0.0376 0.863 0.996 0.004
#> GSM29814 1 0.9087 0.718 0.676 0.324
#> GSM29817 1 0.5059 0.879 0.888 0.112
#> GSM29822 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM29825 1 0.3584 0.885 0.932 0.068
#> GSM29828 1 0.6247 0.874 0.844 0.156
#> GSM29831 1 0.6247 0.874 0.844 0.156
#> GSM29834 1 0.6343 0.878 0.840 0.160
#> GSM29785 2 0.4022 0.884 0.080 0.920
#> GSM29788 2 0.7299 0.845 0.204 0.796
#> GSM29791 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29794 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29797 2 0.5059 0.882 0.112 0.888
#> GSM29800 2 0.7453 0.841 0.212 0.788
#> GSM29803 1 0.2603 0.866 0.956 0.044
#> GSM29806 1 0.6343 0.855 0.840 0.160
#> GSM29815 1 0.9393 0.668 0.644 0.356
#> GSM29819 1 0.3733 0.884 0.928 0.072
#> GSM29823 1 0.7602 0.777 0.780 0.220
#> GSM29826 1 0.2603 0.865 0.956 0.044
#> GSM29829 1 0.6247 0.876 0.844 0.156
#> GSM29832 1 0.6438 0.873 0.836 0.164
#> GSM29835 1 0.7883 0.807 0.764 0.236
#> GSM29836 2 0.2603 0.879 0.044 0.956
#> GSM29839 2 0.6148 0.868 0.152 0.848
#> GSM29842 2 0.5519 0.880 0.128 0.872
#> GSM29845 2 0.9170 0.695 0.332 0.668
#> GSM29848 2 0.8555 0.777 0.280 0.720
#> GSM29851 1 0.0938 0.869 0.988 0.012
#> GSM29854 1 0.2043 0.867 0.968 0.032
#> GSM29857 1 0.2778 0.885 0.952 0.048
#> GSM29860 2 0.3431 0.879 0.064 0.936
#> GSM29863 1 0.1633 0.866 0.976 0.024
#> GSM29866 1 0.6438 0.871 0.836 0.164
#> GSM29869 1 0.6048 0.881 0.852 0.148
#> GSM29872 1 0.9209 0.708 0.664 0.336
#> GSM29875 1 0.3733 0.884 0.928 0.072
#> GSM29878 1 0.9460 0.654 0.636 0.364
#> GSM29837 2 0.3879 0.879 0.076 0.924
#> GSM29840 2 0.4939 0.882 0.108 0.892
#> GSM29843 2 0.4431 0.885 0.092 0.908
#> GSM29846 2 0.9044 0.715 0.320 0.680
#> GSM29849 2 0.9000 0.722 0.316 0.684
#> GSM29852 1 0.1633 0.873 0.976 0.024
#> GSM29855 1 0.2423 0.865 0.960 0.040
#> GSM29858 1 0.3274 0.886 0.940 0.060
#> GSM29861 2 0.6247 0.815 0.156 0.844
#> GSM29864 1 0.2236 0.869 0.964 0.036
#> GSM29867 1 0.4161 0.887 0.916 0.084
#> GSM29870 1 0.5408 0.884 0.876 0.124
#> GSM29873 1 0.9087 0.718 0.676 0.324
#> GSM29876 1 0.0938 0.870 0.988 0.012
#> GSM29879 1 0.7883 0.832 0.764 0.236
#> GSM29838 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29841 2 0.3733 0.886 0.072 0.928
#> GSM29844 2 0.2948 0.883 0.052 0.948
#> GSM29847 2 0.7815 0.827 0.232 0.768
#> GSM29850 2 0.7376 0.842 0.208 0.792
#> GSM29853 1 0.2043 0.877 0.968 0.032
#> GSM29856 1 0.6438 0.838 0.836 0.164
#> GSM29859 1 0.7815 0.803 0.768 0.232
#> GSM29862 2 0.2948 0.880 0.052 0.948
#> GSM29865 1 0.6623 0.819 0.828 0.172
#> GSM29868 1 0.5059 0.885 0.888 0.112
#> GSM29871 1 0.8386 0.776 0.732 0.268
#> GSM29874 1 0.9815 0.541 0.580 0.420
#> GSM29877 1 0.0672 0.865 0.992 0.008
#> GSM29880 2 0.3584 0.880 0.068 0.932
#> GSM29881 1 0.2236 0.867 0.964 0.036
#> GSM29884 2 0.3733 0.883 0.072 0.928
#> GSM29887 2 0.2948 0.882 0.052 0.948
#> GSM29890 1 0.5629 0.883 0.868 0.132
#> GSM29893 1 0.6247 0.874 0.844 0.156
#> GSM29896 1 0.6048 0.874 0.852 0.148
#> GSM29899 1 0.4431 0.886 0.908 0.092
#> GSM29902 1 0.5178 0.883 0.884 0.116
#> GSM29905 1 0.5059 0.883 0.888 0.112
#> GSM29908 1 0.6438 0.871 0.836 0.164
#> GSM29955 1 0.5629 0.882 0.868 0.132
#> GSM29958 1 0.6531 0.872 0.832 0.168
#> GSM29961 1 0.6438 0.871 0.836 0.164
#> GSM29882 1 0.1633 0.866 0.976 0.024
#> GSM29885 2 0.4939 0.884 0.108 0.892
#> GSM29888 2 0.3431 0.882 0.064 0.936
#> GSM29891 1 0.2778 0.883 0.952 0.048
#> GSM29894 1 0.5946 0.877 0.856 0.144
#> GSM29897 1 0.6343 0.872 0.840 0.160
#> GSM29900 1 0.0672 0.867 0.992 0.008
#> GSM29903 1 0.5178 0.883 0.884 0.116
#> GSM29906 1 0.5059 0.883 0.888 0.112
#> GSM29909 1 0.5178 0.883 0.884 0.116
#> GSM29956 1 0.6531 0.872 0.832 0.168
#> GSM29959 1 0.6343 0.872 0.840 0.160
#> GSM29962 1 0.6438 0.871 0.836 0.164
#> GSM29883 1 0.2423 0.865 0.960 0.040
#> GSM29886 2 0.3733 0.883 0.072 0.928
#> GSM29889 2 0.2778 0.880 0.048 0.952
#> GSM29892 1 0.4690 0.885 0.900 0.100
#> GSM29895 1 0.7453 0.838 0.788 0.212
#> GSM29898 1 0.2778 0.882 0.952 0.048
#> GSM29901 1 0.0672 0.864 0.992 0.008
#> GSM29904 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> GSM29907 1 0.4815 0.885 0.896 0.104
#> GSM29910 1 0.7056 0.859 0.808 0.192
#> GSM29957 1 0.8813 0.758 0.700 0.300
#> GSM29960 1 0.5737 0.880 0.864 0.136
#> GSM29963 1 0.7528 0.841 0.784 0.216
#> GSM29964 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29967 2 0.6973 0.855 0.188 0.812
#> GSM29970 1 0.3584 0.869 0.932 0.068
#> GSM29973 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29976 1 0.0376 0.864 0.996 0.004
#> GSM29979 1 0.9209 0.700 0.664 0.336
#> GSM29982 2 0.9580 0.571 0.380 0.620
#> GSM29985 1 0.2603 0.865 0.956 0.044
#> GSM29988 1 0.9170 0.708 0.668 0.332
#> GSM29991 1 0.3879 0.882 0.924 0.076
#> GSM29994 1 0.5629 0.881 0.868 0.132
#> GSM29997 1 0.8016 0.812 0.756 0.244
#> GSM30000 1 0.7528 0.840 0.784 0.216
#> GSM30003 1 0.0000 0.861 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29968 2 0.7139 0.850 0.196 0.804
#> GSM29971 1 0.2948 0.863 0.948 0.052
#> GSM29974 2 0.3733 0.880 0.072 0.928
#> GSM29977 1 0.0000 0.861 1.000 0.000
#> GSM29980 1 0.9129 0.713 0.672 0.328
#> GSM29983 1 0.8016 0.745 0.756 0.244
#> GSM29986 1 0.2043 0.867 0.968 0.032
#> GSM29989 1 0.9044 0.723 0.680 0.320
#> GSM29992 1 0.2236 0.877 0.964 0.036
#> GSM29995 1 0.6343 0.873 0.840 0.160
#> GSM29998 1 0.8327 0.791 0.736 0.264
#> GSM30001 1 0.5294 0.884 0.880 0.120
#> GSM30004 1 0.0000 0.861 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29969 2 0.6973 0.855 0.188 0.812
#> GSM29972 1 0.6801 0.822 0.820 0.180
#> GSM29975 2 0.2948 0.881 0.052 0.948
#> GSM29978 1 0.0672 0.864 0.992 0.008
#> GSM29981 2 0.5629 0.840 0.132 0.868
#> GSM29984 2 0.8499 0.785 0.276 0.724
#> GSM29987 1 0.5842 0.857 0.860 0.140
#> GSM29990 1 0.9170 0.708 0.668 0.332
#> GSM29993 2 0.9754 0.519 0.408 0.592
#> GSM29996 1 0.6048 0.877 0.852 0.148
#> GSM29999 1 0.9129 0.714 0.672 0.328
#> GSM30002 1 0.8763 0.749 0.704 0.296
#> GSM30005 1 0.0938 0.867 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.6250 0.76871 0.104 0.776 0.120
#> GSM29786 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29789 2 0.1411 0.79286 0.036 0.964 0.000
#> GSM29792 2 0.1411 0.79286 0.036 0.964 0.000
#> GSM29795 2 0.9213 0.39081 0.236 0.536 0.228
#> GSM29798 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29801 1 0.9054 0.42827 0.496 0.144 0.360
#> GSM29804 3 0.5171 0.61910 0.204 0.012 0.784
#> GSM29807 3 0.8474 0.40210 0.092 0.404 0.504
#> GSM29816 3 0.3771 0.64536 0.112 0.012 0.876
#> GSM29821 1 0.8628 0.50751 0.544 0.116 0.340
#> GSM29824 3 0.4700 0.64571 0.180 0.008 0.812
#> GSM29827 1 0.3340 0.78777 0.880 0.000 0.120
#> GSM29830 1 0.3340 0.78777 0.880 0.000 0.120
#> GSM29833 1 0.4848 0.78611 0.836 0.036 0.128
#> GSM29784 2 0.4779 0.79182 0.124 0.840 0.036
#> GSM29787 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29790 2 0.0592 0.79777 0.012 0.988 0.000
#> GSM29793 2 0.0892 0.79604 0.020 0.980 0.000
#> GSM29796 2 0.5831 0.78389 0.128 0.796 0.076
#> GSM29799 2 0.6886 0.75219 0.088 0.728 0.184
#> GSM29802 3 0.3966 0.64153 0.100 0.024 0.876
#> GSM29805 3 0.4861 0.62624 0.192 0.008 0.800
#> GSM29814 3 0.8194 0.47609 0.088 0.340 0.572
#> GSM29817 3 0.9324 0.11067 0.272 0.212 0.516
#> GSM29822 3 0.6875 0.40906 0.244 0.056 0.700
#> GSM29825 3 0.5698 0.46408 0.252 0.012 0.736
#> GSM29828 1 0.3482 0.78756 0.872 0.000 0.128
#> GSM29831 1 0.4291 0.76495 0.820 0.000 0.180
#> GSM29834 1 0.4960 0.78692 0.832 0.040 0.128
#> GSM29785 2 0.2955 0.79808 0.080 0.912 0.008
#> GSM29788 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29791 2 0.1163 0.79406 0.028 0.972 0.000
#> GSM29794 2 0.1163 0.79406 0.028 0.972 0.000
#> GSM29797 2 0.5330 0.78944 0.144 0.812 0.044
#> GSM29800 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29803 3 0.3889 0.65998 0.032 0.084 0.884
#> GSM29806 3 0.5740 0.66844 0.096 0.100 0.804
#> GSM29815 3 0.8465 0.28767 0.088 0.452 0.460
#> GSM29819 3 0.2176 0.68932 0.020 0.032 0.948
#> GSM29823 2 0.9887 0.09919 0.288 0.408 0.304
#> GSM29826 3 0.1832 0.67943 0.036 0.008 0.956
#> GSM29829 1 0.4915 0.78852 0.832 0.036 0.132
#> GSM29832 1 0.4708 0.78827 0.844 0.036 0.120
#> GSM29835 1 0.9130 0.31483 0.492 0.356 0.152
#> GSM29836 2 0.1129 0.79662 0.020 0.976 0.004
#> GSM29839 2 0.5508 0.77523 0.188 0.784 0.028
#> GSM29842 2 0.4289 0.79341 0.092 0.868 0.040
#> GSM29845 2 0.7021 0.73382 0.076 0.708 0.216
#> GSM29848 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29851 3 0.6180 0.41167 0.260 0.024 0.716
#> GSM29854 3 0.1315 0.67823 0.020 0.008 0.972
#> GSM29857 3 0.3769 0.67371 0.104 0.016 0.880
#> GSM29860 2 0.4786 0.73222 0.112 0.844 0.044
#> GSM29863 3 0.4937 0.58540 0.148 0.028 0.824
#> GSM29866 1 0.4002 0.77694 0.840 0.000 0.160
#> GSM29869 1 0.6746 0.73373 0.732 0.076 0.192
#> GSM29872 3 0.9032 0.45157 0.148 0.340 0.512
#> GSM29875 3 0.6984 0.34116 0.304 0.040 0.656
#> GSM29878 2 0.8549 0.11808 0.384 0.516 0.100
#> GSM29837 2 0.4228 0.71097 0.008 0.844 0.148
#> GSM29840 2 0.4741 0.78744 0.152 0.828 0.020
#> GSM29843 2 0.3921 0.79500 0.112 0.872 0.016
#> GSM29846 2 0.6677 0.75734 0.080 0.740 0.180
#> GSM29849 2 0.6911 0.75362 0.092 0.728 0.180
#> GSM29852 3 0.6168 0.46987 0.224 0.036 0.740
#> GSM29855 3 0.2056 0.67459 0.024 0.024 0.952
#> GSM29858 3 0.4526 0.68169 0.104 0.040 0.856
#> GSM29861 2 0.4679 0.71611 0.148 0.832 0.020
#> GSM29864 3 0.5413 0.55059 0.164 0.036 0.800
#> GSM29867 3 0.6584 0.30018 0.380 0.012 0.608
#> GSM29870 1 0.6849 0.43061 0.600 0.020 0.380
#> GSM29873 3 0.8293 0.53899 0.120 0.272 0.608
#> GSM29876 3 0.5688 0.57474 0.168 0.044 0.788
#> GSM29879 1 0.8722 0.57236 0.592 0.216 0.192
#> GSM29838 2 0.1337 0.79576 0.012 0.972 0.016
#> GSM29841 2 0.4139 0.79076 0.124 0.860 0.016
#> GSM29844 2 0.1860 0.79552 0.052 0.948 0.000
#> GSM29847 2 0.6677 0.75734 0.080 0.740 0.180
#> GSM29850 2 0.6754 0.76021 0.092 0.740 0.168
#> GSM29853 3 0.6929 0.36602 0.260 0.052 0.688
#> GSM29856 3 0.5842 0.60398 0.036 0.196 0.768
#> GSM29859 3 0.7441 0.60428 0.136 0.164 0.700
#> GSM29862 2 0.3193 0.76177 0.100 0.896 0.004
#> GSM29865 3 0.5285 0.61182 0.040 0.148 0.812
#> GSM29868 1 0.9118 0.20719 0.468 0.144 0.388
#> GSM29871 3 0.7927 0.57893 0.160 0.176 0.664
#> GSM29874 2 0.7820 0.37501 0.324 0.604 0.072
#> GSM29877 3 0.5803 0.44390 0.248 0.016 0.736
#> GSM29880 2 0.4413 0.73715 0.124 0.852 0.024
#> GSM29881 3 0.1129 0.67619 0.020 0.004 0.976
#> GSM29884 2 0.2152 0.79959 0.036 0.948 0.016
#> GSM29887 2 0.1182 0.79831 0.012 0.976 0.012
#> GSM29890 1 0.6460 0.19592 0.556 0.004 0.440
#> GSM29893 1 0.3752 0.78566 0.856 0.000 0.144
#> GSM29896 1 0.6448 0.53778 0.636 0.012 0.352
#> GSM29899 3 0.5706 0.48454 0.320 0.000 0.680
#> GSM29902 3 0.7606 0.55954 0.244 0.092 0.664
#> GSM29905 3 0.7381 0.56588 0.244 0.080 0.676
#> GSM29908 1 0.3340 0.78777 0.880 0.000 0.120
#> GSM29955 1 0.6348 0.72768 0.740 0.048 0.212
#> GSM29958 1 0.3412 0.78717 0.876 0.000 0.124
#> GSM29961 1 0.3412 0.78717 0.876 0.000 0.124
#> GSM29882 3 0.4446 0.61439 0.112 0.032 0.856
#> GSM29885 2 0.4015 0.79573 0.096 0.876 0.028
#> GSM29888 2 0.1337 0.79896 0.016 0.972 0.012
#> GSM29891 3 0.4692 0.65486 0.168 0.012 0.820
#> GSM29894 1 0.4409 0.76961 0.824 0.004 0.172
#> GSM29897 1 0.4291 0.75571 0.820 0.000 0.180
#> GSM29900 3 0.4261 0.63081 0.140 0.012 0.848
#> GSM29903 3 0.7039 0.50051 0.312 0.040 0.648
#> GSM29906 3 0.6857 0.56942 0.252 0.052 0.696
#> GSM29909 1 0.7397 0.00115 0.484 0.032 0.484
#> GSM29956 1 0.3340 0.78777 0.880 0.000 0.120
#> GSM29959 1 0.3340 0.78777 0.880 0.000 0.120
#> GSM29962 1 0.4963 0.75356 0.792 0.008 0.200
#> GSM29883 3 0.1015 0.67760 0.012 0.008 0.980
#> GSM29886 2 0.1989 0.80049 0.048 0.948 0.004
#> GSM29889 2 0.1015 0.79550 0.008 0.980 0.012
#> GSM29892 3 0.7479 0.54642 0.264 0.076 0.660
#> GSM29895 1 0.8872 0.47234 0.556 0.288 0.156
#> GSM29898 3 0.3983 0.65592 0.144 0.004 0.852
#> GSM29901 3 0.1529 0.68032 0.040 0.000 0.960
#> GSM29904 3 0.9006 0.47654 0.256 0.188 0.556
#> GSM29907 3 0.6895 0.58757 0.228 0.064 0.708
#> GSM29910 1 0.8206 0.60570 0.640 0.196 0.164
#> GSM29957 2 0.9873 -0.16509 0.260 0.392 0.348
#> GSM29960 1 0.7348 0.66914 0.704 0.176 0.120
#> GSM29963 3 0.9225 0.42520 0.256 0.212 0.532
#> GSM29964 2 0.1182 0.79492 0.012 0.976 0.012
#> GSM29967 2 0.6731 0.76150 0.088 0.740 0.172
#> GSM29970 3 0.2313 0.67984 0.024 0.032 0.944
#> GSM29973 2 0.1337 0.79576 0.012 0.972 0.016
#> GSM29976 3 0.1964 0.67571 0.056 0.000 0.944
#> GSM29979 3 0.8865 0.37602 0.120 0.404 0.476
#> GSM29982 2 0.8521 0.65735 0.228 0.608 0.164
#> GSM29985 3 0.1950 0.67929 0.040 0.008 0.952
#> GSM29988 3 0.8479 0.51290 0.120 0.300 0.580
#> GSM29991 3 0.5889 0.66906 0.108 0.096 0.796
#> GSM29994 3 0.7634 0.57121 0.232 0.100 0.668
#> GSM29997 3 0.8410 0.56263 0.216 0.164 0.620
#> GSM30000 3 0.7739 0.57541 0.204 0.124 0.672
#> GSM30003 3 0.3043 0.67407 0.084 0.008 0.908
#> GSM29965 2 0.1170 0.79577 0.008 0.976 0.016
#> GSM29968 2 0.6754 0.75925 0.092 0.740 0.168
#> GSM29971 3 0.2318 0.68025 0.028 0.028 0.944
#> GSM29974 2 0.4539 0.70558 0.016 0.836 0.148
#> GSM29977 3 0.1753 0.67674 0.048 0.000 0.952
#> GSM29980 3 0.8668 0.49101 0.132 0.304 0.564
#> GSM29983 2 0.9934 0.09620 0.320 0.388 0.292
#> GSM29986 3 0.2269 0.67434 0.016 0.040 0.944
#> GSM29989 3 0.8408 0.53166 0.128 0.272 0.600
#> GSM29992 3 0.3888 0.68685 0.064 0.048 0.888
#> GSM29995 1 0.4139 0.79103 0.860 0.016 0.124
#> GSM29998 3 0.8249 0.57341 0.200 0.164 0.636
#> GSM30001 3 0.6254 0.61340 0.188 0.056 0.756
#> GSM30004 3 0.4280 0.63993 0.124 0.020 0.856
#> GSM29966 2 0.1182 0.79492 0.012 0.976 0.012
#> GSM29969 2 0.6652 0.76249 0.084 0.744 0.172
#> GSM29972 3 0.5573 0.63844 0.044 0.160 0.796
#> GSM29975 2 0.1337 0.79576 0.012 0.972 0.016
#> GSM29978 3 0.1753 0.68010 0.048 0.000 0.952
#> GSM29981 2 0.5852 0.65458 0.044 0.776 0.180
#> GSM29984 2 0.7213 0.73483 0.088 0.700 0.212
#> GSM29987 3 0.4411 0.64348 0.016 0.140 0.844
#> GSM29990 3 0.8688 0.43775 0.112 0.372 0.516
#> GSM29993 2 0.7841 0.17208 0.052 0.480 0.468
#> GSM29996 3 0.9013 0.38336 0.324 0.152 0.524
#> GSM29999 3 0.8600 0.51906 0.136 0.284 0.580
#> GSM30002 3 0.8544 0.51371 0.152 0.248 0.600
#> GSM30005 3 0.1267 0.67931 0.024 0.004 0.972
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.7295 -0.45588 0.024 0.520 0.088 0.368
#> GSM29786 2 0.6621 -0.42169 0.000 0.508 0.084 0.408
#> GSM29789 2 0.2589 0.32692 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM29792 2 0.2408 0.34105 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM29795 2 0.9842 -0.31358 0.260 0.328 0.184 0.228
#> GSM29798 2 0.6514 -0.40825 0.000 0.516 0.076 0.408
#> GSM29801 3 0.8898 0.29762 0.292 0.184 0.444 0.080
#> GSM29804 1 0.5050 -0.18787 0.588 0.004 0.408 0.000
#> GSM29807 1 0.8956 0.17539 0.452 0.084 0.260 0.204
#> GSM29816 3 0.4262 0.61341 0.236 0.000 0.756 0.008
#> GSM29821 3 0.8463 0.24235 0.340 0.216 0.412 0.032
#> GSM29824 1 0.5024 -0.00666 0.632 0.000 0.360 0.008
#> GSM29827 1 0.6764 0.38721 0.596 0.000 0.144 0.260
#> GSM29830 1 0.6796 0.38537 0.596 0.000 0.152 0.252
#> GSM29833 1 0.7593 0.37734 0.584 0.032 0.160 0.224
#> GSM29784 2 0.5947 -0.29946 0.020 0.588 0.016 0.376
#> GSM29787 2 0.6507 -0.41063 0.000 0.520 0.076 0.404
#> GSM29790 2 0.2868 0.20536 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM29793 2 0.2760 0.31988 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM29796 2 0.6849 -0.46191 0.024 0.520 0.052 0.404
#> GSM29799 2 0.6932 -0.46747 0.000 0.492 0.112 0.396
#> GSM29802 3 0.3668 0.63567 0.188 0.000 0.808 0.004
#> GSM29805 3 0.4313 0.58931 0.260 0.000 0.736 0.004
#> GSM29814 1 0.8932 0.17824 0.456 0.084 0.260 0.200
#> GSM29817 3 0.6629 0.52309 0.216 0.112 0.656 0.016
#> GSM29822 3 0.4098 0.62608 0.204 0.000 0.784 0.012
#> GSM29825 3 0.4535 0.57352 0.292 0.000 0.704 0.004
#> GSM29828 1 0.6796 0.38537 0.596 0.000 0.152 0.252
#> GSM29831 1 0.6781 0.38559 0.596 0.000 0.148 0.256
#> GSM29834 1 0.7795 0.37235 0.584 0.048 0.164 0.204
#> GSM29785 2 0.2843 0.25595 0.020 0.892 0.000 0.088
#> GSM29788 2 0.6583 -0.42596 0.000 0.528 0.084 0.388
#> GSM29791 2 0.2149 0.33671 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM29794 2 0.2760 0.34348 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM29797 2 0.5844 0.12147 0.020 0.720 0.064 0.196
#> GSM29800 2 0.6672 -0.42925 0.000 0.504 0.088 0.408
#> GSM29803 3 0.7736 0.45095 0.268 0.156 0.548 0.028
#> GSM29806 1 0.5364 -0.27468 0.592 0.016 0.392 0.000
#> GSM29815 2 0.9748 -0.03699 0.196 0.360 0.252 0.192
#> GSM29819 3 0.5313 0.46188 0.456 0.004 0.536 0.004
#> GSM29823 3 0.9603 0.00411 0.240 0.288 0.344 0.128
#> GSM29826 3 0.4955 0.47388 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM29829 1 0.5944 0.41229 0.716 0.064 0.024 0.196
#> GSM29832 1 0.6124 0.40879 0.712 0.068 0.032 0.188
#> GSM29835 1 0.6370 0.27378 0.644 0.280 0.024 0.052
#> GSM29836 2 0.3726 0.33908 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM29839 2 0.6072 -0.27000 0.020 0.576 0.020 0.384
#> GSM29842 2 0.6245 -0.24697 0.028 0.640 0.036 0.296
#> GSM29845 2 0.7469 -0.57371 0.004 0.444 0.152 0.400
#> GSM29848 2 0.6568 -0.42246 0.000 0.512 0.080 0.408
#> GSM29851 3 0.4122 0.61161 0.236 0.000 0.760 0.004
#> GSM29854 3 0.4925 0.47912 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM29857 1 0.5296 -0.43281 0.500 0.000 0.492 0.008
#> GSM29860 2 0.3610 0.33602 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM29863 3 0.6595 0.58431 0.232 0.100 0.652 0.016
#> GSM29866 1 0.6796 0.38537 0.596 0.000 0.152 0.252
#> GSM29869 1 0.7743 0.36492 0.560 0.028 0.184 0.228
#> GSM29872 1 0.9206 0.14584 0.464 0.204 0.156 0.176
#> GSM29875 3 0.4277 0.58528 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM29878 1 0.7168 0.16665 0.560 0.336 0.036 0.068
#> GSM29837 2 0.4230 0.32709 0.004 0.776 0.008 0.212
#> GSM29840 2 0.6154 -0.27257 0.024 0.576 0.020 0.380
#> GSM29843 2 0.5788 -0.21295 0.020 0.660 0.024 0.296
#> GSM29846 2 0.7105 -0.48796 0.004 0.484 0.112 0.400
#> GSM29849 2 0.6514 -0.41656 0.000 0.516 0.076 0.408
#> GSM29852 3 0.3933 0.62865 0.200 0.000 0.792 0.008
#> GSM29855 3 0.4005 0.63266 0.176 0.008 0.808 0.008
#> GSM29858 3 0.5290 0.50983 0.404 0.000 0.584 0.012
#> GSM29861 2 0.5826 0.26477 0.064 0.680 0.004 0.252
#> GSM29864 3 0.3881 0.62458 0.172 0.000 0.812 0.016
#> GSM29867 3 0.5427 0.30797 0.416 0.000 0.568 0.016
#> GSM29870 1 0.7047 0.02422 0.444 0.000 0.436 0.120
#> GSM29873 1 0.8613 0.20693 0.500 0.076 0.248 0.176
#> GSM29876 3 0.3870 0.63200 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM29879 1 0.8992 0.23140 0.480 0.172 0.228 0.120
#> GSM29838 2 0.3528 0.34374 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM29841 2 0.4404 0.23110 0.016 0.800 0.016 0.168
#> GSM29844 2 0.2401 0.33286 0.004 0.904 0.000 0.092
#> GSM29847 2 0.7018 -0.48364 0.004 0.492 0.104 0.400
#> GSM29850 2 0.6482 -0.44282 0.000 0.504 0.072 0.424
#> GSM29853 3 0.6762 0.54097 0.200 0.144 0.644 0.012
#> GSM29856 3 0.8117 0.31519 0.320 0.204 0.456 0.020
#> GSM29859 1 0.6670 -0.01617 0.568 0.068 0.352 0.012
#> GSM29862 2 0.3726 0.33428 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM29865 3 0.8575 0.37673 0.240 0.184 0.504 0.072
#> GSM29868 1 0.5523 0.29042 0.704 0.248 0.036 0.012
#> GSM29871 1 0.5322 0.21763 0.752 0.024 0.188 0.036
#> GSM29874 2 0.9048 0.03990 0.268 0.448 0.100 0.184
#> GSM29877 3 0.3870 0.62733 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM29880 2 0.3649 0.33527 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM29881 3 0.5818 0.53046 0.364 0.032 0.600 0.004
#> GSM29884 2 0.1059 0.33944 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM29887 2 0.0188 0.34835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM29890 1 0.7141 0.37208 0.604 0.012 0.176 0.208
#> GSM29893 1 0.6781 0.38687 0.596 0.000 0.148 0.256
#> GSM29896 1 0.7005 0.37125 0.572 0.000 0.172 0.256
#> GSM29899 1 0.5331 0.07227 0.644 0.000 0.332 0.024
#> GSM29902 1 0.4093 0.28406 0.816 0.004 0.156 0.024
#> GSM29905 1 0.3568 0.33789 0.856 0.004 0.116 0.024
#> GSM29908 1 0.6740 0.38937 0.600 0.000 0.144 0.256
#> GSM29955 1 0.5930 0.40300 0.728 0.092 0.020 0.160
#> GSM29958 1 0.6796 0.38537 0.596 0.000 0.152 0.252
#> GSM29961 1 0.6567 0.39617 0.616 0.000 0.128 0.256
#> GSM29882 3 0.3448 0.63253 0.168 0.000 0.828 0.004
#> GSM29885 2 0.5349 -0.20513 0.020 0.656 0.004 0.320
#> GSM29888 2 0.1970 0.31686 0.008 0.932 0.000 0.060
#> GSM29891 3 0.5290 0.45591 0.404 0.000 0.584 0.012
#> GSM29894 1 0.7050 0.36794 0.568 0.000 0.180 0.252
#> GSM29897 1 0.7005 0.36940 0.572 0.000 0.172 0.256
#> GSM29900 3 0.4539 0.59311 0.272 0.000 0.720 0.008
#> GSM29903 1 0.5949 0.23346 0.668 0.004 0.260 0.068
#> GSM29906 1 0.4922 0.18828 0.700 0.004 0.284 0.012
#> GSM29909 1 0.7600 0.26210 0.596 0.064 0.244 0.096
#> GSM29956 1 0.6756 0.38553 0.600 0.000 0.148 0.252
#> GSM29959 1 0.6796 0.38537 0.596 0.000 0.152 0.252
#> GSM29962 1 0.8363 0.31453 0.524 0.060 0.224 0.192
#> GSM29883 3 0.5893 0.51296 0.372 0.028 0.592 0.008
#> GSM29886 2 0.1059 0.33327 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM29889 2 0.0707 0.35322 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM29892 1 0.2983 0.33176 0.880 0.008 0.108 0.004
#> GSM29895 1 0.6663 0.29675 0.656 0.240 0.040 0.064
#> GSM29898 1 0.3448 0.25640 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM29901 1 0.4992 -0.41984 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM29904 1 0.4245 0.37696 0.844 0.080 0.052 0.024
#> GSM29907 1 0.2847 0.33674 0.896 0.004 0.084 0.016
#> GSM29910 1 0.4864 0.30462 0.724 0.256 0.012 0.008
#> GSM29957 1 0.6057 0.27152 0.648 0.288 0.056 0.008
#> GSM29960 1 0.6059 0.37135 0.720 0.156 0.020 0.104
#> GSM29963 1 0.4689 0.35262 0.784 0.168 0.044 0.004
#> GSM29964 2 0.3266 0.35141 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM29967 2 0.6878 -0.51260 0.000 0.556 0.128 0.316
#> GSM29970 3 0.5478 0.42183 0.444 0.000 0.540 0.016
#> GSM29973 2 0.3528 0.34374 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM29976 3 0.4888 0.52403 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM29979 1 0.9868 0.05244 0.320 0.232 0.260 0.188
#> GSM29982 4 0.8166 0.00000 0.028 0.388 0.168 0.416
#> GSM29985 3 0.4855 0.55765 0.352 0.000 0.644 0.004
#> GSM29988 1 0.8724 0.19279 0.480 0.072 0.248 0.200
#> GSM29991 1 0.8278 -0.23419 0.408 0.268 0.308 0.016
#> GSM29994 1 0.4381 0.27999 0.804 0.008 0.160 0.028
#> GSM29997 1 0.6277 0.31258 0.708 0.024 0.152 0.116
#> GSM30000 1 0.4187 0.27319 0.816 0.024 0.152 0.008
#> GSM30003 3 0.4482 0.60635 0.264 0.000 0.728 0.008
#> GSM29965 2 0.4059 0.33501 0.000 0.788 0.012 0.200
#> GSM29968 2 0.7103 -0.57425 0.000 0.468 0.128 0.404
#> GSM29971 3 0.4884 0.59681 0.276 0.008 0.708 0.008
#> GSM29974 2 0.4644 0.31838 0.004 0.764 0.024 0.208
#> GSM29977 3 0.4543 0.58795 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM29980 1 0.8555 0.20374 0.500 0.072 0.260 0.168
#> GSM29983 3 0.8861 -0.20151 0.092 0.288 0.460 0.160
#> GSM29986 3 0.5548 0.60008 0.144 0.112 0.740 0.004
#> GSM29989 1 0.8510 0.20997 0.504 0.068 0.256 0.172
#> GSM29992 3 0.7920 0.36764 0.368 0.208 0.416 0.008
#> GSM29995 1 0.6993 0.38650 0.588 0.004 0.152 0.256
#> GSM29998 1 0.6726 0.29691 0.660 0.020 0.192 0.128
#> GSM30001 1 0.4679 0.08461 0.736 0.008 0.248 0.008
#> GSM30004 3 0.4158 0.61640 0.224 0.000 0.768 0.008
#> GSM29966 2 0.3400 0.34797 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM29969 2 0.6432 -0.34681 0.000 0.636 0.128 0.236
#> GSM29972 1 0.7022 -0.28780 0.468 0.060 0.448 0.024
#> GSM29975 2 0.3528 0.34374 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM29978 1 0.4972 -0.38951 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM29981 2 0.5366 0.29675 0.012 0.700 0.024 0.264
#> GSM29984 2 0.7284 -0.61738 0.004 0.436 0.128 0.432
#> GSM29987 3 0.7671 0.43710 0.280 0.152 0.544 0.024
#> GSM29990 1 0.9421 0.19522 0.420 0.144 0.236 0.200
#> GSM29993 2 0.9305 -0.33778 0.136 0.432 0.252 0.180
#> GSM29996 1 0.3992 0.37924 0.856 0.080 0.040 0.024
#> GSM29999 1 0.8479 0.21010 0.512 0.068 0.244 0.176
#> GSM30002 1 0.6908 0.20320 0.628 0.100 0.248 0.024
#> GSM30005 3 0.5407 0.43533 0.484 0.000 0.504 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.3093 0.8019 0.016 0.080 0.032 0.872 0.000
#> GSM29786 4 0.0404 0.8465 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29789 2 0.3169 0.7596 0.000 0.856 0.000 0.084 0.060
#> GSM29792 2 0.2595 0.7692 0.000 0.888 0.000 0.032 0.080
#> GSM29795 3 0.9319 0.2084 0.144 0.192 0.384 0.184 0.096
#> GSM29798 4 0.0566 0.8460 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM29801 3 0.5149 0.6698 0.232 0.000 0.692 0.016 0.060
#> GSM29804 3 0.6497 0.2623 0.320 0.000 0.472 0.000 0.208
#> GSM29807 5 0.4160 0.7575 0.024 0.048 0.124 0.000 0.804
#> GSM29816 3 0.3155 0.7549 0.120 0.020 0.852 0.000 0.008
#> GSM29821 3 0.5208 0.5995 0.304 0.008 0.648 0.020 0.020
#> GSM29824 1 0.6521 0.2845 0.484 0.000 0.244 0.000 0.272
#> GSM29827 1 0.0290 0.6947 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29830 1 0.0162 0.6947 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.1651 0.6926 0.944 0.008 0.036 0.000 0.012
#> GSM29784 4 0.2536 0.7803 0.004 0.128 0.000 0.868 0.000
#> GSM29787 4 0.0404 0.8465 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29790 2 0.4273 0.3151 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM29793 2 0.3574 0.7394 0.000 0.804 0.000 0.168 0.028
#> GSM29796 4 0.5285 0.6366 0.028 0.240 0.028 0.692 0.012
#> GSM29799 4 0.0963 0.8403 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM29802 3 0.2880 0.7468 0.108 0.020 0.868 0.004 0.000
#> GSM29805 3 0.4074 0.7224 0.188 0.004 0.772 0.000 0.036
#> GSM29814 5 0.5021 0.7184 0.020 0.048 0.228 0.000 0.704
#> GSM29817 3 0.4017 0.7318 0.144 0.020 0.808 0.020 0.008
#> GSM29822 3 0.3631 0.7358 0.132 0.028 0.828 0.008 0.004
#> GSM29825 3 0.5948 0.6258 0.244 0.020 0.636 0.004 0.096
#> GSM29828 1 0.0451 0.6955 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM29831 1 0.2193 0.6911 0.912 0.000 0.028 0.000 0.060
#> GSM29834 1 0.1788 0.6894 0.932 0.004 0.056 0.000 0.008
#> GSM29785 2 0.4426 0.4459 0.004 0.612 0.004 0.380 0.000
#> GSM29788 4 0.1195 0.8397 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM29791 2 0.2694 0.7677 0.000 0.884 0.000 0.040 0.076
#> GSM29794 2 0.2570 0.7701 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> GSM29797 2 0.5801 0.6297 0.004 0.680 0.032 0.188 0.096
#> GSM29800 4 0.0404 0.8465 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29803 3 0.3584 0.7279 0.020 0.008 0.856 0.044 0.072
#> GSM29806 3 0.4487 0.6760 0.096 0.008 0.772 0.000 0.124
#> GSM29815 5 0.4999 0.7233 0.004 0.052 0.196 0.020 0.728
#> GSM29819 3 0.2871 0.7226 0.032 0.000 0.876 0.004 0.088
#> GSM29823 3 0.7852 0.5069 0.212 0.136 0.524 0.104 0.024
#> GSM29826 3 0.5415 0.5420 0.092 0.000 0.648 0.004 0.256
#> GSM29829 1 0.2260 0.6788 0.908 0.000 0.028 0.000 0.064
#> GSM29832 1 0.2597 0.6666 0.884 0.000 0.024 0.000 0.092
#> GSM29835 1 0.4683 0.6094 0.768 0.016 0.032 0.020 0.164
#> GSM29836 2 0.2951 0.7724 0.000 0.860 0.000 0.028 0.112
#> GSM29839 4 0.6093 -0.0290 0.016 0.456 0.008 0.464 0.056
#> GSM29842 4 0.4552 0.5758 0.000 0.264 0.040 0.696 0.000
#> GSM29845 4 0.1717 0.8264 0.008 0.000 0.052 0.936 0.004
#> GSM29848 4 0.0404 0.8465 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29851 3 0.3982 0.7339 0.136 0.020 0.812 0.004 0.028
#> GSM29854 3 0.3449 0.7117 0.064 0.000 0.844 0.004 0.088
#> GSM29857 3 0.3806 0.7074 0.104 0.000 0.812 0.000 0.084
#> GSM29860 2 0.3399 0.7571 0.000 0.812 0.000 0.020 0.168
#> GSM29863 3 0.5174 0.7448 0.128 0.012 0.752 0.028 0.080
#> GSM29866 1 0.0955 0.6975 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM29869 1 0.3073 0.6841 0.872 0.008 0.052 0.000 0.068
#> GSM29872 5 0.5513 0.6294 0.200 0.028 0.084 0.000 0.688
#> GSM29875 3 0.5262 0.7034 0.160 0.020 0.724 0.004 0.092
#> GSM29878 1 0.6958 0.2853 0.528 0.092 0.036 0.020 0.324
#> GSM29837 2 0.5429 0.7153 0.000 0.724 0.060 0.076 0.140
#> GSM29840 2 0.5167 0.0677 0.012 0.516 0.000 0.452 0.020
#> GSM29843 4 0.3957 0.5690 0.000 0.280 0.008 0.712 0.000
#> GSM29846 4 0.1168 0.8394 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000
#> GSM29849 4 0.0404 0.8465 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29852 3 0.3377 0.7354 0.136 0.020 0.836 0.004 0.004
#> GSM29855 3 0.2006 0.7524 0.072 0.000 0.916 0.012 0.000
#> GSM29858 3 0.3106 0.7442 0.140 0.000 0.840 0.000 0.020
#> GSM29861 2 0.4438 0.7216 0.000 0.748 0.012 0.036 0.204
#> GSM29864 3 0.3688 0.7381 0.124 0.020 0.828 0.028 0.000
#> GSM29867 1 0.6025 0.3191 0.544 0.004 0.336 0.000 0.116
#> GSM29870 1 0.5576 0.4300 0.604 0.004 0.308 0.000 0.084
#> GSM29873 5 0.4034 0.7455 0.056 0.028 0.096 0.000 0.820
#> GSM29876 3 0.3219 0.7391 0.136 0.020 0.840 0.004 0.000
#> GSM29879 1 0.5323 0.5464 0.700 0.028 0.216 0.004 0.052
#> GSM29838 2 0.4139 0.7603 0.000 0.784 0.000 0.132 0.084
#> GSM29841 2 0.4393 0.6970 0.000 0.756 0.000 0.168 0.076
#> GSM29844 2 0.2983 0.7656 0.000 0.868 0.000 0.056 0.076
#> GSM29847 4 0.0833 0.8457 0.004 0.000 0.016 0.976 0.004
#> GSM29850 4 0.0566 0.8460 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM29853 3 0.4045 0.7358 0.136 0.020 0.812 0.016 0.016
#> GSM29856 3 0.3941 0.6772 0.020 0.000 0.812 0.036 0.132
#> GSM29859 3 0.5715 0.4791 0.080 0.020 0.636 0.000 0.264
#> GSM29862 2 0.3236 0.7631 0.000 0.828 0.000 0.020 0.152
#> GSM29865 3 0.4360 0.6889 0.016 0.008 0.804 0.080 0.092
#> GSM29868 1 0.5594 0.5633 0.672 0.000 0.112 0.016 0.200
#> GSM29871 3 0.6895 -0.2215 0.168 0.020 0.412 0.000 0.400
#> GSM29874 5 0.6955 0.2786 0.204 0.204 0.016 0.020 0.556
#> GSM29877 3 0.4218 0.7328 0.136 0.020 0.800 0.004 0.040
#> GSM29880 2 0.2969 0.7619 0.000 0.852 0.000 0.020 0.128
#> GSM29881 3 0.2436 0.7413 0.032 0.000 0.912 0.020 0.036
#> GSM29884 2 0.3398 0.7107 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM29887 2 0.2719 0.7568 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM29890 1 0.2519 0.6787 0.884 0.000 0.016 0.000 0.100
#> GSM29893 1 0.0898 0.6947 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM29896 1 0.2570 0.6811 0.888 0.000 0.028 0.000 0.084
#> GSM29899 1 0.4998 0.5757 0.700 0.000 0.104 0.000 0.196
#> GSM29902 1 0.6173 0.2303 0.468 0.000 0.136 0.000 0.396
#> GSM29905 1 0.6056 0.3334 0.520 0.000 0.132 0.000 0.348
#> GSM29908 1 0.0162 0.6941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.3374 0.6553 0.844 0.000 0.044 0.004 0.108
#> GSM29958 1 0.0162 0.6947 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0693 0.6959 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> GSM29882 3 0.3113 0.7494 0.100 0.020 0.864 0.016 0.000
#> GSM29885 4 0.3802 0.6578 0.004 0.228 0.004 0.760 0.004
#> GSM29888 2 0.4655 0.5310 0.000 0.644 0.000 0.328 0.028
#> GSM29891 1 0.6710 0.1201 0.400 0.004 0.392 0.000 0.204
#> GSM29894 1 0.2416 0.6800 0.888 0.000 0.100 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.0963 0.6930 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.5484 0.6925 0.192 0.020 0.688 0.000 0.100
#> GSM29903 1 0.5334 0.5226 0.652 0.000 0.104 0.000 0.244
#> GSM29906 1 0.6002 0.3850 0.552 0.000 0.140 0.000 0.308
#> GSM29909 1 0.4883 0.5357 0.684 0.000 0.260 0.004 0.052
#> GSM29956 1 0.0162 0.6941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0290 0.6950 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.3586 0.6640 0.828 0.000 0.076 0.000 0.096
#> GSM29883 3 0.2844 0.7318 0.032 0.000 0.888 0.016 0.064
#> GSM29886 2 0.3123 0.7381 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> GSM29889 2 0.2763 0.7555 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004
#> GSM29892 1 0.6124 0.3399 0.520 0.000 0.144 0.000 0.336
#> GSM29895 1 0.5849 0.5575 0.692 0.028 0.068 0.024 0.188
#> GSM29898 1 0.6703 0.1295 0.396 0.000 0.244 0.000 0.360
#> GSM29901 3 0.5711 0.4382 0.100 0.000 0.600 0.004 0.296
#> GSM29904 1 0.5701 0.3672 0.568 0.000 0.100 0.000 0.332
#> GSM29907 5 0.6386 -0.0469 0.368 0.000 0.172 0.000 0.460
#> GSM29910 1 0.4830 0.5388 0.696 0.000 0.032 0.016 0.256
#> GSM29957 1 0.6424 0.3097 0.512 0.028 0.048 0.020 0.392
#> GSM29960 1 0.3387 0.6460 0.836 0.000 0.032 0.004 0.128
#> GSM29963 1 0.5727 0.4108 0.576 0.008 0.064 0.004 0.348
#> GSM29964 2 0.4280 0.7557 0.000 0.772 0.000 0.140 0.088
#> GSM29967 4 0.3816 0.7463 0.000 0.120 0.028 0.824 0.028
#> GSM29970 3 0.3915 0.6798 0.028 0.000 0.812 0.024 0.136
#> GSM29973 2 0.4545 0.7478 0.000 0.752 0.000 0.132 0.116
#> GSM29976 3 0.3967 0.7224 0.092 0.000 0.800 0.000 0.108
#> GSM29979 5 0.5512 0.7249 0.020 0.060 0.204 0.016 0.700
#> GSM29982 4 0.7434 0.4827 0.052 0.168 0.164 0.576 0.040
#> GSM29985 3 0.2990 0.7510 0.080 0.000 0.876 0.012 0.032
#> GSM29988 5 0.4291 0.7596 0.048 0.028 0.128 0.000 0.796
#> GSM29991 3 0.5840 0.6590 0.096 0.000 0.700 0.096 0.108
#> GSM29994 1 0.6396 0.1148 0.420 0.000 0.168 0.000 0.412
#> GSM29997 1 0.6272 0.1495 0.504 0.016 0.100 0.000 0.380
#> GSM30000 1 0.6454 0.1902 0.456 0.008 0.140 0.000 0.396
#> GSM30003 3 0.2377 0.7487 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM29965 2 0.5805 0.6684 0.000 0.640 0.008 0.192 0.160
#> GSM29968 4 0.1869 0.8249 0.000 0.008 0.028 0.936 0.028
#> GSM29971 3 0.2703 0.7440 0.060 0.000 0.896 0.024 0.020
#> GSM29974 2 0.5560 0.6857 0.000 0.700 0.080 0.044 0.176
#> GSM29977 3 0.2127 0.7552 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM29980 5 0.5736 0.5527 0.020 0.052 0.320 0.004 0.604
#> GSM29983 3 0.6616 0.4206 0.096 0.012 0.560 0.304 0.028
#> GSM29986 3 0.2079 0.7506 0.064 0.000 0.916 0.020 0.000
#> GSM29989 5 0.4622 0.7541 0.060 0.024 0.148 0.000 0.768
#> GSM29992 3 0.4450 0.7254 0.084 0.000 0.800 0.052 0.064
#> GSM29995 1 0.0865 0.6933 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM29998 5 0.6439 0.0890 0.384 0.020 0.108 0.000 0.488
#> GSM30001 3 0.5460 0.5467 0.196 0.000 0.656 0.000 0.148
#> GSM30004 3 0.3061 0.7493 0.136 0.020 0.844 0.000 0.000
#> GSM29966 2 0.4300 0.7556 0.000 0.772 0.000 0.132 0.096
#> GSM29969 4 0.4475 0.6617 0.000 0.184 0.028 0.760 0.028
#> GSM29972 3 0.5037 0.5751 0.032 0.000 0.700 0.032 0.236
#> GSM29975 2 0.4545 0.7478 0.000 0.752 0.000 0.132 0.116
#> GSM29978 3 0.5461 0.4903 0.096 0.000 0.620 0.000 0.284
#> GSM29981 2 0.4599 0.7005 0.004 0.748 0.024 0.024 0.200
#> GSM29984 4 0.3388 0.7940 0.000 0.056 0.064 0.860 0.020
#> GSM29987 3 0.3375 0.7037 0.012 0.000 0.852 0.040 0.096
#> GSM29990 5 0.3857 0.7425 0.052 0.028 0.088 0.000 0.832
#> GSM29993 3 0.8057 0.1640 0.040 0.124 0.412 0.360 0.064
#> GSM29996 1 0.5884 0.3095 0.536 0.000 0.112 0.000 0.352
#> GSM29999 5 0.4019 0.7457 0.052 0.028 0.100 0.000 0.820
#> GSM30002 3 0.6920 -0.2020 0.092 0.048 0.432 0.004 0.424
#> GSM30005 3 0.3690 0.7086 0.052 0.000 0.828 0.008 0.112
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.4208 0.7426 0.004 0.128 0.048 0.784 0.032 0.004
#> GSM29786 4 0.0146 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM29789 2 0.0632 0.5840 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0291 0.5796 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM29795 1 0.8571 0.0624 0.340 0.280 0.120 0.108 0.144 0.008
#> GSM29798 4 0.0000 0.8287 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.4713 0.4245 0.580 0.004 0.380 0.008 0.028 0.000
#> GSM29804 6 0.7231 0.2068 0.272 0.000 0.256 0.000 0.096 0.376
#> GSM29807 6 0.2113 0.6498 0.008 0.032 0.012 0.000 0.028 0.920
#> GSM29816 3 0.2030 0.6116 0.064 0.000 0.908 0.000 0.028 0.000
#> GSM29821 1 0.4767 0.4903 0.616 0.004 0.340 0.008 0.024 0.008
#> GSM29824 6 0.6337 0.3246 0.328 0.000 0.260 0.000 0.012 0.400
#> GSM29827 1 0.0508 0.8022 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM29830 1 0.0777 0.8047 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM29833 1 0.1245 0.8055 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016 0.000
#> GSM29784 4 0.3073 0.7593 0.000 0.140 0.004 0.832 0.020 0.004
#> GSM29787 4 0.0000 0.8287 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29790 2 0.4109 0.2010 0.000 0.576 0.000 0.412 0.012 0.000
#> GSM29793 2 0.2178 0.5217 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM29796 4 0.5386 0.5873 0.016 0.236 0.032 0.664 0.044 0.008
#> GSM29799 4 0.0692 0.8229 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> GSM29802 3 0.1536 0.6171 0.040 0.000 0.940 0.004 0.016 0.000
#> GSM29805 3 0.3942 0.5949 0.120 0.000 0.780 0.000 0.092 0.008
#> GSM29814 6 0.2496 0.6502 0.008 0.032 0.016 0.000 0.044 0.900
#> GSM29817 3 0.2841 0.5908 0.072 0.000 0.872 0.028 0.028 0.000
#> GSM29822 3 0.1755 0.6073 0.032 0.000 0.932 0.008 0.028 0.000
#> GSM29825 3 0.3191 0.5210 0.164 0.000 0.812 0.000 0.012 0.012
#> GSM29828 1 0.0692 0.8037 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM29831 1 0.1116 0.8033 0.960 0.000 0.028 0.000 0.004 0.008
#> GSM29834 1 0.1196 0.8039 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000
#> GSM29785 2 0.6090 -0.0638 0.000 0.472 0.000 0.284 0.236 0.008
#> GSM29788 4 0.0603 0.8258 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM29791 2 0.0146 0.5794 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0547 0.5750 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM29797 2 0.3834 0.5113 0.004 0.808 0.020 0.072 0.096 0.000
#> GSM29800 4 0.0146 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM29803 3 0.7226 0.4834 0.024 0.000 0.460 0.064 0.220 0.232
#> GSM29806 3 0.7491 0.2203 0.092 0.012 0.336 0.000 0.228 0.332
#> GSM29815 6 0.5137 0.3480 0.000 0.136 0.012 0.000 0.196 0.656
#> GSM29819 3 0.6629 0.4115 0.036 0.000 0.428 0.000 0.252 0.284
#> GSM29823 1 0.6546 0.4821 0.588 0.028 0.228 0.080 0.068 0.008
#> GSM29826 3 0.6807 0.2899 0.052 0.000 0.384 0.000 0.216 0.348
#> GSM29829 1 0.0790 0.7922 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM29832 1 0.0806 0.7997 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> GSM29835 1 0.5732 0.5920 0.648 0.216 0.040 0.000 0.032 0.064
#> GSM29836 2 0.1633 0.5459 0.000 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> GSM29839 2 0.4165 0.4087 0.004 0.676 0.000 0.292 0.028 0.000
#> GSM29842 4 0.5131 0.5630 0.008 0.272 0.036 0.652 0.024 0.008
#> GSM29845 4 0.2101 0.7732 0.000 0.004 0.100 0.892 0.004 0.000
#> GSM29848 4 0.0000 0.8287 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29851 3 0.1873 0.6079 0.048 0.000 0.924 0.008 0.020 0.000
#> GSM29854 3 0.6645 0.3838 0.040 0.000 0.432 0.000 0.232 0.296
#> GSM29857 3 0.7415 0.3205 0.108 0.004 0.368 0.000 0.236 0.284
#> GSM29860 2 0.2649 0.5243 0.004 0.876 0.000 0.000 0.052 0.068
#> GSM29863 3 0.5709 0.5588 0.140 0.000 0.664 0.008 0.120 0.068
#> GSM29866 1 0.0692 0.8037 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> GSM29869 1 0.2341 0.7847 0.900 0.012 0.056 0.000 0.000 0.032
#> GSM29872 6 0.1851 0.6616 0.036 0.024 0.000 0.000 0.012 0.928
#> GSM29875 3 0.2022 0.6062 0.052 0.000 0.916 0.008 0.024 0.000
#> GSM29878 2 0.6287 0.0202 0.392 0.436 0.004 0.000 0.028 0.140
#> GSM29837 5 0.5218 0.7473 0.000 0.376 0.000 0.008 0.540 0.076
#> GSM29840 2 0.4436 0.3654 0.008 0.632 0.000 0.332 0.028 0.000
#> GSM29843 4 0.4335 0.4781 0.000 0.336 0.004 0.636 0.020 0.004
#> GSM29846 4 0.1555 0.8056 0.000 0.004 0.060 0.932 0.004 0.000
#> GSM29849 4 0.0000 0.8287 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29852 3 0.1749 0.6069 0.036 0.000 0.932 0.008 0.024 0.000
#> GSM29855 3 0.3952 0.6168 0.028 0.000 0.776 0.004 0.168 0.024
#> GSM29858 3 0.6713 0.5093 0.120 0.000 0.520 0.000 0.220 0.140
#> GSM29861 2 0.3391 0.5044 0.004 0.832 0.000 0.008 0.060 0.096
#> GSM29864 3 0.1337 0.6110 0.016 0.000 0.956 0.012 0.008 0.008
#> GSM29867 3 0.4379 0.1118 0.400 0.000 0.576 0.000 0.004 0.020
#> GSM29870 1 0.4344 0.3662 0.556 0.000 0.424 0.000 0.004 0.016
#> GSM29873 6 0.2160 0.6634 0.024 0.020 0.012 0.000 0.024 0.920
#> GSM29876 3 0.1592 0.6087 0.032 0.000 0.940 0.008 0.020 0.000
#> GSM29879 1 0.4800 0.6685 0.716 0.024 0.196 0.000 0.016 0.048
#> GSM29838 5 0.5276 0.7513 0.000 0.412 0.000 0.012 0.508 0.068
#> GSM29841 2 0.2322 0.5673 0.004 0.896 0.000 0.064 0.036 0.000
#> GSM29844 2 0.0725 0.5824 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM29847 4 0.0748 0.8269 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> GSM29850 4 0.0146 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM29853 3 0.3578 0.5806 0.140 0.000 0.804 0.012 0.044 0.000
#> GSM29856 3 0.7384 0.2214 0.032 0.028 0.372 0.012 0.204 0.352
#> GSM29859 6 0.6837 0.3309 0.088 0.024 0.232 0.000 0.116 0.540
#> GSM29862 2 0.2201 0.5278 0.000 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> GSM29865 3 0.7127 0.4087 0.000 0.004 0.436 0.088 0.212 0.260
#> GSM29868 1 0.5249 0.5913 0.680 0.036 0.096 0.000 0.004 0.184
#> GSM29871 6 0.5008 0.6480 0.120 0.024 0.084 0.000 0.036 0.736
#> GSM29874 2 0.4994 0.2227 0.024 0.576 0.000 0.000 0.036 0.364
#> GSM29877 3 0.1755 0.6065 0.032 0.000 0.932 0.008 0.028 0.000
#> GSM29880 2 0.1391 0.5716 0.000 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> GSM29881 3 0.6188 0.5054 0.016 0.000 0.512 0.004 0.256 0.212
#> GSM29884 2 0.5218 -0.3822 0.000 0.528 0.000 0.084 0.384 0.004
#> GSM29887 2 0.3778 -0.0704 0.000 0.696 0.000 0.016 0.288 0.000
#> GSM29890 1 0.1984 0.7870 0.912 0.000 0.056 0.000 0.000 0.032
#> GSM29893 1 0.1075 0.7999 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.1672 0.7974 0.932 0.000 0.048 0.000 0.004 0.016
#> GSM29899 1 0.4756 0.4547 0.664 0.000 0.112 0.000 0.000 0.224
#> GSM29902 6 0.4370 0.6465 0.284 0.000 0.036 0.000 0.008 0.672
#> GSM29905 6 0.5051 0.6148 0.304 0.000 0.072 0.000 0.012 0.612
#> GSM29908 1 0.0405 0.8017 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.1668 0.7767 0.928 0.000 0.004 0.000 0.008 0.060
#> GSM29958 1 0.0692 0.8042 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0603 0.8027 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.1140 0.6129 0.012 0.000 0.964 0.008 0.008 0.008
#> GSM29885 4 0.3932 0.6305 0.000 0.248 0.000 0.720 0.028 0.004
#> GSM29888 5 0.5688 0.4169 0.000 0.428 0.000 0.136 0.432 0.004
#> GSM29891 3 0.5083 0.4129 0.236 0.000 0.652 0.000 0.016 0.096
#> GSM29894 1 0.2288 0.7708 0.876 0.000 0.116 0.004 0.000 0.004
#> GSM29897 1 0.1285 0.8002 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.2395 0.5986 0.072 0.000 0.896 0.004 0.016 0.012
#> GSM29903 1 0.4809 0.0239 0.576 0.000 0.044 0.000 0.008 0.372
#> GSM29906 6 0.5664 0.5326 0.348 0.000 0.120 0.000 0.012 0.520
#> GSM29909 1 0.4510 0.5376 0.728 0.000 0.084 0.000 0.016 0.172
#> GSM29956 1 0.0508 0.8022 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM29959 1 0.0935 0.8048 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.1367 0.8026 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012 0.000
#> GSM29883 3 0.6340 0.4786 0.012 0.000 0.500 0.012 0.240 0.236
#> GSM29886 2 0.4101 -0.0194 0.000 0.664 0.000 0.028 0.308 0.000
#> GSM29889 2 0.3922 -0.1822 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320 0.000
#> GSM29892 6 0.4955 0.4446 0.420 0.000 0.056 0.000 0.004 0.520
#> GSM29895 1 0.6753 0.5220 0.576 0.212 0.080 0.004 0.036 0.092
#> GSM29898 6 0.5998 0.3968 0.236 0.000 0.256 0.000 0.008 0.500
#> GSM29901 3 0.6626 0.2270 0.068 0.000 0.408 0.000 0.136 0.388
#> GSM29904 6 0.3746 0.6506 0.272 0.000 0.012 0.000 0.004 0.712
#> GSM29907 6 0.5009 0.5978 0.256 0.000 0.120 0.000 0.000 0.624
#> GSM29910 1 0.5631 0.5213 0.632 0.192 0.012 0.000 0.016 0.148
#> GSM29957 1 0.6503 -0.1276 0.392 0.204 0.012 0.000 0.012 0.380
#> GSM29960 1 0.2621 0.7703 0.892 0.028 0.012 0.000 0.012 0.056
#> GSM29963 6 0.4884 0.5457 0.332 0.008 0.048 0.000 0.004 0.608
#> GSM29964 5 0.4948 0.7221 0.000 0.436 0.000 0.012 0.512 0.040
#> GSM29967 4 0.4719 0.4987 0.000 0.040 0.008 0.592 0.360 0.000
#> GSM29970 3 0.6763 0.3015 0.036 0.000 0.352 0.000 0.312 0.300
#> GSM29973 5 0.5310 0.7540 0.000 0.404 0.000 0.012 0.512 0.072
#> GSM29976 3 0.6675 0.4321 0.056 0.000 0.464 0.000 0.200 0.280
#> GSM29979 6 0.2792 0.6318 0.004 0.072 0.012 0.000 0.036 0.876
#> GSM29982 4 0.6891 0.5038 0.124 0.152 0.024 0.560 0.140 0.000
#> GSM29985 3 0.6352 0.4648 0.036 0.000 0.504 0.000 0.204 0.256
#> GSM29988 6 0.2069 0.6633 0.028 0.020 0.012 0.000 0.016 0.924
#> GSM29991 3 0.7310 0.3574 0.072 0.004 0.372 0.004 0.256 0.292
#> GSM29994 6 0.3852 0.6624 0.256 0.000 0.016 0.000 0.008 0.720
#> GSM29997 6 0.3546 0.6770 0.180 0.004 0.020 0.000 0.008 0.788
#> GSM30000 6 0.4653 0.5567 0.360 0.000 0.052 0.000 0.000 0.588
#> GSM30003 3 0.3829 0.6205 0.072 0.000 0.792 0.000 0.124 0.012
#> GSM29965 5 0.5455 0.7241 0.000 0.352 0.000 0.020 0.548 0.080
#> GSM29968 4 0.2573 0.7922 0.000 0.004 0.008 0.856 0.132 0.000
#> GSM29971 3 0.5478 0.5627 0.028 0.000 0.588 0.000 0.300 0.084
#> GSM29974 5 0.5464 0.7246 0.000 0.360 0.008 0.000 0.528 0.104
#> GSM29977 3 0.4311 0.6194 0.048 0.000 0.764 0.000 0.140 0.048
#> GSM29980 6 0.3498 0.6225 0.008 0.048 0.028 0.000 0.076 0.840
#> GSM29983 3 0.7101 -0.1486 0.100 0.004 0.400 0.344 0.152 0.000
#> GSM29986 3 0.3604 0.6183 0.008 0.000 0.800 0.008 0.156 0.028
#> GSM29989 6 0.2461 0.6698 0.048 0.020 0.004 0.000 0.028 0.900
#> GSM29992 3 0.6832 0.4849 0.056 0.000 0.460 0.004 0.260 0.220
#> GSM29995 1 0.0909 0.7993 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM29998 6 0.3300 0.6796 0.152 0.008 0.020 0.000 0.004 0.816
#> GSM30001 6 0.7229 0.1748 0.148 0.000 0.244 0.000 0.176 0.432
#> GSM30004 3 0.1462 0.6130 0.056 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000
#> GSM29966 5 0.5050 0.7349 0.000 0.428 0.000 0.012 0.512 0.048
#> GSM29969 4 0.5624 0.2454 0.000 0.116 0.008 0.480 0.396 0.000
#> GSM29972 6 0.6619 -0.0633 0.028 0.004 0.312 0.000 0.228 0.428
#> GSM29975 5 0.5310 0.7540 0.000 0.404 0.000 0.012 0.512 0.072
#> GSM29978 3 0.6674 0.2343 0.064 0.000 0.408 0.000 0.152 0.376
#> GSM29981 5 0.5613 0.6469 0.000 0.392 0.004 0.000 0.476 0.128
#> GSM29984 4 0.3093 0.7757 0.000 0.008 0.012 0.816 0.164 0.000
#> GSM29987 3 0.6441 0.4080 0.004 0.000 0.416 0.012 0.300 0.268
#> GSM29990 6 0.1458 0.6595 0.016 0.020 0.000 0.000 0.016 0.948
#> GSM29993 5 0.7899 -0.1142 0.016 0.108 0.344 0.112 0.380 0.040
#> GSM29996 6 0.4022 0.5262 0.360 0.000 0.008 0.000 0.004 0.628
#> GSM29999 6 0.2176 0.6659 0.036 0.020 0.004 0.000 0.024 0.916
#> GSM30002 6 0.5282 0.5863 0.064 0.048 0.148 0.000 0.028 0.712
#> GSM30005 3 0.6843 0.3924 0.040 0.000 0.404 0.004 0.256 0.296
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:mclust 170 4.67e-02 0.6726 1.24e-11 2
#> SD:mclust 137 5.56e-05 0.3646 3.32e-14 3
#> SD:mclust 27 NA NA NA 4
#> SD:mclust 137 8.71e-06 0.6253 9.79e-25 5
#> SD:mclust 119 5.69e-09 0.0687 4.96e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.598 0.831 0.923 0.4902 0.506 0.506
#> 3 3 0.269 0.444 0.671 0.3412 0.762 0.565
#> 4 4 0.366 0.353 0.547 0.1312 0.751 0.414
#> 5 5 0.453 0.319 0.553 0.0687 0.844 0.488
#> 6 6 0.513 0.331 0.555 0.0424 0.928 0.681
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.3584 0.866 0.068 0.932
#> GSM29786 2 0.7299 0.765 0.204 0.796
#> GSM29789 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.8499 0.679 0.276 0.724
#> GSM29798 2 0.9686 0.444 0.396 0.604
#> GSM29801 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29807 2 0.5408 0.811 0.124 0.876
#> GSM29816 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM29787 2 0.8386 0.686 0.268 0.732
#> GSM29790 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.6148 0.813 0.152 0.848
#> GSM29799 1 0.4161 0.863 0.916 0.084
#> GSM29802 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29814 2 0.9661 0.330 0.392 0.608
#> GSM29817 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.6438 0.804 0.164 0.836
#> GSM29791 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM29800 2 0.6887 0.785 0.184 0.816
#> GSM29803 1 0.8443 0.590 0.728 0.272
#> GSM29806 1 0.9460 0.465 0.636 0.364
#> GSM29815 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29819 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29823 1 0.8813 0.525 0.700 0.300
#> GSM29826 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29829 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29832 1 0.1414 0.914 0.980 0.020
#> GSM29835 2 0.9732 0.424 0.404 0.596
#> GSM29836 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.7056 0.778 0.192 0.808
#> GSM29842 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM29845 2 0.9209 0.578 0.336 0.664
#> GSM29848 2 0.8443 0.683 0.272 0.728
#> GSM29851 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29860 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0376 0.924 0.996 0.004
#> GSM29866 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.1184 0.917 0.984 0.016
#> GSM29872 2 0.8327 0.628 0.264 0.736
#> GSM29875 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM29837 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.6801 0.790 0.180 0.820
#> GSM29843 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM29846 2 0.9850 0.320 0.428 0.572
#> GSM29849 1 0.7883 0.666 0.764 0.236
#> GSM29852 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29861 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.9795 0.328 0.584 0.416
#> GSM29876 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.5842 0.815 0.860 0.140
#> GSM29838 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.0938 0.891 0.012 0.988
#> GSM29850 2 0.6438 0.804 0.164 0.836
#> GSM29853 1 0.0672 0.922 0.992 0.008
#> GSM29856 2 0.7219 0.774 0.200 0.800
#> GSM29859 2 0.8386 0.623 0.268 0.732
#> GSM29862 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29865 2 0.9580 0.483 0.380 0.620
#> GSM29868 1 0.9000 0.491 0.684 0.316
#> GSM29871 1 0.9795 0.325 0.584 0.416
#> GSM29874 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29881 1 0.2236 0.904 0.964 0.036
#> GSM29884 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0938 0.919 0.988 0.012
#> GSM29905 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29882 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29885 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29906 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29909 1 0.1184 0.917 0.984 0.016
#> GSM29956 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.2423 0.901 0.960 0.040
#> GSM29886 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.1184 0.917 0.984 0.016
#> GSM29895 2 0.8386 0.688 0.268 0.732
#> GSM29898 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.9170 0.535 0.668 0.332
#> GSM29907 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29910 2 0.7139 0.752 0.196 0.804
#> GSM29957 2 0.1184 0.890 0.016 0.984
#> GSM29960 1 0.8081 0.634 0.752 0.248
#> GSM29963 2 0.4431 0.846 0.092 0.908
#> GSM29964 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29970 1 0.5737 0.817 0.864 0.136
#> GSM29973 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.6247 0.811 0.156 0.844
#> GSM29985 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29988 2 0.9661 0.331 0.392 0.608
#> GSM29991 1 0.9775 0.216 0.588 0.412
#> GSM29994 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> GSM29997 1 0.7139 0.737 0.804 0.196
#> GSM30000 1 0.9635 0.410 0.612 0.388
#> GSM30003 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM29971 1 0.4431 0.860 0.908 0.092
#> GSM29974 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29980 2 0.2236 0.878 0.036 0.964
#> GSM29983 1 0.2603 0.897 0.956 0.044
#> GSM29986 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29989 1 0.9635 0.402 0.612 0.388
#> GSM29992 1 0.0672 0.922 0.992 0.008
#> GSM29995 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.7219 0.733 0.800 0.200
#> GSM30001 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> GSM30004 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.3733 0.867 0.072 0.928
#> GSM29975 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0000 0.926 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.5946 0.819 0.144 0.856
#> GSM29987 1 0.7674 0.677 0.776 0.224
#> GSM29990 2 0.1414 0.886 0.020 0.980
#> GSM29993 2 0.7056 0.778 0.192 0.808
#> GSM29996 1 0.5519 0.819 0.872 0.128
#> GSM29999 1 0.9881 0.268 0.564 0.436
#> GSM30002 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM30005 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 3 0.5335 0.3871 0.008 0.232 0.760
#> GSM29786 3 0.3918 0.4989 0.012 0.120 0.868
#> GSM29789 2 0.3983 0.6105 0.004 0.852 0.144
#> GSM29792 2 0.4099 0.6062 0.008 0.852 0.140
#> GSM29795 3 0.8857 0.3261 0.132 0.344 0.524
#> GSM29798 3 0.4253 0.5615 0.080 0.048 0.872
#> GSM29801 1 0.6897 0.5043 0.668 0.040 0.292
#> GSM29804 1 0.3918 0.6496 0.868 0.012 0.120
#> GSM29807 2 0.7923 0.4920 0.120 0.652 0.228
#> GSM29816 1 0.5733 0.5301 0.676 0.000 0.324
#> GSM29821 1 0.8230 0.3507 0.564 0.088 0.348
#> GSM29824 1 0.3031 0.6629 0.912 0.012 0.076
#> GSM29827 1 0.3587 0.6367 0.892 0.088 0.020
#> GSM29830 1 0.4586 0.6421 0.856 0.048 0.096
#> GSM29833 1 0.7721 0.5102 0.680 0.168 0.152
#> GSM29784 3 0.4178 0.4359 0.000 0.172 0.828
#> GSM29787 3 0.3637 0.5355 0.024 0.084 0.892
#> GSM29790 2 0.5988 0.4653 0.000 0.632 0.368
#> GSM29793 2 0.4504 0.5947 0.000 0.804 0.196
#> GSM29796 3 0.6688 0.3499 0.028 0.308 0.664
#> GSM29799 3 0.4555 0.4752 0.200 0.000 0.800
#> GSM29802 1 0.6111 0.4288 0.604 0.000 0.396
#> GSM29805 1 0.4555 0.6252 0.800 0.000 0.200
#> GSM29814 2 0.9315 0.3096 0.220 0.520 0.260
#> GSM29817 1 0.6235 0.3157 0.564 0.000 0.436
#> GSM29822 1 0.6204 0.3895 0.576 0.000 0.424
#> GSM29825 1 0.4654 0.6185 0.792 0.000 0.208
#> GSM29828 1 0.2879 0.6539 0.924 0.024 0.052
#> GSM29831 1 0.2845 0.6580 0.920 0.012 0.068
#> GSM29834 1 0.6882 0.5762 0.732 0.096 0.172
#> GSM29785 2 0.6308 0.2327 0.000 0.508 0.492
#> GSM29788 3 0.5254 0.3533 0.000 0.264 0.736
#> GSM29791 2 0.4002 0.5941 0.000 0.840 0.160
#> GSM29794 2 0.3686 0.6069 0.000 0.860 0.140
#> GSM29797 2 0.6225 0.1799 0.000 0.568 0.432
#> GSM29800 3 0.3816 0.4649 0.000 0.148 0.852
#> GSM29803 3 0.5850 0.5058 0.188 0.040 0.772
#> GSM29806 3 0.9702 -0.0754 0.220 0.364 0.416
#> GSM29815 2 0.6487 0.5438 0.032 0.700 0.268
#> GSM29819 3 0.7757 -0.1439 0.464 0.048 0.488
#> GSM29823 3 0.9208 0.3290 0.264 0.204 0.532
#> GSM29826 1 0.6570 0.5345 0.680 0.028 0.292
#> GSM29829 1 0.4755 0.5933 0.808 0.184 0.008
#> GSM29832 1 0.6543 0.5705 0.748 0.176 0.076
#> GSM29835 3 0.9997 0.1237 0.332 0.324 0.344
#> GSM29836 2 0.4178 0.6224 0.000 0.828 0.172
#> GSM29839 3 0.8113 0.1864 0.068 0.428 0.504
#> GSM29842 2 0.6683 0.3026 0.008 0.496 0.496
#> GSM29845 3 0.2918 0.5486 0.044 0.032 0.924
#> GSM29848 3 0.5202 0.5227 0.044 0.136 0.820
#> GSM29851 1 0.5058 0.5825 0.756 0.000 0.244
#> GSM29854 1 0.7319 0.3323 0.548 0.032 0.420
#> GSM29857 1 0.7308 0.5091 0.656 0.060 0.284
#> GSM29860 2 0.3091 0.6316 0.016 0.912 0.072
#> GSM29863 1 0.6832 0.3921 0.604 0.020 0.376
#> GSM29866 1 0.3554 0.6531 0.900 0.036 0.064
#> GSM29869 1 0.5435 0.5841 0.784 0.192 0.024
#> GSM29872 2 0.7301 0.4259 0.308 0.640 0.052
#> GSM29875 1 0.4702 0.6038 0.788 0.000 0.212
#> GSM29878 2 0.7276 0.4827 0.192 0.704 0.104
#> GSM29837 2 0.4974 0.6089 0.000 0.764 0.236
#> GSM29840 3 0.7636 0.2136 0.048 0.396 0.556
#> GSM29843 3 0.6470 0.1687 0.012 0.356 0.632
#> GSM29846 3 0.2804 0.5482 0.060 0.016 0.924
#> GSM29849 3 0.5787 0.5269 0.136 0.068 0.796
#> GSM29852 1 0.5988 0.4745 0.632 0.000 0.368
#> GSM29855 3 0.6398 0.0355 0.416 0.004 0.580
#> GSM29858 1 0.6756 0.5594 0.712 0.056 0.232
#> GSM29861 2 0.3722 0.6153 0.024 0.888 0.088
#> GSM29864 1 0.6308 0.2171 0.508 0.000 0.492
#> GSM29867 1 0.3038 0.6567 0.896 0.000 0.104
#> GSM29870 1 0.3686 0.6533 0.860 0.000 0.140
#> GSM29873 1 0.8566 0.1238 0.480 0.424 0.096
#> GSM29876 1 0.5968 0.4834 0.636 0.000 0.364
#> GSM29879 1 0.8918 0.3913 0.552 0.288 0.160
#> GSM29838 2 0.4974 0.6100 0.000 0.764 0.236
#> GSM29841 2 0.6314 0.2454 0.004 0.604 0.392
#> GSM29844 2 0.5560 0.4765 0.000 0.700 0.300
#> GSM29847 3 0.4555 0.4265 0.000 0.200 0.800
#> GSM29850 3 0.5728 0.4007 0.008 0.272 0.720
#> GSM29853 1 0.7029 0.2688 0.540 0.020 0.440
#> GSM29856 3 0.7363 0.3020 0.040 0.372 0.588
#> GSM29859 2 0.8984 0.3024 0.136 0.496 0.368
#> GSM29862 2 0.2772 0.6321 0.004 0.916 0.080
#> GSM29865 3 0.5608 0.5409 0.072 0.120 0.808
#> GSM29868 1 0.7116 0.4259 0.636 0.324 0.040
#> GSM29871 1 0.9550 0.0590 0.404 0.404 0.192
#> GSM29874 2 0.2446 0.6211 0.052 0.936 0.012
#> GSM29877 1 0.5760 0.5061 0.672 0.000 0.328
#> GSM29880 2 0.2590 0.6258 0.004 0.924 0.072
#> GSM29881 3 0.7039 0.2700 0.312 0.040 0.648
#> GSM29884 2 0.6126 0.4826 0.000 0.600 0.400
#> GSM29887 2 0.4654 0.6199 0.000 0.792 0.208
#> GSM29890 1 0.0983 0.6584 0.980 0.004 0.016
#> GSM29893 1 0.6644 0.5985 0.752 0.108 0.140
#> GSM29896 1 0.3141 0.6572 0.912 0.020 0.068
#> GSM29899 1 0.2173 0.6623 0.944 0.008 0.048
#> GSM29902 1 0.7525 0.5237 0.684 0.208 0.108
#> GSM29905 1 0.5067 0.6190 0.832 0.116 0.052
#> GSM29908 1 0.5467 0.5792 0.792 0.176 0.032
#> GSM29955 1 0.5455 0.5758 0.776 0.204 0.020
#> GSM29958 1 0.6573 0.5813 0.756 0.140 0.104
#> GSM29961 1 0.5743 0.5774 0.784 0.172 0.044
#> GSM29882 3 0.6244 -0.0406 0.440 0.000 0.560
#> GSM29885 3 0.6215 -0.1633 0.000 0.428 0.572
#> GSM29888 2 0.6267 0.4382 0.000 0.548 0.452
#> GSM29891 1 0.3715 0.6482 0.868 0.004 0.128
#> GSM29894 1 0.5348 0.6213 0.796 0.028 0.176
#> GSM29897 1 0.4744 0.6361 0.836 0.028 0.136
#> GSM29900 1 0.5138 0.5941 0.748 0.000 0.252
#> GSM29903 1 0.5165 0.6330 0.832 0.072 0.096
#> GSM29906 1 0.5449 0.6259 0.816 0.068 0.116
#> GSM29909 1 0.6046 0.6218 0.784 0.136 0.080
#> GSM29956 1 0.4712 0.6200 0.848 0.108 0.044
#> GSM29959 1 0.4558 0.6423 0.856 0.044 0.100
#> GSM29962 1 0.3649 0.6536 0.896 0.036 0.068
#> GSM29883 3 0.6753 0.0937 0.388 0.016 0.596
#> GSM29886 2 0.6154 0.3678 0.000 0.592 0.408
#> GSM29889 2 0.5431 0.5703 0.000 0.716 0.284
#> GSM29892 1 0.5253 0.5849 0.792 0.188 0.020
#> GSM29895 2 0.9892 -0.0952 0.268 0.392 0.340
#> GSM29898 1 0.5897 0.6375 0.792 0.076 0.132
#> GSM29901 1 0.6124 0.6055 0.744 0.036 0.220
#> GSM29904 2 0.7164 0.0876 0.452 0.524 0.024
#> GSM29907 1 0.7298 0.5487 0.700 0.200 0.100
#> GSM29910 2 0.6684 0.4158 0.292 0.676 0.032
#> GSM29957 2 0.4209 0.5877 0.120 0.860 0.020
#> GSM29960 1 0.8491 0.3293 0.572 0.312 0.116
#> GSM29963 2 0.6632 0.5288 0.204 0.732 0.064
#> GSM29964 2 0.4842 0.6158 0.000 0.776 0.224
#> GSM29967 3 0.5431 0.2928 0.000 0.284 0.716
#> GSM29970 3 0.8137 0.2355 0.316 0.092 0.592
#> GSM29973 2 0.4842 0.6170 0.000 0.776 0.224
#> GSM29976 1 0.5919 0.5626 0.712 0.012 0.276
#> GSM29979 2 0.5235 0.6181 0.036 0.812 0.152
#> GSM29982 3 0.6420 0.3936 0.024 0.288 0.688
#> GSM29985 1 0.7063 0.2335 0.516 0.020 0.464
#> GSM29988 2 0.9400 0.3370 0.228 0.508 0.264
#> GSM29991 3 0.8496 0.2121 0.324 0.112 0.564
#> GSM29994 1 0.7844 0.4827 0.652 0.240 0.108
#> GSM29997 1 0.6867 0.4451 0.672 0.288 0.040
#> GSM30000 1 0.9059 0.0843 0.456 0.408 0.136
#> GSM30003 1 0.5327 0.5768 0.728 0.000 0.272
#> GSM29965 2 0.5859 0.4862 0.000 0.656 0.344
#> GSM29968 3 0.4654 0.3778 0.000 0.208 0.792
#> GSM29971 3 0.6975 0.1885 0.356 0.028 0.616
#> GSM29974 2 0.4062 0.6292 0.000 0.836 0.164
#> GSM29977 1 0.5956 0.5174 0.672 0.004 0.324
#> GSM29980 2 0.8239 0.3623 0.080 0.532 0.388
#> GSM29983 3 0.6931 0.2909 0.328 0.032 0.640
#> GSM29986 3 0.6359 0.0551 0.404 0.004 0.592
#> GSM29989 1 0.9690 0.0831 0.408 0.376 0.216
#> GSM29992 3 0.7566 -0.0847 0.448 0.040 0.512
#> GSM29995 1 0.4811 0.6115 0.828 0.148 0.024
#> GSM29998 1 0.8160 0.4258 0.608 0.288 0.104
#> GSM30001 1 0.9901 0.1514 0.404 0.300 0.296
#> GSM30004 1 0.5733 0.5248 0.676 0.000 0.324
#> GSM29966 2 0.4654 0.6280 0.000 0.792 0.208
#> GSM29969 3 0.5810 0.1559 0.000 0.336 0.664
#> GSM29972 3 0.7665 0.1873 0.060 0.340 0.600
#> GSM29975 2 0.4974 0.6117 0.000 0.764 0.236
#> GSM29978 1 0.6633 0.5543 0.700 0.040 0.260
#> GSM29981 2 0.3816 0.6377 0.000 0.852 0.148
#> GSM29984 3 0.5020 0.4552 0.012 0.192 0.796
#> GSM29987 3 0.6208 0.4853 0.164 0.068 0.768
#> GSM29990 2 0.7223 0.5524 0.140 0.716 0.144
#> GSM29993 3 0.7493 0.4041 0.092 0.232 0.676
#> GSM29996 1 0.6962 0.2431 0.568 0.412 0.020
#> GSM29999 2 0.9820 0.2086 0.296 0.428 0.276
#> GSM30002 2 0.7084 0.5160 0.044 0.652 0.304
#> GSM30005 3 0.7905 -0.0961 0.444 0.056 0.500
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.727 0.425974 0.036 0.208 0.132 0.624
#> GSM29786 4 0.414 0.543704 0.004 0.112 0.052 0.832
#> GSM29789 2 0.470 0.603223 0.104 0.816 0.024 0.056
#> GSM29792 2 0.396 0.599282 0.116 0.844 0.024 0.016
#> GSM29795 2 0.941 0.120853 0.296 0.356 0.100 0.248
#> GSM29798 4 0.394 0.524806 0.036 0.112 0.008 0.844
#> GSM29801 1 0.674 0.229014 0.572 0.060 0.020 0.348
#> GSM29804 1 0.716 0.254789 0.504 0.000 0.352 0.144
#> GSM29807 3 0.545 0.233543 0.020 0.340 0.636 0.004
#> GSM29816 1 0.772 0.043064 0.408 0.000 0.228 0.364
#> GSM29821 1 0.754 0.219859 0.544 0.108 0.032 0.316
#> GSM29824 1 0.665 0.389064 0.584 0.000 0.304 0.112
#> GSM29827 1 0.355 0.579799 0.860 0.044 0.096 0.000
#> GSM29830 1 0.134 0.597824 0.964 0.024 0.008 0.004
#> GSM29833 1 0.500 0.497119 0.760 0.192 0.008 0.040
#> GSM29784 4 0.611 0.269881 0.024 0.304 0.032 0.640
#> GSM29787 4 0.407 0.510370 0.020 0.132 0.016 0.832
#> GSM29790 2 0.598 0.487244 0.036 0.672 0.024 0.268
#> GSM29793 2 0.524 0.605379 0.088 0.788 0.028 0.096
#> GSM29796 4 0.895 -0.015533 0.176 0.344 0.080 0.400
#> GSM29799 4 0.385 0.579275 0.040 0.024 0.072 0.864
#> GSM29802 4 0.704 0.352336 0.268 0.000 0.168 0.564
#> GSM29805 1 0.754 0.292422 0.492 0.000 0.244 0.264
#> GSM29814 3 0.691 0.370957 0.068 0.280 0.616 0.036
#> GSM29817 4 0.639 0.241987 0.380 0.016 0.040 0.564
#> GSM29822 4 0.639 0.262262 0.360 0.004 0.064 0.572
#> GSM29825 1 0.718 0.364306 0.552 0.000 0.200 0.248
#> GSM29828 1 0.201 0.600339 0.940 0.004 0.036 0.020
#> GSM29831 1 0.347 0.585352 0.868 0.000 0.072 0.060
#> GSM29834 1 0.516 0.530518 0.768 0.136 0.004 0.092
#> GSM29785 2 0.604 0.459456 0.004 0.648 0.064 0.284
#> GSM29788 4 0.569 0.381888 0.000 0.268 0.060 0.672
#> GSM29791 2 0.349 0.608135 0.092 0.868 0.004 0.036
#> GSM29794 2 0.321 0.603453 0.092 0.876 0.032 0.000
#> GSM29797 2 0.699 0.398821 0.048 0.656 0.096 0.200
#> GSM29800 4 0.424 0.501493 0.000 0.160 0.036 0.804
#> GSM29803 4 0.490 0.564144 0.080 0.008 0.120 0.792
#> GSM29806 3 0.625 0.432479 0.008 0.132 0.688 0.172
#> GSM29815 3 0.526 0.124719 0.000 0.392 0.596 0.012
#> GSM29819 4 0.723 0.262928 0.148 0.000 0.368 0.484
#> GSM29823 4 0.857 0.181481 0.320 0.232 0.036 0.412
#> GSM29826 3 0.771 -0.019829 0.228 0.000 0.424 0.348
#> GSM29829 1 0.525 0.520254 0.744 0.080 0.176 0.000
#> GSM29832 1 0.435 0.557969 0.824 0.096 0.076 0.004
#> GSM29835 1 0.788 0.087599 0.500 0.356 0.064 0.080
#> GSM29836 2 0.280 0.602002 0.000 0.884 0.108 0.008
#> GSM29839 2 0.812 0.227069 0.288 0.456 0.016 0.240
#> GSM29842 2 0.693 0.247960 0.024 0.508 0.056 0.412
#> GSM29845 4 0.351 0.579929 0.016 0.052 0.052 0.880
#> GSM29848 4 0.528 0.469323 0.068 0.156 0.012 0.764
#> GSM29851 1 0.673 0.061293 0.496 0.000 0.092 0.412
#> GSM29854 3 0.733 -0.159526 0.156 0.000 0.444 0.400
#> GSM29857 3 0.794 0.118528 0.220 0.012 0.472 0.296
#> GSM29860 2 0.440 0.567090 0.076 0.812 0.112 0.000
#> GSM29863 4 0.761 0.290931 0.308 0.008 0.180 0.504
#> GSM29866 1 0.182 0.594866 0.936 0.004 0.060 0.000
#> GSM29869 1 0.507 0.536645 0.772 0.080 0.144 0.004
#> GSM29872 3 0.734 0.181396 0.172 0.336 0.492 0.000
#> GSM29875 1 0.612 0.321318 0.612 0.000 0.068 0.320
#> GSM29878 2 0.640 0.337992 0.376 0.568 0.036 0.020
#> GSM29837 2 0.545 0.243508 0.000 0.556 0.428 0.016
#> GSM29840 2 0.823 0.178583 0.276 0.428 0.016 0.280
#> GSM29843 2 0.765 0.081286 0.104 0.436 0.028 0.432
#> GSM29846 4 0.373 0.581372 0.004 0.044 0.096 0.856
#> GSM29849 4 0.572 0.475635 0.104 0.136 0.016 0.744
#> GSM29852 4 0.688 0.184683 0.392 0.000 0.108 0.500
#> GSM29855 4 0.611 0.496342 0.096 0.000 0.248 0.656
#> GSM29858 3 0.790 0.079601 0.280 0.004 0.440 0.276
#> GSM29861 2 0.652 0.561101 0.120 0.708 0.124 0.048
#> GSM29864 4 0.629 0.454204 0.236 0.000 0.116 0.648
#> GSM29867 1 0.610 0.486344 0.680 0.000 0.180 0.140
#> GSM29870 1 0.581 0.501617 0.704 0.000 0.116 0.180
#> GSM29873 3 0.735 0.434609 0.224 0.220 0.552 0.004
#> GSM29876 4 0.722 0.177964 0.364 0.000 0.148 0.488
#> GSM29879 1 0.809 0.328486 0.552 0.240 0.060 0.148
#> GSM29838 2 0.496 0.475678 0.000 0.696 0.284 0.020
#> GSM29841 2 0.680 0.470402 0.124 0.664 0.028 0.184
#> GSM29844 2 0.426 0.602071 0.048 0.828 0.008 0.116
#> GSM29847 4 0.534 0.473564 0.008 0.180 0.064 0.748
#> GSM29850 4 0.670 0.298062 0.096 0.272 0.012 0.620
#> GSM29853 4 0.662 0.382980 0.288 0.024 0.064 0.624
#> GSM29856 4 0.813 0.279365 0.016 0.228 0.312 0.444
#> GSM29859 3 0.514 0.427358 0.000 0.192 0.744 0.064
#> GSM29862 2 0.471 0.551439 0.064 0.784 0.152 0.000
#> GSM29865 4 0.573 0.538990 0.004 0.084 0.200 0.712
#> GSM29868 1 0.762 0.309372 0.564 0.168 0.244 0.024
#> GSM29871 3 0.699 0.494649 0.136 0.180 0.652 0.032
#> GSM29874 2 0.653 0.324820 0.100 0.588 0.312 0.000
#> GSM29877 4 0.700 0.107865 0.416 0.000 0.116 0.468
#> GSM29880 2 0.423 0.581840 0.092 0.824 0.084 0.000
#> GSM29881 4 0.565 0.477313 0.052 0.000 0.284 0.664
#> GSM29884 2 0.538 0.555091 0.000 0.744 0.116 0.140
#> GSM29887 2 0.367 0.601412 0.012 0.864 0.092 0.032
#> GSM29890 1 0.515 0.512731 0.740 0.000 0.200 0.060
#> GSM29893 1 0.514 0.552061 0.792 0.084 0.100 0.024
#> GSM29896 1 0.469 0.552384 0.788 0.000 0.144 0.068
#> GSM29899 1 0.616 0.431503 0.644 0.000 0.264 0.092
#> GSM29902 3 0.528 0.079118 0.432 0.004 0.560 0.004
#> GSM29905 1 0.567 0.160290 0.536 0.008 0.444 0.012
#> GSM29908 1 0.446 0.555982 0.808 0.116 0.076 0.000
#> GSM29955 1 0.553 0.497984 0.728 0.104 0.168 0.000
#> GSM29958 1 0.360 0.555304 0.848 0.124 0.028 0.000
#> GSM29961 1 0.453 0.545093 0.804 0.116 0.080 0.000
#> GSM29882 4 0.594 0.527758 0.140 0.000 0.164 0.696
#> GSM29885 2 0.663 0.225987 0.016 0.512 0.048 0.424
#> GSM29888 2 0.713 0.422721 0.000 0.560 0.196 0.244
#> GSM29891 1 0.719 0.323770 0.528 0.000 0.308 0.164
#> GSM29894 1 0.391 0.589745 0.856 0.024 0.028 0.092
#> GSM29897 1 0.251 0.594544 0.912 0.004 0.012 0.072
#> GSM29900 1 0.727 0.349120 0.540 0.000 0.212 0.248
#> GSM29903 1 0.606 0.377325 0.604 0.000 0.336 0.060
#> GSM29906 1 0.651 0.234459 0.520 0.000 0.404 0.076
#> GSM29909 1 0.624 0.561248 0.720 0.072 0.160 0.048
#> GSM29956 1 0.284 0.578143 0.896 0.076 0.028 0.000
#> GSM29959 1 0.199 0.598394 0.944 0.024 0.012 0.020
#> GSM29962 1 0.367 0.599045 0.876 0.032 0.048 0.044
#> GSM29883 4 0.634 0.442792 0.088 0.000 0.304 0.608
#> GSM29886 2 0.436 0.595746 0.000 0.812 0.064 0.124
#> GSM29889 2 0.367 0.590924 0.000 0.848 0.116 0.036
#> GSM29892 1 0.600 0.118571 0.516 0.020 0.452 0.012
#> GSM29895 1 0.894 -0.061910 0.408 0.344 0.160 0.088
#> GSM29898 3 0.726 -0.037082 0.400 0.012 0.484 0.104
#> GSM29901 3 0.787 0.055158 0.304 0.004 0.444 0.248
#> GSM29904 3 0.689 0.300138 0.308 0.132 0.560 0.000
#> GSM29907 3 0.556 0.346971 0.284 0.032 0.676 0.008
#> GSM29910 1 0.785 0.022963 0.396 0.324 0.280 0.000
#> GSM29957 2 0.741 0.267407 0.228 0.516 0.256 0.000
#> GSM29960 1 0.632 0.350829 0.624 0.280 0.096 0.000
#> GSM29963 3 0.805 0.091924 0.240 0.300 0.448 0.012
#> GSM29964 2 0.576 0.363500 0.000 0.608 0.352 0.040
#> GSM29967 4 0.672 0.423392 0.000 0.192 0.192 0.616
#> GSM29970 3 0.635 -0.151756 0.064 0.000 0.520 0.416
#> GSM29973 2 0.513 0.335303 0.000 0.604 0.388 0.008
#> GSM29976 3 0.783 -0.000964 0.324 0.000 0.404 0.272
#> GSM29979 3 0.504 0.077300 0.008 0.364 0.628 0.000
#> GSM29982 4 0.818 0.199859 0.068 0.336 0.104 0.492
#> GSM29985 4 0.742 0.204798 0.168 0.000 0.396 0.436
#> GSM29988 3 0.477 0.406216 0.016 0.216 0.756 0.012
#> GSM29991 4 0.739 0.251555 0.128 0.008 0.396 0.468
#> GSM29994 3 0.573 0.244883 0.344 0.016 0.624 0.016
#> GSM29997 3 0.611 0.210435 0.380 0.044 0.572 0.004
#> GSM30000 3 0.650 0.408522 0.252 0.124 0.624 0.000
#> GSM30003 1 0.787 0.033084 0.376 0.000 0.280 0.344
#> GSM29965 3 0.700 -0.064450 0.000 0.416 0.468 0.116
#> GSM29968 4 0.621 0.445942 0.000 0.196 0.136 0.668
#> GSM29971 4 0.644 0.391139 0.080 0.000 0.356 0.564
#> GSM29974 2 0.513 0.234375 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM29977 1 0.792 0.023762 0.344 0.000 0.324 0.332
#> GSM29980 3 0.554 0.400017 0.000 0.180 0.724 0.096
#> GSM29983 4 0.666 0.533142 0.112 0.084 0.096 0.708
#> GSM29986 4 0.525 0.528157 0.056 0.000 0.220 0.724
#> GSM29989 3 0.611 0.516727 0.096 0.124 0.736 0.044
#> GSM29992 4 0.693 0.369749 0.136 0.000 0.308 0.556
#> GSM29995 1 0.390 0.564968 0.832 0.036 0.132 0.000
#> GSM29998 3 0.676 0.357942 0.264 0.076 0.632 0.028
#> GSM30001 3 0.713 0.460544 0.108 0.068 0.664 0.160
#> GSM30004 4 0.761 0.018595 0.392 0.000 0.200 0.408
#> GSM29966 2 0.509 0.418791 0.000 0.660 0.324 0.016
#> GSM29969 4 0.723 0.165982 0.000 0.352 0.152 0.496
#> GSM29972 3 0.706 0.033981 0.000 0.148 0.540 0.312
#> GSM29975 2 0.515 0.336640 0.000 0.596 0.396 0.008
#> GSM29978 3 0.715 0.209231 0.252 0.000 0.556 0.192
#> GSM29981 3 0.585 -0.242164 0.000 0.460 0.508 0.032
#> GSM29984 4 0.682 0.399728 0.008 0.248 0.128 0.616
#> GSM29987 4 0.510 0.413307 0.008 0.000 0.380 0.612
#> GSM29990 3 0.562 0.265329 0.040 0.320 0.640 0.000
#> GSM29993 4 0.797 0.237824 0.056 0.092 0.388 0.464
#> GSM29996 3 0.690 0.166065 0.404 0.108 0.488 0.000
#> GSM29999 3 0.418 0.478586 0.016 0.132 0.828 0.024
#> GSM30002 3 0.549 0.248113 0.000 0.296 0.664 0.040
#> GSM30005 4 0.700 0.235540 0.116 0.000 0.420 0.464
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.699 0.36227 0.020 0.180 0.096 0.616 0.088
#> GSM29786 4 0.472 0.29905 0.000 0.016 0.016 0.672 0.296
#> GSM29789 2 0.466 0.57881 0.104 0.792 0.044 0.052 0.008
#> GSM29792 2 0.401 0.57721 0.156 0.800 0.016 0.004 0.024
#> GSM29795 5 0.805 0.20201 0.288 0.136 0.016 0.108 0.452
#> GSM29798 4 0.383 0.44923 0.012 0.028 0.012 0.828 0.120
#> GSM29801 4 0.718 0.05406 0.412 0.060 0.056 0.444 0.028
#> GSM29804 1 0.725 0.12215 0.432 0.000 0.368 0.148 0.052
#> GSM29807 3 0.484 0.03641 0.016 0.428 0.552 0.000 0.004
#> GSM29816 4 0.737 0.33041 0.212 0.000 0.276 0.464 0.048
#> GSM29821 1 0.839 -0.02328 0.396 0.084 0.068 0.356 0.096
#> GSM29824 1 0.687 0.13431 0.412 0.000 0.164 0.020 0.404
#> GSM29827 1 0.207 0.58291 0.920 0.004 0.060 0.000 0.016
#> GSM29830 1 0.315 0.58052 0.876 0.012 0.052 0.056 0.004
#> GSM29833 1 0.597 0.41660 0.696 0.156 0.032 0.092 0.024
#> GSM29784 4 0.521 0.23189 0.008 0.304 0.020 0.648 0.020
#> GSM29787 4 0.483 0.32299 0.004 0.036 0.008 0.700 0.252
#> GSM29790 2 0.541 0.52732 0.028 0.692 0.056 0.220 0.004
#> GSM29793 2 0.422 0.58381 0.088 0.820 0.032 0.052 0.008
#> GSM29796 2 0.901 0.08337 0.200 0.292 0.024 0.284 0.200
#> GSM29799 4 0.318 0.51514 0.008 0.032 0.056 0.880 0.024
#> GSM29802 4 0.561 0.49424 0.104 0.000 0.228 0.656 0.012
#> GSM29805 3 0.709 -0.13131 0.268 0.000 0.376 0.344 0.012
#> GSM29814 3 0.515 0.07668 0.020 0.432 0.536 0.012 0.000
#> GSM29817 4 0.556 0.46012 0.224 0.012 0.060 0.684 0.020
#> GSM29822 4 0.591 0.50691 0.188 0.004 0.112 0.668 0.028
#> GSM29825 1 0.834 0.13729 0.376 0.000 0.244 0.200 0.180
#> GSM29828 1 0.403 0.56351 0.812 0.016 0.112 0.060 0.000
#> GSM29831 1 0.486 0.51645 0.740 0.004 0.156 0.096 0.004
#> GSM29834 1 0.658 0.38162 0.636 0.152 0.040 0.156 0.016
#> GSM29785 2 0.711 0.22397 0.000 0.472 0.028 0.224 0.276
#> GSM29788 5 0.579 0.18104 0.000 0.064 0.012 0.392 0.532
#> GSM29791 2 0.496 0.57521 0.148 0.760 0.028 0.012 0.052
#> GSM29794 2 0.599 0.54206 0.168 0.668 0.032 0.004 0.128
#> GSM29797 5 0.602 0.33519 0.080 0.204 0.012 0.036 0.668
#> GSM29800 4 0.511 0.33813 0.000 0.060 0.012 0.688 0.240
#> GSM29803 4 0.568 0.35519 0.004 0.000 0.100 0.608 0.288
#> GSM29806 3 0.690 0.31856 0.028 0.076 0.632 0.168 0.096
#> GSM29815 3 0.496 -0.05048 0.004 0.460 0.516 0.000 0.020
#> GSM29819 4 0.631 0.37519 0.008 0.000 0.364 0.500 0.128
#> GSM29823 5 0.809 0.12702 0.216 0.056 0.028 0.256 0.444
#> GSM29826 5 0.750 0.29515 0.148 0.000 0.272 0.092 0.488
#> GSM29829 1 0.490 0.52133 0.728 0.004 0.112 0.000 0.156
#> GSM29832 1 0.493 0.50759 0.736 0.004 0.060 0.016 0.184
#> GSM29835 1 0.745 0.27006 0.540 0.176 0.028 0.040 0.216
#> GSM29836 2 0.540 0.52862 0.040 0.692 0.040 0.004 0.224
#> GSM29839 2 0.806 0.16762 0.324 0.344 0.032 0.272 0.028
#> GSM29842 2 0.620 0.35076 0.020 0.528 0.088 0.364 0.000
#> GSM29845 4 0.427 0.47205 0.000 0.020 0.060 0.796 0.124
#> GSM29848 4 0.530 0.40030 0.024 0.072 0.020 0.744 0.140
#> GSM29851 4 0.668 0.38328 0.256 0.000 0.176 0.544 0.024
#> GSM29854 5 0.778 0.19261 0.096 0.000 0.244 0.204 0.456
#> GSM29857 3 0.563 -0.01846 0.068 0.004 0.536 0.392 0.000
#> GSM29860 2 0.400 0.55265 0.076 0.804 0.116 0.000 0.004
#> GSM29863 5 0.609 0.36945 0.072 0.000 0.060 0.228 0.640
#> GSM29866 1 0.396 0.56584 0.820 0.004 0.120 0.036 0.020
#> GSM29869 1 0.631 0.46346 0.652 0.104 0.160 0.084 0.000
#> GSM29872 3 0.708 -0.07747 0.164 0.400 0.404 0.000 0.032
#> GSM29875 4 0.735 0.19945 0.336 0.000 0.180 0.436 0.048
#> GSM29878 2 0.595 0.27544 0.408 0.524 0.032 0.024 0.012
#> GSM29837 2 0.473 0.29902 0.000 0.604 0.372 0.000 0.024
#> GSM29840 2 0.793 0.20193 0.288 0.364 0.028 0.296 0.024
#> GSM29843 2 0.691 0.20748 0.112 0.452 0.036 0.396 0.004
#> GSM29846 4 0.463 0.49241 0.004 0.040 0.080 0.792 0.084
#> GSM29849 4 0.544 0.42847 0.072 0.076 0.024 0.756 0.072
#> GSM29852 4 0.560 0.49252 0.176 0.000 0.164 0.656 0.004
#> GSM29855 4 0.707 0.25634 0.036 0.000 0.172 0.480 0.312
#> GSM29858 3 0.609 0.08164 0.092 0.016 0.552 0.340 0.000
#> GSM29861 2 0.424 0.54949 0.080 0.796 0.112 0.012 0.000
#> GSM29864 4 0.699 0.40375 0.084 0.000 0.120 0.564 0.232
#> GSM29867 1 0.694 0.19180 0.452 0.000 0.264 0.272 0.012
#> GSM29870 1 0.768 0.07731 0.392 0.044 0.248 0.312 0.004
#> GSM29873 3 0.575 0.18949 0.080 0.380 0.536 0.000 0.004
#> GSM29876 4 0.658 0.46477 0.148 0.000 0.236 0.580 0.036
#> GSM29879 2 0.813 0.15091 0.332 0.380 0.128 0.156 0.004
#> GSM29838 2 0.628 0.42730 0.000 0.572 0.152 0.012 0.264
#> GSM29841 2 0.840 0.33449 0.184 0.464 0.036 0.104 0.212
#> GSM29844 2 0.648 0.52890 0.116 0.676 0.028 0.112 0.068
#> GSM29847 4 0.595 0.07376 0.000 0.052 0.028 0.532 0.388
#> GSM29850 4 0.714 0.26428 0.048 0.144 0.028 0.592 0.188
#> GSM29853 4 0.594 0.42746 0.048 0.000 0.076 0.652 0.224
#> GSM29856 5 0.281 0.50424 0.012 0.016 0.032 0.040 0.900
#> GSM29859 3 0.649 0.36469 0.012 0.208 0.636 0.084 0.060
#> GSM29862 2 0.588 0.52571 0.068 0.692 0.120 0.000 0.120
#> GSM29865 5 0.515 0.36147 0.000 0.012 0.048 0.280 0.660
#> GSM29868 5 0.728 -0.10958 0.392 0.020 0.128 0.028 0.432
#> GSM29871 3 0.582 0.31304 0.044 0.300 0.612 0.044 0.000
#> GSM29874 2 0.782 0.30011 0.132 0.476 0.200 0.000 0.192
#> GSM29877 4 0.732 0.47290 0.156 0.000 0.192 0.544 0.108
#> GSM29880 2 0.517 0.56377 0.132 0.740 0.088 0.000 0.040
#> GSM29881 4 0.647 0.08123 0.000 0.000 0.188 0.448 0.364
#> GSM29884 2 0.498 0.54824 0.004 0.768 0.104 0.076 0.048
#> GSM29887 2 0.298 0.57697 0.016 0.888 0.060 0.028 0.008
#> GSM29890 1 0.527 0.43683 0.664 0.000 0.268 0.048 0.020
#> GSM29893 1 0.525 0.44913 0.676 0.012 0.032 0.016 0.264
#> GSM29896 1 0.563 0.50632 0.676 0.000 0.164 0.016 0.144
#> GSM29899 1 0.706 0.33540 0.484 0.000 0.188 0.032 0.296
#> GSM29902 3 0.583 0.02450 0.384 0.016 0.552 0.032 0.016
#> GSM29905 1 0.576 0.23884 0.504 0.000 0.432 0.028 0.036
#> GSM29908 1 0.244 0.57719 0.912 0.036 0.020 0.000 0.032
#> GSM29955 1 0.484 0.53061 0.756 0.020 0.124 0.000 0.100
#> GSM29958 1 0.366 0.56273 0.860 0.052 0.016 0.032 0.040
#> GSM29961 1 0.342 0.56910 0.852 0.020 0.032 0.000 0.096
#> GSM29882 4 0.706 0.42318 0.068 0.000 0.172 0.556 0.204
#> GSM29885 2 0.639 0.43267 0.036 0.568 0.080 0.312 0.004
#> GSM29888 2 0.558 0.39717 0.000 0.616 0.272 0.112 0.000
#> GSM29891 3 0.708 0.00943 0.328 0.000 0.432 0.220 0.020
#> GSM29894 1 0.510 0.56065 0.776 0.024 0.056 0.092 0.052
#> GSM29897 1 0.407 0.57607 0.820 0.000 0.072 0.080 0.028
#> GSM29900 1 0.821 0.04513 0.352 0.000 0.296 0.232 0.120
#> GSM29903 1 0.622 0.11923 0.460 0.020 0.452 0.060 0.008
#> GSM29906 3 0.601 -0.04507 0.408 0.004 0.504 0.076 0.008
#> GSM29909 1 0.648 0.41385 0.616 0.136 0.196 0.052 0.000
#> GSM29956 1 0.281 0.57520 0.896 0.048 0.036 0.016 0.004
#> GSM29959 1 0.365 0.56563 0.852 0.032 0.040 0.072 0.004
#> GSM29962 1 0.402 0.57015 0.832 0.036 0.068 0.060 0.004
#> GSM29883 5 0.662 0.22711 0.024 0.000 0.144 0.300 0.532
#> GSM29886 2 0.622 0.46425 0.036 0.628 0.020 0.056 0.260
#> GSM29889 2 0.360 0.56608 0.000 0.848 0.056 0.024 0.072
#> GSM29892 1 0.641 0.24095 0.476 0.016 0.408 0.004 0.096
#> GSM29895 5 0.598 0.24030 0.304 0.040 0.048 0.004 0.604
#> GSM29898 5 0.653 0.01660 0.320 0.000 0.188 0.004 0.488
#> GSM29901 5 0.682 0.36621 0.152 0.000 0.192 0.068 0.588
#> GSM29904 1 0.742 0.23949 0.460 0.052 0.280 0.000 0.208
#> GSM29907 3 0.709 -0.13856 0.372 0.016 0.428 0.008 0.176
#> GSM29910 1 0.722 0.24943 0.504 0.092 0.104 0.000 0.300
#> GSM29957 1 0.807 0.06596 0.384 0.168 0.132 0.000 0.316
#> GSM29960 1 0.596 0.35955 0.624 0.068 0.040 0.000 0.268
#> GSM29963 5 0.698 0.15881 0.284 0.056 0.132 0.000 0.528
#> GSM29964 2 0.424 0.37876 0.000 0.684 0.304 0.008 0.004
#> GSM29967 5 0.502 0.39245 0.000 0.044 0.016 0.252 0.688
#> GSM29970 5 0.579 0.42301 0.020 0.000 0.176 0.140 0.664
#> GSM29973 2 0.496 0.36455 0.000 0.636 0.316 0.000 0.048
#> GSM29976 3 0.752 0.08877 0.204 0.000 0.472 0.256 0.068
#> GSM29979 5 0.796 -0.07791 0.076 0.284 0.296 0.000 0.344
#> GSM29982 5 0.399 0.46834 0.020 0.032 0.000 0.144 0.804
#> GSM29985 5 0.750 0.17314 0.060 0.000 0.220 0.256 0.464
#> GSM29988 3 0.492 0.26784 0.028 0.304 0.656 0.000 0.012
#> GSM29991 4 0.696 0.27026 0.044 0.024 0.380 0.488 0.064
#> GSM29994 3 0.552 0.23199 0.296 0.028 0.640 0.024 0.012
#> GSM29997 3 0.611 0.03951 0.360 0.016 0.552 0.012 0.060
#> GSM30000 1 0.720 0.14252 0.412 0.040 0.384 0.000 0.164
#> GSM30003 4 0.688 0.30496 0.164 0.000 0.312 0.496 0.028
#> GSM29965 2 0.509 0.22879 0.000 0.560 0.400 0.040 0.000
#> GSM29968 5 0.485 0.33697 0.000 0.032 0.008 0.296 0.664
#> GSM29971 5 0.658 0.22857 0.008 0.000 0.192 0.292 0.508
#> GSM29974 2 0.449 0.29287 0.000 0.608 0.380 0.000 0.012
#> GSM29977 3 0.696 -0.10891 0.140 0.000 0.456 0.368 0.036
#> GSM29980 3 0.647 0.27815 0.008 0.260 0.604 0.048 0.080
#> GSM29983 5 0.552 0.28580 0.028 0.004 0.028 0.328 0.612
#> GSM29986 4 0.626 0.35523 0.008 0.000 0.184 0.576 0.232
#> GSM29989 3 0.574 0.40336 0.060 0.228 0.664 0.048 0.000
#> GSM29992 4 0.601 0.35369 0.040 0.020 0.368 0.556 0.016
#> GSM29995 1 0.349 0.56029 0.824 0.016 0.148 0.012 0.000
#> GSM29998 3 0.605 0.35789 0.224 0.080 0.652 0.036 0.008
#> GSM30001 3 0.585 0.43971 0.092 0.056 0.720 0.112 0.020
#> GSM30004 4 0.648 0.39149 0.176 0.000 0.268 0.544 0.012
#> GSM29966 2 0.399 0.41775 0.000 0.720 0.268 0.000 0.012
#> GSM29969 5 0.474 0.42139 0.000 0.060 0.008 0.204 0.728
#> GSM29972 5 0.349 0.50426 0.016 0.008 0.100 0.024 0.852
#> GSM29975 2 0.537 0.36608 0.000 0.620 0.296 0.000 0.084
#> GSM29978 3 0.807 0.12080 0.200 0.000 0.424 0.136 0.240
#> GSM29981 5 0.605 0.35937 0.044 0.168 0.128 0.000 0.660
#> GSM29984 5 0.353 0.45268 0.000 0.024 0.000 0.172 0.804
#> GSM29987 5 0.634 0.06779 0.000 0.000 0.164 0.372 0.464
#> GSM29990 3 0.678 0.16195 0.060 0.308 0.536 0.000 0.096
#> GSM29993 4 0.752 0.17559 0.000 0.048 0.308 0.416 0.228
#> GSM29996 1 0.693 0.20605 0.480 0.048 0.356 0.000 0.116
#> GSM29999 3 0.521 0.37711 0.032 0.208 0.712 0.004 0.044
#> GSM30002 5 0.716 0.03464 0.024 0.212 0.356 0.000 0.408
#> GSM30005 4 0.676 0.28086 0.008 0.000 0.240 0.480 0.272
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 3 0.657 0.29129 0.080 0.048 0.568 0.256 0.004 0.044
#> GSM29786 3 0.501 0.40376 0.000 0.004 0.672 0.160 0.160 0.004
#> GSM29789 2 0.334 0.57357 0.076 0.852 0.016 0.028 0.000 0.028
#> GSM29792 2 0.346 0.57955 0.092 0.836 0.004 0.052 0.012 0.004
#> GSM29795 1 0.746 0.03540 0.468 0.092 0.024 0.200 0.212 0.004
#> GSM29798 3 0.479 0.48891 0.024 0.060 0.760 0.036 0.116 0.004
#> GSM29801 3 0.820 0.20989 0.320 0.112 0.372 0.040 0.128 0.028
#> GSM29804 1 0.828 0.14390 0.388 0.008 0.192 0.088 0.080 0.244
#> GSM29807 6 0.463 0.10370 0.000 0.352 0.000 0.036 0.008 0.604
#> GSM29816 3 0.685 0.36876 0.108 0.000 0.548 0.016 0.152 0.176
#> GSM29821 1 0.845 -0.08846 0.336 0.096 0.216 0.048 0.280 0.024
#> GSM29824 1 0.726 0.18277 0.460 0.000 0.016 0.144 0.268 0.112
#> GSM29827 1 0.302 0.53496 0.864 0.004 0.004 0.084 0.012 0.032
#> GSM29830 1 0.171 0.56089 0.940 0.008 0.032 0.008 0.004 0.008
#> GSM29833 1 0.373 0.51761 0.820 0.112 0.028 0.028 0.004 0.008
#> GSM29784 3 0.565 0.44583 0.060 0.176 0.672 0.076 0.012 0.004
#> GSM29787 3 0.613 0.29535 0.008 0.032 0.572 0.104 0.276 0.008
#> GSM29790 2 0.481 0.54639 0.036 0.760 0.112 0.024 0.004 0.064
#> GSM29793 2 0.311 0.57602 0.056 0.868 0.020 0.016 0.000 0.040
#> GSM29796 2 0.879 0.06311 0.192 0.328 0.184 0.124 0.168 0.004
#> GSM29799 3 0.307 0.51381 0.004 0.012 0.872 0.036 0.060 0.016
#> GSM29802 3 0.599 0.46720 0.052 0.020 0.676 0.020 0.132 0.100
#> GSM29805 6 0.817 -0.02988 0.172 0.012 0.316 0.028 0.144 0.328
#> GSM29814 6 0.498 0.20540 0.008 0.340 0.012 0.012 0.020 0.608
#> GSM29817 3 0.794 0.38937 0.128 0.084 0.504 0.048 0.188 0.048
#> GSM29822 3 0.769 0.38424 0.136 0.036 0.520 0.044 0.188 0.076
#> GSM29825 5 0.732 0.27874 0.160 0.000 0.132 0.020 0.488 0.200
#> GSM29828 1 0.299 0.55928 0.876 0.012 0.044 0.036 0.000 0.032
#> GSM29831 1 0.392 0.54655 0.816 0.008 0.092 0.036 0.004 0.044
#> GSM29834 1 0.659 0.39821 0.612 0.192 0.096 0.040 0.032 0.028
#> GSM29785 4 0.748 0.13880 0.008 0.216 0.156 0.448 0.168 0.004
#> GSM29788 4 0.661 -0.13449 0.000 0.024 0.320 0.352 0.304 0.000
#> GSM29791 2 0.498 0.55729 0.088 0.756 0.012 0.088 0.024 0.032
#> GSM29794 2 0.554 0.46835 0.120 0.660 0.000 0.176 0.036 0.008
#> GSM29797 4 0.711 0.09762 0.060 0.192 0.012 0.380 0.356 0.000
#> GSM29800 3 0.523 0.41727 0.000 0.020 0.680 0.120 0.172 0.008
#> GSM29803 3 0.622 0.39112 0.012 0.008 0.588 0.124 0.236 0.032
#> GSM29806 6 0.748 0.18348 0.028 0.012 0.212 0.280 0.044 0.424
#> GSM29815 6 0.479 0.11598 0.000 0.328 0.004 0.060 0.000 0.608
#> GSM29819 3 0.708 0.39891 0.040 0.000 0.548 0.152 0.100 0.160
#> GSM29823 5 0.792 0.21508 0.128 0.084 0.176 0.108 0.492 0.012
#> GSM29826 5 0.723 0.46964 0.072 0.000 0.064 0.136 0.528 0.200
#> GSM29829 1 0.503 0.36032 0.660 0.008 0.008 0.264 0.012 0.048
#> GSM29832 1 0.504 0.37134 0.668 0.020 0.008 0.260 0.016 0.028
#> GSM29835 1 0.727 0.21416 0.520 0.172 0.012 0.128 0.156 0.012
#> GSM29836 2 0.578 0.47527 0.012 0.636 0.008 0.228 0.084 0.032
#> GSM29839 2 0.754 0.14549 0.308 0.392 0.208 0.064 0.016 0.012
#> GSM29842 2 0.686 0.14902 0.052 0.424 0.400 0.060 0.000 0.064
#> GSM29845 3 0.469 0.46808 0.008 0.024 0.756 0.064 0.136 0.012
#> GSM29848 3 0.661 0.40594 0.024 0.120 0.600 0.072 0.176 0.008
#> GSM29851 3 0.564 0.46654 0.240 0.004 0.644 0.052 0.024 0.036
#> GSM29854 5 0.803 0.36989 0.100 0.000 0.172 0.176 0.444 0.108
#> GSM29857 3 0.678 0.22909 0.064 0.000 0.508 0.140 0.016 0.272
#> GSM29860 2 0.420 0.55327 0.044 0.772 0.000 0.032 0.004 0.148
#> GSM29863 5 0.745 0.27395 0.140 0.000 0.148 0.256 0.440 0.016
#> GSM29866 1 0.309 0.55867 0.876 0.004 0.036 0.036 0.016 0.032
#> GSM29869 1 0.784 0.29307 0.472 0.204 0.108 0.024 0.028 0.164
#> GSM29872 6 0.724 -0.05705 0.136 0.352 0.000 0.096 0.016 0.400
#> GSM29875 3 0.722 0.26665 0.324 0.000 0.416 0.024 0.176 0.060
#> GSM29878 2 0.544 0.37702 0.300 0.612 0.020 0.048 0.004 0.016
#> GSM29837 2 0.510 0.31980 0.000 0.540 0.008 0.064 0.000 0.388
#> GSM29840 2 0.748 0.25622 0.208 0.492 0.188 0.060 0.040 0.012
#> GSM29843 2 0.638 0.34843 0.080 0.580 0.264 0.040 0.020 0.016
#> GSM29846 3 0.462 0.45274 0.000 0.020 0.740 0.032 0.176 0.032
#> GSM29849 3 0.679 0.41258 0.052 0.144 0.592 0.048 0.156 0.008
#> GSM29852 3 0.480 0.51997 0.104 0.020 0.768 0.012 0.056 0.040
#> GSM29855 5 0.607 0.42771 0.024 0.000 0.244 0.040 0.600 0.092
#> GSM29858 6 0.608 0.07333 0.036 0.012 0.408 0.048 0.012 0.484
#> GSM29861 2 0.453 0.51443 0.028 0.732 0.004 0.028 0.008 0.200
#> GSM29864 3 0.665 0.09650 0.068 0.000 0.452 0.048 0.388 0.044
#> GSM29867 1 0.771 0.04852 0.392 0.000 0.268 0.032 0.092 0.216
#> GSM29870 1 0.913 -0.07872 0.284 0.104 0.220 0.036 0.112 0.244
#> GSM29873 6 0.432 0.28189 0.016 0.284 0.000 0.016 0.004 0.680
#> GSM29876 3 0.667 0.38077 0.080 0.008 0.580 0.016 0.200 0.116
#> GSM29879 2 0.791 0.31066 0.148 0.500 0.108 0.056 0.024 0.164
#> GSM29838 2 0.666 0.36202 0.000 0.476 0.004 0.324 0.080 0.116
#> GSM29841 2 0.792 0.17962 0.140 0.456 0.064 0.240 0.088 0.012
#> GSM29844 2 0.568 0.50087 0.072 0.704 0.060 0.120 0.036 0.008
#> GSM29847 3 0.614 -0.08739 0.000 0.016 0.408 0.172 0.404 0.000
#> GSM29850 3 0.779 0.29484 0.036 0.176 0.448 0.104 0.228 0.008
#> GSM29853 3 0.620 0.45325 0.064 0.008 0.624 0.104 0.188 0.012
#> GSM29856 5 0.447 0.31721 0.008 0.000 0.004 0.344 0.624 0.020
#> GSM29859 6 0.651 0.36017 0.004 0.048 0.172 0.184 0.016 0.576
#> GSM29862 2 0.567 0.51105 0.036 0.660 0.000 0.128 0.016 0.160
#> GSM29865 5 0.655 0.28979 0.008 0.004 0.220 0.320 0.436 0.012
#> GSM29868 4 0.756 0.24037 0.312 0.028 0.020 0.436 0.140 0.064
#> GSM29871 6 0.525 0.35828 0.008 0.232 0.040 0.040 0.008 0.672
#> GSM29874 2 0.778 0.27908 0.092 0.412 0.000 0.236 0.044 0.216
#> GSM29877 3 0.718 0.12777 0.084 0.000 0.408 0.028 0.368 0.112
#> GSM29880 2 0.522 0.54912 0.080 0.724 0.004 0.088 0.008 0.096
#> GSM29881 5 0.642 0.45077 0.024 0.004 0.220 0.076 0.596 0.080
#> GSM29884 2 0.612 0.52184 0.016 0.656 0.096 0.144 0.012 0.076
#> GSM29887 2 0.464 0.56602 0.020 0.776 0.044 0.072 0.004 0.084
#> GSM29890 1 0.650 0.41276 0.584 0.004 0.108 0.020 0.064 0.220
#> GSM29893 1 0.526 0.44951 0.700 0.024 0.000 0.136 0.120 0.020
#> GSM29896 1 0.473 0.50343 0.756 0.000 0.008 0.096 0.064 0.076
#> GSM29899 1 0.697 0.32234 0.508 0.000 0.012 0.116 0.240 0.124
#> GSM29902 1 0.693 0.25857 0.452 0.000 0.052 0.152 0.020 0.324
#> GSM29905 1 0.666 0.30731 0.524 0.000 0.072 0.216 0.004 0.184
#> GSM29908 1 0.302 0.54357 0.868 0.060 0.000 0.044 0.004 0.024
#> GSM29955 1 0.442 0.49440 0.768 0.032 0.008 0.148 0.008 0.036
#> GSM29958 1 0.190 0.54871 0.924 0.048 0.004 0.020 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.406 0.51749 0.808 0.040 0.000 0.088 0.048 0.016
#> GSM29882 5 0.616 0.34758 0.028 0.000 0.240 0.020 0.580 0.132
#> GSM29885 2 0.667 0.46790 0.048 0.584 0.232 0.052 0.012 0.072
#> GSM29888 2 0.569 0.45136 0.004 0.628 0.096 0.048 0.000 0.224
#> GSM29891 6 0.740 0.15848 0.204 0.000 0.252 0.020 0.088 0.436
#> GSM29894 1 0.654 0.41806 0.612 0.040 0.048 0.044 0.216 0.040
#> GSM29897 1 0.243 0.56291 0.904 0.000 0.032 0.040 0.012 0.012
#> GSM29900 5 0.778 0.12038 0.188 0.000 0.184 0.016 0.388 0.224
#> GSM29903 6 0.707 0.18653 0.292 0.032 0.048 0.024 0.092 0.512
#> GSM29906 1 0.721 0.23308 0.448 0.000 0.140 0.128 0.008 0.276
#> GSM29909 1 0.734 0.25596 0.492 0.176 0.032 0.020 0.040 0.240
#> GSM29956 1 0.377 0.53745 0.832 0.080 0.012 0.040 0.008 0.028
#> GSM29959 1 0.345 0.55000 0.860 0.052 0.028 0.024 0.016 0.020
#> GSM29962 1 0.423 0.55390 0.816 0.056 0.048 0.024 0.016 0.040
#> GSM29883 5 0.448 0.53634 0.004 0.000 0.132 0.016 0.748 0.100
#> GSM29886 2 0.625 0.35400 0.008 0.552 0.040 0.284 0.112 0.004
#> GSM29889 2 0.456 0.54851 0.000 0.736 0.012 0.140 0.004 0.108
#> GSM29892 6 0.771 -0.09040 0.304 0.016 0.016 0.184 0.084 0.396
#> GSM29895 4 0.722 0.22389 0.344 0.056 0.000 0.344 0.244 0.012
#> GSM29898 4 0.728 0.21497 0.320 0.000 0.016 0.420 0.144 0.100
#> GSM29901 5 0.758 0.12724 0.116 0.000 0.044 0.256 0.456 0.128
#> GSM29904 1 0.737 -0.05700 0.356 0.036 0.000 0.312 0.036 0.260
#> GSM29907 4 0.693 0.08328 0.308 0.004 0.040 0.432 0.008 0.208
#> GSM29910 1 0.645 -0.00604 0.480 0.048 0.000 0.376 0.056 0.040
#> GSM29957 4 0.647 0.08990 0.404 0.052 0.004 0.456 0.024 0.060
#> GSM29960 1 0.587 0.35340 0.640 0.080 0.000 0.200 0.064 0.016
#> GSM29963 4 0.679 0.26027 0.344 0.020 0.000 0.452 0.140 0.044
#> GSM29964 2 0.521 0.40191 0.000 0.596 0.020 0.068 0.000 0.316
#> GSM29967 5 0.522 0.42816 0.000 0.024 0.092 0.240 0.644 0.000
#> GSM29970 5 0.463 0.55881 0.012 0.000 0.044 0.084 0.764 0.096
#> GSM29973 2 0.626 0.39750 0.000 0.536 0.024 0.188 0.008 0.244
#> GSM29976 6 0.766 0.14473 0.088 0.000 0.172 0.048 0.256 0.436
#> GSM29979 4 0.833 0.25701 0.084 0.148 0.004 0.408 0.164 0.192
#> GSM29982 5 0.434 0.46963 0.020 0.028 0.028 0.160 0.764 0.000
#> GSM29985 5 0.532 0.54017 0.024 0.000 0.084 0.048 0.712 0.132
#> GSM29988 6 0.435 0.38439 0.000 0.184 0.000 0.048 0.028 0.740
#> GSM29991 3 0.781 0.18227 0.104 0.008 0.420 0.252 0.028 0.188
#> GSM29994 6 0.686 0.12995 0.296 0.004 0.060 0.128 0.016 0.496
#> GSM29997 6 0.616 0.35198 0.180 0.004 0.016 0.040 0.144 0.616
#> GSM30000 1 0.747 0.19746 0.464 0.012 0.020 0.256 0.080 0.168
#> GSM30003 3 0.671 0.38001 0.176 0.000 0.580 0.104 0.028 0.112
#> GSM29965 2 0.536 0.20127 0.000 0.480 0.032 0.044 0.000 0.444
#> GSM29968 5 0.524 0.45831 0.000 0.036 0.120 0.168 0.676 0.000
#> GSM29971 5 0.484 0.54852 0.012 0.000 0.084 0.024 0.728 0.152
#> GSM29974 2 0.502 0.32706 0.000 0.556 0.004 0.068 0.000 0.372
#> GSM29977 6 0.729 0.03929 0.056 0.000 0.308 0.028 0.192 0.416
#> GSM29980 6 0.650 0.33902 0.000 0.172 0.012 0.092 0.140 0.584
#> GSM29983 5 0.392 0.55575 0.028 0.012 0.088 0.032 0.824 0.016
#> GSM29986 5 0.538 0.35089 0.004 0.000 0.300 0.020 0.600 0.076
#> GSM29989 6 0.412 0.43831 0.012 0.156 0.008 0.004 0.044 0.776
#> GSM29992 3 0.655 0.34882 0.088 0.000 0.576 0.160 0.012 0.164
#> GSM29995 1 0.674 0.46982 0.608 0.076 0.036 0.028 0.064 0.188
#> GSM29998 6 0.501 0.47850 0.068 0.028 0.020 0.012 0.128 0.744
#> GSM30001 6 0.752 0.38949 0.084 0.040 0.140 0.136 0.044 0.556
#> GSM30004 3 0.616 0.45817 0.128 0.012 0.652 0.028 0.044 0.136
#> GSM29966 2 0.476 0.44718 0.000 0.636 0.000 0.084 0.000 0.280
#> GSM29969 5 0.520 0.37921 0.000 0.032 0.056 0.268 0.640 0.004
#> GSM29972 5 0.373 0.49434 0.004 0.004 0.000 0.156 0.788 0.048
#> GSM29975 2 0.656 0.33288 0.000 0.456 0.004 0.232 0.028 0.280
#> GSM29978 6 0.735 0.09427 0.048 0.000 0.092 0.104 0.292 0.464
#> GSM29981 4 0.628 0.14020 0.012 0.068 0.000 0.504 0.352 0.064
#> GSM29984 5 0.432 0.48279 0.004 0.020 0.044 0.172 0.756 0.004
#> GSM29987 5 0.593 0.44640 0.000 0.000 0.240 0.140 0.580 0.040
#> GSM29990 6 0.581 0.23612 0.004 0.196 0.000 0.228 0.008 0.564
#> GSM29993 4 0.695 -0.08464 0.012 0.012 0.340 0.460 0.056 0.120
#> GSM29996 1 0.714 -0.01053 0.384 0.016 0.016 0.308 0.016 0.260
#> GSM29999 6 0.418 0.46195 0.004 0.072 0.016 0.076 0.028 0.804
#> GSM30002 4 0.629 0.35666 0.040 0.040 0.024 0.648 0.076 0.172
#> GSM30005 3 0.761 0.26425 0.064 0.000 0.440 0.288 0.120 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> SD:NMF 157 5.45e-02 0.00150 5.05e-07 2
#> SD:NMF 89 1.55e-03 0.00796 3.22e-07 3
#> SD:NMF 51 5.98e-03 0.08150 1.61e-05 4
#> SD:NMF 37 1.11e-02 0.03764 1.81e-04 5
#> SD:NMF 34 9.66e-05 0.10790 1.36e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.179 0.638 0.797 0.3500 0.604 0.604
#> 3 3 0.159 0.439 0.731 0.5365 0.818 0.723
#> 4 4 0.229 0.476 0.674 0.1706 0.916 0.842
#> 5 5 0.350 0.470 0.630 0.1019 0.924 0.838
#> 6 6 0.426 0.302 0.560 0.0654 0.901 0.758
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.9993 -0.4390 0.516 0.484
#> GSM29786 1 0.9996 -0.4522 0.512 0.488
#> GSM29789 2 0.9000 0.7334 0.316 0.684
#> GSM29792 2 0.3114 0.5690 0.056 0.944
#> GSM29795 2 0.9491 0.7126 0.368 0.632
#> GSM29798 1 0.9393 0.1994 0.644 0.356
#> GSM29801 1 0.2948 0.8019 0.948 0.052
#> GSM29804 1 0.4690 0.7849 0.900 0.100
#> GSM29807 1 0.8555 0.4575 0.720 0.280
#> GSM29816 1 0.3584 0.7977 0.932 0.068
#> GSM29821 1 0.5294 0.7666 0.880 0.120
#> GSM29824 1 0.1843 0.7994 0.972 0.028
#> GSM29827 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29830 1 0.1633 0.7916 0.976 0.024
#> GSM29833 1 0.1633 0.7938 0.976 0.024
#> GSM29784 2 0.9754 0.6931 0.408 0.592
#> GSM29787 1 0.9996 -0.4522 0.512 0.488
#> GSM29790 2 0.9000 0.7334 0.316 0.684
#> GSM29793 2 0.3114 0.5690 0.056 0.944
#> GSM29796 2 0.9491 0.7126 0.368 0.632
#> GSM29799 1 0.9393 0.1994 0.644 0.356
#> GSM29802 1 0.4431 0.7847 0.908 0.092
#> GSM29805 1 0.4690 0.7849 0.900 0.100
#> GSM29814 1 0.8555 0.4575 0.720 0.280
#> GSM29817 1 0.3584 0.7981 0.932 0.068
#> GSM29822 1 0.5294 0.7666 0.880 0.120
#> GSM29825 1 0.1843 0.7994 0.972 0.028
#> GSM29828 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29831 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29834 1 0.1843 0.7953 0.972 0.028
#> GSM29785 2 0.9710 0.7012 0.400 0.600
#> GSM29788 1 0.9996 -0.4522 0.512 0.488
#> GSM29791 2 0.9000 0.7334 0.316 0.684
#> GSM29794 2 0.3114 0.5690 0.056 0.944
#> GSM29797 2 0.9491 0.7126 0.368 0.632
#> GSM29800 1 0.9393 0.1994 0.644 0.356
#> GSM29803 1 0.4298 0.7868 0.912 0.088
#> GSM29806 1 0.4690 0.7849 0.900 0.100
#> GSM29815 1 0.8555 0.4575 0.720 0.280
#> GSM29819 1 0.4690 0.7834 0.900 0.100
#> GSM29823 1 0.5294 0.7666 0.880 0.120
#> GSM29826 1 0.1843 0.7994 0.972 0.028
#> GSM29829 1 0.2423 0.7901 0.960 0.040
#> GSM29832 1 0.2236 0.7919 0.964 0.036
#> GSM29835 1 0.6973 0.6691 0.812 0.188
#> GSM29836 2 0.2603 0.5662 0.044 0.956
#> GSM29839 2 0.9491 0.7176 0.368 0.632
#> GSM29842 1 0.9998 -0.4533 0.508 0.492
#> GSM29845 1 0.8267 0.5444 0.740 0.260
#> GSM29848 2 0.9993 0.5386 0.484 0.516
#> GSM29851 1 0.4161 0.7942 0.916 0.084
#> GSM29854 1 0.6623 0.7199 0.828 0.172
#> GSM29857 1 0.4690 0.7834 0.900 0.100
#> GSM29860 2 0.9775 0.6352 0.412 0.588
#> GSM29863 1 0.4690 0.7836 0.900 0.100
#> GSM29866 1 0.1414 0.7948 0.980 0.020
#> GSM29869 1 0.1843 0.7920 0.972 0.028
#> GSM29872 2 0.9754 0.5416 0.408 0.592
#> GSM29875 1 0.2043 0.7961 0.968 0.032
#> GSM29878 1 0.9686 -0.0780 0.604 0.396
#> GSM29837 2 0.2948 0.5709 0.052 0.948
#> GSM29840 2 0.9491 0.7176 0.368 0.632
#> GSM29843 2 0.9635 0.7224 0.388 0.612
#> GSM29846 1 0.8267 0.5444 0.740 0.260
#> GSM29849 2 0.9993 0.5386 0.484 0.516
#> GSM29852 1 0.4161 0.7942 0.916 0.084
#> GSM29855 1 0.6712 0.7142 0.824 0.176
#> GSM29858 1 0.4690 0.7834 0.900 0.100
#> GSM29861 2 0.9775 0.6352 0.412 0.588
#> GSM29864 1 0.4690 0.7821 0.900 0.100
#> GSM29867 1 0.1414 0.7948 0.980 0.020
#> GSM29870 1 0.1843 0.7920 0.972 0.028
#> GSM29873 2 0.9754 0.5416 0.408 0.592
#> GSM29876 1 0.2043 0.7961 0.968 0.032
#> GSM29879 1 0.9661 -0.0601 0.608 0.392
#> GSM29838 2 0.2948 0.5709 0.052 0.948
#> GSM29841 2 0.9491 0.7176 0.368 0.632
#> GSM29844 2 0.9635 0.7224 0.388 0.612
#> GSM29847 1 0.8267 0.5444 0.740 0.260
#> GSM29850 2 0.9993 0.5386 0.484 0.516
#> GSM29853 1 0.4161 0.7942 0.916 0.084
#> GSM29856 1 0.6623 0.7187 0.828 0.172
#> GSM29859 1 0.4815 0.7832 0.896 0.104
#> GSM29862 2 0.9775 0.6352 0.412 0.588
#> GSM29865 1 0.4690 0.7821 0.900 0.100
#> GSM29868 1 0.7056 0.6582 0.808 0.192
#> GSM29871 1 0.1843 0.7920 0.972 0.028
#> GSM29874 2 0.9732 0.5505 0.404 0.596
#> GSM29877 1 0.2043 0.7961 0.968 0.032
#> GSM29880 1 0.9850 -0.1678 0.572 0.428
#> GSM29881 1 0.4298 0.7915 0.912 0.088
#> GSM29884 2 0.9635 0.7206 0.388 0.612
#> GSM29887 2 0.9635 0.7225 0.388 0.612
#> GSM29890 1 0.1414 0.7873 0.980 0.020
#> GSM29893 1 0.5178 0.7544 0.884 0.116
#> GSM29896 1 0.0672 0.7869 0.992 0.008
#> GSM29899 1 0.0672 0.7869 0.992 0.008
#> GSM29902 1 0.3431 0.7952 0.936 0.064
#> GSM29905 1 0.8327 0.5004 0.736 0.264
#> GSM29908 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29955 1 0.2948 0.7851 0.948 0.052
#> GSM29958 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29961 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29882 1 0.4298 0.7915 0.912 0.088
#> GSM29885 2 0.9635 0.7206 0.388 0.612
#> GSM29888 2 0.9608 0.7229 0.384 0.616
#> GSM29891 1 0.1414 0.7873 0.980 0.020
#> GSM29894 1 0.5178 0.7544 0.884 0.116
#> GSM29897 1 0.1184 0.7862 0.984 0.016
#> GSM29900 1 0.0672 0.7869 0.992 0.008
#> GSM29903 1 0.1633 0.7918 0.976 0.024
#> GSM29906 1 0.8327 0.5004 0.736 0.264
#> GSM29909 1 0.1184 0.7897 0.984 0.016
#> GSM29956 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM29959 1 0.0938 0.7873 0.988 0.012
#> GSM29962 1 0.1184 0.7887 0.984 0.016
#> GSM29883 1 0.4298 0.7915 0.912 0.088
#> GSM29886 2 0.9608 0.7239 0.384 0.616
#> GSM29889 2 0.9580 0.7258 0.380 0.620
#> GSM29892 1 0.1414 0.7942 0.980 0.020
#> GSM29895 1 0.5294 0.7507 0.880 0.120
#> GSM29898 1 0.4431 0.7850 0.908 0.092
#> GSM29901 1 0.1843 0.7968 0.972 0.028
#> GSM29904 1 0.3114 0.7963 0.944 0.056
#> GSM29907 1 0.8327 0.5004 0.736 0.264
#> GSM29910 1 0.6712 0.6810 0.824 0.176
#> GSM29957 1 0.3114 0.7852 0.944 0.056
#> GSM29960 1 0.3879 0.7769 0.924 0.076
#> GSM29963 1 0.6623 0.6865 0.828 0.172
#> GSM29964 2 0.9323 0.7340 0.348 0.652
#> GSM29967 2 0.9970 0.5473 0.468 0.532
#> GSM29970 1 0.9608 0.0444 0.616 0.384
#> GSM29973 2 0.8955 0.7230 0.312 0.688
#> GSM29976 1 0.3584 0.7981 0.932 0.068
#> GSM29979 2 0.9954 0.5836 0.460 0.540
#> GSM29982 1 0.7453 0.6388 0.788 0.212
#> GSM29985 1 0.3584 0.7968 0.932 0.068
#> GSM29988 1 0.7139 0.6312 0.804 0.196
#> GSM29991 1 0.9460 0.1672 0.636 0.364
#> GSM29994 1 0.4161 0.7929 0.916 0.084
#> GSM29997 1 0.6048 0.6999 0.852 0.148
#> GSM30000 1 0.7219 0.6853 0.800 0.200
#> GSM30003 1 0.2948 0.7982 0.948 0.052
#> GSM29965 2 0.9323 0.7340 0.348 0.652
#> GSM29968 2 0.9970 0.5473 0.468 0.532
#> GSM29971 1 0.9608 0.0444 0.616 0.384
#> GSM29974 2 0.8955 0.7230 0.312 0.688
#> GSM29977 1 0.3584 0.7981 0.932 0.068
#> GSM29980 2 0.9954 0.5836 0.460 0.540
#> GSM29983 1 0.7453 0.6388 0.788 0.212
#> GSM29986 1 0.3584 0.7968 0.932 0.068
#> GSM29989 1 0.7139 0.6312 0.804 0.196
#> GSM29992 1 0.9460 0.1672 0.636 0.364
#> GSM29995 1 0.2603 0.7927 0.956 0.044
#> GSM29998 1 0.6048 0.6999 0.852 0.148
#> GSM30001 1 0.7219 0.6853 0.800 0.200
#> GSM30004 1 0.2948 0.7982 0.948 0.052
#> GSM29966 2 0.9323 0.7340 0.348 0.652
#> GSM29969 2 0.9970 0.5473 0.468 0.532
#> GSM29972 1 0.9608 0.0444 0.616 0.384
#> GSM29975 2 0.8955 0.7230 0.312 0.688
#> GSM29978 1 0.3584 0.7981 0.932 0.068
#> GSM29981 2 0.9896 0.5099 0.440 0.560
#> GSM29984 1 0.7453 0.6388 0.788 0.212
#> GSM29987 1 0.3584 0.7968 0.932 0.068
#> GSM29990 1 0.7139 0.6312 0.804 0.196
#> GSM29993 1 0.9460 0.1672 0.636 0.364
#> GSM29996 1 0.3584 0.7971 0.932 0.068
#> GSM29999 1 0.6343 0.7007 0.840 0.160
#> GSM30002 1 0.7219 0.6853 0.800 0.200
#> GSM30005 1 0.2948 0.7982 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.7365 0.1039 0.188 0.700 0.112
#> GSM29786 2 0.8749 0.1442 0.152 0.572 0.276
#> GSM29789 2 0.6388 0.2326 0.064 0.752 0.184
#> GSM29792 2 0.6495 0.0453 0.004 0.536 0.460
#> GSM29795 2 0.7712 0.2059 0.092 0.652 0.256
#> GSM29798 2 0.9323 -0.0516 0.312 0.500 0.188
#> GSM29801 1 0.4526 0.7917 0.856 0.104 0.040
#> GSM29804 1 0.5285 0.7691 0.824 0.112 0.064
#> GSM29807 1 0.9268 0.0351 0.524 0.268 0.208
#> GSM29816 1 0.4556 0.7855 0.860 0.080 0.060
#> GSM29821 1 0.6835 0.6788 0.732 0.180 0.088
#> GSM29824 1 0.3009 0.7964 0.920 0.052 0.028
#> GSM29827 1 0.2050 0.7752 0.952 0.020 0.028
#> GSM29830 1 0.2313 0.7804 0.944 0.024 0.032
#> GSM29833 1 0.2663 0.7809 0.932 0.044 0.024
#> GSM29784 2 0.6250 0.2572 0.104 0.776 0.120
#> GSM29787 2 0.8749 0.1442 0.152 0.572 0.276
#> GSM29790 2 0.6388 0.2326 0.064 0.752 0.184
#> GSM29793 2 0.6495 0.0453 0.004 0.536 0.460
#> GSM29796 2 0.7712 0.2059 0.092 0.652 0.256
#> GSM29799 2 0.9323 -0.0516 0.312 0.500 0.188
#> GSM29802 1 0.5263 0.7671 0.824 0.116 0.060
#> GSM29805 1 0.5285 0.7691 0.824 0.112 0.064
#> GSM29814 1 0.9268 0.0351 0.524 0.268 0.208
#> GSM29817 1 0.4642 0.7850 0.856 0.084 0.060
#> GSM29822 1 0.6835 0.6788 0.732 0.180 0.088
#> GSM29825 1 0.2879 0.7957 0.924 0.052 0.024
#> GSM29828 1 0.2050 0.7752 0.952 0.020 0.028
#> GSM29831 1 0.2050 0.7752 0.952 0.020 0.028
#> GSM29834 1 0.2793 0.7813 0.928 0.044 0.028
#> GSM29785 2 0.6168 0.2637 0.096 0.780 0.124
#> GSM29788 2 0.8749 0.1442 0.152 0.572 0.276
#> GSM29791 2 0.6388 0.2326 0.064 0.752 0.184
#> GSM29794 2 0.6495 0.0453 0.004 0.536 0.460
#> GSM29797 2 0.7712 0.2059 0.092 0.652 0.256
#> GSM29800 2 0.9323 -0.0516 0.312 0.500 0.188
#> GSM29803 1 0.5191 0.7695 0.828 0.112 0.060
#> GSM29806 1 0.5285 0.7691 0.824 0.112 0.064
#> GSM29815 1 0.9268 0.0351 0.524 0.268 0.208
#> GSM29819 1 0.5497 0.7619 0.812 0.124 0.064
#> GSM29823 1 0.6835 0.6788 0.732 0.180 0.088
#> GSM29826 1 0.2879 0.7957 0.924 0.052 0.024
#> GSM29829 1 0.3472 0.7758 0.904 0.040 0.056
#> GSM29832 1 0.3375 0.7770 0.908 0.044 0.048
#> GSM29835 1 0.7398 0.5466 0.700 0.180 0.120
#> GSM29836 2 0.6678 0.0335 0.008 0.512 0.480
#> GSM29839 2 0.7844 0.1886 0.120 0.660 0.220
#> GSM29842 2 0.7267 0.1029 0.180 0.708 0.112
#> GSM29845 1 0.8464 0.3858 0.596 0.272 0.132
#> GSM29848 2 0.8067 0.1153 0.188 0.652 0.160
#> GSM29851 1 0.4920 0.7811 0.840 0.108 0.052
#> GSM29854 1 0.7044 0.6848 0.724 0.168 0.108
#> GSM29857 1 0.5497 0.7619 0.812 0.124 0.064
#> GSM29860 2 0.8862 -0.3032 0.164 0.564 0.272
#> GSM29863 1 0.5153 0.7740 0.832 0.100 0.068
#> GSM29866 1 0.2269 0.7919 0.944 0.040 0.016
#> GSM29869 1 0.3375 0.7933 0.908 0.048 0.044
#> GSM29872 2 0.9786 -0.7365 0.236 0.400 0.364
#> GSM29875 1 0.3148 0.7913 0.916 0.048 0.036
#> GSM29878 2 0.8967 -0.3162 0.380 0.488 0.132
#> GSM29837 2 0.6819 0.0288 0.012 0.512 0.476
#> GSM29840 2 0.7844 0.1886 0.120 0.660 0.220
#> GSM29843 2 0.5346 0.2822 0.088 0.824 0.088
#> GSM29846 1 0.8464 0.3858 0.596 0.272 0.132
#> GSM29849 2 0.8067 0.1153 0.188 0.652 0.160
#> GSM29852 1 0.4920 0.7811 0.840 0.108 0.052
#> GSM29855 1 0.7113 0.6804 0.720 0.168 0.112
#> GSM29858 1 0.5497 0.7619 0.812 0.124 0.064
#> GSM29861 2 0.8862 -0.3032 0.164 0.564 0.272
#> GSM29864 1 0.5253 0.7716 0.828 0.096 0.076
#> GSM29867 1 0.2269 0.7919 0.944 0.040 0.016
#> GSM29870 1 0.3375 0.7933 0.908 0.048 0.044
#> GSM29873 2 0.9786 -0.7365 0.236 0.400 0.364
#> GSM29876 1 0.3148 0.7913 0.916 0.048 0.036
#> GSM29879 2 0.8927 -0.3132 0.384 0.488 0.128
#> GSM29838 2 0.6819 0.0288 0.012 0.512 0.476
#> GSM29841 2 0.7844 0.1886 0.120 0.660 0.220
#> GSM29844 2 0.5346 0.2822 0.088 0.824 0.088
#> GSM29847 1 0.8464 0.3858 0.596 0.272 0.132
#> GSM29850 2 0.8067 0.1153 0.188 0.652 0.160
#> GSM29853 1 0.4920 0.7811 0.840 0.108 0.052
#> GSM29856 1 0.7097 0.6793 0.720 0.172 0.108
#> GSM29859 1 0.5564 0.7615 0.808 0.128 0.064
#> GSM29862 2 0.8862 -0.3032 0.164 0.564 0.272
#> GSM29865 1 0.5253 0.7716 0.828 0.096 0.076
#> GSM29868 1 0.7339 0.5728 0.708 0.144 0.148
#> GSM29871 1 0.3375 0.7933 0.908 0.048 0.044
#> GSM29874 2 0.9770 -0.7422 0.232 0.400 0.368
#> GSM29877 1 0.3148 0.7913 0.916 0.048 0.036
#> GSM29880 2 0.9674 -0.4149 0.392 0.396 0.212
#> GSM29881 1 0.5307 0.7632 0.820 0.124 0.056
#> GSM29884 2 0.3583 0.2983 0.044 0.900 0.056
#> GSM29887 2 0.3481 0.2975 0.044 0.904 0.052
#> GSM29890 1 0.1832 0.7767 0.956 0.008 0.036
#> GSM29893 1 0.6208 0.6951 0.776 0.136 0.088
#> GSM29896 1 0.0829 0.7791 0.984 0.004 0.012
#> GSM29899 1 0.0661 0.7791 0.988 0.004 0.008
#> GSM29902 1 0.3983 0.7767 0.884 0.068 0.048
#> GSM29905 1 0.8801 0.2866 0.560 0.292 0.148
#> GSM29908 1 0.2187 0.7776 0.948 0.024 0.028
#> GSM29955 1 0.4097 0.7650 0.880 0.060 0.060
#> GSM29958 1 0.2187 0.7776 0.948 0.024 0.028
#> GSM29961 1 0.2318 0.7760 0.944 0.028 0.028
#> GSM29882 1 0.5307 0.7632 0.820 0.124 0.056
#> GSM29885 2 0.3583 0.2983 0.044 0.900 0.056
#> GSM29888 2 0.3369 0.2992 0.040 0.908 0.052
#> GSM29891 1 0.1832 0.7767 0.956 0.008 0.036
#> GSM29894 1 0.6208 0.6951 0.776 0.136 0.088
#> GSM29897 1 0.1453 0.7783 0.968 0.008 0.024
#> GSM29900 1 0.0829 0.7806 0.984 0.004 0.012
#> GSM29903 1 0.2434 0.7839 0.940 0.024 0.036
#> GSM29906 1 0.8825 0.2748 0.556 0.296 0.148
#> GSM29909 1 0.2050 0.7845 0.952 0.028 0.020
#> GSM29956 1 0.2806 0.7786 0.928 0.032 0.040
#> GSM29959 1 0.2187 0.7776 0.948 0.024 0.028
#> GSM29962 1 0.2443 0.7770 0.940 0.032 0.028
#> GSM29883 1 0.5307 0.7632 0.820 0.124 0.056
#> GSM29886 2 0.3481 0.3007 0.044 0.904 0.052
#> GSM29889 2 0.3369 0.3014 0.040 0.908 0.052
#> GSM29892 1 0.2297 0.7846 0.944 0.020 0.036
#> GSM29895 1 0.6332 0.6842 0.768 0.144 0.088
#> GSM29898 1 0.5260 0.7682 0.828 0.092 0.080
#> GSM29901 1 0.2050 0.7920 0.952 0.028 0.020
#> GSM29904 1 0.4095 0.7772 0.880 0.064 0.056
#> GSM29907 1 0.8801 0.2866 0.560 0.292 0.148
#> GSM29910 1 0.7164 0.5917 0.720 0.140 0.140
#> GSM29957 1 0.4194 0.7625 0.876 0.060 0.064
#> GSM29960 1 0.4745 0.7509 0.852 0.080 0.068
#> GSM29963 1 0.7104 0.5998 0.724 0.136 0.140
#> GSM29964 2 0.4280 0.2578 0.020 0.856 0.124
#> GSM29967 2 0.7190 0.1587 0.036 0.608 0.356
#> GSM29970 2 0.9502 -0.0833 0.212 0.480 0.308
#> GSM29973 2 0.6758 0.0848 0.072 0.728 0.200
#> GSM29976 1 0.4945 0.7812 0.840 0.104 0.056
#> GSM29979 2 0.8799 -0.3786 0.196 0.584 0.220
#> GSM29982 1 0.9192 0.1138 0.516 0.308 0.176
#> GSM29985 1 0.4920 0.7741 0.840 0.108 0.052
#> GSM29988 1 0.8484 0.3774 0.616 0.196 0.188
#> GSM29991 2 0.9468 -0.0793 0.300 0.488 0.212
#> GSM29994 1 0.4658 0.7740 0.856 0.076 0.068
#> GSM29997 1 0.6775 0.5873 0.740 0.096 0.164
#> GSM30000 1 0.7419 0.5906 0.680 0.232 0.088
#> GSM30003 1 0.4058 0.7879 0.880 0.076 0.044
#> GSM29965 2 0.4280 0.2578 0.020 0.856 0.124
#> GSM29968 2 0.7190 0.1587 0.036 0.608 0.356
#> GSM29971 2 0.9502 -0.0833 0.212 0.480 0.308
#> GSM29974 2 0.6758 0.0848 0.072 0.728 0.200
#> GSM29977 1 0.4945 0.7812 0.840 0.104 0.056
#> GSM29980 2 0.8799 -0.3786 0.196 0.584 0.220
#> GSM29983 1 0.9192 0.1138 0.516 0.308 0.176
#> GSM29986 1 0.4920 0.7741 0.840 0.108 0.052
#> GSM29989 1 0.8484 0.3774 0.616 0.196 0.188
#> GSM29992 2 0.9468 -0.0793 0.300 0.488 0.212
#> GSM29995 1 0.2926 0.7805 0.924 0.036 0.040
#> GSM29998 1 0.6775 0.5873 0.740 0.096 0.164
#> GSM30001 1 0.7419 0.5906 0.680 0.232 0.088
#> GSM30004 1 0.4058 0.7879 0.880 0.076 0.044
#> GSM29966 2 0.4280 0.2578 0.020 0.856 0.124
#> GSM29969 2 0.7190 0.1587 0.036 0.608 0.356
#> GSM29972 2 0.9502 -0.0833 0.212 0.480 0.308
#> GSM29975 2 0.6758 0.0848 0.072 0.728 0.200
#> GSM29978 1 0.4945 0.7812 0.840 0.104 0.056
#> GSM29981 3 0.9717 0.0000 0.220 0.384 0.396
#> GSM29984 1 0.9192 0.1138 0.516 0.308 0.176
#> GSM29987 1 0.4920 0.7741 0.840 0.108 0.052
#> GSM29990 1 0.8484 0.3774 0.616 0.196 0.188
#> GSM29993 2 0.9468 -0.0793 0.300 0.488 0.212
#> GSM29996 1 0.4379 0.7830 0.868 0.072 0.060
#> GSM29999 1 0.7126 0.5938 0.720 0.116 0.164
#> GSM30002 1 0.7419 0.5906 0.680 0.232 0.088
#> GSM30005 1 0.4058 0.7879 0.880 0.076 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.742 0.03676 0.120 0.560 0.024 0.296
#> GSM29786 4 0.752 0.11831 0.060 0.424 0.052 0.464
#> GSM29789 2 0.617 0.30673 0.020 0.708 0.172 0.100
#> GSM29792 2 0.541 -0.36638 0.000 0.508 0.480 0.012
#> GSM29795 2 0.789 0.31005 0.036 0.556 0.188 0.220
#> GSM29798 4 0.829 0.28860 0.212 0.344 0.024 0.420
#> GSM29801 1 0.487 0.74336 0.792 0.048 0.016 0.144
#> GSM29804 1 0.550 0.71932 0.740 0.032 0.032 0.196
#> GSM29807 1 0.875 0.05869 0.436 0.260 0.252 0.052
#> GSM29816 1 0.467 0.73866 0.792 0.028 0.016 0.164
#> GSM29821 1 0.692 0.62034 0.640 0.096 0.032 0.232
#> GSM29824 1 0.313 0.75751 0.880 0.012 0.008 0.100
#> GSM29827 1 0.303 0.73684 0.904 0.024 0.040 0.032
#> GSM29830 1 0.292 0.74152 0.908 0.020 0.036 0.036
#> GSM29833 1 0.368 0.73281 0.876 0.036 0.044 0.044
#> GSM29784 2 0.597 0.36771 0.032 0.684 0.032 0.252
#> GSM29787 4 0.752 0.11831 0.060 0.424 0.052 0.464
#> GSM29790 2 0.617 0.30673 0.020 0.708 0.172 0.100
#> GSM29793 2 0.541 -0.36638 0.000 0.508 0.480 0.012
#> GSM29796 2 0.789 0.31005 0.036 0.556 0.188 0.220
#> GSM29799 4 0.829 0.28860 0.212 0.344 0.024 0.420
#> GSM29802 1 0.515 0.71470 0.744 0.040 0.008 0.208
#> GSM29805 1 0.550 0.71932 0.740 0.032 0.032 0.196
#> GSM29814 1 0.875 0.05869 0.436 0.260 0.252 0.052
#> GSM29817 1 0.469 0.73378 0.784 0.028 0.012 0.176
#> GSM29822 1 0.692 0.62034 0.640 0.096 0.032 0.232
#> GSM29825 1 0.326 0.75673 0.876 0.012 0.012 0.100
#> GSM29828 1 0.303 0.73684 0.904 0.024 0.040 0.032
#> GSM29831 1 0.303 0.73684 0.904 0.024 0.040 0.032
#> GSM29834 1 0.393 0.73049 0.864 0.036 0.048 0.052
#> GSM29785 2 0.578 0.36892 0.024 0.692 0.032 0.252
#> GSM29788 4 0.752 0.11831 0.060 0.424 0.052 0.464
#> GSM29791 2 0.617 0.30673 0.020 0.708 0.172 0.100
#> GSM29794 2 0.541 -0.36638 0.000 0.508 0.480 0.012
#> GSM29797 2 0.789 0.31005 0.036 0.556 0.188 0.220
#> GSM29800 4 0.829 0.28860 0.212 0.344 0.024 0.420
#> GSM29803 1 0.511 0.71628 0.748 0.040 0.008 0.204
#> GSM29806 1 0.550 0.71932 0.740 0.032 0.032 0.196
#> GSM29815 1 0.875 0.05869 0.436 0.260 0.252 0.052
#> GSM29819 1 0.576 0.70875 0.720 0.048 0.024 0.208
#> GSM29823 1 0.692 0.62034 0.640 0.096 0.032 0.232
#> GSM29826 1 0.326 0.75673 0.876 0.012 0.012 0.100
#> GSM29829 1 0.470 0.72430 0.824 0.036 0.072 0.068
#> GSM29832 1 0.466 0.71714 0.824 0.032 0.084 0.060
#> GSM29835 1 0.763 0.52345 0.632 0.140 0.132 0.096
#> GSM29836 3 0.541 0.33195 0.000 0.488 0.500 0.012
#> GSM29839 2 0.785 0.33401 0.060 0.592 0.172 0.176
#> GSM29842 2 0.722 0.08305 0.132 0.596 0.020 0.252
#> GSM29845 1 0.750 0.34318 0.516 0.164 0.008 0.312
#> GSM29848 2 0.827 0.22500 0.084 0.504 0.100 0.312
#> GSM29851 1 0.512 0.72987 0.768 0.052 0.012 0.168
#> GSM29854 1 0.716 0.63575 0.628 0.060 0.072 0.240
#> GSM29857 1 0.585 0.70705 0.716 0.048 0.028 0.208
#> GSM29860 2 0.793 -0.19762 0.096 0.552 0.280 0.072
#> GSM29863 1 0.482 0.72676 0.752 0.028 0.004 0.216
#> GSM29866 1 0.295 0.75614 0.904 0.016 0.024 0.056
#> GSM29869 1 0.384 0.75615 0.860 0.016 0.040 0.084
#> GSM29872 3 0.893 0.51048 0.152 0.344 0.412 0.092
#> GSM29875 1 0.385 0.74822 0.844 0.012 0.020 0.124
#> GSM29878 2 0.862 -0.00506 0.300 0.480 0.132 0.088
#> GSM29837 3 0.577 0.34651 0.004 0.484 0.492 0.020
#> GSM29840 2 0.788 0.33096 0.060 0.588 0.172 0.180
#> GSM29843 2 0.507 0.38954 0.024 0.776 0.036 0.164
#> GSM29846 1 0.750 0.34318 0.516 0.164 0.008 0.312
#> GSM29849 2 0.827 0.22500 0.084 0.504 0.100 0.312
#> GSM29852 1 0.512 0.72987 0.768 0.052 0.012 0.168
#> GSM29855 1 0.725 0.62774 0.620 0.060 0.076 0.244
#> GSM29858 1 0.585 0.70705 0.716 0.048 0.028 0.208
#> GSM29861 2 0.793 -0.19762 0.096 0.552 0.280 0.072
#> GSM29864 1 0.482 0.72205 0.744 0.024 0.004 0.228
#> GSM29867 1 0.295 0.75614 0.904 0.016 0.024 0.056
#> GSM29870 1 0.391 0.75638 0.856 0.016 0.040 0.088
#> GSM29873 3 0.893 0.51048 0.152 0.344 0.412 0.092
#> GSM29876 1 0.385 0.74822 0.844 0.012 0.020 0.124
#> GSM29879 2 0.859 -0.00412 0.304 0.480 0.128 0.088
#> GSM29838 3 0.577 0.34651 0.004 0.484 0.492 0.020
#> GSM29841 2 0.781 0.33304 0.060 0.596 0.172 0.172
#> GSM29844 2 0.507 0.38954 0.024 0.776 0.036 0.164
#> GSM29847 1 0.750 0.34318 0.516 0.164 0.008 0.312
#> GSM29850 2 0.827 0.22500 0.084 0.504 0.100 0.312
#> GSM29853 1 0.512 0.72987 0.768 0.052 0.012 0.168
#> GSM29856 1 0.730 0.62338 0.616 0.056 0.084 0.244
#> GSM29859 1 0.593 0.70690 0.712 0.052 0.028 0.208
#> GSM29862 2 0.793 -0.19762 0.096 0.552 0.280 0.072
#> GSM29865 1 0.482 0.72205 0.744 0.024 0.004 0.228
#> GSM29868 1 0.759 0.55683 0.632 0.100 0.164 0.104
#> GSM29871 1 0.384 0.75615 0.860 0.016 0.040 0.084
#> GSM29874 3 0.895 0.50932 0.148 0.344 0.412 0.096
#> GSM29877 1 0.385 0.74822 0.844 0.012 0.020 0.124
#> GSM29880 2 0.934 -0.13135 0.332 0.352 0.216 0.100
#> GSM29881 1 0.570 0.70794 0.724 0.036 0.032 0.208
#> GSM29884 2 0.182 0.37405 0.024 0.948 0.004 0.024
#> GSM29887 2 0.196 0.37431 0.024 0.944 0.008 0.024
#> GSM29890 1 0.261 0.74275 0.916 0.008 0.052 0.024
#> GSM29893 1 0.751 0.53294 0.636 0.080 0.120 0.164
#> GSM29896 1 0.232 0.74593 0.928 0.004 0.032 0.036
#> GSM29899 1 0.202 0.74899 0.940 0.004 0.032 0.024
#> GSM29902 1 0.458 0.73447 0.832 0.064 0.044 0.060
#> GSM29905 1 0.857 0.25657 0.492 0.212 0.060 0.236
#> GSM29908 1 0.345 0.73155 0.884 0.020 0.052 0.044
#> GSM29955 1 0.523 0.70415 0.796 0.052 0.088 0.064
#> GSM29958 1 0.337 0.73193 0.888 0.020 0.044 0.048
#> GSM29961 1 0.364 0.73071 0.876 0.024 0.048 0.052
#> GSM29882 1 0.570 0.70794 0.724 0.036 0.032 0.208
#> GSM29885 2 0.182 0.37405 0.024 0.948 0.004 0.024
#> GSM29888 2 0.181 0.37353 0.020 0.948 0.004 0.028
#> GSM29891 1 0.261 0.74275 0.916 0.008 0.052 0.024
#> GSM29894 1 0.751 0.53294 0.636 0.080 0.120 0.164
#> GSM29897 1 0.276 0.74082 0.908 0.004 0.052 0.036
#> GSM29900 1 0.202 0.74968 0.940 0.004 0.028 0.028
#> GSM29903 1 0.313 0.74708 0.896 0.016 0.060 0.028
#> GSM29906 1 0.859 0.24456 0.488 0.216 0.060 0.236
#> GSM29909 1 0.278 0.75030 0.912 0.016 0.048 0.024
#> GSM29956 1 0.384 0.73040 0.868 0.036 0.056 0.040
#> GSM29959 1 0.337 0.73193 0.888 0.020 0.044 0.048
#> GSM29962 1 0.349 0.73304 0.884 0.028 0.048 0.040
#> GSM29883 1 0.570 0.70794 0.724 0.036 0.032 0.208
#> GSM29886 2 0.192 0.37554 0.024 0.944 0.004 0.028
#> GSM29889 2 0.206 0.37334 0.020 0.940 0.008 0.032
#> GSM29892 1 0.313 0.74976 0.896 0.012 0.052 0.040
#> GSM29895 1 0.765 0.51516 0.624 0.084 0.124 0.168
#> GSM29898 1 0.578 0.72157 0.760 0.044 0.096 0.100
#> GSM29901 1 0.266 0.75816 0.916 0.012 0.024 0.048
#> GSM29904 1 0.479 0.73025 0.820 0.052 0.080 0.048
#> GSM29907 1 0.862 0.25208 0.488 0.212 0.064 0.236
#> GSM29910 1 0.768 0.53082 0.624 0.112 0.168 0.096
#> GSM29957 1 0.530 0.70129 0.792 0.052 0.088 0.068
#> GSM29960 1 0.589 0.66370 0.752 0.048 0.120 0.080
#> GSM29963 1 0.763 0.53742 0.628 0.108 0.168 0.096
#> GSM29964 2 0.306 0.28354 0.008 0.888 0.088 0.016
#> GSM29967 4 0.672 0.37645 0.004 0.276 0.116 0.604
#> GSM29970 4 0.808 0.44545 0.100 0.172 0.140 0.588
#> GSM29973 2 0.600 0.11174 0.048 0.732 0.164 0.056
#> GSM29976 1 0.521 0.73578 0.764 0.032 0.028 0.176
#> GSM29979 2 0.861 -0.02841 0.140 0.540 0.172 0.148
#> GSM29982 4 0.803 0.33176 0.236 0.040 0.184 0.540
#> GSM29985 1 0.537 0.72547 0.748 0.032 0.028 0.192
#> GSM29988 1 0.851 0.29853 0.500 0.200 0.240 0.060
#> GSM29991 2 0.904 -0.23207 0.212 0.364 0.072 0.352
#> GSM29994 1 0.502 0.72796 0.808 0.064 0.048 0.080
#> GSM29997 1 0.727 0.50995 0.616 0.092 0.244 0.048
#> GSM30000 1 0.769 0.58982 0.620 0.172 0.084 0.124
#> GSM30003 1 0.464 0.73831 0.796 0.024 0.020 0.160
#> GSM29965 2 0.306 0.28354 0.008 0.888 0.088 0.016
#> GSM29968 4 0.672 0.37645 0.004 0.276 0.116 0.604
#> GSM29971 4 0.808 0.44545 0.100 0.172 0.140 0.588
#> GSM29974 2 0.600 0.11174 0.048 0.732 0.164 0.056
#> GSM29977 1 0.521 0.73578 0.764 0.032 0.028 0.176
#> GSM29980 2 0.861 -0.02841 0.140 0.540 0.172 0.148
#> GSM29983 4 0.803 0.33176 0.236 0.040 0.184 0.540
#> GSM29986 1 0.537 0.72547 0.748 0.032 0.028 0.192
#> GSM29989 1 0.851 0.29853 0.500 0.200 0.240 0.060
#> GSM29992 2 0.904 -0.23207 0.212 0.364 0.072 0.352
#> GSM29995 1 0.358 0.74444 0.880 0.028 0.048 0.044
#> GSM29998 1 0.727 0.50995 0.616 0.092 0.244 0.048
#> GSM30001 1 0.769 0.58982 0.620 0.172 0.084 0.124
#> GSM30004 1 0.464 0.73831 0.796 0.024 0.020 0.160
#> GSM29966 2 0.306 0.28354 0.008 0.888 0.088 0.016
#> GSM29969 4 0.672 0.37645 0.004 0.276 0.116 0.604
#> GSM29972 4 0.808 0.44545 0.100 0.172 0.140 0.588
#> GSM29975 2 0.600 0.11174 0.048 0.732 0.164 0.056
#> GSM29978 1 0.521 0.73578 0.764 0.032 0.028 0.176
#> GSM29981 3 0.928 0.39417 0.108 0.296 0.400 0.196
#> GSM29984 4 0.803 0.33176 0.236 0.040 0.184 0.540
#> GSM29987 1 0.537 0.72547 0.748 0.032 0.028 0.192
#> GSM29990 1 0.851 0.29853 0.500 0.200 0.240 0.060
#> GSM29993 2 0.904 -0.23207 0.212 0.364 0.072 0.352
#> GSM29996 1 0.500 0.73550 0.808 0.052 0.052 0.088
#> GSM29999 1 0.763 0.49354 0.596 0.108 0.236 0.060
#> GSM30002 1 0.769 0.58982 0.620 0.172 0.084 0.124
#> GSM30005 1 0.464 0.73831 0.796 0.024 0.020 0.160
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.855 0.04555 NA 0.416 0.164 0.280 0.040
#> GSM29786 2 0.815 0.02914 NA 0.432 0.060 0.292 0.032
#> GSM29789 2 0.379 0.42476 NA 0.840 0.016 0.012 0.096
#> GSM29792 5 0.507 0.06936 NA 0.456 0.000 0.008 0.516
#> GSM29795 2 0.660 0.42472 NA 0.664 0.024 0.128 0.100
#> GSM29798 4 0.873 0.28350 NA 0.240 0.268 0.304 0.008
#> GSM29801 3 0.464 0.70131 NA 0.028 0.792 0.040 0.020
#> GSM29804 3 0.370 0.67076 NA 0.012 0.840 0.052 0.004
#> GSM29807 5 0.822 0.36542 NA 0.108 0.264 0.024 0.456
#> GSM29816 3 0.295 0.69504 NA 0.016 0.880 0.028 0.000
#> GSM29821 3 0.665 0.54337 NA 0.120 0.644 0.064 0.016
#> GSM29824 3 0.301 0.71781 NA 0.004 0.868 0.016 0.008
#> GSM29827 3 0.407 0.68759 NA 0.016 0.720 0.000 0.000
#> GSM29830 3 0.416 0.69537 NA 0.020 0.716 0.000 0.000
#> GSM29833 3 0.454 0.67627 NA 0.032 0.680 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.691 0.41085 NA 0.616 0.036 0.200 0.044
#> GSM29787 2 0.815 0.02914 NA 0.432 0.060 0.292 0.032
#> GSM29790 2 0.379 0.42476 NA 0.840 0.016 0.012 0.096
#> GSM29793 5 0.507 0.06936 NA 0.456 0.000 0.008 0.516
#> GSM29796 2 0.660 0.42472 NA 0.664 0.024 0.128 0.100
#> GSM29799 4 0.873 0.28350 NA 0.240 0.268 0.304 0.008
#> GSM29802 3 0.416 0.67018 NA 0.020 0.824 0.064 0.012
#> GSM29805 3 0.370 0.67076 NA 0.012 0.840 0.052 0.004
#> GSM29814 5 0.822 0.36542 NA 0.108 0.264 0.024 0.456
#> GSM29817 3 0.331 0.69227 NA 0.016 0.864 0.032 0.004
#> GSM29822 3 0.665 0.54337 NA 0.120 0.644 0.064 0.016
#> GSM29825 3 0.296 0.71674 NA 0.004 0.876 0.016 0.012
#> GSM29828 3 0.407 0.68759 NA 0.016 0.720 0.000 0.000
#> GSM29831 3 0.407 0.68759 NA 0.016 0.720 0.000 0.000
#> GSM29834 3 0.460 0.67290 NA 0.032 0.668 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.684 0.41546 NA 0.620 0.032 0.200 0.044
#> GSM29788 2 0.815 0.02914 NA 0.432 0.060 0.292 0.032
#> GSM29791 2 0.379 0.42476 NA 0.840 0.016 0.012 0.096
#> GSM29794 5 0.507 0.06936 NA 0.456 0.000 0.008 0.516
#> GSM29797 2 0.660 0.42472 NA 0.664 0.024 0.128 0.100
#> GSM29800 4 0.873 0.28350 NA 0.240 0.268 0.304 0.008
#> GSM29803 3 0.410 0.67160 NA 0.020 0.828 0.064 0.012
#> GSM29806 3 0.370 0.67076 NA 0.012 0.840 0.052 0.004
#> GSM29815 5 0.822 0.36542 NA 0.108 0.264 0.024 0.456
#> GSM29819 3 0.412 0.65798 NA 0.016 0.808 0.072 0.000
#> GSM29823 3 0.665 0.54337 NA 0.120 0.644 0.064 0.016
#> GSM29826 3 0.296 0.71674 NA 0.004 0.876 0.016 0.012
#> GSM29829 3 0.523 0.66942 NA 0.032 0.660 0.004 0.020
#> GSM29832 3 0.525 0.66137 NA 0.040 0.652 0.000 0.020
#> GSM29835 3 0.813 0.42751 NA 0.148 0.496 0.032 0.104
#> GSM29836 5 0.496 0.10538 NA 0.432 0.000 0.016 0.544
#> GSM29839 2 0.567 0.43575 NA 0.740 0.048 0.036 0.072
#> GSM29842 2 0.829 0.10687 NA 0.460 0.172 0.252 0.044
#> GSM29845 3 0.766 0.26650 NA 0.144 0.544 0.144 0.012
#> GSM29848 2 0.682 0.34553 NA 0.628 0.084 0.120 0.012
#> GSM29851 3 0.397 0.68245 NA 0.024 0.836 0.036 0.016
#> GSM29854 3 0.583 0.60641 NA 0.032 0.704 0.144 0.016
#> GSM29857 3 0.407 0.65603 NA 0.016 0.812 0.072 0.000
#> GSM29860 2 0.699 0.04036 NA 0.456 0.040 0.024 0.412
#> GSM29863 3 0.414 0.67331 NA 0.008 0.812 0.072 0.008
#> GSM29866 3 0.344 0.71627 NA 0.004 0.800 0.000 0.008
#> GSM29869 3 0.378 0.71463 NA 0.012 0.820 0.008 0.020
#> GSM29872 5 0.842 0.27178 NA 0.240 0.076 0.092 0.480
#> GSM29875 3 0.234 0.70612 NA 0.004 0.908 0.008 0.008
#> GSM29878 2 0.833 0.03336 NA 0.452 0.228 0.020 0.168
#> GSM29837 5 0.493 0.10355 NA 0.432 0.000 0.020 0.544
#> GSM29840 2 0.572 0.43430 NA 0.736 0.048 0.036 0.072
#> GSM29843 2 0.580 0.48536 NA 0.724 0.024 0.124 0.056
#> GSM29846 3 0.766 0.26650 NA 0.144 0.544 0.144 0.012
#> GSM29849 2 0.682 0.34553 NA 0.628 0.084 0.120 0.012
#> GSM29852 3 0.397 0.68245 NA 0.024 0.836 0.036 0.016
#> GSM29855 3 0.592 0.60169 NA 0.032 0.700 0.144 0.020
#> GSM29858 3 0.407 0.65603 NA 0.016 0.812 0.072 0.000
#> GSM29861 2 0.699 0.04036 NA 0.456 0.040 0.024 0.412
#> GSM29864 3 0.402 0.66912 NA 0.004 0.816 0.076 0.008
#> GSM29867 3 0.351 0.71626 NA 0.004 0.800 0.000 0.012
#> GSM29870 3 0.382 0.71469 NA 0.012 0.816 0.008 0.020
#> GSM29873 5 0.842 0.27178 NA 0.240 0.076 0.092 0.480
#> GSM29876 3 0.234 0.70612 NA 0.004 0.908 0.008 0.008
#> GSM29879 2 0.833 0.03107 NA 0.452 0.232 0.020 0.164
#> GSM29838 5 0.493 0.10355 NA 0.432 0.000 0.020 0.544
#> GSM29841 2 0.560 0.43524 NA 0.744 0.048 0.032 0.072
#> GSM29844 2 0.580 0.48536 NA 0.724 0.024 0.124 0.056
#> GSM29847 3 0.766 0.26650 NA 0.144 0.544 0.144 0.012
#> GSM29850 2 0.682 0.34553 NA 0.628 0.084 0.120 0.012
#> GSM29853 3 0.397 0.68245 NA 0.024 0.836 0.036 0.016
#> GSM29856 3 0.618 0.59294 NA 0.032 0.684 0.144 0.028
#> GSM29859 3 0.416 0.65553 NA 0.020 0.808 0.072 0.000
#> GSM29862 2 0.699 0.04036 NA 0.456 0.040 0.024 0.412
#> GSM29865 3 0.402 0.66912 NA 0.004 0.816 0.076 0.008
#> GSM29868 3 0.812 0.45660 NA 0.084 0.504 0.048 0.136
#> GSM29871 3 0.378 0.71463 NA 0.012 0.820 0.008 0.020
#> GSM29874 5 0.837 0.26875 NA 0.240 0.072 0.092 0.484
#> GSM29877 3 0.234 0.70612 NA 0.004 0.908 0.008 0.008
#> GSM29880 2 0.913 -0.10578 NA 0.332 0.248 0.044 0.228
#> GSM29881 3 0.518 0.64494 NA 0.012 0.748 0.120 0.020
#> GSM29884 2 0.636 0.46261 NA 0.664 0.016 0.164 0.104
#> GSM29887 2 0.626 0.46609 NA 0.676 0.016 0.156 0.096
#> GSM29890 3 0.445 0.69477 NA 0.000 0.708 0.004 0.028
#> GSM29893 3 0.746 0.38556 NA 0.068 0.444 0.040 0.056
#> GSM29896 3 0.434 0.69956 NA 0.008 0.720 0.004 0.012
#> GSM29899 3 0.402 0.70488 NA 0.000 0.736 0.004 0.012
#> GSM29902 3 0.619 0.66399 NA 0.028 0.632 0.032 0.048
#> GSM29905 3 0.851 0.05392 NA 0.088 0.400 0.180 0.036
#> GSM29908 3 0.453 0.67307 NA 0.020 0.672 0.000 0.004
#> GSM29955 3 0.610 0.62964 NA 0.036 0.604 0.016 0.040
#> GSM29958 3 0.430 0.67735 NA 0.020 0.692 0.000 0.000
#> GSM29961 3 0.442 0.67341 NA 0.020 0.668 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.518 0.64494 NA 0.012 0.748 0.120 0.020
#> GSM29885 2 0.636 0.46261 NA 0.664 0.016 0.164 0.104
#> GSM29888 2 0.625 0.46442 NA 0.672 0.016 0.164 0.100
#> GSM29891 3 0.445 0.69477 NA 0.000 0.708 0.004 0.028
#> GSM29894 3 0.746 0.38556 NA 0.068 0.444 0.040 0.056
#> GSM29897 3 0.434 0.69223 NA 0.008 0.700 0.000 0.012
#> GSM29900 3 0.396 0.70738 NA 0.000 0.744 0.004 0.012
#> GSM29903 3 0.473 0.69705 NA 0.012 0.692 0.000 0.028
#> GSM29906 3 0.851 0.03985 NA 0.088 0.396 0.180 0.036
#> GSM29909 3 0.457 0.70143 NA 0.016 0.700 0.000 0.016
#> GSM29956 3 0.496 0.66680 NA 0.024 0.664 0.008 0.008
#> GSM29959 3 0.430 0.67735 NA 0.020 0.692 0.000 0.000
#> GSM29962 3 0.446 0.67494 NA 0.024 0.672 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.526 0.64307 NA 0.012 0.744 0.120 0.024
#> GSM29886 2 0.635 0.46382 NA 0.664 0.016 0.168 0.100
#> GSM29889 2 0.617 0.46484 NA 0.676 0.016 0.168 0.096
#> GSM29892 3 0.480 0.70155 NA 0.008 0.712 0.008 0.032
#> GSM29895 3 0.756 0.36555 NA 0.072 0.436 0.044 0.056
#> GSM29898 3 0.656 0.65501 NA 0.028 0.620 0.048 0.060
#> GSM29901 3 0.403 0.71633 NA 0.000 0.748 0.012 0.008
#> GSM29904 3 0.612 0.66519 NA 0.020 0.612 0.020 0.060
#> GSM29907 3 0.855 0.05401 NA 0.088 0.396 0.176 0.040
#> GSM29910 3 0.802 0.41390 NA 0.072 0.464 0.040 0.120
#> GSM29957 3 0.615 0.62791 NA 0.040 0.604 0.016 0.040
#> GSM29960 3 0.652 0.57848 NA 0.048 0.556 0.016 0.048
#> GSM29963 3 0.797 0.42107 NA 0.068 0.468 0.040 0.120
#> GSM29964 2 0.674 0.40143 NA 0.600 0.008 0.164 0.188
#> GSM29967 4 0.395 0.39296 NA 0.136 0.012 0.812 0.036
#> GSM29970 4 0.471 0.48319 NA 0.028 0.064 0.804 0.044
#> GSM29973 2 0.742 0.28556 NA 0.520 0.020 0.140 0.272
#> GSM29976 3 0.455 0.68346 NA 0.004 0.792 0.072 0.028
#> GSM29979 2 0.906 0.16003 NA 0.380 0.104 0.248 0.196
#> GSM29982 4 0.755 0.37238 NA 0.020 0.188 0.416 0.024
#> GSM29985 3 0.444 0.66929 NA 0.004 0.796 0.092 0.020
#> GSM29988 5 0.848 0.30548 NA 0.084 0.308 0.032 0.384
#> GSM29991 4 0.878 0.32504 NA 0.148 0.172 0.356 0.028
#> GSM29994 3 0.630 0.65827 NA 0.036 0.612 0.044 0.028
#> GSM29997 3 0.788 0.00127 NA 0.012 0.372 0.044 0.328
#> GSM30000 3 0.780 0.49756 NA 0.080 0.540 0.108 0.048
#> GSM30003 3 0.307 0.69535 NA 0.008 0.872 0.028 0.004
#> GSM29965 2 0.674 0.40143 NA 0.600 0.008 0.164 0.188
#> GSM29968 4 0.395 0.39296 NA 0.136 0.012 0.812 0.036
#> GSM29971 4 0.471 0.48319 NA 0.028 0.064 0.804 0.044
#> GSM29974 2 0.742 0.28556 NA 0.520 0.020 0.140 0.272
#> GSM29977 3 0.455 0.68346 NA 0.004 0.792 0.072 0.028
#> GSM29980 2 0.906 0.16003 NA 0.380 0.104 0.248 0.196
#> GSM29983 4 0.755 0.37238 NA 0.020 0.188 0.416 0.024
#> GSM29986 3 0.444 0.66929 NA 0.004 0.796 0.092 0.020
#> GSM29989 5 0.848 0.30548 NA 0.084 0.308 0.032 0.384
#> GSM29992 4 0.878 0.32504 NA 0.148 0.172 0.356 0.028
#> GSM29995 3 0.498 0.69674 NA 0.024 0.684 0.000 0.028
#> GSM29998 3 0.788 0.00127 NA 0.012 0.372 0.044 0.328
#> GSM30001 3 0.780 0.49756 NA 0.080 0.540 0.108 0.048
#> GSM30004 3 0.307 0.69535 NA 0.008 0.872 0.028 0.004
#> GSM29966 2 0.674 0.40143 NA 0.600 0.008 0.164 0.188
#> GSM29969 4 0.395 0.39296 NA 0.136 0.012 0.812 0.036
#> GSM29972 4 0.471 0.48319 NA 0.028 0.064 0.804 0.044
#> GSM29975 2 0.742 0.28556 NA 0.520 0.020 0.140 0.272
#> GSM29978 3 0.455 0.68346 NA 0.004 0.792 0.072 0.028
#> GSM29981 5 0.864 0.18109 NA 0.216 0.040 0.248 0.404
#> GSM29984 4 0.755 0.37238 NA 0.020 0.188 0.416 0.024
#> GSM29987 3 0.444 0.66929 NA 0.004 0.796 0.092 0.020
#> GSM29990 5 0.848 0.30548 NA 0.084 0.308 0.032 0.384
#> GSM29993 4 0.878 0.32504 NA 0.148 0.172 0.356 0.028
#> GSM29996 3 0.601 0.67511 NA 0.048 0.620 0.016 0.028
#> GSM29999 3 0.822 0.01390 NA 0.024 0.376 0.060 0.324
#> GSM30002 3 0.780 0.49756 NA 0.080 0.540 0.108 0.048
#> GSM30005 3 0.307 0.69535 NA 0.008 0.872 0.028 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 2 0.662 -0.1470 0.004 0.456 0.180 0.328 0.016 0.016
#> GSM29786 4 0.393 0.3778 0.004 0.160 0.040 0.780 0.016 0.000
#> GSM29789 2 0.662 0.0637 0.020 0.492 0.012 0.308 0.012 0.156
#> GSM29792 6 0.557 0.1247 0.008 0.356 0.000 0.052 0.032 0.552
#> GSM29795 4 0.746 0.2462 0.012 0.320 0.016 0.424 0.088 0.140
#> GSM29798 4 0.729 0.2212 0.032 0.220 0.292 0.420 0.028 0.008
#> GSM29801 3 0.426 0.5147 0.092 0.020 0.804 0.044 0.028 0.012
#> GSM29804 3 0.275 0.5119 0.048 0.008 0.892 0.028 0.012 0.012
#> GSM29807 6 0.836 0.3709 0.244 0.140 0.160 0.040 0.024 0.392
#> GSM29816 3 0.334 0.5276 0.076 0.012 0.856 0.012 0.032 0.012
#> GSM29821 3 0.646 0.3116 0.096 0.052 0.636 0.132 0.080 0.004
#> GSM29824 3 0.384 0.4967 0.180 0.004 0.772 0.008 0.036 0.000
#> GSM29827 3 0.396 0.2605 0.436 0.000 0.560 0.004 0.000 0.000
#> GSM29830 3 0.409 0.2763 0.436 0.004 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM29833 3 0.481 0.1991 0.436 0.012 0.528 0.016 0.004 0.004
#> GSM29784 2 0.534 -0.0122 0.004 0.512 0.024 0.424 0.008 0.028
#> GSM29787 4 0.393 0.3778 0.004 0.160 0.040 0.780 0.016 0.000
#> GSM29790 2 0.662 0.0637 0.020 0.492 0.012 0.308 0.012 0.156
#> GSM29793 6 0.557 0.1247 0.008 0.356 0.000 0.052 0.032 0.552
#> GSM29796 4 0.746 0.2462 0.012 0.320 0.016 0.424 0.088 0.140
#> GSM29799 4 0.729 0.2212 0.032 0.220 0.292 0.420 0.028 0.008
#> GSM29802 3 0.313 0.5144 0.016 0.024 0.872 0.052 0.032 0.004
#> GSM29805 3 0.275 0.5119 0.048 0.008 0.892 0.028 0.012 0.012
#> GSM29814 6 0.836 0.3709 0.244 0.140 0.160 0.040 0.024 0.392
#> GSM29817 3 0.355 0.5257 0.080 0.012 0.844 0.024 0.032 0.008
#> GSM29822 3 0.642 0.3146 0.092 0.052 0.640 0.132 0.080 0.004
#> GSM29825 3 0.381 0.5014 0.172 0.004 0.780 0.004 0.036 0.004
#> GSM29828 3 0.396 0.2605 0.436 0.000 0.560 0.004 0.000 0.000
#> GSM29831 3 0.396 0.2605 0.436 0.000 0.560 0.004 0.000 0.000
#> GSM29834 3 0.508 0.1842 0.436 0.012 0.516 0.020 0.012 0.004
#> GSM29785 2 0.527 -0.0132 0.004 0.512 0.020 0.428 0.008 0.028
#> GSM29788 4 0.393 0.3778 0.004 0.160 0.040 0.780 0.016 0.000
#> GSM29791 2 0.662 0.0637 0.020 0.492 0.012 0.308 0.012 0.156
#> GSM29794 6 0.557 0.1247 0.008 0.356 0.000 0.052 0.032 0.552
#> GSM29797 4 0.746 0.2462 0.012 0.320 0.016 0.424 0.088 0.140
#> GSM29800 4 0.729 0.2212 0.032 0.220 0.292 0.420 0.028 0.008
#> GSM29803 3 0.304 0.5157 0.012 0.024 0.876 0.052 0.032 0.004
#> GSM29806 3 0.275 0.5119 0.048 0.008 0.892 0.028 0.012 0.012
#> GSM29815 6 0.836 0.3709 0.244 0.140 0.160 0.040 0.024 0.392
#> GSM29819 3 0.355 0.4991 0.056 0.024 0.852 0.040 0.016 0.012
#> GSM29823 3 0.646 0.3116 0.096 0.052 0.636 0.132 0.080 0.004
#> GSM29826 3 0.381 0.5014 0.172 0.004 0.780 0.004 0.036 0.004
#> GSM29829 3 0.549 -0.0234 0.436 0.004 0.492 0.012 0.036 0.020
#> GSM29832 3 0.538 -0.0694 0.452 0.004 0.484 0.012 0.024 0.024
#> GSM29835 3 0.831 -0.3035 0.320 0.084 0.376 0.056 0.040 0.124
#> GSM29836 6 0.518 0.1680 0.000 0.304 0.000 0.048 0.036 0.612
#> GSM29839 4 0.713 0.1749 0.040 0.396 0.032 0.408 0.016 0.108
#> GSM29842 2 0.634 -0.0837 0.012 0.520 0.196 0.256 0.012 0.004
#> GSM29845 3 0.636 0.1779 0.056 0.060 0.564 0.288 0.024 0.008
#> GSM29848 4 0.770 0.3241 0.040 0.328 0.088 0.436 0.072 0.036
#> GSM29851 3 0.342 0.5177 0.032 0.020 0.860 0.048 0.032 0.008
#> GSM29854 3 0.565 0.3909 0.104 0.032 0.716 0.052 0.076 0.020
#> GSM29857 3 0.345 0.4991 0.056 0.024 0.856 0.040 0.016 0.008
#> GSM29860 2 0.697 0.0677 0.096 0.416 0.008 0.088 0.008 0.384
#> GSM29863 3 0.382 0.5026 0.076 0.008 0.824 0.060 0.028 0.004
#> GSM29866 3 0.433 0.4385 0.300 0.008 0.668 0.012 0.012 0.000
#> GSM29869 3 0.478 0.4727 0.228 0.008 0.704 0.016 0.020 0.024
#> GSM29872 6 0.810 0.3050 0.136 0.172 0.052 0.040 0.112 0.488
#> GSM29875 3 0.304 0.5156 0.124 0.000 0.844 0.008 0.016 0.008
#> GSM29878 2 0.820 0.1135 0.172 0.440 0.184 0.092 0.008 0.104
#> GSM29837 6 0.515 0.1644 0.000 0.312 0.000 0.044 0.036 0.608
#> GSM29840 4 0.718 0.1804 0.044 0.392 0.032 0.408 0.016 0.108
#> GSM29843 2 0.552 0.1728 0.012 0.616 0.020 0.288 0.008 0.056
#> GSM29846 3 0.636 0.1779 0.056 0.060 0.564 0.288 0.024 0.008
#> GSM29849 4 0.770 0.3241 0.040 0.328 0.088 0.436 0.072 0.036
#> GSM29852 3 0.342 0.5177 0.032 0.020 0.860 0.048 0.032 0.008
#> GSM29855 3 0.569 0.3870 0.100 0.032 0.716 0.052 0.076 0.024
#> GSM29858 3 0.345 0.4991 0.056 0.024 0.856 0.040 0.016 0.008
#> GSM29861 2 0.697 0.0677 0.096 0.416 0.008 0.088 0.008 0.384
#> GSM29864 3 0.372 0.5004 0.072 0.004 0.828 0.064 0.028 0.004
#> GSM29867 3 0.445 0.4398 0.296 0.008 0.668 0.012 0.012 0.004
#> GSM29870 3 0.476 0.4733 0.224 0.008 0.708 0.016 0.020 0.024
#> GSM29873 6 0.810 0.3050 0.136 0.172 0.052 0.040 0.112 0.488
#> GSM29876 3 0.304 0.5156 0.124 0.000 0.844 0.008 0.016 0.008
#> GSM29879 2 0.812 0.1115 0.172 0.440 0.188 0.092 0.004 0.104
#> GSM29838 6 0.515 0.1644 0.000 0.312 0.000 0.044 0.036 0.608
#> GSM29841 4 0.713 0.1676 0.040 0.400 0.032 0.404 0.016 0.108
#> GSM29844 2 0.552 0.1728 0.012 0.616 0.020 0.288 0.008 0.056
#> GSM29847 3 0.636 0.1779 0.056 0.060 0.564 0.288 0.024 0.008
#> GSM29850 4 0.770 0.3241 0.040 0.328 0.088 0.436 0.072 0.036
#> GSM29853 3 0.349 0.5178 0.036 0.020 0.856 0.048 0.032 0.008
#> GSM29856 3 0.586 0.3597 0.112 0.032 0.700 0.052 0.080 0.024
#> GSM29859 3 0.352 0.4980 0.056 0.028 0.852 0.040 0.016 0.008
#> GSM29862 2 0.697 0.0677 0.096 0.416 0.008 0.088 0.008 0.384
#> GSM29865 3 0.372 0.5004 0.072 0.004 0.828 0.064 0.028 0.004
#> GSM29868 3 0.781 -0.3338 0.324 0.044 0.416 0.024 0.068 0.124
#> GSM29871 3 0.478 0.4727 0.228 0.008 0.704 0.016 0.020 0.024
#> GSM29874 6 0.805 0.3022 0.136 0.172 0.048 0.040 0.112 0.492
#> GSM29877 3 0.304 0.5156 0.124 0.000 0.844 0.008 0.016 0.008
#> GSM29880 2 0.927 -0.0788 0.184 0.272 0.184 0.072 0.052 0.236
#> GSM29881 3 0.472 0.4539 0.072 0.008 0.748 0.044 0.128 0.000
#> GSM29884 2 0.132 0.4695 0.008 0.956 0.008 0.020 0.000 0.008
#> GSM29887 2 0.180 0.4637 0.008 0.936 0.004 0.020 0.004 0.028
#> GSM29890 3 0.498 0.3285 0.364 0.000 0.584 0.016 0.016 0.020
#> GSM29893 1 0.717 0.4493 0.460 0.028 0.312 0.040 0.148 0.012
#> GSM29896 3 0.521 0.2957 0.372 0.000 0.564 0.024 0.028 0.012
#> GSM29899 3 0.506 0.3377 0.344 0.000 0.596 0.020 0.028 0.012
#> GSM29902 3 0.654 0.2238 0.340 0.032 0.516 0.064 0.020 0.028
#> GSM29905 3 0.840 -0.1047 0.164 0.116 0.376 0.272 0.044 0.028
#> GSM29908 3 0.458 0.1794 0.452 0.000 0.520 0.020 0.004 0.004
#> GSM29955 1 0.596 0.1814 0.460 0.004 0.440 0.024 0.044 0.028
#> GSM29958 3 0.437 0.2228 0.440 0.000 0.540 0.016 0.000 0.004
#> GSM29961 3 0.458 0.1944 0.452 0.000 0.520 0.020 0.004 0.004
#> GSM29882 3 0.472 0.4539 0.072 0.008 0.748 0.044 0.128 0.000
#> GSM29885 2 0.132 0.4695 0.008 0.956 0.008 0.020 0.000 0.008
#> GSM29888 2 0.129 0.4682 0.004 0.956 0.008 0.024 0.000 0.008
#> GSM29891 3 0.498 0.3285 0.364 0.000 0.584 0.016 0.016 0.020
#> GSM29894 1 0.713 0.4407 0.456 0.028 0.320 0.036 0.148 0.012
#> GSM29897 3 0.490 0.2637 0.412 0.000 0.544 0.012 0.024 0.008
#> GSM29900 3 0.501 0.3586 0.332 0.000 0.608 0.016 0.032 0.012
#> GSM29903 3 0.504 0.3090 0.392 0.008 0.560 0.012 0.012 0.016
#> GSM29906 3 0.839 -0.1049 0.160 0.116 0.376 0.276 0.044 0.028
#> GSM29909 3 0.501 0.2970 0.400 0.008 0.552 0.024 0.012 0.004
#> GSM29956 3 0.525 0.0358 0.456 0.004 0.488 0.016 0.020 0.016
#> GSM29959 3 0.437 0.2228 0.440 0.000 0.540 0.016 0.000 0.004
#> GSM29962 3 0.455 0.1960 0.452 0.000 0.520 0.020 0.000 0.008
#> GSM29883 3 0.478 0.4534 0.072 0.008 0.744 0.048 0.128 0.000
#> GSM29886 2 0.141 0.4673 0.008 0.952 0.008 0.024 0.000 0.008
#> GSM29889 2 0.129 0.4670 0.004 0.956 0.008 0.024 0.000 0.008
#> GSM29892 3 0.509 0.3323 0.360 0.004 0.584 0.012 0.016 0.024
#> GSM29895 1 0.727 0.4508 0.456 0.028 0.308 0.040 0.152 0.016
#> GSM29898 3 0.626 0.0502 0.324 0.020 0.548 0.016 0.052 0.040
#> GSM29901 3 0.488 0.3852 0.320 0.004 0.628 0.012 0.024 0.012
#> GSM29904 3 0.614 0.0766 0.412 0.016 0.480 0.020 0.032 0.040
#> GSM29907 3 0.843 -0.1071 0.172 0.116 0.372 0.268 0.044 0.028
#> GSM29910 1 0.779 0.4093 0.416 0.044 0.332 0.028 0.068 0.112
#> GSM29957 1 0.596 0.1878 0.456 0.004 0.444 0.024 0.044 0.028
#> GSM29960 1 0.625 0.3103 0.492 0.016 0.392 0.028 0.044 0.028
#> GSM29963 1 0.775 0.4075 0.416 0.040 0.336 0.028 0.068 0.112
#> GSM29964 2 0.275 0.4755 0.012 0.860 0.000 0.008 0.004 0.116
#> GSM29967 5 0.670 0.5727 0.000 0.164 0.036 0.264 0.512 0.024
#> GSM29970 5 0.684 0.6547 0.064 0.124 0.064 0.116 0.616 0.016
#> GSM29973 2 0.583 0.3394 0.044 0.644 0.008 0.044 0.032 0.228
#> GSM29976 3 0.395 0.4977 0.108 0.008 0.808 0.024 0.048 0.004
#> GSM29979 2 0.815 0.1783 0.080 0.476 0.068 0.036 0.160 0.180
#> GSM29982 5 0.602 0.5098 0.128 0.004 0.184 0.068 0.616 0.000
#> GSM29985 3 0.403 0.4813 0.076 0.008 0.804 0.032 0.080 0.000
#> GSM29988 6 0.850 0.2546 0.292 0.116 0.196 0.040 0.028 0.328
#> GSM29991 4 0.825 0.1116 0.088 0.276 0.164 0.396 0.048 0.028
#> GSM29994 3 0.645 0.2042 0.344 0.040 0.520 0.052 0.028 0.016
#> GSM29997 1 0.825 0.0887 0.372 0.028 0.236 0.056 0.056 0.252
#> GSM30000 3 0.807 0.0906 0.224 0.116 0.476 0.072 0.072 0.040
#> GSM30003 3 0.290 0.5245 0.084 0.004 0.872 0.012 0.020 0.008
#> GSM29965 2 0.275 0.4755 0.012 0.860 0.000 0.008 0.004 0.116
#> GSM29968 5 0.670 0.5727 0.000 0.164 0.036 0.264 0.512 0.024
#> GSM29971 5 0.684 0.6547 0.064 0.124 0.064 0.116 0.616 0.016
#> GSM29974 2 0.583 0.3394 0.044 0.644 0.008 0.044 0.032 0.228
#> GSM29977 3 0.395 0.4977 0.108 0.008 0.808 0.024 0.048 0.004
#> GSM29980 2 0.815 0.1783 0.080 0.476 0.068 0.036 0.160 0.180
#> GSM29983 5 0.602 0.5098 0.128 0.004 0.184 0.068 0.616 0.000
#> GSM29986 3 0.403 0.4813 0.076 0.008 0.804 0.032 0.080 0.000
#> GSM29989 6 0.850 0.2546 0.292 0.116 0.196 0.040 0.028 0.328
#> GSM29992 4 0.825 0.1116 0.088 0.276 0.164 0.396 0.048 0.028
#> GSM29995 3 0.541 0.2972 0.376 0.020 0.556 0.012 0.016 0.020
#> GSM29998 1 0.825 0.0887 0.372 0.028 0.236 0.056 0.056 0.252
#> GSM30001 3 0.807 0.0906 0.224 0.116 0.476 0.072 0.072 0.040
#> GSM30004 3 0.290 0.5245 0.084 0.004 0.872 0.012 0.020 0.008
#> GSM29966 2 0.275 0.4755 0.012 0.860 0.000 0.008 0.004 0.116
#> GSM29969 5 0.670 0.5727 0.000 0.164 0.036 0.264 0.512 0.024
#> GSM29972 5 0.684 0.6547 0.064 0.124 0.064 0.116 0.616 0.016
#> GSM29975 2 0.583 0.3394 0.044 0.644 0.008 0.044 0.032 0.228
#> GSM29978 3 0.395 0.4977 0.108 0.008 0.808 0.024 0.048 0.004
#> GSM29981 6 0.817 0.2263 0.108 0.172 0.028 0.032 0.248 0.412
#> GSM29984 5 0.602 0.5098 0.128 0.004 0.184 0.068 0.616 0.000
#> GSM29987 3 0.403 0.4813 0.076 0.008 0.804 0.032 0.080 0.000
#> GSM29990 6 0.850 0.2546 0.292 0.116 0.196 0.040 0.028 0.328
#> GSM29993 4 0.825 0.1116 0.088 0.276 0.164 0.396 0.048 0.028
#> GSM29996 3 0.576 0.1064 0.412 0.028 0.500 0.004 0.036 0.020
#> GSM29999 1 0.857 0.0694 0.336 0.052 0.248 0.048 0.064 0.252
#> GSM30002 3 0.807 0.0906 0.224 0.116 0.476 0.072 0.072 0.040
#> GSM30005 3 0.290 0.5245 0.084 0.004 0.872 0.012 0.020 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:hclust 151 8.27e-02 0.941 4.48e-12 2
#> CV:hclust 93 NA NA NA 3
#> CV:hclust 95 2.72e-02 1.000 2.05e-08 4
#> CV:hclust 80 NA NA NA 5
#> CV:hclust 31 4.36e-05 0.987 5.87e-04 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.696 0.899 0.934 0.4497 0.553 0.553
#> 3 3 0.394 0.555 0.728 0.4253 0.754 0.566
#> 4 4 0.441 0.500 0.666 0.1356 0.819 0.537
#> 5 5 0.509 0.497 0.661 0.0711 0.872 0.570
#> 6 6 0.582 0.458 0.648 0.0492 0.909 0.615
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.4690 0.891 0.100 0.900
#> GSM29786 2 0.6247 0.851 0.156 0.844
#> GSM29789 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29792 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29795 2 0.7950 0.790 0.240 0.760
#> GSM29798 2 0.6247 0.851 0.156 0.844
#> GSM29801 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29804 1 0.2236 0.941 0.964 0.036
#> GSM29807 1 0.8661 0.696 0.712 0.288
#> GSM29816 1 0.1414 0.944 0.980 0.020
#> GSM29821 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29824 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29830 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29833 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29784 2 0.0938 0.917 0.012 0.988
#> GSM29787 2 0.6343 0.851 0.160 0.840
#> GSM29790 2 0.0938 0.915 0.012 0.988
#> GSM29793 2 0.2043 0.913 0.032 0.968
#> GSM29796 2 0.5842 0.883 0.140 0.860
#> GSM29799 2 0.6247 0.851 0.156 0.844
#> GSM29802 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29805 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29814 1 0.8661 0.696 0.712 0.288
#> GSM29817 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29822 1 0.0672 0.945 0.992 0.008
#> GSM29825 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29828 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29831 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29834 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29785 2 0.0672 0.917 0.008 0.992
#> GSM29788 2 0.5737 0.868 0.136 0.864
#> GSM29791 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29794 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29797 2 0.3733 0.908 0.072 0.928
#> GSM29800 2 0.5737 0.868 0.136 0.864
#> GSM29803 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> GSM29806 1 0.4298 0.918 0.912 0.088
#> GSM29815 1 0.9881 0.360 0.564 0.436
#> GSM29819 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29823 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29826 1 0.1414 0.944 0.980 0.020
#> GSM29829 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29832 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29835 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29836 2 0.1414 0.914 0.020 0.980
#> GSM29839 2 0.5737 0.885 0.136 0.864
#> GSM29842 2 0.0938 0.917 0.012 0.988
#> GSM29845 2 0.4690 0.892 0.100 0.900
#> GSM29848 2 0.6048 0.870 0.148 0.852
#> GSM29851 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29854 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29857 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> GSM29860 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29863 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29866 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29869 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29872 1 0.6531 0.816 0.832 0.168
#> GSM29875 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29878 1 0.6048 0.840 0.852 0.148
#> GSM29837 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29840 2 0.4939 0.897 0.108 0.892
#> GSM29843 2 0.1633 0.917 0.024 0.976
#> GSM29846 2 0.3114 0.910 0.056 0.944
#> GSM29849 2 0.6712 0.850 0.176 0.824
#> GSM29852 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29855 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29858 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> GSM29861 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29864 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29867 1 0.0672 0.945 0.992 0.008
#> GSM29870 1 0.0672 0.945 0.992 0.008
#> GSM29873 1 0.6438 0.817 0.836 0.164
#> GSM29876 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29879 1 0.1633 0.941 0.976 0.024
#> GSM29838 2 0.0000 0.915 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.4298 0.905 0.088 0.912
#> GSM29844 2 0.2778 0.911 0.048 0.952
#> GSM29847 2 0.4298 0.898 0.088 0.912
#> GSM29850 2 0.6438 0.863 0.164 0.836
#> GSM29853 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29856 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29859 1 0.5519 0.890 0.872 0.128
#> GSM29862 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29865 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> GSM29868 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29871 1 0.6247 0.853 0.844 0.156
#> GSM29874 1 0.7950 0.726 0.760 0.240
#> GSM29877 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29880 2 0.2948 0.908 0.052 0.948
#> GSM29881 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29884 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29887 2 0.0000 0.915 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29893 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29896 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29899 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> GSM29905 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29908 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29955 1 0.0672 0.945 0.992 0.008
#> GSM29958 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29961 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29882 1 0.2603 0.936 0.956 0.044
#> GSM29885 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29888 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29891 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29894 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29897 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29900 1 0.1414 0.944 0.980 0.020
#> GSM29903 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29906 1 0.1633 0.944 0.976 0.024
#> GSM29909 1 0.2236 0.945 0.964 0.036
#> GSM29956 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29959 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29962 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29883 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29886 2 0.0000 0.915 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.915 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.1184 0.945 0.984 0.016
#> GSM29895 1 0.1184 0.944 0.984 0.016
#> GSM29898 1 0.1843 0.943 0.972 0.028
#> GSM29901 1 0.1633 0.943 0.976 0.024
#> GSM29904 1 0.1184 0.945 0.984 0.016
#> GSM29907 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> GSM29910 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29957 1 0.2236 0.942 0.964 0.036
#> GSM29960 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29963 1 0.1414 0.946 0.980 0.020
#> GSM29964 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29967 2 0.1633 0.916 0.024 0.976
#> GSM29970 1 0.4939 0.903 0.892 0.108
#> GSM29973 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29976 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29979 1 0.8555 0.710 0.720 0.280
#> GSM29982 1 0.7528 0.706 0.784 0.216
#> GSM29985 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29988 1 0.7376 0.807 0.792 0.208
#> GSM29991 2 0.9732 0.418 0.404 0.596
#> GSM29994 1 0.2236 0.941 0.964 0.036
#> GSM29997 1 0.2043 0.936 0.968 0.032
#> GSM30000 1 0.2603 0.941 0.956 0.044
#> GSM30003 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29965 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29968 2 0.1633 0.916 0.024 0.976
#> GSM29971 1 0.4815 0.906 0.896 0.104
#> GSM29974 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29977 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29980 1 0.8267 0.740 0.740 0.260
#> GSM29983 1 0.2043 0.936 0.968 0.032
#> GSM29986 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29989 1 0.7376 0.807 0.792 0.208
#> GSM29992 2 0.9850 0.348 0.428 0.572
#> GSM29995 1 0.0938 0.944 0.988 0.012
#> GSM29998 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM30001 1 0.4022 0.923 0.920 0.080
#> GSM30004 1 0.1633 0.943 0.976 0.024
#> GSM29966 2 0.0376 0.914 0.004 0.996
#> GSM29969 2 0.1414 0.916 0.020 0.980
#> GSM29972 1 0.5059 0.900 0.888 0.112
#> GSM29975 2 0.0672 0.914 0.008 0.992
#> GSM29978 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29981 2 0.4431 0.869 0.092 0.908
#> GSM29984 2 0.9686 0.423 0.396 0.604
#> GSM29987 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM29990 1 0.7299 0.810 0.796 0.204
#> GSM29993 2 0.7453 0.788 0.212 0.788
#> GSM29996 1 0.0672 0.945 0.992 0.008
#> GSM29999 1 0.7219 0.816 0.800 0.200
#> GSM30002 1 0.6623 0.848 0.828 0.172
#> GSM30005 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.5987 0.7456 0.036 0.756 0.208
#> GSM29786 2 0.6018 0.6910 0.008 0.684 0.308
#> GSM29789 2 0.3713 0.8118 0.032 0.892 0.076
#> GSM29792 2 0.4121 0.8052 0.040 0.876 0.084
#> GSM29795 2 0.9258 0.4977 0.272 0.524 0.204
#> GSM29798 2 0.6018 0.6910 0.008 0.684 0.308
#> GSM29801 1 0.5859 0.2335 0.656 0.000 0.344
#> GSM29804 3 0.6140 0.5035 0.404 0.000 0.596
#> GSM29807 3 0.8546 0.4293 0.132 0.284 0.584
#> GSM29816 3 0.6215 0.4639 0.428 0.000 0.572
#> GSM29821 1 0.5810 0.2895 0.664 0.000 0.336
#> GSM29824 1 0.2625 0.6597 0.916 0.000 0.084
#> GSM29827 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0747 0.6732 0.984 0.000 0.016
#> GSM29784 2 0.2945 0.8177 0.004 0.908 0.088
#> GSM29787 2 0.5988 0.6921 0.008 0.688 0.304
#> GSM29790 2 0.1129 0.8239 0.004 0.976 0.020
#> GSM29793 2 0.2866 0.8163 0.008 0.916 0.076
#> GSM29796 2 0.5955 0.7795 0.048 0.772 0.180
#> GSM29799 2 0.6434 0.5975 0.008 0.612 0.380
#> GSM29802 3 0.5706 0.5887 0.320 0.000 0.680
#> GSM29805 3 0.6095 0.5265 0.392 0.000 0.608
#> GSM29814 3 0.8626 0.4341 0.140 0.280 0.580
#> GSM29817 1 0.6244 -0.0217 0.560 0.000 0.440
#> GSM29822 1 0.6309 -0.2065 0.500 0.000 0.500
#> GSM29825 1 0.5363 0.3915 0.724 0.000 0.276
#> GSM29828 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0237 0.6814 0.996 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.0892 0.6718 0.980 0.000 0.020
#> GSM29785 2 0.2584 0.8211 0.008 0.928 0.064
#> GSM29788 2 0.5896 0.7037 0.008 0.700 0.292
#> GSM29791 2 0.3856 0.8093 0.040 0.888 0.072
#> GSM29794 2 0.4121 0.8052 0.040 0.876 0.084
#> GSM29797 2 0.5285 0.8020 0.040 0.812 0.148
#> GSM29800 2 0.6018 0.6910 0.008 0.684 0.308
#> GSM29803 3 0.4796 0.6180 0.220 0.000 0.780
#> GSM29806 3 0.6632 0.6192 0.272 0.036 0.692
#> GSM29815 3 0.7718 0.4171 0.068 0.320 0.612
#> GSM29819 3 0.5291 0.6166 0.268 0.000 0.732
#> GSM29823 1 0.6442 0.1673 0.564 0.004 0.432
#> GSM29826 3 0.6189 0.5272 0.364 0.004 0.632
#> GSM29829 1 0.1753 0.6673 0.952 0.000 0.048
#> GSM29832 1 0.1753 0.6646 0.952 0.000 0.048
#> GSM29835 1 0.3295 0.6288 0.896 0.008 0.096
#> GSM29836 2 0.3500 0.8068 0.004 0.880 0.116
#> GSM29839 2 0.5688 0.7915 0.044 0.788 0.168
#> GSM29842 2 0.1647 0.8238 0.004 0.960 0.036
#> GSM29845 2 0.6434 0.5978 0.008 0.612 0.380
#> GSM29848 2 0.6129 0.6900 0.008 0.668 0.324
#> GSM29851 1 0.6286 -0.1122 0.536 0.000 0.464
#> GSM29854 3 0.5754 0.6111 0.296 0.004 0.700
#> GSM29857 3 0.6033 0.5862 0.336 0.004 0.660
#> GSM29860 2 0.5407 0.7719 0.040 0.804 0.156
#> GSM29863 3 0.6291 0.1881 0.468 0.000 0.532
#> GSM29866 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.3340 0.6363 0.880 0.000 0.120
#> GSM29872 1 0.9033 0.1732 0.548 0.180 0.272
#> GSM29875 1 0.6192 0.0396 0.580 0.000 0.420
#> GSM29878 1 0.6231 0.4673 0.772 0.148 0.080
#> GSM29837 2 0.3412 0.7949 0.000 0.876 0.124
#> GSM29840 2 0.5174 0.8058 0.048 0.824 0.128
#> GSM29843 2 0.2096 0.8249 0.004 0.944 0.052
#> GSM29846 2 0.6264 0.6036 0.004 0.616 0.380
#> GSM29849 2 0.6155 0.6896 0.008 0.664 0.328
#> GSM29852 1 0.6309 -0.2109 0.504 0.000 0.496
#> GSM29855 3 0.5623 0.6138 0.280 0.004 0.716
#> GSM29858 3 0.6057 0.5820 0.340 0.004 0.656
#> GSM29861 2 0.5407 0.7719 0.040 0.804 0.156
#> GSM29864 1 0.6280 -0.0430 0.540 0.000 0.460
#> GSM29867 1 0.4121 0.5783 0.832 0.000 0.168
#> GSM29870 1 0.4002 0.5983 0.840 0.000 0.160
#> GSM29873 3 0.9633 0.1768 0.368 0.208 0.424
#> GSM29876 3 0.6235 0.3891 0.436 0.000 0.564
#> GSM29879 1 0.4818 0.6236 0.844 0.048 0.108
#> GSM29838 2 0.3340 0.7932 0.000 0.880 0.120
#> GSM29841 2 0.5028 0.8076 0.040 0.828 0.132
#> GSM29844 2 0.2280 0.8227 0.008 0.940 0.052
#> GSM29847 2 0.6018 0.6910 0.008 0.684 0.308
#> GSM29850 2 0.6229 0.6892 0.008 0.652 0.340
#> GSM29853 3 0.6111 0.3786 0.396 0.000 0.604
#> GSM29856 3 0.5285 0.6159 0.244 0.004 0.752
#> GSM29859 3 0.6372 0.6093 0.176 0.068 0.756
#> GSM29862 2 0.5798 0.7520 0.040 0.776 0.184
#> GSM29865 3 0.4796 0.6164 0.220 0.000 0.780
#> GSM29868 1 0.3752 0.6308 0.856 0.000 0.144
#> GSM29871 3 0.7963 0.5264 0.188 0.152 0.660
#> GSM29874 1 0.9772 0.0964 0.440 0.292 0.268
#> GSM29877 1 0.6307 -0.1809 0.512 0.000 0.488
#> GSM29880 2 0.5905 0.7530 0.044 0.772 0.184
#> GSM29881 3 0.5480 0.6152 0.264 0.004 0.732
#> GSM29884 2 0.0829 0.8227 0.004 0.984 0.012
#> GSM29887 2 0.0475 0.8229 0.004 0.992 0.004
#> GSM29890 1 0.2448 0.6537 0.924 0.000 0.076
#> GSM29893 1 0.0237 0.6810 0.996 0.000 0.004
#> GSM29896 1 0.0237 0.6814 0.996 0.000 0.004
#> GSM29899 1 0.1753 0.6694 0.952 0.000 0.048
#> GSM29902 1 0.5982 0.2948 0.668 0.004 0.328
#> GSM29905 1 0.5845 0.3506 0.688 0.004 0.308
#> GSM29908 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5929 0.5749 0.320 0.004 0.676
#> GSM29885 2 0.0829 0.8227 0.004 0.984 0.012
#> GSM29888 2 0.1525 0.8216 0.004 0.964 0.032
#> GSM29891 1 0.6104 0.2379 0.648 0.004 0.348
#> GSM29894 1 0.0237 0.6810 0.996 0.000 0.004
#> GSM29897 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.5560 0.3694 0.700 0.000 0.300
#> GSM29903 1 0.5404 0.4387 0.740 0.004 0.256
#> GSM29906 1 0.5815 0.3568 0.692 0.004 0.304
#> GSM29909 1 0.4110 0.5892 0.844 0.004 0.152
#> GSM29956 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.6820 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5244 0.6185 0.240 0.004 0.756
#> GSM29886 2 0.0661 0.8234 0.004 0.988 0.008
#> GSM29889 2 0.1267 0.8220 0.004 0.972 0.024
#> GSM29892 1 0.6057 0.3275 0.656 0.004 0.340
#> GSM29895 1 0.3267 0.6248 0.884 0.000 0.116
#> GSM29898 1 0.6189 0.2721 0.632 0.004 0.364
#> GSM29901 3 0.6154 0.4435 0.408 0.000 0.592
#> GSM29904 1 0.6081 0.3230 0.652 0.004 0.344
#> GSM29907 1 0.6298 0.2111 0.608 0.004 0.388
#> GSM29910 1 0.2448 0.6541 0.924 0.000 0.076
#> GSM29957 1 0.4645 0.5881 0.816 0.008 0.176
#> GSM29960 1 0.2537 0.6460 0.920 0.000 0.080
#> GSM29963 1 0.4291 0.5867 0.820 0.000 0.180
#> GSM29964 2 0.3573 0.7942 0.004 0.876 0.120
#> GSM29967 2 0.4978 0.7727 0.004 0.780 0.216
#> GSM29970 3 0.6264 0.5865 0.256 0.028 0.716
#> GSM29973 2 0.3482 0.7933 0.000 0.872 0.128
#> GSM29976 3 0.6209 0.5582 0.368 0.004 0.628
#> GSM29979 3 0.7553 0.3937 0.060 0.320 0.620
#> GSM29982 3 0.9049 0.0485 0.400 0.136 0.464
#> GSM29985 3 0.5956 0.5913 0.324 0.004 0.672
#> GSM29988 3 0.8722 0.4391 0.192 0.216 0.592
#> GSM29991 3 0.8793 0.3635 0.140 0.308 0.552
#> GSM29994 1 0.6189 0.2008 0.632 0.004 0.364
#> GSM29997 1 0.6318 0.3042 0.636 0.008 0.356
#> GSM30000 1 0.5378 0.5063 0.756 0.008 0.236
#> GSM30003 3 0.5926 0.5644 0.356 0.000 0.644
#> GSM29965 2 0.3644 0.7944 0.004 0.872 0.124
#> GSM29968 2 0.5115 0.7660 0.004 0.768 0.228
#> GSM29971 3 0.6301 0.5889 0.260 0.028 0.712
#> GSM29974 2 0.3482 0.7933 0.000 0.872 0.128
#> GSM29977 3 0.6228 0.5522 0.372 0.004 0.624
#> GSM29980 3 0.7622 0.4417 0.080 0.272 0.648
#> GSM29983 1 0.6905 0.1142 0.544 0.016 0.440
#> GSM29986 3 0.4974 0.6086 0.236 0.000 0.764
#> GSM29989 3 0.8841 0.4392 0.204 0.216 0.580
#> GSM29992 3 0.7951 0.4372 0.104 0.260 0.636
#> GSM29995 1 0.0237 0.6814 0.996 0.000 0.004
#> GSM29998 1 0.6735 0.1011 0.564 0.012 0.424
#> GSM30001 3 0.6633 0.3489 0.444 0.008 0.548
#> GSM30004 3 0.6095 0.5161 0.392 0.000 0.608
#> GSM29966 2 0.3425 0.7939 0.004 0.884 0.112
#> GSM29969 2 0.4931 0.7749 0.004 0.784 0.212
#> GSM29972 3 0.5939 0.5790 0.224 0.028 0.748
#> GSM29975 2 0.3482 0.7933 0.000 0.872 0.128
#> GSM29978 3 0.5982 0.5803 0.328 0.004 0.668
#> GSM29981 2 0.6859 0.5272 0.024 0.620 0.356
#> GSM29984 3 0.8470 -0.0823 0.104 0.344 0.552
#> GSM29987 3 0.4399 0.6093 0.188 0.000 0.812
#> GSM29990 3 0.8638 0.4347 0.184 0.216 0.600
#> GSM29993 3 0.7395 0.0261 0.040 0.380 0.580
#> GSM29996 1 0.4796 0.5457 0.780 0.000 0.220
#> GSM29999 3 0.8569 0.4415 0.196 0.196 0.608
#> GSM30002 3 0.8491 0.5147 0.284 0.128 0.588
#> GSM30005 3 0.5327 0.6154 0.272 0.000 0.728
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.6316 4.14e-01 0.000 0.300 0.088 0.612
#> GSM29786 4 0.5875 6.27e-01 0.000 0.204 0.104 0.692
#> GSM29789 2 0.4019 5.21e-01 0.012 0.792 0.000 0.196
#> GSM29792 2 0.3324 5.56e-01 0.012 0.852 0.000 0.136
#> GSM29795 4 0.9138 2.37e-01 0.316 0.220 0.080 0.384
#> GSM29798 4 0.5857 6.31e-01 0.000 0.196 0.108 0.696
#> GSM29801 3 0.7851 4.44e-01 0.348 0.008 0.444 0.200
#> GSM29804 3 0.5504 6.65e-01 0.160 0.004 0.740 0.096
#> GSM29807 2 0.7318 -5.78e-02 0.028 0.468 0.428 0.076
#> GSM29816 3 0.6260 6.40e-01 0.192 0.000 0.664 0.144
#> GSM29821 3 0.7911 3.55e-01 0.388 0.012 0.416 0.184
#> GSM29824 1 0.2976 7.09e-01 0.872 0.000 0.120 0.008
#> GSM29827 1 0.0336 7.48e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29830 1 0.0469 7.47e-01 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29833 1 0.0657 7.44e-01 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM29784 4 0.5345 1.01e-01 0.000 0.428 0.012 0.560
#> GSM29787 4 0.5763 6.26e-01 0.000 0.204 0.096 0.700
#> GSM29790 2 0.4477 4.39e-01 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM29793 2 0.2868 5.61e-01 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM29796 2 0.6794 -8.95e-02 0.012 0.480 0.064 0.444
#> GSM29799 4 0.6050 6.04e-01 0.000 0.112 0.212 0.676
#> GSM29802 3 0.6311 6.49e-01 0.116 0.004 0.664 0.216
#> GSM29805 3 0.5803 6.58e-01 0.172 0.004 0.716 0.108
#> GSM29814 2 0.7375 -1.09e-01 0.028 0.452 0.440 0.080
#> GSM29817 3 0.7093 6.04e-01 0.216 0.000 0.568 0.216
#> GSM29822 3 0.6724 6.25e-01 0.192 0.000 0.616 0.192
#> GSM29825 1 0.6319 -6.53e-02 0.504 0.000 0.436 0.060
#> GSM29828 1 0.0469 7.47e-01 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29831 1 0.0469 7.47e-01 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29834 1 0.0657 7.44e-01 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM29785 4 0.5143 -1.52e-05 0.000 0.456 0.004 0.540
#> GSM29788 4 0.5833 6.20e-01 0.000 0.212 0.096 0.692
#> GSM29791 2 0.4399 5.00e-01 0.016 0.760 0.000 0.224
#> GSM29794 2 0.3547 5.54e-01 0.016 0.840 0.000 0.144
#> GSM29797 2 0.6967 7.49e-02 0.020 0.528 0.068 0.384
#> GSM29800 4 0.5857 6.31e-01 0.000 0.196 0.108 0.696
#> GSM29803 3 0.5381 6.34e-01 0.048 0.004 0.716 0.232
#> GSM29806 3 0.5011 6.68e-01 0.072 0.016 0.792 0.120
#> GSM29815 2 0.6987 -1.96e-02 0.008 0.480 0.424 0.088
#> GSM29819 3 0.4734 6.69e-01 0.072 0.004 0.796 0.128
#> GSM29823 3 0.8631 3.45e-01 0.308 0.044 0.428 0.220
#> GSM29826 3 0.4482 6.57e-01 0.092 0.004 0.816 0.088
#> GSM29829 1 0.2319 7.30e-01 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM29832 1 0.2558 7.25e-01 0.920 0.008 0.036 0.036
#> GSM29835 1 0.4192 6.92e-01 0.852 0.056 0.048 0.044
#> GSM29836 2 0.2528 5.73e-01 0.004 0.908 0.008 0.080
#> GSM29839 2 0.6241 1.39e-01 0.016 0.568 0.032 0.384
#> GSM29842 2 0.5483 2.36e-01 0.000 0.536 0.016 0.448
#> GSM29845 4 0.6118 6.07e-01 0.000 0.120 0.208 0.672
#> GSM29848 4 0.6245 6.08e-01 0.000 0.244 0.108 0.648
#> GSM29851 3 0.7371 5.63e-01 0.268 0.000 0.520 0.212
#> GSM29854 3 0.4851 6.83e-01 0.100 0.004 0.792 0.104
#> GSM29857 3 0.5247 6.71e-01 0.112 0.004 0.764 0.120
#> GSM29860 2 0.1247 5.66e-01 0.016 0.968 0.012 0.004
#> GSM29863 3 0.6975 5.84e-01 0.216 0.000 0.584 0.200
#> GSM29866 1 0.0336 7.48e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29869 1 0.6182 4.09e-01 0.616 0.000 0.308 0.076
#> GSM29872 2 0.9192 -8.43e-02 0.296 0.368 0.260 0.076
#> GSM29875 3 0.7300 5.53e-01 0.276 0.000 0.528 0.196
#> GSM29878 1 0.5808 4.38e-01 0.644 0.312 0.008 0.036
#> GSM29837 2 0.3697 5.50e-01 0.000 0.852 0.048 0.100
#> GSM29840 2 0.5960 1.92e-01 0.016 0.584 0.020 0.380
#> GSM29843 2 0.5039 2.55e-01 0.000 0.592 0.004 0.404
#> GSM29846 4 0.6050 6.03e-01 0.000 0.112 0.212 0.676
#> GSM29849 4 0.6278 6.09e-01 0.000 0.228 0.120 0.652
#> GSM29852 3 0.7006 6.13e-01 0.204 0.000 0.580 0.216
#> GSM29855 3 0.5302 6.70e-01 0.080 0.004 0.752 0.164
#> GSM29858 3 0.5355 6.66e-01 0.120 0.004 0.756 0.120
#> GSM29861 2 0.1247 5.66e-01 0.016 0.968 0.012 0.004
#> GSM29864 3 0.7250 5.61e-01 0.236 0.000 0.544 0.220
#> GSM29867 1 0.5475 4.39e-01 0.656 0.000 0.308 0.036
#> GSM29870 1 0.6234 3.33e-01 0.584 0.000 0.348 0.068
#> GSM29873 3 0.8843 1.80e-01 0.148 0.380 0.388 0.084
#> GSM29876 3 0.6754 6.27e-01 0.184 0.000 0.612 0.204
#> GSM29879 1 0.7934 5.08e-01 0.604 0.156 0.140 0.100
#> GSM29838 2 0.2611 5.73e-01 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM29841 2 0.5742 2.84e-01 0.016 0.620 0.016 0.348
#> GSM29844 2 0.4608 3.93e-01 0.004 0.692 0.000 0.304
#> GSM29847 4 0.5784 6.30e-01 0.000 0.200 0.100 0.700
#> GSM29850 4 0.6162 5.55e-01 0.000 0.304 0.076 0.620
#> GSM29853 3 0.6273 6.20e-01 0.108 0.000 0.644 0.248
#> GSM29856 3 0.5019 5.87e-01 0.028 0.004 0.728 0.240
#> GSM29859 3 0.4878 6.53e-01 0.056 0.024 0.804 0.116
#> GSM29862 2 0.2352 5.50e-01 0.016 0.928 0.012 0.044
#> GSM29865 3 0.5346 6.20e-01 0.040 0.004 0.708 0.248
#> GSM29868 1 0.5904 6.07e-01 0.704 0.012 0.212 0.072
#> GSM29871 3 0.7264 5.33e-01 0.072 0.184 0.648 0.096
#> GSM29874 2 0.7459 3.40e-01 0.120 0.648 0.128 0.104
#> GSM29877 3 0.6917 6.16e-01 0.204 0.000 0.592 0.204
#> GSM29880 2 0.3053 5.54e-01 0.016 0.892 0.012 0.080
#> GSM29881 3 0.5076 6.53e-01 0.072 0.000 0.756 0.172
#> GSM29884 2 0.5386 4.30e-01 0.000 0.632 0.024 0.344
#> GSM29887 2 0.4585 4.43e-01 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM29890 1 0.5132 6.31e-01 0.748 0.000 0.184 0.068
#> GSM29893 1 0.0336 7.47e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29896 1 0.0188 7.48e-01 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29899 1 0.1867 7.34e-01 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM29902 1 0.6270 3.64e-01 0.536 0.000 0.404 0.060
#> GSM29905 1 0.6014 4.47e-01 0.588 0.000 0.360 0.052
#> GSM29908 1 0.0188 7.48e-01 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.0524 7.48e-01 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM29958 1 0.0188 7.48e-01 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0188 7.48e-01 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.5839 6.42e-01 0.104 0.000 0.696 0.200
#> GSM29885 2 0.5452 4.04e-01 0.000 0.616 0.024 0.360
#> GSM29888 2 0.5113 4.90e-01 0.000 0.684 0.024 0.292
#> GSM29891 1 0.6527 2.48e-01 0.508 0.000 0.416 0.076
#> GSM29894 1 0.0469 7.47e-01 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29897 1 0.0469 7.46e-01 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29900 1 0.6249 3.42e-01 0.580 0.000 0.352 0.068
#> GSM29903 1 0.6201 4.92e-01 0.620 0.000 0.300 0.080
#> GSM29906 1 0.6280 4.45e-01 0.584 0.000 0.344 0.072
#> GSM29909 1 0.4485 6.68e-01 0.796 0.000 0.152 0.052
#> GSM29956 1 0.0336 7.47e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29959 1 0.0336 7.47e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29962 1 0.0336 7.47e-01 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29883 3 0.4957 6.33e-01 0.048 0.000 0.748 0.204
#> GSM29886 2 0.4679 4.10e-01 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM29889 2 0.4222 5.05e-01 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM29892 1 0.6820 4.31e-01 0.528 0.000 0.364 0.108
#> GSM29895 1 0.3987 6.97e-01 0.860 0.028 0.056 0.056
#> GSM29898 1 0.6862 3.42e-01 0.488 0.000 0.408 0.104
#> GSM29901 3 0.5664 4.77e-01 0.228 0.000 0.696 0.076
#> GSM29904 1 0.6875 4.00e-01 0.520 0.000 0.368 0.112
#> GSM29907 1 0.6826 3.29e-01 0.484 0.000 0.416 0.100
#> GSM29910 1 0.3885 7.06e-01 0.864 0.024 0.056 0.056
#> GSM29957 1 0.4814 6.82e-01 0.804 0.016 0.116 0.064
#> GSM29960 1 0.3315 7.10e-01 0.892 0.028 0.040 0.040
#> GSM29963 1 0.4711 6.68e-01 0.784 0.000 0.152 0.064
#> GSM29964 2 0.3099 5.68e-01 0.000 0.876 0.020 0.104
#> GSM29967 4 0.6534 4.50e-01 0.000 0.244 0.132 0.624
#> GSM29970 3 0.5248 5.48e-01 0.032 0.028 0.760 0.180
#> GSM29973 2 0.3706 5.54e-01 0.000 0.848 0.040 0.112
#> GSM29976 3 0.4938 6.15e-01 0.148 0.000 0.772 0.080
#> GSM29979 2 0.7916 4.69e-02 0.020 0.436 0.388 0.156
#> GSM29982 4 0.8655 -4.41e-03 0.188 0.052 0.344 0.416
#> GSM29985 3 0.4469 6.68e-01 0.080 0.000 0.808 0.112
#> GSM29988 3 0.7888 2.37e-01 0.080 0.360 0.496 0.064
#> GSM29991 4 0.7553 2.12e-01 0.068 0.048 0.404 0.480
#> GSM29994 1 0.6315 3.06e-01 0.508 0.000 0.432 0.060
#> GSM29997 1 0.8287 2.18e-01 0.444 0.096 0.384 0.076
#> GSM30000 1 0.5658 6.05e-01 0.700 0.012 0.244 0.044
#> GSM30003 3 0.5897 6.70e-01 0.136 0.000 0.700 0.164
#> GSM29965 2 0.3706 5.54e-01 0.000 0.848 0.040 0.112
#> GSM29968 4 0.6524 4.30e-01 0.000 0.264 0.120 0.616
#> GSM29971 3 0.5367 5.62e-01 0.024 0.028 0.736 0.212
#> GSM29974 2 0.3697 5.50e-01 0.000 0.852 0.048 0.100
#> GSM29977 3 0.5003 6.21e-01 0.148 0.000 0.768 0.084
#> GSM29980 3 0.7616 1.10e-01 0.020 0.396 0.464 0.120
#> GSM29983 3 0.8432 2.14e-01 0.248 0.024 0.392 0.336
#> GSM29986 3 0.5035 6.43e-01 0.056 0.000 0.748 0.196
#> GSM29989 3 0.7909 2.92e-01 0.072 0.344 0.508 0.076
#> GSM29992 4 0.6993 1.57e-01 0.048 0.032 0.440 0.480
#> GSM29995 1 0.1929 7.40e-01 0.940 0.000 0.024 0.036
#> GSM29998 3 0.8391 -1.52e-01 0.400 0.100 0.420 0.080
#> GSM30001 3 0.6398 4.10e-01 0.252 0.024 0.660 0.064
#> GSM30004 3 0.6198 6.48e-01 0.176 0.000 0.672 0.152
#> GSM29966 2 0.2546 5.70e-01 0.000 0.900 0.008 0.092
#> GSM29969 4 0.6548 4.05e-01 0.000 0.276 0.116 0.608
#> GSM29972 3 0.5666 5.12e-01 0.028 0.028 0.708 0.236
#> GSM29975 2 0.3793 5.53e-01 0.000 0.844 0.044 0.112
#> GSM29978 3 0.4411 6.18e-01 0.108 0.000 0.812 0.080
#> GSM29981 2 0.7428 3.04e-01 0.012 0.568 0.208 0.212
#> GSM29984 4 0.7138 8.83e-02 0.032 0.060 0.400 0.508
#> GSM29987 3 0.4238 6.39e-01 0.028 0.000 0.796 0.176
#> GSM29990 3 0.8389 2.06e-01 0.076 0.364 0.452 0.108
#> GSM29993 4 0.6882 4.03e-01 0.008 0.084 0.388 0.520
#> GSM29996 1 0.6250 5.62e-01 0.644 0.004 0.268 0.084
#> GSM29999 3 0.7548 3.12e-01 0.060 0.324 0.548 0.068
#> GSM30002 3 0.8229 4.19e-01 0.132 0.200 0.568 0.100
#> GSM30005 3 0.5032 6.69e-01 0.072 0.004 0.772 0.152
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.6386 0.30221 0.000 0.304 0.116 0.556 0.024
#> GSM29786 4 0.5502 0.56034 0.000 0.156 0.192 0.652 0.000
#> GSM29789 2 0.1430 0.63842 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> GSM29792 2 0.1901 0.64617 0.004 0.932 0.000 0.040 0.024
#> GSM29795 4 0.7836 0.18159 0.340 0.228 0.024 0.380 0.028
#> GSM29798 4 0.5644 0.57480 0.000 0.144 0.228 0.628 0.000
#> GSM29801 3 0.4080 0.60045 0.212 0.000 0.760 0.012 0.016
#> GSM29804 3 0.4802 0.61104 0.060 0.000 0.720 0.008 0.212
#> GSM29807 5 0.6196 0.48300 0.004 0.200 0.148 0.020 0.628
#> GSM29816 3 0.4679 0.64077 0.088 0.000 0.764 0.016 0.132
#> GSM29821 3 0.5988 0.51103 0.284 0.016 0.624 0.048 0.028
#> GSM29824 1 0.4151 0.67443 0.800 0.000 0.136 0.024 0.040
#> GSM29827 1 0.0451 0.80346 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29830 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.5483 0.01478 0.000 0.416 0.040 0.532 0.012
#> GSM29787 4 0.5635 0.56099 0.000 0.168 0.196 0.636 0.000
#> GSM29790 2 0.3093 0.60894 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> GSM29793 2 0.1990 0.64931 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> GSM29796 2 0.5613 0.17648 0.008 0.540 0.016 0.408 0.028
#> GSM29799 4 0.5871 0.57403 0.000 0.092 0.304 0.592 0.012
#> GSM29802 3 0.2827 0.66701 0.044 0.000 0.892 0.020 0.044
#> GSM29805 3 0.4407 0.63115 0.064 0.000 0.760 0.004 0.172
#> GSM29814 5 0.6415 0.47600 0.004 0.200 0.164 0.024 0.608
#> GSM29817 3 0.3642 0.64481 0.144 0.000 0.820 0.020 0.016
#> GSM29822 3 0.3862 0.65258 0.132 0.000 0.816 0.020 0.032
#> GSM29825 3 0.6194 0.29732 0.420 0.000 0.488 0.040 0.052
#> GSM29828 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0404 0.80236 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29785 4 0.5090 -0.10198 0.000 0.460 0.016 0.512 0.012
#> GSM29788 4 0.5642 0.54856 0.000 0.180 0.184 0.636 0.000
#> GSM29791 2 0.1591 0.63352 0.004 0.940 0.000 0.052 0.004
#> GSM29794 2 0.1990 0.64348 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> GSM29797 2 0.5711 0.25463 0.008 0.576 0.016 0.360 0.040
#> GSM29800 4 0.5788 0.56200 0.000 0.152 0.216 0.628 0.004
#> GSM29803 3 0.3361 0.65442 0.020 0.000 0.856 0.032 0.092
#> GSM29806 3 0.4386 0.59606 0.016 0.000 0.728 0.016 0.240
#> GSM29815 5 0.6125 0.47111 0.000 0.204 0.136 0.028 0.632
#> GSM29819 3 0.4421 0.61222 0.020 0.000 0.748 0.024 0.208
#> GSM29823 3 0.7375 0.41768 0.208 0.068 0.588 0.072 0.064
#> GSM29826 3 0.5735 0.56992 0.024 0.000 0.652 0.088 0.236
#> GSM29829 1 0.2724 0.77166 0.900 0.004 0.024 0.020 0.052
#> GSM29832 1 0.2757 0.77037 0.900 0.008 0.020 0.020 0.052
#> GSM29835 1 0.4510 0.71876 0.808 0.088 0.028 0.020 0.056
#> GSM29836 2 0.3073 0.64474 0.000 0.872 0.008 0.052 0.068
#> GSM29839 2 0.4355 0.49959 0.004 0.768 0.040 0.180 0.008
#> GSM29842 2 0.5372 0.39147 0.000 0.560 0.012 0.392 0.036
#> GSM29845 4 0.5840 0.56928 0.000 0.084 0.320 0.584 0.012
#> GSM29848 4 0.6508 0.53576 0.000 0.224 0.256 0.516 0.004
#> GSM29851 3 0.3613 0.64096 0.160 0.000 0.812 0.012 0.016
#> GSM29854 3 0.5383 0.60514 0.020 0.000 0.688 0.080 0.212
#> GSM29857 3 0.4704 0.57737 0.036 0.000 0.712 0.012 0.240
#> GSM29860 2 0.3759 0.59133 0.004 0.792 0.000 0.024 0.180
#> GSM29863 3 0.4320 0.65050 0.112 0.000 0.800 0.032 0.056
#> GSM29866 1 0.0451 0.80302 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29869 3 0.7445 0.02273 0.356 0.008 0.368 0.020 0.248
#> GSM29872 5 0.6564 0.52007 0.116 0.136 0.068 0.020 0.660
#> GSM29875 3 0.4061 0.62044 0.188 0.000 0.776 0.012 0.024
#> GSM29878 2 0.6083 0.19535 0.340 0.568 0.004 0.028 0.060
#> GSM29837 2 0.6697 0.52777 0.000 0.524 0.016 0.204 0.256
#> GSM29840 2 0.3674 0.55177 0.004 0.816 0.020 0.152 0.008
#> GSM29843 2 0.4121 0.52115 0.000 0.720 0.004 0.264 0.012
#> GSM29846 4 0.5872 0.57103 0.000 0.088 0.316 0.584 0.012
#> GSM29849 4 0.6537 0.53691 0.000 0.220 0.268 0.508 0.004
#> GSM29852 3 0.3453 0.64720 0.136 0.000 0.832 0.012 0.020
#> GSM29855 3 0.4732 0.64279 0.024 0.000 0.768 0.116 0.092
#> GSM29858 3 0.4694 0.58297 0.040 0.000 0.720 0.012 0.228
#> GSM29861 2 0.3759 0.59133 0.004 0.792 0.000 0.024 0.180
#> GSM29864 3 0.4151 0.64388 0.136 0.000 0.800 0.040 0.024
#> GSM29867 1 0.5289 0.01680 0.528 0.000 0.428 0.004 0.040
#> GSM29870 3 0.7012 0.20654 0.348 0.004 0.456 0.020 0.172
#> GSM29873 5 0.6216 0.52335 0.056 0.128 0.108 0.020 0.688
#> GSM29876 3 0.3507 0.65650 0.112 0.000 0.840 0.012 0.036
#> GSM29879 1 0.8718 -0.01582 0.356 0.296 0.188 0.024 0.136
#> GSM29838 2 0.5767 0.59050 0.000 0.648 0.012 0.132 0.208
#> GSM29841 2 0.3756 0.55316 0.004 0.820 0.020 0.140 0.016
#> GSM29844 2 0.2230 0.60293 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM29847 4 0.5654 0.57759 0.000 0.148 0.224 0.628 0.000
#> GSM29850 4 0.6630 0.44963 0.000 0.316 0.208 0.472 0.004
#> GSM29853 3 0.3649 0.65735 0.064 0.000 0.848 0.032 0.056
#> GSM29856 3 0.6573 0.47353 0.020 0.004 0.576 0.228 0.172
#> GSM29859 3 0.4398 0.50666 0.008 0.000 0.672 0.008 0.312
#> GSM29862 2 0.3844 0.58241 0.004 0.788 0.000 0.028 0.180
#> GSM29865 3 0.3627 0.65157 0.020 0.000 0.840 0.040 0.100
#> GSM29868 1 0.7280 0.48614 0.592 0.040 0.132 0.052 0.184
#> GSM29871 5 0.5688 -0.00844 0.012 0.024 0.452 0.016 0.496
#> GSM29874 5 0.6335 -0.07494 0.048 0.428 0.008 0.036 0.480
#> GSM29877 3 0.3730 0.64997 0.136 0.000 0.820 0.016 0.028
#> GSM29880 2 0.3682 0.58677 0.004 0.812 0.004 0.024 0.156
#> GSM29881 3 0.5518 0.59261 0.024 0.000 0.696 0.164 0.116
#> GSM29884 2 0.5294 0.52897 0.000 0.632 0.008 0.304 0.056
#> GSM29887 2 0.5175 0.54579 0.000 0.648 0.008 0.292 0.052
#> GSM29890 1 0.6575 0.03892 0.520 0.000 0.140 0.020 0.320
#> GSM29893 1 0.1074 0.79917 0.968 0.000 0.004 0.016 0.012
#> GSM29896 1 0.0740 0.80310 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM29899 1 0.3998 0.69429 0.816 0.000 0.064 0.016 0.104
#> GSM29902 5 0.6885 0.42492 0.312 0.000 0.188 0.020 0.480
#> GSM29905 5 0.7064 0.32721 0.368 0.000 0.176 0.028 0.428
#> GSM29908 1 0.0324 0.80317 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.0968 0.79872 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM29958 1 0.0451 0.80346 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0324 0.80317 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.5141 0.60271 0.036 0.000 0.732 0.164 0.068
#> GSM29885 2 0.5329 0.52001 0.000 0.624 0.008 0.312 0.056
#> GSM29888 2 0.5315 0.55159 0.000 0.644 0.008 0.284 0.064
#> GSM29891 5 0.7304 0.28804 0.292 0.000 0.292 0.024 0.392
#> GSM29894 1 0.1087 0.79755 0.968 0.000 0.008 0.008 0.016
#> GSM29897 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.6980 -0.03088 0.444 0.000 0.356 0.024 0.176
#> GSM29903 5 0.6997 0.26707 0.396 0.000 0.188 0.020 0.396
#> GSM29906 5 0.7078 0.32634 0.368 0.000 0.192 0.024 0.416
#> GSM29909 1 0.4955 0.54630 0.732 0.000 0.092 0.012 0.164
#> GSM29956 1 0.0162 0.80251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0290 0.80339 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0162 0.80306 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5202 0.58389 0.016 0.000 0.716 0.164 0.104
#> GSM29886 2 0.4676 0.56894 0.000 0.696 0.008 0.264 0.032
#> GSM29889 2 0.4348 0.60806 0.000 0.744 0.008 0.216 0.032
#> GSM29892 5 0.6981 0.33450 0.328 0.000 0.144 0.040 0.488
#> GSM29895 1 0.4382 0.72621 0.820 0.044 0.024 0.036 0.076
#> GSM29898 5 0.7403 0.34240 0.304 0.000 0.192 0.052 0.452
#> GSM29901 3 0.7265 0.15143 0.140 0.000 0.456 0.060 0.344
#> GSM29904 5 0.6887 0.40648 0.284 0.004 0.132 0.040 0.540
#> GSM29907 5 0.6987 0.43010 0.252 0.000 0.204 0.032 0.512
#> GSM29910 1 0.4996 0.68941 0.772 0.048 0.024 0.032 0.124
#> GSM29957 1 0.5792 0.62476 0.708 0.044 0.044 0.032 0.172
#> GSM29960 1 0.3754 0.74283 0.852 0.048 0.012 0.028 0.060
#> GSM29963 1 0.5854 0.58930 0.692 0.024 0.056 0.036 0.192
#> GSM29964 2 0.6298 0.56233 0.000 0.572 0.008 0.212 0.208
#> GSM29967 4 0.5116 0.40711 0.004 0.104 0.056 0.760 0.076
#> GSM29970 5 0.7201 -0.07340 0.016 0.000 0.336 0.288 0.360
#> GSM29973 2 0.6581 0.54313 0.000 0.536 0.012 0.216 0.236
#> GSM29976 3 0.6074 0.15612 0.044 0.000 0.500 0.040 0.416
#> GSM29979 5 0.6772 0.40954 0.000 0.156 0.112 0.120 0.612
#> GSM29982 4 0.8351 0.10864 0.100 0.052 0.308 0.436 0.104
#> GSM29985 3 0.6182 0.51301 0.024 0.000 0.624 0.168 0.184
#> GSM29988 5 0.4907 0.52288 0.004 0.084 0.144 0.016 0.752
#> GSM29991 4 0.7956 0.18241 0.028 0.048 0.180 0.432 0.312
#> GSM29994 5 0.6859 0.43875 0.288 0.000 0.196 0.020 0.496
#> GSM29997 5 0.6187 0.50323 0.188 0.008 0.144 0.020 0.640
#> GSM30000 1 0.6740 0.04410 0.508 0.000 0.112 0.040 0.340
#> GSM30003 3 0.4480 0.63463 0.060 0.000 0.772 0.016 0.152
#> GSM29965 2 0.6543 0.53371 0.000 0.528 0.008 0.220 0.244
#> GSM29968 4 0.5164 0.40340 0.004 0.108 0.056 0.756 0.076
#> GSM29971 3 0.7119 0.17245 0.016 0.000 0.416 0.292 0.276
#> GSM29974 2 0.6661 0.53844 0.000 0.532 0.016 0.204 0.248
#> GSM29977 3 0.6068 0.25903 0.048 0.000 0.536 0.040 0.376
#> GSM29980 5 0.6789 0.45909 0.000 0.128 0.144 0.116 0.612
#> GSM29983 4 0.8233 -0.00571 0.136 0.024 0.344 0.396 0.100
#> GSM29986 3 0.4103 0.64408 0.024 0.000 0.812 0.108 0.056
#> GSM29989 5 0.5080 0.52020 0.004 0.084 0.152 0.020 0.740
#> GSM29992 4 0.7630 0.22026 0.008 0.044 0.212 0.436 0.300
#> GSM29995 1 0.2995 0.72988 0.872 0.000 0.032 0.008 0.088
#> GSM29998 5 0.6137 0.50437 0.160 0.008 0.164 0.020 0.648
#> GSM30001 5 0.7112 0.22692 0.128 0.000 0.340 0.056 0.476
#> GSM30004 3 0.5023 0.62013 0.080 0.000 0.732 0.020 0.168
#> GSM29966 2 0.6140 0.57814 0.000 0.596 0.008 0.192 0.204
#> GSM29969 4 0.5164 0.40340 0.004 0.108 0.056 0.756 0.076
#> GSM29972 5 0.7253 -0.04656 0.012 0.004 0.316 0.296 0.372
#> GSM29975 2 0.6581 0.54313 0.000 0.536 0.012 0.216 0.236
#> GSM29978 3 0.5842 0.11613 0.028 0.000 0.476 0.040 0.456
#> GSM29981 5 0.7501 0.13806 0.004 0.224 0.068 0.200 0.504
#> GSM29984 4 0.7595 0.06479 0.024 0.040 0.356 0.440 0.140
#> GSM29987 3 0.4746 0.62765 0.016 0.000 0.760 0.100 0.124
#> GSM29990 5 0.4543 0.52510 0.000 0.104 0.120 0.008 0.768
#> GSM29993 4 0.7255 0.31135 0.000 0.048 0.188 0.484 0.280
#> GSM29996 1 0.6621 -0.07013 0.436 0.000 0.108 0.028 0.428
#> GSM29999 5 0.4456 0.51394 0.000 0.056 0.156 0.016 0.772
#> GSM30002 5 0.7156 0.37149 0.068 0.032 0.268 0.068 0.564
#> GSM30005 3 0.4289 0.62496 0.020 0.000 0.764 0.024 0.192
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.6319 0.449738 0.000 0.256 0.076 0.580 0.056 0.032
#> GSM29786 4 0.3660 0.681443 0.000 0.096 0.100 0.800 0.004 0.000
#> GSM29789 2 0.1010 0.629887 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM29792 2 0.1074 0.624780 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 0.000
#> GSM29795 1 0.7877 -0.227415 0.340 0.216 0.000 0.316 0.076 0.052
#> GSM29798 4 0.4985 0.680521 0.000 0.108 0.148 0.712 0.024 0.008
#> GSM29801 3 0.3797 0.640644 0.084 0.000 0.816 0.072 0.008 0.020
#> GSM29804 3 0.5448 0.599464 0.032 0.000 0.688 0.032 0.076 0.172
#> GSM29807 5 0.7169 0.099856 0.000 0.144 0.104 0.008 0.412 0.332
#> GSM29816 3 0.3735 0.625220 0.028 0.000 0.800 0.004 0.024 0.144
#> GSM29821 3 0.5560 0.601035 0.112 0.004 0.712 0.076 0.044 0.052
#> GSM29824 1 0.5277 0.546713 0.704 0.000 0.120 0.004 0.088 0.084
#> GSM29827 1 0.0508 0.815373 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM29830 1 0.0405 0.815598 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM29833 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29784 4 0.5051 0.174324 0.000 0.412 0.004 0.532 0.040 0.012
#> GSM29787 4 0.4180 0.677108 0.000 0.112 0.108 0.768 0.008 0.004
#> GSM29790 2 0.2500 0.604752 0.000 0.868 0.000 0.116 0.012 0.004
#> GSM29793 2 0.1410 0.625888 0.000 0.944 0.000 0.008 0.044 0.004
#> GSM29796 2 0.6349 0.077536 0.012 0.504 0.004 0.352 0.076 0.052
#> GSM29799 4 0.5120 0.648642 0.000 0.060 0.220 0.680 0.028 0.012
#> GSM29802 3 0.2341 0.670239 0.008 0.000 0.908 0.044 0.016 0.024
#> GSM29805 3 0.4528 0.636812 0.032 0.000 0.768 0.020 0.056 0.124
#> GSM29814 5 0.7214 0.095917 0.000 0.144 0.132 0.004 0.424 0.296
#> GSM29817 3 0.3215 0.652468 0.060 0.000 0.860 0.040 0.008 0.032
#> GSM29822 3 0.3559 0.650163 0.052 0.000 0.840 0.044 0.008 0.056
#> GSM29825 3 0.5738 0.353199 0.348 0.000 0.540 0.004 0.032 0.076
#> GSM29828 1 0.0508 0.815373 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM29831 1 0.0653 0.814452 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004
#> GSM29834 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29785 4 0.5066 0.159360 0.000 0.424 0.004 0.520 0.040 0.012
#> GSM29788 4 0.3875 0.673048 0.000 0.124 0.092 0.780 0.004 0.000
#> GSM29791 2 0.1820 0.624073 0.000 0.924 0.000 0.056 0.012 0.008
#> GSM29794 2 0.1829 0.619755 0.000 0.928 0.000 0.028 0.036 0.008
#> GSM29797 2 0.6084 0.165678 0.000 0.524 0.000 0.324 0.096 0.056
#> GSM29800 4 0.5041 0.664637 0.000 0.108 0.128 0.720 0.032 0.012
#> GSM29803 3 0.4264 0.656544 0.004 0.000 0.788 0.076 0.060 0.072
#> GSM29806 3 0.5404 0.576206 0.008 0.000 0.672 0.040 0.092 0.188
#> GSM29815 5 0.7114 0.118700 0.000 0.140 0.104 0.008 0.436 0.312
#> GSM29819 3 0.5253 0.584857 0.004 0.000 0.680 0.040 0.088 0.188
#> GSM29823 3 0.7587 0.471656 0.080 0.036 0.564 0.112 0.116 0.092
#> GSM29826 3 0.6067 0.569487 0.008 0.000 0.600 0.048 0.132 0.212
#> GSM29829 1 0.3647 0.757836 0.828 0.000 0.012 0.016 0.064 0.080
#> GSM29832 1 0.3887 0.750272 0.816 0.004 0.008 0.020 0.072 0.080
#> GSM29835 1 0.5117 0.701353 0.748 0.056 0.008 0.024 0.084 0.080
#> GSM29836 2 0.3219 0.549185 0.000 0.808 0.000 0.016 0.168 0.008
#> GSM29839 2 0.3203 0.532865 0.004 0.820 0.004 0.156 0.008 0.008
#> GSM29842 2 0.5265 0.220814 0.000 0.532 0.004 0.384 0.076 0.004
#> GSM29845 4 0.5314 0.643868 0.000 0.064 0.244 0.652 0.028 0.012
#> GSM29848 4 0.5510 0.632897 0.004 0.148 0.196 0.636 0.012 0.004
#> GSM29851 3 0.3270 0.656736 0.064 0.000 0.852 0.060 0.008 0.016
#> GSM29854 3 0.5468 0.593110 0.004 0.000 0.660 0.040 0.108 0.188
#> GSM29857 3 0.5129 0.555732 0.004 0.000 0.664 0.040 0.052 0.240
#> GSM29860 2 0.3695 0.419309 0.000 0.712 0.000 0.000 0.272 0.016
#> GSM29863 3 0.4947 0.657127 0.032 0.000 0.752 0.048 0.084 0.084
#> GSM29866 1 0.0551 0.814080 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29869 3 0.6856 0.039111 0.212 0.004 0.432 0.000 0.052 0.300
#> GSM29872 6 0.7411 0.020988 0.096 0.088 0.052 0.000 0.380 0.384
#> GSM29875 3 0.3885 0.634305 0.092 0.000 0.816 0.040 0.012 0.040
#> GSM29878 2 0.6007 0.341353 0.228 0.628 0.008 0.020 0.060 0.056
#> GSM29837 5 0.6312 -0.103051 0.000 0.380 0.004 0.136 0.448 0.032
#> GSM29840 2 0.2967 0.555339 0.004 0.840 0.000 0.136 0.008 0.012
#> GSM29843 2 0.3967 0.447604 0.000 0.720 0.004 0.252 0.016 0.008
#> GSM29846 4 0.5314 0.643868 0.000 0.064 0.244 0.652 0.028 0.012
#> GSM29849 4 0.5578 0.623239 0.004 0.144 0.212 0.624 0.012 0.004
#> GSM29852 3 0.2924 0.654036 0.056 0.000 0.868 0.056 0.000 0.020
#> GSM29855 3 0.5136 0.634172 0.000 0.000 0.704 0.060 0.116 0.120
#> GSM29858 3 0.4806 0.578970 0.004 0.000 0.704 0.036 0.048 0.208
#> GSM29861 2 0.3695 0.419309 0.000 0.712 0.000 0.000 0.272 0.016
#> GSM29864 3 0.4516 0.668869 0.044 0.000 0.788 0.060 0.056 0.052
#> GSM29867 3 0.5126 0.257974 0.424 0.000 0.512 0.000 0.016 0.048
#> GSM29870 3 0.6267 0.211059 0.212 0.000 0.516 0.000 0.032 0.240
#> GSM29873 6 0.7551 0.008148 0.048 0.088 0.092 0.008 0.380 0.384
#> GSM29876 3 0.3460 0.647424 0.052 0.000 0.848 0.036 0.012 0.052
#> GSM29879 2 0.8541 -0.137065 0.236 0.308 0.232 0.004 0.064 0.156
#> GSM29838 2 0.5201 0.291886 0.000 0.548 0.000 0.076 0.368 0.008
#> GSM29841 2 0.2975 0.571213 0.000 0.840 0.000 0.132 0.016 0.012
#> GSM29844 2 0.2269 0.610898 0.000 0.896 0.000 0.080 0.012 0.012
#> GSM29847 4 0.3947 0.687966 0.000 0.100 0.136 0.764 0.000 0.000
#> GSM29850 4 0.5655 0.601529 0.004 0.204 0.160 0.616 0.012 0.004
#> GSM29853 3 0.3622 0.665339 0.008 0.000 0.832 0.076 0.028 0.056
#> GSM29856 3 0.7214 0.344706 0.000 0.000 0.404 0.108 0.268 0.220
#> GSM29859 3 0.5373 0.549323 0.004 0.000 0.652 0.040 0.076 0.228
#> GSM29862 2 0.4456 0.401531 0.000 0.676 0.000 0.020 0.276 0.028
#> GSM29865 3 0.4850 0.640052 0.004 0.000 0.740 0.060 0.096 0.100
#> GSM29868 1 0.8080 0.188880 0.408 0.020 0.128 0.024 0.180 0.240
#> GSM29871 3 0.5982 0.153110 0.004 0.016 0.508 0.004 0.116 0.352
#> GSM29874 5 0.7144 0.140243 0.024 0.308 0.008 0.020 0.396 0.244
#> GSM29877 3 0.3456 0.648422 0.060 0.000 0.848 0.040 0.012 0.040
#> GSM29880 2 0.4428 0.497811 0.004 0.752 0.004 0.024 0.168 0.048
#> GSM29881 3 0.6064 0.536877 0.000 0.000 0.604 0.080 0.180 0.136
#> GSM29884 2 0.5116 0.509582 0.000 0.644 0.000 0.184 0.168 0.004
#> GSM29887 2 0.5059 0.518157 0.000 0.652 0.000 0.176 0.168 0.004
#> GSM29890 6 0.5876 0.358352 0.352 0.000 0.136 0.000 0.016 0.496
#> GSM29893 1 0.1148 0.812180 0.960 0.000 0.000 0.004 0.016 0.020
#> GSM29896 1 0.1938 0.797067 0.920 0.000 0.000 0.008 0.020 0.052
#> GSM29899 1 0.4818 0.636081 0.736 0.000 0.056 0.004 0.068 0.136
#> GSM29902 6 0.4697 0.573493 0.224 0.000 0.084 0.000 0.008 0.684
#> GSM29905 6 0.4985 0.555366 0.240 0.000 0.072 0.008 0.012 0.668
#> GSM29908 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.0891 0.812538 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM29958 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.5437 0.560729 0.004 0.000 0.688 0.084 0.132 0.092
#> GSM29885 2 0.5144 0.507262 0.000 0.640 0.000 0.188 0.168 0.004
#> GSM29888 2 0.4999 0.513524 0.000 0.660 0.000 0.168 0.168 0.004
#> GSM29891 6 0.5749 0.454632 0.184 0.000 0.240 0.000 0.012 0.564
#> GSM29894 1 0.0870 0.812115 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM29897 1 0.0405 0.815907 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM29900 3 0.6929 -0.093816 0.308 0.000 0.380 0.004 0.044 0.264
#> GSM29903 6 0.5669 0.500454 0.264 0.000 0.156 0.000 0.012 0.568
#> GSM29906 6 0.5206 0.532305 0.264 0.000 0.088 0.008 0.008 0.632
#> GSM29909 1 0.4944 0.412799 0.656 0.000 0.076 0.000 0.016 0.252
#> GSM29956 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29959 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.0146 0.816909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29883 3 0.5952 0.535137 0.000 0.000 0.616 0.080 0.184 0.120
#> GSM29886 2 0.4628 0.547120 0.000 0.708 0.000 0.176 0.108 0.008
#> GSM29889 2 0.4260 0.575661 0.000 0.744 0.000 0.136 0.116 0.004
#> GSM29892 6 0.5542 0.511105 0.216 0.000 0.068 0.004 0.064 0.648
#> GSM29895 1 0.5159 0.700208 0.736 0.032 0.008 0.024 0.100 0.100
#> GSM29898 6 0.6397 0.495193 0.184 0.000 0.084 0.012 0.128 0.592
#> GSM29901 6 0.7528 0.106654 0.088 0.000 0.296 0.028 0.180 0.408
#> GSM29904 6 0.5410 0.536982 0.184 0.004 0.056 0.008 0.064 0.684
#> GSM29907 6 0.5887 0.544653 0.144 0.000 0.096 0.024 0.072 0.664
#> GSM29910 1 0.5684 0.644588 0.676 0.032 0.008 0.020 0.100 0.164
#> GSM29957 1 0.6007 0.584444 0.636 0.024 0.016 0.020 0.100 0.204
#> GSM29960 1 0.4631 0.719313 0.776 0.028 0.008 0.020 0.080 0.088
#> GSM29963 1 0.6164 0.555951 0.620 0.016 0.024 0.020 0.116 0.204
#> GSM29964 2 0.5886 0.172670 0.000 0.448 0.000 0.140 0.400 0.012
#> GSM29967 4 0.5565 0.316827 0.000 0.044 0.004 0.596 0.296 0.060
#> GSM29970 5 0.7495 0.103126 0.000 0.000 0.208 0.168 0.368 0.256
#> GSM29973 5 0.6032 -0.140242 0.000 0.396 0.000 0.140 0.444 0.020
#> GSM29976 6 0.4624 0.076263 0.000 0.000 0.452 0.008 0.024 0.516
#> GSM29979 5 0.6613 0.195200 0.000 0.088 0.068 0.028 0.540 0.276
#> GSM29982 5 0.7797 0.053273 0.016 0.008 0.196 0.324 0.348 0.108
#> GSM29985 3 0.6510 0.468183 0.000 0.000 0.532 0.076 0.168 0.224
#> GSM29988 6 0.5225 0.296431 0.000 0.028 0.060 0.000 0.308 0.604
#> GSM29991 6 0.7110 -0.000525 0.004 0.012 0.104 0.368 0.100 0.412
#> GSM29994 6 0.4509 0.577540 0.196 0.000 0.084 0.000 0.008 0.712
#> GSM29997 6 0.5274 0.490160 0.076 0.000 0.080 0.000 0.156 0.688
#> GSM30000 1 0.6923 0.005754 0.472 0.004 0.072 0.020 0.100 0.332
#> GSM30003 3 0.4179 0.609245 0.008 0.000 0.752 0.024 0.024 0.192
#> GSM29965 5 0.6128 -0.142171 0.000 0.404 0.000 0.144 0.428 0.024
#> GSM29968 4 0.5590 0.326146 0.000 0.048 0.004 0.600 0.288 0.060
#> GSM29971 5 0.7508 0.049794 0.000 0.000 0.252 0.176 0.368 0.204
#> GSM29974 5 0.6131 -0.116657 0.000 0.388 0.000 0.136 0.448 0.028
#> GSM29977 6 0.4566 0.011912 0.000 0.000 0.484 0.008 0.020 0.488
#> GSM29980 5 0.6656 0.185322 0.000 0.076 0.088 0.028 0.544 0.264
#> GSM29983 5 0.7852 0.035930 0.032 0.000 0.216 0.324 0.324 0.104
#> GSM29986 3 0.4440 0.637139 0.000 0.000 0.756 0.032 0.120 0.092
#> GSM29989 6 0.5568 0.299471 0.000 0.028 0.080 0.004 0.300 0.588
#> GSM29992 6 0.7227 -0.023931 0.004 0.012 0.120 0.376 0.100 0.388
#> GSM29995 1 0.4089 0.626052 0.760 0.000 0.040 0.000 0.024 0.176
#> GSM29998 6 0.5240 0.486197 0.060 0.000 0.092 0.000 0.160 0.688
#> GSM30001 6 0.7472 0.352188 0.080 0.004 0.248 0.044 0.144 0.480
#> GSM30004 3 0.4138 0.578208 0.020 0.000 0.740 0.004 0.024 0.212
#> GSM29966 2 0.5875 0.206153 0.000 0.464 0.000 0.128 0.392 0.016
#> GSM29969 4 0.5590 0.326146 0.000 0.048 0.004 0.600 0.288 0.060
#> GSM29972 5 0.7317 0.155838 0.000 0.000 0.152 0.180 0.408 0.260
#> GSM29975 5 0.6032 -0.140242 0.000 0.396 0.000 0.140 0.444 0.020
#> GSM29978 6 0.4912 0.076941 0.000 0.000 0.432 0.008 0.044 0.516
#> GSM29981 5 0.6011 0.277698 0.000 0.120 0.020 0.052 0.636 0.172
#> GSM29984 5 0.7557 0.053417 0.004 0.008 0.196 0.332 0.352 0.108
#> GSM29987 3 0.5572 0.614423 0.000 0.000 0.656 0.060 0.156 0.128
#> GSM29990 6 0.5623 0.176919 0.000 0.036 0.068 0.000 0.368 0.528
#> GSM29993 4 0.7323 0.022040 0.004 0.016 0.108 0.404 0.116 0.352
#> GSM29996 6 0.6429 0.355967 0.288 0.000 0.064 0.020 0.084 0.544
#> GSM29999 6 0.4799 0.391259 0.000 0.004 0.080 0.004 0.244 0.668
#> GSM30002 6 0.7687 0.347181 0.052 0.020 0.200 0.048 0.204 0.476
#> GSM30005 3 0.4898 0.605841 0.004 0.000 0.712 0.028 0.088 0.168
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:kmeans 167 3.05e-02 0.738 4.43e-12 2
#> CV:kmeans 121 2.55e-05 0.570 7.15e-14 3
#> CV:kmeans 107 1.06e-06 0.947 1.23e-18 4
#> CV:kmeans 113 1.08e-08 0.992 2.10e-27 5
#> CV:kmeans 100 7.19e-06 0.998 1.09e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.748 0.898 0.951 0.4873 0.521 0.521
#> 3 3 0.466 0.620 0.816 0.3742 0.747 0.542
#> 4 4 0.480 0.541 0.710 0.1195 0.886 0.678
#> 5 5 0.504 0.413 0.616 0.0661 0.899 0.645
#> 6 6 0.554 0.393 0.596 0.0421 0.900 0.582
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29786 2 0.3584 0.915 0.068 0.932
#> GSM29789 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29792 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29795 2 0.4298 0.899 0.088 0.912
#> GSM29798 2 0.5408 0.858 0.124 0.876
#> GSM29801 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29807 2 0.8763 0.557 0.296 0.704
#> GSM29816 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29784 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29787 2 0.2948 0.929 0.052 0.948
#> GSM29790 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.0672 0.960 0.008 0.992
#> GSM29799 2 0.5059 0.871 0.112 0.888
#> GSM29802 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29805 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29814 2 0.9552 0.351 0.376 0.624
#> GSM29817 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> GSM29791 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29794 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29797 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29800 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> GSM29803 1 0.4298 0.881 0.912 0.088
#> GSM29806 1 0.6712 0.805 0.824 0.176
#> GSM29815 2 0.1843 0.945 0.028 0.972
#> GSM29819 1 0.1184 0.933 0.984 0.016
#> GSM29823 1 0.6247 0.814 0.844 0.156
#> GSM29826 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29829 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29832 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29835 1 0.7883 0.700 0.764 0.236
#> GSM29836 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> GSM29842 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29848 2 0.0938 0.957 0.012 0.988
#> GSM29851 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29857 1 0.0938 0.936 0.988 0.012
#> GSM29860 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29863 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.1843 0.926 0.972 0.028
#> GSM29872 1 0.9044 0.587 0.680 0.320
#> GSM29875 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.4815 0.880 0.104 0.896
#> GSM29837 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29843 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29849 2 0.1633 0.950 0.024 0.976
#> GSM29852 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.1414 0.932 0.980 0.020
#> GSM29858 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29861 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29864 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.9087 0.579 0.676 0.324
#> GSM29876 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.9983 0.137 0.524 0.476
#> GSM29838 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29844 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29847 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29850 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> GSM29853 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29856 1 0.8207 0.679 0.744 0.256
#> GSM29859 1 0.9833 0.351 0.576 0.424
#> GSM29862 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29865 1 0.9896 0.239 0.560 0.440
#> GSM29868 1 0.0938 0.934 0.988 0.012
#> GSM29871 1 0.8327 0.685 0.736 0.264
#> GSM29874 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29877 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0376 0.961 0.004 0.996
#> GSM29881 1 0.0672 0.938 0.992 0.008
#> GSM29884 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29905 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29882 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29885 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29906 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29909 1 0.1184 0.933 0.984 0.016
#> GSM29956 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29886 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29895 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> GSM29898 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29907 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29910 1 0.2603 0.916 0.956 0.044
#> GSM29957 2 0.8327 0.633 0.264 0.736
#> GSM29960 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29963 1 0.3879 0.895 0.924 0.076
#> GSM29964 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29970 1 0.5737 0.844 0.864 0.136
#> GSM29973 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29979 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.1184 0.957 0.016 0.984
#> GSM29985 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29988 1 0.8661 0.649 0.712 0.288
#> GSM29991 2 0.7139 0.767 0.196 0.804
#> GSM29994 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29997 1 0.1843 0.925 0.972 0.028
#> GSM30000 1 0.6048 0.830 0.852 0.148
#> GSM30003 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29965 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29971 1 0.5519 0.851 0.872 0.128
#> GSM29974 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29980 2 0.0672 0.959 0.008 0.992
#> GSM29983 1 0.8016 0.711 0.756 0.244
#> GSM29986 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29989 1 0.7674 0.744 0.776 0.224
#> GSM29992 2 0.7528 0.739 0.216 0.784
#> GSM29995 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.2236 0.920 0.964 0.036
#> GSM30001 1 0.6048 0.832 0.852 0.148
#> GSM30004 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29966 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29972 1 0.8443 0.683 0.728 0.272
#> GSM29975 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> GSM29981 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.1633 0.950 0.024 0.976
#> GSM29987 1 0.4815 0.866 0.896 0.104
#> GSM29990 1 0.8555 0.662 0.720 0.280
#> GSM29993 2 0.4298 0.897 0.088 0.912
#> GSM29996 1 0.0000 0.940 1.000 0.000
#> GSM29999 1 0.8207 0.699 0.744 0.256
#> GSM30002 2 0.4939 0.866 0.108 0.892
#> GSM30005 1 0.2423 0.918 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.2280 0.83523 0.008 0.940 0.052
#> GSM29786 2 0.5465 0.69869 0.000 0.712 0.288
#> GSM29789 2 0.0424 0.84396 0.008 0.992 0.000
#> GSM29792 2 0.0424 0.84396 0.008 0.992 0.000
#> GSM29795 2 0.8263 0.55447 0.268 0.612 0.120
#> GSM29798 2 0.5465 0.69869 0.000 0.712 0.288
#> GSM29801 1 0.6126 0.24752 0.600 0.000 0.400
#> GSM29804 3 0.4654 0.62048 0.208 0.000 0.792
#> GSM29807 3 0.6102 0.55544 0.008 0.320 0.672
#> GSM29816 3 0.5291 0.57869 0.268 0.000 0.732
#> GSM29821 1 0.6154 0.24094 0.592 0.000 0.408
#> GSM29824 1 0.2356 0.73442 0.928 0.000 0.072
#> GSM29827 1 0.0000 0.74289 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29784 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29787 2 0.5465 0.69869 0.000 0.712 0.288
#> GSM29790 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29793 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.4209 0.80149 0.016 0.856 0.128
#> GSM29799 2 0.5650 0.67150 0.000 0.688 0.312
#> GSM29802 3 0.2959 0.69848 0.100 0.000 0.900
#> GSM29805 3 0.5070 0.62293 0.224 0.004 0.772
#> GSM29814 3 0.6416 0.56612 0.020 0.304 0.676
#> GSM29817 3 0.6305 0.06019 0.484 0.000 0.516
#> GSM29822 3 0.5988 0.33054 0.368 0.000 0.632
#> GSM29825 1 0.5810 0.40652 0.664 0.000 0.336
#> GSM29828 1 0.0237 0.74293 0.996 0.000 0.004
#> GSM29831 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29785 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29788 2 0.5327 0.71336 0.000 0.728 0.272
#> GSM29791 2 0.0829 0.84316 0.012 0.984 0.004
#> GSM29794 2 0.0592 0.84239 0.012 0.988 0.000
#> GSM29797 2 0.3425 0.81240 0.004 0.884 0.112
#> GSM29800 2 0.5465 0.69869 0.000 0.712 0.288
#> GSM29803 3 0.0237 0.70572 0.004 0.000 0.996
#> GSM29806 3 0.4047 0.67314 0.004 0.148 0.848
#> GSM29815 3 0.6033 0.54146 0.004 0.336 0.660
#> GSM29819 3 0.1529 0.71318 0.040 0.000 0.960
#> GSM29823 1 0.6735 0.22233 0.564 0.012 0.424
#> GSM29826 3 0.3755 0.69187 0.120 0.008 0.872
#> GSM29829 1 0.1753 0.73369 0.952 0.000 0.048
#> GSM29832 1 0.0747 0.74059 0.984 0.000 0.016
#> GSM29835 1 0.2200 0.72950 0.940 0.004 0.056
#> GSM29836 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29839 2 0.3459 0.82320 0.012 0.892 0.096
#> GSM29842 2 0.0424 0.84597 0.000 0.992 0.008
#> GSM29845 2 0.5560 0.68510 0.000 0.700 0.300
#> GSM29848 2 0.5497 0.69442 0.000 0.708 0.292
#> GSM29851 3 0.6305 0.08281 0.484 0.000 0.516
#> GSM29854 3 0.1964 0.71457 0.056 0.000 0.944
#> GSM29857 3 0.3375 0.70378 0.100 0.008 0.892
#> GSM29860 2 0.1015 0.83949 0.012 0.980 0.008
#> GSM29863 3 0.6204 0.16171 0.424 0.000 0.576
#> GSM29866 1 0.0237 0.74293 0.996 0.000 0.004
#> GSM29869 1 0.4966 0.67902 0.840 0.060 0.100
#> GSM29872 1 0.8737 0.40946 0.588 0.232 0.180
#> GSM29875 1 0.6286 0.05784 0.536 0.000 0.464
#> GSM29878 1 0.5244 0.56749 0.756 0.240 0.004
#> GSM29837 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.2492 0.83757 0.016 0.936 0.048
#> GSM29843 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29846 2 0.5591 0.67984 0.000 0.696 0.304
#> GSM29849 2 0.5529 0.69018 0.000 0.704 0.296
#> GSM29852 3 0.6154 0.27533 0.408 0.000 0.592
#> GSM29855 3 0.1878 0.70752 0.044 0.004 0.952
#> GSM29858 3 0.3038 0.70240 0.104 0.000 0.896
#> GSM29861 2 0.1170 0.83749 0.016 0.976 0.008
#> GSM29864 3 0.6299 0.04073 0.476 0.000 0.524
#> GSM29867 1 0.4654 0.60640 0.792 0.000 0.208
#> GSM29870 1 0.4605 0.61837 0.796 0.000 0.204
#> GSM29873 1 0.9888 -0.00616 0.388 0.264 0.348
#> GSM29876 3 0.5431 0.52576 0.284 0.000 0.716
#> GSM29879 1 0.6757 0.57469 0.736 0.180 0.084
#> GSM29838 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.2749 0.83412 0.012 0.924 0.064
#> GSM29844 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29847 2 0.5397 0.70596 0.000 0.720 0.280
#> GSM29850 2 0.5291 0.71663 0.000 0.732 0.268
#> GSM29853 3 0.5497 0.42099 0.292 0.000 0.708
#> GSM29856 3 0.2063 0.70906 0.044 0.008 0.948
#> GSM29859 3 0.4121 0.66233 0.000 0.168 0.832
#> GSM29862 2 0.1774 0.82830 0.016 0.960 0.024
#> GSM29865 3 0.2550 0.68776 0.012 0.056 0.932
#> GSM29868 1 0.4473 0.68708 0.828 0.008 0.164
#> GSM29871 3 0.6053 0.59124 0.020 0.260 0.720
#> GSM29874 1 0.8587 0.26990 0.500 0.400 0.100
#> GSM29877 3 0.6244 0.20277 0.440 0.000 0.560
#> GSM29880 2 0.2434 0.81553 0.036 0.940 0.024
#> GSM29881 3 0.1647 0.70910 0.036 0.004 0.960
#> GSM29884 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29887 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29890 1 0.1860 0.73227 0.948 0.000 0.052
#> GSM29893 1 0.0747 0.74079 0.984 0.000 0.016
#> GSM29896 1 0.0424 0.74289 0.992 0.000 0.008
#> GSM29899 1 0.1964 0.73600 0.944 0.000 0.056
#> GSM29902 1 0.6267 0.18133 0.548 0.000 0.452
#> GSM29905 1 0.5835 0.42947 0.660 0.000 0.340
#> GSM29908 1 0.0000 0.74289 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0237 0.74328 0.996 0.000 0.004
#> GSM29958 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29882 3 0.4062 0.64013 0.164 0.000 0.836
#> GSM29885 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29888 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29891 1 0.6305 0.01560 0.516 0.000 0.484
#> GSM29894 1 0.0747 0.74151 0.984 0.000 0.016
#> GSM29897 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29900 1 0.6111 0.28684 0.604 0.000 0.396
#> GSM29903 1 0.5591 0.47044 0.696 0.000 0.304
#> GSM29906 1 0.5905 0.39708 0.648 0.000 0.352
#> GSM29909 1 0.4351 0.64838 0.828 0.004 0.168
#> GSM29956 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0237 0.74316 0.996 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.0000 0.74289 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.1031 0.70933 0.024 0.000 0.976
#> GSM29886 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29889 2 0.0237 0.84641 0.000 0.996 0.004
#> GSM29892 1 0.5588 0.54998 0.720 0.004 0.276
#> GSM29895 1 0.3500 0.70433 0.880 0.004 0.116
#> GSM29898 1 0.6260 0.22756 0.552 0.000 0.448
#> GSM29901 3 0.4887 0.58595 0.228 0.000 0.772
#> GSM29904 1 0.5988 0.40541 0.632 0.000 0.368
#> GSM29907 1 0.6286 0.18383 0.536 0.000 0.464
#> GSM29910 1 0.2496 0.72657 0.928 0.004 0.068
#> GSM29957 1 0.6254 0.63893 0.776 0.116 0.108
#> GSM29960 1 0.0747 0.74059 0.984 0.000 0.016
#> GSM29963 1 0.5595 0.62508 0.756 0.016 0.228
#> GSM29964 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29967 2 0.4121 0.78494 0.000 0.832 0.168
#> GSM29970 3 0.2926 0.71085 0.036 0.040 0.924
#> GSM29973 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29976 3 0.3116 0.70443 0.108 0.000 0.892
#> GSM29979 2 0.7736 0.01919 0.052 0.548 0.400
#> GSM29982 2 0.9916 0.16984 0.316 0.396 0.288
#> GSM29985 3 0.2878 0.70992 0.096 0.000 0.904
#> GSM29988 3 0.8233 0.49785 0.116 0.272 0.612
#> GSM29991 2 0.9342 0.07279 0.168 0.452 0.380
#> GSM29994 1 0.6307 0.07520 0.512 0.000 0.488
#> GSM29997 1 0.7123 0.36606 0.604 0.032 0.364
#> GSM30000 1 0.6757 0.60450 0.736 0.084 0.180
#> GSM30003 3 0.4062 0.67465 0.164 0.000 0.836
#> GSM29965 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29968 2 0.4521 0.77556 0.004 0.816 0.180
#> GSM29971 3 0.3148 0.71509 0.048 0.036 0.916
#> GSM29974 2 0.0237 0.84446 0.000 0.996 0.004
#> GSM29977 3 0.3482 0.69566 0.128 0.000 0.872
#> GSM29980 3 0.6796 0.48372 0.020 0.368 0.612
#> GSM29983 1 0.7130 0.14976 0.544 0.024 0.432
#> GSM29986 3 0.1753 0.70616 0.048 0.000 0.952
#> GSM29989 3 0.7124 0.56398 0.056 0.272 0.672
#> GSM29992 3 0.8257 0.18209 0.084 0.372 0.544
#> GSM29995 1 0.0000 0.74289 1.000 0.000 0.000
#> GSM29998 3 0.7476 0.04455 0.452 0.036 0.512
#> GSM30001 3 0.7980 0.53053 0.172 0.168 0.660
#> GSM30004 3 0.4974 0.61304 0.236 0.000 0.764
#> GSM29966 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29969 2 0.4351 0.78254 0.004 0.828 0.168
#> GSM29972 3 0.3797 0.70068 0.052 0.056 0.892
#> GSM29975 2 0.0000 0.84570 0.000 1.000 0.000
#> GSM29978 3 0.1964 0.71401 0.056 0.000 0.944
#> GSM29981 2 0.4411 0.70723 0.016 0.844 0.140
#> GSM29984 2 0.6603 0.63224 0.020 0.648 0.332
#> GSM29987 3 0.0000 0.70461 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 3 0.8700 0.44670 0.148 0.276 0.576
#> GSM29993 2 0.6919 0.39294 0.016 0.536 0.448
#> GSM29996 1 0.4555 0.64989 0.800 0.000 0.200
#> GSM29999 3 0.6999 0.56284 0.052 0.268 0.680
#> GSM30002 3 0.8772 0.41574 0.120 0.364 0.516
#> GSM30005 3 0.1411 0.71350 0.036 0.000 0.964
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.4752 0.6694 0.008 0.800 0.068 0.124
#> GSM29786 2 0.5661 0.6040 0.000 0.700 0.080 0.220
#> GSM29789 2 0.2760 0.6947 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM29792 2 0.3311 0.6766 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM29795 2 0.7350 0.4673 0.220 0.600 0.156 0.024
#> GSM29798 2 0.5995 0.5701 0.000 0.660 0.084 0.256
#> GSM29801 4 0.6680 0.4817 0.316 0.040 0.040 0.604
#> GSM29804 4 0.5664 0.6418 0.124 0.000 0.156 0.720
#> GSM29807 3 0.6511 0.5790 0.000 0.172 0.640 0.188
#> GSM29816 4 0.5171 0.6527 0.112 0.000 0.128 0.760
#> GSM29821 4 0.7405 0.2872 0.396 0.020 0.100 0.484
#> GSM29824 1 0.4581 0.6598 0.800 0.000 0.080 0.120
#> GSM29827 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0188 0.7375 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29784 2 0.2408 0.7093 0.000 0.920 0.036 0.044
#> GSM29787 2 0.5496 0.6199 0.000 0.724 0.088 0.188
#> GSM29790 2 0.1557 0.7097 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM29793 2 0.3074 0.6792 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM29796 2 0.4283 0.6766 0.008 0.816 0.144 0.032
#> GSM29799 2 0.6434 0.2772 0.000 0.500 0.068 0.432
#> GSM29802 4 0.2466 0.6976 0.028 0.000 0.056 0.916
#> GSM29805 4 0.4700 0.6852 0.084 0.000 0.124 0.792
#> GSM29814 3 0.6739 0.5710 0.000 0.172 0.612 0.216
#> GSM29817 4 0.5763 0.6163 0.196 0.040 0.036 0.728
#> GSM29822 4 0.3856 0.6723 0.136 0.000 0.032 0.832
#> GSM29825 1 0.6644 0.1173 0.520 0.000 0.088 0.392
#> GSM29828 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0376 0.7378 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29834 1 0.0657 0.7358 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29785 2 0.1724 0.7123 0.000 0.948 0.032 0.020
#> GSM29788 2 0.5309 0.6377 0.000 0.744 0.092 0.164
#> GSM29791 2 0.2973 0.6893 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM29794 2 0.3649 0.6620 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM29797 2 0.4011 0.6754 0.000 0.784 0.208 0.008
#> GSM29800 2 0.5566 0.6044 0.000 0.704 0.072 0.224
#> GSM29803 4 0.3052 0.6737 0.000 0.004 0.136 0.860
#> GSM29806 4 0.5204 0.5839 0.004 0.032 0.252 0.712
#> GSM29815 3 0.6397 0.5767 0.000 0.184 0.652 0.164
#> GSM29819 4 0.3539 0.6618 0.004 0.000 0.176 0.820
#> GSM29823 4 0.8620 0.2975 0.292 0.056 0.192 0.460
#> GSM29826 4 0.6023 0.5684 0.060 0.000 0.328 0.612
#> GSM29829 1 0.2654 0.7032 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM29832 1 0.2469 0.7038 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM29835 1 0.3945 0.6770 0.828 0.024 0.144 0.004
#> GSM29836 2 0.3610 0.6584 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM29839 2 0.3199 0.7063 0.012 0.892 0.060 0.036
#> GSM29842 2 0.1722 0.7118 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM29845 2 0.6440 0.4345 0.000 0.564 0.080 0.356
#> GSM29848 2 0.6195 0.5659 0.000 0.648 0.100 0.252
#> GSM29851 4 0.4049 0.6418 0.212 0.000 0.008 0.780
#> GSM29854 4 0.4609 0.6608 0.024 0.000 0.224 0.752
#> GSM29857 4 0.4011 0.6238 0.008 0.000 0.208 0.784
#> GSM29860 2 0.4897 0.5137 0.008 0.660 0.332 0.000
#> GSM29863 4 0.6147 0.6318 0.192 0.016 0.092 0.700
#> GSM29866 1 0.0524 0.7376 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM29869 1 0.7379 0.3848 0.568 0.012 0.172 0.248
#> GSM29872 3 0.7965 0.4229 0.284 0.164 0.520 0.032
#> GSM29875 4 0.4718 0.5933 0.272 0.004 0.008 0.716
#> GSM29878 1 0.6605 0.3359 0.616 0.248 0.136 0.000
#> GSM29837 2 0.4655 0.5232 0.000 0.684 0.312 0.004
#> GSM29840 2 0.3053 0.7075 0.012 0.892 0.080 0.016
#> GSM29843 2 0.0707 0.7130 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM29846 2 0.6396 0.4322 0.000 0.564 0.076 0.360
#> GSM29849 2 0.6444 0.5311 0.000 0.612 0.104 0.284
#> GSM29852 4 0.3577 0.6636 0.156 0.000 0.012 0.832
#> GSM29855 4 0.3764 0.6833 0.012 0.000 0.172 0.816
#> GSM29858 4 0.4011 0.6229 0.008 0.000 0.208 0.784
#> GSM29861 2 0.5165 0.4813 0.008 0.636 0.352 0.004
#> GSM29864 4 0.6232 0.6111 0.208 0.016 0.088 0.688
#> GSM29867 1 0.5386 0.3765 0.632 0.000 0.024 0.344
#> GSM29870 1 0.6848 0.2849 0.548 0.004 0.100 0.348
#> GSM29873 3 0.8209 0.5637 0.176 0.160 0.572 0.092
#> GSM29876 4 0.3731 0.6806 0.120 0.000 0.036 0.844
#> GSM29879 1 0.8858 0.1775 0.492 0.232 0.168 0.108
#> GSM29838 2 0.4008 0.6164 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM29841 2 0.3280 0.7004 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM29844 2 0.1940 0.7092 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM29847 2 0.5548 0.6157 0.000 0.716 0.084 0.200
#> GSM29850 2 0.6240 0.6020 0.000 0.664 0.136 0.200
#> GSM29853 4 0.4406 0.6549 0.044 0.004 0.144 0.808
#> GSM29856 4 0.6451 0.4884 0.036 0.020 0.396 0.548
#> GSM29859 4 0.5626 0.3258 0.000 0.028 0.384 0.588
#> GSM29862 2 0.4817 0.4519 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM29865 4 0.4121 0.6488 0.000 0.020 0.184 0.796
#> GSM29868 1 0.6731 0.5175 0.624 0.008 0.248 0.120
#> GSM29871 3 0.6286 0.3148 0.000 0.064 0.552 0.384
#> GSM29874 3 0.7190 0.3078 0.184 0.272 0.544 0.000
#> GSM29877 4 0.3913 0.6710 0.148 0.000 0.028 0.824
#> GSM29880 2 0.4990 0.4880 0.008 0.640 0.352 0.000
#> GSM29881 4 0.3945 0.6579 0.004 0.000 0.216 0.780
#> GSM29884 2 0.2081 0.7024 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM29887 2 0.1716 0.7077 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM29890 1 0.5265 0.6054 0.748 0.000 0.160 0.092
#> GSM29893 1 0.0804 0.7361 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM29896 1 0.0376 0.7382 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29899 1 0.3621 0.7044 0.860 0.000 0.072 0.068
#> GSM29902 1 0.7332 0.0455 0.448 0.000 0.396 0.156
#> GSM29905 1 0.7001 0.2831 0.544 0.000 0.316 0.140
#> GSM29908 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0376 0.7381 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM29958 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0188 0.7377 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29882 4 0.4963 0.6676 0.068 0.004 0.152 0.776
#> GSM29885 2 0.1824 0.7095 0.000 0.936 0.060 0.004
#> GSM29888 2 0.2773 0.6930 0.000 0.880 0.116 0.004
#> GSM29891 1 0.7879 -0.0100 0.380 0.000 0.288 0.332
#> GSM29894 1 0.1059 0.7350 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM29897 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.7169 0.3254 0.528 0.000 0.160 0.312
#> GSM29903 1 0.6897 0.3571 0.572 0.000 0.284 0.144
#> GSM29906 1 0.7172 0.2689 0.532 0.000 0.304 0.164
#> GSM29909 1 0.4869 0.6281 0.780 0.000 0.132 0.088
#> GSM29956 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.7380 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29883 4 0.4122 0.6596 0.004 0.000 0.236 0.760
#> GSM29886 2 0.1022 0.7131 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM29889 2 0.2081 0.7023 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM29892 1 0.6464 0.3453 0.540 0.000 0.384 0.076
#> GSM29895 1 0.4160 0.6576 0.792 0.004 0.192 0.012
#> GSM29898 1 0.7240 0.1724 0.456 0.000 0.400 0.144
#> GSM29901 4 0.7641 0.1765 0.208 0.000 0.376 0.416
#> GSM29904 3 0.6149 -0.2289 0.476 0.000 0.476 0.048
#> GSM29907 3 0.7387 -0.0115 0.392 0.000 0.444 0.164
#> GSM29910 1 0.3257 0.6814 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM29957 1 0.6098 0.5528 0.684 0.088 0.220 0.008
#> GSM29960 1 0.2530 0.7035 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM29963 1 0.5510 0.5586 0.684 0.008 0.276 0.032
#> GSM29964 2 0.3873 0.6198 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM29967 2 0.5247 0.6554 0.000 0.720 0.228 0.052
#> GSM29970 3 0.5991 0.2174 0.020 0.024 0.620 0.336
#> GSM29973 2 0.4428 0.5688 0.000 0.720 0.276 0.004
#> GSM29976 4 0.4955 0.4408 0.008 0.000 0.344 0.648
#> GSM29979 3 0.5990 0.4634 0.000 0.284 0.644 0.072
#> GSM29982 2 0.9859 0.1173 0.208 0.328 0.260 0.204
#> GSM29985 4 0.4744 0.5887 0.012 0.000 0.284 0.704
#> GSM29988 3 0.6139 0.5821 0.012 0.120 0.704 0.164
#> GSM29991 3 0.8845 0.1848 0.060 0.360 0.380 0.200
#> GSM29994 3 0.7554 0.1024 0.376 0.000 0.432 0.192
#> GSM29997 3 0.6690 0.2206 0.352 0.000 0.548 0.100
#> GSM30000 1 0.6273 0.4591 0.648 0.020 0.280 0.052
#> GSM30003 4 0.4008 0.6656 0.032 0.000 0.148 0.820
#> GSM29965 2 0.4483 0.5627 0.000 0.712 0.284 0.004
#> GSM29968 2 0.5102 0.6536 0.000 0.748 0.188 0.064
#> GSM29971 3 0.5995 -0.0303 0.012 0.020 0.520 0.448
#> GSM29974 2 0.4699 0.5104 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM29977 4 0.5003 0.5004 0.016 0.000 0.308 0.676
#> GSM29980 3 0.6267 0.5829 0.000 0.188 0.664 0.148
#> GSM29983 1 0.9302 -0.0804 0.380 0.100 0.212 0.308
#> GSM29986 4 0.3534 0.6800 0.004 0.008 0.148 0.840
#> GSM29989 3 0.6106 0.5631 0.004 0.108 0.684 0.204
#> GSM29992 3 0.8466 0.0925 0.020 0.316 0.348 0.316
#> GSM29995 1 0.1629 0.7294 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM29998 3 0.7386 0.3729 0.268 0.012 0.560 0.160
#> GSM30001 3 0.7972 0.4110 0.088 0.076 0.536 0.300
#> GSM30004 4 0.4534 0.6707 0.068 0.000 0.132 0.800
#> GSM29966 2 0.4008 0.6012 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM29969 2 0.4677 0.6674 0.000 0.768 0.192 0.040
#> GSM29972 3 0.5652 0.2980 0.024 0.036 0.716 0.224
#> GSM29975 2 0.4509 0.5561 0.000 0.708 0.288 0.004
#> GSM29978 4 0.5088 0.4123 0.004 0.000 0.424 0.572
#> GSM29981 3 0.5562 0.1660 0.008 0.360 0.616 0.016
#> GSM29984 2 0.8015 0.3747 0.016 0.476 0.288 0.220
#> GSM29987 4 0.3870 0.6713 0.000 0.004 0.208 0.788
#> GSM29990 3 0.5080 0.5938 0.016 0.136 0.784 0.064
#> GSM29993 2 0.7733 0.0647 0.004 0.444 0.352 0.200
#> GSM29996 1 0.6337 0.3895 0.568 0.000 0.360 0.072
#> GSM29999 3 0.5691 0.5671 0.004 0.100 0.724 0.172
#> GSM30002 3 0.7064 0.5717 0.052 0.152 0.664 0.132
#> GSM30005 4 0.3710 0.6631 0.000 0.004 0.192 0.804
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.6652 -0.15754 0.000 0.444 0.112 0.416 0.028
#> GSM29786 4 0.6250 0.41061 0.000 0.300 0.156 0.540 0.004
#> GSM29789 2 0.2381 0.58826 0.004 0.908 0.000 0.036 0.052
#> GSM29792 2 0.2812 0.59807 0.004 0.876 0.000 0.024 0.096
#> GSM29795 4 0.7107 0.17811 0.204 0.352 0.004 0.424 0.016
#> GSM29798 4 0.6393 0.41917 0.000 0.308 0.172 0.516 0.004
#> GSM29801 3 0.6781 0.45846 0.268 0.040 0.568 0.116 0.008
#> GSM29804 3 0.6193 0.56576 0.116 0.000 0.660 0.068 0.156
#> GSM29807 5 0.5177 0.44465 0.000 0.224 0.040 0.036 0.700
#> GSM29816 3 0.5808 0.57139 0.068 0.004 0.680 0.048 0.200
#> GSM29821 3 0.8219 0.33539 0.300 0.056 0.408 0.204 0.032
#> GSM29824 1 0.6034 0.53376 0.680 0.000 0.116 0.128 0.076
#> GSM29827 1 0.0451 0.71933 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM29830 1 0.1074 0.71809 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> GSM29833 1 0.0324 0.71938 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29784 2 0.5521 0.14754 0.000 0.564 0.036 0.380 0.020
#> GSM29787 4 0.5865 0.37962 0.000 0.360 0.108 0.532 0.000
#> GSM29790 2 0.3055 0.53487 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016
#> GSM29793 2 0.3037 0.60920 0.000 0.860 0.000 0.040 0.100
#> GSM29796 2 0.4959 0.05996 0.008 0.576 0.004 0.400 0.012
#> GSM29799 4 0.6845 0.44217 0.000 0.212 0.312 0.464 0.012
#> GSM29802 3 0.3149 0.61243 0.012 0.000 0.868 0.040 0.080
#> GSM29805 3 0.5200 0.60416 0.068 0.000 0.736 0.048 0.148
#> GSM29814 5 0.5324 0.46729 0.000 0.204 0.068 0.028 0.700
#> GSM29817 3 0.6272 0.55340 0.136 0.032 0.676 0.128 0.028
#> GSM29822 3 0.5371 0.58721 0.080 0.000 0.724 0.148 0.048
#> GSM29825 1 0.8047 -0.09390 0.388 0.000 0.316 0.164 0.132
#> GSM29828 1 0.0613 0.71960 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM29831 1 0.0740 0.71915 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM29834 1 0.1059 0.71674 0.968 0.004 0.008 0.020 0.000
#> GSM29785 2 0.5108 0.23540 0.000 0.616 0.020 0.344 0.020
#> GSM29788 4 0.5825 0.35545 0.000 0.360 0.104 0.536 0.000
#> GSM29791 2 0.3244 0.55799 0.000 0.860 0.008 0.084 0.048
#> GSM29794 2 0.3482 0.58553 0.000 0.844 0.008 0.052 0.096
#> GSM29797 2 0.4999 0.24973 0.000 0.616 0.008 0.348 0.028
#> GSM29800 4 0.6519 0.41380 0.000 0.304 0.176 0.512 0.008
#> GSM29803 3 0.4176 0.57513 0.000 0.008 0.796 0.116 0.080
#> GSM29806 3 0.5879 0.49782 0.000 0.024 0.640 0.100 0.236
#> GSM29815 5 0.6001 0.41820 0.000 0.224 0.076 0.052 0.648
#> GSM29819 3 0.4718 0.57844 0.000 0.000 0.728 0.092 0.180
#> GSM29823 3 0.8832 0.17476 0.228 0.116 0.340 0.284 0.032
#> GSM29826 3 0.7556 0.38834 0.060 0.000 0.452 0.240 0.248
#> GSM29829 1 0.3313 0.67929 0.872 0.004 0.048 0.028 0.048
#> GSM29832 1 0.3508 0.67876 0.868 0.016 0.036 0.032 0.048
#> GSM29835 1 0.6011 0.57504 0.704 0.128 0.024 0.100 0.044
#> GSM29836 2 0.3309 0.60190 0.000 0.836 0.000 0.036 0.128
#> GSM29839 2 0.4189 0.38598 0.008 0.760 0.020 0.208 0.004
#> GSM29842 2 0.4605 0.42034 0.000 0.692 0.004 0.272 0.032
#> GSM29845 4 0.6775 0.44652 0.000 0.236 0.256 0.496 0.012
#> GSM29848 4 0.6158 0.36577 0.000 0.384 0.136 0.480 0.000
#> GSM29851 3 0.4655 0.58212 0.140 0.000 0.764 0.080 0.016
#> GSM29854 3 0.6487 0.54850 0.036 0.000 0.596 0.220 0.148
#> GSM29857 3 0.4930 0.55204 0.000 0.000 0.684 0.072 0.244
#> GSM29860 2 0.4557 0.50843 0.004 0.700 0.000 0.032 0.264
#> GSM29863 3 0.6388 0.53577 0.184 0.004 0.628 0.148 0.036
#> GSM29866 1 0.1686 0.71634 0.944 0.000 0.028 0.008 0.020
#> GSM29869 1 0.8671 -0.06936 0.332 0.084 0.228 0.036 0.320
#> GSM29872 5 0.6866 0.39897 0.156 0.208 0.016 0.032 0.588
#> GSM29875 3 0.5864 0.55817 0.188 0.000 0.672 0.096 0.044
#> GSM29878 2 0.6854 0.20510 0.320 0.524 0.004 0.044 0.108
#> GSM29837 2 0.6316 0.43135 0.000 0.520 0.004 0.156 0.320
#> GSM29840 2 0.3971 0.42935 0.012 0.796 0.008 0.168 0.016
#> GSM29843 2 0.3534 0.40580 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM29846 4 0.6828 0.43200 0.000 0.256 0.248 0.484 0.012
#> GSM29849 4 0.6385 0.38961 0.000 0.352 0.176 0.472 0.000
#> GSM29852 3 0.4536 0.58325 0.092 0.000 0.784 0.100 0.024
#> GSM29855 3 0.5463 0.55121 0.000 0.004 0.644 0.256 0.096
#> GSM29858 3 0.4823 0.53540 0.008 0.000 0.688 0.040 0.264
#> GSM29861 2 0.4527 0.50247 0.004 0.696 0.000 0.028 0.272
#> GSM29864 3 0.5931 0.53536 0.160 0.004 0.656 0.164 0.016
#> GSM29867 1 0.5878 0.19839 0.544 0.000 0.376 0.020 0.060
#> GSM29870 1 0.8214 0.00119 0.384 0.028 0.332 0.060 0.196
#> GSM29873 5 0.6353 0.45435 0.060 0.200 0.040 0.040 0.660
#> GSM29876 3 0.4923 0.59592 0.076 0.000 0.768 0.096 0.060
#> GSM29879 2 0.9250 -0.11610 0.212 0.368 0.156 0.068 0.196
#> GSM29838 2 0.5060 0.57628 0.000 0.684 0.000 0.092 0.224
#> GSM29841 2 0.3727 0.47187 0.000 0.812 0.016 0.152 0.020
#> GSM29844 2 0.2828 0.52449 0.000 0.872 0.004 0.104 0.020
#> GSM29847 4 0.6242 0.38836 0.000 0.312 0.136 0.544 0.008
#> GSM29850 2 0.5857 -0.30080 0.000 0.460 0.096 0.444 0.000
#> GSM29853 3 0.5066 0.54800 0.024 0.024 0.752 0.160 0.040
#> GSM29856 4 0.7017 -0.31003 0.008 0.020 0.392 0.432 0.148
#> GSM29859 3 0.6162 0.27161 0.000 0.044 0.516 0.048 0.392
#> GSM29862 2 0.5341 0.48684 0.008 0.672 0.016 0.044 0.260
#> GSM29865 3 0.5470 0.51395 0.008 0.008 0.668 0.244 0.072
#> GSM29868 1 0.8558 0.34612 0.484 0.060 0.136 0.152 0.168
#> GSM29871 5 0.5998 0.34543 0.008 0.080 0.252 0.024 0.636
#> GSM29874 2 0.7900 -0.00904 0.068 0.400 0.036 0.104 0.392
#> GSM29877 3 0.5100 0.58575 0.096 0.000 0.748 0.116 0.040
#> GSM29880 2 0.5054 0.52068 0.008 0.716 0.012 0.052 0.212
#> GSM29881 3 0.6462 0.43776 0.000 0.004 0.484 0.344 0.168
#> GSM29884 2 0.4429 0.54346 0.000 0.744 0.000 0.192 0.064
#> GSM29887 2 0.3882 0.54967 0.000 0.788 0.000 0.168 0.044
#> GSM29890 1 0.6466 0.26446 0.536 0.000 0.100 0.032 0.332
#> GSM29893 1 0.1467 0.71685 0.956 0.008 0.016 0.016 0.004
#> GSM29896 1 0.1074 0.71981 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> GSM29899 1 0.4406 0.65894 0.804 0.000 0.068 0.056 0.072
#> GSM29902 5 0.6321 0.16300 0.352 0.000 0.088 0.028 0.532
#> GSM29905 1 0.6262 0.06919 0.464 0.000 0.072 0.028 0.436
#> GSM29908 1 0.0324 0.71858 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.1209 0.71729 0.964 0.000 0.012 0.012 0.012
#> GSM29958 1 0.0162 0.71859 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0404 0.71827 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.6479 0.47643 0.024 0.000 0.528 0.332 0.116
#> GSM29885 2 0.4295 0.51113 0.000 0.740 0.000 0.216 0.044
#> GSM29888 2 0.4537 0.55268 0.000 0.740 0.000 0.184 0.076
#> GSM29891 5 0.7477 0.13003 0.276 0.000 0.252 0.044 0.428
#> GSM29894 1 0.2625 0.70034 0.900 0.000 0.040 0.048 0.012
#> GSM29897 1 0.0324 0.71938 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29900 1 0.7919 0.11576 0.408 0.000 0.292 0.096 0.204
#> GSM29903 5 0.6997 -0.04125 0.408 0.000 0.132 0.040 0.420
#> GSM29906 1 0.6604 0.08701 0.464 0.000 0.100 0.032 0.404
#> GSM29909 1 0.5794 0.48184 0.660 0.008 0.072 0.024 0.236
#> GSM29956 1 0.0486 0.71940 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM29959 1 0.0324 0.71938 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.0486 0.71986 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM29883 3 0.6412 0.43011 0.004 0.000 0.480 0.360 0.156
#> GSM29886 2 0.2921 0.56176 0.000 0.856 0.000 0.124 0.020
#> GSM29889 2 0.3075 0.59007 0.000 0.860 0.000 0.092 0.048
#> GSM29892 5 0.7187 -0.11270 0.408 0.000 0.100 0.076 0.416
#> GSM29895 1 0.6581 0.55264 0.668 0.084 0.044 0.148 0.056
#> GSM29898 1 0.8089 -0.01462 0.352 0.000 0.168 0.132 0.348
#> GSM29901 3 0.8418 0.13140 0.188 0.000 0.324 0.188 0.300
#> GSM29904 5 0.6764 -0.02557 0.384 0.004 0.048 0.080 0.484
#> GSM29907 5 0.7672 0.16774 0.288 0.000 0.160 0.096 0.456
#> GSM29910 1 0.5747 0.60651 0.736 0.040 0.048 0.072 0.104
#> GSM29957 1 0.7345 0.46728 0.604 0.120 0.040 0.084 0.152
#> GSM29960 1 0.4447 0.65546 0.820 0.048 0.028 0.056 0.048
#> GSM29963 1 0.7249 0.44856 0.592 0.032 0.060 0.128 0.188
#> GSM29964 2 0.5644 0.55997 0.000 0.628 0.000 0.144 0.228
#> GSM29967 4 0.5250 0.27922 0.000 0.280 0.016 0.656 0.048
#> GSM29970 4 0.6937 -0.19880 0.004 0.004 0.228 0.384 0.380
#> GSM29973 2 0.5929 0.52438 0.000 0.584 0.000 0.156 0.260
#> GSM29976 3 0.6610 0.29711 0.028 0.000 0.460 0.108 0.404
#> GSM29979 5 0.7314 0.29851 0.004 0.232 0.060 0.180 0.524
#> GSM29982 4 0.7837 0.20044 0.116 0.160 0.128 0.556 0.040
#> GSM29985 3 0.6841 0.45646 0.008 0.000 0.456 0.288 0.248
#> GSM29988 5 0.3170 0.54066 0.004 0.076 0.036 0.012 0.872
#> GSM29991 4 0.8559 0.30232 0.020 0.152 0.164 0.404 0.260
#> GSM29994 5 0.6269 0.29077 0.284 0.000 0.092 0.036 0.588
#> GSM29997 5 0.5625 0.43341 0.196 0.004 0.072 0.036 0.692
#> GSM30000 1 0.7357 0.22965 0.528 0.036 0.044 0.100 0.292
#> GSM30003 3 0.4873 0.57156 0.016 0.000 0.716 0.048 0.220
#> GSM29965 2 0.6133 0.50327 0.000 0.544 0.000 0.164 0.292
#> GSM29968 4 0.4915 0.31865 0.000 0.268 0.020 0.684 0.028
#> GSM29971 4 0.6714 -0.22372 0.000 0.000 0.268 0.420 0.312
#> GSM29974 2 0.6177 0.45368 0.000 0.532 0.000 0.164 0.304
#> GSM29977 3 0.6516 0.33802 0.024 0.000 0.484 0.108 0.384
#> GSM29980 5 0.7306 0.35800 0.000 0.200 0.088 0.176 0.536
#> GSM29983 4 0.7620 -0.02125 0.168 0.056 0.228 0.524 0.024
#> GSM29986 3 0.5476 0.53173 0.004 0.000 0.632 0.276 0.088
#> GSM29989 5 0.3573 0.52631 0.000 0.072 0.072 0.012 0.844
#> GSM29992 4 0.8603 0.27371 0.020 0.132 0.224 0.396 0.228
#> GSM29995 1 0.3932 0.64518 0.820 0.000 0.032 0.032 0.116
#> GSM29998 5 0.5615 0.43673 0.148 0.008 0.100 0.032 0.712
#> GSM30001 5 0.8104 0.28409 0.072 0.052 0.200 0.164 0.512
#> GSM30004 3 0.5654 0.53789 0.048 0.000 0.660 0.048 0.244
#> GSM29966 2 0.5472 0.55179 0.000 0.632 0.000 0.108 0.260
#> GSM29969 4 0.5009 0.25847 0.000 0.324 0.012 0.636 0.028
#> GSM29972 4 0.6871 -0.10313 0.000 0.016 0.180 0.428 0.376
#> GSM29975 2 0.6005 0.50715 0.000 0.568 0.000 0.156 0.276
#> GSM29978 3 0.5931 0.30096 0.000 0.000 0.460 0.104 0.436
#> GSM29981 5 0.7593 0.02948 0.000 0.332 0.048 0.240 0.380
#> GSM29984 4 0.6650 0.26434 0.008 0.168 0.156 0.620 0.048
#> GSM29987 3 0.5831 0.50995 0.000 0.000 0.580 0.292 0.128
#> GSM29990 5 0.4932 0.52644 0.000 0.108 0.080 0.048 0.764
#> GSM29993 4 0.8166 0.35995 0.000 0.192 0.188 0.424 0.196
#> GSM29996 1 0.7103 0.13124 0.448 0.000 0.088 0.080 0.384
#> GSM29999 5 0.3021 0.52467 0.000 0.052 0.052 0.016 0.880
#> GSM30002 5 0.8359 0.36324 0.028 0.116 0.164 0.236 0.456
#> GSM30005 3 0.4686 0.57674 0.000 0.000 0.736 0.104 0.160
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.4006 0.61164 0.000 0.092 0.104 0.788 0.004 0.012
#> GSM29786 4 0.3628 0.68191 0.000 0.040 0.084 0.824 0.052 0.000
#> GSM29789 2 0.3093 0.55006 0.000 0.816 0.000 0.164 0.008 0.012
#> GSM29792 2 0.2555 0.57933 0.000 0.876 0.000 0.096 0.008 0.020
#> GSM29795 1 0.8167 -0.21775 0.288 0.208 0.008 0.248 0.236 0.012
#> GSM29798 4 0.3603 0.67494 0.000 0.032 0.116 0.816 0.036 0.000
#> GSM29801 3 0.8502 0.21844 0.240 0.052 0.372 0.140 0.176 0.020
#> GSM29804 3 0.5813 0.43862 0.108 0.004 0.684 0.024 0.072 0.108
#> GSM29807 6 0.6737 0.25244 0.000 0.296 0.120 0.020 0.060 0.504
#> GSM29816 3 0.6654 0.41092 0.064 0.004 0.588 0.028 0.144 0.172
#> GSM29821 5 0.8397 -0.09346 0.224 0.044 0.296 0.076 0.328 0.032
#> GSM29824 1 0.5894 0.52372 0.636 0.000 0.104 0.008 0.184 0.068
#> GSM29827 1 0.0858 0.71186 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM29830 1 0.2201 0.70413 0.912 0.000 0.032 0.000 0.028 0.028
#> GSM29833 1 0.0893 0.71305 0.972 0.004 0.016 0.000 0.004 0.004
#> GSM29784 4 0.4313 0.45969 0.004 0.232 0.028 0.720 0.004 0.012
#> GSM29787 4 0.4396 0.64647 0.000 0.076 0.052 0.768 0.104 0.000
#> GSM29790 2 0.3714 0.43958 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004 0.000
#> GSM29793 2 0.3020 0.58334 0.000 0.824 0.000 0.156 0.008 0.012
#> GSM29796 2 0.6877 0.00263 0.040 0.404 0.008 0.364 0.180 0.004
#> GSM29799 4 0.3602 0.61017 0.000 0.000 0.208 0.760 0.032 0.000
#> GSM29802 3 0.4507 0.50069 0.004 0.004 0.772 0.076 0.100 0.044
#> GSM29805 3 0.4801 0.48838 0.068 0.004 0.760 0.012 0.060 0.096
#> GSM29814 6 0.6800 0.30066 0.000 0.272 0.136 0.016 0.068 0.508
#> GSM29817 3 0.6965 0.37643 0.088 0.020 0.552 0.076 0.240 0.024
#> GSM29822 3 0.6689 0.35142 0.040 0.004 0.532 0.068 0.296 0.060
#> GSM29825 1 0.7549 -0.09763 0.348 0.004 0.276 0.008 0.276 0.088
#> GSM29828 1 0.0862 0.71215 0.972 0.000 0.008 0.000 0.004 0.016
#> GSM29831 1 0.1464 0.70964 0.944 0.000 0.036 0.000 0.004 0.016
#> GSM29834 1 0.2145 0.70240 0.916 0.000 0.044 0.004 0.020 0.016
#> GSM29785 4 0.4426 0.35782 0.000 0.296 0.004 0.664 0.028 0.008
#> GSM29788 4 0.4171 0.66822 0.000 0.084 0.060 0.788 0.068 0.000
#> GSM29791 2 0.3299 0.53248 0.000 0.820 0.000 0.140 0.028 0.012
#> GSM29794 2 0.3076 0.56817 0.000 0.852 0.000 0.096 0.024 0.028
#> GSM29797 2 0.6023 0.31336 0.012 0.552 0.000 0.204 0.224 0.008
#> GSM29800 4 0.3436 0.67808 0.000 0.020 0.136 0.816 0.028 0.000
#> GSM29803 3 0.5530 0.45234 0.000 0.012 0.680 0.140 0.120 0.048
#> GSM29806 3 0.5922 0.41503 0.004 0.020 0.664 0.064 0.100 0.148
#> GSM29815 6 0.7153 0.23720 0.000 0.284 0.156 0.032 0.060 0.468
#> GSM29819 3 0.4252 0.46902 0.000 0.000 0.780 0.052 0.072 0.096
#> GSM29823 5 0.8821 0.13968 0.132 0.152 0.188 0.112 0.388 0.028
#> GSM29826 5 0.6435 -0.03446 0.040 0.000 0.400 0.004 0.420 0.136
#> GSM29829 1 0.4346 0.65618 0.796 0.032 0.024 0.004 0.056 0.088
#> GSM29832 1 0.4071 0.66436 0.816 0.028 0.024 0.004 0.064 0.064
#> GSM29835 1 0.6349 0.49408 0.588 0.232 0.004 0.020 0.108 0.048
#> GSM29836 2 0.4505 0.58263 0.000 0.748 0.000 0.148 0.048 0.056
#> GSM29839 2 0.4797 0.28521 0.032 0.568 0.004 0.388 0.008 0.000
#> GSM29842 4 0.4543 0.09646 0.000 0.332 0.008 0.632 0.012 0.016
#> GSM29845 4 0.3976 0.63765 0.000 0.008 0.180 0.764 0.044 0.004
#> GSM29848 4 0.5279 0.57997 0.000 0.108 0.084 0.696 0.112 0.000
#> GSM29851 3 0.6331 0.46114 0.124 0.004 0.628 0.116 0.112 0.016
#> GSM29854 3 0.6236 0.21296 0.028 0.004 0.548 0.028 0.312 0.080
#> GSM29857 3 0.4502 0.47986 0.000 0.008 0.752 0.052 0.032 0.156
#> GSM29860 2 0.3912 0.55937 0.004 0.784 0.004 0.036 0.012 0.160
#> GSM29863 3 0.7338 0.28532 0.136 0.008 0.496 0.096 0.240 0.024
#> GSM29866 1 0.2985 0.69714 0.872 0.000 0.048 0.004 0.032 0.044
#> GSM29869 1 0.8912 -0.11313 0.296 0.112 0.188 0.028 0.092 0.284
#> GSM29872 6 0.7661 0.25757 0.148 0.268 0.044 0.024 0.052 0.464
#> GSM29875 3 0.7291 0.34825 0.176 0.004 0.500 0.056 0.220 0.044
#> GSM29878 2 0.6010 0.37297 0.216 0.632 0.008 0.024 0.036 0.084
#> GSM29837 2 0.7278 0.43158 0.000 0.492 0.040 0.192 0.068 0.208
#> GSM29840 2 0.4815 0.42367 0.020 0.684 0.008 0.252 0.028 0.008
#> GSM29843 2 0.4538 0.17903 0.004 0.508 0.000 0.468 0.008 0.012
#> GSM29846 4 0.4082 0.64885 0.000 0.020 0.168 0.768 0.040 0.004
#> GSM29849 4 0.5753 0.51660 0.000 0.108 0.100 0.648 0.144 0.000
#> GSM29852 3 0.5819 0.46399 0.052 0.004 0.676 0.080 0.156 0.032
#> GSM29855 3 0.5244 0.07692 0.004 0.008 0.528 0.032 0.412 0.016
#> GSM29858 3 0.3691 0.48893 0.000 0.004 0.796 0.024 0.020 0.156
#> GSM29861 2 0.3545 0.54001 0.000 0.792 0.008 0.012 0.012 0.176
#> GSM29864 3 0.7320 0.33751 0.120 0.008 0.504 0.148 0.204 0.016
#> GSM29867 1 0.6599 0.19567 0.508 0.004 0.316 0.012 0.100 0.060
#> GSM29870 3 0.8547 0.14575 0.252 0.020 0.332 0.044 0.136 0.216
#> GSM29873 6 0.7493 0.30859 0.064 0.252 0.100 0.012 0.072 0.500
#> GSM29876 3 0.6410 0.41171 0.040 0.004 0.592 0.060 0.240 0.064
#> GSM29879 2 0.9290 -0.04260 0.160 0.344 0.160 0.064 0.104 0.168
#> GSM29838 2 0.5694 0.55099 0.000 0.640 0.004 0.192 0.048 0.116
#> GSM29841 2 0.4216 0.45813 0.000 0.720 0.000 0.228 0.040 0.012
#> GSM29844 2 0.4150 0.47590 0.000 0.720 0.000 0.236 0.028 0.016
#> GSM29847 4 0.4461 0.66722 0.000 0.052 0.080 0.776 0.084 0.008
#> GSM29850 4 0.6023 0.51558 0.000 0.196 0.068 0.612 0.120 0.004
#> GSM29853 3 0.6814 0.41157 0.012 0.028 0.572 0.172 0.168 0.048
#> GSM29856 5 0.6217 0.37538 0.012 0.040 0.220 0.064 0.624 0.040
#> GSM29859 3 0.5969 0.36866 0.000 0.040 0.628 0.036 0.076 0.220
#> GSM29862 2 0.3384 0.55094 0.000 0.820 0.000 0.016 0.032 0.132
#> GSM29865 3 0.6117 0.34970 0.000 0.012 0.576 0.184 0.204 0.024
#> GSM29868 1 0.8923 0.26233 0.388 0.152 0.108 0.040 0.180 0.132
#> GSM29871 6 0.7027 0.28139 0.004 0.148 0.276 0.008 0.084 0.480
#> GSM29874 2 0.6708 0.17879 0.084 0.536 0.012 0.016 0.068 0.284
#> GSM29877 3 0.6640 0.38573 0.056 0.004 0.552 0.056 0.276 0.056
#> GSM29880 2 0.3836 0.55465 0.004 0.812 0.004 0.028 0.040 0.112
#> GSM29881 5 0.6197 0.31801 0.000 0.004 0.244 0.048 0.564 0.140
#> GSM29884 2 0.4991 0.34510 0.000 0.504 0.000 0.444 0.032 0.020
#> GSM29887 2 0.4783 0.35939 0.000 0.520 0.000 0.440 0.024 0.016
#> GSM29890 6 0.6932 0.05769 0.376 0.004 0.112 0.004 0.092 0.412
#> GSM29893 1 0.2451 0.70406 0.892 0.004 0.016 0.000 0.076 0.012
#> GSM29896 1 0.2971 0.69442 0.868 0.000 0.020 0.004 0.036 0.072
#> GSM29899 1 0.6034 0.48879 0.612 0.004 0.060 0.000 0.160 0.164
#> GSM29902 6 0.5788 0.39418 0.244 0.000 0.096 0.008 0.040 0.612
#> GSM29905 6 0.6165 0.28736 0.296 0.000 0.100 0.008 0.048 0.548
#> GSM29908 1 0.0622 0.71166 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM29955 1 0.1693 0.70504 0.936 0.000 0.012 0.000 0.020 0.032
#> GSM29958 1 0.0291 0.71055 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.1036 0.71327 0.964 0.000 0.004 0.000 0.008 0.024
#> GSM29882 5 0.5273 0.23112 0.008 0.004 0.272 0.016 0.636 0.064
#> GSM29885 4 0.4761 -0.30821 0.000 0.468 0.000 0.492 0.032 0.008
#> GSM29888 2 0.5168 0.35835 0.000 0.516 0.000 0.420 0.032 0.032
#> GSM29891 6 0.7062 0.22722 0.192 0.000 0.236 0.004 0.100 0.468
#> GSM29894 1 0.4321 0.64464 0.780 0.000 0.076 0.004 0.096 0.044
#> GSM29897 1 0.1293 0.71305 0.956 0.004 0.020 0.000 0.016 0.004
#> GSM29900 3 0.8062 0.04223 0.232 0.000 0.268 0.016 0.248 0.236
#> GSM29903 6 0.6918 0.29480 0.252 0.000 0.156 0.004 0.100 0.488
#> GSM29906 6 0.6533 0.25878 0.308 0.000 0.148 0.008 0.044 0.492
#> GSM29909 1 0.6705 0.31658 0.552 0.016 0.076 0.012 0.084 0.260
#> GSM29956 1 0.0653 0.71283 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> GSM29959 1 0.0405 0.71140 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.1592 0.71338 0.940 0.000 0.020 0.000 0.008 0.032
#> GSM29883 5 0.5536 0.27836 0.008 0.004 0.264 0.024 0.624 0.076
#> GSM29886 2 0.4546 0.42395 0.000 0.580 0.000 0.388 0.020 0.012
#> GSM29889 2 0.4260 0.48549 0.000 0.640 0.000 0.332 0.024 0.004
#> GSM29892 6 0.7206 0.35771 0.212 0.028 0.080 0.012 0.136 0.532
#> GSM29895 1 0.7163 0.49778 0.564 0.132 0.020 0.032 0.172 0.080
#> GSM29898 6 0.7792 0.25334 0.204 0.012 0.112 0.016 0.240 0.416
#> GSM29901 5 0.8259 0.08047 0.132 0.012 0.220 0.032 0.348 0.256
#> GSM29904 6 0.6675 0.37690 0.184 0.028 0.052 0.012 0.132 0.592
#> GSM29907 6 0.7794 0.31941 0.192 0.020 0.152 0.036 0.112 0.488
#> GSM29910 1 0.6497 0.52781 0.620 0.100 0.016 0.012 0.104 0.148
#> GSM29957 1 0.7955 0.38107 0.496 0.144 0.032 0.044 0.120 0.164
#> GSM29960 1 0.4822 0.62636 0.752 0.116 0.004 0.012 0.076 0.040
#> GSM29963 1 0.7603 0.39896 0.512 0.080 0.048 0.016 0.172 0.172
#> GSM29964 2 0.5882 0.49531 0.000 0.552 0.000 0.288 0.028 0.132
#> GSM29967 5 0.5740 0.03100 0.000 0.084 0.004 0.440 0.452 0.020
#> GSM29970 5 0.5072 0.44755 0.012 0.012 0.036 0.020 0.680 0.240
#> GSM29973 2 0.6566 0.48286 0.000 0.516 0.004 0.248 0.056 0.176
#> GSM29976 6 0.6623 0.13104 0.028 0.004 0.268 0.004 0.224 0.472
#> GSM29979 6 0.8201 0.07078 0.000 0.288 0.080 0.088 0.212 0.332
#> GSM29982 5 0.6000 0.47531 0.036 0.156 0.032 0.120 0.652 0.004
#> GSM29985 5 0.6033 0.28508 0.012 0.004 0.220 0.004 0.556 0.204
#> GSM29988 6 0.4055 0.46270 0.004 0.116 0.024 0.004 0.056 0.796
#> GSM29991 4 0.6908 0.32745 0.020 0.008 0.124 0.528 0.064 0.256
#> GSM29994 6 0.5564 0.42548 0.188 0.000 0.100 0.004 0.052 0.656
#> GSM29997 6 0.5147 0.46113 0.124 0.040 0.044 0.000 0.060 0.732
#> GSM30000 1 0.7468 0.14035 0.468 0.028 0.048 0.032 0.132 0.292
#> GSM30003 3 0.5931 0.45090 0.032 0.000 0.624 0.096 0.028 0.220
#> GSM29965 2 0.6629 0.45211 0.000 0.480 0.008 0.276 0.036 0.200
#> GSM29968 5 0.5409 0.00824 0.000 0.084 0.004 0.452 0.456 0.004
#> GSM29971 5 0.4810 0.46182 0.008 0.012 0.064 0.016 0.732 0.168
#> GSM29974 2 0.7041 0.42837 0.000 0.484 0.020 0.204 0.060 0.232
#> GSM29977 6 0.6400 -0.00818 0.020 0.004 0.368 0.000 0.188 0.420
#> GSM29980 6 0.8371 0.17978 0.000 0.224 0.128 0.092 0.188 0.368
#> GSM29983 5 0.5806 0.45440 0.076 0.064 0.068 0.088 0.700 0.004
#> GSM29986 5 0.6023 0.09296 0.000 0.000 0.364 0.076 0.500 0.060
#> GSM29989 6 0.4434 0.46258 0.000 0.120 0.056 0.004 0.052 0.768
#> GSM29992 4 0.6745 0.41365 0.020 0.012 0.156 0.572 0.052 0.188
#> GSM29995 1 0.5356 0.52426 0.676 0.004 0.068 0.000 0.064 0.188
#> GSM29998 6 0.4522 0.45664 0.032 0.044 0.064 0.000 0.076 0.784
#> GSM30001 6 0.8709 0.22692 0.068 0.064 0.252 0.084 0.144 0.388
#> GSM30004 3 0.6841 0.33592 0.028 0.004 0.520 0.052 0.120 0.276
#> GSM29966 2 0.5728 0.52817 0.000 0.580 0.000 0.248 0.020 0.152
#> GSM29969 5 0.5851 0.06544 0.000 0.144 0.004 0.392 0.456 0.004
#> GSM29972 5 0.5012 0.47779 0.008 0.036 0.028 0.028 0.724 0.176
#> GSM29975 2 0.6638 0.47716 0.000 0.508 0.004 0.224 0.056 0.208
#> GSM29978 6 0.6634 -0.03772 0.004 0.004 0.356 0.024 0.200 0.412
#> GSM29981 2 0.7121 0.08405 0.000 0.392 0.016 0.044 0.308 0.240
#> GSM29984 5 0.5373 0.48557 0.004 0.120 0.024 0.152 0.688 0.012
#> GSM29987 3 0.6229 0.05621 0.000 0.000 0.444 0.104 0.400 0.052
#> GSM29990 6 0.5790 0.42279 0.000 0.164 0.064 0.012 0.104 0.656
#> GSM29993 4 0.5844 0.51087 0.000 0.020 0.140 0.656 0.048 0.136
#> GSM29996 1 0.7736 0.06273 0.384 0.048 0.096 0.016 0.088 0.368
#> GSM29999 6 0.3968 0.46735 0.000 0.088 0.072 0.004 0.032 0.804
#> GSM30002 6 0.8997 0.20043 0.040 0.128 0.220 0.088 0.176 0.348
#> GSM30005 3 0.5178 0.45826 0.000 0.004 0.708 0.136 0.064 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:skmeans 167 1.57e-02 0.497 2.38e-11 2
#> CV:skmeans 133 2.13e-05 0.663 1.64e-14 3
#> CV:skmeans 120 3.84e-07 0.896 2.08e-19 4
#> CV:skmeans 80 2.20e-07 0.714 1.43e-12 5
#> CV:skmeans 51 2.89e-03 0.321 8.87e-08 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.339 0.749 0.871 0.4965 0.498 0.498
#> 3 3 0.356 0.678 0.790 0.2948 0.771 0.573
#> 4 4 0.369 0.500 0.719 0.1018 0.967 0.904
#> 5 5 0.434 0.517 0.706 0.0688 0.927 0.771
#> 6 6 0.496 0.447 0.673 0.0445 0.947 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29786 2 0.9795 0.3255 0.416 0.584
#> GSM29789 2 0.2236 0.8544 0.036 0.964
#> GSM29792 2 0.0376 0.8566 0.004 0.996
#> GSM29795 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000
#> GSM29798 2 0.1184 0.8588 0.016 0.984
#> GSM29801 2 0.7453 0.7441 0.212 0.788
#> GSM29804 2 0.8909 0.5767 0.308 0.692
#> GSM29807 2 0.5408 0.7870 0.124 0.876
#> GSM29816 1 0.1843 0.8587 0.972 0.028
#> GSM29821 2 0.9933 0.2942 0.452 0.548
#> GSM29824 1 0.8081 0.7167 0.752 0.248
#> GSM29827 2 0.8713 0.6398 0.292 0.708
#> GSM29830 2 0.9358 0.3954 0.352 0.648
#> GSM29833 2 0.0938 0.8569 0.012 0.988
#> GSM29784 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29787 2 0.7883 0.7174 0.236 0.764
#> GSM29790 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29793 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.1843 0.8560 0.028 0.972
#> GSM29799 2 0.0938 0.8582 0.012 0.988
#> GSM29802 1 0.8608 0.6389 0.716 0.284
#> GSM29805 2 0.9881 0.3017 0.436 0.564
#> GSM29814 2 0.8016 0.6898 0.244 0.756
#> GSM29817 1 0.9427 0.4235 0.640 0.360
#> GSM29822 1 0.6531 0.7855 0.832 0.168
#> GSM29825 1 0.4431 0.8558 0.908 0.092
#> GSM29828 2 0.9933 0.2972 0.452 0.548
#> GSM29831 2 0.9922 0.0419 0.448 0.552
#> GSM29834 2 0.2236 0.8546 0.036 0.964
#> GSM29785 2 0.1184 0.8580 0.016 0.984
#> GSM29788 1 0.6623 0.7980 0.828 0.172
#> GSM29791 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29794 2 0.2043 0.8552 0.032 0.968
#> GSM29797 2 0.2043 0.8563 0.032 0.968
#> GSM29800 1 0.8443 0.7144 0.728 0.272
#> GSM29803 1 0.3274 0.8576 0.940 0.060
#> GSM29806 1 0.5946 0.8214 0.856 0.144
#> GSM29815 1 0.9286 0.5942 0.656 0.344
#> GSM29819 1 0.1843 0.8566 0.972 0.028
#> GSM29823 1 0.0376 0.8500 0.996 0.004
#> GSM29826 1 0.0376 0.8514 0.996 0.004
#> GSM29829 1 0.1414 0.8574 0.980 0.020
#> GSM29832 1 0.2236 0.8601 0.964 0.036
#> GSM29835 1 0.4562 0.8436 0.904 0.096
#> GSM29836 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29839 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29842 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29845 2 0.0672 0.8576 0.008 0.992
#> GSM29848 2 0.5294 0.8112 0.120 0.880
#> GSM29851 2 0.8763 0.6316 0.296 0.704
#> GSM29854 1 0.1414 0.8576 0.980 0.020
#> GSM29857 1 0.5294 0.8379 0.880 0.120
#> GSM29860 2 0.0938 0.8585 0.012 0.988
#> GSM29863 1 0.0938 0.8548 0.988 0.012
#> GSM29866 2 0.1184 0.8575 0.016 0.984
#> GSM29869 2 0.4562 0.8269 0.096 0.904
#> GSM29872 2 0.0672 0.8574 0.008 0.992
#> GSM29875 2 0.9983 0.2112 0.476 0.524
#> GSM29878 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29837 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29840 2 0.0938 0.8580 0.012 0.988
#> GSM29843 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0672 0.8576 0.008 0.992
#> GSM29849 2 0.4298 0.8288 0.088 0.912
#> GSM29852 1 0.5946 0.7996 0.856 0.144
#> GSM29855 1 0.2043 0.8595 0.968 0.032
#> GSM29858 1 0.6531 0.7922 0.832 0.168
#> GSM29861 2 0.5178 0.8173 0.116 0.884
#> GSM29864 1 0.3584 0.8462 0.932 0.068
#> GSM29867 2 0.8499 0.6630 0.276 0.724
#> GSM29870 2 0.6801 0.7758 0.180 0.820
#> GSM29873 2 0.2603 0.8518 0.044 0.956
#> GSM29876 2 0.9608 0.4705 0.384 0.616
#> GSM29879 2 0.2236 0.8551 0.036 0.964
#> GSM29838 2 0.5178 0.7988 0.116 0.884
#> GSM29841 1 0.8499 0.7128 0.724 0.276
#> GSM29844 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29847 2 0.2423 0.8540 0.040 0.960
#> GSM29850 2 0.5519 0.8078 0.128 0.872
#> GSM29853 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000
#> GSM29856 1 0.0376 0.8500 0.996 0.004
#> GSM29859 1 0.2043 0.8587 0.968 0.032
#> GSM29862 1 0.9460 0.5163 0.636 0.364
#> GSM29865 1 0.1184 0.8552 0.984 0.016
#> GSM29868 1 0.2778 0.8581 0.952 0.048
#> GSM29871 1 0.6531 0.8138 0.832 0.168
#> GSM29874 1 0.9983 0.2291 0.524 0.476
#> GSM29877 1 0.8267 0.6773 0.740 0.260
#> GSM29880 2 0.5946 0.8027 0.144 0.856
#> GSM29881 2 0.7139 0.7317 0.196 0.804
#> GSM29884 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29887 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.7056 0.7660 0.808 0.192
#> GSM29893 1 0.5629 0.8280 0.868 0.132
#> GSM29896 2 0.9427 0.4705 0.360 0.640
#> GSM29899 1 0.2948 0.8571 0.948 0.052
#> GSM29902 2 0.9996 -0.0573 0.488 0.512
#> GSM29905 1 0.9323 0.5800 0.652 0.348
#> GSM29908 2 0.7139 0.7611 0.196 0.804
#> GSM29955 2 0.2948 0.8492 0.052 0.948
#> GSM29958 2 0.2043 0.8556 0.032 0.968
#> GSM29961 2 0.7056 0.7533 0.192 0.808
#> GSM29882 1 0.5059 0.8267 0.888 0.112
#> GSM29885 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29888 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29891 1 0.2043 0.8584 0.968 0.032
#> GSM29894 1 0.0672 0.8527 0.992 0.008
#> GSM29897 1 0.6343 0.8004 0.840 0.160
#> GSM29900 1 0.5946 0.8120 0.856 0.144
#> GSM29903 1 0.9983 0.0141 0.524 0.476
#> GSM29906 1 0.9732 0.2960 0.596 0.404
#> GSM29909 2 0.4161 0.8127 0.084 0.916
#> GSM29956 2 0.8955 0.6111 0.312 0.688
#> GSM29959 2 0.6801 0.7753 0.180 0.820
#> GSM29962 2 0.1184 0.8578 0.016 0.984
#> GSM29883 1 0.1633 0.8575 0.976 0.024
#> GSM29886 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM29889 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29892 1 0.1184 0.8554 0.984 0.016
#> GSM29895 1 0.3584 0.8580 0.932 0.068
#> GSM29898 1 0.0376 0.8483 0.996 0.004
#> GSM29901 1 0.1843 0.8586 0.972 0.028
#> GSM29904 1 0.0938 0.8538 0.988 0.012
#> GSM29907 1 0.5059 0.8347 0.888 0.112
#> GSM29910 1 0.2778 0.8572 0.952 0.048
#> GSM29957 1 0.5519 0.8307 0.872 0.128
#> GSM29960 1 0.1633 0.8567 0.976 0.024
#> GSM29963 1 0.3274 0.8533 0.940 0.060
#> GSM29964 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29967 2 0.1414 0.8582 0.020 0.980
#> GSM29970 1 0.7883 0.7334 0.764 0.236
#> GSM29973 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29976 1 0.7139 0.7702 0.804 0.196
#> GSM29979 2 0.2236 0.8540 0.036 0.964
#> GSM29982 1 0.9286 0.6095 0.656 0.344
#> GSM29985 1 0.0938 0.8532 0.988 0.012
#> GSM29988 2 0.3274 0.8477 0.060 0.940
#> GSM29991 2 0.9286 0.4972 0.344 0.656
#> GSM29994 1 0.8763 0.6613 0.704 0.296
#> GSM29997 1 0.7219 0.7952 0.800 0.200
#> GSM30000 2 0.1843 0.8570 0.028 0.972
#> GSM30003 1 0.8016 0.7490 0.756 0.244
#> GSM29965 2 0.0376 0.8575 0.004 0.996
#> GSM29968 2 0.1843 0.8567 0.028 0.972
#> GSM29971 1 0.4298 0.8551 0.912 0.088
#> GSM29974 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0376 0.8511 0.996 0.004
#> GSM29980 1 0.9833 0.3893 0.576 0.424
#> GSM29983 1 0.4815 0.8339 0.896 0.104
#> GSM29986 1 0.1633 0.8571 0.976 0.024
#> GSM29989 2 0.9998 -0.0470 0.492 0.508
#> GSM29992 2 0.0672 0.8576 0.008 0.992
#> GSM29995 2 0.9815 0.3474 0.420 0.580
#> GSM29998 1 0.8267 0.6678 0.740 0.260
#> GSM30001 1 0.9896 0.3349 0.560 0.440
#> GSM30004 1 0.5519 0.8234 0.872 0.128
#> GSM29966 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM29969 2 0.8555 0.6544 0.280 0.720
#> GSM29972 1 0.1633 0.8564 0.976 0.024
#> GSM29975 2 0.5059 0.7909 0.112 0.888
#> GSM29978 1 0.0376 0.8506 0.996 0.004
#> GSM29981 1 0.5842 0.8232 0.860 0.140
#> GSM29984 1 0.4690 0.8429 0.900 0.100
#> GSM29987 1 0.1633 0.8579 0.976 0.024
#> GSM29990 1 0.4562 0.8438 0.904 0.096
#> GSM29993 2 0.9993 -0.1146 0.484 0.516
#> GSM29996 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000
#> GSM29999 1 0.5059 0.8360 0.888 0.112
#> GSM30002 1 0.3274 0.8545 0.940 0.060
#> GSM30005 1 0.2603 0.8596 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29786 2 0.7250 0.32220 0.032 0.572 0.396
#> GSM29789 2 0.1585 0.86267 0.028 0.964 0.008
#> GSM29792 2 0.0848 0.86564 0.008 0.984 0.008
#> GSM29795 2 0.0000 0.86400 0.000 1.000 0.000
#> GSM29798 2 0.1315 0.86618 0.008 0.972 0.020
#> GSM29801 2 0.7524 0.64182 0.180 0.692 0.128
#> GSM29804 1 0.9203 0.56647 0.496 0.340 0.164
#> GSM29807 1 0.7091 0.58217 0.640 0.320 0.040
#> GSM29816 1 0.5845 0.61598 0.688 0.004 0.308
#> GSM29821 2 0.8442 0.31555 0.100 0.548 0.352
#> GSM29824 3 0.8118 0.53526 0.164 0.188 0.648
#> GSM29827 2 0.8587 0.51474 0.220 0.604 0.176
#> GSM29830 2 0.9256 0.13395 0.168 0.488 0.344
#> GSM29833 2 0.3112 0.84589 0.056 0.916 0.028
#> GSM29784 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29787 2 0.6882 0.67082 0.096 0.732 0.172
#> GSM29790 2 0.0237 0.86364 0.004 0.996 0.000
#> GSM29793 2 0.0237 0.86364 0.004 0.996 0.000
#> GSM29796 2 0.2063 0.86213 0.044 0.948 0.008
#> GSM29799 2 0.0829 0.86555 0.004 0.984 0.012
#> GSM29802 1 0.8033 0.67237 0.640 0.120 0.240
#> GSM29805 1 0.8765 0.65772 0.588 0.212 0.200
#> GSM29814 1 0.6737 0.65426 0.744 0.156 0.100
#> GSM29817 1 0.7948 0.62750 0.600 0.080 0.320
#> GSM29822 1 0.6521 0.31215 0.504 0.004 0.492
#> GSM29825 1 0.7306 0.49164 0.616 0.044 0.340
#> GSM29828 1 0.9764 0.41062 0.440 0.300 0.260
#> GSM29831 1 0.7705 0.59632 0.604 0.332 0.064
#> GSM29834 2 0.4217 0.82627 0.100 0.868 0.032
#> GSM29785 2 0.1950 0.86421 0.008 0.952 0.040
#> GSM29788 3 0.4914 0.74343 0.068 0.088 0.844
#> GSM29791 2 0.0747 0.86657 0.000 0.984 0.016
#> GSM29794 2 0.3993 0.83954 0.052 0.884 0.064
#> GSM29797 2 0.2749 0.85755 0.012 0.924 0.064
#> GSM29800 3 0.5743 0.68439 0.044 0.172 0.784
#> GSM29803 3 0.3028 0.76481 0.048 0.032 0.920
#> GSM29806 3 0.4413 0.73761 0.036 0.104 0.860
#> GSM29815 3 0.9802 -0.19106 0.360 0.240 0.400
#> GSM29819 3 0.2496 0.75083 0.068 0.004 0.928
#> GSM29823 3 0.2400 0.76247 0.064 0.004 0.932
#> GSM29826 3 0.3619 0.74692 0.136 0.000 0.864
#> GSM29829 3 0.2066 0.76843 0.060 0.000 0.940
#> GSM29832 3 0.3234 0.77410 0.072 0.020 0.908
#> GSM29835 3 0.7146 0.60024 0.264 0.060 0.676
#> GSM29836 2 0.1129 0.86517 0.004 0.976 0.020
#> GSM29839 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29842 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29845 2 0.0661 0.86487 0.004 0.988 0.008
#> GSM29848 2 0.4737 0.79757 0.084 0.852 0.064
#> GSM29851 2 0.7603 0.55927 0.096 0.668 0.236
#> GSM29854 3 0.3532 0.76512 0.108 0.008 0.884
#> GSM29857 1 0.7262 0.60419 0.624 0.044 0.332
#> GSM29860 2 0.3856 0.84522 0.072 0.888 0.040
#> GSM29863 3 0.2860 0.76888 0.084 0.004 0.912
#> GSM29866 2 0.1129 0.86551 0.020 0.976 0.004
#> GSM29869 2 0.5435 0.75639 0.192 0.784 0.024
#> GSM29872 2 0.3213 0.83959 0.092 0.900 0.008
#> GSM29875 1 0.9724 0.43505 0.452 0.268 0.280
#> GSM29878 2 0.1620 0.86596 0.012 0.964 0.024
#> GSM29837 2 0.1129 0.86570 0.004 0.976 0.020
#> GSM29840 2 0.0592 0.86552 0.000 0.988 0.012
#> GSM29843 2 0.0000 0.86400 0.000 1.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0661 0.86487 0.004 0.988 0.008
#> GSM29849 2 0.3590 0.82780 0.076 0.896 0.028
#> GSM29852 1 0.7489 0.32686 0.496 0.036 0.468
#> GSM29855 1 0.6396 0.61574 0.664 0.016 0.320
#> GSM29858 1 0.6935 0.61923 0.652 0.036 0.312
#> GSM29861 2 0.7394 0.59602 0.284 0.652 0.064
#> GSM29864 1 0.6095 0.54463 0.608 0.000 0.392
#> GSM29867 1 0.8452 0.54447 0.532 0.372 0.096
#> GSM29870 1 0.6806 0.65649 0.712 0.228 0.060
#> GSM29873 1 0.7551 0.50059 0.580 0.372 0.048
#> GSM29876 1 0.6322 0.67851 0.772 0.108 0.120
#> GSM29879 2 0.3310 0.84889 0.064 0.908 0.028
#> GSM29838 2 0.5200 0.72697 0.020 0.796 0.184
#> GSM29841 3 0.5268 0.65716 0.012 0.212 0.776
#> GSM29844 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29847 2 0.1647 0.86308 0.004 0.960 0.036
#> GSM29850 2 0.5319 0.78175 0.104 0.824 0.072
#> GSM29853 3 0.2959 0.74532 0.100 0.000 0.900
#> GSM29856 3 0.3030 0.76504 0.092 0.004 0.904
#> GSM29859 1 0.6081 0.60095 0.652 0.004 0.344
#> GSM29862 3 0.8271 0.46464 0.156 0.212 0.632
#> GSM29865 3 0.1453 0.76767 0.024 0.008 0.968
#> GSM29868 3 0.3272 0.77109 0.080 0.016 0.904
#> GSM29871 1 0.7762 0.66991 0.668 0.120 0.212
#> GSM29874 3 0.9433 0.17472 0.184 0.356 0.460
#> GSM29877 1 0.9215 0.47261 0.500 0.168 0.332
#> GSM29880 2 0.6915 0.71948 0.140 0.736 0.124
#> GSM29881 2 0.5315 0.69643 0.012 0.772 0.216
#> GSM29884 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29887 2 0.0000 0.86400 0.000 1.000 0.000
#> GSM29890 1 0.5785 0.54438 0.696 0.004 0.300
#> GSM29893 3 0.4807 0.75994 0.092 0.060 0.848
#> GSM29896 2 0.9744 0.01179 0.256 0.444 0.300
#> GSM29899 3 0.5581 0.74081 0.168 0.040 0.792
#> GSM29902 3 0.9723 0.01703 0.228 0.348 0.424
#> GSM29905 3 0.9457 -0.00541 0.340 0.192 0.468
#> GSM29908 2 0.7344 0.66432 0.240 0.680 0.080
#> GSM29955 2 0.6044 0.75032 0.172 0.772 0.056
#> GSM29958 2 0.3921 0.83307 0.080 0.884 0.036
#> GSM29961 2 0.7433 0.66697 0.168 0.700 0.132
#> GSM29882 1 0.4233 0.65667 0.836 0.004 0.160
#> GSM29885 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29888 2 0.0237 0.86414 0.000 0.996 0.004
#> GSM29891 1 0.6617 0.41603 0.556 0.008 0.436
#> GSM29894 3 0.4346 0.73672 0.184 0.000 0.816
#> GSM29897 3 0.7685 0.35021 0.384 0.052 0.564
#> GSM29900 1 0.5998 0.68817 0.788 0.084 0.128
#> GSM29903 1 0.4137 0.66148 0.872 0.032 0.096
#> GSM29906 1 0.5461 0.64327 0.768 0.016 0.216
#> GSM29909 1 0.6255 0.60675 0.684 0.300 0.016
#> GSM29956 1 0.6495 0.60074 0.740 0.200 0.060
#> GSM29959 1 0.7945 0.23606 0.548 0.388 0.064
#> GSM29962 2 0.4744 0.80753 0.136 0.836 0.028
#> GSM29883 3 0.3293 0.74998 0.088 0.012 0.900
#> GSM29886 2 0.0592 0.86622 0.000 0.988 0.012
#> GSM29889 2 0.1015 0.86554 0.012 0.980 0.008
#> GSM29892 3 0.5845 0.63248 0.308 0.004 0.688
#> GSM29895 3 0.4056 0.75993 0.092 0.032 0.876
#> GSM29898 3 0.4172 0.75599 0.156 0.004 0.840
#> GSM29901 3 0.3375 0.77100 0.100 0.008 0.892
#> GSM29904 3 0.3193 0.77189 0.100 0.004 0.896
#> GSM29907 3 0.3649 0.76425 0.036 0.068 0.896
#> GSM29910 3 0.2400 0.77011 0.064 0.004 0.932
#> GSM29957 3 0.3983 0.76319 0.068 0.048 0.884
#> GSM29960 3 0.5785 0.61286 0.300 0.004 0.696
#> GSM29963 3 0.1643 0.76721 0.044 0.000 0.956
#> GSM29964 2 0.0848 0.86631 0.008 0.984 0.008
#> GSM29967 2 0.2173 0.86176 0.008 0.944 0.048
#> GSM29970 3 0.7692 0.58005 0.136 0.184 0.680
#> GSM29973 2 0.1015 0.86428 0.012 0.980 0.008
#> GSM29976 1 0.6161 0.61479 0.708 0.020 0.272
#> GSM29979 2 0.3896 0.84060 0.060 0.888 0.052
#> GSM29982 3 0.7766 0.58063 0.148 0.176 0.676
#> GSM29985 3 0.5982 0.46266 0.328 0.004 0.668
#> GSM29988 2 0.6852 0.60154 0.300 0.664 0.036
#> GSM29991 2 0.8670 0.39041 0.168 0.592 0.240
#> GSM29994 1 0.8300 0.61244 0.620 0.136 0.244
#> GSM29997 3 0.8718 0.18746 0.364 0.116 0.520
#> GSM30000 2 0.4324 0.82440 0.112 0.860 0.028
#> GSM30003 3 0.4840 0.70141 0.016 0.168 0.816
#> GSM29965 2 0.1015 0.86422 0.012 0.980 0.008
#> GSM29968 2 0.2680 0.85585 0.008 0.924 0.068
#> GSM29971 1 0.6099 0.65013 0.740 0.032 0.228
#> GSM29974 2 0.1751 0.86146 0.028 0.960 0.012
#> GSM29977 1 0.5285 0.64247 0.752 0.004 0.244
#> GSM29980 1 0.9838 0.49207 0.424 0.288 0.288
#> GSM29983 3 0.5449 0.73838 0.116 0.068 0.816
#> GSM29986 1 0.6587 0.43880 0.568 0.008 0.424
#> GSM29989 1 0.7097 0.67753 0.720 0.172 0.108
#> GSM29992 2 0.0424 0.86431 0.000 0.992 0.008
#> GSM29995 1 0.3484 0.63944 0.904 0.048 0.048
#> GSM29998 1 0.4289 0.65773 0.868 0.092 0.040
#> GSM30001 1 0.8926 0.63524 0.568 0.240 0.192
#> GSM30004 3 0.4291 0.74061 0.152 0.008 0.840
#> GSM29966 2 0.2116 0.85900 0.040 0.948 0.012
#> GSM29969 2 0.6977 0.68048 0.076 0.712 0.212
#> GSM29972 3 0.3686 0.76735 0.140 0.000 0.860
#> GSM29975 2 0.4370 0.80981 0.076 0.868 0.056
#> GSM29978 3 0.3816 0.72270 0.148 0.000 0.852
#> GSM29981 3 0.3802 0.76279 0.080 0.032 0.888
#> GSM29984 3 0.2550 0.77027 0.024 0.040 0.936
#> GSM29987 3 0.2749 0.76538 0.064 0.012 0.924
#> GSM29990 3 0.4345 0.74132 0.136 0.016 0.848
#> GSM29993 3 0.6495 0.25239 0.004 0.460 0.536
#> GSM29996 3 0.3941 0.74851 0.156 0.000 0.844
#> GSM29999 3 0.7190 0.36201 0.356 0.036 0.608
#> GSM30002 3 0.2384 0.76758 0.056 0.008 0.936
#> GSM30005 3 0.3310 0.76170 0.064 0.028 0.908
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.0336 0.71225 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM29786 2 0.5724 0.06542 0.028 0.548 0.424 0.000
#> GSM29789 2 0.1585 0.70760 0.040 0.952 0.004 0.004
#> GSM29792 2 0.0895 0.71398 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM29795 2 0.0376 0.71245 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM29798 2 0.0937 0.71452 0.012 0.976 0.012 0.000
#> GSM29801 2 0.7564 0.30439 0.228 0.608 0.092 0.072
#> GSM29804 1 0.8488 0.30316 0.500 0.272 0.160 0.068
#> GSM29807 1 0.7165 0.31579 0.608 0.264 0.036 0.092
#> GSM29816 1 0.4868 0.59559 0.720 0.000 0.256 0.024
#> GSM29821 2 0.7849 0.05398 0.140 0.520 0.308 0.032
#> GSM29824 3 0.8662 0.41323 0.152 0.132 0.532 0.184
#> GSM29827 2 0.8756 -0.10938 0.104 0.452 0.120 0.324
#> GSM29830 2 0.9185 -0.28074 0.092 0.396 0.308 0.204
#> GSM29833 2 0.4282 0.62278 0.024 0.820 0.016 0.140
#> GSM29784 2 0.0000 0.71040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.6322 0.45002 0.148 0.696 0.140 0.016
#> GSM29790 2 0.0188 0.71065 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM29793 2 0.0779 0.71119 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM29796 2 0.2123 0.70781 0.032 0.936 0.004 0.028
#> GSM29799 2 0.0672 0.71373 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM29802 1 0.5937 0.59663 0.720 0.068 0.188 0.024
#> GSM29805 1 0.7646 0.49275 0.616 0.172 0.148 0.064
#> GSM29814 1 0.6898 0.45899 0.684 0.080 0.084 0.152
#> GSM29817 1 0.7049 0.57349 0.644 0.068 0.224 0.064
#> GSM29822 1 0.5774 0.28761 0.508 0.000 0.464 0.028
#> GSM29825 1 0.7534 0.47878 0.560 0.020 0.264 0.156
#> GSM29828 1 0.9418 0.01300 0.368 0.296 0.228 0.108
#> GSM29831 1 0.8007 0.28933 0.536 0.292 0.064 0.108
#> GSM29834 2 0.5684 0.51459 0.044 0.716 0.020 0.220
#> GSM29785 2 0.1707 0.71186 0.004 0.952 0.024 0.020
#> GSM29788 3 0.4403 0.72467 0.072 0.048 0.840 0.040
#> GSM29791 2 0.0927 0.71461 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM29794 2 0.3819 0.67440 0.016 0.860 0.036 0.088
#> GSM29797 2 0.2499 0.70284 0.004 0.920 0.044 0.032
#> GSM29800 3 0.4978 0.64116 0.052 0.180 0.764 0.004
#> GSM29803 3 0.2221 0.73353 0.044 0.016 0.932 0.008
#> GSM29806 3 0.4310 0.70882 0.068 0.056 0.844 0.032
#> GSM29815 4 0.9788 0.09926 0.292 0.168 0.220 0.320
#> GSM29819 3 0.2287 0.72994 0.060 0.004 0.924 0.012
#> GSM29823 3 0.3113 0.73219 0.052 0.004 0.892 0.052
#> GSM29826 3 0.4724 0.68834 0.136 0.000 0.788 0.076
#> GSM29829 3 0.2988 0.73641 0.012 0.000 0.876 0.112
#> GSM29832 3 0.3026 0.74290 0.056 0.012 0.900 0.032
#> GSM29835 3 0.7993 0.43322 0.156 0.036 0.520 0.288
#> GSM29836 2 0.2222 0.70198 0.000 0.924 0.016 0.060
#> GSM29839 2 0.0000 0.71040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.71040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0336 0.71173 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29848 2 0.3970 0.62840 0.124 0.836 0.036 0.004
#> GSM29851 2 0.7918 0.20130 0.152 0.580 0.208 0.060
#> GSM29854 3 0.4985 0.70577 0.112 0.008 0.788 0.092
#> GSM29857 1 0.5693 0.58599 0.696 0.028 0.252 0.024
#> GSM29860 2 0.4359 0.64001 0.016 0.804 0.016 0.164
#> GSM29863 3 0.4713 0.72591 0.116 0.008 0.804 0.072
#> GSM29866 2 0.1059 0.71301 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM29869 2 0.5690 0.52867 0.184 0.732 0.016 0.068
#> GSM29872 2 0.4371 0.62895 0.048 0.820 0.008 0.124
#> GSM29875 1 0.8437 0.24898 0.508 0.220 0.216 0.056
#> GSM29878 2 0.1526 0.71319 0.016 0.960 0.012 0.012
#> GSM29837 2 0.2409 0.70317 0.004 0.924 0.032 0.040
#> GSM29840 2 0.1639 0.70658 0.004 0.952 0.008 0.036
#> GSM29843 2 0.0000 0.71040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0336 0.71173 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29849 2 0.3896 0.63675 0.120 0.844 0.012 0.024
#> GSM29852 1 0.6479 0.27613 0.508 0.004 0.428 0.060
#> GSM29855 1 0.6282 0.57532 0.660 0.008 0.244 0.088
#> GSM29858 1 0.5560 0.59059 0.684 0.016 0.276 0.024
#> GSM29861 2 0.7760 0.22088 0.204 0.560 0.028 0.208
#> GSM29864 1 0.6136 0.55805 0.632 0.000 0.288 0.080
#> GSM29867 1 0.7114 0.30227 0.580 0.316 0.060 0.044
#> GSM29870 1 0.6000 0.45561 0.720 0.188 0.036 0.056
#> GSM29873 1 0.7716 0.21642 0.552 0.288 0.040 0.120
#> GSM29876 1 0.4090 0.54391 0.844 0.096 0.048 0.012
#> GSM29879 2 0.3279 0.68513 0.068 0.888 0.016 0.028
#> GSM29838 2 0.6672 -0.12909 0.004 0.468 0.072 0.456
#> GSM29841 3 0.4827 0.66911 0.012 0.164 0.784 0.040
#> GSM29844 2 0.0524 0.71292 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM29847 2 0.1209 0.71165 0.004 0.964 0.032 0.000
#> GSM29850 2 0.6029 0.53220 0.136 0.740 0.048 0.076
#> GSM29853 3 0.4590 0.68683 0.148 0.000 0.792 0.060
#> GSM29856 3 0.4411 0.71265 0.108 0.000 0.812 0.080
#> GSM29859 1 0.5887 0.56469 0.660 0.008 0.284 0.048
#> GSM29862 3 0.8790 0.28812 0.136 0.152 0.516 0.196
#> GSM29865 3 0.1042 0.73620 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM29868 3 0.4275 0.73811 0.064 0.012 0.836 0.088
#> GSM29871 1 0.7165 0.54736 0.656 0.112 0.172 0.060
#> GSM29874 4 0.9319 0.39039 0.116 0.240 0.224 0.420
#> GSM29877 1 0.8517 0.34644 0.516 0.124 0.260 0.100
#> GSM29880 2 0.6725 0.49141 0.104 0.704 0.100 0.092
#> GSM29881 2 0.5464 0.45404 0.012 0.724 0.220 0.044
#> GSM29884 2 0.2281 0.66730 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM29887 2 0.0336 0.71079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM29890 1 0.7164 0.42651 0.556 0.000 0.204 0.240
#> GSM29893 3 0.5464 0.72614 0.060 0.044 0.776 0.120
#> GSM29896 4 0.9706 0.26116 0.176 0.276 0.192 0.356
#> GSM29899 3 0.6537 0.65943 0.092 0.032 0.684 0.192
#> GSM29902 3 0.9520 -0.17678 0.132 0.308 0.360 0.200
#> GSM29905 3 0.9527 0.00685 0.236 0.172 0.408 0.184
#> GSM29908 2 0.7363 0.11551 0.068 0.516 0.040 0.376
#> GSM29955 2 0.6976 0.20387 0.060 0.568 0.032 0.340
#> GSM29958 2 0.5311 0.54972 0.032 0.748 0.024 0.196
#> GSM29961 2 0.7797 0.06374 0.060 0.512 0.080 0.348
#> GSM29882 1 0.3505 0.58350 0.864 0.000 0.088 0.048
#> GSM29885 2 0.0469 0.71124 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM29888 2 0.0336 0.71079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM29891 1 0.5500 0.40587 0.564 0.004 0.420 0.012
#> GSM29894 3 0.5700 0.68153 0.120 0.000 0.716 0.164
#> GSM29897 3 0.7869 0.25985 0.264 0.004 0.448 0.284
#> GSM29900 1 0.5816 0.56369 0.760 0.056 0.076 0.108
#> GSM29903 1 0.4524 0.55141 0.816 0.012 0.052 0.120
#> GSM29906 1 0.5555 0.58820 0.752 0.012 0.132 0.104
#> GSM29909 1 0.6525 0.33489 0.632 0.252 0.004 0.112
#> GSM29956 4 0.7822 -0.11411 0.392 0.116 0.032 0.460
#> GSM29959 4 0.8689 0.18637 0.304 0.276 0.036 0.384
#> GSM29962 2 0.5593 0.52210 0.052 0.728 0.016 0.204
#> GSM29883 3 0.4001 0.71182 0.116 0.008 0.840 0.036
#> GSM29886 2 0.5090 0.30213 0.000 0.660 0.016 0.324
#> GSM29889 2 0.3444 0.58136 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM29892 3 0.6937 0.50640 0.300 0.004 0.572 0.124
#> GSM29895 3 0.4702 0.70176 0.036 0.008 0.784 0.172
#> GSM29898 3 0.4565 0.72086 0.140 0.000 0.796 0.064
#> GSM29901 3 0.3647 0.72858 0.108 0.000 0.852 0.040
#> GSM29904 3 0.3771 0.74236 0.088 0.004 0.856 0.052
#> GSM29907 3 0.2519 0.74090 0.020 0.036 0.924 0.020
#> GSM29910 3 0.2882 0.74188 0.024 0.000 0.892 0.084
#> GSM29957 3 0.3606 0.73464 0.008 0.020 0.856 0.116
#> GSM29960 3 0.6813 0.42058 0.104 0.000 0.516 0.380
#> GSM29963 3 0.1706 0.73658 0.016 0.000 0.948 0.036
#> GSM29964 2 0.4086 0.53697 0.000 0.776 0.008 0.216
#> GSM29967 2 0.6497 -0.05017 0.008 0.496 0.052 0.444
#> GSM29970 3 0.8415 0.46379 0.128 0.144 0.560 0.168
#> GSM29973 2 0.5400 0.08730 0.004 0.560 0.008 0.428
#> GSM29976 1 0.6594 0.53769 0.656 0.008 0.176 0.160
#> GSM29979 2 0.6163 0.45255 0.028 0.684 0.052 0.236
#> GSM29982 3 0.7641 0.51692 0.052 0.120 0.592 0.236
#> GSM29985 3 0.7106 0.20184 0.380 0.000 0.488 0.132
#> GSM29988 4 0.8105 0.33537 0.192 0.348 0.020 0.440
#> GSM29991 2 0.9102 -0.14810 0.172 0.476 0.208 0.144
#> GSM29994 1 0.8420 0.46029 0.544 0.088 0.196 0.172
#> GSM29997 3 0.8971 0.08723 0.264 0.084 0.448 0.204
#> GSM30000 2 0.4954 0.56583 0.028 0.772 0.020 0.180
#> GSM30003 3 0.3612 0.69030 0.012 0.144 0.840 0.004
#> GSM29965 2 0.1917 0.70568 0.012 0.944 0.008 0.036
#> GSM29968 2 0.6502 0.02608 0.004 0.528 0.064 0.404
#> GSM29971 1 0.5964 0.57749 0.720 0.012 0.148 0.120
#> GSM29974 2 0.5673 0.04058 0.012 0.536 0.008 0.444
#> GSM29977 1 0.4685 0.59270 0.784 0.000 0.156 0.060
#> GSM29980 1 0.9276 0.23570 0.420 0.228 0.244 0.108
#> GSM29983 3 0.5961 0.69979 0.084 0.028 0.732 0.156
#> GSM29986 1 0.5947 0.48741 0.616 0.004 0.336 0.044
#> GSM29989 1 0.7334 0.49522 0.656 0.128 0.088 0.128
#> GSM29992 2 0.0188 0.71090 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.5871 0.36321 0.624 0.012 0.028 0.336
#> GSM29998 1 0.5782 0.47017 0.724 0.048 0.028 0.200
#> GSM30001 1 0.8022 0.45231 0.584 0.192 0.144 0.080
#> GSM30004 3 0.3208 0.71061 0.148 0.000 0.848 0.004
#> GSM29966 2 0.6283 -0.00293 0.024 0.512 0.020 0.444
#> GSM29969 4 0.8207 0.38715 0.052 0.272 0.156 0.520
#> GSM29972 3 0.5174 0.72234 0.116 0.000 0.760 0.124
#> GSM29975 4 0.7156 0.14238 0.028 0.432 0.064 0.476
#> GSM29978 3 0.3583 0.69034 0.180 0.000 0.816 0.004
#> GSM29981 3 0.6442 0.29798 0.036 0.020 0.552 0.392
#> GSM29984 3 0.2300 0.74461 0.000 0.016 0.920 0.064
#> GSM29987 3 0.2744 0.73526 0.064 0.008 0.908 0.020
#> GSM29990 3 0.5191 0.68005 0.108 0.004 0.768 0.120
#> GSM29993 3 0.5457 -0.00869 0.004 0.472 0.516 0.008
#> GSM29996 3 0.5950 0.66588 0.148 0.000 0.696 0.156
#> GSM29999 3 0.6730 0.36468 0.280 0.008 0.608 0.104
#> GSM30002 3 0.3090 0.72672 0.056 0.000 0.888 0.056
#> GSM30005 3 0.2307 0.73216 0.048 0.016 0.928 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.0290 0.7715 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29786 2 0.4718 0.1576 0.000 0.540 0.016 0.000 0.444
#> GSM29789 2 0.1573 0.7665 0.004 0.948 0.036 0.004 0.008
#> GSM29792 2 0.1116 0.7734 0.004 0.964 0.000 0.028 0.004
#> GSM29795 2 0.0162 0.7712 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29798 2 0.0932 0.7743 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> GSM29801 2 0.7620 0.2610 0.148 0.524 0.216 0.008 0.104
#> GSM29804 3 0.9011 0.3830 0.128 0.232 0.416 0.084 0.140
#> GSM29807 3 0.7133 0.4445 0.040 0.220 0.588 0.112 0.040
#> GSM29816 3 0.4701 0.5707 0.028 0.000 0.708 0.016 0.248
#> GSM29821 2 0.7411 0.1105 0.064 0.492 0.132 0.008 0.304
#> GSM29824 5 0.8785 0.1740 0.292 0.116 0.096 0.088 0.408
#> GSM29827 1 0.7281 0.4439 0.492 0.336 0.088 0.012 0.072
#> GSM29830 1 0.7888 0.4116 0.408 0.300 0.072 0.004 0.216
#> GSM29833 2 0.4434 0.3597 0.348 0.640 0.000 0.008 0.004
#> GSM29784 2 0.0000 0.7699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.5614 0.5263 0.020 0.684 0.148 0.000 0.148
#> GSM29790 2 0.0290 0.7706 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29793 2 0.1270 0.7676 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM29796 2 0.1911 0.7648 0.036 0.932 0.028 0.000 0.004
#> GSM29799 2 0.0579 0.7732 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM29802 3 0.6210 0.5853 0.044 0.052 0.680 0.044 0.180
#> GSM29805 3 0.8257 0.5081 0.124 0.128 0.532 0.076 0.140
#> GSM29814 3 0.7213 0.4889 0.112 0.036 0.604 0.180 0.068
#> GSM29817 3 0.6650 0.5448 0.088 0.064 0.620 0.012 0.216
#> GSM29822 3 0.5508 0.2335 0.064 0.000 0.476 0.000 0.460
#> GSM29825 3 0.7704 0.3930 0.224 0.012 0.460 0.048 0.256
#> GSM29828 3 0.8423 0.0629 0.136 0.296 0.340 0.004 0.224
#> GSM29831 3 0.7327 0.3610 0.124 0.284 0.516 0.008 0.068
#> GSM29834 2 0.5218 0.1050 0.440 0.528 0.012 0.016 0.004
#> GSM29785 2 0.1706 0.7702 0.016 0.948 0.008 0.016 0.012
#> GSM29788 5 0.4108 0.6913 0.052 0.048 0.048 0.016 0.836
#> GSM29791 2 0.1074 0.7735 0.004 0.968 0.000 0.016 0.012
#> GSM29794 2 0.3706 0.7324 0.064 0.848 0.008 0.064 0.016
#> GSM29797 2 0.2670 0.7562 0.024 0.904 0.004 0.044 0.024
#> GSM29800 5 0.5332 0.6076 0.016 0.168 0.052 0.032 0.732
#> GSM29803 5 0.1679 0.7007 0.020 0.012 0.016 0.004 0.948
#> GSM29806 5 0.4584 0.6635 0.036 0.044 0.040 0.068 0.812
#> GSM29815 4 0.8788 0.1527 0.104 0.088 0.204 0.456 0.148
#> GSM29819 5 0.1812 0.6982 0.008 0.004 0.036 0.012 0.940
#> GSM29823 5 0.3597 0.6947 0.080 0.004 0.040 0.024 0.852
#> GSM29826 5 0.5438 0.6276 0.096 0.000 0.084 0.088 0.732
#> GSM29829 5 0.2956 0.6885 0.140 0.000 0.008 0.004 0.848
#> GSM29832 5 0.2313 0.7078 0.040 0.008 0.024 0.008 0.920
#> GSM29835 1 0.6706 0.1790 0.556 0.016 0.088 0.032 0.308
#> GSM29836 2 0.2497 0.7478 0.004 0.880 0.000 0.112 0.004
#> GSM29839 2 0.0162 0.7703 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.7699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0290 0.7713 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29848 2 0.3712 0.6841 0.004 0.820 0.124 0.000 0.052
#> GSM29851 2 0.7340 0.2568 0.112 0.540 0.144 0.000 0.204
#> GSM29854 5 0.5895 0.6107 0.132 0.012 0.064 0.084 0.708
#> GSM29857 3 0.5762 0.5734 0.024 0.016 0.668 0.056 0.236
#> GSM29860 2 0.4915 0.6057 0.048 0.700 0.012 0.240 0.000
#> GSM29863 5 0.5361 0.6626 0.104 0.004 0.076 0.072 0.744
#> GSM29866 2 0.0898 0.7718 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> GSM29869 2 0.5995 0.5541 0.092 0.688 0.168 0.020 0.032
#> GSM29872 2 0.5342 0.6079 0.124 0.732 0.032 0.108 0.004
#> GSM29875 3 0.8805 0.2670 0.164 0.188 0.428 0.044 0.176
#> GSM29878 2 0.1460 0.7726 0.020 0.956 0.012 0.008 0.004
#> GSM29837 2 0.2681 0.7426 0.000 0.876 0.004 0.108 0.012
#> GSM29840 2 0.1331 0.7673 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM29843 2 0.0000 0.7699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0290 0.7713 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29849 2 0.4065 0.6736 0.056 0.808 0.120 0.000 0.016
#> GSM29852 3 0.6194 0.2449 0.104 0.004 0.484 0.004 0.404
#> GSM29855 3 0.7404 0.5254 0.160 0.008 0.544 0.080 0.208
#> GSM29858 3 0.5142 0.5726 0.016 0.012 0.676 0.024 0.272
#> GSM29861 2 0.7851 0.1841 0.116 0.472 0.156 0.252 0.004
#> GSM29864 3 0.6899 0.5369 0.116 0.000 0.572 0.080 0.232
#> GSM29867 3 0.6688 0.3818 0.080 0.304 0.548 0.000 0.068
#> GSM29870 3 0.6005 0.4752 0.128 0.156 0.676 0.008 0.032
#> GSM29873 3 0.7941 0.3517 0.088 0.244 0.496 0.148 0.024
#> GSM29876 3 0.3675 0.5482 0.024 0.072 0.852 0.008 0.044
#> GSM29879 2 0.3241 0.7408 0.048 0.876 0.052 0.012 0.012
#> GSM29838 4 0.3826 0.7258 0.012 0.172 0.000 0.796 0.020
#> GSM29841 5 0.4605 0.6406 0.060 0.140 0.004 0.020 0.776
#> GSM29844 2 0.0798 0.7724 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM29847 2 0.1041 0.7718 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM29850 2 0.6154 0.5620 0.124 0.692 0.116 0.024 0.044
#> GSM29853 5 0.4624 0.6207 0.112 0.000 0.144 0.000 0.744
#> GSM29856 5 0.5579 0.6207 0.148 0.000 0.048 0.096 0.708
#> GSM29859 3 0.6202 0.5526 0.040 0.004 0.608 0.072 0.276
#> GSM29862 5 0.9023 0.1739 0.156 0.116 0.080 0.244 0.404
#> GSM29865 5 0.1186 0.7019 0.020 0.000 0.008 0.008 0.964
#> GSM29868 5 0.4425 0.6902 0.136 0.012 0.056 0.008 0.788
#> GSM29871 3 0.7499 0.5473 0.076 0.100 0.596 0.064 0.164
#> GSM29874 4 0.8678 0.2853 0.212 0.128 0.088 0.468 0.104
#> GSM29877 3 0.8006 0.3144 0.188 0.108 0.464 0.008 0.232
#> GSM29880 2 0.7075 0.4944 0.108 0.644 0.092 0.064 0.092
#> GSM29881 2 0.5980 0.4174 0.096 0.648 0.012 0.016 0.228
#> GSM29884 2 0.2891 0.6576 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM29887 2 0.0703 0.7694 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM29890 3 0.6470 0.2177 0.360 0.000 0.504 0.020 0.116
#> GSM29893 5 0.5768 0.6226 0.208 0.044 0.040 0.020 0.688
#> GSM29896 1 0.7001 0.4386 0.592 0.188 0.116 0.004 0.100
#> GSM29899 5 0.6311 0.4763 0.304 0.036 0.060 0.012 0.588
#> GSM29902 5 0.8858 -0.2279 0.244 0.288 0.124 0.028 0.316
#> GSM29905 5 0.8928 -0.0616 0.240 0.156 0.228 0.028 0.348
#> GSM29908 1 0.4790 0.4122 0.632 0.344 0.008 0.004 0.012
#> GSM29955 1 0.6315 0.3193 0.512 0.388 0.072 0.020 0.008
#> GSM29958 2 0.4814 0.1914 0.412 0.568 0.000 0.016 0.004
#> GSM29961 1 0.5513 0.4752 0.640 0.292 0.008 0.016 0.044
#> GSM29882 3 0.4127 0.5607 0.080 0.000 0.820 0.048 0.052
#> GSM29885 2 0.1124 0.7701 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM29888 2 0.0703 0.7694 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM29891 3 0.5089 0.3504 0.028 0.004 0.536 0.000 0.432
#> GSM29894 5 0.5846 0.5566 0.260 0.000 0.100 0.016 0.624
#> GSM29897 1 0.6337 0.1600 0.524 0.000 0.164 0.004 0.308
#> GSM29900 3 0.5710 0.5507 0.108 0.044 0.736 0.036 0.076
#> GSM29903 3 0.3992 0.5162 0.128 0.000 0.812 0.028 0.032
#> GSM29906 3 0.4928 0.5422 0.096 0.004 0.764 0.028 0.108
#> GSM29909 3 0.6470 0.4036 0.128 0.212 0.616 0.040 0.004
#> GSM29956 1 0.3573 0.4035 0.856 0.024 0.084 0.016 0.020
#> GSM29959 1 0.6206 0.4269 0.648 0.160 0.160 0.020 0.012
#> GSM29962 2 0.4575 0.3977 0.328 0.648 0.024 0.000 0.000
#> GSM29883 5 0.3427 0.6766 0.056 0.004 0.096 0.000 0.844
#> GSM29886 4 0.4597 0.4315 0.000 0.424 0.000 0.564 0.012
#> GSM29889 2 0.4193 0.4290 0.012 0.684 0.000 0.304 0.000
#> GSM29892 5 0.6942 0.2713 0.232 0.004 0.296 0.008 0.460
#> GSM29895 5 0.5045 0.5739 0.264 0.004 0.008 0.044 0.680
#> GSM29898 5 0.4540 0.6671 0.072 0.000 0.140 0.016 0.772
#> GSM29901 5 0.3875 0.6825 0.052 0.000 0.068 0.044 0.836
#> GSM29904 5 0.3854 0.7051 0.076 0.004 0.048 0.032 0.840
#> GSM29907 5 0.2214 0.7074 0.024 0.016 0.020 0.012 0.928
#> GSM29910 5 0.2699 0.7073 0.100 0.000 0.008 0.012 0.880
#> GSM29957 5 0.3519 0.6867 0.128 0.012 0.004 0.020 0.836
#> GSM29960 1 0.5575 0.2909 0.644 0.000 0.068 0.020 0.268
#> GSM29963 5 0.1524 0.7035 0.016 0.000 0.016 0.016 0.952
#> GSM29964 2 0.4460 0.1902 0.000 0.600 0.004 0.392 0.004
#> GSM29967 4 0.3551 0.7219 0.004 0.152 0.004 0.820 0.020
#> GSM29970 5 0.9088 0.1772 0.244 0.128 0.100 0.124 0.404
#> GSM29973 4 0.3366 0.7150 0.000 0.212 0.004 0.784 0.000
#> GSM29976 3 0.6044 0.3941 0.264 0.000 0.608 0.020 0.108
#> GSM29979 2 0.7037 0.2776 0.140 0.552 0.024 0.260 0.024
#> GSM29982 5 0.8221 0.3183 0.280 0.104 0.048 0.100 0.468
#> GSM29985 5 0.7260 0.0985 0.192 0.000 0.352 0.036 0.420
#> GSM29988 1 0.8779 0.0444 0.304 0.188 0.204 0.292 0.012
#> GSM29991 2 0.9088 -0.1860 0.132 0.408 0.216 0.080 0.164
#> GSM29994 3 0.7869 0.3486 0.208 0.064 0.524 0.040 0.164
#> GSM29997 5 0.8885 -0.1551 0.264 0.072 0.272 0.060 0.332
#> GSM30000 2 0.5399 0.5218 0.200 0.708 0.032 0.052 0.008
#> GSM30003 5 0.2660 0.6631 0.000 0.128 0.008 0.000 0.864
#> GSM29965 2 0.2612 0.7395 0.000 0.868 0.008 0.124 0.000
#> GSM29968 4 0.4619 0.6626 0.012 0.228 0.004 0.728 0.028
#> GSM29971 3 0.6603 0.4951 0.200 0.008 0.628 0.080 0.084
#> GSM29974 4 0.3160 0.7227 0.000 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM29977 3 0.4014 0.5574 0.060 0.000 0.804 0.008 0.128
#> GSM29980 3 0.9446 0.3511 0.088 0.172 0.352 0.188 0.200
#> GSM29983 5 0.6988 0.5440 0.248 0.024 0.056 0.088 0.584
#> GSM29986 3 0.6159 0.4633 0.096 0.004 0.596 0.020 0.284
#> GSM29989 3 0.7125 0.4303 0.176 0.104 0.616 0.048 0.056
#> GSM29992 2 0.0162 0.7704 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.5157 -0.1000 0.532 0.000 0.436 0.016 0.016
#> GSM29998 3 0.6008 0.3548 0.280 0.028 0.628 0.040 0.024
#> GSM30001 3 0.8320 0.4937 0.072 0.164 0.520 0.128 0.116
#> GSM30004 5 0.2439 0.6823 0.004 0.000 0.120 0.000 0.876
#> GSM29966 4 0.3320 0.7279 0.000 0.164 0.012 0.820 0.004
#> GSM29969 4 0.2981 0.6360 0.024 0.048 0.012 0.892 0.024
#> GSM29972 5 0.6537 0.6051 0.164 0.000 0.100 0.104 0.632
#> GSM29975 4 0.2971 0.7258 0.000 0.156 0.008 0.836 0.000
#> GSM29978 5 0.3612 0.6360 0.028 0.000 0.172 0.000 0.800
#> GSM29981 4 0.5509 0.2647 0.040 0.008 0.012 0.612 0.328
#> GSM29984 5 0.3534 0.7050 0.040 0.012 0.004 0.096 0.848
#> GSM29987 5 0.2438 0.6988 0.008 0.004 0.044 0.032 0.912
#> GSM29990 5 0.6011 0.6104 0.092 0.004 0.072 0.144 0.688
#> GSM29993 5 0.5593 0.1022 0.000 0.440 0.008 0.052 0.500
#> GSM29996 5 0.6273 0.5665 0.152 0.000 0.184 0.036 0.628
#> GSM29999 5 0.7034 0.3180 0.088 0.004 0.260 0.092 0.556
#> GSM30002 5 0.3850 0.6840 0.032 0.000 0.028 0.116 0.824
#> GSM30005 5 0.1026 0.6979 0.000 0.004 0.024 0.004 0.968
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 2 0.0146 0.75590 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29786 2 0.4573 0.19220 0.004 0.532 0.020 0.000 0.440 0.004
#> GSM29789 2 0.1554 0.75159 0.000 0.940 0.044 0.004 0.004 0.008
#> GSM29792 2 0.1138 0.75857 0.012 0.960 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM29795 2 0.0260 0.75664 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29798 2 0.1078 0.75939 0.000 0.964 0.012 0.008 0.016 0.000
#> GSM29801 2 0.7833 0.04697 0.248 0.408 0.204 0.000 0.088 0.052
#> GSM29804 3 0.8047 0.24927 0.096 0.172 0.480 0.012 0.124 0.116
#> GSM29807 3 0.6215 0.37476 0.004 0.168 0.636 0.072 0.024 0.096
#> GSM29816 3 0.5158 0.37857 0.024 0.000 0.668 0.008 0.228 0.072
#> GSM29821 2 0.7168 0.10528 0.084 0.456 0.148 0.004 0.296 0.012
#> GSM29824 5 0.8692 -0.04974 0.176 0.056 0.180 0.016 0.300 0.272
#> GSM29827 1 0.7633 0.35403 0.372 0.248 0.036 0.004 0.052 0.288
#> GSM29830 1 0.7810 0.38056 0.424 0.224 0.028 0.004 0.196 0.124
#> GSM29833 2 0.3843 -0.02339 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0000 0.75473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.5677 0.51317 0.036 0.660 0.156 0.000 0.132 0.016
#> GSM29790 2 0.0547 0.75592 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.1501 0.75109 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM29796 2 0.1967 0.75121 0.020 0.928 0.028 0.000 0.008 0.016
#> GSM29799 2 0.0665 0.75791 0.004 0.980 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM29802 3 0.4302 0.45678 0.036 0.040 0.788 0.000 0.112 0.024
#> GSM29805 3 0.7159 0.32435 0.096 0.092 0.584 0.008 0.108 0.112
#> GSM29814 3 0.5880 0.38090 0.020 0.024 0.684 0.072 0.052 0.148
#> GSM29817 3 0.5930 0.36814 0.120 0.056 0.636 0.000 0.176 0.012
#> GSM29822 5 0.6210 -0.08406 0.096 0.000 0.400 0.000 0.448 0.056
#> GSM29825 3 0.7508 0.17604 0.144 0.012 0.444 0.004 0.244 0.152
#> GSM29828 3 0.8209 0.05439 0.124 0.292 0.320 0.000 0.208 0.056
#> GSM29831 3 0.7140 0.27631 0.124 0.240 0.516 0.000 0.052 0.068
#> GSM29834 1 0.3976 0.39651 0.612 0.380 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM29785 2 0.1578 0.75525 0.028 0.944 0.004 0.000 0.012 0.012
#> GSM29788 5 0.4468 0.62918 0.092 0.036 0.060 0.016 0.788 0.008
#> GSM29791 2 0.1691 0.75802 0.012 0.940 0.000 0.028 0.008 0.012
#> GSM29794 2 0.3614 0.71728 0.060 0.840 0.032 0.056 0.004 0.008
#> GSM29797 2 0.2656 0.74274 0.044 0.892 0.000 0.036 0.020 0.008
#> GSM29800 5 0.5291 0.55269 0.032 0.168 0.056 0.032 0.708 0.004
#> GSM29803 5 0.2697 0.65726 0.044 0.004 0.040 0.000 0.888 0.024
#> GSM29806 5 0.4683 0.57665 0.020 0.028 0.176 0.004 0.740 0.032
#> GSM29815 4 0.8713 0.05622 0.044 0.052 0.300 0.332 0.136 0.136
#> GSM29819 5 0.2504 0.65590 0.008 0.004 0.064 0.000 0.892 0.032
#> GSM29823 5 0.4327 0.62227 0.128 0.000 0.040 0.028 0.780 0.024
#> GSM29826 5 0.6294 0.50194 0.060 0.000 0.204 0.020 0.600 0.116
#> GSM29829 5 0.2806 0.64355 0.136 0.000 0.004 0.000 0.844 0.016
#> GSM29832 5 0.2316 0.65998 0.024 0.020 0.012 0.000 0.912 0.032
#> GSM29835 1 0.5588 0.34139 0.672 0.008 0.060 0.000 0.152 0.108
#> GSM29836 2 0.2615 0.72327 0.008 0.852 0.000 0.136 0.000 0.004
#> GSM29839 2 0.0146 0.75501 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.75473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0146 0.75567 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29848 2 0.3733 0.66378 0.008 0.800 0.144 0.000 0.036 0.012
#> GSM29851 2 0.7525 0.08307 0.200 0.436 0.180 0.000 0.172 0.012
#> GSM29854 5 0.6893 0.43517 0.100 0.008 0.200 0.012 0.552 0.128
#> GSM29857 3 0.2905 0.45572 0.000 0.012 0.836 0.000 0.144 0.008
#> GSM29860 2 0.5211 0.55994 0.036 0.668 0.008 0.228 0.000 0.060
#> GSM29863 5 0.6402 0.54091 0.112 0.012 0.128 0.012 0.628 0.108
#> GSM29866 2 0.0891 0.75571 0.024 0.968 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 2 0.5899 0.52043 0.048 0.656 0.132 0.004 0.016 0.144
#> GSM29872 2 0.6027 0.51963 0.088 0.664 0.044 0.072 0.000 0.132
#> GSM29875 3 0.7945 0.16862 0.164 0.144 0.460 0.000 0.148 0.084
#> GSM29878 2 0.2025 0.75082 0.044 0.924 0.008 0.012 0.004 0.008
#> GSM29837 2 0.2687 0.72160 0.000 0.860 0.004 0.120 0.004 0.012
#> GSM29840 2 0.1988 0.73991 0.072 0.912 0.004 0.004 0.008 0.000
#> GSM29843 2 0.0260 0.75467 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0146 0.75567 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29849 2 0.4748 0.58511 0.116 0.724 0.140 0.000 0.012 0.008
#> GSM29852 3 0.6153 0.06326 0.192 0.000 0.416 0.000 0.380 0.012
#> GSM29855 3 0.6228 0.34309 0.088 0.000 0.624 0.016 0.148 0.124
#> GSM29858 3 0.3543 0.42254 0.000 0.004 0.756 0.000 0.224 0.016
#> GSM29861 2 0.7883 0.13084 0.056 0.420 0.124 0.256 0.000 0.144
#> GSM29864 3 0.5910 0.34357 0.140 0.000 0.620 0.004 0.184 0.052
#> GSM29867 3 0.6322 0.27490 0.112 0.284 0.544 0.000 0.048 0.012
#> GSM29870 3 0.6847 0.28989 0.108 0.144 0.556 0.000 0.020 0.172
#> GSM29873 3 0.7204 0.31118 0.044 0.184 0.556 0.084 0.012 0.120
#> GSM29876 3 0.4490 0.39216 0.024 0.064 0.764 0.000 0.016 0.132
#> GSM29879 2 0.3028 0.73066 0.016 0.876 0.044 0.008 0.008 0.048
#> GSM29838 4 0.2408 0.71787 0.008 0.084 0.004 0.892 0.008 0.004
#> GSM29841 5 0.5282 0.57663 0.108 0.116 0.016 0.040 0.716 0.004
#> GSM29844 2 0.0858 0.75647 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM29847 2 0.1010 0.75729 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> GSM29850 2 0.6861 0.40794 0.200 0.580 0.120 0.024 0.044 0.032
#> GSM29853 5 0.5497 0.47205 0.208 0.000 0.172 0.000 0.608 0.012
#> GSM29856 5 0.6805 0.45728 0.132 0.000 0.180 0.020 0.560 0.108
#> GSM29859 3 0.3702 0.43225 0.000 0.004 0.780 0.008 0.180 0.028
#> GSM29862 5 0.9687 0.03065 0.164 0.092 0.124 0.168 0.276 0.176
#> GSM29865 5 0.1737 0.65885 0.040 0.000 0.020 0.000 0.932 0.008
#> GSM29868 5 0.5626 0.60155 0.144 0.016 0.056 0.008 0.692 0.084
#> GSM29871 3 0.6270 0.41336 0.020 0.076 0.632 0.004 0.120 0.148
#> GSM29874 4 0.9257 0.19526 0.192 0.092 0.124 0.336 0.068 0.188
#> GSM29877 3 0.8488 0.04883 0.228 0.096 0.348 0.000 0.180 0.148
#> GSM29880 2 0.7241 0.41436 0.084 0.580 0.060 0.028 0.084 0.164
#> GSM29881 2 0.6561 0.33042 0.084 0.580 0.000 0.024 0.208 0.104
#> GSM29884 2 0.2854 0.64826 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0865 0.75327 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM29890 6 0.5911 0.36629 0.120 0.000 0.192 0.000 0.072 0.616
#> GSM29893 5 0.6292 0.51280 0.176 0.016 0.040 0.012 0.616 0.140
#> GSM29896 1 0.7439 0.25591 0.484 0.128 0.100 0.000 0.048 0.240
#> GSM29899 5 0.6857 0.23656 0.188 0.016 0.044 0.000 0.472 0.280
#> GSM29902 6 0.6947 0.23123 0.020 0.204 0.028 0.004 0.296 0.448
#> GSM29905 6 0.7423 0.34455 0.028 0.116 0.104 0.004 0.304 0.444
#> GSM29908 1 0.5561 0.49370 0.568 0.252 0.004 0.000 0.000 0.176
#> GSM29955 6 0.6409 -0.24820 0.316 0.280 0.008 0.004 0.000 0.392
#> GSM29958 1 0.3828 0.27284 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.5665 0.46755 0.620 0.168 0.008 0.000 0.016 0.188
#> GSM29882 3 0.5154 0.34366 0.028 0.000 0.676 0.028 0.036 0.232
#> GSM29885 2 0.1327 0.75270 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.1007 0.75286 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM29891 3 0.5888 0.14936 0.004 0.004 0.428 0.000 0.416 0.148
#> GSM29894 5 0.6013 0.42754 0.208 0.004 0.012 0.004 0.560 0.212
#> GSM29897 1 0.5294 0.29553 0.672 0.000 0.104 0.000 0.180 0.044
#> GSM29900 3 0.6413 0.34273 0.060 0.036 0.612 0.012 0.064 0.216
#> GSM29903 3 0.4744 0.20627 0.024 0.000 0.576 0.004 0.012 0.384
#> GSM29906 3 0.4742 0.23584 0.000 0.004 0.612 0.000 0.056 0.328
#> GSM29909 3 0.6794 0.16681 0.020 0.188 0.468 0.032 0.000 0.292
#> GSM29956 1 0.4178 0.37038 0.700 0.000 0.032 0.000 0.008 0.260
#> GSM29959 1 0.5237 0.44758 0.700 0.084 0.104 0.000 0.000 0.112
#> GSM29962 2 0.4782 0.24893 0.340 0.600 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM29883 5 0.4391 0.61605 0.076 0.004 0.108 0.000 0.772 0.040
#> GSM29886 4 0.4101 0.29692 0.000 0.408 0.000 0.580 0.012 0.000
#> GSM29889 2 0.3894 0.47792 0.004 0.664 0.000 0.324 0.000 0.008
#> GSM29892 6 0.6138 0.23326 0.024 0.000 0.156 0.000 0.344 0.476
#> GSM29895 5 0.4813 0.53801 0.292 0.000 0.004 0.032 0.648 0.024
#> GSM29898 5 0.4509 0.57468 0.004 0.000 0.104 0.000 0.712 0.180
#> GSM29901 5 0.4215 0.61139 0.016 0.000 0.152 0.008 0.768 0.056
#> GSM29904 5 0.4422 0.63503 0.024 0.000 0.060 0.012 0.764 0.140
#> GSM29907 5 0.1471 0.65564 0.000 0.004 0.000 0.000 0.932 0.064
#> GSM29910 5 0.3240 0.66112 0.056 0.000 0.008 0.008 0.848 0.080
#> GSM29957 5 0.3845 0.63371 0.128 0.012 0.004 0.020 0.808 0.028
#> GSM29960 1 0.5727 0.32630 0.604 0.000 0.028 0.000 0.200 0.168
#> GSM29963 5 0.1981 0.65930 0.016 0.000 0.016 0.012 0.928 0.028
#> GSM29964 2 0.4175 0.09028 0.000 0.524 0.000 0.464 0.000 0.012
#> GSM29967 4 0.2568 0.70661 0.012 0.048 0.004 0.900 0.016 0.020
#> GSM29970 6 0.8643 0.22097 0.164 0.076 0.040 0.100 0.216 0.404
#> GSM29973 4 0.2003 0.70867 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM29976 6 0.5800 0.24411 0.036 0.000 0.348 0.004 0.076 0.536
#> GSM29979 2 0.7590 0.19134 0.100 0.484 0.016 0.236 0.028 0.136
#> GSM29982 5 0.8030 0.21612 0.272 0.084 0.008 0.068 0.412 0.156
#> GSM29985 6 0.7100 0.25487 0.048 0.000 0.192 0.024 0.292 0.444
#> GSM29988 6 0.6527 0.24792 0.028 0.128 0.040 0.208 0.008 0.588
#> GSM29991 2 0.7684 -0.22455 0.004 0.376 0.064 0.064 0.132 0.360
#> GSM29994 6 0.6460 0.25011 0.008 0.044 0.324 0.000 0.132 0.492
#> GSM29997 6 0.7181 0.36730 0.052 0.032 0.112 0.020 0.276 0.508
#> GSM30000 2 0.4867 0.42399 0.076 0.644 0.000 0.008 0.000 0.272
#> GSM30003 5 0.2691 0.62923 0.000 0.088 0.008 0.000 0.872 0.032
#> GSM29965 2 0.2890 0.72040 0.000 0.844 0.000 0.128 0.004 0.024
#> GSM29968 4 0.4663 0.64580 0.040 0.116 0.004 0.768 0.020 0.052
#> GSM29971 6 0.7391 0.06392 0.140 0.004 0.300 0.076 0.032 0.448
#> GSM29974 4 0.2509 0.71193 0.000 0.088 0.000 0.876 0.000 0.036
#> GSM29977 3 0.5034 0.23542 0.004 0.000 0.588 0.000 0.080 0.328
#> GSM29980 3 0.8803 0.20535 0.056 0.120 0.428 0.128 0.156 0.112
#> GSM29983 5 0.7596 0.27102 0.348 0.012 0.056 0.072 0.416 0.096
#> GSM29986 3 0.7078 0.16204 0.052 0.004 0.456 0.012 0.260 0.216
#> GSM29989 6 0.6900 0.00867 0.016 0.076 0.376 0.036 0.040 0.456
#> GSM29992 2 0.0000 0.75473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29995 6 0.5581 0.32950 0.220 0.000 0.188 0.000 0.008 0.584
#> GSM29998 6 0.5361 0.19728 0.032 0.016 0.372 0.012 0.008 0.560
#> GSM30001 3 0.6969 0.38372 0.044 0.124 0.620 0.068 0.092 0.052
#> GSM30004 5 0.2680 0.63945 0.000 0.000 0.076 0.000 0.868 0.056
#> GSM29966 4 0.2146 0.71761 0.000 0.060 0.008 0.908 0.000 0.024
#> GSM29969 4 0.2690 0.66523 0.032 0.012 0.008 0.896 0.012 0.040
#> GSM29972 5 0.7554 0.15308 0.164 0.000 0.024 0.112 0.416 0.284
#> GSM29975 4 0.1826 0.71538 0.000 0.052 0.004 0.924 0.000 0.020
#> GSM29978 5 0.4006 0.51741 0.004 0.000 0.052 0.000 0.744 0.200
#> GSM29981 4 0.4949 0.37264 0.008 0.004 0.012 0.660 0.268 0.048
#> GSM29984 5 0.3373 0.65745 0.040 0.004 0.004 0.080 0.848 0.024
#> GSM29987 5 0.2056 0.65725 0.000 0.004 0.080 0.000 0.904 0.012
#> GSM29990 5 0.6716 0.45589 0.024 0.000 0.184 0.072 0.564 0.156
#> GSM29993 5 0.5060 0.13216 0.000 0.440 0.012 0.048 0.500 0.000
#> GSM29996 5 0.5954 0.36099 0.028 0.000 0.120 0.008 0.572 0.272
#> GSM29999 5 0.7083 0.18187 0.020 0.004 0.196 0.056 0.492 0.232
#> GSM30002 5 0.5095 0.60817 0.012 0.004 0.108 0.064 0.736 0.076
#> GSM30005 5 0.1334 0.65204 0.000 0.000 0.020 0.000 0.948 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:pam 151 7.81e-02 1.75e-05 0.000184 2
#> CV:pam 146 2.90e-01 3.56e-14 0.004273 3
#> CV:pam 104 2.81e-02 6.92e-10 0.007809 4
#> CV:pam 103 1.33e-05 4.51e-09 0.000133 5
#> CV:pam 77 8.54e-07 4.76e-07 0.001583 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.642 0.884 0.928 0.4496 0.557 0.557
#> 3 3 0.412 0.498 0.678 0.3796 0.769 0.588
#> 4 4 0.388 0.402 0.654 0.0949 0.885 0.684
#> 5 5 0.505 0.559 0.701 0.1150 0.867 0.589
#> 6 6 0.613 0.553 0.733 0.0524 0.857 0.498
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.2603 0.940 0.044 0.956
#> GSM29786 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29789 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM29792 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.9833 0.188 0.424 0.576
#> GSM29798 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29801 1 0.2236 0.916 0.964 0.036
#> GSM29804 1 0.1184 0.916 0.984 0.016
#> GSM29807 1 0.9000 0.689 0.684 0.316
#> GSM29816 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM29824 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> GSM29827 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM29787 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29790 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.2948 0.937 0.052 0.948
#> GSM29799 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> GSM29802 1 0.3114 0.910 0.944 0.056
#> GSM29805 1 0.2043 0.916 0.968 0.032
#> GSM29814 1 0.9000 0.689 0.684 0.316
#> GSM29817 1 0.2778 0.912 0.952 0.048
#> GSM29822 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> GSM29825 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> GSM29785 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM29788 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29791 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.1633 0.946 0.024 0.976
#> GSM29800 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29803 1 0.6048 0.859 0.852 0.148
#> GSM29806 1 0.7674 0.794 0.776 0.224
#> GSM29815 1 0.9358 0.625 0.648 0.352
#> GSM29819 1 0.4298 0.897 0.912 0.088
#> GSM29823 1 0.7883 0.778 0.764 0.236
#> GSM29826 1 0.1633 0.916 0.976 0.024
#> GSM29829 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM29832 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29835 1 0.3114 0.911 0.944 0.056
#> GSM29836 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.2043 0.945 0.032 0.968
#> GSM29842 2 0.0938 0.949 0.012 0.988
#> GSM29845 2 0.5178 0.883 0.116 0.884
#> GSM29848 2 0.3584 0.928 0.068 0.932
#> GSM29851 1 0.3584 0.905 0.932 0.068
#> GSM29854 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM29857 1 0.4562 0.894 0.904 0.096
#> GSM29860 2 0.1843 0.940 0.028 0.972
#> GSM29863 1 0.2236 0.915 0.964 0.036
#> GSM29866 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.1843 0.914 0.972 0.028
#> GSM29872 1 0.8813 0.713 0.700 0.300
#> GSM29875 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> GSM29878 1 0.8661 0.717 0.712 0.288
#> GSM29837 2 0.1184 0.945 0.016 0.984
#> GSM29840 2 0.0938 0.948 0.012 0.988
#> GSM29843 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM29846 2 0.4562 0.902 0.096 0.904
#> GSM29849 2 0.4690 0.900 0.100 0.900
#> GSM29852 1 0.2236 0.915 0.964 0.036
#> GSM29855 1 0.4161 0.899 0.916 0.084
#> GSM29858 1 0.4161 0.899 0.916 0.084
#> GSM29861 2 0.3879 0.902 0.076 0.924
#> GSM29864 1 0.3584 0.906 0.932 0.068
#> GSM29867 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.8661 0.729 0.712 0.288
#> GSM29876 1 0.1184 0.916 0.984 0.016
#> GSM29879 1 0.3879 0.903 0.924 0.076
#> GSM29838 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM29844 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM29847 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29850 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM29853 1 0.3584 0.906 0.932 0.068
#> GSM29856 1 0.7056 0.819 0.808 0.192
#> GSM29859 1 0.8144 0.761 0.748 0.252
#> GSM29862 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> GSM29865 1 0.7602 0.795 0.780 0.220
#> GSM29868 1 0.1414 0.916 0.980 0.020
#> GSM29871 1 0.8327 0.755 0.736 0.264
#> GSM29874 1 0.9358 0.625 0.648 0.352
#> GSM29877 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.1184 0.946 0.016 0.984
#> GSM29881 1 0.2778 0.913 0.952 0.048
#> GSM29884 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM29890 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.1633 0.916 0.976 0.024
#> GSM29896 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0672 0.914 0.992 0.008
#> GSM29905 1 0.1184 0.916 0.984 0.016
#> GSM29908 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM29958 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29882 1 0.2603 0.913 0.956 0.044
#> GSM29885 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM29888 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM29906 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29909 1 0.2948 0.911 0.948 0.052
#> GSM29956 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> GSM29886 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29895 1 0.6887 0.831 0.816 0.184
#> GSM29898 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> GSM29904 1 0.2043 0.915 0.968 0.032
#> GSM29907 1 0.0938 0.916 0.988 0.012
#> GSM29910 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> GSM29957 1 0.8081 0.768 0.752 0.248
#> GSM29960 1 0.2603 0.913 0.956 0.044
#> GSM29963 1 0.4431 0.896 0.908 0.092
#> GSM29964 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.2603 0.941 0.044 0.956
#> GSM29970 1 0.5519 0.873 0.872 0.128
#> GSM29973 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29979 1 0.9000 0.689 0.684 0.316
#> GSM29982 2 0.9608 0.318 0.384 0.616
#> GSM29985 1 0.1414 0.916 0.980 0.020
#> GSM29988 1 0.8861 0.707 0.696 0.304
#> GSM29991 1 0.6438 0.835 0.836 0.164
#> GSM29994 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> GSM29997 1 0.6887 0.837 0.816 0.184
#> GSM30000 1 0.3733 0.903 0.928 0.072
#> GSM30003 1 0.2778 0.912 0.952 0.048
#> GSM29965 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.2603 0.941 0.044 0.956
#> GSM29971 1 0.5294 0.878 0.880 0.120
#> GSM29974 2 0.1184 0.945 0.016 0.984
#> GSM29977 1 0.0000 0.913 1.000 0.000
#> GSM29980 1 0.8909 0.701 0.692 0.308
#> GSM29983 1 0.7139 0.821 0.804 0.196
#> GSM29986 1 0.2236 0.915 0.964 0.036
#> GSM29989 1 0.8713 0.725 0.708 0.292
#> GSM29992 1 0.5178 0.883 0.884 0.116
#> GSM29995 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM29998 1 0.7883 0.786 0.764 0.236
#> GSM30001 1 0.4161 0.901 0.916 0.084
#> GSM30004 1 0.1633 0.916 0.976 0.024
#> GSM29966 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.2603 0.941 0.044 0.956
#> GSM29972 1 0.7376 0.810 0.792 0.208
#> GSM29975 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> GSM29981 2 0.7139 0.724 0.196 0.804
#> GSM29984 2 0.3879 0.922 0.076 0.924
#> GSM29987 1 0.5408 0.876 0.876 0.124
#> GSM29990 1 0.8861 0.707 0.696 0.304
#> GSM29993 2 0.6048 0.845 0.148 0.852
#> GSM29996 1 0.0672 0.914 0.992 0.008
#> GSM29999 1 0.8713 0.725 0.708 0.292
#> GSM30002 1 0.8661 0.725 0.712 0.288
#> GSM30005 1 0.4431 0.895 0.908 0.092
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.1636 0.871160 0.016 0.964 0.020
#> GSM29786 2 0.2066 0.861197 0.000 0.940 0.060
#> GSM29789 2 0.3425 0.871141 0.004 0.884 0.112
#> GSM29792 2 0.3879 0.861804 0.000 0.848 0.152
#> GSM29795 2 0.9948 -0.320059 0.304 0.384 0.312
#> GSM29798 2 0.2066 0.861197 0.000 0.940 0.060
#> GSM29801 1 0.6800 0.197040 0.660 0.032 0.308
#> GSM29804 1 0.6309 0.070467 0.504 0.000 0.496
#> GSM29807 3 0.6012 0.375608 0.088 0.124 0.788
#> GSM29816 3 0.6062 0.370125 0.384 0.000 0.616
#> GSM29821 1 0.7140 0.161621 0.632 0.040 0.328
#> GSM29824 1 0.6111 0.324229 0.604 0.000 0.396
#> GSM29827 1 0.0592 0.530560 0.988 0.000 0.012
#> GSM29830 1 0.0237 0.526438 0.996 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.5420 0.314560 0.752 0.008 0.240
#> GSM29784 2 0.1129 0.874222 0.004 0.976 0.020
#> GSM29787 2 0.2066 0.861197 0.000 0.940 0.060
#> GSM29790 2 0.3482 0.867821 0.000 0.872 0.128
#> GSM29793 2 0.3816 0.863099 0.000 0.852 0.148
#> GSM29796 2 0.1647 0.867747 0.004 0.960 0.036
#> GSM29799 2 0.1860 0.863182 0.000 0.948 0.052
#> GSM29802 3 0.6193 0.516999 0.292 0.016 0.692
#> GSM29805 1 0.6095 0.316267 0.608 0.000 0.392
#> GSM29814 3 0.4725 0.404021 0.060 0.088 0.852
#> GSM29817 1 0.7945 0.000366 0.548 0.064 0.388
#> GSM29822 3 0.7392 0.185492 0.468 0.032 0.500
#> GSM29825 1 0.5363 0.453172 0.724 0.000 0.276
#> GSM29828 1 0.1289 0.536212 0.968 0.000 0.032
#> GSM29831 1 0.1964 0.539708 0.944 0.000 0.056
#> GSM29834 1 0.3607 0.461825 0.880 0.008 0.112
#> GSM29785 2 0.2356 0.875476 0.000 0.928 0.072
#> GSM29788 2 0.1964 0.862272 0.000 0.944 0.056
#> GSM29791 2 0.3192 0.872049 0.000 0.888 0.112
#> GSM29794 2 0.3816 0.863049 0.000 0.852 0.148
#> GSM29797 2 0.1765 0.873379 0.004 0.956 0.040
#> GSM29800 2 0.2066 0.861197 0.000 0.940 0.060
#> GSM29803 3 0.7360 0.555335 0.212 0.096 0.692
#> GSM29806 3 0.6976 0.562262 0.236 0.064 0.700
#> GSM29815 3 0.6066 0.304938 0.024 0.248 0.728
#> GSM29819 3 0.6341 0.555622 0.252 0.032 0.716
#> GSM29823 1 0.9735 -0.055460 0.440 0.244 0.316
#> GSM29826 1 0.6825 0.110927 0.500 0.012 0.488
#> GSM29829 1 0.2527 0.538366 0.936 0.020 0.044
#> GSM29832 1 0.2527 0.530754 0.936 0.020 0.044
#> GSM29835 1 0.8408 0.108270 0.600 0.128 0.272
#> GSM29836 2 0.3941 0.860437 0.000 0.844 0.156
#> GSM29839 2 0.2031 0.867640 0.032 0.952 0.016
#> GSM29842 2 0.2116 0.876776 0.012 0.948 0.040
#> GSM29845 2 0.2866 0.848543 0.008 0.916 0.076
#> GSM29848 2 0.1964 0.862722 0.000 0.944 0.056
#> GSM29851 3 0.6950 0.172574 0.476 0.016 0.508
#> GSM29854 3 0.5560 0.487343 0.300 0.000 0.700
#> GSM29857 3 0.6596 0.553939 0.256 0.040 0.704
#> GSM29860 2 0.7576 0.726307 0.076 0.648 0.276
#> GSM29863 3 0.6398 0.319028 0.416 0.004 0.580
#> GSM29866 1 0.2625 0.539865 0.916 0.000 0.084
#> GSM29869 1 0.4802 0.504885 0.824 0.020 0.156
#> GSM29872 3 0.8906 0.123325 0.344 0.136 0.520
#> GSM29875 1 0.5292 0.481779 0.764 0.008 0.228
#> GSM29878 1 0.9400 -0.031830 0.508 0.228 0.264
#> GSM29837 2 0.5760 0.733559 0.000 0.672 0.328
#> GSM29840 2 0.0475 0.872326 0.004 0.992 0.004
#> GSM29843 2 0.0829 0.873629 0.004 0.984 0.012
#> GSM29846 2 0.1860 0.863142 0.000 0.948 0.052
#> GSM29849 2 0.2066 0.861197 0.000 0.940 0.060
#> GSM29852 3 0.7174 0.210599 0.460 0.024 0.516
#> GSM29855 3 0.6026 0.548690 0.244 0.024 0.732
#> GSM29858 3 0.6224 0.514264 0.296 0.016 0.688
#> GSM29861 2 0.8297 0.604323 0.092 0.560 0.348
#> GSM29864 3 0.7287 0.341270 0.408 0.032 0.560
#> GSM29867 1 0.5178 0.462244 0.744 0.000 0.256
#> GSM29870 1 0.4842 0.471454 0.776 0.000 0.224
#> GSM29873 3 0.7748 0.297186 0.252 0.096 0.652
#> GSM29876 3 0.7143 0.360998 0.396 0.028 0.576
#> GSM29879 1 0.7974 0.113125 0.604 0.084 0.312
#> GSM29838 2 0.4702 0.836892 0.000 0.788 0.212
#> GSM29841 2 0.1129 0.875033 0.004 0.976 0.020
#> GSM29844 2 0.1860 0.876123 0.000 0.948 0.052
#> GSM29847 2 0.1753 0.863901 0.000 0.952 0.048
#> GSM29850 2 0.1964 0.862722 0.000 0.944 0.056
#> GSM29853 3 0.7571 0.206255 0.452 0.040 0.508
#> GSM29856 3 0.8129 0.535814 0.244 0.124 0.632
#> GSM29859 3 0.7199 0.549901 0.204 0.092 0.704
#> GSM29862 2 0.6854 0.794300 0.068 0.716 0.216
#> GSM29865 3 0.8265 0.503529 0.184 0.180 0.636
#> GSM29868 1 0.7724 0.015526 0.552 0.052 0.396
#> GSM29871 3 0.7222 0.530108 0.220 0.084 0.696
#> GSM29874 3 0.9452 0.044748 0.220 0.284 0.496
#> GSM29877 1 0.6505 -0.053020 0.528 0.004 0.468
#> GSM29880 2 0.7298 0.758784 0.088 0.692 0.220
#> GSM29881 3 0.5698 0.536857 0.252 0.012 0.736
#> GSM29884 2 0.3686 0.865128 0.000 0.860 0.140
#> GSM29887 2 0.3340 0.869485 0.000 0.880 0.120
#> GSM29890 1 0.4178 0.519407 0.828 0.000 0.172
#> GSM29893 1 0.1315 0.524496 0.972 0.008 0.020
#> GSM29896 1 0.3340 0.533163 0.880 0.000 0.120
#> GSM29899 1 0.5291 0.457326 0.732 0.000 0.268
#> GSM29902 1 0.6225 0.262687 0.568 0.000 0.432
#> GSM29905 1 0.6410 0.267199 0.576 0.004 0.420
#> GSM29908 1 0.0000 0.525413 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.4999 0.510948 0.820 0.028 0.152
#> GSM29958 1 0.0237 0.525249 0.996 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.0000 0.525413 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.6566 0.450121 0.348 0.016 0.636
#> GSM29885 2 0.2796 0.874058 0.000 0.908 0.092
#> GSM29888 2 0.3686 0.865533 0.000 0.860 0.140
#> GSM29891 1 0.6111 0.316634 0.604 0.000 0.396
#> GSM29894 1 0.0592 0.525329 0.988 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.0892 0.523974 0.980 0.000 0.020
#> GSM29900 1 0.6095 0.325367 0.608 0.000 0.392
#> GSM29903 1 0.5988 0.342121 0.632 0.000 0.368
#> GSM29906 1 0.6204 0.267390 0.576 0.000 0.424
#> GSM29909 3 0.7744 0.257556 0.448 0.048 0.504
#> GSM29956 1 0.0000 0.525413 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0237 0.525249 0.996 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.4702 0.448018 0.788 0.000 0.212
#> GSM29883 3 0.5588 0.519746 0.276 0.004 0.720
#> GSM29886 2 0.3267 0.870804 0.000 0.884 0.116
#> GSM29889 2 0.3686 0.865128 0.000 0.860 0.140
#> GSM29892 1 0.6783 0.292085 0.588 0.016 0.396
#> GSM29895 1 0.8727 0.117544 0.588 0.176 0.236
#> GSM29898 1 0.6260 0.244357 0.552 0.000 0.448
#> GSM29901 1 0.6280 0.221080 0.540 0.000 0.460
#> GSM29904 1 0.7807 0.274592 0.596 0.068 0.336
#> GSM29907 1 0.6260 0.240168 0.552 0.000 0.448
#> GSM29910 1 0.6031 0.451932 0.788 0.096 0.116
#> GSM29957 3 0.9606 0.339779 0.340 0.212 0.448
#> GSM29960 1 0.3692 0.514207 0.896 0.056 0.048
#> GSM29963 1 0.8595 -0.048995 0.496 0.100 0.404
#> GSM29964 2 0.4654 0.838907 0.000 0.792 0.208
#> GSM29967 2 0.1964 0.868986 0.000 0.944 0.056
#> GSM29970 3 0.7388 0.334026 0.356 0.044 0.600
#> GSM29973 2 0.4654 0.838907 0.000 0.792 0.208
#> GSM29976 1 0.6309 0.133300 0.504 0.000 0.496
#> GSM29979 3 0.6633 0.346469 0.060 0.212 0.728
#> GSM29982 2 0.9347 0.130923 0.204 0.508 0.288
#> GSM29985 1 0.6678 0.157824 0.512 0.008 0.480
#> GSM29988 3 0.8055 0.202794 0.292 0.096 0.612
#> GSM29991 3 0.7902 0.534884 0.280 0.092 0.628
#> GSM29994 1 0.6608 0.249599 0.560 0.008 0.432
#> GSM29997 1 0.7878 0.230005 0.548 0.060 0.392
#> GSM30000 1 0.7674 -0.027373 0.480 0.044 0.476
#> GSM30003 3 0.5431 0.514111 0.284 0.000 0.716
#> GSM29965 2 0.4750 0.834741 0.000 0.784 0.216
#> GSM29968 2 0.1753 0.864762 0.000 0.952 0.048
#> GSM29971 3 0.6662 0.549250 0.252 0.044 0.704
#> GSM29974 2 0.6228 0.673715 0.004 0.624 0.372
#> GSM29977 3 0.5968 0.350589 0.364 0.000 0.636
#> GSM29980 3 0.6234 0.425258 0.096 0.128 0.776
#> GSM29983 1 0.9532 -0.010016 0.472 0.212 0.316
#> GSM29986 3 0.6337 0.540301 0.264 0.028 0.708
#> GSM29989 3 0.8362 0.116438 0.348 0.096 0.556
#> GSM29992 3 0.7384 0.552320 0.272 0.068 0.660
#> GSM29995 1 0.0000 0.525413 1.000 0.000 0.000
#> GSM29998 1 0.8316 0.119140 0.496 0.080 0.424
#> GSM30001 3 0.6688 0.497177 0.308 0.028 0.664
#> GSM30004 3 0.5956 0.482924 0.324 0.004 0.672
#> GSM29966 2 0.4654 0.838907 0.000 0.792 0.208
#> GSM29969 2 0.2066 0.869672 0.000 0.940 0.060
#> GSM29972 3 0.7849 0.540752 0.248 0.104 0.648
#> GSM29975 2 0.4654 0.838907 0.000 0.792 0.208
#> GSM29978 1 0.6307 0.158633 0.512 0.000 0.488
#> GSM29981 3 0.6786 -0.289182 0.012 0.448 0.540
#> GSM29984 2 0.3845 0.819489 0.012 0.872 0.116
#> GSM29987 3 0.7272 0.558302 0.204 0.096 0.700
#> GSM29990 3 0.8546 0.223102 0.276 0.136 0.588
#> GSM29993 2 0.6979 0.618520 0.140 0.732 0.128
#> GSM29996 1 0.6999 0.411837 0.680 0.052 0.268
#> GSM29999 3 0.8354 0.152537 0.320 0.104 0.576
#> GSM30002 3 0.7720 0.510370 0.208 0.120 0.672
#> GSM30005 3 0.6026 0.548624 0.244 0.024 0.732
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.2342 0.62592 0.008 0.000 0.080 0.912
#> GSM29786 4 0.1109 0.67122 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM29789 2 0.5000 0.20585 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM29792 2 0.4977 0.30707 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM29795 3 0.9913 0.16754 0.280 0.196 0.292 0.232
#> GSM29798 4 0.1191 0.67284 0.004 0.004 0.024 0.968
#> GSM29801 1 0.6686 0.00982 0.576 0.016 0.344 0.064
#> GSM29804 1 0.5310 0.16958 0.576 0.012 0.412 0.000
#> GSM29807 3 0.6170 0.20377 0.068 0.332 0.600 0.000
#> GSM29816 3 0.6775 0.40912 0.384 0.100 0.516 0.000
#> GSM29821 1 0.7335 -0.16518 0.496 0.016 0.384 0.104
#> GSM29824 1 0.3933 0.56608 0.792 0.008 0.200 0.000
#> GSM29827 1 0.0188 0.64124 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0672 0.64134 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM29833 1 0.3052 0.57453 0.880 0.012 0.104 0.004
#> GSM29784 4 0.0779 0.66429 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM29787 4 0.1707 0.67362 0.004 0.020 0.024 0.952
#> GSM29790 4 0.4522 0.17352 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM29793 4 0.5000 -0.28850 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM29796 4 0.4330 0.59421 0.012 0.112 0.048 0.828
#> GSM29799 4 0.1305 0.67012 0.004 0.000 0.036 0.960
#> GSM29802 3 0.7247 0.46531 0.320 0.104 0.556 0.020
#> GSM29805 1 0.6438 -0.14475 0.496 0.068 0.436 0.000
#> GSM29814 3 0.6121 0.24172 0.072 0.308 0.620 0.000
#> GSM29817 3 0.8033 0.33748 0.412 0.096 0.436 0.056
#> GSM29822 3 0.7097 0.42904 0.356 0.108 0.528 0.008
#> GSM29825 1 0.6528 0.14968 0.596 0.104 0.300 0.000
#> GSM29828 1 0.0376 0.64166 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM29831 1 0.0376 0.64153 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM29834 1 0.2727 0.59468 0.900 0.012 0.084 0.004
#> GSM29785 4 0.4277 0.28640 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM29788 4 0.1697 0.67454 0.004 0.016 0.028 0.952
#> GSM29791 2 0.5168 0.19444 0.000 0.500 0.004 0.496
#> GSM29794 2 0.5151 0.28947 0.000 0.532 0.004 0.464
#> GSM29797 4 0.6092 0.39282 0.004 0.272 0.072 0.652
#> GSM29800 4 0.1109 0.67122 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM29803 3 0.7034 0.46456 0.224 0.012 0.612 0.152
#> GSM29806 3 0.5496 0.45370 0.288 0.028 0.676 0.008
#> GSM29815 3 0.7608 -0.13953 0.020 0.336 0.512 0.132
#> GSM29819 3 0.5378 0.49027 0.264 0.004 0.696 0.036
#> GSM29823 1 0.9384 -0.20897 0.356 0.112 0.332 0.200
#> GSM29826 1 0.5488 0.04031 0.532 0.016 0.452 0.000
#> GSM29829 1 0.1174 0.64061 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM29832 1 0.1985 0.63978 0.944 0.012 0.024 0.020
#> GSM29835 1 0.6737 0.45144 0.700 0.072 0.108 0.120
#> GSM29836 2 0.4888 0.39657 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM29839 4 0.3583 0.54787 0.004 0.180 0.000 0.816
#> GSM29842 4 0.2218 0.65439 0.004 0.036 0.028 0.932
#> GSM29845 4 0.2714 0.59235 0.004 0.000 0.112 0.884
#> GSM29848 4 0.1598 0.67348 0.004 0.020 0.020 0.956
#> GSM29851 3 0.7356 0.40378 0.372 0.108 0.504 0.016
#> GSM29854 3 0.4955 0.41250 0.344 0.008 0.648 0.000
#> GSM29857 3 0.5433 0.48705 0.272 0.004 0.688 0.036
#> GSM29860 2 0.4635 0.52166 0.000 0.720 0.012 0.268
#> GSM29863 3 0.5943 0.41612 0.388 0.008 0.576 0.028
#> GSM29866 1 0.1174 0.64154 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM29869 1 0.1888 0.63276 0.940 0.016 0.044 0.000
#> GSM29872 2 0.9261 0.07048 0.300 0.316 0.308 0.076
#> GSM29875 1 0.6946 -0.15632 0.504 0.116 0.380 0.000
#> GSM29878 1 0.8184 0.28638 0.584 0.140 0.124 0.152
#> GSM29837 2 0.5193 0.52364 0.000 0.656 0.020 0.324
#> GSM29840 4 0.3668 0.53763 0.004 0.188 0.000 0.808
#> GSM29843 4 0.1396 0.66797 0.004 0.032 0.004 0.960
#> GSM29846 4 0.1576 0.66254 0.004 0.000 0.048 0.948
#> GSM29849 4 0.1707 0.67362 0.004 0.020 0.024 0.952
#> GSM29852 3 0.7233 0.42255 0.364 0.108 0.516 0.012
#> GSM29855 3 0.5695 0.46052 0.336 0.040 0.624 0.000
#> GSM29858 3 0.4957 0.45267 0.336 0.004 0.656 0.004
#> GSM29861 2 0.5109 0.51907 0.000 0.736 0.052 0.212
#> GSM29864 3 0.7188 0.44110 0.348 0.108 0.532 0.012
#> GSM29867 1 0.5650 0.44074 0.716 0.104 0.180 0.000
#> GSM29870 1 0.5669 0.41153 0.708 0.092 0.200 0.000
#> GSM29873 3 0.7289 0.17773 0.212 0.252 0.536 0.000
#> GSM29876 3 0.6917 0.44946 0.340 0.108 0.548 0.004
#> GSM29879 1 0.6709 0.31572 0.636 0.016 0.248 0.100
#> GSM29838 2 0.4941 0.48709 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM29841 4 0.4718 0.44058 0.004 0.272 0.008 0.716
#> GSM29844 4 0.5119 -0.03994 0.000 0.440 0.004 0.556
#> GSM29847 4 0.1697 0.67369 0.004 0.016 0.028 0.952
#> GSM29850 4 0.2246 0.65997 0.004 0.052 0.016 0.928
#> GSM29853 3 0.7705 0.39467 0.352 0.032 0.504 0.112
#> GSM29856 3 0.6674 0.41946 0.316 0.004 0.584 0.096
#> GSM29859 3 0.5217 0.38796 0.120 0.056 0.788 0.036
#> GSM29862 2 0.4040 0.53645 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM29865 3 0.7136 0.45295 0.212 0.012 0.604 0.172
#> GSM29868 1 0.5962 0.43473 0.696 0.004 0.200 0.100
#> GSM29871 3 0.6288 0.29348 0.284 0.080 0.632 0.004
#> GSM29874 2 0.9594 0.28360 0.196 0.372 0.280 0.152
#> GSM29877 3 0.6889 0.38371 0.396 0.108 0.496 0.000
#> GSM29880 2 0.5155 0.52529 0.016 0.720 0.016 0.248
#> GSM29881 3 0.4899 0.46479 0.300 0.004 0.688 0.008
#> GSM29884 4 0.4761 -0.02910 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM29887 4 0.4697 0.02182 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM29890 1 0.1174 0.64331 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM29893 1 0.0188 0.64150 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0804 0.64279 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM29899 1 0.2737 0.62456 0.888 0.008 0.104 0.000
#> GSM29902 1 0.5698 0.37041 0.636 0.044 0.320 0.000
#> GSM29905 1 0.4755 0.53240 0.760 0.040 0.200 0.000
#> GSM29908 1 0.0336 0.64093 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.2408 0.62780 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM29958 1 0.0336 0.64119 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0188 0.64150 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.6809 0.42810 0.360 0.108 0.532 0.000
#> GSM29885 4 0.2868 0.54865 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM29888 4 0.4843 -0.10916 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM29891 1 0.5712 0.18589 0.584 0.032 0.384 0.000
#> GSM29894 1 0.0937 0.64096 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM29897 1 0.0927 0.63930 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM29900 1 0.6712 0.01642 0.552 0.104 0.344 0.000
#> GSM29903 1 0.4993 0.46250 0.712 0.028 0.260 0.000
#> GSM29906 1 0.5344 0.39692 0.668 0.032 0.300 0.000
#> GSM29909 1 0.5626 0.25511 0.588 0.020 0.388 0.004
#> GSM29956 1 0.0336 0.64093 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0657 0.64038 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.3949 0.55703 0.832 0.012 0.140 0.016
#> GSM29883 3 0.4741 0.43271 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM29886 4 0.4761 0.10061 0.000 0.332 0.004 0.664
#> GSM29889 4 0.4898 -0.18708 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM29892 1 0.4669 0.54708 0.764 0.036 0.200 0.000
#> GSM29895 1 0.5735 0.50642 0.744 0.016 0.120 0.120
#> GSM29898 1 0.5496 0.41201 0.652 0.036 0.312 0.000
#> GSM29901 1 0.5352 0.26887 0.596 0.016 0.388 0.000
#> GSM29904 1 0.5242 0.56194 0.764 0.040 0.172 0.024
#> GSM29907 1 0.5717 0.38048 0.632 0.044 0.324 0.000
#> GSM29910 1 0.4908 0.55138 0.796 0.012 0.076 0.116
#> GSM29957 1 0.7503 0.34406 0.616 0.048 0.192 0.144
#> GSM29960 1 0.3724 0.59639 0.864 0.012 0.040 0.084
#> GSM29963 1 0.5770 0.55418 0.752 0.032 0.132 0.084
#> GSM29964 2 0.4967 0.47034 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM29967 4 0.4362 0.58862 0.000 0.096 0.088 0.816
#> GSM29970 3 0.5535 0.14871 0.420 0.020 0.560 0.000
#> GSM29973 2 0.4941 0.48709 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM29976 3 0.5285 0.17651 0.468 0.008 0.524 0.000
#> GSM29979 3 0.7621 0.01495 0.040 0.308 0.548 0.104
#> GSM29982 4 0.8873 0.06014 0.092 0.144 0.344 0.420
#> GSM29985 3 0.5285 0.17344 0.468 0.008 0.524 0.000
#> GSM29988 3 0.7268 0.19402 0.172 0.312 0.516 0.000
#> GSM29991 3 0.8117 0.32814 0.264 0.016 0.460 0.260
#> GSM29994 1 0.5393 0.44926 0.688 0.044 0.268 0.000
#> GSM29997 1 0.5689 0.50487 0.712 0.104 0.184 0.000
#> GSM30000 1 0.5807 0.30877 0.596 0.040 0.364 0.000
#> GSM30003 3 0.6138 0.46620 0.332 0.048 0.612 0.008
#> GSM29965 2 0.5244 0.48866 0.000 0.556 0.008 0.436
#> GSM29968 4 0.2546 0.64437 0.000 0.008 0.092 0.900
#> GSM29971 3 0.4978 0.44300 0.324 0.012 0.664 0.000
#> GSM29974 2 0.5940 0.50935 0.000 0.672 0.088 0.240
#> GSM29977 3 0.5112 0.39316 0.384 0.008 0.608 0.000
#> GSM29980 3 0.6543 0.27782 0.100 0.240 0.648 0.012
#> GSM29983 3 0.8342 0.23262 0.360 0.032 0.420 0.188
#> GSM29986 3 0.6568 0.47127 0.312 0.008 0.600 0.080
#> GSM29989 3 0.7387 0.16992 0.224 0.256 0.520 0.000
#> GSM29992 3 0.7762 0.36648 0.284 0.008 0.492 0.216
#> GSM29995 1 0.0336 0.64093 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29998 1 0.6690 0.35284 0.608 0.144 0.248 0.000
#> GSM30001 3 0.6011 0.01313 0.476 0.040 0.484 0.000
#> GSM30004 3 0.6773 0.44226 0.348 0.108 0.544 0.000
#> GSM29966 2 0.4981 0.44013 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM29969 4 0.4605 0.57274 0.000 0.108 0.092 0.800
#> GSM29972 3 0.6235 0.23564 0.356 0.048 0.588 0.008
#> GSM29975 2 0.4941 0.48709 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM29978 1 0.5597 0.03853 0.516 0.020 0.464 0.000
#> GSM29981 2 0.5961 0.49319 0.004 0.704 0.120 0.172
#> GSM29984 4 0.5835 0.49965 0.024 0.088 0.148 0.740
#> GSM29987 3 0.6171 0.49326 0.232 0.004 0.668 0.096
#> GSM29990 3 0.8136 0.10126 0.188 0.332 0.456 0.024
#> GSM29993 4 0.6427 0.31617 0.032 0.060 0.240 0.668
#> GSM29996 1 0.4909 0.59467 0.800 0.040 0.128 0.032
#> GSM29999 3 0.7407 0.16400 0.224 0.260 0.516 0.000
#> GSM30002 3 0.6589 0.24099 0.288 0.100 0.608 0.004
#> GSM30005 3 0.5405 0.49235 0.256 0.004 0.700 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.2899 0.79909 0.008 0.036 0.076 0.880 0.000
#> GSM29786 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29789 2 0.4102 0.73882 0.000 0.796 0.004 0.080 0.120
#> GSM29792 2 0.3276 0.75089 0.000 0.836 0.000 0.032 0.132
#> GSM29795 3 0.9019 0.26188 0.172 0.076 0.428 0.160 0.164
#> GSM29798 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29801 1 0.5456 -0.21806 0.484 0.000 0.456 0.000 0.060
#> GSM29804 3 0.5781 0.25309 0.344 0.000 0.552 0.000 0.104
#> GSM29807 5 0.5706 0.75562 0.052 0.076 0.184 0.000 0.688
#> GSM29816 3 0.4347 0.59606 0.256 0.024 0.716 0.000 0.004
#> GSM29821 3 0.5051 0.25376 0.484 0.000 0.488 0.004 0.024
#> GSM29824 1 0.4683 0.58990 0.732 0.000 0.176 0.000 0.092
#> GSM29827 1 0.0162 0.67163 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29830 1 0.0510 0.67268 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.2574 0.61521 0.876 0.000 0.112 0.000 0.012
#> GSM29784 4 0.2733 0.79384 0.004 0.112 0.012 0.872 0.000
#> GSM29787 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29790 2 0.4420 0.27562 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM29793 2 0.3983 0.71988 0.000 0.784 0.000 0.164 0.052
#> GSM29796 4 0.4568 0.75607 0.016 0.140 0.008 0.780 0.056
#> GSM29799 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29802 3 0.2919 0.65381 0.104 0.024 0.868 0.000 0.004
#> GSM29805 3 0.5214 0.53514 0.244 0.024 0.684 0.000 0.048
#> GSM29814 5 0.6308 0.70871 0.052 0.080 0.268 0.000 0.600
#> GSM29817 3 0.5890 0.37557 0.404 0.020 0.532 0.020 0.024
#> GSM29822 3 0.5010 0.52847 0.308 0.024 0.652 0.004 0.012
#> GSM29825 1 0.5993 0.04043 0.544 0.024 0.368 0.000 0.064
#> GSM29828 1 0.1195 0.67664 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> GSM29831 1 0.0955 0.67602 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.2358 0.61954 0.888 0.000 0.104 0.000 0.008
#> GSM29785 2 0.3918 0.67218 0.008 0.752 0.008 0.232 0.000
#> GSM29788 4 0.0912 0.83226 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> GSM29791 2 0.3622 0.74309 0.000 0.816 0.000 0.048 0.136
#> GSM29794 2 0.3577 0.75286 0.000 0.808 0.000 0.032 0.160
#> GSM29797 2 0.6694 0.51713 0.004 0.584 0.032 0.188 0.192
#> GSM29800 4 0.0693 0.83465 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM29803 3 0.3052 0.60561 0.016 0.000 0.876 0.072 0.036
#> GSM29806 3 0.3368 0.58382 0.040 0.008 0.856 0.004 0.092
#> GSM29815 5 0.5862 0.67648 0.004 0.088 0.220 0.028 0.660
#> GSM29819 3 0.2308 0.61875 0.036 0.000 0.912 0.004 0.048
#> GSM29823 3 0.7922 0.29529 0.340 0.044 0.436 0.136 0.044
#> GSM29826 3 0.5847 0.36660 0.308 0.000 0.580 0.004 0.108
#> GSM29829 1 0.1845 0.66309 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016
#> GSM29832 1 0.2592 0.63823 0.892 0.000 0.052 0.000 0.056
#> GSM29835 1 0.5657 0.35014 0.604 0.000 0.072 0.012 0.312
#> GSM29836 2 0.3655 0.75482 0.000 0.804 0.000 0.036 0.160
#> GSM29839 4 0.5260 0.54105 0.000 0.264 0.000 0.648 0.088
#> GSM29842 4 0.3814 0.75926 0.000 0.124 0.068 0.808 0.000
#> GSM29845 4 0.0794 0.83335 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM29848 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29851 3 0.5679 0.51788 0.276 0.024 0.640 0.004 0.056
#> GSM29854 3 0.3289 0.63032 0.108 0.000 0.844 0.000 0.048
#> GSM29857 3 0.2549 0.61841 0.044 0.004 0.904 0.004 0.044
#> GSM29860 2 0.4404 0.72482 0.000 0.716 0.004 0.028 0.252
#> GSM29863 3 0.5343 0.59289 0.248 0.000 0.672 0.020 0.060
#> GSM29866 1 0.1836 0.67285 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> GSM29869 1 0.3577 0.63822 0.808 0.000 0.160 0.000 0.032
#> GSM29872 5 0.6609 0.72944 0.168 0.068 0.148 0.000 0.616
#> GSM29875 3 0.6035 0.43146 0.364 0.024 0.544 0.000 0.068
#> GSM29878 5 0.7694 0.14436 0.336 0.032 0.168 0.028 0.436
#> GSM29837 2 0.4932 0.73487 0.000 0.748 0.024 0.084 0.144
#> GSM29840 4 0.5545 0.44077 0.000 0.340 0.004 0.584 0.072
#> GSM29843 4 0.2929 0.76537 0.000 0.152 0.008 0.840 0.000
#> GSM29846 4 0.0703 0.83423 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM29849 4 0.0404 0.83560 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM29852 3 0.5008 0.52968 0.284 0.024 0.668 0.000 0.024
#> GSM29855 3 0.2516 0.66172 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> GSM29858 3 0.1952 0.65199 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> GSM29861 2 0.5672 0.57550 0.000 0.632 0.048 0.036 0.284
#> GSM29864 3 0.5363 0.51539 0.320 0.024 0.628 0.020 0.008
#> GSM29867 1 0.4915 0.55692 0.740 0.024 0.172 0.000 0.064
#> GSM29870 1 0.5156 0.47960 0.708 0.020 0.204 0.000 0.068
#> GSM29873 5 0.6231 0.76281 0.104 0.068 0.176 0.000 0.652
#> GSM29876 3 0.4540 0.56298 0.268 0.024 0.700 0.000 0.008
#> GSM29879 1 0.6516 0.22683 0.520 0.008 0.344 0.012 0.116
#> GSM29838 2 0.3937 0.75799 0.000 0.808 0.004 0.116 0.072
#> GSM29841 2 0.5861 0.49640 0.000 0.608 0.004 0.252 0.136
#> GSM29844 2 0.4436 0.72165 0.000 0.768 0.004 0.088 0.140
#> GSM29847 4 0.0510 0.83522 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM29850 4 0.1200 0.83221 0.000 0.012 0.016 0.964 0.008
#> GSM29853 3 0.5047 0.56878 0.236 0.008 0.704 0.036 0.016
#> GSM29856 3 0.4826 0.56221 0.108 0.000 0.768 0.036 0.088
#> GSM29859 3 0.4860 0.37777 0.032 0.020 0.720 0.004 0.224
#> GSM29862 2 0.4113 0.73948 0.000 0.740 0.000 0.028 0.232
#> GSM29865 3 0.3805 0.58588 0.020 0.000 0.828 0.108 0.044
#> GSM29868 1 0.6830 0.30763 0.500 0.000 0.236 0.016 0.248
#> GSM29871 3 0.5971 0.16557 0.064 0.028 0.608 0.004 0.296
#> GSM29874 5 0.6469 0.40955 0.084 0.168 0.056 0.028 0.664
#> GSM29877 3 0.5788 0.47714 0.336 0.024 0.584 0.000 0.056
#> GSM29880 2 0.4267 0.72780 0.000 0.736 0.004 0.028 0.232
#> GSM29881 3 0.2850 0.63537 0.092 0.000 0.872 0.000 0.036
#> GSM29884 2 0.2771 0.75370 0.000 0.860 0.000 0.128 0.012
#> GSM29887 2 0.2629 0.74871 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> GSM29890 1 0.0992 0.67709 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM29893 1 0.0324 0.66947 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM29896 1 0.1082 0.67582 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM29899 1 0.1992 0.67423 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> GSM29902 1 0.6224 0.35376 0.496 0.000 0.352 0.000 0.152
#> GSM29905 1 0.5814 0.47155 0.584 0.000 0.288 0.000 0.128
#> GSM29908 1 0.0162 0.67163 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.4194 0.58970 0.780 0.000 0.132 0.000 0.088
#> GSM29958 1 0.0000 0.67232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0324 0.67264 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM29882 3 0.4819 0.60120 0.252 0.024 0.704 0.008 0.012
#> GSM29885 4 0.4200 0.51353 0.000 0.320 0.004 0.672 0.004
#> GSM29888 2 0.4679 0.67649 0.000 0.720 0.004 0.220 0.056
#> GSM29891 1 0.5720 0.39771 0.596 0.020 0.324 0.000 0.060
#> GSM29894 1 0.1251 0.67098 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM29897 1 0.0955 0.67414 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM29900 1 0.6030 -0.08541 0.496 0.024 0.420 0.000 0.060
#> GSM29903 1 0.4627 0.58818 0.732 0.000 0.188 0.000 0.080
#> GSM29906 1 0.5426 0.45201 0.608 0.000 0.308 0.000 0.084
#> GSM29909 1 0.6418 0.32256 0.496 0.000 0.352 0.008 0.144
#> GSM29956 1 0.0162 0.67163 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0290 0.67405 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.3608 0.60804 0.824 0.000 0.112 0.000 0.064
#> GSM29883 3 0.3064 0.63505 0.108 0.000 0.856 0.000 0.036
#> GSM29886 2 0.2798 0.74499 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> GSM29889 2 0.2723 0.75394 0.000 0.864 0.000 0.124 0.012
#> GSM29892 1 0.6040 0.41326 0.556 0.000 0.292 0.000 0.152
#> GSM29895 1 0.6312 0.26434 0.564 0.012 0.076 0.020 0.328
#> GSM29898 1 0.6175 0.38067 0.516 0.000 0.332 0.000 0.152
#> GSM29901 1 0.6274 0.14668 0.432 0.000 0.420 0.000 0.148
#> GSM29904 1 0.6004 0.38290 0.576 0.000 0.256 0.000 0.168
#> GSM29907 3 0.6322 -0.19357 0.408 0.000 0.436 0.000 0.156
#> GSM29910 1 0.6615 0.19004 0.520 0.000 0.124 0.028 0.328
#> GSM29957 5 0.7236 0.07159 0.356 0.004 0.184 0.028 0.428
#> GSM29960 1 0.4369 0.52192 0.740 0.000 0.052 0.000 0.208
#> GSM29963 1 0.6800 0.09607 0.424 0.000 0.240 0.004 0.332
#> GSM29964 2 0.4473 0.74492 0.000 0.768 0.004 0.116 0.112
#> GSM29967 4 0.5865 0.43160 0.000 0.320 0.028 0.592 0.060
#> GSM29970 3 0.5420 0.46810 0.160 0.000 0.692 0.012 0.136
#> GSM29973 2 0.4612 0.74253 0.000 0.756 0.004 0.116 0.124
#> GSM29976 3 0.4129 0.59520 0.204 0.000 0.756 0.000 0.040
#> GSM29979 5 0.5592 0.69679 0.004 0.072 0.236 0.020 0.668
#> GSM29982 3 0.9213 -0.00192 0.112 0.100 0.344 0.300 0.144
#> GSM29985 3 0.4511 0.59307 0.260 0.000 0.708 0.012 0.020
#> GSM29988 5 0.6276 0.76190 0.108 0.068 0.176 0.000 0.648
#> GSM29991 3 0.4719 0.57292 0.044 0.004 0.784 0.108 0.060
#> GSM29994 1 0.6288 0.31493 0.472 0.000 0.372 0.000 0.156
#> GSM29997 1 0.5040 0.53817 0.680 0.000 0.236 0.000 0.084
#> GSM30000 1 0.6287 0.35516 0.520 0.000 0.296 0.000 0.184
#> GSM30003 3 0.2020 0.65479 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM29965 2 0.4788 0.73559 0.000 0.740 0.004 0.120 0.136
#> GSM29968 4 0.3497 0.78576 0.000 0.052 0.028 0.856 0.064
#> GSM29971 3 0.3298 0.64098 0.096 0.000 0.856 0.012 0.036
#> GSM29974 2 0.5628 0.67070 0.000 0.684 0.064 0.048 0.204
#> GSM29977 3 0.2806 0.65726 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> GSM29980 5 0.5554 0.61676 0.000 0.076 0.328 0.004 0.592
#> GSM29983 3 0.7583 0.32648 0.340 0.024 0.472 0.076 0.088
#> GSM29986 3 0.2513 0.66387 0.116 0.000 0.876 0.008 0.000
#> GSM29989 5 0.6836 0.70826 0.164 0.068 0.180 0.000 0.588
#> GSM29992 3 0.3624 0.61154 0.044 0.000 0.848 0.076 0.032
#> GSM29995 1 0.0451 0.67363 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM29998 1 0.5680 0.46971 0.628 0.000 0.212 0.000 0.160
#> GSM30001 3 0.5442 0.43486 0.240 0.000 0.644 0.000 0.116
#> GSM30004 3 0.3170 0.65489 0.124 0.024 0.848 0.000 0.004
#> GSM29966 2 0.4567 0.74446 0.000 0.760 0.004 0.116 0.120
#> GSM29969 4 0.6141 0.15149 0.000 0.408 0.028 0.500 0.064
#> GSM29972 3 0.7187 -0.06739 0.180 0.020 0.476 0.012 0.312
#> GSM29975 2 0.4612 0.74253 0.000 0.756 0.004 0.116 0.124
#> GSM29978 3 0.6261 0.17012 0.312 0.000 0.532 0.004 0.152
#> GSM29981 2 0.6075 0.49118 0.004 0.556 0.056 0.028 0.356
#> GSM29984 4 0.5381 0.72148 0.008 0.132 0.056 0.740 0.064
#> GSM29987 3 0.3225 0.60629 0.028 0.000 0.872 0.052 0.048
#> GSM29990 5 0.6254 0.76258 0.112 0.068 0.168 0.000 0.652
#> GSM29993 4 0.6674 0.40601 0.016 0.228 0.224 0.532 0.000
#> GSM29996 1 0.5373 0.50034 0.652 0.000 0.236 0.000 0.112
#> GSM29999 5 0.6600 0.73847 0.140 0.068 0.176 0.000 0.616
#> GSM30002 3 0.6659 -0.28954 0.076 0.052 0.464 0.000 0.408
#> GSM30005 3 0.2522 0.61083 0.028 0.000 0.904 0.012 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.3136 0.7884 0.004 0.004 0.080 0.848 0.064 0.000
#> GSM29786 4 0.0146 0.8232 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29789 5 0.3534 0.7926 0.000 0.244 0.000 0.016 0.740 0.000
#> GSM29792 5 0.3555 0.8006 0.000 0.280 0.000 0.000 0.712 0.008
#> GSM29795 1 0.8160 0.1199 0.320 0.016 0.232 0.100 0.304 0.028
#> GSM29798 4 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.4662 0.4764 0.652 0.012 0.304 0.004 0.016 0.012
#> GSM29804 3 0.6180 0.3588 0.204 0.000 0.524 0.000 0.028 0.244
#> GSM29807 6 0.2661 0.6122 0.016 0.092 0.012 0.000 0.004 0.876
#> GSM29816 3 0.2443 0.6538 0.096 0.004 0.880 0.000 0.020 0.000
#> GSM29821 1 0.4724 0.4596 0.640 0.012 0.312 0.000 0.016 0.020
#> GSM29824 1 0.5793 -0.0509 0.524 0.000 0.204 0.000 0.004 0.268
#> GSM29827 1 0.0260 0.7384 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0692 0.7395 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.2077 0.7339 0.920 0.008 0.040 0.000 0.024 0.008
#> GSM29784 4 0.3278 0.7805 0.000 0.020 0.020 0.824 0.136 0.000
#> GSM29787 4 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29790 4 0.5623 0.2530 0.000 0.172 0.000 0.516 0.312 0.000
#> GSM29793 5 0.5088 0.7172 0.000 0.268 0.000 0.108 0.620 0.004
#> GSM29796 4 0.4202 0.7465 0.016 0.008 0.008 0.760 0.184 0.024
#> GSM29799 4 0.0622 0.8234 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> GSM29802 3 0.1232 0.6485 0.024 0.000 0.956 0.000 0.016 0.004
#> GSM29805 3 0.3206 0.6146 0.152 0.000 0.816 0.000 0.004 0.028
#> GSM29814 6 0.3907 0.6077 0.020 0.116 0.024 0.000 0.032 0.808
#> GSM29817 3 0.4796 0.3129 0.336 0.012 0.620 0.008 0.016 0.008
#> GSM29822 3 0.2544 0.6521 0.072 0.008 0.888 0.000 0.028 0.004
#> GSM29825 3 0.4800 0.2632 0.372 0.000 0.580 0.000 0.016 0.032
#> GSM29828 1 0.1003 0.7376 0.964 0.000 0.028 0.000 0.004 0.004
#> GSM29831 1 0.1226 0.7366 0.952 0.000 0.040 0.000 0.004 0.004
#> GSM29834 1 0.1493 0.7336 0.936 0.000 0.056 0.000 0.004 0.004
#> GSM29785 4 0.6074 0.0349 0.000 0.348 0.004 0.424 0.224 0.000
#> GSM29788 4 0.0363 0.8218 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM29791 5 0.3559 0.7960 0.000 0.240 0.000 0.012 0.744 0.004
#> GSM29794 5 0.3859 0.7985 0.000 0.288 0.000 0.000 0.692 0.020
#> GSM29797 5 0.4808 0.7118 0.004 0.168 0.012 0.060 0.732 0.024
#> GSM29800 4 0.0508 0.8220 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> GSM29803 3 0.5000 0.5606 0.004 0.000 0.672 0.020 0.072 0.232
#> GSM29806 3 0.5801 0.3521 0.032 0.000 0.528 0.000 0.096 0.344
#> GSM29815 6 0.4158 0.5014 0.000 0.236 0.020 0.000 0.024 0.720
#> GSM29819 3 0.4726 0.5601 0.016 0.000 0.680 0.000 0.064 0.240
#> GSM29823 1 0.6627 0.4771 0.596 0.012 0.200 0.096 0.072 0.024
#> GSM29826 3 0.6375 0.2787 0.216 0.004 0.476 0.000 0.020 0.284
#> GSM29829 1 0.1321 0.7367 0.952 0.000 0.024 0.000 0.004 0.020
#> GSM29832 1 0.1536 0.7354 0.944 0.000 0.020 0.000 0.012 0.024
#> GSM29835 1 0.5025 0.5681 0.676 0.000 0.024 0.000 0.208 0.092
#> GSM29836 5 0.3898 0.7932 0.000 0.296 0.000 0.000 0.684 0.020
#> GSM29839 4 0.5278 0.1672 0.000 0.048 0.024 0.496 0.432 0.000
#> GSM29842 4 0.3800 0.7732 0.000 0.016 0.076 0.800 0.108 0.000
#> GSM29845 4 0.1616 0.8116 0.000 0.000 0.048 0.932 0.020 0.000
#> GSM29848 4 0.0146 0.8239 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29851 3 0.2913 0.6361 0.092 0.012 0.860 0.000 0.036 0.000
#> GSM29854 3 0.5754 0.4988 0.080 0.000 0.596 0.000 0.060 0.264
#> GSM29857 3 0.4784 0.5767 0.028 0.000 0.696 0.000 0.064 0.212
#> GSM29860 5 0.4136 0.7888 0.000 0.272 0.004 0.000 0.692 0.032
#> GSM29863 3 0.5431 0.6015 0.220 0.008 0.664 0.004 0.052 0.052
#> GSM29866 1 0.1418 0.7352 0.944 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> GSM29869 1 0.2617 0.7153 0.880 0.004 0.080 0.000 0.004 0.032
#> GSM29872 6 0.2487 0.6250 0.028 0.076 0.004 0.000 0.004 0.888
#> GSM29875 3 0.3778 0.6178 0.172 0.008 0.780 0.000 0.036 0.004
#> GSM29878 1 0.6613 0.2601 0.432 0.008 0.028 0.000 0.340 0.192
#> GSM29837 2 0.1700 0.7060 0.000 0.936 0.012 0.000 0.024 0.028
#> GSM29840 5 0.5026 0.4763 0.004 0.052 0.016 0.276 0.648 0.004
#> GSM29843 4 0.3748 0.7142 0.000 0.016 0.012 0.748 0.224 0.000
#> GSM29846 4 0.1649 0.8187 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032 0.000
#> GSM29849 4 0.0291 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM29852 3 0.2240 0.6452 0.056 0.008 0.904 0.000 0.032 0.000
#> GSM29855 3 0.2685 0.6665 0.068 0.000 0.880 0.000 0.016 0.036
#> GSM29858 3 0.3993 0.6268 0.032 0.000 0.780 0.000 0.040 0.148
#> GSM29861 5 0.4634 0.7633 0.000 0.232 0.008 0.004 0.692 0.064
#> GSM29864 3 0.3062 0.6531 0.092 0.008 0.860 0.008 0.028 0.004
#> GSM29867 3 0.4771 0.2205 0.412 0.000 0.544 0.000 0.008 0.036
#> GSM29870 1 0.4258 0.5213 0.664 0.012 0.308 0.000 0.004 0.012
#> GSM29873 6 0.3134 0.6304 0.040 0.084 0.012 0.000 0.008 0.856
#> GSM29876 3 0.2066 0.6457 0.052 0.000 0.908 0.000 0.040 0.000
#> GSM29879 1 0.4629 0.6714 0.764 0.012 0.108 0.000 0.056 0.060
#> GSM29838 2 0.1536 0.7155 0.000 0.944 0.000 0.012 0.020 0.024
#> GSM29841 5 0.4417 0.7393 0.000 0.160 0.012 0.092 0.736 0.000
#> GSM29844 5 0.3708 0.7849 0.000 0.220 0.008 0.020 0.752 0.000
#> GSM29847 4 0.1088 0.8237 0.000 0.000 0.016 0.960 0.024 0.000
#> GSM29850 4 0.0717 0.8236 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM29853 3 0.4199 0.6190 0.168 0.012 0.768 0.008 0.036 0.008
#> GSM29856 3 0.6530 0.3056 0.096 0.012 0.468 0.000 0.060 0.364
#> GSM29859 6 0.5865 0.0832 0.024 0.004 0.376 0.000 0.096 0.500
#> GSM29862 5 0.4020 0.7915 0.000 0.276 0.000 0.000 0.692 0.032
#> GSM29865 3 0.5653 0.5287 0.012 0.000 0.624 0.040 0.072 0.252
#> GSM29868 1 0.4977 0.5949 0.700 0.000 0.104 0.000 0.032 0.164
#> GSM29871 6 0.5959 0.4004 0.044 0.016 0.248 0.000 0.088 0.604
#> GSM29874 5 0.5737 0.4354 0.020 0.100 0.008 0.000 0.572 0.300
#> GSM29877 3 0.3166 0.6433 0.116 0.008 0.840 0.000 0.032 0.004
#> GSM29880 5 0.3807 0.8035 0.004 0.228 0.000 0.000 0.740 0.028
#> GSM29881 3 0.5303 0.5924 0.068 0.000 0.668 0.000 0.064 0.200
#> GSM29884 2 0.3602 0.6132 0.000 0.784 0.000 0.056 0.160 0.000
#> GSM29887 2 0.4504 0.1917 0.000 0.576 0.004 0.028 0.392 0.000
#> GSM29890 1 0.1442 0.7360 0.944 0.000 0.040 0.000 0.004 0.012
#> GSM29893 1 0.0964 0.7371 0.968 0.000 0.016 0.000 0.004 0.012
#> GSM29896 1 0.1268 0.7356 0.952 0.000 0.036 0.000 0.004 0.008
#> GSM29899 1 0.1464 0.7315 0.944 0.000 0.036 0.000 0.004 0.016
#> GSM29902 6 0.5986 0.4271 0.304 0.000 0.200 0.000 0.008 0.488
#> GSM29905 6 0.6099 0.3971 0.360 0.000 0.184 0.000 0.012 0.444
#> GSM29908 1 0.0291 0.7374 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM29955 1 0.2611 0.6790 0.864 0.000 0.012 0.000 0.008 0.116
#> GSM29958 1 0.0436 0.7381 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM29961 1 0.0551 0.7373 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM29882 3 0.2926 0.6515 0.124 0.004 0.844 0.000 0.000 0.028
#> GSM29885 4 0.4624 0.6575 0.000 0.112 0.000 0.700 0.184 0.004
#> GSM29888 2 0.3062 0.6635 0.000 0.836 0.000 0.052 0.112 0.000
#> GSM29891 3 0.4342 0.4752 0.308 0.000 0.656 0.000 0.008 0.028
#> GSM29894 1 0.1265 0.7392 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM29897 1 0.1226 0.7383 0.952 0.000 0.040 0.000 0.004 0.004
#> GSM29900 3 0.4359 0.5570 0.232 0.000 0.712 0.000 0.028 0.028
#> GSM29903 1 0.4935 0.0961 0.592 0.000 0.052 0.000 0.012 0.344
#> GSM29906 1 0.6321 -0.3512 0.372 0.000 0.304 0.000 0.008 0.316
#> GSM29909 1 0.5532 0.2692 0.612 0.004 0.064 0.000 0.044 0.276
#> GSM29956 1 0.0551 0.7380 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM29959 1 0.0603 0.7402 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.1109 0.7414 0.964 0.012 0.016 0.000 0.004 0.004
#> GSM29883 3 0.5670 0.5316 0.076 0.000 0.608 0.000 0.060 0.256
#> GSM29886 2 0.4319 0.2015 0.000 0.576 0.000 0.024 0.400 0.000
#> GSM29889 2 0.3629 0.5027 0.000 0.724 0.000 0.016 0.260 0.000
#> GSM29892 1 0.5093 -0.1208 0.512 0.000 0.068 0.000 0.004 0.416
#> GSM29895 1 0.5239 0.5609 0.664 0.000 0.028 0.000 0.192 0.116
#> GSM29898 6 0.6079 0.3339 0.372 0.000 0.220 0.000 0.004 0.404
#> GSM29901 6 0.6260 0.0102 0.252 0.000 0.368 0.000 0.008 0.372
#> GSM29904 6 0.4586 0.3370 0.400 0.000 0.032 0.000 0.004 0.564
#> GSM29907 6 0.6074 0.3762 0.264 0.000 0.248 0.000 0.008 0.480
#> GSM29910 1 0.5178 0.5772 0.680 0.000 0.032 0.000 0.124 0.164
#> GSM29957 6 0.5724 0.1358 0.404 0.000 0.028 0.000 0.084 0.484
#> GSM29960 1 0.3617 0.6729 0.816 0.000 0.016 0.000 0.088 0.080
#> GSM29963 6 0.5138 0.2100 0.416 0.000 0.044 0.000 0.020 0.520
#> GSM29964 2 0.1251 0.7167 0.000 0.956 0.000 0.012 0.024 0.008
#> GSM29967 4 0.5806 0.1726 0.000 0.388 0.000 0.492 0.088 0.032
#> GSM29970 3 0.6912 0.1196 0.108 0.024 0.408 0.000 0.064 0.396
#> GSM29973 2 0.0993 0.7156 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM29976 3 0.5923 0.4336 0.164 0.000 0.556 0.000 0.024 0.256
#> GSM29979 6 0.3154 0.5822 0.000 0.124 0.020 0.000 0.020 0.836
#> GSM29982 1 0.8076 0.3230 0.456 0.024 0.104 0.140 0.224 0.052
#> GSM29985 3 0.5963 0.5604 0.136 0.004 0.600 0.000 0.044 0.216
#> GSM29988 6 0.3023 0.6292 0.040 0.084 0.012 0.000 0.004 0.860
#> GSM29991 3 0.5531 0.5118 0.024 0.000 0.616 0.012 0.076 0.272
#> GSM29994 6 0.5399 0.5247 0.300 0.000 0.116 0.000 0.008 0.576
#> GSM29997 6 0.4906 0.5268 0.308 0.008 0.056 0.000 0.004 0.624
#> GSM30000 1 0.4982 -0.1902 0.488 0.000 0.048 0.000 0.008 0.456
#> GSM30003 3 0.1577 0.6540 0.036 0.000 0.940 0.000 0.016 0.008
#> GSM29965 2 0.1275 0.7185 0.000 0.956 0.000 0.016 0.016 0.012
#> GSM29968 4 0.3514 0.7795 0.000 0.036 0.000 0.824 0.108 0.032
#> GSM29971 3 0.5349 0.6197 0.056 0.020 0.700 0.000 0.064 0.160
#> GSM29974 2 0.1922 0.6891 0.000 0.924 0.012 0.000 0.024 0.040
#> GSM29977 3 0.3522 0.6654 0.076 0.000 0.828 0.000 0.024 0.072
#> GSM29980 6 0.3100 0.5867 0.000 0.128 0.024 0.000 0.012 0.836
#> GSM29983 1 0.7376 0.3375 0.488 0.028 0.296 0.048 0.092 0.048
#> GSM29986 3 0.2164 0.6657 0.056 0.000 0.908 0.000 0.008 0.028
#> GSM29989 6 0.3564 0.6312 0.076 0.084 0.012 0.000 0.004 0.824
#> GSM29992 3 0.5022 0.5875 0.028 0.000 0.696 0.008 0.072 0.196
#> GSM29995 1 0.0653 0.7375 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM29998 6 0.4744 0.5447 0.288 0.012 0.044 0.000 0.004 0.652
#> GSM30001 6 0.6691 0.0592 0.176 0.000 0.348 0.000 0.056 0.420
#> GSM30004 3 0.1511 0.6558 0.044 0.004 0.940 0.000 0.012 0.000
#> GSM29966 2 0.1138 0.7166 0.000 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> GSM29969 2 0.6242 0.0498 0.000 0.436 0.000 0.388 0.144 0.032
#> GSM29972 6 0.6922 0.4010 0.136 0.032 0.224 0.000 0.072 0.536
#> GSM29975 2 0.0993 0.7156 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM29978 3 0.6363 0.0443 0.212 0.000 0.412 0.000 0.020 0.356
#> GSM29981 2 0.5486 0.3890 0.000 0.604 0.012 0.000 0.232 0.152
#> GSM29984 4 0.5110 0.7282 0.012 0.048 0.016 0.736 0.136 0.052
#> GSM29987 3 0.5582 0.5430 0.020 0.004 0.632 0.020 0.068 0.256
#> GSM29990 6 0.2670 0.6240 0.032 0.084 0.004 0.000 0.004 0.876
#> GSM29993 2 0.7072 0.1407 0.008 0.372 0.332 0.248 0.032 0.008
#> GSM29996 1 0.5173 -0.1930 0.476 0.000 0.064 0.000 0.008 0.452
#> GSM29999 6 0.3340 0.6315 0.060 0.084 0.012 0.000 0.004 0.840
#> GSM30002 6 0.5656 0.5199 0.056 0.052 0.184 0.000 0.036 0.672
#> GSM30005 3 0.5052 0.5030 0.016 0.000 0.628 0.000 0.072 0.284
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:mclust 169 4.31e-02 0.6211 1.38e-11 2
#> CV:mclust 96 8.45e-05 0.0602 2.27e-09 3
#> CV:mclust 63 1.32e-05 0.5153 2.93e-06 4
#> CV:mclust 121 1.10e-04 0.2933 1.27e-18 5
#> CV:mclust 122 1.07e-08 0.6338 1.89e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.658 0.837 0.929 0.4932 0.503 0.503
#> 3 3 0.282 0.406 0.649 0.3337 0.818 0.655
#> 4 4 0.365 0.357 0.563 0.1307 0.741 0.408
#> 5 5 0.438 0.326 0.563 0.0676 0.807 0.400
#> 6 6 0.489 0.285 0.491 0.0430 0.887 0.544
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.2423 0.892 0.040 0.960
#> GSM29786 2 0.6801 0.776 0.180 0.820
#> GSM29789 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.7602 0.733 0.220 0.780
#> GSM29798 2 0.9087 0.573 0.324 0.676
#> GSM29801 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29807 2 0.3431 0.872 0.064 0.936
#> GSM29816 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29787 2 0.7299 0.751 0.204 0.796
#> GSM29790 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> GSM29799 2 0.9754 0.394 0.408 0.592
#> GSM29802 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29814 2 0.8955 0.539 0.312 0.688
#> GSM29817 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.3431 0.877 0.064 0.936
#> GSM29791 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29800 2 0.2778 0.887 0.048 0.952
#> GSM29803 1 0.9323 0.423 0.652 0.348
#> GSM29806 2 0.9977 0.103 0.472 0.528
#> GSM29815 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29819 1 0.2043 0.911 0.968 0.032
#> GSM29823 1 0.7674 0.691 0.776 0.224
#> GSM29826 1 0.1414 0.920 0.980 0.020
#> GSM29829 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29832 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29835 1 0.9909 0.112 0.556 0.444
#> GSM29836 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.4022 0.868 0.080 0.920
#> GSM29842 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.2236 0.895 0.036 0.964
#> GSM29848 2 0.4939 0.846 0.108 0.892
#> GSM29851 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> GSM29857 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29860 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29872 2 0.9754 0.312 0.408 0.592
#> GSM29875 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.6343 0.803 0.160 0.840
#> GSM29837 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.2423 0.892 0.040 0.960
#> GSM29843 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM29849 2 0.9552 0.470 0.376 0.624
#> GSM29852 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.4298 0.869 0.912 0.088
#> GSM29858 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29861 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.9795 0.306 0.584 0.416
#> GSM29876 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.4562 0.865 0.904 0.096
#> GSM29838 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29850 2 0.2603 0.890 0.044 0.956
#> GSM29853 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> GSM29856 2 0.5946 0.817 0.144 0.856
#> GSM29859 2 0.5946 0.804 0.144 0.856
#> GSM29862 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29865 2 0.9286 0.534 0.344 0.656
#> GSM29868 1 0.7056 0.739 0.808 0.192
#> GSM29871 1 0.9954 0.163 0.540 0.460
#> GSM29874 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29881 1 0.5178 0.847 0.884 0.116
#> GSM29884 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29905 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29882 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29885 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29906 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29909 1 0.4022 0.876 0.920 0.080
#> GSM29956 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.4161 0.875 0.916 0.084
#> GSM29886 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29895 2 0.9970 0.179 0.468 0.532
#> GSM29898 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> GSM29901 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.2948 0.900 0.948 0.052
#> GSM29907 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29910 1 0.9922 0.152 0.552 0.448
#> GSM29957 2 0.3114 0.882 0.056 0.944
#> GSM29960 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> GSM29963 2 0.9635 0.393 0.388 0.612
#> GSM29964 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29970 1 0.7602 0.718 0.780 0.220
#> GSM29973 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.2043 0.896 0.032 0.968
#> GSM29985 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29988 2 0.9710 0.324 0.400 0.600
#> GSM29991 2 0.9358 0.526 0.352 0.648
#> GSM29994 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> GSM29997 1 0.5408 0.833 0.876 0.124
#> GSM30000 1 0.7602 0.726 0.780 0.220
#> GSM30003 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29971 1 0.7299 0.740 0.796 0.204
#> GSM29974 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29980 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM29983 1 0.4562 0.864 0.904 0.096
#> GSM29986 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29989 1 0.9358 0.472 0.648 0.352
#> GSM29992 1 0.6973 0.745 0.812 0.188
#> GSM29995 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.5519 0.829 0.872 0.128
#> GSM30001 1 0.7602 0.724 0.780 0.220
#> GSM30004 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.7453 0.723 0.212 0.788
#> GSM29975 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.907 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.1414 0.901 0.020 0.980
#> GSM29987 1 0.8861 0.534 0.696 0.304
#> GSM29990 2 0.3879 0.865 0.076 0.924
#> GSM29993 2 0.6247 0.802 0.156 0.844
#> GSM29996 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> GSM29999 1 0.9661 0.374 0.608 0.392
#> GSM30002 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM30005 1 0.6801 0.759 0.820 0.180
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 3 0.619 0.0974 0.004 0.364 0.632
#> GSM29786 3 0.566 0.3222 0.004 0.284 0.712
#> GSM29789 2 0.429 0.4801 0.000 0.820 0.180
#> GSM29792 2 0.375 0.5046 0.000 0.856 0.144
#> GSM29795 3 0.827 0.3250 0.096 0.328 0.576
#> GSM29798 3 0.563 0.4054 0.024 0.208 0.768
#> GSM29801 1 0.694 0.3257 0.520 0.016 0.464
#> GSM29804 1 0.410 0.6285 0.852 0.008 0.140
#> GSM29807 2 0.868 0.3592 0.124 0.548 0.328
#> GSM29816 1 0.573 0.5603 0.676 0.000 0.324
#> GSM29821 1 0.763 0.3435 0.524 0.044 0.432
#> GSM29824 1 0.254 0.6572 0.920 0.000 0.080
#> GSM29827 1 0.434 0.6261 0.848 0.016 0.136
#> GSM29830 1 0.558 0.5967 0.748 0.012 0.240
#> GSM29833 1 0.861 0.3840 0.556 0.120 0.324
#> GSM29784 3 0.630 -0.1382 0.000 0.476 0.524
#> GSM29787 3 0.602 0.3725 0.012 0.288 0.700
#> GSM29790 2 0.497 0.4596 0.000 0.764 0.236
#> GSM29793 2 0.327 0.5220 0.000 0.884 0.116
#> GSM29796 3 0.688 0.2695 0.020 0.388 0.592
#> GSM29799 3 0.518 0.4227 0.088 0.080 0.832
#> GSM29802 1 0.620 0.4315 0.576 0.000 0.424
#> GSM29805 1 0.394 0.6373 0.844 0.000 0.156
#> GSM29814 2 0.944 0.2731 0.196 0.480 0.324
#> GSM29817 1 0.625 0.3580 0.556 0.000 0.444
#> GSM29822 1 0.579 0.5465 0.668 0.000 0.332
#> GSM29825 1 0.388 0.6466 0.848 0.000 0.152
#> GSM29828 1 0.382 0.6363 0.852 0.000 0.148
#> GSM29831 1 0.334 0.6475 0.880 0.000 0.120
#> GSM29834 1 0.706 0.5131 0.664 0.048 0.288
#> GSM29785 2 0.522 0.4129 0.000 0.740 0.260
#> GSM29788 3 0.626 0.1919 0.000 0.448 0.552
#> GSM29791 2 0.493 0.4301 0.000 0.768 0.232
#> GSM29794 2 0.418 0.4857 0.000 0.828 0.172
#> GSM29797 2 0.599 0.2020 0.000 0.632 0.368
#> GSM29800 3 0.587 0.2831 0.004 0.312 0.684
#> GSM29803 3 0.626 0.3901 0.204 0.048 0.748
#> GSM29806 3 0.981 -0.1609 0.244 0.352 0.404
#> GSM29815 2 0.733 0.4162 0.044 0.612 0.344
#> GSM29819 3 0.768 -0.0878 0.412 0.048 0.540
#> GSM29823 3 0.867 0.3634 0.184 0.220 0.596
#> GSM29826 1 0.491 0.6236 0.796 0.008 0.196
#> GSM29829 1 0.638 0.5835 0.768 0.104 0.128
#> GSM29832 1 0.832 0.4783 0.624 0.148 0.228
#> GSM29835 3 0.987 0.1492 0.308 0.280 0.412
#> GSM29836 2 0.296 0.5271 0.000 0.900 0.100
#> GSM29839 3 0.685 0.2868 0.020 0.380 0.600
#> GSM29842 2 0.611 0.3666 0.000 0.604 0.396
#> GSM29845 3 0.558 0.3778 0.040 0.168 0.792
#> GSM29848 3 0.639 0.3718 0.020 0.300 0.680
#> GSM29851 1 0.556 0.5487 0.700 0.000 0.300
#> GSM29854 1 0.628 0.5047 0.664 0.012 0.324
#> GSM29857 1 0.726 0.3221 0.528 0.028 0.444
#> GSM29860 2 0.254 0.5363 0.000 0.920 0.080
#> GSM29863 1 0.588 0.5212 0.652 0.000 0.348
#> GSM29866 1 0.435 0.6336 0.828 0.004 0.168
#> GSM29869 1 0.455 0.6338 0.840 0.020 0.140
#> GSM29872 2 0.893 0.0885 0.416 0.460 0.124
#> GSM29875 1 0.522 0.5850 0.740 0.000 0.260
#> GSM29878 2 0.912 0.1536 0.224 0.548 0.228
#> GSM29837 2 0.480 0.5301 0.000 0.780 0.220
#> GSM29840 3 0.716 0.2855 0.032 0.372 0.596
#> GSM29843 2 0.631 -0.0183 0.000 0.508 0.492
#> GSM29846 3 0.563 0.3154 0.024 0.208 0.768
#> GSM29849 3 0.662 0.4273 0.088 0.164 0.748
#> GSM29852 1 0.586 0.5242 0.656 0.000 0.344
#> GSM29855 3 0.729 -0.2207 0.464 0.028 0.508
#> GSM29858 1 0.631 0.4748 0.660 0.012 0.328
#> GSM29861 2 0.361 0.5157 0.008 0.880 0.112
#> GSM29864 1 0.620 0.4224 0.576 0.000 0.424
#> GSM29867 1 0.186 0.6571 0.948 0.000 0.052
#> GSM29870 1 0.424 0.6344 0.824 0.000 0.176
#> GSM29873 1 0.895 0.2202 0.524 0.332 0.144
#> GSM29876 1 0.576 0.5454 0.672 0.000 0.328
#> GSM29879 1 0.770 0.5154 0.672 0.116 0.212
#> GSM29838 2 0.319 0.5561 0.000 0.888 0.112
#> GSM29841 2 0.627 -0.0260 0.000 0.544 0.456
#> GSM29844 2 0.556 0.3273 0.000 0.700 0.300
#> GSM29847 3 0.623 0.1741 0.000 0.436 0.564
#> GSM29850 3 0.608 0.3251 0.004 0.344 0.652
#> GSM29853 1 0.642 0.3998 0.572 0.004 0.424
#> GSM29856 2 0.840 -0.0700 0.084 0.472 0.444
#> GSM29859 2 0.933 0.2480 0.164 0.440 0.396
#> GSM29862 2 0.263 0.5355 0.000 0.916 0.084
#> GSM29865 3 0.623 0.3969 0.080 0.148 0.772
#> GSM29868 1 0.905 0.3719 0.556 0.236 0.208
#> GSM29871 1 0.980 0.0162 0.400 0.360 0.240
#> GSM29874 2 0.464 0.5045 0.044 0.852 0.104
#> GSM29877 1 0.550 0.5772 0.708 0.000 0.292
#> GSM29880 2 0.334 0.5183 0.000 0.880 0.120
#> GSM29881 3 0.696 -0.0761 0.412 0.020 0.568
#> GSM29884 2 0.497 0.5235 0.000 0.764 0.236
#> GSM29887 2 0.334 0.5374 0.000 0.880 0.120
#> GSM29890 1 0.103 0.6554 0.976 0.000 0.024
#> GSM29893 1 0.716 0.5414 0.680 0.064 0.256
#> GSM29896 1 0.341 0.6459 0.876 0.000 0.124
#> GSM29899 1 0.296 0.6575 0.900 0.000 0.100
#> GSM29902 1 0.675 0.5405 0.732 0.076 0.192
#> GSM29905 1 0.369 0.6303 0.884 0.016 0.100
#> GSM29908 1 0.629 0.5767 0.768 0.080 0.152
#> GSM29955 1 0.673 0.5740 0.748 0.124 0.128
#> GSM29958 1 0.713 0.5356 0.684 0.064 0.252
#> GSM29961 1 0.673 0.5665 0.740 0.088 0.172
#> GSM29882 1 0.622 0.4228 0.568 0.000 0.432
#> GSM29885 2 0.573 0.4547 0.000 0.676 0.324
#> GSM29888 2 0.559 0.4815 0.000 0.696 0.304
#> GSM29891 1 0.312 0.6427 0.892 0.000 0.108
#> GSM29894 1 0.506 0.5962 0.756 0.000 0.244
#> GSM29897 1 0.514 0.5943 0.748 0.000 0.252
#> GSM29900 1 0.429 0.6426 0.820 0.000 0.180
#> GSM29903 1 0.353 0.6352 0.892 0.016 0.092
#> GSM29906 1 0.406 0.6227 0.860 0.012 0.128
#> GSM29909 1 0.545 0.6008 0.816 0.116 0.068
#> GSM29956 1 0.563 0.5981 0.792 0.044 0.164
#> GSM29959 1 0.512 0.6079 0.788 0.012 0.200
#> GSM29962 1 0.362 0.6413 0.864 0.000 0.136
#> GSM29883 1 0.630 0.3036 0.520 0.000 0.480
#> GSM29886 2 0.460 0.4672 0.000 0.796 0.204
#> GSM29889 2 0.375 0.5333 0.000 0.856 0.144
#> GSM29892 1 0.388 0.6341 0.888 0.044 0.068
#> GSM29895 3 0.973 0.2604 0.256 0.296 0.448
#> GSM29898 1 0.428 0.6461 0.852 0.016 0.132
#> GSM29901 1 0.463 0.6352 0.808 0.004 0.188
#> GSM29904 1 0.764 0.4582 0.664 0.240 0.096
#> GSM29907 1 0.551 0.5912 0.800 0.044 0.156
#> GSM29910 1 0.933 0.1103 0.436 0.400 0.164
#> GSM29957 2 0.672 0.4211 0.116 0.748 0.136
#> GSM29960 1 0.936 0.2713 0.512 0.220 0.268
#> GSM29963 2 0.884 0.1384 0.368 0.508 0.124
#> GSM29964 2 0.455 0.5397 0.000 0.800 0.200
#> GSM29967 2 0.627 0.2908 0.000 0.544 0.456
#> GSM29970 1 0.961 0.1088 0.428 0.204 0.368
#> GSM29973 2 0.445 0.5432 0.000 0.808 0.192
#> GSM29976 1 0.548 0.5475 0.732 0.004 0.264
#> GSM29979 2 0.660 0.4953 0.040 0.704 0.256
#> GSM29982 3 0.769 0.3204 0.060 0.344 0.596
#> GSM29985 1 0.593 0.4917 0.644 0.000 0.356
#> GSM29988 2 0.994 0.1835 0.284 0.380 0.336
#> GSM29991 3 0.888 0.2656 0.244 0.184 0.572
#> GSM29994 1 0.746 0.5074 0.696 0.124 0.180
#> GSM29997 1 0.697 0.5191 0.728 0.168 0.104
#> GSM30000 1 0.849 0.3956 0.608 0.236 0.156
#> GSM30003 1 0.579 0.5389 0.668 0.000 0.332
#> GSM29965 2 0.573 0.4575 0.000 0.676 0.324
#> GSM29968 3 0.628 -0.0466 0.000 0.460 0.540
#> GSM29971 1 0.919 0.2221 0.480 0.156 0.364
#> GSM29974 2 0.450 0.5433 0.000 0.804 0.196
#> GSM29977 1 0.562 0.5437 0.716 0.004 0.280
#> GSM29980 2 0.877 0.3282 0.120 0.516 0.364
#> GSM29983 3 0.726 0.0620 0.372 0.036 0.592
#> GSM29986 3 0.625 -0.1846 0.444 0.000 0.556
#> GSM29989 1 0.993 0.0050 0.392 0.316 0.292
#> GSM29992 3 0.794 0.0623 0.348 0.072 0.580
#> GSM29995 1 0.391 0.6329 0.876 0.020 0.104
#> GSM29998 1 0.757 0.4833 0.688 0.184 0.128
#> GSM30001 1 0.977 0.1346 0.428 0.244 0.328
#> GSM30004 1 0.556 0.5763 0.700 0.000 0.300
#> GSM29966 2 0.288 0.5629 0.000 0.904 0.096
#> GSM29969 2 0.618 0.2497 0.000 0.584 0.416
#> GSM29972 2 0.971 0.2195 0.224 0.424 0.352
#> GSM29975 2 0.440 0.5446 0.000 0.812 0.188
#> GSM29978 1 0.598 0.5417 0.728 0.020 0.252
#> GSM29981 2 0.295 0.5636 0.004 0.908 0.088
#> GSM29984 3 0.653 0.2431 0.008 0.404 0.588
#> GSM29987 3 0.691 0.3001 0.248 0.056 0.696
#> GSM29990 2 0.908 0.3346 0.208 0.552 0.240
#> GSM29993 3 0.736 0.1052 0.048 0.332 0.620
#> GSM29996 1 0.649 0.5536 0.756 0.160 0.084
#> GSM29999 2 0.998 0.1475 0.304 0.364 0.332
#> GSM30002 2 0.781 0.3879 0.064 0.584 0.352
#> GSM30005 3 0.736 0.0165 0.372 0.040 0.588
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.709 0.39842 0.016 0.108 0.296 0.580
#> GSM29786 4 0.438 0.51706 0.000 0.032 0.180 0.788
#> GSM29789 2 0.690 0.45240 0.148 0.600 0.004 0.248
#> GSM29792 2 0.686 0.48813 0.184 0.616 0.004 0.196
#> GSM29795 4 0.839 0.26184 0.344 0.112 0.076 0.468
#> GSM29798 4 0.323 0.54738 0.016 0.004 0.108 0.872
#> GSM29801 1 0.740 -0.01618 0.432 0.000 0.164 0.404
#> GSM29804 3 0.529 0.21418 0.352 0.012 0.632 0.004
#> GSM29807 2 0.567 0.45356 0.052 0.660 0.288 0.000
#> GSM29816 3 0.722 0.39460 0.240 0.000 0.548 0.212
#> GSM29821 1 0.666 -0.01122 0.472 0.000 0.084 0.444
#> GSM29824 1 0.550 0.37494 0.600 0.016 0.380 0.004
#> GSM29827 1 0.276 0.59850 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM29830 1 0.483 0.56429 0.776 0.000 0.156 0.068
#> GSM29833 1 0.607 0.51030 0.728 0.048 0.060 0.164
#> GSM29784 4 0.550 0.50389 0.008 0.176 0.076 0.740
#> GSM29787 4 0.241 0.57606 0.016 0.004 0.060 0.920
#> GSM29790 4 0.610 -0.11750 0.024 0.468 0.012 0.496
#> GSM29793 2 0.677 0.46157 0.128 0.608 0.004 0.260
#> GSM29796 4 0.719 0.42056 0.196 0.108 0.052 0.644
#> GSM29799 4 0.511 0.39840 0.012 0.008 0.292 0.688
#> GSM29802 3 0.669 0.19047 0.092 0.000 0.520 0.388
#> GSM29805 3 0.621 0.28210 0.328 0.000 0.600 0.072
#> GSM29814 2 0.606 0.25803 0.044 0.516 0.440 0.000
#> GSM29817 4 0.734 0.19405 0.204 0.000 0.272 0.524
#> GSM29822 4 0.736 -0.05003 0.160 0.000 0.400 0.440
#> GSM29825 1 0.667 0.20280 0.528 0.000 0.380 0.092
#> GSM29828 1 0.398 0.57023 0.796 0.000 0.192 0.012
#> GSM29831 1 0.481 0.52311 0.736 0.000 0.236 0.028
#> GSM29834 1 0.420 0.54856 0.808 0.000 0.036 0.156
#> GSM29785 2 0.566 0.15932 0.004 0.524 0.016 0.456
#> GSM29788 4 0.383 0.56531 0.004 0.108 0.040 0.848
#> GSM29791 2 0.734 0.42667 0.184 0.564 0.008 0.244
#> GSM29794 2 0.701 0.49590 0.196 0.620 0.012 0.172
#> GSM29797 2 0.881 0.09020 0.164 0.384 0.072 0.380
#> GSM29800 4 0.451 0.53392 0.000 0.056 0.148 0.796
#> GSM29803 4 0.583 0.15890 0.016 0.012 0.408 0.564
#> GSM29806 3 0.587 0.29818 0.024 0.264 0.680 0.032
#> GSM29815 2 0.428 0.50358 0.000 0.720 0.280 0.000
#> GSM29819 3 0.531 0.38520 0.028 0.008 0.704 0.260
#> GSM29823 4 0.719 0.26100 0.388 0.036 0.060 0.516
#> GSM29826 3 0.561 0.35040 0.244 0.016 0.704 0.036
#> GSM29829 1 0.436 0.59686 0.812 0.064 0.124 0.000
#> GSM29832 1 0.382 0.60027 0.864 0.052 0.068 0.016
#> GSM29835 1 0.746 0.28905 0.604 0.144 0.036 0.216
#> GSM29836 2 0.583 0.54445 0.084 0.712 0.008 0.196
#> GSM29839 4 0.810 0.33212 0.228 0.172 0.052 0.548
#> GSM29842 4 0.737 0.38863 0.008 0.268 0.172 0.552
#> GSM29845 4 0.448 0.43507 0.000 0.008 0.264 0.728
#> GSM29848 4 0.241 0.57962 0.032 0.004 0.040 0.924
#> GSM29851 3 0.784 0.14813 0.264 0.000 0.384 0.352
#> GSM29854 3 0.516 0.49476 0.116 0.008 0.776 0.100
#> GSM29857 3 0.506 0.48212 0.052 0.020 0.784 0.144
#> GSM29860 2 0.522 0.58390 0.156 0.764 0.008 0.072
#> GSM29863 3 0.790 0.21217 0.300 0.000 0.364 0.336
#> GSM29866 1 0.469 0.55636 0.756 0.000 0.212 0.032
#> GSM29869 1 0.477 0.58906 0.772 0.020 0.192 0.016
#> GSM29872 2 0.752 0.26772 0.264 0.496 0.240 0.000
#> GSM29875 1 0.785 -0.11638 0.372 0.000 0.360 0.268
#> GSM29878 1 0.687 0.09116 0.548 0.360 0.012 0.080
#> GSM29837 2 0.419 0.59684 0.000 0.812 0.148 0.040
#> GSM29840 4 0.796 0.34577 0.252 0.148 0.048 0.552
#> GSM29843 4 0.584 0.48748 0.048 0.156 0.052 0.744
#> GSM29846 4 0.520 0.41046 0.000 0.032 0.276 0.692
#> GSM29849 4 0.307 0.56646 0.068 0.000 0.044 0.888
#> GSM29852 4 0.740 -0.11929 0.164 0.000 0.408 0.428
#> GSM29855 3 0.647 0.23292 0.080 0.000 0.556 0.364
#> GSM29858 3 0.505 0.49499 0.132 0.004 0.776 0.088
#> GSM29861 2 0.594 0.55057 0.180 0.704 0.004 0.112
#> GSM29864 4 0.713 0.05060 0.140 0.000 0.356 0.504
#> GSM29867 1 0.599 0.24639 0.556 0.000 0.400 0.044
#> GSM29870 1 0.675 0.28266 0.552 0.000 0.340 0.108
#> GSM29873 2 0.770 0.12495 0.232 0.436 0.332 0.000
#> GSM29876 3 0.710 0.24689 0.140 0.000 0.516 0.344
#> GSM29879 1 0.709 0.49954 0.664 0.064 0.104 0.168
#> GSM29838 2 0.339 0.59311 0.000 0.856 0.020 0.124
#> GSM29841 4 0.812 -0.03212 0.180 0.352 0.024 0.444
#> GSM29844 2 0.758 0.24374 0.128 0.476 0.016 0.380
#> GSM29847 4 0.363 0.57745 0.000 0.048 0.096 0.856
#> GSM29850 4 0.391 0.55828 0.080 0.052 0.012 0.856
#> GSM29853 4 0.727 0.15268 0.172 0.000 0.312 0.516
#> GSM29856 2 0.919 -0.00685 0.080 0.380 0.244 0.296
#> GSM29859 3 0.592 0.05172 0.000 0.376 0.580 0.044
#> GSM29862 2 0.537 0.58415 0.152 0.760 0.012 0.076
#> GSM29865 4 0.670 0.26454 0.012 0.068 0.360 0.560
#> GSM29868 1 0.655 0.52106 0.688 0.176 0.104 0.032
#> GSM29871 3 0.665 0.15744 0.084 0.352 0.560 0.004
#> GSM29874 2 0.571 0.53743 0.240 0.700 0.048 0.012
#> GSM29877 3 0.781 0.21606 0.264 0.000 0.408 0.328
#> GSM29880 2 0.539 0.57154 0.172 0.744 0.004 0.080
#> GSM29881 3 0.611 0.22029 0.056 0.000 0.576 0.368
#> GSM29884 2 0.511 0.53663 0.000 0.744 0.060 0.196
#> GSM29887 2 0.485 0.55841 0.028 0.768 0.012 0.192
#> GSM29890 1 0.468 0.44473 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM29893 1 0.367 0.59748 0.872 0.016 0.056 0.056
#> GSM29896 1 0.423 0.53113 0.760 0.000 0.232 0.008
#> GSM29899 1 0.509 0.43527 0.672 0.012 0.312 0.004
#> GSM29902 3 0.677 0.03777 0.380 0.100 0.520 0.000
#> GSM29905 3 0.627 -0.11230 0.456 0.056 0.488 0.000
#> GSM29908 1 0.211 0.60680 0.936 0.036 0.024 0.004
#> GSM29955 1 0.428 0.57534 0.820 0.076 0.104 0.000
#> GSM29958 1 0.271 0.59549 0.908 0.016 0.008 0.068
#> GSM29961 1 0.220 0.60400 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM29882 3 0.715 0.05463 0.132 0.000 0.440 0.428
#> GSM29885 4 0.656 -0.03861 0.004 0.456 0.064 0.476
#> GSM29888 2 0.676 0.40367 0.000 0.600 0.148 0.252
#> GSM29891 3 0.558 0.15303 0.400 0.000 0.576 0.024
#> GSM29894 1 0.467 0.57738 0.796 0.000 0.100 0.104
#> GSM29897 1 0.483 0.56918 0.784 0.000 0.120 0.096
#> GSM29900 1 0.686 0.00705 0.488 0.000 0.408 0.104
#> GSM29903 1 0.596 0.24698 0.548 0.032 0.416 0.004
#> GSM29906 3 0.524 0.04469 0.436 0.008 0.556 0.000
#> GSM29909 1 0.610 0.50000 0.676 0.080 0.236 0.008
#> GSM29956 1 0.200 0.61110 0.944 0.016 0.020 0.020
#> GSM29959 1 0.344 0.60362 0.868 0.000 0.084 0.048
#> GSM29962 1 0.322 0.59922 0.868 0.000 0.112 0.020
#> GSM29883 3 0.690 0.35472 0.128 0.004 0.584 0.284
#> GSM29886 2 0.557 0.44702 0.032 0.656 0.004 0.308
#> GSM29889 2 0.385 0.56908 0.012 0.820 0.004 0.164
#> GSM29892 1 0.644 0.36887 0.608 0.100 0.292 0.000
#> GSM29895 1 0.796 0.26369 0.572 0.208 0.056 0.164
#> GSM29898 1 0.716 0.19106 0.496 0.120 0.380 0.004
#> GSM29901 3 0.729 0.08524 0.396 0.056 0.504 0.044
#> GSM29904 1 0.753 0.25555 0.492 0.268 0.240 0.000
#> GSM29907 3 0.732 0.11844 0.308 0.180 0.512 0.000
#> GSM29910 1 0.584 0.40407 0.656 0.280 0.064 0.000
#> GSM29957 2 0.603 0.28481 0.380 0.576 0.040 0.004
#> GSM29960 1 0.499 0.52650 0.792 0.132 0.020 0.056
#> GSM29963 1 0.774 0.07086 0.420 0.380 0.196 0.004
#> GSM29964 2 0.383 0.60522 0.000 0.848 0.068 0.084
#> GSM29967 4 0.734 0.33718 0.000 0.248 0.224 0.528
#> GSM29970 3 0.567 0.44683 0.088 0.076 0.772 0.064
#> GSM29973 2 0.395 0.60562 0.000 0.840 0.096 0.064
#> GSM29976 3 0.500 0.45409 0.192 0.000 0.752 0.056
#> GSM29979 2 0.485 0.55195 0.036 0.744 0.220 0.000
#> GSM29982 4 0.792 0.37856 0.288 0.084 0.080 0.548
#> GSM29985 3 0.612 0.47919 0.172 0.000 0.680 0.148
#> GSM29988 2 0.702 0.17336 0.120 0.480 0.400 0.000
#> GSM29991 3 0.742 0.25370 0.044 0.088 0.576 0.292
#> GSM29994 3 0.681 0.06953 0.360 0.108 0.532 0.000
#> GSM29997 1 0.670 0.14047 0.472 0.088 0.440 0.000
#> GSM30000 1 0.770 0.16013 0.428 0.228 0.344 0.000
#> GSM30003 3 0.658 0.44512 0.152 0.000 0.628 0.220
#> GSM29965 2 0.596 0.52992 0.000 0.676 0.228 0.096
#> GSM29968 4 0.575 0.51399 0.008 0.132 0.128 0.732
#> GSM29971 3 0.657 0.43787 0.124 0.012 0.660 0.204
#> GSM29974 2 0.322 0.60559 0.000 0.860 0.128 0.012
#> GSM29977 3 0.571 0.48618 0.180 0.000 0.712 0.108
#> GSM29980 2 0.568 0.34790 0.004 0.568 0.408 0.020
#> GSM29983 4 0.669 0.42190 0.276 0.000 0.128 0.596
#> GSM29986 3 0.598 0.08914 0.040 0.000 0.528 0.432
#> GSM29989 3 0.655 0.16056 0.092 0.340 0.568 0.000
#> GSM29992 3 0.646 0.23104 0.044 0.020 0.588 0.348
#> GSM29995 1 0.322 0.60420 0.876 0.020 0.100 0.004
#> GSM29998 3 0.685 -0.01016 0.400 0.104 0.496 0.000
#> GSM30001 3 0.623 0.37358 0.120 0.200 0.676 0.004
#> GSM30004 3 0.719 0.39775 0.204 0.000 0.552 0.244
#> GSM29966 2 0.313 0.61091 0.004 0.888 0.032 0.076
#> GSM29969 4 0.667 0.31784 0.004 0.284 0.108 0.604
#> GSM29972 3 0.889 0.00921 0.176 0.308 0.436 0.080
#> GSM29975 2 0.396 0.60423 0.000 0.836 0.112 0.052
#> GSM29978 3 0.548 0.38218 0.204 0.052 0.732 0.012
#> GSM29981 2 0.491 0.59770 0.052 0.796 0.132 0.020
#> GSM29984 4 0.665 0.49694 0.068 0.132 0.096 0.704
#> GSM29987 3 0.594 0.14909 0.008 0.028 0.576 0.388
#> GSM29990 2 0.608 0.42405 0.076 0.636 0.288 0.000
#> GSM29993 3 0.797 0.04974 0.012 0.228 0.468 0.292
#> GSM29996 1 0.705 0.31938 0.548 0.152 0.300 0.000
#> GSM29999 3 0.643 -0.03929 0.068 0.432 0.500 0.000
#> GSM30002 2 0.515 0.44973 0.012 0.660 0.324 0.004
#> GSM30005 3 0.597 0.41537 0.032 0.044 0.704 0.220
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.635 0.41771 0.016 0.092 0.180 0.660 0.052
#> GSM29786 4 0.482 0.38698 0.000 0.032 0.044 0.744 0.180
#> GSM29789 2 0.486 0.59849 0.092 0.772 0.032 0.100 0.004
#> GSM29792 2 0.347 0.62575 0.072 0.864 0.016 0.016 0.032
#> GSM29795 5 0.877 0.17717 0.264 0.204 0.020 0.156 0.356
#> GSM29798 4 0.317 0.45224 0.016 0.032 0.012 0.880 0.060
#> GSM29801 4 0.704 0.04870 0.420 0.048 0.032 0.448 0.052
#> GSM29804 3 0.744 -0.03405 0.384 0.004 0.416 0.132 0.064
#> GSM29807 3 0.523 0.11044 0.008 0.376 0.580 0.000 0.036
#> GSM29816 4 0.756 0.21906 0.296 0.000 0.232 0.420 0.052
#> GSM29821 1 0.788 0.04348 0.424 0.056 0.024 0.344 0.152
#> GSM29824 1 0.592 0.22630 0.504 0.000 0.092 0.004 0.400
#> GSM29827 1 0.293 0.61518 0.892 0.028 0.032 0.004 0.044
#> GSM29830 1 0.335 0.60368 0.860 0.020 0.012 0.096 0.012
#> GSM29833 1 0.593 0.46873 0.668 0.180 0.020 0.124 0.008
#> GSM29784 4 0.592 0.29573 0.044 0.268 0.032 0.640 0.016
#> GSM29787 4 0.475 0.35129 0.008 0.044 0.004 0.724 0.220
#> GSM29790 2 0.632 0.51533 0.052 0.616 0.076 0.252 0.004
#> GSM29793 2 0.475 0.60686 0.072 0.788 0.060 0.076 0.004
#> GSM29796 4 0.838 0.11039 0.120 0.308 0.020 0.400 0.152
#> GSM29799 4 0.337 0.47720 0.008 0.004 0.104 0.852 0.032
#> GSM29802 4 0.643 0.41538 0.144 0.000 0.228 0.596 0.032
#> GSM29805 3 0.718 -0.02096 0.372 0.000 0.400 0.200 0.028
#> GSM29814 3 0.589 0.19261 0.040 0.340 0.584 0.008 0.028
#> GSM29817 4 0.584 0.42969 0.208 0.020 0.040 0.684 0.048
#> GSM29822 4 0.710 0.40828 0.184 0.004 0.116 0.584 0.112
#> GSM29825 1 0.721 0.38014 0.560 0.000 0.120 0.132 0.188
#> GSM29828 1 0.423 0.58496 0.816 0.020 0.076 0.080 0.008
#> GSM29831 1 0.460 0.55852 0.768 0.000 0.104 0.116 0.012
#> GSM29834 1 0.579 0.49552 0.692 0.148 0.020 0.128 0.012
#> GSM29785 2 0.671 0.43033 0.012 0.568 0.020 0.256 0.144
#> GSM29788 4 0.584 0.10229 0.000 0.104 0.000 0.528 0.368
#> GSM29791 2 0.498 0.59840 0.100 0.780 0.020 0.044 0.056
#> GSM29794 2 0.448 0.61230 0.068 0.804 0.012 0.024 0.092
#> GSM29797 5 0.704 0.05875 0.048 0.372 0.016 0.080 0.484
#> GSM29800 4 0.507 0.36754 0.000 0.048 0.036 0.724 0.192
#> GSM29803 4 0.620 0.28441 0.024 0.000 0.108 0.588 0.280
#> GSM29806 3 0.649 0.31497 0.028 0.028 0.644 0.116 0.184
#> GSM29815 3 0.522 0.10666 0.004 0.364 0.588 0.000 0.044
#> GSM29819 4 0.733 0.23295 0.056 0.000 0.368 0.424 0.152
#> GSM29823 5 0.852 0.12503 0.220 0.112 0.020 0.252 0.396
#> GSM29826 5 0.700 0.32546 0.196 0.000 0.204 0.052 0.548
#> GSM29829 1 0.511 0.57009 0.744 0.052 0.044 0.004 0.156
#> GSM29832 1 0.587 0.53826 0.688 0.068 0.020 0.032 0.192
#> GSM29835 1 0.756 0.25385 0.504 0.236 0.024 0.036 0.200
#> GSM29836 2 0.460 0.59239 0.012 0.760 0.020 0.024 0.184
#> GSM29839 4 0.766 -0.10077 0.236 0.360 0.020 0.364 0.020
#> GSM29842 4 0.752 -0.14957 0.056 0.380 0.160 0.400 0.004
#> GSM29845 4 0.406 0.44355 0.000 0.012 0.068 0.808 0.112
#> GSM29848 4 0.516 0.38492 0.016 0.088 0.016 0.748 0.132
#> GSM29851 4 0.655 0.35028 0.288 0.000 0.124 0.556 0.032
#> GSM29854 5 0.728 0.33166 0.108 0.000 0.232 0.124 0.536
#> GSM29857 3 0.593 0.12345 0.092 0.000 0.576 0.320 0.012
#> GSM29860 2 0.348 0.61912 0.056 0.852 0.076 0.000 0.016
#> GSM29863 5 0.718 0.24154 0.160 0.000 0.064 0.252 0.524
#> GSM29866 1 0.446 0.59063 0.804 0.008 0.060 0.096 0.032
#> GSM29869 1 0.609 0.52464 0.692 0.096 0.120 0.084 0.008
#> GSM29872 3 0.756 0.02070 0.168 0.364 0.400 0.000 0.068
#> GSM29875 1 0.709 -0.00705 0.444 0.000 0.132 0.376 0.048
#> GSM29878 2 0.623 0.28015 0.360 0.544 0.036 0.056 0.004
#> GSM29837 2 0.529 0.31498 0.004 0.540 0.424 0.016 0.016
#> GSM29840 2 0.797 0.10120 0.268 0.368 0.024 0.308 0.032
#> GSM29843 4 0.716 -0.05272 0.128 0.376 0.032 0.452 0.012
#> GSM29846 4 0.485 0.43731 0.000 0.016 0.120 0.752 0.112
#> GSM29849 4 0.554 0.40329 0.052 0.084 0.016 0.740 0.108
#> GSM29852 4 0.597 0.44163 0.216 0.004 0.132 0.636 0.012
#> GSM29855 5 0.714 0.11453 0.052 0.000 0.132 0.368 0.448
#> GSM29858 3 0.597 0.22047 0.132 0.000 0.616 0.240 0.012
#> GSM29861 2 0.508 0.57898 0.088 0.744 0.144 0.016 0.008
#> GSM29864 4 0.679 0.31349 0.140 0.000 0.048 0.560 0.252
#> GSM29867 1 0.640 0.36391 0.576 0.000 0.224 0.184 0.016
#> GSM29870 1 0.702 0.34151 0.544 0.020 0.160 0.256 0.020
#> GSM29873 3 0.633 0.30188 0.104 0.284 0.584 0.004 0.024
#> GSM29876 4 0.698 0.41530 0.176 0.000 0.180 0.572 0.072
#> GSM29879 1 0.794 0.15137 0.424 0.308 0.104 0.160 0.004
#> GSM29838 2 0.637 0.52574 0.000 0.600 0.132 0.032 0.236
#> GSM29841 2 0.741 0.41319 0.100 0.580 0.020 0.140 0.160
#> GSM29844 2 0.581 0.55214 0.104 0.712 0.012 0.124 0.048
#> GSM29847 4 0.573 0.21210 0.000 0.056 0.024 0.600 0.320
#> GSM29850 4 0.711 0.27209 0.040 0.172 0.020 0.576 0.192
#> GSM29853 4 0.624 0.39240 0.112 0.000 0.056 0.644 0.188
#> GSM29856 5 0.329 0.47158 0.028 0.016 0.020 0.060 0.876
#> GSM29859 3 0.562 0.40849 0.004 0.056 0.720 0.116 0.104
#> GSM29862 2 0.385 0.61905 0.024 0.832 0.060 0.000 0.084
#> GSM29865 5 0.566 0.21367 0.000 0.008 0.072 0.340 0.580
#> GSM29868 5 0.763 -0.14968 0.392 0.064 0.080 0.036 0.428
#> GSM29871 3 0.576 0.44868 0.084 0.148 0.712 0.040 0.016
#> GSM29874 2 0.728 0.37885 0.124 0.524 0.096 0.000 0.256
#> GSM29877 4 0.764 0.32307 0.228 0.000 0.108 0.492 0.172
#> GSM29880 2 0.389 0.62046 0.068 0.828 0.084 0.000 0.020
#> GSM29881 5 0.704 0.15779 0.036 0.000 0.160 0.332 0.472
#> GSM29884 2 0.552 0.54225 0.000 0.680 0.212 0.084 0.024
#> GSM29887 2 0.442 0.61861 0.024 0.788 0.124 0.064 0.000
#> GSM29890 1 0.464 0.54467 0.760 0.000 0.168 0.032 0.040
#> GSM29893 1 0.613 0.46454 0.632 0.076 0.028 0.012 0.252
#> GSM29896 1 0.459 0.54272 0.728 0.000 0.068 0.000 0.204
#> GSM29899 1 0.545 0.45525 0.636 0.000 0.088 0.004 0.272
#> GSM29902 3 0.507 0.08631 0.404 0.012 0.568 0.004 0.012
#> GSM29905 1 0.616 0.24780 0.524 0.004 0.388 0.032 0.052
#> GSM29908 1 0.340 0.60443 0.856 0.080 0.016 0.000 0.048
#> GSM29955 1 0.532 0.57702 0.732 0.076 0.056 0.000 0.136
#> GSM29958 1 0.347 0.59320 0.852 0.100 0.012 0.028 0.008
#> GSM29961 1 0.462 0.58567 0.776 0.080 0.024 0.000 0.120
#> GSM29882 4 0.747 -0.02033 0.116 0.000 0.092 0.404 0.388
#> GSM29885 2 0.656 0.48240 0.012 0.580 0.136 0.256 0.016
#> GSM29888 2 0.600 0.35439 0.000 0.520 0.372 0.104 0.004
#> GSM29891 1 0.661 0.06270 0.436 0.000 0.420 0.124 0.020
#> GSM29894 1 0.478 0.58798 0.800 0.040 0.032 0.068 0.060
#> GSM29897 1 0.306 0.61740 0.884 0.012 0.008 0.044 0.052
#> GSM29900 1 0.768 0.32774 0.504 0.000 0.188 0.156 0.152
#> GSM29903 1 0.610 0.27501 0.552 0.020 0.368 0.020 0.040
#> GSM29906 1 0.609 0.07807 0.464 0.004 0.452 0.064 0.016
#> GSM29909 1 0.690 0.40197 0.584 0.156 0.212 0.028 0.020
#> GSM29956 1 0.297 0.60227 0.868 0.104 0.016 0.000 0.012
#> GSM29959 1 0.291 0.61592 0.892 0.044 0.008 0.044 0.012
#> GSM29962 1 0.393 0.61098 0.844 0.048 0.052 0.044 0.012
#> GSM29883 5 0.664 0.35185 0.084 0.000 0.088 0.232 0.596
#> GSM29886 2 0.543 0.57241 0.008 0.716 0.020 0.096 0.160
#> GSM29889 2 0.402 0.61946 0.004 0.828 0.092 0.036 0.040
#> GSM29892 1 0.636 0.44226 0.584 0.016 0.208 0.000 0.192
#> GSM29895 5 0.681 0.12370 0.296 0.184 0.020 0.000 0.500
#> GSM29898 5 0.606 0.09138 0.336 0.004 0.120 0.000 0.540
#> GSM29901 5 0.590 0.27461 0.260 0.000 0.124 0.008 0.608
#> GSM29904 1 0.767 0.32163 0.468 0.084 0.224 0.000 0.224
#> GSM29907 3 0.736 0.03310 0.324 0.000 0.436 0.044 0.196
#> GSM29910 1 0.722 0.26744 0.468 0.164 0.048 0.000 0.320
#> GSM29957 2 0.798 0.03006 0.288 0.352 0.080 0.000 0.280
#> GSM29960 1 0.649 0.37743 0.576 0.156 0.012 0.008 0.248
#> GSM29963 5 0.708 0.17380 0.280 0.116 0.076 0.000 0.528
#> GSM29964 2 0.516 0.42229 0.008 0.608 0.352 0.028 0.004
#> GSM29967 5 0.563 0.33483 0.000 0.080 0.024 0.236 0.660
#> GSM29970 5 0.515 0.45902 0.056 0.000 0.136 0.064 0.744
#> GSM29973 2 0.551 0.42757 0.000 0.588 0.344 0.008 0.060
#> GSM29976 3 0.789 0.12384 0.256 0.000 0.428 0.096 0.220
#> GSM29979 2 0.714 0.11421 0.012 0.344 0.312 0.000 0.332
#> GSM29982 5 0.642 0.38426 0.072 0.104 0.012 0.148 0.664
#> GSM29985 5 0.745 0.33153 0.104 0.000 0.180 0.192 0.524
#> GSM29988 3 0.536 0.33288 0.036 0.252 0.672 0.000 0.040
#> GSM29991 3 0.701 -0.16800 0.032 0.012 0.456 0.392 0.108
#> GSM29994 3 0.543 0.23503 0.328 0.020 0.612 0.000 0.040
#> GSM29997 1 0.640 0.12236 0.456 0.004 0.392 0.000 0.148
#> GSM30000 1 0.722 0.33769 0.508 0.052 0.240 0.000 0.200
#> GSM30003 4 0.704 0.14276 0.200 0.000 0.360 0.420 0.020
#> GSM29965 3 0.525 -0.17887 0.000 0.456 0.504 0.036 0.004
#> GSM29968 5 0.566 0.25375 0.000 0.080 0.008 0.312 0.600
#> GSM29971 5 0.656 0.36913 0.068 0.000 0.112 0.208 0.612
#> GSM29974 2 0.462 0.33441 0.004 0.576 0.412 0.000 0.008
#> GSM29977 3 0.792 0.15785 0.256 0.000 0.440 0.188 0.116
#> GSM29980 3 0.595 0.25157 0.004 0.252 0.624 0.012 0.108
#> GSM29983 5 0.659 0.29839 0.128 0.028 0.008 0.248 0.588
#> GSM29986 4 0.705 0.03359 0.036 0.000 0.152 0.444 0.368
#> GSM29989 3 0.532 0.44343 0.072 0.164 0.728 0.008 0.028
#> GSM29992 4 0.631 0.26600 0.044 0.008 0.400 0.508 0.040
#> GSM29995 1 0.363 0.60731 0.848 0.060 0.064 0.000 0.028
#> GSM29998 3 0.630 0.10243 0.376 0.024 0.512 0.000 0.088
#> GSM30001 3 0.581 0.45049 0.148 0.032 0.716 0.036 0.068
#> GSM30004 4 0.666 0.24588 0.236 0.000 0.280 0.480 0.004
#> GSM29966 2 0.446 0.49551 0.000 0.692 0.284 0.008 0.016
#> GSM29969 5 0.554 0.34828 0.000 0.132 0.008 0.192 0.668
#> GSM29972 5 0.302 0.48338 0.064 0.008 0.032 0.012 0.884
#> GSM29975 2 0.585 0.44287 0.000 0.596 0.300 0.012 0.092
#> GSM29978 5 0.738 0.02998 0.204 0.000 0.364 0.040 0.392
#> GSM29981 5 0.583 0.16769 0.024 0.292 0.072 0.000 0.612
#> GSM29984 5 0.465 0.40085 0.016 0.056 0.000 0.176 0.752
#> GSM29987 5 0.637 0.18371 0.000 0.004 0.156 0.340 0.500
#> GSM29990 3 0.690 0.19162 0.036 0.292 0.516 0.000 0.156
#> GSM29993 4 0.762 0.13864 0.000 0.056 0.360 0.372 0.212
#> GSM29996 1 0.699 0.37244 0.528 0.048 0.268 0.000 0.156
#> GSM29999 3 0.487 0.45438 0.044 0.100 0.768 0.000 0.088
#> GSM30002 5 0.717 -0.09032 0.012 0.212 0.356 0.008 0.412
#> GSM30005 4 0.741 0.15030 0.032 0.000 0.292 0.396 0.280
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.719 0.39412 0.084 0.096 0.084 0.572 0.008 0.156
#> GSM29786 4 0.503 0.43126 0.000 0.020 0.040 0.720 0.164 0.056
#> GSM29789 2 0.464 0.45826 0.064 0.780 0.028 0.080 0.004 0.044
#> GSM29792 2 0.418 0.46438 0.112 0.800 0.008 0.020 0.024 0.036
#> GSM29795 1 0.817 0.13419 0.416 0.140 0.024 0.072 0.276 0.072
#> GSM29798 4 0.379 0.46933 0.000 0.064 0.020 0.816 0.092 0.008
#> GSM29801 4 0.857 0.14478 0.296 0.120 0.144 0.352 0.052 0.036
#> GSM29804 3 0.729 0.20540 0.304 0.004 0.432 0.136 0.008 0.116
#> GSM29807 6 0.605 0.38971 0.004 0.364 0.184 0.004 0.000 0.444
#> GSM29816 3 0.609 0.17676 0.100 0.008 0.544 0.308 0.040 0.000
#> GSM29821 1 0.933 -0.11059 0.276 0.116 0.176 0.204 0.192 0.036
#> GSM29824 1 0.690 0.30623 0.464 0.000 0.188 0.004 0.272 0.072
#> GSM29827 1 0.247 0.56034 0.892 0.004 0.036 0.004 0.000 0.064
#> GSM29830 1 0.366 0.53037 0.840 0.028 0.048 0.064 0.004 0.016
#> GSM29833 1 0.451 0.51559 0.788 0.100 0.028 0.044 0.012 0.028
#> GSM29784 4 0.621 0.22573 0.060 0.288 0.032 0.576 0.008 0.036
#> GSM29787 4 0.559 0.33190 0.004 0.060 0.028 0.628 0.264 0.016
#> GSM29790 2 0.547 0.43342 0.036 0.692 0.016 0.168 0.008 0.080
#> GSM29793 2 0.422 0.43397 0.040 0.804 0.020 0.044 0.004 0.088
#> GSM29796 2 0.855 0.07587 0.156 0.336 0.012 0.224 0.220 0.052
#> GSM29799 4 0.348 0.49974 0.004 0.008 0.080 0.844 0.040 0.024
#> GSM29802 4 0.553 0.21003 0.020 0.012 0.412 0.516 0.028 0.012
#> GSM29805 3 0.694 0.39267 0.172 0.012 0.556 0.168 0.016 0.076
#> GSM29814 6 0.650 0.42556 0.008 0.328 0.260 0.004 0.004 0.396
#> GSM29817 4 0.834 0.24755 0.132 0.060 0.212 0.448 0.108 0.040
#> GSM29822 4 0.767 0.09516 0.084 0.028 0.348 0.400 0.120 0.020
#> GSM29825 3 0.678 0.23969 0.240 0.000 0.468 0.052 0.236 0.004
#> GSM29828 1 0.367 0.53488 0.836 0.020 0.060 0.056 0.000 0.028
#> GSM29831 1 0.425 0.47726 0.764 0.004 0.156 0.052 0.000 0.024
#> GSM29834 1 0.663 0.39590 0.628 0.156 0.060 0.092 0.024 0.040
#> GSM29785 2 0.798 0.25312 0.016 0.408 0.024 0.260 0.168 0.124
#> GSM29788 4 0.682 0.10152 0.000 0.052 0.044 0.440 0.384 0.080
#> GSM29791 2 0.574 0.44756 0.112 0.696 0.004 0.036 0.088 0.064
#> GSM29794 2 0.575 0.43125 0.112 0.680 0.012 0.004 0.108 0.084
#> GSM29797 5 0.727 0.17321 0.092 0.232 0.020 0.040 0.536 0.080
#> GSM29800 4 0.446 0.42490 0.000 0.020 0.028 0.744 0.184 0.024
#> GSM29803 4 0.665 0.36917 0.000 0.004 0.188 0.540 0.180 0.088
#> GSM29806 3 0.750 0.05557 0.028 0.012 0.356 0.208 0.040 0.356
#> GSM29815 6 0.562 0.37624 0.000 0.328 0.128 0.004 0.004 0.536
#> GSM29819 4 0.688 0.28098 0.028 0.000 0.288 0.492 0.048 0.144
#> GSM29823 5 0.868 0.13563 0.160 0.136 0.092 0.144 0.428 0.040
#> GSM29826 5 0.727 0.18947 0.060 0.000 0.368 0.048 0.404 0.120
#> GSM29829 1 0.581 0.52493 0.668 0.004 0.096 0.016 0.060 0.156
#> GSM29832 1 0.587 0.54672 0.700 0.012 0.076 0.044 0.084 0.084
#> GSM29835 1 0.816 0.28885 0.464 0.172 0.064 0.032 0.188 0.080
#> GSM29836 2 0.520 0.40555 0.016 0.680 0.000 0.012 0.188 0.104
#> GSM29839 2 0.733 0.13860 0.252 0.380 0.004 0.300 0.020 0.044
#> GSM29842 2 0.713 0.12766 0.076 0.420 0.052 0.376 0.000 0.076
#> GSM29845 4 0.555 0.43893 0.008 0.028 0.076 0.704 0.140 0.044
#> GSM29848 4 0.667 0.36178 0.020 0.120 0.040 0.604 0.180 0.036
#> GSM29851 4 0.616 0.26623 0.236 0.004 0.164 0.564 0.004 0.028
#> GSM29854 5 0.816 0.20803 0.112 0.000 0.256 0.100 0.396 0.136
#> GSM29857 4 0.696 0.12095 0.068 0.008 0.332 0.428 0.000 0.164
#> GSM29860 2 0.464 0.36357 0.032 0.740 0.020 0.004 0.024 0.180
#> GSM29863 5 0.839 0.20178 0.188 0.000 0.156 0.192 0.376 0.088
#> GSM29866 1 0.412 0.52778 0.796 0.012 0.096 0.072 0.000 0.024
#> GSM29869 1 0.774 0.08827 0.420 0.152 0.284 0.076 0.000 0.068
#> GSM29872 6 0.736 0.32073 0.160 0.316 0.100 0.000 0.016 0.408
#> GSM29875 3 0.718 0.09151 0.292 0.004 0.352 0.300 0.044 0.008
#> GSM29878 2 0.604 0.33229 0.312 0.568 0.036 0.032 0.004 0.048
#> GSM29837 2 0.516 -0.04996 0.000 0.496 0.028 0.008 0.020 0.448
#> GSM29840 2 0.771 0.20620 0.188 0.448 0.020 0.252 0.052 0.040
#> GSM29843 2 0.726 0.19496 0.112 0.460 0.024 0.328 0.024 0.052
#> GSM29846 4 0.513 0.44783 0.000 0.020 0.088 0.720 0.136 0.036
#> GSM29849 4 0.716 0.36095 0.032 0.140 0.056 0.572 0.164 0.036
#> GSM29852 4 0.557 0.33761 0.084 0.012 0.260 0.624 0.012 0.008
#> GSM29855 5 0.664 0.32222 0.016 0.000 0.308 0.188 0.464 0.024
#> GSM29858 3 0.682 0.14379 0.048 0.020 0.488 0.288 0.000 0.156
#> GSM29861 2 0.516 0.30143 0.040 0.696 0.048 0.004 0.012 0.200
#> GSM29864 4 0.780 0.24057 0.112 0.004 0.176 0.444 0.224 0.040
#> GSM29867 1 0.634 -0.10338 0.416 0.008 0.416 0.132 0.000 0.028
#> GSM29870 3 0.783 0.22260 0.252 0.080 0.420 0.200 0.008 0.040
#> GSM29873 6 0.698 0.46627 0.064 0.296 0.212 0.004 0.000 0.424
#> GSM29876 4 0.589 0.11828 0.040 0.000 0.436 0.452 0.068 0.004
#> GSM29879 2 0.841 0.12802 0.172 0.396 0.204 0.116 0.004 0.108
#> GSM29838 2 0.626 0.21254 0.000 0.512 0.008 0.020 0.172 0.288
#> GSM29841 2 0.818 0.34826 0.164 0.464 0.020 0.100 0.172 0.080
#> GSM29844 2 0.648 0.43587 0.112 0.628 0.004 0.144 0.056 0.056
#> GSM29847 4 0.618 0.06017 0.000 0.044 0.040 0.452 0.428 0.036
#> GSM29850 4 0.819 0.18848 0.052 0.188 0.052 0.404 0.264 0.040
#> GSM29853 4 0.657 0.43330 0.036 0.008 0.184 0.600 0.128 0.044
#> GSM29856 5 0.321 0.50683 0.012 0.008 0.040 0.012 0.864 0.064
#> GSM29859 6 0.755 0.16938 0.004 0.084 0.304 0.176 0.024 0.408
#> GSM29862 2 0.594 0.30165 0.036 0.600 0.032 0.000 0.064 0.268
#> GSM29865 5 0.689 0.06862 0.000 0.004 0.124 0.340 0.436 0.096
#> GSM29868 1 0.873 0.17720 0.308 0.044 0.140 0.040 0.300 0.168
#> GSM29871 3 0.719 -0.39877 0.020 0.176 0.376 0.048 0.004 0.376
#> GSM29874 2 0.774 0.06000 0.116 0.392 0.032 0.000 0.168 0.292
#> GSM29877 3 0.713 -0.05009 0.076 0.000 0.408 0.340 0.164 0.012
#> GSM29880 2 0.570 0.39343 0.080 0.664 0.036 0.004 0.024 0.192
#> GSM29881 5 0.739 0.34934 0.024 0.000 0.264 0.204 0.432 0.076
#> GSM29884 2 0.618 0.31769 0.020 0.616 0.020 0.100 0.024 0.220
#> GSM29887 2 0.497 0.42803 0.056 0.744 0.008 0.068 0.008 0.116
#> GSM29890 1 0.522 0.22369 0.556 0.004 0.384 0.016 0.012 0.028
#> GSM29893 1 0.581 0.53578 0.668 0.032 0.068 0.008 0.184 0.040
#> GSM29896 1 0.521 0.50728 0.704 0.000 0.156 0.008 0.076 0.056
#> GSM29899 1 0.661 0.35414 0.516 0.000 0.240 0.004 0.180 0.060
#> GSM29902 1 0.651 0.05809 0.404 0.008 0.380 0.008 0.008 0.192
#> GSM29905 1 0.642 0.30876 0.504 0.000 0.300 0.028 0.012 0.156
#> GSM29908 1 0.261 0.56635 0.896 0.020 0.048 0.000 0.020 0.016
#> GSM29955 1 0.492 0.55780 0.748 0.036 0.088 0.000 0.028 0.100
#> GSM29958 1 0.283 0.56317 0.892 0.032 0.016 0.008 0.028 0.024
#> GSM29961 1 0.300 0.56967 0.876 0.024 0.020 0.000 0.052 0.028
#> GSM29882 3 0.691 -0.19384 0.024 0.004 0.412 0.160 0.372 0.028
#> GSM29885 2 0.666 0.35811 0.052 0.596 0.040 0.188 0.008 0.116
#> GSM29888 2 0.599 0.18882 0.008 0.588 0.044 0.072 0.008 0.280
#> GSM29891 3 0.574 0.37021 0.260 0.004 0.612 0.076 0.004 0.044
#> GSM29894 1 0.625 0.45801 0.660 0.044 0.124 0.024 0.116 0.032
#> GSM29897 1 0.418 0.55181 0.812 0.008 0.080 0.032 0.032 0.036
#> GSM29900 3 0.651 0.36110 0.224 0.000 0.540 0.064 0.168 0.004
#> GSM29903 3 0.642 0.24413 0.288 0.048 0.540 0.000 0.020 0.104
#> GSM29906 1 0.668 0.10666 0.440 0.004 0.356 0.044 0.004 0.152
#> GSM29909 1 0.772 0.13986 0.424 0.200 0.236 0.012 0.012 0.116
#> GSM29956 1 0.343 0.54212 0.848 0.064 0.052 0.004 0.004 0.028
#> GSM29959 1 0.385 0.54310 0.832 0.044 0.072 0.020 0.012 0.020
#> GSM29962 1 0.457 0.52401 0.780 0.056 0.104 0.024 0.008 0.028
#> GSM29883 5 0.595 0.41241 0.016 0.000 0.312 0.080 0.560 0.032
#> GSM29886 2 0.647 0.38940 0.020 0.592 0.008 0.048 0.208 0.124
#> GSM29889 2 0.425 0.38163 0.000 0.728 0.000 0.028 0.028 0.216
#> GSM29892 1 0.724 0.25327 0.416 0.012 0.324 0.004 0.072 0.172
#> GSM29895 5 0.768 -0.04512 0.308 0.096 0.060 0.008 0.436 0.092
#> GSM29898 5 0.762 -0.20808 0.296 0.000 0.208 0.000 0.304 0.192
#> GSM29901 5 0.736 0.16555 0.196 0.000 0.228 0.008 0.440 0.128
#> GSM29904 1 0.814 0.22490 0.312 0.032 0.260 0.000 0.164 0.232
#> GSM29907 1 0.813 0.20636 0.320 0.004 0.248 0.068 0.068 0.292
#> GSM29910 1 0.787 0.41874 0.476 0.076 0.112 0.004 0.188 0.144
#> GSM29957 1 0.814 0.33098 0.428 0.120 0.080 0.004 0.148 0.220
#> GSM29960 1 0.685 0.46891 0.580 0.076 0.056 0.008 0.208 0.072
#> GSM29963 1 0.802 0.21865 0.352 0.040 0.104 0.004 0.300 0.200
#> GSM29964 2 0.511 0.17485 0.004 0.612 0.028 0.024 0.008 0.324
#> GSM29967 5 0.531 0.42543 0.000 0.032 0.044 0.128 0.716 0.080
#> GSM29970 5 0.542 0.44340 0.028 0.000 0.268 0.016 0.632 0.056
#> GSM29973 2 0.613 0.06457 0.004 0.480 0.020 0.032 0.060 0.404
#> GSM29976 3 0.568 0.38181 0.080 0.000 0.680 0.032 0.156 0.052
#> GSM29979 6 0.752 0.22926 0.044 0.260 0.048 0.004 0.212 0.432
#> GSM29982 5 0.373 0.48298 0.028 0.056 0.028 0.044 0.840 0.004
#> GSM29985 5 0.655 0.27223 0.056 0.000 0.372 0.056 0.476 0.040
#> GSM29988 6 0.698 0.49864 0.024 0.212 0.328 0.000 0.028 0.408
#> GSM29991 4 0.849 0.20002 0.108 0.024 0.188 0.372 0.056 0.252
#> GSM29994 3 0.665 0.05953 0.344 0.012 0.412 0.012 0.004 0.216
#> GSM29997 3 0.612 0.31249 0.232 0.000 0.568 0.000 0.052 0.148
#> GSM30000 1 0.739 0.41332 0.516 0.024 0.180 0.012 0.104 0.164
#> GSM30003 4 0.694 0.12652 0.164 0.004 0.304 0.456 0.004 0.068
#> GSM29965 2 0.589 -0.13909 0.004 0.468 0.084 0.016 0.008 0.420
#> GSM29968 5 0.501 0.40568 0.000 0.036 0.040 0.156 0.728 0.040
#> GSM29971 5 0.581 0.36439 0.012 0.008 0.356 0.056 0.544 0.024
#> GSM29974 2 0.517 -0.05738 0.008 0.496 0.036 0.004 0.008 0.448
#> GSM29977 3 0.567 0.42323 0.060 0.004 0.708 0.100 0.072 0.056
#> GSM29980 6 0.752 0.44630 0.012 0.224 0.180 0.012 0.108 0.464
#> GSM29983 5 0.515 0.47237 0.044 0.028 0.096 0.072 0.748 0.012
#> GSM29986 5 0.672 0.23211 0.008 0.000 0.332 0.240 0.396 0.024
#> GSM29989 3 0.651 -0.31913 0.032 0.144 0.464 0.000 0.012 0.348
#> GSM29992 4 0.733 0.30374 0.092 0.016 0.188 0.504 0.012 0.188
#> GSM29995 1 0.593 0.34050 0.588 0.052 0.292 0.008 0.012 0.048
#> GSM29998 3 0.618 0.26395 0.128 0.032 0.608 0.000 0.032 0.200
#> GSM30001 6 0.826 -0.10236 0.208 0.032 0.312 0.064 0.044 0.340
#> GSM30004 4 0.665 -0.00189 0.124 0.008 0.408 0.416 0.012 0.032
#> GSM29966 2 0.404 0.18072 0.000 0.632 0.016 0.000 0.000 0.352
#> GSM29969 5 0.413 0.43714 0.000 0.048 0.000 0.100 0.788 0.064
#> GSM29972 5 0.415 0.50846 0.020 0.016 0.136 0.000 0.784 0.044
#> GSM29975 2 0.511 -0.00277 0.000 0.476 0.008 0.008 0.040 0.468
#> GSM29978 3 0.646 0.24250 0.036 0.000 0.584 0.036 0.192 0.152
#> GSM29981 5 0.613 0.26227 0.024 0.112 0.032 0.000 0.592 0.240
#> GSM29984 5 0.314 0.49011 0.008 0.024 0.024 0.076 0.864 0.004
#> GSM29987 5 0.673 0.24541 0.000 0.000 0.156 0.280 0.480 0.084
#> GSM29990 6 0.675 0.43414 0.016 0.228 0.148 0.000 0.072 0.536
#> GSM29993 4 0.775 0.29903 0.040 0.020 0.124 0.428 0.076 0.312
#> GSM29996 1 0.680 0.42938 0.508 0.012 0.176 0.004 0.048 0.252
#> GSM29999 6 0.617 0.36380 0.008 0.076 0.392 0.004 0.040 0.480
#> GSM30002 6 0.774 0.11971 0.112 0.064 0.100 0.012 0.220 0.492
#> GSM30005 4 0.767 0.29304 0.052 0.000 0.212 0.456 0.092 0.188
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> CV:NMF 157 0.007451 0.00948 3.67e-08 2
#> CV:NMF 77 0.043337 0.04193 1.79e-04 3
#> CV:NMF 55 0.000123 0.29322 1.06e-05 4
#> CV:NMF 37 0.076965 0.03555 7.93e-03 5
#> CV:NMF 19 0.003357 0.01513 6.11e-02 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.184 0.740 0.825 0.3790 0.557 0.557
#> 3 3 0.190 0.656 0.789 0.3856 0.927 0.871
#> 4 4 0.324 0.522 0.708 0.1862 0.978 0.955
#> 5 5 0.366 0.368 0.626 0.1108 0.886 0.766
#> 6 6 0.425 0.376 0.624 0.0637 0.866 0.672
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.9963 0.493 0.464 0.536
#> GSM29786 2 0.9933 0.475 0.452 0.548
#> GSM29789 2 0.8443 0.780 0.272 0.728
#> GSM29792 2 0.5946 0.722 0.144 0.856
#> GSM29795 2 0.8267 0.766 0.260 0.740
#> GSM29798 1 0.8144 0.600 0.748 0.252
#> GSM29801 1 0.3431 0.853 0.936 0.064
#> GSM29804 1 0.2948 0.857 0.948 0.052
#> GSM29807 1 0.8207 0.540 0.744 0.256
#> GSM29816 1 0.1633 0.854 0.976 0.024
#> GSM29821 1 0.6048 0.786 0.852 0.148
#> GSM29824 1 0.2423 0.857 0.960 0.040
#> GSM29827 1 0.1633 0.851 0.976 0.024
#> GSM29830 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM29833 1 0.2603 0.852 0.956 0.044
#> GSM29784 2 0.9754 0.616 0.408 0.592
#> GSM29787 2 0.9933 0.475 0.452 0.548
#> GSM29790 2 0.8443 0.780 0.272 0.728
#> GSM29793 2 0.5946 0.722 0.144 0.856
#> GSM29796 2 0.8267 0.766 0.260 0.740
#> GSM29799 1 0.8144 0.600 0.748 0.252
#> GSM29802 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> GSM29805 1 0.2948 0.857 0.948 0.052
#> GSM29814 1 0.8207 0.540 0.744 0.256
#> GSM29817 1 0.1633 0.854 0.976 0.024
#> GSM29822 1 0.6048 0.786 0.852 0.148
#> GSM29825 1 0.2423 0.857 0.960 0.040
#> GSM29828 1 0.1633 0.851 0.976 0.024
#> GSM29831 1 0.1414 0.850 0.980 0.020
#> GSM29834 1 0.2778 0.851 0.952 0.048
#> GSM29785 2 0.9754 0.616 0.408 0.592
#> GSM29788 2 0.9933 0.475 0.452 0.548
#> GSM29791 2 0.8443 0.780 0.272 0.728
#> GSM29794 2 0.5946 0.722 0.144 0.856
#> GSM29797 2 0.8267 0.766 0.260 0.740
#> GSM29800 1 0.8144 0.600 0.748 0.252
#> GSM29803 1 0.3733 0.855 0.928 0.072
#> GSM29806 1 0.3274 0.858 0.940 0.060
#> GSM29815 1 0.8207 0.540 0.744 0.256
#> GSM29819 1 0.3114 0.856 0.944 0.056
#> GSM29823 1 0.6048 0.786 0.852 0.148
#> GSM29826 1 0.2423 0.857 0.960 0.040
#> GSM29829 1 0.4939 0.822 0.892 0.108
#> GSM29832 1 0.3879 0.844 0.924 0.076
#> GSM29835 1 0.7950 0.611 0.760 0.240
#> GSM29836 2 0.5178 0.706 0.116 0.884
#> GSM29839 2 0.9087 0.757 0.324 0.676
#> GSM29842 1 0.9963 -0.332 0.536 0.464
#> GSM29845 1 0.6801 0.751 0.820 0.180
#> GSM29848 1 0.9933 -0.160 0.548 0.452
#> GSM29851 1 0.3584 0.853 0.932 0.068
#> GSM29854 1 0.5946 0.806 0.856 0.144
#> GSM29857 1 0.3733 0.858 0.928 0.072
#> GSM29860 2 0.9000 0.759 0.316 0.684
#> GSM29863 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> GSM29866 1 0.2043 0.859 0.968 0.032
#> GSM29869 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> GSM29872 2 0.8499 0.751 0.276 0.724
#> GSM29875 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> GSM29878 2 0.9988 0.552 0.480 0.520
#> GSM29837 2 0.5178 0.706 0.116 0.884
#> GSM29840 2 0.9087 0.757 0.324 0.676
#> GSM29843 2 0.9087 0.769 0.324 0.676
#> GSM29846 1 0.6801 0.751 0.820 0.180
#> GSM29849 1 0.9933 -0.160 0.548 0.452
#> GSM29852 1 0.3584 0.853 0.932 0.068
#> GSM29855 1 0.6247 0.796 0.844 0.156
#> GSM29858 1 0.3733 0.858 0.928 0.072
#> GSM29861 2 0.9000 0.759 0.316 0.684
#> GSM29864 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> GSM29867 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> GSM29870 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> GSM29873 2 0.8499 0.751 0.276 0.724
#> GSM29876 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> GSM29879 2 0.9988 0.552 0.480 0.520
#> GSM29838 2 0.5178 0.706 0.116 0.884
#> GSM29841 2 0.9087 0.757 0.324 0.676
#> GSM29844 2 0.9087 0.769 0.324 0.676
#> GSM29847 1 0.6801 0.751 0.820 0.180
#> GSM29850 1 0.9933 -0.160 0.548 0.452
#> GSM29853 1 0.3584 0.853 0.932 0.068
#> GSM29856 1 0.7056 0.757 0.808 0.192
#> GSM29859 1 0.3733 0.858 0.928 0.072
#> GSM29862 2 0.9000 0.759 0.316 0.684
#> GSM29865 1 0.3733 0.855 0.928 0.072
#> GSM29868 1 0.8661 0.493 0.712 0.288
#> GSM29871 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> GSM29874 2 0.8499 0.751 0.276 0.724
#> GSM29877 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> GSM29880 2 0.9998 0.472 0.492 0.508
#> GSM29881 1 0.3733 0.853 0.928 0.072
#> GSM29884 2 0.9286 0.763 0.344 0.656
#> GSM29887 2 0.9286 0.763 0.344 0.656
#> GSM29890 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> GSM29893 1 0.8386 0.577 0.732 0.268
#> GSM29896 1 0.1843 0.854 0.972 0.028
#> GSM29899 1 0.0938 0.852 0.988 0.012
#> GSM29902 1 0.3584 0.855 0.932 0.068
#> GSM29905 1 0.6048 0.777 0.852 0.148
#> GSM29908 1 0.3114 0.852 0.944 0.056
#> GSM29955 1 0.4161 0.843 0.916 0.084
#> GSM29958 1 0.2603 0.852 0.956 0.044
#> GSM29961 1 0.2948 0.853 0.948 0.052
#> GSM29882 1 0.3733 0.853 0.928 0.072
#> GSM29885 2 0.9286 0.763 0.344 0.656
#> GSM29888 2 0.9286 0.763 0.344 0.656
#> GSM29891 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> GSM29894 1 0.8386 0.577 0.732 0.268
#> GSM29897 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> GSM29900 1 0.0938 0.852 0.988 0.012
#> GSM29903 1 0.0938 0.853 0.988 0.012
#> GSM29906 1 0.6048 0.777 0.852 0.148
#> GSM29909 1 0.0938 0.851 0.988 0.012
#> GSM29956 1 0.2603 0.852 0.956 0.044
#> GSM29959 1 0.2603 0.852 0.956 0.044
#> GSM29962 1 0.2948 0.854 0.948 0.052
#> GSM29883 1 0.3733 0.853 0.928 0.072
#> GSM29886 2 0.9286 0.763 0.344 0.656
#> GSM29889 2 0.9248 0.766 0.340 0.660
#> GSM29892 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> GSM29895 1 0.8608 0.538 0.716 0.284
#> GSM29898 1 0.6887 0.734 0.816 0.184
#> GSM29901 1 0.1843 0.860 0.972 0.028
#> GSM29904 1 0.5408 0.813 0.876 0.124
#> GSM29907 1 0.6048 0.777 0.852 0.148
#> GSM29910 1 0.9248 0.349 0.660 0.340
#> GSM29957 1 0.4161 0.843 0.916 0.084
#> GSM29960 1 0.6712 0.743 0.824 0.176
#> GSM29963 1 0.9248 0.349 0.660 0.340
#> GSM29964 2 0.8555 0.781 0.280 0.720
#> GSM29967 2 0.8909 0.693 0.308 0.692
#> GSM29970 2 0.9044 0.683 0.320 0.680
#> GSM29973 2 0.8267 0.773 0.260 0.740
#> GSM29976 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM29979 2 0.7602 0.755 0.220 0.780
#> GSM29982 2 0.9922 0.469 0.448 0.552
#> GSM29985 1 0.3431 0.856 0.936 0.064
#> GSM29988 1 0.4431 0.811 0.908 0.092
#> GSM29991 1 0.7815 0.612 0.768 0.232
#> GSM29994 1 0.3114 0.860 0.944 0.056
#> GSM29997 1 0.3584 0.825 0.932 0.068
#> GSM30000 1 0.5408 0.811 0.876 0.124
#> GSM30003 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> GSM29965 2 0.8555 0.781 0.280 0.720
#> GSM29968 2 0.8909 0.693 0.308 0.692
#> GSM29971 2 0.9044 0.683 0.320 0.680
#> GSM29974 2 0.8267 0.773 0.260 0.740
#> GSM29977 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM29980 2 0.7602 0.755 0.220 0.780
#> GSM29983 2 0.9922 0.469 0.448 0.552
#> GSM29986 1 0.3431 0.856 0.936 0.064
#> GSM29989 1 0.4431 0.811 0.908 0.092
#> GSM29992 1 0.7815 0.612 0.768 0.232
#> GSM29995 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> GSM29998 1 0.3584 0.825 0.932 0.068
#> GSM30001 1 0.5408 0.811 0.876 0.124
#> GSM30004 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> GSM29966 2 0.8555 0.781 0.280 0.720
#> GSM29969 2 0.8909 0.693 0.308 0.692
#> GSM29972 2 0.9044 0.683 0.320 0.680
#> GSM29975 2 0.8267 0.773 0.260 0.740
#> GSM29978 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM29981 2 0.7453 0.752 0.212 0.788
#> GSM29984 2 0.9922 0.469 0.448 0.552
#> GSM29987 1 0.3431 0.856 0.936 0.064
#> GSM29990 1 0.4431 0.811 0.908 0.092
#> GSM29993 1 0.7815 0.612 0.768 0.232
#> GSM29996 1 0.4161 0.843 0.916 0.084
#> GSM29999 1 0.3584 0.825 0.932 0.068
#> GSM30002 1 0.5408 0.811 0.876 0.124
#> GSM30005 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.9917 -0.0997 0.272 0.376 0.352
#> GSM29786 3 0.9464 0.3326 0.252 0.248 0.500
#> GSM29789 2 0.5657 0.6636 0.088 0.808 0.104
#> GSM29792 2 0.3155 0.6187 0.044 0.916 0.040
#> GSM29795 2 0.8310 0.3957 0.088 0.544 0.368
#> GSM29798 1 0.7987 0.4220 0.616 0.092 0.292
#> GSM29801 1 0.3686 0.8007 0.860 0.000 0.140
#> GSM29804 1 0.3618 0.8154 0.884 0.012 0.104
#> GSM29807 1 0.7876 0.3483 0.612 0.308 0.080
#> GSM29816 1 0.1753 0.8243 0.952 0.000 0.048
#> GSM29821 1 0.6521 0.6495 0.712 0.040 0.248
#> GSM29824 1 0.2200 0.8286 0.940 0.004 0.056
#> GSM29827 1 0.1453 0.8210 0.968 0.024 0.008
#> GSM29830 1 0.2152 0.8243 0.948 0.036 0.016
#> GSM29833 1 0.2176 0.8214 0.948 0.032 0.020
#> GSM29784 2 0.9601 0.0180 0.200 0.408 0.392
#> GSM29787 3 0.9464 0.3326 0.252 0.248 0.500
#> GSM29790 2 0.5657 0.6636 0.088 0.808 0.104
#> GSM29793 2 0.3155 0.6187 0.044 0.916 0.040
#> GSM29796 2 0.8310 0.3957 0.088 0.544 0.368
#> GSM29799 1 0.7987 0.4220 0.616 0.092 0.292
#> GSM29802 1 0.3482 0.8056 0.872 0.000 0.128
#> GSM29805 1 0.3618 0.8154 0.884 0.012 0.104
#> GSM29814 1 0.7876 0.3483 0.612 0.308 0.080
#> GSM29817 1 0.1753 0.8243 0.952 0.000 0.048
#> GSM29822 1 0.6521 0.6495 0.712 0.040 0.248
#> GSM29825 1 0.2200 0.8288 0.940 0.004 0.056
#> GSM29828 1 0.1453 0.8210 0.968 0.024 0.008
#> GSM29831 1 0.1315 0.8206 0.972 0.020 0.008
#> GSM29834 1 0.2681 0.8224 0.932 0.040 0.028
#> GSM29785 2 0.9601 0.0180 0.200 0.408 0.392
#> GSM29788 3 0.9464 0.3326 0.252 0.248 0.500
#> GSM29791 2 0.5657 0.6636 0.088 0.808 0.104
#> GSM29794 2 0.3155 0.6187 0.044 0.916 0.040
#> GSM29797 2 0.8310 0.3957 0.088 0.544 0.368
#> GSM29800 1 0.7987 0.4220 0.616 0.092 0.292
#> GSM29803 1 0.4033 0.7997 0.856 0.008 0.136
#> GSM29806 1 0.3832 0.8169 0.880 0.020 0.100
#> GSM29815 1 0.7876 0.3483 0.612 0.308 0.080
#> GSM29819 1 0.3425 0.8133 0.884 0.004 0.112
#> GSM29823 1 0.6521 0.6495 0.712 0.040 0.248
#> GSM29826 1 0.2200 0.8288 0.940 0.004 0.056
#> GSM29829 1 0.4035 0.7974 0.880 0.080 0.040
#> GSM29832 1 0.3310 0.8131 0.908 0.064 0.028
#> GSM29835 1 0.6886 0.6402 0.728 0.184 0.088
#> GSM29836 2 0.2496 0.5843 0.004 0.928 0.068
#> GSM29839 2 0.8350 0.5143 0.176 0.628 0.196
#> GSM29842 2 0.9736 0.0703 0.324 0.436 0.240
#> GSM29845 1 0.6764 0.6506 0.716 0.060 0.224
#> GSM29848 3 0.9786 0.3306 0.364 0.236 0.400
#> GSM29851 1 0.3752 0.7992 0.856 0.000 0.144
#> GSM29854 1 0.5726 0.7345 0.760 0.024 0.216
#> GSM29857 1 0.4196 0.8146 0.864 0.024 0.112
#> GSM29860 2 0.6764 0.6281 0.148 0.744 0.108
#> GSM29863 1 0.3644 0.8094 0.872 0.004 0.124
#> GSM29866 1 0.1491 0.8284 0.968 0.016 0.016
#> GSM29869 1 0.1170 0.8224 0.976 0.008 0.016
#> GSM29872 2 0.6062 0.6020 0.160 0.776 0.064
#> GSM29875 1 0.1289 0.8251 0.968 0.000 0.032
#> GSM29878 2 0.8280 0.3724 0.344 0.564 0.092
#> GSM29837 2 0.2496 0.5843 0.004 0.928 0.068
#> GSM29840 2 0.8350 0.5143 0.176 0.628 0.196
#> GSM29843 2 0.7692 0.6142 0.136 0.680 0.184
#> GSM29846 1 0.6764 0.6506 0.716 0.060 0.224
#> GSM29849 3 0.9786 0.3306 0.364 0.236 0.400
#> GSM29852 1 0.3752 0.7992 0.856 0.000 0.144
#> GSM29855 1 0.5860 0.7228 0.748 0.024 0.228
#> GSM29858 1 0.4196 0.8146 0.864 0.024 0.112
#> GSM29861 2 0.6764 0.6281 0.148 0.744 0.108
#> GSM29864 1 0.3644 0.8094 0.872 0.004 0.124
#> GSM29867 1 0.0848 0.8228 0.984 0.008 0.008
#> GSM29870 1 0.1170 0.8224 0.976 0.008 0.016
#> GSM29873 2 0.6062 0.6020 0.160 0.776 0.064
#> GSM29876 1 0.1289 0.8251 0.968 0.000 0.032
#> GSM29879 2 0.8280 0.3724 0.344 0.564 0.092
#> GSM29838 2 0.2496 0.5843 0.004 0.928 0.068
#> GSM29841 2 0.8350 0.5143 0.176 0.628 0.196
#> GSM29844 2 0.7644 0.6176 0.136 0.684 0.180
#> GSM29847 1 0.6764 0.6506 0.716 0.060 0.224
#> GSM29850 3 0.9786 0.3306 0.364 0.236 0.400
#> GSM29853 1 0.3752 0.7992 0.856 0.000 0.144
#> GSM29856 1 0.6523 0.6922 0.724 0.048 0.228
#> GSM29859 1 0.4196 0.8146 0.864 0.024 0.112
#> GSM29862 2 0.6764 0.6281 0.148 0.744 0.108
#> GSM29865 1 0.3918 0.8104 0.868 0.012 0.120
#> GSM29868 1 0.7413 0.5600 0.684 0.224 0.092
#> GSM29871 1 0.1170 0.8224 0.976 0.008 0.016
#> GSM29874 2 0.6062 0.6020 0.160 0.776 0.064
#> GSM29877 1 0.1289 0.8251 0.968 0.000 0.032
#> GSM29880 2 0.8652 0.1842 0.404 0.492 0.104
#> GSM29881 1 0.3551 0.8095 0.868 0.000 0.132
#> GSM29884 2 0.7816 0.6406 0.132 0.668 0.200
#> GSM29887 2 0.7816 0.6406 0.132 0.668 0.200
#> GSM29890 1 0.1170 0.8201 0.976 0.016 0.008
#> GSM29893 1 0.7692 0.5635 0.680 0.136 0.184
#> GSM29896 1 0.1774 0.8244 0.960 0.016 0.024
#> GSM29899 1 0.1129 0.8229 0.976 0.004 0.020
#> GSM29902 1 0.3572 0.8212 0.900 0.040 0.060
#> GSM29905 1 0.6351 0.6920 0.760 0.072 0.168
#> GSM29908 1 0.2527 0.8212 0.936 0.044 0.020
#> GSM29955 1 0.3683 0.8122 0.896 0.060 0.044
#> GSM29958 1 0.2443 0.8231 0.940 0.032 0.028
#> GSM29961 1 0.2414 0.8218 0.940 0.040 0.020
#> GSM29882 1 0.3551 0.8095 0.868 0.000 0.132
#> GSM29885 2 0.7816 0.6406 0.132 0.668 0.200
#> GSM29888 2 0.7816 0.6406 0.132 0.668 0.200
#> GSM29891 1 0.1170 0.8201 0.976 0.016 0.008
#> GSM29894 1 0.7692 0.5635 0.680 0.136 0.184
#> GSM29897 1 0.1636 0.8238 0.964 0.016 0.020
#> GSM29900 1 0.1129 0.8229 0.976 0.004 0.020
#> GSM29903 1 0.1482 0.8228 0.968 0.020 0.012
#> GSM29906 1 0.6351 0.6920 0.760 0.072 0.168
#> GSM29909 1 0.1015 0.8207 0.980 0.012 0.008
#> GSM29956 1 0.2269 0.8215 0.944 0.040 0.016
#> GSM29959 1 0.2443 0.8231 0.940 0.032 0.028
#> GSM29962 1 0.2434 0.8244 0.940 0.036 0.024
#> GSM29883 1 0.3551 0.8095 0.868 0.000 0.132
#> GSM29886 2 0.7712 0.6442 0.128 0.676 0.196
#> GSM29889 2 0.7651 0.6461 0.124 0.680 0.196
#> GSM29892 1 0.1315 0.8221 0.972 0.020 0.008
#> GSM29895 1 0.7869 0.5347 0.668 0.152 0.180
#> GSM29898 1 0.6526 0.7147 0.760 0.112 0.128
#> GSM29901 1 0.2446 0.8328 0.936 0.012 0.052
#> GSM29904 1 0.4807 0.7906 0.848 0.092 0.060
#> GSM29907 1 0.6351 0.6920 0.760 0.072 0.168
#> GSM29910 1 0.8142 0.4297 0.620 0.268 0.112
#> GSM29957 1 0.3683 0.8122 0.896 0.060 0.044
#> GSM29960 1 0.5831 0.7318 0.796 0.128 0.076
#> GSM29963 1 0.8142 0.4297 0.620 0.268 0.112
#> GSM29964 2 0.6245 0.6451 0.060 0.760 0.180
#> GSM29967 3 0.1999 0.5295 0.012 0.036 0.952
#> GSM29970 3 0.1905 0.5354 0.016 0.028 0.956
#> GSM29973 2 0.6046 0.6515 0.080 0.784 0.136
#> GSM29976 1 0.2878 0.8156 0.904 0.000 0.096
#> GSM29979 2 0.8109 0.5374 0.116 0.628 0.256
#> GSM29982 3 0.5894 0.5469 0.220 0.028 0.752
#> GSM29985 1 0.3267 0.8150 0.884 0.000 0.116
#> GSM29988 1 0.5348 0.6846 0.796 0.176 0.028
#> GSM29991 1 0.8148 0.3276 0.604 0.100 0.296
#> GSM29994 1 0.3263 0.8246 0.912 0.040 0.048
#> GSM29997 1 0.4128 0.7410 0.856 0.132 0.012
#> GSM30000 1 0.6264 0.6961 0.764 0.068 0.168
#> GSM30003 1 0.1999 0.8280 0.952 0.012 0.036
#> GSM29965 2 0.6245 0.6451 0.060 0.760 0.180
#> GSM29968 3 0.1999 0.5295 0.012 0.036 0.952
#> GSM29971 3 0.1905 0.5354 0.016 0.028 0.956
#> GSM29974 2 0.6046 0.6515 0.080 0.784 0.136
#> GSM29977 1 0.2878 0.8156 0.904 0.000 0.096
#> GSM29980 2 0.8109 0.5374 0.116 0.628 0.256
#> GSM29983 3 0.5894 0.5469 0.220 0.028 0.752
#> GSM29986 1 0.3267 0.8150 0.884 0.000 0.116
#> GSM29989 1 0.5348 0.6846 0.796 0.176 0.028
#> GSM29992 1 0.8148 0.3276 0.604 0.100 0.296
#> GSM29995 1 0.1774 0.8231 0.960 0.024 0.016
#> GSM29998 1 0.4128 0.7410 0.856 0.132 0.012
#> GSM30001 1 0.6264 0.6961 0.764 0.068 0.168
#> GSM30004 1 0.1999 0.8280 0.952 0.012 0.036
#> GSM29966 2 0.6245 0.6451 0.060 0.760 0.180
#> GSM29969 3 0.1999 0.5295 0.012 0.036 0.952
#> GSM29972 3 0.1905 0.5354 0.016 0.028 0.956
#> GSM29975 2 0.6046 0.6515 0.080 0.784 0.136
#> GSM29978 1 0.2878 0.8156 0.904 0.000 0.096
#> GSM29981 2 0.8007 0.5325 0.116 0.640 0.244
#> GSM29984 3 0.5894 0.5469 0.220 0.028 0.752
#> GSM29987 1 0.3267 0.8150 0.884 0.000 0.116
#> GSM29990 1 0.5348 0.6846 0.796 0.176 0.028
#> GSM29993 1 0.8148 0.3276 0.604 0.100 0.296
#> GSM29996 1 0.3456 0.8141 0.904 0.060 0.036
#> GSM29999 1 0.4485 0.7363 0.844 0.136 0.020
#> GSM30002 1 0.6264 0.6961 0.764 0.068 0.168
#> GSM30005 1 0.1999 0.8280 0.952 0.012 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.955 -0.0817 0.200 0.408 0.176 0.216
#> GSM29786 4 0.981 0.3047 0.176 0.280 0.220 0.324
#> GSM29789 2 0.411 0.6374 0.012 0.828 0.136 0.024
#> GSM29792 2 0.481 0.6050 0.000 0.736 0.236 0.028
#> GSM29795 2 0.778 0.3630 0.024 0.548 0.204 0.224
#> GSM29798 1 0.813 0.3072 0.572 0.124 0.092 0.212
#> GSM29801 1 0.414 0.6685 0.836 0.008 0.048 0.108
#> GSM29804 1 0.322 0.6928 0.892 0.016 0.032 0.060
#> GSM29807 3 0.863 1.0000 0.352 0.220 0.388 0.040
#> GSM29816 1 0.222 0.6953 0.932 0.004 0.032 0.032
#> GSM29821 1 0.703 0.4707 0.656 0.048 0.104 0.192
#> GSM29824 1 0.241 0.6983 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM29827 1 0.401 0.6672 0.832 0.020 0.136 0.012
#> GSM29830 1 0.469 0.6568 0.800 0.032 0.148 0.020
#> GSM29833 1 0.438 0.6590 0.812 0.024 0.148 0.016
#> GSM29784 2 0.921 0.0293 0.120 0.444 0.196 0.240
#> GSM29787 4 0.981 0.3047 0.176 0.280 0.220 0.324
#> GSM29790 2 0.411 0.6374 0.012 0.828 0.136 0.024
#> GSM29793 2 0.481 0.6050 0.000 0.736 0.236 0.028
#> GSM29796 2 0.778 0.3630 0.024 0.548 0.204 0.224
#> GSM29799 1 0.813 0.3072 0.572 0.124 0.092 0.212
#> GSM29802 1 0.394 0.6868 0.852 0.012 0.044 0.092
#> GSM29805 1 0.322 0.6928 0.892 0.016 0.032 0.060
#> GSM29814 3 0.863 1.0000 0.352 0.220 0.388 0.040
#> GSM29817 1 0.212 0.6959 0.936 0.004 0.028 0.032
#> GSM29822 1 0.703 0.4707 0.656 0.048 0.104 0.192
#> GSM29825 1 0.223 0.6978 0.928 0.000 0.036 0.036
#> GSM29828 1 0.401 0.6672 0.832 0.020 0.136 0.012
#> GSM29831 1 0.396 0.6685 0.836 0.020 0.132 0.012
#> GSM29834 1 0.467 0.6543 0.796 0.032 0.156 0.016
#> GSM29785 2 0.921 0.0293 0.120 0.444 0.196 0.240
#> GSM29788 4 0.981 0.3047 0.176 0.280 0.220 0.324
#> GSM29791 2 0.411 0.6374 0.012 0.828 0.136 0.024
#> GSM29794 2 0.481 0.6050 0.000 0.736 0.236 0.028
#> GSM29797 2 0.778 0.3630 0.024 0.548 0.204 0.224
#> GSM29800 1 0.813 0.3072 0.572 0.124 0.092 0.212
#> GSM29803 1 0.433 0.6822 0.832 0.016 0.048 0.104
#> GSM29806 1 0.343 0.6953 0.884 0.020 0.036 0.060
#> GSM29815 3 0.863 1.0000 0.352 0.220 0.388 0.040
#> GSM29819 1 0.305 0.6914 0.896 0.008 0.032 0.064
#> GSM29823 1 0.703 0.4707 0.656 0.048 0.104 0.192
#> GSM29826 1 0.223 0.6978 0.928 0.000 0.036 0.036
#> GSM29829 1 0.582 0.5927 0.728 0.072 0.180 0.020
#> GSM29832 1 0.534 0.6314 0.760 0.052 0.168 0.020
#> GSM29835 1 0.777 0.2105 0.584 0.188 0.184 0.044
#> GSM29836 2 0.542 0.5957 0.000 0.676 0.284 0.040
#> GSM29839 2 0.694 0.4742 0.084 0.648 0.224 0.044
#> GSM29842 2 0.872 0.0726 0.264 0.492 0.096 0.148
#> GSM29845 1 0.671 0.5107 0.692 0.076 0.068 0.164
#> GSM29848 4 0.994 0.3503 0.276 0.244 0.200 0.280
#> GSM29851 1 0.420 0.6680 0.832 0.008 0.048 0.112
#> GSM29854 1 0.584 0.5940 0.736 0.036 0.056 0.172
#> GSM29857 1 0.360 0.6909 0.876 0.020 0.040 0.064
#> GSM29860 2 0.649 0.5391 0.048 0.676 0.224 0.052
#> GSM29863 1 0.357 0.6903 0.872 0.012 0.036 0.080
#> GSM29866 1 0.295 0.7002 0.900 0.020 0.068 0.012
#> GSM29869 1 0.252 0.6850 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM29872 2 0.696 0.4952 0.060 0.620 0.272 0.048
#> GSM29875 1 0.201 0.6943 0.940 0.004 0.036 0.020
#> GSM29878 2 0.737 0.2328 0.200 0.612 0.156 0.032
#> GSM29837 2 0.542 0.5957 0.000 0.676 0.284 0.040
#> GSM29840 2 0.694 0.4742 0.084 0.648 0.224 0.044
#> GSM29843 2 0.623 0.5898 0.044 0.724 0.144 0.088
#> GSM29846 1 0.671 0.5107 0.692 0.076 0.068 0.164
#> GSM29849 4 0.994 0.3503 0.276 0.244 0.200 0.280
#> GSM29852 1 0.420 0.6680 0.832 0.008 0.048 0.112
#> GSM29855 1 0.599 0.5808 0.724 0.036 0.060 0.180
#> GSM29858 1 0.360 0.6909 0.876 0.020 0.040 0.064
#> GSM29861 2 0.649 0.5391 0.048 0.676 0.224 0.052
#> GSM29864 1 0.357 0.6903 0.872 0.012 0.036 0.080
#> GSM29867 1 0.197 0.6942 0.932 0.000 0.060 0.008
#> GSM29870 1 0.252 0.6850 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM29873 2 0.696 0.4952 0.060 0.620 0.272 0.048
#> GSM29876 1 0.201 0.6943 0.940 0.004 0.036 0.020
#> GSM29879 2 0.737 0.2328 0.200 0.612 0.156 0.032
#> GSM29838 2 0.542 0.5957 0.000 0.676 0.284 0.040
#> GSM29841 2 0.694 0.4742 0.084 0.648 0.224 0.044
#> GSM29844 2 0.622 0.5918 0.044 0.724 0.148 0.084
#> GSM29847 1 0.671 0.5107 0.692 0.076 0.068 0.164
#> GSM29850 4 0.994 0.3503 0.276 0.244 0.200 0.280
#> GSM29853 1 0.420 0.6680 0.832 0.008 0.048 0.112
#> GSM29856 1 0.685 0.5199 0.676 0.060 0.084 0.180
#> GSM29859 1 0.360 0.6909 0.876 0.020 0.040 0.064
#> GSM29862 2 0.649 0.5391 0.048 0.676 0.224 0.052
#> GSM29865 1 0.377 0.6926 0.864 0.016 0.040 0.080
#> GSM29868 1 0.795 0.2270 0.560 0.212 0.184 0.044
#> GSM29871 1 0.252 0.6850 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM29874 2 0.696 0.4952 0.060 0.620 0.272 0.048
#> GSM29877 1 0.201 0.6943 0.940 0.004 0.036 0.020
#> GSM29880 2 0.815 -0.0685 0.292 0.492 0.184 0.032
#> GSM29881 1 0.361 0.6840 0.868 0.012 0.032 0.088
#> GSM29884 2 0.493 0.6300 0.044 0.812 0.060 0.084
#> GSM29887 2 0.493 0.6300 0.044 0.812 0.060 0.084
#> GSM29890 1 0.287 0.6519 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM29893 1 0.862 0.1234 0.496 0.116 0.280 0.108
#> GSM29896 1 0.338 0.6864 0.868 0.008 0.108 0.016
#> GSM29899 1 0.287 0.6813 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM29902 1 0.507 0.6413 0.780 0.036 0.156 0.028
#> GSM29905 1 0.726 0.4395 0.644 0.064 0.192 0.100
#> GSM29908 1 0.487 0.6427 0.780 0.040 0.168 0.012
#> GSM29955 1 0.560 0.6157 0.744 0.064 0.172 0.020
#> GSM29958 1 0.443 0.6620 0.812 0.028 0.144 0.016
#> GSM29961 1 0.460 0.6544 0.796 0.032 0.160 0.012
#> GSM29882 1 0.361 0.6840 0.868 0.012 0.032 0.088
#> GSM29885 2 0.493 0.6300 0.044 0.812 0.060 0.084
#> GSM29888 2 0.493 0.6300 0.044 0.812 0.060 0.084
#> GSM29891 1 0.287 0.6519 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM29894 1 0.862 0.1234 0.496 0.116 0.280 0.108
#> GSM29897 1 0.338 0.6865 0.868 0.008 0.108 0.016
#> GSM29900 1 0.287 0.6813 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM29903 1 0.326 0.6521 0.844 0.004 0.152 0.000
#> GSM29906 1 0.726 0.4395 0.644 0.064 0.192 0.100
#> GSM29909 1 0.338 0.6683 0.852 0.008 0.136 0.004
#> GSM29956 1 0.467 0.6512 0.800 0.036 0.148 0.016
#> GSM29959 1 0.443 0.6620 0.812 0.028 0.144 0.016
#> GSM29962 1 0.456 0.6575 0.800 0.032 0.156 0.012
#> GSM29883 1 0.361 0.6840 0.868 0.012 0.032 0.088
#> GSM29886 2 0.469 0.6326 0.040 0.824 0.052 0.084
#> GSM29889 2 0.469 0.6344 0.040 0.824 0.052 0.084
#> GSM29892 1 0.325 0.6560 0.852 0.008 0.140 0.000
#> GSM29895 1 0.874 0.0930 0.488 0.132 0.272 0.108
#> GSM29898 1 0.738 0.4889 0.644 0.116 0.168 0.072
#> GSM29901 1 0.419 0.6948 0.840 0.024 0.104 0.032
#> GSM29904 1 0.623 0.5657 0.700 0.084 0.192 0.024
#> GSM29907 1 0.733 0.4329 0.640 0.068 0.192 0.100
#> GSM29910 1 0.852 -0.0358 0.468 0.236 0.252 0.044
#> GSM29957 1 0.560 0.6157 0.744 0.064 0.172 0.020
#> GSM29960 1 0.700 0.4578 0.640 0.100 0.224 0.036
#> GSM29963 1 0.854 -0.0379 0.464 0.236 0.256 0.044
#> GSM29964 2 0.492 0.6402 0.016 0.796 0.124 0.064
#> GSM29967 4 0.180 0.5792 0.016 0.040 0.000 0.944
#> GSM29970 4 0.204 0.5793 0.016 0.036 0.008 0.940
#> GSM29973 2 0.563 0.6247 0.024 0.744 0.172 0.060
#> GSM29976 1 0.317 0.6949 0.892 0.008 0.052 0.048
#> GSM29979 2 0.802 0.5025 0.044 0.552 0.196 0.208
#> GSM29982 4 0.606 0.5254 0.172 0.012 0.108 0.708
#> GSM29985 1 0.344 0.6901 0.880 0.012 0.040 0.068
#> GSM29988 1 0.724 -0.3887 0.540 0.096 0.344 0.020
#> GSM29991 1 0.881 0.1030 0.512 0.124 0.176 0.188
#> GSM29994 1 0.465 0.6638 0.804 0.028 0.144 0.024
#> GSM29997 1 0.613 -0.0783 0.608 0.068 0.324 0.000
#> GSM30000 1 0.715 0.4762 0.668 0.088 0.148 0.096
#> GSM30003 1 0.228 0.6948 0.928 0.004 0.048 0.020
#> GSM29965 2 0.492 0.6402 0.016 0.796 0.124 0.064
#> GSM29968 4 0.180 0.5792 0.016 0.040 0.000 0.944
#> GSM29971 4 0.204 0.5793 0.016 0.036 0.008 0.940
#> GSM29974 2 0.563 0.6247 0.024 0.744 0.172 0.060
#> GSM29977 1 0.317 0.6949 0.892 0.008 0.052 0.048
#> GSM29980 2 0.802 0.5025 0.044 0.552 0.196 0.208
#> GSM29983 4 0.606 0.5254 0.172 0.012 0.108 0.708
#> GSM29986 1 0.344 0.6901 0.880 0.012 0.040 0.068
#> GSM29989 1 0.724 -0.3887 0.540 0.096 0.344 0.020
#> GSM29992 1 0.881 0.1030 0.512 0.124 0.176 0.188
#> GSM29995 1 0.365 0.6670 0.844 0.012 0.136 0.008
#> GSM29998 1 0.613 -0.0783 0.608 0.068 0.324 0.000
#> GSM30001 1 0.715 0.4762 0.668 0.088 0.148 0.096
#> GSM30004 1 0.228 0.6948 0.928 0.004 0.048 0.020
#> GSM29966 2 0.492 0.6402 0.016 0.796 0.124 0.064
#> GSM29969 4 0.180 0.5792 0.016 0.040 0.000 0.944
#> GSM29972 4 0.204 0.5793 0.016 0.036 0.008 0.940
#> GSM29975 2 0.563 0.6247 0.024 0.744 0.172 0.060
#> GSM29978 1 0.317 0.6949 0.892 0.008 0.052 0.048
#> GSM29981 2 0.806 0.4884 0.048 0.552 0.204 0.196
#> GSM29984 4 0.606 0.5254 0.172 0.012 0.108 0.708
#> GSM29987 1 0.344 0.6901 0.880 0.012 0.040 0.068
#> GSM29990 1 0.724 -0.3887 0.540 0.096 0.344 0.020
#> GSM29993 1 0.881 0.1030 0.512 0.124 0.176 0.188
#> GSM29996 1 0.552 0.6280 0.748 0.068 0.168 0.016
#> GSM29999 1 0.635 -0.0921 0.604 0.072 0.320 0.004
#> GSM30002 1 0.715 0.4762 0.668 0.088 0.148 0.096
#> GSM30005 1 0.228 0.6948 0.928 0.004 0.048 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.878 0.3075 0.088 0.456 0.152 0.204 0.100
#> GSM29786 2 0.795 0.1822 0.120 0.480 0.108 0.272 0.020
#> GSM29789 2 0.464 0.0880 0.012 0.668 0.008 0.004 0.308
#> GSM29792 2 0.540 -0.1808 0.056 0.484 0.000 0.000 0.460
#> GSM29795 2 0.543 0.3421 0.040 0.732 0.028 0.164 0.036
#> GSM29798 3 0.728 0.2033 0.100 0.164 0.564 0.168 0.004
#> GSM29801 3 0.368 0.5704 0.064 0.012 0.836 0.088 0.000
#> GSM29804 3 0.247 0.6026 0.040 0.004 0.908 0.044 0.004
#> GSM29807 5 0.743 -0.2346 0.348 0.020 0.196 0.016 0.420
#> GSM29816 3 0.149 0.6013 0.040 0.004 0.948 0.008 0.000
#> GSM29821 3 0.652 0.3604 0.096 0.076 0.652 0.164 0.012
#> GSM29824 3 0.313 0.5989 0.084 0.000 0.868 0.036 0.012
#> GSM29827 3 0.456 0.4920 0.276 0.016 0.696 0.004 0.008
#> GSM29830 3 0.505 0.4700 0.296 0.024 0.660 0.004 0.016
#> GSM29833 3 0.503 0.4628 0.292 0.024 0.664 0.004 0.016
#> GSM29784 2 0.818 0.3460 0.092 0.520 0.072 0.208 0.108
#> GSM29787 2 0.795 0.1822 0.120 0.480 0.108 0.272 0.020
#> GSM29790 2 0.464 0.0880 0.012 0.668 0.008 0.004 0.308
#> GSM29793 2 0.540 -0.1808 0.056 0.484 0.000 0.000 0.460
#> GSM29796 2 0.543 0.3421 0.040 0.732 0.028 0.164 0.036
#> GSM29799 3 0.728 0.2033 0.100 0.164 0.564 0.168 0.004
#> GSM29802 3 0.325 0.5951 0.056 0.012 0.864 0.068 0.000
#> GSM29805 3 0.247 0.6026 0.040 0.004 0.908 0.044 0.004
#> GSM29814 5 0.743 -0.2346 0.348 0.020 0.196 0.016 0.420
#> GSM29817 3 0.154 0.6015 0.036 0.008 0.948 0.008 0.000
#> GSM29822 3 0.652 0.3604 0.096 0.076 0.652 0.164 0.012
#> GSM29825 3 0.313 0.5981 0.084 0.000 0.868 0.036 0.012
#> GSM29828 3 0.456 0.4920 0.276 0.016 0.696 0.004 0.008
#> GSM29831 3 0.447 0.4955 0.276 0.012 0.700 0.004 0.008
#> GSM29834 3 0.518 0.4551 0.296 0.036 0.652 0.004 0.012
#> GSM29785 2 0.818 0.3460 0.092 0.520 0.072 0.208 0.108
#> GSM29788 2 0.795 0.1822 0.120 0.480 0.108 0.272 0.020
#> GSM29791 2 0.464 0.0880 0.012 0.668 0.008 0.004 0.308
#> GSM29794 2 0.540 -0.1808 0.056 0.484 0.000 0.000 0.460
#> GSM29797 2 0.543 0.3421 0.040 0.732 0.028 0.164 0.036
#> GSM29800 3 0.728 0.2033 0.100 0.164 0.564 0.168 0.004
#> GSM29803 3 0.370 0.5891 0.056 0.016 0.844 0.080 0.004
#> GSM29806 3 0.272 0.6049 0.040 0.008 0.900 0.044 0.008
#> GSM29815 5 0.743 -0.2346 0.348 0.020 0.196 0.016 0.420
#> GSM29819 3 0.239 0.6013 0.040 0.004 0.908 0.048 0.000
#> GSM29823 3 0.652 0.3604 0.096 0.076 0.652 0.164 0.012
#> GSM29826 3 0.313 0.5981 0.084 0.000 0.868 0.036 0.012
#> GSM29829 3 0.651 0.3105 0.300 0.068 0.572 0.004 0.056
#> GSM29832 3 0.592 0.3781 0.320 0.044 0.596 0.004 0.036
#> GSM29835 3 0.827 -0.1242 0.268 0.144 0.436 0.016 0.136
#> GSM29836 5 0.539 0.2389 0.060 0.400 0.000 0.000 0.540
#> GSM29839 2 0.384 0.3321 0.052 0.844 0.044 0.004 0.056
#> GSM29842 2 0.893 0.1813 0.060 0.396 0.256 0.116 0.172
#> GSM29845 3 0.609 0.3833 0.084 0.108 0.676 0.132 0.000
#> GSM29848 2 0.850 0.0309 0.128 0.420 0.216 0.216 0.020
#> GSM29851 3 0.367 0.5701 0.060 0.012 0.836 0.092 0.000
#> GSM29854 3 0.542 0.5039 0.080 0.028 0.728 0.152 0.012
#> GSM29857 3 0.313 0.6014 0.048 0.004 0.880 0.048 0.020
#> GSM29860 5 0.585 0.3572 0.076 0.284 0.008 0.012 0.620
#> GSM29863 3 0.290 0.5993 0.032 0.012 0.888 0.064 0.004
#> GSM29866 3 0.384 0.5869 0.148 0.016 0.812 0.004 0.020
#> GSM29869 3 0.358 0.5593 0.168 0.008 0.808 0.000 0.016
#> GSM29872 5 0.627 0.4034 0.088 0.208 0.028 0.024 0.652
#> GSM29875 3 0.214 0.5976 0.060 0.004 0.920 0.008 0.008
#> GSM29878 5 0.808 0.1605 0.136 0.356 0.136 0.004 0.368
#> GSM29837 5 0.539 0.2389 0.060 0.400 0.000 0.000 0.540
#> GSM29840 2 0.384 0.3321 0.052 0.844 0.044 0.004 0.056
#> GSM29843 2 0.609 0.1832 0.032 0.624 0.016 0.052 0.276
#> GSM29846 3 0.609 0.3833 0.084 0.108 0.676 0.132 0.000
#> GSM29849 2 0.850 0.0309 0.128 0.420 0.216 0.216 0.020
#> GSM29852 3 0.367 0.5701 0.060 0.012 0.836 0.092 0.000
#> GSM29855 3 0.559 0.4897 0.084 0.032 0.716 0.156 0.012
#> GSM29858 3 0.313 0.6014 0.048 0.004 0.880 0.048 0.020
#> GSM29861 5 0.585 0.3572 0.076 0.284 0.008 0.012 0.620
#> GSM29864 3 0.290 0.5993 0.032 0.012 0.888 0.064 0.004
#> GSM29867 3 0.307 0.5929 0.136 0.004 0.848 0.004 0.008
#> GSM29870 3 0.358 0.5593 0.168 0.008 0.808 0.000 0.016
#> GSM29873 5 0.627 0.4034 0.088 0.208 0.028 0.024 0.652
#> GSM29876 3 0.214 0.5976 0.060 0.004 0.920 0.008 0.008
#> GSM29879 5 0.808 0.1605 0.136 0.356 0.136 0.004 0.368
#> GSM29838 5 0.539 0.2389 0.060 0.400 0.000 0.000 0.540
#> GSM29841 2 0.384 0.3321 0.052 0.844 0.044 0.004 0.056
#> GSM29844 2 0.602 0.1809 0.032 0.628 0.016 0.048 0.276
#> GSM29847 3 0.609 0.3833 0.084 0.108 0.676 0.132 0.000
#> GSM29850 2 0.850 0.0309 0.128 0.420 0.216 0.216 0.020
#> GSM29853 3 0.367 0.5701 0.060 0.012 0.836 0.092 0.000
#> GSM29856 3 0.655 0.4174 0.112 0.052 0.656 0.156 0.024
#> GSM29859 3 0.313 0.6014 0.048 0.004 0.880 0.048 0.020
#> GSM29862 5 0.585 0.3572 0.076 0.284 0.008 0.012 0.620
#> GSM29865 3 0.313 0.6007 0.032 0.016 0.880 0.064 0.008
#> GSM29868 3 0.848 -0.0712 0.244 0.144 0.444 0.032 0.136
#> GSM29871 3 0.358 0.5593 0.168 0.008 0.808 0.000 0.016
#> GSM29874 5 0.627 0.4034 0.088 0.208 0.028 0.024 0.652
#> GSM29877 3 0.214 0.5976 0.060 0.004 0.920 0.008 0.008
#> GSM29880 5 0.873 0.0833 0.160 0.280 0.200 0.016 0.344
#> GSM29881 3 0.261 0.5921 0.028 0.008 0.896 0.068 0.000
#> GSM29884 2 0.707 -0.0389 0.060 0.500 0.016 0.072 0.352
#> GSM29887 2 0.707 -0.0389 0.060 0.500 0.016 0.072 0.352
#> GSM29890 3 0.426 0.4745 0.256 0.004 0.720 0.000 0.020
#> GSM29893 1 0.871 0.2840 0.384 0.168 0.308 0.064 0.076
#> GSM29896 3 0.432 0.5438 0.220 0.012 0.748 0.012 0.008
#> GSM29899 3 0.383 0.5514 0.216 0.004 0.768 0.008 0.004
#> GSM29902 3 0.582 0.3985 0.276 0.032 0.640 0.036 0.016
#> GSM29905 3 0.789 0.1132 0.308 0.088 0.476 0.092 0.036
#> GSM29908 3 0.535 0.4472 0.292 0.036 0.648 0.004 0.020
#> GSM29955 3 0.653 0.3193 0.332 0.056 0.556 0.020 0.036
#> GSM29958 3 0.511 0.4625 0.292 0.028 0.660 0.004 0.016
#> GSM29961 3 0.520 0.4592 0.292 0.028 0.656 0.004 0.020
#> GSM29882 3 0.261 0.5921 0.028 0.008 0.896 0.068 0.000
#> GSM29885 2 0.707 -0.0389 0.060 0.500 0.016 0.072 0.352
#> GSM29888 2 0.707 -0.0389 0.060 0.500 0.016 0.072 0.352
#> GSM29891 3 0.426 0.4745 0.256 0.004 0.720 0.000 0.020
#> GSM29894 1 0.871 0.2840 0.384 0.168 0.308 0.064 0.076
#> GSM29897 3 0.421 0.5447 0.220 0.012 0.752 0.008 0.008
#> GSM29900 3 0.380 0.5529 0.212 0.004 0.772 0.008 0.004
#> GSM29903 3 0.440 0.4747 0.264 0.004 0.708 0.000 0.024
#> GSM29906 3 0.789 0.1132 0.308 0.088 0.476 0.092 0.036
#> GSM29909 3 0.456 0.4935 0.268 0.020 0.700 0.000 0.012
#> GSM29956 3 0.558 0.3979 0.324 0.032 0.612 0.004 0.028
#> GSM29959 3 0.511 0.4625 0.292 0.028 0.660 0.004 0.016
#> GSM29962 3 0.509 0.4673 0.288 0.028 0.664 0.004 0.016
#> GSM29883 3 0.261 0.5921 0.028 0.008 0.896 0.068 0.000
#> GSM29886 2 0.689 -0.0442 0.052 0.504 0.012 0.072 0.360
#> GSM29889 2 0.689 -0.0358 0.052 0.504 0.012 0.072 0.360
#> GSM29892 3 0.444 0.4734 0.260 0.004 0.712 0.004 0.020
#> GSM29895 1 0.882 0.2857 0.376 0.176 0.300 0.064 0.084
#> GSM29898 3 0.748 0.2715 0.268 0.072 0.544 0.056 0.060
#> GSM29901 3 0.462 0.5598 0.212 0.008 0.740 0.028 0.012
#> GSM29904 3 0.666 0.2685 0.320 0.056 0.556 0.016 0.052
#> GSM29907 3 0.790 0.1066 0.312 0.088 0.472 0.092 0.036
#> GSM29910 3 0.890 -0.2910 0.308 0.168 0.320 0.028 0.176
#> GSM29957 3 0.653 0.3193 0.332 0.056 0.556 0.020 0.036
#> GSM29960 3 0.753 0.0721 0.328 0.108 0.480 0.020 0.064
#> GSM29963 3 0.890 -0.2917 0.312 0.168 0.316 0.028 0.176
#> GSM29964 5 0.656 0.1856 0.048 0.416 0.004 0.060 0.472
#> GSM29967 4 0.117 0.8305 0.000 0.012 0.020 0.964 0.004
#> GSM29970 4 0.133 0.8326 0.012 0.004 0.020 0.960 0.004
#> GSM29973 5 0.645 0.3164 0.056 0.344 0.000 0.064 0.536
#> GSM29976 3 0.287 0.6003 0.064 0.008 0.888 0.036 0.004
#> GSM29979 5 0.777 0.3023 0.108 0.268 0.000 0.168 0.456
#> GSM29982 4 0.625 0.6754 0.100 0.044 0.184 0.660 0.012
#> GSM29985 3 0.274 0.5959 0.036 0.008 0.896 0.056 0.004
#> GSM29988 1 0.712 0.6154 0.420 0.004 0.328 0.012 0.236
#> GSM29991 3 0.909 -0.1306 0.264 0.128 0.356 0.196 0.056
#> GSM29994 3 0.562 0.4418 0.280 0.020 0.648 0.032 0.020
#> GSM29997 1 0.657 0.5743 0.432 0.004 0.388 0.000 0.176
#> GSM30000 3 0.766 0.2289 0.244 0.084 0.536 0.104 0.032
#> GSM30003 3 0.240 0.5969 0.076 0.008 0.904 0.008 0.004
#> GSM29965 5 0.656 0.1856 0.048 0.416 0.004 0.060 0.472
#> GSM29968 4 0.117 0.8305 0.000 0.012 0.020 0.964 0.004
#> GSM29971 4 0.133 0.8326 0.012 0.004 0.020 0.960 0.004
#> GSM29974 5 0.645 0.3164 0.056 0.344 0.000 0.064 0.536
#> GSM29977 3 0.287 0.6003 0.064 0.008 0.888 0.036 0.004
#> GSM29980 5 0.777 0.3023 0.108 0.268 0.000 0.168 0.456
#> GSM29983 4 0.625 0.6754 0.100 0.044 0.184 0.660 0.012
#> GSM29986 3 0.274 0.5959 0.036 0.008 0.896 0.056 0.004
#> GSM29989 1 0.712 0.6154 0.420 0.004 0.328 0.012 0.236
#> GSM29992 3 0.909 -0.1306 0.264 0.128 0.356 0.196 0.056
#> GSM29995 3 0.443 0.5026 0.256 0.004 0.712 0.000 0.028
#> GSM29998 1 0.657 0.5743 0.432 0.004 0.388 0.000 0.176
#> GSM30001 3 0.766 0.2289 0.244 0.084 0.536 0.104 0.032
#> GSM30004 3 0.240 0.5969 0.076 0.008 0.904 0.008 0.004
#> GSM29966 5 0.656 0.1856 0.048 0.416 0.004 0.060 0.472
#> GSM29969 4 0.117 0.8305 0.000 0.012 0.020 0.964 0.004
#> GSM29972 4 0.133 0.8326 0.012 0.004 0.020 0.960 0.004
#> GSM29975 5 0.645 0.3164 0.056 0.344 0.000 0.064 0.536
#> GSM29978 3 0.287 0.6003 0.064 0.008 0.888 0.036 0.004
#> GSM29981 5 0.801 0.2907 0.116 0.256 0.004 0.180 0.444
#> GSM29984 4 0.625 0.6754 0.100 0.044 0.184 0.660 0.012
#> GSM29987 3 0.274 0.5959 0.036 0.008 0.896 0.056 0.004
#> GSM29990 1 0.712 0.6154 0.420 0.004 0.328 0.012 0.236
#> GSM29993 3 0.909 -0.1306 0.264 0.128 0.356 0.196 0.056
#> GSM29996 3 0.628 0.3199 0.332 0.048 0.564 0.004 0.052
#> GSM29999 1 0.682 0.5773 0.428 0.004 0.384 0.008 0.176
#> GSM30002 3 0.766 0.2289 0.244 0.084 0.536 0.104 0.032
#> GSM30005 3 0.240 0.5969 0.076 0.008 0.904 0.008 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.759 0.363699 0.004 0.272 0.148 0.452 0.076 0.048
#> GSM29786 4 0.561 0.425120 0.004 0.100 0.080 0.680 0.132 0.004
#> GSM29789 2 0.581 0.324613 0.012 0.556 0.000 0.204 0.000 0.228
#> GSM29792 6 0.455 0.312915 0.000 0.312 0.000 0.056 0.000 0.632
#> GSM29795 4 0.782 0.298278 0.012 0.248 0.012 0.408 0.136 0.184
#> GSM29798 3 0.682 0.226964 0.040 0.076 0.552 0.232 0.100 0.000
#> GSM29801 3 0.358 0.576741 0.052 0.000 0.828 0.040 0.080 0.000
#> GSM29804 3 0.214 0.610198 0.028 0.008 0.920 0.020 0.024 0.000
#> GSM29807 6 0.917 0.160307 0.252 0.168 0.140 0.088 0.048 0.304
#> GSM29816 3 0.208 0.606733 0.044 0.000 0.916 0.024 0.016 0.000
#> GSM29821 3 0.623 0.374176 0.080 0.020 0.632 0.096 0.168 0.004
#> GSM29824 3 0.347 0.586694 0.100 0.000 0.828 0.024 0.048 0.000
#> GSM29827 3 0.423 0.261995 0.404 0.000 0.580 0.012 0.000 0.004
#> GSM29830 3 0.472 0.196824 0.420 0.004 0.544 0.024 0.000 0.008
#> GSM29833 3 0.435 0.198991 0.428 0.000 0.552 0.016 0.004 0.000
#> GSM29784 4 0.671 0.387800 0.004 0.252 0.052 0.560 0.084 0.048
#> GSM29787 4 0.561 0.425120 0.004 0.100 0.080 0.680 0.132 0.004
#> GSM29790 2 0.581 0.324613 0.012 0.556 0.000 0.204 0.000 0.228
#> GSM29793 6 0.455 0.312915 0.000 0.312 0.000 0.056 0.000 0.632
#> GSM29796 4 0.782 0.298278 0.012 0.248 0.012 0.408 0.136 0.184
#> GSM29799 3 0.682 0.226964 0.040 0.076 0.552 0.232 0.100 0.000
#> GSM29802 3 0.306 0.603733 0.044 0.004 0.868 0.036 0.048 0.000
#> GSM29805 3 0.214 0.610198 0.028 0.008 0.920 0.020 0.024 0.000
#> GSM29814 6 0.917 0.160307 0.252 0.168 0.140 0.088 0.048 0.304
#> GSM29817 3 0.224 0.606076 0.044 0.000 0.908 0.032 0.016 0.000
#> GSM29822 3 0.623 0.374176 0.080 0.020 0.632 0.096 0.168 0.004
#> GSM29825 3 0.347 0.586596 0.100 0.000 0.828 0.024 0.048 0.000
#> GSM29828 3 0.423 0.261995 0.404 0.000 0.580 0.012 0.000 0.004
#> GSM29831 3 0.422 0.270829 0.400 0.000 0.584 0.012 0.000 0.004
#> GSM29834 3 0.469 0.203975 0.412 0.008 0.556 0.016 0.004 0.004
#> GSM29785 4 0.671 0.387800 0.004 0.252 0.052 0.560 0.084 0.048
#> GSM29788 4 0.561 0.425120 0.004 0.100 0.080 0.680 0.132 0.004
#> GSM29791 2 0.581 0.324613 0.012 0.556 0.000 0.204 0.000 0.228
#> GSM29794 6 0.455 0.312915 0.000 0.312 0.000 0.056 0.000 0.632
#> GSM29797 4 0.782 0.298278 0.012 0.248 0.012 0.408 0.136 0.184
#> GSM29800 3 0.682 0.226964 0.040 0.076 0.552 0.232 0.100 0.000
#> GSM29803 3 0.355 0.598594 0.052 0.004 0.844 0.032 0.060 0.008
#> GSM29806 3 0.238 0.611637 0.032 0.008 0.912 0.016 0.024 0.008
#> GSM29815 6 0.917 0.160307 0.252 0.168 0.140 0.088 0.048 0.304
#> GSM29819 3 0.211 0.609174 0.024 0.004 0.920 0.024 0.028 0.000
#> GSM29823 3 0.623 0.374176 0.080 0.020 0.632 0.096 0.168 0.004
#> GSM29826 3 0.347 0.586596 0.100 0.000 0.828 0.024 0.048 0.000
#> GSM29829 1 0.567 0.195170 0.492 0.008 0.416 0.064 0.004 0.016
#> GSM29832 1 0.534 0.071833 0.476 0.004 0.452 0.056 0.004 0.008
#> GSM29835 1 0.778 0.338194 0.416 0.108 0.328 0.044 0.020 0.084
#> GSM29836 6 0.395 0.388865 0.000 0.240 0.000 0.040 0.000 0.720
#> GSM29839 4 0.691 0.182379 0.036 0.340 0.024 0.432 0.000 0.168
#> GSM29842 2 0.817 -0.166892 0.016 0.384 0.264 0.208 0.064 0.064
#> GSM29845 3 0.569 0.389894 0.036 0.032 0.668 0.176 0.088 0.000
#> GSM29848 4 0.817 0.242779 0.068 0.120 0.196 0.416 0.196 0.004
#> GSM29851 3 0.350 0.576011 0.048 0.000 0.832 0.036 0.084 0.000
#> GSM29854 3 0.494 0.508696 0.072 0.012 0.736 0.052 0.128 0.000
#> GSM29857 3 0.277 0.609645 0.036 0.012 0.892 0.028 0.028 0.004
#> GSM29860 2 0.614 0.226200 0.084 0.564 0.000 0.028 0.032 0.292
#> GSM29863 3 0.274 0.604510 0.028 0.008 0.888 0.032 0.044 0.000
#> GSM29866 3 0.414 0.524202 0.204 0.004 0.748 0.024 0.016 0.004
#> GSM29869 3 0.420 0.543351 0.168 0.000 0.764 0.036 0.024 0.008
#> GSM29872 6 0.656 0.311166 0.096 0.284 0.012 0.032 0.028 0.548
#> GSM29875 3 0.252 0.602727 0.056 0.000 0.892 0.032 0.020 0.000
#> GSM29878 2 0.716 0.303476 0.140 0.588 0.108 0.036 0.032 0.096
#> GSM29837 6 0.395 0.388865 0.000 0.240 0.000 0.040 0.000 0.720
#> GSM29840 4 0.691 0.182379 0.036 0.340 0.024 0.432 0.000 0.168
#> GSM29843 2 0.575 0.332998 0.008 0.592 0.004 0.264 0.012 0.120
#> GSM29846 3 0.569 0.389894 0.036 0.032 0.668 0.176 0.088 0.000
#> GSM29849 4 0.817 0.242779 0.068 0.120 0.196 0.416 0.196 0.004
#> GSM29852 3 0.350 0.576011 0.048 0.000 0.832 0.036 0.084 0.000
#> GSM29855 3 0.508 0.495076 0.080 0.012 0.724 0.052 0.132 0.000
#> GSM29858 3 0.277 0.609645 0.036 0.012 0.892 0.028 0.028 0.004
#> GSM29861 2 0.614 0.226200 0.084 0.564 0.000 0.028 0.032 0.292
#> GSM29864 3 0.274 0.604510 0.028 0.008 0.888 0.032 0.044 0.000
#> GSM29867 3 0.345 0.550057 0.184 0.000 0.788 0.012 0.016 0.000
#> GSM29870 3 0.420 0.543351 0.168 0.000 0.764 0.036 0.024 0.008
#> GSM29873 6 0.656 0.311166 0.096 0.284 0.012 0.032 0.028 0.548
#> GSM29876 3 0.252 0.602727 0.056 0.000 0.892 0.032 0.020 0.000
#> GSM29879 2 0.716 0.303476 0.140 0.588 0.108 0.036 0.032 0.096
#> GSM29838 6 0.395 0.388865 0.000 0.240 0.000 0.040 0.000 0.720
#> GSM29841 4 0.691 0.182379 0.036 0.340 0.024 0.432 0.000 0.168
#> GSM29844 2 0.569 0.336659 0.008 0.592 0.004 0.264 0.008 0.124
#> GSM29847 3 0.569 0.389894 0.036 0.032 0.668 0.176 0.088 0.000
#> GSM29850 4 0.817 0.242779 0.068 0.120 0.196 0.416 0.196 0.004
#> GSM29853 3 0.356 0.575097 0.052 0.000 0.828 0.036 0.084 0.000
#> GSM29856 3 0.626 0.396466 0.116 0.032 0.636 0.056 0.156 0.004
#> GSM29859 3 0.277 0.609645 0.036 0.012 0.892 0.028 0.028 0.004
#> GSM29862 2 0.614 0.226200 0.084 0.564 0.000 0.028 0.032 0.292
#> GSM29865 3 0.300 0.605062 0.032 0.008 0.880 0.028 0.044 0.008
#> GSM29868 1 0.836 0.340681 0.352 0.056 0.336 0.092 0.036 0.128
#> GSM29871 3 0.420 0.543351 0.168 0.000 0.764 0.036 0.024 0.008
#> GSM29874 6 0.656 0.311166 0.096 0.284 0.012 0.032 0.028 0.548
#> GSM29877 3 0.252 0.602727 0.056 0.000 0.892 0.032 0.020 0.000
#> GSM29880 2 0.884 0.021185 0.244 0.328 0.124 0.060 0.036 0.208
#> GSM29881 3 0.245 0.599242 0.016 0.004 0.900 0.032 0.048 0.000
#> GSM29884 2 0.224 0.529318 0.028 0.916 0.020 0.024 0.000 0.012
#> GSM29887 2 0.224 0.529318 0.028 0.916 0.020 0.024 0.000 0.012
#> GSM29890 3 0.523 0.395917 0.260 0.000 0.636 0.084 0.012 0.008
#> GSM29893 1 0.752 0.329088 0.544 0.028 0.168 0.132 0.076 0.052
#> GSM29896 3 0.423 0.401050 0.324 0.000 0.644 0.032 0.000 0.000
#> GSM29899 3 0.458 0.466264 0.248 0.000 0.684 0.056 0.012 0.000
#> GSM29902 3 0.662 0.231888 0.256 0.044 0.540 0.140 0.008 0.012
#> GSM29905 3 0.778 -0.054846 0.220 0.088 0.368 0.296 0.016 0.012
#> GSM29908 3 0.460 0.155732 0.436 0.012 0.536 0.012 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.568 0.160097 0.492 0.024 0.424 0.044 0.008 0.008
#> GSM29958 3 0.459 0.210919 0.412 0.004 0.560 0.016 0.004 0.004
#> GSM29961 3 0.458 0.183500 0.428 0.008 0.544 0.016 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.245 0.599242 0.016 0.004 0.900 0.032 0.048 0.000
#> GSM29885 2 0.224 0.529318 0.028 0.916 0.020 0.024 0.000 0.012
#> GSM29888 2 0.224 0.529318 0.028 0.916 0.020 0.024 0.000 0.012
#> GSM29891 3 0.523 0.395917 0.260 0.000 0.636 0.084 0.012 0.008
#> GSM29894 1 0.752 0.329088 0.544 0.028 0.168 0.132 0.076 0.052
#> GSM29897 3 0.409 0.406721 0.324 0.000 0.652 0.024 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.450 0.474592 0.244 0.000 0.692 0.052 0.012 0.000
#> GSM29903 3 0.540 0.376458 0.276 0.004 0.620 0.080 0.008 0.012
#> GSM29906 3 0.778 -0.054846 0.220 0.088 0.368 0.296 0.016 0.012
#> GSM29909 3 0.503 0.353186 0.328 0.008 0.604 0.052 0.008 0.000
#> GSM29956 1 0.475 -0.000129 0.496 0.008 0.472 0.016 0.004 0.004
#> GSM29959 3 0.459 0.210919 0.412 0.004 0.560 0.016 0.004 0.004
#> GSM29962 3 0.461 0.204842 0.412 0.012 0.560 0.008 0.004 0.004
#> GSM29883 3 0.245 0.599242 0.016 0.004 0.900 0.032 0.048 0.000
#> GSM29886 2 0.223 0.528738 0.028 0.916 0.016 0.028 0.000 0.012
#> GSM29889 2 0.264 0.529035 0.028 0.896 0.016 0.036 0.000 0.024
#> GSM29892 3 0.515 0.383526 0.284 0.000 0.624 0.076 0.012 0.004
#> GSM29895 1 0.766 0.304144 0.536 0.032 0.160 0.136 0.080 0.056
#> GSM29898 3 0.740 -0.075320 0.340 0.048 0.452 0.084 0.048 0.028
#> GSM29901 3 0.515 0.474790 0.236 0.012 0.672 0.056 0.020 0.004
#> GSM29904 3 0.694 -0.030325 0.352 0.040 0.468 0.096 0.020 0.024
#> GSM29907 3 0.780 -0.056173 0.216 0.092 0.368 0.296 0.016 0.012
#> GSM29910 1 0.828 0.361241 0.448 0.064 0.204 0.108 0.028 0.148
#> GSM29957 1 0.568 0.160097 0.492 0.024 0.424 0.044 0.008 0.008
#> GSM29960 1 0.646 0.347099 0.524 0.024 0.332 0.076 0.020 0.024
#> GSM29963 1 0.825 0.362407 0.452 0.064 0.204 0.104 0.028 0.148
#> GSM29964 2 0.271 0.492616 0.016 0.872 0.004 0.012 0.000 0.096
#> GSM29967 5 0.328 0.813683 0.000 0.060 0.032 0.060 0.848 0.000
#> GSM29970 5 0.322 0.816858 0.000 0.056 0.032 0.044 0.860 0.008
#> GSM29973 2 0.514 0.197157 0.020 0.620 0.008 0.020 0.016 0.316
#> GSM29976 3 0.281 0.601403 0.044 0.008 0.880 0.056 0.012 0.000
#> GSM29979 6 0.762 0.207692 0.068 0.360 0.008 0.044 0.136 0.384
#> GSM29982 5 0.517 0.636290 0.068 0.000 0.164 0.064 0.700 0.004
#> GSM29985 3 0.258 0.600367 0.020 0.008 0.896 0.044 0.032 0.000
#> GSM29988 1 0.904 0.167769 0.304 0.064 0.216 0.156 0.040 0.220
#> GSM29991 4 0.834 0.011728 0.144 0.188 0.264 0.352 0.040 0.012
#> GSM29994 3 0.624 0.239175 0.320 0.032 0.532 0.100 0.008 0.008
#> GSM29997 1 0.843 0.280583 0.328 0.032 0.276 0.144 0.020 0.200
#> GSM30000 3 0.771 0.062870 0.188 0.140 0.456 0.188 0.016 0.012
#> GSM30003 3 0.277 0.602905 0.068 0.000 0.880 0.028 0.020 0.004
#> GSM29965 2 0.271 0.492616 0.016 0.872 0.004 0.012 0.000 0.096
#> GSM29968 5 0.328 0.813683 0.000 0.060 0.032 0.060 0.848 0.000
#> GSM29971 5 0.322 0.816858 0.000 0.056 0.032 0.044 0.860 0.008
#> GSM29974 2 0.514 0.197157 0.020 0.620 0.008 0.020 0.016 0.316
#> GSM29977 3 0.281 0.601403 0.044 0.008 0.880 0.056 0.012 0.000
#> GSM29980 6 0.762 0.207692 0.068 0.360 0.008 0.044 0.136 0.384
#> GSM29983 5 0.517 0.636290 0.068 0.000 0.164 0.064 0.700 0.004
#> GSM29986 3 0.258 0.600367 0.020 0.008 0.896 0.044 0.032 0.000
#> GSM29989 1 0.904 0.167769 0.304 0.064 0.216 0.156 0.040 0.220
#> GSM29992 4 0.834 0.011728 0.144 0.188 0.264 0.352 0.040 0.012
#> GSM29995 3 0.533 0.364116 0.320 0.004 0.596 0.060 0.012 0.008
#> GSM29998 1 0.843 0.280583 0.328 0.032 0.276 0.144 0.020 0.200
#> GSM30001 3 0.771 0.062870 0.188 0.140 0.456 0.188 0.016 0.012
#> GSM30004 3 0.277 0.602905 0.068 0.000 0.880 0.028 0.020 0.004
#> GSM29966 2 0.271 0.492616 0.016 0.872 0.004 0.012 0.000 0.096
#> GSM29969 5 0.328 0.813683 0.000 0.060 0.032 0.060 0.848 0.000
#> GSM29972 5 0.322 0.816858 0.000 0.056 0.032 0.044 0.860 0.008
#> GSM29975 2 0.514 0.197157 0.020 0.620 0.008 0.020 0.016 0.316
#> GSM29978 3 0.281 0.601403 0.044 0.008 0.880 0.056 0.012 0.000
#> GSM29981 6 0.775 0.299720 0.076 0.268 0.008 0.052 0.152 0.444
#> GSM29984 5 0.517 0.636290 0.068 0.000 0.164 0.064 0.700 0.004
#> GSM29987 3 0.258 0.600367 0.020 0.008 0.896 0.044 0.032 0.000
#> GSM29990 1 0.904 0.167769 0.304 0.064 0.216 0.156 0.040 0.220
#> GSM29993 4 0.834 0.011728 0.144 0.188 0.264 0.352 0.040 0.012
#> GSM29996 1 0.600 0.089157 0.456 0.016 0.436 0.068 0.012 0.012
#> GSM29999 1 0.849 0.275963 0.328 0.032 0.272 0.144 0.024 0.200
#> GSM30002 3 0.771 0.062870 0.188 0.140 0.456 0.188 0.016 0.012
#> GSM30005 3 0.277 0.602905 0.068 0.000 0.880 0.028 0.020 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:hclust 156 7.23e-02 0.933 4.42e-12 2
#> MAD:hclust 144 2.43e-05 0.999 4.59e-21 3
#> MAD:hclust 118 4.83e-06 1.000 3.16e-24 4
#> MAD:hclust 63 4.06e-05 0.999 7.74e-10 5
#> MAD:hclust 57 1.33e-10 1.000 1.60e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.413 0.827 0.881 0.4528 0.549 0.549
#> 3 3 0.386 0.506 0.743 0.4392 0.721 0.519
#> 4 4 0.432 0.479 0.684 0.1218 0.792 0.496
#> 5 5 0.525 0.492 0.658 0.0716 0.823 0.479
#> 6 6 0.601 0.523 0.662 0.0460 0.946 0.763
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.7219 0.789 0.200 0.800
#> GSM29786 2 0.7950 0.767 0.240 0.760
#> GSM29789 2 0.4298 0.836 0.088 0.912
#> GSM29792 2 0.4161 0.837 0.084 0.916
#> GSM29795 2 0.8813 0.717 0.300 0.700
#> GSM29798 2 0.8443 0.734 0.272 0.728
#> GSM29801 1 0.1843 0.884 0.972 0.028
#> GSM29804 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM29807 1 0.9686 0.535 0.604 0.396
#> GSM29816 1 0.3879 0.890 0.924 0.076
#> GSM29821 1 0.1843 0.884 0.972 0.028
#> GSM29824 1 0.0376 0.893 0.996 0.004
#> GSM29827 1 0.3879 0.879 0.924 0.076
#> GSM29830 1 0.3114 0.885 0.944 0.056
#> GSM29833 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29784 2 0.6438 0.816 0.164 0.836
#> GSM29787 2 0.8016 0.766 0.244 0.756
#> GSM29790 2 0.2236 0.854 0.036 0.964
#> GSM29793 2 0.3879 0.841 0.076 0.924
#> GSM29796 2 0.7602 0.798 0.220 0.780
#> GSM29799 2 0.8555 0.721 0.280 0.720
#> GSM29802 1 0.4298 0.890 0.912 0.088
#> GSM29805 1 0.4022 0.889 0.920 0.080
#> GSM29814 1 0.9710 0.534 0.600 0.400
#> GSM29817 1 0.2948 0.892 0.948 0.052
#> GSM29822 1 0.3584 0.892 0.932 0.068
#> GSM29825 1 0.2603 0.894 0.956 0.044
#> GSM29828 1 0.3879 0.880 0.924 0.076
#> GSM29831 1 0.3274 0.884 0.940 0.060
#> GSM29834 1 0.3879 0.880 0.924 0.076
#> GSM29785 2 0.1843 0.856 0.028 0.972
#> GSM29788 2 0.7883 0.771 0.236 0.764
#> GSM29791 2 0.4161 0.837 0.084 0.916
#> GSM29794 2 0.4161 0.837 0.084 0.916
#> GSM29797 2 0.6148 0.833 0.152 0.848
#> GSM29800 2 0.7815 0.770 0.232 0.768
#> GSM29803 1 0.4562 0.886 0.904 0.096
#> GSM29806 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29815 1 0.9998 0.280 0.508 0.492
#> GSM29819 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29823 1 0.2423 0.886 0.960 0.040
#> GSM29826 1 0.3584 0.892 0.932 0.068
#> GSM29829 1 0.3879 0.878 0.924 0.076
#> GSM29832 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29835 1 0.4298 0.876 0.912 0.088
#> GSM29836 2 0.3584 0.846 0.068 0.932
#> GSM29839 2 0.7139 0.814 0.196 0.804
#> GSM29842 2 0.1633 0.855 0.024 0.976
#> GSM29845 2 0.8016 0.766 0.244 0.756
#> GSM29848 2 0.8386 0.761 0.268 0.732
#> GSM29851 1 0.2043 0.891 0.968 0.032
#> GSM29854 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29857 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM29860 2 0.4431 0.836 0.092 0.908
#> GSM29863 1 0.2236 0.893 0.964 0.036
#> GSM29866 1 0.3733 0.881 0.928 0.072
#> GSM29869 1 0.3733 0.880 0.928 0.072
#> GSM29872 1 0.8267 0.671 0.740 0.260
#> GSM29875 1 0.1414 0.889 0.980 0.020
#> GSM29878 2 0.6973 0.783 0.188 0.812
#> GSM29837 2 0.1843 0.848 0.028 0.972
#> GSM29840 2 0.6343 0.831 0.160 0.840
#> GSM29843 2 0.2236 0.854 0.036 0.964
#> GSM29846 2 0.8016 0.766 0.244 0.756
#> GSM29849 2 0.8386 0.761 0.268 0.732
#> GSM29852 1 0.3584 0.892 0.932 0.068
#> GSM29855 1 0.4562 0.885 0.904 0.096
#> GSM29858 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM29861 2 0.4431 0.839 0.092 0.908
#> GSM29864 1 0.3584 0.892 0.932 0.068
#> GSM29867 1 0.1843 0.892 0.972 0.028
#> GSM29870 1 0.2236 0.894 0.964 0.036
#> GSM29873 1 0.8016 0.718 0.756 0.244
#> GSM29876 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM29879 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> GSM29838 2 0.1414 0.850 0.020 0.980
#> GSM29841 2 0.5294 0.839 0.120 0.880
#> GSM29844 2 0.4161 0.837 0.084 0.916
#> GSM29847 2 0.7883 0.771 0.236 0.764
#> GSM29850 2 0.8386 0.770 0.268 0.732
#> GSM29853 1 0.2603 0.893 0.956 0.044
#> GSM29856 1 0.4161 0.886 0.916 0.084
#> GSM29859 1 0.5178 0.881 0.884 0.116
#> GSM29862 2 0.4562 0.836 0.096 0.904
#> GSM29865 1 0.4690 0.885 0.900 0.100
#> GSM29868 1 0.3584 0.884 0.932 0.068
#> GSM29871 1 0.7453 0.822 0.788 0.212
#> GSM29874 2 0.9963 0.173 0.464 0.536
#> GSM29877 1 0.2603 0.892 0.956 0.044
#> GSM29880 2 0.4298 0.837 0.088 0.912
#> GSM29881 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM29884 2 0.0672 0.853 0.008 0.992
#> GSM29887 2 0.0938 0.853 0.012 0.988
#> GSM29890 1 0.1843 0.893 0.972 0.028
#> GSM29893 1 0.3274 0.884 0.940 0.060
#> GSM29896 1 0.1843 0.884 0.972 0.028
#> GSM29899 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.5178 0.886 0.884 0.116
#> GSM29905 1 0.4562 0.891 0.904 0.096
#> GSM29908 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29955 1 0.4161 0.879 0.916 0.084
#> GSM29958 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29961 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29882 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM29885 2 0.1633 0.855 0.024 0.976
#> GSM29888 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> GSM29891 1 0.3274 0.896 0.940 0.060
#> GSM29894 1 0.1843 0.884 0.972 0.028
#> GSM29897 1 0.1843 0.884 0.972 0.028
#> GSM29900 1 0.3431 0.894 0.936 0.064
#> GSM29903 1 0.4562 0.891 0.904 0.096
#> GSM29906 1 0.4431 0.894 0.908 0.092
#> GSM29909 1 0.5178 0.891 0.884 0.116
#> GSM29956 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29959 1 0.3879 0.880 0.924 0.076
#> GSM29962 1 0.4022 0.878 0.920 0.080
#> GSM29883 1 0.4562 0.885 0.904 0.096
#> GSM29886 2 0.0000 0.853 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.853 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.4161 0.891 0.916 0.084
#> GSM29895 1 0.4022 0.879 0.920 0.080
#> GSM29898 1 0.3114 0.894 0.944 0.056
#> GSM29901 1 0.4022 0.888 0.920 0.080
#> GSM29904 1 0.4690 0.877 0.900 0.100
#> GSM29907 1 0.4815 0.890 0.896 0.104
#> GSM29910 1 0.4022 0.876 0.920 0.080
#> GSM29957 1 0.4562 0.875 0.904 0.096
#> GSM29960 1 0.4161 0.878 0.916 0.084
#> GSM29963 1 0.4562 0.884 0.904 0.096
#> GSM29964 2 0.2043 0.849 0.032 0.968
#> GSM29967 2 0.6531 0.816 0.168 0.832
#> GSM29970 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29973 2 0.1843 0.848 0.028 0.972
#> GSM29976 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29979 2 0.9795 0.111 0.416 0.584
#> GSM29982 1 0.9933 -0.110 0.548 0.452
#> GSM29985 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29988 1 0.8713 0.716 0.708 0.292
#> GSM29991 1 0.9552 0.382 0.624 0.376
#> GSM29994 1 0.5178 0.886 0.884 0.116
#> GSM29997 1 0.5408 0.850 0.876 0.124
#> GSM30000 1 0.5178 0.886 0.884 0.116
#> GSM30003 1 0.4298 0.886 0.912 0.088
#> GSM29965 2 0.2043 0.849 0.032 0.968
#> GSM29968 2 0.6623 0.815 0.172 0.828
#> GSM29971 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29974 2 0.1843 0.848 0.028 0.972
#> GSM29977 1 0.4161 0.885 0.916 0.084
#> GSM29980 1 0.9491 0.607 0.632 0.368
#> GSM29983 1 0.2948 0.891 0.948 0.052
#> GSM29986 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM29989 1 0.8661 0.733 0.712 0.288
#> GSM29992 1 0.6148 0.847 0.848 0.152
#> GSM29995 1 0.3879 0.878 0.924 0.076
#> GSM29998 1 0.6801 0.839 0.820 0.180
#> GSM30001 1 0.4939 0.887 0.892 0.108
#> GSM30004 1 0.3879 0.890 0.924 0.076
#> GSM29966 2 0.1633 0.849 0.024 0.976
#> GSM29969 2 0.6531 0.816 0.168 0.832
#> GSM29972 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29975 2 0.1843 0.848 0.028 0.972
#> GSM29978 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29981 2 0.1843 0.850 0.028 0.972
#> GSM29984 2 0.8327 0.735 0.264 0.736
#> GSM29987 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29990 1 0.8763 0.710 0.704 0.296
#> GSM29993 2 0.9491 0.548 0.368 0.632
#> GSM29996 1 0.4022 0.879 0.920 0.080
#> GSM29999 1 0.8555 0.748 0.720 0.280
#> GSM30002 1 0.6887 0.858 0.816 0.184
#> GSM30005 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.7376 0.56810 0.076 0.672 0.252
#> GSM29786 2 0.6302 0.36347 0.000 0.520 0.480
#> GSM29789 2 0.2200 0.78275 0.056 0.940 0.004
#> GSM29792 2 0.2384 0.78204 0.056 0.936 0.008
#> GSM29795 1 0.8479 0.23252 0.580 0.300 0.120
#> GSM29798 2 0.6952 0.33348 0.016 0.504 0.480
#> GSM29801 1 0.6505 -0.20547 0.528 0.004 0.468
#> GSM29804 3 0.6026 0.45321 0.376 0.000 0.624
#> GSM29807 3 0.8708 0.23763 0.108 0.404 0.488
#> GSM29816 3 0.5733 0.52593 0.324 0.000 0.676
#> GSM29821 1 0.6647 -0.16862 0.540 0.008 0.452
#> GSM29824 1 0.3116 0.67968 0.892 0.000 0.108
#> GSM29827 1 0.1267 0.70015 0.972 0.004 0.024
#> GSM29830 1 0.1647 0.69686 0.960 0.004 0.036
#> GSM29833 1 0.1453 0.69116 0.968 0.008 0.024
#> GSM29784 2 0.5777 0.70101 0.052 0.788 0.160
#> GSM29787 2 0.6308 0.34387 0.000 0.508 0.492
#> GSM29790 2 0.1170 0.79321 0.008 0.976 0.016
#> GSM29793 2 0.1585 0.79208 0.028 0.964 0.008
#> GSM29796 2 0.7333 0.66313 0.136 0.708 0.156
#> GSM29799 3 0.6962 -0.11555 0.020 0.412 0.568
#> GSM29802 3 0.5480 0.55717 0.264 0.004 0.732
#> GSM29805 3 0.5882 0.50081 0.348 0.000 0.652
#> GSM29814 3 0.8768 0.23775 0.112 0.408 0.480
#> GSM29817 3 0.6247 0.44345 0.376 0.004 0.620
#> GSM29822 3 0.6148 0.46395 0.356 0.004 0.640
#> GSM29825 1 0.6305 -0.21996 0.516 0.000 0.484
#> GSM29828 1 0.1525 0.69823 0.964 0.004 0.032
#> GSM29831 1 0.1647 0.69686 0.960 0.004 0.036
#> GSM29834 1 0.1711 0.69321 0.960 0.008 0.032
#> GSM29785 2 0.2584 0.78715 0.008 0.928 0.064
#> GSM29788 2 0.6260 0.40625 0.000 0.552 0.448
#> GSM29791 2 0.2486 0.78122 0.060 0.932 0.008
#> GSM29794 2 0.2651 0.78052 0.060 0.928 0.012
#> GSM29797 2 0.5153 0.76125 0.068 0.832 0.100
#> GSM29800 2 0.6305 0.35873 0.000 0.516 0.484
#> GSM29803 3 0.3607 0.60121 0.112 0.008 0.880
#> GSM29806 3 0.4555 0.56860 0.200 0.000 0.800
#> GSM29815 3 0.7657 0.13495 0.044 0.448 0.508
#> GSM29819 3 0.4002 0.59125 0.160 0.000 0.840
#> GSM29823 3 0.7188 0.18449 0.484 0.024 0.492
#> GSM29826 3 0.4887 0.56181 0.228 0.000 0.772
#> GSM29829 1 0.3207 0.67706 0.904 0.012 0.084
#> GSM29832 1 0.2383 0.68189 0.940 0.016 0.044
#> GSM29835 1 0.4256 0.62563 0.868 0.036 0.096
#> GSM29836 2 0.1919 0.78835 0.020 0.956 0.024
#> GSM29839 2 0.4749 0.76562 0.072 0.852 0.076
#> GSM29842 2 0.2229 0.79128 0.012 0.944 0.044
#> GSM29845 3 0.6664 -0.25961 0.008 0.464 0.528
#> GSM29848 2 0.7184 0.34221 0.024 0.504 0.472
#> GSM29851 3 0.6442 0.36874 0.432 0.004 0.564
#> GSM29854 3 0.4654 0.59162 0.208 0.000 0.792
#> GSM29857 3 0.5763 0.50738 0.276 0.008 0.716
#> GSM29860 2 0.3237 0.77294 0.056 0.912 0.032
#> GSM29863 3 0.6468 0.31410 0.444 0.004 0.552
#> GSM29866 1 0.1399 0.69906 0.968 0.004 0.028
#> GSM29869 1 0.3375 0.67126 0.892 0.008 0.100
#> GSM29872 1 0.9150 0.33627 0.544 0.224 0.232
#> GSM29875 3 0.6483 0.32872 0.452 0.004 0.544
#> GSM29878 1 0.6948 -0.00134 0.512 0.472 0.016
#> GSM29837 2 0.2301 0.78116 0.004 0.936 0.060
#> GSM29840 2 0.4658 0.76792 0.068 0.856 0.076
#> GSM29843 2 0.1832 0.79263 0.008 0.956 0.036
#> GSM29846 3 0.6735 -0.15182 0.012 0.424 0.564
#> GSM29849 3 0.7292 -0.29199 0.028 0.472 0.500
#> GSM29852 3 0.6209 0.45917 0.368 0.004 0.628
#> GSM29855 3 0.4682 0.59012 0.192 0.004 0.804
#> GSM29858 3 0.5728 0.52068 0.272 0.008 0.720
#> GSM29861 2 0.3134 0.77476 0.052 0.916 0.032
#> GSM29864 3 0.6432 0.35490 0.428 0.004 0.568
#> GSM29867 1 0.5178 0.49451 0.744 0.000 0.256
#> GSM29870 1 0.6062 0.21396 0.616 0.000 0.384
#> GSM29873 3 0.9758 -0.03778 0.356 0.232 0.412
#> GSM29876 3 0.6008 0.49972 0.332 0.004 0.664
#> GSM29879 1 0.8890 0.26210 0.544 0.308 0.148
#> GSM29838 2 0.2116 0.78578 0.012 0.948 0.040
#> GSM29841 2 0.4384 0.77445 0.064 0.868 0.068
#> GSM29844 2 0.2050 0.79227 0.028 0.952 0.020
#> GSM29847 2 0.6307 0.35200 0.000 0.512 0.488
#> GSM29850 2 0.7054 0.36622 0.020 0.524 0.456
#> GSM29853 3 0.6143 0.49392 0.304 0.012 0.684
#> GSM29856 3 0.3826 0.59204 0.124 0.008 0.868
#> GSM29859 3 0.5688 0.55574 0.168 0.044 0.788
#> GSM29862 2 0.3998 0.75930 0.056 0.884 0.060
#> GSM29865 3 0.3272 0.59953 0.104 0.004 0.892
#> GSM29868 1 0.4741 0.63792 0.828 0.020 0.152
#> GSM29871 3 0.8966 0.23781 0.256 0.184 0.560
#> GSM29874 2 0.9400 0.07894 0.356 0.464 0.180
#> GSM29877 3 0.6148 0.46778 0.356 0.004 0.640
#> GSM29880 2 0.3998 0.76160 0.060 0.884 0.056
#> GSM29881 3 0.3715 0.60365 0.128 0.004 0.868
#> GSM29884 2 0.1950 0.79184 0.008 0.952 0.040
#> GSM29887 2 0.1585 0.79242 0.008 0.964 0.028
#> GSM29890 1 0.4555 0.58836 0.800 0.000 0.200
#> GSM29893 1 0.1267 0.69923 0.972 0.004 0.024
#> GSM29896 1 0.1411 0.69887 0.964 0.000 0.036
#> GSM29899 1 0.2878 0.67787 0.904 0.000 0.096
#> GSM29902 1 0.6513 0.35276 0.592 0.008 0.400
#> GSM29905 1 0.6434 0.38503 0.612 0.008 0.380
#> GSM29908 1 0.0829 0.69931 0.984 0.004 0.012
#> GSM29955 1 0.0983 0.69959 0.980 0.004 0.016
#> GSM29958 1 0.1267 0.69641 0.972 0.004 0.024
#> GSM29961 1 0.1129 0.69945 0.976 0.004 0.020
#> GSM29882 3 0.4978 0.56987 0.216 0.004 0.780
#> GSM29885 2 0.1950 0.79184 0.008 0.952 0.040
#> GSM29888 2 0.1453 0.79228 0.008 0.968 0.024
#> GSM29891 1 0.6228 0.32173 0.624 0.004 0.372
#> GSM29894 1 0.1643 0.68928 0.956 0.000 0.044
#> GSM29897 1 0.1765 0.69484 0.956 0.004 0.040
#> GSM29900 3 0.6204 0.39796 0.424 0.000 0.576
#> GSM29903 1 0.6102 0.43005 0.672 0.008 0.320
#> GSM29906 1 0.6451 0.37046 0.608 0.008 0.384
#> GSM29909 1 0.4514 0.63172 0.832 0.012 0.156
#> GSM29956 1 0.1399 0.69655 0.968 0.004 0.028
#> GSM29959 1 0.1525 0.69454 0.964 0.004 0.032
#> GSM29962 1 0.1399 0.69655 0.968 0.004 0.028
#> GSM29883 3 0.3193 0.60283 0.100 0.004 0.896
#> GSM29886 2 0.1751 0.79332 0.012 0.960 0.028
#> GSM29889 2 0.1182 0.79380 0.012 0.976 0.012
#> GSM29892 1 0.6661 0.38449 0.588 0.012 0.400
#> GSM29895 1 0.3550 0.65760 0.896 0.024 0.080
#> GSM29898 1 0.6647 0.38004 0.592 0.012 0.396
#> GSM29901 3 0.5254 0.53238 0.264 0.000 0.736
#> GSM29904 1 0.6632 0.40889 0.596 0.012 0.392
#> GSM29907 1 0.6661 0.38395 0.588 0.012 0.400
#> GSM29910 1 0.4270 0.64561 0.860 0.024 0.116
#> GSM29957 1 0.4921 0.62023 0.816 0.020 0.164
#> GSM29960 1 0.2550 0.67304 0.936 0.024 0.040
#> GSM29963 1 0.5305 0.59789 0.788 0.020 0.192
#> GSM29964 2 0.1765 0.78640 0.004 0.956 0.040
#> GSM29967 2 0.6489 0.41236 0.004 0.540 0.456
#> GSM29970 3 0.3454 0.59897 0.104 0.008 0.888
#> GSM29973 2 0.1989 0.78429 0.004 0.948 0.048
#> GSM29976 3 0.5580 0.54457 0.256 0.008 0.736
#> GSM29979 2 0.7940 0.13695 0.060 0.524 0.416
#> GSM29982 3 0.8569 0.24634 0.392 0.100 0.508
#> GSM29985 3 0.3551 0.60394 0.132 0.000 0.868
#> GSM29988 3 0.9581 0.13431 0.268 0.252 0.480
#> GSM29991 3 0.7983 0.46617 0.228 0.124 0.648
#> GSM29994 1 0.6565 0.32187 0.576 0.008 0.416
#> GSM29997 1 0.8050 0.23814 0.500 0.064 0.436
#> GSM30000 1 0.6075 0.48667 0.676 0.008 0.316
#> GSM30003 3 0.5810 0.51125 0.336 0.000 0.664
#> GSM29965 2 0.1989 0.78429 0.004 0.948 0.048
#> GSM29968 2 0.6489 0.41236 0.004 0.540 0.456
#> GSM29971 3 0.3295 0.59930 0.096 0.008 0.896
#> GSM29974 2 0.2200 0.78154 0.004 0.940 0.056
#> GSM29977 3 0.5541 0.55473 0.252 0.008 0.740
#> GSM29980 3 0.8117 0.26919 0.076 0.372 0.552
#> GSM29983 3 0.6654 0.24183 0.456 0.008 0.536
#> GSM29986 3 0.3500 0.60049 0.116 0.004 0.880
#> GSM29989 3 0.9512 0.15681 0.260 0.248 0.492
#> GSM29992 3 0.7298 0.51447 0.220 0.088 0.692
#> GSM29995 1 0.1765 0.69839 0.956 0.004 0.040
#> GSM29998 1 0.8206 0.19833 0.480 0.072 0.448
#> GSM30001 3 0.6513 0.23757 0.400 0.008 0.592
#> GSM30004 3 0.5835 0.50549 0.340 0.000 0.660
#> GSM29966 2 0.1647 0.78718 0.004 0.960 0.036
#> GSM29969 2 0.6442 0.45007 0.004 0.564 0.432
#> GSM29972 3 0.3293 0.58624 0.088 0.012 0.900
#> GSM29975 2 0.1989 0.78429 0.004 0.948 0.048
#> GSM29978 3 0.4931 0.55444 0.212 0.004 0.784
#> GSM29981 2 0.6437 0.59024 0.048 0.732 0.220
#> GSM29984 3 0.7890 -0.16394 0.060 0.396 0.544
#> GSM29987 3 0.2261 0.59529 0.068 0.000 0.932
#> GSM29990 3 0.9601 0.08475 0.272 0.252 0.476
#> GSM29993 3 0.8112 0.46235 0.160 0.192 0.648
#> GSM29996 1 0.5797 0.55059 0.712 0.008 0.280
#> GSM29999 3 0.9211 0.15089 0.276 0.196 0.528
#> GSM30002 3 0.7214 0.31543 0.324 0.044 0.632
#> GSM30005 3 0.4452 0.57914 0.192 0.000 0.808
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.7517 -0.17461 0.028 0.440 0.092 0.440
#> GSM29786 4 0.5230 0.67952 0.004 0.152 0.084 0.760
#> GSM29789 2 0.2483 0.78802 0.032 0.916 0.000 0.052
#> GSM29792 2 0.2399 0.78810 0.032 0.920 0.000 0.048
#> GSM29795 1 0.7826 0.11334 0.492 0.176 0.016 0.316
#> GSM29798 4 0.5688 0.69006 0.008 0.144 0.112 0.736
#> GSM29801 1 0.7977 -0.10829 0.412 0.004 0.304 0.280
#> GSM29804 3 0.6587 0.47383 0.252 0.000 0.616 0.132
#> GSM29807 3 0.5481 0.32192 0.020 0.348 0.628 0.004
#> GSM29816 3 0.6685 0.45182 0.224 0.000 0.616 0.160
#> GSM29821 1 0.7950 -0.02406 0.452 0.008 0.244 0.296
#> GSM29824 1 0.4843 0.61657 0.784 0.000 0.112 0.104
#> GSM29827 1 0.0895 0.73080 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM29830 1 0.0469 0.73238 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29833 1 0.0524 0.73311 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM29784 2 0.6746 0.35882 0.016 0.512 0.056 0.416
#> GSM29787 4 0.5022 0.69003 0.004 0.140 0.080 0.776
#> GSM29790 2 0.3712 0.78136 0.012 0.832 0.004 0.152
#> GSM29793 2 0.2884 0.79397 0.028 0.900 0.004 0.068
#> GSM29796 2 0.6611 0.35651 0.044 0.536 0.020 0.400
#> GSM29799 4 0.5871 0.69010 0.012 0.120 0.140 0.728
#> GSM29802 3 0.7529 0.27350 0.224 0.000 0.488 0.288
#> GSM29805 3 0.6805 0.44080 0.260 0.000 0.592 0.148
#> GSM29814 3 0.5814 0.33410 0.024 0.344 0.620 0.012
#> GSM29817 3 0.7884 0.15895 0.312 0.000 0.384 0.304
#> GSM29822 3 0.7877 0.16673 0.312 0.000 0.388 0.300
#> GSM29825 1 0.7463 -0.07649 0.456 0.000 0.364 0.180
#> GSM29828 1 0.0657 0.73210 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29831 1 0.0927 0.72975 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM29834 1 0.0804 0.73149 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM29785 2 0.5161 0.53582 0.008 0.592 0.000 0.400
#> GSM29788 4 0.5388 0.65214 0.004 0.172 0.080 0.744
#> GSM29791 2 0.2565 0.78465 0.032 0.912 0.000 0.056
#> GSM29794 2 0.2483 0.78455 0.032 0.916 0.000 0.052
#> GSM29797 2 0.5886 0.55027 0.028 0.640 0.016 0.316
#> GSM29800 4 0.5427 0.68809 0.004 0.148 0.100 0.748
#> GSM29803 3 0.6423 0.21914 0.060 0.004 0.540 0.396
#> GSM29806 3 0.5540 0.47437 0.068 0.004 0.720 0.208
#> GSM29815 3 0.5872 0.29199 0.004 0.356 0.604 0.036
#> GSM29819 3 0.5397 0.46806 0.064 0.000 0.716 0.220
#> GSM29823 4 0.9243 0.12549 0.300 0.080 0.260 0.360
#> GSM29826 3 0.5687 0.46429 0.068 0.000 0.684 0.248
#> GSM29829 1 0.3841 0.67611 0.864 0.028 0.076 0.032
#> GSM29832 1 0.3759 0.68195 0.872 0.048 0.048 0.032
#> GSM29835 1 0.4524 0.66236 0.828 0.096 0.048 0.028
#> GSM29836 2 0.1771 0.77791 0.004 0.948 0.036 0.012
#> GSM29839 2 0.5725 0.68284 0.040 0.732 0.036 0.192
#> GSM29842 2 0.5474 0.68124 0.012 0.684 0.024 0.280
#> GSM29845 4 0.5682 0.70316 0.016 0.120 0.116 0.748
#> GSM29848 4 0.5770 0.69293 0.008 0.156 0.108 0.728
#> GSM29851 1 0.7877 -0.21623 0.360 0.000 0.360 0.280
#> GSM29854 3 0.6065 0.42185 0.080 0.000 0.644 0.276
#> GSM29857 3 0.3734 0.54902 0.108 0.000 0.848 0.044
#> GSM29860 2 0.2570 0.77053 0.028 0.916 0.052 0.004
#> GSM29863 4 0.7863 -0.01243 0.276 0.000 0.344 0.380
#> GSM29866 1 0.0524 0.73331 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM29869 1 0.5515 0.13445 0.564 0.008 0.420 0.008
#> GSM29872 3 0.7575 0.23161 0.264 0.252 0.484 0.000
#> GSM29875 1 0.7850 -0.16455 0.388 0.000 0.340 0.272
#> GSM29878 2 0.4997 0.52319 0.296 0.688 0.012 0.004
#> GSM29837 2 0.3875 0.76663 0.004 0.852 0.068 0.076
#> GSM29840 2 0.5771 0.68289 0.040 0.732 0.040 0.188
#> GSM29843 2 0.5515 0.67309 0.012 0.688 0.028 0.272
#> GSM29846 4 0.5513 0.70170 0.012 0.116 0.116 0.756
#> GSM29849 4 0.5804 0.69660 0.012 0.148 0.108 0.732
#> GSM29852 3 0.7853 0.17901 0.308 0.000 0.400 0.292
#> GSM29855 3 0.7140 0.16200 0.132 0.000 0.464 0.404
#> GSM29858 3 0.3962 0.54644 0.124 0.000 0.832 0.044
#> GSM29861 2 0.2570 0.77053 0.028 0.916 0.052 0.004
#> GSM29864 4 0.7864 -0.00904 0.288 0.000 0.320 0.392
#> GSM29867 1 0.5865 0.22843 0.612 0.000 0.340 0.048
#> GSM29870 3 0.6188 0.25436 0.396 0.000 0.548 0.056
#> GSM29873 3 0.6589 0.40953 0.124 0.240 0.632 0.004
#> GSM29876 3 0.7846 0.18580 0.300 0.000 0.404 0.296
#> GSM29879 1 0.8230 0.14397 0.428 0.372 0.168 0.032
#> GSM29838 2 0.2310 0.77939 0.004 0.928 0.040 0.028
#> GSM29841 2 0.5116 0.71846 0.040 0.764 0.016 0.180
#> GSM29844 2 0.3647 0.76136 0.016 0.832 0.000 0.152
#> GSM29847 4 0.4934 0.69896 0.004 0.128 0.084 0.784
#> GSM29850 4 0.6021 0.66157 0.008 0.204 0.092 0.696
#> GSM29853 3 0.7544 0.12218 0.164 0.004 0.448 0.384
#> GSM29856 4 0.6444 -0.15075 0.036 0.016 0.464 0.484
#> GSM29859 3 0.3656 0.53318 0.036 0.020 0.872 0.072
#> GSM29862 2 0.3187 0.75277 0.028 0.896 0.052 0.024
#> GSM29865 3 0.6178 0.04070 0.040 0.004 0.480 0.476
#> GSM29868 1 0.7166 0.47204 0.628 0.068 0.240 0.064
#> GSM29871 3 0.4037 0.52513 0.040 0.096 0.848 0.016
#> GSM29874 2 0.7441 0.44897 0.136 0.616 0.204 0.044
#> GSM29877 3 0.7870 0.16295 0.300 0.000 0.392 0.308
#> GSM29880 2 0.2943 0.76063 0.032 0.908 0.028 0.032
#> GSM29881 3 0.6130 0.18701 0.048 0.000 0.512 0.440
#> GSM29884 2 0.4729 0.74075 0.012 0.752 0.012 0.224
#> GSM29887 2 0.4124 0.77511 0.012 0.812 0.012 0.164
#> GSM29890 1 0.5220 0.06294 0.568 0.000 0.424 0.008
#> GSM29893 1 0.1082 0.73150 0.972 0.004 0.020 0.004
#> GSM29896 1 0.1151 0.72997 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM29899 1 0.4182 0.58669 0.796 0.000 0.180 0.024
#> GSM29902 3 0.5152 0.30558 0.384 0.004 0.608 0.004
#> GSM29905 3 0.5097 0.23742 0.428 0.004 0.568 0.000
#> GSM29908 1 0.0657 0.73241 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM29955 1 0.1004 0.72983 0.972 0.004 0.024 0.000
#> GSM29958 1 0.0524 0.73306 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM29961 1 0.0779 0.73155 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM29882 3 0.7107 0.14642 0.128 0.000 0.464 0.408
#> GSM29885 2 0.5208 0.70480 0.012 0.712 0.020 0.256
#> GSM29888 2 0.4241 0.77491 0.012 0.808 0.016 0.164
#> GSM29891 3 0.5204 0.33305 0.376 0.000 0.612 0.012
#> GSM29894 1 0.1059 0.73031 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM29897 1 0.0937 0.73013 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM29900 3 0.7006 0.36204 0.340 0.000 0.528 0.132
#> GSM29903 3 0.5558 0.19701 0.456 0.004 0.528 0.012
#> GSM29906 3 0.5384 0.25431 0.420 0.004 0.568 0.008
#> GSM29909 1 0.3625 0.60152 0.828 0.000 0.160 0.012
#> GSM29956 1 0.0524 0.73269 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM29959 1 0.0657 0.73210 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29962 1 0.0657 0.73210 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29883 3 0.5858 0.15053 0.032 0.000 0.500 0.468
#> GSM29886 2 0.4011 0.74828 0.008 0.784 0.000 0.208
#> GSM29889 2 0.2918 0.79074 0.008 0.876 0.000 0.116
#> GSM29892 3 0.5920 0.31755 0.348 0.004 0.608 0.040
#> GSM29895 1 0.5312 0.63176 0.792 0.076 0.080 0.052
#> GSM29898 3 0.6397 0.30693 0.344 0.008 0.588 0.060
#> GSM29901 3 0.6252 0.51254 0.128 0.004 0.676 0.192
#> GSM29904 3 0.6189 0.27989 0.364 0.008 0.584 0.044
#> GSM29907 3 0.6249 0.29266 0.360 0.008 0.584 0.048
#> GSM29910 1 0.5899 0.58284 0.748 0.076 0.132 0.044
#> GSM29957 1 0.6515 0.53385 0.700 0.084 0.168 0.048
#> GSM29960 1 0.4242 0.67014 0.848 0.068 0.048 0.036
#> GSM29963 1 0.6574 0.50165 0.684 0.064 0.200 0.052
#> GSM29964 2 0.3785 0.77474 0.004 0.856 0.056 0.084
#> GSM29967 4 0.4406 0.57713 0.004 0.144 0.044 0.808
#> GSM29970 3 0.5914 0.30553 0.024 0.008 0.556 0.412
#> GSM29973 2 0.3542 0.77191 0.000 0.864 0.060 0.076
#> GSM29976 3 0.4695 0.54301 0.120 0.004 0.800 0.076
#> GSM29979 3 0.7497 0.17068 0.024 0.372 0.500 0.104
#> GSM29982 4 0.6457 0.49676 0.104 0.068 0.108 0.720
#> GSM29985 3 0.5762 0.35372 0.040 0.000 0.608 0.352
#> GSM29988 3 0.5966 0.44498 0.084 0.228 0.684 0.004
#> GSM29991 3 0.7559 0.32357 0.108 0.040 0.568 0.284
#> GSM29994 3 0.5064 0.33040 0.360 0.004 0.632 0.004
#> GSM29997 3 0.6396 0.42634 0.216 0.112 0.664 0.008
#> GSM30000 3 0.6028 0.10279 0.476 0.004 0.488 0.032
#> GSM30003 3 0.6565 0.46378 0.224 0.000 0.628 0.148
#> GSM29965 2 0.4077 0.76582 0.004 0.840 0.068 0.088
#> GSM29968 4 0.4406 0.57713 0.004 0.144 0.044 0.808
#> GSM29971 3 0.5920 0.26436 0.028 0.004 0.528 0.440
#> GSM29974 2 0.3731 0.76940 0.004 0.860 0.064 0.072
#> GSM29977 3 0.4635 0.53775 0.124 0.000 0.796 0.080
#> GSM29980 3 0.6459 0.37825 0.004 0.284 0.620 0.092
#> GSM29983 4 0.6366 0.42107 0.152 0.016 0.140 0.692
#> GSM29986 3 0.6008 0.13191 0.040 0.000 0.496 0.464
#> GSM29989 3 0.5644 0.48409 0.072 0.184 0.732 0.012
#> GSM29992 3 0.7183 0.33235 0.096 0.028 0.588 0.288
#> GSM29995 1 0.2480 0.69324 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM29998 3 0.6210 0.46193 0.176 0.116 0.696 0.012
#> GSM30001 3 0.5398 0.49660 0.216 0.004 0.724 0.056
#> GSM30004 3 0.6664 0.45592 0.232 0.000 0.616 0.152
#> GSM29966 2 0.3464 0.77672 0.000 0.868 0.056 0.076
#> GSM29969 4 0.4419 0.55942 0.004 0.152 0.040 0.804
#> GSM29972 3 0.5990 0.24625 0.012 0.020 0.524 0.444
#> GSM29975 2 0.3471 0.77135 0.000 0.868 0.060 0.072
#> GSM29978 3 0.4254 0.53578 0.064 0.004 0.828 0.104
#> GSM29981 2 0.7004 0.46082 0.012 0.616 0.220 0.152
#> GSM29984 4 0.5102 0.53708 0.008 0.096 0.116 0.780
#> GSM29987 3 0.5483 0.16779 0.016 0.000 0.536 0.448
#> GSM29990 3 0.6873 0.42649 0.072 0.240 0.644 0.044
#> GSM29993 3 0.7336 0.21399 0.052 0.060 0.552 0.336
#> GSM29996 3 0.6370 0.07826 0.456 0.008 0.492 0.044
#> GSM29999 3 0.5038 0.49522 0.060 0.148 0.780 0.012
#> GSM30002 3 0.6484 0.50866 0.144 0.064 0.712 0.080
#> GSM30005 3 0.5809 0.46541 0.076 0.004 0.696 0.224
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.6932 0.1796 0.000 0.416 0.140 0.412 0.032
#> GSM29786 4 0.5817 0.3770 0.000 0.084 0.388 0.524 0.004
#> GSM29789 2 0.1310 0.7533 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM29792 2 0.1211 0.7545 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM29795 1 0.5579 0.5484 0.664 0.084 0.008 0.236 0.008
#> GSM29798 3 0.5930 -0.2702 0.004 0.068 0.500 0.420 0.008
#> GSM29801 3 0.4377 0.4533 0.192 0.000 0.760 0.024 0.024
#> GSM29804 3 0.6344 0.3330 0.120 0.000 0.572 0.024 0.284
#> GSM29807 5 0.6428 0.4823 0.008 0.184 0.088 0.072 0.648
#> GSM29816 3 0.5171 0.3511 0.060 0.000 0.664 0.008 0.268
#> GSM29821 3 0.5016 0.3992 0.212 0.004 0.712 0.064 0.008
#> GSM29824 1 0.4724 0.7022 0.780 0.000 0.096 0.076 0.048
#> GSM29827 1 0.0162 0.8679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29830 1 0.0162 0.8678 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0162 0.8677 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.6135 0.3691 0.000 0.500 0.084 0.400 0.016
#> GSM29787 4 0.5670 0.3783 0.000 0.084 0.388 0.528 0.000
#> GSM29790 2 0.2170 0.7519 0.000 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM29793 2 0.1579 0.7582 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM29796 2 0.5718 0.4996 0.048 0.604 0.016 0.324 0.008
#> GSM29799 3 0.5541 -0.1719 0.004 0.044 0.556 0.388 0.008
#> GSM29802 3 0.2751 0.5075 0.052 0.000 0.888 0.004 0.056
#> GSM29805 3 0.5238 0.4081 0.076 0.000 0.696 0.016 0.212
#> GSM29814 5 0.7020 0.4674 0.008 0.180 0.148 0.072 0.592
#> GSM29817 3 0.3333 0.4957 0.096 0.000 0.856 0.020 0.028
#> GSM29822 3 0.3361 0.4972 0.092 0.000 0.856 0.020 0.032
#> GSM29825 3 0.6872 0.2842 0.336 0.000 0.508 0.092 0.064
#> GSM29828 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.5396 0.4504 0.000 0.532 0.048 0.416 0.004
#> GSM29788 4 0.5751 0.3966 0.000 0.096 0.364 0.540 0.000
#> GSM29791 2 0.2631 0.7408 0.004 0.904 0.012 0.044 0.036
#> GSM29794 2 0.2631 0.7424 0.004 0.904 0.012 0.044 0.036
#> GSM29797 2 0.5261 0.5787 0.016 0.668 0.016 0.276 0.024
#> GSM29800 3 0.5900 -0.3219 0.000 0.076 0.468 0.448 0.008
#> GSM29803 3 0.3857 0.4333 0.016 0.000 0.820 0.044 0.120
#> GSM29806 3 0.5343 0.2515 0.012 0.000 0.572 0.036 0.380
#> GSM29815 5 0.5954 0.4647 0.004 0.188 0.056 0.076 0.676
#> GSM29819 3 0.5242 0.2449 0.008 0.000 0.576 0.036 0.380
#> GSM29823 3 0.6216 0.3062 0.092 0.032 0.700 0.112 0.064
#> GSM29826 3 0.6730 0.1516 0.024 0.000 0.472 0.136 0.368
#> GSM29829 1 0.3521 0.8081 0.860 0.004 0.040 0.032 0.064
#> GSM29832 1 0.3567 0.8088 0.860 0.008 0.036 0.032 0.064
#> GSM29835 1 0.5207 0.7608 0.776 0.068 0.040 0.064 0.052
#> GSM29836 2 0.3962 0.7334 0.000 0.800 0.000 0.088 0.112
#> GSM29839 2 0.3785 0.6982 0.012 0.836 0.044 0.100 0.008
#> GSM29842 2 0.5085 0.6725 0.000 0.700 0.032 0.232 0.036
#> GSM29845 3 0.5730 -0.2465 0.000 0.064 0.512 0.416 0.008
#> GSM29848 3 0.5980 -0.2943 0.000 0.096 0.488 0.412 0.004
#> GSM29851 3 0.3583 0.4710 0.168 0.000 0.808 0.008 0.016
#> GSM29854 3 0.6552 0.3712 0.032 0.000 0.564 0.132 0.272
#> GSM29857 5 0.5565 0.1228 0.032 0.000 0.460 0.020 0.488
#> GSM29860 2 0.3807 0.7267 0.008 0.820 0.000 0.056 0.116
#> GSM29863 3 0.5163 0.4050 0.136 0.000 0.740 0.084 0.040
#> GSM29866 1 0.0162 0.8679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29869 5 0.7240 0.3415 0.288 0.004 0.272 0.016 0.420
#> GSM29872 5 0.6524 0.5132 0.152 0.120 0.008 0.072 0.648
#> GSM29875 3 0.4089 0.4709 0.180 0.000 0.780 0.016 0.024
#> GSM29878 2 0.3801 0.6919 0.120 0.828 0.004 0.024 0.024
#> GSM29837 2 0.5900 0.6600 0.000 0.600 0.000 0.188 0.212
#> GSM29840 2 0.3675 0.7010 0.008 0.840 0.044 0.100 0.008
#> GSM29843 2 0.3399 0.7130 0.000 0.812 0.012 0.172 0.004
#> GSM29846 3 0.5604 -0.2111 0.000 0.056 0.532 0.404 0.008
#> GSM29849 3 0.5892 -0.2784 0.000 0.088 0.500 0.408 0.004
#> GSM29852 3 0.3023 0.4971 0.088 0.000 0.872 0.012 0.028
#> GSM29855 3 0.4379 0.4451 0.012 0.000 0.784 0.124 0.080
#> GSM29858 3 0.5461 -0.0833 0.032 0.000 0.520 0.016 0.432
#> GSM29861 2 0.3889 0.7264 0.004 0.816 0.004 0.056 0.120
#> GSM29864 3 0.4328 0.4373 0.116 0.000 0.792 0.076 0.016
#> GSM29867 3 0.5782 0.1697 0.432 0.000 0.488 0.004 0.076
#> GSM29870 3 0.6876 -0.1761 0.180 0.000 0.420 0.016 0.384
#> GSM29873 5 0.6778 0.5507 0.072 0.108 0.080 0.072 0.668
#> GSM29876 3 0.3289 0.4998 0.088 0.000 0.860 0.016 0.036
#> GSM29879 2 0.7735 0.2717 0.172 0.516 0.192 0.008 0.112
#> GSM29838 2 0.4796 0.7180 0.000 0.728 0.000 0.120 0.152
#> GSM29841 2 0.3883 0.7041 0.008 0.832 0.036 0.104 0.020
#> GSM29844 2 0.2533 0.7295 0.000 0.888 0.008 0.096 0.008
#> GSM29847 4 0.5747 0.2741 0.000 0.072 0.460 0.464 0.004
#> GSM29850 3 0.6598 -0.3556 0.000 0.180 0.420 0.396 0.004
#> GSM29853 3 0.3790 0.4302 0.020 0.000 0.832 0.052 0.096
#> GSM29856 3 0.6668 -0.0085 0.000 0.004 0.448 0.344 0.204
#> GSM29859 5 0.5255 0.2221 0.012 0.000 0.404 0.028 0.556
#> GSM29862 2 0.4624 0.7128 0.004 0.772 0.012 0.080 0.132
#> GSM29865 3 0.4554 0.3801 0.012 0.000 0.772 0.100 0.116
#> GSM29868 1 0.7564 0.4502 0.548 0.028 0.128 0.072 0.224
#> GSM29871 5 0.5510 0.3886 0.016 0.012 0.356 0.024 0.592
#> GSM29874 2 0.7495 0.2935 0.036 0.448 0.028 0.124 0.364
#> GSM29877 3 0.3305 0.4995 0.088 0.000 0.860 0.020 0.032
#> GSM29880 2 0.3059 0.7362 0.004 0.880 0.012 0.040 0.064
#> GSM29881 3 0.5199 0.3635 0.008 0.000 0.704 0.176 0.112
#> GSM29884 2 0.4256 0.7205 0.004 0.764 0.000 0.184 0.048
#> GSM29887 2 0.3880 0.7375 0.004 0.800 0.000 0.152 0.044
#> GSM29890 5 0.6289 0.4497 0.356 0.000 0.160 0.000 0.484
#> GSM29893 1 0.0451 0.8668 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM29896 1 0.0290 0.8670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29899 1 0.5182 0.5362 0.708 0.000 0.096 0.012 0.184
#> GSM29902 5 0.5245 0.5726 0.280 0.000 0.080 0.000 0.640
#> GSM29905 5 0.5494 0.5273 0.324 0.000 0.064 0.008 0.604
#> GSM29908 1 0.0162 0.8678 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0290 0.8670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29958 1 0.0162 0.8678 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0451 0.8668 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM29882 3 0.4293 0.4223 0.012 0.000 0.788 0.132 0.068
#> GSM29885 2 0.4481 0.7140 0.004 0.752 0.004 0.192 0.048
#> GSM29888 2 0.4282 0.7315 0.004 0.780 0.004 0.156 0.056
#> GSM29891 5 0.6348 0.4309 0.196 0.000 0.292 0.000 0.512
#> GSM29894 1 0.0566 0.8671 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM29897 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.6340 0.2513 0.132 0.000 0.572 0.020 0.276
#> GSM29903 5 0.6204 0.5101 0.288 0.000 0.176 0.000 0.536
#> GSM29906 5 0.5954 0.5467 0.296 0.000 0.112 0.008 0.584
#> GSM29909 1 0.4269 0.6425 0.776 0.000 0.116 0.000 0.108
#> GSM29956 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0404 0.8676 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.5233 0.3606 0.004 0.000 0.696 0.164 0.136
#> GSM29886 2 0.3764 0.7435 0.004 0.816 0.008 0.144 0.028
#> GSM29889 2 0.2844 0.7576 0.004 0.876 0.000 0.092 0.028
#> GSM29892 5 0.5732 0.5686 0.216 0.000 0.092 0.028 0.664
#> GSM29895 1 0.4964 0.7659 0.788 0.028 0.048 0.064 0.072
#> GSM29898 5 0.6395 0.5389 0.228 0.000 0.096 0.060 0.616
#> GSM29901 5 0.6726 0.1027 0.048 0.000 0.400 0.088 0.464
#> GSM29904 5 0.5647 0.5195 0.256 0.000 0.056 0.036 0.652
#> GSM29907 5 0.5861 0.5591 0.220 0.000 0.088 0.036 0.656
#> GSM29910 1 0.5716 0.7114 0.732 0.032 0.052 0.060 0.124
#> GSM29957 1 0.5962 0.6805 0.704 0.028 0.052 0.060 0.156
#> GSM29960 1 0.4285 0.7925 0.828 0.024 0.040 0.052 0.056
#> GSM29963 1 0.6262 0.6415 0.676 0.024 0.056 0.072 0.172
#> GSM29964 2 0.5496 0.7054 0.004 0.668 0.000 0.160 0.168
#> GSM29967 4 0.4410 0.5557 0.000 0.044 0.124 0.792 0.040
#> GSM29970 4 0.6832 0.2134 0.004 0.000 0.260 0.424 0.312
#> GSM29973 2 0.5821 0.6843 0.004 0.628 0.000 0.176 0.192
#> GSM29976 5 0.5766 0.2714 0.044 0.000 0.396 0.024 0.536
#> GSM29979 5 0.6715 0.2900 0.004 0.172 0.040 0.192 0.592
#> GSM29982 4 0.6344 0.4582 0.044 0.012 0.308 0.584 0.052
#> GSM29985 3 0.6615 0.2541 0.008 0.000 0.508 0.208 0.276
#> GSM29988 5 0.4849 0.5682 0.020 0.064 0.076 0.048 0.792
#> GSM29991 5 0.7136 0.3645 0.040 0.008 0.164 0.256 0.532
#> GSM29994 5 0.5064 0.5821 0.248 0.000 0.080 0.000 0.672
#> GSM29997 5 0.5351 0.5911 0.116 0.008 0.100 0.036 0.740
#> GSM30000 5 0.6202 0.4393 0.360 0.000 0.040 0.060 0.540
#> GSM30003 3 0.5386 0.3374 0.072 0.000 0.644 0.008 0.276
#> GSM29965 2 0.5965 0.6843 0.004 0.624 0.004 0.168 0.200
#> GSM29968 4 0.4410 0.5557 0.000 0.044 0.124 0.792 0.040
#> GSM29971 4 0.6674 0.1986 0.000 0.000 0.324 0.428 0.248
#> GSM29974 2 0.5960 0.6688 0.004 0.608 0.000 0.176 0.212
#> GSM29977 5 0.5687 0.2055 0.040 0.000 0.444 0.020 0.496
#> GSM29980 5 0.6594 0.3571 0.000 0.104 0.084 0.196 0.616
#> GSM29983 4 0.5877 0.3979 0.040 0.000 0.376 0.548 0.036
#> GSM29986 3 0.4705 0.3872 0.008 0.000 0.744 0.172 0.076
#> GSM29989 5 0.5310 0.5612 0.020 0.056 0.128 0.044 0.752
#> GSM29992 5 0.7157 0.3505 0.028 0.012 0.188 0.248 0.524
#> GSM29995 1 0.4197 0.6540 0.776 0.000 0.076 0.000 0.148
#> GSM29998 5 0.5287 0.5804 0.084 0.008 0.136 0.032 0.740
#> GSM30001 5 0.6467 0.4994 0.088 0.000 0.228 0.072 0.612
#> GSM30004 3 0.5066 0.3627 0.064 0.000 0.672 0.004 0.260
#> GSM29966 2 0.5352 0.7128 0.004 0.684 0.000 0.152 0.160
#> GSM29969 4 0.4410 0.5557 0.000 0.044 0.124 0.792 0.040
#> GSM29972 4 0.6688 0.2516 0.000 0.004 0.216 0.456 0.324
#> GSM29975 2 0.5883 0.6818 0.004 0.620 0.000 0.184 0.192
#> GSM29978 5 0.4978 0.3602 0.012 0.000 0.336 0.024 0.628
#> GSM29981 5 0.7600 -0.0629 0.000 0.240 0.052 0.300 0.408
#> GSM29984 4 0.5707 0.4567 0.000 0.008 0.312 0.596 0.084
#> GSM29987 3 0.5700 0.3239 0.000 0.000 0.628 0.176 0.196
#> GSM29990 5 0.5294 0.5375 0.016 0.088 0.056 0.080 0.760
#> GSM29993 5 0.7052 0.3096 0.012 0.024 0.168 0.272 0.524
#> GSM29996 5 0.6120 0.3891 0.332 0.000 0.060 0.040 0.568
#> GSM29999 5 0.3658 0.5777 0.012 0.016 0.092 0.032 0.848
#> GSM30002 5 0.6103 0.5232 0.068 0.004 0.160 0.092 0.676
#> GSM30005 3 0.5320 0.2393 0.008 0.000 0.568 0.040 0.384
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.5093 0.4978 0.004 0.192 0.080 0.696 0.016 0.012
#> GSM29786 4 0.4335 0.7230 0.004 0.040 0.180 0.748 0.028 0.000
#> GSM29789 2 0.1471 0.6680 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004 0.000
#> GSM29792 2 0.0935 0.6763 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM29795 1 0.6400 0.4247 0.596 0.096 0.004 0.152 0.148 0.004
#> GSM29798 4 0.4184 0.7547 0.000 0.028 0.296 0.672 0.004 0.000
#> GSM29801 3 0.3223 0.5936 0.104 0.000 0.836 0.052 0.008 0.000
#> GSM29804 3 0.6156 0.5474 0.064 0.000 0.636 0.036 0.088 0.176
#> GSM29807 6 0.7836 0.2398 0.000 0.176 0.076 0.108 0.176 0.464
#> GSM29816 3 0.3658 0.5476 0.028 0.000 0.772 0.008 0.000 0.192
#> GSM29821 3 0.4491 0.5513 0.136 0.008 0.760 0.064 0.032 0.000
#> GSM29824 1 0.5235 0.5737 0.688 0.000 0.100 0.004 0.168 0.040
#> GSM29827 1 0.0551 0.8325 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004
#> GSM29830 1 0.0551 0.8323 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29833 1 0.0146 0.8323 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.4551 0.3289 0.000 0.284 0.028 0.668 0.016 0.004
#> GSM29787 4 0.4561 0.7317 0.004 0.036 0.200 0.724 0.036 0.000
#> GSM29790 2 0.2744 0.6485 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> GSM29793 2 0.1225 0.6767 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM29796 2 0.6005 0.3649 0.016 0.556 0.004 0.268 0.152 0.004
#> GSM29799 4 0.3940 0.7164 0.000 0.012 0.348 0.640 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.1536 0.6290 0.024 0.000 0.944 0.020 0.000 0.012
#> GSM29805 3 0.3695 0.6097 0.032 0.000 0.820 0.008 0.032 0.108
#> GSM29814 6 0.8078 0.2472 0.000 0.176 0.120 0.108 0.152 0.444
#> GSM29817 3 0.2314 0.6127 0.056 0.000 0.900 0.036 0.008 0.000
#> GSM29822 3 0.2862 0.6068 0.056 0.000 0.872 0.052 0.020 0.000
#> GSM29825 3 0.5996 0.4425 0.220 0.000 0.588 0.000 0.140 0.052
#> GSM29828 1 0.0964 0.8304 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004
#> GSM29831 1 0.0964 0.8304 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004
#> GSM29834 1 0.0717 0.8291 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29785 4 0.4330 0.2494 0.000 0.308 0.008 0.660 0.020 0.004
#> GSM29788 4 0.4391 0.7149 0.004 0.052 0.164 0.752 0.028 0.000
#> GSM29791 2 0.2122 0.6571 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024 0.000
#> GSM29794 2 0.1890 0.6628 0.000 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000
#> GSM29797 2 0.5511 0.4403 0.000 0.596 0.000 0.212 0.184 0.008
#> GSM29800 4 0.4181 0.7553 0.000 0.028 0.256 0.704 0.012 0.000
#> GSM29803 3 0.5311 0.5607 0.008 0.000 0.708 0.104 0.084 0.096
#> GSM29806 3 0.6714 0.4383 0.012 0.000 0.536 0.076 0.148 0.228
#> GSM29815 6 0.7864 0.1674 0.000 0.172 0.056 0.112 0.228 0.432
#> GSM29819 3 0.6585 0.4434 0.008 0.000 0.544 0.076 0.140 0.232
#> GSM29823 3 0.6373 0.4888 0.060 0.036 0.668 0.096 0.100 0.040
#> GSM29826 3 0.7038 0.3440 0.012 0.000 0.444 0.056 0.268 0.220
#> GSM29829 1 0.4437 0.7511 0.788 0.016 0.012 0.020 0.088 0.076
#> GSM29832 1 0.4570 0.7486 0.784 0.020 0.012 0.028 0.088 0.068
#> GSM29835 1 0.5210 0.7237 0.748 0.064 0.012 0.036 0.088 0.052
#> GSM29836 2 0.4541 0.6384 0.000 0.760 0.004 0.120 0.068 0.048
#> GSM29839 2 0.3941 0.5602 0.008 0.748 0.012 0.216 0.016 0.000
#> GSM29842 2 0.4771 0.4099 0.000 0.544 0.008 0.412 0.036 0.000
#> GSM29845 4 0.4472 0.7126 0.000 0.012 0.336 0.628 0.024 0.000
#> GSM29848 4 0.5150 0.6828 0.000 0.052 0.364 0.564 0.020 0.000
#> GSM29851 3 0.3112 0.5975 0.104 0.000 0.840 0.052 0.004 0.000
#> GSM29854 3 0.6992 0.4788 0.040 0.000 0.524 0.052 0.212 0.172
#> GSM29857 3 0.5645 0.1529 0.008 0.000 0.520 0.048 0.036 0.388
#> GSM29860 2 0.4050 0.6332 0.000 0.796 0.000 0.088 0.060 0.056
#> GSM29863 3 0.6432 0.5427 0.088 0.000 0.632 0.120 0.108 0.052
#> GSM29866 1 0.0696 0.8311 0.980 0.000 0.008 0.004 0.004 0.004
#> GSM29869 6 0.6664 0.2274 0.136 0.008 0.372 0.016 0.024 0.444
#> GSM29872 6 0.7845 0.2760 0.052 0.132 0.028 0.096 0.188 0.504
#> GSM29875 3 0.3147 0.6013 0.108 0.000 0.844 0.036 0.008 0.004
#> GSM29878 2 0.4317 0.6015 0.116 0.792 0.008 0.028 0.028 0.028
#> GSM29837 2 0.7032 0.4806 0.000 0.480 0.004 0.236 0.168 0.112
#> GSM29840 2 0.3804 0.5589 0.000 0.748 0.012 0.220 0.020 0.000
#> GSM29843 2 0.3864 0.4506 0.000 0.648 0.004 0.344 0.004 0.000
#> GSM29846 4 0.4358 0.7086 0.000 0.012 0.348 0.624 0.016 0.000
#> GSM29849 4 0.5069 0.6719 0.000 0.044 0.376 0.560 0.020 0.000
#> GSM29852 3 0.2129 0.6122 0.056 0.000 0.904 0.040 0.000 0.000
#> GSM29855 3 0.4607 0.5988 0.012 0.000 0.744 0.032 0.164 0.048
#> GSM29858 3 0.5040 0.2566 0.004 0.000 0.592 0.044 0.016 0.344
#> GSM29861 2 0.4107 0.6329 0.000 0.792 0.000 0.088 0.064 0.056
#> GSM29864 3 0.4957 0.5690 0.076 0.000 0.744 0.108 0.052 0.020
#> GSM29867 3 0.4755 0.4081 0.304 0.000 0.632 0.000 0.008 0.056
#> GSM29870 3 0.5866 0.0777 0.080 0.000 0.524 0.012 0.024 0.360
#> GSM29873 6 0.7767 0.3084 0.012 0.132 0.072 0.096 0.184 0.504
#> GSM29876 3 0.2554 0.6178 0.044 0.000 0.896 0.032 0.004 0.024
#> GSM29879 2 0.7737 0.0509 0.104 0.400 0.328 0.016 0.024 0.128
#> GSM29838 2 0.5593 0.6077 0.000 0.660 0.004 0.160 0.124 0.052
#> GSM29841 2 0.3851 0.5718 0.000 0.756 0.004 0.204 0.032 0.004
#> GSM29844 2 0.2869 0.6234 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020 0.000
#> GSM29847 4 0.4674 0.7461 0.000 0.028 0.276 0.664 0.032 0.000
#> GSM29850 4 0.5477 0.6838 0.000 0.092 0.316 0.572 0.020 0.000
#> GSM29853 3 0.4480 0.5754 0.012 0.000 0.776 0.092 0.044 0.076
#> GSM29856 5 0.6924 -0.0156 0.004 0.008 0.320 0.076 0.464 0.128
#> GSM29859 6 0.6276 -0.0262 0.000 0.000 0.400 0.056 0.104 0.440
#> GSM29862 2 0.4657 0.6038 0.000 0.748 0.000 0.108 0.084 0.060
#> GSM29865 3 0.6263 0.4995 0.008 0.000 0.612 0.136 0.136 0.108
#> GSM29868 1 0.8563 0.2509 0.404 0.036 0.148 0.048 0.188 0.176
#> GSM29871 6 0.5465 0.3034 0.000 0.004 0.384 0.028 0.052 0.532
#> GSM29874 2 0.7795 0.0846 0.008 0.360 0.008 0.124 0.240 0.260
#> GSM29877 3 0.2201 0.6140 0.056 0.000 0.904 0.036 0.004 0.000
#> GSM29880 2 0.2917 0.6487 0.000 0.872 0.000 0.048 0.040 0.040
#> GSM29881 3 0.5544 0.4473 0.000 0.000 0.616 0.064 0.260 0.060
#> GSM29884 2 0.5064 0.5975 0.000 0.644 0.000 0.264 0.068 0.024
#> GSM29887 2 0.4889 0.6177 0.000 0.676 0.000 0.232 0.068 0.024
#> GSM29890 6 0.5199 0.4879 0.152 0.000 0.216 0.000 0.004 0.628
#> GSM29893 1 0.1121 0.8285 0.964 0.000 0.008 0.008 0.016 0.004
#> GSM29896 1 0.0798 0.8317 0.976 0.000 0.004 0.004 0.012 0.004
#> GSM29899 1 0.6419 0.3409 0.572 0.000 0.156 0.008 0.068 0.196
#> GSM29902 6 0.4272 0.5819 0.120 0.000 0.100 0.004 0.012 0.764
#> GSM29905 6 0.4960 0.5725 0.148 0.000 0.096 0.016 0.020 0.720
#> GSM29908 1 0.0146 0.8323 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0622 0.8305 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM29958 1 0.0146 0.8323 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0436 0.8316 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM29882 3 0.4055 0.5333 0.000 0.000 0.756 0.044 0.184 0.016
#> GSM29885 2 0.5157 0.5801 0.000 0.624 0.000 0.284 0.068 0.024
#> GSM29888 2 0.4936 0.6124 0.000 0.668 0.000 0.240 0.068 0.024
#> GSM29891 6 0.4836 0.4463 0.076 0.000 0.288 0.000 0.004 0.632
#> GSM29894 1 0.1312 0.8260 0.956 0.000 0.020 0.008 0.012 0.004
#> GSM29897 1 0.0665 0.8324 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> GSM29900 3 0.5001 0.3881 0.056 0.000 0.636 0.004 0.016 0.288
#> GSM29903 6 0.4955 0.5138 0.132 0.000 0.204 0.000 0.004 0.660
#> GSM29906 6 0.5051 0.5672 0.136 0.000 0.132 0.016 0.012 0.704
#> GSM29909 1 0.4906 0.5191 0.676 0.000 0.124 0.000 0.008 0.192
#> GSM29956 1 0.0622 0.8304 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> GSM29959 1 0.0622 0.8304 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> GSM29962 1 0.0622 0.8304 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> GSM29883 3 0.5614 0.4474 0.000 0.000 0.608 0.064 0.264 0.064
#> GSM29886 2 0.4497 0.6249 0.000 0.696 0.000 0.232 0.064 0.008
#> GSM29889 2 0.3954 0.6559 0.000 0.764 0.000 0.172 0.056 0.008
#> GSM29892 6 0.4855 0.5496 0.092 0.004 0.056 0.008 0.088 0.752
#> GSM29895 1 0.5451 0.7093 0.724 0.036 0.012 0.044 0.116 0.068
#> GSM29898 6 0.6001 0.4756 0.088 0.000 0.056 0.028 0.188 0.640
#> GSM29901 6 0.7278 -0.0666 0.036 0.000 0.328 0.032 0.236 0.368
#> GSM29904 6 0.5530 0.5142 0.092 0.008 0.040 0.024 0.132 0.704
#> GSM29907 6 0.5434 0.5275 0.080 0.000 0.052 0.032 0.128 0.708
#> GSM29910 1 0.6140 0.6468 0.660 0.036 0.016 0.036 0.140 0.112
#> GSM29957 1 0.6667 0.5858 0.608 0.036 0.020 0.040 0.144 0.152
#> GSM29960 1 0.4837 0.7372 0.772 0.036 0.012 0.032 0.084 0.064
#> GSM29963 1 0.6660 0.5706 0.600 0.032 0.020 0.036 0.168 0.144
#> GSM29964 2 0.6197 0.5846 0.000 0.572 0.000 0.232 0.116 0.080
#> GSM29967 5 0.4912 0.3362 0.000 0.028 0.028 0.356 0.588 0.000
#> GSM29970 5 0.5180 0.4800 0.000 0.000 0.108 0.036 0.680 0.176
#> GSM29973 2 0.6705 0.5310 0.000 0.512 0.000 0.228 0.164 0.096
#> GSM29976 6 0.4784 0.3450 0.008 0.000 0.356 0.016 0.020 0.600
#> GSM29979 5 0.7951 0.0404 0.000 0.168 0.040 0.132 0.360 0.300
#> GSM29982 5 0.5692 0.4347 0.012 0.008 0.184 0.188 0.608 0.000
#> GSM29985 3 0.6408 0.2550 0.000 0.000 0.444 0.028 0.328 0.200
#> GSM29988 6 0.5259 0.4872 0.000 0.032 0.060 0.080 0.100 0.728
#> GSM29991 6 0.6245 0.3718 0.016 0.000 0.088 0.304 0.048 0.544
#> GSM29994 6 0.4047 0.5833 0.108 0.000 0.100 0.004 0.008 0.780
#> GSM29997 6 0.4694 0.5548 0.032 0.012 0.084 0.028 0.064 0.780
#> GSM30000 6 0.6728 0.4362 0.240 0.000 0.048 0.040 0.124 0.548
#> GSM30003 3 0.4615 0.4897 0.028 0.000 0.684 0.036 0.000 0.252
#> GSM29965 2 0.6651 0.5378 0.000 0.512 0.000 0.252 0.136 0.100
#> GSM29968 5 0.4791 0.3287 0.000 0.020 0.028 0.364 0.588 0.000
#> GSM29971 5 0.5445 0.4580 0.000 0.000 0.176 0.036 0.652 0.136
#> GSM29974 2 0.6776 0.5177 0.000 0.500 0.000 0.236 0.164 0.100
#> GSM29977 6 0.4585 0.2694 0.008 0.000 0.416 0.008 0.012 0.556
#> GSM29980 5 0.8051 -0.0129 0.000 0.136 0.064 0.128 0.352 0.320
#> GSM29983 5 0.5587 0.4010 0.008 0.000 0.236 0.176 0.580 0.000
#> GSM29986 3 0.4476 0.4638 0.000 0.000 0.676 0.048 0.268 0.008
#> GSM29989 6 0.5480 0.4936 0.000 0.032 0.088 0.080 0.088 0.712
#> GSM29992 6 0.6161 0.3682 0.012 0.000 0.092 0.308 0.044 0.544
#> GSM29995 1 0.5207 0.3807 0.608 0.000 0.104 0.000 0.008 0.280
#> GSM29998 6 0.4716 0.5537 0.024 0.008 0.112 0.028 0.060 0.768
#> GSM30001 6 0.6694 0.4766 0.036 0.000 0.156 0.072 0.152 0.584
#> GSM30004 3 0.4046 0.4793 0.028 0.000 0.720 0.004 0.004 0.244
#> GSM29966 2 0.6212 0.5872 0.000 0.572 0.000 0.228 0.120 0.080
#> GSM29969 5 0.4795 0.3339 0.000 0.024 0.024 0.364 0.588 0.000
#> GSM29972 5 0.4587 0.4900 0.000 0.004 0.072 0.040 0.752 0.132
#> GSM29975 2 0.6730 0.5305 0.000 0.508 0.000 0.228 0.168 0.096
#> GSM29978 6 0.5467 0.3746 0.000 0.000 0.264 0.020 0.112 0.604
#> GSM29981 5 0.7206 0.1608 0.000 0.172 0.012 0.116 0.480 0.220
#> GSM29984 5 0.5412 0.4484 0.000 0.012 0.156 0.192 0.636 0.004
#> GSM29987 3 0.6588 0.2997 0.000 0.000 0.468 0.088 0.332 0.112
#> GSM29990 6 0.6347 0.3292 0.000 0.068 0.024 0.092 0.224 0.592
#> GSM29993 6 0.6203 0.3128 0.012 0.000 0.068 0.340 0.060 0.520
#> GSM29996 6 0.6464 0.3998 0.228 0.004 0.024 0.028 0.152 0.564
#> GSM29999 6 0.4303 0.5351 0.000 0.020 0.060 0.036 0.092 0.792
#> GSM30002 6 0.6441 0.4267 0.024 0.004 0.084 0.084 0.200 0.604
#> GSM30005 3 0.6682 0.4290 0.008 0.000 0.528 0.080 0.140 0.244
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:kmeans 166 2.09e-02 0.644 2.05e-11 2
#> MAD:kmeans 102 5.18e-05 0.715 5.98e-12 3
#> MAD:kmeans 89 1.04e-05 0.835 3.18e-15 4
#> MAD:kmeans 86 7.57e-07 0.900 2.78e-19 5
#> MAD:kmeans 99 2.63e-08 0.879 7.99e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.667 0.827 0.918 0.4925 0.512 0.512
#> 3 3 0.461 0.582 0.806 0.3563 0.683 0.453
#> 4 4 0.503 0.531 0.720 0.1238 0.794 0.475
#> 5 5 0.539 0.451 0.624 0.0661 0.905 0.654
#> 6 6 0.580 0.434 0.602 0.0413 0.950 0.772
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0672 0.9097 0.008 0.992
#> GSM29786 2 0.5294 0.8647 0.120 0.880
#> GSM29789 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.5178 0.8665 0.116 0.884
#> GSM29798 2 0.6801 0.8094 0.180 0.820
#> GSM29801 1 0.0376 0.9094 0.996 0.004
#> GSM29804 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29807 2 0.9896 0.0820 0.440 0.560
#> GSM29816 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0938 0.9070 0.988 0.012
#> GSM29824 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.2423 0.9026 0.960 0.040
#> GSM29830 1 0.0376 0.9101 0.996 0.004
#> GSM29833 1 0.3114 0.8910 0.944 0.056
#> GSM29784 2 0.0376 0.9102 0.004 0.996
#> GSM29787 2 0.5629 0.8556 0.132 0.868
#> GSM29790 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.3274 0.8949 0.060 0.940
#> GSM29799 2 0.6887 0.8054 0.184 0.816
#> GSM29802 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29814 2 0.9983 -0.0651 0.476 0.524
#> GSM29817 1 0.0376 0.9094 0.996 0.004
#> GSM29822 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0938 0.9094 0.988 0.012
#> GSM29831 1 0.0672 0.9098 0.992 0.008
#> GSM29834 1 0.1184 0.9087 0.984 0.016
#> GSM29785 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.4161 0.8851 0.084 0.916
#> GSM29791 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.2603 0.8995 0.044 0.956
#> GSM29800 2 0.4562 0.8793 0.096 0.904
#> GSM29803 1 0.8713 0.5393 0.708 0.292
#> GSM29806 1 0.3879 0.8870 0.924 0.076
#> GSM29815 2 0.1843 0.8982 0.028 0.972
#> GSM29819 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29823 2 0.9988 0.1950 0.480 0.520
#> GSM29826 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29829 1 0.3879 0.8858 0.924 0.076
#> GSM29832 1 0.1633 0.9073 0.976 0.024
#> GSM29835 2 0.8909 0.6015 0.308 0.692
#> GSM29836 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.2603 0.8995 0.044 0.956
#> GSM29842 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.4939 0.8728 0.108 0.892
#> GSM29848 2 0.5946 0.8452 0.144 0.856
#> GSM29851 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.2778 0.8968 0.952 0.048
#> GSM29860 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.1184 0.9087 0.984 0.016
#> GSM29869 1 0.4298 0.8792 0.912 0.088
#> GSM29872 1 0.9209 0.5821 0.664 0.336
#> GSM29875 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.0376 0.9099 0.004 0.996
#> GSM29837 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.2603 0.8995 0.044 0.956
#> GSM29843 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.4939 0.8728 0.108 0.892
#> GSM29849 2 0.5946 0.8452 0.144 0.856
#> GSM29852 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.2603 0.8984 0.956 0.044
#> GSM29861 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.1633 0.9076 0.976 0.024
#> GSM29873 1 0.8499 0.6851 0.724 0.276
#> GSM29876 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29879 1 1.0000 0.1407 0.504 0.496
#> GSM29838 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.1633 0.9056 0.024 0.976
#> GSM29844 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.4161 0.8850 0.084 0.916
#> GSM29850 2 0.4431 0.8811 0.092 0.908
#> GSM29853 1 0.0938 0.9068 0.988 0.012
#> GSM29856 1 0.9998 -0.0867 0.508 0.492
#> GSM29859 1 0.8909 0.6172 0.692 0.308
#> GSM29862 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29865 2 0.9686 0.4346 0.396 0.604
#> GSM29868 1 0.9635 0.4305 0.612 0.388
#> GSM29871 1 0.7528 0.7658 0.784 0.216
#> GSM29874 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29881 1 0.0376 0.9095 0.996 0.004
#> GSM29884 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.1414 0.9074 0.980 0.020
#> GSM29893 1 0.0672 0.9099 0.992 0.008
#> GSM29896 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.3584 0.8890 0.932 0.068
#> GSM29905 1 0.3114 0.8945 0.944 0.056
#> GSM29908 1 0.2603 0.9013 0.956 0.044
#> GSM29955 1 0.3733 0.8872 0.928 0.072
#> GSM29958 1 0.1184 0.9087 0.984 0.016
#> GSM29961 1 0.1843 0.9059 0.972 0.028
#> GSM29882 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29885 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0938 0.9092 0.988 0.012
#> GSM29894 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.3274 0.8927 0.940 0.060
#> GSM29906 1 0.3114 0.8945 0.944 0.056
#> GSM29909 1 0.4298 0.8777 0.912 0.088
#> GSM29956 1 0.1184 0.9087 0.984 0.016
#> GSM29959 1 0.0938 0.9094 0.988 0.012
#> GSM29962 1 0.1414 0.9078 0.980 0.020
#> GSM29883 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29886 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.3431 0.8912 0.936 0.064
#> GSM29895 2 0.9358 0.5039 0.352 0.648
#> GSM29898 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.5059 0.8626 0.888 0.112
#> GSM29907 1 0.3114 0.8945 0.944 0.056
#> GSM29910 2 0.9944 0.0644 0.456 0.544
#> GSM29957 2 0.3584 0.8718 0.068 0.932
#> GSM29960 1 0.8555 0.6011 0.720 0.280
#> GSM29963 1 0.9998 0.1195 0.508 0.492
#> GSM29964 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.3733 0.8901 0.072 0.928
#> GSM29970 1 0.3114 0.8894 0.944 0.056
#> GSM29973 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.5294 0.8653 0.120 0.880
#> GSM29985 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29988 1 0.8207 0.7148 0.744 0.256
#> GSM29991 2 0.8813 0.6016 0.300 0.700
#> GSM29994 1 0.4161 0.8803 0.916 0.084
#> GSM29997 1 0.5946 0.8381 0.856 0.144
#> GSM30000 1 0.6712 0.8116 0.824 0.176
#> GSM30003 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.3733 0.8901 0.072 0.928
#> GSM29971 1 0.2043 0.9012 0.968 0.032
#> GSM29974 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29980 2 0.0938 0.9065 0.012 0.988
#> GSM29983 1 0.9795 0.1953 0.584 0.416
#> GSM29986 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29989 1 0.6887 0.8014 0.816 0.184
#> GSM29992 1 0.8555 0.6289 0.720 0.280
#> GSM29995 1 0.4161 0.8803 0.916 0.084
#> GSM29998 1 0.5737 0.8449 0.864 0.136
#> GSM30001 1 0.4298 0.8807 0.912 0.088
#> GSM30004 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.3584 0.8917 0.068 0.932
#> GSM29972 1 0.9954 0.0942 0.540 0.460
#> GSM29975 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.9109 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.4562 0.8793 0.096 0.904
#> GSM29987 1 0.7528 0.6807 0.784 0.216
#> GSM29990 1 0.9661 0.4728 0.608 0.392
#> GSM29993 2 0.4161 0.8824 0.084 0.916
#> GSM29996 1 0.4815 0.8680 0.896 0.104
#> GSM29999 1 0.6887 0.8012 0.816 0.184
#> GSM30002 2 0.4562 0.8455 0.096 0.904
#> GSM30005 1 0.3114 0.8803 0.944 0.056
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.2313 0.7417 0.024 0.944 0.032
#> GSM29786 2 0.6299 0.0595 0.000 0.524 0.476
#> GSM29789 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29792 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29795 1 0.7337 0.1746 0.540 0.428 0.032
#> GSM29798 2 0.6309 -0.0107 0.000 0.500 0.500
#> GSM29801 3 0.6204 0.4840 0.424 0.000 0.576
#> GSM29804 3 0.5327 0.6004 0.272 0.000 0.728
#> GSM29807 2 0.7460 0.1980 0.036 0.524 0.440
#> GSM29816 3 0.4399 0.7026 0.188 0.000 0.812
#> GSM29821 1 0.6521 -0.3455 0.504 0.004 0.492
#> GSM29824 1 0.1163 0.7941 0.972 0.000 0.028
#> GSM29827 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.0892 0.7597 0.000 0.980 0.020
#> GSM29787 2 0.6305 0.0377 0.000 0.516 0.484
#> GSM29790 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.5276 0.6435 0.128 0.820 0.052
#> GSM29799 3 0.6140 0.2427 0.000 0.404 0.596
#> GSM29802 3 0.4121 0.7097 0.168 0.000 0.832
#> GSM29805 3 0.4555 0.6991 0.200 0.000 0.800
#> GSM29814 2 0.8228 0.1488 0.076 0.512 0.412
#> GSM29817 3 0.5678 0.6173 0.316 0.000 0.684
#> GSM29822 3 0.5560 0.6312 0.300 0.000 0.700
#> GSM29825 3 0.6309 0.2678 0.496 0.000 0.504
#> GSM29828 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0237 0.7677 0.000 0.996 0.004
#> GSM29788 2 0.6286 0.0909 0.000 0.536 0.464
#> GSM29791 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29794 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29797 2 0.1482 0.7568 0.012 0.968 0.020
#> GSM29800 2 0.6308 0.0147 0.000 0.508 0.492
#> GSM29803 3 0.1337 0.7150 0.016 0.012 0.972
#> GSM29806 3 0.0848 0.7100 0.008 0.008 0.984
#> GSM29815 2 0.6295 0.2126 0.000 0.528 0.472
#> GSM29819 3 0.0000 0.7107 0.000 0.000 1.000
#> GSM29823 3 0.6629 0.4774 0.360 0.016 0.624
#> GSM29826 3 0.2959 0.6924 0.100 0.000 0.900
#> GSM29829 1 0.2796 0.7703 0.908 0.000 0.092
#> GSM29832 1 0.2537 0.7715 0.920 0.000 0.080
#> GSM29835 1 0.3539 0.7583 0.888 0.012 0.100
#> GSM29836 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29839 2 0.0475 0.7675 0.004 0.992 0.004
#> GSM29842 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29845 3 0.6305 0.0276 0.000 0.484 0.516
#> GSM29848 2 0.6308 0.0147 0.000 0.508 0.492
#> GSM29851 3 0.5968 0.5692 0.364 0.000 0.636
#> GSM29854 3 0.1860 0.7221 0.052 0.000 0.948
#> GSM29857 3 0.3482 0.7025 0.128 0.000 0.872
#> GSM29860 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29863 3 0.5733 0.5602 0.324 0.000 0.676
#> GSM29866 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.4015 0.7301 0.876 0.096 0.028
#> GSM29872 1 0.9162 0.3133 0.500 0.340 0.160
#> GSM29875 3 0.6225 0.4710 0.432 0.000 0.568
#> GSM29878 2 0.6026 0.2988 0.376 0.624 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.0475 0.7675 0.004 0.992 0.004
#> GSM29843 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29846 3 0.6235 0.1628 0.000 0.436 0.564
#> GSM29849 3 0.6309 -0.0228 0.000 0.500 0.500
#> GSM29852 3 0.5431 0.6447 0.284 0.000 0.716
#> GSM29855 3 0.3482 0.7201 0.128 0.000 0.872
#> GSM29858 3 0.3340 0.7085 0.120 0.000 0.880
#> GSM29861 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29864 3 0.5785 0.5901 0.332 0.000 0.668
#> GSM29867 1 0.4452 0.6465 0.808 0.000 0.192
#> GSM29870 1 0.7044 0.2807 0.620 0.032 0.348
#> GSM29873 2 0.9877 0.0170 0.296 0.412 0.292
#> GSM29876 3 0.4796 0.6871 0.220 0.000 0.780
#> GSM29879 1 0.7758 0.0512 0.484 0.468 0.048
#> GSM29838 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.6308 0.0147 0.000 0.508 0.492
#> GSM29850 2 0.6307 0.0264 0.000 0.512 0.488
#> GSM29853 3 0.5016 0.6266 0.240 0.000 0.760
#> GSM29856 3 0.1765 0.7087 0.040 0.004 0.956
#> GSM29859 3 0.4235 0.5613 0.000 0.176 0.824
#> GSM29862 2 0.2400 0.7320 0.004 0.932 0.064
#> GSM29865 3 0.4295 0.6705 0.032 0.104 0.864
#> GSM29868 1 0.5072 0.7218 0.792 0.012 0.196
#> GSM29871 3 0.7262 -0.0576 0.028 0.444 0.528
#> GSM29874 2 0.8255 0.3903 0.252 0.620 0.128
#> GSM29877 3 0.5363 0.6467 0.276 0.000 0.724
#> GSM29880 2 0.2096 0.7400 0.004 0.944 0.052
#> GSM29881 3 0.2537 0.7244 0.080 0.000 0.920
#> GSM29884 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29890 1 0.3412 0.7459 0.876 0.000 0.124
#> GSM29893 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.1031 0.7926 0.976 0.000 0.024
#> GSM29902 1 0.5465 0.6225 0.712 0.000 0.288
#> GSM29905 1 0.5216 0.6530 0.740 0.000 0.260
#> GSM29908 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0424 0.7947 0.992 0.000 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.4121 0.7099 0.168 0.000 0.832
#> GSM29885 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29891 1 0.5859 0.4886 0.656 0.000 0.344
#> GSM29894 1 0.0592 0.7900 0.988 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.5785 0.5693 0.332 0.000 0.668
#> GSM29903 1 0.4842 0.6676 0.776 0.000 0.224
#> GSM29906 1 0.5529 0.6068 0.704 0.000 0.296
#> GSM29909 1 0.3619 0.7376 0.864 0.000 0.136
#> GSM29956 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.7954 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0424 0.7143 0.008 0.000 0.992
#> GSM29886 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 1 0.5678 0.6452 0.684 0.000 0.316
#> GSM29895 1 0.3459 0.7636 0.892 0.012 0.096
#> GSM29898 1 0.5988 0.5805 0.632 0.000 0.368
#> GSM29901 3 0.3752 0.6334 0.144 0.000 0.856
#> GSM29904 1 0.5650 0.6435 0.688 0.000 0.312
#> GSM29907 1 0.5968 0.5859 0.636 0.000 0.364
#> GSM29910 1 0.3715 0.7571 0.868 0.004 0.128
#> GSM29957 1 0.5581 0.7247 0.792 0.040 0.168
#> GSM29960 1 0.2448 0.7719 0.924 0.000 0.076
#> GSM29963 1 0.4629 0.7306 0.808 0.004 0.188
#> GSM29964 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29967 2 0.5948 0.3291 0.000 0.640 0.360
#> GSM29970 3 0.2356 0.7226 0.072 0.000 0.928
#> GSM29973 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29976 3 0.3116 0.7174 0.108 0.000 0.892
#> GSM29979 2 0.5292 0.5791 0.008 0.764 0.228
#> GSM29982 3 0.9174 0.3981 0.192 0.276 0.532
#> GSM29985 3 0.2165 0.7222 0.064 0.000 0.936
#> GSM29988 2 0.9285 0.1039 0.160 0.448 0.392
#> GSM29991 3 0.9182 0.3733 0.204 0.260 0.536
#> GSM29994 1 0.5678 0.5859 0.684 0.000 0.316
#> GSM29997 1 0.8512 0.4898 0.580 0.124 0.296
#> GSM30000 1 0.5366 0.7136 0.776 0.016 0.208
#> GSM30003 3 0.4178 0.7087 0.172 0.000 0.828
#> GSM29965 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29968 2 0.5968 0.3211 0.000 0.636 0.364
#> GSM29971 3 0.2261 0.7232 0.068 0.000 0.932
#> GSM29974 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29977 3 0.3267 0.7197 0.116 0.000 0.884
#> GSM29980 2 0.6252 0.2593 0.000 0.556 0.444
#> GSM29983 3 0.6899 0.5457 0.364 0.024 0.612
#> GSM29986 3 0.2625 0.7255 0.084 0.000 0.916
#> GSM29989 2 0.9069 0.0253 0.136 0.440 0.424
#> GSM29992 3 0.6714 0.6216 0.140 0.112 0.748
#> GSM29995 1 0.0237 0.7941 0.996 0.000 0.004
#> GSM29998 1 0.8948 0.3668 0.508 0.136 0.356
#> GSM30001 3 0.7348 0.2068 0.348 0.044 0.608
#> GSM30004 3 0.4346 0.7048 0.184 0.000 0.816
#> GSM29966 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29969 2 0.5760 0.3894 0.000 0.672 0.328
#> GSM29972 3 0.1129 0.7093 0.020 0.004 0.976
#> GSM29975 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000
#> GSM29978 3 0.1289 0.7072 0.032 0.000 0.968
#> GSM29981 2 0.3752 0.6732 0.000 0.856 0.144
#> GSM29984 3 0.6225 0.1238 0.000 0.432 0.568
#> GSM29987 3 0.0000 0.7107 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.9177 0.1536 0.148 0.452 0.400
#> GSM29993 3 0.7504 0.3929 0.060 0.312 0.628
#> GSM29996 1 0.4605 0.7269 0.796 0.000 0.204
#> GSM29999 3 0.8747 -0.0267 0.112 0.396 0.492
#> GSM30002 3 0.8918 0.0191 0.128 0.380 0.492
#> GSM30005 3 0.0237 0.7108 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.4163 0.6943 0.000 0.828 0.076 0.096
#> GSM29786 4 0.6376 0.2317 0.000 0.432 0.064 0.504
#> GSM29789 2 0.2125 0.8031 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM29792 2 0.2125 0.8031 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM29795 1 0.7402 0.1835 0.508 0.384 0.060 0.048
#> GSM29798 4 0.5569 0.5198 0.000 0.296 0.044 0.660
#> GSM29801 4 0.5430 0.5655 0.252 0.008 0.036 0.704
#> GSM29804 4 0.7798 0.0844 0.264 0.000 0.320 0.416
#> GSM29807 3 0.5519 0.3593 0.024 0.308 0.660 0.008
#> GSM29816 4 0.6188 0.2312 0.056 0.000 0.396 0.548
#> GSM29821 4 0.5666 0.5311 0.296 0.012 0.028 0.664
#> GSM29824 1 0.3004 0.7456 0.892 0.000 0.060 0.048
#> GSM29827 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.3533 0.7190 0.000 0.864 0.056 0.080
#> GSM29787 4 0.6233 0.3387 0.000 0.388 0.060 0.552
#> GSM29790 2 0.1661 0.8030 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM29793 2 0.2197 0.8027 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM29796 2 0.5851 0.6286 0.072 0.760 0.068 0.100
#> GSM29799 4 0.5213 0.5694 0.000 0.224 0.052 0.724
#> GSM29802 4 0.4467 0.5879 0.040 0.000 0.172 0.788
#> GSM29805 4 0.6717 0.3183 0.108 0.000 0.332 0.560
#> GSM29814 3 0.6129 0.3930 0.012 0.292 0.644 0.052
#> GSM29817 4 0.4389 0.6149 0.116 0.000 0.072 0.812
#> GSM29822 4 0.4300 0.6177 0.092 0.000 0.088 0.820
#> GSM29825 1 0.7523 -0.1719 0.416 0.000 0.184 0.400
#> GSM29828 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29831 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29834 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29785 2 0.2759 0.7492 0.000 0.904 0.044 0.052
#> GSM29788 2 0.6395 -0.1453 0.000 0.472 0.064 0.464
#> GSM29791 2 0.2813 0.8001 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM29794 2 0.2813 0.8000 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM29797 2 0.4552 0.7213 0.024 0.828 0.072 0.076
#> GSM29800 4 0.6069 0.4161 0.000 0.356 0.056 0.588
#> GSM29803 4 0.2530 0.5939 0.000 0.004 0.100 0.896
#> GSM29806 4 0.5112 0.1511 0.000 0.004 0.436 0.560
#> GSM29815 3 0.5929 0.3472 0.000 0.296 0.640 0.064
#> GSM29819 4 0.4933 0.1864 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM29823 4 0.5279 0.5775 0.132 0.020 0.072 0.776
#> GSM29826 3 0.6655 0.0241 0.084 0.000 0.476 0.440
#> GSM29829 1 0.3873 0.7329 0.844 0.000 0.060 0.096
#> GSM29832 1 0.3634 0.7391 0.856 0.000 0.048 0.096
#> GSM29835 1 0.4296 0.7383 0.840 0.020 0.060 0.080
#> GSM29836 2 0.2773 0.7963 0.000 0.880 0.116 0.004
#> GSM29839 2 0.3401 0.7559 0.048 0.888 0.032 0.032
#> GSM29842 2 0.1297 0.7822 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM29845 4 0.5446 0.5379 0.000 0.276 0.044 0.680
#> GSM29848 4 0.5619 0.4847 0.000 0.320 0.040 0.640
#> GSM29851 4 0.4800 0.5959 0.196 0.000 0.044 0.760
#> GSM29854 4 0.5736 0.4420 0.044 0.000 0.328 0.628
#> GSM29857 3 0.5577 0.3131 0.036 0.000 0.636 0.328
#> GSM29860 2 0.3873 0.7735 0.008 0.832 0.144 0.016
#> GSM29863 4 0.4731 0.6142 0.160 0.000 0.060 0.780
#> GSM29866 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.6800 0.1735 0.556 0.040 0.368 0.036
#> GSM29872 3 0.7959 0.2772 0.312 0.236 0.444 0.008
#> GSM29875 4 0.5744 0.5372 0.256 0.000 0.068 0.676
#> GSM29878 2 0.6924 0.4352 0.320 0.568 0.104 0.008
#> GSM29837 2 0.3355 0.7772 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM29840 2 0.2910 0.7630 0.020 0.908 0.028 0.044
#> GSM29843 2 0.1520 0.7775 0.000 0.956 0.024 0.020
#> GSM29846 4 0.5008 0.5658 0.000 0.228 0.040 0.732
#> GSM29849 4 0.5543 0.5409 0.004 0.276 0.040 0.680
#> GSM29852 4 0.4669 0.6065 0.100 0.000 0.104 0.796
#> GSM29855 4 0.4175 0.5987 0.016 0.000 0.200 0.784
#> GSM29858 3 0.5573 0.2601 0.028 0.000 0.604 0.368
#> GSM29861 2 0.4044 0.7658 0.004 0.820 0.152 0.024
#> GSM29864 4 0.4017 0.6229 0.128 0.000 0.044 0.828
#> GSM29867 1 0.6936 0.2468 0.568 0.000 0.148 0.284
#> GSM29870 3 0.8008 0.2013 0.300 0.004 0.400 0.296
#> GSM29873 3 0.7561 0.4811 0.152 0.208 0.600 0.040
#> GSM29876 4 0.4869 0.5957 0.088 0.000 0.132 0.780
#> GSM29879 2 0.8839 0.1659 0.292 0.440 0.200 0.068
#> GSM29838 2 0.3052 0.7904 0.000 0.860 0.136 0.004
#> GSM29841 2 0.2909 0.7728 0.008 0.904 0.036 0.052
#> GSM29844 2 0.1174 0.7964 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM29847 4 0.6110 0.3846 0.000 0.368 0.056 0.576
#> GSM29850 4 0.5790 0.4414 0.000 0.340 0.044 0.616
#> GSM29853 4 0.2593 0.6049 0.016 0.000 0.080 0.904
#> GSM29856 4 0.4695 0.4974 0.012 0.004 0.252 0.732
#> GSM29859 3 0.5297 0.4356 0.000 0.032 0.676 0.292
#> GSM29862 2 0.5100 0.7102 0.000 0.756 0.168 0.076
#> GSM29865 4 0.2831 0.5882 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM29868 1 0.7001 0.5186 0.624 0.016 0.216 0.144
#> GSM29871 3 0.4731 0.5555 0.004 0.100 0.800 0.096
#> GSM29874 2 0.8380 0.3577 0.096 0.504 0.300 0.100
#> GSM29877 4 0.4364 0.6197 0.092 0.000 0.092 0.816
#> GSM29880 2 0.4711 0.7343 0.000 0.784 0.152 0.064
#> GSM29881 4 0.4988 0.5319 0.020 0.000 0.288 0.692
#> GSM29884 2 0.0895 0.7967 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM29887 2 0.1576 0.8026 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM29890 1 0.5279 0.1455 0.588 0.000 0.400 0.012
#> GSM29893 1 0.0188 0.8022 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.4257 0.6670 0.812 0.000 0.140 0.048
#> GSM29902 3 0.5231 0.3791 0.384 0.000 0.604 0.012
#> GSM29905 3 0.5119 0.2727 0.440 0.000 0.556 0.004
#> GSM29908 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0524 0.8012 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.8029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 4 0.4332 0.6039 0.032 0.000 0.176 0.792
#> GSM29885 2 0.0657 0.7916 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM29888 2 0.1902 0.8037 0.000 0.932 0.064 0.004
#> GSM29891 3 0.6956 0.4542 0.288 0.000 0.564 0.148
#> GSM29894 1 0.0895 0.7999 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM29897 1 0.0469 0.8026 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM29900 4 0.7732 -0.0214 0.228 0.000 0.380 0.392
#> GSM29903 3 0.6070 0.3042 0.404 0.000 0.548 0.048
#> GSM29906 3 0.5805 0.3421 0.388 0.000 0.576 0.036
#> GSM29909 1 0.4549 0.6103 0.776 0.000 0.188 0.036
#> GSM29956 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29959 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29962 1 0.0592 0.8020 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29883 4 0.3400 0.5953 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM29886 2 0.0524 0.7931 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM29889 2 0.1743 0.8044 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM29892 3 0.6586 0.2667 0.368 0.000 0.544 0.088
#> GSM29895 1 0.4480 0.7235 0.820 0.008 0.072 0.100
#> GSM29898 3 0.6686 0.2115 0.388 0.000 0.520 0.092
#> GSM29901 3 0.7049 0.1982 0.124 0.000 0.484 0.392
#> GSM29904 3 0.6637 0.2465 0.368 0.000 0.540 0.092
#> GSM29907 3 0.6446 0.3446 0.328 0.000 0.584 0.088
#> GSM29910 1 0.4905 0.6879 0.788 0.004 0.112 0.096
#> GSM29957 1 0.6142 0.6477 0.736 0.048 0.116 0.100
#> GSM29960 1 0.3439 0.7479 0.868 0.000 0.048 0.084
#> GSM29963 1 0.5812 0.6049 0.712 0.004 0.184 0.100
#> GSM29964 2 0.2999 0.7913 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM29967 2 0.6649 0.1763 0.000 0.560 0.100 0.340
#> GSM29970 3 0.5928 -0.0649 0.020 0.012 0.560 0.408
#> GSM29973 2 0.3024 0.7857 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM29976 3 0.5906 0.3402 0.064 0.000 0.644 0.292
#> GSM29979 2 0.6474 0.4051 0.016 0.556 0.384 0.044
#> GSM29982 4 0.7812 0.5359 0.140 0.144 0.100 0.616
#> GSM29985 4 0.5543 0.3179 0.020 0.000 0.424 0.556
#> GSM29988 3 0.4090 0.5606 0.032 0.140 0.824 0.004
#> GSM29991 3 0.6881 0.4514 0.056 0.156 0.680 0.108
#> GSM29994 3 0.4955 0.4332 0.344 0.000 0.648 0.008
#> GSM29997 3 0.5403 0.5679 0.196 0.052 0.740 0.012
#> GSM30000 1 0.5944 0.3352 0.628 0.028 0.328 0.016
#> GSM30003 4 0.6658 0.0862 0.084 0.000 0.444 0.472
#> GSM29965 2 0.3401 0.7799 0.000 0.840 0.152 0.008
#> GSM29968 2 0.6766 0.0484 0.000 0.520 0.100 0.380
#> GSM29971 4 0.5296 0.2068 0.000 0.008 0.492 0.500
#> GSM29974 2 0.3257 0.7813 0.000 0.844 0.152 0.004
#> GSM29977 3 0.5682 0.2676 0.036 0.000 0.612 0.352
#> GSM29980 3 0.5560 0.1097 0.000 0.392 0.584 0.024
#> GSM29983 4 0.5734 0.6009 0.148 0.020 0.088 0.744
#> GSM29986 4 0.3528 0.5970 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM29989 3 0.4821 0.5606 0.024 0.112 0.808 0.056
#> GSM29992 3 0.6929 0.4112 0.032 0.152 0.660 0.156
#> GSM29995 1 0.2563 0.7613 0.908 0.000 0.072 0.020
#> GSM29998 3 0.5187 0.5803 0.100 0.056 0.796 0.048
#> GSM30001 3 0.5555 0.5638 0.132 0.012 0.752 0.104
#> GSM30004 4 0.6384 0.1160 0.064 0.000 0.440 0.496
#> GSM29966 2 0.2868 0.7881 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM29969 2 0.6425 0.2786 0.000 0.604 0.096 0.300
#> GSM29972 3 0.5590 -0.0430 0.000 0.020 0.524 0.456
#> GSM29975 2 0.2973 0.7868 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM29978 3 0.4677 0.3810 0.004 0.000 0.680 0.316
#> GSM29981 2 0.6603 0.4787 0.000 0.572 0.328 0.100
#> GSM29984 4 0.6133 0.5100 0.000 0.204 0.124 0.672
#> GSM29987 4 0.4250 0.5288 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM29990 3 0.5851 0.5007 0.012 0.192 0.716 0.080
#> GSM29993 3 0.6726 0.3646 0.012 0.244 0.632 0.112
#> GSM29996 1 0.6549 0.2880 0.556 0.000 0.356 0.088
#> GSM29999 3 0.3200 0.5685 0.004 0.092 0.880 0.024
#> GSM30002 3 0.6270 0.5433 0.036 0.128 0.720 0.116
#> GSM30005 4 0.4907 0.1750 0.000 0.000 0.420 0.580
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.5787 0.354765 0.000 0.580 0.068 0.336 0.016
#> GSM29786 4 0.6767 0.278969 0.000 0.280 0.264 0.452 0.004
#> GSM29789 2 0.2234 0.749991 0.004 0.916 0.000 0.036 0.044
#> GSM29792 2 0.2199 0.752213 0.008 0.916 0.000 0.016 0.060
#> GSM29795 1 0.6824 0.019463 0.428 0.260 0.004 0.308 0.000
#> GSM29798 3 0.6535 -0.122563 0.000 0.176 0.464 0.356 0.004
#> GSM29801 3 0.4489 0.445763 0.156 0.012 0.780 0.036 0.016
#> GSM29804 3 0.7212 0.380703 0.156 0.000 0.560 0.108 0.176
#> GSM29807 5 0.6332 0.262626 0.008 0.300 0.024 0.088 0.580
#> GSM29816 3 0.5122 0.380372 0.020 0.000 0.656 0.032 0.292
#> GSM29821 3 0.6861 0.243191 0.288 0.028 0.528 0.152 0.004
#> GSM29824 1 0.5281 0.550723 0.684 0.000 0.044 0.240 0.032
#> GSM29827 1 0.0162 0.829893 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29830 1 0.0162 0.829901 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0162 0.830081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 2 0.5336 0.433997 0.000 0.632 0.052 0.304 0.012
#> GSM29787 4 0.6669 0.265747 0.000 0.220 0.308 0.468 0.004
#> GSM29790 2 0.2409 0.744917 0.000 0.900 0.000 0.068 0.032
#> GSM29793 2 0.1484 0.753250 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM29796 2 0.6239 0.337402 0.068 0.564 0.032 0.332 0.004
#> GSM29799 3 0.5887 0.079551 0.000 0.104 0.588 0.300 0.008
#> GSM29802 3 0.2769 0.478559 0.024 0.000 0.892 0.020 0.064
#> GSM29805 3 0.5124 0.461859 0.044 0.000 0.744 0.076 0.136
#> GSM29814 5 0.6786 0.360724 0.004 0.248 0.080 0.084 0.584
#> GSM29817 3 0.3410 0.464965 0.052 0.000 0.860 0.064 0.024
#> GSM29822 3 0.3241 0.474142 0.052 0.000 0.872 0.040 0.036
#> GSM29825 3 0.8005 0.117827 0.300 0.000 0.352 0.264 0.084
#> GSM29828 1 0.0404 0.829617 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0566 0.828379 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM29834 1 0.0889 0.826509 0.976 0.004 0.012 0.004 0.004
#> GSM29785 2 0.4380 0.527221 0.000 0.692 0.012 0.288 0.008
#> GSM29788 4 0.6677 0.294130 0.000 0.304 0.224 0.468 0.004
#> GSM29791 2 0.3415 0.738787 0.004 0.856 0.008 0.080 0.052
#> GSM29794 2 0.3433 0.743190 0.004 0.856 0.008 0.064 0.068
#> GSM29797 2 0.5398 0.463799 0.032 0.612 0.012 0.336 0.008
#> GSM29800 4 0.6765 0.186917 0.000 0.220 0.368 0.408 0.004
#> GSM29803 3 0.4527 0.372721 0.000 0.004 0.752 0.172 0.072
#> GSM29806 3 0.6278 0.285578 0.000 0.004 0.560 0.208 0.228
#> GSM29815 5 0.6788 0.174334 0.000 0.316 0.036 0.132 0.516
#> GSM29819 3 0.5867 0.343063 0.000 0.000 0.604 0.180 0.216
#> GSM29823 3 0.7434 0.142209 0.132 0.052 0.544 0.244 0.028
#> GSM29826 4 0.7301 0.062239 0.044 0.000 0.308 0.456 0.192
#> GSM29829 1 0.3698 0.763188 0.844 0.000 0.028 0.064 0.064
#> GSM29832 1 0.3699 0.764794 0.848 0.004 0.028 0.076 0.044
#> GSM29835 1 0.4667 0.746478 0.800 0.044 0.028 0.096 0.032
#> GSM29836 2 0.3616 0.745821 0.004 0.828 0.000 0.052 0.116
#> GSM29839 2 0.4566 0.643501 0.044 0.788 0.040 0.124 0.004
#> GSM29842 2 0.3292 0.682086 0.000 0.836 0.016 0.140 0.008
#> GSM29845 3 0.6406 -0.089077 0.000 0.136 0.476 0.380 0.008
#> GSM29848 3 0.6698 -0.160068 0.000 0.204 0.424 0.368 0.004
#> GSM29851 3 0.3675 0.459983 0.124 0.000 0.828 0.032 0.016
#> GSM29854 3 0.6921 0.082476 0.048 0.000 0.436 0.408 0.108
#> GSM29857 3 0.5483 0.138021 0.000 0.000 0.512 0.064 0.424
#> GSM29860 2 0.4031 0.729773 0.008 0.804 0.004 0.044 0.140
#> GSM29863 3 0.6165 0.185459 0.104 0.004 0.548 0.336 0.008
#> GSM29866 1 0.0000 0.830352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 5 0.7414 0.345329 0.336 0.040 0.168 0.008 0.448
#> GSM29872 5 0.7678 0.305807 0.208 0.232 0.004 0.076 0.480
#> GSM29875 3 0.4464 0.457212 0.176 0.000 0.764 0.020 0.040
#> GSM29878 2 0.5657 0.568295 0.228 0.672 0.008 0.020 0.072
#> GSM29837 2 0.4926 0.697888 0.000 0.712 0.000 0.112 0.176
#> GSM29840 2 0.4327 0.644214 0.032 0.796 0.048 0.124 0.000
#> GSM29843 2 0.3476 0.656640 0.000 0.816 0.020 0.160 0.004
#> GSM29846 3 0.6258 -0.000315 0.000 0.116 0.528 0.344 0.012
#> GSM29849 3 0.6610 -0.134147 0.000 0.188 0.448 0.360 0.004
#> GSM29852 3 0.2591 0.473832 0.044 0.000 0.904 0.020 0.032
#> GSM29855 3 0.5466 0.256715 0.016 0.000 0.620 0.312 0.052
#> GSM29858 3 0.5092 0.093259 0.000 0.000 0.524 0.036 0.440
#> GSM29861 2 0.4074 0.726462 0.004 0.800 0.008 0.044 0.144
#> GSM29864 3 0.4377 0.362981 0.044 0.004 0.760 0.188 0.004
#> GSM29867 3 0.5994 0.278121 0.372 0.000 0.532 0.012 0.084
#> GSM29870 3 0.7048 0.000974 0.156 0.008 0.448 0.020 0.368
#> GSM29873 5 0.7304 0.438710 0.072 0.200 0.052 0.080 0.596
#> GSM29876 3 0.3518 0.476067 0.044 0.000 0.856 0.036 0.064
#> GSM29879 2 0.8624 0.093330 0.188 0.416 0.220 0.024 0.152
#> GSM29838 2 0.4106 0.736041 0.000 0.792 0.004 0.068 0.136
#> GSM29841 2 0.3863 0.676272 0.012 0.812 0.020 0.148 0.008
#> GSM29844 2 0.2756 0.707903 0.004 0.868 0.004 0.120 0.004
#> GSM29847 4 0.6762 0.228181 0.000 0.204 0.336 0.452 0.008
#> GSM29850 3 0.6830 -0.195403 0.000 0.240 0.396 0.360 0.004
#> GSM29853 3 0.3693 0.406339 0.008 0.008 0.840 0.096 0.048
#> GSM29856 4 0.5520 0.248883 0.004 0.004 0.248 0.652 0.092
#> GSM29859 5 0.6496 0.124028 0.000 0.012 0.376 0.136 0.476
#> GSM29862 2 0.4899 0.703510 0.004 0.744 0.008 0.096 0.148
#> GSM29865 3 0.5554 0.095445 0.000 0.004 0.528 0.408 0.060
#> GSM29868 1 0.7446 0.471116 0.560 0.024 0.064 0.200 0.152
#> GSM29871 5 0.6130 0.475540 0.000 0.060 0.196 0.092 0.652
#> GSM29874 2 0.7824 0.293954 0.056 0.448 0.020 0.164 0.312
#> GSM29877 3 0.3018 0.471625 0.036 0.000 0.884 0.044 0.036
#> GSM29880 2 0.4355 0.723096 0.004 0.796 0.012 0.088 0.100
#> GSM29881 3 0.6516 -0.046051 0.008 0.000 0.440 0.404 0.148
#> GSM29884 2 0.2462 0.718116 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008
#> GSM29887 2 0.2628 0.739241 0.000 0.884 0.000 0.088 0.028
#> GSM29890 5 0.6072 0.445483 0.316 0.000 0.128 0.004 0.552
#> GSM29893 1 0.0510 0.827166 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM29896 1 0.0451 0.829012 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM29899 1 0.6772 0.417270 0.604 0.000 0.092 0.120 0.184
#> GSM29902 5 0.4741 0.545636 0.240 0.000 0.044 0.008 0.708
#> GSM29905 5 0.5146 0.487509 0.300 0.000 0.036 0.016 0.648
#> GSM29908 1 0.0000 0.830352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.0579 0.827977 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM29958 1 0.0000 0.830352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.830352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5480 0.246340 0.008 0.000 0.632 0.284 0.076
#> GSM29885 2 0.3053 0.704137 0.000 0.852 0.008 0.128 0.012
#> GSM29888 2 0.2905 0.741398 0.000 0.868 0.000 0.096 0.036
#> GSM29891 5 0.5908 0.378497 0.128 0.000 0.276 0.004 0.592
#> GSM29894 1 0.1911 0.807830 0.932 0.000 0.036 0.028 0.004
#> GSM29897 1 0.0404 0.829617 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.7307 0.112996 0.108 0.000 0.448 0.084 0.360
#> GSM29903 5 0.5668 0.498060 0.220 0.000 0.136 0.004 0.640
#> GSM29906 5 0.5564 0.520621 0.252 0.000 0.088 0.012 0.648
#> GSM29909 1 0.4800 0.625678 0.760 0.012 0.072 0.008 0.148
#> GSM29956 1 0.0404 0.829617 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0404 0.829617 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0566 0.828604 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM29883 3 0.5861 0.004271 0.000 0.000 0.500 0.400 0.100
#> GSM29886 2 0.2249 0.725929 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM29889 2 0.2149 0.751033 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036
#> GSM29892 5 0.6259 0.503380 0.236 0.000 0.072 0.068 0.624
#> GSM29895 1 0.5177 0.707190 0.744 0.016 0.028 0.160 0.052
#> GSM29898 5 0.7523 0.363339 0.240 0.000 0.064 0.228 0.468
#> GSM29901 4 0.7434 0.110595 0.044 0.000 0.220 0.428 0.308
#> GSM29904 5 0.6175 0.475205 0.228 0.008 0.028 0.100 0.636
#> GSM29907 5 0.6312 0.508155 0.200 0.000 0.064 0.100 0.636
#> GSM29910 1 0.5498 0.677595 0.732 0.016 0.028 0.116 0.108
#> GSM29957 1 0.6032 0.653518 0.704 0.040 0.028 0.108 0.120
#> GSM29960 1 0.3610 0.771288 0.856 0.008 0.028 0.072 0.036
#> GSM29963 1 0.6638 0.530715 0.612 0.012 0.032 0.184 0.160
#> GSM29964 2 0.4170 0.734225 0.000 0.780 0.000 0.080 0.140
#> GSM29967 4 0.4548 0.433077 0.000 0.168 0.076 0.752 0.004
#> GSM29970 4 0.6478 0.244872 0.008 0.000 0.152 0.488 0.352
#> GSM29973 2 0.4637 0.712825 0.000 0.740 0.000 0.100 0.160
#> GSM29976 5 0.5428 0.325511 0.008 0.000 0.308 0.064 0.620
#> GSM29979 2 0.7127 0.222676 0.004 0.400 0.008 0.296 0.292
#> GSM29982 4 0.6003 0.367130 0.080 0.048 0.204 0.664 0.004
#> GSM29985 4 0.6846 0.076458 0.004 0.000 0.320 0.416 0.260
#> GSM29988 5 0.3701 0.551146 0.004 0.068 0.024 0.056 0.848
#> GSM29991 5 0.7603 0.370894 0.036 0.068 0.120 0.228 0.548
#> GSM29994 5 0.4450 0.561491 0.188 0.000 0.044 0.012 0.756
#> GSM29997 5 0.3271 0.577359 0.072 0.008 0.024 0.024 0.872
#> GSM30000 1 0.6787 0.035451 0.480 0.028 0.004 0.116 0.372
#> GSM30003 3 0.5547 0.317944 0.028 0.000 0.600 0.036 0.336
#> GSM29965 2 0.4712 0.711203 0.000 0.732 0.000 0.100 0.168
#> GSM29968 4 0.4637 0.430809 0.000 0.160 0.088 0.748 0.004
#> GSM29971 4 0.6518 0.187212 0.000 0.000 0.276 0.484 0.240
#> GSM29974 2 0.4879 0.694844 0.000 0.716 0.000 0.108 0.176
#> GSM29977 5 0.4885 0.200768 0.000 0.000 0.400 0.028 0.572
#> GSM29980 5 0.7451 -0.000296 0.000 0.308 0.032 0.288 0.372
#> GSM29983 4 0.5716 0.255355 0.052 0.012 0.332 0.596 0.008
#> GSM29986 3 0.5447 0.158282 0.000 0.000 0.572 0.356 0.072
#> GSM29989 5 0.3898 0.552803 0.000 0.040 0.084 0.044 0.832
#> GSM29992 5 0.7650 0.335511 0.024 0.068 0.148 0.232 0.528
#> GSM29995 1 0.4325 0.598871 0.756 0.000 0.048 0.004 0.192
#> GSM29998 5 0.3235 0.563038 0.024 0.004 0.072 0.028 0.872
#> GSM30001 5 0.6814 0.472982 0.072 0.016 0.104 0.184 0.624
#> GSM30004 3 0.4931 0.309078 0.016 0.000 0.624 0.016 0.344
#> GSM29966 2 0.3759 0.739087 0.000 0.808 0.000 0.056 0.136
#> GSM29969 4 0.4799 0.420096 0.000 0.228 0.060 0.708 0.004
#> GSM29972 4 0.5863 0.309878 0.004 0.008 0.100 0.616 0.272
#> GSM29975 2 0.4724 0.709921 0.000 0.732 0.000 0.104 0.164
#> GSM29978 5 0.5815 0.328954 0.000 0.000 0.272 0.136 0.592
#> GSM29981 2 0.7381 0.178282 0.000 0.360 0.028 0.344 0.268
#> GSM29984 4 0.5030 0.394028 0.000 0.052 0.220 0.708 0.020
#> GSM29987 4 0.5965 0.082723 0.000 0.000 0.392 0.496 0.112
#> GSM29990 5 0.5874 0.455708 0.004 0.120 0.032 0.164 0.680
#> GSM29993 5 0.7528 0.190642 0.000 0.112 0.112 0.316 0.460
#> GSM29996 5 0.6669 0.171669 0.368 0.000 0.032 0.112 0.488
#> GSM29999 5 0.2749 0.565340 0.004 0.012 0.028 0.060 0.896
#> GSM30002 5 0.7055 0.300703 0.012 0.088 0.056 0.328 0.516
#> GSM30005 3 0.6200 0.311376 0.000 0.004 0.568 0.180 0.248
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.5844 0.381731 0.000 0.316 0.064 0.568 0.036 0.016
#> GSM29786 4 0.6529 0.672557 0.000 0.108 0.236 0.536 0.120 0.000
#> GSM29789 2 0.1296 0.663387 0.004 0.948 0.004 0.044 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0972 0.678395 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM29795 1 0.6994 0.137438 0.464 0.168 0.000 0.116 0.252 0.000
#> GSM29798 4 0.5837 0.631461 0.000 0.072 0.368 0.512 0.048 0.000
#> GSM29801 3 0.4031 0.434842 0.208 0.012 0.752 0.012 0.012 0.004
#> GSM29804 3 0.8394 0.315897 0.192 0.000 0.392 0.124 0.136 0.156
#> GSM29807 6 0.7508 0.169846 0.004 0.244 0.024 0.296 0.056 0.376
#> GSM29816 3 0.5403 0.319323 0.016 0.000 0.588 0.020 0.048 0.328
#> GSM29821 3 0.6416 0.329486 0.212 0.024 0.600 0.048 0.108 0.008
#> GSM29824 1 0.5000 0.427367 0.648 0.000 0.024 0.024 0.284 0.020
#> GSM29827 1 0.0508 0.764080 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM29830 1 0.0717 0.763853 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> GSM29833 1 0.0862 0.763948 0.972 0.008 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29784 4 0.5257 0.172799 0.000 0.424 0.048 0.508 0.016 0.004
#> GSM29787 4 0.6751 0.655753 0.000 0.100 0.256 0.496 0.148 0.000
#> GSM29790 2 0.2320 0.637564 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.1584 0.680571 0.000 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> GSM29796 2 0.6871 0.098139 0.024 0.488 0.036 0.236 0.216 0.000
#> GSM29799 4 0.5293 0.527478 0.000 0.028 0.436 0.492 0.044 0.000
#> GSM29802 3 0.2811 0.492131 0.008 0.000 0.880 0.012 0.048 0.052
#> GSM29805 3 0.6443 0.448234 0.056 0.000 0.632 0.100 0.088 0.124
#> GSM29814 6 0.7787 0.259069 0.000 0.204 0.092 0.276 0.040 0.388
#> GSM29817 3 0.2596 0.477377 0.044 0.000 0.896 0.012 0.032 0.016
#> GSM29822 3 0.3051 0.469870 0.032 0.000 0.872 0.016 0.056 0.024
#> GSM29825 3 0.7889 0.000431 0.260 0.000 0.320 0.036 0.292 0.092
#> GSM29828 1 0.1590 0.760731 0.936 0.000 0.048 0.000 0.008 0.008
#> GSM29831 1 0.2069 0.749881 0.908 0.000 0.068 0.000 0.004 0.020
#> GSM29834 1 0.1901 0.750401 0.912 0.000 0.076 0.000 0.004 0.008
#> GSM29785 2 0.4866 0.058871 0.000 0.516 0.012 0.444 0.020 0.008
#> GSM29788 4 0.6843 0.647812 0.000 0.136 0.204 0.508 0.152 0.000
#> GSM29791 2 0.2934 0.640527 0.004 0.868 0.004 0.068 0.052 0.004
#> GSM29794 2 0.2930 0.658514 0.004 0.868 0.000 0.072 0.044 0.012
#> GSM29797 2 0.5949 0.354124 0.012 0.556 0.008 0.132 0.288 0.004
#> GSM29800 4 0.6095 0.668448 0.000 0.112 0.296 0.540 0.052 0.000
#> GSM29803 3 0.5876 0.337414 0.000 0.000 0.616 0.136 0.188 0.060
#> GSM29806 3 0.7659 0.191000 0.000 0.004 0.356 0.208 0.252 0.180
#> GSM29815 6 0.7851 0.156835 0.000 0.228 0.032 0.316 0.100 0.324
#> GSM29819 3 0.7339 0.275149 0.000 0.000 0.420 0.168 0.208 0.204
#> GSM29823 3 0.7351 0.215112 0.060 0.064 0.544 0.084 0.220 0.028
#> GSM29826 5 0.6962 0.280843 0.016 0.000 0.196 0.132 0.532 0.124
#> GSM29829 1 0.5216 0.644774 0.732 0.004 0.024 0.064 0.116 0.060
#> GSM29832 1 0.5393 0.640131 0.720 0.016 0.016 0.060 0.132 0.056
#> GSM29835 1 0.6746 0.598490 0.632 0.080 0.048 0.072 0.136 0.032
#> GSM29836 2 0.4060 0.670566 0.004 0.780 0.000 0.148 0.028 0.040
#> GSM29839 2 0.4450 0.537805 0.044 0.768 0.036 0.136 0.016 0.000
#> GSM29842 2 0.4545 0.385325 0.000 0.616 0.032 0.344 0.000 0.008
#> GSM29845 4 0.6066 0.620687 0.004 0.048 0.336 0.524 0.088 0.000
#> GSM29848 3 0.6712 -0.579049 0.000 0.116 0.408 0.384 0.092 0.000
#> GSM29851 3 0.3708 0.456935 0.136 0.000 0.808 0.024 0.020 0.012
#> GSM29854 5 0.7268 0.206039 0.036 0.000 0.260 0.132 0.484 0.088
#> GSM29857 3 0.7096 0.170333 0.004 0.000 0.372 0.168 0.088 0.368
#> GSM29860 2 0.4087 0.640328 0.004 0.744 0.000 0.188 0.000 0.064
#> GSM29863 3 0.7628 0.090705 0.152 0.000 0.384 0.152 0.296 0.016
#> GSM29866 1 0.1036 0.762305 0.964 0.000 0.024 0.004 0.000 0.008
#> GSM29869 6 0.8144 0.239052 0.248 0.064 0.172 0.100 0.008 0.408
#> GSM29872 6 0.8231 0.188052 0.192 0.192 0.004 0.288 0.028 0.296
#> GSM29875 3 0.4027 0.472297 0.200 0.000 0.752 0.004 0.012 0.032
#> GSM29878 2 0.4878 0.604289 0.144 0.728 0.020 0.092 0.000 0.016
#> GSM29837 2 0.6028 0.530758 0.000 0.556 0.004 0.284 0.036 0.120
#> GSM29840 2 0.4728 0.525714 0.024 0.752 0.064 0.132 0.028 0.000
#> GSM29843 2 0.4176 0.457281 0.000 0.708 0.044 0.244 0.004 0.000
#> GSM29846 4 0.5711 0.583064 0.000 0.028 0.368 0.516 0.088 0.000
#> GSM29849 3 0.6650 -0.544602 0.000 0.100 0.428 0.372 0.100 0.000
#> GSM29852 3 0.2351 0.476692 0.040 0.000 0.908 0.016 0.008 0.028
#> GSM29855 3 0.5684 -0.121966 0.000 0.000 0.464 0.072 0.432 0.032
#> GSM29858 3 0.6403 0.207208 0.000 0.000 0.464 0.108 0.068 0.360
#> GSM29861 2 0.4230 0.634081 0.004 0.728 0.000 0.200 0.000 0.068
#> GSM29864 3 0.6122 0.357107 0.068 0.000 0.620 0.124 0.176 0.012
#> GSM29867 3 0.5972 0.278290 0.348 0.000 0.520 0.016 0.016 0.100
#> GSM29870 3 0.6208 0.116468 0.092 0.000 0.480 0.036 0.012 0.380
#> GSM29873 6 0.8419 0.262270 0.064 0.188 0.052 0.292 0.044 0.360
#> GSM29876 3 0.2849 0.491486 0.024 0.000 0.876 0.004 0.028 0.068
#> GSM29879 2 0.8449 0.132454 0.108 0.416 0.196 0.116 0.012 0.152
#> GSM29838 2 0.4776 0.653372 0.000 0.716 0.004 0.184 0.028 0.068
#> GSM29841 2 0.4351 0.579293 0.008 0.776 0.020 0.120 0.072 0.004
#> GSM29844 2 0.3457 0.595348 0.004 0.808 0.008 0.152 0.028 0.000
#> GSM29847 4 0.6559 0.656223 0.000 0.076 0.284 0.500 0.140 0.000
#> GSM29850 4 0.6917 0.543609 0.000 0.144 0.376 0.384 0.096 0.000
#> GSM29853 3 0.4892 0.343297 0.000 0.008 0.732 0.120 0.104 0.036
#> GSM29856 5 0.4422 0.492819 0.000 0.004 0.096 0.084 0.772 0.044
#> GSM29859 6 0.7795 -0.036344 0.000 0.008 0.264 0.212 0.184 0.332
#> GSM29862 2 0.5433 0.596948 0.004 0.652 0.000 0.224 0.056 0.064
#> GSM29865 3 0.6803 0.074811 0.000 0.000 0.400 0.204 0.340 0.056
#> GSM29868 1 0.8914 0.110151 0.312 0.040 0.064 0.152 0.280 0.152
#> GSM29871 6 0.6911 0.384152 0.000 0.056 0.172 0.188 0.040 0.544
#> GSM29874 2 0.8164 0.123036 0.028 0.340 0.012 0.296 0.128 0.196
#> GSM29877 3 0.2351 0.490583 0.028 0.000 0.904 0.000 0.036 0.032
#> GSM29880 2 0.4612 0.637947 0.004 0.744 0.008 0.168 0.048 0.028
#> GSM29881 5 0.5815 0.544674 0.004 0.000 0.196 0.052 0.628 0.120
#> GSM29884 2 0.3309 0.622177 0.000 0.788 0.000 0.192 0.004 0.016
#> GSM29887 2 0.2846 0.653096 0.000 0.840 0.000 0.140 0.004 0.016
#> GSM29890 6 0.5629 0.357364 0.224 0.000 0.148 0.004 0.016 0.608
#> GSM29893 1 0.0696 0.764271 0.980 0.000 0.008 0.004 0.004 0.004
#> GSM29896 1 0.0881 0.764133 0.972 0.000 0.012 0.000 0.008 0.008
#> GSM29899 1 0.6626 0.366589 0.564 0.000 0.064 0.020 0.192 0.160
#> GSM29902 6 0.4929 0.474106 0.188 0.004 0.032 0.028 0.028 0.720
#> GSM29905 6 0.4586 0.439012 0.236 0.000 0.020 0.016 0.024 0.704
#> GSM29908 1 0.0146 0.763637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.0551 0.763468 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM29958 1 0.0508 0.763945 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.764175 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 5 0.5052 0.275270 0.004 0.000 0.444 0.008 0.500 0.044
#> GSM29885 2 0.3968 0.588627 0.000 0.744 0.008 0.220 0.012 0.016
#> GSM29888 2 0.3455 0.630713 0.000 0.776 0.000 0.200 0.004 0.020
#> GSM29891 6 0.5171 0.300713 0.064 0.000 0.260 0.012 0.016 0.648
#> GSM29894 1 0.2485 0.736956 0.884 0.000 0.088 0.004 0.004 0.020
#> GSM29897 1 0.1219 0.761969 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM29900 3 0.6919 0.136883 0.076 0.000 0.444 0.016 0.116 0.348
#> GSM29903 6 0.5239 0.390580 0.128 0.000 0.164 0.008 0.020 0.680
#> GSM29906 6 0.4853 0.439838 0.168 0.000 0.080 0.012 0.020 0.720
#> GSM29909 1 0.5665 0.413794 0.612 0.008 0.104 0.008 0.012 0.256
#> GSM29956 1 0.1080 0.763904 0.960 0.000 0.032 0.000 0.004 0.004
#> GSM29959 1 0.1296 0.761595 0.948 0.000 0.044 0.000 0.004 0.004
#> GSM29962 1 0.1850 0.756660 0.924 0.000 0.052 0.000 0.008 0.016
#> GSM29883 5 0.4868 0.486412 0.000 0.000 0.296 0.020 0.636 0.048
#> GSM29886 2 0.3086 0.636743 0.000 0.820 0.000 0.156 0.020 0.004
#> GSM29889 2 0.1949 0.663223 0.000 0.904 0.000 0.088 0.004 0.004
#> GSM29892 6 0.5959 0.449924 0.112 0.004 0.040 0.048 0.124 0.672
#> GSM29895 1 0.6488 0.582399 0.628 0.052 0.024 0.076 0.184 0.036
#> GSM29898 6 0.6808 0.243618 0.116 0.000 0.024 0.056 0.328 0.476
#> GSM29901 5 0.7008 0.229492 0.056 0.000 0.104 0.064 0.528 0.248
#> GSM29904 6 0.7024 0.411950 0.140 0.008 0.020 0.108 0.168 0.556
#> GSM29907 6 0.6648 0.405120 0.120 0.000 0.028 0.088 0.180 0.584
#> GSM29910 1 0.6963 0.530077 0.592 0.040 0.020 0.084 0.172 0.092
#> GSM29957 1 0.7841 0.422690 0.504 0.092 0.016 0.076 0.172 0.140
#> GSM29960 1 0.5294 0.654390 0.736 0.028 0.020 0.056 0.120 0.040
#> GSM29963 1 0.7443 0.433576 0.516 0.024 0.024 0.100 0.220 0.116
#> GSM29964 2 0.4455 0.642066 0.000 0.684 0.000 0.240 0.000 0.076
#> GSM29967 5 0.5122 0.426118 0.000 0.076 0.016 0.260 0.644 0.004
#> GSM29970 5 0.4899 0.576753 0.012 0.000 0.040 0.052 0.720 0.176
#> GSM29973 2 0.5375 0.616127 0.000 0.628 0.000 0.248 0.028 0.096
#> GSM29976 6 0.5613 0.287106 0.012 0.000 0.228 0.020 0.112 0.628
#> GSM29979 2 0.8078 0.159694 0.012 0.324 0.008 0.248 0.232 0.176
#> GSM29982 5 0.5038 0.572356 0.056 0.012 0.108 0.092 0.732 0.000
#> GSM29985 5 0.5660 0.507346 0.008 0.000 0.144 0.024 0.632 0.192
#> GSM29988 6 0.5610 0.470348 0.008 0.076 0.012 0.196 0.040 0.668
#> GSM29991 6 0.5803 0.295274 0.004 0.012 0.052 0.336 0.036 0.560
#> GSM29994 6 0.3827 0.485530 0.124 0.000 0.032 0.016 0.020 0.808
#> GSM29997 6 0.5665 0.499722 0.096 0.020 0.032 0.120 0.028 0.704
#> GSM30000 1 0.7136 -0.089132 0.404 0.012 0.004 0.092 0.116 0.372
#> GSM30003 3 0.6177 0.287443 0.020 0.000 0.512 0.084 0.032 0.352
#> GSM29965 2 0.5333 0.591207 0.000 0.576 0.000 0.300 0.004 0.120
#> GSM29968 5 0.5066 0.416013 0.000 0.076 0.020 0.260 0.644 0.000
#> GSM29971 5 0.5109 0.559380 0.000 0.000 0.128 0.040 0.696 0.136
#> GSM29974 2 0.5707 0.582021 0.000 0.596 0.004 0.264 0.028 0.108
#> GSM29977 6 0.5173 0.177034 0.000 0.000 0.328 0.016 0.068 0.588
#> GSM29980 4 0.8112 -0.302292 0.000 0.200 0.024 0.308 0.224 0.244
#> GSM29983 5 0.5509 0.528047 0.036 0.008 0.200 0.100 0.656 0.000
#> GSM29986 5 0.5483 0.362451 0.000 0.000 0.376 0.032 0.532 0.060
#> GSM29989 6 0.5675 0.472433 0.000 0.056 0.084 0.160 0.024 0.676
#> GSM29992 6 0.5590 0.266490 0.000 0.004 0.060 0.364 0.032 0.540
#> GSM29995 1 0.4948 0.394587 0.612 0.000 0.080 0.004 0.000 0.304
#> GSM29998 6 0.4687 0.489859 0.020 0.008 0.072 0.124 0.016 0.760
#> GSM30001 6 0.7092 0.346335 0.044 0.008 0.044 0.180 0.188 0.536
#> GSM30004 3 0.5244 0.205809 0.012 0.000 0.536 0.036 0.016 0.400
#> GSM29966 2 0.4121 0.654373 0.000 0.720 0.000 0.220 0.000 0.060
#> GSM29969 5 0.5106 0.423368 0.000 0.092 0.016 0.248 0.644 0.000
#> GSM29972 5 0.3511 0.584412 0.004 0.004 0.020 0.044 0.836 0.092
#> GSM29975 2 0.5501 0.607688 0.000 0.620 0.004 0.252 0.024 0.100
#> GSM29978 6 0.6238 0.317455 0.000 0.000 0.180 0.052 0.212 0.556
#> GSM29981 5 0.7840 -0.131244 0.008 0.240 0.008 0.260 0.352 0.132
#> GSM29984 5 0.4211 0.564534 0.000 0.028 0.076 0.124 0.772 0.000
#> GSM29987 5 0.5830 0.479359 0.000 0.000 0.164 0.096 0.636 0.104
#> GSM29990 6 0.7692 0.335870 0.008 0.100 0.024 0.288 0.164 0.416
#> GSM29993 6 0.6384 0.140147 0.000 0.040 0.040 0.420 0.056 0.444
#> GSM29996 6 0.7907 0.154149 0.276 0.008 0.024 0.120 0.184 0.388
#> GSM29999 6 0.4282 0.502214 0.000 0.024 0.012 0.144 0.048 0.772
#> GSM30002 6 0.7589 0.217252 0.004 0.060 0.024 0.276 0.280 0.356
#> GSM30005 3 0.7577 0.232442 0.000 0.000 0.356 0.208 0.232 0.204
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:skmeans 159 3.96e-02 0.0612 1.75e-09 2
#> MAD:skmeans 126 6.06e-06 0.6577 1.87e-15 3
#> MAD:skmeans 106 1.95e-09 0.8796 1.41e-18 4
#> MAD:skmeans 72 1.41e-06 0.9605 5.00e-09 5
#> MAD:skmeans 73 2.80e-08 0.8720 3.68e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.457 0.756 0.894 0.4963 0.500 0.500
#> 3 3 0.402 0.667 0.812 0.2923 0.784 0.595
#> 4 4 0.384 0.455 0.708 0.1084 0.951 0.862
#> 5 5 0.452 0.483 0.696 0.0719 0.884 0.657
#> 6 6 0.529 0.411 0.659 0.0484 0.954 0.820
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.0376 0.8829 0.004 0.996
#> GSM29786 2 0.7950 0.6710 0.240 0.760
#> GSM29789 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29798 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29801 2 0.1414 0.8788 0.020 0.980
#> GSM29804 2 0.9933 0.1459 0.452 0.548
#> GSM29807 2 0.8861 0.5191 0.304 0.696
#> GSM29816 1 0.1184 0.8583 0.984 0.016
#> GSM29821 2 0.7745 0.6858 0.228 0.772
#> GSM29824 1 0.5519 0.7953 0.872 0.128
#> GSM29827 2 0.7745 0.6928 0.228 0.772
#> GSM29830 2 0.6247 0.7762 0.156 0.844
#> GSM29833 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29784 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29787 2 0.5629 0.8032 0.132 0.868
#> GSM29790 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29799 2 0.1843 0.8742 0.028 0.972
#> GSM29802 1 0.8909 0.5692 0.692 0.308
#> GSM29805 1 0.8499 0.6142 0.724 0.276
#> GSM29814 2 0.9209 0.4540 0.336 0.664
#> GSM29817 1 0.9970 0.1490 0.532 0.468
#> GSM29822 1 0.6712 0.7558 0.824 0.176
#> GSM29825 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29828 2 0.9970 0.0835 0.468 0.532
#> GSM29831 2 0.8207 0.6521 0.256 0.744
#> GSM29834 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29785 2 0.5629 0.8007 0.132 0.868
#> GSM29788 1 0.8713 0.5724 0.708 0.292
#> GSM29791 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.2423 0.8681 0.040 0.960
#> GSM29797 2 0.1184 0.8801 0.016 0.984
#> GSM29800 1 0.8081 0.6453 0.752 0.248
#> GSM29803 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29806 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29815 1 0.3274 0.8400 0.940 0.060
#> GSM29819 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29823 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29826 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29829 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29832 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29835 1 0.5519 0.7896 0.872 0.128
#> GSM29836 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29845 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29848 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29851 2 0.2236 0.8706 0.036 0.964
#> GSM29854 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.2778 0.8441 0.952 0.048
#> GSM29860 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0672 0.8607 0.992 0.008
#> GSM29866 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29869 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29872 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29875 2 0.5178 0.8197 0.116 0.884
#> GSM29878 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29846 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29849 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29852 1 0.9833 0.2954 0.576 0.424
#> GSM29855 1 0.0672 0.8602 0.992 0.008
#> GSM29858 1 0.7139 0.7371 0.804 0.196
#> GSM29861 2 0.1414 0.8780 0.020 0.980
#> GSM29864 1 0.0672 0.8603 0.992 0.008
#> GSM29867 2 0.9795 0.2663 0.416 0.584
#> GSM29870 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29873 2 0.4298 0.8358 0.088 0.912
#> GSM29876 2 0.6048 0.7876 0.148 0.852
#> GSM29879 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29838 2 0.4690 0.8299 0.100 0.900
#> GSM29841 2 0.9522 0.3943 0.372 0.628
#> GSM29844 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.6247 0.7774 0.156 0.844
#> GSM29850 2 0.1184 0.8802 0.016 0.984
#> GSM29853 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29856 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29859 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29862 1 0.9427 0.4569 0.640 0.360
#> GSM29865 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29868 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29871 1 0.7139 0.7232 0.804 0.196
#> GSM29874 1 0.8386 0.6383 0.732 0.268
#> GSM29877 1 0.7219 0.7299 0.800 0.200
#> GSM29880 2 0.4690 0.8222 0.100 0.900
#> GSM29881 2 0.8016 0.6607 0.244 0.756
#> GSM29884 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.9209 0.4938 0.664 0.336
#> GSM29893 1 0.6247 0.7628 0.844 0.156
#> GSM29896 2 0.6148 0.7795 0.152 0.848
#> GSM29899 1 0.2948 0.8459 0.948 0.052
#> GSM29902 2 0.8661 0.5793 0.288 0.712
#> GSM29905 2 0.9996 -0.0125 0.488 0.512
#> GSM29908 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29955 2 0.2948 0.8636 0.052 0.948
#> GSM29958 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29961 2 0.3733 0.8461 0.072 0.928
#> GSM29882 1 0.4562 0.8214 0.904 0.096
#> GSM29885 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.2948 0.8441 0.948 0.052
#> GSM29894 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.9963 0.1824 0.536 0.464
#> GSM29900 1 0.0376 0.8612 0.996 0.004
#> GSM29903 2 0.9552 0.3943 0.376 0.624
#> GSM29906 2 0.9661 0.3249 0.392 0.608
#> GSM29909 2 0.6343 0.7569 0.160 0.840
#> GSM29956 2 0.7674 0.6857 0.224 0.776
#> GSM29959 2 0.0938 0.8808 0.012 0.988
#> GSM29962 2 0.0376 0.8829 0.004 0.996
#> GSM29883 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29886 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29895 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29898 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29901 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29904 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29907 1 0.0376 0.8612 0.996 0.004
#> GSM29910 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29957 1 0.3431 0.8377 0.936 0.064
#> GSM29960 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29963 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29964 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.1414 0.8786 0.020 0.980
#> GSM29970 1 0.7602 0.7058 0.780 0.220
#> GSM29973 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.9996 0.0935 0.512 0.488
#> GSM29979 2 0.4939 0.8184 0.108 0.892
#> GSM29982 1 0.9896 0.2587 0.560 0.440
#> GSM29985 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29988 2 0.1414 0.8782 0.020 0.980
#> GSM29991 2 0.8861 0.5568 0.304 0.696
#> GSM29994 2 0.9552 0.3847 0.376 0.624
#> GSM29997 1 0.9286 0.5125 0.656 0.344
#> GSM30000 2 0.1184 0.8800 0.016 0.984
#> GSM30003 1 0.9170 0.4987 0.668 0.332
#> GSM29965 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0376 0.8831 0.004 0.996
#> GSM29971 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29974 2 0.0376 0.8829 0.004 0.996
#> GSM29977 1 0.1633 0.8560 0.976 0.024
#> GSM29980 1 0.9881 0.2629 0.564 0.436
#> GSM29983 1 0.7528 0.7145 0.784 0.216
#> GSM29986 1 0.0376 0.8613 0.996 0.004
#> GSM29989 2 0.9795 0.2673 0.416 0.584
#> GSM29992 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29995 2 0.7815 0.6820 0.232 0.768
#> GSM29998 1 0.9795 0.3246 0.584 0.416
#> GSM30001 1 0.9881 0.2621 0.564 0.436
#> GSM30004 1 0.6438 0.7544 0.836 0.164
#> GSM29966 2 0.0000 0.8839 0.000 1.000
#> GSM29969 1 0.9909 0.2354 0.556 0.444
#> GSM29972 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29975 2 0.8555 0.5695 0.280 0.720
#> GSM29978 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29981 1 0.0672 0.8605 0.992 0.008
#> GSM29984 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29987 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29990 1 0.0672 0.8605 0.992 0.008
#> GSM29993 1 0.8608 0.6089 0.716 0.284
#> GSM29996 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM29999 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM30002 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
#> GSM30005 1 0.0000 0.8619 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.0237 0.87029 0.000 0.996 0.004
#> GSM29786 2 0.4842 0.67848 0.000 0.776 0.224
#> GSM29789 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29795 2 0.2261 0.84667 0.068 0.932 0.000
#> GSM29798 2 0.0475 0.87006 0.004 0.992 0.004
#> GSM29801 2 0.3253 0.83929 0.036 0.912 0.052
#> GSM29804 2 0.9405 0.02271 0.192 0.484 0.324
#> GSM29807 1 0.9323 0.56252 0.500 0.312 0.188
#> GSM29816 1 0.6659 0.61531 0.668 0.028 0.304
#> GSM29821 2 0.6622 0.67925 0.088 0.748 0.164
#> GSM29824 3 0.7431 0.60515 0.188 0.116 0.696
#> GSM29827 2 0.8396 0.49684 0.196 0.624 0.180
#> GSM29830 2 0.7930 0.55653 0.164 0.664 0.172
#> GSM29833 2 0.1529 0.86016 0.040 0.960 0.000
#> GSM29784 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29787 2 0.3425 0.81103 0.004 0.884 0.112
#> GSM29790 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29799 2 0.1399 0.86519 0.004 0.968 0.028
#> GSM29802 1 0.8666 0.62430 0.544 0.120 0.336
#> GSM29805 1 0.7681 0.46976 0.540 0.048 0.412
#> GSM29814 1 0.8398 0.65635 0.624 0.192 0.184
#> GSM29817 1 0.8890 0.63690 0.544 0.148 0.308
#> GSM29822 1 0.6910 0.52283 0.584 0.020 0.396
#> GSM29825 1 0.5968 0.51053 0.636 0.000 0.364
#> GSM29828 1 0.9823 0.39104 0.428 0.284 0.288
#> GSM29831 1 0.6905 0.62489 0.676 0.280 0.044
#> GSM29834 2 0.1643 0.86140 0.044 0.956 0.000
#> GSM29785 2 0.3340 0.80563 0.000 0.880 0.120
#> GSM29788 3 0.4346 0.62348 0.000 0.184 0.816
#> GSM29791 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 2 0.2434 0.85639 0.024 0.940 0.036
#> GSM29797 2 0.2903 0.85391 0.048 0.924 0.028
#> GSM29800 3 0.3752 0.67027 0.000 0.144 0.856
#> GSM29803 3 0.0747 0.75257 0.016 0.000 0.984
#> GSM29806 3 0.0592 0.75380 0.012 0.000 0.988
#> GSM29815 3 0.7043 -0.12297 0.400 0.024 0.576
#> GSM29819 3 0.0424 0.75313 0.008 0.000 0.992
#> GSM29823 3 0.0747 0.75257 0.016 0.000 0.984
#> GSM29826 3 0.2261 0.74721 0.068 0.000 0.932
#> GSM29829 3 0.0000 0.75279 0.000 0.000 1.000
#> GSM29832 3 0.1031 0.75633 0.024 0.000 0.976
#> GSM29835 3 0.5426 0.66778 0.092 0.088 0.820
#> GSM29836 2 0.0892 0.86779 0.020 0.980 0.000
#> GSM29839 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0237 0.87027 0.004 0.996 0.000
#> GSM29848 2 0.0424 0.86964 0.008 0.992 0.000
#> GSM29851 2 0.2173 0.85686 0.008 0.944 0.048
#> GSM29854 3 0.2356 0.74452 0.072 0.000 0.928
#> GSM29857 1 0.6799 0.47607 0.532 0.012 0.456
#> GSM29860 2 0.1031 0.86818 0.024 0.976 0.000
#> GSM29863 3 0.2845 0.74515 0.068 0.012 0.920
#> GSM29866 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29869 2 0.1529 0.85683 0.040 0.960 0.000
#> GSM29872 2 0.1643 0.86438 0.044 0.956 0.000
#> GSM29875 2 0.8064 0.27270 0.328 0.588 0.084
#> GSM29878 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29837 2 0.1482 0.86626 0.020 0.968 0.012
#> GSM29840 2 0.0237 0.87019 0.004 0.996 0.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0237 0.87027 0.004 0.996 0.000
#> GSM29849 2 0.0892 0.86787 0.020 0.980 0.000
#> GSM29852 1 0.8700 0.64626 0.576 0.148 0.276
#> GSM29855 1 0.6140 0.50368 0.596 0.000 0.404
#> GSM29858 1 0.8125 0.61495 0.576 0.084 0.340
#> GSM29861 2 0.6742 0.42904 0.316 0.656 0.028
#> GSM29864 3 0.6192 -0.15456 0.420 0.000 0.580
#> GSM29867 1 0.8160 0.65253 0.608 0.288 0.104
#> GSM29870 1 0.5882 0.55861 0.652 0.348 0.000
#> GSM29873 1 0.8144 0.57260 0.572 0.344 0.084
#> GSM29876 1 0.6482 0.66623 0.716 0.244 0.040
#> GSM29879 2 0.0424 0.86964 0.008 0.992 0.000
#> GSM29838 2 0.5792 0.68171 0.036 0.772 0.192
#> GSM29841 3 0.6308 0.08250 0.000 0.492 0.508
#> GSM29844 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.3851 0.78784 0.004 0.860 0.136
#> GSM29850 2 0.2414 0.85491 0.020 0.940 0.040
#> GSM29853 3 0.0000 0.75279 0.000 0.000 1.000
#> GSM29856 3 0.2165 0.74476 0.064 0.000 0.936
#> GSM29859 1 0.6267 0.47993 0.548 0.000 0.452
#> GSM29862 3 0.7622 0.40068 0.080 0.272 0.648
#> GSM29865 3 0.0237 0.75242 0.004 0.000 0.996
#> GSM29868 3 0.0000 0.75279 0.000 0.000 1.000
#> GSM29871 1 0.9001 0.64356 0.548 0.172 0.280
#> GSM29874 3 0.7298 0.49644 0.088 0.220 0.692
#> GSM29877 3 0.9336 -0.41435 0.416 0.164 0.420
#> GSM29880 2 0.4253 0.80153 0.048 0.872 0.080
#> GSM29881 2 0.6895 0.58663 0.064 0.708 0.228
#> GSM29884 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29890 1 0.5884 0.56723 0.716 0.012 0.272
#> GSM29893 3 0.6605 0.66837 0.152 0.096 0.752
#> GSM29896 2 0.9579 0.06951 0.340 0.452 0.208
#> GSM29899 3 0.6348 0.66647 0.188 0.060 0.752
#> GSM29902 2 0.9258 0.22788 0.256 0.528 0.216
#> GSM29905 3 0.9757 0.00382 0.324 0.244 0.432
#> GSM29908 2 0.2625 0.84123 0.084 0.916 0.000
#> GSM29955 2 0.5692 0.67988 0.268 0.724 0.008
#> GSM29958 2 0.2261 0.85003 0.068 0.932 0.000
#> GSM29961 2 0.6254 0.71843 0.188 0.756 0.056
#> GSM29882 1 0.5219 0.65991 0.788 0.016 0.196
#> GSM29885 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29891 1 0.5731 0.64720 0.752 0.020 0.228
#> GSM29894 3 0.4931 0.65884 0.232 0.000 0.768
#> GSM29897 1 0.9773 0.27565 0.412 0.236 0.352
#> GSM29900 1 0.4575 0.65586 0.812 0.004 0.184
#> GSM29903 1 0.3181 0.67485 0.912 0.064 0.024
#> GSM29906 1 0.5974 0.69031 0.784 0.148 0.068
#> GSM29909 1 0.4645 0.68479 0.816 0.176 0.008
#> GSM29956 1 0.4293 0.66494 0.832 0.164 0.004
#> GSM29959 2 0.6339 0.45213 0.360 0.632 0.008
#> GSM29962 2 0.4002 0.79283 0.160 0.840 0.000
#> GSM29883 3 0.0892 0.75400 0.020 0.000 0.980
#> GSM29886 2 0.0237 0.87007 0.004 0.996 0.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 3 0.5722 0.56527 0.292 0.004 0.704
#> GSM29895 3 0.1643 0.75814 0.044 0.000 0.956
#> GSM29898 3 0.2796 0.73863 0.092 0.000 0.908
#> GSM29901 3 0.0892 0.75494 0.020 0.000 0.980
#> GSM29904 3 0.3686 0.72498 0.140 0.000 0.860
#> GSM29907 3 0.2584 0.74754 0.064 0.008 0.928
#> GSM29910 3 0.1031 0.75644 0.024 0.000 0.976
#> GSM29957 3 0.3406 0.74038 0.028 0.068 0.904
#> GSM29960 3 0.5529 0.62681 0.296 0.000 0.704
#> GSM29963 3 0.1411 0.75752 0.036 0.000 0.964
#> GSM29964 2 0.0424 0.86999 0.008 0.992 0.000
#> GSM29967 2 0.3587 0.82785 0.088 0.892 0.020
#> GSM29970 3 0.7841 0.56483 0.272 0.092 0.636
#> GSM29973 2 0.0592 0.86954 0.012 0.988 0.000
#> GSM29976 1 0.6783 0.66290 0.744 0.116 0.140
#> GSM29979 2 0.6037 0.72968 0.100 0.788 0.112
#> GSM29982 3 0.8916 0.35467 0.152 0.304 0.544
#> GSM29985 3 0.6204 0.37272 0.424 0.000 0.576
#> GSM29988 2 0.6275 0.51021 0.348 0.644 0.008
#> GSM29991 2 0.9616 -0.20966 0.376 0.420 0.204
#> GSM29994 1 0.6138 0.68704 0.768 0.172 0.060
#> GSM29997 1 0.9277 0.37529 0.496 0.176 0.328
#> GSM30000 2 0.3293 0.82730 0.088 0.900 0.012
#> GSM30003 3 0.5618 0.52524 0.008 0.260 0.732
#> GSM29965 2 0.0424 0.86999 0.008 0.992 0.000
#> GSM29968 2 0.3213 0.83346 0.092 0.900 0.008
#> GSM29971 1 0.4346 0.62858 0.816 0.000 0.184
#> GSM29974 2 0.0661 0.87027 0.008 0.988 0.004
#> GSM29977 1 0.4915 0.65837 0.804 0.012 0.184
#> GSM29980 1 0.9700 0.49295 0.428 0.224 0.348
#> GSM29983 3 0.7766 0.54289 0.148 0.176 0.676
#> GSM29986 1 0.5926 0.52532 0.644 0.000 0.356
#> GSM29989 1 0.4164 0.68656 0.848 0.144 0.008
#> GSM29992 2 0.4235 0.71324 0.176 0.824 0.000
#> GSM29995 1 0.3784 0.67957 0.864 0.132 0.004
#> GSM29998 1 0.4233 0.68166 0.836 0.160 0.004
#> GSM30001 1 0.8866 0.65269 0.572 0.180 0.248
#> GSM30004 3 0.6026 0.56848 0.244 0.024 0.732
#> GSM29966 2 0.0892 0.86843 0.020 0.980 0.000
#> GSM29969 3 0.8334 0.14013 0.080 0.440 0.480
#> GSM29972 3 0.4291 0.71441 0.180 0.000 0.820
#> GSM29975 2 0.6351 0.66164 0.072 0.760 0.168
#> GSM29978 3 0.3482 0.69025 0.128 0.000 0.872
#> GSM29981 3 0.3425 0.74263 0.112 0.004 0.884
#> GSM29984 3 0.2878 0.73921 0.096 0.000 0.904
#> GSM29987 3 0.0237 0.75242 0.004 0.000 0.996
#> GSM29990 3 0.2537 0.74392 0.080 0.000 0.920
#> GSM29993 3 0.5202 0.59511 0.008 0.220 0.772
#> GSM29996 3 0.3752 0.70895 0.144 0.000 0.856
#> GSM29999 3 0.5560 0.50399 0.300 0.000 0.700
#> GSM30002 3 0.1170 0.75661 0.016 0.008 0.976
#> GSM30005 3 0.0424 0.75476 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.0188 0.76744 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM29786 2 0.3975 0.55790 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM29789 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0592 0.76764 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM29795 2 0.2401 0.74168 0.004 0.904 0.000 0.092
#> GSM29798 2 0.0376 0.76794 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM29801 2 0.6225 0.57467 0.044 0.720 0.076 0.160
#> GSM29804 2 0.9584 -0.35682 0.136 0.360 0.288 0.216
#> GSM29807 1 0.8542 0.33466 0.524 0.212 0.180 0.084
#> GSM29816 1 0.7315 0.46224 0.572 0.020 0.284 0.124
#> GSM29821 2 0.7548 0.33476 0.036 0.600 0.184 0.180
#> GSM29824 4 0.8166 0.07222 0.088 0.072 0.420 0.420
#> GSM29827 2 0.9040 -0.30555 0.212 0.372 0.072 0.344
#> GSM29830 2 0.9035 -0.12335 0.148 0.452 0.120 0.280
#> GSM29833 2 0.3910 0.67215 0.024 0.820 0.000 0.156
#> GSM29784 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.3908 0.69878 0.008 0.844 0.116 0.032
#> GSM29790 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29799 2 0.1443 0.76466 0.004 0.960 0.028 0.008
#> GSM29802 1 0.7989 0.45599 0.516 0.064 0.324 0.096
#> GSM29805 1 0.8067 0.32000 0.432 0.012 0.328 0.228
#> GSM29814 1 0.7362 0.45807 0.648 0.072 0.148 0.132
#> GSM29817 1 0.8445 0.48156 0.536 0.100 0.232 0.132
#> GSM29822 1 0.6216 0.42021 0.576 0.008 0.372 0.044
#> GSM29825 1 0.7028 0.41740 0.560 0.000 0.280 0.160
#> GSM29828 1 0.9682 -0.03206 0.360 0.236 0.252 0.152
#> GSM29831 1 0.7139 0.36550 0.628 0.184 0.024 0.164
#> GSM29834 2 0.4139 0.67718 0.040 0.816 0.000 0.144
#> GSM29785 2 0.2647 0.71586 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM29788 3 0.4491 0.47099 0.000 0.140 0.800 0.060
#> GSM29791 2 0.0336 0.76824 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM29794 2 0.2364 0.75878 0.008 0.928 0.036 0.028
#> GSM29797 2 0.3707 0.72773 0.004 0.852 0.032 0.112
#> GSM29800 3 0.3931 0.50597 0.000 0.128 0.832 0.040
#> GSM29803 3 0.2797 0.62286 0.032 0.000 0.900 0.068
#> GSM29806 3 0.2805 0.61309 0.012 0.000 0.888 0.100
#> GSM29815 3 0.8184 -0.04385 0.344 0.012 0.392 0.252
#> GSM29819 3 0.2775 0.62040 0.020 0.000 0.896 0.084
#> GSM29823 3 0.2282 0.61589 0.024 0.000 0.924 0.052
#> GSM29826 3 0.3836 0.59261 0.016 0.000 0.816 0.168
#> GSM29829 3 0.1118 0.61992 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM29832 3 0.1724 0.62911 0.020 0.000 0.948 0.032
#> GSM29835 3 0.7002 0.34815 0.064 0.052 0.628 0.256
#> GSM29836 2 0.2813 0.75037 0.024 0.896 0.000 0.080
#> GSM29839 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0524 0.76799 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM29848 2 0.0657 0.76825 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM29851 2 0.3504 0.73649 0.016 0.880 0.056 0.048
#> GSM29854 3 0.4290 0.55702 0.016 0.000 0.772 0.212
#> GSM29857 1 0.7178 0.38083 0.508 0.012 0.380 0.100
#> GSM29860 2 0.2313 0.75794 0.044 0.924 0.000 0.032
#> GSM29863 3 0.4756 0.53814 0.020 0.004 0.744 0.232
#> GSM29866 2 0.2466 0.73168 0.004 0.900 0.000 0.096
#> GSM29869 2 0.3266 0.72598 0.040 0.876 0.000 0.084
#> GSM29872 2 0.3760 0.70991 0.028 0.836 0.000 0.136
#> GSM29875 2 0.8755 -0.03616 0.268 0.452 0.060 0.220
#> GSM29878 2 0.1389 0.75941 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM29837 2 0.3266 0.74327 0.048 0.884 0.004 0.064
#> GSM29840 2 0.0188 0.76770 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0524 0.76799 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM29849 2 0.1575 0.76492 0.028 0.956 0.004 0.012
#> GSM29852 1 0.7862 0.45205 0.548 0.096 0.292 0.064
#> GSM29855 1 0.7503 0.40080 0.496 0.000 0.276 0.228
#> GSM29858 1 0.7826 0.48115 0.564 0.068 0.272 0.096
#> GSM29861 2 0.6827 0.27082 0.368 0.548 0.016 0.068
#> GSM29864 3 0.7282 -0.06458 0.348 0.000 0.492 0.160
#> GSM29867 1 0.8154 0.35536 0.520 0.284 0.052 0.144
#> GSM29870 1 0.5024 0.34703 0.632 0.360 0.000 0.008
#> GSM29873 1 0.7556 0.38807 0.572 0.288 0.056 0.084
#> GSM29876 1 0.6350 0.47251 0.696 0.200 0.060 0.044
#> GSM29879 2 0.0779 0.76845 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM29838 2 0.7676 0.39225 0.072 0.568 0.076 0.284
#> GSM29841 3 0.5856 -0.13937 0.000 0.464 0.504 0.032
#> GSM29844 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.3432 0.69009 0.004 0.848 0.140 0.008
#> GSM29850 2 0.4033 0.71424 0.024 0.856 0.068 0.052
#> GSM29853 3 0.1389 0.61863 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM29856 3 0.4175 0.55933 0.012 0.000 0.776 0.212
#> GSM29859 1 0.6797 0.40394 0.536 0.000 0.356 0.108
#> GSM29862 3 0.9152 0.00248 0.120 0.176 0.448 0.256
#> GSM29865 3 0.1356 0.62794 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM29868 3 0.2814 0.57826 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM29871 1 0.8519 0.46771 0.536 0.156 0.208 0.100
#> GSM29874 3 0.8795 0.06021 0.136 0.096 0.452 0.316
#> GSM29877 3 0.8920 -0.28841 0.372 0.136 0.392 0.100
#> GSM29880 2 0.4979 0.66110 0.064 0.796 0.120 0.020
#> GSM29881 2 0.7476 0.24929 0.032 0.600 0.208 0.160
#> GSM29884 2 0.1211 0.76406 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM29887 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29890 1 0.7485 0.23650 0.560 0.012 0.212 0.216
#> GSM29893 3 0.6977 0.20971 0.052 0.048 0.600 0.300
#> GSM29896 4 0.9147 0.29651 0.272 0.172 0.116 0.440
#> GSM29899 3 0.8517 -0.17978 0.156 0.056 0.436 0.352
#> GSM29902 2 0.9268 -0.20777 0.240 0.444 0.144 0.172
#> GSM29905 1 0.9761 -0.24514 0.316 0.184 0.312 0.188
#> GSM29908 2 0.6065 0.42678 0.080 0.644 0.000 0.276
#> GSM29955 4 0.7765 0.15952 0.200 0.380 0.004 0.416
#> GSM29958 2 0.5203 0.55797 0.048 0.720 0.000 0.232
#> GSM29961 2 0.7734 -0.00731 0.108 0.472 0.032 0.388
#> GSM29882 1 0.5991 0.50337 0.712 0.008 0.148 0.132
#> GSM29885 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.76712 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29891 1 0.4854 0.49790 0.736 0.016 0.240 0.008
#> GSM29894 3 0.6685 0.27360 0.124 0.000 0.592 0.284
#> GSM29897 4 0.9666 0.15177 0.264 0.140 0.248 0.348
#> GSM29900 1 0.5271 0.50930 0.748 0.004 0.180 0.068
#> GSM29903 1 0.3687 0.48847 0.868 0.048 0.012 0.072
#> GSM29906 1 0.5208 0.48762 0.784 0.132 0.052 0.032
#> GSM29909 1 0.5479 0.45324 0.748 0.156 0.008 0.088
#> GSM29956 1 0.6840 0.04554 0.468 0.100 0.000 0.432
#> GSM29959 2 0.8034 -0.13800 0.244 0.416 0.008 0.332
#> GSM29962 2 0.5569 0.58444 0.104 0.724 0.000 0.172
#> GSM29883 3 0.2706 0.61231 0.020 0.000 0.900 0.080
#> GSM29886 2 0.3831 0.65525 0.004 0.792 0.000 0.204
#> GSM29889 2 0.3074 0.70029 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM29892 3 0.6827 0.25648 0.304 0.000 0.568 0.128
#> GSM29895 3 0.3479 0.58663 0.012 0.000 0.840 0.148
#> GSM29898 3 0.3547 0.60610 0.072 0.000 0.864 0.064
#> GSM29901 3 0.2918 0.62095 0.008 0.000 0.876 0.116
#> GSM29904 3 0.4890 0.57090 0.144 0.000 0.776 0.080
#> GSM29907 3 0.1930 0.62235 0.056 0.004 0.936 0.004
#> GSM29910 3 0.2546 0.62905 0.028 0.000 0.912 0.060
#> GSM29957 3 0.3857 0.60341 0.020 0.060 0.864 0.056
#> GSM29960 4 0.7500 0.14254 0.180 0.000 0.404 0.416
#> GSM29963 3 0.3108 0.61649 0.016 0.000 0.872 0.112
#> GSM29964 2 0.2255 0.75408 0.012 0.920 0.000 0.068
#> GSM29967 2 0.5683 0.29599 0.008 0.528 0.012 0.452
#> GSM29970 3 0.8362 -0.03019 0.180 0.036 0.428 0.356
#> GSM29973 2 0.4387 0.62221 0.012 0.752 0.000 0.236
#> GSM29976 1 0.7402 0.36336 0.624 0.096 0.064 0.216
#> GSM29979 2 0.6971 0.35311 0.024 0.596 0.084 0.296
#> GSM29982 4 0.7975 0.27291 0.028 0.152 0.340 0.480
#> GSM29985 3 0.7871 -0.04870 0.332 0.000 0.384 0.284
#> GSM29988 1 0.7844 -0.15155 0.396 0.384 0.004 0.216
#> GSM29991 1 0.9309 -0.05312 0.380 0.328 0.172 0.120
#> GSM29994 1 0.6789 0.42136 0.692 0.128 0.060 0.120
#> GSM29997 1 0.9426 -0.04005 0.412 0.132 0.232 0.224
#> GSM30000 2 0.4735 0.64479 0.108 0.804 0.008 0.080
#> GSM30003 3 0.5190 0.29515 0.008 0.244 0.720 0.028
#> GSM29965 2 0.0657 0.76776 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM29968 2 0.5421 0.33938 0.008 0.548 0.004 0.440
#> GSM29971 1 0.6100 0.41687 0.644 0.000 0.084 0.272
#> GSM29974 2 0.4499 0.62571 0.012 0.756 0.004 0.228
#> GSM29977 1 0.4397 0.50961 0.800 0.012 0.168 0.020
#> GSM29980 1 0.9565 0.27153 0.364 0.188 0.300 0.148
#> GSM29983 3 0.8404 -0.03703 0.072 0.116 0.456 0.356
#> GSM29986 1 0.7252 0.40747 0.544 0.000 0.232 0.224
#> GSM29989 1 0.4337 0.46937 0.824 0.072 0.004 0.100
#> GSM29992 2 0.3486 0.64515 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.6221 0.29336 0.644 0.100 0.000 0.256
#> GSM29998 1 0.4888 0.44941 0.780 0.124 0.000 0.096
#> GSM30001 1 0.8843 0.45996 0.512 0.144 0.188 0.156
#> GSM30004 3 0.5564 0.44257 0.224 0.024 0.720 0.032
#> GSM29966 2 0.5219 0.58721 0.044 0.712 0.000 0.244
#> GSM29969 4 0.7643 0.16199 0.008 0.208 0.268 0.516
#> GSM29972 3 0.5767 0.44712 0.060 0.000 0.660 0.280
#> GSM29975 2 0.8899 0.06113 0.112 0.428 0.124 0.336
#> GSM29978 3 0.3856 0.55707 0.136 0.000 0.832 0.032
#> GSM29981 3 0.6794 0.22767 0.104 0.000 0.524 0.372
#> GSM29984 3 0.4453 0.52157 0.012 0.000 0.744 0.244
#> GSM29987 3 0.1867 0.63163 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM29990 3 0.5476 0.53676 0.120 0.000 0.736 0.144
#> GSM29993 3 0.5609 0.42759 0.012 0.168 0.740 0.080
#> GSM29996 3 0.5540 0.44177 0.164 0.000 0.728 0.108
#> GSM29999 3 0.6585 0.30392 0.312 0.000 0.584 0.104
#> GSM30002 3 0.3617 0.61640 0.020 0.012 0.860 0.108
#> GSM30005 3 0.1807 0.62788 0.008 0.000 0.940 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 2 0.0162 0.77094 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29786 2 0.3424 0.56495 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM29789 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.1671 0.74645 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM29795 2 0.2760 0.73668 0.028 0.892 0.064 0.016 0.000
#> GSM29798 2 0.0324 0.77145 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM29801 2 0.6837 0.38887 0.232 0.604 0.068 0.020 0.076
#> GSM29804 2 0.9157 -0.29028 0.056 0.316 0.216 0.124 0.288
#> GSM29807 3 0.8061 0.35438 0.012 0.148 0.488 0.172 0.180
#> GSM29816 3 0.6140 0.52826 0.044 0.020 0.620 0.036 0.280
#> GSM29821 2 0.7957 0.22246 0.144 0.532 0.116 0.032 0.176
#> GSM29824 1 0.8344 0.12078 0.440 0.036 0.108 0.128 0.288
#> GSM29827 1 0.3464 0.50916 0.848 0.108 0.028 0.008 0.008
#> GSM29830 1 0.5719 0.45540 0.656 0.248 0.028 0.004 0.064
#> GSM29833 2 0.4331 0.26673 0.400 0.596 0.000 0.004 0.000
#> GSM29784 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.3903 0.69513 0.020 0.832 0.020 0.020 0.108
#> GSM29790 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0613 0.77185 0.004 0.984 0.004 0.008 0.000
#> GSM29799 2 0.1701 0.76388 0.000 0.944 0.012 0.016 0.028
#> GSM29802 3 0.7233 0.52498 0.020 0.052 0.536 0.108 0.284
#> GSM29805 3 0.7479 0.32604 0.056 0.012 0.484 0.140 0.308
#> GSM29814 3 0.6236 0.50045 0.008 0.024 0.632 0.216 0.120
#> GSM29817 3 0.7505 0.53808 0.064 0.072 0.576 0.076 0.212
#> GSM29822 3 0.5756 0.47137 0.036 0.004 0.596 0.032 0.332
#> GSM29825 3 0.6050 0.48904 0.044 0.000 0.632 0.080 0.244
#> GSM29828 1 0.8454 0.12920 0.356 0.192 0.284 0.004 0.164
#> GSM29831 3 0.6092 0.24706 0.388 0.076 0.520 0.008 0.008
#> GSM29834 2 0.5149 0.23038 0.388 0.572 0.036 0.004 0.000
#> GSM29785 2 0.2329 0.71039 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM29788 5 0.4627 0.58641 0.028 0.132 0.004 0.056 0.780
#> GSM29791 2 0.0324 0.77094 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM29794 2 0.2171 0.75950 0.016 0.924 0.000 0.032 0.028
#> GSM29797 2 0.3808 0.70475 0.032 0.840 0.012 0.096 0.020
#> GSM29800 5 0.4279 0.60421 0.004 0.128 0.012 0.060 0.796
#> GSM29803 5 0.3457 0.66895 0.016 0.000 0.048 0.084 0.852
#> GSM29806 5 0.3257 0.66560 0.016 0.000 0.024 0.104 0.856
#> GSM29815 4 0.7244 -0.06691 0.016 0.004 0.256 0.412 0.312
#> GSM29819 5 0.3052 0.67106 0.008 0.000 0.032 0.092 0.868
#> GSM29823 5 0.2684 0.67841 0.032 0.000 0.044 0.024 0.900
#> GSM29826 5 0.4863 0.64972 0.028 0.000 0.092 0.120 0.760
#> GSM29829 5 0.1026 0.68812 0.024 0.000 0.004 0.004 0.968
#> GSM29832 5 0.1808 0.69747 0.044 0.000 0.008 0.012 0.936
#> GSM29835 5 0.7059 0.23163 0.372 0.024 0.048 0.068 0.488
#> GSM29836 2 0.3231 0.65349 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000
#> GSM29839 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.0912 0.76861 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM29848 2 0.0579 0.77146 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM29851 2 0.3552 0.72407 0.052 0.860 0.040 0.004 0.044
#> GSM29854 5 0.5397 0.61868 0.052 0.000 0.096 0.124 0.728
#> GSM29857 3 0.6460 0.43524 0.012 0.008 0.520 0.108 0.352
#> GSM29860 2 0.3460 0.68560 0.000 0.828 0.044 0.128 0.000
#> GSM29863 5 0.6389 0.58868 0.112 0.008 0.096 0.116 0.668
#> GSM29866 2 0.3419 0.64925 0.180 0.804 0.016 0.000 0.000
#> GSM29869 2 0.3771 0.65744 0.156 0.804 0.036 0.004 0.000
#> GSM29872 2 0.4575 0.63885 0.148 0.772 0.028 0.052 0.000
#> GSM29875 2 0.8675 -0.32192 0.284 0.316 0.292 0.056 0.052
#> GSM29878 2 0.1638 0.75481 0.064 0.932 0.000 0.004 0.000
#> GSM29837 2 0.3197 0.69940 0.000 0.836 0.024 0.140 0.000
#> GSM29840 2 0.0162 0.77128 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29843 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.0912 0.76861 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM29849 2 0.2603 0.74548 0.012 0.900 0.068 0.016 0.004
#> GSM29852 3 0.7018 0.51114 0.056 0.084 0.584 0.028 0.248
#> GSM29855 3 0.6634 0.47489 0.044 0.000 0.584 0.144 0.228
#> GSM29858 3 0.6875 0.55026 0.008 0.064 0.584 0.104 0.240
#> GSM29861 2 0.6786 0.05307 0.004 0.476 0.344 0.164 0.012
#> GSM29864 5 0.7233 -0.01979 0.060 0.000 0.328 0.140 0.472
#> GSM29867 3 0.7882 0.20417 0.208 0.252 0.468 0.036 0.036
#> GSM29870 3 0.4589 0.35467 0.020 0.316 0.660 0.004 0.000
#> GSM29873 3 0.6831 0.39938 0.028 0.264 0.584 0.088 0.036
#> GSM29876 3 0.4945 0.48026 0.016 0.168 0.752 0.020 0.044
#> GSM29879 2 0.0727 0.77107 0.004 0.980 0.012 0.004 0.000
#> GSM29838 4 0.5246 0.54244 0.000 0.260 0.044 0.672 0.024
#> GSM29841 5 0.5561 0.01138 0.028 0.468 0.004 0.016 0.484
#> GSM29844 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.3402 0.68154 0.000 0.832 0.012 0.016 0.140
#> GSM29850 2 0.4571 0.67631 0.040 0.812 0.036 0.040 0.072
#> GSM29853 5 0.2342 0.68325 0.040 0.000 0.024 0.020 0.916
#> GSM29856 5 0.5390 0.62561 0.052 0.000 0.092 0.128 0.728
#> GSM29859 3 0.6268 0.46225 0.008 0.000 0.536 0.136 0.320
#> GSM29862 4 0.8003 0.11082 0.040 0.080 0.096 0.420 0.364
#> GSM29865 5 0.1808 0.68854 0.008 0.000 0.012 0.044 0.936
#> GSM29868 5 0.4025 0.60645 0.184 0.000 0.012 0.024 0.780
#> GSM29871 3 0.7503 0.51477 0.008 0.160 0.548 0.108 0.176
#> GSM29874 4 0.7792 0.23563 0.040 0.060 0.112 0.488 0.300
#> GSM29877 3 0.8284 0.32072 0.076 0.124 0.408 0.048 0.344
#> GSM29880 2 0.4825 0.61764 0.004 0.772 0.048 0.048 0.128
#> GSM29881 2 0.7791 0.19358 0.116 0.548 0.048 0.080 0.208
#> GSM29884 2 0.1732 0.74216 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29890 1 0.7102 0.14810 0.504 0.004 0.292 0.036 0.164
#> GSM29893 5 0.6778 0.13760 0.408 0.024 0.080 0.020 0.468
#> GSM29896 1 0.3493 0.48300 0.868 0.040 0.040 0.012 0.040
#> GSM29899 1 0.7226 0.24083 0.536 0.024 0.072 0.072 0.296
#> GSM29902 1 0.8750 0.26139 0.352 0.332 0.148 0.040 0.128
#> GSM29905 1 0.8603 0.23696 0.420 0.128 0.168 0.032 0.252
#> GSM29908 1 0.4318 0.38022 0.644 0.348 0.004 0.004 0.000
#> GSM29955 1 0.4838 0.51097 0.756 0.168 0.040 0.028 0.008
#> GSM29958 1 0.4390 0.17345 0.568 0.428 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.5316 0.44532 0.680 0.256 0.028 0.020 0.016
#> GSM29882 3 0.4138 0.54585 0.004 0.004 0.796 0.060 0.136
#> GSM29885 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.77056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29891 3 0.5184 0.52890 0.068 0.016 0.696 0.000 0.220
#> GSM29894 5 0.6988 0.19723 0.352 0.000 0.156 0.032 0.460
#> GSM29897 1 0.6916 0.38159 0.612 0.072 0.172 0.012 0.132
#> GSM29900 3 0.4595 0.54953 0.040 0.004 0.768 0.024 0.164
#> GSM29903 3 0.4310 0.45618 0.164 0.020 0.784 0.024 0.008
#> GSM29906 3 0.5956 0.43808 0.172 0.092 0.688 0.024 0.024
#> GSM29909 3 0.6178 0.38278 0.208 0.116 0.640 0.032 0.004
#> GSM29956 1 0.3826 0.42995 0.796 0.020 0.172 0.012 0.000
#> GSM29959 1 0.5869 0.44660 0.628 0.216 0.148 0.008 0.000
#> GSM29962 2 0.5363 0.24390 0.372 0.572 0.052 0.004 0.000
#> GSM29883 5 0.3581 0.67113 0.036 0.000 0.044 0.068 0.852
#> GSM29886 2 0.4249 -0.02888 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> GSM29889 2 0.3684 0.43841 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM29892 5 0.7632 0.24508 0.192 0.000 0.244 0.088 0.476
#> GSM29895 5 0.4037 0.63777 0.176 0.000 0.012 0.028 0.784
#> GSM29898 5 0.3427 0.68535 0.048 0.000 0.028 0.064 0.860
#> GSM29901 5 0.3374 0.67906 0.016 0.000 0.032 0.100 0.852
#> GSM29904 5 0.5539 0.61405 0.136 0.000 0.092 0.056 0.716
#> GSM29907 5 0.2138 0.69391 0.044 0.004 0.024 0.004 0.924
#> GSM29910 5 0.2930 0.69098 0.032 0.000 0.012 0.076 0.880
#> GSM29957 5 0.3160 0.69142 0.032 0.052 0.004 0.032 0.880
#> GSM29960 1 0.5292 0.33454 0.668 0.000 0.052 0.020 0.260
#> GSM29963 5 0.3664 0.67528 0.024 0.000 0.032 0.108 0.836
#> GSM29964 2 0.3700 0.56063 0.000 0.752 0.008 0.240 0.000
#> GSM29967 4 0.5217 0.49981 0.020 0.172 0.092 0.716 0.000
#> GSM29970 5 0.8830 -0.00454 0.268 0.012 0.204 0.212 0.304
#> GSM29973 4 0.4517 0.34351 0.000 0.436 0.008 0.556 0.000
#> GSM29976 3 0.7917 0.12531 0.328 0.068 0.464 0.084 0.056
#> GSM29979 2 0.8209 -0.11601 0.080 0.448 0.092 0.316 0.064
#> GSM29982 1 0.9489 0.19271 0.320 0.116 0.108 0.248 0.208
#> GSM29985 3 0.8210 -0.05774 0.268 0.000 0.340 0.112 0.280
#> GSM29988 1 0.8491 0.17784 0.336 0.204 0.236 0.224 0.000
#> GSM29991 3 0.9521 -0.10109 0.212 0.260 0.296 0.088 0.144
#> GSM29994 3 0.6974 0.22435 0.340 0.076 0.520 0.028 0.036
#> GSM29997 1 0.8430 0.21912 0.460 0.084 0.228 0.048 0.180
#> GSM30000 2 0.5071 0.54468 0.180 0.736 0.052 0.024 0.008
#> GSM30003 5 0.4860 0.47487 0.072 0.212 0.004 0.000 0.712
#> GSM29965 2 0.0798 0.76875 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM29968 4 0.5049 0.51445 0.012 0.200 0.076 0.712 0.000
#> GSM29971 3 0.6075 0.37119 0.100 0.000 0.640 0.220 0.040
#> GSM29974 4 0.4533 0.31743 0.000 0.448 0.008 0.544 0.000
#> GSM29977 3 0.4746 0.51847 0.120 0.000 0.744 0.004 0.132
#> GSM29980 3 0.8697 0.33987 0.016 0.172 0.352 0.176 0.284
#> GSM29983 5 0.9399 0.10108 0.208 0.076 0.164 0.208 0.344
#> GSM29986 3 0.6105 0.47615 0.016 0.000 0.620 0.176 0.188
#> GSM29989 3 0.5236 0.41264 0.148 0.020 0.720 0.112 0.000
#> GSM29992 2 0.2966 0.63576 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.5942 0.13794 0.540 0.048 0.380 0.032 0.000
#> GSM29998 3 0.5922 0.31375 0.272 0.064 0.624 0.040 0.000
#> GSM30001 3 0.8356 0.51674 0.064 0.120 0.512 0.140 0.164
#> GSM30004 5 0.5197 0.53612 0.080 0.020 0.188 0.000 0.712
#> GSM29966 4 0.4930 0.43387 0.000 0.388 0.032 0.580 0.000
#> GSM29969 4 0.4358 0.45672 0.012 0.068 0.072 0.816 0.032
#> GSM29972 5 0.6616 0.53280 0.068 0.000 0.132 0.188 0.612
#> GSM29975 4 0.5195 0.54601 0.000 0.184 0.076 0.716 0.024
#> GSM29978 5 0.3234 0.63296 0.008 0.000 0.144 0.012 0.836
#> GSM29981 4 0.4369 0.40379 0.000 0.000 0.052 0.740 0.208
#> GSM29984 5 0.5600 0.56338 0.020 0.000 0.084 0.236 0.660
#> GSM29987 5 0.2568 0.69216 0.004 0.000 0.016 0.092 0.888
#> GSM29990 5 0.5509 0.56622 0.016 0.000 0.088 0.228 0.668
#> GSM29993 5 0.5490 0.54718 0.000 0.120 0.016 0.176 0.688
#> GSM29996 5 0.5907 0.42716 0.252 0.000 0.076 0.036 0.636
#> GSM29999 5 0.7246 0.29962 0.100 0.000 0.256 0.116 0.528
#> GSM30002 5 0.3795 0.67201 0.012 0.012 0.024 0.124 0.828
#> GSM30005 5 0.2492 0.68771 0.072 0.000 0.008 0.020 0.900
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 2 0.0146 0.7790 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29786 2 0.3076 0.6113 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM29789 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.1863 0.7452 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM29795 2 0.2640 0.7559 0.032 0.892 0.040 0.004 0.000 0.032
#> GSM29798 2 0.0291 0.7798 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM29801 2 0.7573 0.2066 0.124 0.484 0.120 0.000 0.056 0.216
#> GSM29804 5 0.8003 -0.0988 0.008 0.276 0.236 0.004 0.276 0.200
#> GSM29807 3 0.8252 0.3721 0.016 0.120 0.436 0.184 0.180 0.064
#> GSM29816 3 0.5719 0.4605 0.064 0.020 0.608 0.004 0.280 0.024
#> GSM29821 2 0.8119 0.1189 0.104 0.456 0.148 0.004 0.128 0.160
#> GSM29824 1 0.7812 -0.0794 0.468 0.028 0.104 0.020 0.200 0.180
#> GSM29827 1 0.3118 0.2175 0.820 0.012 0.012 0.000 0.000 0.156
#> GSM29830 1 0.6307 0.0619 0.544 0.132 0.016 0.000 0.032 0.276
#> GSM29833 2 0.6058 0.0238 0.292 0.456 0.004 0.000 0.000 0.248
#> GSM29784 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29787 2 0.4399 0.6912 0.000 0.780 0.036 0.012 0.092 0.080
#> GSM29790 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0146 0.7785 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29796 2 0.0748 0.7798 0.000 0.976 0.004 0.004 0.000 0.016
#> GSM29799 2 0.1874 0.7717 0.000 0.932 0.012 0.008 0.028 0.020
#> GSM29802 3 0.6004 0.4389 0.000 0.040 0.596 0.004 0.192 0.168
#> GSM29805 3 0.6252 0.2892 0.000 0.012 0.496 0.008 0.280 0.204
#> GSM29814 3 0.6229 0.4591 0.004 0.008 0.604 0.188 0.140 0.056
#> GSM29817 3 0.5952 0.4682 0.016 0.052 0.640 0.004 0.092 0.196
#> GSM29822 3 0.6010 0.3427 0.024 0.000 0.564 0.004 0.240 0.168
#> GSM29825 3 0.5744 0.4303 0.040 0.000 0.624 0.016 0.244 0.076
#> GSM29828 3 0.8746 -0.1292 0.232 0.176 0.276 0.000 0.108 0.208
#> GSM29831 3 0.6673 0.1772 0.356 0.064 0.452 0.000 0.008 0.120
#> GSM29834 2 0.6658 -0.1076 0.284 0.396 0.032 0.000 0.000 0.288
#> GSM29785 2 0.2446 0.7261 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124 0.000
#> GSM29788 5 0.4061 0.5132 0.000 0.028 0.016 0.008 0.760 0.188
#> GSM29791 2 0.1003 0.7784 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM29794 2 0.2151 0.7691 0.012 0.916 0.000 0.032 0.036 0.004
#> GSM29797 2 0.4276 0.6460 0.004 0.752 0.000 0.048 0.020 0.176
#> GSM29800 5 0.5255 0.4806 0.000 0.096 0.044 0.012 0.704 0.144
#> GSM29803 5 0.4882 0.5116 0.000 0.000 0.152 0.000 0.660 0.188
#> GSM29806 5 0.3602 0.5616 0.000 0.000 0.088 0.000 0.796 0.116
#> GSM29815 4 0.7299 -0.0694 0.000 0.000 0.224 0.384 0.276 0.116
#> GSM29819 5 0.2856 0.5747 0.000 0.000 0.076 0.000 0.856 0.068
#> GSM29823 5 0.4666 0.4611 0.000 0.000 0.108 0.000 0.676 0.216
#> GSM29826 5 0.4724 0.5383 0.008 0.000 0.116 0.008 0.720 0.148
#> GSM29829 5 0.2402 0.5645 0.000 0.000 0.012 0.000 0.868 0.120
#> GSM29832 5 0.1405 0.5934 0.024 0.000 0.004 0.000 0.948 0.024
#> GSM29835 6 0.7292 0.2242 0.208 0.008 0.076 0.012 0.228 0.468
#> GSM29836 2 0.3151 0.6205 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM29839 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29842 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29845 2 0.1167 0.7757 0.000 0.960 0.012 0.008 0.000 0.020
#> GSM29848 2 0.0862 0.7800 0.000 0.972 0.016 0.004 0.000 0.008
#> GSM29851 2 0.4725 0.6433 0.012 0.748 0.072 0.000 0.036 0.132
#> GSM29854 5 0.5029 0.4519 0.004 0.000 0.128 0.004 0.664 0.200
#> GSM29857 3 0.5521 0.4161 0.012 0.012 0.560 0.004 0.352 0.060
#> GSM29860 2 0.3074 0.6803 0.000 0.792 0.004 0.200 0.000 0.004
#> GSM29863 5 0.6090 0.4100 0.048 0.008 0.116 0.008 0.620 0.200
#> GSM29866 2 0.3529 0.6616 0.176 0.788 0.008 0.000 0.000 0.028
#> GSM29869 2 0.3824 0.6766 0.148 0.796 0.024 0.012 0.000 0.020
#> GSM29872 2 0.4727 0.6443 0.148 0.744 0.012 0.044 0.000 0.052
#> GSM29875 1 0.8691 -0.0875 0.264 0.236 0.248 0.024 0.032 0.196
#> GSM29878 2 0.1829 0.7651 0.064 0.920 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM29837 2 0.3334 0.7092 0.000 0.820 0.020 0.144 0.008 0.008
#> GSM29840 2 0.0405 0.7803 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM29843 2 0.0000 0.7781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29846 2 0.1167 0.7757 0.000 0.960 0.012 0.008 0.000 0.020
#> GSM29849 2 0.2925 0.7400 0.000 0.860 0.080 0.008 0.000 0.052
#> GSM29852 3 0.6604 0.3971 0.012 0.052 0.556 0.004 0.196 0.180
#> GSM29855 3 0.5619 0.3913 0.000 0.000 0.576 0.008 0.232 0.184
#> GSM29858 3 0.5360 0.5141 0.000 0.060 0.664 0.004 0.212 0.060
#> GSM29861 2 0.6799 0.1130 0.000 0.452 0.272 0.232 0.016 0.028
#> GSM29864 5 0.6387 0.0191 0.000 0.000 0.324 0.016 0.408 0.252
#> GSM29867 3 0.7661 0.2315 0.220 0.252 0.412 0.000 0.044 0.072
#> GSM29870 3 0.4853 0.3597 0.012 0.296 0.644 0.012 0.000 0.036
#> GSM29873 3 0.6894 0.4087 0.036 0.248 0.564 0.068 0.052 0.032
#> GSM29876 3 0.4181 0.4817 0.008 0.116 0.792 0.004 0.028 0.052
#> GSM29879 2 0.0725 0.7807 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> GSM29838 4 0.2213 0.5792 0.000 0.100 0.008 0.888 0.004 0.000
#> GSM29841 5 0.6798 0.0722 0.000 0.332 0.028 0.016 0.424 0.200
#> GSM29844 2 0.0363 0.7786 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.3312 0.7095 0.000 0.828 0.012 0.008 0.132 0.020
#> GSM29850 2 0.5678 0.4863 0.000 0.636 0.060 0.016 0.052 0.236
#> GSM29853 5 0.3912 0.5017 0.000 0.000 0.044 0.000 0.732 0.224
#> GSM29856 5 0.5180 0.4447 0.000 0.000 0.124 0.004 0.616 0.256
#> GSM29859 3 0.5357 0.4505 0.000 0.000 0.592 0.032 0.312 0.064
#> GSM29862 4 0.7588 0.0640 0.000 0.036 0.096 0.436 0.172 0.260
#> GSM29865 5 0.3551 0.5708 0.000 0.000 0.060 0.000 0.792 0.148
#> GSM29868 5 0.5274 0.4426 0.132 0.000 0.028 0.000 0.664 0.176
#> GSM29871 3 0.6348 0.4938 0.000 0.140 0.600 0.020 0.180 0.060
#> GSM29874 4 0.7300 0.1979 0.000 0.060 0.076 0.520 0.152 0.192
#> GSM29877 3 0.7908 0.0980 0.016 0.092 0.356 0.016 0.232 0.288
#> GSM29880 2 0.5862 0.5433 0.000 0.676 0.044 0.060 0.084 0.136
#> GSM29881 2 0.7865 0.1052 0.116 0.480 0.032 0.024 0.188 0.160
#> GSM29884 2 0.2006 0.7421 0.000 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> GSM29887 2 0.0146 0.7785 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29890 1 0.5103 0.2850 0.676 0.000 0.204 0.004 0.096 0.020
#> GSM29893 5 0.7114 -0.1224 0.312 0.008 0.052 0.004 0.408 0.216
#> GSM29896 1 0.3906 0.2002 0.744 0.008 0.012 0.000 0.012 0.224
#> GSM29899 1 0.5980 0.1447 0.636 0.012 0.072 0.008 0.208 0.064
#> GSM29902 1 0.7100 0.2279 0.544 0.236 0.088 0.012 0.076 0.044
#> GSM29905 1 0.6268 0.2336 0.612 0.064 0.108 0.000 0.192 0.024
#> GSM29908 1 0.5639 0.1176 0.536 0.212 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM29955 1 0.4957 0.2317 0.704 0.096 0.016 0.004 0.004 0.176
#> GSM29958 1 0.6165 0.0681 0.452 0.272 0.008 0.000 0.000 0.268
#> GSM29961 1 0.6300 0.0637 0.480 0.176 0.012 0.000 0.012 0.320
#> GSM29882 3 0.4293 0.4899 0.016 0.004 0.788 0.016 0.096 0.080
#> GSM29885 2 0.0146 0.7785 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29888 2 0.0508 0.7789 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM29891 3 0.5187 0.4834 0.088 0.012 0.680 0.000 0.200 0.020
#> GSM29894 5 0.7387 -0.0860 0.296 0.000 0.124 0.008 0.404 0.168
#> GSM29897 6 0.6661 -0.0488 0.408 0.032 0.096 0.000 0.040 0.424
#> GSM29900 3 0.4868 0.5038 0.048 0.004 0.740 0.012 0.148 0.048
#> GSM29903 3 0.4196 0.3216 0.260 0.000 0.704 0.016 0.004 0.016
#> GSM29906 3 0.4962 0.2869 0.292 0.056 0.632 0.000 0.020 0.000
#> GSM29909 3 0.5781 0.1804 0.328 0.100 0.548 0.004 0.004 0.016
#> GSM29956 1 0.5241 0.0362 0.580 0.004 0.088 0.004 0.000 0.324
#> GSM29959 1 0.6717 -0.0025 0.468 0.100 0.120 0.000 0.000 0.312
#> GSM29962 2 0.6374 0.1522 0.248 0.492 0.032 0.000 0.000 0.228
#> GSM29883 5 0.4927 0.4482 0.000 0.000 0.092 0.008 0.652 0.248
#> GSM29886 4 0.3961 0.2357 0.000 0.440 0.000 0.556 0.000 0.004
#> GSM29889 2 0.3714 0.3877 0.000 0.656 0.000 0.340 0.000 0.004
#> GSM29892 5 0.7214 -0.0219 0.344 0.000 0.200 0.012 0.376 0.068
#> GSM29895 5 0.5159 0.4615 0.088 0.000 0.016 0.012 0.676 0.208
#> GSM29898 5 0.3076 0.5683 0.076 0.000 0.008 0.004 0.856 0.056
#> GSM29901 5 0.3123 0.5750 0.000 0.000 0.076 0.000 0.836 0.088
#> GSM29904 5 0.5945 0.4449 0.164 0.000 0.100 0.012 0.644 0.080
#> GSM29907 5 0.3190 0.5828 0.072 0.004 0.024 0.000 0.856 0.044
#> GSM29910 5 0.4304 0.5869 0.028 0.000 0.056 0.008 0.772 0.136
#> GSM29957 5 0.2816 0.5818 0.016 0.064 0.012 0.004 0.884 0.020
#> GSM29960 1 0.6321 -0.1704 0.448 0.000 0.028 0.004 0.148 0.372
#> GSM29963 5 0.3623 0.5733 0.012 0.000 0.080 0.008 0.824 0.076
#> GSM29964 2 0.3647 0.4083 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM29967 4 0.4091 0.4521 0.000 0.016 0.032 0.736 0.000 0.216
#> GSM29970 6 0.8388 0.1010 0.240 0.012 0.112 0.080 0.160 0.396
#> GSM29973 4 0.3151 0.5413 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM29976 1 0.7234 0.1738 0.456 0.068 0.316 0.008 0.024 0.128
#> GSM29979 2 0.8350 -0.1680 0.044 0.388 0.080 0.296 0.052 0.140
#> GSM29982 6 0.8456 0.2593 0.216 0.068 0.048 0.104 0.124 0.440
#> GSM29985 3 0.7810 -0.1782 0.296 0.000 0.324 0.012 0.164 0.204
#> GSM29988 1 0.7184 0.2387 0.500 0.120 0.176 0.188 0.000 0.016
#> GSM29991 1 0.8013 0.1697 0.384 0.216 0.260 0.008 0.092 0.040
#> GSM29994 1 0.5334 0.1262 0.548 0.036 0.380 0.008 0.028 0.000
#> GSM29997 1 0.5860 0.2826 0.668 0.032 0.144 0.016 0.124 0.016
#> GSM30000 2 0.4350 0.4250 0.320 0.652 0.004 0.004 0.012 0.008
#> GSM30003 5 0.4191 0.4272 0.088 0.180 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM29965 2 0.0858 0.7777 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM29968 4 0.4693 0.4051 0.000 0.032 0.028 0.660 0.000 0.280
#> GSM29971 3 0.6853 0.1349 0.108 0.000 0.480 0.092 0.012 0.308
#> GSM29974 4 0.3266 0.5293 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM29977 3 0.4286 0.4527 0.132 0.000 0.760 0.000 0.088 0.020
#> GSM29980 3 0.8094 0.3206 0.004 0.180 0.380 0.064 0.280 0.092
#> GSM29983 6 0.6763 0.3250 0.040 0.024 0.116 0.064 0.136 0.620
#> GSM29986 3 0.5007 0.3761 0.000 0.000 0.688 0.020 0.140 0.152
#> GSM29989 3 0.6333 0.2584 0.236 0.016 0.552 0.168 0.000 0.028
#> GSM29992 2 0.2838 0.6638 0.000 0.808 0.188 0.000 0.000 0.004
#> GSM29995 1 0.4811 0.3061 0.660 0.028 0.280 0.012 0.000 0.020
#> GSM29998 1 0.5392 0.0243 0.472 0.032 0.460 0.016 0.000 0.020
#> GSM30001 3 0.7310 0.4776 0.056 0.112 0.556 0.016 0.180 0.080
#> GSM30004 5 0.4691 0.4782 0.100 0.028 0.144 0.000 0.728 0.000
#> GSM29966 4 0.2823 0.5683 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM29969 4 0.3343 0.4776 0.000 0.004 0.024 0.796 0.000 0.176
#> GSM29972 5 0.6499 -0.0285 0.008 0.000 0.068 0.088 0.424 0.412
#> GSM29975 4 0.2094 0.5683 0.000 0.068 0.016 0.908 0.008 0.000
#> GSM29978 5 0.3520 0.5183 0.000 0.000 0.188 0.000 0.776 0.036
#> GSM29981 4 0.2510 0.5010 0.000 0.000 0.008 0.884 0.080 0.028
#> GSM29984 5 0.5353 0.3419 0.000 0.000 0.024 0.088 0.612 0.276
#> GSM29987 5 0.3095 0.5855 0.000 0.000 0.044 0.008 0.844 0.104
#> GSM29990 5 0.5778 0.4307 0.000 0.000 0.096 0.180 0.636 0.088
#> GSM29993 5 0.5303 0.4504 0.000 0.124 0.012 0.096 0.708 0.060
#> GSM29996 5 0.5291 0.1132 0.424 0.000 0.040 0.000 0.504 0.032
#> GSM29999 5 0.7544 0.1773 0.200 0.000 0.156 0.124 0.480 0.040
#> GSM30002 5 0.3950 0.5675 0.000 0.012 0.068 0.016 0.804 0.100
#> GSM30005 5 0.1806 0.5785 0.088 0.000 0.004 0.000 0.908 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:pam 149 2.03e-01 2.36e-08 0.00375 2
#> MAD:pam 146 1.52e-01 6.36e-18 0.03283 3
#> MAD:pam 87 1.00e-01 2.88e-10 0.10527 4
#> MAD:pam 95 5.05e-02 1.58e-11 0.01747 5
#> MAD:pam 69 3.43e-05 8.29e-08 0.00324 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.292 0.670 0.790 0.4222 0.574 0.574
#> 3 3 0.246 0.532 0.740 0.4856 0.741 0.566
#> 4 4 0.288 0.435 0.643 0.1125 0.909 0.755
#> 5 5 0.578 0.642 0.768 0.1092 0.862 0.574
#> 6 6 0.640 0.494 0.725 0.0463 0.934 0.723
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.9970 -0.272400 0.532 0.468
#> GSM29786 2 0.6801 0.580987 0.180 0.820
#> GSM29789 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29792 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29795 1 0.8813 0.337240 0.700 0.300
#> GSM29798 2 0.9754 0.107796 0.408 0.592
#> GSM29801 1 0.7883 0.746845 0.764 0.236
#> GSM29804 1 0.4022 0.767055 0.920 0.080
#> GSM29807 1 0.3584 0.710192 0.932 0.068
#> GSM29816 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29821 1 0.7602 0.751322 0.780 0.220
#> GSM29824 1 0.6438 0.761641 0.836 0.164
#> GSM29827 1 0.3733 0.733989 0.928 0.072
#> GSM29830 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29833 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29784 2 0.9933 0.565299 0.452 0.548
#> GSM29787 2 0.9087 0.351617 0.324 0.676
#> GSM29790 2 0.8813 0.774226 0.300 0.700
#> GSM29793 2 0.8861 0.770860 0.304 0.696
#> GSM29796 2 0.9922 0.533339 0.448 0.552
#> GSM29799 2 0.9896 -0.014322 0.440 0.560
#> GSM29802 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29805 1 0.8081 0.738297 0.752 0.248
#> GSM29814 1 0.3431 0.714540 0.936 0.064
#> GSM29817 1 0.8081 0.735825 0.752 0.248
#> GSM29822 1 0.8081 0.735825 0.752 0.248
#> GSM29825 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29828 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29831 1 0.3114 0.743035 0.944 0.056
#> GSM29834 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29785 2 0.8763 0.772600 0.296 0.704
#> GSM29788 2 0.5629 0.612247 0.132 0.868
#> GSM29791 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29794 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29797 2 0.8813 0.768155 0.300 0.700
#> GSM29800 2 0.6343 0.597018 0.160 0.840
#> GSM29803 1 0.8267 0.731157 0.740 0.260
#> GSM29806 1 0.7376 0.749494 0.792 0.208
#> GSM29815 1 0.4298 0.685632 0.912 0.088
#> GSM29819 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29823 1 0.9996 0.294746 0.512 0.488
#> GSM29826 1 0.8081 0.735835 0.752 0.248
#> GSM29829 1 0.3431 0.738764 0.936 0.064
#> GSM29832 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29835 1 0.7883 0.348116 0.764 0.236
#> GSM29836 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29839 2 0.9358 0.749315 0.352 0.648
#> GSM29842 2 0.9998 0.532451 0.492 0.508
#> GSM29845 2 0.9866 0.020877 0.432 0.568
#> GSM29848 2 0.9661 0.162207 0.392 0.608
#> GSM29851 1 0.8144 0.734888 0.748 0.252
#> GSM29854 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29857 1 0.6887 0.756817 0.816 0.184
#> GSM29860 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29863 1 0.8207 0.735486 0.744 0.256
#> GSM29866 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29869 1 0.1843 0.748249 0.972 0.028
#> GSM29872 1 0.3879 0.709487 0.924 0.076
#> GSM29875 1 0.8144 0.736550 0.748 0.252
#> GSM29878 1 0.7453 0.457112 0.788 0.212
#> GSM29837 2 0.9209 0.765757 0.336 0.664
#> GSM29840 2 0.9323 0.745976 0.348 0.652
#> GSM29843 2 0.9661 0.688858 0.392 0.608
#> GSM29846 2 0.9866 0.020877 0.432 0.568
#> GSM29849 2 0.9833 0.047806 0.424 0.576
#> GSM29852 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29855 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29858 1 0.7299 0.751811 0.796 0.204
#> GSM29861 1 0.9988 -0.480164 0.520 0.480
#> GSM29864 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29867 1 0.5737 0.764886 0.864 0.136
#> GSM29870 1 0.4022 0.766934 0.920 0.080
#> GSM29873 1 0.3274 0.718210 0.940 0.060
#> GSM29876 1 0.8081 0.735825 0.752 0.248
#> GSM29879 1 0.2043 0.745303 0.968 0.032
#> GSM29838 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29841 2 0.8813 0.772625 0.300 0.700
#> GSM29844 2 0.8763 0.770954 0.296 0.704
#> GSM29847 2 0.8207 0.484497 0.256 0.744
#> GSM29850 2 0.6343 0.597018 0.160 0.840
#> GSM29853 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29856 1 0.8207 0.732636 0.744 0.256
#> GSM29859 1 0.5946 0.762341 0.856 0.144
#> GSM29862 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29865 1 0.9686 0.542305 0.604 0.396
#> GSM29868 1 0.1843 0.751693 0.972 0.028
#> GSM29871 1 0.3114 0.739807 0.944 0.056
#> GSM29874 1 0.9323 -0.000241 0.652 0.348
#> GSM29877 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29880 2 0.8813 0.769262 0.300 0.700
#> GSM29881 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29884 2 0.8861 0.774560 0.304 0.696
#> GSM29887 2 0.8955 0.772871 0.312 0.688
#> GSM29890 1 0.1633 0.749963 0.976 0.024
#> GSM29893 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29896 1 0.5519 0.750391 0.872 0.128
#> GSM29899 1 0.6801 0.759367 0.820 0.180
#> GSM29902 1 0.1184 0.749819 0.984 0.016
#> GSM29905 1 0.0672 0.753377 0.992 0.008
#> GSM29908 1 0.3879 0.731273 0.924 0.076
#> GSM29955 1 0.2043 0.748337 0.968 0.032
#> GSM29958 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29961 1 0.3733 0.733989 0.928 0.072
#> GSM29882 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29885 2 0.9323 0.747759 0.348 0.652
#> GSM29888 2 0.8763 0.772834 0.296 0.704
#> GSM29891 1 0.5408 0.765469 0.876 0.124
#> GSM29894 1 0.5519 0.751584 0.872 0.128
#> GSM29897 1 0.4431 0.747633 0.908 0.092
#> GSM29900 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29903 1 0.1184 0.753409 0.984 0.016
#> GSM29906 1 0.1414 0.757512 0.980 0.020
#> GSM29909 1 0.1184 0.751185 0.984 0.016
#> GSM29956 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29959 1 0.3584 0.736378 0.932 0.068
#> GSM29962 1 0.2236 0.750156 0.964 0.036
#> GSM29883 1 0.8267 0.732807 0.740 0.260
#> GSM29886 2 0.8713 0.773463 0.292 0.708
#> GSM29889 2 0.8955 0.772871 0.312 0.688
#> GSM29892 1 0.0938 0.751379 0.988 0.012
#> GSM29895 1 0.3114 0.737575 0.944 0.056
#> GSM29898 1 0.6973 0.755391 0.812 0.188
#> GSM29901 1 0.8081 0.735835 0.752 0.248
#> GSM29904 1 0.3114 0.728805 0.944 0.056
#> GSM29907 1 0.2236 0.760071 0.964 0.036
#> GSM29910 1 0.3114 0.732265 0.944 0.056
#> GSM29957 1 0.3584 0.721715 0.932 0.068
#> GSM29960 1 0.2043 0.749786 0.968 0.032
#> GSM29963 1 0.2603 0.738985 0.956 0.044
#> GSM29964 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29967 2 0.5519 0.613694 0.128 0.872
#> GSM29970 1 0.8081 0.735689 0.752 0.248
#> GSM29973 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29976 1 0.8081 0.735835 0.752 0.248
#> GSM29979 1 0.3879 0.700801 0.924 0.076
#> GSM29982 2 0.9881 -0.014432 0.436 0.564
#> GSM29985 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29988 1 0.3431 0.714540 0.936 0.064
#> GSM29991 1 0.7950 0.741120 0.760 0.240
#> GSM29994 1 0.1633 0.750641 0.976 0.024
#> GSM29997 1 0.2778 0.738684 0.952 0.048
#> GSM30000 1 0.2043 0.741382 0.968 0.032
#> GSM30003 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29965 2 0.9460 0.745098 0.364 0.636
#> GSM29968 2 0.5842 0.608712 0.140 0.860
#> GSM29971 1 0.8207 0.732628 0.744 0.256
#> GSM29974 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29977 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
#> GSM29980 1 0.3733 0.731842 0.928 0.072
#> GSM29983 1 0.9922 0.408496 0.552 0.448
#> GSM29986 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29989 1 0.3114 0.728824 0.944 0.056
#> GSM29992 1 0.7950 0.739467 0.760 0.240
#> GSM29995 1 0.3879 0.731273 0.924 0.076
#> GSM29998 1 0.2603 0.744528 0.956 0.044
#> GSM30001 1 0.3584 0.766331 0.932 0.068
#> GSM30004 1 0.8207 0.733299 0.744 0.256
#> GSM29966 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29969 2 0.5178 0.617226 0.116 0.884
#> GSM29972 1 0.8144 0.735256 0.748 0.252
#> GSM29975 2 0.9000 0.772203 0.316 0.684
#> GSM29978 1 0.8081 0.735835 0.752 0.248
#> GSM29981 2 0.9427 0.742860 0.360 0.640
#> GSM29984 2 0.6712 0.584115 0.176 0.824
#> GSM29987 1 0.8081 0.735689 0.752 0.248
#> GSM29990 1 0.3431 0.714540 0.936 0.064
#> GSM29993 1 0.9944 0.386603 0.544 0.456
#> GSM29996 1 0.2423 0.740382 0.960 0.040
#> GSM29999 1 0.3879 0.730903 0.924 0.076
#> GSM30002 1 0.3274 0.732443 0.940 0.060
#> GSM30005 1 0.8144 0.733060 0.748 0.252
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 2 0.8030 0.6238 0.144 0.652 0.204
#> GSM29786 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29789 2 0.3412 0.6751 0.124 0.876 0.000
#> GSM29792 2 0.3551 0.6737 0.132 0.868 0.000
#> GSM29795 2 0.8784 0.2444 0.388 0.496 0.116
#> GSM29798 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29801 1 0.9428 0.1178 0.428 0.176 0.396
#> GSM29804 3 0.6075 0.4006 0.316 0.008 0.676
#> GSM29807 3 0.9636 0.2346 0.248 0.284 0.468
#> GSM29816 3 0.2846 0.6317 0.020 0.056 0.924
#> GSM29821 3 0.9745 -0.0379 0.348 0.232 0.420
#> GSM29824 3 0.5588 0.4847 0.276 0.004 0.720
#> GSM29827 1 0.1964 0.7367 0.944 0.000 0.056
#> GSM29830 1 0.2165 0.7350 0.936 0.000 0.064
#> GSM29833 1 0.4642 0.7397 0.856 0.084 0.060
#> GSM29784 2 0.6034 0.6731 0.152 0.780 0.068
#> GSM29787 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29790 2 0.1411 0.6965 0.036 0.964 0.000
#> GSM29793 2 0.3038 0.6838 0.104 0.896 0.000
#> GSM29796 2 0.6151 0.6835 0.160 0.772 0.068
#> GSM29799 2 0.6819 0.5636 0.028 0.644 0.328
#> GSM29802 3 0.3966 0.6113 0.024 0.100 0.876
#> GSM29805 3 0.4642 0.6214 0.060 0.084 0.856
#> GSM29814 3 0.8835 0.3228 0.244 0.180 0.576
#> GSM29817 3 0.9006 0.3075 0.188 0.256 0.556
#> GSM29822 3 0.8052 0.4550 0.152 0.196 0.652
#> GSM29825 3 0.6023 0.5635 0.120 0.092 0.788
#> GSM29828 1 0.2066 0.7368 0.940 0.000 0.060
#> GSM29831 1 0.3412 0.7103 0.876 0.000 0.124
#> GSM29834 1 0.4725 0.7391 0.852 0.088 0.060
#> GSM29785 2 0.4277 0.6815 0.132 0.852 0.016
#> GSM29788 2 0.6473 0.5859 0.020 0.668 0.312
#> GSM29791 2 0.3551 0.6737 0.132 0.868 0.000
#> GSM29794 2 0.3551 0.6737 0.132 0.868 0.000
#> GSM29797 2 0.5698 0.6201 0.252 0.736 0.012
#> GSM29800 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29803 3 0.5639 0.5177 0.016 0.232 0.752
#> GSM29806 3 0.3973 0.6215 0.088 0.032 0.880
#> GSM29815 3 0.9589 0.2091 0.208 0.344 0.448
#> GSM29819 3 0.0829 0.6409 0.004 0.012 0.984
#> GSM29823 2 0.9431 0.3860 0.176 0.424 0.400
#> GSM29826 3 0.1129 0.6393 0.020 0.004 0.976
#> GSM29829 1 0.5020 0.7344 0.836 0.108 0.056
#> GSM29832 1 0.4609 0.7393 0.856 0.092 0.052
#> GSM29835 1 0.7693 0.3145 0.580 0.364 0.056
#> GSM29836 2 0.3482 0.6736 0.128 0.872 0.000
#> GSM29839 2 0.5656 0.6024 0.264 0.728 0.008
#> GSM29842 2 0.4874 0.6808 0.144 0.828 0.028
#> GSM29845 2 0.6912 0.5467 0.028 0.628 0.344
#> GSM29848 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29851 3 0.8122 0.4374 0.184 0.168 0.648
#> GSM29854 3 0.0592 0.6396 0.012 0.000 0.988
#> GSM29857 3 0.4228 0.5825 0.148 0.008 0.844
#> GSM29860 2 0.4802 0.6544 0.156 0.824 0.020
#> GSM29863 3 0.7741 0.4336 0.216 0.116 0.668
#> GSM29866 1 0.2590 0.7360 0.924 0.004 0.072
#> GSM29869 1 0.6119 0.6751 0.772 0.064 0.164
#> GSM29872 3 0.9873 0.0802 0.328 0.268 0.404
#> GSM29875 3 0.8339 0.4386 0.204 0.168 0.628
#> GSM29878 2 0.7583 -0.0558 0.468 0.492 0.040
#> GSM29837 2 0.5913 0.6093 0.068 0.788 0.144
#> GSM29840 2 0.6143 0.6305 0.256 0.720 0.024
#> GSM29843 2 0.5173 0.6806 0.148 0.816 0.036
#> GSM29846 2 0.6890 0.5534 0.028 0.632 0.340
#> GSM29849 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29852 3 0.7661 0.4856 0.144 0.172 0.684
#> GSM29855 3 0.3193 0.6173 0.004 0.100 0.896
#> GSM29858 3 0.3695 0.6114 0.108 0.012 0.880
#> GSM29861 2 0.5020 0.6233 0.192 0.796 0.012
#> GSM29864 3 0.7615 0.4883 0.148 0.164 0.688
#> GSM29867 3 0.7851 0.4231 0.304 0.080 0.616
#> GSM29870 3 0.8624 0.1570 0.424 0.100 0.476
#> GSM29873 3 0.8770 0.3186 0.272 0.156 0.572
#> GSM29876 3 0.6239 0.5709 0.072 0.160 0.768
#> GSM29879 1 0.7474 0.6486 0.684 0.216 0.100
#> GSM29838 2 0.3933 0.6768 0.028 0.880 0.092
#> GSM29841 2 0.5580 0.6146 0.256 0.736 0.008
#> GSM29844 2 0.3816 0.6723 0.148 0.852 0.000
#> GSM29847 2 0.6715 0.5836 0.028 0.660 0.312
#> GSM29850 2 0.6688 0.5870 0.028 0.664 0.308
#> GSM29853 3 0.8265 0.4161 0.184 0.180 0.636
#> GSM29856 3 0.4982 0.5882 0.036 0.136 0.828
#> GSM29859 3 0.7256 0.4992 0.216 0.088 0.696
#> GSM29862 2 0.3686 0.6690 0.140 0.860 0.000
#> GSM29865 3 0.6587 0.1323 0.016 0.352 0.632
#> GSM29868 1 0.7902 0.5779 0.660 0.132 0.208
#> GSM29871 3 0.7580 0.3134 0.340 0.056 0.604
#> GSM29874 1 0.7586 0.1265 0.480 0.480 0.040
#> GSM29877 3 0.7104 0.5168 0.136 0.140 0.724
#> GSM29880 2 0.4172 0.6579 0.156 0.840 0.004
#> GSM29881 3 0.1525 0.6378 0.004 0.032 0.964
#> GSM29884 2 0.5625 0.6712 0.116 0.808 0.076
#> GSM29887 2 0.4165 0.6877 0.048 0.876 0.076
#> GSM29890 1 0.6779 0.1071 0.544 0.012 0.444
#> GSM29893 1 0.2448 0.7317 0.924 0.000 0.076
#> GSM29896 1 0.5497 0.5057 0.708 0.000 0.292
#> GSM29899 3 0.5517 0.4981 0.268 0.004 0.728
#> GSM29902 3 0.7015 0.2769 0.392 0.024 0.584
#> GSM29905 3 0.6881 0.2870 0.388 0.020 0.592
#> GSM29908 1 0.1989 0.7369 0.948 0.004 0.048
#> GSM29955 1 0.5243 0.7329 0.828 0.100 0.072
#> GSM29958 1 0.1753 0.7370 0.952 0.000 0.048
#> GSM29961 1 0.1989 0.7369 0.948 0.004 0.048
#> GSM29882 3 0.5069 0.5949 0.044 0.128 0.828
#> GSM29885 2 0.5060 0.6775 0.156 0.816 0.028
#> GSM29888 2 0.5174 0.6937 0.092 0.832 0.076
#> GSM29891 3 0.4700 0.5767 0.180 0.008 0.812
#> GSM29894 1 0.4575 0.6295 0.812 0.004 0.184
#> GSM29897 1 0.3941 0.6595 0.844 0.000 0.156
#> GSM29900 3 0.4121 0.6180 0.040 0.084 0.876
#> GSM29903 3 0.6896 0.2704 0.392 0.020 0.588
#> GSM29906 3 0.6814 0.3149 0.372 0.020 0.608
#> GSM29909 1 0.7121 0.1862 0.548 0.024 0.428
#> GSM29956 1 0.1860 0.7372 0.948 0.000 0.052
#> GSM29959 1 0.1964 0.7371 0.944 0.000 0.056
#> GSM29962 1 0.5042 0.7356 0.836 0.060 0.104
#> GSM29883 3 0.2845 0.6371 0.012 0.068 0.920
#> GSM29886 2 0.3889 0.7023 0.084 0.884 0.032
#> GSM29889 2 0.3850 0.6844 0.028 0.884 0.088
#> GSM29892 3 0.8010 0.2587 0.384 0.068 0.548
#> GSM29895 1 0.7528 0.5103 0.648 0.280 0.072
#> GSM29898 3 0.5913 0.5911 0.144 0.068 0.788
#> GSM29901 3 0.1163 0.6395 0.028 0.000 0.972
#> GSM29904 1 0.8981 -0.0407 0.448 0.128 0.424
#> GSM29907 3 0.8439 0.2708 0.368 0.096 0.536
#> GSM29910 1 0.5891 0.6953 0.780 0.168 0.052
#> GSM29957 1 0.7915 0.5736 0.644 0.248 0.108
#> GSM29960 1 0.5307 0.7203 0.816 0.136 0.048
#> GSM29963 1 0.8973 0.1810 0.500 0.136 0.364
#> GSM29964 2 0.4174 0.6735 0.036 0.872 0.092
#> GSM29967 2 0.6879 0.5691 0.024 0.616 0.360
#> GSM29970 3 0.0829 0.6408 0.012 0.004 0.984
#> GSM29973 2 0.4289 0.6725 0.040 0.868 0.092
#> GSM29976 3 0.1399 0.6386 0.028 0.004 0.968
#> GSM29979 3 0.9724 0.2053 0.268 0.280 0.452
#> GSM29982 2 0.8841 0.5341 0.136 0.536 0.328
#> GSM29985 3 0.1315 0.6403 0.020 0.008 0.972
#> GSM29988 3 0.9452 0.2763 0.268 0.232 0.500
#> GSM29991 3 0.5094 0.6097 0.056 0.112 0.832
#> GSM29994 3 0.6969 0.3003 0.380 0.024 0.596
#> GSM29997 3 0.7517 0.3159 0.364 0.048 0.588
#> GSM30000 3 0.7475 0.2785 0.376 0.044 0.580
#> GSM30003 3 0.1491 0.6406 0.016 0.016 0.968
#> GSM29965 2 0.4982 0.6545 0.064 0.840 0.096
#> GSM29968 2 0.6800 0.5835 0.032 0.660 0.308
#> GSM29971 3 0.1647 0.6373 0.004 0.036 0.960
#> GSM29974 2 0.6181 0.5922 0.072 0.772 0.156
#> GSM29977 3 0.1453 0.6402 0.024 0.008 0.968
#> GSM29980 3 0.9117 0.2536 0.328 0.160 0.512
#> GSM29983 2 0.8983 0.3206 0.132 0.480 0.388
#> GSM29986 3 0.3715 0.6170 0.004 0.128 0.868
#> GSM29989 3 0.8310 0.3315 0.312 0.104 0.584
#> GSM29992 3 0.3406 0.6395 0.028 0.068 0.904
#> GSM29995 1 0.2384 0.7402 0.936 0.008 0.056
#> GSM29998 3 0.7552 0.3252 0.352 0.052 0.596
#> GSM30001 3 0.5992 0.4555 0.268 0.016 0.716
#> GSM30004 3 0.3805 0.6142 0.024 0.092 0.884
#> GSM29966 2 0.4056 0.6756 0.032 0.876 0.092
#> GSM29969 2 0.6750 0.5817 0.024 0.640 0.336
#> GSM29972 3 0.3349 0.6136 0.004 0.108 0.888
#> GSM29975 2 0.4399 0.6703 0.044 0.864 0.092
#> GSM29978 3 0.1525 0.6382 0.032 0.004 0.964
#> GSM29981 2 0.7126 0.5421 0.116 0.720 0.164
#> GSM29984 2 0.6855 0.5758 0.032 0.652 0.316
#> GSM29987 3 0.3695 0.6149 0.012 0.108 0.880
#> GSM29990 3 0.9706 0.2249 0.268 0.276 0.456
#> GSM29993 3 0.5951 0.5345 0.040 0.196 0.764
#> GSM29996 1 0.8887 0.1576 0.504 0.128 0.368
#> GSM29999 3 0.9189 0.2842 0.316 0.172 0.512
#> GSM30002 3 0.9112 0.2688 0.308 0.168 0.524
#> GSM30005 3 0.1832 0.6426 0.008 0.036 0.956
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.6047 0.4482 0.100 0.068 0.084 0.748
#> GSM29786 4 0.3863 0.6301 0.008 0.004 0.176 0.812
#> GSM29789 2 0.5273 0.5794 0.008 0.536 0.000 0.456
#> GSM29792 2 0.4888 0.6253 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM29795 1 0.9391 0.0365 0.372 0.128 0.176 0.324
#> GSM29798 4 0.3768 0.6307 0.008 0.000 0.184 0.808
#> GSM29801 1 0.7660 -0.0249 0.420 0.004 0.396 0.180
#> GSM29804 3 0.5993 0.3694 0.344 0.012 0.612 0.032
#> GSM29807 3 0.7143 0.2888 0.080 0.352 0.544 0.024
#> GSM29816 3 0.6452 0.5519 0.140 0.160 0.684 0.016
#> GSM29821 3 0.8315 0.0140 0.368 0.020 0.380 0.232
#> GSM29824 3 0.5652 0.4308 0.328 0.016 0.640 0.016
#> GSM29827 1 0.0817 0.6965 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM29830 1 0.0707 0.6956 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29833 1 0.3198 0.6981 0.884 0.004 0.032 0.080
#> GSM29784 4 0.4800 0.4458 0.096 0.048 0.040 0.816
#> GSM29787 4 0.3681 0.6307 0.008 0.000 0.176 0.816
#> GSM29790 4 0.5007 -0.3316 0.008 0.356 0.000 0.636
#> GSM29793 4 0.5288 -0.5302 0.008 0.472 0.000 0.520
#> GSM29796 4 0.6790 0.3169 0.092 0.176 0.052 0.680
#> GSM29799 4 0.4153 0.6231 0.008 0.004 0.204 0.784
#> GSM29802 3 0.7633 0.5273 0.124 0.160 0.628 0.088
#> GSM29805 3 0.6715 0.5417 0.176 0.160 0.652 0.012
#> GSM29814 3 0.7287 0.2862 0.096 0.332 0.548 0.024
#> GSM29817 3 0.8654 0.4324 0.156 0.164 0.536 0.144
#> GSM29822 3 0.8033 0.4886 0.116 0.164 0.596 0.124
#> GSM29825 3 0.7178 0.5062 0.200 0.164 0.616 0.020
#> GSM29828 1 0.0707 0.6956 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29831 1 0.1637 0.6766 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM29834 1 0.3491 0.6907 0.864 0.004 0.028 0.104
#> GSM29785 4 0.6666 -0.3537 0.088 0.340 0.004 0.568
#> GSM29788 4 0.5339 0.5869 0.004 0.072 0.180 0.744
#> GSM29791 2 0.4898 0.6217 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM29794 2 0.4898 0.6254 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM29797 2 0.7233 0.4764 0.092 0.484 0.016 0.408
#> GSM29800 4 0.3765 0.6284 0.004 0.004 0.180 0.812
#> GSM29803 3 0.5093 0.2191 0.008 0.004 0.652 0.336
#> GSM29806 3 0.3653 0.5362 0.112 0.008 0.856 0.024
#> GSM29815 3 0.8847 -0.0483 0.060 0.368 0.372 0.200
#> GSM29819 3 0.1706 0.5831 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM29823 4 0.8351 0.2836 0.096 0.080 0.408 0.416
#> GSM29826 3 0.3052 0.5847 0.104 0.004 0.880 0.012
#> GSM29829 1 0.5234 0.6724 0.776 0.012 0.104 0.108
#> GSM29832 1 0.4786 0.6740 0.788 0.000 0.104 0.108
#> GSM29835 1 0.8140 0.3423 0.516 0.160 0.044 0.280
#> GSM29836 2 0.4483 0.6755 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM29839 4 0.7162 -0.2897 0.124 0.364 0.004 0.508
#> GSM29842 4 0.5757 0.2345 0.108 0.144 0.012 0.736
#> GSM29845 4 0.4482 0.5716 0.008 0.000 0.264 0.728
#> GSM29848 4 0.3725 0.6308 0.008 0.000 0.180 0.812
#> GSM29851 3 0.8266 0.4529 0.204 0.160 0.556 0.080
#> GSM29854 3 0.1807 0.5869 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM29857 3 0.4771 0.5195 0.184 0.012 0.776 0.028
#> GSM29860 2 0.5040 0.6572 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM29863 3 0.6984 0.3473 0.184 0.000 0.580 0.236
#> GSM29866 1 0.0921 0.6934 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM29869 1 0.3444 0.6970 0.884 0.020 0.040 0.056
#> GSM29872 2 0.9723 -0.0562 0.288 0.336 0.220 0.156
#> GSM29875 3 0.7974 0.4049 0.276 0.160 0.528 0.036
#> GSM29878 1 0.9191 -0.0841 0.372 0.312 0.080 0.236
#> GSM29837 2 0.5789 0.5692 0.008 0.600 0.024 0.368
#> GSM29840 4 0.7063 -0.0357 0.120 0.284 0.012 0.584
#> GSM29843 4 0.4999 0.3369 0.096 0.100 0.012 0.792
#> GSM29846 4 0.4230 0.6175 0.008 0.004 0.212 0.776
#> GSM29849 4 0.3768 0.6307 0.008 0.000 0.184 0.808
#> GSM29852 3 0.7988 0.4991 0.132 0.160 0.600 0.108
#> GSM29855 3 0.7456 0.5298 0.096 0.156 0.644 0.104
#> GSM29858 3 0.5118 0.5298 0.224 0.008 0.736 0.032
#> GSM29861 2 0.5437 0.6374 0.012 0.624 0.008 0.356
#> GSM29864 3 0.8088 0.4836 0.124 0.160 0.592 0.124
#> GSM29867 3 0.7852 0.3034 0.376 0.176 0.436 0.012
#> GSM29870 1 0.8042 -0.1304 0.456 0.168 0.352 0.024
#> GSM29873 3 0.7945 0.2343 0.232 0.208 0.532 0.028
#> GSM29876 3 0.7805 0.5191 0.112 0.160 0.616 0.112
#> GSM29879 1 0.6013 0.6111 0.712 0.024 0.068 0.196
#> GSM29838 2 0.4585 0.6583 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM29841 2 0.6948 0.4807 0.096 0.484 0.004 0.416
#> GSM29844 2 0.5731 0.5970 0.028 0.544 0.000 0.428
#> GSM29847 4 0.3768 0.6307 0.008 0.000 0.184 0.808
#> GSM29850 4 0.4875 0.6147 0.008 0.040 0.180 0.772
#> GSM29853 3 0.7270 0.2879 0.168 0.004 0.548 0.280
#> GSM29856 3 0.4436 0.4254 0.020 0.000 0.764 0.216
#> GSM29859 3 0.5675 0.4730 0.156 0.052 0.752 0.040
#> GSM29862 2 0.4905 0.6577 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM29865 3 0.5580 -0.1951 0.008 0.008 0.520 0.464
#> GSM29868 1 0.7137 0.5869 0.624 0.024 0.144 0.208
#> GSM29871 3 0.7230 0.2080 0.344 0.056 0.552 0.048
#> GSM29874 2 0.8214 0.3993 0.220 0.540 0.056 0.184
#> GSM29877 3 0.8144 0.4906 0.152 0.160 0.584 0.104
#> GSM29880 2 0.4792 0.6696 0.008 0.680 0.000 0.312
#> GSM29881 3 0.3948 0.5823 0.064 0.000 0.840 0.096
#> GSM29884 4 0.6508 -0.4334 0.068 0.380 0.004 0.548
#> GSM29887 4 0.4998 -0.5911 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM29890 1 0.6195 0.3470 0.664 0.024 0.264 0.048
#> GSM29893 1 0.1356 0.6992 0.960 0.008 0.032 0.000
#> GSM29896 1 0.3612 0.5994 0.840 0.012 0.144 0.004
#> GSM29899 3 0.5803 0.3815 0.372 0.024 0.596 0.008
#> GSM29902 3 0.7176 0.1607 0.372 0.052 0.532 0.044
#> GSM29905 3 0.7081 0.1441 0.392 0.048 0.520 0.040
#> GSM29908 1 0.0817 0.6965 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM29955 1 0.4956 0.6694 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM29958 1 0.0707 0.6956 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29961 1 0.1211 0.6960 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM29882 3 0.7877 0.4969 0.096 0.160 0.608 0.136
#> GSM29885 4 0.4596 0.3782 0.104 0.068 0.012 0.816
#> GSM29888 4 0.5696 -0.1324 0.052 0.264 0.004 0.680
#> GSM29891 3 0.6855 0.4710 0.292 0.084 0.604 0.020
#> GSM29894 1 0.4005 0.5480 0.808 0.008 0.176 0.008
#> GSM29897 1 0.3360 0.6125 0.860 0.008 0.124 0.008
#> GSM29900 3 0.6750 0.5402 0.164 0.164 0.656 0.016
#> GSM29903 1 0.6854 -0.1426 0.464 0.044 0.464 0.028
#> GSM29906 3 0.6930 0.1277 0.448 0.044 0.476 0.032
#> GSM29909 1 0.6341 0.4673 0.656 0.012 0.252 0.080
#> GSM29956 1 0.0921 0.6934 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM29959 1 0.0707 0.6956 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29962 1 0.3144 0.6982 0.884 0.000 0.044 0.072
#> GSM29883 3 0.4281 0.5240 0.028 0.000 0.792 0.180
#> GSM29886 2 0.6315 0.5449 0.048 0.480 0.004 0.468
#> GSM29889 2 0.4933 0.6516 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM29892 3 0.6984 0.1409 0.380 0.044 0.536 0.040
#> GSM29895 1 0.7084 0.5719 0.632 0.028 0.128 0.212
#> GSM29898 3 0.4838 0.5085 0.152 0.032 0.792 0.024
#> GSM29901 3 0.1953 0.5809 0.044 0.012 0.940 0.004
#> GSM29904 1 0.8237 0.3639 0.520 0.056 0.272 0.152
#> GSM29907 3 0.7142 0.1637 0.360 0.052 0.544 0.044
#> GSM29910 1 0.6587 0.5966 0.684 0.036 0.092 0.188
#> GSM29957 1 0.7527 0.5382 0.624 0.072 0.108 0.196
#> GSM29960 1 0.5675 0.6422 0.728 0.004 0.108 0.160
#> GSM29963 1 0.7760 0.4913 0.580 0.040 0.192 0.188
#> GSM29964 2 0.4661 0.6507 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM29967 4 0.5553 0.5651 0.000 0.100 0.176 0.724
#> GSM29970 3 0.2456 0.5838 0.040 0.008 0.924 0.028
#> GSM29973 2 0.4624 0.6490 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM29976 3 0.3415 0.5780 0.128 0.008 0.856 0.008
#> GSM29979 3 0.9567 0.1042 0.144 0.284 0.372 0.200
#> GSM29982 4 0.5986 0.5812 0.020 0.060 0.220 0.700
#> GSM29985 3 0.3464 0.5827 0.108 0.000 0.860 0.032
#> GSM29988 3 0.7610 0.2763 0.120 0.320 0.532 0.028
#> GSM29991 3 0.4919 0.5197 0.076 0.000 0.772 0.152
#> GSM29994 3 0.7204 0.1690 0.384 0.052 0.520 0.044
#> GSM29997 3 0.8018 0.1707 0.392 0.096 0.456 0.056
#> GSM30000 3 0.6866 0.1500 0.368 0.048 0.552 0.032
#> GSM30003 3 0.5363 0.5698 0.136 0.096 0.760 0.008
#> GSM29965 2 0.6638 0.4330 0.000 0.496 0.084 0.420
#> GSM29968 4 0.3721 0.6274 0.004 0.004 0.176 0.816
#> GSM29971 3 0.4861 0.5835 0.100 0.040 0.812 0.048
#> GSM29974 2 0.4679 0.6089 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM29977 3 0.4890 0.5757 0.136 0.060 0.792 0.012
#> GSM29980 3 0.7706 0.3091 0.240 0.092 0.592 0.076
#> GSM29983 4 0.6929 0.4149 0.120 0.004 0.308 0.568
#> GSM29986 3 0.7092 0.4307 0.096 0.036 0.624 0.244
#> GSM29989 3 0.8301 0.2338 0.280 0.148 0.512 0.060
#> GSM29992 3 0.5325 0.5332 0.096 0.000 0.744 0.160
#> GSM29995 1 0.1509 0.6987 0.960 0.012 0.020 0.008
#> GSM29998 3 0.8054 0.1796 0.384 0.112 0.456 0.048
#> GSM30001 3 0.5600 0.4498 0.180 0.032 0.744 0.044
#> GSM30004 3 0.6747 0.5479 0.132 0.160 0.676 0.032
#> GSM29966 2 0.4522 0.6600 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM29969 4 0.6476 0.4605 0.000 0.180 0.176 0.644
#> GSM29972 3 0.3392 0.5727 0.024 0.016 0.880 0.080
#> GSM29975 2 0.4624 0.6490 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM29978 3 0.2207 0.5768 0.056 0.012 0.928 0.004
#> GSM29981 2 0.5822 0.6108 0.032 0.648 0.012 0.308
#> GSM29984 4 0.4005 0.6293 0.008 0.008 0.176 0.808
#> GSM29987 3 0.3893 0.4865 0.008 0.000 0.796 0.196
#> GSM29990 3 0.8839 0.2112 0.112 0.344 0.428 0.116
#> GSM29993 3 0.6144 0.4137 0.060 0.020 0.680 0.240
#> GSM29996 1 0.8096 0.3387 0.512 0.052 0.308 0.128
#> GSM29999 3 0.8257 0.2293 0.256 0.156 0.528 0.060
#> GSM30002 3 0.8220 0.2451 0.276 0.084 0.532 0.108
#> GSM30005 3 0.1302 0.5806 0.044 0.000 0.956 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.5579 0.6974 0.072 0.048 0.124 0.736 0.020
#> GSM29786 4 0.1124 0.8247 0.000 0.004 0.036 0.960 0.000
#> GSM29789 2 0.1740 0.7739 0.012 0.932 0.000 0.056 0.000
#> GSM29792 2 0.0404 0.7897 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM29795 1 0.8234 0.1069 0.380 0.340 0.168 0.096 0.016
#> GSM29798 4 0.1357 0.8261 0.000 0.004 0.048 0.948 0.000
#> GSM29801 3 0.4347 0.5396 0.276 0.004 0.704 0.004 0.012
#> GSM29804 3 0.6325 0.1670 0.180 0.000 0.504 0.000 0.316
#> GSM29807 5 0.3897 0.7230 0.028 0.028 0.104 0.008 0.832
#> GSM29816 3 0.0960 0.7013 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016
#> GSM29821 3 0.5141 0.5065 0.276 0.028 0.672 0.008 0.016
#> GSM29824 3 0.6712 0.1231 0.300 0.000 0.424 0.000 0.276
#> GSM29827 1 0.2193 0.8194 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> GSM29830 1 0.2068 0.8198 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> GSM29833 1 0.2011 0.8208 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.4611 0.6924 0.048 0.148 0.020 0.776 0.008
#> GSM29787 4 0.1041 0.8238 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM29790 2 0.4278 0.2282 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM29793 2 0.3010 0.7280 0.004 0.824 0.000 0.172 0.000
#> GSM29796 4 0.5519 0.5180 0.020 0.304 0.052 0.624 0.000
#> GSM29799 4 0.2233 0.7995 0.000 0.004 0.104 0.892 0.000
#> GSM29802 3 0.1173 0.6981 0.020 0.000 0.964 0.012 0.004
#> GSM29805 3 0.1872 0.6958 0.052 0.000 0.928 0.000 0.020
#> GSM29814 5 0.4131 0.6941 0.008 0.028 0.168 0.008 0.788
#> GSM29817 3 0.2721 0.6767 0.052 0.000 0.896 0.036 0.016
#> GSM29822 3 0.2578 0.6792 0.040 0.000 0.904 0.040 0.016
#> GSM29825 3 0.3142 0.6765 0.076 0.000 0.864 0.004 0.056
#> GSM29828 1 0.1851 0.8205 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.2136 0.8194 0.904 0.000 0.088 0.000 0.008
#> GSM29834 1 0.2011 0.8208 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.5553 0.7152 0.044 0.712 0.004 0.164 0.076
#> GSM29788 4 0.2925 0.7844 0.000 0.068 0.024 0.884 0.024
#> GSM29791 2 0.0404 0.7897 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0404 0.7897 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM29797 2 0.3598 0.7389 0.056 0.844 0.004 0.088 0.008
#> GSM29800 4 0.1285 0.8251 0.000 0.004 0.036 0.956 0.004
#> GSM29803 3 0.5166 0.6363 0.020 0.004 0.736 0.100 0.140
#> GSM29806 3 0.5091 0.5442 0.084 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM29815 5 0.4642 0.6975 0.028 0.040 0.148 0.008 0.776
#> GSM29819 3 0.3762 0.6129 0.004 0.000 0.748 0.004 0.244
#> GSM29823 3 0.8104 0.0880 0.192 0.128 0.396 0.284 0.000
#> GSM29826 3 0.4528 0.5801 0.012 0.000 0.680 0.012 0.296
#> GSM29829 1 0.1889 0.7678 0.936 0.020 0.004 0.004 0.036
#> GSM29832 1 0.1766 0.7603 0.940 0.040 0.004 0.004 0.012
#> GSM29835 1 0.4855 0.6283 0.736 0.204 0.012 0.028 0.020
#> GSM29836 2 0.1830 0.7891 0.012 0.932 0.000 0.004 0.052
#> GSM29839 2 0.4912 0.6440 0.088 0.740 0.004 0.160 0.008
#> GSM29842 4 0.6274 0.1185 0.044 0.388 0.028 0.524 0.016
#> GSM29845 4 0.2233 0.8052 0.000 0.004 0.104 0.892 0.000
#> GSM29848 4 0.1430 0.8255 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> GSM29851 3 0.2647 0.6761 0.076 0.000 0.892 0.008 0.024
#> GSM29854 3 0.4030 0.6120 0.008 0.000 0.736 0.008 0.248
#> GSM29857 3 0.5345 0.4762 0.088 0.000 0.632 0.000 0.280
#> GSM29860 2 0.1117 0.7901 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> GSM29863 3 0.4175 0.6599 0.152 0.004 0.788 0.004 0.052
#> GSM29866 1 0.1908 0.8201 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.3437 0.7905 0.832 0.000 0.120 0.000 0.048
#> GSM29872 5 0.6252 0.6204 0.220 0.072 0.064 0.004 0.640
#> GSM29875 3 0.3357 0.6637 0.092 0.000 0.852 0.008 0.048
#> GSM29878 1 0.5313 0.4604 0.628 0.320 0.004 0.016 0.032
#> GSM29837 2 0.6077 0.6447 0.016 0.640 0.032 0.060 0.252
#> GSM29840 2 0.5620 0.2293 0.048 0.544 0.004 0.396 0.008
#> GSM29843 4 0.5130 0.4528 0.044 0.288 0.000 0.656 0.012
#> GSM29846 4 0.2439 0.7906 0.000 0.004 0.120 0.876 0.000
#> GSM29849 4 0.1430 0.8255 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> GSM29852 3 0.2537 0.6787 0.056 0.000 0.904 0.024 0.016
#> GSM29855 3 0.1673 0.7004 0.008 0.000 0.944 0.032 0.016
#> GSM29858 3 0.4541 0.5911 0.084 0.000 0.744 0.000 0.172
#> GSM29861 2 0.2958 0.7657 0.020 0.880 0.000 0.076 0.024
#> GSM29864 3 0.2844 0.6783 0.064 0.000 0.888 0.032 0.016
#> GSM29867 3 0.5606 0.3524 0.296 0.000 0.600 0.000 0.104
#> GSM29870 3 0.5302 0.0351 0.412 0.000 0.536 0.000 0.052
#> GSM29873 5 0.3388 0.7327 0.028 0.020 0.080 0.008 0.864
#> GSM29876 3 0.2142 0.6878 0.048 0.000 0.920 0.028 0.004
#> GSM29879 1 0.5637 0.6145 0.648 0.012 0.264 0.008 0.068
#> GSM29838 2 0.4010 0.7776 0.000 0.796 0.000 0.088 0.116
#> GSM29841 2 0.3491 0.7411 0.060 0.852 0.004 0.076 0.008
#> GSM29844 2 0.1012 0.7893 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM29847 4 0.1282 0.8259 0.000 0.004 0.044 0.952 0.000
#> GSM29850 4 0.1965 0.8226 0.000 0.024 0.052 0.924 0.000
#> GSM29853 3 0.2851 0.6761 0.092 0.004 0.880 0.016 0.008
#> GSM29856 3 0.5994 0.5722 0.044 0.004 0.660 0.080 0.212
#> GSM29859 3 0.5644 0.3421 0.096 0.000 0.576 0.000 0.328
#> GSM29862 2 0.1106 0.7903 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
#> GSM29865 3 0.6286 0.4878 0.024 0.004 0.612 0.236 0.124
#> GSM29868 1 0.5449 0.6124 0.732 0.048 0.108 0.004 0.108
#> GSM29871 5 0.5598 0.6334 0.112 0.004 0.248 0.000 0.636
#> GSM29874 2 0.6908 0.2085 0.324 0.424 0.000 0.008 0.244
#> GSM29877 3 0.2800 0.6773 0.072 0.000 0.888 0.016 0.024
#> GSM29880 2 0.0693 0.7903 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM29881 3 0.3612 0.6572 0.004 0.000 0.796 0.016 0.184
#> GSM29884 2 0.4510 0.7686 0.036 0.792 0.000 0.092 0.080
#> GSM29887 2 0.3582 0.7814 0.008 0.840 0.000 0.080 0.072
#> GSM29890 1 0.5619 0.5497 0.636 0.000 0.156 0.000 0.208
#> GSM29893 1 0.2770 0.8063 0.864 0.008 0.124 0.000 0.004
#> GSM29896 1 0.3841 0.7467 0.780 0.000 0.188 0.000 0.032
#> GSM29899 3 0.6625 0.0453 0.368 0.000 0.412 0.000 0.220
#> GSM29902 5 0.4982 0.7283 0.220 0.000 0.088 0.000 0.692
#> GSM29905 5 0.5441 0.6754 0.280 0.000 0.096 0.000 0.624
#> GSM29908 1 0.2011 0.8199 0.908 0.000 0.088 0.000 0.004
#> GSM29955 1 0.2632 0.7418 0.892 0.000 0.032 0.004 0.072
#> GSM29958 1 0.1851 0.8205 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.2006 0.8184 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012
#> GSM29882 3 0.2032 0.6942 0.020 0.000 0.924 0.052 0.004
#> GSM29885 4 0.5648 0.4414 0.048 0.288 0.008 0.636 0.020
#> GSM29888 2 0.6260 0.1525 0.028 0.468 0.000 0.432 0.072
#> GSM29891 3 0.5836 0.2334 0.176 0.000 0.608 0.000 0.216
#> GSM29894 1 0.3548 0.7510 0.796 0.000 0.188 0.004 0.012
#> GSM29897 1 0.3399 0.7651 0.812 0.000 0.172 0.004 0.012
#> GSM29900 3 0.3012 0.6810 0.052 0.000 0.872 0.004 0.072
#> GSM29903 5 0.6394 0.4470 0.344 0.000 0.180 0.000 0.476
#> GSM29906 5 0.6056 0.5949 0.288 0.000 0.156 0.000 0.556
#> GSM29909 1 0.5487 0.4505 0.620 0.000 0.280 0.000 0.100
#> GSM29956 1 0.1851 0.8205 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.1851 0.8205 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.2864 0.8039 0.864 0.000 0.112 0.000 0.024
#> GSM29883 3 0.4052 0.6491 0.016 0.000 0.784 0.024 0.176
#> GSM29886 2 0.4153 0.7766 0.024 0.812 0.000 0.088 0.076
#> GSM29889 2 0.3176 0.7815 0.000 0.856 0.000 0.080 0.064
#> GSM29892 5 0.5868 0.6688 0.292 0.000 0.132 0.000 0.576
#> GSM29895 1 0.4391 0.6924 0.808 0.112 0.024 0.032 0.024
#> GSM29898 5 0.5728 0.1186 0.084 0.000 0.432 0.000 0.484
#> GSM29901 3 0.4570 0.5342 0.016 0.000 0.648 0.004 0.332
#> GSM29904 5 0.5252 0.6810 0.292 0.000 0.076 0.000 0.632
#> GSM29907 5 0.5104 0.7419 0.192 0.000 0.116 0.000 0.692
#> GSM29910 1 0.3517 0.6988 0.840 0.072 0.000 0.004 0.084
#> GSM29957 1 0.5461 0.5308 0.684 0.168 0.004 0.004 0.140
#> GSM29960 1 0.2017 0.7493 0.924 0.060 0.004 0.004 0.008
#> GSM29963 1 0.5785 0.0619 0.572 0.060 0.012 0.004 0.352
#> GSM29964 2 0.4010 0.7779 0.000 0.796 0.000 0.088 0.116
#> GSM29967 4 0.3820 0.7389 0.004 0.084 0.016 0.836 0.060
#> GSM29970 3 0.5015 0.5825 0.008 0.000 0.684 0.056 0.252
#> GSM29973 2 0.4104 0.7759 0.000 0.788 0.000 0.088 0.124
#> GSM29976 3 0.3642 0.6318 0.008 0.000 0.760 0.000 0.232
#> GSM29979 5 0.5663 0.6756 0.052 0.104 0.140 0.000 0.704
#> GSM29982 4 0.4829 0.7160 0.036 0.136 0.056 0.768 0.004
#> GSM29985 3 0.4149 0.6505 0.004 0.000 0.768 0.040 0.188
#> GSM29988 5 0.3486 0.7306 0.024 0.016 0.100 0.008 0.852
#> GSM29991 3 0.4986 0.5902 0.048 0.004 0.708 0.012 0.228
#> GSM29994 5 0.4496 0.7511 0.156 0.000 0.092 0.000 0.752
#> GSM29997 5 0.4679 0.7489 0.136 0.000 0.124 0.000 0.740
#> GSM30000 5 0.5916 0.6302 0.336 0.000 0.120 0.000 0.544
#> GSM30003 3 0.0992 0.7017 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> GSM29965 2 0.7314 0.4801 0.012 0.484 0.028 0.188 0.288
#> GSM29968 4 0.1121 0.8140 0.004 0.004 0.016 0.968 0.008
#> GSM29971 3 0.2654 0.6933 0.008 0.000 0.896 0.056 0.040
#> GSM29974 2 0.4771 0.7696 0.004 0.764 0.020 0.068 0.144
#> GSM29977 3 0.0932 0.7011 0.004 0.000 0.972 0.004 0.020
#> GSM29980 5 0.5760 0.3627 0.096 0.000 0.368 0.000 0.536
#> GSM29983 4 0.6035 0.4251 0.060 0.024 0.316 0.592 0.008
#> GSM29986 3 0.2158 0.6966 0.008 0.000 0.920 0.052 0.020
#> GSM29989 5 0.3834 0.7424 0.052 0.000 0.124 0.008 0.816
#> GSM29992 3 0.4091 0.6261 0.012 0.004 0.756 0.008 0.220
#> GSM29995 1 0.2628 0.8157 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> GSM29998 5 0.4401 0.7449 0.104 0.000 0.132 0.000 0.764
#> GSM30001 3 0.5666 0.4006 0.108 0.000 0.592 0.000 0.300
#> GSM30004 3 0.0693 0.7011 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM29966 2 0.4057 0.7770 0.000 0.792 0.000 0.088 0.120
#> GSM29969 4 0.4397 0.6919 0.004 0.124 0.016 0.792 0.064
#> GSM29972 3 0.5644 0.5569 0.032 0.000 0.656 0.064 0.248
#> GSM29975 2 0.4149 0.7746 0.000 0.784 0.000 0.088 0.128
#> GSM29978 3 0.4127 0.5642 0.008 0.000 0.680 0.000 0.312
#> GSM29981 2 0.3911 0.7669 0.008 0.792 0.004 0.020 0.176
#> GSM29984 4 0.1235 0.8139 0.004 0.012 0.016 0.964 0.004
#> GSM29987 3 0.5245 0.5911 0.020 0.000 0.692 0.064 0.224
#> GSM29990 5 0.3472 0.7266 0.032 0.020 0.080 0.008 0.860
#> GSM29993 3 0.6740 0.5155 0.032 0.020 0.588 0.104 0.256
#> GSM29996 5 0.5531 0.5989 0.352 0.000 0.068 0.004 0.576
#> GSM29999 5 0.3244 0.7429 0.048 0.000 0.084 0.008 0.860
#> GSM30002 5 0.6582 0.3060 0.108 0.028 0.380 0.000 0.484
#> GSM30005 3 0.4000 0.6087 0.024 0.000 0.748 0.000 0.228
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.5794 0.69589 0.052 0.060 0.064 0.712 0.092 0.020
#> GSM29786 4 0.0865 0.81941 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM29789 2 0.0790 0.50237 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0260 0.50072 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM29795 2 0.8049 0.00263 0.320 0.392 0.120 0.064 0.088 0.016
#> GSM29798 4 0.1219 0.81985 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004 0.000
#> GSM29801 3 0.5025 0.02961 0.436 0.000 0.492 0.000 0.072 0.000
#> GSM29804 6 0.6744 0.30975 0.144 0.000 0.252 0.000 0.104 0.500
#> GSM29807 6 0.3352 0.69559 0.008 0.024 0.012 0.000 0.128 0.828
#> GSM29816 3 0.1528 0.63763 0.016 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000
#> GSM29821 3 0.5755 -0.05707 0.448 0.000 0.448 0.028 0.072 0.004
#> GSM29824 1 0.6621 -0.04834 0.388 0.000 0.296 0.000 0.028 0.288
#> GSM29827 1 0.0508 0.81558 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM29830 1 0.0603 0.81586 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29833 1 0.1015 0.81536 0.968 0.000 0.012 0.004 0.012 0.004
#> GSM29784 4 0.4796 0.67864 0.028 0.136 0.008 0.752 0.060 0.016
#> GSM29787 4 0.0858 0.81722 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> GSM29790 2 0.4258 0.01478 0.000 0.516 0.000 0.468 0.016 0.000
#> GSM29793 2 0.3050 0.38702 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM29796 4 0.5509 0.54555 0.012 0.252 0.032 0.640 0.060 0.004
#> GSM29799 4 0.1957 0.78950 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.0914 0.63429 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000
#> GSM29805 3 0.2380 0.63139 0.036 0.000 0.892 0.000 0.068 0.004
#> GSM29814 6 0.4137 0.68244 0.008 0.028 0.028 0.000 0.168 0.768
#> GSM29817 3 0.2458 0.59785 0.016 0.000 0.892 0.024 0.068 0.000
#> GSM29822 3 0.1461 0.62346 0.016 0.000 0.940 0.000 0.044 0.000
#> GSM29825 3 0.1887 0.63452 0.016 0.000 0.924 0.000 0.048 0.012
#> GSM29828 1 0.0603 0.81586 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29831 1 0.0837 0.81578 0.972 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> GSM29834 1 0.1053 0.81542 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012 0.000
#> GSM29785 2 0.6143 0.14866 0.024 0.532 0.000 0.112 0.316 0.016
#> GSM29788 4 0.2122 0.79970 0.000 0.032 0.024 0.916 0.028 0.000
#> GSM29791 2 0.0146 0.49915 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29794 2 0.0146 0.50007 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29797 2 0.3430 0.47553 0.016 0.852 0.012 0.044 0.068 0.008
#> GSM29800 4 0.1226 0.81993 0.000 0.004 0.040 0.952 0.004 0.000
#> GSM29803 3 0.7013 0.40568 0.008 0.000 0.492 0.100 0.168 0.232
#> GSM29806 6 0.6537 -0.16906 0.036 0.000 0.380 0.000 0.192 0.392
#> GSM29815 6 0.4783 0.63808 0.012 0.032 0.024 0.004 0.224 0.704
#> GSM29819 3 0.5974 0.32269 0.004 0.000 0.468 0.000 0.212 0.316
#> GSM29823 1 0.7606 -0.04523 0.316 0.024 0.292 0.296 0.072 0.000
#> GSM29826 3 0.5989 0.23290 0.004 0.000 0.436 0.004 0.168 0.388
#> GSM29829 1 0.1320 0.80107 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016
#> GSM29832 1 0.1340 0.80079 0.948 0.008 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM29835 1 0.5796 0.34518 0.540 0.348 0.008 0.008 0.084 0.012
#> GSM29836 2 0.2420 0.43400 0.000 0.876 0.000 0.008 0.108 0.008
#> GSM29839 2 0.4039 0.45940 0.060 0.796 0.000 0.092 0.052 0.000
#> GSM29842 4 0.6225 0.24878 0.044 0.344 0.016 0.528 0.060 0.008
#> GSM29845 4 0.1910 0.79308 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM29848 4 0.1219 0.81985 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004 0.000
#> GSM29851 3 0.1794 0.62562 0.036 0.000 0.924 0.000 0.040 0.000
#> GSM29854 3 0.5912 0.30302 0.004 0.000 0.472 0.000 0.192 0.332
#> GSM29857 6 0.6851 0.03346 0.060 0.000 0.300 0.000 0.220 0.420
#> GSM29860 2 0.1686 0.48266 0.004 0.932 0.000 0.008 0.052 0.004
#> GSM29863 3 0.5486 0.50756 0.236 0.000 0.644 0.008 0.068 0.044
#> GSM29866 1 0.0458 0.81549 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.2412 0.77121 0.880 0.000 0.028 0.000 0.000 0.092
#> GSM29872 6 0.4249 0.68489 0.100 0.064 0.000 0.000 0.056 0.780
#> GSM29875 3 0.1938 0.62621 0.036 0.000 0.920 0.000 0.040 0.004
#> GSM29878 2 0.5450 -0.09678 0.432 0.492 0.000 0.012 0.048 0.016
#> GSM29837 5 0.5160 0.25671 0.000 0.456 0.012 0.012 0.488 0.032
#> GSM29840 2 0.5657 0.06027 0.040 0.484 0.000 0.416 0.060 0.000
#> GSM29843 4 0.5501 0.43614 0.032 0.288 0.000 0.608 0.064 0.008
#> GSM29846 4 0.2135 0.77664 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM29849 4 0.1285 0.81913 0.000 0.000 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM29852 3 0.1168 0.62976 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000
#> GSM29855 3 0.1371 0.63638 0.004 0.000 0.948 0.004 0.040 0.004
#> GSM29858 3 0.6429 0.41070 0.060 0.000 0.532 0.000 0.220 0.188
#> GSM29861 2 0.3076 0.46624 0.004 0.856 0.000 0.056 0.076 0.008
#> GSM29864 3 0.1429 0.62573 0.004 0.000 0.940 0.004 0.052 0.000
#> GSM29867 3 0.4830 0.37767 0.244 0.000 0.672 0.000 0.020 0.064
#> GSM29870 3 0.5310 0.14190 0.348 0.000 0.564 0.000 0.020 0.068
#> GSM29873 6 0.2359 0.72272 0.016 0.024 0.004 0.000 0.052 0.904
#> GSM29876 3 0.1088 0.63144 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000
#> GSM29879 1 0.5421 0.53768 0.620 0.000 0.280 0.012 0.024 0.064
#> GSM29838 2 0.4776 -0.28303 0.000 0.512 0.000 0.028 0.448 0.012
#> GSM29841 2 0.2973 0.48121 0.036 0.872 0.000 0.032 0.056 0.004
#> GSM29844 2 0.1526 0.50032 0.008 0.944 0.000 0.008 0.036 0.004
#> GSM29847 4 0.0865 0.81955 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM29850 4 0.1152 0.81975 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004 0.000
#> GSM29853 3 0.3834 0.56847 0.172 0.000 0.772 0.008 0.048 0.000
#> GSM29856 3 0.7193 0.17883 0.008 0.000 0.376 0.076 0.196 0.344
#> GSM29859 6 0.6427 0.25465 0.048 0.000 0.260 0.000 0.184 0.508
#> GSM29862 2 0.1542 0.47488 0.000 0.936 0.000 0.008 0.052 0.004
#> GSM29865 3 0.7450 0.27636 0.004 0.004 0.404 0.276 0.116 0.196
#> GSM29868 1 0.6371 0.51048 0.604 0.052 0.100 0.000 0.040 0.204
#> GSM29871 6 0.4662 0.69598 0.084 0.004 0.060 0.000 0.096 0.756
#> GSM29874 2 0.6830 0.15719 0.152 0.516 0.000 0.000 0.160 0.172
#> GSM29877 3 0.1168 0.63035 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000
#> GSM29880 2 0.0622 0.49803 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM29881 3 0.5516 0.43275 0.000 0.000 0.560 0.000 0.196 0.244
#> GSM29884 2 0.5148 0.12333 0.028 0.580 0.000 0.028 0.356 0.008
#> GSM29887 2 0.4087 0.18971 0.004 0.692 0.000 0.028 0.276 0.000
#> GSM29890 1 0.4145 0.59429 0.700 0.000 0.048 0.000 0.000 0.252
#> GSM29893 1 0.1268 0.80909 0.952 0.000 0.036 0.000 0.004 0.008
#> GSM29896 1 0.2527 0.76245 0.868 0.000 0.108 0.000 0.000 0.024
#> GSM29899 1 0.6364 0.19838 0.468 0.000 0.268 0.000 0.024 0.240
#> GSM29902 6 0.2234 0.72805 0.124 0.000 0.000 0.000 0.004 0.872
#> GSM29905 6 0.2445 0.72754 0.120 0.000 0.008 0.000 0.004 0.868
#> GSM29908 1 0.0260 0.81474 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.1464 0.79858 0.944 0.000 0.000 0.004 0.016 0.036
#> GSM29958 1 0.0603 0.81586 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29961 1 0.0260 0.81474 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.1036 0.63182 0.004 0.000 0.964 0.008 0.024 0.000
#> GSM29885 4 0.5450 0.49027 0.040 0.260 0.000 0.632 0.060 0.008
#> GSM29888 2 0.6756 0.08768 0.028 0.416 0.000 0.248 0.300 0.008
#> GSM29891 3 0.5264 0.38153 0.144 0.000 0.648 0.000 0.016 0.192
#> GSM29894 1 0.2146 0.76278 0.880 0.000 0.116 0.000 0.000 0.004
#> GSM29897 1 0.1806 0.78261 0.908 0.000 0.088 0.000 0.000 0.004
#> GSM29900 3 0.1949 0.63317 0.020 0.000 0.924 0.000 0.036 0.020
#> GSM29903 6 0.4635 0.59400 0.256 0.000 0.064 0.000 0.008 0.672
#> GSM29906 6 0.3452 0.69736 0.176 0.000 0.024 0.000 0.008 0.792
#> GSM29909 1 0.5298 0.44233 0.632 0.000 0.140 0.000 0.012 0.216
#> GSM29956 1 0.0603 0.81586 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM29959 1 0.0692 0.81583 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.1036 0.81490 0.964 0.000 0.024 0.004 0.008 0.000
#> GSM29883 3 0.5845 0.42496 0.000 0.000 0.556 0.020 0.156 0.268
#> GSM29886 2 0.4988 0.21250 0.028 0.628 0.000 0.028 0.308 0.008
#> GSM29889 2 0.4083 0.10487 0.000 0.668 0.000 0.028 0.304 0.000
#> GSM29892 6 0.3301 0.69807 0.188 0.000 0.024 0.000 0.000 0.788
#> GSM29895 1 0.6115 0.41400 0.556 0.320 0.024 0.016 0.068 0.016
#> GSM29898 6 0.5089 0.35389 0.036 0.000 0.296 0.000 0.044 0.624
#> GSM29901 3 0.5657 0.22406 0.004 0.000 0.452 0.000 0.132 0.412
#> GSM29904 6 0.2121 0.73529 0.096 0.000 0.000 0.000 0.012 0.892
#> GSM29907 6 0.2163 0.73181 0.092 0.000 0.016 0.000 0.000 0.892
#> GSM29910 1 0.5398 0.55286 0.640 0.232 0.000 0.000 0.040 0.088
#> GSM29957 1 0.6610 0.35334 0.480 0.284 0.000 0.000 0.060 0.176
#> GSM29960 1 0.2773 0.75984 0.872 0.076 0.004 0.000 0.044 0.004
#> GSM29963 6 0.6214 0.27022 0.352 0.100 0.004 0.000 0.048 0.496
#> GSM29964 2 0.4783 -0.30475 0.000 0.500 0.000 0.028 0.460 0.012
#> GSM29967 4 0.3978 0.53707 0.000 0.032 0.000 0.700 0.268 0.000
#> GSM29970 3 0.6906 0.25144 0.004 0.000 0.400 0.048 0.232 0.316
#> GSM29973 2 0.4863 -0.31446 0.000 0.496 0.000 0.028 0.460 0.016
#> GSM29976 3 0.6119 0.33075 0.012 0.000 0.464 0.000 0.200 0.324
#> GSM29979 6 0.4711 0.66517 0.020 0.076 0.024 0.004 0.116 0.760
#> GSM29982 4 0.3864 0.77357 0.028 0.056 0.040 0.828 0.048 0.000
#> GSM29985 3 0.6709 0.32859 0.004 0.000 0.448 0.040 0.220 0.288
#> GSM29988 6 0.1872 0.71924 0.004 0.008 0.004 0.000 0.064 0.920
#> GSM29991 3 0.6705 0.27619 0.028 0.000 0.420 0.008 0.220 0.324
#> GSM29994 6 0.1843 0.73380 0.080 0.000 0.004 0.000 0.004 0.912
#> GSM29997 6 0.1364 0.73393 0.048 0.000 0.004 0.000 0.004 0.944
#> GSM30000 6 0.3694 0.67403 0.232 0.000 0.028 0.000 0.000 0.740
#> GSM30003 3 0.2655 0.63376 0.020 0.000 0.872 0.000 0.096 0.012
#> GSM29965 5 0.5287 0.23393 0.000 0.340 0.000 0.068 0.572 0.020
#> GSM29968 4 0.0858 0.79990 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> GSM29971 3 0.4898 0.56641 0.004 0.000 0.696 0.048 0.212 0.040
#> GSM29974 5 0.5033 0.20447 0.000 0.476 0.008 0.020 0.476 0.020
#> GSM29977 3 0.2912 0.62799 0.012 0.000 0.856 0.000 0.104 0.028
#> GSM29980 6 0.5832 0.52128 0.040 0.004 0.136 0.000 0.204 0.616
#> GSM29983 4 0.4370 0.64962 0.024 0.000 0.188 0.736 0.052 0.000
#> GSM29986 3 0.2727 0.61577 0.004 0.000 0.876 0.048 0.068 0.004
#> GSM29989 6 0.2206 0.73179 0.024 0.000 0.008 0.000 0.064 0.904
#> GSM29992 3 0.6431 0.37497 0.020 0.000 0.484 0.008 0.212 0.276
#> GSM29995 1 0.1245 0.80985 0.952 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032
#> GSM29998 6 0.1624 0.73396 0.040 0.000 0.004 0.000 0.020 0.936
#> GSM30001 6 0.6687 0.28255 0.072 0.000 0.232 0.000 0.200 0.496
#> GSM30004 3 0.1237 0.63676 0.020 0.000 0.956 0.000 0.020 0.004
#> GSM29966 2 0.4783 -0.30475 0.000 0.500 0.000 0.028 0.460 0.012
#> GSM29969 4 0.4423 0.48279 0.000 0.060 0.000 0.668 0.272 0.000
#> GSM29972 3 0.7002 0.17386 0.008 0.000 0.384 0.056 0.196 0.356
#> GSM29975 2 0.4865 -0.33491 0.000 0.488 0.000 0.028 0.468 0.016
#> GSM29978 3 0.5921 0.21701 0.008 0.000 0.432 0.000 0.160 0.400
#> GSM29981 5 0.5303 0.20176 0.000 0.460 0.004 0.008 0.464 0.064
#> GSM29984 4 0.0858 0.79990 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> GSM29987 3 0.6835 0.27372 0.000 0.000 0.412 0.056 0.224 0.308
#> GSM29990 6 0.2367 0.71165 0.008 0.016 0.000 0.000 0.088 0.888
#> GSM29993 5 0.6169 -0.46398 0.004 0.004 0.420 0.028 0.440 0.104
#> GSM29996 6 0.3584 0.60430 0.244 0.000 0.004 0.000 0.012 0.740
#> GSM29999 6 0.1367 0.72807 0.012 0.000 0.000 0.000 0.044 0.944
#> GSM30002 6 0.5482 0.60733 0.048 0.016 0.148 0.000 0.100 0.688
#> GSM30005 3 0.6060 0.31268 0.008 0.000 0.460 0.000 0.204 0.328
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:mclust 153 1.93e-01 0.250 2.37e-10 2
#> MAD:mclust 119 6.75e-05 0.666 8.89e-14 3
#> MAD:mclust 93 2.99e-04 0.416 1.37e-12 4
#> MAD:mclust 143 6.66e-05 0.461 1.45e-26 5
#> MAD:mclust 98 4.12e-05 0.089 4.99e-15 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.600 0.823 0.922 0.484 0.510 0.510
#> 3 3 0.272 0.468 0.686 0.361 0.762 0.566
#> 4 4 0.362 0.334 0.601 0.131 0.678 0.306
#> 5 5 0.464 0.336 0.585 0.068 0.752 0.290
#> 6 6 0.511 0.334 0.540 0.042 0.856 0.444
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 2 0.4939 0.8403 0.108 0.892
#> GSM29786 2 0.7528 0.7546 0.216 0.784
#> GSM29789 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29795 2 0.8555 0.6755 0.280 0.720
#> GSM29798 1 0.9358 0.3805 0.648 0.352
#> GSM29801 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29807 2 0.4298 0.8347 0.088 0.912
#> GSM29816 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.1843 0.9116 0.972 0.028
#> GSM29784 2 0.5737 0.8233 0.136 0.864
#> GSM29787 2 0.9686 0.4520 0.396 0.604
#> GSM29790 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29796 2 0.7299 0.7691 0.204 0.796
#> GSM29799 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29814 2 0.9896 0.1953 0.440 0.560
#> GSM29817 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29788 2 0.6048 0.8136 0.148 0.852
#> GSM29791 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29800 2 0.7950 0.7266 0.240 0.760
#> GSM29803 1 0.9323 0.3900 0.652 0.348
#> GSM29806 1 0.6438 0.7717 0.836 0.164
#> GSM29815 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29819 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29823 1 0.9552 0.3089 0.624 0.376
#> GSM29826 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29829 1 0.3114 0.8911 0.944 0.056
#> GSM29832 1 0.6148 0.7780 0.848 0.152
#> GSM29835 2 0.9522 0.5056 0.372 0.628
#> GSM29836 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29839 2 0.6973 0.7823 0.188 0.812
#> GSM29842 2 0.2236 0.8736 0.036 0.964
#> GSM29845 1 0.9661 0.2619 0.608 0.392
#> GSM29848 2 0.9850 0.3691 0.428 0.572
#> GSM29851 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29860 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29872 2 0.5946 0.7854 0.144 0.856
#> GSM29875 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29878 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29840 2 0.7056 0.7800 0.192 0.808
#> GSM29843 2 0.1633 0.8778 0.024 0.976
#> GSM29846 1 0.3584 0.8784 0.932 0.068
#> GSM29849 1 0.2043 0.9085 0.968 0.032
#> GSM29852 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29861 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.9323 0.4682 0.652 0.348
#> GSM29876 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.4815 0.8401 0.896 0.104
#> GSM29838 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29841 2 0.0938 0.8807 0.012 0.988
#> GSM29844 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29847 2 0.6623 0.7971 0.172 0.828
#> GSM29850 2 0.8499 0.6798 0.276 0.724
#> GSM29853 1 0.0672 0.9250 0.992 0.008
#> GSM29856 2 0.9000 0.6168 0.316 0.684
#> GSM29859 2 0.8861 0.5535 0.304 0.696
#> GSM29862 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29865 2 1.0000 0.1500 0.496 0.504
#> GSM29868 1 0.9993 -0.0741 0.516 0.484
#> GSM29871 1 0.9129 0.5114 0.672 0.328
#> GSM29874 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29881 1 0.0376 0.9274 0.996 0.004
#> GSM29884 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0938 0.9224 0.988 0.012
#> GSM29905 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.2423 0.9043 0.960 0.040
#> GSM29958 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0672 0.9256 0.992 0.008
#> GSM29882 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29885 2 0.2948 0.8676 0.052 0.948
#> GSM29888 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29906 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29909 1 0.1414 0.9175 0.980 0.020
#> GSM29956 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29883 1 0.0376 0.9273 0.996 0.004
#> GSM29886 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29892 1 0.0376 0.9274 0.996 0.004
#> GSM29895 2 0.7453 0.7613 0.212 0.788
#> GSM29898 1 0.1184 0.9199 0.984 0.016
#> GSM29901 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29904 2 0.9552 0.3965 0.376 0.624
#> GSM29907 1 0.1843 0.9130 0.972 0.028
#> GSM29910 2 0.0938 0.8806 0.012 0.988
#> GSM29957 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.9983 -0.0634 0.524 0.476
#> GSM29963 2 0.1184 0.8797 0.016 0.984
#> GSM29964 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.3431 0.8622 0.064 0.936
#> GSM29970 1 0.1414 0.9188 0.980 0.020
#> GSM29973 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29976 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.8861 0.6357 0.304 0.696
#> GSM29985 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29988 2 0.9635 0.3471 0.388 0.612
#> GSM29991 1 0.5842 0.7964 0.860 0.140
#> GSM29994 1 0.3584 0.8760 0.932 0.068
#> GSM29997 1 0.7299 0.7191 0.796 0.204
#> GSM30000 1 0.9000 0.5454 0.684 0.316
#> GSM30003 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.4298 0.8505 0.088 0.912
#> GSM29971 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29974 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29977 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29980 2 0.5059 0.8185 0.112 0.888
#> GSM29983 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29986 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29989 1 0.8713 0.5815 0.708 0.292
#> GSM29992 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29995 1 0.0672 0.9250 0.992 0.008
#> GSM29998 1 0.6887 0.7453 0.816 0.184
#> GSM30001 1 0.0938 0.9225 0.988 0.012
#> GSM30004 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29966 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0672 0.8814 0.008 0.992
#> GSM29972 2 0.7376 0.7645 0.208 0.792
#> GSM29975 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29978 1 0.0000 0.9294 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.7745 0.7425 0.228 0.772
#> GSM29987 1 0.5946 0.7884 0.856 0.144
#> GSM29990 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM29993 2 0.6801 0.7906 0.180 0.820
#> GSM29996 1 0.7376 0.7208 0.792 0.208
#> GSM29999 1 0.9775 0.3072 0.588 0.412
#> GSM30002 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000
#> GSM30005 1 0.4161 0.8596 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 3 0.685 0.07671 0.016 0.416 0.568
#> GSM29786 3 0.520 0.47471 0.008 0.220 0.772
#> GSM29789 2 0.481 0.61879 0.008 0.804 0.188
#> GSM29792 2 0.433 0.64492 0.012 0.844 0.144
#> GSM29795 3 0.748 0.34613 0.076 0.264 0.660
#> GSM29798 3 0.367 0.59267 0.092 0.020 0.888
#> GSM29801 1 0.659 0.36766 0.568 0.008 0.424
#> GSM29804 1 0.175 0.66813 0.952 0.000 0.048
#> GSM29807 2 0.800 0.49848 0.224 0.648 0.128
#> GSM29816 1 0.445 0.62236 0.808 0.000 0.192
#> GSM29821 3 0.739 0.10790 0.380 0.040 0.580
#> GSM29824 1 0.445 0.66190 0.836 0.012 0.152
#> GSM29827 1 0.576 0.62638 0.800 0.076 0.124
#> GSM29830 1 0.551 0.63159 0.784 0.028 0.188
#> GSM29833 1 0.820 0.46512 0.596 0.100 0.304
#> GSM29784 3 0.458 0.47413 0.004 0.184 0.812
#> GSM29787 3 0.397 0.57406 0.044 0.072 0.884
#> GSM29790 2 0.628 0.35503 0.000 0.540 0.460
#> GSM29793 2 0.562 0.57351 0.008 0.732 0.260
#> GSM29796 3 0.556 0.48754 0.028 0.192 0.780
#> GSM29799 3 0.480 0.48949 0.220 0.000 0.780
#> GSM29802 1 0.603 0.43063 0.624 0.000 0.376
#> GSM29805 1 0.445 0.63225 0.808 0.000 0.192
#> GSM29814 2 0.921 0.20043 0.356 0.484 0.160
#> GSM29817 3 0.626 0.01699 0.448 0.000 0.552
#> GSM29822 1 0.631 0.16881 0.508 0.000 0.492
#> GSM29825 1 0.493 0.59823 0.768 0.000 0.232
#> GSM29828 1 0.423 0.64268 0.836 0.004 0.160
#> GSM29831 1 0.417 0.64711 0.840 0.004 0.156
#> GSM29834 1 0.636 0.55882 0.684 0.020 0.296
#> GSM29785 2 0.608 0.37128 0.000 0.612 0.388
#> GSM29788 3 0.576 0.33547 0.000 0.328 0.672
#> GSM29791 2 0.406 0.62420 0.000 0.836 0.164
#> GSM29794 2 0.334 0.65001 0.000 0.880 0.120
#> GSM29797 2 0.626 0.15871 0.000 0.552 0.448
#> GSM29800 3 0.458 0.49879 0.004 0.184 0.812
#> GSM29803 3 0.761 0.54928 0.216 0.108 0.676
#> GSM29806 1 0.919 0.30415 0.512 0.172 0.316
#> GSM29815 2 0.567 0.62350 0.060 0.800 0.140
#> GSM29819 1 0.691 0.33448 0.584 0.020 0.396
#> GSM29823 3 0.692 0.50095 0.132 0.132 0.736
#> GSM29826 1 0.520 0.57332 0.772 0.008 0.220
#> GSM29829 1 0.753 0.54789 0.684 0.208 0.108
#> GSM29832 1 0.781 0.54578 0.672 0.184 0.144
#> GSM29835 3 0.844 0.28696 0.132 0.268 0.600
#> GSM29836 2 0.280 0.65853 0.000 0.908 0.092
#> GSM29839 3 0.764 0.16009 0.052 0.372 0.576
#> GSM29842 2 0.682 0.28768 0.012 0.512 0.476
#> GSM29845 3 0.383 0.58563 0.100 0.020 0.880
#> GSM29848 3 0.409 0.57333 0.028 0.100 0.872
#> GSM29851 1 0.583 0.52860 0.660 0.000 0.340
#> GSM29854 1 0.611 0.49480 0.688 0.012 0.300
#> GSM29857 1 0.518 0.62242 0.812 0.032 0.156
#> GSM29860 2 0.249 0.66276 0.016 0.936 0.048
#> GSM29863 3 0.739 -0.07421 0.460 0.032 0.508
#> GSM29866 1 0.499 0.64156 0.816 0.024 0.160
#> GSM29869 1 0.585 0.63424 0.796 0.080 0.124
#> GSM29872 2 0.681 0.51727 0.228 0.712 0.060
#> GSM29875 1 0.550 0.58570 0.708 0.000 0.292
#> GSM29878 2 0.732 0.54308 0.104 0.700 0.196
#> GSM29837 2 0.343 0.65971 0.004 0.884 0.112
#> GSM29840 3 0.625 0.41739 0.036 0.232 0.732
#> GSM29843 3 0.596 0.32248 0.016 0.264 0.720
#> GSM29846 3 0.410 0.56520 0.140 0.008 0.852
#> GSM29849 3 0.418 0.53614 0.172 0.000 0.828
#> GSM29852 1 0.601 0.44955 0.628 0.000 0.372
#> GSM29855 3 0.629 0.00811 0.464 0.000 0.536
#> GSM29858 1 0.453 0.62672 0.824 0.008 0.168
#> GSM29861 2 0.441 0.64930 0.016 0.844 0.140
#> GSM29864 3 0.627 0.01799 0.452 0.000 0.548
#> GSM29867 1 0.406 0.65171 0.836 0.000 0.164
#> GSM29870 1 0.412 0.64948 0.832 0.000 0.168
#> GSM29873 1 0.774 0.19578 0.548 0.400 0.052
#> GSM29876 1 0.579 0.49166 0.668 0.000 0.332
#> GSM29879 1 0.898 0.40905 0.532 0.152 0.316
#> GSM29838 2 0.334 0.65904 0.000 0.880 0.120
#> GSM29841 2 0.615 0.28695 0.000 0.592 0.408
#> GSM29844 2 0.543 0.51815 0.000 0.716 0.284
#> GSM29847 3 0.465 0.48758 0.000 0.208 0.792
#> GSM29850 3 0.468 0.51242 0.004 0.192 0.804
#> GSM29853 3 0.692 0.07266 0.400 0.020 0.580
#> GSM29856 2 0.805 -0.08421 0.064 0.500 0.436
#> GSM29859 2 0.922 0.35462 0.256 0.532 0.212
#> GSM29862 2 0.164 0.66726 0.000 0.956 0.044
#> GSM29865 3 0.721 0.53095 0.100 0.192 0.708
#> GSM29868 2 0.893 -0.04892 0.420 0.456 0.124
#> GSM29871 1 0.882 0.20898 0.512 0.364 0.124
#> GSM29874 2 0.268 0.65561 0.040 0.932 0.028
#> GSM29877 1 0.601 0.40089 0.628 0.000 0.372
#> GSM29880 2 0.303 0.66422 0.012 0.912 0.076
#> GSM29881 3 0.641 0.15423 0.420 0.004 0.576
#> GSM29884 2 0.562 0.53774 0.000 0.692 0.308
#> GSM29887 2 0.450 0.63468 0.000 0.804 0.196
#> GSM29890 1 0.188 0.66927 0.952 0.004 0.044
#> GSM29893 1 0.788 0.54443 0.640 0.100 0.260
#> GSM29896 1 0.413 0.65962 0.856 0.012 0.132
#> GSM29899 1 0.353 0.66974 0.884 0.008 0.108
#> GSM29902 1 0.564 0.59465 0.784 0.180 0.036
#> GSM29905 1 0.362 0.64389 0.884 0.104 0.012
#> GSM29908 1 0.756 0.56350 0.692 0.152 0.156
#> GSM29955 1 0.787 0.52908 0.660 0.216 0.124
#> GSM29958 1 0.710 0.58132 0.704 0.080 0.216
#> GSM29961 1 0.772 0.54965 0.680 0.156 0.164
#> GSM29882 3 0.627 0.04355 0.452 0.000 0.548
#> GSM29885 3 0.575 0.27023 0.004 0.296 0.700
#> GSM29888 2 0.639 0.42522 0.004 0.584 0.412
#> GSM29891 1 0.254 0.66257 0.920 0.000 0.080
#> GSM29894 1 0.529 0.58830 0.732 0.000 0.268
#> GSM29897 1 0.502 0.61268 0.760 0.000 0.240
#> GSM29900 1 0.412 0.64058 0.832 0.000 0.168
#> GSM29903 1 0.355 0.65926 0.900 0.036 0.064
#> GSM29906 1 0.270 0.66241 0.928 0.016 0.056
#> GSM29909 1 0.684 0.64591 0.732 0.088 0.180
#> GSM29956 1 0.574 0.62032 0.784 0.044 0.172
#> GSM29959 1 0.507 0.62107 0.772 0.004 0.224
#> GSM29962 1 0.527 0.62582 0.776 0.012 0.212
#> GSM29883 3 0.628 0.23591 0.384 0.004 0.612
#> GSM29886 2 0.588 0.45584 0.000 0.652 0.348
#> GSM29889 2 0.470 0.61412 0.000 0.788 0.212
#> GSM29892 1 0.447 0.63715 0.852 0.120 0.028
#> GSM29895 2 0.873 0.09399 0.108 0.472 0.420
#> GSM29898 1 0.609 0.63593 0.784 0.092 0.124
#> GSM29901 1 0.585 0.61454 0.776 0.044 0.180
#> GSM29904 2 0.793 0.22437 0.384 0.552 0.064
#> GSM29907 1 0.689 0.53683 0.704 0.236 0.060
#> GSM29910 2 0.659 0.55363 0.156 0.752 0.092
#> GSM29957 2 0.453 0.62731 0.104 0.856 0.040
#> GSM29960 1 0.962 0.23771 0.448 0.336 0.216
#> GSM29963 2 0.573 0.58055 0.164 0.788 0.048
#> GSM29964 2 0.369 0.65305 0.000 0.860 0.140
#> GSM29967 3 0.603 0.29954 0.004 0.336 0.660
#> GSM29970 1 0.781 0.17468 0.512 0.052 0.436
#> GSM29973 2 0.319 0.66122 0.000 0.888 0.112
#> GSM29976 1 0.463 0.62011 0.808 0.004 0.188
#> GSM29979 2 0.374 0.66419 0.036 0.892 0.072
#> GSM29982 3 0.564 0.47711 0.016 0.232 0.752
#> GSM29985 1 0.672 0.35851 0.604 0.016 0.380
#> GSM29988 2 0.909 0.36482 0.296 0.532 0.172
#> GSM29991 1 0.831 0.34742 0.556 0.092 0.352
#> GSM29994 1 0.619 0.58562 0.764 0.176 0.060
#> GSM29997 1 0.645 0.50601 0.704 0.264 0.032
#> GSM30000 1 0.853 0.24605 0.536 0.360 0.104
#> GSM30003 1 0.334 0.65054 0.880 0.000 0.120
#> GSM29965 2 0.639 0.53638 0.024 0.692 0.284
#> GSM29968 3 0.506 0.42347 0.000 0.244 0.756
#> GSM29971 3 0.681 0.01185 0.464 0.012 0.524
#> GSM29974 2 0.329 0.66346 0.008 0.896 0.096
#> GSM29977 1 0.489 0.59585 0.772 0.000 0.228
#> GSM29980 2 0.867 0.42348 0.168 0.592 0.240
#> GSM29983 3 0.525 0.44867 0.224 0.008 0.768
#> GSM29986 3 0.611 0.20669 0.396 0.000 0.604
#> GSM29989 1 0.895 0.29274 0.532 0.320 0.148
#> GSM29992 1 0.636 0.45870 0.652 0.012 0.336
#> GSM29995 1 0.536 0.64256 0.820 0.064 0.116
#> GSM29998 1 0.709 0.53640 0.708 0.208 0.084
#> GSM30001 1 0.701 0.55631 0.712 0.080 0.208
#> GSM30004 1 0.493 0.61068 0.768 0.000 0.232
#> GSM29966 2 0.334 0.66155 0.000 0.880 0.120
#> GSM29969 3 0.613 0.17472 0.000 0.400 0.600
#> GSM29972 3 0.911 0.02364 0.140 0.428 0.432
#> GSM29975 2 0.341 0.65800 0.000 0.876 0.124
#> GSM29978 1 0.594 0.60030 0.760 0.036 0.204
#> GSM29981 2 0.240 0.67004 0.004 0.932 0.064
#> GSM29984 3 0.536 0.42209 0.000 0.276 0.724
#> GSM29987 3 0.749 0.30929 0.324 0.056 0.620
#> GSM29990 2 0.623 0.59565 0.172 0.764 0.064
#> GSM29993 3 0.932 0.06572 0.164 0.388 0.448
#> GSM29996 1 0.798 0.21674 0.536 0.400 0.064
#> GSM29999 2 0.935 0.12827 0.384 0.448 0.168
#> GSM30002 2 0.675 0.58550 0.092 0.740 0.168
#> GSM30005 1 0.770 0.31986 0.560 0.052 0.388
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 2 0.815 0.32542 0.016 0.416 0.216 0.352
#> GSM29786 4 0.583 0.14201 0.004 0.368 0.032 0.596
#> GSM29789 2 0.662 0.43420 0.120 0.624 0.252 0.004
#> GSM29792 2 0.683 0.38648 0.144 0.584 0.272 0.000
#> GSM29795 2 0.699 0.04238 0.420 0.492 0.016 0.072
#> GSM29798 4 0.613 0.11218 0.052 0.400 0.000 0.548
#> GSM29801 1 0.684 0.38289 0.600 0.180 0.000 0.220
#> GSM29804 1 0.712 0.16371 0.524 0.000 0.148 0.328
#> GSM29807 3 0.383 0.51675 0.052 0.052 0.868 0.028
#> GSM29816 4 0.631 0.39971 0.288 0.004 0.080 0.628
#> GSM29821 1 0.742 0.25330 0.500 0.304 0.000 0.196
#> GSM29824 1 0.773 0.37385 0.560 0.028 0.176 0.236
#> GSM29827 1 0.229 0.61890 0.924 0.012 0.060 0.004
#> GSM29830 1 0.248 0.64048 0.916 0.052 0.000 0.032
#> GSM29833 1 0.448 0.50088 0.748 0.240 0.004 0.008
#> GSM29784 2 0.595 0.27558 0.024 0.584 0.012 0.380
#> GSM29787 4 0.532 0.15021 0.008 0.396 0.004 0.592
#> GSM29790 2 0.665 0.51117 0.028 0.680 0.164 0.128
#> GSM29793 2 0.684 0.47908 0.104 0.656 0.208 0.032
#> GSM29796 2 0.671 0.36682 0.176 0.616 0.000 0.208
#> GSM29799 4 0.449 0.42823 0.028 0.200 0.000 0.772
#> GSM29802 4 0.484 0.48534 0.212 0.020 0.012 0.756
#> GSM29805 4 0.664 0.23440 0.388 0.004 0.076 0.532
#> GSM29814 3 0.728 0.42741 0.080 0.060 0.620 0.240
#> GSM29817 4 0.697 0.33034 0.284 0.152 0.000 0.564
#> GSM29822 4 0.661 0.37568 0.256 0.132 0.000 0.612
#> GSM29825 4 0.635 0.30089 0.368 0.016 0.040 0.576
#> GSM29828 1 0.182 0.63414 0.944 0.008 0.004 0.044
#> GSM29831 1 0.247 0.60501 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM29834 1 0.514 0.53250 0.744 0.192 0.000 0.064
#> GSM29785 2 0.658 0.45137 0.000 0.620 0.244 0.136
#> GSM29788 2 0.620 0.13768 0.000 0.500 0.052 0.448
#> GSM29791 2 0.637 0.41212 0.100 0.620 0.280 0.000
#> GSM29794 2 0.647 0.39046 0.104 0.608 0.288 0.000
#> GSM29797 2 0.586 0.50449 0.068 0.760 0.096 0.076
#> GSM29800 4 0.598 0.06319 0.000 0.396 0.044 0.560
#> GSM29803 4 0.480 0.44385 0.016 0.152 0.040 0.792
#> GSM29806 4 0.628 0.09530 0.056 0.000 0.468 0.476
#> GSM29815 3 0.320 0.47194 0.000 0.080 0.880 0.040
#> GSM29819 4 0.556 0.48254 0.076 0.000 0.216 0.708
#> GSM29823 2 0.781 0.10564 0.280 0.416 0.000 0.304
#> GSM29826 4 0.777 0.39623 0.172 0.028 0.248 0.552
#> GSM29829 1 0.543 0.49725 0.728 0.044 0.216 0.012
#> GSM29832 1 0.464 0.57983 0.804 0.076 0.116 0.004
#> GSM29835 1 0.622 0.20689 0.552 0.404 0.024 0.020
#> GSM29836 2 0.560 0.17967 0.020 0.516 0.464 0.000
#> GSM29839 2 0.595 0.20807 0.364 0.596 0.008 0.032
#> GSM29842 2 0.711 0.51400 0.048 0.656 0.128 0.168
#> GSM29845 4 0.524 0.26033 0.016 0.320 0.004 0.660
#> GSM29848 2 0.651 0.00722 0.072 0.464 0.000 0.464
#> GSM29851 1 0.644 0.03018 0.492 0.068 0.000 0.440
#> GSM29854 4 0.679 0.49618 0.132 0.032 0.164 0.672
#> GSM29857 4 0.750 0.23520 0.200 0.000 0.324 0.476
#> GSM29860 2 0.676 0.15010 0.092 0.456 0.452 0.000
#> GSM29863 4 0.731 0.31134 0.300 0.136 0.012 0.552
#> GSM29866 1 0.221 0.63604 0.936 0.020 0.016 0.028
#> GSM29869 1 0.423 0.61100 0.844 0.024 0.084 0.048
#> GSM29872 3 0.582 0.44080 0.176 0.120 0.704 0.000
#> GSM29875 1 0.617 0.17568 0.556 0.056 0.000 0.388
#> GSM29878 1 0.729 -0.02183 0.476 0.368 0.156 0.000
#> GSM29837 3 0.491 0.21829 0.000 0.312 0.676 0.012
#> GSM29840 2 0.650 0.33252 0.268 0.616 0.000 0.116
#> GSM29843 2 0.645 0.47676 0.092 0.688 0.028 0.192
#> GSM29846 4 0.414 0.40439 0.012 0.208 0.000 0.780
#> GSM29849 4 0.681 0.05713 0.100 0.404 0.000 0.496
#> GSM29852 4 0.664 0.32316 0.320 0.092 0.004 0.584
#> GSM29855 4 0.398 0.56190 0.084 0.052 0.012 0.852
#> GSM29858 4 0.730 0.35113 0.228 0.000 0.236 0.536
#> GSM29861 2 0.739 0.34288 0.124 0.536 0.324 0.016
#> GSM29864 4 0.604 0.47048 0.188 0.128 0.000 0.684
#> GSM29867 1 0.580 0.31653 0.640 0.012 0.028 0.320
#> GSM29870 1 0.700 0.15049 0.536 0.028 0.060 0.376
#> GSM29873 3 0.681 0.44984 0.224 0.032 0.652 0.092
#> GSM29876 4 0.509 0.43128 0.276 0.020 0.004 0.700
#> GSM29879 1 0.855 0.30027 0.504 0.264 0.080 0.152
#> GSM29838 3 0.565 -0.02460 0.000 0.432 0.544 0.024
#> GSM29841 2 0.525 0.49726 0.132 0.768 0.092 0.008
#> GSM29844 2 0.478 0.50108 0.044 0.776 0.176 0.004
#> GSM29847 4 0.539 0.03119 0.000 0.456 0.012 0.532
#> GSM29850 2 0.624 0.18086 0.060 0.548 0.000 0.392
#> GSM29853 4 0.647 0.43669 0.212 0.148 0.000 0.640
#> GSM29856 4 0.818 0.05011 0.016 0.220 0.368 0.396
#> GSM29859 3 0.501 0.40324 0.008 0.012 0.704 0.276
#> GSM29862 3 0.644 -0.13389 0.068 0.440 0.492 0.000
#> GSM29865 4 0.612 0.29139 0.004 0.248 0.084 0.664
#> GSM29868 1 0.781 0.10012 0.476 0.084 0.388 0.052
#> GSM29871 3 0.721 0.33994 0.124 0.020 0.592 0.264
#> GSM29874 3 0.617 0.26909 0.100 0.248 0.652 0.000
#> GSM29877 4 0.547 0.43267 0.268 0.048 0.000 0.684
#> GSM29880 2 0.658 0.23632 0.080 0.504 0.416 0.000
#> GSM29881 4 0.419 0.56008 0.032 0.040 0.080 0.848
#> GSM29884 2 0.587 0.38942 0.000 0.624 0.324 0.052
#> GSM29887 2 0.582 0.33921 0.016 0.600 0.368 0.016
#> GSM29890 1 0.599 0.44566 0.688 0.000 0.124 0.188
#> GSM29893 1 0.453 0.60384 0.820 0.116 0.044 0.020
#> GSM29896 1 0.391 0.60472 0.852 0.008 0.052 0.088
#> GSM29899 1 0.682 0.35943 0.600 0.000 0.168 0.232
#> GSM29902 3 0.704 0.06509 0.416 0.000 0.464 0.120
#> GSM29905 1 0.717 0.05906 0.468 0.000 0.396 0.136
#> GSM29908 1 0.367 0.60355 0.852 0.104 0.044 0.000
#> GSM29955 1 0.506 0.53256 0.760 0.076 0.164 0.000
#> GSM29958 1 0.329 0.59134 0.852 0.140 0.004 0.004
#> GSM29961 1 0.442 0.58319 0.804 0.140 0.056 0.000
#> GSM29882 4 0.344 0.55488 0.084 0.048 0.000 0.868
#> GSM29885 2 0.696 0.43017 0.048 0.620 0.060 0.272
#> GSM29888 2 0.741 0.32421 0.000 0.492 0.320 0.188
#> GSM29891 1 0.728 -0.04027 0.444 0.000 0.148 0.408
#> GSM29894 1 0.455 0.58981 0.804 0.096 0.000 0.100
#> GSM29897 1 0.376 0.61158 0.852 0.068 0.000 0.080
#> GSM29900 4 0.631 0.25378 0.392 0.000 0.064 0.544
#> GSM29903 1 0.749 0.19730 0.500 0.000 0.232 0.268
#> GSM29906 1 0.776 0.07824 0.432 0.000 0.264 0.304
#> GSM29909 1 0.633 0.55434 0.716 0.044 0.088 0.152
#> GSM29956 1 0.231 0.63318 0.920 0.068 0.008 0.004
#> GSM29959 1 0.346 0.62618 0.864 0.096 0.000 0.040
#> GSM29962 1 0.404 0.62895 0.844 0.096 0.008 0.052
#> GSM29883 4 0.340 0.56898 0.028 0.036 0.048 0.888
#> GSM29886 2 0.483 0.46835 0.000 0.740 0.228 0.032
#> GSM29889 2 0.555 0.30830 0.000 0.588 0.388 0.024
#> GSM29892 3 0.707 0.04473 0.412 0.000 0.464 0.124
#> GSM29895 1 0.841 0.19026 0.472 0.296 0.188 0.044
#> GSM29898 3 0.839 0.13332 0.276 0.028 0.444 0.252
#> GSM29901 4 0.792 0.28319 0.188 0.016 0.320 0.476
#> GSM29904 3 0.517 0.44818 0.236 0.036 0.724 0.004
#> GSM29907 3 0.634 0.36909 0.264 0.004 0.640 0.092
#> GSM29910 1 0.764 -0.05724 0.416 0.176 0.404 0.004
#> GSM29957 3 0.760 0.21470 0.260 0.228 0.508 0.004
#> GSM29960 1 0.646 0.44954 0.660 0.212 0.120 0.008
#> GSM29963 3 0.740 0.35857 0.232 0.152 0.592 0.024
#> GSM29964 3 0.591 0.03413 0.004 0.392 0.572 0.032
#> GSM29967 4 0.733 -0.04482 0.004 0.372 0.140 0.484
#> GSM29970 4 0.673 0.44254 0.068 0.040 0.240 0.652
#> GSM29973 3 0.524 0.13558 0.000 0.356 0.628 0.016
#> GSM29976 4 0.713 0.37278 0.240 0.000 0.200 0.560
#> GSM29979 3 0.413 0.40185 0.008 0.176 0.804 0.012
#> GSM29982 2 0.702 0.11816 0.084 0.504 0.012 0.400
#> GSM29985 4 0.593 0.52139 0.116 0.016 0.140 0.728
#> GSM29988 3 0.409 0.53888 0.068 0.008 0.844 0.080
#> GSM29991 4 0.692 0.31976 0.080 0.016 0.344 0.560
#> GSM29994 3 0.739 0.18485 0.332 0.000 0.488 0.180
#> GSM29997 3 0.720 0.22572 0.320 0.000 0.520 0.160
#> GSM30000 3 0.670 0.40036 0.248 0.012 0.632 0.108
#> GSM30003 4 0.687 0.20903 0.384 0.000 0.108 0.508
#> GSM29965 3 0.711 0.20124 0.000 0.256 0.560 0.184
#> GSM29968 4 0.626 0.07358 0.004 0.384 0.052 0.560
#> GSM29971 4 0.481 0.55139 0.044 0.036 0.108 0.812
#> GSM29974 3 0.457 0.26537 0.000 0.276 0.716 0.008
#> GSM29977 4 0.650 0.44013 0.216 0.000 0.148 0.636
#> GSM29980 3 0.531 0.43174 0.000 0.044 0.700 0.256
#> GSM29983 4 0.645 0.26533 0.092 0.316 0.000 0.592
#> GSM29986 4 0.219 0.56473 0.032 0.020 0.012 0.936
#> GSM29989 3 0.734 0.28739 0.148 0.012 0.560 0.280
#> GSM29992 4 0.611 0.49418 0.112 0.008 0.184 0.696
#> GSM29995 1 0.344 0.60334 0.868 0.000 0.084 0.048
#> GSM29998 3 0.777 0.14342 0.232 0.004 0.468 0.296
#> GSM30001 4 0.746 0.21754 0.188 0.000 0.336 0.476
#> GSM30004 4 0.627 0.35933 0.320 0.012 0.052 0.616
#> GSM29966 3 0.578 -0.02004 0.000 0.412 0.556 0.032
#> GSM29969 2 0.745 0.18597 0.004 0.436 0.148 0.412
#> GSM29972 3 0.718 -0.04336 0.016 0.088 0.488 0.408
#> GSM29975 3 0.535 0.16509 0.000 0.336 0.640 0.024
#> GSM29978 4 0.764 0.24779 0.168 0.008 0.348 0.476
#> GSM29981 3 0.516 0.32809 0.008 0.240 0.724 0.028
#> GSM29984 4 0.636 0.06262 0.004 0.396 0.056 0.544
#> GSM29987 4 0.467 0.51623 0.004 0.060 0.140 0.796
#> GSM29990 3 0.240 0.51041 0.044 0.028 0.924 0.004
#> GSM29993 4 0.713 0.10224 0.012 0.092 0.408 0.488
#> GSM29996 3 0.602 0.23370 0.384 0.032 0.576 0.008
#> GSM29999 3 0.515 0.45969 0.060 0.000 0.740 0.200
#> GSM30002 3 0.409 0.48152 0.004 0.080 0.840 0.076
#> GSM30005 4 0.653 0.39591 0.088 0.004 0.308 0.600
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.754 0.271628 0.020 0.200 0.068 0.544 0.168
#> GSM29786 4 0.518 0.236897 0.000 0.012 0.032 0.608 0.348
#> GSM29789 2 0.520 0.625485 0.140 0.724 0.000 0.116 0.020
#> GSM29792 2 0.514 0.615993 0.200 0.716 0.000 0.036 0.048
#> GSM29795 5 0.667 0.070020 0.412 0.060 0.000 0.068 0.460
#> GSM29798 4 0.258 0.508945 0.032 0.004 0.016 0.908 0.040
#> GSM29801 1 0.640 0.008142 0.452 0.008 0.068 0.448 0.024
#> GSM29804 3 0.641 0.043828 0.408 0.000 0.484 0.052 0.056
#> GSM29807 2 0.541 0.175103 0.016 0.500 0.456 0.000 0.028
#> GSM29816 3 0.706 0.073625 0.152 0.000 0.472 0.336 0.040
#> GSM29821 1 0.677 0.089569 0.468 0.032 0.008 0.400 0.092
#> GSM29824 5 0.671 -0.000281 0.364 0.000 0.144 0.020 0.472
#> GSM29827 1 0.350 0.625658 0.844 0.008 0.108 0.004 0.036
#> GSM29830 1 0.342 0.633086 0.856 0.000 0.084 0.024 0.036
#> GSM29833 1 0.351 0.585563 0.848 0.072 0.000 0.068 0.012
#> GSM29784 4 0.502 0.311926 0.040 0.236 0.012 0.704 0.008
#> GSM29787 4 0.400 0.420640 0.000 0.004 0.024 0.764 0.208
#> GSM29790 2 0.575 0.509255 0.064 0.628 0.004 0.284 0.020
#> GSM29793 2 0.547 0.623486 0.136 0.712 0.008 0.128 0.016
#> GSM29796 4 0.805 0.129647 0.216 0.188 0.000 0.440 0.156
#> GSM29799 4 0.379 0.531674 0.012 0.008 0.160 0.808 0.012
#> GSM29802 4 0.590 0.263498 0.100 0.000 0.348 0.548 0.004
#> GSM29805 3 0.639 0.203812 0.196 0.000 0.500 0.304 0.000
#> GSM29814 3 0.493 -0.064583 0.004 0.444 0.536 0.008 0.008
#> GSM29817 4 0.551 0.460544 0.160 0.000 0.156 0.676 0.008
#> GSM29822 4 0.543 0.429556 0.148 0.000 0.192 0.660 0.000
#> GSM29825 3 0.810 0.118500 0.228 0.000 0.416 0.224 0.132
#> GSM29828 1 0.372 0.604183 0.816 0.004 0.144 0.032 0.004
#> GSM29831 1 0.472 0.541252 0.736 0.000 0.196 0.056 0.012
#> GSM29834 1 0.546 0.509971 0.712 0.060 0.028 0.188 0.012
#> GSM29785 2 0.708 0.187985 0.012 0.440 0.004 0.236 0.308
#> GSM29788 5 0.533 0.113000 0.000 0.052 0.000 0.432 0.516
#> GSM29791 2 0.561 0.618493 0.136 0.712 0.000 0.088 0.064
#> GSM29794 2 0.623 0.568013 0.188 0.636 0.004 0.028 0.144
#> GSM29797 5 0.630 0.337765 0.092 0.164 0.000 0.092 0.652
#> GSM29800 4 0.445 0.430803 0.000 0.028 0.032 0.768 0.172
#> GSM29803 4 0.610 0.358681 0.000 0.004 0.164 0.580 0.252
#> GSM29806 3 0.564 0.337203 0.004 0.036 0.696 0.080 0.184
#> GSM29815 2 0.535 0.182440 0.000 0.496 0.452 0.000 0.052
#> GSM29819 3 0.607 -0.057311 0.000 0.000 0.504 0.368 0.128
#> GSM29823 4 0.728 0.154317 0.212 0.032 0.004 0.472 0.280
#> GSM29826 5 0.736 0.167848 0.084 0.000 0.384 0.112 0.420
#> GSM29829 1 0.526 0.551111 0.704 0.016 0.092 0.000 0.188
#> GSM29832 1 0.397 0.570010 0.780 0.012 0.020 0.000 0.188
#> GSM29835 1 0.626 0.390306 0.648 0.112 0.000 0.064 0.176
#> GSM29836 2 0.509 0.587497 0.044 0.712 0.012 0.012 0.220
#> GSM29839 1 0.751 -0.134445 0.392 0.312 0.000 0.256 0.040
#> GSM29842 2 0.656 0.335156 0.072 0.512 0.020 0.376 0.020
#> GSM29845 4 0.414 0.504988 0.000 0.008 0.092 0.800 0.100
#> GSM29848 4 0.280 0.488077 0.040 0.016 0.000 0.892 0.052
#> GSM29851 4 0.707 0.175461 0.288 0.000 0.240 0.452 0.020
#> GSM29854 5 0.710 0.241724 0.040 0.000 0.264 0.192 0.504
#> GSM29857 3 0.385 0.468935 0.024 0.024 0.824 0.124 0.004
#> GSM29860 2 0.281 0.657965 0.084 0.876 0.040 0.000 0.000
#> GSM29863 5 0.606 0.325784 0.048 0.000 0.076 0.244 0.632
#> GSM29866 1 0.353 0.623756 0.840 0.000 0.112 0.016 0.032
#> GSM29869 1 0.568 0.497998 0.684 0.044 0.208 0.060 0.004
#> GSM29872 2 0.758 0.315288 0.192 0.476 0.252 0.000 0.080
#> GSM29875 1 0.728 0.025390 0.404 0.000 0.272 0.300 0.024
#> GSM29878 2 0.532 0.291288 0.440 0.520 0.000 0.024 0.016
#> GSM29837 2 0.421 0.538788 0.000 0.736 0.236 0.004 0.024
#> GSM29840 4 0.745 -0.166091 0.292 0.300 0.000 0.376 0.032
#> GSM29843 4 0.662 -0.174596 0.112 0.388 0.004 0.476 0.020
#> GSM29846 4 0.414 0.528326 0.004 0.016 0.160 0.792 0.028
#> GSM29849 4 0.307 0.502158 0.072 0.028 0.012 0.880 0.008
#> GSM29852 4 0.607 0.327493 0.148 0.000 0.272 0.576 0.004
#> GSM29855 4 0.694 0.362770 0.020 0.000 0.268 0.488 0.224
#> GSM29858 3 0.507 0.436319 0.052 0.040 0.732 0.176 0.000
#> GSM29861 2 0.424 0.645697 0.076 0.824 0.048 0.040 0.012
#> GSM29864 4 0.663 0.481652 0.060 0.000 0.180 0.608 0.152
#> GSM29867 1 0.674 -0.026931 0.412 0.000 0.372 0.212 0.004
#> GSM29870 3 0.741 0.168772 0.296 0.016 0.384 0.296 0.008
#> GSM29873 3 0.597 -0.023485 0.056 0.416 0.504 0.000 0.024
#> GSM29876 4 0.637 0.229730 0.124 0.000 0.360 0.504 0.012
#> GSM29879 2 0.832 0.142182 0.272 0.352 0.096 0.272 0.008
#> GSM29838 2 0.578 0.550813 0.008 0.660 0.088 0.016 0.228
#> GSM29841 2 0.816 0.333811 0.220 0.408 0.000 0.140 0.232
#> GSM29844 2 0.638 0.561882 0.120 0.632 0.000 0.188 0.060
#> GSM29847 4 0.500 0.289395 0.004 0.016 0.020 0.656 0.304
#> GSM29850 4 0.482 0.430161 0.056 0.060 0.000 0.772 0.112
#> GSM29853 4 0.649 0.449483 0.044 0.000 0.148 0.608 0.200
#> GSM29856 5 0.314 0.461920 0.008 0.008 0.028 0.084 0.872
#> GSM29859 3 0.556 0.346527 0.000 0.196 0.688 0.032 0.084
#> GSM29862 2 0.478 0.630510 0.076 0.772 0.040 0.000 0.112
#> GSM29865 5 0.547 0.169665 0.000 0.004 0.060 0.368 0.568
#> GSM29868 5 0.640 0.153100 0.300 0.032 0.104 0.000 0.564
#> GSM29871 3 0.533 0.195227 0.016 0.344 0.608 0.028 0.004
#> GSM29874 2 0.750 0.411749 0.136 0.516 0.124 0.000 0.224
#> GSM29877 4 0.726 0.358305 0.116 0.000 0.292 0.504 0.088
#> GSM29880 2 0.372 0.654008 0.120 0.828 0.020 0.000 0.032
#> GSM29881 4 0.674 0.138298 0.004 0.000 0.216 0.420 0.360
#> GSM29884 2 0.472 0.638385 0.020 0.780 0.008 0.104 0.088
#> GSM29887 2 0.344 0.662257 0.032 0.868 0.016 0.064 0.020
#> GSM29890 1 0.518 0.291114 0.576 0.000 0.384 0.032 0.008
#> GSM29893 1 0.471 0.472448 0.680 0.000 0.028 0.008 0.284
#> GSM29896 1 0.594 0.526886 0.640 0.000 0.188 0.016 0.156
#> GSM29899 1 0.711 0.267367 0.436 0.000 0.236 0.020 0.308
#> GSM29902 3 0.568 0.259418 0.304 0.052 0.616 0.000 0.028
#> GSM29905 3 0.616 0.011444 0.392 0.012 0.500 0.000 0.096
#> GSM29908 1 0.309 0.633620 0.884 0.028 0.036 0.004 0.048
#> GSM29955 1 0.473 0.603704 0.768 0.024 0.092 0.000 0.116
#> GSM29958 1 0.197 0.635247 0.936 0.020 0.008 0.008 0.028
#> GSM29961 1 0.345 0.599022 0.836 0.024 0.012 0.000 0.128
#> GSM29882 4 0.618 0.478498 0.028 0.000 0.268 0.600 0.104
#> GSM29885 2 0.705 0.224490 0.068 0.436 0.044 0.428 0.024
#> GSM29888 2 0.576 0.561703 0.004 0.660 0.156 0.172 0.008
#> GSM29891 3 0.607 0.350516 0.244 0.004 0.600 0.148 0.004
#> GSM29894 1 0.457 0.626659 0.792 0.000 0.072 0.084 0.052
#> GSM29897 1 0.407 0.618879 0.816 0.000 0.100 0.060 0.024
#> GSM29900 3 0.726 0.239592 0.252 0.000 0.492 0.208 0.048
#> GSM29903 3 0.606 0.314544 0.292 0.052 0.608 0.044 0.004
#> GSM29906 3 0.461 0.349414 0.280 0.008 0.688 0.024 0.000
#> GSM29909 1 0.709 0.347866 0.552 0.160 0.228 0.056 0.004
#> GSM29956 1 0.230 0.634572 0.912 0.004 0.064 0.016 0.004
#> GSM29959 1 0.334 0.622847 0.852 0.000 0.072 0.072 0.004
#> GSM29962 1 0.448 0.610344 0.804 0.032 0.084 0.072 0.008
#> GSM29883 4 0.676 0.101059 0.004 0.000 0.220 0.420 0.356
#> GSM29886 2 0.635 0.552452 0.056 0.636 0.000 0.132 0.176
#> GSM29889 2 0.281 0.655578 0.000 0.884 0.004 0.048 0.064
#> GSM29892 3 0.686 0.085573 0.352 0.028 0.496 0.008 0.116
#> GSM29895 5 0.533 0.181838 0.340 0.032 0.000 0.020 0.608
#> GSM29898 5 0.576 0.395672 0.156 0.004 0.160 0.012 0.668
#> GSM29901 5 0.607 0.417513 0.068 0.000 0.232 0.060 0.640
#> GSM29904 1 0.820 0.060775 0.324 0.108 0.280 0.000 0.288
#> GSM29907 3 0.723 0.136072 0.224 0.032 0.452 0.000 0.292
#> GSM29910 1 0.695 0.196701 0.484 0.100 0.060 0.000 0.356
#> GSM29957 5 0.742 -0.030848 0.356 0.188 0.048 0.000 0.408
#> GSM29960 1 0.468 0.454866 0.692 0.028 0.004 0.004 0.272
#> GSM29963 5 0.624 0.183643 0.300 0.064 0.052 0.000 0.584
#> GSM29964 2 0.333 0.588905 0.000 0.812 0.176 0.004 0.008
#> GSM29967 5 0.467 0.297092 0.000 0.020 0.008 0.308 0.664
#> GSM29970 5 0.634 0.303665 0.008 0.000 0.260 0.176 0.556
#> GSM29973 2 0.484 0.560031 0.000 0.724 0.188 0.004 0.084
#> GSM29976 3 0.565 0.418242 0.096 0.000 0.704 0.148 0.052
#> GSM29979 5 0.690 0.109473 0.040 0.268 0.160 0.000 0.532
#> GSM29982 5 0.438 0.313691 0.016 0.004 0.000 0.292 0.688
#> GSM29985 5 0.724 0.023667 0.020 0.000 0.344 0.264 0.372
#> GSM29988 3 0.562 0.145943 0.016 0.336 0.592 0.000 0.056
#> GSM29991 3 0.585 0.289767 0.008 0.016 0.644 0.248 0.084
#> GSM29994 3 0.487 0.422037 0.184 0.060 0.736 0.000 0.020
#> GSM29997 3 0.614 0.361850 0.228 0.080 0.636 0.000 0.056
#> GSM30000 3 0.788 0.015477 0.304 0.064 0.392 0.004 0.236
#> GSM30003 3 0.683 0.268480 0.196 0.000 0.532 0.244 0.028
#> GSM29965 2 0.531 0.405228 0.004 0.616 0.332 0.040 0.008
#> GSM29968 5 0.507 0.081256 0.000 0.012 0.016 0.436 0.536
#> GSM29971 4 0.714 0.073664 0.012 0.000 0.332 0.344 0.312
#> GSM29974 2 0.414 0.516461 0.000 0.728 0.248 0.000 0.024
#> GSM29977 3 0.487 0.334402 0.056 0.000 0.692 0.248 0.004
#> GSM29980 3 0.535 0.181824 0.000 0.324 0.620 0.028 0.028
#> GSM29983 4 0.561 0.116867 0.024 0.000 0.032 0.524 0.420
#> GSM29986 4 0.635 0.383691 0.004 0.000 0.296 0.528 0.172
#> GSM29989 3 0.470 0.284826 0.016 0.280 0.688 0.008 0.008
#> GSM29992 3 0.520 0.226435 0.008 0.024 0.632 0.324 0.012
#> GSM29995 1 0.419 0.580564 0.772 0.028 0.188 0.004 0.008
#> GSM29998 3 0.450 0.491183 0.096 0.112 0.780 0.004 0.008
#> GSM30001 3 0.305 0.495911 0.012 0.036 0.888 0.048 0.016
#> GSM30004 3 0.624 0.063857 0.148 0.000 0.476 0.376 0.000
#> GSM29966 2 0.343 0.611049 0.000 0.832 0.136 0.008 0.024
#> GSM29969 5 0.497 0.340683 0.004 0.044 0.004 0.272 0.676
#> GSM29972 5 0.403 0.469165 0.008 0.012 0.088 0.068 0.824
#> GSM29975 2 0.521 0.542038 0.000 0.692 0.192 0.004 0.112
#> GSM29978 3 0.596 0.349232 0.052 0.000 0.668 0.096 0.184
#> GSM29981 5 0.538 0.330543 0.016 0.184 0.092 0.004 0.704
#> GSM29984 5 0.435 0.277893 0.000 0.008 0.004 0.328 0.660
#> GSM29987 5 0.677 -0.052750 0.000 0.004 0.220 0.372 0.404
#> GSM29990 3 0.743 -0.085611 0.048 0.352 0.408 0.000 0.192
#> GSM29993 3 0.758 0.066818 0.000 0.076 0.476 0.224 0.224
#> GSM29996 1 0.742 0.241803 0.468 0.064 0.296 0.000 0.172
#> GSM29999 3 0.506 0.327733 0.008 0.216 0.700 0.000 0.076
#> GSM30002 5 0.664 0.141857 0.008 0.192 0.312 0.000 0.488
#> GSM30005 5 0.710 0.049479 0.012 0.000 0.324 0.280 0.384
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 3 0.773 0.19063 0.052 0.120 0.420 0.332 0.048 0.028
#> GSM29786 3 0.636 0.30028 0.004 0.052 0.576 0.116 0.240 0.012
#> GSM29789 2 0.384 0.60461 0.040 0.828 0.028 0.020 0.004 0.080
#> GSM29792 2 0.393 0.58392 0.104 0.816 0.008 0.028 0.012 0.032
#> GSM29795 1 0.768 -0.00852 0.420 0.112 0.028 0.228 0.212 0.000
#> GSM29798 3 0.496 0.41724 0.008 0.084 0.724 0.028 0.152 0.004
#> GSM29801 1 0.745 0.10460 0.456 0.068 0.332 0.060 0.060 0.024
#> GSM29804 1 0.724 0.32458 0.508 0.000 0.180 0.120 0.024 0.168
#> GSM29807 6 0.486 0.22346 0.000 0.244 0.004 0.076 0.008 0.668
#> GSM29816 3 0.742 0.33180 0.156 0.000 0.496 0.044 0.100 0.204
#> GSM29821 1 0.810 0.15324 0.432 0.120 0.216 0.060 0.164 0.008
#> GSM29824 1 0.681 0.11439 0.460 0.000 0.004 0.236 0.248 0.052
#> GSM29827 1 0.323 0.52125 0.832 0.008 0.012 0.132 0.000 0.016
#> GSM29830 1 0.203 0.56474 0.928 0.008 0.024 0.024 0.008 0.008
#> GSM29833 1 0.431 0.49699 0.776 0.140 0.040 0.032 0.008 0.004
#> GSM29784 3 0.663 0.33311 0.020 0.264 0.568 0.068 0.052 0.028
#> GSM29787 3 0.544 0.15093 0.000 0.056 0.532 0.032 0.380 0.000
#> GSM29790 2 0.545 0.54584 0.020 0.688 0.152 0.036 0.000 0.104
#> GSM29793 2 0.415 0.59058 0.036 0.804 0.036 0.032 0.000 0.092
#> GSM29796 2 0.829 0.17010 0.152 0.400 0.180 0.068 0.196 0.004
#> GSM29799 3 0.405 0.46472 0.012 0.040 0.820 0.028 0.080 0.020
#> GSM29802 3 0.657 0.42888 0.096 0.012 0.616 0.020 0.104 0.152
#> GSM29805 3 0.729 0.10255 0.208 0.000 0.384 0.020 0.060 0.328
#> GSM29814 6 0.410 0.34701 0.004 0.196 0.024 0.012 0.008 0.756
#> GSM29817 3 0.764 0.31975 0.132 0.040 0.512 0.048 0.216 0.052
#> GSM29822 3 0.760 0.33875 0.140 0.036 0.524 0.040 0.192 0.068
#> GSM29825 5 0.791 0.13158 0.212 0.000 0.164 0.028 0.392 0.204
#> GSM29828 1 0.313 0.56816 0.864 0.016 0.056 0.012 0.000 0.052
#> GSM29831 1 0.383 0.55653 0.808 0.012 0.088 0.008 0.000 0.084
#> GSM29834 1 0.638 0.42086 0.620 0.160 0.136 0.052 0.008 0.024
#> GSM29785 4 0.766 0.12591 0.000 0.268 0.160 0.368 0.196 0.008
#> GSM29788 5 0.683 0.12453 0.000 0.056 0.304 0.224 0.416 0.000
#> GSM29791 2 0.492 0.58159 0.072 0.768 0.028 0.052 0.012 0.068
#> GSM29794 2 0.596 0.50821 0.100 0.676 0.012 0.136 0.040 0.036
#> GSM29797 5 0.724 -0.12654 0.072 0.224 0.012 0.276 0.416 0.000
#> GSM29800 3 0.573 0.28245 0.000 0.056 0.588 0.052 0.296 0.008
#> GSM29803 3 0.577 0.28621 0.004 0.000 0.584 0.080 0.288 0.044
#> GSM29806 6 0.759 0.06265 0.008 0.004 0.284 0.232 0.104 0.368
#> GSM29815 6 0.461 0.21997 0.000 0.220 0.000 0.088 0.004 0.688
#> GSM29819 3 0.668 0.34176 0.004 0.000 0.552 0.152 0.132 0.160
#> GSM29823 5 0.789 0.17443 0.132 0.112 0.228 0.060 0.460 0.008
#> GSM29826 5 0.750 0.36802 0.072 0.000 0.084 0.140 0.500 0.204
#> GSM29829 1 0.560 0.14521 0.560 0.024 0.016 0.360 0.016 0.024
#> GSM29832 1 0.543 0.21921 0.600 0.020 0.016 0.320 0.036 0.008
#> GSM29835 1 0.797 0.14888 0.440 0.232 0.068 0.148 0.108 0.004
#> GSM29836 2 0.642 0.49296 0.012 0.604 0.008 0.192 0.080 0.104
#> GSM29839 2 0.678 0.26288 0.300 0.492 0.132 0.064 0.008 0.004
#> GSM29842 2 0.674 0.24493 0.036 0.492 0.340 0.076 0.004 0.052
#> GSM29845 3 0.630 0.35374 0.024 0.056 0.616 0.088 0.208 0.008
#> GSM29848 3 0.677 0.27644 0.024 0.164 0.524 0.036 0.248 0.004
#> GSM29851 3 0.549 0.36697 0.276 0.012 0.632 0.036 0.016 0.028
#> GSM29854 5 0.800 0.30155 0.148 0.000 0.140 0.204 0.436 0.072
#> GSM29857 3 0.721 0.09599 0.096 0.004 0.448 0.152 0.008 0.292
#> GSM29860 2 0.472 0.53828 0.016 0.684 0.004 0.040 0.004 0.252
#> GSM29863 5 0.690 0.25924 0.168 0.000 0.132 0.200 0.500 0.000
#> GSM29866 1 0.297 0.55319 0.872 0.008 0.012 0.072 0.004 0.032
#> GSM29869 1 0.568 0.50596 0.672 0.056 0.068 0.028 0.000 0.176
#> GSM29872 6 0.756 -0.06592 0.172 0.300 0.008 0.128 0.004 0.388
#> GSM29875 1 0.666 0.10041 0.476 0.004 0.352 0.012 0.088 0.068
#> GSM29878 2 0.521 0.44442 0.276 0.640 0.004 0.040 0.004 0.036
#> GSM29837 2 0.529 0.31573 0.000 0.484 0.008 0.076 0.000 0.432
#> GSM29840 2 0.708 0.34561 0.200 0.528 0.180 0.060 0.020 0.012
#> GSM29843 2 0.645 0.36436 0.080 0.572 0.260 0.056 0.004 0.028
#> GSM29846 3 0.568 0.38700 0.008 0.052 0.672 0.032 0.196 0.040
#> GSM29849 3 0.703 0.29085 0.048 0.148 0.540 0.040 0.216 0.008
#> GSM29852 3 0.506 0.46949 0.116 0.016 0.748 0.016 0.056 0.048
#> GSM29855 5 0.601 0.32823 0.028 0.000 0.300 0.016 0.560 0.096
#> GSM29858 6 0.585 0.08278 0.056 0.004 0.412 0.032 0.008 0.488
#> GSM29861 2 0.549 0.47236 0.016 0.588 0.024 0.040 0.004 0.328
#> GSM29864 3 0.598 0.07515 0.076 0.000 0.480 0.020 0.404 0.020
#> GSM29867 1 0.701 0.22880 0.476 0.004 0.252 0.040 0.020 0.208
#> GSM29870 6 0.759 0.00416 0.276 0.016 0.304 0.024 0.036 0.344
#> GSM29873 6 0.393 0.36089 0.012 0.192 0.008 0.024 0.000 0.764
#> GSM29876 3 0.694 0.36528 0.160 0.000 0.552 0.024 0.148 0.116
#> GSM29879 2 0.805 0.26440 0.156 0.416 0.132 0.044 0.008 0.244
#> GSM29838 2 0.691 0.39023 0.000 0.496 0.008 0.256 0.092 0.148
#> GSM29841 2 0.722 0.33785 0.136 0.556 0.060 0.152 0.092 0.004
#> GSM29844 2 0.529 0.53241 0.068 0.744 0.068 0.072 0.036 0.012
#> GSM29847 5 0.563 0.05086 0.000 0.068 0.416 0.032 0.484 0.000
#> GSM29850 3 0.729 0.15796 0.024 0.192 0.428 0.052 0.300 0.004
#> GSM29853 3 0.624 0.35949 0.028 0.012 0.612 0.092 0.224 0.032
#> GSM29856 5 0.408 0.42254 0.008 0.016 0.012 0.216 0.744 0.004
#> GSM29859 6 0.654 0.34630 0.000 0.028 0.196 0.180 0.036 0.560
#> GSM29862 2 0.594 0.50055 0.016 0.584 0.000 0.136 0.016 0.248
#> GSM29865 5 0.579 0.38643 0.004 0.008 0.224 0.176 0.584 0.004
#> GSM29868 4 0.714 0.53254 0.180 0.024 0.020 0.548 0.164 0.064
#> GSM29871 6 0.434 0.42804 0.004 0.116 0.076 0.032 0.000 0.772
#> GSM29874 2 0.747 0.21151 0.052 0.360 0.000 0.216 0.036 0.336
#> GSM29877 3 0.711 0.20736 0.088 0.000 0.472 0.040 0.312 0.088
#> GSM29880 2 0.560 0.52831 0.032 0.612 0.000 0.116 0.000 0.240
#> GSM29881 5 0.624 0.46417 0.044 0.000 0.196 0.092 0.620 0.048
#> GSM29884 2 0.589 0.53170 0.008 0.676 0.088 0.148 0.032 0.048
#> GSM29887 2 0.483 0.59075 0.032 0.772 0.044 0.076 0.008 0.068
#> GSM29890 1 0.548 0.46699 0.680 0.004 0.052 0.056 0.016 0.192
#> GSM29893 1 0.489 0.40232 0.696 0.016 0.000 0.192 0.092 0.004
#> GSM29896 1 0.477 0.48693 0.740 0.000 0.016 0.152 0.032 0.060
#> GSM29899 1 0.703 0.28800 0.524 0.000 0.020 0.184 0.176 0.096
#> GSM29902 1 0.727 0.16148 0.424 0.004 0.064 0.216 0.012 0.280
#> GSM29905 1 0.677 0.18448 0.464 0.000 0.076 0.316 0.004 0.140
#> GSM29908 1 0.283 0.53118 0.868 0.040 0.000 0.080 0.000 0.012
#> GSM29955 1 0.449 0.45825 0.736 0.036 0.004 0.196 0.008 0.020
#> GSM29958 1 0.271 0.54462 0.888 0.048 0.012 0.044 0.004 0.004
#> GSM29961 1 0.406 0.49587 0.788 0.036 0.000 0.136 0.032 0.008
#> GSM29882 5 0.642 0.21533 0.044 0.000 0.320 0.008 0.500 0.128
#> GSM29885 2 0.709 0.43997 0.048 0.580 0.196 0.068 0.032 0.076
#> GSM29888 2 0.633 0.44577 0.000 0.552 0.120 0.056 0.008 0.264
#> GSM29891 6 0.721 0.15113 0.272 0.000 0.272 0.044 0.020 0.392
#> GSM29894 1 0.444 0.55237 0.800 0.020 0.032 0.044 0.080 0.024
#> GSM29897 1 0.343 0.56487 0.856 0.012 0.060 0.040 0.012 0.020
#> GSM29900 1 0.810 -0.07602 0.316 0.000 0.204 0.024 0.232 0.224
#> GSM29903 6 0.644 0.25935 0.316 0.020 0.064 0.044 0.016 0.540
#> GSM29906 6 0.727 0.12837 0.340 0.000 0.164 0.116 0.004 0.376
#> GSM29909 1 0.739 0.02763 0.420 0.180 0.044 0.032 0.008 0.316
#> GSM29956 1 0.374 0.55555 0.840 0.056 0.036 0.028 0.004 0.036
#> GSM29959 1 0.401 0.55388 0.824 0.032 0.068 0.044 0.008 0.024
#> GSM29962 1 0.484 0.54922 0.776 0.080 0.048 0.036 0.016 0.044
#> GSM29883 5 0.496 0.50268 0.008 0.000 0.168 0.028 0.712 0.084
#> GSM29886 2 0.542 0.48052 0.016 0.692 0.016 0.112 0.152 0.012
#> GSM29889 2 0.421 0.58697 0.000 0.776 0.016 0.072 0.008 0.128
#> GSM29892 6 0.691 0.10236 0.328 0.004 0.028 0.148 0.032 0.460
#> GSM29895 4 0.663 0.38590 0.296 0.032 0.000 0.408 0.264 0.000
#> GSM29898 4 0.643 0.52086 0.176 0.000 0.016 0.572 0.188 0.048
#> GSM29901 5 0.716 0.14465 0.100 0.000 0.052 0.276 0.496 0.076
#> GSM29904 4 0.722 0.33005 0.260 0.032 0.000 0.416 0.036 0.256
#> GSM29907 4 0.641 0.35830 0.212 0.000 0.060 0.564 0.008 0.156
#> GSM29910 4 0.622 0.30625 0.376 0.056 0.000 0.496 0.044 0.028
#> GSM29957 4 0.678 0.44247 0.288 0.076 0.000 0.524 0.052 0.060
#> GSM29960 1 0.599 0.18716 0.576 0.044 0.004 0.296 0.068 0.012
#> GSM29963 4 0.638 0.51594 0.224 0.040 0.000 0.580 0.128 0.028
#> GSM29964 2 0.597 0.43901 0.008 0.560 0.036 0.096 0.000 0.300
#> GSM29967 5 0.409 0.52471 0.004 0.036 0.044 0.116 0.796 0.004
#> GSM29970 5 0.547 0.53484 0.048 0.000 0.044 0.100 0.712 0.096
#> GSM29973 2 0.696 0.44798 0.000 0.504 0.036 0.192 0.040 0.228
#> GSM29976 6 0.847 0.12502 0.192 0.000 0.196 0.088 0.168 0.356
#> GSM29979 4 0.776 0.35419 0.060 0.144 0.004 0.488 0.172 0.132
#> GSM29982 5 0.323 0.55845 0.024 0.012 0.028 0.080 0.856 0.000
#> GSM29985 5 0.653 0.47524 0.068 0.000 0.128 0.072 0.624 0.108
#> GSM29988 6 0.531 0.38637 0.020 0.140 0.008 0.112 0.016 0.704
#> GSM29991 3 0.776 0.20002 0.052 0.016 0.440 0.252 0.048 0.192
#> GSM29994 6 0.702 0.12014 0.332 0.000 0.064 0.168 0.012 0.424
#> GSM29997 6 0.637 0.31605 0.264 0.008 0.012 0.100 0.048 0.568
#> GSM30000 1 0.719 0.16624 0.448 0.012 0.020 0.324 0.052 0.144
#> GSM30003 3 0.753 0.21396 0.248 0.004 0.444 0.168 0.016 0.120
#> GSM29965 6 0.583 -0.25153 0.000 0.436 0.036 0.068 0.004 0.456
#> GSM29968 5 0.305 0.54125 0.000 0.028 0.088 0.028 0.856 0.000
#> GSM29971 5 0.541 0.50018 0.024 0.000 0.132 0.032 0.696 0.116
#> GSM29974 2 0.546 0.29588 0.000 0.484 0.008 0.080 0.004 0.424
#> GSM29977 6 0.724 0.01114 0.100 0.000 0.336 0.036 0.092 0.436
#> GSM29980 6 0.565 0.40713 0.016 0.116 0.032 0.060 0.064 0.712
#> GSM29983 5 0.400 0.53514 0.020 0.008 0.124 0.028 0.804 0.016
#> GSM29986 5 0.576 0.30636 0.008 0.000 0.320 0.032 0.564 0.076
#> GSM29989 6 0.396 0.47084 0.028 0.088 0.040 0.016 0.008 0.820
#> GSM29992 3 0.656 0.31968 0.036 0.012 0.580 0.156 0.020 0.196
#> GSM29995 1 0.533 0.48294 0.676 0.024 0.028 0.032 0.012 0.228
#> GSM29998 6 0.458 0.49225 0.080 0.008 0.040 0.052 0.032 0.788
#> GSM30001 6 0.712 0.35584 0.100 0.004 0.200 0.132 0.028 0.536
#> GSM30004 3 0.642 0.34019 0.152 0.000 0.588 0.044 0.028 0.188
#> GSM29966 2 0.480 0.44822 0.000 0.596 0.008 0.048 0.000 0.348
#> GSM29969 5 0.341 0.52479 0.000 0.036 0.024 0.112 0.828 0.000
#> GSM29972 5 0.365 0.53289 0.016 0.000 0.008 0.108 0.820 0.048
#> GSM29975 2 0.679 0.34847 0.000 0.448 0.012 0.184 0.040 0.316
#> GSM29978 6 0.805 0.16484 0.076 0.000 0.168 0.120 0.212 0.424
#> GSM29981 4 0.665 0.20981 0.004 0.104 0.000 0.420 0.392 0.080
#> GSM29984 5 0.259 0.56143 0.000 0.020 0.036 0.056 0.888 0.000
#> GSM29987 5 0.501 0.44296 0.000 0.000 0.244 0.052 0.664 0.040
#> GSM29990 6 0.533 0.28772 0.004 0.136 0.000 0.220 0.008 0.632
#> GSM29993 4 0.739 -0.11461 0.004 0.020 0.332 0.408 0.080 0.156
#> GSM29996 1 0.712 -0.16813 0.356 0.028 0.020 0.356 0.004 0.236
#> GSM29999 6 0.372 0.46736 0.000 0.036 0.020 0.116 0.012 0.816
#> GSM30002 4 0.626 0.45422 0.012 0.052 0.020 0.636 0.128 0.152
#> GSM30005 3 0.723 0.11233 0.032 0.000 0.396 0.372 0.132 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> MAD:NMF 157 1.91e-01 0.000103 4.49e-06 2
#> MAD:NMF 98 1.73e-03 0.004000 4.05e-08 3
#> MAD:NMF 37 7.10e-03 0.180182 6.92e-05 4
#> MAD:NMF 49 2.07e-02 0.083710 1.26e-05 5
#> MAD:NMF 39 8.21e-06 0.021364 4.05e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.243 0.569 0.812 0.4181 0.579 0.579
#> 3 3 0.320 0.607 0.813 0.3351 0.842 0.736
#> 4 4 0.397 0.613 0.768 0.2132 0.841 0.664
#> 5 5 0.465 0.531 0.699 0.0839 0.950 0.855
#> 6 6 0.530 0.450 0.652 0.0640 0.944 0.819
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.6048 0.6899 0.852 0.148
#> GSM29786 1 0.6048 0.6921 0.852 0.148
#> GSM29789 1 0.9491 0.2002 0.632 0.368
#> GSM29792 1 0.9491 0.2002 0.632 0.368
#> GSM29795 1 0.9896 -0.1056 0.560 0.440
#> GSM29798 1 0.5842 0.6916 0.860 0.140
#> GSM29801 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0376 0.7752 0.996 0.004
#> GSM29816 1 0.0376 0.7752 0.996 0.004
#> GSM29821 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29830 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29784 1 0.6048 0.6899 0.852 0.148
#> GSM29787 1 0.6048 0.6921 0.852 0.148
#> GSM29790 1 0.6247 0.6869 0.844 0.156
#> GSM29793 1 0.6247 0.6869 0.844 0.156
#> GSM29796 1 0.9896 -0.1056 0.560 0.440
#> GSM29799 1 0.5842 0.6916 0.860 0.140
#> GSM29802 1 0.0672 0.7744 0.992 0.008
#> GSM29805 1 0.0672 0.7744 0.992 0.008
#> GSM29814 1 0.0376 0.7752 0.996 0.004
#> GSM29817 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29831 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29834 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29785 2 0.9000 0.5843 0.316 0.684
#> GSM29788 2 0.9000 0.5843 0.316 0.684
#> GSM29791 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29794 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29797 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29800 1 1.0000 -0.1506 0.500 0.500
#> GSM29803 1 0.9954 -0.0740 0.540 0.460
#> GSM29806 1 0.9087 0.4335 0.676 0.324
#> GSM29815 1 0.8661 0.4968 0.712 0.288
#> GSM29819 1 0.9044 0.4464 0.680 0.320
#> GSM29823 2 0.9866 0.5053 0.432 0.568
#> GSM29826 1 0.7883 0.5804 0.764 0.236
#> GSM29829 2 0.9922 0.4715 0.448 0.552
#> GSM29832 2 0.9922 0.4715 0.448 0.552
#> GSM29835 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29836 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29839 1 0.9491 0.2002 0.632 0.368
#> GSM29842 1 0.5946 0.6911 0.856 0.144
#> GSM29845 1 0.5629 0.6994 0.868 0.132
#> GSM29848 1 0.0672 0.7743 0.992 0.008
#> GSM29851 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0938 0.7737 0.988 0.012
#> GSM29860 1 0.6148 0.6685 0.848 0.152
#> GSM29863 1 0.0938 0.7748 0.988 0.012
#> GSM29866 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.4815 0.7208 0.896 0.104
#> GSM29875 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29837 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29840 1 0.9491 0.2002 0.632 0.368
#> GSM29843 1 0.5946 0.6911 0.856 0.144
#> GSM29846 1 0.5629 0.6994 0.868 0.132
#> GSM29849 1 0.0672 0.7743 0.992 0.008
#> GSM29852 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0672 0.7744 0.992 0.008
#> GSM29858 1 0.0938 0.7737 0.988 0.012
#> GSM29861 1 0.6148 0.6685 0.848 0.152
#> GSM29864 1 0.0938 0.7748 0.988 0.012
#> GSM29867 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.4815 0.7208 0.896 0.104
#> GSM29876 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29838 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29841 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29844 2 0.9754 0.5313 0.408 0.592
#> GSM29847 2 0.9963 0.3298 0.464 0.536
#> GSM29850 1 0.7674 0.5720 0.776 0.224
#> GSM29853 1 0.6343 0.6642 0.840 0.160
#> GSM29856 1 0.9963 -0.0917 0.536 0.464
#> GSM29859 1 0.9087 0.4335 0.676 0.324
#> GSM29862 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29865 1 0.9909 -0.0122 0.556 0.444
#> GSM29868 1 0.9963 -0.0914 0.536 0.464
#> GSM29871 1 0.6801 0.6420 0.820 0.180
#> GSM29874 2 0.9850 0.5137 0.428 0.572
#> GSM29877 1 0.3879 0.7438 0.924 0.076
#> GSM29880 1 0.9661 0.0961 0.608 0.392
#> GSM29881 1 0.9710 0.2613 0.600 0.400
#> GSM29884 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29887 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29890 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.5629 0.7091 0.868 0.132
#> GSM29905 1 0.5629 0.7115 0.868 0.132
#> GSM29908 1 0.0376 0.7751 0.996 0.004
#> GSM29955 2 0.9993 0.1317 0.484 0.516
#> GSM29958 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29961 1 0.0376 0.7751 0.996 0.004
#> GSM29882 1 0.9710 0.2613 0.600 0.400
#> GSM29885 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29888 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29891 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29903 1 0.5629 0.7091 0.868 0.132
#> GSM29906 1 0.5629 0.7115 0.868 0.132
#> GSM29909 1 0.4431 0.7353 0.908 0.092
#> GSM29956 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29959 1 0.0938 0.7740 0.988 0.012
#> GSM29962 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.9815 0.3800 0.420 0.580
#> GSM29886 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29889 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29892 1 0.9963 0.0372 0.536 0.464
#> GSM29895 1 0.9491 0.2455 0.632 0.368
#> GSM29898 2 0.9358 0.5570 0.352 0.648
#> GSM29901 1 0.9129 0.4125 0.672 0.328
#> GSM29904 1 0.9922 0.0728 0.552 0.448
#> GSM29907 1 0.9881 0.1142 0.564 0.436
#> GSM29910 2 0.9850 0.5053 0.428 0.572
#> GSM29957 2 0.7602 0.6493 0.220 0.780
#> GSM29960 2 0.9815 0.5226 0.420 0.580
#> GSM29963 2 0.9933 0.4537 0.452 0.548
#> GSM29964 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29967 2 0.1633 0.6646 0.024 0.976
#> GSM29970 1 0.9754 0.2491 0.592 0.408
#> GSM29973 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29976 1 0.9661 0.2829 0.608 0.392
#> GSM29979 2 0.9000 0.5222 0.316 0.684
#> GSM29982 1 0.0938 0.7741 0.988 0.012
#> GSM29985 1 0.9732 0.2506 0.596 0.404
#> GSM29988 1 0.9635 0.2949 0.612 0.388
#> GSM29991 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29994 1 0.9608 0.3032 0.616 0.384
#> GSM29997 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.9732 0.3922 0.404 0.596
#> GSM30003 1 0.4022 0.7448 0.920 0.080
#> GSM29965 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29968 2 0.1633 0.6646 0.024 0.976
#> GSM29971 1 0.9754 0.2491 0.592 0.408
#> GSM29974 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29977 1 0.9661 0.2829 0.608 0.392
#> GSM29980 2 0.9000 0.5222 0.316 0.684
#> GSM29983 1 0.0938 0.7741 0.988 0.012
#> GSM29986 1 0.9732 0.2506 0.596 0.404
#> GSM29989 1 0.9635 0.2949 0.612 0.388
#> GSM29992 2 0.1633 0.6591 0.024 0.976
#> GSM29995 1 0.0000 0.7756 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.4298 0.7397 0.912 0.088
#> GSM30001 2 0.9732 0.3922 0.404 0.596
#> GSM30004 1 0.4022 0.7448 0.920 0.080
#> GSM29966 2 0.1184 0.6625 0.016 0.984
#> GSM29969 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29972 2 0.9358 0.5342 0.352 0.648
#> GSM29975 2 0.1414 0.6640 0.020 0.980
#> GSM29978 1 1.0000 -0.1058 0.504 0.496
#> GSM29981 2 0.6343 0.6608 0.160 0.840
#> GSM29984 2 0.6973 0.6571 0.188 0.812
#> GSM29987 2 0.9909 0.2982 0.444 0.556
#> GSM29990 1 0.9775 0.2200 0.588 0.412
#> GSM29993 2 0.0000 0.6538 0.000 1.000
#> GSM29996 1 0.7299 0.6012 0.796 0.204
#> GSM29999 1 0.9833 0.1723 0.576 0.424
#> GSM30002 2 0.9732 0.3922 0.404 0.596
#> GSM30005 1 0.9170 0.4228 0.668 0.332
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.4551 0.7379 0.840 0.020 0.140
#> GSM29786 1 0.5631 0.7111 0.804 0.064 0.132
#> GSM29789 2 0.5733 0.6115 0.324 0.676 0.000
#> GSM29792 2 0.5733 0.6115 0.324 0.676 0.000
#> GSM29795 2 0.6180 0.6013 0.332 0.660 0.008
#> GSM29798 1 0.3918 0.7457 0.856 0.004 0.140
#> GSM29801 1 0.0592 0.8025 0.988 0.012 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0237 0.8031 0.996 0.000 0.004
#> GSM29816 1 0.0237 0.8031 0.996 0.000 0.004
#> GSM29821 1 0.0892 0.8011 0.980 0.020 0.000
#> GSM29824 1 0.0237 0.8030 0.996 0.004 0.000
#> GSM29827 1 0.3686 0.7218 0.860 0.140 0.000
#> GSM29830 1 0.0592 0.8025 0.988 0.012 0.000
#> GSM29833 1 0.1163 0.7977 0.972 0.028 0.000
#> GSM29784 1 0.4551 0.7379 0.840 0.020 0.140
#> GSM29787 1 0.5631 0.7111 0.804 0.064 0.132
#> GSM29790 1 0.4551 0.7390 0.840 0.020 0.140
#> GSM29793 1 0.4551 0.7390 0.840 0.020 0.140
#> GSM29796 2 0.6180 0.6013 0.332 0.660 0.008
#> GSM29799 1 0.3918 0.7457 0.856 0.004 0.140
#> GSM29802 1 0.0424 0.8030 0.992 0.000 0.008
#> GSM29805 1 0.0424 0.8030 0.992 0.000 0.008
#> GSM29814 1 0.0237 0.8031 0.996 0.000 0.004
#> GSM29817 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0892 0.8011 0.980 0.020 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.3686 0.7218 0.860 0.140 0.000
#> GSM29831 1 0.3686 0.7218 0.860 0.140 0.000
#> GSM29834 1 0.1163 0.7977 0.972 0.028 0.000
#> GSM29785 2 0.7984 0.5312 0.216 0.652 0.132
#> GSM29788 2 0.7984 0.5312 0.216 0.652 0.132
#> GSM29791 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29800 1 0.9093 -0.1759 0.460 0.400 0.140
#> GSM29803 2 0.8264 0.4982 0.356 0.556 0.088
#> GSM29806 1 0.8079 0.3971 0.628 0.260 0.112
#> GSM29815 1 0.7303 0.4822 0.680 0.244 0.076
#> GSM29819 1 0.8378 0.3246 0.596 0.284 0.120
#> GSM29823 2 0.4465 0.6833 0.176 0.820 0.004
#> GSM29826 1 0.6964 0.4733 0.684 0.264 0.052
#> GSM29829 2 0.3816 0.6986 0.148 0.852 0.000
#> GSM29832 2 0.3816 0.6986 0.148 0.852 0.000
#> GSM29835 2 0.0592 0.6602 0.012 0.988 0.000
#> GSM29836 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29839 2 0.5650 0.6160 0.312 0.688 0.000
#> GSM29842 1 0.4099 0.7443 0.852 0.008 0.140
#> GSM29845 1 0.3784 0.7509 0.864 0.004 0.132
#> GSM29848 1 0.0848 0.8031 0.984 0.008 0.008
#> GSM29851 1 0.0237 0.8030 0.996 0.004 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0592 0.8028 0.988 0.000 0.012
#> GSM29860 1 0.6244 0.0931 0.560 0.440 0.000
#> GSM29863 1 0.0829 0.8024 0.984 0.012 0.004
#> GSM29866 1 0.0237 0.8030 0.996 0.004 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.6267 0.0805 0.548 0.452 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0592 0.8023 0.988 0.012 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.5733 0.6115 0.324 0.676 0.000
#> GSM29843 1 0.4099 0.7443 0.852 0.008 0.140
#> GSM29846 1 0.3784 0.7509 0.864 0.004 0.132
#> GSM29849 1 0.0848 0.8031 0.984 0.008 0.008
#> GSM29852 1 0.0237 0.8030 0.996 0.004 0.000
#> GSM29855 1 0.0424 0.8030 0.992 0.000 0.008
#> GSM29858 1 0.0592 0.8028 0.988 0.000 0.012
#> GSM29861 1 0.6244 0.0931 0.560 0.440 0.000
#> GSM29864 1 0.0829 0.8024 0.984 0.012 0.004
#> GSM29867 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.6267 0.0805 0.548 0.452 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0592 0.8023 0.988 0.012 0.000
#> GSM29838 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29844 2 0.2918 0.6564 0.044 0.924 0.032
#> GSM29847 2 0.8132 0.5538 0.304 0.600 0.096
#> GSM29850 1 0.5461 0.5588 0.748 0.244 0.008
#> GSM29853 1 0.5659 0.5588 0.740 0.248 0.012
#> GSM29856 2 0.8465 0.4680 0.376 0.528 0.096
#> GSM29859 1 0.8079 0.3971 0.628 0.260 0.112
#> GSM29862 2 0.0000 0.6530 0.000 1.000 0.000
#> GSM29865 2 0.8324 0.4778 0.372 0.540 0.088
#> GSM29868 2 0.8346 0.4917 0.360 0.548 0.092
#> GSM29871 1 0.5062 0.6420 0.800 0.184 0.016
#> GSM29874 2 0.1289 0.6698 0.032 0.968 0.000
#> GSM29877 1 0.4575 0.6924 0.828 0.160 0.012
#> GSM29880 2 0.5327 0.6423 0.272 0.728 0.000
#> GSM29881 1 0.6204 0.3126 0.576 0.000 0.424
#> GSM29884 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29887 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29890 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0424 0.8026 0.992 0.008 0.000
#> GSM29896 1 0.0592 0.8025 0.988 0.012 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.3941 0.7294 0.844 0.000 0.156
#> GSM29905 1 0.3941 0.7315 0.844 0.000 0.156
#> GSM29908 1 0.0747 0.8016 0.984 0.016 0.000
#> GSM29955 3 0.9189 0.2966 0.348 0.160 0.492
#> GSM29958 1 0.1163 0.7977 0.972 0.028 0.000
#> GSM29961 1 0.0747 0.8016 0.984 0.016 0.000
#> GSM29882 1 0.6204 0.3126 0.576 0.000 0.424
#> GSM29885 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29888 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29891 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0424 0.8026 0.992 0.008 0.000
#> GSM29897 1 0.0592 0.8025 0.988 0.012 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM29903 1 0.3941 0.7294 0.844 0.000 0.156
#> GSM29906 1 0.3941 0.7315 0.844 0.000 0.156
#> GSM29909 1 0.3845 0.7545 0.872 0.012 0.116
#> GSM29956 1 0.1163 0.7977 0.972 0.028 0.000
#> GSM29959 1 0.1163 0.7977 0.972 0.028 0.000
#> GSM29962 1 0.0592 0.8023 0.988 0.012 0.000
#> GSM29883 3 0.8056 0.2854 0.400 0.068 0.532
#> GSM29886 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29889 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29892 1 0.7293 0.0586 0.496 0.028 0.476
#> GSM29895 2 0.7141 0.5227 0.368 0.600 0.032
#> GSM29898 3 0.9053 0.3875 0.220 0.224 0.556
#> GSM29901 1 0.8343 0.4418 0.612 0.132 0.256
#> GSM29904 1 0.9695 0.0797 0.452 0.244 0.304
#> GSM29907 1 0.9623 0.1049 0.464 0.232 0.304
#> GSM29910 2 0.4937 0.6806 0.148 0.824 0.028
#> GSM29957 3 0.7642 0.5089 0.092 0.248 0.660
#> GSM29960 2 0.3532 0.6887 0.108 0.884 0.008
#> GSM29963 2 0.5292 0.6778 0.172 0.800 0.028
#> GSM29964 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29967 3 0.5058 0.5712 0.000 0.244 0.756
#> GSM29970 1 0.6225 0.3037 0.568 0.000 0.432
#> GSM29973 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29976 1 0.6180 0.3315 0.584 0.000 0.416
#> GSM29979 3 0.8457 0.4997 0.216 0.168 0.616
#> GSM29982 1 0.0892 0.8005 0.980 0.020 0.000
#> GSM29985 1 0.6215 0.3030 0.572 0.000 0.428
#> GSM29988 1 0.6168 0.3418 0.588 0.000 0.412
#> GSM29991 3 0.0000 0.6499 0.000 0.000 1.000
#> GSM29994 1 0.6154 0.3496 0.592 0.000 0.408
#> GSM29997 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM30000 3 0.7263 0.3495 0.372 0.036 0.592
#> GSM30003 1 0.3038 0.7629 0.896 0.000 0.104
#> GSM29965 3 0.0424 0.6525 0.000 0.008 0.992
#> GSM29968 3 0.5058 0.5712 0.000 0.244 0.756
#> GSM29971 1 0.6225 0.3037 0.568 0.000 0.432
#> GSM29974 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29977 1 0.6180 0.3315 0.584 0.000 0.416
#> GSM29980 3 0.8457 0.4997 0.216 0.168 0.616
#> GSM29983 1 0.0892 0.8005 0.980 0.020 0.000
#> GSM29986 1 0.6215 0.3030 0.572 0.000 0.428
#> GSM29989 1 0.6168 0.3418 0.588 0.000 0.412
#> GSM29992 3 0.0000 0.6499 0.000 0.000 1.000
#> GSM29995 1 0.0592 0.8025 0.988 0.012 0.000
#> GSM29998 1 0.3192 0.7578 0.888 0.000 0.112
#> GSM30001 3 0.7263 0.3495 0.372 0.036 0.592
#> GSM30004 1 0.3038 0.7629 0.896 0.000 0.104
#> GSM29966 3 0.4291 0.6058 0.000 0.180 0.820
#> GSM29969 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29972 3 0.8630 0.4158 0.328 0.120 0.552
#> GSM29975 3 0.5138 0.5651 0.000 0.252 0.748
#> GSM29978 3 0.7838 0.0524 0.460 0.052 0.488
#> GSM29981 3 0.7353 0.4010 0.036 0.396 0.568
#> GSM29984 3 0.8097 0.3756 0.072 0.388 0.540
#> GSM29987 3 0.7453 0.1747 0.436 0.036 0.528
#> GSM29990 1 0.8918 0.3123 0.548 0.156 0.296
#> GSM29993 3 0.1031 0.6503 0.000 0.024 0.976
#> GSM29996 1 0.5070 0.6030 0.772 0.224 0.004
#> GSM29999 1 0.7248 0.1927 0.536 0.028 0.436
#> GSM30002 3 0.7263 0.3495 0.372 0.036 0.592
#> GSM30005 1 0.8546 0.3000 0.584 0.284 0.132
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 1 0.4715 0.6733 0.788 0.016 0.028 0.168
#> GSM29786 1 0.5504 0.6426 0.756 0.060 0.024 0.160
#> GSM29789 2 0.4720 0.6132 0.324 0.672 0.000 0.004
#> GSM29792 2 0.4720 0.6132 0.324 0.672 0.000 0.004
#> GSM29795 2 0.5175 0.6359 0.328 0.656 0.004 0.012
#> GSM29798 1 0.4149 0.6832 0.804 0.000 0.028 0.168
#> GSM29801 1 0.1509 0.7745 0.960 0.008 0.020 0.012
#> GSM29804 1 0.2412 0.7687 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM29807 1 0.4472 0.6866 0.760 0.000 0.220 0.020
#> GSM29816 1 0.4149 0.7147 0.804 0.000 0.168 0.028
#> GSM29821 1 0.2291 0.7818 0.932 0.016 0.036 0.016
#> GSM29824 1 0.2197 0.7715 0.916 0.004 0.080 0.000
#> GSM29827 1 0.3508 0.7079 0.848 0.136 0.004 0.012
#> GSM29830 1 0.1509 0.7745 0.960 0.008 0.020 0.012
#> GSM29833 1 0.2269 0.7764 0.932 0.028 0.032 0.008
#> GSM29784 1 0.4715 0.6733 0.788 0.016 0.028 0.168
#> GSM29787 1 0.5504 0.6426 0.756 0.060 0.024 0.160
#> GSM29790 1 0.4715 0.6753 0.788 0.016 0.028 0.168
#> GSM29793 1 0.4715 0.6753 0.788 0.016 0.028 0.168
#> GSM29796 2 0.5175 0.6359 0.328 0.656 0.004 0.012
#> GSM29799 1 0.4149 0.6832 0.804 0.000 0.028 0.168
#> GSM29802 1 0.4808 0.6549 0.736 0.000 0.236 0.028
#> GSM29805 1 0.4808 0.6549 0.736 0.000 0.236 0.028
#> GSM29814 1 0.4472 0.6866 0.760 0.000 0.220 0.020
#> GSM29817 1 0.2610 0.7652 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM29822 1 0.2291 0.7818 0.932 0.016 0.036 0.016
#> GSM29825 1 0.2610 0.7652 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM29828 1 0.3508 0.7079 0.848 0.136 0.004 0.012
#> GSM29831 1 0.3508 0.7079 0.848 0.136 0.004 0.012
#> GSM29834 1 0.2269 0.7764 0.932 0.028 0.032 0.008
#> GSM29785 2 0.6906 0.6000 0.196 0.648 0.024 0.132
#> GSM29788 2 0.6906 0.6000 0.196 0.648 0.024 0.132
#> GSM29791 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29800 1 0.8168 -0.2826 0.408 0.396 0.028 0.168
#> GSM29803 2 0.7557 0.5326 0.300 0.556 0.108 0.036
#> GSM29806 1 0.8537 0.2730 0.492 0.256 0.192 0.060
#> GSM29815 1 0.8325 0.3621 0.504 0.240 0.212 0.044
#> GSM29819 1 0.8176 0.2501 0.516 0.280 0.156 0.048
#> GSM29823 2 0.3836 0.7407 0.168 0.816 0.016 0.000
#> GSM29826 1 0.7389 0.4345 0.580 0.264 0.132 0.024
#> GSM29829 2 0.3208 0.7517 0.148 0.848 0.000 0.004
#> GSM29832 2 0.3208 0.7517 0.148 0.848 0.000 0.004
#> GSM29835 2 0.0524 0.7207 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM29836 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29839 2 0.4655 0.6257 0.312 0.684 0.000 0.004
#> GSM29842 1 0.4331 0.6817 0.800 0.004 0.028 0.168
#> GSM29845 1 0.3958 0.6917 0.816 0.000 0.024 0.160
#> GSM29848 1 0.2007 0.7609 0.940 0.004 0.020 0.036
#> GSM29851 1 0.2658 0.7710 0.904 0.004 0.080 0.012
#> GSM29854 1 0.2412 0.7687 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM29857 1 0.4840 0.6512 0.732 0.000 0.240 0.028
#> GSM29860 1 0.5360 0.1295 0.552 0.436 0.000 0.012
#> GSM29863 1 0.3069 0.7715 0.888 0.012 0.088 0.012
#> GSM29866 1 0.2197 0.7715 0.916 0.004 0.080 0.000
#> GSM29869 1 0.2730 0.7663 0.896 0.000 0.088 0.016
#> GSM29872 1 0.5972 0.1558 0.520 0.448 0.008 0.024
#> GSM29875 1 0.2542 0.7661 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM29878 1 0.2950 0.7789 0.900 0.012 0.068 0.020
#> GSM29837 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29840 2 0.4720 0.6132 0.324 0.672 0.000 0.004
#> GSM29843 1 0.4331 0.6817 0.800 0.004 0.028 0.168
#> GSM29846 1 0.3958 0.6917 0.816 0.000 0.024 0.160
#> GSM29849 1 0.2007 0.7609 0.940 0.004 0.020 0.036
#> GSM29852 1 0.2658 0.7710 0.904 0.004 0.080 0.012
#> GSM29855 1 0.4808 0.6549 0.736 0.000 0.236 0.028
#> GSM29858 1 0.4840 0.6512 0.732 0.000 0.240 0.028
#> GSM29861 1 0.5360 0.1295 0.552 0.436 0.000 0.012
#> GSM29864 1 0.3069 0.7715 0.888 0.012 0.088 0.012
#> GSM29867 1 0.2610 0.7652 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM29870 1 0.2610 0.7652 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM29873 1 0.5972 0.1558 0.520 0.448 0.008 0.024
#> GSM29876 1 0.2542 0.7661 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM29879 1 0.3095 0.7787 0.892 0.012 0.076 0.020
#> GSM29838 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29844 2 0.2313 0.7181 0.044 0.924 0.000 0.032
#> GSM29847 2 0.7426 0.6433 0.264 0.596 0.056 0.084
#> GSM29850 1 0.5681 0.4837 0.704 0.240 0.020 0.036
#> GSM29853 1 0.6599 0.5526 0.640 0.248 0.100 0.012
#> GSM29856 2 0.7790 0.4923 0.316 0.528 0.116 0.040
#> GSM29859 1 0.8537 0.2730 0.492 0.256 0.192 0.060
#> GSM29862 2 0.0000 0.7169 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29865 2 0.7623 0.5056 0.316 0.540 0.108 0.036
#> GSM29868 2 0.7649 0.5274 0.300 0.548 0.116 0.036
#> GSM29871 1 0.6541 0.6159 0.684 0.184 0.104 0.028
#> GSM29874 2 0.1118 0.7308 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM29877 1 0.5826 0.6843 0.728 0.160 0.100 0.012
#> GSM29880 2 0.5167 0.6843 0.236 0.728 0.016 0.020
#> GSM29881 3 0.2197 0.6578 0.048 0.000 0.928 0.024
#> GSM29884 4 0.3873 0.7496 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM29887 4 0.3873 0.7496 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM29890 1 0.4833 0.6562 0.740 0.000 0.228 0.032
#> GSM29893 1 0.1816 0.7782 0.948 0.004 0.024 0.024
#> GSM29896 1 0.1509 0.7745 0.960 0.008 0.020 0.012
#> GSM29899 1 0.3166 0.7566 0.868 0.000 0.116 0.016
#> GSM29902 3 0.5446 0.5406 0.276 0.000 0.680 0.044
#> GSM29905 3 0.5764 0.4939 0.304 0.000 0.644 0.052
#> GSM29908 1 0.1640 0.7739 0.956 0.012 0.020 0.012
#> GSM29955 3 0.8394 0.3007 0.112 0.140 0.556 0.192
#> GSM29958 1 0.2269 0.7764 0.932 0.028 0.032 0.008
#> GSM29961 1 0.1640 0.7739 0.956 0.012 0.020 0.012
#> GSM29882 3 0.2197 0.6578 0.048 0.000 0.928 0.024
#> GSM29885 4 0.3873 0.7496 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM29888 4 0.3873 0.7496 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM29891 1 0.4833 0.6562 0.740 0.000 0.228 0.032
#> GSM29894 1 0.1816 0.7782 0.948 0.004 0.024 0.024
#> GSM29897 1 0.1509 0.7745 0.960 0.008 0.020 0.012
#> GSM29900 1 0.3166 0.7566 0.868 0.000 0.116 0.016
#> GSM29903 3 0.5446 0.5406 0.276 0.000 0.680 0.044
#> GSM29906 3 0.5764 0.4939 0.304 0.000 0.644 0.052
#> GSM29909 3 0.6415 0.1430 0.464 0.012 0.484 0.040
#> GSM29956 1 0.2269 0.7764 0.932 0.028 0.032 0.008
#> GSM29959 1 0.2269 0.7764 0.932 0.028 0.032 0.008
#> GSM29962 1 0.3024 0.7788 0.896 0.012 0.072 0.020
#> GSM29883 3 0.5783 0.5099 0.044 0.020 0.704 0.232
#> GSM29886 4 0.2546 0.7744 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM29889 4 0.2546 0.7744 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM29892 3 0.5918 0.5706 0.108 0.016 0.728 0.148
#> GSM29895 2 0.6189 0.5140 0.344 0.600 0.048 0.008
#> GSM29898 4 0.9041 0.1213 0.124 0.132 0.316 0.428
#> GSM29901 1 0.8533 -0.0793 0.408 0.120 0.396 0.076
#> GSM29904 1 0.9520 -0.0891 0.360 0.232 0.288 0.120
#> GSM29907 1 0.9497 -0.1093 0.360 0.220 0.300 0.120
#> GSM29910 2 0.4037 0.7371 0.136 0.824 0.040 0.000
#> GSM29957 4 0.8252 0.4044 0.064 0.140 0.272 0.524
#> GSM29960 2 0.2973 0.7426 0.096 0.884 0.020 0.000
#> GSM29963 2 0.4332 0.7346 0.160 0.800 0.040 0.000
#> GSM29964 4 0.3907 0.7470 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM29967 4 0.3015 0.7755 0.000 0.092 0.024 0.884
#> GSM29970 3 0.2282 0.6383 0.052 0.000 0.924 0.024
#> GSM29973 4 0.2546 0.7744 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM29976 3 0.1975 0.6580 0.048 0.000 0.936 0.016
#> GSM29979 3 0.7036 0.0685 0.008 0.112 0.556 0.324
#> GSM29982 1 0.2215 0.7672 0.936 0.016 0.024 0.024
#> GSM29985 3 0.2111 0.6551 0.044 0.000 0.932 0.024
#> GSM29988 3 0.1888 0.6563 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM29991 4 0.4040 0.7332 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM29994 3 0.2142 0.6602 0.056 0.000 0.928 0.016
#> GSM29997 1 0.5083 0.6327 0.716 0.000 0.248 0.036
#> GSM30000 3 0.5079 0.4804 0.032 0.004 0.728 0.236
#> GSM30003 3 0.5775 0.2557 0.408 0.000 0.560 0.032
#> GSM29965 4 0.3907 0.7470 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM29968 4 0.3015 0.7755 0.000 0.092 0.024 0.884
#> GSM29971 3 0.2282 0.6383 0.052 0.000 0.924 0.024
#> GSM29974 4 0.2546 0.7744 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM29977 3 0.1975 0.6580 0.048 0.000 0.936 0.016
#> GSM29980 3 0.7036 0.0685 0.008 0.112 0.556 0.324
#> GSM29983 1 0.2215 0.7672 0.936 0.016 0.024 0.024
#> GSM29986 3 0.2111 0.6551 0.044 0.000 0.932 0.024
#> GSM29989 3 0.1888 0.6563 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM29992 4 0.4040 0.7332 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM29995 1 0.1631 0.7742 0.956 0.008 0.020 0.016
#> GSM29998 3 0.5558 0.4690 0.324 0.000 0.640 0.036
#> GSM30001 3 0.5079 0.4804 0.032 0.004 0.728 0.236
#> GSM30004 3 0.5775 0.2557 0.408 0.000 0.560 0.032
#> GSM29966 4 0.3320 0.7769 0.000 0.056 0.068 0.876
#> GSM29969 4 0.2796 0.7733 0.000 0.092 0.016 0.892
#> GSM29972 3 0.6489 0.2871 0.044 0.024 0.600 0.332
#> GSM29975 4 0.2546 0.7744 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM29978 3 0.6735 0.5205 0.116 0.028 0.668 0.188
#> GSM29981 4 0.7346 0.4932 0.004 0.224 0.220 0.552
#> GSM29984 4 0.7981 0.4702 0.032 0.216 0.216 0.536
#> GSM29987 3 0.4839 0.5477 0.044 0.000 0.756 0.200
#> GSM29990 3 0.8782 0.1701 0.344 0.144 0.428 0.084
#> GSM29993 4 0.3837 0.7474 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM29996 1 0.5032 0.5631 0.744 0.220 0.020 0.016
#> GSM29999 3 0.6867 0.5235 0.172 0.016 0.644 0.168
#> GSM30002 3 0.5079 0.4804 0.032 0.004 0.728 0.236
#> GSM30005 1 0.8336 0.2243 0.508 0.280 0.152 0.060
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 1 0.6059 0.5612 0.596 0.112 0.000 0.276 0.016
#> GSM29786 1 0.6681 0.5331 0.572 0.104 0.000 0.264 0.060
#> GSM29789 5 0.5545 0.6107 0.204 0.004 0.004 0.120 0.668
#> GSM29792 5 0.5545 0.6107 0.204 0.004 0.004 0.120 0.668
#> GSM29795 5 0.5700 0.6178 0.216 0.012 0.000 0.120 0.652
#> GSM29798 1 0.5637 0.5672 0.604 0.112 0.000 0.284 0.000
#> GSM29801 1 0.2890 0.7092 0.836 0.000 0.000 0.160 0.004
#> GSM29804 1 0.2171 0.7267 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> GSM29807 1 0.5269 0.6080 0.688 0.004 0.188 0.120 0.000
#> GSM29816 1 0.4109 0.6493 0.788 0.004 0.148 0.060 0.000
#> GSM29821 1 0.2804 0.7323 0.880 0.000 0.016 0.092 0.012
#> GSM29824 1 0.2819 0.7288 0.884 0.000 0.060 0.052 0.004
#> GSM29827 1 0.5271 0.6252 0.704 0.004 0.004 0.156 0.132
#> GSM29830 1 0.3010 0.7052 0.824 0.000 0.000 0.172 0.004
#> GSM29833 1 0.3246 0.7197 0.848 0.000 0.008 0.120 0.024
#> GSM29784 1 0.6059 0.5612 0.596 0.112 0.000 0.276 0.016
#> GSM29787 1 0.6681 0.5331 0.572 0.104 0.000 0.264 0.060
#> GSM29790 1 0.6096 0.5540 0.588 0.112 0.000 0.284 0.016
#> GSM29793 1 0.6096 0.5540 0.588 0.112 0.000 0.284 0.016
#> GSM29796 5 0.5700 0.6178 0.216 0.012 0.000 0.120 0.652
#> GSM29799 1 0.5637 0.5672 0.604 0.112 0.000 0.284 0.000
#> GSM29802 1 0.5047 0.5657 0.700 0.004 0.208 0.088 0.000
#> GSM29805 1 0.5047 0.5657 0.700 0.004 0.208 0.088 0.000
#> GSM29814 1 0.5269 0.6080 0.688 0.004 0.188 0.120 0.000
#> GSM29817 1 0.2079 0.7218 0.916 0.000 0.064 0.020 0.000
#> GSM29822 1 0.2804 0.7323 0.880 0.000 0.016 0.092 0.012
#> GSM29825 1 0.2079 0.7218 0.916 0.000 0.064 0.020 0.000
#> GSM29828 1 0.5271 0.6252 0.704 0.004 0.004 0.156 0.132
#> GSM29831 1 0.5271 0.6252 0.704 0.004 0.004 0.156 0.132
#> GSM29834 1 0.3246 0.7197 0.848 0.000 0.008 0.120 0.024
#> GSM29785 5 0.6360 0.5425 0.088 0.104 0.000 0.160 0.648
#> GSM29788 5 0.6360 0.5425 0.088 0.104 0.000 0.160 0.648
#> GSM29791 5 0.0290 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM29794 5 0.0290 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM29797 5 0.0404 0.6587 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM29800 5 0.8078 0.3452 0.224 0.112 0.000 0.268 0.396
#> GSM29803 5 0.7681 0.4358 0.272 0.024 0.064 0.136 0.504
#> GSM29806 1 0.8937 0.0965 0.380 0.036 0.164 0.196 0.224
#> GSM29815 1 0.8690 0.1881 0.396 0.020 0.172 0.200 0.212
#> GSM29819 1 0.8643 0.0726 0.404 0.028 0.120 0.224 0.224
#> GSM29823 5 0.4258 0.6714 0.120 0.004 0.004 0.080 0.792
#> GSM29826 1 0.7656 0.3017 0.500 0.004 0.096 0.168 0.232
#> GSM29829 5 0.3517 0.6845 0.084 0.004 0.000 0.072 0.840
#> GSM29832 5 0.3517 0.6845 0.084 0.004 0.000 0.072 0.840
#> GSM29835 5 0.0960 0.6645 0.008 0.004 0.000 0.016 0.972
#> GSM29836 5 0.0510 0.6584 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM29839 5 0.5441 0.6130 0.196 0.004 0.004 0.116 0.680
#> GSM29842 1 0.5786 0.5649 0.600 0.112 0.000 0.284 0.004
#> GSM29845 1 0.5556 0.5772 0.616 0.108 0.000 0.276 0.000
#> GSM29848 1 0.3452 0.6683 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM29851 1 0.2451 0.7298 0.904 0.000 0.056 0.036 0.004
#> GSM29854 1 0.2171 0.7267 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> GSM29857 1 0.5077 0.5640 0.696 0.004 0.212 0.088 0.000
#> GSM29860 5 0.6672 0.0882 0.396 0.004 0.004 0.168 0.428
#> GSM29863 1 0.3120 0.7289 0.872 0.000 0.064 0.052 0.012
#> GSM29866 1 0.2819 0.7288 0.884 0.000 0.060 0.052 0.004
#> GSM29869 1 0.2359 0.7255 0.904 0.000 0.060 0.036 0.000
#> GSM29872 1 0.6303 0.0333 0.440 0.004 0.000 0.132 0.424
#> GSM29875 1 0.1914 0.7239 0.924 0.000 0.060 0.016 0.000
#> GSM29878 1 0.3606 0.7250 0.816 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM29837 5 0.0510 0.6584 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM29840 5 0.5545 0.6107 0.204 0.004 0.004 0.120 0.668
#> GSM29843 1 0.5786 0.5649 0.600 0.112 0.000 0.284 0.004
#> GSM29846 1 0.5556 0.5772 0.616 0.108 0.000 0.276 0.000
#> GSM29849 1 0.3452 0.6683 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM29852 1 0.2451 0.7298 0.904 0.000 0.056 0.036 0.004
#> GSM29855 1 0.5047 0.5657 0.700 0.004 0.208 0.088 0.000
#> GSM29858 1 0.5077 0.5640 0.696 0.004 0.212 0.088 0.000
#> GSM29861 5 0.6672 0.0882 0.396 0.004 0.004 0.168 0.428
#> GSM29864 1 0.3120 0.7289 0.872 0.000 0.064 0.052 0.012
#> GSM29867 1 0.2079 0.7218 0.916 0.000 0.064 0.020 0.000
#> GSM29870 1 0.2079 0.7218 0.916 0.000 0.064 0.020 0.000
#> GSM29873 1 0.6303 0.0333 0.440 0.004 0.000 0.132 0.424
#> GSM29876 1 0.1914 0.7239 0.924 0.000 0.060 0.016 0.000
#> GSM29879 1 0.3774 0.7240 0.808 0.000 0.032 0.152 0.008
#> GSM29838 5 0.0510 0.6584 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM29841 5 0.0404 0.6587 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM29844 5 0.2165 0.6609 0.016 0.024 0.000 0.036 0.924
#> GSM29847 5 0.7290 0.5548 0.176 0.060 0.024 0.160 0.580
#> GSM29850 1 0.6369 0.2862 0.520 0.000 0.000 0.244 0.236
#> GSM29853 1 0.6358 0.4723 0.620 0.000 0.064 0.088 0.228
#> GSM29856 5 0.7916 0.4031 0.276 0.024 0.072 0.152 0.476
#> GSM29859 1 0.8937 0.0965 0.380 0.036 0.164 0.196 0.224
#> GSM29862 5 0.0290 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM29865 5 0.7773 0.4205 0.280 0.024 0.064 0.144 0.488
#> GSM29868 5 0.7797 0.4290 0.268 0.024 0.072 0.140 0.496
#> GSM29871 1 0.6365 0.5102 0.640 0.000 0.064 0.128 0.168
#> GSM29874 5 0.1549 0.6708 0.016 0.000 0.000 0.040 0.944
#> GSM29877 1 0.5752 0.6164 0.700 0.000 0.064 0.096 0.140
#> GSM29880 5 0.5092 0.6289 0.164 0.000 0.008 0.112 0.716
#> GSM29881 3 0.0486 0.5579 0.004 0.004 0.988 0.004 0.000
#> GSM29884 2 0.3074 0.6463 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM29887 2 0.3074 0.6463 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM29890 1 0.5289 0.5610 0.684 0.004 0.196 0.116 0.000
#> GSM29893 1 0.2389 0.7253 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000
#> GSM29896 1 0.3010 0.7052 0.824 0.000 0.000 0.172 0.004
#> GSM29899 1 0.3055 0.7137 0.864 0.000 0.064 0.072 0.000
#> GSM29902 3 0.5661 0.4364 0.208 0.004 0.644 0.144 0.000
#> GSM29905 3 0.6011 0.4192 0.240 0.012 0.612 0.136 0.000
#> GSM29908 1 0.3132 0.7038 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> GSM29955 3 0.8069 -0.0346 0.072 0.148 0.536 0.172 0.072
#> GSM29958 1 0.3246 0.7197 0.848 0.000 0.008 0.120 0.024
#> GSM29961 1 0.3132 0.7038 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> GSM29882 3 0.0486 0.5579 0.004 0.004 0.988 0.004 0.000
#> GSM29885 2 0.3074 0.6463 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.3074 0.6463 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM29891 1 0.5289 0.5610 0.684 0.004 0.196 0.116 0.000
#> GSM29894 1 0.2389 0.7253 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000
#> GSM29897 1 0.3010 0.7052 0.824 0.000 0.000 0.172 0.004
#> GSM29900 1 0.3055 0.7137 0.864 0.000 0.064 0.072 0.000
#> GSM29903 3 0.5661 0.4364 0.208 0.004 0.644 0.144 0.000
#> GSM29906 3 0.6011 0.4192 0.240 0.012 0.612 0.136 0.000
#> GSM29909 3 0.6798 0.1921 0.388 0.004 0.428 0.172 0.008
#> GSM29956 1 0.3246 0.7197 0.848 0.000 0.008 0.120 0.024
#> GSM29959 1 0.3246 0.7197 0.848 0.000 0.008 0.120 0.024
#> GSM29962 1 0.3692 0.7244 0.812 0.000 0.028 0.152 0.008
#> GSM29883 3 0.4662 0.4067 0.004 0.132 0.760 0.100 0.004
#> GSM29886 2 0.4070 0.5741 0.000 0.728 0.004 0.256 0.012
#> GSM29889 2 0.4070 0.5741 0.000 0.728 0.004 0.256 0.012
#> GSM29892 3 0.5439 0.4141 0.060 0.100 0.728 0.112 0.000
#> GSM29895 5 0.7071 0.4377 0.244 0.004 0.028 0.212 0.512
#> GSM29898 4 0.8768 0.4415 0.084 0.220 0.280 0.368 0.048
#> GSM29901 3 0.8410 -0.0382 0.328 0.040 0.332 0.252 0.048
#> GSM29904 4 0.9522 0.0985 0.252 0.084 0.260 0.264 0.140
#> GSM29907 3 0.9471 -0.2875 0.252 0.084 0.272 0.264 0.128
#> GSM29910 5 0.4896 0.6357 0.104 0.004 0.024 0.104 0.764
#> GSM29957 4 0.8447 0.4010 0.032 0.256 0.244 0.396 0.072
#> GSM29960 5 0.3559 0.6672 0.068 0.004 0.008 0.072 0.848
#> GSM29963 5 0.5180 0.6296 0.124 0.004 0.024 0.108 0.740
#> GSM29964 2 0.3109 0.6433 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM29967 2 0.3982 0.5951 0.000 0.772 0.016 0.200 0.012
#> GSM29970 3 0.1717 0.5297 0.004 0.008 0.936 0.052 0.000
#> GSM29973 2 0.4070 0.5741 0.000 0.728 0.004 0.256 0.012
#> GSM29976 3 0.0566 0.5592 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> GSM29979 3 0.6759 -0.0486 0.000 0.296 0.516 0.164 0.024
#> GSM29982 1 0.4264 0.6914 0.760 0.004 0.020 0.204 0.012
#> GSM29985 3 0.0865 0.5547 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> GSM29988 3 0.1469 0.5576 0.016 0.000 0.948 0.036 0.000
#> GSM29991 2 0.3398 0.6209 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM29994 3 0.0771 0.5582 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> GSM29997 1 0.5464 0.5336 0.664 0.004 0.208 0.124 0.000
#> GSM30000 3 0.4677 0.3910 0.004 0.176 0.740 0.080 0.000
#> GSM30003 3 0.6085 0.3376 0.344 0.004 0.532 0.120 0.000
#> GSM29965 2 0.3109 0.6433 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM29968 2 0.3982 0.5951 0.000 0.772 0.016 0.200 0.012
#> GSM29971 3 0.1717 0.5297 0.004 0.008 0.936 0.052 0.000
#> GSM29974 2 0.4070 0.5741 0.000 0.728 0.004 0.256 0.012
#> GSM29977 3 0.0566 0.5592 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> GSM29980 3 0.6759 -0.0486 0.000 0.296 0.516 0.164 0.024
#> GSM29983 1 0.4264 0.6914 0.760 0.004 0.020 0.204 0.012
#> GSM29986 3 0.0865 0.5547 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> GSM29989 3 0.1469 0.5576 0.016 0.000 0.948 0.036 0.000
#> GSM29992 2 0.3398 0.6209 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM29995 1 0.2833 0.7137 0.852 0.004 0.000 0.140 0.004
#> GSM29998 3 0.5869 0.3959 0.268 0.004 0.600 0.128 0.000
#> GSM30001 3 0.4677 0.3910 0.004 0.176 0.740 0.080 0.000
#> GSM30004 3 0.6085 0.3376 0.344 0.004 0.532 0.120 0.000
#> GSM29966 2 0.5211 0.5738 0.000 0.664 0.076 0.256 0.004
#> GSM29969 2 0.4190 0.5687 0.000 0.724 0.008 0.256 0.012
#> GSM29972 3 0.5725 0.0542 0.004 0.108 0.608 0.280 0.000
#> GSM29975 2 0.4070 0.5741 0.000 0.728 0.004 0.256 0.012
#> GSM29978 3 0.6284 0.3277 0.068 0.132 0.664 0.132 0.004
#> GSM29981 4 0.7354 0.3563 0.000 0.356 0.176 0.420 0.048
#> GSM29984 4 0.7250 0.3665 0.000 0.332 0.184 0.444 0.040
#> GSM29987 3 0.3991 0.4491 0.004 0.156 0.792 0.048 0.000
#> GSM29990 3 0.8801 -0.0898 0.236 0.052 0.388 0.236 0.088
#> GSM29993 2 0.3196 0.6321 0.000 0.804 0.192 0.004 0.000
#> GSM29996 1 0.6053 0.3970 0.596 0.004 0.000 0.196 0.204
#> GSM29999 3 0.6871 0.3317 0.124 0.132 0.604 0.140 0.000
#> GSM30002 3 0.4677 0.3910 0.004 0.176 0.740 0.080 0.000
#> GSM30005 1 0.8768 0.0449 0.396 0.036 0.120 0.224 0.224
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 3 0.5210 0.33047 0.004 0.056 0.476 0.456 0.008 0.000
#> GSM29786 3 0.5904 0.30671 0.004 0.056 0.456 0.432 0.052 0.000
#> GSM29789 5 0.5664 0.52225 0.068 0.000 0.072 0.244 0.616 0.000
#> GSM29792 5 0.5664 0.52225 0.068 0.000 0.072 0.244 0.616 0.000
#> GSM29795 5 0.5877 0.52671 0.076 0.000 0.092 0.224 0.608 0.000
#> GSM29798 3 0.4855 0.33759 0.000 0.056 0.484 0.460 0.000 0.000
#> GSM29801 3 0.4394 0.57520 0.068 0.000 0.716 0.208 0.008 0.000
#> GSM29804 3 0.1829 0.63635 0.008 0.000 0.928 0.028 0.000 0.036
#> GSM29807 3 0.5142 0.50942 0.076 0.000 0.700 0.072 0.000 0.152
#> GSM29816 3 0.3995 0.55817 0.056 0.000 0.796 0.044 0.000 0.104
#> GSM29821 3 0.3245 0.63322 0.068 0.000 0.840 0.084 0.004 0.004
#> GSM29824 3 0.2993 0.63317 0.016 0.000 0.864 0.080 0.004 0.036
#> GSM29827 3 0.6436 0.41708 0.096 0.000 0.536 0.256 0.112 0.000
#> GSM29830 3 0.4620 0.54739 0.068 0.000 0.680 0.244 0.008 0.000
#> GSM29833 3 0.4248 0.58054 0.052 0.000 0.708 0.236 0.004 0.000
#> GSM29784 3 0.5210 0.33047 0.004 0.056 0.476 0.456 0.008 0.000
#> GSM29787 3 0.5904 0.30671 0.004 0.056 0.456 0.432 0.052 0.000
#> GSM29790 4 0.5083 -0.38567 0.000 0.056 0.468 0.468 0.008 0.000
#> GSM29793 3 0.5083 0.31458 0.000 0.056 0.468 0.468 0.008 0.000
#> GSM29796 5 0.5877 0.52671 0.076 0.000 0.092 0.224 0.608 0.000
#> GSM29799 3 0.4855 0.33759 0.000 0.056 0.484 0.460 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.5171 0.47615 0.088 0.000 0.692 0.056 0.000 0.164
#> GSM29805 3 0.5171 0.47615 0.088 0.000 0.692 0.056 0.000 0.164
#> GSM29814 3 0.5142 0.50942 0.076 0.000 0.700 0.072 0.000 0.152
#> GSM29817 3 0.1666 0.63140 0.008 0.000 0.936 0.020 0.000 0.036
#> GSM29822 3 0.3245 0.63322 0.068 0.000 0.840 0.084 0.004 0.004
#> GSM29825 3 0.1666 0.63140 0.008 0.000 0.936 0.020 0.000 0.036
#> GSM29828 3 0.6436 0.41708 0.096 0.000 0.536 0.256 0.112 0.000
#> GSM29831 3 0.6436 0.41708 0.096 0.000 0.536 0.256 0.112 0.000
#> GSM29834 3 0.4248 0.58054 0.052 0.000 0.708 0.236 0.004 0.000
#> GSM29785 5 0.5114 0.42043 0.004 0.056 0.020 0.296 0.624 0.000
#> GSM29788 5 0.5114 0.42043 0.004 0.056 0.020 0.296 0.624 0.000
#> GSM29791 5 0.0405 0.63215 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM29794 5 0.0405 0.63215 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM29797 5 0.0363 0.63351 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM29800 4 0.6517 -0.17655 0.000 0.056 0.140 0.428 0.376 0.000
#> GSM29803 5 0.8078 0.16983 0.120 0.016 0.156 0.204 0.452 0.052
#> GSM29806 4 0.9019 0.47205 0.104 0.024 0.252 0.304 0.172 0.144
#> GSM29815 4 0.8646 0.44429 0.100 0.008 0.296 0.308 0.156 0.132
#> GSM29819 4 0.8771 0.42543 0.156 0.016 0.220 0.356 0.156 0.096
#> GSM29823 5 0.4972 0.59785 0.100 0.000 0.084 0.080 0.732 0.004
#> GSM29826 3 0.7852 -0.35978 0.092 0.000 0.384 0.304 0.164 0.056
#> GSM29829 5 0.4128 0.62643 0.072 0.000 0.044 0.096 0.788 0.000
#> GSM29832 5 0.4128 0.62643 0.072 0.000 0.044 0.096 0.788 0.000
#> GSM29835 5 0.1904 0.63490 0.020 0.000 0.004 0.048 0.924 0.004
#> GSM29836 5 0.1088 0.63330 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960 0.000
#> GSM29839 5 0.5494 0.52786 0.064 0.000 0.064 0.240 0.632 0.000
#> GSM29842 3 0.4856 0.33397 0.000 0.056 0.480 0.464 0.000 0.000
#> GSM29845 3 0.4850 0.35021 0.000 0.056 0.496 0.448 0.000 0.000
#> GSM29848 3 0.4052 0.49809 0.016 0.000 0.628 0.356 0.000 0.000
#> GSM29851 3 0.2822 0.63279 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004 0.032
#> GSM29854 3 0.1829 0.63635 0.008 0.000 0.928 0.028 0.000 0.036
#> GSM29857 3 0.5203 0.47375 0.088 0.000 0.688 0.056 0.000 0.168
#> GSM29860 5 0.7066 0.13002 0.072 0.000 0.244 0.320 0.364 0.000
#> GSM29863 3 0.3357 0.62719 0.012 0.000 0.836 0.108 0.008 0.036
#> GSM29866 3 0.2993 0.63317 0.016 0.000 0.864 0.080 0.004 0.036
#> GSM29869 3 0.2074 0.63352 0.004 0.000 0.912 0.048 0.000 0.036
#> GSM29872 5 0.7014 0.00879 0.060 0.000 0.344 0.216 0.376 0.004
#> GSM29875 3 0.1642 0.63244 0.004 0.000 0.936 0.028 0.000 0.032
#> GSM29878 3 0.3610 0.61173 0.052 0.000 0.792 0.152 0.000 0.004
#> GSM29837 5 0.1088 0.63330 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960 0.000
#> GSM29840 5 0.5664 0.52225 0.068 0.000 0.072 0.244 0.616 0.000
#> GSM29843 3 0.4856 0.33397 0.000 0.056 0.480 0.464 0.000 0.000
#> GSM29846 3 0.4850 0.35021 0.000 0.056 0.496 0.448 0.000 0.000
#> GSM29849 3 0.4052 0.49809 0.016 0.000 0.628 0.356 0.000 0.000
#> GSM29852 3 0.2822 0.63279 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004 0.032
#> GSM29855 3 0.5171 0.47615 0.088 0.000 0.692 0.056 0.000 0.164
#> GSM29858 3 0.5203 0.47375 0.088 0.000 0.688 0.056 0.000 0.168
#> GSM29861 5 0.7066 0.13002 0.072 0.000 0.244 0.320 0.364 0.000
#> GSM29864 3 0.3357 0.62719 0.012 0.000 0.836 0.108 0.008 0.036
#> GSM29867 3 0.1666 0.63140 0.008 0.000 0.936 0.020 0.000 0.036
#> GSM29870 3 0.1577 0.63011 0.008 0.000 0.940 0.016 0.000 0.036
#> GSM29873 5 0.7014 0.00879 0.060 0.000 0.344 0.216 0.376 0.004
#> GSM29876 3 0.1390 0.63096 0.004 0.000 0.948 0.016 0.000 0.032
#> GSM29879 3 0.3817 0.60857 0.052 0.000 0.784 0.152 0.000 0.012
#> GSM29838 5 0.1088 0.63330 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960 0.000
#> GSM29841 5 0.0363 0.63351 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM29844 5 0.2051 0.62185 0.004 0.004 0.000 0.096 0.896 0.000
#> GSM29847 5 0.7124 0.37387 0.068 0.048 0.092 0.240 0.540 0.012
#> GSM29850 3 0.6285 0.12294 0.016 0.000 0.424 0.348 0.212 0.000
#> GSM29853 3 0.6780 0.16854 0.040 0.000 0.540 0.192 0.192 0.036
#> GSM29856 5 0.8286 0.09128 0.132 0.016 0.164 0.212 0.420 0.056
#> GSM29859 4 0.9019 0.47205 0.104 0.024 0.252 0.304 0.172 0.144
#> GSM29862 5 0.0508 0.63245 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000
#> GSM29865 5 0.8113 0.14709 0.120 0.016 0.172 0.192 0.448 0.052
#> GSM29868 5 0.8171 0.14186 0.124 0.016 0.156 0.208 0.440 0.056
#> GSM29871 3 0.6192 0.03400 0.016 0.000 0.568 0.268 0.108 0.040
#> GSM29874 5 0.1590 0.63842 0.048 0.000 0.008 0.008 0.936 0.000
#> GSM29877 3 0.6184 0.37798 0.040 0.000 0.612 0.212 0.100 0.036
#> GSM29880 5 0.4978 0.50807 0.028 0.000 0.144 0.128 0.700 0.000
#> GSM29881 6 0.1078 0.59390 0.000 0.016 0.012 0.008 0.000 0.964
#> GSM29884 2 0.1588 0.61400 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29887 2 0.1588 0.61400 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29890 3 0.5574 0.46540 0.100 0.000 0.664 0.088 0.000 0.148
#> GSM29893 3 0.3017 0.62324 0.052 0.000 0.848 0.096 0.004 0.000
#> GSM29896 3 0.4643 0.54440 0.068 0.000 0.676 0.248 0.008 0.000
#> GSM29899 3 0.2847 0.62383 0.040 0.000 0.876 0.048 0.000 0.036
#> GSM29902 6 0.6562 0.41810 0.124 0.012 0.196 0.096 0.000 0.572
#> GSM29905 6 0.6686 0.38795 0.116 0.012 0.224 0.100 0.000 0.548
#> GSM29908 3 0.4665 0.53971 0.068 0.000 0.672 0.252 0.008 0.000
#> GSM29955 6 0.8158 -0.13730 0.268 0.160 0.052 0.060 0.040 0.420
#> GSM29958 3 0.4248 0.58054 0.052 0.000 0.708 0.236 0.004 0.000
#> GSM29961 3 0.4665 0.53971 0.068 0.000 0.672 0.252 0.008 0.000
#> GSM29882 6 0.1078 0.59390 0.000 0.016 0.012 0.008 0.000 0.964
#> GSM29885 2 0.1588 0.61400 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29888 2 0.1588 0.61400 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29891 3 0.5574 0.46540 0.100 0.000 0.664 0.088 0.000 0.148
#> GSM29894 3 0.3017 0.62324 0.052 0.000 0.848 0.096 0.004 0.000
#> GSM29897 3 0.4643 0.54440 0.068 0.000 0.676 0.248 0.008 0.000
#> GSM29900 3 0.2847 0.62383 0.040 0.000 0.876 0.048 0.000 0.036
#> GSM29903 6 0.6562 0.41810 0.124 0.012 0.196 0.096 0.000 0.572
#> GSM29906 6 0.6686 0.38795 0.116 0.012 0.224 0.100 0.000 0.548
#> GSM29909 6 0.6971 0.06872 0.080 0.004 0.368 0.156 0.000 0.392
#> GSM29956 3 0.4223 0.58217 0.052 0.000 0.712 0.232 0.004 0.000
#> GSM29959 3 0.4248 0.58054 0.052 0.000 0.708 0.236 0.004 0.000
#> GSM29962 3 0.3792 0.61070 0.052 0.000 0.780 0.160 0.000 0.008
#> GSM29883 6 0.4899 0.43679 0.128 0.124 0.012 0.016 0.000 0.720
#> GSM29886 2 0.3843 0.46497 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29889 2 0.3843 0.46497 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29892 6 0.6170 0.36681 0.132 0.148 0.012 0.084 0.000 0.624
#> GSM29895 5 0.7058 0.23627 0.184 0.000 0.084 0.296 0.432 0.004
#> GSM29898 1 0.7670 0.53557 0.512 0.176 0.052 0.068 0.024 0.168
#> GSM29901 4 0.8560 0.19782 0.236 0.064 0.172 0.312 0.004 0.212
#> GSM29904 4 0.9114 0.10748 0.256 0.116 0.072 0.328 0.072 0.156
#> GSM29907 4 0.9112 0.08887 0.256 0.116 0.072 0.324 0.068 0.164
#> GSM29910 5 0.5025 0.56653 0.160 0.000 0.052 0.072 0.712 0.004
#> GSM29957 1 0.6869 0.60172 0.584 0.180 0.016 0.048 0.040 0.132
#> GSM29960 5 0.4172 0.61369 0.092 0.000 0.032 0.084 0.788 0.004
#> GSM29963 5 0.5276 0.55265 0.160 0.000 0.056 0.088 0.692 0.004
#> GSM29964 2 0.1444 0.61263 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29967 2 0.3830 0.49827 0.376 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29970 6 0.1785 0.55953 0.048 0.008 0.000 0.016 0.000 0.928
#> GSM29973 2 0.3843 0.46497 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29976 6 0.1312 0.59577 0.008 0.020 0.012 0.004 0.000 0.956
#> GSM29979 6 0.6560 -0.15011 0.296 0.268 0.004 0.004 0.012 0.416
#> GSM29982 3 0.4954 0.55432 0.072 0.000 0.660 0.248 0.000 0.020
#> GSM29985 6 0.1707 0.58844 0.000 0.056 0.012 0.004 0.000 0.928
#> GSM29988 6 0.1804 0.59437 0.020 0.020 0.016 0.008 0.000 0.936
#> GSM29991 2 0.2095 0.59452 0.016 0.904 0.000 0.004 0.000 0.076
#> GSM29994 6 0.1129 0.59510 0.008 0.012 0.012 0.004 0.000 0.964
#> GSM29997 3 0.5637 0.44509 0.112 0.000 0.652 0.072 0.000 0.164
#> GSM30000 6 0.4951 0.40888 0.116 0.196 0.012 0.000 0.000 0.676
#> GSM30003 6 0.6509 0.27699 0.096 0.000 0.324 0.096 0.000 0.484
#> GSM29965 2 0.1444 0.61263 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM29968 2 0.3830 0.49827 0.376 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29971 6 0.1785 0.55953 0.048 0.008 0.000 0.016 0.000 0.928
#> GSM29974 2 0.3843 0.46497 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29977 6 0.1312 0.59577 0.008 0.020 0.012 0.004 0.000 0.956
#> GSM29980 6 0.6560 -0.15011 0.296 0.268 0.004 0.004 0.012 0.416
#> GSM29983 3 0.4954 0.55432 0.072 0.000 0.660 0.248 0.000 0.020
#> GSM29986 6 0.1707 0.58844 0.000 0.056 0.012 0.004 0.000 0.928
#> GSM29989 6 0.1804 0.59437 0.020 0.020 0.016 0.008 0.000 0.936
#> GSM29992 2 0.2095 0.59452 0.016 0.904 0.000 0.004 0.000 0.076
#> GSM29995 3 0.4226 0.59586 0.076 0.000 0.744 0.172 0.008 0.000
#> GSM29998 6 0.6241 0.36643 0.112 0.004 0.260 0.064 0.000 0.560
#> GSM30001 6 0.4951 0.40888 0.116 0.196 0.012 0.000 0.000 0.676
#> GSM30004 6 0.6509 0.27699 0.096 0.000 0.324 0.096 0.000 0.484
#> GSM29966 2 0.4516 0.47910 0.400 0.564 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM29969 2 0.3971 0.46018 0.448 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29972 6 0.4821 0.03807 0.356 0.036 0.000 0.016 0.000 0.592
#> GSM29975 2 0.3843 0.46497 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29978 6 0.6744 0.26008 0.172 0.156 0.016 0.096 0.000 0.560
#> GSM29981 1 0.5122 0.63723 0.696 0.144 0.000 0.012 0.016 0.132
#> GSM29984 1 0.4788 0.63359 0.720 0.120 0.000 0.012 0.008 0.140
#> GSM29987 6 0.4344 0.47557 0.072 0.164 0.012 0.004 0.000 0.748
#> GSM29990 4 0.8742 0.10206 0.192 0.088 0.068 0.320 0.040 0.292
#> GSM29993 2 0.2437 0.59961 0.036 0.888 0.000 0.004 0.000 0.072
#> GSM29996 3 0.6858 -0.04482 0.084 0.000 0.400 0.364 0.152 0.000
#> GSM29999 6 0.7639 0.25903 0.160 0.176 0.076 0.096 0.000 0.492
#> GSM30002 6 0.4951 0.40888 0.116 0.196 0.012 0.000 0.000 0.676
#> GSM30005 4 0.8906 0.42200 0.156 0.028 0.212 0.356 0.156 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:hclust 125 2.03e-04 4.99e-10 2.01e-03 2
#> ATC:hclust 126 4.14e-09 8.92e-10 1.62e-07 3
#> ATC:hclust 137 1.44e-13 3.01e-09 3.76e-13 4
#> ATC:hclust 124 3.30e-13 2.34e-10 2.41e-12 5
#> ATC:hclust 89 6.50e-08 5.13e-09 1.14e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.454 0.635 0.815 0.4619 0.570 0.570
#> 3 3 1.000 0.972 0.986 0.4213 0.729 0.542
#> 4 4 0.674 0.652 0.803 0.1094 0.934 0.810
#> 5 5 0.669 0.671 0.800 0.0722 0.896 0.665
#> 6 6 0.679 0.531 0.677 0.0503 0.884 0.550
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0376 0.737 0.996 0.004
#> GSM29789 1 0.9286 0.577 0.656 0.344
#> GSM29792 1 0.9775 0.540 0.588 0.412
#> GSM29795 1 0.9754 0.542 0.592 0.408
#> GSM29798 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29784 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29787 1 0.1414 0.730 0.980 0.020
#> GSM29790 1 0.7139 0.651 0.804 0.196
#> GSM29793 1 0.7453 0.642 0.788 0.212
#> GSM29796 1 0.9552 0.560 0.624 0.376
#> GSM29799 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29785 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29788 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29791 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29794 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29797 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29800 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29803 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29806 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29815 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29819 1 0.9635 0.549 0.612 0.388
#> GSM29823 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29826 1 0.3733 0.708 0.928 0.072
#> GSM29829 1 0.9954 0.504 0.540 0.460
#> GSM29832 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29835 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29836 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29839 1 0.9754 0.542 0.592 0.408
#> GSM29842 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29860 1 0.9754 0.542 0.592 0.408
#> GSM29863 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29837 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29840 1 0.6712 0.662 0.824 0.176
#> GSM29843 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29861 1 0.6623 0.663 0.828 0.172
#> GSM29864 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29838 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29841 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29844 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29847 1 0.9954 0.504 0.540 0.460
#> GSM29850 1 0.9850 0.528 0.572 0.428
#> GSM29853 1 0.9795 0.537 0.584 0.416
#> GSM29856 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29859 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29862 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29865 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29868 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29871 1 0.9775 0.540 0.588 0.412
#> GSM29874 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29877 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29880 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29881 2 0.9896 0.533 0.440 0.560
#> GSM29884 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29902 2 0.9983 0.489 0.476 0.524
#> GSM29905 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM29908 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29955 2 0.9732 0.563 0.404 0.596
#> GSM29958 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29882 2 0.9970 0.500 0.468 0.532
#> GSM29885 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.3114 0.710 0.056 0.944
#> GSM29891 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29903 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29906 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29909 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29956 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29886 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29892 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29895 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29898 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29901 2 0.0938 0.720 0.012 0.988
#> GSM29904 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29907 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29910 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29957 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29963 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
#> GSM29964 2 0.8386 0.633 0.268 0.732
#> GSM29967 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29970 2 0.9896 0.533 0.440 0.560
#> GSM29973 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29976 2 0.9754 0.561 0.408 0.592
#> GSM29979 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29982 1 0.9580 0.549 0.620 0.380
#> GSM29985 2 0.9754 0.561 0.408 0.592
#> GSM29988 2 0.9754 0.561 0.408 0.592
#> GSM29991 2 0.8909 0.614 0.308 0.692
#> GSM29994 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29997 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.4939 0.698 0.108 0.892
#> GSM30003 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.8499 0.629 0.276 0.724
#> GSM29968 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29971 1 0.9710 -0.224 0.600 0.400
#> GSM29974 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29977 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29980 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29986 2 0.9754 0.561 0.408 0.592
#> GSM29989 2 0.9944 0.517 0.456 0.544
#> GSM29992 2 0.9754 0.561 0.408 0.592
#> GSM29995 1 0.0000 0.738 1.000 0.000
#> GSM29998 2 0.9970 0.500 0.468 0.532
#> GSM30001 2 0.4939 0.698 0.108 0.892
#> GSM30004 2 0.9988 0.482 0.480 0.520
#> GSM29966 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29975 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29978 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29987 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.9993 -0.423 0.484 0.516
#> GSM29993 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM29996 1 0.9795 0.537 0.584 0.416
#> GSM29999 2 0.5178 0.695 0.116 0.884
#> GSM30002 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM30005 1 0.9970 0.498 0.532 0.468
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29789 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29792 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29795 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29798 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29784 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29787 1 0.1163 0.968 0.972 0.028 0.000
#> GSM29790 2 0.5785 0.545 0.332 0.668 0.000
#> GSM29793 2 0.5058 0.707 0.244 0.756 0.000
#> GSM29796 2 0.4062 0.817 0.164 0.836 0.000
#> GSM29799 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29788 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29791 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29794 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29797 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29800 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29803 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29806 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29815 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29819 2 0.4605 0.761 0.204 0.796 0.000
#> GSM29823 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29826 2 0.4842 0.734 0.224 0.776 0.000
#> GSM29829 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29832 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29835 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29836 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29839 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29842 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29860 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.1031 0.972 0.976 0.024 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29840 2 0.4399 0.788 0.188 0.812 0.000
#> GSM29843 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29861 2 0.4452 0.783 0.192 0.808 0.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29838 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29844 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29847 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29850 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29853 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29856 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29859 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29862 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29865 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29868 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29871 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29874 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29877 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29881 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29884 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29887 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29890 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> GSM29905 1 0.3412 0.861 0.876 0.000 0.124
#> GSM29908 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.0592 0.980 0.012 0.000 0.988
#> GSM29885 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29888 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29891 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> GSM29894 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> GSM29903 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29906 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29909 3 0.0237 0.988 0.004 0.000 0.996
#> GSM29956 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29886 3 0.1411 0.963 0.000 0.036 0.964
#> GSM29889 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29895 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29898 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29901 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29904 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29907 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29910 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29957 3 0.1529 0.959 0.000 0.040 0.960
#> GSM29960 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29963 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29964 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29967 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29970 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29973 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29976 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29979 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29982 1 0.2711 0.904 0.912 0.000 0.088
#> GSM29985 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29988 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29991 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29994 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM30000 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM30003 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29965 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29968 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29971 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> GSM29974 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29977 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29980 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29983 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29986 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29989 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29992 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29995 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM29998 3 0.0237 0.988 0.004 0.000 0.996
#> GSM30001 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM30004 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> GSM29966 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29969 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29972 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29975 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29978 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM29981 3 0.5254 0.654 0.000 0.264 0.736
#> GSM29984 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29987 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29990 2 0.0661 0.959 0.004 0.988 0.008
#> GSM29993 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM29996 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM29999 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> GSM30002 3 0.0237 0.991 0.000 0.004 0.996
#> GSM30005 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 1 0.5766 0.42485 0.512 0.004 0.020 0.464
#> GSM29786 1 0.6279 0.42005 0.516 0.024 0.020 0.440
#> GSM29789 2 0.6204 0.69623 0.164 0.672 0.000 0.164
#> GSM29792 2 0.4552 0.80426 0.128 0.800 0.000 0.072
#> GSM29795 2 0.4775 0.78984 0.140 0.784 0.000 0.076
#> GSM29798 1 0.5615 0.49607 0.556 0.004 0.016 0.424
#> GSM29801 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.2345 0.77678 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM29807 1 0.2345 0.77435 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM29816 1 0.4605 0.65180 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM29821 1 0.0469 0.79105 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM29824 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0376 0.79078 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM29830 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0657 0.78975 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM29784 4 0.5774 -0.43168 0.480 0.004 0.020 0.496
#> GSM29787 1 0.6876 0.33700 0.464 0.056 0.020 0.460
#> GSM29790 4 0.8142 0.00190 0.256 0.252 0.020 0.472
#> GSM29793 4 0.8216 -0.09490 0.216 0.336 0.020 0.428
#> GSM29796 2 0.7145 0.52459 0.192 0.556 0.000 0.252
#> GSM29799 4 0.5766 -0.43058 0.464 0.004 0.020 0.512
#> GSM29802 1 0.4585 0.65577 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM29805 1 0.4585 0.65577 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM29814 1 0.4643 0.64520 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM29817 1 0.3837 0.73732 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM29822 1 0.4103 0.71788 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM29825 1 0.2760 0.77682 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM29828 1 0.1004 0.79175 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM29831 1 0.0592 0.79319 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29834 1 0.0817 0.79269 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29785 2 0.2921 0.86011 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM29788 2 0.2814 0.86298 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM29791 2 0.1576 0.88439 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM29794 2 0.1576 0.88439 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM29797 2 0.1576 0.88439 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM29800 2 0.4678 0.78036 0.000 0.744 0.024 0.232
#> GSM29803 2 0.1743 0.88464 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM29806 2 0.2473 0.87558 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM29815 2 0.2271 0.87890 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM29819 2 0.4660 0.79616 0.060 0.804 0.008 0.128
#> GSM29823 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29826 2 0.5712 0.40475 0.384 0.584 0.000 0.032
#> GSM29829 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29832 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0779 0.88770 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM29836 2 0.1576 0.88439 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM29839 2 0.6122 0.70537 0.160 0.680 0.000 0.160
#> GSM29842 1 0.5746 0.45029 0.532 0.004 0.020 0.444
#> GSM29845 1 0.4920 0.57935 0.628 0.004 0.000 0.368
#> GSM29848 1 0.4920 0.57935 0.628 0.004 0.000 0.368
#> GSM29851 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.2469 0.77502 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM29857 1 0.4661 0.63592 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM29860 2 0.4388 0.80654 0.132 0.808 0.000 0.060
#> GSM29863 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.2021 0.74999 0.936 0.040 0.000 0.024
#> GSM29875 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0657 0.78975 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM29837 2 0.2949 0.87742 0.000 0.888 0.024 0.088
#> GSM29840 2 0.7458 0.42509 0.240 0.508 0.000 0.252
#> GSM29843 4 0.5774 -0.43168 0.480 0.004 0.020 0.496
#> GSM29846 1 0.5763 0.45094 0.516 0.004 0.020 0.460
#> GSM29849 1 0.5050 0.55319 0.588 0.004 0.000 0.408
#> GSM29852 1 0.3610 0.74657 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM29855 1 0.4661 0.64258 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM29858 1 0.4713 0.63035 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM29861 2 0.6991 0.40895 0.324 0.540 0.000 0.136
#> GSM29864 1 0.3942 0.73050 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM29867 1 0.3569 0.74889 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM29870 1 0.4431 0.68138 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM29873 1 0.3610 0.75224 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM29876 1 0.4624 0.65032 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM29879 1 0.4564 0.66999 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM29838 2 0.1661 0.88451 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM29841 2 0.1576 0.88439 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM29844 2 0.2216 0.87398 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM29847 2 0.3569 0.82480 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM29850 2 0.3649 0.81893 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM29853 2 0.1576 0.88577 0.004 0.948 0.000 0.048
#> GSM29856 2 0.0779 0.88553 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM29859 2 0.2402 0.87736 0.000 0.912 0.012 0.076
#> GSM29862 2 0.1209 0.88618 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM29865 2 0.1743 0.88464 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM29868 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29871 2 0.2101 0.88285 0.012 0.928 0.000 0.060
#> GSM29874 2 0.1209 0.88618 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM29877 1 0.2450 0.78792 0.912 0.016 0.000 0.072
#> GSM29880 2 0.1209 0.88720 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM29881 3 0.4967 0.47960 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM29884 3 0.0592 0.75562 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM29887 3 0.0592 0.75562 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM29890 1 0.2408 0.75436 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM29893 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.79211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.2216 0.76209 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM29902 4 0.4722 0.31708 0.300 0.000 0.008 0.692
#> GSM29905 4 0.5810 0.39557 0.276 0.000 0.064 0.660
#> GSM29908 1 0.0188 0.79094 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29955 3 0.7538 0.24552 0.188 0.000 0.428 0.384
#> GSM29958 1 0.0657 0.78975 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM29961 1 0.0188 0.79094 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29882 4 0.4535 0.13888 0.004 0.000 0.292 0.704
#> GSM29885 3 0.0592 0.75562 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM29888 3 0.0592 0.75562 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM29891 1 0.4948 0.46871 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM29894 1 0.1389 0.79443 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM29897 1 0.0592 0.79319 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29900 1 0.4697 0.62656 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM29903 4 0.4961 -0.28054 0.000 0.000 0.448 0.552
#> GSM29906 4 0.4955 0.00039 0.008 0.000 0.344 0.648
#> GSM29909 4 0.4511 0.17693 0.008 0.000 0.268 0.724
#> GSM29956 1 0.1004 0.79175 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM29959 1 0.0817 0.79269 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29962 1 0.3444 0.75614 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM29883 3 0.2589 0.75478 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM29886 3 0.1297 0.73518 0.000 0.016 0.964 0.020
#> GSM29889 2 0.5920 0.52353 0.000 0.612 0.336 0.052
#> GSM29892 3 0.4661 0.62723 0.000 0.000 0.652 0.348
#> GSM29895 2 0.0779 0.88507 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM29898 3 0.4365 0.72103 0.000 0.028 0.784 0.188
#> GSM29901 4 0.6077 -0.40699 0.000 0.044 0.460 0.496
#> GSM29904 2 0.1677 0.87937 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM29907 2 0.1854 0.87961 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM29910 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29957 3 0.3547 0.61500 0.000 0.144 0.840 0.016
#> GSM29960 2 0.0188 0.88749 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29963 2 0.1042 0.88257 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM29964 3 0.2868 0.73521 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM29967 3 0.0336 0.75557 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29970 3 0.4999 0.40108 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM29973 3 0.0000 0.75679 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29976 3 0.4817 0.58137 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM29979 3 0.2011 0.76216 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM29982 1 0.3285 0.71034 0.892 0.024 0.052 0.032
#> GSM29985 3 0.4843 0.58033 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM29988 3 0.4830 0.57663 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM29991 3 0.4761 0.59962 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM29994 3 0.4996 0.40421 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM29997 1 0.1474 0.77490 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM30000 3 0.4222 0.68405 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM30003 1 0.4624 0.64277 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM29965 3 0.2921 0.73311 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM29968 3 0.0336 0.75557 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29971 4 0.4483 0.30183 0.284 0.000 0.004 0.712
#> GSM29974 3 0.0000 0.75679 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29977 4 0.4992 -0.34664 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM29980 3 0.1867 0.76288 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM29983 1 0.0921 0.79265 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM29986 3 0.4830 0.58097 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM29989 4 0.4985 -0.33416 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM29992 3 0.4830 0.58018 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM29995 1 0.0469 0.79301 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM29998 4 0.6748 0.02820 0.112 0.000 0.328 0.560
#> GSM30001 3 0.4222 0.68405 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM30004 4 0.4372 0.32208 0.268 0.000 0.004 0.728
#> GSM29966 3 0.0336 0.75382 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29969 3 0.0336 0.75557 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29972 3 0.3528 0.73120 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM29975 3 0.0000 0.75679 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29978 3 0.5036 0.67070 0.000 0.024 0.696 0.280
#> GSM29981 3 0.5407 0.38563 0.000 0.296 0.668 0.036
#> GSM29984 3 0.1022 0.75935 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM29987 3 0.1867 0.76289 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM29990 2 0.1938 0.87990 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM29993 3 0.0000 0.75679 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29996 2 0.1109 0.88651 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM29999 3 0.4992 0.44111 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM30002 3 0.1792 0.76308 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM30005 2 0.2329 0.87893 0.000 0.916 0.012 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.3328 0.7847 0.176 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM29786 4 0.2890 0.7846 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004
#> GSM29789 5 0.6489 0.4168 0.148 0.000 0.016 0.300 0.536
#> GSM29792 5 0.5031 0.7043 0.124 0.000 0.020 0.116 0.740
#> GSM29795 5 0.4990 0.6853 0.152 0.000 0.012 0.104 0.732
#> GSM29798 4 0.3779 0.7324 0.236 0.000 0.012 0.752 0.000
#> GSM29801 1 0.0162 0.7489 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29804 1 0.3374 0.7162 0.844 0.000 0.044 0.108 0.004
#> GSM29807 1 0.3963 0.6997 0.808 0.000 0.084 0.104 0.004
#> GSM29816 1 0.6494 0.4831 0.516 0.000 0.212 0.268 0.004
#> GSM29821 1 0.0955 0.7429 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM29824 1 0.0162 0.7489 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29827 1 0.0609 0.7429 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM29830 1 0.0162 0.7472 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29833 1 0.0955 0.7397 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM29784 4 0.3256 0.7839 0.148 0.000 0.016 0.832 0.004
#> GSM29787 4 0.2727 0.7801 0.116 0.000 0.000 0.868 0.016
#> GSM29790 4 0.3550 0.7377 0.064 0.000 0.016 0.848 0.072
#> GSM29793 4 0.4289 0.6838 0.064 0.000 0.020 0.796 0.120
#> GSM29796 4 0.6011 0.2777 0.092 0.000 0.016 0.576 0.316
#> GSM29799 4 0.3991 0.7020 0.172 0.000 0.048 0.780 0.000
#> GSM29802 1 0.6472 0.4609 0.504 0.000 0.184 0.308 0.004
#> GSM29805 1 0.6472 0.4609 0.504 0.000 0.184 0.308 0.004
#> GSM29814 1 0.6635 0.4390 0.480 0.000 0.220 0.296 0.004
#> GSM29817 1 0.5304 0.5501 0.628 0.000 0.080 0.292 0.000
#> GSM29822 1 0.5583 0.4542 0.564 0.000 0.084 0.352 0.000
#> GSM29825 1 0.4155 0.6837 0.780 0.000 0.076 0.144 0.000
#> GSM29828 1 0.2054 0.7437 0.920 0.000 0.028 0.052 0.000
#> GSM29831 1 0.1818 0.7469 0.932 0.000 0.024 0.044 0.000
#> GSM29834 1 0.2054 0.7437 0.920 0.000 0.028 0.052 0.000
#> GSM29785 5 0.3885 0.7083 0.000 0.000 0.008 0.268 0.724
#> GSM29788 5 0.3582 0.7312 0.000 0.000 0.008 0.224 0.768
#> GSM29791 5 0.1857 0.8100 0.000 0.004 0.008 0.060 0.928
#> GSM29794 5 0.1857 0.8100 0.000 0.004 0.008 0.060 0.928
#> GSM29797 5 0.1857 0.8100 0.000 0.004 0.008 0.060 0.928
#> GSM29800 4 0.4467 0.0452 0.000 0.000 0.016 0.640 0.344
#> GSM29803 5 0.3916 0.7859 0.004 0.000 0.056 0.136 0.804
#> GSM29806 5 0.5103 0.7413 0.004 0.008 0.100 0.164 0.724
#> GSM29815 5 0.5152 0.7399 0.004 0.008 0.104 0.164 0.720
#> GSM29819 5 0.7278 0.4813 0.068 0.004 0.160 0.232 0.536
#> GSM29823 5 0.1087 0.8185 0.008 0.000 0.008 0.016 0.968
#> GSM29826 1 0.7018 -0.0422 0.456 0.000 0.076 0.084 0.384
#> GSM29829 5 0.0740 0.8174 0.008 0.000 0.008 0.004 0.980
#> GSM29832 5 0.0740 0.8174 0.008 0.000 0.008 0.004 0.980
#> GSM29835 5 0.1569 0.8153 0.008 0.000 0.004 0.044 0.944
#> GSM29836 5 0.2074 0.8083 0.000 0.004 0.016 0.060 0.920
#> GSM29839 5 0.6457 0.4269 0.144 0.000 0.016 0.300 0.540
#> GSM29842 4 0.3328 0.7847 0.176 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM29845 4 0.3612 0.7152 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM29848 4 0.3612 0.7144 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM29851 1 0.0290 0.7485 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM29854 1 0.3567 0.7113 0.832 0.000 0.052 0.112 0.004
#> GSM29857 1 0.6519 0.4331 0.500 0.000 0.196 0.300 0.004
#> GSM29860 5 0.5165 0.7028 0.124 0.000 0.020 0.128 0.728
#> GSM29863 1 0.0162 0.7489 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29866 1 0.0162 0.7489 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29869 1 0.0162 0.7489 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29872 1 0.2270 0.6935 0.908 0.000 0.016 0.072 0.004
#> GSM29875 1 0.0324 0.7498 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM29878 1 0.1168 0.7414 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> GSM29837 5 0.3566 0.7887 0.000 0.004 0.024 0.160 0.812
#> GSM29840 4 0.6080 0.3250 0.096 0.000 0.020 0.584 0.300
#> GSM29843 4 0.3256 0.7839 0.148 0.000 0.016 0.832 0.004
#> GSM29846 4 0.3944 0.7224 0.200 0.000 0.032 0.768 0.000
#> GSM29849 4 0.3878 0.7105 0.236 0.000 0.016 0.748 0.000
#> GSM29852 1 0.5059 0.5930 0.668 0.000 0.076 0.256 0.000
#> GSM29855 1 0.6472 0.4609 0.504 0.000 0.184 0.308 0.004
#> GSM29858 1 0.6609 0.4321 0.480 0.000 0.208 0.308 0.004
#> GSM29861 5 0.7542 0.0532 0.252 0.000 0.048 0.280 0.420
#> GSM29864 1 0.5341 0.5410 0.620 0.000 0.080 0.300 0.000
#> GSM29867 1 0.4986 0.6266 0.688 0.000 0.084 0.228 0.000
#> GSM29870 1 0.6260 0.4712 0.516 0.000 0.172 0.312 0.000
#> GSM29873 1 0.5470 0.5380 0.612 0.000 0.092 0.296 0.000
#> GSM29876 1 0.6430 0.4554 0.504 0.000 0.172 0.320 0.004
#> GSM29879 1 0.6348 0.4522 0.496 0.000 0.180 0.324 0.000
#> GSM29838 5 0.1857 0.8100 0.000 0.004 0.008 0.060 0.928
#> GSM29841 5 0.1857 0.8100 0.000 0.004 0.008 0.060 0.928
#> GSM29844 5 0.2909 0.7774 0.000 0.000 0.012 0.140 0.848
#> GSM29847 5 0.4341 0.5741 0.000 0.000 0.008 0.364 0.628
#> GSM29850 5 0.4546 0.3665 0.000 0.000 0.008 0.460 0.532
#> GSM29853 5 0.2968 0.8082 0.008 0.000 0.028 0.092 0.872
#> GSM29856 5 0.2605 0.8005 0.004 0.000 0.056 0.044 0.896
#> GSM29859 5 0.5103 0.7413 0.004 0.008 0.100 0.164 0.724
#> GSM29862 5 0.1569 0.8135 0.000 0.004 0.008 0.044 0.944
#> GSM29865 5 0.3960 0.7844 0.004 0.000 0.056 0.140 0.800
#> GSM29868 5 0.1041 0.8172 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> GSM29871 5 0.5082 0.7346 0.008 0.000 0.108 0.168 0.716
#> GSM29874 5 0.1492 0.8143 0.000 0.004 0.008 0.040 0.948
#> GSM29877 1 0.3919 0.7053 0.820 0.000 0.056 0.108 0.016
#> GSM29880 5 0.1492 0.8143 0.000 0.004 0.008 0.040 0.948
#> GSM29881 3 0.3906 0.6947 0.000 0.240 0.744 0.016 0.000
#> GSM29884 2 0.0798 0.8260 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM29887 2 0.0912 0.8252 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM29890 1 0.3273 0.7086 0.848 0.000 0.112 0.036 0.004
#> GSM29893 1 0.0290 0.7483 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM29896 1 0.0162 0.7472 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29899 1 0.2234 0.7346 0.916 0.000 0.044 0.036 0.004
#> GSM29902 3 0.4175 0.6534 0.104 0.004 0.800 0.088 0.004
#> GSM29905 3 0.3182 0.6969 0.096 0.008 0.864 0.028 0.004
#> GSM29908 1 0.0609 0.7429 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM29955 3 0.6242 0.4620 0.332 0.080 0.556 0.032 0.000
#> GSM29958 1 0.0955 0.7397 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM29961 1 0.0609 0.7429 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM29882 3 0.2359 0.7376 0.000 0.060 0.904 0.036 0.000
#> GSM29885 2 0.1018 0.8246 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM29888 2 0.1211 0.8211 0.000 0.960 0.024 0.016 0.000
#> GSM29891 1 0.6832 0.2881 0.392 0.000 0.364 0.240 0.004
#> GSM29894 1 0.2645 0.7446 0.888 0.000 0.044 0.068 0.000
#> GSM29897 1 0.1818 0.7469 0.932 0.000 0.024 0.044 0.000
#> GSM29900 1 0.6637 0.4436 0.488 0.000 0.260 0.248 0.004
#> GSM29903 3 0.2130 0.7419 0.000 0.080 0.908 0.012 0.000
#> GSM29906 3 0.2379 0.7336 0.012 0.048 0.912 0.028 0.000
#> GSM29909 3 0.3695 0.6845 0.016 0.052 0.836 0.096 0.000
#> GSM29956 1 0.2054 0.7437 0.920 0.000 0.028 0.052 0.000
#> GSM29959 1 0.2054 0.7437 0.920 0.000 0.028 0.052 0.000
#> GSM29962 1 0.4905 0.6321 0.696 0.000 0.080 0.224 0.000
#> GSM29883 2 0.4284 0.5983 0.000 0.736 0.224 0.040 0.000
#> GSM29886 2 0.1059 0.8160 0.000 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM29889 2 0.4926 0.4481 0.000 0.660 0.008 0.036 0.296
#> GSM29892 3 0.4791 0.5578 0.000 0.316 0.652 0.024 0.008
#> GSM29895 5 0.2589 0.8020 0.008 0.000 0.048 0.044 0.900
#> GSM29898 2 0.6562 0.1066 0.000 0.480 0.400 0.064 0.056
#> GSM29901 3 0.4735 0.6304 0.004 0.056 0.788 0.068 0.084
#> GSM29904 5 0.4301 0.7720 0.004 0.008 0.096 0.096 0.796
#> GSM29907 5 0.4301 0.7720 0.004 0.008 0.096 0.096 0.796
#> GSM29910 5 0.0932 0.8170 0.004 0.000 0.020 0.004 0.972
#> GSM29957 2 0.4063 0.7053 0.000 0.816 0.044 0.032 0.108
#> GSM29960 5 0.0740 0.8174 0.008 0.000 0.008 0.004 0.980
#> GSM29963 5 0.3104 0.7943 0.004 0.008 0.056 0.056 0.876
#> GSM29964 2 0.3527 0.6250 0.000 0.792 0.192 0.016 0.000
#> GSM29967 2 0.0671 0.8289 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM29970 3 0.3053 0.7338 0.000 0.164 0.828 0.008 0.000
#> GSM29973 2 0.0162 0.8292 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29976 3 0.4109 0.6606 0.000 0.288 0.700 0.012 0.000
#> GSM29979 2 0.3521 0.7346 0.000 0.820 0.140 0.040 0.000
#> GSM29982 1 0.2770 0.6791 0.892 0.016 0.016 0.072 0.004
#> GSM29985 3 0.4275 0.6555 0.000 0.284 0.696 0.020 0.000
#> GSM29988 3 0.4109 0.6606 0.000 0.288 0.700 0.012 0.000
#> GSM29991 3 0.4173 0.6466 0.000 0.300 0.688 0.012 0.000
#> GSM29994 3 0.2773 0.7360 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM29997 1 0.1753 0.7394 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> GSM30000 3 0.5028 0.3220 0.000 0.444 0.524 0.032 0.000
#> GSM30003 1 0.6228 0.4977 0.564 0.000 0.184 0.248 0.004
#> GSM29965 2 0.3527 0.6250 0.000 0.792 0.192 0.016 0.000
#> GSM29968 2 0.0671 0.8289 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM29971 3 0.3950 0.6142 0.068 0.000 0.796 0.136 0.000
#> GSM29974 2 0.0162 0.8292 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29977 3 0.2722 0.7444 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000
#> GSM29980 2 0.3794 0.7188 0.000 0.800 0.152 0.048 0.000
#> GSM29983 1 0.1836 0.7485 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> GSM29986 3 0.4184 0.6582 0.000 0.284 0.700 0.016 0.000
#> GSM29989 3 0.2017 0.7428 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> GSM29992 3 0.4130 0.6575 0.000 0.292 0.696 0.012 0.000
#> GSM29995 1 0.1493 0.7493 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> GSM29998 3 0.2116 0.7319 0.028 0.040 0.924 0.008 0.000
#> GSM30001 3 0.5028 0.3220 0.000 0.444 0.524 0.032 0.000
#> GSM30004 3 0.4418 0.5335 0.060 0.000 0.756 0.180 0.004
#> GSM29966 2 0.0290 0.8281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29969 2 0.0771 0.8287 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM29972 2 0.5043 0.3042 0.000 0.600 0.356 0.044 0.000
#> GSM29975 2 0.0162 0.8292 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29978 3 0.6397 0.2659 0.000 0.368 0.520 0.064 0.048
#> GSM29981 2 0.4867 0.6762 0.000 0.764 0.060 0.048 0.128
#> GSM29984 2 0.1549 0.8209 0.000 0.944 0.016 0.040 0.000
#> GSM29987 2 0.3573 0.7206 0.000 0.812 0.152 0.036 0.000
#> GSM29990 5 0.4713 0.7587 0.004 0.012 0.112 0.104 0.768
#> GSM29993 2 0.0451 0.8296 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM29996 5 0.2772 0.8062 0.012 0.000 0.052 0.044 0.892
#> GSM29999 3 0.3307 0.7249 0.000 0.116 0.848 0.024 0.012
#> GSM30002 2 0.3400 0.7382 0.000 0.828 0.136 0.036 0.000
#> GSM30005 5 0.4741 0.7626 0.004 0.008 0.084 0.148 0.756
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 3 0.5218 0.4429 0.084 0.000 0.592 0.312 0.012 0.000
#> GSM29786 3 0.5563 0.3987 0.076 0.000 0.560 0.332 0.032 0.000
#> GSM29789 4 0.5912 0.5143 0.128 0.000 0.052 0.616 0.200 0.004
#> GSM29792 4 0.5161 0.5392 0.112 0.000 0.012 0.640 0.236 0.000
#> GSM29795 4 0.5322 0.5195 0.132 0.000 0.000 0.624 0.232 0.012
#> GSM29798 3 0.4818 0.5162 0.100 0.000 0.664 0.232 0.004 0.000
#> GSM29801 1 0.1082 0.7850 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.3986 0.4415 0.648 0.000 0.340 0.004 0.004 0.004
#> GSM29807 1 0.4808 0.4068 0.616 0.000 0.332 0.008 0.036 0.008
#> GSM29816 3 0.5820 0.3841 0.272 0.000 0.568 0.000 0.028 0.132
#> GSM29821 1 0.0972 0.7884 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.1010 0.7860 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.1536 0.7845 0.940 0.000 0.000 0.040 0.004 0.016
#> GSM29830 1 0.0767 0.7918 0.976 0.000 0.004 0.008 0.000 0.012
#> GSM29833 1 0.1760 0.7824 0.928 0.000 0.000 0.048 0.004 0.020
#> GSM29784 3 0.4676 0.4563 0.040 0.000 0.640 0.308 0.008 0.004
#> GSM29787 3 0.5063 0.3762 0.036 0.000 0.572 0.364 0.028 0.000
#> GSM29790 3 0.4856 0.3291 0.020 0.000 0.560 0.396 0.020 0.004
#> GSM29793 4 0.5227 -0.2349 0.028 0.000 0.444 0.496 0.024 0.008
#> GSM29796 4 0.5399 0.4111 0.072 0.000 0.144 0.688 0.092 0.004
#> GSM29799 3 0.4216 0.5298 0.044 0.000 0.732 0.212 0.004 0.008
#> GSM29802 3 0.5219 0.4024 0.272 0.000 0.604 0.000 0.004 0.120
#> GSM29805 3 0.5219 0.4024 0.272 0.000 0.604 0.000 0.004 0.120
#> GSM29814 3 0.5879 0.4091 0.248 0.000 0.584 0.004 0.028 0.136
#> GSM29817 3 0.5009 0.1327 0.424 0.000 0.512 0.004 0.000 0.060
#> GSM29822 3 0.5570 0.2616 0.360 0.000 0.540 0.040 0.000 0.060
#> GSM29825 1 0.4728 0.3973 0.616 0.000 0.324 0.004 0.000 0.056
#> GSM29828 1 0.3054 0.7724 0.868 0.000 0.036 0.052 0.004 0.040
#> GSM29831 1 0.2854 0.7761 0.880 0.000 0.036 0.044 0.004 0.036
#> GSM29834 1 0.3123 0.7706 0.864 0.000 0.040 0.052 0.004 0.040
#> GSM29785 4 0.5219 0.4967 0.000 0.000 0.108 0.552 0.340 0.000
#> GSM29788 4 0.5171 0.4997 0.000 0.000 0.104 0.560 0.336 0.000
#> GSM29791 4 0.4070 0.5098 0.000 0.004 0.004 0.568 0.424 0.000
#> GSM29794 4 0.4070 0.5098 0.000 0.004 0.004 0.568 0.424 0.000
#> GSM29797 4 0.3930 0.5123 0.000 0.004 0.000 0.576 0.420 0.000
#> GSM29800 3 0.5912 -0.0364 0.000 0.000 0.416 0.376 0.208 0.000
#> GSM29803 5 0.2320 0.5092 0.000 0.000 0.004 0.132 0.864 0.000
#> GSM29806 5 0.1708 0.5478 0.000 0.000 0.040 0.024 0.932 0.004
#> GSM29815 5 0.1755 0.5485 0.000 0.000 0.032 0.028 0.932 0.008
#> GSM29819 5 0.4346 0.3629 0.028 0.000 0.220 0.024 0.724 0.004
#> GSM29823 5 0.3989 -0.3168 0.000 0.004 0.000 0.468 0.528 0.000
#> GSM29826 5 0.4871 0.2316 0.352 0.000 0.040 0.016 0.592 0.000
#> GSM29829 5 0.4006 -0.0538 0.000 0.004 0.000 0.392 0.600 0.004
#> GSM29832 5 0.4033 -0.0956 0.000 0.004 0.000 0.404 0.588 0.004
#> GSM29835 4 0.3995 0.4104 0.000 0.004 0.000 0.516 0.480 0.000
#> GSM29836 4 0.3852 0.5335 0.000 0.000 0.004 0.612 0.384 0.000
#> GSM29839 4 0.5742 0.5195 0.124 0.000 0.052 0.624 0.200 0.000
#> GSM29842 3 0.5112 0.4454 0.084 0.000 0.600 0.308 0.008 0.000
#> GSM29845 3 0.4859 0.5151 0.104 0.000 0.660 0.232 0.004 0.000
#> GSM29848 3 0.4940 0.5183 0.112 0.000 0.652 0.232 0.004 0.000
#> GSM29851 1 0.0603 0.7893 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.4283 0.4139 0.632 0.000 0.344 0.004 0.016 0.004
#> GSM29857 3 0.6139 0.3750 0.292 0.000 0.544 0.004 0.044 0.116
#> GSM29860 4 0.5512 0.5264 0.120 0.000 0.012 0.600 0.264 0.004
#> GSM29863 1 0.0692 0.7891 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0777 0.7888 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0858 0.7882 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.3195 0.7200 0.852 0.000 0.016 0.080 0.048 0.004
#> GSM29875 1 0.0935 0.7872 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.1649 0.7850 0.936 0.000 0.016 0.040 0.000 0.008
#> GSM29837 4 0.4641 0.5039 0.000 0.000 0.036 0.564 0.396 0.004
#> GSM29840 4 0.5565 0.4048 0.072 0.000 0.164 0.668 0.092 0.004
#> GSM29843 3 0.4554 0.4622 0.040 0.000 0.648 0.304 0.004 0.004
#> GSM29846 3 0.4284 0.5263 0.052 0.000 0.720 0.220 0.004 0.004
#> GSM29849 3 0.4255 0.5312 0.068 0.000 0.708 0.224 0.000 0.000
#> GSM29852 1 0.5032 -0.0351 0.468 0.000 0.468 0.004 0.000 0.060
#> GSM29855 3 0.5219 0.4024 0.272 0.000 0.604 0.000 0.004 0.120
#> GSM29858 3 0.5726 0.4167 0.244 0.000 0.596 0.000 0.032 0.128
#> GSM29861 4 0.7342 0.3310 0.188 0.000 0.152 0.480 0.164 0.016
#> GSM29864 3 0.5021 0.0894 0.436 0.000 0.504 0.008 0.000 0.052
#> GSM29867 1 0.5032 -0.0196 0.472 0.000 0.464 0.004 0.000 0.060
#> GSM29870 3 0.5198 0.3867 0.284 0.000 0.600 0.004 0.000 0.112
#> GSM29873 1 0.6950 0.0925 0.456 0.000 0.352 0.084 0.040 0.068
#> GSM29876 3 0.5237 0.3957 0.276 0.000 0.600 0.004 0.000 0.120
#> GSM29879 3 0.5767 0.3843 0.260 0.000 0.584 0.032 0.000 0.124
#> GSM29838 4 0.4063 0.5133 0.000 0.004 0.004 0.572 0.420 0.000
#> GSM29841 4 0.3937 0.5086 0.000 0.004 0.000 0.572 0.424 0.000
#> GSM29844 4 0.3925 0.5502 0.000 0.004 0.008 0.656 0.332 0.000
#> GSM29847 4 0.5611 0.4275 0.000 0.000 0.180 0.528 0.292 0.000
#> GSM29850 4 0.5646 0.3921 0.000 0.000 0.220 0.536 0.244 0.000
#> GSM29853 5 0.3426 0.2710 0.000 0.000 0.004 0.276 0.720 0.000
#> GSM29856 5 0.2135 0.5063 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM29859 5 0.1562 0.5515 0.000 0.000 0.032 0.024 0.940 0.004
#> GSM29862 4 0.4103 0.4667 0.000 0.004 0.004 0.544 0.448 0.000
#> GSM29865 5 0.2320 0.5092 0.000 0.000 0.004 0.132 0.864 0.000
#> GSM29868 5 0.3565 0.1889 0.000 0.004 0.000 0.304 0.692 0.000
#> GSM29871 5 0.3827 0.4615 0.008 0.000 0.096 0.084 0.804 0.008
#> GSM29874 4 0.3986 0.4341 0.000 0.004 0.000 0.532 0.464 0.000
#> GSM29877 1 0.5502 0.5352 0.656 0.000 0.192 0.012 0.116 0.024
#> GSM29880 4 0.3989 0.4290 0.000 0.004 0.000 0.528 0.468 0.000
#> GSM29881 6 0.2742 0.7493 0.000 0.128 0.008 0.012 0.000 0.852
#> GSM29884 2 0.1503 0.8206 0.000 0.944 0.008 0.032 0.000 0.016
#> GSM29887 2 0.1675 0.8187 0.000 0.936 0.008 0.032 0.000 0.024
#> GSM29890 1 0.3739 0.6292 0.768 0.000 0.176 0.000 0.000 0.056
#> GSM29893 1 0.1010 0.7859 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.1325 0.7919 0.956 0.000 0.012 0.012 0.004 0.016
#> GSM29899 1 0.2879 0.6816 0.816 0.000 0.176 0.004 0.000 0.004
#> GSM29902 6 0.5266 0.5942 0.096 0.000 0.164 0.008 0.040 0.692
#> GSM29905 6 0.4155 0.7152 0.080 0.004 0.060 0.008 0.044 0.804
#> GSM29908 1 0.1390 0.7859 0.948 0.000 0.000 0.032 0.004 0.016
#> GSM29955 6 0.6906 0.3061 0.348 0.020 0.016 0.068 0.072 0.476
#> GSM29958 1 0.1672 0.7829 0.932 0.000 0.000 0.048 0.004 0.016
#> GSM29961 1 0.1390 0.7859 0.948 0.000 0.000 0.032 0.004 0.016
#> GSM29882 6 0.1779 0.7621 0.000 0.016 0.064 0.000 0.000 0.920
#> GSM29885 2 0.1755 0.8171 0.000 0.932 0.008 0.032 0.000 0.028
#> GSM29888 2 0.1832 0.8153 0.000 0.928 0.008 0.032 0.000 0.032
#> GSM29891 3 0.6327 0.3208 0.188 0.000 0.468 0.000 0.028 0.316
#> GSM29894 1 0.3848 0.5862 0.692 0.000 0.292 0.004 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.2706 0.7792 0.888 0.000 0.036 0.044 0.004 0.028
#> GSM29900 3 0.6013 0.3709 0.268 0.000 0.544 0.000 0.028 0.160
#> GSM29903 6 0.2101 0.7641 0.000 0.016 0.040 0.008 0.016 0.920
#> GSM29906 6 0.2677 0.7525 0.000 0.012 0.052 0.008 0.040 0.888
#> GSM29909 6 0.3824 0.6783 0.000 0.016 0.156 0.016 0.020 0.792
#> GSM29956 1 0.3054 0.7724 0.868 0.000 0.036 0.052 0.004 0.040
#> GSM29959 1 0.3123 0.7706 0.864 0.000 0.040 0.052 0.004 0.040
#> GSM29962 1 0.5539 0.3859 0.592 0.000 0.296 0.048 0.000 0.064
#> GSM29883 2 0.5585 0.5278 0.000 0.612 0.024 0.020 0.064 0.280
#> GSM29886 2 0.1003 0.8150 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> GSM29889 2 0.3672 0.6447 0.000 0.776 0.000 0.168 0.056 0.000
#> GSM29892 6 0.5527 0.5728 0.000 0.140 0.016 0.020 0.164 0.660
#> GSM29895 5 0.2520 0.4900 0.000 0.000 0.000 0.152 0.844 0.004
#> GSM29898 5 0.6848 -0.1321 0.000 0.264 0.016 0.024 0.420 0.276
#> GSM29901 5 0.5454 -0.2050 0.000 0.016 0.032 0.024 0.488 0.440
#> GSM29904 5 0.0881 0.5598 0.000 0.000 0.008 0.012 0.972 0.008
#> GSM29907 5 0.0779 0.5595 0.000 0.000 0.008 0.008 0.976 0.008
#> GSM29910 5 0.3862 -0.0357 0.000 0.004 0.000 0.388 0.608 0.000
#> GSM29957 2 0.4032 0.6772 0.000 0.740 0.016 0.020 0.220 0.004
#> GSM29960 5 0.4006 -0.0538 0.000 0.004 0.000 0.392 0.600 0.004
#> GSM29963 5 0.1700 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM29964 2 0.4002 0.5997 0.000 0.736 0.008 0.036 0.000 0.220
#> GSM29967 2 0.1173 0.8240 0.000 0.960 0.008 0.016 0.000 0.016
#> GSM29970 6 0.2163 0.7638 0.000 0.096 0.008 0.004 0.000 0.892
#> GSM29973 2 0.0458 0.8253 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29976 6 0.2821 0.7363 0.000 0.152 0.000 0.016 0.000 0.832
#> GSM29979 2 0.5178 0.6838 0.000 0.704 0.024 0.024 0.080 0.168
#> GSM29982 1 0.4941 0.6010 0.760 0.020 0.036 0.040 0.116 0.028
#> GSM29985 6 0.3111 0.7311 0.000 0.156 0.008 0.016 0.000 0.820
#> GSM29988 6 0.2821 0.7363 0.000 0.152 0.000 0.016 0.000 0.832
#> GSM29991 6 0.3604 0.7109 0.000 0.168 0.008 0.036 0.000 0.788
#> GSM29994 6 0.1788 0.7700 0.000 0.076 0.004 0.004 0.000 0.916
#> GSM29997 1 0.2482 0.7094 0.848 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004
#> GSM30000 6 0.5227 0.4540 0.000 0.296 0.028 0.040 0.012 0.624
#> GSM30003 3 0.6087 0.2717 0.368 0.000 0.488 0.004 0.032 0.108
#> GSM29965 2 0.4002 0.5997 0.000 0.736 0.008 0.036 0.000 0.220
#> GSM29968 2 0.1514 0.8228 0.000 0.948 0.016 0.016 0.004 0.016
#> GSM29971 6 0.4383 0.3752 0.016 0.012 0.356 0.000 0.000 0.616
#> GSM29974 2 0.0603 0.8253 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM29977 6 0.1518 0.7732 0.000 0.024 0.024 0.008 0.000 0.944
#> GSM29980 2 0.5133 0.6447 0.000 0.680 0.028 0.032 0.032 0.228
#> GSM29983 1 0.3200 0.7609 0.856 0.008 0.080 0.024 0.000 0.032
#> GSM29986 6 0.2982 0.7328 0.000 0.152 0.008 0.012 0.000 0.828
#> GSM29989 6 0.0891 0.7714 0.000 0.008 0.024 0.000 0.000 0.968
#> GSM29992 6 0.3559 0.7288 0.000 0.152 0.012 0.036 0.000 0.800
#> GSM29995 1 0.2627 0.7804 0.892 0.000 0.044 0.024 0.004 0.036
#> GSM29998 6 0.1080 0.7693 0.004 0.004 0.032 0.000 0.000 0.960
#> GSM30001 6 0.5227 0.4540 0.000 0.296 0.028 0.040 0.012 0.624
#> GSM30004 6 0.4791 0.4405 0.020 0.000 0.296 0.008 0.028 0.648
#> GSM29966 2 0.0748 0.8252 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004 0.016
#> GSM29969 2 0.1007 0.8226 0.000 0.968 0.004 0.008 0.004 0.016
#> GSM29972 2 0.6398 0.2797 0.000 0.480 0.024 0.020 0.124 0.352
#> GSM29975 2 0.0603 0.8253 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM29978 5 0.6695 -0.2334 0.000 0.180 0.020 0.020 0.396 0.384
#> GSM29981 2 0.4598 0.6875 0.000 0.724 0.024 0.032 0.204 0.016
#> GSM29984 2 0.2951 0.7972 0.000 0.880 0.024 0.020 0.040 0.036
#> GSM29987 2 0.4792 0.6574 0.000 0.704 0.028 0.020 0.028 0.220
#> GSM29990 5 0.1232 0.5503 0.000 0.000 0.004 0.016 0.956 0.024
#> GSM29993 2 0.1059 0.8237 0.000 0.964 0.004 0.016 0.000 0.016
#> GSM29996 5 0.2340 0.4898 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM29999 6 0.3911 0.7021 0.000 0.044 0.008 0.004 0.172 0.772
#> GSM30002 2 0.4815 0.6705 0.000 0.712 0.024 0.020 0.040 0.204
#> GSM30005 5 0.0806 0.5567 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:kmeans 134 5.72e-17 8.90e-04 8.40e-06 2
#> ATC:kmeans 171 5.97e-17 1.28e-15 8.51e-05 3
#> ATC:kmeans 138 8.72e-14 9.87e-15 3.22e-04 4
#> ATC:kmeans 141 3.50e-13 7.10e-15 2.32e-07 5
#> ATC:kmeans 106 4.61e-09 4.28e-08 2.80e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.522 0.860 0.922 0.4795 0.523 0.523
#> 3 3 1.000 0.975 0.990 0.3856 0.717 0.504
#> 4 4 0.796 0.747 0.877 0.1187 0.880 0.662
#> 5 5 0.748 0.680 0.847 0.0613 0.894 0.628
#> 6 6 0.733 0.650 0.802 0.0470 0.920 0.657
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> GSM29789 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29792 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29795 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29798 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM29821 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29784 1 0.5519 0.796 0.872 0.128
#> GSM29787 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> GSM29790 1 0.6048 0.862 0.852 0.148
#> GSM29793 1 0.6343 0.857 0.840 0.160
#> GSM29796 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29799 1 0.6801 0.725 0.820 0.180
#> GSM29802 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29814 1 0.4161 0.845 0.916 0.084
#> GSM29817 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29785 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29788 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29791 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29794 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29797 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29800 2 0.2236 0.877 0.036 0.964
#> GSM29803 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29806 2 0.9710 0.176 0.400 0.600
#> GSM29815 2 0.9580 0.246 0.380 0.620
#> GSM29819 2 0.9754 0.151 0.408 0.592
#> GSM29823 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29826 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> GSM29829 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29832 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29835 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29836 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29839 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29842 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.6801 0.725 0.820 0.180
#> GSM29860 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29863 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29837 2 0.1633 0.886 0.024 0.976
#> GSM29840 1 0.6343 0.857 0.840 0.160
#> GSM29843 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.6801 0.725 0.820 0.180
#> GSM29861 1 0.6343 0.857 0.840 0.160
#> GSM29864 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29838 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> GSM29841 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29844 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29847 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29850 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29853 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29856 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29859 2 0.9286 0.358 0.344 0.656
#> GSM29862 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29865 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29868 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29871 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29874 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29877 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29880 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29881 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29884 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29902 2 0.6712 0.831 0.176 0.824
#> GSM29905 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29908 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29955 2 0.6438 0.838 0.164 0.836
#> GSM29958 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29882 2 0.6712 0.831 0.176 0.824
#> GSM29885 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.6973 0.713 0.812 0.188
#> GSM29894 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.6623 0.737 0.828 0.172
#> GSM29903 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29906 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29909 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29956 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29886 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29892 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29895 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29898 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29901 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29904 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29907 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29910 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29957 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.6712 0.849 0.824 0.176
#> GSM29963 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29964 2 0.3431 0.881 0.064 0.936
#> GSM29967 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29970 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29973 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29976 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29979 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29982 2 0.6973 0.701 0.188 0.812
#> GSM29985 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29988 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29991 2 0.4939 0.863 0.108 0.892
#> GSM29994 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29997 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM30003 1 0.6712 0.731 0.824 0.176
#> GSM29965 2 0.4022 0.875 0.080 0.920
#> GSM29968 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29971 2 0.6712 0.831 0.176 0.824
#> GSM29974 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29977 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29980 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29986 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29989 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29992 2 0.6623 0.834 0.172 0.828
#> GSM29995 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> GSM29998 2 0.6712 0.831 0.176 0.824
#> GSM30001 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM30004 2 0.6712 0.831 0.176 0.824
#> GSM29966 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29975 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29978 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29987 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29993 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM29996 1 0.6623 0.851 0.828 0.172
#> GSM29999 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM30002 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> GSM30005 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29786 1 0.2448 0.907 0.924 0.076 0.000
#> GSM29789 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29792 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29795 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29798 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29784 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29787 1 0.5621 0.555 0.692 0.308 0.000
#> GSM29790 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29793 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29796 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29799 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29788 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29791 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29800 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29803 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29806 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29815 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29819 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29823 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29826 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29829 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29832 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29836 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29839 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29842 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29860 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29872 2 0.5760 0.510 0.328 0.672 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29843 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29861 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0747 0.969 0.984 0.016 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29838 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29850 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29853 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29856 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29859 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29862 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29865 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29868 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29871 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29874 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29877 1 0.0237 0.980 0.996 0.004 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29881 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29884 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29887 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.5529 0.585 0.704 0.000 0.296
#> GSM29905 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29885 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29888 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29903 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29906 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29909 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29956 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29886 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29895 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29898 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29901 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29904 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29907 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29910 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29957 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29960 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29963 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29964 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29967 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29970 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29973 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29976 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29979 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29982 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29985 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29988 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29991 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29994 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29997 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM30000 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM30003 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29965 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29968 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29971 1 0.0424 0.977 0.992 0.000 0.008
#> GSM29974 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29977 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29980 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29986 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29989 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29992 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29995 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM29998 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM30001 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM30004 1 0.6111 0.353 0.604 0.000 0.396
#> GSM29966 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29969 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29972 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29975 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29978 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29981 3 0.1411 0.962 0.000 0.036 0.964
#> GSM29984 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29987 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.5560 0.569 0.000 0.700 0.300
#> GSM29993 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM29996 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> GSM29999 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM30002 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM30005 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.3172 0.5608 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM29786 4 0.3219 0.5602 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM29789 2 0.7793 0.1925 0.356 0.396 0.000 0.248
#> GSM29792 2 0.6295 0.4759 0.348 0.580 0.000 0.072
#> GSM29795 2 0.6163 0.4607 0.364 0.576 0.000 0.060
#> GSM29798 4 0.3123 0.5630 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM29801 1 0.0188 0.8109 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29804 1 0.3688 0.5738 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM29807 1 0.1867 0.7609 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM29816 4 0.4697 0.5226 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM29821 1 0.0592 0.8011 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29824 1 0.0188 0.8109 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29827 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0188 0.8096 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29784 4 0.0188 0.6246 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29787 4 0.1356 0.6140 0.008 0.032 0.000 0.960
#> GSM29790 4 0.2124 0.5962 0.008 0.068 0.000 0.924
#> GSM29793 4 0.4054 0.5006 0.016 0.188 0.000 0.796
#> GSM29796 4 0.7327 0.0947 0.176 0.320 0.000 0.504
#> GSM29799 4 0.0188 0.6246 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29802 4 0.4661 0.5346 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM29805 4 0.4661 0.5346 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM29814 4 0.4661 0.5346 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM29817 4 0.4830 0.4515 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM29822 4 0.4543 0.5505 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM29825 1 0.4730 0.3503 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM29828 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29831 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29834 1 0.3123 0.7241 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM29785 2 0.1867 0.8574 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM29788 2 0.1867 0.8574 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM29791 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29800 2 0.4250 0.6682 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM29803 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29806 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29815 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29819 2 0.0592 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM29823 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29826 2 0.4072 0.6325 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM29829 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29832 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29836 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29839 2 0.7793 0.1925 0.356 0.396 0.000 0.248
#> GSM29842 4 0.3219 0.5602 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM29845 4 0.3266 0.5603 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM29848 4 0.3266 0.5603 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM29851 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.3764 0.5588 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM29857 1 0.5000 -0.3072 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM29860 2 0.4643 0.5417 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.1118 0.7750 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0188 0.8109 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29878 1 0.0336 0.8072 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29837 2 0.0336 0.8956 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM29840 4 0.7258 0.0847 0.164 0.328 0.000 0.508
#> GSM29843 4 0.0188 0.6246 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29846 4 0.0188 0.6246 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29849 4 0.0469 0.6245 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM29852 4 0.4972 0.2807 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM29855 4 0.4661 0.5346 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM29858 4 0.4643 0.5385 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM29861 2 0.6915 0.3768 0.140 0.564 0.000 0.296
#> GSM29864 4 0.4679 0.5274 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM29867 1 0.4955 0.0751 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM29870 4 0.4661 0.5346 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM29873 1 0.4500 0.4652 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM29876 4 0.4643 0.5385 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM29879 4 0.4624 0.5405 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM29838 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29844 2 0.1867 0.8574 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM29847 2 0.2647 0.8223 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM29850 2 0.3942 0.7106 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM29853 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29856 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29859 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29862 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29865 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29868 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29871 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29874 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29877 1 0.4904 0.6125 0.744 0.040 0.000 0.216
#> GSM29880 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29881 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29884 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29887 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29890 1 0.0336 0.8092 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29893 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0336 0.8092 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29902 3 0.7740 -0.1067 0.248 0.000 0.432 0.320
#> GSM29905 3 0.1890 0.9119 0.056 0.000 0.936 0.008
#> GSM29908 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29958 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.8114 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.3356 0.7697 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM29885 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29888 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29891 4 0.4679 0.5294 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM29894 1 0.3801 0.6566 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM29897 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29900 4 0.4679 0.5294 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM29903 3 0.0336 0.9640 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29906 3 0.0336 0.9640 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29909 3 0.3123 0.7949 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM29956 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29959 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29962 1 0.4948 0.0963 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM29883 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29886 3 0.0657 0.9565 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM29889 2 0.0376 0.8947 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM29892 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29895 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29898 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29901 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29904 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29907 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29910 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29957 3 0.1489 0.9251 0.000 0.044 0.952 0.004
#> GSM29960 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29963 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29964 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29967 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29970 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29973 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29976 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29979 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29982 3 0.4941 0.2906 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM29985 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29988 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29991 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29994 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29997 1 0.0188 0.8109 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30000 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30003 1 0.5000 -0.3072 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM29965 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29968 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29971 4 0.5475 0.5387 0.308 0.000 0.036 0.656
#> GSM29974 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29977 3 0.0336 0.9640 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29980 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29983 1 0.3123 0.7241 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM29986 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29989 3 0.0336 0.9640 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM29992 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29995 1 0.3074 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM29998 3 0.0336 0.9640 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30001 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30004 4 0.5250 0.4325 0.024 0.000 0.316 0.660
#> GSM29966 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29969 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29972 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29975 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29978 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29981 2 0.4790 0.3693 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM29984 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29987 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29990 2 0.3569 0.6964 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM29993 3 0.0188 0.9655 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29996 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29999 3 0.0188 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM30002 3 0.0000 0.9661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30005 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.1668 0.8260 0.032 0.000 0.028 0.940 0.000
#> GSM29786 4 0.1041 0.8252 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000
#> GSM29789 4 0.6456 0.1446 0.180 0.000 0.000 0.428 0.392
#> GSM29792 5 0.5791 0.4889 0.196 0.000 0.000 0.188 0.616
#> GSM29795 5 0.5678 0.4834 0.260 0.000 0.000 0.128 0.612
#> GSM29798 4 0.1992 0.8207 0.032 0.000 0.044 0.924 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.3535 0.7056 0.808 0.000 0.164 0.028 0.000
#> GSM29807 1 0.3132 0.7121 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> GSM29816 3 0.5049 0.3880 0.296 0.000 0.644 0.060 0.000
#> GSM29821 1 0.0162 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.0880 0.8224 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM29787 4 0.0162 0.8268 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM29790 4 0.0162 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29793 4 0.1043 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM29796 4 0.3123 0.7129 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> GSM29799 4 0.1851 0.7837 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM29802 3 0.5951 0.2000 0.364 0.000 0.520 0.116 0.000
#> GSM29805 3 0.5951 0.2000 0.364 0.000 0.520 0.116 0.000
#> GSM29814 3 0.5732 0.3445 0.296 0.000 0.588 0.116 0.000
#> GSM29817 1 0.5952 0.3981 0.560 0.000 0.304 0.136 0.000
#> GSM29822 1 0.6781 0.0714 0.388 0.000 0.292 0.320 0.000
#> GSM29825 1 0.4713 0.5930 0.676 0.000 0.280 0.044 0.000
#> GSM29828 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29831 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29834 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29785 5 0.3913 0.5274 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM29788 5 0.3895 0.5354 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM29791 5 0.1121 0.8702 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM29794 5 0.1121 0.8702 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM29797 5 0.1043 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM29800 4 0.3109 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM29803 5 0.0162 0.8815 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM29806 5 0.0510 0.8784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM29815 5 0.0510 0.8784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM29819 5 0.1671 0.8330 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM29823 5 0.0290 0.8811 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM29826 5 0.2674 0.7458 0.140 0.000 0.004 0.000 0.856
#> GSM29829 5 0.0000 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29832 5 0.0000 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29835 5 0.0609 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM29836 5 0.1270 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM29839 4 0.6447 0.1827 0.180 0.000 0.000 0.440 0.380
#> GSM29842 4 0.1579 0.8266 0.032 0.000 0.024 0.944 0.000
#> GSM29845 4 0.2139 0.8164 0.052 0.000 0.032 0.916 0.000
#> GSM29848 4 0.2067 0.8191 0.048 0.000 0.032 0.920 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.3574 0.7014 0.804 0.000 0.168 0.028 0.000
#> GSM29857 3 0.5641 0.3158 0.356 0.000 0.556 0.088 0.000
#> GSM29860 5 0.4125 0.7021 0.172 0.000 0.000 0.056 0.772
#> GSM29863 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.1270 0.7878 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM29875 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29837 5 0.2416 0.8278 0.000 0.012 0.000 0.100 0.888
#> GSM29840 4 0.3328 0.7211 0.004 0.000 0.008 0.812 0.176
#> GSM29843 4 0.1043 0.8187 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM29846 4 0.1544 0.8020 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM29849 4 0.1732 0.7938 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM29852 1 0.5644 0.4425 0.584 0.000 0.316 0.100 0.000
#> GSM29855 3 0.5942 0.2105 0.360 0.000 0.524 0.116 0.000
#> GSM29858 3 0.5697 0.3575 0.288 0.000 0.596 0.116 0.000
#> GSM29861 5 0.6608 0.3924 0.076 0.000 0.076 0.272 0.576
#> GSM29864 1 0.5920 0.4451 0.580 0.000 0.272 0.148 0.000
#> GSM29867 1 0.5197 0.5015 0.620 0.000 0.316 0.064 0.000
#> GSM29870 3 0.5976 0.1713 0.376 0.000 0.508 0.116 0.000
#> GSM29873 1 0.4584 0.6500 0.716 0.000 0.228 0.056 0.000
#> GSM29876 3 0.5976 0.1713 0.376 0.000 0.508 0.116 0.000
#> GSM29879 3 0.5960 0.1955 0.368 0.000 0.516 0.116 0.000
#> GSM29838 5 0.1121 0.8702 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM29841 5 0.1043 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM29844 5 0.3796 0.5724 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM29847 5 0.4307 0.0166 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM29850 4 0.4126 0.3559 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM29853 5 0.0000 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29856 5 0.0162 0.8815 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM29859 5 0.0510 0.8784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM29862 5 0.0963 0.8736 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM29865 5 0.0162 0.8815 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM29868 5 0.0162 0.8815 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM29871 5 0.0404 0.8802 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM29874 5 0.0609 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM29877 1 0.4774 0.7250 0.768 0.000 0.128 0.036 0.068
#> GSM29880 5 0.0794 0.8764 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM29881 2 0.4300 0.4086 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM29884 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29887 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29890 1 0.3636 0.5441 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.2179 0.7753 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM29902 3 0.3047 0.5497 0.084 0.044 0.868 0.004 0.000
#> GSM29905 3 0.3980 0.4767 0.076 0.128 0.796 0.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 2 0.4562 0.6297 0.032 0.676 0.292 0.000 0.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.8349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.1124 0.5720 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> GSM29885 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29888 2 0.1408 0.8325 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> GSM29891 3 0.3596 0.4989 0.200 0.000 0.784 0.016 0.000
#> GSM29894 1 0.3527 0.7564 0.804 0.000 0.172 0.024 0.000
#> GSM29897 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29900 3 0.4758 0.4180 0.276 0.000 0.676 0.048 0.000
#> GSM29903 3 0.3177 0.4029 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM29906 3 0.3039 0.4280 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM29909 3 0.2329 0.5085 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM29956 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29959 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29962 1 0.4619 0.6575 0.720 0.000 0.216 0.064 0.000
#> GSM29883 2 0.0162 0.8430 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29886 2 0.0510 0.8384 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM29889 5 0.5334 0.2438 0.000 0.436 0.000 0.052 0.512
#> GSM29892 2 0.2773 0.7617 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM29895 5 0.0290 0.8806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM29898 2 0.1364 0.8325 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> GSM29901 2 0.5181 0.5090 0.000 0.588 0.360 0.000 0.052
#> GSM29904 5 0.0290 0.8806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM29907 5 0.0290 0.8806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM29910 5 0.0000 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29957 2 0.0865 0.8287 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM29960 5 0.0000 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29963 5 0.0290 0.8806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM29964 2 0.2971 0.7695 0.000 0.836 0.156 0.008 0.000
#> GSM29967 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29970 3 0.4138 -0.0579 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM29973 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29976 2 0.4297 0.4169 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.8432 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29982 2 0.3074 0.6429 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM29985 2 0.4297 0.4169 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM29988 2 0.4297 0.4169 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM29991 2 0.4201 0.5151 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM29994 3 0.4126 -0.0442 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> GSM29997 1 0.1608 0.8059 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM30000 2 0.1792 0.8173 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM30003 3 0.5415 0.3104 0.384 0.000 0.552 0.064 0.000
#> GSM29965 2 0.2971 0.7695 0.000 0.836 0.156 0.008 0.000
#> GSM29968 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29971 3 0.0451 0.5717 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM29974 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29977 3 0.3366 0.3569 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM29980 2 0.0000 0.8432 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29983 1 0.2740 0.8007 0.876 0.000 0.096 0.028 0.000
#> GSM29986 2 0.4297 0.4169 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM29989 3 0.2732 0.4696 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM29992 2 0.4297 0.4169 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.2388 0.8143 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000
#> GSM29998 3 0.2074 0.5294 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM30001 2 0.1792 0.8173 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM30004 3 0.0290 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM29966 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29969 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29972 2 0.0404 0.8417 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM29975 2 0.0290 0.8426 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29978 2 0.2624 0.7934 0.000 0.872 0.116 0.000 0.012
#> GSM29981 2 0.2843 0.7003 0.000 0.848 0.008 0.000 0.144
#> GSM29984 2 0.0000 0.8432 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29987 2 0.0162 0.8430 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29990 5 0.3551 0.6365 0.000 0.220 0.008 0.000 0.772
#> GSM29993 2 0.0000 0.8432 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29996 5 0.0162 0.8815 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM29999 3 0.4138 -0.0680 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM30002 2 0.0000 0.8432 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30005 5 0.0290 0.8806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.0603 0.83856 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> GSM29786 4 0.0405 0.83532 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM29789 5 0.5768 0.30490 0.192 0.000 0.020 0.204 0.584 0.000
#> GSM29792 5 0.5128 0.44729 0.216 0.000 0.020 0.104 0.660 0.000
#> GSM29795 5 0.4892 0.43068 0.268 0.000 0.012 0.072 0.648 0.000
#> GSM29798 4 0.1082 0.83020 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0632 0.78537 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.4788 0.06942 0.560 0.000 0.396 0.016 0.000 0.028
#> GSM29807 1 0.5000 -0.01564 0.524 0.000 0.416 0.008 0.000 0.052
#> GSM29816 3 0.5872 0.68944 0.112 0.000 0.600 0.056 0.000 0.232
#> GSM29821 1 0.0000 0.78961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0458 0.78891 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.78961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.78961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0146 0.78904 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29784 4 0.0547 0.83837 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM29787 4 0.0692 0.83066 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> GSM29790 4 0.1528 0.81596 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048 0.000
#> GSM29793 4 0.3313 0.73422 0.008 0.000 0.024 0.808 0.160 0.000
#> GSM29796 4 0.4913 0.27875 0.016 0.000 0.032 0.512 0.440 0.000
#> GSM29799 4 0.1556 0.79724 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.5649 0.73022 0.116 0.000 0.660 0.096 0.000 0.128
#> GSM29805 3 0.5649 0.73022 0.116 0.000 0.660 0.096 0.000 0.128
#> GSM29814 3 0.5529 0.72767 0.100 0.000 0.668 0.084 0.000 0.148
#> GSM29817 3 0.5739 0.53959 0.316 0.000 0.548 0.112 0.000 0.024
#> GSM29822 3 0.6189 0.54221 0.212 0.000 0.496 0.272 0.000 0.020
#> GSM29825 3 0.4873 0.17432 0.468 0.000 0.488 0.024 0.000 0.020
#> GSM29828 1 0.2482 0.71678 0.848 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004
#> GSM29831 1 0.2340 0.71803 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.2632 0.70126 0.832 0.000 0.164 0.000 0.000 0.004
#> GSM29785 5 0.3565 0.44090 0.000 0.000 0.004 0.304 0.692 0.000
#> GSM29788 5 0.3565 0.44067 0.000 0.000 0.004 0.304 0.692 0.000
#> GSM29791 5 0.0713 0.71625 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM29794 5 0.0713 0.71625 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM29797 5 0.0632 0.71815 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM29800 4 0.3192 0.74086 0.000 0.020 0.016 0.828 0.136 0.000
#> GSM29803 5 0.4389 0.68797 0.000 0.000 0.288 0.000 0.660 0.052
#> GSM29806 5 0.4697 0.66433 0.000 0.000 0.324 0.000 0.612 0.064
#> GSM29815 5 0.4725 0.66334 0.000 0.000 0.332 0.000 0.604 0.064
#> GSM29819 3 0.5009 -0.43096 0.000 0.000 0.536 0.000 0.388 0.076
#> GSM29823 5 0.1226 0.73207 0.000 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM29826 5 0.6408 0.54677 0.148 0.000 0.308 0.000 0.492 0.052
#> GSM29829 5 0.2263 0.73751 0.000 0.000 0.100 0.000 0.884 0.016
#> GSM29832 5 0.2214 0.73751 0.000 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> GSM29835 5 0.0405 0.72620 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM29836 5 0.1334 0.70638 0.000 0.000 0.020 0.032 0.948 0.000
#> GSM29839 5 0.5720 0.32335 0.196 0.000 0.020 0.192 0.592 0.000
#> GSM29842 4 0.0603 0.83856 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> GSM29845 4 0.1151 0.83100 0.012 0.000 0.032 0.956 0.000 0.000
#> GSM29848 4 0.1049 0.83331 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0260 0.79054 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.5039 0.00871 0.540 0.000 0.400 0.016 0.000 0.044
#> GSM29857 3 0.6461 0.68699 0.144 0.000 0.556 0.100 0.000 0.200
#> GSM29860 5 0.4166 0.54671 0.196 0.000 0.020 0.040 0.744 0.000
#> GSM29863 1 0.0260 0.79054 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0260 0.79048 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0458 0.78882 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.1408 0.74873 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036 0.000
#> GSM29875 1 0.0547 0.78754 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0692 0.78574 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> GSM29837 5 0.3908 0.59669 0.000 0.120 0.020 0.068 0.792 0.000
#> GSM29840 4 0.5516 0.28054 0.040 0.000 0.048 0.488 0.424 0.000
#> GSM29843 4 0.0713 0.83697 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM29846 4 0.1267 0.81668 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM29849 4 0.1501 0.80474 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM29852 3 0.5621 0.57520 0.292 0.000 0.576 0.108 0.000 0.024
#> GSM29855 3 0.5646 0.73025 0.112 0.000 0.660 0.096 0.000 0.132
#> GSM29858 3 0.5662 0.72730 0.100 0.000 0.656 0.096 0.000 0.148
#> GSM29861 5 0.5749 0.39656 0.068 0.000 0.192 0.108 0.632 0.000
#> GSM29864 3 0.5825 0.51417 0.324 0.000 0.528 0.128 0.000 0.020
#> GSM29867 3 0.5063 0.38884 0.396 0.000 0.544 0.036 0.000 0.024
#> GSM29870 3 0.5741 0.71965 0.148 0.000 0.648 0.092 0.000 0.112
#> GSM29873 1 0.5258 0.22642 0.576 0.000 0.352 0.040 0.008 0.024
#> GSM29876 3 0.5800 0.72336 0.140 0.000 0.644 0.104 0.000 0.112
#> GSM29879 3 0.5736 0.71886 0.148 0.000 0.648 0.088 0.000 0.116
#> GSM29838 5 0.0632 0.71815 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM29841 5 0.0632 0.71815 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM29844 5 0.2854 0.54914 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM29847 5 0.3966 0.09101 0.000 0.000 0.004 0.444 0.552 0.000
#> GSM29850 4 0.3997 0.07278 0.000 0.000 0.004 0.508 0.488 0.000
#> GSM29853 5 0.2605 0.73658 0.000 0.000 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM29856 5 0.4371 0.69012 0.000 0.000 0.284 0.000 0.664 0.052
#> GSM29859 5 0.4747 0.66189 0.000 0.000 0.324 0.000 0.608 0.068
#> GSM29862 5 0.0547 0.71964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM29865 5 0.4389 0.68797 0.000 0.000 0.288 0.000 0.660 0.052
#> GSM29868 5 0.2605 0.73598 0.000 0.000 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM29871 5 0.4427 0.69301 0.000 0.000 0.284 0.000 0.660 0.056
#> GSM29874 5 0.0291 0.72531 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM29877 1 0.4198 0.46666 0.656 0.000 0.316 0.004 0.024 0.000
#> GSM29880 5 0.0260 0.72322 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29881 6 0.2762 0.76107 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM29884 2 0.0260 0.85535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29887 2 0.0260 0.85535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29890 1 0.5208 0.05535 0.556 0.000 0.336 0.000 0.000 0.108
#> GSM29893 1 0.0363 0.78990 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0260 0.79054 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.4064 0.29350 0.644 0.000 0.336 0.000 0.000 0.020
#> GSM29902 6 0.2290 0.75145 0.044 0.004 0.044 0.004 0.000 0.904
#> GSM29905 6 0.1590 0.77759 0.048 0.008 0.008 0.000 0.000 0.936
#> GSM29908 1 0.0000 0.78961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 6 0.4371 0.33531 0.028 0.392 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM29958 1 0.0146 0.78904 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29961 1 0.0000 0.78961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 6 0.1918 0.76702 0.000 0.008 0.088 0.000 0.000 0.904
#> GSM29885 2 0.0260 0.85535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29888 2 0.2260 0.75154 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM29891 3 0.5291 0.51494 0.076 0.000 0.544 0.012 0.000 0.368
#> GSM29894 3 0.4226 0.09854 0.484 0.000 0.504 0.004 0.000 0.008
#> GSM29897 1 0.2340 0.71803 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.5688 0.64356 0.096 0.000 0.580 0.036 0.000 0.288
#> GSM29903 6 0.1856 0.79840 0.000 0.032 0.048 0.000 0.000 0.920
#> GSM29906 6 0.1633 0.79578 0.000 0.024 0.044 0.000 0.000 0.932
#> GSM29909 6 0.2094 0.77690 0.000 0.020 0.080 0.000 0.000 0.900
#> GSM29956 1 0.2482 0.71678 0.848 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.2595 0.70535 0.836 0.000 0.160 0.000 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.4871 0.29772 0.616 0.000 0.324 0.036 0.000 0.024
#> GSM29883 2 0.1327 0.82956 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM29886 2 0.0146 0.85475 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29889 2 0.3337 0.59038 0.000 0.736 0.000 0.004 0.260 0.000
#> GSM29892 2 0.4076 0.07885 0.000 0.540 0.008 0.000 0.000 0.452
#> GSM29895 5 0.4085 0.70280 0.000 0.000 0.252 0.000 0.704 0.044
#> GSM29898 2 0.5196 0.51449 0.000 0.616 0.128 0.000 0.004 0.252
#> GSM29901 6 0.6044 0.30667 0.000 0.188 0.288 0.000 0.016 0.508
#> GSM29904 5 0.4687 0.67373 0.000 0.000 0.296 0.000 0.632 0.072
#> GSM29907 5 0.4704 0.67184 0.000 0.000 0.300 0.000 0.628 0.072
#> GSM29910 5 0.2263 0.73767 0.000 0.000 0.100 0.000 0.884 0.016
#> GSM29957 2 0.0508 0.84855 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM29960 5 0.2214 0.73751 0.000 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> GSM29963 5 0.4587 0.67738 0.000 0.000 0.296 0.000 0.640 0.064
#> GSM29964 2 0.3175 0.59040 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM29967 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29970 6 0.2300 0.79048 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM29973 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29976 6 0.2762 0.76080 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM29979 2 0.0146 0.85630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29982 2 0.3259 0.65612 0.216 0.772 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM29985 6 0.2793 0.75667 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> GSM29988 6 0.2762 0.76080 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM29991 6 0.2969 0.72409 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM29994 6 0.2092 0.79746 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM29997 1 0.3717 0.43774 0.708 0.000 0.276 0.000 0.000 0.016
#> GSM30000 2 0.3578 0.47718 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM30003 3 0.6785 0.57238 0.212 0.000 0.444 0.060 0.000 0.284
#> GSM29965 2 0.3221 0.57731 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM29968 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29971 6 0.3993 -0.12590 0.000 0.000 0.476 0.004 0.000 0.520
#> GSM29974 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29977 6 0.1863 0.80431 0.000 0.044 0.036 0.000 0.000 0.920
#> GSM29980 2 0.0260 0.85554 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM29983 1 0.2969 0.63218 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM29986 6 0.2793 0.75667 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> GSM29989 6 0.1563 0.78785 0.000 0.012 0.056 0.000 0.000 0.932
#> GSM29992 6 0.2762 0.76080 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM29995 1 0.2378 0.71739 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> GSM29998 6 0.1524 0.78421 0.000 0.008 0.060 0.000 0.000 0.932
#> GSM30001 2 0.3607 0.46039 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM30004 6 0.2968 0.64454 0.000 0.000 0.168 0.016 0.000 0.816
#> GSM29966 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29972 2 0.2482 0.75476 0.000 0.848 0.004 0.000 0.000 0.148
#> GSM29975 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29978 2 0.5711 0.17832 0.000 0.472 0.144 0.000 0.004 0.380
#> GSM29981 2 0.0984 0.84032 0.000 0.968 0.012 0.000 0.012 0.008
#> GSM29984 2 0.0146 0.85630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29987 2 0.1267 0.83215 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM29990 5 0.6764 0.51410 0.000 0.152 0.300 0.000 0.464 0.084
#> GSM29993 2 0.0000 0.85646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29996 5 0.4130 0.70005 0.000 0.000 0.260 0.000 0.696 0.044
#> GSM29999 6 0.2325 0.78229 0.000 0.060 0.048 0.000 0.000 0.892
#> GSM30002 2 0.1267 0.83215 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM30005 5 0.4687 0.66978 0.000 0.000 0.308 0.000 0.624 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:skmeans 167 2.16e-20 1.83e-01 3.58e-08 2
#> ATC:skmeans 170 3.77e-18 1.05e-14 7.39e-05 3
#> ATC:skmeans 152 1.14e-15 9.25e-22 3.92e-02 4
#> ATC:skmeans 132 1.69e-12 5.39e-16 4.70e-04 5
#> ATC:skmeans 140 4.26e-13 2.50e-18 1.38e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.773 0.912 0.954 0.4227 0.594 0.594
#> 3 3 0.863 0.899 0.957 0.5005 0.735 0.568
#> 4 4 0.735 0.804 0.899 0.1684 0.839 0.590
#> 5 5 0.799 0.714 0.842 0.0699 0.859 0.523
#> 6 6 0.870 0.823 0.914 0.0413 0.938 0.710
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29789 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29792 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29795 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29798 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29816 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29830 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29784 1 0.2236 0.930 0.964 0.036
#> GSM29787 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29790 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29793 1 0.4161 0.901 0.916 0.084
#> GSM29796 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29799 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29785 1 0.6801 0.824 0.820 0.180
#> GSM29788 2 0.9710 0.247 0.400 0.600
#> GSM29791 1 0.5842 0.860 0.860 0.140
#> GSM29794 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29797 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29800 2 0.3879 0.896 0.076 0.924
#> GSM29803 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29806 1 0.9686 0.434 0.604 0.396
#> GSM29815 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29819 2 0.9491 0.396 0.368 0.632
#> GSM29823 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29826 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29829 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29832 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29835 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29836 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29839 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29842 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29860 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29863 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29875 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29837 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29840 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29843 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29861 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29864 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29838 2 0.1184 0.959 0.016 0.984
#> GSM29841 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29844 1 0.6531 0.835 0.832 0.168
#> GSM29847 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29850 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29853 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29856 1 0.4161 0.903 0.916 0.084
#> GSM29859 1 0.7883 0.752 0.764 0.236
#> GSM29862 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29865 1 0.3431 0.918 0.936 0.064
#> GSM29868 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29871 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29874 1 0.3431 0.917 0.936 0.064
#> GSM29877 1 0.0938 0.943 0.988 0.012
#> GSM29880 1 0.6531 0.835 0.832 0.168
#> GSM29881 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29884 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29887 2 0.7674 0.684 0.224 0.776
#> GSM29890 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0672 0.944 0.992 0.008
#> GSM29905 1 0.6712 0.823 0.824 0.176
#> GSM29908 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29955 1 0.6973 0.812 0.812 0.188
#> GSM29958 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29882 2 0.1633 0.961 0.024 0.976
#> GSM29885 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29888 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29891 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29903 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29906 1 0.7674 0.769 0.776 0.224
#> GSM29909 1 0.6712 0.818 0.824 0.176
#> GSM29956 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29886 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29892 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29895 1 0.6712 0.828 0.824 0.176
#> GSM29898 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29901 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29904 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29907 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29910 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29957 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29963 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29964 1 0.9775 0.401 0.588 0.412
#> GSM29967 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29970 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29973 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29976 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29979 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> GSM29982 1 0.6887 0.815 0.816 0.184
#> GSM29985 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> GSM29988 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29991 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29994 1 0.9988 0.161 0.520 0.480
#> GSM29997 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM30003 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0672 0.968 0.008 0.992
#> GSM29968 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29971 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> GSM29974 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29977 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29980 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29983 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29986 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29989 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29992 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> GSM29995 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.6887 0.810 0.816 0.184
#> GSM30001 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM30004 1 0.5059 0.876 0.888 0.112
#> GSM29966 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29975 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29978 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM29987 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29990 1 0.7056 0.811 0.808 0.192
#> GSM29993 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM29996 1 0.1184 0.942 0.984 0.016
#> GSM29999 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM30002 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM30005 2 0.1633 0.952 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0424 0.9434 0.992 0.008 0.000
#> GSM29789 1 0.0424 0.9434 0.992 0.008 0.000
#> GSM29792 1 0.4504 0.7524 0.804 0.196 0.000
#> GSM29795 1 0.4452 0.7588 0.808 0.192 0.000
#> GSM29798 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29784 1 0.5365 0.6819 0.744 0.252 0.004
#> GSM29787 1 0.3941 0.8157 0.844 0.156 0.000
#> GSM29790 1 0.5178 0.6787 0.744 0.256 0.000
#> GSM29793 1 0.1163 0.9301 0.972 0.028 0.000
#> GSM29796 1 0.6168 0.2852 0.588 0.412 0.000
#> GSM29799 1 0.5335 0.7067 0.760 0.232 0.008
#> GSM29802 1 0.5292 0.7128 0.764 0.228 0.008
#> GSM29805 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0237 0.9457 0.996 0.000 0.004
#> GSM29817 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29822 1 0.4399 0.7719 0.812 0.188 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29785 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29788 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29791 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29800 2 0.1163 0.9174 0.000 0.972 0.028
#> GSM29803 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29806 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29815 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29819 2 0.1753 0.9000 0.000 0.952 0.048
#> GSM29823 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29826 2 0.5016 0.6936 0.240 0.760 0.000
#> GSM29829 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29832 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29836 2 0.4931 0.6987 0.232 0.768 0.000
#> GSM29839 1 0.0592 0.9411 0.988 0.012 0.000
#> GSM29842 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29857 1 0.2537 0.8868 0.920 0.080 0.000
#> GSM29860 1 0.4452 0.7574 0.808 0.192 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29840 1 0.3619 0.8292 0.864 0.136 0.000
#> GSM29843 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 1 0.4842 0.7239 0.776 0.224 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29858 1 0.4099 0.8243 0.852 0.140 0.008
#> GSM29861 2 0.6095 0.3771 0.392 0.608 0.000
#> GSM29864 1 0.4887 0.7182 0.772 0.228 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0424 0.9435 0.992 0.000 0.008
#> GSM29838 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29847 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29850 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29853 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29856 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29859 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29862 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29865 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29868 2 0.2356 0.8760 0.072 0.928 0.000
#> GSM29871 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29874 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29877 2 0.6286 0.1870 0.464 0.536 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29881 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29884 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29887 3 0.4796 0.6997 0.220 0.000 0.780
#> GSM29890 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29905 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29908 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.2448 0.8906 0.924 0.000 0.076
#> GSM29958 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.1031 0.9475 0.024 0.000 0.976
#> GSM29885 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29888 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.0424 0.9435 0.992 0.000 0.008
#> GSM29894 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0424 0.9435 0.992 0.000 0.008
#> GSM29903 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29906 1 0.4121 0.7961 0.832 0.000 0.168
#> GSM29909 1 0.2625 0.8856 0.916 0.000 0.084
#> GSM29956 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29886 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29889 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29892 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29895 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29898 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29901 3 0.2796 0.8785 0.000 0.092 0.908
#> GSM29904 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29907 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29910 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29957 2 0.6192 0.2611 0.000 0.580 0.420
#> GSM29960 2 0.3482 0.8203 0.128 0.872 0.000
#> GSM29963 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29964 1 0.6204 0.2748 0.576 0.000 0.424
#> GSM29967 3 0.0424 0.9648 0.008 0.000 0.992
#> GSM29970 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29973 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29976 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29979 3 0.0747 0.9582 0.016 0.000 0.984
#> GSM29982 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29985 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29988 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29991 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29994 3 0.6309 -0.0236 0.496 0.000 0.504
#> GSM29997 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM30000 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM30003 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29965 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29968 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29971 1 0.0424 0.9435 0.992 0.000 0.008
#> GSM29974 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29977 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29980 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29986 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29989 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29992 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29995 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000
#> GSM29998 1 0.2796 0.8787 0.908 0.000 0.092
#> GSM30001 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM30004 1 0.0747 0.9391 0.984 0.000 0.016
#> GSM29966 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29969 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29972 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29975 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29978 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29981 3 0.2537 0.8926 0.000 0.080 0.920
#> GSM29984 3 0.0424 0.9668 0.000 0.008 0.992
#> GSM29987 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000
#> GSM29993 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM29996 2 0.4750 0.7221 0.216 0.784 0.000
#> GSM29999 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM30002 3 0.0000 0.9704 0.000 0.000 1.000
#> GSM30005 2 0.0424 0.9331 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 1 0.4804 0.2825 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM29786 1 0.1867 0.8492 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM29789 1 0.0817 0.8751 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29792 1 0.3937 0.6993 0.800 0.188 0.000 0.012
#> GSM29795 1 0.3969 0.7067 0.804 0.180 0.000 0.016
#> GSM29798 1 0.3400 0.7539 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM29801 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29804 1 0.2345 0.8143 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM29807 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29816 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29821 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.3208 0.8080 0.148 0.004 0.000 0.848
#> GSM29787 4 0.4164 0.7099 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM29790 4 0.4422 0.7151 0.256 0.008 0.000 0.736
#> GSM29793 4 0.5217 0.5003 0.380 0.012 0.000 0.608
#> GSM29796 1 0.7432 0.3047 0.480 0.336 0.000 0.184
#> GSM29799 4 0.2921 0.8090 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM29802 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29805 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29814 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29817 4 0.3907 0.7544 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM29822 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29825 1 0.3610 0.6897 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM29828 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0469 0.8807 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM29785 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29788 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29791 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29800 2 0.5003 0.7408 0.000 0.768 0.148 0.084
#> GSM29803 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29806 4 0.3444 0.6899 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM29815 2 0.4989 0.0751 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM29819 4 0.3400 0.6942 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM29823 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29826 2 0.1022 0.9094 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29829 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29832 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29836 2 0.0188 0.9371 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29839 1 0.1004 0.8739 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM29842 1 0.1637 0.8564 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM29845 1 0.0817 0.8751 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29848 1 0.0817 0.8751 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29851 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 1 0.4454 0.5147 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM29857 4 0.3074 0.8076 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM29860 1 0.3610 0.6921 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.3873 0.6880 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM29840 1 0.3501 0.7624 0.848 0.132 0.000 0.020
#> GSM29843 4 0.3074 0.8076 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM29846 4 0.3074 0.8076 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM29849 1 0.4543 0.5067 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM29852 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29855 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29858 4 0.3074 0.8076 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM29861 2 0.6979 0.1327 0.120 0.504 0.000 0.376
#> GSM29864 1 0.4661 0.4200 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM29867 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29870 4 0.3649 0.7856 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM29873 1 0.0592 0.8793 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29876 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29879 4 0.3219 0.8075 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM29838 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29841 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29844 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29850 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29853 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29856 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29859 4 0.4972 0.1367 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM29862 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29865 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29868 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29871 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29874 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29877 2 0.4222 0.5909 0.272 0.728 0.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29881 3 0.3172 0.8850 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM29884 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29887 3 0.3801 0.6784 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.4972 0.2817 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM29905 1 0.4776 0.3812 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM29908 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.2670 0.8335 0.908 0.000 0.052 0.040
#> GSM29958 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 4 0.0817 0.7637 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM29885 3 0.0188 0.9419 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29888 3 0.1940 0.9213 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM29891 4 0.3074 0.8085 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM29894 1 0.4454 0.5148 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM29897 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29900 4 0.3356 0.8059 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM29903 4 0.0817 0.7637 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM29906 4 0.0817 0.7637 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM29909 4 0.0817 0.7637 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM29956 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.3528 0.7000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM29962 4 0.4713 0.5482 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM29883 3 0.1004 0.9350 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM29886 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29889 2 0.1716 0.8915 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM29892 3 0.1716 0.9312 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM29895 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29898 3 0.1302 0.9239 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM29901 3 0.2408 0.8726 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM29904 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29907 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29910 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29957 2 0.4382 0.5852 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM29960 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29963 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29964 4 0.6816 0.4906 0.184 0.000 0.212 0.604
#> GSM29967 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29970 3 0.3837 0.8195 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM29973 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29976 3 0.3074 0.8905 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM29979 3 0.0336 0.9384 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29982 1 0.0817 0.8746 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM29985 3 0.3074 0.8905 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM29988 3 0.3074 0.8905 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM29991 3 0.3074 0.8905 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM29994 4 0.5434 0.6030 0.132 0.000 0.128 0.740
#> GSM29997 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30000 3 0.1716 0.9312 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM30003 4 0.4992 0.1815 0.476 0.000 0.000 0.524
#> GSM29965 4 0.4948 -0.0203 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM29968 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29971 4 0.0817 0.7768 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM29974 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29977 4 0.4477 0.3618 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM29980 3 0.0188 0.9420 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29983 1 0.4454 0.5148 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM29986 3 0.3074 0.8905 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM29989 4 0.0817 0.7637 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM29992 4 0.4948 -0.0203 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM29995 1 0.0000 0.8865 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29998 4 0.1004 0.7642 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM30001 3 0.1716 0.9312 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM30004 4 0.0188 0.7717 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29966 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29969 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29972 3 0.2002 0.9315 0.000 0.020 0.936 0.044
#> GSM29975 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29978 3 0.1716 0.9312 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM29981 3 0.0817 0.9279 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM29984 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29987 3 0.0188 0.9420 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29990 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29993 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29996 2 0.0000 0.9404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29999 3 0.2814 0.9019 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM30002 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30005 2 0.2973 0.8054 0.000 0.856 0.144 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.1741 8.23e-01 0.024 0.000 0.040 0.936 0.000
#> GSM29786 4 0.1571 8.24e-01 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> GSM29789 4 0.1478 8.23e-01 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM29792 4 0.3327 7.88e-01 0.060 0.000 0.004 0.852 0.084
#> GSM29795 1 0.6200 6.52e-01 0.664 0.000 0.136 0.124 0.076
#> GSM29798 4 0.1701 8.21e-01 0.016 0.000 0.048 0.936 0.000
#> GSM29801 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29804 3 0.4201 -3.74e-01 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.3966 9.08e-01 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM29816 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29821 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.1478 8.14e-01 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM29787 4 0.1701 8.21e-01 0.016 0.000 0.048 0.936 0.000
#> GSM29790 4 0.1662 8.25e-01 0.056 0.000 0.004 0.936 0.004
#> GSM29793 4 0.1571 8.24e-01 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> GSM29796 4 0.1885 8.21e-01 0.020 0.000 0.004 0.932 0.044
#> GSM29799 4 0.1478 8.14e-01 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM29802 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29805 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29814 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29817 3 0.0162 6.36e-01 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM29822 3 0.0162 6.36e-01 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM29825 3 0.4287 -5.08e-01 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29834 3 0.4307 -6.00e-01 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM29785 4 0.4256 2.60e-01 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM29788 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29791 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29794 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29797 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29800 4 0.1478 8.11e-01 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM29803 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29806 3 0.3966 3.39e-01 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM29815 5 0.3003 7.57e-01 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM29819 3 0.3966 3.39e-01 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM29823 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29826 5 0.0794 9.18e-01 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM29829 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29832 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29835 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29836 5 0.0162 9.43e-01 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM29839 4 0.1478 8.23e-01 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM29842 4 0.1571 8.24e-01 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> GSM29845 4 0.1478 8.23e-01 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM29848 4 0.1478 8.23e-01 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM29851 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29854 3 0.3707 9.66e-02 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM29857 3 0.3932 3.21e-01 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM29860 1 0.5375 5.99e-01 0.664 0.000 0.136 0.000 0.200
#> GSM29863 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29837 4 0.1608 8.08e-01 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM29840 4 0.5052 4.69e-01 0.312 0.000 0.028 0.644 0.016
#> GSM29843 4 0.1478 8.14e-01 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM29846 4 0.1478 8.14e-01 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM29849 4 0.4425 1.84e-01 0.004 0.000 0.452 0.544 0.000
#> GSM29852 3 0.0162 6.36e-01 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM29855 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29858 3 0.3932 3.21e-01 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM29861 4 0.6955 2.11e-01 0.008 0.000 0.248 0.388 0.356
#> GSM29864 3 0.3053 4.24e-01 0.164 0.000 0.828 0.008 0.000
#> GSM29867 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29870 3 0.0290 6.33e-01 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.3983 9.03e-01 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> GSM29876 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29879 3 0.2852 5.70e-01 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM29838 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29841 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29844 5 0.3774 5.28e-01 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM29847 4 0.4182 3.50e-01 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM29850 5 0.0880 9.20e-01 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM29853 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29856 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29859 5 0.3210 7.25e-01 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM29862 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29865 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29868 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29871 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29874 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29877 5 0.4169 5.58e-01 0.028 0.000 0.240 0.000 0.732
#> GSM29880 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29881 2 0.5260 6.76e-01 0.332 0.604 0.000 0.064 0.000
#> GSM29884 2 0.4171 1.83e-01 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM29887 4 0.3949 5.18e-01 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM29890 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.5514 8.94e-02 0.652 0.000 0.172 0.176 0.000
#> GSM29905 1 0.4708 6.00e-01 0.668 0.000 0.292 0.040 0.000
#> GSM29908 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.5679 6.59e-01 0.664 0.012 0.152 0.172 0.000
#> GSM29958 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29882 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29885 2 0.0566 8.46e-01 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> GSM29888 4 0.6660 1.99e-02 0.244 0.324 0.000 0.432 0.000
#> GSM29891 3 0.2471 6.31e-01 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM29894 3 0.3003 3.70e-01 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM29897 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.0000 6.38e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29903 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29906 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29909 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29956 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29959 3 0.3983 -1.04e-01 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM29962 3 0.1282 6.00e-01 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> GSM29883 2 0.1704 8.20e-01 0.004 0.928 0.000 0.000 0.068
#> GSM29886 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29889 5 0.3648 7.91e-01 0.000 0.092 0.000 0.084 0.824
#> GSM29892 2 0.2291 8.35e-01 0.056 0.908 0.000 0.036 0.000
#> GSM29895 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29898 2 0.1732 8.13e-01 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM29901 2 0.3002 7.76e-01 0.000 0.856 0.028 0.000 0.116
#> GSM29904 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29907 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29910 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29957 5 0.3876 5.53e-01 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM29960 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29963 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29964 4 0.0963 8.14e-01 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM29967 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29970 2 0.5260 6.76e-01 0.332 0.604 0.000 0.064 0.000
#> GSM29973 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29976 2 0.5260 6.76e-01 0.332 0.604 0.000 0.064 0.000
#> GSM29979 2 0.0451 8.43e-01 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM29982 1 0.4030 8.85e-01 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM29985 2 0.4536 7.45e-01 0.240 0.712 0.000 0.048 0.000
#> GSM29988 2 0.5260 6.76e-01 0.332 0.604 0.000 0.064 0.000
#> GSM29991 2 0.5260 6.76e-01 0.332 0.604 0.000 0.064 0.000
#> GSM29994 1 0.5904 -1.91e-01 0.668 0.068 0.200 0.064 0.000
#> GSM29997 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM30000 2 0.2291 8.35e-01 0.056 0.908 0.000 0.036 0.000
#> GSM30003 3 0.4541 -3.51e-06 0.288 0.000 0.680 0.032 0.000
#> GSM29965 4 0.4101 5.13e-01 0.332 0.004 0.000 0.664 0.000
#> GSM29968 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29971 3 0.4101 5.24e-01 0.332 0.000 0.664 0.004 0.000
#> GSM29974 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29977 2 0.7837 2.31e-01 0.332 0.336 0.268 0.064 0.000
#> GSM29980 2 0.0162 8.47e-01 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM29983 3 0.3109 3.44e-01 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM29986 2 0.5068 7.01e-01 0.300 0.640 0.000 0.060 0.000
#> GSM29989 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29992 2 0.7524 4.29e-01 0.332 0.428 0.176 0.064 0.000
#> GSM29995 1 0.3949 9.13e-01 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM29998 3 0.5440 4.95e-01 0.396 0.000 0.540 0.064 0.000
#> GSM30001 2 0.2291 8.35e-01 0.056 0.908 0.000 0.036 0.000
#> GSM30004 3 0.5260 5.04e-01 0.332 0.000 0.604 0.064 0.000
#> GSM29966 2 0.0290 8.43e-01 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29969 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29972 2 0.2236 8.21e-01 0.024 0.908 0.000 0.000 0.068
#> GSM29975 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29978 2 0.2291 8.35e-01 0.056 0.908 0.000 0.036 0.000
#> GSM29981 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29984 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29987 2 0.0579 8.47e-01 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> GSM29990 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29993 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29996 5 0.0000 9.46e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29999 2 0.4237 7.67e-01 0.200 0.752 0.000 0.048 0.000
#> GSM30002 2 0.0000 8.47e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30005 5 0.2561 8.04e-01 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29786 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29789 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29792 4 0.1753 0.8391 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084 0.000
#> GSM29795 1 0.3534 0.7598 0.800 0.000 0.000 0.124 0.076 0.000
#> GSM29798 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0547 0.9244 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM29804 3 0.3789 0.3509 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29816 3 0.1075 0.8357 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29787 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29790 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29793 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29796 4 0.0146 0.9137 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29799 4 0.0146 0.9138 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.1007 0.8350 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM29805 3 0.1007 0.8350 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM29814 3 0.0937 0.8335 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM29817 3 0.1075 0.8357 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM29822 3 0.1075 0.8357 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM29825 1 0.3076 0.6385 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29834 1 0.2793 0.6949 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM29785 4 0.3907 0.3136 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408 0.000
#> GSM29788 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29791 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29794 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29797 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29800 4 0.0146 0.9138 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29803 5 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29806 3 0.2664 0.6852 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM29815 5 0.0937 0.9319 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM29819 3 0.1556 0.7804 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM29823 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29826 5 0.0713 0.9347 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM29829 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29832 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29835 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29836 5 0.0146 0.9544 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM29839 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29842 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29845 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29848 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29854 3 0.3843 0.2432 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM29857 3 0.1007 0.8086 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM29860 1 0.2793 0.7069 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM29863 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29837 4 0.0405 0.9090 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM29840 4 0.3816 0.5149 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016 0.000
#> GSM29843 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29846 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29849 3 0.2053 0.7780 0.004 0.000 0.888 0.108 0.000 0.000
#> GSM29852 3 0.1075 0.8357 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM29855 3 0.1007 0.8350 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM29858 3 0.0937 0.8093 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM29861 3 0.6698 0.1237 0.036 0.000 0.376 0.248 0.340 0.000
#> GSM29864 3 0.2871 0.7598 0.192 0.000 0.804 0.004 0.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0713 0.9193 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM29870 3 0.1204 0.8340 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0713 0.9187 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM29876 3 0.1075 0.8357 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM29879 3 0.1245 0.8199 0.016 0.000 0.952 0.032 0.000 0.000
#> GSM29838 5 0.1204 0.9182 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM29841 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29844 5 0.3390 0.5517 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM29847 4 0.3756 0.3469 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM29850 5 0.0790 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM29853 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29856 5 0.0146 0.9554 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM29859 5 0.1075 0.9258 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM29862 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29865 5 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29868 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29871 5 0.0146 0.9555 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM29874 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29877 5 0.3050 0.6684 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> GSM29880 5 0.0146 0.9555 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM29881 6 0.0632 0.8930 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM29884 2 0.5045 0.4701 0.000 0.624 0.040 0.300 0.000 0.036
#> GSM29887 4 0.4994 0.4526 0.000 0.288 0.040 0.636 0.000 0.036
#> GSM29890 1 0.1007 0.9072 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29902 1 0.6821 0.1336 0.468 0.000 0.284 0.156 0.000 0.092
#> GSM29905 1 0.3380 0.8136 0.840 0.000 0.036 0.044 0.000 0.080
#> GSM29908 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29955 1 0.3087 0.7605 0.808 0.012 0.004 0.176 0.000 0.000
#> GSM29958 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29882 6 0.0865 0.9013 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM29885 6 0.4642 -0.0521 0.000 0.452 0.040 0.000 0.000 0.508
#> GSM29888 6 0.2821 0.7740 0.000 0.096 0.040 0.004 0.000 0.860
#> GSM29891 3 0.4377 0.4875 0.044 0.000 0.644 0.000 0.000 0.312
#> GSM29894 3 0.1910 0.8142 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29900 3 0.1152 0.8344 0.044 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004
#> GSM29903 6 0.0632 0.9009 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM29906 6 0.0865 0.9013 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM29909 6 0.0632 0.9009 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM29956 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.2793 0.7019 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM29962 3 0.2994 0.7446 0.208 0.000 0.788 0.004 0.000 0.000
#> GSM29883 2 0.2420 0.8063 0.000 0.876 0.008 0.000 0.108 0.008
#> GSM29886 2 0.1794 0.8500 0.000 0.924 0.040 0.000 0.000 0.036
#> GSM29889 5 0.5000 0.7192 0.000 0.128 0.040 0.056 0.740 0.036
#> GSM29892 6 0.3867 -0.0149 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM29895 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29898 2 0.2257 0.8011 0.000 0.876 0.008 0.000 0.116 0.000
#> GSM29901 2 0.3408 0.7496 0.000 0.800 0.048 0.000 0.152 0.000
#> GSM29904 5 0.0146 0.9555 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM29907 5 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29910 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29957 5 0.3464 0.5348 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM29960 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29963 5 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29964 4 0.0777 0.8984 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM29967 2 0.1564 0.8541 0.000 0.936 0.040 0.000 0.000 0.024
#> GSM29970 6 0.0865 0.8896 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM29973 2 0.1794 0.8500 0.000 0.924 0.040 0.000 0.000 0.036
#> GSM29976 6 0.0865 0.8896 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM29979 2 0.2350 0.8274 0.064 0.900 0.008 0.004 0.000 0.024
#> GSM29982 1 0.1075 0.9009 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM29985 2 0.3592 0.5341 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM29988 6 0.0632 0.8930 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM29991 6 0.0713 0.8924 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM29994 6 0.0935 0.9010 0.004 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964
#> GSM29997 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30000 2 0.2178 0.8040 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM30003 3 0.4491 0.3813 0.388 0.000 0.576 0.036 0.000 0.000
#> GSM29965 6 0.2668 0.7283 0.000 0.000 0.004 0.168 0.000 0.828
#> GSM29968 2 0.0937 0.8586 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM29971 3 0.3634 0.3933 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM29974 2 0.1723 0.8510 0.000 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036
#> GSM29977 6 0.0865 0.9013 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM29980 2 0.1471 0.8427 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> GSM29983 3 0.3409 0.6307 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> GSM29986 2 0.3804 0.3416 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM29989 6 0.0865 0.9013 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM29992 6 0.0790 0.9017 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM29995 1 0.0000 0.9364 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29998 6 0.0935 0.9010 0.004 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964
#> GSM30001 2 0.2178 0.8040 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM30004 6 0.0865 0.9013 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM29966 2 0.1980 0.8483 0.000 0.920 0.036 0.008 0.000 0.036
#> GSM29969 2 0.0865 0.8587 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM29972 2 0.2450 0.8014 0.000 0.868 0.000 0.000 0.116 0.016
#> GSM29975 2 0.1492 0.8547 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000 0.024
#> GSM29978 2 0.3240 0.6823 0.000 0.752 0.004 0.000 0.000 0.244
#> GSM29981 2 0.0146 0.8579 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.8576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29987 2 0.1501 0.8381 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM29990 5 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM29993 2 0.0865 0.8587 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM29996 5 0.0000 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM29999 2 0.3653 0.6089 0.000 0.692 0.008 0.000 0.000 0.300
#> GSM30002 2 0.0146 0.8577 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30005 5 0.2165 0.8575 0.000 0.108 0.008 0.000 0.884 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:pam 166 5.92e-16 8.18e-02 2.58e-07 2
#> ATC:pam 165 5.07e-15 2.04e-23 7.98e-03 3
#> ATC:pam 158 9.10e-12 9.76e-30 7.06e-02 4
#> ATC:pam 146 3.30e-12 2.51e-28 6.48e-03 5
#> ATC:pam 157 2.19e-15 2.38e-26 5.77e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.662 0.933 0.958 0.4395 0.565 0.565
#> 3 3 0.667 0.842 0.893 0.4333 0.769 0.600
#> 4 4 0.827 0.867 0.929 0.1138 0.919 0.780
#> 5 5 0.684 0.729 0.831 0.0552 0.906 0.703
#> 6 6 0.693 0.657 0.798 0.0660 0.953 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29786 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29789 1 0.0376 0.943 0.996 0.004
#> GSM29792 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29795 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29798 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29833 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29784 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29787 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29790 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29793 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29796 1 0.1414 0.940 0.980 0.020
#> GSM29799 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29802 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29831 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29834 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29785 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29788 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29791 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29794 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29797 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29800 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29803 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29806 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29815 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29819 1 0.5737 0.897 0.864 0.136
#> GSM29823 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29826 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29829 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29832 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29835 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29836 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29839 1 0.3879 0.925 0.924 0.076
#> GSM29842 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29860 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29863 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.2043 0.937 0.968 0.032
#> GSM29875 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29837 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29840 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29843 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29849 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29861 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM29864 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.1633 0.939 0.976 0.024
#> GSM29876 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29838 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29841 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29844 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29847 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29850 1 0.4562 0.918 0.904 0.096
#> GSM29853 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29856 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29859 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29862 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29865 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29868 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29871 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29874 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29877 1 0.2603 0.934 0.956 0.044
#> GSM29880 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29881 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29884 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29887 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29890 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29896 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29902 2 0.3733 0.907 0.072 0.928
#> GSM29905 2 0.1414 0.963 0.020 0.980
#> GSM29908 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29955 2 0.9580 0.307 0.380 0.620
#> GSM29958 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29961 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29882 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29885 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29888 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29891 1 0.2236 0.936 0.964 0.036
#> GSM29894 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29903 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29906 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29909 2 0.3114 0.925 0.056 0.944
#> GSM29956 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29886 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.2948 0.930 0.052 0.948
#> GSM29892 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29895 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29898 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29901 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29904 1 0.6048 0.886 0.852 0.148
#> GSM29907 1 0.9922 0.314 0.552 0.448
#> GSM29910 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29957 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29963 1 0.6148 0.882 0.848 0.152
#> GSM29964 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29967 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29970 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29973 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29976 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29979 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29982 1 0.6247 0.878 0.844 0.156
#> GSM29985 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29988 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29991 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29994 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29997 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM30003 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29968 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29971 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM29974 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29977 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29980 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.5294 0.909 0.880 0.120
#> GSM29986 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29989 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29992 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29995 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM29998 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM30001 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM30004 2 0.9323 0.400 0.348 0.652
#> GSM29966 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29975 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29978 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29981 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29987 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29990 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> GSM29993 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM29996 1 0.5408 0.908 0.876 0.124
#> GSM29999 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM30002 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM30005 1 0.6343 0.874 0.840 0.160
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.3941 0.8101 0.844 0.156 0.000
#> GSM29786 1 0.4346 0.7792 0.816 0.184 0.000
#> GSM29789 1 0.4504 0.7730 0.804 0.196 0.000
#> GSM29792 2 0.4346 0.8684 0.184 0.816 0.000
#> GSM29795 1 0.6026 0.4449 0.624 0.376 0.000
#> GSM29798 1 0.3686 0.8223 0.860 0.140 0.000
#> GSM29801 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29804 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29807 1 0.2625 0.8602 0.916 0.084 0.000
#> GSM29816 1 0.2774 0.8556 0.920 0.072 0.008
#> GSM29821 1 0.1163 0.8699 0.972 0.028 0.000
#> GSM29824 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29827 1 0.2165 0.8366 0.936 0.064 0.000
#> GSM29830 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29833 1 0.0237 0.8680 0.996 0.004 0.000
#> GSM29784 1 0.4002 0.8067 0.840 0.160 0.000
#> GSM29787 1 0.4399 0.7787 0.812 0.188 0.000
#> GSM29790 1 0.4399 0.7787 0.812 0.188 0.000
#> GSM29793 1 0.4399 0.7787 0.812 0.188 0.000
#> GSM29796 1 0.4504 0.7730 0.804 0.196 0.000
#> GSM29799 1 0.3619 0.8251 0.864 0.136 0.000
#> GSM29802 1 0.1529 0.8694 0.960 0.040 0.000
#> GSM29805 1 0.1753 0.8680 0.952 0.048 0.000
#> GSM29814 1 0.2590 0.8582 0.924 0.072 0.004
#> GSM29817 1 0.0237 0.8680 0.996 0.004 0.000
#> GSM29822 1 0.0237 0.8680 0.996 0.004 0.000
#> GSM29825 1 0.0747 0.8701 0.984 0.016 0.000
#> GSM29828 1 0.3816 0.8219 0.852 0.148 0.000
#> GSM29831 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29834 1 0.2448 0.8289 0.924 0.076 0.000
#> GSM29785 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29788 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29791 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29794 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29797 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29800 2 0.6688 0.6826 0.308 0.664 0.028
#> GSM29803 2 0.4291 0.8730 0.180 0.820 0.000
#> GSM29806 2 0.6728 0.7908 0.124 0.748 0.128
#> GSM29815 2 0.5582 0.8311 0.100 0.812 0.088
#> GSM29819 2 0.8198 0.5561 0.100 0.596 0.304
#> GSM29823 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29826 2 0.6062 0.5159 0.384 0.616 0.000
#> GSM29829 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29832 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29835 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29836 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29839 1 0.4555 0.7703 0.800 0.200 0.000
#> GSM29842 1 0.3879 0.8133 0.848 0.152 0.000
#> GSM29845 1 0.3340 0.8331 0.880 0.120 0.000
#> GSM29848 1 0.3192 0.8396 0.888 0.112 0.000
#> GSM29851 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29854 1 0.2356 0.8602 0.928 0.072 0.000
#> GSM29857 1 0.2590 0.8582 0.924 0.072 0.004
#> GSM29860 2 0.4555 0.8512 0.200 0.800 0.000
#> GSM29863 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29866 1 0.2448 0.8288 0.924 0.076 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.8670 1.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.4842 0.7506 0.776 0.224 0.000
#> GSM29875 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29878 1 0.1860 0.8651 0.948 0.052 0.000
#> GSM29837 2 0.4121 0.8837 0.168 0.832 0.000
#> GSM29840 1 0.4346 0.7792 0.816 0.184 0.000
#> GSM29843 1 0.3941 0.8101 0.844 0.156 0.000
#> GSM29846 1 0.3686 0.8223 0.860 0.140 0.000
#> GSM29849 1 0.3116 0.8418 0.892 0.108 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.8670 1.000 0.000 0.000
#> GSM29855 1 0.2356 0.8602 0.928 0.072 0.000
#> GSM29858 1 0.2590 0.8582 0.924 0.072 0.004
#> GSM29861 1 0.4796 0.7543 0.780 0.220 0.000
#> GSM29864 1 0.1163 0.8709 0.972 0.028 0.000
#> GSM29867 1 0.0424 0.8691 0.992 0.008 0.000
#> GSM29870 1 0.1411 0.8701 0.964 0.036 0.000
#> GSM29873 1 0.4842 0.7506 0.776 0.224 0.000
#> GSM29876 1 0.0892 0.8705 0.980 0.020 0.000
#> GSM29879 1 0.1529 0.8694 0.960 0.040 0.000
#> GSM29838 2 0.3784 0.9059 0.132 0.864 0.004
#> GSM29841 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29844 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29847 2 0.5621 0.6946 0.308 0.692 0.000
#> GSM29850 1 0.5138 0.6953 0.748 0.252 0.000
#> GSM29853 2 0.5621 0.6941 0.308 0.692 0.000
#> GSM29856 2 0.3267 0.8955 0.116 0.884 0.000
#> GSM29859 2 0.6935 0.7520 0.096 0.728 0.176
#> GSM29862 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29865 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29868 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29871 1 0.6168 0.2880 0.588 0.412 0.000
#> GSM29874 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29877 1 0.4796 0.7560 0.780 0.220 0.000
#> GSM29880 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29881 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29884 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29887 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29890 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29893 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29896 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29899 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM29902 3 0.5060 0.7938 0.100 0.064 0.836
#> GSM29905 3 0.2926 0.8976 0.040 0.036 0.924
#> GSM29908 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29955 3 0.4165 0.8364 0.076 0.048 0.876
#> GSM29958 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29961 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29882 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM29885 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29888 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29891 1 0.2774 0.8556 0.920 0.072 0.008
#> GSM29894 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29897 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29900 1 0.2774 0.8556 0.920 0.072 0.008
#> GSM29903 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29906 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM29909 3 0.2176 0.9255 0.020 0.032 0.948
#> GSM29956 1 0.4452 0.7868 0.808 0.192 0.000
#> GSM29959 1 0.0747 0.8618 0.984 0.016 0.000
#> GSM29962 1 0.0237 0.8680 0.996 0.004 0.000
#> GSM29883 3 0.0592 0.9439 0.000 0.012 0.988
#> GSM29886 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29889 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29892 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29895 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29898 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29901 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM29904 2 0.8395 0.4374 0.096 0.548 0.356
#> GSM29907 3 0.7458 0.4912 0.084 0.244 0.672
#> GSM29910 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29957 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM29960 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29963 2 0.8268 0.5012 0.096 0.576 0.328
#> GSM29964 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29967 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29970 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29973 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29976 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29979 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29982 3 0.8570 -0.0698 0.096 0.428 0.476
#> GSM29985 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29988 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29991 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29994 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM29997 1 0.1529 0.8688 0.960 0.040 0.000
#> GSM30000 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM30003 1 0.2590 0.8582 0.924 0.072 0.004
#> GSM29965 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29968 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29971 3 0.1711 0.9356 0.008 0.032 0.960
#> GSM29974 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29977 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29980 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM29983 1 0.4887 0.7452 0.772 0.228 0.000
#> GSM29986 3 0.0424 0.9439 0.000 0.008 0.992
#> GSM29989 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29992 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29995 1 0.2796 0.8173 0.908 0.092 0.000
#> GSM29998 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM30001 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM30004 3 0.7699 0.2606 0.388 0.052 0.560
#> GSM29966 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29969 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29972 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29975 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29978 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM29981 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM29984 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM29987 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM29990 3 0.1289 0.9413 0.000 0.032 0.968
#> GSM29993 3 0.0424 0.9424 0.000 0.008 0.992
#> GSM29996 2 0.3551 0.9092 0.132 0.868 0.000
#> GSM29999 3 0.1163 0.9429 0.000 0.028 0.972
#> GSM30002 3 0.0000 0.9436 0.000 0.000 1.000
#> GSM30005 3 0.8561 -0.0870 0.096 0.420 0.484
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29786 4 0.3598 0.9530 0.124 0.028 0.000 0.848
#> GSM29789 1 0.4608 0.4912 0.692 0.304 0.000 0.004
#> GSM29792 2 0.0707 0.8848 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM29795 2 0.1940 0.8413 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM29798 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29801 1 0.0921 0.9321 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM29804 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29821 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29824 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0336 0.9434 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29830 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29833 1 0.0188 0.9427 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29787 4 0.3542 0.9543 0.120 0.028 0.000 0.852
#> GSM29790 4 0.3542 0.9543 0.120 0.028 0.000 0.852
#> GSM29793 4 0.3542 0.9543 0.120 0.028 0.000 0.852
#> GSM29796 1 0.5716 0.1929 0.552 0.420 0.000 0.028
#> GSM29799 4 0.3625 0.9520 0.120 0.024 0.004 0.852
#> GSM29802 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29814 1 0.0469 0.9403 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29822 1 0.5062 0.4470 0.692 0.024 0.000 0.284
#> GSM29825 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0188 0.9432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29831 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29834 1 0.0336 0.9432 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29785 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29788 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29791 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29794 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29797 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29800 2 0.2775 0.8499 0.032 0.912 0.044 0.012
#> GSM29803 2 0.0592 0.8864 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM29806 2 0.3818 0.7971 0.048 0.844 0.108 0.000
#> GSM29815 2 0.2871 0.8371 0.032 0.896 0.072 0.000
#> GSM29819 2 0.5695 0.5052 0.040 0.624 0.336 0.000
#> GSM29823 2 0.0817 0.8870 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM29826 2 0.4304 0.5847 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM29829 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29832 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29835 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29836 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29839 2 0.4985 0.1336 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM29842 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29845 1 0.5420 0.2523 0.624 0.024 0.000 0.352
#> GSM29848 1 0.2443 0.8634 0.916 0.024 0.000 0.060
#> GSM29851 1 0.0921 0.9321 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM29854 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29857 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29860 2 0.1302 0.8801 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29863 1 0.0188 0.9432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0592 0.9394 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM29869 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0188 0.9432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29875 1 0.0336 0.9434 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM29878 1 0.0188 0.9427 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29837 2 0.0817 0.8831 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM29840 1 0.3813 0.7432 0.828 0.148 0.000 0.024
#> GSM29843 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29846 4 0.3497 0.9567 0.124 0.024 0.000 0.852
#> GSM29849 4 0.5691 0.3184 0.468 0.024 0.000 0.508
#> GSM29852 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29858 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29861 1 0.3907 0.6279 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM29864 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0188 0.9432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0188 0.9439 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM29838 2 0.0524 0.8859 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM29841 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29844 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29847 2 0.1118 0.8774 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM29850 2 0.3907 0.6348 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM29853 2 0.2868 0.7903 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM29856 2 0.0817 0.8827 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM29859 2 0.4057 0.7568 0.032 0.816 0.152 0.000
#> GSM29862 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29865 2 0.1118 0.8846 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM29868 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29871 2 0.3975 0.6527 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM29874 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29877 1 0.0336 0.9409 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM29880 2 0.0336 0.8865 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM29881 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29884 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29887 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29890 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29893 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29896 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29902 3 0.0779 0.9236 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM29905 3 0.0188 0.9334 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM29908 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29955 3 0.1042 0.9235 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM29958 1 0.1022 0.9292 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM29961 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29882 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29885 3 0.2530 0.9052 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM29888 3 0.2530 0.9052 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM29891 1 0.0657 0.9380 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29894 1 0.0469 0.9417 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM29897 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29900 1 0.0657 0.9380 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM29903 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29906 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29909 3 0.0895 0.9233 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM29956 1 0.0188 0.9432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0188 0.9441 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM29962 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29883 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29886 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29889 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29892 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29895 2 0.0817 0.8827 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM29898 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29901 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29904 2 0.5414 0.4284 0.020 0.604 0.376 0.000
#> GSM29907 3 0.4608 0.5124 0.004 0.304 0.692 0.000
#> GSM29910 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29957 3 0.1151 0.9309 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM29960 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29963 2 0.5400 0.4383 0.020 0.608 0.372 0.000
#> GSM29964 3 0.2530 0.9052 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM29967 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29970 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29973 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29976 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29979 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29982 3 0.5606 -0.0544 0.020 0.480 0.500 0.000
#> GSM29985 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29988 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29991 3 0.2216 0.9112 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM29994 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29997 1 0.0188 0.9439 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30000 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30003 1 0.0336 0.9425 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29965 3 0.2530 0.9052 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM29968 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29971 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29974 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29977 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29980 3 0.0657 0.9334 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM29983 1 0.2216 0.8426 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM29986 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29989 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM29992 3 0.2081 0.9123 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM29995 1 0.1118 0.9262 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM29998 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM30001 3 0.0779 0.9336 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM30004 3 0.2888 0.8007 0.124 0.000 0.872 0.004
#> GSM29966 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29969 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29972 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29975 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29978 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29981 3 0.0524 0.9334 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM29984 3 0.0672 0.9333 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM29987 3 0.0657 0.9334 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM29990 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM29993 3 0.2469 0.9056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM29996 2 0.1022 0.8854 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM29999 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30002 3 0.0336 0.9331 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30005 3 0.5607 -0.0852 0.020 0.484 0.496 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.2416 0.83894 0.100 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM29786 4 0.2416 0.83894 0.100 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM29789 5 0.6572 0.02996 0.260 0.008 0.000 0.212 0.520
#> GSM29792 5 0.0451 0.62747 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> GSM29795 5 0.1764 0.59828 0.064 0.008 0.000 0.000 0.928
#> GSM29798 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29801 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29804 1 0.0162 0.93372 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0486 0.93387 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM29816 1 0.2414 0.87087 0.900 0.012 0.080 0.008 0.000
#> GSM29821 1 0.0486 0.93406 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM29824 1 0.0162 0.93433 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0510 0.93407 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM29830 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29833 1 0.0613 0.93382 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29784 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29787 4 0.2416 0.83894 0.100 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM29790 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29793 4 0.2625 0.83435 0.108 0.000 0.000 0.876 0.016
#> GSM29796 4 0.6582 0.33716 0.164 0.008 0.000 0.464 0.364
#> GSM29799 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29802 1 0.1798 0.89385 0.928 0.004 0.064 0.004 0.000
#> GSM29805 1 0.1892 0.87930 0.916 0.004 0.080 0.000 0.000
#> GSM29814 1 0.2630 0.86854 0.892 0.012 0.080 0.016 0.000
#> GSM29817 1 0.0324 0.93366 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM29822 4 0.4706 0.36661 0.488 0.004 0.000 0.500 0.008
#> GSM29825 1 0.0000 0.93404 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0613 0.93382 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM29831 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29834 1 0.0912 0.93229 0.972 0.016 0.000 0.012 0.000
#> GSM29785 5 0.0290 0.62829 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM29788 5 0.0451 0.62774 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM29791 5 0.0000 0.63116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29794 5 0.0000 0.63116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29797 5 0.0000 0.63116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29800 5 0.4902 -0.00904 0.000 0.024 0.000 0.468 0.508
#> GSM29803 5 0.2011 0.65441 0.088 0.004 0.000 0.000 0.908
#> GSM29806 5 0.7526 0.60805 0.308 0.132 0.000 0.096 0.464
#> GSM29815 5 0.7382 0.61882 0.304 0.116 0.000 0.096 0.484
#> GSM29819 5 0.8320 0.55661 0.328 0.132 0.032 0.100 0.408
#> GSM29823 5 0.4270 0.65730 0.112 0.112 0.000 0.000 0.776
#> GSM29826 1 0.5643 0.24643 0.628 0.112 0.000 0.004 0.256
#> GSM29829 5 0.5796 0.64704 0.312 0.116 0.000 0.000 0.572
#> GSM29832 5 0.5889 0.64846 0.308 0.112 0.000 0.004 0.576
#> GSM29835 5 0.1894 0.63615 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> GSM29836 5 0.0000 0.63116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29839 5 0.3362 0.51191 0.156 0.008 0.000 0.012 0.824
#> GSM29842 4 0.2416 0.83894 0.100 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM29845 4 0.4557 0.55097 0.404 0.000 0.000 0.584 0.012
#> GSM29848 1 0.4617 -0.21040 0.552 0.000 0.000 0.436 0.012
#> GSM29851 1 0.0912 0.93229 0.972 0.016 0.000 0.012 0.000
#> GSM29854 1 0.0486 0.93387 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM29857 1 0.2172 0.89042 0.916 0.004 0.060 0.020 0.000
#> GSM29860 5 0.4218 0.63941 0.324 0.004 0.000 0.004 0.668
#> GSM29863 1 0.0290 0.93433 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM29866 1 0.0451 0.93464 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.93404 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0992 0.92605 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM29875 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29878 1 0.0162 0.93418 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29837 5 0.4367 0.28193 0.000 0.008 0.000 0.372 0.620
#> GSM29840 4 0.6859 0.44047 0.256 0.008 0.000 0.452 0.284
#> GSM29843 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29846 4 0.2361 0.83786 0.096 0.000 0.000 0.892 0.012
#> GSM29849 4 0.4537 0.56548 0.396 0.000 0.000 0.592 0.012
#> GSM29852 1 0.0162 0.93418 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29855 1 0.2177 0.87580 0.908 0.004 0.080 0.008 0.000
#> GSM29858 1 0.2913 0.85800 0.876 0.004 0.080 0.040 0.000
#> GSM29861 1 0.4496 0.50967 0.724 0.004 0.000 0.040 0.232
#> GSM29864 1 0.0566 0.93142 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM29867 1 0.0162 0.93372 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0727 0.93171 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM29873 1 0.1356 0.91838 0.956 0.004 0.000 0.012 0.028
#> GSM29876 1 0.0451 0.93304 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM29879 1 0.3509 0.67994 0.792 0.008 0.000 0.196 0.004
#> GSM29838 5 0.0162 0.63115 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM29841 5 0.0000 0.63116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM29844 5 0.0290 0.62829 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM29847 5 0.0854 0.62504 0.004 0.008 0.000 0.012 0.976
#> GSM29850 5 0.5826 0.20641 0.100 0.008 0.000 0.296 0.596
#> GSM29853 5 0.5605 0.63658 0.328 0.080 0.000 0.004 0.588
#> GSM29856 5 0.6235 0.64502 0.308 0.116 0.000 0.016 0.560
#> GSM29859 5 0.7516 0.61267 0.304 0.132 0.000 0.096 0.468
#> GSM29862 5 0.2020 0.63033 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM29865 5 0.5312 0.65204 0.308 0.064 0.000 0.004 0.624
#> GSM29868 5 0.5929 0.64748 0.308 0.116 0.000 0.004 0.572
#> GSM29871 5 0.5172 0.55802 0.380 0.008 0.000 0.032 0.580
#> GSM29874 5 0.0162 0.63181 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM29877 1 0.0727 0.93224 0.980 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM29880 5 0.0290 0.62829 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM29881 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29884 2 0.4015 0.82002 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM29887 2 0.4030 0.81742 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM29890 1 0.0854 0.93042 0.976 0.012 0.008 0.004 0.000
#> GSM29893 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29896 1 0.0579 0.93201 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM29899 1 0.0854 0.93042 0.976 0.012 0.008 0.004 0.000
#> GSM29902 3 0.2172 0.71248 0.076 0.000 0.908 0.016 0.000
#> GSM29905 3 0.1557 0.79271 0.008 0.000 0.940 0.052 0.000
#> GSM29908 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29955 3 0.5949 0.32031 0.280 0.016 0.604 0.100 0.000
#> GSM29958 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29961 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29882 3 0.0510 0.79159 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM29885 2 0.3707 0.84020 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM29888 2 0.4030 0.81742 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM29891 1 0.2414 0.87087 0.900 0.012 0.080 0.008 0.000
#> GSM29894 1 0.0579 0.93402 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM29897 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29900 1 0.2414 0.87087 0.900 0.012 0.080 0.008 0.000
#> GSM29903 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29906 3 0.0510 0.79159 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM29909 3 0.4847 0.39113 0.216 0.000 0.704 0.080 0.000
#> GSM29956 1 0.0162 0.93448 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM29959 1 0.0566 0.93434 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM29962 1 0.0162 0.93418 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM29883 3 0.1892 0.78231 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM29886 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29889 2 0.3949 0.83729 0.000 0.696 0.300 0.000 0.004
#> GSM29892 3 0.1892 0.78280 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM29895 5 0.6043 0.64870 0.308 0.116 0.000 0.008 0.568
#> GSM29898 3 0.3590 0.72203 0.000 0.092 0.828 0.080 0.000
#> GSM29901 3 0.1892 0.78280 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM29904 5 0.7526 0.61048 0.308 0.132 0.000 0.096 0.464
#> GSM29907 5 0.9097 0.49110 0.160 0.120 0.208 0.096 0.416
#> GSM29910 5 0.5929 0.64748 0.308 0.116 0.000 0.004 0.572
#> GSM29957 3 0.5652 0.14626 0.000 0.404 0.516 0.080 0.000
#> GSM29960 5 0.5796 0.64704 0.312 0.116 0.000 0.000 0.572
#> GSM29963 5 0.7748 0.61888 0.296 0.116 0.012 0.100 0.476
#> GSM29964 2 0.4074 0.80136 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM29967 2 0.4030 0.81742 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM29970 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29973 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29976 3 0.0162 0.79520 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM29979 3 0.1851 0.78288 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM29982 5 0.8970 0.47954 0.312 0.076 0.152 0.100 0.360
#> GSM29985 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29988 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29991 3 0.3949 0.20543 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> GSM29994 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29997 1 0.0451 0.93329 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM30000 3 0.1892 0.78231 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM30003 1 0.2302 0.87261 0.904 0.008 0.080 0.008 0.000
#> GSM29965 2 0.4030 0.81742 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM29968 2 0.4126 0.77486 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM29971 3 0.1300 0.77420 0.028 0.000 0.956 0.016 0.000
#> GSM29974 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29977 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29980 3 0.2331 0.77603 0.000 0.020 0.900 0.080 0.000
#> GSM29983 1 0.2747 0.83835 0.888 0.048 0.000 0.004 0.060
#> GSM29986 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29989 3 0.0000 0.79594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM29992 3 0.1792 0.73477 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM29995 1 0.0798 0.93241 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM29998 3 0.0404 0.79287 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30001 3 0.2233 0.74716 0.000 0.080 0.904 0.016 0.000
#> GSM30004 3 0.5433 0.27201 0.288 0.000 0.620 0.092 0.000
#> GSM29966 2 0.2773 0.83329 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM29969 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29972 3 0.4254 0.65915 0.000 0.148 0.772 0.080 0.000
#> GSM29975 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29978 3 0.2511 0.77320 0.000 0.028 0.892 0.080 0.000
#> GSM29981 3 0.5535 0.31420 0.000 0.352 0.568 0.080 0.000
#> GSM29984 3 0.5547 0.30421 0.000 0.356 0.564 0.080 0.000
#> GSM29987 3 0.5556 0.16953 0.000 0.404 0.524 0.072 0.000
#> GSM29990 3 0.2249 0.77833 0.000 0.000 0.896 0.096 0.008
#> GSM29993 2 0.2732 0.83266 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM29996 5 0.5996 0.53729 0.388 0.116 0.000 0.000 0.496
#> GSM29999 3 0.1732 0.78312 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM30002 3 0.5511 0.33423 0.000 0.344 0.576 0.080 0.000
#> GSM30005 5 0.7956 0.60438 0.304 0.128 0.016 0.100 0.452
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29786 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29789 1 0.5166 0.4371 0.652 0.004 0.072 0.248 0.024 0.000
#> GSM29792 1 0.0405 0.6495 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM29795 1 0.1321 0.6411 0.952 0.004 0.024 0.000 0.020 0.000
#> GSM29798 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29801 3 0.2225 0.8473 0.000 0.008 0.892 0.008 0.092 0.000
#> GSM29804 3 0.0260 0.8650 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29807 3 0.0937 0.8617 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM29816 3 0.4209 0.6201 0.000 0.004 0.700 0.004 0.260 0.032
#> GSM29821 3 0.0547 0.8623 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM29824 3 0.1007 0.8641 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM29827 3 0.2771 0.8384 0.016 0.008 0.868 0.008 0.100 0.000
#> GSM29830 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29833 3 0.1364 0.8459 0.004 0.004 0.944 0.048 0.000 0.000
#> GSM29784 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29787 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29790 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29793 4 0.1196 0.8084 0.008 0.000 0.040 0.952 0.000 0.000
#> GSM29796 4 0.5273 0.3578 0.376 0.004 0.044 0.552 0.024 0.000
#> GSM29799 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29802 3 0.1440 0.8563 0.000 0.004 0.948 0.004 0.012 0.032
#> GSM29805 3 0.1706 0.8534 0.000 0.004 0.936 0.004 0.024 0.032
#> GSM29814 3 0.4141 0.6383 0.000 0.004 0.712 0.004 0.248 0.032
#> GSM29817 3 0.0146 0.8651 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29822 4 0.3797 0.4385 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> GSM29825 3 0.0000 0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29828 3 0.0146 0.8655 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM29831 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29834 3 0.1410 0.8626 0.000 0.004 0.944 0.008 0.044 0.000
#> GSM29785 1 0.0146 0.6495 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29788 1 0.0508 0.6502 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM29791 1 0.1663 0.6197 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM29794 1 0.1663 0.6197 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM29797 1 0.1806 0.6179 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM29800 4 0.5157 0.3831 0.340 0.088 0.004 0.568 0.000 0.000
#> GSM29803 1 0.3457 0.5647 0.752 0.000 0.232 0.000 0.016 0.000
#> GSM29806 5 0.5738 0.3462 0.312 0.000 0.192 0.000 0.496 0.000
#> GSM29815 1 0.4703 -0.0700 0.492 0.000 0.044 0.000 0.464 0.000
#> GSM29819 5 0.5935 0.3320 0.300 0.000 0.212 0.000 0.484 0.004
#> GSM29823 1 0.4923 0.5508 0.656 0.000 0.172 0.000 0.172 0.000
#> GSM29826 3 0.4967 0.4395 0.228 0.000 0.640 0.000 0.132 0.000
#> GSM29829 1 0.5649 0.4659 0.536 0.000 0.232 0.000 0.232 0.000
#> GSM29832 1 0.5570 0.4842 0.552 0.000 0.232 0.000 0.216 0.000
#> GSM29835 1 0.3062 0.5994 0.816 0.000 0.024 0.000 0.160 0.000
#> GSM29836 1 0.0000 0.6492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29839 1 0.4093 0.5456 0.772 0.004 0.040 0.160 0.024 0.000
#> GSM29842 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29845 4 0.3595 0.6447 0.008 0.000 0.288 0.704 0.000 0.000
#> GSM29848 4 0.4018 0.4486 0.008 0.000 0.412 0.580 0.000 0.000
#> GSM29851 3 0.2174 0.8489 0.000 0.008 0.896 0.008 0.088 0.000
#> GSM29854 3 0.2146 0.8114 0.000 0.004 0.880 0.000 0.116 0.000
#> GSM29857 3 0.2964 0.7962 0.000 0.004 0.852 0.004 0.108 0.032
#> GSM29860 1 0.4703 0.4685 0.620 0.000 0.312 0.000 0.068 0.000
#> GSM29863 3 0.0547 0.8666 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM29866 3 0.1285 0.8623 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> GSM29869 3 0.0508 0.8665 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM29872 3 0.1958 0.8109 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000
#> GSM29875 3 0.2009 0.8518 0.000 0.004 0.904 0.008 0.084 0.000
#> GSM29878 3 0.0363 0.8642 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM29837 1 0.3023 0.5513 0.784 0.000 0.004 0.212 0.000 0.000
#> GSM29840 4 0.5606 0.4113 0.348 0.004 0.076 0.548 0.024 0.000
#> GSM29843 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29846 4 0.1007 0.8143 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM29849 4 0.3672 0.6299 0.008 0.000 0.304 0.688 0.000 0.000
#> GSM29852 3 0.0000 0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29855 3 0.2563 0.8238 0.000 0.004 0.884 0.004 0.076 0.032
#> GSM29858 3 0.3991 0.6686 0.000 0.004 0.736 0.004 0.224 0.032
#> GSM29861 3 0.4168 0.5320 0.256 0.000 0.696 0.048 0.000 0.000
#> GSM29864 3 0.0000 0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29867 3 0.0000 0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM29870 3 0.1225 0.8580 0.000 0.004 0.956 0.004 0.004 0.032
#> GSM29873 3 0.0891 0.8636 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000
#> GSM29876 3 0.0893 0.8630 0.000 0.004 0.972 0.004 0.004 0.016
#> GSM29879 3 0.2780 0.8010 0.000 0.004 0.868 0.096 0.024 0.008
#> GSM29838 1 0.1909 0.6226 0.920 0.024 0.000 0.004 0.052 0.000
#> GSM29841 1 0.1806 0.6179 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM29844 1 0.0508 0.6502 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM29847 1 0.1010 0.6467 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> GSM29850 1 0.4542 0.4794 0.692 0.004 0.028 0.252 0.024 0.000
#> GSM29853 1 0.5234 0.4529 0.576 0.000 0.300 0.000 0.124 0.000
#> GSM29856 1 0.5389 0.4130 0.572 0.000 0.160 0.000 0.268 0.000
#> GSM29859 5 0.4078 0.5230 0.320 0.000 0.024 0.000 0.656 0.000
#> GSM29862 1 0.2854 0.5939 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM29865 1 0.5238 0.5015 0.604 0.000 0.236 0.000 0.160 0.000
#> GSM29868 1 0.5568 0.4717 0.552 0.000 0.236 0.000 0.212 0.000
#> GSM29871 3 0.5248 -0.0490 0.404 0.000 0.508 0.004 0.084 0.000
#> GSM29874 1 0.2003 0.6240 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM29877 3 0.0622 0.8653 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM29880 1 0.0146 0.6495 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM29881 6 0.0405 0.6959 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM29884 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29887 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29890 3 0.4353 0.6219 0.000 0.004 0.672 0.004 0.288 0.032
#> GSM29893 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29896 3 0.2100 0.8559 0.004 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000
#> GSM29899 3 0.4302 0.6191 0.000 0.004 0.672 0.004 0.292 0.028
#> GSM29902 6 0.4443 0.3351 0.000 0.000 0.056 0.004 0.260 0.680
#> GSM29905 6 0.5614 0.1230 0.000 0.000 0.176 0.004 0.264 0.556
#> GSM29908 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29955 5 0.5590 0.0802 0.016 0.056 0.020 0.000 0.552 0.356
#> GSM29958 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29961 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29882 6 0.2902 0.5029 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> GSM29885 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29888 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29891 3 0.4299 0.6100 0.000 0.004 0.692 0.004 0.264 0.036
#> GSM29894 3 0.1806 0.8529 0.000 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> GSM29897 3 0.2325 0.8438 0.000 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM29900 3 0.4209 0.6201 0.000 0.004 0.700 0.004 0.260 0.032
#> GSM29903 6 0.0363 0.6979 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM29906 6 0.3337 0.4091 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> GSM29909 6 0.4078 0.3582 0.000 0.000 0.024 0.008 0.268 0.700
#> GSM29956 3 0.0260 0.8662 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM29959 3 0.0146 0.8655 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM29962 3 0.0146 0.8651 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM29883 6 0.5615 0.5842 0.000 0.100 0.000 0.032 0.276 0.592
#> GSM29886 2 0.0458 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29889 2 0.2442 0.8691 0.068 0.884 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM29892 6 0.5273 0.5753 0.000 0.104 0.000 0.008 0.296 0.592
#> GSM29895 1 0.3961 0.1143 0.556 0.000 0.004 0.000 0.440 0.000
#> GSM29898 6 0.5381 0.5606 0.000 0.124 0.000 0.004 0.304 0.568
#> GSM29901 6 0.4740 0.5646 0.000 0.064 0.000 0.004 0.300 0.632
#> GSM29904 5 0.3972 0.5627 0.300 0.000 0.004 0.000 0.680 0.016
#> GSM29907 5 0.4191 0.5740 0.284 0.000 0.000 0.000 0.676 0.040
#> GSM29910 1 0.5629 0.4688 0.540 0.000 0.236 0.000 0.224 0.000
#> GSM29957 2 0.6132 0.2276 0.000 0.524 0.000 0.028 0.272 0.176
#> GSM29960 1 0.5649 0.4659 0.536 0.000 0.232 0.000 0.232 0.000
#> GSM29963 5 0.4400 0.2865 0.428 0.004 0.004 0.000 0.552 0.012
#> GSM29964 2 0.2135 0.8714 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM29967 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29970 6 0.0405 0.6959 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM29973 2 0.0458 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29976 6 0.1972 0.7052 0.000 0.056 0.000 0.024 0.004 0.916
#> GSM29979 5 0.4899 -0.1845 0.000 0.064 0.000 0.000 0.532 0.404
#> GSM29982 5 0.5411 0.5828 0.236 0.000 0.012 0.000 0.612 0.140
#> GSM29985 6 0.1296 0.7043 0.000 0.044 0.000 0.004 0.004 0.948
#> GSM29988 6 0.1672 0.7061 0.000 0.048 0.000 0.016 0.004 0.932
#> GSM29991 6 0.3592 0.4345 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM29994 6 0.0405 0.6959 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM29997 3 0.3584 0.6536 0.000 0.004 0.688 0.000 0.308 0.000
#> GSM30000 6 0.5040 0.6453 0.000 0.104 0.000 0.032 0.172 0.692
#> GSM30003 3 0.4187 0.6249 0.000 0.004 0.704 0.004 0.256 0.032
#> GSM29965 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM29968 2 0.2260 0.8480 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM29971 6 0.3679 0.3933 0.000 0.000 0.012 0.004 0.260 0.724
#> GSM29974 2 0.0632 0.8998 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM29977 6 0.1572 0.7055 0.000 0.036 0.000 0.028 0.000 0.936
#> GSM29980 6 0.4426 0.6626 0.000 0.144 0.000 0.032 0.072 0.752
#> GSM29983 3 0.2122 0.8408 0.024 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000
#> GSM29986 6 0.1924 0.7051 0.000 0.048 0.000 0.028 0.004 0.920
#> GSM29989 6 0.0405 0.6959 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM29992 6 0.3027 0.6621 0.000 0.148 0.000 0.028 0.000 0.824
#> GSM29995 3 0.2512 0.8439 0.000 0.008 0.868 0.008 0.116 0.000
#> GSM29998 6 0.0291 0.6936 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM30001 6 0.3499 0.6597 0.000 0.164 0.000 0.032 0.008 0.796
#> GSM30004 6 0.4796 0.2886 0.000 0.000 0.084 0.004 0.260 0.652
#> GSM29966 2 0.0458 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29969 2 0.0458 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29972 6 0.5447 0.5554 0.000 0.132 0.000 0.004 0.304 0.560
#> GSM29975 2 0.0458 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM29978 6 0.5161 0.5713 0.000 0.100 0.000 0.004 0.304 0.592
#> GSM29981 6 0.6456 0.4808 0.000 0.228 0.000 0.032 0.272 0.468
#> GSM29984 6 0.6456 0.4808 0.000 0.228 0.000 0.032 0.272 0.468
#> GSM29987 6 0.5759 0.3688 0.000 0.360 0.000 0.032 0.088 0.520
#> GSM29990 5 0.5158 0.1515 0.084 0.004 0.000 0.000 0.556 0.356
#> GSM29993 2 0.2597 0.7501 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM29996 1 0.5551 0.4722 0.556 0.000 0.224 0.000 0.220 0.000
#> GSM29999 6 0.1562 0.7043 0.000 0.024 0.000 0.032 0.004 0.940
#> GSM30002 6 0.6405 0.4958 0.000 0.216 0.000 0.032 0.272 0.480
#> GSM30005 5 0.3972 0.5615 0.300 0.000 0.004 0.000 0.680 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:mclust 168 5.13e-21 8.23e-01 3.09e-09 2
#> ATC:mclust 164 5.83e-20 3.31e-17 7.79e-04 3
#> ATC:mclust 161 3.19e-20 1.71e-15 3.89e-06 4
#> ATC:mclust 151 9.77e-15 5.87e-15 1.04e-12 5
#> ATC:mclust 133 1.08e-13 3.26e-09 1.89e-11 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8411 rows and 171 columns.
#> Top rows (841, 1682, 2524, 3365, 4206) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.835 0.899 0.956 0.4835 0.518 0.518
#> 3 3 0.495 0.598 0.767 0.3648 0.697 0.478
#> 4 4 0.466 0.510 0.716 0.1299 0.860 0.615
#> 5 5 0.490 0.399 0.621 0.0664 0.857 0.521
#> 6 6 0.541 0.335 0.576 0.0396 0.899 0.594
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM29783 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29786 1 0.1414 0.9451 0.980 0.020
#> GSM29789 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29792 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29795 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29798 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29801 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29804 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29807 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29816 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29821 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29824 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29827 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29830 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29833 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29784 1 0.8327 0.6388 0.736 0.264
#> GSM29787 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29790 1 0.7674 0.7140 0.776 0.224
#> GSM29793 1 0.1843 0.9396 0.972 0.028
#> GSM29796 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29799 1 0.0376 0.9512 0.996 0.004
#> GSM29802 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29805 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29814 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29817 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29822 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29825 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29828 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29831 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29834 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29785 2 0.9209 0.5014 0.336 0.664
#> GSM29788 2 0.0672 0.9499 0.008 0.992
#> GSM29791 2 0.9608 0.3831 0.384 0.616
#> GSM29794 2 0.8081 0.6765 0.248 0.752
#> GSM29797 2 0.0376 0.9515 0.004 0.996
#> GSM29800 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29803 1 0.5629 0.8383 0.868 0.132
#> GSM29806 1 0.9087 0.5347 0.676 0.324
#> GSM29815 2 0.6973 0.7672 0.188 0.812
#> GSM29819 1 0.3114 0.9123 0.944 0.056
#> GSM29823 1 0.3274 0.9128 0.940 0.060
#> GSM29826 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29829 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29832 1 0.1414 0.9448 0.980 0.020
#> GSM29835 1 0.3114 0.9165 0.944 0.056
#> GSM29836 1 0.9988 0.0844 0.520 0.480
#> GSM29839 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29842 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29845 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29848 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29851 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29854 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29857 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29860 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29863 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29866 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29869 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29872 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29875 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29878 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29837 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29840 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29843 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29846 1 0.0376 0.9512 0.996 0.004
#> GSM29849 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29852 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29855 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29858 1 0.0376 0.9512 0.996 0.004
#> GSM29861 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29864 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29867 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29870 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29873 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29876 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29879 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29838 2 0.0376 0.9515 0.004 0.996
#> GSM29841 2 0.2043 0.9340 0.032 0.968
#> GSM29844 2 0.5294 0.8512 0.120 0.880
#> GSM29847 1 0.7299 0.7450 0.796 0.204
#> GSM29850 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM29853 1 0.0672 0.9509 0.992 0.008
#> GSM29856 1 0.9491 0.4311 0.632 0.368
#> GSM29859 2 0.8267 0.6566 0.260 0.740
#> GSM29862 2 0.3431 0.9072 0.064 0.936
#> GSM29865 1 0.9983 0.0995 0.524 0.476
#> GSM29868 1 0.5408 0.8474 0.876 0.124
#> GSM29871 1 0.1843 0.9395 0.972 0.028
#> GSM29874 2 0.9552 0.4043 0.376 0.624
#> GSM29877 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29880 2 0.4939 0.8642 0.108 0.892
#> GSM29881 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29884 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29887 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29890 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29893 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29896 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29899 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29902 1 0.1184 0.9439 0.984 0.016
#> GSM29905 1 0.9323 0.4675 0.652 0.348
#> GSM29908 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29955 2 0.1633 0.9443 0.024 0.976
#> GSM29958 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29961 1 0.0376 0.9522 0.996 0.004
#> GSM29882 2 0.8713 0.6003 0.292 0.708
#> GSM29885 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29888 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29891 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29894 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29897 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29900 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29903 2 0.1633 0.9440 0.024 0.976
#> GSM29906 2 0.2948 0.9237 0.052 0.948
#> GSM29909 2 0.2423 0.9329 0.040 0.960
#> GSM29956 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29959 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29962 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29883 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29886 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29889 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29892 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29895 1 0.2603 0.9268 0.956 0.044
#> GSM29898 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29901 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29904 2 0.6712 0.7856 0.176 0.824
#> GSM29907 2 0.0376 0.9515 0.004 0.996
#> GSM29910 1 0.2778 0.9234 0.952 0.048
#> GSM29957 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29960 1 0.1184 0.9471 0.984 0.016
#> GSM29963 2 0.0376 0.9515 0.004 0.996
#> GSM29964 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29967 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29970 2 0.0938 0.9498 0.012 0.988
#> GSM29973 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29976 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29979 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29982 1 0.9970 0.1161 0.532 0.468
#> GSM29985 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29988 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29991 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29994 2 0.1633 0.9440 0.024 0.976
#> GSM29997 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM30000 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM30003 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29965 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29968 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29971 1 0.0672 0.9492 0.992 0.008
#> GSM29974 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29977 2 0.1184 0.9484 0.016 0.984
#> GSM29980 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29983 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29986 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29989 2 0.3114 0.9197 0.056 0.944
#> GSM29992 2 0.0672 0.9520 0.008 0.992
#> GSM29995 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000
#> GSM29998 1 0.9775 0.2945 0.588 0.412
#> GSM30001 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM30004 1 0.5737 0.8232 0.864 0.136
#> GSM29966 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29969 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29972 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29975 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29978 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29981 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29984 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29987 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29990 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000
#> GSM29993 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM29996 1 0.0672 0.9509 0.992 0.008
#> GSM29999 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM30002 2 0.0376 0.9533 0.004 0.996
#> GSM30005 2 0.0376 0.9515 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM29783 1 0.2486 0.7435 0.932 0.008 0.060
#> GSM29786 1 0.6192 0.0528 0.580 0.420 0.000
#> GSM29789 2 0.5706 0.6431 0.320 0.680 0.000
#> GSM29792 2 0.5397 0.6869 0.280 0.720 0.000
#> GSM29795 2 0.5465 0.6799 0.288 0.712 0.000
#> GSM29798 1 0.4974 0.6478 0.764 0.000 0.236
#> GSM29801 1 0.1289 0.7293 0.968 0.032 0.000
#> GSM29804 1 0.3267 0.7205 0.884 0.000 0.116
#> GSM29807 1 0.1289 0.7419 0.968 0.000 0.032
#> GSM29816 1 0.5397 0.6057 0.720 0.000 0.280
#> GSM29821 1 0.5327 0.4713 0.728 0.272 0.000
#> GSM29824 1 0.1964 0.7203 0.944 0.056 0.000
#> GSM29827 1 0.5591 0.4016 0.696 0.304 0.000
#> GSM29830 1 0.3551 0.6691 0.868 0.132 0.000
#> GSM29833 1 0.5327 0.4714 0.728 0.272 0.000
#> GSM29784 1 0.6154 0.3867 0.592 0.000 0.408
#> GSM29787 1 0.6126 0.1265 0.600 0.400 0.000
#> GSM29790 2 0.5859 0.6020 0.344 0.656 0.000
#> GSM29793 2 0.5678 0.6487 0.316 0.684 0.000
#> GSM29796 2 0.5529 0.6720 0.296 0.704 0.000
#> GSM29799 1 0.6126 0.3945 0.600 0.000 0.400
#> GSM29802 1 0.5327 0.6138 0.728 0.000 0.272
#> GSM29805 1 0.5397 0.6057 0.720 0.000 0.280
#> GSM29814 1 0.5560 0.5816 0.700 0.000 0.300
#> GSM29817 1 0.2796 0.7306 0.908 0.000 0.092
#> GSM29822 1 0.4842 0.6574 0.776 0.000 0.224
#> GSM29825 1 0.2625 0.7331 0.916 0.000 0.084
#> GSM29828 1 0.4750 0.5669 0.784 0.216 0.000
#> GSM29831 1 0.3551 0.6690 0.868 0.132 0.000
#> GSM29834 1 0.2625 0.7054 0.916 0.084 0.000
#> GSM29785 2 0.1989 0.7338 0.048 0.948 0.004
#> GSM29788 2 0.1643 0.6783 0.000 0.956 0.044
#> GSM29791 2 0.2165 0.7403 0.064 0.936 0.000
#> GSM29794 2 0.1753 0.7350 0.048 0.952 0.000
#> GSM29797 2 0.1031 0.6936 0.000 0.976 0.024
#> GSM29800 2 0.5098 0.4103 0.000 0.752 0.248
#> GSM29803 2 0.4887 0.7197 0.228 0.772 0.000
#> GSM29806 2 0.5480 0.6972 0.264 0.732 0.004
#> GSM29815 2 0.3445 0.6557 0.016 0.896 0.088
#> GSM29819 1 0.5269 0.6811 0.784 0.016 0.200
#> GSM29823 2 0.4555 0.7308 0.200 0.800 0.000
#> GSM29826 1 0.5785 0.3328 0.668 0.332 0.000
#> GSM29829 2 0.5431 0.6834 0.284 0.716 0.000
#> GSM29832 2 0.5138 0.7063 0.252 0.748 0.000
#> GSM29835 2 0.4605 0.7293 0.204 0.796 0.000
#> GSM29836 2 0.3340 0.7453 0.120 0.880 0.000
#> GSM29839 2 0.5529 0.6720 0.296 0.704 0.000
#> GSM29842 1 0.3983 0.6612 0.852 0.144 0.004
#> GSM29845 1 0.1643 0.7251 0.956 0.044 0.000
#> GSM29848 1 0.2959 0.6953 0.900 0.100 0.000
#> GSM29851 1 0.2878 0.6979 0.904 0.096 0.000
#> GSM29854 1 0.3116 0.7249 0.892 0.000 0.108
#> GSM29857 1 0.5497 0.5916 0.708 0.000 0.292
#> GSM29860 2 0.5560 0.6676 0.300 0.700 0.000
#> GSM29863 1 0.4974 0.5370 0.764 0.236 0.000
#> GSM29866 1 0.2537 0.7083 0.920 0.080 0.000
#> GSM29869 1 0.1337 0.7384 0.972 0.012 0.016
#> GSM29872 1 0.6079 0.1680 0.612 0.388 0.000
#> GSM29875 1 0.0829 0.7360 0.984 0.012 0.004
#> GSM29878 1 0.4178 0.6261 0.828 0.172 0.000
#> GSM29837 2 0.3752 0.5715 0.000 0.856 0.144
#> GSM29840 2 0.6095 0.5155 0.392 0.608 0.000
#> GSM29843 1 0.5560 0.5816 0.700 0.000 0.300
#> GSM29846 1 0.5650 0.5640 0.688 0.000 0.312
#> GSM29849 1 0.4178 0.6930 0.828 0.000 0.172
#> GSM29852 1 0.4178 0.6930 0.828 0.000 0.172
#> GSM29855 1 0.5431 0.6010 0.716 0.000 0.284
#> GSM29858 1 0.5621 0.5700 0.692 0.000 0.308
#> GSM29861 1 0.6307 -0.2063 0.512 0.488 0.000
#> GSM29864 1 0.1964 0.7417 0.944 0.000 0.056
#> GSM29867 1 0.4346 0.6856 0.816 0.000 0.184
#> GSM29870 1 0.5291 0.6179 0.732 0.000 0.268
#> GSM29873 1 0.1905 0.7365 0.956 0.028 0.016
#> GSM29876 1 0.5363 0.6099 0.724 0.000 0.276
#> GSM29879 1 0.5560 0.5816 0.700 0.000 0.300
#> GSM29838 2 0.2959 0.6245 0.000 0.900 0.100
#> GSM29841 2 0.0592 0.7183 0.012 0.988 0.000
#> GSM29844 2 0.0829 0.7159 0.012 0.984 0.004
#> GSM29847 2 0.4235 0.7368 0.176 0.824 0.000
#> GSM29850 2 0.5397 0.6872 0.280 0.720 0.000
#> GSM29853 2 0.5678 0.6483 0.316 0.684 0.000
#> GSM29856 2 0.3752 0.7423 0.144 0.856 0.000
#> GSM29859 2 0.4094 0.6541 0.028 0.872 0.100
#> GSM29862 2 0.1267 0.7225 0.024 0.972 0.004
#> GSM29865 2 0.3267 0.7456 0.116 0.884 0.000
#> GSM29868 2 0.4555 0.7309 0.200 0.800 0.000
#> GSM29871 2 0.5968 0.5718 0.364 0.636 0.000
#> GSM29874 2 0.1860 0.7365 0.052 0.948 0.000
#> GSM29877 1 0.4931 0.5433 0.768 0.232 0.000
#> GSM29880 2 0.0848 0.7108 0.008 0.984 0.008
#> GSM29881 3 0.3941 0.6444 0.156 0.000 0.844
#> GSM29884 3 0.5363 0.6437 0.000 0.276 0.724
#> GSM29887 3 0.5138 0.6604 0.000 0.252 0.748
#> GSM29890 1 0.4842 0.6572 0.776 0.000 0.224
#> GSM29893 1 0.3686 0.6613 0.860 0.140 0.000
#> GSM29896 1 0.2066 0.7184 0.940 0.060 0.000
#> GSM29899 1 0.4555 0.6750 0.800 0.000 0.200
#> GSM29902 3 0.6305 -0.0710 0.484 0.000 0.516
#> GSM29905 3 0.6026 0.2909 0.376 0.000 0.624
#> GSM29908 1 0.5058 0.5228 0.756 0.244 0.000
#> GSM29955 3 0.3038 0.6855 0.104 0.000 0.896
#> GSM29958 1 0.4974 0.5366 0.764 0.236 0.000
#> GSM29961 1 0.4654 0.5797 0.792 0.208 0.000
#> GSM29882 3 0.5529 0.4677 0.296 0.000 0.704
#> GSM29885 3 0.4452 0.6893 0.000 0.192 0.808
#> GSM29888 3 0.3551 0.7092 0.000 0.132 0.868
#> GSM29891 1 0.5560 0.5816 0.700 0.000 0.300
#> GSM29894 1 0.1163 0.7413 0.972 0.000 0.028
#> GSM29897 1 0.2878 0.6979 0.904 0.096 0.000
#> GSM29900 1 0.5529 0.5865 0.704 0.000 0.296
#> GSM29903 3 0.4974 0.5638 0.236 0.000 0.764
#> GSM29906 3 0.5098 0.5476 0.248 0.000 0.752
#> GSM29909 3 0.5016 0.5587 0.240 0.000 0.760
#> GSM29956 1 0.3038 0.6930 0.896 0.104 0.000
#> GSM29959 1 0.0747 0.7341 0.984 0.016 0.000
#> GSM29962 1 0.0747 0.7345 0.984 0.016 0.000
#> GSM29883 3 0.5138 0.6605 0.000 0.252 0.748
#> GSM29886 2 0.6302 -0.2077 0.000 0.520 0.480
#> GSM29889 2 0.5529 0.3135 0.000 0.704 0.296
#> GSM29892 3 0.3941 0.7027 0.000 0.156 0.844
#> GSM29895 2 0.5291 0.6962 0.268 0.732 0.000
#> GSM29898 3 0.5560 0.6203 0.000 0.300 0.700
#> GSM29901 3 0.1585 0.7234 0.028 0.008 0.964
#> GSM29904 2 0.3039 0.7078 0.036 0.920 0.044
#> GSM29907 2 0.4121 0.5406 0.000 0.832 0.168
#> GSM29910 2 0.4887 0.7193 0.228 0.772 0.000
#> GSM29957 2 0.6274 -0.1379 0.000 0.544 0.456
#> GSM29960 2 0.5291 0.6962 0.268 0.732 0.000
#> GSM29963 2 0.2261 0.6573 0.000 0.932 0.068
#> GSM29964 3 0.2796 0.7172 0.000 0.092 0.908
#> GSM29967 3 0.5431 0.6367 0.000 0.284 0.716
#> GSM29970 3 0.4887 0.5739 0.228 0.000 0.772
#> GSM29973 3 0.5560 0.6203 0.000 0.300 0.700
#> GSM29976 3 0.2066 0.7102 0.060 0.000 0.940
#> GSM29979 3 0.5327 0.6468 0.000 0.272 0.728
#> GSM29982 2 0.9311 -0.0072 0.384 0.452 0.164
#> GSM29985 3 0.2625 0.6977 0.084 0.000 0.916
#> GSM29988 3 0.1860 0.7136 0.052 0.000 0.948
#> GSM29991 3 0.1015 0.7238 0.012 0.008 0.980
#> GSM29994 3 0.4750 0.5871 0.216 0.000 0.784
#> GSM29997 1 0.2711 0.7322 0.912 0.000 0.088
#> GSM30000 3 0.1753 0.7228 0.000 0.048 0.952
#> GSM30003 1 0.5397 0.6057 0.720 0.000 0.280
#> GSM29965 3 0.1031 0.7241 0.000 0.024 0.976
#> GSM29968 3 0.5431 0.6367 0.000 0.284 0.716
#> GSM29971 3 0.6309 -0.1169 0.496 0.000 0.504
#> GSM29974 3 0.5650 0.6070 0.000 0.312 0.688
#> GSM29977 3 0.4887 0.5738 0.228 0.000 0.772
#> GSM29980 3 0.3686 0.7072 0.000 0.140 0.860
#> GSM29983 1 0.3482 0.6733 0.872 0.128 0.000
#> GSM29986 3 0.2878 0.6907 0.096 0.000 0.904
#> GSM29989 3 0.5254 0.5227 0.264 0.000 0.736
#> GSM29992 3 0.2165 0.7083 0.064 0.000 0.936
#> GSM29995 1 0.1529 0.7267 0.960 0.040 0.000
#> GSM29998 3 0.5810 0.3871 0.336 0.000 0.664
#> GSM30001 3 0.1163 0.7239 0.000 0.028 0.972
#> GSM30004 3 0.6008 0.3007 0.372 0.000 0.628
#> GSM29966 3 0.5882 0.5620 0.000 0.348 0.652
#> GSM29969 3 0.5882 0.5616 0.000 0.348 0.652
#> GSM29972 3 0.5327 0.6470 0.000 0.272 0.728
#> GSM29975 3 0.5948 0.5434 0.000 0.360 0.640
#> GSM29978 3 0.4796 0.6774 0.000 0.220 0.780
#> GSM29981 2 0.6045 0.1014 0.000 0.620 0.380
#> GSM29984 3 0.5926 0.5495 0.000 0.356 0.644
#> GSM29987 3 0.4702 0.6810 0.000 0.212 0.788
#> GSM29990 2 0.6225 -0.0511 0.000 0.568 0.432
#> GSM29993 3 0.5291 0.6498 0.000 0.268 0.732
#> GSM29996 2 0.5760 0.6314 0.328 0.672 0.000
#> GSM29999 3 0.1129 0.7231 0.020 0.004 0.976
#> GSM30002 3 0.5431 0.6367 0.000 0.284 0.716
#> GSM30005 2 0.4605 0.4867 0.000 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM29783 4 0.188 0.6253 0.016 0.016 0.020 0.948
#> GSM29786 4 0.288 0.6196 0.028 0.060 0.008 0.904
#> GSM29789 4 0.772 0.1767 0.228 0.360 0.000 0.412
#> GSM29792 2 0.594 0.5550 0.232 0.676 0.000 0.092
#> GSM29795 2 0.622 0.5233 0.240 0.652 0.000 0.108
#> GSM29798 4 0.222 0.6268 0.036 0.004 0.028 0.932
#> GSM29801 1 0.567 0.0399 0.572 0.028 0.000 0.400
#> GSM29804 1 0.605 0.4307 0.668 0.000 0.100 0.232
#> GSM29807 1 0.436 0.5689 0.816 0.000 0.088 0.096
#> GSM29816 1 0.707 0.4028 0.564 0.000 0.256 0.180
#> GSM29821 4 0.663 0.4461 0.300 0.112 0.000 0.588
#> GSM29824 1 0.321 0.5889 0.884 0.024 0.008 0.084
#> GSM29827 1 0.483 0.4875 0.768 0.176 0.000 0.056
#> GSM29830 1 0.424 0.5315 0.808 0.040 0.000 0.152
#> GSM29833 4 0.692 0.3618 0.340 0.124 0.000 0.536
#> GSM29784 4 0.206 0.5984 0.000 0.016 0.052 0.932
#> GSM29787 4 0.260 0.6128 0.020 0.064 0.004 0.912
#> GSM29790 4 0.298 0.5838 0.000 0.084 0.028 0.888
#> GSM29793 4 0.377 0.5774 0.024 0.120 0.008 0.848
#> GSM29796 4 0.684 0.4123 0.140 0.280 0.000 0.580
#> GSM29799 4 0.300 0.6073 0.044 0.000 0.064 0.892
#> GSM29802 4 0.607 0.3752 0.356 0.000 0.056 0.588
#> GSM29805 4 0.649 0.2261 0.396 0.000 0.076 0.528
#> GSM29814 1 0.742 0.0471 0.424 0.000 0.168 0.408
#> GSM29817 4 0.472 0.5765 0.272 0.008 0.004 0.716
#> GSM29822 4 0.256 0.6310 0.072 0.000 0.020 0.908
#> GSM29825 4 0.541 0.2268 0.492 0.000 0.012 0.496
#> GSM29828 1 0.687 -0.0270 0.504 0.108 0.000 0.388
#> GSM29831 1 0.373 0.5637 0.852 0.056 0.000 0.092
#> GSM29834 4 0.623 0.4186 0.364 0.064 0.000 0.572
#> GSM29785 2 0.496 0.6306 0.056 0.756 0.000 0.188
#> GSM29788 2 0.361 0.6690 0.000 0.844 0.024 0.132
#> GSM29791 2 0.214 0.7237 0.056 0.928 0.000 0.016
#> GSM29794 2 0.168 0.7248 0.040 0.948 0.000 0.012
#> GSM29797 2 0.170 0.7081 0.004 0.952 0.028 0.016
#> GSM29800 4 0.647 0.1111 0.000 0.364 0.080 0.556
#> GSM29803 2 0.405 0.6926 0.124 0.828 0.000 0.048
#> GSM29806 2 0.652 0.5095 0.364 0.560 0.072 0.004
#> GSM29815 2 0.324 0.6792 0.028 0.880 0.088 0.004
#> GSM29819 1 0.603 0.3577 0.656 0.068 0.272 0.004
#> GSM29823 2 0.354 0.7001 0.176 0.820 0.000 0.004
#> GSM29826 1 0.489 0.4622 0.772 0.172 0.052 0.004
#> GSM29829 2 0.541 0.5229 0.376 0.604 0.000 0.020
#> GSM29832 2 0.467 0.6245 0.292 0.700 0.000 0.008
#> GSM29835 2 0.398 0.6866 0.192 0.796 0.000 0.012
#> GSM29836 2 0.267 0.7164 0.072 0.904 0.000 0.024
#> GSM29839 2 0.758 0.1278 0.216 0.468 0.000 0.316
#> GSM29842 4 0.242 0.6285 0.028 0.028 0.016 0.928
#> GSM29845 4 0.401 0.6273 0.156 0.028 0.000 0.816
#> GSM29848 4 0.462 0.6128 0.164 0.052 0.000 0.784
#> GSM29851 1 0.634 -0.1966 0.476 0.060 0.000 0.464
#> GSM29854 1 0.558 0.4996 0.720 0.000 0.096 0.184
#> GSM29857 4 0.599 0.4193 0.336 0.000 0.056 0.608
#> GSM29860 2 0.588 0.5144 0.328 0.620 0.000 0.052
#> GSM29863 1 0.376 0.5710 0.848 0.104 0.000 0.048
#> GSM29866 1 0.573 0.2968 0.640 0.048 0.000 0.312
#> GSM29869 1 0.525 0.1715 0.624 0.016 0.000 0.360
#> GSM29872 1 0.668 0.2644 0.592 0.284 0.000 0.124
#> GSM29875 4 0.541 0.2592 0.480 0.012 0.000 0.508
#> GSM29878 4 0.630 0.4587 0.320 0.080 0.000 0.600
#> GSM29837 2 0.550 0.5290 0.000 0.680 0.048 0.272
#> GSM29840 4 0.628 0.5143 0.164 0.172 0.000 0.664
#> GSM29843 4 0.188 0.6116 0.008 0.008 0.040 0.944
#> GSM29846 4 0.238 0.6134 0.024 0.004 0.048 0.924
#> GSM29849 4 0.233 0.6365 0.072 0.000 0.012 0.916
#> GSM29852 4 0.527 0.5255 0.324 0.004 0.016 0.656
#> GSM29855 4 0.581 0.4744 0.312 0.000 0.052 0.636
#> GSM29858 4 0.582 0.5120 0.224 0.000 0.088 0.688
#> GSM29861 4 0.754 0.3287 0.264 0.244 0.000 0.492
#> GSM29864 4 0.500 0.5870 0.248 0.032 0.000 0.720
#> GSM29867 4 0.526 0.4369 0.392 0.000 0.012 0.596
#> GSM29870 4 0.574 0.4910 0.300 0.000 0.052 0.648
#> GSM29873 4 0.652 0.3124 0.412 0.076 0.000 0.512
#> GSM29876 4 0.482 0.5822 0.216 0.000 0.036 0.748
#> GSM29879 4 0.342 0.6173 0.088 0.000 0.044 0.868
#> GSM29838 2 0.274 0.6831 0.000 0.904 0.060 0.036
#> GSM29841 2 0.151 0.7218 0.020 0.960 0.008 0.012
#> GSM29844 2 0.401 0.6708 0.028 0.816 0.000 0.156
#> GSM29847 2 0.640 0.4918 0.112 0.628 0.000 0.260
#> GSM29850 4 0.719 0.1488 0.140 0.384 0.000 0.476
#> GSM29853 2 0.630 0.4749 0.348 0.580 0.000 0.072
#> GSM29856 2 0.508 0.6593 0.236 0.728 0.032 0.004
#> GSM29859 2 0.502 0.6562 0.096 0.780 0.120 0.004
#> GSM29862 2 0.204 0.7235 0.048 0.936 0.012 0.004
#> GSM29865 2 0.230 0.7261 0.060 0.924 0.008 0.008
#> GSM29868 2 0.419 0.6645 0.244 0.752 0.004 0.000
#> GSM29871 2 0.765 0.1074 0.224 0.448 0.000 0.328
#> GSM29874 2 0.209 0.7250 0.064 0.928 0.004 0.004
#> GSM29877 1 0.580 0.4126 0.696 0.096 0.000 0.208
#> GSM29880 2 0.238 0.7118 0.008 0.920 0.008 0.064
#> GSM29881 3 0.331 0.7014 0.092 0.000 0.872 0.036
#> GSM29884 3 0.647 0.6125 0.000 0.148 0.640 0.212
#> GSM29887 3 0.619 0.6298 0.000 0.144 0.672 0.184
#> GSM29890 1 0.543 0.5159 0.720 0.000 0.208 0.072
#> GSM29893 1 0.258 0.5936 0.916 0.048 0.004 0.032
#> GSM29896 1 0.317 0.5869 0.884 0.028 0.084 0.004
#> GSM29899 1 0.469 0.5241 0.756 0.000 0.212 0.032
#> GSM29902 3 0.697 0.1126 0.392 0.000 0.492 0.116
#> GSM29905 3 0.534 0.4101 0.356 0.000 0.624 0.020
#> GSM29908 1 0.392 0.5575 0.840 0.104 0.000 0.056
#> GSM29955 3 0.358 0.6564 0.180 0.000 0.816 0.004
#> GSM29958 1 0.637 0.2607 0.608 0.092 0.000 0.300
#> GSM29961 1 0.380 0.5739 0.848 0.096 0.000 0.056
#> GSM29882 3 0.593 0.5957 0.172 0.000 0.696 0.132
#> GSM29885 3 0.576 0.6294 0.000 0.064 0.668 0.268
#> GSM29888 3 0.551 0.5677 0.000 0.028 0.620 0.352
#> GSM29891 1 0.715 0.3901 0.548 0.000 0.276 0.176
#> GSM29894 1 0.474 0.4284 0.736 0.000 0.024 0.240
#> GSM29897 1 0.502 0.4502 0.736 0.044 0.000 0.220
#> GSM29900 1 0.699 0.4100 0.568 0.000 0.272 0.160
#> GSM29903 3 0.424 0.6958 0.088 0.000 0.824 0.088
#> GSM29906 3 0.389 0.7043 0.092 0.000 0.844 0.064
#> GSM29909 3 0.588 0.4709 0.040 0.000 0.572 0.388
#> GSM29956 1 0.403 0.5550 0.836 0.072 0.000 0.092
#> GSM29959 4 0.585 0.4317 0.376 0.040 0.000 0.584
#> GSM29962 4 0.517 0.5821 0.248 0.040 0.000 0.712
#> GSM29883 3 0.340 0.6777 0.004 0.164 0.832 0.000
#> GSM29886 2 0.620 0.1697 0.000 0.580 0.356 0.064
#> GSM29889 2 0.557 0.5491 0.000 0.728 0.152 0.120
#> GSM29892 3 0.343 0.7088 0.060 0.060 0.876 0.004
#> GSM29895 2 0.581 0.4989 0.388 0.580 0.028 0.004
#> GSM29898 3 0.472 0.6535 0.032 0.196 0.768 0.004
#> GSM29901 3 0.586 0.3654 0.376 0.032 0.588 0.004
#> GSM29904 2 0.767 0.3848 0.324 0.472 0.200 0.004
#> GSM29907 2 0.763 0.4342 0.272 0.500 0.224 0.004
#> GSM29910 2 0.482 0.6285 0.288 0.700 0.008 0.004
#> GSM29957 2 0.516 0.1066 0.000 0.592 0.400 0.008
#> GSM29960 2 0.513 0.5703 0.344 0.644 0.004 0.008
#> GSM29963 2 0.548 0.6564 0.148 0.744 0.104 0.004
#> GSM29964 3 0.633 0.4777 0.000 0.064 0.532 0.404
#> GSM29967 3 0.605 0.6028 0.000 0.232 0.668 0.100
#> GSM29970 3 0.375 0.6473 0.196 0.000 0.800 0.004
#> GSM29973 3 0.562 0.5526 0.000 0.292 0.660 0.048
#> GSM29976 3 0.274 0.7132 0.060 0.000 0.904 0.036
#> GSM29979 3 0.423 0.6484 0.008 0.212 0.776 0.004
#> GSM29982 1 0.749 0.1104 0.480 0.164 0.352 0.004
#> GSM29985 3 0.297 0.6814 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM29988 3 0.261 0.7053 0.088 0.000 0.900 0.012
#> GSM29991 3 0.395 0.6969 0.000 0.020 0.812 0.168
#> GSM29994 3 0.365 0.6434 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM29997 1 0.405 0.5409 0.796 0.000 0.188 0.016
#> GSM30000 3 0.222 0.7182 0.040 0.032 0.928 0.000
#> GSM30003 1 0.735 0.1841 0.472 0.000 0.164 0.364
#> GSM29965 3 0.527 0.5835 0.000 0.020 0.640 0.340
#> GSM29968 3 0.581 0.5864 0.000 0.256 0.672 0.072
#> GSM29971 3 0.666 0.0167 0.440 0.000 0.476 0.084
#> GSM29974 3 0.527 0.5298 0.000 0.320 0.656 0.024
#> GSM29977 3 0.449 0.6875 0.092 0.000 0.808 0.100
#> GSM29980 3 0.292 0.7058 0.000 0.100 0.884 0.016
#> GSM29983 1 0.389 0.5965 0.864 0.032 0.068 0.036
#> GSM29986 3 0.355 0.7104 0.064 0.000 0.864 0.072
#> GSM29989 3 0.440 0.6252 0.212 0.000 0.768 0.020
#> GSM29992 3 0.440 0.6766 0.016 0.000 0.760 0.224
#> GSM29995 1 0.199 0.5997 0.944 0.020 0.012 0.024
#> GSM29998 3 0.510 0.2723 0.432 0.000 0.564 0.004
#> GSM30001 3 0.211 0.7220 0.000 0.024 0.932 0.044
#> GSM30004 3 0.751 0.2012 0.188 0.000 0.452 0.360
#> GSM29966 3 0.644 0.3982 0.000 0.376 0.548 0.076
#> GSM29969 3 0.539 0.4625 0.000 0.368 0.612 0.020
#> GSM29972 3 0.424 0.6924 0.060 0.108 0.828 0.004
#> GSM29975 3 0.572 0.4113 0.000 0.388 0.580 0.032
#> GSM29978 3 0.420 0.6980 0.096 0.068 0.832 0.004
#> GSM29981 2 0.472 0.3792 0.000 0.692 0.300 0.008
#> GSM29984 3 0.487 0.5019 0.000 0.356 0.640 0.004
#> GSM29987 3 0.325 0.6893 0.000 0.140 0.852 0.008
#> GSM29990 3 0.755 0.3534 0.264 0.216 0.516 0.004
#> GSM29993 3 0.512 0.6583 0.000 0.164 0.756 0.080
#> GSM29996 1 0.551 0.0553 0.628 0.348 0.016 0.008
#> GSM29999 3 0.290 0.6959 0.112 0.004 0.880 0.004
#> GSM30002 3 0.391 0.6452 0.000 0.212 0.784 0.004
#> GSM30005 2 0.594 0.5805 0.112 0.704 0.180 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM29783 4 0.530 0.53597 0.036 0.084 0.112 0.752 0.016
#> GSM29786 4 0.498 0.55831 0.032 0.048 0.076 0.788 0.056
#> GSM29789 4 0.830 0.06596 0.308 0.016 0.108 0.400 0.168
#> GSM29792 1 0.724 0.24497 0.512 0.008 0.076 0.096 0.308
#> GSM29795 1 0.665 0.37633 0.588 0.004 0.056 0.096 0.256
#> GSM29798 4 0.239 0.59256 0.020 0.004 0.056 0.912 0.008
#> GSM29801 4 0.645 0.28890 0.288 0.000 0.192 0.516 0.004
#> GSM29804 3 0.680 0.26563 0.292 0.004 0.440 0.264 0.000
#> GSM29807 3 0.599 0.29259 0.364 0.000 0.516 0.120 0.000
#> GSM29816 3 0.580 0.42206 0.112 0.020 0.652 0.216 0.000
#> GSM29821 4 0.555 0.32836 0.344 0.000 0.044 0.592 0.020
#> GSM29824 1 0.663 -0.12935 0.444 0.000 0.360 0.192 0.004
#> GSM29827 1 0.179 0.58997 0.940 0.000 0.016 0.012 0.032
#> GSM29830 1 0.404 0.51773 0.792 0.000 0.080 0.128 0.000
#> GSM29833 1 0.424 0.56757 0.792 0.008 0.044 0.148 0.008
#> GSM29784 4 0.459 0.52806 0.000 0.124 0.088 0.772 0.016
#> GSM29787 4 0.233 0.59229 0.020 0.020 0.004 0.920 0.036
#> GSM29790 4 0.650 0.47347 0.008 0.132 0.116 0.656 0.088
#> GSM29793 4 0.799 0.38345 0.036 0.192 0.152 0.524 0.096
#> GSM29796 4 0.760 0.35574 0.192 0.016 0.104 0.548 0.140
#> GSM29799 4 0.320 0.57302 0.004 0.056 0.080 0.860 0.000
#> GSM29802 4 0.536 0.37481 0.052 0.008 0.336 0.604 0.000
#> GSM29805 4 0.552 0.30719 0.056 0.008 0.368 0.568 0.000
#> GSM29814 3 0.699 0.00112 0.064 0.080 0.460 0.392 0.004
#> GSM29817 4 0.451 0.55300 0.076 0.004 0.148 0.768 0.004
#> GSM29822 4 0.405 0.58642 0.052 0.052 0.060 0.832 0.004
#> GSM29825 4 0.572 0.43493 0.132 0.000 0.260 0.608 0.000
#> GSM29828 1 0.323 0.59460 0.864 0.000 0.036 0.084 0.016
#> GSM29831 1 0.348 0.58735 0.856 0.000 0.060 0.060 0.024
#> GSM29834 1 0.553 0.26375 0.588 0.000 0.072 0.336 0.004
#> GSM29785 5 0.565 0.55556 0.024 0.016 0.052 0.228 0.680
#> GSM29788 5 0.434 0.64361 0.008 0.016 0.036 0.152 0.788
#> GSM29791 5 0.402 0.65081 0.124 0.004 0.032 0.024 0.816
#> GSM29794 5 0.457 0.62215 0.156 0.004 0.048 0.020 0.772
#> GSM29797 5 0.261 0.68574 0.044 0.008 0.024 0.016 0.908
#> GSM29800 4 0.575 0.17664 0.004 0.024 0.036 0.556 0.380
#> GSM29803 5 0.505 0.61848 0.032 0.000 0.060 0.176 0.732
#> GSM29806 5 0.681 0.37321 0.052 0.016 0.316 0.068 0.548
#> GSM29815 5 0.425 0.68402 0.048 0.024 0.068 0.032 0.828
#> GSM29819 3 0.730 0.39912 0.040 0.052 0.592 0.144 0.172
#> GSM29823 5 0.425 0.60584 0.200 0.000 0.028 0.012 0.760
#> GSM29826 3 0.751 0.29210 0.128 0.000 0.512 0.128 0.232
#> GSM29829 1 0.470 0.23106 0.616 0.000 0.024 0.000 0.360
#> GSM29832 1 0.490 -0.06489 0.508 0.000 0.024 0.000 0.468
#> GSM29835 5 0.444 0.12254 0.472 0.000 0.004 0.000 0.524
#> GSM29836 5 0.464 0.63730 0.132 0.004 0.052 0.032 0.780
#> GSM29839 4 0.803 0.00711 0.332 0.004 0.096 0.384 0.184
#> GSM29842 4 0.480 0.55161 0.028 0.052 0.116 0.784 0.020
#> GSM29845 4 0.377 0.58604 0.072 0.004 0.068 0.840 0.016
#> GSM29848 4 0.382 0.57942 0.056 0.000 0.100 0.828 0.016
#> GSM29851 4 0.609 0.34505 0.332 0.000 0.112 0.548 0.008
#> GSM29854 3 0.645 0.31117 0.228 0.000 0.500 0.272 0.000
#> GSM29857 4 0.716 0.06619 0.136 0.052 0.360 0.452 0.000
#> GSM29860 1 0.637 0.25627 0.544 0.004 0.040 0.064 0.348
#> GSM29863 3 0.740 0.12291 0.340 0.000 0.348 0.284 0.028
#> GSM29866 1 0.616 0.16124 0.520 0.000 0.152 0.328 0.000
#> GSM29869 1 0.602 0.24875 0.552 0.000 0.144 0.304 0.000
#> GSM29872 1 0.417 0.58824 0.824 0.004 0.052 0.048 0.072
#> GSM29875 4 0.607 0.36714 0.296 0.000 0.136 0.564 0.004
#> GSM29878 1 0.585 0.50857 0.692 0.040 0.076 0.180 0.012
#> GSM29837 5 0.711 0.49620 0.008 0.120 0.096 0.188 0.588
#> GSM29840 4 0.566 0.50309 0.152 0.000 0.060 0.704 0.084
#> GSM29843 4 0.412 0.54391 0.000 0.112 0.072 0.804 0.012
#> GSM29846 4 0.207 0.58427 0.000 0.044 0.036 0.920 0.000
#> GSM29849 4 0.281 0.58879 0.032 0.000 0.068 0.888 0.012
#> GSM29852 4 0.463 0.52117 0.080 0.000 0.188 0.732 0.000
#> GSM29855 4 0.510 0.38728 0.028 0.016 0.324 0.632 0.000
#> GSM29858 4 0.691 0.30040 0.044 0.124 0.292 0.536 0.004
#> GSM29861 4 0.699 0.33969 0.276 0.004 0.044 0.536 0.140
#> GSM29864 4 0.444 0.54985 0.064 0.000 0.152 0.772 0.012
#> GSM29867 4 0.604 0.45438 0.156 0.012 0.216 0.616 0.000
#> GSM29870 4 0.607 0.40690 0.080 0.032 0.288 0.600 0.000
#> GSM29873 1 0.768 0.09428 0.448 0.036 0.156 0.332 0.028
#> GSM29876 4 0.472 0.52313 0.052 0.016 0.192 0.740 0.000
#> GSM29879 4 0.780 0.21077 0.100 0.316 0.164 0.420 0.000
#> GSM29838 5 0.276 0.68557 0.016 0.024 0.036 0.020 0.904
#> GSM29841 5 0.355 0.66874 0.088 0.004 0.032 0.024 0.852
#> GSM29844 5 0.590 0.59278 0.052 0.016 0.068 0.164 0.700
#> GSM29847 4 0.565 -0.01419 0.028 0.000 0.028 0.480 0.464
#> GSM29850 4 0.549 0.44323 0.040 0.000 0.032 0.640 0.288
#> GSM29853 5 0.729 0.37956 0.156 0.000 0.084 0.232 0.528
#> GSM29856 5 0.364 0.66254 0.068 0.008 0.088 0.000 0.836
#> GSM29859 5 0.499 0.66834 0.068 0.056 0.072 0.020 0.784
#> GSM29862 5 0.252 0.67340 0.104 0.000 0.008 0.004 0.884
#> GSM29865 5 0.449 0.66887 0.028 0.016 0.068 0.080 0.808
#> GSM29868 5 0.357 0.64613 0.152 0.000 0.036 0.000 0.812
#> GSM29871 4 0.829 0.09369 0.116 0.036 0.100 0.396 0.352
#> GSM29874 5 0.313 0.64083 0.168 0.004 0.000 0.004 0.824
#> GSM29877 4 0.716 0.28763 0.192 0.000 0.300 0.472 0.036
#> GSM29880 5 0.580 0.62223 0.112 0.028 0.076 0.056 0.728
#> GSM29881 2 0.495 0.49729 0.012 0.612 0.360 0.012 0.004
#> GSM29884 2 0.471 0.57048 0.004 0.784 0.112 0.048 0.052
#> GSM29887 2 0.452 0.57849 0.004 0.796 0.108 0.044 0.048
#> GSM29890 3 0.590 0.26050 0.404 0.024 0.520 0.052 0.000
#> GSM29893 1 0.565 0.37409 0.664 0.000 0.192 0.132 0.012
#> GSM29896 1 0.447 0.35646 0.712 0.000 0.256 0.024 0.008
#> GSM29899 3 0.551 0.36336 0.332 0.020 0.604 0.044 0.000
#> GSM29902 2 0.747 0.09234 0.196 0.460 0.284 0.060 0.000
#> GSM29905 2 0.667 0.30582 0.260 0.536 0.184 0.020 0.000
#> GSM29908 1 0.207 0.58895 0.928 0.000 0.032 0.028 0.012
#> GSM29955 2 0.603 0.39060 0.256 0.596 0.140 0.008 0.000
#> GSM29958 1 0.227 0.59011 0.904 0.000 0.020 0.076 0.000
#> GSM29961 1 0.262 0.58139 0.900 0.000 0.052 0.036 0.012
#> GSM29882 2 0.664 0.18010 0.016 0.444 0.416 0.120 0.004
#> GSM29885 2 0.357 0.58554 0.000 0.844 0.076 0.068 0.012
#> GSM29888 2 0.479 0.54645 0.000 0.764 0.100 0.112 0.024
#> GSM29891 3 0.704 0.45378 0.172 0.128 0.592 0.104 0.004
#> GSM29894 3 0.695 0.12194 0.332 0.000 0.356 0.308 0.004
#> GSM29897 1 0.377 0.57354 0.828 0.000 0.056 0.104 0.012
#> GSM29900 3 0.585 0.44228 0.116 0.032 0.668 0.184 0.000
#> GSM29903 2 0.454 0.56120 0.028 0.740 0.212 0.020 0.000
#> GSM29906 2 0.499 0.55259 0.044 0.724 0.200 0.032 0.000
#> GSM29909 2 0.584 0.47771 0.048 0.684 0.160 0.108 0.000
#> GSM29956 1 0.345 0.58304 0.860 0.004 0.076 0.040 0.020
#> GSM29959 1 0.515 0.49504 0.708 0.008 0.080 0.200 0.004
#> GSM29962 1 0.736 -0.01830 0.424 0.076 0.104 0.392 0.004
#> GSM29883 2 0.604 0.51520 0.004 0.588 0.156 0.000 0.252
#> GSM29886 5 0.601 0.43818 0.008 0.260 0.084 0.020 0.628
#> GSM29889 5 0.566 0.61373 0.004 0.116 0.092 0.068 0.720
#> GSM29892 2 0.534 0.57432 0.004 0.664 0.236 0.000 0.096
#> GSM29895 5 0.562 0.20023 0.420 0.004 0.064 0.000 0.512
#> GSM29898 2 0.656 0.29387 0.016 0.468 0.132 0.000 0.384
#> GSM29901 3 0.686 -0.00748 0.024 0.280 0.508 0.000 0.188
#> GSM29904 1 0.666 0.01592 0.472 0.044 0.088 0.000 0.396
#> GSM29907 5 0.715 0.33114 0.308 0.080 0.108 0.000 0.504
#> GSM29910 1 0.454 0.05150 0.540 0.000 0.008 0.000 0.452
#> GSM29957 5 0.548 0.08976 0.012 0.412 0.040 0.000 0.536
#> GSM29960 1 0.464 0.21735 0.612 0.000 0.020 0.000 0.368
#> GSM29963 5 0.403 0.65436 0.140 0.036 0.020 0.000 0.804
#> GSM29964 2 0.585 0.49337 0.008 0.692 0.132 0.136 0.032
#> GSM29967 2 0.584 0.49785 0.008 0.624 0.068 0.016 0.284
#> GSM29970 3 0.495 -0.32489 0.008 0.468 0.512 0.004 0.008
#> GSM29973 2 0.535 0.52161 0.008 0.684 0.060 0.012 0.236
#> GSM29976 2 0.368 0.58779 0.004 0.760 0.232 0.004 0.000
#> GSM29979 2 0.638 0.52436 0.020 0.588 0.216 0.000 0.176
#> GSM29982 3 0.852 0.14508 0.156 0.204 0.400 0.012 0.228
#> GSM29985 2 0.483 0.34038 0.000 0.500 0.480 0.000 0.020
#> GSM29988 2 0.441 0.56060 0.012 0.692 0.288 0.004 0.004
#> GSM29991 2 0.237 0.61884 0.000 0.904 0.056 0.040 0.000
#> GSM29994 2 0.503 0.54010 0.048 0.668 0.276 0.008 0.000
#> GSM29997 1 0.480 -0.14943 0.496 0.004 0.488 0.012 0.000
#> GSM30000 2 0.428 0.60421 0.012 0.756 0.204 0.000 0.028
#> GSM30003 3 0.715 0.35484 0.212 0.040 0.500 0.248 0.000
#> GSM29965 2 0.391 0.56859 0.000 0.812 0.084 0.100 0.004
#> GSM29968 2 0.587 0.34334 0.004 0.544 0.048 0.020 0.384
#> GSM29971 3 0.596 0.43316 0.040 0.132 0.680 0.144 0.004
#> GSM29974 2 0.490 0.54838 0.004 0.720 0.048 0.012 0.216
#> GSM29977 2 0.441 0.54334 0.008 0.700 0.276 0.016 0.000
#> GSM29980 2 0.501 0.59412 0.004 0.716 0.168 0.000 0.112
#> GSM29983 3 0.761 0.20573 0.220 0.012 0.444 0.288 0.036
#> GSM29986 2 0.508 0.51643 0.004 0.636 0.324 0.024 0.012
#> GSM29989 3 0.458 -0.24749 0.004 0.464 0.528 0.004 0.000
#> GSM29992 2 0.292 0.61174 0.000 0.872 0.072 0.056 0.000
#> GSM29995 1 0.401 0.54751 0.804 0.000 0.140 0.040 0.016
#> GSM29998 3 0.528 -0.07377 0.056 0.376 0.568 0.000 0.000
#> GSM30001 2 0.327 0.62395 0.000 0.852 0.108 0.008 0.032
#> GSM30004 2 0.727 -0.02527 0.032 0.416 0.340 0.212 0.000
#> GSM29966 2 0.624 0.39148 0.004 0.592 0.096 0.024 0.284
#> GSM29969 5 0.533 -0.06304 0.004 0.456 0.032 0.004 0.504
#> GSM29972 2 0.703 0.31336 0.016 0.416 0.348 0.000 0.220
#> GSM29975 2 0.567 0.13185 0.004 0.488 0.040 0.012 0.456
#> GSM29978 3 0.697 -0.30615 0.016 0.392 0.392 0.000 0.200
#> GSM29981 5 0.444 0.56613 0.012 0.172 0.052 0.000 0.764
#> GSM29984 5 0.588 0.04802 0.008 0.388 0.080 0.000 0.524
#> GSM29987 2 0.572 0.55562 0.004 0.640 0.192 0.000 0.164
#> GSM29990 5 0.740 0.15810 0.052 0.184 0.324 0.000 0.440
#> GSM29993 2 0.257 0.62761 0.000 0.896 0.012 0.016 0.076
#> GSM29996 1 0.499 0.36592 0.668 0.000 0.068 0.000 0.264
#> GSM29999 2 0.533 0.32975 0.004 0.492 0.468 0.004 0.032
#> GSM30002 2 0.571 0.52711 0.004 0.616 0.112 0.000 0.268
#> GSM30005 5 0.509 0.62835 0.040 0.060 0.148 0.004 0.748
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM29783 4 0.697 -0.02446 0.040 0.008 0.184 0.484 0.268 0.016
#> GSM29786 4 0.727 -0.06286 0.044 0.024 0.164 0.488 0.260 0.020
#> GSM29789 5 0.842 0.26645 0.268 0.076 0.128 0.224 0.304 0.000
#> GSM29792 1 0.813 0.07969 0.392 0.196 0.144 0.056 0.212 0.000
#> GSM29795 1 0.733 0.23652 0.520 0.104 0.120 0.056 0.200 0.000
#> GSM29798 4 0.442 0.35310 0.016 0.004 0.084 0.768 0.120 0.008
#> GSM29801 3 0.652 0.10138 0.184 0.004 0.404 0.380 0.028 0.000
#> GSM29804 3 0.514 0.39233 0.120 0.000 0.656 0.212 0.004 0.008
#> GSM29807 3 0.493 0.41696 0.148 0.008 0.728 0.088 0.020 0.008
#> GSM29816 3 0.660 0.14016 0.068 0.000 0.484 0.356 0.056 0.036
#> GSM29821 4 0.780 -0.17385 0.252 0.012 0.204 0.356 0.176 0.000
#> GSM29824 3 0.584 0.27918 0.264 0.004 0.564 0.156 0.008 0.004
#> GSM29827 1 0.279 0.54351 0.864 0.024 0.100 0.000 0.012 0.000
#> GSM29830 1 0.576 0.10503 0.476 0.004 0.408 0.096 0.016 0.000
#> GSM29833 1 0.567 0.42896 0.660 0.008 0.152 0.052 0.128 0.000
#> GSM29784 4 0.477 0.02225 0.004 0.004 0.004 0.592 0.364 0.032
#> GSM29787 4 0.417 0.31661 0.000 0.032 0.028 0.760 0.176 0.004
#> GSM29790 5 0.573 0.20629 0.024 0.012 0.012 0.420 0.496 0.036
#> GSM29793 5 0.655 0.34566 0.052 0.040 0.012 0.288 0.556 0.052
#> GSM29796 5 0.751 0.32893 0.268 0.064 0.024 0.296 0.348 0.000
#> GSM29799 4 0.329 0.42185 0.000 0.000 0.040 0.824 0.128 0.008
#> GSM29802 4 0.454 0.38207 0.024 0.000 0.252 0.692 0.028 0.004
#> GSM29805 4 0.501 0.32581 0.028 0.000 0.292 0.636 0.040 0.004
#> GSM29814 4 0.705 0.10541 0.040 0.008 0.360 0.452 0.084 0.056
#> GSM29817 4 0.276 0.47541 0.032 0.000 0.052 0.884 0.028 0.004
#> GSM29822 4 0.360 0.39640 0.036 0.000 0.008 0.808 0.140 0.008
#> GSM29825 4 0.515 0.44386 0.084 0.000 0.148 0.712 0.044 0.012
#> GSM29828 1 0.263 0.52682 0.900 0.016 0.020 0.028 0.032 0.004
#> GSM29831 1 0.237 0.52966 0.912 0.016 0.032 0.024 0.012 0.004
#> GSM29834 1 0.415 0.40902 0.776 0.000 0.028 0.144 0.048 0.004
#> GSM29785 2 0.509 0.54676 0.008 0.680 0.008 0.164 0.140 0.000
#> GSM29788 2 0.447 0.61655 0.000 0.752 0.012 0.108 0.120 0.008
#> GSM29791 2 0.453 0.61806 0.108 0.740 0.008 0.008 0.136 0.000
#> GSM29794 2 0.465 0.60903 0.100 0.732 0.012 0.008 0.148 0.000
#> GSM29797 2 0.351 0.65789 0.036 0.840 0.016 0.008 0.092 0.008
#> GSM29800 4 0.596 0.09526 0.000 0.260 0.020 0.568 0.144 0.008
#> GSM29803 2 0.486 0.61420 0.008 0.724 0.052 0.168 0.048 0.000
#> GSM29806 2 0.701 0.46256 0.012 0.556 0.208 0.120 0.076 0.028
#> GSM29815 2 0.553 0.63769 0.020 0.720 0.112 0.048 0.076 0.024
#> GSM29819 3 0.806 0.09959 0.004 0.252 0.340 0.272 0.084 0.048
#> GSM29823 2 0.544 0.53442 0.232 0.660 0.016 0.016 0.064 0.012
#> GSM29826 3 0.833 0.08182 0.036 0.296 0.312 0.236 0.100 0.020
#> GSM29829 1 0.413 0.15304 0.620 0.364 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM29832 2 0.412 0.19446 0.472 0.520 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM29835 1 0.502 -0.09646 0.500 0.440 0.008 0.000 0.052 0.000
#> GSM29836 2 0.623 0.47684 0.088 0.612 0.080 0.020 0.200 0.000
#> GSM29839 5 0.869 0.22825 0.256 0.108 0.152 0.208 0.276 0.000
#> GSM29842 4 0.641 -0.05399 0.036 0.012 0.100 0.516 0.328 0.008
#> GSM29845 4 0.589 0.23329 0.056 0.000 0.228 0.600 0.116 0.000
#> GSM29848 4 0.496 0.36926 0.036 0.000 0.148 0.716 0.096 0.004
#> GSM29851 4 0.688 -0.07037 0.216 0.004 0.340 0.392 0.048 0.000
#> GSM29854 3 0.561 0.39395 0.080 0.008 0.652 0.220 0.012 0.028
#> GSM29857 3 0.556 0.08195 0.028 0.000 0.512 0.408 0.032 0.020
#> GSM29860 1 0.808 0.16698 0.368 0.256 0.188 0.044 0.144 0.000
#> GSM29863 3 0.719 0.29251 0.196 0.020 0.512 0.196 0.064 0.012
#> GSM29866 3 0.646 0.15635 0.320 0.004 0.460 0.188 0.028 0.000
#> GSM29869 3 0.676 0.11279 0.340 0.000 0.412 0.192 0.056 0.000
#> GSM29872 1 0.621 0.27521 0.500 0.056 0.372 0.028 0.044 0.000
#> GSM29875 4 0.653 0.07771 0.204 0.000 0.276 0.476 0.044 0.000
#> GSM29878 1 0.740 0.22752 0.460 0.008 0.240 0.092 0.188 0.012
#> GSM29837 2 0.557 0.39803 0.008 0.552 0.012 0.032 0.368 0.028
#> GSM29840 4 0.725 -0.23741 0.180 0.064 0.028 0.452 0.276 0.000
#> GSM29843 4 0.491 0.03488 0.012 0.000 0.008 0.592 0.356 0.032
#> GSM29846 4 0.296 0.39858 0.008 0.000 0.016 0.836 0.140 0.000
#> GSM29849 4 0.258 0.45394 0.008 0.000 0.052 0.884 0.056 0.000
#> GSM29852 4 0.270 0.48457 0.016 0.000 0.116 0.860 0.008 0.000
#> GSM29855 4 0.407 0.42573 0.008 0.000 0.220 0.736 0.032 0.004
#> GSM29858 4 0.570 0.32253 0.020 0.000 0.268 0.612 0.072 0.028
#> GSM29861 4 0.745 -0.09161 0.248 0.132 0.012 0.432 0.176 0.000
#> GSM29864 4 0.290 0.47372 0.012 0.004 0.080 0.868 0.036 0.000
#> GSM29867 4 0.582 0.38806 0.104 0.000 0.196 0.632 0.064 0.004
#> GSM29870 4 0.597 0.32318 0.060 0.000 0.268 0.596 0.056 0.020
#> GSM29873 1 0.887 -0.04289 0.336 0.036 0.228 0.184 0.160 0.056
#> GSM29876 4 0.394 0.47331 0.032 0.000 0.136 0.788 0.044 0.000
#> GSM29879 5 0.872 0.07761 0.116 0.004 0.132 0.228 0.320 0.200
#> GSM29838 2 0.255 0.65704 0.012 0.880 0.004 0.004 0.096 0.004
#> GSM29841 2 0.335 0.65105 0.044 0.836 0.008 0.008 0.104 0.000
#> GSM29844 2 0.579 0.43300 0.028 0.580 0.012 0.084 0.296 0.000
#> GSM29847 4 0.613 0.08497 0.004 0.316 0.044 0.540 0.092 0.004
#> GSM29850 4 0.529 0.28965 0.004 0.132 0.044 0.700 0.116 0.004
#> GSM29853 2 0.681 0.47960 0.052 0.560 0.060 0.240 0.084 0.004
#> GSM29856 2 0.368 0.65545 0.016 0.848 0.048 0.032 0.036 0.020
#> GSM29859 2 0.574 0.62959 0.028 0.708 0.124 0.036 0.064 0.040
#> GSM29862 2 0.225 0.65831 0.064 0.900 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM29865 2 0.474 0.64097 0.004 0.768 0.068 0.088 0.056 0.016
#> GSM29868 2 0.302 0.64875 0.108 0.856 0.012 0.008 0.012 0.004
#> GSM29871 2 0.822 0.26743 0.108 0.412 0.080 0.272 0.112 0.016
#> GSM29874 2 0.323 0.64132 0.132 0.828 0.004 0.004 0.032 0.000
#> GSM29877 4 0.671 0.34501 0.072 0.040 0.136 0.620 0.116 0.016
#> GSM29880 2 0.536 0.59432 0.104 0.672 0.016 0.012 0.192 0.004
#> GSM29881 6 0.423 0.47419 0.000 0.000 0.292 0.004 0.032 0.672
#> GSM29884 6 0.502 0.49101 0.000 0.024 0.040 0.000 0.352 0.584
#> GSM29887 6 0.480 0.52185 0.000 0.016 0.044 0.000 0.312 0.628
#> GSM29890 3 0.574 0.33642 0.252 0.000 0.624 0.060 0.040 0.024
#> GSM29893 3 0.568 0.09530 0.364 0.008 0.528 0.084 0.016 0.000
#> GSM29896 1 0.497 0.14879 0.520 0.008 0.432 0.008 0.032 0.000
#> GSM29899 3 0.488 0.41069 0.140 0.000 0.732 0.032 0.012 0.084
#> GSM29902 3 0.695 0.19585 0.084 0.000 0.536 0.036 0.112 0.232
#> GSM29905 6 0.731 0.22536 0.104 0.000 0.348 0.020 0.128 0.400
#> GSM29908 1 0.390 0.47469 0.748 0.008 0.216 0.004 0.024 0.000
#> GSM29955 6 0.717 0.35171 0.160 0.004 0.208 0.004 0.136 0.488
#> GSM29958 1 0.380 0.52130 0.800 0.004 0.136 0.024 0.036 0.000
#> GSM29961 1 0.467 0.36609 0.644 0.004 0.308 0.024 0.020 0.000
#> GSM29882 6 0.769 0.11502 0.024 0.000 0.220 0.252 0.108 0.396
#> GSM29885 6 0.462 0.50101 0.000 0.000 0.024 0.024 0.312 0.640
#> GSM29888 6 0.534 0.38905 0.000 0.000 0.024 0.056 0.400 0.520
#> GSM29891 3 0.809 0.17312 0.152 0.000 0.428 0.200 0.080 0.140
#> GSM29894 3 0.667 0.32285 0.308 0.000 0.428 0.228 0.032 0.004
#> GSM29897 1 0.198 0.53298 0.928 0.004 0.020 0.032 0.012 0.004
#> GSM29900 3 0.681 0.16729 0.072 0.000 0.504 0.312 0.052 0.060
#> GSM29903 6 0.711 0.41223 0.064 0.000 0.156 0.044 0.216 0.520
#> GSM29906 6 0.758 0.35674 0.092 0.000 0.160 0.052 0.228 0.468
#> GSM29909 6 0.747 0.29954 0.080 0.000 0.108 0.060 0.320 0.432
#> GSM29956 1 0.272 0.51220 0.888 0.012 0.060 0.008 0.028 0.004
#> GSM29959 1 0.423 0.44967 0.792 0.000 0.040 0.100 0.056 0.012
#> GSM29962 1 0.707 0.08456 0.520 0.000 0.080 0.176 0.196 0.028
#> GSM29883 6 0.583 0.45320 0.000 0.252 0.044 0.020 0.068 0.616
#> GSM29886 2 0.601 0.29699 0.000 0.512 0.012 0.000 0.264 0.212
#> GSM29889 2 0.454 0.56816 0.004 0.680 0.012 0.004 0.272 0.028
#> GSM29892 6 0.583 0.55170 0.032 0.052 0.152 0.004 0.084 0.676
#> GSM29895 2 0.611 0.38164 0.292 0.560 0.072 0.000 0.068 0.008
#> GSM29898 2 0.565 -0.05785 0.008 0.464 0.040 0.000 0.040 0.448
#> GSM29901 3 0.795 -0.11986 0.020 0.184 0.352 0.012 0.116 0.316
#> GSM29904 2 0.719 0.23334 0.344 0.424 0.140 0.000 0.052 0.040
#> GSM29907 2 0.719 0.50336 0.180 0.556 0.128 0.008 0.060 0.068
#> GSM29910 2 0.472 0.21287 0.448 0.516 0.016 0.000 0.020 0.000
#> GSM29957 2 0.667 0.03233 0.020 0.436 0.028 0.000 0.152 0.364
#> GSM29960 1 0.410 0.18577 0.628 0.356 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM29963 2 0.383 0.65433 0.068 0.828 0.044 0.000 0.032 0.028
#> GSM29964 6 0.612 0.32133 0.004 0.012 0.072 0.032 0.436 0.444
#> GSM29967 6 0.626 0.52158 0.000 0.112 0.136 0.016 0.112 0.624
#> GSM29970 6 0.517 0.39712 0.004 0.000 0.312 0.008 0.076 0.600
#> GSM29973 6 0.525 0.54780 0.000 0.136 0.016 0.000 0.200 0.648
#> GSM29976 6 0.301 0.58531 0.004 0.000 0.132 0.000 0.028 0.836
#> GSM29979 6 0.586 0.37459 0.004 0.048 0.324 0.000 0.072 0.552
#> GSM29982 3 0.748 -0.12781 0.020 0.088 0.384 0.012 0.124 0.372
#> GSM29985 6 0.504 0.42598 0.000 0.000 0.280 0.008 0.088 0.624
#> GSM29988 6 0.374 0.56067 0.000 0.000 0.208 0.004 0.032 0.756
#> GSM29991 6 0.387 0.58231 0.000 0.000 0.060 0.004 0.168 0.768
#> GSM29994 6 0.516 0.53685 0.012 0.000 0.248 0.004 0.092 0.644
#> GSM29997 3 0.524 0.29637 0.288 0.004 0.632 0.040 0.028 0.008
#> GSM30000 6 0.300 0.57882 0.000 0.008 0.136 0.000 0.020 0.836
#> GSM30003 3 0.578 0.43087 0.084 0.000 0.668 0.160 0.024 0.064
#> GSM29965 6 0.529 0.43539 0.000 0.000 0.032 0.048 0.360 0.560
#> GSM29968 6 0.612 0.37595 0.000 0.300 0.028 0.024 0.092 0.556
#> GSM29971 3 0.776 0.10620 0.012 0.004 0.336 0.304 0.116 0.228
#> GSM29974 6 0.470 0.55037 0.000 0.104 0.000 0.000 0.228 0.668
#> GSM29977 6 0.624 0.47250 0.012 0.000 0.208 0.064 0.120 0.596
#> GSM29980 6 0.292 0.59868 0.000 0.064 0.028 0.020 0.012 0.876
#> GSM29983 4 0.916 -0.00795 0.092 0.064 0.176 0.364 0.160 0.144
#> GSM29986 6 0.477 0.52438 0.000 0.000 0.124 0.080 0.060 0.736
#> GSM29989 6 0.693 0.20473 0.032 0.000 0.364 0.076 0.084 0.444
#> GSM29992 6 0.507 0.54553 0.004 0.000 0.068 0.044 0.188 0.696
#> GSM29995 1 0.336 0.50238 0.844 0.012 0.104 0.016 0.016 0.008
#> GSM29998 3 0.756 -0.15181 0.108 0.000 0.388 0.052 0.096 0.356
#> GSM30001 6 0.254 0.60746 0.000 0.012 0.024 0.012 0.056 0.896
#> GSM30004 4 0.825 -0.05472 0.048 0.000 0.280 0.284 0.136 0.252
#> GSM29966 6 0.615 0.35540 0.000 0.204 0.012 0.000 0.328 0.456
#> GSM29969 6 0.537 0.26402 0.000 0.392 0.016 0.004 0.060 0.528
#> GSM29972 6 0.688 0.31935 0.000 0.276 0.112 0.004 0.124 0.484
#> GSM29975 6 0.594 0.13933 0.000 0.416 0.012 0.000 0.148 0.424
#> GSM29978 6 0.733 0.17611 0.004 0.332 0.108 0.012 0.132 0.412
#> GSM29981 2 0.464 0.43858 0.000 0.684 0.016 0.000 0.056 0.244
#> GSM29984 6 0.581 0.12581 0.000 0.424 0.020 0.004 0.092 0.460
#> GSM29987 6 0.444 0.55264 0.000 0.160 0.040 0.004 0.044 0.752
#> GSM29990 2 0.645 0.50210 0.028 0.596 0.208 0.004 0.052 0.112
#> GSM29993 6 0.383 0.58558 0.000 0.040 0.004 0.004 0.184 0.768
#> GSM29996 1 0.566 0.15551 0.572 0.316 0.072 0.004 0.036 0.000
#> GSM29999 6 0.778 0.23839 0.020 0.104 0.352 0.032 0.104 0.388
#> GSM30002 6 0.407 0.51277 0.000 0.224 0.016 0.000 0.028 0.732
#> GSM30005 2 0.482 0.64124 0.012 0.772 0.096 0.036 0.040 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) agent(p) individual(p) k
#> ATC:NMF 163 1.06e-11 2.39e-05 0.000229 2
#> ATC:NMF 147 2.06e-17 5.05e-12 0.000149 3
#> ATC:NMF 108 1.46e-14 4.45e-13 0.010165 4
#> ATC:NMF 79 6.99e-10 3.17e-11 0.011481 5
#> ATC:NMF 47 4.12e-06 1.37e-07 0.147228 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0