Date: 2019-12-25 22:15:49 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 21168 158
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 3 | 1.000 | 0.964 | 0.954 | ** | |
| SD:NMF | 3 | 1.000 | 0.979 | 0.991 | ** | |
| CV:NMF | 3 | 1.000 | 0.978 | 0.991 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| CV:kmeans | 3 | 0.997 | 0.962 | 0.962 | ** | |
| MAD:NMF | 3 | 0.990 | 0.956 | 0.982 | ** | 2 |
| MAD:kmeans | 3 | 0.980 | 0.947 | 0.967 | ** | |
| MAD:pam | 6 | 0.975 | 0.935 | 0.972 | ** | 2,5 |
| SD:skmeans | 5 | 0.972 | 0.937 | 0.962 | ** | 3,4 |
| ATC:pam | 5 | 0.969 | 0.913 | 0.956 | ** | 4 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.961 | 0.913 | 0.959 | ** | 2,3,4 |
| ATC:skmeans | 5 | 0.954 | 0.940 | 0.965 | ** | 2,3,4 |
| ATC:NMF | 4 | 0.949 | 0.926 | 0.964 | * | 2,3 |
| CV:skmeans | 5 | 0.942 | 0.932 | 0.956 | * | 3,4 |
| CV:pam | 6 | 0.930 | 0.907 | 0.958 | * | 3 |
| SD:pam | 6 | 0.914 | 0.914 | 0.943 | * | 3 |
| SD:hclust | 2 | 0.902 | 0.922 | 0.968 | * | |
| MAD:mclust | 3 | 0.875 | 0.879 | 0.944 | ||
| ATC:mclust | 6 | 0.858 | 0.874 | 0.916 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.833 | 0.879 | 0.952 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.745 | 0.862 | 0.938 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.610 | 0.828 | 0.923 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.582 | 0.887 | 0.902 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.562 | 0.849 | 0.888 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.849 0.923 0.966 0.474 0.529 0.529
#> CV:NMF 2 0.818 0.908 0.958 0.469 0.536 0.536
#> MAD:NMF 2 0.947 0.947 0.978 0.481 0.520 0.520
#> ATC:NMF 2 1.000 0.960 0.984 0.465 0.536 0.536
#> SD:skmeans 2 0.700 0.921 0.957 0.494 0.497 0.497
#> CV:skmeans 2 0.720 0.914 0.959 0.496 0.497 0.497
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.991 0.996 0.503 0.497 0.497
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.981 0.992 0.492 0.510 0.510
#> SD:mclust 2 0.610 0.828 0.923 0.498 0.497 0.497
#> CV:mclust 2 0.833 0.879 0.952 0.497 0.505 0.505
#> MAD:mclust 2 0.494 0.730 0.877 0.461 0.501 0.501
#> ATC:mclust 2 0.534 0.862 0.864 0.484 0.508 0.508
#> SD:kmeans 2 0.459 0.817 0.831 0.409 0.585 0.585
#> CV:kmeans 2 0.498 0.825 0.825 0.407 0.585 0.585
#> MAD:kmeans 2 0.427 0.744 0.795 0.419 0.585 0.585
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.412 0.590 0.590
#> SD:pam 2 0.398 0.423 0.661 0.427 0.646 0.646
#> CV:pam 2 0.388 0.781 0.869 0.427 0.526 0.526
#> MAD:pam 2 0.906 0.891 0.939 0.433 0.560 0.560
#> ATC:pam 2 0.560 0.901 0.940 0.480 0.501 0.501
#> SD:hclust 2 0.902 0.922 0.968 0.367 0.660 0.660
#> CV:hclust 2 0.442 0.883 0.866 0.352 0.660 0.660
#> MAD:hclust 2 0.853 0.939 0.965 0.370 0.660 0.660
#> ATC:hclust 2 0.745 0.862 0.938 0.449 0.551 0.551
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.979 0.991 0.350 0.701 0.496
#> CV:NMF 3 1.000 0.978 0.991 0.365 0.710 0.510
#> MAD:NMF 3 0.990 0.956 0.982 0.335 0.688 0.476
#> ATC:NMF 3 0.932 0.929 0.969 0.422 0.758 0.566
#> SD:skmeans 3 1.000 0.986 0.993 0.306 0.644 0.412
#> CV:skmeans 3 1.000 0.985 0.993 0.306 0.650 0.417
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.989 0.995 0.289 0.657 0.424
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.977 0.991 0.342 0.804 0.626
#> SD:mclust 3 0.735 0.757 0.877 0.254 0.718 0.499
#> CV:mclust 3 0.661 0.782 0.892 0.280 0.609 0.395
#> MAD:mclust 3 0.875 0.879 0.944 0.337 0.635 0.405
#> ATC:mclust 3 0.649 0.852 0.914 0.331 0.626 0.402
#> SD:kmeans 3 1.000 0.964 0.954 0.495 0.741 0.575
#> CV:kmeans 3 0.997 0.962 0.962 0.503 0.741 0.575
#> MAD:kmeans 3 0.980 0.947 0.967 0.468 0.741 0.575
#> ATC:kmeans 3 0.476 0.642 0.824 0.509 0.644 0.458
#> SD:pam 3 0.931 0.928 0.971 0.430 0.754 0.620
#> CV:pam 3 0.979 0.952 0.976 0.408 0.631 0.432
#> MAD:pam 3 0.709 0.789 0.840 0.432 0.682 0.499
#> ATC:pam 3 0.848 0.857 0.947 0.305 0.762 0.576
#> SD:hclust 3 0.658 0.876 0.900 0.662 0.737 0.601
#> CV:hclust 3 0.562 0.849 0.888 0.730 0.737 0.601
#> MAD:hclust 3 0.582 0.887 0.902 0.658 0.737 0.601
#> ATC:hclust 3 0.515 0.682 0.736 0.384 0.779 0.599
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.784 0.755 0.865 0.154 0.898 0.721
#> CV:NMF 4 0.787 0.785 0.888 0.159 0.877 0.663
#> MAD:NMF 4 0.777 0.829 0.881 0.162 0.877 0.661
#> ATC:NMF 4 0.949 0.926 0.964 0.138 0.837 0.565
#> SD:skmeans 4 1.000 0.961 0.980 0.168 0.865 0.635
#> CV:skmeans 4 1.000 0.975 0.989 0.164 0.883 0.673
#> MAD:skmeans 4 0.988 0.948 0.977 0.160 0.859 0.618
#> ATC:skmeans 4 1.000 0.959 0.984 0.125 0.895 0.700
#> SD:mclust 4 0.654 0.714 0.829 0.131 0.864 0.641
#> CV:mclust 4 0.772 0.792 0.880 0.129 0.844 0.617
#> MAD:mclust 4 0.745 0.875 0.894 0.159 0.802 0.526
#> ATC:mclust 4 0.739 0.746 0.890 0.134 0.888 0.699
#> SD:kmeans 4 0.757 0.826 0.826 0.171 0.874 0.664
#> CV:kmeans 4 0.752 0.648 0.795 0.159 0.938 0.836
#> MAD:kmeans 4 0.750 0.751 0.810 0.163 0.823 0.565
#> ATC:kmeans 4 0.797 0.871 0.909 0.160 0.907 0.749
#> SD:pam 4 0.747 0.744 0.870 0.154 0.910 0.780
#> CV:pam 4 0.838 0.874 0.909 0.211 0.832 0.590
#> MAD:pam 4 0.863 0.915 0.953 0.208 0.830 0.581
#> ATC:pam 4 0.916 0.902 0.962 0.180 0.812 0.551
#> SD:hclust 4 0.765 0.818 0.889 0.200 0.865 0.658
#> CV:hclust 4 0.690 0.726 0.829 0.192 0.863 0.653
#> MAD:hclust 4 0.756 0.773 0.876 0.177 0.869 0.670
#> ATC:hclust 4 0.566 0.580 0.789 0.151 0.775 0.468
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.846 0.821 0.908 0.0768 0.879 0.592
#> CV:NMF 5 0.843 0.834 0.909 0.0724 0.891 0.608
#> MAD:NMF 5 0.839 0.829 0.911 0.0687 0.911 0.667
#> ATC:NMF 5 0.830 0.792 0.893 0.0606 0.921 0.700
#> SD:skmeans 5 0.972 0.937 0.962 0.0383 0.968 0.871
#> CV:skmeans 5 0.942 0.932 0.956 0.0367 0.968 0.871
#> MAD:skmeans 5 0.961 0.913 0.959 0.0382 0.959 0.840
#> ATC:skmeans 5 0.954 0.940 0.965 0.0406 0.969 0.880
#> SD:mclust 5 0.672 0.640 0.796 0.0758 0.950 0.825
#> CV:mclust 5 0.704 0.693 0.828 0.0595 0.909 0.695
#> MAD:mclust 5 0.714 0.692 0.771 0.0507 0.903 0.676
#> ATC:mclust 5 0.728 0.689 0.816 0.0608 0.931 0.749
#> SD:kmeans 5 0.707 0.763 0.808 0.0674 0.973 0.897
#> CV:kmeans 5 0.712 0.695 0.813 0.0785 0.838 0.553
#> MAD:kmeans 5 0.735 0.716 0.833 0.0756 0.959 0.849
#> ATC:kmeans 5 0.767 0.783 0.822 0.0796 0.881 0.605
#> SD:pam 5 0.806 0.809 0.846 0.0786 0.863 0.601
#> CV:pam 5 0.804 0.862 0.884 0.0565 0.935 0.755
#> MAD:pam 5 0.905 0.890 0.920 0.0459 0.960 0.841
#> ATC:pam 5 0.969 0.913 0.956 0.0494 0.958 0.842
#> SD:hclust 5 0.742 0.749 0.820 0.0506 0.927 0.735
#> CV:hclust 5 0.756 0.731 0.833 0.0630 0.964 0.863
#> MAD:hclust 5 0.718 0.745 0.818 0.0668 0.967 0.882
#> ATC:hclust 5 0.637 0.620 0.730 0.0655 0.811 0.465
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.824 0.686 0.812 0.0323 0.965 0.834
#> CV:NMF 6 0.835 0.763 0.845 0.0316 0.966 0.835
#> MAD:NMF 6 0.824 0.729 0.833 0.0323 0.940 0.721
#> ATC:NMF 6 0.840 0.761 0.865 0.0337 0.929 0.678
#> SD:skmeans 6 0.892 0.803 0.901 0.0368 0.975 0.888
#> CV:skmeans 6 0.881 0.791 0.891 0.0382 0.976 0.893
#> MAD:skmeans 6 0.897 0.810 0.902 0.0374 0.976 0.894
#> ATC:skmeans 6 0.866 0.785 0.897 0.0367 0.984 0.928
#> SD:mclust 6 0.753 0.740 0.830 0.0487 0.983 0.934
#> CV:mclust 6 0.774 0.727 0.843 0.0479 0.899 0.631
#> MAD:mclust 6 0.661 0.532 0.729 0.0480 0.848 0.496
#> ATC:mclust 6 0.858 0.874 0.916 0.0409 0.882 0.560
#> SD:kmeans 6 0.670 0.543 0.734 0.0424 0.975 0.900
#> CV:kmeans 6 0.735 0.681 0.783 0.0450 0.963 0.848
#> MAD:kmeans 6 0.784 0.699 0.791 0.0422 0.965 0.856
#> ATC:kmeans 6 0.799 0.643 0.791 0.0458 0.920 0.670
#> SD:pam 6 0.914 0.914 0.943 0.0633 0.966 0.846
#> CV:pam 6 0.930 0.907 0.958 0.0509 0.970 0.862
#> MAD:pam 6 0.975 0.935 0.972 0.0348 0.972 0.870
#> ATC:pam 6 0.887 0.786 0.863 0.0371 0.979 0.909
#> SD:hclust 6 0.823 0.787 0.862 0.0539 0.942 0.745
#> CV:hclust 6 0.779 0.765 0.812 0.0398 0.971 0.875
#> MAD:hclust 6 0.766 0.629 0.787 0.0424 0.947 0.791
#> ATC:hclust 6 0.695 0.587 0.792 0.0540 0.874 0.547
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 154 3.37e-06 2
#> CV:NMF 152 2.90e-06 2
#> MAD:NMF 153 5.02e-06 2
#> ATC:NMF 156 2.53e-06 2
#> SD:skmeans 156 6.50e-07 2
#> CV:skmeans 153 6.91e-07 2
#> MAD:skmeans 158 3.86e-07 2
#> ATC:skmeans 157 1.12e-05 2
#> SD:mclust 143 1.87e-06 2
#> CV:mclust 145 1.89e-06 2
#> MAD:mclust 129 5.75e-06 2
#> ATC:mclust 155 5.01e-07 2
#> SD:kmeans 158 2.28e-07 2
#> CV:kmeans 158 2.28e-07 2
#> MAD:kmeans 155 3.48e-07 2
#> ATC:kmeans 158 4.35e-07 2
#> SD:pam 124 4.99e-06 2
#> CV:pam 148 7.31e-07 2
#> MAD:pam 151 4.79e-07 2
#> ATC:pam 154 3.04e-06 2
#> SD:hclust 148 5.05e-07 2
#> CV:hclust 150 4.31e-07 2
#> MAD:hclust 158 2.28e-07 2
#> ATC:hclust 146 1.09e-06 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 157 1.06e-12 3
#> CV:NMF 157 1.06e-12 3
#> MAD:NMF 155 2.96e-12 3
#> ATC:NMF 156 1.37e-11 3
#> SD:skmeans 158 6.33e-13 3
#> CV:skmeans 158 6.33e-13 3
#> MAD:skmeans 158 1.28e-12 3
#> ATC:skmeans 156 5.31e-11 3
#> SD:mclust 126 3.98e-10 3
#> CV:mclust 134 5.58e-11 3
#> MAD:mclust 142 1.59e-11 3
#> ATC:mclust 149 3.71e-12 3
#> SD:kmeans 157 1.06e-12 3
#> CV:kmeans 156 8.65e-13 3
#> MAD:kmeans 154 1.18e-12 3
#> ATC:kmeans 122 1.05e-08 3
#> SD:pam 152 3.32e-12 3
#> CV:pam 156 1.77e-12 3
#> MAD:pam 152 3.32e-12 3
#> ATC:pam 141 3.44e-10 3
#> SD:hclust 148 3.02e-12 3
#> CV:hclust 150 2.21e-12 3
#> MAD:hclust 158 6.33e-13 3
#> ATC:hclust 146 1.90e-11 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 143 1.13e-16 4
#> CV:NMF 145 6.30e-16 4
#> MAD:NMF 148 4.80e-16 4
#> ATC:NMF 154 2.47e-15 4
#> SD:skmeans 154 1.52e-17 4
#> CV:skmeans 155 2.09e-17 4
#> MAD:skmeans 154 1.33e-16 4
#> ATC:skmeans 155 2.17e-16 4
#> SD:mclust 129 2.44e-14 4
#> CV:mclust 139 3.68e-15 4
#> MAD:mclust 154 1.39e-16 4
#> ATC:mclust 130 1.15e-14 4
#> SD:kmeans 149 2.79e-17 4
#> CV:kmeans 111 2.97e-09 4
#> MAD:kmeans 137 3.75e-15 4
#> ATC:kmeans 149 1.31e-15 4
#> SD:pam 139 8.31e-16 4
#> CV:pam 152 6.13e-15 4
#> MAD:pam 154 1.76e-15 4
#> ATC:pam 147 6.18e-14 4
#> SD:hclust 143 1.13e-16 4
#> CV:hclust 132 8.61e-16 4
#> MAD:hclust 134 1.58e-15 4
#> ATC:hclust 118 1.66e-13 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 145 1.58e-19 5
#> CV:NMF 148 3.40e-20 5
#> MAD:NMF 146 7.51e-20 5
#> ATC:NMF 142 1.22e-18 5
#> SD:skmeans 158 2.31e-23 5
#> CV:skmeans 156 1.79e-22 5
#> MAD:skmeans 152 6.36e-22 5
#> ATC:skmeans 158 1.35e-21 5
#> SD:mclust 117 4.04e-13 5
#> CV:mclust 131 3.01e-18 5
#> MAD:mclust 132 3.88e-18 5
#> ATC:mclust 124 1.18e-16 5
#> SD:kmeans 142 2.43e-16 5
#> CV:kmeans 125 7.58e-15 5
#> MAD:kmeans 137 3.74e-20 5
#> ATC:kmeans 139 1.41e-16 5
#> SD:pam 149 2.47e-20 5
#> CV:pam 152 6.04e-19 5
#> MAD:pam 156 6.46e-21 5
#> ATC:pam 152 2.96e-18 5
#> SD:hclust 141 2.65e-21 5
#> CV:hclust 134 1.14e-20 5
#> MAD:hclust 122 2.61e-14 5
#> ATC:hclust 113 4.36e-17 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 121 5.39e-18 6
#> CV:NMF 142 2.04e-24 6
#> MAD:NMF 124 1.14e-20 6
#> ATC:NMF 140 6.59e-22 6
#> SD:skmeans 144 1.72e-25 6
#> CV:skmeans 144 2.12e-21 6
#> MAD:skmeans 143 5.95e-25 6
#> ATC:skmeans 141 2.31e-25 6
#> SD:mclust 123 1.92e-21 6
#> CV:mclust 125 2.12e-19 6
#> MAD:mclust 109 1.94e-17 6
#> ATC:mclust 153 6.02e-26 6
#> SD:kmeans 109 5.49e-17 6
#> CV:kmeans 127 2.04e-19 6
#> MAD:kmeans 127 8.35e-19 6
#> ATC:kmeans 118 6.17e-18 6
#> SD:pam 151 3.70e-25 6
#> CV:pam 155 6.42e-25 6
#> MAD:pam 153 6.88e-26 6
#> ATC:pam 150 2.52e-22 6
#> SD:hclust 145 8.51e-27 6
#> CV:hclust 138 5.24e-26 6
#> MAD:hclust 117 4.56e-18 6
#> ATC:hclust 112 2.53e-20 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.902 0.922 0.968 0.3672 0.660 0.660
#> 3 3 0.658 0.876 0.900 0.6623 0.737 0.601
#> 4 4 0.765 0.818 0.889 0.2002 0.865 0.658
#> 5 5 0.742 0.749 0.820 0.0506 0.927 0.735
#> 6 6 0.823 0.787 0.862 0.0539 0.942 0.745
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18928 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18915 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18916 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18939 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18940 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18933 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18934 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18925 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18926 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18931 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18932 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM19019 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM19020 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18923 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18924 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18941 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18942 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18929 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18930 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18911 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18912 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18935 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18936 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM19005 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18922 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18919 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18920 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18917 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18918 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18913 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18914 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18937 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18938 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18943 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18944 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM19003 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18946 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> GSM18963 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18965 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18966 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18873 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18874 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18973 2 0.1414 0.9455 0.020 0.980
#> GSM18974 2 0.1414 0.9455 0.020 0.980
#> GSM18977 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18884 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18885 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18886 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18907 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18908 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18909 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18910 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18867 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18868 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18947 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18968 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18959 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18958 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18981 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18890 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18881 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18882 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18877 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18878 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18875 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18876 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18879 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18880 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18871 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18872 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18903 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18904 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18949 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18950 2 0.0376 0.9591 0.004 0.996
#> GSM18953 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18971 2 0.0672 0.9561 0.008 0.992
#> GSM18972 2 0.0672 0.9561 0.008 0.992
#> GSM18969 2 0.0672 0.9561 0.008 0.992
#> GSM18970 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18869 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM18870 1 0.0376 0.9893 0.996 0.004
#> GSM19017 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19021 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18899 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18900 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18961 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18901 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18902 2 0.9795 0.3159 0.416 0.584
#> GSM18993 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18865 2 0.9993 0.0657 0.484 0.516
#> GSM18866 2 0.9993 0.0657 0.484 0.516
#> GSM18897 1 0.2043 0.9758 0.968 0.032
#> GSM18898 1 0.2043 0.9758 0.968 0.032
#> GSM18887 1 0.2043 0.9758 0.968 0.032
#> GSM18888 1 0.2043 0.9758 0.968 0.032
#> GSM18893 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18894 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18895 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18896 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18891 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18892 1 0.2423 0.9699 0.960 0.040
#> GSM18955 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.9614 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18928 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18915 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18916 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18939 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18940 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18933 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18934 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18925 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18926 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18931 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18932 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM19019 3 0.2356 0.95220 0.000 0.072 0.928
#> GSM19020 3 0.2356 0.95220 0.000 0.072 0.928
#> GSM18923 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18924 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18941 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18942 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18929 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18930 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18911 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18912 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18935 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18936 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM19005 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19006 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18921 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18922 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18919 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18920 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18917 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18918 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18913 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18914 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18937 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18938 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18943 3 0.2356 0.95220 0.000 0.072 0.928
#> GSM18944 3 0.2356 0.95220 0.000 0.072 0.928
#> GSM19003 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19004 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19011 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19012 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19009 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19010 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18945 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18946 3 0.1163 0.99462 0.000 0.028 0.972
#> GSM18963 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18964 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18905 2 0.3879 0.86299 0.000 0.848 0.152
#> GSM18906 2 0.3879 0.86299 0.000 0.848 0.152
#> GSM18965 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18966 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18873 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.1905 0.81161 0.016 0.956 0.028
#> GSM18974 2 0.1905 0.81161 0.016 0.956 0.028
#> GSM18977 2 0.1163 0.84429 0.000 0.972 0.028
#> GSM18978 2 0.1163 0.84429 0.000 0.972 0.028
#> GSM18979 2 0.1163 0.84429 0.000 0.972 0.028
#> GSM18980 2 0.1031 0.84296 0.000 0.976 0.024
#> GSM18883 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18910 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18867 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.3941 0.86197 0.000 0.844 0.156
#> GSM18948 2 0.3941 0.86197 0.000 0.844 0.156
#> GSM18995 2 0.3941 0.86197 0.000 0.844 0.156
#> GSM18996 2 0.3941 0.86197 0.000 0.844 0.156
#> GSM18975 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18976 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18997 2 0.4235 0.85798 0.000 0.824 0.176
#> GSM18998 2 0.4235 0.85798 0.000 0.824 0.176
#> GSM18967 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18968 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18959 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18960 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM19015 2 0.4235 0.85787 0.000 0.824 0.176
#> GSM19016 2 0.4235 0.85787 0.000 0.824 0.176
#> GSM18957 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18958 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18981 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18982 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18989 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18990 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18985 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18986 2 0.3412 0.86093 0.000 0.876 0.124
#> GSM18987 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18988 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18983 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18984 2 0.4178 0.85877 0.000 0.828 0.172
#> GSM18951 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18952 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19007 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19008 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18999 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19000 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18889 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18904 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18949 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18950 2 0.0424 0.83651 0.000 0.992 0.008
#> GSM18953 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18954 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19013 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19014 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18971 2 0.1399 0.81596 0.004 0.968 0.028
#> GSM18972 2 0.1399 0.81596 0.004 0.968 0.028
#> GSM18969 2 0.1399 0.81596 0.004 0.968 0.028
#> GSM18970 2 0.2878 0.84758 0.000 0.904 0.096
#> GSM18869 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.98992 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19018 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18991 2 0.4121 0.85963 0.000 0.832 0.168
#> GSM18992 2 0.4121 0.85963 0.000 0.832 0.168
#> GSM19021 2 0.2261 0.82884 0.000 0.932 0.068
#> GSM19022 2 0.2261 0.82884 0.000 0.932 0.068
#> GSM19001 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM19002 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18899 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18900 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18961 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18962 2 0.0592 0.83832 0.000 0.988 0.012
#> GSM18901 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18902 2 0.8093 0.33277 0.416 0.516 0.068
#> GSM18993 2 0.3752 0.86258 0.000 0.856 0.144
#> GSM18994 2 0.3752 0.86258 0.000 0.856 0.144
#> GSM18865 2 0.6302 0.00197 0.480 0.520 0.000
#> GSM18866 2 0.6302 0.00197 0.480 0.520 0.000
#> GSM18897 1 0.1163 0.97751 0.972 0.028 0.000
#> GSM18898 1 0.1163 0.97751 0.972 0.028 0.000
#> GSM18887 1 0.1163 0.97751 0.972 0.028 0.000
#> GSM18888 1 0.1163 0.97751 0.972 0.028 0.000
#> GSM18893 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18894 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18895 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18896 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18891 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18892 1 0.1411 0.97236 0.964 0.036 0.000
#> GSM18955 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
#> GSM18956 2 0.4291 0.85674 0.000 0.820 0.180
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1488 0.9554 0.000 0.012 0.956 0.032
#> GSM19020 3 0.1488 0.9554 0.000 0.012 0.956 0.032
#> GSM18923 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1488 0.9554 0.000 0.012 0.956 0.032
#> GSM18944 3 0.1488 0.9554 0.000 0.012 0.956 0.032
#> GSM19003 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3649 0.8026 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM18964 4 0.3649 0.8026 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM18905 2 0.2530 0.7550 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM18906 2 0.2530 0.7550 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM18965 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18966 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18873 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0336 0.7286 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18974 4 0.0336 0.7286 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18977 4 0.4866 0.5506 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18978 4 0.4866 0.5506 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18979 4 0.4866 0.5506 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18980 4 0.4543 0.7095 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM18883 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18884 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18885 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18886 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18907 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18908 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18909 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18910 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18867 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.3528 0.6333 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM18948 2 0.3528 0.6333 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM18995 2 0.3528 0.6333 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM18996 2 0.3528 0.6333 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM18975 4 0.2469 0.7766 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM18976 4 0.2469 0.7766 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM18997 2 0.0817 0.7989 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18998 2 0.0817 0.7989 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18967 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18968 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18959 4 0.3528 0.8019 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM18960 4 0.3528 0.8019 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM19015 2 0.1302 0.7878 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM19016 2 0.1302 0.7878 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18957 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18958 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18981 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18982 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18989 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18990 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18985 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18986 2 0.5263 0.1183 0.000 0.544 0.008 0.448
#> GSM18987 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18988 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18983 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18984 2 0.3088 0.7465 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM18951 2 0.2081 0.7637 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM18952 2 0.2081 0.7637 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19007 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0592 0.8000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM19000 2 0.0592 0.8000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18889 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18904 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18949 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18950 4 0.4164 0.7979 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18953 2 0.1022 0.7978 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18954 2 0.1022 0.7978 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM19013 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.8024 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0707 0.7369 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18972 4 0.0707 0.7369 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18969 4 0.0707 0.7369 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18970 4 0.2281 0.7306 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM18869 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0188 0.8025 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19018 2 0.0188 0.8025 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18991 2 0.4331 0.4670 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM18992 2 0.4331 0.4670 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM19021 4 0.5678 0.7001 0.000 0.316 0.044 0.640
#> GSM19022 4 0.5678 0.7001 0.000 0.316 0.044 0.640
#> GSM19001 2 0.0188 0.8025 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19002 2 0.0188 0.8025 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18899 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18900 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18961 4 0.4164 0.7963 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18962 4 0.4164 0.7963 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18901 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18902 2 0.5873 0.3446 0.416 0.548 0.000 0.036
#> GSM18993 2 0.4643 0.3126 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM18994 2 0.4643 0.3126 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM18865 4 0.5147 -0.0218 0.460 0.004 0.000 0.536
#> GSM18866 4 0.5147 -0.0218 0.460 0.004 0.000 0.536
#> GSM18897 1 0.1302 0.9695 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18898 1 0.1302 0.9695 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18887 1 0.1302 0.9695 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18888 1 0.1302 0.9695 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18893 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18894 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18895 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18896 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18891 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18892 1 0.1211 0.9655 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18955 2 0.1022 0.7978 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18956 2 0.1022 0.7978 0.000 0.968 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1281 0.954 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000
#> GSM19020 3 0.1281 0.954 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1281 0.954 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000
#> GSM18944 3 0.1281 0.954 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2997 0.827 0.000 0.148 0.000 0.840 0.012
#> GSM18964 4 0.2997 0.827 0.000 0.148 0.000 0.840 0.012
#> GSM18905 2 0.4869 0.690 0.000 0.712 0.000 0.096 0.192
#> GSM18906 2 0.4869 0.690 0.000 0.712 0.000 0.096 0.192
#> GSM18965 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18966 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18873 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.2280 0.715 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM18974 4 0.2280 0.715 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM18977 4 0.4671 0.601 0.000 0.332 0.000 0.640 0.028
#> GSM18978 4 0.4671 0.601 0.000 0.332 0.000 0.640 0.028
#> GSM18979 4 0.4671 0.601 0.000 0.332 0.000 0.640 0.028
#> GSM18980 4 0.4843 0.727 0.000 0.292 0.000 0.660 0.048
#> GSM18883 5 0.4192 0.762 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM18884 5 0.4192 0.762 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM18885 5 0.4305 0.727 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM18886 5 0.4305 0.727 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM18907 5 0.4192 0.762 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM18908 5 0.4192 0.762 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM18909 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18910 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18867 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.4193 0.649 0.000 0.748 0.000 0.212 0.040
#> GSM18948 2 0.4193 0.649 0.000 0.748 0.000 0.212 0.040
#> GSM18995 2 0.4119 0.651 0.000 0.752 0.000 0.212 0.036
#> GSM18996 2 0.4119 0.651 0.000 0.752 0.000 0.212 0.036
#> GSM18975 4 0.3471 0.783 0.000 0.072 0.000 0.836 0.092
#> GSM18976 4 0.3471 0.783 0.000 0.072 0.000 0.836 0.092
#> GSM18997 2 0.1282 0.820 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM18998 2 0.1282 0.820 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM18967 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18968 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18959 4 0.2818 0.826 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> GSM18960 4 0.2818 0.826 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> GSM19015 2 0.1608 0.806 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM19016 2 0.1608 0.806 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM18957 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18958 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18981 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18982 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18989 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18990 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18985 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18986 2 0.5362 0.144 0.000 0.500 0.008 0.456 0.036
#> GSM18987 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18988 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18983 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18984 2 0.3229 0.776 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM18951 2 0.5516 0.614 0.000 0.640 0.000 0.128 0.232
#> GSM18952 2 0.5516 0.614 0.000 0.640 0.000 0.128 0.232
#> GSM19007 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0963 0.822 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM19000 2 0.0963 0.822 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM18889 1 0.1965 0.375 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18890 1 0.1965 0.375 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18881 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18904 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18949 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18950 4 0.3333 0.826 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18953 2 0.4169 0.698 0.000 0.732 0.000 0.028 0.240
#> GSM18954 2 0.4169 0.698 0.000 0.732 0.000 0.028 0.240
#> GSM19013 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.2127 0.721 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM18972 4 0.2127 0.721 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM18969 4 0.2127 0.721 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM18970 4 0.3731 0.721 0.000 0.072 0.000 0.816 0.112
#> GSM18869 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0451 0.830 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM19018 2 0.0451 0.830 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM18991 2 0.4972 0.421 0.000 0.620 0.000 0.336 0.044
#> GSM18992 2 0.4972 0.421 0.000 0.620 0.000 0.336 0.044
#> GSM19021 4 0.5478 0.716 0.000 0.288 0.044 0.640 0.028
#> GSM19022 4 0.5478 0.716 0.000 0.288 0.044 0.640 0.028
#> GSM19001 2 0.0451 0.830 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM19002 2 0.0451 0.830 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM18899 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18900 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18961 4 0.3333 0.825 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18962 4 0.3333 0.825 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM18901 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18902 1 0.6988 0.310 0.392 0.332 0.000 0.008 0.268
#> GSM18993 2 0.5077 0.257 0.000 0.568 0.000 0.392 0.040
#> GSM18994 2 0.5077 0.257 0.000 0.568 0.000 0.392 0.040
#> GSM18865 5 0.6247 0.209 0.144 0.000 0.000 0.420 0.436
#> GSM18866 5 0.6247 0.209 0.144 0.000 0.000 0.420 0.436
#> GSM18897 5 0.4114 0.776 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM18898 5 0.4114 0.776 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM18887 5 0.4114 0.776 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM18888 5 0.4114 0.776 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM18893 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18894 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18895 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18896 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18891 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18892 5 0.4307 0.718 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM18955 2 0.4169 0.698 0.000 0.732 0.000 0.028 0.240
#> GSM18956 2 0.4169 0.698 0.000 0.732 0.000 0.028 0.240
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1151 0.9520 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> GSM19020 3 0.1151 0.9520 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1151 0.9520 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.1151 0.9520 0.000 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2164 0.7703 0.000 0.068 0.000 0.900 0.032 0.000
#> GSM18964 4 0.2164 0.7703 0.000 0.068 0.000 0.900 0.032 0.000
#> GSM18905 5 0.5634 0.2393 0.000 0.424 0.000 0.104 0.460 0.012
#> GSM18906 5 0.5634 0.2393 0.000 0.424 0.000 0.104 0.460 0.012
#> GSM18965 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18966 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3582 0.6833 0.000 0.000 0.000 0.732 0.252 0.016
#> GSM18974 4 0.3582 0.6833 0.000 0.000 0.000 0.732 0.252 0.016
#> GSM18977 4 0.4390 0.6282 0.000 0.148 0.000 0.720 0.132 0.000
#> GSM18978 4 0.4390 0.6282 0.000 0.148 0.000 0.720 0.132 0.000
#> GSM18979 4 0.4390 0.6282 0.000 0.148 0.000 0.720 0.132 0.000
#> GSM18980 4 0.4428 0.6572 0.000 0.244 0.000 0.684 0.072 0.000
#> GSM18883 6 0.1644 0.8146 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> GSM18884 6 0.1644 0.8146 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> GSM18885 6 0.2772 0.7848 0.180 0.000 0.000 0.000 0.004 0.816
#> GSM18886 6 0.2772 0.7848 0.180 0.000 0.000 0.000 0.004 0.816
#> GSM18907 6 0.1644 0.8146 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> GSM18908 6 0.1644 0.8146 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> GSM18909 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18910 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18867 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.5080 0.4825 0.000 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> GSM18948 2 0.5080 0.4825 0.000 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> GSM18995 2 0.5047 0.4893 0.000 0.628 0.000 0.236 0.136 0.000
#> GSM18996 2 0.5047 0.4893 0.000 0.628 0.000 0.236 0.136 0.000
#> GSM18975 4 0.3582 0.7316 0.000 0.036 0.000 0.768 0.196 0.000
#> GSM18976 4 0.3582 0.7316 0.000 0.036 0.000 0.768 0.196 0.000
#> GSM18997 2 0.1411 0.8246 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM18998 2 0.1411 0.8246 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM18967 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18968 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18959 4 0.1856 0.7710 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032 0.000
#> GSM18960 4 0.1856 0.7710 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032 0.000
#> GSM19015 2 0.1958 0.7980 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000
#> GSM19016 2 0.1958 0.7980 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000
#> GSM18957 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18958 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18981 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18982 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18989 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18990 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18985 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18986 4 0.5409 -0.0559 0.000 0.452 0.004 0.456 0.084 0.004
#> GSM18987 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18988 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18983 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18984 2 0.3059 0.7864 0.000 0.848 0.004 0.040 0.104 0.004
#> GSM18951 5 0.4614 0.5214 0.000 0.108 0.000 0.208 0.684 0.000
#> GSM18952 5 0.4614 0.5214 0.000 0.108 0.000 0.208 0.684 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.1141 0.8285 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.1141 0.8285 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.2527 0.7589 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM18890 1 0.2527 0.7589 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM18881 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18904 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18949 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18950 4 0.2277 0.7658 0.000 0.032 0.000 0.892 0.076 0.000
#> GSM18953 5 0.4327 0.5864 0.000 0.264 0.000 0.056 0.680 0.000
#> GSM18954 5 0.4327 0.5864 0.000 0.264 0.000 0.056 0.680 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.8462 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.3314 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.740 0.256 0.004
#> GSM18972 4 0.3314 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.740 0.256 0.004
#> GSM18969 4 0.3314 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.740 0.256 0.004
#> GSM18970 4 0.4464 0.6594 0.000 0.056 0.000 0.676 0.264 0.004
#> GSM18869 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0806 0.8396 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM19018 2 0.0806 0.8396 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM18991 2 0.5820 -0.0573 0.000 0.416 0.000 0.400 0.184 0.000
#> GSM18992 2 0.5820 -0.0573 0.000 0.416 0.000 0.400 0.184 0.000
#> GSM19021 4 0.4875 0.6477 0.000 0.240 0.044 0.676 0.040 0.000
#> GSM19022 4 0.4875 0.6477 0.000 0.240 0.044 0.676 0.040 0.000
#> GSM19001 2 0.0806 0.8396 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM19002 2 0.0806 0.8396 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM18899 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18900 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18961 4 0.2164 0.7666 0.000 0.032 0.000 0.900 0.068 0.000
#> GSM18962 4 0.2164 0.7666 0.000 0.032 0.000 0.900 0.068 0.000
#> GSM18901 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18902 5 0.5840 0.5731 0.368 0.024 0.000 0.012 0.520 0.076
#> GSM18993 4 0.5753 0.1977 0.000 0.364 0.000 0.460 0.176 0.000
#> GSM18994 4 0.5753 0.1977 0.000 0.364 0.000 0.460 0.176 0.000
#> GSM18865 6 0.6043 0.2740 0.008 0.000 0.000 0.304 0.212 0.476
#> GSM18866 6 0.6043 0.2740 0.008 0.000 0.000 0.304 0.212 0.476
#> GSM18897 6 0.1082 0.8237 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> GSM18898 6 0.1082 0.8237 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> GSM18887 6 0.1082 0.8237 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> GSM18888 6 0.1082 0.8237 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> GSM18893 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18894 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18895 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18896 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18891 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18892 6 0.2778 0.7942 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM18955 5 0.4291 0.5839 0.000 0.268 0.000 0.052 0.680 0.000
#> GSM18956 5 0.4291 0.5839 0.000 0.268 0.000 0.052 0.680 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:hclust 148 5.05e-07 2
#> SD:hclust 148 3.02e-12 3
#> SD:hclust 143 1.13e-16 4
#> SD:hclust 141 2.65e-21 5
#> SD:hclust 145 8.51e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.459 0.817 0.831 0.4090 0.585 0.585
#> 3 3 1.000 0.964 0.954 0.4948 0.741 0.575
#> 4 4 0.757 0.826 0.826 0.1708 0.874 0.664
#> 5 5 0.707 0.763 0.808 0.0674 0.973 0.897
#> 6 6 0.670 0.543 0.734 0.0424 0.975 0.900
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18928 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18915 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18916 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18939 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18940 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18933 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18934 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18925 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18926 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18931 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18932 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM19019 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19020 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM18923 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18924 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18941 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18942 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18929 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18930 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18911 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18912 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18935 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18936 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM19005 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19006 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM18921 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18922 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18919 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18920 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18917 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18918 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18913 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18914 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18937 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18938 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18943 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18944 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM19003 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19004 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19011 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19012 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19009 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19010 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM18945 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18946 2 0.278 0.685 0.048 0.952
#> GSM18963 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18964 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18905 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18906 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18965 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18966 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18873 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.443 0.886 0.908 0.092
#> GSM18974 1 0.443 0.886 0.908 0.092
#> GSM18977 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18978 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18979 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18980 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18883 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18910 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18867 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18948 2 0.917 0.793 0.332 0.668
#> GSM18995 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18996 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18975 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18976 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18997 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18998 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18967 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18968 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18959 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18960 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM19015 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM19016 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18957 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18958 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18981 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18982 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18989 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18990 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18985 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18986 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18987 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18988 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18983 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18984 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18951 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18952 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM19007 2 0.839 0.793 0.268 0.732
#> GSM19008 2 0.839 0.793 0.268 0.732
#> GSM18999 2 0.844 0.793 0.272 0.728
#> GSM19000 2 0.844 0.793 0.272 0.728
#> GSM18889 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18904 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18949 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18950 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18953 2 0.929 0.787 0.344 0.656
#> GSM18954 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM19013 2 0.844 0.793 0.272 0.728
#> GSM19014 2 0.850 0.794 0.276 0.724
#> GSM18971 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18972 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18969 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18970 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18869 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM19018 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18991 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18992 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM19021 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19022 2 0.788 0.788 0.236 0.764
#> GSM19001 2 0.891 0.795 0.308 0.692
#> GSM19002 2 0.891 0.795 0.308 0.692
#> GSM18899 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18900 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18961 2 0.929 0.787 0.344 0.656
#> GSM18962 2 0.925 0.789 0.340 0.660
#> GSM18901 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18902 1 0.278 0.938 0.952 0.048
#> GSM18993 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18994 2 0.932 0.783 0.348 0.652
#> GSM18865 1 0.278 0.922 0.952 0.048
#> GSM18866 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.913 0.794 0.328 0.672
#> GSM18956 2 0.917 0.793 0.332 0.668
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18928 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18915 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18916 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18939 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18940 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18933 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18934 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18925 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18926 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18931 3 0.2772 0.996 0.004 0.080 0.916
#> GSM18932 3 0.2772 0.996 0.004 0.080 0.916
#> GSM19019 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19020 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18923 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18924 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18941 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18942 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18929 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18930 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18911 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18912 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18935 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18936 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM19005 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19006 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18921 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18922 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18919 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18920 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18917 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18918 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18913 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18914 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18937 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18938 3 0.3120 0.995 0.012 0.080 0.908
#> GSM18943 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM18944 3 0.2537 0.996 0.000 0.080 0.920
#> GSM19003 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19004 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19011 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19012 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19009 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19010 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18945 3 0.2772 0.996 0.004 0.080 0.916
#> GSM18946 3 0.2772 0.996 0.004 0.080 0.916
#> GSM18963 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18964 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18905 2 0.2383 0.938 0.044 0.940 0.016
#> GSM18906 2 0.2663 0.931 0.044 0.932 0.024
#> GSM18965 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18966 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18873 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18874 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18973 2 0.3148 0.912 0.048 0.916 0.036
#> GSM18974 2 0.3148 0.912 0.048 0.916 0.036
#> GSM18977 2 0.2269 0.939 0.040 0.944 0.016
#> GSM18978 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18979 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18980 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18883 1 0.1620 0.955 0.964 0.012 0.024
#> GSM18884 1 0.1751 0.954 0.960 0.012 0.028
#> GSM18885 1 0.2229 0.957 0.944 0.012 0.044
#> GSM18886 1 0.2229 0.957 0.944 0.012 0.044
#> GSM18907 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18908 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18909 1 0.4629 0.778 0.808 0.188 0.004
#> GSM18910 1 0.4682 0.773 0.804 0.192 0.004
#> GSM18867 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18868 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18947 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM18948 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM18995 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18996 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18975 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18976 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18997 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18998 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18967 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18968 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18959 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18960 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM19015 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19016 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18957 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18958 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18981 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18982 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18989 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18990 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18985 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18986 2 0.0424 0.974 0.000 0.992 0.008
#> GSM18987 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18988 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18983 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18984 2 0.0983 0.969 0.004 0.980 0.016
#> GSM18951 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM18952 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM19007 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19008 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18999 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19000 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18889 1 0.2550 0.956 0.932 0.012 0.056
#> GSM18890 1 0.2550 0.956 0.932 0.012 0.056
#> GSM18881 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18882 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18877 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18878 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18875 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18876 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18879 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18880 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18871 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18872 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18903 1 0.3267 0.872 0.884 0.116 0.000
#> GSM18904 1 0.3267 0.872 0.884 0.116 0.000
#> GSM18949 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18950 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18953 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18954 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM19013 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19014 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18971 2 0.2550 0.932 0.040 0.936 0.024
#> GSM18972 2 0.2550 0.932 0.040 0.936 0.024
#> GSM18969 2 0.2681 0.928 0.040 0.932 0.028
#> GSM18970 2 0.2152 0.942 0.036 0.948 0.016
#> GSM18869 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM18870 1 0.2152 0.957 0.948 0.016 0.036
#> GSM19017 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19018 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18991 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18992 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM19021 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19022 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19001 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM19002 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18899 1 0.1765 0.947 0.956 0.040 0.004
#> GSM18900 1 0.1878 0.944 0.952 0.044 0.004
#> GSM18961 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18962 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18901 1 0.1765 0.947 0.956 0.040 0.004
#> GSM18902 1 0.1989 0.941 0.948 0.048 0.004
#> GSM18993 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18994 2 0.0237 0.978 0.004 0.996 0.000
#> GSM18865 2 0.4092 0.875 0.088 0.876 0.036
#> GSM18866 2 0.7411 0.206 0.416 0.548 0.036
#> GSM18897 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18898 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18887 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18888 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18893 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18894 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18895 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18896 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18891 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18892 1 0.1999 0.953 0.952 0.012 0.036
#> GSM18955 2 0.0424 0.978 0.000 0.992 0.008
#> GSM18956 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18928 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18915 3 0.1174 0.979 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM18916 3 0.1388 0.978 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM18939 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18940 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18933 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM18934 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM18925 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18926 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18931 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18932 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM19019 4 0.3837 0.390 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM19020 4 0.3942 0.345 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM18923 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18924 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18941 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18942 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18929 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18930 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18911 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18912 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18935 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM18936 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM19005 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19006 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18921 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18922 3 0.1488 0.982 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM18919 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM18920 3 0.1677 0.981 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM18917 3 0.1174 0.979 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM18918 3 0.1174 0.979 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM18913 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18914 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18937 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18938 3 0.0937 0.981 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM18943 3 0.1854 0.979 0.000 0.048 0.940 0.012
#> GSM18944 3 0.1854 0.979 0.000 0.048 0.940 0.012
#> GSM19003 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19004 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19011 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19012 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19009 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19010 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18945 3 0.1854 0.979 0.000 0.048 0.940 0.012
#> GSM18946 3 0.1854 0.979 0.000 0.048 0.940 0.012
#> GSM18963 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18964 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18905 4 0.2530 0.788 0.000 0.100 0.004 0.896
#> GSM18906 4 0.2611 0.788 0.000 0.096 0.008 0.896
#> GSM18965 4 0.0188 0.841 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18966 4 0.0188 0.841 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18873 1 0.0188 0.881 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0188 0.881 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4220 0.585 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM18974 4 0.4220 0.585 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM18977 4 0.0921 0.827 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18978 4 0.0188 0.839 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18979 4 0.0188 0.839 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18980 4 0.1302 0.826 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM18883 1 0.3681 0.876 0.816 0.176 0.008 0.000
#> GSM18884 1 0.3768 0.875 0.808 0.184 0.008 0.000
#> GSM18885 1 0.1118 0.882 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.1118 0.882 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.3893 0.873 0.796 0.196 0.008 0.000
#> GSM18908 1 0.3893 0.873 0.796 0.196 0.008 0.000
#> GSM18909 1 0.6517 0.705 0.648 0.136 0.004 0.212
#> GSM18910 1 0.6549 0.699 0.644 0.136 0.004 0.216
#> GSM18867 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.1022 0.820 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18948 4 0.1022 0.820 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18995 2 0.4967 0.864 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM18996 2 0.4961 0.869 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18975 4 0.1474 0.823 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM18976 4 0.1474 0.823 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM18997 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18998 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18967 4 0.0188 0.841 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18968 4 0.0188 0.841 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18959 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19016 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18957 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18982 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18989 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18990 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18985 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18986 2 0.4961 0.661 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18987 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18988 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18983 2 0.4916 0.661 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18984 2 0.4888 0.672 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM18951 4 0.4661 -0.323 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM18952 4 0.0707 0.835 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM19007 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19008 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18999 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19000 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18889 1 0.2530 0.881 0.896 0.100 0.004 0.000
#> GSM18890 1 0.2530 0.881 0.896 0.100 0.004 0.000
#> GSM18881 1 0.0188 0.881 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18882 1 0.0188 0.881 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18877 1 0.0657 0.882 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18878 1 0.0657 0.882 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18875 1 0.0376 0.881 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM18876 1 0.0376 0.881 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM18879 1 0.0657 0.882 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18880 1 0.0657 0.882 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18871 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.6400 0.376 0.524 0.068 0.000 0.408
#> GSM18904 1 0.6400 0.376 0.524 0.068 0.000 0.408
#> GSM18949 4 0.0469 0.836 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18950 4 0.0469 0.836 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18953 4 0.1118 0.816 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18954 4 0.1118 0.816 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM19013 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19014 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18971 4 0.3105 0.735 0.000 0.140 0.004 0.856
#> GSM18972 4 0.3105 0.735 0.000 0.140 0.004 0.856
#> GSM18969 4 0.3105 0.735 0.000 0.140 0.004 0.856
#> GSM18970 4 0.2814 0.747 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM18869 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0336 0.881 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19018 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18991 4 0.3649 0.463 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM18992 4 0.4164 0.193 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM19021 4 0.3219 0.588 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM19022 4 0.3219 0.588 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM19001 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM19002 2 0.4955 0.873 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18899 1 0.6685 0.609 0.592 0.124 0.000 0.284
#> GSM18900 1 0.6685 0.609 0.592 0.124 0.000 0.284
#> GSM18961 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.5664 0.769 0.720 0.124 0.000 0.156
#> GSM18902 1 0.5708 0.764 0.716 0.124 0.000 0.160
#> GSM18993 4 0.0469 0.838 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18994 4 0.0469 0.838 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18865 4 0.5476 0.470 0.028 0.308 0.004 0.660
#> GSM18866 4 0.6637 0.382 0.096 0.308 0.004 0.592
#> GSM18897 1 0.4343 0.843 0.732 0.264 0.004 0.000
#> GSM18898 1 0.4343 0.843 0.732 0.264 0.004 0.000
#> GSM18887 1 0.3710 0.872 0.804 0.192 0.004 0.000
#> GSM18888 1 0.3710 0.872 0.804 0.192 0.004 0.000
#> GSM18893 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18894 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18895 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18896 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18891 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18892 1 0.3668 0.873 0.808 0.188 0.004 0.000
#> GSM18955 4 0.1118 0.816 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18956 4 0.0707 0.830 0.000 0.020 0.000 0.980
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.2110 0.9425 0.000 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM18916 3 0.2727 0.9368 0.000 0.016 0.868 0.000 0.116
#> GSM18939 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18940 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18933 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM18934 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM18925 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18926 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18931 3 0.0798 0.9443 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM18932 3 0.0798 0.9443 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM19019 4 0.4779 0.2375 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> GSM19020 4 0.4849 0.1720 0.000 0.360 0.000 0.608 0.032
#> GSM18923 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18924 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18941 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18942 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18929 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18912 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18935 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM18936 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM19005 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19006 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18921 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0404 0.9434 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM18920 3 0.0798 0.9411 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM18917 3 0.2110 0.9425 0.000 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM18918 3 0.2110 0.9425 0.000 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM18913 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18914 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18937 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18938 3 0.2563 0.9387 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM18943 3 0.1557 0.9270 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM18944 3 0.1557 0.9270 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM19003 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19004 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19011 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19012 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19009 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19010 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18945 3 0.1399 0.9383 0.000 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM18946 3 0.1399 0.9383 0.000 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM18963 4 0.0566 0.7835 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM18964 4 0.0566 0.7835 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM18905 4 0.3812 0.7275 0.000 0.092 0.000 0.812 0.096
#> GSM18906 4 0.3494 0.7495 0.004 0.060 0.000 0.840 0.096
#> GSM18965 4 0.0290 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18966 4 0.0290 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18873 1 0.4114 0.8158 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM18874 1 0.4114 0.8158 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM18973 4 0.5909 0.6159 0.104 0.080 0.000 0.692 0.124
#> GSM18974 4 0.5909 0.6159 0.104 0.080 0.000 0.692 0.124
#> GSM18977 4 0.0898 0.7828 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM18978 4 0.1012 0.7831 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM18979 4 0.1106 0.7832 0.000 0.012 0.000 0.964 0.024
#> GSM18980 4 0.1310 0.7807 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> GSM18883 1 0.1965 0.7892 0.924 0.024 0.000 0.000 0.052
#> GSM18884 1 0.1965 0.7892 0.924 0.024 0.000 0.000 0.052
#> GSM18885 1 0.4173 0.8202 0.688 0.012 0.000 0.000 0.300
#> GSM18886 1 0.4173 0.8202 0.688 0.012 0.000 0.000 0.300
#> GSM18907 1 0.1753 0.7821 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032
#> GSM18908 1 0.1753 0.7821 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032
#> GSM18909 1 0.7344 0.2884 0.400 0.028 0.000 0.272 0.300
#> GSM18910 1 0.7344 0.2884 0.400 0.028 0.000 0.272 0.300
#> GSM18867 1 0.4354 0.8161 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18868 1 0.4367 0.8151 0.620 0.008 0.000 0.000 0.372
#> GSM18947 4 0.3281 0.7391 0.000 0.060 0.000 0.848 0.092
#> GSM18948 4 0.3281 0.7391 0.000 0.060 0.000 0.848 0.092
#> GSM18995 2 0.4169 0.8254 0.000 0.732 0.000 0.240 0.028
#> GSM18996 2 0.4054 0.8391 0.000 0.748 0.000 0.224 0.028
#> GSM18975 4 0.2221 0.7660 0.000 0.036 0.000 0.912 0.052
#> GSM18976 4 0.2221 0.7660 0.000 0.036 0.000 0.912 0.052
#> GSM18997 2 0.3596 0.8527 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM18998 2 0.3596 0.8527 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM18967 4 0.0290 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18968 4 0.0290 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18959 4 0.0579 0.7852 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM18960 4 0.0579 0.7852 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM19015 2 0.3596 0.8527 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM19016 2 0.3596 0.8527 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM18957 4 0.0798 0.7848 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM18958 4 0.0798 0.7848 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM18981 2 0.6358 0.6052 0.004 0.544 0.000 0.248 0.204
#> GSM18982 2 0.6358 0.6052 0.004 0.544 0.000 0.248 0.204
#> GSM18989 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18990 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18985 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18986 2 0.6371 0.5660 0.000 0.508 0.000 0.292 0.200
#> GSM18987 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18988 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18983 2 0.6308 0.6125 0.004 0.552 0.000 0.248 0.196
#> GSM18984 2 0.6267 0.6198 0.004 0.560 0.000 0.240 0.196
#> GSM18951 4 0.5855 0.0380 0.000 0.356 0.000 0.536 0.108
#> GSM18952 4 0.3229 0.7488 0.000 0.032 0.000 0.840 0.128
#> GSM19007 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19008 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18999 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19000 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18889 1 0.2625 0.8075 0.876 0.016 0.000 0.000 0.108
#> GSM18890 1 0.2625 0.8075 0.876 0.016 0.000 0.000 0.108
#> GSM18881 1 0.4196 0.8172 0.640 0.004 0.000 0.000 0.356
#> GSM18882 1 0.4196 0.8172 0.640 0.004 0.000 0.000 0.356
#> GSM18877 1 0.4323 0.8187 0.656 0.012 0.000 0.000 0.332
#> GSM18878 1 0.4323 0.8187 0.656 0.012 0.000 0.000 0.332
#> GSM18875 1 0.4354 0.8162 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18876 1 0.4354 0.8162 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18879 1 0.4323 0.8187 0.656 0.012 0.000 0.000 0.332
#> GSM18880 1 0.4323 0.8187 0.656 0.012 0.000 0.000 0.332
#> GSM18871 1 0.4354 0.8161 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18872 1 0.4354 0.8161 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18903 4 0.6809 0.2959 0.208 0.024 0.000 0.528 0.240
#> GSM18904 4 0.6809 0.2959 0.208 0.024 0.000 0.528 0.240
#> GSM18949 4 0.2390 0.7690 0.000 0.020 0.000 0.896 0.084
#> GSM18950 4 0.2390 0.7690 0.000 0.020 0.000 0.896 0.084
#> GSM18953 4 0.3558 0.7298 0.000 0.064 0.000 0.828 0.108
#> GSM18954 4 0.3558 0.7298 0.000 0.064 0.000 0.828 0.108
#> GSM19013 2 0.3789 0.8492 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> GSM19014 2 0.3789 0.8492 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> GSM18971 4 0.3845 0.7203 0.012 0.064 0.000 0.824 0.100
#> GSM18972 4 0.3845 0.7203 0.012 0.064 0.000 0.824 0.100
#> GSM18969 4 0.3897 0.7177 0.012 0.064 0.000 0.820 0.104
#> GSM18970 4 0.3558 0.7224 0.000 0.064 0.000 0.828 0.108
#> GSM18869 1 0.4354 0.8161 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM18870 1 0.4354 0.8161 0.624 0.008 0.000 0.000 0.368
#> GSM19017 2 0.3789 0.8492 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> GSM19018 2 0.3789 0.8492 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> GSM18991 4 0.4519 0.5325 0.000 0.228 0.000 0.720 0.052
#> GSM18992 4 0.4863 0.3588 0.000 0.296 0.000 0.656 0.048
#> GSM19021 4 0.4468 0.4893 0.000 0.240 0.000 0.716 0.044
#> GSM19022 4 0.4468 0.4893 0.000 0.240 0.000 0.716 0.044
#> GSM19001 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19002 2 0.3210 0.8553 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18899 4 0.7201 0.0359 0.304 0.024 0.000 0.428 0.244
#> GSM18900 4 0.7201 0.0359 0.304 0.024 0.000 0.428 0.244
#> GSM18961 4 0.0693 0.7850 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM18962 4 0.0693 0.7850 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM18901 1 0.7210 0.3315 0.428 0.024 0.000 0.296 0.252
#> GSM18902 1 0.7210 0.3315 0.428 0.024 0.000 0.296 0.252
#> GSM18993 4 0.1408 0.7817 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM18994 4 0.1408 0.7817 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM18865 4 0.7107 0.4564 0.256 0.072 0.000 0.536 0.136
#> GSM18866 4 0.7107 0.4564 0.256 0.072 0.000 0.536 0.136
#> GSM18897 1 0.3393 0.7192 0.848 0.044 0.000 0.008 0.100
#> GSM18898 1 0.3393 0.7192 0.848 0.044 0.000 0.008 0.100
#> GSM18887 1 0.1012 0.7815 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM18888 1 0.1012 0.7815 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM18893 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18894 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18895 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18896 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18891 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18892 1 0.0566 0.7891 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM18955 4 0.3464 0.7307 0.000 0.068 0.000 0.836 0.096
#> GSM18956 4 0.3037 0.7499 0.000 0.040 0.000 0.860 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18928 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18915 3 0.3868 0.87112 0.000 0.012 0.792 0.000 0.096 0.100
#> GSM18916 3 0.4545 0.85977 0.000 0.012 0.728 0.000 0.124 0.136
#> GSM18939 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18940 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18933 3 0.0935 0.88701 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM18934 3 0.1010 0.88695 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM18925 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18926 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18931 3 0.0881 0.89413 0.000 0.008 0.972 0.000 0.008 0.012
#> GSM18932 3 0.0665 0.89337 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> GSM19019 4 0.4917 0.19940 0.000 0.432 0.000 0.520 0.020 0.028
#> GSM19020 4 0.4924 0.18006 0.000 0.440 0.000 0.512 0.020 0.028
#> GSM18923 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18924 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18941 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18942 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18929 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18930 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18911 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18912 3 0.3885 0.88324 0.000 0.004 0.780 0.000 0.100 0.116
#> GSM18935 3 0.1010 0.88695 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM18936 3 0.1010 0.88695 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM19005 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19006 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM18921 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18922 3 0.0405 0.89244 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM18919 3 0.0858 0.88904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM18920 3 0.0858 0.88904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM18917 3 0.3868 0.87112 0.000 0.012 0.792 0.000 0.096 0.100
#> GSM18918 3 0.3868 0.87112 0.000 0.012 0.792 0.000 0.096 0.100
#> GSM18913 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18914 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18937 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18938 3 0.3880 0.88323 0.000 0.004 0.780 0.000 0.096 0.120
#> GSM18943 3 0.2272 0.86567 0.000 0.004 0.900 0.000 0.056 0.040
#> GSM18944 3 0.2272 0.86567 0.000 0.004 0.900 0.000 0.056 0.040
#> GSM19003 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19004 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19011 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19012 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19009 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19010 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM18945 3 0.2583 0.87552 0.000 0.008 0.884 0.000 0.052 0.056
#> GSM18946 3 0.2583 0.87552 0.000 0.008 0.884 0.000 0.052 0.056
#> GSM18963 4 0.2274 0.72864 0.000 0.088 0.000 0.892 0.012 0.008
#> GSM18964 4 0.2274 0.72864 0.000 0.088 0.000 0.892 0.012 0.008
#> GSM18905 4 0.5311 0.67750 0.000 0.080 0.000 0.692 0.120 0.108
#> GSM18906 4 0.4997 0.68323 0.000 0.056 0.000 0.716 0.120 0.108
#> GSM18965 4 0.2209 0.73278 0.000 0.072 0.000 0.900 0.024 0.004
#> GSM18966 4 0.2209 0.73278 0.000 0.072 0.000 0.900 0.024 0.004
#> GSM18873 1 0.3999 -0.96390 0.500 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM18874 1 0.3999 -0.96390 0.500 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM18973 4 0.5337 0.52138 0.072 0.004 0.000 0.660 0.220 0.044
#> GSM18974 4 0.5337 0.52138 0.072 0.004 0.000 0.660 0.220 0.044
#> GSM18977 4 0.2009 0.72736 0.000 0.040 0.000 0.916 0.040 0.004
#> GSM18978 4 0.2364 0.73070 0.000 0.072 0.000 0.892 0.004 0.032
#> GSM18979 4 0.2288 0.73079 0.000 0.072 0.000 0.896 0.004 0.028
#> GSM18980 4 0.2670 0.72031 0.000 0.052 0.000 0.884 0.044 0.020
#> GSM18883 1 0.2430 0.33493 0.900 0.004 0.000 0.012 0.048 0.036
#> GSM18884 1 0.2430 0.33493 0.900 0.004 0.000 0.012 0.048 0.036
#> GSM18885 1 0.4205 -0.72011 0.564 0.000 0.000 0.000 0.016 0.420
#> GSM18886 1 0.4205 -0.72011 0.564 0.000 0.000 0.000 0.016 0.420
#> GSM18907 1 0.2345 0.33788 0.904 0.004 0.000 0.012 0.052 0.028
#> GSM18908 1 0.2345 0.33788 0.904 0.004 0.000 0.012 0.052 0.028
#> GSM18909 1 0.7409 0.11944 0.340 0.000 0.000 0.256 0.120 0.284
#> GSM18910 1 0.7409 0.11944 0.340 0.000 0.000 0.256 0.120 0.284
#> GSM18867 6 0.3999 0.96850 0.496 0.004 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM18868 6 0.3997 0.96863 0.488 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM18947 4 0.4470 0.70009 0.000 0.092 0.000 0.760 0.044 0.104
#> GSM18948 4 0.4470 0.70009 0.000 0.092 0.000 0.760 0.044 0.104
#> GSM18995 2 0.3014 0.84826 0.000 0.856 0.000 0.084 0.012 0.048
#> GSM18996 2 0.2908 0.86623 0.000 0.864 0.000 0.076 0.012 0.048
#> GSM18975 4 0.3763 0.68156 0.000 0.056 0.000 0.808 0.108 0.028
#> GSM18976 4 0.3763 0.68156 0.000 0.056 0.000 0.808 0.108 0.028
#> GSM18997 2 0.1857 0.95545 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> GSM18998 2 0.1857 0.95545 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> GSM18967 4 0.2420 0.73294 0.000 0.076 0.000 0.888 0.032 0.004
#> GSM18968 4 0.2420 0.73294 0.000 0.076 0.000 0.888 0.032 0.004
#> GSM18959 4 0.2169 0.73065 0.000 0.080 0.000 0.900 0.012 0.008
#> GSM18960 4 0.2169 0.73065 0.000 0.080 0.000 0.900 0.012 0.008
#> GSM19015 2 0.1857 0.95545 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> GSM19016 2 0.1857 0.95545 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> GSM18957 4 0.1588 0.73187 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM18958 4 0.1531 0.73253 0.000 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> GSM18981 5 0.6079 0.97259 0.008 0.356 0.000 0.156 0.472 0.008
#> GSM18982 5 0.6079 0.97259 0.008 0.356 0.000 0.156 0.472 0.008
#> GSM18989 5 0.5727 0.97098 0.004 0.372 0.000 0.148 0.476 0.000
#> GSM18990 5 0.5858 0.98015 0.008 0.360 0.000 0.156 0.476 0.000
#> GSM18985 5 0.5858 0.98015 0.008 0.360 0.000 0.156 0.476 0.000
#> GSM18986 5 0.5771 0.93136 0.000 0.336 0.000 0.188 0.476 0.000
#> GSM18987 5 0.5858 0.98015 0.008 0.360 0.000 0.156 0.476 0.000
#> GSM18988 5 0.5858 0.98015 0.008 0.360 0.000 0.156 0.476 0.000
#> GSM18983 5 0.5727 0.97098 0.004 0.372 0.000 0.148 0.476 0.000
#> GSM18984 5 0.5727 0.97098 0.004 0.372 0.000 0.148 0.476 0.000
#> GSM18951 4 0.6559 0.25100 0.000 0.344 0.000 0.456 0.068 0.132
#> GSM18952 4 0.4615 0.67798 0.000 0.056 0.000 0.748 0.072 0.124
#> GSM19007 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM19008 2 0.1152 0.96346 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM18999 2 0.1007 0.96307 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.1007 0.96307 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3078 0.00575 0.796 0.000 0.000 0.000 0.012 0.192
#> GSM18890 1 0.3078 0.00575 0.796 0.000 0.000 0.000 0.012 0.192
#> GSM18881 1 0.4184 -0.93875 0.504 0.000 0.000 0.000 0.012 0.484
#> GSM18882 1 0.4184 -0.93875 0.504 0.000 0.000 0.000 0.012 0.484
#> GSM18877 1 0.4333 -0.90612 0.512 0.000 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM18878 1 0.4333 -0.90612 0.512 0.000 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM18875 1 0.4097 -0.95265 0.500 0.000 0.000 0.000 0.008 0.492
#> GSM18876 1 0.4097 -0.95265 0.500 0.000 0.000 0.000 0.008 0.492
#> GSM18879 1 0.4333 -0.90612 0.512 0.000 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM18880 1 0.4333 -0.90612 0.512 0.000 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM18871 1 0.4129 -0.97496 0.496 0.004 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM18872 1 0.4129 -0.97496 0.496 0.004 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM18903 4 0.6680 0.32279 0.176 0.000 0.000 0.508 0.084 0.232
#> GSM18904 4 0.6680 0.32279 0.176 0.000 0.000 0.508 0.084 0.232
#> GSM18949 4 0.3805 0.70050 0.000 0.044 0.000 0.812 0.056 0.088
#> GSM18950 4 0.3805 0.70050 0.000 0.044 0.000 0.812 0.056 0.088
#> GSM18953 4 0.4742 0.69234 0.000 0.084 0.000 0.740 0.060 0.116
#> GSM18954 4 0.4742 0.69234 0.000 0.084 0.000 0.740 0.060 0.116
#> GSM19013 2 0.2007 0.95075 0.000 0.916 0.000 0.044 0.004 0.036
#> GSM19014 2 0.2007 0.95075 0.000 0.916 0.000 0.044 0.004 0.036
#> GSM18971 4 0.4587 0.59501 0.004 0.032 0.000 0.720 0.204 0.040
#> GSM18972 4 0.4587 0.59501 0.004 0.032 0.000 0.720 0.204 0.040
#> GSM18969 4 0.4587 0.59501 0.004 0.032 0.000 0.720 0.204 0.040
#> GSM18970 4 0.4867 0.59204 0.000 0.036 0.000 0.696 0.204 0.064
#> GSM18869 1 0.4129 -0.97496 0.496 0.004 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM18870 1 0.4129 -0.97496 0.496 0.004 0.000 0.000 0.004 0.496
#> GSM19017 2 0.2146 0.94591 0.000 0.908 0.000 0.044 0.004 0.044
#> GSM19018 2 0.2146 0.94591 0.000 0.908 0.000 0.044 0.004 0.044
#> GSM18991 4 0.5725 0.42694 0.000 0.284 0.000 0.576 0.032 0.108
#> GSM18992 4 0.5880 0.26728 0.000 0.360 0.000 0.504 0.028 0.108
#> GSM19021 4 0.5196 0.45820 0.000 0.280 0.000 0.628 0.040 0.052
#> GSM19022 4 0.5196 0.45820 0.000 0.280 0.000 0.628 0.040 0.052
#> GSM19001 2 0.1461 0.95994 0.000 0.940 0.000 0.044 0.000 0.016
#> GSM19002 2 0.1461 0.95994 0.000 0.940 0.000 0.044 0.000 0.016
#> GSM18899 4 0.7145 0.08283 0.276 0.000 0.000 0.400 0.092 0.232
#> GSM18900 4 0.7145 0.08283 0.276 0.000 0.000 0.400 0.092 0.232
#> GSM18961 4 0.1588 0.73187 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM18962 4 0.1588 0.73187 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM18901 1 0.7193 0.11489 0.380 0.000 0.000 0.284 0.092 0.244
#> GSM18902 1 0.7200 0.11489 0.376 0.000 0.000 0.288 0.092 0.244
#> GSM18993 4 0.2895 0.72034 0.000 0.052 0.000 0.868 0.016 0.064
#> GSM18994 4 0.2895 0.72034 0.000 0.052 0.000 0.868 0.016 0.064
#> GSM18865 4 0.6844 0.23603 0.312 0.008 0.000 0.432 0.204 0.044
#> GSM18866 4 0.6844 0.23603 0.312 0.008 0.000 0.432 0.204 0.044
#> GSM18897 1 0.4075 0.29123 0.788 0.004 0.000 0.036 0.128 0.044
#> GSM18898 1 0.4075 0.29123 0.788 0.004 0.000 0.036 0.128 0.044
#> GSM18887 1 0.1109 0.34279 0.964 0.004 0.000 0.004 0.016 0.012
#> GSM18888 1 0.1109 0.34279 0.964 0.004 0.000 0.004 0.016 0.012
#> GSM18893 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18894 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18895 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18896 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18891 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18892 1 0.0146 0.33917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18955 4 0.4509 0.69816 0.000 0.088 0.000 0.756 0.044 0.112
#> GSM18956 4 0.4466 0.69927 0.000 0.088 0.000 0.760 0.044 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:kmeans 158 2.28e-07 2
#> SD:kmeans 157 1.06e-12 3
#> SD:kmeans 149 2.79e-17 4
#> SD:kmeans 142 2.43e-16 5
#> SD:kmeans 109 5.49e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.700 0.921 0.957 0.4937 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.986 0.993 0.3064 0.644 0.412
#> 4 4 1.000 0.961 0.980 0.1675 0.865 0.635
#> 5 5 0.972 0.937 0.962 0.0383 0.968 0.871
#> 6 6 0.892 0.803 0.901 0.0368 0.975 0.888
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.9944 0.291 0.456 0.544
#> GSM18964 1 0.5294 0.850 0.880 0.120
#> GSM18905 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18965 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18979 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18980 1 0.4161 0.893 0.916 0.084
#> GSM18883 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.7056 0.826 0.192 0.808
#> GSM18948 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18995 2 0.3879 0.896 0.076 0.924
#> GSM18996 2 0.3584 0.900 0.068 0.932
#> GSM18975 1 0.7376 0.716 0.792 0.208
#> GSM18976 1 0.5946 0.818 0.856 0.144
#> GSM18997 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18998 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18967 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18968 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18959 1 0.5519 0.840 0.872 0.128
#> GSM18960 1 0.5059 0.861 0.888 0.112
#> GSM19015 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM19016 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18957 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18958 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18982 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18989 2 0.7139 0.823 0.196 0.804
#> GSM18990 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18985 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18986 2 0.7139 0.823 0.196 0.804
#> GSM18987 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18988 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18983 2 0.7139 0.823 0.196 0.804
#> GSM18984 2 0.7139 0.823 0.196 0.804
#> GSM18951 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18952 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> GSM19007 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.2423 0.913 0.040 0.960
#> GSM19000 2 0.2603 0.911 0.044 0.956
#> GSM18889 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18953 1 0.9580 0.292 0.620 0.380
#> GSM18954 1 0.3114 0.926 0.944 0.056
#> GSM19013 2 0.1843 0.918 0.028 0.972
#> GSM19014 2 0.3114 0.906 0.056 0.944
#> GSM18971 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18970 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> GSM18869 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM19018 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18991 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.5842 0.821 0.860 0.140
#> GSM19021 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM19002 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18899 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18962 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18993 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18994 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM18956 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.4346 0.790 0.000 0.816 0.184
#> GSM19020 2 0.4346 0.790 0.000 0.816 0.184
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.2959 0.893 0.000 0.900 0.100
#> GSM19012 2 0.2796 0.901 0.000 0.908 0.092
#> GSM19009 2 0.3267 0.875 0.000 0.884 0.116
#> GSM19010 2 0.2878 0.897 0.000 0.904 0.096
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0237 0.995 0.996 0.004 0.000
#> GSM18974 1 0.0237 0.995 0.996 0.004 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.3038 0.886 0.104 0.896 0.000
#> GSM18972 2 0.3038 0.886 0.104 0.896 0.000
#> GSM18969 2 0.3038 0.886 0.104 0.896 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.5736 0.447 0.000 0.328 0.628 0.044
#> GSM19020 3 0.5736 0.447 0.000 0.328 0.628 0.044
#> GSM18923 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19006 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18921 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19004 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19011 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19012 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19009 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19010 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18945 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 4 0.2011 0.930 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18906 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18965 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18974 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18977 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18978 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18883 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18996 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18975 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18998 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18967 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19016 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18957 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.3975 0.715 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM18952 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19008 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18999 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19000 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18954 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19014 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18971 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18972 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18969 4 0.0921 0.969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18970 4 0.3907 0.720 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM18869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1474 0.943 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM19018 2 0.1474 0.943 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18991 2 0.4998 0.126 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM18992 2 0.4790 0.445 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM19021 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM19002 2 0.0921 0.960 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18899 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.0921 0.975 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0921 0.975 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18956 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.2928 0.829 0.000 0.872 0.064 0.064 0.000
#> GSM19020 2 0.2209 0.867 0.000 0.912 0.056 0.032 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18964 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18905 4 0.4823 0.650 0.000 0.052 0.000 0.672 0.276
#> GSM18906 4 0.3534 0.729 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM18965 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18966 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4003 0.664 0.008 0.000 0.000 0.704 0.288
#> GSM18974 4 0.4003 0.664 0.008 0.000 0.000 0.704 0.288
#> GSM18977 4 0.0609 0.911 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM18978 4 0.0324 0.918 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18979 4 0.0324 0.918 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18980 4 0.0794 0.908 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM18883 1 0.0794 0.968 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM18884 1 0.0794 0.968 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM18885 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0955 0.966 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM18908 1 0.0955 0.966 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM18909 1 0.0404 0.968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18910 1 0.0404 0.968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18867 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0798 0.914 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM18948 4 0.0798 0.914 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM18995 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18996 2 0.0162 0.948 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18975 4 0.0955 0.910 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18976 4 0.0955 0.910 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18997 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18968 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18959 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18960 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18958 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18981 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18982 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18989 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18990 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18985 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18986 5 0.1704 0.995 0.000 0.068 0.000 0.004 0.928
#> GSM18987 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18988 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18983 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18984 5 0.1544 0.999 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM18951 2 0.4275 0.588 0.000 0.696 0.000 0.284 0.020
#> GSM18952 4 0.0771 0.914 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM19007 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0703 0.969 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18890 1 0.0703 0.969 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18881 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0671 0.961 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18904 1 0.0671 0.961 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18949 4 0.0324 0.918 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18950 4 0.0324 0.918 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18953 4 0.1493 0.897 0.000 0.028 0.000 0.948 0.024
#> GSM18954 4 0.1310 0.903 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> GSM19013 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.3534 0.707 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM18972 4 0.3534 0.707 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM18969 4 0.3534 0.707 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM18970 4 0.5758 0.506 0.000 0.132 0.000 0.600 0.268
#> GSM18869 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.3861 0.625 0.000 0.728 0.000 0.264 0.008
#> GSM18992 2 0.3783 0.641 0.000 0.740 0.000 0.252 0.008
#> GSM19021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18900 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18961 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18962 4 0.0162 0.919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18901 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18902 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.0451 0.918 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM18994 4 0.0451 0.918 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM18865 1 0.4130 0.612 0.696 0.000 0.000 0.012 0.292
#> GSM18866 1 0.4109 0.619 0.700 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM18897 1 0.1205 0.961 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM18898 1 0.1205 0.961 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM18887 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18888 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18893 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18894 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18895 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18896 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18891 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18892 1 0.1041 0.965 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18955 4 0.3562 0.710 0.000 0.196 0.000 0.788 0.016
#> GSM18956 4 0.0671 0.915 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18916 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18939 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18940 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18933 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18926 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18931 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.3110 0.7860 0.000 0.836 0.020 0.128 0.000 0.016
#> GSM19020 2 0.2133 0.8811 0.000 0.912 0.020 0.052 0.000 0.016
#> GSM18923 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18924 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18941 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18942 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18929 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18912 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18935 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18918 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18913 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18914 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18937 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18938 3 0.0146 0.9971 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18943 3 0.0363 0.9892 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18944 3 0.0363 0.9892 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM19003 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1327 0.7390 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM18964 4 0.1327 0.7390 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM18905 6 0.5746 0.4066 0.000 0.060 0.000 0.236 0.092 0.612
#> GSM18906 6 0.4573 0.4527 0.000 0.000 0.000 0.244 0.084 0.672
#> GSM18965 4 0.1387 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18966 4 0.1387 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18873 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.3784 0.6082 0.004 0.000 0.000 0.236 0.024 0.736
#> GSM18974 6 0.3784 0.6082 0.004 0.000 0.000 0.236 0.024 0.736
#> GSM18977 4 0.3810 0.1650 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM18978 4 0.1007 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18979 4 0.0790 0.7471 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18980 4 0.3828 0.1078 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM18883 1 0.3309 0.7369 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> GSM18884 1 0.3330 0.7349 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM18885 1 0.1267 0.8201 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM18886 1 0.1267 0.8201 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM18907 1 0.3499 0.7075 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM18908 1 0.3499 0.7075 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM18909 1 0.1958 0.7698 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM18910 1 0.1958 0.7698 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM18867 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.2734 0.6794 0.000 0.008 0.000 0.840 0.004 0.148
#> GSM18948 4 0.2734 0.6794 0.000 0.008 0.000 0.840 0.004 0.148
#> GSM18995 2 0.1471 0.9034 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM18996 2 0.1219 0.9162 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM18975 4 0.3789 0.1798 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM18976 4 0.3789 0.1798 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM18997 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.1387 0.7353 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18968 4 0.1387 0.7353 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18959 4 0.1204 0.7407 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM18960 4 0.0937 0.7451 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM19015 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0146 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18958 4 0.0146 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18981 5 0.0000 0.9943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 5 0.0000 0.9943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18990 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18985 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18986 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18987 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18988 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18983 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18984 5 0.0146 0.9986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18951 4 0.5850 0.0495 0.000 0.408 0.000 0.424 0.004 0.164
#> GSM18952 4 0.2668 0.6718 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM19007 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3330 0.7347 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM18890 1 0.3330 0.7347 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM18881 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0146 0.8293 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0146 0.8293 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18875 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0146 0.8293 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18880 1 0.0146 0.8293 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.3196 0.6845 0.828 0.000 0.000 0.108 0.000 0.064
#> GSM18904 1 0.3196 0.6845 0.828 0.000 0.000 0.108 0.000 0.064
#> GSM18949 4 0.0937 0.7442 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18950 4 0.0937 0.7442 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18953 4 0.3389 0.6508 0.000 0.032 0.000 0.800 0.004 0.164
#> GSM18954 4 0.3389 0.6508 0.000 0.032 0.000 0.800 0.004 0.164
#> GSM19013 2 0.0260 0.9495 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM19014 2 0.0260 0.9495 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18971 4 0.4856 -0.1447 0.000 0.000 0.000 0.476 0.056 0.468
#> GSM18972 4 0.4856 -0.1447 0.000 0.000 0.000 0.476 0.056 0.468
#> GSM18969 4 0.4856 -0.1447 0.000 0.000 0.000 0.476 0.056 0.468
#> GSM18970 6 0.6495 0.3044 0.000 0.124 0.000 0.340 0.068 0.468
#> GSM18869 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0146 0.9515 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19018 2 0.0146 0.9515 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18991 2 0.4750 0.3936 0.000 0.596 0.000 0.340 0.000 0.064
#> GSM18992 2 0.4191 0.5399 0.000 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> GSM19021 3 0.0363 0.9892 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM19022 3 0.0363 0.9892 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM19001 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.1867 0.7836 0.916 0.000 0.000 0.020 0.000 0.064
#> GSM18900 1 0.1867 0.7836 0.916 0.000 0.000 0.020 0.000 0.064
#> GSM18961 4 0.0146 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18962 4 0.0146 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18901 1 0.1471 0.7942 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> GSM18902 1 0.1471 0.7942 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> GSM18993 4 0.0865 0.7431 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18994 4 0.0865 0.7431 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18865 6 0.3831 0.4657 0.224 0.000 0.000 0.020 0.012 0.744
#> GSM18866 6 0.3884 0.4475 0.232 0.000 0.000 0.020 0.012 0.736
#> GSM18897 1 0.3782 0.5719 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM18898 1 0.3782 0.5719 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM18887 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18888 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18893 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18894 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18895 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18896 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18891 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18892 1 0.3446 0.7194 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM18955 4 0.4357 0.5629 0.000 0.108 0.000 0.732 0.004 0.156
#> GSM18956 4 0.2558 0.6809 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:skmeans 156 6.50e-07 2
#> SD:skmeans 158 6.33e-13 3
#> SD:skmeans 154 1.52e-17 4
#> SD:skmeans 158 2.31e-23 5
#> SD:skmeans 144 1.72e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.398 0.423 0.661 0.4270 0.646 0.646
#> 3 3 0.931 0.928 0.971 0.4301 0.754 0.620
#> 4 4 0.747 0.744 0.870 0.1536 0.910 0.780
#> 5 5 0.806 0.809 0.846 0.0786 0.863 0.601
#> 6 6 0.914 0.914 0.943 0.0633 0.966 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18928 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18915 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18916 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18939 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18940 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18933 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18934 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18925 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18926 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18931 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18932 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM19019 1 0.9993 -0.8523 0.516 0.484
#> GSM19020 1 0.9977 -0.8239 0.528 0.472
#> GSM18923 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18924 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18941 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18942 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18929 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18930 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18911 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18912 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18935 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18936 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM19005 1 0.9954 -0.7953 0.540 0.460
#> GSM19006 1 0.9954 -0.7953 0.540 0.460
#> GSM18921 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18922 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18919 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18920 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18917 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18918 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18913 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18914 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18937 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18938 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18943 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18944 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM19003 1 0.9954 -0.7953 0.540 0.460
#> GSM19004 1 0.9963 -0.8046 0.536 0.464
#> GSM19011 1 0.9963 -0.8046 0.536 0.464
#> GSM19012 1 0.9963 -0.8046 0.536 0.464
#> GSM19009 1 0.9996 -0.8617 0.512 0.488
#> GSM19010 1 0.9963 -0.8046 0.536 0.464
#> GSM18945 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18946 2 0.9922 1.0000 0.448 0.552
#> GSM18963 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18964 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18905 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18965 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18874 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18973 1 0.4690 0.5286 0.900 0.100
#> GSM18974 1 0.3431 0.5262 0.936 0.064
#> GSM18977 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18979 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18980 1 0.8443 -0.2416 0.728 0.272
#> GSM18883 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18884 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18885 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18886 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18907 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18908 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18909 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18910 1 0.9909 0.5376 0.556 0.444
#> GSM18867 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18868 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18947 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18948 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18995 1 0.9580 -0.5959 0.620 0.380
#> GSM18996 1 0.9427 -0.5392 0.640 0.360
#> GSM18975 1 0.0376 0.5139 0.996 0.004
#> GSM18976 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18997 1 0.0376 0.5139 0.996 0.004
#> GSM18998 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18967 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18968 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18959 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18960 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM19015 1 0.8207 -0.1801 0.744 0.256
#> GSM19016 1 0.8144 -0.1645 0.748 0.252
#> GSM18957 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18958 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18981 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18982 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18989 1 0.9000 -0.4010 0.684 0.316
#> GSM18990 1 0.3431 0.4208 0.936 0.064
#> GSM18985 1 0.6623 0.1491 0.828 0.172
#> GSM18986 1 0.8144 -0.1683 0.748 0.252
#> GSM18987 1 0.3274 0.4276 0.940 0.060
#> GSM18988 1 0.4562 0.3564 0.904 0.096
#> GSM18983 1 0.7299 0.0338 0.796 0.204
#> GSM18984 1 0.9795 -0.6904 0.584 0.416
#> GSM18951 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18952 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM19007 1 0.9881 -0.7386 0.564 0.436
#> GSM19008 1 0.9881 -0.7386 0.564 0.436
#> GSM18999 1 0.9866 -0.7291 0.568 0.432
#> GSM19000 1 0.9866 -0.7291 0.568 0.432
#> GSM18889 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18890 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18881 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18882 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18877 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18878 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18875 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18876 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18879 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18880 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18871 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18872 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18903 1 0.9909 0.5376 0.556 0.444
#> GSM18904 1 0.9815 0.5362 0.580 0.420
#> GSM18949 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18953 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18954 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM19013 1 0.9881 -0.7386 0.564 0.436
#> GSM19014 1 0.9881 -0.7386 0.564 0.436
#> GSM18971 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0376 0.5196 0.996 0.004
#> GSM18970 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18870 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM19017 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM19018 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18991 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM19021 1 0.9963 -0.8046 0.536 0.464
#> GSM19022 1 0.9988 -0.8429 0.520 0.480
#> GSM19001 1 0.5178 0.3098 0.884 0.116
#> GSM19002 1 0.7219 0.0494 0.800 0.200
#> GSM18899 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18900 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18961 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18962 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18902 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18993 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18994 1 0.0000 0.5189 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.1843 0.5228 0.972 0.028
#> GSM18866 1 0.5294 0.5295 0.880 0.120
#> GSM18897 1 0.5842 0.5301 0.860 0.140
#> GSM18898 1 0.5737 0.5300 0.864 0.136
#> GSM18887 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18888 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18893 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18894 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18895 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18896 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18891 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18892 1 0.9922 0.5376 0.552 0.448
#> GSM18955 1 0.8081 -0.1519 0.752 0.248
#> GSM18956 1 0.0672 0.5088 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0747 0.941 0.000 0.984 0.016
#> GSM19020 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.3686 0.819 0.140 0.860 0.000
#> GSM18974 2 0.1529 0.922 0.040 0.960 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.5098 0.671 0.248 0.752 0.000
#> GSM18910 2 0.4605 0.736 0.204 0.796 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.3192 0.849 0.000 0.888 0.112
#> GSM18986 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.6192 0.266 0.420 0.580 0.000
#> GSM18904 2 0.6026 0.390 0.376 0.624 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 2 0.5835 0.494 0.000 0.660 0.340
#> GSM19022 2 0.5810 0.502 0.000 0.664 0.336
#> GSM19001 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.6168 0.282 0.588 0.412 0.000
#> GSM18900 2 0.5591 0.567 0.304 0.696 0.000
#> GSM18961 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> GSM18962 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.4974 0.680 0.764 0.236 0.000
#> GSM18902 1 0.4974 0.680 0.764 0.236 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.2173 0.910 0.048 0.944 0.008
#> GSM18866 2 0.5431 0.610 0.284 0.716 0.000
#> GSM18897 2 0.6280 0.176 0.460 0.540 0.000
#> GSM18898 2 0.6008 0.422 0.372 0.628 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.4456 0.6448 0.000 0.280 0.004 0.716
#> GSM19020 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18923 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 4 0.4933 0.4501 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM19006 4 0.4933 0.4501 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18921 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19004 4 0.4431 0.6326 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM19011 4 0.4933 0.4501 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM19012 4 0.4713 0.5682 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM19009 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19010 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18945 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 4 0.3219 0.6871 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM18906 4 0.1022 0.7158 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18965 4 0.0188 0.7153 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18966 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4289 0.4624 0.032 0.172 0.000 0.796
#> GSM18974 4 0.2973 0.5579 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM18977 4 0.0336 0.7130 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18978 4 0.0336 0.7180 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18979 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0336 0.9300 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.2589 0.9009 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4356 0.7187 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.3123 0.8762 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM18909 4 0.6354 0.0501 0.416 0.064 0.000 0.520
#> GSM18910 4 0.6920 0.1805 0.316 0.132 0.000 0.552
#> GSM18867 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0469 0.7180 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18948 4 0.0188 0.7176 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18995 4 0.4907 0.4726 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM18996 4 0.4817 0.5271 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM18975 4 0.0469 0.7180 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18976 4 0.0336 0.7180 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18997 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18998 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18967 4 0.0188 0.7153 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18968 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19016 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18957 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18958 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18981 2 0.4866 0.6096 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM18982 2 0.4888 0.5968 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM18989 2 0.2704 0.7093 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18990 2 0.2760 0.7091 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM18985 2 0.5186 0.6480 0.000 0.640 0.016 0.344
#> GSM18986 2 0.4898 0.6026 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM18987 2 0.2704 0.7093 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18988 2 0.2704 0.7093 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18983 2 0.2704 0.7093 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18984 2 0.2704 0.7093 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18951 4 0.4134 0.6552 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM18952 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM19007 4 0.4866 0.5011 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM19008 4 0.4454 0.6287 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM18999 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19000 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18889 1 0.1302 0.9227 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.1474 0.9209 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.4635 0.3192 0.268 0.012 0.000 0.720
#> GSM18904 4 0.4387 0.3816 0.236 0.012 0.000 0.752
#> GSM18949 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18950 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18953 4 0.0469 0.7180 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18954 4 0.0592 0.7179 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM19013 4 0.4933 0.4501 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM19014 4 0.4933 0.4501 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18971 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18970 4 0.3688 0.6738 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM18869 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19018 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18991 4 0.1792 0.7106 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM18992 4 0.4277 0.6463 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM19021 4 0.4967 0.1240 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM19022 3 0.5781 -0.1713 0.000 0.028 0.488 0.484
#> GSM19001 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM19002 4 0.4406 0.6361 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18899 4 0.5186 0.1522 0.344 0.016 0.000 0.640
#> GSM18900 4 0.4253 0.4267 0.208 0.016 0.000 0.776
#> GSM18961 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18962 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.5823 0.6371 0.704 0.120 0.000 0.176
#> GSM18902 1 0.6178 0.5432 0.660 0.112 0.000 0.228
#> GSM18993 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0469 0.7106 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18865 4 0.5220 0.0271 0.016 0.352 0.000 0.632
#> GSM18866 4 0.6831 -0.2249 0.112 0.352 0.000 0.536
#> GSM18897 2 0.7421 0.3999 0.220 0.512 0.000 0.268
#> GSM18898 2 0.7317 0.4256 0.204 0.528 0.000 0.268
#> GSM18887 1 0.2973 0.8860 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.2921 0.8886 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.2704 0.8977 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.3907 0.6661 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM18956 4 0.0000 0.7173 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.0794 0.8747 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.1121 0.8601 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM19006 2 0.1043 0.8641 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18921 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0162 0.8853 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.1197 0.8552 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM19012 2 0.0703 0.8755 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM19009 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9637 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18964 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18905 2 0.5274 0.1231 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064
#> GSM18906 4 0.5891 0.7039 0.000 0.328 0.000 0.552 0.120
#> GSM18965 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18966 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4610 0.7691 0.016 0.204 0.000 0.740 0.040
#> GSM18974 4 0.4313 0.8067 0.000 0.228 0.000 0.732 0.040
#> GSM18977 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18978 4 0.3895 0.8475 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM18979 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18980 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18883 1 0.1121 0.8058 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM18884 1 0.5385 0.7275 0.624 0.000 0.000 0.288 0.088
#> GSM18885 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.5906 0.6837 0.576 0.000 0.000 0.284 0.140
#> GSM18908 1 0.5394 0.7284 0.628 0.000 0.000 0.280 0.092
#> GSM18909 1 0.7793 0.1707 0.436 0.204 0.000 0.272 0.088
#> GSM18910 1 0.7983 0.0264 0.380 0.248 0.000 0.284 0.088
#> GSM18867 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.3913 0.8442 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM18948 4 0.3895 0.8475 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM18995 2 0.3141 0.8324 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> GSM18996 2 0.2984 0.8318 0.000 0.860 0.000 0.108 0.032
#> GSM18975 4 0.4045 0.8025 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM18976 4 0.3966 0.8307 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM18997 2 0.2127 0.8165 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM18998 2 0.2127 0.8165 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM18967 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18968 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18959 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18960 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM19015 2 0.2020 0.8255 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM19016 2 0.1608 0.8509 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM18957 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18958 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18981 5 0.2069 0.9181 0.000 0.012 0.000 0.076 0.912
#> GSM18982 5 0.2017 0.9134 0.000 0.008 0.000 0.080 0.912
#> GSM18989 5 0.1851 0.9494 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM18990 5 0.1732 0.9473 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM18985 5 0.2209 0.9314 0.000 0.032 0.000 0.056 0.912
#> GSM18986 5 0.2069 0.9181 0.000 0.012 0.000 0.076 0.912
#> GSM18987 5 0.1851 0.9494 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM18988 5 0.1851 0.9494 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM18983 5 0.1851 0.9494 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM18984 5 0.1851 0.9494 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM18951 2 0.3424 0.5899 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM18952 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM19007 2 0.0963 0.8672 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM19008 2 0.0290 0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18999 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3011 0.7891 0.844 0.000 0.000 0.140 0.016
#> GSM18890 1 0.3098 0.7873 0.836 0.000 0.000 0.148 0.016
#> GSM18881 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.4887 0.6892 0.148 0.132 0.000 0.720 0.000
#> GSM18904 4 0.4879 0.7191 0.124 0.156 0.000 0.720 0.000
#> GSM18949 4 0.3684 0.8502 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM18950 4 0.3684 0.8502 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM18953 4 0.3895 0.8475 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM18954 4 0.3857 0.8550 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM19013 2 0.1043 0.8641 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM19014 2 0.1197 0.8552 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM18971 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18972 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18969 4 0.3837 0.8583 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM18970 2 0.4029 0.3136 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM18869 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1270 0.8646 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM19018 2 0.0880 0.8750 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM18991 4 0.3999 0.7956 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM18992 2 0.2929 0.7297 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM19021 3 0.6428 -0.1078 0.000 0.364 0.456 0.180 0.000
#> GSM19022 3 0.5821 -0.0291 0.000 0.400 0.504 0.096 0.000
#> GSM19001 2 0.0162 0.8852 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19002 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.5716 0.5772 0.240 0.144 0.000 0.616 0.000
#> GSM18900 4 0.4967 0.7484 0.104 0.192 0.000 0.704 0.000
#> GSM18961 4 0.3796 0.8610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM18962 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM18901 1 0.5506 0.7330 0.644 0.008 0.000 0.260 0.088
#> GSM18902 1 0.6358 0.6286 0.572 0.040 0.000 0.300 0.088
#> GSM18993 4 0.3730 0.8546 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM18994 4 0.3684 0.8502 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM18865 4 0.2228 0.5139 0.008 0.020 0.000 0.916 0.056
#> GSM18866 4 0.2962 0.3779 0.084 0.000 0.000 0.868 0.048
#> GSM18897 4 0.6589 -0.4084 0.224 0.000 0.000 0.448 0.328
#> GSM18898 4 0.6543 -0.3901 0.212 0.000 0.000 0.456 0.332
#> GSM18887 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18888 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18893 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18894 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18895 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18896 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18891 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18892 1 0.5365 0.7293 0.628 0.000 0.000 0.284 0.088
#> GSM18955 2 0.3366 0.6058 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM18956 4 0.3816 0.8610 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.0632 0.885 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.973 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.5381 0.496 0.000 0.560 0.000 0.296 0.144 0.000
#> GSM18906 4 0.3383 0.647 0.000 0.004 0.000 0.728 0.268 0.000
#> GSM18965 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18966 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18873 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.1958 0.920 0.004 0.000 0.000 0.896 0.000 0.100
#> GSM18974 4 0.1765 0.923 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18977 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18978 4 0.0146 0.952 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18979 4 0.0260 0.952 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18980 4 0.0547 0.947 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18883 1 0.1765 0.877 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18884 6 0.2300 0.902 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM18885 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18908 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18909 6 0.2703 0.872 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> GSM18910 6 0.2527 0.879 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM18867 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0146 0.951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.2135 0.841 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.2135 0.841 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.2776 0.855 0.000 0.088 0.000 0.860 0.000 0.052
#> GSM18976 4 0.1594 0.924 0.000 0.016 0.000 0.932 0.000 0.052
#> GSM18997 2 0.2135 0.841 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.2135 0.841 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18960 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.2092 0.844 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.1610 0.865 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18958 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18981 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.3804 0.422 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM18952 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19007 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3499 0.489 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM18890 1 0.3499 0.489 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM18881 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.1141 0.939 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18904 4 0.1141 0.939 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18949 4 0.1141 0.939 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18950 4 0.1141 0.939 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18953 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18954 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.1141 0.933 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18972 4 0.1141 0.933 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18969 4 0.1141 0.933 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18970 2 0.4119 0.716 0.000 0.728 0.000 0.216 0.004 0.052
#> GSM18869 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1701 0.863 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> GSM19018 2 0.1398 0.871 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> GSM18991 4 0.2618 0.882 0.000 0.076 0.000 0.872 0.000 0.052
#> GSM18992 2 0.3740 0.716 0.000 0.740 0.000 0.228 0.000 0.032
#> GSM19021 3 0.5641 0.270 0.000 0.168 0.504 0.328 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.5121 0.420 0.000 0.272 0.604 0.124 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.894 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.2328 0.903 0.056 0.000 0.000 0.892 0.000 0.052
#> GSM18900 4 0.1500 0.934 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000 0.052
#> GSM18961 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18962 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18901 6 0.2048 0.905 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM18902 6 0.2135 0.900 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> GSM18993 4 0.1075 0.940 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM18994 4 0.1141 0.939 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18865 4 0.3011 0.798 0.004 0.000 0.000 0.800 0.004 0.192
#> GSM18866 4 0.3688 0.717 0.020 0.000 0.000 0.724 0.000 0.256
#> GSM18897 6 0.2020 0.957 0.096 0.000 0.000 0.000 0.008 0.896
#> GSM18898 6 0.2147 0.947 0.084 0.000 0.000 0.000 0.020 0.896
#> GSM18887 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18888 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18893 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18894 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18895 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18896 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18891 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18892 6 0.1863 0.961 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM18955 2 0.3737 0.496 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> GSM18956 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:pam 124 4.99e-06 2
#> SD:pam 152 3.32e-12 3
#> SD:pam 139 8.31e-16 4
#> SD:pam 149 2.47e-20 5
#> SD:pam 151 3.70e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.610 0.828 0.923 0.4980 0.497 0.497
#> 3 3 0.735 0.757 0.877 0.2537 0.718 0.499
#> 4 4 0.654 0.714 0.829 0.1309 0.864 0.641
#> 5 5 0.672 0.640 0.796 0.0758 0.950 0.825
#> 6 6 0.753 0.740 0.830 0.0487 0.983 0.934
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM19020 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM18923 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.7139 0.750 0.196 0.804
#> GSM19006 2 0.7453 0.730 0.212 0.788
#> GSM18921 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.7219 0.746 0.200 0.800
#> GSM19004 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> GSM19011 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> GSM19012 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> GSM19009 2 0.1184 0.887 0.016 0.984
#> GSM19010 2 0.5737 0.809 0.136 0.864
#> GSM18945 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.889 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.2043 0.881 0.032 0.968
#> GSM18964 2 0.1633 0.884 0.024 0.976
#> GSM18905 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.8207 0.684 0.256 0.744
#> GSM18966 2 0.9044 0.582 0.320 0.680
#> GSM18873 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.9044 0.486 0.680 0.320
#> GSM18979 2 0.8955 0.603 0.312 0.688
#> GSM18980 2 0.1414 0.886 0.020 0.980
#> GSM18883 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM18948 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM18995 2 0.6247 0.793 0.156 0.844
#> GSM18996 2 0.7056 0.755 0.192 0.808
#> GSM18975 2 0.1843 0.883 0.028 0.972
#> GSM18976 2 0.2603 0.876 0.044 0.956
#> GSM18997 2 0.9850 0.303 0.428 0.572
#> GSM18998 2 0.9881 0.282 0.436 0.564
#> GSM18967 2 0.7139 0.759 0.196 0.804
#> GSM18968 2 0.6973 0.766 0.188 0.812
#> GSM18959 2 0.2236 0.880 0.036 0.964
#> GSM18960 2 0.4815 0.839 0.104 0.896
#> GSM19015 2 0.9833 0.303 0.424 0.576
#> GSM19016 2 0.9944 0.216 0.456 0.544
#> GSM18957 2 0.3431 0.865 0.064 0.936
#> GSM18958 2 0.7674 0.725 0.224 0.776
#> GSM18981 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18982 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18989 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18990 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18985 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18986 1 0.9580 0.385 0.620 0.380
#> GSM18987 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18988 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18983 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18984 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18951 1 0.9775 0.257 0.588 0.412
#> GSM18952 2 0.8713 0.635 0.292 0.708
#> GSM19007 2 0.8555 0.628 0.280 0.720
#> GSM19008 2 0.9635 0.397 0.388 0.612
#> GSM18999 1 0.9661 0.344 0.608 0.392
#> GSM19000 1 0.9491 0.407 0.632 0.368
#> GSM18889 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18949 2 0.9795 0.375 0.416 0.584
#> GSM18950 2 0.9795 0.375 0.416 0.584
#> GSM18953 1 0.5059 0.829 0.888 0.112
#> GSM18954 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM19013 1 0.9815 0.263 0.580 0.420
#> GSM19014 1 0.9427 0.426 0.640 0.360
#> GSM18971 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> GSM18972 1 0.0672 0.931 0.992 0.008
#> GSM18969 1 0.0938 0.928 0.988 0.012
#> GSM18970 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> GSM18869 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM19017 1 0.8763 0.553 0.704 0.296
#> GSM19018 1 0.8955 0.526 0.688 0.312
#> GSM18991 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM19021 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM19022 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
#> GSM19001 1 0.8955 0.527 0.688 0.312
#> GSM19002 1 0.9460 0.417 0.636 0.364
#> GSM18899 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.6801 0.774 0.180 0.820
#> GSM18962 2 0.4815 0.839 0.104 0.896
#> GSM18901 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.8661 0.636 0.288 0.712
#> GSM18994 2 0.8555 0.648 0.280 0.720
#> GSM18865 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.1184 0.887 0.016 0.984
#> GSM18956 2 0.0938 0.888 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.2625 0.8115 0.000 0.916 0.084
#> GSM19020 2 0.2625 0.8115 0.000 0.916 0.084
#> GSM18923 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.2599 0.8846 0.052 0.932 0.016
#> GSM19006 2 0.2599 0.8846 0.052 0.932 0.016
#> GSM18921 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.6204 0.3660 0.000 0.424 0.576
#> GSM18944 3 0.6204 0.3660 0.000 0.424 0.576
#> GSM19003 2 0.2599 0.8846 0.052 0.932 0.016
#> GSM19004 2 0.3009 0.8790 0.052 0.920 0.028
#> GSM19011 2 0.3009 0.8790 0.052 0.920 0.028
#> GSM19012 2 0.3009 0.8790 0.052 0.920 0.028
#> GSM19009 2 0.3797 0.8573 0.052 0.892 0.056
#> GSM19010 2 0.3369 0.8709 0.052 0.908 0.040
#> GSM18945 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9754 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0424 0.8766 0.008 0.992 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 1 0.6280 0.3627 0.540 0.460 0.000
#> GSM18906 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18965 2 0.1964 0.8581 0.056 0.944 0.000
#> GSM18966 2 0.2448 0.8409 0.076 0.924 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18974 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18977 1 0.6267 0.3845 0.548 0.452 0.000
#> GSM18978 2 0.2261 0.8798 0.068 0.932 0.000
#> GSM18979 2 0.2711 0.8599 0.088 0.912 0.000
#> GSM18980 2 0.2301 0.8848 0.060 0.936 0.004
#> GSM18883 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.6095 0.4881 0.608 0.392 0.000
#> GSM18910 1 0.6095 0.4881 0.608 0.392 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18996 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18998 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18967 2 0.0424 0.8741 0.008 0.992 0.000
#> GSM18968 2 0.0424 0.8741 0.008 0.992 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0237 0.8735 0.004 0.996 0.000
#> GSM19015 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM19016 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.1031 0.8731 0.024 0.976 0.000
#> GSM18981 1 0.6267 0.3844 0.548 0.452 0.000
#> GSM18982 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18989 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18990 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18985 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18986 2 0.2066 0.8843 0.060 0.940 0.000
#> GSM18987 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18988 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18983 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18984 1 0.6260 0.3949 0.552 0.448 0.000
#> GSM18951 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18952 2 0.1529 0.8678 0.040 0.960 0.000
#> GSM19007 2 0.2096 0.8872 0.052 0.944 0.004
#> GSM19008 2 0.2280 0.8868 0.052 0.940 0.008
#> GSM18999 2 0.2384 0.8861 0.056 0.936 0.008
#> GSM19000 2 0.2486 0.8844 0.060 0.932 0.008
#> GSM18889 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18904 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18949 2 0.6026 0.1580 0.376 0.624 0.000
#> GSM18950 2 0.5988 0.1902 0.368 0.632 0.000
#> GSM18953 2 0.1964 0.8863 0.056 0.944 0.000
#> GSM18954 2 0.4702 0.6964 0.212 0.788 0.000
#> GSM19013 2 0.2066 0.8843 0.060 0.940 0.000
#> GSM19014 2 0.2066 0.8843 0.060 0.940 0.000
#> GSM18971 2 0.6299 -0.1677 0.476 0.524 0.000
#> GSM18972 2 0.6280 -0.1033 0.460 0.540 0.000
#> GSM18969 2 0.6244 -0.0205 0.440 0.560 0.000
#> GSM18970 1 0.6291 0.3384 0.532 0.468 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM19018 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18991 2 0.6267 -0.0440 0.452 0.548 0.000
#> GSM18992 2 0.5560 0.5095 0.300 0.700 0.000
#> GSM19021 2 0.2959 0.7978 0.000 0.900 0.100
#> GSM19022 2 0.2959 0.7978 0.000 0.900 0.100
#> GSM19001 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM19002 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18899 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18900 1 0.6154 0.4674 0.592 0.408 0.000
#> GSM18961 2 0.1163 0.8723 0.028 0.972 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.6095 0.4881 0.608 0.392 0.000
#> GSM18902 1 0.6095 0.4881 0.608 0.392 0.000
#> GSM18993 2 0.4178 0.7113 0.172 0.828 0.000
#> GSM18994 2 0.4346 0.6908 0.184 0.816 0.000
#> GSM18865 1 0.6062 0.4944 0.616 0.384 0.000
#> GSM18866 1 0.5968 0.5146 0.636 0.364 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.1860 0.8873 0.052 0.948 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.8726 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 2 0.7165 0.1413 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM19020 2 0.7165 0.1413 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM18923 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0188 0.9958 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18942 3 0.0524 0.9869 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM18929 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 4 0.2494 0.7644 0.000 0.036 0.048 0.916
#> GSM19006 4 0.2494 0.7644 0.000 0.036 0.048 0.916
#> GSM18921 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 2 0.7698 0.0877 0.000 0.440 0.324 0.236
#> GSM18944 2 0.7698 0.0877 0.000 0.440 0.324 0.236
#> GSM19003 4 0.2399 0.7667 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM19004 4 0.2399 0.7667 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM19011 4 0.2494 0.7644 0.000 0.036 0.048 0.916
#> GSM19012 4 0.2494 0.7644 0.000 0.036 0.048 0.916
#> GSM19009 4 0.2399 0.7667 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM19010 4 0.2399 0.7667 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM18945 3 0.0188 0.9964 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18946 3 0.0188 0.9964 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18963 4 0.0921 0.8030 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18964 4 0.1867 0.7895 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM18905 4 0.7206 -0.3494 0.140 0.400 0.000 0.460
#> GSM18906 4 0.7312 -0.3816 0.152 0.412 0.000 0.436
#> GSM18965 4 0.2760 0.7805 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM18966 4 0.2760 0.7805 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM18873 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.6439 0.5222 0.180 0.648 0.000 0.172
#> GSM18974 2 0.6316 0.5083 0.184 0.660 0.000 0.156
#> GSM18977 4 0.7115 -0.3309 0.128 0.420 0.000 0.452
#> GSM18978 4 0.2081 0.7895 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM18979 4 0.2281 0.7906 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM18980 2 0.6395 0.1009 0.000 0.476 0.064 0.460
#> GSM18883 1 0.3907 0.8095 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.3873 0.8128 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.3074 0.8298 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.3400 0.8273 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4103 0.8088 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.4040 0.8166 0.752 0.248 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.7676 0.5146 0.264 0.460 0.000 0.276
#> GSM18910 2 0.7721 0.5099 0.272 0.448 0.000 0.280
#> GSM18867 1 0.0188 0.8341 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0188 0.8341 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.2081 0.7850 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM18948 4 0.2216 0.7863 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM18995 4 0.0817 0.8017 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM18996 4 0.0469 0.7997 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18975 4 0.2011 0.7860 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18976 4 0.2011 0.7860 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18997 4 0.0336 0.8009 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18998 4 0.0336 0.8009 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18967 4 0.2760 0.7805 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM18968 4 0.2760 0.7805 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM18959 4 0.2921 0.7821 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM18960 4 0.2760 0.7805 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM19015 4 0.0336 0.8009 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM19016 4 0.0336 0.8009 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18957 4 0.2647 0.7824 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM18958 4 0.2814 0.7801 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM18981 2 0.7474 0.4584 0.176 0.424 0.000 0.400
#> GSM18982 2 0.7474 0.4584 0.176 0.424 0.000 0.400
#> GSM18989 2 0.7472 0.4599 0.176 0.428 0.000 0.396
#> GSM18990 2 0.7474 0.4584 0.176 0.424 0.000 0.400
#> GSM18985 2 0.7474 0.4584 0.176 0.424 0.000 0.400
#> GSM18986 4 0.2021 0.7804 0.024 0.040 0.000 0.936
#> GSM18987 2 0.7472 0.4599 0.176 0.428 0.000 0.396
#> GSM18988 2 0.7472 0.4599 0.176 0.428 0.000 0.396
#> GSM18983 2 0.7446 0.4574 0.172 0.432 0.000 0.396
#> GSM18984 2 0.7474 0.4584 0.176 0.424 0.000 0.400
#> GSM18951 4 0.2011 0.7870 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18952 4 0.3074 0.7746 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM19007 4 0.1118 0.7938 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM19008 4 0.1118 0.7951 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18999 4 0.1118 0.7965 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM19000 4 0.2021 0.7855 0.024 0.040 0.000 0.936
#> GSM18889 1 0.3907 0.8243 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.3907 0.8243 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.6613 0.5150 0.200 0.628 0.000 0.172
#> GSM18904 2 0.6537 0.5084 0.200 0.636 0.000 0.164
#> GSM18949 4 0.3837 0.7023 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM18950 4 0.3907 0.6904 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM18953 4 0.2216 0.7823 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM18954 4 0.4508 0.6159 0.036 0.184 0.000 0.780
#> GSM19013 4 0.2949 0.7475 0.024 0.088 0.000 0.888
#> GSM19014 4 0.3051 0.7426 0.028 0.088 0.000 0.884
#> GSM18971 4 0.7076 -0.3243 0.124 0.416 0.000 0.460
#> GSM18972 4 0.7026 -0.2873 0.120 0.404 0.000 0.476
#> GSM18969 4 0.7248 -0.3214 0.148 0.380 0.000 0.472
#> GSM18970 4 0.7231 -0.3460 0.144 0.392 0.000 0.464
#> GSM18869 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 4 0.0707 0.8016 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM19018 4 0.0592 0.8008 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18991 4 0.6189 0.2486 0.092 0.268 0.000 0.640
#> GSM18992 4 0.4514 0.6417 0.056 0.148 0.000 0.796
#> GSM19021 2 0.7402 0.2149 0.000 0.500 0.192 0.308
#> GSM19022 2 0.7402 0.2149 0.000 0.500 0.192 0.308
#> GSM19001 4 0.1118 0.7977 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM19002 4 0.1118 0.7977 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18899 2 0.6364 0.4925 0.204 0.652 0.000 0.144
#> GSM18900 2 0.6364 0.4925 0.204 0.652 0.000 0.144
#> GSM18961 4 0.2868 0.7812 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM18962 4 0.2814 0.7811 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM18901 2 0.7476 0.5018 0.260 0.504 0.000 0.236
#> GSM18902 2 0.7508 0.4918 0.272 0.496 0.000 0.232
#> GSM18993 4 0.3024 0.7747 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM18994 4 0.3356 0.7547 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM18865 2 0.5783 0.4198 0.188 0.704 0.000 0.108
#> GSM18866 2 0.5964 0.4102 0.208 0.684 0.000 0.108
#> GSM18897 1 0.4072 0.8121 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.4072 0.8121 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.4008 0.8204 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.0592 0.8007 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18956 4 0.2011 0.7852 0.000 0.080 0.000 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.4356 0.3022 0.000 0.648 0.012 0.340 0.000
#> GSM19020 2 0.4387 0.2901 0.000 0.640 0.012 0.348 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM19006 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM18921 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 2 0.6066 0.1386 0.000 0.488 0.388 0.124 0.000
#> GSM18944 2 0.6066 0.1386 0.000 0.488 0.388 0.124 0.000
#> GSM19003 4 0.3691 0.6067 0.000 0.104 0.000 0.820 0.076
#> GSM19004 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM19011 4 0.4450 0.5619 0.000 0.108 0.000 0.760 0.132
#> GSM19012 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM19009 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM19010 4 0.4401 0.5604 0.000 0.104 0.000 0.764 0.132
#> GSM18945 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1732 0.6927 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM18964 4 0.2424 0.6878 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM18905 4 0.6070 0.0214 0.000 0.120 0.000 0.440 0.440
#> GSM18906 4 0.6350 -0.0111 0.000 0.160 0.000 0.420 0.420
#> GSM18965 4 0.4192 0.5704 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM18966 4 0.4201 0.5659 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.5487 0.1834 0.008 0.564 0.000 0.052 0.376
#> GSM18974 2 0.5497 0.1818 0.008 0.560 0.000 0.052 0.380
#> GSM18977 4 0.6721 0.0839 0.000 0.304 0.000 0.420 0.276
#> GSM18978 4 0.3586 0.6438 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM18979 4 0.3612 0.6452 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM18980 2 0.4211 0.3049 0.000 0.636 0.000 0.360 0.004
#> GSM18883 5 0.6500 0.3360 0.236 0.276 0.000 0.000 0.488
#> GSM18884 5 0.6287 0.3404 0.184 0.296 0.000 0.000 0.520
#> GSM18885 1 0.3039 0.6534 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM18886 1 0.3636 0.4979 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM18907 5 0.3750 0.6214 0.232 0.012 0.000 0.000 0.756
#> GSM18908 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18909 2 0.7911 0.1490 0.100 0.396 0.000 0.184 0.320
#> GSM18910 2 0.7918 0.1562 0.100 0.400 0.000 0.188 0.312
#> GSM18867 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.3037 0.7769 0.860 0.100 0.000 0.000 0.040
#> GSM18947 4 0.2230 0.6764 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM18948 4 0.2230 0.6764 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM18995 4 0.1750 0.6902 0.000 0.036 0.000 0.936 0.028
#> GSM18996 4 0.0566 0.6877 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM18975 4 0.2074 0.6858 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM18976 4 0.2329 0.6814 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM18997 4 0.0992 0.6894 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> GSM18998 4 0.0880 0.6853 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM18967 4 0.4192 0.5704 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM18968 4 0.4192 0.5704 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM18959 4 0.4126 0.5754 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM18960 4 0.3932 0.6240 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM19015 4 0.1168 0.6851 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM19016 4 0.1281 0.6860 0.000 0.012 0.000 0.956 0.032
#> GSM18957 4 0.3876 0.6308 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM18958 4 0.3876 0.6312 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM18981 5 0.3814 0.4025 0.000 0.004 0.000 0.276 0.720
#> GSM18982 5 0.3814 0.4025 0.000 0.004 0.000 0.276 0.720
#> GSM18989 5 0.3579 0.4302 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756
#> GSM18990 5 0.3579 0.4302 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756
#> GSM18985 5 0.3521 0.4337 0.000 0.004 0.000 0.232 0.764
#> GSM18986 4 0.1626 0.6891 0.000 0.016 0.000 0.940 0.044
#> GSM18987 5 0.3579 0.4302 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756
#> GSM18988 5 0.3579 0.4302 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756
#> GSM18983 5 0.3607 0.4278 0.000 0.004 0.000 0.244 0.752
#> GSM18984 5 0.3662 0.4231 0.000 0.004 0.000 0.252 0.744
#> GSM18951 4 0.3013 0.6836 0.000 0.160 0.000 0.832 0.008
#> GSM18952 4 0.3707 0.6447 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM19007 4 0.2793 0.6457 0.000 0.036 0.000 0.876 0.088
#> GSM19008 4 0.2813 0.6464 0.000 0.040 0.000 0.876 0.084
#> GSM18999 4 0.1661 0.6787 0.000 0.036 0.000 0.940 0.024
#> GSM19000 4 0.1800 0.6778 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048
#> GSM18889 1 0.4150 0.1669 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM18890 1 0.4138 0.1794 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM18881 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.5252 0.3611 0.008 0.656 0.000 0.064 0.272
#> GSM18904 2 0.5364 0.3599 0.008 0.648 0.000 0.072 0.272
#> GSM18949 4 0.4547 0.5564 0.000 0.400 0.000 0.588 0.012
#> GSM18950 4 0.4455 0.5584 0.000 0.404 0.000 0.588 0.008
#> GSM18953 4 0.3430 0.6657 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> GSM18954 4 0.5325 0.5701 0.000 0.276 0.000 0.636 0.088
#> GSM19013 4 0.4748 0.5625 0.000 0.100 0.000 0.728 0.172
#> GSM19014 4 0.4514 0.5791 0.000 0.072 0.000 0.740 0.188
#> GSM18971 4 0.6758 -0.0704 0.000 0.300 0.000 0.404 0.296
#> GSM18972 4 0.6593 0.0903 0.000 0.252 0.000 0.464 0.284
#> GSM18969 4 0.6535 0.1132 0.000 0.232 0.000 0.476 0.292
#> GSM18970 4 0.6318 0.0731 0.000 0.156 0.000 0.444 0.400
#> GSM18869 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 4 0.0898 0.6883 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM19018 4 0.1018 0.6910 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> GSM18991 4 0.6317 0.3280 0.000 0.332 0.000 0.496 0.172
#> GSM18992 4 0.5512 0.5569 0.000 0.276 0.000 0.620 0.104
#> GSM19021 2 0.5264 0.3881 0.000 0.652 0.092 0.256 0.000
#> GSM19022 2 0.5264 0.3881 0.000 0.652 0.092 0.256 0.000
#> GSM19001 4 0.1408 0.6815 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM19002 4 0.1282 0.6812 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM18899 2 0.5175 0.3567 0.012 0.664 0.000 0.052 0.272
#> GSM18900 2 0.5175 0.3567 0.012 0.664 0.000 0.052 0.272
#> GSM18961 4 0.3876 0.6329 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM18962 4 0.4030 0.6064 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM18901 2 0.7708 0.1945 0.100 0.440 0.000 0.152 0.308
#> GSM18902 2 0.7708 0.1945 0.100 0.440 0.000 0.152 0.308
#> GSM18993 4 0.4171 0.5714 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM18994 4 0.4171 0.5714 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM18865 5 0.5028 0.1244 0.000 0.400 0.000 0.036 0.564
#> GSM18866 5 0.5028 0.1244 0.000 0.400 0.000 0.036 0.564
#> GSM18897 5 0.3491 0.6265 0.228 0.004 0.000 0.000 0.768
#> GSM18898 5 0.3582 0.6259 0.224 0.008 0.000 0.000 0.768
#> GSM18887 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18888 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18893 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18894 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18895 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18896 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18891 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18892 5 0.3521 0.6256 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM18955 4 0.0880 0.6866 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM18956 4 0.2329 0.6754 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18940 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18926 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.3808 0.4384 0.000 0.284 0.012 0.700 0.000 0.004
#> GSM19020 4 0.3808 0.4384 0.000 0.284 0.012 0.700 0.000 0.004
#> GSM18923 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18924 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18941 3 0.0291 0.9948 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM18942 3 0.0291 0.9948 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18912 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.4905 0.4054 0.000 0.580 0.000 0.076 0.344 0.000
#> GSM19006 2 0.4905 0.4054 0.000 0.580 0.000 0.076 0.344 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18914 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18937 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18938 3 0.0146 0.9975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18943 4 0.5285 0.3356 0.000 0.108 0.368 0.524 0.000 0.000
#> GSM18944 4 0.5285 0.3356 0.000 0.108 0.368 0.524 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.4645 0.4967 0.000 0.648 0.000 0.076 0.276 0.000
#> GSM19004 2 0.4893 0.4114 0.000 0.584 0.000 0.076 0.340 0.000
#> GSM19011 2 0.4905 0.4054 0.000 0.580 0.000 0.076 0.344 0.000
#> GSM19012 2 0.4905 0.4054 0.000 0.580 0.000 0.076 0.344 0.000
#> GSM19009 2 0.4893 0.4114 0.000 0.584 0.000 0.076 0.340 0.000
#> GSM19010 2 0.4893 0.4114 0.000 0.584 0.000 0.076 0.340 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 2 0.0790 0.7139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18964 2 0.1501 0.7141 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.6597 0.3975 0.000 0.548 0.000 0.136 0.176 0.140
#> GSM18906 2 0.6795 0.3515 0.000 0.520 0.000 0.140 0.176 0.164
#> GSM18965 2 0.3737 0.6066 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> GSM18966 2 0.3747 0.6039 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.5798 0.4885 0.008 0.044 0.000 0.604 0.084 0.260
#> GSM18974 4 0.5798 0.4885 0.008 0.044 0.000 0.604 0.084 0.260
#> GSM18977 2 0.6298 0.4515 0.000 0.572 0.000 0.212 0.116 0.100
#> GSM18978 2 0.2948 0.6798 0.000 0.804 0.000 0.188 0.000 0.008
#> GSM18979 2 0.3023 0.6845 0.000 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> GSM18980 4 0.4250 0.4828 0.000 0.244 0.000 0.708 0.012 0.036
#> GSM18883 6 0.5962 0.0559 0.204 0.004 0.000 0.328 0.000 0.464
#> GSM18884 6 0.4745 0.2253 0.032 0.004 0.000 0.336 0.012 0.616
#> GSM18885 1 0.2632 0.7956 0.832 0.000 0.000 0.004 0.000 0.164
#> GSM18886 1 0.2964 0.7482 0.792 0.000 0.000 0.004 0.000 0.204
#> GSM18907 6 0.0291 0.8952 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM18908 6 0.0146 0.8963 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM18909 4 0.6147 0.4661 0.040 0.036 0.000 0.564 0.060 0.300
#> GSM18910 4 0.6147 0.4661 0.040 0.036 0.000 0.564 0.060 0.300
#> GSM18867 1 0.0291 0.9311 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.3475 0.7711 0.824 0.012 0.000 0.084 0.000 0.080
#> GSM18947 2 0.2260 0.7006 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM18948 2 0.2260 0.6977 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.1408 0.7123 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000
#> GSM18996 2 0.1074 0.7153 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> GSM18975 2 0.2048 0.7022 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM18976 2 0.2092 0.7010 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM18997 2 0.1151 0.7083 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM18998 2 0.1074 0.7090 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> GSM18967 2 0.3737 0.6066 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> GSM18968 2 0.3737 0.6066 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> GSM18959 2 0.3482 0.6555 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM18960 2 0.3464 0.6570 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.1151 0.7083 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM19016 2 0.1151 0.7083 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM18957 2 0.3390 0.6649 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM18958 2 0.3390 0.6637 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM18981 5 0.1934 0.9075 0.000 0.044 0.000 0.000 0.916 0.040
#> GSM18982 5 0.1934 0.9075 0.000 0.044 0.000 0.000 0.916 0.040
#> GSM18989 5 0.0405 0.9718 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM18990 5 0.0405 0.9718 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM18985 5 0.0622 0.9673 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> GSM18986 2 0.1707 0.7071 0.000 0.928 0.000 0.012 0.056 0.004
#> GSM18987 5 0.0405 0.9718 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM18988 5 0.0405 0.9718 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM18983 5 0.0405 0.9718 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM18984 5 0.0508 0.9692 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> GSM18951 2 0.2294 0.7133 0.000 0.892 0.000 0.072 0.036 0.000
#> GSM18952 2 0.3290 0.6888 0.000 0.776 0.000 0.208 0.016 0.000
#> GSM19007 2 0.4094 0.4912 0.000 0.652 0.000 0.024 0.324 0.000
#> GSM19008 2 0.4118 0.5036 0.000 0.660 0.000 0.028 0.312 0.000
#> GSM18999 2 0.2294 0.6975 0.000 0.892 0.000 0.036 0.072 0.000
#> GSM19000 2 0.2164 0.6969 0.000 0.900 0.000 0.032 0.068 0.000
#> GSM18889 1 0.3215 0.6980 0.756 0.000 0.000 0.004 0.000 0.240
#> GSM18890 1 0.3215 0.6980 0.756 0.000 0.000 0.004 0.000 0.240
#> GSM18881 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0146 0.9355 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0146 0.9355 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18875 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0146 0.9355 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18880 1 0.0146 0.9355 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.5016 0.5780 0.052 0.044 0.000 0.732 0.028 0.144
#> GSM18904 4 0.5016 0.5780 0.052 0.044 0.000 0.732 0.028 0.144
#> GSM18949 2 0.3965 0.6041 0.008 0.604 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM18950 2 0.3965 0.6041 0.008 0.604 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM18953 2 0.2454 0.7121 0.000 0.884 0.000 0.088 0.020 0.008
#> GSM18954 2 0.4467 0.6276 0.000 0.696 0.000 0.236 0.060 0.008
#> GSM19013 2 0.4957 0.3209 0.000 0.520 0.000 0.068 0.412 0.000
#> GSM19014 2 0.4778 0.3228 0.000 0.524 0.000 0.052 0.424 0.000
#> GSM18971 2 0.6437 0.3871 0.000 0.552 0.000 0.224 0.116 0.108
#> GSM18972 2 0.6315 0.4275 0.000 0.572 0.000 0.208 0.116 0.104
#> GSM18969 2 0.6488 0.4132 0.000 0.560 0.000 0.184 0.128 0.128
#> GSM18970 2 0.6330 0.4374 0.000 0.584 0.000 0.136 0.156 0.124
#> GSM18869 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0909 0.7106 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> GSM19018 2 0.0717 0.7117 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM18991 2 0.4456 0.6047 0.000 0.672 0.000 0.276 0.044 0.008
#> GSM18992 2 0.4130 0.6256 0.000 0.696 0.000 0.260 0.044 0.000
#> GSM19021 4 0.4599 0.4795 0.000 0.192 0.104 0.700 0.000 0.004
#> GSM19022 4 0.4599 0.4795 0.000 0.192 0.104 0.700 0.000 0.004
#> GSM19001 2 0.1951 0.7005 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076 0.000
#> GSM19002 2 0.1951 0.7005 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076 0.000
#> GSM18899 4 0.5006 0.5777 0.044 0.040 0.000 0.732 0.036 0.148
#> GSM18900 4 0.5006 0.5777 0.044 0.040 0.000 0.732 0.036 0.148
#> GSM18961 2 0.3371 0.6647 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> GSM18962 2 0.3446 0.6589 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM18901 4 0.6103 0.4765 0.040 0.036 0.000 0.576 0.060 0.288
#> GSM18902 4 0.6103 0.4765 0.040 0.036 0.000 0.576 0.060 0.288
#> GSM18993 2 0.3634 0.6286 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM18994 2 0.3634 0.6286 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM18865 4 0.5693 0.2330 0.004 0.036 0.000 0.472 0.056 0.432
#> GSM18866 4 0.5645 0.2423 0.004 0.036 0.000 0.476 0.052 0.432
#> GSM18897 6 0.0291 0.8952 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM18898 6 0.0291 0.8952 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM18887 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18888 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18893 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18894 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18895 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18896 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18891 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18892 6 0.0547 0.9049 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18955 2 0.1124 0.7167 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM18956 2 0.2219 0.6999 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:mclust 143 1.87e-06 2
#> SD:mclust 126 3.98e-10 3
#> SD:mclust 129 2.44e-14 4
#> SD:mclust 117 4.04e-13 5
#> SD:mclust 123 1.92e-21 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.849 0.923 0.966 0.4742 0.529 0.529
#> 3 3 1.000 0.979 0.991 0.3497 0.701 0.496
#> 4 4 0.784 0.755 0.865 0.1537 0.898 0.721
#> 5 5 0.846 0.821 0.908 0.0768 0.879 0.592
#> 6 6 0.824 0.686 0.812 0.0323 0.965 0.834
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0938 0.9542 0.012 0.988
#> GSM18964 2 0.0938 0.9542 0.012 0.988
#> GSM18905 2 0.6438 0.8096 0.164 0.836
#> GSM18906 1 0.0376 0.9673 0.996 0.004
#> GSM18965 1 0.5519 0.8363 0.872 0.128
#> GSM18966 1 0.6801 0.7655 0.820 0.180
#> GSM18873 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.7376 0.7523 0.208 0.792
#> GSM18979 2 0.9129 0.5500 0.328 0.672
#> GSM18980 2 0.1184 0.9504 0.016 0.984
#> GSM18883 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0376 0.9586 0.004 0.996
#> GSM18995 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.1184 0.9516 0.016 0.984
#> GSM18976 2 0.0672 0.9566 0.008 0.992
#> GSM18997 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.5294 0.8463 0.880 0.120
#> GSM18968 1 0.9954 0.0941 0.540 0.460
#> GSM18959 2 0.0672 0.9566 0.008 0.992
#> GSM18960 2 0.4161 0.8944 0.084 0.916
#> GSM19015 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.5519 0.8508 0.128 0.872
#> GSM18958 1 0.9248 0.4638 0.660 0.340
#> GSM18981 2 0.0376 0.9586 0.004 0.996
#> GSM18982 2 0.2236 0.9363 0.036 0.964
#> GSM18989 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0672 0.9568 0.008 0.992
#> GSM18985 2 0.3114 0.9194 0.056 0.944
#> GSM18986 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.1184 0.9516 0.016 0.984
#> GSM18988 2 0.1184 0.9516 0.016 0.984
#> GSM18983 2 0.0672 0.9567 0.008 0.992
#> GSM18984 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.5178 0.8633 0.116 0.884
#> GSM18952 2 0.9248 0.5238 0.340 0.660
#> GSM19007 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.5737 0.8419 0.136 0.864
#> GSM18954 2 0.8081 0.6938 0.248 0.752
#> GSM19013 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.8016 0.7010 0.244 0.756
#> GSM18869 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0672 0.9566 0.008 0.992
#> GSM19018 2 0.0672 0.9566 0.008 0.992
#> GSM18991 1 0.9286 0.4528 0.656 0.344
#> GSM18992 2 0.9087 0.5575 0.324 0.676
#> GSM19021 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0672 0.9566 0.008 0.992
#> GSM19002 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.9944 0.2050 0.456 0.544
#> GSM18962 2 0.5629 0.8463 0.132 0.868
#> GSM18901 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.7815 0.7179 0.232 0.768
#> GSM18994 2 0.9209 0.5322 0.336 0.664
#> GSM18865 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9708 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.9605 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0592 0.987 0.000 0.988 0.012
#> GSM19020 2 0.0892 0.979 0.000 0.980 0.020
#> GSM18923 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM19012 2 0.0592 0.987 0.000 0.988 0.012
#> GSM19009 2 0.1860 0.947 0.000 0.948 0.052
#> GSM19010 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.5291 0.650 0.732 0.268 0.000
#> GSM18974 1 0.6126 0.364 0.600 0.400 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.1031 0.950 0.976 0.024 0.000
#> GSM18910 1 0.2878 0.876 0.904 0.096 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.3551 0.836 0.868 0.132 0.000
#> GSM18904 1 0.3879 0.813 0.848 0.152 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.1289 0.967 0.032 0.968 0.000
#> GSM18972 2 0.1163 0.971 0.028 0.972 0.000
#> GSM18969 2 0.1031 0.975 0.024 0.976 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.2261 0.919 0.000 0.068 0.932
#> GSM19022 3 0.1411 0.957 0.000 0.036 0.964
#> GSM19001 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0237 0.968 0.996 0.004 0.000
#> GSM18900 1 0.0424 0.964 0.992 0.008 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.0657 0.7520 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM19020 4 0.1151 0.7580 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM18923 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0469 0.9851 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 4 0.4855 0.6000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM19006 4 0.4855 0.6000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM18921 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0188 0.9938 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 4 0.4730 0.6330 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM19004 4 0.4830 0.6094 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM19011 4 0.6197 0.5263 0.000 0.400 0.056 0.544
#> GSM19012 4 0.5004 0.6060 0.000 0.392 0.004 0.604
#> GSM19009 4 0.5793 0.5783 0.000 0.384 0.036 0.580
#> GSM19010 4 0.4830 0.6094 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM18945 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1118 0.7554 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18964 4 0.1557 0.7318 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18905 2 0.4817 0.1785 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18906 2 0.4925 0.4144 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM18965 4 0.1022 0.7436 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18966 4 0.1389 0.7335 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM18873 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.6774 0.5482 0.120 0.568 0.000 0.312
#> GSM18974 2 0.6603 0.5486 0.100 0.572 0.000 0.328
#> GSM18977 4 0.2704 0.6553 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM18978 4 0.0336 0.7578 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18979 4 0.0188 0.7568 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18980 4 0.3810 0.5258 0.008 0.188 0.000 0.804
#> GSM18883 1 0.2469 0.8387 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.3649 0.7605 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0469 0.8846 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0469 0.8846 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4998 0.2427 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.4981 0.3078 0.536 0.464 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0779 0.8811 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM18910 1 0.1209 0.8719 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM18867 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0188 0.7568 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18948 4 0.0336 0.7535 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18995 4 0.3074 0.7368 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM18996 4 0.3400 0.7288 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18975 4 0.2469 0.6648 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM18976 4 0.2921 0.6218 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM18997 4 0.3311 0.7314 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM18998 4 0.4134 0.6979 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM18967 4 0.1389 0.7335 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM18968 4 0.1302 0.7366 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM18959 4 0.1022 0.7438 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18960 4 0.1022 0.7438 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM19015 4 0.4250 0.6899 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM19016 4 0.4406 0.6763 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18957 4 0.1211 0.7388 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM18958 4 0.1557 0.7273 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18981 2 0.0817 0.6475 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18982 2 0.0707 0.6490 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18989 2 0.1637 0.6182 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM18990 2 0.0707 0.6463 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18985 2 0.0524 0.6470 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM18986 2 0.4992 -0.0168 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM18987 2 0.1302 0.6379 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18988 2 0.1118 0.6412 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18983 2 0.2530 0.5615 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM18984 2 0.1867 0.6075 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM18951 4 0.2589 0.7450 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM18952 4 0.0188 0.7568 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM19007 4 0.4830 0.6094 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM19008 4 0.4830 0.6094 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM18999 4 0.4790 0.6202 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM19000 4 0.4776 0.6235 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM18889 1 0.1557 0.8681 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.1557 0.8681 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.3024 0.7314 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM18904 1 0.3219 0.7083 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM18949 4 0.0336 0.7531 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18950 4 0.0592 0.7504 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18953 4 0.0336 0.7578 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18954 4 0.0469 0.7583 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM19013 4 0.4898 0.5780 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM19014 4 0.4907 0.5720 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM18971 2 0.5277 0.4321 0.008 0.532 0.000 0.460
#> GSM18972 2 0.5163 0.4012 0.004 0.516 0.000 0.480
#> GSM18969 2 0.4941 0.4656 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM18970 2 0.4888 0.3907 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM18869 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 4 0.4331 0.6832 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM19018 4 0.4477 0.6687 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM18991 4 0.3610 0.7229 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM18992 4 0.4134 0.6985 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM19021 3 0.1978 0.9152 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM19022 3 0.0524 0.9865 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM19001 4 0.4817 0.6132 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM19002 4 0.4817 0.6132 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM18899 1 0.1452 0.8597 0.956 0.008 0.000 0.036
#> GSM18900 1 0.1305 0.8610 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM18961 4 0.1637 0.7240 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM18962 4 0.1211 0.7388 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM18901 1 0.0188 0.8859 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0469 0.7581 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18994 4 0.0336 0.7578 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18865 2 0.6249 0.2188 0.352 0.580 0.000 0.068
#> GSM18866 2 0.6396 0.2055 0.360 0.564 0.000 0.076
#> GSM18897 2 0.4877 0.0526 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM18898 2 0.4855 0.0784 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.4916 0.4051 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.4877 0.4386 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.4304 0.6620 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.4331 0.6562 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.3649 0.7618 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.3726 0.7553 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.2589 0.8359 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.2530 0.8386 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.1022 0.7584 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18956 4 0.0592 0.7511 0.000 0.016 0.000 0.984
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.3934 0.6715 0.000 0.276 0.008 0.716 0.000
#> GSM19020 2 0.4574 0.2347 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> GSM18923 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0609 0.9811 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0880 0.9691 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0404 0.9882 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0162 0.9939 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0290 0.9913 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0510 0.9174 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM19004 2 0.0290 0.9156 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM19011 2 0.0162 0.9074 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0566 0.9153 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM19010 2 0.0290 0.9156 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1478 0.8465 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM18964 4 0.0794 0.8467 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM18905 5 0.4891 0.5080 0.000 0.316 0.000 0.044 0.640
#> GSM18906 5 0.1836 0.7564 0.000 0.036 0.000 0.032 0.932
#> GSM18965 4 0.0880 0.8480 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM18966 4 0.0703 0.8455 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4201 0.2342 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> GSM18974 4 0.4182 0.2562 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM18977 4 0.0162 0.8348 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18978 4 0.3366 0.7357 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM18979 4 0.2773 0.7964 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM18980 4 0.1082 0.8126 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM18883 1 0.3895 0.5531 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM18884 1 0.4294 0.1576 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM18885 1 0.1121 0.8977 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM18886 1 0.1410 0.8861 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM18907 5 0.1251 0.7532 0.036 0.008 0.000 0.000 0.956
#> GSM18908 5 0.1952 0.7344 0.084 0.004 0.000 0.000 0.912
#> GSM18909 1 0.0162 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18910 1 0.0955 0.9016 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM18867 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.3109 0.7677 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM18948 4 0.2929 0.7848 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM18995 2 0.3210 0.7596 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18996 2 0.2377 0.8698 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM18975 4 0.0324 0.8351 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18976 4 0.0162 0.8324 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18997 2 0.2516 0.8567 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM18998 2 0.1671 0.9043 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM18967 4 0.0703 0.8455 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18968 4 0.0703 0.8455 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18959 4 0.1410 0.8467 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM18960 4 0.1121 0.8496 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM19015 2 0.1792 0.9010 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM19016 2 0.1341 0.9108 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18957 4 0.1121 0.8495 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM18958 4 0.0794 0.8472 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM18981 5 0.1410 0.7646 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM18982 5 0.1043 0.7646 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM18989 5 0.4126 0.4769 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM18990 5 0.1671 0.7613 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM18985 5 0.1197 0.7654 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM18986 5 0.5850 0.3890 0.000 0.316 0.000 0.120 0.564
#> GSM18987 5 0.3305 0.6743 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM18988 5 0.3074 0.6970 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM18983 5 0.4304 0.2422 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM18984 5 0.4302 0.2598 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM18951 2 0.3266 0.7724 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> GSM18952 4 0.4015 0.6567 0.004 0.284 0.000 0.708 0.004
#> GSM19007 2 0.0290 0.9156 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM19008 2 0.0162 0.9134 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18999 2 0.0510 0.9174 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM19000 2 0.0510 0.9174 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM18889 1 0.2891 0.7735 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM18890 1 0.2891 0.7735 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM18881 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.1282 0.8787 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> GSM18904 1 0.1205 0.8833 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> GSM18949 4 0.2338 0.8260 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM18950 4 0.2233 0.8299 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004
#> GSM18953 4 0.3109 0.7669 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM18954 4 0.3398 0.7495 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> GSM19013 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0404 0.8994 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18971 4 0.1792 0.7784 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM18972 4 0.1544 0.7917 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM18969 4 0.3480 0.5757 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM18970 4 0.4747 -0.0318 0.000 0.016 0.000 0.500 0.484
#> GSM18869 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2230 0.8809 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM19018 2 0.2127 0.8866 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM18991 2 0.2919 0.8769 0.024 0.868 0.000 0.104 0.004
#> GSM18992 2 0.1892 0.9021 0.004 0.916 0.000 0.080 0.000
#> GSM19021 3 0.1410 0.9300 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM19022 3 0.0290 0.9889 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM19001 2 0.0794 0.9172 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM19002 2 0.0794 0.9172 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM18899 1 0.0324 0.9205 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18900 1 0.0324 0.9205 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18961 4 0.0880 0.8483 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM18962 4 0.1341 0.8477 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.9239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0162 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.3790 0.6787 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> GSM18994 4 0.3635 0.7122 0.000 0.248 0.000 0.748 0.004
#> GSM18865 5 0.3561 0.5798 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM18866 5 0.3684 0.5562 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM18897 5 0.0162 0.7571 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM18898 5 0.0162 0.7571 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM18887 5 0.2561 0.6926 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM18888 5 0.2605 0.6892 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> GSM18893 5 0.3774 0.4993 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM18894 5 0.3707 0.5207 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM18895 5 0.4249 0.1700 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM18896 5 0.4331 0.2669 0.400 0.004 0.000 0.000 0.596
#> GSM18891 1 0.4030 0.4813 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18892 1 0.3913 0.5421 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM18955 4 0.3966 0.5652 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM18956 4 0.1043 0.8498 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.6252 0.25112 0.000 0.372 0.008 0.372 0.248 0.000
#> GSM19020 2 0.5123 0.49668 0.000 0.660 0.012 0.184 0.144 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0260 0.98708 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0713 0.96708 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0146 0.99053 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0458 0.92369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM19006 2 0.0458 0.92134 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0146 0.99053 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0508 0.92518 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM19004 2 0.0260 0.92510 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM19011 2 0.0692 0.91934 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM19012 2 0.0458 0.92369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM19009 2 0.0146 0.92634 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM19010 2 0.0146 0.92592 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.99366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.4964 0.53844 0.000 0.072 0.000 0.540 0.388 0.000
#> GSM18964 4 0.4410 0.53629 0.000 0.028 0.000 0.560 0.412 0.000
#> GSM18905 6 0.5810 0.28652 0.000 0.188 0.000 0.072 0.112 0.628
#> GSM18906 6 0.3249 0.52694 0.000 0.008 0.000 0.060 0.096 0.836
#> GSM18965 4 0.4064 0.58234 0.000 0.016 0.000 0.624 0.360 0.000
#> GSM18966 4 0.4178 0.57255 0.000 0.020 0.000 0.608 0.372 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.82805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0260 0.82796 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18973 5 0.6063 0.05963 0.000 0.000 0.000 0.292 0.408 0.300
#> GSM18974 5 0.6062 0.03407 0.000 0.000 0.000 0.304 0.408 0.288
#> GSM18977 4 0.4323 0.56514 0.000 0.020 0.000 0.600 0.376 0.004
#> GSM18978 4 0.4165 0.61625 0.000 0.128 0.000 0.744 0.128 0.000
#> GSM18979 4 0.3650 0.63129 0.000 0.092 0.000 0.792 0.116 0.000
#> GSM18980 4 0.4039 0.52143 0.000 0.008 0.000 0.568 0.424 0.000
#> GSM18883 1 0.4526 0.04052 0.512 0.000 0.000 0.000 0.032 0.456
#> GSM18884 6 0.4561 0.17574 0.428 0.000 0.000 0.000 0.036 0.536
#> GSM18885 1 0.2199 0.76779 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088
#> GSM18886 1 0.2573 0.74250 0.864 0.000 0.000 0.000 0.024 0.112
#> GSM18907 6 0.1633 0.58355 0.024 0.000 0.000 0.000 0.044 0.932
#> GSM18908 6 0.1794 0.58918 0.036 0.000 0.000 0.000 0.040 0.924
#> GSM18909 1 0.7334 0.32515 0.448 0.140 0.000 0.272 0.124 0.016
#> GSM18910 1 0.7401 0.30024 0.432 0.176 0.000 0.260 0.120 0.012
#> GSM18867 1 0.0260 0.82796 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18868 1 0.0146 0.82820 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18947 4 0.2121 0.58147 0.000 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000
#> GSM18948 4 0.1757 0.59931 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008 0.000
#> GSM18995 2 0.2901 0.81596 0.000 0.840 0.000 0.128 0.032 0.000
#> GSM18996 2 0.1701 0.89515 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008 0.000
#> GSM18975 4 0.4615 0.51725 0.000 0.040 0.000 0.536 0.424 0.000
#> GSM18976 4 0.4444 0.50710 0.000 0.028 0.000 0.536 0.436 0.000
#> GSM18997 2 0.2499 0.86276 0.000 0.880 0.000 0.072 0.048 0.000
#> GSM18998 2 0.1794 0.90285 0.000 0.924 0.000 0.040 0.036 0.000
#> GSM18967 4 0.3819 0.59914 0.000 0.012 0.000 0.672 0.316 0.000
#> GSM18968 4 0.3835 0.59770 0.000 0.012 0.000 0.668 0.320 0.000
#> GSM18959 4 0.5011 0.51190 0.000 0.072 0.000 0.508 0.420 0.000
#> GSM18960 4 0.4682 0.55483 0.000 0.048 0.000 0.556 0.396 0.000
#> GSM19015 2 0.1720 0.90463 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040 0.000
#> GSM19016 2 0.1261 0.91491 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM18957 4 0.2494 0.63421 0.000 0.016 0.000 0.864 0.120 0.000
#> GSM18958 4 0.1462 0.62370 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056 0.000
#> GSM18981 6 0.5012 0.23828 0.000 0.048 0.000 0.012 0.400 0.540
#> GSM18982 6 0.4915 0.25487 0.000 0.036 0.000 0.016 0.396 0.552
#> GSM18989 5 0.6206 0.00371 0.000 0.232 0.000 0.008 0.400 0.360
#> GSM18990 6 0.4954 0.24429 0.000 0.052 0.000 0.008 0.388 0.552
#> GSM18985 6 0.4892 0.25304 0.000 0.048 0.000 0.008 0.384 0.560
#> GSM18986 5 0.5829 0.23576 0.000 0.312 0.000 0.024 0.540 0.124
#> GSM18987 6 0.5798 0.05948 0.000 0.140 0.000 0.008 0.396 0.456
#> GSM18988 6 0.5743 0.07849 0.000 0.132 0.000 0.008 0.396 0.464
#> GSM18983 5 0.6288 0.11688 0.000 0.308 0.000 0.008 0.396 0.288
#> GSM18984 5 0.6290 0.10057 0.000 0.296 0.000 0.008 0.396 0.300
#> GSM18951 4 0.5368 0.04126 0.000 0.376 0.000 0.508 0.116 0.000
#> GSM18952 4 0.4598 0.45176 0.024 0.116 0.000 0.736 0.124 0.000
#> GSM19007 2 0.0363 0.92367 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM19008 2 0.0363 0.92367 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM18999 2 0.0405 0.92628 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM19000 2 0.0146 0.92688 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.4377 0.17962 0.540 0.000 0.000 0.000 0.024 0.436
#> GSM18890 1 0.4389 0.14428 0.528 0.000 0.000 0.000 0.024 0.448
#> GSM18881 1 0.0806 0.82115 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM18882 1 0.0622 0.82402 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM18877 1 0.0405 0.82826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM18878 1 0.0405 0.82826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM18875 1 0.0547 0.82665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM18876 1 0.0547 0.82665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM18879 1 0.0622 0.82753 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM18880 1 0.0622 0.82753 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM18871 1 0.0547 0.82665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM18872 1 0.0547 0.82665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM18903 1 0.2257 0.79979 0.912 0.020 0.000 0.016 0.044 0.008
#> GSM18904 1 0.2213 0.79969 0.912 0.008 0.000 0.024 0.048 0.008
#> GSM18949 4 0.1434 0.60045 0.012 0.028 0.000 0.948 0.012 0.000
#> GSM18950 4 0.1515 0.59891 0.020 0.028 0.000 0.944 0.008 0.000
#> GSM18953 4 0.3611 0.49972 0.000 0.096 0.000 0.796 0.108 0.000
#> GSM18954 4 0.3703 0.49049 0.000 0.104 0.000 0.788 0.108 0.000
#> GSM19013 2 0.1340 0.90734 0.000 0.948 0.000 0.008 0.040 0.004
#> GSM19014 2 0.1410 0.90359 0.000 0.944 0.000 0.004 0.044 0.008
#> GSM18971 4 0.5119 0.39796 0.000 0.012 0.000 0.480 0.456 0.052
#> GSM18972 4 0.4961 0.42289 0.000 0.012 0.000 0.492 0.456 0.040
#> GSM18969 5 0.5802 -0.28294 0.000 0.004 0.000 0.400 0.440 0.156
#> GSM18970 5 0.6978 0.08784 0.000 0.064 0.000 0.256 0.392 0.288
#> GSM18869 1 0.0458 0.82713 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18870 1 0.0547 0.82665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM19017 2 0.1563 0.90693 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012 0.000
#> GSM19018 2 0.1616 0.90805 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020 0.000
#> GSM18991 2 0.3878 0.73183 0.004 0.764 0.000 0.176 0.056 0.000
#> GSM18992 2 0.2457 0.87224 0.000 0.880 0.000 0.084 0.036 0.000
#> GSM19021 3 0.2954 0.82215 0.000 0.004 0.852 0.048 0.096 0.000
#> GSM19022 3 0.0909 0.96515 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM19001 2 0.0146 0.92634 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM19002 2 0.0291 0.92649 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM18899 1 0.5763 0.41054 0.520 0.000 0.000 0.364 0.076 0.040
#> GSM18900 1 0.5818 0.41480 0.524 0.004 0.000 0.356 0.088 0.028
#> GSM18961 4 0.2871 0.62499 0.000 0.004 0.000 0.804 0.192 0.000
#> GSM18962 4 0.3134 0.63543 0.000 0.024 0.000 0.808 0.168 0.000
#> GSM18901 1 0.2535 0.78606 0.888 0.012 0.000 0.000 0.064 0.036
#> GSM18902 1 0.2537 0.78666 0.888 0.016 0.000 0.000 0.068 0.028
#> GSM18993 4 0.4222 0.56966 0.000 0.184 0.000 0.728 0.088 0.000
#> GSM18994 4 0.4074 0.58800 0.000 0.160 0.000 0.748 0.092 0.000
#> GSM18865 6 0.3680 0.43939 0.000 0.000 0.000 0.072 0.144 0.784
#> GSM18866 6 0.3883 0.41714 0.000 0.000 0.000 0.088 0.144 0.768
#> GSM18897 6 0.0458 0.57531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM18898 6 0.0458 0.57531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM18887 6 0.1556 0.59676 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM18888 6 0.1610 0.59662 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM18893 6 0.3582 0.56766 0.196 0.000 0.000 0.000 0.036 0.768
#> GSM18894 6 0.3418 0.57189 0.184 0.000 0.000 0.000 0.032 0.784
#> GSM18895 6 0.4151 0.49460 0.264 0.000 0.000 0.000 0.044 0.692
#> GSM18896 6 0.4168 0.50867 0.256 0.000 0.000 0.000 0.048 0.696
#> GSM18891 6 0.4646 0.37168 0.324 0.000 0.000 0.000 0.060 0.616
#> GSM18892 6 0.4859 0.35065 0.332 0.000 0.000 0.004 0.064 0.600
#> GSM18955 4 0.4095 0.42511 0.000 0.208 0.000 0.728 0.064 0.000
#> GSM18956 4 0.1088 0.60154 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 154 3.37e-06 2
#> SD:NMF 157 1.06e-12 3
#> SD:NMF 143 1.13e-16 4
#> SD:NMF 145 1.58e-19 5
#> SD:NMF 121 5.39e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.442 0.883 0.866 0.3515 0.660 0.660
#> 3 3 0.562 0.849 0.888 0.7299 0.737 0.601
#> 4 4 0.690 0.726 0.829 0.1921 0.863 0.653
#> 5 5 0.756 0.731 0.833 0.0630 0.964 0.863
#> 6 6 0.779 0.765 0.812 0.0398 0.971 0.875
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18928 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18915 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18916 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18939 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18940 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18933 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18934 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18925 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18926 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18931 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18932 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM19019 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM19020 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18923 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18924 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18941 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18942 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18929 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18930 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18911 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18912 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18935 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18936 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM19005 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18922 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18919 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18920 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18917 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18918 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18913 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18914 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18937 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18938 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18943 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18944 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM19003 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18946 2 0.5408 0.874 0.124 0.876
#> GSM18963 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18964 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18905 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18906 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18965 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18966 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18873 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18874 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18973 2 0.1414 0.911 0.020 0.980
#> GSM18974 2 0.1414 0.911 0.020 0.980
#> GSM18977 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18978 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18979 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18980 2 0.1184 0.920 0.016 0.984
#> GSM18883 1 0.5629 0.946 0.868 0.132
#> GSM18884 1 0.5629 0.946 0.868 0.132
#> GSM18885 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18886 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18907 1 0.5946 0.941 0.856 0.144
#> GSM18908 1 0.5946 0.941 0.856 0.144
#> GSM18909 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18910 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18867 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18868 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18947 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18976 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18997 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18968 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18959 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18960 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM19015 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18958 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18981 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18952 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM19007 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18890 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18881 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18882 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18877 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18878 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18875 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18876 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18879 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18880 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18871 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18872 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18903 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18904 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18949 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18950 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18953 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18954 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM19013 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18971 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18972 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18969 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18970 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18869 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM18870 1 0.5408 0.949 0.876 0.124
#> GSM19017 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18992 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM19021 2 0.1184 0.920 0.016 0.984
#> GSM19022 2 0.1184 0.920 0.016 0.984
#> GSM19001 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.923 0.000 1.000
#> GSM18899 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18900 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18961 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18962 2 0.0672 0.920 0.008 0.992
#> GSM18901 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18902 2 0.9044 0.401 0.320 0.680
#> GSM18993 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18994 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18865 2 0.3274 0.875 0.060 0.940
#> GSM18866 2 0.3274 0.875 0.060 0.940
#> GSM18897 1 0.8713 0.810 0.708 0.292
#> GSM18898 1 0.8713 0.810 0.708 0.292
#> GSM18887 1 0.8144 0.867 0.748 0.252
#> GSM18888 1 0.8144 0.867 0.748 0.252
#> GSM18893 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18894 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18895 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18896 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18891 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18892 1 0.8081 0.871 0.752 0.248
#> GSM18955 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
#> GSM18956 2 0.0376 0.922 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 3 0.2066 0.938 0.000 0.060 0.940
#> GSM19020 3 0.2066 0.938 0.000 0.060 0.940
#> GSM18923 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19006 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18921 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0424 0.987 0.000 0.008 0.992
#> GSM18944 3 0.0424 0.987 0.000 0.008 0.992
#> GSM19003 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19004 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19011 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19012 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19009 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19010 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18945 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.1529 0.831 0.000 0.960 0.040
#> GSM18964 2 0.1529 0.831 0.000 0.960 0.040
#> GSM18905 2 0.4062 0.841 0.000 0.836 0.164
#> GSM18906 2 0.4062 0.841 0.000 0.836 0.164
#> GSM18965 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18966 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18873 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.0747 0.801 0.016 0.984 0.000
#> GSM18974 2 0.0747 0.801 0.016 0.984 0.000
#> GSM18977 2 0.1753 0.834 0.000 0.952 0.048
#> GSM18978 2 0.1753 0.834 0.000 0.952 0.048
#> GSM18979 2 0.1753 0.834 0.000 0.952 0.048
#> GSM18980 2 0.2165 0.832 0.000 0.936 0.064
#> GSM18883 1 0.3192 0.875 0.888 0.112 0.000
#> GSM18884 1 0.3192 0.875 0.888 0.112 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.3482 0.864 0.872 0.128 0.000
#> GSM18908 1 0.3482 0.864 0.872 0.128 0.000
#> GSM18909 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18910 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18867 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.5216 0.811 0.000 0.740 0.260
#> GSM18948 2 0.5216 0.811 0.000 0.740 0.260
#> GSM18995 2 0.5216 0.811 0.000 0.740 0.260
#> GSM18996 2 0.5216 0.811 0.000 0.740 0.260
#> GSM18975 2 0.0424 0.814 0.000 0.992 0.008
#> GSM18976 2 0.0424 0.814 0.000 0.992 0.008
#> GSM18997 2 0.4974 0.821 0.000 0.764 0.236
#> GSM18998 2 0.4974 0.821 0.000 0.764 0.236
#> GSM18967 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18968 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18959 2 0.1529 0.831 0.000 0.960 0.040
#> GSM18960 2 0.1529 0.831 0.000 0.960 0.040
#> GSM19015 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19016 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18957 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18958 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18981 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18982 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18989 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18990 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18985 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18986 2 0.2165 0.839 0.000 0.936 0.064
#> GSM18987 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18988 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18983 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18984 2 0.3879 0.840 0.000 0.848 0.152
#> GSM18951 2 0.5178 0.813 0.000 0.744 0.256
#> GSM18952 2 0.5178 0.813 0.000 0.744 0.256
#> GSM19007 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19008 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18999 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19000 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18889 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18904 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18949 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18950 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18953 2 0.5178 0.813 0.000 0.744 0.256
#> GSM18954 2 0.5178 0.813 0.000 0.744 0.256
#> GSM19013 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19014 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18971 2 0.0000 0.808 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 2 0.0000 0.808 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 2 0.0000 0.808 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0592 0.817 0.000 0.988 0.012
#> GSM18869 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19018 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18991 2 0.4121 0.842 0.000 0.832 0.168
#> GSM18992 2 0.4121 0.842 0.000 0.832 0.168
#> GSM19021 2 0.2625 0.826 0.000 0.916 0.084
#> GSM19022 2 0.2625 0.826 0.000 0.916 0.084
#> GSM19001 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM19002 2 0.5291 0.806 0.000 0.732 0.268
#> GSM18899 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18900 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18961 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18962 2 0.1289 0.827 0.000 0.968 0.032
#> GSM18901 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18902 2 0.7624 0.281 0.392 0.560 0.048
#> GSM18993 2 0.2261 0.840 0.000 0.932 0.068
#> GSM18994 2 0.2261 0.840 0.000 0.932 0.068
#> GSM18865 2 0.2066 0.772 0.060 0.940 0.000
#> GSM18866 2 0.2066 0.772 0.060 0.940 0.000
#> GSM18897 1 0.5363 0.746 0.724 0.276 0.000
#> GSM18898 1 0.5363 0.746 0.724 0.276 0.000
#> GSM18887 1 0.4452 0.853 0.808 0.192 0.000
#> GSM18888 1 0.4452 0.853 0.808 0.192 0.000
#> GSM18893 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18894 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18895 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18896 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18891 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18892 1 0.4346 0.859 0.816 0.184 0.000
#> GSM18955 2 0.4002 0.841 0.000 0.840 0.160
#> GSM18956 2 0.4002 0.841 0.000 0.840 0.160
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1938 0.934 0.000 0.012 0.936 0.052
#> GSM19020 3 0.1938 0.934 0.000 0.012 0.936 0.052
#> GSM18923 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19006 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0336 0.988 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM18944 3 0.0336 0.988 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM19003 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19004 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19011 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19012 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19009 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19010 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.4713 0.791 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM18964 4 0.4713 0.791 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM18905 2 0.4746 0.311 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM18906 2 0.4746 0.311 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM18965 4 0.4898 0.751 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM18966 4 0.4898 0.751 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM18873 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3626 0.713 0.004 0.184 0.000 0.812
#> GSM18974 4 0.3626 0.713 0.004 0.184 0.000 0.812
#> GSM18977 4 0.4925 0.686 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18978 4 0.4925 0.686 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18979 4 0.4925 0.686 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18980 4 0.5271 0.786 0.000 0.340 0.020 0.640
#> GSM18883 1 0.3311 0.869 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM18884 1 0.3311 0.869 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM18885 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18886 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18907 1 0.3626 0.862 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM18908 1 0.3626 0.862 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM18909 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18910 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18867 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.1109 0.657 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18948 2 0.1109 0.657 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18995 2 0.1109 0.657 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18996 2 0.1109 0.657 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18975 4 0.4072 0.760 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM18976 4 0.4072 0.760 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM18997 2 0.1743 0.638 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM18998 2 0.1743 0.638 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM18967 4 0.4877 0.749 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM18968 4 0.4877 0.749 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM18959 4 0.4713 0.791 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM18960 4 0.4713 0.791 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM19015 2 0.0657 0.663 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM19016 2 0.0657 0.663 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM18957 4 0.4933 0.724 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18958 4 0.4933 0.724 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18981 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18982 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18989 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18990 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18985 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18986 4 0.5151 0.468 0.000 0.464 0.004 0.532
#> GSM18987 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18988 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18983 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18984 2 0.5004 0.213 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM18951 2 0.2011 0.615 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM18952 2 0.2011 0.615 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM19007 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19008 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18999 2 0.0376 0.666 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19000 2 0.0376 0.666 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18889 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18890 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18881 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18904 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18949 4 0.4925 0.723 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18950 4 0.4925 0.723 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18953 2 0.1022 0.653 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18954 2 0.1022 0.653 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM19013 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19014 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18971 4 0.3801 0.742 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM18972 4 0.3801 0.742 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM18969 4 0.3801 0.742 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM18970 4 0.3907 0.742 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM18869 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19018 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18991 2 0.4277 0.270 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18992 2 0.4277 0.270 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19021 4 0.5695 0.776 0.000 0.336 0.040 0.624
#> GSM19022 4 0.5695 0.776 0.000 0.336 0.040 0.624
#> GSM19001 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM19002 2 0.0376 0.669 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM18899 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18900 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18961 4 0.4804 0.774 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM18962 4 0.4804 0.774 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM18901 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18902 2 0.7629 0.186 0.392 0.404 0.000 0.204
#> GSM18993 2 0.4972 -0.424 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM18994 2 0.4972 -0.424 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM18865 4 0.4544 0.668 0.048 0.164 0.000 0.788
#> GSM18866 4 0.4544 0.668 0.048 0.164 0.000 0.788
#> GSM18897 1 0.5250 0.763 0.660 0.024 0.000 0.316
#> GSM18898 1 0.5250 0.763 0.660 0.024 0.000 0.316
#> GSM18887 1 0.4103 0.831 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM18888 1 0.4103 0.831 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM18893 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18894 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18895 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18896 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18891 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18892 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM18955 2 0.4222 0.310 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM18956 2 0.4222 0.310 0.000 0.728 0.000 0.272
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1670 0.9256 0.000 0.012 0.936 0.052 0.000
#> GSM19020 3 0.1670 0.9256 0.000 0.012 0.936 0.052 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0290 0.9861 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0290 0.9861 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3274 0.7797 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM18964 4 0.3274 0.7797 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM18905 2 0.5815 0.3372 0.000 0.592 0.000 0.272 0.136
#> GSM18906 2 0.5815 0.3372 0.000 0.592 0.000 0.272 0.136
#> GSM18965 4 0.3766 0.7523 0.000 0.268 0.000 0.728 0.004
#> GSM18966 4 0.3766 0.7523 0.000 0.268 0.000 0.728 0.004
#> GSM18873 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.2376 0.7046 0.000 0.052 0.000 0.904 0.044
#> GSM18974 4 0.2376 0.7046 0.000 0.052 0.000 0.904 0.044
#> GSM18977 4 0.4661 0.6693 0.000 0.312 0.000 0.656 0.032
#> GSM18978 4 0.4661 0.6693 0.000 0.312 0.000 0.656 0.032
#> GSM18979 4 0.4661 0.6693 0.000 0.312 0.000 0.656 0.032
#> GSM18980 4 0.3852 0.7704 0.000 0.220 0.020 0.760 0.000
#> GSM18883 5 0.3837 0.6263 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM18884 5 0.3837 0.6263 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM18885 1 0.3336 0.6025 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM18886 1 0.3336 0.6025 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM18907 5 0.3752 0.6288 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM18908 5 0.3752 0.6288 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM18909 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18910 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18867 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.1638 0.6785 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> GSM18948 2 0.1638 0.6785 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> GSM18995 2 0.1638 0.6785 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> GSM18996 2 0.1638 0.6785 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> GSM18975 4 0.2286 0.7343 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM18976 4 0.2286 0.7343 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM18997 2 0.1768 0.6727 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000
#> GSM18998 2 0.1768 0.6727 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000
#> GSM18967 4 0.3715 0.7500 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> GSM18968 4 0.3715 0.7500 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> GSM18959 4 0.3305 0.7788 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM18960 4 0.3305 0.7788 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM19015 2 0.1502 0.6807 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> GSM19016 2 0.1502 0.6807 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> GSM18957 4 0.4009 0.7252 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> GSM18958 4 0.4009 0.7252 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> GSM18981 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18982 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18989 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18990 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18985 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18986 4 0.4722 0.3096 0.000 0.412 0.004 0.572 0.012
#> GSM18987 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18988 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18983 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18984 2 0.5683 0.3749 0.000 0.564 0.004 0.352 0.080
#> GSM18951 2 0.3390 0.6204 0.000 0.840 0.000 0.100 0.060
#> GSM18952 2 0.3390 0.6204 0.000 0.840 0.000 0.100 0.060
#> GSM19007 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0771 0.6944 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM19000 2 0.0771 0.6944 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM18889 1 0.1608 0.8760 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM18890 1 0.1608 0.8760 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM18881 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18904 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18949 4 0.3884 0.7271 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> GSM18950 4 0.3884 0.7271 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> GSM18953 2 0.2473 0.6576 0.000 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM18954 2 0.2473 0.6576 0.000 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM19013 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.1768 0.7171 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> GSM18972 4 0.1768 0.7171 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> GSM18969 4 0.1768 0.7171 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> GSM18970 4 0.1952 0.7171 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> GSM18869 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9552 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.4935 0.1918 0.000 0.616 0.000 0.344 0.040
#> GSM18992 2 0.4935 0.1918 0.000 0.616 0.000 0.344 0.040
#> GSM19021 4 0.4254 0.7637 0.000 0.220 0.040 0.740 0.000
#> GSM19022 4 0.4254 0.7637 0.000 0.220 0.040 0.740 0.000
#> GSM19001 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0162 0.7000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18899 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18900 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18961 4 0.3689 0.7663 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> GSM18962 4 0.3689 0.7663 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> GSM18901 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18902 2 0.7938 0.0799 0.300 0.356 0.000 0.076 0.268
#> GSM18993 4 0.4760 0.5026 0.000 0.416 0.000 0.564 0.020
#> GSM18994 4 0.4760 0.5026 0.000 0.416 0.000 0.564 0.020
#> GSM18865 4 0.3395 0.6691 0.004 0.048 0.000 0.844 0.104
#> GSM18866 4 0.3395 0.6691 0.004 0.048 0.000 0.844 0.104
#> GSM18897 5 0.3446 0.7336 0.104 0.008 0.000 0.044 0.844
#> GSM18898 5 0.3446 0.7336 0.104 0.008 0.000 0.044 0.844
#> GSM18887 5 0.3282 0.7737 0.188 0.000 0.000 0.008 0.804
#> GSM18888 5 0.3282 0.7737 0.188 0.000 0.000 0.008 0.804
#> GSM18893 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18894 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18895 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18896 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18891 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18892 5 0.4108 0.7529 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM18955 2 0.4473 0.3460 0.000 0.656 0.000 0.324 0.020
#> GSM18956 2 0.4473 0.3460 0.000 0.656 0.000 0.324 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1542 0.92558 0.000 0.008 0.936 0.052 0.004 0.000
#> GSM19020 3 0.1542 0.92558 0.000 0.008 0.936 0.052 0.004 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0260 0.98646 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0260 0.98646 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.99544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3221 0.77726 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> GSM18964 4 0.3221 0.77726 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> GSM18905 2 0.6744 0.26148 0.000 0.484 0.000 0.284 0.120 0.112
#> GSM18906 2 0.6744 0.26148 0.000 0.484 0.000 0.284 0.120 0.112
#> GSM18965 4 0.4414 0.76884 0.000 0.180 0.000 0.712 0.108 0.000
#> GSM18966 4 0.4414 0.76884 0.000 0.180 0.000 0.712 0.108 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.1934 0.70332 0.000 0.000 0.000 0.916 0.044 0.040
#> GSM18974 4 0.1934 0.70332 0.000 0.000 0.000 0.916 0.044 0.040
#> GSM18977 4 0.5186 0.67318 0.000 0.216 0.000 0.616 0.168 0.000
#> GSM18978 4 0.5186 0.67318 0.000 0.216 0.000 0.616 0.168 0.000
#> GSM18979 4 0.5186 0.67318 0.000 0.216 0.000 0.616 0.168 0.000
#> GSM18980 4 0.3611 0.77252 0.000 0.172 0.020 0.788 0.020 0.000
#> GSM18883 6 0.3295 0.68234 0.056 0.000 0.000 0.000 0.128 0.816
#> GSM18884 6 0.3295 0.68234 0.056 0.000 0.000 0.000 0.128 0.816
#> GSM18885 1 0.4844 0.39704 0.608 0.000 0.000 0.000 0.080 0.312
#> GSM18886 1 0.4844 0.39704 0.608 0.000 0.000 0.000 0.080 0.312
#> GSM18907 6 0.3149 0.67744 0.044 0.000 0.000 0.000 0.132 0.824
#> GSM18908 6 0.3149 0.67744 0.044 0.000 0.000 0.000 0.132 0.824
#> GSM18909 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18910 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18867 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.1610 0.70085 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM18948 2 0.1610 0.70085 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.1610 0.70085 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.1610 0.70085 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.2001 0.73481 0.000 0.040 0.000 0.912 0.048 0.000
#> GSM18976 4 0.2001 0.73481 0.000 0.040 0.000 0.912 0.048 0.000
#> GSM18997 2 0.1501 0.70426 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.1501 0.70426 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.4496 0.76608 0.000 0.180 0.000 0.704 0.116 0.000
#> GSM18968 4 0.4496 0.76608 0.000 0.180 0.000 0.704 0.116 0.000
#> GSM18959 4 0.3071 0.77844 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016 0.000
#> GSM18960 4 0.3071 0.77844 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016 0.000
#> GSM19015 2 0.1643 0.70223 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000
#> GSM19016 2 0.1643 0.70223 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000
#> GSM18957 4 0.4760 0.74837 0.000 0.212 0.000 0.668 0.120 0.000
#> GSM18958 4 0.4760 0.74837 0.000 0.212 0.000 0.668 0.120 0.000
#> GSM18981 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18982 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18989 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18990 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18985 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18986 4 0.6061 0.17221 0.000 0.312 0.000 0.448 0.236 0.004
#> GSM18987 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18988 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18983 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18984 2 0.5953 0.32557 0.000 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> GSM18951 2 0.4511 0.34448 0.000 0.620 0.000 0.048 0.332 0.000
#> GSM18952 2 0.4511 0.34448 0.000 0.620 0.000 0.048 0.332 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0632 0.71741 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0632 0.71741 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.2003 0.82795 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM18890 1 0.2003 0.82795 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM18881 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18904 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18949 4 0.4737 0.75052 0.000 0.192 0.000 0.676 0.132 0.000
#> GSM18950 4 0.4737 0.75052 0.000 0.192 0.000 0.676 0.132 0.000
#> GSM18953 2 0.3841 0.50096 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244 0.000
#> GSM18954 2 0.3841 0.50096 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.1152 0.71501 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> GSM18972 4 0.1152 0.71501 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> GSM18969 4 0.1152 0.71501 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> GSM18970 4 0.1434 0.71657 0.000 0.012 0.000 0.940 0.048 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.93644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.5975 -0.00152 0.000 0.444 0.000 0.300 0.256 0.000
#> GSM18992 2 0.5975 -0.00152 0.000 0.444 0.000 0.300 0.256 0.000
#> GSM19021 4 0.3976 0.76542 0.000 0.172 0.040 0.768 0.020 0.000
#> GSM19022 4 0.3976 0.76542 0.000 0.172 0.040 0.768 0.020 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.72224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18900 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18961 4 0.4186 0.77476 0.000 0.192 0.000 0.728 0.080 0.000
#> GSM18962 4 0.4186 0.77476 0.000 0.192 0.000 0.728 0.080 0.000
#> GSM18901 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18902 5 0.7300 1.00000 0.200 0.156 0.000 0.012 0.476 0.156
#> GSM18993 4 0.5651 0.59045 0.000 0.260 0.000 0.532 0.208 0.000
#> GSM18994 4 0.5651 0.59045 0.000 0.260 0.000 0.532 0.208 0.000
#> GSM18865 4 0.2842 0.66894 0.000 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104
#> GSM18866 4 0.2842 0.66894 0.000 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104
#> GSM18897 6 0.2404 0.73072 0.000 0.000 0.000 0.036 0.080 0.884
#> GSM18898 6 0.2404 0.73072 0.000 0.000 0.000 0.036 0.080 0.884
#> GSM18887 6 0.2910 0.76523 0.068 0.000 0.000 0.000 0.080 0.852
#> GSM18888 6 0.2910 0.76523 0.068 0.000 0.000 0.000 0.080 0.852
#> GSM18893 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18894 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18895 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18896 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18891 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18892 6 0.4352 0.73264 0.128 0.000 0.000 0.000 0.148 0.724
#> GSM18955 2 0.5597 0.24588 0.000 0.532 0.000 0.288 0.180 0.000
#> GSM18956 2 0.5597 0.24588 0.000 0.532 0.000 0.288 0.180 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:hclust 150 4.31e-07 2
#> CV:hclust 150 2.21e-12 3
#> CV:hclust 132 8.61e-16 4
#> CV:hclust 134 1.14e-20 5
#> CV:hclust 138 5.24e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.498 0.825 0.825 0.4072 0.585 0.585
#> 3 3 0.997 0.962 0.962 0.5028 0.741 0.575
#> 4 4 0.752 0.648 0.795 0.1586 0.938 0.836
#> 5 5 0.712 0.695 0.813 0.0785 0.838 0.553
#> 6 6 0.735 0.681 0.783 0.0450 0.963 0.848
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18928 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18915 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18916 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18939 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18940 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18933 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18934 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18925 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18926 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18931 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18932 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM19019 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19020 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM18923 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18924 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18941 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18942 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18929 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18930 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18911 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18912 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18935 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18936 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM19005 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19006 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM18921 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18922 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18919 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18920 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18917 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18918 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18913 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18914 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18937 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18938 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18943 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18944 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM19003 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19004 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19011 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19012 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19009 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM19010 2 0.4161 0.795 0.084 0.916
#> GSM18945 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18946 2 0.9522 0.686 0.372 0.628
#> GSM18963 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18964 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18905 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18906 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18965 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18966 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18873 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18874 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18973 1 0.9775 0.889 0.588 0.412
#> GSM18974 1 0.9775 0.889 0.588 0.412
#> GSM18977 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18978 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18979 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18980 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18883 1 0.9087 0.972 0.676 0.324
#> GSM18884 1 0.9087 0.972 0.676 0.324
#> GSM18885 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18886 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18907 1 0.9087 0.972 0.676 0.324
#> GSM18908 1 0.9087 0.972 0.676 0.324
#> GSM18909 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18910 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18867 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18868 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18947 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18976 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18997 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18968 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18959 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18960 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM19015 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18958 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18981 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18982 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18989 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18985 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18986 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18987 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18988 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18983 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM19007 2 0.1414 0.809 0.020 0.980
#> GSM19008 2 0.1414 0.809 0.020 0.980
#> GSM18999 2 0.1184 0.809 0.016 0.984
#> GSM19000 2 0.1184 0.809 0.016 0.984
#> GSM18889 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18890 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18881 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18882 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18877 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18878 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18875 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18876 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18879 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18880 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18871 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18872 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18903 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18904 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18949 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18950 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18953 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18954 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM19013 2 0.0376 0.811 0.004 0.996
#> GSM19014 2 0.0376 0.811 0.004 0.996
#> GSM18971 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18972 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18969 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18970 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18869 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18870 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM19017 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18992 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM19021 2 0.4298 0.794 0.088 0.912
#> GSM19022 2 0.4298 0.794 0.088 0.912
#> GSM19001 2 0.0376 0.811 0.004 0.996
#> GSM19002 2 0.0376 0.811 0.004 0.996
#> GSM18899 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18900 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18961 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18962 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18901 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18902 1 0.9522 0.933 0.628 0.372
#> GSM18993 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18994 2 0.0376 0.809 0.004 0.996
#> GSM18865 1 0.9608 0.916 0.616 0.384
#> GSM18866 1 0.9286 0.959 0.656 0.344
#> GSM18897 1 0.9129 0.970 0.672 0.328
#> GSM18898 1 0.9129 0.970 0.672 0.328
#> GSM18887 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18888 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18893 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18894 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18895 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18896 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18891 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18892 1 0.9000 0.976 0.684 0.316
#> GSM18955 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18928 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18915 3 0.2400 0.997 0.004 0.064 0.932
#> GSM18916 3 0.2400 0.997 0.004 0.064 0.932
#> GSM18939 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18940 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18933 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18934 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18925 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18926 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18931 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18932 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM19019 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18923 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18924 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18941 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18942 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18929 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18930 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18911 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18912 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18935 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18936 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM19005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18922 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18919 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18920 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18917 3 0.2400 0.997 0.004 0.064 0.932
#> GSM18918 3 0.2400 0.997 0.004 0.064 0.932
#> GSM18913 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18914 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18937 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18938 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18943 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18944 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM19003 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18946 3 0.2165 1.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM18963 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18906 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18965 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18874 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18973 2 0.2384 0.934 0.008 0.936 0.056
#> GSM18974 2 0.2384 0.934 0.008 0.936 0.056
#> GSM18977 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18978 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.1878 0.933 0.952 0.004 0.044
#> GSM18884 1 0.2096 0.932 0.944 0.004 0.052
#> GSM18885 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18886 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18907 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18908 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18909 1 0.7291 0.481 0.604 0.356 0.040
#> GSM18910 1 0.7363 0.443 0.588 0.372 0.040
#> GSM18867 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18868 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18982 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18989 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18990 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18985 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18986 2 0.0592 0.981 0.000 0.988 0.012
#> GSM18987 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18988 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18983 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18984 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> GSM18951 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0661 0.935 0.988 0.004 0.008
#> GSM18890 1 0.0661 0.935 0.988 0.004 0.008
#> GSM18881 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18882 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18877 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18878 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18875 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18876 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18879 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18880 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18871 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18872 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18903 1 0.5635 0.778 0.784 0.180 0.036
#> GSM18904 1 0.5635 0.778 0.784 0.180 0.036
#> GSM18949 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18972 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18969 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18970 2 0.1753 0.951 0.000 0.952 0.048
#> GSM18869 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM18870 1 0.0237 0.936 0.996 0.004 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.3554 0.894 0.900 0.064 0.036
#> GSM18900 1 0.3554 0.894 0.900 0.064 0.036
#> GSM18961 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.5413 0.795 0.800 0.164 0.036
#> GSM18902 1 0.5581 0.782 0.788 0.176 0.036
#> GSM18993 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.3472 0.903 0.040 0.904 0.056
#> GSM18866 2 0.5166 0.806 0.116 0.828 0.056
#> GSM18897 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18898 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18887 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18888 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18893 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18894 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18895 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18896 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18891 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18892 1 0.2200 0.932 0.940 0.004 0.056
#> GSM18955 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18928 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18915 3 0.1545 0.97606 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM18916 3 0.2048 0.97285 0.000 0.008 0.928 0.064
#> GSM18939 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18940 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18933 3 0.0672 0.97621 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM18934 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18925 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18926 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18931 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18932 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM19019 2 0.4134 0.55829 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM19020 2 0.4040 0.56140 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM18923 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18924 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18941 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18942 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18929 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18930 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18911 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18912 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18935 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18936 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM19005 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19006 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18921 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18922 3 0.0524 0.97707 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18919 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18920 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18917 3 0.1545 0.97606 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM18918 3 0.1545 0.97606 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM18913 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18914 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18937 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18938 3 0.1970 0.97440 0.000 0.008 0.932 0.060
#> GSM18943 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18944 3 0.0524 0.97721 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM19003 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19004 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19012 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19009 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19010 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18945 3 0.0927 0.97667 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM18946 3 0.0927 0.97667 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM18963 2 0.4916 0.50776 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM18964 2 0.4925 0.50529 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM18905 2 0.4977 0.46685 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18906 2 0.4981 0.46013 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18965 2 0.4985 0.46826 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18966 2 0.4985 0.46826 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18873 1 0.0000 0.83275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.83275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4040 0.30280 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM18974 4 0.4040 0.30280 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM18977 2 0.4985 0.46669 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18978 2 0.4977 0.48051 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18979 2 0.4977 0.48051 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18980 2 0.4961 0.48644 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18883 1 0.4188 0.77931 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM18884 1 0.4313 0.77469 0.736 0.000 0.004 0.260
#> GSM18885 1 0.0779 0.83106 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM18886 1 0.0779 0.83106 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM18907 1 0.4535 0.76036 0.704 0.000 0.004 0.292
#> GSM18908 1 0.4509 0.76278 0.708 0.000 0.004 0.288
#> GSM18909 4 0.6963 0.26341 0.424 0.112 0.000 0.464
#> GSM18910 4 0.7001 0.27329 0.420 0.116 0.000 0.464
#> GSM18867 1 0.0188 0.83233 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18868 1 0.0188 0.83233 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 2 0.4925 0.50717 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM18948 2 0.4925 0.50717 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM18995 2 0.0188 0.61279 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18996 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18975 2 0.4933 0.50204 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18976 2 0.4933 0.50204 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18997 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18967 2 0.4977 0.47780 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18968 2 0.4977 0.47780 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18959 2 0.4948 0.49848 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM18960 2 0.4948 0.49848 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM19015 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18957 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18958 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18981 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18982 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18989 2 0.4188 0.47521 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM18990 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18985 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18986 2 0.3831 0.51459 0.000 0.792 0.004 0.204
#> GSM18987 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18988 2 0.4252 0.46579 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM18983 2 0.4188 0.47521 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM18984 2 0.4155 0.47495 0.000 0.756 0.004 0.240
#> GSM18951 2 0.2868 0.59254 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM18952 2 0.4967 0.48768 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM19007 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19008 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18999 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19000 2 0.0188 0.61134 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18889 1 0.1557 0.82641 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM18890 1 0.1557 0.82641 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM18881 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18882 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18877 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18875 1 0.0000 0.83275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.83275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18880 1 0.0188 0.83293 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0336 0.83159 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18872 1 0.0336 0.83159 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18903 4 0.6447 0.20914 0.448 0.068 0.000 0.484
#> GSM18904 4 0.6447 0.20914 0.448 0.068 0.000 0.484
#> GSM18949 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18950 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18953 2 0.4933 0.50464 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18954 2 0.4933 0.50464 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM19013 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.4967 -0.31736 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM18972 4 0.4967 -0.31736 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM18969 4 0.4967 -0.31736 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM18970 2 0.4999 0.40371 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM18869 1 0.0336 0.83159 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18870 1 0.0336 0.83159 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM19017 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.4500 0.52991 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM18992 2 0.4250 0.54710 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM19021 2 0.4643 0.53755 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM19022 2 0.4643 0.53755 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM19001 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.61270 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.5607 0.00381 0.488 0.020 0.000 0.492
#> GSM18900 4 0.5607 0.00381 0.488 0.020 0.000 0.492
#> GSM18961 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18962 2 0.4981 0.47438 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM18901 1 0.6008 -0.08825 0.496 0.040 0.000 0.464
#> GSM18902 1 0.6079 -0.10575 0.492 0.044 0.000 0.464
#> GSM18993 2 0.4977 0.48051 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18994 2 0.4977 0.48051 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM18865 4 0.4289 0.41590 0.032 0.172 0.000 0.796
#> GSM18866 4 0.4378 0.42566 0.040 0.164 0.000 0.796
#> GSM18897 1 0.4936 0.68987 0.624 0.004 0.000 0.372
#> GSM18898 1 0.4950 0.68466 0.620 0.004 0.000 0.376
#> GSM18887 1 0.4382 0.75767 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM18888 1 0.4382 0.75767 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM18893 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18894 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18895 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18896 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18891 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18892 1 0.4356 0.76020 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM18955 2 0.4933 0.50464 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18956 2 0.4948 0.49815 0.000 0.560 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18928 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18915 3 0.1997 0.94269 0.000 0.036 0.924 0.000 0.040
#> GSM18916 3 0.2813 0.93593 0.000 0.040 0.876 0.000 0.084
#> GSM18939 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18940 3 0.2685 0.93742 0.000 0.028 0.880 0.000 0.092
#> GSM18933 3 0.1195 0.93841 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM18934 3 0.1012 0.94030 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM18925 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18926 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18931 3 0.0898 0.94402 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM18932 3 0.0771 0.94359 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM19019 4 0.4746 0.13435 0.000 0.376 0.000 0.600 0.024
#> GSM19020 4 0.4808 0.04271 0.000 0.400 0.000 0.576 0.024
#> GSM18923 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18924 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18941 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18942 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18929 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18930 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18911 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18912 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18935 3 0.1012 0.94030 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM18936 3 0.1012 0.94030 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM19005 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19006 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18921 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18922 3 0.0671 0.94300 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM18919 3 0.0912 0.94131 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM18920 3 0.0912 0.94131 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM18917 3 0.1997 0.94269 0.000 0.036 0.924 0.000 0.040
#> GSM18918 3 0.1997 0.94269 0.000 0.036 0.924 0.000 0.040
#> GSM18913 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18914 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18937 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18938 3 0.2570 0.93812 0.000 0.028 0.888 0.000 0.084
#> GSM18943 3 0.1469 0.93292 0.000 0.016 0.948 0.000 0.036
#> GSM18944 3 0.1469 0.93292 0.000 0.016 0.948 0.000 0.036
#> GSM19003 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19004 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19011 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19012 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19009 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19010 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18945 3 0.1168 0.93920 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> GSM18946 3 0.1168 0.93920 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> GSM18963 4 0.2077 0.74000 0.000 0.084 0.000 0.908 0.008
#> GSM18964 4 0.1549 0.75696 0.000 0.040 0.000 0.944 0.016
#> GSM18905 4 0.3064 0.72669 0.000 0.036 0.000 0.856 0.108
#> GSM18906 4 0.2951 0.72518 0.000 0.028 0.000 0.860 0.112
#> GSM18965 4 0.0566 0.75441 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM18966 4 0.0566 0.75441 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM18873 1 0.0000 0.75422 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.75422 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4655 0.27487 0.000 0.028 0.000 0.644 0.328
#> GSM18974 4 0.4655 0.27487 0.000 0.028 0.000 0.644 0.328
#> GSM18977 4 0.0794 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM18978 4 0.1012 0.75897 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM18979 4 0.1012 0.75897 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM18980 4 0.1740 0.73872 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM18883 1 0.4862 0.45547 0.604 0.032 0.000 0.000 0.364
#> GSM18884 1 0.4920 0.42908 0.584 0.032 0.000 0.000 0.384
#> GSM18885 1 0.1106 0.74952 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> GSM18886 1 0.1106 0.74952 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> GSM18907 1 0.4996 0.37162 0.548 0.032 0.000 0.000 0.420
#> GSM18908 1 0.4996 0.37162 0.548 0.032 0.000 0.000 0.420
#> GSM18909 4 0.7181 -0.15907 0.256 0.020 0.000 0.412 0.312
#> GSM18910 4 0.7181 -0.15907 0.256 0.020 0.000 0.412 0.312
#> GSM18867 1 0.0290 0.75411 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0451 0.75213 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.2661 0.74655 0.000 0.056 0.000 0.888 0.056
#> GSM18948 4 0.2592 0.74799 0.000 0.052 0.000 0.892 0.056
#> GSM18995 2 0.3491 0.85050 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM18996 2 0.3398 0.86001 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM18975 4 0.2278 0.73316 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060
#> GSM18976 4 0.2278 0.73316 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060
#> GSM18997 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18998 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18967 4 0.0510 0.75503 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18968 4 0.0510 0.75503 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18959 4 0.1117 0.75890 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM18960 4 0.1117 0.75890 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM19015 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM19016 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18957 4 0.0609 0.75955 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM18958 4 0.0771 0.75970 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM18981 2 0.6080 0.65602 0.000 0.560 0.000 0.168 0.272
#> GSM18982 2 0.6080 0.65602 0.000 0.560 0.000 0.168 0.272
#> GSM18989 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18990 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18985 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18986 2 0.6133 0.65832 0.000 0.564 0.000 0.220 0.216
#> GSM18987 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18988 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18983 2 0.6062 0.65850 0.000 0.564 0.000 0.168 0.268
#> GSM18984 2 0.6031 0.66033 0.000 0.568 0.000 0.164 0.268
#> GSM18951 2 0.5594 0.38991 0.000 0.492 0.000 0.436 0.072
#> GSM18952 4 0.2450 0.74741 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076
#> GSM19007 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19008 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18999 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM19000 2 0.3210 0.86170 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18889 1 0.2416 0.71529 0.888 0.012 0.000 0.000 0.100
#> GSM18890 1 0.2416 0.71529 0.888 0.012 0.000 0.000 0.100
#> GSM18881 1 0.0290 0.75459 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0290 0.75459 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0671 0.75444 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0671 0.75444 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM18875 1 0.0404 0.75441 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0404 0.75441 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0671 0.75444 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM18880 1 0.0671 0.75444 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0404 0.75456 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0404 0.75456 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.6214 0.21149 0.228 0.012 0.000 0.592 0.168
#> GSM18904 4 0.6214 0.21149 0.228 0.012 0.000 0.592 0.168
#> GSM18949 4 0.1830 0.75278 0.000 0.028 0.000 0.932 0.040
#> GSM18950 4 0.1830 0.75278 0.000 0.028 0.000 0.932 0.040
#> GSM18953 4 0.2914 0.74279 0.000 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM18954 4 0.2914 0.74279 0.000 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM19013 2 0.3398 0.86015 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM19014 2 0.3398 0.86015 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM18971 4 0.3321 0.66468 0.000 0.032 0.000 0.832 0.136
#> GSM18972 4 0.3321 0.66468 0.000 0.032 0.000 0.832 0.136
#> GSM18969 4 0.3321 0.66468 0.000 0.032 0.000 0.832 0.136
#> GSM18970 4 0.4309 0.62777 0.000 0.084 0.000 0.768 0.148
#> GSM18869 1 0.0404 0.75456 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0404 0.75456 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.3398 0.86015 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM19018 2 0.3398 0.86015 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM18991 4 0.4616 0.39293 0.000 0.288 0.000 0.676 0.036
#> GSM18992 4 0.4747 0.20691 0.000 0.352 0.000 0.620 0.028
#> GSM19021 4 0.4430 0.47880 0.000 0.256 0.000 0.708 0.036
#> GSM19022 4 0.4430 0.47880 0.000 0.256 0.000 0.708 0.036
#> GSM19001 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM19002 2 0.3242 0.86128 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18899 4 0.6742 -0.02091 0.244 0.012 0.000 0.504 0.240
#> GSM18900 4 0.6742 -0.02091 0.244 0.012 0.000 0.504 0.240
#> GSM18961 4 0.0609 0.75955 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM18962 4 0.0609 0.75955 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM18901 4 0.7003 -0.18594 0.304 0.012 0.000 0.428 0.256
#> GSM18902 4 0.7003 -0.18594 0.304 0.012 0.000 0.428 0.256
#> GSM18993 4 0.1493 0.75661 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028
#> GSM18994 4 0.1493 0.75661 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028
#> GSM18865 5 0.4900 0.34794 0.004 0.020 0.000 0.412 0.564
#> GSM18866 5 0.4900 0.34794 0.004 0.020 0.000 0.412 0.564
#> GSM18897 5 0.5087 -0.00287 0.396 0.016 0.000 0.016 0.572
#> GSM18898 5 0.5087 -0.00287 0.396 0.016 0.000 0.016 0.572
#> GSM18887 1 0.4410 0.38901 0.556 0.004 0.000 0.000 0.440
#> GSM18888 1 0.4410 0.38901 0.556 0.004 0.000 0.000 0.440
#> GSM18893 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18894 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18895 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18896 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18891 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18892 1 0.4403 0.39738 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> GSM18955 4 0.2989 0.73815 0.000 0.072 0.000 0.868 0.060
#> GSM18956 4 0.2359 0.75261 0.000 0.036 0.000 0.904 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0405 0.8978 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM18928 3 0.0405 0.8978 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM18915 3 0.3615 0.8767 0.000 0.092 0.820 0.000 0.024 0.064
#> GSM18916 3 0.4548 0.8648 0.000 0.108 0.744 0.000 0.028 0.120
#> GSM18939 3 0.3992 0.8834 0.000 0.088 0.780 0.000 0.012 0.120
#> GSM18940 3 0.3849 0.8865 0.000 0.080 0.792 0.000 0.012 0.116
#> GSM18933 3 0.1353 0.8899 0.000 0.012 0.952 0.000 0.012 0.024
#> GSM18934 3 0.1346 0.8892 0.000 0.016 0.952 0.000 0.008 0.024
#> GSM18925 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18926 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18931 3 0.0551 0.8984 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM18932 3 0.0551 0.8984 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM19019 4 0.6261 0.1316 0.000 0.300 0.000 0.496 0.172 0.032
#> GSM19020 4 0.6293 0.0852 0.000 0.312 0.000 0.484 0.172 0.032
#> GSM18923 3 0.3936 0.8832 0.000 0.088 0.780 0.000 0.008 0.124
#> GSM18924 3 0.3894 0.8845 0.000 0.088 0.784 0.000 0.008 0.120
#> GSM18941 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18942 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18929 3 0.0551 0.8984 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM18930 3 0.0551 0.8984 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM18911 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18912 3 0.3905 0.8831 0.000 0.076 0.780 0.000 0.008 0.136
#> GSM18935 3 0.1346 0.8892 0.000 0.016 0.952 0.000 0.008 0.024
#> GSM18936 3 0.1346 0.8892 0.000 0.016 0.952 0.000 0.008 0.024
#> GSM19005 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM19006 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM18921 3 0.0405 0.8978 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM18922 3 0.0405 0.8978 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM18919 3 0.0891 0.8930 0.000 0.008 0.968 0.000 0.000 0.024
#> GSM18920 3 0.1036 0.8920 0.000 0.008 0.964 0.000 0.004 0.024
#> GSM18917 3 0.3615 0.8767 0.000 0.092 0.820 0.000 0.024 0.064
#> GSM18918 3 0.3615 0.8767 0.000 0.092 0.820 0.000 0.024 0.064
#> GSM18913 3 0.3992 0.8834 0.000 0.088 0.780 0.000 0.012 0.120
#> GSM18914 3 0.3992 0.8834 0.000 0.088 0.780 0.000 0.012 0.120
#> GSM18937 3 0.3992 0.8834 0.000 0.088 0.780 0.000 0.012 0.120
#> GSM18938 3 0.3963 0.8832 0.000 0.076 0.780 0.000 0.012 0.132
#> GSM18943 3 0.2515 0.8646 0.000 0.040 0.892 0.000 0.016 0.052
#> GSM18944 3 0.2515 0.8646 0.000 0.040 0.892 0.000 0.016 0.052
#> GSM19003 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM19004 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM19011 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM19012 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM19009 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM19010 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM18945 3 0.1503 0.8963 0.000 0.032 0.944 0.000 0.008 0.016
#> GSM18946 3 0.1503 0.8963 0.000 0.032 0.944 0.000 0.008 0.016
#> GSM18963 4 0.2732 0.7266 0.000 0.056 0.000 0.880 0.044 0.020
#> GSM18964 4 0.2328 0.7347 0.000 0.044 0.000 0.904 0.032 0.020
#> GSM18905 4 0.4669 0.6841 0.000 0.080 0.000 0.728 0.032 0.160
#> GSM18906 4 0.4368 0.6903 0.000 0.068 0.000 0.748 0.024 0.160
#> GSM18965 4 0.0820 0.7387 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM18966 4 0.0820 0.7387 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM18873 1 0.0146 0.7411 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0146 0.7411 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.5596 0.4530 0.000 0.064 0.000 0.612 0.064 0.260
#> GSM18974 4 0.5596 0.4530 0.000 0.064 0.000 0.612 0.064 0.260
#> GSM18977 4 0.1010 0.7397 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> GSM18978 4 0.1168 0.7382 0.000 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028
#> GSM18979 4 0.1168 0.7382 0.000 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028
#> GSM18980 4 0.2583 0.7261 0.000 0.044 0.000 0.888 0.016 0.052
#> GSM18883 1 0.4902 0.0788 0.500 0.036 0.000 0.000 0.012 0.452
#> GSM18884 1 0.5126 0.0306 0.484 0.036 0.000 0.000 0.024 0.456
#> GSM18885 1 0.1708 0.7219 0.932 0.024 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM18886 1 0.1708 0.7219 0.932 0.024 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM18907 1 0.5422 -0.0400 0.460 0.036 0.000 0.000 0.044 0.460
#> GSM18908 6 0.5422 -0.1060 0.460 0.036 0.000 0.000 0.044 0.460
#> GSM18909 6 0.7572 0.1260 0.160 0.128 0.000 0.336 0.016 0.360
#> GSM18910 6 0.7572 0.1260 0.160 0.128 0.000 0.336 0.016 0.360
#> GSM18867 1 0.0547 0.7396 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0692 0.7378 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.3575 0.7144 0.000 0.080 0.000 0.824 0.024 0.072
#> GSM18948 4 0.3494 0.7164 0.000 0.080 0.000 0.828 0.020 0.072
#> GSM18995 2 0.5625 0.9001 0.000 0.524 0.000 0.104 0.356 0.016
#> GSM18996 2 0.5560 0.9170 0.000 0.528 0.000 0.096 0.360 0.016
#> GSM18975 4 0.4004 0.6841 0.000 0.084 0.000 0.796 0.036 0.084
#> GSM18976 4 0.4004 0.6841 0.000 0.084 0.000 0.796 0.036 0.084
#> GSM18997 2 0.5166 0.9459 0.000 0.540 0.000 0.096 0.364 0.000
#> GSM18998 2 0.5166 0.9459 0.000 0.540 0.000 0.096 0.364 0.000
#> GSM18967 4 0.1176 0.7384 0.000 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM18968 4 0.1176 0.7384 0.000 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM18959 4 0.1453 0.7400 0.000 0.040 0.000 0.944 0.008 0.008
#> GSM18960 4 0.1555 0.7402 0.000 0.040 0.000 0.940 0.008 0.012
#> GSM19015 2 0.5297 0.9462 0.000 0.536 0.000 0.096 0.364 0.004
#> GSM19016 2 0.5297 0.9462 0.000 0.536 0.000 0.096 0.364 0.004
#> GSM18957 4 0.0692 0.7400 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM18958 4 0.0692 0.7400 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM18981 5 0.1788 0.9837 0.000 0.004 0.000 0.076 0.916 0.004
#> GSM18982 5 0.1788 0.9837 0.000 0.004 0.000 0.076 0.916 0.004
#> GSM18989 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18990 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18985 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18986 5 0.2404 0.9063 0.000 0.016 0.000 0.112 0.872 0.000
#> GSM18987 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18988 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18983 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18984 5 0.1644 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM18951 2 0.7014 0.1994 0.000 0.384 0.000 0.356 0.164 0.096
#> GSM18952 4 0.3503 0.7037 0.000 0.068 0.000 0.816 0.008 0.108
#> GSM19007 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM19008 2 0.5144 0.9506 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372 0.000
#> GSM18999 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM19000 2 0.5275 0.9506 0.000 0.532 0.000 0.092 0.372 0.004
#> GSM18889 1 0.2911 0.6426 0.832 0.024 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM18890 1 0.2911 0.6426 0.832 0.024 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM18881 1 0.0260 0.7412 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0260 0.7412 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0508 0.7412 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0508 0.7412 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18875 1 0.0146 0.7409 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0146 0.7409 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0508 0.7412 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18880 1 0.0508 0.7412 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0632 0.7395 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0632 0.7395 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.6702 0.2315 0.164 0.104 0.000 0.540 0.004 0.188
#> GSM18904 4 0.6702 0.2315 0.164 0.104 0.000 0.540 0.004 0.188
#> GSM18949 4 0.2585 0.7145 0.000 0.048 0.000 0.880 0.004 0.068
#> GSM18950 4 0.2585 0.7145 0.000 0.048 0.000 0.880 0.004 0.068
#> GSM18953 4 0.3882 0.7051 0.000 0.084 0.000 0.800 0.024 0.092
#> GSM18954 4 0.3882 0.7051 0.000 0.084 0.000 0.800 0.024 0.092
#> GSM19013 2 0.5344 0.9414 0.000 0.528 0.000 0.088 0.376 0.008
#> GSM19014 2 0.5344 0.9414 0.000 0.528 0.000 0.088 0.376 0.008
#> GSM18971 4 0.5005 0.6104 0.000 0.068 0.000 0.712 0.072 0.148
#> GSM18972 4 0.5005 0.6104 0.000 0.068 0.000 0.712 0.072 0.148
#> GSM18969 4 0.5005 0.6104 0.000 0.068 0.000 0.712 0.072 0.148
#> GSM18970 4 0.5652 0.5835 0.000 0.092 0.000 0.656 0.100 0.152
#> GSM18869 1 0.0632 0.7395 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0632 0.7395 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.5414 0.9438 0.000 0.524 0.000 0.096 0.372 0.008
#> GSM19018 2 0.5414 0.9438 0.000 0.524 0.000 0.096 0.372 0.008
#> GSM18991 4 0.6170 0.2460 0.000 0.320 0.000 0.520 0.096 0.064
#> GSM18992 4 0.6240 0.0733 0.000 0.364 0.000 0.476 0.104 0.056
#> GSM19021 4 0.5655 0.5341 0.000 0.156 0.004 0.648 0.148 0.044
#> GSM19022 4 0.5655 0.5341 0.000 0.156 0.004 0.648 0.148 0.044
#> GSM19001 2 0.5174 0.9500 0.000 0.536 0.000 0.096 0.368 0.000
#> GSM19002 2 0.5174 0.9500 0.000 0.536 0.000 0.096 0.368 0.000
#> GSM18899 4 0.7224 -0.0934 0.172 0.100 0.000 0.428 0.008 0.292
#> GSM18900 4 0.7224 -0.0934 0.172 0.100 0.000 0.428 0.008 0.292
#> GSM18961 4 0.0692 0.7400 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM18962 4 0.0692 0.7400 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM18901 4 0.7474 -0.1895 0.212 0.100 0.000 0.384 0.012 0.292
#> GSM18902 4 0.7474 -0.1895 0.212 0.100 0.000 0.384 0.012 0.292
#> GSM18993 4 0.2344 0.7191 0.000 0.048 0.000 0.896 0.004 0.052
#> GSM18994 4 0.2344 0.7191 0.000 0.048 0.000 0.896 0.004 0.052
#> GSM18865 6 0.5933 0.1644 0.004 0.044 0.000 0.356 0.076 0.520
#> GSM18866 6 0.5933 0.1644 0.004 0.044 0.000 0.356 0.076 0.520
#> GSM18897 6 0.5266 0.2274 0.316 0.024 0.000 0.004 0.056 0.600
#> GSM18898 6 0.5355 0.2350 0.312 0.024 0.000 0.008 0.056 0.600
#> GSM18887 6 0.4848 -0.1098 0.468 0.012 0.000 0.000 0.032 0.488
#> GSM18888 6 0.4848 -0.1098 0.468 0.012 0.000 0.000 0.032 0.488
#> GSM18893 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18894 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18895 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18896 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18891 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18892 1 0.4996 0.0755 0.496 0.020 0.000 0.000 0.032 0.452
#> GSM18955 4 0.3779 0.7064 0.000 0.092 0.000 0.808 0.024 0.076
#> GSM18956 4 0.3033 0.7233 0.000 0.056 0.000 0.856 0.012 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:kmeans 158 2.28e-07 2
#> CV:kmeans 156 8.65e-13 3
#> CV:kmeans 111 2.97e-09 4
#> CV:kmeans 125 7.58e-15 5
#> CV:kmeans 127 2.04e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.720 0.914 0.959 0.4956 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.985 0.993 0.3063 0.650 0.417
#> 4 4 1.000 0.975 0.989 0.1636 0.883 0.673
#> 5 5 0.942 0.932 0.956 0.0367 0.968 0.871
#> 6 6 0.881 0.791 0.891 0.0382 0.976 0.893
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.552 0.8912 0.128 0.872
#> GSM18964 1 0.998 0.0369 0.524 0.476
#> GSM18905 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18965 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.163 0.9397 0.976 0.024
#> GSM18979 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18980 1 0.697 0.7757 0.812 0.188
#> GSM18883 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.506 0.9057 0.112 0.888
#> GSM18948 2 0.506 0.9057 0.112 0.888
#> GSM18995 2 0.430 0.9183 0.088 0.912
#> GSM18996 2 0.456 0.9143 0.096 0.904
#> GSM18975 1 0.994 0.1167 0.544 0.456
#> GSM18976 1 0.980 0.2549 0.584 0.416
#> GSM18997 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM18998 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM18967 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18968 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18959 1 0.706 0.7441 0.808 0.192
#> GSM18960 1 0.671 0.7673 0.824 0.176
#> GSM19015 2 0.494 0.9079 0.108 0.892
#> GSM19016 2 0.506 0.9057 0.112 0.888
#> GSM18957 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18958 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18982 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18989 2 0.506 0.9059 0.112 0.888
#> GSM18990 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18985 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18986 2 0.506 0.9059 0.112 0.888
#> GSM18987 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18988 2 0.518 0.9030 0.116 0.884
#> GSM18983 2 0.506 0.9059 0.112 0.888
#> GSM18984 2 0.506 0.9059 0.112 0.888
#> GSM18951 2 0.689 0.8243 0.184 0.816
#> GSM18952 1 0.781 0.6777 0.768 0.232
#> GSM19007 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.295 0.9333 0.052 0.948
#> GSM19000 2 0.295 0.9333 0.052 0.948
#> GSM18889 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.998 0.1681 0.472 0.528
#> GSM18954 1 0.978 0.2548 0.588 0.412
#> GSM19013 2 0.295 0.9334 0.052 0.948
#> GSM19014 2 0.430 0.9182 0.088 0.912
#> GSM18971 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18970 1 0.327 0.9049 0.940 0.060
#> GSM18869 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM19018 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM18991 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.634 0.7893 0.840 0.160
#> GSM19021 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.000 0.9502 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM19002 2 0.506 0.9057 0.112 0.888
#> GSM18899 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18962 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18993 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18994 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.000 0.9604 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.518 0.9028 0.116 0.884
#> GSM18956 2 0.541 0.8955 0.124 0.876
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 3 0.5397 0.616 0.000 0.280 0.720
#> GSM19020 3 0.5431 0.608 0.000 0.284 0.716
#> GSM18923 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> GSM19006 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> GSM19004 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> GSM19011 2 0.1643 0.954 0.000 0.956 0.044
#> GSM19012 2 0.1529 0.958 0.000 0.960 0.040
#> GSM19009 2 0.3941 0.817 0.000 0.844 0.156
#> GSM19010 2 0.1411 0.961 0.000 0.964 0.036
#> GSM18945 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0237 0.996 0.996 0.004 0.000
#> GSM18974 1 0.0237 0.996 0.996 0.004 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.1529 0.957 0.000 0.960 0.040
#> GSM18883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.1964 0.940 0.056 0.944 0.000
#> GSM18972 2 0.1964 0.940 0.056 0.944 0.000
#> GSM18969 2 0.1964 0.940 0.056 0.944 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.2124 0.923 0.000 0.068 0.924 0.008
#> GSM19020 3 0.2198 0.918 0.000 0.072 0.920 0.008
#> GSM18923 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19006 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19004 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19012 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19009 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19010 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18964 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 4 0.0469 0.982 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18906 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18965 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0779 0.971 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM18974 4 0.0779 0.971 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM18977 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18978 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18979 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18948 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18995 2 0.0336 0.968 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18996 2 0.0336 0.968 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18975 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0336 0.968 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18998 2 0.0336 0.968 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18967 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19016 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18957 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18982 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18989 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18990 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18985 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18986 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18987 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18988 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18983 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18984 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18951 2 0.3649 0.745 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM18952 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19008 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18999 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19000 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.0336 0.982 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18954 4 0.0336 0.982 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM19013 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19014 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18971 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18972 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18969 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18970 4 0.4697 0.417 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM18869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19018 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18991 2 0.4817 0.388 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18992 2 0.4761 0.428 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM19021 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19002 2 0.0188 0.969 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.986 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.0188 0.996 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0188 0.996 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.0469 0.979 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18956 4 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.5152 0.439 0.000 0.632 0.312 0.052 0.004
#> GSM19020 2 0.4365 0.598 0.000 0.736 0.224 0.036 0.004
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19006 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19004 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19012 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19009 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19010 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0798 0.919 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM18964 4 0.0451 0.921 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM18905 4 0.4057 0.813 0.000 0.088 0.000 0.792 0.120
#> GSM18906 4 0.2624 0.874 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> GSM18965 4 0.0404 0.921 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM18966 4 0.0404 0.921 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM18873 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.4181 0.703 0.020 0.000 0.000 0.712 0.268
#> GSM18974 4 0.4206 0.697 0.020 0.000 0.000 0.708 0.272
#> GSM18977 4 0.0963 0.915 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM18978 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 4 0.1571 0.905 0.000 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM18883 1 0.1043 0.963 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM18884 1 0.1043 0.963 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM18885 1 0.0404 0.969 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18886 1 0.0404 0.969 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18907 1 0.1270 0.958 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM18908 1 0.1270 0.958 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM18909 1 0.0404 0.967 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18910 1 0.0404 0.967 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18867 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.1364 0.903 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> GSM18948 4 0.1012 0.913 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM18995 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.1430 0.908 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM18976 4 0.1430 0.908 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM18997 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0510 0.920 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18968 4 0.0510 0.920 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18959 4 0.0404 0.921 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM18960 4 0.0162 0.921 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19015 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 5 0.2127 0.994 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM18982 5 0.2127 0.994 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM18989 5 0.2230 0.994 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18990 5 0.2127 0.994 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM18985 5 0.2127 0.994 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM18986 5 0.2230 0.994 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18987 5 0.2179 0.995 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM18988 5 0.2179 0.995 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM18983 5 0.2230 0.994 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18984 5 0.2230 0.994 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18951 2 0.3628 0.666 0.000 0.772 0.000 0.216 0.012
#> GSM18952 4 0.0566 0.918 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM19007 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19008 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18999 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19000 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18889 1 0.0963 0.964 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM18890 1 0.0963 0.964 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM18881 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0451 0.966 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM18904 1 0.0451 0.966 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM18949 4 0.0162 0.921 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18950 4 0.0162 0.921 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18953 4 0.2561 0.848 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> GSM18954 4 0.2669 0.840 0.000 0.104 0.000 0.876 0.020
#> GSM19013 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.3366 0.780 0.000 0.004 0.000 0.784 0.212
#> GSM18972 4 0.3366 0.780 0.000 0.004 0.000 0.784 0.212
#> GSM18969 4 0.3366 0.780 0.000 0.004 0.000 0.784 0.212
#> GSM18970 4 0.6422 0.363 0.000 0.256 0.000 0.508 0.236
#> GSM18869 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.3508 0.623 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM18992 2 0.3336 0.660 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18899 1 0.0324 0.968 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18900 1 0.0324 0.968 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18961 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0162 0.969 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18902 1 0.0162 0.969 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.3835 0.717 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> GSM18866 1 0.3835 0.718 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> GSM18897 1 0.1732 0.942 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM18898 1 0.1792 0.939 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM18887 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18888 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18893 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18894 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18895 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18896 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18891 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18892 1 0.1341 0.958 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM18955 4 0.3720 0.689 0.000 0.228 0.000 0.760 0.012
#> GSM18956 4 0.0566 0.918 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18928 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18915 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18934 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18925 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18932 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19019 2 0.5436 0.5201 0.000 0.640 0.228 0.088 0.000 0.044
#> GSM19020 2 0.3869 0.7329 0.000 0.796 0.128 0.036 0.000 0.040
#> GSM18923 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18930 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18911 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18936 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19005 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19006 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18921 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18922 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18919 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18920 3 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18917 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0458 0.9886 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18944 3 0.0458 0.9886 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM19003 2 0.0260 0.9262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM19004 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19012 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19009 2 0.0260 0.9262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM19010 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2221 0.7744 0.000 0.032 0.000 0.896 0.000 0.072
#> GSM18964 4 0.1444 0.7894 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM18905 6 0.5289 -0.0938 0.000 0.020 0.000 0.412 0.056 0.512
#> GSM18906 6 0.4721 -0.0925 0.000 0.000 0.000 0.420 0.048 0.532
#> GSM18965 4 0.1444 0.7869 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM18966 4 0.1444 0.7869 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM18873 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.4310 0.4285 0.004 0.000 0.000 0.268 0.044 0.684
#> GSM18974 6 0.4310 0.4285 0.004 0.000 0.000 0.268 0.044 0.684
#> GSM18977 4 0.2969 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM18978 4 0.0865 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18979 4 0.0713 0.7913 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18980 4 0.3547 0.4957 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM18883 1 0.2996 0.7132 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM18884 1 0.3266 0.6802 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM18885 1 0.0363 0.8137 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18886 1 0.0632 0.8112 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18907 1 0.3531 0.6288 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM18908 1 0.3531 0.6288 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM18909 1 0.3564 0.6690 0.772 0.000 0.000 0.020 0.008 0.200
#> GSM18910 1 0.3623 0.6608 0.764 0.000 0.000 0.020 0.008 0.208
#> GSM18867 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18868 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.3037 0.6928 0.000 0.016 0.000 0.820 0.004 0.160
#> GSM18948 4 0.2737 0.7021 0.000 0.004 0.000 0.832 0.004 0.160
#> GSM18995 2 0.1411 0.8880 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> GSM18996 2 0.1152 0.9013 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM18975 4 0.3584 0.5388 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> GSM18976 4 0.3584 0.5388 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> GSM18997 2 0.0291 0.9254 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM18998 2 0.0291 0.9254 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM18967 4 0.1663 0.7799 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM18968 4 0.1663 0.7799 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM18959 4 0.1610 0.7846 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM18960 4 0.1501 0.7870 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM19015 2 0.0146 0.9260 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0146 0.9260 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0363 0.7923 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18958 4 0.0458 0.7927 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18981 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18982 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18989 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18990 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18985 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18986 5 0.0508 0.9938 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> GSM18987 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18988 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18983 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18984 5 0.0363 0.9993 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18951 2 0.5819 0.1691 0.000 0.476 0.000 0.352 0.004 0.168
#> GSM18952 4 0.2738 0.6977 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> GSM19007 2 0.0260 0.9262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM19008 2 0.0260 0.9262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18999 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.2664 0.7389 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM18890 1 0.2664 0.7389 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM18881 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.8148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18872 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18903 1 0.3005 0.7344 0.848 0.000 0.000 0.036 0.008 0.108
#> GSM18904 1 0.3075 0.7304 0.844 0.000 0.000 0.040 0.008 0.108
#> GSM18949 4 0.0937 0.7851 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18950 4 0.0937 0.7851 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18953 4 0.3943 0.6493 0.000 0.052 0.000 0.776 0.016 0.156
#> GSM18954 4 0.3979 0.6458 0.000 0.052 0.000 0.772 0.016 0.160
#> GSM19013 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.4952 0.1811 0.000 0.000 0.000 0.524 0.068 0.408
#> GSM18972 4 0.4952 0.1811 0.000 0.000 0.000 0.524 0.068 0.408
#> GSM18969 4 0.4957 0.1686 0.000 0.000 0.000 0.520 0.068 0.412
#> GSM18970 6 0.6804 0.1188 0.000 0.132 0.000 0.312 0.100 0.456
#> GSM18869 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18870 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19017 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.4572 0.5524 0.000 0.668 0.000 0.264 0.004 0.064
#> GSM18992 2 0.4067 0.6425 0.000 0.728 0.000 0.212 0.000 0.060
#> GSM19021 3 0.0632 0.9822 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM19022 3 0.0632 0.9822 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM19001 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.2658 0.7515 0.864 0.000 0.000 0.016 0.008 0.112
#> GSM18900 1 0.2703 0.7513 0.860 0.000 0.000 0.016 0.008 0.116
#> GSM18961 4 0.0790 0.7932 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18962 4 0.0790 0.7932 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18901 1 0.2308 0.7651 0.880 0.000 0.000 0.004 0.008 0.108
#> GSM18902 1 0.2420 0.7624 0.876 0.000 0.000 0.008 0.008 0.108
#> GSM18993 4 0.1141 0.7811 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18994 4 0.1141 0.7811 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18865 6 0.4487 0.3375 0.256 0.000 0.000 0.020 0.036 0.688
#> GSM18866 6 0.4519 0.3311 0.260 0.000 0.000 0.024 0.032 0.684
#> GSM18897 6 0.4098 -0.4032 0.496 0.000 0.000 0.000 0.008 0.496
#> GSM18898 1 0.4097 0.3128 0.500 0.000 0.000 0.000 0.008 0.492
#> GSM18887 1 0.3887 0.5993 0.632 0.000 0.000 0.000 0.008 0.360
#> GSM18888 1 0.3887 0.5993 0.632 0.000 0.000 0.000 0.008 0.360
#> GSM18893 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18894 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18895 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18896 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18891 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18892 1 0.3874 0.6047 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> GSM18955 4 0.4515 0.5683 0.000 0.120 0.000 0.716 0.004 0.160
#> GSM18956 4 0.2558 0.7105 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:skmeans 153 6.91e-07 2
#> CV:skmeans 158 6.33e-13 3
#> CV:skmeans 155 2.09e-17 4
#> CV:skmeans 156 1.79e-22 5
#> CV:skmeans 144 2.12e-21 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.388 0.781 0.869 0.4269 0.526 0.526
#> 3 3 0.979 0.952 0.976 0.4079 0.631 0.432
#> 4 4 0.838 0.874 0.909 0.2107 0.832 0.590
#> 5 5 0.804 0.862 0.884 0.0565 0.935 0.755
#> 6 6 0.930 0.907 0.958 0.0509 0.970 0.862
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.775 0.7016 0.228 0.772
#> GSM19020 2 0.775 0.7016 0.228 0.772
#> GSM18923 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.814 0.6751 0.252 0.748
#> GSM19006 2 0.814 0.6751 0.252 0.748
#> GSM18921 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.814 0.6750 0.252 0.748
#> GSM19004 2 0.802 0.6847 0.244 0.756
#> GSM19011 2 0.808 0.6802 0.248 0.752
#> GSM19012 2 0.808 0.6802 0.248 0.752
#> GSM19009 2 0.775 0.7016 0.228 0.772
#> GSM19010 2 0.808 0.6802 0.248 0.752
#> GSM18945 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.000 0.8393 0.000 1.000
#> GSM18963 1 0.714 0.8478 0.804 0.196
#> GSM18964 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18905 1 0.697 0.8550 0.812 0.188
#> GSM18906 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18965 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18966 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18873 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.680 0.8583 0.820 0.180
#> GSM18974 1 0.680 0.8583 0.820 0.180
#> GSM18977 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18978 1 0.697 0.8550 0.812 0.188
#> GSM18979 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18980 1 0.952 0.5494 0.628 0.372
#> GSM18883 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.388 0.8446 0.924 0.076
#> GSM18910 1 0.605 0.8569 0.852 0.148
#> GSM18867 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18947 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18948 1 0.706 0.8516 0.808 0.192
#> GSM18995 2 0.998 0.0604 0.472 0.528
#> GSM18996 2 0.988 0.2214 0.436 0.564
#> GSM18975 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18976 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18997 1 0.839 0.7515 0.732 0.268
#> GSM18998 1 0.788 0.8001 0.764 0.236
#> GSM18967 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18968 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18959 1 0.767 0.8203 0.776 0.224
#> GSM18960 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM19015 2 0.987 0.2423 0.432 0.568
#> GSM19016 2 0.971 0.3553 0.400 0.600
#> GSM18957 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18958 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18981 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18982 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18989 1 0.994 0.2579 0.544 0.456
#> GSM18990 1 0.697 0.8552 0.812 0.188
#> GSM18985 1 0.808 0.7848 0.752 0.248
#> GSM18986 1 0.833 0.7598 0.736 0.264
#> GSM18987 1 0.745 0.8309 0.788 0.212
#> GSM18988 1 0.697 0.8552 0.812 0.188
#> GSM18983 1 0.987 0.3369 0.568 0.432
#> GSM18984 2 0.955 0.4254 0.376 0.624
#> GSM18951 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18952 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM19007 2 0.866 0.6194 0.288 0.712
#> GSM19008 2 0.909 0.5540 0.324 0.676
#> GSM18999 2 0.909 0.5540 0.324 0.676
#> GSM19000 2 0.909 0.5540 0.324 0.676
#> GSM18889 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18950 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18953 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18954 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM19013 2 0.909 0.5540 0.324 0.676
#> GSM19014 2 0.909 0.5540 0.324 0.676
#> GSM18971 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18972 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18969 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18970 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18869 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM19017 1 0.738 0.8349 0.792 0.208
#> GSM19018 1 0.706 0.8515 0.808 0.192
#> GSM18991 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18992 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM19021 2 0.760 0.7086 0.220 0.780
#> GSM19022 2 0.760 0.7086 0.220 0.780
#> GSM19001 1 0.985 0.3519 0.572 0.428
#> GSM19002 2 0.988 0.2310 0.436 0.564
#> GSM18899 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18962 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18901 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.118 0.8327 0.984 0.016
#> GSM18993 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18994 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18865 1 0.689 0.8581 0.816 0.184
#> GSM18866 1 0.625 0.8575 0.844 0.156
#> GSM18897 1 0.574 0.8553 0.864 0.136
#> GSM18898 1 0.584 0.8559 0.860 0.140
#> GSM18887 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.000 0.8295 1.000 0.000
#> GSM18955 1 0.993 0.2747 0.548 0.452
#> GSM18956 1 0.802 0.7900 0.756 0.244
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.3816 0.831 0.000 0.852 0.148
#> GSM19020 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> GSM18923 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> GSM18929 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0592 0.959 0.000 0.988 0.012
#> GSM19012 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> GSM18945 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.1031 0.963 0.024 0.976 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18965 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18966 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18974 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18977 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18978 2 0.0747 0.964 0.016 0.984 0.000
#> GSM18979 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18980 2 0.1163 0.955 0.000 0.972 0.028
#> GSM18883 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.1289 0.961 0.032 0.968 0.000
#> GSM18910 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18948 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.1031 0.963 0.024 0.976 0.000
#> GSM18976 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18968 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18959 2 0.1267 0.957 0.004 0.972 0.024
#> GSM18960 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18958 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18981 2 0.0592 0.964 0.012 0.988 0.000
#> GSM18982 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.1529 0.937 0.000 0.960 0.040
#> GSM18986 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.5058 0.702 0.244 0.756 0.000
#> GSM18904 2 0.4452 0.784 0.192 0.808 0.000
#> GSM18949 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18950 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18972 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18969 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 2 0.5948 0.471 0.000 0.640 0.360
#> GSM19022 2 0.5678 0.566 0.000 0.684 0.316
#> GSM19001 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 2 0.5621 0.583 0.308 0.692 0.000
#> GSM18900 2 0.1753 0.949 0.048 0.952 0.000
#> GSM18961 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18962 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18901 1 0.4346 0.749 0.816 0.184 0.000
#> GSM18902 1 0.6215 0.211 0.572 0.428 0.000
#> GSM18993 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18994 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18865 2 0.1289 0.960 0.032 0.968 0.000
#> GSM18866 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
#> GSM18897 2 0.4702 0.754 0.212 0.788 0.000
#> GSM18898 2 0.3412 0.871 0.124 0.876 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.2625 0.877 0.916 0.084 0.000
#> GSM18892 1 0.0747 0.955 0.984 0.016 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.1163 0.963 0.028 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.3726 0.5657 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM19020 4 0.4989 -0.4095 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM18923 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.4277 0.5958 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19006 2 0.4222 0.8962 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM18921 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19004 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19011 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19012 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19009 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19010 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18945 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9642 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18906 4 0.1867 0.8324 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM18965 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0707 0.9048 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18974 4 0.0817 0.9023 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM18977 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18978 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.1624 0.9494 0.952 0.020 0.000 0.028
#> GSM18885 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.4456 0.8988 0.004 0.716 0.000 0.280
#> GSM18910 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18867 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18996 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18975 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18998 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18967 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19016 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18957 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.4989 -0.2211 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM18982 4 0.4304 0.6154 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM18989 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18990 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18985 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18986 4 0.4134 0.6299 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM18987 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18988 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18983 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18984 2 0.0707 0.6927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18951 2 0.4564 0.8439 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM18952 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19008 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18999 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19000 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18889 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0469 0.9102 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM18904 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.4985 -0.3998 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM18954 2 0.4916 0.6774 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM19013 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19014 2 0.4250 0.8993 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM18971 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18970 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18869 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19018 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18991 2 0.4855 0.7270 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM18992 2 0.4331 0.8935 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM19021 3 0.5000 -0.0236 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM19022 3 0.4830 0.3048 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM19001 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM19002 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18899 4 0.0921 0.8959 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM18900 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.2843 0.8920 0.892 0.020 0.000 0.088
#> GSM18902 1 0.5511 0.4365 0.620 0.028 0.000 0.352
#> GSM18993 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 4 0.1557 0.8722 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18866 4 0.1022 0.8950 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18897 4 0.6534 0.5368 0.148 0.220 0.000 0.632
#> GSM18898 4 0.5188 0.6740 0.096 0.148 0.000 0.756
#> GSM18887 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0707 0.9747 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0895 0.9728 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM18955 2 0.4277 0.9020 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM18956 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.4307 -0.3916 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM19020 2 0.3210 0.6018 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3707 0.5757 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18964 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18905 2 0.1341 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18906 4 0.3534 0.8579 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM18965 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18966 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3862 0.8368 0.000 0.088 0.000 0.808 0.104
#> GSM18974 4 0.3759 0.8866 0.000 0.136 0.000 0.808 0.056
#> GSM18977 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18978 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18979 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18980 4 0.3039 0.9292 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM18883 1 0.1121 0.9372 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM18884 5 0.3167 0.8939 0.148 0.008 0.000 0.008 0.836
#> GSM18885 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18908 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18909 5 0.5561 0.6281 0.044 0.204 0.000 0.064 0.688
#> GSM18910 5 0.5219 0.4747 0.004 0.288 0.000 0.064 0.644
#> GSM18867 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18948 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18995 2 0.1341 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18996 2 0.1341 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18975 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18976 4 0.3074 0.9272 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM18997 2 0.1341 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18998 2 0.1341 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM18967 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18968 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18959 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18960 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM19015 2 0.0510 0.8684 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM19016 2 0.0290 0.8713 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18957 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18958 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18981 4 0.5502 0.2595 0.000 0.192 0.000 0.652 0.156
#> GSM18982 4 0.2971 0.5610 0.000 0.008 0.000 0.836 0.156
#> GSM18989 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18990 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18985 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18986 4 0.2690 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM18987 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18988 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18983 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18984 2 0.5472 0.6122 0.000 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM18951 2 0.2329 0.7845 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM18952 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.2773 0.7843 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM18890 1 0.2516 0.8206 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM18881 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.3780 0.8195 0.116 0.072 0.000 0.812 0.000
#> GSM18904 4 0.3536 0.9061 0.032 0.156 0.000 0.812 0.000
#> GSM18949 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18950 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18953 2 0.3837 0.4198 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM18954 2 0.3177 0.6587 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.3196 0.9284 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM18972 4 0.3196 0.9284 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM18969 4 0.3196 0.9284 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM18970 2 0.1121 0.8556 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.3074 0.6855 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM18992 2 0.0794 0.8633 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM19021 3 0.6443 0.0601 0.000 0.224 0.500 0.276 0.000
#> GSM19022 3 0.5700 0.3889 0.000 0.196 0.628 0.176 0.000
#> GSM19001 2 0.0162 0.8719 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.8735 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.4205 0.8590 0.068 0.108 0.000 0.804 0.020
#> GSM18900 4 0.3365 0.9248 0.004 0.180 0.000 0.808 0.008
#> GSM18961 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18962 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18901 5 0.3452 0.8769 0.148 0.000 0.000 0.032 0.820
#> GSM18902 5 0.4049 0.8205 0.124 0.000 0.000 0.084 0.792
#> GSM18993 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18994 4 0.3003 0.9307 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM18865 4 0.3890 0.6339 0.000 0.012 0.000 0.736 0.252
#> GSM18866 4 0.3756 0.6429 0.000 0.008 0.000 0.744 0.248
#> GSM18897 5 0.0771 0.8108 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> GSM18898 5 0.1153 0.8171 0.024 0.008 0.000 0.004 0.964
#> GSM18887 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18888 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18893 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18894 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18895 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18896 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18891 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18892 5 0.2690 0.9025 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM18955 2 0.1410 0.8462 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM18956 4 0.3039 0.9292 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.3868 0.018 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> GSM19020 2 0.1910 0.807 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3428 0.535 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0146 0.969 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.2631 0.798 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM18906 4 0.1700 0.888 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004 0.000
#> GSM18965 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.1753 0.890 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004 0.084
#> GSM18974 4 0.0547 0.958 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18977 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18978 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18883 1 0.1765 0.882 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18884 6 0.0260 0.956 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM18885 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18908 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18909 6 0.3123 0.806 0.076 0.000 0.000 0.088 0.000 0.836
#> GSM18910 6 0.3385 0.729 0.016 0.020 0.000 0.156 0.000 0.808
#> GSM18867 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.2631 0.798 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.2631 0.798 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18976 4 0.0260 0.966 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM18997 2 0.2664 0.796 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.2597 0.801 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.1765 0.839 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.1075 0.857 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.3330 0.698 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM18952 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3244 0.666 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM18890 1 0.3050 0.716 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM18881 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.1863 0.869 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM18904 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18953 2 0.3765 0.489 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM18954 2 0.3717 0.531 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0146 0.867 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18970 2 0.2378 0.814 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0260 0.865 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.3515 0.628 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0790 0.857 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19021 3 0.5022 0.128 0.000 0.072 0.496 0.432 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.4028 0.505 0.000 0.024 0.668 0.308 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.1398 0.923 0.052 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008
#> GSM18900 4 0.0692 0.956 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM18961 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18901 6 0.1007 0.927 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM18902 6 0.1444 0.900 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM18993 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18865 4 0.3534 0.667 0.000 0.000 0.000 0.740 0.016 0.244
#> GSM18866 4 0.3405 0.633 0.000 0.000 0.000 0.724 0.004 0.272
#> GSM18897 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18898 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18887 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18888 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18893 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18894 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18895 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18896 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18891 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18892 6 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18955 2 0.2664 0.796 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM18956 4 0.0000 0.972 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:pam 148 7.31e-07 2
#> CV:pam 156 1.77e-12 3
#> CV:pam 152 6.13e-15 4
#> CV:pam 152 6.04e-19 5
#> CV:pam 155 6.42e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.833 0.879 0.952 0.4971 0.505 0.505
#> 3 3 0.661 0.782 0.892 0.2803 0.609 0.395
#> 4 4 0.772 0.792 0.880 0.1293 0.844 0.617
#> 5 5 0.704 0.693 0.828 0.0595 0.909 0.695
#> 6 6 0.774 0.727 0.843 0.0479 0.899 0.631
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0376 0.9339 0.004 0.996
#> GSM18964 2 0.0376 0.9339 0.004 0.996
#> GSM18905 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.2043 0.9176 0.032 0.968
#> GSM18966 2 0.2043 0.9176 0.032 0.968
#> GSM18873 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.1414 0.9256 0.020 0.980
#> GSM18979 2 0.2423 0.9121 0.040 0.960
#> GSM18980 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.1414 0.9256 0.020 0.980
#> GSM18976 2 0.0938 0.9301 0.012 0.988
#> GSM18997 2 0.6712 0.7767 0.176 0.824
#> GSM18998 2 0.8443 0.6334 0.272 0.728
#> GSM18967 2 0.0672 0.9321 0.008 0.992
#> GSM18968 2 0.0672 0.9321 0.008 0.992
#> GSM18959 2 0.0938 0.9301 0.012 0.988
#> GSM18960 2 0.1184 0.9278 0.016 0.984
#> GSM19015 2 0.9754 0.3385 0.408 0.592
#> GSM19016 2 0.9552 0.4172 0.376 0.624
#> GSM18957 2 0.0672 0.9321 0.008 0.992
#> GSM18958 2 0.1633 0.9230 0.024 0.976
#> GSM18981 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18982 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18989 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18990 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18985 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.9815 0.3167 0.420 0.580
#> GSM18987 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18988 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18983 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18984 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.9522 0.4279 0.372 0.628
#> GSM18952 2 0.2603 0.9097 0.044 0.956
#> GSM19007 2 0.0938 0.9292 0.012 0.988
#> GSM19008 2 0.7056 0.7477 0.192 0.808
#> GSM18999 2 0.9795 0.3112 0.416 0.584
#> GSM19000 1 0.9963 0.0910 0.536 0.464
#> GSM18889 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18949 2 0.8144 0.6628 0.252 0.748
#> GSM18950 2 0.8207 0.6562 0.256 0.744
#> GSM18953 2 0.5408 0.8314 0.124 0.876
#> GSM18954 1 0.9000 0.4973 0.684 0.316
#> GSM19013 1 0.9963 0.0911 0.536 0.464
#> GSM19014 1 0.9815 0.2390 0.580 0.420
#> GSM18971 1 0.0376 0.9598 0.996 0.004
#> GSM18972 1 0.0376 0.9598 0.996 0.004
#> GSM18969 1 0.1843 0.9378 0.972 0.028
#> GSM18970 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.9983 0.1205 0.476 0.524
#> GSM19018 2 0.9970 0.1491 0.468 0.532
#> GSM18991 1 0.0376 0.9597 0.996 0.004
#> GSM18992 1 0.4298 0.8694 0.912 0.088
#> GSM19021 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM19001 1 0.9988 0.0285 0.520 0.480
#> GSM19002 2 0.9866 0.2650 0.432 0.568
#> GSM18899 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.1414 0.9256 0.020 0.980
#> GSM18962 2 0.0938 0.9301 0.012 0.988
#> GSM18901 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.6438 0.7869 0.164 0.836
#> GSM18994 2 0.6623 0.7767 0.172 0.828
#> GSM18865 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.9355 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.6235 0.201 0.000 0.564 0.436
#> GSM19020 2 0.6235 0.201 0.000 0.564 0.436
#> GSM18923 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0592 0.975 0.000 0.012 0.988
#> GSM18929 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.5497 0.510 0.000 0.708 0.292
#> GSM19006 2 0.5431 0.523 0.000 0.716 0.284
#> GSM18921 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.4654 0.742 0.000 0.208 0.792
#> GSM18944 3 0.4654 0.742 0.000 0.208 0.792
#> GSM19003 2 0.5016 0.584 0.000 0.760 0.240
#> GSM19004 2 0.5497 0.510 0.000 0.708 0.292
#> GSM19011 2 0.5497 0.510 0.000 0.708 0.292
#> GSM19012 2 0.5497 0.510 0.000 0.708 0.292
#> GSM19009 2 0.5560 0.496 0.000 0.700 0.300
#> GSM19010 2 0.5529 0.503 0.000 0.704 0.296
#> GSM18945 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.5706 0.588 0.320 0.680 0.000
#> GSM18906 2 0.5760 0.579 0.328 0.672 0.000
#> GSM18965 2 0.3116 0.754 0.108 0.892 0.000
#> GSM18966 2 0.2711 0.762 0.088 0.912 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18974 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18977 2 0.5760 0.579 0.328 0.672 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.5295 0.688 0.036 0.808 0.156
#> GSM18883 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18910 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0237 0.785 0.000 0.996 0.004
#> GSM18948 2 0.0592 0.783 0.000 0.988 0.012
#> GSM18995 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0237 0.785 0.000 0.996 0.004
#> GSM18998 2 0.0424 0.784 0.000 0.992 0.008
#> GSM18967 2 0.0237 0.786 0.004 0.996 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18982 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18989 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18990 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18985 2 0.6204 0.456 0.424 0.576 0.000
#> GSM18986 2 0.1643 0.778 0.044 0.956 0.000
#> GSM18987 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18988 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18983 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18984 2 0.6192 0.464 0.420 0.580 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0237 0.786 0.004 0.996 0.000
#> GSM19007 2 0.2066 0.762 0.000 0.940 0.060
#> GSM19008 2 0.0592 0.783 0.000 0.988 0.012
#> GSM18999 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18904 2 0.6286 0.353 0.464 0.536 0.000
#> GSM18949 2 0.3879 0.731 0.152 0.848 0.000
#> GSM18950 2 0.3879 0.731 0.152 0.848 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.1031 0.782 0.024 0.976 0.000
#> GSM19013 2 0.1753 0.776 0.048 0.952 0.000
#> GSM19014 2 0.2165 0.771 0.064 0.936 0.000
#> GSM18971 2 0.5216 0.651 0.260 0.740 0.000
#> GSM18972 2 0.5178 0.654 0.256 0.744 0.000
#> GSM18969 2 0.4931 0.673 0.232 0.768 0.000
#> GSM18970 2 0.5465 0.624 0.288 0.712 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.5254 0.649 0.264 0.736 0.000
#> GSM18992 2 0.4399 0.710 0.188 0.812 0.000
#> GSM19021 2 0.6244 0.190 0.000 0.560 0.440
#> GSM19022 2 0.6244 0.190 0.000 0.560 0.440
#> GSM19001 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 2 0.6291 0.343 0.468 0.532 0.000
#> GSM18900 2 0.6291 0.343 0.468 0.532 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 2 0.6291 0.343 0.468 0.532 0.000
#> GSM18902 2 0.6291 0.343 0.468 0.532 0.000
#> GSM18993 2 0.3619 0.740 0.136 0.864 0.000
#> GSM18994 2 0.3686 0.738 0.140 0.860 0.000
#> GSM18865 1 0.4974 0.557 0.764 0.236 0.000
#> GSM18866 1 0.4974 0.557 0.764 0.236 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0424 0.784 0.000 0.992 0.008
#> GSM18956 2 0.0237 0.785 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.7221 -0.2365 0.000 0.140 0.424 0.436
#> GSM19020 4 0.7221 -0.2365 0.000 0.140 0.424 0.436
#> GSM18923 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0188 0.9523 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM19006 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.5334 0.6297 0.000 0.036 0.680 0.284
#> GSM18944 3 0.5334 0.6297 0.000 0.036 0.680 0.284
#> GSM19003 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM19004 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM19011 2 0.4188 0.5797 0.000 0.752 0.244 0.004
#> GSM19012 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM19009 2 0.4360 0.5683 0.000 0.744 0.248 0.008
#> GSM19010 2 0.4220 0.5737 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 2 0.0188 0.8846 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18964 2 0.0817 0.8859 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18905 4 0.5768 0.4455 0.028 0.456 0.000 0.516
#> GSM18906 4 0.5570 0.4693 0.020 0.440 0.000 0.540
#> GSM18965 2 0.1211 0.8848 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18966 2 0.1302 0.8829 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18873 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18874 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18973 4 0.1520 0.5548 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM18974 4 0.1520 0.5548 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM18977 4 0.5132 0.4151 0.004 0.448 0.000 0.548
#> GSM18978 2 0.1022 0.8865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18979 2 0.1118 0.8858 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18980 2 0.6009 -0.0132 0.000 0.492 0.040 0.468
#> GSM18883 1 0.1792 0.9421 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM18884 1 0.1716 0.9439 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM18885 1 0.1022 0.9559 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18886 1 0.0817 0.9543 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM18907 1 0.1792 0.9424 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM18908 1 0.1792 0.9424 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM18909 4 0.5968 0.4569 0.252 0.084 0.000 0.664
#> GSM18910 4 0.5968 0.4569 0.252 0.084 0.000 0.664
#> GSM18867 1 0.1474 0.9546 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM18868 1 0.1474 0.9546 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM18947 2 0.0707 0.8858 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18948 2 0.0817 0.8859 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18995 2 0.0188 0.8833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18996 2 0.0000 0.8836 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18975 2 0.1022 0.8864 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18976 2 0.0817 0.8859 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18997 2 0.0188 0.8841 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18998 2 0.0188 0.8841 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18967 2 0.1118 0.8858 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18968 2 0.1118 0.8858 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18959 2 0.1211 0.8849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18960 2 0.1211 0.8849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM19015 2 0.0817 0.8786 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM19016 2 0.0000 0.8836 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18957 2 0.1211 0.8849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18958 2 0.1118 0.8858 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18981 4 0.7179 0.5223 0.136 0.408 0.000 0.456
#> GSM18982 4 0.7179 0.5223 0.136 0.408 0.000 0.456
#> GSM18989 4 0.7179 0.5223 0.136 0.408 0.000 0.456
#> GSM18990 4 0.7609 0.5012 0.200 0.396 0.000 0.404
#> GSM18985 4 0.7609 0.5012 0.200 0.396 0.000 0.404
#> GSM18986 2 0.1209 0.8749 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM18987 4 0.7143 0.5221 0.132 0.408 0.000 0.460
#> GSM18988 4 0.7179 0.5223 0.136 0.408 0.000 0.456
#> GSM18983 4 0.6949 0.5166 0.112 0.408 0.000 0.480
#> GSM18984 4 0.7179 0.5223 0.136 0.408 0.000 0.456
#> GSM18951 2 0.0336 0.8850 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18952 2 0.1022 0.8865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM19007 2 0.0188 0.8830 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19008 2 0.0188 0.8830 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18999 2 0.1209 0.8714 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM19000 2 0.2053 0.8294 0.004 0.924 0.000 0.072
#> GSM18889 1 0.1118 0.9528 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM18890 1 0.1118 0.9528 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM18881 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18882 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18877 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18878 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18875 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18876 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18879 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18880 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18871 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18872 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18903 4 0.1510 0.5513 0.028 0.016 0.000 0.956
#> GSM18904 4 0.1510 0.5513 0.028 0.016 0.000 0.956
#> GSM18949 2 0.1576 0.8786 0.004 0.948 0.000 0.048
#> GSM18950 2 0.1489 0.8804 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM18953 2 0.0921 0.8832 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18954 2 0.2714 0.7907 0.004 0.884 0.000 0.112
#> GSM19013 2 0.1305 0.8694 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM19014 2 0.1305 0.8678 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM18971 4 0.4933 0.4500 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18972 4 0.5119 0.4397 0.004 0.440 0.000 0.556
#> GSM18969 4 0.4933 0.4544 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM18970 4 0.5688 0.4275 0.024 0.464 0.000 0.512
#> GSM18869 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM18870 1 0.1022 0.9544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM19017 2 0.1211 0.8707 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM19018 2 0.0592 0.8819 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18991 2 0.4482 0.4686 0.008 0.728 0.000 0.264
#> GSM18992 2 0.3545 0.7036 0.008 0.828 0.000 0.164
#> GSM19021 3 0.6705 0.2985 0.000 0.088 0.472 0.440
#> GSM19022 3 0.6705 0.2985 0.000 0.088 0.472 0.440
#> GSM19001 2 0.1474 0.8563 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM19002 2 0.0707 0.8808 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18899 4 0.1510 0.5513 0.028 0.016 0.000 0.956
#> GSM18900 4 0.1510 0.5513 0.028 0.016 0.000 0.956
#> GSM18961 2 0.1118 0.8858 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18962 2 0.1211 0.8849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18901 4 0.5279 0.4240 0.252 0.044 0.000 0.704
#> GSM18902 4 0.5279 0.4240 0.252 0.044 0.000 0.704
#> GSM18993 2 0.1489 0.8804 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM18994 2 0.1489 0.8804 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM18865 4 0.4188 0.3660 0.244 0.004 0.000 0.752
#> GSM18866 4 0.4188 0.3660 0.244 0.004 0.000 0.752
#> GSM18897 1 0.1867 0.9405 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM18898 1 0.2149 0.9259 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18887 1 0.1302 0.9515 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18888 1 0.1302 0.9515 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18893 1 0.1792 0.9424 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM18894 1 0.1792 0.9424 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM18895 1 0.1474 0.9495 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM18896 1 0.1716 0.9446 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM18891 1 0.1474 0.9495 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM18892 1 0.1389 0.9505 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM18955 2 0.0000 0.8836 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0707 0.8858 0.000 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.5145 0.4768 0.000 0.332 0.056 0.612 0.000
#> GSM19020 4 0.5145 0.4768 0.000 0.332 0.056 0.612 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0162 0.9661 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.2932 0.6686 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM19006 2 0.2984 0.6661 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> GSM18921 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.6406 0.0973 0.000 0.188 0.484 0.328 0.000
#> GSM18944 3 0.6406 0.0973 0.000 0.188 0.484 0.328 0.000
#> GSM19003 2 0.1579 0.7253 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM19004 2 0.2932 0.6686 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM19011 2 0.2932 0.6686 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM19012 2 0.2932 0.6686 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM19009 2 0.3237 0.6609 0.000 0.848 0.000 0.048 0.104
#> GSM19010 2 0.2932 0.6686 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM18945 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 2 0.1357 0.7451 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM18964 2 0.1732 0.7447 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM18905 2 0.5670 0.4070 0.000 0.528 0.000 0.388 0.084
#> GSM18906 2 0.5641 0.3091 0.000 0.488 0.000 0.436 0.076
#> GSM18965 2 0.4151 0.6526 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> GSM18966 2 0.4151 0.6526 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> GSM18873 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3056 0.6154 0.020 0.008 0.000 0.860 0.112
#> GSM18974 4 0.3269 0.6176 0.020 0.016 0.000 0.852 0.112
#> GSM18977 2 0.5759 0.3243 0.008 0.476 0.000 0.452 0.064
#> GSM18978 2 0.3684 0.6829 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM18979 2 0.3906 0.6796 0.000 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM18980 4 0.5037 0.4704 0.000 0.336 0.048 0.616 0.000
#> GSM18883 5 0.5880 0.2003 0.416 0.000 0.000 0.100 0.484
#> GSM18884 5 0.5182 0.5613 0.208 0.000 0.000 0.112 0.680
#> GSM18885 1 0.3242 0.6433 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM18886 1 0.3774 0.4924 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM18907 5 0.3010 0.6572 0.172 0.000 0.000 0.004 0.824
#> GSM18908 5 0.3010 0.6572 0.172 0.000 0.000 0.004 0.824
#> GSM18909 4 0.6961 0.4522 0.104 0.100 0.000 0.572 0.224
#> GSM18910 4 0.7004 0.4490 0.104 0.104 0.000 0.568 0.224
#> GSM18867 1 0.1168 0.8595 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM18868 1 0.2144 0.8196 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> GSM18947 2 0.1270 0.7359 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM18948 2 0.1478 0.7316 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM18995 2 0.1041 0.7379 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM18996 2 0.0566 0.7393 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM18975 2 0.3521 0.7112 0.000 0.764 0.000 0.232 0.004
#> GSM18976 2 0.2852 0.7289 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM18997 2 0.1106 0.7396 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM18998 2 0.1195 0.7388 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM18967 2 0.4135 0.6558 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> GSM18968 2 0.4135 0.6558 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> GSM18959 2 0.3983 0.6536 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM18960 2 0.3966 0.6573 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM19015 2 0.1281 0.7382 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM19016 2 0.1106 0.7395 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM18957 2 0.3949 0.6606 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM18958 2 0.3966 0.6573 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM18981 5 0.4761 0.4278 0.000 0.356 0.000 0.028 0.616
#> GSM18982 5 0.4761 0.4278 0.000 0.356 0.000 0.028 0.616
#> GSM18989 5 0.4326 0.5104 0.000 0.264 0.000 0.028 0.708
#> GSM18990 5 0.4157 0.5143 0.000 0.264 0.000 0.020 0.716
#> GSM18985 5 0.4157 0.5143 0.000 0.264 0.000 0.020 0.716
#> GSM18986 2 0.2818 0.7334 0.000 0.856 0.000 0.132 0.012
#> GSM18987 5 0.4404 0.5069 0.000 0.264 0.000 0.032 0.704
#> GSM18988 5 0.4326 0.5104 0.000 0.264 0.000 0.028 0.708
#> GSM18983 5 0.4616 0.4857 0.000 0.288 0.000 0.036 0.676
#> GSM18984 5 0.4326 0.5104 0.000 0.264 0.000 0.028 0.708
#> GSM18951 2 0.1331 0.7457 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM18952 2 0.3790 0.6842 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM19007 2 0.1281 0.7290 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM19008 2 0.1942 0.7148 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068
#> GSM18999 2 0.1597 0.7338 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM19000 2 0.1774 0.7318 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016
#> GSM18889 1 0.4305 -0.0716 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM18890 1 0.4304 -0.0577 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM18881 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.2647 0.6286 0.024 0.008 0.000 0.892 0.076
#> GSM18904 4 0.2647 0.6286 0.024 0.008 0.000 0.892 0.076
#> GSM18949 2 0.4166 0.6489 0.000 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM18950 2 0.4166 0.6489 0.000 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM18953 2 0.3132 0.7311 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008
#> GSM18954 2 0.4786 0.6292 0.000 0.652 0.000 0.308 0.040
#> GSM19013 2 0.3888 0.6309 0.000 0.804 0.000 0.076 0.120
#> GSM19014 2 0.3875 0.6324 0.000 0.804 0.000 0.072 0.124
#> GSM18971 4 0.5975 -0.1389 0.008 0.424 0.000 0.484 0.084
#> GSM18972 4 0.5988 -0.2424 0.008 0.452 0.000 0.456 0.084
#> GSM18969 2 0.5813 0.3145 0.008 0.516 0.000 0.404 0.072
#> GSM18970 2 0.5627 0.4269 0.000 0.548 0.000 0.368 0.084
#> GSM18869 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8918 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1364 0.7385 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM19018 2 0.1364 0.7391 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM18991 2 0.5107 0.5620 0.000 0.596 0.000 0.356 0.048
#> GSM18992 2 0.4763 0.6210 0.000 0.632 0.000 0.336 0.032
#> GSM19021 4 0.5578 0.4858 0.000 0.272 0.112 0.616 0.000
#> GSM19022 4 0.5578 0.4858 0.000 0.272 0.112 0.616 0.000
#> GSM19001 2 0.1364 0.7374 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM19002 2 0.1106 0.7396 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM18899 4 0.2647 0.6286 0.024 0.008 0.000 0.892 0.076
#> GSM18900 4 0.2647 0.6286 0.024 0.008 0.000 0.892 0.076
#> GSM18961 2 0.3983 0.6536 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM18962 2 0.3983 0.6536 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM18901 4 0.5977 0.4897 0.104 0.032 0.000 0.644 0.220
#> GSM18902 4 0.6024 0.4929 0.104 0.036 0.000 0.644 0.216
#> GSM18993 2 0.4135 0.6558 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> GSM18994 2 0.4118 0.6590 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> GSM18865 4 0.4645 0.3196 0.008 0.008 0.000 0.608 0.376
#> GSM18866 4 0.4804 0.3240 0.016 0.008 0.000 0.612 0.364
#> GSM18897 5 0.3055 0.6554 0.144 0.000 0.000 0.016 0.840
#> GSM18898 5 0.3011 0.6550 0.140 0.000 0.000 0.016 0.844
#> GSM18887 5 0.2891 0.6556 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18888 5 0.2891 0.6546 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18893 5 0.2891 0.6556 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18894 5 0.2891 0.6556 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18895 5 0.2891 0.6556 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18896 5 0.2891 0.6556 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM18891 5 0.3086 0.6523 0.180 0.000 0.000 0.004 0.816
#> GSM18892 5 0.3048 0.6547 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> GSM18955 2 0.0404 0.7378 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18956 2 0.1478 0.7316 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18940 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18926 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.5133 0.3098 0.000 0.552 0.048 0.380 0.000 0.020
#> GSM19020 2 0.5141 0.3027 0.000 0.548 0.048 0.384 0.000 0.020
#> GSM18923 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18924 3 0.0260 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18941 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18942 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18912 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.3905 0.5688 0.000 0.668 0.000 0.016 0.316 0.000
#> GSM19006 2 0.3905 0.5688 0.000 0.668 0.000 0.016 0.316 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18914 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18937 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18938 3 0.0363 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18943 3 0.4865 0.5590 0.000 0.096 0.652 0.248 0.000 0.004
#> GSM18944 3 0.4865 0.5590 0.000 0.096 0.652 0.248 0.000 0.004
#> GSM19003 2 0.3037 0.6799 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176 0.000
#> GSM19004 2 0.3871 0.5784 0.000 0.676 0.000 0.016 0.308 0.000
#> GSM19011 2 0.3905 0.5688 0.000 0.668 0.000 0.016 0.316 0.000
#> GSM19012 2 0.3905 0.5688 0.000 0.668 0.000 0.016 0.316 0.000
#> GSM19009 2 0.3879 0.5915 0.000 0.688 0.000 0.020 0.292 0.000
#> GSM19010 2 0.3888 0.5737 0.000 0.672 0.000 0.016 0.312 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 2 0.0458 0.7214 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0790 0.7190 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18905 4 0.6525 0.4411 0.000 0.400 0.000 0.412 0.120 0.068
#> GSM18906 4 0.6624 0.4678 0.000 0.384 0.000 0.420 0.104 0.092
#> GSM18965 4 0.3986 0.3940 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> GSM18966 4 0.3986 0.3940 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> GSM18873 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3940 0.3113 0.028 0.008 0.000 0.768 0.012 0.184
#> GSM18974 4 0.3972 0.3091 0.028 0.008 0.000 0.764 0.012 0.188
#> GSM18977 4 0.5505 0.5235 0.000 0.344 0.000 0.556 0.068 0.032
#> GSM18978 2 0.2920 0.5774 0.000 0.820 0.000 0.168 0.008 0.004
#> GSM18979 2 0.2845 0.5748 0.000 0.820 0.000 0.172 0.004 0.004
#> GSM18980 2 0.5142 0.2550 0.000 0.520 0.004 0.420 0.016 0.040
#> GSM18883 6 0.5003 0.4466 0.320 0.000 0.000 0.092 0.000 0.588
#> GSM18884 6 0.2258 0.8665 0.044 0.000 0.000 0.060 0.000 0.896
#> GSM18885 1 0.1765 0.8938 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18886 1 0.2048 0.8711 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM18907 6 0.0603 0.9135 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980
#> GSM18908 6 0.0692 0.9152 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM18909 4 0.4459 0.3296 0.020 0.008 0.000 0.668 0.012 0.292
#> GSM18910 4 0.4459 0.3296 0.020 0.008 0.000 0.668 0.012 0.292
#> GSM18867 1 0.0363 0.9551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18868 1 0.2218 0.8636 0.884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.104
#> GSM18947 2 0.1075 0.7147 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM18948 2 0.1204 0.7122 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.1088 0.7286 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> GSM18996 2 0.0820 0.7263 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> GSM18975 2 0.1910 0.6863 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM18976 2 0.1663 0.6999 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM18997 2 0.1176 0.7253 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> GSM18998 2 0.1261 0.7249 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM18967 4 0.3991 0.3763 0.000 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> GSM18968 4 0.3986 0.3940 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> GSM18959 2 0.3136 0.5561 0.000 0.768 0.000 0.228 0.000 0.004
#> GSM18960 2 0.3136 0.5561 0.000 0.768 0.000 0.228 0.000 0.004
#> GSM19015 2 0.1261 0.7242 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM19016 2 0.1088 0.7252 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> GSM18957 2 0.3109 0.5624 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM18958 2 0.3276 0.5509 0.000 0.764 0.000 0.228 0.004 0.004
#> GSM18981 5 0.2378 0.7717 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18982 5 0.2378 0.7717 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18989 5 0.0363 0.9335 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18990 5 0.0363 0.9335 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18985 5 0.0363 0.9335 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18986 2 0.2555 0.6893 0.000 0.888 0.000 0.064 0.032 0.016
#> GSM18987 5 0.0363 0.9335 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18988 5 0.0363 0.9335 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM18983 5 0.0713 0.9267 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM18984 5 0.0790 0.9231 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM18951 2 0.1984 0.7129 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056 0.000
#> GSM18952 2 0.3018 0.5781 0.000 0.816 0.000 0.168 0.012 0.004
#> GSM19007 2 0.3201 0.6656 0.000 0.780 0.000 0.012 0.208 0.000
#> GSM19008 2 0.3490 0.6263 0.000 0.724 0.000 0.008 0.268 0.000
#> GSM18999 2 0.2740 0.6969 0.000 0.852 0.000 0.028 0.120 0.000
#> GSM19000 2 0.3163 0.6755 0.000 0.820 0.000 0.040 0.140 0.000
#> GSM18889 1 0.2378 0.8356 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM18890 1 0.2340 0.8405 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM18881 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.2535 0.4521 0.048 0.008 0.000 0.892 0.004 0.048
#> GSM18904 4 0.2535 0.4521 0.048 0.008 0.000 0.892 0.004 0.048
#> GSM18949 4 0.4217 0.3930 0.000 0.464 0.000 0.524 0.008 0.004
#> GSM18950 4 0.4222 0.3755 0.000 0.472 0.000 0.516 0.008 0.004
#> GSM18953 2 0.2118 0.6736 0.000 0.888 0.000 0.104 0.008 0.000
#> GSM18954 2 0.4749 0.0399 0.000 0.612 0.000 0.332 0.048 0.008
#> GSM19013 2 0.4157 0.3629 0.000 0.544 0.000 0.012 0.444 0.000
#> GSM19014 2 0.4076 0.3502 0.000 0.540 0.000 0.008 0.452 0.000
#> GSM18971 4 0.5958 0.5132 0.024 0.356 0.000 0.532 0.048 0.040
#> GSM18972 4 0.6004 0.5050 0.024 0.380 0.000 0.508 0.048 0.040
#> GSM18969 4 0.6180 0.4891 0.024 0.392 0.000 0.484 0.052 0.048
#> GSM18970 4 0.6415 0.4236 0.000 0.412 0.000 0.412 0.116 0.060
#> GSM18869 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1421 0.7209 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028 0.000
#> GSM19018 2 0.1341 0.7215 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> GSM18991 4 0.5373 0.4820 0.000 0.368 0.000 0.540 0.076 0.016
#> GSM18992 4 0.5503 0.3527 0.000 0.444 0.000 0.460 0.080 0.016
#> GSM19021 4 0.6506 0.0269 0.000 0.328 0.272 0.380 0.000 0.020
#> GSM19022 4 0.6506 0.0269 0.000 0.328 0.272 0.380 0.000 0.020
#> GSM19001 2 0.2333 0.7020 0.000 0.884 0.000 0.024 0.092 0.000
#> GSM19002 2 0.2301 0.7037 0.000 0.884 0.000 0.020 0.096 0.000
#> GSM18899 4 0.2535 0.4521 0.048 0.008 0.000 0.892 0.004 0.048
#> GSM18900 4 0.2535 0.4521 0.048 0.008 0.000 0.892 0.004 0.048
#> GSM18961 2 0.3136 0.5535 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> GSM18962 2 0.3109 0.5624 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM18901 4 0.4322 0.3491 0.024 0.008 0.000 0.692 0.008 0.268
#> GSM18902 4 0.4340 0.3529 0.020 0.012 0.000 0.692 0.008 0.268
#> GSM18993 4 0.3989 0.3908 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004 0.000
#> GSM18994 4 0.3989 0.3908 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004 0.000
#> GSM18865 6 0.3819 0.6487 0.012 0.000 0.000 0.316 0.000 0.672
#> GSM18866 6 0.4078 0.6338 0.024 0.000 0.000 0.320 0.000 0.656
#> GSM18897 6 0.0993 0.9061 0.012 0.000 0.000 0.024 0.000 0.964
#> GSM18898 6 0.0993 0.9061 0.012 0.000 0.000 0.024 0.000 0.964
#> GSM18887 6 0.0632 0.9141 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM18888 6 0.0632 0.9141 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM18893 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18894 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18895 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18896 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18891 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18892 6 0.0547 0.9157 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM18955 2 0.0405 0.7247 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM18956 2 0.1141 0.7132 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:mclust 145 1.89e-06 2
#> CV:mclust 134 5.58e-11 3
#> CV:mclust 139 3.68e-15 4
#> CV:mclust 131 3.01e-18 5
#> CV:mclust 125 2.12e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.818 0.908 0.958 0.4695 0.536 0.536
#> 3 3 1.000 0.978 0.991 0.3651 0.710 0.510
#> 4 4 0.787 0.785 0.888 0.1595 0.877 0.663
#> 5 5 0.843 0.834 0.909 0.0724 0.891 0.608
#> 6 6 0.835 0.763 0.845 0.0316 0.966 0.835
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.1184 0.941 0.016 0.984
#> GSM18964 2 0.1184 0.941 0.016 0.984
#> GSM18905 2 0.8955 0.607 0.312 0.688
#> GSM18906 1 0.1843 0.942 0.972 0.028
#> GSM18965 1 0.9209 0.447 0.664 0.336
#> GSM18966 1 0.9393 0.396 0.644 0.356
#> GSM18873 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM18978 2 0.7376 0.767 0.208 0.792
#> GSM18979 2 0.8327 0.688 0.264 0.736
#> GSM18980 2 0.0672 0.944 0.008 0.992
#> GSM18883 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> GSM18995 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.1414 0.939 0.020 0.980
#> GSM18976 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> GSM18997 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM18998 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM18967 1 0.9686 0.282 0.604 0.396
#> GSM18968 2 0.9491 0.493 0.368 0.632
#> GSM18959 2 0.2043 0.932 0.032 0.968
#> GSM18960 2 0.4161 0.896 0.084 0.916
#> GSM19015 2 0.0376 0.946 0.004 0.996
#> GSM19016 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM18957 2 0.4562 0.887 0.096 0.904
#> GSM18958 2 0.9393 0.520 0.356 0.644
#> GSM18981 2 0.2043 0.932 0.032 0.968
#> GSM18982 2 0.4939 0.877 0.108 0.892
#> GSM18989 2 0.1184 0.941 0.016 0.984
#> GSM18990 2 0.5294 0.866 0.120 0.880
#> GSM18985 2 0.4431 0.891 0.092 0.908
#> GSM18986 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.4562 0.887 0.096 0.904
#> GSM18988 2 0.5408 0.862 0.124 0.876
#> GSM18983 2 0.4815 0.880 0.104 0.896
#> GSM18984 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM18951 2 0.5408 0.862 0.124 0.876
#> GSM18952 2 0.8327 0.688 0.264 0.736
#> GSM19007 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.0672 0.962 0.992 0.008
#> GSM18950 1 0.0672 0.962 0.992 0.008
#> GSM18953 2 0.5737 0.850 0.136 0.864
#> GSM18954 2 0.7299 0.772 0.204 0.796
#> GSM19013 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.9427 0.511 0.360 0.640
#> GSM18869 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2236 0.930 0.036 0.964
#> GSM19018 2 0.1414 0.939 0.020 0.980
#> GSM18991 1 0.9795 0.217 0.584 0.416
#> GSM18992 2 0.9460 0.501 0.364 0.636
#> GSM19021 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.1414 0.939 0.020 0.980
#> GSM19002 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM18899 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.8861 0.623 0.304 0.696
#> GSM18962 2 0.5294 0.866 0.120 0.880
#> GSM18901 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.8081 0.712 0.248 0.752
#> GSM18994 2 0.9491 0.492 0.368 0.632
#> GSM18865 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.3879 0.824 0.000 0.848 0.152
#> GSM19020 2 0.3116 0.882 0.000 0.892 0.108
#> GSM18923 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0892 0.977 0.000 0.980 0.020
#> GSM19012 2 0.0237 0.991 0.000 0.996 0.004
#> GSM19009 2 0.2066 0.937 0.000 0.940 0.060
#> GSM19010 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.5216 0.662 0.740 0.260 0.000
#> GSM18974 1 0.6180 0.317 0.584 0.416 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.2261 0.909 0.932 0.068 0.000
#> GSM18910 1 0.3551 0.836 0.868 0.132 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.1529 0.937 0.960 0.040 0.000
#> GSM18904 1 0.2448 0.901 0.924 0.076 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.0747 0.980 0.016 0.984 0.000
#> GSM18972 2 0.0892 0.976 0.020 0.980 0.000
#> GSM18969 2 0.0424 0.988 0.008 0.992 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.1529 0.953 0.000 0.040 0.960
#> GSM19022 3 0.0747 0.981 0.000 0.016 0.984
#> GSM19001 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0237 0.970 0.996 0.004 0.000
#> GSM18900 1 0.0237 0.970 0.996 0.004 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0892 0.956 0.980 0.020 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.1489 0.7938 0.000 0.004 0.044 0.952
#> GSM19020 4 0.3521 0.7309 0.000 0.052 0.084 0.864
#> GSM18923 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0469 0.9868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18942 3 0.0921 0.9712 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0188 0.9938 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18912 3 0.0188 0.9938 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.4406 0.7292 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM19006 2 0.4164 0.7371 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM18921 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0188 0.9938 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.4866 0.6290 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM19004 2 0.4477 0.7256 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM19011 2 0.5030 0.7247 0.000 0.752 0.060 0.188
#> GSM19012 2 0.5279 0.7305 0.000 0.704 0.044 0.252
#> GSM19009 2 0.6178 0.6895 0.000 0.660 0.112 0.228
#> GSM19010 2 0.4741 0.7149 0.000 0.668 0.004 0.328
#> GSM18945 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2704 0.7125 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM18964 4 0.0469 0.8284 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18905 2 0.4624 0.5644 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM18906 4 0.4961 0.1678 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM18965 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.6879 0.3514 0.188 0.216 0.000 0.596
#> GSM18974 4 0.5964 0.4700 0.108 0.208 0.000 0.684
#> GSM18977 4 0.0188 0.8313 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18978 4 0.0707 0.8234 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18979 4 0.0336 0.8303 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18980 4 0.0336 0.8263 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18883 1 0.1637 0.8961 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.3219 0.8526 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0188 0.9065 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4605 0.7131 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.4477 0.7383 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.2345 0.8593 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.3257 0.8069 0.844 0.152 0.000 0.004
#> GSM18867 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0707 0.8234 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18948 4 0.0336 0.8303 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18995 4 0.4981 -0.3327 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM18996 4 0.5000 -0.4323 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM18975 4 0.0188 0.8313 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18976 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 4 0.4877 -0.1223 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM18998 2 0.5000 0.4258 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM18967 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.4925 0.5903 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM19016 2 0.4941 0.5754 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM18957 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.0592 0.6745 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18982 2 0.0707 0.6729 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18989 2 0.0336 0.6730 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18990 2 0.0188 0.6700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18985 2 0.0188 0.6700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18986 2 0.4776 0.4477 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM18987 2 0.0336 0.6730 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18988 2 0.0336 0.6730 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18983 2 0.0469 0.6751 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18984 2 0.0336 0.6730 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18951 4 0.4916 -0.1833 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM18952 4 0.0469 0.8284 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM19007 2 0.4477 0.7254 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM19008 2 0.4477 0.7256 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM18999 2 0.4605 0.7096 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM19000 2 0.4713 0.6872 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM18889 1 0.0469 0.9057 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0707 0.9045 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.4746 0.4445 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM18904 1 0.4790 0.4133 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM18949 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.1940 0.7718 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM18954 4 0.2530 0.7286 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM19013 2 0.3569 0.7348 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM19014 2 0.3219 0.7278 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM18971 4 0.1716 0.7800 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM18972 4 0.1940 0.7679 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM18969 4 0.3873 0.5744 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM18970 2 0.4624 0.5577 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM18869 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4977 0.5228 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM19018 2 0.4955 0.5596 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM18991 4 0.4624 0.1787 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM18992 4 0.4790 0.0102 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM19021 3 0.1716 0.9315 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM19022 3 0.0469 0.9864 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM19001 2 0.4679 0.6956 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM19002 2 0.4661 0.6994 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM18899 1 0.2401 0.8521 0.904 0.004 0.000 0.092
#> GSM18900 1 0.2466 0.8486 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM18961 4 0.0188 0.8290 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18962 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.0188 0.9063 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0336 0.8303 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18994 4 0.0336 0.8303 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18865 1 0.5182 0.7341 0.684 0.288 0.000 0.028
#> GSM18866 1 0.6248 0.6900 0.640 0.260 0.000 0.100
#> GSM18897 1 0.4624 0.7080 0.660 0.340 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.4585 0.7125 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.3311 0.8473 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.3356 0.8446 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.2868 0.8690 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.2868 0.8685 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.2081 0.8895 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.2530 0.8805 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.1716 0.8956 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.1637 0.8965 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.2921 0.6871 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM18956 4 0.0000 0.8317 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.3575 0.8478 0.000 0.120 0.056 0.824 0.000
#> GSM19020 4 0.5648 0.2052 0.000 0.448 0.076 0.476 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0510 0.9820 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.1121 0.9534 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0404 0.9857 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0162 0.9120 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19006 2 0.0404 0.9066 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18921 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0162 0.9923 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0162 0.9923 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0703 0.9184 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM19004 2 0.0162 0.9120 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19011 2 0.0898 0.8958 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM19012 2 0.0324 0.9104 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM19009 2 0.0912 0.9145 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM19010 2 0.0451 0.9155 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3039 0.8135 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM18964 4 0.1282 0.8885 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM18905 5 0.5137 0.5937 0.000 0.208 0.000 0.108 0.684
#> GSM18906 5 0.2230 0.7427 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM18965 4 0.0963 0.8869 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM18966 4 0.0609 0.8782 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM18873 1 0.0290 0.9238 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18874 1 0.0162 0.9235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18973 5 0.3305 0.6843 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18974 5 0.3305 0.6848 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18977 4 0.1211 0.8705 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM18978 4 0.2605 0.8602 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM18979 4 0.2179 0.8805 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM18980 4 0.0794 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM18883 1 0.4135 0.5148 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> GSM18884 5 0.4434 0.0779 0.460 0.000 0.000 0.004 0.536
#> GSM18885 1 0.1357 0.9036 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM18886 1 0.1831 0.8830 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM18907 5 0.2017 0.7446 0.080 0.008 0.000 0.000 0.912
#> GSM18908 5 0.2017 0.7443 0.080 0.008 0.000 0.000 0.912
#> GSM18909 1 0.1544 0.8725 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.2471 0.7918 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9224 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0162 0.9212 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.2516 0.8662 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM18948 4 0.2329 0.8761 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM18995 2 0.2011 0.8885 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM18996 2 0.1544 0.9035 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM18975 4 0.1195 0.8766 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012
#> GSM18976 4 0.0912 0.8674 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM18997 2 0.2471 0.8328 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM18998 2 0.1478 0.9058 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM18967 4 0.0880 0.8849 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM18968 4 0.1043 0.8881 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM18959 4 0.1043 0.8882 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM18960 4 0.1043 0.8882 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM19015 2 0.1043 0.9155 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM19016 2 0.0963 0.9166 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM18957 4 0.1410 0.8899 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM18958 4 0.1121 0.8889 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM18981 5 0.2648 0.7142 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM18982 5 0.2377 0.7282 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM18989 5 0.4291 0.1568 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM18990 5 0.2648 0.7153 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM18985 5 0.2516 0.7221 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM18986 5 0.5848 0.4564 0.000 0.296 0.000 0.128 0.576
#> GSM18987 5 0.3796 0.5490 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM18988 5 0.3684 0.5794 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> GSM18983 2 0.4268 0.1177 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM18984 2 0.4283 0.0725 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM18951 2 0.1571 0.9067 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> GSM18952 4 0.3242 0.8362 0.012 0.172 0.000 0.816 0.000
#> GSM19007 2 0.0324 0.9140 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM19008 2 0.0324 0.9140 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM18999 2 0.0609 0.9181 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM19000 2 0.0703 0.9184 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM18889 1 0.3210 0.7420 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM18890 1 0.3242 0.7355 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM18881 1 0.0290 0.9239 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18882 1 0.0290 0.9239 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18877 1 0.0404 0.9234 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18878 1 0.0404 0.9234 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18875 1 0.0290 0.9238 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18876 1 0.0162 0.9235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18879 1 0.0510 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18880 1 0.0510 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18871 1 0.0162 0.9235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18872 1 0.0162 0.9235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18903 1 0.1626 0.8734 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> GSM18904 1 0.1469 0.8823 0.948 0.036 0.000 0.016 0.000
#> GSM18949 4 0.1671 0.8891 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM18950 4 0.1671 0.8891 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM18953 4 0.3039 0.8211 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM18954 4 0.4074 0.5508 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM19013 2 0.0880 0.8910 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM19014 2 0.1270 0.8722 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM18971 4 0.3143 0.6331 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM18972 4 0.2891 0.6779 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM18969 5 0.4262 0.3308 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM18970 5 0.3953 0.7066 0.000 0.048 0.000 0.168 0.784
#> GSM18869 1 0.0290 0.9239 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18870 1 0.0566 0.9228 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM19017 2 0.1608 0.9006 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM19018 2 0.1571 0.9089 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM18991 2 0.2563 0.8438 0.008 0.872 0.000 0.120 0.000
#> GSM18992 2 0.2304 0.8696 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000
#> GSM19021 3 0.1851 0.9002 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM19022 3 0.0162 0.9918 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19001 2 0.0703 0.9184 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM19002 2 0.0703 0.9184 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM18899 1 0.0671 0.9169 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18900 1 0.0833 0.9149 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> GSM18961 4 0.0794 0.8832 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM18962 4 0.1197 0.8896 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM18901 1 0.0162 0.9212 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0162 0.9212 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.2424 0.8711 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM18994 4 0.2329 0.8759 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM18865 5 0.1952 0.7549 0.004 0.000 0.000 0.084 0.912
#> GSM18866 5 0.2411 0.7501 0.008 0.000 0.000 0.108 0.884
#> GSM18897 5 0.0000 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18898 5 0.0451 0.7587 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM18887 5 0.2629 0.7109 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860
#> GSM18888 5 0.2516 0.7088 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18893 5 0.3684 0.5490 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> GSM18894 5 0.3480 0.5965 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM18895 5 0.4235 0.2249 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM18896 5 0.3999 0.4312 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM18891 1 0.3983 0.5017 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM18892 1 0.3876 0.5521 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM18955 4 0.4291 0.2932 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM18956 4 0.1671 0.8891 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0146 0.9894 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0146 0.9894 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.5488 0.6511 0.000 0.148 0.056 0.664 0.132 0.000
#> GSM19020 2 0.5997 0.0443 0.000 0.484 0.052 0.384 0.080 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0458 0.9775 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.1075 0.9424 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0146 0.9887 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0146 0.9041 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM19006 2 0.0146 0.9041 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0146 0.9894 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0603 0.9091 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM19004 2 0.0291 0.9066 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM19011 2 0.0692 0.8926 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM19012 2 0.0436 0.9044 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM19009 2 0.0551 0.9086 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM19010 2 0.0260 0.9088 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.5228 0.6850 0.000 0.144 0.000 0.676 0.148 0.032
#> GSM18964 4 0.4086 0.7305 0.000 0.024 0.000 0.756 0.184 0.036
#> GSM18905 6 0.5676 0.2780 0.000 0.108 0.000 0.076 0.168 0.648
#> GSM18906 6 0.3492 0.5118 0.004 0.020 0.000 0.040 0.108 0.828
#> GSM18965 4 0.2963 0.7661 0.000 0.012 0.000 0.856 0.096 0.036
#> GSM18966 4 0.3195 0.7598 0.000 0.012 0.000 0.836 0.116 0.036
#> GSM18873 1 0.0146 0.8096 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18874 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18973 6 0.4838 0.4711 0.004 0.000 0.000 0.168 0.148 0.680
#> GSM18974 6 0.4739 0.4779 0.004 0.000 0.000 0.160 0.144 0.692
#> GSM18977 4 0.3523 0.7599 0.000 0.016 0.000 0.812 0.132 0.040
#> GSM18978 4 0.2740 0.7701 0.000 0.060 0.000 0.864 0.076 0.000
#> GSM18979 4 0.1984 0.7742 0.000 0.032 0.000 0.912 0.056 0.000
#> GSM18980 4 0.4121 0.7083 0.000 0.004 0.000 0.736 0.200 0.060
#> GSM18883 6 0.4325 0.2947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.020 0.524
#> GSM18884 6 0.4266 0.5122 0.356 0.004 0.000 0.000 0.020 0.620
#> GSM18885 1 0.2593 0.6612 0.844 0.000 0.000 0.000 0.008 0.148
#> GSM18886 1 0.3217 0.5396 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.224
#> GSM18907 6 0.2226 0.6218 0.060 0.008 0.000 0.000 0.028 0.904
#> GSM18908 6 0.2152 0.6277 0.068 0.004 0.000 0.000 0.024 0.904
#> GSM18909 1 0.7558 0.3139 0.400 0.164 0.000 0.148 0.276 0.012
#> GSM18910 1 0.7492 0.2626 0.372 0.224 0.000 0.128 0.272 0.004
#> GSM18867 1 0.0260 0.8094 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18868 1 0.0363 0.8093 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM18947 4 0.3387 0.7306 0.000 0.040 0.000 0.796 0.164 0.000
#> GSM18948 4 0.3210 0.7384 0.000 0.036 0.000 0.812 0.152 0.000
#> GSM18995 2 0.1950 0.8730 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> GSM18996 2 0.1225 0.9005 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM18975 4 0.4208 0.7226 0.000 0.024 0.000 0.740 0.200 0.036
#> GSM18976 4 0.4208 0.7207 0.000 0.024 0.000 0.740 0.200 0.036
#> GSM18997 2 0.2795 0.8147 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044 0.000
#> GSM18998 2 0.1908 0.8743 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> GSM18967 4 0.3004 0.7679 0.000 0.012 0.000 0.848 0.112 0.028
#> GSM18968 4 0.3004 0.7637 0.000 0.012 0.000 0.848 0.112 0.028
#> GSM18959 4 0.4282 0.7217 0.000 0.028 0.000 0.736 0.200 0.036
#> GSM18960 4 0.3905 0.7286 0.000 0.016 0.000 0.756 0.200 0.028
#> GSM19015 2 0.0891 0.9065 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> GSM19016 2 0.0777 0.9073 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM18957 4 0.1528 0.7757 0.000 0.016 0.000 0.936 0.048 0.000
#> GSM18958 4 0.2357 0.7585 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116 0.000
#> GSM18981 5 0.4936 0.7913 0.000 0.064 0.000 0.000 0.500 0.436
#> GSM18982 5 0.4892 0.7870 0.000 0.060 0.000 0.000 0.500 0.440
#> GSM18989 5 0.5767 0.7774 0.000 0.204 0.000 0.000 0.496 0.300
#> GSM18990 5 0.4899 0.7813 0.000 0.060 0.000 0.000 0.488 0.452
#> GSM18985 5 0.4853 0.7757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.488 0.456
#> GSM18986 5 0.6287 0.5695 0.000 0.148 0.000 0.152 0.588 0.112
#> GSM18987 5 0.5391 0.8120 0.000 0.116 0.000 0.000 0.492 0.392
#> GSM18988 5 0.5372 0.8109 0.000 0.112 0.000 0.000 0.484 0.404
#> GSM18983 5 0.5809 0.7238 0.000 0.272 0.000 0.000 0.496 0.232
#> GSM18984 5 0.5829 0.7294 0.000 0.268 0.000 0.000 0.492 0.240
#> GSM18951 2 0.5902 0.2370 0.000 0.472 0.000 0.268 0.260 0.000
#> GSM18952 4 0.4226 0.6569 0.004 0.040 0.000 0.692 0.264 0.000
#> GSM19007 2 0.0291 0.9066 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM19008 2 0.0405 0.9068 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM18999 2 0.0363 0.9092 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0458 0.9093 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.4097 -0.2020 0.504 0.000 0.000 0.000 0.008 0.488
#> GSM18890 1 0.4264 -0.2256 0.492 0.000 0.000 0.000 0.016 0.492
#> GSM18881 1 0.0935 0.8009 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM18882 1 0.0713 0.8038 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM18877 1 0.0291 0.8095 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18878 1 0.0291 0.8095 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18875 1 0.0000 0.8097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0291 0.8095 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18880 1 0.0291 0.8095 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM18871 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18872 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18903 1 0.3612 0.7140 0.804 0.004 0.000 0.092 0.100 0.000
#> GSM18904 1 0.4018 0.6853 0.768 0.004 0.000 0.116 0.112 0.000
#> GSM18949 4 0.2946 0.7338 0.000 0.012 0.000 0.812 0.176 0.000
#> GSM18950 4 0.2841 0.7397 0.000 0.012 0.000 0.824 0.164 0.000
#> GSM18953 4 0.4641 0.6334 0.000 0.092 0.000 0.668 0.240 0.000
#> GSM18954 4 0.5461 0.5130 0.000 0.184 0.000 0.568 0.248 0.000
#> GSM19013 2 0.0865 0.8890 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM19014 2 0.0790 0.8910 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM18971 4 0.5608 0.4188 0.000 0.000 0.000 0.540 0.200 0.260
#> GSM18972 4 0.5532 0.5088 0.004 0.000 0.000 0.580 0.204 0.212
#> GSM18969 6 0.5763 0.1720 0.000 0.000 0.000 0.332 0.188 0.480
#> GSM18970 6 0.5788 0.4125 0.000 0.052 0.000 0.152 0.172 0.624
#> GSM18869 1 0.0405 0.8068 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM18870 1 0.0405 0.8068 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM19017 2 0.1257 0.9027 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> GSM19018 2 0.1092 0.9054 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000
#> GSM18991 2 0.3834 0.7404 0.004 0.780 0.000 0.140 0.076 0.000
#> GSM18992 2 0.3108 0.7944 0.000 0.828 0.000 0.128 0.044 0.000
#> GSM19021 3 0.3041 0.8002 0.000 0.000 0.832 0.128 0.040 0.000
#> GSM19022 3 0.0909 0.9660 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM19001 2 0.0508 0.9098 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM19002 2 0.0622 0.9094 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM18899 1 0.6012 0.4418 0.524 0.004 0.000 0.236 0.228 0.008
#> GSM18900 1 0.6011 0.4389 0.524 0.004 0.000 0.240 0.224 0.008
#> GSM18961 4 0.1082 0.7773 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040 0.000
#> GSM18962 4 0.0806 0.7788 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> GSM18901 1 0.2965 0.7541 0.856 0.012 0.000 0.016 0.108 0.008
#> GSM18902 1 0.3236 0.7344 0.824 0.012 0.000 0.016 0.144 0.004
#> GSM18993 4 0.2384 0.7689 0.000 0.032 0.000 0.884 0.084 0.000
#> GSM18994 4 0.2537 0.7656 0.000 0.032 0.000 0.872 0.096 0.000
#> GSM18865 6 0.1477 0.6009 0.004 0.000 0.000 0.008 0.048 0.940
#> GSM18866 6 0.1511 0.6011 0.004 0.000 0.000 0.012 0.044 0.940
#> GSM18897 6 0.1003 0.5850 0.016 0.000 0.000 0.000 0.020 0.964
#> GSM18898 6 0.0909 0.5825 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM18887 6 0.1908 0.6499 0.096 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900
#> GSM18888 6 0.2006 0.6527 0.104 0.000 0.000 0.000 0.004 0.892
#> GSM18893 6 0.3682 0.6537 0.200 0.004 0.000 0.000 0.032 0.764
#> GSM18894 6 0.3459 0.6567 0.172 0.004 0.000 0.000 0.032 0.792
#> GSM18895 6 0.4176 0.6343 0.244 0.004 0.000 0.000 0.044 0.708
#> GSM18896 6 0.3987 0.6439 0.224 0.004 0.000 0.000 0.040 0.732
#> GSM18891 6 0.5177 0.5576 0.292 0.008 0.000 0.000 0.096 0.604
#> GSM18892 6 0.5280 0.5020 0.316 0.004 0.000 0.000 0.108 0.572
#> GSM18955 4 0.5589 0.4673 0.000 0.236 0.000 0.548 0.216 0.000
#> GSM18956 4 0.3200 0.7208 0.000 0.016 0.000 0.788 0.196 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:NMF 152 2.90e-06 2
#> CV:NMF 157 1.06e-12 3
#> CV:NMF 145 6.30e-16 4
#> CV:NMF 148 3.40e-20 5
#> CV:NMF 142 2.04e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.853 0.939 0.965 0.3699 0.660 0.660
#> 3 3 0.582 0.887 0.902 0.6580 0.737 0.601
#> 4 4 0.756 0.773 0.876 0.1770 0.869 0.670
#> 5 5 0.718 0.745 0.818 0.0668 0.967 0.882
#> 6 6 0.766 0.629 0.787 0.0424 0.947 0.791
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM19020 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM18923 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM18944 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM19003 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18964 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18905 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM18906 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM18965 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18966 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18873 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18973 2 0.6887 0.822 0.184 0.816
#> GSM18974 2 0.6887 0.822 0.184 0.816
#> GSM18977 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM18978 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM18979 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM18980 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM18883 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18909 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18910 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18867 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.1414 0.951 0.020 0.980
#> GSM18948 2 0.1414 0.951 0.020 0.980
#> GSM18995 2 0.1414 0.951 0.020 0.980
#> GSM18996 2 0.1414 0.951 0.020 0.980
#> GSM18975 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18976 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18997 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18968 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18959 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18960 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM19015 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18958 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18981 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18982 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18989 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18990 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18985 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18986 2 0.3431 0.932 0.064 0.936
#> GSM18987 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18988 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18983 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18984 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> GSM18951 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18903 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18904 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18949 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18950 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18953 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18971 2 0.4939 0.901 0.108 0.892
#> GSM18972 2 0.4939 0.901 0.108 0.892
#> GSM18969 2 0.4939 0.901 0.108 0.892
#> GSM18970 2 0.4562 0.910 0.096 0.904
#> GSM18869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0672 0.954 0.008 0.992
#> GSM18992 2 0.0672 0.954 0.008 0.992
#> GSM19021 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM19022 2 0.3584 0.930 0.068 0.932
#> GSM19001 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> GSM18899 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18900 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18961 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18962 2 0.3733 0.927 0.072 0.928
#> GSM18901 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18902 2 0.8386 0.678 0.268 0.732
#> GSM18993 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM18994 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> GSM18865 2 0.8955 0.628 0.312 0.688
#> GSM18866 2 0.8955 0.628 0.312 0.688
#> GSM18897 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> GSM18898 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> GSM18887 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM18956 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18928 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18915 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18916 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18939 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18940 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18933 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18934 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18925 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18926 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18931 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18932 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM19019 3 0.2261 0.924 0.000 0.068 0.932
#> GSM19020 3 0.2261 0.924 0.000 0.068 0.932
#> GSM18923 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18924 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18941 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18942 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18929 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18930 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18911 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18912 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18935 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18936 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM19005 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19006 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18921 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18922 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18919 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18920 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18917 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18918 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18913 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18914 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18937 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18938 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18943 3 0.1643 0.954 0.000 0.044 0.956
#> GSM18944 3 0.1643 0.954 0.000 0.044 0.956
#> GSM19003 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19004 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19011 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19012 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19009 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19010 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18945 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18946 3 0.0237 0.993 0.000 0.004 0.996
#> GSM18963 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18964 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18905 2 0.4346 0.835 0.000 0.816 0.184
#> GSM18906 2 0.4346 0.835 0.000 0.816 0.184
#> GSM18965 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18966 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18873 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.3425 0.754 0.112 0.884 0.004
#> GSM18974 2 0.3425 0.754 0.112 0.884 0.004
#> GSM18977 2 0.1525 0.836 0.004 0.964 0.032
#> GSM18978 2 0.1525 0.836 0.004 0.964 0.032
#> GSM18979 2 0.1525 0.836 0.004 0.964 0.032
#> GSM18980 2 0.1525 0.835 0.004 0.964 0.032
#> GSM18883 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18910 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18867 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.4178 0.839 0.000 0.828 0.172
#> GSM18948 2 0.4178 0.839 0.000 0.828 0.172
#> GSM18995 2 0.4399 0.834 0.000 0.812 0.188
#> GSM18996 2 0.4399 0.834 0.000 0.812 0.188
#> GSM18975 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18976 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18997 2 0.5431 0.792 0.000 0.716 0.284
#> GSM18998 2 0.5431 0.792 0.000 0.716 0.284
#> GSM18967 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18968 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18959 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18960 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM19015 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19016 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18957 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18958 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18981 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18982 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18989 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18990 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18985 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18986 2 0.1529 0.839 0.000 0.960 0.040
#> GSM18987 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18988 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18983 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18984 2 0.2959 0.844 0.000 0.900 0.100
#> GSM18951 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18952 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19007 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19008 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18999 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19000 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18904 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18949 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18950 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18953 2 0.5431 0.791 0.000 0.716 0.284
#> GSM18954 2 0.5431 0.791 0.000 0.716 0.284
#> GSM19013 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19014 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18971 2 0.1647 0.806 0.036 0.960 0.004
#> GSM18972 2 0.1647 0.806 0.036 0.960 0.004
#> GSM18969 2 0.1647 0.806 0.036 0.960 0.004
#> GSM18970 2 0.2313 0.820 0.032 0.944 0.024
#> GSM18869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19018 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18991 2 0.4235 0.839 0.000 0.824 0.176
#> GSM18992 2 0.4235 0.839 0.000 0.824 0.176
#> GSM19021 2 0.1989 0.832 0.004 0.948 0.048
#> GSM19022 2 0.1989 0.832 0.004 0.948 0.048
#> GSM19001 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM19002 2 0.5465 0.789 0.000 0.712 0.288
#> GSM18899 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18900 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18961 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18962 2 0.1647 0.837 0.004 0.960 0.036
#> GSM18901 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18902 2 0.8111 0.666 0.264 0.624 0.112
#> GSM18993 2 0.2066 0.842 0.000 0.940 0.060
#> GSM18994 2 0.2066 0.842 0.000 0.940 0.060
#> GSM18865 2 0.5244 0.579 0.240 0.756 0.004
#> GSM18866 2 0.5244 0.579 0.240 0.756 0.004
#> GSM18897 1 0.0424 0.990 0.992 0.008 0.000
#> GSM18898 1 0.0424 0.990 0.992 0.008 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.4346 0.836 0.000 0.816 0.184
#> GSM18956 2 0.4346 0.836 0.000 0.816 0.184
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.2032 0.92966 0.000 0.036 0.936 0.028
#> GSM19020 3 0.2032 0.92966 0.000 0.036 0.936 0.028
#> GSM18923 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1411 0.95636 0.000 0.020 0.960 0.020
#> GSM18944 3 0.1411 0.95636 0.000 0.020 0.960 0.020
#> GSM19003 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.99382 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.4790 0.70786 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM18964 4 0.4790 0.70786 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM18905 2 0.3975 0.62243 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM18906 2 0.3975 0.62243 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM18965 4 0.4843 0.70070 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM18966 4 0.4843 0.70070 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM18873 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.1940 0.55618 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM18974 4 0.1940 0.55618 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM18977 2 0.4961 -0.00546 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18978 2 0.4961 -0.00546 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18979 2 0.4961 -0.00546 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18980 4 0.4889 0.57484 0.000 0.360 0.004 0.636
#> GSM18883 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18910 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18867 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.3942 0.56441 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM18948 2 0.3942 0.56441 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM18995 2 0.3801 0.58396 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM18996 2 0.3801 0.58396 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM18975 4 0.4454 0.69388 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM18976 4 0.4454 0.69388 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM18997 2 0.0188 0.72925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18998 2 0.0188 0.72925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18967 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18968 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18959 4 0.4776 0.70880 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM18960 4 0.4776 0.70880 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM19015 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18958 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18981 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18982 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18989 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18990 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18985 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18986 4 0.4830 0.68065 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM18987 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18988 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18983 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18984 2 0.4817 0.45280 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM18951 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18904 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18949 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18950 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18953 2 0.0188 0.72813 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18954 2 0.0188 0.72813 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19013 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0336 0.58030 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18972 4 0.0336 0.58030 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18969 4 0.0336 0.58030 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18970 4 0.1211 0.57560 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM18869 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.3726 0.61484 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM18992 2 0.3726 0.61484 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM19021 4 0.5355 0.56772 0.000 0.360 0.020 0.620
#> GSM19022 4 0.5355 0.56772 0.000 0.360 0.020 0.620
#> GSM19001 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.73039 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18899 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18900 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18961 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18962 4 0.4866 0.69525 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM18901 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18902 2 0.6661 0.44758 0.264 0.604 0.000 0.132
#> GSM18993 2 0.4933 -0.02276 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18994 2 0.4933 -0.02276 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18865 4 0.3649 0.48909 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM18866 4 0.3649 0.48909 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM18897 1 0.0336 0.99325 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18898 1 0.0336 0.99325 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18887 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.99958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.2973 0.66897 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18956 2 0.2973 0.66897 0.000 0.856 0.000 0.144
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18928 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18915 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18916 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18939 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18940 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18933 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18934 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18925 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18926 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18931 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18932 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM19019 3 0.1628 0.936 0.000 0.008 0.936 0.056 NA
#> GSM19020 3 0.1628 0.936 0.000 0.008 0.936 0.056 NA
#> GSM18923 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18924 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18941 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18942 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18929 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18930 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18911 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18912 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18935 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18936 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM19005 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19006 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18921 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18922 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18919 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18920 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18917 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18918 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18913 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18914 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18937 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18938 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18943 3 0.1124 0.960 0.000 0.004 0.960 0.036 NA
#> GSM18944 3 0.1124 0.960 0.000 0.004 0.960 0.036 NA
#> GSM19003 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19004 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19011 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19012 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19009 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19010 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18945 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18946 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM18963 4 0.2921 0.735 0.000 0.124 0.000 0.856 NA
#> GSM18964 4 0.2921 0.735 0.000 0.124 0.000 0.856 NA
#> GSM18905 2 0.6001 0.533 0.000 0.580 0.000 0.176 NA
#> GSM18906 2 0.6001 0.533 0.000 0.580 0.000 0.176 NA
#> GSM18965 4 0.2358 0.738 0.000 0.104 0.000 0.888 NA
#> GSM18966 4 0.2358 0.738 0.000 0.104 0.000 0.888 NA
#> GSM18873 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18874 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18973 4 0.5359 0.540 0.056 0.000 0.000 0.532 NA
#> GSM18974 4 0.5359 0.540 0.056 0.000 0.000 0.532 NA
#> GSM18977 4 0.5935 0.338 0.000 0.268 0.000 0.580 NA
#> GSM18978 4 0.5935 0.338 0.000 0.268 0.000 0.580 NA
#> GSM18979 4 0.5935 0.338 0.000 0.268 0.000 0.580 NA
#> GSM18980 4 0.5322 0.587 0.000 0.184 0.004 0.684 NA
#> GSM18883 1 0.3109 0.877 0.800 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18884 1 0.3109 0.877 0.800 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18885 1 0.2127 0.923 0.892 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18886 1 0.2127 0.923 0.892 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18907 1 0.3143 0.876 0.796 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18908 1 0.3143 0.876 0.796 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18909 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18910 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18867 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18868 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18947 2 0.5117 0.471 0.000 0.652 0.000 0.276 NA
#> GSM18948 2 0.5117 0.471 0.000 0.652 0.000 0.276 NA
#> GSM18995 2 0.4865 0.499 0.000 0.684 0.000 0.252 NA
#> GSM18996 2 0.4865 0.499 0.000 0.684 0.000 0.252 NA
#> GSM18975 4 0.4410 0.721 0.000 0.112 0.000 0.764 NA
#> GSM18976 4 0.4410 0.721 0.000 0.112 0.000 0.764 NA
#> GSM18997 2 0.0162 0.680 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> GSM18998 2 0.0162 0.680 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> GSM18967 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18968 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18959 4 0.3106 0.731 0.000 0.132 0.000 0.844 NA
#> GSM18960 4 0.3106 0.731 0.000 0.132 0.000 0.844 NA
#> GSM19015 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19016 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18957 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18958 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18981 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18982 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18989 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18990 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18985 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18986 4 0.3772 0.708 0.000 0.172 0.000 0.792 NA
#> GSM18987 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18988 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18983 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18984 2 0.6053 0.483 0.000 0.576 0.000 0.228 NA
#> GSM18951 2 0.6486 0.372 0.000 0.492 0.000 0.236 NA
#> GSM18952 2 0.6486 0.372 0.000 0.492 0.000 0.236 NA
#> GSM19007 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19008 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18999 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19000 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18889 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18890 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18881 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18882 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18877 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18878 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18875 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18876 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18879 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18880 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18871 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18872 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18903 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18904 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18949 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18950 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18953 2 0.6465 0.373 0.000 0.492 0.000 0.220 NA
#> GSM18954 2 0.6465 0.373 0.000 0.492 0.000 0.220 NA
#> GSM19013 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19014 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18971 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.000 0.560 NA
#> GSM18972 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.000 0.560 NA
#> GSM18969 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.000 0.560 NA
#> GSM18970 4 0.4815 0.544 0.000 0.020 0.000 0.524 NA
#> GSM18869 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18870 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19017 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM19018 2 0.0000 0.681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18991 2 0.6372 0.357 0.000 0.492 0.000 0.324 NA
#> GSM18992 2 0.6372 0.357 0.000 0.492 0.000 0.324 NA
#> GSM19021 4 0.5647 0.582 0.000 0.184 0.020 0.676 NA
#> GSM19022 4 0.5647 0.582 0.000 0.184 0.020 0.676 NA
#> GSM19001 2 0.0162 0.680 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM19002 2 0.0162 0.680 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM18899 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18900 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18961 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18962 4 0.2074 0.738 0.000 0.104 0.000 0.896 NA
#> GSM18901 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18902 2 0.8397 0.335 0.252 0.360 0.000 0.192 NA
#> GSM18993 4 0.5516 0.473 0.000 0.232 0.000 0.640 NA
#> GSM18994 4 0.5516 0.473 0.000 0.232 0.000 0.640 NA
#> GSM18865 4 0.6285 0.474 0.152 0.000 0.000 0.456 NA
#> GSM18866 4 0.6285 0.474 0.152 0.000 0.000 0.456 NA
#> GSM18897 1 0.2471 0.924 0.864 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18898 1 0.2471 0.924 0.864 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18887 1 0.2230 0.931 0.884 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18888 1 0.2230 0.931 0.884 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18893 1 0.1851 0.939 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18894 1 0.1851 0.939 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18895 1 0.1851 0.939 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18896 1 0.1851 0.939 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18891 1 0.1608 0.942 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18892 1 0.1608 0.942 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM18955 2 0.6638 0.300 0.000 0.440 0.000 0.320 NA
#> GSM18956 2 0.6638 0.300 0.000 0.440 0.000 0.320 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 3 0.1493 0.9329 0.000 0.004 0.936 0.056 0.000 0.004
#> GSM19020 3 0.1493 0.9329 0.000 0.004 0.936 0.056 0.000 0.004
#> GSM18923 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1010 0.9577 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM18944 3 0.1010 0.9577 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM19003 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1391 0.5474 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> GSM18964 4 0.1391 0.5474 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> GSM18905 6 0.6028 0.0949 0.000 0.412 0.000 0.104 0.036 0.448
#> GSM18906 6 0.6028 0.0949 0.000 0.412 0.000 0.104 0.036 0.448
#> GSM18965 4 0.0891 0.5586 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> GSM18966 4 0.0891 0.5586 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> GSM18873 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18874 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18973 4 0.6774 -0.8034 0.056 0.000 0.000 0.380 0.372 0.192
#> GSM18974 4 0.6774 -0.8034 0.056 0.000 0.000 0.380 0.372 0.192
#> GSM18977 4 0.5490 0.0989 0.000 0.128 0.000 0.540 0.004 0.328
#> GSM18978 4 0.5490 0.0989 0.000 0.128 0.000 0.540 0.004 0.328
#> GSM18979 4 0.5490 0.0989 0.000 0.128 0.000 0.540 0.004 0.328
#> GSM18980 4 0.5154 0.2910 0.000 0.088 0.004 0.652 0.016 0.240
#> GSM18883 1 0.4094 0.5946 0.740 0.000 0.000 0.000 0.180 0.080
#> GSM18884 1 0.4094 0.5946 0.740 0.000 0.000 0.000 0.180 0.080
#> GSM18885 1 0.4195 0.7242 0.724 0.000 0.000 0.000 0.200 0.076
#> GSM18886 1 0.4195 0.7242 0.724 0.000 0.000 0.000 0.200 0.076
#> GSM18907 1 0.4030 0.5896 0.748 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080
#> GSM18908 1 0.4030 0.5896 0.748 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080
#> GSM18909 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18910 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18867 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18868 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18947 2 0.5317 0.3214 0.000 0.600 0.000 0.256 0.004 0.140
#> GSM18948 2 0.5317 0.3214 0.000 0.600 0.000 0.256 0.004 0.140
#> GSM18995 2 0.5039 0.3891 0.000 0.640 0.000 0.236 0.004 0.120
#> GSM18996 2 0.5039 0.3891 0.000 0.640 0.000 0.236 0.004 0.120
#> GSM18975 4 0.3544 0.4300 0.000 0.028 0.000 0.828 0.068 0.076
#> GSM18976 4 0.3544 0.4300 0.000 0.028 0.000 0.828 0.068 0.076
#> GSM18997 2 0.0146 0.7673 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0146 0.7673 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18968 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18959 4 0.1461 0.5404 0.000 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> GSM18960 4 0.1461 0.5404 0.000 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> GSM19015 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18958 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18981 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18982 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18989 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18990 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18985 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18986 4 0.2579 0.5007 0.000 0.088 0.000 0.876 0.004 0.032
#> GSM18987 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18988 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18983 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18984 2 0.6263 0.3841 0.000 0.524 0.000 0.092 0.080 0.304
#> GSM18951 6 0.6794 0.4852 0.000 0.192 0.000 0.260 0.076 0.472
#> GSM18952 6 0.6794 0.4852 0.000 0.192 0.000 0.260 0.076 0.472
#> GSM19007 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3592 0.7994 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM18890 1 0.3592 0.7994 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM18881 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18882 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18877 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18878 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18875 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18876 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18879 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18880 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18871 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18872 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18903 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18904 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18949 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18950 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18953 6 0.6862 0.4816 0.000 0.192 0.000 0.236 0.092 0.480
#> GSM18954 6 0.6862 0.4816 0.000 0.192 0.000 0.236 0.092 0.480
#> GSM19013 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.5967 -0.8563 0.000 0.000 0.000 0.404 0.372 0.224
#> GSM18972 4 0.5967 -0.8563 0.000 0.000 0.000 0.404 0.372 0.224
#> GSM18969 4 0.5967 -0.8563 0.000 0.000 0.000 0.404 0.372 0.224
#> GSM18970 5 0.6203 0.0000 0.000 0.004 0.000 0.348 0.376 0.272
#> GSM18869 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM18870 1 0.3607 0.7996 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.7694 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 6 0.6165 0.4386 0.000 0.332 0.000 0.260 0.004 0.404
#> GSM18992 6 0.6165 0.4386 0.000 0.332 0.000 0.260 0.004 0.404
#> GSM19021 4 0.5496 0.2838 0.000 0.088 0.020 0.640 0.016 0.236
#> GSM19022 4 0.5496 0.2838 0.000 0.088 0.020 0.640 0.016 0.236
#> GSM19001 2 0.0260 0.7621 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM19002 2 0.0260 0.7621 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18899 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18900 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18961 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18962 4 0.1088 0.5620 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM18901 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18902 6 0.7444 0.6538 0.236 0.164 0.000 0.116 0.024 0.460
#> GSM18993 4 0.5089 0.3011 0.000 0.112 0.000 0.624 0.004 0.260
#> GSM18994 4 0.5089 0.3011 0.000 0.112 0.000 0.624 0.004 0.260
#> GSM18865 4 0.7456 -0.6319 0.184 0.000 0.000 0.328 0.328 0.160
#> GSM18866 4 0.7456 -0.6319 0.184 0.000 0.000 0.328 0.328 0.160
#> GSM18897 1 0.2527 0.6809 0.876 0.000 0.000 0.000 0.040 0.084
#> GSM18898 1 0.2527 0.6809 0.876 0.000 0.000 0.000 0.040 0.084
#> GSM18887 1 0.1970 0.7006 0.912 0.000 0.000 0.000 0.028 0.060
#> GSM18888 1 0.1970 0.7006 0.912 0.000 0.000 0.000 0.028 0.060
#> GSM18893 1 0.0146 0.7344 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18894 1 0.0146 0.7344 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18895 1 0.0146 0.7344 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18896 1 0.0146 0.7344 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18891 1 0.1010 0.7433 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM18892 1 0.1010 0.7433 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM18955 6 0.6519 0.4762 0.000 0.184 0.000 0.288 0.048 0.480
#> GSM18956 6 0.6519 0.4762 0.000 0.184 0.000 0.288 0.048 0.480
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:hclust 158 2.28e-07 2
#> MAD:hclust 158 6.33e-13 3
#> MAD:hclust 134 1.58e-15 4
#> MAD:hclust 122 2.61e-14 5
#> MAD:hclust 117 4.56e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.427 0.744 0.795 0.4189 0.585 0.585
#> 3 3 0.980 0.947 0.967 0.4683 0.741 0.575
#> 4 4 0.750 0.751 0.810 0.1633 0.823 0.565
#> 5 5 0.735 0.716 0.833 0.0756 0.959 0.849
#> 6 6 0.784 0.699 0.791 0.0422 0.965 0.856
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18928 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18915 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18916 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18939 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18940 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18933 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18934 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18925 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18926 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18931 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18932 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM19019 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19020 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM18923 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18924 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18941 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18942 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18929 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18930 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18911 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18912 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18935 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18936 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM19005 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19006 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM18921 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18922 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18919 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18920 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18917 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18918 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18913 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18914 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18937 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18938 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18943 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18944 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM19003 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19004 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19011 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19012 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19009 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19010 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM18945 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18946 2 0.9795 0.641 0.416 0.584
#> GSM18963 2 0.3114 0.669 0.056 0.944
#> GSM18964 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18905 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18906 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18965 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18966 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18873 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18874 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18973 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18974 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18977 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18978 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18979 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18980 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18883 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18884 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18885 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18886 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18907 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18908 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18909 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18910 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18867 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18868 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18947 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM18996 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM18975 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18976 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18997 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18968 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18959 2 0.2948 0.672 0.052 0.948
#> GSM18960 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM19015 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM19016 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM18957 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18958 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18981 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18982 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18989 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18985 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18986 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18987 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18988 2 0.2236 0.685 0.036 0.964
#> GSM18983 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM19007 2 0.4298 0.715 0.088 0.912
#> GSM19008 2 0.4298 0.715 0.088 0.912
#> GSM18999 2 0.2948 0.715 0.052 0.948
#> GSM19000 2 0.2948 0.715 0.052 0.948
#> GSM18889 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18890 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18881 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18882 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18877 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18878 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18875 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18876 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18879 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18880 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18871 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18872 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18903 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18904 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18949 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18950 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18953 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18954 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM19013 2 0.2948 0.715 0.052 0.948
#> GSM19014 2 0.2948 0.715 0.052 0.948
#> GSM18971 2 0.8861 -0.155 0.304 0.696
#> GSM18972 2 0.8861 -0.155 0.304 0.696
#> GSM18969 2 0.9044 -0.229 0.320 0.680
#> GSM18970 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18869 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18870 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM19017 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM19018 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM18991 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18992 2 0.2948 0.672 0.052 0.948
#> GSM19021 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19022 2 0.6048 0.711 0.148 0.852
#> GSM19001 2 0.0938 0.710 0.012 0.988
#> GSM19002 2 0.0938 0.710 0.012 0.988
#> GSM18899 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18900 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18961 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18962 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18901 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18902 1 0.9795 0.937 0.584 0.416
#> GSM18993 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18994 2 0.3274 0.665 0.060 0.940
#> GSM18865 1 0.9580 0.972 0.620 0.380
#> GSM18866 1 0.9580 0.972 0.620 0.380
#> GSM18897 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18898 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18887 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18888 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18893 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18894 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18895 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18896 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18891 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18892 1 0.9491 0.982 0.632 0.368
#> GSM18955 2 0.0672 0.709 0.008 0.992
#> GSM18956 2 0.0376 0.704 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18928 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18915 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18916 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18939 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18940 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18933 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18934 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18925 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18926 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18931 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18932 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM19019 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19020 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18923 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18924 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18941 3 0.1289 0.995 0.000 0.032 0.968
#> GSM18942 3 0.1289 0.995 0.000 0.032 0.968
#> GSM18929 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18930 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18911 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18912 3 0.1289 0.995 0.000 0.032 0.968
#> GSM18935 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18936 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM19005 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19006 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18921 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18922 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18919 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18920 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18917 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18918 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18913 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18914 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18937 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18938 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18943 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18944 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM19003 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19004 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19011 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19012 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19009 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19010 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18945 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18946 3 0.1525 1.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM18963 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> GSM18906 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18874 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18973 1 0.6264 0.450 0.616 0.380 0.004
#> GSM18974 1 0.6264 0.450 0.616 0.380 0.004
#> GSM18977 2 0.1129 0.965 0.020 0.976 0.004
#> GSM18978 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0424 0.918 0.992 0.000 0.008
#> GSM18884 1 0.0424 0.918 0.992 0.000 0.008
#> GSM18885 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> GSM18886 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> GSM18907 1 0.0424 0.918 0.992 0.000 0.008
#> GSM18908 1 0.0424 0.918 0.992 0.000 0.008
#> GSM18909 2 0.5968 0.382 0.364 0.636 0.000
#> GSM18910 2 0.5905 0.415 0.352 0.648 0.000
#> GSM18867 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18868 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18947 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18996 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18975 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18998 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18967 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19016 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18957 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0237 0.983 0.000 0.996 0.004
#> GSM18982 2 0.0237 0.983 0.000 0.996 0.004
#> GSM18989 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18990 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18985 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18986 2 0.0237 0.983 0.000 0.996 0.004
#> GSM18987 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18988 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18983 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18984 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM18951 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19008 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18999 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19000 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18889 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM18890 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM18881 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18882 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18877 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18878 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18875 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18876 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18879 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18880 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18871 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18872 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18903 2 0.1643 0.946 0.044 0.956 0.000
#> GSM18904 2 0.1643 0.946 0.044 0.956 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19014 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18971 2 0.1129 0.965 0.020 0.976 0.004
#> GSM18972 2 0.1129 0.965 0.020 0.976 0.004
#> GSM18969 2 0.1129 0.965 0.020 0.976 0.004
#> GSM18970 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> GSM18869 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM18870 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> GSM19017 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19018 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18991 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18992 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19021 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM19002 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> GSM18899 1 0.5016 0.713 0.760 0.240 0.000
#> GSM18900 1 0.5138 0.696 0.748 0.252 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.4654 0.743 0.792 0.208 0.000
#> GSM18902 1 0.5397 0.651 0.720 0.280 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.5956 0.571 0.672 0.324 0.004
#> GSM18866 1 0.5443 0.682 0.736 0.260 0.004
#> GSM18897 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18898 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18887 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18888 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18893 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18894 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18895 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18896 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18891 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18892 1 0.0237 0.919 0.996 0.000 0.004
#> GSM18955 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18928 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18915 3 0.0188 0.9834 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18916 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18939 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18940 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18933 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18934 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18925 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18926 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18931 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18932 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM19019 4 0.4454 -0.2746 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM19020 4 0.4972 -0.7885 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM18923 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18924 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18941 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18942 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18929 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18930 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18911 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18912 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18935 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18936 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM19005 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19006 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18921 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18922 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18919 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18920 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18917 3 0.0188 0.9834 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18918 3 0.0188 0.9834 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18913 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18914 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18937 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18938 3 0.0524 0.9828 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM18943 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM18944 3 0.1305 0.9834 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM19003 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19004 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19011 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19012 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19009 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19010 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18945 3 0.1209 0.9836 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM18946 3 0.1209 0.9836 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM18963 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18964 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18905 4 0.3528 0.4235 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM18906 4 0.2011 0.6571 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18965 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18966 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18873 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.6564 0.3618 0.084 0.380 0.000 0.536
#> GSM18974 4 0.6564 0.3618 0.084 0.380 0.000 0.536
#> GSM18977 4 0.1637 0.6708 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM18978 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18979 4 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.1792 0.6665 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM18883 1 0.3873 0.8589 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.4193 0.8495 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4304 0.8453 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.4304 0.8453 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM18909 4 0.7028 0.4051 0.172 0.260 0.000 0.568
#> GSM18910 4 0.7028 0.4051 0.172 0.260 0.000 0.568
#> GSM18867 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18948 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18995 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18996 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18975 4 0.0921 0.6798 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18976 4 0.0921 0.6798 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18997 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18998 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18967 4 0.0336 0.6853 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18968 4 0.0336 0.6853 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18959 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18960 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM19015 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19016 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18957 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18958 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18981 4 0.4996 -0.4149 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM18982 4 0.4994 -0.4007 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM18989 2 0.4697 0.7869 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM18990 2 0.4661 0.7753 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM18985 2 0.4661 0.7753 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM18986 4 0.4925 -0.5031 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM18987 2 0.4661 0.7753 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM18988 2 0.4661 0.7753 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM18983 2 0.4713 0.7918 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM18984 2 0.4697 0.7869 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM18951 4 0.4008 0.0522 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM18952 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM19007 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19008 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18999 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19000 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18889 1 0.1302 0.8927 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.1302 0.8927 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18878 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18875 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18876 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18879 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18880 1 0.0188 0.8969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.1635 0.6711 0.008 0.044 0.000 0.948
#> GSM18904 4 0.1635 0.6711 0.008 0.044 0.000 0.948
#> GSM18949 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18950 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18953 4 0.0469 0.6798 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18954 4 0.0336 0.6825 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM19013 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19014 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18971 4 0.3610 0.5907 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM18972 4 0.3610 0.5907 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM18969 4 0.3649 0.5881 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM18970 4 0.3024 0.6218 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM18869 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19018 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18991 4 0.5000 -0.8912 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM18992 2 0.4996 0.9149 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM19021 4 0.3873 0.1387 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM19022 4 0.3907 0.1198 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM19001 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM19002 2 0.4985 0.9387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM18899 4 0.6592 0.4421 0.128 0.260 0.000 0.612
#> GSM18900 4 0.6592 0.4421 0.128 0.260 0.000 0.612
#> GSM18961 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18962 4 0.0188 0.6852 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18901 4 0.7576 0.1964 0.256 0.260 0.000 0.484
#> GSM18902 4 0.7407 0.2771 0.224 0.260 0.000 0.516
#> GSM18993 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18994 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18865 4 0.7403 0.2033 0.168 0.380 0.000 0.452
#> GSM18866 4 0.7403 0.2033 0.168 0.380 0.000 0.452
#> GSM18897 1 0.4950 0.7854 0.620 0.376 0.000 0.004
#> GSM18898 1 0.4950 0.7854 0.620 0.376 0.000 0.004
#> GSM18887 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18888 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18893 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18894 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18895 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18896 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18891 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18892 1 0.4509 0.8423 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM18955 4 0.2921 0.4336 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM18956 4 0.0188 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.2293 0.9356 0.000 0.016 0.900 0.000 0.084
#> GSM18916 3 0.3106 0.9262 0.000 0.024 0.844 0.000 0.132
#> GSM18939 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18940 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18933 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18934 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18925 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18926 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18931 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.5068 0.0866 0.000 0.388 0.000 0.572 0.040
#> GSM19020 2 0.5077 0.4242 0.000 0.536 0.000 0.428 0.036
#> GSM18923 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18924 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18941 3 0.2921 0.9310 0.000 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM18942 3 0.2921 0.9310 0.000 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM18929 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.2921 0.9310 0.000 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM18912 3 0.2921 0.9310 0.000 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM18935 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18936 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM19005 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19006 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM18921 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9377 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18920 3 0.0162 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18917 3 0.2293 0.9356 0.000 0.016 0.900 0.000 0.084
#> GSM18918 3 0.2293 0.9356 0.000 0.016 0.900 0.000 0.084
#> GSM18913 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18914 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18937 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18938 3 0.2873 0.9311 0.000 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM18943 3 0.1041 0.9214 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM18944 3 0.1041 0.9214 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM19003 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19004 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19011 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19012 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19009 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19010 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM18945 3 0.0807 0.9363 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> GSM18946 3 0.0807 0.9363 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> GSM18963 4 0.1041 0.7260 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18964 4 0.1041 0.7260 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18905 4 0.5233 0.4315 0.000 0.192 0.000 0.680 0.128
#> GSM18906 4 0.3639 0.5981 0.000 0.044 0.000 0.812 0.144
#> GSM18965 4 0.0955 0.7272 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18966 4 0.0955 0.7272 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18873 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.5986 -0.5319 0.032 0.048 0.000 0.516 0.404
#> GSM18974 4 0.5986 -0.5319 0.032 0.048 0.000 0.516 0.404
#> GSM18977 4 0.1251 0.7071 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM18978 4 0.0324 0.7253 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18979 4 0.0324 0.7253 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM18980 4 0.2104 0.7022 0.000 0.024 0.000 0.916 0.060
#> GSM18883 1 0.4680 0.7308 0.688 0.036 0.000 0.004 0.272
#> GSM18884 1 0.4789 0.7203 0.668 0.036 0.000 0.004 0.292
#> GSM18885 1 0.0404 0.8257 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0404 0.8257 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.4867 0.7112 0.652 0.036 0.000 0.004 0.308
#> GSM18908 1 0.4867 0.7112 0.652 0.036 0.000 0.004 0.308
#> GSM18909 4 0.6685 -0.2846 0.128 0.036 0.000 0.540 0.296
#> GSM18910 4 0.6685 -0.2846 0.128 0.036 0.000 0.540 0.296
#> GSM18867 1 0.0693 0.8232 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM18868 1 0.0807 0.8212 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM18947 4 0.1764 0.7051 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> GSM18948 4 0.1764 0.7051 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> GSM18995 2 0.3381 0.8508 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> GSM18996 2 0.2891 0.8574 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM18975 4 0.2825 0.6431 0.000 0.016 0.000 0.860 0.124
#> GSM18976 4 0.2825 0.6431 0.000 0.016 0.000 0.860 0.124
#> GSM18997 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM18998 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM18967 4 0.1041 0.7276 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18968 4 0.1041 0.7276 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18959 4 0.1041 0.7260 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18960 4 0.1041 0.7260 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM19015 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM19016 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM18957 4 0.0955 0.7272 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18958 4 0.1041 0.7276 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM18981 2 0.6360 0.4124 0.000 0.476 0.000 0.172 0.352
#> GSM18982 2 0.6385 0.4034 0.000 0.472 0.000 0.176 0.352
#> GSM18989 2 0.5440 0.6157 0.000 0.612 0.000 0.088 0.300
#> GSM18990 2 0.5470 0.5796 0.000 0.588 0.000 0.080 0.332
#> GSM18985 2 0.5470 0.5796 0.000 0.588 0.000 0.080 0.332
#> GSM18986 2 0.6599 0.4266 0.000 0.464 0.000 0.264 0.272
#> GSM18987 2 0.5475 0.6083 0.000 0.604 0.000 0.088 0.308
#> GSM18988 2 0.5475 0.6083 0.000 0.604 0.000 0.088 0.308
#> GSM18983 2 0.5470 0.6200 0.000 0.612 0.000 0.092 0.296
#> GSM18984 2 0.5440 0.6157 0.000 0.612 0.000 0.088 0.300
#> GSM18951 4 0.5325 0.2998 0.000 0.308 0.000 0.616 0.076
#> GSM18952 4 0.1740 0.7073 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM19007 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19008 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM18999 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19000 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM18889 1 0.1608 0.8145 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM18890 1 0.1608 0.8145 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM18881 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8255 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0162 0.8255 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0693 0.8232 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM18872 1 0.0693 0.8232 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM18903 4 0.1913 0.6745 0.008 0.016 0.000 0.932 0.044
#> GSM18904 4 0.1913 0.6745 0.008 0.016 0.000 0.932 0.044
#> GSM18949 4 0.0671 0.7271 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM18950 4 0.0671 0.7271 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM18953 4 0.2423 0.6848 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080
#> GSM18954 4 0.2423 0.6848 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080
#> GSM19013 2 0.2813 0.8575 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM19014 2 0.2813 0.8575 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM18971 4 0.4589 0.3142 0.000 0.048 0.000 0.704 0.248
#> GSM18972 4 0.4589 0.3142 0.000 0.048 0.000 0.704 0.248
#> GSM18969 4 0.4615 0.3041 0.000 0.048 0.000 0.700 0.252
#> GSM18970 4 0.5973 0.1530 0.000 0.164 0.000 0.580 0.256
#> GSM18869 1 0.0693 0.8232 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM18870 1 0.0693 0.8232 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM19017 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM19018 2 0.2852 0.8592 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM18991 2 0.3990 0.7251 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM18992 2 0.3906 0.7455 0.000 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM19021 4 0.5013 0.4201 0.000 0.240 0.000 0.680 0.080
#> GSM19022 4 0.5013 0.4201 0.000 0.240 0.000 0.680 0.080
#> GSM19001 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM19002 2 0.3010 0.8595 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM18899 4 0.4437 0.3707 0.068 0.016 0.000 0.780 0.136
#> GSM18900 4 0.4437 0.3707 0.068 0.016 0.000 0.780 0.136
#> GSM18961 4 0.0955 0.7272 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18962 4 0.0955 0.7272 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18901 4 0.6498 -0.3903 0.188 0.016 0.000 0.560 0.236
#> GSM18902 4 0.6290 -0.3272 0.160 0.016 0.000 0.588 0.236
#> GSM18993 4 0.0162 0.7255 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18994 4 0.0162 0.7255 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18865 5 0.6357 0.9692 0.072 0.040 0.000 0.360 0.528
#> GSM18866 5 0.6470 0.9699 0.084 0.040 0.000 0.348 0.528
#> GSM18897 1 0.4583 0.5236 0.528 0.004 0.000 0.004 0.464
#> GSM18898 1 0.4583 0.5236 0.528 0.004 0.000 0.004 0.464
#> GSM18887 1 0.4015 0.7061 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM18888 1 0.4015 0.7061 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM18893 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18894 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18895 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18896 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18891 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18892 1 0.3999 0.7098 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM18955 4 0.4069 0.5661 0.000 0.136 0.000 0.788 0.076
#> GSM18956 4 0.1764 0.7051 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18928 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18915 3 0.3196 0.8876 0.000 0.004 0.836 0.000 0.096 0.064
#> GSM18916 3 0.4151 0.8710 0.000 0.004 0.748 0.000 0.164 0.084
#> GSM18939 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18940 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18933 3 0.0603 0.8910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM18934 3 0.0508 0.8923 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM18925 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18926 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18931 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18932 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19019 4 0.5133 0.3145 0.000 0.368 0.000 0.564 0.028 0.040
#> GSM19020 2 0.5203 0.0970 0.000 0.528 0.000 0.404 0.028 0.040
#> GSM18923 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18924 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18941 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18942 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18929 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18930 3 0.0146 0.8952 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18911 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18912 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18935 3 0.0508 0.8923 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM18936 3 0.0508 0.8923 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM19005 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0291 0.8947 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM18922 3 0.0291 0.8947 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM18919 3 0.0260 0.8943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18920 3 0.0260 0.8943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18917 3 0.3196 0.8876 0.000 0.004 0.836 0.000 0.096 0.064
#> GSM18918 3 0.3196 0.8876 0.000 0.004 0.836 0.000 0.096 0.064
#> GSM18913 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18914 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18937 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18938 3 0.3717 0.8843 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM18943 3 0.1572 0.8696 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM18944 3 0.1572 0.8696 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM19003 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.1749 0.8855 0.000 0.008 0.932 0.000 0.024 0.036
#> GSM18946 3 0.1749 0.8855 0.000 0.008 0.932 0.000 0.024 0.036
#> GSM18963 4 0.1605 0.7286 0.000 0.044 0.000 0.936 0.004 0.016
#> GSM18964 4 0.1605 0.7286 0.000 0.044 0.000 0.936 0.004 0.016
#> GSM18905 4 0.6705 0.4003 0.000 0.128 0.000 0.532 0.172 0.168
#> GSM18906 4 0.5597 0.5141 0.000 0.028 0.000 0.624 0.176 0.172
#> GSM18965 4 0.1511 0.7290 0.000 0.044 0.000 0.940 0.004 0.012
#> GSM18966 4 0.1511 0.7290 0.000 0.044 0.000 0.940 0.004 0.012
#> GSM18873 1 0.0260 0.7488 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18874 1 0.0260 0.7488 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18973 4 0.6024 -0.0426 0.008 0.000 0.000 0.488 0.220 0.284
#> GSM18974 4 0.6024 -0.0426 0.008 0.000 0.000 0.488 0.220 0.284
#> GSM18977 4 0.2763 0.7178 0.000 0.024 0.000 0.876 0.028 0.072
#> GSM18978 4 0.2732 0.7220 0.000 0.044 0.000 0.880 0.020 0.056
#> GSM18979 4 0.2670 0.7227 0.000 0.044 0.000 0.884 0.020 0.052
#> GSM18980 4 0.2670 0.7078 0.000 0.020 0.000 0.884 0.044 0.052
#> GSM18883 1 0.5238 0.4920 0.536 0.008 0.000 0.012 0.048 0.396
#> GSM18884 1 0.5251 0.4832 0.528 0.008 0.000 0.012 0.048 0.404
#> GSM18885 1 0.1232 0.7454 0.956 0.004 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM18886 1 0.1232 0.7454 0.956 0.004 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM18907 1 0.5335 0.4483 0.496 0.008 0.000 0.012 0.052 0.432
#> GSM18908 1 0.5335 0.4483 0.496 0.008 0.000 0.012 0.052 0.432
#> GSM18909 6 0.6679 0.1744 0.092 0.008 0.000 0.388 0.084 0.428
#> GSM18910 6 0.6679 0.1744 0.092 0.008 0.000 0.388 0.084 0.428
#> GSM18867 1 0.0603 0.7470 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18868 1 0.0717 0.7450 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM18947 4 0.4311 0.6801 0.000 0.048 0.000 0.764 0.048 0.140
#> GSM18948 4 0.4311 0.6801 0.000 0.048 0.000 0.764 0.048 0.140
#> GSM18995 2 0.3110 0.8087 0.000 0.860 0.000 0.044 0.040 0.056
#> GSM18996 2 0.2831 0.8328 0.000 0.876 0.000 0.032 0.036 0.056
#> GSM18975 4 0.4270 0.6029 0.000 0.032 0.000 0.772 0.096 0.100
#> GSM18976 4 0.4270 0.6029 0.000 0.032 0.000 0.772 0.096 0.100
#> GSM18997 2 0.1605 0.8994 0.000 0.940 0.000 0.032 0.012 0.016
#> GSM18998 2 0.1605 0.8994 0.000 0.940 0.000 0.032 0.012 0.016
#> GSM18967 4 0.1718 0.7290 0.000 0.044 0.000 0.932 0.008 0.016
#> GSM18968 4 0.1718 0.7290 0.000 0.044 0.000 0.932 0.008 0.016
#> GSM18959 4 0.1511 0.7285 0.000 0.044 0.000 0.940 0.004 0.012
#> GSM18960 4 0.1511 0.7285 0.000 0.044 0.000 0.940 0.004 0.012
#> GSM19015 2 0.1787 0.8966 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM19016 2 0.1787 0.8966 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM18957 4 0.1265 0.7310 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000
#> GSM18958 4 0.1367 0.7312 0.000 0.044 0.000 0.944 0.012 0.000
#> GSM18981 5 0.6401 0.7986 0.000 0.300 0.000 0.124 0.508 0.068
#> GSM18982 5 0.6401 0.7986 0.000 0.300 0.000 0.124 0.508 0.068
#> GSM18989 5 0.5274 0.8888 0.000 0.428 0.000 0.048 0.500 0.024
#> GSM18990 5 0.5505 0.8905 0.000 0.412 0.000 0.048 0.500 0.040
#> GSM18985 5 0.5505 0.8905 0.000 0.412 0.000 0.048 0.500 0.040
#> GSM18986 5 0.5965 0.7114 0.000 0.312 0.000 0.212 0.472 0.004
#> GSM18987 5 0.5337 0.8920 0.000 0.424 0.000 0.048 0.500 0.028
#> GSM18988 5 0.5337 0.8920 0.000 0.424 0.000 0.048 0.500 0.028
#> GSM18983 5 0.5274 0.8888 0.000 0.428 0.000 0.048 0.500 0.024
#> GSM18984 5 0.5225 0.8817 0.000 0.432 0.000 0.044 0.500 0.024
#> GSM18951 4 0.6556 0.3501 0.000 0.300 0.000 0.484 0.064 0.152
#> GSM18952 4 0.4296 0.6778 0.000 0.044 0.000 0.760 0.044 0.152
#> GSM19007 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.3263 0.6839 0.800 0.004 0.000 0.000 0.020 0.176
#> GSM18890 1 0.3263 0.6839 0.800 0.004 0.000 0.000 0.020 0.176
#> GSM18881 1 0.0405 0.7490 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18882 1 0.0405 0.7490 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18877 1 0.0870 0.7484 0.972 0.012 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM18878 1 0.0870 0.7484 0.972 0.012 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM18875 1 0.0520 0.7485 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18876 1 0.0520 0.7485 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18879 1 0.0870 0.7484 0.972 0.012 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM18880 1 0.0870 0.7484 0.972 0.012 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM18871 1 0.0603 0.7470 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18872 1 0.0603 0.7470 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18903 4 0.3763 0.6527 0.012 0.016 0.000 0.808 0.036 0.128
#> GSM18904 4 0.3763 0.6527 0.012 0.016 0.000 0.808 0.036 0.128
#> GSM18949 4 0.2084 0.7311 0.000 0.044 0.000 0.916 0.016 0.024
#> GSM18950 4 0.2084 0.7311 0.000 0.044 0.000 0.916 0.016 0.024
#> GSM18953 4 0.4577 0.6676 0.000 0.052 0.000 0.740 0.052 0.156
#> GSM18954 4 0.4577 0.6676 0.000 0.052 0.000 0.740 0.052 0.156
#> GSM19013 2 0.1787 0.8967 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM19014 2 0.1787 0.8967 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM18971 4 0.5497 0.3031 0.000 0.008 0.000 0.596 0.224 0.172
#> GSM18972 4 0.5497 0.3031 0.000 0.008 0.000 0.596 0.224 0.172
#> GSM18969 4 0.5497 0.3031 0.000 0.008 0.000 0.596 0.224 0.172
#> GSM18970 4 0.6763 0.1698 0.000 0.080 0.000 0.480 0.264 0.176
#> GSM18869 1 0.0603 0.7470 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18870 1 0.0603 0.7470 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM19017 2 0.1787 0.8967 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM19018 2 0.1787 0.8967 0.000 0.932 0.000 0.032 0.020 0.016
#> GSM18991 2 0.4830 0.4926 0.000 0.708 0.000 0.180 0.032 0.080
#> GSM18992 2 0.4453 0.5881 0.000 0.752 0.000 0.136 0.032 0.080
#> GSM19021 4 0.6014 0.5143 0.000 0.196 0.008 0.620 0.068 0.108
#> GSM19022 4 0.6014 0.5143 0.000 0.196 0.008 0.620 0.068 0.108
#> GSM19001 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0790 0.9074 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.4166 0.5169 0.020 0.000 0.000 0.744 0.040 0.196
#> GSM18900 4 0.4166 0.5169 0.020 0.000 0.000 0.744 0.040 0.196
#> GSM18961 4 0.1265 0.7310 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000
#> GSM18962 4 0.1265 0.7310 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000
#> GSM18901 4 0.6448 -0.2308 0.116 0.000 0.000 0.468 0.068 0.348
#> GSM18902 4 0.6384 -0.2095 0.108 0.000 0.000 0.476 0.068 0.348
#> GSM18993 4 0.2519 0.7245 0.000 0.044 0.000 0.892 0.016 0.048
#> GSM18994 4 0.2519 0.7245 0.000 0.044 0.000 0.892 0.016 0.048
#> GSM18865 6 0.6463 0.3993 0.036 0.000 0.000 0.324 0.188 0.452
#> GSM18866 6 0.6510 0.4069 0.040 0.000 0.000 0.320 0.188 0.452
#> GSM18897 6 0.5357 -0.0780 0.320 0.000 0.000 0.008 0.104 0.568
#> GSM18898 6 0.5357 -0.0780 0.320 0.000 0.000 0.008 0.104 0.568
#> GSM18887 1 0.4465 0.4504 0.504 0.000 0.000 0.004 0.020 0.472
#> GSM18888 1 0.4465 0.4504 0.504 0.000 0.000 0.004 0.020 0.472
#> GSM18893 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18894 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18895 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18896 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18891 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18892 1 0.4217 0.4744 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> GSM18955 4 0.5613 0.5828 0.000 0.144 0.000 0.652 0.060 0.144
#> GSM18956 4 0.4286 0.6780 0.000 0.044 0.000 0.764 0.048 0.144
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:kmeans 155 3.48e-07 2
#> MAD:kmeans 154 1.18e-12 3
#> MAD:kmeans 137 3.75e-15 4
#> MAD:kmeans 137 3.74e-20 5
#> MAD:kmeans 127 8.35e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.5035 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.989 0.995 0.2893 0.657 0.424
#> 4 4 0.988 0.948 0.977 0.1602 0.859 0.618
#> 5 5 0.961 0.913 0.959 0.0382 0.959 0.840
#> 6 6 0.897 0.810 0.902 0.0374 0.976 0.894
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18963 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18964 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18905 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18965 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18979 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18980 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18975 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18976 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18968 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18959 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM18960 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18957 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18958 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.3879 0.922 0.076 0.924
#> GSM18982 2 0.5408 0.865 0.124 0.876
#> GSM18989 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.3879 0.922 0.076 0.924
#> GSM18985 2 0.3879 0.922 0.076 0.924
#> GSM18986 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.2948 0.947 0.052 0.948
#> GSM18988 2 0.2603 0.954 0.044 0.956
#> GSM18983 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18952 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18953 1 0.1843 0.970 0.972 0.028
#> GSM18954 1 0.0672 0.990 0.992 0.008
#> GSM19013 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18970 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18991 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.5842 0.836 0.860 0.140
#> GSM19021 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18962 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18993 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18994 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.1414 0.977 0.020 0.980
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.3340 0.865 0.000 0.880 0.120
#> GSM19020 2 0.3267 0.869 0.000 0.884 0.116
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18977 2 0.0237 0.989 0.004 0.996 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.6935 0.685 0.176 0.728 0.096
#> GSM18883 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0237 0.989 0.004 0.996 0.000
#> GSM18985 2 0.0424 0.985 0.008 0.992 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 1 0.2625 0.902 0.916 0.084 0.000
#> GSM18972 1 0.2625 0.902 0.916 0.084 0.000
#> GSM18969 1 0.2625 0.902 0.916 0.084 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 3 0.5955 0.454 0.000 0.056 0.616 0.328
#> GSM19020 3 0.6031 0.609 0.000 0.108 0.676 0.216
#> GSM18923 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19006 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18921 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19004 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19011 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19012 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19009 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19010 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18945 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 2 0.4713 0.434 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM18906 4 0.1557 0.919 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18965 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.5158 0.131 0.472 0.004 0.000 0.524
#> GSM18974 4 0.5155 0.145 0.468 0.004 0.000 0.528
#> GSM18977 4 0.0188 0.961 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18978 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0336 0.958 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18883 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18996 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18975 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18998 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18967 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19016 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18957 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0817 0.958 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18987 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.1637 0.935 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM18952 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19008 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18999 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19000 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18889 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.4072 0.666 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM18904 1 0.4164 0.645 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM18949 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.0592 0.950 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18954 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19014 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18971 4 0.0336 0.958 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18972 4 0.0336 0.958 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18969 4 0.0336 0.958 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18970 2 0.3266 0.797 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM18869 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19018 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18991 2 0.2530 0.880 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM18992 2 0.2281 0.897 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM19021 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19002 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18899 1 0.2081 0.902 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM18900 1 0.2081 0.902 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM18961 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0524 0.974 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM18897 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.2868 0.816 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM18956 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.3608 0.7645 0.000 0.824 0.064 0.112 0.000
#> GSM19020 2 0.1992 0.8764 0.000 0.924 0.032 0.044 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0162 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18964 4 0.0162 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18905 5 0.6589 0.2384 0.000 0.224 0.000 0.328 0.448
#> GSM18906 4 0.4291 0.2087 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM18965 4 0.0290 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18966 4 0.0290 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18873 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.6285 0.1825 0.392 0.000 0.000 0.456 0.152
#> GSM18974 4 0.6285 0.1825 0.392 0.000 0.000 0.456 0.152
#> GSM18977 4 0.0794 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM18978 4 0.0162 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18979 4 0.0162 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18980 4 0.1341 0.8909 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM18883 1 0.0162 0.9614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18884 1 0.0162 0.9614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18885 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18908 1 0.0609 0.9575 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18909 1 0.0703 0.9540 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18910 1 0.0703 0.9540 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18867 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0794 0.9088 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM18948 4 0.0703 0.9108 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM18995 2 0.0290 0.9382 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18996 2 0.0162 0.9409 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18975 4 0.0609 0.9139 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM18976 4 0.0703 0.9120 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM18997 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0290 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18968 4 0.0290 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18959 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0794 0.9273 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM18982 5 0.0794 0.9273 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM18989 5 0.1410 0.9347 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM18990 5 0.1121 0.9347 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM18985 5 0.1121 0.9347 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM18986 5 0.1818 0.9253 0.000 0.044 0.000 0.024 0.932
#> GSM18987 5 0.1341 0.9359 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM18988 5 0.1341 0.9359 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM18983 5 0.1410 0.9347 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM18984 5 0.1410 0.9347 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM18951 2 0.2795 0.8172 0.000 0.872 0.000 0.100 0.028
#> GSM18952 4 0.0794 0.9088 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM19007 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0162 0.9614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18890 1 0.0162 0.9614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18881 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.3774 0.5820 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM18904 1 0.3857 0.5510 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 4 0.1300 0.8981 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> GSM18954 4 0.1300 0.8981 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> GSM19013 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.2732 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM18972 4 0.2732 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM18969 4 0.2732 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM18970 2 0.6633 0.0394 0.000 0.448 0.000 0.304 0.248
#> GSM18869 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0404 0.9343 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18992 2 0.0290 0.9378 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.2230 0.8461 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM18900 1 0.2230 0.8461 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.0162 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18994 4 0.0162 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18865 1 0.2723 0.8548 0.864 0.000 0.000 0.012 0.124
#> GSM18866 1 0.2674 0.8595 0.868 0.000 0.000 0.012 0.120
#> GSM18897 1 0.1197 0.9405 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM18898 1 0.1270 0.9372 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM18887 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18888 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18893 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18894 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18895 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18896 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18891 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18892 1 0.0703 0.9563 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18955 2 0.4953 0.1978 0.000 0.532 0.000 0.440 0.028
#> GSM18956 4 0.0794 0.9088 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18916 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18939 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18940 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18933 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18926 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18931 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.3952 0.696 0.000 0.772 0.048 0.164 0.000 0.016
#> GSM19020 2 0.2137 0.886 0.000 0.912 0.028 0.048 0.000 0.012
#> GSM18923 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18924 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18941 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18942 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18929 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18912 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18935 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18918 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18913 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18914 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18937 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18938 3 0.0363 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18943 3 0.0146 0.992 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18944 3 0.0146 0.992 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM19003 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0547 0.786 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18964 4 0.0458 0.786 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18905 6 0.6487 0.273 0.000 0.072 0.000 0.160 0.240 0.528
#> GSM18906 6 0.5325 0.338 0.000 0.000 0.000 0.192 0.212 0.596
#> GSM18965 4 0.0713 0.783 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18966 4 0.0713 0.783 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18873 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.5060 0.558 0.084 0.000 0.000 0.228 0.024 0.664
#> GSM18974 6 0.5060 0.558 0.084 0.000 0.000 0.228 0.024 0.664
#> GSM18977 4 0.3563 0.488 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM18978 4 0.1556 0.759 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM18979 4 0.1267 0.769 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM18980 4 0.3899 0.337 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004 0.404
#> GSM18883 1 0.1663 0.799 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM18884 1 0.1765 0.796 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM18885 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.3778 0.668 0.696 0.000 0.000 0.000 0.016 0.288
#> GSM18908 1 0.3778 0.668 0.696 0.000 0.000 0.000 0.016 0.288
#> GSM18909 1 0.3634 0.610 0.696 0.000 0.000 0.000 0.008 0.296
#> GSM18910 1 0.3653 0.604 0.692 0.000 0.000 0.000 0.008 0.300
#> GSM18867 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0146 0.819 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.3271 0.641 0.000 0.000 0.000 0.760 0.008 0.232
#> GSM18948 4 0.3245 0.645 0.000 0.000 0.000 0.764 0.008 0.228
#> GSM18995 2 0.1663 0.890 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM18996 2 0.1267 0.916 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM18975 4 0.3515 0.469 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM18976 4 0.3515 0.469 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM18997 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18998 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0790 0.782 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18968 4 0.0790 0.782 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18959 4 0.0632 0.784 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18960 4 0.0458 0.786 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM19015 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19016 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18957 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0146 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18982 5 0.0146 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18989 5 0.0458 0.985 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM18990 5 0.0291 0.987 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM18985 5 0.0291 0.987 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM18986 5 0.0881 0.971 0.000 0.008 0.000 0.012 0.972 0.008
#> GSM18987 5 0.0260 0.989 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM18988 5 0.0260 0.989 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM18983 5 0.0458 0.985 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM18984 5 0.0458 0.985 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM18951 2 0.5779 0.258 0.000 0.532 0.000 0.240 0.004 0.224
#> GSM18952 4 0.3217 0.647 0.000 0.000 0.000 0.768 0.008 0.224
#> GSM19007 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.1957 0.787 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM18890 1 0.1957 0.787 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM18881 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.3904 0.514 0.732 0.000 0.000 0.232 0.004 0.032
#> GSM18904 1 0.4003 0.483 0.716 0.000 0.000 0.248 0.004 0.032
#> GSM18949 4 0.0146 0.787 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18950 4 0.0146 0.787 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18953 4 0.3826 0.620 0.000 0.016 0.000 0.736 0.012 0.236
#> GSM18954 4 0.3826 0.620 0.000 0.016 0.000 0.736 0.012 0.236
#> GSM19013 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM19014 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18971 4 0.4393 0.128 0.000 0.000 0.000 0.524 0.024 0.452
#> GSM18972 4 0.4393 0.128 0.000 0.000 0.000 0.524 0.024 0.452
#> GSM18969 4 0.4393 0.128 0.000 0.000 0.000 0.524 0.024 0.452
#> GSM18970 6 0.6486 0.381 0.000 0.244 0.000 0.164 0.068 0.524
#> GSM18869 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.1552 0.916 0.000 0.940 0.000 0.020 0.004 0.036
#> GSM18992 2 0.1003 0.936 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> GSM19021 3 0.0458 0.983 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM19022 3 0.0458 0.983 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM19001 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.3249 0.684 0.824 0.000 0.000 0.128 0.004 0.044
#> GSM18900 1 0.3207 0.689 0.828 0.000 0.000 0.124 0.004 0.044
#> GSM18961 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18901 1 0.1285 0.804 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> GSM18902 1 0.1285 0.804 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> GSM18993 4 0.0547 0.784 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18994 4 0.0547 0.784 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18865 6 0.4509 0.435 0.260 0.000 0.000 0.036 0.020 0.684
#> GSM18866 6 0.4629 0.441 0.256 0.000 0.000 0.040 0.024 0.680
#> GSM18897 1 0.4219 0.529 0.592 0.000 0.000 0.000 0.020 0.388
#> GSM18898 1 0.4246 0.506 0.580 0.000 0.000 0.000 0.020 0.400
#> GSM18887 1 0.3938 0.635 0.660 0.000 0.000 0.000 0.016 0.324
#> GSM18888 1 0.3938 0.635 0.660 0.000 0.000 0.000 0.016 0.324
#> GSM18893 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18894 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18895 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18896 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18891 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18892 1 0.3953 0.633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.016 0.328
#> GSM18955 4 0.5951 0.259 0.000 0.244 0.000 0.512 0.008 0.236
#> GSM18956 4 0.3298 0.637 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008 0.236
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:skmeans 158 3.86e-07 2
#> MAD:skmeans 158 1.28e-12 3
#> MAD:skmeans 154 1.33e-16 4
#> MAD:skmeans 152 6.36e-22 5
#> MAD:skmeans 143 5.95e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.906 0.891 0.939 0.4331 0.560 0.560
#> 3 3 0.709 0.789 0.840 0.4316 0.682 0.499
#> 4 4 0.863 0.915 0.953 0.2078 0.830 0.581
#> 5 5 0.905 0.890 0.920 0.0459 0.960 0.841
#> 6 6 0.975 0.935 0.972 0.0348 0.972 0.870
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 5
There is also optional best \(k\) = 2 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.1633 0.9252 0.024 0.976
#> GSM19020 2 0.3114 0.8952 0.056 0.944
#> GSM18923 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.9170 0.4549 0.332 0.668
#> GSM19006 2 0.7602 0.6791 0.220 0.780
#> GSM18921 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.8813 0.5286 0.300 0.700
#> GSM19004 2 0.0376 0.9422 0.004 0.996
#> GSM19011 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.2236 0.9144 0.036 0.964
#> GSM18945 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM18963 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18964 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18905 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18906 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18965 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18966 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18873 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0938 0.9277 0.988 0.012
#> GSM18977 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18978 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18979 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18980 1 0.5178 0.9154 0.884 0.116
#> GSM18883 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18947 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18948 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18995 1 0.4431 0.9336 0.908 0.092
#> GSM18996 1 0.5737 0.8940 0.864 0.136
#> GSM18975 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18976 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18997 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18998 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18967 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18968 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18959 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18960 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM19015 1 0.4562 0.9308 0.904 0.096
#> GSM19016 1 0.4815 0.9244 0.896 0.104
#> GSM18957 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18958 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18981 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18982 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18989 1 0.4690 0.9277 0.900 0.100
#> GSM18990 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18985 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18986 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18987 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18988 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18983 1 0.4431 0.9336 0.908 0.092
#> GSM18984 1 0.6801 0.8426 0.820 0.180
#> GSM18951 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18952 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM19007 2 0.9988 -0.0297 0.480 0.520
#> GSM19008 2 0.9996 -0.0630 0.488 0.512
#> GSM18999 1 0.9993 0.1486 0.516 0.484
#> GSM19000 1 0.9993 0.1486 0.516 0.484
#> GSM18889 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18950 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18953 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18954 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM19013 2 0.9983 -0.0131 0.476 0.524
#> GSM19014 1 1.0000 0.1019 0.504 0.496
#> GSM18971 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18972 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18969 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18970 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18869 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM19017 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM19018 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18991 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18992 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM19021 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000
#> GSM19001 1 0.8327 0.7157 0.736 0.264
#> GSM19002 1 0.7453 0.7988 0.788 0.212
#> GSM18899 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18962 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18901 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18993 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18994 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18865 1 0.3114 0.9333 0.944 0.056
#> GSM18866 1 0.0376 0.9265 0.996 0.004
#> GSM18897 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0376 0.9265 0.996 0.004
#> GSM18887 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000
#> GSM18955 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
#> GSM18956 1 0.4298 0.9362 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.8528 0.6544 0.240 0.604 0.156
#> GSM19020 2 0.6952 0.7099 0.376 0.600 0.024
#> GSM18923 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.5254 0.7081 0.264 0.000 0.736
#> GSM18929 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM19006 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM18921 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.7114 0.7060 0.388 0.584 0.028
#> GSM19004 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM19011 2 0.7325 0.7016 0.388 0.576 0.036
#> GSM19012 2 0.7325 0.7016 0.388 0.576 0.036
#> GSM19009 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM19010 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM18945 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0424 0.6613 0.008 0.992 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18874 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18973 2 0.4555 0.1881 0.200 0.800 0.000
#> GSM18974 2 0.4121 0.2996 0.168 0.832 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.2945 0.6452 0.004 0.908 0.088
#> GSM18883 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18884 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18885 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18886 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18907 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18908 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18909 2 0.1529 0.6090 0.040 0.960 0.000
#> GSM18910 2 0.0892 0.6361 0.020 0.980 0.000
#> GSM18867 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18868 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18947 2 0.0424 0.6612 0.008 0.992 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18996 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18975 2 0.0592 0.6626 0.012 0.988 0.000
#> GSM18976 2 0.0424 0.6612 0.008 0.992 0.000
#> GSM18997 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18998 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0592 0.6625 0.012 0.988 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM19016 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0237 0.6592 0.004 0.996 0.000
#> GSM18982 2 0.0237 0.6592 0.004 0.996 0.000
#> GSM18989 2 0.6753 0.7104 0.388 0.596 0.016
#> GSM18990 2 0.5835 0.7159 0.340 0.660 0.000
#> GSM18985 2 0.7365 0.5004 0.112 0.700 0.188
#> GSM18986 2 0.5650 0.7134 0.312 0.688 0.000
#> GSM18987 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18988 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18983 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18984 2 0.7001 0.7076 0.388 0.588 0.024
#> GSM18951 2 0.5968 0.7167 0.364 0.636 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM19008 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM18999 2 0.7001 0.7076 0.388 0.588 0.024
#> GSM19000 2 0.7114 0.7060 0.388 0.584 0.028
#> GSM18889 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18890 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18881 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18882 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18877 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18878 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18875 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18876 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18879 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18880 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18871 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18872 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18903 2 0.1289 0.6129 0.032 0.968 0.000
#> GSM18904 2 0.0424 0.6475 0.008 0.992 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.3551 0.6870 0.132 0.868 0.000
#> GSM18954 2 0.0424 0.6614 0.008 0.992 0.000
#> GSM19013 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM19014 2 0.7222 0.7042 0.388 0.580 0.032
#> GSM18971 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.6062 0.7153 0.384 0.616 0.000
#> GSM18869 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18870 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM19017 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM19018 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18991 2 0.5948 0.7167 0.360 0.640 0.000
#> GSM18992 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM19021 3 0.4452 0.7408 0.000 0.192 0.808
#> GSM19022 3 0.5591 0.5174 0.000 0.304 0.696
#> GSM19001 2 0.6298 0.7138 0.388 0.608 0.004
#> GSM19002 2 0.6617 0.7116 0.388 0.600 0.012
#> GSM18899 2 0.4346 0.2550 0.184 0.816 0.000
#> GSM18900 2 0.2796 0.5049 0.092 0.908 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 2 0.6062 -0.5208 0.384 0.616 0.000
#> GSM18902 2 0.5178 -0.0303 0.256 0.744 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.4654 0.1572 0.208 0.792 0.000
#> GSM18866 1 0.6280 0.8914 0.540 0.460 0.000
#> GSM18897 1 0.6126 0.9799 0.600 0.400 0.000
#> GSM18898 1 0.6204 0.9479 0.576 0.424 0.000
#> GSM18887 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18888 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18893 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18894 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18895 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18896 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18891 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18892 1 0.6079 0.9950 0.612 0.388 0.000
#> GSM18955 2 0.6079 0.7147 0.388 0.612 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.6573 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.0336 0.9545 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM19020 2 0.5229 0.4535 0.000 0.564 0.008 0.428
#> GSM18923 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.5000 -0.0436 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM19004 2 0.2589 0.8842 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM19011 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.1792 0.8908 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM19010 2 0.0592 0.8903 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18945 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18964 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18905 2 0.3024 0.8097 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM18906 4 0.3024 0.8230 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM18965 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0336 0.9538 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18974 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18977 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18978 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18979 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18980 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18883 1 0.0336 0.9774 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18884 1 0.0336 0.9774 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM18885 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.7344 0.5544 0.224 0.528 0.000 0.248
#> GSM18910 2 0.5619 0.7151 0.056 0.676 0.000 0.268
#> GSM18867 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18948 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18995 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0188 0.8883 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18975 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18976 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18997 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM18998 2 0.2814 0.8807 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM18967 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0336 0.9545 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18960 4 0.0188 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM19015 2 0.2760 0.8811 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM19016 2 0.1792 0.8908 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18957 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 4 0.4356 0.6405 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM18982 4 0.3528 0.7808 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM18989 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0188 0.8871 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18985 2 0.4713 0.3919 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM18986 4 0.3569 0.7785 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM18987 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.3356 0.8535 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM18952 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0707 0.8907 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM19008 2 0.0707 0.8907 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18999 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM19000 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM18889 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 4 0.0817 0.9398 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM18954 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18969 4 0.0921 0.9391 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18970 2 0.2921 0.8175 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM18869 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM19018 2 0.2868 0.8784 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM18991 2 0.3907 0.7989 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM18992 2 0.3266 0.8578 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM19021 3 0.4483 0.5832 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM19022 3 0.2149 0.8807 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM19001 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM19002 2 0.2921 0.8768 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM18899 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 1 0.2814 0.8334 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM18902 1 0.3764 0.7244 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM18993 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 4 0.4301 0.8042 0.064 0.120 0.000 0.816
#> GSM18866 4 0.3725 0.7693 0.180 0.008 0.000 0.812
#> GSM18897 1 0.2831 0.8565 0.876 0.004 0.000 0.120
#> GSM18898 4 0.5386 0.4678 0.344 0.024 0.000 0.632
#> GSM18887 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.3266 0.8594 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM18956 4 0.0000 0.9585 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.2230 0.8515 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM19020 2 0.4088 0.5760 0.000 0.688 0.008 0.304 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.4307 -0.0557 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19004 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.5430 0.6890 0.000 0.660 0.000 0.148 0.192
#> GSM18906 4 0.2629 0.8454 0.000 0.004 0.000 0.860 0.136
#> GSM18965 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0290 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18974 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18977 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18908 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18909 5 0.6267 0.7164 0.184 0.088 0.000 0.080 0.648
#> GSM18910 5 0.5497 0.6170 0.060 0.136 0.000 0.084 0.720
#> GSM18867 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.1121 0.9179 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.3003 0.8130 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM18996 2 0.0510 0.8942 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM18975 4 0.0162 0.9505 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0510 0.8935 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM18998 2 0.0404 0.8950 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 4 0.5370 0.5139 0.000 0.068 0.000 0.584 0.348
#> GSM18982 4 0.4283 0.6018 0.000 0.008 0.000 0.644 0.348
#> GSM18989 2 0.4015 0.7025 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM18990 2 0.4074 0.6862 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM18985 5 0.6418 -0.2662 0.000 0.344 0.000 0.184 0.472
#> GSM18986 4 0.4283 0.6018 0.000 0.008 0.000 0.644 0.348
#> GSM18987 2 0.4015 0.7025 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM18988 2 0.4015 0.7025 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM18983 2 0.4015 0.7025 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM18984 2 0.4015 0.7025 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM18951 2 0.2136 0.8474 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM18952 4 0.0162 0.9504 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19000 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18889 1 0.0290 0.9890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18890 1 0.0290 0.9890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18881 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 4 0.2172 0.8879 0.000 0.016 0.000 0.908 0.076
#> GSM18954 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.1792 0.8679 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM19014 2 0.1043 0.8867 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18971 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0162 0.9508 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18970 2 0.5378 0.6902 0.000 0.668 0.000 0.160 0.172
#> GSM18869 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0703 0.8901 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM19018 2 0.0290 0.8959 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18991 2 0.2471 0.8080 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM18992 2 0.0963 0.8844 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM19021 3 0.4059 0.5601 0.000 0.004 0.700 0.292 0.004
#> GSM19022 3 0.1740 0.9006 0.000 0.012 0.932 0.056 0.000
#> GSM19001 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19002 2 0.0162 0.8966 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18899 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 5 0.4638 0.8083 0.324 0.000 0.000 0.028 0.648
#> GSM18902 5 0.5477 0.7145 0.220 0.000 0.000 0.132 0.648
#> GSM18993 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 4 0.4096 0.7465 0.052 0.000 0.000 0.772 0.176
#> GSM18866 4 0.4864 0.6049 0.164 0.000 0.000 0.720 0.116
#> GSM18897 5 0.3789 0.7606 0.224 0.000 0.000 0.016 0.760
#> GSM18898 5 0.3954 0.7403 0.192 0.000 0.000 0.036 0.772
#> GSM18887 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18888 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18893 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18894 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18895 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18896 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18891 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18892 5 0.4015 0.8250 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM18955 2 0.1410 0.8704 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM18956 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.2219 0.8298 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM19020 2 0.3690 0.5483 0.000 0.684 0.008 0.308 0.000 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3868 -0.0295 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9712 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.5296 0.4883 0.000 0.596 0.000 0.168 0.236 0.000
#> GSM18906 4 0.3475 0.7654 0.000 0.000 0.000 0.800 0.140 0.060
#> GSM18965 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0865 0.9384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18974 4 0.0547 0.9515 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18977 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18978 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0260 0.9788 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18885 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18908 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18909 6 0.0777 0.9664 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> GSM18910 6 0.0951 0.9665 0.000 0.008 0.000 0.020 0.004 0.968
#> GSM18867 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.0937 0.9318 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM18948 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18995 2 0.3050 0.7067 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM18996 2 0.0458 0.9259 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18975 4 0.0146 0.9637 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0260 0.9297 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0260 0.9297 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.1757 0.8755 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008 0.000
#> GSM18952 4 0.0146 0.9635 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.2135 0.8561 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM18890 1 0.2260 0.8417 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM18881 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18953 4 0.2019 0.8796 0.000 0.012 0.000 0.900 0.088 0.000
#> GSM18954 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19013 2 0.1663 0.8731 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM19014 2 0.0937 0.9115 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0363 0.9582 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM18970 2 0.5292 0.4968 0.000 0.600 0.000 0.180 0.220 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0632 0.9209 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0363 0.9279 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.2092 0.8276 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0790 0.9160 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM19021 3 0.3753 0.5352 0.000 0.008 0.696 0.292 0.004 0.000
#> GSM19022 3 0.1719 0.8880 0.000 0.016 0.924 0.060 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18901 6 0.0458 0.9770 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18902 6 0.0713 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18993 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18865 4 0.3647 0.4687 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM18866 4 0.3672 0.4510 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM18897 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18898 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18887 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18888 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18893 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18894 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18895 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18896 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18891 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18892 6 0.0000 0.9905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18955 2 0.1141 0.9012 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM18956 4 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:pam 151 4.79e-07 2
#> MAD:pam 152 3.32e-12 3
#> MAD:pam 154 1.76e-15 4
#> MAD:pam 156 6.46e-21 5
#> MAD:pam 153 6.88e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.494 0.730 0.877 0.4608 0.501 0.501
#> 3 3 0.875 0.879 0.944 0.3367 0.635 0.405
#> 4 4 0.745 0.875 0.894 0.1592 0.802 0.526
#> 5 5 0.714 0.692 0.771 0.0507 0.903 0.676
#> 6 6 0.661 0.532 0.729 0.0480 0.848 0.496
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.781 0.693 0.232 0.768
#> GSM19020 2 0.781 0.693 0.232 0.768
#> GSM18923 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.844 0.665 0.272 0.728
#> GSM19006 2 0.839 0.669 0.268 0.732
#> GSM18921 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.955 0.528 0.376 0.624
#> GSM19004 2 0.827 0.676 0.260 0.740
#> GSM19011 2 0.827 0.676 0.260 0.740
#> GSM19012 2 0.827 0.676 0.260 0.740
#> GSM19009 2 0.827 0.676 0.260 0.740
#> GSM19010 2 0.827 0.676 0.260 0.740
#> GSM18945 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.000 0.772 0.000 1.000
#> GSM18963 2 1.000 0.362 0.492 0.508
#> GSM18964 1 1.000 -0.343 0.504 0.496
#> GSM18905 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18906 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.997 0.427 0.468 0.532
#> GSM18966 2 0.997 0.427 0.468 0.532
#> GSM18873 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18978 1 0.402 0.829 0.920 0.080
#> GSM18979 1 0.595 0.741 0.856 0.144
#> GSM18980 1 0.987 -0.112 0.568 0.432
#> GSM18883 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.973 0.526 0.404 0.596
#> GSM18948 2 0.971 0.531 0.400 0.600
#> GSM18995 1 0.958 0.124 0.620 0.380
#> GSM18996 1 0.999 -0.272 0.516 0.484
#> GSM18975 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18976 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18997 2 0.998 0.300 0.472 0.528
#> GSM18998 2 0.971 0.484 0.400 0.600
#> GSM18967 2 0.997 0.427 0.468 0.532
#> GSM18968 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18959 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18960 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM19015 1 0.932 0.366 0.652 0.348
#> GSM19016 1 0.895 0.464 0.688 0.312
#> GSM18957 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18958 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18981 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18982 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18989 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18990 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18985 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18986 1 0.995 -0.224 0.540 0.460
#> GSM18987 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18988 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18983 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18984 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18951 1 0.482 0.798 0.896 0.104
#> GSM18952 2 0.998 0.416 0.472 0.528
#> GSM19007 1 0.814 0.593 0.748 0.252
#> GSM19008 1 0.775 0.630 0.772 0.228
#> GSM18999 1 0.760 0.646 0.780 0.220
#> GSM19000 1 0.680 0.700 0.820 0.180
#> GSM18889 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18949 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18950 2 0.997 0.427 0.468 0.532
#> GSM18953 1 0.925 0.271 0.660 0.340
#> GSM18954 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM19013 1 0.482 0.804 0.896 0.104
#> GSM19014 1 0.278 0.867 0.952 0.048
#> GSM18971 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18970 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM19017 1 0.745 0.665 0.788 0.212
#> GSM19018 1 0.552 0.776 0.872 0.128
#> GSM18991 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18992 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM19021 2 0.775 0.695 0.228 0.772
#> GSM19022 2 0.775 0.695 0.228 0.772
#> GSM19001 1 0.932 0.372 0.652 0.348
#> GSM19002 1 0.814 0.594 0.748 0.252
#> GSM18899 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18962 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18901 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.998 0.406 0.476 0.524
#> GSM18994 2 0.996 0.435 0.464 0.536
#> GSM18865 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.000 0.913 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.871 0.648 0.292 0.708
#> GSM18956 2 0.861 0.654 0.284 0.716
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0237 0.967 0.000 0.996 0.004
#> GSM19020 2 0.0237 0.967 0.000 0.996 0.004
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19006 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0237 0.996 0.000 0.004 0.996
#> GSM18944 3 0.0237 0.996 0.000 0.004 0.996
#> GSM19003 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19004 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19011 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19012 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19009 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19010 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18906 2 0.1529 0.947 0.040 0.960 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18974 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18977 2 0.5905 0.312 0.352 0.648 0.000
#> GSM18978 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18883 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18884 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18908 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18909 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18910 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18867 1 0.0592 0.813 0.988 0.012 0.000
#> GSM18868 1 0.1860 0.820 0.948 0.052 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18996 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18998 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19016 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18982 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18989 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18990 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18985 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18986 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18987 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18988 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18983 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18984 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18951 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19008 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18999 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19000 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18889 1 0.0424 0.812 0.992 0.008 0.000
#> GSM18890 1 0.0424 0.812 0.992 0.008 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18904 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18954 2 0.0747 0.964 0.016 0.984 0.000
#> GSM19013 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM19014 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18971 2 0.5529 0.480 0.296 0.704 0.000
#> GSM18972 2 0.6045 0.213 0.380 0.620 0.000
#> GSM18969 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18970 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19018 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18991 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM18992 2 0.1289 0.955 0.032 0.968 0.000
#> GSM19021 2 0.2165 0.907 0.000 0.936 0.064
#> GSM19022 2 0.2165 0.907 0.000 0.936 0.064
#> GSM19001 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM19002 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18899 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18900 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18902 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18866 1 0.6286 0.364 0.536 0.464 0.000
#> GSM18897 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18898 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18887 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18888 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18893 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18894 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18895 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18896 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18891 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18892 1 0.2066 0.822 0.940 0.060 0.000
#> GSM18955 2 0.0237 0.971 0.004 0.996 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.2546 0.738 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM19020 4 0.2546 0.738 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19006 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 4 0.4855 0.218 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM18944 4 0.4855 0.218 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM19003 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19004 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19011 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19012 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19009 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM19010 2 0.2081 0.863 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 2 0.3873 0.741 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM18964 4 0.4955 0.401 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM18905 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18906 2 0.1059 0.868 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM18965 4 0.3444 0.847 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM18966 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18873 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.5889 0.682 0.100 0.688 0.000 0.212
#> GSM18974 2 0.5889 0.682 0.100 0.688 0.000 0.212
#> GSM18977 2 0.3521 0.820 0.084 0.864 0.000 0.052
#> GSM18978 2 0.3311 0.806 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM18979 2 0.4304 0.629 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM18980 2 0.4790 0.494 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM18883 1 0.2021 0.948 0.932 0.056 0.000 0.012
#> GSM18884 1 0.1970 0.948 0.932 0.060 0.000 0.008
#> GSM18885 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18908 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18909 2 0.5171 0.736 0.128 0.760 0.000 0.112
#> GSM18910 2 0.5116 0.740 0.128 0.764 0.000 0.108
#> GSM18867 1 0.0592 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.1545 0.957 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM18947 4 0.4382 0.784 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM18948 4 0.4356 0.789 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM18995 2 0.1389 0.868 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM18996 2 0.2345 0.854 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM18975 4 0.4277 0.795 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM18976 4 0.4277 0.795 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM18997 2 0.2345 0.855 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM18998 2 0.2408 0.854 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18967 4 0.3528 0.845 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM18968 4 0.3649 0.842 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM18959 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18960 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM19015 2 0.2469 0.851 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM19016 2 0.2408 0.853 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18957 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18958 4 0.3311 0.844 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM18981 2 0.0336 0.869 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18982 2 0.0592 0.870 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18989 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0188 0.868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18985 2 0.0188 0.868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18986 2 0.3311 0.789 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM18987 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.2408 0.854 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18952 4 0.4304 0.790 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM19007 2 0.2345 0.860 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM19008 2 0.2149 0.862 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM18999 2 0.1867 0.867 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM19000 2 0.1867 0.866 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM18889 1 0.0707 0.963 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0469 0.963 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.4669 0.783 0.100 0.796 0.000 0.104
#> GSM18904 2 0.4359 0.794 0.100 0.816 0.000 0.084
#> GSM18949 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18950 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18953 2 0.2469 0.852 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM18954 2 0.2149 0.854 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM19013 2 0.1022 0.868 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM19014 2 0.0592 0.867 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18971 2 0.3900 0.809 0.084 0.844 0.000 0.072
#> GSM18972 2 0.3828 0.810 0.084 0.848 0.000 0.068
#> GSM18969 2 0.4093 0.802 0.096 0.832 0.000 0.072
#> GSM18970 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0336 0.964 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2408 0.853 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM19018 2 0.2408 0.853 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18991 2 0.0707 0.870 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18992 2 0.0707 0.870 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM19021 4 0.3505 0.715 0.000 0.088 0.048 0.864
#> GSM19022 4 0.3505 0.715 0.000 0.088 0.048 0.864
#> GSM19001 2 0.2704 0.852 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM19002 2 0.2704 0.852 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18899 2 0.5427 0.734 0.100 0.736 0.000 0.164
#> GSM18900 2 0.5470 0.730 0.100 0.732 0.000 0.168
#> GSM18961 4 0.4040 0.820 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM18962 4 0.3400 0.847 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM18901 2 0.5277 0.730 0.132 0.752 0.000 0.116
#> GSM18902 2 0.5277 0.730 0.132 0.752 0.000 0.116
#> GSM18993 4 0.4277 0.795 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM18994 4 0.4277 0.795 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM18865 2 0.5464 0.695 0.072 0.716 0.000 0.212
#> GSM18866 2 0.5716 0.687 0.088 0.700 0.000 0.212
#> GSM18897 1 0.2179 0.945 0.924 0.064 0.000 0.012
#> GSM18898 1 0.3681 0.793 0.816 0.176 0.000 0.008
#> GSM18887 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18888 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18893 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18894 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18895 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18896 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18891 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18892 1 0.1938 0.956 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM18955 2 0.2589 0.848 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM18956 4 0.4277 0.805 0.000 0.280 0.000 0.720
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18928 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18915 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.2516 0.923 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM18940 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18933 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18934 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18925 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18926 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18931 3 0.0162 0.945 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18932 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19019 4 0.1443 0.400 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004
#> GSM19020 4 0.1443 0.400 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004
#> GSM18923 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18924 3 0.2377 0.926 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM18941 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18942 3 0.2605 0.920 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM18929 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18930 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18911 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18912 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18935 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18936 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19005 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM19006 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM18921 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18922 3 0.0404 0.944 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18919 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18920 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18917 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18918 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18913 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18914 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18937 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18938 3 0.2561 0.922 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18943 4 0.4403 -0.195 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004
#> GSM18944 4 0.4403 -0.195 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004
#> GSM19003 2 0.1502 0.783 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM19004 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM19011 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM19012 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM19009 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM19010 2 0.2124 0.779 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM18945 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 2 0.3730 0.429 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM18964 2 0.4302 -0.293 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM18905 2 0.1918 0.783 0.000 0.928 0.000 0.036 0.036
#> GSM18906 2 0.2540 0.762 0.000 0.888 0.000 0.024 0.088
#> GSM18965 4 0.4182 0.545 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM18966 4 0.4182 0.547 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.7625 -0.295 0.044 0.280 0.000 0.340 0.336
#> GSM18974 4 0.7625 -0.295 0.044 0.280 0.000 0.340 0.336
#> GSM18977 2 0.5340 0.563 0.044 0.700 0.000 0.048 0.208
#> GSM18978 2 0.3790 0.469 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM18979 2 0.4030 0.231 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM18980 4 0.4088 0.216 0.000 0.304 0.000 0.688 0.008
#> GSM18883 5 0.6742 0.566 0.352 0.028 0.000 0.132 0.488
#> GSM18884 5 0.5936 0.738 0.200 0.028 0.000 0.120 0.652
#> GSM18885 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 5 0.3266 0.789 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> GSM18908 5 0.3266 0.789 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> GSM18909 5 0.5912 0.429 0.008 0.360 0.000 0.088 0.544
#> GSM18910 5 0.5965 0.381 0.008 0.384 0.000 0.088 0.520
#> GSM18867 1 0.2011 0.912 0.928 0.020 0.000 0.008 0.044
#> GSM18868 5 0.6626 0.491 0.400 0.044 0.000 0.084 0.472
#> GSM18947 4 0.4242 0.516 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM18948 4 0.4227 0.528 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM18995 2 0.2270 0.780 0.000 0.904 0.000 0.076 0.020
#> GSM18996 2 0.1792 0.767 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM18975 4 0.4242 0.516 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM18976 4 0.4235 0.523 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM18997 2 0.1043 0.791 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM18998 2 0.0609 0.796 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM18967 4 0.4201 0.538 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM18968 4 0.4210 0.534 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM18959 4 0.4161 0.551 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM18960 4 0.4150 0.552 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM19015 2 0.0510 0.796 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM19016 2 0.1197 0.788 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM18957 4 0.4150 0.552 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM18958 4 0.4114 0.550 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM18981 2 0.1992 0.784 0.000 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM18982 2 0.2067 0.784 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> GSM18989 2 0.1997 0.783 0.000 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM18990 2 0.2074 0.784 0.000 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM18985 2 0.2074 0.784 0.000 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM18986 2 0.3752 0.432 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM18987 2 0.1997 0.783 0.000 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM18988 2 0.1997 0.783 0.000 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM18983 2 0.1915 0.783 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM18984 2 0.1997 0.783 0.000 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM18951 2 0.2351 0.770 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016
#> GSM18952 4 0.4249 0.508 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM19007 2 0.1981 0.782 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> GSM19008 2 0.2054 0.780 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM18999 2 0.1331 0.795 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM19000 2 0.1408 0.795 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM18889 1 0.0451 0.979 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM18890 1 0.0451 0.979 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM18881 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.7630 -0.215 0.044 0.352 0.000 0.308 0.296
#> GSM18904 2 0.7612 -0.177 0.044 0.368 0.000 0.296 0.292
#> GSM18949 4 0.4150 0.552 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM18950 4 0.4150 0.552 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM18953 2 0.3687 0.657 0.000 0.792 0.000 0.180 0.028
#> GSM18954 2 0.3612 0.673 0.000 0.800 0.000 0.172 0.028
#> GSM19013 2 0.2359 0.777 0.000 0.904 0.000 0.036 0.060
#> GSM19014 2 0.2291 0.777 0.000 0.908 0.000 0.036 0.056
#> GSM18971 2 0.5924 0.465 0.044 0.648 0.000 0.076 0.232
#> GSM18972 2 0.5757 0.483 0.044 0.660 0.000 0.064 0.232
#> GSM18969 2 0.6182 0.410 0.044 0.608 0.000 0.080 0.268
#> GSM18970 2 0.2012 0.778 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> GSM18869 1 0.0510 0.978 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18870 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0290 0.797 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM19018 2 0.0693 0.798 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM18991 2 0.2139 0.780 0.000 0.916 0.000 0.032 0.052
#> GSM18992 2 0.2067 0.782 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> GSM19021 4 0.1412 0.392 0.000 0.036 0.008 0.952 0.004
#> GSM19022 4 0.1412 0.392 0.000 0.036 0.008 0.952 0.004
#> GSM19001 2 0.0898 0.792 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM19002 2 0.0898 0.792 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM18899 4 0.7626 -0.260 0.044 0.292 0.000 0.356 0.308
#> GSM18900 4 0.7673 -0.259 0.048 0.292 0.000 0.356 0.304
#> GSM18961 4 0.4150 0.552 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM18962 4 0.4161 0.551 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM18901 5 0.5752 0.522 0.008 0.280 0.000 0.100 0.612
#> GSM18902 5 0.5772 0.519 0.008 0.284 0.000 0.100 0.608
#> GSM18993 4 0.4227 0.524 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM18994 4 0.4227 0.524 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM18865 4 0.7673 -0.294 0.048 0.280 0.000 0.344 0.328
#> GSM18866 4 0.7674 -0.299 0.048 0.280 0.000 0.336 0.336
#> GSM18897 5 0.4475 0.773 0.180 0.056 0.000 0.008 0.756
#> GSM18898 5 0.4662 0.722 0.096 0.140 0.000 0.008 0.756
#> GSM18887 5 0.3231 0.789 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> GSM18888 5 0.3231 0.789 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> GSM18893 5 0.3266 0.789 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> GSM18894 5 0.3300 0.785 0.204 0.004 0.000 0.000 0.792
#> GSM18895 5 0.3231 0.789 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> GSM18896 5 0.3266 0.789 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> GSM18891 5 0.3266 0.789 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> GSM18892 5 0.3422 0.788 0.200 0.004 0.000 0.004 0.792
#> GSM18955 2 0.3177 0.599 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM18956 4 0.4227 0.528 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0865 0.7843 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0713 0.7876 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.2340 0.8059 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.2416 0.8054 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.3765 0.7556 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.3607 0.7663 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0790 0.7855 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0713 0.7873 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.3756 0.7526 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.3756 0.7526 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0260 0.7999 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0458 0.7979 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 2 0.6343 0.8606 0.000 0.472 0.000 0.072 0.360 0.096
#> GSM19020 2 0.6343 0.8606 0.000 0.472 0.000 0.072 0.360 0.096
#> GSM18923 3 0.3747 0.7531 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.3547 0.7733 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.3828 0.7423 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3828 0.7423 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0790 0.7855 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0363 0.7946 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.3817 0.7466 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.3823 0.7445 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0458 0.8015 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0458 0.7925 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 5 0.3868 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM19006 5 0.3868 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM18921 3 0.0865 0.7843 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0790 0.7855 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0458 0.8015 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.7975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.2003 0.8090 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.2378 0.8076 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.3823 0.7445 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.3828 0.7423 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.3828 0.7423 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.3828 0.7423 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 2 0.6537 0.7979 0.000 0.496 0.100 0.008 0.324 0.072
#> GSM18944 2 0.6537 0.7979 0.000 0.496 0.100 0.008 0.324 0.072
#> GSM19003 4 0.3789 -0.6633 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM19004 4 0.3868 -0.7411 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM19011 5 0.3868 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM19012 5 0.3868 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM19009 4 0.3868 -0.7404 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM19010 5 0.3869 0.7172 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM18945 3 0.2340 0.8036 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.2340 0.8036 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.1434 0.4791 0.000 0.020 0.000 0.948 0.024 0.008
#> GSM18964 4 0.4192 0.5412 0.000 0.028 0.000 0.776 0.108 0.088
#> GSM18905 4 0.4881 -0.7262 0.000 0.004 0.000 0.496 0.452 0.048
#> GSM18906 4 0.6008 -0.5317 0.000 0.016 0.000 0.500 0.316 0.168
#> GSM18965 4 0.4672 0.5367 0.000 0.016 0.000 0.720 0.128 0.136
#> GSM18966 4 0.4557 0.5398 0.000 0.016 0.000 0.732 0.128 0.124
#> GSM18873 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.8118 0.3492 0.120 0.068 0.000 0.212 0.200 0.400
#> GSM18974 6 0.8090 0.3510 0.116 0.068 0.000 0.212 0.200 0.404
#> GSM18977 4 0.7115 -0.1419 0.064 0.104 0.000 0.472 0.048 0.312
#> GSM18978 4 0.2125 0.4489 0.000 0.028 0.000 0.916 0.028 0.028
#> GSM18979 4 0.3254 0.5205 0.000 0.028 0.000 0.848 0.072 0.052
#> GSM18980 2 0.7059 0.5489 0.000 0.364 0.000 0.300 0.268 0.068
#> GSM18883 1 0.5708 0.2472 0.596 0.016 0.000 0.028 0.072 0.288
#> GSM18884 6 0.5104 0.5644 0.224 0.016 0.000 0.024 0.056 0.680
#> GSM18885 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.2941 0.5650 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM18908 6 0.2941 0.5650 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM18909 6 0.6062 0.3380 0.008 0.012 0.000 0.232 0.204 0.544
#> GSM18910 6 0.6081 0.3192 0.008 0.012 0.000 0.236 0.204 0.540
#> GSM18867 1 0.1767 0.8841 0.932 0.000 0.000 0.020 0.012 0.036
#> GSM18868 1 0.5845 0.3021 0.608 0.008 0.000 0.064 0.068 0.252
#> GSM18947 4 0.4353 0.5337 0.000 0.036 0.000 0.764 0.124 0.076
#> GSM18948 4 0.4368 0.5331 0.000 0.028 0.000 0.756 0.140 0.076
#> GSM18995 4 0.2755 0.2513 0.000 0.004 0.000 0.844 0.140 0.012
#> GSM18996 4 0.1204 0.4051 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM18975 4 0.4473 0.5392 0.000 0.032 0.000 0.752 0.128 0.088
#> GSM18976 4 0.4409 0.5409 0.000 0.028 0.000 0.756 0.124 0.092
#> GSM18997 4 0.1806 0.3779 0.000 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM18998 4 0.1663 0.3811 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM18967 4 0.4263 0.5418 0.000 0.004 0.000 0.744 0.120 0.132
#> GSM18968 4 0.4251 0.5430 0.000 0.008 0.000 0.752 0.116 0.124
#> GSM18959 4 0.4507 0.5385 0.000 0.012 0.000 0.732 0.132 0.124
#> GSM18960 4 0.4507 0.5385 0.000 0.012 0.000 0.732 0.132 0.124
#> GSM19015 4 0.1858 0.3768 0.000 0.004 0.000 0.904 0.092 0.000
#> GSM19016 4 0.1444 0.3952 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM18957 4 0.4507 0.5385 0.000 0.012 0.000 0.732 0.132 0.124
#> GSM18958 4 0.4545 0.5377 0.000 0.012 0.000 0.728 0.136 0.124
#> GSM18981 4 0.4699 -0.7480 0.000 0.008 0.000 0.496 0.468 0.028
#> GSM18982 4 0.4863 -0.7421 0.000 0.016 0.000 0.496 0.460 0.028
#> GSM18989 5 0.4381 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM18990 5 0.4381 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM18985 5 0.4613 0.8289 0.000 0.008 0.000 0.440 0.528 0.024
#> GSM18986 4 0.1707 0.4628 0.000 0.056 0.000 0.928 0.012 0.004
#> GSM18987 5 0.4381 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM18988 5 0.4381 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM18983 5 0.4389 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.448 0.528 0.024
#> GSM18984 5 0.4310 0.8346 0.000 0.000 0.000 0.440 0.540 0.020
#> GSM18951 4 0.2009 0.3691 0.000 0.004 0.000 0.904 0.084 0.008
#> GSM18952 4 0.4263 0.5364 0.000 0.028 0.000 0.768 0.124 0.080
#> GSM19007 4 0.3695 -0.3123 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM19008 4 0.3607 -0.2033 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM18999 4 0.3650 0.0444 0.000 0.000 0.000 0.708 0.280 0.012
#> GSM19000 4 0.3674 0.0735 0.000 0.000 0.000 0.716 0.268 0.016
#> GSM18889 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18890 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18881 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 6 0.8191 0.3246 0.120 0.072 0.000 0.252 0.180 0.376
#> GSM18904 6 0.8183 0.3235 0.120 0.072 0.000 0.256 0.176 0.376
#> GSM18949 4 0.4709 0.5352 0.000 0.016 0.000 0.716 0.128 0.140
#> GSM18950 4 0.4710 0.5347 0.000 0.016 0.000 0.716 0.132 0.136
#> GSM18953 4 0.2803 0.3900 0.000 0.028 0.000 0.876 0.064 0.032
#> GSM18954 4 0.3580 0.3210 0.000 0.048 0.000 0.828 0.080 0.044
#> GSM19013 5 0.4150 0.8165 0.000 0.000 0.000 0.392 0.592 0.016
#> GSM19014 5 0.4150 0.8165 0.000 0.000 0.000 0.392 0.592 0.016
#> GSM18971 4 0.6929 -0.0766 0.116 0.036 0.000 0.452 0.048 0.348
#> GSM18972 4 0.6984 -0.0788 0.116 0.040 0.000 0.448 0.048 0.348
#> GSM18969 4 0.7158 -0.1795 0.116 0.048 0.000 0.412 0.052 0.372
#> GSM18970 4 0.6162 -0.5412 0.000 0.032 0.000 0.500 0.320 0.148
#> GSM18869 1 0.0777 0.9234 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM18870 1 0.0000 0.9470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 4 0.2261 0.3564 0.000 0.008 0.000 0.884 0.104 0.004
#> GSM19018 4 0.2355 0.3417 0.000 0.008 0.000 0.876 0.112 0.004
#> GSM18991 4 0.6212 -0.5160 0.000 0.044 0.000 0.520 0.296 0.140
#> GSM18992 4 0.5885 -0.5437 0.000 0.036 0.000 0.536 0.324 0.104
#> GSM19021 2 0.6199 0.8656 0.000 0.488 0.004 0.048 0.364 0.096
#> GSM19022 2 0.6199 0.8656 0.000 0.488 0.004 0.048 0.364 0.096
#> GSM19001 4 0.2854 0.3054 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM19002 4 0.2854 0.3054 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM18899 6 0.8423 0.3030 0.164 0.072 0.000 0.228 0.196 0.340
#> GSM18900 6 0.8351 0.3171 0.148 0.072 0.000 0.228 0.196 0.356
#> GSM18961 4 0.4507 0.5385 0.000 0.012 0.000 0.732 0.132 0.124
#> GSM18962 4 0.4411 0.5391 0.000 0.008 0.000 0.736 0.132 0.124
#> GSM18901 6 0.5560 0.4892 0.016 0.020 0.000 0.232 0.096 0.636
#> GSM18902 6 0.5641 0.4776 0.016 0.016 0.000 0.232 0.112 0.624
#> GSM18993 4 0.4455 0.5411 0.000 0.028 0.000 0.752 0.124 0.096
#> GSM18994 4 0.4385 0.5414 0.000 0.024 0.000 0.756 0.120 0.100
#> GSM18865 6 0.7788 0.3721 0.080 0.064 0.000 0.212 0.208 0.436
#> GSM18866 6 0.8184 0.3520 0.128 0.068 0.000 0.212 0.204 0.388
#> GSM18897 6 0.4589 0.5924 0.176 0.000 0.000 0.088 0.016 0.720
#> GSM18898 6 0.4670 0.5790 0.124 0.000 0.000 0.140 0.016 0.720
#> GSM18887 6 0.3076 0.5419 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM18888 6 0.3076 0.5419 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM18893 6 0.2941 0.5650 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM18894 6 0.2969 0.5617 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM18895 6 0.2941 0.5650 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM18896 6 0.2941 0.5650 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM18891 6 0.3081 0.5654 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004 0.776
#> GSM18892 6 0.3136 0.5575 0.228 0.000 0.000 0.000 0.004 0.768
#> GSM18955 4 0.0837 0.4446 0.000 0.004 0.000 0.972 0.020 0.004
#> GSM18956 4 0.4640 0.5297 0.000 0.044 0.000 0.740 0.140 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:mclust 129 5.75e-06 2
#> MAD:mclust 142 1.59e-11 3
#> MAD:mclust 154 1.39e-16 4
#> MAD:mclust 132 3.88e-18 5
#> MAD:mclust 109 1.94e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.947 0.947 0.978 0.4812 0.520 0.520
#> 3 3 0.990 0.956 0.982 0.3348 0.688 0.476
#> 4 4 0.777 0.829 0.881 0.1622 0.877 0.661
#> 5 5 0.839 0.829 0.911 0.0687 0.911 0.667
#> 6 6 0.824 0.729 0.833 0.0323 0.940 0.721
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18964 2 0.2423 0.945 0.040 0.960
#> GSM18905 2 0.0938 0.969 0.012 0.988
#> GSM18906 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM18965 1 0.0376 0.974 0.996 0.004
#> GSM18966 1 0.0376 0.974 0.996 0.004
#> GSM18873 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.5737 0.843 0.136 0.864
#> GSM18979 1 0.9248 0.481 0.660 0.340
#> GSM18980 2 0.9427 0.447 0.360 0.640
#> GSM18883 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18910 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18976 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> GSM18997 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.1843 0.953 0.972 0.028
#> GSM18968 1 0.5294 0.855 0.880 0.120
#> GSM18959 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> GSM18960 2 0.0938 0.969 0.012 0.988
#> GSM19015 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.2043 0.952 0.032 0.968
#> GSM18958 1 0.2948 0.931 0.948 0.052
#> GSM18981 2 0.0938 0.969 0.012 0.988
#> GSM18982 2 0.5629 0.848 0.132 0.868
#> GSM18989 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.6148 0.823 0.152 0.848
#> GSM18985 2 0.9954 0.149 0.460 0.540
#> GSM18986 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.0672 0.972 0.008 0.992
#> GSM18988 2 0.0672 0.972 0.008 0.992
#> GSM18983 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.1184 0.965 0.016 0.984
#> GSM19007 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM18950 1 0.0376 0.974 0.996 0.004
#> GSM18953 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.5629 0.849 0.132 0.868
#> GSM19013 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18970 1 0.9732 0.314 0.596 0.404
#> GSM18869 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18991 1 0.9323 0.460 0.652 0.348
#> GSM18992 2 0.7376 0.745 0.208 0.792
#> GSM19021 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.3114 0.927 0.944 0.056
#> GSM18962 2 0.3733 0.915 0.072 0.928
#> GSM18901 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.2778 0.938 0.048 0.952
#> GSM18994 2 0.8813 0.582 0.300 0.700
#> GSM18865 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.1753 0.936 0.000 0.952 0.048
#> GSM19020 2 0.1643 0.940 0.000 0.956 0.044
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> GSM19012 2 0.0747 0.966 0.000 0.984 0.016
#> GSM19009 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> GSM19010 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0424 0.958 0.992 0.008 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.5656 0.784 0.128 0.804 0.068
#> GSM18883 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.4750 0.725 0.784 0.216 0.000
#> GSM18910 1 0.5882 0.476 0.652 0.348 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.1765 0.941 0.040 0.956 0.004
#> GSM18985 2 0.4805 0.772 0.176 0.812 0.012
#> GSM18986 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.5254 0.647 0.736 0.264 0.000
#> GSM18904 1 0.6168 0.310 0.588 0.412 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 2 0.6274 0.137 0.456 0.544 0.000
#> GSM18972 2 0.5016 0.678 0.240 0.760 0.000
#> GSM18969 2 0.5098 0.665 0.248 0.752 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0747 0.951 0.984 0.016 0.000
#> GSM18900 1 0.1529 0.929 0.960 0.040 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0424 0.958 0.992 0.008 0.000
#> GSM18902 1 0.1643 0.925 0.956 0.044 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0188 0.9913 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18939 3 0.0336 0.9896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0188 0.9913 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18926 3 0.0188 0.9913 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.1557 0.8435 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM19020 4 0.4546 0.5871 0.000 0.256 0.012 0.732
#> GSM18923 3 0.0336 0.9896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM18924 3 0.0188 0.9913 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18941 3 0.1474 0.9531 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM18942 3 0.2589 0.8825 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0469 0.9872 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18912 3 0.1211 0.9643 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.2760 0.8612 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM19006 2 0.2704 0.8599 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM18921 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0336 0.9879 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18919 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0469 0.9872 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18914 3 0.0336 0.9896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM18937 3 0.0188 0.9913 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18938 3 0.0336 0.9896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.3356 0.8575 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM19004 2 0.2973 0.8646 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM19011 2 0.2647 0.8584 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM19012 2 0.2868 0.8633 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM19009 2 0.3123 0.8643 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM19010 2 0.3024 0.8647 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM18945 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9923 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.3610 0.6939 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM18964 4 0.1557 0.8447 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18905 2 0.3942 0.8093 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM18906 4 0.4999 0.0497 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM18965 4 0.0336 0.8459 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18966 4 0.0469 0.8447 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18873 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.6845 0.2038 0.452 0.100 0.000 0.448
#> GSM18974 4 0.6805 -0.0594 0.400 0.100 0.000 0.500
#> GSM18977 4 0.1716 0.8420 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM18978 4 0.3123 0.7611 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM18979 4 0.2011 0.8338 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM18980 4 0.2910 0.7808 0.044 0.020 0.028 0.908
#> GSM18883 1 0.1637 0.8939 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.2760 0.8811 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0469 0.8987 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0592 0.8990 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.3444 0.8522 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.3123 0.8698 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.4155 0.7083 0.756 0.240 0.000 0.004
#> GSM18910 1 0.4950 0.4541 0.620 0.376 0.000 0.004
#> GSM18867 1 0.0188 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18868 1 0.0188 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.2081 0.8324 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM18948 4 0.1867 0.8382 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM18995 2 0.4697 0.6672 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM18996 2 0.4679 0.6746 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM18975 4 0.1474 0.8460 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM18976 4 0.1022 0.8486 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM18997 2 0.4761 0.6342 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM18998 2 0.4304 0.7789 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM18967 4 0.0469 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18968 4 0.0707 0.8489 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18959 4 0.1118 0.8486 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM18960 4 0.0592 0.8481 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM19015 2 0.4222 0.7934 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM19016 2 0.4072 0.8120 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM18957 4 0.0336 0.8458 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18958 4 0.0188 0.8410 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18981 2 0.2868 0.7918 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM18982 2 0.3975 0.6715 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM18989 2 0.1022 0.8010 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18990 2 0.1510 0.7418 0.028 0.956 0.000 0.016
#> GSM18985 2 0.2670 0.6903 0.072 0.904 0.000 0.024
#> GSM18986 4 0.4746 0.2860 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM18987 2 0.0707 0.7948 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18988 2 0.0592 0.7860 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18983 2 0.1637 0.8257 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM18984 2 0.0921 0.8028 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18951 4 0.4998 -0.2420 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM18952 4 0.1302 0.8478 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM19007 2 0.3024 0.8651 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM19008 2 0.2973 0.8648 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18999 2 0.3172 0.8634 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM19000 2 0.3172 0.8634 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM18889 1 0.1211 0.8965 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.1389 0.8955 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0188 0.8987 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0188 0.8987 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0188 0.8987 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0188 0.8987 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0188 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18872 1 0.0188 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18903 1 0.6139 0.2176 0.544 0.052 0.000 0.404
#> GSM18904 4 0.6123 0.4369 0.336 0.064 0.000 0.600
#> GSM18949 4 0.0336 0.8458 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18950 4 0.0469 0.8470 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18953 4 0.2647 0.7970 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM18954 4 0.3074 0.7590 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM19013 2 0.2469 0.8527 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM19014 2 0.2469 0.8524 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM18971 4 0.3051 0.7578 0.028 0.088 0.000 0.884
#> GSM18972 4 0.2662 0.7721 0.016 0.084 0.000 0.900
#> GSM18969 4 0.3108 0.7625 0.016 0.112 0.000 0.872
#> GSM18970 2 0.4961 0.3662 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18869 1 0.0188 0.8987 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.8983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4222 0.7928 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM19018 2 0.3907 0.8272 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM18991 2 0.4331 0.7750 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM18992 2 0.4008 0.8194 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM19021 3 0.0707 0.9791 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM19022 3 0.0188 0.9903 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19001 2 0.3074 0.8647 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM19002 2 0.3123 0.8642 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM18899 1 0.4543 0.5331 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM18900 1 0.4605 0.5102 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM18961 4 0.0564 0.8413 0.004 0.004 0.004 0.988
#> GSM18962 4 0.0469 0.8472 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM18901 1 0.1022 0.8952 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0524 0.8982 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.2216 0.8268 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM18994 4 0.2149 0.8296 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM18865 1 0.4483 0.8330 0.808 0.104 0.000 0.088
#> GSM18866 1 0.6164 0.6599 0.656 0.104 0.000 0.240
#> GSM18897 1 0.3052 0.8762 0.860 0.136 0.000 0.004
#> GSM18898 1 0.2831 0.8799 0.876 0.120 0.000 0.004
#> GSM18887 1 0.2814 0.8789 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.2814 0.8789 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.2973 0.8752 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.2973 0.8751 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.2868 0.8788 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.2973 0.8760 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.2647 0.8839 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.2530 0.8860 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM18955 4 0.4431 0.4804 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM18956 4 0.0921 0.8495 0.000 0.028 0.000 0.972
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.2536 0.8441 0.004 0.128 0.000 0.868 0.000
#> GSM19020 4 0.4589 0.1494 0.004 0.472 0.004 0.520 0.000
#> GSM18923 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.1341 0.9517 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.2020 0.9037 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.1197 0.9593 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0451 0.8950 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM19006 2 0.0451 0.8950 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM18921 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0404 0.9885 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0162 0.9886 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0703 0.9038 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM19004 2 0.0486 0.8987 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM19011 2 0.0451 0.8950 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM19012 2 0.0451 0.8950 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM19009 2 0.0854 0.9008 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> GSM19010 2 0.0486 0.8987 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM18945 3 0.0162 0.9899 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2648 0.8273 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM18964 4 0.1197 0.8791 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM18905 5 0.4815 0.0864 0.000 0.456 0.000 0.020 0.524
#> GSM18906 5 0.1493 0.8084 0.000 0.028 0.000 0.024 0.948
#> GSM18965 4 0.0404 0.8786 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM18966 4 0.0162 0.8756 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18873 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18874 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18973 5 0.3010 0.7405 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824
#> GSM18974 5 0.3010 0.7403 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824
#> GSM18977 4 0.0771 0.8802 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM18978 4 0.3521 0.7315 0.004 0.232 0.000 0.764 0.000
#> GSM18979 4 0.2719 0.8317 0.004 0.144 0.000 0.852 0.000
#> GSM18980 4 0.2262 0.8130 0.004 0.004 0.012 0.912 0.068
#> GSM18883 1 0.2605 0.8018 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM18884 1 0.2891 0.7711 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM18885 1 0.1043 0.8897 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM18886 1 0.1270 0.8822 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM18907 5 0.2719 0.7590 0.144 0.004 0.000 0.000 0.852
#> GSM18908 5 0.3430 0.6889 0.220 0.004 0.000 0.000 0.776
#> GSM18909 1 0.3550 0.6778 0.760 0.236 0.000 0.000 0.004
#> GSM18910 1 0.4270 0.5086 0.656 0.336 0.000 0.004 0.004
#> GSM18867 1 0.0000 0.9039 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0451 0.9007 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.2074 0.8591 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM18948 4 0.2127 0.8570 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM18995 2 0.2648 0.8238 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM18996 2 0.2561 0.8327 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM18975 4 0.0693 0.8732 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM18976 4 0.0566 0.8706 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM18997 2 0.2929 0.7874 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM18998 2 0.2127 0.8685 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM18967 4 0.0162 0.8755 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18968 4 0.0290 0.8772 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM18959 4 0.1768 0.8721 0.004 0.072 0.000 0.924 0.000
#> GSM18960 4 0.0955 0.8811 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> GSM19015 2 0.1792 0.8863 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM19016 2 0.1851 0.8839 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM18957 4 0.0290 0.8774 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0566 0.8100 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM18982 5 0.0451 0.8097 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM18989 5 0.4150 0.3553 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM18990 5 0.1043 0.8078 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM18985 5 0.0880 0.8090 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM18986 4 0.6108 0.5144 0.000 0.208 0.000 0.568 0.224
#> GSM18987 5 0.3109 0.6850 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM18988 5 0.2966 0.7036 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM18983 2 0.4273 0.1239 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM18984 2 0.4262 0.1434 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM18951 2 0.4118 0.4813 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> GSM18952 4 0.1270 0.8784 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM19007 2 0.0671 0.9025 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM19008 2 0.0566 0.9014 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM18999 2 0.0955 0.9037 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM19000 2 0.0703 0.9035 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM18889 1 0.2966 0.7607 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM18890 1 0.3003 0.7552 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM18881 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18882 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18877 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18878 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18875 1 0.0162 0.9050 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18876 1 0.0162 0.9050 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18879 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18880 1 0.0290 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18871 1 0.0162 0.9050 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18872 1 0.0162 0.9050 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18903 1 0.1461 0.8780 0.952 0.028 0.000 0.016 0.004
#> GSM18904 1 0.2381 0.8365 0.908 0.036 0.000 0.052 0.004
#> GSM18949 4 0.0671 0.8800 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> GSM18950 4 0.0771 0.8807 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM18953 4 0.1851 0.8674 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM18954 4 0.2605 0.8297 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM19013 2 0.0451 0.8950 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM19014 2 0.0727 0.8949 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM18971 4 0.4210 0.2154 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM18972 4 0.3837 0.4817 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM18969 5 0.3999 0.4836 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM18970 5 0.3641 0.7560 0.000 0.060 0.000 0.120 0.820
#> GSM18869 1 0.0451 0.9035 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM18870 1 0.0324 0.9046 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM19017 2 0.1851 0.8840 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM19018 2 0.1608 0.8920 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM18991 2 0.2124 0.8754 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM18992 2 0.1768 0.8902 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> GSM19021 3 0.0324 0.9866 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM19022 3 0.0324 0.9866 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM19001 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM19002 2 0.0955 0.9037 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM18899 1 0.2848 0.7707 0.840 0.000 0.000 0.156 0.004
#> GSM18900 1 0.3196 0.7247 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> GSM18961 4 0.0486 0.8667 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> GSM18962 4 0.0510 0.8802 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM18901 1 0.0451 0.9007 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM18902 1 0.0451 0.9007 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.3167 0.8037 0.004 0.172 0.000 0.820 0.004
#> GSM18994 4 0.3006 0.8193 0.004 0.156 0.000 0.836 0.004
#> GSM18865 5 0.1557 0.8057 0.008 0.000 0.000 0.052 0.940
#> GSM18866 5 0.2304 0.7915 0.008 0.000 0.000 0.100 0.892
#> GSM18897 5 0.0671 0.8092 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> GSM18898 5 0.0486 0.8095 0.004 0.004 0.000 0.004 0.988
#> GSM18887 5 0.1792 0.7942 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM18888 5 0.1732 0.7958 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM18893 5 0.3398 0.6936 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780
#> GSM18894 5 0.2929 0.7312 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM18895 5 0.4166 0.4816 0.348 0.004 0.000 0.000 0.648
#> GSM18896 5 0.4047 0.5386 0.320 0.004 0.000 0.000 0.676
#> GSM18891 1 0.4451 -0.0652 0.504 0.004 0.000 0.000 0.492
#> GSM18892 5 0.4437 0.1559 0.464 0.004 0.000 0.000 0.532
#> GSM18955 4 0.3913 0.5769 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM18956 4 0.0609 0.8806 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0146 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18916 3 0.0260 0.9910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 5 0.5596 0.4919 0.000 0.156 0.008 0.268 0.568 0.000
#> GSM19020 2 0.5886 0.2436 0.004 0.524 0.008 0.160 0.304 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0909 0.9713 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000
#> GSM18942 3 0.1838 0.9164 0.000 0.068 0.916 0.000 0.016 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0405 0.9884 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM18912 3 0.0520 0.9853 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0622 0.8849 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM19006 2 0.0603 0.8821 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0146 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18918 3 0.0146 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18913 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19003 2 0.1261 0.8908 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM19004 2 0.0603 0.8903 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM19011 2 0.0935 0.8785 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM19012 2 0.0603 0.8855 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM19009 2 0.0717 0.8908 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM19010 2 0.0820 0.8899 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18963 5 0.5044 0.5531 0.000 0.096 0.000 0.320 0.584 0.000
#> GSM18964 5 0.4180 0.5825 0.000 0.024 0.000 0.348 0.628 0.000
#> GSM18905 4 0.7148 -0.1267 0.000 0.208 0.000 0.360 0.092 0.340
#> GSM18906 6 0.4035 0.6427 0.000 0.004 0.000 0.204 0.052 0.740
#> GSM18965 5 0.3966 0.4141 0.000 0.004 0.000 0.444 0.552 0.000
#> GSM18966 5 0.3817 0.4402 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM18873 1 0.0603 0.9162 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM18874 1 0.0508 0.9159 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM18973 6 0.4238 0.4668 0.000 0.000 0.000 0.028 0.344 0.628
#> GSM18974 6 0.4306 0.4593 0.000 0.000 0.000 0.032 0.344 0.624
#> GSM18977 4 0.3995 -0.2350 0.000 0.004 0.000 0.516 0.480 0.000
#> GSM18978 4 0.4301 0.4366 0.000 0.064 0.000 0.696 0.240 0.000
#> GSM18979 4 0.3964 0.4575 0.000 0.044 0.000 0.724 0.232 0.000
#> GSM18980 5 0.3993 0.5869 0.000 0.000 0.000 0.300 0.676 0.024
#> GSM18883 1 0.3373 0.7140 0.744 0.000 0.000 0.000 0.008 0.248
#> GSM18884 1 0.3690 0.6153 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 0.308
#> GSM18885 1 0.1265 0.9095 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM18886 1 0.1398 0.9062 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052
#> GSM18907 6 0.2063 0.7553 0.060 0.000 0.000 0.008 0.020 0.912
#> GSM18908 6 0.2218 0.7461 0.104 0.000 0.000 0.000 0.012 0.884
#> GSM18909 4 0.7591 0.2705 0.144 0.116 0.000 0.516 0.104 0.120
#> GSM18910 4 0.7675 0.2723 0.176 0.160 0.000 0.488 0.100 0.076
#> GSM18867 1 0.0291 0.9120 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM18868 1 0.0291 0.9120 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM18947 4 0.2537 0.5402 0.000 0.032 0.000 0.872 0.096 0.000
#> GSM18948 4 0.2909 0.5292 0.000 0.028 0.000 0.836 0.136 0.000
#> GSM18995 2 0.2647 0.8592 0.000 0.868 0.000 0.088 0.044 0.000
#> GSM18996 2 0.2776 0.8532 0.000 0.860 0.000 0.088 0.052 0.000
#> GSM18975 5 0.4002 0.6082 0.000 0.020 0.000 0.320 0.660 0.000
#> GSM18976 5 0.4183 0.6220 0.000 0.036 0.000 0.268 0.692 0.004
#> GSM18997 2 0.3068 0.8292 0.000 0.840 0.000 0.088 0.072 0.000
#> GSM18998 2 0.2201 0.8741 0.000 0.900 0.000 0.048 0.052 0.000
#> GSM18967 4 0.3737 0.1427 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM18968 4 0.3717 0.1529 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM18959 5 0.4620 0.5983 0.000 0.068 0.000 0.292 0.640 0.000
#> GSM18960 5 0.4064 0.5690 0.000 0.016 0.000 0.360 0.624 0.000
#> GSM19015 2 0.2046 0.8778 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060 0.000
#> GSM19016 2 0.1700 0.8846 0.000 0.928 0.000 0.024 0.048 0.000
#> GSM18957 4 0.3668 0.2996 0.000 0.004 0.000 0.668 0.328 0.000
#> GSM18958 4 0.3288 0.3903 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM18981 6 0.4123 0.6875 0.000 0.028 0.000 0.032 0.188 0.752
#> GSM18982 6 0.4017 0.6900 0.000 0.024 0.000 0.032 0.184 0.760
#> GSM18989 2 0.6114 0.0947 0.000 0.464 0.000 0.020 0.160 0.356
#> GSM18990 6 0.4402 0.6654 0.000 0.068 0.000 0.016 0.184 0.732
#> GSM18985 6 0.4298 0.6707 0.000 0.052 0.000 0.016 0.200 0.732
#> GSM18986 5 0.5335 0.2961 0.000 0.272 0.000 0.052 0.624 0.052
#> GSM18987 6 0.6098 0.3698 0.000 0.296 0.000 0.020 0.180 0.504
#> GSM18988 6 0.5983 0.4175 0.000 0.276 0.000 0.020 0.172 0.532
#> GSM18983 2 0.5669 0.4379 0.000 0.592 0.000 0.020 0.152 0.236
#> GSM18984 2 0.5638 0.4459 0.000 0.596 0.000 0.020 0.148 0.236
#> GSM18951 4 0.4717 0.4108 0.000 0.152 0.000 0.724 0.096 0.028
#> GSM18952 4 0.1630 0.5280 0.000 0.020 0.000 0.940 0.024 0.016
#> GSM19007 2 0.0260 0.8876 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM19008 2 0.0405 0.8868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM18999 2 0.1334 0.8909 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020 0.000
#> GSM19000 2 0.1297 0.8890 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM18889 1 0.3746 0.6686 0.712 0.000 0.000 0.004 0.012 0.272
#> GSM18890 1 0.3903 0.6129 0.680 0.000 0.000 0.004 0.012 0.304
#> GSM18881 1 0.1320 0.9090 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016 0.036
#> GSM18882 1 0.1074 0.9126 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> GSM18877 1 0.0632 0.9161 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18878 1 0.0547 0.9163 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18875 1 0.0520 0.9147 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM18876 1 0.0520 0.9147 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM18879 1 0.0632 0.9161 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18880 1 0.0632 0.9161 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18871 1 0.0458 0.9110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18872 1 0.0458 0.9110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18903 1 0.2307 0.8621 0.900 0.012 0.000 0.064 0.024 0.000
#> GSM18904 1 0.3318 0.7879 0.824 0.020 0.000 0.132 0.024 0.000
#> GSM18949 4 0.2473 0.5262 0.000 0.008 0.000 0.856 0.136 0.000
#> GSM18950 4 0.2805 0.5110 0.000 0.012 0.000 0.828 0.160 0.000
#> GSM18953 4 0.2556 0.5144 0.000 0.032 0.000 0.892 0.048 0.028
#> GSM18954 4 0.3171 0.5006 0.004 0.032 0.000 0.860 0.060 0.044
#> GSM19013 2 0.2231 0.8518 0.000 0.900 0.000 0.028 0.068 0.004
#> GSM19014 2 0.2069 0.8543 0.000 0.908 0.000 0.020 0.068 0.004
#> GSM18971 5 0.4843 0.4722 0.000 0.000 0.000 0.116 0.652 0.232
#> GSM18972 5 0.4765 0.5032 0.000 0.000 0.000 0.132 0.672 0.196
#> GSM18969 5 0.4808 0.0177 0.000 0.000 0.000 0.056 0.536 0.408
#> GSM18970 6 0.5019 0.4396 0.000 0.028 0.000 0.036 0.348 0.588
#> GSM18869 1 0.0603 0.9121 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM18870 1 0.0603 0.9121 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM19017 2 0.1572 0.8886 0.000 0.936 0.000 0.036 0.028 0.000
#> GSM19018 2 0.1418 0.8887 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024 0.000
#> GSM18991 2 0.3108 0.8193 0.000 0.828 0.000 0.128 0.044 0.000
#> GSM18992 2 0.2560 0.8580 0.000 0.872 0.000 0.092 0.036 0.000
#> GSM19021 3 0.0508 0.9844 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM19022 3 0.0291 0.9902 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM19001 2 0.1088 0.8906 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> GSM19002 2 0.1074 0.8903 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> GSM18899 4 0.4993 0.3774 0.232 0.004 0.000 0.676 0.028 0.060
#> GSM18900 4 0.4683 0.4028 0.196 0.004 0.000 0.716 0.024 0.060
#> GSM18961 4 0.3717 0.1628 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM18962 4 0.3634 0.2401 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM18901 1 0.2957 0.8627 0.872 0.004 0.000 0.056 0.024 0.044
#> GSM18902 1 0.3543 0.8330 0.832 0.008 0.000 0.096 0.024 0.040
#> GSM18993 4 0.4233 0.4114 0.000 0.048 0.000 0.684 0.268 0.000
#> GSM18994 4 0.4294 0.3894 0.000 0.048 0.000 0.672 0.280 0.000
#> GSM18865 6 0.2162 0.7340 0.004 0.000 0.000 0.012 0.088 0.896
#> GSM18866 6 0.2404 0.7233 0.000 0.000 0.000 0.016 0.112 0.872
#> GSM18897 6 0.0291 0.7513 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> GSM18898 6 0.0551 0.7514 0.004 0.000 0.000 0.004 0.008 0.984
#> GSM18887 6 0.1219 0.7559 0.048 0.000 0.000 0.004 0.000 0.948
#> GSM18888 6 0.1152 0.7559 0.044 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952
#> GSM18893 6 0.3509 0.7157 0.128 0.000 0.000 0.032 0.024 0.816
#> GSM18894 6 0.2958 0.7353 0.108 0.000 0.000 0.028 0.012 0.852
#> GSM18895 6 0.4644 0.6288 0.192 0.000 0.000 0.064 0.028 0.716
#> GSM18896 6 0.4335 0.6567 0.176 0.000 0.000 0.056 0.024 0.744
#> GSM18891 6 0.5495 0.4768 0.264 0.000 0.000 0.100 0.028 0.608
#> GSM18892 6 0.5388 0.5409 0.228 0.000 0.000 0.108 0.028 0.636
#> GSM18955 4 0.3265 0.4966 0.000 0.088 0.000 0.836 0.068 0.008
#> GSM18956 4 0.1757 0.5367 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:NMF 153 5.02e-06 2
#> MAD:NMF 155 2.96e-12 3
#> MAD:NMF 148 4.80e-16 4
#> MAD:NMF 146 7.51e-20 5
#> MAD:NMF 124 1.14e-20 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.745 0.862 0.938 0.4493 0.551 0.551
#> 3 3 0.515 0.682 0.736 0.3842 0.779 0.599
#> 4 4 0.566 0.580 0.789 0.1514 0.775 0.468
#> 5 5 0.637 0.620 0.730 0.0655 0.811 0.465
#> 6 6 0.695 0.587 0.792 0.0540 0.874 0.547
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18928 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18915 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.1184 0.924 0.016 0.984
#> GSM18933 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18934 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18925 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.1414 0.922 0.020 0.980
#> GSM18932 2 0.1414 0.922 0.020 0.980
#> GSM19019 2 0.7674 0.715 0.224 0.776
#> GSM19020 2 0.7674 0.715 0.224 0.776
#> GSM18923 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18930 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18911 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18936 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM19005 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18922 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18919 2 0.1184 0.924 0.016 0.984
#> GSM18920 2 0.1184 0.924 0.016 0.984
#> GSM18917 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18944 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM19003 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18946 2 0.1633 0.920 0.024 0.976
#> GSM18963 2 0.9248 0.525 0.340 0.660
#> GSM18964 2 0.9248 0.525 0.340 0.660
#> GSM18905 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18965 2 0.9661 0.406 0.392 0.608
#> GSM18966 2 0.9661 0.406 0.392 0.608
#> GSM18873 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> GSM18974 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> GSM18977 2 0.9129 0.549 0.328 0.672
#> GSM18978 2 0.8909 0.586 0.308 0.692
#> GSM18979 2 0.8909 0.586 0.308 0.692
#> GSM18980 2 0.9323 0.509 0.348 0.652
#> GSM18883 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18909 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0938 0.926 0.012 0.988
#> GSM18948 2 0.0938 0.926 0.012 0.988
#> GSM18995 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> GSM18976 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> GSM18997 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18968 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18959 2 0.9358 0.500 0.352 0.648
#> GSM18960 2 0.9358 0.500 0.352 0.648
#> GSM19015 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18957 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18958 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18981 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18986 2 0.8909 0.587 0.308 0.692
#> GSM18987 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.5059 0.862 0.888 0.112
#> GSM18904 1 0.5059 0.862 0.888 0.112
#> GSM18949 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18950 1 0.9427 0.452 0.640 0.360
#> GSM18953 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> GSM18972 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> GSM18969 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> GSM18970 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.928 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0376 0.928 0.004 0.996
#> GSM18992 2 0.0376 0.928 0.004 0.996
#> GSM19021 2 0.8955 0.579 0.312 0.688
#> GSM19022 2 0.8955 0.579 0.312 0.688
#> GSM19001 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.4431 0.879 0.908 0.092
#> GSM18900 1 0.4431 0.879 0.908 0.092
#> GSM18961 2 0.9358 0.500 0.352 0.648
#> GSM18962 2 0.9358 0.500 0.352 0.648
#> GSM18901 1 0.5629 0.844 0.868 0.132
#> GSM18902 1 0.5629 0.844 0.868 0.132
#> GSM18993 2 0.2236 0.910 0.036 0.964
#> GSM18994 2 0.2236 0.910 0.036 0.964
#> GSM18865 1 0.2778 0.909 0.952 0.048
#> GSM18866 1 0.2778 0.909 0.952 0.048
#> GSM18897 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18898 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18887 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18888 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18893 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18894 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18895 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18896 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18891 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18892 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> GSM18955 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18928 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18915 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18916 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18939 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18940 3 0.613 0.60633 0.000 0.400 0.600
#> GSM18933 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18934 3 0.601 0.65024 0.000 0.372 0.628
#> GSM18925 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18926 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18931 3 0.597 0.65757 0.000 0.364 0.636
#> GSM18932 3 0.597 0.65757 0.000 0.364 0.636
#> GSM19019 3 0.754 0.63269 0.192 0.120 0.688
#> GSM19020 3 0.754 0.63269 0.192 0.120 0.688
#> GSM18923 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18924 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18941 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18942 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18929 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18930 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18911 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18912 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18935 3 0.603 0.64302 0.000 0.376 0.624
#> GSM18936 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM19005 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18922 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18919 3 0.622 0.53966 0.000 0.432 0.568
#> GSM18920 3 0.622 0.53966 0.000 0.432 0.568
#> GSM18917 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18918 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18913 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18914 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18937 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18938 2 0.450 0.76317 0.000 0.804 0.196
#> GSM18943 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18944 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM19003 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19012 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18946 3 0.588 0.67210 0.000 0.348 0.652
#> GSM18963 3 0.559 0.54574 0.304 0.000 0.696
#> GSM18964 3 0.559 0.54574 0.304 0.000 0.696
#> GSM18905 3 0.611 0.62511 0.000 0.396 0.604
#> GSM18906 3 0.611 0.62511 0.000 0.396 0.604
#> GSM18965 3 0.593 0.45776 0.356 0.000 0.644
#> GSM18966 3 0.593 0.45776 0.356 0.000 0.644
#> GSM18873 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18874 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18973 1 0.304 0.74346 0.896 0.000 0.104
#> GSM18974 1 0.304 0.74346 0.896 0.000 0.104
#> GSM18977 3 0.645 0.56819 0.292 0.024 0.684
#> GSM18978 3 0.652 0.59171 0.272 0.032 0.696
#> GSM18979 3 0.652 0.59171 0.272 0.032 0.696
#> GSM18980 3 0.587 0.53789 0.312 0.004 0.684
#> GSM18883 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18884 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18885 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18886 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18907 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18908 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18909 3 0.610 0.63075 0.000 0.392 0.608
#> GSM18910 3 0.610 0.63075 0.000 0.392 0.608
#> GSM18867 1 0.129 0.77549 0.968 0.000 0.032
#> GSM18868 1 0.129 0.77549 0.968 0.000 0.032
#> GSM18947 2 0.653 -0.00373 0.008 0.588 0.404
#> GSM18948 2 0.653 -0.00373 0.008 0.588 0.404
#> GSM18995 2 0.375 0.79722 0.000 0.856 0.144
#> GSM18996 2 0.375 0.79722 0.000 0.856 0.144
#> GSM18975 3 0.756 0.63431 0.188 0.124 0.688
#> GSM18976 3 0.756 0.63431 0.188 0.124 0.688
#> GSM18997 2 0.394 0.78966 0.000 0.844 0.156
#> GSM18998 2 0.394 0.78966 0.000 0.844 0.156
#> GSM18967 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18968 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18959 3 0.568 0.52922 0.316 0.000 0.684
#> GSM18960 3 0.568 0.52922 0.316 0.000 0.684
#> GSM19015 2 0.348 0.80528 0.000 0.872 0.128
#> GSM19016 2 0.348 0.80528 0.000 0.872 0.128
#> GSM18957 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18958 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18981 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18982 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18989 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18990 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18985 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18986 3 0.652 0.59218 0.272 0.032 0.696
#> GSM18987 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18988 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18983 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18984 3 0.610 0.62984 0.000 0.392 0.608
#> GSM18951 2 0.245 0.80385 0.000 0.924 0.076
#> GSM18952 2 0.334 0.77062 0.000 0.880 0.120
#> GSM19007 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18890 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18881 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18882 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18877 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18878 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18875 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18876 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18879 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18880 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18871 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18872 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18903 1 0.410 0.71013 0.852 0.008 0.140
#> GSM18904 1 0.410 0.71013 0.852 0.008 0.140
#> GSM18949 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18950 1 0.611 0.24628 0.604 0.000 0.396
#> GSM18953 2 0.245 0.80385 0.000 0.924 0.076
#> GSM18954 2 0.245 0.80385 0.000 0.924 0.076
#> GSM19013 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 1 0.304 0.74346 0.896 0.000 0.104
#> GSM18972 1 0.304 0.74346 0.896 0.000 0.104
#> GSM18969 1 0.304 0.74346 0.896 0.000 0.104
#> GSM18970 3 0.625 0.53602 0.000 0.444 0.556
#> GSM18869 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM18870 1 0.559 0.76063 0.696 0.000 0.304
#> GSM19017 2 0.375 0.79722 0.000 0.856 0.144
#> GSM19018 2 0.375 0.79722 0.000 0.856 0.144
#> GSM18991 3 0.652 0.39799 0.004 0.484 0.512
#> GSM18992 3 0.652 0.39799 0.004 0.484 0.512
#> GSM19021 3 0.697 0.59255 0.276 0.048 0.676
#> GSM19022 3 0.697 0.59255 0.276 0.048 0.676
#> GSM19001 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.000 0.80534 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.348 0.72221 0.872 0.000 0.128
#> GSM18900 1 0.348 0.72221 0.872 0.000 0.128
#> GSM18961 3 0.568 0.52922 0.316 0.000 0.684
#> GSM18962 3 0.568 0.52922 0.316 0.000 0.684
#> GSM18901 1 0.468 0.69642 0.832 0.020 0.148
#> GSM18902 1 0.468 0.69642 0.832 0.020 0.148
#> GSM18993 3 0.719 0.55849 0.028 0.412 0.560
#> GSM18994 3 0.719 0.55849 0.028 0.412 0.560
#> GSM18865 1 0.263 0.75353 0.916 0.000 0.084
#> GSM18866 1 0.263 0.75353 0.916 0.000 0.084
#> GSM18897 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18898 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18887 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18888 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18893 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18894 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18895 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18896 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18891 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18892 1 0.116 0.77473 0.972 0.000 0.028
#> GSM18955 2 0.245 0.80385 0.000 0.924 0.076
#> GSM18956 2 0.245 0.80385 0.000 0.924 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18928 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18915 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18916 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18939 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18940 3 0.1389 0.59447 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM18933 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18934 3 0.0707 0.60733 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM18925 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18926 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18931 3 0.0779 0.60961 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM18932 3 0.0779 0.60961 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM19019 3 0.4920 0.27325 0.000 0.004 0.628 0.368
#> GSM19020 3 0.4920 0.27325 0.000 0.004 0.628 0.368
#> GSM18923 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18924 3 0.4972 0.06193 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM18941 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18942 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18929 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18930 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18911 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18912 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18935 3 0.0817 0.60439 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM18936 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19005 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18922 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18919 3 0.2011 0.57554 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM18920 3 0.2011 0.57554 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM18917 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18918 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18913 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18914 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18937 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18938 3 0.4977 0.05511 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM18943 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18944 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19003 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18946 3 0.0188 0.61354 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18963 3 0.5000 -0.05051 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM18964 4 0.5000 0.01076 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM18905 3 0.6240 0.56847 0.000 0.156 0.668 0.176
#> GSM18906 3 0.6240 0.56847 0.000 0.156 0.668 0.176
#> GSM18965 4 0.5774 0.13151 0.028 0.000 0.464 0.508
#> GSM18966 4 0.5774 0.13151 0.028 0.000 0.464 0.508
#> GSM18873 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3157 0.71543 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM18974 4 0.3157 0.71543 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM18977 3 0.5167 -0.00703 0.000 0.004 0.508 0.488
#> GSM18978 3 0.5155 0.04664 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM18979 3 0.5155 0.04664 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM18980 4 0.4999 0.02959 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM18883 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 3 0.6316 0.56822 0.000 0.156 0.660 0.184
#> GSM18910 3 0.6316 0.56822 0.000 0.156 0.660 0.184
#> GSM18867 4 0.3873 0.66149 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM18868 4 0.3873 0.66149 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM18947 3 0.6884 0.17756 0.000 0.432 0.464 0.104
#> GSM18948 3 0.6884 0.17756 0.000 0.432 0.464 0.104
#> GSM18995 2 0.5257 0.68631 0.000 0.728 0.212 0.060
#> GSM18996 2 0.5257 0.68631 0.000 0.728 0.212 0.060
#> GSM18975 3 0.4950 0.29373 0.000 0.004 0.620 0.376
#> GSM18976 3 0.4950 0.29373 0.000 0.004 0.620 0.376
#> GSM18997 2 0.5657 0.60979 0.000 0.688 0.244 0.068
#> GSM18998 2 0.5657 0.60979 0.000 0.688 0.244 0.068
#> GSM18967 4 0.3311 0.57832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM18968 4 0.3311 0.57832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM18959 4 0.4998 0.04760 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM18960 4 0.4998 0.04760 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM19015 2 0.4798 0.73706 0.000 0.768 0.180 0.052
#> GSM19016 2 0.4798 0.73706 0.000 0.768 0.180 0.052
#> GSM18957 4 0.3311 0.57832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM18958 4 0.3311 0.57832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM18981 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18982 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18989 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18990 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18985 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18986 3 0.5155 0.05285 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM18987 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18988 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18983 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18984 3 0.6162 0.57173 0.000 0.156 0.676 0.168
#> GSM18951 2 0.2949 0.83114 0.000 0.888 0.088 0.024
#> GSM18952 2 0.3606 0.78622 0.000 0.844 0.132 0.024
#> GSM19007 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.3278 0.71637 0.116 0.000 0.020 0.864
#> GSM18904 4 0.3278 0.71637 0.116 0.000 0.020 0.864
#> GSM18949 4 0.3266 0.58026 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM18950 4 0.3266 0.58026 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM18953 2 0.3441 0.82153 0.000 0.856 0.120 0.024
#> GSM18954 2 0.3441 0.82153 0.000 0.856 0.120 0.024
#> GSM19013 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.3157 0.71543 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM18972 4 0.3157 0.71543 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM18969 4 0.3157 0.71543 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM18970 3 0.6555 0.53230 0.000 0.212 0.632 0.156
#> GSM18869 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.5257 0.68631 0.000 0.728 0.212 0.060
#> GSM19018 2 0.5257 0.68631 0.000 0.728 0.212 0.060
#> GSM18991 3 0.7016 0.48458 0.000 0.252 0.572 0.176
#> GSM18992 3 0.7016 0.48458 0.000 0.252 0.572 0.176
#> GSM19021 3 0.5691 0.05478 0.000 0.024 0.508 0.468
#> GSM19022 3 0.5691 0.05478 0.000 0.024 0.508 0.468
#> GSM19001 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.86683 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.2589 0.71680 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18900 4 0.2589 0.71680 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM18961 4 0.4998 0.04760 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM18962 4 0.4998 0.04760 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM18901 4 0.3850 0.71130 0.116 0.000 0.044 0.840
#> GSM18902 4 0.3850 0.71130 0.116 0.000 0.044 0.840
#> GSM18993 3 0.6915 0.53192 0.000 0.196 0.592 0.212
#> GSM18994 3 0.6915 0.53192 0.000 0.196 0.592 0.212
#> GSM18865 4 0.3172 0.70720 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM18866 4 0.3172 0.70720 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM18897 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18898 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18887 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18888 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18893 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18894 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18895 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18896 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18891 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18892 4 0.3764 0.67398 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM18955 2 0.3497 0.81924 0.000 0.852 0.124 0.024
#> GSM18956 2 0.3497 0.81924 0.000 0.852 0.124 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18928 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18915 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.437 0.2782 0.000 0.004 0.580 0.416 0.000
#> GSM18933 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18934 3 0.427 0.2517 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM18925 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.427 0.2485 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM18932 3 0.427 0.2485 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM19019 4 0.518 0.5845 0.000 0.000 0.120 0.684 0.196
#> GSM19020 4 0.518 0.5845 0.000 0.000 0.120 0.684 0.196
#> GSM18923 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.289 0.5286 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18930 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18911 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.426 0.2584 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM18936 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM19005 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18922 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18919 3 0.459 0.3056 0.000 0.016 0.604 0.380 0.000
#> GSM18920 3 0.459 0.3056 0.000 0.016 0.604 0.380 0.000
#> GSM18917 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.293 0.5279 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18944 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM19003 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18946 3 0.429 0.2272 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM18963 4 0.386 0.5427 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM18964 4 0.386 0.5427 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM18905 4 0.401 0.5695 0.000 0.000 0.312 0.684 0.004
#> GSM18906 4 0.401 0.5695 0.000 0.000 0.312 0.684 0.004
#> GSM18965 4 0.465 0.4483 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> GSM18966 4 0.465 0.4483 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> GSM18873 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 5 0.306 0.8571 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM18974 5 0.306 0.8571 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM18977 4 0.427 0.5585 0.000 0.000 0.016 0.684 0.300
#> GSM18978 4 0.436 0.5808 0.000 0.000 0.024 0.692 0.284
#> GSM18979 4 0.436 0.5808 0.000 0.000 0.024 0.692 0.284
#> GSM18980 4 0.405 0.5322 0.000 0.000 0.004 0.676 0.320
#> GSM18883 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 4 0.399 0.5717 0.000 0.000 0.308 0.688 0.004
#> GSM18910 4 0.399 0.5717 0.000 0.000 0.308 0.688 0.004
#> GSM18867 5 0.265 0.8432 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM18868 5 0.265 0.8432 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM18947 4 0.646 0.2731 0.000 0.064 0.328 0.548 0.060
#> GSM18948 4 0.646 0.2731 0.000 0.064 0.328 0.548 0.060
#> GSM18995 3 0.705 0.1074 0.000 0.340 0.432 0.208 0.020
#> GSM18996 3 0.705 0.1074 0.000 0.340 0.432 0.208 0.020
#> GSM18975 4 0.492 0.6200 0.000 0.000 0.100 0.708 0.192
#> GSM18976 4 0.492 0.6200 0.000 0.000 0.100 0.708 0.192
#> GSM18997 3 0.701 0.1719 0.000 0.304 0.460 0.216 0.020
#> GSM18998 3 0.701 0.1719 0.000 0.304 0.460 0.216 0.020
#> GSM18967 5 0.406 0.4676 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM18968 5 0.406 0.4676 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM18959 4 0.391 0.5253 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM18960 4 0.391 0.5253 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM19015 3 0.701 0.0273 0.000 0.372 0.416 0.192 0.020
#> GSM19016 3 0.701 0.0273 0.000 0.372 0.416 0.192 0.020
#> GSM18957 5 0.406 0.4676 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM18958 5 0.406 0.4676 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM18981 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18982 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18989 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18990 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18985 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18986 4 0.425 0.5822 0.000 0.000 0.020 0.700 0.280
#> GSM18987 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18988 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18983 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18984 4 0.388 0.5688 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM18951 3 0.784 0.0659 0.000 0.160 0.452 0.264 0.124
#> GSM18952 3 0.789 0.0984 0.000 0.148 0.416 0.312 0.124
#> GSM19007 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 5 0.338 0.8384 0.056 0.000 0.000 0.104 0.840
#> GSM18904 5 0.338 0.8384 0.056 0.000 0.000 0.104 0.840
#> GSM18949 5 0.454 0.4815 0.000 0.000 0.020 0.340 0.640
#> GSM18950 5 0.454 0.4815 0.000 0.000 0.020 0.340 0.640
#> GSM18953 3 0.771 0.1035 0.000 0.128 0.452 0.296 0.124
#> GSM18954 3 0.771 0.1035 0.000 0.128 0.452 0.296 0.124
#> GSM19013 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 5 0.306 0.8571 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM18972 5 0.306 0.8571 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM18969 5 0.306 0.8571 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM18970 4 0.481 0.5093 0.000 0.008 0.340 0.632 0.020
#> GSM18869 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 3 0.705 0.1074 0.000 0.340 0.432 0.208 0.020
#> GSM19018 3 0.705 0.1074 0.000 0.340 0.432 0.208 0.020
#> GSM18991 4 0.475 0.4426 0.000 0.016 0.384 0.596 0.004
#> GSM18992 4 0.475 0.4426 0.000 0.016 0.384 0.596 0.004
#> GSM19021 4 0.467 0.5775 0.000 0.000 0.040 0.676 0.284
#> GSM19022 4 0.467 0.5775 0.000 0.000 0.040 0.676 0.284
#> GSM19001 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 5 0.310 0.8464 0.056 0.000 0.000 0.084 0.860
#> GSM18900 5 0.310 0.8464 0.056 0.000 0.000 0.084 0.860
#> GSM18961 4 0.391 0.5253 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM18962 4 0.391 0.5253 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM18901 5 0.385 0.8245 0.056 0.000 0.008 0.120 0.816
#> GSM18902 5 0.385 0.8245 0.056 0.000 0.008 0.120 0.816
#> GSM18993 4 0.473 0.5426 0.000 0.000 0.328 0.640 0.032
#> GSM18994 4 0.473 0.5426 0.000 0.000 0.328 0.640 0.032
#> GSM18865 5 0.289 0.8593 0.084 0.000 0.000 0.044 0.872
#> GSM18866 5 0.289 0.8593 0.084 0.000 0.000 0.044 0.872
#> GSM18897 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18898 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18887 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18888 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18893 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18894 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18895 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18896 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18891 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18892 5 0.252 0.8524 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18955 3 0.770 0.1088 0.000 0.128 0.456 0.292 0.124
#> GSM18956 3 0.770 0.1088 0.000 0.128 0.456 0.292 0.124
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18928 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18915 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18916 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18939 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18940 3 0.2282 0.53487 0.000 0.000 0.888 0.024 0.088 0.000
#> GSM18933 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18934 3 0.2214 0.54513 0.000 0.000 0.888 0.016 0.096 0.000
#> GSM18925 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18926 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18931 3 0.1714 0.54716 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM18932 3 0.1714 0.54716 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM19019 3 0.6235 0.06454 0.000 0.000 0.460 0.016 0.308 0.216
#> GSM19020 3 0.6235 0.06454 0.000 0.000 0.460 0.016 0.308 0.216
#> GSM18923 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18924 3 0.5389 0.29967 0.000 0.112 0.620 0.248 0.020 0.000
#> GSM18941 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18942 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18929 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18930 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18911 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18912 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18935 3 0.2019 0.54422 0.000 0.000 0.900 0.012 0.088 0.000
#> GSM18936 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18922 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18919 3 0.2728 0.52090 0.000 0.008 0.872 0.040 0.080 0.000
#> GSM18920 3 0.2728 0.52090 0.000 0.008 0.872 0.040 0.080 0.000
#> GSM18917 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18918 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18913 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18914 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18937 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18938 3 0.5330 0.29874 0.000 0.112 0.620 0.252 0.016 0.000
#> GSM18943 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18944 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18946 3 0.1863 0.54484 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM18963 3 0.6831 0.02086 0.000 0.000 0.372 0.044 0.284 0.300
#> GSM18964 3 0.6831 0.02086 0.000 0.000 0.372 0.044 0.284 0.300
#> GSM18905 5 0.0692 0.61730 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM18906 5 0.0692 0.61730 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM18965 3 0.6915 -0.02520 0.004 0.000 0.356 0.044 0.244 0.352
#> GSM18966 3 0.6915 -0.02520 0.004 0.000 0.356 0.044 0.244 0.352
#> GSM18873 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.1755 0.84473 0.000 0.000 0.008 0.028 0.032 0.932
#> GSM18974 6 0.1755 0.84473 0.000 0.000 0.008 0.028 0.032 0.932
#> GSM18977 3 0.6836 -0.03605 0.000 0.000 0.356 0.044 0.328 0.272
#> GSM18978 5 0.6806 0.05506 0.000 0.000 0.316 0.044 0.380 0.260
#> GSM18979 5 0.6806 0.05506 0.000 0.000 0.316 0.044 0.380 0.260
#> GSM18980 3 0.6850 0.00247 0.000 0.000 0.356 0.044 0.292 0.308
#> GSM18883 1 0.0260 0.99199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18884 1 0.0260 0.99199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18885 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0260 0.99199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18908 1 0.0260 0.99199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18909 5 0.0806 0.61587 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM18910 5 0.0806 0.61587 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM18867 6 0.1615 0.83290 0.064 0.000 0.000 0.004 0.004 0.928
#> GSM18868 6 0.1615 0.83290 0.064 0.000 0.000 0.004 0.004 0.928
#> GSM18947 5 0.5115 0.23146 0.000 0.000 0.068 0.336 0.584 0.012
#> GSM18948 5 0.5115 0.23146 0.000 0.000 0.068 0.336 0.584 0.012
#> GSM18995 5 0.6386 -0.12967 0.000 0.316 0.012 0.292 0.380 0.000
#> GSM18996 5 0.6386 -0.12967 0.000 0.316 0.012 0.292 0.380 0.000
#> GSM18975 5 0.6456 0.21454 0.000 0.000 0.292 0.044 0.484 0.180
#> GSM18976 5 0.6456 0.21454 0.000 0.000 0.292 0.044 0.484 0.180
#> GSM18997 5 0.6320 -0.09161 0.000 0.280 0.012 0.288 0.420 0.000
#> GSM18998 5 0.6320 -0.09161 0.000 0.280 0.012 0.288 0.420 0.000
#> GSM18967 6 0.5693 0.56237 0.000 0.000 0.144 0.044 0.184 0.628
#> GSM18968 6 0.5693 0.56237 0.000 0.000 0.144 0.044 0.184 0.628
#> GSM18959 3 0.6831 0.02667 0.000 0.000 0.368 0.044 0.276 0.312
#> GSM18960 3 0.6831 0.02667 0.000 0.000 0.368 0.044 0.276 0.312
#> GSM19015 2 0.6330 -0.22446 0.000 0.348 0.008 0.300 0.344 0.000
#> GSM19016 2 0.6330 -0.22446 0.000 0.348 0.008 0.300 0.344 0.000
#> GSM18957 6 0.5693 0.56237 0.000 0.000 0.144 0.044 0.184 0.628
#> GSM18958 6 0.5693 0.56237 0.000 0.000 0.144 0.044 0.184 0.628
#> GSM18981 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18982 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18989 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18990 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18985 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18986 3 0.6842 -0.03811 0.000 0.000 0.352 0.044 0.328 0.276
#> GSM18987 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18988 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18983 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18984 5 0.0632 0.61923 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM18951 4 0.1141 0.90176 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM18952 4 0.2106 0.86645 0.000 0.000 0.032 0.904 0.064 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 6 0.1788 0.83945 0.004 0.000 0.004 0.000 0.076 0.916
#> GSM18904 6 0.1788 0.83945 0.004 0.000 0.004 0.000 0.076 0.916
#> GSM18949 6 0.5795 0.57112 0.000 0.000 0.124 0.064 0.184 0.628
#> GSM18950 6 0.5795 0.57112 0.000 0.000 0.124 0.064 0.184 0.628
#> GSM18953 4 0.2003 0.93977 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM18954 4 0.2003 0.93977 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 6 0.1755 0.84473 0.000 0.000 0.008 0.028 0.032 0.932
#> GSM18972 6 0.1755 0.84473 0.000 0.000 0.008 0.028 0.032 0.932
#> GSM18969 6 0.1755 0.84473 0.000 0.000 0.008 0.028 0.032 0.932
#> GSM18970 5 0.1890 0.56871 0.000 0.000 0.024 0.060 0.916 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.99823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 5 0.6386 -0.12967 0.000 0.316 0.012 0.292 0.380 0.000
#> GSM19018 5 0.6386 -0.12967 0.000 0.316 0.012 0.292 0.380 0.000
#> GSM18991 5 0.2476 0.55386 0.000 0.012 0.012 0.096 0.880 0.000
#> GSM18992 5 0.2476 0.55386 0.000 0.012 0.012 0.096 0.880 0.000
#> GSM19021 5 0.6922 0.05855 0.000 0.000 0.300 0.052 0.364 0.284
#> GSM19022 5 0.6922 0.05855 0.000 0.000 0.300 0.052 0.364 0.284
#> GSM19001 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.90612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 6 0.1296 0.84801 0.004 0.000 0.004 0.000 0.044 0.948
#> GSM18900 6 0.1296 0.84801 0.004 0.000 0.004 0.000 0.044 0.948
#> GSM18961 3 0.6831 0.02667 0.000 0.000 0.368 0.044 0.276 0.312
#> GSM18962 3 0.6831 0.02667 0.000 0.000 0.368 0.044 0.276 0.312
#> GSM18901 6 0.2288 0.82112 0.004 0.000 0.004 0.000 0.116 0.876
#> GSM18902 6 0.2288 0.82112 0.004 0.000 0.004 0.000 0.116 0.876
#> GSM18993 5 0.3629 0.55746 0.000 0.000 0.076 0.080 0.820 0.024
#> GSM18994 5 0.3629 0.55746 0.000 0.000 0.076 0.080 0.820 0.024
#> GSM18865 6 0.1296 0.84742 0.000 0.000 0.004 0.032 0.012 0.952
#> GSM18866 6 0.1296 0.84742 0.000 0.000 0.004 0.032 0.012 0.952
#> GSM18897 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18898 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18887 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18888 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18893 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18894 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18895 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18896 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18891 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18892 6 0.1429 0.84220 0.052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.940
#> GSM18955 4 0.2300 0.92579 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM18956 4 0.2300 0.92579 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:hclust 146 1.09e-06 2
#> ATC:hclust 146 1.90e-11 3
#> ATC:hclust 118 1.66e-13 4
#> ATC:hclust 113 4.36e-17 5
#> ATC:hclust 112 2.53e-20 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4117 0.590 0.590
#> 3 3 0.476 0.642 0.824 0.5094 0.644 0.458
#> 4 4 0.797 0.871 0.909 0.1596 0.907 0.749
#> 5 5 0.767 0.783 0.822 0.0796 0.881 0.605
#> 6 6 0.799 0.643 0.791 0.0458 0.920 0.670
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18906 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18909 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18967 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> GSM18949 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19021 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.7056 0.763 0.192 0.808
#> GSM18962 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18901 2 0.1414 0.978 0.020 0.980
#> GSM18902 2 0.0938 0.986 0.012 0.988
#> GSM18993 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.5988 0.492021 0.000 0.368 0.632
#> GSM18928 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM18915 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18916 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18939 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18940 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18933 2 0.6302 -0.101994 0.000 0.520 0.480
#> GSM18934 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM18925 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18926 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18931 3 0.4887 0.658642 0.000 0.228 0.772
#> GSM18932 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM19019 2 0.5733 0.053357 0.000 0.676 0.324
#> GSM19020 2 0.5988 -0.130888 0.000 0.632 0.368
#> GSM18923 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18924 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18941 3 0.1529 0.672434 0.000 0.040 0.960
#> GSM18942 3 0.0000 0.662706 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.5988 0.492021 0.000 0.368 0.632
#> GSM18930 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM18911 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18912 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18935 3 0.4452 0.687431 0.000 0.192 0.808
#> GSM18936 3 0.5988 0.492021 0.000 0.368 0.632
#> GSM19005 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19006 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18921 3 0.5988 0.492021 0.000 0.368 0.632
#> GSM18922 3 0.6180 0.389093 0.000 0.416 0.584
#> GSM18919 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18920 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18917 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18918 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18913 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18914 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18937 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18938 3 0.4291 0.695460 0.000 0.180 0.820
#> GSM18943 3 0.5988 0.492021 0.000 0.368 0.632
#> GSM18944 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM19003 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19004 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19011 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19012 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19009 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19010 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18945 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM18946 3 0.5968 0.499061 0.000 0.364 0.636
#> GSM18963 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.5948 0.101560 0.000 0.640 0.360
#> GSM18906 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.6180 0.254827 0.416 0.584 0.000
#> GSM18974 2 0.6154 0.275278 0.408 0.592 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0424 0.758503 0.000 0.992 0.008
#> GSM18979 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.1753 0.733293 0.000 0.952 0.048
#> GSM18910 2 0.1753 0.733293 0.000 0.952 0.048
#> GSM18867 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.5465 0.602567 0.712 0.288 0.000
#> GSM18947 2 0.5810 0.065611 0.000 0.664 0.336
#> GSM18948 2 0.1529 0.726796 0.000 0.960 0.040
#> GSM18995 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18996 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18975 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18998 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18967 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM19016 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18957 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 3 0.5591 0.606200 0.000 0.304 0.696
#> GSM18990 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0747 0.751789 0.000 0.984 0.016
#> GSM18988 2 0.1031 0.744224 0.000 0.976 0.024
#> GSM18983 3 0.5591 0.606200 0.000 0.304 0.696
#> GSM18984 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18951 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18952 2 0.0592 0.755379 0.000 0.988 0.012
#> GSM19007 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19008 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18999 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19000 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18889 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.5363 0.528347 0.276 0.724 0.000
#> GSM18904 2 0.1411 0.751096 0.036 0.964 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 3 0.5706 0.580444 0.000 0.320 0.680
#> GSM18954 2 0.6008 0.085845 0.000 0.628 0.372
#> GSM19013 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19014 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18971 2 0.5882 0.406839 0.348 0.652 0.000
#> GSM18972 2 0.5327 0.533703 0.272 0.728 0.000
#> GSM18969 2 0.5098 0.566987 0.248 0.752 0.000
#> GSM18970 2 0.2959 0.688911 0.000 0.900 0.100
#> GSM18869 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.934072 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM19018 3 0.5254 0.659527 0.000 0.264 0.736
#> GSM18991 2 0.6008 0.063076 0.000 0.628 0.372
#> GSM18992 2 0.6062 0.000868 0.000 0.616 0.384
#> GSM19021 2 0.4931 0.361438 0.000 0.768 0.232
#> GSM19022 2 0.5138 0.305212 0.000 0.748 0.252
#> GSM19001 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM19002 3 0.4842 0.688103 0.000 0.224 0.776
#> GSM18899 2 0.6154 0.275278 0.408 0.592 0.000
#> GSM18900 2 0.6140 0.284558 0.404 0.596 0.000
#> GSM18961 2 0.0592 0.760230 0.012 0.988 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 2 0.1163 0.754267 0.028 0.972 0.000
#> GSM18902 2 0.1163 0.754267 0.028 0.972 0.000
#> GSM18993 2 0.1643 0.721897 0.000 0.956 0.044
#> GSM18994 2 0.0000 0.764295 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.5363 0.528459 0.276 0.724 0.000
#> GSM18866 2 0.5706 0.458905 0.320 0.680 0.000
#> GSM18897 2 0.6192 0.244098 0.420 0.580 0.000
#> GSM18898 2 0.6140 0.284558 0.404 0.596 0.000
#> GSM18887 1 0.5591 0.577173 0.696 0.304 0.000
#> GSM18888 1 0.5591 0.577173 0.696 0.304 0.000
#> GSM18893 1 0.5621 0.569132 0.692 0.308 0.000
#> GSM18894 1 0.5621 0.569132 0.692 0.308 0.000
#> GSM18895 2 0.6225 0.209829 0.432 0.568 0.000
#> GSM18896 2 0.6225 0.209829 0.432 0.568 0.000
#> GSM18891 2 0.6225 0.209829 0.432 0.568 0.000
#> GSM18892 2 0.6154 0.275278 0.408 0.592 0.000
#> GSM18955 3 0.5216 0.662799 0.000 0.260 0.740
#> GSM18956 2 0.4702 0.417724 0.000 0.788 0.212
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18928 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18915 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18916 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18939 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18940 3 0.0469 0.924 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18933 3 0.0336 0.920 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18934 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18925 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18926 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18931 3 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18932 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19019 4 0.5827 0.681 0.000 0.052 0.316 0.632
#> GSM19020 4 0.5827 0.681 0.000 0.052 0.316 0.632
#> GSM18923 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18924 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18941 3 0.3074 0.862 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM18942 3 0.4888 0.377 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM18929 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18930 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18911 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18912 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18935 3 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18936 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19005 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19006 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM18921 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18922 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18919 3 0.0469 0.924 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18920 3 0.0469 0.924 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM18917 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18918 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18913 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18914 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18937 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18938 3 0.2408 0.911 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM18943 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18944 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM19003 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19004 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19011 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19012 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19009 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19010 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM18945 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18946 3 0.0188 0.923 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18963 4 0.3899 0.893 0.000 0.052 0.108 0.840
#> GSM18964 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18905 4 0.6101 0.490 0.000 0.388 0.052 0.560
#> GSM18906 4 0.3652 0.896 0.000 0.052 0.092 0.856
#> GSM18965 4 0.3308 0.895 0.000 0.036 0.092 0.872
#> GSM18966 4 0.3308 0.895 0.000 0.036 0.092 0.872
#> GSM18873 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18974 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18977 4 0.3370 0.895 0.000 0.048 0.080 0.872
#> GSM18978 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18979 4 0.3652 0.896 0.000 0.052 0.092 0.856
#> GSM18980 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18883 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.3123 0.804 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM18908 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 4 0.3164 0.892 0.000 0.052 0.064 0.884
#> GSM18910 4 0.3453 0.896 0.000 0.052 0.080 0.868
#> GSM18867 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.4855 0.542 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM18947 4 0.6400 0.699 0.000 0.252 0.116 0.632
#> GSM18948 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18995 2 0.0524 0.957 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM18996 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18975 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18976 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18997 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18998 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18967 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18968 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18959 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18960 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM19015 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19016 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18957 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18958 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18981 4 0.4072 0.890 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM18982 4 0.4072 0.890 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM18989 2 0.0804 0.953 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM18990 4 0.4072 0.890 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM18985 4 0.3840 0.895 0.000 0.052 0.104 0.844
#> GSM18986 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18987 4 0.4072 0.890 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM18988 4 0.4072 0.890 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM18983 2 0.0804 0.953 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM18984 2 0.0524 0.956 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM18951 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18952 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM19007 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19008 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM18999 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19000 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM18889 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18904 4 0.0000 0.850 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18949 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18950 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18953 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18954 4 0.6442 0.354 0.000 0.440 0.068 0.492
#> GSM19013 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM19014 2 0.1807 0.962 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM18971 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18972 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18969 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18970 4 0.4411 0.881 0.000 0.080 0.108 0.812
#> GSM18869 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM19018 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18991 4 0.6607 0.448 0.000 0.400 0.084 0.516
#> GSM18992 4 0.6840 0.495 0.000 0.372 0.108 0.520
#> GSM19021 4 0.5764 0.699 0.000 0.052 0.304 0.644
#> GSM19022 4 0.5827 0.681 0.000 0.052 0.316 0.632
#> GSM19001 2 0.1635 0.963 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM19002 2 0.1635 0.963 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM18899 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18900 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18961 4 0.3117 0.893 0.000 0.028 0.092 0.880
#> GSM18962 4 0.3570 0.897 0.000 0.048 0.092 0.860
#> GSM18901 4 0.0000 0.850 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18902 4 0.0000 0.850 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18993 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18994 4 0.4015 0.891 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM18865 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18866 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18897 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18898 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18887 1 0.4985 0.414 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM18888 1 0.4985 0.414 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM18893 1 0.4985 0.414 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM18894 1 0.4985 0.414 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM18895 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18896 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18891 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18892 4 0.0336 0.846 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18955 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18956 4 0.4227 0.886 0.000 0.060 0.120 0.820
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18928 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18915 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18916 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18939 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18940 3 0.1544 0.9254 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM18933 3 0.1121 0.9227 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18934 3 0.1043 0.9256 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18925 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18926 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18931 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18932 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM19019 5 0.4104 0.8250 0.000 0.000 0.088 0.124 0.788
#> GSM19020 5 0.4104 0.8250 0.000 0.000 0.088 0.124 0.788
#> GSM18923 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18924 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18941 3 0.3141 0.9094 0.000 0.040 0.852 0.000 0.108
#> GSM18942 3 0.5855 0.4326 0.000 0.356 0.536 0.000 0.108
#> GSM18929 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18930 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18911 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18912 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18935 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18936 3 0.1043 0.9256 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM19005 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18922 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18919 3 0.0609 0.9276 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM18920 3 0.0703 0.9276 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18917 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18918 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18913 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18914 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18937 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18938 3 0.2813 0.9205 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM18943 3 0.1043 0.9256 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18944 3 0.1043 0.9256 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM19003 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18946 3 0.0963 0.9270 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18963 5 0.3461 0.8715 0.000 0.000 0.004 0.224 0.772
#> GSM18964 4 0.4434 0.1666 0.000 0.000 0.004 0.536 0.460
#> GSM18905 5 0.4238 0.8417 0.000 0.088 0.000 0.136 0.776
#> GSM18906 5 0.3424 0.8475 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM18965 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18966 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18873 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0000 0.7231 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18974 4 0.0000 0.7231 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18977 4 0.4321 0.3917 0.000 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM18978 5 0.3305 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18979 5 0.3305 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18980 4 0.4321 0.3917 0.000 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM18883 1 0.0451 0.9842 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0451 0.9842 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 4 0.4575 0.0898 0.392 0.004 0.008 0.596 0.000
#> GSM18908 1 0.2352 0.8997 0.896 0.004 0.008 0.092 0.000
#> GSM18909 5 0.3123 0.8760 0.000 0.000 0.004 0.184 0.812
#> GSM18910 5 0.3048 0.8805 0.000 0.000 0.004 0.176 0.820
#> GSM18867 1 0.0740 0.9853 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> GSM18868 4 0.3087 0.6022 0.152 0.008 0.004 0.836 0.000
#> GSM18947 5 0.3688 0.8526 0.000 0.060 0.000 0.124 0.816
#> GSM18948 5 0.2966 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM18995 2 0.4367 0.5652 0.000 0.580 0.004 0.000 0.416
#> GSM18996 2 0.4350 0.5795 0.000 0.588 0.004 0.000 0.408
#> GSM18975 5 0.3461 0.8715 0.000 0.000 0.004 0.224 0.772
#> GSM18976 5 0.4029 0.6999 0.000 0.000 0.004 0.316 0.680
#> GSM18997 2 0.4029 0.6874 0.000 0.680 0.004 0.000 0.316
#> GSM18998 2 0.4029 0.6874 0.000 0.680 0.004 0.000 0.316
#> GSM18967 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18968 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18959 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18960 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM19015 2 0.4009 0.6910 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> GSM19016 2 0.4009 0.6910 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> GSM18957 4 0.4341 0.3700 0.000 0.000 0.004 0.592 0.404
#> GSM18958 4 0.4310 0.4011 0.000 0.000 0.004 0.604 0.392
#> GSM18981 5 0.2773 0.8828 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM18982 5 0.2773 0.8828 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM18989 5 0.4127 0.3223 0.000 0.312 0.000 0.008 0.680
#> GSM18990 5 0.2891 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM18985 5 0.3048 0.8837 0.000 0.000 0.004 0.176 0.820
#> GSM18986 5 0.3366 0.8780 0.000 0.000 0.004 0.212 0.784
#> GSM18987 5 0.2891 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM18988 5 0.2891 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM18983 5 0.4147 0.3082 0.000 0.316 0.000 0.008 0.676
#> GSM18984 2 0.4415 0.5397 0.000 0.552 0.004 0.000 0.444
#> GSM18951 2 0.4331 0.6084 0.000 0.596 0.004 0.000 0.400
#> GSM18952 5 0.2966 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM19007 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0740 0.9853 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> GSM18882 1 0.0740 0.9853 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> GSM18877 1 0.0981 0.9831 0.972 0.008 0.008 0.000 0.012
#> GSM18878 1 0.0981 0.9831 0.972 0.008 0.008 0.000 0.012
#> GSM18875 1 0.0162 0.9878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18876 1 0.0162 0.9878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18879 1 0.0981 0.9831 0.972 0.008 0.008 0.000 0.012
#> GSM18880 1 0.0981 0.9831 0.972 0.008 0.008 0.000 0.012
#> GSM18871 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0613 0.9862 0.984 0.004 0.008 0.000 0.004
#> GSM18903 4 0.2179 0.6891 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> GSM18904 4 0.2338 0.6828 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> GSM18949 4 0.4390 0.3748 0.000 0.000 0.004 0.568 0.428
#> GSM18950 4 0.4390 0.3748 0.000 0.000 0.004 0.568 0.428
#> GSM18953 2 0.4278 0.5126 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM18954 5 0.3970 0.8062 0.000 0.104 0.000 0.096 0.800
#> GSM19013 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0510 0.8151 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.7231 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.7231 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.7231 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 5 0.3266 0.8834 0.000 0.004 0.000 0.200 0.796
#> GSM18869 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4009 0.6910 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> GSM19018 2 0.4009 0.6910 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> GSM18991 5 0.4247 0.8393 0.000 0.092 0.000 0.132 0.776
#> GSM18992 5 0.4083 0.8505 0.000 0.080 0.000 0.132 0.788
#> GSM19021 5 0.4038 0.8330 0.000 0.000 0.080 0.128 0.792
#> GSM19022 5 0.4038 0.8330 0.000 0.000 0.080 0.128 0.792
#> GSM19001 2 0.0579 0.8133 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM19002 2 0.0579 0.8133 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM18899 4 0.0162 0.7230 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18900 4 0.0162 0.7230 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18961 4 0.4288 0.4141 0.000 0.000 0.004 0.612 0.384
#> GSM18962 4 0.4341 0.3700 0.000 0.000 0.004 0.592 0.404
#> GSM18901 4 0.2439 0.6832 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> GSM18902 4 0.2439 0.6832 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> GSM18993 5 0.3305 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18994 5 0.3305 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM18865 4 0.0162 0.7230 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18866 4 0.0162 0.7230 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM18897 4 0.0290 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18898 4 0.0290 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18887 4 0.2648 0.6048 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18888 4 0.2648 0.6048 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18893 4 0.2648 0.6048 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18894 4 0.2648 0.6048 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM18895 4 0.0451 0.7215 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM18896 4 0.0451 0.7215 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM18891 4 0.0613 0.7214 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> GSM18892 4 0.0613 0.7214 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> GSM18955 2 0.4367 0.5848 0.000 0.580 0.004 0.000 0.416
#> GSM18956 5 0.3086 0.8814 0.000 0.004 0.000 0.180 0.816
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM18928 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM18915 3 0.0508 0.8631 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM18916 3 0.0508 0.8631 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM18939 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.2946 0.8754 0.000 0.000 0.812 0.012 0.176 0.000
#> GSM18933 3 0.3688 0.8707 0.000 0.000 0.724 0.020 0.256 0.000
#> GSM18934 3 0.3606 0.8732 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM18925 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.3494 0.8744 0.000 0.000 0.736 0.012 0.252 0.000
#> GSM18932 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM19019 4 0.2704 0.5433 0.000 0.000 0.012 0.868 0.100 0.020
#> GSM19020 4 0.2704 0.5433 0.000 0.000 0.012 0.868 0.100 0.020
#> GSM18923 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3390 0.4894 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM18930 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM18911 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.3494 0.8744 0.000 0.000 0.736 0.012 0.252 0.000
#> GSM18936 3 0.3606 0.8732 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM19005 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM19006 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM18921 3 0.3582 0.8744 0.000 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM18922 3 0.3665 0.8722 0.000 0.000 0.728 0.020 0.252 0.000
#> GSM18919 3 0.3287 0.8765 0.000 0.000 0.768 0.012 0.220 0.000
#> GSM18920 3 0.3314 0.8764 0.000 0.000 0.764 0.012 0.224 0.000
#> GSM18917 3 0.0508 0.8631 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM18918 3 0.0508 0.8631 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM18913 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0363 0.8632 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.3688 0.8707 0.000 0.000 0.724 0.020 0.256 0.000
#> GSM18944 3 0.3606 0.8732 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM19003 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM19012 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM19009 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.3606 0.8732 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM18946 3 0.3606 0.8732 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM18963 4 0.0692 0.5606 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM18964 4 0.3652 0.5003 0.000 0.000 0.000 0.720 0.016 0.264
#> GSM18905 4 0.3835 0.0574 0.000 0.004 0.004 0.656 0.336 0.000
#> GSM18906 4 0.1967 0.5753 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.084
#> GSM18965 4 0.3953 0.4248 0.000 0.000 0.000 0.656 0.016 0.328
#> GSM18966 4 0.3953 0.4248 0.000 0.000 0.000 0.656 0.016 0.328
#> GSM18873 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.1151 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM18974 6 0.1151 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM18977 4 0.3867 0.4284 0.000 0.000 0.000 0.660 0.012 0.328
#> GSM18978 4 0.1682 0.5363 0.000 0.000 0.000 0.928 0.052 0.020
#> GSM18979 4 0.0858 0.5617 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18980 4 0.3835 0.4397 0.000 0.000 0.000 0.668 0.012 0.320
#> GSM18883 1 0.2070 0.9211 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100 0.000
#> GSM18884 1 0.2070 0.9211 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100 0.000
#> GSM18885 1 0.0725 0.9666 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM18886 1 0.0725 0.9666 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM18907 6 0.4041 0.7370 0.096 0.000 0.004 0.000 0.136 0.764
#> GSM18908 1 0.4566 0.7312 0.712 0.000 0.004 0.000 0.136 0.148
#> GSM18909 4 0.4172 -0.1075 0.000 0.000 0.000 0.528 0.460 0.012
#> GSM18910 4 0.4083 -0.0986 0.000 0.000 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM18867 1 0.0717 0.9691 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM18868 6 0.1480 0.8940 0.020 0.000 0.000 0.000 0.040 0.940
#> GSM18947 4 0.4088 -0.0570 0.000 0.000 0.004 0.556 0.436 0.004
#> GSM18948 4 0.3756 0.1889 0.000 0.000 0.000 0.644 0.352 0.004
#> GSM18995 5 0.6334 0.8376 0.000 0.308 0.008 0.332 0.352 0.000
#> GSM18996 5 0.6336 0.8315 0.000 0.324 0.008 0.316 0.352 0.000
#> GSM18975 4 0.0858 0.5633 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM18976 4 0.2653 0.5744 0.000 0.000 0.000 0.844 0.012 0.144
#> GSM18997 2 0.6206 -0.6543 0.000 0.432 0.008 0.256 0.304 0.000
#> GSM18998 2 0.6206 -0.6543 0.000 0.432 0.008 0.256 0.304 0.000
#> GSM18967 4 0.3922 0.4396 0.000 0.000 0.000 0.664 0.016 0.320
#> GSM18968 4 0.3922 0.4396 0.000 0.000 0.000 0.664 0.016 0.320
#> GSM18959 4 0.3852 0.4340 0.000 0.000 0.000 0.664 0.012 0.324
#> GSM18960 4 0.3938 0.4326 0.000 0.000 0.000 0.660 0.016 0.324
#> GSM19015 2 0.6173 -0.6249 0.000 0.444 0.008 0.248 0.300 0.000
#> GSM19016 2 0.6160 -0.6178 0.000 0.448 0.008 0.244 0.300 0.000
#> GSM18957 4 0.3905 0.4449 0.000 0.000 0.000 0.668 0.016 0.316
#> GSM18958 4 0.3938 0.4326 0.000 0.000 0.000 0.660 0.016 0.324
#> GSM18981 4 0.3636 0.3131 0.000 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM18982 4 0.3636 0.3131 0.000 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM18989 4 0.5614 -0.4278 0.000 0.108 0.004 0.456 0.428 0.004
#> GSM18990 4 0.3879 0.3523 0.000 0.000 0.000 0.688 0.292 0.020
#> GSM18985 4 0.3617 0.4135 0.000 0.000 0.000 0.736 0.244 0.020
#> GSM18986 4 0.2058 0.5657 0.000 0.000 0.000 0.908 0.056 0.036
#> GSM18987 4 0.3879 0.3523 0.000 0.000 0.000 0.688 0.292 0.020
#> GSM18988 4 0.3879 0.3523 0.000 0.000 0.000 0.688 0.292 0.020
#> GSM18983 4 0.5614 -0.4278 0.000 0.108 0.004 0.456 0.428 0.004
#> GSM18984 5 0.6333 0.7625 0.000 0.256 0.008 0.304 0.428 0.004
#> GSM18951 5 0.6321 0.8314 0.000 0.304 0.008 0.252 0.432 0.004
#> GSM18952 4 0.3890 0.0786 0.000 0.000 0.000 0.596 0.400 0.004
#> GSM19007 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0260 0.7535 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM19000 2 0.0405 0.7533 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM18889 1 0.0622 0.9677 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM18890 1 0.0622 0.9677 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM18881 1 0.0622 0.9699 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM18882 1 0.0622 0.9699 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM18877 1 0.0891 0.9669 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM18878 1 0.0891 0.9669 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0891 0.9669 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM18880 1 0.0891 0.9669 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0260 0.9713 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18903 6 0.3514 0.6982 0.000 0.000 0.000 0.228 0.020 0.752
#> GSM18904 6 0.3541 0.6906 0.000 0.000 0.000 0.232 0.020 0.748
#> GSM18949 4 0.4931 0.4668 0.000 0.000 0.000 0.636 0.116 0.248
#> GSM18950 4 0.4972 0.4567 0.000 0.000 0.000 0.628 0.116 0.256
#> GSM18953 5 0.6208 0.8259 0.000 0.252 0.004 0.296 0.444 0.004
#> GSM18954 4 0.4098 -0.0675 0.000 0.000 0.004 0.548 0.444 0.004
#> GSM19013 2 0.0520 0.7503 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM19014 2 0.0520 0.7503 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM18971 6 0.2489 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012 0.860
#> GSM18972 6 0.2489 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012 0.860
#> GSM18969 6 0.2489 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012 0.860
#> GSM18970 4 0.3728 0.0553 0.000 0.000 0.004 0.652 0.344 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9718 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.6186 -0.6345 0.000 0.440 0.008 0.252 0.300 0.000
#> GSM19018 2 0.6194 -0.6441 0.000 0.436 0.008 0.252 0.304 0.000
#> GSM18991 4 0.4290 0.0631 0.000 0.020 0.004 0.648 0.324 0.004
#> GSM18992 4 0.4210 0.0784 0.000 0.016 0.004 0.652 0.324 0.004
#> GSM19021 4 0.2250 0.5429 0.000 0.000 0.000 0.888 0.092 0.020
#> GSM19022 4 0.2301 0.5410 0.000 0.000 0.000 0.884 0.096 0.020
#> GSM19001 2 0.0291 0.7496 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0291 0.7496 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM18899 6 0.1092 0.8996 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> GSM18900 6 0.1092 0.8996 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> GSM18961 4 0.3953 0.4248 0.000 0.000 0.000 0.656 0.016 0.328
#> GSM18962 4 0.3922 0.4389 0.000 0.000 0.000 0.664 0.016 0.320
#> GSM18901 6 0.3253 0.7451 0.000 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM18902 6 0.3253 0.7451 0.000 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM18993 4 0.1926 0.5265 0.000 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> GSM18994 4 0.1549 0.5409 0.000 0.000 0.000 0.936 0.044 0.020
#> GSM18865 6 0.1151 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM18866 6 0.1151 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM18897 6 0.1151 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> GSM18898 6 0.1151 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> GSM18887 6 0.1334 0.8924 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM18888 6 0.1334 0.8924 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM18893 6 0.1334 0.8924 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM18894 6 0.1334 0.8924 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM18895 6 0.1225 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM18896 6 0.1225 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM18891 6 0.1225 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM18892 6 0.1225 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM18955 5 0.6328 0.8408 0.000 0.296 0.008 0.260 0.432 0.004
#> GSM18956 4 0.3955 -0.0435 0.000 0.000 0.000 0.560 0.436 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:kmeans 158 4.35e-07 2
#> ATC:kmeans 122 1.05e-08 3
#> ATC:kmeans 149 1.31e-15 4
#> ATC:kmeans 139 1.41e-16 5
#> ATC:kmeans 118 6.17e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.4918 0.510 0.510
#> 3 3 1.000 0.977 0.991 0.3422 0.804 0.626
#> 4 4 1.000 0.959 0.984 0.1253 0.895 0.700
#> 5 5 0.954 0.940 0.965 0.0406 0.969 0.880
#> 6 6 0.866 0.785 0.897 0.0367 0.984 0.928
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.278 0.941 0.048 0.952
#> GSM18934 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18964 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18906 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18965 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18979 2 0.978 0.307 0.412 0.588
#> GSM18980 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.163 0.974 0.976 0.024
#> GSM18910 2 0.891 0.559 0.308 0.692
#> GSM18867 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18976 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18968 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18959 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18960 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18957 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18958 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18985 1 0.584 0.835 0.860 0.140
#> GSM18986 2 0.850 0.622 0.276 0.724
#> GSM18987 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18950 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18869 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18992 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19021 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18962 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18994 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.000 0.988 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18928 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18915 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18916 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18939 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18940 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18933 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18934 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18925 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18926 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18931 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18932 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19019 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19020 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18923 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18924 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18941 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18942 3 0.455 0.746 0.000 0.200 0.8
#> GSM18929 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18930 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18911 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18912 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18935 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18936 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19005 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19006 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18921 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18922 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18919 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18920 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18917 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18918 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18913 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18914 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18937 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18938 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18943 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18944 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19003 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19004 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19011 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19012 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19009 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19010 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18945 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18946 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM18963 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18964 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18905 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18906 2 0.606 0.380 0.384 0.616 0.0
#> GSM18965 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18966 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18873 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18874 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18973 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18974 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18977 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18978 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18979 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18980 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18883 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18884 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18885 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18886 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18907 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18908 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18909 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18910 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18867 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18868 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18947 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18948 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18995 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18996 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18975 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18976 1 0.573 0.509 0.676 0.324 0.0
#> GSM18997 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18998 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18967 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18968 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18959 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18960 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM19015 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19016 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18957 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18958 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18981 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18982 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18989 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18990 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18985 2 0.440 0.766 0.188 0.812 0.0
#> GSM18986 2 0.811 0.445 0.096 0.604 0.3
#> GSM18987 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18988 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18983 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18984 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18951 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18952 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19007 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19008 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18999 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19000 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18889 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18890 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18881 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18882 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18877 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18878 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18875 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18876 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18879 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18880 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18871 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18872 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18903 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18904 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18949 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18950 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18953 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18954 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19013 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19014 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18971 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18972 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18969 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18970 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18869 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18870 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM19017 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19018 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18991 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18992 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19021 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19022 3 0.000 0.995 0.000 0.000 1.0
#> GSM19001 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM19002 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18899 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18900 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18961 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18962 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18901 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18902 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18993 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18994 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18865 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18866 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18897 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18898 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18887 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18888 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18893 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18894 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18895 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18896 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18891 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18892 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.0
#> GSM18955 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
#> GSM18956 2 0.000 0.981 0.000 1.000 0.0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19019 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19020 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18942 3 0.3610 0.731 0.000 0.200 0.8 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18906 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.0 0.992
#> GSM18965 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18977 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18978 2 0.4955 0.180 0.000 0.556 0.0 0.444
#> GSM18979 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18909 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18985 4 0.7113 0.154 0.128 0.416 0.0 0.456
#> GSM18986 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18971 4 0.3837 0.720 0.224 0.000 0.0 0.776
#> GSM18972 4 0.3837 0.720 0.224 0.000 0.0 0.776
#> GSM18969 4 0.3837 0.720 0.224 0.000 0.0 0.776
#> GSM18970 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.0 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.0 1.000
#> GSM18901 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18993 2 0.4972 0.138 0.000 0.544 0.0 0.456
#> GSM18994 4 0.4103 0.634 0.000 0.256 0.0 0.744
#> GSM18865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.0 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18928 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18915 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18934 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18925 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18932 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM19019 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM19020 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18923 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3177 0.686 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18930 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18911 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18936 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM19005 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18922 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18919 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18944 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM19003 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18946 3 0.0404 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18963 4 0.0162 0.912 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18964 4 0.0162 0.912 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18905 2 0.1121 0.925 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18906 4 0.3210 0.725 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM18965 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0404 0.990 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18974 1 0.0404 0.990 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM18977 4 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM18978 2 0.4254 0.663 0.000 0.740 0.000 0.220 0.040
#> GSM18979 4 0.0955 0.894 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM18980 4 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18883 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.2605 0.871 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM18910 2 0.2561 0.874 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM18867 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.2561 0.873 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM18948 2 0.2719 0.871 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> GSM18995 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0162 0.912 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18968 4 0.0162 0.912 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18959 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0162 0.912 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18981 5 0.0963 0.879 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM18982 5 0.0963 0.879 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM18989 5 0.2471 0.928 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM18990 5 0.2424 0.928 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM18985 5 0.2610 0.861 0.004 0.028 0.000 0.076 0.892
#> GSM18986 5 0.2966 0.747 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM18987 5 0.2471 0.928 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM18988 5 0.2471 0.928 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM18983 5 0.2561 0.924 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM18984 5 0.2561 0.924 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM18951 2 0.2424 0.881 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM18952 2 0.2719 0.871 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> GSM19007 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0451 0.990 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM18904 1 0.0451 0.990 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM18949 4 0.1270 0.881 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM18950 4 0.1270 0.881 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM18953 2 0.2516 0.876 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM18954 2 0.2561 0.873 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM19013 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.4040 0.596 0.260 0.000 0.000 0.724 0.016
#> GSM18972 4 0.4040 0.596 0.260 0.000 0.000 0.724 0.016
#> GSM18969 4 0.4040 0.596 0.260 0.000 0.000 0.724 0.016
#> GSM18970 2 0.1043 0.926 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM18869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19021 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19022 3 0.0000 0.988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0290 0.992 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18900 1 0.0290 0.992 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18961 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0510 0.990 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18902 1 0.0510 0.990 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18993 2 0.4490 0.655 0.000 0.724 0.000 0.224 0.052
#> GSM18994 4 0.4681 0.505 0.000 0.252 0.000 0.696 0.052
#> GSM18865 1 0.0510 0.990 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18866 1 0.0510 0.990 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18897 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18898 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18887 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18888 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18893 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18894 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18895 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18896 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18891 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18892 1 0.0609 0.989 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18955 2 0.2424 0.881 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM18956 2 0.2561 0.873 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18928 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18915 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18916 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18939 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18940 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18933 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18934 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18925 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18926 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18931 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18932 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM19019 3 0.1814 0.93691 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM19020 3 0.1958 0.93491 0.000 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> GSM18923 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18924 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18941 3 0.0909 0.93307 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM18942 3 0.3784 0.48727 0.000 0.308 0.680 0.000 0.000 0.012
#> GSM18929 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18930 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18911 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18912 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18935 3 0.1444 0.94407 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM18936 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM19005 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18922 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18919 3 0.0000 0.94648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.94648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18918 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18913 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18914 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18937 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18938 3 0.0363 0.94571 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM18943 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18944 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM19003 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18946 3 0.1663 0.94240 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM18963 4 0.0713 0.85018 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM18964 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.3534 0.28550 0.000 0.716 0.000 0.000 0.008 0.276
#> GSM18906 6 0.4212 -0.04491 0.000 0.000 0.000 0.264 0.048 0.688
#> GSM18965 4 0.0363 0.85500 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18966 4 0.0363 0.85500 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18873 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.3213 0.83534 0.784 0.000 0.000 0.008 0.004 0.204
#> GSM18974 1 0.3213 0.83534 0.784 0.000 0.000 0.008 0.004 0.204
#> GSM18977 4 0.2378 0.80596 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM18978 2 0.5969 -0.38926 0.000 0.448 0.000 0.260 0.000 0.292
#> GSM18979 4 0.2416 0.77213 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM18980 4 0.2149 0.82500 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004 0.104
#> GSM18883 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 6 0.4131 0.55695 0.000 0.384 0.000 0.000 0.016 0.600
#> GSM18910 6 0.4205 0.54396 0.000 0.420 0.000 0.000 0.016 0.564
#> GSM18867 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.4264 -0.51941 0.000 0.492 0.000 0.000 0.016 0.492
#> GSM18948 6 0.4491 0.46252 0.000 0.476 0.000 0.008 0.016 0.500
#> GSM18995 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.2482 0.80473 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM18976 4 0.1858 0.83127 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM18997 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0363 0.85457 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18968 4 0.0363 0.85457 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18959 4 0.0260 0.85528 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18960 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 5 0.0146 0.98790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18982 5 0.0146 0.98790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18989 5 0.0260 0.98836 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM18990 5 0.0146 0.99003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18985 5 0.0000 0.98784 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 5 0.1075 0.94539 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM18987 5 0.0146 0.99003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18988 5 0.0146 0.99003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM18983 5 0.0260 0.98836 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM18984 5 0.0260 0.98836 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM18951 2 0.4161 -0.39487 0.000 0.540 0.000 0.000 0.012 0.448
#> GSM18952 6 0.4925 0.49365 0.000 0.460 0.000 0.032 0.016 0.492
#> GSM19007 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.2003 0.88486 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM18904 1 0.2092 0.88139 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM18949 4 0.2664 0.71393 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM18950 4 0.2664 0.71393 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM18953 2 0.4264 -0.50977 0.000 0.496 0.000 0.000 0.016 0.488
#> GSM18954 2 0.4264 -0.50977 0.000 0.496 0.000 0.000 0.016 0.488
#> GSM19013 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.5420 0.48713 0.272 0.000 0.000 0.580 0.004 0.144
#> GSM18972 4 0.5386 0.49785 0.264 0.000 0.000 0.588 0.004 0.144
#> GSM18969 4 0.5417 0.49197 0.264 0.000 0.000 0.584 0.004 0.148
#> GSM18970 2 0.2882 0.51633 0.000 0.812 0.000 0.000 0.008 0.180
#> GSM18869 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.91239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0865 0.76452 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM18992 2 0.0865 0.76452 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM19021 3 0.1075 0.94215 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM19022 3 0.1075 0.94215 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM19001 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.80640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.1714 0.89259 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM18900 1 0.1814 0.89039 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM18961 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.85537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18901 1 0.3221 0.82713 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM18902 1 0.3221 0.82713 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM18993 6 0.6097 0.40546 0.000 0.344 0.000 0.284 0.000 0.372
#> GSM18994 4 0.5571 0.00694 0.000 0.148 0.000 0.496 0.000 0.356
#> GSM18865 1 0.3448 0.81474 0.716 0.000 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM18866 1 0.3586 0.81148 0.712 0.000 0.000 0.004 0.004 0.280
#> GSM18897 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18898 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18887 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18888 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18893 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18894 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18895 1 0.3050 0.84818 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM18896 1 0.3023 0.84997 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM18891 1 0.3050 0.84818 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM18892 1 0.3050 0.84818 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM18955 2 0.4093 -0.46368 0.000 0.516 0.000 0.000 0.008 0.476
#> GSM18956 2 0.4264 -0.51941 0.000 0.492 0.000 0.000 0.016 0.492
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:skmeans 157 1.12e-05 2
#> ATC:skmeans 156 5.31e-11 3
#> ATC:skmeans 155 2.17e-16 4
#> ATC:skmeans 158 1.35e-21 5
#> ATC:skmeans 141 2.31e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.560 0.901 0.940 0.4797 0.501 0.501
#> 3 3 0.848 0.857 0.947 0.3047 0.762 0.576
#> 4 4 0.916 0.902 0.962 0.1805 0.812 0.551
#> 5 5 0.969 0.913 0.956 0.0494 0.958 0.842
#> 6 6 0.887 0.786 0.863 0.0371 0.979 0.909
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.7883 0.6678 0.236 0.764
#> GSM18934 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.8608 0.5869 0.284 0.716
#> GSM19020 2 0.8608 0.5869 0.284 0.716
#> GSM18923 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.4298 0.8728 0.088 0.912
#> GSM18944 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18963 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18964 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18905 2 0.9933 0.0705 0.452 0.548
#> GSM18906 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18965 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18966 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18873 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18978 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18979 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18980 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18883 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18909 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18910 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18867 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18947 1 0.9896 0.3334 0.560 0.440
#> GSM18948 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18995 2 0.2043 0.9314 0.032 0.968
#> GSM18996 2 0.2043 0.9314 0.032 0.968
#> GSM18975 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18976 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18997 2 0.2423 0.9250 0.040 0.960
#> GSM18998 2 0.2236 0.9284 0.036 0.964
#> GSM18967 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18968 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18959 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18960 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM19015 2 0.1414 0.9397 0.020 0.980
#> GSM19016 2 0.1184 0.9423 0.016 0.984
#> GSM18957 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18958 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18981 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18982 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18989 2 0.2236 0.9285 0.036 0.964
#> GSM18990 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18985 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18986 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18987 1 0.5629 0.9131 0.868 0.132
#> GSM18988 1 0.5629 0.9131 0.868 0.132
#> GSM18983 2 0.2236 0.9285 0.036 0.964
#> GSM18984 2 0.0376 0.9495 0.004 0.996
#> GSM18951 2 0.3431 0.8978 0.064 0.936
#> GSM18952 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM19007 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18904 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18949 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18950 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18953 2 0.9710 0.2450 0.400 0.600
#> GSM18954 1 0.6712 0.8676 0.824 0.176
#> GSM19013 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18972 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18969 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18970 1 0.5408 0.9203 0.876 0.124
#> GSM18869 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2043 0.9314 0.032 0.968
#> GSM19018 2 0.2043 0.9314 0.032 0.968
#> GSM18991 1 0.9087 0.6206 0.676 0.324
#> GSM18992 2 0.9170 0.4766 0.332 0.668
#> GSM19021 2 0.8608 0.5869 0.284 0.716
#> GSM19022 2 0.8608 0.5869 0.284 0.716
#> GSM19001 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18962 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18901 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18902 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18993 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18994 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18865 1 0.5294 0.9237 0.880 0.120
#> GSM18866 1 0.4298 0.9221 0.912 0.088
#> GSM18897 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0672 0.9158 0.992 0.008
#> GSM18887 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9150 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM18956 1 0.7139 0.8390 0.804 0.196
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.6008 0.3650 0.000 0.372 0.628
#> GSM18934 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0237 0.9012 0.000 0.996 0.004
#> GSM19020 2 0.0237 0.9012 0.000 0.996 0.004
#> GSM18923 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19006 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.3038 0.8387 0.000 0.104 0.896
#> GSM18944 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19004 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19011 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19012 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19009 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19010 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.4121 0.7423 0.000 0.832 0.168
#> GSM18906 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18974 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18977 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.1411 0.9427 0.964 0.036 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.6168 0.2598 0.588 0.412 0.000
#> GSM18947 2 0.4555 0.7062 0.000 0.800 0.200
#> GSM18948 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.6309 0.0204 0.000 0.504 0.496
#> GSM18996 3 0.6062 0.3613 0.000 0.384 0.616
#> GSM18975 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.6079 0.3569 0.000 0.612 0.388
#> GSM18998 2 0.6307 0.0507 0.000 0.512 0.488
#> GSM18967 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 3 0.5058 0.6626 0.000 0.244 0.756
#> GSM19016 3 0.4931 0.6822 0.000 0.232 0.768
#> GSM18957 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.6111 0.3366 0.000 0.604 0.396
#> GSM18990 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.6154 0.3057 0.000 0.592 0.408
#> GSM18984 3 0.0237 0.9535 0.000 0.004 0.996
#> GSM18951 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19008 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18999 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19000 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18904 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18949 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.6204 0.2608 0.000 0.576 0.424
#> GSM18954 2 0.2878 0.8184 0.000 0.904 0.096
#> GSM19013 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19014 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18971 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 3 0.5621 0.5418 0.000 0.308 0.692
#> GSM19018 3 0.6008 0.3921 0.000 0.372 0.628
#> GSM18991 2 0.0424 0.8982 0.000 0.992 0.008
#> GSM18992 2 0.1289 0.8784 0.000 0.968 0.032
#> GSM19021 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM19022 2 0.1289 0.8785 0.000 0.968 0.032
#> GSM19001 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM19002 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18899 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18900 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18902 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18866 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18897 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18898 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18887 2 0.6204 0.2585 0.424 0.576 0.000
#> GSM18888 2 0.6204 0.2585 0.424 0.576 0.000
#> GSM18893 2 0.6204 0.2585 0.424 0.576 0.000
#> GSM18894 2 0.6204 0.2585 0.424 0.576 0.000
#> GSM18895 2 0.5810 0.4609 0.336 0.664 0.000
#> GSM18896 2 0.6204 0.2585 0.424 0.576 0.000
#> GSM18891 2 0.5988 0.3940 0.368 0.632 0.000
#> GSM18892 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000
#> GSM18955 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0424 0.8982 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.4406 0.5676 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM19020 4 0.4972 0.1820 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM18923 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.2530 0.8640 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18906 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18965 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18974 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18977 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18978 4 0.0592 0.9027 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18979 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.1118 0.9414 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM18908 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.4304 0.5926 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM18910 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.4888 0.2036 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM18947 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18948 4 0.0188 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM18995 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18981 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18982 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18990 4 0.1557 0.8668 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18985 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18986 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.4605 0.4923 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM18988 2 0.0592 0.9516 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18983 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18952 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9780 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19021 4 0.4998 0.0919 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM19022 3 0.2921 0.8188 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM19001 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18901 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18902 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18993 4 0.2345 0.8214 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM18994 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18865 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18866 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18897 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18898 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18887 4 0.4916 0.3162 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM18888 4 0.4916 0.3162 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM18893 4 0.4916 0.3162 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM18894 4 0.4916 0.3162 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM18895 4 0.4605 0.5058 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM18896 4 0.4916 0.3162 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM18891 4 0.4746 0.4432 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM18892 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18956 2 0.4961 0.2108 0.000 0.552 0.000 0.448
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18928 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18915 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0510 0.9499 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM18933 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18934 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18925 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18932 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM19019 4 0.3796 0.5484 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM19020 4 0.4278 0.1857 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.2179 0.8251 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18930 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18911 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18936 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM19005 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18922 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18919 3 0.1121 0.9490 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM18920 3 0.0162 0.9498 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM18917 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18944 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM19003 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18946 3 0.1965 0.9453 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18963 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18906 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3534 0.6285 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM18974 4 0.2966 0.7443 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM18977 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18978 4 0.0510 0.9229 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 5 0.1965 0.8959 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM18908 1 0.0609 0.9772 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM18909 2 0.3707 0.5726 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 5 0.4528 0.3038 0.444 0.000 0.000 0.008 0.548
#> GSM18947 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18948 4 0.0162 0.9337 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18990 4 0.1341 0.8815 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM18985 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18987 2 0.3966 0.4829 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM18988 2 0.0510 0.9475 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18952 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19021 4 0.5721 0.0393 0.000 0.000 0.424 0.492 0.084
#> GSM19022 3 0.4252 0.7417 0.000 0.000 0.764 0.172 0.064
#> GSM19001 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 4 0.4235 0.2226 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> GSM18902 4 0.1478 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM18993 4 0.2020 0.8289 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 4 0.0703 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM18866 4 0.0000 0.9369 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18897 5 0.1965 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM18898 5 0.1965 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM18887 5 0.2136 0.9062 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM18888 5 0.2136 0.9062 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM18893 5 0.2136 0.9062 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM18894 5 0.2136 0.9062 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM18895 5 0.2300 0.8893 0.024 0.000 0.000 0.072 0.904
#> GSM18896 5 0.2136 0.9062 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM18891 5 0.2378 0.8998 0.048 0.000 0.000 0.048 0.904
#> GSM18892 5 0.1965 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM18955 2 0.0000 0.9654 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18956 2 0.4273 0.1906 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18928 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.2912 0.751 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18933 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18934 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18932 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM19019 4 0.3342 0.648 0.000 0.000 0.228 0.760 0.012 0.000
#> GSM19020 4 0.3883 0.445 0.000 0.000 0.332 0.656 0.012 0.000
#> GSM18923 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0260 0.735 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.2823 0.530 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18930 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.3843 0.743 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM18936 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18922 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18919 3 0.3620 0.748 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM18920 3 0.2912 0.751 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18944 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18946 3 0.3868 0.739 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM18963 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18964 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18905 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18906 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18965 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.3428 0.567 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM18974 4 0.2664 0.741 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM18977 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18978 4 0.0632 0.884 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM18979 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18980 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18908 1 0.0865 0.961 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM18909 2 0.4363 -0.076 0.000 0.636 0.000 0.324 0.040 0.000
#> GSM18910 2 0.3012 0.695 0.000 0.796 0.000 0.008 0.196 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 6 0.3634 0.439 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM18947 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18948 4 0.0291 0.896 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM18995 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18996 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18975 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18976 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18997 2 0.2793 0.705 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM18998 2 0.2793 0.705 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM18967 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18959 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18960 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19015 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM19016 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18957 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18958 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 4 0.3446 0.628 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM18982 4 0.3446 0.628 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM18989 5 0.3868 0.755 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> GSM18990 4 0.4018 0.434 0.000 0.008 0.000 0.580 0.412 0.000
#> GSM18985 4 0.3428 0.631 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM18986 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18987 5 0.5859 0.448 0.000 0.288 0.000 0.232 0.480 0.000
#> GSM18988 5 0.4263 0.747 0.000 0.480 0.000 0.016 0.504 0.000
#> GSM18983 5 0.3868 0.755 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> GSM18984 5 0.3868 0.755 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> GSM18951 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18952 4 0.0146 0.898 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18950 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18953 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18954 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0146 0.721 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18971 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18972 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18969 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18970 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM19018 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18991 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18992 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM19021 4 0.6023 -0.139 0.000 0.000 0.260 0.420 0.320 0.000
#> GSM19022 3 0.5919 0.558 0.000 0.000 0.452 0.228 0.320 0.000
#> GSM19001 2 0.0260 0.720 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18962 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18901 4 0.3838 0.227 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM18902 4 0.1327 0.859 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM18993 4 0.2593 0.754 0.000 0.008 0.000 0.844 0.148 0.000
#> GSM18994 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18865 4 0.0632 0.886 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18866 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18898 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18887 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18888 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18893 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18894 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18895 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18896 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18891 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18892 6 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18955 2 0.2823 0.704 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM18956 4 0.5873 -0.335 0.000 0.352 0.000 0.444 0.204 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:pam 154 3.04e-06 2
#> ATC:pam 141 3.44e-10 3
#> ATC:pam 147 6.18e-14 4
#> ATC:pam 152 2.96e-18 5
#> ATC:pam 150 2.52e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.534 0.862 0.864 0.4835 0.508 0.508
#> 3 3 0.649 0.852 0.914 0.3314 0.626 0.402
#> 4 4 0.739 0.746 0.890 0.1341 0.888 0.699
#> 5 5 0.728 0.689 0.816 0.0608 0.931 0.749
#> 6 6 0.858 0.874 0.916 0.0409 0.882 0.560
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.4022 0.884 0.080 0.920
#> GSM19020 2 0.3431 0.888 0.064 0.936
#> GSM18923 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19006 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18921 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19004 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19011 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19012 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19009 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19010 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18945 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.902 0.000 1.000
#> GSM18963 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18964 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18905 1 0.4431 0.884 0.908 0.092
#> GSM18906 1 0.2778 0.895 0.952 0.048
#> GSM18965 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18966 1 0.3879 0.892 0.924 0.076
#> GSM18873 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18874 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18973 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18974 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18977 1 0.2236 0.895 0.964 0.036
#> GSM18978 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18979 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18980 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18883 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18884 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18885 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18886 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18907 1 0.5946 0.852 0.856 0.144
#> GSM18908 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18909 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18910 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18867 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18868 1 0.4161 0.883 0.916 0.084
#> GSM18947 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18948 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18995 2 0.9170 0.638 0.332 0.668
#> GSM18996 2 0.9635 0.518 0.388 0.612
#> GSM18975 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18976 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18997 2 0.9460 0.574 0.364 0.636
#> GSM18998 2 0.7674 0.803 0.224 0.776
#> GSM18967 1 0.3431 0.894 0.936 0.064
#> GSM18968 1 0.3879 0.892 0.924 0.076
#> GSM18959 1 0.4431 0.884 0.908 0.092
#> GSM18960 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM19015 2 0.7950 0.784 0.240 0.760
#> GSM19016 2 0.7219 0.829 0.200 0.800
#> GSM18957 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18958 1 0.3584 0.893 0.932 0.068
#> GSM18981 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18982 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18989 2 0.9866 0.402 0.432 0.568
#> GSM18990 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18985 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18986 1 0.9996 -0.144 0.512 0.488
#> GSM18987 1 0.4431 0.884 0.908 0.092
#> GSM18988 1 0.4431 0.884 0.908 0.092
#> GSM18983 2 0.9977 0.275 0.472 0.528
#> GSM18984 2 0.6887 0.844 0.184 0.816
#> GSM18951 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18952 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM19007 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19008 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18999 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19000 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18889 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18890 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18881 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18882 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18877 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18878 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18875 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18876 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18879 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18880 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18871 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18872 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18903 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18904 1 0.2043 0.896 0.968 0.032
#> GSM18949 1 0.3431 0.894 0.936 0.064
#> GSM18950 1 0.2043 0.895 0.968 0.032
#> GSM18953 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18954 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM19013 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19014 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18971 1 0.0376 0.892 0.996 0.004
#> GSM18972 1 0.0376 0.892 0.996 0.004
#> GSM18969 1 0.0376 0.892 0.996 0.004
#> GSM18970 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18869 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM18870 1 0.6048 0.849 0.852 0.148
#> GSM19017 2 0.6712 0.850 0.176 0.824
#> GSM19018 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18991 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18992 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM19021 2 0.5059 0.878 0.112 0.888
#> GSM19022 2 0.4690 0.880 0.100 0.900
#> GSM19001 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM19002 2 0.6247 0.864 0.156 0.844
#> GSM18899 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18900 1 0.1843 0.896 0.972 0.028
#> GSM18961 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18962 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> GSM18901 1 0.2603 0.895 0.956 0.044
#> GSM18902 1 0.2423 0.895 0.960 0.040
#> GSM18993 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18994 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> GSM18865 1 0.1633 0.895 0.976 0.024
#> GSM18866 1 0.1633 0.895 0.976 0.024
#> GSM18897 1 0.2423 0.895 0.960 0.040
#> GSM18898 1 0.2043 0.896 0.968 0.032
#> GSM18887 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18888 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18893 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18894 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18895 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18896 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18891 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18892 1 0.3431 0.891 0.936 0.064
#> GSM18955 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM18956 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.6215 0.339 0.000 0.572 0.428
#> GSM19020 2 0.6225 0.330 0.000 0.568 0.432
#> GSM18923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19006 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM18921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19004 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19011 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19012 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19009 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM19010 2 0.8408 0.667 0.152 0.616 0.232
#> GSM18945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18964 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18905 2 0.4291 0.803 0.152 0.840 0.008
#> GSM18906 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18965 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18966 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 2 0.5926 0.401 0.356 0.644 0.000
#> GSM18974 2 0.5926 0.401 0.356 0.644 0.000
#> GSM18977 2 0.1860 0.817 0.052 0.948 0.000
#> GSM18978 2 0.0592 0.838 0.012 0.988 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 1 0.4002 0.775 0.840 0.160 0.000
#> GSM18910 1 0.4291 0.744 0.820 0.180 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18995 2 0.4679 0.805 0.148 0.832 0.020
#> GSM18996 2 0.4741 0.802 0.152 0.828 0.020
#> GSM18975 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18997 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18998 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18967 2 0.0237 0.837 0.004 0.996 0.000
#> GSM18968 2 0.0237 0.837 0.004 0.996 0.000
#> GSM18959 2 0.0592 0.836 0.000 0.988 0.012
#> GSM18960 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM19015 2 0.4602 0.803 0.152 0.832 0.016
#> GSM19016 2 0.4602 0.803 0.152 0.832 0.016
#> GSM18957 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18958 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18989 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18986 2 0.0892 0.834 0.000 0.980 0.020
#> GSM18987 2 0.1964 0.832 0.056 0.944 0.000
#> GSM18988 2 0.3619 0.810 0.136 0.864 0.000
#> GSM18983 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18984 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18951 2 0.3846 0.819 0.108 0.876 0.016
#> GSM18952 2 0.1031 0.831 0.024 0.976 0.000
#> GSM19007 2 0.8336 0.675 0.152 0.624 0.224
#> GSM19008 2 0.8336 0.675 0.152 0.624 0.224
#> GSM18999 2 0.6529 0.772 0.152 0.756 0.092
#> GSM19000 2 0.5558 0.794 0.152 0.800 0.048
#> GSM18889 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18904 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18949 2 0.1163 0.831 0.028 0.972 0.000
#> GSM18950 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18953 1 0.6641 0.229 0.544 0.448 0.008
#> GSM18954 1 0.6302 0.147 0.520 0.480 0.000
#> GSM19013 2 0.7564 0.730 0.152 0.692 0.156
#> GSM19014 2 0.7509 0.733 0.152 0.696 0.152
#> GSM18971 2 0.5431 0.551 0.284 0.716 0.000
#> GSM18972 2 0.5254 0.586 0.264 0.736 0.000
#> GSM18969 2 0.4654 0.671 0.208 0.792 0.000
#> GSM18970 2 0.5502 0.729 0.248 0.744 0.008
#> GSM18869 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4741 0.802 0.152 0.828 0.020
#> GSM19018 2 0.4602 0.803 0.152 0.832 0.016
#> GSM18991 2 0.3879 0.802 0.152 0.848 0.000
#> GSM18992 2 0.4291 0.803 0.152 0.840 0.008
#> GSM19021 2 0.5988 0.465 0.000 0.632 0.368
#> GSM19022 2 0.6026 0.449 0.000 0.624 0.376
#> GSM19001 2 0.5454 0.795 0.152 0.804 0.044
#> GSM19002 2 0.6122 0.782 0.152 0.776 0.072
#> GSM18899 1 0.1643 0.932 0.956 0.044 0.000
#> GSM18900 1 0.1643 0.932 0.956 0.044 0.000
#> GSM18961 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18901 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18902 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 2 0.5431 0.556 0.284 0.716 0.000
#> GSM18866 2 0.5810 0.449 0.336 0.664 0.000
#> GSM18897 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18898 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18887 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18888 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18893 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18894 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18895 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18896 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18891 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18892 1 0.0892 0.954 0.980 0.020 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.838 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19019 4 0.7423 0.143480 0.000 0.344 0.180 0.476
#> GSM19020 4 0.7423 0.143480 0.000 0.344 0.180 0.476
#> GSM18923 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19006 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18944 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM19003 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19004 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19011 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19012 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19009 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19010 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 1.000000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18963 4 0.0707 0.756620 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18964 4 0.0592 0.757232 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18905 4 0.4967 0.067768 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM18906 4 0.4406 0.473374 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM18965 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18966 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.0937 0.752716 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM18974 4 0.0804 0.754045 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM18977 4 0.4164 0.524184 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM18978 4 0.4522 0.428547 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM18979 4 0.3610 0.611237 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM18980 4 0.3764 0.583463 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM18883 1 0.1302 0.913654 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18884 1 0.1302 0.913654 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18885 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.1637 0.912688 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM18908 1 0.1302 0.913654 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18909 1 0.5495 0.755080 0.728 0.096 0.000 0.176
#> GSM18910 1 0.5766 0.721859 0.704 0.104 0.000 0.192
#> GSM18867 1 0.1557 0.913097 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM18868 1 0.1637 0.912688 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM18947 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18948 4 0.0921 0.749556 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM18995 2 0.4967 0.207830 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM18996 2 0.4967 0.211001 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM18975 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18976 4 0.0188 0.759482 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18997 2 0.4994 0.148618 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM18998 2 0.5000 0.076490 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM18967 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18968 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18959 4 0.4720 0.503342 0.000 0.264 0.016 0.720
#> GSM18960 4 0.0707 0.756053 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM19015 2 0.4989 0.167811 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM19016 2 0.4996 0.129622 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM18957 4 0.0188 0.759482 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18958 4 0.0188 0.759416 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18981 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18982 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18989 4 0.4989 -0.012959 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM18990 4 0.4564 0.435206 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM18985 4 0.2408 0.713578 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM18986 4 0.5368 0.384458 0.000 0.340 0.024 0.636
#> GSM18987 4 0.4477 0.447844 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM18988 4 0.4605 0.412877 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM18983 4 0.4985 -0.000821 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM18984 4 0.4999 -0.096314 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM18951 4 0.6155 0.483211 0.176 0.148 0.000 0.676
#> GSM18952 4 0.0188 0.759016 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM19007 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19008 2 0.0188 0.755036 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18999 2 0.0895 0.753534 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM19000 2 0.2053 0.738641 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM18889 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18904 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18949 4 0.0188 0.759550 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18950 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM18953 1 0.6737 0.293091 0.532 0.100 0.000 0.368
#> GSM18954 4 0.6537 0.073413 0.424 0.076 0.000 0.500
#> GSM19013 2 0.2197 0.731209 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM19014 2 0.2466 0.719614 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM18971 4 0.0336 0.758372 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18972 4 0.0336 0.758372 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18969 4 0.0188 0.759077 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18970 4 0.6609 -0.051233 0.080 0.448 0.000 0.472
#> GSM18869 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.908565 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.4948 0.251197 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM19018 2 0.4933 0.264937 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM18991 4 0.4804 0.308403 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM18992 4 0.4817 0.300471 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM19021 4 0.7169 0.193326 0.000 0.344 0.148 0.508
#> GSM19022 4 0.7239 0.180800 0.000 0.344 0.156 0.500
#> GSM19001 2 0.1824 0.743421 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM19002 2 0.1489 0.748107 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM18899 1 0.3105 0.886546 0.856 0.004 0.000 0.140
#> GSM18900 1 0.3052 0.889499 0.860 0.004 0.000 0.136
#> GSM18961 4 0.1716 0.736288 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM18962 4 0.0592 0.758004 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18901 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18902 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18993 4 0.3074 0.659546 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM18994 4 0.3873 0.576260 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM18865 4 0.0804 0.754045 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM18866 4 0.0804 0.754045 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM18897 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18898 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18887 1 0.2773 0.903074 0.880 0.004 0.000 0.116
#> GSM18888 1 0.2773 0.903074 0.880 0.004 0.000 0.116
#> GSM18893 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18894 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18895 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18896 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18891 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18892 1 0.2888 0.900806 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM18955 4 0.0592 0.756348 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18956 4 0.0000 0.759319 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.5194 0.4170 0.012 0.012 0.076 0.728 0.172
#> GSM19020 4 0.5249 0.4132 0.012 0.012 0.080 0.724 0.172
#> GSM18923 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0880 0.9644 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM18919 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.2561 0.8576 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM18944 3 0.2561 0.8576 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM19003 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0404 0.9822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18946 3 0.0404 0.9822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18963 4 0.5924 -0.0380 0.096 0.004 0.000 0.524 0.376
#> GSM18964 4 0.0880 0.5592 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM18905 5 0.7971 0.7910 0.176 0.176 0.000 0.188 0.460
#> GSM18906 5 0.6526 0.4212 0.216 0.000 0.000 0.316 0.468
#> GSM18965 4 0.1012 0.5649 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> GSM18966 4 0.0671 0.5629 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> GSM18873 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18874 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18973 4 0.4138 0.4627 0.276 0.000 0.000 0.708 0.016
#> GSM18974 4 0.4114 0.4656 0.272 0.000 0.000 0.712 0.016
#> GSM18977 5 0.6641 0.3109 0.224 0.000 0.000 0.368 0.408
#> GSM18978 5 0.8088 0.6374 0.156 0.148 0.000 0.304 0.392
#> GSM18979 4 0.6633 -0.2780 0.152 0.012 0.000 0.440 0.396
#> GSM18980 4 0.2536 0.5561 0.052 0.004 0.000 0.900 0.044
#> GSM18883 1 0.3861 0.7839 0.728 0.000 0.000 0.008 0.264
#> GSM18884 1 0.3809 0.7842 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> GSM18885 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18886 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18907 1 0.3551 0.7829 0.772 0.000 0.000 0.008 0.220
#> GSM18908 1 0.3783 0.7842 0.740 0.000 0.000 0.008 0.252
#> GSM18909 1 0.4026 0.4620 0.736 0.000 0.000 0.020 0.244
#> GSM18910 1 0.4026 0.4620 0.736 0.000 0.000 0.020 0.244
#> GSM18867 1 0.3455 0.7786 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208
#> GSM18868 1 0.2358 0.7588 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> GSM18947 4 0.6006 0.1270 0.144 0.000 0.000 0.556 0.300
#> GSM18948 4 0.4487 0.4581 0.104 0.000 0.000 0.756 0.140
#> GSM18995 5 0.7848 0.8005 0.172 0.184 0.000 0.164 0.480
#> GSM18996 5 0.7840 0.7984 0.172 0.192 0.000 0.156 0.480
#> GSM18975 4 0.5939 0.0334 0.120 0.000 0.000 0.536 0.344
#> GSM18976 4 0.3661 0.3800 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM18997 5 0.7958 0.7949 0.172 0.204 0.000 0.164 0.460
#> GSM18998 5 0.7958 0.7949 0.172 0.204 0.000 0.164 0.460
#> GSM18967 4 0.0865 0.5636 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM18968 4 0.0771 0.5623 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM18959 4 0.1442 0.5523 0.012 0.004 0.000 0.952 0.032
#> GSM18960 4 0.3689 0.4067 0.004 0.000 0.000 0.740 0.256
#> GSM19015 5 0.7877 0.7925 0.172 0.204 0.000 0.152 0.472
#> GSM19016 5 0.7905 0.7927 0.172 0.204 0.000 0.156 0.468
#> GSM18957 4 0.4196 0.2286 0.004 0.000 0.000 0.640 0.356
#> GSM18958 4 0.4444 0.2276 0.012 0.000 0.000 0.624 0.364
#> GSM18981 4 0.5825 0.1075 0.116 0.000 0.000 0.564 0.320
#> GSM18982 4 0.5697 0.1923 0.116 0.000 0.000 0.596 0.288
#> GSM18989 5 0.7876 0.7969 0.172 0.172 0.000 0.180 0.476
#> GSM18990 5 0.6220 0.5579 0.172 0.004 0.000 0.264 0.560
#> GSM18985 4 0.6211 -0.2246 0.120 0.004 0.000 0.444 0.432
#> GSM18986 4 0.2783 0.5090 0.012 0.004 0.000 0.868 0.116
#> GSM18987 5 0.6209 0.5725 0.168 0.004 0.000 0.268 0.560
#> GSM18988 5 0.6207 0.5945 0.184 0.004 0.000 0.244 0.568
#> GSM18983 5 0.7876 0.7969 0.172 0.172 0.000 0.180 0.476
#> GSM18984 5 0.7920 0.7989 0.172 0.192 0.000 0.168 0.468
#> GSM18951 4 0.7214 -0.2886 0.216 0.028 0.000 0.424 0.332
#> GSM18952 4 0.4848 0.4270 0.132 0.000 0.000 0.724 0.144
#> GSM19007 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.1364 0.9344 0.012 0.952 0.000 0.036 0.000
#> GSM18889 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18890 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18881 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18882 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18877 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18878 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18875 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18876 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18879 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18880 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18871 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18872 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18903 1 0.1251 0.7168 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM18904 1 0.1251 0.7168 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM18949 4 0.1041 0.5635 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM18950 4 0.1557 0.5607 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> GSM18953 1 0.5399 -0.0559 0.524 0.024 0.000 0.432 0.020
#> GSM18954 1 0.5061 -0.0751 0.528 0.008 0.000 0.444 0.020
#> GSM19013 2 0.0324 0.9868 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM19014 2 0.0324 0.9868 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM18971 4 0.3630 0.5123 0.204 0.000 0.000 0.780 0.016
#> GSM18972 4 0.3527 0.5205 0.192 0.000 0.000 0.792 0.016
#> GSM18969 4 0.3183 0.5354 0.156 0.000 0.000 0.828 0.016
#> GSM18970 5 0.8489 0.6653 0.256 0.184 0.000 0.236 0.324
#> GSM18869 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM18870 1 0.4030 0.7784 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM19017 5 0.7877 0.7925 0.172 0.204 0.000 0.152 0.472
#> GSM19018 5 0.7877 0.7925 0.172 0.204 0.000 0.152 0.472
#> GSM18991 5 0.5572 0.6160 0.248 0.000 0.000 0.124 0.628
#> GSM18992 5 0.5572 0.6160 0.248 0.000 0.000 0.124 0.628
#> GSM19021 4 0.5078 0.4229 0.012 0.012 0.068 0.736 0.172
#> GSM19022 4 0.5137 0.4205 0.012 0.012 0.072 0.732 0.172
#> GSM19001 2 0.0510 0.9768 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM19002 2 0.0290 0.9858 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM18899 1 0.1485 0.7119 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM18900 1 0.1753 0.7033 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> GSM18961 4 0.6132 -0.0876 0.104 0.008 0.000 0.504 0.384
#> GSM18962 4 0.5242 0.1129 0.036 0.008 0.000 0.576 0.380
#> GSM18901 1 0.1697 0.6989 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM18902 1 0.1697 0.6989 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM18993 4 0.6792 -0.2907 0.152 0.020 0.000 0.440 0.388
#> GSM18994 4 0.6765 -0.2796 0.148 0.020 0.000 0.444 0.388
#> GSM18865 4 0.4428 0.4628 0.268 0.000 0.000 0.700 0.032
#> GSM18866 4 0.3934 0.4877 0.244 0.000 0.000 0.740 0.016
#> GSM18897 1 0.0798 0.7279 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM18898 1 0.0992 0.7235 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM18887 1 0.0290 0.7353 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18888 1 0.0290 0.7353 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18893 1 0.0451 0.7341 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM18894 1 0.0290 0.7353 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18895 1 0.1168 0.7203 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM18896 1 0.0992 0.7254 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM18891 1 0.1168 0.7203 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM18892 1 0.1251 0.7168 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM18955 4 0.6504 -0.1056 0.172 0.004 0.000 0.472 0.352
#> GSM18956 4 0.4307 0.4775 0.128 0.000 0.000 0.772 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18916 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18939 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.5212 0.650 0.000 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> GSM19020 4 0.5212 0.650 0.000 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> GSM18923 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18942 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18929 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18912 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0603 0.980 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM18918 3 0.0717 0.980 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM18913 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18914 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18937 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18938 3 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18943 3 0.1408 0.950 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM18944 3 0.1408 0.950 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM19003 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0146 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18946 3 0.0146 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18963 4 0.1327 0.867 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM18964 4 0.0713 0.857 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM18905 4 0.3835 0.597 0.000 0.004 0.000 0.656 0.336 0.004
#> GSM18906 4 0.1958 0.857 0.000 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM18965 4 0.0458 0.862 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM18966 4 0.0458 0.862 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.3629 0.672 0.000 0.000 0.000 0.260 0.016 0.724
#> GSM18974 6 0.3652 0.669 0.000 0.000 0.000 0.264 0.016 0.720
#> GSM18977 4 0.2294 0.859 0.000 0.000 0.000 0.892 0.072 0.036
#> GSM18978 4 0.1957 0.853 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM18979 4 0.1610 0.862 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM18980 4 0.1644 0.856 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> GSM18883 1 0.2048 0.854 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM18884 6 0.3592 0.516 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM18885 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 6 0.3266 0.627 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM18908 6 0.3446 0.577 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM18909 6 0.5508 0.168 0.008 0.000 0.000 0.364 0.108 0.520
#> GSM18910 6 0.5550 0.147 0.008 0.000 0.000 0.368 0.112 0.512
#> GSM18867 6 0.3198 0.645 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM18868 6 0.2260 0.760 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM18947 4 0.2003 0.855 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM18948 4 0.1714 0.865 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM18995 5 0.1806 0.976 0.000 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> GSM18996 5 0.1644 0.985 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920 0.000
#> GSM18975 4 0.1610 0.866 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM18976 4 0.0865 0.866 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM18997 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM18998 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM18967 4 0.0717 0.853 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM18968 4 0.0891 0.850 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM18959 4 0.2511 0.835 0.000 0.000 0.000 0.880 0.064 0.056
#> GSM18960 4 0.0937 0.856 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM19015 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM19016 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM18957 4 0.0865 0.866 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM18958 4 0.0632 0.859 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM18981 4 0.1075 0.866 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM18982 4 0.1007 0.867 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM18989 5 0.2234 0.927 0.000 0.004 0.000 0.124 0.872 0.000
#> GSM18990 4 0.3213 0.832 0.000 0.000 0.000 0.820 0.132 0.048
#> GSM18985 4 0.2511 0.854 0.000 0.000 0.000 0.880 0.064 0.056
#> GSM18986 4 0.2937 0.812 0.000 0.000 0.000 0.848 0.096 0.056
#> GSM18987 4 0.3229 0.829 0.000 0.000 0.000 0.816 0.140 0.044
#> GSM18988 4 0.3422 0.812 0.000 0.000 0.000 0.792 0.168 0.040
#> GSM18983 5 0.1806 0.976 0.000 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> GSM18984 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM18951 4 0.3748 0.636 0.000 0.012 0.000 0.688 0.300 0.000
#> GSM18952 4 0.1531 0.865 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM19007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18889 1 0.0146 0.989 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18890 1 0.0146 0.989 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18881 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18904 6 0.0972 0.808 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM18949 4 0.1480 0.833 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.040
#> GSM18950 4 0.1616 0.827 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.048
#> GSM18953 4 0.3240 0.724 0.000 0.004 0.000 0.752 0.244 0.000
#> GSM18954 4 0.3023 0.759 0.000 0.000 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM19013 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM19014 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18971 6 0.4012 0.600 0.000 0.000 0.000 0.344 0.016 0.640
#> GSM18972 6 0.3998 0.605 0.000 0.000 0.000 0.340 0.016 0.644
#> GSM18969 6 0.3898 0.613 0.000 0.000 0.000 0.336 0.012 0.652
#> GSM18970 4 0.3221 0.760 0.000 0.004 0.000 0.772 0.220 0.004
#> GSM18869 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM19018 5 0.1588 0.988 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM18991 4 0.4426 0.461 0.000 0.004 0.000 0.584 0.388 0.024
#> GSM18992 4 0.4407 0.480 0.000 0.004 0.000 0.592 0.380 0.024
#> GSM19021 4 0.5212 0.650 0.000 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> GSM19022 4 0.5212 0.650 0.000 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> GSM19001 2 0.1572 0.914 0.000 0.936 0.000 0.036 0.028 0.000
#> GSM19002 2 0.1257 0.935 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> GSM18899 6 0.1552 0.796 0.020 0.000 0.000 0.036 0.004 0.940
#> GSM18900 6 0.1693 0.794 0.020 0.000 0.000 0.044 0.004 0.932
#> GSM18961 4 0.1075 0.868 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM18962 4 0.0937 0.866 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM18901 6 0.0909 0.805 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968
#> GSM18902 6 0.0909 0.805 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968
#> GSM18993 4 0.2135 0.852 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM18994 4 0.1765 0.858 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM18865 6 0.4159 0.476 0.000 0.000 0.000 0.396 0.016 0.588
#> GSM18866 6 0.3816 0.645 0.000 0.000 0.000 0.296 0.016 0.688
#> GSM18897 6 0.1124 0.811 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000 0.956
#> GSM18898 6 0.1010 0.811 0.036 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960
#> GSM18887 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18888 6 0.0937 0.810 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM18893 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18894 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18895 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18896 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18891 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18892 6 0.0865 0.811 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM18955 4 0.3528 0.646 0.000 0.004 0.000 0.700 0.296 0.000
#> GSM18956 4 0.2092 0.853 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:mclust 155 5.01e-07 2
#> ATC:mclust 149 3.71e-12 3
#> ATC:mclust 130 1.15e-14 4
#> ATC:mclust 124 1.18e-16 5
#> ATC:mclust 153 6.02e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21168 rows and 158 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.960 0.984 0.4651 0.536 0.536
#> 3 3 0.932 0.929 0.969 0.4221 0.758 0.566
#> 4 4 0.949 0.926 0.964 0.1379 0.837 0.565
#> 5 5 0.830 0.792 0.893 0.0606 0.921 0.700
#> 6 6 0.840 0.761 0.865 0.0337 0.929 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM18927 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18928 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18915 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18916 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18939 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18940 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18933 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18934 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18925 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18926 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18931 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18932 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19019 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19020 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18923 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18924 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18941 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18942 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18929 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18930 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18911 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18912 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18935 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18936 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18921 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18922 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18919 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18920 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18917 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18918 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18913 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18914 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18937 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18938 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18943 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18944 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18945 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18946 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18964 2 0.1843 0.9603 0.028 0.972
#> GSM18905 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18906 2 0.4022 0.9057 0.080 0.920
#> GSM18965 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18966 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18977 1 0.9170 0.5007 0.668 0.332
#> GSM18978 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18980 2 0.9129 0.5090 0.328 0.672
#> GSM18883 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18909 2 0.8267 0.6456 0.260 0.740
#> GSM18910 2 0.0672 0.9788 0.008 0.992
#> GSM18867 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18948 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18995 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18975 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18976 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18997 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18967 1 0.0672 0.9731 0.992 0.008
#> GSM18968 1 0.7528 0.7183 0.784 0.216
#> GSM18959 2 0.9998 0.0170 0.492 0.508
#> GSM18960 1 0.9983 0.0823 0.524 0.476
#> GSM19015 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18957 2 0.2948 0.9360 0.052 0.948
#> GSM18958 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18982 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18985 2 0.1414 0.9679 0.020 0.980
#> GSM18986 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18987 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18949 1 0.2603 0.9380 0.956 0.044
#> GSM18950 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19021 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19022 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19001 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18961 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18962 2 0.4939 0.8728 0.108 0.892
#> GSM18901 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18902 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9803 1.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM18927 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18928 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18933 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18934 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18932 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM19019 3 0.2165 0.9335 0.000 0.064 0.936
#> GSM19020 3 0.1860 0.9458 0.000 0.052 0.948
#> GSM18923 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18941 3 0.1529 0.9560 0.000 0.040 0.960
#> GSM18942 3 0.3941 0.8188 0.000 0.156 0.844
#> GSM18929 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18930 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18911 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18912 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18936 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM19005 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18922 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18918 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18943 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18944 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19012 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9893 0.000 0.000 1.000
#> GSM18963 2 0.0892 0.9461 0.000 0.980 0.020
#> GSM18964 2 0.7022 0.5940 0.260 0.684 0.056
#> GSM18905 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18906 2 0.0592 0.9518 0.012 0.988 0.000
#> GSM18965 1 0.1529 0.9249 0.960 0.040 0.000
#> GSM18966 1 0.0237 0.9538 0.996 0.004 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18973 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18974 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18977 2 0.5706 0.5239 0.320 0.680 0.000
#> GSM18978 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18979 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18980 1 0.1529 0.9249 0.960 0.040 0.000
#> GSM18883 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18910 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18867 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18947 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18948 2 0.1643 0.9250 0.000 0.956 0.044
#> GSM18995 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18996 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18975 2 0.1031 0.9426 0.000 0.976 0.024
#> GSM18976 2 0.3752 0.8605 0.020 0.884 0.096
#> GSM18997 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18998 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18967 1 0.4887 0.7009 0.772 0.228 0.000
#> GSM18968 2 0.6305 0.0517 0.484 0.516 0.000
#> GSM18959 1 0.4834 0.7348 0.792 0.004 0.204
#> GSM18960 1 0.6109 0.7212 0.760 0.048 0.192
#> GSM19015 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19016 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18957 2 0.6771 0.5802 0.276 0.684 0.040
#> GSM18958 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18981 2 0.0237 0.9585 0.000 0.996 0.004
#> GSM18982 2 0.0237 0.9584 0.004 0.996 0.000
#> GSM18989 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18990 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18985 2 0.5956 0.7258 0.188 0.768 0.044
#> GSM18986 2 0.6224 0.5693 0.016 0.688 0.296
#> GSM18987 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18988 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18983 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18984 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18951 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18952 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19007 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18871 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18949 1 0.5760 0.5165 0.672 0.328 0.000
#> GSM18950 1 0.2711 0.8806 0.912 0.088 0.000
#> GSM18953 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18954 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19013 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19014 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18971 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18972 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18969 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18970 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18869 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19018 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18991 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18992 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19021 3 0.2066 0.9385 0.000 0.060 0.940
#> GSM19022 3 0.1289 0.9644 0.000 0.032 0.968
#> GSM19001 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18899 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18900 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18961 1 0.3619 0.8260 0.864 0.000 0.136
#> GSM18962 1 0.8427 0.5586 0.620 0.208 0.172
#> GSM18901 1 0.5859 0.4817 0.656 0.344 0.000
#> GSM18902 1 0.5706 0.5339 0.680 0.320 0.000
#> GSM18993 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18994 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18865 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18866 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18897 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
#> GSM18956 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM18927 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18928 3 0.0469 0.9603 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM18915 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0817 0.9542 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM18934 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18925 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0336 0.9612 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM19019 3 0.4866 0.3702 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM19020 3 0.1302 0.9388 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM18923 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18941 3 0.1792 0.9088 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM18942 3 0.3610 0.7513 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM18929 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18930 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18911 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0188 0.9605 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM19005 2 0.0592 0.9404 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM19006 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM18921 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18922 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18919 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0188 0.9605 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM18913 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0000 0.9625 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM18944 3 0.0592 0.9591 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM19003 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM19004 2 0.0707 0.9384 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM19011 2 0.0817 0.9359 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM19012 2 0.0817 0.9359 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM19009 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM19010 2 0.0592 0.9404 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM18945 3 0.0188 0.9620 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18946 3 0.0188 0.9620 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM18963 4 0.0188 0.9467 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18964 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18905 2 0.2408 0.8880 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18906 4 0.1474 0.9209 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM18965 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18966 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18873 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 4 0.1389 0.9138 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM18974 4 0.0707 0.9394 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM18977 4 0.0779 0.9427 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM18978 4 0.2408 0.8728 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM18979 4 0.0707 0.9410 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM18980 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18883 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18884 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18885 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18886 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18907 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18908 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18909 2 0.0895 0.9415 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM18910 2 0.0469 0.9435 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM18867 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18868 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18947 4 0.1557 0.9181 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM18948 4 0.0336 0.9459 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM18995 2 0.2281 0.8945 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM18996 2 0.1118 0.9358 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM18975 4 0.0188 0.9467 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM18976 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18997 2 0.1474 0.9274 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM18998 2 0.1389 0.9298 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM18967 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18968 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18959 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18960 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM19015 2 0.0592 0.9429 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM19016 2 0.0336 0.9435 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18957 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18958 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18981 4 0.0592 0.9430 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18982 4 0.0592 0.9430 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM18989 2 0.2589 0.8753 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM18990 4 0.4713 0.4319 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM18985 4 0.0376 0.9471 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM18986 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18987 4 0.4543 0.5179 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM18988 2 0.4746 0.4453 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM18983 2 0.2216 0.8980 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM18984 2 0.1211 0.9342 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM18951 2 0.2408 0.8866 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM18952 4 0.2647 0.8543 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM19007 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM19008 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM18999 2 0.0188 0.9428 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19000 2 0.0336 0.9426 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM18889 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18890 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18881 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0188 0.9907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18878 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0188 0.9907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18904 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18949 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18950 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18953 4 0.4989 0.0922 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM18954 4 0.3907 0.7024 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM19013 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM19014 2 0.0469 0.9421 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM18971 4 0.0336 0.9458 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18972 4 0.0336 0.9458 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18969 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18970 2 0.3942 0.7169 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM18869 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0592 0.9428 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM19018 2 0.0336 0.9435 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM18991 2 0.0817 0.9405 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM18992 2 0.0469 0.9435 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM19021 3 0.4605 0.5357 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM19022 3 0.3486 0.7831 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM19001 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.1302 0.9520 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM18900 1 0.2281 0.8939 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM18961 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18962 4 0.0188 0.9479 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM18901 1 0.1389 0.9491 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM18902 1 0.1211 0.9570 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM18993 4 0.1637 0.9148 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM18994 4 0.0817 0.9391 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM18865 4 0.0469 0.9438 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM18866 4 0.0336 0.9458 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM18897 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18898 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18887 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18888 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18893 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18894 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18895 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18896 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18891 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18892 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18955 2 0.4500 0.5624 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM18956 4 0.1022 0.9344 0.000 0.032 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM18927 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18928 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18915 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18916 3 0.0162 0.9554 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18939 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18934 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18925 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0290 0.9537 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19019 3 0.6292 0.3509 0.000 0.012 0.572 0.260 0.156
#> GSM19020 3 0.4816 0.7193 0.000 0.024 0.760 0.088 0.128
#> GSM18923 3 0.0290 0.9537 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.1410 0.9099 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM18942 3 0.3424 0.6891 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM18929 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18930 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18911 3 0.0162 0.9554 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18912 3 0.0404 0.9514 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19005 2 0.0162 0.9092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19006 2 0.0162 0.9092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18922 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18919 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0162 0.9554 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM18918 3 0.0404 0.9514 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM18913 3 0.0510 0.9487 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0510 0.9487 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM18937 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0290 0.9537 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM18944 3 0.0162 0.9560 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM19003 2 0.0000 0.9096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0162 0.9092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.0566 0.9054 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM19012 2 0.0290 0.9079 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0162 0.9092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0162 0.9092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2966 0.8189 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM18964 4 0.2773 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM18905 2 0.4268 0.5304 0.000 0.648 0.000 0.008 0.344
#> GSM18906 5 0.2214 0.7010 0.004 0.028 0.000 0.052 0.916
#> GSM18965 4 0.2773 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM18966 4 0.2773 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM18873 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 5 0.2293 0.7037 0.016 0.000 0.000 0.084 0.900
#> GSM18974 5 0.1831 0.7014 0.004 0.000 0.000 0.076 0.920
#> GSM18977 5 0.4287 -0.0663 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM18978 4 0.4889 0.7460 0.000 0.136 0.000 0.720 0.144
#> GSM18979 4 0.2707 0.8455 0.000 0.008 0.000 0.860 0.132
#> GSM18980 5 0.3816 0.4125 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM18883 1 0.1671 0.8687 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM18884 1 0.2179 0.8349 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM18885 1 0.0290 0.9125 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18886 1 0.0290 0.9125 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM18907 5 0.4235 0.2990 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM18908 1 0.4249 0.1453 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM18909 2 0.5315 0.6803 0.052 0.716 0.000 0.180 0.052
#> GSM18910 2 0.3835 0.7589 0.000 0.796 0.000 0.156 0.048
#> GSM18867 1 0.0162 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18868 1 0.0162 0.9132 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18947 4 0.1549 0.8183 0.000 0.016 0.000 0.944 0.040
#> GSM18948 4 0.1124 0.8220 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM18995 2 0.1872 0.8831 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM18996 2 0.0963 0.8990 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM18975 4 0.3039 0.8125 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM18976 4 0.3424 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM18997 2 0.1668 0.8926 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> GSM18998 2 0.1750 0.8903 0.000 0.936 0.000 0.036 0.028
#> GSM18967 4 0.1608 0.8475 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM18968 4 0.1608 0.8475 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM18959 4 0.4111 0.7102 0.000 0.004 0.008 0.708 0.280
#> GSM18960 4 0.2561 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM19015 2 0.1041 0.9013 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM19016 2 0.0510 0.9076 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM18957 4 0.1851 0.8492 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM18958 4 0.1043 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM18981 5 0.3013 0.6746 0.000 0.008 0.000 0.160 0.832
#> GSM18982 5 0.2929 0.6782 0.000 0.008 0.000 0.152 0.840
#> GSM18989 2 0.4287 0.2717 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM18990 5 0.2006 0.6914 0.000 0.072 0.000 0.012 0.916
#> GSM18985 5 0.1041 0.7035 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> GSM18986 5 0.2806 0.6384 0.000 0.004 0.000 0.152 0.844
#> GSM18987 5 0.2017 0.6858 0.000 0.080 0.000 0.008 0.912
#> GSM18988 5 0.2753 0.6589 0.000 0.136 0.000 0.008 0.856
#> GSM18983 2 0.4088 0.4965 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM18984 2 0.3612 0.6604 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM18951 4 0.5240 0.3254 0.000 0.360 0.000 0.584 0.056
#> GSM18952 4 0.1788 0.8087 0.004 0.008 0.000 0.932 0.056
#> GSM19007 2 0.0000 0.9096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19008 2 0.0000 0.9096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0000 0.9096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0162 0.9096 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM18889 1 0.0510 0.9090 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM18890 1 0.0703 0.9048 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM18881 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18878 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18880 1 0.0162 0.9135 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM18871 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18872 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18903 1 0.1106 0.8923 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM18904 1 0.0798 0.9025 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM18949 4 0.1518 0.8153 0.004 0.004 0.000 0.944 0.048
#> GSM18950 4 0.1285 0.8207 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036
#> GSM18953 4 0.3442 0.7339 0.000 0.104 0.000 0.836 0.060
#> GSM18954 4 0.2236 0.7944 0.000 0.024 0.000 0.908 0.068
#> GSM19013 2 0.0290 0.9087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM19014 2 0.0566 0.9070 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM18971 5 0.3586 0.5196 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM18972 5 0.4060 0.3141 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM18969 5 0.2852 0.6385 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM18970 2 0.5131 0.4404 0.000 0.588 0.000 0.048 0.364
#> GSM18869 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.0566 0.9080 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM19018 2 0.0693 0.9074 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM18991 2 0.1668 0.8922 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> GSM18992 2 0.1399 0.8971 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> GSM19021 3 0.4763 0.6417 0.000 0.000 0.712 0.076 0.212
#> GSM19022 3 0.4325 0.7034 0.000 0.000 0.756 0.064 0.180
#> GSM19001 2 0.0162 0.9096 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM19002 2 0.0000 0.9096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.3016 0.7717 0.848 0.000 0.000 0.132 0.020
#> GSM18900 1 0.4163 0.6242 0.740 0.000 0.000 0.228 0.032
#> GSM18961 4 0.2338 0.8474 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> GSM18962 4 0.2280 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM18901 1 0.1628 0.8699 0.936 0.056 0.000 0.000 0.008
#> GSM18902 1 0.1768 0.8550 0.924 0.072 0.000 0.000 0.004
#> GSM18993 4 0.3182 0.8437 0.000 0.032 0.000 0.844 0.124
#> GSM18994 4 0.3106 0.8415 0.000 0.020 0.000 0.840 0.140
#> GSM18865 5 0.2338 0.6909 0.004 0.000 0.000 0.112 0.884
#> GSM18866 5 0.3366 0.6330 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM18897 5 0.3177 0.6192 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM18898 5 0.3074 0.6289 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM18887 5 0.4235 0.2935 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM18888 5 0.4256 0.2620 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM18893 5 0.4171 0.3534 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM18894 5 0.4273 0.2250 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> GSM18895 5 0.4420 0.2227 0.448 0.004 0.000 0.000 0.548
#> GSM18896 1 0.4302 -0.0320 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM18891 1 0.3395 0.6591 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM18892 1 0.3596 0.7099 0.784 0.000 0.000 0.016 0.200
#> GSM18955 4 0.4780 0.5311 0.000 0.280 0.000 0.672 0.048
#> GSM18956 4 0.1430 0.8149 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM18927 3 0.0508 0.9759 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18928 3 0.0260 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18915 3 0.0291 0.9787 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM18916 3 0.0622 0.9758 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM18939 3 0.0260 0.9786 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18940 3 0.0000 0.9789 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18933 3 0.0363 0.9763 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18934 3 0.0260 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18925 3 0.0260 0.9786 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18926 3 0.0260 0.9786 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18931 3 0.0146 0.9790 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18932 3 0.0146 0.9790 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM19019 4 0.3526 0.6801 0.000 0.092 0.048 0.828 0.032 0.000
#> GSM19020 4 0.4444 0.6190 0.000 0.128 0.080 0.756 0.036 0.000
#> GSM18923 3 0.0260 0.9786 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18924 3 0.0260 0.9786 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM18941 3 0.1812 0.9070 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008 0.000
#> GSM18942 3 0.3536 0.6638 0.000 0.252 0.736 0.004 0.008 0.000
#> GSM18929 3 0.0363 0.9763 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM18930 3 0.0260 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM18911 3 0.0405 0.9782 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM18912 3 0.0458 0.9753 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM18935 3 0.0146 0.9790 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18936 3 0.0260 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM19005 2 0.0405 0.8751 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM19006 2 0.0146 0.8796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18921 3 0.0622 0.9743 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM18922 3 0.0806 0.9693 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM18919 3 0.0146 0.9792 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18920 3 0.0146 0.9792 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18917 3 0.0622 0.9758 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM18918 3 0.1151 0.9572 0.000 0.032 0.956 0.000 0.012 0.000
#> GSM18913 3 0.0458 0.9752 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM18914 3 0.0777 0.9678 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM18937 3 0.0146 0.9791 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM18938 3 0.0363 0.9772 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM18943 3 0.0508 0.9754 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM18944 3 0.0653 0.9762 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004 0.000
#> GSM19003 2 0.0935 0.8812 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> GSM19004 2 0.0405 0.8780 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM19011 2 0.1059 0.8646 0.000 0.964 0.016 0.004 0.016 0.000
#> GSM19012 2 0.0458 0.8740 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM19009 2 0.0692 0.8816 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> GSM19010 2 0.0405 0.8807 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM18945 3 0.0146 0.9790 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18946 3 0.0146 0.9790 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM18963 4 0.2070 0.7212 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> GSM18964 4 0.1806 0.6931 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM18905 2 0.5317 0.0848 0.000 0.500 0.000 0.008 0.080 0.412
#> GSM18906 6 0.2278 0.7562 0.000 0.004 0.000 0.052 0.044 0.900
#> GSM18965 4 0.1501 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM18966 4 0.1327 0.7059 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM18873 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18874 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18973 6 0.2341 0.7484 0.012 0.000 0.000 0.056 0.032 0.900
#> GSM18974 6 0.2226 0.7480 0.008 0.000 0.000 0.060 0.028 0.904
#> GSM18977 4 0.3351 0.6983 0.000 0.016 0.000 0.832 0.048 0.104
#> GSM18978 4 0.3375 0.6932 0.000 0.088 0.000 0.828 0.076 0.008
#> GSM18979 4 0.2791 0.6989 0.000 0.032 0.000 0.864 0.096 0.008
#> GSM18980 4 0.3835 0.5256 0.000 0.000 0.000 0.668 0.012 0.320
#> GSM18883 1 0.2815 0.8049 0.848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.120
#> GSM18884 1 0.3101 0.7695 0.820 0.000 0.000 0.000 0.032 0.148
#> GSM18885 1 0.0820 0.9006 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM18886 1 0.1003 0.8976 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM18907 6 0.3511 0.7006 0.216 0.000 0.000 0.000 0.024 0.760
#> GSM18908 6 0.4333 0.4312 0.376 0.000 0.000 0.000 0.028 0.596
#> GSM18909 5 0.4717 0.5184 0.032 0.208 0.000 0.000 0.704 0.056
#> GSM18910 5 0.4728 0.3170 0.004 0.340 0.000 0.000 0.604 0.052
#> GSM18867 1 0.0260 0.9043 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18868 1 0.0508 0.9032 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM18947 5 0.3772 0.7061 0.000 0.008 0.000 0.296 0.692 0.004
#> GSM18948 5 0.3652 0.6811 0.000 0.000 0.000 0.324 0.672 0.004
#> GSM18995 2 0.1845 0.8641 0.000 0.916 0.000 0.072 0.008 0.004
#> GSM18996 2 0.1225 0.8801 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM18975 4 0.1867 0.7248 0.000 0.036 0.000 0.924 0.036 0.004
#> GSM18976 4 0.1832 0.7252 0.000 0.032 0.000 0.928 0.008 0.032
#> GSM18997 2 0.2355 0.8371 0.000 0.876 0.000 0.112 0.008 0.004
#> GSM18998 2 0.2544 0.8140 0.000 0.852 0.000 0.140 0.004 0.004
#> GSM18967 5 0.3860 0.4161 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM18968 5 0.3866 0.3814 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM18959 4 0.2500 0.7111 0.000 0.036 0.000 0.896 0.032 0.036
#> GSM18960 4 0.1908 0.6866 0.000 0.004 0.000 0.900 0.096 0.000
#> GSM19015 2 0.1501 0.8666 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM19016 2 0.1327 0.8724 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM18957 4 0.3672 0.1020 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM18958 5 0.3727 0.5906 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM18981 6 0.3801 0.6592 0.000 0.012 0.000 0.016 0.232 0.740
#> GSM18982 6 0.3665 0.6757 0.000 0.012 0.000 0.016 0.212 0.760
#> GSM18989 6 0.4566 0.3395 0.000 0.364 0.000 0.004 0.036 0.596
#> GSM18990 6 0.1078 0.7582 0.000 0.012 0.000 0.008 0.016 0.964
#> GSM18985 6 0.0914 0.7569 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM18986 4 0.4982 0.6059 0.000 0.040 0.008 0.704 0.056 0.192
#> GSM18987 6 0.2295 0.7439 0.000 0.052 0.000 0.028 0.016 0.904
#> GSM18988 6 0.2094 0.7399 0.000 0.068 0.000 0.008 0.016 0.908
#> GSM18983 2 0.4593 0.0658 0.000 0.512 0.000 0.004 0.028 0.456
#> GSM18984 2 0.4807 0.1120 0.000 0.524 0.000 0.004 0.044 0.428
#> GSM18951 5 0.3327 0.6627 0.000 0.112 0.000 0.036 0.832 0.020
#> GSM18952 5 0.3056 0.7263 0.008 0.000 0.000 0.160 0.820 0.012
#> GSM19007 2 0.0291 0.8788 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM19008 2 0.0146 0.8796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM18999 2 0.0632 0.8820 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM19000 2 0.0713 0.8819 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM18889 1 0.0935 0.8934 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM18890 1 0.1152 0.8862 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM18881 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18882 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18877 1 0.0146 0.9060 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18878 1 0.0146 0.9060 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18875 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18876 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM18879 1 0.0146 0.9060 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18880 1 0.0260 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18871 1 0.0146 0.9053 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18872 1 0.0146 0.9053 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM18903 1 0.2506 0.8555 0.896 0.008 0.000 0.052 0.036 0.008
#> GSM18904 1 0.1835 0.8829 0.932 0.008 0.000 0.016 0.036 0.008
#> GSM18949 5 0.3499 0.7203 0.004 0.000 0.000 0.264 0.728 0.004
#> GSM18950 5 0.3390 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM18953 5 0.3124 0.7114 0.000 0.024 0.000 0.100 0.848 0.028
#> GSM18954 5 0.3178 0.7197 0.000 0.012 0.000 0.128 0.832 0.028
#> GSM19013 2 0.1812 0.8377 0.000 0.924 0.004 0.004 0.060 0.008
#> GSM19014 2 0.1812 0.8377 0.000 0.924 0.004 0.004 0.060 0.008
#> GSM18971 4 0.4157 0.2777 0.000 0.000 0.000 0.544 0.012 0.444
#> GSM18972 4 0.4064 0.4635 0.000 0.000 0.000 0.624 0.016 0.360
#> GSM18969 6 0.3912 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044 0.732
#> GSM18970 6 0.5894 0.2828 0.000 0.352 0.000 0.008 0.164 0.476
#> GSM18869 1 0.0260 0.9053 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM18870 1 0.0000 0.9062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM19017 2 0.1007 0.8795 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM19018 2 0.1152 0.8794 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM18991 2 0.4564 0.5508 0.000 0.656 0.000 0.292 0.040 0.012
#> GSM18992 2 0.4605 0.5518 0.000 0.652 0.000 0.296 0.036 0.016
#> GSM19021 4 0.5277 0.5083 0.000 0.044 0.232 0.668 0.032 0.024
#> GSM19022 4 0.5305 0.3631 0.000 0.032 0.356 0.572 0.028 0.012
#> GSM19001 2 0.1204 0.8758 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM19002 2 0.0363 0.8812 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM18899 1 0.3653 0.5664 0.692 0.000 0.000 0.008 0.300 0.000
#> GSM18900 1 0.4205 0.2808 0.564 0.000 0.000 0.016 0.420 0.000
#> GSM18961 4 0.3626 0.3633 0.000 0.000 0.004 0.704 0.288 0.004
#> GSM18962 4 0.2697 0.5766 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM18901 1 0.2162 0.8675 0.916 0.032 0.000 0.008 0.036 0.008
#> GSM18902 1 0.2077 0.8721 0.920 0.024 0.000 0.008 0.040 0.008
#> GSM18993 4 0.3097 0.7086 0.000 0.064 0.000 0.852 0.072 0.012
#> GSM18994 4 0.2922 0.7137 0.000 0.056 0.000 0.864 0.068 0.012
#> GSM18865 6 0.2412 0.7490 0.000 0.000 0.000 0.028 0.092 0.880
#> GSM18866 6 0.4486 0.4438 0.004 0.000 0.000 0.028 0.384 0.584
#> GSM18897 6 0.1409 0.7623 0.008 0.000 0.000 0.012 0.032 0.948
#> GSM18898 6 0.1768 0.7622 0.008 0.004 0.000 0.012 0.044 0.932
#> GSM18887 6 0.3888 0.6939 0.224 0.000 0.000 0.008 0.028 0.740
#> GSM18888 6 0.3781 0.7114 0.204 0.000 0.000 0.004 0.036 0.756
#> GSM18893 6 0.4146 0.6810 0.232 0.000 0.000 0.008 0.040 0.720
#> GSM18894 6 0.4416 0.6339 0.268 0.000 0.000 0.008 0.044 0.680
#> GSM18895 6 0.4946 0.6228 0.260 0.000 0.000 0.008 0.088 0.644
#> GSM18896 6 0.4884 0.5309 0.324 0.000 0.000 0.008 0.060 0.608
#> GSM18891 1 0.5726 0.2608 0.544 0.000 0.000 0.008 0.168 0.280
#> GSM18892 1 0.6076 0.0754 0.436 0.000 0.000 0.004 0.328 0.232
#> GSM18955 5 0.4391 0.6648 0.000 0.160 0.000 0.108 0.728 0.004
#> GSM18956 5 0.3109 0.7286 0.000 0.000 0.000 0.224 0.772 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:NMF 156 2.53e-06 2
#> ATC:NMF 156 1.37e-11 3
#> ATC:NMF 154 2.47e-15 4
#> ATC:NMF 142 1.22e-18 5
#> ATC:NMF 140 6.59e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0