cola Report for GDS5499

Date: 2019-12-25 22:13:57 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...

Summary

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list

#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)

#> [1] 46362   140

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list), 
    col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance
ATC:hclust 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:mclust 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:NMF 2 1.000 0.970 0.986 **
CV:pam 2 0.994 0.958 0.975 **
MAD:kmeans 2 0.985 0.941 0.978 **
MAD:pam 2 0.970 0.943 0.977 **
MAD:skmeans 2 0.955 0.949 0.978 **
MAD:NMF 2 0.955 0.955 0.981 **
SD:pam 2 0.926 0.951 0.979 *
SD:skmeans 2 0.870 0.905 0.962
SD:NMF 2 0.854 0.899 0.959
SD:kmeans 2 0.833 0.937 0.965
CV:skmeans 2 0.752 0.880 0.950
CV:kmeans 2 0.714 0.880 0.931
CV:NMF 2 0.617 0.806 0.907
SD:mclust 2 0.616 0.866 0.928
MAD:mclust 2 0.578 0.726 0.886
CV:hclust 4 0.442 0.679 0.846
CV:mclust 2 0.435 0.665 0.813
MAD:hclust 2 0.320 0.796 0.846
SD:hclust 2 0.257 0.722 0.806

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

Note in following heatmaps, rows are scaled.

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)

#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      2 0.854           0.899       0.959          0.491 0.511   0.511
#> CV:NMF      2 0.617           0.806       0.907          0.482 0.509   0.509
#> MAD:NMF     2 0.955           0.955       0.981          0.484 0.517   0.517
#> ATC:NMF     2 1.000           0.970       0.986          0.384 0.622   0.622
#> SD:skmeans  2 0.870           0.905       0.962          0.498 0.500   0.500
#> CV:skmeans  2 0.752           0.880       0.950          0.500 0.503   0.503
#> MAD:skmeans 2 0.955           0.949       0.978          0.496 0.503   0.503
#> ATC:skmeans 2 1.000           1.000       1.000          0.371 0.630   0.630
#> SD:mclust   2 0.616           0.866       0.928          0.495 0.503   0.503
#> CV:mclust   2 0.435           0.665       0.813          0.455 0.498   0.498
#> MAD:mclust  2 0.578           0.726       0.886          0.390 0.669   0.669
#> ATC:mclust  2 1.000           1.000       1.000          0.371 0.630   0.630
#> SD:kmeans   2 0.833           0.937       0.965          0.467 0.542   0.542
#> CV:kmeans   2 0.714           0.880       0.931          0.469 0.530   0.530
#> MAD:kmeans  2 0.985           0.941       0.978          0.470 0.534   0.534
#> ATC:kmeans  2 1.000           1.000       1.000          0.371 0.630   0.630
#> SD:pam      2 0.926           0.951       0.979          0.457 0.542   0.542
#> CV:pam      2 0.994           0.958       0.975          0.452 0.551   0.551
#> MAD:pam     2 0.970           0.943       0.977          0.471 0.526   0.526
#> ATC:pam     2 1.000           1.000       1.000          0.371 0.630   0.630
#> SD:hclust   2 0.257           0.722       0.806          0.399 0.509   0.509
#> CV:hclust   2 0.286           0.584       0.688          0.328 0.496   0.496
#> MAD:hclust  2 0.320           0.796       0.846          0.420 0.566   0.566
#> ATC:hclust  2 1.000           1.000       1.000          0.371 0.630   0.630

get_stats(res_list, k = 3)

#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      3 0.639           0.596       0.826         0.2810 0.777   0.602
#> CV:NMF      3 0.658           0.754       0.858         0.3045 0.804   0.635
#> MAD:NMF     3 0.545           0.717       0.839         0.3581 0.746   0.538
#> ATC:NMF     3 0.496           0.626       0.814         0.4230 0.916   0.865
#> SD:skmeans  3 0.541           0.582       0.813         0.3023 0.817   0.655
#> CV:skmeans  3 0.621           0.663       0.829         0.2947 0.790   0.609
#> MAD:skmeans 3 0.673           0.802       0.876         0.3268 0.760   0.556
#> ATC:skmeans 3 0.720           0.706       0.887         0.3758 0.958   0.933
#> SD:mclust   3 0.516           0.697       0.868         0.0167 0.629   0.474
#> CV:mclust   3 0.445           0.635       0.817         0.1828 0.580   0.377
#> MAD:mclust  3 0.530           0.774       0.869         0.3651 0.713   0.584
#> ATC:mclust  3 0.504           0.628       0.817         0.6489 0.731   0.573
#> SD:kmeans   3 0.536           0.706       0.834         0.3171 0.827   0.698
#> CV:kmeans   3 0.660           0.550       0.773         0.3135 0.742   0.554
#> MAD:kmeans  3 0.476           0.543       0.775         0.3868 0.759   0.563
#> ATC:kmeans  3 0.550           0.650       0.840         0.4961 0.837   0.741
#> SD:pam      3 0.578           0.618       0.818         0.3959 0.760   0.567
#> CV:pam      3 0.625           0.690       0.817         0.3951 0.767   0.599
#> MAD:pam     3 0.653           0.726       0.887         0.4141 0.760   0.565
#> ATC:pam     3 0.540           0.843       0.813         0.3722 1.000   1.000
#> SD:hclust   3 0.292           0.734       0.803         0.1696 0.908   0.821
#> CV:hclust   3 0.260           0.667       0.820         0.4264 0.698   0.534
#> MAD:hclust  3 0.505           0.779       0.881         0.2528 0.904   0.835
#> ATC:hclust  3 0.973           0.913       0.959         0.0670 0.971   0.953

get_stats(res_list, k = 4)

#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      4 0.620           0.554       0.791         0.1630 0.786   0.503
#> CV:NMF      4 0.648           0.638       0.802         0.1573 0.863   0.655
#> MAD:NMF     4 0.698           0.739       0.870         0.1068 0.862   0.626
#> ATC:NMF     4 0.463           0.586       0.761         0.2090 0.787   0.613
#> SD:skmeans  4 0.621           0.570       0.767         0.1469 0.748   0.428
#> CV:skmeans  4 0.658           0.690       0.804         0.1557 0.806   0.517
#> MAD:skmeans 4 0.664           0.766       0.840         0.1228 0.825   0.549
#> ATC:skmeans 4 0.665           0.816       0.867         0.1608 0.761   0.595
#> SD:mclust   4 0.398           0.697       0.759         0.2418 0.863   0.752
#> CV:mclust   4 0.495           0.595       0.802         0.2177 0.776   0.542
#> MAD:mclust  4 0.433           0.702       0.795         0.1803 0.917   0.822
#> ATC:mclust  4 0.618           0.733       0.852         0.1409 0.768   0.477
#> SD:kmeans   4 0.532           0.600       0.792         0.1612 0.781   0.533
#> CV:kmeans   4 0.546           0.719       0.827         0.1512 0.779   0.505
#> MAD:kmeans  4 0.523           0.561       0.744         0.1274 0.758   0.422
#> ATC:kmeans  4 0.561           0.649       0.787         0.1973 0.814   0.618
#> SD:pam      4 0.682           0.631       0.840         0.1697 0.832   0.549
#> CV:pam      4 0.653           0.573       0.796         0.1826 0.824   0.565
#> MAD:pam     4 0.686           0.686       0.855         0.1186 0.864   0.624
#> ATC:pam     4 0.479           0.503       0.790         0.2411 0.715   0.547
#> SD:hclust   4 0.379           0.671       0.830         0.2203 0.866   0.735
#> CV:hclust   4 0.442           0.679       0.846         0.1966 0.855   0.739
#> MAD:hclust  4 0.417           0.504       0.790         0.1797 0.929   0.861
#> ATC:hclust  4 0.889           0.851       0.923         0.0592 0.992   0.987

get_stats(res_list, k = 5)

#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      5 0.711           0.757       0.846         0.0683 0.843   0.500
#> CV:NMF      5 0.755           0.801       0.883         0.0747 0.892   0.644
#> MAD:NMF     5 0.625           0.559       0.757         0.0708 0.822   0.456
#> ATC:NMF     5 0.482           0.589       0.719         0.0865 0.929   0.803
#> SD:skmeans  5 0.685           0.522       0.741         0.0604 0.871   0.567
#> CV:skmeans  5 0.681           0.628       0.805         0.0575 0.877   0.576
#> MAD:skmeans 5 0.657           0.592       0.763         0.0642 0.909   0.678
#> ATC:skmeans 5 0.561           0.740       0.814         0.0723 0.982   0.950
#> SD:mclust   5 0.472           0.496       0.724         0.1405 0.886   0.740
#> CV:mclust   5 0.540           0.446       0.731         0.1106 0.932   0.803
#> MAD:mclust  5 0.449           0.447       0.660         0.1501 0.773   0.487
#> ATC:mclust  5 0.591           0.508       0.743         0.0788 0.948   0.831
#> SD:kmeans   5 0.611           0.592       0.749         0.0901 0.834   0.502
#> CV:kmeans   5 0.589           0.526       0.754         0.0884 0.865   0.592
#> MAD:kmeans  5 0.603           0.550       0.743         0.0641 0.851   0.524
#> ATC:kmeans  5 0.641           0.572       0.765         0.1036 0.889   0.674
#> SD:pam      5 0.755           0.658       0.837         0.0592 0.896   0.630
#> CV:pam      5 0.690           0.709       0.835         0.0620 0.888   0.606
#> MAD:pam     5 0.686           0.612       0.783         0.0518 0.958   0.838
#> ATC:pam     5 0.431           0.344       0.664         0.0485 0.745   0.489
#> SD:hclust   5 0.440           0.592       0.791         0.1341 0.916   0.815
#> CV:hclust   5 0.469           0.659       0.809         0.1398 0.867   0.720
#> MAD:hclust  5 0.463           0.552       0.774         0.0967 0.912   0.806
#> ATC:hclust  5 0.893           0.802       0.903         0.0528 0.975   0.959

get_stats(res_list, k = 6)

#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      6 0.638           0.590       0.742         0.0387 0.976   0.890
#> CV:NMF      6 0.673           0.601       0.754         0.0373 0.947   0.759
#> MAD:NMF     6 0.600           0.451       0.700         0.0448 0.859   0.485
#> ATC:NMF     6 0.519           0.578       0.692         0.0568 0.935   0.795
#> SD:skmeans  6 0.699           0.562       0.754         0.0406 0.891   0.572
#> CV:skmeans  6 0.690           0.544       0.751         0.0366 0.935   0.715
#> MAD:skmeans 6 0.663           0.430       0.687         0.0396 0.881   0.536
#> ATC:skmeans 6 0.508           0.641       0.783         0.0324 0.971   0.923
#> SD:mclust   6 0.551           0.386       0.670         0.0777 0.798   0.474
#> CV:mclust   6 0.588           0.547       0.733         0.0688 0.875   0.611
#> MAD:mclust  6 0.593           0.380       0.622         0.0738 0.812   0.396
#> ATC:mclust  6 0.573           0.456       0.649         0.0346 0.916   0.711
#> SD:kmeans   6 0.643           0.572       0.745         0.0480 0.878   0.518
#> CV:kmeans   6 0.617           0.547       0.706         0.0501 0.900   0.595
#> MAD:kmeans  6 0.659           0.604       0.755         0.0447 0.904   0.609
#> ATC:kmeans  6 0.598           0.474       0.731         0.0518 0.938   0.764
#> SD:pam      6 0.764           0.709       0.859         0.0288 0.961   0.822
#> CV:pam      6 0.737           0.676       0.830         0.0266 0.969   0.854
#> MAD:pam     6 0.742           0.725       0.835         0.0309 0.940   0.752
#> ATC:pam     6 0.458           0.426       0.709         0.0614 0.732   0.447
#> SD:hclust   6 0.472           0.501       0.716         0.1204 0.870   0.671
#> CV:hclust   6 0.482           0.581       0.771         0.0794 0.972   0.921
#> MAD:hclust  6 0.540           0.550       0.728         0.0765 0.935   0.829
#> ATC:hclust  6 0.846           0.749       0.884         0.0983 0.940   0.897

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Test to known annotations

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res_list, k = 2)

#>               n disease.state(p) k
#> SD:NMF      131         8.68e-15 2
#> CV:NMF      121         1.69e-13 2
#> MAD:NMF     138         1.14e-14 2
#> ATC:NMF     138         5.94e-01 2
#> SD:skmeans  131         1.47e-14 2
#> CV:skmeans  131         8.81e-14 2
#> MAD:skmeans 137         1.03e-13 2
#> ATC:skmeans 140         5.19e-01 2
#> SD:mclust   136         1.34e-14 2
#> CV:mclust   122         8.35e-13 2
#> MAD:mclust  108         3.86e-18 2
#> ATC:mclust  140         5.19e-01 2
#> SD:kmeans   138         3.06e-17 2
#> CV:kmeans   134         1.10e-16 2
#> MAD:kmeans  135         9.58e-17 2
#> ATC:kmeans  140         5.19e-01 2
#> SD:pam      138         2.74e-16 2
#> CV:pam      138         1.51e-15 2
#> MAD:pam     136         1.33e-15 2
#> ATC:pam     140         5.19e-01 2
#> SD:hclust   122         4.83e-14 2
#> CV:hclust   110         1.55e-10 2
#> MAD:hclust  125         2.64e-17 2
#> ATC:hclust  140         5.19e-01 2

test_to_known_factors(res_list, k = 3)

#>               n disease.state(p) k
#> SD:NMF      103         1.47e-13 3
#> CV:NMF      125         6.49e-16 3
#> MAD:NMF     120         2.06e-11 3
#> ATC:NMF     105         8.22e-01 3
#> SD:skmeans   92         5.63e-13 3
#> CV:skmeans  123         1.24e-12 3
#> MAD:skmeans 138         7.51e-15 3
#> ATC:skmeans 103         1.56e-01 3
#> SD:mclust   115         2.86e-15 3
#> CV:mclust   104         1.20e-11 3
#> MAD:mclust  123         3.62e-14 3
#> ATC:mclust  110         4.75e-08 3
#> SD:kmeans   119         5.71e-18 3
#> CV:kmeans    99         1.06e-13 3
#> MAD:kmeans   82         7.34e-13 3
#> ATC:kmeans  114         5.53e-01 3
#> SD:pam      111         5.87e-16 3
#> CV:pam      122         7.56e-15 3
#> MAD:pam     113         7.36e-17 3
#> ATC:pam     140         5.19e-01 3
#> SD:hclust   123         1.67e-14 3
#> CV:hclust   117         2.27e-14 3
#> MAD:hclust  125         1.46e-15 3
#> ATC:hclust  134         2.45e-01 3

test_to_known_factors(res_list, k = 4)

#>               n disease.state(p) k
#> SD:NMF       77         6.74e-08 4
#> CV:NMF      109         1.01e-11 4
#> MAD:NMF     120         8.96e-11 4
#> ATC:NMF     107         1.70e-08 4
#> SD:skmeans   87         1.06e-12 4
#> CV:skmeans  118         3.60e-14 4
#> MAD:skmeans 131         1.42e-15 4
#> ATC:skmeans 132         1.22e-09 4
#> SD:mclust   123         8.51e-14 4
#> CV:mclust    96         5.27e-14 4
#> MAD:mclust  127         4.32e-14 4
#> ATC:mclust  129         5.28e-11 4
#> SD:kmeans   104         4.15e-13 4
#> CV:kmeans   131         2.39e-15 4
#> MAD:kmeans   98         5.76e-13 4
#> ATC:kmeans  106         7.24e-08 4
#> SD:pam      101         2.66e-12 4
#> CV:pam       93         8.51e-13 4
#> MAD:pam     110         1.76e-16 4
#> ATC:pam      73         8.13e-01 4
#> SD:hclust   107         8.49e-15 4
#> CV:hclust   111         4.25e-17 4
#> MAD:hclust   95         1.19e-12 4
#> ATC:hclust  127         4.02e-01 4

test_to_known_factors(res_list, k = 5)

#>               n disease.state(p) k
#> SD:NMF      126         1.15e-11 5
#> CV:NMF      131         6.95e-12 5
#> MAD:NMF      92         8.03e-12 5
#> ATC:NMF      98         4.33e-06 5
#> SD:skmeans   76         1.57e-10 5
#> CV:skmeans  101         4.68e-12 5
#> MAD:skmeans  97         5.85e-11 5
#> ATC:skmeans 125         1.90e-10 5
#> SD:mclust    61         2.63e-07 5
#> CV:mclust    76         3.61e-11 5
#> MAD:mclust   65         1.22e-08 5
#> ATC:mclust   85         1.72e-06 5
#> SD:kmeans    97         8.78e-12 5
#> CV:kmeans    88         2.08e-11 5
#> MAD:kmeans   95         1.59e-12 5
#> ATC:kmeans  105         2.65e-05 5
#> SD:pam      102         4.10e-12 5
#> CV:pam      122         1.57e-14 5
#> MAD:pam     106         3.00e-14 5
#> ATC:pam      24         1.12e-01 5
#> SD:hclust   103         5.58e-14 5
#> CV:hclust   112         1.37e-14 5
#> MAD:hclust  103         3.26e-11 5
#> ATC:hclust  119         9.65e-02 5

test_to_known_factors(res_list, k = 6)

#>               n disease.state(p) k
#> SD:NMF      107         1.08e-10 6
#> CV:NMF      104         4.12e-10 6
#> MAD:NMF      79         1.38e-10 6
#> ATC:NMF      99         6.93e-05 6
#> SD:skmeans   91         4.42e-09 6
#> CV:skmeans   85         1.16e-08 6
#> MAD:skmeans  66         7.81e-10 6
#> ATC:skmeans 113         4.19e-06 6
#> SD:mclust    40         1.06e-05 6
#> CV:mclust    94         2.02e-10 6
#> MAD:mclust   46         9.61e-06 6
#> ATC:mclust   73         6.18e-05 6
#> SD:kmeans    90         9.62e-12 6
#> CV:kmeans    91         1.39e-10 6
#> MAD:kmeans  110         1.80e-10 6
#> ATC:kmeans   81         7.40e-04 6
#> SD:pam      124         1.17e-11 6
#> CV:pam      117         1.30e-12 6
#> MAD:pam     126         5.58e-16 6
#> ATC:pam      70         1.68e-01 6
#> SD:hclust    88         1.19e-10 6
#> CV:hclust   101         7.01e-12 6
#> MAD:hclust   97         4.60e-10 6
#> ATC:hclust  119         5.75e-01 6

Results for each method

SD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.257           0.722       0.806          0.399 0.509   0.509
#> 3 3 0.292           0.734       0.803          0.170 0.908   0.821
#> 4 4 0.379           0.671       0.830          0.220 0.866   0.735
#> 5 5 0.440           0.592       0.791          0.134 0.916   0.815
#> 6 6 0.472           0.501       0.716          0.120 0.870   0.671

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.2236     0.8084 0.964 0.036
#> GSM827666     1  0.3274     0.7972 0.940 0.060
#> GSM827667     1  0.0672     0.8162 0.992 0.008
#> GSM827668     1  0.0672     0.8162 0.992 0.008
#> GSM827669     1  0.0672     0.8162 0.992 0.008
#> GSM827670     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2043     0.8105 0.968 0.032
#> GSM827674     1  0.1633     0.8126 0.976 0.024
#> GSM827675     1  0.0672     0.8162 0.992 0.008
#> GSM827676     1  0.9754     0.1111 0.592 0.408
#> GSM827677     1  0.1843     0.8117 0.972 0.028
#> GSM827678     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.8154 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1633     0.8133 0.976 0.024
#> GSM827695     1  0.1633     0.8133 0.976 0.024
#> GSM827696     2  0.8909     0.8107 0.308 0.692
#> GSM827697     1  0.3114     0.7995 0.944 0.056
#> GSM827698     1  0.0672     0.8162 0.992 0.008
#> GSM827699     1  0.8763     0.4909 0.704 0.296
#> GSM827700     1  0.9129     0.4025 0.672 0.328
#> GSM827701     2  0.9833     0.5709 0.424 0.576
#> GSM827702     2  0.7883     0.8590 0.236 0.764
#> GSM827703     1  0.6343     0.7073 0.840 0.160
#> GSM827704     2  0.7883     0.8577 0.236 0.764
#> GSM827705     1  0.2236     0.8084 0.964 0.036
#> GSM827706     2  0.9522     0.6861 0.372 0.628
#> GSM827707     1  0.0376     0.8156 0.996 0.004
#> GSM827708     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827709     2  0.7950     0.4865 0.240 0.760
#> GSM827710     1  0.9460     0.2715 0.636 0.364
#> GSM827711     1  0.9661     0.1713 0.608 0.392
#> GSM827712     1  0.8016     0.5901 0.756 0.244
#> GSM827713     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827714     2  0.7815     0.8583 0.232 0.768
#> GSM827715     2  0.0938     0.6450 0.012 0.988
#> GSM827716     1  0.7602     0.6288 0.780 0.220
#> GSM827717     2  0.8016     0.8556 0.244 0.756
#> GSM827718     2  0.8499     0.8415 0.276 0.724
#> GSM827719     2  0.9286     0.7666 0.344 0.656
#> GSM827720     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827721     2  0.0000     0.6493 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.5059     0.7548 0.888 0.112
#> GSM827723     2  0.6148     0.6498 0.152 0.848
#> GSM827724     2  0.9248     0.7744 0.340 0.660
#> GSM827725     2  0.7745     0.8588 0.228 0.772
#> GSM827726     1  0.2948     0.8028 0.948 0.052
#> GSM827727     2  0.8016     0.8571 0.244 0.756
#> GSM827728     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827729     2  0.7056     0.8425 0.192 0.808
#> GSM827730     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827731     2  0.8763     0.8250 0.296 0.704
#> GSM827732     2  0.8763     0.8250 0.296 0.704
#> GSM827733     1  0.9686     0.1316 0.604 0.396
#> GSM827734     2  0.0000     0.6493 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.9977     0.4086 0.472 0.528
#> GSM827736     2  0.7883     0.8582 0.236 0.764
#> GSM827737     2  0.9710     0.1606 0.400 0.600
#> GSM827738     2  0.7528     0.8568 0.216 0.784
#> GSM827739     1  0.0938     0.8161 0.988 0.012
#> GSM827740     2  0.8861     0.7951 0.304 0.696
#> GSM827741     2  0.8861     0.7951 0.304 0.696
#> GSM827742     1  0.9710     0.1410 0.600 0.400
#> GSM827743     2  0.8443     0.8426 0.272 0.728
#> GSM827744     2  0.8955     0.8075 0.312 0.688
#> GSM827745     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827746     2  0.7950     0.8578 0.240 0.760
#> GSM827747     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827748     2  0.5178     0.6394 0.116 0.884
#> GSM827749     2  0.7674     0.8589 0.224 0.776
#> GSM827750     2  0.7139     0.8452 0.196 0.804
#> GSM827751     2  0.9170     0.7844 0.332 0.668
#> GSM827752     1  0.4939     0.7577 0.892 0.108
#> GSM827753     2  0.7299     0.8465 0.204 0.796
#> GSM827754     2  0.7674     0.8582 0.224 0.776
#> GSM827755     2  0.8499     0.8415 0.276 0.724
#> GSM827756     2  0.9795     0.6351 0.416 0.584
#> GSM827757     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827758     2  0.9129     0.7644 0.328 0.672
#> GSM827759     2  0.9000     0.7794 0.316 0.684
#> GSM827760     1  0.9922    -0.1264 0.552 0.448
#> GSM827761     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827762     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827763     2  0.7815     0.8594 0.232 0.768
#> GSM827764     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827765     2  0.7883     0.8577 0.236 0.764
#> GSM827766     2  0.7674     0.8581 0.224 0.776
#> GSM827767     2  0.8016     0.8558 0.244 0.756
#> GSM827768     1  0.8763     0.4882 0.704 0.296
#> GSM827769     2  0.9129     0.7895 0.328 0.672
#> GSM827770     2  0.9129     0.7895 0.328 0.672
#> GSM827771     2  0.8499     0.8382 0.276 0.724
#> GSM827772     2  0.8016     0.8551 0.244 0.756
#> GSM827773     2  0.0000     0.6493 0.000 1.000
#> GSM827774     1  0.9732     0.0926 0.596 0.404
#> GSM827775     2  0.0938     0.6450 0.012 0.988
#> GSM827776     2  0.7745     0.8595 0.228 0.772
#> GSM827777     2  0.9988     0.3960 0.480 0.520
#> GSM827778     1  0.7139     0.6626 0.804 0.196
#> GSM827779     1  0.7815     0.6118 0.768 0.232
#> GSM827780     2  0.8016     0.8542 0.244 0.756
#> GSM827781     2  0.9850     0.6086 0.428 0.572
#> GSM827782     2  0.9850     0.6086 0.428 0.572
#> GSM827783     1  0.9580     0.2019 0.620 0.380
#> GSM827784     2  0.9000     0.7794 0.316 0.684
#> GSM827785     1  0.7376     0.6489 0.792 0.208
#> GSM827786     2  0.9393     0.7525 0.356 0.644
#> GSM827787     2  0.8386     0.8454 0.268 0.732
#> GSM827788     2  0.9522     0.6885 0.372 0.628
#> GSM827789     1  0.9710     0.1410 0.600 0.400
#> GSM827790     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827791     1  0.9850     0.1569 0.572 0.428
#> GSM827792     1  0.8144     0.5727 0.748 0.252
#> GSM827793     2  0.9427     0.7470 0.360 0.640
#> GSM827794     2  0.8443     0.8426 0.272 0.728
#> GSM827795     2  0.7815     0.8583 0.232 0.768
#> GSM827796     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827797     2  0.7376     0.8551 0.208 0.792
#> GSM827798     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788
#> GSM827799     2  0.0376     0.6539 0.004 0.996
#> GSM827800     2  0.0672     0.6581 0.008 0.992
#> GSM827801     2  0.0000     0.6493 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.8499     0.8382 0.276 0.724
#> GSM827803     1  0.8713     0.4966 0.708 0.292
#> GSM827804     2  0.7453     0.8563 0.212 0.788

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.1529     0.7926 0.960 0.040 0.000
#> GSM827666     1  0.2356     0.7780 0.928 0.072 0.000
#> GSM827667     1  0.1337     0.7949 0.972 0.016 0.012
#> GSM827668     1  0.1337     0.7949 0.972 0.016 0.012
#> GSM827669     1  0.1337     0.7949 0.972 0.016 0.012
#> GSM827670     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.1411     0.7947 0.964 0.036 0.000
#> GSM827674     1  0.1163     0.7960 0.972 0.028 0.000
#> GSM827675     1  0.1337     0.7949 0.972 0.016 0.012
#> GSM827676     1  0.6192     0.1002 0.580 0.420 0.000
#> GSM827677     1  0.1411     0.7949 0.964 0.036 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.7925 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1163     0.7967 0.972 0.028 0.000
#> GSM827695     1  0.1163     0.7967 0.972 0.028 0.000
#> GSM827696     2  0.5397     0.8558 0.280 0.720 0.000
#> GSM827697     1  0.2066     0.7844 0.940 0.060 0.000
#> GSM827698     1  0.1337     0.7949 0.972 0.016 0.012
#> GSM827699     1  0.5650     0.4666 0.688 0.312 0.000
#> GSM827700     1  0.5859     0.3765 0.656 0.344 0.000
#> GSM827701     2  0.6140     0.6002 0.404 0.596 0.000
#> GSM827702     2  0.4702     0.8969 0.212 0.788 0.000
#> GSM827703     1  0.4861     0.6752 0.808 0.180 0.012
#> GSM827704     2  0.4555     0.8972 0.200 0.800 0.000
#> GSM827705     1  0.1529     0.7926 0.960 0.040 0.000
#> GSM827706     2  0.5905     0.7154 0.352 0.648 0.000
#> GSM827707     1  0.0424     0.7950 0.992 0.008 0.000
#> GSM827708     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827709     3  0.9236     0.5420 0.220 0.248 0.532
#> GSM827710     1  0.6647     0.1852 0.592 0.396 0.012
#> GSM827711     1  0.6724     0.0779 0.568 0.420 0.012
#> GSM827712     1  0.5953     0.5299 0.708 0.280 0.012
#> GSM827713     2  0.4291     0.8925 0.180 0.820 0.000
#> GSM827714     2  0.4504     0.8967 0.196 0.804 0.000
#> GSM827715     3  0.0747     0.7711 0.000 0.016 0.984
#> GSM827716     1  0.5578     0.5930 0.748 0.240 0.012
#> GSM827717     2  0.4654     0.8964 0.208 0.792 0.000
#> GSM827718     2  0.5803     0.8773 0.248 0.736 0.016
#> GSM827719     2  0.5650     0.8183 0.312 0.688 0.000
#> GSM827720     2  0.4465     0.8896 0.176 0.820 0.004
#> GSM827721     3  0.2165     0.8058 0.000 0.064 0.936
#> GSM827722     1  0.3551     0.7286 0.868 0.132 0.000
#> GSM827723     3  0.8392     0.6587 0.148 0.236 0.616
#> GSM827724     2  0.5591     0.8277 0.304 0.696 0.000
#> GSM827725     2  0.4654     0.8942 0.208 0.792 0.000
#> GSM827726     1  0.2550     0.7857 0.932 0.056 0.012
#> GSM827727     2  0.4842     0.8934 0.224 0.776 0.000
#> GSM827728     2  0.4465     0.8896 0.176 0.820 0.004
#> GSM827729     2  0.6324     0.8339 0.160 0.764 0.076
#> GSM827730     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827731     2  0.5216     0.8729 0.260 0.740 0.000
#> GSM827732     2  0.5216     0.8729 0.260 0.740 0.000
#> GSM827733     1  0.6204     0.0560 0.576 0.424 0.000
#> GSM827734     3  0.2165     0.8058 0.000 0.064 0.936
#> GSM827735     2  0.7138     0.4501 0.436 0.540 0.024
#> GSM827736     2  0.4555     0.8972 0.200 0.800 0.000
#> GSM827737     1  0.9906     0.1338 0.388 0.340 0.272
#> GSM827738     2  0.4399     0.8934 0.188 0.812 0.000
#> GSM827739     1  0.0747     0.7968 0.984 0.016 0.000
#> GSM827740     2  0.5431     0.8214 0.284 0.716 0.000
#> GSM827741     2  0.5431     0.8214 0.284 0.716 0.000
#> GSM827742     1  0.6735     0.0599 0.564 0.424 0.012
#> GSM827743     2  0.5058     0.8850 0.244 0.756 0.000
#> GSM827744     2  0.5431     0.8529 0.284 0.716 0.000
#> GSM827745     2  0.4645     0.8881 0.176 0.816 0.008
#> GSM827746     2  0.4654     0.8977 0.208 0.792 0.000
#> GSM827747     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827748     3  0.7918     0.7006 0.104 0.256 0.640
#> GSM827749     2  0.5115     0.8947 0.188 0.796 0.016
#> GSM827750     2  0.6920     0.8149 0.164 0.732 0.104
#> GSM827751     2  0.5529     0.8368 0.296 0.704 0.000
#> GSM827752     1  0.3551     0.7287 0.868 0.132 0.000
#> GSM827753     2  0.6955     0.8180 0.172 0.728 0.100
#> GSM827754     2  0.4399     0.8952 0.188 0.812 0.000
#> GSM827755     2  0.5803     0.8773 0.248 0.736 0.016
#> GSM827756     2  0.6045     0.6964 0.380 0.620 0.000
#> GSM827757     2  0.4645     0.8881 0.176 0.816 0.008
#> GSM827758     2  0.5650     0.7875 0.312 0.688 0.000
#> GSM827759     2  0.5560     0.7996 0.300 0.700 0.000
#> GSM827760     1  0.6286    -0.1469 0.536 0.464 0.000
#> GSM827761     2  0.4465     0.8896 0.176 0.820 0.004
#> GSM827762     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827763     2  0.4504     0.8977 0.196 0.804 0.000
#> GSM827764     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827765     2  0.4555     0.8972 0.200 0.800 0.000
#> GSM827766     2  0.4399     0.8954 0.188 0.812 0.000
#> GSM827767     2  0.4654     0.8945 0.208 0.792 0.000
#> GSM827768     1  0.6448     0.4199 0.656 0.328 0.016
#> GSM827769     2  0.5497     0.8416 0.292 0.708 0.000
#> GSM827770     2  0.5497     0.8416 0.292 0.708 0.000
#> GSM827771     2  0.5058     0.8828 0.244 0.756 0.000
#> GSM827772     2  0.4654     0.8962 0.208 0.792 0.000
#> GSM827773     3  0.2165     0.8058 0.000 0.064 0.936
#> GSM827774     1  0.6225     0.0141 0.568 0.432 0.000
#> GSM827775     3  0.4555     0.7418 0.000 0.200 0.800
#> GSM827776     2  0.4452     0.8975 0.192 0.808 0.000
#> GSM827777     2  0.7049     0.4217 0.452 0.528 0.020
#> GSM827778     1  0.5360     0.6237 0.768 0.220 0.012
#> GSM827779     1  0.5737     0.5700 0.732 0.256 0.012
#> GSM827780     2  0.5061     0.8933 0.208 0.784 0.008
#> GSM827781     2  0.6126     0.6597 0.400 0.600 0.000
#> GSM827782     2  0.6126     0.6597 0.400 0.600 0.000
#> GSM827783     1  0.6095     0.1972 0.608 0.392 0.000
#> GSM827784     2  0.5560     0.7996 0.300 0.700 0.000
#> GSM827785     1  0.4796     0.6317 0.780 0.220 0.000
#> GSM827786     2  0.5785     0.7950 0.332 0.668 0.000
#> GSM827787     2  0.4974     0.8891 0.236 0.764 0.000
#> GSM827788     2  0.5905     0.7182 0.352 0.648 0.000
#> GSM827789     1  0.6735     0.0599 0.564 0.424 0.012
#> GSM827790     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827791     1  0.8465     0.1818 0.528 0.376 0.096
#> GSM827792     1  0.5953     0.5209 0.708 0.280 0.012
#> GSM827793     2  0.5785     0.7951 0.332 0.668 0.000
#> GSM827794     2  0.5058     0.8850 0.244 0.756 0.000
#> GSM827795     2  0.4504     0.8967 0.196 0.804 0.000
#> GSM827796     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827797     2  0.4465     0.8896 0.176 0.820 0.004
#> GSM827798     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000
#> GSM827799     3  0.5785     0.6735 0.000 0.332 0.668
#> GSM827800     3  0.6204     0.5377 0.000 0.424 0.576
#> GSM827801     3  0.2165     0.8058 0.000 0.064 0.936
#> GSM827802     2  0.5016     0.8842 0.240 0.760 0.000
#> GSM827803     1  0.6172     0.4673 0.680 0.308 0.012
#> GSM827804     2  0.4235     0.8910 0.176 0.824 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.2500     0.7912 0.916 0.040 0.000 0.044
#> GSM827666     1  0.3421     0.7659 0.868 0.088 0.000 0.044
#> GSM827667     1  0.3390     0.7593 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM827668     1  0.3390     0.7593 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM827669     1  0.3390     0.7593 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM827670     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2224     0.7944 0.928 0.032 0.000 0.040
#> GSM827674     1  0.2111     0.7949 0.932 0.024 0.000 0.044
#> GSM827675     1  0.3390     0.7593 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM827676     1  0.5942     0.2059 0.548 0.412 0.000 0.040
#> GSM827677     1  0.2036     0.7953 0.936 0.032 0.000 0.032
#> GSM827678     1  0.0188     0.7978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827679     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0188     0.7978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827689     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0188     0.7978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827694     1  0.1004     0.7962 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM827695     1  0.1004     0.7962 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM827696     2  0.3758     0.8071 0.104 0.848 0.000 0.048
#> GSM827697     1  0.3071     0.7788 0.888 0.068 0.000 0.044
#> GSM827698     1  0.3390     0.7593 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM827699     1  0.5695     0.4318 0.624 0.336 0.000 0.040
#> GSM827700     1  0.5821     0.3459 0.592 0.368 0.000 0.040
#> GSM827701     2  0.5755     0.5019 0.332 0.624 0.000 0.044
#> GSM827702     2  0.3450     0.7771 0.156 0.836 0.000 0.008
#> GSM827703     1  0.6982     0.4852 0.576 0.252 0.000 0.172
#> GSM827704     2  0.0804     0.8218 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM827705     1  0.2500     0.7912 0.916 0.040 0.000 0.044
#> GSM827706     2  0.5344     0.5844 0.300 0.668 0.000 0.032
#> GSM827707     1  0.1042     0.7996 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM827708     2  0.0657     0.8187 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM827709     3  0.8246     0.3641 0.104 0.116 0.560 0.220
#> GSM827710     2  0.7103     0.3860 0.296 0.544 0.000 0.160
#> GSM827711     2  0.6956     0.4290 0.288 0.564 0.000 0.148
#> GSM827712     2  0.7458     0.0460 0.380 0.444 0.000 0.176
#> GSM827713     2  0.1488     0.8219 0.032 0.956 0.000 0.012
#> GSM827714     2  0.1042     0.8218 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM827715     3  0.4193    -0.1928 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM827716     1  0.7436     0.1967 0.460 0.364 0.000 0.176
#> GSM827717     2  0.1174     0.8240 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM827718     2  0.3396     0.8206 0.064 0.884 0.016 0.036
#> GSM827719     2  0.4171     0.7974 0.116 0.824 0.000 0.060
#> GSM827720     2  0.1792     0.7979 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM827721     3  0.0000     0.4240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     1  0.6523     0.5734 0.636 0.208 0.000 0.156
#> GSM827723     3  0.7009     0.4604 0.064 0.160 0.672 0.104
#> GSM827724     2  0.3471     0.8082 0.060 0.868 0.000 0.072
#> GSM827725     2  0.2924     0.8088 0.100 0.884 0.000 0.016
#> GSM827726     1  0.4724     0.7289 0.788 0.076 0.000 0.136
#> GSM827727     2  0.3266     0.8097 0.108 0.868 0.000 0.024
#> GSM827728     2  0.0817     0.8124 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM827729     2  0.3366     0.7697 0.008 0.880 0.076 0.036
#> GSM827730     2  0.0592     0.8142 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827731     2  0.2494     0.8203 0.036 0.916 0.000 0.048
#> GSM827732     2  0.2494     0.8203 0.036 0.916 0.000 0.048
#> GSM827733     2  0.6851     0.4408 0.300 0.568 0.000 0.132
#> GSM827734     3  0.0000     0.4240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.6238     0.6635 0.180 0.704 0.024 0.092
#> GSM827736     2  0.1059     0.8232 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM827737     2  0.9453     0.0803 0.212 0.396 0.264 0.128
#> GSM827738     2  0.2593     0.8125 0.080 0.904 0.000 0.016
#> GSM827739     1  0.1297     0.8000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> GSM827740     2  0.4562     0.7165 0.208 0.764 0.000 0.028
#> GSM827741     2  0.4562     0.7165 0.208 0.764 0.000 0.028
#> GSM827742     2  0.7001     0.3860 0.316 0.544 0.000 0.140
#> GSM827743     2  0.3015     0.8179 0.092 0.884 0.000 0.024
#> GSM827744     2  0.3840     0.8064 0.104 0.844 0.000 0.052
#> GSM827745     2  0.1716     0.8005 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM827746     2  0.1975     0.8269 0.048 0.936 0.000 0.016
#> GSM827747     2  0.0592     0.8164 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827748     3  0.6655     0.4865 0.052 0.152 0.696 0.100
#> GSM827749     2  0.1394     0.8221 0.012 0.964 0.016 0.008
#> GSM827750     2  0.3763     0.7558 0.012 0.856 0.104 0.028
#> GSM827751     2  0.3312     0.8103 0.052 0.876 0.000 0.072
#> GSM827752     1  0.6906     0.4767 0.580 0.264 0.000 0.156
#> GSM827753     2  0.3891     0.7551 0.012 0.852 0.100 0.036
#> GSM827754     2  0.1059     0.8232 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM827755     2  0.3396     0.8206 0.064 0.884 0.016 0.036
#> GSM827756     2  0.4552     0.7634 0.128 0.800 0.000 0.072
#> GSM827757     2  0.1716     0.8005 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM827758     2  0.4579     0.7137 0.200 0.768 0.000 0.032
#> GSM827759     2  0.4562     0.7077 0.208 0.764 0.000 0.028
#> GSM827760     2  0.6253     0.2856 0.396 0.544 0.000 0.060
#> GSM827761     2  0.0921     0.8114 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827762     2  0.0592     0.8142 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827763     2  0.0927     0.8244 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM827764     2  0.0469     0.8149 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827765     2  0.0804     0.8218 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM827766     2  0.0937     0.8211 0.012 0.976 0.000 0.012
#> GSM827767     2  0.1406     0.8229 0.016 0.960 0.000 0.024
#> GSM827768     2  0.7520     0.2250 0.328 0.492 0.004 0.176
#> GSM827769     2  0.3156     0.8119 0.048 0.884 0.000 0.068
#> GSM827770     2  0.3156     0.8119 0.048 0.884 0.000 0.068
#> GSM827771     2  0.2670     0.8246 0.052 0.908 0.000 0.040
#> GSM827772     2  0.1042     0.8220 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM827773     3  0.0336     0.4203 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827774     2  0.6790     0.4566 0.296 0.576 0.000 0.128
#> GSM827775     4  0.4730     0.0000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM827776     2  0.0592     0.8217 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827777     2  0.6429     0.6356 0.212 0.676 0.020 0.092
#> GSM827778     1  0.7366     0.2614 0.484 0.344 0.000 0.172
#> GSM827779     1  0.7431     0.1565 0.448 0.380 0.000 0.172
#> GSM827780     2  0.1798     0.8224 0.016 0.944 0.000 0.040
#> GSM827781     2  0.5429     0.7018 0.208 0.720 0.000 0.072
#> GSM827782     2  0.5429     0.7018 0.208 0.720 0.000 0.072
#> GSM827783     1  0.6179     0.2664 0.552 0.392 0.000 0.056
#> GSM827784     2  0.4562     0.7077 0.208 0.764 0.000 0.028
#> GSM827785     1  0.4904     0.6456 0.744 0.216 0.000 0.040
#> GSM827786     2  0.4996     0.7360 0.192 0.752 0.000 0.056
#> GSM827787     2  0.2882     0.8203 0.084 0.892 0.000 0.024
#> GSM827788     2  0.4900     0.6905 0.236 0.732 0.000 0.032
#> GSM827789     2  0.7016     0.3760 0.320 0.540 0.000 0.140
#> GSM827790     2  0.0927     0.8164 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM827791     2  0.8651     0.3193 0.260 0.496 0.084 0.160
#> GSM827792     1  0.7450     0.0489 0.424 0.404 0.000 0.172
#> GSM827793     2  0.4436     0.7794 0.148 0.800 0.000 0.052
#> GSM827794     2  0.3015     0.8179 0.092 0.884 0.000 0.024
#> GSM827795     2  0.1042     0.8218 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM827796     2  0.0469     0.8149 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827797     2  0.0921     0.8114 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827798     2  0.0592     0.8164 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827799     3  0.5346     0.4561 0.000 0.192 0.732 0.076
#> GSM827800     3  0.6689     0.3812 0.000 0.184 0.620 0.196
#> GSM827801     3  0.0000     0.4240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.2214     0.8240 0.028 0.928 0.000 0.044
#> GSM827803     1  0.7113     0.1967 0.484 0.384 0.000 0.132
#> GSM827804     2  0.0336     0.8156 0.000 0.992 0.000 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.3694    0.74925 0.824 0.024 0.132 0.020 0.000
#> GSM827666     1  0.4425    0.70334 0.784 0.064 0.132 0.020 0.000
#> GSM827667     1  0.4235    0.39082 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.4242    0.38498 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM827669     1  0.4242    0.38498 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2677    0.78590 0.896 0.020 0.064 0.020 0.000
#> GSM827674     1  0.3115    0.77027 0.860 0.012 0.108 0.020 0.000
#> GSM827675     1  0.4219    0.40335 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.6318   -0.00353 0.496 0.396 0.080 0.028 0.000
#> GSM827677     1  0.2962    0.77635 0.872 0.016 0.096 0.016 0.000
#> GSM827678     1  0.0798    0.80344 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0798    0.80344 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.81141 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0798    0.80344 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> GSM827694     1  0.1299    0.80297 0.960 0.012 0.020 0.008 0.000
#> GSM827695     1  0.1299    0.80297 0.960 0.012 0.020 0.008 0.000
#> GSM827696     2  0.4140    0.69152 0.048 0.792 0.148 0.012 0.000
#> GSM827697     1  0.4162    0.72432 0.800 0.048 0.132 0.020 0.000
#> GSM827698     1  0.4242    0.38498 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.6223    0.20796 0.564 0.316 0.096 0.024 0.000
#> GSM827700     1  0.6387    0.12323 0.532 0.344 0.096 0.028 0.000
#> GSM827701     2  0.6340    0.26150 0.288 0.584 0.080 0.048 0.000
#> GSM827702     2  0.3601    0.68173 0.128 0.820 0.052 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.5729    0.56647 0.236 0.148 0.616 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.1502    0.74574 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> GSM827705     1  0.3694    0.74925 0.824 0.024 0.132 0.020 0.000
#> GSM827706     2  0.6079    0.36584 0.252 0.624 0.084 0.040 0.000
#> GSM827707     1  0.1662    0.80020 0.936 0.004 0.056 0.004 0.000
#> GSM827708     2  0.1365    0.75238 0.004 0.952 0.040 0.004 0.000
#> GSM827709     5  0.6811    0.40655 0.016 0.020 0.272 0.136 0.556
#> GSM827710     3  0.4696    0.48294 0.016 0.428 0.556 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.5519   -0.28505 0.068 0.520 0.412 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.5409    0.66479 0.084 0.304 0.612 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.2228    0.74498 0.012 0.912 0.068 0.008 0.000
#> GSM827714     2  0.1357    0.74893 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM827715     5  0.4138   -0.02683 0.000 0.000 0.016 0.276 0.708
#> GSM827716     3  0.5775    0.69407 0.148 0.244 0.608 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.1831    0.74127 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> GSM827718     2  0.3572    0.71734 0.008 0.828 0.140 0.008 0.016
#> GSM827719     2  0.3972    0.66391 0.008 0.764 0.212 0.016 0.000
#> GSM827720     2  0.2928    0.71312 0.000 0.872 0.064 0.064 0.000
#> GSM827721     5  0.0000    0.59100 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     3  0.5085    0.38346 0.160 0.072 0.736 0.032 0.000
#> GSM827723     5  0.5886    0.53079 0.008 0.028 0.200 0.092 0.672
#> GSM827724     2  0.3759    0.63645 0.000 0.764 0.220 0.016 0.000
#> GSM827725     2  0.3947    0.70702 0.072 0.828 0.072 0.028 0.000
#> GSM827726     1  0.5414    0.26319 0.528 0.060 0.412 0.000 0.000
#> GSM827727     2  0.4200    0.70665 0.068 0.812 0.088 0.032 0.000
#> GSM827728     2  0.2139    0.73621 0.000 0.916 0.052 0.032 0.000
#> GSM827729     2  0.4286    0.65826 0.000 0.808 0.080 0.036 0.076
#> GSM827730     2  0.1626    0.74090 0.000 0.940 0.044 0.016 0.000
#> GSM827731     2  0.3053    0.69622 0.000 0.828 0.164 0.008 0.000
#> GSM827732     2  0.2886    0.70081 0.000 0.844 0.148 0.008 0.000
#> GSM827733     3  0.4895    0.38349 0.008 0.452 0.528 0.012 0.000
#> GSM827734     5  0.0000    0.59100 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.4843    0.26837 0.000 0.640 0.328 0.008 0.024
#> GSM827736     2  0.1544    0.74426 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM827737     3  0.7111    0.28684 0.000 0.272 0.444 0.020 0.264
#> GSM827738     2  0.3568    0.71598 0.060 0.852 0.060 0.028 0.000
#> GSM827739     1  0.1830    0.79818 0.932 0.012 0.052 0.004 0.000
#> GSM827740     2  0.5502    0.52375 0.188 0.700 0.064 0.048 0.000
#> GSM827741     2  0.5502    0.52375 0.188 0.700 0.064 0.048 0.000
#> GSM827742     2  0.5952   -0.24810 0.108 0.480 0.412 0.000 0.000
#> GSM827743     2  0.3570    0.71657 0.044 0.828 0.124 0.004 0.000
#> GSM827744     2  0.4181    0.68999 0.048 0.788 0.152 0.012 0.000
#> GSM827745     2  0.3814    0.66417 0.000 0.808 0.068 0.124 0.000
#> GSM827746     2  0.2362    0.74955 0.024 0.900 0.076 0.000 0.000
#> GSM827747     2  0.1331    0.74617 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM827748     5  0.5516    0.55596 0.000 0.032 0.184 0.088 0.696
#> GSM827749     2  0.2312    0.74776 0.000 0.912 0.060 0.012 0.016
#> GSM827750     2  0.4588    0.63179 0.000 0.784 0.080 0.032 0.104
#> GSM827751     2  0.3596    0.66129 0.000 0.784 0.200 0.016 0.000
#> GSM827752     3  0.3113    0.30719 0.036 0.064 0.876 0.024 0.000
#> GSM827753     2  0.4567    0.62953 0.000 0.784 0.088 0.028 0.100
#> GSM827754     2  0.2178    0.75408 0.008 0.920 0.048 0.024 0.000
#> GSM827755     2  0.3572    0.71734 0.008 0.828 0.140 0.008 0.016
#> GSM827756     2  0.4727    0.51666 0.028 0.692 0.268 0.012 0.000
#> GSM827757     2  0.3814    0.66417 0.000 0.808 0.068 0.124 0.000
#> GSM827758     2  0.5370    0.51628 0.176 0.708 0.088 0.028 0.000
#> GSM827759     2  0.5746    0.48628 0.196 0.680 0.072 0.052 0.000
#> GSM827760     2  0.6819   -0.00874 0.356 0.484 0.124 0.036 0.000
#> GSM827761     2  0.2124    0.73093 0.000 0.916 0.056 0.028 0.000
#> GSM827762     2  0.1626    0.74090 0.000 0.940 0.044 0.016 0.000
#> GSM827763     2  0.1410    0.74889 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0898    0.74681 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM827765     2  0.1502    0.74574 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> GSM827766     2  0.1845    0.74670 0.000 0.928 0.056 0.016 0.000
#> GSM827767     2  0.2233    0.73004 0.000 0.892 0.104 0.004 0.000
#> GSM827768     3  0.5715    0.57736 0.076 0.384 0.536 0.000 0.004
#> GSM827769     2  0.3630    0.65805 0.000 0.780 0.204 0.016 0.000
#> GSM827770     2  0.3630    0.65805 0.000 0.780 0.204 0.016 0.000
#> GSM827771     2  0.3145    0.73380 0.008 0.844 0.136 0.012 0.000
#> GSM827772     2  0.1357    0.75082 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM827773     5  0.0290    0.58826 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM827774     3  0.4902    0.36096 0.008 0.460 0.520 0.012 0.000
#> GSM827775     4  0.4418    0.00000 0.000 0.000 0.016 0.652 0.332
#> GSM827776     2  0.1557    0.74807 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000
#> GSM827777     2  0.5043    0.23162 0.008 0.632 0.332 0.008 0.020
#> GSM827778     3  0.5581    0.67350 0.140 0.224 0.636 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.5939    0.68498 0.148 0.276 0.576 0.000 0.000
#> GSM827780     2  0.2144    0.74695 0.000 0.912 0.068 0.020 0.000
#> GSM827781     2  0.5438    0.40540 0.060 0.628 0.300 0.012 0.000
#> GSM827782     2  0.5438    0.40540 0.060 0.628 0.300 0.012 0.000
#> GSM827783     1  0.6601    0.02161 0.492 0.372 0.104 0.032 0.000
#> GSM827784     2  0.5746    0.48628 0.196 0.680 0.072 0.052 0.000
#> GSM827785     1  0.5553    0.48839 0.684 0.196 0.096 0.024 0.000
#> GSM827786     2  0.5576    0.56379 0.144 0.688 0.148 0.020 0.000
#> GSM827787     2  0.3400    0.72343 0.040 0.840 0.116 0.004 0.000
#> GSM827788     2  0.5916    0.48476 0.180 0.668 0.112 0.040 0.000
#> GSM827789     2  0.5989   -0.25855 0.112 0.476 0.412 0.000 0.000
#> GSM827790     2  0.2036    0.74748 0.008 0.928 0.036 0.028 0.000
#> GSM827791     2  0.7432   -0.48863 0.060 0.420 0.412 0.024 0.084
#> GSM827792     3  0.5781    0.65108 0.116 0.308 0.576 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.4601    0.59973 0.032 0.720 0.236 0.012 0.000
#> GSM827794     2  0.3570    0.71657 0.044 0.828 0.124 0.004 0.000
#> GSM827795     2  0.1205    0.75004 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> GSM827796     2  0.1082    0.74529 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM827797     2  0.2124    0.73093 0.000 0.916 0.056 0.028 0.000
#> GSM827798     2  0.1331    0.74617 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM827799     5  0.4955    0.41676 0.000 0.164 0.012 0.092 0.732
#> GSM827800     5  0.5537    0.43413 0.000 0.076 0.008 0.296 0.620
#> GSM827801     5  0.0000    0.59100 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.2677    0.74646 0.000 0.872 0.112 0.016 0.000
#> GSM827803     3  0.6939    0.42174 0.296 0.336 0.364 0.004 0.000
#> GSM827804     2  0.1041    0.74739 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.4819     0.6569 0.708 0.000 0.152 0.020 0.000 0.120
#> GSM827666     1  0.5328     0.6069 0.664 0.000 0.148 0.032 0.000 0.156
#> GSM827667     1  0.4535     0.0360 0.484 0.000 0.484 0.000 0.000 0.032
#> GSM827668     3  0.4535    -0.1014 0.480 0.000 0.488 0.000 0.000 0.032
#> GSM827669     3  0.4535    -0.1014 0.480 0.000 0.488 0.000 0.000 0.032
#> GSM827670     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0146     0.8173 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827673     1  0.3502     0.7384 0.812 0.000 0.076 0.004 0.000 0.108
#> GSM827674     1  0.4260     0.6858 0.744 0.000 0.136 0.004 0.000 0.116
#> GSM827675     1  0.4405     0.0900 0.504 0.000 0.472 0.000 0.000 0.024
#> GSM827676     1  0.7006    -0.2836 0.372 0.000 0.088 0.176 0.000 0.364
#> GSM827677     1  0.4084     0.7071 0.768 0.000 0.112 0.008 0.000 0.112
#> GSM827678     1  0.0717     0.8079 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0717     0.8079 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8183 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0717     0.8079 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1700     0.7914 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM827695     1  0.1700     0.7914 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM827696     4  0.4831     0.5523 0.004 0.004 0.116 0.688 0.000 0.188
#> GSM827697     1  0.5224     0.6274 0.680 0.000 0.148 0.036 0.000 0.136
#> GSM827698     3  0.4535    -0.1014 0.480 0.000 0.488 0.000 0.000 0.032
#> GSM827699     1  0.7145    -0.0888 0.428 0.000 0.116 0.188 0.000 0.268
#> GSM827700     1  0.7228    -0.1956 0.392 0.000 0.116 0.192 0.000 0.300
#> GSM827701     6  0.6760     0.5206 0.144 0.000 0.088 0.304 0.000 0.464
#> GSM827702     4  0.5150     0.4590 0.088 0.000 0.048 0.688 0.000 0.176
#> GSM827703     3  0.5205     0.4738 0.144 0.000 0.688 0.124 0.000 0.044
#> GSM827704     4  0.1895     0.6815 0.000 0.000 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM827705     1  0.4819     0.6569 0.708 0.000 0.152 0.020 0.000 0.120
#> GSM827706     6  0.6766     0.4510 0.116 0.000 0.100 0.364 0.000 0.420
#> GSM827707     1  0.2151     0.7822 0.904 0.000 0.072 0.008 0.000 0.016
#> GSM827708     4  0.3043     0.6368 0.000 0.000 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM827709     5  0.7045     0.4157 0.008 0.140 0.260 0.020 0.508 0.064
#> GSM827710     3  0.4824     0.2901 0.004 0.004 0.528 0.428 0.000 0.036
#> GSM827711     4  0.4834    -0.2326 0.004 0.000 0.472 0.480 0.000 0.044
#> GSM827712     3  0.4604     0.4926 0.028 0.004 0.640 0.316 0.000 0.012
#> GSM827713     4  0.3532     0.6616 0.000 0.000 0.064 0.796 0.000 0.140
#> GSM827714     4  0.2445     0.6785 0.000 0.000 0.020 0.872 0.000 0.108
#> GSM827715     5  0.3998    -0.1041 0.000 0.340 0.016 0.000 0.644 0.000
#> GSM827716     3  0.5241     0.5175 0.072 0.004 0.656 0.236 0.000 0.032
#> GSM827717     4  0.1700     0.6831 0.000 0.000 0.024 0.928 0.000 0.048
#> GSM827718     4  0.4436     0.6489 0.000 0.004 0.132 0.752 0.016 0.096
#> GSM827719     4  0.4253     0.6028 0.000 0.004 0.196 0.728 0.000 0.072
#> GSM827720     4  0.4875     0.2667 0.000 0.044 0.008 0.544 0.000 0.404
#> GSM827721     5  0.0000     0.6307 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     3  0.5242     0.3376 0.128 0.036 0.724 0.052 0.000 0.060
#> GSM827723     5  0.5968     0.5638 0.004 0.092 0.172 0.036 0.656 0.040
#> GSM827724     4  0.3529     0.6247 0.000 0.008 0.152 0.800 0.000 0.040
#> GSM827725     4  0.5240     0.3545 0.028 0.000 0.060 0.600 0.000 0.312
#> GSM827726     3  0.5417     0.0221 0.436 0.000 0.484 0.040 0.000 0.040
#> GSM827727     4  0.5452     0.3009 0.024 0.000 0.076 0.560 0.000 0.340
#> GSM827728     4  0.4300     0.2474 0.000 0.008 0.008 0.540 0.000 0.444
#> GSM827729     4  0.5028     0.5694 0.000 0.024 0.044 0.736 0.072 0.124
#> GSM827730     4  0.3298     0.6026 0.000 0.000 0.008 0.756 0.000 0.236
#> GSM827731     4  0.2686     0.6622 0.000 0.008 0.100 0.868 0.000 0.024
#> GSM827732     4  0.2485     0.6657 0.000 0.008 0.084 0.884 0.000 0.024
#> GSM827733     3  0.5303     0.1370 0.000 0.012 0.468 0.452 0.000 0.068
#> GSM827734     5  0.0000     0.6307 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     4  0.5193     0.3406 0.000 0.004 0.244 0.652 0.024 0.076
#> GSM827736     4  0.2277     0.6825 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000 0.076
#> GSM827737     3  0.7415     0.1137 0.000 0.020 0.376 0.280 0.260 0.064
#> GSM827738     4  0.5253     0.1958 0.016 0.000 0.060 0.520 0.000 0.404
#> GSM827739     1  0.2247     0.7818 0.904 0.000 0.060 0.012 0.000 0.024
#> GSM827740     6  0.5307     0.6058 0.080 0.000 0.048 0.212 0.000 0.660
#> GSM827741     6  0.5307     0.6058 0.080 0.000 0.048 0.212 0.000 0.660
#> GSM827742     3  0.6094     0.2203 0.012 0.000 0.448 0.356 0.000 0.184
#> GSM827743     4  0.4482     0.5734 0.000 0.004 0.096 0.712 0.000 0.188
#> GSM827744     4  0.4841     0.5543 0.004 0.004 0.120 0.688 0.000 0.184
#> GSM827745     6  0.4888     0.0620 0.000 0.056 0.004 0.380 0.000 0.560
#> GSM827746     4  0.3532     0.6654 0.000 0.000 0.064 0.796 0.000 0.140
#> GSM827747     4  0.2538     0.6588 0.000 0.000 0.016 0.860 0.000 0.124
#> GSM827748     5  0.5980     0.5726 0.000 0.092 0.168 0.036 0.652 0.052
#> GSM827749     4  0.3068     0.6647 0.000 0.000 0.020 0.840 0.016 0.124
#> GSM827750     4  0.5283     0.5432 0.000 0.020 0.044 0.712 0.100 0.124
#> GSM827751     4  0.3583     0.6348 0.000 0.008 0.144 0.800 0.000 0.048
#> GSM827752     3  0.3294     0.1642 0.000 0.040 0.848 0.048 0.000 0.064
#> GSM827753     4  0.5002     0.5756 0.000 0.024 0.052 0.744 0.096 0.084
#> GSM827754     4  0.3521     0.5608 0.004 0.000 0.004 0.724 0.000 0.268
#> GSM827755     4  0.4436     0.6489 0.000 0.004 0.132 0.752 0.016 0.096
#> GSM827756     4  0.4683     0.5572 0.024 0.004 0.204 0.712 0.000 0.056
#> GSM827757     6  0.4888     0.0620 0.000 0.056 0.004 0.380 0.000 0.560
#> GSM827758     6  0.5738     0.4465 0.088 0.000 0.028 0.384 0.000 0.500
#> GSM827759     6  0.4602     0.6115 0.092 0.000 0.008 0.196 0.000 0.704
#> GSM827760     6  0.6254     0.4505 0.244 0.000 0.068 0.132 0.000 0.556
#> GSM827761     4  0.4291     0.2838 0.000 0.008 0.008 0.548 0.000 0.436
#> GSM827762     4  0.3298     0.6026 0.000 0.000 0.008 0.756 0.000 0.236
#> GSM827763     4  0.2790     0.6660 0.000 0.000 0.024 0.844 0.000 0.132
#> GSM827764     4  0.2491     0.6508 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM827765     4  0.1895     0.6815 0.000 0.000 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM827766     4  0.2538     0.6612 0.000 0.000 0.016 0.860 0.000 0.124
#> GSM827767     4  0.2468     0.6792 0.000 0.004 0.060 0.888 0.000 0.048
#> GSM827768     3  0.5075     0.3998 0.024 0.004 0.544 0.404 0.004 0.020
#> GSM827769     4  0.3400     0.6357 0.000 0.008 0.132 0.816 0.000 0.044
#> GSM827770     4  0.3400     0.6357 0.000 0.008 0.132 0.816 0.000 0.044
#> GSM827771     4  0.3419     0.6568 0.000 0.004 0.088 0.820 0.000 0.088
#> GSM827772     4  0.2932     0.6736 0.000 0.004 0.020 0.836 0.000 0.140
#> GSM827773     5  0.0260     0.6283 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM827774     4  0.5304    -0.1710 0.000 0.012 0.460 0.460 0.000 0.068
#> GSM827775     2  0.3652     0.0000 0.000 0.720 0.016 0.000 0.264 0.000
#> GSM827776     4  0.1890     0.6857 0.000 0.000 0.024 0.916 0.000 0.060
#> GSM827777     4  0.5422     0.2790 0.000 0.004 0.288 0.604 0.020 0.084
#> GSM827778     3  0.4841     0.5048 0.068 0.000 0.716 0.168 0.000 0.048
#> GSM827779     3  0.5600     0.4993 0.072 0.000 0.628 0.232 0.000 0.068
#> GSM827780     4  0.4390     0.5431 0.000 0.004 0.048 0.676 0.000 0.272
#> GSM827781     4  0.5758     0.4190 0.044 0.004 0.296 0.580 0.000 0.076
#> GSM827782     4  0.5758     0.4190 0.044 0.004 0.296 0.580 0.000 0.076
#> GSM827783     6  0.6686     0.1102 0.392 0.000 0.092 0.112 0.000 0.404
#> GSM827784     6  0.4602     0.6115 0.092 0.000 0.008 0.196 0.000 0.704
#> GSM827785     1  0.5681     0.4264 0.568 0.000 0.104 0.028 0.000 0.300
#> GSM827786     4  0.6520    -0.0310 0.096 0.004 0.080 0.480 0.000 0.340
#> GSM827787     4  0.4373     0.5839 0.000 0.004 0.084 0.720 0.000 0.192
#> GSM827788     6  0.6277     0.2930 0.048 0.000 0.116 0.408 0.000 0.428
#> GSM827789     3  0.6167     0.2222 0.016 0.000 0.448 0.352 0.000 0.184
#> GSM827790     4  0.3668     0.4669 0.004 0.000 0.000 0.668 0.000 0.328
#> GSM827791     3  0.6803     0.3066 0.004 0.024 0.432 0.396 0.080 0.064
#> GSM827792     3  0.5276     0.4734 0.048 0.000 0.648 0.240 0.000 0.064
#> GSM827793     4  0.5377     0.5252 0.020 0.004 0.228 0.640 0.000 0.108
#> GSM827794     4  0.4482     0.5734 0.000 0.004 0.096 0.712 0.000 0.188
#> GSM827795     4  0.2662     0.6794 0.000 0.000 0.024 0.856 0.000 0.120
#> GSM827796     4  0.2520     0.6437 0.000 0.000 0.004 0.844 0.000 0.152
#> GSM827797     4  0.4291     0.2838 0.000 0.008 0.008 0.548 0.000 0.436
#> GSM827798     4  0.2538     0.6588 0.000 0.000 0.016 0.860 0.000 0.124
#> GSM827799     5  0.4796     0.4874 0.000 0.088 0.004 0.140 0.732 0.036
#> GSM827800     5  0.6302     0.4312 0.000 0.232 0.020 0.020 0.552 0.176
#> GSM827801     5  0.0000     0.6307 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     4  0.3331     0.6777 0.000 0.004 0.044 0.816 0.000 0.136
#> GSM827803     6  0.6771    -0.0105 0.192 0.000 0.360 0.056 0.000 0.392
#> GSM827804     4  0.2118     0.6694 0.000 0.000 0.008 0.888 0.000 0.104

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> SD:hclust 122         4.83e-14 2
#> SD:hclust 123         1.67e-14 3
#> SD:hclust 107         8.49e-15 4
#> SD:hclust 103         5.58e-14 5
#> SD:hclust  88         1.19e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

SD:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.833           0.937       0.965         0.4665 0.542   0.542
#> 3 3 0.536           0.706       0.834         0.3171 0.827   0.698
#> 4 4 0.532           0.600       0.792         0.1612 0.781   0.533
#> 5 5 0.611           0.592       0.749         0.0901 0.834   0.502
#> 6 6 0.643           0.572       0.745         0.0480 0.878   0.518

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827666     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827667     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827668     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827669     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827670     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827671     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827672     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827673     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827674     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827675     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827676     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827677     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827678     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827679     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827680     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827681     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827682     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827683     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827684     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827685     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827686     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827687     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827688     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827689     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827690     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827691     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827692     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827693     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827694     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827695     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827696     2   0.760      0.749 0.220 0.780
#> GSM827697     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827698     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827699     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827700     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827701     1   0.224      0.970 0.964 0.036
#> GSM827702     2   0.204      0.938 0.032 0.968
#> GSM827703     1   0.311      0.937 0.944 0.056
#> GSM827704     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827705     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827706     2   0.563      0.857 0.132 0.868
#> GSM827707     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827708     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827709     2   0.469      0.891 0.100 0.900
#> GSM827710     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827711     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827712     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827713     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827714     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827715     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827716     2   0.443      0.898 0.092 0.908
#> GSM827717     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827718     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827719     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827720     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827721     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827722     1   0.469      0.903 0.900 0.100
#> GSM827723     2   0.141      0.946 0.020 0.980
#> GSM827724     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827725     2   0.494      0.879 0.108 0.892
#> GSM827726     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827727     2   0.753      0.773 0.216 0.784
#> GSM827728     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827729     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827730     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827731     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827732     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827733     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827734     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827735     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827736     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827737     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827738     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827739     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827740     1   0.402      0.910 0.920 0.080
#> GSM827741     2   1.000      0.165 0.488 0.512
#> GSM827742     2   0.900      0.617 0.316 0.684
#> GSM827743     2   0.529      0.868 0.120 0.880
#> GSM827744     2   0.506      0.876 0.112 0.888
#> GSM827745     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827746     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827747     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827748     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827749     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827750     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827751     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827752     2   0.469      0.891 0.100 0.900
#> GSM827753     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827754     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827755     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827756     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827757     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827758     2   0.563      0.857 0.132 0.868
#> GSM827759     1   0.563      0.842 0.868 0.132
#> GSM827760     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827761     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827762     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827763     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827764     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827765     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827766     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827767     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827768     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827769     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827770     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827771     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827772     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827773     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827774     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827775     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827776     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827777     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827778     2   0.802      0.736 0.244 0.756
#> GSM827779     2   0.443      0.898 0.092 0.908
#> GSM827780     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827781     2   0.388      0.906 0.076 0.924
#> GSM827782     2   0.506      0.876 0.112 0.888
#> GSM827783     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827784     1   0.456      0.907 0.904 0.096
#> GSM827785     1   0.118      0.986 0.984 0.016
#> GSM827786     2   0.671      0.807 0.176 0.824
#> GSM827787     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827788     2   0.961      0.425 0.384 0.616
#> GSM827789     2   0.574      0.865 0.136 0.864
#> GSM827790     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827791     2   0.118      0.948 0.016 0.984
#> GSM827792     2   0.706      0.806 0.192 0.808
#> GSM827793     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827794     2   0.506      0.876 0.112 0.888
#> GSM827795     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827796     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827797     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827798     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827799     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827800     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827801     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827802     2   0.000      0.957 0.000 1.000
#> GSM827803     1   0.000      0.977 1.000 0.000
#> GSM827804     2   0.000      0.957 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.4349      0.826 0.852 0.128 0.020
#> GSM827666     1  0.1753      0.889 0.952 0.048 0.000
#> GSM827667     1  0.4654      0.772 0.792 0.000 0.208
#> GSM827668     1  0.8334      0.614 0.616 0.136 0.248
#> GSM827669     1  0.8094      0.640 0.636 0.124 0.240
#> GSM827670     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.5109      0.767 0.780 0.008 0.212
#> GSM827676     1  0.3832      0.852 0.880 0.100 0.020
#> GSM827677     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.1267      0.739 0.004 0.972 0.024
#> GSM827697     1  0.4349      0.826 0.852 0.128 0.020
#> GSM827698     1  0.6847      0.718 0.708 0.060 0.232
#> GSM827699     1  0.3670      0.857 0.888 0.092 0.020
#> GSM827700     1  0.3272      0.868 0.904 0.080 0.016
#> GSM827701     2  0.6973      0.169 0.416 0.564 0.020
#> GSM827702     2  0.0424      0.744 0.000 0.992 0.008
#> GSM827703     2  0.9355      0.312 0.232 0.516 0.252
#> GSM827704     2  0.3116      0.714 0.000 0.892 0.108
#> GSM827705     1  0.3987      0.844 0.872 0.108 0.020
#> GSM827706     2  0.0424      0.743 0.000 0.992 0.008
#> GSM827707     1  0.2414      0.885 0.940 0.040 0.020
#> GSM827708     2  0.3482      0.715 0.000 0.872 0.128
#> GSM827709     3  0.0592      0.674 0.000 0.012 0.988
#> GSM827710     2  0.5678      0.588 0.000 0.684 0.316
#> GSM827711     2  0.5926      0.596 0.000 0.644 0.356
#> GSM827712     2  0.5785      0.585 0.000 0.668 0.332
#> GSM827713     2  0.1411      0.742 0.000 0.964 0.036
#> GSM827714     2  0.1964      0.738 0.000 0.944 0.056
#> GSM827715     3  0.1031      0.707 0.000 0.024 0.976
#> GSM827716     2  0.5178      0.600 0.000 0.744 0.256
#> GSM827717     2  0.3619      0.710 0.000 0.864 0.136
#> GSM827718     2  0.1964      0.738 0.000 0.944 0.056
#> GSM827719     2  0.2165      0.736 0.000 0.936 0.064
#> GSM827720     2  0.5678      0.376 0.000 0.684 0.316
#> GSM827721     3  0.5058      0.856 0.000 0.244 0.756
#> GSM827722     2  0.8907      0.293 0.332 0.528 0.140
#> GSM827723     3  0.1163      0.664 0.000 0.028 0.972
#> GSM827724     2  0.4121      0.713 0.000 0.832 0.168
#> GSM827725     2  0.0237      0.743 0.000 0.996 0.004
#> GSM827726     1  0.9641      0.354 0.464 0.296 0.240
#> GSM827727     2  0.1031      0.739 0.000 0.976 0.024
#> GSM827728     2  0.5706      0.372 0.000 0.680 0.320
#> GSM827729     2  0.6045      0.304 0.000 0.620 0.380
#> GSM827730     2  0.6095      0.270 0.000 0.608 0.392
#> GSM827731     2  0.4121      0.713 0.000 0.832 0.168
#> GSM827732     2  0.3879      0.718 0.000 0.848 0.152
#> GSM827733     2  0.3619      0.724 0.000 0.864 0.136
#> GSM827734     3  0.5138      0.856 0.000 0.252 0.748
#> GSM827735     2  0.4062      0.714 0.000 0.836 0.164
#> GSM827736     2  0.3412      0.718 0.000 0.876 0.124
#> GSM827737     3  0.5058      0.819 0.000 0.244 0.756
#> GSM827738     2  0.2625      0.723 0.000 0.916 0.084
#> GSM827739     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.9452      0.400 0.496 0.284 0.220
#> GSM827741     2  0.7983      0.476 0.124 0.648 0.228
#> GSM827742     2  0.5325      0.598 0.004 0.748 0.248
#> GSM827743     2  0.0892      0.740 0.000 0.980 0.020
#> GSM827744     2  0.1411      0.739 0.000 0.964 0.036
#> GSM827745     2  0.2959      0.716 0.000 0.900 0.100
#> GSM827746     2  0.0747      0.744 0.000 0.984 0.016
#> GSM827747     3  0.5882      0.688 0.000 0.348 0.652
#> GSM827748     3  0.4702      0.844 0.000 0.212 0.788
#> GSM827749     2  0.6008      0.372 0.000 0.628 0.372
#> GSM827750     3  0.5098      0.857 0.000 0.248 0.752
#> GSM827751     2  0.4062      0.714 0.000 0.836 0.164
#> GSM827752     2  0.5956      0.581 0.004 0.672 0.324
#> GSM827753     3  0.5178      0.853 0.000 0.256 0.744
#> GSM827754     2  0.2959      0.716 0.000 0.900 0.100
#> GSM827755     2  0.0237      0.744 0.000 0.996 0.004
#> GSM827756     2  0.3752      0.724 0.000 0.856 0.144
#> GSM827757     2  0.5560      0.421 0.000 0.700 0.300
#> GSM827758     2  0.0424      0.743 0.000 0.992 0.008
#> GSM827759     2  0.9020      0.334 0.220 0.560 0.220
#> GSM827760     1  0.2743      0.879 0.928 0.052 0.020
#> GSM827761     2  0.5733      0.367 0.000 0.676 0.324
#> GSM827762     2  0.6095      0.270 0.000 0.608 0.392
#> GSM827763     2  0.3619      0.710 0.000 0.864 0.136
#> GSM827764     2  0.5926      0.374 0.000 0.644 0.356
#> GSM827765     2  0.1753      0.739 0.000 0.952 0.048
#> GSM827766     2  0.6008      0.328 0.000 0.628 0.372
#> GSM827767     2  0.3551      0.713 0.000 0.868 0.132
#> GSM827768     2  0.5948      0.587 0.000 0.640 0.360
#> GSM827769     2  0.6008      0.372 0.000 0.628 0.372
#> GSM827770     2  0.4121      0.713 0.000 0.832 0.168
#> GSM827771     2  0.0237      0.744 0.000 0.996 0.004
#> GSM827772     2  0.2711      0.724 0.000 0.912 0.088
#> GSM827773     3  0.4702      0.844 0.000 0.212 0.788
#> GSM827774     2  0.5905      0.586 0.000 0.648 0.352
#> GSM827775     3  0.1031      0.707 0.000 0.024 0.976
#> GSM827776     2  0.3619      0.710 0.000 0.864 0.136
#> GSM827777     2  0.4062      0.714 0.000 0.836 0.164
#> GSM827778     2  0.5365      0.596 0.004 0.744 0.252
#> GSM827779     2  0.5178      0.600 0.000 0.744 0.256
#> GSM827780     2  0.5291      0.625 0.000 0.732 0.268
#> GSM827781     2  0.2066      0.735 0.000 0.940 0.060
#> GSM827782     2  0.2165      0.734 0.000 0.936 0.064
#> GSM827783     1  0.2743      0.879 0.928 0.052 0.020
#> GSM827784     1  0.6539      0.586 0.684 0.288 0.028
#> GSM827785     1  0.0237      0.904 0.996 0.004 0.000
#> GSM827786     2  0.2165      0.734 0.000 0.936 0.064
#> GSM827787     2  0.0000      0.743 0.000 1.000 0.000
#> GSM827788     2  0.2050      0.730 0.028 0.952 0.020
#> GSM827789     2  0.5098      0.601 0.000 0.752 0.248
#> GSM827790     2  0.2796      0.720 0.000 0.908 0.092
#> GSM827791     2  0.6126      0.562 0.000 0.600 0.400
#> GSM827792     2  0.5138      0.599 0.000 0.748 0.252
#> GSM827793     2  0.2165      0.734 0.000 0.936 0.064
#> GSM827794     2  0.0237      0.743 0.000 0.996 0.004
#> GSM827795     2  0.3116      0.725 0.000 0.892 0.108
#> GSM827796     2  0.6095      0.270 0.000 0.608 0.392
#> GSM827797     2  0.5591      0.407 0.000 0.696 0.304
#> GSM827798     3  0.5178      0.853 0.000 0.256 0.744
#> GSM827799     3  0.5138      0.856 0.000 0.252 0.748
#> GSM827800     3  0.5138      0.856 0.000 0.252 0.748
#> GSM827801     3  0.5138      0.856 0.000 0.252 0.748
#> GSM827802     2  0.1964      0.738 0.000 0.944 0.056
#> GSM827803     1  0.6142      0.752 0.748 0.040 0.212
#> GSM827804     2  0.5968      0.350 0.000 0.636 0.364

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     3  0.6682    0.24213 0.384 0.056 0.544 0.016
#> GSM827666     1  0.3764    0.76222 0.816 0.000 0.172 0.012
#> GSM827667     1  0.4855    0.46531 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM827668     3  0.3024    0.55598 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM827669     3  0.3266    0.52800 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     1  0.5070    0.43885 0.580 0.000 0.416 0.004
#> GSM827676     1  0.7123    0.45839 0.592 0.256 0.140 0.012
#> GSM827677     1  0.0804    0.89710 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM827678     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827679     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827687     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827689     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827690     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827693     1  0.0188    0.90311 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827694     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000    0.90389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.4936    0.38197 0.000 0.672 0.316 0.012
#> GSM827697     3  0.6699    0.16801 0.412 0.060 0.516 0.012
#> GSM827698     3  0.4008    0.39596 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM827699     3  0.6509    0.16457 0.416 0.048 0.524 0.012
#> GSM827700     1  0.6293    0.63136 0.692 0.136 0.160 0.012
#> GSM827701     2  0.6034    0.41734 0.100 0.708 0.180 0.012
#> GSM827702     2  0.5628    0.37355 0.000 0.556 0.420 0.024
#> GSM827703     3  0.0927    0.61681 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM827704     2  0.4071    0.66790 0.000 0.832 0.104 0.064
#> GSM827705     3  0.6387    0.17144 0.412 0.036 0.536 0.016
#> GSM827706     2  0.4019    0.56439 0.000 0.792 0.196 0.012
#> GSM827707     1  0.4212    0.71806 0.772 0.000 0.216 0.012
#> GSM827708     2  0.3525    0.66560 0.000 0.860 0.100 0.040
#> GSM827709     4  0.3569    0.77302 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM827710     3  0.2530    0.59145 0.000 0.100 0.896 0.004
#> GSM827711     3  0.5482    0.15386 0.000 0.368 0.608 0.024
#> GSM827712     3  0.2944    0.57303 0.000 0.128 0.868 0.004
#> GSM827713     2  0.3542    0.63761 0.000 0.852 0.120 0.028
#> GSM827714     2  0.4095    0.65124 0.000 0.804 0.172 0.024
#> GSM827715     4  0.2345    0.85893 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM827716     3  0.0921    0.61605 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM827717     2  0.5247    0.58745 0.000 0.720 0.228 0.052
#> GSM827718     2  0.4706    0.59147 0.000 0.732 0.248 0.020
#> GSM827719     3  0.5442    0.30669 0.000 0.336 0.636 0.028
#> GSM827720     2  0.2831    0.63779 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM827721     4  0.1211    0.91837 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM827722     3  0.4337    0.60116 0.076 0.072 0.836 0.016
#> GSM827723     4  0.2831    0.85332 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM827724     2  0.6214   -0.00384 0.000 0.476 0.472 0.052
#> GSM827725     2  0.3428    0.58921 0.000 0.844 0.144 0.012
#> GSM827726     3  0.3486    0.57499 0.092 0.044 0.864 0.000
#> GSM827727     2  0.4290    0.55783 0.000 0.800 0.164 0.036
#> GSM827728     2  0.4646    0.65632 0.000 0.796 0.084 0.120
#> GSM827729     2  0.5938    0.63300 0.000 0.696 0.168 0.136
#> GSM827730     2  0.4356    0.66025 0.000 0.812 0.064 0.124
#> GSM827731     2  0.6149    0.02178 0.000 0.480 0.472 0.048
#> GSM827732     2  0.6149    0.02178 0.000 0.480 0.472 0.048
#> GSM827733     3  0.5723    0.22736 0.000 0.388 0.580 0.032
#> GSM827734     4  0.1302    0.91755 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM827735     3  0.6214   -0.02627 0.000 0.468 0.480 0.052
#> GSM827736     2  0.5170    0.59033 0.000 0.724 0.228 0.048
#> GSM827737     4  0.2675    0.86997 0.000 0.100 0.008 0.892
#> GSM827738     2  0.3778    0.62029 0.000 0.848 0.100 0.052
#> GSM827739     1  0.1174    0.88851 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM827740     2  0.7561   -0.02001 0.096 0.444 0.432 0.028
#> GSM827741     2  0.6451    0.08503 0.024 0.512 0.436 0.028
#> GSM827742     3  0.3978    0.49866 0.000 0.192 0.796 0.012
#> GSM827743     2  0.3718    0.56956 0.000 0.820 0.168 0.012
#> GSM827744     3  0.5372    0.24899 0.000 0.444 0.544 0.012
#> GSM827745     2  0.2335    0.64916 0.000 0.920 0.020 0.060
#> GSM827746     2  0.5010    0.57763 0.000 0.700 0.276 0.024
#> GSM827747     2  0.6619    0.50024 0.000 0.568 0.100 0.332
#> GSM827748     4  0.1398    0.91818 0.000 0.040 0.004 0.956
#> GSM827749     2  0.5565    0.58265 0.000 0.700 0.232 0.068
#> GSM827750     4  0.1489    0.91777 0.000 0.044 0.004 0.952
#> GSM827751     2  0.6149    0.02178 0.000 0.480 0.472 0.048
#> GSM827752     3  0.1004    0.61578 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM827753     4  0.2654    0.85780 0.000 0.108 0.004 0.888
#> GSM827754     2  0.1888    0.65772 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM827755     2  0.4776    0.55262 0.000 0.732 0.244 0.024
#> GSM827756     3  0.5746    0.24309 0.000 0.396 0.572 0.032
#> GSM827757     2  0.2799    0.64252 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM827758     2  0.3161    0.59527 0.000 0.864 0.124 0.012
#> GSM827759     2  0.6622    0.06324 0.032 0.500 0.440 0.028
#> GSM827760     1  0.6024    0.65448 0.700 0.084 0.204 0.012
#> GSM827761     2  0.4071    0.66070 0.000 0.832 0.064 0.104
#> GSM827762     2  0.5102    0.65320 0.000 0.764 0.100 0.136
#> GSM827763     2  0.4998    0.61609 0.000 0.748 0.200 0.052
#> GSM827764     2  0.4727    0.66109 0.000 0.792 0.100 0.108
#> GSM827765     2  0.4574    0.61571 0.000 0.756 0.220 0.024
#> GSM827766     2  0.5678    0.63338 0.000 0.716 0.172 0.112
#> GSM827767     2  0.5546    0.53693 0.000 0.680 0.268 0.052
#> GSM827768     3  0.3636    0.53505 0.000 0.172 0.820 0.008
#> GSM827769     2  0.5608    0.54709 0.000 0.684 0.256 0.060
#> GSM827770     3  0.6214   -0.02627 0.000 0.468 0.480 0.052
#> GSM827771     2  0.4364    0.61898 0.000 0.764 0.220 0.016
#> GSM827772     2  0.1890    0.65931 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM827773     4  0.1211    0.91837 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM827774     3  0.4137    0.53011 0.000 0.208 0.780 0.012
#> GSM827775     4  0.2345    0.85893 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM827776     2  0.5072    0.60222 0.000 0.740 0.208 0.052
#> GSM827777     3  0.6214   -0.03360 0.000 0.468 0.480 0.052
#> GSM827778     3  0.0524    0.61350 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM827779     3  0.1637    0.60940 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM827780     2  0.5331    0.37103 0.000 0.644 0.332 0.024
#> GSM827781     3  0.5057    0.33822 0.000 0.340 0.648 0.012
#> GSM827782     3  0.5206    0.36325 0.000 0.308 0.668 0.024
#> GSM827783     1  0.4381    0.73183 0.780 0.008 0.200 0.012
#> GSM827784     2  0.7719    0.29967 0.224 0.592 0.128 0.056
#> GSM827785     1  0.2433    0.85734 0.920 0.008 0.060 0.012
#> GSM827786     3  0.5244    0.33986 0.000 0.388 0.600 0.012
#> GSM827787     2  0.2805    0.61325 0.000 0.888 0.100 0.012
#> GSM827788     2  0.4606    0.44733 0.000 0.724 0.264 0.012
#> GSM827789     3  0.2988    0.56380 0.000 0.112 0.876 0.012
#> GSM827790     2  0.1938    0.65715 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM827791     3  0.5227    0.40128 0.000 0.256 0.704 0.040
#> GSM827792     3  0.0921    0.61605 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM827793     3  0.5311    0.33163 0.000 0.328 0.648 0.024
#> GSM827794     2  0.3428    0.58810 0.000 0.844 0.144 0.012
#> GSM827795     2  0.4332    0.63763 0.000 0.792 0.176 0.032
#> GSM827796     2  0.5102    0.65320 0.000 0.764 0.100 0.136
#> GSM827797     2  0.2530    0.64173 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM827798     4  0.3764    0.70889 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM827799     4  0.1489    0.91777 0.000 0.044 0.004 0.952
#> GSM827800     4  0.1743    0.90275 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM827801     4  0.1022    0.91455 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM827802     2  0.4057    0.64701 0.000 0.812 0.160 0.028
#> GSM827803     1  0.5308    0.37470 0.540 0.004 0.452 0.004
#> GSM827804     2  0.4843    0.65817 0.000 0.784 0.104 0.112

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     3  0.7522     0.4569 0.172 0.100 0.552 0.164 0.012
#> GSM827666     1  0.6486     0.2987 0.540 0.000 0.276 0.172 0.012
#> GSM827667     3  0.4990     0.2639 0.360 0.000 0.600 0.040 0.000
#> GSM827668     3  0.2079     0.6165 0.020 0.000 0.916 0.064 0.000
#> GSM827669     3  0.3269     0.5873 0.056 0.000 0.848 0.096 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0290     0.9127 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827675     3  0.5591     0.1650 0.396 0.000 0.528 0.076 0.000
#> GSM827676     4  0.4662     0.5165 0.140 0.020 0.056 0.776 0.008
#> GSM827677     1  0.2644     0.8306 0.888 0.000 0.012 0.088 0.012
#> GSM827678     1  0.0404     0.9100 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827686     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0404     0.9100 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827689     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827690     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827693     1  0.0404     0.9100 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0162     0.9142 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827696     4  0.5426     0.4886 0.000 0.192 0.132 0.672 0.004
#> GSM827697     3  0.7808     0.4248 0.172 0.112 0.516 0.188 0.012
#> GSM827698     3  0.3590     0.5779 0.080 0.000 0.828 0.092 0.000
#> GSM827699     3  0.7754     0.3821 0.196 0.072 0.492 0.228 0.012
#> GSM827700     4  0.5913     0.3821 0.200 0.008 0.136 0.648 0.008
#> GSM827701     4  0.4505     0.5895 0.032 0.096 0.056 0.804 0.012
#> GSM827702     2  0.6120     0.3715 0.000 0.592 0.260 0.136 0.012
#> GSM827703     3  0.0912     0.6340 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> GSM827704     2  0.2660     0.6082 0.000 0.864 0.000 0.128 0.008
#> GSM827705     3  0.7457     0.4633 0.176 0.100 0.560 0.152 0.012
#> GSM827706     4  0.5849     0.5285 0.000 0.220 0.132 0.636 0.012
#> GSM827707     1  0.6767     0.1493 0.468 0.000 0.304 0.220 0.008
#> GSM827708     2  0.1628     0.6679 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> GSM827709     5  0.3124     0.8260 0.000 0.004 0.136 0.016 0.844
#> GSM827710     3  0.3766     0.3925 0.000 0.268 0.728 0.004 0.000
#> GSM827711     3  0.4747    -0.0952 0.000 0.484 0.500 0.016 0.000
#> GSM827712     3  0.3210     0.4858 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.4354     0.4219 0.000 0.712 0.032 0.256 0.000
#> GSM827714     2  0.3898     0.6917 0.000 0.804 0.116 0.080 0.000
#> GSM827715     5  0.1830     0.8958 0.000 0.000 0.068 0.008 0.924
#> GSM827716     3  0.1082     0.6348 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> GSM827717     2  0.1357     0.7103 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM827718     2  0.2377     0.7086 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.5081     0.1799 0.000 0.500 0.472 0.020 0.008
#> GSM827720     4  0.5360     0.3906 0.000 0.396 0.004 0.552 0.048
#> GSM827721     5  0.1059     0.9214 0.000 0.020 0.004 0.008 0.968
#> GSM827722     3  0.4250     0.5656 0.000 0.152 0.784 0.052 0.012
#> GSM827723     5  0.1857     0.8972 0.000 0.008 0.060 0.004 0.928
#> GSM827724     2  0.4346     0.5383 0.000 0.680 0.304 0.004 0.012
#> GSM827725     4  0.5271     0.4724 0.000 0.392 0.036 0.564 0.008
#> GSM827726     3  0.2953     0.5699 0.012 0.000 0.844 0.144 0.000
#> GSM827727     4  0.3357     0.6368 0.000 0.092 0.048 0.852 0.008
#> GSM827728     2  0.5232    -0.1986 0.000 0.500 0.000 0.456 0.044
#> GSM827729     2  0.2694     0.6349 0.000 0.884 0.000 0.076 0.040
#> GSM827730     2  0.4645     0.3325 0.000 0.688 0.000 0.268 0.044
#> GSM827731     2  0.4199     0.5555 0.000 0.692 0.296 0.004 0.008
#> GSM827732     2  0.4156     0.5658 0.000 0.700 0.288 0.004 0.008
#> GSM827733     2  0.4657     0.4087 0.000 0.604 0.380 0.008 0.008
#> GSM827734     5  0.2075     0.9091 0.000 0.032 0.004 0.040 0.924
#> GSM827735     2  0.4317     0.5209 0.000 0.668 0.320 0.004 0.008
#> GSM827736     2  0.1892     0.7144 0.000 0.916 0.080 0.000 0.004
#> GSM827737     5  0.3209     0.8210 0.000 0.120 0.028 0.004 0.848
#> GSM827738     4  0.4410     0.5731 0.000 0.276 0.016 0.700 0.008
#> GSM827739     1  0.3544     0.7567 0.812 0.000 0.016 0.164 0.008
#> GSM827740     4  0.3412     0.5233 0.000 0.008 0.172 0.812 0.008
#> GSM827741     4  0.3482     0.5278 0.000 0.012 0.168 0.812 0.008
#> GSM827742     3  0.4210     0.2003 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827743     4  0.4974     0.5497 0.000 0.316 0.040 0.640 0.004
#> GSM827744     4  0.6958     0.0203 0.000 0.320 0.332 0.344 0.004
#> GSM827745     4  0.4169     0.5776 0.000 0.256 0.004 0.724 0.016
#> GSM827746     2  0.2471     0.7066 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM827747     2  0.3636     0.5996 0.000 0.832 0.004 0.080 0.084
#> GSM827748     5  0.1026     0.9206 0.000 0.024 0.004 0.004 0.968
#> GSM827749     2  0.1644     0.7100 0.000 0.940 0.048 0.004 0.008
#> GSM827750     5  0.1915     0.9073 0.000 0.040 0.000 0.032 0.928
#> GSM827751     2  0.4199     0.5555 0.000 0.692 0.296 0.004 0.008
#> GSM827752     3  0.0955     0.6342 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> GSM827753     5  0.4215     0.7059 0.000 0.168 0.000 0.064 0.768
#> GSM827754     4  0.4630     0.4196 0.000 0.416 0.004 0.572 0.008
#> GSM827755     2  0.5814     0.5081 0.000 0.640 0.176 0.176 0.008
#> GSM827756     2  0.5630     0.2403 0.000 0.528 0.412 0.044 0.016
#> GSM827757     4  0.5156     0.4832 0.000 0.328 0.004 0.620 0.048
#> GSM827758     4  0.3475     0.6440 0.000 0.180 0.012 0.804 0.004
#> GSM827759     4  0.3559     0.5186 0.000 0.012 0.176 0.804 0.008
#> GSM827760     4  0.6795     0.0106 0.344 0.000 0.208 0.440 0.008
#> GSM827761     2  0.5103    -0.0746 0.000 0.556 0.000 0.404 0.040
#> GSM827762     2  0.3764     0.5486 0.000 0.800 0.000 0.156 0.044
#> GSM827763     2  0.1956     0.7138 0.000 0.916 0.076 0.008 0.000
#> GSM827764     2  0.3649     0.5562 0.000 0.808 0.000 0.152 0.040
#> GSM827765     2  0.2230     0.7104 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM827766     2  0.2793     0.6303 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> GSM827767     2  0.2389     0.7104 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> GSM827768     3  0.4162     0.3207 0.000 0.312 0.680 0.004 0.004
#> GSM827769     2  0.2911     0.7019 0.000 0.852 0.136 0.004 0.008
#> GSM827770     2  0.4240     0.5437 0.000 0.684 0.304 0.004 0.008
#> GSM827771     2  0.1484     0.7044 0.000 0.944 0.048 0.008 0.000
#> GSM827772     4  0.4684     0.3518 0.000 0.452 0.004 0.536 0.008
#> GSM827773     5  0.1059     0.9214 0.000 0.020 0.004 0.008 0.968
#> GSM827774     3  0.4531     0.0873 0.000 0.424 0.568 0.004 0.004
#> GSM827775     5  0.2006     0.8948 0.000 0.000 0.072 0.012 0.916
#> GSM827776     2  0.1124     0.7066 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM827777     2  0.4518     0.5181 0.000 0.660 0.320 0.004 0.016
#> GSM827778     3  0.1444     0.6304 0.000 0.012 0.948 0.040 0.000
#> GSM827779     3  0.1251     0.6343 0.000 0.036 0.956 0.008 0.000
#> GSM827780     4  0.6885     0.2358 0.000 0.368 0.224 0.400 0.008
#> GSM827781     3  0.5892     0.3467 0.000 0.288 0.600 0.100 0.012
#> GSM827782     3  0.5477     0.3474 0.000 0.296 0.628 0.064 0.012
#> GSM827783     1  0.6811     0.1364 0.428 0.000 0.208 0.356 0.008
#> GSM827784     4  0.2008     0.6082 0.020 0.020 0.016 0.936 0.008
#> GSM827785     1  0.4610     0.5833 0.676 0.000 0.020 0.296 0.008
#> GSM827786     4  0.6652     0.0663 0.000 0.200 0.300 0.492 0.008
#> GSM827787     4  0.3819     0.6156 0.000 0.228 0.016 0.756 0.000
#> GSM827788     4  0.5103     0.5502 0.000 0.128 0.136 0.724 0.012
#> GSM827789     3  0.3662     0.4555 0.000 0.004 0.744 0.252 0.000
#> GSM827790     4  0.4473     0.4288 0.000 0.412 0.000 0.580 0.008
#> GSM827791     3  0.4309     0.3195 0.000 0.308 0.676 0.000 0.016
#> GSM827792     3  0.0898     0.6346 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> GSM827793     3  0.5024     0.1898 0.000 0.368 0.596 0.032 0.004
#> GSM827794     4  0.3970     0.6258 0.000 0.224 0.024 0.752 0.000
#> GSM827795     2  0.1732     0.7143 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.3764     0.5486 0.000 0.800 0.000 0.156 0.044
#> GSM827797     4  0.4908     0.4654 0.000 0.356 0.000 0.608 0.036
#> GSM827798     2  0.5029     0.4773 0.000 0.708 0.008 0.080 0.204
#> GSM827799     5  0.1750     0.9111 0.000 0.036 0.000 0.028 0.936
#> GSM827800     5  0.1278     0.9140 0.000 0.016 0.004 0.020 0.960
#> GSM827801     5  0.1153     0.9211 0.000 0.024 0.004 0.008 0.964
#> GSM827802     2  0.1173     0.6974 0.000 0.964 0.020 0.012 0.004
#> GSM827803     3  0.6405     0.3085 0.252 0.000 0.512 0.236 0.000
#> GSM827804     2  0.2864     0.6120 0.000 0.864 0.000 0.112 0.024

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     3  0.6184     0.4086 0.044 0.140 0.576 0.008 0.000 0.232
#> GSM827666     3  0.6183     0.2615 0.244 0.000 0.468 0.012 0.000 0.276
#> GSM827667     3  0.2841     0.5935 0.124 0.000 0.852 0.012 0.004 0.008
#> GSM827668     3  0.1346     0.6419 0.000 0.024 0.952 0.008 0.000 0.016
#> GSM827669     3  0.1375     0.6367 0.008 0.004 0.952 0.008 0.000 0.028
#> GSM827670     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827671     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827672     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827673     1  0.0291     0.9506 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827674     1  0.3075     0.8142 0.840 0.000 0.128 0.016 0.004 0.012
#> GSM827675     3  0.3673     0.5411 0.180 0.000 0.780 0.016 0.000 0.024
#> GSM827676     6  0.4370     0.5988 0.064 0.020 0.056 0.068 0.000 0.792
#> GSM827677     1  0.5478     0.5559 0.648 0.000 0.124 0.028 0.004 0.196
#> GSM827678     1  0.1338     0.9376 0.952 0.000 0.004 0.032 0.008 0.004
#> GSM827679     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827680     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827681     1  0.0146     0.9506 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827682     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827683     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827684     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827685     1  0.0291     0.9505 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827686     1  0.0692     0.9464 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM827687     1  0.0291     0.9509 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827688     1  0.1261     0.9372 0.956 0.000 0.004 0.028 0.008 0.004
#> GSM827689     1  0.0508     0.9483 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM827690     1  0.0692     0.9464 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM827691     1  0.0405     0.9498 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM827692     1  0.0603     0.9475 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM827693     1  0.1375     0.9353 0.952 0.000 0.008 0.028 0.008 0.004
#> GSM827694     1  0.0603     0.9491 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM827695     1  0.0603     0.9478 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM827696     6  0.4962     0.5921 0.000 0.132 0.072 0.076 0.000 0.720
#> GSM827697     3  0.6566     0.3141 0.044 0.160 0.496 0.008 0.000 0.292
#> GSM827698     3  0.1599     0.6348 0.024 0.000 0.940 0.008 0.000 0.028
#> GSM827699     3  0.6392     0.2784 0.076 0.076 0.496 0.008 0.000 0.344
#> GSM827700     6  0.5099     0.4895 0.104 0.000 0.148 0.048 0.000 0.700
#> GSM827701     6  0.3668     0.6232 0.008 0.040 0.036 0.088 0.000 0.828
#> GSM827702     2  0.6696     0.3891 0.000 0.524 0.188 0.104 0.000 0.184
#> GSM827703     3  0.1942     0.6439 0.000 0.064 0.916 0.012 0.000 0.008
#> GSM827704     4  0.3881     0.5022 0.000 0.396 0.000 0.600 0.000 0.004
#> GSM827705     3  0.6267     0.4291 0.064 0.128 0.584 0.008 0.000 0.216
#> GSM827706     6  0.6006     0.4942 0.000 0.132 0.164 0.088 0.000 0.616
#> GSM827707     3  0.5927     0.2935 0.220 0.000 0.516 0.008 0.000 0.256
#> GSM827708     2  0.3608     0.4123 0.000 0.716 0.000 0.272 0.000 0.012
#> GSM827709     5  0.3347     0.8335 0.000 0.004 0.072 0.040 0.848 0.036
#> GSM827710     2  0.4728    -0.0181 0.000 0.492 0.476 0.012 0.008 0.012
#> GSM827711     2  0.5451     0.2695 0.000 0.532 0.376 0.076 0.008 0.008
#> GSM827712     3  0.4564     0.2218 0.000 0.404 0.568 0.008 0.008 0.012
#> GSM827713     2  0.6244     0.1502 0.000 0.520 0.044 0.288 0.000 0.148
#> GSM827714     2  0.3376     0.4968 0.000 0.764 0.000 0.220 0.000 0.016
#> GSM827715     5  0.1293     0.8610 0.000 0.004 0.016 0.004 0.956 0.020
#> GSM827716     3  0.3428     0.6080 0.000 0.176 0.796 0.008 0.004 0.016
#> GSM827717     2  0.2845     0.5675 0.000 0.820 0.004 0.172 0.000 0.004
#> GSM827718     2  0.2933     0.6168 0.000 0.852 0.008 0.108 0.000 0.032
#> GSM827719     2  0.4607     0.4678 0.000 0.688 0.244 0.020 0.000 0.048
#> GSM827720     4  0.4063     0.4508 0.000 0.052 0.000 0.736 0.004 0.208
#> GSM827721     5  0.0881     0.8697 0.000 0.008 0.000 0.012 0.972 0.008
#> GSM827722     3  0.5393     0.4619 0.000 0.300 0.592 0.012 0.004 0.092
#> GSM827723     5  0.2074     0.8649 0.000 0.012 0.028 0.036 0.920 0.004
#> GSM827724     2  0.2082     0.6453 0.000 0.916 0.052 0.020 0.008 0.004
#> GSM827725     6  0.6582     0.2376 0.000 0.324 0.048 0.180 0.000 0.448
#> GSM827726     3  0.1753     0.6208 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM827727     6  0.4961     0.5765 0.000 0.036 0.056 0.236 0.000 0.672
#> GSM827728     4  0.4710     0.5535 0.000 0.144 0.000 0.704 0.008 0.144
#> GSM827729     4  0.3782     0.4713 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> GSM827730     4  0.3853     0.5890 0.000 0.272 0.000 0.708 0.008 0.012
#> GSM827731     2  0.1865     0.6487 0.000 0.920 0.040 0.040 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.2046     0.6452 0.000 0.908 0.032 0.060 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.2965     0.6226 0.000 0.856 0.108 0.012 0.008 0.016
#> GSM827734     5  0.3171     0.7964 0.000 0.008 0.004 0.168 0.812 0.008
#> GSM827735     2  0.1901     0.6425 0.000 0.924 0.052 0.004 0.008 0.012
#> GSM827736     2  0.2669     0.5855 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000 0.008
#> GSM827737     5  0.4579     0.6806 0.000 0.228 0.016 0.036 0.708 0.012
#> GSM827738     4  0.5266     0.0428 0.000 0.084 0.004 0.492 0.000 0.420
#> GSM827739     1  0.4710     0.4604 0.632 0.000 0.044 0.012 0.000 0.312
#> GSM827740     6  0.4659     0.5663 0.000 0.000 0.108 0.180 0.008 0.704
#> GSM827741     6  0.4789     0.5501 0.000 0.000 0.104 0.204 0.008 0.684
#> GSM827742     3  0.5113    -0.0571 0.000 0.008 0.472 0.048 0.004 0.468
#> GSM827743     6  0.6183     0.4269 0.000 0.280 0.048 0.136 0.000 0.536
#> GSM827744     6  0.6494     0.3019 0.000 0.360 0.132 0.060 0.000 0.448
#> GSM827745     4  0.4395     0.0370 0.000 0.028 0.000 0.568 0.000 0.404
#> GSM827746     2  0.3167     0.6145 0.000 0.836 0.012 0.120 0.000 0.032
#> GSM827747     4  0.4799     0.4159 0.000 0.428 0.008 0.532 0.028 0.004
#> GSM827748     5  0.2007     0.8675 0.000 0.012 0.016 0.040 0.924 0.008
#> GSM827749     2  0.3492     0.5075 0.000 0.772 0.008 0.208 0.008 0.004
#> GSM827750     5  0.4657     0.6967 0.000 0.044 0.020 0.264 0.672 0.000
#> GSM827751     2  0.1391     0.6483 0.000 0.944 0.040 0.016 0.000 0.000
#> GSM827752     3  0.4477     0.5301 0.000 0.236 0.708 0.028 0.008 0.020
#> GSM827753     5  0.5553     0.5070 0.000 0.112 0.020 0.284 0.584 0.000
#> GSM827754     4  0.4834     0.4726 0.000 0.120 0.000 0.656 0.000 0.224
#> GSM827755     2  0.4041     0.5314 0.000 0.764 0.012 0.060 0.000 0.164
#> GSM827756     2  0.4446     0.5253 0.000 0.748 0.120 0.012 0.004 0.116
#> GSM827757     4  0.4412     0.4016 0.000 0.048 0.000 0.688 0.008 0.256
#> GSM827758     6  0.4796     0.5572 0.000 0.128 0.008 0.172 0.000 0.692
#> GSM827759     6  0.4917     0.5382 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008 0.664
#> GSM827760     6  0.5356     0.3800 0.196 0.000 0.152 0.016 0.000 0.636
#> GSM827761     4  0.3534     0.6206 0.000 0.168 0.000 0.792 0.008 0.032
#> GSM827762     4  0.3847     0.5448 0.000 0.348 0.000 0.644 0.008 0.000
#> GSM827763     2  0.2882     0.5592 0.000 0.812 0.000 0.180 0.000 0.008
#> GSM827764     4  0.4090     0.5127 0.000 0.384 0.000 0.604 0.008 0.004
#> GSM827765     2  0.2473     0.6010 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> GSM827766     4  0.3937     0.4566 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000 0.000
#> GSM827767     2  0.2320     0.6031 0.000 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004
#> GSM827768     2  0.5006     0.1312 0.000 0.520 0.432 0.024 0.008 0.016
#> GSM827769     2  0.2699     0.6109 0.000 0.856 0.012 0.124 0.008 0.000
#> GSM827770     2  0.1621     0.6449 0.000 0.936 0.048 0.004 0.008 0.004
#> GSM827771     2  0.4824     0.4975 0.000 0.696 0.044 0.212 0.000 0.048
#> GSM827772     4  0.4887     0.5176 0.000 0.156 0.000 0.660 0.000 0.184
#> GSM827773     5  0.0767     0.8692 0.000 0.012 0.000 0.004 0.976 0.008
#> GSM827774     2  0.4099     0.4323 0.000 0.696 0.276 0.008 0.004 0.016
#> GSM827775     5  0.1495     0.8612 0.000 0.004 0.020 0.008 0.948 0.020
#> GSM827776     2  0.3012     0.5432 0.000 0.796 0.000 0.196 0.000 0.008
#> GSM827777     2  0.2607     0.6360 0.000 0.892 0.052 0.036 0.008 0.012
#> GSM827778     3  0.2780     0.6337 0.000 0.096 0.868 0.008 0.004 0.024
#> GSM827779     3  0.3762     0.5779 0.000 0.208 0.760 0.008 0.004 0.020
#> GSM827780     4  0.7370     0.2737 0.000 0.256 0.116 0.424 0.008 0.196
#> GSM827781     2  0.6572    -0.1838 0.000 0.384 0.304 0.024 0.000 0.288
#> GSM827782     2  0.6241    -0.0716 0.000 0.452 0.340 0.020 0.000 0.188
#> GSM827783     6  0.5626     0.2957 0.244 0.000 0.176 0.008 0.000 0.572
#> GSM827784     6  0.3608     0.5423 0.000 0.000 0.012 0.272 0.000 0.716
#> GSM827785     6  0.4930     0.1749 0.404 0.000 0.048 0.008 0.000 0.540
#> GSM827786     6  0.5264     0.4271 0.000 0.192 0.144 0.016 0.000 0.648
#> GSM827787     6  0.5332     0.3703 0.000 0.092 0.008 0.352 0.000 0.548
#> GSM827788     6  0.5081     0.5462 0.000 0.060 0.152 0.084 0.000 0.704
#> GSM827789     3  0.5098     0.3598 0.000 0.040 0.628 0.032 0.004 0.296
#> GSM827790     4  0.4814     0.4293 0.000 0.100 0.000 0.644 0.000 0.256
#> GSM827791     2  0.5257     0.1537 0.000 0.524 0.408 0.048 0.012 0.008
#> GSM827792     3  0.3380     0.6143 0.000 0.152 0.812 0.008 0.004 0.024
#> GSM827793     2  0.5188     0.3773 0.000 0.636 0.260 0.024 0.000 0.080
#> GSM827794     6  0.5521     0.5047 0.000 0.116 0.024 0.252 0.000 0.608
#> GSM827795     2  0.2706     0.5781 0.000 0.832 0.000 0.160 0.000 0.008
#> GSM827796     4  0.4058     0.5217 0.000 0.372 0.000 0.616 0.008 0.004
#> GSM827797     4  0.4209     0.4257 0.000 0.044 0.000 0.716 0.008 0.232
#> GSM827798     4  0.5482     0.4688 0.000 0.360 0.008 0.536 0.092 0.004
#> GSM827799     5  0.3111     0.8358 0.000 0.008 0.016 0.156 0.820 0.000
#> GSM827800     5  0.3012     0.8553 0.000 0.000 0.020 0.104 0.852 0.024
#> GSM827801     5  0.1375     0.8700 0.000 0.008 0.004 0.028 0.952 0.008
#> GSM827802     2  0.3634     0.3879 0.000 0.696 0.000 0.296 0.000 0.008
#> GSM827803     3  0.5430     0.3721 0.140 0.000 0.620 0.016 0.000 0.224
#> GSM827804     4  0.4041     0.4784 0.000 0.408 0.004 0.584 0.000 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> SD:kmeans 138         3.06e-17 2
#> SD:kmeans 119         5.71e-18 3
#> SD:kmeans 104         4.15e-13 4
#> SD:kmeans  97         8.78e-12 5
#> SD:kmeans  90         9.62e-12 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

SD:skmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.870           0.905       0.962         0.4984 0.500   0.500
#> 3 3 0.541           0.582       0.813         0.3023 0.817   0.655
#> 4 4 0.621           0.570       0.767         0.1469 0.748   0.428
#> 5 5 0.685           0.522       0.741         0.0604 0.871   0.567
#> 6 6 0.699           0.562       0.754         0.0406 0.891   0.572

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827666     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827667     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827668     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827669     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827670     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827671     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827672     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827673     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827674     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827675     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827676     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827677     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827678     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827679     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827680     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827681     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827682     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827683     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827684     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827685     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827686     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827687     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827688     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827689     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827690     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827691     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827692     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827693     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827694     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827695     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827696     1   0.969      0.335 0.604 0.396
#> GSM827697     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827698     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827699     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827700     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827701     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827702     2   0.714      0.750 0.196 0.804
#> GSM827703     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827704     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827705     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827706     2   0.971      0.331 0.400 0.600
#> GSM827707     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827708     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827709     1   1.000      0.106 0.512 0.488
#> GSM827710     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827711     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827712     2   0.430      0.879 0.088 0.912
#> GSM827713     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827714     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827715     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827716     1   0.971      0.371 0.600 0.400
#> GSM827717     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827718     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827719     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827720     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827721     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827722     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827723     1   0.978      0.340 0.588 0.412
#> GSM827724     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827725     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827726     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827727     2   0.971      0.331 0.400 0.600
#> GSM827728     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827729     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827730     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827731     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827732     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827733     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827734     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827735     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827736     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827737     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827738     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827739     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827740     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827741     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827742     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827743     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827744     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827745     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827746     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827747     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827748     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827749     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827750     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827751     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827752     1   0.949      0.444 0.632 0.368
#> GSM827753     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827754     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827755     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827756     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827757     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827758     2   0.795      0.681 0.240 0.760
#> GSM827759     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827760     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827761     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827762     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827763     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827764     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827765     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827766     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827767     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827768     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827769     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827770     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827771     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827772     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827773     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827774     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827775     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827776     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827777     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827778     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827779     1   0.971      0.371 0.600 0.400
#> GSM827780     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827781     1   0.839      0.618 0.732 0.268
#> GSM827782     1   0.958      0.378 0.620 0.380
#> GSM827783     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827784     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827785     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827786     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827787     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827788     1   0.416      0.867 0.916 0.084
#> GSM827789     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827790     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827791     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827792     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827793     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827794     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827795     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827796     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827797     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827798     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827799     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827800     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827801     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827802     2   0.000      0.969 0.000 1.000
#> GSM827803     1   0.000      0.946 1.000 0.000
#> GSM827804     2   0.000      0.969 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0237     0.9191 0.996 0.000 0.004
#> GSM827666     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.5988     0.3945 0.632 0.000 0.368
#> GSM827668     3  0.6307    -0.0589 0.488 0.000 0.512
#> GSM827669     3  0.6308    -0.0707 0.492 0.000 0.508
#> GSM827670     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.5988     0.3945 0.632 0.000 0.368
#> GSM827676     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.9449     0.1773 0.180 0.436 0.384
#> GSM827697     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.6045     0.3686 0.620 0.000 0.380
#> GSM827699     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.0237     0.9188 0.996 0.000 0.004
#> GSM827702     2  0.6357     0.5418 0.020 0.684 0.296
#> GSM827703     3  0.4452     0.5206 0.192 0.000 0.808
#> GSM827704     2  0.3340     0.6960 0.000 0.880 0.120
#> GSM827705     1  0.0237     0.9191 0.996 0.000 0.004
#> GSM827706     2  0.8836     0.1691 0.352 0.520 0.128
#> GSM827707     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827709     2  0.6994    -0.0555 0.020 0.556 0.424
#> GSM827710     3  0.4291     0.4828 0.000 0.180 0.820
#> GSM827711     2  0.6286    -0.0741 0.000 0.536 0.464
#> GSM827712     3  0.5465     0.4063 0.000 0.288 0.712
#> GSM827713     2  0.6140     0.4779 0.000 0.596 0.404
#> GSM827714     2  0.5988     0.5095 0.000 0.632 0.368
#> GSM827715     2  0.6252    -0.0434 0.000 0.556 0.444
#> GSM827716     3  0.3715     0.5025 0.004 0.128 0.868
#> GSM827717     2  0.1529     0.7106 0.000 0.960 0.040
#> GSM827718     2  0.4750     0.6606 0.000 0.784 0.216
#> GSM827719     3  0.6307    -0.2755 0.000 0.488 0.512
#> GSM827720     2  0.3551     0.6742 0.000 0.868 0.132
#> GSM827721     2  0.1031     0.7052 0.000 0.976 0.024
#> GSM827722     3  0.6309     0.0641 0.496 0.000 0.504
#> GSM827723     3  0.7372     0.2229 0.032 0.448 0.520
#> GSM827724     2  0.5760     0.4700 0.000 0.672 0.328
#> GSM827725     2  0.6252     0.4476 0.000 0.556 0.444
#> GSM827726     1  0.6062     0.3608 0.616 0.000 0.384
#> GSM827727     3  0.8784     0.0669 0.124 0.352 0.524
#> GSM827728     2  0.4931     0.5588 0.000 0.768 0.232
#> GSM827729     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.1529     0.7080 0.000 0.960 0.040
#> GSM827731     2  0.5650     0.4982 0.000 0.688 0.312
#> GSM827732     2  0.4452     0.6369 0.000 0.808 0.192
#> GSM827733     2  0.6274     0.2977 0.000 0.544 0.456
#> GSM827734     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.5810     0.4595 0.000 0.664 0.336
#> GSM827736     2  0.3941     0.6581 0.000 0.844 0.156
#> GSM827737     2  0.4291     0.5822 0.000 0.820 0.180
#> GSM827738     2  0.5465     0.5587 0.000 0.712 0.288
#> GSM827739     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.6111     0.3679 0.604 0.000 0.396
#> GSM827741     3  0.6274    -0.0461 0.456 0.000 0.544
#> GSM827742     3  0.4605     0.4546 0.204 0.000 0.796
#> GSM827743     2  0.6267     0.4367 0.000 0.548 0.452
#> GSM827744     3  0.6204    -0.2610 0.000 0.424 0.576
#> GSM827745     2  0.4291     0.6470 0.000 0.820 0.180
#> GSM827746     2  0.6008     0.5048 0.000 0.628 0.372
#> GSM827747     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     2  0.2448     0.6757 0.000 0.924 0.076
#> GSM827749     2  0.1643     0.6965 0.000 0.956 0.044
#> GSM827750     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.5650     0.4982 0.000 0.688 0.312
#> GSM827752     3  0.6416     0.4375 0.032 0.260 0.708
#> GSM827753     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.4121     0.6548 0.000 0.832 0.168
#> GSM827755     2  0.6154     0.4828 0.000 0.592 0.408
#> GSM827756     2  0.5882     0.4437 0.000 0.652 0.348
#> GSM827757     2  0.4291     0.6470 0.000 0.820 0.180
#> GSM827758     2  0.8689     0.3750 0.200 0.596 0.204
#> GSM827759     3  0.6307    -0.1312 0.488 0.000 0.512
#> GSM827760     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.3116     0.6862 0.000 0.892 0.108
#> GSM827762     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0237     0.7132 0.000 0.996 0.004
#> GSM827764     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.5882     0.5481 0.000 0.652 0.348
#> GSM827766     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.3941     0.6581 0.000 0.844 0.156
#> GSM827768     3  0.5560     0.3959 0.000 0.300 0.700
#> GSM827769     2  0.1643     0.6965 0.000 0.956 0.044
#> GSM827770     2  0.5706     0.4870 0.000 0.680 0.320
#> GSM827771     2  0.6252     0.4476 0.000 0.556 0.444
#> GSM827772     2  0.5760     0.5418 0.000 0.672 0.328
#> GSM827773     2  0.2448     0.6757 0.000 0.924 0.076
#> GSM827774     3  0.5465     0.4063 0.000 0.288 0.712
#> GSM827775     2  0.6252    -0.0434 0.000 0.556 0.444
#> GSM827776     2  0.1289     0.7119 0.000 0.968 0.032
#> GSM827777     2  0.4654     0.5689 0.000 0.792 0.208
#> GSM827778     3  0.2796     0.5439 0.092 0.000 0.908
#> GSM827779     3  0.4978     0.4667 0.004 0.216 0.780
#> GSM827780     3  0.6192     0.0764 0.000 0.420 0.580
#> GSM827781     3  0.8489     0.3158 0.268 0.136 0.596
#> GSM827782     3  0.8594     0.1459 0.144 0.268 0.588
#> GSM827783     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.3267     0.7820 0.884 0.000 0.116
#> GSM827785     1  0.0000     0.9229 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     3  0.6897     0.1577 0.436 0.016 0.548
#> GSM827787     2  0.6045     0.5064 0.000 0.620 0.380
#> GSM827788     1  0.5465     0.5070 0.712 0.000 0.288
#> GSM827789     3  0.0000     0.5032 0.000 0.000 1.000
#> GSM827790     2  0.4291     0.6470 0.000 0.820 0.180
#> GSM827791     2  0.6252    -0.0434 0.000 0.556 0.444
#> GSM827792     3  0.1753     0.5298 0.048 0.000 0.952
#> GSM827793     3  0.6095    -0.2111 0.000 0.392 0.608
#> GSM827794     2  0.6252     0.4476 0.000 0.556 0.444
#> GSM827795     2  0.3941     0.6581 0.000 0.844 0.156
#> GSM827796     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     2  0.3482     0.6759 0.000 0.872 0.128
#> GSM827798     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.1753     0.7060 0.000 0.952 0.048
#> GSM827801     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.1964     0.7045 0.000 0.944 0.056
#> GSM827803     1  0.5968     0.4022 0.636 0.000 0.364
#> GSM827804     2  0.0000     0.7129 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1   0.228     0.8211 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM827666     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1   0.813     0.4559 0.560 0.076 0.232 0.132
#> GSM827668     1   0.955     0.1092 0.376 0.260 0.232 0.132
#> GSM827669     1   0.954     0.1192 0.380 0.256 0.232 0.132
#> GSM827670     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1   0.745     0.4981 0.600 0.036 0.232 0.132
#> GSM827676     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4   0.489     0.5129 0.036 0.224 0.000 0.740
#> GSM827697     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1   0.854     0.4122 0.528 0.108 0.232 0.132
#> GSM827699     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1   0.172     0.8410 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM827702     2   0.589     0.4060 0.000 0.660 0.072 0.268
#> GSM827703     2   0.667     0.4606 0.004 0.628 0.232 0.136
#> GSM827704     4   0.784    -0.0974 0.000 0.360 0.264 0.376
#> GSM827705     1   0.241     0.8140 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM827706     4   0.704     0.4995 0.220 0.088 0.048 0.644
#> GSM827707     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     3   0.741     0.5280 0.000 0.212 0.512 0.276
#> GSM827709     3   0.355     0.4455 0.000 0.024 0.848 0.128
#> GSM827710     2   0.645     0.4642 0.000 0.636 0.232 0.132
#> GSM827711     3   0.446     0.4142 0.000 0.044 0.792 0.164
#> GSM827712     2   0.645     0.4642 0.000 0.636 0.232 0.132
#> GSM827713     4   0.578     0.4031 0.000 0.272 0.064 0.664
#> GSM827714     2   0.602     0.3663 0.000 0.632 0.068 0.300
#> GSM827715     3   0.248     0.5173 0.000 0.008 0.904 0.088
#> GSM827716     2   0.649     0.4631 0.000 0.632 0.232 0.136
#> GSM827717     2   0.682     0.3060 0.000 0.604 0.200 0.196
#> GSM827718     2   0.776    -0.2179 0.000 0.408 0.352 0.240
#> GSM827719     2   0.166     0.5668 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM827720     4   0.470     0.2788 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM827721     3   0.509     0.7410 0.000 0.140 0.764 0.096
#> GSM827722     2   0.553     0.5046 0.084 0.776 0.096 0.044
#> GSM827723     3   0.263     0.5401 0.008 0.016 0.912 0.064
#> GSM827724     2   0.292     0.5441 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM827725     4   0.305     0.5901 0.000 0.136 0.004 0.860
#> GSM827726     1   0.883     0.3687 0.500 0.136 0.232 0.132
#> GSM827727     4   0.155     0.5956 0.000 0.040 0.008 0.952
#> GSM827728     4   0.529    -0.1469 0.000 0.008 0.480 0.512
#> GSM827729     3   0.523     0.7382 0.000 0.128 0.756 0.116
#> GSM827730     3   0.657     0.5546 0.000 0.100 0.580 0.320
#> GSM827731     2   0.362     0.5636 0.000 0.860 0.068 0.072
#> GSM827732     2   0.505     0.5168 0.000 0.768 0.100 0.132
#> GSM827733     2   0.121     0.5768 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM827734     3   0.506     0.7416 0.000 0.128 0.768 0.104
#> GSM827735     2   0.307     0.5337 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM827736     2   0.571     0.4744 0.000 0.712 0.108 0.180
#> GSM827737     3   0.445     0.6148 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM827738     4   0.343     0.6049 0.000 0.028 0.112 0.860
#> GSM827739     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4   0.742     0.3198 0.240 0.032 0.132 0.596
#> GSM827741     4   0.671     0.3668 0.156 0.032 0.132 0.680
#> GSM827742     4   0.798     0.1590 0.040 0.180 0.232 0.548
#> GSM827743     4   0.376     0.5223 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM827744     4   0.496     0.2539 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM827745     4   0.327     0.5676 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM827746     2   0.570     0.4268 0.000 0.676 0.064 0.260
#> GSM827747     3   0.522     0.7413 0.000 0.136 0.756 0.108
#> GSM827748     3   0.503     0.7387 0.000 0.156 0.764 0.080
#> GSM827749     3   0.423     0.6972 0.000 0.232 0.760 0.008
#> GSM827750     3   0.507     0.7409 0.000 0.148 0.764 0.088
#> GSM827751     2   0.362     0.5641 0.000 0.860 0.068 0.072
#> GSM827752     2   0.651     0.4611 0.000 0.628 0.240 0.132
#> GSM827753     3   0.506     0.7416 0.000 0.128 0.768 0.104
#> GSM827754     4   0.499     0.5136 0.000 0.044 0.216 0.740
#> GSM827755     4   0.640     0.2480 0.000 0.380 0.072 0.548
#> GSM827756     2   0.102     0.5774 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827757     4   0.331     0.5659 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM827758     4   0.372     0.6176 0.004 0.080 0.056 0.860
#> GSM827759     4   0.720     0.3376 0.204 0.032 0.136 0.628
#> GSM827760     1   0.121     0.8635 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM827761     4   0.529    -0.1338 0.000 0.008 0.476 0.516
#> GSM827762     3   0.679     0.5989 0.000 0.136 0.584 0.280
#> GSM827763     2   0.763    -0.0219 0.000 0.472 0.268 0.260
#> GSM827764     3   0.722     0.5451 0.000 0.176 0.532 0.292
#> GSM827765     2   0.562     0.4317 0.000 0.688 0.064 0.248
#> GSM827766     3   0.670     0.6562 0.000 0.168 0.616 0.216
#> GSM827767     2   0.574     0.4716 0.000 0.708 0.108 0.184
#> GSM827768     2   0.645     0.4686 0.000 0.636 0.232 0.132
#> GSM827769     3   0.514     0.3429 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM827770     2   0.287     0.5469 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM827771     4   0.507     0.3382 0.000 0.372 0.008 0.620
#> GSM827772     4   0.349     0.6124 0.000 0.044 0.092 0.864
#> GSM827773     3   0.505     0.7396 0.000 0.152 0.764 0.084
#> GSM827774     2   0.648     0.4843 0.000 0.632 0.236 0.132
#> GSM827775     3   0.273     0.5156 0.000 0.016 0.896 0.088
#> GSM827776     2   0.700     0.2219 0.000 0.576 0.244 0.180
#> GSM827777     3   0.458     0.5856 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM827778     2   0.682     0.4455 0.000 0.600 0.232 0.168
#> GSM827779     2   0.645     0.4642 0.000 0.636 0.232 0.132
#> GSM827780     4   0.646     0.2066 0.000 0.228 0.136 0.636
#> GSM827781     2   0.502     0.4283 0.064 0.756 0.000 0.180
#> GSM827782     2   0.233     0.5562 0.012 0.916 0.000 0.072
#> GSM827783     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1   0.500     0.0141 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM827785     1   0.000     0.8960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2   0.546    -0.1974 0.008 0.508 0.004 0.480
#> GSM827787     4   0.347     0.6189 0.000 0.064 0.068 0.868
#> GSM827788     4   0.560     0.4928 0.228 0.072 0.000 0.700
#> GSM827789     4   0.737     0.0815 0.000 0.244 0.232 0.524
#> GSM827790     4   0.407     0.5981 0.000 0.052 0.120 0.828
#> GSM827791     3   0.339     0.4614 0.000 0.020 0.856 0.124
#> GSM827792     2   0.682     0.4455 0.000 0.600 0.232 0.168
#> GSM827793     2   0.365     0.4455 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM827794     4   0.287     0.5900 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM827795     2   0.567     0.4633 0.000 0.708 0.092 0.200
#> GSM827796     3   0.664     0.6251 0.000 0.132 0.608 0.260
#> GSM827797     4   0.460     0.3252 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM827798     3   0.522     0.7413 0.000 0.136 0.756 0.108
#> GSM827799     3   0.506     0.7416 0.000 0.128 0.768 0.104
#> GSM827800     3   0.416     0.5547 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM827801     3   0.506     0.7416 0.000 0.128 0.768 0.104
#> GSM827802     3   0.766     0.3554 0.000 0.240 0.456 0.304
#> GSM827803     1   0.736     0.5020 0.604 0.032 0.232 0.132
#> GSM827804     3   0.708     0.5703 0.000 0.168 0.556 0.276

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.3831     0.7410 0.784 0.188 0.024 0.004 0.000
#> GSM827666     1  0.1329     0.8882 0.956 0.032 0.008 0.004 0.000
#> GSM827667     1  0.5768     0.3223 0.484 0.088 0.428 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.6621    -0.1339 0.224 0.348 0.428 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.6659    -0.1241 0.240 0.332 0.428 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0290     0.9070 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.4227     0.4611 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.2230     0.8155 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM827677     1  0.0486     0.9052 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.3196     0.6725 0.004 0.192 0.000 0.804 0.000
#> GSM827697     1  0.0932     0.8980 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> GSM827698     1  0.6034     0.2727 0.456 0.116 0.428 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.1356     0.8883 0.956 0.028 0.012 0.004 0.000
#> GSM827700     1  0.0162     0.9083 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827701     1  0.4040     0.5872 0.712 0.012 0.000 0.276 0.000
#> GSM827702     3  0.6736     0.1740 0.000 0.372 0.444 0.172 0.012
#> GSM827703     2  0.4644     0.1996 0.012 0.528 0.460 0.000 0.000
#> GSM827704     3  0.6920     0.3027 0.000 0.184 0.540 0.236 0.040
#> GSM827705     1  0.3795     0.7451 0.788 0.184 0.024 0.004 0.000
#> GSM827706     4  0.5939     0.5408 0.200 0.060 0.064 0.672 0.004
#> GSM827707     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     3  0.7272     0.3157 0.000 0.196 0.528 0.204 0.072
#> GSM827709     5  0.3039     0.7528 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM827710     3  0.4299    -0.2215 0.000 0.388 0.608 0.000 0.004
#> GSM827711     3  0.2833     0.0825 0.000 0.004 0.852 0.004 0.140
#> GSM827712     3  0.4415    -0.2271 0.000 0.444 0.552 0.000 0.004
#> GSM827713     3  0.7299     0.1940 0.000 0.260 0.372 0.344 0.024
#> GSM827714     3  0.6913     0.2268 0.000 0.288 0.504 0.180 0.028
#> GSM827715     5  0.1197     0.8801 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM827716     2  0.4283     0.2055 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM827717     3  0.5857     0.1763 0.000 0.352 0.568 0.052 0.028
#> GSM827718     2  0.7719    -0.1223 0.000 0.368 0.352 0.064 0.216
#> GSM827719     2  0.1544     0.4201 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM827720     4  0.3975     0.6671 0.000 0.000 0.144 0.792 0.064
#> GSM827721     5  0.0000     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.4443     0.3139 0.032 0.736 0.224 0.004 0.004
#> GSM827723     5  0.1357     0.8788 0.004 0.000 0.048 0.000 0.948
#> GSM827724     2  0.4425     0.3333 0.000 0.680 0.296 0.000 0.024
#> GSM827725     4  0.3667     0.6849 0.000 0.140 0.048 0.812 0.000
#> GSM827726     1  0.6220     0.2266 0.432 0.140 0.428 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.1638     0.7336 0.000 0.064 0.004 0.932 0.000
#> GSM827728     4  0.5584     0.3836 0.000 0.000 0.312 0.592 0.096
#> GSM827729     5  0.4665     0.6632 0.000 0.116 0.056 0.048 0.780
#> GSM827730     3  0.7595     0.1558 0.000 0.064 0.392 0.360 0.184
#> GSM827731     2  0.4610     0.2277 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM827732     2  0.4807     0.1107 0.000 0.532 0.448 0.000 0.020
#> GSM827733     2  0.3278     0.4109 0.000 0.824 0.156 0.000 0.020
#> GSM827734     5  0.0162     0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827735     2  0.4522     0.3619 0.000 0.708 0.248 0.000 0.044
#> GSM827736     3  0.5622     0.1594 0.000 0.368 0.568 0.044 0.020
#> GSM827737     5  0.1270     0.8788 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM827738     4  0.1978     0.7370 0.000 0.024 0.032 0.932 0.012
#> GSM827739     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.5227     0.5588 0.116 0.000 0.208 0.676 0.000
#> GSM827741     4  0.3873     0.6187 0.008 0.012 0.212 0.768 0.000
#> GSM827742     4  0.6235     0.2861 0.004 0.124 0.412 0.460 0.000
#> GSM827743     4  0.2230     0.7240 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM827744     4  0.4307     0.2512 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM827745     4  0.1893     0.7311 0.000 0.000 0.048 0.928 0.024
#> GSM827746     2  0.6004    -0.0565 0.000 0.496 0.420 0.064 0.020
#> GSM827747     3  0.6557     0.2412 0.000 0.096 0.476 0.032 0.396
#> GSM827748     5  0.0000     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     5  0.4936     0.5885 0.000 0.172 0.116 0.000 0.712
#> GSM827750     5  0.0162     0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827751     2  0.4620     0.2225 0.000 0.592 0.392 0.000 0.016
#> GSM827752     3  0.6507    -0.1856 0.000 0.376 0.432 0.000 0.192
#> GSM827753     5  0.0162     0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827754     4  0.3622     0.6588 0.000 0.008 0.172 0.804 0.016
#> GSM827755     2  0.7924    -0.0326 0.000 0.412 0.264 0.232 0.092
#> GSM827756     2  0.2833     0.4077 0.000 0.852 0.140 0.004 0.004
#> GSM827757     4  0.2740     0.7146 0.000 0.000 0.096 0.876 0.028
#> GSM827758     4  0.1216     0.7372 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> GSM827759     4  0.3819     0.6041 0.016 0.000 0.228 0.756 0.000
#> GSM827760     1  0.1851     0.8418 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM827761     4  0.5268     0.3891 0.000 0.000 0.320 0.612 0.068
#> GSM827762     3  0.7686     0.3221 0.000 0.112 0.488 0.220 0.180
#> GSM827763     3  0.6535     0.2726 0.000 0.248 0.572 0.152 0.028
#> GSM827764     3  0.7154     0.3236 0.000 0.136 0.544 0.236 0.084
#> GSM827765     3  0.6011     0.1195 0.000 0.380 0.524 0.084 0.012
#> GSM827766     3  0.7364     0.2799 0.000 0.204 0.524 0.084 0.188
#> GSM827767     3  0.5841     0.0973 0.000 0.404 0.524 0.048 0.024
#> GSM827768     3  0.4430    -0.2376 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> GSM827769     3  0.6804     0.0543 0.000 0.304 0.372 0.000 0.324
#> GSM827770     2  0.4382     0.3408 0.000 0.688 0.288 0.000 0.024
#> GSM827771     2  0.6810    -0.1450 0.000 0.424 0.380 0.184 0.012
#> GSM827772     4  0.2886     0.7043 0.000 0.004 0.116 0.864 0.016
#> GSM827773     5  0.0000     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     3  0.4542    -0.2705 0.000 0.456 0.536 0.000 0.008
#> GSM827775     5  0.2280     0.8468 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM827776     3  0.5732     0.1752 0.000 0.356 0.572 0.048 0.024
#> GSM827777     5  0.2930     0.7785 0.000 0.164 0.004 0.000 0.832
#> GSM827778     2  0.4235     0.2056 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.4449    -0.2429 0.000 0.484 0.512 0.000 0.004
#> GSM827780     3  0.4440    -0.3723 0.000 0.000 0.528 0.468 0.004
#> GSM827781     2  0.1571     0.3963 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> GSM827782     2  0.0566     0.4117 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM827783     1  0.1197     0.8762 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM827784     4  0.2561     0.6664 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.5036     0.3101 0.000 0.452 0.032 0.516 0.000
#> GSM827787     4  0.0566     0.7358 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM827788     4  0.3381     0.7047 0.016 0.160 0.004 0.820 0.000
#> GSM827789     3  0.6742    -0.1718 0.000 0.288 0.412 0.300 0.000
#> GSM827790     4  0.3399     0.6653 0.000 0.004 0.172 0.812 0.012
#> GSM827791     5  0.3305     0.7169 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM827792     2  0.4227     0.2073 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.2471     0.3627 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM827794     4  0.1544     0.7333 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM827795     3  0.5770     0.1790 0.000 0.356 0.568 0.056 0.020
#> GSM827796     3  0.7777     0.3189 0.000 0.116 0.476 0.208 0.200
#> GSM827797     4  0.3355     0.6900 0.000 0.000 0.132 0.832 0.036
#> GSM827798     3  0.6521     0.2399 0.000 0.092 0.476 0.032 0.400
#> GSM827799     5  0.0162     0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827800     5  0.0703     0.8893 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM827801     5  0.0162     0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827802     3  0.7626     0.1931 0.000 0.280 0.428 0.232 0.060
#> GSM827803     1  0.4171     0.4916 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM827804     3  0.7395     0.3221 0.000 0.180 0.528 0.196 0.096

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.5979    0.09059 0.432 0.000 0.388 0.000 0.008 0.172
#> GSM827666     1  0.4601    0.66083 0.716 0.000 0.140 0.000 0.008 0.136
#> GSM827667     3  0.3101    0.54036 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.1204    0.63435 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.1663    0.62634 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1471    0.84975 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     3  0.3867    0.09044 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.4562    0.70266 0.748 0.000 0.020 0.084 0.008 0.140
#> GSM827677     1  0.2302    0.81347 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.120
#> GSM827678     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0146    0.89019 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     6  0.4822   -0.09405 0.000 0.044 0.004 0.444 0.000 0.508
#> GSM827697     1  0.4655    0.65517 0.708 0.000 0.120 0.000 0.008 0.164
#> GSM827698     3  0.2996    0.55432 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.4833    0.62374 0.688 0.000 0.172 0.000 0.008 0.132
#> GSM827700     1  0.2619    0.82400 0.880 0.000 0.000 0.040 0.008 0.072
#> GSM827701     1  0.6162    0.43697 0.548 0.000 0.020 0.208 0.008 0.216
#> GSM827702     2  0.6260    0.31819 0.000 0.568 0.180 0.040 0.008 0.204
#> GSM827703     3  0.0717    0.63097 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM827704     2  0.4185    0.46756 0.000 0.644 0.000 0.332 0.004 0.020
#> GSM827705     1  0.5939    0.09584 0.436 0.000 0.392 0.000 0.008 0.164
#> GSM827706     4  0.7980    0.09872 0.128 0.080 0.076 0.396 0.008 0.312
#> GSM827707     1  0.0260    0.88783 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.3487    0.59770 0.000 0.776 0.000 0.200 0.012 0.012
#> GSM827709     5  0.2342    0.82535 0.000 0.000 0.088 0.004 0.888 0.020
#> GSM827710     3  0.4724    0.36781 0.000 0.348 0.592 0.000 0.000 0.060
#> GSM827711     2  0.6450   -0.00250 0.000 0.448 0.404 0.060 0.068 0.020
#> GSM827712     3  0.4148    0.52111 0.000 0.208 0.724 0.000 0.000 0.068
#> GSM827713     2  0.4777    0.47269 0.000 0.676 0.004 0.108 0.000 0.212
#> GSM827714     2  0.2736    0.64257 0.000 0.876 0.020 0.076 0.000 0.028
#> GSM827715     5  0.0508    0.89595 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM827716     3  0.2448    0.62283 0.000 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> GSM827717     2  0.2231    0.64433 0.000 0.900 0.000 0.068 0.004 0.028
#> GSM827718     2  0.7409   -0.11817 0.000 0.360 0.000 0.184 0.152 0.304
#> GSM827719     6  0.5731    0.31096 0.000 0.288 0.204 0.000 0.000 0.508
#> GSM827720     4  0.2766    0.57008 0.000 0.092 0.000 0.868 0.012 0.028
#> GSM827721     5  0.0260    0.90102 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM827722     3  0.4998    0.26634 0.012 0.068 0.644 0.000 0.004 0.272
#> GSM827723     5  0.0363    0.89685 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM827724     2  0.5324    0.36411 0.000 0.628 0.096 0.000 0.024 0.252
#> GSM827725     4  0.5900    0.06568 0.000 0.156 0.008 0.432 0.000 0.404
#> GSM827726     3  0.3213    0.58276 0.160 0.000 0.808 0.000 0.000 0.032
#> GSM827727     4  0.3862    0.25668 0.000 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388
#> GSM827728     4  0.3622    0.53061 0.000 0.164 0.000 0.792 0.020 0.024
#> GSM827729     5  0.5462    0.32457 0.000 0.300 0.000 0.104 0.580 0.016
#> GSM827730     4  0.4985   -0.16473 0.000 0.472 0.000 0.472 0.048 0.008
#> GSM827731     2  0.3979    0.49681 0.000 0.752 0.076 0.000 0.000 0.172
#> GSM827732     2  0.2842    0.57562 0.000 0.852 0.044 0.000 0.000 0.104
#> GSM827733     2  0.5725    0.19677 0.000 0.532 0.184 0.000 0.004 0.280
#> GSM827734     5  0.0891    0.89310 0.000 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> GSM827735     2  0.5556    0.31588 0.000 0.592 0.108 0.000 0.024 0.276
#> GSM827736     2  0.0820    0.64422 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM827737     5  0.0622    0.89524 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM827738     4  0.4117    0.52535 0.000 0.084 0.000 0.752 0.004 0.160
#> GSM827739     1  0.0000    0.89194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.6878    0.29156 0.152 0.000 0.128 0.496 0.000 0.224
#> GSM827741     4  0.6079    0.35132 0.052 0.000 0.140 0.572 0.000 0.236
#> GSM827742     3  0.5226    0.14917 0.000 0.000 0.464 0.092 0.000 0.444
#> GSM827743     6  0.4991   -0.14600 0.000 0.068 0.000 0.456 0.000 0.476
#> GSM827744     6  0.5402    0.41213 0.000 0.076 0.064 0.200 0.000 0.660
#> GSM827745     4  0.2618    0.55481 0.000 0.024 0.000 0.860 0.000 0.116
#> GSM827746     2  0.3053    0.55685 0.000 0.828 0.004 0.024 0.000 0.144
#> GSM827747     2  0.4388    0.58310 0.000 0.732 0.000 0.092 0.168 0.008
#> GSM827748     5  0.0260    0.90102 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM827749     5  0.5881    0.51225 0.000 0.172 0.000 0.072 0.624 0.132
#> GSM827750     5  0.0405    0.90099 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM827751     2  0.4278    0.45384 0.000 0.712 0.076 0.000 0.000 0.212
#> GSM827752     3  0.4313    0.51022 0.000 0.008 0.720 0.000 0.212 0.060
#> GSM827753     5  0.0520    0.89993 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM827754     4  0.3460    0.53442 0.000 0.164 0.000 0.796 0.004 0.036
#> GSM827755     6  0.6798    0.33288 0.000 0.216 0.000 0.212 0.084 0.488
#> GSM827756     6  0.6375    0.06108 0.000 0.332 0.244 0.000 0.016 0.408
#> GSM827757     4  0.2794    0.57126 0.000 0.060 0.000 0.860 0.000 0.080
#> GSM827758     4  0.5345    0.46932 0.000 0.132 0.020 0.640 0.000 0.208
#> GSM827759     4  0.5938    0.35627 0.036 0.000 0.160 0.580 0.000 0.224
#> GSM827760     1  0.2937    0.79871 0.864 0.000 0.020 0.036 0.000 0.080
#> GSM827761     4  0.3161    0.50593 0.000 0.216 0.000 0.776 0.008 0.000
#> GSM827762     2  0.4506    0.49306 0.000 0.652 0.000 0.300 0.040 0.008
#> GSM827763     2  0.1500    0.64621 0.000 0.936 0.000 0.052 0.000 0.012
#> GSM827764     2  0.3748    0.57810 0.000 0.748 0.000 0.224 0.016 0.012
#> GSM827765     2  0.3275    0.61492 0.000 0.816 0.004 0.144 0.000 0.036
#> GSM827766     2  0.4726    0.59472 0.000 0.708 0.000 0.196 0.068 0.028
#> GSM827767     2  0.1426    0.63363 0.000 0.948 0.016 0.008 0.000 0.028
#> GSM827768     3  0.5588    0.40030 0.000 0.252 0.596 0.000 0.020 0.132
#> GSM827769     2  0.3634    0.58233 0.000 0.808 0.012 0.000 0.116 0.064
#> GSM827770     2  0.5445    0.34297 0.000 0.612 0.104 0.000 0.024 0.260
#> GSM827771     6  0.6117    0.12150 0.000 0.372 0.004 0.232 0.000 0.392
#> GSM827772     4  0.3514    0.56479 0.000 0.108 0.000 0.804 0.000 0.088
#> GSM827773     5  0.0260    0.90102 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM827774     2  0.5605   -0.08660 0.000 0.452 0.420 0.000 0.004 0.124
#> GSM827775     5  0.1806    0.86910 0.000 0.044 0.020 0.008 0.928 0.000
#> GSM827776     2  0.0909    0.64510 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM827777     5  0.3468    0.74049 0.000 0.068 0.000 0.000 0.804 0.128
#> GSM827778     3  0.2320    0.60148 0.000 0.004 0.864 0.000 0.000 0.132
#> GSM827779     3  0.2462    0.61898 0.000 0.096 0.876 0.000 0.000 0.028
#> GSM827780     4  0.6567    0.34393 0.000 0.216 0.152 0.536 0.000 0.096
#> GSM827781     6  0.4927    0.42592 0.000 0.040 0.184 0.064 0.004 0.708
#> GSM827782     6  0.4948    0.35371 0.000 0.080 0.260 0.012 0.000 0.648
#> GSM827783     1  0.2404    0.82458 0.896 0.000 0.020 0.020 0.000 0.064
#> GSM827784     4  0.5448    0.38108 0.144 0.000 0.020 0.628 0.000 0.208
#> GSM827785     1  0.2089    0.83996 0.916 0.000 0.020 0.020 0.000 0.044
#> GSM827786     6  0.6371    0.26783 0.000 0.044 0.160 0.264 0.004 0.528
#> GSM827787     4  0.3460    0.47936 0.000 0.020 0.000 0.760 0.000 0.220
#> GSM827788     6  0.5399   -0.00332 0.000 0.032 0.036 0.380 0.008 0.544
#> GSM827789     3  0.5140    0.17127 0.000 0.000 0.520 0.088 0.000 0.392
#> GSM827790     4  0.2973    0.55261 0.000 0.136 0.000 0.836 0.004 0.024
#> GSM827791     5  0.3263    0.71649 0.000 0.000 0.176 0.004 0.800 0.020
#> GSM827792     3  0.2805    0.56475 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000 0.184
#> GSM827793     6  0.5766    0.49300 0.000 0.108 0.156 0.092 0.000 0.644
#> GSM827794     4  0.4513    0.13726 0.000 0.032 0.000 0.528 0.000 0.440
#> GSM827795     2  0.1155    0.64798 0.000 0.956 0.004 0.036 0.000 0.004
#> GSM827796     2  0.4527    0.52913 0.000 0.680 0.000 0.256 0.056 0.008
#> GSM827797     4  0.1728    0.57460 0.000 0.064 0.000 0.924 0.004 0.008
#> GSM827798     2  0.4559    0.56850 0.000 0.712 0.000 0.096 0.184 0.008
#> GSM827799     5  0.0405    0.90099 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM827800     5  0.1007    0.87815 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM827801     5  0.0405    0.90099 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM827802     2  0.6219    0.07963 0.000 0.412 0.000 0.404 0.024 0.160
#> GSM827803     1  0.5063    0.07025 0.524 0.000 0.416 0.016 0.000 0.044
#> GSM827804     2  0.3959    0.55934 0.000 0.724 0.000 0.244 0.020 0.012

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> SD:skmeans 131         1.47e-14 2
#> SD:skmeans  92         5.63e-13 3
#> SD:skmeans  87         1.06e-12 4
#> SD:skmeans  76         1.57e-10 5
#> SD:skmeans  91         4.42e-09 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

SD:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.926           0.951       0.979         0.4566 0.542   0.542
#> 3 3 0.578           0.618       0.818         0.3959 0.760   0.567
#> 4 4 0.682           0.631       0.840         0.1697 0.832   0.549
#> 5 5 0.755           0.658       0.837         0.0592 0.896   0.630
#> 6 6 0.764           0.709       0.859         0.0288 0.961   0.822

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827697     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827701     2  0.5408      0.857 0.124 0.876
#> GSM827702     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827703     1  0.9954      0.166 0.540 0.460
#> GSM827704     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.4939      0.875 0.108 0.892
#> GSM827707     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.7602      0.727 0.780 0.220
#> GSM827710     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827711     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827712     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827713     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827717     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.5408      0.848 0.876 0.124
#> GSM827723     1  0.8443      0.644 0.728 0.272
#> GSM827724     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827726     1  0.9815      0.281 0.580 0.420
#> GSM827727     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827728     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.3274      0.912 0.940 0.060
#> GSM827741     2  0.4431      0.894 0.092 0.908
#> GSM827742     2  0.5737      0.839 0.136 0.864
#> GSM827743     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.8207      0.652 0.256 0.744
#> GSM827753     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.0376      0.982 0.004 0.996
#> GSM827759     2  0.9044      0.529 0.320 0.680
#> GSM827760     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827769     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827778     2  0.0672      0.979 0.008 0.992
#> GSM827779     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827780     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827783     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.5629      0.838 0.868 0.132
#> GSM827785     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827786     2  0.3274      0.930 0.060 0.940
#> GSM827787     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.5294      0.862 0.120 0.880
#> GSM827789     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827790     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827792     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827793     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.964 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.986 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.5706      0.701 0.680 0.000 0.320
#> GSM827668     1  0.5760      0.694 0.672 0.000 0.328
#> GSM827669     1  0.5760      0.694 0.672 0.000 0.328
#> GSM827670     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.5760      0.694 0.672 0.000 0.328
#> GSM827676     1  0.4178      0.780 0.828 0.000 0.172
#> GSM827677     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827697     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.5760      0.694 0.672 0.000 0.328
#> GSM827699     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     3  0.7418      0.469 0.248 0.080 0.672
#> GSM827702     3  0.5968      0.628 0.000 0.364 0.636
#> GSM827703     3  0.4351      0.389 0.168 0.004 0.828
#> GSM827704     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827705     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827706     3  0.8573      0.523 0.116 0.328 0.556
#> GSM827707     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     3  0.6235      0.487 0.000 0.436 0.564
#> GSM827709     2  0.5760      0.338 0.000 0.672 0.328
#> GSM827710     3  0.0747      0.528 0.000 0.016 0.984
#> GSM827711     3  0.3340      0.458 0.000 0.120 0.880
#> GSM827712     3  0.4178      0.396 0.000 0.172 0.828
#> GSM827713     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827714     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827715     2  0.4555      0.469 0.000 0.800 0.200
#> GSM827716     3  0.0747      0.528 0.000 0.016 0.984
#> GSM827717     2  0.6008      0.154 0.000 0.628 0.372
#> GSM827718     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827719     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827720     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827721     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     1  0.2356      0.867 0.928 0.000 0.072
#> GSM827723     2  0.0424      0.657 0.008 0.992 0.000
#> GSM827724     2  0.6295     -0.253 0.000 0.528 0.472
#> GSM827725     3  0.5882      0.637 0.000 0.348 0.652
#> GSM827726     1  0.6204      0.571 0.576 0.000 0.424
#> GSM827727     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827728     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827729     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.4555      0.583 0.000 0.800 0.200
#> GSM827731     2  0.6309     -0.341 0.000 0.500 0.500
#> GSM827732     3  0.6309      0.312 0.000 0.500 0.500
#> GSM827733     3  0.6126      0.510 0.000 0.400 0.600
#> GSM827734     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.6309     -0.329 0.000 0.504 0.496
#> GSM827736     3  0.6026      0.604 0.000 0.376 0.624
#> GSM827737     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827738     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827739     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.6309      0.473 0.504 0.000 0.496
#> GSM827741     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827742     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827743     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827744     3  0.4750      0.625 0.000 0.216 0.784
#> GSM827745     3  0.6215      0.470 0.000 0.428 0.572
#> GSM827746     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827747     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.6309     -0.341 0.000 0.500 0.500
#> GSM827752     2  0.6819      0.317 0.028 0.644 0.328
#> GSM827753     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.5363      0.492 0.000 0.724 0.276
#> GSM827755     3  0.5988      0.608 0.000 0.368 0.632
#> GSM827756     3  0.6307      0.353 0.000 0.488 0.512
#> GSM827757     2  0.5327      0.499 0.000 0.728 0.272
#> GSM827758     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827759     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827760     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827762     2  0.4555      0.583 0.000 0.800 0.200
#> GSM827763     2  0.6295     -0.253 0.000 0.528 0.472
#> GSM827764     3  0.6192      0.532 0.000 0.420 0.580
#> GSM827765     3  0.6280      0.418 0.000 0.460 0.540
#> GSM827766     2  0.4555      0.583 0.000 0.800 0.200
#> GSM827767     2  0.6309     -0.341 0.000 0.500 0.500
#> GSM827768     3  0.6295     -0.248 0.000 0.472 0.528
#> GSM827769     2  0.1411      0.656 0.000 0.964 0.036
#> GSM827770     2  0.4555      0.583 0.000 0.800 0.200
#> GSM827771     3  0.5785      0.654 0.000 0.332 0.668
#> GSM827772     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827773     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     3  0.3340      0.458 0.000 0.120 0.880
#> GSM827775     2  0.5760      0.338 0.000 0.672 0.328
#> GSM827776     3  0.6008      0.614 0.000 0.372 0.628
#> GSM827777     2  0.5529      0.204 0.000 0.704 0.296
#> GSM827778     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827779     3  0.1643      0.516 0.000 0.044 0.956
#> GSM827780     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827781     3  0.6154      0.535 0.000 0.408 0.592
#> GSM827782     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827783     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.5036      0.758 0.808 0.020 0.172
#> GSM827785     1  0.0000      0.935 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     3  0.7720      0.507 0.208 0.120 0.672
#> GSM827787     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827788     3  0.6794      0.641 0.028 0.324 0.648
#> GSM827789     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827790     2  0.6008      0.263 0.000 0.628 0.372
#> GSM827791     2  0.2625      0.604 0.000 0.916 0.084
#> GSM827792     3  0.0000      0.533 0.000 0.000 1.000
#> GSM827793     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827794     3  0.5760      0.658 0.000 0.328 0.672
#> GSM827795     3  0.5859      0.648 0.000 0.344 0.656
#> GSM827796     2  0.5560      0.191 0.000 0.700 0.300
#> GSM827797     2  0.5678      0.411 0.000 0.684 0.316
#> GSM827798     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.0747      0.656 0.000 0.984 0.016
#> GSM827801     2  0.0000      0.662 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.4750      0.576 0.000 0.784 0.216
#> GSM827803     1  0.4555      0.802 0.800 0.000 0.200
#> GSM827804     2  0.4974      0.533 0.000 0.764 0.236

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.4761     0.5473 0.628 0.372 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.4907     0.4808 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM827669     1  0.4907     0.4808 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.4888     0.4925 0.588 0.412 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.0336     0.8115 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM827677     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827697     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.4855     0.5089 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0336     0.9179 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827702     2  0.6873     0.4763 0.000 0.580 0.148 0.272
#> GSM827703     2  0.2921     0.4439 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM827704     3  0.3610     0.6712 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827705     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.4034     0.6155 0.004 0.180 0.012 0.804
#> GSM827707     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.7007     0.4404 0.000 0.580 0.212 0.208
#> GSM827709     3  0.4855     0.2341 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM827710     2  0.0000     0.5335 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.0469     0.5268 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827712     2  0.0000     0.5335 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.3975     0.5489 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM827714     4  0.3123     0.6754 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM827715     3  0.3610     0.5388 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827716     2  0.0000     0.5335 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.4948     0.1469 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM827718     3  0.3610     0.6712 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827719     2  0.4888     0.3278 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM827720     3  0.3356     0.6245 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM827721     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     1  0.4898     0.2266 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM827723     3  0.0336     0.7395 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM827724     2  0.5126     0.1368 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM827725     4  0.3610     0.6570 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM827726     2  0.5367     0.1702 0.304 0.664 0.000 0.032
#> GSM827727     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827728     3  0.3610     0.6712 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827729     3  0.2281     0.7290 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM827730     3  0.3610     0.6712 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827731     2  0.5070     0.2012 0.000 0.580 0.416 0.004
#> GSM827732     3  0.5126     0.1463 0.000 0.444 0.552 0.004
#> GSM827733     2  0.5740     0.5215 0.000 0.700 0.092 0.208
#> GSM827734     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.5050     0.2143 0.000 0.588 0.408 0.004
#> GSM827736     2  0.6855     0.4777 0.000 0.580 0.144 0.276
#> GSM827737     3  0.4431     0.4289 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM827738     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0188     0.8140 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827741     4  0.0188     0.8140 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827742     4  0.4907     0.3932 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM827743     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827745     4  0.0188     0.8143 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827746     4  0.4972    -0.0183 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM827747     3  0.4040     0.6127 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM827748     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     3  0.1389     0.7436 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM827750     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.5070     0.2012 0.000 0.580 0.416 0.004
#> GSM827752     2  0.4741     0.2157 0.004 0.668 0.328 0.000
#> GSM827753     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     4  0.4992     0.0955 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM827755     4  0.3649     0.6524 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM827756     2  0.6123     0.3232 0.000 0.600 0.336 0.064
#> GSM827757     4  0.4661     0.4674 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM827758     4  0.0188     0.8133 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827759     4  0.3569     0.6684 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM827760     1  0.3610     0.7039 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM827761     3  0.4610     0.6667 0.000 0.100 0.800 0.100
#> GSM827762     3  0.3610     0.6712 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827763     2  0.5070     0.2012 0.000 0.580 0.416 0.004
#> GSM827764     2  0.6340     0.4503 0.000 0.580 0.076 0.344
#> GSM827765     2  0.6607     0.0767 0.000 0.476 0.444 0.080
#> GSM827766     3  0.2469     0.7266 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM827767     2  0.5070     0.2012 0.000 0.580 0.416 0.004
#> GSM827768     2  0.0000     0.5335 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827769     3  0.4948     0.1678 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM827770     3  0.4948     0.1678 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM827771     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827772     4  0.2011     0.7687 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM827773     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     2  0.0188     0.5343 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827775     3  0.4855     0.2341 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM827776     2  0.5984     0.4089 0.000 0.580 0.048 0.372
#> GSM827777     3  0.3208     0.6639 0.000 0.148 0.848 0.004
#> GSM827778     2  0.4981    -0.2234 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM827779     2  0.0000     0.5335 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.4989     0.2990 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM827781     4  0.4137     0.6416 0.000 0.012 0.208 0.780
#> GSM827782     4  0.4661     0.2784 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM827783     1  0.1637     0.8706 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM827784     4  0.0188     0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827785     1  0.0000     0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827787     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827788     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827789     4  0.4855     0.4206 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM827790     4  0.0188     0.8143 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827791     3  0.3219     0.6989 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM827792     2  0.4981    -0.2229 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM827793     4  0.0188     0.8143 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827794     4  0.0000     0.8151 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.4941     0.2867 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM827796     3  0.3249     0.6672 0.000 0.140 0.852 0.008
#> GSM827797     4  0.4522     0.5269 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM827798     3  0.2921     0.6724 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM827799     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827801     3  0.0000     0.7435 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     3  0.4605     0.4475 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM827803     1  0.3610     0.7492 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM827804     3  0.4564     0.5144 0.000 0.328 0.672 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.0807    0.93728 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0807    0.93728 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4262    0.34021 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.4675    0.45278 0.380 0.020 0.600 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.4321    0.43168 0.396 0.004 0.600 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4182    0.42507 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.0162    0.85629 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM827677     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827697     1  0.0807    0.93728 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4219    0.39602 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.1012    0.92951 0.968 0.020 0.012 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0807    0.93728 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.0807    0.84797 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM827702     2  0.0404    0.71061 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.4182    0.37356 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827704     5  0.0510    0.74517 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM827705     1  0.2074    0.84061 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.3430    0.72061 0.012 0.152 0.012 0.824 0.000
#> GSM827707     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.1012    0.71692 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> GSM827709     3  0.3895    0.07125 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM827710     2  0.4171    0.06180 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.4464    0.05755 0.000 0.584 0.408 0.000 0.008
#> GSM827712     3  0.4182    0.37356 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.3983    0.40032 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM827714     2  0.5708    0.40753 0.000 0.588 0.000 0.300 0.112
#> GSM827715     3  0.4210   -0.35956 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM827716     3  0.4182    0.37356 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827717     5  0.4291    0.08327 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM827718     5  0.2813    0.70420 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM827719     2  0.0404    0.71061 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM827720     5  0.0404    0.74575 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM827721     5  0.4150    0.64670 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827722     1  0.6536   -0.20878 0.412 0.392 0.196 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.4415    0.64044 0.008 0.000 0.388 0.000 0.604
#> GSM827724     2  0.3932    0.34132 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM827725     4  0.2536    0.77659 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM827726     3  0.6107    0.48621 0.144 0.228 0.612 0.016 0.000
#> GSM827727     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827728     5  0.0404    0.74593 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827729     5  0.3506    0.73914 0.000 0.104 0.064 0.000 0.832
#> GSM827730     5  0.0451    0.74628 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM827731     2  0.0404    0.71707 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827732     2  0.4297   -0.15115 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM827733     2  0.0451    0.71538 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM827734     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827735     2  0.2966    0.68599 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM827736     2  0.2929    0.68726 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM827737     2  0.5844    0.40049 0.000 0.608 0.184 0.000 0.208
#> GSM827738     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827739     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827741     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827742     4  0.4210    0.30876 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM827743     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827746     2  0.3090    0.68048 0.000 0.860 0.000 0.088 0.052
#> GSM827747     2  0.4821    0.20592 0.000 0.516 0.020 0.000 0.464
#> GSM827748     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827749     5  0.0807    0.75021 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM827750     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827751     2  0.0404    0.71707 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827752     3  0.3596    0.42496 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> GSM827753     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827754     4  0.4300    0.07127 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM827755     4  0.2377    0.77817 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM827756     2  0.1549    0.71721 0.000 0.944 0.016 0.000 0.040
#> GSM827757     4  0.3480    0.62290 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM827758     4  0.1608    0.82043 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM827759     4  0.2329    0.76847 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM827760     1  0.3109    0.67237 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM827761     5  0.1408    0.73082 0.000 0.008 0.000 0.044 0.948
#> GSM827762     5  0.0404    0.74593 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827763     2  0.2006    0.71522 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> GSM827764     2  0.3123    0.68531 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM827765     5  0.5742    0.00974 0.000 0.404 0.000 0.088 0.508
#> GSM827766     5  0.1121    0.74559 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM827767     2  0.0609    0.71830 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM827768     2  0.4574    0.03117 0.000 0.576 0.412 0.000 0.012
#> GSM827769     5  0.3424    0.54527 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM827770     5  0.4138    0.42101 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM827771     4  0.0865    0.84717 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM827772     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827773     5  0.4150    0.64670 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827774     2  0.0290    0.71053 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.3210    0.17776 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM827776     2  0.0963    0.71957 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM827777     2  0.5921    0.37784 0.000 0.596 0.184 0.000 0.220
#> GSM827778     3  0.5491    0.32178 0.000 0.088 0.600 0.312 0.000
#> GSM827779     3  0.4150    0.37679 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.6885    0.09440 0.000 0.016 0.368 0.432 0.184
#> GSM827781     4  0.3798    0.71904 0.000 0.024 0.012 0.804 0.160
#> GSM827782     4  0.4659    0.07465 0.000 0.492 0.012 0.496 0.000
#> GSM827783     1  0.1410    0.88699 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM827784     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000    0.95483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827787     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827788     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827789     4  0.4726    0.29862 0.000 0.020 0.400 0.580 0.000
#> GSM827790     4  0.0703    0.84796 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM827791     5  0.4364    0.69946 0.000 0.048 0.216 0.000 0.736
#> GSM827792     3  0.5491    0.31866 0.000 0.088 0.600 0.312 0.000
#> GSM827793     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0000    0.85836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827795     2  0.2966    0.68546 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM827796     2  0.4717    0.41053 0.000 0.584 0.020 0.000 0.396
#> GSM827797     4  0.4173    0.58457 0.000 0.000 0.012 0.688 0.300
#> GSM827798     5  0.4430   -0.18779 0.000 0.456 0.004 0.000 0.540
#> GSM827799     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827800     5  0.2966    0.74132 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM827801     5  0.4150    0.64670 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827802     5  0.3561    0.59722 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM827803     1  0.3143    0.64566 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM827804     5  0.3366    0.48637 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.4252     0.5962 0.676 0.028 0.288 0.000 0.008 0.000
#> GSM827666     1  0.3460     0.7503 0.796 0.028 0.168 0.000 0.008 0.000
#> GSM827667     3  0.3288     0.6238 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.2730     0.6765 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.2883     0.6672 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.3126     0.6462 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.0146     0.8449 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0260     0.9294 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     1  0.3529     0.7423 0.788 0.028 0.176 0.000 0.008 0.000
#> GSM827698     3  0.3789     0.4300 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.3568     0.7420 0.788 0.032 0.172 0.000 0.008 0.000
#> GSM827700     1  0.3460     0.7503 0.796 0.028 0.168 0.000 0.008 0.000
#> GSM827701     4  0.3460     0.7131 0.000 0.028 0.168 0.796 0.008 0.000
#> GSM827702     2  0.2882     0.6938 0.000 0.812 0.180 0.000 0.008 0.000
#> GSM827703     3  0.2219     0.6937 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     6  0.1141     0.7591 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM827705     1  0.3512     0.5520 0.720 0.000 0.272 0.000 0.008 0.000
#> GSM827706     4  0.3534     0.7102 0.000 0.032 0.168 0.792 0.008 0.000
#> GSM827707     1  0.0146     0.9317 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827708     2  0.2527     0.6973 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM827709     5  0.2669     0.7571 0.000 0.000 0.008 0.000 0.836 0.156
#> GSM827710     2  0.3804     0.0812 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3833    -0.1037 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.2597     0.6876 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.3175     0.5879 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.4311     0.6291 0.000 0.716 0.000 0.196 0.000 0.088
#> GSM827715     5  0.0260     0.8029 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM827716     3  0.2562     0.6885 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.4169    -0.0251 0.000 0.532 0.012 0.000 0.000 0.456
#> GSM827718     6  0.2595     0.7228 0.000 0.160 0.000 0.004 0.000 0.836
#> GSM827719     2  0.2912     0.7048 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM827720     6  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827721     5  0.2793     0.7650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM827722     3  0.5849     0.2287 0.404 0.164 0.428 0.000 0.004 0.000
#> GSM827723     5  0.3789     0.5198 0.008 0.000 0.000 0.000 0.660 0.332
#> GSM827724     2  0.4094     0.3569 0.000 0.652 0.024 0.000 0.000 0.324
#> GSM827725     4  0.2278     0.7666 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> GSM827726     3  0.0713     0.6310 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827728     6  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827729     6  0.2191     0.7420 0.000 0.004 0.000 0.000 0.120 0.876
#> GSM827730     6  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0937     0.7431 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM827732     6  0.4238     0.3813 0.000 0.444 0.016 0.000 0.000 0.540
#> GSM827733     2  0.0865     0.7454 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM827734     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827735     2  0.2872     0.7453 0.000 0.836 0.024 0.000 0.000 0.140
#> GSM827736     2  0.2300     0.7421 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM827737     2  0.4792     0.5576 0.000 0.672 0.000 0.000 0.148 0.180
#> GSM827738     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.0146     0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827741     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827742     4  0.3765     0.3525 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM827743     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827745     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827746     2  0.2421     0.7535 0.000 0.900 0.032 0.040 0.000 0.028
#> GSM827747     2  0.3290     0.5901 0.000 0.744 0.000 0.000 0.004 0.252
#> GSM827748     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827749     6  0.0363     0.7721 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM827750     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827751     2  0.1007     0.7420 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM827752     3  0.3475     0.6095 0.000 0.060 0.800 0.000 0.140 0.000
#> GSM827753     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827754     4  0.3862     0.0697 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM827755     4  0.2135     0.7681 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.2706     0.6563 0.000 0.832 0.160 0.000 0.008 0.000
#> GSM827757     4  0.3126     0.6063 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM827758     4  0.1444     0.8100 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM827759     4  0.2092     0.7741 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM827760     1  0.2823     0.7000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM827761     6  0.1007     0.7477 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM827762     6  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.2980     0.6968 0.000 0.808 0.180 0.000 0.000 0.012
#> GSM827764     2  0.2340     0.7403 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM827765     6  0.5492    -0.0471 0.000 0.424 0.012 0.088 0.000 0.476
#> GSM827766     6  0.2178     0.7415 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM827767     2  0.0458     0.7479 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM827768     2  0.3862    -0.0548 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> GSM827769     6  0.2692     0.6872 0.000 0.148 0.012 0.000 0.000 0.840
#> GSM827770     6  0.3586     0.6243 0.000 0.268 0.012 0.000 0.000 0.720
#> GSM827771     4  0.1910     0.7980 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM827772     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827773     5  0.0260     0.8078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827774     2  0.0547     0.7476 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     5  0.0260     0.8029 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM827776     2  0.1075     0.7548 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM827777     2  0.4427     0.6062 0.000 0.716 0.000 0.000 0.148 0.136
#> GSM827778     3  0.2778     0.6901 0.000 0.168 0.824 0.008 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.0260     0.6452 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.6531     0.1087 0.000 0.056 0.364 0.436 0.000 0.144
#> GSM827781     4  0.3732     0.7120 0.000 0.024 0.168 0.788 0.008 0.012
#> GSM827782     4  0.6221     0.2118 0.000 0.256 0.312 0.424 0.008 0.000
#> GSM827783     1  0.1411     0.8776 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM827784     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0146     0.9317 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827786     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827787     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827788     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827789     4  0.3797     0.3321 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> GSM827790     4  0.0547     0.8387 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827791     6  0.4237     0.6794 0.000 0.100 0.072 0.000 0.048 0.780
#> GSM827792     3  0.2877     0.6894 0.000 0.168 0.820 0.012 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.0146     0.8456 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.2593     0.7400 0.000 0.844 0.000 0.008 0.000 0.148
#> GSM827796     2  0.3738     0.6525 0.000 0.704 0.000 0.000 0.016 0.280
#> GSM827797     4  0.4212     0.5775 0.000 0.000 0.048 0.688 0.000 0.264
#> GSM827798     2  0.3993     0.4840 0.000 0.592 0.000 0.000 0.008 0.400
#> GSM827799     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827800     6  0.2340     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM827801     5  0.2793     0.7650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM827802     6  0.1584     0.7548 0.000 0.064 0.008 0.000 0.000 0.928
#> GSM827803     1  0.2883     0.6405 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM827804     6  0.3727     0.1820 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>          n disease.state(p) k
#> SD:pam 138         2.74e-16 2
#> SD:pam 111         5.87e-16 3
#> SD:pam 101         2.66e-12 4
#> SD:pam 102         4.10e-12 5
#> SD:pam 124         1.17e-11 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

SD:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.616           0.866       0.928         0.4949 0.503   0.503
#> 3 3 0.516           0.697       0.868         0.0167 0.629   0.474
#> 4 4 0.398           0.697       0.759         0.2418 0.863   0.752
#> 5 5 0.472           0.496       0.724         0.1405 0.886   0.740
#> 6 6 0.551           0.386       0.670         0.0777 0.798   0.474

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.6973      0.795 0.812 0.188
#> GSM827666     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827667     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827668     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827669     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827670     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0376      0.941 0.996 0.004
#> GSM827673     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827675     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827677     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827678     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0376      0.941 0.996 0.004
#> GSM827691     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.940 1.000 0.000
#> GSM827696     1  0.7528      0.761 0.784 0.216
#> GSM827697     1  0.6801      0.804 0.820 0.180
#> GSM827698     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827699     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827700     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827701     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827702     2  0.9522      0.332 0.372 0.628
#> GSM827703     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827704     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.6531      0.818 0.832 0.168
#> GSM827706     1  0.7745      0.744 0.772 0.228
#> GSM827707     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827708     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827710     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827711     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827712     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827713     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827716     1  0.9635      0.273 0.612 0.388
#> GSM827717     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827721     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827722     1  0.5842      0.846 0.860 0.140
#> GSM827723     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827724     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.1414      0.893 0.020 0.980
#> GSM827726     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827727     1  0.8861      0.514 0.696 0.304
#> GSM827728     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827729     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.2043      0.893 0.032 0.968
#> GSM827735     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0938      0.900 0.012 0.988
#> GSM827738     2  0.1414      0.894 0.020 0.980
#> GSM827739     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827740     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827741     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827742     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827743     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.7602      0.785 0.220 0.780
#> GSM827746     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827749     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.6343      0.828 0.160 0.840
#> GSM827751     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.8955      0.652 0.312 0.688
#> GSM827753     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0376      0.902 0.004 0.996
#> GSM827755     2  0.0376      0.902 0.004 0.996
#> GSM827756     2  0.6531      0.754 0.168 0.832
#> GSM827757     2  0.6887      0.813 0.184 0.816
#> GSM827758     1  0.8016      0.726 0.756 0.244
#> GSM827759     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827760     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827761     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827769     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827774     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827775     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827776     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.1843      0.938 0.972 0.028
#> GSM827779     2  0.9998      0.193 0.492 0.508
#> GSM827780     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827781     1  0.7815      0.740 0.768 0.232
#> GSM827782     2  0.9710      0.241 0.400 0.600
#> GSM827783     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827784     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827785     1  0.1414      0.942 0.980 0.020
#> GSM827786     1  0.6148      0.835 0.848 0.152
#> GSM827787     2  0.1414      0.894 0.020 0.980
#> GSM827788     1  0.6887      0.800 0.816 0.184
#> GSM827789     1  0.4431      0.881 0.908 0.092
#> GSM827790     2  0.0672      0.900 0.008 0.992
#> GSM827791     2  0.7219      0.802 0.200 0.800
#> GSM827792     1  0.2423      0.931 0.960 0.040
#> GSM827793     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0672      0.900 0.008 0.992
#> GSM827795     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.7674      0.783 0.224 0.776
#> GSM827798     2  0.0000      0.903 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.7376      0.796 0.208 0.792
#> GSM827800     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827801     2  0.7745      0.787 0.228 0.772
#> GSM827802     2  0.1184      0.899 0.016 0.984
#> GSM827803     1  0.1184      0.942 0.984 0.016
#> GSM827804     2  0.0000      0.903 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     2  0.5798      0.664 0.184 0.776 0.040
#> GSM827666     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827667     2  0.9737     -0.136 0.384 0.392 0.224
#> GSM827668     2  0.8753      0.480 0.188 0.588 0.224
#> GSM827669     2  0.8753      0.480 0.188 0.588 0.224
#> GSM827670     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.1753      0.694 0.952 0.000 0.048
#> GSM827673     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.7234      0.507 0.640 0.312 0.048
#> GSM827675     1  0.7556      0.479 0.676 0.100 0.224
#> GSM827676     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827677     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827678     1  0.4555      0.538 0.800 0.000 0.200
#> GSM827679     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.4555      0.538 0.800 0.000 0.200
#> GSM827689     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.1163      0.704 0.972 0.000 0.028
#> GSM827691     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4555      0.538 0.800 0.000 0.200
#> GSM827694     1  0.0000      0.716 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0424      0.714 0.992 0.008 0.000
#> GSM827696     2  0.1860      0.822 0.052 0.948 0.000
#> GSM827697     2  0.5901      0.654 0.192 0.768 0.040
#> GSM827698     2  0.8753      0.480 0.188 0.588 0.224
#> GSM827699     2  0.6109      0.649 0.192 0.760 0.048
#> GSM827700     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827701     2  0.7065      0.465 0.288 0.664 0.048
#> GSM827702     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827703     2  0.5070      0.725 0.004 0.772 0.224
#> GSM827704     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     2  0.6007      0.660 0.184 0.768 0.048
#> GSM827706     2  0.4346      0.694 0.184 0.816 0.000
#> GSM827707     1  0.7671      0.317 0.544 0.408 0.048
#> GSM827708     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827709     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827710     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827711     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827712     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827713     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.4784      0.742 0.004 0.796 0.200
#> GSM827717     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827720     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827721     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.2173      0.830 0.008 0.944 0.048
#> GSM827723     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827724     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827726     2  0.8753      0.480 0.188 0.588 0.224
#> GSM827727     2  0.2050      0.834 0.020 0.952 0.028
#> GSM827728     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827729     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827730     2  0.0424      0.845 0.000 0.992 0.008
#> GSM827731     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827734     3  0.6079      0.408 0.000 0.388 0.612
#> GSM827735     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827737     2  0.6235      0.124 0.000 0.564 0.436
#> GSM827738     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827739     1  0.7438      0.371 0.568 0.392 0.040
#> GSM827740     2  0.9757     -0.135 0.380 0.392 0.228
#> GSM827741     2  0.9757     -0.135 0.380 0.392 0.228
#> GSM827742     2  0.8525      0.515 0.188 0.612 0.200
#> GSM827743     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827745     2  0.2492      0.828 0.016 0.936 0.048
#> GSM827746     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827747     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827748     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827750     2  0.4931      0.623 0.000 0.768 0.232
#> GSM827751     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827752     2  0.5070      0.725 0.004 0.772 0.224
#> GSM827753     2  0.5621      0.414 0.000 0.692 0.308
#> GSM827754     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827757     2  0.1163      0.840 0.000 0.972 0.028
#> GSM827758     2  0.4291      0.698 0.180 0.820 0.000
#> GSM827759     2  0.9757     -0.135 0.380 0.392 0.228
#> GSM827760     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827761     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0237      0.847 0.000 0.996 0.004
#> GSM827763     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827768     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827769     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827770     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827773     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827775     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827778     2  0.5406      0.734 0.020 0.780 0.200
#> GSM827779     2  0.4784      0.742 0.004 0.796 0.200
#> GSM827780     2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> GSM827781     2  0.0237      0.847 0.004 0.996 0.000
#> GSM827782     2  0.0424      0.846 0.000 0.992 0.008
#> GSM827783     2  0.7517      0.342 0.364 0.588 0.048
#> GSM827784     1  0.7796      0.359 0.552 0.392 0.056
#> GSM827785     1  0.7624      0.365 0.560 0.392 0.048
#> GSM827786     2  0.4915      0.690 0.184 0.804 0.012
#> GSM827787     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827788     2  0.4897      0.703 0.172 0.812 0.016
#> GSM827789     2  0.4784      0.742 0.004 0.796 0.200
#> GSM827790     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827791     2  0.4842      0.727 0.000 0.776 0.224
#> GSM827792     2  0.4784      0.742 0.004 0.796 0.200
#> GSM827793     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0592      0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM827797     2  0.2879      0.821 0.024 0.924 0.052
#> GSM827798     2  0.0747      0.841 0.000 0.984 0.016
#> GSM827799     2  0.6244      0.175 0.000 0.560 0.440
#> GSM827800     3  0.0237      0.930 0.000 0.004 0.996
#> GSM827801     3  0.0000      0.936 0.000 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0424      0.846 0.000 0.992 0.008
#> GSM827803     2  0.9737     -0.136 0.384 0.392 0.224
#> GSM827804     2  0.0000      0.848 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.5812    0.54681 0.048 0.624 0.000 0.328
#> GSM827666     4  0.6797    0.75091 0.160 0.240 0.000 0.600
#> GSM827667     4  0.7772    0.57925 0.140 0.088 0.156 0.616
#> GSM827668     4  0.8076   -0.13425 0.032 0.400 0.144 0.424
#> GSM827669     2  0.8077    0.16423 0.032 0.420 0.144 0.404
#> GSM827670     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     4  0.5000    0.00865 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM827673     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     4  0.6198    0.66946 0.224 0.116 0.000 0.660
#> GSM827675     4  0.7550    0.36813 0.328 0.028 0.112 0.532
#> GSM827676     4  0.6879    0.75149 0.188 0.216 0.000 0.596
#> GSM827677     4  0.6876    0.75846 0.144 0.280 0.000 0.576
#> GSM827678     1  0.4599    0.75272 0.800 0.000 0.112 0.088
#> GSM827679     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1211    0.90092 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM827681     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.1867    0.89082 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM827687     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.4599    0.75272 0.800 0.000 0.112 0.088
#> GSM827689     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.3942    0.68622 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM827691     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.93431 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.5119    0.72225 0.764 0.000 0.112 0.124
#> GSM827694     1  0.1118    0.91560 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM827695     1  0.2589    0.85146 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM827696     2  0.3757    0.69273 0.020 0.828 0.000 0.152
#> GSM827697     4  0.6500    0.54597 0.092 0.328 0.000 0.580
#> GSM827698     4  0.6800    0.52170 0.032 0.152 0.144 0.672
#> GSM827699     4  0.6112    0.69495 0.096 0.248 0.000 0.656
#> GSM827700     4  0.6977    0.74628 0.204 0.212 0.000 0.584
#> GSM827701     4  0.6445    0.72424 0.096 0.304 0.000 0.600
#> GSM827702     2  0.2973    0.74784 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM827703     2  0.7915    0.41556 0.032 0.508 0.144 0.316
#> GSM827704     2  0.0336    0.75990 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827705     2  0.6042    0.43392 0.048 0.560 0.000 0.392
#> GSM827706     2  0.4004    0.68869 0.024 0.812 0.000 0.164
#> GSM827707     4  0.6873    0.75781 0.160 0.252 0.000 0.588
#> GSM827708     2  0.0376    0.75951 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM827709     3  0.1940    0.88638 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM827710     2  0.6990    0.47709 0.000 0.552 0.144 0.304
#> GSM827711     2  0.4890    0.65703 0.000 0.776 0.144 0.080
#> GSM827712     2  0.6936    0.48908 0.000 0.564 0.144 0.292
#> GSM827713     2  0.1867    0.74854 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM827714     2  0.0469    0.76065 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827715     3  0.1867    0.88779 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM827716     2  0.6609    0.53703 0.000 0.620 0.144 0.236
#> GSM827717     2  0.2921    0.72478 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM827718     2  0.0921    0.76003 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827719     2  0.3024    0.75052 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM827720     2  0.5874    0.61629 0.000 0.696 0.192 0.112
#> GSM827721     3  0.0779    0.89389 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM827722     2  0.5631    0.63604 0.020 0.660 0.016 0.304
#> GSM827723     3  0.1557    0.87902 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM827724     2  0.3801    0.67867 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM827725     2  0.2345    0.73579 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM827726     2  0.8068   -0.04198 0.032 0.436 0.144 0.388
#> GSM827727     2  0.4999    0.64734 0.044 0.772 0.012 0.172
#> GSM827728     2  0.5325    0.62870 0.000 0.728 0.204 0.068
#> GSM827729     2  0.2124    0.74409 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM827730     2  0.3505    0.73233 0.000 0.864 0.048 0.088
#> GSM827731     2  0.2704    0.73464 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM827732     2  0.3726    0.68155 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM827733     2  0.4103    0.66923 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM827734     3  0.6036    0.42944 0.000 0.292 0.636 0.072
#> GSM827735     2  0.3688    0.68296 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM827736     2  0.1022    0.75999 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827737     2  0.6391    0.46781 0.000 0.588 0.328 0.084
#> GSM827738     2  0.4139    0.70052 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM827739     4  0.6883    0.74871 0.192 0.212 0.000 0.596
#> GSM827740     4  0.8417    0.70058 0.112 0.212 0.128 0.548
#> GSM827741     4  0.7531    0.66275 0.052 0.208 0.128 0.612
#> GSM827742     2  0.6295    0.53143 0.000 0.660 0.144 0.196
#> GSM827743     2  0.2345    0.73514 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM827744     2  0.2081    0.74431 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM827745     2  0.5675    0.64435 0.040 0.732 0.032 0.196
#> GSM827746     2  0.0707    0.75945 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827747     2  0.3828    0.74002 0.000 0.848 0.068 0.084
#> GSM827748     3  0.1510    0.89510 0.000 0.016 0.956 0.028
#> GSM827749     2  0.1211    0.76033 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM827750     2  0.6120    0.54586 0.000 0.628 0.296 0.076
#> GSM827751     2  0.3444    0.70109 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM827752     2  0.6690    0.53063 0.000 0.608 0.144 0.248
#> GSM827753     2  0.6156    0.45929 0.000 0.592 0.344 0.064
#> GSM827754     2  0.3324    0.72694 0.000 0.852 0.012 0.136
#> GSM827755     2  0.0817    0.75925 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM827756     2  0.3873    0.67976 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM827757     2  0.4274    0.70752 0.000 0.808 0.044 0.148
#> GSM827758     2  0.3444    0.69717 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM827759     4  0.8389    0.69827 0.112 0.208 0.128 0.552
#> GSM827760     4  0.7036    0.74293 0.212 0.212 0.000 0.576
#> GSM827761     2  0.3279    0.73275 0.000 0.872 0.032 0.096
#> GSM827762     2  0.2699    0.73831 0.000 0.904 0.028 0.068
#> GSM827763     2  0.2814    0.72992 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM827764     2  0.2596    0.73892 0.000 0.908 0.024 0.068
#> GSM827765     2  0.1022    0.75999 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827766     2  0.1767    0.76157 0.000 0.944 0.012 0.044
#> GSM827767     2  0.2647    0.73670 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM827768     2  0.7007    0.47279 0.000 0.548 0.144 0.308
#> GSM827769     2  0.2530    0.74218 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM827770     2  0.3726    0.68155 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM827771     2  0.1792    0.74997 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM827772     2  0.2742    0.74902 0.000 0.900 0.024 0.076
#> GSM827773     3  0.0817    0.89259 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM827774     2  0.7068    0.47482 0.000 0.548 0.156 0.296
#> GSM827775     3  0.1867    0.88779 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM827776     2  0.1022    0.76006 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827777     2  0.1867    0.75518 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM827778     2  0.7642    0.44202 0.020 0.524 0.144 0.312
#> GSM827779     2  0.6917    0.49187 0.000 0.568 0.144 0.288
#> GSM827780     2  0.5454    0.62760 0.000 0.732 0.172 0.096
#> GSM827781     2  0.3757    0.72546 0.020 0.828 0.000 0.152
#> GSM827782     2  0.3311    0.74210 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM827783     4  0.6316    0.70698 0.080 0.324 0.000 0.596
#> GSM827784     4  0.6986    0.75048 0.172 0.208 0.008 0.612
#> GSM827785     4  0.6883    0.74871 0.192 0.212 0.000 0.596
#> GSM827786     2  0.4776    0.64422 0.060 0.776 0.000 0.164
#> GSM827787     2  0.2859    0.72958 0.000 0.880 0.008 0.112
#> GSM827788     2  0.3925    0.67914 0.016 0.808 0.000 0.176
#> GSM827789     2  0.5990    0.57598 0.000 0.692 0.144 0.164
#> GSM827790     2  0.3962    0.71369 0.000 0.820 0.028 0.152
#> GSM827791     2  0.5889    0.59822 0.000 0.696 0.188 0.116
#> GSM827792     2  0.6897    0.51409 0.000 0.572 0.144 0.284
#> GSM827793     2  0.1940    0.75336 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM827794     2  0.2888    0.72327 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM827795     2  0.0188    0.75854 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827796     2  0.2699    0.73831 0.000 0.904 0.028 0.068
#> GSM827797     2  0.5001    0.68026 0.004 0.768 0.060 0.168
#> GSM827798     2  0.4188    0.71629 0.000 0.824 0.112 0.064
#> GSM827799     2  0.6432    0.41511 0.000 0.552 0.372 0.076
#> GSM827800     3  0.1059    0.89351 0.000 0.016 0.972 0.012
#> GSM827801     3  0.0927    0.89315 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM827802     2  0.0336    0.75983 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827803     4  0.8576    0.70235 0.144 0.212 0.112 0.532
#> GSM827804     2  0.1284    0.76055 0.000 0.964 0.024 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     3  0.6558    -0.1214 0.012 0.344 0.492 0.152 0.000
#> GSM827666     3  0.3151     0.7230 0.064 0.068 0.864 0.004 0.000
#> GSM827667     3  0.4288     0.6491 0.020 0.020 0.816 0.044 0.100
#> GSM827668     3  0.7029     0.3578 0.000 0.140 0.564 0.216 0.080
#> GSM827669     3  0.7005     0.3672 0.000 0.140 0.568 0.212 0.080
#> GSM827670     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     3  0.4219     0.1818 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     3  0.2079     0.7089 0.064 0.020 0.916 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.5767     0.6554 0.120 0.020 0.720 0.040 0.100
#> GSM827676     3  0.3880     0.7107 0.096 0.024 0.828 0.052 0.000
#> GSM827677     3  0.2797     0.7238 0.060 0.060 0.880 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.4389     0.7514 0.800 0.000 0.060 0.040 0.100
#> GSM827679     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1965     0.8307 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.1341     0.9007 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.4389     0.7514 0.800 0.000 0.060 0.040 0.100
#> GSM827689     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.3837     0.5754 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4854     0.7271 0.768 0.000 0.092 0.040 0.100
#> GSM827694     1  0.0963     0.9118 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.2124     0.8705 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> GSM827696     2  0.5920     0.4232 0.000 0.580 0.120 0.296 0.004
#> GSM827697     3  0.4530     0.6721 0.032 0.136 0.780 0.052 0.000
#> GSM827698     3  0.3906     0.6478 0.004 0.020 0.832 0.056 0.088
#> GSM827699     3  0.3086     0.7153 0.040 0.092 0.864 0.004 0.000
#> GSM827700     3  0.4193     0.7015 0.112 0.020 0.804 0.064 0.000
#> GSM827701     3  0.4726     0.6914 0.036 0.100 0.776 0.088 0.000
#> GSM827702     2  0.5213     0.4880 0.000 0.688 0.104 0.204 0.004
#> GSM827703     2  0.7908     0.2123 0.000 0.388 0.284 0.248 0.080
#> GSM827704     2  0.2583     0.4866 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> GSM827705     3  0.6475     0.0440 0.012 0.304 0.528 0.156 0.000
#> GSM827706     2  0.6314     0.3765 0.000 0.552 0.200 0.244 0.004
#> GSM827707     3  0.2152     0.7147 0.044 0.032 0.920 0.004 0.000
#> GSM827708     2  0.2127     0.5160 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM827709     5  0.2144     0.7910 0.000 0.000 0.020 0.068 0.912
#> GSM827710     2  0.6060     0.3050 0.000 0.680 0.124 0.108 0.088
#> GSM827711     2  0.4961     0.3713 0.000 0.764 0.052 0.092 0.092
#> GSM827712     2  0.6472     0.2585 0.000 0.640 0.128 0.144 0.088
#> GSM827713     2  0.4847     0.4909 0.000 0.704 0.080 0.216 0.000
#> GSM827714     2  0.2629     0.5213 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> GSM827715     5  0.2144     0.7910 0.000 0.000 0.020 0.068 0.912
#> GSM827716     2  0.7093     0.3376 0.000 0.564 0.148 0.200 0.088
#> GSM827717     2  0.1478     0.4798 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM827718     2  0.1282     0.5151 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> GSM827719     2  0.5524     0.4911 0.000 0.676 0.120 0.192 0.012
#> GSM827720     4  0.6472     0.2795 0.000 0.364 0.008 0.480 0.148
#> GSM827721     5  0.1443     0.7947 0.000 0.004 0.004 0.044 0.948
#> GSM827722     2  0.7674     0.2961 0.000 0.468 0.256 0.184 0.092
#> GSM827723     5  0.2729     0.7679 0.000 0.000 0.060 0.056 0.884
#> GSM827724     2  0.3551     0.4240 0.000 0.844 0.056 0.088 0.012
#> GSM827725     2  0.5576     0.4529 0.000 0.628 0.100 0.268 0.004
#> GSM827726     3  0.6968     0.3903 0.000 0.136 0.576 0.204 0.084
#> GSM827727     2  0.7044     0.3610 0.000 0.516 0.128 0.296 0.060
#> GSM827728     2  0.6570    -0.3477 0.000 0.428 0.008 0.408 0.156
#> GSM827729     2  0.2929     0.4002 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM827730     4  0.4451     0.1695 0.000 0.492 0.004 0.504 0.000
#> GSM827731     2  0.1808     0.4899 0.000 0.936 0.008 0.044 0.012
#> GSM827732     2  0.2275     0.4735 0.000 0.912 0.012 0.064 0.012
#> GSM827733     2  0.3750     0.4189 0.000 0.832 0.072 0.084 0.012
#> GSM827734     5  0.5836     0.2939 0.000 0.100 0.000 0.384 0.516
#> GSM827735     2  0.2701     0.4543 0.000 0.884 0.012 0.092 0.012
#> GSM827736     2  0.0609     0.5043 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM827737     5  0.7524     0.0806 0.000 0.212 0.080 0.216 0.492
#> GSM827738     2  0.4917     0.2542 0.000 0.556 0.028 0.416 0.000
#> GSM827739     3  0.3300     0.7112 0.100 0.024 0.856 0.020 0.000
#> GSM827740     3  0.6907     0.6366 0.048 0.032 0.620 0.188 0.112
#> GSM827741     3  0.6530     0.6196 0.016 0.032 0.620 0.220 0.112
#> GSM827742     2  0.7949     0.1676 0.000 0.372 0.236 0.308 0.084
#> GSM827743     2  0.5621     0.4507 0.000 0.624 0.104 0.268 0.004
#> GSM827744     2  0.5358     0.4759 0.000 0.672 0.092 0.228 0.008
#> GSM827745     2  0.5751     0.0523 0.000 0.488 0.020 0.448 0.044
#> GSM827746     2  0.4199     0.5141 0.000 0.764 0.056 0.180 0.000
#> GSM827747     2  0.4969    -0.0767 0.000 0.652 0.000 0.292 0.056
#> GSM827748     5  0.1739     0.7979 0.000 0.004 0.024 0.032 0.940
#> GSM827749     2  0.2136     0.4608 0.000 0.904 0.008 0.088 0.000
#> GSM827750     4  0.6636    -0.0196 0.000 0.188 0.004 0.420 0.388
#> GSM827751     2  0.2414     0.4645 0.000 0.900 0.008 0.080 0.012
#> GSM827752     2  0.7435     0.2871 0.000 0.516 0.200 0.196 0.088
#> GSM827753     4  0.6689     0.1520 0.000 0.244 0.000 0.412 0.344
#> GSM827754     2  0.4218     0.4216 0.000 0.660 0.008 0.332 0.000
#> GSM827755     2  0.3353     0.5083 0.000 0.796 0.008 0.196 0.000
#> GSM827756     2  0.3256     0.4582 0.000 0.864 0.060 0.064 0.012
#> GSM827757     4  0.5262     0.2743 0.000 0.388 0.008 0.568 0.036
#> GSM827758     2  0.6035     0.4068 0.000 0.580 0.144 0.272 0.004
#> GSM827759     3  0.6907     0.6366 0.048 0.032 0.620 0.188 0.112
#> GSM827760     3  0.3830     0.7178 0.108 0.028 0.828 0.036 0.000
#> GSM827761     2  0.4383     0.0423 0.000 0.572 0.004 0.424 0.000
#> GSM827762     2  0.4201    -0.1859 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM827763     2  0.0703     0.5024 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM827764     2  0.3966     0.1156 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM827765     2  0.2124     0.5273 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> GSM827766     2  0.2179     0.4629 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM827767     2  0.1410     0.4821 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM827768     2  0.6509     0.2530 0.000 0.636 0.128 0.148 0.088
#> GSM827769     2  0.2193     0.4532 0.000 0.900 0.008 0.092 0.000
#> GSM827770     2  0.2586     0.4559 0.000 0.892 0.012 0.084 0.012
#> GSM827771     2  0.4490     0.4979 0.000 0.724 0.052 0.224 0.000
#> GSM827772     2  0.4009     0.4133 0.000 0.684 0.004 0.312 0.000
#> GSM827773     5  0.1216     0.8005 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> GSM827774     2  0.6529     0.2310 0.000 0.636 0.100 0.116 0.148
#> GSM827775     5  0.2144     0.7910 0.000 0.000 0.020 0.068 0.912
#> GSM827776     2  0.1341     0.4907 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM827777     2  0.0898     0.5061 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM827778     2  0.7864     0.2295 0.000 0.396 0.256 0.272 0.076
#> GSM827779     2  0.7179     0.2993 0.000 0.544 0.144 0.228 0.084
#> GSM827780     2  0.6318     0.3375 0.000 0.588 0.032 0.272 0.108
#> GSM827781     2  0.5369     0.4769 0.000 0.660 0.124 0.216 0.000
#> GSM827782     2  0.5886     0.4463 0.000 0.600 0.176 0.224 0.000
#> GSM827783     3  0.3321     0.7202 0.040 0.092 0.856 0.012 0.000
#> GSM827784     3  0.6555     0.6454 0.036 0.032 0.648 0.180 0.104
#> GSM827785     3  0.3387     0.7098 0.100 0.020 0.852 0.028 0.000
#> GSM827786     2  0.6021     0.4188 0.000 0.580 0.188 0.232 0.000
#> GSM827787     2  0.5648     0.4372 0.000 0.608 0.096 0.292 0.004
#> GSM827788     2  0.6346     0.3807 0.000 0.548 0.212 0.236 0.004
#> GSM827789     2  0.7550     0.3195 0.000 0.468 0.160 0.288 0.084
#> GSM827790     2  0.4489     0.2704 0.000 0.572 0.008 0.420 0.000
#> GSM827791     2  0.7108     0.2943 0.004 0.532 0.084 0.288 0.092
#> GSM827792     2  0.7790     0.2906 0.000 0.444 0.224 0.244 0.088
#> GSM827793     2  0.5408     0.4818 0.000 0.676 0.092 0.220 0.012
#> GSM827794     2  0.5701     0.4392 0.000 0.608 0.104 0.284 0.004
#> GSM827795     2  0.1908     0.5096 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM827796     2  0.4219    -0.1966 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM827797     4  0.5959     0.0932 0.000 0.420 0.108 0.472 0.000
#> GSM827798     4  0.6742     0.3642 0.000 0.316 0.000 0.408 0.276
#> GSM827799     5  0.6440    -0.0202 0.000 0.152 0.004 0.416 0.428
#> GSM827800     5  0.1605     0.7928 0.000 0.012 0.004 0.040 0.944
#> GSM827801     5  0.1116     0.7961 0.000 0.004 0.004 0.028 0.964
#> GSM827802     2  0.3461     0.4581 0.000 0.772 0.004 0.224 0.000
#> GSM827803     3  0.5911     0.6749 0.088 0.036 0.724 0.052 0.100
#> GSM827804     2  0.2561     0.4623 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     3  0.4336    0.48812 0.000 0.064 0.776 0.080 0.000 0.080
#> GSM827666     3  0.0922    0.56168 0.024 0.004 0.968 0.004 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.5846    0.37380 0.140 0.008 0.660 0.004 0.068 0.120
#> GSM827668     3  0.5641    0.41320 0.000 0.072 0.648 0.020 0.040 0.220
#> GSM827669     3  0.5384    0.42074 0.000 0.068 0.648 0.020 0.020 0.244
#> GSM827670     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.3774    0.39691 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     3  0.2001    0.54166 0.092 0.004 0.900 0.004 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.6379    0.28412 0.216 0.004 0.576 0.004 0.068 0.132
#> GSM827676     3  0.4228    0.21766 0.020 0.000 0.656 0.008 0.000 0.316
#> GSM827677     3  0.1198    0.56118 0.020 0.004 0.960 0.004 0.000 0.012
#> GSM827678     1  0.3775    0.77267 0.800 0.004 0.008 0.000 0.068 0.120
#> GSM827679     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1141    0.87296 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.1501    0.88352 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.3775    0.77267 0.800 0.004 0.008 0.000 0.068 0.120
#> GSM827689     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.3244    0.67260 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.91841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4048    0.76364 0.788 0.004 0.020 0.000 0.068 0.120
#> GSM827694     1  0.1267    0.89195 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.1863    0.86474 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.6819    0.28388 0.000 0.244 0.104 0.492 0.000 0.160
#> GSM827697     3  0.3275    0.52269 0.000 0.020 0.844 0.072 0.000 0.064
#> GSM827698     3  0.3870    0.47124 0.000 0.024 0.752 0.004 0.008 0.212
#> GSM827699     3  0.1223    0.56122 0.016 0.004 0.960 0.012 0.000 0.008
#> GSM827700     3  0.4426    0.07408 0.020 0.000 0.596 0.008 0.000 0.376
#> GSM827701     3  0.4386    0.19630 0.000 0.000 0.652 0.048 0.000 0.300
#> GSM827702     4  0.6538    0.17919 0.000 0.336 0.144 0.460 0.000 0.060
#> GSM827703     3  0.7634    0.13062 0.000 0.176 0.444 0.100 0.040 0.240
#> GSM827704     4  0.4076    0.12925 0.000 0.396 0.000 0.592 0.000 0.012
#> GSM827705     3  0.4278    0.49469 0.000 0.060 0.780 0.076 0.000 0.084
#> GSM827706     4  0.6870    0.23209 0.000 0.232 0.232 0.460 0.000 0.076
#> GSM827707     3  0.1180    0.56288 0.024 0.004 0.960 0.004 0.000 0.008
#> GSM827708     4  0.3982    0.03462 0.000 0.460 0.000 0.536 0.000 0.004
#> GSM827709     5  0.2547    0.80125 0.000 0.016 0.004 0.000 0.868 0.112
#> GSM827710     2  0.5433    0.40130 0.000 0.656 0.004 0.092 0.040 0.208
#> GSM827711     4  0.6630   -0.08029 0.000 0.340 0.004 0.452 0.052 0.152
#> GSM827712     2  0.4882    0.38135 0.000 0.700 0.008 0.040 0.040 0.212
#> GSM827713     4  0.6643    0.13740 0.000 0.372 0.068 0.420 0.000 0.140
#> GSM827714     4  0.5252    0.06060 0.000 0.424 0.000 0.480 0.000 0.096
#> GSM827715     5  0.2547    0.80125 0.000 0.016 0.004 0.000 0.868 0.112
#> GSM827716     2  0.7590    0.24651 0.000 0.456 0.100 0.176 0.040 0.228
#> GSM827717     2  0.3912    0.33422 0.000 0.648 0.000 0.340 0.000 0.012
#> GSM827718     4  0.4258   -0.01212 0.000 0.468 0.000 0.516 0.000 0.016
#> GSM827719     2  0.6683   -0.11950 0.000 0.416 0.084 0.392 0.004 0.104
#> GSM827720     4  0.4375    0.27186 0.000 0.012 0.000 0.728 0.192 0.068
#> GSM827721     5  0.0291    0.83486 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM827722     3  0.7825    0.08837 0.000 0.192 0.468 0.152 0.084 0.104
#> GSM827723     5  0.2501    0.76570 0.000 0.016 0.004 0.000 0.872 0.108
#> GSM827724     2  0.2364    0.46880 0.000 0.892 0.000 0.072 0.004 0.032
#> GSM827725     4  0.6769    0.22282 0.000 0.320 0.080 0.448 0.000 0.152
#> GSM827726     3  0.5646    0.41619 0.000 0.056 0.636 0.024 0.040 0.244
#> GSM827727     4  0.7769    0.26939 0.000 0.244 0.084 0.444 0.072 0.156
#> GSM827728     4  0.3963    0.26736 0.000 0.040 0.000 0.756 0.192 0.012
#> GSM827729     4  0.2482    0.30181 0.000 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> GSM827730     4  0.1625    0.36076 0.000 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> GSM827731     2  0.4253    0.38767 0.000 0.668 0.000 0.296 0.004 0.032
#> GSM827732     2  0.4072    0.43150 0.000 0.704 0.000 0.260 0.004 0.032
#> GSM827733     2  0.2752    0.47849 0.000 0.864 0.000 0.096 0.004 0.036
#> GSM827734     5  0.5355    0.51119 0.000 0.024 0.000 0.356 0.556 0.064
#> GSM827735     2  0.3316    0.46334 0.000 0.804 0.000 0.164 0.004 0.028
#> GSM827736     2  0.4250    0.08416 0.000 0.528 0.000 0.456 0.000 0.016
#> GSM827737     5  0.6632    0.44802 0.000 0.112 0.004 0.284 0.508 0.092
#> GSM827738     4  0.4235    0.37941 0.000 0.104 0.052 0.780 0.000 0.064
#> GSM827739     3  0.3031    0.50428 0.044 0.004 0.844 0.000 0.000 0.108
#> GSM827740     6  0.5272    0.35360 0.004 0.000 0.344 0.012 0.068 0.572
#> GSM827741     6  0.5233    0.35466 0.000 0.000 0.348 0.016 0.068 0.568
#> GSM827742     6  0.7818   -0.01148 0.000 0.080 0.236 0.308 0.040 0.336
#> GSM827743     4  0.6792    0.23483 0.000 0.308 0.080 0.452 0.000 0.160
#> GSM827744     4  0.6917    0.15186 0.000 0.368 0.084 0.404 0.004 0.140
#> GSM827745     4  0.3214    0.34770 0.000 0.008 0.000 0.840 0.068 0.084
#> GSM827746     2  0.6278   -0.12578 0.000 0.420 0.048 0.416 0.000 0.116
#> GSM827747     4  0.3743    0.28284 0.000 0.104 0.000 0.812 0.040 0.044
#> GSM827748     5  0.0291    0.83514 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM827749     4  0.4067   -0.00427 0.000 0.444 0.000 0.548 0.000 0.008
#> GSM827750     4  0.6144   -0.14173 0.000 0.072 0.004 0.520 0.336 0.068
#> GSM827751     2  0.4139    0.42937 0.000 0.700 0.000 0.260 0.004 0.036
#> GSM827752     3  0.8280   -0.07744 0.000 0.244 0.312 0.168 0.044 0.232
#> GSM827753     4  0.6089   -0.20956 0.000 0.068 0.004 0.528 0.332 0.068
#> GSM827754     4  0.4172    0.33078 0.000 0.224 0.004 0.720 0.000 0.052
#> GSM827755     4  0.4499    0.08477 0.000 0.428 0.000 0.540 0.000 0.032
#> GSM827756     2  0.4078    0.46529 0.000 0.748 0.000 0.180 0.004 0.068
#> GSM827757     4  0.2511    0.34380 0.000 0.000 0.000 0.880 0.064 0.056
#> GSM827758     4  0.6671    0.28810 0.000 0.228 0.148 0.520 0.000 0.104
#> GSM827759     6  0.5343    0.35837 0.004 0.000 0.340 0.016 0.068 0.572
#> GSM827760     3  0.2715    0.51161 0.024 0.004 0.860 0.000 0.000 0.112
#> GSM827761     4  0.2046    0.36642 0.000 0.032 0.000 0.908 0.000 0.060
#> GSM827762     4  0.1462    0.34159 0.000 0.056 0.000 0.936 0.000 0.008
#> GSM827763     2  0.3742    0.32756 0.000 0.648 0.000 0.348 0.000 0.004
#> GSM827764     4  0.1524    0.36124 0.000 0.060 0.000 0.932 0.000 0.008
#> GSM827765     4  0.5033   -0.00352 0.000 0.452 0.000 0.476 0.000 0.072
#> GSM827766     4  0.3782    0.17739 0.000 0.360 0.000 0.636 0.000 0.004
#> GSM827767     2  0.3954    0.31247 0.000 0.636 0.000 0.352 0.000 0.012
#> GSM827768     2  0.4614    0.38334 0.000 0.716 0.004 0.032 0.040 0.208
#> GSM827769     4  0.4205    0.02854 0.000 0.420 0.000 0.564 0.000 0.016
#> GSM827770     2  0.3388    0.46725 0.000 0.804 0.000 0.156 0.004 0.036
#> GSM827771     4  0.6143    0.10307 0.000 0.404 0.040 0.444 0.000 0.112
#> GSM827772     4  0.3884    0.32350 0.000 0.240 0.000 0.724 0.000 0.036
#> GSM827773     5  0.0508    0.83504 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM827774     2  0.5229    0.36863 0.000 0.700 0.004 0.072 0.152 0.072
#> GSM827775     5  0.2547    0.80125 0.000 0.016 0.004 0.000 0.868 0.112
#> GSM827776     2  0.4262    0.05823 0.000 0.508 0.000 0.476 0.000 0.016
#> GSM827777     2  0.4735    0.18715 0.000 0.540 0.000 0.416 0.004 0.040
#> GSM827778     6  0.8220    0.05287 0.000 0.168 0.264 0.240 0.036 0.292
#> GSM827779     2  0.7046    0.31460 0.000 0.524 0.068 0.140 0.040 0.228
#> GSM827780     4  0.6141    0.18595 0.000 0.196 0.004 0.604 0.108 0.088
#> GSM827781     4  0.6897    0.21850 0.000 0.308 0.120 0.448 0.000 0.124
#> GSM827782     4  0.6857    0.19860 0.000 0.336 0.120 0.432 0.000 0.112
#> GSM827783     3  0.2516    0.53553 0.024 0.004 0.884 0.004 0.000 0.084
#> GSM827784     6  0.5980    0.22147 0.028 0.000 0.388 0.012 0.080 0.492
#> GSM827785     3  0.4071    0.34055 0.036 0.004 0.712 0.000 0.000 0.248
#> GSM827786     4  0.7219    0.22906 0.000 0.244 0.208 0.424 0.000 0.124
#> GSM827787     4  0.6607    0.29273 0.000 0.248 0.080 0.512 0.000 0.160
#> GSM827788     4  0.7157    0.25354 0.000 0.236 0.172 0.448 0.000 0.144
#> GSM827789     4  0.7924    0.10163 0.000 0.264 0.084 0.324 0.044 0.284
#> GSM827790     4  0.3492    0.35578 0.000 0.176 0.004 0.788 0.000 0.032
#> GSM827791     4  0.7646   -0.01875 0.000 0.260 0.068 0.424 0.052 0.196
#> GSM827792     4  0.8018    0.00704 0.000 0.280 0.104 0.304 0.040 0.272
#> GSM827793     2  0.6689   -0.11177 0.000 0.440 0.080 0.364 0.004 0.112
#> GSM827794     4  0.6638    0.28735 0.000 0.256 0.080 0.504 0.000 0.160
#> GSM827795     4  0.4161    0.03438 0.000 0.448 0.000 0.540 0.000 0.012
#> GSM827796     4  0.1643    0.33243 0.000 0.068 0.000 0.924 0.000 0.008
#> GSM827797     4  0.2001    0.36915 0.000 0.008 0.012 0.912 0.000 0.068
#> GSM827798     4  0.5615    0.20090 0.000 0.088 0.000 0.644 0.196 0.072
#> GSM827799     4  0.6213   -0.38110 0.000 0.068 0.004 0.440 0.420 0.068
#> GSM827800     5  0.0806    0.83148 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> GSM827801     5  0.0146    0.83518 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM827802     4  0.4540    0.24254 0.000 0.324 0.000 0.632 0.036 0.008
#> GSM827803     3  0.6103    0.30819 0.096 0.008 0.616 0.004 0.068 0.208
#> GSM827804     4  0.4076    0.11101 0.000 0.396 0.000 0.592 0.000 0.012

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> SD:mclust 136         1.34e-14 2
#> SD:mclust 115         2.86e-15 3
#> SD:mclust 123         8.51e-14 4
#> SD:mclust  61         2.63e-07 5
#> SD:mclust  40         1.06e-05 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

SD:NMF

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.854           0.899       0.959         0.4911 0.511   0.511
#> 3 3 0.639           0.596       0.826         0.2810 0.777   0.602
#> 4 4 0.620           0.554       0.791         0.1630 0.786   0.503
#> 5 5 0.711           0.757       0.846         0.0683 0.843   0.500
#> 6 6 0.638           0.590       0.742         0.0387 0.976   0.890

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827696     1  0.9922     0.1917 0.552 0.448
#> GSM827697     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827701     1  0.2603     0.9177 0.956 0.044
#> GSM827702     2  0.4161     0.8823 0.084 0.916
#> GSM827703     1  0.0376     0.9535 0.996 0.004
#> GSM827704     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.9491     0.4053 0.368 0.632
#> GSM827707     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.9323     0.4758 0.348 0.652
#> GSM827710     2  0.7139     0.7488 0.196 0.804
#> GSM827711     2  0.2236     0.9275 0.036 0.964
#> GSM827712     2  0.7219     0.7430 0.200 0.800
#> GSM827713     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.9686     0.3590 0.396 0.604
#> GSM827717     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.4298     0.8722 0.912 0.088
#> GSM827723     2  0.0376     0.9517 0.004 0.996
#> GSM827724     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.3274     0.9061 0.060 0.940
#> GSM827726     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827727     1  0.9427     0.4198 0.640 0.360
#> GSM827728     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.6623     0.7770 0.172 0.828
#> GSM827744     2  0.0376     0.9516 0.004 0.996
#> GSM827745     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.9710     0.3474 0.400 0.600
#> GSM827753     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.9000     0.5270 0.316 0.684
#> GSM827759     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.1414     0.9403 0.020 0.980
#> GSM827769     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.6247     0.8018 0.156 0.844
#> GSM827776     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.1633     0.9366 0.976 0.024
#> GSM827779     2  0.9881     0.2439 0.436 0.564
#> GSM827780     2  0.1184     0.9433 0.016 0.984
#> GSM827781     2  0.1184     0.9434 0.016 0.984
#> GSM827782     2  0.3274     0.9078 0.060 0.940
#> GSM827783     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827786     1  0.9522     0.4102 0.628 0.372
#> GSM827787     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827788     1  0.7674     0.6957 0.776 0.224
#> GSM827789     1  0.8267     0.6286 0.740 0.260
#> GSM827790     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.4690     0.8664 0.100 0.900
#> GSM827792     1  0.9977     0.0693 0.528 0.472
#> GSM827793     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.2778     0.9170 0.048 0.952
#> GSM827795     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000     0.9568 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.9543 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.3888     0.7901 0.888 0.064 0.048
#> GSM827666     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.6451     0.5410 0.560 0.004 0.436
#> GSM827668     1  0.7372     0.4926 0.520 0.032 0.448
#> GSM827669     1  0.7744     0.4702 0.504 0.048 0.448
#> GSM827670     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.6140     0.5738 0.596 0.000 0.404
#> GSM827676     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.4346     0.7612 0.816 0.000 0.184
#> GSM827679     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.2959     0.8178 0.900 0.000 0.100
#> GSM827689     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.5785     0.6417 0.668 0.000 0.332
#> GSM827694     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.1950     0.7319 0.008 0.952 0.040
#> GSM827697     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.7159     0.5030 0.528 0.024 0.448
#> GSM827699     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.2959     0.7798 0.900 0.100 0.000
#> GSM827702     2  0.0424     0.7380 0.000 0.992 0.008
#> GSM827703     3  0.9483     0.0317 0.188 0.364 0.448
#> GSM827704     2  0.1031     0.7316 0.000 0.976 0.024
#> GSM827705     1  0.3028     0.8178 0.920 0.032 0.048
#> GSM827706     2  0.5728     0.3133 0.272 0.720 0.008
#> GSM827707     1  0.0424     0.8666 0.992 0.000 0.008
#> GSM827708     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827709     3  0.1753     0.4846 0.000 0.048 0.952
#> GSM827710     2  0.6267     0.1910 0.000 0.548 0.452
#> GSM827711     2  0.6274     0.1802 0.000 0.544 0.456
#> GSM827712     3  0.6307    -0.1349 0.000 0.488 0.512
#> GSM827713     2  0.0747     0.7348 0.000 0.984 0.016
#> GSM827714     2  0.0000     0.7377 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.1753     0.4846 0.000 0.048 0.952
#> GSM827716     2  0.7661     0.1193 0.044 0.504 0.452
#> GSM827717     2  0.0592     0.7378 0.000 0.988 0.012
#> GSM827718     2  0.0592     0.7366 0.000 0.988 0.012
#> GSM827719     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827720     2  0.5291     0.4742 0.000 0.732 0.268
#> GSM827721     3  0.6244     0.5270 0.000 0.440 0.560
#> GSM827722     1  0.7708     0.1269 0.528 0.424 0.048
#> GSM827723     3  0.5905     0.5287 0.000 0.352 0.648
#> GSM827724     2  0.4842     0.5084 0.000 0.776 0.224
#> GSM827725     2  0.0000     0.7377 0.000 1.000 0.000
#> GSM827726     1  0.8063     0.4445 0.488 0.064 0.448
#> GSM827727     2  0.5012     0.5027 0.008 0.788 0.204
#> GSM827728     2  0.6295     0.0473 0.000 0.528 0.472
#> GSM827729     2  0.6215    -0.2511 0.000 0.572 0.428
#> GSM827730     2  0.6225    -0.2703 0.000 0.568 0.432
#> GSM827731     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827732     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827733     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827734     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827735     2  0.1964     0.7304 0.000 0.944 0.056
#> GSM827736     2  0.1529     0.7348 0.000 0.960 0.040
#> GSM827737     3  0.6252     0.4794 0.000 0.444 0.556
#> GSM827738     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827739     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.6314     0.5824 0.604 0.004 0.392
#> GSM827741     1  0.6661     0.5662 0.588 0.012 0.400
#> GSM827742     2  0.8464     0.0493 0.088 0.464 0.448
#> GSM827743     2  0.1411     0.7352 0.000 0.964 0.036
#> GSM827744     2  0.1753     0.7305 0.000 0.952 0.048
#> GSM827745     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827746     2  0.1411     0.7352 0.000 0.964 0.036
#> GSM827747     2  0.6235    -0.2748 0.000 0.564 0.436
#> GSM827748     3  0.6215     0.5314 0.000 0.428 0.572
#> GSM827749     3  0.6308     0.4388 0.000 0.492 0.508
#> GSM827750     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827751     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827752     3  0.1525     0.4459 0.004 0.032 0.964
#> GSM827753     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827754     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827755     2  0.0592     0.7360 0.000 0.988 0.012
#> GSM827756     2  0.1860     0.7304 0.000 0.948 0.052
#> GSM827757     2  0.1964     0.7039 0.000 0.944 0.056
#> GSM827758     2  0.1525     0.7276 0.004 0.964 0.032
#> GSM827759     1  0.8755     0.4176 0.488 0.112 0.400
#> GSM827760     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.1529     0.7204 0.000 0.960 0.040
#> GSM827762     2  0.4555     0.4649 0.000 0.800 0.200
#> GSM827763     2  0.1031     0.7331 0.000 0.976 0.024
#> GSM827764     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827765     2  0.1031     0.7372 0.000 0.976 0.024
#> GSM827766     2  0.1289     0.7296 0.000 0.968 0.032
#> GSM827767     2  0.1529     0.7348 0.000 0.960 0.040
#> GSM827768     3  0.6244    -0.0463 0.000 0.440 0.560
#> GSM827769     2  0.6192    -0.2518 0.000 0.580 0.420
#> GSM827770     2  0.2066     0.7291 0.000 0.940 0.060
#> GSM827771     2  0.1411     0.7352 0.000 0.964 0.036
#> GSM827772     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827773     3  0.6192     0.5328 0.000 0.420 0.580
#> GSM827774     2  0.6280     0.1785 0.000 0.540 0.460
#> GSM827775     3  0.1753     0.4846 0.000 0.048 0.952
#> GSM827776     2  0.0892     0.7347 0.000 0.980 0.020
#> GSM827777     2  0.5810     0.0685 0.000 0.664 0.336
#> GSM827778     3  0.8891    -0.0572 0.120 0.432 0.448
#> GSM827779     2  0.8524     0.0404 0.092 0.456 0.452
#> GSM827780     2  0.6168     0.2010 0.000 0.588 0.412
#> GSM827781     2  0.2492     0.7216 0.016 0.936 0.048
#> GSM827782     2  0.2173     0.7275 0.008 0.944 0.048
#> GSM827783     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0237     0.8681 0.996 0.004 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.8708 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.3148     0.7044 0.036 0.916 0.048
#> GSM827787     2  0.1031     0.7316 0.000 0.976 0.024
#> GSM827788     2  0.6140     0.2148 0.404 0.596 0.000
#> GSM827789     2  0.6260     0.1927 0.000 0.552 0.448
#> GSM827790     2  0.1289     0.7271 0.000 0.968 0.032
#> GSM827791     3  0.1753     0.4846 0.000 0.048 0.952
#> GSM827792     2  0.6476     0.1896 0.004 0.548 0.448
#> GSM827793     2  0.1753     0.7305 0.000 0.952 0.048
#> GSM827794     2  0.0592     0.7360 0.000 0.988 0.012
#> GSM827795     2  0.0747     0.7359 0.000 0.984 0.016
#> GSM827796     2  0.5859     0.0454 0.000 0.656 0.344
#> GSM827797     2  0.5327     0.2806 0.000 0.728 0.272
#> GSM827798     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827799     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827800     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827801     3  0.6260     0.5223 0.000 0.448 0.552
#> GSM827802     2  0.1031     0.7316 0.000 0.976 0.024
#> GSM827803     1  0.6126     0.5770 0.600 0.000 0.400
#> GSM827804     2  0.1411     0.7264 0.000 0.964 0.036

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     4  0.6832     0.4476 0.116 0.272 0.008 0.604
#> GSM827666     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827667     4  0.4866    -0.0730 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM827668     4  0.0336     0.5787 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM827669     4  0.0000     0.5818 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0188     0.9321 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827672     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827673     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0657     0.9277 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM827675     1  0.5050     0.4730 0.588 0.000 0.004 0.408
#> GSM827676     1  0.0804     0.9229 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM827677     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827678     1  0.2868     0.8268 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM827679     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0188     0.9315 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827687     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.1743     0.8980 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM827689     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827690     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827691     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827693     1  0.4817     0.5136 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM827694     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0469     0.5921 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827697     1  0.3344     0.8255 0.876 0.092 0.008 0.024
#> GSM827698     4  0.3837     0.3663 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM827699     1  0.2944     0.8034 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM827700     1  0.0524     0.9279 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM827701     1  0.1256     0.9121 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM827702     2  0.5161     0.1237 0.000 0.592 0.008 0.400
#> GSM827703     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827704     2  0.4088     0.5367 0.000 0.820 0.040 0.140
#> GSM827705     4  0.7052     0.4416 0.152 0.244 0.008 0.596
#> GSM827706     2  0.5548     0.3258 0.340 0.628 0.032 0.000
#> GSM827707     1  0.0779     0.9256 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM827708     2  0.3453     0.5715 0.000 0.868 0.052 0.080
#> GSM827709     3  0.4761     0.5333 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM827710     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827711     4  0.1004     0.5712 0.000 0.024 0.004 0.972
#> GSM827712     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827713     2  0.1388     0.5987 0.000 0.960 0.028 0.012
#> GSM827714     2  0.5213     0.2916 0.000 0.652 0.020 0.328
#> GSM827715     3  0.4543     0.5762 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM827716     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827717     2  0.5928    -0.0955 0.000 0.508 0.036 0.456
#> GSM827718     2  0.5645     0.1793 0.000 0.604 0.032 0.364
#> GSM827719     4  0.5807     0.4295 0.000 0.364 0.040 0.596
#> GSM827720     2  0.5496     0.3440 0.000 0.652 0.312 0.036
#> GSM827721     3  0.0592     0.7850 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827722     4  0.6156     0.4492 0.008 0.336 0.048 0.608
#> GSM827723     3  0.1059     0.7801 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM827724     4  0.5855     0.4374 0.000 0.356 0.044 0.600
#> GSM827725     2  0.0817     0.5899 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM827726     4  0.3123     0.4509 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM827727     2  0.3810     0.4912 0.000 0.804 0.008 0.188
#> GSM827728     2  0.6948     0.2678 0.000 0.588 0.204 0.208
#> GSM827729     3  0.4661     0.3441 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM827730     2  0.4564     0.3693 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM827731     4  0.5869     0.4328 0.000 0.360 0.044 0.596
#> GSM827732     4  0.5884     0.4268 0.000 0.364 0.044 0.592
#> GSM827733     4  0.5855     0.4374 0.000 0.356 0.044 0.600
#> GSM827734     3  0.0707     0.7846 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827735     4  0.5855     0.4374 0.000 0.356 0.044 0.600
#> GSM827736     2  0.5938    -0.1636 0.000 0.488 0.036 0.476
#> GSM827737     3  0.4356     0.4954 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM827738     2  0.4134     0.4653 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.5709     0.4878 0.588 0.024 0.004 0.384
#> GSM827741     4  0.7803    -0.1408 0.352 0.252 0.000 0.396
#> GSM827742     4  0.4950     0.1203 0.000 0.376 0.004 0.620
#> GSM827743     2  0.0707     0.5900 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827744     2  0.5217     0.1148 0.000 0.608 0.012 0.380
#> GSM827745     2  0.4222     0.4508 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM827746     2  0.5708     0.0485 0.000 0.556 0.028 0.416
#> GSM827747     3  0.4277     0.4873 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM827748     3  0.0592     0.7850 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827749     3  0.6854     0.2276 0.000 0.332 0.548 0.120
#> GSM827750     3  0.0707     0.7846 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827751     4  0.5807     0.4295 0.000 0.364 0.040 0.596
#> GSM827752     4  0.2868     0.4353 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM827753     3  0.0707     0.7846 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827754     2  0.3726     0.5074 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM827755     2  0.3427     0.5228 0.000 0.860 0.028 0.112
#> GSM827756     4  0.5913     0.4397 0.000 0.352 0.048 0.600
#> GSM827757     2  0.4564     0.3678 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM827758     2  0.3528     0.5245 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM827759     4  0.7770    -0.1618 0.364 0.240 0.000 0.396
#> GSM827760     1  0.0000     0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.4103     0.4676 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM827762     2  0.4250     0.4573 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM827763     2  0.6262     0.1189 0.000 0.540 0.060 0.400
#> GSM827764     2  0.4072     0.4747 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827765     2  0.5592     0.0952 0.000 0.572 0.024 0.404
#> GSM827766     2  0.6792     0.2116 0.000 0.548 0.112 0.340
#> GSM827767     4  0.6008     0.1916 0.000 0.464 0.040 0.496
#> GSM827768     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827769     4  0.7495     0.2728 0.000 0.340 0.192 0.468
#> GSM827770     4  0.5869     0.4328 0.000 0.360 0.044 0.596
#> GSM827771     2  0.5167     0.2443 0.000 0.644 0.016 0.340
#> GSM827772     2  0.2647     0.5662 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM827773     3  0.0592     0.7850 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827774     4  0.4677     0.5286 0.000 0.192 0.040 0.768
#> GSM827775     3  0.4790     0.5248 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM827776     2  0.6235     0.0587 0.000 0.524 0.056 0.420
#> GSM827777     4  0.7752     0.2473 0.000 0.360 0.236 0.404
#> GSM827778     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827779     4  0.0188     0.5820 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827780     4  0.4920     0.0759 0.000 0.368 0.004 0.628
#> GSM827781     4  0.6322     0.3057 0.032 0.420 0.016 0.532
#> GSM827782     4  0.6108     0.4392 0.012 0.352 0.036 0.600
#> GSM827783     1  0.0376     0.9316 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827784     1  0.3301     0.8337 0.876 0.076 0.048 0.000
#> GSM827785     1  0.0188     0.9315 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827786     2  0.6109     0.0733 0.036 0.568 0.008 0.388
#> GSM827787     2  0.1637     0.5950 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM827788     2  0.5702     0.4566 0.196 0.720 0.008 0.076
#> GSM827789     4  0.0779     0.5759 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM827790     2  0.3942     0.4872 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM827791     3  0.4933     0.4618 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM827792     4  0.0000     0.5818 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827793     4  0.5626     0.4054 0.000 0.384 0.028 0.588
#> GSM827794     2  0.0817     0.5986 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM827795     2  0.5970     0.2387 0.000 0.600 0.052 0.348
#> GSM827796     2  0.4925     0.2593 0.000 0.572 0.428 0.000
#> GSM827797     2  0.4836     0.3741 0.008 0.672 0.320 0.000
#> GSM827798     3  0.1022     0.7779 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM827799     3  0.0707     0.7846 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827800     3  0.2125     0.7354 0.004 0.076 0.920 0.000
#> GSM827801     3  0.0817     0.7765 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM827802     2  0.3009     0.5789 0.000 0.892 0.052 0.056
#> GSM827803     1  0.5016     0.4923 0.600 0.000 0.004 0.396
#> GSM827804     2  0.3383     0.5943 0.000 0.872 0.076 0.052

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.1557     0.7912 0.052 0.940 0.008 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0579     0.9587 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4725     0.6562 0.200 0.080 0.720 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.3910     0.7009 0.008 0.272 0.720 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.3814     0.6998 0.004 0.276 0.720 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0404     0.9606 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0404     0.9606 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0865     0.9520 0.972 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.3949     0.5709 0.300 0.004 0.696 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0510     0.9576 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM827677     1  0.0451     0.9603 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.1544     0.9018 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0324     0.9623 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM827681     1  0.0290     0.9619 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0290     0.9619 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0162     0.9623 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0404     0.9606 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0963     0.9380 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0566     0.9588 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     3  0.4307     0.1722 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.1168     0.8503 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> GSM827697     1  0.1894     0.9048 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4755     0.6302 0.244 0.060 0.696 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0912     0.9528 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0324     0.9620 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM827701     1  0.0992     0.9479 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> GSM827702     2  0.3430     0.7696 0.012 0.824 0.012 0.152 0.000
#> GSM827703     3  0.3684     0.6977 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.3353     0.7398 0.000 0.196 0.008 0.796 0.000
#> GSM827705     2  0.1768     0.7764 0.072 0.924 0.004 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.6117     0.3497 0.368 0.096 0.012 0.524 0.000
#> GSM827707     1  0.4049     0.7385 0.792 0.084 0.124 0.000 0.000
#> GSM827708     4  0.4898     0.3580 0.000 0.376 0.032 0.592 0.000
#> GSM827709     3  0.4331     0.3431 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400
#> GSM827710     3  0.3774     0.6906 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.4146     0.6993 0.000 0.268 0.716 0.012 0.004
#> GSM827712     3  0.3895     0.6667 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.2891     0.7690 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM827714     2  0.3966     0.5015 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM827715     5  0.3561     0.5278 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM827716     3  0.3730     0.6946 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.4767     0.7305 0.000 0.720 0.192 0.088 0.000
#> GSM827718     2  0.5013     0.6836 0.000 0.700 0.000 0.108 0.192
#> GSM827719     2  0.0324     0.8129 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM827720     4  0.3047     0.6789 0.000 0.004 0.160 0.832 0.004
#> GSM827721     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.2329     0.7288 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.0162     0.8922 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827724     2  0.3366     0.7329 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM827725     4  0.3305     0.7143 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM827726     3  0.5611     0.6812 0.152 0.212 0.636 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.2293     0.7900 0.000 0.016 0.084 0.900 0.000
#> GSM827728     3  0.4696     0.0206 0.000 0.016 0.556 0.428 0.000
#> GSM827729     5  0.5902     0.4261 0.000 0.192 0.000 0.208 0.600
#> GSM827730     4  0.0162     0.8484 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM827731     2  0.0693     0.8163 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM827732     2  0.0579     0.8156 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM827733     2  0.1197     0.7966 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM827734     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.1043     0.7997 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM827736     2  0.2193     0.8119 0.000 0.900 0.008 0.092 0.000
#> GSM827737     5  0.0794     0.8762 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM827738     4  0.0865     0.8418 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM827739     1  0.0000     0.9633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.5940     0.5306 0.292 0.000 0.568 0.140 0.000
#> GSM827741     3  0.5522     0.5184 0.092 0.000 0.600 0.308 0.000
#> GSM827742     3  0.4109     0.5500 0.000 0.012 0.700 0.288 0.000
#> GSM827743     4  0.2773     0.7750 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM827744     2  0.3033     0.8074 0.000 0.864 0.052 0.084 0.000
#> GSM827745     4  0.0510     0.8418 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827746     2  0.2471     0.7912 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM827747     5  0.6161     0.6090 0.000 0.112 0.248 0.028 0.612
#> GSM827748     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.6488     0.4839 0.000 0.548 0.252 0.012 0.188
#> GSM827750     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0798     0.8161 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM827752     3  0.4250     0.5435 0.000 0.028 0.720 0.000 0.252
#> GSM827753     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827754     4  0.0703     0.8510 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM827755     2  0.5655     0.6197 0.000 0.640 0.004 0.132 0.224
#> GSM827756     2  0.0880     0.8059 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.0290     0.8444 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827758     4  0.0727     0.8439 0.004 0.004 0.012 0.980 0.000
#> GSM827759     3  0.5644     0.4887 0.096 0.000 0.576 0.328 0.000
#> GSM827760     1  0.2505     0.8753 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> GSM827761     4  0.0162     0.8484 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM827762     4  0.2670     0.8220 0.000 0.028 0.080 0.888 0.004
#> GSM827763     2  0.4559     0.7557 0.000 0.748 0.152 0.100 0.000
#> GSM827764     4  0.1484     0.8464 0.000 0.048 0.008 0.944 0.000
#> GSM827765     2  0.3388     0.7360 0.000 0.792 0.008 0.200 0.000
#> GSM827766     2  0.7211     0.4296 0.000 0.464 0.264 0.240 0.032
#> GSM827767     2  0.1628     0.8163 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> GSM827768     3  0.4227     0.5039 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> GSM827769     2  0.5067     0.7294 0.000 0.736 0.108 0.020 0.136
#> GSM827770     2  0.1410     0.7938 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM827771     2  0.4067     0.5938 0.000 0.692 0.008 0.300 0.000
#> GSM827772     4  0.0566     0.8509 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM827773     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0880     0.8020 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.3508     0.3104 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM827776     2  0.3749     0.7888 0.000 0.816 0.080 0.104 0.000
#> GSM827777     2  0.4941     0.4803 0.000 0.628 0.044 0.000 0.328
#> GSM827778     3  0.3661     0.6984 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.4088     0.6188 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.5136     0.6605 0.000 0.128 0.692 0.180 0.000
#> GSM827781     2  0.1211     0.8163 0.000 0.960 0.024 0.016 0.000
#> GSM827782     2  0.0566     0.8119 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM827783     1  0.1168     0.9479 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.4610     0.3841 0.596 0.000 0.016 0.388 0.000
#> GSM827785     1  0.0404     0.9606 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.5618     0.6385 0.000 0.628 0.136 0.236 0.000
#> GSM827787     4  0.0404     0.8508 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM827788     4  0.4998     0.5026 0.032 0.328 0.008 0.632 0.000
#> GSM827789     3  0.3884     0.6937 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> GSM827790     4  0.0609     0.8507 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM827791     3  0.4171     0.3534 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM827792     3  0.3752     0.6925 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.2270     0.7877 0.000 0.904 0.076 0.020 0.000
#> GSM827794     4  0.0510     0.8515 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM827795     2  0.3789     0.7234 0.000 0.760 0.016 0.224 0.000
#> GSM827796     4  0.2756     0.8050 0.000 0.024 0.004 0.880 0.092
#> GSM827797     4  0.0290     0.8461 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827798     5  0.3635     0.7171 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM827799     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827800     5  0.1197     0.8668 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM827801     5  0.0000     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827802     4  0.4182     0.2678 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827803     3  0.3949     0.5672 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> GSM827804     4  0.5382     0.6163 0.000 0.224 0.120 0.656 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> GSM827665     2  0.4978     0.5515 0.156 0.704 0.036 0.000 0.000 NA
#> GSM827666     1  0.3952     0.7714 0.772 0.016 0.048 0.000 0.000 NA
#> GSM827667     3  0.3293     0.7022 0.140 0.048 0.812 0.000 0.000 NA
#> GSM827668     3  0.2948     0.7147 0.008 0.188 0.804 0.000 0.000 NA
#> GSM827669     3  0.2994     0.7117 0.004 0.208 0.788 0.000 0.000 NA
#> GSM827670     1  0.2350     0.8115 0.880 0.000 0.020 0.000 0.000 NA
#> GSM827671     1  0.2412     0.8141 0.880 0.000 0.028 0.000 0.000 NA
#> GSM827672     1  0.1176     0.8438 0.956 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> GSM827673     1  0.0260     0.8454 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM827674     1  0.2377     0.8300 0.892 0.008 0.024 0.000 0.000 NA
#> GSM827675     3  0.3380     0.6202 0.244 0.004 0.748 0.000 0.000 NA
#> GSM827676     1  0.2554     0.8273 0.876 0.000 0.004 0.028 0.000 NA
#> GSM827677     1  0.3189     0.7875 0.796 0.000 0.020 0.000 0.000 NA
#> GSM827678     1  0.2854     0.6782 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 NA
#> GSM827679     1  0.0508     0.8443 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM827680     1  0.1802     0.8267 0.916 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM827681     1  0.1151     0.8383 0.956 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM827682     1  0.1858     0.8234 0.912 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM827683     1  0.0692     0.8439 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM827684     1  0.0146     0.8452 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM827685     1  0.0632     0.8446 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM827686     1  0.1765     0.8326 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM827687     1  0.2480     0.8040 0.872 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> GSM827688     1  0.2949     0.7616 0.832 0.000 0.140 0.000 0.000 NA
#> GSM827689     1  0.0405     0.8456 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM827690     1  0.2581     0.8160 0.856 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM827691     1  0.0405     0.8454 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM827692     1  0.1082     0.8432 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM827693     3  0.3756     0.3808 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 NA
#> GSM827694     1  0.1007     0.8435 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM827695     1  0.1556     0.8367 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM827696     4  0.5284     0.5171 0.012 0.060 0.016 0.616 0.000 NA
#> GSM827697     1  0.4125     0.7484 0.740 0.028 0.024 0.000 0.000 NA
#> GSM827698     3  0.3683     0.6802 0.184 0.048 0.768 0.000 0.000 NA
#> GSM827699     1  0.4745     0.7274 0.708 0.024 0.080 0.000 0.000 NA
#> GSM827700     1  0.2445     0.8217 0.868 0.000 0.004 0.008 0.000 NA
#> GSM827701     1  0.4443     0.7156 0.708 0.004 0.008 0.052 0.000 NA
#> GSM827702     2  0.7730     0.1005 0.044 0.376 0.068 0.244 0.000 NA
#> GSM827703     3  0.2793     0.7104 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 NA
#> GSM827704     4  0.3655     0.6405 0.000 0.136 0.000 0.788 0.000 NA
#> GSM827705     2  0.6724     0.2624 0.308 0.440 0.056 0.000 0.000 NA
#> GSM827706     1  0.7364     0.1962 0.428 0.072 0.024 0.200 0.000 NA
#> GSM827707     1  0.6286     0.5250 0.584 0.128 0.108 0.000 0.000 NA
#> GSM827708     4  0.6417     0.3066 0.000 0.276 0.032 0.476 0.000 NA
#> GSM827709     3  0.3937     0.3376 0.000 0.000 0.572 0.000 0.424 NA
#> GSM827710     3  0.3969     0.6250 0.000 0.344 0.644 0.004 0.000 NA
#> GSM827711     3  0.3579     0.7131 0.000 0.180 0.788 0.008 0.012 NA
#> GSM827712     3  0.3405     0.6857 0.000 0.272 0.724 0.000 0.000 NA
#> GSM827713     4  0.4620     0.5678 0.000 0.220 0.032 0.704 0.000 NA
#> GSM827714     2  0.5274     0.0741 0.000 0.492 0.000 0.408 0.000 NA
#> GSM827715     5  0.3695     0.1727 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 NA
#> GSM827716     3  0.3023     0.7045 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000 NA
#> GSM827717     2  0.5882     0.2117 0.000 0.476 0.000 0.280 0.000 NA
#> GSM827718     4  0.7281    -0.0331 0.000 0.340 0.000 0.356 0.172 NA
#> GSM827719     2  0.1599     0.6605 0.000 0.940 0.028 0.008 0.000 NA
#> GSM827720     4  0.4581     0.3796 0.000 0.000 0.368 0.596 0.016 NA
#> GSM827721     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827722     2  0.3820     0.5873 0.004 0.780 0.144 0.000 0.000 NA
#> GSM827723     5  0.3486     0.7149 0.052 0.000 0.008 0.000 0.812 NA
#> GSM827724     2  0.4199     0.5604 0.000 0.676 0.024 0.008 0.000 NA
#> GSM827725     4  0.5906     0.4334 0.000 0.232 0.028 0.572 0.000 NA
#> GSM827726     3  0.4805     0.6843 0.160 0.120 0.704 0.000 0.000 NA
#> GSM827727     4  0.5048     0.5363 0.000 0.064 0.244 0.660 0.000 NA
#> GSM827728     3  0.6166     0.3905 0.000 0.020 0.504 0.260 0.000 NA
#> GSM827729     5  0.4651     0.4124 0.000 0.056 0.000 0.304 0.636 NA
#> GSM827730     4  0.1262     0.6999 0.000 0.008 0.016 0.956 0.000 NA
#> GSM827731     2  0.0767     0.6605 0.000 0.976 0.004 0.012 0.000 NA
#> GSM827732     2  0.1592     0.6553 0.000 0.940 0.008 0.032 0.000 NA
#> GSM827733     2  0.3153     0.6456 0.000 0.856 0.048 0.000 0.032 NA
#> GSM827734     5  0.0632     0.8046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM827735     2  0.3238     0.6393 0.000 0.848 0.072 0.000 0.024 NA
#> GSM827736     2  0.2265     0.6515 0.000 0.904 0.012 0.056 0.000 NA
#> GSM827737     5  0.3151     0.5585 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 NA
#> GSM827738     4  0.4463     0.6685 0.000 0.012 0.060 0.780 0.064 NA
#> GSM827739     1  0.0858     0.8453 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM827740     3  0.5250     0.5859 0.244 0.000 0.632 0.108 0.000 NA
#> GSM827741     3  0.4928     0.5364 0.040 0.000 0.640 0.288 0.000 NA
#> GSM827742     3  0.3050     0.6611 0.000 0.004 0.832 0.136 0.000 NA
#> GSM827743     4  0.3622     0.6089 0.000 0.212 0.004 0.760 0.000 NA
#> GSM827744     2  0.4046     0.6379 0.000 0.796 0.048 0.084 0.000 NA
#> GSM827745     4  0.4425     0.5555 0.008 0.012 0.028 0.696 0.000 NA
#> GSM827746     2  0.2981     0.6004 0.000 0.820 0.000 0.160 0.000 NA
#> GSM827747     5  0.7375     0.1104 0.000 0.152 0.000 0.172 0.356 NA
#> GSM827748     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827749     2  0.7910     0.3521 0.000 0.452 0.156 0.064 0.156 NA
#> GSM827750     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827751     2  0.1307     0.6596 0.000 0.952 0.008 0.032 0.000 NA
#> GSM827752     3  0.3977     0.5407 0.000 0.020 0.692 0.000 0.284 NA
#> GSM827753     5  0.1141     0.7840 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM827754     4  0.1921     0.6937 0.000 0.032 0.000 0.916 0.000 NA
#> GSM827755     2  0.7241     0.1539 0.000 0.380 0.000 0.276 0.244 NA
#> GSM827756     2  0.3956     0.6412 0.004 0.788 0.104 0.008 0.000 NA
#> GSM827757     4  0.3354     0.6203 0.000 0.000 0.016 0.792 0.008 NA
#> GSM827758     4  0.4847     0.5430 0.056 0.000 0.032 0.684 0.000 NA
#> GSM827759     3  0.7078     0.1133 0.088 0.000 0.372 0.344 0.000 NA
#> GSM827760     1  0.6421     0.4205 0.504 0.008 0.096 0.064 0.000 NA
#> GSM827761     4  0.0820     0.6979 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 NA
#> GSM827762     4  0.3974     0.6477 0.000 0.044 0.012 0.772 0.004 NA
#> GSM827763     2  0.6655    -0.0116 0.000 0.360 0.028 0.312 0.000 NA
#> GSM827764     4  0.3368     0.6797 0.000 0.088 0.004 0.824 0.000 NA
#> GSM827765     2  0.4386     0.3660 0.000 0.620 0.004 0.348 0.000 NA
#> GSM827766     4  0.6491     0.1630 0.000 0.236 0.012 0.416 0.008 NA
#> GSM827767     2  0.4542     0.5235 0.000 0.716 0.008 0.176 0.000 NA
#> GSM827768     3  0.4709     0.4066 0.000 0.412 0.540 0.000 0.000 NA
#> GSM827769     2  0.4811     0.5953 0.000 0.740 0.044 0.008 0.076 NA
#> GSM827770     2  0.2897     0.6342 0.000 0.852 0.088 0.000 0.000 NA
#> GSM827771     2  0.6614    -0.0228 0.000 0.404 0.148 0.388 0.000 NA
#> GSM827772     4  0.2971     0.6481 0.000 0.020 0.004 0.832 0.000 NA
#> GSM827773     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827774     2  0.2404     0.6433 0.000 0.884 0.080 0.000 0.000 NA
#> GSM827775     3  0.5240     0.5507 0.000 0.016 0.588 0.000 0.076 NA
#> GSM827776     2  0.3210     0.6212 0.000 0.836 0.004 0.088 0.000 NA
#> GSM827777     2  0.5182     0.1695 0.000 0.540 0.008 0.000 0.380 NA
#> GSM827778     3  0.2697     0.7132 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 NA
#> GSM827779     3  0.3586     0.6820 0.000 0.268 0.720 0.000 0.000 NA
#> GSM827780     3  0.4259     0.6703 0.000 0.076 0.740 0.176 0.000 NA
#> GSM827781     2  0.8282     0.1096 0.040 0.280 0.172 0.248 0.000 NA
#> GSM827782     2  0.2434     0.6627 0.000 0.896 0.032 0.016 0.000 NA
#> GSM827783     1  0.5780     0.5520 0.592 0.080 0.048 0.004 0.000 NA
#> GSM827784     1  0.6703     0.0786 0.392 0.000 0.036 0.308 0.000 NA
#> GSM827785     1  0.2006     0.8224 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM827786     2  0.8305     0.1701 0.056 0.320 0.172 0.172 0.000 NA
#> GSM827787     4  0.1606     0.6907 0.000 0.008 0.004 0.932 0.000 NA
#> GSM827788     4  0.8596     0.0914 0.156 0.196 0.092 0.288 0.000 NA
#> GSM827789     3  0.3384     0.7132 0.000 0.132 0.820 0.032 0.000 NA
#> GSM827790     4  0.2775     0.6860 0.000 0.040 0.000 0.856 0.000 NA
#> GSM827791     3  0.3737     0.4004 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 NA
#> GSM827792     3  0.3023     0.7052 0.000 0.212 0.784 0.000 0.000 NA
#> GSM827793     2  0.3809     0.6296 0.000 0.808 0.084 0.028 0.000 NA
#> GSM827794     4  0.2011     0.6865 0.000 0.020 0.004 0.912 0.000 NA
#> GSM827795     2  0.3678     0.5624 0.000 0.748 0.008 0.228 0.000 NA
#> GSM827796     4  0.3239     0.6908 0.000 0.024 0.028 0.860 0.068 NA
#> GSM827797     4  0.2287     0.6973 0.012 0.000 0.036 0.904 0.000 NA
#> GSM827798     5  0.6002     0.4216 0.000 0.044 0.000 0.096 0.504 NA
#> GSM827799     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827800     5  0.2979     0.7359 0.000 0.000 0.000 0.044 0.840 NA
#> GSM827801     5  0.0000     0.8095 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM827802     2  0.6405     0.0523 0.000 0.424 0.032 0.368 0.000 NA
#> GSM827803     3  0.4183     0.5806 0.268 0.000 0.692 0.004 0.000 NA
#> GSM827804     4  0.6172     0.4636 0.000 0.168 0.044 0.552 0.000 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>          n disease.state(p) k
#> SD:NMF 131         8.68e-15 2
#> SD:NMF 103         1.47e-13 3
#> SD:NMF  77         6.74e-08 4
#> SD:NMF 126         1.15e-11 5
#> SD:NMF 107         1.08e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.286           0.584       0.688         0.3284 0.496   0.496
#> 3 3 0.260           0.667       0.820         0.4264 0.698   0.534
#> 4 4 0.442           0.679       0.846         0.1966 0.855   0.739
#> 5 5 0.469           0.659       0.809         0.1398 0.867   0.720
#> 6 6 0.482           0.581       0.771         0.0794 0.972   0.921

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.2603     0.7084 0.956 0.044
#> GSM827666     1  0.3274     0.7012 0.940 0.060
#> GSM827667     1  0.4562     0.6930 0.904 0.096
#> GSM827668     1  0.4562     0.6930 0.904 0.096
#> GSM827669     1  0.4562     0.6930 0.904 0.096
#> GSM827670     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0376     0.7159 0.996 0.004
#> GSM827674     1  0.0938     0.7150 0.988 0.012
#> GSM827675     1  0.4562     0.6930 0.904 0.096
#> GSM827676     1  0.8207     0.4425 0.744 0.256
#> GSM827677     1  0.0672     0.7156 0.992 0.008
#> GSM827678     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.7157 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0376     0.7159 0.996 0.004
#> GSM827695     1  0.0376     0.7159 0.996 0.004
#> GSM827696     2  0.9866     0.7906 0.432 0.568
#> GSM827697     1  0.2778     0.7081 0.952 0.048
#> GSM827698     1  0.4562     0.6930 0.904 0.096
#> GSM827699     1  0.8955     0.2578 0.688 0.312
#> GSM827700     1  0.9044     0.2255 0.680 0.320
#> GSM827701     1  0.9754    -0.2416 0.592 0.408
#> GSM827702     2  0.9795     0.8061 0.416 0.584
#> GSM827703     1  0.6343     0.6402 0.840 0.160
#> GSM827704     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827705     1  0.2603     0.7084 0.956 0.044
#> GSM827706     2  0.9944     0.7342 0.456 0.544
#> GSM827707     1  0.0376     0.7159 0.996 0.004
#> GSM827708     2  0.9754     0.8095 0.408 0.592
#> GSM827709     2  0.9427     0.2789 0.360 0.640
#> GSM827710     1  0.9323     0.1144 0.652 0.348
#> GSM827711     1  0.7376     0.5749 0.792 0.208
#> GSM827712     1  0.6801     0.6189 0.820 0.180
#> GSM827713     2  0.9686     0.8108 0.396 0.604
#> GSM827714     2  0.9754     0.8100 0.408 0.592
#> GSM827715     2  0.0000     0.3487 0.000 1.000
#> GSM827716     1  0.6712     0.6223 0.824 0.176
#> GSM827717     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827718     2  0.9815     0.7991 0.420 0.580
#> GSM827719     2  0.9977     0.7022 0.472 0.528
#> GSM827720     2  0.9866     0.7614 0.432 0.568
#> GSM827721     2  0.0000     0.3487 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.8608     0.3689 0.716 0.284
#> GSM827723     2  0.8386     0.4948 0.268 0.732
#> GSM827724     2  0.9963     0.7182 0.464 0.536
#> GSM827725     2  0.9933     0.7424 0.452 0.548
#> GSM827726     1  0.7376     0.5755 0.792 0.208
#> GSM827727     1  0.9635    -0.0902 0.612 0.388
#> GSM827728     2  0.9881     0.7610 0.436 0.564
#> GSM827729     2  0.9522     0.7851 0.372 0.628
#> GSM827730     2  0.9661     0.8093 0.392 0.608
#> GSM827731     2  0.9881     0.7788 0.436 0.564
#> GSM827732     2  0.9881     0.7788 0.436 0.564
#> GSM827733     1  0.9896    -0.3780 0.560 0.440
#> GSM827734     2  0.0376     0.3519 0.004 0.996
#> GSM827735     1  0.9922    -0.4131 0.552 0.448
#> GSM827736     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827737     2  0.9896     0.4382 0.440 0.560
#> GSM827738     2  0.9710     0.8109 0.400 0.600
#> GSM827739     1  0.0938     0.7150 0.988 0.012
#> GSM827740     1  0.9944    -0.4499 0.544 0.456
#> GSM827741     1  0.9944    -0.4499 0.544 0.456
#> GSM827742     1  0.8713     0.3652 0.708 0.292
#> GSM827743     2  0.9850     0.7947 0.428 0.572
#> GSM827744     2  0.9866     0.7906 0.432 0.568
#> GSM827745     2  0.9686     0.8108 0.396 0.604
#> GSM827746     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827747     2  0.9635     0.8066 0.388 0.612
#> GSM827748     2  0.6623     0.5197 0.172 0.828
#> GSM827749     2  0.9686     0.8109 0.396 0.604
#> GSM827750     2  0.9286     0.7519 0.344 0.656
#> GSM827751     2  0.9963     0.7182 0.464 0.536
#> GSM827752     1  0.6887     0.6140 0.816 0.184
#> GSM827753     2  0.9209     0.7376 0.336 0.664
#> GSM827754     2  0.9754     0.8095 0.408 0.592
#> GSM827755     2  0.9815     0.7991 0.420 0.580
#> GSM827756     1  0.9963    -0.5025 0.536 0.464
#> GSM827757     2  0.9686     0.8108 0.396 0.604
#> GSM827758     2  0.9881     0.7804 0.436 0.564
#> GSM827759     1  0.9922    -0.4200 0.552 0.448
#> GSM827760     1  0.7219     0.5832 0.800 0.200
#> GSM827761     2  0.9686     0.8108 0.396 0.604
#> GSM827762     2  0.9661     0.8093 0.392 0.608
#> GSM827763     2  0.9795     0.8061 0.416 0.584
#> GSM827764     2  0.9661     0.8093 0.392 0.608
#> GSM827765     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827766     2  0.9686     0.8109 0.396 0.604
#> GSM827767     2  0.9866     0.7836 0.432 0.568
#> GSM827768     1  0.7299     0.5839 0.796 0.204
#> GSM827769     2  0.9963     0.7182 0.464 0.536
#> GSM827770     2  0.9963     0.7182 0.464 0.536
#> GSM827771     2  0.9754     0.8100 0.408 0.592
#> GSM827772     2  0.9775     0.8085 0.412 0.588
#> GSM827773     2  0.0000     0.3487 0.000 1.000
#> GSM827774     1  0.9635    -0.1142 0.612 0.388
#> GSM827775     2  0.0000     0.3487 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.9686     0.8112 0.396 0.604
#> GSM827777     1  0.9922    -0.4131 0.552 0.448
#> GSM827778     1  0.6343     0.6402 0.840 0.160
#> GSM827779     1  0.6623     0.6268 0.828 0.172
#> GSM827780     2  0.9922     0.7408 0.448 0.552
#> GSM827781     1  0.9963    -0.5025 0.536 0.464
#> GSM827782     1  0.9963    -0.5025 0.536 0.464
#> GSM827783     1  0.6438     0.6329 0.836 0.164
#> GSM827784     1  1.0000    -0.6118 0.504 0.496
#> GSM827785     1  0.3879     0.6919 0.924 0.076
#> GSM827786     2  0.9881     0.7869 0.436 0.564
#> GSM827787     2  0.9815     0.8026 0.420 0.580
#> GSM827788     2  0.9944     0.7333 0.456 0.544
#> GSM827789     1  0.8661     0.3787 0.712 0.288
#> GSM827790     2  0.9732     0.8105 0.404 0.596
#> GSM827791     1  0.8081     0.5637 0.752 0.248
#> GSM827792     1  0.6712     0.6231 0.824 0.176
#> GSM827793     2  0.9866     0.7906 0.432 0.568
#> GSM827794     2  0.9850     0.7947 0.428 0.572
#> GSM827795     2  0.9754     0.8100 0.408 0.592
#> GSM827796     2  0.9635     0.8066 0.388 0.612
#> GSM827797     2  0.9686     0.8108 0.396 0.604
#> GSM827798     2  0.9635     0.8066 0.388 0.612
#> GSM827799     2  0.5946     0.4873 0.144 0.856
#> GSM827800     2  0.6531     0.5144 0.168 0.832
#> GSM827801     2  0.0000     0.3487 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.9754     0.8100 0.408 0.592
#> GSM827803     1  0.5294     0.6772 0.880 0.120
#> GSM827804     2  0.9661     0.8095 0.392 0.608

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.4555     0.8109 0.800 0.200 0.000
#> GSM827666     1  0.5016     0.7835 0.760 0.240 0.000
#> GSM827667     1  0.7091     0.7259 0.676 0.268 0.056
#> GSM827668     1  0.7091     0.7259 0.676 0.268 0.056
#> GSM827669     1  0.7091     0.7259 0.676 0.268 0.056
#> GSM827670     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827671     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827672     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827673     1  0.3412     0.8311 0.876 0.124 0.000
#> GSM827674     1  0.3879     0.8288 0.848 0.152 0.000
#> GSM827675     1  0.7022     0.7338 0.684 0.260 0.056
#> GSM827676     1  0.6299     0.3278 0.524 0.476 0.000
#> GSM827677     1  0.3752     0.8305 0.856 0.144 0.000
#> GSM827678     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827679     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827680     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827681     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827682     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827683     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827684     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827685     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827686     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827687     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827688     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827689     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827690     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827691     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827692     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827693     1  0.3340     0.8318 0.880 0.120 0.000
#> GSM827694     1  0.3412     0.8311 0.876 0.124 0.000
#> GSM827695     1  0.3412     0.8311 0.876 0.124 0.000
#> GSM827696     2  0.1753     0.8119 0.048 0.952 0.000
#> GSM827697     1  0.4887     0.7933 0.772 0.228 0.000
#> GSM827698     1  0.7091     0.7259 0.676 0.268 0.056
#> GSM827699     2  0.6274    -0.0893 0.456 0.544 0.000
#> GSM827700     2  0.6260    -0.0556 0.448 0.552 0.000
#> GSM827701     2  0.5465     0.5096 0.288 0.712 0.000
#> GSM827702     2  0.1964     0.8053 0.056 0.944 0.000
#> GSM827703     1  0.7868     0.4513 0.524 0.420 0.056
#> GSM827704     2  0.0747     0.8099 0.016 0.984 0.000
#> GSM827705     1  0.4555     0.8109 0.800 0.200 0.000
#> GSM827706     2  0.3551     0.7527 0.132 0.868 0.000
#> GSM827707     1  0.3752     0.8311 0.856 0.144 0.000
#> GSM827708     2  0.0592     0.8093 0.012 0.988 0.000
#> GSM827709     2  0.9263    -0.1425 0.164 0.476 0.360
#> GSM827710     2  0.7091     0.4554 0.268 0.676 0.056
#> GSM827711     2  0.7841    -0.0722 0.408 0.536 0.056
#> GSM827712     1  0.7919     0.3375 0.480 0.464 0.056
#> GSM827713     2  0.0424     0.8078 0.008 0.992 0.000
#> GSM827714     2  0.0592     0.8090 0.012 0.988 0.000
#> GSM827715     3  0.2356     0.6841 0.000 0.072 0.928
#> GSM827716     1  0.7913     0.3666 0.492 0.452 0.056
#> GSM827717     2  0.0747     0.8099 0.016 0.984 0.000
#> GSM827718     2  0.1860     0.8066 0.052 0.948 0.000
#> GSM827719     2  0.2711     0.7973 0.088 0.912 0.000
#> GSM827720     2  0.3572     0.7633 0.040 0.900 0.060
#> GSM827721     3  0.5926     0.7965 0.000 0.356 0.644
#> GSM827722     2  0.6140     0.1506 0.404 0.596 0.000
#> GSM827723     2  0.7920    -0.0820 0.068 0.572 0.360
#> GSM827724     2  0.2261     0.8020 0.068 0.932 0.000
#> GSM827725     2  0.2356     0.8011 0.072 0.928 0.000
#> GSM827726     1  0.7712     0.5333 0.556 0.392 0.052
#> GSM827727     2  0.6565     0.5470 0.232 0.720 0.048
#> GSM827728     2  0.3472     0.7659 0.040 0.904 0.056
#> GSM827729     2  0.1877     0.7822 0.012 0.956 0.032
#> GSM827730     2  0.0237     0.8019 0.004 0.996 0.000
#> GSM827731     2  0.1529     0.8105 0.040 0.960 0.000
#> GSM827732     2  0.1529     0.8105 0.040 0.960 0.000
#> GSM827733     2  0.4235     0.7088 0.176 0.824 0.000
#> GSM827734     3  0.6169     0.7897 0.004 0.360 0.636
#> GSM827735     2  0.4351     0.7178 0.168 0.828 0.004
#> GSM827736     2  0.0892     0.8109 0.020 0.980 0.000
#> GSM827737     2  0.6968     0.6178 0.148 0.732 0.120
#> GSM827738     2  0.0892     0.8104 0.020 0.980 0.000
#> GSM827739     1  0.3816     0.8289 0.852 0.148 0.000
#> GSM827740     2  0.6756     0.5461 0.232 0.712 0.056
#> GSM827741     2  0.6756     0.5461 0.232 0.712 0.056
#> GSM827742     2  0.7537     0.2605 0.332 0.612 0.056
#> GSM827743     2  0.1643     0.8121 0.044 0.956 0.000
#> GSM827744     2  0.1753     0.8119 0.048 0.952 0.000
#> GSM827745     2  0.0000     0.8040 0.000 1.000 0.000
#> GSM827746     2  0.0747     0.8099 0.016 0.984 0.000
#> GSM827747     2  0.0424     0.7990 0.008 0.992 0.000
#> GSM827748     2  0.6410    -0.2614 0.004 0.576 0.420
#> GSM827749     2  0.0424     0.8043 0.008 0.992 0.000
#> GSM827750     2  0.2400     0.7459 0.004 0.932 0.064
#> GSM827751     2  0.2261     0.8020 0.068 0.932 0.000
#> GSM827752     1  0.7918     0.3437 0.484 0.460 0.056
#> GSM827753     2  0.2651     0.7465 0.012 0.928 0.060
#> GSM827754     2  0.0592     0.8093 0.012 0.988 0.000
#> GSM827755     2  0.1860     0.8066 0.052 0.948 0.000
#> GSM827756     2  0.4062     0.7341 0.164 0.836 0.000
#> GSM827757     2  0.0000     0.8040 0.000 1.000 0.000
#> GSM827758     2  0.2878     0.7828 0.096 0.904 0.000
#> GSM827759     2  0.6756     0.5459 0.232 0.712 0.056
#> GSM827760     2  0.6307    -0.2519 0.488 0.512 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     0.8040 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0237     0.8019 0.004 0.996 0.000
#> GSM827763     2  0.0892     0.8114 0.020 0.980 0.000
#> GSM827764     2  0.0237     0.8019 0.004 0.996 0.000
#> GSM827765     2  0.0747     0.8099 0.016 0.984 0.000
#> GSM827766     2  0.0424     0.8043 0.008 0.992 0.000
#> GSM827767     2  0.1411     0.8110 0.036 0.964 0.000
#> GSM827768     2  0.7820    -0.0538 0.400 0.544 0.056
#> GSM827769     2  0.2261     0.8020 0.068 0.932 0.000
#> GSM827770     2  0.2261     0.8020 0.068 0.932 0.000
#> GSM827771     2  0.0747     0.8105 0.016 0.984 0.000
#> GSM827772     2  0.0892     0.8109 0.020 0.980 0.000
#> GSM827773     3  0.5926     0.7965 0.000 0.356 0.644
#> GSM827774     2  0.5292     0.6171 0.228 0.764 0.008
#> GSM827775     3  0.3340     0.6014 0.120 0.000 0.880
#> GSM827776     2  0.0424     0.8047 0.008 0.992 0.000
#> GSM827777     2  0.4351     0.7178 0.168 0.828 0.004
#> GSM827778     1  0.7890     0.4210 0.512 0.432 0.056
#> GSM827779     1  0.7913     0.3661 0.492 0.452 0.056
#> GSM827780     2  0.3797     0.7635 0.052 0.892 0.056
#> GSM827781     2  0.4235     0.7225 0.176 0.824 0.000
#> GSM827782     2  0.4235     0.7225 0.176 0.824 0.000
#> GSM827783     1  0.6026     0.6026 0.624 0.376 0.000
#> GSM827784     2  0.4605     0.6616 0.204 0.796 0.000
#> GSM827785     1  0.5363     0.7473 0.724 0.276 0.000
#> GSM827786     2  0.2356     0.8053 0.072 0.928 0.000
#> GSM827787     2  0.1289     0.8123 0.032 0.968 0.000
#> GSM827788     2  0.2796     0.7904 0.092 0.908 0.000
#> GSM827789     2  0.7559     0.2456 0.336 0.608 0.056
#> GSM827790     2  0.0424     0.8079 0.008 0.992 0.000
#> GSM827791     2  0.8474    -0.0737 0.404 0.504 0.092
#> GSM827792     1  0.7909     0.3782 0.496 0.448 0.056
#> GSM827793     2  0.1860     0.8113 0.052 0.948 0.000
#> GSM827794     2  0.1643     0.8121 0.044 0.956 0.000
#> GSM827795     2  0.0592     0.8090 0.012 0.988 0.000
#> GSM827796     2  0.0424     0.7990 0.008 0.992 0.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.8040 0.000 1.000 0.000
#> GSM827798     2  0.0424     0.7990 0.008 0.992 0.000
#> GSM827799     2  0.6267    -0.3650 0.000 0.548 0.452
#> GSM827800     2  0.5882    -0.0357 0.000 0.652 0.348
#> GSM827801     3  0.5926     0.7965 0.000 0.356 0.644
#> GSM827802     2  0.0592     0.8090 0.012 0.988 0.000
#> GSM827803     1  0.7693     0.5786 0.580 0.364 0.056
#> GSM827804     2  0.0592     0.8025 0.012 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.2676     0.7684 0.896 0.092 0.000 0.012
#> GSM827666     1  0.3105     0.7417 0.856 0.140 0.000 0.004
#> GSM827667     1  0.6080     0.6315 0.684 0.156 0.000 0.160
#> GSM827668     1  0.6122     0.6280 0.680 0.160 0.000 0.160
#> GSM827669     1  0.6122     0.6280 0.680 0.160 0.000 0.160
#> GSM827670     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0188     0.7956 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1489     0.7897 0.952 0.044 0.000 0.004
#> GSM827675     1  0.5948     0.6394 0.696 0.144 0.000 0.160
#> GSM827676     1  0.4889     0.4507 0.636 0.360 0.000 0.004
#> GSM827677     1  0.1209     0.7926 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM827678     1  0.0469     0.7921 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827679     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0469     0.7921 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827689     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0469     0.7921 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827694     1  0.0188     0.7956 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0188     0.7956 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.1661     0.8302 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM827697     1  0.3161     0.7494 0.864 0.124 0.000 0.012
#> GSM827698     1  0.6122     0.6280 0.680 0.160 0.000 0.160
#> GSM827699     1  0.5112     0.2418 0.560 0.436 0.000 0.004
#> GSM827700     1  0.5126     0.2156 0.552 0.444 0.000 0.004
#> GSM827701     2  0.5150     0.3253 0.396 0.596 0.000 0.008
#> GSM827702     2  0.2216     0.8089 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM827703     1  0.7392     0.2137 0.472 0.356 0.000 0.172
#> GSM827704     2  0.0524     0.8285 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM827705     1  0.2676     0.7684 0.896 0.092 0.000 0.012
#> GSM827706     2  0.3942     0.6602 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.1209     0.7932 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM827708     2  0.0336     0.8288 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827709     3  0.7955     0.2001 0.100 0.116 0.596 0.188
#> GSM827710     2  0.6159     0.6262 0.152 0.676 0.000 0.172
#> GSM827711     2  0.7203     0.3499 0.288 0.536 0.000 0.176
#> GSM827712     2  0.7436     0.1294 0.364 0.460 0.000 0.176
#> GSM827713     2  0.0657     0.8293 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM827714     2  0.0336     0.8283 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827715     4  0.4972     0.4823 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM827716     2  0.7463     0.0703 0.384 0.440 0.000 0.176
#> GSM827717     2  0.0524     0.8285 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM827718     2  0.2021     0.8275 0.056 0.932 0.012 0.000
#> GSM827719     2  0.2699     0.8215 0.068 0.904 0.000 0.028
#> GSM827720     2  0.3217     0.7725 0.000 0.860 0.012 0.128
#> GSM827721     3  0.3552     0.4935 0.000 0.024 0.848 0.128
#> GSM827722     2  0.6223     0.3257 0.384 0.556 0.000 0.060
#> GSM827723     3  0.5542     0.4273 0.056 0.180 0.744 0.020
#> GSM827724     2  0.2222     0.8236 0.032 0.932 0.004 0.032
#> GSM827725     2  0.2081     0.8182 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM827726     1  0.7086     0.4398 0.548 0.292 0.000 0.160
#> GSM827727     2  0.5849     0.6556 0.164 0.704 0.000 0.132
#> GSM827728     2  0.2593     0.7875 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM827729     2  0.3102     0.7646 0.008 0.872 0.116 0.004
#> GSM827730     2  0.0524     0.8244 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM827731     2  0.1484     0.8293 0.020 0.960 0.004 0.016
#> GSM827732     2  0.1484     0.8293 0.020 0.960 0.004 0.016
#> GSM827733     2  0.4254     0.7691 0.120 0.824 0.004 0.052
#> GSM827734     3  0.3552     0.4928 0.000 0.024 0.848 0.128
#> GSM827735     2  0.4411     0.7707 0.112 0.824 0.012 0.052
#> GSM827736     2  0.0657     0.8297 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM827737     2  0.7410     0.5082 0.088 0.616 0.232 0.064
#> GSM827738     2  0.1022     0.8301 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.1209     0.7920 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM827740     2  0.6402     0.4993 0.268 0.624 0.000 0.108
#> GSM827741     2  0.6402     0.4993 0.268 0.624 0.000 0.108
#> GSM827742     2  0.6885     0.4769 0.248 0.588 0.000 0.164
#> GSM827743     2  0.1576     0.8304 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM827744     2  0.1661     0.8302 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM827745     2  0.1510     0.8187 0.000 0.956 0.016 0.028
#> GSM827746     2  0.0657     0.8298 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM827747     2  0.0804     0.8229 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM827748     3  0.3335     0.5742 0.000 0.120 0.860 0.020
#> GSM827749     2  0.0844     0.8272 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM827750     2  0.3626     0.7017 0.000 0.812 0.184 0.004
#> GSM827751     2  0.2317     0.8239 0.036 0.928 0.004 0.032
#> GSM827752     2  0.7873    -0.0322 0.396 0.400 0.008 0.196
#> GSM827753     2  0.3727     0.7160 0.004 0.824 0.164 0.008
#> GSM827754     2  0.0336     0.8288 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827755     2  0.2021     0.8275 0.056 0.932 0.012 0.000
#> GSM827756     2  0.3787     0.7823 0.124 0.840 0.000 0.036
#> GSM827757     2  0.1510     0.8187 0.000 0.956 0.016 0.028
#> GSM827758     2  0.3306     0.7553 0.156 0.840 0.000 0.004
#> GSM827759     2  0.6323     0.5331 0.248 0.640 0.000 0.112
#> GSM827760     1  0.5263     0.1812 0.544 0.448 0.000 0.008
#> GSM827761     2  0.0188     0.8251 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827762     2  0.0376     0.8245 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM827763     2  0.0592     0.8307 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0376     0.8245 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM827765     2  0.0524     0.8285 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM827766     2  0.0712     0.8271 0.004 0.984 0.008 0.004
#> GSM827767     2  0.1369     0.8295 0.016 0.964 0.004 0.016
#> GSM827768     2  0.7166     0.3582 0.280 0.544 0.000 0.176
#> GSM827769     2  0.2222     0.8236 0.032 0.932 0.004 0.032
#> GSM827770     2  0.2222     0.8236 0.032 0.932 0.004 0.032
#> GSM827771     2  0.0592     0.8305 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0779     0.8304 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM827773     3  0.3552     0.4935 0.000 0.024 0.848 0.128
#> GSM827774     2  0.5003     0.7204 0.148 0.768 0.000 0.084
#> GSM827775     4  0.3444     0.6201 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM827776     2  0.0524     0.8255 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM827777     2  0.4411     0.7707 0.112 0.824 0.012 0.052
#> GSM827778     1  0.7451     0.0234 0.420 0.408 0.000 0.172
#> GSM827779     2  0.7463     0.0701 0.384 0.440 0.000 0.176
#> GSM827780     2  0.2989     0.7885 0.012 0.884 0.004 0.100
#> GSM827781     2  0.4197     0.7611 0.156 0.808 0.000 0.036
#> GSM827782     2  0.4197     0.7611 0.156 0.808 0.000 0.036
#> GSM827783     1  0.4313     0.6261 0.736 0.260 0.000 0.004
#> GSM827784     2  0.4382     0.5611 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.3355     0.7234 0.836 0.160 0.000 0.004
#> GSM827786     2  0.2334     0.8187 0.088 0.908 0.000 0.004
#> GSM827787     2  0.1305     0.8314 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM827788     2  0.2704     0.7953 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM827789     2  0.6885     0.4760 0.248 0.588 0.000 0.164
#> GSM827790     2  0.0188     0.8278 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827791     2  0.8956     0.2151 0.280 0.448 0.088 0.184
#> GSM827792     2  0.7474     0.0119 0.400 0.424 0.000 0.176
#> GSM827793     2  0.1743     0.8296 0.056 0.940 0.000 0.004
#> GSM827794     2  0.1576     0.8304 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM827795     2  0.0336     0.8283 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0524     0.8243 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM827797     2  0.0376     0.8253 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM827798     2  0.0804     0.8229 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM827799     3  0.2469     0.5827 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM827800     3  0.4415     0.5228 0.000 0.140 0.804 0.056
#> GSM827801     3  0.3552     0.4935 0.000 0.024 0.848 0.128
#> GSM827802     2  0.0524     0.8286 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM827803     1  0.6987     0.4684 0.568 0.272 0.000 0.160
#> GSM827804     2  0.0712     0.8266 0.004 0.984 0.004 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.3281     0.7518 0.848 0.060 0.092 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.3682     0.7083 0.820 0.108 0.072 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4726     0.3912 0.400 0.020 0.580 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.4798     0.4027 0.396 0.024 0.580 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.4798     0.4027 0.396 0.024 0.580 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0162     0.8592 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0324     0.8586 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1965     0.8226 0.924 0.024 0.052 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4682     0.3536 0.420 0.016 0.564 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.4921     0.2722 0.620 0.340 0.040 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.1626     0.8325 0.940 0.016 0.044 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.1121     0.8331 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.1121     0.8331 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8605 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.1121     0.8331 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0162     0.8595 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0162     0.8595 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.3339     0.7753 0.040 0.836 0.124 0.000 0.000
#> GSM827697     1  0.3749     0.7124 0.816 0.080 0.104 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4798     0.4027 0.396 0.024 0.580 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.5584     0.0808 0.532 0.392 0.076 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.5556     0.0635 0.524 0.404 0.072 0.000 0.000
#> GSM827701     2  0.5541     0.1809 0.372 0.552 0.076 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.2871     0.7748 0.088 0.872 0.040 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.5480     0.6591 0.176 0.168 0.656 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.1205     0.8007 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000
#> GSM827705     1  0.3281     0.7518 0.848 0.060 0.092 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.4617     0.5546 0.224 0.716 0.060 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.1981     0.8205 0.920 0.016 0.064 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.1251     0.8044 0.008 0.956 0.036 0.000 0.000
#> GSM827709     5  0.7534     0.2404 0.008 0.048 0.296 0.184 0.464
#> GSM827710     3  0.4883     0.2050 0.016 0.464 0.516 0.004 0.000
#> GSM827711     3  0.5246     0.5608 0.060 0.344 0.596 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.5181     0.6593 0.080 0.268 0.652 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.1740     0.8000 0.012 0.932 0.056 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.1124     0.8048 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> GSM827715     4  0.4305     0.4408 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM827716     3  0.5288     0.6760 0.100 0.244 0.656 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.1357     0.8004 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.3463     0.7815 0.032 0.836 0.124 0.000 0.008
#> GSM827719     2  0.4109     0.7210 0.036 0.768 0.192 0.004 0.000
#> GSM827720     2  0.3852     0.6281 0.000 0.760 0.220 0.020 0.000
#> GSM827721     5  0.0324     0.6089 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827722     3  0.6734     0.3958 0.188 0.348 0.456 0.004 0.004
#> GSM827723     5  0.6791     0.5181 0.012 0.108 0.108 0.136 0.636
#> GSM827724     2  0.3158     0.7494 0.008 0.840 0.144 0.004 0.004
#> GSM827725     2  0.3416     0.7672 0.072 0.840 0.088 0.000 0.000
#> GSM827726     3  0.6386     0.5109 0.340 0.180 0.480 0.000 0.000
#> GSM827727     2  0.5252     0.3256 0.068 0.616 0.316 0.000 0.000
#> GSM827728     2  0.3343     0.6699 0.000 0.812 0.172 0.016 0.000
#> GSM827729     2  0.3659     0.7565 0.004 0.852 0.028 0.056 0.060
#> GSM827730     2  0.1502     0.7863 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> GSM827731     2  0.2622     0.7796 0.008 0.884 0.100 0.004 0.004
#> GSM827732     2  0.2622     0.7796 0.008 0.884 0.100 0.004 0.004
#> GSM827733     2  0.5089     0.4302 0.028 0.628 0.332 0.004 0.008
#> GSM827734     5  0.0324     0.6085 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827735     2  0.5238     0.4406 0.028 0.632 0.320 0.004 0.016
#> GSM827736     2  0.1251     0.8060 0.008 0.956 0.036 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.7756     0.0780 0.016 0.464 0.276 0.052 0.192
#> GSM827738     2  0.2124     0.7974 0.028 0.916 0.056 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.1568     0.8351 0.944 0.020 0.036 0.000 0.000
#> GSM827740     2  0.6560     0.1671 0.248 0.548 0.188 0.016 0.000
#> GSM827741     2  0.6560     0.1671 0.248 0.548 0.188 0.016 0.000
#> GSM827742     3  0.5501     0.3055 0.064 0.444 0.492 0.000 0.000
#> GSM827743     2  0.3242     0.7791 0.040 0.844 0.116 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.3339     0.7753 0.040 0.836 0.124 0.000 0.000
#> GSM827745     2  0.3206     0.7529 0.000 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM827746     2  0.1484     0.8077 0.008 0.944 0.048 0.000 0.000
#> GSM827747     2  0.1356     0.7925 0.000 0.956 0.028 0.012 0.004
#> GSM827748     5  0.4920     0.6338 0.000 0.080 0.028 0.140 0.752
#> GSM827749     2  0.1788     0.8028 0.000 0.932 0.056 0.004 0.008
#> GSM827750     2  0.4622     0.7013 0.000 0.780 0.036 0.064 0.120
#> GSM827751     2  0.3244     0.7467 0.008 0.832 0.152 0.004 0.004
#> GSM827752     3  0.2356     0.3776 0.024 0.056 0.912 0.004 0.004
#> GSM827753     2  0.4647     0.7076 0.000 0.784 0.048 0.064 0.104
#> GSM827754     2  0.1082     0.8036 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000
#> GSM827755     2  0.3463     0.7815 0.032 0.836 0.124 0.000 0.008
#> GSM827756     2  0.4765     0.5927 0.068 0.704 0.228 0.000 0.000
#> GSM827757     2  0.3206     0.7529 0.000 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM827758     2  0.4119     0.6617 0.152 0.780 0.068 0.000 0.000
#> GSM827759     2  0.6583     0.1729 0.228 0.548 0.208 0.016 0.000
#> GSM827760     1  0.5843     0.0329 0.512 0.388 0.100 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.1341     0.7855 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.1282     0.7877 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> GSM827763     2  0.1444     0.8052 0.012 0.948 0.040 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0771     0.7934 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> GSM827765     2  0.1205     0.8007 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000
#> GSM827766     2  0.1365     0.8005 0.000 0.952 0.040 0.004 0.004
#> GSM827767     2  0.2512     0.7828 0.008 0.892 0.092 0.004 0.004
#> GSM827768     3  0.5133     0.5174 0.044 0.388 0.568 0.000 0.000
#> GSM827769     2  0.3158     0.7494 0.008 0.840 0.144 0.004 0.004
#> GSM827770     2  0.3158     0.7494 0.008 0.840 0.144 0.004 0.004
#> GSM827771     2  0.2006     0.8011 0.012 0.916 0.072 0.000 0.000
#> GSM827772     2  0.2130     0.7996 0.012 0.908 0.080 0.000 0.000
#> GSM827773     5  0.0324     0.6089 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827774     2  0.5136     0.1579 0.024 0.552 0.416 0.004 0.004
#> GSM827775     4  0.2966     0.6052 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM827776     2  0.0960     0.7962 0.000 0.972 0.016 0.008 0.004
#> GSM827777     2  0.5254     0.4368 0.028 0.628 0.324 0.004 0.016
#> GSM827778     3  0.5369     0.6772 0.124 0.216 0.660 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.5288     0.6761 0.100 0.244 0.656 0.000 0.000
#> GSM827780     2  0.3660     0.6699 0.008 0.800 0.176 0.016 0.000
#> GSM827781     2  0.5265     0.5431 0.096 0.656 0.248 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.5265     0.5431 0.096 0.656 0.248 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.4425     0.4927 0.716 0.244 0.040 0.000 0.000
#> GSM827784     2  0.4708     0.4427 0.292 0.668 0.040 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.3452     0.6814 0.820 0.148 0.032 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.3921     0.7579 0.072 0.800 0.128 0.000 0.000
#> GSM827787     2  0.2740     0.7913 0.028 0.876 0.096 0.000 0.000
#> GSM827788     2  0.3962     0.7296 0.112 0.800 0.088 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.5447     0.3111 0.060 0.440 0.500 0.000 0.000
#> GSM827790     2  0.0771     0.8006 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.6843     0.5746 0.048 0.280 0.580 0.048 0.044
#> GSM827792     3  0.5434     0.6809 0.120 0.232 0.648 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.3477     0.7660 0.040 0.824 0.136 0.000 0.000
#> GSM827794     2  0.3242     0.7791 0.040 0.844 0.116 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.1124     0.8049 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.1251     0.7910 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM827797     2  0.1478     0.7843 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM827798     2  0.1356     0.7925 0.000 0.956 0.028 0.012 0.004
#> GSM827799     5  0.4181     0.6437 0.000 0.076 0.004 0.132 0.788
#> GSM827800     5  0.5608     0.5675 0.000 0.092 0.036 0.180 0.692
#> GSM827801     5  0.0324     0.6089 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827802     2  0.1928     0.8071 0.004 0.920 0.072 0.004 0.000
#> GSM827803     3  0.6124     0.5241 0.336 0.144 0.520 0.000 0.000
#> GSM827804     2  0.1717     0.8014 0.004 0.936 0.052 0.008 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.3497     0.7499 0.824 0.000 0.096 0.064 0.000 0.016
#> GSM827666     1  0.3977     0.7029 0.792 0.000 0.084 0.100 0.000 0.024
#> GSM827667     3  0.4311     0.4236 0.360 0.000 0.616 0.012 0.000 0.012
#> GSM827668     3  0.4383     0.4296 0.356 0.000 0.616 0.016 0.000 0.012
#> GSM827669     3  0.4383     0.4296 0.356 0.000 0.616 0.016 0.000 0.012
#> GSM827670     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0260     0.8581 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0405     0.8574 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM827674     1  0.2285     0.8147 0.900 0.000 0.064 0.028 0.000 0.008
#> GSM827675     3  0.4294     0.3896 0.388 0.000 0.592 0.008 0.000 0.012
#> GSM827676     1  0.5597     0.1911 0.596 0.000 0.036 0.276 0.000 0.092
#> GSM827677     1  0.1682     0.8295 0.928 0.000 0.052 0.020 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.1168     0.8356 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM827679     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.1168     0.8356 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM827689     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8601 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.1168     0.8356 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM827694     1  0.0291     0.8585 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827695     1  0.0291     0.8585 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827696     4  0.3629     0.6969 0.024 0.000 0.080 0.820 0.000 0.076
#> GSM827697     1  0.3932     0.7164 0.796 0.000 0.092 0.088 0.000 0.024
#> GSM827698     3  0.4383     0.4296 0.356 0.000 0.616 0.016 0.000 0.012
#> GSM827699     1  0.6069    -0.0547 0.496 0.000 0.076 0.364 0.000 0.064
#> GSM827700     1  0.6082    -0.0805 0.488 0.000 0.076 0.372 0.000 0.064
#> GSM827701     4  0.6445    -0.0979 0.332 0.000 0.080 0.484 0.000 0.104
#> GSM827702     4  0.3117     0.6844 0.080 0.000 0.016 0.852 0.000 0.052
#> GSM827703     3  0.4737     0.5550 0.132 0.000 0.700 0.160 0.000 0.008
#> GSM827704     4  0.1401     0.7273 0.004 0.000 0.020 0.948 0.000 0.028
#> GSM827705     1  0.3497     0.7499 0.824 0.000 0.096 0.064 0.000 0.016
#> GSM827706     4  0.5314     0.3724 0.208 0.000 0.044 0.660 0.000 0.088
#> GSM827707     1  0.2308     0.8126 0.896 0.000 0.076 0.016 0.000 0.012
#> GSM827708     4  0.2214     0.7259 0.004 0.000 0.012 0.892 0.000 0.092
#> GSM827709     5  0.6591     0.1486 0.000 0.028 0.280 0.004 0.448 0.240
#> GSM827710     3  0.4718     0.2432 0.004 0.004 0.516 0.448 0.000 0.028
#> GSM827711     3  0.4882     0.4769 0.028 0.000 0.628 0.308 0.000 0.036
#> GSM827712     3  0.4349     0.5481 0.048 0.000 0.684 0.264 0.000 0.004
#> GSM827713     4  0.2680     0.7170 0.000 0.000 0.032 0.860 0.000 0.108
#> GSM827714     4  0.2039     0.7266 0.004 0.000 0.016 0.908 0.000 0.072
#> GSM827715     2  0.3647     0.4518 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM827716     3  0.4443     0.5635 0.060 0.000 0.700 0.232 0.000 0.008
#> GSM827717     4  0.1138     0.7267 0.004 0.000 0.024 0.960 0.000 0.012
#> GSM827718     4  0.3703     0.7015 0.020 0.000 0.084 0.812 0.000 0.084
#> GSM827719     4  0.3910     0.6728 0.020 0.004 0.156 0.784 0.000 0.036
#> GSM827720     6  0.5042     0.3116 0.000 0.000 0.064 0.412 0.004 0.520
#> GSM827721     5  0.1957     0.5987 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM827722     3  0.6950     0.1772 0.152 0.004 0.396 0.368 0.000 0.080
#> GSM827723     5  0.5480     0.4747 0.012 0.004 0.116 0.088 0.704 0.076
#> GSM827724     4  0.2870     0.6951 0.004 0.004 0.100 0.860 0.000 0.032
#> GSM827725     4  0.3916     0.6746 0.040 0.000 0.072 0.804 0.000 0.084
#> GSM827726     3  0.6237     0.3621 0.304 0.000 0.508 0.148 0.000 0.040
#> GSM827727     4  0.6002     0.1190 0.036 0.000 0.316 0.528 0.000 0.120
#> GSM827728     4  0.4903    -0.3448 0.000 0.000 0.060 0.476 0.000 0.464
#> GSM827729     4  0.3842     0.6733 0.004 0.004 0.016 0.812 0.092 0.072
#> GSM827730     4  0.2964     0.6206 0.000 0.004 0.000 0.792 0.000 0.204
#> GSM827731     4  0.2154     0.7164 0.004 0.004 0.064 0.908 0.000 0.020
#> GSM827732     4  0.2154     0.7164 0.004 0.004 0.064 0.908 0.000 0.020
#> GSM827733     4  0.5174     0.4793 0.016 0.004 0.252 0.644 0.000 0.084
#> GSM827734     5  0.1957     0.5993 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM827735     4  0.5334     0.4786 0.016 0.004 0.240 0.644 0.004 0.092
#> GSM827736     4  0.1924     0.7319 0.004 0.000 0.028 0.920 0.000 0.048
#> GSM827737     4  0.7511     0.0973 0.012 0.008 0.208 0.456 0.204 0.112
#> GSM827738     4  0.3680     0.6805 0.016 0.000 0.040 0.796 0.000 0.148
#> GSM827739     1  0.1838     0.8304 0.928 0.000 0.040 0.020 0.000 0.012
#> GSM827740     6  0.6959     0.7439 0.208 0.000 0.108 0.208 0.000 0.476
#> GSM827741     6  0.6959     0.7439 0.208 0.000 0.108 0.208 0.000 0.476
#> GSM827742     3  0.6262     0.2507 0.040 0.000 0.492 0.324 0.000 0.144
#> GSM827743     4  0.3522     0.6989 0.024 0.000 0.076 0.828 0.000 0.072
#> GSM827744     4  0.3629     0.6969 0.024 0.000 0.080 0.820 0.000 0.076
#> GSM827745     4  0.3991    -0.0352 0.000 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472
#> GSM827746     4  0.2333     0.7336 0.004 0.000 0.040 0.896 0.000 0.060
#> GSM827747     4  0.2563     0.7032 0.000 0.008 0.008 0.872 0.004 0.108
#> GSM827748     5  0.4052     0.5747 0.000 0.004 0.040 0.068 0.800 0.088
#> GSM827749     4  0.1988     0.7208 0.000 0.004 0.008 0.912 0.004 0.072
#> GSM827750     4  0.4245     0.6007 0.000 0.004 0.008 0.756 0.152 0.080
#> GSM827751     4  0.2964     0.6934 0.004 0.004 0.108 0.852 0.000 0.032
#> GSM827752     3  0.2458     0.2683 0.000 0.016 0.892 0.024 0.000 0.068
#> GSM827753     4  0.4279     0.6162 0.000 0.008 0.020 0.772 0.132 0.068
#> GSM827754     4  0.2062     0.7247 0.004 0.000 0.008 0.900 0.000 0.088
#> GSM827755     4  0.3703     0.7015 0.020 0.000 0.084 0.812 0.000 0.084
#> GSM827756     4  0.4699     0.5772 0.060 0.000 0.188 0.716 0.000 0.036
#> GSM827757     4  0.3991    -0.0352 0.000 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472
#> GSM827758     4  0.5283     0.4075 0.140 0.000 0.020 0.652 0.000 0.188
#> GSM827759     6  0.6734     0.7119 0.196 0.000 0.096 0.196 0.000 0.512
#> GSM827760     1  0.6738    -0.1807 0.480 0.000 0.068 0.224 0.000 0.228
#> GSM827761     4  0.3101     0.5722 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM827762     4  0.2871     0.6304 0.000 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> GSM827763     4  0.1914     0.7295 0.008 0.000 0.016 0.920 0.000 0.056
#> GSM827764     4  0.2402     0.6754 0.000 0.004 0.000 0.856 0.000 0.140
#> GSM827765     4  0.1401     0.7273 0.004 0.000 0.020 0.948 0.000 0.028
#> GSM827766     4  0.2009     0.7185 0.000 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> GSM827767     4  0.2316     0.7183 0.004 0.004 0.064 0.900 0.000 0.028
#> GSM827768     3  0.4397     0.4284 0.024 0.000 0.596 0.376 0.000 0.004
#> GSM827769     4  0.2942     0.6957 0.004 0.004 0.100 0.856 0.000 0.036
#> GSM827770     4  0.2942     0.6957 0.004 0.004 0.100 0.856 0.000 0.036
#> GSM827771     4  0.2189     0.7303 0.004 0.000 0.032 0.904 0.000 0.060
#> GSM827772     4  0.2750     0.7252 0.004 0.000 0.048 0.868 0.000 0.080
#> GSM827773     5  0.1957     0.5987 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM827774     4  0.5323     0.1994 0.012 0.004 0.364 0.552 0.000 0.068
#> GSM827775     2  0.0713     0.5989 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM827776     4  0.2244     0.7090 0.000 0.004 0.004 0.888 0.004 0.100
#> GSM827777     4  0.5356     0.4765 0.016 0.004 0.244 0.640 0.004 0.092
#> GSM827778     3  0.4490     0.5666 0.080 0.000 0.712 0.200 0.000 0.008
#> GSM827779     3  0.4491     0.5608 0.060 0.000 0.692 0.240 0.000 0.008
#> GSM827780     4  0.5420    -0.1978 0.004 0.000 0.104 0.500 0.000 0.392
#> GSM827781     4  0.5188     0.5252 0.076 0.000 0.220 0.664 0.000 0.040
#> GSM827782     4  0.5188     0.5252 0.076 0.000 0.220 0.664 0.000 0.040
#> GSM827783     1  0.5026     0.4829 0.696 0.000 0.040 0.176 0.000 0.088
#> GSM827784     4  0.6504    -0.5118 0.264 0.000 0.020 0.360 0.000 0.356
#> GSM827785     1  0.3977     0.6930 0.796 0.000 0.036 0.104 0.000 0.064
#> GSM827786     4  0.4379     0.6748 0.064 0.000 0.092 0.772 0.000 0.072
#> GSM827787     4  0.3185     0.7089 0.016 0.000 0.060 0.848 0.000 0.076
#> GSM827788     4  0.4783     0.6164 0.084 0.000 0.076 0.740 0.000 0.100
#> GSM827789     3  0.6097     0.2769 0.036 0.000 0.508 0.328 0.000 0.128
#> GSM827790     4  0.2431     0.7032 0.000 0.000 0.008 0.860 0.000 0.132
#> GSM827791     3  0.5809     0.4457 0.028 0.004 0.632 0.240 0.064 0.032
#> GSM827792     3  0.4523     0.5641 0.076 0.000 0.704 0.212 0.000 0.008
#> GSM827793     4  0.3640     0.6957 0.024 0.000 0.104 0.816 0.000 0.056
#> GSM827794     4  0.3522     0.6989 0.024 0.000 0.076 0.828 0.000 0.072
#> GSM827795     4  0.2182     0.7264 0.004 0.000 0.020 0.900 0.000 0.076
#> GSM827796     4  0.2810     0.6642 0.000 0.008 0.004 0.832 0.000 0.156
#> GSM827797     4  0.3151     0.5623 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM827798     4  0.2563     0.7032 0.000 0.008 0.008 0.872 0.004 0.108
#> GSM827799     5  0.2344     0.5971 0.000 0.000 0.008 0.068 0.896 0.028
#> GSM827800     5  0.4670     0.4097 0.000 0.012 0.020 0.012 0.636 0.320
#> GSM827801     5  0.1957     0.5987 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM827802     4  0.2543     0.7260 0.004 0.000 0.008 0.868 0.004 0.116
#> GSM827803     3  0.6121     0.3268 0.296 0.000 0.532 0.044 0.000 0.128
#> GSM827804     4  0.2515     0.7077 0.004 0.008 0.008 0.876 0.000 0.104

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> CV:hclust 110         1.55e-10 2
#> CV:hclust 117         2.27e-14 3
#> CV:hclust 111         4.25e-17 4
#> CV:hclust 112         1.37e-14 5
#> CV:hclust 101         7.01e-12 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.714           0.880       0.931         0.4686 0.530   0.530
#> 3 3 0.660           0.550       0.773         0.3135 0.742   0.554
#> 4 4 0.546           0.719       0.827         0.1512 0.779   0.505
#> 5 5 0.589           0.526       0.754         0.0884 0.865   0.592
#> 6 6 0.617           0.547       0.706         0.0501 0.900   0.595

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827666     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827667     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827671     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827672     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827673     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827674     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827675     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827677     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827678     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827680     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827681     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827682     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827683     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827684     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827685     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827686     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827687     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827688     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827690     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827691     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827692     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827693     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827695     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827696     2  0.7219     0.7358 0.200 0.800
#> GSM827697     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827698     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827700     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827701     1  0.4939     0.9171 0.892 0.108
#> GSM827702     2  0.0376     0.9324 0.004 0.996
#> GSM827703     1  0.5519     0.8057 0.872 0.128
#> GSM827704     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827706     2  0.5629     0.8244 0.132 0.868
#> GSM827707     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827708     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.9286     0.5599 0.344 0.656
#> GSM827710     2  0.5059     0.8669 0.112 0.888
#> GSM827711     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827712     2  0.6247     0.8337 0.156 0.844
#> GSM827713     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827716     2  0.9044     0.6067 0.320 0.680
#> GSM827717     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0376     0.9324 0.004 0.996
#> GSM827720     2  0.4022     0.8797 0.080 0.920
#> GSM827721     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.9922     0.2563 0.552 0.448
#> GSM827723     2  0.1843     0.9176 0.028 0.972
#> GSM827724     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.5178     0.8411 0.116 0.884
#> GSM827726     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827727     2  0.8955     0.6534 0.312 0.688
#> GSM827728     2  0.4022     0.8797 0.080 0.920
#> GSM827729     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827740     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.1633     0.8982 0.976 0.024
#> GSM827742     1  0.9358     0.3546 0.648 0.352
#> GSM827743     2  0.5946     0.8108 0.144 0.856
#> GSM827744     2  0.5519     0.8286 0.128 0.872
#> GSM827745     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.9087     0.5992 0.324 0.676
#> GSM827753     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.5946     0.8108 0.144 0.856
#> GSM827759     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827761     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827769     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.4815     0.8711 0.104 0.896
#> GSM827775     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827776     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.9866     0.0857 0.568 0.432
#> GSM827779     2  0.9044     0.6067 0.320 0.680
#> GSM827780     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827781     2  0.0376     0.9324 0.004 0.996
#> GSM827782     2  0.5294     0.8370 0.120 0.880
#> GSM827783     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827784     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827785     1  0.4022     0.9447 0.920 0.080
#> GSM827786     2  0.6148     0.8011 0.152 0.848
#> GSM827787     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.9754     0.2564 0.408 0.592
#> GSM827789     2  0.9954     0.3042 0.460 0.540
#> GSM827790     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.4939     0.8692 0.108 0.892
#> GSM827792     2  0.9866     0.3813 0.432 0.568
#> GSM827793     2  0.0376     0.9324 0.004 0.996
#> GSM827794     2  0.5178     0.8411 0.116 0.884
#> GSM827795     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000     0.9041 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.9345 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.2625     0.8642 0.916 0.084 0.000
#> GSM827666     1  0.0592     0.9117 0.988 0.012 0.000
#> GSM827667     1  0.6192     0.5972 0.580 0.420 0.000
#> GSM827668     2  0.6244    -0.4223 0.440 0.560 0.000
#> GSM827669     2  0.6305    -0.5002 0.484 0.516 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.6192     0.5972 0.580 0.420 0.000
#> GSM827676     1  0.1163     0.9054 0.972 0.028 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.3482     0.8402 0.872 0.128 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0237     0.9140 0.996 0.004 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.5859     0.6641 0.656 0.344 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.6215     0.5430 0.000 0.572 0.428
#> GSM827697     1  0.2261     0.8763 0.932 0.068 0.000
#> GSM827698     1  0.6244     0.5863 0.560 0.440 0.000
#> GSM827699     1  0.2448     0.8695 0.924 0.076 0.000
#> GSM827700     1  0.0892     0.9088 0.980 0.020 0.000
#> GSM827701     1  0.3941     0.7817 0.844 0.156 0.000
#> GSM827702     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827703     2  0.3038     0.2634 0.104 0.896 0.000
#> GSM827704     2  0.6295     0.4958 0.000 0.528 0.472
#> GSM827705     1  0.2537     0.8679 0.920 0.080 0.000
#> GSM827706     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827707     1  0.0747     0.9104 0.984 0.016 0.000
#> GSM827708     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827709     3  0.6244     0.2358 0.000 0.440 0.560
#> GSM827710     2  0.0424     0.3475 0.000 0.992 0.008
#> GSM827711     2  0.0747     0.3452 0.000 0.984 0.016
#> GSM827712     2  0.1015     0.3436 0.008 0.980 0.012
#> GSM827713     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827714     2  0.6235     0.5413 0.000 0.564 0.436
#> GSM827715     3  0.6215     0.2432 0.000 0.428 0.572
#> GSM827716     2  0.0983     0.3418 0.016 0.980 0.004
#> GSM827717     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827718     2  0.6260     0.5310 0.000 0.552 0.448
#> GSM827719     2  0.6192     0.5426 0.000 0.580 0.420
#> GSM827720     2  0.5810    -0.0336 0.000 0.664 0.336
#> GSM827721     3  0.0424     0.6192 0.000 0.008 0.992
#> GSM827722     2  0.8472     0.2835 0.228 0.612 0.160
#> GSM827723     3  0.2261     0.5660 0.000 0.068 0.932
#> GSM827724     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827725     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827726     2  0.6045    -0.2975 0.380 0.620 0.000
#> GSM827727     2  0.1411     0.3575 0.000 0.964 0.036
#> GSM827728     2  0.5810    -0.0336 0.000 0.664 0.336
#> GSM827729     3  0.5621     0.3255 0.000 0.308 0.692
#> GSM827730     3  0.5591     0.3338 0.000 0.304 0.696
#> GSM827731     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827732     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827733     2  0.6235     0.5362 0.000 0.564 0.436
#> GSM827734     3  0.0237     0.6200 0.000 0.004 0.996
#> GSM827735     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827736     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827737     3  0.0592     0.6177 0.000 0.012 0.988
#> GSM827738     2  0.6252     0.5287 0.000 0.556 0.444
#> GSM827739     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.6274     0.5700 0.544 0.456 0.000
#> GSM827741     2  0.6140    -0.3406 0.404 0.596 0.000
#> GSM827742     2  0.1163     0.3355 0.028 0.972 0.000
#> GSM827743     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827744     2  0.6204     0.5433 0.000 0.576 0.424
#> GSM827745     2  0.6291     0.4989 0.000 0.532 0.468
#> GSM827746     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827747     3  0.2711     0.5716 0.000 0.088 0.912
#> GSM827748     3  0.0592     0.6177 0.000 0.012 0.988
#> GSM827749     3  0.5733     0.2941 0.000 0.324 0.676
#> GSM827750     3  0.0237     0.6200 0.000 0.004 0.996
#> GSM827751     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827752     2  0.1170     0.3407 0.016 0.976 0.008
#> GSM827753     3  0.0747     0.6177 0.000 0.016 0.984
#> GSM827754     2  0.6286     0.5069 0.000 0.536 0.464
#> GSM827755     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827756     2  0.6244     0.5336 0.000 0.560 0.440
#> GSM827757     3  0.5948     0.1733 0.000 0.360 0.640
#> GSM827758     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827759     1  0.6309     0.5098 0.504 0.496 0.000
#> GSM827760     1  0.0892     0.9088 0.980 0.020 0.000
#> GSM827761     3  0.5650     0.3198 0.000 0.312 0.688
#> GSM827762     3  0.5591     0.3338 0.000 0.304 0.696
#> GSM827763     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827764     3  0.6062     0.0383 0.000 0.384 0.616
#> GSM827765     2  0.6244     0.5385 0.000 0.560 0.440
#> GSM827766     3  0.5706     0.2948 0.000 0.320 0.680
#> GSM827767     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827768     2  0.1529     0.3323 0.000 0.960 0.040
#> GSM827769     3  0.5926     0.1960 0.000 0.356 0.644
#> GSM827770     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827771     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827772     2  0.6260     0.5310 0.000 0.552 0.448
#> GSM827773     3  0.0592     0.6177 0.000 0.012 0.988
#> GSM827774     2  0.1031     0.3421 0.000 0.976 0.024
#> GSM827775     3  0.6215     0.2432 0.000 0.428 0.572
#> GSM827776     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827777     2  0.6274     0.5179 0.000 0.544 0.456
#> GSM827778     2  0.1163     0.3355 0.028 0.972 0.000
#> GSM827779     2  0.0983     0.3418 0.016 0.980 0.004
#> GSM827780     2  0.0592     0.3489 0.000 0.988 0.012
#> GSM827781     2  0.6192     0.5426 0.000 0.580 0.420
#> GSM827782     2  0.6192     0.5426 0.000 0.580 0.420
#> GSM827783     1  0.0892     0.9088 0.980 0.020 0.000
#> GSM827784     1  0.1289     0.9031 0.968 0.032 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9151 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.6192     0.5426 0.000 0.580 0.420
#> GSM827787     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827788     2  0.7785     0.4667 0.052 0.528 0.420
#> GSM827789     2  0.0747     0.3444 0.016 0.984 0.000
#> GSM827790     2  0.6280     0.5125 0.000 0.540 0.460
#> GSM827791     2  0.2165     0.3027 0.000 0.936 0.064
#> GSM827792     2  0.0747     0.3444 0.016 0.984 0.000
#> GSM827793     2  0.6192     0.5426 0.000 0.580 0.420
#> GSM827794     2  0.6225     0.5432 0.000 0.568 0.432
#> GSM827795     2  0.6286     0.5154 0.000 0.536 0.464
#> GSM827796     3  0.5591     0.3338 0.000 0.304 0.696
#> GSM827797     3  0.5835     0.2473 0.000 0.340 0.660
#> GSM827798     3  0.0592     0.6162 0.000 0.012 0.988
#> GSM827799     3  0.0237     0.6200 0.000 0.004 0.996
#> GSM827800     3  0.0237     0.6200 0.000 0.004 0.996
#> GSM827801     3  0.0237     0.6200 0.000 0.004 0.996
#> GSM827802     2  0.6274     0.5235 0.000 0.544 0.456
#> GSM827803     1  0.6235     0.5888 0.564 0.436 0.000
#> GSM827804     3  0.5988     0.1186 0.000 0.368 0.632

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.6821      0.571 0.636 0.052 0.052 0.260
#> GSM827666     1  0.4532      0.756 0.792 0.000 0.052 0.156
#> GSM827667     4  0.4964      0.402 0.380 0.000 0.004 0.616
#> GSM827668     4  0.3979      0.694 0.128 0.028 0.008 0.836
#> GSM827669     4  0.3441      0.676 0.152 0.004 0.004 0.840
#> GSM827670     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     4  0.4905      0.425 0.364 0.000 0.004 0.632
#> GSM827676     1  0.4579      0.778 0.812 0.012 0.052 0.124
#> GSM827677     1  0.0921      0.862 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM827678     1  0.3161      0.751 0.864 0.000 0.012 0.124
#> GSM827679     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.2179      0.818 0.924 0.000 0.012 0.064
#> GSM827689     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.5231      0.214 0.604 0.000 0.012 0.384
#> GSM827694     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.5937      0.603 0.000 0.608 0.052 0.340
#> GSM827697     1  0.7014      0.566 0.632 0.068 0.052 0.248
#> GSM827698     4  0.3539      0.658 0.176 0.000 0.004 0.820
#> GSM827699     1  0.6158      0.627 0.676 0.024 0.052 0.248
#> GSM827700     1  0.4805      0.747 0.780 0.004 0.052 0.164
#> GSM827701     1  0.8463      0.321 0.480 0.180 0.052 0.288
#> GSM827702     2  0.4998      0.689 0.000 0.748 0.052 0.200
#> GSM827703     4  0.3584      0.729 0.004 0.152 0.008 0.836
#> GSM827704     2  0.0804      0.790 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM827705     1  0.6425      0.599 0.656 0.032 0.052 0.260
#> GSM827706     2  0.5463      0.678 0.000 0.692 0.052 0.256
#> GSM827707     1  0.4452      0.759 0.796 0.000 0.048 0.156
#> GSM827708     2  0.0779      0.791 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM827709     3  0.4981      0.153 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM827710     4  0.4328      0.699 0.000 0.244 0.008 0.748
#> GSM827711     4  0.5311      0.633 0.000 0.328 0.024 0.648
#> GSM827712     4  0.4673      0.667 0.000 0.292 0.008 0.700
#> GSM827713     2  0.3907      0.723 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM827714     2  0.0707      0.792 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827715     3  0.3400      0.696 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM827716     4  0.3545      0.727 0.000 0.164 0.008 0.828
#> GSM827717     2  0.0927      0.790 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM827718     2  0.0707      0.792 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827719     2  0.5213      0.672 0.000 0.724 0.052 0.224
#> GSM827720     4  0.7034      0.140 0.000 0.412 0.120 0.468
#> GSM827721     3  0.2466      0.892 0.000 0.096 0.900 0.004
#> GSM827722     2  0.7525      0.250 0.060 0.504 0.056 0.380
#> GSM827723     3  0.2909      0.890 0.000 0.092 0.888 0.020
#> GSM827724     2  0.2610      0.769 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM827725     2  0.5519      0.669 0.000 0.684 0.052 0.264
#> GSM827726     4  0.3432      0.689 0.120 0.008 0.012 0.860
#> GSM827727     4  0.4974      0.531 0.000 0.224 0.040 0.736
#> GSM827728     2  0.6817     -0.179 0.000 0.492 0.100 0.408
#> GSM827729     2  0.3196      0.725 0.000 0.856 0.136 0.008
#> GSM827730     2  0.4070      0.724 0.000 0.824 0.132 0.044
#> GSM827731     2  0.2610      0.769 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM827732     2  0.2542      0.771 0.000 0.904 0.012 0.084
#> GSM827733     2  0.3856      0.746 0.000 0.832 0.032 0.136
#> GSM827734     3  0.2466      0.892 0.000 0.096 0.900 0.004
#> GSM827735     2  0.2610      0.769 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM827736     2  0.0927      0.790 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM827737     3  0.2867      0.887 0.000 0.104 0.884 0.012
#> GSM827738     2  0.4328      0.711 0.000 0.748 0.008 0.244
#> GSM827739     1  0.1109      0.861 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM827740     4  0.4361      0.639 0.096 0.032 0.036 0.836
#> GSM827741     4  0.4482      0.644 0.064 0.064 0.036 0.836
#> GSM827742     4  0.1975      0.684 0.000 0.048 0.016 0.936
#> GSM827743     2  0.5720      0.641 0.000 0.652 0.052 0.296
#> GSM827744     2  0.5937      0.606 0.000 0.608 0.052 0.340
#> GSM827745     2  0.3554      0.750 0.000 0.844 0.020 0.136
#> GSM827746     2  0.2142      0.792 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM827747     2  0.3837      0.651 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM827748     3  0.2909      0.892 0.000 0.092 0.888 0.020
#> GSM827749     2  0.2473      0.770 0.000 0.908 0.080 0.012
#> GSM827750     3  0.2805      0.892 0.000 0.100 0.888 0.012
#> GSM827751     2  0.2610      0.769 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM827752     4  0.3428      0.724 0.000 0.144 0.012 0.844
#> GSM827753     3  0.2805      0.892 0.000 0.100 0.888 0.012
#> GSM827754     2  0.2999      0.758 0.000 0.864 0.004 0.132
#> GSM827755     2  0.5144      0.708 0.000 0.732 0.052 0.216
#> GSM827756     2  0.3996      0.745 0.000 0.836 0.060 0.104
#> GSM827757     2  0.5484      0.682 0.000 0.736 0.132 0.132
#> GSM827758     2  0.5599      0.650 0.000 0.672 0.052 0.276
#> GSM827759     4  0.4621      0.640 0.076 0.060 0.036 0.828
#> GSM827760     1  0.5215      0.716 0.740 0.004 0.052 0.204
#> GSM827761     2  0.4070      0.724 0.000 0.824 0.132 0.044
#> GSM827762     2  0.3707      0.727 0.000 0.840 0.132 0.028
#> GSM827763     2  0.1042      0.790 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM827764     2  0.3307      0.751 0.000 0.868 0.104 0.028
#> GSM827765     2  0.0707      0.792 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827766     2  0.2928      0.752 0.000 0.880 0.108 0.012
#> GSM827767     2  0.1388      0.788 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM827768     4  0.4891      0.652 0.000 0.308 0.012 0.680
#> GSM827769     2  0.2892      0.772 0.000 0.896 0.068 0.036
#> GSM827770     2  0.2610      0.769 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM827771     2  0.2530      0.788 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM827772     2  0.3142      0.757 0.000 0.860 0.008 0.132
#> GSM827773     3  0.2401      0.892 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM827774     4  0.4769      0.655 0.000 0.308 0.008 0.684
#> GSM827775     3  0.4193      0.573 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM827776     2  0.0927      0.790 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM827777     2  0.2861      0.767 0.000 0.888 0.016 0.096
#> GSM827778     4  0.3208      0.729 0.000 0.148 0.004 0.848
#> GSM827779     4  0.4011      0.717 0.000 0.208 0.008 0.784
#> GSM827780     4  0.5659      0.567 0.000 0.368 0.032 0.600
#> GSM827781     2  0.5491      0.635 0.000 0.688 0.052 0.260
#> GSM827782     2  0.5491      0.633 0.000 0.688 0.052 0.260
#> GSM827783     1  0.4254      0.783 0.824 0.004 0.052 0.120
#> GSM827784     1  0.6692      0.610 0.652 0.040 0.064 0.244
#> GSM827785     1  0.2089      0.847 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM827786     2  0.6042      0.585 0.000 0.580 0.052 0.368
#> GSM827787     2  0.5374      0.682 0.000 0.704 0.052 0.244
#> GSM827788     2  0.6127      0.597 0.004 0.600 0.052 0.344
#> GSM827789     4  0.1767      0.696 0.000 0.044 0.012 0.944
#> GSM827790     2  0.3142      0.757 0.000 0.860 0.008 0.132
#> GSM827791     4  0.5161      0.645 0.000 0.300 0.024 0.676
#> GSM827792     4  0.3306      0.728 0.000 0.156 0.004 0.840
#> GSM827793     2  0.5343      0.656 0.000 0.708 0.052 0.240
#> GSM827794     2  0.5491      0.666 0.000 0.688 0.052 0.260
#> GSM827795     2  0.0927      0.790 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM827796     2  0.3707      0.727 0.000 0.840 0.132 0.028
#> GSM827797     2  0.5382      0.689 0.000 0.744 0.124 0.132
#> GSM827798     3  0.4134      0.704 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM827799     3  0.2741      0.893 0.000 0.096 0.892 0.012
#> GSM827800     3  0.2775      0.886 0.000 0.084 0.896 0.020
#> GSM827801     3  0.2401      0.891 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM827802     2  0.1004      0.790 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM827803     4  0.4781      0.464 0.336 0.000 0.004 0.660
#> GSM827804     2  0.2402      0.770 0.000 0.912 0.076 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     4  0.8535     0.1675 0.280 0.124 0.292 0.296 0.008
#> GSM827666     1  0.6577     0.2922 0.520 0.000 0.216 0.256 0.008
#> GSM827667     3  0.4543     0.5447 0.224 0.000 0.732 0.024 0.020
#> GSM827668     3  0.1393     0.6853 0.008 0.000 0.956 0.024 0.012
#> GSM827669     3  0.2701     0.6459 0.012 0.000 0.884 0.092 0.012
#> GSM827670     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.5337     0.5042 0.252 0.000 0.668 0.064 0.016
#> GSM827676     4  0.5515     0.0265 0.400 0.004 0.048 0.544 0.004
#> GSM827677     1  0.2536     0.7820 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM827678     1  0.2805     0.7880 0.888 0.000 0.072 0.020 0.020
#> GSM827679     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.2677     0.7960 0.896 0.000 0.064 0.020 0.020
#> GSM827689     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.5162     0.2667 0.600 0.000 0.360 0.020 0.020
#> GSM827694     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.5492     0.3874 0.000 0.312 0.076 0.608 0.004
#> GSM827697     4  0.8528     0.1806 0.272 0.124 0.284 0.312 0.008
#> GSM827698     3  0.2701     0.6459 0.012 0.000 0.884 0.092 0.012
#> GSM827699     4  0.8237     0.1537 0.312 0.080 0.284 0.316 0.008
#> GSM827700     4  0.6488    -0.0414 0.408 0.000 0.160 0.428 0.004
#> GSM827701     4  0.6231     0.4062 0.204 0.088 0.056 0.648 0.004
#> GSM827702     2  0.6852    -0.0705 0.000 0.448 0.240 0.304 0.008
#> GSM827703     3  0.0968     0.6889 0.004 0.000 0.972 0.012 0.012
#> GSM827704     2  0.2732     0.6201 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM827705     3  0.8461    -0.1762 0.292 0.120 0.340 0.240 0.008
#> GSM827706     4  0.6378     0.3757 0.000 0.288 0.180 0.528 0.004
#> GSM827707     1  0.6447     0.3057 0.528 0.000 0.216 0.252 0.004
#> GSM827708     2  0.1544     0.6553 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM827709     5  0.5447     0.3662 0.000 0.000 0.356 0.072 0.572
#> GSM827710     3  0.3278     0.6426 0.000 0.156 0.824 0.020 0.000
#> GSM827711     3  0.4706     0.5531 0.000 0.256 0.692 0.052 0.000
#> GSM827712     3  0.3343     0.6311 0.000 0.172 0.812 0.016 0.000
#> GSM827713     2  0.4777     0.3712 0.000 0.680 0.052 0.268 0.000
#> GSM827714     2  0.2520     0.6642 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> GSM827715     5  0.3390     0.8015 0.000 0.000 0.100 0.060 0.840
#> GSM827716     3  0.0992     0.6898 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM827717     2  0.0290     0.6665 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM827718     2  0.2729     0.6477 0.000 0.884 0.056 0.060 0.000
#> GSM827719     2  0.5993     0.3082 0.000 0.568 0.324 0.096 0.012
#> GSM827720     4  0.6946     0.1069 0.000 0.284 0.200 0.492 0.024
#> GSM827721     5  0.1549     0.8939 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944
#> GSM827722     3  0.7207    -0.0649 0.016 0.308 0.476 0.184 0.016
#> GSM827723     5  0.1522     0.8939 0.000 0.044 0.012 0.000 0.944
#> GSM827724     2  0.3634     0.6135 0.000 0.820 0.136 0.040 0.004
#> GSM827725     4  0.5507     0.1820 0.000 0.456 0.064 0.480 0.000
#> GSM827726     3  0.2733     0.6333 0.004 0.000 0.872 0.112 0.012
#> GSM827727     4  0.4912    -0.0391 0.000 0.016 0.404 0.572 0.008
#> GSM827728     2  0.7015     0.0876 0.000 0.428 0.220 0.336 0.016
#> GSM827729     2  0.3712     0.6118 0.000 0.820 0.008 0.132 0.040
#> GSM827730     2  0.4735     0.4923 0.000 0.680 0.000 0.272 0.048
#> GSM827731     2  0.3764     0.6068 0.000 0.808 0.148 0.040 0.004
#> GSM827732     2  0.3764     0.6068 0.000 0.808 0.148 0.040 0.004
#> GSM827733     2  0.4579     0.5521 0.000 0.744 0.192 0.056 0.008
#> GSM827734     5  0.2645     0.8844 0.000 0.044 0.000 0.068 0.888
#> GSM827735     2  0.3764     0.6071 0.000 0.808 0.148 0.040 0.004
#> GSM827736     2  0.0290     0.6666 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM827737     5  0.2574     0.8505 0.000 0.112 0.012 0.000 0.876
#> GSM827738     4  0.4975     0.0726 0.000 0.388 0.016 0.584 0.012
#> GSM827739     1  0.2852     0.7427 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM827740     4  0.4999    -0.1997 0.016 0.000 0.472 0.504 0.008
#> GSM827741     4  0.4992    -0.1909 0.016 0.000 0.460 0.516 0.008
#> GSM827742     3  0.4310     0.3596 0.000 0.000 0.604 0.392 0.004
#> GSM827743     4  0.5599     0.2248 0.000 0.444 0.072 0.484 0.000
#> GSM827744     4  0.6038     0.1802 0.000 0.444 0.100 0.452 0.004
#> GSM827745     4  0.4696    -0.0657 0.000 0.428 0.000 0.556 0.016
#> GSM827746     2  0.3151     0.6409 0.000 0.864 0.064 0.068 0.004
#> GSM827747     2  0.4104     0.5882 0.000 0.788 0.000 0.124 0.088
#> GSM827748     5  0.1605     0.8944 0.000 0.040 0.012 0.004 0.944
#> GSM827749     2  0.2464     0.6594 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> GSM827750     5  0.3494     0.8550 0.000 0.056 0.012 0.084 0.848
#> GSM827751     2  0.3678     0.6115 0.000 0.816 0.140 0.040 0.004
#> GSM827752     3  0.1106     0.6899 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000
#> GSM827753     5  0.3753     0.8417 0.000 0.076 0.012 0.080 0.832
#> GSM827754     2  0.4451     0.1600 0.000 0.504 0.000 0.492 0.004
#> GSM827755     2  0.5355     0.2944 0.000 0.636 0.064 0.292 0.008
#> GSM827756     2  0.5851     0.4177 0.000 0.644 0.180 0.164 0.012
#> GSM827757     4  0.5280    -0.1425 0.000 0.440 0.000 0.512 0.048
#> GSM827758     4  0.4675     0.2961 0.000 0.380 0.020 0.600 0.000
#> GSM827759     4  0.4981    -0.1877 0.016 0.000 0.448 0.528 0.008
#> GSM827760     1  0.5372     0.2042 0.504 0.000 0.044 0.448 0.004
#> GSM827761     2  0.4801     0.4785 0.000 0.668 0.000 0.284 0.048
#> GSM827762     2  0.3921     0.5888 0.000 0.784 0.000 0.172 0.044
#> GSM827763     2  0.0162     0.6667 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.3882     0.5910 0.000 0.788 0.000 0.168 0.044
#> GSM827765     2  0.1893     0.6602 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM827766     2  0.3521     0.6089 0.000 0.820 0.000 0.140 0.040
#> GSM827767     2  0.1571     0.6616 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> GSM827768     3  0.3934     0.5803 0.000 0.244 0.740 0.016 0.000
#> GSM827769     2  0.3068     0.6579 0.000 0.872 0.084 0.028 0.016
#> GSM827770     2  0.3764     0.6068 0.000 0.808 0.148 0.040 0.004
#> GSM827771     2  0.2378     0.6346 0.000 0.904 0.048 0.048 0.000
#> GSM827772     2  0.4437     0.2253 0.000 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM827773     5  0.1549     0.8939 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944
#> GSM827774     3  0.4138     0.5470 0.000 0.276 0.708 0.016 0.000
#> GSM827775     5  0.4152     0.7249 0.000 0.000 0.168 0.060 0.772
#> GSM827776     2  0.0510     0.6660 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM827777     2  0.3961     0.5998 0.000 0.792 0.160 0.044 0.004
#> GSM827778     3  0.0609     0.6901 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM827779     3  0.1331     0.6893 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> GSM827780     3  0.6712     0.3292 0.000 0.280 0.488 0.224 0.008
#> GSM827781     2  0.7001    -0.0772 0.000 0.384 0.336 0.272 0.008
#> GSM827782     2  0.6804     0.0203 0.000 0.420 0.368 0.204 0.008
#> GSM827783     1  0.5360     0.3151 0.552 0.000 0.048 0.396 0.004
#> GSM827784     4  0.4478     0.2846 0.272 0.000 0.020 0.700 0.008
#> GSM827785     1  0.4003     0.5884 0.704 0.000 0.008 0.288 0.000
#> GSM827786     4  0.5468     0.3324 0.000 0.368 0.060 0.568 0.004
#> GSM827787     4  0.4621     0.1453 0.000 0.412 0.008 0.576 0.004
#> GSM827788     4  0.6294     0.3804 0.000 0.288 0.168 0.540 0.004
#> GSM827789     3  0.3585     0.5654 0.000 0.004 0.772 0.220 0.004
#> GSM827790     2  0.4590     0.3058 0.000 0.568 0.000 0.420 0.012
#> GSM827791     3  0.4622     0.5685 0.000 0.240 0.712 0.044 0.004
#> GSM827792     3  0.0671     0.6905 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM827793     2  0.6163     0.2586 0.000 0.540 0.332 0.120 0.008
#> GSM827794     4  0.4974     0.2581 0.000 0.408 0.032 0.560 0.000
#> GSM827795     2  0.0693     0.6680 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM827796     2  0.3882     0.5910 0.000 0.788 0.000 0.168 0.044
#> GSM827797     2  0.5115     0.1723 0.000 0.484 0.000 0.480 0.036
#> GSM827798     2  0.5776     0.3378 0.000 0.588 0.000 0.124 0.288
#> GSM827799     5  0.2390     0.8913 0.000 0.044 0.012 0.032 0.912
#> GSM827800     5  0.2379     0.8878 0.000 0.028 0.012 0.048 0.912
#> GSM827801     5  0.1549     0.8937 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944
#> GSM827802     2  0.1357     0.6625 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM827803     3  0.5832     0.4939 0.196 0.000 0.644 0.148 0.012
#> GSM827804     2  0.3412     0.6099 0.000 0.820 0.000 0.152 0.028

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     6  0.7306     0.3103 0.116 0.172 0.336 0.004 0.000 0.372
#> GSM827666     6  0.6351     0.2834 0.328 0.004 0.296 0.004 0.000 0.368
#> GSM827667     3  0.4022     0.5864 0.084 0.000 0.804 0.052 0.004 0.056
#> GSM827668     3  0.1857     0.6608 0.000 0.012 0.928 0.028 0.000 0.032
#> GSM827669     3  0.2046     0.6506 0.000 0.008 0.916 0.032 0.000 0.044
#> GSM827670     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0291     0.9195 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.2422     0.8364 0.892 0.000 0.072 0.012 0.000 0.024
#> GSM827675     3  0.4420     0.5718 0.108 0.000 0.772 0.052 0.004 0.064
#> GSM827676     6  0.4295     0.5267 0.192 0.000 0.036 0.032 0.000 0.740
#> GSM827677     1  0.4867     0.4380 0.640 0.000 0.064 0.012 0.000 0.284
#> GSM827678     1  0.3739     0.7766 0.824 0.000 0.072 0.056 0.004 0.044
#> GSM827679     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0146     0.9201 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0551     0.9173 0.984 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004
#> GSM827687     1  0.0000     0.9206 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.3684     0.7815 0.828 0.000 0.068 0.056 0.004 0.044
#> GSM827689     1  0.0291     0.9196 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM827690     1  0.0551     0.9173 0.984 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0146     0.9200 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827692     1  0.0551     0.9173 0.984 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004
#> GSM827693     1  0.5651     0.3371 0.572 0.000 0.320 0.060 0.004 0.044
#> GSM827694     1  0.0291     0.9195 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827695     1  0.0436     0.9186 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> GSM827696     6  0.4813     0.4786 0.000 0.200 0.016 0.092 0.000 0.692
#> GSM827697     6  0.7127     0.3319 0.100 0.160 0.328 0.004 0.000 0.408
#> GSM827698     3  0.2147     0.6437 0.012 0.000 0.912 0.032 0.000 0.044
#> GSM827699     6  0.7109     0.3463 0.136 0.116 0.328 0.004 0.000 0.416
#> GSM827700     6  0.5483     0.4876 0.208 0.004 0.152 0.012 0.000 0.624
#> GSM827701     6  0.4820     0.5454 0.056 0.084 0.036 0.060 0.000 0.764
#> GSM827702     2  0.6458     0.0799 0.000 0.468 0.168 0.044 0.000 0.320
#> GSM827703     3  0.1863     0.6887 0.000 0.060 0.920 0.016 0.000 0.004
#> GSM827704     4  0.4096     0.5315 0.000 0.484 0.000 0.508 0.000 0.008
#> GSM827705     3  0.7394    -0.3241 0.128 0.176 0.360 0.004 0.000 0.332
#> GSM827706     6  0.6105     0.4771 0.000 0.196 0.152 0.064 0.000 0.588
#> GSM827707     6  0.6322     0.2582 0.340 0.000 0.292 0.008 0.000 0.360
#> GSM827708     2  0.3972     0.1760 0.000 0.680 0.004 0.300 0.000 0.016
#> GSM827709     5  0.6002     0.4807 0.000 0.000 0.232 0.100 0.592 0.076
#> GSM827710     3  0.3852     0.6463 0.000 0.256 0.720 0.016 0.000 0.008
#> GSM827711     3  0.5997     0.5469 0.000 0.320 0.548 0.076 0.008 0.048
#> GSM827712     3  0.3679     0.6502 0.000 0.260 0.724 0.012 0.000 0.004
#> GSM827713     2  0.6143     0.1521 0.000 0.516 0.024 0.268 0.000 0.192
#> GSM827714     2  0.3546     0.5066 0.000 0.776 0.012 0.196 0.000 0.016
#> GSM827715     5  0.3662     0.7786 0.000 0.000 0.072 0.056 0.824 0.048
#> GSM827716     3  0.2620     0.6945 0.000 0.108 0.868 0.012 0.000 0.012
#> GSM827717     2  0.2989     0.4797 0.000 0.812 0.004 0.176 0.000 0.008
#> GSM827718     2  0.2896     0.6079 0.000 0.864 0.012 0.080 0.000 0.044
#> GSM827719     2  0.4341     0.5495 0.000 0.748 0.152 0.016 0.000 0.084
#> GSM827720     4  0.5511     0.2903 0.000 0.036 0.120 0.664 0.008 0.172
#> GSM827721     5  0.1268     0.8400 0.000 0.008 0.004 0.036 0.952 0.000
#> GSM827722     2  0.6337     0.0731 0.008 0.464 0.328 0.008 0.004 0.188
#> GSM827723     5  0.0951     0.8383 0.000 0.008 0.004 0.020 0.968 0.000
#> GSM827724     2  0.1413     0.6270 0.000 0.948 0.036 0.008 0.004 0.004
#> GSM827725     6  0.6349     0.1144 0.000 0.352 0.028 0.180 0.000 0.440
#> GSM827726     3  0.1972     0.6416 0.000 0.004 0.916 0.024 0.000 0.056
#> GSM827727     6  0.5982     0.2158 0.000 0.012 0.232 0.208 0.004 0.544
#> GSM827728     4  0.6799     0.4060 0.000 0.176 0.136 0.544 0.008 0.136
#> GSM827729     4  0.4389     0.5427 0.000 0.468 0.004 0.512 0.016 0.000
#> GSM827730     4  0.4486     0.6314 0.000 0.364 0.000 0.604 0.020 0.012
#> GSM827731     2  0.0937     0.6320 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0713     0.6318 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.2767     0.6177 0.000 0.876 0.080 0.016 0.004 0.024
#> GSM827734     5  0.2920     0.8081 0.000 0.008 0.004 0.168 0.820 0.000
#> GSM827735     2  0.1364     0.6291 0.000 0.944 0.048 0.000 0.004 0.004
#> GSM827736     2  0.2743     0.4994 0.000 0.828 0.000 0.164 0.000 0.008
#> GSM827737     5  0.3602     0.6423 0.000 0.240 0.004 0.008 0.744 0.004
#> GSM827738     4  0.6357     0.2266 0.000 0.192 0.016 0.396 0.004 0.392
#> GSM827739     1  0.4496     0.4049 0.644 0.000 0.044 0.004 0.000 0.308
#> GSM827740     6  0.5966     0.0645 0.000 0.000 0.304 0.180 0.012 0.504
#> GSM827741     6  0.6002     0.0723 0.000 0.000 0.280 0.200 0.012 0.508
#> GSM827742     3  0.5547     0.2428 0.000 0.000 0.488 0.120 0.004 0.388
#> GSM827743     6  0.6165     0.0815 0.000 0.384 0.024 0.152 0.000 0.440
#> GSM827744     2  0.5815    -0.0699 0.000 0.448 0.028 0.092 0.000 0.432
#> GSM827745     4  0.5354     0.4248 0.000 0.140 0.000 0.592 0.004 0.264
#> GSM827746     2  0.3117     0.6022 0.000 0.852 0.016 0.080 0.000 0.052
#> GSM827747     4  0.4881     0.5596 0.000 0.452 0.004 0.496 0.048 0.000
#> GSM827748     5  0.0951     0.8398 0.000 0.008 0.004 0.020 0.968 0.000
#> GSM827749     2  0.3844     0.0863 0.000 0.676 0.000 0.312 0.008 0.004
#> GSM827750     5  0.4342     0.6511 0.000 0.040 0.004 0.260 0.692 0.004
#> GSM827751     2  0.0865     0.6323 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM827752     3  0.3103     0.6930 0.000 0.132 0.836 0.020 0.004 0.008
#> GSM827753     5  0.4233     0.6931 0.000 0.064 0.004 0.208 0.724 0.000
#> GSM827754     4  0.5250     0.5621 0.000 0.208 0.000 0.608 0.000 0.184
#> GSM827755     2  0.4934     0.4569 0.000 0.676 0.020 0.084 0.000 0.220
#> GSM827756     2  0.3888     0.5367 0.000 0.780 0.064 0.004 0.004 0.148
#> GSM827757     4  0.5291     0.5278 0.000 0.144 0.000 0.644 0.016 0.196
#> GSM827758     6  0.5491     0.2949 0.000 0.196 0.008 0.196 0.000 0.600
#> GSM827759     6  0.6023     0.0712 0.000 0.000 0.280 0.204 0.012 0.504
#> GSM827760     6  0.4605     0.4338 0.296 0.000 0.016 0.036 0.000 0.652
#> GSM827761     4  0.4720     0.6352 0.000 0.340 0.000 0.612 0.020 0.028
#> GSM827762     4  0.4282     0.6073 0.000 0.420 0.000 0.560 0.020 0.000
#> GSM827763     2  0.2848     0.5074 0.000 0.828 0.004 0.160 0.000 0.008
#> GSM827764     4  0.4446     0.5895 0.000 0.444 0.004 0.532 0.020 0.000
#> GSM827765     2  0.2009     0.5867 0.000 0.904 0.004 0.084 0.000 0.008
#> GSM827766     4  0.4181     0.5437 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012 0.000
#> GSM827767     2  0.2174     0.5791 0.000 0.896 0.008 0.088 0.000 0.008
#> GSM827768     3  0.4148     0.5691 0.000 0.344 0.636 0.016 0.000 0.004
#> GSM827769     2  0.2466     0.5532 0.000 0.872 0.008 0.112 0.008 0.000
#> GSM827770     2  0.1226     0.6302 0.000 0.952 0.040 0.000 0.004 0.004
#> GSM827771     2  0.4843     0.4233 0.000 0.668 0.024 0.252 0.000 0.056
#> GSM827772     4  0.5102     0.5769 0.000 0.240 0.000 0.620 0.000 0.140
#> GSM827773     5  0.1194     0.8392 0.000 0.008 0.004 0.032 0.956 0.000
#> GSM827774     3  0.4370     0.4209 0.000 0.428 0.552 0.012 0.000 0.008
#> GSM827775     5  0.4233     0.7366 0.000 0.000 0.120 0.056 0.776 0.048
#> GSM827776     2  0.3213     0.4278 0.000 0.784 0.004 0.204 0.000 0.008
#> GSM827777     2  0.2452     0.6259 0.000 0.900 0.056 0.016 0.020 0.008
#> GSM827778     3  0.1769     0.6915 0.000 0.060 0.924 0.004 0.000 0.012
#> GSM827779     3  0.2488     0.6963 0.000 0.124 0.864 0.008 0.000 0.004
#> GSM827780     3  0.7528     0.3358 0.000 0.224 0.380 0.268 0.008 0.120
#> GSM827781     2  0.6164    -0.0673 0.000 0.432 0.140 0.028 0.000 0.400
#> GSM827782     2  0.5850     0.2502 0.000 0.556 0.184 0.016 0.000 0.244
#> GSM827783     6  0.4618     0.3980 0.320 0.000 0.036 0.012 0.000 0.632
#> GSM827784     6  0.4734     0.4992 0.104 0.000 0.008 0.196 0.000 0.692
#> GSM827785     6  0.4644     0.2129 0.412 0.000 0.028 0.008 0.000 0.552
#> GSM827786     6  0.4562     0.4844 0.000 0.236 0.012 0.060 0.000 0.692
#> GSM827787     6  0.6160    -0.0387 0.000 0.224 0.008 0.340 0.000 0.428
#> GSM827788     6  0.5523     0.5104 0.000 0.144 0.112 0.076 0.000 0.668
#> GSM827789     3  0.5485     0.4269 0.000 0.016 0.612 0.112 0.004 0.256
#> GSM827790     4  0.5488     0.5934 0.000 0.260 0.000 0.576 0.004 0.160
#> GSM827791     3  0.6374     0.5534 0.000 0.308 0.540 0.072 0.036 0.044
#> GSM827792     3  0.2376     0.6933 0.000 0.096 0.884 0.008 0.000 0.012
#> GSM827793     2  0.4795     0.5407 0.000 0.732 0.128 0.052 0.000 0.088
#> GSM827794     6  0.6244     0.1664 0.000 0.272 0.020 0.224 0.000 0.484
#> GSM827795     2  0.2631     0.5162 0.000 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008
#> GSM827796     4  0.4289     0.6048 0.000 0.424 0.000 0.556 0.020 0.000
#> GSM827797     4  0.4947     0.5840 0.000 0.160 0.000 0.676 0.008 0.156
#> GSM827798     4  0.5586     0.5527 0.000 0.372 0.004 0.496 0.128 0.000
#> GSM827799     5  0.2488     0.8190 0.000 0.008 0.004 0.124 0.864 0.000
#> GSM827800     5  0.2551     0.8304 0.000 0.004 0.004 0.108 0.872 0.012
#> GSM827801     5  0.1268     0.8405 0.000 0.008 0.004 0.036 0.952 0.000
#> GSM827802     2  0.3927     0.0867 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012
#> GSM827803     3  0.5182     0.5231 0.104 0.000 0.692 0.036 0.004 0.164
#> GSM827804     4  0.4083     0.5703 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> CV:kmeans 134         1.10e-16 2
#> CV:kmeans  99         1.06e-13 3
#> CV:kmeans 131         2.39e-15 4
#> CV:kmeans  88         2.08e-11 5
#> CV:kmeans  91         1.39e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:skmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.752           0.880       0.950         0.4997 0.503   0.503
#> 3 3 0.621           0.663       0.829         0.2947 0.790   0.609
#> 4 4 0.658           0.690       0.804         0.1557 0.806   0.517
#> 5 5 0.681           0.628       0.805         0.0575 0.877   0.576
#> 6 6 0.690           0.544       0.751         0.0366 0.935   0.715

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827696     1  0.9710      0.301 0.600 0.400
#> GSM827697     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827701     1  0.1184      0.940 0.984 0.016
#> GSM827702     2  0.4815      0.851 0.104 0.896
#> GSM827703     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827704     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.9710      0.352 0.400 0.600
#> GSM827707     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.9710      0.311 0.600 0.400
#> GSM827710     2  0.7299      0.742 0.204 0.796
#> GSM827711     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827712     2  0.9552      0.415 0.376 0.624
#> GSM827713     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827716     1  0.9710      0.311 0.600 0.400
#> GSM827717     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827723     2  0.9963      0.154 0.464 0.536
#> GSM827724     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.7219      0.743 0.200 0.800
#> GSM827726     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827727     1  0.2043      0.925 0.968 0.032
#> GSM827728     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.7219      0.743 0.200 0.800
#> GSM827744     2  0.7219      0.743 0.200 0.800
#> GSM827745     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827752     1  0.9635      0.343 0.612 0.388
#> GSM827753     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.9686      0.362 0.396 0.604
#> GSM827759     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827769     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.2948      0.897 0.052 0.948
#> GSM827775     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827776     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827779     1  0.9710      0.311 0.600 0.400
#> GSM827780     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827781     2  0.7299      0.738 0.204 0.796
#> GSM827782     2  0.8909      0.564 0.308 0.692
#> GSM827783     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827786     1  0.7950      0.655 0.760 0.240
#> GSM827787     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827788     1  0.7219      0.717 0.800 0.200
#> GSM827789     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827790     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.7219      0.747 0.200 0.800
#> GSM827792     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827793     2  0.0376      0.933 0.004 0.996
#> GSM827794     2  0.7219      0.743 0.200 0.800
#> GSM827795     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.935 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.955 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.935 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.6111    0.85372 0.604 0.000 0.396
#> GSM827666     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827667     3  0.0000    0.51515 0.000 0.000 1.000
#> GSM827668     3  0.0237    0.51929 0.004 0.000 0.996
#> GSM827669     3  0.0592    0.52589 0.012 0.000 0.988
#> GSM827670     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827671     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827672     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827673     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827674     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827675     3  0.0000    0.51515 0.000 0.000 1.000
#> GSM827676     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827677     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827678     3  0.6126   -0.53964 0.400 0.000 0.600
#> GSM827679     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827680     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827681     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827682     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827683     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827684     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827685     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827686     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827687     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827688     3  0.6168   -0.56450 0.412 0.000 0.588
#> GSM827689     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827690     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827691     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827692     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827693     3  0.4555    0.03422 0.200 0.000 0.800
#> GSM827694     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827695     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827696     1  0.6345   -0.43469 0.596 0.400 0.004
#> GSM827697     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827698     3  0.0000    0.51515 0.000 0.000 1.000
#> GSM827699     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827700     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827701     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827702     2  0.6079    0.65736 0.388 0.612 0.000
#> GSM827703     3  0.5810    0.62910 0.336 0.000 0.664
#> GSM827704     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827706     2  0.9405   -0.05888 0.176 0.448 0.376
#> GSM827707     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827708     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827709     3  0.6126    0.49014 0.000 0.400 0.600
#> GSM827710     3  0.7727    0.61602 0.336 0.064 0.600
#> GSM827711     3  0.7842    0.54144 0.072 0.328 0.600
#> GSM827712     3  0.8603    0.58348 0.168 0.232 0.600
#> GSM827713     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827714     2  0.6095    0.65584 0.392 0.608 0.000
#> GSM827715     3  0.6126    0.49014 0.000 0.400 0.600
#> GSM827716     3  0.7141    0.61436 0.368 0.032 0.600
#> GSM827717     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.4178    0.78692 0.172 0.828 0.000
#> GSM827719     2  0.6095    0.65376 0.392 0.608 0.000
#> GSM827720     2  0.7736   -0.04765 0.052 0.548 0.400
#> GSM827721     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     1  0.2165    0.38966 0.936 0.000 0.064
#> GSM827723     1  0.9602   -0.17976 0.400 0.400 0.200
#> GSM827724     2  0.3686    0.78946 0.140 0.860 0.000
#> GSM827725     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827726     3  0.0237    0.51929 0.004 0.000 0.996
#> GSM827727     3  0.5465    0.62299 0.288 0.000 0.712
#> GSM827728     2  0.6126   -0.00558 0.000 0.600 0.400
#> GSM827729     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827731     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827732     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827733     2  0.5810    0.68313 0.336 0.664 0.000
#> GSM827734     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827736     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827737     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827738     2  0.4931    0.71975 0.232 0.768 0.000
#> GSM827739     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827740     3  0.0592    0.52494 0.012 0.000 0.988
#> GSM827741     3  0.2066    0.54889 0.060 0.000 0.940
#> GSM827742     3  0.5327    0.61933 0.272 0.000 0.728
#> GSM827743     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827744     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827745     2  0.2165    0.80716 0.064 0.936 0.000
#> GSM827746     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827747     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827752     3  0.8650    0.59863 0.200 0.200 0.600
#> GSM827753     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.2066    0.80840 0.060 0.940 0.000
#> GSM827755     2  0.5926    0.67674 0.356 0.644 0.000
#> GSM827756     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827757     2  0.2165    0.80716 0.064 0.936 0.000
#> GSM827758     2  0.8044    0.44048 0.088 0.600 0.312
#> GSM827759     3  0.0592    0.52494 0.012 0.000 0.988
#> GSM827760     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827761     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.5254    0.73647 0.264 0.736 0.000
#> GSM827766     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827768     3  0.8561    0.57694 0.156 0.244 0.600
#> GSM827769     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827770     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827771     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827772     2  0.5291    0.71134 0.268 0.732 0.000
#> GSM827773     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     3  0.8576    0.57781 0.160 0.240 0.600
#> GSM827775     3  0.6126    0.49014 0.000 0.400 0.600
#> GSM827776     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0237    0.82227 0.004 0.996 0.000
#> GSM827778     3  0.6095    0.61423 0.392 0.000 0.608
#> GSM827779     3  0.8647    0.60135 0.208 0.192 0.600
#> GSM827780     3  0.8561    0.58648 0.156 0.244 0.600
#> GSM827781     1  0.6274   -0.53828 0.544 0.456 0.000
#> GSM827782     1  0.6295   -0.56402 0.528 0.472 0.000
#> GSM827783     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827784     1  0.6079    0.84460 0.612 0.000 0.388
#> GSM827785     1  0.6126    0.85798 0.600 0.000 0.400
#> GSM827786     1  0.0983    0.28759 0.980 0.016 0.004
#> GSM827787     2  0.6045    0.66107 0.380 0.620 0.000
#> GSM827788     1  0.4002    0.55193 0.840 0.000 0.160
#> GSM827789     3  0.6126    0.60825 0.400 0.000 0.600
#> GSM827790     2  0.2165    0.80716 0.064 0.936 0.000
#> GSM827791     3  0.6126    0.49014 0.000 0.400 0.600
#> GSM827792     3  0.6126    0.60825 0.400 0.000 0.600
#> GSM827793     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827794     2  0.6126    0.64864 0.400 0.600 0.000
#> GSM827795     2  0.4002    0.78257 0.160 0.840 0.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     2  0.1289    0.81577 0.032 0.968 0.000
#> GSM827798     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827801     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000
#> GSM827803     3  0.0000    0.51515 0.000 0.000 1.000
#> GSM827804     2  0.0000    0.82272 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.1610    0.92054 0.952 0.016 0.032 0.000
#> GSM827666     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4746    0.54121 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM827668     3  0.4477    0.60922 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM827669     3  0.4980    0.61585 0.304 0.016 0.680 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4855    0.49251 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827676     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.3610    0.67297 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.2216    0.85701 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4855    0.09604 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0188    0.66014 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827697     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4746    0.54121 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM827699     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.5038    0.71097 0.000 0.684 0.296 0.020
#> GSM827703     3  0.1474    0.65348 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM827704     2  0.6423    0.65030 0.000 0.648 0.196 0.156
#> GSM827705     1  0.1022    0.93618 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM827706     2  0.4454    0.43777 0.308 0.692 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     4  0.4880    0.66335 0.000 0.188 0.052 0.760
#> GSM827709     3  0.4855    0.35796 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM827710     3  0.0000    0.64780 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3726    0.56211 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM827712     3  0.0000    0.64780 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827713     2  0.0707    0.66305 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827714     2  0.5130    0.70878 0.000 0.668 0.312 0.020
#> GSM827715     4  0.4877    0.16926 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM827716     3  0.1474    0.65348 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM827717     2  0.7001    0.59820 0.000 0.580 0.196 0.224
#> GSM827718     2  0.4605    0.44413 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM827719     2  0.4988    0.68197 0.000 0.692 0.288 0.020
#> GSM827720     4  0.7293    0.39689 0.000 0.216 0.248 0.536
#> GSM827721     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.7561    0.48795 0.200 0.452 0.348 0.000
#> GSM827723     4  0.0469    0.78535 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827724     2  0.7219    0.65226 0.000 0.488 0.364 0.148
#> GSM827725     2  0.0188    0.65779 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827726     3  0.4730    0.54690 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM827727     3  0.4955    0.49723 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM827728     4  0.6660    0.12956 0.000 0.084 0.452 0.464
#> GSM827729     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827730     4  0.2345    0.75719 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM827731     2  0.6830    0.67325 0.000 0.524 0.368 0.108
#> GSM827732     2  0.6725    0.68353 0.000 0.548 0.348 0.104
#> GSM827733     2  0.6887    0.65641 0.000 0.528 0.356 0.116
#> GSM827734     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.7349    0.64193 0.000 0.472 0.364 0.164
#> GSM827736     2  0.6634    0.68448 0.000 0.580 0.312 0.108
#> GSM827737     4  0.0469    0.78672 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827738     2  0.4999   -0.35957 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM827739     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.6771    0.63341 0.248 0.152 0.600 0.000
#> GSM827741     3  0.6740    0.63703 0.144 0.256 0.600 0.000
#> GSM827742     3  0.5291    0.60815 0.024 0.324 0.652 0.000
#> GSM827743     2  0.0000    0.65957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.1867    0.64776 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM827745     4  0.4855    0.48994 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM827746     2  0.4245    0.71028 0.000 0.784 0.196 0.020
#> GSM827747     4  0.1474    0.77829 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM827748     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     4  0.1305    0.78352 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM827750     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.6865    0.67354 0.000 0.524 0.364 0.112
#> GSM827752     3  0.1474    0.65804 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM827753     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827754     4  0.4948    0.42980 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM827755     2  0.1940    0.64983 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM827756     2  0.7075    0.65110 0.000 0.488 0.384 0.128
#> GSM827757     4  0.4855    0.48994 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM827758     2  0.2224    0.63133 0.040 0.928 0.000 0.032
#> GSM827759     3  0.6850    0.64663 0.188 0.212 0.600 0.000
#> GSM827760     1  0.0469    0.95575 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM827761     4  0.4880    0.69885 0.000 0.188 0.052 0.760
#> GSM827762     4  0.3652    0.74652 0.000 0.092 0.052 0.856
#> GSM827763     2  0.6992    0.57184 0.000 0.576 0.176 0.248
#> GSM827764     4  0.4843    0.70307 0.000 0.112 0.104 0.784
#> GSM827765     2  0.5343    0.70740 0.000 0.656 0.316 0.028
#> GSM827766     4  0.1637    0.77535 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM827767     2  0.6603    0.68572 0.000 0.580 0.316 0.104
#> GSM827768     3  0.1022    0.63610 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM827769     4  0.3583    0.67637 0.000 0.004 0.180 0.816
#> GSM827770     2  0.7219    0.65226 0.000 0.488 0.364 0.148
#> GSM827771     2  0.0672    0.66677 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM827772     2  0.4137    0.38831 0.000 0.780 0.012 0.208
#> GSM827773     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     3  0.0336    0.64560 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827775     4  0.4977    0.14056 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM827776     2  0.6970    0.55979 0.000 0.576 0.168 0.256
#> GSM827777     4  0.5510    0.08889 0.000 0.376 0.024 0.600
#> GSM827778     3  0.2530    0.64933 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM827779     3  0.0000    0.64780 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827780     3  0.3528    0.60903 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM827781     2  0.4134    0.68054 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM827782     2  0.4883    0.68114 0.000 0.696 0.288 0.016
#> GSM827783     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.3172    0.76652 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000    0.96757 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.1940    0.64925 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM827787     2  0.0336    0.65575 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827788     2  0.4948    0.00784 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.4543    0.60047 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM827790     4  0.6214    0.34540 0.000 0.472 0.052 0.476
#> GSM827791     3  0.4855    0.35796 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM827792     3  0.2530    0.64933 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM827793     2  0.4250    0.68022 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM827794     2  0.0000    0.65957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.5657    0.70782 0.000 0.644 0.312 0.044
#> GSM827796     4  0.1211    0.78271 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM827797     4  0.4250    0.63167 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM827798     4  0.1474    0.77829 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM827799     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827800     4  0.0817    0.78321 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM827801     4  0.0000    0.78953 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827802     4  0.6214   -0.06303 0.000 0.472 0.052 0.476
#> GSM827803     3  0.4855    0.49251 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827804     4  0.4015    0.73182 0.000 0.116 0.052 0.832

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.4696     0.6931 0.740 0.020 0.208 0.024 0.008
#> GSM827666     1  0.2917     0.8703 0.888 0.012 0.068 0.024 0.008
#> GSM827667     3  0.3707     0.5954 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.1197     0.6998 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.1197     0.6960 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4101     0.4796 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0609     0.9409 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM827677     1  0.1173     0.9315 0.964 0.012 0.000 0.020 0.004
#> GSM827678     1  0.2773     0.7478 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0880     0.9254 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4182     0.1599 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.3368     0.6254 0.000 0.156 0.024 0.820 0.000
#> GSM827697     1  0.1997     0.9141 0.936 0.020 0.012 0.024 0.008
#> GSM827698     3  0.3636     0.6055 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.2917     0.8703 0.888 0.012 0.068 0.024 0.008
#> GSM827700     1  0.0162     0.9495 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827701     1  0.2095     0.9053 0.920 0.012 0.000 0.060 0.008
#> GSM827702     2  0.6453     0.4441 0.000 0.552 0.180 0.256 0.012
#> GSM827703     3  0.0162     0.6945 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.4323     0.4244 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> GSM827705     1  0.4758     0.6797 0.732 0.020 0.216 0.024 0.008
#> GSM827706     4  0.5715     0.4136 0.280 0.088 0.000 0.620 0.012
#> GSM827707     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.5850     0.3581 0.000 0.564 0.000 0.316 0.120
#> GSM827709     3  0.4306     0.1828 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM827710     3  0.2377     0.6700 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.4967     0.5773 0.000 0.244 0.688 0.004 0.064
#> GSM827712     3  0.2690     0.6546 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.4377     0.4812 0.000 0.248 0.028 0.720 0.004
#> GSM827714     2  0.4429     0.5355 0.000 0.712 0.028 0.256 0.004
#> GSM827715     5  0.3480     0.5021 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM827716     3  0.0162     0.6945 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.2293     0.6307 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016
#> GSM827718     2  0.5102     0.5472 0.000 0.696 0.000 0.128 0.176
#> GSM827719     2  0.5140     0.4526 0.000 0.624 0.328 0.040 0.008
#> GSM827720     4  0.7117     0.1639 0.000 0.060 0.308 0.500 0.132
#> GSM827721     5  0.0290     0.8301 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM827722     2  0.6389     0.2642 0.060 0.472 0.432 0.024 0.012
#> GSM827723     5  0.0693     0.8244 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM827724     2  0.2735     0.6264 0.000 0.880 0.084 0.000 0.036
#> GSM827725     4  0.2054     0.6932 0.000 0.052 0.028 0.920 0.000
#> GSM827726     3  0.3143     0.6458 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.4235    -0.0368 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM827728     3  0.8046     0.2218 0.000 0.308 0.396 0.144 0.152
#> GSM827729     5  0.3085     0.7334 0.000 0.116 0.000 0.032 0.852
#> GSM827730     2  0.6824     0.1340 0.000 0.344 0.000 0.324 0.332
#> GSM827731     2  0.2457     0.6311 0.000 0.900 0.076 0.008 0.016
#> GSM827732     2  0.2026     0.6355 0.000 0.928 0.044 0.016 0.012
#> GSM827733     2  0.4295     0.5437 0.000 0.724 0.248 0.004 0.024
#> GSM827734     5  0.0566     0.8286 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM827735     2  0.3543     0.6131 0.000 0.828 0.112 0.000 0.060
#> GSM827736     2  0.2006     0.6333 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> GSM827737     5  0.1197     0.8105 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM827738     4  0.1412     0.7042 0.000 0.008 0.004 0.952 0.036
#> GSM827739     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.6231     0.4631 0.180 0.000 0.532 0.288 0.000
#> GSM827741     3  0.5019     0.3521 0.032 0.000 0.532 0.436 0.000
#> GSM827742     3  0.4101     0.4491 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> GSM827743     4  0.2325     0.6849 0.000 0.068 0.028 0.904 0.000
#> GSM827744     4  0.5143     0.1590 0.000 0.428 0.040 0.532 0.000
#> GSM827745     4  0.2754     0.6870 0.000 0.040 0.000 0.880 0.080
#> GSM827746     2  0.4132     0.5511 0.000 0.760 0.032 0.204 0.004
#> GSM827747     5  0.4958     0.2462 0.000 0.400 0.000 0.032 0.568
#> GSM827748     5  0.0404     0.8289 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827749     5  0.3913     0.4831 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM827750     5  0.0290     0.8301 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM827751     2  0.2457     0.6311 0.000 0.900 0.076 0.008 0.016
#> GSM827752     3  0.2929     0.6541 0.000 0.008 0.840 0.000 0.152
#> GSM827753     5  0.0404     0.8300 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827754     4  0.3237     0.6627 0.000 0.104 0.000 0.848 0.048
#> GSM827755     2  0.4744     0.2244 0.000 0.572 0.000 0.408 0.020
#> GSM827756     2  0.4001     0.5848 0.000 0.800 0.152 0.024 0.024
#> GSM827757     4  0.2770     0.6870 0.000 0.044 0.000 0.880 0.076
#> GSM827758     4  0.1357     0.7050 0.004 0.048 0.000 0.948 0.000
#> GSM827759     3  0.5083     0.3568 0.036 0.000 0.532 0.432 0.000
#> GSM827760     1  0.0963     0.9258 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM827761     4  0.6262     0.0790 0.000 0.332 0.000 0.504 0.164
#> GSM827762     2  0.6749     0.2254 0.000 0.408 0.000 0.288 0.304
#> GSM827763     2  0.3242     0.5884 0.000 0.816 0.000 0.172 0.012
#> GSM827764     2  0.6495     0.2611 0.000 0.468 0.000 0.328 0.204
#> GSM827765     2  0.2835     0.6291 0.000 0.868 0.016 0.112 0.004
#> GSM827766     2  0.5510     0.2037 0.000 0.548 0.000 0.072 0.380
#> GSM827767     2  0.2444     0.6357 0.000 0.904 0.016 0.068 0.012
#> GSM827768     3  0.3491     0.5982 0.000 0.228 0.768 0.000 0.004
#> GSM827769     2  0.4856     0.2107 0.000 0.584 0.028 0.000 0.388
#> GSM827770     2  0.2959     0.6212 0.000 0.864 0.100 0.000 0.036
#> GSM827771     2  0.5158     0.3098 0.000 0.568 0.036 0.392 0.004
#> GSM827772     4  0.2017     0.6959 0.000 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM827773     5  0.0510     0.8279 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM827774     3  0.3838     0.5343 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> GSM827775     5  0.5757     0.2070 0.000 0.104 0.336 0.000 0.560
#> GSM827776     2  0.2361     0.6286 0.000 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM827777     5  0.3242     0.6291 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM827778     3  0.0000     0.6939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.1043     0.6973 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.6023     0.5125 0.000 0.248 0.576 0.176 0.000
#> GSM827781     2  0.6728     0.2878 0.000 0.476 0.304 0.212 0.008
#> GSM827782     2  0.5659     0.4262 0.000 0.580 0.340 0.072 0.008
#> GSM827783     1  0.0290     0.9462 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827784     4  0.4249     0.2203 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9512 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.4348     0.4129 0.000 0.316 0.016 0.668 0.000
#> GSM827787     4  0.0865     0.7042 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM827788     4  0.4273     0.6111 0.032 0.020 0.144 0.796 0.008
#> GSM827789     3  0.2813     0.6344 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM827790     4  0.3616     0.6152 0.000 0.164 0.000 0.804 0.032
#> GSM827791     3  0.4283     0.2745 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM827792     3  0.0000     0.6939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.6206     0.3735 0.000 0.532 0.296 0.172 0.000
#> GSM827794     4  0.1579     0.6999 0.000 0.032 0.024 0.944 0.000
#> GSM827795     2  0.2233     0.6279 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> GSM827796     2  0.6697     0.0948 0.000 0.380 0.000 0.240 0.380
#> GSM827797     4  0.4548     0.5867 0.000 0.120 0.000 0.752 0.128
#> GSM827798     5  0.4876     0.2648 0.000 0.396 0.000 0.028 0.576
#> GSM827799     5  0.0404     0.8300 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827800     5  0.0771     0.8206 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM827801     5  0.0404     0.8300 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM827802     2  0.4666     0.5504 0.000 0.732 0.000 0.180 0.088
#> GSM827803     3  0.4171     0.4366 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM827804     2  0.6485     0.3116 0.000 0.488 0.000 0.288 0.224

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.6034     0.1085 0.384 0.000 0.248 0.000 0.000 0.368
#> GSM827666     1  0.4834     0.6081 0.660 0.000 0.128 0.000 0.000 0.212
#> GSM827667     3  0.2146     0.6498 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM827668     3  0.1010     0.6742 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004
#> GSM827669     3  0.1151     0.6736 0.032 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012
#> GSM827670     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0777     0.8735 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     3  0.3266     0.5562 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.3754     0.7706 0.796 0.000 0.020 0.044 0.000 0.140
#> GSM827677     1  0.2416     0.7941 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM827678     1  0.1714     0.8177 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0713     0.8707 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.3756     0.2085 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     6  0.5281     0.0993 0.000 0.084 0.004 0.456 0.000 0.456
#> GSM827697     1  0.4808     0.4804 0.576 0.000 0.064 0.000 0.000 0.360
#> GSM827698     3  0.2070     0.6567 0.100 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008
#> GSM827699     1  0.4920     0.5938 0.648 0.000 0.132 0.000 0.000 0.220
#> GSM827700     1  0.1958     0.8338 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM827701     1  0.4377     0.6879 0.716 0.000 0.016 0.048 0.000 0.220
#> GSM827702     2  0.6610    -0.0305 0.000 0.412 0.156 0.056 0.000 0.376
#> GSM827703     3  0.0622     0.6734 0.000 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM827704     2  0.3972     0.5111 0.000 0.680 0.000 0.300 0.016 0.004
#> GSM827705     1  0.6076     0.0717 0.368 0.000 0.268 0.000 0.000 0.364
#> GSM827706     6  0.7174     0.1785 0.216 0.064 0.032 0.196 0.000 0.492
#> GSM827707     1  0.0260     0.8836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM827708     2  0.4170     0.4720 0.000 0.648 0.000 0.328 0.020 0.004
#> GSM827709     5  0.4821     0.2527 0.000 0.000 0.376 0.020 0.576 0.028
#> GSM827710     3  0.3794     0.6106 0.000 0.216 0.744 0.000 0.000 0.040
#> GSM827711     3  0.5872     0.5596 0.000 0.236 0.628 0.048 0.052 0.036
#> GSM827712     3  0.3555     0.6304 0.000 0.184 0.776 0.000 0.000 0.040
#> GSM827713     2  0.6076    -0.0397 0.000 0.400 0.000 0.292 0.000 0.308
#> GSM827714     2  0.3506     0.6089 0.000 0.800 0.020 0.160 0.000 0.020
#> GSM827715     5  0.3212     0.6616 0.000 0.000 0.180 0.004 0.800 0.016
#> GSM827716     3  0.1700     0.6742 0.000 0.024 0.928 0.000 0.000 0.048
#> GSM827717     2  0.1700     0.6358 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> GSM827718     2  0.6874     0.0677 0.000 0.500 0.004 0.116 0.132 0.248
#> GSM827719     6  0.5445     0.2326 0.000 0.416 0.104 0.004 0.000 0.476
#> GSM827720     4  0.6282     0.2958 0.000 0.056 0.220 0.608 0.068 0.048
#> GSM827721     5  0.0260     0.8157 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827722     3  0.6447    -0.2421 0.012 0.212 0.396 0.000 0.008 0.372
#> GSM827723     5  0.0603     0.8045 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM827724     2  0.3277     0.5348 0.000 0.828 0.024 0.000 0.020 0.128
#> GSM827725     4  0.5330     0.0668 0.000 0.108 0.000 0.496 0.000 0.396
#> GSM827726     3  0.2060     0.6579 0.084 0.000 0.900 0.000 0.000 0.016
#> GSM827727     6  0.6118    -0.0737 0.000 0.000 0.328 0.308 0.000 0.364
#> GSM827728     4  0.7449     0.0708 0.000 0.168 0.288 0.436 0.060 0.048
#> GSM827729     5  0.4791     0.3986 0.000 0.244 0.000 0.104 0.652 0.000
#> GSM827730     4  0.5669     0.0268 0.000 0.340 0.000 0.508 0.148 0.004
#> GSM827731     2  0.2760     0.5460 0.000 0.856 0.024 0.000 0.004 0.116
#> GSM827732     2  0.2393     0.5636 0.000 0.884 0.020 0.000 0.004 0.092
#> GSM827733     2  0.5062     0.3184 0.000 0.652 0.092 0.000 0.016 0.240
#> GSM827734     5  0.0458     0.8131 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827735     2  0.4432     0.4865 0.000 0.756 0.052 0.000 0.052 0.140
#> GSM827736     2  0.1444     0.6340 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM827737     5  0.1152     0.7883 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> GSM827738     4  0.4774     0.4087 0.000 0.048 0.004 0.688 0.024 0.236
#> GSM827739     1  0.0000     0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.7226     0.3405 0.184 0.000 0.420 0.264 0.000 0.132
#> GSM827741     3  0.6699     0.3022 0.060 0.000 0.420 0.352 0.000 0.168
#> GSM827742     3  0.5109     0.4534 0.000 0.000 0.580 0.104 0.000 0.316
#> GSM827743     4  0.5123     0.0451 0.000 0.084 0.000 0.508 0.000 0.408
#> GSM827744     6  0.5597     0.3994 0.000 0.180 0.000 0.288 0.000 0.532
#> GSM827745     4  0.1642     0.5270 0.000 0.028 0.000 0.936 0.004 0.032
#> GSM827746     2  0.4255     0.4511 0.000 0.732 0.008 0.064 0.000 0.196
#> GSM827747     2  0.5510     0.4161 0.000 0.540 0.000 0.132 0.324 0.004
#> GSM827748     5  0.0000     0.8144 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     5  0.5560     0.2592 0.000 0.304 0.000 0.084 0.580 0.032
#> GSM827750     5  0.0363     0.8148 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827751     2  0.2804     0.5431 0.000 0.852 0.024 0.000 0.004 0.120
#> GSM827752     3  0.3529     0.6122 0.000 0.008 0.788 0.000 0.176 0.028
#> GSM827753     5  0.0260     0.8157 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827754     4  0.3443     0.5459 0.000 0.108 0.000 0.828 0.032 0.032
#> GSM827755     6  0.6216     0.3776 0.000 0.320 0.004 0.156 0.024 0.496
#> GSM827756     2  0.5153     0.1580 0.000 0.536 0.060 0.000 0.012 0.392
#> GSM827757     4  0.2156     0.5420 0.000 0.048 0.000 0.912 0.020 0.020
#> GSM827758     4  0.4375     0.4174 0.000 0.080 0.020 0.748 0.000 0.152
#> GSM827759     3  0.6405     0.2910 0.044 0.000 0.424 0.388 0.000 0.144
#> GSM827760     1  0.3101     0.7885 0.856 0.000 0.020 0.056 0.000 0.068
#> GSM827761     4  0.4729     0.3489 0.000 0.264 0.000 0.660 0.068 0.008
#> GSM827762     2  0.5625     0.3213 0.000 0.500 0.000 0.360 0.136 0.004
#> GSM827763     2  0.2146     0.6317 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> GSM827764     2  0.4667     0.4694 0.000 0.632 0.000 0.308 0.056 0.004
#> GSM827765     2  0.2274     0.6327 0.000 0.892 0.008 0.088 0.000 0.012
#> GSM827766     2  0.5267     0.4820 0.000 0.600 0.000 0.236 0.164 0.000
#> GSM827767     2  0.2044     0.6070 0.000 0.920 0.008 0.028 0.004 0.040
#> GSM827768     3  0.4495     0.5549 0.000 0.284 0.664 0.000 0.008 0.044
#> GSM827769     2  0.4271     0.5297 0.000 0.744 0.012 0.000 0.172 0.072
#> GSM827770     2  0.3540     0.5225 0.000 0.812 0.036 0.000 0.020 0.132
#> GSM827771     2  0.6021    -0.0472 0.000 0.424 0.000 0.264 0.000 0.312
#> GSM827772     4  0.2985     0.5377 0.000 0.100 0.000 0.844 0.000 0.056
#> GSM827773     5  0.0000     0.8144 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     3  0.4460     0.5225 0.000 0.304 0.644 0.000 0.000 0.052
#> GSM827775     5  0.5055     0.5134 0.000 0.060 0.248 0.012 0.664 0.016
#> GSM827776     2  0.1765     0.6361 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM827777     5  0.3207     0.6914 0.000 0.124 0.004 0.000 0.828 0.044
#> GSM827778     3  0.1531     0.6683 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000 0.068
#> GSM827779     3  0.2053     0.6713 0.000 0.108 0.888 0.000 0.000 0.004
#> GSM827780     3  0.6741     0.3855 0.000 0.244 0.456 0.244 0.000 0.056
#> GSM827781     6  0.3788     0.4868 0.000 0.092 0.056 0.040 0.000 0.812
#> GSM827782     6  0.4683     0.4627 0.000 0.204 0.104 0.004 0.000 0.688
#> GSM827783     1  0.2642     0.8128 0.884 0.000 0.020 0.032 0.000 0.064
#> GSM827784     4  0.5602     0.0232 0.384 0.000 0.020 0.508 0.000 0.088
#> GSM827785     1  0.2038     0.8374 0.920 0.000 0.020 0.028 0.000 0.032
#> GSM827786     6  0.6099     0.2701 0.000 0.140 0.024 0.396 0.000 0.440
#> GSM827787     4  0.3630     0.3993 0.000 0.032 0.000 0.756 0.000 0.212
#> GSM827788     6  0.5035     0.2770 0.012 0.020 0.036 0.300 0.000 0.632
#> GSM827789     3  0.4403     0.4784 0.000 0.000 0.648 0.048 0.000 0.304
#> GSM827790     4  0.3549     0.5371 0.000 0.140 0.000 0.808 0.020 0.032
#> GSM827791     5  0.4688     0.1247 0.000 0.000 0.428 0.012 0.536 0.024
#> GSM827792     3  0.1531     0.6683 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000 0.068
#> GSM827793     6  0.6569     0.4719 0.000 0.260 0.072 0.160 0.000 0.508
#> GSM827794     4  0.4690     0.0790 0.000 0.048 0.000 0.552 0.000 0.400
#> GSM827795     2  0.2165     0.6357 0.000 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> GSM827796     2  0.5872     0.3032 0.000 0.472 0.000 0.344 0.180 0.004
#> GSM827797     4  0.3447     0.5350 0.000 0.108 0.000 0.820 0.064 0.008
#> GSM827798     2  0.5542     0.4025 0.000 0.528 0.000 0.132 0.336 0.004
#> GSM827799     5  0.0260     0.8157 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827800     5  0.1219     0.7953 0.000 0.004 0.000 0.048 0.948 0.000
#> GSM827801     5  0.0260     0.8157 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827802     2  0.4570     0.3991 0.000 0.600 0.000 0.364 0.020 0.016
#> GSM827803     3  0.4848     0.4715 0.316 0.000 0.624 0.032 0.000 0.028
#> GSM827804     2  0.4806     0.4671 0.000 0.624 0.000 0.304 0.068 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> CV:skmeans 131         8.81e-14 2
#> CV:skmeans 123         1.24e-12 3
#> CV:skmeans 118         3.60e-14 4
#> CV:skmeans 101         4.68e-12 5
#> CV:skmeans  85         1.16e-08 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.994           0.958       0.975         0.4521 0.551   0.551
#> 3 3 0.625           0.690       0.817         0.3951 0.767   0.599
#> 4 4 0.653           0.573       0.796         0.1826 0.824   0.565
#> 5 5 0.690           0.709       0.835         0.0620 0.888   0.606
#> 6 6 0.737           0.676       0.830         0.0266 0.969   0.854

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827666     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827667     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827671     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827672     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827673     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827674     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827675     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827677     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827678     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827680     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827681     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827682     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827683     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827684     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827685     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827686     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827687     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827688     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827690     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827691     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827692     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827693     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827695     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827696     2  0.0938      0.969 0.012 0.988
#> GSM827697     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827698     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827700     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827701     2  0.5178      0.865 0.116 0.884
#> GSM827702     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827703     2  0.6712      0.814 0.176 0.824
#> GSM827704     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827706     2  0.3114      0.931 0.056 0.944
#> GSM827707     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827708     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.2948      0.937 0.948 0.052
#> GSM827710     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827711     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827712     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827713     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827716     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827717     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827721     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.7674      0.745 0.776 0.224
#> GSM827723     1  0.7528      0.758 0.784 0.216
#> GSM827724     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827726     2  0.9996      0.102 0.488 0.512
#> GSM827727     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827728     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827729     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827740     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827741     2  0.3431      0.940 0.064 0.936
#> GSM827742     2  0.2948      0.949 0.052 0.948
#> GSM827743     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.9393      0.481 0.356 0.644
#> GSM827753     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.0672      0.972 0.008 0.992
#> GSM827759     2  0.7950      0.720 0.240 0.760
#> GSM827760     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827761     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827769     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827775     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827776     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827778     2  0.2236      0.959 0.036 0.964
#> GSM827779     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827780     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827781     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827783     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827784     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827785     1  0.1843      0.983 0.972 0.028
#> GSM827786     2  0.1184      0.967 0.016 0.984
#> GSM827787     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.3879      0.912 0.076 0.924
#> GSM827789     2  0.2236      0.959 0.036 0.964
#> GSM827790     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827792     2  0.1843      0.961 0.028 0.972
#> GSM827793     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.977 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.977 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.6302     0.1133 0.480 0.000 0.520
#> GSM827668     3  0.6302     0.1133 0.480 0.000 0.520
#> GSM827669     3  0.6302     0.1133 0.480 0.000 0.520
#> GSM827670     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.6302     0.1133 0.480 0.000 0.520
#> GSM827676     1  0.0424     0.9287 0.992 0.000 0.008
#> GSM827677     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4555     0.6729 0.800 0.000 0.200
#> GSM827694     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827697     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.6302     0.1133 0.480 0.000 0.520
#> GSM827699     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.9357    -0.0571 0.500 0.196 0.304
#> GSM827702     2  0.5397     0.7437 0.000 0.720 0.280
#> GSM827703     3  0.5253     0.6284 0.020 0.188 0.792
#> GSM827704     2  0.4178     0.7395 0.000 0.828 0.172
#> GSM827705     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.7188     0.7068 0.056 0.664 0.280
#> GSM827707     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827709     3  0.6161     0.4613 0.016 0.288 0.696
#> GSM827710     3  0.4555     0.6224 0.000 0.200 0.800
#> GSM827711     3  0.4654     0.6199 0.000 0.208 0.792
#> GSM827712     3  0.4654     0.6199 0.000 0.208 0.792
#> GSM827713     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827714     2  0.5465     0.7431 0.000 0.712 0.288
#> GSM827715     3  0.5835     0.4223 0.000 0.340 0.660
#> GSM827716     3  0.4555     0.6224 0.000 0.200 0.800
#> GSM827717     2  0.4605     0.7441 0.000 0.796 0.204
#> GSM827718     2  0.4399     0.7421 0.000 0.812 0.188
#> GSM827719     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827720     2  0.0747     0.6865 0.000 0.984 0.016
#> GSM827721     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827722     1  0.4399     0.6356 0.812 0.188 0.000
#> GSM827723     2  0.7717     0.3682 0.148 0.680 0.172
#> GSM827724     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827725     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827726     3  0.5678     0.4347 0.316 0.000 0.684
#> GSM827727     3  0.5650     0.3136 0.000 0.312 0.688
#> GSM827728     2  0.0424     0.6824 0.000 0.992 0.008
#> GSM827729     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827730     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000
#> GSM827731     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827732     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827733     2  0.5560     0.7304 0.000 0.700 0.300
#> GSM827734     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827735     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827736     2  0.5397     0.7437 0.000 0.720 0.280
#> GSM827737     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827738     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827739     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.6252     0.1724 0.444 0.000 0.556
#> GSM827741     3  0.4178     0.6195 0.000 0.172 0.828
#> GSM827742     3  0.4178     0.6195 0.000 0.172 0.828
#> GSM827743     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827744     2  0.5650     0.7335 0.000 0.688 0.312
#> GSM827745     2  0.5497     0.7422 0.000 0.708 0.292
#> GSM827746     2  0.5465     0.7430 0.000 0.712 0.288
#> GSM827747     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827748     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827749     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827750     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827751     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827752     3  0.5621     0.4527 0.000 0.308 0.692
#> GSM827753     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827754     2  0.2066     0.6957 0.000 0.940 0.060
#> GSM827755     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827756     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827757     2  0.1289     0.6853 0.000 0.968 0.032
#> GSM827758     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827759     3  0.4589     0.6235 0.008 0.172 0.820
#> GSM827760     1  0.1031     0.9147 0.976 0.000 0.024
#> GSM827761     2  0.0892     0.6951 0.000 0.980 0.020
#> GSM827762     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.3686     0.7304 0.000 0.860 0.140
#> GSM827764     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827765     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827766     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.5327     0.7456 0.000 0.728 0.272
#> GSM827768     3  0.5363     0.5936 0.000 0.276 0.724
#> GSM827769     2  0.3482     0.6045 0.000 0.872 0.128
#> GSM827770     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000
#> GSM827771     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827772     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827773     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827774     3  0.4654     0.6199 0.000 0.208 0.792
#> GSM827775     3  0.5621     0.4527 0.000 0.308 0.692
#> GSM827776     2  0.5397     0.7437 0.000 0.720 0.280
#> GSM827777     2  0.6154     0.6888 0.000 0.592 0.408
#> GSM827778     3  0.4399     0.6235 0.000 0.188 0.812
#> GSM827779     3  0.4555     0.6224 0.000 0.200 0.800
#> GSM827780     3  0.4555     0.6224 0.000 0.200 0.800
#> GSM827781     2  0.5431     0.7435 0.000 0.716 0.284
#> GSM827782     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827783     1  0.0892     0.9186 0.980 0.000 0.020
#> GSM827784     1  0.1031     0.9147 0.976 0.000 0.024
#> GSM827785     1  0.0000     0.9362 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     1  0.9440    -0.0776 0.488 0.204 0.308
#> GSM827787     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827788     2  0.9587     0.3788 0.224 0.468 0.308
#> GSM827789     3  0.4178     0.6195 0.000 0.172 0.828
#> GSM827790     2  0.4887     0.7434 0.000 0.772 0.228
#> GSM827791     3  0.5835     0.4223 0.000 0.340 0.660
#> GSM827792     3  0.4346     0.6231 0.000 0.184 0.816
#> GSM827793     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827794     2  0.5621     0.7368 0.000 0.692 0.308
#> GSM827795     2  0.5431     0.7435 0.000 0.716 0.284
#> GSM827796     2  0.6225     0.6658 0.000 0.568 0.432
#> GSM827797     2  0.1031     0.6875 0.000 0.976 0.024
#> GSM827798     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827799     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827800     2  0.4399     0.5696 0.000 0.812 0.188
#> GSM827801     2  0.4178     0.5730 0.000 0.828 0.172
#> GSM827802     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000
#> GSM827803     1  0.6140     0.2051 0.596 0.000 0.404
#> GSM827804     2  0.0000     0.6866 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4855     0.3962 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827668     3  0.4830     0.4090 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM827669     3  0.4830     0.4090 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4855     0.3962 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827676     4  0.5000    -0.0176 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM827677     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.3610     0.6748 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827697     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4855     0.3962 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827699     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.0188     0.7022 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827702     4  0.6673     0.3353 0.000 0.252 0.140 0.608
#> GSM827703     3  0.4868     0.6193 0.040 0.212 0.748 0.000
#> GSM827704     2  0.1807     0.5933 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM827705     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.4511     0.5264 0.008 0.268 0.000 0.724
#> GSM827707     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.7216     0.1247 0.000 0.448 0.140 0.412
#> GSM827709     3  0.3024     0.4769 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM827710     3  0.4072     0.6047 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827711     3  0.4072     0.6047 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827712     3  0.4072     0.6047 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827713     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827714     4  0.1389     0.6822 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM827715     3  0.4661     0.1272 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM827716     3  0.4420     0.6092 0.000 0.240 0.748 0.012
#> GSM827717     2  0.3249     0.5470 0.000 0.852 0.140 0.008
#> GSM827718     2  0.0937     0.6094 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM827719     4  0.5770     0.4712 0.000 0.148 0.140 0.712
#> GSM827720     2  0.3726     0.4972 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM827721     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827722     1  0.6429     0.3719 0.644 0.212 0.144 0.000
#> GSM827723     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827724     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827725     4  0.1022     0.6897 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM827726     3  0.5721     0.6229 0.156 0.064 0.748 0.032
#> GSM827727     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827728     2  0.0000     0.6111 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827729     2  0.2081     0.6142 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.6111 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827732     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827733     2  0.7220     0.1082 0.000 0.440 0.140 0.420
#> GSM827734     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827735     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827736     4  0.6951     0.2348 0.000 0.304 0.140 0.556
#> GSM827737     2  0.6147     0.5645 0.000 0.564 0.380 0.056
#> GSM827738     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.5172     0.0509 0.008 0.000 0.404 0.588
#> GSM827741     4  0.4866     0.0662 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM827742     3  0.4830     0.3750 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM827743     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827745     4  0.4697     0.3132 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM827746     4  0.5531     0.5038 0.000 0.128 0.140 0.732
#> GSM827747     2  0.3123     0.6109 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM827748     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827749     2  0.2973     0.6118 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM827750     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827751     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827752     3  0.2704     0.6058 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM827753     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827754     4  0.4907     0.2039 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM827755     4  0.1022     0.6897 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM827756     2  0.7192     0.1737 0.000 0.472 0.140 0.388
#> GSM827757     2  0.5000    -0.0420 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM827758     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827759     4  0.4888     0.0447 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM827760     1  0.3528     0.7087 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM827761     2  0.1867     0.6016 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM827762     2  0.0000     0.6111 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.7156     0.2089 0.000 0.492 0.140 0.368
#> GSM827764     2  0.7220     0.1047 0.000 0.440 0.140 0.420
#> GSM827765     4  0.7216    -0.0395 0.000 0.412 0.140 0.448
#> GSM827766     2  0.3024     0.6094 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM827767     2  0.7165     0.2037 0.000 0.488 0.140 0.372
#> GSM827768     3  0.4072     0.6047 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827769     2  0.2921     0.5496 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM827770     2  0.2921     0.5496 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM827771     4  0.1940     0.6622 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM827772     4  0.3356     0.5769 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM827773     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827774     3  0.4516     0.5960 0.000 0.252 0.736 0.012
#> GSM827775     3  0.2973     0.4800 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM827776     4  0.6951     0.2346 0.000 0.304 0.140 0.556
#> GSM827777     4  0.7852    -0.2672 0.000 0.360 0.268 0.372
#> GSM827778     3  0.6089     0.4558 0.000 0.064 0.608 0.328
#> GSM827779     3  0.4072     0.6047 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827780     3  0.6508     0.4745 0.000 0.104 0.600 0.296
#> GSM827781     4  0.4454     0.4658 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM827782     4  0.4706     0.5561 0.000 0.072 0.140 0.788
#> GSM827783     1  0.3123     0.7617 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM827784     4  0.4961     0.1277 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM827785     1  0.0000     0.9534 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827787     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827788     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827789     3  0.4830     0.3750 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM827790     4  0.4843     0.2673 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM827791     3  0.4855     0.1424 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM827792     3  0.5990     0.4476 0.000 0.056 0.608 0.336
#> GSM827793     4  0.0188     0.7021 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827794     4  0.0000     0.7032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827795     4  0.6594     0.3535 0.000 0.240 0.140 0.620
#> GSM827796     2  0.7658     0.2775 0.000 0.416 0.212 0.372
#> GSM827797     2  0.4855     0.1446 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM827798     2  0.3688     0.5977 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM827799     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827800     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827801     2  0.4072     0.5845 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM827802     2  0.2921     0.5496 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM827803     1  0.4866     0.1448 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.6111 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.1671     0.8885 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.1608     0.8913 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.5630     0.6590 0.212 0.012 0.660 0.116 0.000
#> GSM827668     3  0.3143     0.7220 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.3143     0.7220 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.3210     0.7176 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.3452     0.6088 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.2624     0.8455 0.872 0.012 0.000 0.116 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.2624     0.8455 0.872 0.012 0.000 0.116 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4285     0.7481 0.792 0.012 0.080 0.116 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827697     1  0.1608     0.8913 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.3336     0.7033 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.1608     0.8913 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.1608     0.8913 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.3828     0.7828 0.000 0.120 0.072 0.808 0.000
#> GSM827702     2  0.3829     0.7354 0.000 0.776 0.196 0.028 0.000
#> GSM827703     3  0.0404     0.7387 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM827704     5  0.3895     0.6623 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM827705     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.5870     0.6677 0.008 0.092 0.188 0.680 0.032
#> GSM827707     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.3462     0.7388 0.000 0.792 0.196 0.012 0.000
#> GSM827709     3  0.4299     0.4926 0.000 0.000 0.608 0.004 0.388
#> GSM827710     3  0.1341     0.7178 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3210     0.5621 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.0794     0.7372 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.4101     0.2953 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM827714     2  0.3143     0.5817 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM827715     5  0.4350    -0.0261 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588
#> GSM827716     3  0.0404     0.7387 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.5004     0.5713 0.000 0.692 0.092 0.000 0.216
#> GSM827718     5  0.4928     0.6919 0.000 0.116 0.132 0.012 0.740
#> GSM827719     2  0.3769     0.7382 0.000 0.788 0.180 0.032 0.000
#> GSM827720     5  0.4204     0.7259 0.000 0.196 0.000 0.048 0.756
#> GSM827721     5  0.0451     0.7686 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM827722     1  0.5719     0.4333 0.596 0.120 0.284 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.0162     0.7708 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827724     2  0.4104     0.7325 0.000 0.788 0.124 0.000 0.088
#> GSM827725     4  0.2798     0.8076 0.000 0.140 0.000 0.852 0.008
#> GSM827726     3  0.4876     0.7048 0.096 0.020 0.752 0.132 0.000
#> GSM827727     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827728     5  0.3452     0.7290 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM827729     5  0.4073     0.7278 0.000 0.104 0.104 0.000 0.792
#> GSM827730     5  0.3579     0.7301 0.000 0.240 0.004 0.000 0.756
#> GSM827731     2  0.2723     0.7692 0.000 0.864 0.124 0.000 0.012
#> GSM827732     5  0.6322     0.2283 0.000 0.324 0.176 0.000 0.500
#> GSM827733     2  0.3460     0.7614 0.000 0.828 0.128 0.044 0.000
#> GSM827734     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0404     0.7518 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827736     2  0.0404     0.7556 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM827737     2  0.4060     0.5422 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM827738     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.2289     0.6924 0.004 0.012 0.080 0.904 0.000
#> GSM827741     4  0.2771     0.6776 0.000 0.012 0.128 0.860 0.000
#> GSM827742     3  0.4182     0.3997 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM827743     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827744     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827745     4  0.3242     0.7606 0.000 0.040 0.000 0.844 0.116
#> GSM827746     2  0.2411     0.7340 0.000 0.884 0.008 0.108 0.000
#> GSM827747     2  0.4088     0.4372 0.000 0.688 0.008 0.000 0.304
#> GSM827748     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     5  0.3333     0.7418 0.000 0.208 0.004 0.000 0.788
#> GSM827750     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.2723     0.7692 0.000 0.864 0.124 0.000 0.012
#> GSM827752     3  0.2798     0.7197 0.000 0.008 0.852 0.000 0.140
#> GSM827753     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827754     4  0.4288     0.4128 0.000 0.004 0.000 0.612 0.384
#> GSM827755     4  0.2909     0.8070 0.000 0.140 0.000 0.848 0.012
#> GSM827756     2  0.1990     0.7729 0.000 0.920 0.068 0.004 0.008
#> GSM827757     4  0.4268     0.2567 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM827758     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827759     4  0.4331     0.1832 0.000 0.004 0.400 0.596 0.000
#> GSM827760     1  0.3039     0.7336 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM827761     5  0.4168     0.7265 0.000 0.200 0.000 0.044 0.756
#> GSM827762     5  0.3452     0.7290 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM827763     2  0.3381     0.7533 0.000 0.808 0.176 0.000 0.016
#> GSM827764     2  0.0404     0.7556 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM827765     2  0.5232     0.0982 0.000 0.600 0.000 0.060 0.340
#> GSM827766     5  0.3456     0.7463 0.000 0.184 0.016 0.000 0.800
#> GSM827767     2  0.2997     0.7671 0.000 0.840 0.148 0.000 0.012
#> GSM827768     3  0.3636     0.5165 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> GSM827769     5  0.4060     0.6166 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM827770     5  0.5500     0.5627 0.000 0.236 0.124 0.000 0.640
#> GSM827771     4  0.4077     0.7940 0.000 0.072 0.056 0.824 0.048
#> GSM827772     4  0.2722     0.7700 0.000 0.020 0.000 0.872 0.108
#> GSM827773     5  0.0451     0.7686 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM827774     2  0.3999     0.5810 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.4438     0.4965 0.000 0.004 0.608 0.004 0.384
#> GSM827776     2  0.2574     0.7718 0.000 0.876 0.112 0.012 0.000
#> GSM827777     2  0.3752     0.6197 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM827778     3  0.3086     0.6945 0.000 0.004 0.816 0.180 0.000
#> GSM827779     3  0.0290     0.7387 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.5877     0.5455 0.000 0.196 0.604 0.200 0.000
#> GSM827781     4  0.6124     0.6472 0.000 0.152 0.072 0.668 0.108
#> GSM827782     4  0.5488     0.5212 0.000 0.300 0.092 0.608 0.000
#> GSM827783     1  0.2690     0.7815 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM827784     4  0.3074     0.6671 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9381 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827787     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827788     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827789     3  0.4182     0.3997 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM827790     4  0.4588     0.6823 0.000 0.136 0.000 0.748 0.116
#> GSM827791     5  0.4367    -0.0304 0.000 0.004 0.416 0.000 0.580
#> GSM827792     3  0.2891     0.6981 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM827793     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827794     4  0.2280     0.8185 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM827795     2  0.0404     0.7556 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM827796     2  0.2891     0.6387 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM827797     4  0.6672    -0.0495 0.000 0.196 0.004 0.416 0.384
#> GSM827798     2  0.3876     0.4127 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM827799     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827800     5  0.0000     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827801     5  0.0451     0.7686 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM827802     5  0.5493     0.5519 0.000 0.264 0.108 0.000 0.628
#> GSM827803     1  0.4768     0.1962 0.592 0.000 0.384 0.024 0.000
#> GSM827804     2  0.4227     0.0428 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.3193     0.7876 0.824 0.052 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.3107     0.7942 0.832 0.052 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.5820     0.3571 0.156 0.004 0.540 0.008 0.000 0.292
#> GSM827668     3  0.2340     0.6062 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.2340     0.6062 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.2793     0.5672 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.2178     0.7507 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.3753     0.6392 0.696 0.004 0.000 0.008 0.000 0.292
#> GSM827679     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.3753     0.6392 0.696 0.004 0.000 0.008 0.000 0.292
#> GSM827689     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.3753     0.6392 0.696 0.004 0.000 0.008 0.000 0.292
#> GSM827694     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827697     1  0.3150     0.7910 0.828 0.052 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.2941     0.5481 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.3107     0.7942 0.832 0.052 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.3107     0.7942 0.832 0.052 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.3227     0.7536 0.000 0.060 0.116 0.824 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.2581     0.7368 0.000 0.860 0.120 0.020 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.2260     0.6520 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     5  0.1814     0.6593 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM827705     1  0.0547     0.9002 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.3650     0.7283 0.000 0.092 0.116 0.792 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.2146     0.7451 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> GSM827709     6  0.5322     0.5031 0.000 0.000 0.316 0.000 0.128 0.556
#> GSM827710     3  0.2793     0.6270 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3371     0.4193 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.2340     0.6510 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.3647     0.4429 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.5035     0.6402 0.000 0.640 0.000 0.192 0.168 0.000
#> GSM827715     6  0.3371     0.5409 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM827716     3  0.2300     0.6516 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.3266     0.5667 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM827718     5  0.2872     0.6427 0.000 0.152 0.004 0.012 0.832 0.000
#> GSM827719     2  0.2234     0.7439 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000 0.000
#> GSM827720     5  0.0000     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827721     5  0.3756     0.3205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM827722     1  0.5288     0.4248 0.592 0.252 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.3454     0.5908 0.000 0.000 0.024 0.000 0.768 0.208
#> GSM827724     2  0.2491     0.7175 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM827725     4  0.1663     0.8113 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM827726     3  0.4315     0.3680 0.020 0.004 0.680 0.012 0.000 0.284
#> GSM827727     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827728     5  0.0000     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827729     5  0.1908     0.6884 0.000 0.028 0.000 0.000 0.916 0.056
#> GSM827730     5  0.0000     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827731     2  0.1204     0.7877 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM827732     5  0.3810     0.3935 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> GSM827733     2  0.1411     0.7628 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM827734     5  0.3897     0.5100 0.000 0.000 0.024 0.000 0.696 0.280
#> GSM827735     2  0.2793     0.7772 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM827736     2  0.2902     0.7789 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> GSM827737     2  0.4572     0.6562 0.000 0.728 0.024 0.000 0.076 0.172
#> GSM827738     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.3508     0.6280 0.000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292
#> GSM827741     4  0.3886     0.7028 0.000 0.004 0.080 0.776 0.000 0.140
#> GSM827742     3  0.3774     0.3463 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM827743     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827745     4  0.1462     0.8243 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008 0.000
#> GSM827746     2  0.2794     0.7805 0.000 0.860 0.000 0.080 0.060 0.000
#> GSM827747     2  0.3737     0.5546 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM827748     5  0.3168     0.6166 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804 0.172
#> GSM827749     5  0.0547     0.6978 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM827750     5  0.3168     0.6166 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804 0.172
#> GSM827751     2  0.1204     0.7877 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM827752     3  0.2558     0.6385 0.000 0.104 0.868 0.000 0.000 0.028
#> GSM827753     5  0.3168     0.6166 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804 0.172
#> GSM827754     4  0.3717     0.3341 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM827755     4  0.1858     0.8079 0.000 0.092 0.000 0.904 0.004 0.000
#> GSM827756     2  0.1732     0.7923 0.000 0.920 0.004 0.004 0.072 0.000
#> GSM827757     4  0.3828     0.1725 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM827758     4  0.0547     0.8446 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM827759     4  0.3756     0.2175 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827760     1  0.2730     0.7317 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM827761     5  0.0000     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     5  0.0000     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.2257     0.7472 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008 0.000
#> GSM827764     2  0.2902     0.7789 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> GSM827765     5  0.4758     0.1967 0.000 0.360 0.000 0.060 0.580 0.000
#> GSM827766     5  0.1387     0.6883 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM827767     2  0.1141     0.7875 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM827768     3  0.4619     0.4350 0.000 0.348 0.600 0.000 0.052 0.000
#> GSM827769     5  0.2454     0.6103 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM827770     5  0.3428     0.5233 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM827771     4  0.2488     0.7984 0.000 0.044 0.076 0.880 0.000 0.000
#> GSM827772     4  0.0405     0.8459 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM827773     6  0.3371     0.3923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM827774     2  0.2092     0.6947 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     6  0.3371     0.5409 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM827776     2  0.1908     0.7969 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096 0.000
#> GSM827777     2  0.4853     0.6322 0.000 0.704 0.024 0.000 0.100 0.172
#> GSM827778     3  0.2618     0.6537 0.000 0.116 0.860 0.024 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.1501     0.5864 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.5940     0.4136 0.000 0.044 0.592 0.208 0.156 0.000
#> GSM827781     4  0.4062     0.7346 0.000 0.056 0.116 0.788 0.040 0.000
#> GSM827782     4  0.5301     0.4431 0.000 0.300 0.132 0.568 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.2416     0.7751 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM827784     4  0.1610     0.7991 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827787     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827788     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.3756     0.3537 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM827790     4  0.2300     0.7567 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM827791     3  0.6427    -0.1505 0.000 0.092 0.424 0.000 0.404 0.080
#> GSM827792     3  0.2680     0.6532 0.000 0.108 0.860 0.032 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.0405     0.8466 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0260     0.8472 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.2902     0.7789 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> GSM827796     2  0.3647     0.6403 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM827797     5  0.3993    -0.0949 0.000 0.000 0.004 0.476 0.520 0.000
#> GSM827798     2  0.3838     0.4998 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM827799     5  0.3168     0.6166 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804 0.172
#> GSM827800     5  0.3168     0.6166 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804 0.172
#> GSM827801     6  0.3765     0.1312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM827802     5  0.2969     0.5823 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> GSM827803     1  0.5065     0.2887 0.588 0.000 0.324 0.004 0.000 0.084
#> GSM827804     5  0.3620     0.1202 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>          n disease.state(p) k
#> CV:pam 138         1.51e-15 2
#> CV:pam 122         7.56e-15 3
#> CV:pam  93         8.51e-13 4
#> CV:pam 122         1.57e-14 5
#> CV:pam 117         1.30e-12 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.435           0.665       0.813         0.4548 0.498   0.498
#> 3 3 0.445           0.635       0.817         0.1828 0.580   0.377
#> 4 4 0.495           0.595       0.802         0.2177 0.776   0.542
#> 5 5 0.540           0.446       0.731         0.1106 0.932   0.803
#> 6 6 0.588           0.547       0.733         0.0688 0.875   0.611

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827666     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827667     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827668     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827669     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827670     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827671     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827672     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827673     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827674     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827675     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827677     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827678     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827680     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827681     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827682     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827683     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827684     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827685     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827686     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827687     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827688     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827690     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827691     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827692     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827693     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827695     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827696     1  0.9922     0.6373 0.552 0.448
#> GSM827697     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827698     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827699     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827700     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827701     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827702     2  0.9795    -0.3388 0.416 0.584
#> GSM827703     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827704     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827706     1  0.9922     0.6373 0.552 0.448
#> GSM827707     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827708     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.9922     0.3574 0.448 0.552
#> GSM827710     1  0.9909    -0.1682 0.556 0.444
#> GSM827711     2  0.9909     0.3607 0.444 0.556
#> GSM827712     1  0.9732    -0.0701 0.596 0.404
#> GSM827713     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.9922     0.3574 0.448 0.552
#> GSM827716     1  0.8763     0.1990 0.704 0.296
#> GSM827717     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.9815     0.3816 0.420 0.580
#> GSM827721     2  0.6438     0.7268 0.164 0.836
#> GSM827722     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827723     2  0.6531     0.7223 0.168 0.832
#> GSM827724     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0376     0.8508 0.004 0.996
#> GSM827726     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827727     1  0.3431     0.5620 0.936 0.064
#> GSM827728     2  0.9909     0.3607 0.444 0.556
#> GSM827729     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0672     0.8469 0.008 0.992
#> GSM827734     2  0.4431     0.7873 0.092 0.908
#> GSM827735     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.6247     0.7327 0.156 0.844
#> GSM827738     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827740     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827743     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0376     0.8525 0.004 0.996
#> GSM827746     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.6438     0.7268 0.164 0.836
#> GSM827749     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.6343     0.7290 0.160 0.840
#> GSM827751     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827752     1  0.9754    -0.0802 0.592 0.408
#> GSM827753     2  0.2236     0.8211 0.036 0.964
#> GSM827754     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.2948     0.7908 0.052 0.948
#> GSM827757     2  0.0938     0.8472 0.012 0.988
#> GSM827758     1  0.9944     0.6249 0.544 0.456
#> GSM827759     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827761     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.9993     0.2957 0.484 0.516
#> GSM827769     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.6623     0.7176 0.172 0.828
#> GSM827774     1  0.9954    -0.2043 0.540 0.460
#> GSM827775     2  0.9922     0.3574 0.448 0.552
#> GSM827776     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.0376     0.5885 0.996 0.004
#> GSM827779     1  0.9732    -0.0701 0.596 0.404
#> GSM827780     2  0.9909     0.3607 0.444 0.556
#> GSM827781     2  0.9988    -0.5127 0.480 0.520
#> GSM827782     2  0.8909     0.0854 0.308 0.692
#> GSM827783     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827784     1  0.9710     0.6991 0.600 0.400
#> GSM827785     1  0.9732     0.6975 0.596 0.404
#> GSM827786     1  0.9922     0.6373 0.552 0.448
#> GSM827787     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827788     1  0.9922     0.6373 0.552 0.448
#> GSM827789     1  0.0672     0.5866 0.992 0.008
#> GSM827790     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.9909     0.3607 0.444 0.556
#> GSM827792     1  0.1184     0.5820 0.984 0.016
#> GSM827793     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.2603     0.8123 0.044 0.956
#> GSM827798     2  0.2043     0.8320 0.032 0.968
#> GSM827799     2  0.6343     0.7290 0.160 0.840
#> GSM827800     2  0.6438     0.7268 0.164 0.836
#> GSM827801     2  0.6438     0.7268 0.164 0.836
#> GSM827802     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000     0.5880 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.8549 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     2  0.8132     0.3540 0.284 0.612 0.104
#> GSM827666     2  0.8627     0.1828 0.392 0.504 0.104
#> GSM827667     3  0.7885     0.6488 0.072 0.336 0.592
#> GSM827668     3  0.7828     0.6498 0.068 0.340 0.592
#> GSM827669     3  0.7828     0.6498 0.068 0.340 0.592
#> GSM827670     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.3038     0.8528 0.896 0.000 0.104
#> GSM827673     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     2  0.9462    -0.0527 0.400 0.420 0.180
#> GSM827675     3  0.8641     0.5150 0.248 0.160 0.592
#> GSM827676     2  0.8627     0.1827 0.392 0.504 0.104
#> GSM827677     2  0.8644     0.1688 0.400 0.496 0.104
#> GSM827678     3  0.6215     0.1015 0.428 0.000 0.572
#> GSM827679     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     3  0.6215     0.1015 0.428 0.000 0.572
#> GSM827689     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.2261     0.9044 0.932 0.000 0.068
#> GSM827691     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     3  0.6204     0.1103 0.424 0.000 0.576
#> GSM827694     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9872 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.3686     0.6788 0.140 0.860 0.000
#> GSM827697     2  0.8045     0.3708 0.272 0.624 0.104
#> GSM827698     3  0.7828     0.6498 0.068 0.340 0.592
#> GSM827699     2  0.8160     0.3481 0.288 0.608 0.104
#> GSM827700     2  0.8644     0.1688 0.400 0.496 0.104
#> GSM827701     2  0.8186     0.3418 0.292 0.604 0.104
#> GSM827702     2  0.0237     0.7957 0.004 0.996 0.000
#> GSM827703     3  0.6359     0.6421 0.004 0.404 0.592
#> GSM827704     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     2  0.8075     0.3654 0.276 0.620 0.104
#> GSM827706     2  0.5406     0.5909 0.200 0.780 0.020
#> GSM827707     2  0.8533     0.2352 0.360 0.536 0.104
#> GSM827708     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827709     3  0.0000     0.4090 0.000 0.000 1.000
#> GSM827710     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827711     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827712     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827713     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0000     0.4090 0.000 0.000 1.000
#> GSM827716     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827717     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827719     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827720     2  0.6215    -0.2732 0.000 0.572 0.428
#> GSM827721     3  0.5247     0.4385 0.008 0.224 0.768
#> GSM827722     2  0.4883     0.4921 0.004 0.788 0.208
#> GSM827723     3  0.5247     0.4385 0.008 0.224 0.768
#> GSM827724     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827725     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827726     3  0.7828     0.6498 0.068 0.340 0.592
#> GSM827727     2  0.7656    -0.1880 0.052 0.572 0.376
#> GSM827728     3  0.6295     0.5228 0.000 0.472 0.528
#> GSM827729     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827734     3  0.6299     0.0849 0.000 0.476 0.524
#> GSM827735     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827737     3  0.6516     0.0895 0.004 0.480 0.516
#> GSM827738     2  0.0424     0.7933 0.008 0.992 0.000
#> GSM827739     2  0.8686     0.1055 0.432 0.464 0.104
#> GSM827740     3  0.8120     0.5753 0.072 0.396 0.532
#> GSM827741     3  0.8071     0.6023 0.072 0.380 0.548
#> GSM827742     3  0.7828     0.6498 0.068 0.340 0.592
#> GSM827743     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     2  0.2680     0.7268 0.008 0.924 0.068
#> GSM827746     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827747     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     3  0.5247     0.4385 0.008 0.224 0.768
#> GSM827749     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     2  0.6598     0.0360 0.008 0.564 0.428
#> GSM827751     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827752     3  0.6359     0.6421 0.004 0.404 0.592
#> GSM827753     2  0.5216     0.4580 0.000 0.740 0.260
#> GSM827754     2  0.0237     0.7957 0.004 0.996 0.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827757     2  0.1015     0.7847 0.008 0.980 0.012
#> GSM827758     2  0.3192     0.7025 0.112 0.888 0.000
#> GSM827759     3  0.7980     0.6327 0.072 0.356 0.572
#> GSM827760     2  0.8636     0.1760 0.396 0.500 0.104
#> GSM827761     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827768     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827769     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827773     3  0.5202     0.4386 0.008 0.220 0.772
#> GSM827774     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827775     3  0.0000     0.4090 0.000 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827778     3  0.6359     0.6421 0.004 0.404 0.592
#> GSM827779     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827780     3  0.6204     0.6178 0.000 0.424 0.576
#> GSM827781     2  0.1964     0.7576 0.056 0.944 0.000
#> GSM827782     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827783     2  0.8486     0.2538 0.348 0.548 0.104
#> GSM827784     2  0.8693     0.1660 0.396 0.496 0.108
#> GSM827785     2  0.8683     0.1136 0.428 0.468 0.104
#> GSM827786     2  0.3482     0.6884 0.128 0.872 0.000
#> GSM827787     2  0.0424     0.7933 0.008 0.992 0.000
#> GSM827788     2  0.5977     0.5258 0.252 0.728 0.020
#> GSM827789     3  0.6274     0.5532 0.000 0.456 0.544
#> GSM827790     2  0.0237     0.7957 0.004 0.996 0.000
#> GSM827791     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827792     3  0.6154     0.6396 0.000 0.408 0.592
#> GSM827793     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0237     0.7957 0.004 0.996 0.000
#> GSM827795     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     2  0.3454     0.6752 0.008 0.888 0.104
#> GSM827798     2  0.0424     0.7897 0.000 0.992 0.008
#> GSM827799     2  0.6683    -0.1553 0.008 0.500 0.492
#> GSM827800     3  0.5292     0.4378 0.008 0.228 0.764
#> GSM827801     3  0.5247     0.4385 0.008 0.224 0.768
#> GSM827802     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000
#> GSM827803     3  0.7885     0.6488 0.072 0.336 0.592
#> GSM827804     2  0.0000     0.7975 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.8148    -0.0173 0.144 0.420 0.036 0.400
#> GSM827666     1  0.7188     0.4229 0.496 0.068 0.028 0.408
#> GSM827667     4  0.1488     0.4425 0.000 0.012 0.032 0.956
#> GSM827668     4  0.0817     0.4617 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM827669     4  0.1118     0.4681 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM827670     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.4964     0.6217 0.716 0.000 0.028 0.256
#> GSM827673     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.7130     0.4284 0.500 0.064 0.028 0.408
#> GSM827675     4  0.2310     0.4228 0.008 0.004 0.068 0.920
#> GSM827676     1  0.7432     0.3999 0.480 0.080 0.032 0.408
#> GSM827677     1  0.7130     0.4284 0.500 0.064 0.028 0.408
#> GSM827678     4  0.6445     0.1110 0.444 0.000 0.068 0.488
#> GSM827679     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1637     0.7452 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM827681     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     4  0.6445     0.1110 0.444 0.000 0.068 0.488
#> GSM827689     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.1411     0.7547 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM827691     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     4  0.6407     0.1319 0.412 0.000 0.068 0.520
#> GSM827694     1  0.0000     0.7713 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0188     0.7693 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827696     2  0.6103     0.6460 0.104 0.716 0.020 0.160
#> GSM827697     4  0.8243     0.0553 0.168 0.392 0.032 0.408
#> GSM827698     4  0.0336     0.4499 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM827699     4  0.8664    -0.0616 0.300 0.248 0.040 0.412
#> GSM827700     1  0.7352     0.4039 0.484 0.080 0.028 0.408
#> GSM827701     4  0.8747    -0.0152 0.276 0.272 0.044 0.408
#> GSM827702     2  0.3931     0.7818 0.040 0.832 0.000 0.128
#> GSM827703     4  0.4072     0.5225 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM827704     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827705     4  0.8310     0.1159 0.152 0.360 0.044 0.444
#> GSM827706     2  0.6734     0.5467 0.120 0.656 0.020 0.204
#> GSM827707     4  0.8216    -0.2384 0.388 0.176 0.028 0.408
#> GSM827708     2  0.0188     0.8269 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827709     3  0.4790     0.4213 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM827710     4  0.4431     0.4951 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM827711     4  0.5838     0.3741 0.000 0.444 0.032 0.524
#> GSM827712     4  0.4431     0.5005 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM827713     2  0.2530     0.8076 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM827714     2  0.2081     0.8160 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM827715     3  0.4746     0.4316 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM827716     4  0.4382     0.5090 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM827717     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827718     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.2714     0.8066 0.004 0.884 0.000 0.112
#> GSM827720     2  0.6506    -0.1757 0.000 0.468 0.072 0.460
#> GSM827721     3  0.1510     0.7214 0.000 0.016 0.956 0.028
#> GSM827722     2  0.5560     0.5759 0.004 0.668 0.036 0.292
#> GSM827723     3  0.1489     0.7140 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM827724     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827725     2  0.3088     0.7972 0.008 0.864 0.000 0.128
#> GSM827726     4  0.0469     0.4517 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827727     4  0.8843     0.3028 0.100 0.356 0.128 0.416
#> GSM827728     2  0.6055    -0.0749 0.000 0.576 0.052 0.372
#> GSM827729     2  0.0592     0.8237 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827730     2  0.3383     0.8112 0.000 0.872 0.052 0.076
#> GSM827731     2  0.0336     0.8267 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827732     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827733     2  0.0592     0.8206 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827734     3  0.4018     0.5589 0.000 0.224 0.772 0.004
#> GSM827735     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827736     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.5599     0.3768 0.000 0.616 0.352 0.032
#> GSM827738     2  0.4481     0.7776 0.024 0.820 0.032 0.124
#> GSM827739     1  0.7007     0.4368 0.508 0.056 0.028 0.408
#> GSM827740     4  0.5486     0.3833 0.120 0.024 0.088 0.768
#> GSM827741     4  0.5118     0.4007 0.088 0.028 0.088 0.796
#> GSM827742     4  0.4220     0.5224 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM827743     2  0.3659     0.7836 0.024 0.840 0.000 0.136
#> GSM827744     2  0.3390     0.7910 0.016 0.852 0.000 0.132
#> GSM827745     2  0.7114     0.5083 0.016 0.604 0.244 0.136
#> GSM827746     2  0.2345     0.8113 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM827747     2  0.0817     0.8221 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM827748     3  0.1510     0.7214 0.000 0.016 0.956 0.028
#> GSM827749     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827750     3  0.5060     0.2097 0.000 0.412 0.584 0.004
#> GSM827751     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827752     4  0.4356     0.5111 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM827753     2  0.3668     0.7258 0.000 0.808 0.188 0.004
#> GSM827754     2  0.3892     0.8000 0.024 0.852 0.020 0.104
#> GSM827755     2  0.2741     0.8116 0.012 0.892 0.000 0.096
#> GSM827756     2  0.0657     0.8220 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM827757     2  0.6227     0.6065 0.004 0.664 0.232 0.100
#> GSM827758     2  0.5973     0.6589 0.092 0.724 0.020 0.164
#> GSM827759     4  0.5019     0.4003 0.088 0.024 0.088 0.800
#> GSM827760     1  0.7635     0.3568 0.460 0.104 0.028 0.408
#> GSM827761     2  0.3521     0.8077 0.000 0.864 0.052 0.084
#> GSM827762     2  0.0592     0.8237 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827763     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827764     2  0.0592     0.8237 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827765     2  0.1474     0.8236 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM827766     2  0.0524     0.8241 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM827767     2  0.0188     0.8251 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827768     4  0.4817     0.4044 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827769     2  0.0336     0.8236 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827770     2  0.0469     0.8218 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM827771     2  0.2345     0.8113 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM827772     2  0.2345     0.8113 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM827773     3  0.1256     0.7194 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM827774     4  0.4817     0.4044 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827775     3  0.4746     0.4316 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM827776     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827778     4  0.4072     0.5225 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM827779     4  0.4382     0.5057 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM827780     2  0.6137    -0.2883 0.000 0.504 0.048 0.448
#> GSM827781     2  0.4816     0.7386 0.080 0.792 0.004 0.124
#> GSM827782     2  0.3898     0.7838 0.016 0.836 0.012 0.136
#> GSM827783     4  0.8168    -0.2561 0.396 0.168 0.028 0.408
#> GSM827784     1  0.8291     0.3240 0.416 0.060 0.116 0.408
#> GSM827785     1  0.7007     0.4368 0.508 0.056 0.028 0.408
#> GSM827786     2  0.6177     0.6384 0.116 0.712 0.020 0.152
#> GSM827787     2  0.4389     0.7713 0.028 0.820 0.020 0.132
#> GSM827788     2  0.6552     0.6062 0.120 0.688 0.028 0.164
#> GSM827789     4  0.4454     0.5089 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM827790     2  0.3948     0.8005 0.016 0.852 0.036 0.096
#> GSM827791     4  0.6275     0.4601 0.000 0.328 0.076 0.596
#> GSM827792     4  0.4277     0.5164 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM827793     2  0.2773     0.8047 0.004 0.880 0.000 0.116
#> GSM827794     2  0.3933     0.7823 0.024 0.836 0.008 0.132
#> GSM827795     2  0.0188     0.8269 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827796     2  0.0592     0.8237 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827797     2  0.5753     0.7156 0.024 0.748 0.092 0.136
#> GSM827798     2  0.4356     0.5762 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM827799     3  0.4950     0.3139 0.000 0.376 0.620 0.004
#> GSM827800     3  0.1677     0.7185 0.000 0.012 0.948 0.040
#> GSM827801     3  0.1388     0.7210 0.000 0.012 0.960 0.028
#> GSM827802     2  0.0000     0.8258 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827803     4  0.3257     0.4231 0.032 0.012 0.068 0.888
#> GSM827804     2  0.0336     0.8252 0.000 0.992 0.008 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.7811    -0.0772 0.048 0.380 0.332 0.232 0.008
#> GSM827666     1  0.7080     0.3909 0.404 0.012 0.388 0.188 0.008
#> GSM827667     3  0.0854     0.4763 0.008 0.000 0.976 0.004 0.012
#> GSM827668     3  0.2408     0.4939 0.004 0.008 0.892 0.096 0.000
#> GSM827669     3  0.1901     0.4977 0.004 0.012 0.928 0.056 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.5809     0.5665 0.640 0.000 0.164 0.188 0.008
#> GSM827673     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.6744     0.3933 0.408 0.000 0.396 0.188 0.008
#> GSM827675     3  0.1471     0.4703 0.024 0.000 0.952 0.004 0.020
#> GSM827676     1  0.7176     0.3942 0.400 0.012 0.368 0.212 0.008
#> GSM827677     1  0.7080     0.3909 0.404 0.012 0.388 0.188 0.008
#> GSM827678     1  0.4908     0.1558 0.560 0.000 0.416 0.004 0.020
#> GSM827679     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1043     0.6924 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.4908     0.1558 0.560 0.000 0.416 0.004 0.020
#> GSM827689     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.3132     0.6468 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> GSM827691     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.4949     0.1281 0.532 0.000 0.444 0.004 0.020
#> GSM827694     1  0.0000     0.7051 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0162     0.7039 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827696     2  0.5283     0.5192 0.020 0.716 0.080 0.180 0.004
#> GSM827697     3  0.7562    -0.0261 0.036 0.356 0.396 0.204 0.008
#> GSM827698     3  0.0968     0.4784 0.004 0.000 0.972 0.012 0.012
#> GSM827699     3  0.8042     0.0167 0.084 0.332 0.388 0.188 0.008
#> GSM827700     1  0.7176     0.3942 0.400 0.012 0.368 0.212 0.008
#> GSM827701     1  0.7966     0.3076 0.360 0.056 0.316 0.260 0.008
#> GSM827702     2  0.3909     0.5865 0.004 0.808 0.064 0.124 0.000
#> GSM827703     3  0.4712     0.4483 0.000 0.168 0.732 0.100 0.000
#> GSM827704     2  0.0290     0.6387 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM827705     3  0.7640     0.0294 0.048 0.276 0.452 0.216 0.008
#> GSM827706     2  0.5833     0.4076 0.008 0.656 0.200 0.128 0.008
#> GSM827707     3  0.7851    -0.3448 0.352 0.064 0.388 0.188 0.008
#> GSM827708     2  0.1043     0.6409 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM827709     5  0.5864     0.5554 0.000 0.000 0.236 0.164 0.600
#> GSM827710     3  0.5535     0.3589 0.000 0.352 0.568 0.080 0.000
#> GSM827711     3  0.4689     0.2976 0.000 0.424 0.560 0.016 0.000
#> GSM827712     3  0.5155     0.3672 0.000 0.352 0.596 0.052 0.000
#> GSM827713     2  0.4162     0.5724 0.000 0.768 0.056 0.176 0.000
#> GSM827714     2  0.1544     0.6344 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM827715     5  0.5808     0.5592 0.000 0.000 0.232 0.160 0.608
#> GSM827716     3  0.5620     0.3829 0.000 0.264 0.616 0.120 0.000
#> GSM827717     2  0.0510     0.6352 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM827718     2  0.0609     0.6387 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM827719     2  0.4263     0.5707 0.000 0.760 0.060 0.180 0.000
#> GSM827720     4  0.6952    -0.0261 0.000 0.180 0.380 0.420 0.020
#> GSM827721     5  0.0324     0.7603 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827722     2  0.7669    -0.1309 0.000 0.460 0.292 0.128 0.120
#> GSM827723     5  0.0693     0.7591 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM827724     2  0.1740     0.6182 0.000 0.932 0.012 0.056 0.000
#> GSM827725     2  0.4495     0.5411 0.000 0.736 0.064 0.200 0.000
#> GSM827726     3  0.2003     0.4861 0.004 0.008 0.928 0.052 0.008
#> GSM827727     2  0.8282    -0.1344 0.008 0.400 0.284 0.184 0.124
#> GSM827728     3  0.7106    -0.1447 0.000 0.308 0.384 0.296 0.012
#> GSM827729     2  0.3684     0.1929 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM827730     2  0.4288    -0.0282 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> GSM827731     2  0.1082     0.6339 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> GSM827732     2  0.1121     0.6309 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM827733     2  0.1597     0.6220 0.000 0.940 0.012 0.048 0.000
#> GSM827734     5  0.4877     0.5749 0.000 0.072 0.000 0.236 0.692
#> GSM827735     2  0.1740     0.6182 0.000 0.932 0.012 0.056 0.000
#> GSM827736     2  0.0162     0.6378 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827737     2  0.6287    -0.0510 0.000 0.536 0.012 0.124 0.328
#> GSM827738     2  0.5215     0.3425 0.000 0.656 0.060 0.276 0.008
#> GSM827739     1  0.7176     0.3942 0.400 0.012 0.368 0.212 0.008
#> GSM827740     3  0.5436     0.3486 0.160 0.020 0.728 0.068 0.024
#> GSM827741     3  0.5551     0.3531 0.160 0.020 0.720 0.076 0.024
#> GSM827742     3  0.5378     0.3958 0.000 0.160 0.668 0.172 0.000
#> GSM827743     2  0.4617     0.5420 0.004 0.736 0.064 0.196 0.000
#> GSM827744     2  0.4313     0.5614 0.000 0.760 0.068 0.172 0.000
#> GSM827745     4  0.6725     0.6190 0.000 0.384 0.004 0.404 0.208
#> GSM827746     2  0.2522     0.6228 0.000 0.880 0.012 0.108 0.000
#> GSM827747     2  0.4275     0.1451 0.000 0.696 0.000 0.284 0.020
#> GSM827748     5  0.1740     0.7502 0.000 0.012 0.000 0.056 0.932
#> GSM827749     2  0.2329     0.5360 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM827750     5  0.5068     0.5084 0.000 0.060 0.000 0.300 0.640
#> GSM827751     2  0.1197     0.6293 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM827752     3  0.5197     0.3893 0.000 0.316 0.620 0.064 0.000
#> GSM827753     2  0.6623    -0.3283 0.000 0.452 0.000 0.300 0.248
#> GSM827754     2  0.3715     0.4899 0.000 0.736 0.004 0.260 0.000
#> GSM827755     2  0.3060     0.6074 0.000 0.848 0.024 0.128 0.000
#> GSM827756     2  0.1701     0.6214 0.000 0.936 0.016 0.048 0.000
#> GSM827757     4  0.6581     0.6347 0.000 0.356 0.000 0.432 0.212
#> GSM827758     2  0.5151     0.5064 0.004 0.724 0.136 0.128 0.008
#> GSM827759     3  0.5551     0.3531 0.160 0.020 0.720 0.076 0.024
#> GSM827760     1  0.7263     0.3824 0.400 0.012 0.336 0.244 0.008
#> GSM827761     2  0.4310    -0.0282 0.000 0.604 0.000 0.392 0.004
#> GSM827762     2  0.3707     0.1693 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM827763     2  0.0404     0.6378 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM827764     2  0.3561     0.2255 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM827765     2  0.0963     0.6411 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM827766     2  0.2020     0.5675 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM827767     2  0.0510     0.6369 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM827768     3  0.5535     0.3550 0.000 0.352 0.568 0.080 0.000
#> GSM827769     2  0.2329     0.5389 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM827770     2  0.1740     0.6182 0.000 0.932 0.012 0.056 0.000
#> GSM827771     2  0.3771     0.5862 0.000 0.796 0.040 0.164 0.000
#> GSM827772     2  0.2648     0.6039 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM827773     5  0.0000     0.7591 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     3  0.5274     0.3637 0.000 0.356 0.596 0.036 0.012
#> GSM827775     5  0.5808     0.5592 0.000 0.000 0.232 0.160 0.608
#> GSM827776     2  0.0609     0.6339 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM827777     2  0.0963     0.6337 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM827778     3  0.5167     0.4137 0.000 0.200 0.684 0.116 0.000
#> GSM827779     3  0.5730     0.3729 0.000 0.316 0.576 0.108 0.000
#> GSM827780     2  0.4876    -0.1811 0.000 0.576 0.396 0.028 0.000
#> GSM827781     2  0.4303     0.5758 0.008 0.784 0.076 0.132 0.000
#> GSM827782     2  0.4634     0.5558 0.004 0.740 0.072 0.184 0.000
#> GSM827783     3  0.8444    -0.2185 0.280 0.132 0.368 0.212 0.008
#> GSM827784     1  0.8369     0.3384 0.396 0.020 0.316 0.124 0.144
#> GSM827785     1  0.7176     0.3942 0.400 0.012 0.368 0.212 0.008
#> GSM827786     2  0.5900     0.4822 0.044 0.696 0.136 0.116 0.008
#> GSM827787     2  0.4836     0.5436 0.004 0.740 0.060 0.184 0.012
#> GSM827788     2  0.6264     0.2484 0.008 0.564 0.112 0.308 0.008
#> GSM827789     3  0.6433     0.2525 0.000 0.268 0.504 0.228 0.000
#> GSM827790     2  0.4220     0.3400 0.000 0.688 0.008 0.300 0.004
#> GSM827791     3  0.6738     0.1046 0.000 0.360 0.440 0.192 0.008
#> GSM827792     3  0.5670     0.4046 0.000 0.192 0.632 0.176 0.000
#> GSM827793     2  0.4152     0.5689 0.000 0.772 0.060 0.168 0.000
#> GSM827794     2  0.4495     0.5411 0.000 0.736 0.064 0.200 0.000
#> GSM827795     2  0.0794     0.6419 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM827796     2  0.3816     0.1443 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM827797     4  0.6431     0.5488 0.000 0.404 0.008 0.452 0.136
#> GSM827798     2  0.6510    -0.3544 0.000 0.480 0.000 0.296 0.224
#> GSM827799     5  0.4883     0.5315 0.000 0.048 0.000 0.300 0.652
#> GSM827800     5  0.2536     0.7233 0.000 0.000 0.004 0.128 0.868
#> GSM827801     5  0.0451     0.7603 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM827802     2  0.1043     0.6387 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM827803     3  0.3957     0.3233 0.168 0.008 0.796 0.008 0.020
#> GSM827804     2  0.1732     0.5869 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     6  0.4038     0.4082 0.000 0.000 0.044 0.244 0.000 0.712
#> GSM827666     6  0.1477     0.7030 0.048 0.000 0.008 0.004 0.000 0.940
#> GSM827667     6  0.7314     0.3290 0.012 0.196 0.128 0.004 0.172 0.488
#> GSM827668     3  0.4199     0.3840 0.000 0.004 0.640 0.020 0.000 0.336
#> GSM827669     3  0.6111     0.2539 0.000 0.164 0.476 0.020 0.000 0.340
#> GSM827670     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     6  0.3797     0.1353 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM827673     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     6  0.2243     0.6803 0.112 0.000 0.004 0.004 0.000 0.880
#> GSM827675     6  0.7589     0.3296 0.040 0.196 0.120 0.000 0.172 0.472
#> GSM827676     6  0.3983     0.6904 0.044 0.092 0.048 0.008 0.000 0.808
#> GSM827677     6  0.1429     0.7033 0.052 0.000 0.004 0.004 0.000 0.940
#> GSM827678     1  0.7592     0.2837 0.472 0.196 0.044 0.000 0.180 0.108
#> GSM827679     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.2092     0.7555 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM827681     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.7592     0.2837 0.472 0.196 0.044 0.000 0.180 0.108
#> GSM827689     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.3881     0.3298 0.600 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396
#> GSM827691     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.7744     0.2599 0.460 0.196 0.052 0.000 0.172 0.120
#> GSM827694     1  0.0000     0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0146     0.8810 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827696     4  0.3608     0.6647 0.000 0.004 0.128 0.800 0.000 0.068
#> GSM827697     6  0.2572     0.5886 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000 0.852
#> GSM827698     6  0.5089    -0.0407 0.000 0.012 0.452 0.004 0.040 0.492
#> GSM827699     6  0.1605     0.6919 0.016 0.000 0.012 0.032 0.000 0.940
#> GSM827700     6  0.3515     0.7026 0.052 0.052 0.052 0.004 0.000 0.840
#> GSM827701     6  0.4563     0.6734 0.040 0.088 0.056 0.036 0.000 0.780
#> GSM827702     4  0.1760     0.7143 0.000 0.004 0.020 0.928 0.000 0.048
#> GSM827703     3  0.6600     0.5135 0.000 0.152 0.536 0.104 0.000 0.208
#> GSM827704     4  0.2950     0.6298 0.000 0.148 0.024 0.828 0.000 0.000
#> GSM827705     6  0.4633     0.3879 0.000 0.000 0.100 0.224 0.000 0.676
#> GSM827706     4  0.4213     0.5182 0.000 0.008 0.028 0.684 0.000 0.280
#> GSM827707     6  0.1483     0.7025 0.036 0.000 0.008 0.012 0.000 0.944
#> GSM827708     4  0.1779     0.7017 0.000 0.064 0.016 0.920 0.000 0.000
#> GSM827709     5  0.3816     0.6989 0.000 0.200 0.028 0.000 0.760 0.012
#> GSM827710     3  0.2941     0.6598 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.4858     0.5905 0.000 0.040 0.612 0.332 0.012 0.004
#> GSM827712     3  0.2964     0.6548 0.000 0.004 0.792 0.204 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.3098     0.6823 0.000 0.004 0.120 0.836 0.000 0.040
#> GSM827714     4  0.1285     0.7173 0.000 0.000 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM827715     5  0.3785     0.6995 0.000 0.196 0.028 0.000 0.764 0.012
#> GSM827716     3  0.5376     0.6532 0.000 0.124 0.608 0.256 0.000 0.012
#> GSM827717     4  0.2384     0.7024 0.000 0.032 0.084 0.884 0.000 0.000
#> GSM827718     4  0.1564     0.7041 0.000 0.040 0.024 0.936 0.000 0.000
#> GSM827719     4  0.3962     0.6760 0.000 0.020 0.120 0.788 0.000 0.072
#> GSM827720     2  0.7299     0.1602 0.000 0.448 0.220 0.160 0.168 0.004
#> GSM827721     5  0.0858     0.8091 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> GSM827722     4  0.7112    -0.1107 0.000 0.004 0.272 0.400 0.068 0.256
#> GSM827723     5  0.1592     0.8035 0.000 0.032 0.020 0.000 0.940 0.008
#> GSM827724     4  0.3844     0.6324 0.000 0.028 0.192 0.764 0.000 0.016
#> GSM827725     4  0.3183     0.6784 0.000 0.004 0.128 0.828 0.000 0.040
#> GSM827726     3  0.4624     0.0676 0.000 0.004 0.508 0.012 0.012 0.464
#> GSM827727     4  0.7334    -0.0813 0.000 0.044 0.284 0.424 0.208 0.040
#> GSM827728     2  0.7463     0.1309 0.000 0.376 0.240 0.228 0.156 0.000
#> GSM827729     4  0.4263    -0.2389 0.000 0.480 0.016 0.504 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.4218     0.3921 0.000 0.584 0.012 0.400 0.000 0.004
#> GSM827731     4  0.2933     0.6926 0.000 0.020 0.120 0.848 0.000 0.012
#> GSM827732     4  0.3093     0.6709 0.000 0.012 0.164 0.816 0.000 0.008
#> GSM827733     4  0.3846     0.6491 0.000 0.024 0.172 0.776 0.000 0.028
#> GSM827734     5  0.5024     0.2035 0.000 0.340 0.000 0.088 0.572 0.000
#> GSM827735     4  0.3616     0.6468 0.000 0.024 0.184 0.780 0.000 0.012
#> GSM827736     4  0.1930     0.7067 0.000 0.048 0.036 0.916 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.6873     0.3221 0.000 0.400 0.024 0.248 0.312 0.016
#> GSM827738     4  0.4828     0.2096 0.000 0.384 0.016 0.568 0.000 0.032
#> GSM827739     6  0.2357     0.7092 0.048 0.032 0.012 0.004 0.000 0.904
#> GSM827740     6  0.8008     0.3478 0.024 0.300 0.104 0.020 0.172 0.380
#> GSM827741     2  0.8059    -0.4508 0.024 0.344 0.108 0.020 0.172 0.332
#> GSM827742     3  0.6418     0.5315 0.000 0.172 0.536 0.228 0.000 0.064
#> GSM827743     4  0.3183     0.6784 0.000 0.004 0.128 0.828 0.000 0.040
#> GSM827744     4  0.3334     0.6790 0.000 0.004 0.124 0.820 0.000 0.052
#> GSM827745     2  0.5835     0.4540 0.000 0.572 0.012 0.204 0.208 0.004
#> GSM827746     4  0.2425     0.7007 0.000 0.004 0.088 0.884 0.000 0.024
#> GSM827747     2  0.4623     0.3549 0.000 0.540 0.016 0.428 0.016 0.000
#> GSM827748     5  0.1531     0.7955 0.000 0.068 0.004 0.000 0.928 0.000
#> GSM827749     4  0.4131     0.2082 0.000 0.356 0.020 0.624 0.000 0.000
#> GSM827750     2  0.4719    -0.0282 0.000 0.500 0.000 0.036 0.460 0.004
#> GSM827751     4  0.3447     0.6634 0.000 0.024 0.164 0.800 0.000 0.012
#> GSM827752     3  0.5013     0.6840 0.000 0.024 0.668 0.228 0.000 0.080
#> GSM827753     2  0.5917     0.4278 0.000 0.500 0.000 0.252 0.244 0.004
#> GSM827754     4  0.3564     0.5296 0.000 0.264 0.012 0.724 0.000 0.000
#> GSM827755     4  0.1332     0.7135 0.000 0.028 0.012 0.952 0.000 0.008
#> GSM827756     4  0.3168     0.6502 0.000 0.000 0.192 0.792 0.000 0.016
#> GSM827757     2  0.5663     0.4419 0.000 0.600 0.012 0.180 0.204 0.004
#> GSM827758     4  0.3766     0.6622 0.000 0.068 0.024 0.808 0.000 0.100
#> GSM827759     2  0.8057    -0.4440 0.024 0.352 0.108 0.020 0.172 0.324
#> GSM827760     6  0.3901     0.6961 0.048 0.080 0.032 0.020 0.000 0.820
#> GSM827761     2  0.4151     0.3735 0.000 0.576 0.008 0.412 0.000 0.004
#> GSM827762     2  0.4246     0.3188 0.000 0.532 0.016 0.452 0.000 0.000
#> GSM827763     4  0.2445     0.6962 0.000 0.020 0.108 0.872 0.000 0.000
#> GSM827764     4  0.4185    -0.2660 0.000 0.492 0.012 0.496 0.000 0.000
#> GSM827765     4  0.1297     0.7108 0.000 0.012 0.040 0.948 0.000 0.000
#> GSM827766     4  0.4018     0.3168 0.000 0.324 0.020 0.656 0.000 0.000
#> GSM827767     4  0.1958     0.7021 0.000 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000
#> GSM827768     3  0.2823     0.6538 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM827769     4  0.4313     0.3971 0.000 0.284 0.048 0.668 0.000 0.000
#> GSM827770     4  0.3562     0.6500 0.000 0.028 0.180 0.784 0.000 0.008
#> GSM827771     4  0.3263     0.6888 0.000 0.024 0.112 0.836 0.000 0.028
#> GSM827772     4  0.2942     0.6790 0.000 0.132 0.032 0.836 0.000 0.000
#> GSM827773     5  0.0858     0.8072 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> GSM827774     3  0.4631     0.6297 0.000 0.020 0.708 0.204 0.068 0.000
#> GSM827775     5  0.3785     0.6995 0.000 0.196 0.028 0.000 0.764 0.012
#> GSM827776     4  0.1908     0.6961 0.000 0.056 0.028 0.916 0.000 0.000
#> GSM827777     4  0.2384     0.7024 0.000 0.048 0.064 0.888 0.000 0.000
#> GSM827778     3  0.7044     0.5720 0.000 0.168 0.480 0.192 0.000 0.160
#> GSM827779     3  0.3533     0.6727 0.000 0.004 0.748 0.236 0.000 0.012
#> GSM827780     4  0.5555    -0.3287 0.000 0.060 0.432 0.480 0.024 0.004
#> GSM827781     4  0.2600     0.7056 0.000 0.004 0.036 0.876 0.000 0.084
#> GSM827782     4  0.3842     0.6632 0.000 0.004 0.112 0.784 0.000 0.100
#> GSM827783     6  0.2651     0.7060 0.028 0.028 0.016 0.032 0.000 0.896
#> GSM827784     6  0.7636     0.3430 0.032 0.168 0.056 0.020 0.284 0.440
#> GSM827785     6  0.3333     0.7036 0.048 0.072 0.028 0.004 0.000 0.848
#> GSM827786     4  0.3495     0.6575 0.000 0.004 0.060 0.808 0.000 0.128
#> GSM827787     4  0.3208     0.6810 0.000 0.008 0.120 0.832 0.000 0.040
#> GSM827788     4  0.5465     0.2464 0.000 0.004 0.112 0.508 0.000 0.376
#> GSM827789     3  0.4204     0.5574 0.000 0.004 0.696 0.260 0.000 0.040
#> GSM827790     4  0.3490     0.4538 0.000 0.268 0.008 0.724 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.7240     0.5009 0.000 0.120 0.504 0.248 0.060 0.068
#> GSM827792     3  0.4248     0.6408 0.000 0.004 0.708 0.236 0.000 0.052
#> GSM827793     4  0.3670     0.6796 0.000 0.024 0.112 0.812 0.000 0.052
#> GSM827794     4  0.3183     0.6784 0.000 0.004 0.128 0.828 0.000 0.040
#> GSM827795     4  0.1461     0.7047 0.000 0.044 0.016 0.940 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.4246     0.3188 0.000 0.532 0.016 0.452 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.5985     0.4939 0.000 0.592 0.012 0.220 0.152 0.024
#> GSM827798     2  0.5938     0.4921 0.000 0.520 0.016 0.300 0.164 0.000
#> GSM827799     2  0.5015    -0.0216 0.000 0.480 0.004 0.048 0.464 0.004
#> GSM827800     5  0.2196     0.7678 0.000 0.108 0.004 0.000 0.884 0.004
#> GSM827801     5  0.0858     0.8091 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> GSM827802     4  0.1584     0.7005 0.000 0.064 0.008 0.928 0.000 0.000
#> GSM827803     6  0.7473     0.3686 0.032 0.196 0.120 0.000 0.172 0.480
#> GSM827804     4  0.3812     0.4444 0.000 0.264 0.024 0.712 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>             n disease.state(p) k
#> CV:mclust 122         8.35e-13 2
#> CV:mclust 104         1.20e-11 3
#> CV:mclust  96         5.27e-14 4
#> CV:mclust  76         3.61e-11 5
#> CV:mclust  94         2.02e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

CV:NMF

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.617           0.806       0.907         0.4824 0.509   0.509
#> 3 3 0.658           0.754       0.858         0.3045 0.804   0.635
#> 4 4 0.648           0.638       0.802         0.1573 0.863   0.655
#> 5 5 0.755           0.801       0.883         0.0747 0.892   0.644
#> 6 6 0.673           0.601       0.754         0.0373 0.947   0.759

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.6973    0.80795 0.812 0.188
#> GSM827666     1  0.4939    0.87930 0.892 0.108
#> GSM827667     1  0.0376    0.85784 0.996 0.004
#> GSM827668     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827669     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827670     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827671     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827672     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827673     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827674     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827675     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827676     1  0.6801    0.81696 0.820 0.180
#> GSM827677     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827678     1  0.0000    0.85703 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827680     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827681     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827682     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827683     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827684     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827685     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827686     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827687     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827688     1  0.0000    0.85703 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827690     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827691     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827692     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827693     1  0.0000    0.85703 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827695     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827696     2  0.9944    0.00373 0.456 0.544
#> GSM827697     1  0.7528    0.77389 0.784 0.216
#> GSM827698     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827699     1  0.6887    0.81261 0.816 0.184
#> GSM827700     1  0.6531    0.82924 0.832 0.168
#> GSM827701     1  0.9552    0.49145 0.624 0.376
#> GSM827702     2  0.2236    0.88451 0.036 0.964
#> GSM827703     1  0.1184    0.85798 0.984 0.016
#> GSM827704     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.6343    0.83684 0.840 0.160
#> GSM827706     2  0.8813    0.48139 0.300 0.700
#> GSM827707     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827708     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.9815    0.19842 0.580 0.420
#> GSM827710     2  0.9661    0.41342 0.392 0.608
#> GSM827711     2  0.9635    0.42266 0.388 0.612
#> GSM827712     2  0.9866    0.30913 0.432 0.568
#> GSM827713     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.8608    0.61884 0.284 0.716
#> GSM827716     1  0.9775    0.22402 0.588 0.412
#> GSM827717     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.6887    0.74624 0.184 0.816
#> GSM827721     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.9580    0.25893 0.380 0.620
#> GSM827723     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827724     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.4022    0.83731 0.080 0.920
#> GSM827726     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827727     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827728     2  0.7056    0.73779 0.192 0.808
#> GSM827729     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.4431    0.88916 0.908 0.092
#> GSM827740     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827741     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827742     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827743     2  0.6712    0.71125 0.176 0.824
#> GSM827744     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827752     1  0.9833    0.18505 0.576 0.424
#> GSM827753     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0672    0.90652 0.008 0.992
#> GSM827757     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.9209    0.39081 0.336 0.664
#> GSM827759     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827760     1  0.5294    0.87067 0.880 0.120
#> GSM827761     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.9522    0.45754 0.372 0.628
#> GSM827769     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.8661    0.61258 0.288 0.712
#> GSM827775     2  0.9635    0.42266 0.388 0.612
#> GSM827776     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.2236    0.85156 0.964 0.036
#> GSM827779     1  0.9775    0.22402 0.588 0.412
#> GSM827780     2  0.9635    0.42266 0.388 0.612
#> GSM827781     2  0.0938    0.90323 0.012 0.988
#> GSM827782     2  0.1633    0.89477 0.024 0.976
#> GSM827783     1  0.4562    0.88699 0.904 0.096
#> GSM827784     1  0.6887    0.81261 0.816 0.184
#> GSM827785     1  0.4562    0.88699 0.904 0.096
#> GSM827786     2  0.9896    0.06585 0.440 0.560
#> GSM827787     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827788     1  0.9635    0.46389 0.612 0.388
#> GSM827789     1  0.5737    0.77190 0.864 0.136
#> GSM827790     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.9635    0.42266 0.388 0.612
#> GSM827792     1  0.9686    0.27134 0.604 0.396
#> GSM827793     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.2423    0.87882 0.040 0.960
#> GSM827795     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0938    0.85876 0.988 0.012
#> GSM827804     2  0.0000    0.91291 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0592      0.924 0.988 0.012 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827668     3  0.6330      0.479 0.396 0.004 0.600
#> GSM827669     3  0.6330      0.479 0.396 0.004 0.600
#> GSM827670     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827676     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.6299     -0.194 0.524 0.000 0.476
#> GSM827679     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.5560      0.408 0.700 0.000 0.300
#> GSM827689     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827694     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.4291      0.643 0.180 0.820 0.000
#> GSM827697     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827699     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.1964      0.859 0.944 0.056 0.000
#> GSM827702     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827703     3  0.8614      0.626 0.228 0.172 0.600
#> GSM827704     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     1  0.0237      0.933 0.996 0.004 0.000
#> GSM827706     2  0.4931      0.619 0.232 0.768 0.000
#> GSM827707     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827709     3  0.0000      0.587 0.000 0.000 1.000
#> GSM827710     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827711     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827712     3  0.5882      0.637 0.000 0.348 0.652
#> GSM827713     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0000      0.587 0.000 0.000 1.000
#> GSM827716     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827717     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827720     3  0.6309      0.401 0.000 0.496 0.504
#> GSM827721     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827722     1  0.6079      0.240 0.612 0.388 0.000
#> GSM827723     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827724     2  0.4750      0.743 0.000 0.784 0.216
#> GSM827725     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827726     3  0.6849      0.498 0.380 0.020 0.600
#> GSM827727     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827728     3  0.5591      0.612 0.000 0.304 0.696
#> GSM827729     2  0.5397      0.698 0.000 0.720 0.280
#> GSM827730     2  0.4178      0.775 0.000 0.828 0.172
#> GSM827731     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827734     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827735     2  0.1031      0.852 0.000 0.976 0.024
#> GSM827736     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827737     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827738     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827739     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827741     3  0.6330      0.479 0.396 0.004 0.600
#> GSM827742     3  0.7462      0.651 0.048 0.352 0.600
#> GSM827743     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827746     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827747     2  0.5835      0.649 0.000 0.660 0.340
#> GSM827748     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827749     2  0.6045      0.615 0.000 0.620 0.380
#> GSM827750     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827751     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827752     3  0.0237      0.588 0.000 0.004 0.996
#> GSM827753     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827754     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827755     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827757     2  0.0424      0.858 0.000 0.992 0.008
#> GSM827758     2  0.0237      0.858 0.004 0.996 0.000
#> GSM827759     3  0.7786      0.547 0.332 0.068 0.600
#> GSM827760     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0424      0.858 0.000 0.992 0.008
#> GSM827762     2  0.1411      0.848 0.000 0.964 0.036
#> GSM827763     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827764     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827765     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827766     2  0.3116      0.812 0.000 0.892 0.108
#> GSM827767     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827768     3  0.3879      0.647 0.000 0.152 0.848
#> GSM827769     2  0.5560      0.682 0.000 0.700 0.300
#> GSM827770     2  0.3482      0.800 0.000 0.872 0.128
#> GSM827771     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827773     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827774     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827775     3  0.0000      0.587 0.000 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.4399      0.764 0.000 0.812 0.188
#> GSM827778     3  0.8318      0.677 0.116 0.284 0.600
#> GSM827779     3  0.7228      0.643 0.036 0.364 0.600
#> GSM827780     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827781     2  0.0424      0.854 0.008 0.992 0.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827783     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.4504      0.617 0.196 0.804 0.000
#> GSM827787     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827788     1  0.6126      0.214 0.600 0.400 0.000
#> GSM827789     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827790     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827791     3  0.0000      0.587 0.000 0.000 1.000
#> GSM827792     3  0.6126      0.612 0.000 0.400 0.600
#> GSM827793     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.859 0.000 1.000 0.000
#> GSM827796     2  0.2878      0.819 0.000 0.904 0.096
#> GSM827797     2  0.1411      0.848 0.000 0.964 0.036
#> GSM827798     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827799     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827800     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827801     2  0.6126      0.597 0.000 0.600 0.400
#> GSM827802     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004
#> GSM827803     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> GSM827804     2  0.0237      0.859 0.000 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     3  0.7996    -0.1710 0.268 0.336 0.392 0.004
#> GSM827666     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.3688     0.6467 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM827668     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827669     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0188     0.9534 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     3  0.4382     0.5535 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM827676     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0188     0.9534 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827678     1  0.4999    -0.1317 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.4830     0.2189 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     3  0.4843     0.3867 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0336     0.6597 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827697     1  0.2652     0.8583 0.912 0.056 0.028 0.004
#> GSM827698     3  0.1211     0.7400 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM827699     1  0.3400     0.6948 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.3649     0.7009 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM827703     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827704     2  0.3427     0.6976 0.000 0.860 0.112 0.028
#> GSM827705     3  0.7996    -0.0644 0.320 0.276 0.400 0.004
#> GSM827706     2  0.5143     0.3976 0.360 0.628 0.000 0.012
#> GSM827707     1  0.0188     0.9534 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827708     2  0.3557     0.6964 0.000 0.856 0.108 0.036
#> GSM827709     3  0.4866     0.3223 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM827710     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827711     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827712     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827713     2  0.0336     0.6595 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827714     2  0.3831     0.7002 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM827715     4  0.4948    -0.0295 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM827716     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827717     2  0.3870     0.6996 0.000 0.788 0.208 0.004
#> GSM827718     2  0.2773     0.7016 0.000 0.880 0.116 0.004
#> GSM827719     2  0.5093     0.6208 0.000 0.640 0.348 0.012
#> GSM827720     2  0.7729    -0.1611 0.000 0.400 0.372 0.228
#> GSM827721     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827722     2  0.5387     0.5603 0.000 0.584 0.400 0.016
#> GSM827723     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827724     2  0.5387     0.5603 0.000 0.584 0.400 0.016
#> GSM827725     2  0.0779     0.6696 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM827726     3  0.2589     0.7062 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM827727     2  0.5137    -0.1047 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM827728     3  0.5364     0.3853 0.000 0.392 0.592 0.016
#> GSM827729     4  0.4961     0.0560 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM827730     4  0.5000     0.1173 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM827731     2  0.5204     0.5919 0.000 0.612 0.376 0.012
#> GSM827732     2  0.4844     0.6589 0.000 0.688 0.300 0.012
#> GSM827733     2  0.5387     0.5603 0.000 0.584 0.400 0.016
#> GSM827734     4  0.0336     0.8083 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM827735     2  0.5256     0.5734 0.000 0.596 0.392 0.012
#> GSM827736     2  0.4086     0.6968 0.000 0.776 0.216 0.008
#> GSM827737     4  0.4697     0.3278 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM827738     2  0.4477     0.3077 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM827739     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.4855     0.3782 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827741     3  0.6592     0.5039 0.284 0.116 0.600 0.000
#> GSM827742     3  0.3649     0.6099 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM827743     2  0.0188     0.6609 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827744     2  0.2125     0.6934 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM827745     2  0.4661     0.2337 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM827746     2  0.3831     0.7006 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM827747     4  0.4925     0.1165 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM827748     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827749     2  0.4972     0.1821 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM827750     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827751     2  0.4973     0.6230 0.000 0.644 0.348 0.008
#> GSM827752     3  0.1389     0.7272 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM827753     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827754     2  0.3528     0.4988 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM827755     2  0.0188     0.6631 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827756     2  0.5387     0.5603 0.000 0.584 0.400 0.016
#> GSM827757     2  0.4981    -0.0861 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM827758     2  0.3948     0.5367 0.036 0.828 0.000 0.136
#> GSM827759     3  0.6797     0.5232 0.240 0.160 0.600 0.000
#> GSM827760     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.4624     0.2504 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM827762     2  0.4697     0.2081 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM827763     2  0.4098     0.7006 0.000 0.784 0.204 0.012
#> GSM827764     2  0.4331     0.3471 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM827765     2  0.3870     0.6996 0.000 0.788 0.208 0.004
#> GSM827766     2  0.5199     0.6580 0.000 0.756 0.100 0.144
#> GSM827767     2  0.4328     0.6868 0.000 0.748 0.244 0.008
#> GSM827768     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827769     2  0.7093     0.5448 0.000 0.568 0.216 0.216
#> GSM827770     2  0.5268     0.5685 0.000 0.592 0.396 0.012
#> GSM827771     2  0.2868     0.7037 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM827772     2  0.2011     0.6166 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM827773     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827774     3  0.0657     0.7390 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM827775     3  0.4898     0.3009 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM827776     2  0.4098     0.7000 0.000 0.784 0.204 0.012
#> GSM827777     2  0.5745     0.4755 0.000 0.656 0.056 0.288
#> GSM827778     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827779     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827780     3  0.0921     0.7337 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM827781     2  0.4267     0.6973 0.008 0.772 0.216 0.004
#> GSM827782     2  0.5198     0.6086 0.004 0.628 0.360 0.008
#> GSM827783     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.1489     0.9126 0.952 0.004 0.000 0.044
#> GSM827785     1  0.0000     0.9560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.2635     0.6927 0.016 0.908 0.072 0.004
#> GSM827787     2  0.1118     0.6468 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM827788     2  0.5124     0.6292 0.160 0.764 0.072 0.004
#> GSM827789     3  0.0336     0.7472 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827790     2  0.4040     0.4191 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM827791     3  0.4746     0.3825 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM827792     3  0.0000     0.7494 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827793     2  0.4769     0.6567 0.000 0.684 0.308 0.008
#> GSM827794     2  0.0336     0.6597 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827795     2  0.3402     0.7037 0.000 0.832 0.164 0.004
#> GSM827796     2  0.4933     0.1127 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM827797     2  0.4999    -0.1640 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM827798     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827799     4  0.0469     0.8109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM827800     4  0.1637     0.7724 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM827801     4  0.0336     0.8083 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM827802     2  0.1211     0.6466 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM827803     3  0.4843     0.3867 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM827804     2  0.3004     0.6768 0.000 0.892 0.060 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.0898      0.870 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0693      0.952 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.3495      0.787 0.152 0.032 0.816 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.2966      0.844 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.3039      0.843 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0451      0.958 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.3074      0.753 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0510      0.956 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM827677     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.4126      0.294 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827680     1  0.0290      0.960 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827681     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827682     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827683     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827684     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0324      0.961 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM827686     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827688     1  0.3210      0.694 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0162      0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827693     3  0.3336      0.723 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827695     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827696     4  0.1270      0.822 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM827697     1  0.1484      0.920 0.944 0.048 0.008 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.3767      0.810 0.120 0.068 0.812 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.1579      0.923 0.944 0.024 0.032 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0290      0.960 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827701     1  0.0290      0.960 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827702     2  0.0880      0.877 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM827703     3  0.2966      0.844 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.3612      0.689 0.000 0.228 0.008 0.764 0.000
#> GSM827705     2  0.2208      0.825 0.072 0.908 0.020 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.5524      0.195 0.428 0.036 0.016 0.520 0.000
#> GSM827707     1  0.0992      0.939 0.968 0.024 0.008 0.000 0.000
#> GSM827708     4  0.4457      0.411 0.000 0.368 0.012 0.620 0.000
#> GSM827709     3  0.3177      0.722 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM827710     3  0.3074      0.841 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3419      0.841 0.000 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM827712     3  0.3177      0.834 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.1792      0.808 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM827714     2  0.3336      0.706 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM827715     5  0.4287     -0.065 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM827716     3  0.2929      0.844 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.3321      0.825 0.000 0.832 0.136 0.032 0.000
#> GSM827718     2  0.3983      0.767 0.000 0.784 0.000 0.052 0.164
#> GSM827719     2  0.0324      0.879 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM827720     4  0.4390      0.138 0.000 0.000 0.428 0.568 0.004
#> GSM827721     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.0898      0.872 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827724     2  0.2690      0.812 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM827725     4  0.3109      0.729 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM827726     3  0.3615      0.844 0.036 0.156 0.808 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.4590      0.106 0.000 0.012 0.420 0.568 0.000
#> GSM827728     3  0.3431      0.671 0.000 0.008 0.828 0.144 0.020
#> GSM827729     5  0.6268      0.346 0.000 0.228 0.000 0.232 0.540
#> GSM827730     4  0.0613      0.824 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> GSM827731     2  0.0162      0.880 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827732     2  0.0162      0.880 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827733     2  0.0451      0.878 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM827734     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0807      0.877 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM827736     2  0.1341      0.872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM827737     5  0.2127      0.798 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM827738     4  0.1095      0.820 0.000 0.008 0.012 0.968 0.012
#> GSM827739     1  0.0162      0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827740     3  0.3690      0.747 0.200 0.000 0.780 0.020 0.000
#> GSM827741     3  0.4069      0.778 0.112 0.000 0.792 0.096 0.000
#> GSM827742     3  0.3003      0.742 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM827743     4  0.2471      0.778 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM827744     2  0.1792      0.864 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM827745     4  0.0000      0.820 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827746     2  0.1792      0.862 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM827747     5  0.4375      0.750 0.000 0.064 0.156 0.008 0.772
#> GSM827748     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.5871      0.518 0.000 0.604 0.184 0.000 0.212
#> GSM827750     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0162      0.880 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827752     3  0.3565      0.752 0.000 0.024 0.800 0.000 0.176
#> GSM827753     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827754     4  0.0510      0.826 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM827755     2  0.4757      0.732 0.000 0.732 0.000 0.120 0.148
#> GSM827756     2  0.0798      0.874 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.0324      0.821 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM827758     4  0.0324      0.820 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM827759     3  0.4527      0.722 0.064 0.000 0.732 0.204 0.000
#> GSM827760     1  0.0404      0.955 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827761     4  0.0290      0.824 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM827762     4  0.2142      0.815 0.000 0.028 0.048 0.920 0.004
#> GSM827763     2  0.1997      0.875 0.000 0.924 0.040 0.036 0.000
#> GSM827764     4  0.1168      0.826 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> GSM827765     2  0.1851      0.857 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM827766     2  0.5963      0.669 0.000 0.656 0.160 0.156 0.028
#> GSM827767     2  0.0609      0.880 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM827768     3  0.3684      0.757 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> GSM827769     2  0.2761      0.845 0.000 0.872 0.104 0.000 0.024
#> GSM827770     2  0.0404      0.877 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM827771     2  0.4219      0.654 0.000 0.716 0.024 0.260 0.000
#> GSM827772     4  0.0703      0.827 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM827773     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.3861      0.448 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> GSM827775     3  0.3388      0.572 0.000 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM827776     2  0.3180      0.846 0.000 0.856 0.068 0.076 0.000
#> GSM827777     2  0.3243      0.756 0.000 0.812 0.004 0.004 0.180
#> GSM827778     3  0.2929      0.844 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.3039      0.843 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.3681      0.837 0.000 0.148 0.808 0.044 0.000
#> GSM827781     2  0.1549      0.878 0.000 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM827782     2  0.0324      0.879 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM827783     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.3730      0.613 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM827785     1  0.0290      0.960 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827786     2  0.3452      0.707 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM827787     4  0.0566      0.826 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM827788     4  0.4950      0.617 0.044 0.256 0.012 0.688 0.000
#> GSM827789     3  0.3132      0.844 0.000 0.172 0.820 0.008 0.000
#> GSM827790     4  0.0510      0.825 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM827791     3  0.3109      0.729 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM827792     3  0.2966      0.844 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.0451      0.880 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM827794     4  0.0880      0.826 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM827795     2  0.2966      0.788 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM827796     4  0.2067      0.809 0.000 0.032 0.000 0.920 0.048
#> GSM827797     4  0.0898      0.813 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000
#> GSM827798     5  0.2971      0.783 0.000 0.008 0.156 0.000 0.836
#> GSM827799     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827800     5  0.3561      0.620 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM827801     5  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827802     4  0.4182      0.310 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM827803     3  0.3003      0.761 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM827804     4  0.5187      0.584 0.000 0.260 0.084 0.656 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     2  0.5695     0.2501 0.260 0.544 0.004 0.000 0.000 0.192
#> GSM827666     1  0.3273     0.7743 0.776 0.004 0.008 0.000 0.000 0.212
#> GSM827667     3  0.3276     0.7742 0.132 0.052 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.2664     0.7995 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.2697     0.7992 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.2122     0.8449 0.900 0.000 0.000 0.076 0.000 0.024
#> GSM827671     1  0.2209     0.8459 0.900 0.000 0.004 0.072 0.000 0.024
#> GSM827672     1  0.0458     0.8760 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM827673     1  0.0260     0.8767 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM827674     1  0.1700     0.8656 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM827675     3  0.2793     0.7285 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.1501     0.8658 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM827677     1  0.2300     0.8330 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM827678     1  0.3810     0.1709 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0146     0.8774 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827680     1  0.1010     0.8688 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM827681     1  0.1225     0.8667 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> GSM827682     1  0.1625     0.8570 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> GSM827683     1  0.0291     0.8774 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM827684     1  0.0000     0.8772 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0405     0.8778 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM827686     1  0.1714     0.8596 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM827687     1  0.2250     0.8374 0.888 0.000 0.000 0.092 0.000 0.020
#> GSM827688     1  0.3509     0.6450 0.744 0.000 0.240 0.000 0.000 0.016
#> GSM827689     1  0.0363     0.8781 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827690     1  0.1910     0.8529 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM827691     1  0.0000     0.8772 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0865     0.8747 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM827693     3  0.2941     0.7118 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1075     0.8729 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM827695     1  0.1327     0.8692 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM827696     4  0.2190     0.5259 0.008 0.044 0.000 0.908 0.000 0.040
#> GSM827697     1  0.3078     0.7917 0.796 0.012 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM827698     3  0.3461     0.7625 0.152 0.036 0.804 0.000 0.000 0.008
#> GSM827699     1  0.4350     0.6547 0.676 0.008 0.036 0.000 0.000 0.280
#> GSM827700     1  0.2048     0.8475 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM827701     1  0.3215     0.7508 0.756 0.000 0.000 0.004 0.000 0.240
#> GSM827702     6  0.4175     0.4996 0.028 0.232 0.004 0.012 0.000 0.724
#> GSM827703     3  0.2664     0.7995 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.5604     0.1606 0.000 0.076 0.024 0.452 0.000 0.448
#> GSM827705     2  0.5877     0.2488 0.268 0.544 0.016 0.000 0.000 0.172
#> GSM827706     6  0.4806     0.1598 0.376 0.008 0.008 0.028 0.000 0.580
#> GSM827707     1  0.4370     0.7584 0.776 0.080 0.008 0.104 0.000 0.032
#> GSM827708     6  0.5076     0.1275 0.000 0.068 0.012 0.324 0.000 0.596
#> GSM827709     3  0.3592     0.5146 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM827710     3  0.2980     0.7962 0.000 0.192 0.800 0.000 0.000 0.008
#> GSM827711     3  0.3410     0.7933 0.000 0.076 0.820 0.004 0.000 0.100
#> GSM827712     3  0.2854     0.7926 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.4578     0.3849 0.000 0.036 0.000 0.520 0.000 0.444
#> GSM827714     2  0.5386    -0.0972 0.000 0.512 0.000 0.120 0.000 0.368
#> GSM827715     5  0.3817     0.0301 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM827716     3  0.2730     0.7983 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> GSM827717     6  0.5207     0.3451 0.000 0.352 0.072 0.012 0.000 0.564
#> GSM827718     6  0.6664     0.3244 0.000 0.328 0.000 0.056 0.176 0.440
#> GSM827719     2  0.2668     0.6324 0.000 0.828 0.004 0.000 0.000 0.168
#> GSM827720     3  0.5493     0.2574 0.000 0.000 0.520 0.356 0.004 0.120
#> GSM827721     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     2  0.1088     0.6533 0.000 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> GSM827723     5  0.3858     0.6880 0.068 0.000 0.000 0.108 0.800 0.024
#> GSM827724     2  0.4203     0.5287 0.000 0.740 0.124 0.000 0.000 0.136
#> GSM827725     6  0.5164     0.2235 0.000 0.116 0.000 0.300 0.000 0.584
#> GSM827726     3  0.3821     0.8025 0.060 0.108 0.804 0.000 0.000 0.028
#> GSM827727     3  0.6144     0.2321 0.000 0.012 0.472 0.296 0.000 0.220
#> GSM827728     3  0.3525     0.6796 0.000 0.004 0.808 0.068 0.000 0.120
#> GSM827729     5  0.6116     0.1055 0.000 0.068 0.000 0.096 0.548 0.288
#> GSM827730     4  0.3547     0.6429 0.000 0.000 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM827731     2  0.1610     0.6632 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM827732     2  0.2260     0.6457 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM827733     2  0.0653     0.6613 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> GSM827734     5  0.0937     0.7901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM827735     2  0.0870     0.6636 0.000 0.972 0.004 0.000 0.012 0.012
#> GSM827736     2  0.2790     0.6426 0.000 0.844 0.000 0.024 0.000 0.132
#> GSM827737     5  0.3464     0.4711 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM827738     4  0.4774     0.5809 0.000 0.000 0.032 0.612 0.020 0.336
#> GSM827739     1  0.1010     0.8769 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM827740     3  0.2793     0.7285 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM827741     3  0.3104     0.7471 0.016 0.000 0.800 0.184 0.000 0.000
#> GSM827742     3  0.2948     0.7659 0.000 0.000 0.848 0.060 0.000 0.092
#> GSM827743     4  0.4750     0.5509 0.000 0.096 0.000 0.652 0.000 0.252
#> GSM827744     2  0.1367     0.6566 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> GSM827745     4  0.0436     0.5469 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> GSM827746     2  0.3388     0.5849 0.000 0.792 0.000 0.036 0.000 0.172
#> GSM827747     6  0.5899     0.1984 0.000 0.024 0.128 0.004 0.284 0.560
#> GSM827748     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     2  0.7348     0.0452 0.000 0.420 0.112 0.008 0.188 0.272
#> GSM827750     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.1957     0.6551 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM827752     3  0.2912     0.6891 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM827753     5  0.1501     0.7535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM827754     4  0.3634     0.5855 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM827755     2  0.6958    -0.2303 0.000 0.376 0.000 0.072 0.200 0.352
#> GSM827756     2  0.2446     0.6549 0.000 0.864 0.012 0.000 0.000 0.124
#> GSM827757     4  0.1644     0.6062 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM827758     4  0.1657     0.5187 0.056 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016
#> GSM827759     3  0.4481     0.4853 0.024 0.000 0.556 0.416 0.000 0.004
#> GSM827760     1  0.5317     0.5342 0.596 0.040 0.004 0.320 0.000 0.040
#> GSM827761     4  0.3215     0.6586 0.000 0.000 0.004 0.756 0.000 0.240
#> GSM827762     4  0.5102     0.4777 0.000 0.004 0.060 0.536 0.004 0.396
#> GSM827763     6  0.4484     0.5248 0.000 0.244 0.020 0.040 0.000 0.696
#> GSM827764     4  0.3998     0.5841 0.000 0.000 0.016 0.644 0.000 0.340
#> GSM827765     2  0.4646     0.2166 0.000 0.616 0.000 0.060 0.000 0.324
#> GSM827766     6  0.6911     0.3243 0.000 0.312 0.120 0.108 0.004 0.456
#> GSM827767     2  0.3830     0.2942 0.000 0.620 0.000 0.004 0.000 0.376
#> GSM827768     3  0.3541     0.7301 0.000 0.260 0.728 0.000 0.000 0.012
#> GSM827769     2  0.2366     0.6379 0.000 0.900 0.024 0.000 0.020 0.056
#> GSM827770     2  0.0653     0.6606 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> GSM827771     6  0.6147     0.4602 0.000 0.220 0.052 0.160 0.000 0.568
#> GSM827772     4  0.2191     0.6275 0.000 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> GSM827773     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     2  0.4015     0.1483 0.000 0.616 0.372 0.000 0.000 0.012
#> GSM827775     3  0.3159     0.6895 0.000 0.004 0.836 0.000 0.052 0.108
#> GSM827776     2  0.4897     0.4868 0.000 0.672 0.040 0.044 0.000 0.244
#> GSM827777     2  0.3940     0.2709 0.000 0.640 0.000 0.000 0.348 0.012
#> GSM827778     3  0.2664     0.7995 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.3071     0.7983 0.000 0.180 0.804 0.000 0.000 0.016
#> GSM827780     3  0.3722     0.7935 0.000 0.100 0.800 0.092 0.000 0.008
#> GSM827781     6  0.5772     0.2782 0.028 0.376 0.056 0.016 0.000 0.524
#> GSM827782     2  0.1806     0.6625 0.000 0.908 0.004 0.000 0.000 0.088
#> GSM827783     1  0.5580     0.5915 0.632 0.120 0.000 0.208 0.000 0.040
#> GSM827784     4  0.3971    -0.1766 0.448 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004
#> GSM827785     1  0.1908     0.8436 0.900 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004
#> GSM827786     2  0.6045     0.0980 0.080 0.452 0.008 0.424 0.000 0.036
#> GSM827787     4  0.3101     0.6591 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM827788     6  0.5711     0.3975 0.088 0.088 0.012 0.140 0.000 0.672
#> GSM827789     3  0.3123     0.7994 0.000 0.088 0.836 0.000 0.000 0.076
#> GSM827790     4  0.3804     0.5048 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM827791     3  0.2823     0.7001 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM827792     3  0.2697     0.7992 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.0964     0.6598 0.000 0.968 0.004 0.016 0.000 0.012
#> GSM827794     4  0.2823     0.6560 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM827795     2  0.4281     0.5306 0.000 0.732 0.000 0.132 0.000 0.136
#> GSM827796     4  0.4117     0.6502 0.000 0.000 0.016 0.708 0.020 0.256
#> GSM827797     4  0.3844     0.6347 0.004 0.000 0.008 0.676 0.000 0.312
#> GSM827798     5  0.5595     0.2069 0.000 0.004 0.124 0.000 0.468 0.404
#> GSM827799     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     5  0.2772     0.7080 0.000 0.000 0.000 0.180 0.816 0.004
#> GSM827801     5  0.0000     0.8017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     4  0.5673     0.0379 0.000 0.356 0.000 0.480 0.000 0.164
#> GSM827803     3  0.3183     0.7248 0.200 0.000 0.788 0.008 0.000 0.004
#> GSM827804     6  0.5311     0.1580 0.000 0.044 0.056 0.280 0.000 0.620

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>          n disease.state(p) k
#> CV:NMF 121         1.69e-13 2
#> CV:NMF 125         6.49e-16 3
#> CV:NMF 109         1.01e-11 4
#> CV:NMF 131         6.95e-12 5
#> CV:NMF 104         4.12e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.320           0.796       0.846         0.4198 0.566   0.566
#> 3 3 0.505           0.779       0.881         0.2528 0.904   0.835
#> 4 4 0.417           0.504       0.790         0.1797 0.929   0.861
#> 5 5 0.463           0.552       0.774         0.0967 0.912   0.806
#> 6 6 0.540           0.550       0.728         0.0765 0.935   0.829

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.6048     0.8824 0.852 0.148
#> GSM827666     1  0.6048     0.8824 0.852 0.148
#> GSM827667     1  0.4431     0.9185 0.908 0.092
#> GSM827668     1  0.4431     0.9185 0.908 0.092
#> GSM827669     1  0.4431     0.9185 0.908 0.092
#> GSM827670     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827671     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827672     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827673     1  0.5059     0.9072 0.888 0.112
#> GSM827674     1  0.4431     0.9187 0.908 0.092
#> GSM827675     1  0.4298     0.9194 0.912 0.088
#> GSM827676     2  0.9775     0.2976 0.412 0.588
#> GSM827677     1  0.5629     0.8950 0.868 0.132
#> GSM827678     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827679     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827680     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827681     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827682     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827683     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827684     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827685     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827686     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827687     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827688     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827689     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827690     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827691     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827692     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827693     1  0.4022     0.9197 0.920 0.080
#> GSM827694     1  0.5059     0.9078 0.888 0.112
#> GSM827695     1  0.5059     0.9078 0.888 0.112
#> GSM827696     2  0.5294     0.8542 0.120 0.880
#> GSM827697     1  0.6247     0.8752 0.844 0.156
#> GSM827698     1  0.4431     0.9185 0.908 0.092
#> GSM827699     1  0.9248     0.5827 0.660 0.340
#> GSM827700     2  0.9833     0.2518 0.424 0.576
#> GSM827701     2  0.7056     0.7706 0.192 0.808
#> GSM827702     2  0.2423     0.8666 0.040 0.960
#> GSM827703     1  0.8267     0.7176 0.740 0.260
#> GSM827704     2  0.3584     0.8676 0.068 0.932
#> GSM827705     1  0.6048     0.8824 0.852 0.148
#> GSM827706     2  0.4298     0.8593 0.088 0.912
#> GSM827707     1  0.4298     0.9195 0.912 0.088
#> GSM827708     2  0.1414     0.8612 0.020 0.980
#> GSM827709     2  0.9552     0.4051 0.376 0.624
#> GSM827710     2  0.7883     0.7376 0.236 0.764
#> GSM827711     2  0.6247     0.8235 0.156 0.844
#> GSM827712     2  0.9491     0.4883 0.368 0.632
#> GSM827713     2  0.0938     0.8577 0.012 0.988
#> GSM827714     2  0.1633     0.8625 0.024 0.976
#> GSM827715     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827716     2  0.9775     0.3912 0.412 0.588
#> GSM827717     2  0.3584     0.8670 0.068 0.932
#> GSM827718     2  0.4690     0.8625 0.100 0.900
#> GSM827719     2  0.6438     0.8295 0.164 0.836
#> GSM827720     2  0.1414     0.8508 0.020 0.980
#> GSM827721     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827722     1  0.7745     0.7736 0.772 0.228
#> GSM827723     2  0.9850     0.2443 0.428 0.572
#> GSM827724     2  0.5059     0.8551 0.112 0.888
#> GSM827725     2  0.3114     0.8653 0.056 0.944
#> GSM827726     1  0.6247     0.8744 0.844 0.156
#> GSM827727     2  0.3114     0.8653 0.056 0.944
#> GSM827728     2  0.0672     0.8561 0.008 0.992
#> GSM827729     2  0.2603     0.8626 0.044 0.956
#> GSM827730     2  0.0938     0.8545 0.012 0.988
#> GSM827731     2  0.4815     0.8584 0.104 0.896
#> GSM827732     2  0.4815     0.8584 0.104 0.896
#> GSM827733     2  0.8207     0.7211 0.256 0.744
#> GSM827734     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827735     2  0.6148     0.8335 0.152 0.848
#> GSM827736     2  0.2423     0.8662 0.040 0.960
#> GSM827737     2  0.8016     0.7315 0.244 0.756
#> GSM827738     2  0.2948     0.8648 0.052 0.948
#> GSM827739     1  0.4298     0.9195 0.912 0.088
#> GSM827740     2  0.4939     0.8488 0.108 0.892
#> GSM827741     2  0.4939     0.8488 0.108 0.892
#> GSM827742     2  0.6343     0.8325 0.160 0.840
#> GSM827743     2  0.5059     0.8584 0.112 0.888
#> GSM827744     2  0.5294     0.8542 0.120 0.880
#> GSM827745     2  0.0672     0.8561 0.008 0.992
#> GSM827746     2  0.2778     0.8677 0.048 0.952
#> GSM827747     2  0.0938     0.8463 0.012 0.988
#> GSM827748     2  0.3733     0.8666 0.072 0.928
#> GSM827749     2  0.4161     0.8670 0.084 0.916
#> GSM827750     2  0.4022     0.8670 0.080 0.920
#> GSM827751     2  0.5178     0.8543 0.116 0.884
#> GSM827752     1  0.7883     0.7618 0.764 0.236
#> GSM827753     2  0.4022     0.8668 0.080 0.920
#> GSM827754     2  0.3431     0.8680 0.064 0.936
#> GSM827755     2  0.4690     0.8625 0.100 0.900
#> GSM827756     2  0.9795     0.3470 0.416 0.584
#> GSM827757     2  0.0672     0.8561 0.008 0.992
#> GSM827758     2  0.4022     0.8596 0.080 0.920
#> GSM827759     2  0.5294     0.8409 0.120 0.880
#> GSM827760     2  0.9977     0.1409 0.472 0.528
#> GSM827761     2  0.0938     0.8544 0.012 0.988
#> GSM827762     2  0.1414     0.8505 0.020 0.980
#> GSM827763     2  0.2043     0.8648 0.032 0.968
#> GSM827764     2  0.0938     0.8507 0.012 0.988
#> GSM827765     2  0.3584     0.8676 0.068 0.932
#> GSM827766     2  0.3431     0.8684 0.064 0.936
#> GSM827767     2  0.3584     0.8687 0.068 0.932
#> GSM827768     2  0.8861     0.6220 0.304 0.696
#> GSM827769     2  0.4939     0.8577 0.108 0.892
#> GSM827770     2  0.4939     0.8577 0.108 0.892
#> GSM827771     2  0.4690     0.8599 0.100 0.900
#> GSM827772     2  0.3879     0.8660 0.076 0.924
#> GSM827773     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827774     2  0.8207     0.7211 0.256 0.744
#> GSM827775     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827776     2  0.3431     0.8678 0.064 0.936
#> GSM827777     2  0.6247     0.8325 0.156 0.844
#> GSM827778     1  0.8813     0.6408 0.700 0.300
#> GSM827779     1  0.9552     0.4713 0.624 0.376
#> GSM827780     2  0.2236     0.8669 0.036 0.964
#> GSM827781     2  0.9866     0.3115 0.432 0.568
#> GSM827782     2  0.9866     0.3115 0.432 0.568
#> GSM827783     1  0.9909     0.2288 0.556 0.444
#> GSM827784     2  0.5294     0.8409 0.120 0.880
#> GSM827785     1  0.9933     0.2610 0.548 0.452
#> GSM827786     2  0.7056     0.8047 0.192 0.808
#> GSM827787     2  0.4939     0.8598 0.108 0.892
#> GSM827788     2  0.4815     0.8514 0.104 0.896
#> GSM827789     2  0.6343     0.8325 0.160 0.840
#> GSM827790     2  0.1414     0.8613 0.020 0.980
#> GSM827791     2  0.8763     0.6362 0.296 0.704
#> GSM827792     2  0.9710     0.4273 0.400 0.600
#> GSM827793     2  0.7056     0.8042 0.192 0.808
#> GSM827794     2  0.5059     0.8584 0.112 0.888
#> GSM827795     2  0.1633     0.8625 0.024 0.976
#> GSM827796     2  0.0938     0.8507 0.012 0.988
#> GSM827797     2  0.0672     0.8561 0.008 0.992
#> GSM827798     2  0.0938     0.8463 0.012 0.988
#> GSM827799     2  0.2778     0.8631 0.048 0.952
#> GSM827800     2  0.0672     0.8561 0.008 0.992
#> GSM827801     2  0.4022     0.7896 0.080 0.920
#> GSM827802     2  0.4815     0.8606 0.104 0.896
#> GSM827803     2  0.9993     0.0861 0.484 0.516
#> GSM827804     2  0.2778     0.8655 0.048 0.952

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.2711    0.81733 0.912 0.088 0.000
#> GSM827666     1  0.2711    0.81733 0.912 0.088 0.000
#> GSM827667     1  0.2165    0.83137 0.936 0.064 0.000
#> GSM827668     1  0.2165    0.83137 0.936 0.064 0.000
#> GSM827669     1  0.2165    0.83137 0.936 0.064 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.1289    0.83558 0.968 0.032 0.000
#> GSM827674     1  0.1031    0.84124 0.976 0.024 0.000
#> GSM827675     1  0.2066    0.83218 0.940 0.060 0.000
#> GSM827676     2  0.7289    0.11586 0.468 0.504 0.028
#> GSM827677     1  0.2356    0.82674 0.928 0.072 0.000
#> GSM827678     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.84047 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1289    0.83646 0.968 0.032 0.000
#> GSM827695     1  0.1289    0.83646 0.968 0.032 0.000
#> GSM827696     2  0.1529    0.87033 0.040 0.960 0.000
#> GSM827697     1  0.2959    0.80906 0.900 0.100 0.000
#> GSM827698     1  0.2165    0.83137 0.936 0.064 0.000
#> GSM827699     1  0.5397    0.62093 0.720 0.280 0.000
#> GSM827700     1  0.7289    0.00492 0.504 0.468 0.028
#> GSM827701     2  0.6380    0.71591 0.224 0.732 0.044
#> GSM827702     2  0.3083    0.87258 0.024 0.916 0.060
#> GSM827703     1  0.5443    0.64555 0.736 0.260 0.004
#> GSM827704     2  0.1620    0.87263 0.012 0.964 0.024
#> GSM827705     1  0.2711    0.81733 0.912 0.088 0.000
#> GSM827706     2  0.4253    0.85755 0.080 0.872 0.048
#> GSM827707     1  0.1753    0.83720 0.952 0.048 0.000
#> GSM827708     2  0.2066    0.86433 0.000 0.940 0.060
#> GSM827709     1  0.9990   -0.00285 0.348 0.312 0.340
#> GSM827710     2  0.5277    0.77412 0.180 0.796 0.024
#> GSM827711     2  0.4045    0.84302 0.104 0.872 0.024
#> GSM827712     2  0.6113    0.56524 0.300 0.688 0.012
#> GSM827713     2  0.2590    0.86193 0.004 0.924 0.072
#> GSM827714     2  0.2486    0.86820 0.008 0.932 0.060
#> GSM827715     3  0.0237    0.98367 0.000 0.004 0.996
#> GSM827716     2  0.6189    0.43903 0.364 0.632 0.004
#> GSM827717     2  0.1751    0.87271 0.012 0.960 0.028
#> GSM827718     2  0.1585    0.87371 0.028 0.964 0.008
#> GSM827719     2  0.2625    0.85743 0.084 0.916 0.000
#> GSM827720     2  0.3619    0.83278 0.000 0.864 0.136
#> GSM827721     3  0.0747    0.98272 0.000 0.016 0.984
#> GSM827722     1  0.5443    0.64832 0.736 0.260 0.004
#> GSM827723     1  0.9929    0.10729 0.392 0.296 0.312
#> GSM827724     2  0.2383    0.86581 0.044 0.940 0.016
#> GSM827725     2  0.3237    0.87107 0.032 0.912 0.056
#> GSM827726     1  0.2878    0.81086 0.904 0.096 0.000
#> GSM827727     2  0.3237    0.87107 0.032 0.912 0.056
#> GSM827728     2  0.3038    0.85123 0.000 0.896 0.104
#> GSM827729     2  0.2866    0.86816 0.008 0.916 0.076
#> GSM827730     2  0.2711    0.85653 0.000 0.912 0.088
#> GSM827731     2  0.1877    0.86952 0.032 0.956 0.012
#> GSM827732     2  0.1877    0.86952 0.032 0.956 0.012
#> GSM827733     2  0.4521    0.76821 0.180 0.816 0.004
#> GSM827734     3  0.1163    0.97598 0.000 0.028 0.972
#> GSM827735     2  0.3043    0.85427 0.084 0.908 0.008
#> GSM827736     2  0.2599    0.87206 0.016 0.932 0.052
#> GSM827737     2  0.4692    0.77673 0.168 0.820 0.012
#> GSM827738     2  0.3649    0.86979 0.036 0.896 0.068
#> GSM827739     1  0.1411    0.83991 0.964 0.036 0.000
#> GSM827740     2  0.4818    0.84222 0.108 0.844 0.048
#> GSM827741     2  0.4818    0.84222 0.108 0.844 0.048
#> GSM827742     2  0.2537    0.85979 0.080 0.920 0.000
#> GSM827743     2  0.1950    0.87236 0.040 0.952 0.008
#> GSM827744     2  0.1529    0.87033 0.040 0.960 0.000
#> GSM827745     2  0.2537    0.85880 0.000 0.920 0.080
#> GSM827746     2  0.2743    0.87290 0.020 0.928 0.052
#> GSM827747     2  0.3116    0.85460 0.000 0.892 0.108
#> GSM827748     2  0.7601    0.27002 0.044 0.540 0.416
#> GSM827749     2  0.1525    0.87134 0.004 0.964 0.032
#> GSM827750     2  0.1399    0.87155 0.004 0.968 0.028
#> GSM827751     2  0.2339    0.86562 0.048 0.940 0.012
#> GSM827752     1  0.5517    0.63926 0.728 0.268 0.004
#> GSM827753     2  0.1647    0.87171 0.004 0.960 0.036
#> GSM827754     2  0.1031    0.87209 0.000 0.976 0.024
#> GSM827755     2  0.1585    0.87371 0.028 0.964 0.008
#> GSM827756     2  0.6490    0.42281 0.360 0.628 0.012
#> GSM827757     2  0.2796    0.85670 0.000 0.908 0.092
#> GSM827758     2  0.4556    0.85727 0.080 0.860 0.060
#> GSM827759     2  0.5036    0.83390 0.120 0.832 0.048
#> GSM827760     2  0.6442    0.24008 0.432 0.564 0.004
#> GSM827761     2  0.3192    0.84752 0.000 0.888 0.112
#> GSM827762     2  0.2878    0.85407 0.000 0.904 0.096
#> GSM827763     2  0.2651    0.86952 0.012 0.928 0.060
#> GSM827764     2  0.2878    0.85458 0.000 0.904 0.096
#> GSM827765     2  0.1620    0.87263 0.012 0.964 0.024
#> GSM827766     2  0.1878    0.87236 0.004 0.952 0.044
#> GSM827767     2  0.2550    0.87556 0.024 0.936 0.040
#> GSM827768     2  0.5681    0.67835 0.236 0.748 0.016
#> GSM827769     2  0.1999    0.86824 0.036 0.952 0.012
#> GSM827770     2  0.1999    0.86824 0.036 0.952 0.012
#> GSM827771     2  0.0892    0.86979 0.020 0.980 0.000
#> GSM827772     2  0.0661    0.87073 0.004 0.988 0.008
#> GSM827773     3  0.0237    0.98367 0.000 0.004 0.996
#> GSM827774     2  0.4521    0.76821 0.180 0.816 0.004
#> GSM827775     3  0.0237    0.98367 0.000 0.004 0.996
#> GSM827776     2  0.1163    0.87173 0.000 0.972 0.028
#> GSM827777     2  0.2860    0.85490 0.084 0.912 0.004
#> GSM827778     1  0.6008    0.52939 0.664 0.332 0.004
#> GSM827779     1  0.6111    0.39101 0.604 0.396 0.000
#> GSM827780     2  0.2096    0.86931 0.004 0.944 0.052
#> GSM827781     2  0.6264    0.37938 0.380 0.616 0.004
#> GSM827782     2  0.6264    0.37938 0.380 0.616 0.004
#> GSM827783     1  0.6442    0.26130 0.564 0.432 0.004
#> GSM827784     2  0.5036    0.83390 0.120 0.832 0.048
#> GSM827785     1  0.6935    0.35643 0.604 0.372 0.024
#> GSM827786     2  0.3619    0.82739 0.136 0.864 0.000
#> GSM827787     2  0.1832    0.87280 0.036 0.956 0.008
#> GSM827788     2  0.4505    0.85346 0.092 0.860 0.048
#> GSM827789     2  0.2537    0.85979 0.080 0.920 0.000
#> GSM827790     2  0.2356    0.86342 0.000 0.928 0.072
#> GSM827791     2  0.5493    0.67995 0.232 0.756 0.012
#> GSM827792     2  0.6057    0.49884 0.340 0.656 0.004
#> GSM827793     2  0.3551    0.82538 0.132 0.868 0.000
#> GSM827794     2  0.1950    0.87236 0.040 0.952 0.008
#> GSM827795     2  0.2486    0.86820 0.008 0.932 0.060
#> GSM827796     2  0.2878    0.85458 0.000 0.904 0.096
#> GSM827797     2  0.3038    0.85123 0.000 0.896 0.104
#> GSM827798     2  0.3116    0.85460 0.000 0.892 0.108
#> GSM827799     2  0.3192    0.84769 0.000 0.888 0.112
#> GSM827800     2  0.4346    0.79506 0.000 0.816 0.184
#> GSM827801     3  0.1289    0.97582 0.000 0.032 0.968
#> GSM827802     2  0.1399    0.87205 0.028 0.968 0.004
#> GSM827803     2  0.6468    0.19688 0.444 0.552 0.004
#> GSM827804     2  0.2165    0.86942 0.000 0.936 0.064

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.4168    0.74526 0.828 0.080 0.000 0.092
#> GSM827666     1  0.4168    0.74526 0.828 0.080 0.000 0.092
#> GSM827667     1  0.4864    0.70302 0.768 0.060 0.000 0.172
#> GSM827668     1  0.4864    0.70302 0.768 0.060 0.000 0.172
#> GSM827669     1  0.4864    0.70302 0.768 0.060 0.000 0.172
#> GSM827670     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.1406    0.77891 0.960 0.024 0.000 0.016
#> GSM827674     1  0.2174    0.77863 0.928 0.020 0.000 0.052
#> GSM827675     1  0.4701    0.71006 0.780 0.056 0.000 0.164
#> GSM827676     1  0.7679   -0.20778 0.448 0.316 0.000 0.236
#> GSM827677     1  0.3474    0.76248 0.868 0.064 0.000 0.068
#> GSM827678     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.78872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1109    0.77958 0.968 0.028 0.000 0.004
#> GSM827695     1  0.1109    0.77958 0.968 0.028 0.000 0.004
#> GSM827696     2  0.1624    0.64709 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM827697     1  0.4359    0.73998 0.816 0.084 0.000 0.100
#> GSM827698     1  0.4864    0.70302 0.768 0.060 0.000 0.172
#> GSM827699     1  0.6233    0.52190 0.660 0.216 0.000 0.124
#> GSM827700     1  0.7550   -0.09684 0.480 0.300 0.000 0.220
#> GSM827701     2  0.7458   -0.30720 0.212 0.500 0.000 0.288
#> GSM827702     2  0.3529    0.60859 0.012 0.836 0.000 0.152
#> GSM827703     1  0.7396    0.40196 0.516 0.216 0.000 0.268
#> GSM827704     2  0.1716    0.64989 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM827705     1  0.4168    0.74526 0.828 0.080 0.000 0.092
#> GSM827706     2  0.5979    0.10611 0.076 0.652 0.000 0.272
#> GSM827707     1  0.2032    0.78059 0.936 0.036 0.000 0.028
#> GSM827708     2  0.3074    0.60434 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM827709     3  0.9887    0.14932 0.204 0.244 0.324 0.228
#> GSM827710     2  0.4789    0.48024 0.024 0.748 0.004 0.224
#> GSM827711     2  0.3335    0.60718 0.016 0.856 0.000 0.128
#> GSM827712     2  0.6385    0.29590 0.076 0.644 0.012 0.268
#> GSM827713     2  0.2647    0.61860 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM827714     2  0.2589    0.63199 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM827715     3  0.0188    0.79090 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827716     2  0.6945    0.20587 0.136 0.584 0.004 0.276
#> GSM827717     2  0.1677    0.65483 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM827718     2  0.2142    0.65071 0.016 0.928 0.000 0.056
#> GSM827719     2  0.2730    0.62359 0.016 0.896 0.000 0.088
#> GSM827720     2  0.5724   -0.27640 0.000 0.548 0.028 0.424
#> GSM827721     3  0.1867    0.78571 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM827722     1  0.7772    0.25216 0.428 0.204 0.004 0.364
#> GSM827723     3  0.9938    0.16582 0.232 0.232 0.308 0.228
#> GSM827724     2  0.2402    0.63251 0.000 0.912 0.012 0.076
#> GSM827725     2  0.4744    0.38759 0.024 0.736 0.000 0.240
#> GSM827726     1  0.4542    0.73146 0.804 0.088 0.000 0.108
#> GSM827727     2  0.4744    0.38759 0.024 0.736 0.000 0.240
#> GSM827728     2  0.5371   -0.00543 0.000 0.616 0.020 0.364
#> GSM827729     2  0.3143    0.62940 0.000 0.876 0.024 0.100
#> GSM827730     2  0.4248    0.48548 0.000 0.768 0.012 0.220
#> GSM827731     2  0.1938    0.64342 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM827732     2  0.1938    0.64342 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM827733     2  0.4355    0.48256 0.012 0.772 0.004 0.212
#> GSM827734     3  0.2197    0.78190 0.000 0.004 0.916 0.080
#> GSM827735     2  0.2651    0.62906 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM827736     2  0.2011    0.64642 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM827737     2  0.4458    0.49030 0.008 0.772 0.012 0.208
#> GSM827738     2  0.5231    0.23672 0.028 0.676 0.000 0.296
#> GSM827739     1  0.1724    0.78337 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM827740     2  0.6737   -0.45009 0.092 0.488 0.000 0.420
#> GSM827741     2  0.6737   -0.45009 0.092 0.488 0.000 0.420
#> GSM827742     2  0.2578    0.63366 0.036 0.912 0.000 0.052
#> GSM827743     2  0.1913    0.64943 0.020 0.940 0.000 0.040
#> GSM827744     2  0.1624    0.64709 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM827745     4  0.4994    0.44740 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM827746     2  0.2412    0.64374 0.008 0.908 0.000 0.084
#> GSM827747     2  0.3803    0.58733 0.000 0.836 0.032 0.132
#> GSM827748     2  0.7022   -0.07301 0.016 0.504 0.404 0.076
#> GSM827749     2  0.2596    0.64561 0.000 0.908 0.024 0.068
#> GSM827750     2  0.2563    0.64558 0.000 0.908 0.020 0.072
#> GSM827751     2  0.2310    0.63650 0.004 0.920 0.008 0.068
#> GSM827752     1  0.7828    0.23432 0.420 0.216 0.004 0.360
#> GSM827753     2  0.2521    0.64821 0.000 0.912 0.024 0.064
#> GSM827754     2  0.3870    0.50460 0.000 0.788 0.004 0.208
#> GSM827755     2  0.2142    0.65071 0.016 0.928 0.000 0.056
#> GSM827756     2  0.7189    0.16900 0.212 0.588 0.008 0.192
#> GSM827757     4  0.5137    0.50490 0.000 0.452 0.004 0.544
#> GSM827758     2  0.6097   -0.18977 0.056 0.580 0.000 0.364
#> GSM827759     2  0.6834   -0.46286 0.100 0.476 0.000 0.424
#> GSM827760     1  0.7921   -0.36440 0.348 0.320 0.000 0.332
#> GSM827761     2  0.5510   -0.07438 0.000 0.600 0.024 0.376
#> GSM827762     2  0.4175    0.51310 0.000 0.784 0.016 0.200
#> GSM827763     2  0.3074    0.61101 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM827764     2  0.3790    0.56435 0.000 0.820 0.016 0.164
#> GSM827765     2  0.1716    0.64989 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM827766     2  0.2909    0.63632 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM827767     2  0.2402    0.65237 0.000 0.912 0.012 0.076
#> GSM827768     2  0.5699    0.40580 0.052 0.716 0.016 0.216
#> GSM827769     2  0.2124    0.63652 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM827770     2  0.2124    0.63652 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM827771     2  0.1302    0.65644 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM827772     2  0.1792    0.65097 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM827773     3  0.0188    0.79090 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827774     2  0.4392    0.48301 0.012 0.768 0.004 0.216
#> GSM827775     3  0.0188    0.79090 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827776     2  0.2048    0.65542 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM827777     2  0.2466    0.62903 0.004 0.900 0.000 0.096
#> GSM827778     1  0.7714    0.27914 0.448 0.292 0.000 0.260
#> GSM827779     1  0.7404    0.20241 0.476 0.348 0.000 0.176
#> GSM827780     2  0.3764    0.50260 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM827781     2  0.7058    0.13522 0.228 0.572 0.000 0.200
#> GSM827782     2  0.7058    0.13522 0.228 0.572 0.000 0.200
#> GSM827783     1  0.7536    0.07278 0.488 0.284 0.000 0.228
#> GSM827784     2  0.6834   -0.46286 0.100 0.476 0.000 0.424
#> GSM827785     1  0.6969    0.26653 0.584 0.224 0.000 0.192
#> GSM827786     2  0.5527    0.38544 0.104 0.728 0.000 0.168
#> GSM827787     2  0.1975    0.65152 0.016 0.936 0.000 0.048
#> GSM827788     2  0.5850    0.22092 0.080 0.676 0.000 0.244
#> GSM827789     2  0.2578    0.63366 0.036 0.912 0.000 0.052
#> GSM827790     2  0.4560    0.30340 0.000 0.700 0.004 0.296
#> GSM827791     2  0.5926    0.38559 0.088 0.704 0.008 0.200
#> GSM827792     2  0.6605    0.24786 0.136 0.616 0.000 0.248
#> GSM827793     2  0.4171    0.56147 0.060 0.824 0.000 0.116
#> GSM827794     2  0.1913    0.64943 0.020 0.940 0.000 0.040
#> GSM827795     2  0.2589    0.63199 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM827796     2  0.3790    0.56435 0.000 0.820 0.016 0.164
#> GSM827797     2  0.5465   -0.14341 0.000 0.588 0.020 0.392
#> GSM827798     2  0.3803    0.58733 0.000 0.836 0.032 0.132
#> GSM827799     2  0.4410    0.57248 0.000 0.808 0.064 0.128
#> GSM827800     4  0.6069    0.52766 0.000 0.356 0.056 0.588
#> GSM827801     3  0.2530    0.77793 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM827802     2  0.2530    0.65097 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM827803     4  0.7890    0.17045 0.312 0.308 0.000 0.380
#> GSM827804     2  0.2984    0.63313 0.000 0.888 0.028 0.084

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.4777   0.594936 0.736 0.064 0.188 0.012 0.000
#> GSM827666     1  0.4777   0.594936 0.736 0.064 0.188 0.012 0.000
#> GSM827667     1  0.4644   0.356383 0.604 0.012 0.380 0.004 0.000
#> GSM827668     1  0.4644   0.356383 0.604 0.012 0.380 0.004 0.000
#> GSM827669     1  0.4644   0.356383 0.604 0.012 0.380 0.004 0.000
#> GSM827670     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0162   0.772685 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.1483   0.757327 0.952 0.008 0.012 0.028 0.000
#> GSM827674     1  0.2517   0.721375 0.884 0.008 0.104 0.004 0.000
#> GSM827675     1  0.4434   0.426844 0.640 0.008 0.348 0.004 0.000
#> GSM827676     1  0.7248  -0.158849 0.416 0.164 0.044 0.376 0.000
#> GSM827677     1  0.3760   0.685978 0.828 0.044 0.112 0.016 0.000
#> GSM827678     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0162   0.772147 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0162   0.772147 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000   0.773598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1299   0.758824 0.960 0.012 0.008 0.020 0.000
#> GSM827695     1  0.1299   0.758824 0.960 0.012 0.008 0.020 0.000
#> GSM827696     2  0.1956   0.719890 0.008 0.928 0.052 0.012 0.000
#> GSM827697     1  0.5027   0.581675 0.724 0.068 0.188 0.020 0.000
#> GSM827698     1  0.4644   0.356383 0.604 0.012 0.380 0.004 0.000
#> GSM827699     1  0.7091   0.321693 0.580 0.132 0.148 0.140 0.000
#> GSM827700     1  0.7271  -0.043197 0.452 0.180 0.044 0.324 0.000
#> GSM827701     4  0.7220   0.502305 0.180 0.328 0.040 0.452 0.000
#> GSM827702     2  0.3866   0.652785 0.004 0.780 0.024 0.192 0.000
#> GSM827703     3  0.6167   0.471971 0.348 0.128 0.520 0.004 0.000
#> GSM827704     2  0.1544   0.724616 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM827705     1  0.4777   0.594936 0.736 0.064 0.188 0.012 0.000
#> GSM827706     2  0.5921  -0.192318 0.064 0.500 0.016 0.420 0.000
#> GSM827707     1  0.2339   0.725975 0.892 0.004 0.100 0.004 0.000
#> GSM827708     2  0.3141   0.690642 0.000 0.832 0.016 0.152 0.000
#> GSM827709     5  0.9348  -0.415037 0.116 0.148 0.304 0.112 0.320
#> GSM827710     2  0.4669   0.541881 0.008 0.664 0.308 0.020 0.000
#> GSM827711     2  0.3463   0.694464 0.008 0.836 0.124 0.032 0.000
#> GSM827712     2  0.4779   0.343037 0.016 0.584 0.396 0.000 0.004
#> GSM827713     2  0.2889   0.707519 0.000 0.872 0.044 0.084 0.000
#> GSM827714     2  0.2628   0.714604 0.000 0.884 0.028 0.088 0.000
#> GSM827715     5  0.0000   0.813779 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.5286   0.146863 0.048 0.504 0.448 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.1569   0.729602 0.000 0.948 0.012 0.032 0.008
#> GSM827718     2  0.2036   0.726915 0.008 0.928 0.028 0.036 0.000
#> GSM827719     2  0.2536   0.711225 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> GSM827720     4  0.5697   0.279222 0.000 0.404 0.084 0.512 0.000
#> GSM827721     5  0.3141   0.809039 0.000 0.000 0.040 0.108 0.852
#> GSM827722     3  0.3242   0.583062 0.076 0.072 0.852 0.000 0.000
#> GSM827723     3  0.9084   0.258222 0.120 0.140 0.352 0.080 0.308
#> GSM827724     2  0.2513   0.702632 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008
#> GSM827725     2  0.5234   0.244462 0.012 0.608 0.036 0.344 0.000
#> GSM827726     1  0.5055   0.554170 0.708 0.072 0.208 0.012 0.000
#> GSM827727     2  0.5234   0.244462 0.012 0.608 0.036 0.344 0.000
#> GSM827728     2  0.5351  -0.136455 0.000 0.484 0.052 0.464 0.000
#> GSM827729     2  0.3404   0.697758 0.000 0.840 0.012 0.124 0.024
#> GSM827730     2  0.4522   0.562535 0.000 0.720 0.032 0.240 0.008
#> GSM827731     2  0.1956   0.716315 0.000 0.916 0.076 0.000 0.008
#> GSM827732     2  0.1956   0.716315 0.000 0.916 0.076 0.000 0.008
#> GSM827733     2  0.3837   0.548210 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM827734     5  0.3446   0.805624 0.000 0.004 0.048 0.108 0.840
#> GSM827735     2  0.2681   0.712799 0.000 0.876 0.108 0.012 0.004
#> GSM827736     2  0.2046   0.723820 0.000 0.916 0.016 0.068 0.000
#> GSM827737     2  0.3968   0.571121 0.000 0.716 0.276 0.004 0.004
#> GSM827738     2  0.5355   0.000754 0.012 0.536 0.032 0.420 0.000
#> GSM827739     1  0.1764   0.747996 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> GSM827740     4  0.5620   0.661711 0.056 0.240 0.040 0.664 0.000
#> GSM827741     4  0.5620   0.661711 0.056 0.240 0.040 0.664 0.000
#> GSM827742     2  0.3047   0.710141 0.024 0.868 0.096 0.012 0.000
#> GSM827743     2  0.2339   0.721547 0.008 0.912 0.052 0.028 0.000
#> GSM827744     2  0.1956   0.719890 0.008 0.928 0.052 0.012 0.000
#> GSM827745     4  0.3513   0.588869 0.000 0.180 0.020 0.800 0.000
#> GSM827746     2  0.2177   0.721447 0.004 0.908 0.008 0.080 0.000
#> GSM827747     2  0.3693   0.683060 0.000 0.836 0.036 0.104 0.024
#> GSM827748     2  0.6855   0.030057 0.000 0.456 0.076 0.068 0.400
#> GSM827749     2  0.2673   0.721221 0.000 0.900 0.028 0.048 0.024
#> GSM827750     2  0.2653   0.721719 0.000 0.900 0.028 0.052 0.020
#> GSM827751     2  0.2286   0.706873 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM827752     3  0.3239   0.576296 0.068 0.080 0.852 0.000 0.000
#> GSM827753     2  0.2342   0.723196 0.000 0.916 0.020 0.040 0.024
#> GSM827754     2  0.4134   0.560495 0.000 0.744 0.032 0.224 0.000
#> GSM827755     2  0.2036   0.726915 0.008 0.928 0.028 0.036 0.000
#> GSM827756     2  0.6224   0.123889 0.116 0.520 0.356 0.004 0.004
#> GSM827757     4  0.3284   0.551520 0.000 0.148 0.024 0.828 0.000
#> GSM827758     4  0.5984   0.356481 0.024 0.428 0.056 0.492 0.000
#> GSM827759     4  0.5738   0.655807 0.060 0.228 0.048 0.664 0.000
#> GSM827760     4  0.8083   0.087339 0.248 0.124 0.216 0.412 0.000
#> GSM827761     2  0.5549  -0.143217 0.000 0.480 0.056 0.460 0.004
#> GSM827762     2  0.4438   0.599023 0.000 0.748 0.036 0.204 0.012
#> GSM827763     2  0.3621   0.661659 0.000 0.788 0.020 0.192 0.000
#> GSM827764     2  0.3681   0.667894 0.000 0.820 0.036 0.136 0.008
#> GSM827765     2  0.1544   0.724616 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM827766     2  0.3011   0.714376 0.000 0.876 0.036 0.076 0.012
#> GSM827767     2  0.2629   0.726168 0.000 0.896 0.064 0.032 0.008
#> GSM827768     2  0.4557   0.501545 0.012 0.656 0.324 0.000 0.008
#> GSM827769     2  0.2286   0.705396 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM827770     2  0.2286   0.705396 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM827771     2  0.1626   0.730070 0.000 0.940 0.044 0.016 0.000
#> GSM827772     2  0.1965   0.726893 0.000 0.924 0.024 0.052 0.000
#> GSM827773     5  0.0000   0.813779 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.3969   0.551897 0.000 0.692 0.304 0.004 0.000
#> GSM827775     5  0.0451   0.810258 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM827776     2  0.2067   0.729574 0.000 0.924 0.028 0.044 0.004
#> GSM827777     2  0.2522   0.712594 0.000 0.880 0.108 0.012 0.000
#> GSM827778     3  0.6504   0.581728 0.276 0.208 0.512 0.004 0.000
#> GSM827779     1  0.7950  -0.411066 0.372 0.220 0.320 0.088 0.000
#> GSM827780     2  0.4350   0.498159 0.000 0.704 0.028 0.268 0.000
#> GSM827781     2  0.6185   0.065140 0.124 0.500 0.372 0.004 0.000
#> GSM827782     2  0.6185   0.065140 0.124 0.500 0.372 0.004 0.000
#> GSM827783     1  0.8051  -0.090871 0.400 0.116 0.200 0.284 0.000
#> GSM827784     4  0.5738   0.655807 0.060 0.228 0.048 0.664 0.000
#> GSM827785     1  0.6381   0.263129 0.552 0.076 0.044 0.328 0.000
#> GSM827786     2  0.6473   0.290121 0.044 0.600 0.124 0.232 0.000
#> GSM827787     2  0.2359   0.723210 0.008 0.912 0.044 0.036 0.000
#> GSM827788     2  0.6166  -0.069765 0.064 0.524 0.032 0.380 0.000
#> GSM827789     2  0.3047   0.710141 0.024 0.868 0.096 0.012 0.000
#> GSM827790     2  0.4822   0.291740 0.000 0.616 0.032 0.352 0.000
#> GSM827791     2  0.5582   0.509153 0.024 0.660 0.260 0.048 0.008
#> GSM827792     2  0.4917   0.302107 0.028 0.556 0.416 0.000 0.000
#> GSM827793     2  0.3718   0.652218 0.016 0.784 0.196 0.004 0.000
#> GSM827794     2  0.2339   0.721547 0.008 0.912 0.052 0.028 0.000
#> GSM827795     2  0.2628   0.714604 0.000 0.884 0.028 0.088 0.000
#> GSM827796     2  0.3681   0.667894 0.000 0.820 0.036 0.136 0.008
#> GSM827797     4  0.5346   0.170085 0.000 0.452 0.052 0.496 0.000
#> GSM827798     2  0.3693   0.683060 0.000 0.836 0.036 0.104 0.024
#> GSM827799     2  0.4507   0.653970 0.000 0.788 0.048 0.120 0.044
#> GSM827800     4  0.1915   0.322201 0.000 0.032 0.040 0.928 0.000
#> GSM827801     5  0.3828   0.798779 0.000 0.000 0.072 0.120 0.808
#> GSM827802     2  0.3191   0.722914 0.000 0.860 0.052 0.084 0.004
#> GSM827803     4  0.8055   0.028634 0.196 0.120 0.280 0.404 0.000
#> GSM827804     2  0.2807   0.712972 0.000 0.892 0.032 0.056 0.020

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.5426     0.5541 0.644 0.004 0.228 0.032 0.000 0.092
#> GSM827666     1  0.5426     0.5541 0.644 0.004 0.228 0.032 0.000 0.092
#> GSM827667     1  0.5000     0.2719 0.508 0.004 0.436 0.004 0.000 0.048
#> GSM827668     1  0.5000     0.2719 0.508 0.004 0.436 0.004 0.000 0.048
#> GSM827669     1  0.5000     0.2719 0.508 0.004 0.436 0.004 0.000 0.048
#> GSM827670     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0603     0.7995 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2349     0.7698 0.892 0.008 0.020 0.000 0.000 0.080
#> GSM827674     1  0.3763     0.7008 0.788 0.008 0.144 0.000 0.000 0.060
#> GSM827675     1  0.4815     0.3649 0.552 0.004 0.396 0.000 0.000 0.048
#> GSM827676     6  0.5842     0.2387 0.328 0.016 0.040 0.056 0.000 0.560
#> GSM827677     1  0.4434     0.6732 0.756 0.004 0.128 0.020 0.000 0.092
#> GSM827678     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827679     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0146     0.7999 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827681     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0146     0.7999 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827683     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827687     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827689     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0000     0.8010 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827693     1  0.0405     0.7993 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM827694     1  0.1938     0.7800 0.920 0.008 0.020 0.000 0.000 0.052
#> GSM827695     1  0.1938     0.7800 0.920 0.008 0.020 0.000 0.000 0.052
#> GSM827696     4  0.4213     0.6675 0.000 0.080 0.040 0.780 0.000 0.100
#> GSM827697     1  0.5533     0.5396 0.632 0.004 0.232 0.032 0.000 0.100
#> GSM827698     1  0.5000     0.2719 0.508 0.004 0.436 0.004 0.000 0.048
#> GSM827699     1  0.6752     0.2452 0.492 0.004 0.176 0.068 0.000 0.260
#> GSM827700     6  0.6218     0.1658 0.376 0.012 0.052 0.072 0.000 0.488
#> GSM827701     6  0.5621     0.4131 0.128 0.020 0.020 0.180 0.000 0.652
#> GSM827702     4  0.4821     0.6053 0.004 0.064 0.024 0.700 0.000 0.208
#> GSM827703     3  0.5844     0.5294 0.248 0.000 0.592 0.112 0.000 0.048
#> GSM827704     4  0.2325     0.7062 0.000 0.048 0.000 0.892 0.000 0.060
#> GSM827705     1  0.5426     0.5541 0.644 0.004 0.228 0.032 0.000 0.092
#> GSM827706     6  0.5550     0.3139 0.036 0.032 0.020 0.340 0.000 0.572
#> GSM827707     1  0.2443     0.7489 0.880 0.000 0.096 0.004 0.000 0.020
#> GSM827708     4  0.4105     0.6485 0.000 0.080 0.008 0.760 0.000 0.152
#> GSM827709     3  0.8230     0.3163 0.028 0.056 0.380 0.108 0.320 0.108
#> GSM827710     4  0.4945     0.5649 0.000 0.032 0.324 0.612 0.000 0.032
#> GSM827711     4  0.3949     0.6896 0.000 0.036 0.136 0.788 0.000 0.040
#> GSM827712     4  0.4424     0.3623 0.004 0.008 0.416 0.564 0.004 0.004
#> GSM827713     4  0.4366     0.6605 0.000 0.184 0.012 0.732 0.000 0.072
#> GSM827714     4  0.3419     0.6829 0.000 0.088 0.012 0.828 0.000 0.072
#> GSM827715     5  0.0000     0.9153 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827716     4  0.5028     0.1809 0.024 0.008 0.468 0.484 0.000 0.016
#> GSM827717     4  0.2130     0.7104 0.000 0.028 0.016 0.920 0.008 0.028
#> GSM827718     4  0.3249     0.7026 0.000 0.096 0.008 0.836 0.000 0.060
#> GSM827719     4  0.4003     0.6940 0.000 0.072 0.124 0.784 0.000 0.020
#> GSM827720     2  0.6509     0.4252 0.000 0.388 0.020 0.296 0.000 0.296
#> GSM827721     5  0.2806     0.9112 0.000 0.144 0.008 0.000 0.840 0.008
#> GSM827722     3  0.2708     0.5255 0.008 0.044 0.888 0.044 0.000 0.016
#> GSM827723     3  0.7869     0.3817 0.032 0.036 0.428 0.108 0.308 0.088
#> GSM827724     4  0.2631     0.6952 0.000 0.004 0.124 0.860 0.008 0.004
#> GSM827725     6  0.5557     0.1455 0.000 0.096 0.012 0.412 0.000 0.480
#> GSM827726     1  0.5616     0.5095 0.616 0.004 0.256 0.040 0.000 0.084
#> GSM827727     6  0.5560     0.1395 0.000 0.096 0.012 0.416 0.000 0.476
#> GSM827728     4  0.6228    -0.4396 0.000 0.336 0.004 0.368 0.000 0.292
#> GSM827729     4  0.4457     0.6500 0.000 0.092 0.008 0.764 0.024 0.112
#> GSM827730     4  0.5335     0.4598 0.000 0.184 0.000 0.624 0.008 0.184
#> GSM827731     4  0.2265     0.7030 0.000 0.004 0.084 0.896 0.008 0.008
#> GSM827732     4  0.2265     0.7030 0.000 0.004 0.084 0.896 0.008 0.008
#> GSM827733     4  0.4308     0.5734 0.000 0.028 0.300 0.664 0.000 0.008
#> GSM827734     5  0.3025     0.9059 0.000 0.152 0.008 0.004 0.828 0.008
#> GSM827735     4  0.2986     0.7070 0.000 0.020 0.104 0.856 0.004 0.016
#> GSM827736     4  0.2923     0.7041 0.000 0.060 0.020 0.868 0.000 0.052
#> GSM827737     4  0.4204     0.5922 0.000 0.028 0.272 0.692 0.004 0.004
#> GSM827738     6  0.5322     0.1629 0.004 0.096 0.000 0.376 0.000 0.524
#> GSM827739     1  0.1863     0.7740 0.920 0.000 0.044 0.000 0.000 0.036
#> GSM827740     6  0.2245     0.3059 0.016 0.040 0.000 0.036 0.000 0.908
#> GSM827741     6  0.2245     0.3059 0.016 0.040 0.000 0.036 0.000 0.908
#> GSM827742     4  0.5267     0.6481 0.012 0.084 0.084 0.716 0.000 0.104
#> GSM827743     4  0.4360     0.6661 0.000 0.092 0.040 0.768 0.000 0.100
#> GSM827744     4  0.4213     0.6675 0.000 0.080 0.040 0.780 0.000 0.100
#> GSM827745     2  0.5202     0.5396 0.000 0.588 0.020 0.064 0.000 0.328
#> GSM827746     4  0.3098     0.7042 0.000 0.088 0.004 0.844 0.000 0.064
#> GSM827747     4  0.4244     0.6241 0.000 0.152 0.000 0.760 0.024 0.064
#> GSM827748     4  0.6814     0.0270 0.000 0.060 0.080 0.424 0.400 0.036
#> GSM827749     4  0.3001     0.6984 0.000 0.056 0.008 0.872 0.024 0.040
#> GSM827750     4  0.2980     0.6989 0.000 0.060 0.008 0.872 0.020 0.040
#> GSM827751     4  0.2476     0.6984 0.000 0.004 0.120 0.868 0.004 0.004
#> GSM827752     3  0.2585     0.5202 0.000 0.048 0.888 0.048 0.000 0.016
#> GSM827753     4  0.2859     0.7037 0.000 0.056 0.008 0.880 0.024 0.032
#> GSM827754     4  0.4728     0.5126 0.000 0.144 0.000 0.680 0.000 0.176
#> GSM827755     4  0.3249     0.7026 0.000 0.096 0.008 0.836 0.000 0.060
#> GSM827756     4  0.6234     0.1004 0.056 0.016 0.412 0.464 0.004 0.048
#> GSM827757     2  0.5015     0.5578 0.000 0.628 0.020 0.060 0.000 0.292
#> GSM827758     6  0.4404     0.2988 0.004 0.040 0.008 0.252 0.000 0.696
#> GSM827759     6  0.2168     0.3102 0.016 0.036 0.004 0.028 0.000 0.916
#> GSM827760     6  0.5864     0.1669 0.164 0.008 0.212 0.020 0.000 0.596
#> GSM827761     4  0.6356    -0.4413 0.000 0.336 0.004 0.360 0.004 0.296
#> GSM827762     4  0.5224     0.4942 0.000 0.180 0.000 0.648 0.012 0.160
#> GSM827763     4  0.4628     0.6151 0.000 0.064 0.024 0.712 0.000 0.200
#> GSM827764     4  0.4259     0.6029 0.000 0.164 0.000 0.744 0.008 0.084
#> GSM827765     4  0.2325     0.7062 0.000 0.048 0.000 0.892 0.000 0.060
#> GSM827766     4  0.3664     0.6777 0.000 0.092 0.004 0.816 0.012 0.076
#> GSM827767     4  0.3288     0.7102 0.000 0.024 0.076 0.852 0.008 0.040
#> GSM827768     4  0.4196     0.5072 0.000 0.008 0.340 0.640 0.008 0.004
#> GSM827769     4  0.2587     0.6967 0.000 0.004 0.120 0.864 0.004 0.008
#> GSM827770     4  0.2587     0.6967 0.000 0.004 0.120 0.864 0.004 0.008
#> GSM827771     4  0.3435     0.7035 0.000 0.096 0.028 0.832 0.000 0.044
#> GSM827772     4  0.2994     0.7035 0.000 0.064 0.004 0.852 0.000 0.080
#> GSM827773     5  0.0000     0.9153 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     4  0.4271     0.5788 0.000 0.028 0.292 0.672 0.000 0.008
#> GSM827775     5  0.0405     0.9107 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM827776     4  0.2587     0.7046 0.000 0.068 0.012 0.888 0.004 0.028
#> GSM827777     4  0.2844     0.7070 0.000 0.020 0.104 0.860 0.000 0.016
#> GSM827778     3  0.6291     0.5480 0.180 0.016 0.588 0.172 0.000 0.044
#> GSM827779     3  0.7550     0.3739 0.272 0.008 0.392 0.168 0.000 0.160
#> GSM827780     4  0.5572     0.3216 0.000 0.168 0.008 0.580 0.000 0.244
#> GSM827781     4  0.6278     0.0511 0.060 0.020 0.420 0.448 0.000 0.052
#> GSM827782     4  0.6278     0.0511 0.060 0.020 0.420 0.448 0.000 0.052
#> GSM827783     6  0.6479     0.0224 0.316 0.008 0.200 0.020 0.000 0.456
#> GSM827784     6  0.2168     0.3102 0.016 0.036 0.004 0.028 0.000 0.916
#> GSM827785     1  0.5179     0.0957 0.480 0.016 0.028 0.012 0.000 0.464
#> GSM827786     4  0.6150     0.2038 0.012 0.016 0.136 0.504 0.000 0.332
#> GSM827787     4  0.4360     0.6661 0.000 0.096 0.032 0.764 0.000 0.108
#> GSM827788     6  0.5853     0.3308 0.028 0.068 0.020 0.320 0.000 0.564
#> GSM827789     4  0.5267     0.6481 0.012 0.084 0.084 0.716 0.000 0.104
#> GSM827790     4  0.5675     0.0774 0.000 0.168 0.000 0.488 0.000 0.344
#> GSM827791     4  0.5317     0.5319 0.000 0.052 0.268 0.636 0.008 0.036
#> GSM827792     4  0.4991     0.3038 0.000 0.028 0.436 0.512 0.000 0.024
#> GSM827793     4  0.4656     0.6369 0.000 0.024 0.204 0.708 0.000 0.064
#> GSM827794     4  0.4360     0.6661 0.000 0.092 0.040 0.768 0.000 0.100
#> GSM827795     4  0.3419     0.6829 0.000 0.088 0.012 0.828 0.000 0.072
#> GSM827796     4  0.4293     0.6024 0.000 0.168 0.000 0.740 0.008 0.084
#> GSM827797     2  0.6251     0.3702 0.000 0.340 0.004 0.336 0.000 0.320
#> GSM827798     4  0.4244     0.6241 0.000 0.152 0.000 0.760 0.024 0.064
#> GSM827799     4  0.4860     0.6024 0.000 0.172 0.012 0.724 0.036 0.056
#> GSM827800     2  0.3758     0.3726 0.000 0.740 0.024 0.004 0.000 0.232
#> GSM827801     5  0.3482     0.8979 0.000 0.168 0.024 0.000 0.796 0.012
#> GSM827802     4  0.3800     0.7089 0.000 0.088 0.032 0.816 0.004 0.060
#> GSM827803     6  0.5750     0.0837 0.100 0.012 0.280 0.020 0.000 0.588
#> GSM827804     4  0.3306     0.6803 0.000 0.088 0.000 0.840 0.020 0.052

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> MAD:hclust 125         2.64e-17 2
#> MAD:hclust 125         1.46e-15 3
#> MAD:hclust  95         1.19e-12 4
#> MAD:hclust 103         3.26e-11 5
#> MAD:hclust  97         4.60e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.985           0.941       0.978         0.4702 0.534   0.534
#> 3 3 0.476           0.543       0.775         0.3868 0.759   0.563
#> 4 4 0.523           0.561       0.744         0.1274 0.758   0.422
#> 5 5 0.603           0.550       0.743         0.0641 0.851   0.524
#> 6 6 0.659           0.604       0.755         0.0447 0.904   0.609

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827696     2  0.4298     0.8888 0.088 0.912
#> GSM827697     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827701     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827702     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827703     1  0.0938     0.9682 0.988 0.012
#> GSM827704     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.1414     0.9580 0.020 0.980
#> GSM827707     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.9998     0.0177 0.492 0.508
#> GSM827710     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827711     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827712     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827713     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827717     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.6148     0.8081 0.848 0.152
#> GSM827723     1  0.9850     0.2438 0.572 0.428
#> GSM827724     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827726     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827727     2  0.3114     0.9230 0.056 0.944
#> GSM827728     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.0672     0.9719 0.992 0.008
#> GSM827741     1  0.9795     0.2638 0.584 0.416
#> GSM827742     2  0.9896     0.2151 0.440 0.560
#> GSM827743     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.9044     0.5196 0.320 0.680
#> GSM827753     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827759     1  0.0938     0.9683 0.988 0.012
#> GSM827760     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827769     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827778     2  0.9795     0.2836 0.416 0.584
#> GSM827779     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827780     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827782     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827783     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0672     0.9719 0.992 0.008
#> GSM827785     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827786     2  0.1633     0.9543 0.024 0.976
#> GSM827787     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.7219     0.7426 0.200 0.800
#> GSM827789     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827790     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827792     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827793     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000     0.9785 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.9757 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.6026     0.5596 0.624 0.000 0.376
#> GSM827666     1  0.2878     0.8528 0.904 0.000 0.096
#> GSM827667     1  0.0747     0.8804 0.984 0.000 0.016
#> GSM827668     1  0.5785     0.6445 0.668 0.000 0.332
#> GSM827669     1  0.5733     0.6547 0.676 0.000 0.324
#> GSM827670     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.1753     0.8723 0.952 0.000 0.048
#> GSM827676     1  0.5016     0.7513 0.760 0.000 0.240
#> GSM827677     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     3  0.1860     0.5546 0.000 0.052 0.948
#> GSM827697     1  0.6008     0.5690 0.628 0.000 0.372
#> GSM827698     1  0.3116     0.8504 0.892 0.000 0.108
#> GSM827699     1  0.3686     0.8310 0.860 0.000 0.140
#> GSM827700     1  0.4346     0.8008 0.816 0.000 0.184
#> GSM827701     1  0.7724     0.4569 0.552 0.052 0.396
#> GSM827702     3  0.5835     0.3925 0.000 0.340 0.660
#> GSM827703     3  0.5656     0.3595 0.284 0.004 0.712
#> GSM827704     2  0.3686     0.6138 0.000 0.860 0.140
#> GSM827705     1  0.5905     0.6019 0.648 0.000 0.352
#> GSM827706     3  0.5431     0.3581 0.000 0.284 0.716
#> GSM827707     1  0.3267     0.8461 0.884 0.000 0.116
#> GSM827708     2  0.5835     0.2519 0.000 0.660 0.340
#> GSM827709     2  0.8326     0.1084 0.080 0.488 0.432
#> GSM827710     3  0.4452     0.5602 0.000 0.192 0.808
#> GSM827711     3  0.6062     0.4012 0.000 0.384 0.616
#> GSM827712     3  0.5327     0.5023 0.000 0.272 0.728
#> GSM827713     3  0.6267     0.1362 0.000 0.452 0.548
#> GSM827714     2  0.6307    -0.0458 0.000 0.512 0.488
#> GSM827715     2  0.4796     0.4097 0.000 0.780 0.220
#> GSM827716     3  0.4002     0.5734 0.000 0.160 0.840
#> GSM827717     2  0.5926     0.1998 0.000 0.644 0.356
#> GSM827718     3  0.6140     0.2819 0.000 0.404 0.596
#> GSM827719     3  0.4235     0.5806 0.000 0.176 0.824
#> GSM827720     2  0.5560     0.5049 0.000 0.700 0.300
#> GSM827721     2  0.1289     0.6018 0.000 0.968 0.032
#> GSM827722     3  0.5919     0.3980 0.260 0.016 0.724
#> GSM827723     3  0.8403     0.2298 0.088 0.400 0.512
#> GSM827724     3  0.6192     0.3242 0.000 0.420 0.580
#> GSM827725     3  0.5810     0.2744 0.000 0.336 0.664
#> GSM827726     1  0.6309     0.3086 0.504 0.000 0.496
#> GSM827727     3  0.5591     0.3254 0.000 0.304 0.696
#> GSM827728     2  0.4654     0.5809 0.000 0.792 0.208
#> GSM827729     2  0.2356     0.6258 0.000 0.928 0.072
#> GSM827730     2  0.3686     0.6154 0.000 0.860 0.140
#> GSM827731     3  0.6026     0.4145 0.000 0.376 0.624
#> GSM827732     3  0.6026     0.4145 0.000 0.376 0.624
#> GSM827733     3  0.4887     0.5573 0.000 0.228 0.772
#> GSM827734     2  0.0000     0.6162 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     3  0.5926     0.4418 0.000 0.356 0.644
#> GSM827736     2  0.6180     0.0137 0.000 0.584 0.416
#> GSM827737     2  0.6305    -0.1966 0.000 0.516 0.484
#> GSM827738     2  0.6252     0.3043 0.000 0.556 0.444
#> GSM827739     1  0.0424     0.8823 0.992 0.000 0.008
#> GSM827740     1  0.8863     0.4024 0.512 0.128 0.360
#> GSM827741     3  0.9376     0.0715 0.228 0.260 0.512
#> GSM827742     3  0.1267     0.5588 0.004 0.024 0.972
#> GSM827743     3  0.5363     0.3707 0.000 0.276 0.724
#> GSM827744     3  0.1753     0.5634 0.000 0.048 0.952
#> GSM827745     2  0.5968     0.4453 0.000 0.636 0.364
#> GSM827746     3  0.6026     0.3488 0.000 0.376 0.624
#> GSM827747     2  0.0747     0.6225 0.000 0.984 0.016
#> GSM827748     2  0.4931     0.3854 0.000 0.768 0.232
#> GSM827749     2  0.6095     0.1720 0.000 0.608 0.392
#> GSM827750     2  0.1860     0.5973 0.000 0.948 0.052
#> GSM827751     3  0.6026     0.4145 0.000 0.376 0.624
#> GSM827752     3  0.4409     0.5683 0.004 0.172 0.824
#> GSM827753     2  0.0892     0.6237 0.000 0.980 0.020
#> GSM827754     2  0.5988     0.4401 0.000 0.632 0.368
#> GSM827755     3  0.5650     0.4329 0.000 0.312 0.688
#> GSM827756     3  0.5465     0.5040 0.000 0.288 0.712
#> GSM827757     2  0.5733     0.4842 0.000 0.676 0.324
#> GSM827758     3  0.5706     0.2950 0.000 0.320 0.680
#> GSM827759     1  0.8909     0.3308 0.476 0.124 0.400
#> GSM827760     1  0.3482     0.8391 0.872 0.000 0.128
#> GSM827761     2  0.4555     0.5857 0.000 0.800 0.200
#> GSM827762     2  0.2625     0.6279 0.000 0.916 0.084
#> GSM827763     2  0.5706     0.2696 0.000 0.680 0.320
#> GSM827764     2  0.2625     0.6279 0.000 0.916 0.084
#> GSM827765     3  0.6295     0.1498 0.000 0.472 0.528
#> GSM827766     2  0.2356     0.6258 0.000 0.928 0.072
#> GSM827767     2  0.6252    -0.0707 0.000 0.556 0.444
#> GSM827768     3  0.5988     0.3991 0.000 0.368 0.632
#> GSM827769     2  0.6154     0.1303 0.000 0.592 0.408
#> GSM827770     3  0.5988     0.4233 0.000 0.368 0.632
#> GSM827771     3  0.5926     0.3455 0.000 0.356 0.644
#> GSM827772     2  0.6267     0.2908 0.000 0.548 0.452
#> GSM827773     2  0.4605     0.4239 0.000 0.796 0.204
#> GSM827774     3  0.5882     0.4498 0.000 0.348 0.652
#> GSM827775     2  0.4796     0.4097 0.000 0.780 0.220
#> GSM827776     2  0.5859     0.2335 0.000 0.656 0.344
#> GSM827777     3  0.5529     0.5097 0.000 0.296 0.704
#> GSM827778     3  0.0983     0.5651 0.004 0.016 0.980
#> GSM827779     3  0.4346     0.5638 0.000 0.184 0.816
#> GSM827780     2  0.6274     0.2901 0.000 0.544 0.456
#> GSM827781     3  0.1031     0.5700 0.000 0.024 0.976
#> GSM827782     3  0.3116     0.5871 0.000 0.108 0.892
#> GSM827783     1  0.3551     0.8372 0.868 0.000 0.132
#> GSM827784     1  0.8836     0.4165 0.520 0.128 0.352
#> GSM827785     1  0.2165     0.8656 0.936 0.000 0.064
#> GSM827786     3  0.0000     0.5615 0.000 0.000 1.000
#> GSM827787     3  0.5810     0.2721 0.000 0.336 0.664
#> GSM827788     3  0.5254     0.3730 0.000 0.264 0.736
#> GSM827789     3  0.1031     0.5604 0.000 0.024 0.976
#> GSM827790     2  0.5926     0.4529 0.000 0.644 0.356
#> GSM827791     3  0.5706     0.4780 0.000 0.320 0.680
#> GSM827792     3  0.1753     0.5785 0.000 0.048 0.952
#> GSM827793     3  0.1753     0.5801 0.000 0.048 0.952
#> GSM827794     3  0.5621     0.3201 0.000 0.308 0.692
#> GSM827795     2  0.6008     0.1500 0.000 0.628 0.372
#> GSM827796     2  0.2356     0.6299 0.000 0.928 0.072
#> GSM827797     2  0.5591     0.5010 0.000 0.696 0.304
#> GSM827798     2  0.0237     0.6179 0.000 0.996 0.004
#> GSM827799     2  0.0000     0.6162 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.4887     0.5034 0.000 0.772 0.228
#> GSM827801     2  0.0000     0.6162 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     3  0.6180     0.2508 0.000 0.416 0.584
#> GSM827803     1  0.2878     0.8551 0.904 0.000 0.096
#> GSM827804     2  0.2537     0.6274 0.000 0.920 0.080

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.7262     0.1846 0.252 0.540 0.000 0.208
#> GSM827666     1  0.5665     0.7031 0.716 0.108 0.000 0.176
#> GSM827667     1  0.4419     0.7729 0.812 0.084 0.000 0.104
#> GSM827668     2  0.7683    -0.0262 0.304 0.452 0.000 0.244
#> GSM827669     2  0.7700    -0.0307 0.304 0.448 0.000 0.248
#> GSM827670     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.5910     0.6816 0.688 0.104 0.000 0.208
#> GSM827676     4  0.4824     0.4321 0.228 0.024 0.004 0.744
#> GSM827677     1  0.0469     0.8732 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827678     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.8786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.3907     0.5316 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM827697     2  0.7315     0.1855 0.252 0.532 0.000 0.216
#> GSM827698     1  0.7348     0.5086 0.528 0.240 0.000 0.232
#> GSM827699     1  0.7587     0.4486 0.480 0.244 0.000 0.276
#> GSM827700     4  0.5560    -0.0168 0.392 0.024 0.000 0.584
#> GSM827701     4  0.3619     0.6103 0.100 0.036 0.004 0.860
#> GSM827702     2  0.6663     0.4327 0.000 0.612 0.144 0.244
#> GSM827703     2  0.3726     0.5025 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM827704     3  0.7010     0.4473 0.000 0.184 0.576 0.240
#> GSM827705     2  0.7304     0.1643 0.260 0.532 0.000 0.208
#> GSM827706     4  0.5147     0.6482 0.000 0.200 0.060 0.740
#> GSM827707     1  0.6933     0.5805 0.584 0.172 0.000 0.244
#> GSM827708     2  0.7907    -0.0110 0.000 0.364 0.328 0.308
#> GSM827709     4  0.6238     0.3727 0.000 0.092 0.276 0.632
#> GSM827710     2  0.2411     0.5930 0.000 0.920 0.040 0.040
#> GSM827711     2  0.6295     0.4659 0.000 0.656 0.212 0.132
#> GSM827712     2  0.3245     0.5837 0.000 0.880 0.064 0.056
#> GSM827713     4  0.7304     0.3398 0.000 0.208 0.260 0.532
#> GSM827714     2  0.7756     0.1079 0.000 0.428 0.320 0.252
#> GSM827715     3  0.3542     0.6537 0.000 0.120 0.852 0.028
#> GSM827716     2  0.2921     0.5515 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM827717     2  0.7120     0.2142 0.000 0.496 0.368 0.136
#> GSM827718     2  0.7413     0.2873 0.000 0.516 0.252 0.232
#> GSM827719     2  0.2813     0.5925 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM827720     4  0.5677     0.4739 0.000 0.040 0.332 0.628
#> GSM827721     3  0.1488     0.7280 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM827722     2  0.2760     0.5556 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM827723     2  0.7373     0.2725 0.000 0.500 0.316 0.184
#> GSM827724     2  0.3688     0.5393 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM827725     4  0.5719     0.6215 0.000 0.176 0.112 0.712
#> GSM827726     2  0.7220     0.2591 0.196 0.544 0.000 0.260
#> GSM827727     4  0.4462     0.6672 0.000 0.132 0.064 0.804
#> GSM827728     3  0.5883     0.2400 0.000 0.040 0.572 0.388
#> GSM827729     3  0.4953     0.6979 0.000 0.104 0.776 0.120
#> GSM827730     3  0.4939     0.6282 0.000 0.040 0.740 0.220
#> GSM827731     2  0.4175     0.5331 0.000 0.776 0.212 0.012
#> GSM827732     2  0.4175     0.5313 0.000 0.776 0.212 0.012
#> GSM827733     2  0.2334     0.5878 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM827734     3  0.0469     0.7379 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM827735     2  0.3569     0.5457 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM827736     2  0.7091     0.2356 0.000 0.508 0.356 0.136
#> GSM827737     2  0.4914     0.4513 0.000 0.676 0.312 0.012
#> GSM827738     4  0.5528     0.6011 0.000 0.064 0.236 0.700
#> GSM827739     1  0.3539     0.7750 0.820 0.004 0.000 0.176
#> GSM827740     4  0.3301     0.6132 0.088 0.012 0.020 0.880
#> GSM827741     4  0.2196     0.6348 0.016 0.016 0.032 0.936
#> GSM827742     4  0.4605     0.2145 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM827743     4  0.5180     0.6363 0.000 0.196 0.064 0.740
#> GSM827744     2  0.4327     0.4716 0.000 0.768 0.016 0.216
#> GSM827745     4  0.5213     0.6039 0.000 0.052 0.224 0.724
#> GSM827746     2  0.7175     0.3445 0.000 0.556 0.224 0.220
#> GSM827747     3  0.2546     0.7535 0.000 0.028 0.912 0.060
#> GSM827748     3  0.3390     0.6511 0.000 0.132 0.852 0.016
#> GSM827749     3  0.6324     0.2310 0.000 0.400 0.536 0.064
#> GSM827750     3  0.1256     0.7413 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM827751     2  0.4137     0.5336 0.000 0.780 0.208 0.012
#> GSM827752     2  0.2814     0.5535 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM827753     3  0.2101     0.7518 0.000 0.012 0.928 0.060
#> GSM827754     4  0.6110     0.5631 0.000 0.100 0.240 0.660
#> GSM827755     2  0.7278     0.2705 0.000 0.508 0.168 0.324
#> GSM827756     2  0.2300     0.5930 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM827757     4  0.5512     0.5270 0.000 0.040 0.300 0.660
#> GSM827758     4  0.4205     0.6680 0.000 0.124 0.056 0.820
#> GSM827759     4  0.2781     0.6094 0.072 0.016 0.008 0.904
#> GSM827760     1  0.7319     0.3896 0.460 0.156 0.000 0.384
#> GSM827761     3  0.5512     0.4741 0.000 0.040 0.660 0.300
#> GSM827762     3  0.4285     0.7050 0.000 0.040 0.804 0.156
#> GSM827763     2  0.7227     0.1930 0.000 0.484 0.368 0.148
#> GSM827764     3  0.4511     0.6880 0.000 0.040 0.784 0.176
#> GSM827765     2  0.7449     0.2478 0.000 0.500 0.292 0.208
#> GSM827766     3  0.4401     0.7207 0.000 0.076 0.812 0.112
#> GSM827767     2  0.6887     0.2581 0.000 0.528 0.356 0.116
#> GSM827768     2  0.3708     0.5691 0.000 0.832 0.148 0.020
#> GSM827769     3  0.6376     0.1434 0.000 0.432 0.504 0.064
#> GSM827770     2  0.3908     0.5343 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM827771     2  0.7325     0.3087 0.000 0.532 0.232 0.236
#> GSM827772     4  0.6112     0.5632 0.000 0.096 0.248 0.656
#> GSM827773     3  0.3166     0.6657 0.000 0.116 0.868 0.016
#> GSM827774     2  0.3450     0.5654 0.000 0.836 0.156 0.008
#> GSM827775     3  0.3542     0.6537 0.000 0.120 0.852 0.028
#> GSM827776     2  0.7128     0.2054 0.000 0.492 0.372 0.136
#> GSM827777     2  0.3157     0.5707 0.000 0.852 0.144 0.004
#> GSM827778     2  0.4103     0.4722 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM827779     2  0.3266     0.5366 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM827780     4  0.6233     0.5631 0.000 0.124 0.216 0.660
#> GSM827781     2  0.2773     0.5647 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM827782     2  0.1722     0.5906 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM827783     1  0.7121     0.5259 0.540 0.160 0.000 0.300
#> GSM827784     4  0.3341     0.6141 0.084 0.012 0.024 0.880
#> GSM827785     1  0.4630     0.7047 0.732 0.016 0.000 0.252
#> GSM827786     2  0.4933     0.2520 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM827787     4  0.5334     0.6372 0.000 0.172 0.088 0.740
#> GSM827788     4  0.4332     0.6421 0.000 0.176 0.032 0.792
#> GSM827789     2  0.4955     0.2500 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM827790     4  0.5742     0.5537 0.000 0.060 0.276 0.664
#> GSM827791     2  0.4716     0.5428 0.000 0.764 0.196 0.040
#> GSM827792     2  0.3123     0.5434 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM827793     2  0.1356     0.5946 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM827794     4  0.5122     0.6462 0.000 0.164 0.080 0.756
#> GSM827795     2  0.7323     0.1987 0.000 0.484 0.352 0.164
#> GSM827796     3  0.4237     0.7080 0.000 0.040 0.808 0.152
#> GSM827797     4  0.5489     0.5360 0.000 0.040 0.296 0.664
#> GSM827798     3  0.1743     0.7509 0.000 0.004 0.940 0.056
#> GSM827799     3  0.0336     0.7414 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827800     4  0.5409     0.2999 0.000 0.012 0.492 0.496
#> GSM827801     3  0.0336     0.7359 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827802     2  0.7478     0.2737 0.000 0.504 0.256 0.240
#> GSM827803     1  0.6501     0.6132 0.616 0.116 0.000 0.268
#> GSM827804     3  0.4609     0.6990 0.000 0.056 0.788 0.156

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     3  0.5267     0.6584 0.116 0.044 0.756 0.068 0.016
#> GSM827666     1  0.6066     0.1345 0.536 0.000 0.364 0.084 0.016
#> GSM827667     1  0.4291     0.0081 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.3956     0.6649 0.108 0.004 0.808 0.080 0.000
#> GSM827669     3  0.4454     0.6520 0.128 0.000 0.760 0.112 0.000
#> GSM827670     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827671     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827672     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827673     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1364     0.8868 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM827675     3  0.6260     0.2447 0.408 0.000 0.476 0.104 0.012
#> GSM827676     4  0.3633     0.5254 0.036 0.008 0.100 0.844 0.012
#> GSM827677     1  0.2217     0.8577 0.920 0.000 0.024 0.044 0.012
#> GSM827678     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827680     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827681     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827682     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827683     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827684     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827685     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827686     1  0.0404     0.9099 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827687     1  0.0404     0.9156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827688     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0404     0.9099 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0290     0.9120 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827695     1  0.0404     0.9099 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827696     4  0.4478     0.5378 0.000 0.088 0.144 0.764 0.004
#> GSM827697     3  0.6084     0.6453 0.120 0.072 0.700 0.092 0.016
#> GSM827698     3  0.5509     0.5552 0.248 0.000 0.644 0.104 0.004
#> GSM827699     3  0.6005     0.5999 0.168 0.000 0.624 0.196 0.012
#> GSM827700     4  0.4094     0.4732 0.064 0.000 0.120 0.804 0.012
#> GSM827701     4  0.3271     0.5613 0.004 0.020 0.100 0.860 0.016
#> GSM827702     2  0.5591     0.5557 0.000 0.684 0.200 0.084 0.032
#> GSM827703     3  0.2522     0.5865 0.000 0.108 0.880 0.012 0.000
#> GSM827704     2  0.5354     0.1849 0.000 0.692 0.020 0.080 0.208
#> GSM827705     3  0.5001     0.6560 0.124 0.040 0.768 0.056 0.012
#> GSM827706     4  0.5324     0.6034 0.000 0.232 0.072 0.680 0.016
#> GSM827707     3  0.6214     0.4757 0.288 0.000 0.568 0.132 0.012
#> GSM827708     2  0.3634     0.4864 0.000 0.844 0.020 0.080 0.056
#> GSM827709     3  0.7405     0.1007 0.000 0.028 0.344 0.284 0.344
#> GSM827710     2  0.4420     0.4042 0.000 0.548 0.448 0.000 0.004
#> GSM827711     2  0.2095     0.6385 0.000 0.920 0.060 0.008 0.012
#> GSM827712     3  0.4702    -0.1791 0.000 0.432 0.552 0.000 0.016
#> GSM827713     2  0.4797     0.3761 0.000 0.736 0.008 0.176 0.080
#> GSM827714     2  0.2928     0.5369 0.000 0.872 0.000 0.064 0.064
#> GSM827715     5  0.4143     0.5720 0.000 0.084 0.100 0.012 0.804
#> GSM827716     3  0.3143     0.4784 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.1682     0.6059 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> GSM827718     2  0.2072     0.6120 0.000 0.928 0.016 0.036 0.020
#> GSM827719     2  0.4464     0.5555 0.000 0.632 0.356 0.008 0.004
#> GSM827720     4  0.7130     0.2774 0.000 0.256 0.028 0.472 0.244
#> GSM827721     5  0.3209     0.5956 0.000 0.060 0.068 0.008 0.864
#> GSM827722     3  0.3003     0.4934 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM827723     3  0.6101     0.3088 0.000 0.040 0.560 0.056 0.344
#> GSM827724     2  0.4425     0.6093 0.000 0.680 0.296 0.000 0.024
#> GSM827725     2  0.5903    -0.3558 0.000 0.468 0.028 0.460 0.044
#> GSM827726     3  0.4858     0.6584 0.080 0.024 0.780 0.100 0.016
#> GSM827727     4  0.3880     0.6443 0.000 0.184 0.028 0.784 0.004
#> GSM827728     4  0.7226    -0.0393 0.000 0.260 0.020 0.380 0.340
#> GSM827729     2  0.5611    -0.1833 0.000 0.572 0.020 0.044 0.364
#> GSM827730     5  0.6975     0.3951 0.000 0.332 0.020 0.196 0.452
#> GSM827731     2  0.3999     0.6413 0.000 0.740 0.240 0.000 0.020
#> GSM827732     2  0.3942     0.6448 0.000 0.748 0.232 0.000 0.020
#> GSM827733     2  0.4135     0.5765 0.000 0.656 0.340 0.000 0.004
#> GSM827734     5  0.2537     0.6225 0.000 0.056 0.016 0.024 0.904
#> GSM827735     2  0.4437     0.5975 0.000 0.664 0.316 0.000 0.020
#> GSM827736     2  0.1116     0.6172 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> GSM827737     2  0.5528     0.5912 0.000 0.644 0.216 0.000 0.140
#> GSM827738     4  0.5626     0.5523 0.000 0.248 0.008 0.640 0.104
#> GSM827739     1  0.5282     0.5405 0.680 0.000 0.076 0.232 0.012
#> GSM827740     4  0.2255     0.5952 0.008 0.012 0.060 0.916 0.004
#> GSM827741     4  0.2619     0.6034 0.004 0.024 0.072 0.896 0.004
#> GSM827742     4  0.5178    -0.1906 0.000 0.032 0.448 0.516 0.004
#> GSM827743     4  0.5078     0.4903 0.000 0.388 0.032 0.576 0.004
#> GSM827744     2  0.6660     0.3456 0.000 0.464 0.320 0.212 0.004
#> GSM827745     4  0.4861     0.6022 0.000 0.204 0.024 0.728 0.044
#> GSM827746     2  0.1989     0.6166 0.000 0.932 0.016 0.032 0.020
#> GSM827747     5  0.4624     0.5988 0.000 0.340 0.000 0.024 0.636
#> GSM827748     5  0.4294     0.5823 0.000 0.112 0.084 0.012 0.792
#> GSM827749     2  0.5064     0.4276 0.000 0.680 0.088 0.000 0.232
#> GSM827750     5  0.4521     0.6447 0.000 0.248 0.012 0.024 0.716
#> GSM827751     2  0.4026     0.6397 0.000 0.736 0.244 0.000 0.020
#> GSM827752     3  0.3300     0.4790 0.000 0.204 0.792 0.004 0.000
#> GSM827753     5  0.4637     0.6313 0.000 0.292 0.004 0.028 0.676
#> GSM827754     4  0.6366     0.4692 0.000 0.300 0.020 0.556 0.124
#> GSM827755     2  0.4467     0.5966 0.000 0.780 0.076 0.128 0.016
#> GSM827756     2  0.5357     0.5099 0.000 0.580 0.372 0.020 0.028
#> GSM827757     4  0.6720     0.3996 0.000 0.232 0.024 0.544 0.200
#> GSM827758     4  0.3477     0.6491 0.000 0.136 0.040 0.824 0.000
#> GSM827759     4  0.3169     0.5768 0.012 0.020 0.100 0.864 0.004
#> GSM827760     3  0.6357     0.3832 0.116 0.000 0.476 0.396 0.012
#> GSM827761     5  0.7232     0.2035 0.000 0.288 0.020 0.296 0.396
#> GSM827762     5  0.6485     0.5089 0.000 0.368 0.020 0.116 0.496
#> GSM827763     2  0.2027     0.6019 0.000 0.928 0.008 0.024 0.040
#> GSM827764     5  0.6696     0.4396 0.000 0.416 0.020 0.136 0.428
#> GSM827765     2  0.1836     0.6081 0.000 0.936 0.008 0.040 0.016
#> GSM827766     5  0.5236     0.4021 0.000 0.464 0.000 0.044 0.492
#> GSM827767     2  0.2077     0.6286 0.000 0.920 0.040 0.000 0.040
#> GSM827768     2  0.4757     0.5246 0.000 0.596 0.380 0.000 0.024
#> GSM827769     2  0.4237     0.5381 0.000 0.772 0.076 0.000 0.152
#> GSM827770     2  0.4339     0.6123 0.000 0.684 0.296 0.000 0.020
#> GSM827771     2  0.2395     0.6032 0.000 0.912 0.016 0.048 0.024
#> GSM827772     4  0.6683     0.4262 0.000 0.316 0.028 0.520 0.136
#> GSM827773     5  0.3817     0.5846 0.000 0.084 0.084 0.008 0.824
#> GSM827774     2  0.4323     0.5861 0.000 0.656 0.332 0.000 0.012
#> GSM827775     5  0.4143     0.5720 0.000 0.084 0.100 0.012 0.804
#> GSM827776     2  0.1770     0.6019 0.000 0.936 0.008 0.008 0.048
#> GSM827777     2  0.4047     0.5963 0.000 0.676 0.320 0.000 0.004
#> GSM827778     3  0.4164     0.6379 0.000 0.096 0.784 0.120 0.000
#> GSM827779     3  0.4214     0.4851 0.000 0.196 0.764 0.028 0.012
#> GSM827780     4  0.5857     0.5325 0.000 0.300 0.032 0.608 0.060
#> GSM827781     2  0.6250     0.2726 0.000 0.452 0.440 0.092 0.016
#> GSM827782     2  0.5320     0.3581 0.000 0.508 0.452 0.028 0.012
#> GSM827783     3  0.6691     0.4657 0.184 0.000 0.492 0.312 0.012
#> GSM827784     4  0.2642     0.5941 0.016 0.016 0.064 0.900 0.004
#> GSM827785     1  0.6249     0.2458 0.516 0.000 0.100 0.368 0.016
#> GSM827786     3  0.4666     0.4061 0.000 0.016 0.572 0.412 0.000
#> GSM827787     4  0.3916     0.6168 0.000 0.256 0.012 0.732 0.000
#> GSM827788     4  0.5355     0.5673 0.000 0.124 0.156 0.704 0.016
#> GSM827789     3  0.5778     0.3515 0.000 0.080 0.524 0.392 0.004
#> GSM827790     4  0.6320     0.4921 0.000 0.264 0.020 0.580 0.136
#> GSM827791     2  0.4715     0.6041 0.000 0.672 0.296 0.012 0.020
#> GSM827792     3  0.3737     0.4541 0.000 0.224 0.764 0.008 0.004
#> GSM827793     2  0.4965     0.4676 0.000 0.568 0.404 0.024 0.004
#> GSM827794     4  0.4026     0.6292 0.000 0.244 0.020 0.736 0.000
#> GSM827795     2  0.1854     0.6041 0.000 0.936 0.008 0.020 0.036
#> GSM827796     5  0.6179     0.5206 0.000 0.368 0.008 0.112 0.512
#> GSM827797     4  0.6465     0.4396 0.000 0.220 0.020 0.576 0.184
#> GSM827798     5  0.4678     0.6281 0.000 0.300 0.004 0.028 0.668
#> GSM827799     5  0.3002     0.6383 0.000 0.116 0.000 0.028 0.856
#> GSM827800     5  0.6384    -0.0602 0.000 0.084 0.028 0.416 0.472
#> GSM827801     5  0.2153     0.6079 0.000 0.040 0.044 0.000 0.916
#> GSM827802     2  0.3294     0.5742 0.000 0.868 0.048 0.056 0.028
#> GSM827803     3  0.6847     0.4178 0.292 0.000 0.472 0.224 0.012
#> GSM827804     2  0.5948    -0.3682 0.000 0.504 0.020 0.060 0.416

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     3  0.4746     0.6774 0.048 0.068 0.752 0.000 0.012 0.120
#> GSM827666     3  0.5741     0.5242 0.256 0.000 0.588 0.004 0.020 0.132
#> GSM827667     3  0.3724     0.5773 0.268 0.000 0.716 0.000 0.012 0.004
#> GSM827668     3  0.2263     0.6955 0.036 0.032 0.912 0.000 0.008 0.012
#> GSM827669     3  0.2850     0.6883 0.060 0.016 0.880 0.000 0.012 0.032
#> GSM827670     1  0.0547     0.9445 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM827671     1  0.0547     0.9445 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM827672     1  0.0547     0.9445 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM827673     1  0.0551     0.9449 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> GSM827674     1  0.3589     0.6987 0.768 0.000 0.208 0.004 0.012 0.008
#> GSM827675     3  0.4264     0.5878 0.232 0.000 0.716 0.000 0.016 0.036
#> GSM827676     6  0.3270     0.5807 0.024 0.000 0.112 0.008 0.016 0.840
#> GSM827677     1  0.4935     0.6049 0.700 0.000 0.164 0.004 0.016 0.116
#> GSM827678     1  0.0405     0.9447 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM827679     1  0.0363     0.9459 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827680     1  0.0458     0.9454 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM827681     1  0.0363     0.9459 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827682     1  0.0458     0.9454 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM827683     1  0.0363     0.9459 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827684     1  0.0363     0.9459 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM827685     1  0.0260     0.9461 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827686     1  0.0810     0.9413 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827687     1  0.0458     0.9454 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM827688     1  0.0810     0.9413 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827689     1  0.0291     0.9452 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM827690     1  0.0810     0.9413 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827691     1  0.0260     0.9461 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM827692     1  0.0810     0.9413 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827693     1  0.0810     0.9413 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827694     1  0.0798     0.9445 0.976 0.000 0.004 0.004 0.012 0.004
#> GSM827695     1  0.0810     0.9429 0.976 0.000 0.008 0.004 0.008 0.004
#> GSM827696     6  0.6643     0.6101 0.000 0.100 0.136 0.108 0.048 0.608
#> GSM827697     3  0.5520     0.6405 0.048 0.088 0.692 0.004 0.016 0.152
#> GSM827698     3  0.3116     0.6818 0.088 0.008 0.856 0.000 0.012 0.036
#> GSM827699     3  0.4864     0.6246 0.064 0.012 0.700 0.000 0.016 0.208
#> GSM827700     6  0.3565     0.5717 0.032 0.000 0.116 0.012 0.016 0.824
#> GSM827701     6  0.3234     0.6007 0.000 0.008 0.116 0.020 0.016 0.840
#> GSM827702     2  0.7560     0.4357 0.000 0.480 0.148 0.136 0.040 0.196
#> GSM827703     3  0.2196     0.6789 0.000 0.108 0.884 0.000 0.004 0.004
#> GSM827704     4  0.3481     0.5588 0.000 0.228 0.000 0.756 0.004 0.012
#> GSM827705     3  0.4761     0.6823 0.060 0.072 0.756 0.000 0.012 0.100
#> GSM827706     6  0.5362     0.6030 0.000 0.092 0.068 0.076 0.040 0.724
#> GSM827707     3  0.3935     0.6419 0.128 0.000 0.788 0.000 0.020 0.064
#> GSM827708     2  0.4545     0.5720 0.000 0.660 0.004 0.288 0.004 0.044
#> GSM827709     5  0.6837     0.2966 0.000 0.008 0.172 0.076 0.504 0.240
#> GSM827710     2  0.2730     0.6837 0.000 0.864 0.108 0.004 0.020 0.004
#> GSM827711     2  0.3935     0.6931 0.000 0.784 0.008 0.156 0.016 0.036
#> GSM827712     2  0.4555     0.3482 0.000 0.628 0.328 0.000 0.036 0.008
#> GSM827713     2  0.6189     0.5211 0.000 0.572 0.028 0.272 0.032 0.096
#> GSM827714     2  0.5026     0.6219 0.000 0.688 0.020 0.224 0.032 0.036
#> GSM827715     5  0.2231     0.7230 0.000 0.068 0.004 0.028 0.900 0.000
#> GSM827716     3  0.3799     0.5575 0.000 0.280 0.704 0.000 0.008 0.008
#> GSM827717     2  0.4391     0.6488 0.000 0.716 0.004 0.228 0.020 0.032
#> GSM827718     2  0.6040     0.5816 0.000 0.604 0.036 0.248 0.032 0.080
#> GSM827719     2  0.3951     0.6780 0.000 0.792 0.136 0.004 0.036 0.032
#> GSM827720     4  0.2425     0.6285 0.000 0.004 0.000 0.884 0.024 0.088
#> GSM827721     5  0.2404     0.6975 0.000 0.036 0.000 0.080 0.884 0.000
#> GSM827722     3  0.3876     0.5934 0.000 0.244 0.728 0.000 0.016 0.012
#> GSM827723     5  0.5968     0.1458 0.000 0.092 0.384 0.004 0.488 0.032
#> GSM827724     2  0.3017     0.6917 0.000 0.860 0.088 0.008 0.036 0.008
#> GSM827725     6  0.7617     0.0903 0.000 0.280 0.052 0.292 0.040 0.336
#> GSM827726     3  0.4509     0.6706 0.032 0.064 0.764 0.000 0.012 0.128
#> GSM827727     6  0.5931     0.5461 0.000 0.056 0.052 0.216 0.040 0.636
#> GSM827728     4  0.2822     0.6363 0.000 0.008 0.000 0.868 0.056 0.068
#> GSM827729     4  0.4742     0.5802 0.000 0.172 0.004 0.716 0.092 0.016
#> GSM827730     4  0.2412     0.6381 0.000 0.028 0.000 0.880 0.092 0.000
#> GSM827731     2  0.1346     0.7236 0.000 0.952 0.016 0.024 0.008 0.000
#> GSM827732     2  0.1667     0.7253 0.000 0.940 0.012 0.032 0.008 0.008
#> GSM827733     2  0.2517     0.6943 0.000 0.876 0.100 0.000 0.016 0.008
#> GSM827734     5  0.4394     0.1218 0.000 0.020 0.004 0.408 0.568 0.000
#> GSM827735     2  0.2373     0.6978 0.000 0.888 0.084 0.000 0.024 0.004
#> GSM827736     2  0.3394     0.6643 0.000 0.776 0.000 0.200 0.000 0.024
#> GSM827737     2  0.3079     0.6812 0.000 0.848 0.044 0.004 0.100 0.004
#> GSM827738     4  0.5625     0.0406 0.000 0.040 0.028 0.492 0.016 0.424
#> GSM827739     1  0.5421     0.3590 0.572 0.000 0.104 0.000 0.012 0.312
#> GSM827740     6  0.3611     0.6406 0.000 0.000 0.072 0.104 0.012 0.812
#> GSM827741     6  0.3955     0.6233 0.000 0.000 0.064 0.148 0.012 0.776
#> GSM827742     6  0.5428     0.3831 0.000 0.012 0.356 0.040 0.028 0.564
#> GSM827743     6  0.7291     0.3313 0.000 0.264 0.052 0.188 0.040 0.456
#> GSM827744     2  0.7742     0.1207 0.000 0.416 0.156 0.100 0.048 0.280
#> GSM827745     4  0.4525    -0.0529 0.000 0.004 0.008 0.528 0.012 0.448
#> GSM827746     2  0.5236     0.6391 0.000 0.692 0.028 0.196 0.032 0.052
#> GSM827747     4  0.5758     0.3720 0.000 0.156 0.004 0.532 0.304 0.004
#> GSM827748     5  0.3170     0.7022 0.000 0.104 0.008 0.040 0.844 0.004
#> GSM827749     2  0.5149     0.5874 0.000 0.696 0.024 0.128 0.144 0.008
#> GSM827750     4  0.5534     0.2880 0.000 0.088 0.008 0.540 0.356 0.008
#> GSM827751     2  0.1346     0.7240 0.000 0.952 0.016 0.024 0.008 0.000
#> GSM827752     3  0.4379     0.5456 0.000 0.292 0.668 0.000 0.024 0.016
#> GSM827753     4  0.5375     0.3867 0.000 0.100 0.004 0.564 0.328 0.004
#> GSM827754     4  0.4057     0.5639 0.000 0.048 0.004 0.772 0.016 0.160
#> GSM827755     2  0.6111     0.5816 0.000 0.644 0.060 0.116 0.032 0.148
#> GSM827756     2  0.4229     0.6157 0.000 0.760 0.160 0.000 0.032 0.048
#> GSM827757     4  0.2755     0.6087 0.000 0.000 0.004 0.844 0.012 0.140
#> GSM827758     6  0.3917     0.6014 0.000 0.032 0.012 0.204 0.000 0.752
#> GSM827759     6  0.4507     0.6169 0.000 0.000 0.088 0.156 0.020 0.736
#> GSM827760     3  0.5668     0.1234 0.052 0.000 0.496 0.008 0.032 0.412
#> GSM827761     4  0.2543     0.6429 0.000 0.016 0.004 0.892 0.064 0.024
#> GSM827762     4  0.3593     0.6196 0.000 0.064 0.004 0.800 0.132 0.000
#> GSM827763     2  0.4156     0.6568 0.000 0.744 0.004 0.204 0.020 0.028
#> GSM827764     4  0.3649     0.6273 0.000 0.112 0.000 0.800 0.084 0.004
#> GSM827765     2  0.5334     0.6024 0.000 0.648 0.020 0.256 0.032 0.044
#> GSM827766     4  0.5182     0.5280 0.000 0.152 0.004 0.648 0.192 0.004
#> GSM827767     2  0.3183     0.6867 0.000 0.812 0.000 0.164 0.008 0.016
#> GSM827768     2  0.3460     0.6688 0.000 0.824 0.120 0.008 0.040 0.008
#> GSM827769     2  0.3714     0.6971 0.000 0.808 0.024 0.116 0.052 0.000
#> GSM827770     2  0.2426     0.7092 0.000 0.896 0.068 0.012 0.020 0.004
#> GSM827771     2  0.6168     0.5715 0.000 0.592 0.036 0.252 0.036 0.084
#> GSM827772     4  0.3778     0.5699 0.000 0.048 0.008 0.812 0.020 0.112
#> GSM827773     5  0.2350     0.7191 0.000 0.076 0.000 0.036 0.888 0.000
#> GSM827774     2  0.2627     0.6980 0.000 0.880 0.084 0.008 0.024 0.004
#> GSM827775     5  0.2231     0.7230 0.000 0.068 0.004 0.028 0.900 0.000
#> GSM827776     2  0.3594     0.6610 0.000 0.768 0.000 0.204 0.008 0.020
#> GSM827777     2  0.2036     0.7069 0.000 0.912 0.064 0.000 0.016 0.008
#> GSM827778     3  0.2724     0.6683 0.000 0.064 0.880 0.000 0.024 0.032
#> GSM827779     3  0.5063     0.5875 0.000 0.248 0.644 0.000 0.012 0.096
#> GSM827780     4  0.5435     0.2427 0.000 0.048 0.016 0.596 0.024 0.316
#> GSM827781     2  0.7468     0.1037 0.000 0.380 0.288 0.044 0.040 0.248
#> GSM827782     2  0.6052     0.3864 0.000 0.556 0.296 0.008 0.040 0.100
#> GSM827783     3  0.5599     0.2083 0.060 0.000 0.536 0.004 0.032 0.368
#> GSM827784     6  0.4046     0.6216 0.000 0.000 0.068 0.152 0.012 0.768
#> GSM827785     6  0.4807     0.4385 0.176 0.000 0.100 0.000 0.020 0.704
#> GSM827786     6  0.5121     0.1244 0.000 0.016 0.456 0.016 0.020 0.492
#> GSM827787     6  0.6169     0.3036 0.000 0.044 0.040 0.404 0.036 0.476
#> GSM827788     6  0.5493     0.6015 0.000 0.044 0.120 0.080 0.048 0.708
#> GSM827789     6  0.6782     0.3769 0.000 0.056 0.364 0.064 0.052 0.464
#> GSM827790     4  0.3951     0.5112 0.000 0.016 0.008 0.736 0.008 0.232
#> GSM827791     2  0.4308     0.6984 0.000 0.796 0.088 0.044 0.032 0.040
#> GSM827792     3  0.4585     0.5260 0.000 0.272 0.672 0.000 0.028 0.028
#> GSM827793     2  0.5690     0.6155 0.000 0.676 0.172 0.060 0.044 0.048
#> GSM827794     6  0.6422     0.4620 0.000 0.080 0.044 0.296 0.036 0.544
#> GSM827795     2  0.3845     0.6607 0.000 0.756 0.000 0.204 0.012 0.028
#> GSM827796     4  0.4113     0.6094 0.000 0.084 0.004 0.764 0.144 0.004
#> GSM827797     4  0.3192     0.5482 0.000 0.000 0.004 0.776 0.004 0.216
#> GSM827798     4  0.5371     0.3784 0.000 0.096 0.004 0.556 0.340 0.004
#> GSM827799     4  0.4780     0.2566 0.000 0.044 0.004 0.544 0.408 0.000
#> GSM827800     4  0.4963     0.4233 0.000 0.000 0.008 0.664 0.212 0.116
#> GSM827801     5  0.3733     0.4390 0.000 0.008 0.004 0.288 0.700 0.000
#> GSM827802     2  0.5296     0.5098 0.000 0.568 0.012 0.356 0.012 0.052
#> GSM827803     3  0.5952     0.3045 0.128 0.000 0.524 0.000 0.028 0.320
#> GSM827804     4  0.4581     0.5856 0.000 0.144 0.004 0.728 0.116 0.008

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> MAD:kmeans 135         9.58e-17 2
#> MAD:kmeans  82         7.34e-13 3
#> MAD:kmeans  98         5.76e-13 4
#> MAD:kmeans  95         1.59e-12 5
#> MAD:kmeans 110         1.80e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.955           0.949       0.978         0.4955 0.503   0.503
#> 3 3 0.673           0.802       0.876         0.3268 0.760   0.556
#> 4 4 0.664           0.766       0.840         0.1228 0.825   0.549
#> 5 5 0.657           0.592       0.763         0.0642 0.909   0.678
#> 6 6 0.663           0.430       0.687         0.0396 0.881   0.536

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827666     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827667     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827668     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827669     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827670     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827671     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827672     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827673     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827674     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827675     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827676     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827677     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827678     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827679     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827680     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827681     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827682     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827683     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827684     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827685     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827686     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827687     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827688     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827689     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827690     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827691     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827692     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827693     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827694     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827695     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827696     1   0.971      0.339 0.600 0.400
#> GSM827697     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827698     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827699     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827700     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827701     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827702     2   0.118      0.971 0.016 0.984
#> GSM827703     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827704     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827705     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827706     2   0.760      0.714 0.220 0.780
#> GSM827707     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827708     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827709     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827710     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827711     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827712     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827713     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827714     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827715     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827716     1   0.955      0.431 0.624 0.376
#> GSM827717     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827718     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827719     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827720     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827721     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827722     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827723     1   0.118      0.952 0.984 0.016
#> GSM827724     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827725     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827726     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827727     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827728     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827729     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827730     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827731     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827732     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827733     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827734     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827735     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827736     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827737     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827738     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827739     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827740     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827741     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827742     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827743     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827744     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827745     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827746     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827747     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827748     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827749     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827750     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827751     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827752     1   0.680      0.775 0.820 0.180
#> GSM827753     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827754     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827755     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827756     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827757     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827758     2   0.722      0.745 0.200 0.800
#> GSM827759     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827760     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827761     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827762     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827763     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827764     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827765     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827766     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827767     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827768     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827769     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827770     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827771     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827772     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827773     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827774     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827775     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827776     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827777     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827778     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827779     1   0.958      0.422 0.620 0.380
#> GSM827780     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827781     2   0.900      0.517 0.316 0.684
#> GSM827782     2   0.224      0.951 0.036 0.964
#> GSM827783     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827784     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827785     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827786     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827787     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827788     1   0.388      0.895 0.924 0.076
#> GSM827789     1   0.921      0.514 0.664 0.336
#> GSM827790     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827791     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827792     1   0.833      0.654 0.736 0.264
#> GSM827793     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827794     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827795     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827796     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827797     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827798     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827799     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827800     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827801     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827802     2   0.000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827803     1   0.000      0.966 1.000 0.000
#> GSM827804     2   0.000      0.986 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> GSM827668     1  0.0592      0.957 0.988 0.000 0.012
#> GSM827669     1  0.0592      0.957 0.988 0.000 0.012
#> GSM827670     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> GSM827676     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.7648      0.606 0.048 0.552 0.400
#> GSM827697     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> GSM827699     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.3116      0.870 0.892 0.000 0.108
#> GSM827702     2  0.3434      0.773 0.032 0.904 0.064
#> GSM827703     3  0.5706      0.506 0.320 0.000 0.680
#> GSM827704     2  0.0237      0.781 0.000 0.996 0.004
#> GSM827705     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.7739      0.637 0.188 0.676 0.136
#> GSM827707     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827709     1  0.1015      0.951 0.980 0.012 0.008
#> GSM827710     3  0.5706      0.825 0.000 0.320 0.680
#> GSM827711     2  0.5810     -0.155 0.000 0.664 0.336
#> GSM827712     3  0.5706      0.825 0.000 0.320 0.680
#> GSM827713     2  0.5254      0.744 0.000 0.736 0.264
#> GSM827714     2  0.1753      0.780 0.000 0.952 0.048
#> GSM827715     3  0.6225      0.740 0.000 0.432 0.568
#> GSM827716     3  0.5706      0.825 0.000 0.320 0.680
#> GSM827717     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.2165      0.779 0.000 0.936 0.064
#> GSM827719     3  0.5327      0.804 0.000 0.272 0.728
#> GSM827720     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827721     2  0.1411      0.737 0.000 0.964 0.036
#> GSM827722     3  0.5706      0.506 0.320 0.000 0.680
#> GSM827723     3  0.9007      0.634 0.268 0.180 0.552
#> GSM827724     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827725     2  0.5733      0.725 0.000 0.676 0.324
#> GSM827726     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827727     2  0.5929      0.724 0.004 0.676 0.320
#> GSM827728     2  0.3412      0.778 0.000 0.876 0.124
#> GSM827729     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.2959      0.782 0.000 0.900 0.100
#> GSM827731     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827732     3  0.6244      0.721 0.000 0.440 0.560
#> GSM827733     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827734     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827736     2  0.0237      0.778 0.000 0.996 0.004
#> GSM827737     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827738     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827739     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.5098      0.724 0.752 0.000 0.248
#> GSM827741     1  0.5760      0.629 0.672 0.000 0.328
#> GSM827742     1  0.6062      0.555 0.616 0.000 0.384
#> GSM827743     2  0.5733      0.725 0.000 0.676 0.324
#> GSM827744     3  0.2165      0.533 0.000 0.064 0.936
#> GSM827745     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827746     2  0.2537      0.779 0.000 0.920 0.080
#> GSM827747     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     3  0.6244      0.734 0.000 0.440 0.560
#> GSM827749     3  0.6309      0.636 0.000 0.500 0.500
#> GSM827750     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827752     3  0.7568      0.763 0.108 0.212 0.680
#> GSM827753     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827755     2  0.5678      0.729 0.000 0.684 0.316
#> GSM827756     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827757     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827758     2  0.5929      0.724 0.004 0.676 0.320
#> GSM827759     1  0.5465      0.681 0.712 0.000 0.288
#> GSM827760     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.3482      0.777 0.000 0.872 0.128
#> GSM827762     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.0237      0.778 0.000 0.996 0.004
#> GSM827766     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.0237      0.778 0.000 0.996 0.004
#> GSM827768     3  0.5706      0.825 0.000 0.320 0.680
#> GSM827769     3  0.6305      0.666 0.000 0.484 0.516
#> GSM827770     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827771     2  0.4178      0.769 0.000 0.828 0.172
#> GSM827772     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827773     3  0.6252      0.729 0.000 0.444 0.556
#> GSM827774     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827775     3  0.6225      0.740 0.000 0.432 0.568
#> GSM827776     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     3  0.5760      0.826 0.000 0.328 0.672
#> GSM827778     3  0.5678      0.511 0.316 0.000 0.684
#> GSM827779     3  0.5902      0.824 0.004 0.316 0.680
#> GSM827780     2  0.3816      0.773 0.000 0.852 0.148
#> GSM827781     3  0.0892      0.577 0.000 0.020 0.980
#> GSM827782     3  0.4750      0.769 0.000 0.216 0.784
#> GSM827783     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.5138      0.720 0.748 0.000 0.252
#> GSM827785     1  0.0000      0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     3  0.2959      0.552 0.100 0.000 0.900
#> GSM827787     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827788     2  0.9955      0.334 0.304 0.380 0.316
#> GSM827789     3  0.1399      0.562 0.004 0.028 0.968
#> GSM827790     2  0.5706      0.726 0.000 0.680 0.320
#> GSM827791     3  0.6235      0.735 0.000 0.436 0.564
#> GSM827792     3  0.5698      0.803 0.012 0.252 0.736
#> GSM827793     3  0.3116      0.684 0.000 0.108 0.892
#> GSM827794     2  0.5733      0.725 0.000 0.676 0.324
#> GSM827795     2  0.0237      0.778 0.000 0.996 0.004
#> GSM827796     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     2  0.5678      0.728 0.000 0.684 0.316
#> GSM827798     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.5327      0.739 0.000 0.728 0.272
#> GSM827801     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.1289      0.781 0.000 0.968 0.032
#> GSM827803     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> GSM827804     2  0.0000      0.780 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.2530     0.8707 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM827666     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827667     1  0.3548     0.8531 0.864 0.000 0.068 0.068
#> GSM827668     1  0.5615     0.7136 0.716 0.000 0.188 0.096
#> GSM827669     1  0.5615     0.7136 0.716 0.000 0.188 0.096
#> GSM827670     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     1  0.4093     0.8266 0.832 0.000 0.072 0.096
#> GSM827676     1  0.1557     0.9008 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM827677     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827678     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827687     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827696     4  0.2521     0.7858 0.000 0.064 0.024 0.912
#> GSM827697     1  0.0376     0.9349 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM827698     1  0.4163     0.8242 0.828 0.000 0.076 0.096
#> GSM827699     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827700     1  0.0188     0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827701     1  0.4008     0.6564 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM827702     2  0.5692     0.7068 0.024 0.752 0.136 0.088
#> GSM827703     3  0.3372     0.7638 0.036 0.000 0.868 0.096
#> GSM827704     2  0.1389     0.7994 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM827705     1  0.2530     0.8707 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM827706     4  0.6854     0.6185 0.172 0.232 0.000 0.596
#> GSM827707     1  0.0927     0.9269 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM827708     2  0.0707     0.8118 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827709     1  0.7844     0.5274 0.596 0.204 0.076 0.124
#> GSM827710     3  0.1820     0.8326 0.000 0.020 0.944 0.036
#> GSM827711     2  0.5175     0.6865 0.000 0.760 0.120 0.120
#> GSM827712     3  0.0376     0.8354 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM827713     2  0.4585     0.4161 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM827714     2  0.4638     0.7164 0.000 0.776 0.180 0.044
#> GSM827715     2  0.5632     0.6137 0.000 0.712 0.196 0.092
#> GSM827716     3  0.2281     0.7907 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM827717     2  0.1059     0.8142 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM827718     2  0.4155     0.7643 0.000 0.828 0.100 0.072
#> GSM827719     3  0.2197     0.8454 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM827720     4  0.4522     0.6503 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM827721     2  0.1929     0.8022 0.000 0.940 0.036 0.024
#> GSM827722     3  0.0000     0.8343 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827723     1  0.9073     0.2728 0.468 0.236 0.172 0.124
#> GSM827724     3  0.4134     0.7043 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM827725     4  0.3942     0.7429 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM827726     1  0.2593     0.8721 0.892 0.000 0.104 0.004
#> GSM827727     4  0.2760     0.7986 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM827728     2  0.4730     0.2438 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM827729     2  0.0592     0.8125 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827730     2  0.2081     0.7717 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM827731     3  0.3907     0.7368 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM827732     2  0.4855     0.3380 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM827733     3  0.1940     0.8459 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM827734     2  0.0336     0.8122 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827735     3  0.3311     0.7996 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM827736     2  0.3743     0.7523 0.000 0.824 0.160 0.016
#> GSM827737     3  0.4543     0.6036 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM827738     4  0.3907     0.7465 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM827739     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.2704     0.7127 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM827741     4  0.0817     0.7433 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM827742     4  0.3037     0.6787 0.020 0.000 0.100 0.880
#> GSM827743     4  0.2760     0.7986 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM827744     4  0.6060     0.1645 0.000 0.044 0.440 0.516
#> GSM827745     4  0.2469     0.7960 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM827746     2  0.5279     0.6559 0.000 0.716 0.232 0.052
#> GSM827747     2  0.0188     0.8136 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827748     2  0.4538     0.6475 0.000 0.760 0.216 0.024
#> GSM827749     2  0.3123     0.7293 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM827750     2  0.1929     0.8029 0.000 0.940 0.036 0.024
#> GSM827751     3  0.4382     0.6395 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM827752     3  0.0921     0.8264 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM827753     2  0.0188     0.8129 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827754     4  0.4431     0.6810 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM827755     2  0.6564     0.2215 0.000 0.536 0.084 0.380
#> GSM827756     3  0.2197     0.8455 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM827757     4  0.2921     0.7962 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM827758     4  0.3172     0.7910 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM827759     4  0.1677     0.7303 0.040 0.000 0.012 0.948
#> GSM827760     1  0.1722     0.9106 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM827761     2  0.4008     0.5410 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM827762     2  0.1022     0.8075 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827763     2  0.0895     0.8126 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM827764     2  0.1118     0.8056 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM827765     2  0.3787     0.7678 0.000 0.840 0.124 0.036
#> GSM827766     2  0.0592     0.8125 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827767     2  0.3925     0.7347 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM827768     3  0.1940     0.8400 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM827769     2  0.3907     0.6644 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM827770     3  0.3528     0.7823 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM827771     2  0.6920     0.3196 0.000 0.552 0.132 0.316
#> GSM827772     4  0.3356     0.7851 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM827773     2  0.4387     0.6633 0.000 0.776 0.200 0.024
#> GSM827774     3  0.3266     0.8061 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM827775     2  0.5632     0.6137 0.000 0.712 0.196 0.092
#> GSM827776     2  0.2142     0.8079 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM827777     3  0.3688     0.7691 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM827778     3  0.3933     0.6957 0.008 0.000 0.792 0.200
#> GSM827779     3  0.2149     0.7982 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM827780     4  0.4134     0.5695 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM827781     3  0.3723     0.8218 0.024 0.048 0.872 0.056
#> GSM827782     3  0.2402     0.8453 0.000 0.076 0.912 0.012
#> GSM827783     1  0.0927     0.9269 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM827784     4  0.2814     0.7126 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM827785     1  0.0000     0.9371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.5163    -0.0564 0.004 0.000 0.480 0.516
#> GSM827787     4  0.2760     0.7986 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM827788     4  0.4113     0.7921 0.040 0.128 0.004 0.828
#> GSM827789     4  0.3837     0.5690 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM827790     4  0.4103     0.7321 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM827791     2  0.5156     0.6184 0.000 0.720 0.236 0.044
#> GSM827792     3  0.2345     0.7921 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM827793     3  0.4139     0.7639 0.000 0.040 0.816 0.144
#> GSM827794     4  0.2760     0.7986 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM827795     2  0.3813     0.7555 0.000 0.828 0.148 0.024
#> GSM827796     2  0.1022     0.8075 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827797     4  0.4522     0.6708 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM827798     2  0.0336     0.8130 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827799     2  0.0921     0.8088 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827800     4  0.4977     0.3616 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM827801     2  0.0921     0.8088 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827802     2  0.6013     0.5383 0.000 0.640 0.072 0.288
#> GSM827803     1  0.4010     0.8305 0.836 0.000 0.064 0.100
#> GSM827804     2  0.0817     0.8104 0.000 0.976 0.000 0.024

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.3895    0.70109 0.728 0.000 0.264 0.004 0.004
#> GSM827666     1  0.1571    0.87986 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> GSM827667     1  0.5430    0.67701 0.684 0.000 0.224 0.060 0.032
#> GSM827668     1  0.6282    0.34013 0.488 0.000 0.412 0.064 0.036
#> GSM827669     1  0.6481    0.32694 0.480 0.000 0.404 0.076 0.040
#> GSM827670     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0404    0.90158 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.4696    0.76227 0.772 0.000 0.128 0.068 0.032
#> GSM827676     1  0.3088    0.78181 0.828 0.004 0.000 0.164 0.004
#> GSM827677     1  0.0566    0.89977 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM827678     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000    0.90501 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.3071    0.68277 0.000 0.080 0.036 0.872 0.012
#> GSM827697     1  0.1638    0.87960 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> GSM827698     1  0.5543    0.66199 0.672 0.000 0.232 0.064 0.032
#> GSM827699     1  0.1502    0.88180 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> GSM827700     1  0.1365    0.88392 0.952 0.004 0.000 0.040 0.004
#> GSM827701     1  0.4415    0.57357 0.692 0.004 0.012 0.288 0.004
#> GSM827702     2  0.3152    0.62034 0.000 0.868 0.084 0.032 0.016
#> GSM827703     3  0.3625    0.63953 0.028 0.008 0.856 0.068 0.040
#> GSM827704     2  0.5211    0.27103 0.000 0.668 0.000 0.100 0.232
#> GSM827705     1  0.4015    0.67540 0.708 0.000 0.284 0.004 0.004
#> GSM827706     4  0.7131    0.47750 0.140 0.304 0.024 0.512 0.020
#> GSM827707     1  0.2237    0.86877 0.916 0.000 0.040 0.040 0.004
#> GSM827708     2  0.3724    0.48732 0.000 0.776 0.000 0.020 0.204
#> GSM827709     5  0.5066    0.46874 0.068 0.000 0.064 0.112 0.756
#> GSM827710     3  0.5808    0.41931 0.000 0.392 0.512 0.000 0.096
#> GSM827711     5  0.5903    0.08932 0.000 0.456 0.044 0.028 0.472
#> GSM827712     3  0.3454    0.69558 0.000 0.100 0.836 0.000 0.064
#> GSM827713     2  0.2859    0.59552 0.000 0.876 0.012 0.096 0.016
#> GSM827714     2  0.1913    0.65602 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020
#> GSM827715     5  0.1560    0.61159 0.000 0.020 0.028 0.004 0.948
#> GSM827716     3  0.3159    0.67135 0.000 0.016 0.872 0.056 0.056
#> GSM827717     2  0.3169    0.59094 0.000 0.840 0.004 0.016 0.140
#> GSM827718     2  0.2193    0.64022 0.000 0.920 0.028 0.044 0.008
#> GSM827719     3  0.4967    0.38190 0.000 0.436 0.540 0.008 0.016
#> GSM827720     4  0.6177    0.42303 0.000 0.232 0.000 0.556 0.212
#> GSM827721     5  0.1544    0.62624 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM827722     3  0.1728    0.70025 0.000 0.020 0.940 0.004 0.036
#> GSM827723     5  0.5064    0.41820 0.060 0.000 0.140 0.052 0.748
#> GSM827724     3  0.6287    0.45911 0.000 0.312 0.512 0.000 0.176
#> GSM827725     4  0.5051    0.39482 0.000 0.480 0.024 0.492 0.004
#> GSM827726     1  0.4305    0.66483 0.688 0.000 0.296 0.012 0.004
#> GSM827727     4  0.3462    0.70798 0.000 0.196 0.012 0.792 0.000
#> GSM827728     5  0.6742    0.20472 0.000 0.276 0.000 0.316 0.408
#> GSM827729     5  0.4525    0.49863 0.000 0.360 0.000 0.016 0.624
#> GSM827730     5  0.5673    0.37351 0.000 0.420 0.000 0.080 0.500
#> GSM827731     2  0.5410    0.00779 0.000 0.584 0.344 0.000 0.072
#> GSM827732     2  0.4595    0.46109 0.000 0.740 0.172 0.000 0.088
#> GSM827733     3  0.5708    0.46167 0.000 0.384 0.528 0.000 0.088
#> GSM827734     5  0.3957    0.56979 0.000 0.280 0.000 0.008 0.712
#> GSM827735     3  0.5938    0.45541 0.000 0.376 0.512 0.000 0.112
#> GSM827736     2  0.2570    0.64603 0.000 0.888 0.028 0.000 0.084
#> GSM827737     5  0.6729   -0.27680 0.000 0.348 0.256 0.000 0.396
#> GSM827738     4  0.4882    0.59600 0.000 0.328 0.004 0.636 0.032
#> GSM827739     1  0.0162    0.90357 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM827740     4  0.2646    0.63640 0.124 0.004 0.000 0.868 0.004
#> GSM827741     4  0.1251    0.66728 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> GSM827742     4  0.5375    0.48544 0.000 0.052 0.204 0.700 0.044
#> GSM827743     4  0.4304    0.68839 0.000 0.232 0.024 0.736 0.008
#> GSM827744     3  0.6860    0.06580 0.000 0.176 0.412 0.396 0.016
#> GSM827745     4  0.3409    0.67883 0.000 0.052 0.000 0.836 0.112
#> GSM827746     2  0.1329    0.65656 0.000 0.956 0.032 0.008 0.004
#> GSM827747     5  0.4641    0.36932 0.000 0.456 0.000 0.012 0.532
#> GSM827748     5  0.1485    0.61041 0.000 0.020 0.032 0.000 0.948
#> GSM827749     5  0.3090    0.60311 0.000 0.104 0.040 0.000 0.856
#> GSM827750     5  0.2011    0.62895 0.000 0.088 0.000 0.004 0.908
#> GSM827751     2  0.5708   -0.02845 0.000 0.556 0.348 0.000 0.096
#> GSM827752     3  0.1869    0.70085 0.000 0.028 0.936 0.008 0.028
#> GSM827753     5  0.3835    0.58129 0.000 0.260 0.000 0.008 0.732
#> GSM827754     4  0.5786    0.43119 0.000 0.380 0.000 0.524 0.096
#> GSM827755     2  0.4243    0.48038 0.000 0.772 0.056 0.168 0.004
#> GSM827756     3  0.4305    0.66566 0.000 0.200 0.748 0.000 0.052
#> GSM827757     4  0.4351    0.66443 0.000 0.132 0.000 0.768 0.100
#> GSM827758     4  0.2929    0.70149 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM827759     4  0.2086    0.65316 0.048 0.000 0.020 0.924 0.008
#> GSM827760     1  0.4041    0.79514 0.804 0.000 0.044 0.136 0.016
#> GSM827761     5  0.6747    0.23440 0.000 0.364 0.000 0.260 0.376
#> GSM827762     5  0.5238    0.31088 0.000 0.472 0.000 0.044 0.484
#> GSM827763     2  0.2880    0.61984 0.000 0.868 0.004 0.020 0.108
#> GSM827764     2  0.5002    0.03148 0.000 0.612 0.000 0.044 0.344
#> GSM827765     2  0.2476    0.64873 0.000 0.904 0.012 0.020 0.064
#> GSM827766     5  0.4610    0.46746 0.000 0.388 0.000 0.016 0.596
#> GSM827767     2  0.2863    0.64355 0.000 0.876 0.064 0.000 0.060
#> GSM827768     3  0.5345    0.63815 0.000 0.196 0.668 0.000 0.136
#> GSM827769     5  0.5434    0.34317 0.000 0.336 0.076 0.000 0.588
#> GSM827770     3  0.5751    0.49444 0.000 0.348 0.552 0.000 0.100
#> GSM827771     2  0.3627    0.59260 0.000 0.840 0.040 0.100 0.020
#> GSM827772     4  0.4922    0.66350 0.000 0.256 0.004 0.684 0.056
#> GSM827773     5  0.1485    0.61529 0.000 0.032 0.020 0.000 0.948
#> GSM827774     2  0.5858   -0.35223 0.000 0.456 0.448 0.000 0.096
#> GSM827775     5  0.1560    0.61159 0.000 0.020 0.028 0.004 0.948
#> GSM827776     2  0.2305    0.64513 0.000 0.896 0.012 0.000 0.092
#> GSM827777     2  0.6352   -0.27894 0.000 0.456 0.380 0.000 0.164
#> GSM827778     3  0.3989    0.57878 0.000 0.008 0.800 0.144 0.048
#> GSM827779     3  0.2728    0.67905 0.000 0.016 0.896 0.040 0.048
#> GSM827780     4  0.5577    0.45459 0.000 0.120 0.000 0.624 0.256
#> GSM827781     3  0.4321    0.66441 0.000 0.152 0.784 0.040 0.024
#> GSM827782     3  0.3558    0.67751 0.000 0.156 0.816 0.008 0.020
#> GSM827783     1  0.3376    0.82947 0.848 0.000 0.032 0.108 0.012
#> GSM827784     4  0.2389    0.63825 0.116 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM827785     1  0.1121    0.88563 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM827786     4  0.5758   -0.10127 0.004 0.016 0.468 0.472 0.040
#> GSM827787     4  0.3653    0.71228 0.000 0.164 0.016 0.808 0.012
#> GSM827788     4  0.5649    0.68455 0.028 0.212 0.076 0.680 0.004
#> GSM827789     4  0.6169    0.26969 0.000 0.076 0.348 0.548 0.028
#> GSM827790     4  0.5302    0.52466 0.000 0.344 0.000 0.592 0.064
#> GSM827791     5  0.1281    0.60965 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956
#> GSM827792     3  0.2291    0.68104 0.000 0.012 0.916 0.048 0.024
#> GSM827793     3  0.6055    0.61068 0.000 0.168 0.640 0.168 0.024
#> GSM827794     4  0.3881    0.70581 0.000 0.180 0.024 0.788 0.008
#> GSM827795     2  0.2036    0.65669 0.000 0.920 0.024 0.000 0.056
#> GSM827796     5  0.5114    0.32011 0.000 0.476 0.000 0.036 0.488
#> GSM827797     4  0.5790    0.51285 0.000 0.200 0.000 0.616 0.184
#> GSM827798     5  0.4644    0.36695 0.000 0.460 0.000 0.012 0.528
#> GSM827799     5  0.2806    0.62405 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM827800     5  0.5687    0.25998 0.000 0.104 0.000 0.316 0.580
#> GSM827801     5  0.2536    0.62700 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868
#> GSM827802     5  0.6719    0.32107 0.000 0.272 0.012 0.212 0.504
#> GSM827803     1  0.4742    0.76683 0.772 0.000 0.084 0.112 0.032
#> GSM827804     2  0.4937   -0.19691 0.000 0.544 0.000 0.028 0.428

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.6587   1.32e-01 0.476 0.032 0.372 0.072 0.004 0.044
#> GSM827666     1  0.4087   7.27e-01 0.800 0.008 0.096 0.056 0.000 0.040
#> GSM827667     3  0.4519  -6.61e-02 0.468 0.000 0.508 0.016 0.004 0.004
#> GSM827668     3  0.4574   3.00e-01 0.332 0.012 0.632 0.016 0.004 0.004
#> GSM827669     3  0.4403   3.38e-01 0.312 0.008 0.656 0.016 0.004 0.004
#> GSM827670     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.2045   8.09e-01 0.916 0.000 0.052 0.016 0.000 0.016
#> GSM827675     1  0.4015   4.92e-01 0.664 0.000 0.320 0.008 0.004 0.004
#> GSM827676     1  0.4856   3.71e-01 0.560 0.000 0.028 0.020 0.000 0.392
#> GSM827677     1  0.3029   7.82e-01 0.872 0.008 0.032 0.048 0.000 0.040
#> GSM827678     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0692   8.42e-01 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM827691     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000   8.53e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     6  0.5833   4.72e-01 0.000 0.008 0.160 0.288 0.004 0.540
#> GSM827697     1  0.4795   6.86e-01 0.760 0.016 0.104 0.072 0.004 0.044
#> GSM827698     3  0.4633   1.27e-02 0.444 0.004 0.528 0.016 0.004 0.004
#> GSM827699     1  0.4002   7.20e-01 0.792 0.000 0.116 0.052 0.000 0.040
#> GSM827700     1  0.3844   6.67e-01 0.764 0.000 0.028 0.016 0.000 0.192
#> GSM827701     1  0.6445   1.45e-01 0.448 0.012 0.048 0.084 0.004 0.404
#> GSM827702     4  0.6443  -9.77e-03 0.000 0.372 0.140 0.444 0.004 0.040
#> GSM827703     3  0.3129   5.29e-01 0.004 0.140 0.832 0.016 0.004 0.004
#> GSM827704     4  0.5518   4.31e-01 0.000 0.128 0.000 0.660 0.156 0.056
#> GSM827705     1  0.6646   1.20e-01 0.472 0.036 0.372 0.072 0.004 0.044
#> GSM827706     6  0.6950   2.63e-01 0.128 0.016 0.056 0.380 0.004 0.416
#> GSM827707     1  0.1910   7.86e-01 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     4  0.5942   1.09e-01 0.000 0.424 0.000 0.444 0.100 0.032
#> GSM827709     5  0.3778   5.78e-01 0.032 0.000 0.052 0.004 0.816 0.096
#> GSM827710     2  0.2825   5.45e-01 0.000 0.844 0.136 0.008 0.012 0.000
#> GSM827711     2  0.7067   6.78e-02 0.000 0.408 0.056 0.160 0.356 0.020
#> GSM827712     2  0.4532  -1.22e-01 0.000 0.500 0.468 0.000 0.032 0.000
#> GSM827713     4  0.4703   5.13e-02 0.000 0.432 0.020 0.532 0.000 0.016
#> GSM827714     2  0.4098   1.19e-01 0.000 0.548 0.000 0.444 0.004 0.004
#> GSM827715     5  0.0653   6.84e-01 0.000 0.012 0.004 0.000 0.980 0.004
#> GSM827716     3  0.3274   5.05e-01 0.000 0.208 0.780 0.004 0.004 0.004
#> GSM827717     4  0.5313   7.20e-02 0.000 0.432 0.000 0.476 0.088 0.004
#> GSM827718     4  0.4252   3.74e-01 0.000 0.220 0.040 0.724 0.000 0.016
#> GSM827719     2  0.3726   5.20e-01 0.000 0.792 0.124 0.080 0.004 0.000
#> GSM827720     4  0.5478   7.75e-02 0.000 0.000 0.008 0.544 0.112 0.336
#> GSM827721     5  0.0622   6.86e-01 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> GSM827722     3  0.4178   4.24e-01 0.000 0.316 0.660 0.016 0.004 0.004
#> GSM827723     5  0.3974   5.26e-01 0.008 0.016 0.176 0.008 0.776 0.016
#> GSM827724     2  0.4722   4.71e-01 0.000 0.716 0.160 0.020 0.104 0.000
#> GSM827725     4  0.4644   1.31e-01 0.000 0.048 0.056 0.732 0.000 0.164
#> GSM827726     1  0.6518   5.32e-02 0.448 0.028 0.408 0.068 0.004 0.044
#> GSM827727     6  0.4852   4.38e-01 0.000 0.004 0.048 0.420 0.000 0.528
#> GSM827728     4  0.5899   2.48e-01 0.000 0.000 0.008 0.524 0.236 0.232
#> GSM827729     5  0.4636   2.10e-01 0.000 0.032 0.000 0.432 0.532 0.004
#> GSM827730     4  0.5664   2.26e-01 0.000 0.036 0.000 0.564 0.316 0.084
#> GSM827731     2  0.2615   6.12e-01 0.000 0.876 0.028 0.088 0.008 0.000
#> GSM827732     2  0.3104   5.29e-01 0.000 0.800 0.000 0.184 0.016 0.000
#> GSM827733     2  0.2376   5.79e-01 0.000 0.884 0.096 0.008 0.012 0.000
#> GSM827734     5  0.3853   4.83e-01 0.000 0.016 0.000 0.304 0.680 0.000
#> GSM827735     2  0.3185   5.54e-01 0.000 0.832 0.116 0.004 0.048 0.000
#> GSM827736     2  0.3827   3.88e-01 0.000 0.680 0.000 0.308 0.008 0.004
#> GSM827737     2  0.3929   4.83e-01 0.000 0.700 0.028 0.000 0.272 0.000
#> GSM827738     4  0.5114  -3.09e-01 0.000 0.004 0.036 0.484 0.016 0.460
#> GSM827739     1  0.0260   8.49e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM827740     6  0.3238   5.23e-01 0.120 0.000 0.012 0.036 0.000 0.832
#> GSM827741     6  0.1871   5.60e-01 0.016 0.000 0.032 0.024 0.000 0.928
#> GSM827742     6  0.6096   2.27e-01 0.004 0.004 0.348 0.156 0.008 0.480
#> GSM827743     4  0.6061  -3.97e-01 0.000 0.040 0.088 0.472 0.004 0.396
#> GSM827744     4  0.7657  -3.16e-01 0.000 0.144 0.260 0.300 0.004 0.292
#> GSM827745     6  0.4865   4.52e-01 0.000 0.000 0.028 0.304 0.036 0.632
#> GSM827746     2  0.4165   2.22e-01 0.000 0.568 0.008 0.420 0.000 0.004
#> GSM827747     5  0.5850   6.75e-05 0.000 0.164 0.000 0.408 0.424 0.004
#> GSM827748     5  0.0547   6.85e-01 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM827749     5  0.3782   6.06e-01 0.000 0.124 0.000 0.096 0.780 0.000
#> GSM827750     5  0.1007   6.81e-01 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM827751     2  0.3357   6.18e-01 0.000 0.840 0.068 0.068 0.024 0.000
#> GSM827752     3  0.4236   3.71e-01 0.000 0.352 0.628 0.008 0.008 0.004
#> GSM827753     5  0.3778   5.09e-01 0.000 0.016 0.000 0.288 0.696 0.000
#> GSM827754     4  0.4854   1.88e-01 0.000 0.004 0.008 0.652 0.064 0.272
#> GSM827755     4  0.5425   2.86e-01 0.000 0.264 0.060 0.628 0.004 0.044
#> GSM827756     2  0.5974   1.75e-01 0.000 0.592 0.276 0.064 0.040 0.028
#> GSM827757     6  0.5272   2.51e-01 0.000 0.000 0.016 0.420 0.060 0.504
#> GSM827758     6  0.3204   5.10e-01 0.000 0.032 0.004 0.144 0.000 0.820
#> GSM827759     6  0.2458   5.49e-01 0.024 0.000 0.068 0.016 0.000 0.892
#> GSM827760     1  0.4889   5.66e-01 0.672 0.000 0.140 0.004 0.000 0.184
#> GSM827761     4  0.5484   3.43e-01 0.000 0.008 0.000 0.600 0.212 0.180
#> GSM827762     4  0.5480   1.06e-01 0.000 0.104 0.000 0.520 0.368 0.008
#> GSM827763     2  0.4950   7.36e-02 0.000 0.524 0.000 0.416 0.056 0.004
#> GSM827764     4  0.6169   3.04e-01 0.000 0.216 0.000 0.528 0.228 0.028
#> GSM827765     4  0.4174   2.54e-01 0.000 0.352 0.000 0.628 0.016 0.004
#> GSM827766     5  0.5013   1.88e-01 0.000 0.060 0.000 0.428 0.508 0.004
#> GSM827767     2  0.3828   4.16e-01 0.000 0.696 0.000 0.288 0.012 0.004
#> GSM827768     2  0.5259   2.62e-01 0.000 0.608 0.280 0.012 0.100 0.000
#> GSM827769     5  0.5719   1.34e-01 0.000 0.372 0.000 0.168 0.460 0.000
#> GSM827770     2  0.4522   4.91e-01 0.000 0.732 0.176 0.028 0.064 0.000
#> GSM827771     4  0.5112   3.22e-01 0.000 0.208 0.060 0.688 0.012 0.032
#> GSM827772     4  0.4908  -2.37e-01 0.000 0.000 0.020 0.528 0.028 0.424
#> GSM827773     5  0.0790   6.80e-01 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM827774     2  0.1555   6.04e-01 0.000 0.940 0.040 0.008 0.012 0.000
#> GSM827775     5  0.0653   6.84e-01 0.000 0.012 0.004 0.000 0.980 0.004
#> GSM827776     2  0.4405   3.39e-01 0.000 0.644 0.000 0.316 0.036 0.004
#> GSM827777     2  0.2326   6.10e-01 0.000 0.900 0.028 0.012 0.060 0.000
#> GSM827778     3  0.2740   5.27e-01 0.000 0.056 0.884 0.012 0.008 0.040
#> GSM827779     3  0.4077   5.10e-01 0.000 0.184 0.760 0.020 0.004 0.032
#> GSM827780     6  0.6572   2.30e-01 0.000 0.012 0.044 0.336 0.132 0.476
#> GSM827781     3  0.7064   2.71e-01 0.000 0.232 0.436 0.260 0.008 0.064
#> GSM827782     3  0.6474   2.01e-01 0.000 0.368 0.444 0.148 0.008 0.032
#> GSM827783     1  0.4419   6.41e-01 0.728 0.000 0.132 0.004 0.000 0.136
#> GSM827784     6  0.2110   5.44e-01 0.084 0.000 0.004 0.012 0.000 0.900
#> GSM827785     1  0.2300   7.57e-01 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM827786     3  0.5325   3.82e-02 0.000 0.008 0.512 0.060 0.008 0.412
#> GSM827787     6  0.5152   4.06e-01 0.000 0.004 0.060 0.440 0.004 0.492
#> GSM827788     6  0.5934   3.81e-01 0.004 0.016 0.100 0.424 0.004 0.452
#> GSM827789     3  0.6299  -2.12e-01 0.000 0.008 0.432 0.236 0.004 0.320
#> GSM827790     4  0.4982  -1.19e-01 0.000 0.000 0.016 0.544 0.040 0.400
#> GSM827791     5  0.0547   6.85e-01 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM827792     3  0.3744   5.12e-01 0.000 0.172 0.784 0.028 0.008 0.008
#> GSM827793     3  0.7305   1.48e-01 0.000 0.328 0.384 0.152 0.004 0.132
#> GSM827794     6  0.5368   4.19e-01 0.000 0.004 0.080 0.440 0.004 0.472
#> GSM827795     2  0.3996   3.16e-01 0.000 0.636 0.000 0.352 0.008 0.004
#> GSM827796     4  0.5688   5.19e-02 0.000 0.140 0.000 0.472 0.384 0.004
#> GSM827797     6  0.5541   1.22e-01 0.000 0.000 0.016 0.444 0.084 0.456
#> GSM827798     5  0.5808  -5.32e-03 0.000 0.156 0.000 0.416 0.424 0.004
#> GSM827799     5  0.2362   6.46e-01 0.000 0.004 0.000 0.136 0.860 0.000
#> GSM827800     5  0.5383   2.61e-01 0.000 0.000 0.000 0.164 0.576 0.260
#> GSM827801     5  0.1556   6.70e-01 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM827802     4  0.7625   7.05e-02 0.000 0.092 0.020 0.352 0.304 0.232
#> GSM827803     1  0.4820   5.88e-01 0.692 0.000 0.176 0.004 0.004 0.124
#> GSM827804     4  0.5562   1.42e-01 0.000 0.132 0.000 0.520 0.344 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>               n disease.state(p) k
#> MAD:skmeans 137         1.03e-13 2
#> MAD:skmeans 138         7.51e-15 3
#> MAD:skmeans 131         1.42e-15 4
#> MAD:skmeans  97         5.85e-11 5
#> MAD:skmeans  66         7.81e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.970           0.943       0.977         0.4706 0.526   0.526
#> 3 3 0.653           0.726       0.887         0.4141 0.760   0.565
#> 4 4 0.686           0.686       0.855         0.1186 0.864   0.624
#> 5 5 0.686           0.612       0.783         0.0518 0.958   0.838
#> 6 6 0.742           0.725       0.835         0.0309 0.940   0.752

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827697     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827701     1  0.9933      0.215 0.548 0.452
#> GSM827702     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827703     1  0.3733      0.899 0.928 0.072
#> GSM827704     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.6973      0.759 0.188 0.812
#> GSM827707     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.9998      0.048 0.508 0.492
#> GSM827710     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827711     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827712     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827713     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827717     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.2778      0.921 0.952 0.048
#> GSM827723     1  0.2778      0.921 0.952 0.048
#> GSM827724     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827726     1  0.0938      0.950 0.988 0.012
#> GSM827727     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827728     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827741     2  0.3114      0.930 0.056 0.944
#> GSM827742     1  0.9661      0.383 0.608 0.392
#> GSM827743     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827752     1  0.9209      0.517 0.664 0.336
#> GSM827753     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827759     1  0.7528      0.721 0.784 0.216
#> GSM827760     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827769     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827778     2  0.8909      0.527 0.308 0.692
#> GSM827779     2  0.0938      0.975 0.012 0.988
#> GSM827780     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827783     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0672      0.953 0.992 0.008
#> GSM827785     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827786     2  0.9686      0.301 0.396 0.604
#> GSM827787     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.5842      0.830 0.140 0.860
#> GSM827789     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827790     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827792     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827793     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.959 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.986 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0747     0.9528 0.984 0.000 0.016
#> GSM827669     1  0.0747     0.9528 0.984 0.000 0.016
#> GSM827670     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0747     0.9528 0.984 0.000 0.016
#> GSM827676     3  0.3340     0.7433 0.120 0.000 0.880
#> GSM827677     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827697     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0237     0.9610 0.996 0.000 0.004
#> GSM827699     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     3  0.0747     0.8177 0.016 0.000 0.984
#> GSM827702     2  0.6302     0.1428 0.000 0.520 0.480
#> GSM827703     1  0.6357     0.5487 0.684 0.296 0.020
#> GSM827704     2  0.3038     0.7139 0.000 0.896 0.104
#> GSM827705     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827706     3  0.6208     0.7016 0.076 0.152 0.772
#> GSM827707     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.6291     0.1709 0.000 0.532 0.468
#> GSM827709     2  0.6255     0.4834 0.300 0.684 0.016
#> GSM827710     3  0.5706     0.4470 0.000 0.320 0.680
#> GSM827711     2  0.6291     0.1859 0.000 0.532 0.468
#> GSM827712     2  0.3267     0.7375 0.000 0.884 0.116
#> GSM827713     3  0.2878     0.7799 0.000 0.096 0.904
#> GSM827714     3  0.1163     0.8208 0.000 0.028 0.972
#> GSM827715     2  0.0747     0.7742 0.000 0.984 0.016
#> GSM827716     3  0.5650     0.4644 0.000 0.312 0.688
#> GSM827717     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.2261     0.7438 0.000 0.932 0.068
#> GSM827719     3  0.5948     0.3819 0.000 0.360 0.640
#> GSM827720     2  0.5591     0.4489 0.000 0.696 0.304
#> GSM827721     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827722     1  0.5318     0.7157 0.780 0.204 0.016
#> GSM827723     1  0.5268     0.7062 0.776 0.212 0.012
#> GSM827724     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827725     3  0.6126     0.2244 0.000 0.400 0.600
#> GSM827726     1  0.3415     0.8746 0.900 0.080 0.020
#> GSM827727     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827728     2  0.3038     0.7139 0.000 0.896 0.104
#> GSM827729     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.2878     0.7184 0.000 0.904 0.096
#> GSM827731     2  0.2959     0.7413 0.000 0.900 0.100
#> GSM827732     2  0.2625     0.7502 0.000 0.916 0.084
#> GSM827733     2  0.6305     0.1574 0.000 0.516 0.484
#> GSM827734     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.5529     0.5206 0.000 0.704 0.296
#> GSM827736     2  0.6291     0.1709 0.000 0.532 0.468
#> GSM827737     2  0.2959     0.7413 0.000 0.900 0.100
#> GSM827738     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827739     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.3267     0.7459 0.116 0.000 0.884
#> GSM827741     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000
#> GSM827742     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000
#> GSM827743     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827744     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000
#> GSM827745     3  0.2356     0.7972 0.000 0.072 0.928
#> GSM827746     3  0.5138     0.6095 0.000 0.252 0.748
#> GSM827747     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827749     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.2959     0.7413 0.000 0.900 0.100
#> GSM827752     1  0.6869     0.2761 0.560 0.424 0.016
#> GSM827753     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.5785     0.3975 0.000 0.668 0.332
#> GSM827755     3  0.6026     0.2853 0.000 0.376 0.624
#> GSM827756     2  0.3412     0.7248 0.000 0.876 0.124
#> GSM827757     2  0.6309    -0.0345 0.000 0.504 0.496
#> GSM827758     3  0.1289     0.8193 0.000 0.032 0.968
#> GSM827759     3  0.0424     0.8181 0.008 0.000 0.992
#> GSM827760     1  0.3752     0.8152 0.856 0.000 0.144
#> GSM827761     2  0.5591     0.4489 0.000 0.696 0.304
#> GSM827762     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.1411     0.7721 0.000 0.964 0.036
#> GSM827764     2  0.6299     0.1480 0.000 0.524 0.476
#> GSM827765     2  0.2959     0.7413 0.000 0.900 0.100
#> GSM827766     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.2959     0.7413 0.000 0.900 0.100
#> GSM827768     2  0.0747     0.7742 0.000 0.984 0.016
#> GSM827769     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827771     3  0.2165     0.8027 0.000 0.064 0.936
#> GSM827772     3  0.6026     0.2938 0.000 0.376 0.624
#> GSM827773     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827774     2  0.6305     0.1574 0.000 0.516 0.484
#> GSM827775     2  0.0747     0.7742 0.000 0.984 0.016
#> GSM827776     2  0.6309     0.0808 0.000 0.504 0.496
#> GSM827777     2  0.6225     0.2593 0.000 0.568 0.432
#> GSM827778     3  0.4702     0.6329 0.000 0.212 0.788
#> GSM827779     2  0.6955     0.1149 0.016 0.496 0.488
#> GSM827780     3  0.2448     0.7840 0.000 0.076 0.924
#> GSM827781     3  0.6154     0.2223 0.000 0.408 0.592
#> GSM827782     3  0.5706     0.4747 0.000 0.320 0.680
#> GSM827783     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     3  0.3192     0.7498 0.112 0.000 0.888
#> GSM827785     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     3  0.0829     0.8222 0.004 0.012 0.984
#> GSM827787     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827788     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827789     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000
#> GSM827790     3  0.3267     0.7588 0.000 0.116 0.884
#> GSM827791     2  0.1163     0.7690 0.000 0.972 0.028
#> GSM827792     3  0.3551     0.7324 0.000 0.132 0.868
#> GSM827793     3  0.1163     0.8199 0.000 0.028 0.972
#> GSM827794     3  0.0747     0.8225 0.000 0.016 0.984
#> GSM827795     3  0.5216     0.5854 0.000 0.260 0.740
#> GSM827796     2  0.6062     0.3905 0.000 0.616 0.384
#> GSM827797     2  0.6309    -0.0348 0.000 0.504 0.496
#> GSM827798     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     2  0.5560     0.4560 0.000 0.700 0.300
#> GSM827801     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000
#> GSM827803     1  0.0000     0.9636 1.000 0.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.7808 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.3610   7.63e-01 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM827669     1  0.4431   6.34e-01 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.3610   7.63e-01 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.0188   8.47e-01 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827677     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827697     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0707   9.31e-01 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827702     2  0.7269   4.75e-01 0.000 0.536 0.264 0.200
#> GSM827703     2  0.4134   4.12e-01 0.260 0.740 0.000 0.000
#> GSM827704     3  0.2216   7.20e-01 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM827705     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.4157   7.61e-01 0.072 0.020 0.060 0.848
#> GSM827707     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.5839   6.26e-01 0.000 0.696 0.104 0.200
#> GSM827709     3  0.6020   3.07e-01 0.048 0.384 0.568 0.000
#> GSM827710     2  0.0000   6.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.2469   5.36e-01 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM827712     2  0.0000   6.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.4941   2.64e-05 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM827714     4  0.4122   5.62e-01 0.000 0.236 0.004 0.760
#> GSM827715     3  0.3649   5.47e-01 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM827716     2  0.0000   6.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827717     3  0.4981   1.58e-01 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM827718     3  0.3569   6.60e-01 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM827719     2  0.3610   6.47e-01 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM827720     3  0.2216   6.94e-01 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM827721     3  0.2081   7.21e-01 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM827722     1  0.4961   3.21e-01 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM827723     1  0.5696   2.09e-01 0.492 0.484 0.024 0.000
#> GSM827724     3  0.4981   1.63e-01 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM827725     4  0.4804   3.84e-01 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM827726     1  0.4989   3.01e-01 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827728     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827729     3  0.3610   6.57e-01 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM827730     3  0.2402   7.24e-01 0.000 0.076 0.912 0.012
#> GSM827731     2  0.4431   4.32e-01 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM827732     3  0.4981   1.63e-01 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM827733     2  0.3610   6.47e-01 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM827734     3  0.0000   7.30e-01 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827735     2  0.5744   6.32e-01 0.000 0.708 0.108 0.184
#> GSM827736     2  0.6917   5.59e-01 0.000 0.592 0.208 0.200
#> GSM827737     2  0.4605   4.00e-01 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM827738     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827741     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827742     4  0.4431   5.95e-01 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM827743     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827744     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827745     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.6337   5.01e-01 0.000 0.568 0.072 0.360
#> GSM827747     3  0.4008   4.99e-01 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM827748     3  0.2589   7.08e-01 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM827749     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827750     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827751     2  0.4431   4.32e-01 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM827752     2  0.4399   4.46e-01 0.212 0.768 0.020 0.000
#> GSM827753     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827754     3  0.4624   4.19e-01 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM827755     4  0.3610   6.95e-01 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM827756     2  0.4927   5.05e-01 0.000 0.712 0.264 0.024
#> GSM827757     4  0.4072   6.46e-01 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM827758     4  0.0592   8.39e-01 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM827759     4  0.0921   8.37e-01 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM827760     1  0.2973   7.95e-01 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM827761     3  0.0469   7.30e-01 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM827762     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827763     2  0.5263   7.80e-02 0.000 0.544 0.448 0.008
#> GSM827764     2  0.6978   5.54e-01 0.000 0.584 0.208 0.208
#> GSM827765     3  0.4948   2.21e-01 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM827766     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827767     2  0.4431   4.32e-01 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM827768     2  0.3801   3.99e-01 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM827769     3  0.4981   1.63e-01 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM827770     3  0.4981   1.63e-01 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM827771     4  0.2408   7.77e-01 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM827772     4  0.3610   6.95e-01 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM827773     3  0.2469   7.09e-01 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM827774     2  0.0000   6.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.4564   3.88e-01 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM827776     2  0.5387   6.28e-01 0.000 0.696 0.048 0.256
#> GSM827777     2  0.5894   6.26e-01 0.000 0.692 0.108 0.200
#> GSM827778     2  0.4994  -1.93e-01 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM827779     2  0.3791   4.29e-01 0.004 0.796 0.200 0.000
#> GSM827780     4  0.3908   6.98e-01 0.000 0.212 0.004 0.784
#> GSM827781     4  0.4072   6.44e-01 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM827782     2  0.5158   3.46e-01 0.000 0.524 0.004 0.472
#> GSM827783     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827785     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827787     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827788     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827789     4  0.3610   7.06e-01 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM827790     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827791     3  0.3569   6.61e-01 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM827792     4  0.4817   4.71e-01 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM827793     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827794     4  0.0000   8.50e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.4608   6.03e-01 0.000 0.692 0.004 0.304
#> GSM827796     3  0.7159   1.13e-01 0.000 0.244 0.556 0.200
#> GSM827797     4  0.4643   5.19e-01 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM827798     3  0.4008   4.99e-01 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM827799     3  0.0469   7.36e-01 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM827800     3  0.3539   6.30e-01 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM827801     3  0.0000   7.30e-01 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827802     3  0.3172   6.90e-01 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM827803     1  0.0000   9.46e-01 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827804     3  0.1302   7.34e-01 0.000 0.044 0.956 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.3707     0.6747 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.3636     0.6878 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0703     0.9026 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.4125     0.6857 0.772 0.172 0.056 0.000 0.000
#> GSM827669     1  0.6428    -0.2391 0.440 0.176 0.384 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.3958     0.6966 0.780 0.176 0.044 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.1357     0.8013 0.004 0.000 0.048 0.948 0.000
#> GSM827677     1  0.2891     0.7880 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827697     1  0.3661     0.6827 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0912     0.8999 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.3774     0.6596 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.3730     0.6671 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM827701     4  0.3730     0.5965 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM827702     2  0.6725     0.1533 0.000 0.420 0.288 0.000 0.292
#> GSM827703     3  0.4659     0.1828 0.012 0.492 0.496 0.000 0.000
#> GSM827704     5  0.0162     0.7365 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827705     1  0.3039     0.7774 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.4821     0.5571 0.036 0.008 0.276 0.680 0.000
#> GSM827707     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.4783     0.5645 0.000 0.724 0.100 0.176 0.000
#> GSM827709     3  0.5947     0.4356 0.008 0.212 0.620 0.000 0.160
#> GSM827710     2  0.2127     0.4673 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.3970     0.4246 0.000 0.800 0.104 0.000 0.096
#> GSM827712     2  0.4150    -0.2074 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.4242     0.3511 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM827714     4  0.6341    -0.1310 0.000 0.396 0.000 0.444 0.160
#> GSM827715     5  0.6777     0.0166 0.000 0.276 0.352 0.000 0.372
#> GSM827716     2  0.4171    -0.2215 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827717     5  0.3837     0.5067 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM827718     5  0.1121     0.7330 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM827719     2  0.4783     0.5645 0.000 0.724 0.100 0.176 0.000
#> GSM827720     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827721     5  0.4575     0.5672 0.000 0.024 0.328 0.000 0.648
#> GSM827722     3  0.6796     0.3986 0.296 0.328 0.376 0.000 0.000
#> GSM827723     3  0.4622     0.5204 0.044 0.264 0.692 0.000 0.000
#> GSM827724     5  0.4604     0.3940 0.000 0.428 0.012 0.000 0.560
#> GSM827725     4  0.4276     0.3531 0.000 0.004 0.000 0.616 0.380
#> GSM827726     3  0.5329     0.3289 0.184 0.144 0.672 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827728     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827729     5  0.2020     0.7185 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM827730     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.2966     0.5126 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM827732     5  0.5701     0.3871 0.000 0.332 0.100 0.000 0.568
#> GSM827733     2  0.2891     0.5669 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM827734     5  0.1908     0.7208 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM827735     2  0.4258     0.5721 0.000 0.768 0.000 0.160 0.072
#> GSM827736     2  0.5728     0.5227 0.000 0.624 0.000 0.176 0.200
#> GSM827737     2  0.2891     0.5232 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM827738     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827741     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827742     4  0.6405    -0.1938 0.000 0.176 0.364 0.460 0.000
#> GSM827743     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     4  0.0162     0.8232 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM827746     2  0.4902     0.5017 0.000 0.648 0.000 0.304 0.048
#> GSM827747     5  0.4161     0.1732 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM827748     5  0.3888     0.6881 0.000 0.136 0.064 0.000 0.800
#> GSM827749     5  0.2020     0.7170 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM827750     5  0.2020     0.7170 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM827751     2  0.2891     0.5232 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM827752     2  0.4171    -0.2215 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827753     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827754     5  0.3949     0.4397 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM827755     4  0.3805     0.7128 0.000 0.004 0.084 0.820 0.092
#> GSM827756     2  0.4744     0.2160 0.000 0.572 0.408 0.000 0.020
#> GSM827757     4  0.3508     0.5967 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM827758     4  0.0404     0.8189 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM827759     4  0.0510     0.8178 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM827760     1  0.2561     0.7647 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM827761     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827762     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827763     5  0.6247     0.1520 0.000 0.420 0.112 0.008 0.460
#> GSM827764     2  0.5728     0.5227 0.000 0.624 0.000 0.176 0.200
#> GSM827765     5  0.3508     0.5679 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM827766     5  0.0000     0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.2891     0.5232 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM827768     2  0.4800    -0.2113 0.000 0.604 0.368 0.000 0.028
#> GSM827769     5  0.4242     0.4095 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM827770     5  0.4242     0.4095 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM827771     4  0.1043     0.8037 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM827772     4  0.2891     0.6747 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM827773     5  0.5688     0.5090 0.000 0.100 0.328 0.000 0.572
#> GSM827774     2  0.0000     0.4772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.4823     0.5022 0.000 0.276 0.672 0.000 0.052
#> GSM827776     2  0.4783     0.5712 0.000 0.724 0.000 0.176 0.100
#> GSM827777     2  0.4577     0.5695 0.000 0.740 0.084 0.176 0.000
#> GSM827778     3  0.6557     0.4290 0.000 0.288 0.472 0.240 0.000
#> GSM827779     2  0.4307    -0.2812 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.5411     0.5372 0.000 0.176 0.000 0.664 0.160
#> GSM827781     4  0.5834     0.4724 0.000 0.000 0.284 0.584 0.132
#> GSM827782     2  0.6183     0.1855 0.000 0.456 0.408 0.136 0.000
#> GSM827783     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000     0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827787     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827788     4  0.0609     0.8164 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827789     4  0.2891     0.6611 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM827790     4  0.0794     0.8121 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM827791     5  0.3731     0.6798 0.000 0.160 0.040 0.000 0.800
#> GSM827792     3  0.6742     0.3553 0.000 0.260 0.388 0.352 0.000
#> GSM827793     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0000     0.8246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827795     2  0.5411     0.5475 0.000 0.664 0.000 0.176 0.160
#> GSM827796     5  0.6436    -0.2198 0.000 0.396 0.000 0.176 0.428
#> GSM827797     4  0.4283     0.2930 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM827798     5  0.4161     0.1732 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM827799     5  0.0162     0.7363 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827800     5  0.2770     0.7045 0.000 0.000 0.076 0.044 0.880
#> GSM827801     5  0.3932     0.5795 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM827802     5  0.2909     0.7069 0.000 0.140 0.000 0.012 0.848
#> GSM827803     1  0.0290     0.9123 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827804     5  0.0162     0.7352 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.6256     0.3760 0.516 0.176 0.272 0.000 0.036 0.000
#> GSM827666     1  0.5758     0.5395 0.612 0.176 0.176 0.000 0.036 0.000
#> GSM827667     1  0.1663     0.8362 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     1  0.3371     0.6000 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.3371     0.4529 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.3309     0.6191 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     4  0.2775     0.7927 0.000 0.048 0.040 0.880 0.032 0.000
#> GSM827677     1  0.4022     0.7162 0.764 0.176 0.024 0.000 0.036 0.000
#> GSM827678     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0865     0.8811 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     1  0.5786     0.5276 0.608 0.176 0.180 0.000 0.036 0.000
#> GSM827698     1  0.0632     0.8896 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM827699     1  0.6088     0.4513 0.556 0.176 0.232 0.000 0.036 0.000
#> GSM827700     1  0.6005     0.4748 0.572 0.176 0.216 0.000 0.036 0.000
#> GSM827701     4  0.6005     0.4548 0.000 0.176 0.216 0.572 0.036 0.000
#> GSM827702     2  0.6499     0.0415 0.000 0.464 0.216 0.000 0.036 0.284
#> GSM827703     3  0.1007     0.6695 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     6  0.0146     0.8324 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM827705     1  0.5547     0.5768 0.640 0.176 0.148 0.000 0.036 0.000
#> GSM827706     4  0.6115     0.4950 0.012 0.176 0.180 0.596 0.036 0.000
#> GSM827707     1  0.0363     0.8961 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.4620     0.6591 0.000 0.692 0.132 0.176 0.000 0.000
#> GSM827709     5  0.3213     0.7207 0.004 0.008 0.204 0.000 0.784 0.000
#> GSM827710     2  0.2854     0.5345 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.3619     0.5247 0.000 0.680 0.316 0.000 0.000 0.004
#> GSM827712     3  0.3076     0.6944 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.3706     0.5491 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.5258     0.6510 0.000 0.596 0.000 0.252 0.000 0.152
#> GSM827715     5  0.1003     0.8832 0.000 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM827716     3  0.2912     0.7052 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> GSM827717     6  0.3740     0.7569 0.000 0.228 0.032 0.000 0.000 0.740
#> GSM827718     6  0.1863     0.8461 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM827719     2  0.5170     0.6358 0.000 0.620 0.204 0.176 0.000 0.000
#> GSM827720     6  0.0000     0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827721     5  0.0865     0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM827722     3  0.4662     0.6353 0.140 0.172 0.688 0.000 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.1049     0.8735 0.008 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000
#> GSM827724     6  0.4228     0.7493 0.000 0.228 0.064 0.000 0.000 0.708
#> GSM827725     4  0.3841     0.3676 0.000 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> GSM827726     3  0.3859     0.4698 0.016 0.176 0.772 0.000 0.036 0.000
#> GSM827727     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827728     6  0.0000     0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827729     6  0.1387     0.8403 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM827730     6  0.0000     0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.3418     0.5874 0.000 0.784 0.032 0.000 0.000 0.184
#> GSM827732     6  0.3983     0.7740 0.000 0.208 0.056 0.000 0.000 0.736
#> GSM827733     2  0.3490     0.6681 0.000 0.784 0.040 0.176 0.000 0.000
#> GSM827734     6  0.2697     0.7509 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM827735     2  0.4677     0.7045 0.000 0.712 0.012 0.160 0.000 0.116
#> GSM827736     2  0.5066     0.6843 0.000 0.636 0.000 0.176 0.000 0.188
#> GSM827737     2  0.2738     0.6110 0.000 0.820 0.004 0.000 0.000 0.176
#> GSM827738     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.0865     0.8370 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM827741     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827742     3  0.3737     0.2847 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM827743     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827745     4  0.0146     0.8472 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827746     2  0.4081     0.6737 0.000 0.732 0.020 0.224 0.000 0.024
#> GSM827747     2  0.3747     0.5351 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM827748     6  0.5206     0.5139 0.000 0.128 0.000 0.000 0.284 0.588
#> GSM827749     6  0.1531     0.8440 0.000 0.068 0.004 0.000 0.000 0.928
#> GSM827750     6  0.2178     0.8319 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM827751     2  0.3352     0.5945 0.000 0.792 0.032 0.000 0.000 0.176
#> GSM827752     3  0.2631     0.7117 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM827753     6  0.0146     0.8309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827754     6  0.3547     0.5026 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM827755     4  0.3327     0.7389 0.000 0.088 0.000 0.820 0.000 0.092
#> GSM827756     2  0.4594    -0.4819 0.000 0.484 0.480 0.000 0.036 0.000
#> GSM827757     4  0.3151     0.6267 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM827758     4  0.0146     0.8470 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827759     4  0.0458     0.8428 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM827760     1  0.2300     0.7644 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> GSM827761     6  0.0000     0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827762     6  0.0000     0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827763     6  0.5655     0.5058 0.000 0.220 0.200 0.008 0.000 0.572
#> GSM827764     2  0.5145     0.6787 0.000 0.624 0.000 0.176 0.000 0.200
#> GSM827765     6  0.2221     0.8229 0.000 0.072 0.032 0.000 0.000 0.896
#> GSM827766     6  0.2003     0.8369 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM827767     2  0.3352     0.5945 0.000 0.792 0.032 0.000 0.000 0.176
#> GSM827768     3  0.4675     0.6167 0.000 0.224 0.672 0.000 0.000 0.104
#> GSM827769     6  0.3283     0.8095 0.000 0.160 0.036 0.000 0.000 0.804
#> GSM827770     6  0.3782     0.7712 0.000 0.224 0.036 0.000 0.000 0.740
#> GSM827771     4  0.1152     0.8279 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM827772     4  0.2597     0.7024 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM827773     5  0.0865     0.8818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM827774     2  0.2631     0.5362 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     5  0.0865     0.8732 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM827776     2  0.3490     0.6912 0.000 0.784 0.000 0.176 0.000 0.040
#> GSM827777     2  0.4620     0.6610 0.000 0.692 0.132 0.176 0.000 0.000
#> GSM827778     3  0.3025     0.7144 0.000 0.156 0.820 0.024 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.1714     0.6708 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.4828     0.5738 0.000 0.000 0.176 0.668 0.000 0.156
#> GSM827781     4  0.7198     0.3162 0.000 0.176 0.244 0.484 0.036 0.060
#> GSM827782     3  0.6154     0.3266 0.000 0.340 0.492 0.132 0.036 0.000
#> GSM827783     1  0.0000     0.9024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     4  0.0865     0.8370 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0632     0.8889 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827787     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827788     4  0.0547     0.8425 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM827789     4  0.2597     0.6935 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM827790     4  0.0632     0.8400 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM827791     6  0.2902     0.8088 0.000 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> GSM827792     3  0.3862     0.6799 0.000 0.132 0.772 0.096 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.0363     0.8451 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0000     0.8481 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.4828     0.6927 0.000 0.668 0.000 0.176 0.000 0.156
#> GSM827796     2  0.5309     0.6647 0.000 0.596 0.000 0.176 0.000 0.228
#> GSM827797     4  0.4449     0.3221 0.000 0.000 0.028 0.532 0.000 0.440
#> GSM827798     2  0.3774     0.5289 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM827799     6  0.2377     0.8328 0.000 0.124 0.004 0.000 0.004 0.868
#> GSM827800     6  0.2750     0.7817 0.000 0.000 0.136 0.020 0.000 0.844
#> GSM827801     5  0.3023     0.6244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM827802     6  0.2664     0.8166 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM827803     1  0.0146     0.9004 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM827804     6  0.0547     0.8295 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>           n disease.state(p) k
#> MAD:pam 136         1.33e-15 2
#> MAD:pam 113         7.36e-17 3
#> MAD:pam 110         1.76e-16 4
#> MAD:pam 106         3.00e-14 5
#> MAD:pam 126         5.58e-16 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.578           0.726       0.886         0.3896 0.669   0.669
#> 3 3 0.530           0.774       0.869         0.3651 0.713   0.584
#> 4 4 0.433           0.702       0.795         0.1803 0.917   0.822
#> 5 5 0.449           0.447       0.660         0.1501 0.773   0.487
#> 6 6 0.593           0.380       0.622         0.0738 0.812   0.396

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827666     1  0.9998     -0.182 0.508 0.492
#> GSM827667     1  0.6712      0.743 0.824 0.176
#> GSM827668     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827669     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827670     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.6712      0.743 0.824 0.176
#> GSM827675     1  0.5842      0.789 0.860 0.140
#> GSM827676     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827677     1  0.9522      0.279 0.628 0.372
#> GSM827678     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0672      0.913 0.992 0.008
#> GSM827681     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.919 1.000 0.000
#> GSM827696     2  0.9775      0.396 0.412 0.588
#> GSM827697     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827698     2  0.9963      0.291 0.464 0.536
#> GSM827699     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827700     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827701     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827702     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827703     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827704     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827705     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827706     2  0.9815      0.382 0.420 0.580
#> GSM827707     1  0.6712      0.743 0.824 0.176
#> GSM827708     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827709     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827710     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827711     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827712     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827713     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.0672      0.840 0.008 0.992
#> GSM827717     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827722     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827723     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827724     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827726     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827727     2  0.2423      0.818 0.040 0.960
#> GSM827728     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.7674      0.658 0.776 0.224
#> GSM827740     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827741     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827742     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827743     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.8763      0.568 0.296 0.704
#> GSM827753     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.7883      0.641 0.236 0.764
#> GSM827759     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827760     2  0.9954      0.303 0.460 0.540
#> GSM827761     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827769     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827778     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827779     2  0.5519      0.749 0.128 0.872
#> GSM827780     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.9754      0.402 0.408 0.592
#> GSM827782     2  0.1843      0.826 0.028 0.972
#> GSM827783     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827784     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827785     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827786     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827787     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.9815      0.382 0.420 0.580
#> GSM827789     2  0.9323      0.498 0.348 0.652
#> GSM827790     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827792     2  0.9850      0.367 0.428 0.572
#> GSM827793     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.845 0.000 1.000
#> GSM827803     2  0.9944      0.314 0.456 0.544
#> GSM827804     2  0.0000      0.845 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     3  0.6373      0.564 0.004 0.408 0.588
#> GSM827666     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827667     3  0.7961      0.525 0.336 0.076 0.588
#> GSM827668     3  0.6373      0.564 0.004 0.408 0.588
#> GSM827669     3  0.6661      0.578 0.012 0.400 0.588
#> GSM827670     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.6192      0.157 0.580 0.000 0.420
#> GSM827673     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     3  0.7961      0.525 0.336 0.076 0.588
#> GSM827675     3  0.6168      0.298 0.412 0.000 0.588
#> GSM827676     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827677     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827678     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.4121      0.730 0.832 0.000 0.168
#> GSM827687     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.5254      0.569 0.736 0.000 0.264
#> GSM827691     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0237      0.929 0.996 0.000 0.004
#> GSM827694     1  0.0000      0.932 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.5016      0.617 0.760 0.000 0.240
#> GSM827696     2  0.0892      0.908 0.000 0.980 0.020
#> GSM827697     3  0.6373      0.564 0.004 0.408 0.588
#> GSM827698     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827699     3  0.8753      0.735 0.188 0.224 0.588
#> GSM827700     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827701     3  0.8703      0.732 0.168 0.244 0.588
#> GSM827702     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827703     3  0.6521      0.347 0.004 0.496 0.500
#> GSM827704     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     3  0.6373      0.564 0.004 0.408 0.588
#> GSM827706     2  0.5929      0.345 0.004 0.676 0.320
#> GSM827707     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827708     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827709     3  0.0237      0.488 0.000 0.004 0.996
#> GSM827710     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827711     2  0.0592      0.914 0.000 0.988 0.012
#> GSM827712     2  0.1163      0.898 0.000 0.972 0.028
#> GSM827713     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.3816      0.492 0.000 0.148 0.852
#> GSM827716     2  0.4291      0.689 0.000 0.820 0.180
#> GSM827717     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827719     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827720     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827721     3  0.3816      0.492 0.000 0.148 0.852
#> GSM827722     2  0.6225     -0.115 0.000 0.568 0.432
#> GSM827723     3  0.0237      0.488 0.000 0.004 0.996
#> GSM827724     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827725     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827726     3  0.6373      0.564 0.004 0.408 0.588
#> GSM827727     2  0.3941      0.734 0.000 0.844 0.156
#> GSM827728     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827729     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827731     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827733     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827734     2  0.4504      0.664 0.000 0.804 0.196
#> GSM827735     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827736     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827737     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827738     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827739     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827740     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827741     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827742     2  0.6520     -0.319 0.004 0.508 0.488
#> GSM827743     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827744     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     2  0.5760      0.334 0.000 0.672 0.328
#> GSM827746     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827748     3  0.5591      0.549 0.000 0.304 0.696
#> GSM827749     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827752     2  0.5835      0.279 0.000 0.660 0.340
#> GSM827753     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827754     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827755     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827757     2  0.3816      0.746 0.000 0.852 0.148
#> GSM827758     2  0.5902      0.368 0.004 0.680 0.316
#> GSM827759     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827760     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827761     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827768     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827769     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827773     3  0.3816      0.492 0.000 0.148 0.852
#> GSM827774     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827775     3  0.0892      0.487 0.000 0.020 0.980
#> GSM827776     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827778     2  0.5158      0.579 0.004 0.764 0.232
#> GSM827779     2  0.4504      0.662 0.000 0.804 0.196
#> GSM827780     2  0.4291      0.689 0.000 0.820 0.180
#> GSM827781     2  0.0424      0.918 0.000 0.992 0.008
#> GSM827782     2  0.0424      0.918 0.000 0.992 0.008
#> GSM827783     3  0.8594      0.725 0.144 0.268 0.588
#> GSM827784     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827785     3  0.8765      0.736 0.212 0.200 0.588
#> GSM827786     2  0.5365      0.548 0.004 0.744 0.252
#> GSM827787     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827788     2  0.5529      0.457 0.000 0.704 0.296
#> GSM827789     2  0.3038      0.810 0.000 0.896 0.104
#> GSM827790     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827791     2  0.4974      0.586 0.000 0.764 0.236
#> GSM827792     2  0.0424      0.918 0.000 0.992 0.008
#> GSM827793     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827794     2  0.0237      0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM827795     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     3  0.6168      0.556 0.000 0.412 0.588
#> GSM827798     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827800     3  0.2537      0.587 0.000 0.080 0.920
#> GSM827801     3  0.3816      0.492 0.000 0.148 0.852
#> GSM827802     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM827803     3  0.8362      0.602 0.300 0.112 0.588
#> GSM827804     2  0.0000      0.921 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.6639     0.3659 0.008 0.520 0.064 0.408
#> GSM827666     4  0.5470     0.7427 0.148 0.116 0.000 0.736
#> GSM827667     4  0.5109     0.7303 0.212 0.052 0.000 0.736
#> GSM827668     4  0.6166     0.6776 0.100 0.112 0.052 0.736
#> GSM827669     4  0.5346     0.6343 0.036 0.172 0.032 0.760
#> GSM827670     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     4  0.5000     0.0449 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM827673     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     4  0.5102     0.7224 0.220 0.048 0.000 0.732
#> GSM827675     4  0.4193     0.6581 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM827676     4  0.5067     0.6726 0.048 0.216 0.000 0.736
#> GSM827677     4  0.5395     0.7495 0.172 0.092 0.000 0.736
#> GSM827678     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.2944     0.7447 0.868 0.004 0.000 0.128
#> GSM827681     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.1940     0.8629 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM827687     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.4907     0.1763 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM827691     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9291 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.1716     0.8776 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM827694     1  0.0469     0.9201 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827695     1  0.4950     0.3196 0.620 0.004 0.000 0.376
#> GSM827696     2  0.5035     0.7142 0.000 0.744 0.052 0.204
#> GSM827697     4  0.6297     0.3531 0.008 0.336 0.056 0.600
#> GSM827698     4  0.5218     0.7408 0.200 0.064 0.000 0.736
#> GSM827699     4  0.5483     0.7373 0.136 0.128 0.000 0.736
#> GSM827700     4  0.4485     0.7065 0.200 0.028 0.000 0.772
#> GSM827701     4  0.4542     0.6447 0.020 0.228 0.000 0.752
#> GSM827702     2  0.3958     0.7745 0.000 0.836 0.052 0.112
#> GSM827703     2  0.6416     0.2634 0.004 0.512 0.056 0.428
#> GSM827704     2  0.3547     0.7782 0.000 0.840 0.144 0.016
#> GSM827705     2  0.6684     0.2305 0.008 0.480 0.064 0.448
#> GSM827706     2  0.5860     0.6131 0.008 0.672 0.052 0.268
#> GSM827707     4  0.5454     0.7485 0.172 0.096 0.000 0.732
#> GSM827708     2  0.2996     0.7886 0.000 0.892 0.064 0.044
#> GSM827709     3  0.5546     0.2823 0.008 0.008 0.548 0.436
#> GSM827710     2  0.3840     0.7674 0.000 0.844 0.052 0.104
#> GSM827711     2  0.3088     0.7868 0.000 0.888 0.060 0.052
#> GSM827712     2  0.4071     0.7636 0.000 0.832 0.064 0.104
#> GSM827713     2  0.3325     0.7829 0.000 0.864 0.024 0.112
#> GSM827714     2  0.1182     0.7847 0.000 0.968 0.016 0.016
#> GSM827715     3  0.2011     0.7722 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM827716     2  0.4215     0.7600 0.000 0.824 0.072 0.104
#> GSM827717     2  0.0657     0.7815 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM827718     2  0.1059     0.7839 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM827719     2  0.3768     0.7740 0.000 0.808 0.008 0.184
#> GSM827720     2  0.6846     0.6154 0.000 0.600 0.184 0.216
#> GSM827721     3  0.2179     0.7749 0.000 0.012 0.924 0.064
#> GSM827722     2  0.5256     0.7315 0.000 0.732 0.064 0.204
#> GSM827723     3  0.4509     0.5791 0.000 0.004 0.708 0.288
#> GSM827724     2  0.2699     0.7721 0.000 0.904 0.028 0.068
#> GSM827725     2  0.2868     0.7790 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM827726     4  0.6187     0.4049 0.008 0.312 0.056 0.624
#> GSM827727     2  0.5463     0.6470 0.000 0.692 0.052 0.256
#> GSM827728     2  0.6788     0.6207 0.000 0.608 0.188 0.204
#> GSM827729     2  0.4804     0.6911 0.000 0.776 0.064 0.160
#> GSM827730     2  0.6469     0.6282 0.000 0.644 0.164 0.192
#> GSM827731     2  0.2021     0.7713 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM827732     2  0.2142     0.7700 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM827733     2  0.3099     0.7718 0.000 0.876 0.020 0.104
#> GSM827734     2  0.6243     0.6289 0.000 0.668 0.160 0.172
#> GSM827735     2  0.2256     0.7691 0.000 0.924 0.020 0.056
#> GSM827736     2  0.0469     0.7818 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827737     2  0.4332     0.7582 0.000 0.792 0.032 0.176
#> GSM827738     2  0.5470     0.7561 0.000 0.732 0.100 0.168
#> GSM827739     4  0.5240     0.7465 0.188 0.072 0.000 0.740
#> GSM827740     4  0.4780     0.6921 0.096 0.116 0.000 0.788
#> GSM827741     4  0.3853     0.6326 0.020 0.160 0.000 0.820
#> GSM827742     4  0.6121     0.1716 0.000 0.396 0.052 0.552
#> GSM827743     2  0.4046     0.7708 0.000 0.828 0.048 0.124
#> GSM827744     2  0.3300     0.7830 0.000 0.848 0.008 0.144
#> GSM827745     2  0.6970     0.6190 0.000 0.576 0.168 0.256
#> GSM827746     2  0.1284     0.7854 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM827747     2  0.6267     0.6306 0.000 0.664 0.148 0.188
#> GSM827748     3  0.7606     0.1525 0.000 0.304 0.468 0.228
#> GSM827749     2  0.3550     0.7501 0.000 0.860 0.044 0.096
#> GSM827750     2  0.6215     0.6357 0.000 0.668 0.140 0.192
#> GSM827751     2  0.2021     0.7713 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM827752     2  0.5180     0.7360 0.000 0.740 0.064 0.196
#> GSM827753     2  0.6039     0.6380 0.000 0.684 0.128 0.188
#> GSM827754     2  0.5280     0.7543 0.000 0.752 0.120 0.128
#> GSM827755     2  0.2867     0.7849 0.000 0.884 0.012 0.104
#> GSM827756     2  0.3570     0.7718 0.000 0.860 0.048 0.092
#> GSM827757     2  0.6879     0.6140 0.000 0.596 0.188 0.216
#> GSM827758     2  0.5519     0.6409 0.000 0.684 0.052 0.264
#> GSM827759     4  0.4532     0.6987 0.156 0.052 0.000 0.792
#> GSM827760     4  0.5212     0.7448 0.192 0.068 0.000 0.740
#> GSM827761     2  0.6275     0.6347 0.000 0.660 0.136 0.204
#> GSM827762     2  0.6133     0.6335 0.000 0.676 0.136 0.188
#> GSM827763     2  0.0657     0.7825 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM827764     2  0.6205     0.6344 0.000 0.668 0.136 0.196
#> GSM827765     2  0.1059     0.7839 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM827766     2  0.5527     0.6720 0.000 0.728 0.104 0.168
#> GSM827767     2  0.0804     0.7814 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM827768     2  0.3099     0.7717 0.000 0.876 0.020 0.104
#> GSM827769     2  0.2999     0.7330 0.000 0.864 0.004 0.132
#> GSM827770     2  0.2142     0.7700 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM827771     2  0.1677     0.7890 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM827772     2  0.3934     0.7813 0.000 0.836 0.116 0.048
#> GSM827773     3  0.2179     0.7749 0.000 0.012 0.924 0.064
#> GSM827774     2  0.3099     0.7718 0.000 0.876 0.020 0.104
#> GSM827775     3  0.2011     0.7722 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM827776     2  0.0469     0.7818 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827777     2  0.2222     0.7732 0.000 0.924 0.016 0.060
#> GSM827778     2  0.5769     0.6416 0.000 0.652 0.056 0.292
#> GSM827779     2  0.4541     0.7603 0.000 0.796 0.060 0.144
#> GSM827780     2  0.5807     0.7263 0.000 0.708 0.132 0.160
#> GSM827781     2  0.5072     0.7419 0.000 0.740 0.052 0.208
#> GSM827782     2  0.3831     0.7650 0.000 0.792 0.004 0.204
#> GSM827783     4  0.5185     0.6980 0.076 0.176 0.000 0.748
#> GSM827784     4  0.4513     0.6767 0.120 0.076 0.000 0.804
#> GSM827785     4  0.5212     0.7448 0.192 0.068 0.000 0.740
#> GSM827786     2  0.5716     0.6681 0.000 0.668 0.060 0.272
#> GSM827787     2  0.4318     0.7732 0.000 0.816 0.068 0.116
#> GSM827788     2  0.5519     0.6346 0.000 0.684 0.052 0.264
#> GSM827789     2  0.4949     0.7487 0.000 0.760 0.060 0.180
#> GSM827790     2  0.5708     0.7352 0.000 0.716 0.160 0.124
#> GSM827791     2  0.5147     0.7489 0.000 0.740 0.060 0.200
#> GSM827792     2  0.5184     0.7413 0.000 0.736 0.060 0.204
#> GSM827793     2  0.3306     0.7809 0.000 0.840 0.004 0.156
#> GSM827794     2  0.4259     0.7691 0.000 0.816 0.056 0.128
#> GSM827795     2  0.0937     0.7835 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM827796     2  0.6133     0.6335 0.000 0.676 0.136 0.188
#> GSM827797     2  0.7564     0.3083 0.000 0.420 0.192 0.388
#> GSM827798     2  0.6133     0.6335 0.000 0.676 0.136 0.188
#> GSM827799     2  0.6133     0.6335 0.000 0.676 0.136 0.188
#> GSM827800     4  0.6534    -0.3357 0.004 0.064 0.424 0.508
#> GSM827801     3  0.1798     0.7307 0.000 0.040 0.944 0.016
#> GSM827802     2  0.2593     0.7957 0.000 0.904 0.080 0.016
#> GSM827803     4  0.4343     0.6634 0.264 0.004 0.000 0.732
#> GSM827804     2  0.6025     0.6524 0.000 0.688 0.140 0.172

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     3  0.6930    0.39842 0.020 0.272 0.524 0.176 0.008
#> GSM827666     3  0.4739    0.62842 0.212 0.056 0.724 0.008 0.000
#> GSM827667     3  0.5114    0.58464 0.280 0.052 0.660 0.008 0.000
#> GSM827668     3  0.6592    0.52480 0.012 0.260 0.588 0.112 0.028
#> GSM827669     3  0.6721    0.54748 0.036 0.232 0.604 0.108 0.020
#> GSM827670     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.4256    0.23313 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     3  0.5001    0.60150 0.260 0.052 0.680 0.008 0.000
#> GSM827675     3  0.4127    0.50524 0.312 0.000 0.680 0.008 0.000
#> GSM827676     3  0.2955    0.57212 0.004 0.060 0.876 0.060 0.000
#> GSM827677     3  0.4181    0.63452 0.156 0.052 0.784 0.008 0.000
#> GSM827678     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.3003    0.66042 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0703    0.90280 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.4030    0.44126 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.1197    0.88333 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.92018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.3274    0.67974 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.6915    0.10141 0.000 0.292 0.316 0.388 0.004
#> GSM827697     3  0.5904    0.55342 0.020 0.192 0.660 0.124 0.004
#> GSM827698     3  0.4979    0.62061 0.228 0.064 0.700 0.008 0.000
#> GSM827699     3  0.5021    0.63443 0.172 0.100 0.720 0.008 0.000
#> GSM827700     3  0.3970    0.54866 0.156 0.000 0.788 0.056 0.000
#> GSM827701     3  0.2747    0.58116 0.004 0.060 0.888 0.048 0.000
#> GSM827702     2  0.6855    0.04311 0.000 0.436 0.228 0.328 0.008
#> GSM827703     3  0.7086    0.32707 0.000 0.336 0.448 0.188 0.028
#> GSM827704     2  0.6232    0.14034 0.000 0.552 0.140 0.300 0.008
#> GSM827705     3  0.6956    0.46326 0.020 0.308 0.512 0.148 0.012
#> GSM827706     3  0.6654   -0.00387 0.000 0.260 0.484 0.252 0.004
#> GSM827707     3  0.4969    0.63026 0.212 0.064 0.712 0.012 0.000
#> GSM827708     2  0.5479    0.40099 0.000 0.660 0.120 0.216 0.004
#> GSM827709     5  0.5293    0.14889 0.000 0.000 0.460 0.048 0.492
#> GSM827710     2  0.2515    0.54731 0.000 0.904 0.044 0.044 0.008
#> GSM827711     2  0.3878    0.53891 0.000 0.828 0.044 0.100 0.028
#> GSM827712     2  0.3142    0.50421 0.000 0.856 0.108 0.032 0.004
#> GSM827713     2  0.6759   -0.00695 0.000 0.416 0.220 0.360 0.004
#> GSM827714     2  0.5957    0.33630 0.000 0.604 0.160 0.232 0.004
#> GSM827715     5  0.0324    0.76294 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM827716     2  0.5722    0.39774 0.000 0.680 0.168 0.124 0.028
#> GSM827717     2  0.3727    0.51421 0.000 0.824 0.104 0.068 0.004
#> GSM827718     2  0.5840    0.37110 0.000 0.620 0.152 0.224 0.004
#> GSM827719     2  0.5460    0.40053 0.000 0.656 0.196 0.148 0.000
#> GSM827720     4  0.4855    0.39282 0.000 0.204 0.076 0.716 0.004
#> GSM827721     5  0.0324    0.76294 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM827722     2  0.6547    0.28548 0.000 0.564 0.264 0.144 0.028
#> GSM827723     5  0.5470    0.35613 0.000 0.020 0.340 0.040 0.600
#> GSM827724     2  0.1074    0.54908 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM827725     4  0.6921    0.07351 0.000 0.336 0.284 0.376 0.004
#> GSM827726     3  0.6259    0.55059 0.020 0.220 0.624 0.128 0.008
#> GSM827727     4  0.6845    0.14881 0.000 0.252 0.336 0.408 0.004
#> GSM827728     4  0.5065    0.37925 0.000 0.232 0.068 0.692 0.008
#> GSM827729     2  0.4517    0.05863 0.000 0.616 0.004 0.372 0.008
#> GSM827730     4  0.5289    0.33462 0.000 0.316 0.060 0.620 0.004
#> GSM827731     2  0.1012    0.56105 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM827732     2  0.0912    0.56139 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> GSM827733     2  0.2078    0.55224 0.000 0.924 0.036 0.036 0.004
#> GSM827734     4  0.6219    0.25371 0.000 0.384 0.000 0.472 0.144
#> GSM827735     2  0.0798    0.55462 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM827736     2  0.3454    0.52139 0.000 0.836 0.100 0.064 0.000
#> GSM827737     2  0.3239    0.53293 0.000 0.868 0.068 0.044 0.020
#> GSM827738     4  0.6340    0.31686 0.000 0.184 0.272 0.540 0.004
#> GSM827739     3  0.4939    0.62508 0.220 0.052 0.712 0.016 0.000
#> GSM827740     3  0.3276    0.49911 0.032 0.000 0.836 0.132 0.000
#> GSM827741     3  0.3111    0.48111 0.012 0.000 0.840 0.144 0.004
#> GSM827742     3  0.6525    0.37380 0.000 0.192 0.556 0.236 0.016
#> GSM827743     4  0.6962    0.08716 0.000 0.336 0.256 0.400 0.008
#> GSM827744     2  0.6792    0.08463 0.000 0.464 0.228 0.300 0.008
#> GSM827745     4  0.5740    0.38542 0.000 0.184 0.148 0.656 0.012
#> GSM827746     2  0.5840    0.37054 0.000 0.620 0.152 0.224 0.004
#> GSM827747     4  0.4430    0.22942 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> GSM827748     5  0.7381    0.32756 0.000 0.244 0.092 0.148 0.516
#> GSM827749     2  0.2877    0.47064 0.000 0.848 0.004 0.144 0.004
#> GSM827750     4  0.4410    0.24783 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> GSM827751     2  0.1106    0.56199 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> GSM827752     2  0.6418    0.30600 0.000 0.584 0.252 0.136 0.028
#> GSM827753     4  0.4561    0.17730 0.000 0.488 0.000 0.504 0.008
#> GSM827754     4  0.6233    0.31677 0.000 0.216 0.212 0.568 0.004
#> GSM827755     2  0.6582    0.15756 0.000 0.492 0.212 0.292 0.004
#> GSM827756     2  0.1911    0.55210 0.000 0.932 0.028 0.036 0.004
#> GSM827757     4  0.5015    0.39964 0.000 0.132 0.100 0.744 0.024
#> GSM827758     3  0.6792   -0.12386 0.000 0.272 0.444 0.280 0.004
#> GSM827759     3  0.3735    0.49498 0.048 0.000 0.816 0.132 0.004
#> GSM827760     3  0.4750    0.62660 0.208 0.052 0.728 0.012 0.000
#> GSM827761     4  0.5409    0.32364 0.000 0.332 0.064 0.600 0.004
#> GSM827762     4  0.4390    0.25771 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM827763     2  0.3494    0.52436 0.000 0.840 0.096 0.060 0.004
#> GSM827764     4  0.4557    0.25184 0.000 0.440 0.004 0.552 0.004
#> GSM827765     2  0.5262    0.43285 0.000 0.692 0.132 0.172 0.004
#> GSM827766     2  0.4586   -0.16575 0.000 0.524 0.004 0.468 0.004
#> GSM827767     2  0.3133    0.53487 0.000 0.864 0.080 0.052 0.004
#> GSM827768     2  0.2871    0.51525 0.000 0.876 0.088 0.032 0.004
#> GSM827769     2  0.2561    0.48125 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM827770     2  0.0693    0.55357 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM827771     2  0.6080    0.32503 0.000 0.584 0.164 0.248 0.004
#> GSM827772     4  0.6281    0.14624 0.000 0.352 0.160 0.488 0.000
#> GSM827773     5  0.0324    0.76294 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM827774     2  0.1996    0.54306 0.000 0.928 0.036 0.032 0.004
#> GSM827775     5  0.0324    0.76294 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM827776     2  0.2824    0.52750 0.000 0.872 0.032 0.096 0.000
#> GSM827777     2  0.1267    0.56156 0.000 0.960 0.012 0.024 0.004
#> GSM827778     2  0.7267   -0.10504 0.000 0.396 0.352 0.224 0.028
#> GSM827779     2  0.6295    0.28574 0.000 0.584 0.208 0.196 0.012
#> GSM827780     4  0.5701    0.27197 0.000 0.324 0.048 0.600 0.028
#> GSM827781     4  0.6952    0.02096 0.000 0.328 0.312 0.356 0.004
#> GSM827782     2  0.6647    0.18476 0.000 0.476 0.300 0.220 0.004
#> GSM827783     3  0.4780    0.63956 0.164 0.072 0.748 0.016 0.000
#> GSM827784     3  0.3646    0.48569 0.036 0.000 0.816 0.144 0.004
#> GSM827785     3  0.5087    0.62607 0.216 0.052 0.708 0.024 0.000
#> GSM827786     3  0.6938   -0.00655 0.000 0.260 0.420 0.312 0.008
#> GSM827787     4  0.6680    0.21809 0.000 0.252 0.240 0.500 0.008
#> GSM827788     3  0.6835   -0.20684 0.000 0.240 0.384 0.372 0.004
#> GSM827789     4  0.6943    0.06014 0.000 0.316 0.312 0.368 0.004
#> GSM827790     4  0.6041    0.34334 0.000 0.180 0.220 0.596 0.004
#> GSM827791     2  0.6391    0.25310 0.000 0.576 0.176 0.232 0.016
#> GSM827792     2  0.6737    0.22723 0.000 0.504 0.256 0.228 0.012
#> GSM827793     2  0.5841    0.32448 0.000 0.608 0.212 0.180 0.000
#> GSM827794     4  0.6809    0.19378 0.000 0.264 0.260 0.468 0.008
#> GSM827795     2  0.4328    0.48697 0.000 0.780 0.108 0.108 0.004
#> GSM827796     4  0.4390    0.25771 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM827797     4  0.6402    0.31725 0.000 0.168 0.320 0.508 0.004
#> GSM827798     4  0.4930    0.25602 0.000 0.424 0.000 0.548 0.028
#> GSM827799     4  0.4410    0.24327 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> GSM827800     4  0.6773   -0.23771 0.000 0.004 0.344 0.424 0.228
#> GSM827801     5  0.3203    0.66755 0.000 0.000 0.012 0.168 0.820
#> GSM827802     2  0.4177    0.47639 0.000 0.760 0.036 0.200 0.004
#> GSM827803     3  0.4309    0.51518 0.308 0.000 0.676 0.016 0.000
#> GSM827804     2  0.5502   -0.06784 0.000 0.532 0.048 0.412 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     3  0.4082    0.52468 0.000 0.432 0.560 0.004 0.000 0.004
#> GSM827666     1  0.6043    0.19184 0.488 0.032 0.388 0.012 0.000 0.080
#> GSM827667     1  0.4329    0.63024 0.728 0.088 0.180 0.000 0.000 0.004
#> GSM827668     3  0.3944    0.52887 0.000 0.428 0.568 0.004 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.3944    0.52887 0.000 0.428 0.568 0.004 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.1219    0.84602 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM827673     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.3565    0.57379 0.692 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004
#> GSM827675     1  0.2772    0.73587 0.816 0.000 0.180 0.000 0.000 0.004
#> GSM827676     6  0.4667    0.73964 0.012 0.000 0.212 0.080 0.000 0.696
#> GSM827677     1  0.6498    0.27638 0.512 0.020 0.320 0.052 0.000 0.096
#> GSM827678     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.1644    0.80787 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0777    0.85884 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> GSM827691     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000    0.87172 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0603    0.86332 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM827696     4  0.5300    0.47020 0.000 0.336 0.064 0.576 0.000 0.024
#> GSM827697     3  0.6067    0.45879 0.068 0.324 0.536 0.004 0.000 0.068
#> GSM827698     3  0.5679    0.38900 0.236 0.208 0.552 0.000 0.000 0.004
#> GSM827699     3  0.6141    0.24503 0.260 0.096 0.564 0.000 0.000 0.080
#> GSM827700     6  0.3780    0.77811 0.068 0.000 0.116 0.016 0.000 0.800
#> GSM827701     6  0.4198    0.73988 0.000 0.000 0.232 0.060 0.000 0.708
#> GSM827702     4  0.5099    0.37216 0.000 0.424 0.080 0.496 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.3997    0.42435 0.000 0.488 0.508 0.004 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.5653    0.25977 0.000 0.376 0.000 0.468 0.156 0.000
#> GSM827705     3  0.3944    0.52887 0.000 0.428 0.568 0.004 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.7375    0.38336 0.032 0.336 0.120 0.444 0.036 0.032
#> GSM827707     3  0.7302    0.16629 0.352 0.160 0.388 0.020 0.000 0.080
#> GSM827708     2  0.6464    0.07861 0.000 0.456 0.032 0.212 0.300 0.000
#> GSM827709     3  0.6152   -0.08123 0.040 0.008 0.472 0.020 0.416 0.044
#> GSM827710     2  0.1007    0.54307 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     2  0.5412    0.23114 0.000 0.552 0.004 0.120 0.324 0.000
#> GSM827712     2  0.2631    0.31027 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.5217    0.46122 0.000 0.360 0.060 0.564 0.004 0.012
#> GSM827714     4  0.3991    0.33326 0.000 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> GSM827715     5  0.5421    0.03600 0.000 0.000 0.432 0.000 0.452 0.116
#> GSM827716     2  0.3109    0.21765 0.000 0.772 0.224 0.004 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.5383    0.16800 0.000 0.576 0.000 0.260 0.164 0.000
#> GSM827718     4  0.3991    0.33326 0.000 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> GSM827719     2  0.4443    0.29475 0.000 0.696 0.068 0.232 0.000 0.004
#> GSM827720     4  0.5605   -0.26302 0.000 0.000 0.000 0.544 0.244 0.212
#> GSM827721     5  0.5421    0.03600 0.000 0.000 0.432 0.000 0.452 0.116
#> GSM827722     2  0.3998   -0.44871 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000 0.000
#> GSM827723     3  0.5083   -0.06150 0.000 0.008 0.556 0.020 0.388 0.028
#> GSM827724     2  0.0260    0.53866 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827725     4  0.5135    0.46767 0.000 0.348 0.060 0.576 0.000 0.016
#> GSM827726     3  0.4852    0.51673 0.000 0.388 0.564 0.024 0.000 0.024
#> GSM827727     4  0.5509    0.46832 0.000 0.320 0.064 0.576 0.000 0.040
#> GSM827728     4  0.6498   -0.40194 0.000 0.052 0.000 0.424 0.380 0.144
#> GSM827729     5  0.5451   -0.13813 0.000 0.432 0.000 0.120 0.448 0.000
#> GSM827730     4  0.6217   -0.29932 0.000 0.024 0.000 0.504 0.260 0.212
#> GSM827731     2  0.3023    0.40642 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM827732     2  0.3043    0.41912 0.000 0.792 0.000 0.200 0.008 0.000
#> GSM827733     2  0.1075    0.53900 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM827734     5  0.5192    0.47229 0.000 0.076 0.000 0.364 0.552 0.008
#> GSM827735     2  0.1610    0.51209 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM827736     2  0.4352    0.24921 0.000 0.668 0.000 0.280 0.052 0.000
#> GSM827737     2  0.1708    0.54377 0.000 0.932 0.040 0.004 0.024 0.000
#> GSM827738     4  0.6437    0.32452 0.000 0.180 0.060 0.564 0.008 0.188
#> GSM827739     1  0.7068    0.06911 0.452 0.000 0.252 0.120 0.000 0.176
#> GSM827740     6  0.2350    0.82619 0.000 0.000 0.100 0.020 0.000 0.880
#> GSM827741     6  0.2350    0.82619 0.000 0.000 0.100 0.020 0.000 0.880
#> GSM827742     4  0.6746   -0.12073 0.000 0.116 0.388 0.400 0.000 0.096
#> GSM827743     4  0.5123    0.46963 0.000 0.344 0.060 0.580 0.000 0.016
#> GSM827744     4  0.5074    0.46291 0.000 0.356 0.060 0.572 0.000 0.012
#> GSM827745     4  0.5699   -0.19492 0.000 0.020 0.000 0.588 0.156 0.236
#> GSM827746     4  0.3991    0.33326 0.000 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> GSM827747     5  0.5897    0.33668 0.000 0.248 0.000 0.280 0.472 0.000
#> GSM827748     5  0.5456    0.22093 0.000 0.108 0.200 0.008 0.656 0.028
#> GSM827749     2  0.5133    0.25968 0.000 0.564 0.000 0.100 0.336 0.000
#> GSM827750     5  0.5926    0.27878 0.000 0.276 0.000 0.260 0.464 0.000
#> GSM827751     2  0.3023    0.40642 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM827752     2  0.4080   -0.39017 0.000 0.536 0.456 0.008 0.000 0.000
#> GSM827753     5  0.5922    0.32156 0.000 0.252 0.000 0.284 0.464 0.000
#> GSM827754     4  0.6010    0.31368 0.000 0.332 0.000 0.468 0.008 0.192
#> GSM827755     4  0.5074    0.46291 0.000 0.356 0.060 0.572 0.000 0.012
#> GSM827756     2  0.1285    0.53517 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.5587   -0.26029 0.000 0.000 0.000 0.548 0.240 0.212
#> GSM827758     4  0.7358    0.39233 0.000 0.332 0.080 0.416 0.032 0.140
#> GSM827759     6  0.2350    0.82619 0.000 0.000 0.100 0.020 0.000 0.880
#> GSM827760     1  0.6176    0.13353 0.464 0.000 0.352 0.024 0.000 0.160
#> GSM827761     4  0.5754   -0.27209 0.000 0.004 0.000 0.536 0.248 0.212
#> GSM827762     5  0.5086    0.48190 0.000 0.088 0.000 0.364 0.548 0.000
#> GSM827763     2  0.5597    0.18755 0.000 0.544 0.000 0.204 0.252 0.000
#> GSM827764     5  0.4964    0.47380 0.000 0.072 0.000 0.388 0.540 0.000
#> GSM827765     4  0.3996    0.31128 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004 0.000
#> GSM827766     5  0.5531   -0.09163 0.000 0.416 0.000 0.132 0.452 0.000
#> GSM827767     2  0.3314    0.33380 0.000 0.740 0.000 0.256 0.004 0.000
#> GSM827768     2  0.1957    0.44663 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM827769     2  0.5319    0.20061 0.000 0.520 0.000 0.112 0.368 0.000
#> GSM827770     2  0.2003    0.49361 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM827771     4  0.4303    0.34959 0.000 0.460 0.012 0.524 0.000 0.004
#> GSM827772     4  0.3161    0.36655 0.000 0.156 0.008 0.820 0.012 0.004
#> GSM827773     5  0.5421    0.03600 0.000 0.000 0.432 0.000 0.452 0.116
#> GSM827774     2  0.1075    0.53900 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     5  0.5421    0.03600 0.000 0.000 0.432 0.000 0.452 0.116
#> GSM827776     2  0.5662    0.18956 0.000 0.524 0.000 0.196 0.280 0.000
#> GSM827777     2  0.1714    0.50826 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM827778     2  0.4594   -0.45303 0.000 0.484 0.480 0.036 0.000 0.000
#> GSM827779     2  0.3670    0.05640 0.000 0.704 0.284 0.012 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.5454   -0.06112 0.000 0.160 0.008 0.600 0.232 0.000
#> GSM827781     4  0.5022    0.41621 0.000 0.396 0.076 0.528 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.4710    0.32239 0.000 0.684 0.104 0.208 0.000 0.004
#> GSM827783     3  0.7503   -0.03830 0.172 0.020 0.452 0.220 0.000 0.136
#> GSM827784     6  0.2350    0.82619 0.000 0.000 0.100 0.020 0.000 0.880
#> GSM827785     6  0.7267    0.28567 0.264 0.000 0.252 0.104 0.000 0.380
#> GSM827786     4  0.6320    0.15778 0.000 0.340 0.224 0.420 0.000 0.016
#> GSM827787     4  0.5250    0.47152 0.000 0.336 0.060 0.580 0.000 0.024
#> GSM827788     4  0.5725    0.46181 0.000 0.304 0.068 0.572 0.000 0.056
#> GSM827789     4  0.5102    0.46738 0.000 0.348 0.064 0.576 0.000 0.012
#> GSM827790     4  0.5665    0.13119 0.000 0.120 0.000 0.624 0.044 0.212
#> GSM827791     2  0.6541    0.23598 0.000 0.540 0.112 0.124 0.224 0.000
#> GSM827792     2  0.5113    0.33401 0.000 0.620 0.236 0.144 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.5101    0.38185 0.000 0.424 0.068 0.504 0.000 0.004
#> GSM827794     4  0.5250    0.47152 0.000 0.336 0.060 0.580 0.000 0.024
#> GSM827795     4  0.4098    0.27696 0.000 0.496 0.000 0.496 0.008 0.000
#> GSM827796     5  0.5086    0.48190 0.000 0.088 0.000 0.364 0.548 0.000
#> GSM827797     4  0.6055   -0.27754 0.000 0.004 0.004 0.492 0.232 0.268
#> GSM827798     5  0.5086    0.48190 0.000 0.088 0.000 0.364 0.548 0.000
#> GSM827799     5  0.5086    0.48190 0.000 0.088 0.000 0.364 0.548 0.000
#> GSM827800     5  0.6383   -0.01761 0.000 0.000 0.012 0.352 0.360 0.276
#> GSM827801     3  0.7561   -0.22749 0.000 0.012 0.340 0.212 0.328 0.108
#> GSM827802     2  0.5775   -0.00509 0.000 0.496 0.000 0.296 0.208 0.000
#> GSM827803     1  0.3166    0.71608 0.800 0.000 0.184 0.008 0.000 0.008
#> GSM827804     5  0.6024   -0.09264 0.000 0.368 0.000 0.244 0.388 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> MAD:mclust 108         3.86e-18 2
#> MAD:mclust 123         3.62e-14 3
#> MAD:mclust 127         4.32e-14 4
#> MAD:mclust  65         1.22e-08 5
#> MAD:mclust  46         9.61e-06 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

MAD:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.955           0.955       0.981         0.4840 0.517   0.517
#> 3 3 0.545           0.717       0.839         0.3581 0.746   0.538
#> 4 4 0.698           0.739       0.870         0.1068 0.862   0.626
#> 5 5 0.625           0.559       0.757         0.0708 0.822   0.456
#> 6 6 0.600           0.451       0.700         0.0448 0.859   0.485

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827666     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827674     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827675     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827677     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827696     2  0.9170      0.507 0.332 0.668
#> GSM827697     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827698     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827699     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827701     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827702     2  0.1184      0.969 0.016 0.984
#> GSM827703     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827704     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827705     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827706     2  0.7602      0.720 0.220 0.780
#> GSM827707     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827709     1  0.8267      0.654 0.740 0.260
#> GSM827710     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827711     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827712     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827713     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827715     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827716     2  0.1184      0.969 0.016 0.984
#> GSM827717     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827720     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827722     1  0.3274      0.920 0.940 0.060
#> GSM827723     1  0.9323      0.479 0.652 0.348
#> GSM827724     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827725     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827726     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827727     2  0.7219      0.750 0.200 0.800
#> GSM827728     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827736     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827738     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827739     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827740     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827746     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827748     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827749     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827751     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827752     2  0.9044      0.523 0.320 0.680
#> GSM827753     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827758     2  0.4690      0.881 0.100 0.900
#> GSM827759     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827768     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827769     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827773     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827775     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.1843      0.951 0.972 0.028
#> GSM827779     2  0.6712      0.781 0.176 0.824
#> GSM827780     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.0938      0.973 0.012 0.988
#> GSM827782     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827783     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827784     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827785     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827786     1  0.9522      0.410 0.628 0.372
#> GSM827787     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827788     1  0.7453      0.726 0.788 0.212
#> GSM827789     2  0.0672      0.976 0.008 0.992
#> GSM827790     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827791     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827792     2  0.0938      0.972 0.012 0.988
#> GSM827793     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827799     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827800     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827801     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827802     2  0.0000      0.982 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.976 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.982 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     3  0.5529     0.5571 0.296 0.000 0.704
#> GSM827666     1  0.0747     0.9354 0.984 0.000 0.016
#> GSM827667     1  0.3412     0.8413 0.876 0.000 0.124
#> GSM827668     3  0.5431     0.5760 0.284 0.000 0.716
#> GSM827669     3  0.5621     0.5355 0.308 0.000 0.692
#> GSM827670     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     1  0.0424     0.9385 0.992 0.000 0.008
#> GSM827673     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1643     0.9175 0.956 0.000 0.044
#> GSM827675     1  0.0592     0.9372 0.988 0.000 0.012
#> GSM827676     1  0.1585     0.9258 0.964 0.028 0.008
#> GSM827677     1  0.0592     0.9372 0.988 0.000 0.012
#> GSM827678     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.0237     0.9398 0.996 0.000 0.004
#> GSM827680     1  0.0848     0.9359 0.984 0.008 0.008
#> GSM827681     1  0.0237     0.9398 0.996 0.000 0.004
#> GSM827682     1  0.0424     0.9388 0.992 0.000 0.008
#> GSM827683     1  0.0237     0.9398 0.996 0.000 0.004
#> GSM827684     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0424     0.9383 0.992 0.000 0.008
#> GSM827689     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0747     0.9355 0.984 0.000 0.016
#> GSM827691     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.0424     0.9388 0.992 0.000 0.008
#> GSM827695     1  0.0424     0.9388 0.992 0.000 0.008
#> GSM827696     2  0.8042     0.4653 0.136 0.648 0.216
#> GSM827697     1  0.2959     0.8670 0.900 0.000 0.100
#> GSM827698     1  0.5678     0.5322 0.684 0.000 0.316
#> GSM827699     1  0.0892     0.9336 0.980 0.000 0.020
#> GSM827700     1  0.1170     0.9322 0.976 0.016 0.008
#> GSM827701     1  0.1585     0.9258 0.964 0.028 0.008
#> GSM827702     2  0.6955     0.4694 0.032 0.636 0.332
#> GSM827703     3  0.4346     0.6751 0.184 0.000 0.816
#> GSM827704     2  0.2165     0.7861 0.000 0.936 0.064
#> GSM827705     3  0.5465     0.5703 0.288 0.000 0.712
#> GSM827706     2  0.5731     0.5784 0.228 0.752 0.020
#> GSM827707     1  0.1163     0.9287 0.972 0.000 0.028
#> GSM827708     2  0.3038     0.7767 0.000 0.896 0.104
#> GSM827709     1  0.7821     0.6136 0.672 0.152 0.176
#> GSM827710     3  0.3752     0.7422 0.000 0.144 0.856
#> GSM827711     3  0.6225     0.2764 0.000 0.432 0.568
#> GSM827712     3  0.0424     0.7140 0.000 0.008 0.992
#> GSM827713     2  0.2537     0.7760 0.000 0.920 0.080
#> GSM827714     2  0.4842     0.6705 0.000 0.776 0.224
#> GSM827715     2  0.5859     0.6178 0.000 0.656 0.344
#> GSM827716     3  0.3918     0.7456 0.012 0.120 0.868
#> GSM827717     3  0.6308     0.0040 0.000 0.492 0.508
#> GSM827718     2  0.6192     0.2368 0.000 0.580 0.420
#> GSM827719     3  0.4235     0.7298 0.000 0.176 0.824
#> GSM827720     2  0.0892     0.7861 0.000 0.980 0.020
#> GSM827721     2  0.5254     0.6878 0.000 0.736 0.264
#> GSM827722     3  0.4172     0.6932 0.156 0.004 0.840
#> GSM827723     3  0.7091     0.4868 0.248 0.064 0.688
#> GSM827724     3  0.1529     0.7039 0.000 0.040 0.960
#> GSM827725     2  0.3412     0.7459 0.000 0.876 0.124
#> GSM827726     3  0.6225     0.2442 0.432 0.000 0.568
#> GSM827727     2  0.3039     0.7522 0.044 0.920 0.036
#> GSM827728     2  0.1529     0.7849 0.000 0.960 0.040
#> GSM827729     2  0.4555     0.7359 0.000 0.800 0.200
#> GSM827730     2  0.0424     0.7854 0.000 0.992 0.008
#> GSM827731     3  0.3752     0.7391 0.000 0.144 0.856
#> GSM827732     3  0.4062     0.7303 0.000 0.164 0.836
#> GSM827733     3  0.3752     0.7422 0.000 0.144 0.856
#> GSM827734     2  0.4750     0.7061 0.000 0.784 0.216
#> GSM827735     3  0.3752     0.7376 0.000 0.144 0.856
#> GSM827736     3  0.5948     0.4952 0.000 0.360 0.640
#> GSM827737     3  0.2537     0.6906 0.000 0.080 0.920
#> GSM827738     2  0.0892     0.7839 0.000 0.980 0.020
#> GSM827739     1  0.0424     0.9388 0.992 0.000 0.008
#> GSM827740     1  0.3213     0.8780 0.900 0.092 0.008
#> GSM827741     1  0.5812     0.6764 0.724 0.264 0.012
#> GSM827742     1  0.8689     0.3944 0.596 0.200 0.204
#> GSM827743     2  0.4504     0.6740 0.000 0.804 0.196
#> GSM827744     3  0.5254     0.6736 0.000 0.264 0.736
#> GSM827745     2  0.0892     0.7820 0.000 0.980 0.020
#> GSM827746     3  0.6204     0.3655 0.000 0.424 0.576
#> GSM827747     2  0.4974     0.7184 0.000 0.764 0.236
#> GSM827748     3  0.6045     0.1126 0.000 0.380 0.620
#> GSM827749     3  0.5948     0.1785 0.000 0.360 0.640
#> GSM827750     2  0.5254     0.6929 0.000 0.736 0.264
#> GSM827751     3  0.4002     0.7342 0.000 0.160 0.840
#> GSM827752     3  0.1170     0.7060 0.016 0.008 0.976
#> GSM827753     2  0.5254     0.6904 0.000 0.736 0.264
#> GSM827754     2  0.1031     0.7857 0.000 0.976 0.024
#> GSM827755     2  0.6274     0.0352 0.000 0.544 0.456
#> GSM827756     3  0.1163     0.7247 0.000 0.028 0.972
#> GSM827757     2  0.0747     0.7836 0.000 0.984 0.016
#> GSM827758     2  0.2318     0.7660 0.028 0.944 0.028
#> GSM827759     1  0.3826     0.8492 0.868 0.124 0.008
#> GSM827760     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0747     0.7862 0.000 0.984 0.016
#> GSM827762     2  0.1289     0.7894 0.000 0.968 0.032
#> GSM827763     2  0.5678     0.6010 0.000 0.684 0.316
#> GSM827764     2  0.1411     0.7879 0.000 0.964 0.036
#> GSM827765     2  0.6154     0.2798 0.000 0.592 0.408
#> GSM827766     2  0.5560     0.6615 0.000 0.700 0.300
#> GSM827767     3  0.5591     0.5699 0.000 0.304 0.696
#> GSM827768     3  0.1411     0.7058 0.000 0.036 0.964
#> GSM827769     3  0.5529     0.3640 0.000 0.296 0.704
#> GSM827770     3  0.2537     0.7250 0.000 0.080 0.920
#> GSM827771     3  0.6204     0.3823 0.000 0.424 0.576
#> GSM827772     2  0.1753     0.7853 0.000 0.952 0.048
#> GSM827773     2  0.6267     0.4461 0.000 0.548 0.452
#> GSM827774     3  0.3267     0.7441 0.000 0.116 0.884
#> GSM827775     2  0.5650     0.6522 0.000 0.688 0.312
#> GSM827776     2  0.6204     0.2750 0.000 0.576 0.424
#> GSM827777     3  0.4796     0.6917 0.000 0.220 0.780
#> GSM827778     3  0.5734     0.6915 0.164 0.048 0.788
#> GSM827779     3  0.3155     0.7366 0.044 0.040 0.916
#> GSM827780     2  0.1860     0.7885 0.000 0.948 0.052
#> GSM827781     3  0.5012     0.7153 0.008 0.204 0.788
#> GSM827782     3  0.4465     0.7288 0.004 0.176 0.820
#> GSM827783     1  0.0892     0.9334 0.980 0.000 0.020
#> GSM827784     1  0.3607     0.8610 0.880 0.112 0.008
#> GSM827785     1  0.0848     0.9359 0.984 0.008 0.008
#> GSM827786     3  0.7878     0.6593 0.160 0.172 0.668
#> GSM827787     2  0.1529     0.7849 0.000 0.960 0.040
#> GSM827788     1  0.7417     0.5082 0.632 0.312 0.056
#> GSM827789     3  0.5618     0.6739 0.008 0.260 0.732
#> GSM827790     2  0.0892     0.7839 0.000 0.980 0.020
#> GSM827791     2  0.6305     0.3644 0.000 0.516 0.484
#> GSM827792     3  0.4228     0.7407 0.008 0.148 0.844
#> GSM827793     3  0.4399     0.7243 0.000 0.188 0.812
#> GSM827794     2  0.1964     0.7811 0.000 0.944 0.056
#> GSM827795     2  0.5882     0.4725 0.000 0.652 0.348
#> GSM827796     2  0.1964     0.7887 0.000 0.944 0.056
#> GSM827797     2  0.0848     0.7749 0.008 0.984 0.008
#> GSM827798     2  0.5098     0.6999 0.000 0.752 0.248
#> GSM827799     2  0.5098     0.7038 0.000 0.752 0.248
#> GSM827800     2  0.0747     0.7775 0.000 0.984 0.016
#> GSM827801     2  0.4452     0.7081 0.000 0.808 0.192
#> GSM827802     2  0.5591     0.5388 0.000 0.696 0.304
#> GSM827803     1  0.0000     0.9403 1.000 0.000 0.000
#> GSM827804     2  0.3038     0.7772 0.000 0.896 0.104

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.1124     0.7989 0.012 0.972 0.004 0.012
#> GSM827666     1  0.0895     0.9457 0.976 0.020 0.004 0.000
#> GSM827667     1  0.4756     0.7412 0.772 0.176 0.052 0.000
#> GSM827668     2  0.3903     0.7009 0.080 0.844 0.076 0.000
#> GSM827669     2  0.2983     0.7468 0.040 0.892 0.068 0.000
#> GSM827670     1  0.0188     0.9530 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827671     1  0.0188     0.9530 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827672     1  0.0336     0.9521 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.1807     0.9208 0.940 0.052 0.008 0.000
#> GSM827675     1  0.3312     0.8623 0.876 0.052 0.072 0.000
#> GSM827676     1  0.1398     0.9273 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM827677     1  0.0657     0.9499 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM827678     1  0.0188     0.9530 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827679     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827680     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.0188     0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827687     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827688     1  0.0524     0.9513 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM827689     1  0.0188     0.9531 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.0657     0.9502 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM827691     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.0336     0.9521 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.0524     0.9513 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM827694     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0188     0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827696     4  0.2469     0.7728 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM827697     1  0.3950     0.7659 0.804 0.184 0.004 0.008
#> GSM827698     1  0.5392     0.6768 0.724 0.204 0.072 0.000
#> GSM827699     1  0.0779     0.9479 0.980 0.016 0.004 0.000
#> GSM827700     1  0.0469     0.9480 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827701     1  0.1109     0.9370 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM827702     2  0.5161     0.1724 0.000 0.520 0.004 0.476
#> GSM827703     2  0.2402     0.7640 0.012 0.912 0.076 0.000
#> GSM827704     4  0.1940     0.7863 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM827705     2  0.1771     0.7895 0.036 0.948 0.004 0.012
#> GSM827706     4  0.5348     0.5773 0.228 0.048 0.004 0.720
#> GSM827707     1  0.1824     0.9155 0.936 0.060 0.004 0.000
#> GSM827708     4  0.2401     0.7796 0.000 0.092 0.004 0.904
#> GSM827709     3  0.5271     0.4221 0.320 0.000 0.656 0.024
#> GSM827710     2  0.1807     0.7852 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM827711     2  0.5665     0.6945 0.000 0.716 0.176 0.108
#> GSM827712     2  0.1557     0.7795 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM827713     4  0.2345     0.7762 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM827714     4  0.4746     0.3270 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM827715     3  0.0672     0.8215 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM827716     2  0.1867     0.7738 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM827717     2  0.4477     0.5817 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM827718     2  0.5151     0.2423 0.000 0.532 0.004 0.464
#> GSM827719     2  0.1474     0.8018 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM827720     4  0.1302     0.7774 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM827721     3  0.1557     0.8211 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM827722     2  0.1302     0.7844 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM827723     3  0.1109     0.8115 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM827724     2  0.1256     0.7966 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM827725     4  0.3257     0.7386 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM827726     2  0.5213     0.3861 0.328 0.652 0.020 0.000
#> GSM827727     4  0.1492     0.7943 0.004 0.036 0.004 0.956
#> GSM827728     4  0.1474     0.7721 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM827729     4  0.6426     0.1570 0.000 0.072 0.392 0.536
#> GSM827730     4  0.1211     0.7795 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM827731     2  0.1978     0.7997 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM827732     2  0.2401     0.7929 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM827733     2  0.0707     0.8021 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM827734     3  0.2704     0.7997 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM827735     2  0.1174     0.8016 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM827736     2  0.4008     0.6767 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM827737     2  0.4746     0.3941 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM827738     4  0.0188     0.7948 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM827739     1  0.0000     0.9533 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.3208     0.8154 0.848 0.000 0.004 0.148
#> GSM827741     4  0.6079    -0.0268 0.464 0.000 0.044 0.492
#> GSM827742     4  0.8424     0.2570 0.316 0.128 0.072 0.484
#> GSM827743     4  0.3105     0.7492 0.000 0.140 0.004 0.856
#> GSM827744     2  0.3486     0.7318 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM827745     4  0.1389     0.7747 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM827746     2  0.4624     0.5399 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM827747     3  0.5793     0.3992 0.000 0.040 0.600 0.360
#> GSM827748     3  0.1109     0.8146 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM827749     3  0.6867     0.1769 0.000 0.384 0.508 0.108
#> GSM827750     3  0.2011     0.8178 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM827751     2  0.1867     0.8000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM827752     2  0.1867     0.7733 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM827753     3  0.4250     0.6552 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM827754     4  0.0817     0.7956 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM827755     2  0.5161     0.2079 0.000 0.520 0.004 0.476
#> GSM827756     2  0.1022     0.8013 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827757     4  0.1389     0.7747 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM827758     4  0.0592     0.7908 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM827759     1  0.4874     0.7195 0.764 0.000 0.056 0.180
#> GSM827760     1  0.0188     0.9530 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM827761     4  0.0707     0.7878 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM827762     4  0.1022     0.7875 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM827763     2  0.6060     0.2259 0.000 0.516 0.044 0.440
#> GSM827764     4  0.0336     0.7958 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM827765     2  0.4999     0.1465 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM827766     4  0.7388     0.2586 0.000 0.192 0.304 0.504
#> GSM827767     2  0.3486     0.7307 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM827768     2  0.1867     0.7772 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM827769     2  0.6259     0.4843 0.000 0.616 0.300 0.084
#> GSM827770     2  0.1452     0.8026 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM827771     2  0.4697     0.5078 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM827772     4  0.1182     0.7948 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM827773     3  0.0817     0.8230 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM827774     2  0.0672     0.7978 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM827775     3  0.0672     0.8215 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM827776     2  0.4761     0.4825 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM827777     2  0.1118     0.8042 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM827778     2  0.2011     0.7725 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM827779     2  0.1792     0.7751 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM827780     4  0.3219     0.6840 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM827781     2  0.3052     0.7685 0.000 0.860 0.004 0.136
#> GSM827782     2  0.1489     0.8017 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM827783     1  0.0376     0.9525 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM827784     1  0.3925     0.7696 0.808 0.000 0.016 0.176
#> GSM827785     1  0.0188     0.9521 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827786     2  0.4018     0.7478 0.004 0.812 0.016 0.168
#> GSM827787     4  0.1211     0.7943 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM827788     4  0.4941     0.6620 0.048 0.184 0.004 0.764
#> GSM827789     2  0.3984     0.7710 0.000 0.828 0.040 0.132
#> GSM827790     4  0.0336     0.7955 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM827791     3  0.2480     0.7839 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM827792     2  0.1022     0.7886 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827793     2  0.2011     0.7991 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM827794     4  0.1557     0.7916 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM827795     4  0.4985    -0.0447 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM827796     4  0.1792     0.7755 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM827797     4  0.1610     0.7755 0.016 0.000 0.032 0.952
#> GSM827798     3  0.4277     0.6442 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM827799     3  0.2469     0.8098 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM827800     4  0.4917     0.3385 0.008 0.000 0.336 0.656
#> GSM827801     3  0.2281     0.8139 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM827802     4  0.5997     0.2333 0.000 0.376 0.048 0.576
#> GSM827803     1  0.1398     0.9300 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM827804     4  0.2843     0.7744 0.000 0.088 0.020 0.892

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.5904     0.3068 0.204 0.600 0.196 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.2208     0.8704 0.908 0.072 0.020 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4907     0.3543 0.292 0.000 0.656 0.052 0.000
#> GSM827668     3  0.1408     0.6115 0.044 0.008 0.948 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.1623     0.6146 0.016 0.020 0.948 0.016 0.000
#> GSM827670     1  0.2645     0.8551 0.888 0.000 0.044 0.068 0.000
#> GSM827671     1  0.2661     0.8569 0.888 0.000 0.056 0.056 0.000
#> GSM827672     1  0.0671     0.9067 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM827673     1  0.0807     0.9061 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM827674     1  0.1484     0.8913 0.944 0.048 0.008 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.5964     0.1019 0.464 0.000 0.428 0.108 0.000
#> GSM827676     1  0.1116     0.9025 0.964 0.028 0.004 0.004 0.000
#> GSM827677     1  0.1638     0.8834 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.0566     0.9073 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM827679     1  0.0451     0.9073 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM827680     1  0.1774     0.8846 0.932 0.000 0.016 0.052 0.000
#> GSM827681     1  0.1403     0.8975 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM827682     1  0.1648     0.8891 0.940 0.000 0.020 0.040 0.000
#> GSM827683     1  0.0693     0.9061 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM827684     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.0992     0.9029 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> GSM827686     1  0.0794     0.9018 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.2491     0.8609 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> GSM827688     1  0.0955     0.9063 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.0290     0.9078 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.1704     0.8820 0.928 0.068 0.004 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.0451     0.9074 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM827692     1  0.0404     0.9062 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.1059     0.9075 0.968 0.008 0.020 0.004 0.000
#> GSM827694     1  0.0510     0.9054 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM827695     1  0.0955     0.9020 0.968 0.028 0.004 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.3174     0.7240 0.004 0.132 0.020 0.844 0.000
#> GSM827697     1  0.2727     0.8362 0.868 0.116 0.016 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.5213     0.2957 0.320 0.000 0.616 0.064 0.000
#> GSM827699     1  0.2046     0.8766 0.916 0.068 0.016 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.0703     0.9031 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     1  0.1857     0.8840 0.928 0.060 0.004 0.008 0.000
#> GSM827702     2  0.3410     0.6096 0.064 0.860 0.052 0.024 0.000
#> GSM827703     3  0.1430     0.6156 0.004 0.052 0.944 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.4192     0.0681 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM827705     2  0.6558     0.1440 0.300 0.468 0.232 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.5341     0.0886 0.444 0.504 0.000 0.052 0.000
#> GSM827707     3  0.5522     0.2965 0.308 0.000 0.600 0.092 0.000
#> GSM827708     2  0.3160     0.5288 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> GSM827709     5  0.7567     0.3248 0.232 0.000 0.144 0.120 0.504
#> GSM827710     3  0.3508     0.5146 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.3688     0.5839 0.000 0.124 0.816 0.060 0.000
#> GSM827712     3  0.2648     0.5805 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM827713     2  0.3966     0.2475 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM827714     2  0.4743     0.6092 0.000 0.732 0.112 0.156 0.000
#> GSM827715     5  0.0000     0.7472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827716     3  0.1831     0.6134 0.004 0.076 0.920 0.000 0.000
#> GSM827717     2  0.3047     0.6484 0.000 0.868 0.084 0.044 0.004
#> GSM827718     2  0.3354     0.6440 0.000 0.844 0.068 0.088 0.000
#> GSM827719     2  0.3895     0.4492 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM827720     4  0.3177     0.7408 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM827721     5  0.0000     0.7472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827722     3  0.3123     0.5326 0.004 0.184 0.812 0.000 0.000
#> GSM827723     5  0.6772     0.1541 0.040 0.000 0.412 0.104 0.444
#> GSM827724     2  0.5747     0.2210 0.000 0.504 0.408 0.000 0.088
#> GSM827725     2  0.3766     0.3960 0.000 0.728 0.004 0.268 0.000
#> GSM827726     1  0.6274    -0.1226 0.428 0.148 0.424 0.000 0.000
#> GSM827727     4  0.4235     0.6374 0.008 0.336 0.000 0.656 0.000
#> GSM827728     4  0.4670     0.7162 0.000 0.200 0.000 0.724 0.076
#> GSM827729     2  0.6290     0.2821 0.000 0.516 0.004 0.148 0.332
#> GSM827730     4  0.3596     0.7346 0.000 0.212 0.000 0.776 0.012
#> GSM827731     2  0.4327     0.4076 0.000 0.632 0.360 0.008 0.000
#> GSM827732     2  0.4046     0.4962 0.000 0.696 0.296 0.008 0.000
#> GSM827733     3  0.4297    -0.0616 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM827734     5  0.0290     0.7462 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM827735     3  0.4182     0.1594 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827736     2  0.4646     0.5816 0.000 0.712 0.228 0.060 0.000
#> GSM827737     5  0.6756    -0.1442 0.000 0.264 0.364 0.000 0.372
#> GSM827738     4  0.3857     0.6739 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM827739     1  0.0451     0.9069 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.4763     0.2354 0.360 0.004 0.020 0.616 0.000
#> GSM827741     4  0.3648     0.5427 0.084 0.000 0.092 0.824 0.000
#> GSM827742     3  0.6098     0.1101 0.040 0.044 0.464 0.452 0.000
#> GSM827743     2  0.4528    -0.0487 0.000 0.548 0.008 0.444 0.000
#> GSM827744     3  0.5386     0.1480 0.000 0.372 0.564 0.064 0.000
#> GSM827745     4  0.0798     0.6941 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM827746     2  0.4190     0.6301 0.000 0.768 0.172 0.060 0.000
#> GSM827747     5  0.4450     0.0357 0.000 0.488 0.000 0.004 0.508
#> GSM827748     5  0.0000     0.7472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827749     5  0.6132     0.1105 0.000 0.412 0.112 0.004 0.472
#> GSM827750     5  0.0162     0.7463 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM827751     2  0.4341     0.4091 0.000 0.628 0.364 0.008 0.000
#> GSM827752     3  0.1928     0.6139 0.004 0.072 0.920 0.000 0.004
#> GSM827753     5  0.3163     0.6424 0.000 0.164 0.000 0.012 0.824
#> GSM827754     4  0.4161     0.5213 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM827755     2  0.4482     0.6202 0.000 0.752 0.088 0.160 0.000
#> GSM827756     2  0.4589     0.2271 0.004 0.520 0.472 0.004 0.000
#> GSM827757     4  0.1851     0.7293 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM827758     4  0.2886     0.7396 0.016 0.116 0.004 0.864 0.000
#> GSM827759     4  0.5452     0.3364 0.144 0.000 0.200 0.656 0.000
#> GSM827760     3  0.6581     0.2415 0.252 0.000 0.468 0.280 0.000
#> GSM827761     4  0.3109     0.7372 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM827762     4  0.4774     0.5989 0.000 0.360 0.000 0.612 0.028
#> GSM827763     2  0.1989     0.6325 0.000 0.932 0.016 0.020 0.032
#> GSM827764     4  0.4161     0.4892 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM827765     2  0.4545     0.6301 0.000 0.752 0.116 0.132 0.000
#> GSM827766     2  0.7292     0.4476 0.000 0.548 0.104 0.176 0.172
#> GSM827767     2  0.3366     0.5824 0.000 0.784 0.212 0.004 0.000
#> GSM827768     3  0.3152     0.5790 0.000 0.136 0.840 0.000 0.024
#> GSM827769     3  0.6687     0.0223 0.000 0.308 0.464 0.004 0.224
#> GSM827770     3  0.4524     0.0803 0.000 0.420 0.572 0.004 0.004
#> GSM827771     2  0.3362     0.6428 0.000 0.844 0.076 0.080 0.000
#> GSM827772     4  0.2583     0.7407 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> GSM827773     5  0.0000     0.7472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM827774     2  0.4235     0.2564 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM827775     5  0.0162     0.7468 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827776     2  0.4046     0.6389 0.000 0.804 0.120 0.068 0.008
#> GSM827777     3  0.4791    -0.0406 0.000 0.460 0.524 0.012 0.004
#> GSM827778     3  0.1731     0.6104 0.008 0.012 0.940 0.040 0.000
#> GSM827779     3  0.3910     0.4886 0.008 0.272 0.720 0.000 0.000
#> GSM827780     4  0.4269     0.4894 0.000 0.036 0.232 0.732 0.000
#> GSM827781     2  0.4314     0.5712 0.028 0.760 0.196 0.016 0.000
#> GSM827782     2  0.4114     0.4026 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM827783     3  0.6243     0.0751 0.380 0.000 0.472 0.148 0.000
#> GSM827784     4  0.4370     0.4270 0.236 0.000 0.040 0.724 0.000
#> GSM827785     1  0.1082     0.9011 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM827786     3  0.4333     0.5032 0.020 0.020 0.752 0.208 0.000
#> GSM827787     4  0.3177     0.7385 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM827788     2  0.6490     0.1384 0.160 0.584 0.028 0.228 0.000
#> GSM827789     3  0.4498     0.5572 0.000 0.132 0.756 0.112 0.000
#> GSM827790     4  0.3983     0.6333 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM827791     5  0.4960     0.1369 0.004 0.008 0.484 0.008 0.496
#> GSM827792     3  0.1608     0.6124 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM827793     3  0.4026     0.4783 0.000 0.244 0.736 0.020 0.000
#> GSM827794     4  0.3074     0.7369 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM827795     2  0.5422     0.6105 0.000 0.660 0.196 0.144 0.000
#> GSM827796     4  0.5218     0.5814 0.000 0.336 0.000 0.604 0.060
#> GSM827797     4  0.3422     0.7438 0.004 0.200 0.000 0.792 0.004
#> GSM827798     5  0.3280     0.6379 0.000 0.176 0.000 0.012 0.812
#> GSM827799     5  0.1710     0.7309 0.000 0.040 0.004 0.016 0.940
#> GSM827800     4  0.5057     0.5518 0.000 0.072 0.004 0.684 0.240
#> GSM827801     5  0.1082     0.7376 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> GSM827802     3  0.6193     0.3327 0.000 0.192 0.548 0.260 0.000
#> GSM827803     1  0.6408     0.1131 0.440 0.000 0.388 0.172 0.000
#> GSM827804     2  0.4801     0.3274 0.000 0.668 0.000 0.284 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     2  0.6331   0.201172 0.320 0.484 0.040 0.000 0.000 0.156
#> GSM827666     1  0.3801   0.646663 0.740 0.012 0.016 0.000 0.000 0.232
#> GSM827667     3  0.4387   0.484906 0.156 0.024 0.748 0.000 0.000 0.072
#> GSM827668     3  0.4605   0.584119 0.068 0.112 0.752 0.000 0.000 0.068
#> GSM827669     3  0.4301   0.603489 0.036 0.124 0.768 0.000 0.000 0.072
#> GSM827670     1  0.3037   0.635416 0.808 0.000 0.016 0.000 0.000 0.176
#> GSM827671     1  0.2945   0.662274 0.824 0.000 0.020 0.000 0.000 0.156
#> GSM827672     1  0.1524   0.749860 0.932 0.000 0.008 0.000 0.000 0.060
#> GSM827673     1  0.0632   0.763187 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM827674     1  0.2361   0.746191 0.880 0.004 0.012 0.000 0.000 0.104
#> GSM827675     3  0.5741   0.008412 0.372 0.000 0.456 0.000 0.000 0.172
#> GSM827676     1  0.2070   0.750365 0.896 0.000 0.000 0.012 0.000 0.092
#> GSM827677     1  0.3426   0.663643 0.764 0.012 0.004 0.000 0.000 0.220
#> GSM827678     1  0.0363   0.765147 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827679     1  0.0790   0.760143 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM827680     1  0.1863   0.726496 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM827681     1  0.1753   0.733517 0.912 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084
#> GSM827682     1  0.2135   0.700309 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM827683     1  0.1327   0.747139 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM827684     1  0.0713   0.761113 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM827685     1  0.1141   0.756676 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM827686     1  0.2191   0.736254 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM827687     1  0.2814   0.647327 0.820 0.000 0.008 0.000 0.000 0.172
#> GSM827688     1  0.2771   0.730028 0.868 0.004 0.068 0.000 0.000 0.060
#> GSM827689     1  0.0000   0.764297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.2595   0.715984 0.836 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160
#> GSM827691     1  0.0790   0.760767 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM827692     1  0.0363   0.765043 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM827693     1  0.4068   0.621838 0.756 0.004 0.160 0.000 0.000 0.080
#> GSM827694     1  0.0937   0.762714 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM827695     1  0.1267   0.759870 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM827696     4  0.4789   0.385743 0.000 0.032 0.044 0.676 0.000 0.248
#> GSM827697     1  0.4072   0.617712 0.712 0.008 0.020 0.004 0.000 0.256
#> GSM827698     3  0.5525   0.243064 0.296 0.020 0.580 0.000 0.000 0.104
#> GSM827699     1  0.3450   0.671433 0.772 0.012 0.008 0.000 0.000 0.208
#> GSM827700     1  0.2402   0.727786 0.856 0.004 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM827701     1  0.3972   0.626056 0.724 0.004 0.004 0.024 0.000 0.244
#> GSM827702     2  0.7480   0.193265 0.116 0.416 0.012 0.208 0.000 0.248
#> GSM827703     3  0.2680   0.612566 0.004 0.124 0.856 0.000 0.000 0.016
#> GSM827704     4  0.3856   0.592945 0.000 0.132 0.012 0.788 0.000 0.068
#> GSM827705     1  0.7266   0.076626 0.416 0.260 0.140 0.000 0.000 0.184
#> GSM827706     1  0.6773   0.114888 0.460 0.064 0.000 0.212 0.000 0.264
#> GSM827707     1  0.6765  -0.210953 0.396 0.052 0.348 0.000 0.000 0.204
#> GSM827708     2  0.5081   0.323864 0.000 0.612 0.004 0.284 0.000 0.100
#> GSM827709     5  0.7443   0.065308 0.156 0.000 0.252 0.004 0.408 0.180
#> GSM827710     2  0.3720   0.421656 0.000 0.736 0.236 0.000 0.000 0.028
#> GSM827711     3  0.6330   0.472682 0.000 0.252 0.572 0.052 0.020 0.104
#> GSM827712     3  0.3337   0.504630 0.000 0.260 0.736 0.000 0.000 0.004
#> GSM827713     2  0.4502   0.227563 0.000 0.600 0.004 0.364 0.000 0.032
#> GSM827714     2  0.5014   0.254594 0.000 0.564 0.008 0.368 0.000 0.060
#> GSM827715     5  0.3010   0.645060 0.000 0.004 0.148 0.000 0.828 0.020
#> GSM827716     3  0.3176   0.606837 0.000 0.156 0.812 0.000 0.000 0.032
#> GSM827717     2  0.5584   0.065872 0.000 0.496 0.020 0.400 0.000 0.084
#> GSM827718     4  0.5899   0.182475 0.000 0.352 0.028 0.508 0.000 0.112
#> GSM827719     2  0.2415   0.605411 0.000 0.900 0.036 0.024 0.000 0.040
#> GSM827720     4  0.3402   0.559038 0.000 0.000 0.072 0.820 0.004 0.104
#> GSM827721     5  0.0260   0.726008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827722     2  0.4622  -0.040904 0.004 0.492 0.480 0.000 0.008 0.016
#> GSM827723     5  0.7348  -0.000704 0.136 0.004 0.180 0.000 0.420 0.260
#> GSM827724     2  0.5851   0.415726 0.000 0.624 0.196 0.004 0.124 0.052
#> GSM827725     4  0.5510   0.430524 0.000 0.252 0.016 0.600 0.000 0.132
#> GSM827726     3  0.6564   0.163295 0.308 0.048 0.480 0.004 0.000 0.160
#> GSM827727     4  0.5286   0.565492 0.032 0.112 0.028 0.712 0.000 0.116
#> GSM827728     4  0.5989   0.489981 0.000 0.024 0.120 0.660 0.092 0.104
#> GSM827729     4  0.6201   0.309352 0.000 0.104 0.020 0.516 0.336 0.024
#> GSM827730     4  0.2136   0.600590 0.000 0.016 0.000 0.908 0.012 0.064
#> GSM827731     2  0.2215   0.592004 0.000 0.900 0.076 0.012 0.000 0.012
#> GSM827732     2  0.1777   0.607613 0.000 0.932 0.024 0.032 0.000 0.012
#> GSM827733     2  0.3155   0.535454 0.000 0.816 0.160 0.000 0.012 0.012
#> GSM827734     5  0.0653   0.726080 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012
#> GSM827735     2  0.3915   0.399483 0.000 0.680 0.304 0.008 0.000 0.008
#> GSM827736     2  0.2146   0.591264 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> GSM827737     2  0.4492   0.473134 0.000 0.684 0.040 0.000 0.260 0.016
#> GSM827738     4  0.3657   0.601791 0.000 0.036 0.028 0.808 0.000 0.128
#> GSM827739     1  0.1219   0.763530 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM827740     4  0.7437  -0.258931 0.292 0.000 0.180 0.364 0.000 0.164
#> GSM827741     4  0.6824  -0.219699 0.064 0.000 0.188 0.408 0.000 0.340
#> GSM827742     3  0.6278   0.258389 0.028 0.016 0.556 0.152 0.000 0.248
#> GSM827743     4  0.4456   0.166373 0.000 0.456 0.004 0.520 0.000 0.020
#> GSM827744     3  0.6655  -0.070327 0.000 0.388 0.392 0.164 0.000 0.056
#> GSM827745     4  0.4426   0.242438 0.000 0.008 0.016 0.616 0.004 0.356
#> GSM827746     2  0.3810   0.555879 0.000 0.752 0.036 0.208 0.000 0.004
#> GSM827747     5  0.6577   0.008115 0.000 0.356 0.004 0.188 0.420 0.032
#> GSM827748     5  0.0146   0.725913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827749     2  0.8892  -0.028023 0.000 0.240 0.184 0.196 0.236 0.144
#> GSM827750     5  0.0777   0.724749 0.000 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM827751     2  0.3663   0.565323 0.000 0.796 0.152 0.032 0.000 0.020
#> GSM827752     3  0.3603   0.596334 0.000 0.136 0.804 0.000 0.012 0.048
#> GSM827753     5  0.4744   0.481820 0.000 0.016 0.004 0.248 0.680 0.052
#> GSM827754     4  0.2653   0.609441 0.004 0.064 0.000 0.876 0.000 0.056
#> GSM827755     2  0.5865   0.174063 0.000 0.484 0.016 0.400 0.012 0.088
#> GSM827756     2  0.5743   0.293639 0.000 0.516 0.360 0.024 0.000 0.100
#> GSM827757     4  0.3986   0.418767 0.000 0.008 0.008 0.720 0.012 0.252
#> GSM827758     4  0.6221  -0.024085 0.076 0.076 0.000 0.468 0.000 0.380
#> GSM827759     6  0.6749   0.470382 0.200 0.000 0.068 0.260 0.000 0.472
#> GSM827760     6  0.6703   0.347999 0.356 0.000 0.132 0.068 0.004 0.440
#> GSM827761     4  0.1036   0.595474 0.000 0.004 0.008 0.964 0.000 0.024
#> GSM827762     4  0.4035   0.604214 0.000 0.056 0.036 0.816 0.028 0.064
#> GSM827763     2  0.5786   0.374094 0.000 0.600 0.008 0.212 0.016 0.164
#> GSM827764     4  0.4727   0.513826 0.000 0.224 0.000 0.676 0.004 0.096
#> GSM827765     4  0.4864   0.236161 0.000 0.396 0.028 0.556 0.000 0.020
#> GSM827766     4  0.6974   0.386956 0.000 0.176 0.136 0.560 0.080 0.048
#> GSM827767     2  0.3124   0.564810 0.000 0.828 0.008 0.140 0.000 0.024
#> GSM827768     3  0.4667   0.437208 0.000 0.292 0.652 0.000 0.020 0.036
#> GSM827769     2  0.6790   0.296323 0.000 0.484 0.180 0.028 0.280 0.028
#> GSM827770     2  0.4767   0.356218 0.000 0.624 0.328 0.024 0.008 0.016
#> GSM827771     4  0.6551   0.220919 0.000 0.332 0.112 0.472 0.000 0.084
#> GSM827772     4  0.3122   0.520688 0.000 0.020 0.004 0.816 0.000 0.160
#> GSM827773     5  0.0146   0.725913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827774     2  0.2613   0.586919 0.000 0.892 0.056 0.008 0.028 0.016
#> GSM827775     5  0.2912   0.686724 0.000 0.012 0.104 0.000 0.856 0.028
#> GSM827776     2  0.2924   0.575935 0.000 0.840 0.000 0.136 0.012 0.012
#> GSM827777     2  0.4517   0.545042 0.000 0.764 0.140 0.032 0.040 0.024
#> GSM827778     3  0.2250   0.614684 0.000 0.064 0.896 0.000 0.000 0.040
#> GSM827779     3  0.4458   0.581469 0.012 0.132 0.756 0.012 0.000 0.088
#> GSM827780     3  0.5715   0.026972 0.000 0.016 0.444 0.436 0.000 0.104
#> GSM827781     6  0.7840  -0.203488 0.060 0.056 0.260 0.284 0.000 0.340
#> GSM827782     2  0.5437   0.445591 0.000 0.620 0.252 0.028 0.000 0.100
#> GSM827783     1  0.6533  -0.233819 0.468 0.040 0.108 0.020 0.000 0.364
#> GSM827784     6  0.6197   0.462490 0.272 0.000 0.008 0.280 0.000 0.440
#> GSM827785     1  0.2278   0.702561 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.128
#> GSM827786     3  0.8023   0.085795 0.088 0.156 0.360 0.080 0.000 0.316
#> GSM827787     4  0.2189   0.590422 0.000 0.004 0.032 0.904 0.000 0.060
#> GSM827788     4  0.7702   0.068409 0.212 0.120 0.016 0.336 0.000 0.316
#> GSM827789     3  0.4731   0.494854 0.000 0.044 0.736 0.100 0.000 0.120
#> GSM827790     4  0.3382   0.603890 0.004 0.064 0.000 0.820 0.000 0.112
#> GSM827791     3  0.4820   0.024142 0.004 0.008 0.504 0.004 0.460 0.020
#> GSM827792     3  0.2887   0.598721 0.000 0.120 0.844 0.000 0.000 0.036
#> GSM827793     3  0.5134  -0.000945 0.000 0.464 0.476 0.032 0.000 0.028
#> GSM827794     4  0.2230   0.577710 0.000 0.024 0.000 0.892 0.000 0.084
#> GSM827795     2  0.4419   0.559701 0.000 0.724 0.044 0.212 0.008 0.012
#> GSM827796     4  0.5154   0.576004 0.000 0.124 0.016 0.724 0.076 0.060
#> GSM827797     4  0.3140   0.576150 0.008 0.008 0.032 0.848 0.000 0.104
#> GSM827798     5  0.5278   0.509845 0.000 0.168 0.004 0.132 0.672 0.024
#> GSM827799     5  0.4248   0.621683 0.000 0.000 0.044 0.140 0.768 0.048
#> GSM827800     4  0.5833   0.234075 0.000 0.004 0.004 0.540 0.196 0.256
#> GSM827801     5  0.2800   0.696380 0.000 0.004 0.024 0.020 0.876 0.076
#> GSM827802     2  0.7606   0.100287 0.000 0.384 0.224 0.240 0.008 0.144
#> GSM827803     1  0.6115  -0.254069 0.424 0.000 0.244 0.004 0.000 0.328
#> GSM827804     4  0.5473   0.502743 0.000 0.208 0.020 0.668 0.044 0.060

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>           n disease.state(p) k
#> MAD:NMF 138         1.14e-14 2
#> MAD:NMF 120         2.06e-11 3
#> MAD:NMF 120         8.96e-11 4
#> MAD:NMF  92         8.03e-12 5
#> MAD:NMF  79         1.38e-10 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3710 0.630   0.630
#> 3 3 0.973           0.913       0.959         0.0670 0.971   0.953
#> 4 4 0.889           0.851       0.923         0.0592 0.992   0.987
#> 5 5 0.893           0.802       0.903         0.0528 0.975   0.959
#> 6 6 0.846           0.749       0.884         0.0983 0.940   0.897

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette p1 p2
#> GSM827665     2       0          1  0  1
#> GSM827666     2       0          1  0  1
#> GSM827667     1       0          1  1  0
#> GSM827668     1       0          1  1  0
#> GSM827669     1       0          1  1  0
#> GSM827670     2       0          1  0  1
#> GSM827671     2       0          1  0  1
#> GSM827672     2       0          1  0  1
#> GSM827673     2       0          1  0  1
#> GSM827674     2       0          1  0  1
#> GSM827675     1       0          1  1  0
#> GSM827676     2       0          1  0  1
#> GSM827677     2       0          1  0  1
#> GSM827678     1       0          1  1  0
#> GSM827679     2       0          1  0  1
#> GSM827680     2       0          1  0  1
#> GSM827681     2       0          1  0  1
#> GSM827682     2       0          1  0  1
#> GSM827683     2       0          1  0  1
#> GSM827684     2       0          1  0  1
#> GSM827685     2       0          1  0  1
#> GSM827686     2       0          1  0  1
#> GSM827687     2       0          1  0  1
#> GSM827688     1       0          1  1  0
#> GSM827689     2       0          1  0  1
#> GSM827690     2       0          1  0  1
#> GSM827691     2       0          1  0  1
#> GSM827692     2       0          1  0  1
#> GSM827693     1       0          1  1  0
#> GSM827694     2       0          1  0  1
#> GSM827695     2       0          1  0  1
#> GSM827696     2       0          1  0  1
#> GSM827697     2       0          1  0  1
#> GSM827698     1       0          1  1  0
#> GSM827699     2       0          1  0  1
#> GSM827700     2       0          1  0  1
#> GSM827701     2       0          1  0  1
#> GSM827702     2       0          1  0  1
#> GSM827703     1       0          1  1  0
#> GSM827704     2       0          1  0  1
#> GSM827705     2       0          1  0  1
#> GSM827706     2       0          1  0  1
#> GSM827707     2       0          1  0  1
#> GSM827708     2       0          1  0  1
#> GSM827709     1       0          1  1  0
#> GSM827710     1       0          1  1  0
#> GSM827711     1       0          1  1  0
#> GSM827712     1       0          1  1  0
#> GSM827713     2       0          1  0  1
#> GSM827714     2       0          1  0  1
#> GSM827715     1       0          1  1  0
#> GSM827716     1       0          1  1  0
#> GSM827717     2       0          1  0  1
#> GSM827718     2       0          1  0  1
#> GSM827719     2       0          1  0  1
#> GSM827720     1       0          1  1  0
#> GSM827721     2       0          1  0  1
#> GSM827722     2       0          1  0  1
#> GSM827723     2       0          1  0  1
#> GSM827724     2       0          1  0  1
#> GSM827725     2       0          1  0  1
#> GSM827726     1       0          1  1  0
#> GSM827727     1       0          1  1  0
#> GSM827728     1       0          1  1  0
#> GSM827729     2       0          1  0  1
#> GSM827730     2       0          1  0  1
#> GSM827731     2       0          1  0  1
#> GSM827732     2       0          1  0  1
#> GSM827733     2       0          1  0  1
#> GSM827734     2       0          1  0  1
#> GSM827735     2       0          1  0  1
#> GSM827736     2       0          1  0  1
#> GSM827737     2       0          1  0  1
#> GSM827738     2       0          1  0  1
#> GSM827739     2       0          1  0  1
#> GSM827740     1       0          1  1  0
#> GSM827741     1       0          1  1  0
#> GSM827742     1       0          1  1  0
#> GSM827743     2       0          1  0  1
#> GSM827744     2       0          1  0  1
#> GSM827745     2       0          1  0  1
#> GSM827746     2       0          1  0  1
#> GSM827747     2       0          1  0  1
#> GSM827748     2       0          1  0  1
#> GSM827749     2       0          1  0  1
#> GSM827750     2       0          1  0  1
#> GSM827751     2       0          1  0  1
#> GSM827752     1       0          1  1  0
#> GSM827753     2       0          1  0  1
#> GSM827754     2       0          1  0  1
#> GSM827755     2       0          1  0  1
#> GSM827756     2       0          1  0  1
#> GSM827757     2       0          1  0  1
#> GSM827758     2       0          1  0  1
#> GSM827759     1       0          1  1  0
#> GSM827760     2       0          1  0  1
#> GSM827761     2       0          1  0  1
#> GSM827762     2       0          1  0  1
#> GSM827763     2       0          1  0  1
#> GSM827764     2       0          1  0  1
#> GSM827765     2       0          1  0  1
#> GSM827766     2       0          1  0  1
#> GSM827767     2       0          1  0  1
#> GSM827768     1       0          1  1  0
#> GSM827769     2       0          1  0  1
#> GSM827770     2       0          1  0  1
#> GSM827771     2       0          1  0  1
#> GSM827772     2       0          1  0  1
#> GSM827773     2       0          1  0  1
#> GSM827774     1       0          1  1  0
#> GSM827775     1       0          1  1  0
#> GSM827776     2       0          1  0  1
#> GSM827777     2       0          1  0  1
#> GSM827778     1       0          1  1  0
#> GSM827779     1       0          1  1  0
#> GSM827780     1       0          1  1  0
#> GSM827781     2       0          1  0  1
#> GSM827782     2       0          1  0  1
#> GSM827783     2       0          1  0  1
#> GSM827784     2       0          1  0  1
#> GSM827785     2       0          1  0  1
#> GSM827786     2       0          1  0  1
#> GSM827787     2       0          1  0  1
#> GSM827788     2       0          1  0  1
#> GSM827789     1       0          1  1  0
#> GSM827790     2       0          1  0  1
#> GSM827791     1       0          1  1  0
#> GSM827792     1       0          1  1  0
#> GSM827793     2       0          1  0  1
#> GSM827794     2       0          1  0  1
#> GSM827795     2       0          1  0  1
#> GSM827796     2       0          1  0  1
#> GSM827797     2       0          1  0  1
#> GSM827798     2       0          1  0  1
#> GSM827799     2       0          1  0  1
#> GSM827800     2       0          1  0  1
#> GSM827801     2       0          1  0  1
#> GSM827802     2       0          1  0  1
#> GSM827803     1       0          1  1  0
#> GSM827804     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1 p2    p3
#> GSM827665     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827666     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827667     1  0.2878     0.7841 0.904  0 0.096
#> GSM827668     3  0.2878     0.7799 0.096  0 0.904
#> GSM827669     1  0.3752     0.7770 0.856  0 0.144
#> GSM827670     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827671     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827672     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827673     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827674     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827675     1  0.2165     0.7707 0.936  0 0.064
#> GSM827676     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827677     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827678     1  0.6267     0.2396 0.548  0 0.452
#> GSM827679     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827680     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827681     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827682     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827683     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827684     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827685     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827686     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827687     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827688     3  0.5397     0.6160 0.280  0 0.720
#> GSM827689     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827690     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827691     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827692     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827693     1  0.5678     0.5963 0.684  0 0.316
#> GSM827694     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827695     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827696     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827697     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827698     3  0.1529     0.7799 0.040  0 0.960
#> GSM827699     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827700     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827701     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827702     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827703     1  0.5529     0.6239 0.704  0 0.296
#> GSM827704     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827705     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827706     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827707     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827708     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827709     1  0.0000     0.7293 1.000  0 0.000
#> GSM827710     3  0.5835     0.4990 0.340  0 0.660
#> GSM827711     1  0.4887     0.7170 0.772  0 0.228
#> GSM827712     3  0.5497     0.5971 0.292  0 0.708
#> GSM827713     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827714     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827715     1  0.0424     0.7357 0.992  0 0.008
#> GSM827716     1  0.2878     0.7839 0.904  0 0.096
#> GSM827717     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827718     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827719     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827720     3  0.1860     0.7767 0.052  0 0.948
#> GSM827721     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827722     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827723     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827724     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827725     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827726     3  0.2959     0.7791 0.100  0 0.900
#> GSM827727     3  0.0000     0.7692 0.000  0 1.000
#> GSM827728     3  0.0000     0.7692 0.000  0 1.000
#> GSM827729     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827730     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827731     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827732     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827733     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827734     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827735     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827736     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827737     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827738     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827739     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827740     3  0.6299     0.0219 0.476  0 0.524
#> GSM827741     1  0.6111     0.4140 0.604  0 0.396
#> GSM827742     1  0.3116     0.7850 0.892  0 0.108
#> GSM827743     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827744     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827745     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827746     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827747     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827748     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827749     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827750     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827751     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827752     3  0.5678     0.5537 0.316  0 0.684
#> GSM827753     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827754     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827755     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827756     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827757     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827758     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827759     3  0.6307    -0.0422 0.488  0 0.512
#> GSM827760     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827762     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827763     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827764     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827765     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827766     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827767     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827768     3  0.2959     0.7791 0.100  0 0.900
#> GSM827769     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827770     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827771     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827772     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827773     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827774     3  0.0000     0.7692 0.000  0 1.000
#> GSM827775     1  0.0000     0.7293 1.000  0 0.000
#> GSM827776     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827777     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827778     1  0.3619     0.7800 0.864  0 0.136
#> GSM827779     3  0.0000     0.7692 0.000  0 1.000
#> GSM827780     3  0.5254     0.6413 0.264  0 0.736
#> GSM827781     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827782     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827783     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827784     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827785     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827786     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827787     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827788     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827789     3  0.0592     0.7738 0.012  0 0.988
#> GSM827790     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827791     3  0.0000     0.7692 0.000  0 1.000
#> GSM827792     3  0.2959     0.7793 0.100  0 0.900
#> GSM827793     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827794     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827795     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827796     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827797     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827798     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827799     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827800     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827801     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827802     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000
#> GSM827803     1  0.6280     0.1947 0.540  0 0.460
#> GSM827804     2  0.0000     1.0000 0.000  1 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827666     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.1004     0.5632 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM827668     3  0.3172     0.6718 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM827669     1  0.1792     0.6119 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM827670     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827671     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827672     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827673     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827674     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827675     1  0.1807     0.4513 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM827676     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827677     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.4936     0.4614 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM827679     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827680     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827681     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827682     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827683     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827684     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827685     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827686     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827687     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827688     3  0.4872     0.3953 0.356 0.000 0.640 0.004
#> GSM827689     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827690     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827691     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827692     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827693     1  0.3975     0.6041 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM827694     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827695     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4959     0.6071 0.052 0.000 0.752 0.196
#> GSM827699     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827700     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827701     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827703     1  0.3945     0.6288 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM827704     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827705     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827707     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827709     1  0.3266     0.0557 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM827710     3  0.5060     0.2311 0.412 0.000 0.584 0.004
#> GSM827711     1  0.3074     0.6391 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM827712     3  0.4905     0.3796 0.364 0.000 0.632 0.004
#> GSM827713     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827715     1  0.2704     0.2073 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM827716     1  0.1833     0.5555 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM827717     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827720     3  0.2654     0.6763 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM827721     2  0.3311     0.8151 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM827722     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827723     2  0.3610     0.7800 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM827724     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827725     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827726     3  0.3219     0.6703 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM827727     3  0.3610     0.5830 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM827728     3  0.2722     0.6662 0.032 0.000 0.904 0.064
#> GSM827729     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827734     2  0.1389     0.9427 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM827735     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827736     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827738     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827739     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827740     1  0.5126     0.2779 0.552 0.000 0.444 0.004
#> GSM827741     1  0.4677     0.5682 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM827742     1  0.1305     0.5808 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM827743     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827745     2  0.2281     0.8978 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM827746     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827747     2  0.0188     0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827748     2  0.3400     0.8051 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM827749     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827750     2  0.2281     0.8978 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM827751     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827752     3  0.5004     0.3041 0.392 0.000 0.604 0.004
#> GSM827753     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827754     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827757     2  0.2281     0.8979 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM827758     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827759     1  0.5105     0.3125 0.564 0.000 0.432 0.004
#> GSM827760     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827766     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827767     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827768     3  0.3219     0.6703 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM827769     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827771     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827772     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827773     2  0.4277     0.6649 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM827774     3  0.3610     0.5830 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM827775     4  0.4996     0.0000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM827776     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827778     1  0.1637     0.6074 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM827779     3  0.3528     0.5914 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM827780     3  0.4800     0.4410 0.340 0.000 0.656 0.004
#> GSM827781     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827783     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827784     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827785     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827787     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827788     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.1824     0.6806 0.060 0.000 0.936 0.004
#> GSM827790     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.3528     0.5914 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM827792     3  0.3219     0.6701 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM827793     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827798     2  0.0592     0.9695 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827799     2  0.3219     0.8246 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM827800     2  0.4277     0.6649 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM827801     2  0.4193     0.6839 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM827802     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827803     1  0.4964     0.4629 0.616 0.000 0.380 0.004
#> GSM827804     2  0.0000     0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4    p5
#> GSM827665     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827666     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827667     1  0.0960     0.7365 0.972 0.000 0.016 NA 0.004
#> GSM827668     3  0.3115     0.6179 0.112 0.000 0.852 NA 0.000
#> GSM827669     1  0.1341     0.7399 0.944 0.000 0.056 NA 0.000
#> GSM827670     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827671     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827672     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827673     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827674     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827675     1  0.1788     0.7067 0.932 0.000 0.004 NA 0.008
#> GSM827676     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827677     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827678     1  0.4489     0.3570 0.572 0.000 0.420 NA 0.000
#> GSM827679     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827680     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827681     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827682     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827683     2  0.0609     0.9444 0.000 0.980 0.000 NA 0.020
#> GSM827684     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827685     2  0.0510     0.9487 0.000 0.984 0.000 NA 0.016
#> GSM827686     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827687     2  0.0404     0.9528 0.000 0.988 0.000 NA 0.012
#> GSM827688     3  0.4063     0.4086 0.280 0.000 0.708 NA 0.000
#> GSM827689     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827690     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827691     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827692     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827693     1  0.3305     0.6169 0.776 0.000 0.224 NA 0.000
#> GSM827694     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827695     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827696     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827697     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827698     3  0.5747     0.4801 0.072 0.000 0.468 NA 0.004
#> GSM827699     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827700     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827701     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827702     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827703     1  0.3861     0.6098 0.728 0.000 0.264 NA 0.000
#> GSM827704     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827705     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827706     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827707     2  0.0404     0.9528 0.000 0.988 0.000 NA 0.012
#> GSM827708     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827709     1  0.4266     0.6236 0.776 0.000 0.000 NA 0.120
#> GSM827710     3  0.4323     0.3115 0.332 0.000 0.656 NA 0.000
#> GSM827711     1  0.2516     0.7079 0.860 0.000 0.140 NA 0.000
#> GSM827712     3  0.4063     0.4149 0.280 0.000 0.708 NA 0.000
#> GSM827713     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827714     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827715     1  0.3090     0.6679 0.860 0.000 0.000 NA 0.052
#> GSM827716     1  0.1074     0.7324 0.968 0.000 0.012 NA 0.004
#> GSM827717     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827718     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827719     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827720     3  0.0865     0.6185 0.024 0.000 0.972 NA 0.000
#> GSM827721     2  0.4003     0.3439 0.000 0.704 0.000 NA 0.288
#> GSM827722     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827723     2  0.4639     0.0253 0.000 0.632 0.000 NA 0.344
#> GSM827724     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827725     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827726     3  0.3165     0.6166 0.116 0.000 0.848 NA 0.000
#> GSM827727     3  0.4249     0.4912 0.000 0.000 0.568 NA 0.000
#> GSM827728     3  0.2966     0.5888 0.000 0.000 0.816 NA 0.000
#> GSM827729     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827730     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827731     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827732     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827733     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827734     2  0.2077     0.8390 0.000 0.908 0.000 NA 0.084
#> GSM827735     2  0.0703     0.9399 0.000 0.976 0.000 NA 0.024
#> GSM827736     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827737     2  0.0404     0.9526 0.000 0.988 0.000 NA 0.012
#> GSM827738     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827739     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827740     3  0.4655    -0.2094 0.476 0.000 0.512 NA 0.000
#> GSM827741     1  0.4444     0.4762 0.624 0.000 0.364 NA 0.000
#> GSM827742     1  0.0771     0.7380 0.976 0.000 0.020 NA 0.000
#> GSM827743     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827744     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827745     2  0.3687     0.6113 0.000 0.792 0.000 NA 0.180
#> GSM827746     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827747     2  0.0404     0.9525 0.000 0.988 0.000 NA 0.012
#> GSM827748     2  0.4183     0.1996 0.000 0.668 0.000 NA 0.324
#> GSM827749     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827750     2  0.3574     0.6394 0.000 0.804 0.000 NA 0.168
#> GSM827751     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827752     3  0.4251     0.3420 0.316 0.000 0.672 NA 0.000
#> GSM827753     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827754     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827755     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827756     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827757     2  0.3675     0.6008 0.000 0.788 0.000 NA 0.188
#> GSM827758     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827759     1  0.4659     0.1787 0.496 0.000 0.492 NA 0.000
#> GSM827760     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827761     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827762     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827763     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827764     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827765     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827766     2  0.0703     0.9399 0.000 0.976 0.000 NA 0.024
#> GSM827767     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827768     3  0.3085     0.6159 0.116 0.000 0.852 NA 0.000
#> GSM827769     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827770     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827771     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827772     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827773     5  0.5291     0.4841 0.000 0.456 0.000 NA 0.496
#> GSM827774     3  0.4249     0.4912 0.000 0.000 0.568 NA 0.000
#> GSM827775     5  0.6289    -0.4306 0.152 0.000 0.000 NA 0.452
#> GSM827776     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827777     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827778     1  0.1357     0.7400 0.948 0.000 0.048 NA 0.004
#> GSM827779     3  0.4138     0.5184 0.000 0.000 0.616 NA 0.000
#> GSM827780     3  0.3967     0.4455 0.264 0.000 0.724 NA 0.000
#> GSM827781     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827782     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827783     2  0.0162     0.9593 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM827784     2  0.0290     0.9561 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> GSM827785     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827786     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827787     2  0.0703     0.9399 0.000 0.976 0.000 NA 0.024
#> GSM827788     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827789     3  0.1041     0.6195 0.004 0.000 0.964 NA 0.000
#> GSM827790     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827791     3  0.4138     0.5184 0.000 0.000 0.616 NA 0.000
#> GSM827792     3  0.2951     0.6167 0.112 0.000 0.860 NA 0.000
#> GSM827793     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827794     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827795     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827796     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827797     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827798     2  0.0992     0.9276 0.000 0.968 0.000 NA 0.024
#> GSM827799     2  0.4067     0.2931 0.000 0.692 0.000 NA 0.300
#> GSM827800     5  0.5291     0.4841 0.000 0.456 0.000 NA 0.496
#> GSM827801     2  0.4430    -0.3918 0.000 0.540 0.000 NA 0.456
#> GSM827802     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> GSM827803     1  0.4627     0.3239 0.544 0.000 0.444 NA 0.000
#> GSM827804     2  0.0000     0.9621 0.000 1.000 0.000 NA 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     4  0.0146     0.9504 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827666     4  0.0146     0.9504 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827667     1  0.0964     0.7166 0.968 0.004 0.016 0.000 0.000 0.012
#> GSM827668     3  0.3017     0.5749 0.108 0.052 0.840 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     1  0.1267     0.7337 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     4  0.0622     0.9469 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> GSM827671     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827672     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827673     4  0.0622     0.9466 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> GSM827674     4  0.0777     0.9402 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM827675     1  0.1707     0.6584 0.928 0.012 0.004 0.000 0.000 0.056
#> GSM827676     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827677     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827678     1  0.3823     0.2053 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     4  0.0622     0.9465 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> GSM827680     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827681     4  0.0508     0.9477 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM827682     4  0.0993     0.9339 0.000 0.012 0.000 0.964 0.024 0.000
#> GSM827683     4  0.2312     0.8270 0.000 0.012 0.000 0.876 0.112 0.000
#> GSM827684     4  0.1434     0.9128 0.000 0.012 0.000 0.940 0.048 0.000
#> GSM827685     4  0.2218     0.8402 0.000 0.012 0.000 0.884 0.104 0.000
#> GSM827686     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827687     4  0.1967     0.8696 0.000 0.012 0.000 0.904 0.084 0.000
#> GSM827688     3  0.3512     0.5383 0.272 0.008 0.720 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     4  0.0725     0.9448 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM827690     4  0.0508     0.9477 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM827691     4  0.1367     0.9179 0.000 0.012 0.000 0.944 0.044 0.000
#> GSM827692     4  0.1686     0.8949 0.000 0.012 0.000 0.924 0.064 0.000
#> GSM827693     1  0.2969     0.6018 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827695     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827696     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     2  0.5808     0.4123 0.072 0.644 0.212 0.000 0.032 0.040
#> GSM827699     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827700     4  0.1265     0.9200 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> GSM827701     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827702     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827703     1  0.3309     0.5519 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827705     4  0.0777     0.9400 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM827706     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827707     4  0.2070     0.8579 0.000 0.012 0.000 0.896 0.092 0.000
#> GSM827708     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827709     1  0.3287     0.4846 0.768 0.012 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM827710     3  0.3636     0.4725 0.320 0.004 0.676 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     1  0.2300     0.7011 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.3383     0.5480 0.268 0.004 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.0146     0.9504 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827714     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827715     1  0.2572     0.5791 0.852 0.012 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM827716     1  0.1086     0.7087 0.964 0.012 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM827717     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827718     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     4  0.0937     0.9266 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM827720     3  0.1088     0.4477 0.016 0.024 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM827721     4  0.4469    -0.1987 0.000 0.012 0.000 0.584 0.388 0.016
#> GSM827722     4  0.0405     0.9491 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM827723     5  0.5330     0.5952 0.000 0.068 0.000 0.356 0.556 0.020
#> GSM827724     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827725     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827726     3  0.3062     0.5785 0.112 0.052 0.836 0.000 0.000 0.000
#> GSM827727     2  0.3828     0.7541 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> GSM827728     3  0.2912    -0.0476 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> GSM827729     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827730     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827731     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827732     4  0.0146     0.9504 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827733     4  0.0260     0.9491 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827734     4  0.2426     0.8086 0.000 0.012 0.000 0.884 0.092 0.012
#> GSM827735     4  0.1663     0.8688 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM827736     4  0.0363     0.9477 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827737     4  0.1141     0.9145 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM827738     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827739     4  0.0363     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.3986     0.0432 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM827741     1  0.3852     0.3496 0.612 0.004 0.384 0.000 0.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0806     0.7210 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM827743     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827745     5  0.5604     0.5475 0.000 0.076 0.000 0.448 0.452 0.024
#> GSM827746     4  0.0146     0.9504 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827747     4  0.1080     0.9221 0.000 0.004 0.000 0.960 0.032 0.004
#> GSM827748     5  0.4533     0.6001 0.000 0.008 0.000 0.432 0.540 0.020
#> GSM827749     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827750     4  0.5567    -0.4848 0.000 0.076 0.000 0.504 0.396 0.024
#> GSM827751     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827752     3  0.3565     0.4935 0.304 0.004 0.692 0.000 0.000 0.000
#> GSM827753     4  0.0632     0.9403 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM827754     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827755     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.5573    -0.4575 0.000 0.072 0.000 0.516 0.384 0.028
#> GSM827758     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827759     3  0.3996    -0.0319 0.484 0.004 0.512 0.000 0.000 0.000
#> GSM827760     4  0.0725     0.9448 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM827761     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827762     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827763     4  0.0146     0.9504 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827764     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827765     4  0.0260     0.9495 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827766     4  0.2562     0.7161 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM827767     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827768     3  0.2999     0.5802 0.112 0.048 0.840 0.000 0.000 0.000
#> GSM827769     4  0.0146     0.9504 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827770     4  0.0363     0.9477 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827771     4  0.1010     0.9298 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> GSM827772     4  0.0603     0.9463 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM827773     5  0.3219    -0.2668 0.000 0.056 0.000 0.032 0.852 0.060
#> GSM827774     2  0.3828     0.7541 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     6  0.2260     0.0000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM827776     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     4  0.0713     0.9371 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM827778     1  0.1219     0.7318 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM827779     3  0.3823    -0.6457 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.3290     0.5697 0.252 0.004 0.744 0.000 0.000 0.000
#> GSM827781     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827782     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827783     4  0.1500     0.9100 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052 0.000
#> GSM827784     4  0.1802     0.8850 0.000 0.012 0.000 0.916 0.072 0.000
#> GSM827785     4  0.0508     0.9477 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM827786     4  0.0363     0.9473 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827787     4  0.2562     0.7161 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM827788     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.1204     0.3858 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM827790     4  0.0260     0.9496 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.3828    -0.6484 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM827792     3  0.2889     0.5793 0.108 0.044 0.848 0.000 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827794     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827796     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827797     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827798     4  0.1838     0.8804 0.000 0.012 0.000 0.928 0.040 0.020
#> GSM827799     5  0.4653     0.5164 0.000 0.012 0.000 0.476 0.492 0.020
#> GSM827800     5  0.3219    -0.2668 0.000 0.056 0.000 0.032 0.852 0.060
#> GSM827801     5  0.3915     0.4977 0.000 0.020 0.000 0.272 0.704 0.004
#> GSM827802     4  0.0291     0.9505 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM827803     1  0.3854     0.1298 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM827804     4  0.0000     0.9509 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> ATC:hclust 140           0.5189 2
#> ATC:hclust 134           0.2451 3
#> ATC:hclust 127           0.4017 4
#> ATC:hclust 119           0.0965 5
#> ATC:hclust 119           0.5747 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3710 0.630   0.630
#> 3 3 0.550           0.650       0.840         0.4961 0.837   0.741
#> 4 4 0.561           0.649       0.787         0.1973 0.814   0.618
#> 5 5 0.641           0.572       0.765         0.1036 0.889   0.674
#> 6 6 0.598           0.474       0.731         0.0518 0.938   0.764

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette p1 p2
#> GSM827665     2       0          1  0  1
#> GSM827666     2       0          1  0  1
#> GSM827667     1       0          1  1  0
#> GSM827668     1       0          1  1  0
#> GSM827669     1       0          1  1  0
#> GSM827670     2       0          1  0  1
#> GSM827671     2       0          1  0  1
#> GSM827672     2       0          1  0  1
#> GSM827673     2       0          1  0  1
#> GSM827674     2       0          1  0  1
#> GSM827675     1       0          1  1  0
#> GSM827676     2       0          1  0  1
#> GSM827677     2       0          1  0  1
#> GSM827678     1       0          1  1  0
#> GSM827679     2       0          1  0  1
#> GSM827680     2       0          1  0  1
#> GSM827681     2       0          1  0  1
#> GSM827682     2       0          1  0  1
#> GSM827683     2       0          1  0  1
#> GSM827684     2       0          1  0  1
#> GSM827685     2       0          1  0  1
#> GSM827686     2       0          1  0  1
#> GSM827687     2       0          1  0  1
#> GSM827688     1       0          1  1  0
#> GSM827689     2       0          1  0  1
#> GSM827690     2       0          1  0  1
#> GSM827691     2       0          1  0  1
#> GSM827692     2       0          1  0  1
#> GSM827693     1       0          1  1  0
#> GSM827694     2       0          1  0  1
#> GSM827695     2       0          1  0  1
#> GSM827696     2       0          1  0  1
#> GSM827697     2       0          1  0  1
#> GSM827698     1       0          1  1  0
#> GSM827699     2       0          1  0  1
#> GSM827700     2       0          1  0  1
#> GSM827701     2       0          1  0  1
#> GSM827702     2       0          1  0  1
#> GSM827703     1       0          1  1  0
#> GSM827704     2       0          1  0  1
#> GSM827705     2       0          1  0  1
#> GSM827706     2       0          1  0  1
#> GSM827707     2       0          1  0  1
#> GSM827708     2       0          1  0  1
#> GSM827709     1       0          1  1  0
#> GSM827710     1       0          1  1  0
#> GSM827711     1       0          1  1  0
#> GSM827712     1       0          1  1  0
#> GSM827713     2       0          1  0  1
#> GSM827714     2       0          1  0  1
#> GSM827715     1       0          1  1  0
#> GSM827716     1       0          1  1  0
#> GSM827717     2       0          1  0  1
#> GSM827718     2       0          1  0  1
#> GSM827719     2       0          1  0  1
#> GSM827720     1       0          1  1  0
#> GSM827721     2       0          1  0  1
#> GSM827722     2       0          1  0  1
#> GSM827723     2       0          1  0  1
#> GSM827724     2       0          1  0  1
#> GSM827725     2       0          1  0  1
#> GSM827726     1       0          1  1  0
#> GSM827727     1       0          1  1  0
#> GSM827728     1       0          1  1  0
#> GSM827729     2       0          1  0  1
#> GSM827730     2       0          1  0  1
#> GSM827731     2       0          1  0  1
#> GSM827732     2       0          1  0  1
#> GSM827733     2       0          1  0  1
#> GSM827734     2       0          1  0  1
#> GSM827735     2       0          1  0  1
#> GSM827736     2       0          1  0  1
#> GSM827737     2       0          1  0  1
#> GSM827738     2       0          1  0  1
#> GSM827739     2       0          1  0  1
#> GSM827740     1       0          1  1  0
#> GSM827741     1       0          1  1  0
#> GSM827742     1       0          1  1  0
#> GSM827743     2       0          1  0  1
#> GSM827744     2       0          1  0  1
#> GSM827745     2       0          1  0  1
#> GSM827746     2       0          1  0  1
#> GSM827747     2       0          1  0  1
#> GSM827748     2       0          1  0  1
#> GSM827749     2       0          1  0  1
#> GSM827750     2       0          1  0  1
#> GSM827751     2       0          1  0  1
#> GSM827752     1       0          1  1  0
#> GSM827753     2       0          1  0  1
#> GSM827754     2       0          1  0  1
#> GSM827755     2       0          1  0  1
#> GSM827756     2       0          1  0  1
#> GSM827757     2       0          1  0  1
#> GSM827758     2       0          1  0  1
#> GSM827759     1       0          1  1  0
#> GSM827760     2       0          1  0  1
#> GSM827761     2       0          1  0  1
#> GSM827762     2       0          1  0  1
#> GSM827763     2       0          1  0  1
#> GSM827764     2       0          1  0  1
#> GSM827765     2       0          1  0  1
#> GSM827766     2       0          1  0  1
#> GSM827767     2       0          1  0  1
#> GSM827768     1       0          1  1  0
#> GSM827769     2       0          1  0  1
#> GSM827770     2       0          1  0  1
#> GSM827771     2       0          1  0  1
#> GSM827772     2       0          1  0  1
#> GSM827773     2       0          1  0  1
#> GSM827774     1       0          1  1  0
#> GSM827775     1       0          1  1  0
#> GSM827776     2       0          1  0  1
#> GSM827777     2       0          1  0  1
#> GSM827778     1       0          1  1  0
#> GSM827779     1       0          1  1  0
#> GSM827780     1       0          1  1  0
#> GSM827781     2       0          1  0  1
#> GSM827782     2       0          1  0  1
#> GSM827783     2       0          1  0  1
#> GSM827784     2       0          1  0  1
#> GSM827785     2       0          1  0  1
#> GSM827786     2       0          1  0  1
#> GSM827787     2       0          1  0  1
#> GSM827788     2       0          1  0  1
#> GSM827789     1       0          1  1  0
#> GSM827790     2       0          1  0  1
#> GSM827791     1       0          1  1  0
#> GSM827792     1       0          1  1  0
#> GSM827793     2       0          1  0  1
#> GSM827794     2       0          1  0  1
#> GSM827795     2       0          1  0  1
#> GSM827796     2       0          1  0  1
#> GSM827797     2       0          1  0  1
#> GSM827798     2       0          1  0  1
#> GSM827799     2       0          1  0  1
#> GSM827800     2       0          1  0  1
#> GSM827801     2       0          1  0  1
#> GSM827802     2       0          1  0  1
#> GSM827803     1       0          1  1  0
#> GSM827804     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827666     2  0.1031    0.73692 0.024 0.976 0.000
#> GSM827667     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827668     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827669     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827670     2  0.6204    0.11806 0.424 0.576 0.000
#> GSM827671     2  0.4654    0.54352 0.208 0.792 0.000
#> GSM827672     2  0.3879    0.61907 0.152 0.848 0.000
#> GSM827673     2  0.6260    0.02208 0.448 0.552 0.000
#> GSM827674     2  0.5327    0.50897 0.272 0.728 0.000
#> GSM827675     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827676     2  0.6280   -0.01086 0.460 0.540 0.000
#> GSM827677     2  0.5706    0.41588 0.320 0.680 0.000
#> GSM827678     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827679     2  0.6095    0.22577 0.392 0.608 0.000
#> GSM827680     2  0.4654    0.54352 0.208 0.792 0.000
#> GSM827681     2  0.4654    0.54352 0.208 0.792 0.000
#> GSM827682     2  0.5968    0.28957 0.364 0.636 0.000
#> GSM827683     1  0.5810    0.72083 0.664 0.336 0.000
#> GSM827684     2  0.6267    0.00349 0.452 0.548 0.000
#> GSM827685     1  0.5810    0.72083 0.664 0.336 0.000
#> GSM827686     2  0.6180    0.16035 0.416 0.584 0.000
#> GSM827687     1  0.6008    0.66625 0.628 0.372 0.000
#> GSM827688     3  0.1529    0.93547 0.040 0.000 0.960
#> GSM827689     2  0.6111    0.20504 0.396 0.604 0.000
#> GSM827690     2  0.6126    0.21374 0.400 0.600 0.000
#> GSM827691     2  0.5968    0.28673 0.364 0.636 0.000
#> GSM827692     1  0.6192    0.52445 0.580 0.420 0.000
#> GSM827693     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827694     2  0.6274    0.00689 0.456 0.544 0.000
#> GSM827695     2  0.6267    0.02442 0.452 0.548 0.000
#> GSM827696     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827697     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827698     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827699     2  0.5733    0.37005 0.324 0.676 0.000
#> GSM827700     1  0.6026    0.65760 0.624 0.376 0.000
#> GSM827701     2  0.3879    0.64087 0.152 0.848 0.000
#> GSM827702     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827703     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827704     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827705     2  0.3412    0.67146 0.124 0.876 0.000
#> GSM827706     2  0.0424    0.74346 0.008 0.992 0.000
#> GSM827707     1  0.5926    0.69445 0.644 0.356 0.000
#> GSM827708     2  0.5098    0.49271 0.248 0.752 0.000
#> GSM827709     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827710     3  0.0747    0.93198 0.016 0.000 0.984
#> GSM827711     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827712     3  0.0747    0.93198 0.016 0.000 0.984
#> GSM827713     2  0.2796    0.70109 0.092 0.908 0.000
#> GSM827714     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827715     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827716     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827717     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827719     2  0.2959    0.69178 0.100 0.900 0.000
#> GSM827720     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827721     1  0.5926    0.73404 0.644 0.356 0.000
#> GSM827722     2  0.2537    0.70964 0.080 0.920 0.000
#> GSM827723     1  0.4555    0.75430 0.800 0.200 0.000
#> GSM827724     2  0.0424    0.74346 0.008 0.992 0.000
#> GSM827725     2  0.3752    0.65586 0.144 0.856 0.000
#> GSM827726     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827727     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827728     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827729     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827731     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827733     2  0.4654    0.55885 0.208 0.792 0.000
#> GSM827734     2  0.2959    0.69487 0.100 0.900 0.000
#> GSM827735     1  0.6299    0.53900 0.524 0.476 0.000
#> GSM827736     2  0.3551    0.66263 0.132 0.868 0.000
#> GSM827737     2  0.5254    0.42628 0.264 0.736 0.000
#> GSM827738     2  0.5138    0.48358 0.252 0.748 0.000
#> GSM827739     2  0.6026    0.26483 0.376 0.624 0.000
#> GSM827740     3  0.2356    0.93565 0.072 0.000 0.928
#> GSM827741     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827742     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827743     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827745     1  0.4750    0.76963 0.784 0.216 0.000
#> GSM827746     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827747     2  0.6280   -0.35271 0.460 0.540 0.000
#> GSM827748     1  0.4750    0.76963 0.784 0.216 0.000
#> GSM827749     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827750     1  0.5760    0.74403 0.672 0.328 0.000
#> GSM827751     2  0.5098    0.49261 0.248 0.752 0.000
#> GSM827752     3  0.1289    0.93537 0.032 0.000 0.968
#> GSM827753     2  0.3267    0.67776 0.116 0.884 0.000
#> GSM827754     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827755     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827757     1  0.5810    0.73400 0.664 0.336 0.000
#> GSM827758     2  0.3686    0.65919 0.140 0.860 0.000
#> GSM827759     3  0.3879    0.93212 0.152 0.000 0.848
#> GSM827760     2  0.6235    0.07364 0.436 0.564 0.000
#> GSM827761     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827764     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827765     2  0.1753    0.72939 0.048 0.952 0.000
#> GSM827766     2  0.6308   -0.46890 0.492 0.508 0.000
#> GSM827767     2  0.0424    0.74346 0.008 0.992 0.000
#> GSM827768     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827769     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827770     2  0.0424    0.74575 0.008 0.992 0.000
#> GSM827771     2  0.6154   -0.17130 0.408 0.592 0.000
#> GSM827772     2  0.4702    0.55219 0.212 0.788 0.000
#> GSM827773     1  0.4750    0.76963 0.784 0.216 0.000
#> GSM827774     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827775     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827776     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827777     2  0.1031    0.73943 0.024 0.976 0.000
#> GSM827778     3  0.4062    0.93105 0.164 0.000 0.836
#> GSM827779     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827780     3  0.0000    0.93354 0.000 0.000 1.000
#> GSM827781     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827782     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827783     2  0.6291   -0.09328 0.468 0.532 0.000
#> GSM827784     2  0.6286   -0.05565 0.464 0.536 0.000
#> GSM827785     2  0.4654    0.54352 0.208 0.792 0.000
#> GSM827786     2  0.1860    0.73082 0.052 0.948 0.000
#> GSM827787     1  0.6295    0.52998 0.528 0.472 0.000
#> GSM827788     2  0.1031    0.74171 0.024 0.976 0.000
#> GSM827789     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827790     2  0.1289    0.73972 0.032 0.968 0.000
#> GSM827791     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827792     3  0.1163    0.93031 0.028 0.000 0.972
#> GSM827793     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827797     2  0.0000    0.74798 0.000 1.000 0.000
#> GSM827798     2  0.6305   -0.42693 0.484 0.516 0.000
#> GSM827799     1  0.5621    0.75292 0.692 0.308 0.000
#> GSM827800     1  0.4750    0.76963 0.784 0.216 0.000
#> GSM827801     1  0.5706    0.75146 0.680 0.320 0.000
#> GSM827802     2  0.4750    0.54790 0.216 0.784 0.000
#> GSM827803     3  0.3340    0.93417 0.120 0.000 0.880
#> GSM827804     2  0.0592    0.74407 0.012 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.2814    0.65945 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM827666     2  0.2469    0.60121 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.4579    0.87162 0.032 0.000 0.768 0.200
#> GSM827668     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827669     3  0.4332    0.87424 0.032 0.000 0.792 0.176
#> GSM827670     1  0.3498    0.81417 0.832 0.160 0.000 0.008
#> GSM827671     2  0.4933   -0.04945 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM827672     2  0.4382    0.26982 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.3529    0.81224 0.836 0.152 0.000 0.012
#> GSM827674     1  0.4661    0.55351 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.4579    0.87162 0.032 0.000 0.768 0.200
#> GSM827676     1  0.3958    0.80836 0.824 0.144 0.000 0.032
#> GSM827677     1  0.4617    0.76698 0.764 0.204 0.000 0.032
#> GSM827678     3  0.4244    0.87488 0.032 0.000 0.800 0.168
#> GSM827679     1  0.3494    0.80952 0.824 0.172 0.000 0.004
#> GSM827680     2  0.4916   -0.02917 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM827681     2  0.4898   -0.00861 0.416 0.584 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.3681    0.80750 0.816 0.176 0.000 0.008
#> GSM827683     1  0.5066    0.49667 0.764 0.088 0.000 0.148
#> GSM827684     1  0.3529    0.81224 0.836 0.152 0.000 0.012
#> GSM827685     1  0.2775    0.72568 0.896 0.084 0.000 0.020
#> GSM827686     1  0.4105    0.80771 0.812 0.156 0.000 0.032
#> GSM827687     1  0.2867    0.76182 0.884 0.104 0.000 0.012
#> GSM827688     3  0.1004    0.88716 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM827689     1  0.3672    0.81316 0.824 0.164 0.000 0.012
#> GSM827690     1  0.4199    0.80428 0.804 0.164 0.000 0.032
#> GSM827691     1  0.3626    0.80115 0.812 0.184 0.000 0.004
#> GSM827692     1  0.3161    0.79102 0.864 0.124 0.000 0.012
#> GSM827693     3  0.4244    0.87488 0.032 0.000 0.800 0.168
#> GSM827694     1  0.4008    0.80929 0.820 0.148 0.000 0.032
#> GSM827695     1  0.4008    0.80929 0.820 0.148 0.000 0.032
#> GSM827696     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.2032    0.87806 0.028 0.000 0.936 0.036
#> GSM827699     1  0.4418    0.78767 0.784 0.184 0.000 0.032
#> GSM827700     1  0.2988    0.77283 0.876 0.112 0.000 0.012
#> GSM827701     1  0.5321    0.63298 0.672 0.296 0.000 0.032
#> GSM827702     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.4244    0.87488 0.032 0.000 0.800 0.168
#> GSM827704     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827705     2  0.4804    0.37320 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.1474    0.69276 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.2662    0.73043 0.900 0.084 0.000 0.016
#> GSM827708     2  0.5846    0.12826 0.452 0.516 0.000 0.032
#> GSM827709     3  0.4579    0.87162 0.032 0.000 0.768 0.200
#> GSM827710     3  0.0657    0.88508 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM827711     3  0.4244    0.87488 0.032 0.000 0.800 0.168
#> GSM827712     3  0.0657    0.88508 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM827713     2  0.4746    0.40238 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.2868    0.65709 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM827715     3  0.4579    0.87162 0.032 0.000 0.768 0.200
#> GSM827716     3  0.4500    0.87268 0.032 0.000 0.776 0.192
#> GSM827717     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.4304    0.52536 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM827720     3  0.2313    0.87580 0.044 0.000 0.924 0.032
#> GSM827721     1  0.6733   -0.15772 0.492 0.092 0.000 0.416
#> GSM827722     2  0.4746    0.40238 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM827723     4  0.5074    0.88598 0.236 0.040 0.000 0.724
#> GSM827724     2  0.5630    0.36963 0.360 0.608 0.000 0.032
#> GSM827725     2  0.5004    0.35973 0.392 0.604 0.000 0.004
#> GSM827726     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827727     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827728     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827729     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.0592    0.70237 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.5193    0.29505 0.412 0.580 0.000 0.008
#> GSM827734     2  0.4761    0.39907 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM827735     1  0.6586    0.24375 0.544 0.368 0.000 0.088
#> GSM827736     2  0.4761    0.39706 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.5112    0.37050 0.384 0.608 0.000 0.008
#> GSM827738     1  0.5859    0.02602 0.496 0.472 0.000 0.032
#> GSM827739     1  0.4332    0.79555 0.792 0.176 0.000 0.032
#> GSM827740     3  0.1677    0.88771 0.012 0.000 0.948 0.040
#> GSM827741     3  0.4244    0.87488 0.032 0.000 0.800 0.168
#> GSM827742     3  0.4500    0.87268 0.032 0.000 0.776 0.192
#> GSM827743     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827745     4  0.5170    0.89770 0.228 0.048 0.000 0.724
#> GSM827746     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827747     1  0.6944    0.10740 0.484 0.404 0.000 0.112
#> GSM827748     4  0.5170    0.89770 0.228 0.048 0.000 0.724
#> GSM827749     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827750     4  0.5473    0.89035 0.192 0.084 0.000 0.724
#> GSM827751     2  0.5846    0.12826 0.452 0.516 0.000 0.032
#> GSM827752     3  0.0895    0.88716 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM827753     2  0.4406    0.50498 0.300 0.700 0.000 0.000
#> GSM827754     2  0.3444    0.62222 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM827755     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.5473    0.89035 0.192 0.084 0.000 0.724
#> GSM827758     1  0.5850    0.14755 0.512 0.456 0.000 0.032
#> GSM827759     3  0.4010    0.87827 0.028 0.000 0.816 0.156
#> GSM827760     1  0.3577    0.81354 0.832 0.156 0.000 0.012
#> GSM827761     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.2704    0.66384 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM827765     2  0.4730    0.40931 0.364 0.636 0.000 0.000
#> GSM827766     2  0.7362   -0.06294 0.164 0.464 0.000 0.372
#> GSM827767     2  0.4632    0.49317 0.308 0.688 0.000 0.004
#> GSM827768     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827769     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827770     2  0.2921    0.65454 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM827771     2  0.5402    0.14670 0.472 0.516 0.000 0.012
#> GSM827772     2  0.5279    0.31526 0.400 0.588 0.000 0.012
#> GSM827773     4  0.5170    0.89721 0.228 0.048 0.000 0.724
#> GSM827774     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827775     3  0.4579    0.87162 0.032 0.000 0.768 0.200
#> GSM827776     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.2973    0.65251 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM827778     3  0.4375    0.87386 0.032 0.000 0.788 0.180
#> GSM827779     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827780     3  0.0524    0.88603 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM827781     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.3718    0.81018 0.820 0.168 0.000 0.012
#> GSM827784     1  0.3479    0.81006 0.840 0.148 0.000 0.012
#> GSM827785     2  0.4955   -0.06335 0.444 0.556 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.4776    0.38237 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM827787     4  0.7566    0.22018 0.192 0.392 0.000 0.416
#> GSM827788     2  0.5808    0.17719 0.424 0.544 0.000 0.032
#> GSM827789     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827790     2  0.5699    0.31795 0.380 0.588 0.000 0.032
#> GSM827791     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827792     3  0.2399    0.87525 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM827793     2  0.3873    0.57997 0.228 0.772 0.000 0.000
#> GSM827794     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.0000    0.70583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827798     1  0.7075    0.13764 0.488 0.384 0.000 0.128
#> GSM827799     4  0.5076    0.87889 0.172 0.072 0.000 0.756
#> GSM827800     4  0.5170    0.89721 0.228 0.048 0.000 0.724
#> GSM827801     4  0.5410    0.89336 0.192 0.080 0.000 0.728
#> GSM827802     2  0.5396    0.12008 0.464 0.524 0.000 0.012
#> GSM827803     3  0.3051    0.88520 0.028 0.000 0.884 0.088
#> GSM827804     2  0.4855    0.42650 0.352 0.644 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.3966    0.59109 0.132 0.796 0.000 0.072 0.000
#> GSM827666     2  0.1430    0.69169 0.052 0.944 0.000 0.004 0.000
#> GSM827667     3  0.1522    0.83196 0.044 0.000 0.944 0.000 0.012
#> GSM827668     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827669     3  0.0162    0.83838 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.3532    0.55263 0.824 0.048 0.000 0.128 0.000
#> GSM827671     1  0.4430    0.29047 0.540 0.456 0.000 0.004 0.000
#> GSM827672     2  0.4161    0.05656 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2378    0.60825 0.904 0.048 0.000 0.048 0.000
#> GSM827674     1  0.2798    0.54811 0.852 0.140 0.000 0.008 0.000
#> GSM827675     3  0.1626    0.83119 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> GSM827676     1  0.5295   -0.09328 0.488 0.048 0.000 0.464 0.000
#> GSM827677     4  0.5353    0.09479 0.472 0.052 0.000 0.476 0.000
#> GSM827678     3  0.0162    0.83924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827679     1  0.2914    0.59346 0.872 0.052 0.000 0.076 0.000
#> GSM827680     1  0.4430    0.29047 0.540 0.456 0.000 0.004 0.000
#> GSM827681     1  0.4291    0.28288 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.2124    0.61769 0.916 0.056 0.000 0.028 0.000
#> GSM827683     1  0.2990    0.57162 0.876 0.032 0.000 0.012 0.080
#> GSM827684     1  0.1981    0.61657 0.924 0.048 0.000 0.028 0.000
#> GSM827685     1  0.1978    0.61092 0.932 0.032 0.000 0.012 0.024
#> GSM827686     1  0.5080    0.24797 0.604 0.048 0.000 0.348 0.000
#> GSM827687     1  0.1764    0.61702 0.940 0.036 0.000 0.012 0.012
#> GSM827688     3  0.3487    0.85291 0.000 0.000 0.780 0.212 0.008
#> GSM827689     1  0.3289    0.56768 0.844 0.048 0.000 0.108 0.000
#> GSM827690     1  0.5165    0.17995 0.576 0.048 0.000 0.376 0.000
#> GSM827691     1  0.1740    0.62040 0.932 0.056 0.000 0.012 0.000
#> GSM827692     1  0.1764    0.61916 0.940 0.036 0.000 0.012 0.012
#> GSM827693     3  0.0162    0.83838 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.5107    0.24251 0.596 0.048 0.000 0.356 0.000
#> GSM827695     1  0.5107    0.24251 0.596 0.048 0.000 0.356 0.000
#> GSM827696     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827697     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.4288    0.83728 0.000 0.000 0.664 0.324 0.012
#> GSM827699     1  0.5452   -0.09793 0.492 0.060 0.000 0.448 0.000
#> GSM827700     1  0.1764    0.61711 0.940 0.036 0.000 0.012 0.012
#> GSM827701     4  0.5895    0.36873 0.396 0.104 0.000 0.500 0.000
#> GSM827702     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.0162    0.83838 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827705     2  0.5579    0.03360 0.420 0.508 0.000 0.072 0.000
#> GSM827706     2  0.4221    0.45684 0.032 0.732 0.000 0.236 0.000
#> GSM827707     1  0.1891    0.61797 0.936 0.032 0.000 0.016 0.016
#> GSM827708     4  0.6897    0.73261 0.208 0.216 0.000 0.540 0.036
#> GSM827709     3  0.1725    0.83123 0.044 0.000 0.936 0.000 0.020
#> GSM827710     3  0.3807    0.84919 0.000 0.000 0.748 0.240 0.012
#> GSM827711     3  0.0162    0.83838 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.3807    0.84919 0.000 0.000 0.748 0.240 0.012
#> GSM827713     2  0.6068    0.05164 0.328 0.532 0.000 0.140 0.000
#> GSM827714     2  0.2729    0.66985 0.056 0.884 0.000 0.060 0.000
#> GSM827715     3  0.1725    0.83123 0.044 0.000 0.936 0.000 0.020
#> GSM827716     3  0.1082    0.83519 0.028 0.000 0.964 0.000 0.008
#> GSM827717     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.4067    0.45568 0.300 0.692 0.000 0.008 0.000
#> GSM827720     3  0.4288    0.83617 0.000 0.000 0.664 0.324 0.012
#> GSM827721     5  0.5427    0.35260 0.368 0.024 0.000 0.028 0.580
#> GSM827722     2  0.6365   -0.10932 0.272 0.516 0.000 0.212 0.000
#> GSM827723     5  0.2537    0.80470 0.056 0.016 0.000 0.024 0.904
#> GSM827724     4  0.6402    0.67422 0.180 0.348 0.000 0.472 0.000
#> GSM827725     4  0.6602    0.57691 0.212 0.384 0.000 0.404 0.000
#> GSM827726     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827727     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827728     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827729     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.1043    0.72222 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.6880   -0.12624 0.376 0.456 0.000 0.136 0.032
#> GSM827734     2  0.6296   -0.05982 0.272 0.528 0.000 0.200 0.000
#> GSM827735     1  0.7982   -0.36622 0.408 0.292 0.000 0.188 0.112
#> GSM827736     2  0.6133    0.03384 0.364 0.512 0.000 0.120 0.004
#> GSM827737     2  0.6853   -0.05780 0.392 0.456 0.000 0.108 0.044
#> GSM827738     4  0.6269    0.69390 0.284 0.188 0.000 0.528 0.000
#> GSM827739     1  0.5330    0.10636 0.548 0.056 0.000 0.396 0.000
#> GSM827740     3  0.2890    0.85370 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM827741     3  0.0162    0.83838 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM827742     3  0.1082    0.83519 0.028 0.000 0.964 0.000 0.008
#> GSM827743     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827745     5  0.2395    0.80459 0.024 0.016 0.000 0.048 0.912
#> GSM827746     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827747     4  0.7915    0.59060 0.300 0.208 0.000 0.400 0.092
#> GSM827748     5  0.2347    0.80318 0.056 0.016 0.000 0.016 0.912
#> GSM827749     2  0.0290    0.73701 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM827750     5  0.2492    0.80491 0.024 0.020 0.000 0.048 0.908
#> GSM827751     4  0.7094    0.73126 0.208 0.256 0.000 0.500 0.036
#> GSM827752     3  0.3455    0.85267 0.000 0.000 0.784 0.208 0.008
#> GSM827753     2  0.4356    0.38037 0.340 0.648 0.000 0.012 0.000
#> GSM827754     2  0.4373    0.54806 0.160 0.760 0.000 0.080 0.000
#> GSM827755     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827757     5  0.2684    0.80398 0.032 0.024 0.000 0.044 0.900
#> GSM827758     4  0.6269    0.68113 0.284 0.188 0.000 0.528 0.000
#> GSM827759     3  0.0566    0.84216 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM827760     1  0.2149    0.61527 0.916 0.048 0.000 0.036 0.000
#> GSM827761     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.3297    0.64807 0.084 0.848 0.000 0.068 0.000
#> GSM827765     2  0.5664    0.15889 0.348 0.560 0.000 0.092 0.000
#> GSM827766     5  0.7784   -0.07519 0.116 0.372 0.000 0.132 0.380
#> GSM827767     2  0.6213   -0.47473 0.140 0.452 0.000 0.408 0.000
#> GSM827768     3  0.4235    0.83449 0.000 0.000 0.656 0.336 0.008
#> GSM827769     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827770     2  0.3399    0.61887 0.168 0.812 0.000 0.020 0.000
#> GSM827771     1  0.6988   -0.34478 0.428 0.408 0.000 0.116 0.048
#> GSM827772     2  0.6883   -0.09273 0.376 0.460 0.000 0.128 0.036
#> GSM827773     5  0.2861    0.78855 0.024 0.016 0.000 0.076 0.884
#> GSM827774     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827775     3  0.1741    0.83150 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> GSM827776     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.3231    0.60730 0.196 0.800 0.000 0.004 0.000
#> GSM827778     3  0.0898    0.83625 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM827779     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827780     3  0.3835    0.84876 0.000 0.000 0.744 0.244 0.012
#> GSM827781     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.1956    0.60690 0.916 0.076 0.000 0.008 0.000
#> GSM827784     1  0.1682    0.62058 0.940 0.044 0.000 0.012 0.004
#> GSM827785     1  0.4434    0.27544 0.536 0.460 0.000 0.004 0.000
#> GSM827786     2  0.5989   -0.07791 0.412 0.476 0.000 0.112 0.000
#> GSM827787     5  0.7948    0.00772 0.116 0.300 0.000 0.172 0.412
#> GSM827788     4  0.6392    0.70878 0.268 0.220 0.000 0.512 0.000
#> GSM827789     3  0.4323    0.83479 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> GSM827790     4  0.6380    0.72350 0.204 0.288 0.000 0.508 0.000
#> GSM827791     3  0.4252    0.83414 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008
#> GSM827792     3  0.4323    0.83479 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> GSM827793     2  0.5472    0.26410 0.140 0.652 0.000 0.208 0.000
#> GSM827794     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.0000    0.74101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827798     4  0.7423    0.67938 0.188 0.192 0.000 0.524 0.096
#> GSM827799     5  0.2825    0.80069 0.048 0.020 0.000 0.040 0.892
#> GSM827800     5  0.2861    0.78855 0.024 0.016 0.000 0.076 0.884
#> GSM827801     5  0.2249    0.79653 0.020 0.020 0.000 0.040 0.920
#> GSM827802     2  0.7522   -0.43670 0.292 0.392 0.000 0.276 0.040
#> GSM827803     3  0.1892    0.85046 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM827804     4  0.6459    0.56450 0.180 0.400 0.000 0.420 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     4  0.5027     0.5981 0.168 0.044 0.000 0.700 0.000 0.088
#> GSM827666     4  0.1225     0.7399 0.036 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012
#> GSM827667     6  0.3996     0.8836 0.004 0.000 0.484 0.000 0.000 0.512
#> GSM827668     3  0.2723     0.4978 0.004 0.128 0.852 0.000 0.016 0.000
#> GSM827669     3  0.3765    -0.5857 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM827670     1  0.3390     0.5195 0.808 0.152 0.000 0.032 0.000 0.008
#> GSM827671     1  0.3823     0.3599 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM827672     4  0.3747     0.0371 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2259     0.6545 0.908 0.040 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM827674     1  0.3142     0.6118 0.840 0.008 0.000 0.108 0.000 0.044
#> GSM827675     6  0.4222     0.9211 0.004 0.008 0.472 0.000 0.000 0.516
#> GSM827676     2  0.4654     0.5842 0.288 0.660 0.000 0.024 0.004 0.024
#> GSM827677     2  0.4564     0.6138 0.256 0.684 0.000 0.036 0.000 0.024
#> GSM827678     3  0.3911    -0.5197 0.000 0.008 0.624 0.000 0.000 0.368
#> GSM827679     1  0.2917     0.6200 0.868 0.072 0.000 0.032 0.000 0.028
#> GSM827680     1  0.3828     0.3525 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> GSM827681     1  0.4051     0.3563 0.560 0.000 0.000 0.432 0.000 0.008
#> GSM827682     1  0.1592     0.6757 0.940 0.008 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM827683     1  0.2373     0.6464 0.900 0.004 0.000 0.016 0.064 0.016
#> GSM827684     1  0.1503     0.6720 0.944 0.016 0.000 0.032 0.000 0.008
#> GSM827685     1  0.2143     0.6525 0.916 0.012 0.000 0.008 0.048 0.016
#> GSM827686     2  0.4746     0.4137 0.420 0.540 0.000 0.028 0.000 0.012
#> GSM827687     1  0.1686     0.6697 0.940 0.004 0.000 0.016 0.024 0.016
#> GSM827688     3  0.2165     0.3156 0.000 0.008 0.884 0.000 0.000 0.108
#> GSM827689     1  0.3031     0.5920 0.852 0.100 0.000 0.032 0.000 0.016
#> GSM827690     2  0.4763     0.4749 0.384 0.572 0.000 0.028 0.000 0.016
#> GSM827691     1  0.1296     0.6770 0.952 0.004 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM827692     1  0.1596     0.6714 0.944 0.012 0.000 0.020 0.020 0.004
#> GSM827693     3  0.3934    -0.5344 0.000 0.008 0.616 0.000 0.000 0.376
#> GSM827694     2  0.4950     0.4308 0.404 0.544 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM827695     2  0.4727     0.4360 0.408 0.552 0.000 0.028 0.000 0.012
#> GSM827696     4  0.0458     0.7610 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827697     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.2568     0.4757 0.004 0.088 0.880 0.000 0.024 0.004
#> GSM827699     2  0.4452     0.5691 0.312 0.648 0.000 0.028 0.000 0.012
#> GSM827700     1  0.1692     0.6729 0.940 0.008 0.000 0.020 0.024 0.008
#> GSM827701     2  0.4836     0.6414 0.212 0.692 0.000 0.068 0.000 0.028
#> GSM827702     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.3737    -0.5568 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM827704     4  0.0260     0.7638 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM827705     4  0.6859     0.2200 0.348 0.088 0.000 0.432 0.004 0.128
#> GSM827706     4  0.4399     0.5216 0.024 0.228 0.000 0.712 0.000 0.036
#> GSM827707     1  0.2007     0.6606 0.924 0.008 0.000 0.012 0.040 0.016
#> GSM827708     2  0.6213     0.6363 0.088 0.636 0.000 0.124 0.024 0.128
#> GSM827709     6  0.5125     0.9452 0.020 0.016 0.472 0.000 0.016 0.476
#> GSM827710     3  0.1082     0.4211 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM827711     3  0.3727    -0.5480 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM827712     3  0.1082     0.4211 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM827713     4  0.7298     0.1985 0.272 0.128 0.000 0.436 0.008 0.156
#> GSM827714     4  0.3884     0.6734 0.080 0.048 0.000 0.808 0.000 0.064
#> GSM827715     6  0.5125     0.9452 0.020 0.016 0.472 0.000 0.016 0.476
#> GSM827716     3  0.3866    -0.8155 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM827717     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827718     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     4  0.5174     0.4683 0.312 0.012 0.000 0.596 0.000 0.080
#> GSM827720     3  0.2408     0.4961 0.004 0.108 0.876 0.000 0.012 0.000
#> GSM827721     5  0.5805     0.3431 0.356 0.028 0.000 0.020 0.540 0.056
#> GSM827722     4  0.7483     0.0501 0.208 0.220 0.000 0.408 0.004 0.160
#> GSM827723     5  0.2325     0.7799 0.068 0.008 0.000 0.004 0.900 0.020
#> GSM827724     2  0.6342     0.6142 0.092 0.580 0.000 0.204 0.004 0.120
#> GSM827725     2  0.7009     0.4794 0.112 0.468 0.000 0.272 0.004 0.144
#> GSM827726     3  0.2723     0.4978 0.004 0.128 0.852 0.000 0.016 0.000
#> GSM827727     3  0.2872     0.4927 0.004 0.152 0.832 0.000 0.012 0.000
#> GSM827728     3  0.2833     0.4941 0.004 0.148 0.836 0.000 0.012 0.000
#> GSM827729     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827730     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827731     4  0.2573     0.7281 0.044 0.008 0.000 0.884 0.000 0.064
#> GSM827732     4  0.0291     0.7642 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM827733     4  0.7516     0.1100 0.324 0.120 0.000 0.380 0.016 0.160
#> GSM827734     4  0.7417     0.1268 0.224 0.188 0.000 0.436 0.008 0.144
#> GSM827735     1  0.8649    -0.1266 0.340 0.136 0.000 0.160 0.164 0.200
#> GSM827736     4  0.7289     0.1845 0.304 0.108 0.000 0.412 0.008 0.168
#> GSM827737     1  0.7828    -0.1221 0.340 0.092 0.000 0.328 0.040 0.200
#> GSM827738     2  0.4278     0.6716 0.140 0.748 0.000 0.104 0.000 0.008
#> GSM827739     2  0.4556     0.5387 0.340 0.620 0.000 0.028 0.000 0.012
#> GSM827740     3  0.2595     0.2044 0.000 0.004 0.836 0.000 0.000 0.160
#> GSM827741     3  0.3830    -0.5267 0.000 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376
#> GSM827742     3  0.3867    -0.8260 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM827743     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827744     4  0.0777     0.7571 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM827745     5  0.3449     0.7786 0.036 0.028 0.000 0.012 0.844 0.080
#> GSM827746     4  0.0405     0.7634 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM827747     2  0.8247     0.4107 0.184 0.412 0.000 0.116 0.112 0.176
#> GSM827748     5  0.2756     0.7796 0.072 0.008 0.000 0.012 0.880 0.028
#> GSM827749     4  0.1075     0.7535 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM827750     5  0.3374     0.7742 0.020 0.028 0.000 0.020 0.848 0.084
#> GSM827751     2  0.6762     0.6142 0.096 0.580 0.000 0.160 0.032 0.132
#> GSM827752     3  0.2445     0.3006 0.000 0.008 0.868 0.000 0.004 0.120
#> GSM827753     4  0.5546     0.4293 0.320 0.016 0.000 0.568 0.004 0.092
#> GSM827754     4  0.5010     0.5900 0.168 0.056 0.000 0.704 0.000 0.072
#> GSM827755     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827757     5  0.3317     0.7735 0.028 0.028 0.000 0.020 0.856 0.068
#> GSM827758     2  0.4286     0.6690 0.156 0.744 0.000 0.092 0.000 0.008
#> GSM827759     3  0.3756    -0.4742 0.000 0.004 0.644 0.000 0.000 0.352
#> GSM827760     1  0.2277     0.6587 0.908 0.032 0.000 0.032 0.000 0.028
#> GSM827761     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827762     4  0.0146     0.7644 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827763     4  0.0405     0.7634 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM827764     4  0.4408     0.6488 0.104 0.060 0.000 0.768 0.000 0.068
#> GSM827765     4  0.7006     0.2537 0.292 0.096 0.000 0.452 0.004 0.156
#> GSM827766     5  0.7840     0.2535 0.060 0.100 0.000 0.224 0.436 0.180
#> GSM827767     2  0.6331     0.5143 0.084 0.532 0.000 0.296 0.004 0.084
#> GSM827768     3  0.2723     0.4978 0.004 0.128 0.852 0.000 0.016 0.000
#> GSM827769     4  0.1152     0.7529 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM827770     4  0.4795     0.5927 0.204 0.016 0.000 0.692 0.000 0.088
#> GSM827771     1  0.7739    -0.1323 0.364 0.116 0.000 0.336 0.036 0.148
#> GSM827772     4  0.7840     0.0724 0.324 0.108 0.000 0.356 0.040 0.172
#> GSM827773     5  0.4682     0.7375 0.040 0.040 0.000 0.012 0.736 0.172
#> GSM827774     3  0.2872     0.4927 0.004 0.152 0.832 0.000 0.012 0.000
#> GSM827775     6  0.5125     0.9452 0.020 0.016 0.472 0.000 0.016 0.476
#> GSM827776     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     4  0.5120     0.5598 0.216 0.012 0.000 0.652 0.000 0.120
#> GSM827778     3  0.3804    -0.6441 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM827779     3  0.2872     0.4927 0.004 0.152 0.832 0.000 0.012 0.000
#> GSM827780     3  0.1531     0.3866 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000 0.068
#> GSM827781     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827782     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.2604     0.6508 0.884 0.004 0.000 0.044 0.004 0.064
#> GSM827784     1  0.1534     0.6774 0.944 0.004 0.000 0.032 0.004 0.016
#> GSM827785     1  0.4282     0.3477 0.560 0.000 0.000 0.420 0.000 0.020
#> GSM827786     4  0.7199     0.1432 0.340 0.108 0.000 0.388 0.004 0.160
#> GSM827787     5  0.7707     0.3075 0.052 0.120 0.000 0.180 0.468 0.180
#> GSM827788     2  0.4710     0.6674 0.132 0.716 0.000 0.136 0.000 0.016
#> GSM827789     3  0.2714     0.4967 0.004 0.136 0.848 0.000 0.012 0.000
#> GSM827790     2  0.4789     0.6620 0.100 0.712 0.000 0.164 0.000 0.024
#> GSM827791     3  0.2872     0.4927 0.004 0.152 0.832 0.000 0.012 0.000
#> GSM827792     3  0.2680     0.4981 0.004 0.124 0.856 0.000 0.016 0.000
#> GSM827793     4  0.6495     0.2829 0.076 0.228 0.000 0.548 0.004 0.144
#> GSM827794     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827795     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827796     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827797     4  0.0000     0.7649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827798     2  0.7007     0.5628 0.088 0.580 0.000 0.108 0.088 0.136
#> GSM827799     5  0.3146     0.7774 0.048 0.028 0.000 0.016 0.868 0.040
#> GSM827800     5  0.4682     0.7375 0.040 0.040 0.000 0.012 0.736 0.172
#> GSM827801     5  0.2979     0.7726 0.036 0.020 0.000 0.016 0.876 0.052
#> GSM827802     2  0.8450     0.2710 0.236 0.260 0.000 0.252 0.052 0.200
#> GSM827803     3  0.3240    -0.1108 0.000 0.004 0.752 0.000 0.000 0.244
#> GSM827804     2  0.6459     0.5354 0.088 0.532 0.000 0.276 0.004 0.100

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> ATC:kmeans 140         5.19e-01 2
#> ATC:kmeans 114         5.53e-01 3
#> ATC:kmeans 106         7.24e-08 4
#> ATC:kmeans 105         2.65e-05 5
#> ATC:kmeans  81         7.40e-04 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3710 0.630   0.630
#> 3 3 0.720           0.706       0.887         0.3758 0.958   0.933
#> 4 4 0.665           0.816       0.867         0.1608 0.761   0.595
#> 5 5 0.561           0.740       0.814         0.0723 0.982   0.950
#> 6 6 0.508           0.641       0.783         0.0324 0.971   0.923

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette p1 p2
#> GSM827665     2       0          1  0  1
#> GSM827666     2       0          1  0  1
#> GSM827667     1       0          1  1  0
#> GSM827668     1       0          1  1  0
#> GSM827669     1       0          1  1  0
#> GSM827670     2       0          1  0  1
#> GSM827671     2       0          1  0  1
#> GSM827672     2       0          1  0  1
#> GSM827673     2       0          1  0  1
#> GSM827674     2       0          1  0  1
#> GSM827675     1       0          1  1  0
#> GSM827676     2       0          1  0  1
#> GSM827677     2       0          1  0  1
#> GSM827678     1       0          1  1  0
#> GSM827679     2       0          1  0  1
#> GSM827680     2       0          1  0  1
#> GSM827681     2       0          1  0  1
#> GSM827682     2       0          1  0  1
#> GSM827683     2       0          1  0  1
#> GSM827684     2       0          1  0  1
#> GSM827685     2       0          1  0  1
#> GSM827686     2       0          1  0  1
#> GSM827687     2       0          1  0  1
#> GSM827688     1       0          1  1  0
#> GSM827689     2       0          1  0  1
#> GSM827690     2       0          1  0  1
#> GSM827691     2       0          1  0  1
#> GSM827692     2       0          1  0  1
#> GSM827693     1       0          1  1  0
#> GSM827694     2       0          1  0  1
#> GSM827695     2       0          1  0  1
#> GSM827696     2       0          1  0  1
#> GSM827697     2       0          1  0  1
#> GSM827698     1       0          1  1  0
#> GSM827699     2       0          1  0  1
#> GSM827700     2       0          1  0  1
#> GSM827701     2       0          1  0  1
#> GSM827702     2       0          1  0  1
#> GSM827703     1       0          1  1  0
#> GSM827704     2       0          1  0  1
#> GSM827705     2       0          1  0  1
#> GSM827706     2       0          1  0  1
#> GSM827707     2       0          1  0  1
#> GSM827708     2       0          1  0  1
#> GSM827709     1       0          1  1  0
#> GSM827710     1       0          1  1  0
#> GSM827711     1       0          1  1  0
#> GSM827712     1       0          1  1  0
#> GSM827713     2       0          1  0  1
#> GSM827714     2       0          1  0  1
#> GSM827715     1       0          1  1  0
#> GSM827716     1       0          1  1  0
#> GSM827717     2       0          1  0  1
#> GSM827718     2       0          1  0  1
#> GSM827719     2       0          1  0  1
#> GSM827720     1       0          1  1  0
#> GSM827721     2       0          1  0  1
#> GSM827722     2       0          1  0  1
#> GSM827723     2       0          1  0  1
#> GSM827724     2       0          1  0  1
#> GSM827725     2       0          1  0  1
#> GSM827726     1       0          1  1  0
#> GSM827727     1       0          1  1  0
#> GSM827728     1       0          1  1  0
#> GSM827729     2       0          1  0  1
#> GSM827730     2       0          1  0  1
#> GSM827731     2       0          1  0  1
#> GSM827732     2       0          1  0  1
#> GSM827733     2       0          1  0  1
#> GSM827734     2       0          1  0  1
#> GSM827735     2       0          1  0  1
#> GSM827736     2       0          1  0  1
#> GSM827737     2       0          1  0  1
#> GSM827738     2       0          1  0  1
#> GSM827739     2       0          1  0  1
#> GSM827740     1       0          1  1  0
#> GSM827741     1       0          1  1  0
#> GSM827742     1       0          1  1  0
#> GSM827743     2       0          1  0  1
#> GSM827744     2       0          1  0  1
#> GSM827745     2       0          1  0  1
#> GSM827746     2       0          1  0  1
#> GSM827747     2       0          1  0  1
#> GSM827748     2       0          1  0  1
#> GSM827749     2       0          1  0  1
#> GSM827750     2       0          1  0  1
#> GSM827751     2       0          1  0  1
#> GSM827752     1       0          1  1  0
#> GSM827753     2       0          1  0  1
#> GSM827754     2       0          1  0  1
#> GSM827755     2       0          1  0  1
#> GSM827756     2       0          1  0  1
#> GSM827757     2       0          1  0  1
#> GSM827758     2       0          1  0  1
#> GSM827759     1       0          1  1  0
#> GSM827760     2       0          1  0  1
#> GSM827761     2       0          1  0  1
#> GSM827762     2       0          1  0  1
#> GSM827763     2       0          1  0  1
#> GSM827764     2       0          1  0  1
#> GSM827765     2       0          1  0  1
#> GSM827766     2       0          1  0  1
#> GSM827767     2       0          1  0  1
#> GSM827768     1       0          1  1  0
#> GSM827769     2       0          1  0  1
#> GSM827770     2       0          1  0  1
#> GSM827771     2       0          1  0  1
#> GSM827772     2       0          1  0  1
#> GSM827773     2       0          1  0  1
#> GSM827774     1       0          1  1  0
#> GSM827775     1       0          1  1  0
#> GSM827776     2       0          1  0  1
#> GSM827777     2       0          1  0  1
#> GSM827778     1       0          1  1  0
#> GSM827779     1       0          1  1  0
#> GSM827780     1       0          1  1  0
#> GSM827781     2       0          1  0  1
#> GSM827782     2       0          1  0  1
#> GSM827783     2       0          1  0  1
#> GSM827784     2       0          1  0  1
#> GSM827785     2       0          1  0  1
#> GSM827786     2       0          1  0  1
#> GSM827787     2       0          1  0  1
#> GSM827788     2       0          1  0  1
#> GSM827789     1       0          1  1  0
#> GSM827790     2       0          1  0  1
#> GSM827791     1       0          1  1  0
#> GSM827792     1       0          1  1  0
#> GSM827793     2       0          1  0  1
#> GSM827794     2       0          1  0  1
#> GSM827795     2       0          1  0  1
#> GSM827796     2       0          1  0  1
#> GSM827797     2       0          1  0  1
#> GSM827798     2       0          1  0  1
#> GSM827799     2       0          1  0  1
#> GSM827800     2       0          1  0  1
#> GSM827801     2       0          1  0  1
#> GSM827802     2       0          1  0  1
#> GSM827803     1       0          1  1  0
#> GSM827804     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> GSM827665     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827666     2  0.4887      0.576 0.228 0.772  0
#> GSM827667     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827668     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827669     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827670     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827671     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827672     2  0.6111      0.403 0.396 0.604  0
#> GSM827673     2  0.6154      0.391 0.408 0.592  0
#> GSM827674     2  0.6008      0.429 0.372 0.628  0
#> GSM827675     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827676     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827677     2  0.5810      0.470 0.336 0.664  0
#> GSM827678     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827679     2  0.6126      0.399 0.400 0.600  0
#> GSM827680     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827681     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827682     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827683     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827684     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827685     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827686     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827687     2  0.6154      0.391 0.408 0.592  0
#> GSM827688     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827689     2  0.6154      0.391 0.408 0.592  0
#> GSM827690     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827691     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827692     2  0.6154      0.391 0.408 0.592  0
#> GSM827693     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827694     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827695     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827696     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827697     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827698     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827699     2  0.6140      0.398 0.404 0.596  0
#> GSM827700     2  0.6126      0.399 0.400 0.600  0
#> GSM827701     2  0.5058      0.564 0.244 0.756  0
#> GSM827702     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827703     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827704     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827705     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827706     2  0.0237      0.766 0.004 0.996  0
#> GSM827707     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827708     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827709     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827710     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827711     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827712     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827713     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827714     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827715     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827716     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827717     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827718     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827719     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827720     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827721     2  0.4178      0.495 0.172 0.828  0
#> GSM827722     2  0.0237      0.766 0.004 0.996  0
#> GSM827723     1  0.6026      0.111 0.624 0.376  0
#> GSM827724     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827725     2  0.0237      0.766 0.004 0.996  0
#> GSM827726     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827727     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827728     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827729     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827730     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827731     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827732     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827733     2  0.0237      0.766 0.004 0.996  0
#> GSM827734     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827735     2  0.0424      0.763 0.008 0.992  0
#> GSM827736     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827737     2  0.0237      0.765 0.004 0.996  0
#> GSM827738     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827739     2  0.6168      0.387 0.412 0.588  0
#> GSM827740     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827741     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827742     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827743     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827744     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827745     1  0.5810      0.669 0.664 0.336  0
#> GSM827746     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827747     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827748     2  0.6295     -0.231 0.472 0.528  0
#> GSM827749     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827750     2  0.5560      0.137 0.300 0.700  0
#> GSM827751     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827752     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827753     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827754     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827755     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827756     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827757     2  0.4974      0.356 0.236 0.764  0
#> GSM827758     2  0.0592      0.763 0.012 0.988  0
#> GSM827759     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827760     2  0.6126      0.399 0.400 0.600  0
#> GSM827761     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827762     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827763     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827764     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827765     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827766     2  0.0892      0.751 0.020 0.980  0
#> GSM827767     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827768     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827769     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827770     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827771     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827772     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827773     1  0.5397      0.706 0.720 0.280  0
#> GSM827774     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827775     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827776     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827777     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827778     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827779     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827780     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827781     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827782     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827783     2  0.6126      0.398 0.400 0.600  0
#> GSM827784     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827785     2  0.6140      0.394 0.404 0.596  0
#> GSM827786     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827787     2  0.0892      0.754 0.020 0.980  0
#> GSM827788     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827789     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827790     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827791     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827792     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827793     2  0.0237      0.766 0.004 0.996  0
#> GSM827794     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827795     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827796     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827797     2  0.0000      0.768 0.000 1.000  0
#> GSM827798     2  0.1529      0.730 0.040 0.960  0
#> GSM827799     2  0.5216      0.304 0.260 0.740  0
#> GSM827800     1  0.4291      0.687 0.820 0.180  0
#> GSM827801     2  0.6274     -0.393 0.456 0.544  0
#> GSM827802     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0
#> GSM827803     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> GSM827804     2  0.0424      0.764 0.008 0.992  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4
#> GSM827665     2  0.0469      0.880 0.012 0.988  0 0.000
#> GSM827666     2  0.2647      0.710 0.120 0.880  0 0.000
#> GSM827667     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827668     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827669     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827670     1  0.4697      0.918 0.644 0.356  0 0.000
#> GSM827671     1  0.4925      0.898 0.572 0.428  0 0.000
#> GSM827672     2  0.4992     -0.718 0.476 0.524  0 0.000
#> GSM827673     1  0.4817      0.923 0.612 0.388  0 0.000
#> GSM827674     2  0.4776     -0.383 0.376 0.624  0 0.000
#> GSM827675     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827676     1  0.5093      0.877 0.640 0.348  0 0.012
#> GSM827677     2  0.5105     -0.467 0.432 0.564  0 0.004
#> GSM827678     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827679     1  0.4830      0.921 0.608 0.392  0 0.000
#> GSM827680     1  0.4916      0.898 0.576 0.424  0 0.000
#> GSM827681     1  0.4967      0.866 0.548 0.452  0 0.000
#> GSM827682     1  0.4855      0.916 0.600 0.400  0 0.000
#> GSM827683     1  0.5085      0.899 0.616 0.376  0 0.008
#> GSM827684     1  0.4843      0.919 0.604 0.396  0 0.000
#> GSM827685     1  0.4957      0.884 0.668 0.320  0 0.012
#> GSM827686     1  0.4761      0.896 0.664 0.332  0 0.004
#> GSM827687     1  0.4855      0.913 0.600 0.400  0 0.000
#> GSM827688     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827689     1  0.4761      0.924 0.628 0.372  0 0.000
#> GSM827690     1  0.4872      0.907 0.640 0.356  0 0.004
#> GSM827691     1  0.4877      0.913 0.592 0.408  0 0.000
#> GSM827692     1  0.4679      0.916 0.648 0.352  0 0.000
#> GSM827693     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827694     1  0.4655      0.871 0.684 0.312  0 0.004
#> GSM827695     1  0.4655      0.870 0.684 0.312  0 0.004
#> GSM827696     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827697     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827698     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827699     1  0.5132      0.775 0.548 0.448  0 0.004
#> GSM827700     2  0.4994     -0.693 0.480 0.520  0 0.000
#> GSM827701     2  0.4584      0.293 0.300 0.696  0 0.004
#> GSM827702     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827703     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827704     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827705     2  0.1118      0.870 0.036 0.964  0 0.000
#> GSM827706     2  0.0921      0.876 0.028 0.972  0 0.000
#> GSM827707     1  0.4679      0.913 0.648 0.352  0 0.000
#> GSM827708     2  0.2589      0.813 0.116 0.884  0 0.000
#> GSM827709     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827710     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827711     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827712     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827713     2  0.1118      0.875 0.036 0.964  0 0.000
#> GSM827714     2  0.0817      0.878 0.024 0.976  0 0.000
#> GSM827715     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827716     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827717     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827719     2  0.0336      0.878 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827720     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827721     4  0.6452      0.271 0.068 0.460  0 0.472
#> GSM827722     2  0.1389      0.870 0.048 0.952  0 0.000
#> GSM827723     4  0.6422      0.619 0.104 0.280  0 0.616
#> GSM827724     2  0.2081      0.844 0.084 0.916  0 0.000
#> GSM827725     2  0.1302      0.869 0.044 0.956  0 0.000
#> GSM827726     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827727     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827728     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827732     2  0.0188      0.878 0.004 0.996  0 0.000
#> GSM827733     2  0.1398      0.872 0.040 0.956  0 0.004
#> GSM827734     2  0.1716      0.861 0.064 0.936  0 0.000
#> GSM827735     2  0.3198      0.806 0.080 0.880  0 0.040
#> GSM827736     2  0.0921      0.877 0.028 0.972  0 0.000
#> GSM827737     2  0.1406      0.871 0.024 0.960  0 0.016
#> GSM827738     2  0.3157      0.770 0.144 0.852  0 0.004
#> GSM827739     1  0.4855      0.891 0.644 0.352  0 0.004
#> GSM827740     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827741     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827742     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827743     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827745     4  0.4581      0.686 0.120 0.080  0 0.800
#> GSM827746     2  0.0336      0.878 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827747     2  0.3108      0.803 0.112 0.872  0 0.016
#> GSM827748     4  0.5646      0.663 0.056 0.272  0 0.672
#> GSM827749     2  0.0921      0.876 0.028 0.972  0 0.000
#> GSM827750     4  0.6275      0.690 0.104 0.256  0 0.640
#> GSM827751     2  0.2197      0.845 0.080 0.916  0 0.004
#> GSM827752     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827753     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827754     2  0.0592      0.880 0.016 0.984  0 0.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827757     4  0.6170      0.606 0.068 0.332  0 0.600
#> GSM827758     2  0.3539      0.711 0.176 0.820  0 0.004
#> GSM827759     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827760     1  0.4866      0.896 0.596 0.404  0 0.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827762     2  0.0188      0.878 0.004 0.996  0 0.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827764     2  0.0817      0.877 0.024 0.976  0 0.000
#> GSM827765     2  0.1022      0.875 0.032 0.968  0 0.000
#> GSM827766     2  0.3323      0.781 0.060 0.876  0 0.064
#> GSM827767     2  0.2530      0.817 0.112 0.888  0 0.000
#> GSM827768     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827769     2  0.0336      0.878 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827770     2  0.0336      0.878 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827771     2  0.1902      0.859 0.064 0.932  0 0.004
#> GSM827772     2  0.1388      0.875 0.028 0.960  0 0.012
#> GSM827773     4  0.2996      0.663 0.064 0.044  0 0.892
#> GSM827774     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827775     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827777     2  0.0524      0.878 0.008 0.988  0 0.004
#> GSM827778     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827779     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827780     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827781     2  0.1022      0.873 0.032 0.968  0 0.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827783     2  0.4898     -0.506 0.416 0.584  0 0.000
#> GSM827784     1  0.4761      0.916 0.628 0.372  0 0.000
#> GSM827785     2  0.4977     -0.672 0.460 0.540  0 0.000
#> GSM827786     2  0.1389      0.864 0.048 0.952  0 0.000
#> GSM827787     2  0.3216      0.800 0.076 0.880  0 0.044
#> GSM827788     2  0.2944      0.787 0.128 0.868  0 0.004
#> GSM827789     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827790     2  0.2334      0.832 0.088 0.908  0 0.004
#> GSM827791     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827792     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827793     2  0.1389      0.870 0.048 0.952  0 0.000
#> GSM827794     2  0.0336      0.879 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.879 0.000 1.000  0 0.000
#> GSM827796     2  0.0469      0.880 0.012 0.988  0 0.000
#> GSM827797     2  0.0336      0.879 0.008 0.992  0 0.000
#> GSM827798     2  0.4174      0.730 0.140 0.816  0 0.044
#> GSM827799     4  0.6620      0.667 0.180 0.192  0 0.628
#> GSM827800     4  0.3486      0.616 0.188 0.000  0 0.812
#> GSM827801     4  0.4872      0.714 0.076 0.148  0 0.776
#> GSM827802     2  0.2329      0.846 0.072 0.916  0 0.012
#> GSM827803     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> GSM827804     2  0.1940      0.848 0.076 0.924  0 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3 p4    p5
#> GSM827665     2  0.1918      0.803 0.036 0.928  0 NA 0.000
#> GSM827666     2  0.3165      0.692 0.116 0.848  0 NA 0.000
#> GSM827667     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827668     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827669     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827670     1  0.4419      0.816 0.668 0.312  0 NA 0.000
#> GSM827671     1  0.4730      0.785 0.568 0.416  0 NA 0.004
#> GSM827672     2  0.4559     -0.614 0.480 0.512  0 NA 0.000
#> GSM827673     1  0.4613      0.824 0.620 0.360  0 NA 0.000
#> GSM827674     2  0.4527      0.268 0.260 0.700  0 NA 0.000
#> GSM827675     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827676     1  0.6629      0.597 0.484 0.288  0 NA 0.004
#> GSM827677     2  0.6522     -0.316 0.300 0.476  0 NA 0.000
#> GSM827678     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827679     1  0.4354      0.824 0.624 0.368  0 NA 0.000
#> GSM827680     1  0.4375      0.777 0.576 0.420  0 NA 0.000
#> GSM827681     1  0.4684      0.719 0.536 0.452  0 NA 0.004
#> GSM827682     1  0.4327      0.812 0.632 0.360  0 NA 0.008
#> GSM827683     1  0.4551      0.809 0.636 0.348  0 NA 0.008
#> GSM827684     1  0.4714      0.824 0.608 0.372  0 NA 0.004
#> GSM827685     1  0.4742      0.696 0.720 0.228  0 NA 0.024
#> GSM827686     1  0.5493      0.730 0.628 0.264  0 NA 0.000
#> GSM827687     1  0.4683      0.812 0.624 0.356  0 NA 0.008
#> GSM827688     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827689     1  0.4418      0.824 0.652 0.332  0 NA 0.000
#> GSM827690     1  0.6103      0.727 0.544 0.300  0 NA 0.000
#> GSM827691     1  0.4478      0.823 0.628 0.360  0 NA 0.004
#> GSM827692     1  0.4892      0.802 0.656 0.304  0 NA 0.008
#> GSM827693     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827694     1  0.5464      0.623 0.664 0.208  0 NA 0.004
#> GSM827695     1  0.5827      0.691 0.596 0.260  0 NA 0.000
#> GSM827696     2  0.0798      0.802 0.016 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827697     2  0.1117      0.805 0.016 0.964  0 NA 0.000
#> GSM827698     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827699     1  0.6394      0.652 0.476 0.344  0 NA 0.000
#> GSM827700     1  0.5505      0.646 0.484 0.452  0 NA 0.000
#> GSM827701     2  0.6110      0.108 0.216 0.568  0 NA 0.000
#> GSM827702     2  0.1106      0.807 0.024 0.964  0 NA 0.000
#> GSM827703     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827704     2  0.0579      0.804 0.008 0.984  0 NA 0.000
#> GSM827705     2  0.2740      0.762 0.096 0.876  0 NA 0.000
#> GSM827706     2  0.2735      0.771 0.036 0.880  0 NA 0.000
#> GSM827707     1  0.4957      0.784 0.664 0.288  0 NA 0.008
#> GSM827708     2  0.5815      0.446 0.148 0.636  0 NA 0.008
#> GSM827709     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827710     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827711     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827712     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827713     2  0.1992      0.801 0.044 0.924  0 NA 0.000
#> GSM827714     2  0.1041      0.808 0.032 0.964  0 NA 0.000
#> GSM827715     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827716     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827717     2  0.0451      0.805 0.004 0.988  0 NA 0.000
#> GSM827718     2  0.0566      0.805 0.012 0.984  0 NA 0.000
#> GSM827719     2  0.0771      0.807 0.020 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827720     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827721     2  0.7308     -0.363 0.092 0.416  0 NA 0.396
#> GSM827722     2  0.3237      0.753 0.104 0.848  0 NA 0.000
#> GSM827723     5  0.7912      0.385 0.208 0.256  0 NA 0.432
#> GSM827724     2  0.4868      0.626 0.124 0.740  0 NA 0.008
#> GSM827725     2  0.3416      0.739 0.072 0.840  0 NA 0.000
#> GSM827726     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827727     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827728     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827729     2  0.0693      0.804 0.012 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827730     2  0.0566      0.805 0.004 0.984  0 NA 0.000
#> GSM827731     2  0.0807      0.804 0.012 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827732     2  0.0807      0.804 0.012 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827733     2  0.2654      0.785 0.084 0.884  0 NA 0.000
#> GSM827734     2  0.2464      0.789 0.048 0.904  0 NA 0.004
#> GSM827735     2  0.5230      0.635 0.104 0.744  0 NA 0.056
#> GSM827736     2  0.1582      0.806 0.028 0.944  0 NA 0.000
#> GSM827737     2  0.2625      0.791 0.040 0.900  0 NA 0.012
#> GSM827738     2  0.6341      0.103 0.220 0.524  0 NA 0.000
#> GSM827739     1  0.5870      0.708 0.580 0.284  0 NA 0.000
#> GSM827740     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827741     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827742     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827743     2  0.0771      0.806 0.020 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827744     2  0.1117      0.807 0.020 0.964  0 NA 0.000
#> GSM827745     5  0.6178      0.651 0.080 0.036  0 NA 0.588
#> GSM827746     2  0.0671      0.804 0.016 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827747     2  0.5999      0.487 0.144 0.656  0 NA 0.032
#> GSM827748     5  0.6470      0.591 0.116 0.224  0 NA 0.608
#> GSM827749     2  0.1300      0.804 0.028 0.956  0 NA 0.000
#> GSM827750     5  0.7961      0.605 0.120 0.232  0 NA 0.440
#> GSM827751     2  0.5093      0.550 0.124 0.696  0 NA 0.000
#> GSM827752     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827753     2  0.1186      0.807 0.020 0.964  0 NA 0.008
#> GSM827754     2  0.0671      0.807 0.004 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827755     2  0.0451      0.803 0.008 0.988  0 NA 0.000
#> GSM827756     2  0.0671      0.806 0.004 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827757     5  0.8181      0.355 0.152 0.336  0 NA 0.348
#> GSM827758     2  0.6021      0.229 0.188 0.580  0 NA 0.000
#> GSM827759     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827760     1  0.5065      0.777 0.544 0.420  0 NA 0.000
#> GSM827761     2  0.0807      0.806 0.012 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827762     2  0.0693      0.807 0.008 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827763     2  0.0992      0.805 0.024 0.968  0 NA 0.000
#> GSM827764     2  0.2074      0.801 0.044 0.920  0 NA 0.000
#> GSM827765     2  0.1750      0.804 0.036 0.936  0 NA 0.000
#> GSM827766     2  0.3724      0.731 0.052 0.844  0 NA 0.036
#> GSM827767     2  0.4010      0.678 0.136 0.792  0 NA 0.000
#> GSM827768     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827769     2  0.0693      0.807 0.008 0.980  0 NA 0.000
#> GSM827770     2  0.0898      0.805 0.020 0.972  0 NA 0.000
#> GSM827771     2  0.3012      0.777 0.072 0.872  0 NA 0.004
#> GSM827772     2  0.2645      0.785 0.068 0.888  0 NA 0.000
#> GSM827773     5  0.2998      0.648 0.052 0.028  0 NA 0.884
#> GSM827774     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827775     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827776     2  0.0798      0.805 0.016 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827777     2  0.1306      0.805 0.016 0.960  0 NA 0.008
#> GSM827778     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827779     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827780     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827781     2  0.1893      0.798 0.048 0.928  0 NA 0.000
#> GSM827782     2  0.0865      0.805 0.004 0.972  0 NA 0.000
#> GSM827783     2  0.4961     -0.176 0.360 0.608  0 NA 0.008
#> GSM827784     1  0.4639      0.822 0.612 0.368  0 NA 0.000
#> GSM827785     2  0.4796     -0.540 0.452 0.532  0 NA 0.008
#> GSM827786     2  0.2482      0.776 0.084 0.892  0 NA 0.000
#> GSM827787     2  0.4492      0.686 0.084 0.796  0 NA 0.044
#> GSM827788     2  0.6108      0.235 0.224 0.568  0 NA 0.000
#> GSM827789     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827790     2  0.5180      0.512 0.120 0.684  0 NA 0.000
#> GSM827791     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827792     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827793     2  0.2535      0.784 0.076 0.892  0 NA 0.000
#> GSM827794     2  0.0771      0.805 0.020 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827795     2  0.0290      0.804 0.008 0.992  0 NA 0.000
#> GSM827796     2  0.1117      0.807 0.020 0.964  0 NA 0.000
#> GSM827797     2  0.0807      0.807 0.012 0.976  0 NA 0.000
#> GSM827798     2  0.7234      0.197 0.212 0.520  0 NA 0.060
#> GSM827799     5  0.7747      0.596 0.200 0.148  0 NA 0.492
#> GSM827800     5  0.4067      0.618 0.008 0.000  0 NA 0.692
#> GSM827801     5  0.5860      0.680 0.112 0.116  0 NA 0.696
#> GSM827802     2  0.4347      0.689 0.096 0.784  0 NA 0.008
#> GSM827803     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 NA 0.000
#> GSM827804     2  0.4422      0.662 0.104 0.772  0 NA 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1 p2 p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     4  0.1844     0.7373 0.024 NA  0 0.924 0.000 0.004
#> GSM827666     4  0.2647     0.6742 0.088 NA  0 0.868 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827668     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827669     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827670     1  0.5061     0.7635 0.620 NA  0 0.304 0.000 0.036
#> GSM827671     1  0.4837     0.7041 0.528 NA  0 0.428 0.000 0.028
#> GSM827672     4  0.4508    -0.4857 0.436 NA  0 0.536 0.000 0.004
#> GSM827673     1  0.4695     0.7793 0.616 NA  0 0.336 0.000 0.016
#> GSM827674     4  0.4668     0.1652 0.284 NA  0 0.652 0.000 0.008
#> GSM827675     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827676     1  0.6717     0.4702 0.388 NA  0 0.300 0.000 0.036
#> GSM827677     4  0.6360    -0.2047 0.240 NA  0 0.484 0.000 0.028
#> GSM827678     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.4611     0.7718 0.584 NA  0 0.380 0.000 0.016
#> GSM827680     1  0.4374     0.6737 0.532 NA  0 0.448 0.000 0.016
#> GSM827681     1  0.4096     0.6127 0.508 NA  0 0.484 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.4825     0.7632 0.576 NA  0 0.376 0.000 0.024
#> GSM827683     1  0.5580     0.7159 0.568 NA  0 0.336 0.008 0.036
#> GSM827684     1  0.4456     0.7782 0.608 NA  0 0.360 0.000 0.008
#> GSM827685     1  0.5376     0.7125 0.632 NA  0 0.264 0.004 0.048
#> GSM827686     1  0.5979     0.6153 0.544 NA  0 0.240 0.000 0.020
#> GSM827687     1  0.5219     0.7502 0.580 NA  0 0.348 0.004 0.036
#> GSM827688     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827689     1  0.4475     0.7777 0.636 NA  0 0.324 0.000 0.008
#> GSM827690     1  0.6381     0.6092 0.424 NA  0 0.332 0.000 0.020
#> GSM827691     1  0.4371     0.7577 0.580 NA  0 0.396 0.000 0.004
#> GSM827692     1  0.4350     0.7457 0.676 NA  0 0.280 0.000 0.008
#> GSM827693     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827694     1  0.6025     0.5316 0.556 NA  0 0.212 0.000 0.028
#> GSM827695     1  0.6188     0.5846 0.524 NA  0 0.232 0.000 0.028
#> GSM827696     4  0.1599     0.7367 0.024 NA  0 0.940 0.000 0.008
#> GSM827697     4  0.0777     0.7340 0.004 NA  0 0.972 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827699     4  0.6341    -0.4402 0.332 NA  0 0.396 0.000 0.012
#> GSM827700     4  0.5701    -0.4614 0.408 NA  0 0.480 0.000 0.024
#> GSM827701     4  0.5950     0.1707 0.168 NA  0 0.552 0.000 0.024
#> GSM827702     4  0.0806     0.7361 0.008 NA  0 0.972 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827704     4  0.1168     0.7383 0.016 NA  0 0.956 0.000 0.000
#> GSM827705     4  0.2794     0.7008 0.080 NA  0 0.860 0.000 0.000
#> GSM827706     4  0.2949     0.6958 0.028 NA  0 0.832 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.5777     0.7347 0.592 NA  0 0.284 0.008 0.048
#> GSM827708     4  0.6009     0.2766 0.140 NA  0 0.540 0.000 0.032
#> GSM827709     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827710     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827711     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827712     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827713     4  0.3127     0.7237 0.060 NA  0 0.856 0.000 0.024
#> GSM827714     4  0.2001     0.7395 0.040 NA  0 0.912 0.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827716     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827717     4  0.1003     0.7348 0.016 NA  0 0.964 0.000 0.000
#> GSM827718     4  0.0520     0.7358 0.008 NA  0 0.984 0.000 0.000
#> GSM827719     4  0.2384     0.7359 0.044 NA  0 0.900 0.000 0.016
#> GSM827720     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827721     4  0.7816    -0.1151 0.104 NA  0 0.424 0.276 0.068
#> GSM827722     4  0.4033     0.6771 0.108 NA  0 0.792 0.000 0.040
#> GSM827723     5  0.8621     0.0753 0.252 NA  0 0.236 0.256 0.176
#> GSM827724     4  0.4718     0.6009 0.092 NA  0 0.712 0.000 0.020
#> GSM827725     4  0.3820     0.6743 0.064 NA  0 0.784 0.000 0.008
#> GSM827726     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827727     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827728     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827729     4  0.1036     0.7334 0.008 NA  0 0.964 0.000 0.004
#> GSM827730     4  0.0935     0.7382 0.000 NA  0 0.964 0.000 0.004
#> GSM827731     4  0.1599     0.7376 0.024 NA  0 0.940 0.000 0.008
#> GSM827732     4  0.1232     0.7344 0.016 NA  0 0.956 0.000 0.004
#> GSM827733     4  0.4125     0.6786 0.120 NA  0 0.788 0.008 0.024
#> GSM827734     4  0.4163     0.6832 0.084 NA  0 0.784 0.004 0.024
#> GSM827735     4  0.6819     0.3631 0.104 NA  0 0.580 0.044 0.100
#> GSM827736     4  0.3263     0.7255 0.064 NA  0 0.848 0.000 0.028
#> GSM827737     4  0.4227     0.6844 0.064 NA  0 0.800 0.020 0.040
#> GSM827738     4  0.5930     0.1340 0.180 NA  0 0.488 0.000 0.008
#> GSM827739     1  0.6700     0.5796 0.424 NA  0 0.296 0.004 0.032
#> GSM827740     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827741     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827742     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827743     4  0.1237     0.7381 0.020 NA  0 0.956 0.000 0.004
#> GSM827744     4  0.1630     0.7388 0.020 NA  0 0.940 0.000 0.016
#> GSM827745     6  0.5679     0.2235 0.048 NA  0 0.016 0.352 0.552
#> GSM827746     4  0.1059     0.7375 0.016 NA  0 0.964 0.000 0.004
#> GSM827747     4  0.6247     0.3391 0.116 NA  0 0.564 0.016 0.040
#> GSM827748     5  0.7188     0.0922 0.112 NA  0 0.244 0.512 0.052
#> GSM827749     4  0.2318     0.7377 0.028 NA  0 0.904 0.000 0.020
#> GSM827750     6  0.8211     0.1198 0.108 NA  0 0.132 0.276 0.376
#> GSM827751     4  0.5450     0.5224 0.088 NA  0 0.656 0.004 0.044
#> GSM827752     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827753     4  0.1390     0.7377 0.016 NA  0 0.948 0.000 0.004
#> GSM827754     4  0.1693     0.7440 0.020 NA  0 0.932 0.000 0.004
#> GSM827755     4  0.0862     0.7337 0.008 NA  0 0.972 0.000 0.004
#> GSM827756     4  0.0547     0.7357 0.000 NA  0 0.980 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.8396    -0.4313 0.088 NA  0 0.332 0.260 0.204
#> GSM827758     4  0.6086     0.0814 0.164 NA  0 0.488 0.000 0.020
#> GSM827759     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827760     1  0.5515     0.7280 0.528 NA  0 0.380 0.000 0.044
#> GSM827761     4  0.1844     0.7394 0.024 NA  0 0.924 0.000 0.004
#> GSM827762     4  0.1442     0.7384 0.012 NA  0 0.944 0.000 0.004
#> GSM827763     4  0.1168     0.7361 0.016 NA  0 0.956 0.000 0.000
#> GSM827764     4  0.2263     0.7364 0.036 NA  0 0.900 0.000 0.004
#> GSM827765     4  0.3031     0.7262 0.048 NA  0 0.860 0.000 0.020
#> GSM827766     4  0.4881     0.6400 0.060 NA  0 0.744 0.012 0.068
#> GSM827767     4  0.4861     0.5802 0.108 NA  0 0.700 0.000 0.020
#> GSM827768     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827769     4  0.1718     0.7389 0.016 NA  0 0.932 0.000 0.008
#> GSM827770     4  0.1874     0.7350 0.028 NA  0 0.928 0.000 0.016
#> GSM827771     4  0.3856     0.6994 0.092 NA  0 0.804 0.000 0.028
#> GSM827772     4  0.4056     0.6982 0.064 NA  0 0.804 0.008 0.040
#> GSM827773     5  0.2170    -0.2615 0.044 NA  0 0.008 0.916 0.016
#> GSM827774     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827776     4  0.1700     0.7377 0.024 NA  0 0.936 0.000 0.012
#> GSM827777     4  0.2763     0.7303 0.024 NA  0 0.876 0.000 0.028
#> GSM827778     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827779     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827781     4  0.1794     0.7363 0.036 NA  0 0.924 0.000 0.000
#> GSM827782     4  0.0692     0.7339 0.004 NA  0 0.976 0.000 0.000
#> GSM827783     4  0.5607    -0.0946 0.300 NA  0 0.588 0.004 0.036
#> GSM827784     1  0.5840     0.7445 0.552 NA  0 0.336 0.012 0.056
#> GSM827785     4  0.4909    -0.2355 0.356 NA  0 0.588 0.000 0.024
#> GSM827786     4  0.3692     0.6909 0.108 NA  0 0.808 0.000 0.016
#> GSM827787     4  0.5802     0.5260 0.072 NA  0 0.684 0.036 0.108
#> GSM827788     4  0.6016     0.2129 0.184 NA  0 0.544 0.000 0.024
#> GSM827789     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827790     4  0.4787     0.4718 0.108 NA  0 0.656 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827792     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827793     4  0.3909     0.6930 0.116 NA  0 0.796 0.000 0.028
#> GSM827794     4  0.1528     0.7405 0.016 NA  0 0.936 0.000 0.000
#> GSM827795     4  0.0820     0.7350 0.012 NA  0 0.972 0.000 0.000
#> GSM827796     4  0.1536     0.7389 0.016 NA  0 0.940 0.000 0.004
#> GSM827797     4  0.1268     0.7365 0.008 NA  0 0.952 0.000 0.004
#> GSM827798     4  0.7487     0.0515 0.148 NA  0 0.436 0.068 0.052
#> GSM827799     5  0.8338     0.0153 0.192 NA  0 0.144 0.308 0.064
#> GSM827800     5  0.5151    -0.2753 0.016 NA  0 0.000 0.664 0.144
#> GSM827801     5  0.7632    -0.2375 0.132 NA  0 0.100 0.504 0.168
#> GSM827802     4  0.6009     0.5340 0.104 NA  0 0.660 0.028 0.084
#> GSM827803     3  0.0000     1.0000 0.000 NA  1 0.000 0.000 0.000
#> GSM827804     4  0.3930     0.6496 0.064 NA  0 0.772 0.000 0.008

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>               n disease.state(p) k
#> ATC:skmeans 140         5.19e-01 2
#> ATC:skmeans 103         1.56e-01 3
#> ATC:skmeans 132         1.22e-09 4
#> ATC:skmeans 125         1.90e-10 5
#> ATC:skmeans 113         4.19e-06 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3710 0.630   0.630
#> 3 3 0.540           0.843       0.813         0.3722 1.000   1.000
#> 4 4 0.479           0.503       0.790         0.2411 0.715   0.547
#> 5 5 0.431           0.344       0.664         0.0485 0.745   0.489
#> 6 6 0.458           0.426       0.709         0.0614 0.732   0.447

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette p1 p2
#> GSM827665     2       0          1  0  1
#> GSM827666     2       0          1  0  1
#> GSM827667     1       0          1  1  0
#> GSM827668     1       0          1  1  0
#> GSM827669     1       0          1  1  0
#> GSM827670     2       0          1  0  1
#> GSM827671     2       0          1  0  1
#> GSM827672     2       0          1  0  1
#> GSM827673     2       0          1  0  1
#> GSM827674     2       0          1  0  1
#> GSM827675     1       0          1  1  0
#> GSM827676     2       0          1  0  1
#> GSM827677     2       0          1  0  1
#> GSM827678     1       0          1  1  0
#> GSM827679     2       0          1  0  1
#> GSM827680     2       0          1  0  1
#> GSM827681     2       0          1  0  1
#> GSM827682     2       0          1  0  1
#> GSM827683     2       0          1  0  1
#> GSM827684     2       0          1  0  1
#> GSM827685     2       0          1  0  1
#> GSM827686     2       0          1  0  1
#> GSM827687     2       0          1  0  1
#> GSM827688     1       0          1  1  0
#> GSM827689     2       0          1  0  1
#> GSM827690     2       0          1  0  1
#> GSM827691     2       0          1  0  1
#> GSM827692     2       0          1  0  1
#> GSM827693     1       0          1  1  0
#> GSM827694     2       0          1  0  1
#> GSM827695     2       0          1  0  1
#> GSM827696     2       0          1  0  1
#> GSM827697     2       0          1  0  1
#> GSM827698     1       0          1  1  0
#> GSM827699     2       0          1  0  1
#> GSM827700     2       0          1  0  1
#> GSM827701     2       0          1  0  1
#> GSM827702     2       0          1  0  1
#> GSM827703     1       0          1  1  0
#> GSM827704     2       0          1  0  1
#> GSM827705     2       0          1  0  1
#> GSM827706     2       0          1  0  1
#> GSM827707     2       0          1  0  1
#> GSM827708     2       0          1  0  1
#> GSM827709     1       0          1  1  0
#> GSM827710     1       0          1  1  0
#> GSM827711     1       0          1  1  0
#> GSM827712     1       0          1  1  0
#> GSM827713     2       0          1  0  1
#> GSM827714     2       0          1  0  1
#> GSM827715     1       0          1  1  0
#> GSM827716     1       0          1  1  0
#> GSM827717     2       0          1  0  1
#> GSM827718     2       0          1  0  1
#> GSM827719     2       0          1  0  1
#> GSM827720     1       0          1  1  0
#> GSM827721     2       0          1  0  1
#> GSM827722     2       0          1  0  1
#> GSM827723     2       0          1  0  1
#> GSM827724     2       0          1  0  1
#> GSM827725     2       0          1  0  1
#> GSM827726     1       0          1  1  0
#> GSM827727     1       0          1  1  0
#> GSM827728     1       0          1  1  0
#> GSM827729     2       0          1  0  1
#> GSM827730     2       0          1  0  1
#> GSM827731     2       0          1  0  1
#> GSM827732     2       0          1  0  1
#> GSM827733     2       0          1  0  1
#> GSM827734     2       0          1  0  1
#> GSM827735     2       0          1  0  1
#> GSM827736     2       0          1  0  1
#> GSM827737     2       0          1  0  1
#> GSM827738     2       0          1  0  1
#> GSM827739     2       0          1  0  1
#> GSM827740     1       0          1  1  0
#> GSM827741     1       0          1  1  0
#> GSM827742     1       0          1  1  0
#> GSM827743     2       0          1  0  1
#> GSM827744     2       0          1  0  1
#> GSM827745     2       0          1  0  1
#> GSM827746     2       0          1  0  1
#> GSM827747     2       0          1  0  1
#> GSM827748     2       0          1  0  1
#> GSM827749     2       0          1  0  1
#> GSM827750     2       0          1  0  1
#> GSM827751     2       0          1  0  1
#> GSM827752     1       0          1  1  0
#> GSM827753     2       0          1  0  1
#> GSM827754     2       0          1  0  1
#> GSM827755     2       0          1  0  1
#> GSM827756     2       0          1  0  1
#> GSM827757     2       0          1  0  1
#> GSM827758     2       0          1  0  1
#> GSM827759     1       0          1  1  0
#> GSM827760     2       0          1  0  1
#> GSM827761     2       0          1  0  1
#> GSM827762     2       0          1  0  1
#> GSM827763     2       0          1  0  1
#> GSM827764     2       0          1  0  1
#> GSM827765     2       0          1  0  1
#> GSM827766     2       0          1  0  1
#> GSM827767     2       0          1  0  1
#> GSM827768     1       0          1  1  0
#> GSM827769     2       0          1  0  1
#> GSM827770     2       0          1  0  1
#> GSM827771     2       0          1  0  1
#> GSM827772     2       0          1  0  1
#> GSM827773     2       0          1  0  1
#> GSM827774     1       0          1  1  0
#> GSM827775     1       0          1  1  0
#> GSM827776     2       0          1  0  1
#> GSM827777     2       0          1  0  1
#> GSM827778     1       0          1  1  0
#> GSM827779     1       0          1  1  0
#> GSM827780     1       0          1  1  0
#> GSM827781     2       0          1  0  1
#> GSM827782     2       0          1  0  1
#> GSM827783     2       0          1  0  1
#> GSM827784     2       0          1  0  1
#> GSM827785     2       0          1  0  1
#> GSM827786     2       0          1  0  1
#> GSM827787     2       0          1  0  1
#> GSM827788     2       0          1  0  1
#> GSM827789     1       0          1  1  0
#> GSM827790     2       0          1  0  1
#> GSM827791     1       0          1  1  0
#> GSM827792     1       0          1  1  0
#> GSM827793     2       0          1  0  1
#> GSM827794     2       0          1  0  1
#> GSM827795     2       0          1  0  1
#> GSM827796     2       0          1  0  1
#> GSM827797     2       0          1  0  1
#> GSM827798     2       0          1  0  1
#> GSM827799     2       0          1  0  1
#> GSM827800     2       0          1  0  1
#> GSM827801     2       0          1  0  1
#> GSM827802     2       0          1  0  1
#> GSM827803     1       0          1  1  0
#> GSM827804     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette p1    p2    p3
#> GSM827665     2  0.3412      0.867 NA 0.876 0.000
#> GSM827666     2  0.5529      0.831 NA 0.704 0.000
#> GSM827667     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827668     3  0.0424      0.898 NA 0.000 0.992
#> GSM827669     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827670     2  0.5560      0.784 NA 0.700 0.000
#> GSM827671     2  0.6192      0.764 NA 0.580 0.000
#> GSM827672     2  0.6168      0.769 NA 0.588 0.000
#> GSM827673     2  0.5560      0.786 NA 0.700 0.000
#> GSM827674     2  0.5706      0.815 NA 0.680 0.000
#> GSM827675     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827676     2  0.4452      0.814 NA 0.808 0.000
#> GSM827677     2  0.4750      0.834 NA 0.784 0.000
#> GSM827678     3  0.3816      0.891 NA 0.000 0.852
#> GSM827679     2  0.5760      0.786 NA 0.672 0.000
#> GSM827680     2  0.6079      0.774 NA 0.612 0.000
#> GSM827681     2  0.6079      0.775 NA 0.612 0.000
#> GSM827682     2  0.5882      0.786 NA 0.652 0.000
#> GSM827683     2  0.5621      0.740 NA 0.692 0.000
#> GSM827684     2  0.5678      0.755 NA 0.684 0.000
#> GSM827685     2  0.5621      0.740 NA 0.692 0.000
#> GSM827686     2  0.5733      0.790 NA 0.676 0.000
#> GSM827687     2  0.5363      0.774 NA 0.724 0.000
#> GSM827688     3  0.0000      0.899 NA 0.000 1.000
#> GSM827689     2  0.5785      0.786 NA 0.668 0.000
#> GSM827690     2  0.5016      0.797 NA 0.760 0.000
#> GSM827691     2  0.6008      0.783 NA 0.628 0.000
#> GSM827692     2  0.5497      0.755 NA 0.708 0.000
#> GSM827693     3  0.4504      0.885 NA 0.000 0.804
#> GSM827694     2  0.4974      0.785 NA 0.764 0.000
#> GSM827695     2  0.5178      0.816 NA 0.744 0.000
#> GSM827696     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827697     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827698     3  0.0424      0.898 NA 0.000 0.992
#> GSM827699     2  0.4654      0.831 NA 0.792 0.000
#> GSM827700     2  0.5138      0.781 NA 0.748 0.000
#> GSM827701     2  0.3619      0.864 NA 0.864 0.000
#> GSM827702     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827703     3  0.5835      0.855 NA 0.000 0.660
#> GSM827704     2  0.4346      0.851 NA 0.816 0.000
#> GSM827705     2  0.3816      0.871 NA 0.852 0.000
#> GSM827706     2  0.4346      0.852 NA 0.816 0.000
#> GSM827707     2  0.5733      0.754 NA 0.676 0.000
#> GSM827708     2  0.2066      0.858 NA 0.940 0.000
#> GSM827709     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827710     3  0.2537      0.898 NA 0.000 0.920
#> GSM827711     3  0.4605      0.884 NA 0.000 0.796
#> GSM827712     3  0.2537      0.898 NA 0.000 0.920
#> GSM827713     2  0.1964      0.865 NA 0.944 0.000
#> GSM827714     2  0.2066      0.865 NA 0.940 0.000
#> GSM827715     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827716     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827717     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827718     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827719     2  0.3116      0.868 NA 0.892 0.000
#> GSM827720     3  0.0000      0.899 NA 0.000 1.000
#> GSM827721     2  0.2537      0.842 NA 0.920 0.000
#> GSM827722     2  0.3752      0.868 NA 0.856 0.000
#> GSM827723     2  0.5591      0.743 NA 0.696 0.000
#> GSM827724     2  0.1289      0.867 NA 0.968 0.000
#> GSM827725     2  0.1289      0.858 NA 0.968 0.000
#> GSM827726     3  0.1031      0.896 NA 0.000 0.976
#> GSM827727     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827728     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827729     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827730     2  0.4346      0.854 NA 0.816 0.000
#> GSM827731     2  0.3116      0.869 NA 0.892 0.000
#> GSM827732     2  0.3941      0.862 NA 0.844 0.000
#> GSM827733     2  0.1529      0.862 NA 0.960 0.000
#> GSM827734     2  0.1964      0.864 NA 0.944 0.000
#> GSM827735     2  0.2959      0.861 NA 0.900 0.000
#> GSM827736     2  0.3038      0.855 NA 0.896 0.000
#> GSM827737     2  0.3482      0.865 NA 0.872 0.000
#> GSM827738     2  0.1753      0.855 NA 0.952 0.000
#> GSM827739     2  0.5397      0.778 NA 0.720 0.000
#> GSM827740     3  0.0592      0.900 NA 0.000 0.988
#> GSM827741     3  0.5733      0.859 NA 0.000 0.676
#> GSM827742     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827743     2  0.4121      0.856 NA 0.832 0.000
#> GSM827744     2  0.4002      0.860 NA 0.840 0.000
#> GSM827745     2  0.3267      0.836 NA 0.884 0.000
#> GSM827746     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827747     2  0.2448      0.842 NA 0.924 0.000
#> GSM827748     2  0.2261      0.851 NA 0.932 0.000
#> GSM827749     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827750     2  0.2448      0.842 NA 0.924 0.000
#> GSM827751     2  0.2959      0.869 NA 0.900 0.000
#> GSM827752     3  0.1529      0.900 NA 0.000 0.960
#> GSM827753     2  0.2878      0.869 NA 0.904 0.000
#> GSM827754     2  0.3267      0.867 NA 0.884 0.000
#> GSM827755     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827756     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827757     2  0.2537      0.842 NA 0.920 0.000
#> GSM827758     2  0.1753      0.862 NA 0.952 0.000
#> GSM827759     3  0.2959      0.896 NA 0.000 0.900
#> GSM827760     2  0.6045      0.778 NA 0.620 0.000
#> GSM827761     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827762     2  0.4002      0.864 NA 0.840 0.000
#> GSM827763     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827764     2  0.1643      0.861 NA 0.956 0.000
#> GSM827765     2  0.0747      0.866 NA 0.984 0.000
#> GSM827766     2  0.2448      0.842 NA 0.924 0.000
#> GSM827767     2  0.2448      0.868 NA 0.924 0.000
#> GSM827768     3  0.0592      0.898 NA 0.000 0.988
#> GSM827769     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827770     2  0.3551      0.864 NA 0.868 0.000
#> GSM827771     2  0.2537      0.842 NA 0.920 0.000
#> GSM827772     2  0.2356      0.850 NA 0.928 0.000
#> GSM827773     2  0.2448      0.842 NA 0.924 0.000
#> GSM827774     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827775     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827776     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827777     2  0.2796      0.869 NA 0.908 0.000
#> GSM827778     3  0.6299      0.818 NA 0.000 0.524
#> GSM827779     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827780     3  0.0424      0.900 NA 0.000 0.992
#> GSM827781     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827782     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827783     2  0.5905      0.785 NA 0.648 0.000
#> GSM827784     2  0.5327      0.765 NA 0.728 0.000
#> GSM827785     2  0.5431      0.828 NA 0.716 0.000
#> GSM827786     2  0.4504      0.815 NA 0.804 0.000
#> GSM827787     2  0.2356      0.847 NA 0.928 0.000
#> GSM827788     2  0.2878      0.871 NA 0.904 0.000
#> GSM827789     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827790     2  0.2165      0.866 NA 0.936 0.000
#> GSM827791     3  0.1163      0.895 NA 0.000 0.972
#> GSM827792     3  0.0424      0.898 NA 0.000 0.992
#> GSM827793     2  0.3340      0.868 NA 0.880 0.000
#> GSM827794     2  0.4178      0.855 NA 0.828 0.000
#> GSM827795     2  0.4346      0.851 NA 0.816 0.000
#> GSM827796     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827797     2  0.4399      0.850 NA 0.812 0.000
#> GSM827798     2  0.2448      0.842 NA 0.924 0.000
#> GSM827799     2  0.2537      0.842 NA 0.920 0.000
#> GSM827800     2  0.3267      0.837 NA 0.884 0.000
#> GSM827801     2  0.2537      0.842 NA 0.920 0.000
#> GSM827802     2  0.1964      0.869 NA 0.944 0.000
#> GSM827803     3  0.1031      0.900 NA 0.000 0.976
#> GSM827804     2  0.1860      0.864 NA 0.948 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.2973    0.61274 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM827666     2  0.3074    0.50590 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.0000    0.92782 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827668     4  0.1118    0.88964 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM827669     3  0.0188    0.92584 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM827670     1  0.4746    0.30857 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM827671     2  0.4866   -0.01952 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM827672     2  0.4713    0.05147 0.360 0.640 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.4907    0.25621 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM827674     2  0.4454    0.26091 0.308 0.692 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.0707    0.92458 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM827676     1  0.4855    0.29539 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM827677     2  0.4933    0.09416 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM827678     4  0.4564    0.64191 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM827679     1  0.4933    0.22632 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM827680     2  0.4967   -0.08833 0.452 0.548 0.000 0.000
#> GSM827681     2  0.4972   -0.08583 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.4961    0.20728 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.1118    0.46556 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.3024    0.45457 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.1022    0.46550 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.4967    0.20824 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.3873    0.43721 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM827688     4  0.1637    0.88829 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM827689     1  0.4955    0.20506 0.556 0.444 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.4916    0.27235 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.5000    0.12122 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.2814    0.47795 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM827693     4  0.4776    0.55399 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM827694     1  0.4406    0.41609 0.700 0.300 0.000 0.000
#> GSM827695     2  0.4972   -0.01558 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827697     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     4  0.1022    0.88932 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM827699     2  0.4985   -0.00531 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.4072    0.44620 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM827701     2  0.2469    0.63264 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.3975    0.62161 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM827704     2  0.0336    0.65490 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827705     2  0.4477    0.39733 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.0817    0.65571 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM827707     1  0.3266    0.47547 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.4948    0.03553 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM827709     3  0.0817    0.92343 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM827710     4  0.3837    0.78416 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM827711     4  0.4898    0.46324 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM827712     4  0.3688    0.80004 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM827713     2  0.4477    0.38533 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM827714     2  0.4543    0.34640 0.324 0.676 0.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0817    0.92343 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM827716     3  0.0000    0.92782 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827717     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.3688    0.55008 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM827720     4  0.1557    0.88877 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM827721     1  0.4948    0.26677 0.560 0.440 0.000 0.000
#> GSM827722     2  0.2704    0.62481 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM827723     1  0.1867    0.47764 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM827724     2  0.4304    0.44253 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM827725     2  0.4933    0.08302 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM827726     4  0.0657    0.88429 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM827727     4  0.0188    0.87967 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827728     4  0.0188    0.87967 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827729     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.0469    0.65483 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.3172    0.59811 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.2011    0.64388 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.4948    0.03746 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM827734     2  0.4830    0.18134 0.392 0.608 0.000 0.000
#> GSM827735     2  0.4888    0.09738 0.412 0.588 0.000 0.000
#> GSM827736     2  0.4981   -0.06185 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM827737     2  0.2469    0.63034 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM827738     2  0.4877    0.15735 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM827739     1  0.4277    0.42639 0.720 0.280 0.000 0.000
#> GSM827740     4  0.2408    0.87565 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM827741     3  0.4250    0.54836 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM827742     3  0.0000    0.92782 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.1211    0.65298 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.1302    0.65211 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM827745     1  0.4730    0.35335 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM827746     2  0.0336    0.65508 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827747     1  0.4981    0.21924 0.536 0.464 0.000 0.000
#> GSM827748     1  0.5000    0.13925 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM827749     2  0.1022    0.65606 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM827750     1  0.4933    0.27698 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM827751     2  0.3528    0.57095 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM827752     4  0.2760    0.86249 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM827753     2  0.3764    0.53738 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM827754     2  0.2814    0.62099 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM827755     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827757     1  0.4925    0.28402 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM827758     2  0.4585    0.35591 0.332 0.668 0.000 0.000
#> GSM827759     4  0.3975    0.76651 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM827760     2  0.4981   -0.10648 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.0188    0.65444 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.2011    0.63844 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.4855    0.16066 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM827765     2  0.4522    0.37717 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM827766     1  0.4989    0.20424 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM827767     2  0.4477    0.39205 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM827768     4  0.0817    0.88811 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM827769     2  0.0188    0.65391 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827770     2  0.2281    0.63692 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM827771     1  0.4941    0.27470 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM827772     1  0.4996    0.17675 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM827773     1  0.4933    0.27698 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM827774     4  0.0188    0.87967 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827775     3  0.0817    0.92343 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM827776     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.4040    0.49842 0.248 0.752 0.000 0.000
#> GSM827778     3  0.0000    0.92782 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827779     4  0.0188    0.87967 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827780     4  0.2081    0.88260 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM827781     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827782     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.4843    0.28024 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827784     1  0.2921    0.47435 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM827785     2  0.4164    0.34697 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM827786     1  0.4866    0.28827 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM827787     2  0.4996   -0.12621 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM827788     2  0.4277    0.44750 0.280 0.720 0.000 0.000
#> GSM827789     4  0.0376    0.88137 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM827790     2  0.4477    0.37838 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM827791     4  0.0188    0.87967 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM827792     4  0.1118    0.88964 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM827793     2  0.3024    0.60746 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM827794     2  0.1022    0.65440 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM827795     2  0.0188    0.65419 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.0000    0.65360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827798     1  0.4996    0.16772 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM827799     1  0.4925    0.28402 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM827800     1  0.4522    0.38739 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM827801     1  0.4925    0.28402 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM827802     2  0.4008    0.50547 0.244 0.756 0.000 0.000
#> GSM827803     4  0.2469    0.87374 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM827804     2  0.4454    0.39199 0.308 0.692 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     2  0.3876    0.47443 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> GSM827666     1  0.4278   -0.23312 0.548 0.452 0.000 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.6661   -0.74639 0.000 0.000 0.412 0.232 0.356
#> GSM827668     3  0.4306    0.31433 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM827669     4  0.5243   -0.19982 0.000 0.000 0.412 0.540 0.048
#> GSM827670     1  0.4264    0.56347 0.620 0.376 0.000 0.000 0.004
#> GSM827671     1  0.2719    0.47128 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> GSM827672     1  0.2929    0.44306 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.3966    0.58250 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> GSM827674     1  0.4126    0.22349 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> GSM827675     5  0.6059    0.84469 0.000 0.000 0.412 0.120 0.468
#> GSM827676     2  0.3807   -0.00579 0.240 0.748 0.000 0.000 0.012
#> GSM827677     2  0.4045    0.05811 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000
#> GSM827678     4  0.0794    0.64260 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM827679     1  0.3990    0.59001 0.688 0.308 0.000 0.000 0.004
#> GSM827680     1  0.3231    0.52300 0.800 0.196 0.000 0.000 0.004
#> GSM827681     1  0.3430    0.53477 0.776 0.220 0.000 0.000 0.004
#> GSM827682     1  0.3928    0.58823 0.700 0.296 0.000 0.000 0.004
#> GSM827683     1  0.4403    0.38202 0.560 0.436 0.000 0.000 0.004
#> GSM827684     1  0.4166    0.46048 0.648 0.348 0.000 0.000 0.004
#> GSM827685     1  0.4425    0.37285 0.544 0.452 0.000 0.000 0.004
#> GSM827686     1  0.4182    0.54302 0.644 0.352 0.000 0.000 0.004
#> GSM827687     1  0.4437    0.49005 0.532 0.464 0.000 0.000 0.004
#> GSM827688     4  0.3508    0.30281 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM827689     1  0.3928    0.58485 0.700 0.296 0.000 0.000 0.004
#> GSM827690     2  0.3932   -0.17758 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> GSM827691     1  0.3662    0.56634 0.744 0.252 0.000 0.000 0.004
#> GSM827692     1  0.4452    0.42750 0.500 0.496 0.000 0.000 0.004
#> GSM827693     4  0.0579    0.65057 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM827694     2  0.3861   -0.22356 0.284 0.712 0.000 0.000 0.004
#> GSM827695     2  0.4425   -0.22014 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827696     2  0.4637    0.45447 0.452 0.536 0.000 0.000 0.012
#> GSM827697     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827698     3  0.4294    0.36707 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM827699     2  0.3990    0.06588 0.308 0.688 0.000 0.000 0.004
#> GSM827700     2  0.4045   -0.13695 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000
#> GSM827701     2  0.4135    0.48012 0.340 0.656 0.000 0.000 0.004
#> GSM827702     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827703     4  0.3857    0.24573 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> GSM827704     2  0.4415    0.45920 0.444 0.552 0.000 0.000 0.004
#> GSM827705     2  0.3796    0.39019 0.300 0.700 0.000 0.000 0.000
#> GSM827706     2  0.4375    0.46698 0.420 0.576 0.000 0.000 0.004
#> GSM827707     1  0.4201    0.43255 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM827708     2  0.2017    0.40209 0.080 0.912 0.000 0.000 0.008
#> GSM827709     5  0.4350    0.94562 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588
#> GSM827710     4  0.0162    0.65273 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM827711     4  0.1082    0.63974 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM827712     4  0.0290    0.65163 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM827713     2  0.3399    0.46382 0.168 0.812 0.000 0.000 0.020
#> GSM827714     2  0.2818    0.45831 0.132 0.856 0.000 0.000 0.012
#> GSM827715     5  0.4464    0.94559 0.000 0.000 0.408 0.008 0.584
#> GSM827716     3  0.6740   -0.65477 0.000 0.000 0.412 0.304 0.284
#> GSM827717     2  0.4637    0.45447 0.452 0.536 0.000 0.000 0.012
#> GSM827718     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827719     2  0.3579    0.47776 0.240 0.756 0.000 0.000 0.004
#> GSM827720     4  0.4150   -0.06545 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM827721     2  0.3551    0.26804 0.136 0.820 0.000 0.000 0.044
#> GSM827722     2  0.4182    0.45986 0.352 0.644 0.000 0.000 0.004
#> GSM827723     1  0.4905    0.34363 0.500 0.476 0.000 0.000 0.024
#> GSM827724     2  0.2690    0.47507 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM827725     2  0.1310    0.40313 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> GSM827726     3  0.4235    0.42953 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM827727     3  0.4210    0.43995 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827728     3  0.4210    0.43995 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827729     2  0.4637    0.45447 0.452 0.536 0.000 0.000 0.012
#> GSM827730     2  0.4617    0.46210 0.436 0.552 0.000 0.000 0.012
#> GSM827731     2  0.3980    0.48912 0.284 0.708 0.000 0.000 0.008
#> GSM827732     2  0.4470    0.47989 0.372 0.616 0.000 0.000 0.012
#> GSM827733     2  0.1410    0.40675 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM827734     2  0.1872    0.42845 0.052 0.928 0.000 0.000 0.020
#> GSM827735     2  0.4297    0.34801 0.288 0.692 0.000 0.000 0.020
#> GSM827736     2  0.2909    0.38119 0.140 0.848 0.000 0.000 0.012
#> GSM827737     2  0.4151    0.47348 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004
#> GSM827738     2  0.1764    0.42337 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> GSM827739     2  0.4517   -0.43335 0.436 0.556 0.000 0.000 0.008
#> GSM827740     4  0.1341    0.61874 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM827741     4  0.4101    0.06169 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM827742     3  0.6723   -0.63268 0.000 0.000 0.412 0.324 0.264
#> GSM827743     2  0.4359    0.46925 0.412 0.584 0.000 0.000 0.004
#> GSM827744     2  0.4350    0.47434 0.408 0.588 0.000 0.000 0.004
#> GSM827745     2  0.4944    0.07212 0.208 0.700 0.000 0.000 0.092
#> GSM827746     2  0.4415    0.46030 0.444 0.552 0.000 0.000 0.004
#> GSM827747     2  0.2813    0.31263 0.108 0.868 0.000 0.000 0.024
#> GSM827748     2  0.6526   -0.13021 0.216 0.468 0.000 0.000 0.316
#> GSM827749     2  0.4489    0.46865 0.420 0.572 0.000 0.000 0.008
#> GSM827750     2  0.3639    0.26407 0.144 0.812 0.000 0.000 0.044
#> GSM827751     2  0.3766    0.48095 0.268 0.728 0.000 0.000 0.004
#> GSM827752     4  0.0609    0.64637 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM827753     2  0.3607    0.48465 0.244 0.752 0.000 0.000 0.004
#> GSM827754     2  0.3990    0.48462 0.308 0.688 0.000 0.000 0.004
#> GSM827755     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827756     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827757     2  0.3681    0.25882 0.148 0.808 0.000 0.000 0.044
#> GSM827758     2  0.2574    0.45874 0.112 0.876 0.000 0.000 0.012
#> GSM827759     4  0.0510    0.65260 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM827760     1  0.3480    0.54842 0.752 0.248 0.000 0.000 0.000
#> GSM827761     2  0.4882    0.45790 0.444 0.532 0.000 0.000 0.024
#> GSM827762     2  0.4709    0.47339 0.364 0.612 0.000 0.000 0.024
#> GSM827763     2  0.4420    0.45693 0.448 0.548 0.000 0.000 0.004
#> GSM827764     2  0.1281    0.42188 0.032 0.956 0.000 0.000 0.012
#> GSM827765     2  0.2723    0.45967 0.124 0.864 0.000 0.000 0.012
#> GSM827766     2  0.2873    0.32540 0.120 0.860 0.000 0.000 0.020
#> GSM827767     2  0.2771    0.47213 0.128 0.860 0.000 0.000 0.012
#> GSM827768     3  0.4262    0.40793 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM827769     2  0.4538    0.45496 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008
#> GSM827770     2  0.4402    0.47310 0.352 0.636 0.000 0.000 0.012
#> GSM827771     2  0.2886    0.29367 0.148 0.844 0.000 0.000 0.008
#> GSM827772     2  0.3106    0.33843 0.140 0.840 0.000 0.000 0.020
#> GSM827773     2  0.6238   -0.15446 0.148 0.476 0.000 0.000 0.376
#> GSM827774     3  0.4210    0.43995 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827775     5  0.4321    0.93975 0.000 0.000 0.396 0.004 0.600
#> GSM827776     2  0.4538    0.45564 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008
#> GSM827777     2  0.3353    0.48306 0.196 0.796 0.000 0.000 0.008
#> GSM827778     3  0.6661   -0.59806 0.000 0.000 0.412 0.356 0.232
#> GSM827779     3  0.4210    0.43995 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827780     4  0.4045    0.03447 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM827781     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827782     2  0.4425    0.45621 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> GSM827783     1  0.3752    0.58055 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000
#> GSM827784     2  0.4403   -0.44163 0.436 0.560 0.000 0.000 0.004
#> GSM827785     1  0.4235    0.04266 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> GSM827786     2  0.3579   -0.00794 0.240 0.756 0.000 0.000 0.004
#> GSM827787     2  0.3642    0.34530 0.232 0.760 0.000 0.000 0.008
#> GSM827788     2  0.3421    0.46016 0.204 0.788 0.000 0.000 0.008
#> GSM827789     3  0.4219    0.43732 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM827790     2  0.2818    0.46358 0.132 0.856 0.000 0.000 0.012
#> GSM827791     3  0.4210    0.43995 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM827792     4  0.4306   -0.35920 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM827793     2  0.4067    0.48311 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> GSM827794     2  0.4582    0.46754 0.416 0.572 0.000 0.000 0.012
#> GSM827795     2  0.4420    0.45931 0.448 0.548 0.000 0.000 0.004
#> GSM827796     2  0.4632    0.45830 0.448 0.540 0.000 0.000 0.012
#> GSM827797     2  0.4637    0.45447 0.452 0.536 0.000 0.000 0.012
#> GSM827798     2  0.2248    0.34250 0.088 0.900 0.000 0.000 0.012
#> GSM827799     2  0.6068   -0.10313 0.148 0.544 0.000 0.000 0.308
#> GSM827800     2  0.6308   -0.16677 0.156 0.456 0.000 0.000 0.388
#> GSM827801     2  0.6008   -0.07520 0.148 0.560 0.000 0.000 0.292
#> GSM827802     2  0.3519    0.47263 0.216 0.776 0.000 0.000 0.008
#> GSM827803     4  0.0963    0.63796 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM827804     2  0.2969    0.46465 0.128 0.852 0.000 0.000 0.020

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     4  0.5002    0.53246 0.204 0.032 0.000 0.684 0.000 0.080
#> GSM827666     4  0.4130    0.54391 0.140 0.016 0.000 0.768 0.000 0.076
#> GSM827667     5  0.2597    0.79522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM827668     3  0.1814    0.82319 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM827669     6  0.3810   -0.16170 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM827670     1  0.4047    0.29666 0.676 0.028 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM827671     4  0.4468    0.04602 0.408 0.032 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM827672     4  0.4533    0.09590 0.376 0.032 0.000 0.588 0.000 0.004
#> GSM827673     1  0.4319    0.24103 0.620 0.032 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM827674     4  0.5406    0.28527 0.308 0.036 0.000 0.592 0.000 0.064
#> GSM827675     5  0.1910    0.80308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM827676     1  0.5290    0.31241 0.596 0.004 0.000 0.272 0.000 0.128
#> GSM827677     4  0.5113    0.09477 0.448 0.000 0.000 0.472 0.000 0.080
#> GSM827678     6  0.4144    0.74735 0.000 0.000 0.360 0.000 0.020 0.620
#> GSM827679     1  0.4378    0.20122 0.600 0.032 0.000 0.368 0.000 0.000
#> GSM827680     4  0.4523   -0.02686 0.452 0.032 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM827681     4  0.4535   -0.06100 0.484 0.032 0.000 0.484 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.4400    0.20376 0.592 0.032 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM827683     1  0.2730   -0.00463 0.836 0.152 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM827684     1  0.3745    0.22475 0.784 0.100 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM827685     1  0.1814    0.04675 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827686     1  0.4389    0.19985 0.596 0.032 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.3023    0.35794 0.828 0.032 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM827688     3  0.3563    0.23032 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM827689     1  0.4344    0.20804 0.612 0.032 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM827690     1  0.4636    0.29355 0.620 0.024 0.000 0.336 0.000 0.020
#> GSM827691     1  0.4494    0.11395 0.544 0.032 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM827692     1  0.2361    0.30985 0.884 0.028 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM827693     6  0.4057    0.74388 0.000 0.000 0.388 0.000 0.012 0.600
#> GSM827694     1  0.3426    0.41504 0.764 0.004 0.000 0.220 0.000 0.012
#> GSM827695     4  0.5060    0.04950 0.468 0.020 0.000 0.476 0.000 0.036
#> GSM827696     4  0.0790    0.64687 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM827697     4  0.0000    0.64482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.1643    0.84320 0.000 0.008 0.924 0.000 0.000 0.068
#> GSM827699     1  0.5239   -0.02609 0.476 0.004 0.000 0.440 0.000 0.080
#> GSM827700     1  0.5245    0.33929 0.672 0.072 0.000 0.200 0.000 0.056
#> GSM827701     4  0.3857    0.59318 0.152 0.000 0.000 0.768 0.000 0.080
#> GSM827702     4  0.1327    0.64009 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM827703     6  0.4905    0.35986 0.000 0.000 0.096 0.000 0.284 0.620
#> GSM827704     4  0.0405    0.64615 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM827705     4  0.5775    0.30966 0.328 0.044 0.000 0.548 0.000 0.080
#> GSM827706     4  0.2197    0.64610 0.044 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056
#> GSM827707     1  0.3121    0.30251 0.836 0.044 0.000 0.116 0.000 0.004
#> GSM827708     1  0.5317    0.13032 0.500 0.008 0.000 0.412 0.000 0.080
#> GSM827709     5  0.0000    0.77607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827710     6  0.3717    0.74577 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM827711     6  0.4344    0.74306 0.000 0.000 0.356 0.000 0.032 0.612
#> GSM827712     6  0.3727    0.74294 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM827713     4  0.5389    0.17954 0.344 0.008 0.000 0.548 0.000 0.100
#> GSM827714     4  0.5632    0.09790 0.364 0.004 0.000 0.496 0.000 0.136
#> GSM827715     5  0.0260    0.77968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM827716     5  0.3198    0.75441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM827717     4  0.0713    0.64553 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM827718     4  0.0000    0.64482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827719     4  0.3564    0.50870 0.264 0.000 0.000 0.724 0.000 0.012
#> GSM827720     3  0.2793    0.66432 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM827721     1  0.6529    0.28142 0.536 0.084 0.000 0.216 0.000 0.164
#> GSM827722     4  0.4207    0.57229 0.176 0.008 0.000 0.744 0.000 0.072
#> GSM827723     1  0.3630   -0.18281 0.756 0.212 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM827724     4  0.4834    0.34483 0.340 0.004 0.000 0.596 0.000 0.060
#> GSM827725     1  0.5217    0.14459 0.504 0.004 0.000 0.412 0.000 0.080
#> GSM827726     3  0.0363    0.87366 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827727     3  0.0000    0.87329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827728     3  0.0000    0.87329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827729     4  0.0458    0.64040 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827730     4  0.1297    0.63521 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040
#> GSM827731     4  0.3231    0.57003 0.200 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016
#> GSM827732     4  0.2060    0.63397 0.084 0.000 0.000 0.900 0.000 0.016
#> GSM827733     1  0.5243    0.10957 0.512 0.004 0.000 0.400 0.000 0.084
#> GSM827734     4  0.5389   -0.09835 0.444 0.004 0.000 0.456 0.000 0.096
#> GSM827735     4  0.6109    0.03237 0.400 0.060 0.000 0.460 0.000 0.080
#> GSM827736     4  0.5734   -0.09341 0.416 0.072 0.000 0.476 0.000 0.036
#> GSM827737     4  0.4017    0.58772 0.160 0.004 0.000 0.760 0.000 0.076
#> GSM827738     1  0.5617    0.06878 0.472 0.004 0.000 0.396 0.000 0.128
#> GSM827739     1  0.3430    0.39881 0.772 0.004 0.000 0.208 0.000 0.016
#> GSM827740     6  0.3838    0.64361 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM827741     6  0.4371    0.16157 0.000 0.000 0.036 0.000 0.344 0.620
#> GSM827742     5  0.3330    0.73214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM827743     4  0.2672    0.63203 0.052 0.000 0.000 0.868 0.000 0.080
#> GSM827744     4  0.1141    0.64737 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM827745     1  0.7296   -0.07800 0.412 0.252 0.000 0.196 0.000 0.140
#> GSM827746     4  0.0692    0.64944 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM827747     1  0.6401    0.30240 0.480 0.092 0.000 0.344 0.000 0.084
#> GSM827748     1  0.6585   -0.10452 0.428 0.332 0.000 0.200 0.000 0.040
#> GSM827749     4  0.1334    0.65267 0.032 0.000 0.000 0.948 0.000 0.020
#> GSM827750     1  0.7090    0.04438 0.396 0.224 0.000 0.296 0.000 0.084
#> GSM827751     4  0.4227    0.51514 0.256 0.000 0.000 0.692 0.000 0.052
#> GSM827752     6  0.3756    0.73013 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM827753     4  0.4389    0.49638 0.252 0.008 0.000 0.692 0.000 0.048
#> GSM827754     4  0.2738    0.59635 0.176 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004
#> GSM827755     4  0.0000    0.64482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827756     4  0.1700    0.63430 0.004 0.000 0.000 0.916 0.000 0.080
#> GSM827757     1  0.7155    0.04065 0.400 0.220 0.000 0.284 0.000 0.096
#> GSM827758     4  0.5752    0.06898 0.396 0.004 0.000 0.452 0.000 0.148
#> GSM827759     6  0.3907    0.72273 0.000 0.000 0.408 0.000 0.004 0.588
#> GSM827760     1  0.4625    0.12749 0.540 0.032 0.000 0.424 0.000 0.004
#> GSM827761     4  0.1908    0.60228 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096
#> GSM827762     4  0.3565    0.55555 0.092 0.004 0.000 0.808 0.000 0.096
#> GSM827763     4  0.1151    0.65038 0.012 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM827764     1  0.5821    0.10740 0.444 0.004 0.000 0.392 0.000 0.160
#> GSM827765     4  0.5025    0.21666 0.400 0.004 0.000 0.532 0.000 0.064
#> GSM827766     1  0.7166    0.19798 0.368 0.196 0.000 0.336 0.000 0.100
#> GSM827767     4  0.4131    0.28283 0.384 0.000 0.000 0.600 0.000 0.016
#> GSM827768     3  0.0713    0.86897 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM827769     4  0.2237    0.64201 0.004 0.020 0.000 0.896 0.000 0.080
#> GSM827770     4  0.3343    0.61529 0.144 0.004 0.000 0.812 0.000 0.040
#> GSM827771     1  0.6025    0.28412 0.512 0.084 0.000 0.348 0.000 0.056
#> GSM827772     1  0.5291    0.25563 0.552 0.008 0.000 0.352 0.000 0.088
#> GSM827773     2  0.3986    0.97083 0.316 0.664 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM827774     3  0.0000    0.87329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827775     5  0.3907    0.64909 0.000 0.268 0.000 0.000 0.704 0.028
#> GSM827776     4  0.0405    0.64441 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM827777     4  0.3733    0.45663 0.288 0.004 0.000 0.700 0.000 0.008
#> GSM827778     5  0.3659    0.61322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> GSM827779     3  0.0000    0.87329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827780     3  0.3023    0.59511 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM827781     4  0.1556    0.63393 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM827782     4  0.0146    0.64578 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM827783     1  0.4323    0.27973 0.652 0.032 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM827784     1  0.2106    0.29461 0.904 0.032 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM827785     4  0.4880    0.42550 0.208 0.032 0.000 0.692 0.000 0.068
#> GSM827786     1  0.5063    0.32006 0.616 0.004 0.000 0.280 0.000 0.100
#> GSM827787     4  0.7307   -0.21571 0.308 0.204 0.000 0.368 0.000 0.120
#> GSM827788     4  0.5142    0.34484 0.304 0.000 0.000 0.584 0.000 0.112
#> GSM827789     3  0.0146    0.87387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM827790     4  0.5771    0.12198 0.352 0.004 0.000 0.484 0.000 0.160
#> GSM827791     3  0.0000    0.87329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827792     3  0.1765    0.82415 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM827793     4  0.4195    0.55822 0.200 0.000 0.000 0.724 0.000 0.076
#> GSM827794     4  0.1780    0.64895 0.048 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028
#> GSM827795     4  0.0405    0.64815 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM827796     4  0.2135    0.62761 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM827797     4  0.0458    0.64040 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM827798     1  0.5533    0.24780 0.528 0.020 0.000 0.368 0.000 0.084
#> GSM827799     1  0.6508   -0.27240 0.484 0.320 0.000 0.076 0.000 0.120
#> GSM827800     2  0.3871    0.97088 0.308 0.676 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM827801     1  0.7043   -0.56354 0.396 0.296 0.000 0.076 0.000 0.232
#> GSM827802     4  0.4323    0.43583 0.312 0.004 0.000 0.652 0.000 0.032
#> GSM827803     6  0.3789    0.71169 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM827804     4  0.5157    0.20810 0.340 0.004 0.000 0.568 0.000 0.088

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>           n disease.state(p) k
#> ATC:pam 140            0.519 2
#> ATC:pam 140            0.519 3
#> ATC:pam  73            0.813 4
#> ATC:pam  24            0.112 5
#> ATC:pam  70            0.168 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3712 0.630   0.630
#> 3 3 0.504           0.628       0.817         0.6489 0.731   0.573
#> 4 4 0.618           0.733       0.852         0.1409 0.768   0.477
#> 5 5 0.591           0.508       0.743         0.0788 0.948   0.831
#> 6 6 0.573           0.456       0.649         0.0346 0.916   0.711

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827666     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827667     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827668     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827669     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827670     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827671     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827672     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827673     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827674     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827675     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827676     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827677     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827678     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827679     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827680     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827681     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827682     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827683     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827684     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827685     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827686     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827687     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827688     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827689     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827690     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827691     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827692     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827693     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827694     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827695     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827696     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827697     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827698     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827699     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827700     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827701     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827702     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827703     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827704     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827705     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827706     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827707     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827708     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827709     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827710     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827711     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827712     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827713     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827714     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827715     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827716     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827717     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827718     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827719     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827720     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827721     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827722     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827723     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827724     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827725     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827726     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827727     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827728     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827729     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827730     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827731     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827732     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827733     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827734     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827735     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827736     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827737     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827738     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827739     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827740     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827741     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827742     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827743     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827744     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827745     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827746     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827747     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827748     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827749     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827750     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827751     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827752     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827753     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827754     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827755     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827756     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827757     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827758     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827759     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827760     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827761     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827762     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827763     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827764     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827765     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827766     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827767     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827768     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827769     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827770     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827771     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827772     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827773     2   0.118      0.984 0.016 0.984
#> GSM827774     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827775     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827776     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827777     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827778     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827779     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827780     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827781     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827782     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827783     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827784     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827785     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827786     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827787     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827788     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827789     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827790     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827791     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827792     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827793     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827794     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827795     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827796     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827797     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827798     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827799     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827800     2   0.118      0.984 0.016 0.984
#> GSM827801     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827802     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> GSM827803     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> GSM827804     2   0.000      1.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> GSM827665     1  0.3340    0.62255 0.880 0.120  0
#> GSM827666     1  0.0592    0.63235 0.988 0.012  0
#> GSM827667     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827668     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827669     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827670     1  0.4062    0.61234 0.836 0.164  0
#> GSM827671     1  0.0424    0.62663 0.992 0.008  0
#> GSM827672     1  0.0592    0.62829 0.988 0.012  0
#> GSM827673     1  0.3879    0.61822 0.848 0.152  0
#> GSM827674     1  0.1643    0.62143 0.956 0.044  0
#> GSM827675     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827676     1  0.5327    0.51837 0.728 0.272  0
#> GSM827677     1  0.3941    0.61587 0.844 0.156  0
#> GSM827678     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827679     1  0.3752    0.61995 0.856 0.144  0
#> GSM827680     1  0.0424    0.62663 0.992 0.008  0
#> GSM827681     1  0.0424    0.62663 0.992 0.008  0
#> GSM827682     1  0.0592    0.62794 0.988 0.012  0
#> GSM827683     1  0.3551    0.60712 0.868 0.132  0
#> GSM827684     1  0.3192    0.62770 0.888 0.112  0
#> GSM827685     1  0.4235    0.60399 0.824 0.176  0
#> GSM827686     1  0.5016    0.55518 0.760 0.240  0
#> GSM827687     1  0.3879    0.59344 0.848 0.152  0
#> GSM827688     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827689     1  0.4178    0.60779 0.828 0.172  0
#> GSM827690     1  0.4504    0.59262 0.804 0.196  0
#> GSM827691     1  0.0747    0.63242 0.984 0.016  0
#> GSM827692     1  0.4702    0.58433 0.788 0.212  0
#> GSM827693     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827694     1  0.5291    0.52276 0.732 0.268  0
#> GSM827695     1  0.5138    0.54147 0.748 0.252  0
#> GSM827696     1  0.4796    0.50933 0.780 0.220  0
#> GSM827697     1  0.6307   -0.32435 0.512 0.488  0
#> GSM827698     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827699     1  0.4750    0.57731 0.784 0.216  0
#> GSM827700     1  0.3340    0.62072 0.880 0.120  0
#> GSM827701     1  0.4555    0.58928 0.800 0.200  0
#> GSM827702     1  0.6140    0.02837 0.596 0.404  0
#> GSM827703     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827704     1  0.5678    0.32081 0.684 0.316  0
#> GSM827705     1  0.3267    0.62441 0.884 0.116  0
#> GSM827706     1  0.6295   -0.03702 0.528 0.472  0
#> GSM827707     1  0.3752    0.61916 0.856 0.144  0
#> GSM827708     2  0.3752    0.68752 0.144 0.856  0
#> GSM827709     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827710     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827711     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827712     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827713     2  0.5291    0.71553 0.268 0.732  0
#> GSM827714     1  0.6252   -0.02708 0.556 0.444  0
#> GSM827715     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827716     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827717     1  0.5178    0.46564 0.744 0.256  0
#> GSM827718     1  0.5529    0.38730 0.704 0.296  0
#> GSM827719     2  0.5948    0.62343 0.360 0.640  0
#> GSM827720     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827721     2  0.5465    0.69611 0.288 0.712  0
#> GSM827722     1  0.4235    0.60612 0.824 0.176  0
#> GSM827723     2  0.5178    0.68602 0.256 0.744  0
#> GSM827724     2  0.4399    0.69700 0.188 0.812  0
#> GSM827725     2  0.6026    0.61233 0.376 0.624  0
#> GSM827726     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827727     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827728     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827729     1  0.4842    0.51014 0.776 0.224  0
#> GSM827730     1  0.4796    0.50933 0.780 0.220  0
#> GSM827731     1  0.6154    0.00944 0.592 0.408  0
#> GSM827732     1  0.4974    0.48623 0.764 0.236  0
#> GSM827733     2  0.5560    0.68437 0.300 0.700  0
#> GSM827734     2  0.5397    0.70055 0.280 0.720  0
#> GSM827735     2  0.5138    0.69247 0.252 0.748  0
#> GSM827736     2  0.5291    0.71604 0.268 0.732  0
#> GSM827737     2  0.5529    0.69150 0.296 0.704  0
#> GSM827738     2  0.6168    0.14385 0.412 0.588  0
#> GSM827739     1  0.5016    0.55445 0.760 0.240  0
#> GSM827740     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827741     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827742     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827743     1  0.4887    0.49996 0.772 0.228  0
#> GSM827744     1  0.6045    0.12605 0.620 0.380  0
#> GSM827745     2  0.4062    0.64263 0.164 0.836  0
#> GSM827746     1  0.6008    0.14536 0.628 0.372  0
#> GSM827747     2  0.3551    0.69256 0.132 0.868  0
#> GSM827748     2  0.4291    0.62919 0.180 0.820  0
#> GSM827749     1  0.6274    0.07469 0.544 0.456  0
#> GSM827750     2  0.5058    0.69329 0.244 0.756  0
#> GSM827751     2  0.4555    0.69674 0.200 0.800  0
#> GSM827752     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827753     2  0.5760    0.67203 0.328 0.672  0
#> GSM827754     2  0.5650    0.69686 0.312 0.688  0
#> GSM827755     1  0.5216    0.45263 0.740 0.260  0
#> GSM827756     1  0.4796    0.50933 0.780 0.220  0
#> GSM827757     2  0.4654    0.67556 0.208 0.792  0
#> GSM827758     1  0.4796    0.58247 0.780 0.220  0
#> GSM827759     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827760     1  0.3619    0.62283 0.864 0.136  0
#> GSM827761     1  0.4931    0.51077 0.768 0.232  0
#> GSM827762     1  0.5835    0.26099 0.660 0.340  0
#> GSM827763     1  0.6095    0.08991 0.608 0.392  0
#> GSM827764     1  0.6235   -0.01896 0.564 0.436  0
#> GSM827765     2  0.6204    0.40209 0.424 0.576  0
#> GSM827766     2  0.5138    0.71950 0.252 0.748  0
#> GSM827767     2  0.6154    0.18437 0.408 0.592  0
#> GSM827768     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827769     1  0.6180   -0.02698 0.584 0.416  0
#> GSM827770     2  0.5988    0.63054 0.368 0.632  0
#> GSM827771     2  0.5254    0.71900 0.264 0.736  0
#> GSM827772     2  0.5291    0.71392 0.268 0.732  0
#> GSM827773     2  0.4062    0.61296 0.164 0.836  0
#> GSM827774     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827775     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827776     1  0.4750    0.51331 0.784 0.216  0
#> GSM827777     2  0.6045    0.60874 0.380 0.620  0
#> GSM827778     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827779     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827780     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827781     2  0.6299    0.29707 0.476 0.524  0
#> GSM827782     2  0.6204    0.54349 0.424 0.576  0
#> GSM827783     1  0.4750    0.34120 0.784 0.216  0
#> GSM827784     1  0.2537    0.63332 0.920 0.080  0
#> GSM827785     1  0.0424    0.62900 0.992 0.008  0
#> GSM827786     1  0.2356    0.63676 0.928 0.072  0
#> GSM827787     2  0.5327    0.72217 0.272 0.728  0
#> GSM827788     1  0.4605    0.58631 0.796 0.204  0
#> GSM827789     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827790     2  0.6305   -0.04293 0.484 0.516  0
#> GSM827791     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827792     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827793     1  0.6274    0.21198 0.544 0.456  0
#> GSM827794     1  0.5591    0.45935 0.696 0.304  0
#> GSM827795     1  0.5706    0.32874 0.680 0.320  0
#> GSM827796     1  0.5254    0.44488 0.736 0.264  0
#> GSM827797     1  0.5016    0.48393 0.760 0.240  0
#> GSM827798     2  0.3482    0.66723 0.128 0.872  0
#> GSM827799     2  0.3412    0.60345 0.124 0.876  0
#> GSM827800     2  0.4062    0.61296 0.164 0.836  0
#> GSM827801     2  0.4062    0.63751 0.164 0.836  0
#> GSM827802     2  0.5621    0.68256 0.308 0.692  0
#> GSM827803     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> GSM827804     2  0.6062    0.29766 0.384 0.616  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     1  0.4428      0.625 0.720 0.276 0.000 0.004
#> GSM827666     1  0.4916      0.502 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM827667     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827668     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827669     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827670     1  0.1284      0.728 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM827671     1  0.5028      0.541 0.596 0.400 0.000 0.004
#> GSM827672     1  0.4855      0.541 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM827673     1  0.2198      0.730 0.920 0.072 0.000 0.008
#> GSM827674     1  0.4855      0.536 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM827675     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827676     1  0.0469      0.711 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827677     1  0.1297      0.724 0.964 0.020 0.000 0.016
#> GSM827678     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827679     1  0.1798      0.730 0.944 0.040 0.000 0.016
#> GSM827680     1  0.5028      0.541 0.596 0.400 0.000 0.004
#> GSM827681     1  0.4843      0.545 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827682     1  0.4936      0.602 0.652 0.340 0.000 0.008
#> GSM827683     1  0.5599      0.608 0.644 0.316 0.000 0.040
#> GSM827684     1  0.3448      0.708 0.828 0.168 0.000 0.004
#> GSM827685     1  0.1520      0.728 0.956 0.024 0.000 0.020
#> GSM827686     1  0.0000      0.715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827687     1  0.6465      0.593 0.636 0.228 0.000 0.136
#> GSM827688     3  0.0921      0.974 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM827689     1  0.1059      0.725 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM827690     1  0.0336      0.715 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM827691     1  0.4343      0.664 0.732 0.264 0.000 0.004
#> GSM827692     1  0.1059      0.725 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM827693     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827694     1  0.1022      0.704 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM827695     1  0.0000      0.715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827696     2  0.4072      0.505 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM827697     2  0.1557      0.748 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM827698     3  0.1637      0.943 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM827699     1  0.0000      0.715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827700     1  0.3972      0.697 0.788 0.204 0.000 0.008
#> GSM827701     1  0.0921      0.718 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM827702     2  0.1022      0.758 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM827703     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827704     2  0.0336      0.759 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827705     1  0.4220      0.653 0.748 0.248 0.000 0.004
#> GSM827706     2  0.4123      0.712 0.220 0.772 0.000 0.008
#> GSM827707     1  0.1706      0.729 0.948 0.036 0.000 0.016
#> GSM827708     2  0.5523      0.519 0.380 0.596 0.000 0.024
#> GSM827709     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827710     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827711     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827712     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827713     2  0.4399      0.696 0.224 0.760 0.000 0.016
#> GSM827714     2  0.4040      0.673 0.248 0.752 0.000 0.000
#> GSM827715     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827716     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827717     2  0.1389      0.757 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM827718     2  0.0336      0.758 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827719     2  0.1545      0.765 0.040 0.952 0.000 0.008
#> GSM827720     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827721     4  0.6934      0.494 0.152 0.276 0.000 0.572
#> GSM827722     1  0.3831      0.621 0.792 0.204 0.000 0.004
#> GSM827723     4  0.3833      0.817 0.080 0.072 0.000 0.848
#> GSM827724     2  0.5138      0.514 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM827725     2  0.6826      0.362 0.416 0.484 0.000 0.100
#> GSM827726     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827727     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827728     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827729     2  0.2149      0.739 0.088 0.912 0.000 0.000
#> GSM827730     2  0.2081      0.742 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM827731     2  0.0817      0.766 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM827732     2  0.1637      0.753 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM827733     2  0.4599      0.685 0.248 0.736 0.000 0.016
#> GSM827734     2  0.5411      0.598 0.312 0.656 0.000 0.032
#> GSM827735     2  0.7845      0.145 0.280 0.400 0.000 0.320
#> GSM827736     2  0.5873      0.653 0.256 0.668 0.000 0.076
#> GSM827737     2  0.4989      0.680 0.072 0.764 0.000 0.164
#> GSM827738     1  0.4608      0.235 0.692 0.304 0.000 0.004
#> GSM827739     1  0.0000      0.715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827740     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827741     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827742     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.2281      0.740 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM827744     2  0.0336      0.759 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827745     4  0.2751      0.837 0.040 0.056 0.000 0.904
#> GSM827746     2  0.0817      0.761 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM827747     2  0.6775      0.460 0.384 0.516 0.000 0.100
#> GSM827748     4  0.1938      0.828 0.012 0.052 0.000 0.936
#> GSM827749     2  0.4295      0.704 0.240 0.752 0.000 0.008
#> GSM827750     4  0.4959      0.737 0.052 0.196 0.000 0.752
#> GSM827751     2  0.5352      0.515 0.388 0.596 0.000 0.016
#> GSM827752     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827753     2  0.2722      0.765 0.064 0.904 0.000 0.032
#> GSM827754     2  0.5745      0.638 0.288 0.656 0.000 0.056
#> GSM827755     2  0.2814      0.697 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM827756     2  0.2081      0.737 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM827757     4  0.4144      0.818 0.068 0.104 0.000 0.828
#> GSM827758     1  0.0336      0.716 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM827759     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827760     1  0.2256      0.731 0.924 0.056 0.000 0.020
#> GSM827761     2  0.2081      0.752 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM827762     2  0.0336      0.759 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827763     2  0.0336      0.759 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827764     2  0.3172      0.743 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM827765     2  0.4262      0.690 0.236 0.756 0.000 0.008
#> GSM827766     2  0.5990      0.674 0.188 0.688 0.000 0.124
#> GSM827767     2  0.5143      0.451 0.456 0.540 0.000 0.004
#> GSM827768     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827769     2  0.1520      0.759 0.024 0.956 0.000 0.020
#> GSM827770     2  0.1209      0.765 0.032 0.964 0.000 0.004
#> GSM827771     2  0.4468      0.689 0.232 0.752 0.000 0.016
#> GSM827772     2  0.5558      0.688 0.208 0.712 0.000 0.080
#> GSM827773     4  0.0524      0.804 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM827774     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827775     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827776     2  0.2921      0.689 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM827777     2  0.4332      0.655 0.032 0.792 0.000 0.176
#> GSM827778     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827779     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827780     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827781     2  0.3751      0.728 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM827782     2  0.1118      0.757 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM827783     1  0.5938      0.363 0.484 0.480 0.000 0.036
#> GSM827784     1  0.6623      0.589 0.620 0.232 0.000 0.148
#> GSM827785     1  0.4843      0.545 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM827786     1  0.4677      0.614 0.680 0.316 0.000 0.004
#> GSM827787     2  0.5334      0.701 0.172 0.740 0.000 0.088
#> GSM827788     1  0.0000      0.715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM827789     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827790     1  0.4925     -0.187 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM827791     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827792     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827793     1  0.5288     -0.283 0.520 0.472 0.000 0.008
#> GSM827794     2  0.2888      0.758 0.124 0.872 0.000 0.004
#> GSM827795     2  0.0336      0.758 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM827796     2  0.2081      0.743 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM827797     2  0.3448      0.656 0.168 0.828 0.000 0.004
#> GSM827798     4  0.7426      0.270 0.188 0.324 0.000 0.488
#> GSM827799     4  0.2714      0.797 0.112 0.004 0.000 0.884
#> GSM827800     4  0.0524      0.804 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM827801     4  0.2660      0.836 0.036 0.056 0.000 0.908
#> GSM827802     2  0.7096      0.462 0.332 0.524 0.000 0.144
#> GSM827803     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.5060      0.502 0.412 0.584 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> GSM827665     1  0.6632    0.09905 0.400 0.380 0.000 0.220 0.000
#> GSM827666     2  0.6377   -0.05718 0.336 0.484 0.000 0.180 0.000
#> GSM827667     3  0.0290    0.97842 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827668     3  0.0404    0.97966 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827669     3  0.0404    0.97954 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827670     1  0.1597    0.60404 0.940 0.012 0.000 0.048 0.000
#> GSM827671     1  0.5633    0.43811 0.580 0.336 0.000 0.080 0.004
#> GSM827672     1  0.6068    0.43288 0.532 0.328 0.000 0.140 0.000
#> GSM827673     1  0.2835    0.59232 0.868 0.016 0.000 0.112 0.004
#> GSM827674     1  0.6460    0.24185 0.412 0.408 0.000 0.180 0.000
#> GSM827675     3  0.0510    0.97763 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827676     1  0.4109    0.57641 0.788 0.004 0.000 0.148 0.060
#> GSM827677     1  0.3826    0.57772 0.752 0.008 0.000 0.236 0.004
#> GSM827678     3  0.0000    0.97965 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827679     1  0.3218    0.59513 0.844 0.024 0.000 0.128 0.004
#> GSM827680     1  0.5506    0.43573 0.584 0.344 0.000 0.068 0.004
#> GSM827681     1  0.5520    0.41963 0.560 0.364 0.000 0.076 0.000
#> GSM827682     1  0.5686    0.50160 0.624 0.256 0.000 0.116 0.004
#> GSM827683     1  0.6710    0.47571 0.584 0.244 0.000 0.092 0.080
#> GSM827684     1  0.4411    0.57154 0.772 0.096 0.000 0.128 0.004
#> GSM827685     1  0.2283    0.59861 0.916 0.008 0.000 0.040 0.036
#> GSM827686     1  0.1872    0.59378 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> GSM827687     1  0.6980    0.48352 0.588 0.172 0.000 0.112 0.128
#> GSM827688     3  0.1444    0.95161 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012
#> GSM827689     1  0.1670    0.60350 0.936 0.012 0.000 0.052 0.000
#> GSM827690     1  0.2488    0.59776 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004
#> GSM827691     1  0.4645    0.55939 0.724 0.204 0.000 0.072 0.000
#> GSM827692     1  0.1780    0.60281 0.940 0.008 0.000 0.028 0.024
#> GSM827693     3  0.0404    0.97954 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827694     1  0.2735    0.57520 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084
#> GSM827695     1  0.1915    0.59025 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> GSM827696     2  0.6013    0.39253 0.120 0.624 0.000 0.236 0.020
#> GSM827697     2  0.3774    0.43258 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM827698     3  0.4316    0.77924 0.000 0.000 0.772 0.120 0.108
#> GSM827699     1  0.3239    0.58330 0.828 0.004 0.000 0.156 0.012
#> GSM827700     1  0.6233    0.52220 0.580 0.184 0.000 0.228 0.008
#> GSM827701     1  0.3495    0.57583 0.812 0.028 0.000 0.160 0.000
#> GSM827702     2  0.3607    0.46426 0.004 0.752 0.000 0.244 0.000
#> GSM827703     3  0.0000    0.97965 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827704     2  0.1741    0.53157 0.024 0.936 0.000 0.040 0.000
#> GSM827705     1  0.6651    0.27484 0.428 0.336 0.000 0.236 0.000
#> GSM827706     2  0.6106    0.14903 0.144 0.564 0.000 0.288 0.004
#> GSM827707     1  0.3107    0.60916 0.852 0.016 0.000 0.124 0.008
#> GSM827708     2  0.7857   -0.44073 0.316 0.332 0.000 0.288 0.064
#> GSM827709     3  0.0510    0.97672 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827710     3  0.0703    0.97853 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM827711     3  0.0404    0.97968 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827712     3  0.0290    0.97982 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827713     2  0.5657    0.13572 0.136 0.664 0.000 0.188 0.012
#> GSM827714     2  0.5199    0.38479 0.132 0.708 0.000 0.152 0.008
#> GSM827715     3  0.0404    0.97850 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827716     3  0.0290    0.97842 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827717     2  0.1493    0.53013 0.024 0.948 0.000 0.028 0.000
#> GSM827718     2  0.1485    0.53044 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> GSM827719     2  0.2653    0.50446 0.024 0.880 0.000 0.096 0.000
#> GSM827720     3  0.0880    0.97653 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827721     5  0.7086    0.32464 0.096 0.172 0.000 0.160 0.572
#> GSM827722     1  0.6060    0.25644 0.576 0.216 0.000 0.208 0.000
#> GSM827723     5  0.3942    0.76201 0.088 0.020 0.000 0.068 0.824
#> GSM827724     2  0.6718   -0.21528 0.352 0.472 0.000 0.160 0.016
#> GSM827725     2  0.7527   -0.35279 0.348 0.388 0.000 0.216 0.048
#> GSM827726     3  0.0880    0.97559 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827727     3  0.1043    0.97445 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM827728     3  0.0963    0.97500 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM827729     2  0.2659    0.52858 0.060 0.888 0.000 0.052 0.000
#> GSM827730     2  0.3497    0.52394 0.048 0.836 0.000 0.112 0.004
#> GSM827731     2  0.2625    0.50801 0.016 0.876 0.000 0.108 0.000
#> GSM827732     2  0.2376    0.52401 0.044 0.904 0.000 0.052 0.000
#> GSM827733     4  0.6836    0.30879 0.188 0.396 0.000 0.404 0.012
#> GSM827734     2  0.7949   -0.49700 0.252 0.384 0.000 0.280 0.084
#> GSM827735     4  0.8433    0.56382 0.244 0.180 0.000 0.348 0.228
#> GSM827736     2  0.6282   -0.01999 0.132 0.596 0.000 0.248 0.024
#> GSM827737     2  0.6784   -0.12641 0.036 0.500 0.000 0.340 0.124
#> GSM827738     1  0.6044    0.16748 0.628 0.136 0.000 0.216 0.020
#> GSM827739     1  0.2828    0.59701 0.872 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM827740     3  0.0000    0.97965 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM827741     3  0.0290    0.97910 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM827742     3  0.0404    0.97781 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827743     2  0.5082    0.46647 0.072 0.680 0.000 0.244 0.004
#> GSM827744     2  0.3318    0.49204 0.012 0.808 0.000 0.180 0.000
#> GSM827745     5  0.3013    0.77868 0.060 0.016 0.000 0.044 0.880
#> GSM827746     2  0.1830    0.52628 0.028 0.932 0.000 0.040 0.000
#> GSM827747     1  0.8482   -0.56114 0.312 0.172 0.000 0.264 0.252
#> GSM827748     5  0.2833    0.76570 0.028 0.052 0.000 0.028 0.892
#> GSM827749     2  0.5782    0.26146 0.140 0.624 0.000 0.232 0.004
#> GSM827750     5  0.5563    0.66293 0.072 0.092 0.000 0.116 0.720
#> GSM827751     2  0.6915   -0.43415 0.360 0.360 0.000 0.276 0.004
#> GSM827752     3  0.0510    0.98017 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM827753     2  0.5137    0.30422 0.044 0.680 0.000 0.256 0.020
#> GSM827754     2  0.6212    0.11808 0.188 0.620 0.000 0.168 0.024
#> GSM827755     2  0.2592    0.52321 0.056 0.892 0.000 0.052 0.000
#> GSM827756     2  0.4890    0.40725 0.040 0.628 0.000 0.332 0.000
#> GSM827757     5  0.4892    0.73496 0.096 0.048 0.000 0.088 0.768
#> GSM827758     1  0.3724    0.55469 0.788 0.028 0.000 0.184 0.000
#> GSM827759     3  0.0404    0.97792 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827760     1  0.3883    0.58807 0.764 0.016 0.000 0.216 0.004
#> GSM827761     2  0.4122    0.51885 0.064 0.796 0.000 0.132 0.008
#> GSM827762     2  0.2331    0.52364 0.020 0.900 0.000 0.080 0.000
#> GSM827763     2  0.2669    0.51797 0.020 0.876 0.000 0.104 0.000
#> GSM827764     2  0.4852    0.44232 0.096 0.728 0.000 0.172 0.004
#> GSM827765     2  0.6040   -0.00513 0.152 0.556 0.000 0.292 0.000
#> GSM827766     4  0.8002    0.51784 0.088 0.332 0.000 0.344 0.236
#> GSM827767     2  0.6000   -0.14871 0.400 0.508 0.000 0.080 0.012
#> GSM827768     3  0.0880    0.97559 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827769     2  0.3972    0.46843 0.020 0.780 0.000 0.188 0.012
#> GSM827770     2  0.3194    0.49414 0.020 0.832 0.000 0.148 0.000
#> GSM827771     2  0.6959   -0.39407 0.160 0.452 0.000 0.360 0.028
#> GSM827772     2  0.7896   -0.59621 0.168 0.368 0.000 0.360 0.104
#> GSM827773     5  0.2228    0.72860 0.004 0.004 0.000 0.092 0.900
#> GSM827774     3  0.0880    0.97559 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827775     3  0.0880    0.96810 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827776     2  0.4079    0.51596 0.080 0.804 0.000 0.108 0.008
#> GSM827777     2  0.6643   -0.00577 0.036 0.524 0.000 0.328 0.112
#> GSM827778     3  0.0404    0.97792 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM827779     3  0.0963    0.97500 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM827780     3  0.0794    0.97813 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM827781     2  0.6136    0.08835 0.100 0.472 0.000 0.420 0.008
#> GSM827782     2  0.3934    0.44896 0.008 0.716 0.000 0.276 0.000
#> GSM827783     2  0.7100   -0.17881 0.352 0.424 0.000 0.200 0.024
#> GSM827784     1  0.7391    0.45601 0.540 0.172 0.000 0.120 0.168
#> GSM827785     1  0.6663    0.42368 0.480 0.320 0.000 0.192 0.008
#> GSM827786     1  0.6645    0.32406 0.440 0.316 0.000 0.244 0.000
#> GSM827787     4  0.7777    0.54884 0.092 0.372 0.000 0.372 0.164
#> GSM827788     1  0.3841    0.55785 0.780 0.032 0.000 0.188 0.000
#> GSM827789     3  0.0880    0.97682 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827790     1  0.6527   -0.22885 0.484 0.328 0.000 0.184 0.004
#> GSM827791     3  0.0880    0.97559 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM827792     3  0.0794    0.97691 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM827793     1  0.6878   -0.45465 0.396 0.336 0.000 0.264 0.004
#> GSM827794     2  0.5766    0.23552 0.088 0.560 0.000 0.348 0.004
#> GSM827795     2  0.1549    0.52915 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000
#> GSM827796     2  0.4547    0.49596 0.052 0.744 0.000 0.196 0.008
#> GSM827797     2  0.5355    0.43646 0.084 0.624 0.000 0.292 0.000
#> GSM827798     5  0.7551    0.18422 0.180 0.084 0.000 0.252 0.484
#> GSM827799     5  0.3758    0.72860 0.128 0.004 0.000 0.052 0.816
#> GSM827800     5  0.1908    0.72476 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM827801     5  0.3452    0.78187 0.060 0.036 0.000 0.044 0.860
#> GSM827802     4  0.8285    0.60717 0.276 0.224 0.000 0.360 0.140
#> GSM827803     3  0.0162    0.98020 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM827804     2  0.5920   -0.10455 0.356 0.540 0.000 0.100 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     1  0.6963   -0.13608 0.368 0.228 0.000 0.340 0.000 0.064
#> GSM827666     4  0.5858   -0.05310 0.424 0.068 0.000 0.460 0.000 0.048
#> GSM827667     3  0.1082    0.90557 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM827668     3  0.2896    0.87280 0.000 0.016 0.824 0.000 0.000 0.160
#> GSM827669     3  0.1152    0.90634 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> GSM827670     1  0.5149    0.13123 0.584 0.064 0.000 0.016 0.000 0.336
#> GSM827671     6  0.6906    0.72936 0.240 0.044 0.000 0.356 0.004 0.356
#> GSM827672     1  0.6670   -0.30156 0.480 0.108 0.000 0.304 0.000 0.108
#> GSM827673     1  0.6200   -0.00780 0.484 0.160 0.000 0.020 0.004 0.332
#> GSM827674     1  0.6069   -0.07650 0.496 0.076 0.000 0.376 0.008 0.044
#> GSM827675     3  0.1152    0.90516 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> GSM827676     1  0.5009    0.21816 0.696 0.020 0.000 0.004 0.112 0.168
#> GSM827677     1  0.3555    0.34794 0.824 0.104 0.000 0.016 0.004 0.052
#> GSM827678     3  0.0858    0.90591 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM827679     1  0.6172    0.06076 0.536 0.164 0.000 0.028 0.004 0.268
#> GSM827680     6  0.6800    0.72435 0.248 0.044 0.000 0.352 0.000 0.356
#> GSM827681     1  0.6458   -0.49921 0.416 0.032 0.000 0.364 0.000 0.188
#> GSM827682     6  0.7608    0.75976 0.260 0.096 0.000 0.272 0.016 0.356
#> GSM827683     6  0.7969    0.74603 0.272 0.096 0.000 0.244 0.044 0.344
#> GSM827684     1  0.7209   -0.25420 0.428 0.160 0.000 0.092 0.012 0.308
#> GSM827685     1  0.5819    0.10920 0.556 0.056 0.000 0.020 0.032 0.336
#> GSM827686     1  0.4119    0.22374 0.692 0.004 0.000 0.008 0.016 0.280
#> GSM827687     6  0.8330    0.57365 0.260 0.080 0.000 0.156 0.148 0.356
#> GSM827688     3  0.1657    0.89830 0.000 0.016 0.928 0.000 0.000 0.056
#> GSM827689     1  0.5251    0.11747 0.572 0.064 0.000 0.020 0.000 0.344
#> GSM827690     1  0.4041    0.29731 0.764 0.044 0.000 0.012 0.004 0.176
#> GSM827691     6  0.7420    0.61795 0.332 0.116 0.000 0.204 0.004 0.344
#> GSM827692     1  0.5572    0.11267 0.576 0.040 0.000 0.016 0.036 0.332
#> GSM827693     3  0.1152    0.90634 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> GSM827694     1  0.5661    0.01599 0.520 0.016 0.000 0.000 0.108 0.356
#> GSM827695     1  0.4637    0.13333 0.608 0.004 0.000 0.008 0.028 0.352
#> GSM827696     4  0.6356    0.36358 0.136 0.196 0.000 0.588 0.012 0.068
#> GSM827697     4  0.5753    0.42640 0.032 0.224 0.000 0.600 0.000 0.144
#> GSM827698     3  0.5086    0.74445 0.004 0.060 0.712 0.000 0.076 0.148
#> GSM827699     1  0.1611    0.34547 0.944 0.012 0.000 0.012 0.008 0.024
#> GSM827700     1  0.5360    0.03899 0.672 0.140 0.000 0.156 0.008 0.024
#> GSM827701     1  0.2709    0.36195 0.884 0.044 0.000 0.040 0.000 0.032
#> GSM827702     4  0.5439    0.44851 0.032 0.232 0.000 0.632 0.000 0.104
#> GSM827703     3  0.1010    0.90352 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM827704     4  0.2948    0.59917 0.012 0.084 0.000 0.860 0.000 0.044
#> GSM827705     1  0.6723    0.05437 0.488 0.160 0.000 0.280 0.004 0.068
#> GSM827706     4  0.6191    0.26743 0.108 0.376 0.000 0.468 0.000 0.048
#> GSM827707     1  0.4713    0.24407 0.712 0.056 0.000 0.020 0.008 0.204
#> GSM827708     1  0.7686   -0.34378 0.340 0.248 0.000 0.300 0.088 0.024
#> GSM827709     3  0.1196    0.90302 0.000 0.008 0.952 0.000 0.000 0.040
#> GSM827710     3  0.1267    0.90612 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM827711     3  0.1644    0.90886 0.000 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> GSM827712     3  0.0713    0.90923 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM827713     4  0.5397    0.27912 0.088 0.328 0.000 0.568 0.000 0.016
#> GSM827714     4  0.5476    0.40674 0.080 0.252 0.000 0.624 0.000 0.044
#> GSM827715     3  0.1010    0.90523 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM827716     3  0.1010    0.90352 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM827717     4  0.2002    0.59340 0.008 0.056 0.000 0.916 0.000 0.020
#> GSM827718     4  0.2577    0.58741 0.012 0.072 0.000 0.884 0.000 0.032
#> GSM827719     4  0.3015    0.59107 0.012 0.120 0.000 0.844 0.000 0.024
#> GSM827720     3  0.3037    0.86894 0.000 0.016 0.808 0.000 0.000 0.176
#> GSM827721     5  0.6718    0.29682 0.076 0.256 0.000 0.132 0.524 0.012
#> GSM827722     1  0.6087    0.03635 0.572 0.188 0.000 0.196 0.000 0.044
#> GSM827723     5  0.3759    0.77209 0.060 0.088 0.000 0.024 0.820 0.008
#> GSM827724     4  0.6824    0.00288 0.332 0.144 0.000 0.460 0.032 0.032
#> GSM827725     4  0.7069   -0.05562 0.196 0.320 0.000 0.420 0.024 0.040
#> GSM827726     3  0.3231    0.85684 0.000 0.016 0.784 0.000 0.000 0.200
#> GSM827727     3  0.3374    0.85261 0.000 0.020 0.772 0.000 0.000 0.208
#> GSM827728     3  0.3261    0.85467 0.000 0.016 0.780 0.000 0.000 0.204
#> GSM827729     4  0.1787    0.59934 0.016 0.032 0.000 0.932 0.000 0.020
#> GSM827730     4  0.1991    0.59829 0.012 0.044 0.000 0.920 0.000 0.024
#> GSM827731     4  0.3139    0.58698 0.008 0.120 0.000 0.836 0.000 0.036
#> GSM827732     4  0.2171    0.59496 0.016 0.040 0.000 0.912 0.000 0.032
#> GSM827733     2  0.6691    0.22932 0.204 0.416 0.000 0.344 0.012 0.024
#> GSM827734     2  0.6756    0.41626 0.256 0.448 0.000 0.256 0.028 0.012
#> GSM827735     2  0.6582    0.46447 0.268 0.528 0.000 0.060 0.132 0.012
#> GSM827736     4  0.5654    0.25323 0.076 0.356 0.000 0.540 0.008 0.020
#> GSM827737     2  0.6094    0.31239 0.100 0.516 0.000 0.344 0.028 0.012
#> GSM827738     1  0.5505    0.15882 0.688 0.132 0.000 0.116 0.016 0.048
#> GSM827739     1  0.3858    0.25356 0.760 0.004 0.000 0.008 0.028 0.200
#> GSM827740     3  0.0632    0.90959 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM827741     3  0.0935    0.90448 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM827742     3  0.1010    0.90352 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM827743     4  0.4916    0.53150 0.052 0.208 0.000 0.692 0.000 0.048
#> GSM827744     4  0.3488    0.57561 0.012 0.160 0.000 0.800 0.000 0.028
#> GSM827745     5  0.2726    0.79655 0.044 0.052 0.000 0.016 0.884 0.004
#> GSM827746     4  0.2245    0.59718 0.016 0.036 0.000 0.908 0.000 0.040
#> GSM827747     2  0.6635    0.32552 0.376 0.440 0.000 0.064 0.112 0.008
#> GSM827748     5  0.2266    0.78084 0.012 0.024 0.000 0.052 0.908 0.004
#> GSM827749     4  0.5321    0.40691 0.080 0.308 0.000 0.592 0.000 0.020
#> GSM827750     5  0.4787    0.66516 0.044 0.236 0.000 0.036 0.684 0.000
#> GSM827751     1  0.6433   -0.36733 0.396 0.300 0.000 0.288 0.000 0.016
#> GSM827752     3  0.0937    0.90875 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM827753     4  0.4992    0.42436 0.036 0.272 0.000 0.652 0.004 0.036
#> GSM827754     4  0.5855    0.34222 0.080 0.316 0.000 0.560 0.008 0.036
#> GSM827755     4  0.2792    0.58776 0.016 0.052 0.000 0.880 0.004 0.048
#> GSM827756     4  0.5956    0.38762 0.040 0.304 0.000 0.544 0.000 0.112
#> GSM827757     5  0.4602    0.72514 0.064 0.156 0.000 0.028 0.744 0.008
#> GSM827758     1  0.2519    0.36195 0.892 0.048 0.000 0.016 0.000 0.044
#> GSM827759     3  0.0363    0.90841 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM827760     1  0.5085    0.22501 0.688 0.152 0.000 0.028 0.000 0.132
#> GSM827761     4  0.2507    0.59966 0.020 0.060 0.000 0.892 0.000 0.028
#> GSM827762     4  0.2462    0.60202 0.012 0.064 0.000 0.892 0.000 0.032
#> GSM827763     4  0.3755    0.59568 0.008 0.136 0.000 0.800 0.008 0.048
#> GSM827764     4  0.4630    0.46753 0.048 0.248 0.000 0.684 0.000 0.020
#> GSM827765     4  0.5865    0.23617 0.116 0.324 0.000 0.532 0.000 0.028
#> GSM827766     2  0.6805    0.50607 0.152 0.532 0.000 0.224 0.076 0.016
#> GSM827767     4  0.5909    0.03834 0.384 0.080 0.000 0.500 0.012 0.024
#> GSM827768     3  0.3231    0.85814 0.000 0.016 0.784 0.000 0.000 0.200
#> GSM827769     4  0.4244    0.54783 0.020 0.188 0.000 0.748 0.004 0.040
#> GSM827770     4  0.3719    0.58453 0.012 0.148 0.000 0.792 0.000 0.048
#> GSM827771     4  0.6351   -0.08039 0.164 0.372 0.000 0.436 0.004 0.024
#> GSM827772     2  0.6175    0.56135 0.224 0.564 0.000 0.176 0.024 0.012
#> GSM827773     5  0.3375    0.74182 0.000 0.076 0.000 0.008 0.828 0.088
#> GSM827774     3  0.3320    0.85198 0.000 0.016 0.772 0.000 0.000 0.212
#> GSM827775     3  0.2046    0.89236 0.000 0.032 0.908 0.000 0.000 0.060
#> GSM827776     4  0.2590    0.59840 0.024 0.044 0.000 0.896 0.008 0.028
#> GSM827777     2  0.6765    0.19696 0.092 0.440 0.000 0.384 0.052 0.032
#> GSM827778     3  0.1010    0.90352 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM827779     3  0.3261    0.85467 0.000 0.016 0.780 0.000 0.000 0.204
#> GSM827780     3  0.2311    0.89324 0.000 0.016 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM827781     2  0.6960   -0.12220 0.108 0.384 0.000 0.372 0.000 0.136
#> GSM827782     4  0.5654    0.42340 0.032 0.224 0.000 0.612 0.000 0.132
#> GSM827783     1  0.6979   -0.11017 0.400 0.176 0.000 0.364 0.032 0.028
#> GSM827784     1  0.8585   -0.49213 0.316 0.116 0.000 0.172 0.136 0.260
#> GSM827785     1  0.6329   -0.17363 0.540 0.120 0.000 0.288 0.032 0.020
#> GSM827786     1  0.6578    0.03601 0.488 0.188 0.000 0.268 0.000 0.056
#> GSM827787     2  0.6786    0.53664 0.172 0.508 0.000 0.232 0.084 0.004
#> GSM827788     1  0.2316    0.35996 0.908 0.024 0.000 0.020 0.004 0.044
#> GSM827789     3  0.2859    0.87730 0.000 0.016 0.828 0.000 0.000 0.156
#> GSM827790     1  0.6460   -0.20742 0.456 0.184 0.000 0.328 0.004 0.028
#> GSM827791     3  0.3320    0.85198 0.000 0.016 0.772 0.000 0.000 0.212
#> GSM827792     3  0.3200    0.85883 0.000 0.016 0.788 0.000 0.000 0.196
#> GSM827793     4  0.6901   -0.13589 0.336 0.264 0.000 0.356 0.004 0.040
#> GSM827794     4  0.6244    0.24916 0.072 0.368 0.000 0.476 0.000 0.084
#> GSM827795     4  0.2255    0.59316 0.000 0.080 0.000 0.892 0.000 0.028
#> GSM827796     4  0.3876    0.57396 0.020 0.160 0.000 0.784 0.004 0.032
#> GSM827797     4  0.4952    0.52172 0.036 0.252 0.000 0.668 0.004 0.040
#> GSM827798     2  0.7034   -0.08772 0.224 0.368 0.000 0.024 0.356 0.028
#> GSM827799     5  0.3850    0.71443 0.140 0.032 0.000 0.000 0.792 0.036
#> GSM827800     5  0.3321    0.73032 0.000 0.080 0.000 0.000 0.820 0.100
#> GSM827801     5  0.2925    0.79834 0.036 0.040 0.000 0.032 0.880 0.012
#> GSM827802     2  0.6357    0.48103 0.308 0.524 0.000 0.100 0.060 0.008
#> GSM827803     3  0.0632    0.91005 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM827804     4  0.5848    0.08114 0.344 0.116 0.000 0.516 0.000 0.024

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>              n disease.state(p) k
#> ATC:mclust 140         5.19e-01 2
#> ATC:mclust 110         4.75e-08 3
#> ATC:mclust 129         5.28e-11 4
#> ATC:mclust  85         1.72e-06 5
#> ATC:mclust  73         6.18e-05 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

ATC:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res

#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 46362 rows and 140 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)

#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.970       0.986         0.3838 0.622   0.622
#> 3 3 0.496           0.626       0.814         0.4230 0.916   0.865
#> 4 4 0.463           0.586       0.761         0.2090 0.787   0.613
#> 5 5 0.482           0.589       0.719         0.0865 0.929   0.803
#> 6 6 0.519           0.578       0.692         0.0568 0.935   0.795

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)

#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))

#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> GSM827665     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827666     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827667     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827668     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827669     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827670     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827671     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827672     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827673     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827674     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827675     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827676     2  0.0672      0.981 0.008 0.992
#> GSM827677     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827678     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827679     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827680     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827681     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827682     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827683     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827684     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827685     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827686     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827687     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827688     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827689     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827690     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827691     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827692     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827693     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827694     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827695     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827696     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827697     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827698     1  0.5737      0.836 0.864 0.136
#> GSM827699     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827700     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827701     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827702     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827703     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827704     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827705     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827706     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827707     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827708     2  0.4022      0.914 0.080 0.920
#> GSM827709     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827710     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827711     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827712     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827713     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827714     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827715     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827716     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827717     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827718     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827719     2  0.0672      0.981 0.008 0.992
#> GSM827720     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827721     2  0.0376      0.984 0.004 0.996
#> GSM827722     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827723     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827724     2  0.1414      0.971 0.020 0.980
#> GSM827725     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827726     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827727     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827728     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827729     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827730     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827731     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827732     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827733     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827734     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827735     2  0.3114      0.939 0.056 0.944
#> GSM827736     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827737     2  0.0376      0.984 0.004 0.996
#> GSM827738     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827739     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827740     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827741     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827742     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827743     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827744     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827745     2  0.6623      0.794 0.172 0.828
#> GSM827746     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827747     2  0.1843      0.964 0.028 0.972
#> GSM827748     2  0.2043      0.961 0.032 0.968
#> GSM827749     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827750     2  0.2948      0.943 0.052 0.948
#> GSM827751     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827752     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827753     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827754     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827755     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827756     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827757     2  0.4562      0.897 0.096 0.904
#> GSM827758     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827759     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827760     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827761     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827762     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827763     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827764     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827765     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827766     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827767     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827768     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827769     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827770     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827771     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827772     2  0.2236      0.957 0.036 0.964
#> GSM827773     2  0.6048      0.835 0.148 0.852
#> GSM827774     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827775     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827776     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827777     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827778     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827779     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827780     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827781     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827782     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827783     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827784     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827785     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827786     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827787     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827788     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827789     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827790     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827791     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827792     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827793     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827794     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827795     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827796     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827797     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827798     2  0.6438      0.813 0.164 0.836
#> GSM827799     2  0.5737      0.850 0.136 0.864
#> GSM827800     1  0.9522      0.386 0.628 0.372
#> GSM827801     2  0.9286      0.494 0.344 0.656
#> GSM827802     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> GSM827803     1  0.0000      0.985 1.000 0.000
#> GSM827804     2  0.0000      0.987 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> GSM827665     2  0.3551     0.6930 0.132 0.868 0.000
#> GSM827666     2  0.5138     0.5732 0.252 0.748 0.000
#> GSM827667     3  0.1289     0.9597 0.032 0.000 0.968
#> GSM827668     3  0.1643     0.9561 0.044 0.000 0.956
#> GSM827669     3  0.1031     0.9598 0.024 0.000 0.976
#> GSM827670     2  0.6140     0.4003 0.404 0.596 0.000
#> GSM827671     2  0.5706     0.4952 0.320 0.680 0.000
#> GSM827672     2  0.5431     0.5281 0.284 0.716 0.000
#> GSM827673     2  0.5988     0.4582 0.368 0.632 0.000
#> GSM827674     2  0.6744     0.4914 0.300 0.668 0.032
#> GSM827675     3  0.1031     0.9593 0.024 0.000 0.976
#> GSM827676     1  0.6823    -0.1745 0.504 0.484 0.012
#> GSM827677     2  0.6095     0.4224 0.392 0.608 0.000
#> GSM827678     3  0.2261     0.9526 0.068 0.000 0.932
#> GSM827679     2  0.6008     0.4540 0.372 0.628 0.000
#> GSM827680     2  0.5591     0.5094 0.304 0.696 0.000
#> GSM827681     2  0.5560     0.5173 0.300 0.700 0.000
#> GSM827682     2  0.6172     0.4858 0.308 0.680 0.012
#> GSM827683     2  0.6404     0.4367 0.344 0.644 0.012
#> GSM827684     2  0.5785     0.5017 0.332 0.668 0.000
#> GSM827685     2  0.6468     0.2958 0.444 0.552 0.004
#> GSM827686     2  0.6308     0.1457 0.492 0.508 0.000
#> GSM827687     2  0.6252     0.4441 0.344 0.648 0.008
#> GSM827688     3  0.3816     0.8917 0.148 0.000 0.852
#> GSM827689     2  0.6095     0.4238 0.392 0.608 0.000
#> GSM827690     2  0.6192     0.3638 0.420 0.580 0.000
#> GSM827691     2  0.5591     0.5051 0.304 0.696 0.000
#> GSM827692     2  0.6225     0.3416 0.432 0.568 0.000
#> GSM827693     3  0.0892     0.9587 0.020 0.000 0.980
#> GSM827694     1  0.7023     0.2391 0.624 0.344 0.032
#> GSM827695     1  0.6682    -0.1963 0.504 0.488 0.008
#> GSM827696     2  0.3826     0.6816 0.124 0.868 0.008
#> GSM827697     2  0.2749     0.6687 0.064 0.924 0.012
#> GSM827698     3  0.5243     0.7990 0.072 0.100 0.828
#> GSM827699     2  0.6816     0.2011 0.472 0.516 0.012
#> GSM827700     2  0.5291     0.5502 0.268 0.732 0.000
#> GSM827701     2  0.5905     0.4939 0.352 0.648 0.000
#> GSM827702     2  0.1411     0.6890 0.036 0.964 0.000
#> GSM827703     3  0.1860     0.9550 0.052 0.000 0.948
#> GSM827704     2  0.1525     0.6861 0.032 0.964 0.004
#> GSM827705     2  0.3551     0.6801 0.132 0.868 0.000
#> GSM827706     2  0.2537     0.6914 0.080 0.920 0.000
#> GSM827707     2  0.6079     0.4320 0.388 0.612 0.000
#> GSM827708     2  0.6108     0.4725 0.240 0.732 0.028
#> GSM827709     3  0.2165     0.9495 0.064 0.000 0.936
#> GSM827710     3  0.1163     0.9553 0.028 0.000 0.972
#> GSM827711     3  0.1529     0.9575 0.040 0.000 0.960
#> GSM827712     3  0.0747     0.9587 0.016 0.000 0.984
#> GSM827713     2  0.2066     0.6920 0.060 0.940 0.000
#> GSM827714     2  0.2165     0.6975 0.064 0.936 0.000
#> GSM827715     3  0.2261     0.9483 0.068 0.000 0.932
#> GSM827716     3  0.1860     0.9545 0.052 0.000 0.948
#> GSM827717     2  0.1289     0.6905 0.032 0.968 0.000
#> GSM827718     2  0.0747     0.6930 0.016 0.984 0.000
#> GSM827719     2  0.3456     0.6391 0.060 0.904 0.036
#> GSM827720     3  0.1529     0.9531 0.040 0.000 0.960
#> GSM827721     2  0.4351     0.6728 0.168 0.828 0.004
#> GSM827722     2  0.4887     0.6264 0.228 0.772 0.000
#> GSM827723     1  0.6952    -0.0560 0.504 0.480 0.016
#> GSM827724     2  0.4805     0.5828 0.176 0.812 0.012
#> GSM827725     2  0.3192     0.6667 0.112 0.888 0.000
#> GSM827726     3  0.1529     0.9517 0.040 0.000 0.960
#> GSM827727     3  0.2680     0.9369 0.068 0.008 0.924
#> GSM827728     3  0.0892     0.9569 0.020 0.000 0.980
#> GSM827729     2  0.1950     0.6813 0.040 0.952 0.008
#> GSM827730     2  0.0892     0.6894 0.020 0.980 0.000
#> GSM827731     2  0.1163     0.6879 0.028 0.972 0.000
#> GSM827732     2  0.3083     0.6475 0.060 0.916 0.024
#> GSM827733     2  0.3412     0.6937 0.124 0.876 0.000
#> GSM827734     2  0.2711     0.6835 0.088 0.912 0.000
#> GSM827735     2  0.6051     0.5226 0.292 0.696 0.012
#> GSM827736     2  0.0892     0.6948 0.020 0.980 0.000
#> GSM827737     2  0.2486     0.6857 0.060 0.932 0.008
#> GSM827738     2  0.5216     0.5949 0.260 0.740 0.000
#> GSM827739     2  0.6672     0.2140 0.472 0.520 0.008
#> GSM827740     3  0.1964     0.9548 0.056 0.000 0.944
#> GSM827741     3  0.1860     0.9554 0.052 0.000 0.948
#> GSM827742     3  0.1753     0.9545 0.048 0.000 0.952
#> GSM827743     2  0.2625     0.6980 0.084 0.916 0.000
#> GSM827744     2  0.1647     0.6977 0.036 0.960 0.004
#> GSM827745     1  0.8854     0.5008 0.576 0.236 0.188
#> GSM827746     2  0.3253     0.6482 0.052 0.912 0.036
#> GSM827747     2  0.6025     0.4826 0.232 0.740 0.028
#> GSM827748     2  0.8140    -0.0857 0.404 0.524 0.072
#> GSM827749     2  0.1643     0.6949 0.044 0.956 0.000
#> GSM827750     2  0.9332    -0.3905 0.404 0.432 0.164
#> GSM827751     2  0.3619     0.6442 0.136 0.864 0.000
#> GSM827752     3  0.1031     0.9576 0.024 0.000 0.976
#> GSM827753     2  0.3765     0.6204 0.084 0.888 0.028
#> GSM827754     2  0.1860     0.6974 0.052 0.948 0.000
#> GSM827755     2  0.2749     0.6621 0.064 0.924 0.012
#> GSM827756     2  0.2537     0.7010 0.080 0.920 0.000
#> GSM827757     2  0.8376    -0.1826 0.420 0.496 0.084
#> GSM827758     2  0.6057     0.5015 0.340 0.656 0.004
#> GSM827759     3  0.2625     0.9413 0.084 0.000 0.916
#> GSM827760     2  0.5810     0.4991 0.336 0.664 0.000
#> GSM827761     2  0.0424     0.6928 0.008 0.992 0.000
#> GSM827762     2  0.1585     0.6818 0.028 0.964 0.008
#> GSM827763     2  0.3181     0.6479 0.064 0.912 0.024
#> GSM827764     2  0.1643     0.6992 0.044 0.956 0.000
#> GSM827765     2  0.1643     0.7022 0.044 0.956 0.000
#> GSM827766     2  0.1643     0.6915 0.044 0.956 0.000
#> GSM827767     2  0.3752     0.6331 0.144 0.856 0.000
#> GSM827768     3  0.1643     0.9500 0.044 0.000 0.956
#> GSM827769     2  0.2280     0.6961 0.052 0.940 0.008
#> GSM827770     2  0.3181     0.6491 0.064 0.912 0.024
#> GSM827771     2  0.3482     0.6781 0.128 0.872 0.000
#> GSM827772     2  0.5406     0.6032 0.224 0.764 0.012
#> GSM827773     1  0.9721     0.4640 0.452 0.284 0.264
#> GSM827774     3  0.2066     0.9423 0.060 0.000 0.940
#> GSM827775     3  0.3038     0.9253 0.104 0.000 0.896
#> GSM827776     2  0.2636     0.6685 0.048 0.932 0.020
#> GSM827777     2  0.4094     0.6466 0.100 0.872 0.028
#> GSM827778     3  0.2066     0.9505 0.060 0.000 0.940
#> GSM827779     3  0.1964     0.9455 0.056 0.000 0.944
#> GSM827780     3  0.1411     0.9583 0.036 0.000 0.964
#> GSM827781     2  0.4235     0.6733 0.176 0.824 0.000
#> GSM827782     2  0.1411     0.7029 0.036 0.964 0.000
#> GSM827783     2  0.6772     0.4731 0.304 0.664 0.032
#> GSM827784     2  0.5650     0.4964 0.312 0.688 0.000
#> GSM827785     2  0.5254     0.5515 0.264 0.736 0.000
#> GSM827786     2  0.4399     0.6523 0.188 0.812 0.000
#> GSM827787     2  0.3412     0.6925 0.124 0.876 0.000
#> GSM827788     2  0.5650     0.5500 0.312 0.688 0.000
#> GSM827789     3  0.0424     0.9582 0.008 0.000 0.992
#> GSM827790     2  0.3879     0.6579 0.152 0.848 0.000
#> GSM827791     3  0.2651     0.9330 0.060 0.012 0.928
#> GSM827792     3  0.1411     0.9526 0.036 0.000 0.964
#> GSM827793     2  0.4178     0.6646 0.172 0.828 0.000
#> GSM827794     2  0.2878     0.6993 0.096 0.904 0.000
#> GSM827795     2  0.1411     0.6890 0.036 0.964 0.000
#> GSM827796     2  0.1832     0.6937 0.036 0.956 0.008
#> GSM827797     2  0.2537     0.7034 0.080 0.920 0.000
#> GSM827798     2  0.8373    -0.1564 0.388 0.524 0.088
#> GSM827799     1  0.8352     0.3949 0.568 0.332 0.100
#> GSM827800     1  0.8635    -0.0681 0.460 0.100 0.440
#> GSM827801     1  0.9679     0.3312 0.448 0.232 0.320
#> GSM827802     2  0.4931     0.6233 0.232 0.768 0.000
#> GSM827803     3  0.1289     0.9597 0.032 0.000 0.968
#> GSM827804     2  0.3412     0.6634 0.124 0.876 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> GSM827665     2  0.5132     0.5677 0.184 0.748 0.000 0.068
#> GSM827666     2  0.5705     0.0718 0.336 0.628 0.004 0.032
#> GSM827667     3  0.1576     0.9438 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM827668     3  0.1722     0.9320 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM827669     3  0.0895     0.9449 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM827670     1  0.5619     0.6840 0.640 0.320 0.000 0.040
#> GSM827671     2  0.6011    -0.4286 0.480 0.480 0.000 0.040
#> GSM827672     2  0.5853    -0.1806 0.404 0.564 0.004 0.028
#> GSM827673     1  0.5756     0.6207 0.592 0.372 0.000 0.036
#> GSM827674     2  0.6905    -0.0843 0.372 0.536 0.012 0.080
#> GSM827675     3  0.1118     0.9422 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM827676     1  0.4640     0.5171 0.804 0.116 0.004 0.076
#> GSM827677     1  0.6197     0.6229 0.596 0.344 0.004 0.056
#> GSM827678     3  0.1792     0.9424 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM827679     1  0.6372     0.6133 0.560 0.376 0.004 0.060
#> GSM827680     2  0.5781    -0.4279 0.480 0.492 0.000 0.028
#> GSM827681     2  0.5427    -0.2317 0.416 0.568 0.000 0.016
#> GSM827682     1  0.6911     0.5169 0.480 0.412 0.000 0.108
#> GSM827683     1  0.7106     0.5276 0.488 0.380 0.000 0.132
#> GSM827684     1  0.5915     0.5873 0.560 0.400 0.000 0.040
#> GSM827685     1  0.6056     0.6870 0.660 0.248 0.000 0.092
#> GSM827686     1  0.5192     0.6122 0.764 0.168 0.012 0.056
#> GSM827687     1  0.7738     0.5409 0.484 0.312 0.008 0.196
#> GSM827688     3  0.3667     0.8802 0.056 0.000 0.856 0.088
#> GSM827689     1  0.5913     0.6532 0.600 0.352 0.000 0.048
#> GSM827690     1  0.5417     0.6786 0.676 0.284 0.000 0.040
#> GSM827691     1  0.6068     0.5031 0.508 0.448 0.000 0.044
#> GSM827692     1  0.6336     0.6873 0.608 0.304 0.000 0.088
#> GSM827693     3  0.1305     0.9428 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM827694     1  0.3944     0.3794 0.848 0.068 0.004 0.080
#> GSM827695     1  0.4864     0.5728 0.788 0.144 0.008 0.060
#> GSM827696     2  0.5678     0.4592 0.172 0.716 0.000 0.112
#> GSM827697     2  0.4589     0.5860 0.048 0.832 0.064 0.056
#> GSM827698     3  0.5940     0.6863 0.024 0.112 0.736 0.128
#> GSM827699     1  0.4943     0.6324 0.780 0.164 0.016 0.040
#> GSM827700     2  0.6611    -0.4341 0.460 0.460 0.000 0.080
#> GSM827701     1  0.5614     0.6546 0.652 0.304 0.000 0.044
#> GSM827702     2  0.1796     0.6559 0.016 0.948 0.004 0.032
#> GSM827703     3  0.1305     0.9435 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM827704     2  0.2099     0.6495 0.020 0.936 0.004 0.040
#> GSM827705     2  0.4994     0.4517 0.208 0.744 0.000 0.048
#> GSM827706     2  0.4836     0.6062 0.080 0.816 0.036 0.068
#> GSM827707     1  0.5848     0.6566 0.616 0.336 0.000 0.048
#> GSM827708     2  0.6253     0.2131 0.396 0.544 0.000 0.060
#> GSM827709     3  0.2760     0.8913 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM827710     3  0.0804     0.9446 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM827711     3  0.1302     0.9412 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM827712     3  0.0524     0.9454 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM827713     2  0.3354     0.6397 0.084 0.872 0.000 0.044
#> GSM827714     2  0.3266     0.6403 0.108 0.868 0.000 0.024
#> GSM827715     3  0.2408     0.9041 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM827716     3  0.1637     0.9364 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM827717     2  0.1247     0.6573 0.012 0.968 0.004 0.016
#> GSM827718     2  0.2465     0.6506 0.020 0.924 0.012 0.044
#> GSM827719     2  0.3672     0.6407 0.032 0.864 0.012 0.092
#> GSM827720     3  0.1388     0.9421 0.012 0.000 0.960 0.028
#> GSM827721     2  0.7661    -0.1000 0.212 0.412 0.000 0.376
#> GSM827722     2  0.6746     0.2646 0.316 0.568 0.000 0.116
#> GSM827723     4  0.7415     0.2552 0.352 0.140 0.008 0.500
#> GSM827724     2  0.5284     0.4834 0.264 0.696 0.000 0.040
#> GSM827725     2  0.4387     0.6120 0.116 0.824 0.012 0.048
#> GSM827726     3  0.1356     0.9383 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM827727     3  0.2981     0.8988 0.016 0.004 0.888 0.092
#> GSM827728     3  0.1059     0.9404 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM827729     2  0.1707     0.6511 0.020 0.952 0.004 0.024
#> GSM827730     2  0.1674     0.6605 0.012 0.952 0.004 0.032
#> GSM827731     2  0.1545     0.6584 0.008 0.952 0.000 0.040
#> GSM827732     2  0.2392     0.6440 0.036 0.928 0.012 0.024
#> GSM827733     2  0.6248     0.4353 0.212 0.660 0.000 0.128
#> GSM827734     2  0.4244     0.6032 0.160 0.804 0.000 0.036
#> GSM827735     2  0.8019    -0.1725 0.272 0.372 0.004 0.352
#> GSM827736     2  0.2317     0.6562 0.036 0.928 0.004 0.032
#> GSM827737     2  0.5910     0.4619 0.104 0.688 0.000 0.208
#> GSM827738     1  0.6659     0.2860 0.512 0.400 0.000 0.088
#> GSM827739     1  0.4140     0.6263 0.812 0.160 0.004 0.024
#> GSM827740     3  0.0895     0.9451 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM827741     3  0.1151     0.9444 0.008 0.000 0.968 0.024
#> GSM827742     3  0.1792     0.9342 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM827743     2  0.4046     0.5950 0.124 0.828 0.000 0.048
#> GSM827744     2  0.2797     0.6499 0.032 0.900 0.000 0.068
#> GSM827745     4  0.6437     0.7874 0.168 0.028 0.108 0.696
#> GSM827746     2  0.2845     0.6344 0.032 0.912 0.028 0.028
#> GSM827747     2  0.7427     0.1328 0.352 0.488 0.004 0.156
#> GSM827748     4  0.6667     0.7283 0.204 0.072 0.048 0.676
#> GSM827749     2  0.3110     0.6524 0.048 0.892 0.004 0.056
#> GSM827750     4  0.7154     0.7603 0.112 0.096 0.120 0.672
#> GSM827751     2  0.5517     0.4736 0.272 0.684 0.004 0.040
#> GSM827752     3  0.0779     0.9449 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM827753     2  0.4105     0.6073 0.048 0.856 0.040 0.056
#> GSM827754     2  0.2670     0.6517 0.052 0.908 0.000 0.040
#> GSM827755     2  0.2733     0.6375 0.032 0.916 0.020 0.032
#> GSM827756     2  0.2275     0.6579 0.048 0.928 0.004 0.020
#> GSM827757     4  0.7082     0.7527 0.192 0.092 0.060 0.656
#> GSM827758     1  0.6423     0.6076 0.640 0.252 0.004 0.104
#> GSM827759     3  0.2334     0.9208 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM827760     1  0.5558     0.5369 0.548 0.432 0.000 0.020
#> GSM827761     2  0.1724     0.6594 0.020 0.948 0.000 0.032
#> GSM827762     2  0.1305     0.6577 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM827763     2  0.2828     0.6354 0.036 0.912 0.020 0.032
#> GSM827764     2  0.2741     0.6490 0.096 0.892 0.000 0.012
#> GSM827765     2  0.3107     0.6519 0.080 0.884 0.000 0.036
#> GSM827766     2  0.5360     0.5547 0.064 0.736 0.004 0.196
#> GSM827767     2  0.5057     0.3752 0.340 0.648 0.000 0.012
#> GSM827768     3  0.1706     0.9342 0.016 0.000 0.948 0.036
#> GSM827769     2  0.3858     0.6141 0.056 0.844 0.000 0.100
#> GSM827770     2  0.3122     0.6319 0.036 0.900 0.024 0.040
#> GSM827771     2  0.5995     0.4707 0.232 0.672 0.000 0.096
#> GSM827772     2  0.7634     0.3098 0.204 0.560 0.020 0.216
#> GSM827773     4  0.6220     0.7827 0.116 0.052 0.100 0.732
#> GSM827774     3  0.2421     0.9212 0.020 0.008 0.924 0.048
#> GSM827775     3  0.3494     0.8428 0.004 0.000 0.824 0.172
#> GSM827776     2  0.2089     0.6509 0.020 0.932 0.000 0.048
#> GSM827777     2  0.6551     0.3780 0.136 0.624 0.000 0.240
#> GSM827778     3  0.1940     0.9262 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM827779     3  0.2287     0.9206 0.012 0.004 0.924 0.060
#> GSM827780     3  0.1118     0.9429 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM827781     2  0.4307     0.6026 0.144 0.808 0.000 0.048
#> GSM827782     2  0.1798     0.6576 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM827783     2  0.7398    -0.1830 0.324 0.492 0.000 0.184
#> GSM827784     1  0.7500     0.4785 0.416 0.404 0.000 0.180
#> GSM827785     2  0.6139    -0.2416 0.404 0.544 0.000 0.052
#> GSM827786     2  0.7045    -0.0408 0.328 0.532 0.000 0.140
#> GSM827787     2  0.7437     0.2788 0.200 0.552 0.008 0.240
#> GSM827788     1  0.5265     0.6451 0.684 0.288 0.004 0.024
#> GSM827789     3  0.0592     0.9453 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM827790     2  0.5308     0.4344 0.280 0.684 0.000 0.036
#> GSM827791     3  0.2587     0.9190 0.020 0.008 0.916 0.056
#> GSM827792     3  0.1059     0.9432 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM827793     2  0.5386     0.5126 0.236 0.708 0.000 0.056
#> GSM827794     2  0.3647     0.6318 0.108 0.852 0.000 0.040
#> GSM827795     2  0.1520     0.6573 0.020 0.956 0.000 0.024
#> GSM827796     2  0.3691     0.6305 0.076 0.856 0.000 0.068
#> GSM827797     2  0.3877     0.6251 0.112 0.840 0.000 0.048
#> GSM827798     1  0.8164    -0.1743 0.408 0.252 0.012 0.328
#> GSM827799     4  0.6828     0.5538 0.440 0.048 0.024 0.488
#> GSM827800     4  0.5816     0.7266 0.044 0.044 0.176 0.736
#> GSM827801     4  0.6166     0.7792 0.104 0.028 0.148 0.720
#> GSM827802     2  0.7478    -0.0408 0.344 0.468 0.000 0.188
#> GSM827803     3  0.1743     0.9396 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM827804     2  0.4761     0.5550 0.192 0.764 0.000 0.044

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4    p5
#> GSM827665     2   0.633     0.5686 0.136 0.664 0.004 NA 0.088
#> GSM827666     2   0.632     0.1848 0.280 0.592 0.000 NA 0.072
#> GSM827667     3   0.154     0.9383 0.008 0.000 0.948 NA 0.008
#> GSM827668     3   0.170     0.9329 0.008 0.000 0.932 NA 0.000
#> GSM827669     3   0.125     0.9364 0.000 0.000 0.956 NA 0.008
#> GSM827670     1   0.455     0.6196 0.712 0.252 0.000 NA 0.012
#> GSM827671     1   0.666     0.4097 0.472 0.400 0.000 NA 0.072
#> GSM827672     2   0.605    -0.1377 0.392 0.528 0.004 NA 0.032
#> GSM827673     1   0.633     0.5407 0.572 0.308 0.000 NA 0.068
#> GSM827674     2   0.783    -0.0363 0.308 0.468 0.020 NA 0.088
#> GSM827675     3   0.133     0.9352 0.000 0.000 0.952 NA 0.008
#> GSM827676     1   0.499     0.4073 0.768 0.048 0.004 NA 0.084
#> GSM827677     1   0.619     0.5794 0.608 0.264 0.004 NA 0.024
#> GSM827678     3   0.210     0.9344 0.012 0.000 0.920 NA 0.008
#> GSM827679     1   0.577     0.4961 0.564 0.364 0.000 NA 0.028
#> GSM827680     1   0.626     0.3873 0.472 0.428 0.000 NA 0.028
#> GSM827681     2   0.628    -0.2026 0.392 0.508 0.000 NA 0.052
#> GSM827682     1   0.773     0.4746 0.456 0.316 0.008 NA 0.128
#> GSM827683     1   0.839     0.4350 0.468 0.216 0.032 NA 0.144
#> GSM827684     1   0.600     0.5589 0.588 0.316 0.000 NA 0.056
#> GSM827685     1   0.566     0.5676 0.700 0.144 0.000 NA 0.112
#> GSM827686     1   0.408     0.5024 0.816 0.068 0.008 NA 0.008
#> GSM827687     1   0.804     0.4127 0.488 0.180 0.012 NA 0.184
#> GSM827688     3   0.326     0.8974 0.028 0.000 0.844 NA 0.004
#> GSM827689     1   0.563     0.5840 0.632 0.288 0.000 NA 0.040
#> GSM827690     1   0.506     0.5720 0.744 0.152 0.012 NA 0.012
#> GSM827691     1   0.608     0.5429 0.576 0.324 0.000 NA 0.036
#> GSM827692     1   0.525     0.6227 0.696 0.224 0.000 NA 0.040
#> GSM827693     3   0.129     0.9384 0.004 0.000 0.956 NA 0.004
#> GSM827694     1   0.372     0.4029 0.844 0.008 0.016 NA 0.044
#> GSM827695     1   0.396     0.4748 0.832 0.048 0.012 NA 0.016
#> GSM827696     2   0.584     0.5300 0.128 0.696 0.000 NA 0.072
#> GSM827697     2   0.478     0.6428 0.024 0.780 0.040 NA 0.024
#> GSM827698     3   0.567     0.6960 0.004 0.084 0.684 NA 0.028
#> GSM827699     1   0.500     0.5032 0.780 0.088 0.020 NA 0.040
#> GSM827700     1   0.687     0.3678 0.448 0.396 0.000 NA 0.116
#> GSM827701     1   0.640     0.5393 0.592 0.272 0.000 NA 0.064
#> GSM827702     2   0.217     0.6792 0.012 0.912 0.000 NA 0.004
#> GSM827703     3   0.150     0.9372 0.016 0.000 0.952 NA 0.008
#> GSM827704     2   0.309     0.6676 0.004 0.856 0.016 NA 0.004
#> GSM827705     2   0.574     0.4698 0.192 0.680 0.000 NA 0.084
#> GSM827706     2   0.541     0.5955 0.036 0.724 0.024 NA 0.036
#> GSM827707     1   0.601     0.5549 0.588 0.308 0.000 NA 0.080
#> GSM827708     2   0.848    -0.0665 0.296 0.348 0.008 NA 0.216
#> GSM827709     3   0.318     0.8880 0.000 0.000 0.856 NA 0.080
#> GSM827710     3   0.136     0.9383 0.000 0.000 0.948 NA 0.004
#> GSM827711     3   0.192     0.9310 0.000 0.000 0.928 NA 0.032
#> GSM827712     3   0.120     0.9368 0.004 0.000 0.956 NA 0.000
#> GSM827713     2   0.443     0.6571 0.052 0.808 0.004 NA 0.060
#> GSM827714     2   0.458     0.6311 0.132 0.776 0.000 NA 0.024
#> GSM827715     3   0.333     0.8964 0.008 0.000 0.856 NA 0.056
#> GSM827716     3   0.212     0.9295 0.012 0.000 0.924 NA 0.020
#> GSM827717     2   0.199     0.6811 0.004 0.920 0.000 NA 0.008
#> GSM827718     2   0.262     0.6714 0.008 0.884 0.004 NA 0.004
#> GSM827719     2   0.493     0.6465 0.028 0.772 0.024 NA 0.044
#> GSM827720     3   0.212     0.9322 0.004 0.000 0.912 NA 0.008
#> GSM827721     5   0.618     0.3851 0.092 0.296 0.000 NA 0.584
#> GSM827722     2   0.707     0.4288 0.232 0.548 0.000 NA 0.152
#> GSM827723     5   0.596     0.5700 0.116 0.116 0.016 NA 0.704
#> GSM827724     2   0.740     0.3396 0.260 0.520 0.004 NA 0.092
#> GSM827725     2   0.531     0.6076 0.072 0.740 0.012 NA 0.032
#> GSM827726     3   0.186     0.9379 0.004 0.000 0.924 NA 0.004
#> GSM827727     3   0.373     0.8761 0.012 0.020 0.824 NA 0.008
#> GSM827728     3   0.141     0.9347 0.000 0.000 0.940 NA 0.000
#> GSM827729     2   0.227     0.6754 0.008 0.912 0.000 NA 0.016
#> GSM827730     2   0.292     0.6821 0.012 0.884 0.000 NA 0.052
#> GSM827731     2   0.295     0.6714 0.016 0.884 0.000 NA 0.056
#> GSM827732     2   0.383     0.6747 0.020 0.840 0.008 NA 0.048
#> GSM827733     2   0.660     0.4980 0.132 0.596 0.000 NA 0.220
#> GSM827734     2   0.514     0.6336 0.104 0.752 0.000 NA 0.084
#> GSM827735     5   0.657     0.3191 0.132 0.316 0.000 NA 0.528
#> GSM827736     2   0.382     0.6585 0.040 0.836 0.004 NA 0.024
#> GSM827737     2   0.546     0.4146 0.028 0.608 0.000 NA 0.332
#> GSM827738     1   0.762     0.1729 0.464 0.292 0.000 NA 0.140
#> GSM827739     1   0.403     0.5010 0.824 0.072 0.000 NA 0.032
#> GSM827740     3   0.206     0.9352 0.016 0.000 0.924 NA 0.008
#> GSM827741     3   0.194     0.9354 0.012 0.000 0.920 NA 0.000
#> GSM827742     3   0.214     0.9261 0.000 0.000 0.916 NA 0.032
#> GSM827743     2   0.483     0.6058 0.108 0.772 0.000 NA 0.060
#> GSM827744     2   0.438     0.6495 0.044 0.804 0.000 NA 0.072
#> GSM827745     5   0.358     0.6276 0.040 0.008 0.060 NA 0.860
#> GSM827746     2   0.298     0.6663 0.004 0.860 0.020 NA 0.000
#> GSM827747     1   0.804    -0.1977 0.328 0.296 0.000 NA 0.292
#> GSM827748     5   0.683     0.5483 0.124 0.092 0.028 NA 0.648
#> GSM827749     2   0.574     0.6048 0.044 0.704 0.008 NA 0.084
#> GSM827750     5   0.533     0.6253 0.028 0.040 0.076 NA 0.760
#> GSM827751     2   0.707     0.3576 0.260 0.552 0.004 NA 0.084
#> GSM827752     3   0.143     0.9346 0.004 0.000 0.944 NA 0.000
#> GSM827753     2   0.414     0.6569 0.016 0.824 0.044 NA 0.020
#> GSM827754     2   0.405     0.6527 0.036 0.816 0.004 NA 0.024
#> GSM827755     2   0.340     0.6671 0.012 0.852 0.020 NA 0.008
#> GSM827756     2   0.261     0.6767 0.048 0.896 0.000 NA 0.004
#> GSM827757     5   0.431     0.6460 0.048 0.060 0.052 NA 0.824
#> GSM827758     1   0.674     0.3978 0.620 0.192 0.008 NA 0.096
#> GSM827759     3   0.255     0.9204 0.012 0.000 0.904 NA 0.036
#> GSM827760     1   0.625     0.3688 0.484 0.420 0.000 NA 0.056
#> GSM827761     2   0.223     0.6804 0.020 0.920 0.000 NA 0.016
#> GSM827762     2   0.231     0.6780 0.012 0.916 0.000 NA 0.028
#> GSM827763     2   0.344     0.6698 0.032 0.856 0.008 NA 0.012
#> GSM827764     2   0.413     0.6555 0.100 0.812 0.000 NA 0.024
#> GSM827765     2   0.483     0.6565 0.052 0.772 0.000 NA 0.108
#> GSM827766     2   0.651     0.1847 0.028 0.520 0.020 NA 0.376
#> GSM827767     2   0.706     0.2841 0.308 0.512 0.000 NA 0.076
#> GSM827768     3   0.161     0.9330 0.000 0.000 0.928 NA 0.000
#> GSM827769     2   0.414     0.6328 0.072 0.820 0.000 NA 0.064
#> GSM827770     2   0.421     0.6573 0.020 0.824 0.020 NA 0.052
#> GSM827771     2   0.585     0.5769 0.144 0.680 0.000 NA 0.136
#> GSM827772     5   0.787     0.0246 0.088 0.388 0.028 NA 0.404
#> GSM827773     5   0.561     0.6030 0.060 0.032 0.060 NA 0.744
#> GSM827774     3   0.275     0.9167 0.004 0.008 0.880 NA 0.008
#> GSM827775     3   0.392     0.8512 0.004 0.000 0.812 NA 0.092
#> GSM827776     2   0.314     0.6711 0.008 0.872 0.004 NA 0.040
#> GSM827777     2   0.656     0.3834 0.072 0.568 0.004 NA 0.300
#> GSM827778     3   0.238     0.9216 0.004 0.000 0.908 NA 0.052
#> GSM827779     3   0.212     0.9251 0.000 0.004 0.912 NA 0.008
#> GSM827780     3   0.158     0.9357 0.000 0.000 0.944 NA 0.024
#> GSM827781     2   0.489     0.6278 0.132 0.756 0.004 NA 0.016
#> GSM827782     2   0.235     0.6795 0.028 0.908 0.000 NA 0.004
#> GSM827783     2   0.789    -0.1306 0.304 0.432 0.004 NA 0.160
#> GSM827784     1   0.776     0.4169 0.420 0.292 0.000 NA 0.212
#> GSM827785     2   0.620    -0.2412 0.404 0.508 0.004 NA 0.040
#> GSM827786     2   0.711     0.1582 0.268 0.512 0.000 NA 0.172
#> GSM827787     5   0.687     0.2395 0.068 0.376 0.012 NA 0.492
#> GSM827788     1   0.595     0.4865 0.652 0.220 0.000 NA 0.044
#> GSM827789     3   0.117     0.9387 0.000 0.000 0.960 NA 0.008
#> GSM827790     2   0.689     0.3065 0.284 0.540 0.000 NA 0.060
#> GSM827791     3   0.291     0.9093 0.004 0.016 0.876 NA 0.008
#> GSM827792     3   0.159     0.9361 0.004 0.000 0.940 NA 0.004
#> GSM827793     2   0.550     0.5790 0.180 0.696 0.000 NA 0.096
#> GSM827794     2   0.334     0.6658 0.076 0.860 0.000 NA 0.016
#> GSM827795     2   0.221     0.6756 0.016 0.912 0.000 NA 0.004
#> GSM827796     2   0.397     0.6648 0.032 0.828 0.000 NA 0.068
#> GSM827797     2   0.464     0.6399 0.108 0.784 0.000 NA 0.052
#> GSM827798     5   0.782     0.4175 0.236 0.180 0.008 NA 0.484
#> GSM827799     5   0.691     0.4398 0.312 0.036 0.012 NA 0.532
#> GSM827800     5   0.630     0.5614 0.032 0.028 0.116 NA 0.672
#> GSM827801     5   0.388     0.6347 0.032 0.020 0.064 NA 0.848
#> GSM827802     2   0.718     0.0984 0.152 0.428 0.000 NA 0.376
#> GSM827803     3   0.186     0.9347 0.004 0.000 0.928 NA 0.008
#> GSM827804     2   0.645     0.4804 0.208 0.624 0.004 NA 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))

#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> GSM827665     4  0.6606     0.4779 0.232 0.012 0.004 0.556 0.064 0.132
#> GSM827666     4  0.5211    -0.0942 0.432 0.004 0.000 0.504 0.016 0.044
#> GSM827667     3  0.2037     0.9465 0.012 0.016 0.924 0.000 0.012 0.036
#> GSM827668     3  0.0972     0.9476 0.000 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> GSM827669     3  0.1223     0.9480 0.012 0.008 0.960 0.000 0.004 0.016
#> GSM827670     1  0.6313     0.4620 0.600 0.164 0.000 0.160 0.016 0.060
#> GSM827671     1  0.4719     0.5737 0.652 0.008 0.000 0.296 0.020 0.024
#> GSM827672     1  0.5315     0.5386 0.580 0.032 0.004 0.340 0.000 0.044
#> GSM827673     1  0.5688     0.5535 0.660 0.044 0.000 0.204 0.044 0.048
#> GSM827674     1  0.6139     0.2698 0.492 0.008 0.024 0.388 0.016 0.072
#> GSM827675     3  0.1975     0.9453 0.008 0.008 0.924 0.000 0.016 0.044
#> GSM827676     2  0.6174     0.4659 0.364 0.504 0.000 0.044 0.072 0.016
#> GSM827677     1  0.7168    -0.1504 0.388 0.332 0.008 0.212 0.004 0.056
#> GSM827678     3  0.2164     0.9448 0.012 0.020 0.916 0.000 0.008 0.044
#> GSM827679     1  0.6366     0.5204 0.584 0.068 0.004 0.220 0.008 0.116
#> GSM827680     1  0.4483     0.5669 0.668 0.012 0.000 0.288 0.004 0.028
#> GSM827681     1  0.4381     0.5603 0.632 0.004 0.000 0.340 0.012 0.012
#> GSM827682     1  0.4103     0.5586 0.784 0.008 0.012 0.152 0.016 0.028
#> GSM827683     1  0.4497     0.4839 0.776 0.016 0.004 0.120 0.044 0.040
#> GSM827684     1  0.5288     0.5561 0.708 0.036 0.000 0.160 0.040 0.056
#> GSM827685     1  0.6026     0.3569 0.652 0.160 0.000 0.072 0.084 0.032
#> GSM827686     1  0.5128    -0.2338 0.520 0.424 0.008 0.032 0.000 0.016
#> GSM827687     1  0.4843     0.4208 0.764 0.036 0.004 0.080 0.084 0.032
#> GSM827688     3  0.2217     0.9410 0.004 0.036 0.908 0.000 0.004 0.048
#> GSM827689     1  0.5675     0.5080 0.676 0.084 0.000 0.164 0.032 0.044
#> GSM827690     1  0.5735    -0.1246 0.496 0.368 0.000 0.124 0.000 0.012
#> GSM827691     1  0.4616     0.5395 0.716 0.076 0.000 0.192 0.004 0.012
#> GSM827692     1  0.5201     0.4067 0.692 0.160 0.000 0.112 0.028 0.008
#> GSM827693     3  0.1218     0.9494 0.004 0.012 0.956 0.000 0.000 0.028
#> GSM827694     2  0.4931     0.3498 0.460 0.496 0.000 0.020 0.020 0.004
#> GSM827695     1  0.5070    -0.3037 0.504 0.448 0.004 0.024 0.012 0.008
#> GSM827696     4  0.5181     0.4866 0.256 0.004 0.000 0.644 0.020 0.076
#> GSM827697     4  0.4502     0.6810 0.096 0.016 0.016 0.776 0.008 0.088
#> GSM827698     3  0.5550     0.6327 0.008 0.020 0.648 0.072 0.016 0.236
#> GSM827699     2  0.5684     0.4392 0.364 0.536 0.004 0.072 0.016 0.008
#> GSM827700     1  0.4711     0.5756 0.668 0.016 0.000 0.276 0.028 0.012
#> GSM827701     1  0.7504    -0.1421 0.344 0.320 0.000 0.252 0.036 0.048
#> GSM827702     4  0.3286     0.6943 0.088 0.012 0.012 0.852 0.004 0.032
#> GSM827703     3  0.2076     0.9474 0.008 0.016 0.920 0.000 0.012 0.044
#> GSM827704     4  0.4211     0.6830 0.084 0.056 0.008 0.800 0.004 0.048
#> GSM827705     4  0.5491     0.2277 0.384 0.012 0.000 0.532 0.016 0.056
#> GSM827706     4  0.6428     0.5463 0.024 0.152 0.044 0.632 0.024 0.124
#> GSM827707     1  0.6876     0.5143 0.572 0.096 0.000 0.188 0.052 0.092
#> GSM827708     2  0.7281     0.2188 0.068 0.452 0.000 0.272 0.180 0.028
#> GSM827709     3  0.2971     0.9035 0.000 0.012 0.860 0.000 0.052 0.076
#> GSM827710     3  0.0837     0.9484 0.000 0.004 0.972 0.000 0.004 0.020
#> GSM827711     3  0.1801     0.9452 0.000 0.004 0.924 0.000 0.016 0.056
#> GSM827712     3  0.1440     0.9496 0.004 0.012 0.948 0.000 0.004 0.032
#> GSM827713     4  0.5709     0.6376 0.084 0.032 0.004 0.696 0.064 0.120
#> GSM827714     4  0.4614     0.6519 0.128 0.108 0.000 0.740 0.004 0.020
#> GSM827715     3  0.2630     0.9261 0.008 0.008 0.888 0.000 0.036 0.060
#> GSM827716     3  0.2017     0.9431 0.008 0.004 0.920 0.000 0.020 0.048
#> GSM827717     4  0.3361     0.7028 0.044 0.020 0.004 0.852 0.008 0.072
#> GSM827718     4  0.3377     0.6920 0.020 0.052 0.008 0.852 0.004 0.064
#> GSM827719     4  0.5894     0.6133 0.164 0.044 0.008 0.668 0.028 0.088
#> GSM827720     3  0.1296     0.9448 0.000 0.004 0.948 0.004 0.000 0.044
#> GSM827721     5  0.6743     0.5027 0.132 0.012 0.012 0.212 0.564 0.068
#> GSM827722     4  0.7899     0.3302 0.200 0.044 0.000 0.424 0.140 0.192
#> GSM827723     5  0.6172     0.5566 0.160 0.024 0.008 0.072 0.648 0.088
#> GSM827724     4  0.6838     0.0871 0.048 0.396 0.004 0.436 0.068 0.048
#> GSM827725     4  0.6251     0.5419 0.052 0.192 0.016 0.628 0.016 0.096
#> GSM827726     3  0.1370     0.9470 0.004 0.012 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM827727     3  0.2062     0.9262 0.000 0.008 0.900 0.004 0.000 0.088
#> GSM827728     3  0.1067     0.9463 0.004 0.004 0.964 0.004 0.000 0.024
#> GSM827729     4  0.3320     0.6933 0.080 0.000 0.004 0.844 0.016 0.056
#> GSM827730     4  0.4020     0.6775 0.080 0.004 0.000 0.796 0.024 0.096
#> GSM827731     4  0.2585     0.6930 0.084 0.000 0.000 0.880 0.012 0.024
#> GSM827732     4  0.3260     0.6923 0.080 0.000 0.008 0.852 0.020 0.040
#> GSM827733     4  0.7538     0.3628 0.176 0.024 0.004 0.476 0.192 0.128
#> GSM827734     4  0.6291     0.6146 0.052 0.076 0.000 0.644 0.104 0.124
#> GSM827735     5  0.6249     0.4023 0.104 0.048 0.000 0.284 0.552 0.012
#> GSM827736     4  0.4174     0.6957 0.044 0.052 0.004 0.812 0.024 0.064
#> GSM827737     4  0.5960     0.5454 0.084 0.012 0.004 0.628 0.216 0.056
#> GSM827738     2  0.6545     0.4816 0.180 0.528 0.000 0.216 0.076 0.000
#> GSM827739     2  0.5287     0.3645 0.436 0.500 0.000 0.028 0.028 0.008
#> GSM827740     3  0.1772     0.9483 0.008 0.028 0.936 0.000 0.008 0.020
#> GSM827741     3  0.1899     0.9476 0.008 0.028 0.928 0.000 0.004 0.032
#> GSM827742     3  0.1816     0.9435 0.004 0.004 0.928 0.000 0.016 0.048
#> GSM827743     4  0.3679     0.6263 0.208 0.004 0.000 0.764 0.016 0.008
#> GSM827744     4  0.3865     0.6737 0.156 0.008 0.000 0.788 0.016 0.032
#> GSM827745     5  0.3976     0.5975 0.068 0.012 0.024 0.016 0.824 0.056
#> GSM827746     4  0.3468     0.6881 0.040 0.016 0.016 0.840 0.000 0.088
#> GSM827747     2  0.7172     0.0545 0.052 0.384 0.000 0.276 0.276 0.012
#> GSM827748     5  0.6891     0.5076 0.228 0.052 0.016 0.072 0.572 0.060
#> GSM827749     4  0.7012     0.5048 0.088 0.028 0.012 0.560 0.108 0.204
#> GSM827750     5  0.5623     0.5709 0.040 0.012 0.052 0.048 0.704 0.144
#> GSM827751     4  0.6394     0.1640 0.048 0.384 0.000 0.476 0.060 0.032
#> GSM827752     3  0.1225     0.9475 0.000 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036
#> GSM827753     4  0.4869     0.6680 0.088 0.028 0.016 0.768 0.028 0.072
#> GSM827754     4  0.4465     0.6798 0.044 0.080 0.004 0.776 0.004 0.092
#> GSM827755     4  0.3291     0.6972 0.064 0.004 0.008 0.856 0.016 0.052
#> GSM827756     4  0.3141     0.6879 0.084 0.024 0.000 0.852 0.000 0.040
#> GSM827757     5  0.3913     0.6140 0.076 0.008 0.008 0.076 0.816 0.016
#> GSM827758     2  0.6926     0.5303 0.248 0.536 0.008 0.100 0.088 0.020
#> GSM827759     3  0.2246     0.9384 0.004 0.012 0.908 0.000 0.020 0.056
#> GSM827760     1  0.6743     0.5147 0.540 0.052 0.000 0.244 0.032 0.132
#> GSM827761     4  0.2800     0.6974 0.068 0.020 0.000 0.880 0.008 0.024
#> GSM827762     4  0.3125     0.7010 0.068 0.012 0.004 0.856 0.000 0.060
#> GSM827763     4  0.3554     0.6850 0.080 0.020 0.012 0.836 0.000 0.052
#> GSM827764     4  0.4611     0.6623 0.132 0.076 0.000 0.752 0.008 0.032
#> GSM827765     4  0.6392     0.5580 0.116 0.016 0.000 0.608 0.108 0.152
#> GSM827766     4  0.6267     0.3859 0.060 0.028 0.008 0.560 0.304 0.040
#> GSM827767     4  0.6269     0.0678 0.052 0.404 0.000 0.464 0.060 0.020
#> GSM827768     3  0.1340     0.9433 0.000 0.008 0.948 0.004 0.000 0.040
#> GSM827769     4  0.3967     0.6726 0.088 0.008 0.000 0.808 0.032 0.064
#> GSM827770     4  0.4291     0.6782 0.092 0.004 0.028 0.792 0.012 0.072
#> GSM827771     4  0.6434     0.5946 0.164 0.052 0.004 0.628 0.092 0.060
#> GSM827772     5  0.7631     0.0606 0.112 0.008 0.016 0.340 0.376 0.148
#> GSM827773     5  0.5545     0.5560 0.136 0.040 0.012 0.028 0.708 0.076
#> GSM827774     3  0.2169     0.9262 0.000 0.012 0.900 0.008 0.000 0.080
#> GSM827775     3  0.4001     0.8488 0.008 0.020 0.800 0.000 0.080 0.092
#> GSM827776     4  0.3299     0.6880 0.084 0.008 0.000 0.840 0.004 0.064
#> GSM827777     4  0.6112     0.4767 0.152 0.000 0.004 0.596 0.192 0.056
#> GSM827778     3  0.2251     0.9337 0.000 0.008 0.904 0.000 0.036 0.052
#> GSM827779     3  0.1299     0.9430 0.004 0.004 0.952 0.004 0.000 0.036
#> GSM827780     3  0.0951     0.9482 0.004 0.008 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM827781     4  0.5678     0.6213 0.112 0.104 0.000 0.668 0.004 0.112
#> GSM827782     4  0.2803     0.6929 0.064 0.028 0.000 0.876 0.000 0.032
#> GSM827783     1  0.6451     0.3274 0.492 0.016 0.004 0.360 0.056 0.072
#> GSM827784     1  0.7064     0.3840 0.536 0.068 0.000 0.184 0.168 0.044
#> GSM827785     1  0.5326     0.5488 0.592 0.016 0.008 0.336 0.012 0.036
#> GSM827786     4  0.6960    -0.1210 0.392 0.016 0.000 0.400 0.080 0.112
#> GSM827787     5  0.6399     0.0627 0.068 0.020 0.000 0.396 0.460 0.056
#> GSM827788     2  0.6187     0.4417 0.308 0.492 0.000 0.180 0.016 0.004
#> GSM827789     3  0.0603     0.9479 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM827790     4  0.6666    -0.0350 0.092 0.384 0.000 0.448 0.032 0.044
#> GSM827791     3  0.1841     0.9343 0.000 0.008 0.920 0.008 0.000 0.064
#> GSM827792     3  0.1082     0.9461 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM827793     4  0.7022     0.5275 0.124 0.068 0.000 0.568 0.080 0.160
#> GSM827794     4  0.4783     0.6593 0.080 0.044 0.000 0.744 0.008 0.124
#> GSM827795     4  0.2392     0.6925 0.064 0.004 0.000 0.896 0.004 0.032
#> GSM827796     4  0.4145     0.6908 0.092 0.028 0.000 0.804 0.032 0.044
#> GSM827797     4  0.4975     0.6367 0.192 0.052 0.000 0.708 0.016 0.032
#> GSM827798     5  0.6925     0.2695 0.024 0.288 0.008 0.128 0.504 0.048
#> GSM827799     5  0.6038     0.3061 0.104 0.304 0.000 0.020 0.552 0.020
#> GSM827800     5  0.6052     0.5466 0.152 0.036 0.036 0.024 0.672 0.080
#> GSM827801     5  0.4281     0.5990 0.080 0.020 0.012 0.024 0.804 0.060
#> GSM827802     4  0.7634     0.0988 0.104 0.040 0.000 0.408 0.308 0.140
#> GSM827803     3  0.1983     0.9445 0.012 0.012 0.924 0.000 0.008 0.044
#> GSM827804     4  0.6185     0.3324 0.040 0.324 0.004 0.544 0.020 0.068

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)

#>           n disease.state(p) k
#> ATC:NMF 138         5.94e-01 2
#> ATC:NMF 105         8.22e-01 3
#> ATC:NMF 107         1.70e-08 4
#> ATC:NMF  98         4.33e-06 5
#> ATC:NMF  99         6.93e-05 6

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()

#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0