Date: 2019-12-25 22:10:03 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 11993 173
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | ||
|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 2 | 0.928 | 0.931 | 0.972 | * |
| ATC:kmeans | 2 | 0.917 | 0.948 | 0.977 | * |
| ATC:NMF | 2 | 0.894 | 0.924 | 0.969 | |
| ATC:mclust | 2 | 0.756 | 0.916 | 0.955 | |
| ATC:pam | 6 | 0.700 | 0.608 | 0.779 | |
| MAD:mclust | 4 | 0.680 | 0.723 | 0.874 | |
| SD:skmeans | 2 | 0.616 | 0.834 | 0.924 | |
| MAD:NMF | 2 | 0.615 | 0.832 | 0.919 | |
| MAD:skmeans | 2 | 0.596 | 0.807 | 0.914 | |
| SD:mclust | 4 | 0.596 | 0.613 | 0.820 | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.577 | 0.676 | 0.836 | |
| SD:NMF | 2 | 0.573 | 0.823 | 0.911 | |
| CV:skmeans | 2 | 0.541 | 0.798 | 0.905 | |
| CV:mclust | 4 | 0.520 | 0.521 | 0.754 | |
| CV:NMF | 2 | 0.500 | 0.809 | 0.898 | |
| SD:pam | 3 | 0.439 | 0.740 | 0.851 | |
| CV:pam | 2 | 0.340 | 0.792 | 0.847 | |
| MAD:pam | 2 | 0.316 | 0.787 | 0.869 | |
| CV:kmeans | 2 | 0.231 | 0.711 | 0.837 | |
| SD:kmeans | 2 | 0.213 | 0.694 | 0.833 | |
| ATC:hclust | 2 | 0.178 | 0.646 | 0.812 | |
| SD:hclust | 6 | 0.176 | 0.270 | 0.476 | |
| CV:hclust | 6 | 0.147 | 0.298 | 0.541 | |
| MAD:hclust | 5 | 0.144 | 0.333 | 0.529 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.5731 0.823 0.911 0.500 0.498 0.498
#> CV:NMF 2 0.5001 0.809 0.898 0.498 0.498 0.498
#> MAD:NMF 2 0.6152 0.832 0.919 0.501 0.497 0.497
#> ATC:NMF 2 0.8942 0.924 0.969 0.495 0.506 0.506
#> SD:skmeans 2 0.6163 0.834 0.924 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 0.5411 0.798 0.905 0.503 0.497 0.497
#> MAD:skmeans 2 0.5961 0.807 0.914 0.503 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 0.9280 0.931 0.972 0.503 0.497 0.497
#> SD:mclust 2 0.3095 0.700 0.846 0.252 0.785 0.785
#> CV:mclust 2 0.2104 0.582 0.772 0.252 0.933 0.933
#> MAD:mclust 2 0.2358 0.542 0.770 0.298 0.911 0.911
#> ATC:mclust 2 0.7559 0.916 0.955 0.463 0.541 0.541
#> SD:kmeans 2 0.2135 0.694 0.833 0.493 0.502 0.502
#> CV:kmeans 2 0.2310 0.711 0.837 0.493 0.498 0.498
#> MAD:kmeans 2 0.2060 0.621 0.799 0.495 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 0.9173 0.948 0.977 0.498 0.503 0.503
#> SD:pam 2 0.1523 0.641 0.801 0.471 0.523 0.523
#> CV:pam 2 0.3403 0.792 0.847 0.453 0.548 0.548
#> MAD:pam 2 0.3165 0.787 0.869 0.465 0.544 0.544
#> ATC:pam 2 0.2033 0.512 0.798 0.484 0.515 0.515
#> SD:hclust 2 0.0200 0.282 0.677 0.387 0.966 0.966
#> CV:hclust 2 0.0175 0.231 0.616 0.409 0.794 0.794
#> MAD:hclust 2 0.0148 0.438 0.694 0.401 0.675 0.675
#> ATC:hclust 2 0.1781 0.646 0.812 0.431 0.501 0.501
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.4926 0.667 0.797 0.332 0.699 0.469
#> CV:NMF 3 0.4327 0.605 0.795 0.336 0.718 0.492
#> MAD:NMF 3 0.4780 0.639 0.821 0.333 0.695 0.463
#> ATC:NMF 3 0.6136 0.759 0.881 0.341 0.658 0.421
#> SD:skmeans 3 0.5704 0.715 0.858 0.333 0.701 0.469
#> CV:skmeans 3 0.4713 0.668 0.832 0.331 0.727 0.504
#> MAD:skmeans 3 0.5829 0.680 0.859 0.332 0.682 0.444
#> ATC:skmeans 3 0.5787 0.609 0.771 0.314 0.744 0.530
#> SD:mclust 3 0.1601 0.707 0.749 1.212 0.449 0.347
#> CV:mclust 3 0.0830 0.626 0.719 1.135 0.376 0.350
#> MAD:mclust 3 0.4253 0.732 0.826 1.077 0.375 0.337
#> ATC:mclust 3 0.7939 0.864 0.937 0.349 0.771 0.601
#> SD:kmeans 3 0.5155 0.661 0.821 0.346 0.734 0.516
#> CV:kmeans 3 0.5086 0.668 0.832 0.347 0.731 0.511
#> MAD:kmeans 3 0.5769 0.676 0.836 0.346 0.712 0.484
#> ATC:kmeans 3 0.3941 0.491 0.727 0.324 0.721 0.499
#> SD:pam 3 0.4391 0.740 0.851 0.385 0.704 0.493
#> CV:pam 3 0.4627 0.765 0.853 0.411 0.734 0.546
#> MAD:pam 3 0.4555 0.776 0.849 0.398 0.723 0.528
#> ATC:pam 3 0.2952 0.500 0.736 0.351 0.652 0.421
#> SD:hclust 3 0.0199 0.220 0.557 0.443 0.486 0.475
#> CV:hclust 3 0.0156 0.259 0.510 0.356 0.493 0.441
#> MAD:hclust 3 0.0235 0.202 0.526 0.431 0.736 0.641
#> ATC:hclust 3 0.2182 0.601 0.744 0.327 0.729 0.545
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.4313 0.499 0.700 0.120 0.842 0.577
#> CV:NMF 4 0.4196 0.481 0.693 0.121 0.873 0.646
#> MAD:NMF 4 0.4383 0.513 0.701 0.121 0.847 0.585
#> ATC:NMF 4 0.5688 0.659 0.809 0.128 0.790 0.469
#> SD:skmeans 4 0.4725 0.556 0.718 0.120 0.860 0.615
#> CV:skmeans 4 0.4168 0.482 0.672 0.121 0.839 0.566
#> MAD:skmeans 4 0.4844 0.518 0.716 0.121 0.868 0.631
#> ATC:skmeans 4 0.5740 0.627 0.782 0.130 0.796 0.483
#> SD:mclust 4 0.5961 0.613 0.820 0.298 0.832 0.575
#> CV:mclust 4 0.5204 0.521 0.754 0.320 0.842 0.613
#> MAD:mclust 4 0.6802 0.723 0.874 0.184 0.820 0.545
#> ATC:mclust 4 0.6359 0.714 0.820 0.137 0.918 0.790
#> SD:kmeans 4 0.4940 0.576 0.740 0.117 0.869 0.636
#> CV:kmeans 4 0.4410 0.491 0.709 0.113 0.865 0.630
#> MAD:kmeans 4 0.5252 0.548 0.737 0.119 0.843 0.575
#> ATC:kmeans 4 0.5245 0.634 0.739 0.134 0.798 0.484
#> SD:pam 4 0.5059 0.617 0.786 0.115 0.892 0.704
#> CV:pam 4 0.4608 0.628 0.788 0.104 0.952 0.865
#> MAD:pam 4 0.4969 0.710 0.787 0.118 0.898 0.722
#> ATC:pam 4 0.4179 0.395 0.638 0.127 0.759 0.421
#> SD:hclust 4 0.0420 0.234 0.487 0.166 0.810 0.623
#> CV:hclust 4 0.0349 0.287 0.512 0.143 0.736 0.539
#> MAD:hclust 4 0.0592 0.288 0.500 0.172 0.650 0.412
#> ATC:hclust 4 0.2963 0.322 0.608 0.195 0.819 0.613
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.4753 0.440 0.633 0.0670 0.889 0.613
#> CV:NMF 5 0.4637 0.425 0.616 0.0656 0.881 0.596
#> MAD:NMF 5 0.4844 0.431 0.645 0.0651 0.886 0.604
#> ATC:NMF 5 0.6131 0.646 0.792 0.0631 0.875 0.569
#> SD:skmeans 5 0.5135 0.501 0.658 0.0644 0.910 0.675
#> CV:skmeans 5 0.4591 0.423 0.614 0.0657 0.898 0.634
#> MAD:skmeans 5 0.5093 0.465 0.673 0.0644 0.880 0.590
#> ATC:skmeans 5 0.6550 0.629 0.803 0.0639 0.855 0.511
#> SD:mclust 5 0.5061 0.451 0.687 0.0610 0.882 0.611
#> CV:mclust 5 0.4752 0.423 0.679 0.0697 0.849 0.545
#> MAD:mclust 5 0.5801 0.562 0.738 0.0625 0.908 0.682
#> ATC:mclust 5 0.6468 0.616 0.775 0.0908 0.867 0.601
#> SD:kmeans 5 0.5546 0.566 0.713 0.0651 0.899 0.644
#> CV:kmeans 5 0.5159 0.464 0.630 0.0701 0.912 0.689
#> MAD:kmeans 5 0.5593 0.565 0.707 0.0623 0.906 0.664
#> ATC:kmeans 5 0.5991 0.447 0.645 0.0659 0.926 0.725
#> SD:pam 5 0.5467 0.542 0.752 0.0642 0.898 0.658
#> CV:pam 5 0.5069 0.506 0.729 0.0758 0.908 0.717
#> MAD:pam 5 0.5517 0.607 0.749 0.0658 0.940 0.792
#> ATC:pam 5 0.6139 0.607 0.757 0.0701 0.745 0.286
#> SD:hclust 5 0.0982 0.216 0.475 0.0885 0.768 0.460
#> CV:hclust 5 0.0705 0.267 0.524 0.1005 0.890 0.727
#> MAD:hclust 5 0.1439 0.333 0.529 0.0853 0.876 0.638
#> ATC:hclust 5 0.3704 0.397 0.610 0.0915 0.791 0.461
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.536 0.389 0.593 0.0409 0.943 0.755
#> CV:NMF 6 0.521 0.395 0.593 0.0427 0.918 0.663
#> MAD:NMF 6 0.529 0.374 0.589 0.0403 0.904 0.610
#> ATC:NMF 6 0.620 0.519 0.718 0.0419 0.928 0.688
#> SD:skmeans 6 0.553 0.388 0.596 0.0411 0.935 0.724
#> CV:skmeans 6 0.504 0.321 0.542 0.0410 0.931 0.697
#> MAD:skmeans 6 0.548 0.366 0.592 0.0410 0.931 0.713
#> ATC:skmeans 6 0.685 0.642 0.785 0.0407 0.915 0.631
#> SD:mclust 6 0.553 0.418 0.633 0.0457 0.884 0.556
#> CV:mclust 6 0.575 0.405 0.656 0.0551 0.852 0.456
#> MAD:mclust 6 0.604 0.480 0.690 0.0399 0.927 0.711
#> ATC:mclust 6 0.707 0.508 0.735 0.0597 0.824 0.367
#> SD:kmeans 6 0.594 0.491 0.671 0.0424 0.979 0.901
#> CV:kmeans 6 0.574 0.444 0.622 0.0391 0.935 0.723
#> MAD:kmeans 6 0.611 0.472 0.647 0.0403 0.925 0.682
#> ATC:kmeans 6 0.655 0.525 0.716 0.0416 0.854 0.445
#> SD:pam 6 0.592 0.520 0.733 0.0397 0.939 0.740
#> CV:pam 6 0.545 0.513 0.711 0.0472 0.933 0.738
#> MAD:pam 6 0.606 0.523 0.708 0.0454 0.944 0.781
#> ATC:pam 6 0.700 0.608 0.779 0.0430 0.906 0.603
#> SD:hclust 6 0.176 0.270 0.476 0.0654 0.820 0.475
#> CV:hclust 6 0.147 0.298 0.541 0.0661 0.875 0.647
#> MAD:hclust 6 0.239 0.262 0.531 0.0575 0.947 0.810
#> ATC:hclust 6 0.440 0.409 0.621 0.0520 0.950 0.792
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 162 0.0121 2
#> CV:NMF 163 0.0635 2
#> MAD:NMF 158 0.0188 2
#> ATC:NMF 168 0.1729 2
#> SD:skmeans 163 0.0657 2
#> CV:skmeans 158 0.1427 2
#> MAD:skmeans 154 0.0600 2
#> ATC:skmeans 166 0.2629 2
#> SD:mclust 158 0.2769 2
#> CV:mclust 140 0.4443 2
#> MAD:mclust 149 0.8120 2
#> ATC:mclust 171 0.1332 2
#> SD:kmeans 153 0.0993 2
#> CV:kmeans 151 0.4262 2
#> MAD:kmeans 139 0.0421 2
#> ATC:kmeans 172 0.1751 2
#> SD:pam 147 0.0154 2
#> CV:pam 164 0.0345 2
#> MAD:pam 159 0.0114 2
#> ATC:pam 114 0.0733 2
#> SD:hclust 69 0.5631 2
#> CV:hclust 20 NA 2
#> MAD:hclust 97 1.0000 2
#> ATC:hclust 141 0.1253 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 141 0.1295 3
#> CV:NMF 128 0.0908 3
#> MAD:NMF 137 0.0959 3
#> ATC:NMF 155 0.2155 3
#> SD:skmeans 147 0.1316 3
#> CV:skmeans 140 0.3385 3
#> MAD:skmeans 137 0.1327 3
#> ATC:skmeans 147 0.4449 3
#> SD:mclust 155 0.1473 3
#> CV:mclust 143 0.1486 3
#> MAD:mclust 153 0.3903 3
#> ATC:mclust 162 0.1517 3
#> SD:kmeans 136 0.1552 3
#> CV:kmeans 138 0.2589 3
#> MAD:kmeans 142 0.1374 3
#> ATC:kmeans 107 0.0864 3
#> SD:pam 162 0.0349 3
#> CV:pam 163 0.0278 3
#> MAD:pam 162 0.0167 3
#> ATC:pam 119 0.2231 3
#> SD:hclust 5 NA 3
#> CV:hclust 0 NA 3
#> MAD:hclust 0 NA 3
#> ATC:hclust 131 0.2457 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 107 0.01681 4
#> CV:NMF 99 0.03941 4
#> MAD:NMF 111 0.00897 4
#> ATC:NMF 143 0.24934 4
#> SD:skmeans 116 0.01986 4
#> CV:skmeans 97 0.00670 4
#> MAD:skmeans 95 0.02303 4
#> ATC:skmeans 144 0.49627 4
#> SD:mclust 123 0.06081 4
#> CV:mclust 115 0.22430 4
#> MAD:mclust 147 0.06394 4
#> ATC:mclust 154 0.11563 4
#> SD:kmeans 121 0.02574 4
#> CV:kmeans 86 0.05696 4
#> MAD:kmeans 100 0.00139 4
#> ATC:kmeans 145 0.09258 4
#> SD:pam 135 0.12056 4
#> CV:pam 137 0.06168 4
#> MAD:pam 156 0.12774 4
#> ATC:pam 83 0.27535 4
#> SD:hclust 9 0.90560 4
#> CV:hclust 24 NA 4
#> MAD:hclust 21 0.37824 4
#> ATC:hclust 67 0.50620 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 82 0.00870 5
#> CV:NMF 78 0.07727 5
#> MAD:NMF 85 0.12391 5
#> ATC:NMF 141 0.08728 5
#> SD:skmeans 105 0.00584 5
#> CV:skmeans 82 0.01211 5
#> MAD:skmeans 103 0.01782 5
#> ATC:skmeans 134 0.09517 5
#> SD:mclust 83 0.16225 5
#> CV:mclust 79 0.29903 5
#> MAD:mclust 120 0.19935 5
#> ATC:mclust 128 0.40024 5
#> SD:kmeans 118 0.00228 5
#> CV:kmeans 95 0.02358 5
#> MAD:kmeans 125 0.01047 5
#> ATC:kmeans 83 0.28050 5
#> SD:pam 116 0.06052 5
#> CV:pam 108 0.48822 5
#> MAD:pam 131 0.25883 5
#> ATC:pam 126 0.28054 5
#> SD:hclust 21 1.00000 5
#> CV:hclust 44 0.63644 5
#> MAD:hclust 34 1.00000 5
#> ATC:hclust 67 0.77543 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 59 0.05516 6
#> CV:NMF 64 0.01651 6
#> MAD:NMF 54 0.24352 6
#> ATC:NMF 112 0.33093 6
#> SD:skmeans 62 0.05659 6
#> CV:skmeans 43 0.06676 6
#> MAD:skmeans 67 0.01708 6
#> ATC:skmeans 140 0.50028 6
#> SD:mclust 90 0.00799 6
#> CV:mclust 71 0.42619 6
#> MAD:mclust 102 0.16942 6
#> ATC:mclust 106 0.21050 6
#> SD:kmeans 97 0.00112 6
#> CV:kmeans 88 0.00176 6
#> MAD:kmeans 98 0.00849 6
#> ATC:kmeans 117 0.43185 6
#> SD:pam 108 0.27675 6
#> CV:pam 108 0.67953 6
#> MAD:pam 123 0.53705 6
#> ATC:pam 133 0.27755 6
#> SD:hclust 41 0.06032 6
#> CV:hclust 29 0.75564 6
#> MAD:hclust 1 NA 6
#> ATC:hclust 74 0.85084 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0200 0.282 0.677 0.3875 0.966 0.966
#> 3 3 0.0199 0.220 0.557 0.4432 0.486 0.475
#> 4 4 0.0420 0.234 0.487 0.1660 0.810 0.623
#> 5 5 0.0982 0.216 0.475 0.0885 0.768 0.460
#> 6 6 0.1761 0.270 0.476 0.0654 0.820 0.475
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.975 0.41045 0.592 0.408
#> GSM11438 1 0.943 -0.24477 0.640 0.360
#> GSM11439 1 0.788 0.52913 0.764 0.236
#> GSM11440 1 0.680 0.54045 0.820 0.180
#> GSM11441 1 0.833 0.51969 0.736 0.264
#> GSM11442 1 0.745 0.48265 0.788 0.212
#> GSM11443 1 0.913 -0.08410 0.672 0.328
#> GSM11444 1 0.697 0.53304 0.812 0.188
#> GSM11445 1 0.671 0.53735 0.824 0.176
#> GSM11446 1 0.827 0.52487 0.740 0.260
#> GSM11447 1 0.781 0.53254 0.768 0.232
#> GSM11448 1 0.745 0.55324 0.788 0.212
#> GSM11449 1 0.760 0.50895 0.780 0.220
#> GSM11450 1 0.844 0.52639 0.728 0.272
#> GSM11451 1 0.850 0.13470 0.724 0.276
#> GSM11452 1 0.781 0.34548 0.768 0.232
#> GSM11453 1 0.821 0.52158 0.744 0.256
#> GSM11454 1 0.814 0.52388 0.748 0.252
#> GSM11455 1 0.895 0.16370 0.688 0.312
#> GSM11456 1 0.625 0.52286 0.844 0.156
#> GSM11457 1 0.871 0.01073 0.708 0.292
#> GSM11458 1 0.844 0.51413 0.728 0.272
#> GSM11459 1 0.788 0.51944 0.764 0.236
#> GSM11460 1 0.981 0.39882 0.580 0.420
#> GSM11461 1 0.871 0.50799 0.708 0.292
#> GSM11462 1 0.788 0.53476 0.764 0.236
#> GSM11463 1 0.827 0.33534 0.740 0.260
#> GSM11464 1 0.952 0.47562 0.628 0.372
#> GSM11465 1 0.644 0.53236 0.836 0.164
#> GSM11466 1 0.730 0.54247 0.796 0.204
#> GSM11467 1 0.980 0.40874 0.584 0.416
#> GSM11468 1 0.644 0.54221 0.836 0.164
#> GSM11469 1 0.644 0.54221 0.836 0.164
#> GSM11470 1 0.936 0.45570 0.648 0.352
#> GSM11471 1 0.680 0.51710 0.820 0.180
#> GSM11472 1 0.943 0.23753 0.640 0.360
#> GSM11473 1 0.904 0.38284 0.680 0.320
#> GSM11474 1 0.917 -0.08677 0.668 0.332
#> GSM11475 1 0.706 0.53272 0.808 0.192
#> GSM11476 1 0.995 -0.70463 0.540 0.460
#> GSM11477 1 0.821 0.15263 0.744 0.256
#> GSM11478 1 0.891 -0.08351 0.692 0.308
#> GSM11479 1 0.913 0.17607 0.672 0.328
#> GSM11480 1 0.943 -0.33287 0.640 0.360
#> GSM11481 1 0.932 -0.19208 0.652 0.348
#> GSM11482 1 0.973 -0.28622 0.596 0.404
#> GSM11483 1 0.990 -0.48892 0.560 0.440
#> GSM11484 1 0.973 -0.39622 0.596 0.404
#> GSM11485 2 0.997 0.86070 0.468 0.532
#> GSM11486 1 0.939 -0.05525 0.644 0.356
#> GSM11487 1 0.839 0.51272 0.732 0.268
#> GSM11488 1 0.981 -0.44473 0.580 0.420
#> GSM11489 1 0.821 0.41324 0.744 0.256
#> GSM11490 1 0.802 0.52609 0.756 0.244
#> GSM11491 1 0.839 0.50719 0.732 0.268
#> GSM11492 1 0.952 -0.28415 0.628 0.372
#> GSM11493 1 0.995 -0.53212 0.540 0.460
#> GSM11494 1 0.844 0.34561 0.728 0.272
#> GSM11495 1 0.909 0.30444 0.676 0.324
#> GSM11496 1 0.881 0.44468 0.700 0.300
#> GSM11497 1 0.844 0.54528 0.728 0.272
#> GSM11498 1 0.839 0.33168 0.732 0.268
#> GSM11499 1 0.996 -0.59817 0.536 0.464
#> GSM11500 1 0.943 -0.10178 0.640 0.360
#> GSM11501 1 1.000 -0.81361 0.504 0.496
#> GSM11502 1 0.781 0.24442 0.768 0.232
#> GSM11503 1 0.925 -0.14988 0.660 0.340
#> GSM11504 1 0.980 0.36950 0.584 0.416
#> GSM11505 1 0.895 -0.09232 0.688 0.312
#> GSM11506 2 0.988 0.84707 0.436 0.564
#> GSM11507 2 1.000 0.85089 0.492 0.508
#> GSM11508 1 0.745 0.52628 0.788 0.212
#> GSM11509 1 0.788 0.50778 0.764 0.236
#> GSM11510 1 0.871 0.27978 0.708 0.292
#> GSM11511 1 0.904 0.48440 0.680 0.320
#> GSM11512 1 0.980 0.40064 0.584 0.416
#> GSM11513 1 0.775 0.52442 0.772 0.228
#> GSM11514 1 0.971 -0.35494 0.600 0.400
#> GSM11515 1 0.745 0.50343 0.788 0.212
#> GSM11516 1 0.866 0.53828 0.712 0.288
#> GSM11517 1 0.781 0.55259 0.768 0.232
#> GSM11518 1 0.808 0.53475 0.752 0.248
#> GSM11519 1 0.814 0.51471 0.748 0.252
#> GSM11520 1 0.904 0.49588 0.680 0.320
#> GSM11521 1 1.000 -0.80742 0.504 0.496
#> GSM11522 1 0.697 0.55347 0.812 0.188
#> GSM11523 1 0.978 0.41386 0.588 0.412
#> GSM11524 1 0.697 0.54100 0.812 0.188
#> GSM11525 1 0.881 -0.02091 0.700 0.300
#> GSM11526 1 0.981 0.39882 0.580 0.420
#> GSM11527 1 0.871 0.00796 0.708 0.292
#> GSM11528 1 0.861 0.28104 0.716 0.284
#> GSM11529 1 0.844 0.22579 0.728 0.272
#> GSM11530 1 0.644 0.53788 0.836 0.164
#> GSM11531 1 0.821 0.20876 0.744 0.256
#> GSM11532 1 0.671 0.54626 0.824 0.176
#> GSM11533 1 0.760 0.43619 0.780 0.220
#> GSM11534 1 0.909 0.48277 0.676 0.324
#> GSM11535 1 0.814 0.35472 0.748 0.252
#> GSM11536 1 0.963 -0.37765 0.612 0.388
#> GSM11537 1 0.850 0.10624 0.724 0.276
#> GSM11538 1 0.980 0.19152 0.584 0.416
#> GSM11539 1 0.839 0.30663 0.732 0.268
#> GSM11540 1 0.895 -0.13635 0.688 0.312
#> GSM11541 1 0.981 0.39552 0.580 0.420
#> GSM11542 1 0.861 0.28104 0.716 0.284
#> GSM11543 1 0.971 0.06036 0.600 0.400
#> GSM11544 1 0.808 0.51824 0.752 0.248
#> GSM11545 1 0.788 0.52648 0.764 0.236
#> GSM11546 1 0.917 0.42167 0.668 0.332
#> GSM11547 1 0.850 0.49205 0.724 0.276
#> GSM11548 1 0.844 0.50323 0.728 0.272
#> GSM11549 1 0.909 0.50888 0.676 0.324
#> GSM11550 1 0.861 0.52303 0.716 0.284
#> GSM11551 1 0.891 0.49464 0.692 0.308
#> GSM11552 1 0.788 0.53476 0.764 0.236
#> GSM11553 1 0.781 0.37311 0.768 0.232
#> GSM11554 1 0.775 0.35486 0.772 0.228
#> GSM11555 1 0.939 -0.21604 0.644 0.356
#> GSM11556 1 0.939 -0.21604 0.644 0.356
#> GSM11557 1 0.808 0.23299 0.752 0.248
#> GSM11558 1 0.998 -0.78711 0.524 0.476
#> GSM11559 1 0.738 0.47783 0.792 0.208
#> GSM11560 1 0.932 0.46479 0.652 0.348
#> GSM11561 1 0.998 -0.78711 0.524 0.476
#> GSM11562 1 0.850 0.10841 0.724 0.276
#> GSM11563 1 0.781 0.53930 0.768 0.232
#> GSM11564 1 0.929 0.36027 0.656 0.344
#> GSM11565 1 0.886 0.51761 0.696 0.304
#> GSM11566 1 0.946 -0.34671 0.636 0.364
#> GSM11567 1 0.991 -0.49506 0.556 0.444
#> GSM11568 1 0.814 0.53508 0.748 0.252
#> GSM11569 1 0.850 0.07863 0.724 0.276
#> GSM11570 1 0.788 0.53476 0.764 0.236
#> GSM11571 1 0.814 0.52342 0.748 0.252
#> GSM11572 1 0.753 0.49023 0.784 0.216
#> GSM11573 1 0.788 0.52648 0.764 0.236
#> GSM11574 1 0.767 0.35663 0.776 0.224
#> GSM11575 1 0.775 0.52064 0.772 0.228
#> GSM11576 1 0.961 0.43734 0.616 0.384
#> GSM11577 1 0.827 0.52030 0.740 0.260
#> GSM11578 1 0.788 0.38759 0.764 0.236
#> GSM11579 1 0.963 -0.46796 0.612 0.388
#> GSM11580 1 0.821 0.50823 0.744 0.256
#> GSM11581 1 0.671 0.53936 0.824 0.176
#> GSM11582 1 0.983 0.39160 0.576 0.424
#> GSM11583 1 0.886 0.47702 0.696 0.304
#> GSM11584 1 0.995 -0.70463 0.540 0.460
#> GSM11585 1 0.795 0.22579 0.760 0.240
#> GSM11586 1 0.936 0.48268 0.648 0.352
#> GSM11587 1 0.978 0.41386 0.588 0.412
#> GSM11588 1 0.808 0.51890 0.752 0.248
#> GSM11589 1 0.900 0.38755 0.684 0.316
#> GSM11590 1 0.850 0.49829 0.724 0.276
#> GSM11591 1 0.781 0.26086 0.768 0.232
#> GSM11592 1 0.917 0.50979 0.668 0.332
#> GSM11593 1 0.850 0.49829 0.724 0.276
#> GSM11594 1 0.850 0.50719 0.724 0.276
#> GSM11595 1 0.644 0.53538 0.836 0.164
#> GSM11596 1 0.802 0.48784 0.756 0.244
#> GSM11597 1 0.634 0.54567 0.840 0.160
#> GSM11598 1 0.802 0.51783 0.756 0.244
#> GSM11599 1 0.706 0.53349 0.808 0.192
#> GSM11600 1 0.932 -0.19208 0.652 0.348
#> GSM11601 1 0.644 0.54483 0.836 0.164
#> GSM11602 1 0.975 0.41711 0.592 0.408
#> GSM11603 1 0.975 0.41711 0.592 0.408
#> GSM11604 1 0.697 0.54100 0.812 0.188
#> GSM11605 1 0.946 0.34913 0.636 0.364
#> GSM11606 1 0.781 0.35781 0.768 0.232
#> GSM11607 1 0.802 0.51783 0.756 0.244
#> GSM11608 1 0.788 0.53476 0.764 0.236
#> GSM11609 1 0.999 -0.76339 0.520 0.480
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.973 0.297927 0.448 0.256 0.296
#> GSM11438 2 0.770 0.083086 0.084 0.644 0.272
#> GSM11439 1 0.923 0.261283 0.436 0.412 0.152
#> GSM11440 1 0.902 0.348076 0.448 0.420 0.132
#> GSM11441 2 0.943 -0.199834 0.404 0.420 0.176
#> GSM11442 2 0.947 0.006499 0.332 0.472 0.196
#> GSM11443 2 0.587 0.245181 0.056 0.784 0.160
#> GSM11444 1 0.926 0.329576 0.432 0.412 0.156
#> GSM11445 1 0.914 0.353060 0.448 0.408 0.144
#> GSM11446 1 0.912 0.372971 0.496 0.352 0.152
#> GSM11447 1 0.919 0.255002 0.436 0.416 0.148
#> GSM11448 2 0.862 -0.233715 0.420 0.480 0.100
#> GSM11449 2 0.812 0.146910 0.292 0.608 0.100
#> GSM11450 1 0.814 0.451589 0.572 0.344 0.084
#> GSM11451 2 0.388 0.335704 0.044 0.888 0.068
#> GSM11452 2 0.493 0.433050 0.120 0.836 0.044
#> GSM11453 1 0.778 0.439940 0.576 0.364 0.060
#> GSM11454 1 0.933 0.370023 0.480 0.344 0.176
#> GSM11455 2 0.873 0.271493 0.176 0.588 0.236
#> GSM11456 2 0.841 -0.037330 0.332 0.564 0.104
#> GSM11457 2 0.489 0.303140 0.048 0.840 0.112
#> GSM11458 1 0.900 0.439155 0.532 0.312 0.156
#> GSM11459 1 0.956 0.314144 0.432 0.372 0.196
#> GSM11460 1 0.975 0.276010 0.444 0.264 0.292
#> GSM11461 1 0.904 0.420874 0.524 0.320 0.156
#> GSM11462 1 0.909 0.420572 0.496 0.356 0.148
#> GSM11463 2 0.720 0.369907 0.180 0.712 0.108
#> GSM11464 1 0.875 0.425572 0.588 0.224 0.188
#> GSM11465 2 0.849 -0.084504 0.348 0.548 0.104
#> GSM11466 2 0.927 -0.200184 0.384 0.456 0.160
#> GSM11467 1 0.960 0.308244 0.476 0.248 0.276
#> GSM11468 1 0.911 0.338174 0.440 0.420 0.140
#> GSM11469 1 0.911 0.338174 0.440 0.420 0.140
#> GSM11470 1 0.695 0.465353 0.732 0.156 0.112
#> GSM11471 2 0.916 -0.134298 0.368 0.480 0.152
#> GSM11472 2 0.958 0.181412 0.272 0.480 0.248
#> GSM11473 2 0.973 0.094756 0.316 0.440 0.244
#> GSM11474 2 0.640 0.238303 0.060 0.748 0.192
#> GSM11475 2 0.923 -0.332241 0.420 0.428 0.152
#> GSM11476 3 0.782 0.734505 0.052 0.444 0.504
#> GSM11477 2 0.357 0.379273 0.040 0.900 0.060
#> GSM11478 2 0.455 0.238004 0.020 0.840 0.140
#> GSM11479 2 0.898 0.293966 0.208 0.564 0.228
#> GSM11480 2 0.497 0.000337 0.012 0.800 0.188
#> GSM11481 2 0.846 0.004611 0.108 0.564 0.328
#> GSM11482 2 0.896 -0.417865 0.136 0.504 0.360
#> GSM11483 2 0.892 -0.105517 0.136 0.516 0.348
#> GSM11484 2 0.843 -0.098658 0.100 0.552 0.348
#> GSM11485 2 0.729 -0.579937 0.028 0.492 0.480
#> GSM11486 2 0.826 0.255346 0.124 0.616 0.260
#> GSM11487 1 0.862 0.402656 0.536 0.352 0.112
#> GSM11488 2 0.836 -0.142596 0.096 0.556 0.348
#> GSM11489 2 0.923 0.185081 0.280 0.524 0.196
#> GSM11490 1 0.922 0.268250 0.440 0.408 0.152
#> GSM11491 1 0.738 0.452671 0.616 0.336 0.048
#> GSM11492 2 0.847 -0.040528 0.100 0.540 0.360
#> GSM11493 3 0.879 0.611798 0.112 0.436 0.452
#> GSM11494 2 0.939 0.272190 0.240 0.512 0.248
#> GSM11495 2 0.974 0.162461 0.284 0.448 0.268
#> GSM11496 2 0.970 -0.028057 0.348 0.428 0.224
#> GSM11497 2 0.829 -0.151460 0.408 0.512 0.080
#> GSM11498 2 0.744 0.397486 0.164 0.700 0.136
#> GSM11499 2 0.900 -0.362471 0.132 0.472 0.396
#> GSM11500 2 0.875 0.180231 0.148 0.568 0.284
#> GSM11501 2 0.729 -0.581844 0.028 0.508 0.464
#> GSM11502 2 0.380 0.397924 0.056 0.892 0.052
#> GSM11503 2 0.742 -0.028021 0.080 0.672 0.248
#> GSM11504 1 0.992 0.162530 0.380 0.276 0.344
#> GSM11505 2 0.442 0.229809 0.020 0.848 0.132
#> GSM11506 3 0.729 0.539500 0.028 0.468 0.504
#> GSM11507 2 0.676 -0.579592 0.012 0.552 0.436
#> GSM11508 1 0.954 0.338562 0.440 0.364 0.196
#> GSM11509 1 0.960 0.250889 0.432 0.364 0.204
#> GSM11510 2 0.727 0.379231 0.156 0.712 0.132
#> GSM11511 1 0.691 0.477128 0.696 0.248 0.056
#> GSM11512 1 0.981 0.265550 0.428 0.264 0.308
#> GSM11513 1 0.953 0.309282 0.432 0.376 0.192
#> GSM11514 2 0.836 -0.048618 0.112 0.588 0.300
#> GSM11515 2 0.957 -0.111551 0.360 0.440 0.200
#> GSM11516 1 0.694 0.344597 0.524 0.460 0.016
#> GSM11517 1 0.915 0.414177 0.504 0.336 0.160
#> GSM11518 1 0.915 0.258192 0.440 0.416 0.144
#> GSM11519 1 0.746 0.447136 0.600 0.352 0.048
#> GSM11520 1 0.694 0.498594 0.680 0.272 0.048
#> GSM11521 2 0.739 -0.594817 0.032 0.504 0.464
#> GSM11522 1 0.889 0.394909 0.484 0.392 0.124
#> GSM11523 1 0.533 0.463940 0.812 0.144 0.044
#> GSM11524 1 0.922 0.373146 0.468 0.376 0.156
#> GSM11525 2 0.475 0.307634 0.040 0.844 0.116
#> GSM11526 1 0.977 0.273798 0.440 0.264 0.296
#> GSM11527 2 0.471 0.302956 0.044 0.848 0.108
#> GSM11528 2 0.733 0.366978 0.156 0.708 0.136
#> GSM11529 2 0.484 0.394956 0.076 0.848 0.076
#> GSM11530 1 0.915 0.332188 0.432 0.424 0.144
#> GSM11531 2 0.325 0.407650 0.052 0.912 0.036
#> GSM11532 1 0.909 0.362906 0.460 0.400 0.140
#> GSM11533 2 0.575 0.379751 0.180 0.780 0.040
#> GSM11534 1 0.937 0.192513 0.452 0.376 0.172
#> GSM11535 2 0.585 0.422940 0.180 0.776 0.044
#> GSM11536 2 0.825 -0.119946 0.088 0.560 0.352
#> GSM11537 2 0.389 0.376625 0.048 0.888 0.064
#> GSM11538 2 0.990 -0.208047 0.276 0.396 0.328
#> GSM11539 2 0.582 0.431978 0.156 0.788 0.056
#> GSM11540 2 0.468 0.278358 0.028 0.840 0.132
#> GSM11541 1 0.975 0.278506 0.444 0.260 0.296
#> GSM11542 2 0.733 0.366978 0.156 0.708 0.136
#> GSM11543 2 0.976 0.040621 0.244 0.432 0.324
#> GSM11544 1 0.787 0.416959 0.552 0.388 0.060
#> GSM11545 1 0.813 0.332077 0.492 0.440 0.068
#> GSM11546 2 0.950 0.040386 0.324 0.472 0.204
#> GSM11547 2 0.970 -0.149006 0.364 0.416 0.220
#> GSM11548 1 0.949 0.306847 0.464 0.340 0.196
#> GSM11549 1 0.852 0.432562 0.584 0.288 0.128
#> GSM11550 1 0.892 0.382036 0.524 0.336 0.140
#> GSM11551 1 0.940 0.308332 0.484 0.324 0.192
#> GSM11552 1 0.909 0.420572 0.496 0.356 0.148
#> GSM11553 2 0.556 0.419781 0.152 0.800 0.048
#> GSM11554 2 0.547 0.436743 0.140 0.808 0.052
#> GSM11555 2 0.841 -0.005900 0.100 0.556 0.344
#> GSM11556 2 0.841 -0.005900 0.100 0.556 0.344
#> GSM11557 2 0.445 0.406584 0.100 0.860 0.040
#> GSM11558 2 0.662 -0.515540 0.012 0.600 0.388
#> GSM11559 2 0.852 0.197387 0.272 0.592 0.136
#> GSM11560 1 0.854 0.434767 0.604 0.236 0.160
#> GSM11561 2 0.665 -0.529260 0.012 0.592 0.396
#> GSM11562 2 0.409 0.378566 0.052 0.880 0.068
#> GSM11563 1 0.907 0.237128 0.436 0.428 0.136
#> GSM11564 2 0.935 0.104148 0.328 0.488 0.184
#> GSM11565 1 0.913 0.384944 0.516 0.320 0.164
#> GSM11566 2 0.671 -0.066291 0.056 0.716 0.228
#> GSM11567 2 0.869 -0.608439 0.104 0.456 0.440
#> GSM11568 1 0.745 0.390373 0.532 0.432 0.036
#> GSM11569 2 0.386 0.364239 0.040 0.888 0.072
#> GSM11570 1 0.909 0.420572 0.496 0.356 0.148
#> GSM11571 2 0.712 0.143832 0.324 0.636 0.040
#> GSM11572 2 0.896 0.061337 0.312 0.536 0.152
#> GSM11573 1 0.813 0.332077 0.492 0.440 0.068
#> GSM11574 2 0.534 0.439982 0.132 0.816 0.052
#> GSM11575 2 0.787 0.035830 0.348 0.584 0.068
#> GSM11576 1 0.816 0.429927 0.644 0.196 0.160
#> GSM11577 2 0.756 0.138998 0.336 0.608 0.056
#> GSM11578 2 0.563 0.422720 0.164 0.792 0.044
#> GSM11579 2 0.710 -0.212115 0.052 0.668 0.280
#> GSM11580 2 0.744 0.194913 0.316 0.628 0.056
#> GSM11581 1 0.928 0.353995 0.452 0.388 0.160
#> GSM11582 1 0.977 0.273252 0.440 0.268 0.292
#> GSM11583 1 0.986 0.193096 0.392 0.352 0.256
#> GSM11584 3 0.782 0.734505 0.052 0.444 0.504
#> GSM11585 2 0.347 0.401129 0.056 0.904 0.040
#> GSM11586 1 0.685 0.492192 0.720 0.208 0.072
#> GSM11587 1 0.533 0.463940 0.812 0.144 0.044
#> GSM11588 1 0.775 0.396399 0.544 0.404 0.052
#> GSM11589 2 0.807 0.293053 0.244 0.636 0.120
#> GSM11590 1 0.703 0.470921 0.660 0.296 0.044
#> GSM11591 2 0.378 0.407733 0.064 0.892 0.044
#> GSM11592 1 0.825 0.454274 0.620 0.252 0.128
#> GSM11593 1 0.703 0.470921 0.660 0.296 0.044
#> GSM11594 1 0.754 0.453349 0.612 0.332 0.056
#> GSM11595 2 0.846 -0.102933 0.356 0.544 0.100
#> GSM11596 2 0.676 0.281133 0.252 0.700 0.048
#> GSM11597 2 0.900 -0.228374 0.396 0.472 0.132
#> GSM11598 1 0.753 0.413148 0.564 0.392 0.044
#> GSM11599 1 0.941 0.360603 0.460 0.360 0.180
#> GSM11600 2 0.846 0.004611 0.108 0.564 0.328
#> GSM11601 2 0.899 -0.218026 0.392 0.476 0.132
#> GSM11602 1 0.539 0.466412 0.808 0.148 0.044
#> GSM11603 1 0.539 0.466412 0.808 0.148 0.044
#> GSM11604 1 0.922 0.373146 0.468 0.376 0.156
#> GSM11605 2 0.969 0.056864 0.324 0.444 0.232
#> GSM11606 2 0.554 0.434058 0.144 0.804 0.052
#> GSM11607 1 0.753 0.413148 0.564 0.392 0.044
#> GSM11608 1 0.909 0.420572 0.496 0.356 0.148
#> GSM11609 3 0.766 0.710445 0.048 0.404 0.548
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.850 0.18096 0.340 0.104 0.092 0.464
#> GSM11438 2 0.838 0.08681 0.064 0.524 0.176 0.236
#> GSM11439 1 0.949 0.20794 0.344 0.292 0.108 0.256
#> GSM11440 1 0.855 0.37186 0.388 0.308 0.028 0.276
#> GSM11441 4 0.945 -0.15055 0.308 0.264 0.100 0.328
#> GSM11442 4 0.950 -0.08216 0.216 0.332 0.120 0.332
#> GSM11443 2 0.583 0.39903 0.044 0.744 0.156 0.056
#> GSM11444 1 0.866 0.35122 0.364 0.296 0.032 0.308
#> GSM11445 1 0.857 0.37119 0.384 0.296 0.028 0.292
#> GSM11446 1 0.900 0.27417 0.384 0.216 0.068 0.332
#> GSM11447 1 0.951 0.19876 0.328 0.300 0.108 0.264
#> GSM11448 1 0.889 0.16591 0.384 0.384 0.100 0.132
#> GSM11449 2 0.825 0.12544 0.260 0.504 0.040 0.196
#> GSM11450 1 0.793 0.42417 0.568 0.248 0.068 0.116
#> GSM11451 2 0.360 0.44815 0.040 0.880 0.040 0.040
#> GSM11452 2 0.448 0.50909 0.132 0.816 0.032 0.020
#> GSM11453 1 0.699 0.43204 0.604 0.268 0.016 0.112
#> GSM11454 1 0.857 0.24305 0.380 0.204 0.040 0.376
#> GSM11455 2 0.917 0.12840 0.120 0.440 0.172 0.268
#> GSM11456 2 0.839 -0.00594 0.312 0.480 0.056 0.152
#> GSM11457 2 0.498 0.44182 0.060 0.804 0.104 0.032
#> GSM11458 1 0.852 0.29633 0.468 0.172 0.056 0.304
#> GSM11459 4 0.857 -0.25559 0.348 0.240 0.032 0.380
#> GSM11460 4 0.830 0.21355 0.320 0.100 0.084 0.496
#> GSM11461 1 0.908 0.28050 0.448 0.228 0.096 0.228
#> GSM11462 1 0.862 0.33998 0.436 0.224 0.044 0.296
#> GSM11463 2 0.726 0.44104 0.160 0.656 0.108 0.076
#> GSM11464 1 0.823 0.09975 0.496 0.096 0.080 0.328
#> GSM11465 2 0.842 -0.02052 0.324 0.472 0.060 0.144
#> GSM11466 2 0.920 -0.20635 0.300 0.340 0.072 0.288
#> GSM11467 4 0.826 0.17070 0.364 0.092 0.080 0.464
#> GSM11468 1 0.845 0.34473 0.364 0.296 0.020 0.320
#> GSM11469 1 0.845 0.34473 0.364 0.296 0.020 0.320
#> GSM11470 1 0.661 0.34378 0.708 0.092 0.072 0.128
#> GSM11471 2 0.918 -0.13377 0.332 0.376 0.088 0.204
#> GSM11472 4 0.969 0.07218 0.252 0.300 0.136 0.312
#> GSM11473 2 0.978 0.05235 0.244 0.312 0.288 0.156
#> GSM11474 2 0.654 0.36656 0.044 0.700 0.156 0.100
#> GSM11475 1 0.854 0.33377 0.356 0.312 0.024 0.308
#> GSM11476 3 0.857 0.58863 0.028 0.280 0.376 0.316
#> GSM11477 2 0.406 0.47784 0.028 0.856 0.052 0.064
#> GSM11478 2 0.459 0.39305 0.008 0.812 0.112 0.068
#> GSM11479 2 0.922 0.21127 0.140 0.452 0.172 0.236
#> GSM11480 2 0.491 0.23198 0.004 0.788 0.112 0.096
#> GSM11481 4 0.714 0.11505 0.044 0.360 0.052 0.544
#> GSM11482 2 0.917 -0.46357 0.080 0.388 0.240 0.292
#> GSM11483 2 0.910 -0.14350 0.076 0.388 0.312 0.224
#> GSM11484 4 0.683 0.07123 0.024 0.348 0.060 0.568
#> GSM11485 4 0.819 -0.45610 0.008 0.328 0.316 0.348
#> GSM11486 2 0.847 0.25060 0.092 0.536 0.216 0.156
#> GSM11487 1 0.755 0.37378 0.552 0.260 0.016 0.172
#> GSM11488 4 0.695 0.02102 0.020 0.340 0.076 0.564
#> GSM11489 2 0.949 0.13461 0.220 0.412 0.152 0.216
#> GSM11490 1 0.946 0.21204 0.348 0.292 0.104 0.256
#> GSM11491 1 0.642 0.43284 0.652 0.240 0.008 0.100
#> GSM11492 4 0.655 0.11337 0.028 0.344 0.040 0.588
#> GSM11493 3 0.912 0.54222 0.064 0.292 0.336 0.308
#> GSM11494 2 0.952 0.04599 0.160 0.352 0.160 0.328
#> GSM11495 4 0.973 -0.07875 0.184 0.312 0.180 0.324
#> GSM11496 2 0.990 -0.04596 0.268 0.308 0.204 0.220
#> GSM11497 2 0.775 -0.05624 0.416 0.456 0.072 0.056
#> GSM11498 2 0.770 0.40253 0.136 0.628 0.112 0.124
#> GSM11499 2 0.915 -0.34261 0.072 0.364 0.308 0.256
#> GSM11500 2 0.920 0.09092 0.120 0.440 0.184 0.256
#> GSM11501 4 0.826 -0.44016 0.012 0.348 0.284 0.356
#> GSM11502 2 0.350 0.49498 0.060 0.876 0.056 0.008
#> GSM11503 2 0.723 0.17769 0.072 0.624 0.240 0.064
#> GSM11504 4 0.859 0.20783 0.280 0.092 0.132 0.496
#> GSM11505 2 0.492 0.38073 0.024 0.792 0.144 0.040
#> GSM11506 3 0.712 0.35586 0.004 0.384 0.496 0.116
#> GSM11507 2 0.707 -0.36932 0.000 0.488 0.384 0.128
#> GSM11508 4 0.869 -0.25464 0.344 0.236 0.040 0.380
#> GSM11509 1 0.956 0.25628 0.356 0.240 0.124 0.280
#> GSM11510 2 0.740 0.41020 0.132 0.652 0.120 0.096
#> GSM11511 1 0.658 0.44817 0.700 0.160 0.056 0.084
#> GSM11512 4 0.847 0.21982 0.312 0.100 0.100 0.488
#> GSM11513 4 0.855 -0.26010 0.348 0.236 0.032 0.384
#> GSM11514 4 0.746 0.02959 0.036 0.376 0.080 0.508
#> GSM11515 4 0.927 -0.13970 0.268 0.308 0.080 0.344
#> GSM11516 1 0.615 0.25448 0.544 0.416 0.020 0.020
#> GSM11517 1 0.840 0.35917 0.432 0.232 0.028 0.308
#> GSM11518 1 0.968 0.21576 0.348 0.272 0.144 0.236
#> GSM11519 1 0.665 0.43578 0.632 0.256 0.012 0.100
#> GSM11520 1 0.594 0.46820 0.716 0.196 0.024 0.064
#> GSM11521 4 0.827 -0.44665 0.012 0.328 0.292 0.368
#> GSM11522 1 0.869 0.37765 0.440 0.308 0.056 0.196
#> GSM11523 1 0.361 0.42507 0.868 0.088 0.012 0.032
#> GSM11524 1 0.855 0.37179 0.408 0.248 0.032 0.312
#> GSM11525 2 0.486 0.44235 0.028 0.812 0.084 0.076
#> GSM11526 4 0.829 0.21568 0.316 0.100 0.084 0.500
#> GSM11527 2 0.485 0.43839 0.052 0.812 0.100 0.036
#> GSM11528 2 0.756 0.39361 0.132 0.640 0.120 0.108
#> GSM11529 2 0.443 0.48765 0.060 0.840 0.056 0.044
#> GSM11530 1 0.852 0.35987 0.368 0.308 0.024 0.300
#> GSM11531 2 0.356 0.50440 0.056 0.880 0.032 0.032
#> GSM11532 1 0.884 0.35187 0.404 0.320 0.056 0.220
#> GSM11533 2 0.473 0.45442 0.192 0.772 0.028 0.008
#> GSM11534 1 0.890 0.23797 0.464 0.268 0.092 0.176
#> GSM11535 2 0.575 0.47960 0.188 0.732 0.052 0.028
#> GSM11536 4 0.707 0.03592 0.024 0.348 0.076 0.552
#> GSM11537 2 0.449 0.47295 0.048 0.836 0.044 0.072
#> GSM11538 4 0.978 -0.08622 0.204 0.232 0.204 0.360
#> GSM11539 2 0.571 0.50254 0.160 0.748 0.056 0.036
#> GSM11540 2 0.546 0.39215 0.020 0.768 0.100 0.112
#> GSM11541 4 0.822 0.21434 0.324 0.092 0.084 0.500
#> GSM11542 2 0.756 0.39361 0.132 0.640 0.120 0.108
#> GSM11543 3 0.971 0.13632 0.144 0.268 0.336 0.252
#> GSM11544 1 0.713 0.41757 0.592 0.276 0.020 0.112
#> GSM11545 1 0.756 0.34856 0.528 0.340 0.036 0.096
#> GSM11546 2 0.922 0.10995 0.308 0.412 0.132 0.148
#> GSM11547 2 0.960 -0.08405 0.328 0.332 0.144 0.196
#> GSM11548 1 0.901 0.26541 0.384 0.220 0.068 0.328
#> GSM11549 1 0.833 0.38235 0.552 0.196 0.084 0.168
#> GSM11550 1 0.895 0.33366 0.472 0.240 0.100 0.188
#> GSM11551 1 0.945 0.27375 0.400 0.224 0.128 0.248
#> GSM11552 1 0.862 0.33998 0.436 0.224 0.044 0.296
#> GSM11553 2 0.591 0.47713 0.156 0.740 0.048 0.056
#> GSM11554 2 0.547 0.49505 0.152 0.764 0.040 0.044
#> GSM11555 4 0.653 0.12572 0.028 0.360 0.036 0.576
#> GSM11556 4 0.653 0.12572 0.028 0.360 0.036 0.576
#> GSM11557 2 0.465 0.49745 0.092 0.824 0.044 0.040
#> GSM11558 2 0.685 -0.28527 0.000 0.540 0.344 0.116
#> GSM11559 2 0.837 0.21528 0.260 0.524 0.076 0.140
#> GSM11560 1 0.791 0.23254 0.580 0.128 0.068 0.224
#> GSM11561 2 0.688 -0.30114 0.000 0.532 0.352 0.116
#> GSM11562 2 0.501 0.46437 0.048 0.808 0.060 0.084
#> GSM11563 1 0.882 0.22729 0.424 0.336 0.076 0.164
#> GSM11564 2 0.913 -0.02476 0.324 0.380 0.080 0.216
#> GSM11565 1 0.888 0.33598 0.496 0.228 0.132 0.144
#> GSM11566 2 0.683 0.12412 0.036 0.672 0.132 0.160
#> GSM11567 3 0.904 0.52689 0.056 0.312 0.320 0.312
#> GSM11568 1 0.664 0.30765 0.556 0.376 0.044 0.024
#> GSM11569 2 0.448 0.46504 0.040 0.836 0.052 0.072
#> GSM11570 1 0.862 0.33998 0.436 0.224 0.044 0.296
#> GSM11571 2 0.686 0.26193 0.324 0.588 0.036 0.052
#> GSM11572 2 0.892 0.06198 0.284 0.456 0.096 0.164
#> GSM11573 1 0.756 0.34856 0.528 0.340 0.036 0.096
#> GSM11574 2 0.498 0.49841 0.140 0.788 0.056 0.016
#> GSM11575 2 0.729 0.19273 0.328 0.560 0.044 0.068
#> GSM11576 1 0.752 0.24583 0.628 0.108 0.076 0.188
#> GSM11577 2 0.690 0.25155 0.332 0.580 0.048 0.040
#> GSM11578 2 0.534 0.48472 0.164 0.764 0.044 0.028
#> GSM11579 2 0.724 0.01968 0.032 0.628 0.180 0.160
#> GSM11580 2 0.674 0.30051 0.312 0.604 0.044 0.040
#> GSM11581 1 0.865 0.36252 0.396 0.260 0.036 0.308
#> GSM11582 4 0.820 0.21715 0.320 0.096 0.080 0.504
#> GSM11583 1 0.974 0.12939 0.348 0.268 0.168 0.216
#> GSM11584 3 0.857 0.58863 0.028 0.280 0.376 0.316
#> GSM11585 2 0.320 0.49939 0.048 0.896 0.032 0.024
#> GSM11586 1 0.642 0.45835 0.716 0.132 0.052 0.100
#> GSM11587 1 0.361 0.42507 0.868 0.088 0.012 0.032
#> GSM11588 1 0.696 0.39946 0.588 0.300 0.016 0.096
#> GSM11589 2 0.825 0.27238 0.256 0.536 0.072 0.136
#> GSM11590 1 0.591 0.44593 0.692 0.228 0.008 0.072
#> GSM11591 2 0.372 0.50434 0.060 0.872 0.044 0.024
#> GSM11592 1 0.805 0.41662 0.588 0.160 0.088 0.164
#> GSM11593 1 0.591 0.44593 0.692 0.228 0.008 0.072
#> GSM11594 1 0.653 0.43250 0.644 0.240 0.008 0.108
#> GSM11595 2 0.845 -0.06523 0.332 0.460 0.056 0.152
#> GSM11596 2 0.641 0.37637 0.268 0.652 0.036 0.044
#> GSM11597 2 0.904 -0.20354 0.336 0.360 0.064 0.240
#> GSM11598 1 0.679 0.41156 0.604 0.288 0.012 0.096
#> GSM11599 1 0.849 0.31574 0.384 0.240 0.028 0.348
#> GSM11600 4 0.714 0.11505 0.044 0.360 0.052 0.544
#> GSM11601 2 0.903 -0.19338 0.332 0.364 0.064 0.240
#> GSM11602 1 0.357 0.41881 0.872 0.080 0.012 0.036
#> GSM11603 1 0.354 0.42318 0.872 0.084 0.012 0.032
#> GSM11604 1 0.855 0.37179 0.408 0.248 0.032 0.312
#> GSM11605 1 0.946 -0.07859 0.332 0.292 0.100 0.276
#> GSM11606 2 0.533 0.48908 0.148 0.772 0.048 0.032
#> GSM11607 1 0.679 0.41156 0.604 0.288 0.012 0.096
#> GSM11608 1 0.862 0.33998 0.436 0.224 0.044 0.296
#> GSM11609 3 0.809 0.56882 0.024 0.256 0.496 0.224
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 1 0.838 0.245983 0.508 0.064 0.152 0.164 0.112
#> GSM11438 2 0.803 -0.074005 0.032 0.472 0.140 0.280 0.076
#> GSM11439 3 0.884 -0.135619 0.108 0.196 0.404 0.052 0.240
#> GSM11440 3 0.630 0.359749 0.080 0.276 0.600 0.040 0.004
#> GSM11441 3 0.916 -0.134438 0.124 0.188 0.372 0.072 0.244
#> GSM11442 3 0.902 -0.073953 0.048 0.248 0.368 0.132 0.204
#> GSM11443 2 0.544 0.423350 0.012 0.732 0.052 0.152 0.052
#> GSM11444 3 0.596 0.374929 0.052 0.240 0.656 0.036 0.016
#> GSM11445 3 0.592 0.377415 0.068 0.264 0.636 0.020 0.012
#> GSM11446 3 0.691 0.151357 0.084 0.124 0.648 0.040 0.104
#> GSM11447 3 0.875 -0.111788 0.092 0.200 0.416 0.056 0.236
#> GSM11448 2 0.906 -0.234582 0.192 0.320 0.236 0.028 0.224
#> GSM11449 2 0.759 0.086145 0.092 0.468 0.348 0.060 0.032
#> GSM11450 1 0.878 -0.038199 0.300 0.204 0.296 0.012 0.188
#> GSM11451 2 0.351 0.482645 0.028 0.864 0.024 0.068 0.016
#> GSM11452 2 0.400 0.523394 0.076 0.836 0.048 0.028 0.012
#> GSM11453 1 0.707 0.380682 0.480 0.248 0.252 0.012 0.008
#> GSM11454 3 0.683 0.267741 0.120 0.132 0.648 0.036 0.064
#> GSM11455 2 0.890 -0.040204 0.052 0.404 0.180 0.236 0.128
#> GSM11456 2 0.802 0.033808 0.104 0.452 0.292 0.016 0.136
#> GSM11457 2 0.452 0.460148 0.016 0.804 0.048 0.100 0.032
#> GSM11458 3 0.783 0.063082 0.388 0.128 0.400 0.032 0.052
#> GSM11459 3 0.653 0.293737 0.064 0.156 0.668 0.036 0.076
#> GSM11460 1 0.824 0.222099 0.524 0.060 0.140 0.160 0.116
#> GSM11461 1 0.871 0.015224 0.424 0.184 0.224 0.040 0.128
#> GSM11462 3 0.767 0.225006 0.276 0.180 0.480 0.024 0.040
#> GSM11463 2 0.718 0.426391 0.100 0.636 0.112 0.080 0.072
#> GSM11464 1 0.767 0.309224 0.576 0.088 0.184 0.072 0.080
#> GSM11465 2 0.810 0.026928 0.108 0.440 0.296 0.016 0.140
#> GSM11466 3 0.897 0.157054 0.108 0.288 0.388 0.088 0.128
#> GSM11467 1 0.795 0.269360 0.552 0.056 0.152 0.144 0.096
#> GSM11468 3 0.551 0.388969 0.032 0.264 0.660 0.040 0.004
#> GSM11469 3 0.551 0.388969 0.032 0.264 0.660 0.040 0.004
#> GSM11470 1 0.718 0.359396 0.584 0.104 0.220 0.024 0.068
#> GSM11471 3 0.856 0.084607 0.072 0.340 0.360 0.048 0.180
#> GSM11472 3 0.977 -0.115596 0.200 0.236 0.252 0.208 0.104
#> GSM11473 5 0.932 0.271412 0.056 0.240 0.256 0.152 0.296
#> GSM11474 2 0.626 0.382300 0.016 0.668 0.080 0.180 0.056
#> GSM11475 3 0.620 0.382398 0.064 0.272 0.612 0.048 0.004
#> GSM11476 4 0.709 0.636166 0.052 0.236 0.116 0.576 0.020
#> GSM11477 2 0.385 0.495134 0.008 0.844 0.056 0.064 0.028
#> GSM11478 2 0.431 0.435043 0.004 0.800 0.036 0.128 0.032
#> GSM11479 2 0.883 -0.015893 0.036 0.372 0.280 0.176 0.136
#> GSM11480 2 0.391 0.304019 0.004 0.776 0.004 0.200 0.016
#> GSM11481 3 0.908 -0.324023 0.116 0.292 0.296 0.248 0.048
#> GSM11482 4 0.830 0.476814 0.092 0.316 0.152 0.412 0.028
#> GSM11483 2 0.865 -0.198419 0.012 0.320 0.188 0.316 0.164
#> GSM11484 3 0.911 -0.369614 0.112 0.276 0.292 0.268 0.052
#> GSM11485 4 0.727 0.542985 0.020 0.256 0.124 0.548 0.052
#> GSM11486 2 0.812 0.154374 0.012 0.468 0.196 0.204 0.120
#> GSM11487 1 0.752 0.353827 0.476 0.236 0.236 0.044 0.008
#> GSM11488 4 0.904 0.354303 0.100 0.272 0.280 0.296 0.052
#> GSM11489 2 0.874 -0.084431 0.028 0.352 0.308 0.132 0.180
#> GSM11490 3 0.888 -0.130218 0.104 0.208 0.400 0.056 0.232
#> GSM11491 1 0.699 0.400530 0.512 0.220 0.244 0.008 0.016
#> GSM11492 3 0.905 -0.317687 0.108 0.272 0.328 0.240 0.052
#> GSM11493 4 0.809 0.577610 0.108 0.236 0.128 0.496 0.032
#> GSM11494 3 0.929 -0.061409 0.060 0.288 0.304 0.196 0.152
#> GSM11495 3 0.877 -0.120686 0.016 0.256 0.352 0.184 0.192
#> GSM11496 3 0.907 -0.268892 0.064 0.220 0.344 0.100 0.272
#> GSM11497 2 0.865 0.100265 0.208 0.424 0.232 0.056 0.080
#> GSM11498 2 0.761 0.386003 0.052 0.584 0.160 0.116 0.088
#> GSM11499 4 0.798 0.368657 0.008 0.296 0.160 0.436 0.100
#> GSM11500 2 0.890 -0.094796 0.040 0.360 0.228 0.256 0.116
#> GSM11501 4 0.725 0.579748 0.024 0.284 0.108 0.536 0.048
#> GSM11502 2 0.321 0.514713 0.024 0.884 0.028 0.040 0.024
#> GSM11503 2 0.677 0.250113 0.048 0.604 0.044 0.252 0.052
#> GSM11504 1 0.838 0.121693 0.464 0.044 0.152 0.244 0.096
#> GSM11505 2 0.426 0.427546 0.012 0.796 0.020 0.148 0.024
#> GSM11506 4 0.701 0.261424 0.032 0.360 0.012 0.484 0.112
#> GSM11507 2 0.604 -0.258882 0.008 0.472 0.004 0.440 0.076
#> GSM11508 3 0.655 0.312455 0.076 0.156 0.668 0.048 0.052
#> GSM11509 3 0.727 0.031631 0.024 0.132 0.588 0.072 0.184
#> GSM11510 2 0.748 0.394175 0.060 0.600 0.140 0.128 0.072
#> GSM11511 1 0.824 -0.001914 0.384 0.112 0.312 0.008 0.184
#> GSM11512 1 0.831 0.214848 0.512 0.060 0.144 0.176 0.108
#> GSM11513 3 0.666 0.289299 0.072 0.152 0.660 0.036 0.080
#> GSM11514 2 0.900 -0.433334 0.096 0.312 0.256 0.284 0.052
#> GSM11515 3 0.901 0.067201 0.092 0.236 0.408 0.096 0.168
#> GSM11516 2 0.768 -0.109456 0.316 0.424 0.208 0.012 0.040
#> GSM11517 3 0.727 0.330948 0.184 0.200 0.556 0.032 0.028
#> GSM11518 5 0.919 0.145202 0.164 0.208 0.244 0.048 0.336
#> GSM11519 1 0.690 0.388477 0.500 0.236 0.248 0.008 0.008
#> GSM11520 1 0.747 0.321152 0.448 0.184 0.324 0.016 0.028
#> GSM11521 4 0.706 0.592338 0.028 0.280 0.124 0.544 0.024
#> GSM11522 3 0.816 0.252496 0.136 0.268 0.476 0.048 0.072
#> GSM11523 1 0.699 0.256562 0.528 0.080 0.296 0.000 0.096
#> GSM11524 3 0.536 0.352603 0.044 0.176 0.728 0.020 0.032
#> GSM11525 2 0.451 0.466455 0.008 0.800 0.060 0.100 0.032
#> GSM11526 1 0.827 0.219543 0.520 0.060 0.140 0.164 0.116
#> GSM11527 2 0.464 0.453587 0.016 0.796 0.052 0.104 0.032
#> GSM11528 2 0.762 0.372155 0.052 0.584 0.148 0.132 0.084
#> GSM11529 2 0.427 0.508191 0.048 0.828 0.048 0.056 0.020
#> GSM11530 3 0.580 0.377497 0.048 0.280 0.632 0.036 0.004
#> GSM11531 2 0.315 0.519507 0.012 0.884 0.048 0.024 0.032
#> GSM11532 3 0.761 0.311402 0.092 0.284 0.520 0.048 0.056
#> GSM11533 2 0.471 0.500323 0.116 0.780 0.076 0.016 0.012
#> GSM11534 3 0.983 -0.001306 0.212 0.228 0.264 0.164 0.132
#> GSM11535 2 0.621 0.495822 0.088 0.704 0.104 0.036 0.068
#> GSM11536 4 0.902 0.355692 0.104 0.276 0.276 0.296 0.048
#> GSM11537 2 0.454 0.482669 0.024 0.808 0.072 0.072 0.024
#> GSM11538 1 0.889 -0.239541 0.340 0.188 0.076 0.324 0.072
#> GSM11539 2 0.572 0.508408 0.088 0.740 0.080 0.040 0.052
#> GSM11540 2 0.524 0.399153 0.016 0.736 0.076 0.156 0.016
#> GSM11541 1 0.821 0.225359 0.524 0.056 0.144 0.164 0.112
#> GSM11542 2 0.762 0.372155 0.052 0.584 0.148 0.132 0.084
#> GSM11543 5 0.839 0.287558 0.052 0.176 0.116 0.160 0.496
#> GSM11544 1 0.751 0.374179 0.464 0.256 0.236 0.032 0.012
#> GSM11545 1 0.780 0.319366 0.416 0.316 0.212 0.036 0.020
#> GSM11546 2 0.875 0.032576 0.316 0.388 0.132 0.088 0.076
#> GSM11547 1 0.934 -0.128087 0.316 0.284 0.200 0.092 0.108
#> GSM11548 3 0.748 0.198482 0.072 0.148 0.600 0.064 0.116
#> GSM11549 3 0.924 -0.108088 0.276 0.160 0.324 0.056 0.184
#> GSM11550 3 0.936 -0.131515 0.216 0.200 0.328 0.060 0.196
#> GSM11551 3 0.910 -0.111202 0.136 0.176 0.400 0.072 0.216
#> GSM11552 3 0.767 0.225006 0.276 0.180 0.480 0.024 0.040
#> GSM11553 2 0.567 0.494198 0.064 0.736 0.116 0.028 0.056
#> GSM11554 2 0.531 0.512824 0.056 0.756 0.120 0.024 0.044
#> GSM11555 3 0.901 -0.310477 0.108 0.284 0.320 0.240 0.048
#> GSM11556 3 0.901 -0.310477 0.108 0.284 0.320 0.240 0.048
#> GSM11557 2 0.451 0.506389 0.036 0.816 0.068 0.040 0.040
#> GSM11558 2 0.573 -0.167472 0.004 0.528 0.000 0.392 0.076
#> GSM11559 2 0.823 0.204747 0.072 0.484 0.256 0.064 0.124
#> GSM11560 1 0.687 0.272084 0.632 0.100 0.176 0.032 0.060
#> GSM11561 2 0.574 -0.183662 0.004 0.520 0.000 0.400 0.076
#> GSM11562 2 0.499 0.468774 0.024 0.776 0.084 0.092 0.024
#> GSM11563 3 0.909 0.053840 0.144 0.312 0.320 0.052 0.172
#> GSM11564 2 0.924 0.000925 0.256 0.332 0.212 0.140 0.060
#> GSM11565 5 0.904 0.140331 0.256 0.168 0.244 0.028 0.304
#> GSM11566 2 0.609 0.170895 0.048 0.640 0.028 0.256 0.028
#> GSM11567 4 0.838 0.569114 0.084 0.248 0.136 0.472 0.060
#> GSM11568 2 0.825 -0.120572 0.308 0.356 0.224 0.004 0.108
#> GSM11569 2 0.450 0.476438 0.020 0.808 0.068 0.080 0.024
#> GSM11570 3 0.767 0.225006 0.276 0.180 0.480 0.024 0.040
#> GSM11571 2 0.761 0.356409 0.208 0.560 0.124 0.048 0.060
#> GSM11572 2 0.879 0.067559 0.116 0.416 0.256 0.056 0.156
#> GSM11573 1 0.780 0.319366 0.416 0.316 0.212 0.036 0.020
#> GSM11574 2 0.494 0.516745 0.060 0.784 0.096 0.032 0.028
#> GSM11575 2 0.757 0.252635 0.192 0.544 0.172 0.020 0.072
#> GSM11576 1 0.711 0.267775 0.612 0.092 0.184 0.032 0.080
#> GSM11577 2 0.730 0.346835 0.220 0.580 0.104 0.040 0.056
#> GSM11578 2 0.543 0.512207 0.080 0.748 0.104 0.016 0.052
#> GSM11579 2 0.632 0.053234 0.044 0.592 0.040 0.304 0.020
#> GSM11580 2 0.712 0.378928 0.196 0.604 0.108 0.036 0.056
#> GSM11581 3 0.569 0.349897 0.048 0.188 0.704 0.024 0.036
#> GSM11582 1 0.824 0.221305 0.520 0.056 0.148 0.164 0.112
#> GSM11583 1 0.945 -0.080427 0.348 0.228 0.192 0.120 0.112
#> GSM11584 4 0.709 0.636166 0.052 0.236 0.116 0.576 0.020
#> GSM11585 2 0.294 0.520424 0.028 0.896 0.036 0.024 0.016
#> GSM11586 1 0.847 0.127861 0.376 0.108 0.348 0.036 0.132
#> GSM11587 1 0.699 0.256562 0.528 0.080 0.296 0.000 0.096
#> GSM11588 1 0.749 0.366223 0.456 0.280 0.224 0.020 0.020
#> GSM11589 2 0.834 0.246358 0.228 0.484 0.116 0.124 0.048
#> GSM11590 1 0.718 0.393354 0.496 0.220 0.252 0.008 0.024
#> GSM11591 2 0.328 0.525137 0.028 0.880 0.044 0.028 0.020
#> GSM11592 3 0.886 -0.120740 0.248 0.096 0.392 0.056 0.208
#> GSM11593 1 0.718 0.393354 0.496 0.220 0.252 0.008 0.024
#> GSM11594 1 0.699 0.399855 0.512 0.220 0.244 0.008 0.016
#> GSM11595 2 0.813 -0.015780 0.108 0.428 0.308 0.016 0.140
#> GSM11596 2 0.693 0.420305 0.152 0.628 0.136 0.044 0.040
#> GSM11597 3 0.865 0.057869 0.112 0.296 0.380 0.032 0.180
#> GSM11598 1 0.732 0.373020 0.468 0.268 0.232 0.020 0.012
#> GSM11599 3 0.562 0.361925 0.056 0.172 0.712 0.012 0.048
#> GSM11600 3 0.908 -0.324023 0.116 0.292 0.296 0.248 0.048
#> GSM11601 3 0.862 0.056180 0.108 0.300 0.380 0.032 0.180
#> GSM11602 1 0.716 0.238738 0.512 0.072 0.308 0.004 0.104
#> GSM11603 1 0.705 0.243450 0.516 0.076 0.304 0.000 0.104
#> GSM11604 3 0.536 0.352603 0.044 0.176 0.728 0.020 0.032
#> GSM11605 1 0.908 0.000652 0.304 0.252 0.188 0.228 0.028
#> GSM11606 2 0.497 0.506687 0.052 0.776 0.116 0.024 0.032
#> GSM11607 1 0.732 0.373020 0.468 0.268 0.232 0.020 0.012
#> GSM11608 3 0.767 0.225006 0.276 0.180 0.480 0.024 0.040
#> GSM11609 4 0.705 0.562277 0.044 0.212 0.064 0.608 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.572 0.51259 0.124 0.028 0.640 0.196 0.008 0.004
#> GSM11438 2 0.830 -0.13373 0.012 0.364 0.040 0.260 0.180 0.144
#> GSM11439 5 0.671 0.50678 0.128 0.136 0.052 0.072 0.608 0.004
#> GSM11440 1 0.847 -0.03866 0.316 0.224 0.044 0.276 0.124 0.016
#> GSM11441 5 0.801 0.45695 0.140 0.108 0.068 0.192 0.476 0.016
#> GSM11442 5 0.783 0.45210 0.060 0.184 0.028 0.204 0.476 0.048
#> GSM11443 2 0.537 0.43893 0.012 0.708 0.016 0.032 0.080 0.152
#> GSM11444 4 0.847 0.07250 0.276 0.188 0.044 0.300 0.184 0.008
#> GSM11445 1 0.851 -0.08166 0.300 0.208 0.056 0.284 0.144 0.008
#> GSM11446 5 0.770 0.25150 0.204 0.080 0.056 0.216 0.444 0.000
#> GSM11447 5 0.682 0.50470 0.120 0.136 0.052 0.088 0.600 0.004
#> GSM11448 1 0.845 0.13630 0.352 0.256 0.080 0.048 0.232 0.032
#> GSM11449 2 0.831 0.19622 0.216 0.444 0.068 0.152 0.084 0.036
#> GSM11450 1 0.732 0.31975 0.548 0.168 0.064 0.044 0.156 0.020
#> GSM11451 2 0.347 0.50171 0.028 0.860 0.020 0.032 0.016 0.044
#> GSM11452 2 0.353 0.53191 0.112 0.828 0.000 0.012 0.020 0.028
#> GSM11453 1 0.591 0.50221 0.608 0.204 0.060 0.128 0.000 0.000
#> GSM11454 4 0.850 -0.12058 0.236 0.096 0.092 0.304 0.268 0.004
#> GSM11455 2 0.872 -0.15463 0.028 0.328 0.068 0.212 0.260 0.104
#> GSM11456 2 0.816 0.09946 0.228 0.412 0.032 0.096 0.204 0.028
#> GSM11457 2 0.459 0.47323 0.012 0.776 0.016 0.028 0.056 0.112
#> GSM11458 3 0.826 0.24427 0.256 0.088 0.388 0.160 0.104 0.004
#> GSM11459 4 0.818 -0.06118 0.232 0.104 0.048 0.324 0.288 0.004
#> GSM11460 3 0.508 0.50996 0.092 0.020 0.688 0.192 0.008 0.000
#> GSM11461 3 0.774 0.21318 0.232 0.140 0.440 0.028 0.156 0.004
#> GSM11462 3 0.868 0.14736 0.252 0.136 0.292 0.224 0.092 0.004
#> GSM11463 2 0.704 0.40942 0.052 0.604 0.112 0.024 0.120 0.088
#> GSM11464 3 0.624 0.30528 0.336 0.064 0.516 0.076 0.008 0.000
#> GSM11465 2 0.820 0.10330 0.240 0.400 0.032 0.088 0.208 0.032
#> GSM11466 2 0.947 -0.30097 0.180 0.248 0.104 0.196 0.220 0.052
#> GSM11467 3 0.579 0.51160 0.172 0.024 0.616 0.180 0.008 0.000
#> GSM11468 4 0.841 0.07415 0.280 0.208 0.048 0.316 0.140 0.008
#> GSM11469 4 0.841 0.07415 0.280 0.208 0.048 0.316 0.140 0.008
#> GSM11470 1 0.515 0.14673 0.580 0.080 0.332 0.000 0.008 0.000
#> GSM11471 2 0.884 -0.08734 0.244 0.284 0.036 0.108 0.268 0.060
#> GSM11472 4 0.890 -0.01854 0.180 0.152 0.040 0.368 0.188 0.072
#> GSM11473 5 0.791 0.31389 0.084 0.176 0.044 0.032 0.488 0.176
#> GSM11474 2 0.607 0.39237 0.016 0.656 0.012 0.060 0.108 0.148
#> GSM11475 4 0.875 0.05953 0.284 0.220 0.052 0.292 0.120 0.032
#> GSM11476 6 0.786 0.58802 0.008 0.180 0.080 0.308 0.040 0.384
#> GSM11477 2 0.356 0.51518 0.016 0.848 0.004 0.032 0.052 0.048
#> GSM11478 2 0.421 0.45176 0.004 0.784 0.004 0.036 0.044 0.128
#> GSM11479 2 0.901 -0.14402 0.072 0.320 0.040 0.168 0.248 0.152
#> GSM11480 2 0.436 0.33534 0.000 0.768 0.012 0.076 0.016 0.128
#> GSM11481 4 0.406 0.28492 0.024 0.168 0.016 0.776 0.004 0.012
#> GSM11482 6 0.899 0.52073 0.040 0.264 0.124 0.236 0.064 0.272
#> GSM11483 5 0.837 -0.10430 0.020 0.256 0.016 0.176 0.296 0.236
#> GSM11484 4 0.397 0.27141 0.016 0.148 0.024 0.792 0.004 0.016
#> GSM11485 4 0.769 -0.41269 0.004 0.176 0.024 0.388 0.100 0.308
#> GSM11486 2 0.766 0.08571 0.028 0.432 0.004 0.108 0.264 0.164
#> GSM11487 1 0.686 0.45424 0.540 0.184 0.064 0.192 0.012 0.008
#> GSM11488 4 0.491 0.22417 0.012 0.156 0.036 0.740 0.016 0.040
#> GSM11489 2 0.906 -0.13242 0.124 0.300 0.036 0.136 0.284 0.120
#> GSM11490 5 0.700 0.50735 0.136 0.140 0.052 0.080 0.584 0.008
#> GSM11491 1 0.576 0.49221 0.644 0.184 0.072 0.096 0.004 0.000
#> GSM11492 4 0.345 0.30225 0.012 0.144 0.016 0.816 0.012 0.000
#> GSM11493 6 0.849 0.58374 0.024 0.188 0.140 0.248 0.040 0.360
#> GSM11494 5 0.843 0.31524 0.052 0.188 0.036 0.252 0.388 0.084
#> GSM11495 5 0.909 0.21370 0.104 0.172 0.040 0.228 0.332 0.124
#> GSM11496 5 0.778 0.46480 0.100 0.164 0.032 0.076 0.532 0.096
#> GSM11497 2 0.761 0.08071 0.348 0.416 0.040 0.032 0.120 0.044
#> GSM11498 2 0.798 0.35939 0.100 0.524 0.044 0.096 0.144 0.092
#> GSM11499 6 0.861 0.32771 0.020 0.216 0.032 0.232 0.204 0.296
#> GSM11500 5 0.858 0.06829 0.028 0.264 0.028 0.244 0.288 0.148
#> GSM11501 4 0.763 -0.39342 0.008 0.196 0.036 0.420 0.060 0.280
#> GSM11502 2 0.278 0.52698 0.044 0.884 0.000 0.004 0.028 0.040
#> GSM11503 2 0.668 0.25162 0.052 0.572 0.028 0.052 0.036 0.260
#> GSM11504 3 0.594 0.43448 0.084 0.008 0.624 0.220 0.004 0.060
#> GSM11505 2 0.409 0.44469 0.004 0.780 0.008 0.020 0.032 0.156
#> GSM11506 6 0.567 0.34500 0.000 0.328 0.016 0.052 0.032 0.572
#> GSM11507 6 0.565 0.24577 0.000 0.448 0.008 0.080 0.012 0.452
#> GSM11508 4 0.831 -0.02976 0.216 0.108 0.056 0.352 0.260 0.008
#> GSM11509 5 0.885 0.22269 0.232 0.108 0.044 0.184 0.360 0.072
#> GSM11510 2 0.780 0.36445 0.104 0.544 0.036 0.100 0.112 0.104
#> GSM11511 1 0.607 0.34341 0.684 0.064 0.068 0.028 0.124 0.032
#> GSM11512 3 0.554 0.50483 0.092 0.028 0.672 0.188 0.008 0.012
#> GSM11513 4 0.820 -0.07588 0.228 0.108 0.048 0.320 0.292 0.004
#> GSM11514 4 0.585 0.18070 0.020 0.204 0.040 0.660 0.024 0.052
#> GSM11515 5 0.850 0.40164 0.132 0.164 0.048 0.228 0.396 0.032
#> GSM11516 1 0.491 0.22576 0.544 0.412 0.016 0.000 0.020 0.008
#> GSM11517 1 0.812 -0.06552 0.340 0.152 0.044 0.316 0.144 0.004
#> GSM11518 5 0.866 0.40992 0.148 0.144 0.132 0.084 0.440 0.052
#> GSM11519 1 0.566 0.50450 0.636 0.196 0.056 0.112 0.000 0.000
#> GSM11520 1 0.568 0.49591 0.676 0.156 0.052 0.092 0.024 0.000
#> GSM11521 4 0.744 -0.38083 0.008 0.196 0.040 0.436 0.040 0.280
#> GSM11522 1 0.867 0.20768 0.372 0.208 0.044 0.176 0.164 0.036
#> GSM11523 1 0.351 0.38766 0.840 0.040 0.076 0.000 0.036 0.008
#> GSM11524 1 0.870 -0.04736 0.308 0.148 0.056 0.304 0.156 0.028
#> GSM11525 2 0.455 0.48569 0.016 0.780 0.004 0.044 0.064 0.092
#> GSM11526 3 0.511 0.50873 0.092 0.020 0.684 0.196 0.008 0.000
#> GSM11527 2 0.464 0.46782 0.008 0.776 0.024 0.032 0.056 0.104
#> GSM11528 2 0.786 0.35169 0.092 0.540 0.044 0.100 0.128 0.096
#> GSM11529 2 0.377 0.51924 0.044 0.840 0.008 0.020 0.048 0.040
#> GSM11530 4 0.839 0.01907 0.292 0.232 0.040 0.296 0.128 0.012
#> GSM11531 2 0.377 0.53538 0.024 0.840 0.016 0.020 0.064 0.036
#> GSM11532 1 0.893 0.08675 0.320 0.216 0.056 0.204 0.168 0.036
#> GSM11533 2 0.411 0.52273 0.160 0.776 0.008 0.004 0.036 0.016
#> GSM11534 1 0.823 0.18139 0.460 0.180 0.028 0.168 0.088 0.076
#> GSM11535 2 0.576 0.52170 0.116 0.700 0.032 0.016 0.092 0.044
#> GSM11536 4 0.451 0.21473 0.012 0.168 0.028 0.752 0.004 0.036
#> GSM11537 2 0.446 0.49803 0.028 0.796 0.008 0.064 0.068 0.036
#> GSM11538 3 0.843 -0.13063 0.084 0.172 0.416 0.148 0.012 0.168
#> GSM11539 2 0.564 0.51009 0.064 0.716 0.064 0.008 0.092 0.056
#> GSM11540 2 0.560 0.41319 0.012 0.704 0.012 0.104 0.076 0.092
#> GSM11541 3 0.527 0.50978 0.100 0.024 0.672 0.196 0.008 0.000
#> GSM11542 2 0.786 0.35169 0.092 0.540 0.044 0.100 0.128 0.096
#> GSM11543 5 0.932 0.10712 0.092 0.088 0.144 0.116 0.316 0.244
#> GSM11544 1 0.640 0.50049 0.592 0.204 0.052 0.132 0.012 0.008
#> GSM11545 1 0.687 0.46281 0.532 0.264 0.056 0.116 0.016 0.016
#> GSM11546 2 0.872 0.01119 0.136 0.348 0.288 0.036 0.116 0.076
#> GSM11547 3 0.908 0.06055 0.140 0.244 0.328 0.048 0.160 0.080
#> GSM11548 5 0.906 0.15497 0.236 0.120 0.068 0.236 0.292 0.048
#> GSM11549 1 0.848 0.12865 0.452 0.116 0.128 0.068 0.184 0.052
#> GSM11550 1 0.894 -0.00558 0.372 0.136 0.124 0.076 0.232 0.060
#> GSM11551 5 0.935 0.19922 0.264 0.136 0.104 0.132 0.292 0.072
#> GSM11552 3 0.868 0.14736 0.252 0.136 0.292 0.224 0.092 0.004
#> GSM11553 2 0.555 0.51409 0.144 0.704 0.016 0.040 0.076 0.020
#> GSM11554 2 0.509 0.52396 0.140 0.728 0.004 0.032 0.076 0.020
#> GSM11555 4 0.342 0.30851 0.012 0.152 0.016 0.812 0.008 0.000
#> GSM11556 4 0.342 0.30851 0.012 0.152 0.016 0.812 0.008 0.000
#> GSM11557 2 0.488 0.51301 0.028 0.772 0.044 0.016 0.076 0.064
#> GSM11558 2 0.558 -0.22478 0.000 0.508 0.012 0.068 0.012 0.400
#> GSM11559 2 0.817 0.24519 0.192 0.444 0.020 0.084 0.192 0.068
#> GSM11560 3 0.686 0.25035 0.396 0.060 0.432 0.072 0.036 0.004
#> GSM11561 2 0.559 -0.24404 0.000 0.500 0.012 0.068 0.012 0.408
#> GSM11562 2 0.490 0.48500 0.028 0.768 0.012 0.080 0.068 0.044
#> GSM11563 1 0.858 0.10743 0.344 0.272 0.036 0.084 0.208 0.056
#> GSM11564 2 0.894 -0.10561 0.272 0.276 0.060 0.248 0.080 0.064
#> GSM11565 1 0.810 0.16902 0.504 0.112 0.092 0.044 0.164 0.084
#> GSM11566 2 0.664 0.18046 0.028 0.612 0.040 0.160 0.028 0.132
#> GSM11567 6 0.868 0.57618 0.020 0.188 0.120 0.248 0.076 0.348
#> GSM11568 1 0.641 0.25824 0.512 0.340 0.036 0.008 0.088 0.016
#> GSM11569 2 0.453 0.49224 0.028 0.792 0.008 0.068 0.060 0.044
#> GSM11570 3 0.868 0.14736 0.252 0.136 0.292 0.224 0.092 0.004
#> GSM11571 2 0.634 0.36263 0.288 0.572 0.060 0.028 0.028 0.024
#> GSM11572 2 0.883 0.10656 0.224 0.364 0.052 0.080 0.200 0.080
#> GSM11573 1 0.687 0.46281 0.532 0.264 0.056 0.116 0.016 0.016
#> GSM11574 2 0.449 0.52741 0.128 0.776 0.008 0.020 0.044 0.024
#> GSM11575 2 0.717 0.24806 0.284 0.500 0.068 0.032 0.104 0.012
#> GSM11576 3 0.638 0.22061 0.432 0.064 0.436 0.036 0.028 0.004
#> GSM11577 2 0.611 0.31446 0.304 0.572 0.040 0.008 0.028 0.048
#> GSM11578 2 0.493 0.52548 0.148 0.740 0.012 0.020 0.060 0.020
#> GSM11579 2 0.714 0.05145 0.024 0.552 0.044 0.172 0.036 0.172
#> GSM11580 2 0.598 0.36065 0.284 0.596 0.040 0.008 0.028 0.044
#> GSM11581 1 0.876 -0.04790 0.304 0.156 0.052 0.304 0.148 0.036
#> GSM11582 3 0.526 0.50862 0.096 0.024 0.672 0.200 0.008 0.000
#> GSM11583 3 0.926 0.13943 0.152 0.180 0.348 0.068 0.156 0.096
#> GSM11584 6 0.786 0.58802 0.008 0.180 0.080 0.308 0.040 0.384
#> GSM11585 2 0.269 0.53393 0.036 0.888 0.004 0.000 0.048 0.024
#> GSM11586 1 0.575 0.42137 0.720 0.076 0.044 0.040 0.080 0.040
#> GSM11587 1 0.351 0.38766 0.840 0.040 0.076 0.000 0.036 0.008
#> GSM11588 1 0.626 0.50079 0.592 0.224 0.048 0.120 0.012 0.004
#> GSM11589 2 0.810 0.24989 0.220 0.460 0.104 0.112 0.016 0.088
#> GSM11590 1 0.502 0.50611 0.700 0.176 0.060 0.064 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.312 0.53737 0.048 0.868 0.004 0.004 0.048 0.028
#> GSM11592 1 0.778 0.23856 0.540 0.072 0.064 0.068 0.168 0.088
#> GSM11593 1 0.502 0.50611 0.700 0.176 0.060 0.064 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.584 0.49272 0.636 0.184 0.072 0.104 0.004 0.000
#> GSM11595 2 0.822 0.07237 0.248 0.392 0.032 0.088 0.208 0.032
#> GSM11596 2 0.649 0.45485 0.232 0.604 0.048 0.036 0.052 0.028
#> GSM11597 5 0.845 0.34735 0.208 0.240 0.052 0.112 0.368 0.020
#> GSM11598 1 0.610 0.50518 0.608 0.212 0.048 0.120 0.008 0.004
#> GSM11599 4 0.845 0.05398 0.272 0.128 0.052 0.332 0.204 0.012
#> GSM11600 4 0.406 0.28492 0.024 0.168 0.016 0.776 0.004 0.012
#> GSM11601 5 0.845 0.35058 0.204 0.244 0.052 0.112 0.368 0.020
#> GSM11602 1 0.369 0.38641 0.828 0.040 0.084 0.000 0.040 0.008
#> GSM11603 1 0.357 0.38937 0.836 0.040 0.080 0.000 0.036 0.008
#> GSM11604 1 0.870 -0.04736 0.308 0.148 0.056 0.304 0.156 0.028
#> GSM11605 4 0.901 -0.03441 0.268 0.184 0.160 0.272 0.020 0.096
#> GSM11606 2 0.470 0.52263 0.136 0.756 0.008 0.016 0.064 0.020
#> GSM11607 1 0.610 0.50518 0.608 0.212 0.048 0.120 0.008 0.004
#> GSM11608 3 0.868 0.14736 0.252 0.136 0.292 0.224 0.092 0.004
#> GSM11609 6 0.744 0.59045 0.008 0.160 0.092 0.184 0.040 0.516
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:hclust 69 0.5631 2
#> SD:hclust 5 NA 3
#> SD:hclust 9 0.9056 4
#> SD:hclust 21 1.0000 5
#> SD:hclust 41 0.0603 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.213 0.694 0.833 0.4933 0.502 0.502
#> 3 3 0.515 0.661 0.821 0.3461 0.734 0.516
#> 4 4 0.494 0.576 0.740 0.1170 0.869 0.636
#> 5 5 0.555 0.566 0.713 0.0651 0.899 0.644
#> 6 6 0.594 0.491 0.671 0.0424 0.979 0.901
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.7674 0.7397 0.776 0.224
#> GSM11438 2 0.2948 0.8174 0.052 0.948
#> GSM11439 1 0.9977 0.2882 0.528 0.472
#> GSM11440 1 0.7528 0.7029 0.784 0.216
#> GSM11441 1 0.5408 0.7470 0.876 0.124
#> GSM11442 2 0.9866 0.1464 0.432 0.568
#> GSM11443 2 0.0376 0.8356 0.004 0.996
#> GSM11444 1 0.7674 0.6849 0.776 0.224
#> GSM11445 1 0.8661 0.6133 0.712 0.288
#> GSM11446 1 0.7376 0.6950 0.792 0.208
#> GSM11447 1 0.9866 0.3136 0.568 0.432
#> GSM11448 2 0.7745 0.6650 0.228 0.772
#> GSM11449 1 0.6438 0.7441 0.836 0.164
#> GSM11450 1 0.6048 0.7490 0.852 0.148
#> GSM11451 2 0.2778 0.8384 0.048 0.952
#> GSM11452 2 0.8499 0.5877 0.276 0.724
#> GSM11453 1 0.8608 0.6470 0.716 0.284
#> GSM11454 1 0.6887 0.7152 0.816 0.184
#> GSM11455 2 0.5519 0.7663 0.128 0.872
#> GSM11456 2 0.1184 0.8391 0.016 0.984
#> GSM11457 2 0.1843 0.8412 0.028 0.972
#> GSM11458 1 0.3431 0.7594 0.936 0.064
#> GSM11459 1 0.5408 0.7479 0.876 0.124
#> GSM11460 1 0.0376 0.7630 0.996 0.004
#> GSM11461 1 0.7453 0.7558 0.788 0.212
#> GSM11462 1 0.0376 0.7620 0.996 0.004
#> GSM11463 2 0.1843 0.8387 0.028 0.972
#> GSM11464 1 0.1184 0.7637 0.984 0.016
#> GSM11465 2 0.6887 0.7336 0.184 0.816
#> GSM11466 1 0.4939 0.7583 0.892 0.108
#> GSM11467 1 0.4298 0.7636 0.912 0.088
#> GSM11468 1 0.5737 0.7408 0.864 0.136
#> GSM11469 1 0.1843 0.7656 0.972 0.028
#> GSM11470 1 0.6712 0.7328 0.824 0.176
#> GSM11471 1 0.5519 0.7563 0.872 0.128
#> GSM11472 1 0.5842 0.7720 0.860 0.140
#> GSM11473 2 0.4161 0.8032 0.084 0.916
#> GSM11474 2 0.0376 0.8356 0.004 0.996
#> GSM11475 1 0.8144 0.6526 0.748 0.252
#> GSM11476 2 0.6887 0.7040 0.184 0.816
#> GSM11477 2 0.2236 0.8402 0.036 0.964
#> GSM11478 2 0.0938 0.8379 0.012 0.988
#> GSM11479 2 0.3733 0.8040 0.072 0.928
#> GSM11480 2 0.2778 0.8407 0.048 0.952
#> GSM11481 1 0.5629 0.7423 0.868 0.132
#> GSM11482 2 0.8661 0.5828 0.288 0.712
#> GSM11483 2 0.3879 0.8005 0.076 0.924
#> GSM11484 1 0.9552 0.4822 0.624 0.376
#> GSM11485 2 0.5629 0.7574 0.132 0.868
#> GSM11486 2 0.2236 0.8257 0.036 0.964
#> GSM11487 1 0.7299 0.7244 0.796 0.204
#> GSM11488 1 0.9795 0.3867 0.584 0.416
#> GSM11489 2 0.3879 0.8169 0.076 0.924
#> GSM11490 1 0.9248 0.5280 0.660 0.340
#> GSM11491 1 0.8327 0.6667 0.736 0.264
#> GSM11492 1 0.8661 0.6135 0.712 0.288
#> GSM11493 2 0.9993 -0.0572 0.484 0.516
#> GSM11494 1 0.9686 0.4203 0.604 0.396
#> GSM11495 2 0.6531 0.7151 0.168 0.832
#> GSM11496 2 0.4815 0.7944 0.104 0.896
#> GSM11497 2 0.3431 0.8254 0.064 0.936
#> GSM11498 2 0.2423 0.8398 0.040 0.960
#> GSM11499 2 0.5408 0.7702 0.124 0.876
#> GSM11500 2 0.5946 0.7433 0.144 0.856
#> GSM11501 2 0.6801 0.7158 0.180 0.820
#> GSM11502 2 0.2603 0.8386 0.044 0.956
#> GSM11503 2 0.1184 0.8390 0.016 0.984
#> GSM11504 1 0.5519 0.7448 0.872 0.128
#> GSM11505 2 0.0376 0.8356 0.004 0.996
#> GSM11506 2 0.0938 0.8343 0.012 0.988
#> GSM11507 2 0.1843 0.8408 0.028 0.972
#> GSM11508 1 0.7376 0.6955 0.792 0.208
#> GSM11509 1 0.9323 0.5147 0.652 0.348
#> GSM11510 2 0.2236 0.8331 0.036 0.964
#> GSM11511 1 0.7745 0.7287 0.772 0.228
#> GSM11512 1 0.9248 0.5421 0.660 0.340
#> GSM11513 1 0.6973 0.7125 0.812 0.188
#> GSM11514 1 0.9970 0.2358 0.532 0.468
#> GSM11515 1 1.0000 0.0928 0.500 0.500
#> GSM11516 2 0.9170 0.4724 0.332 0.668
#> GSM11517 1 0.2423 0.7590 0.960 0.040
#> GSM11518 1 0.9248 0.6523 0.660 0.340
#> GSM11519 1 0.8327 0.6649 0.736 0.264
#> GSM11520 1 0.6048 0.7474 0.852 0.148
#> GSM11521 2 0.6887 0.7040 0.184 0.816
#> GSM11522 1 0.4815 0.7610 0.896 0.104
#> GSM11523 1 0.6712 0.7388 0.824 0.176
#> GSM11524 1 0.2603 0.7606 0.956 0.044
#> GSM11525 2 0.0376 0.8356 0.004 0.996
#> GSM11526 1 0.8207 0.6513 0.744 0.256
#> GSM11527 2 0.2236 0.8258 0.036 0.964
#> GSM11528 2 0.2043 0.8415 0.032 0.968
#> GSM11529 2 0.3431 0.8271 0.064 0.936
#> GSM11530 1 0.3584 0.7697 0.932 0.068
#> GSM11531 2 0.2043 0.8391 0.032 0.968
#> GSM11532 1 0.3584 0.7646 0.932 0.068
#> GSM11533 2 0.4431 0.8088 0.092 0.908
#> GSM11534 2 0.9850 0.1273 0.428 0.572
#> GSM11535 2 0.2603 0.8364 0.044 0.956
#> GSM11536 2 0.9963 0.1450 0.464 0.536
#> GSM11537 2 0.2948 0.8373 0.052 0.948
#> GSM11538 1 0.8144 0.6581 0.748 0.252
#> GSM11539 2 0.1414 0.8403 0.020 0.980
#> GSM11540 2 0.1633 0.8408 0.024 0.976
#> GSM11541 1 0.0672 0.7634 0.992 0.008
#> GSM11542 2 0.2778 0.8384 0.048 0.952
#> GSM11543 2 0.9000 0.3814 0.316 0.684
#> GSM11544 1 0.7453 0.7137 0.788 0.212
#> GSM11545 1 0.8661 0.6488 0.712 0.288
#> GSM11546 2 0.5737 0.7471 0.136 0.864
#> GSM11547 2 0.6343 0.7405 0.160 0.840
#> GSM11548 1 0.7950 0.6677 0.760 0.240
#> GSM11549 1 0.6531 0.7465 0.832 0.168
#> GSM11550 1 0.6148 0.7474 0.848 0.152
#> GSM11551 1 0.8207 0.7302 0.744 0.256
#> GSM11552 1 0.1843 0.7656 0.972 0.028
#> GSM11553 2 0.3879 0.8240 0.076 0.924
#> GSM11554 2 0.2778 0.8384 0.048 0.952
#> GSM11555 1 0.6343 0.7360 0.840 0.160
#> GSM11556 1 0.0376 0.7620 0.996 0.004
#> GSM11557 2 0.2423 0.8378 0.040 0.960
#> GSM11558 2 0.2603 0.8413 0.044 0.956
#> GSM11559 2 0.3431 0.8323 0.064 0.936
#> GSM11560 1 0.4939 0.7620 0.892 0.108
#> GSM11561 2 0.2603 0.8413 0.044 0.956
#> GSM11562 2 0.2778 0.8384 0.048 0.952
#> GSM11563 1 0.8763 0.6304 0.704 0.296
#> GSM11564 1 0.9491 0.5707 0.632 0.368
#> GSM11565 1 0.7453 0.7137 0.788 0.212
#> GSM11566 2 0.2778 0.8407 0.048 0.952
#> GSM11567 1 0.9775 0.3585 0.588 0.412
#> GSM11568 2 0.9661 0.3192 0.392 0.608
#> GSM11569 2 0.2778 0.8384 0.048 0.952
#> GSM11570 1 0.1843 0.7656 0.972 0.028
#> GSM11571 1 0.9661 0.3980 0.608 0.392
#> GSM11572 2 0.5408 0.7860 0.124 0.876
#> GSM11573 1 0.9286 0.5597 0.656 0.344
#> GSM11574 2 0.4690 0.8065 0.100 0.900
#> GSM11575 2 0.9833 0.1752 0.424 0.576
#> GSM11576 1 0.6712 0.7328 0.824 0.176
#> GSM11577 2 0.9358 0.4275 0.352 0.648
#> GSM11578 2 0.8909 0.5220 0.308 0.692
#> GSM11579 2 0.6887 0.7040 0.184 0.816
#> GSM11580 2 0.8499 0.5794 0.276 0.724
#> GSM11581 1 0.6247 0.7292 0.844 0.156
#> GSM11582 1 0.0672 0.7637 0.992 0.008
#> GSM11583 1 0.6531 0.7357 0.832 0.168
#> GSM11584 1 0.9087 0.5382 0.676 0.324
#> GSM11585 2 0.3114 0.8357 0.056 0.944
#> GSM11586 1 0.6973 0.7298 0.812 0.188
#> GSM11587 1 0.6712 0.7388 0.824 0.176
#> GSM11588 1 0.9170 0.5805 0.668 0.332
#> GSM11589 1 0.9909 0.3101 0.556 0.444
#> GSM11590 1 0.7299 0.7174 0.796 0.204
#> GSM11591 2 0.4161 0.8200 0.084 0.916
#> GSM11592 1 0.5059 0.7607 0.888 0.112
#> GSM11593 1 0.7299 0.7174 0.796 0.204
#> GSM11594 1 0.5946 0.7498 0.856 0.144
#> GSM11595 1 0.9522 0.5436 0.628 0.372
#> GSM11596 2 0.7139 0.7104 0.196 0.804
#> GSM11597 1 0.5059 0.7530 0.888 0.112
#> GSM11598 1 0.7376 0.7144 0.792 0.208
#> GSM11599 1 0.4431 0.7564 0.908 0.092
#> GSM11600 1 0.2236 0.7671 0.964 0.036
#> GSM11601 2 0.3431 0.8249 0.064 0.936
#> GSM11602 1 0.6712 0.7388 0.824 0.176
#> GSM11603 1 0.6712 0.7388 0.824 0.176
#> GSM11604 1 0.0938 0.7619 0.988 0.012
#> GSM11605 1 0.1633 0.7662 0.976 0.024
#> GSM11606 2 0.4939 0.8027 0.108 0.892
#> GSM11607 1 0.7376 0.7144 0.792 0.208
#> GSM11608 1 0.0376 0.7620 0.996 0.004
#> GSM11609 2 0.9881 0.2877 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.6721 0.27644 0.604 0.016 0.380
#> GSM11438 2 0.4047 0.79838 0.004 0.848 0.148
#> GSM11439 3 0.5760 0.70294 0.064 0.140 0.796
#> GSM11440 3 0.3780 0.77314 0.064 0.044 0.892
#> GSM11441 3 0.3454 0.77049 0.104 0.008 0.888
#> GSM11442 3 0.1525 0.76971 0.004 0.032 0.964
#> GSM11443 2 0.2636 0.84853 0.020 0.932 0.048
#> GSM11444 3 0.3272 0.77241 0.080 0.016 0.904
#> GSM11445 3 0.1989 0.77890 0.048 0.004 0.948
#> GSM11446 3 0.3459 0.76933 0.096 0.012 0.892
#> GSM11447 3 0.3669 0.76803 0.064 0.040 0.896
#> GSM11448 2 0.7030 0.21269 0.396 0.580 0.024
#> GSM11449 1 0.5905 0.66852 0.772 0.044 0.184
#> GSM11450 1 0.2918 0.77645 0.924 0.032 0.044
#> GSM11451 2 0.1170 0.85798 0.008 0.976 0.016
#> GSM11452 2 0.6513 -0.04976 0.476 0.520 0.004
#> GSM11453 1 0.3091 0.77632 0.912 0.072 0.016
#> GSM11454 3 0.3607 0.76814 0.112 0.008 0.880
#> GSM11455 2 0.5815 0.58722 0.004 0.692 0.304
#> GSM11456 2 0.2680 0.84752 0.008 0.924 0.068
#> GSM11457 2 0.0424 0.85857 0.008 0.992 0.000
#> GSM11458 3 0.6209 0.46405 0.368 0.004 0.628
#> GSM11459 3 0.3682 0.76643 0.116 0.008 0.876
#> GSM11460 1 0.5656 0.51890 0.728 0.008 0.264
#> GSM11461 1 0.7283 -0.04158 0.512 0.028 0.460
#> GSM11462 3 0.6299 0.17993 0.476 0.000 0.524
#> GSM11463 2 0.2187 0.85376 0.024 0.948 0.028
#> GSM11464 1 0.2448 0.74849 0.924 0.000 0.076
#> GSM11465 2 0.5355 0.75888 0.036 0.804 0.160
#> GSM11466 3 0.3272 0.77638 0.080 0.016 0.904
#> GSM11467 1 0.1905 0.77345 0.956 0.016 0.028
#> GSM11468 3 0.3532 0.77012 0.108 0.008 0.884
#> GSM11469 3 0.5202 0.68924 0.220 0.008 0.772
#> GSM11470 1 0.1636 0.77332 0.964 0.016 0.020
#> GSM11471 1 0.5940 0.64907 0.760 0.036 0.204
#> GSM11472 1 0.6587 0.16267 0.568 0.008 0.424
#> GSM11473 2 0.4519 0.80536 0.032 0.852 0.116
#> GSM11474 2 0.1315 0.85847 0.008 0.972 0.020
#> GSM11475 3 0.3293 0.78018 0.088 0.012 0.900
#> GSM11476 3 0.6647 0.22597 0.012 0.396 0.592
#> GSM11477 2 0.1015 0.85847 0.012 0.980 0.008
#> GSM11478 2 0.1860 0.85199 0.000 0.948 0.052
#> GSM11479 2 0.6200 0.58808 0.012 0.676 0.312
#> GSM11480 2 0.1525 0.85603 0.004 0.964 0.032
#> GSM11481 3 0.6668 0.56854 0.264 0.040 0.696
#> GSM11482 3 0.5639 0.62183 0.016 0.232 0.752
#> GSM11483 2 0.6229 0.55774 0.008 0.652 0.340
#> GSM11484 3 0.3973 0.75588 0.088 0.032 0.880
#> GSM11485 2 0.6247 0.48268 0.004 0.620 0.376
#> GSM11486 2 0.2749 0.84593 0.012 0.924 0.064
#> GSM11487 1 0.3253 0.77277 0.912 0.036 0.052
#> GSM11488 3 0.3554 0.76251 0.064 0.036 0.900
#> GSM11489 2 0.3826 0.81570 0.008 0.868 0.124
#> GSM11490 3 0.3669 0.76852 0.064 0.040 0.896
#> GSM11491 1 0.3091 0.77632 0.912 0.072 0.016
#> GSM11492 3 0.3295 0.76222 0.096 0.008 0.896
#> GSM11493 3 0.3886 0.74164 0.024 0.096 0.880
#> GSM11494 3 0.2846 0.76407 0.020 0.056 0.924
#> GSM11495 3 0.6467 0.21209 0.008 0.388 0.604
#> GSM11496 2 0.7278 0.21785 0.028 0.516 0.456
#> GSM11497 2 0.5058 0.76095 0.148 0.820 0.032
#> GSM11498 2 0.1620 0.85962 0.012 0.964 0.024
#> GSM11499 2 0.6209 0.49911 0.004 0.628 0.368
#> GSM11500 2 0.6865 0.44179 0.020 0.596 0.384
#> GSM11501 2 0.6737 0.42477 0.016 0.600 0.384
#> GSM11502 2 0.1015 0.85847 0.012 0.980 0.008
#> GSM11503 2 0.1315 0.85721 0.008 0.972 0.020
#> GSM11504 3 0.3120 0.76639 0.080 0.012 0.908
#> GSM11505 2 0.2050 0.85416 0.020 0.952 0.028
#> GSM11506 2 0.2845 0.84269 0.012 0.920 0.068
#> GSM11507 2 0.1411 0.85515 0.000 0.964 0.036
#> GSM11508 3 0.2096 0.77853 0.052 0.004 0.944
#> GSM11509 3 0.3669 0.77084 0.064 0.040 0.896
#> GSM11510 2 0.4654 0.72924 0.000 0.792 0.208
#> GSM11511 1 0.3276 0.75619 0.908 0.024 0.068
#> GSM11512 3 0.3499 0.76059 0.072 0.028 0.900
#> GSM11513 3 0.3295 0.77165 0.096 0.008 0.896
#> GSM11514 3 0.7748 0.58710 0.096 0.252 0.652
#> GSM11515 3 0.1453 0.77152 0.008 0.024 0.968
#> GSM11516 1 0.6587 0.31668 0.568 0.424 0.008
#> GSM11517 3 0.3267 0.76774 0.116 0.000 0.884
#> GSM11518 3 0.7159 0.51816 0.288 0.052 0.660
#> GSM11519 1 0.3091 0.77632 0.912 0.072 0.016
#> GSM11520 1 0.2050 0.77653 0.952 0.028 0.020
#> GSM11521 3 0.6848 0.16394 0.016 0.416 0.568
#> GSM11522 1 0.5967 0.62146 0.752 0.032 0.216
#> GSM11523 1 0.1647 0.76753 0.960 0.004 0.036
#> GSM11524 3 0.3213 0.77309 0.092 0.008 0.900
#> GSM11525 2 0.2173 0.85198 0.008 0.944 0.048
#> GSM11526 3 0.3272 0.77504 0.080 0.016 0.904
#> GSM11527 2 0.2845 0.84269 0.012 0.920 0.068
#> GSM11528 2 0.1267 0.85767 0.004 0.972 0.024
#> GSM11529 2 0.5627 0.69493 0.188 0.780 0.032
#> GSM11530 3 0.6018 0.57363 0.308 0.008 0.684
#> GSM11531 2 0.2050 0.85457 0.020 0.952 0.028
#> GSM11532 3 0.5268 0.69537 0.212 0.012 0.776
#> GSM11533 2 0.5315 0.64363 0.216 0.772 0.012
#> GSM11534 1 0.6956 0.54237 0.660 0.300 0.040
#> GSM11535 2 0.1781 0.85572 0.020 0.960 0.020
#> GSM11536 3 0.7576 0.52816 0.076 0.276 0.648
#> GSM11537 2 0.1482 0.85737 0.012 0.968 0.020
#> GSM11538 1 0.8409 0.42393 0.580 0.112 0.308
#> GSM11539 2 0.1491 0.85726 0.016 0.968 0.016
#> GSM11540 2 0.1170 0.85945 0.008 0.976 0.016
#> GSM11541 1 0.5797 0.49993 0.712 0.008 0.280
#> GSM11542 2 0.1267 0.85767 0.004 0.972 0.024
#> GSM11543 3 0.9921 0.10075 0.308 0.296 0.396
#> GSM11544 1 0.3141 0.77784 0.912 0.068 0.020
#> GSM11545 1 0.3272 0.77425 0.904 0.080 0.016
#> GSM11546 2 0.4379 0.81600 0.072 0.868 0.060
#> GSM11547 2 0.4569 0.81255 0.072 0.860 0.068
#> GSM11548 3 0.3618 0.76873 0.104 0.012 0.884
#> GSM11549 1 0.1643 0.76604 0.956 0.000 0.044
#> GSM11550 1 0.1643 0.76771 0.956 0.000 0.044
#> GSM11551 3 0.7793 0.25236 0.424 0.052 0.524
#> GSM11552 3 0.6297 0.48153 0.352 0.008 0.640
#> GSM11553 2 0.1636 0.85677 0.016 0.964 0.020
#> GSM11554 2 0.1337 0.85787 0.012 0.972 0.016
#> GSM11555 3 0.7919 0.00666 0.464 0.056 0.480
#> GSM11556 1 0.6252 0.03196 0.556 0.000 0.444
#> GSM11557 2 0.1781 0.85572 0.020 0.960 0.020
#> GSM11558 2 0.1647 0.85505 0.004 0.960 0.036
#> GSM11559 2 0.1636 0.85674 0.016 0.964 0.020
#> GSM11560 1 0.1267 0.76952 0.972 0.004 0.024
#> GSM11561 2 0.1647 0.85505 0.004 0.960 0.036
#> GSM11562 2 0.1482 0.85737 0.012 0.968 0.020
#> GSM11563 1 0.4636 0.74967 0.848 0.116 0.036
#> GSM11564 1 0.4095 0.76376 0.880 0.064 0.056
#> GSM11565 1 0.3530 0.77760 0.900 0.068 0.032
#> GSM11566 2 0.2063 0.85177 0.008 0.948 0.044
#> GSM11567 3 0.6537 0.65033 0.064 0.196 0.740
#> GSM11568 1 0.6811 0.35754 0.580 0.404 0.016
#> GSM11569 2 0.1337 0.85787 0.012 0.972 0.016
#> GSM11570 3 0.6339 0.45971 0.360 0.008 0.632
#> GSM11571 1 0.3690 0.76043 0.884 0.100 0.016
#> GSM11572 2 0.3998 0.82372 0.060 0.884 0.056
#> GSM11573 1 0.4930 0.74490 0.836 0.120 0.044
#> GSM11574 2 0.2176 0.85138 0.032 0.948 0.020
#> GSM11575 1 0.7169 0.10336 0.520 0.456 0.024
#> GSM11576 1 0.1267 0.76952 0.972 0.004 0.024
#> GSM11577 1 0.6566 0.47252 0.636 0.348 0.016
#> GSM11578 1 0.6608 0.28444 0.560 0.432 0.008
#> GSM11579 2 0.6264 0.45483 0.004 0.616 0.380
#> GSM11580 2 0.6608 0.12056 0.432 0.560 0.008
#> GSM11581 3 0.2955 0.77464 0.080 0.008 0.912
#> GSM11582 1 0.6664 -0.01331 0.528 0.008 0.464
#> GSM11583 3 0.6994 0.47237 0.360 0.028 0.612
#> GSM11584 3 0.2918 0.77007 0.044 0.032 0.924
#> GSM11585 2 0.0983 0.85680 0.016 0.980 0.004
#> GSM11586 1 0.2434 0.77505 0.940 0.024 0.036
#> GSM11587 1 0.1647 0.76753 0.960 0.004 0.036
#> GSM11588 1 0.4121 0.75763 0.868 0.108 0.024
#> GSM11589 1 0.5408 0.73142 0.812 0.136 0.052
#> GSM11590 1 0.2902 0.77773 0.920 0.064 0.016
#> GSM11591 2 0.1129 0.85583 0.020 0.976 0.004
#> GSM11592 1 0.1643 0.76842 0.956 0.000 0.044
#> GSM11593 1 0.2998 0.77718 0.916 0.068 0.016
#> GSM11594 1 0.1129 0.77102 0.976 0.004 0.020
#> GSM11595 1 0.9706 0.32407 0.456 0.272 0.272
#> GSM11596 2 0.3499 0.83788 0.072 0.900 0.028
#> GSM11597 3 0.3989 0.76576 0.124 0.012 0.864
#> GSM11598 1 0.2998 0.77718 0.916 0.068 0.016
#> GSM11599 3 0.3425 0.76915 0.112 0.004 0.884
#> GSM11600 1 0.6672 -0.01126 0.520 0.008 0.472
#> GSM11601 2 0.5580 0.66425 0.008 0.736 0.256
#> GSM11602 1 0.1525 0.76848 0.964 0.004 0.032
#> GSM11603 1 0.1525 0.76848 0.964 0.004 0.032
#> GSM11604 3 0.5988 0.45462 0.368 0.000 0.632
#> GSM11605 1 0.5864 0.50937 0.704 0.008 0.288
#> GSM11606 2 0.2297 0.84949 0.036 0.944 0.020
#> GSM11607 1 0.2998 0.77718 0.916 0.068 0.016
#> GSM11608 1 0.6302 -0.05853 0.520 0.000 0.480
#> GSM11609 3 0.7104 0.36518 0.032 0.360 0.608
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.770 0.2205 0.240 0.040 0.144 0.576
#> GSM11438 2 0.502 0.6429 0.000 0.724 0.036 0.240
#> GSM11439 3 0.676 0.4352 0.016 0.060 0.536 0.388
#> GSM11440 3 0.298 0.5745 0.016 0.004 0.888 0.092
#> GSM11441 3 0.585 0.5282 0.040 0.004 0.624 0.332
#> GSM11442 3 0.547 0.4928 0.000 0.024 0.612 0.364
#> GSM11443 2 0.323 0.7781 0.004 0.868 0.012 0.116
#> GSM11444 3 0.419 0.6232 0.004 0.016 0.796 0.184
#> GSM11445 3 0.185 0.6277 0.000 0.012 0.940 0.048
#> GSM11446 3 0.439 0.6051 0.004 0.012 0.768 0.216
#> GSM11447 3 0.563 0.5129 0.004 0.028 0.628 0.340
#> GSM11448 1 0.804 0.2912 0.460 0.316 0.016 0.208
#> GSM11449 1 0.645 0.5285 0.636 0.040 0.288 0.036
#> GSM11450 1 0.359 0.7631 0.880 0.036 0.036 0.048
#> GSM11451 2 0.203 0.7959 0.028 0.936 0.000 0.036
#> GSM11452 2 0.534 0.2995 0.384 0.600 0.000 0.016
#> GSM11453 1 0.357 0.7624 0.860 0.048 0.000 0.092
#> GSM11454 3 0.299 0.6476 0.012 0.000 0.876 0.112
#> GSM11455 2 0.639 0.1951 0.000 0.488 0.064 0.448
#> GSM11456 2 0.604 0.6156 0.028 0.664 0.032 0.276
#> GSM11457 2 0.158 0.8021 0.012 0.952 0.000 0.036
#> GSM11458 3 0.553 0.5707 0.136 0.000 0.732 0.132
#> GSM11459 3 0.284 0.6500 0.020 0.000 0.892 0.088
#> GSM11460 1 0.736 0.1285 0.464 0.000 0.164 0.372
#> GSM11461 3 0.846 0.3478 0.216 0.032 0.416 0.336
#> GSM11462 3 0.509 0.5094 0.180 0.000 0.752 0.068
#> GSM11463 2 0.288 0.7890 0.008 0.892 0.008 0.092
#> GSM11464 1 0.546 0.6210 0.716 0.000 0.072 0.212
#> GSM11465 2 0.739 0.5258 0.072 0.616 0.076 0.236
#> GSM11466 3 0.528 0.4574 0.020 0.008 0.688 0.284
#> GSM11467 1 0.547 0.6330 0.712 0.008 0.044 0.236
#> GSM11468 3 0.126 0.6263 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM11469 3 0.220 0.6305 0.048 0.000 0.928 0.024
#> GSM11470 1 0.292 0.7562 0.884 0.000 0.016 0.100
#> GSM11471 1 0.680 0.5578 0.644 0.036 0.244 0.076
#> GSM11472 1 0.786 0.0992 0.444 0.004 0.244 0.308
#> GSM11473 2 0.681 0.4810 0.012 0.576 0.084 0.328
#> GSM11474 2 0.234 0.7954 0.000 0.912 0.008 0.080
#> GSM11475 3 0.231 0.6087 0.004 0.008 0.920 0.068
#> GSM11476 4 0.748 0.4885 0.000 0.252 0.244 0.504
#> GSM11477 2 0.118 0.8006 0.016 0.968 0.000 0.016
#> GSM11478 2 0.241 0.7867 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM11479 2 0.660 0.3822 0.000 0.540 0.088 0.372
#> GSM11480 2 0.267 0.7807 0.008 0.892 0.000 0.100
#> GSM11481 4 0.720 0.3849 0.112 0.008 0.380 0.500
#> GSM11482 4 0.731 0.4637 0.000 0.164 0.348 0.488
#> GSM11483 2 0.632 0.3057 0.000 0.500 0.060 0.440
#> GSM11484 4 0.599 0.3841 0.020 0.012 0.440 0.528
#> GSM11485 4 0.644 0.2758 0.000 0.356 0.080 0.564
#> GSM11486 2 0.489 0.6766 0.004 0.728 0.020 0.248
#> GSM11487 1 0.349 0.7523 0.864 0.020 0.008 0.108
#> GSM11488 4 0.595 0.4283 0.008 0.028 0.392 0.572
#> GSM11489 2 0.492 0.6589 0.008 0.728 0.016 0.248
#> GSM11490 3 0.649 0.4637 0.020 0.040 0.560 0.380
#> GSM11491 1 0.330 0.7637 0.876 0.048 0.000 0.076
#> GSM11492 4 0.559 0.3313 0.020 0.000 0.452 0.528
#> GSM11493 4 0.685 0.4263 0.000 0.108 0.376 0.516
#> GSM11494 4 0.606 -0.2309 0.000 0.044 0.436 0.520
#> GSM11495 4 0.666 0.3295 0.000 0.220 0.160 0.620
#> GSM11496 4 0.813 -0.0287 0.012 0.360 0.232 0.396
#> GSM11497 2 0.545 0.6942 0.148 0.752 0.008 0.092
#> GSM11498 2 0.377 0.7862 0.040 0.852 0.004 0.104
#> GSM11499 4 0.693 0.2855 0.000 0.372 0.116 0.512
#> GSM11500 2 0.724 0.3132 0.000 0.508 0.160 0.332
#> GSM11501 4 0.727 0.4369 0.000 0.312 0.172 0.516
#> GSM11502 2 0.162 0.8010 0.028 0.952 0.000 0.020
#> GSM11503 2 0.255 0.7921 0.000 0.900 0.008 0.092
#> GSM11504 4 0.542 0.4299 0.024 0.000 0.352 0.624
#> GSM11505 2 0.273 0.7893 0.004 0.896 0.008 0.092
#> GSM11506 2 0.373 0.7640 0.004 0.824 0.008 0.164
#> GSM11507 2 0.286 0.7768 0.008 0.880 0.000 0.112
#> GSM11508 3 0.187 0.6153 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM11509 3 0.436 0.6058 0.000 0.020 0.772 0.208
#> GSM11510 2 0.515 0.6588 0.016 0.696 0.008 0.280
#> GSM11511 1 0.505 0.7198 0.796 0.032 0.052 0.120
#> GSM11512 4 0.540 0.4433 0.012 0.008 0.348 0.632
#> GSM11513 3 0.305 0.6479 0.016 0.000 0.876 0.108
#> GSM11514 4 0.827 0.4867 0.076 0.124 0.272 0.528
#> GSM11515 3 0.496 0.5475 0.000 0.016 0.684 0.300
#> GSM11516 1 0.511 0.5790 0.684 0.292 0.000 0.024
#> GSM11517 3 0.147 0.6384 0.012 0.004 0.960 0.024
#> GSM11518 3 0.802 0.3603 0.092 0.060 0.468 0.380
#> GSM11519 1 0.323 0.7644 0.880 0.048 0.000 0.072
#> GSM11520 1 0.249 0.7660 0.916 0.004 0.016 0.064
#> GSM11521 4 0.753 0.4880 0.000 0.268 0.240 0.492
#> GSM11522 1 0.622 0.5056 0.632 0.024 0.308 0.036
#> GSM11523 1 0.264 0.7581 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM11524 3 0.215 0.5783 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM11525 2 0.227 0.7946 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM11526 4 0.573 0.2883 0.028 0.000 0.428 0.544
#> GSM11527 2 0.364 0.7639 0.000 0.820 0.008 0.172
#> GSM11528 2 0.333 0.7740 0.024 0.864 0.000 0.112
#> GSM11529 2 0.538 0.6688 0.184 0.740 0.004 0.072
#> GSM11530 3 0.280 0.6233 0.068 0.000 0.900 0.032
#> GSM11531 2 0.266 0.7897 0.012 0.904 0.004 0.080
#> GSM11532 3 0.400 0.5930 0.060 0.000 0.836 0.104
#> GSM11533 2 0.477 0.6126 0.232 0.740 0.000 0.028
#> GSM11534 1 0.573 0.6895 0.744 0.128 0.016 0.112
#> GSM11535 2 0.271 0.7918 0.016 0.904 0.004 0.076
#> GSM11536 4 0.744 0.5237 0.036 0.112 0.268 0.584
#> GSM11537 2 0.230 0.7905 0.048 0.924 0.000 0.028
#> GSM11538 4 0.828 0.4516 0.216 0.060 0.188 0.536
#> GSM11539 2 0.224 0.7975 0.004 0.920 0.004 0.072
#> GSM11540 2 0.189 0.7996 0.008 0.936 0.000 0.056
#> GSM11541 4 0.757 0.2972 0.312 0.000 0.216 0.472
#> GSM11542 2 0.346 0.7712 0.032 0.860 0.000 0.108
#> GSM11543 4 0.837 0.2848 0.236 0.148 0.080 0.536
#> GSM11544 1 0.241 0.7731 0.920 0.040 0.000 0.040
#> GSM11545 1 0.426 0.7413 0.816 0.056 0.000 0.128
#> GSM11546 2 0.562 0.7095 0.036 0.756 0.056 0.152
#> GSM11547 2 0.619 0.6498 0.032 0.688 0.052 0.228
#> GSM11548 3 0.339 0.6426 0.016 0.000 0.852 0.132
#> GSM11549 1 0.340 0.7496 0.868 0.000 0.040 0.092
#> GSM11550 1 0.331 0.7540 0.872 0.000 0.036 0.092
#> GSM11551 3 0.918 0.1779 0.312 0.076 0.364 0.248
#> GSM11552 3 0.439 0.5504 0.116 0.000 0.812 0.072
#> GSM11553 2 0.238 0.7890 0.052 0.920 0.000 0.028
#> GSM11554 2 0.191 0.7966 0.020 0.940 0.000 0.040
#> GSM11555 4 0.832 0.3413 0.216 0.024 0.352 0.408
#> GSM11556 3 0.791 -0.2305 0.300 0.000 0.356 0.344
#> GSM11557 2 0.253 0.7912 0.008 0.908 0.004 0.080
#> GSM11558 2 0.280 0.7765 0.008 0.884 0.000 0.108
#> GSM11559 2 0.258 0.7882 0.052 0.912 0.000 0.036
#> GSM11560 1 0.360 0.7394 0.848 0.000 0.028 0.124
#> GSM11561 2 0.280 0.7765 0.008 0.884 0.000 0.108
#> GSM11562 2 0.213 0.7936 0.036 0.932 0.000 0.032
#> GSM11563 1 0.472 0.7351 0.816 0.080 0.020 0.084
#> GSM11564 1 0.583 0.5938 0.684 0.068 0.004 0.244
#> GSM11565 1 0.359 0.7594 0.876 0.052 0.016 0.056
#> GSM11566 2 0.330 0.7520 0.008 0.848 0.000 0.144
#> GSM11567 4 0.795 0.4883 0.040 0.136 0.304 0.520
#> GSM11568 1 0.549 0.5928 0.680 0.280 0.004 0.036
#> GSM11569 2 0.200 0.7965 0.020 0.936 0.000 0.044
#> GSM11570 3 0.460 0.5264 0.112 0.000 0.800 0.088
#> GSM11571 1 0.389 0.7533 0.860 0.080 0.020 0.040
#> GSM11572 2 0.732 0.4272 0.104 0.596 0.036 0.264
#> GSM11573 1 0.559 0.6737 0.720 0.100 0.000 0.180
#> GSM11574 2 0.274 0.7813 0.076 0.900 0.000 0.024
#> GSM11575 1 0.752 0.0621 0.444 0.436 0.028 0.092
#> GSM11576 1 0.249 0.7590 0.912 0.000 0.020 0.068
#> GSM11577 1 0.500 0.5626 0.676 0.308 0.000 0.016
#> GSM11578 1 0.500 0.5587 0.676 0.308 0.000 0.016
#> GSM11579 4 0.752 0.2917 0.000 0.396 0.184 0.420
#> GSM11580 2 0.579 0.2620 0.384 0.580 0.000 0.036
#> GSM11581 3 0.215 0.5783 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM11582 4 0.764 0.2872 0.212 0.000 0.356 0.432
#> GSM11583 3 0.711 0.5130 0.128 0.024 0.620 0.228
#> GSM11584 3 0.526 -0.1858 0.000 0.008 0.548 0.444
#> GSM11585 2 0.248 0.7933 0.032 0.916 0.000 0.052
#> GSM11586 1 0.259 0.7739 0.920 0.020 0.016 0.044
#> GSM11587 1 0.264 0.7581 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM11588 1 0.407 0.7537 0.832 0.064 0.000 0.104
#> GSM11589 1 0.749 0.5142 0.600 0.144 0.036 0.220
#> GSM11590 1 0.191 0.7735 0.940 0.040 0.000 0.020
#> GSM11591 2 0.238 0.7862 0.068 0.916 0.000 0.016
#> GSM11592 1 0.355 0.7519 0.864 0.000 0.068 0.068
#> GSM11593 1 0.172 0.7744 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM11594 1 0.278 0.7547 0.896 0.000 0.020 0.084
#> GSM11595 1 0.927 0.2981 0.444 0.192 0.136 0.228
#> GSM11596 2 0.349 0.7911 0.028 0.884 0.048 0.040
#> GSM11597 3 0.539 0.5734 0.040 0.000 0.680 0.280
#> GSM11598 1 0.289 0.7678 0.896 0.036 0.000 0.068
#> GSM11599 3 0.117 0.6291 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM11600 4 0.764 0.2873 0.208 0.000 0.380 0.412
#> GSM11601 3 0.828 0.0995 0.012 0.312 0.364 0.312
#> GSM11602 1 0.264 0.7583 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM11603 1 0.264 0.7581 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM11604 3 0.335 0.5917 0.160 0.000 0.836 0.004
#> GSM11605 4 0.779 0.2247 0.356 0.000 0.248 0.396
#> GSM11606 2 0.292 0.7798 0.080 0.892 0.000 0.028
#> GSM11607 1 0.193 0.7739 0.940 0.024 0.000 0.036
#> GSM11608 3 0.585 0.3828 0.272 0.000 0.660 0.068
#> GSM11609 4 0.779 0.5172 0.020 0.208 0.236 0.536
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.7671 0.2465 0.148 0.012 0.060 0.432 0.348
#> GSM11438 2 0.6306 -0.1246 0.000 0.480 0.016 0.100 0.404
#> GSM11439 5 0.4833 0.4763 0.000 0.024 0.284 0.016 0.676
#> GSM11440 3 0.3517 0.7610 0.016 0.004 0.844 0.112 0.024
#> GSM11441 5 0.5349 0.2882 0.008 0.000 0.440 0.036 0.516
#> GSM11442 5 0.6006 0.3410 0.000 0.004 0.400 0.100 0.496
#> GSM11443 2 0.3821 0.7015 0.000 0.764 0.000 0.020 0.216
#> GSM11444 3 0.3317 0.6707 0.000 0.004 0.804 0.004 0.188
#> GSM11445 3 0.2989 0.7728 0.000 0.000 0.868 0.072 0.060
#> GSM11446 3 0.4121 0.5159 0.000 0.004 0.720 0.012 0.264
#> GSM11447 5 0.4895 0.3697 0.000 0.004 0.376 0.024 0.596
#> GSM11448 5 0.7004 0.0700 0.348 0.152 0.012 0.016 0.472
#> GSM11449 3 0.6277 0.1453 0.384 0.008 0.500 0.004 0.104
#> GSM11450 1 0.4718 0.6719 0.772 0.016 0.040 0.020 0.152
#> GSM11451 2 0.1596 0.7906 0.012 0.948 0.000 0.028 0.012
#> GSM11452 2 0.4524 0.5953 0.236 0.720 0.000 0.004 0.040
#> GSM11453 1 0.3326 0.6841 0.836 0.004 0.004 0.140 0.016
#> GSM11454 3 0.2795 0.7305 0.000 0.000 0.872 0.028 0.100
#> GSM11455 5 0.6735 0.3455 0.000 0.268 0.020 0.188 0.524
#> GSM11456 5 0.5470 0.2813 0.032 0.388 0.000 0.020 0.560
#> GSM11457 2 0.1549 0.7928 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM11458 3 0.5115 0.6758 0.096 0.000 0.752 0.052 0.100
#> GSM11459 3 0.1701 0.7507 0.000 0.000 0.936 0.016 0.048
#> GSM11460 4 0.7372 0.0691 0.332 0.000 0.076 0.460 0.132
#> GSM11461 5 0.7392 0.3268 0.120 0.032 0.232 0.056 0.560
#> GSM11462 3 0.4969 0.6931 0.104 0.000 0.764 0.068 0.064
#> GSM11463 2 0.3093 0.7465 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> GSM11464 1 0.6298 0.4547 0.580 0.000 0.052 0.300 0.068
#> GSM11465 5 0.7429 0.2648 0.104 0.364 0.048 0.024 0.460
#> GSM11466 5 0.7198 0.1869 0.024 0.004 0.368 0.188 0.416
#> GSM11467 1 0.5845 0.4243 0.584 0.000 0.020 0.328 0.068
#> GSM11468 3 0.2407 0.7767 0.004 0.000 0.896 0.088 0.012
#> GSM11469 3 0.3097 0.7775 0.024 0.000 0.876 0.068 0.032
#> GSM11470 1 0.3876 0.6888 0.824 0.000 0.020 0.108 0.048
#> GSM11471 1 0.7022 0.1862 0.432 0.016 0.364 0.004 0.184
#> GSM11472 1 0.8387 -0.0374 0.356 0.000 0.224 0.252 0.168
#> GSM11473 5 0.4632 0.4746 0.004 0.264 0.028 0.004 0.700
#> GSM11474 2 0.3141 0.7548 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> GSM11475 3 0.3691 0.7701 0.004 0.004 0.832 0.104 0.056
#> GSM11476 4 0.6925 0.4597 0.000 0.112 0.068 0.544 0.276
#> GSM11477 2 0.1764 0.7927 0.012 0.940 0.000 0.012 0.036
#> GSM11478 2 0.2370 0.7774 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> GSM11479 5 0.6791 0.4557 0.000 0.240 0.068 0.116 0.576
#> GSM11480 2 0.2632 0.7746 0.000 0.888 0.000 0.072 0.040
#> GSM11481 4 0.4795 0.6109 0.116 0.000 0.120 0.752 0.012
#> GSM11482 4 0.6927 0.5071 0.000 0.068 0.128 0.560 0.244
#> GSM11483 5 0.7198 0.3961 0.000 0.244 0.064 0.168 0.524
#> GSM11484 4 0.4662 0.6188 0.024 0.000 0.140 0.768 0.068
#> GSM11485 4 0.7094 0.2404 0.000 0.168 0.036 0.464 0.332
#> GSM11486 5 0.5208 0.1835 0.000 0.420 0.012 0.024 0.544
#> GSM11487 1 0.2930 0.6682 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> GSM11488 4 0.4882 0.6173 0.012 0.012 0.120 0.764 0.092
#> GSM11489 2 0.6395 0.0312 0.016 0.492 0.004 0.096 0.392
#> GSM11490 5 0.4650 0.4470 0.000 0.008 0.304 0.020 0.668
#> GSM11491 1 0.2548 0.6952 0.876 0.004 0.000 0.116 0.004
#> GSM11492 4 0.4891 0.6117 0.024 0.000 0.140 0.752 0.084
#> GSM11493 4 0.6534 0.5078 0.000 0.032 0.132 0.568 0.268
#> GSM11494 5 0.5957 0.4226 0.000 0.004 0.232 0.160 0.604
#> GSM11495 5 0.6880 0.2517 0.000 0.060 0.124 0.264 0.552
#> GSM11496 5 0.5025 0.5503 0.000 0.124 0.108 0.024 0.744
#> GSM11497 2 0.4621 0.7059 0.076 0.744 0.000 0.004 0.176
#> GSM11498 2 0.4977 0.6866 0.040 0.688 0.000 0.016 0.256
#> GSM11499 4 0.6980 0.3156 0.000 0.168 0.032 0.488 0.312
#> GSM11500 5 0.7250 0.4485 0.000 0.276 0.112 0.096 0.516
#> GSM11501 4 0.7154 0.4013 0.004 0.148 0.052 0.524 0.272
#> GSM11502 2 0.1710 0.7932 0.024 0.944 0.000 0.012 0.020
#> GSM11503 2 0.3123 0.7540 0.000 0.828 0.000 0.012 0.160
#> GSM11504 4 0.4632 0.6014 0.012 0.000 0.092 0.764 0.132
#> GSM11505 2 0.3304 0.7448 0.000 0.816 0.000 0.016 0.168
#> GSM11506 2 0.4369 0.6935 0.000 0.740 0.000 0.052 0.208
#> GSM11507 2 0.2726 0.7733 0.000 0.884 0.000 0.064 0.052
#> GSM11508 3 0.2362 0.7638 0.000 0.000 0.900 0.076 0.024
#> GSM11509 3 0.3819 0.5866 0.000 0.004 0.772 0.016 0.208
#> GSM11510 2 0.6849 0.3774 0.016 0.496 0.000 0.240 0.248
#> GSM11511 1 0.5704 0.5648 0.604 0.008 0.024 0.036 0.328
#> GSM11512 4 0.4499 0.6020 0.004 0.000 0.096 0.764 0.136
#> GSM11513 3 0.2036 0.7420 0.000 0.000 0.920 0.024 0.056
#> GSM11514 4 0.6910 0.5552 0.112 0.092 0.060 0.656 0.080
#> GSM11515 3 0.5583 -0.1800 0.000 0.000 0.504 0.072 0.424
#> GSM11516 1 0.5986 0.4701 0.596 0.296 0.004 0.012 0.092
#> GSM11517 3 0.2036 0.7770 0.000 0.000 0.920 0.056 0.024
#> GSM11518 5 0.4920 0.5078 0.028 0.016 0.240 0.008 0.708
#> GSM11519 1 0.2338 0.6952 0.884 0.004 0.000 0.112 0.000
#> GSM11520 1 0.2291 0.7136 0.908 0.000 0.008 0.072 0.012
#> GSM11521 4 0.7087 0.4536 0.000 0.128 0.076 0.540 0.256
#> GSM11522 1 0.6713 0.0471 0.432 0.008 0.412 0.008 0.140
#> GSM11523 1 0.4480 0.6859 0.788 0.000 0.040 0.048 0.124
#> GSM11524 3 0.2329 0.7623 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM11525 2 0.1965 0.7909 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> GSM11526 4 0.5598 0.5462 0.016 0.000 0.148 0.680 0.156
#> GSM11527 2 0.4599 0.6853 0.000 0.744 0.000 0.100 0.156
#> GSM11528 2 0.4635 0.7264 0.024 0.772 0.000 0.072 0.132
#> GSM11529 2 0.3785 0.7505 0.092 0.832 0.008 0.004 0.064
#> GSM11530 3 0.3120 0.7794 0.032 0.000 0.876 0.064 0.028
#> GSM11531 2 0.2813 0.7570 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM11532 3 0.4816 0.7336 0.028 0.000 0.764 0.092 0.116
#> GSM11533 2 0.3651 0.7355 0.108 0.828 0.000 0.004 0.060
#> GSM11534 1 0.6732 0.5779 0.628 0.112 0.020 0.052 0.188
#> GSM11535 2 0.2966 0.7526 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM11536 4 0.4985 0.6273 0.032 0.048 0.068 0.788 0.064
#> GSM11537 2 0.2943 0.7720 0.036 0.888 0.000 0.036 0.040
#> GSM11538 4 0.6103 0.6105 0.104 0.036 0.072 0.712 0.076
#> GSM11539 2 0.2358 0.7762 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM11540 2 0.1668 0.7913 0.000 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM11541 4 0.5629 0.5571 0.148 0.000 0.068 0.708 0.076
#> GSM11542 2 0.4643 0.7176 0.028 0.776 0.000 0.076 0.120
#> GSM11543 5 0.7613 0.3479 0.148 0.048 0.092 0.128 0.584
#> GSM11544 1 0.1788 0.7146 0.932 0.004 0.000 0.056 0.008
#> GSM11545 1 0.4272 0.6206 0.752 0.020 0.000 0.212 0.016
#> GSM11546 2 0.5878 0.5800 0.024 0.652 0.040 0.028 0.256
#> GSM11547 5 0.6478 0.1384 0.028 0.404 0.036 0.032 0.500
#> GSM11548 3 0.2407 0.7267 0.000 0.004 0.896 0.012 0.088
#> GSM11549 1 0.5377 0.6558 0.704 0.000 0.044 0.056 0.196
#> GSM11550 1 0.5281 0.6609 0.712 0.000 0.044 0.052 0.192
#> GSM11551 5 0.7994 0.2791 0.196 0.048 0.292 0.028 0.436
#> GSM11552 3 0.5046 0.7012 0.084 0.000 0.760 0.092 0.064
#> GSM11553 2 0.3445 0.7620 0.060 0.860 0.000 0.032 0.048
#> GSM11554 2 0.2067 0.7879 0.004 0.924 0.000 0.044 0.028
#> GSM11555 4 0.5480 0.5718 0.180 0.000 0.108 0.692 0.020
#> GSM11556 4 0.6627 0.3767 0.260 0.000 0.156 0.556 0.028
#> GSM11557 2 0.2806 0.7628 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> GSM11558 2 0.2719 0.7725 0.000 0.884 0.000 0.068 0.048
#> GSM11559 2 0.3379 0.7567 0.076 0.860 0.000 0.024 0.040
#> GSM11560 1 0.4917 0.6582 0.756 0.000 0.040 0.140 0.064
#> GSM11561 2 0.2719 0.7721 0.000 0.884 0.000 0.068 0.048
#> GSM11562 2 0.2940 0.7734 0.032 0.888 0.000 0.040 0.040
#> GSM11563 1 0.6376 0.5976 0.660 0.108 0.016 0.048 0.168
#> GSM11564 1 0.5818 0.4333 0.608 0.036 0.004 0.312 0.040
#> GSM11565 1 0.4263 0.6735 0.784 0.024 0.012 0.012 0.168
#> GSM11566 2 0.3289 0.7461 0.000 0.844 0.000 0.108 0.048
#> GSM11567 4 0.6787 0.5162 0.008 0.044 0.112 0.572 0.264
#> GSM11568 1 0.6381 0.4643 0.568 0.276 0.004 0.012 0.140
#> GSM11569 2 0.1682 0.7893 0.004 0.940 0.000 0.044 0.012
#> GSM11570 3 0.5093 0.7007 0.080 0.000 0.756 0.100 0.064
#> GSM11571 1 0.5858 0.6676 0.724 0.100 0.036 0.040 0.100
#> GSM11572 2 0.7853 0.3450 0.148 0.508 0.008 0.156 0.180
#> GSM11573 1 0.5952 0.4888 0.616 0.060 0.004 0.288 0.032
#> GSM11574 2 0.3423 0.7548 0.080 0.856 0.000 0.020 0.044
#> GSM11575 2 0.8044 -0.0423 0.276 0.364 0.032 0.028 0.300
#> GSM11576 1 0.3510 0.6901 0.856 0.000 0.032 0.048 0.064
#> GSM11577 1 0.5098 0.2526 0.564 0.404 0.000 0.012 0.020
#> GSM11578 1 0.5154 0.3787 0.596 0.364 0.000 0.012 0.028
#> GSM11579 4 0.7472 0.2609 0.000 0.280 0.056 0.456 0.208
#> GSM11580 2 0.6246 0.4865 0.244 0.616 0.004 0.028 0.108
#> GSM11581 3 0.2488 0.7601 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> GSM11582 4 0.5888 0.5351 0.128 0.000 0.108 0.692 0.072
#> GSM11583 3 0.7353 0.1368 0.084 0.004 0.444 0.096 0.372
#> GSM11584 4 0.6583 0.4720 0.000 0.012 0.228 0.536 0.224
#> GSM11585 2 0.1970 0.7872 0.012 0.924 0.000 0.004 0.060
#> GSM11586 1 0.3225 0.7135 0.876 0.004 0.024 0.048 0.048
#> GSM11587 1 0.4480 0.6859 0.788 0.000 0.040 0.048 0.124
#> GSM11588 1 0.4744 0.6579 0.764 0.048 0.004 0.156 0.028
#> GSM11589 1 0.7092 0.3188 0.508 0.216 0.004 0.244 0.028
#> GSM11590 1 0.1093 0.7177 0.968 0.004 0.004 0.020 0.004
#> GSM11591 2 0.2075 0.7852 0.040 0.924 0.000 0.004 0.032
#> GSM11592 1 0.5100 0.6662 0.732 0.000 0.076 0.028 0.164
#> GSM11593 1 0.0609 0.7180 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM11594 1 0.3394 0.6955 0.844 0.000 0.028 0.116 0.012
#> GSM11595 5 0.7809 0.3087 0.236 0.184 0.072 0.016 0.492
#> GSM11596 2 0.1917 0.7916 0.004 0.936 0.036 0.008 0.016
#> GSM11597 5 0.4450 0.1732 0.000 0.004 0.488 0.000 0.508
#> GSM11598 1 0.2678 0.7012 0.880 0.004 0.000 0.100 0.016
#> GSM11599 3 0.1768 0.7777 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> GSM11600 4 0.5598 0.5739 0.152 0.000 0.112 0.700 0.036
#> GSM11601 5 0.5880 0.5482 0.008 0.148 0.196 0.004 0.644
#> GSM11602 1 0.4571 0.6840 0.780 0.000 0.040 0.048 0.132
#> GSM11603 1 0.4480 0.6859 0.788 0.000 0.040 0.048 0.124
#> GSM11604 3 0.2547 0.7632 0.068 0.000 0.900 0.016 0.016
#> GSM11605 4 0.5633 0.4851 0.236 0.000 0.080 0.660 0.024
#> GSM11606 2 0.3463 0.7495 0.088 0.852 0.000 0.020 0.040
#> GSM11607 1 0.1638 0.7127 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> GSM11608 3 0.5097 0.6789 0.120 0.000 0.752 0.068 0.060
#> GSM11609 4 0.6811 0.5317 0.008 0.080 0.084 0.596 0.232
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.7822 0.66964 0.120 0.008 0.028 0.292 0.148 0.404
#> GSM11438 2 0.7114 -0.05912 0.000 0.464 0.028 0.092 0.312 0.104
#> GSM11439 5 0.3315 0.58563 0.000 0.012 0.140 0.012 0.824 0.012
#> GSM11440 3 0.3596 0.74985 0.020 0.008 0.844 0.076 0.020 0.032
#> GSM11441 5 0.4755 0.55338 0.008 0.000 0.216 0.024 0.704 0.048
#> GSM11442 5 0.4973 0.52207 0.000 0.004 0.236 0.068 0.672 0.020
#> GSM11443 2 0.4266 0.63907 0.000 0.736 0.000 0.004 0.172 0.088
#> GSM11444 3 0.3437 0.72425 0.000 0.004 0.792 0.020 0.180 0.004
#> GSM11445 3 0.2365 0.77240 0.000 0.000 0.888 0.040 0.072 0.000
#> GSM11446 3 0.4753 0.34699 0.000 0.004 0.572 0.012 0.388 0.024
#> GSM11447 5 0.4061 0.56104 0.000 0.008 0.188 0.016 0.760 0.028
#> GSM11448 5 0.7153 0.22581 0.192 0.088 0.000 0.012 0.468 0.240
#> GSM11449 3 0.6839 0.35739 0.252 0.016 0.528 0.004 0.072 0.128
#> GSM11450 1 0.6165 0.49147 0.588 0.012 0.036 0.000 0.172 0.192
#> GSM11451 2 0.3681 0.71694 0.020 0.816 0.000 0.020 0.020 0.124
#> GSM11452 2 0.5264 0.58788 0.192 0.648 0.000 0.000 0.016 0.144
#> GSM11453 1 0.2508 0.54624 0.884 0.016 0.000 0.084 0.000 0.016
#> GSM11454 3 0.3506 0.73727 0.004 0.004 0.828 0.008 0.104 0.052
#> GSM11455 5 0.7086 0.41918 0.000 0.196 0.040 0.156 0.532 0.076
#> GSM11456 5 0.5384 0.50007 0.012 0.236 0.016 0.008 0.656 0.072
#> GSM11457 2 0.1837 0.73059 0.004 0.932 0.000 0.012 0.020 0.032
#> GSM11458 3 0.4211 0.64496 0.028 0.000 0.728 0.004 0.016 0.224
#> GSM11459 3 0.2774 0.74469 0.000 0.000 0.872 0.012 0.076 0.040
#> GSM11460 6 0.7453 0.68962 0.216 0.000 0.064 0.300 0.028 0.392
#> GSM11461 5 0.7061 0.24247 0.048 0.028 0.152 0.004 0.480 0.288
#> GSM11462 3 0.3702 0.68797 0.024 0.000 0.784 0.008 0.008 0.176
#> GSM11463 2 0.3501 0.68917 0.000 0.804 0.000 0.000 0.116 0.080
#> GSM11464 1 0.7074 -0.50204 0.388 0.000 0.060 0.268 0.004 0.280
#> GSM11465 5 0.7022 0.40757 0.104 0.232 0.016 0.012 0.536 0.100
#> GSM11466 5 0.7263 0.41828 0.036 0.004 0.248 0.136 0.500 0.076
#> GSM11467 1 0.6964 -0.51118 0.420 0.000 0.040 0.244 0.012 0.284
#> GSM11468 3 0.1325 0.78097 0.004 0.000 0.956 0.016 0.012 0.012
#> GSM11469 3 0.1705 0.78005 0.008 0.000 0.940 0.016 0.012 0.024
#> GSM11470 1 0.4108 0.45540 0.708 0.000 0.012 0.016 0.004 0.260
#> GSM11471 1 0.8300 0.18544 0.328 0.024 0.256 0.012 0.176 0.204
#> GSM11472 1 0.7883 0.02255 0.452 0.000 0.180 0.148 0.160 0.060
#> GSM11473 5 0.5222 0.49874 0.000 0.192 0.008 0.008 0.660 0.132
#> GSM11474 2 0.3576 0.68584 0.000 0.812 0.000 0.008 0.096 0.084
#> GSM11475 3 0.3059 0.76668 0.012 0.000 0.872 0.048 0.036 0.032
#> GSM11476 4 0.6594 0.50776 0.000 0.048 0.048 0.592 0.156 0.156
#> GSM11477 2 0.2492 0.72724 0.004 0.888 0.000 0.008 0.020 0.080
#> GSM11478 2 0.3103 0.70550 0.000 0.856 0.000 0.064 0.020 0.060
#> GSM11479 5 0.6394 0.48034 0.000 0.152 0.020 0.112 0.612 0.104
#> GSM11480 2 0.3360 0.70381 0.004 0.836 0.000 0.080 0.008 0.072
#> GSM11481 4 0.3972 0.34447 0.100 0.000 0.084 0.796 0.008 0.012
#> GSM11482 4 0.6767 0.50671 0.000 0.036 0.072 0.572 0.180 0.140
#> GSM11483 5 0.6708 0.43583 0.000 0.148 0.020 0.148 0.576 0.108
#> GSM11484 4 0.2905 0.44207 0.024 0.000 0.048 0.880 0.036 0.012
#> GSM11485 4 0.7373 0.37229 0.000 0.136 0.028 0.496 0.180 0.160
#> GSM11486 5 0.5492 0.16654 0.000 0.388 0.000 0.012 0.508 0.092
#> GSM11487 1 0.2404 0.52568 0.872 0.000 0.000 0.112 0.000 0.016
#> GSM11488 4 0.2633 0.45003 0.004 0.000 0.044 0.888 0.052 0.012
#> GSM11489 5 0.7848 0.20914 0.008 0.320 0.012 0.164 0.344 0.152
#> GSM11490 5 0.3406 0.58571 0.000 0.012 0.140 0.012 0.820 0.016
#> GSM11491 1 0.2002 0.54873 0.908 0.012 0.000 0.076 0.000 0.004
#> GSM11492 4 0.3594 0.41360 0.024 0.000 0.068 0.836 0.060 0.012
#> GSM11493 4 0.6194 0.50302 0.000 0.008 0.068 0.604 0.180 0.140
#> GSM11494 5 0.5160 0.54789 0.000 0.008 0.116 0.104 0.716 0.056
#> GSM11495 5 0.6714 0.25375 0.000 0.028 0.044 0.272 0.520 0.136
#> GSM11496 5 0.3588 0.57170 0.000 0.056 0.028 0.016 0.840 0.060
#> GSM11497 2 0.5774 0.64935 0.056 0.628 0.000 0.000 0.140 0.176
#> GSM11498 2 0.6677 0.55725 0.048 0.528 0.000 0.016 0.220 0.188
#> GSM11499 4 0.7115 0.37198 0.000 0.120 0.012 0.500 0.204 0.164
#> GSM11500 5 0.6813 0.33593 0.000 0.308 0.044 0.056 0.504 0.088
#> GSM11501 4 0.6878 0.46807 0.000 0.092 0.032 0.564 0.156 0.156
#> GSM11502 2 0.2890 0.72772 0.020 0.864 0.000 0.004 0.016 0.096
#> GSM11503 2 0.3529 0.69582 0.000 0.816 0.000 0.008 0.088 0.088
#> GSM11504 4 0.5498 0.16358 0.016 0.000 0.048 0.656 0.056 0.224
#> GSM11505 2 0.3493 0.68220 0.000 0.812 0.000 0.004 0.112 0.072
#> GSM11506 2 0.4995 0.62571 0.000 0.708 0.000 0.040 0.132 0.120
#> GSM11507 2 0.3577 0.68093 0.000 0.816 0.000 0.088 0.012 0.084
#> GSM11508 3 0.2546 0.76209 0.000 0.000 0.888 0.040 0.060 0.012
#> GSM11509 3 0.4882 0.56601 0.000 0.004 0.672 0.020 0.248 0.056
#> GSM11510 2 0.7472 0.38052 0.016 0.476 0.004 0.188 0.156 0.160
#> GSM11511 1 0.5935 0.40565 0.472 0.004 0.000 0.000 0.200 0.324
#> GSM11512 4 0.5341 0.21261 0.016 0.000 0.052 0.676 0.048 0.208
#> GSM11513 3 0.3147 0.73054 0.000 0.000 0.844 0.012 0.100 0.044
#> GSM11514 4 0.6041 0.28135 0.124 0.064 0.028 0.688 0.040 0.056
#> GSM11515 5 0.5643 0.41836 0.000 0.012 0.344 0.040 0.560 0.044
#> GSM11516 1 0.7056 0.31009 0.400 0.260 0.000 0.000 0.076 0.264
#> GSM11517 3 0.2068 0.77522 0.000 0.000 0.916 0.016 0.048 0.020
#> GSM11518 5 0.3720 0.57919 0.004 0.000 0.120 0.008 0.804 0.064
#> GSM11519 1 0.1901 0.54855 0.912 0.008 0.000 0.076 0.000 0.004
#> GSM11520 1 0.2537 0.55893 0.880 0.000 0.008 0.024 0.000 0.088
#> GSM11521 4 0.6910 0.48842 0.000 0.100 0.048 0.576 0.120 0.156
#> GSM11522 3 0.7339 0.22385 0.260 0.008 0.460 0.008 0.108 0.156
#> GSM11523 1 0.4482 0.48246 0.644 0.000 0.016 0.000 0.024 0.316
#> GSM11524 3 0.2755 0.74965 0.008 0.000 0.864 0.108 0.004 0.016
#> GSM11525 2 0.2307 0.72482 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048 0.032
#> GSM11526 4 0.6747 -0.11936 0.032 0.000 0.088 0.556 0.092 0.232
#> GSM11527 2 0.5037 0.64395 0.000 0.716 0.000 0.092 0.072 0.120
#> GSM11528 2 0.6763 0.60115 0.024 0.588 0.008 0.104 0.100 0.176
#> GSM11529 2 0.4442 0.69484 0.056 0.752 0.000 0.000 0.044 0.148
#> GSM11530 3 0.2333 0.77394 0.028 0.000 0.912 0.016 0.020 0.024
#> GSM11531 2 0.4083 0.69602 0.000 0.752 0.000 0.000 0.132 0.116
#> GSM11532 3 0.5192 0.65619 0.016 0.000 0.720 0.052 0.120 0.092
#> GSM11533 2 0.4824 0.67585 0.080 0.724 0.000 0.000 0.048 0.148
#> GSM11534 1 0.7627 0.43642 0.476 0.084 0.016 0.032 0.152 0.240
#> GSM11535 2 0.4710 0.69119 0.008 0.704 0.000 0.000 0.144 0.144
#> GSM11536 4 0.2655 0.48144 0.016 0.008 0.020 0.900 0.020 0.036
#> GSM11537 2 0.4497 0.69436 0.040 0.768 0.000 0.020 0.040 0.132
#> GSM11538 4 0.6478 0.22484 0.116 0.012 0.052 0.568 0.008 0.244
#> GSM11539 2 0.3086 0.71502 0.004 0.852 0.000 0.004 0.068 0.072
#> GSM11540 2 0.2299 0.72244 0.004 0.908 0.000 0.020 0.020 0.048
#> GSM11541 4 0.6217 -0.15235 0.108 0.000 0.068 0.568 0.004 0.252
#> GSM11542 2 0.6758 0.59386 0.036 0.596 0.008 0.100 0.084 0.176
#> GSM11543 5 0.7111 0.40704 0.080 0.008 0.032 0.100 0.516 0.264
#> GSM11544 1 0.1760 0.57147 0.936 0.012 0.000 0.028 0.004 0.020
#> GSM11545 1 0.3942 0.47758 0.796 0.028 0.000 0.136 0.012 0.028
#> GSM11546 2 0.5844 0.54327 0.004 0.608 0.028 0.004 0.128 0.228
#> GSM11547 2 0.6510 0.09985 0.004 0.424 0.020 0.000 0.324 0.228
#> GSM11548 3 0.3598 0.73182 0.000 0.004 0.816 0.012 0.116 0.052
#> GSM11549 1 0.5602 0.44547 0.536 0.000 0.012 0.000 0.116 0.336
#> GSM11550 1 0.5824 0.45263 0.540 0.000 0.012 0.008 0.120 0.320
#> GSM11551 5 0.7988 0.22210 0.104 0.028 0.164 0.016 0.364 0.324
#> GSM11552 3 0.3753 0.68650 0.020 0.000 0.780 0.012 0.008 0.180
#> GSM11553 2 0.5449 0.66459 0.088 0.700 0.000 0.028 0.044 0.140
#> GSM11554 2 0.3430 0.71962 0.020 0.848 0.000 0.020 0.040 0.072
#> GSM11555 4 0.4559 0.30249 0.124 0.004 0.084 0.760 0.016 0.012
#> GSM11556 4 0.5919 -0.05400 0.208 0.000 0.112 0.620 0.008 0.052
#> GSM11557 2 0.3307 0.70000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.108 0.072
#> GSM11558 2 0.3759 0.67903 0.004 0.804 0.000 0.104 0.008 0.080
#> GSM11559 2 0.5484 0.64089 0.112 0.680 0.000 0.008 0.052 0.148
#> GSM11560 1 0.5642 0.34600 0.640 0.000 0.060 0.068 0.008 0.224
#> GSM11561 2 0.3899 0.67157 0.004 0.792 0.000 0.112 0.008 0.084
#> GSM11562 2 0.4457 0.69982 0.040 0.772 0.000 0.020 0.040 0.128
#> GSM11563 1 0.6952 0.46309 0.544 0.076 0.004 0.024 0.148 0.204
#> GSM11564 1 0.5493 0.31596 0.640 0.016 0.004 0.256 0.028 0.056
#> GSM11565 1 0.5457 0.53126 0.656 0.024 0.000 0.008 0.124 0.188
#> GSM11566 2 0.4466 0.63691 0.004 0.748 0.000 0.140 0.016 0.092
#> GSM11567 4 0.6399 0.50215 0.004 0.008 0.068 0.592 0.172 0.156
#> GSM11568 1 0.7302 0.33200 0.392 0.224 0.000 0.000 0.120 0.264
#> GSM11569 2 0.2510 0.72578 0.020 0.896 0.000 0.024 0.004 0.056
#> GSM11570 3 0.3810 0.68844 0.020 0.000 0.780 0.016 0.008 0.176
#> GSM11571 1 0.6201 0.38203 0.484 0.088 0.020 0.000 0.028 0.380
#> GSM11572 2 0.8943 0.07210 0.164 0.268 0.012 0.196 0.100 0.260
#> GSM11573 1 0.5231 0.37860 0.692 0.052 0.000 0.192 0.016 0.048
#> GSM11574 2 0.4904 0.65785 0.104 0.716 0.000 0.000 0.040 0.140
#> GSM11575 2 0.7685 0.08711 0.140 0.328 0.008 0.000 0.228 0.296
#> GSM11576 1 0.3736 0.48153 0.756 0.000 0.016 0.004 0.008 0.216
#> GSM11577 1 0.5975 0.12156 0.480 0.364 0.000 0.004 0.012 0.140
#> GSM11578 1 0.6114 0.27511 0.528 0.292 0.000 0.000 0.036 0.144
#> GSM11579 4 0.7384 0.30688 0.000 0.276 0.036 0.452 0.076 0.160
#> GSM11580 2 0.6317 0.44452 0.176 0.504 0.000 0.004 0.028 0.288
#> GSM11581 3 0.2755 0.75035 0.008 0.000 0.864 0.108 0.004 0.016
#> GSM11582 4 0.6509 -0.22498 0.092 0.000 0.088 0.548 0.012 0.260
#> GSM11583 3 0.7394 0.01806 0.020 0.012 0.360 0.032 0.268 0.308
#> GSM11584 4 0.6596 0.49280 0.004 0.004 0.120 0.576 0.152 0.144
#> GSM11585 2 0.3406 0.71730 0.024 0.832 0.000 0.000 0.044 0.100
#> GSM11586 1 0.3605 0.57240 0.808 0.004 0.000 0.016 0.032 0.140
#> GSM11587 1 0.4482 0.48246 0.644 0.000 0.016 0.000 0.024 0.316
#> GSM11588 1 0.3573 0.52750 0.832 0.036 0.000 0.084 0.004 0.044
#> GSM11589 1 0.7854 0.00443 0.432 0.172 0.028 0.192 0.004 0.172
#> GSM11590 1 0.0964 0.57818 0.968 0.012 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM11591 2 0.3849 0.70452 0.060 0.804 0.000 0.000 0.032 0.104
#> GSM11592 1 0.6023 0.49719 0.596 0.000 0.028 0.016 0.132 0.228
#> GSM11593 1 0.0972 0.57804 0.964 0.008 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM11594 1 0.2920 0.53311 0.864 0.000 0.016 0.080 0.000 0.040
#> GSM11595 5 0.6920 0.41688 0.160 0.128 0.024 0.012 0.580 0.096
#> GSM11596 2 0.4760 0.70169 0.008 0.760 0.080 0.012 0.032 0.108
#> GSM11597 5 0.4236 0.48206 0.000 0.000 0.308 0.000 0.656 0.036
#> GSM11598 1 0.2282 0.55288 0.900 0.012 0.000 0.068 0.000 0.020
#> GSM11599 3 0.1686 0.77998 0.004 0.000 0.940 0.024 0.016 0.016
#> GSM11600 4 0.4893 0.25005 0.124 0.000 0.092 0.736 0.012 0.036
#> GSM11601 5 0.5000 0.57806 0.000 0.128 0.112 0.000 0.712 0.048
#> GSM11602 1 0.4593 0.47513 0.632 0.000 0.020 0.000 0.024 0.324
#> GSM11603 1 0.4498 0.47961 0.640 0.000 0.016 0.000 0.024 0.320
#> GSM11604 3 0.2495 0.77450 0.048 0.000 0.900 0.020 0.008 0.024
#> GSM11605 4 0.5805 0.21801 0.200 0.000 0.064 0.632 0.004 0.100
#> GSM11606 2 0.5265 0.63639 0.124 0.684 0.000 0.000 0.048 0.144
#> GSM11607 1 0.0972 0.56981 0.964 0.008 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.3920 0.67812 0.036 0.000 0.772 0.008 0.008 0.176
#> GSM11609 4 0.6409 0.51905 0.012 0.024 0.052 0.624 0.136 0.152
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:kmeans 153 0.09931 2
#> SD:kmeans 136 0.15517 3
#> SD:kmeans 121 0.02574 4
#> SD:kmeans 118 0.00228 5
#> SD:kmeans 97 0.00112 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.616 0.834 0.924 0.5025 0.499 0.499
#> 3 3 0.570 0.715 0.858 0.3330 0.701 0.469
#> 4 4 0.473 0.556 0.718 0.1199 0.860 0.615
#> 5 5 0.513 0.501 0.658 0.0644 0.910 0.675
#> 6 6 0.553 0.388 0.596 0.0411 0.935 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.2778 0.8884 0.952 0.048
#> GSM11438 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11439 2 1.0000 -0.0416 0.496 0.504
#> GSM11440 1 0.3584 0.8775 0.932 0.068
#> GSM11441 1 0.0376 0.9032 0.996 0.004
#> GSM11442 2 0.8267 0.6415 0.260 0.740
#> GSM11443 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.1843 0.8969 0.972 0.028
#> GSM11445 1 0.4298 0.8641 0.912 0.088
#> GSM11446 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11447 1 0.9998 0.0661 0.508 0.492
#> GSM11448 2 0.5737 0.8308 0.136 0.864
#> GSM11449 1 0.0938 0.9017 0.988 0.012
#> GSM11450 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11451 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.4298 0.8721 0.088 0.912
#> GSM11453 1 0.5737 0.8253 0.864 0.136
#> GSM11454 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11455 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11458 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11460 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.3733 0.8722 0.928 0.072
#> GSM11462 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11464 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11465 2 0.4022 0.8804 0.080 0.920
#> GSM11466 1 0.0672 0.9033 0.992 0.008
#> GSM11467 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11468 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11469 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11470 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11471 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11472 1 0.2043 0.8948 0.968 0.032
#> GSM11473 2 0.3431 0.8934 0.064 0.936
#> GSM11474 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11475 1 0.2948 0.8872 0.948 0.052
#> GSM11476 2 0.1414 0.9236 0.020 0.980
#> GSM11477 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11479 2 0.0938 0.9272 0.012 0.988
#> GSM11480 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11481 1 0.4298 0.8605 0.912 0.088
#> GSM11482 2 0.1633 0.9224 0.024 0.976
#> GSM11483 2 0.0376 0.9299 0.004 0.996
#> GSM11484 1 0.6148 0.8144 0.848 0.152
#> GSM11485 2 0.0672 0.9286 0.008 0.992
#> GSM11486 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11487 1 0.1184 0.9015 0.984 0.016
#> GSM11488 1 0.8955 0.6039 0.688 0.312
#> GSM11489 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11490 1 0.9000 0.5587 0.684 0.316
#> GSM11491 1 0.3879 0.8726 0.924 0.076
#> GSM11492 1 0.2603 0.8894 0.956 0.044
#> GSM11493 2 0.8955 0.5363 0.312 0.688
#> GSM11494 1 0.9552 0.4374 0.624 0.376
#> GSM11495 2 0.1414 0.9236 0.020 0.980
#> GSM11496 2 0.1843 0.9197 0.028 0.972
#> GSM11497 2 0.1184 0.9250 0.016 0.984
#> GSM11498 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11499 2 0.0938 0.9272 0.012 0.988
#> GSM11500 2 0.1184 0.9261 0.016 0.984
#> GSM11501 2 0.0376 0.9299 0.004 0.996
#> GSM11502 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11503 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11504 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11505 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0376 0.9299 0.004 0.996
#> GSM11507 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11509 1 0.8955 0.5665 0.688 0.312
#> GSM11510 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.5294 0.8346 0.880 0.120
#> GSM11512 1 0.4939 0.8538 0.892 0.108
#> GSM11513 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11514 1 1.0000 0.1039 0.504 0.496
#> GSM11515 2 0.9460 0.4192 0.364 0.636
#> GSM11516 2 0.5294 0.8424 0.120 0.880
#> GSM11517 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11518 1 0.8327 0.6528 0.736 0.264
#> GSM11519 1 0.4939 0.8495 0.892 0.108
#> GSM11520 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11521 2 0.0938 0.9274 0.012 0.988
#> GSM11522 1 0.0672 0.9026 0.992 0.008
#> GSM11523 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11524 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11525 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11526 1 0.2043 0.8946 0.968 0.032
#> GSM11527 2 0.0672 0.9286 0.008 0.992
#> GSM11528 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.1184 0.9247 0.016 0.984
#> GSM11530 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11531 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11532 1 0.0376 0.9035 0.996 0.004
#> GSM11533 2 0.0376 0.9299 0.004 0.996
#> GSM11534 2 0.7674 0.7077 0.224 0.776
#> GSM11535 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11536 2 0.8763 0.5617 0.296 0.704
#> GSM11537 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11538 1 0.8909 0.5869 0.692 0.308
#> GSM11539 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11541 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11543 2 0.8386 0.6454 0.268 0.732
#> GSM11544 1 0.1633 0.8985 0.976 0.024
#> GSM11545 1 0.6887 0.7807 0.816 0.184
#> GSM11546 2 0.5408 0.8386 0.124 0.876
#> GSM11547 2 0.6048 0.8097 0.148 0.852
#> GSM11548 1 0.4690 0.8547 0.900 0.100
#> GSM11549 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.4939 0.8458 0.892 0.108
#> GSM11552 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11555 1 0.4690 0.8545 0.900 0.100
#> GSM11556 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11560 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11563 1 0.8813 0.6157 0.700 0.300
#> GSM11564 1 0.9850 0.3086 0.572 0.428
#> GSM11565 1 0.5408 0.8362 0.876 0.124
#> GSM11566 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.9922 0.1508 0.448 0.552
#> GSM11568 2 0.7139 0.7564 0.196 0.804
#> GSM11569 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.9866 0.2570 0.568 0.432
#> GSM11572 2 0.2236 0.9143 0.036 0.964
#> GSM11573 1 0.9358 0.5049 0.648 0.352
#> GSM11574 2 0.0376 0.9298 0.004 0.996
#> GSM11575 2 0.8499 0.6232 0.276 0.724
#> GSM11576 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11577 2 0.8016 0.6754 0.244 0.756
#> GSM11578 2 0.3733 0.8874 0.072 0.928
#> GSM11579 2 0.1184 0.9256 0.016 0.984
#> GSM11580 2 0.3274 0.8964 0.060 0.940
#> GSM11581 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> GSM11582 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11583 1 0.5946 0.8084 0.856 0.144
#> GSM11584 1 0.8555 0.6387 0.720 0.280
#> GSM11585 2 0.0000 0.9312 0.000 1.000
#> GSM11586 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11587 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11588 1 0.8661 0.6252 0.712 0.288
#> GSM11589 1 0.9970 0.1715 0.532 0.468
#> GSM11590 1 0.1184 0.9007 0.984 0.016
#> GSM11591 2 0.0376 0.9298 0.004 0.996
#> GSM11592 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11593 1 0.1184 0.9007 0.984 0.016
#> GSM11594 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11595 1 0.9970 0.1750 0.532 0.468
#> GSM11596 2 0.5178 0.8509 0.116 0.884
#> GSM11597 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11598 1 0.1414 0.8994 0.980 0.020
#> GSM11599 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11600 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11601 2 0.2236 0.9127 0.036 0.964
#> GSM11602 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0376 0.9033 0.996 0.004
#> GSM11604 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11605 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11606 2 0.0672 0.9281 0.008 0.992
#> GSM11607 1 0.1633 0.8985 0.976 0.024
#> GSM11608 1 0.0000 0.9034 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.7950 0.6754 0.240 0.760
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.8393 0.1508 0.516 0.088 0.396
#> GSM11438 2 0.3340 0.8323 0.000 0.880 0.120
#> GSM11439 3 0.6012 0.6028 0.032 0.220 0.748
#> GSM11440 3 0.2050 0.8138 0.028 0.020 0.952
#> GSM11441 3 0.3412 0.7548 0.124 0.000 0.876
#> GSM11442 3 0.0424 0.8126 0.000 0.008 0.992
#> GSM11443 2 0.0892 0.8833 0.000 0.980 0.020
#> GSM11444 3 0.0475 0.8139 0.004 0.004 0.992
#> GSM11445 3 0.0424 0.8126 0.000 0.008 0.992
#> GSM11446 3 0.0983 0.8156 0.016 0.004 0.980
#> GSM11447 3 0.0829 0.8144 0.004 0.012 0.984
#> GSM11448 1 0.6244 0.2990 0.560 0.440 0.000
#> GSM11449 1 0.3983 0.7181 0.852 0.004 0.144
#> GSM11450 1 0.1170 0.8149 0.976 0.008 0.016
#> GSM11451 2 0.0424 0.8842 0.008 0.992 0.000
#> GSM11452 1 0.6299 0.2104 0.524 0.476 0.000
#> GSM11453 1 0.1525 0.8118 0.964 0.032 0.004
#> GSM11454 3 0.1529 0.8137 0.040 0.000 0.960
#> GSM11455 2 0.5497 0.6397 0.000 0.708 0.292
#> GSM11456 2 0.0892 0.8834 0.000 0.980 0.020
#> GSM11457 2 0.0000 0.8844 0.000 1.000 0.000
#> GSM11458 3 0.5650 0.5791 0.312 0.000 0.688
#> GSM11459 3 0.1753 0.8120 0.048 0.000 0.952
#> GSM11460 1 0.5216 0.5428 0.740 0.000 0.260
#> GSM11461 1 0.7931 0.0941 0.528 0.060 0.412
#> GSM11462 3 0.6204 0.3712 0.424 0.000 0.576
#> GSM11463 2 0.0475 0.8844 0.004 0.992 0.004
#> GSM11464 1 0.2261 0.7891 0.932 0.000 0.068
#> GSM11465 2 0.5608 0.7640 0.072 0.808 0.120
#> GSM11466 3 0.1774 0.8144 0.024 0.016 0.960
#> GSM11467 1 0.0892 0.8090 0.980 0.000 0.020
#> GSM11468 3 0.1529 0.8135 0.040 0.000 0.960
#> GSM11469 3 0.4750 0.6935 0.216 0.000 0.784
#> GSM11470 1 0.0424 0.8131 0.992 0.000 0.008
#> GSM11471 1 0.4953 0.6915 0.808 0.016 0.176
#> GSM11472 1 0.5929 0.4832 0.676 0.004 0.320
#> GSM11473 2 0.3965 0.8247 0.008 0.860 0.132
#> GSM11474 2 0.0424 0.8850 0.000 0.992 0.008
#> GSM11475 3 0.1964 0.8090 0.056 0.000 0.944
#> GSM11476 3 0.5678 0.4327 0.000 0.316 0.684
#> GSM11477 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11478 2 0.0592 0.8843 0.000 0.988 0.012
#> GSM11479 2 0.5397 0.6655 0.000 0.720 0.280
#> GSM11480 2 0.0237 0.8843 0.004 0.996 0.000
#> GSM11481 3 0.5656 0.6409 0.264 0.008 0.728
#> GSM11482 3 0.3267 0.7677 0.000 0.116 0.884
#> GSM11483 2 0.5465 0.6513 0.000 0.712 0.288
#> GSM11484 3 0.1877 0.8124 0.032 0.012 0.956
#> GSM11485 2 0.5859 0.5594 0.000 0.656 0.344
#> GSM11486 2 0.2165 0.8702 0.000 0.936 0.064
#> GSM11487 1 0.0424 0.8123 0.992 0.000 0.008
#> GSM11488 3 0.1636 0.8131 0.016 0.020 0.964
#> GSM11489 2 0.3038 0.8432 0.000 0.896 0.104
#> GSM11490 3 0.1399 0.8109 0.004 0.028 0.968
#> GSM11491 1 0.0424 0.8147 0.992 0.008 0.000
#> GSM11492 3 0.1878 0.8096 0.044 0.004 0.952
#> GSM11493 3 0.1267 0.8112 0.004 0.024 0.972
#> GSM11494 3 0.0983 0.8137 0.004 0.016 0.980
#> GSM11495 3 0.6079 0.2284 0.000 0.388 0.612
#> GSM11496 2 0.6373 0.4340 0.004 0.588 0.408
#> GSM11497 2 0.5292 0.6288 0.228 0.764 0.008
#> GSM11498 2 0.3456 0.8556 0.060 0.904 0.036
#> GSM11499 2 0.5859 0.5620 0.000 0.656 0.344
#> GSM11500 2 0.5733 0.5976 0.000 0.676 0.324
#> GSM11501 2 0.6180 0.4013 0.000 0.584 0.416
#> GSM11502 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11503 2 0.0592 0.8845 0.000 0.988 0.012
#> GSM11504 3 0.0747 0.8156 0.016 0.000 0.984
#> GSM11505 2 0.0747 0.8837 0.000 0.984 0.016
#> GSM11506 2 0.2066 0.8710 0.000 0.940 0.060
#> GSM11507 2 0.0237 0.8850 0.000 0.996 0.004
#> GSM11508 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000
#> GSM11509 3 0.1399 0.8108 0.004 0.028 0.968
#> GSM11510 2 0.4682 0.7687 0.004 0.804 0.192
#> GSM11511 1 0.1781 0.8137 0.960 0.020 0.020
#> GSM11512 3 0.1170 0.8151 0.016 0.008 0.976
#> GSM11513 3 0.1411 0.8145 0.036 0.000 0.964
#> GSM11514 3 0.8321 0.5436 0.140 0.240 0.620
#> GSM11515 3 0.0747 0.8129 0.000 0.016 0.984
#> GSM11516 1 0.5926 0.4997 0.644 0.356 0.000
#> GSM11517 3 0.2066 0.8086 0.060 0.000 0.940
#> GSM11518 3 0.7710 0.2955 0.368 0.056 0.576
#> GSM11519 1 0.0747 0.8138 0.984 0.016 0.000
#> GSM11520 1 0.0237 0.8129 0.996 0.000 0.004
#> GSM11521 3 0.5785 0.3920 0.000 0.332 0.668
#> GSM11522 1 0.4409 0.6781 0.824 0.004 0.172
#> GSM11523 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11524 3 0.0592 0.8150 0.012 0.000 0.988
#> GSM11525 2 0.1031 0.8830 0.000 0.976 0.024
#> GSM11526 3 0.0983 0.8166 0.016 0.004 0.980
#> GSM11527 2 0.3116 0.8442 0.000 0.892 0.108
#> GSM11528 2 0.0829 0.8856 0.004 0.984 0.012
#> GSM11529 2 0.6322 0.5296 0.276 0.700 0.024
#> GSM11530 3 0.6106 0.6881 0.200 0.044 0.756
#> GSM11531 2 0.0475 0.8844 0.004 0.992 0.004
#> GSM11532 3 0.3941 0.7472 0.156 0.000 0.844
#> GSM11533 2 0.5363 0.5428 0.276 0.724 0.000
#> GSM11534 1 0.6254 0.6986 0.756 0.188 0.056
#> GSM11535 2 0.0592 0.8828 0.012 0.988 0.000
#> GSM11536 3 0.6678 0.6290 0.060 0.216 0.724
#> GSM11537 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11538 1 0.7442 0.3191 0.604 0.048 0.348
#> GSM11539 2 0.0237 0.8847 0.000 0.996 0.004
#> GSM11540 2 0.0237 0.8847 0.000 0.996 0.004
#> GSM11541 1 0.5678 0.4542 0.684 0.000 0.316
#> GSM11542 2 0.0475 0.8851 0.004 0.992 0.004
#> GSM11543 1 0.9239 0.2768 0.500 0.172 0.328
#> GSM11544 1 0.0592 0.8140 0.988 0.012 0.000
#> GSM11545 1 0.1163 0.8126 0.972 0.028 0.000
#> GSM11546 2 0.3921 0.8354 0.080 0.884 0.036
#> GSM11547 2 0.3272 0.8409 0.080 0.904 0.016
#> GSM11548 3 0.1753 0.8122 0.048 0.000 0.952
#> GSM11549 1 0.0892 0.8109 0.980 0.000 0.020
#> GSM11550 1 0.0747 0.8115 0.984 0.000 0.016
#> GSM11551 1 0.7752 0.0847 0.496 0.048 0.456
#> GSM11552 3 0.5560 0.5921 0.300 0.000 0.700
#> GSM11553 2 0.0747 0.8813 0.016 0.984 0.000
#> GSM11554 2 0.0237 0.8843 0.004 0.996 0.000
#> GSM11555 3 0.7377 0.2455 0.452 0.032 0.516
#> GSM11556 3 0.6309 0.1946 0.496 0.000 0.504
#> GSM11557 2 0.0237 0.8848 0.000 0.996 0.004
#> GSM11558 2 0.0237 0.8843 0.004 0.996 0.000
#> GSM11559 2 0.0592 0.8827 0.012 0.988 0.000
#> GSM11560 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11561 2 0.0237 0.8843 0.004 0.996 0.000
#> GSM11562 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11563 1 0.3539 0.7801 0.888 0.100 0.012
#> GSM11564 1 0.3670 0.7810 0.888 0.092 0.020
#> GSM11565 1 0.1289 0.8125 0.968 0.032 0.000
#> GSM11566 2 0.0661 0.8847 0.008 0.988 0.004
#> GSM11567 3 0.4007 0.7751 0.084 0.036 0.880
#> GSM11568 1 0.5926 0.4991 0.644 0.356 0.000
#> GSM11569 2 0.0237 0.8843 0.004 0.996 0.000
#> GSM11570 3 0.5560 0.5913 0.300 0.000 0.700
#> GSM11571 1 0.2384 0.8046 0.936 0.056 0.008
#> GSM11572 2 0.5595 0.6430 0.228 0.756 0.016
#> GSM11573 1 0.3031 0.7930 0.912 0.076 0.012
#> GSM11574 2 0.1163 0.8755 0.028 0.972 0.000
#> GSM11575 1 0.6865 0.4059 0.596 0.384 0.020
#> GSM11576 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11577 1 0.5178 0.6539 0.744 0.256 0.000
#> GSM11578 1 0.5810 0.5342 0.664 0.336 0.000
#> GSM11579 2 0.6247 0.4814 0.004 0.620 0.376
#> GSM11580 1 0.6274 0.2516 0.544 0.456 0.000
#> GSM11581 3 0.0592 0.8150 0.012 0.000 0.988
#> GSM11582 3 0.6225 0.3586 0.432 0.000 0.568
#> GSM11583 3 0.5733 0.5613 0.324 0.000 0.676
#> GSM11584 3 0.0661 0.8147 0.008 0.004 0.988
#> GSM11585 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11586 1 0.0237 0.8140 0.996 0.000 0.004
#> GSM11587 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11588 1 0.3120 0.7900 0.908 0.080 0.012
#> GSM11589 1 0.2384 0.8055 0.936 0.056 0.008
#> GSM11590 1 0.0424 0.8139 0.992 0.008 0.000
#> GSM11591 2 0.0424 0.8837 0.008 0.992 0.000
#> GSM11592 1 0.1964 0.7996 0.944 0.000 0.056
#> GSM11593 1 0.0237 0.8138 0.996 0.004 0.000
#> GSM11594 1 0.0424 0.8123 0.992 0.000 0.008
#> GSM11595 1 0.8770 0.5357 0.584 0.236 0.180
#> GSM11596 2 0.5237 0.7921 0.120 0.824 0.056
#> GSM11597 3 0.3272 0.7893 0.104 0.004 0.892
#> GSM11598 1 0.0237 0.8138 0.996 0.004 0.000
#> GSM11599 3 0.1163 0.8149 0.028 0.000 0.972
#> GSM11600 3 0.6476 0.3172 0.448 0.004 0.548
#> GSM11601 2 0.5541 0.6865 0.008 0.740 0.252
#> GSM11602 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11603 1 0.0592 0.8124 0.988 0.000 0.012
#> GSM11604 3 0.5363 0.6331 0.276 0.000 0.724
#> GSM11605 1 0.5327 0.5141 0.728 0.000 0.272
#> GSM11606 2 0.1643 0.8658 0.044 0.956 0.000
#> GSM11607 1 0.0237 0.8138 0.996 0.004 0.000
#> GSM11608 3 0.6302 0.2248 0.480 0.000 0.520
#> GSM11609 3 0.6895 0.6319 0.064 0.228 0.708
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.890 0.1161 0.324 0.060 0.220 0.396
#> GSM11438 2 0.572 0.5799 0.000 0.680 0.068 0.252
#> GSM11439 3 0.650 0.4843 0.012 0.076 0.624 0.288
#> GSM11440 3 0.425 0.5579 0.016 0.000 0.776 0.208
#> GSM11441 3 0.576 0.5527 0.048 0.008 0.680 0.264
#> GSM11442 3 0.511 0.4906 0.000 0.012 0.636 0.352
#> GSM11443 2 0.347 0.7593 0.000 0.868 0.060 0.072
#> GSM11444 3 0.280 0.6545 0.000 0.016 0.892 0.092
#> GSM11445 3 0.326 0.6351 0.000 0.004 0.844 0.152
#> GSM11446 3 0.341 0.6345 0.004 0.016 0.860 0.120
#> GSM11447 3 0.509 0.5306 0.000 0.024 0.688 0.288
#> GSM11448 1 0.781 0.4595 0.584 0.184 0.048 0.184
#> GSM11449 1 0.600 0.2342 0.552 0.008 0.412 0.028
#> GSM11450 1 0.335 0.7227 0.872 0.000 0.084 0.044
#> GSM11451 2 0.226 0.7849 0.020 0.924 0.000 0.056
#> GSM11452 2 0.558 0.0886 0.448 0.532 0.000 0.020
#> GSM11453 1 0.392 0.7122 0.828 0.016 0.008 0.148
#> GSM11454 3 0.241 0.6573 0.016 0.004 0.920 0.060
#> GSM11455 4 0.706 0.1629 0.000 0.344 0.136 0.520
#> GSM11456 2 0.691 0.5254 0.016 0.608 0.104 0.272
#> GSM11457 2 0.111 0.7902 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM11458 3 0.429 0.5918 0.164 0.000 0.800 0.036
#> GSM11459 3 0.194 0.6574 0.012 0.000 0.936 0.052
#> GSM11460 1 0.719 0.2958 0.536 0.000 0.172 0.292
#> GSM11461 3 0.830 0.4229 0.224 0.060 0.532 0.184
#> GSM11462 3 0.546 0.4998 0.228 0.000 0.708 0.064
#> GSM11463 2 0.284 0.7729 0.000 0.900 0.052 0.048
#> GSM11464 1 0.493 0.6796 0.776 0.000 0.092 0.132
#> GSM11465 2 0.896 0.2268 0.084 0.456 0.224 0.236
#> GSM11466 3 0.626 0.4843 0.040 0.016 0.600 0.344
#> GSM11467 1 0.446 0.6823 0.792 0.000 0.044 0.164
#> GSM11468 3 0.320 0.6192 0.008 0.000 0.856 0.136
#> GSM11469 3 0.373 0.6304 0.056 0.000 0.852 0.092
#> GSM11470 1 0.128 0.7382 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM11471 1 0.626 0.3807 0.592 0.012 0.352 0.044
#> GSM11472 1 0.810 0.0601 0.408 0.008 0.280 0.304
#> GSM11473 2 0.758 0.4323 0.016 0.556 0.192 0.236
#> GSM11474 2 0.277 0.7796 0.000 0.900 0.028 0.072
#> GSM11475 3 0.496 0.5756 0.036 0.004 0.748 0.212
#> GSM11476 4 0.568 0.5070 0.000 0.136 0.144 0.720
#> GSM11477 2 0.193 0.7895 0.024 0.940 0.000 0.036
#> GSM11478 2 0.233 0.7845 0.000 0.908 0.004 0.088
#> GSM11479 2 0.752 0.1353 0.000 0.424 0.184 0.392
#> GSM11480 2 0.303 0.7650 0.008 0.868 0.000 0.124
#> GSM11481 4 0.662 0.4855 0.096 0.012 0.260 0.632
#> GSM11482 4 0.569 0.4917 0.000 0.080 0.224 0.696
#> GSM11483 4 0.731 -0.1280 0.000 0.420 0.152 0.428
#> GSM11484 4 0.531 0.4881 0.028 0.004 0.280 0.688
#> GSM11485 4 0.618 0.2942 0.000 0.308 0.076 0.616
#> GSM11486 2 0.596 0.5980 0.000 0.676 0.096 0.228
#> GSM11487 1 0.372 0.6952 0.812 0.000 0.008 0.180
#> GSM11488 4 0.427 0.5191 0.004 0.004 0.232 0.760
#> GSM11489 2 0.716 0.3608 0.004 0.528 0.132 0.336
#> GSM11490 3 0.553 0.5173 0.000 0.040 0.656 0.304
#> GSM11491 1 0.333 0.7171 0.856 0.008 0.004 0.132
#> GSM11492 4 0.584 0.4313 0.036 0.004 0.348 0.612
#> GSM11493 4 0.456 0.4290 0.000 0.004 0.296 0.700
#> GSM11494 3 0.551 0.2330 0.000 0.016 0.492 0.492
#> GSM11495 4 0.669 0.2550 0.000 0.128 0.276 0.596
#> GSM11496 3 0.826 0.0891 0.012 0.292 0.372 0.324
#> GSM11497 2 0.575 0.6818 0.156 0.748 0.040 0.056
#> GSM11498 2 0.627 0.6942 0.132 0.720 0.036 0.112
#> GSM11499 4 0.570 0.3778 0.000 0.292 0.052 0.656
#> GSM11500 2 0.768 0.2232 0.000 0.456 0.252 0.292
#> GSM11501 4 0.603 0.4879 0.000 0.236 0.096 0.668
#> GSM11502 2 0.183 0.7880 0.024 0.944 0.000 0.032
#> GSM11503 2 0.265 0.7891 0.004 0.912 0.028 0.056
#> GSM11504 4 0.571 0.4487 0.048 0.000 0.308 0.644
#> GSM11505 2 0.247 0.7804 0.000 0.916 0.028 0.056
#> GSM11506 2 0.432 0.7417 0.000 0.804 0.044 0.152
#> GSM11507 2 0.261 0.7783 0.008 0.896 0.000 0.096
#> GSM11508 3 0.344 0.6052 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM11509 3 0.384 0.6287 0.000 0.016 0.816 0.168
#> GSM11510 2 0.620 0.3223 0.004 0.532 0.044 0.420
#> GSM11511 1 0.498 0.6960 0.808 0.040 0.088 0.064
#> GSM11512 4 0.524 0.4792 0.024 0.004 0.284 0.688
#> GSM11513 3 0.216 0.6571 0.008 0.004 0.928 0.060
#> GSM11514 4 0.736 0.5092 0.068 0.108 0.184 0.640
#> GSM11515 3 0.492 0.5565 0.004 0.012 0.700 0.284
#> GSM11516 1 0.550 0.4978 0.652 0.312 0.000 0.036
#> GSM11517 3 0.292 0.6336 0.008 0.000 0.876 0.116
#> GSM11518 3 0.751 0.4478 0.096 0.044 0.572 0.288
#> GSM11519 1 0.317 0.7229 0.868 0.016 0.000 0.116
#> GSM11520 1 0.264 0.7361 0.904 0.000 0.020 0.076
#> GSM11521 4 0.604 0.5127 0.000 0.156 0.156 0.688
#> GSM11522 1 0.610 0.3490 0.592 0.004 0.356 0.048
#> GSM11523 1 0.198 0.7312 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM11524 3 0.383 0.5551 0.004 0.000 0.792 0.204
#> GSM11525 2 0.259 0.7864 0.000 0.912 0.040 0.048
#> GSM11526 3 0.607 -0.1459 0.028 0.008 0.492 0.472
#> GSM11527 2 0.500 0.6979 0.000 0.748 0.052 0.200
#> GSM11528 2 0.377 0.7549 0.004 0.820 0.008 0.168
#> GSM11529 2 0.537 0.6553 0.192 0.748 0.028 0.032
#> GSM11530 3 0.397 0.6375 0.056 0.016 0.856 0.072
#> GSM11531 2 0.333 0.7732 0.008 0.884 0.044 0.064
#> GSM11532 3 0.581 0.5698 0.080 0.004 0.700 0.216
#> GSM11533 2 0.479 0.6328 0.220 0.752 0.008 0.020
#> GSM11534 1 0.682 0.5977 0.676 0.124 0.040 0.160
#> GSM11535 2 0.350 0.7750 0.044 0.884 0.032 0.040
#> GSM11536 4 0.585 0.5525 0.028 0.060 0.184 0.728
#> GSM11537 2 0.234 0.7822 0.020 0.920 0.000 0.060
#> GSM11538 4 0.744 0.4921 0.204 0.044 0.136 0.616
#> GSM11539 2 0.104 0.7900 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM11540 2 0.202 0.7895 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM11541 4 0.727 0.2671 0.344 0.000 0.160 0.496
#> GSM11542 2 0.419 0.7416 0.016 0.796 0.004 0.184
#> GSM11543 4 0.857 0.2486 0.300 0.060 0.172 0.468
#> GSM11544 1 0.205 0.7405 0.928 0.008 0.000 0.064
#> GSM11545 1 0.482 0.6870 0.772 0.044 0.004 0.180
#> GSM11546 2 0.644 0.6574 0.044 0.708 0.152 0.096
#> GSM11547 2 0.717 0.5915 0.048 0.652 0.148 0.152
#> GSM11548 3 0.251 0.6544 0.008 0.012 0.916 0.064
#> GSM11549 1 0.311 0.7210 0.884 0.000 0.080 0.036
#> GSM11550 1 0.250 0.7314 0.916 0.000 0.040 0.044
#> GSM11551 3 0.826 0.2346 0.328 0.056 0.484 0.132
#> GSM11552 3 0.512 0.5714 0.124 0.000 0.764 0.112
#> GSM11553 2 0.330 0.7750 0.048 0.876 0.000 0.076
#> GSM11554 2 0.194 0.7849 0.012 0.936 0.000 0.052
#> GSM11555 4 0.774 0.4403 0.212 0.020 0.224 0.544
#> GSM11556 1 0.790 -0.1678 0.360 0.000 0.296 0.344
#> GSM11557 2 0.202 0.7818 0.000 0.936 0.024 0.040
#> GSM11558 2 0.261 0.7774 0.008 0.896 0.000 0.096
#> GSM11559 2 0.294 0.7785 0.040 0.900 0.004 0.056
#> GSM11560 1 0.389 0.7163 0.844 0.000 0.064 0.092
#> GSM11561 2 0.292 0.7675 0.008 0.876 0.000 0.116
#> GSM11562 2 0.278 0.7823 0.020 0.896 0.000 0.084
#> GSM11563 1 0.581 0.6713 0.756 0.096 0.040 0.108
#> GSM11564 1 0.697 0.4799 0.592 0.068 0.032 0.308
#> GSM11565 1 0.250 0.7324 0.924 0.016 0.020 0.040
#> GSM11566 2 0.411 0.6973 0.008 0.788 0.004 0.200
#> GSM11567 4 0.587 0.5270 0.044 0.032 0.208 0.716
#> GSM11568 1 0.597 0.5123 0.644 0.304 0.012 0.040
#> GSM11569 2 0.210 0.7847 0.012 0.928 0.000 0.060
#> GSM11570 3 0.548 0.5433 0.124 0.000 0.736 0.140
#> GSM11571 1 0.383 0.7086 0.856 0.100 0.024 0.020
#> GSM11572 2 0.824 0.0827 0.180 0.408 0.028 0.384
#> GSM11573 1 0.664 0.5349 0.616 0.076 0.016 0.292
#> GSM11574 2 0.293 0.7749 0.052 0.896 0.000 0.052
#> GSM11575 1 0.845 0.2470 0.460 0.348 0.112 0.080
#> GSM11576 1 0.194 0.7356 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM11577 1 0.542 0.5483 0.676 0.284 0.000 0.040
#> GSM11578 1 0.548 0.4415 0.628 0.344 0.000 0.028
#> GSM11579 4 0.710 0.3011 0.000 0.344 0.140 0.516
#> GSM11580 1 0.586 0.0353 0.492 0.480 0.004 0.024
#> GSM11581 3 0.349 0.5733 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM11582 4 0.747 0.3594 0.204 0.000 0.304 0.492
#> GSM11583 3 0.691 0.5224 0.164 0.008 0.620 0.208
#> GSM11584 4 0.513 0.3003 0.000 0.008 0.388 0.604
#> GSM11585 2 0.160 0.7886 0.020 0.956 0.004 0.020
#> GSM11586 1 0.194 0.7366 0.936 0.000 0.012 0.052
#> GSM11587 1 0.171 0.7326 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM11588 1 0.524 0.6759 0.748 0.064 0.004 0.184
#> GSM11589 1 0.776 0.3593 0.512 0.144 0.024 0.320
#> GSM11590 1 0.159 0.7390 0.952 0.004 0.004 0.040
#> GSM11591 2 0.238 0.7811 0.052 0.920 0.000 0.028
#> GSM11592 1 0.396 0.7122 0.836 0.000 0.112 0.052
#> GSM11593 1 0.149 0.7389 0.956 0.004 0.004 0.036
#> GSM11594 1 0.327 0.7216 0.868 0.000 0.024 0.108
#> GSM11595 1 0.975 -0.0541 0.312 0.148 0.292 0.248
#> GSM11596 2 0.684 0.6470 0.112 0.692 0.124 0.072
#> GSM11597 3 0.531 0.5912 0.044 0.008 0.732 0.216
#> GSM11598 1 0.253 0.7285 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM11599 3 0.277 0.6274 0.004 0.000 0.880 0.116
#> GSM11600 4 0.726 0.4035 0.204 0.000 0.256 0.540
#> GSM11601 3 0.823 0.2419 0.020 0.260 0.452 0.268
#> GSM11602 1 0.198 0.7317 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM11603 1 0.171 0.7324 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM11604 3 0.404 0.6150 0.136 0.000 0.824 0.040
#> GSM11605 4 0.719 0.3426 0.300 0.000 0.168 0.532
#> GSM11606 2 0.314 0.7679 0.072 0.884 0.000 0.044
#> GSM11607 1 0.212 0.7367 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM11608 3 0.599 0.4018 0.296 0.000 0.636 0.068
#> GSM11609 4 0.530 0.5439 0.004 0.072 0.176 0.748
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.873 0.2210 0.224 0.032 0.100 0.328 0.316
#> GSM11438 2 0.677 0.2602 0.000 0.500 0.016 0.192 0.292
#> GSM11439 5 0.492 0.3861 0.000 0.024 0.300 0.016 0.660
#> GSM11440 3 0.401 0.7081 0.012 0.008 0.820 0.112 0.048
#> GSM11441 5 0.643 0.1455 0.060 0.004 0.404 0.040 0.492
#> GSM11442 5 0.616 0.1167 0.000 0.000 0.424 0.132 0.444
#> GSM11443 2 0.417 0.6190 0.000 0.712 0.004 0.012 0.272
#> GSM11444 3 0.328 0.6775 0.000 0.008 0.832 0.012 0.148
#> GSM11445 3 0.310 0.7172 0.000 0.004 0.864 0.044 0.088
#> GSM11446 3 0.423 0.5549 0.000 0.004 0.724 0.020 0.252
#> GSM11447 5 0.524 0.1766 0.000 0.008 0.412 0.032 0.548
#> GSM11448 5 0.704 -0.0127 0.356 0.144 0.012 0.020 0.468
#> GSM11449 3 0.686 0.1680 0.372 0.024 0.492 0.020 0.092
#> GSM11450 1 0.478 0.6386 0.748 0.008 0.060 0.008 0.176
#> GSM11451 2 0.308 0.7112 0.008 0.872 0.000 0.056 0.064
#> GSM11452 2 0.564 0.1981 0.372 0.544 0.000 0.000 0.084
#> GSM11453 1 0.584 0.5868 0.672 0.040 0.004 0.208 0.076
#> GSM11454 3 0.275 0.7130 0.008 0.004 0.880 0.008 0.100
#> GSM11455 5 0.742 0.2517 0.000 0.188 0.052 0.320 0.440
#> GSM11456 5 0.605 0.3498 0.012 0.300 0.036 0.044 0.608
#> GSM11457 2 0.224 0.7245 0.000 0.908 0.000 0.024 0.068
#> GSM11458 3 0.376 0.6828 0.088 0.000 0.828 0.008 0.076
#> GSM11459 3 0.144 0.7310 0.000 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM11460 4 0.795 0.1900 0.320 0.000 0.172 0.396 0.112
#> GSM11461 3 0.821 0.0948 0.172 0.044 0.384 0.048 0.352
#> GSM11462 3 0.388 0.6702 0.108 0.000 0.820 0.012 0.060
#> GSM11463 2 0.367 0.6704 0.004 0.788 0.008 0.004 0.196
#> GSM11464 1 0.650 0.4916 0.616 0.000 0.084 0.216 0.084
#> GSM11465 5 0.845 0.2562 0.100 0.320 0.096 0.064 0.420
#> GSM11466 3 0.759 0.1343 0.036 0.016 0.448 0.184 0.316
#> GSM11467 1 0.685 0.4050 0.576 0.008 0.064 0.260 0.092
#> GSM11468 3 0.194 0.7328 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020
#> GSM11469 3 0.222 0.7308 0.000 0.000 0.912 0.052 0.036
#> GSM11470 1 0.181 0.6832 0.940 0.000 0.020 0.016 0.024
#> GSM11471 1 0.774 0.2054 0.428 0.044 0.340 0.020 0.168
#> GSM11472 4 0.878 0.0752 0.304 0.020 0.184 0.328 0.164
#> GSM11473 5 0.602 0.1984 0.004 0.348 0.040 0.040 0.568
#> GSM11474 2 0.410 0.6891 0.000 0.768 0.000 0.048 0.184
#> GSM11475 3 0.489 0.6934 0.028 0.008 0.768 0.128 0.068
#> GSM11476 4 0.560 0.4070 0.000 0.064 0.048 0.688 0.200
#> GSM11477 2 0.341 0.7190 0.016 0.844 0.000 0.024 0.116
#> GSM11478 2 0.388 0.6974 0.000 0.804 0.000 0.124 0.072
#> GSM11479 5 0.711 0.3946 0.000 0.256 0.048 0.180 0.516
#> GSM11480 2 0.337 0.6941 0.000 0.824 0.000 0.148 0.028
#> GSM11481 4 0.522 0.5613 0.088 0.004 0.144 0.736 0.028
#> GSM11482 4 0.594 0.4544 0.000 0.052 0.108 0.676 0.164
#> GSM11483 5 0.689 0.3359 0.000 0.232 0.020 0.248 0.500
#> GSM11484 4 0.366 0.5650 0.016 0.000 0.116 0.832 0.036
#> GSM11485 4 0.666 0.1095 0.000 0.204 0.012 0.516 0.268
#> GSM11486 2 0.571 0.1639 0.000 0.484 0.028 0.032 0.456
#> GSM11487 1 0.487 0.5784 0.708 0.008 0.008 0.240 0.036
#> GSM11488 4 0.425 0.5465 0.004 0.008 0.100 0.800 0.088
#> GSM11489 5 0.752 0.1656 0.000 0.360 0.048 0.212 0.380
#> GSM11490 5 0.520 0.3486 0.008 0.012 0.324 0.024 0.632
#> GSM11491 1 0.453 0.6342 0.768 0.036 0.000 0.164 0.032
#> GSM11492 4 0.543 0.5108 0.020 0.000 0.204 0.688 0.088
#> GSM11493 4 0.527 0.4869 0.000 0.016 0.104 0.708 0.172
#> GSM11494 5 0.644 0.3329 0.000 0.008 0.196 0.252 0.544
#> GSM11495 5 0.655 0.1601 0.000 0.052 0.068 0.392 0.488
#> GSM11496 5 0.613 0.5229 0.008 0.148 0.120 0.048 0.676
#> GSM11497 2 0.628 0.4376 0.212 0.560 0.000 0.004 0.224
#> GSM11498 2 0.735 0.3630 0.128 0.484 0.004 0.068 0.316
#> GSM11499 4 0.666 0.2122 0.000 0.176 0.024 0.548 0.252
#> GSM11500 5 0.742 0.1403 0.000 0.356 0.092 0.112 0.440
#> GSM11501 4 0.562 0.3418 0.000 0.132 0.012 0.668 0.188
#> GSM11502 2 0.216 0.7165 0.008 0.916 0.000 0.012 0.064
#> GSM11503 2 0.381 0.7001 0.008 0.812 0.012 0.016 0.152
#> GSM11504 4 0.508 0.5536 0.016 0.000 0.156 0.728 0.100
#> GSM11505 2 0.346 0.6840 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184
#> GSM11506 2 0.535 0.5980 0.000 0.660 0.000 0.120 0.220
#> GSM11507 2 0.372 0.6894 0.000 0.804 0.000 0.152 0.044
#> GSM11508 3 0.293 0.7139 0.000 0.000 0.868 0.092 0.040
#> GSM11509 3 0.450 0.5517 0.000 0.008 0.716 0.028 0.248
#> GSM11510 2 0.739 0.1575 0.020 0.400 0.008 0.340 0.232
#> GSM11511 1 0.487 0.5735 0.668 0.020 0.012 0.004 0.296
#> GSM11512 4 0.385 0.5652 0.004 0.000 0.100 0.816 0.080
#> GSM11513 3 0.240 0.7190 0.004 0.000 0.904 0.024 0.068
#> GSM11514 4 0.668 0.4902 0.084 0.076 0.064 0.676 0.100
#> GSM11515 3 0.578 0.1821 0.000 0.000 0.552 0.104 0.344
#> GSM11516 1 0.632 0.4750 0.568 0.276 0.008 0.004 0.144
#> GSM11517 3 0.291 0.7363 0.024 0.000 0.888 0.052 0.036
#> GSM11518 5 0.612 0.4156 0.072 0.028 0.216 0.024 0.660
#> GSM11519 1 0.386 0.6534 0.816 0.020 0.000 0.132 0.032
#> GSM11520 1 0.337 0.6748 0.856 0.000 0.028 0.092 0.024
#> GSM11521 4 0.598 0.3904 0.000 0.112 0.052 0.672 0.164
#> GSM11522 1 0.715 -0.0296 0.420 0.008 0.412 0.040 0.120
#> GSM11523 1 0.319 0.6695 0.848 0.000 0.040 0.000 0.112
#> GSM11524 3 0.322 0.6926 0.000 0.000 0.824 0.160 0.016
#> GSM11525 2 0.403 0.7001 0.000 0.788 0.004 0.048 0.160
#> GSM11526 4 0.692 0.4040 0.044 0.000 0.308 0.512 0.136
#> GSM11527 2 0.617 0.5200 0.000 0.600 0.012 0.216 0.172
#> GSM11528 2 0.595 0.5692 0.004 0.608 0.000 0.220 0.168
#> GSM11529 2 0.579 0.5452 0.176 0.664 0.020 0.000 0.140
#> GSM11530 3 0.288 0.7327 0.032 0.008 0.896 0.020 0.044
#> GSM11531 2 0.366 0.6592 0.004 0.744 0.000 0.000 0.252
#> GSM11532 3 0.546 0.6493 0.032 0.000 0.712 0.132 0.124
#> GSM11533 2 0.514 0.5379 0.208 0.684 0.000 0.000 0.108
#> GSM11534 1 0.706 0.5425 0.588 0.064 0.012 0.140 0.196
#> GSM11535 2 0.417 0.6622 0.044 0.756 0.000 0.000 0.200
#> GSM11536 4 0.185 0.5641 0.004 0.008 0.028 0.940 0.020
#> GSM11537 2 0.359 0.6895 0.024 0.844 0.000 0.036 0.096
#> GSM11538 4 0.606 0.5534 0.124 0.052 0.064 0.712 0.048
#> GSM11539 2 0.261 0.7086 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> GSM11540 2 0.364 0.7140 0.000 0.824 0.000 0.100 0.076
#> GSM11541 4 0.665 0.4903 0.212 0.000 0.108 0.604 0.076
#> GSM11542 2 0.586 0.5652 0.008 0.624 0.000 0.232 0.136
#> GSM11543 5 0.832 0.1991 0.208 0.056 0.056 0.220 0.460
#> GSM11544 1 0.333 0.6780 0.860 0.016 0.000 0.080 0.044
#> GSM11545 1 0.671 0.4839 0.580 0.084 0.004 0.264 0.068
#> GSM11546 2 0.659 0.4804 0.028 0.572 0.072 0.024 0.304
#> GSM11547 2 0.673 0.2474 0.048 0.492 0.068 0.008 0.384
#> GSM11548 3 0.351 0.6918 0.008 0.012 0.828 0.008 0.144
#> GSM11549 1 0.454 0.6472 0.764 0.000 0.084 0.008 0.144
#> GSM11550 1 0.505 0.6401 0.732 0.004 0.064 0.020 0.180
#> GSM11551 3 0.836 0.0104 0.252 0.036 0.340 0.048 0.324
#> GSM11552 3 0.342 0.6960 0.064 0.000 0.856 0.016 0.064
#> GSM11553 2 0.499 0.6610 0.064 0.760 0.000 0.060 0.116
#> GSM11554 2 0.299 0.7092 0.000 0.868 0.000 0.064 0.068
#> GSM11555 4 0.655 0.4863 0.172 0.020 0.140 0.636 0.032
#> GSM11556 4 0.741 0.3010 0.236 0.000 0.272 0.448 0.044
#> GSM11557 2 0.281 0.6883 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM11558 2 0.381 0.6767 0.000 0.788 0.000 0.176 0.036
#> GSM11559 2 0.431 0.6707 0.056 0.804 0.004 0.024 0.112
#> GSM11560 1 0.583 0.6004 0.696 0.000 0.124 0.112 0.068
#> GSM11561 2 0.403 0.6721 0.000 0.776 0.000 0.176 0.048
#> GSM11562 2 0.419 0.7011 0.024 0.808 0.000 0.068 0.100
#> GSM11563 1 0.718 0.5690 0.604 0.096 0.028 0.088 0.184
#> GSM11564 1 0.797 0.1497 0.400 0.072 0.028 0.376 0.124
#> GSM11565 1 0.452 0.6611 0.780 0.028 0.020 0.016 0.156
#> GSM11566 2 0.489 0.5588 0.004 0.668 0.000 0.284 0.044
#> GSM11567 4 0.548 0.4982 0.020 0.020 0.072 0.720 0.168
#> GSM11568 1 0.607 0.5118 0.592 0.220 0.004 0.000 0.184
#> GSM11569 2 0.327 0.7079 0.004 0.856 0.000 0.076 0.064
#> GSM11570 3 0.394 0.6847 0.080 0.000 0.828 0.028 0.064
#> GSM11571 1 0.541 0.6264 0.712 0.144 0.028 0.000 0.116
#> GSM11572 4 0.904 0.0516 0.168 0.312 0.044 0.320 0.156
#> GSM11573 1 0.700 0.3280 0.488 0.088 0.000 0.348 0.076
#> GSM11574 2 0.415 0.6623 0.064 0.812 0.004 0.016 0.104
#> GSM11575 1 0.780 0.1204 0.368 0.316 0.064 0.000 0.252
#> GSM11576 1 0.315 0.6718 0.876 0.000 0.040 0.028 0.056
#> GSM11577 1 0.568 0.4820 0.616 0.300 0.000 0.020 0.064
#> GSM11578 1 0.628 0.2933 0.500 0.384 0.004 0.008 0.104
#> GSM11579 4 0.720 0.1506 0.000 0.288 0.064 0.504 0.144
#> GSM11580 1 0.597 0.0766 0.452 0.440 0.000 0.000 0.108
#> GSM11581 3 0.306 0.7053 0.000 0.000 0.848 0.128 0.024
#> GSM11582 4 0.696 0.5086 0.136 0.000 0.196 0.580 0.088
#> GSM11583 3 0.705 0.4584 0.092 0.012 0.588 0.092 0.216
#> GSM11584 4 0.590 0.4204 0.000 0.008 0.252 0.612 0.128
#> GSM11585 2 0.276 0.7053 0.024 0.872 0.000 0.000 0.104
#> GSM11586 1 0.358 0.6793 0.848 0.000 0.020 0.064 0.068
#> GSM11587 1 0.316 0.6695 0.852 0.000 0.044 0.000 0.104
#> GSM11588 1 0.599 0.5725 0.656 0.056 0.004 0.224 0.060
#> GSM11589 1 0.862 0.0512 0.368 0.184 0.040 0.320 0.088
#> GSM11590 1 0.241 0.6843 0.916 0.020 0.004 0.040 0.020
#> GSM11591 2 0.253 0.6998 0.032 0.892 0.000 0.000 0.076
#> GSM11592 1 0.525 0.6476 0.736 0.000 0.080 0.048 0.136
#> GSM11593 1 0.137 0.6849 0.956 0.008 0.000 0.028 0.008
#> GSM11594 1 0.470 0.6354 0.768 0.004 0.048 0.152 0.028
#> GSM11595 5 0.830 0.3099 0.200 0.140 0.152 0.028 0.480
#> GSM11596 2 0.693 0.5387 0.080 0.640 0.116 0.032 0.132
#> GSM11597 3 0.552 0.1696 0.020 0.008 0.556 0.020 0.396
#> GSM11598 1 0.448 0.6415 0.780 0.024 0.004 0.152 0.040
#> GSM11599 3 0.191 0.7338 0.000 0.000 0.924 0.060 0.016
#> GSM11600 4 0.637 0.5163 0.140 0.000 0.176 0.632 0.052
#> GSM11601 5 0.611 0.4908 0.004 0.136 0.204 0.020 0.636
#> GSM11602 1 0.391 0.6582 0.808 0.000 0.064 0.004 0.124
#> GSM11603 1 0.353 0.6628 0.828 0.000 0.056 0.000 0.116
#> GSM11604 3 0.224 0.7302 0.056 0.000 0.916 0.012 0.016
#> GSM11605 4 0.656 0.4808 0.180 0.000 0.132 0.620 0.068
#> GSM11606 2 0.421 0.6482 0.080 0.796 0.004 0.004 0.116
#> GSM11607 1 0.289 0.6747 0.880 0.016 0.000 0.084 0.020
#> GSM11608 3 0.470 0.6139 0.168 0.000 0.752 0.016 0.064
#> GSM11609 4 0.499 0.5033 0.000 0.028 0.088 0.748 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.890 -0.000694 0.168 0.024 0.060 0.264 0.220 0.264
#> GSM11438 2 0.756 0.122471 0.004 0.416 0.028 0.124 0.316 0.112
#> GSM11439 5 0.337 0.344448 0.004 0.004 0.132 0.004 0.824 0.032
#> GSM11440 3 0.403 0.709536 0.016 0.004 0.812 0.096 0.040 0.032
#> GSM11441 5 0.668 0.171086 0.044 0.000 0.272 0.024 0.520 0.140
#> GSM11442 5 0.605 0.282558 0.000 0.004 0.324 0.084 0.536 0.052
#> GSM11443 2 0.531 0.463468 0.000 0.552 0.000 0.012 0.356 0.080
#> GSM11444 3 0.393 0.623404 0.000 0.004 0.736 0.008 0.232 0.020
#> GSM11445 3 0.343 0.712597 0.000 0.004 0.824 0.064 0.104 0.004
#> GSM11446 3 0.443 0.389120 0.000 0.000 0.604 0.004 0.364 0.028
#> GSM11447 5 0.395 0.324661 0.000 0.000 0.256 0.012 0.716 0.016
#> GSM11448 5 0.802 -0.269009 0.220 0.112 0.024 0.012 0.376 0.256
#> GSM11449 3 0.664 0.325270 0.216 0.024 0.552 0.004 0.036 0.168
#> GSM11450 1 0.616 0.337307 0.588 0.004 0.044 0.004 0.144 0.216
#> GSM11451 2 0.332 0.634252 0.044 0.848 0.000 0.028 0.004 0.076
#> GSM11452 2 0.606 0.262669 0.292 0.540 0.000 0.004 0.028 0.136
#> GSM11453 1 0.499 0.456245 0.728 0.012 0.012 0.168 0.040 0.040
#> GSM11454 3 0.369 0.676210 0.000 0.000 0.796 0.008 0.136 0.060
#> GSM11455 5 0.765 0.262223 0.008 0.196 0.036 0.144 0.488 0.128
#> GSM11456 5 0.644 0.248090 0.028 0.220 0.024 0.016 0.592 0.120
#> GSM11457 2 0.349 0.649415 0.000 0.828 0.000 0.024 0.052 0.096
#> GSM11458 3 0.454 0.660480 0.036 0.000 0.752 0.016 0.036 0.160
#> GSM11459 3 0.313 0.711258 0.000 0.000 0.856 0.024 0.056 0.064
#> GSM11460 4 0.762 0.021823 0.240 0.000 0.076 0.364 0.028 0.292
#> GSM11461 5 0.814 -0.111364 0.084 0.028 0.208 0.032 0.396 0.252
#> GSM11462 3 0.374 0.674857 0.048 0.000 0.804 0.024 0.000 0.124
#> GSM11463 2 0.522 0.546544 0.004 0.636 0.004 0.008 0.260 0.088
#> GSM11464 1 0.750 0.100275 0.428 0.000 0.068 0.252 0.036 0.216
#> GSM11465 5 0.865 0.053690 0.068 0.252 0.084 0.036 0.356 0.204
#> GSM11466 5 0.871 -0.033117 0.060 0.016 0.264 0.168 0.308 0.184
#> GSM11467 1 0.678 0.183626 0.492 0.000 0.040 0.236 0.016 0.216
#> GSM11468 3 0.250 0.727239 0.000 0.000 0.892 0.060 0.016 0.032
#> GSM11469 3 0.252 0.728020 0.008 0.000 0.896 0.028 0.012 0.056
#> GSM11470 1 0.354 0.503145 0.772 0.000 0.004 0.016 0.004 0.204
#> GSM11471 3 0.814 -0.260767 0.268 0.040 0.316 0.008 0.092 0.276
#> GSM11472 1 0.891 -0.216337 0.296 0.008 0.176 0.240 0.128 0.152
#> GSM11473 5 0.549 0.249654 0.008 0.148 0.020 0.008 0.672 0.144
#> GSM11474 2 0.496 0.588335 0.000 0.676 0.000 0.028 0.224 0.072
#> GSM11475 3 0.499 0.698064 0.012 0.020 0.752 0.104 0.080 0.032
#> GSM11476 4 0.700 0.403051 0.000 0.076 0.048 0.556 0.152 0.168
#> GSM11477 2 0.305 0.652252 0.000 0.852 0.000 0.008 0.076 0.064
#> GSM11478 2 0.441 0.631882 0.000 0.768 0.000 0.056 0.076 0.100
#> GSM11479 5 0.690 0.287320 0.000 0.152 0.024 0.108 0.556 0.160
#> GSM11480 2 0.425 0.632301 0.000 0.776 0.000 0.100 0.036 0.088
#> GSM11481 4 0.462 0.476538 0.084 0.000 0.120 0.756 0.012 0.028
#> GSM11482 4 0.729 0.416390 0.000 0.084 0.100 0.536 0.092 0.188
#> GSM11483 5 0.713 0.280865 0.000 0.188 0.028 0.128 0.528 0.128
#> GSM11484 4 0.390 0.505129 0.048 0.000 0.064 0.820 0.056 0.012
#> GSM11485 4 0.793 0.097105 0.000 0.208 0.032 0.388 0.228 0.144
#> GSM11486 5 0.603 0.011041 0.000 0.352 0.020 0.028 0.524 0.076
#> GSM11487 1 0.530 0.388956 0.640 0.000 0.016 0.256 0.012 0.076
#> GSM11488 4 0.456 0.500508 0.024 0.012 0.060 0.784 0.096 0.024
#> GSM11489 5 0.848 0.151686 0.008 0.204 0.052 0.212 0.348 0.176
#> GSM11490 5 0.384 0.332118 0.004 0.004 0.176 0.004 0.776 0.036
#> GSM11491 1 0.399 0.482906 0.784 0.028 0.004 0.148 0.000 0.036
#> GSM11492 4 0.521 0.470285 0.044 0.000 0.108 0.728 0.088 0.032
#> GSM11493 4 0.700 0.443930 0.004 0.032 0.100 0.556 0.112 0.196
#> GSM11494 5 0.636 0.280300 0.000 0.004 0.132 0.156 0.592 0.116
#> GSM11495 5 0.736 0.142138 0.000 0.032 0.076 0.272 0.452 0.168
#> GSM11496 5 0.331 0.336401 0.000 0.032 0.060 0.012 0.856 0.040
#> GSM11497 2 0.740 0.274257 0.160 0.428 0.000 0.004 0.212 0.196
#> GSM11498 5 0.846 -0.168416 0.088 0.324 0.016 0.096 0.332 0.144
#> GSM11499 4 0.742 0.208342 0.000 0.156 0.008 0.436 0.232 0.168
#> GSM11500 5 0.725 0.257189 0.000 0.256 0.072 0.080 0.504 0.088
#> GSM11501 4 0.719 0.318354 0.004 0.152 0.028 0.540 0.136 0.140
#> GSM11502 2 0.303 0.645752 0.020 0.864 0.000 0.004 0.036 0.076
#> GSM11503 2 0.562 0.554565 0.000 0.616 0.008 0.016 0.228 0.132
#> GSM11504 4 0.647 0.452943 0.036 0.000 0.088 0.608 0.088 0.180
#> GSM11505 2 0.450 0.589385 0.000 0.700 0.000 0.008 0.224 0.068
#> GSM11506 2 0.616 0.502675 0.000 0.564 0.000 0.064 0.248 0.124
#> GSM11507 2 0.438 0.628676 0.000 0.772 0.000 0.092 0.064 0.072
#> GSM11508 3 0.341 0.711868 0.000 0.000 0.824 0.100 0.068 0.008
#> GSM11509 3 0.538 0.496786 0.008 0.000 0.632 0.028 0.264 0.068
#> GSM11510 4 0.856 -0.059909 0.052 0.252 0.016 0.296 0.264 0.120
#> GSM11511 1 0.657 0.213173 0.484 0.012 0.028 0.000 0.188 0.288
#> GSM11512 4 0.572 0.488811 0.024 0.004 0.052 0.676 0.076 0.168
#> GSM11513 3 0.327 0.693434 0.000 0.000 0.840 0.016 0.092 0.052
#> GSM11514 4 0.743 0.302933 0.132 0.124 0.048 0.572 0.044 0.080
#> GSM11515 3 0.616 -0.056957 0.000 0.000 0.452 0.096 0.400 0.052
#> GSM11516 1 0.663 0.135744 0.452 0.272 0.000 0.004 0.032 0.240
#> GSM11517 3 0.351 0.724652 0.040 0.004 0.852 0.052 0.020 0.032
#> GSM11518 5 0.641 0.197646 0.048 0.016 0.148 0.008 0.600 0.180
#> GSM11519 1 0.322 0.503418 0.844 0.008 0.004 0.112 0.008 0.024
#> GSM11520 1 0.473 0.519725 0.756 0.004 0.024 0.088 0.016 0.112
#> GSM11521 4 0.694 0.378841 0.000 0.132 0.044 0.568 0.096 0.160
#> GSM11522 3 0.756 0.032717 0.240 0.012 0.416 0.028 0.048 0.256
#> GSM11523 1 0.492 0.427900 0.652 0.000 0.036 0.000 0.040 0.272
#> GSM11524 3 0.339 0.681318 0.000 0.000 0.796 0.176 0.016 0.012
#> GSM11525 2 0.519 0.611859 0.000 0.688 0.008 0.028 0.180 0.096
#> GSM11526 4 0.766 0.293268 0.044 0.000 0.156 0.472 0.144 0.184
#> GSM11527 2 0.684 0.414940 0.000 0.512 0.000 0.160 0.188 0.140
#> GSM11528 2 0.743 0.408039 0.016 0.484 0.004 0.176 0.152 0.168
#> GSM11529 2 0.713 0.472272 0.112 0.556 0.020 0.016 0.124 0.172
#> GSM11530 3 0.376 0.724143 0.028 0.008 0.840 0.024 0.044 0.056
#> GSM11531 2 0.546 0.487426 0.000 0.536 0.000 0.004 0.340 0.120
#> GSM11532 3 0.550 0.649843 0.008 0.004 0.688 0.104 0.052 0.144
#> GSM11533 2 0.628 0.456545 0.148 0.600 0.000 0.004 0.100 0.148
#> GSM11534 1 0.832 0.053646 0.384 0.084 0.024 0.128 0.080 0.300
#> GSM11535 2 0.617 0.482454 0.052 0.556 0.000 0.000 0.248 0.144
#> GSM11536 4 0.240 0.521615 0.020 0.012 0.016 0.912 0.008 0.032
#> GSM11537 2 0.381 0.614979 0.036 0.808 0.000 0.016 0.016 0.124
#> GSM11538 4 0.670 0.401780 0.140 0.028 0.048 0.560 0.004 0.220
#> GSM11539 2 0.442 0.627944 0.004 0.748 0.000 0.012 0.140 0.096
#> GSM11540 2 0.422 0.638099 0.000 0.788 0.004 0.056 0.100 0.052
#> GSM11541 4 0.646 0.370793 0.108 0.000 0.076 0.584 0.020 0.212
#> GSM11542 2 0.684 0.466534 0.012 0.532 0.000 0.176 0.088 0.192
#> GSM11543 6 0.879 0.133567 0.140 0.048 0.080 0.096 0.292 0.344
#> GSM11544 1 0.307 0.521319 0.868 0.008 0.004 0.044 0.012 0.064
#> GSM11545 1 0.609 0.330135 0.604 0.044 0.000 0.220 0.016 0.116
#> GSM11546 2 0.740 0.276260 0.008 0.420 0.060 0.016 0.280 0.216
#> GSM11547 5 0.723 -0.125643 0.016 0.352 0.052 0.008 0.400 0.172
#> GSM11548 3 0.453 0.654925 0.004 0.008 0.756 0.020 0.144 0.068
#> GSM11549 1 0.596 0.301840 0.512 0.000 0.072 0.000 0.060 0.356
#> GSM11550 1 0.625 0.302189 0.504 0.000 0.068 0.020 0.048 0.360
#> GSM11551 6 0.802 0.279923 0.188 0.016 0.216 0.008 0.196 0.376
#> GSM11552 3 0.404 0.674178 0.036 0.000 0.788 0.056 0.000 0.120
#> GSM11553 2 0.555 0.563783 0.052 0.692 0.000 0.036 0.064 0.156
#> GSM11554 2 0.338 0.634069 0.008 0.844 0.000 0.032 0.028 0.088
#> GSM11555 4 0.518 0.435116 0.140 0.008 0.080 0.720 0.008 0.044
#> GSM11556 4 0.675 0.223620 0.216 0.000 0.176 0.524 0.008 0.076
#> GSM11557 2 0.457 0.576767 0.004 0.684 0.004 0.000 0.248 0.060
#> GSM11558 2 0.408 0.609501 0.000 0.776 0.000 0.140 0.024 0.060
#> GSM11559 2 0.484 0.600443 0.036 0.732 0.004 0.016 0.040 0.172
#> GSM11560 1 0.606 0.367044 0.608 0.000 0.132 0.088 0.000 0.172
#> GSM11561 2 0.431 0.615534 0.000 0.772 0.000 0.104 0.040 0.084
#> GSM11562 2 0.485 0.597465 0.028 0.748 0.000 0.068 0.032 0.124
#> GSM11563 1 0.841 0.074419 0.412 0.124 0.032 0.116 0.064 0.252
#> GSM11564 1 0.795 0.001607 0.368 0.052 0.024 0.344 0.052 0.160
#> GSM11565 1 0.597 0.398149 0.604 0.032 0.012 0.020 0.060 0.272
#> GSM11566 2 0.579 0.516821 0.012 0.628 0.000 0.224 0.044 0.092
#> GSM11567 4 0.698 0.426351 0.024 0.032 0.068 0.548 0.072 0.256
#> GSM11568 1 0.684 0.136098 0.420 0.212 0.000 0.000 0.060 0.308
#> GSM11569 2 0.265 0.644071 0.000 0.884 0.000 0.028 0.024 0.064
#> GSM11570 3 0.427 0.674752 0.036 0.000 0.780 0.072 0.004 0.108
#> GSM11571 1 0.588 0.344788 0.556 0.092 0.020 0.000 0.016 0.316
#> GSM11572 2 0.804 0.066876 0.116 0.348 0.004 0.224 0.032 0.276
#> GSM11573 1 0.656 0.267153 0.540 0.072 0.004 0.268 0.008 0.108
#> GSM11574 2 0.486 0.555471 0.100 0.716 0.000 0.004 0.024 0.156
#> GSM11575 6 0.839 0.172548 0.196 0.180 0.044 0.004 0.264 0.312
#> GSM11576 1 0.362 0.491733 0.796 0.000 0.032 0.016 0.000 0.156
#> GSM11577 1 0.642 0.196694 0.512 0.272 0.004 0.016 0.012 0.184
#> GSM11578 1 0.617 0.073126 0.468 0.348 0.000 0.000 0.024 0.160
#> GSM11579 2 0.797 0.002878 0.000 0.344 0.056 0.328 0.100 0.172
#> GSM11580 2 0.721 0.000385 0.312 0.392 0.012 0.008 0.040 0.236
#> GSM11581 3 0.361 0.676695 0.000 0.000 0.792 0.164 0.016 0.028
#> GSM11582 4 0.677 0.348260 0.080 0.000 0.152 0.544 0.016 0.208
#> GSM11583 3 0.778 0.222273 0.048 0.016 0.452 0.064 0.168 0.252
#> GSM11584 4 0.676 0.393796 0.000 0.016 0.216 0.540 0.076 0.152
#> GSM11585 2 0.440 0.624639 0.020 0.752 0.000 0.000 0.112 0.116
#> GSM11586 1 0.405 0.490556 0.752 0.000 0.008 0.056 0.000 0.184
#> GSM11587 1 0.446 0.440402 0.672 0.000 0.032 0.000 0.016 0.280
#> GSM11588 1 0.553 0.406237 0.668 0.048 0.000 0.188 0.012 0.084
#> GSM11589 1 0.810 -0.077979 0.344 0.128 0.032 0.268 0.004 0.224
#> GSM11590 1 0.226 0.522886 0.908 0.008 0.004 0.016 0.004 0.060
#> GSM11591 2 0.421 0.619045 0.048 0.784 0.000 0.004 0.048 0.116
#> GSM11592 1 0.712 0.302391 0.516 0.008 0.072 0.056 0.072 0.276
#> GSM11593 1 0.161 0.525840 0.936 0.000 0.000 0.016 0.004 0.044
#> GSM11594 1 0.358 0.498950 0.812 0.000 0.024 0.128 0.000 0.036
#> GSM11595 5 0.850 -0.014523 0.144 0.116 0.076 0.028 0.416 0.220
#> GSM11596 2 0.776 0.405290 0.044 0.488 0.088 0.044 0.080 0.256
#> GSM11597 5 0.584 0.167169 0.016 0.000 0.388 0.004 0.484 0.108
#> GSM11598 1 0.361 0.494984 0.820 0.004 0.004 0.108 0.008 0.056
#> GSM11599 3 0.267 0.725081 0.000 0.000 0.884 0.048 0.020 0.048
#> GSM11600 4 0.543 0.433774 0.088 0.000 0.136 0.688 0.004 0.084
#> GSM11601 5 0.593 0.325435 0.008 0.072 0.160 0.012 0.660 0.088
#> GSM11602 1 0.491 0.415466 0.624 0.000 0.056 0.004 0.008 0.308
#> GSM11603 1 0.468 0.424853 0.640 0.000 0.044 0.000 0.012 0.304
#> GSM11604 3 0.391 0.706611 0.068 0.000 0.816 0.020 0.020 0.076
#> GSM11605 4 0.609 0.410060 0.136 0.000 0.096 0.608 0.000 0.160
#> GSM11606 2 0.540 0.523593 0.100 0.672 0.000 0.008 0.036 0.184
#> GSM11607 1 0.259 0.518807 0.888 0.000 0.008 0.060 0.004 0.040
#> GSM11608 3 0.447 0.632478 0.088 0.000 0.752 0.032 0.000 0.128
#> GSM11609 4 0.638 0.472081 0.004 0.060 0.068 0.624 0.056 0.188
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:skmeans 163 0.06565 2
#> SD:skmeans 147 0.13155 3
#> SD:skmeans 116 0.01986 4
#> SD:skmeans 105 0.00584 5
#> SD:skmeans 62 0.05659 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.152 0.641 0.801 0.4715 0.523 0.523
#> 3 3 0.439 0.740 0.851 0.3847 0.704 0.493
#> 4 4 0.506 0.617 0.786 0.1153 0.892 0.704
#> 5 5 0.547 0.542 0.752 0.0642 0.898 0.658
#> 6 6 0.592 0.520 0.733 0.0397 0.939 0.740
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.7056 0.6769 0.808 0.192
#> GSM11438 2 0.5294 0.7726 0.120 0.880
#> GSM11439 2 0.9209 0.7043 0.336 0.664
#> GSM11440 1 0.8327 0.6148 0.736 0.264
#> GSM11441 1 0.9944 0.1671 0.544 0.456
#> GSM11442 2 0.2778 0.7289 0.048 0.952
#> GSM11443 2 0.4298 0.7716 0.088 0.912
#> GSM11444 1 0.5519 0.7205 0.872 0.128
#> GSM11445 1 0.7376 0.6847 0.792 0.208
#> GSM11446 1 0.6623 0.6867 0.828 0.172
#> GSM11447 2 0.9983 0.4688 0.476 0.524
#> GSM11448 2 0.8608 0.7486 0.284 0.716
#> GSM11449 1 0.6623 0.6807 0.828 0.172
#> GSM11450 1 0.6801 0.6132 0.820 0.180
#> GSM11451 2 0.6438 0.7691 0.164 0.836
#> GSM11452 2 0.7056 0.7662 0.192 0.808
#> GSM11453 1 0.9944 -0.2778 0.544 0.456
#> GSM11454 1 0.8555 0.6699 0.720 0.280
#> GSM11455 2 0.1184 0.7366 0.016 0.984
#> GSM11456 2 0.8713 0.7270 0.292 0.708
#> GSM11457 2 0.5842 0.7791 0.140 0.860
#> GSM11458 1 0.8386 0.6777 0.732 0.268
#> GSM11459 1 0.8386 0.6760 0.732 0.268
#> GSM11460 1 0.8555 0.6699 0.720 0.280
#> GSM11461 1 0.9129 0.4785 0.672 0.328
#> GSM11462 1 0.0000 0.7303 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.5946 0.7761 0.144 0.856
#> GSM11464 1 0.5946 0.6516 0.856 0.144
#> GSM11465 2 0.7139 0.7819 0.196 0.804
#> GSM11466 2 0.8955 0.7304 0.312 0.688
#> GSM11467 1 0.5946 0.6690 0.856 0.144
#> GSM11468 1 0.6343 0.7085 0.840 0.160
#> GSM11469 1 0.5408 0.7088 0.876 0.124
#> GSM11470 1 0.2236 0.7235 0.964 0.036
#> GSM11471 1 0.9323 0.1518 0.652 0.348
#> GSM11472 2 0.9998 0.2573 0.492 0.508
#> GSM11473 2 0.8443 0.7512 0.272 0.728
#> GSM11474 2 0.2603 0.7565 0.044 0.956
#> GSM11475 1 0.7219 0.7178 0.800 0.200
#> GSM11476 2 0.6343 0.7020 0.160 0.840
#> GSM11477 2 0.8443 0.7357 0.272 0.728
#> GSM11478 2 0.1184 0.7364 0.016 0.984
#> GSM11479 2 0.6048 0.7105 0.148 0.852
#> GSM11480 2 0.0938 0.7395 0.012 0.988
#> GSM11481 1 0.2043 0.7316 0.968 0.032
#> GSM11482 2 0.4022 0.7435 0.080 0.920
#> GSM11483 2 0.0938 0.7428 0.012 0.988
#> GSM11484 2 0.8144 0.6069 0.252 0.748
#> GSM11485 2 0.6531 0.6951 0.168 0.832
#> GSM11486 2 0.7950 0.7642 0.240 0.760
#> GSM11487 1 0.7745 0.5542 0.772 0.228
#> GSM11488 2 0.9460 0.3129 0.364 0.636
#> GSM11489 2 0.8813 0.7184 0.300 0.700
#> GSM11490 2 0.9815 0.6051 0.420 0.580
#> GSM11491 2 1.0000 0.0985 0.500 0.500
#> GSM11492 1 1.0000 0.2122 0.504 0.496
#> GSM11493 2 0.3879 0.7192 0.076 0.924
#> GSM11494 2 0.9170 0.2571 0.332 0.668
#> GSM11495 2 0.8443 0.7134 0.272 0.728
#> GSM11496 2 0.9044 0.7140 0.320 0.680
#> GSM11497 2 0.8327 0.6988 0.264 0.736
#> GSM11498 2 0.8386 0.7532 0.268 0.732
#> GSM11499 2 0.3879 0.7396 0.076 0.924
#> GSM11500 2 0.2043 0.7327 0.032 0.968
#> GSM11501 2 0.7219 0.6731 0.200 0.800
#> GSM11502 2 0.6148 0.7736 0.152 0.848
#> GSM11503 2 0.6343 0.7780 0.160 0.840
#> GSM11504 1 0.6801 0.7152 0.820 0.180
#> GSM11505 2 0.5946 0.7743 0.144 0.856
#> GSM11506 2 0.1843 0.7312 0.028 0.972
#> GSM11507 2 0.1633 0.7513 0.024 0.976
#> GSM11508 1 0.7528 0.7046 0.784 0.216
#> GSM11509 1 0.9896 -0.2734 0.560 0.440
#> GSM11510 2 0.9087 0.7098 0.324 0.676
#> GSM11511 1 0.2778 0.7246 0.952 0.048
#> GSM11512 2 0.9358 0.3421 0.352 0.648
#> GSM11513 1 0.8267 0.6818 0.740 0.260
#> GSM11514 2 0.6623 0.7753 0.172 0.828
#> GSM11515 2 0.9170 0.1486 0.332 0.668
#> GSM11516 2 0.8016 0.7636 0.244 0.756
#> GSM11517 1 0.1184 0.7327 0.984 0.016
#> GSM11518 2 0.7299 0.7700 0.204 0.796
#> GSM11519 1 0.9248 0.2379 0.660 0.340
#> GSM11520 1 0.0938 0.7284 0.988 0.012
#> GSM11521 2 0.4161 0.7360 0.084 0.916
#> GSM11522 1 0.2423 0.7314 0.960 0.040
#> GSM11523 1 0.2236 0.7230 0.964 0.036
#> GSM11524 1 0.6048 0.7135 0.852 0.148
#> GSM11525 2 0.5737 0.7746 0.136 0.864
#> GSM11526 2 0.7453 0.5755 0.212 0.788
#> GSM11527 2 0.2043 0.7349 0.032 0.968
#> GSM11528 2 0.5842 0.7827 0.140 0.860
#> GSM11529 2 0.6887 0.7671 0.184 0.816
#> GSM11530 1 0.7950 0.6266 0.760 0.240
#> GSM11531 2 0.6048 0.7778 0.148 0.852
#> GSM11532 1 0.6531 0.7135 0.832 0.168
#> GSM11533 2 0.6623 0.7679 0.172 0.828
#> GSM11534 1 0.9963 -0.2514 0.536 0.464
#> GSM11535 2 0.8327 0.7510 0.264 0.736
#> GSM11536 2 0.7139 0.6737 0.196 0.804
#> GSM11537 2 0.8327 0.7405 0.264 0.736
#> GSM11538 2 0.9580 0.1188 0.380 0.620
#> GSM11539 2 0.5408 0.7799 0.124 0.876
#> GSM11540 2 0.0672 0.7386 0.008 0.992
#> GSM11541 1 0.6343 0.7159 0.840 0.160
#> GSM11542 2 0.8267 0.7526 0.260 0.740
#> GSM11543 2 0.7139 0.7635 0.196 0.804
#> GSM11544 1 0.8661 0.4821 0.712 0.288
#> GSM11545 2 0.8955 0.7173 0.312 0.688
#> GSM11546 2 0.1843 0.7304 0.028 0.972
#> GSM11547 2 0.6048 0.7767 0.148 0.852
#> GSM11548 2 0.9209 0.1871 0.336 0.664
#> GSM11549 1 0.5946 0.7236 0.856 0.144
#> GSM11550 1 0.7815 0.7160 0.768 0.232
#> GSM11551 2 0.4298 0.7051 0.088 0.912
#> GSM11552 1 0.8443 0.6756 0.728 0.272
#> GSM11553 2 0.5737 0.7773 0.136 0.864
#> GSM11554 2 0.6343 0.7823 0.160 0.840
#> GSM11555 2 0.9996 0.0759 0.488 0.512
#> GSM11556 1 0.6148 0.7232 0.848 0.152
#> GSM11557 2 0.5842 0.7735 0.140 0.860
#> GSM11558 2 0.0672 0.7409 0.008 0.992
#> GSM11559 2 0.6438 0.7813 0.164 0.836
#> GSM11560 1 0.3733 0.7407 0.928 0.072
#> GSM11561 2 0.0672 0.7386 0.008 0.992
#> GSM11562 2 0.8763 0.7223 0.296 0.704
#> GSM11563 2 0.8955 0.7130 0.312 0.688
#> GSM11564 2 0.6712 0.7879 0.176 0.824
#> GSM11565 1 0.9710 -0.0464 0.600 0.400
#> GSM11566 2 0.0000 0.7418 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.3584 0.7202 0.068 0.932
#> GSM11568 2 0.7883 0.7689 0.236 0.764
#> GSM11569 2 0.5842 0.7784 0.140 0.860
#> GSM11570 1 0.5519 0.7166 0.872 0.128
#> GSM11571 1 0.7883 0.6519 0.764 0.236
#> GSM11572 2 0.9358 0.6948 0.352 0.648
#> GSM11573 2 0.9044 0.7104 0.320 0.680
#> GSM11574 2 0.8207 0.7569 0.256 0.744
#> GSM11575 2 0.6343 0.7695 0.160 0.840
#> GSM11576 1 0.6623 0.6824 0.828 0.172
#> GSM11577 2 0.9427 0.5764 0.360 0.640
#> GSM11578 2 0.7056 0.7721 0.192 0.808
#> GSM11579 2 0.2603 0.7377 0.044 0.956
#> GSM11580 2 0.6712 0.7750 0.176 0.824
#> GSM11581 1 0.8763 0.6214 0.704 0.296
#> GSM11582 1 0.7745 0.7028 0.772 0.228
#> GSM11583 1 0.8713 0.6648 0.708 0.292
#> GSM11584 2 0.7219 0.6809 0.200 0.800
#> GSM11585 2 0.6048 0.7736 0.148 0.852
#> GSM11586 1 0.9323 0.1540 0.652 0.348
#> GSM11587 1 0.0938 0.7284 0.988 0.012
#> GSM11588 2 0.9580 0.6572 0.380 0.620
#> GSM11589 2 0.9896 -0.0325 0.440 0.560
#> GSM11590 1 0.6887 0.6056 0.816 0.184
#> GSM11591 2 0.6438 0.7694 0.164 0.836
#> GSM11592 1 0.8813 0.3077 0.700 0.300
#> GSM11593 1 0.4022 0.7113 0.920 0.080
#> GSM11594 2 0.9922 0.3478 0.448 0.552
#> GSM11595 2 0.9087 0.7087 0.324 0.676
#> GSM11596 2 0.2603 0.7450 0.044 0.956
#> GSM11597 2 0.9000 0.6465 0.316 0.684
#> GSM11598 1 0.8016 0.4982 0.756 0.244
#> GSM11599 1 0.8608 0.6677 0.716 0.284
#> GSM11600 1 0.6623 0.7110 0.828 0.172
#> GSM11601 2 0.8713 0.7274 0.292 0.708
#> GSM11602 1 0.0938 0.7284 0.988 0.012
#> GSM11603 1 0.0938 0.7284 0.988 0.012
#> GSM11604 1 0.0000 0.7303 1.000 0.000
#> GSM11605 1 0.6247 0.7194 0.844 0.156
#> GSM11606 2 0.6623 0.7725 0.172 0.828
#> GSM11607 1 0.8443 0.4662 0.728 0.272
#> GSM11608 1 0.3879 0.7369 0.924 0.076
#> GSM11609 2 0.7745 0.6540 0.228 0.772
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.5657 0.7754 0.808 0.104 0.088
#> GSM11438 1 0.5690 0.6952 0.708 0.288 0.004
#> GSM11439 1 0.0237 0.7917 0.996 0.000 0.004
#> GSM11440 3 0.3192 0.8050 0.000 0.112 0.888
#> GSM11441 1 0.4473 0.6865 0.828 0.008 0.164
#> GSM11442 2 0.1964 0.8256 0.000 0.944 0.056
#> GSM11443 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11444 3 0.1015 0.8756 0.012 0.008 0.980
#> GSM11445 3 0.0237 0.8757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11446 3 0.4953 0.7264 0.176 0.016 0.808
#> GSM11447 1 0.4165 0.7779 0.876 0.048 0.076
#> GSM11448 1 0.4978 0.7236 0.780 0.216 0.004
#> GSM11449 3 0.5859 0.4249 0.344 0.000 0.656
#> GSM11450 1 0.0237 0.7948 0.996 0.004 0.000
#> GSM11451 1 0.5378 0.7407 0.756 0.236 0.008
#> GSM11452 1 0.4934 0.7818 0.820 0.156 0.024
#> GSM11453 1 0.1411 0.7955 0.964 0.000 0.036
#> GSM11454 3 0.0237 0.8759 0.000 0.004 0.996
#> GSM11455 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11456 2 0.4682 0.7795 0.192 0.804 0.004
#> GSM11457 2 0.0475 0.8329 0.004 0.992 0.004
#> GSM11458 3 0.0237 0.8759 0.000 0.004 0.996
#> GSM11459 3 0.0424 0.8758 0.000 0.008 0.992
#> GSM11460 3 0.4369 0.8199 0.040 0.096 0.864
#> GSM11461 1 0.6109 0.7639 0.780 0.140 0.080
#> GSM11462 3 0.0237 0.8757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11463 2 0.0424 0.8320 0.008 0.992 0.000
#> GSM11464 1 0.4291 0.6804 0.820 0.000 0.180
#> GSM11465 2 0.2187 0.8354 0.028 0.948 0.024
#> GSM11466 2 0.6677 0.7624 0.180 0.740 0.080
#> GSM11467 1 0.1999 0.8001 0.952 0.012 0.036
#> GSM11468 3 0.0000 0.8764 0.000 0.000 1.000
#> GSM11469 3 0.0237 0.8759 0.000 0.004 0.996
#> GSM11470 1 0.0424 0.7941 0.992 0.000 0.008
#> GSM11471 1 0.3752 0.7200 0.856 0.000 0.144
#> GSM11472 1 0.1877 0.8028 0.956 0.032 0.012
#> GSM11473 2 0.5517 0.7120 0.268 0.728 0.004
#> GSM11474 2 0.0237 0.8329 0.000 0.996 0.004
#> GSM11475 3 0.0237 0.8766 0.000 0.004 0.996
#> GSM11476 2 0.3715 0.8076 0.128 0.868 0.004
#> GSM11477 2 0.3752 0.8050 0.144 0.856 0.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11479 2 0.3784 0.8038 0.132 0.864 0.004
#> GSM11480 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11481 3 0.0000 0.8764 0.000 0.000 1.000
#> GSM11482 2 0.3669 0.8298 0.064 0.896 0.040
#> GSM11483 2 0.0661 0.8345 0.008 0.988 0.004
#> GSM11484 2 0.6981 0.7055 0.228 0.704 0.068
#> GSM11485 2 0.4293 0.7885 0.164 0.832 0.004
#> GSM11486 1 0.6082 0.6408 0.692 0.296 0.012
#> GSM11487 1 0.0237 0.7917 0.996 0.000 0.004
#> GSM11488 2 0.8072 0.6384 0.144 0.648 0.208
#> GSM11489 2 0.4233 0.7904 0.160 0.836 0.004
#> GSM11490 1 0.1877 0.7957 0.956 0.012 0.032
#> GSM11491 1 0.5695 0.7725 0.804 0.120 0.076
#> GSM11492 3 0.9707 0.1031 0.228 0.340 0.432
#> GSM11493 2 0.2590 0.8212 0.004 0.924 0.072
#> GSM11494 1 0.6245 0.7770 0.760 0.180 0.060
#> GSM11495 2 0.5756 0.7527 0.208 0.764 0.028
#> GSM11496 1 0.6513 -0.1986 0.520 0.476 0.004
#> GSM11497 2 0.3826 0.7853 0.008 0.868 0.124
#> GSM11498 2 0.4733 0.7843 0.196 0.800 0.004
#> GSM11499 2 0.2446 0.8341 0.052 0.936 0.012
#> GSM11500 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11501 2 0.4883 0.7605 0.208 0.788 0.004
#> GSM11502 2 0.5497 0.5247 0.292 0.708 0.000
#> GSM11503 2 0.3028 0.8214 0.048 0.920 0.032
#> GSM11504 3 0.3031 0.8584 0.076 0.012 0.912
#> GSM11505 2 0.0237 0.8321 0.004 0.996 0.000
#> GSM11506 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0237 0.8332 0.004 0.996 0.000
#> GSM11508 3 0.0237 0.8759 0.000 0.004 0.996
#> GSM11509 1 0.8311 0.5494 0.628 0.156 0.216
#> GSM11510 2 0.5109 0.7590 0.212 0.780 0.008
#> GSM11511 1 0.5216 0.5466 0.740 0.000 0.260
#> GSM11512 2 0.8748 0.5308 0.172 0.584 0.244
#> GSM11513 3 0.0424 0.8758 0.000 0.008 0.992
#> GSM11514 2 0.4068 0.8017 0.016 0.864 0.120
#> GSM11515 2 0.6828 0.5228 0.032 0.656 0.312
#> GSM11516 1 0.3459 0.8038 0.892 0.096 0.012
#> GSM11517 3 0.0000 0.8764 0.000 0.000 1.000
#> GSM11518 2 0.6647 0.2074 0.396 0.592 0.012
#> GSM11519 1 0.1964 0.7902 0.944 0.000 0.056
#> GSM11520 3 0.4702 0.7775 0.212 0.000 0.788
#> GSM11521 2 0.2066 0.8336 0.060 0.940 0.000
#> GSM11522 3 0.1781 0.8723 0.020 0.020 0.960
#> GSM11523 1 0.5621 0.5373 0.692 0.000 0.308
#> GSM11524 3 0.0000 0.8764 0.000 0.000 1.000
#> GSM11525 2 0.0237 0.8321 0.004 0.996 0.000
#> GSM11526 1 0.9176 0.4296 0.496 0.344 0.160
#> GSM11527 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11528 2 0.1989 0.8337 0.048 0.948 0.004
#> GSM11529 1 0.4733 0.7751 0.800 0.196 0.004
#> GSM11530 3 0.6161 0.5234 0.288 0.016 0.696
#> GSM11531 2 0.3193 0.7880 0.100 0.896 0.004
#> GSM11532 3 0.4605 0.7663 0.204 0.000 0.796
#> GSM11533 1 0.5406 0.7471 0.764 0.224 0.012
#> GSM11534 2 0.8914 0.5333 0.280 0.556 0.164
#> GSM11535 1 0.5621 0.5337 0.692 0.308 0.000
#> GSM11536 2 0.4883 0.7605 0.208 0.788 0.004
#> GSM11537 2 0.3619 0.8056 0.136 0.864 0.000
#> GSM11538 2 0.8180 0.3267 0.076 0.532 0.392
#> GSM11539 2 0.6225 0.0167 0.432 0.568 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11541 3 0.4178 0.8000 0.172 0.000 0.828
#> GSM11542 2 0.3644 0.8086 0.124 0.872 0.004
#> GSM11543 1 0.6301 0.7296 0.712 0.260 0.028
#> GSM11544 1 0.1529 0.8048 0.960 0.040 0.000
#> GSM11545 1 0.1832 0.8040 0.956 0.036 0.008
#> GSM11546 2 0.0237 0.8327 0.000 0.996 0.004
#> GSM11547 2 0.4346 0.6770 0.184 0.816 0.000
#> GSM11548 2 0.6667 0.4504 0.016 0.616 0.368
#> GSM11549 3 0.5363 0.6992 0.276 0.000 0.724
#> GSM11550 1 0.5756 0.6443 0.764 0.028 0.208
#> GSM11551 2 0.2496 0.8202 0.004 0.928 0.068
#> GSM11552 3 0.0237 0.8759 0.000 0.004 0.996
#> GSM11553 2 0.0424 0.8320 0.008 0.992 0.000
#> GSM11554 2 0.1129 0.8352 0.020 0.976 0.004
#> GSM11555 2 0.9213 0.4970 0.236 0.536 0.228
#> GSM11556 3 0.4291 0.7983 0.180 0.000 0.820
#> GSM11557 2 0.0424 0.8320 0.008 0.992 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11559 2 0.4629 0.7125 0.188 0.808 0.004
#> GSM11560 3 0.1964 0.8634 0.056 0.000 0.944
#> GSM11561 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11562 2 0.6140 0.5136 0.404 0.596 0.000
#> GSM11563 2 0.5244 0.7427 0.240 0.756 0.004
#> GSM11564 2 0.4629 0.7525 0.188 0.808 0.004
#> GSM11565 1 0.2066 0.7747 0.940 0.000 0.060
#> GSM11566 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000
#> GSM11567 2 0.1989 0.8257 0.004 0.948 0.048
#> GSM11568 1 0.5953 0.6530 0.708 0.280 0.012
#> GSM11569 2 0.1643 0.8237 0.044 0.956 0.000
#> GSM11570 3 0.0000 0.8764 0.000 0.000 1.000
#> GSM11571 1 0.6313 0.7662 0.768 0.148 0.084
#> GSM11572 1 0.7400 0.0310 0.552 0.412 0.036
#> GSM11573 1 0.0747 0.7986 0.984 0.016 0.000
#> GSM11574 1 0.3267 0.8029 0.884 0.116 0.000
#> GSM11575 1 0.4974 0.7466 0.764 0.236 0.000
#> GSM11576 1 0.5178 0.6451 0.744 0.000 0.256
#> GSM11577 1 0.5346 0.7945 0.808 0.152 0.040
#> GSM11578 1 0.4346 0.7732 0.816 0.184 0.000
#> GSM11579 2 0.0592 0.8349 0.012 0.988 0.000
#> GSM11580 2 0.6696 0.3470 0.348 0.632 0.020
#> GSM11581 3 0.5875 0.7171 0.056 0.160 0.784
#> GSM11582 3 0.1919 0.8698 0.020 0.024 0.956
#> GSM11583 3 0.4164 0.7846 0.008 0.144 0.848
#> GSM11584 2 0.6174 0.7682 0.168 0.768 0.064
#> GSM11585 2 0.4810 0.7490 0.140 0.832 0.028
#> GSM11586 1 0.5977 0.5516 0.728 0.020 0.252
#> GSM11587 3 0.3116 0.8480 0.108 0.000 0.892
#> GSM11588 1 0.0000 0.7924 1.000 0.000 0.000
#> GSM11589 1 0.9083 0.5952 0.548 0.256 0.196
#> GSM11590 1 0.2537 0.7826 0.920 0.000 0.080
#> GSM11591 1 0.5098 0.7313 0.752 0.248 0.000
#> GSM11592 1 0.5327 0.5382 0.728 0.000 0.272
#> GSM11593 1 0.0000 0.7924 1.000 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.3769 0.7993 0.880 0.104 0.016
#> GSM11595 1 0.2772 0.7896 0.916 0.080 0.004
#> GSM11596 2 0.5062 0.6842 0.184 0.800 0.016
#> GSM11597 1 0.4677 0.7930 0.840 0.132 0.028
#> GSM11598 1 0.0592 0.7914 0.988 0.000 0.012
#> GSM11599 3 0.2356 0.8478 0.000 0.072 0.928
#> GSM11600 3 0.4840 0.7996 0.168 0.016 0.816
#> GSM11601 2 0.4465 0.7842 0.176 0.820 0.004
#> GSM11602 3 0.4399 0.7875 0.188 0.000 0.812
#> GSM11603 3 0.3192 0.8453 0.112 0.000 0.888
#> GSM11604 3 0.4178 0.7597 0.172 0.000 0.828
#> GSM11605 3 0.4861 0.7792 0.192 0.008 0.800
#> GSM11606 1 0.5948 0.6093 0.640 0.360 0.000
#> GSM11607 1 0.0237 0.7943 0.996 0.004 0.000
#> GSM11608 3 0.0237 0.8767 0.004 0.000 0.996
#> GSM11609 2 0.5660 0.7594 0.200 0.772 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.6737 0.32132 0.368 0.020 0.056 0.556
#> GSM11438 1 0.4228 0.65388 0.760 0.232 0.000 0.008
#> GSM11439 1 0.4500 0.59317 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM11440 3 0.4274 0.68025 0.000 0.108 0.820 0.072
#> GSM11441 4 0.6924 -0.17912 0.412 0.008 0.084 0.496
#> GSM11442 4 0.7001 0.38149 0.016 0.392 0.076 0.516
#> GSM11443 2 0.0895 0.79060 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM11444 3 0.2452 0.77677 0.004 0.004 0.908 0.084
#> GSM11445 3 0.0707 0.79181 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM11446 3 0.5241 0.65363 0.152 0.008 0.764 0.076
#> GSM11447 4 0.3468 0.58077 0.056 0.012 0.052 0.880
#> GSM11448 1 0.5352 0.64180 0.740 0.168 0.000 0.092
#> GSM11449 3 0.4632 0.51456 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM11450 1 0.3105 0.72747 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM11451 1 0.3631 0.69998 0.824 0.168 0.004 0.004
#> GSM11452 1 0.1575 0.74067 0.956 0.028 0.004 0.012
#> GSM11453 1 0.1635 0.74335 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM11454 3 0.1940 0.77237 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM11455 2 0.0524 0.79081 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM11456 2 0.4855 0.62299 0.020 0.712 0.000 0.268
#> GSM11457 2 0.0469 0.79143 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM11458 3 0.0336 0.79422 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM11459 3 0.1743 0.77912 0.000 0.004 0.940 0.056
#> GSM11460 4 0.7913 0.35430 0.140 0.036 0.304 0.520
#> GSM11461 1 0.4119 0.71226 0.836 0.112 0.044 0.008
#> GSM11462 3 0.0000 0.79404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0469 0.79189 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM11464 4 0.1174 0.57120 0.012 0.000 0.020 0.968
#> GSM11465 2 0.1617 0.79147 0.008 0.956 0.024 0.012
#> GSM11466 2 0.7075 0.60590 0.060 0.664 0.108 0.168
#> GSM11467 1 0.4747 0.67270 0.736 0.004 0.016 0.244
#> GSM11468 3 0.1474 0.77955 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM11469 3 0.0336 0.79429 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM11470 1 0.2408 0.72991 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM11471 1 0.5964 0.43191 0.536 0.000 0.040 0.424
#> GSM11472 1 0.5157 0.59647 0.688 0.028 0.000 0.284
#> GSM11473 2 0.6499 0.50771 0.112 0.612 0.000 0.276
#> GSM11474 2 0.1004 0.79049 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM11475 3 0.1209 0.79129 0.000 0.004 0.964 0.032
#> GSM11476 2 0.4819 0.43887 0.004 0.652 0.000 0.344
#> GSM11477 2 0.3216 0.77345 0.044 0.880 0.000 0.076
#> GSM11478 2 0.0895 0.78932 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM11479 2 0.2611 0.76802 0.008 0.896 0.000 0.096
#> GSM11480 2 0.0657 0.78819 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM11481 3 0.0188 0.79433 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM11482 2 0.3781 0.76228 0.016 0.856 0.024 0.104
#> GSM11483 2 0.1706 0.78908 0.016 0.948 0.000 0.036
#> GSM11484 4 0.4172 0.58867 0.020 0.092 0.044 0.844
#> GSM11485 2 0.3356 0.72457 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM11486 1 0.5881 0.58380 0.676 0.240 0.000 0.084
#> GSM11487 1 0.2216 0.73829 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM11488 4 0.7760 0.54504 0.060 0.256 0.108 0.576
#> GSM11489 2 0.4420 0.69038 0.012 0.776 0.008 0.204
#> GSM11490 1 0.5252 0.47236 0.572 0.004 0.004 0.420
#> GSM11491 1 0.0524 0.73890 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM11492 4 0.2553 0.55778 0.016 0.008 0.060 0.916
#> GSM11493 4 0.6875 0.33549 0.016 0.420 0.064 0.500
#> GSM11494 4 0.5485 0.59999 0.100 0.100 0.028 0.772
#> GSM11495 4 0.2665 0.59127 0.008 0.088 0.004 0.900
#> GSM11496 4 0.7775 -0.07446 0.240 0.380 0.000 0.380
#> GSM11497 2 0.3996 0.75145 0.044 0.852 0.088 0.016
#> GSM11498 2 0.5304 0.69155 0.148 0.748 0.000 0.104
#> GSM11499 4 0.5545 0.43957 0.020 0.364 0.004 0.612
#> GSM11500 2 0.0657 0.78819 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM11501 2 0.5231 0.46651 0.012 0.604 0.000 0.384
#> GSM11502 2 0.4941 0.36761 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.3522 0.77345 0.060 0.880 0.020 0.040
#> GSM11504 4 0.4957 0.36528 0.004 0.004 0.336 0.656
#> GSM11505 2 0.0895 0.78883 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM11506 2 0.2021 0.76821 0.012 0.932 0.000 0.056
#> GSM11507 2 0.0000 0.78980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11508 3 0.0000 0.79404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11509 1 0.9297 0.09484 0.368 0.152 0.132 0.348
#> GSM11510 4 0.3335 0.59126 0.016 0.128 0.000 0.856
#> GSM11511 1 0.7145 0.37982 0.508 0.000 0.144 0.348
#> GSM11512 4 0.4175 0.58977 0.016 0.056 0.084 0.844
#> GSM11513 3 0.1042 0.79386 0.000 0.008 0.972 0.020
#> GSM11514 2 0.4354 0.74287 0.084 0.824 0.088 0.004
#> GSM11515 4 0.6838 0.51112 0.012 0.148 0.204 0.636
#> GSM11516 1 0.4261 0.72578 0.820 0.068 0.000 0.112
#> GSM11517 3 0.1576 0.78727 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM11518 2 0.6495 0.06101 0.436 0.492 0.000 0.072
#> GSM11519 1 0.1543 0.74450 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM11520 3 0.6015 0.56974 0.080 0.000 0.652 0.268
#> GSM11521 2 0.2861 0.77367 0.016 0.888 0.000 0.096
#> GSM11522 3 0.3730 0.73804 0.004 0.016 0.836 0.144
#> GSM11523 1 0.4399 0.58087 0.760 0.000 0.224 0.016
#> GSM11524 4 0.4985 0.10041 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM11525 2 0.0188 0.79055 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM11526 4 0.6521 0.55954 0.128 0.060 0.100 0.712
#> GSM11527 2 0.0779 0.78897 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM11528 2 0.1724 0.79060 0.020 0.948 0.000 0.032
#> GSM11529 1 0.3597 0.71086 0.836 0.148 0.000 0.016
#> GSM11530 3 0.4747 0.56695 0.244 0.016 0.736 0.004
#> GSM11531 2 0.3390 0.74453 0.132 0.852 0.000 0.016
#> GSM11532 3 0.5099 0.46342 0.008 0.000 0.612 0.380
#> GSM11533 1 0.3289 0.71425 0.864 0.120 0.004 0.012
#> GSM11534 2 0.7373 0.29714 0.028 0.500 0.084 0.388
#> GSM11535 1 0.6194 0.48654 0.644 0.260 0.000 0.096
#> GSM11536 2 0.5085 0.48647 0.008 0.616 0.000 0.376
#> GSM11537 2 0.3013 0.77041 0.032 0.888 0.000 0.080
#> GSM11538 2 0.8057 0.27251 0.076 0.532 0.296 0.096
#> GSM11539 1 0.5296 -0.00828 0.496 0.496 0.000 0.008
#> GSM11540 2 0.1545 0.79134 0.040 0.952 0.000 0.008
#> GSM11541 4 0.3208 0.52683 0.004 0.000 0.148 0.848
#> GSM11542 2 0.2401 0.76891 0.004 0.904 0.000 0.092
#> GSM11543 4 0.8151 0.39290 0.292 0.164 0.040 0.504
#> GSM11544 1 0.1022 0.74446 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM11545 1 0.1356 0.74631 0.960 0.008 0.000 0.032
#> GSM11546 2 0.0000 0.78980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11547 2 0.3444 0.64402 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM11548 2 0.6544 0.40999 0.004 0.616 0.280 0.100
#> GSM11549 3 0.5816 0.41335 0.036 0.000 0.572 0.392
#> GSM11550 1 0.7369 0.34657 0.492 0.004 0.148 0.356
#> GSM11551 2 0.4056 0.70394 0.004 0.840 0.096 0.060
#> GSM11552 3 0.0000 0.79404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.1109 0.79104 0.028 0.968 0.000 0.004
#> GSM11554 2 0.1284 0.79208 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM11555 2 0.7577 0.23882 0.016 0.476 0.128 0.380
#> GSM11556 3 0.4936 0.58044 0.012 0.000 0.672 0.316
#> GSM11557 2 0.0657 0.79195 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM11558 2 0.1109 0.79018 0.028 0.968 0.000 0.004
#> GSM11559 2 0.4212 0.67195 0.216 0.772 0.000 0.012
#> GSM11560 3 0.3583 0.70549 0.180 0.000 0.816 0.004
#> GSM11561 2 0.1004 0.78989 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM11562 2 0.7271 0.41082 0.192 0.532 0.000 0.276
#> GSM11563 2 0.5614 0.45301 0.020 0.592 0.004 0.384
#> GSM11564 2 0.5478 0.59424 0.248 0.696 0.000 0.056
#> GSM11565 1 0.5713 0.50905 0.604 0.000 0.036 0.360
#> GSM11566 2 0.0524 0.79155 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM11567 2 0.2245 0.77763 0.020 0.932 0.040 0.008
#> GSM11568 1 0.5358 0.60826 0.724 0.220 0.004 0.052
#> GSM11569 2 0.1978 0.78555 0.068 0.928 0.000 0.004
#> GSM11570 3 0.0188 0.79399 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM11571 1 0.5334 0.70557 0.784 0.116 0.056 0.044
#> GSM11572 4 0.8031 0.02612 0.288 0.324 0.004 0.384
#> GSM11573 1 0.1211 0.74608 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM11574 1 0.2313 0.74863 0.924 0.032 0.000 0.044
#> GSM11575 1 0.3937 0.69093 0.800 0.188 0.000 0.012
#> GSM11576 1 0.2611 0.70908 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM11577 1 0.4722 0.72507 0.820 0.076 0.028 0.076
#> GSM11578 1 0.0672 0.73865 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM11579 2 0.0927 0.79218 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM11580 2 0.7022 0.30649 0.360 0.548 0.028 0.064
#> GSM11581 3 0.6854 0.45948 0.012 0.156 0.636 0.196
#> GSM11582 4 0.5363 0.28638 0.004 0.012 0.372 0.612
#> GSM11583 3 0.3734 0.70543 0.012 0.116 0.852 0.020
#> GSM11584 4 0.6705 0.00230 0.004 0.424 0.076 0.496
#> GSM11585 2 0.4277 0.69370 0.172 0.800 0.024 0.004
#> GSM11586 1 0.7782 0.30744 0.480 0.016 0.160 0.344
#> GSM11587 3 0.3521 0.75860 0.084 0.000 0.864 0.052
#> GSM11588 1 0.1474 0.74567 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM11589 1 0.7885 0.50537 0.596 0.196 0.128 0.080
#> GSM11590 1 0.1284 0.74322 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM11591 1 0.3626 0.68660 0.812 0.184 0.000 0.004
#> GSM11592 1 0.7192 0.33364 0.472 0.000 0.140 0.388
#> GSM11593 1 0.1389 0.74391 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM11594 1 0.1151 0.74231 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM11595 1 0.5751 0.62035 0.664 0.048 0.004 0.284
#> GSM11596 2 0.5837 0.59896 0.196 0.724 0.048 0.032
#> GSM11597 1 0.7524 0.54822 0.600 0.108 0.052 0.240
#> GSM11598 1 0.2197 0.73961 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM11599 3 0.4102 0.72556 0.004 0.056 0.836 0.104
#> GSM11600 3 0.4089 0.67838 0.004 0.004 0.780 0.212
#> GSM11601 2 0.4123 0.68257 0.008 0.772 0.000 0.220
#> GSM11602 3 0.4262 0.65835 0.008 0.000 0.756 0.236
#> GSM11603 3 0.4663 0.70556 0.148 0.000 0.788 0.064
#> GSM11604 3 0.5515 0.63196 0.152 0.000 0.732 0.116
#> GSM11605 3 0.5375 0.40058 0.004 0.008 0.572 0.416
#> GSM11606 1 0.4897 0.52574 0.660 0.332 0.000 0.008
#> GSM11607 1 0.1557 0.74513 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM11608 3 0.1722 0.78728 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM11609 2 0.5530 0.50546 0.008 0.624 0.016 0.352
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.3589 0.56753 0.132 0.000 0.040 0.824 0.004
#> GSM11438 1 0.5789 0.63068 0.696 0.068 0.000 0.148 0.088
#> GSM11439 1 0.4227 0.20011 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM11440 3 0.4732 0.66377 0.000 0.092 0.760 0.016 0.132
#> GSM11441 5 0.2569 0.30020 0.028 0.004 0.044 0.016 0.908
#> GSM11442 4 0.7695 0.31946 0.012 0.236 0.072 0.500 0.180
#> GSM11443 2 0.0566 0.77017 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM11444 3 0.2179 0.75648 0.000 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM11445 3 0.0671 0.76918 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM11446 3 0.5015 0.67213 0.120 0.000 0.748 0.028 0.104
#> GSM11447 5 0.5369 -0.07957 0.012 0.000 0.044 0.344 0.600
#> GSM11448 1 0.4833 0.58270 0.736 0.136 0.000 0.004 0.124
#> GSM11449 3 0.3689 0.58333 0.256 0.000 0.740 0.004 0.000
#> GSM11450 1 0.4748 0.51223 0.660 0.000 0.000 0.300 0.040
#> GSM11451 1 0.3847 0.72127 0.800 0.040 0.004 0.156 0.000
#> GSM11452 1 0.1885 0.76941 0.932 0.044 0.004 0.020 0.000
#> GSM11453 1 0.0579 0.76745 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM11454 3 0.2722 0.74964 0.000 0.000 0.872 0.020 0.108
#> GSM11455 2 0.4000 0.72725 0.004 0.800 0.000 0.064 0.132
#> GSM11456 2 0.4253 0.39342 0.004 0.660 0.000 0.004 0.332
#> GSM11457 2 0.1892 0.77424 0.004 0.916 0.000 0.080 0.000
#> GSM11458 3 0.0000 0.76931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11459 3 0.3861 0.62536 0.000 0.000 0.712 0.004 0.284
#> GSM11460 4 0.3409 0.55538 0.144 0.000 0.032 0.824 0.000
#> GSM11461 1 0.3379 0.73044 0.828 0.008 0.016 0.148 0.000
#> GSM11462 3 0.0000 0.76931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1357 0.77319 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000
#> GSM11464 4 0.2852 0.55558 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM11465 2 0.1554 0.77195 0.004 0.952 0.024 0.012 0.008
#> GSM11466 2 0.6828 0.55611 0.064 0.648 0.100 0.040 0.148
#> GSM11467 1 0.5866 0.37577 0.548 0.000 0.008 0.360 0.084
#> GSM11468 3 0.2970 0.71941 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM11469 3 0.0510 0.77070 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM11470 1 0.3913 0.51421 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM11471 5 0.4610 0.23117 0.388 0.000 0.016 0.000 0.596
#> GSM11472 5 0.3752 0.32002 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM11473 2 0.5630 0.08280 0.044 0.528 0.000 0.016 0.412
#> GSM11474 2 0.0404 0.76976 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11475 3 0.0880 0.76367 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM11476 2 0.5820 0.45278 0.000 0.612 0.000 0.192 0.196
#> GSM11477 2 0.0833 0.76956 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> GSM11478 2 0.3163 0.74995 0.012 0.824 0.000 0.164 0.000
#> GSM11479 2 0.1357 0.76286 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM11480 2 0.2886 0.75498 0.008 0.844 0.000 0.148 0.000
#> GSM11481 3 0.0510 0.77142 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM11482 2 0.5484 0.70287 0.008 0.704 0.016 0.096 0.176
#> GSM11483 2 0.5648 0.67673 0.012 0.668 0.000 0.160 0.160
#> GSM11484 4 0.6508 0.32779 0.008 0.076 0.028 0.504 0.384
#> GSM11485 2 0.4086 0.64860 0.000 0.704 0.000 0.012 0.284
#> GSM11486 1 0.5904 0.59479 0.668 0.200 0.000 0.064 0.068
#> GSM11487 1 0.1768 0.74559 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM11488 4 0.7571 0.42287 0.024 0.316 0.080 0.492 0.088
#> GSM11489 2 0.3143 0.65465 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM11490 5 0.4798 0.12347 0.440 0.000 0.000 0.020 0.540
#> GSM11491 1 0.0000 0.76846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11492 5 0.4973 -0.28099 0.000 0.004 0.020 0.480 0.496
#> GSM11493 4 0.5637 0.41827 0.008 0.308 0.060 0.616 0.008
#> GSM11494 4 0.5751 0.37772 0.036 0.008 0.028 0.608 0.320
#> GSM11495 4 0.5044 0.26885 0.000 0.032 0.000 0.504 0.464
#> GSM11496 5 0.6056 0.34683 0.152 0.296 0.000 0.000 0.552
#> GSM11497 2 0.2491 0.74465 0.008 0.904 0.068 0.016 0.004
#> GSM11498 2 0.5092 0.65414 0.148 0.724 0.000 0.012 0.116
#> GSM11499 4 0.5942 0.41610 0.008 0.240 0.004 0.624 0.124
#> GSM11500 2 0.5471 0.67185 0.008 0.680 0.000 0.156 0.156
#> GSM11501 5 0.3796 0.28564 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM11502 2 0.4666 0.33113 0.412 0.572 0.000 0.016 0.000
#> GSM11503 2 0.5009 0.72999 0.052 0.748 0.008 0.164 0.028
#> GSM11504 4 0.3535 0.57896 0.000 0.000 0.088 0.832 0.080
#> GSM11505 2 0.3421 0.75016 0.016 0.816 0.000 0.164 0.004
#> GSM11506 2 0.4565 0.73200 0.008 0.752 0.000 0.176 0.064
#> GSM11507 2 0.1197 0.77153 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11508 3 0.2127 0.74119 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM11509 5 0.5038 0.32508 0.100 0.036 0.100 0.004 0.760
#> GSM11510 4 0.5779 0.27139 0.004 0.076 0.000 0.492 0.428
#> GSM11511 5 0.5576 0.17394 0.424 0.000 0.060 0.004 0.512
#> GSM11512 4 0.2473 0.59395 0.000 0.000 0.032 0.896 0.072
#> GSM11513 3 0.4184 0.62016 0.000 0.000 0.700 0.016 0.284
#> GSM11514 2 0.3124 0.75466 0.056 0.872 0.060 0.012 0.000
#> GSM11515 5 0.6948 -0.00928 0.008 0.048 0.124 0.260 0.560
#> GSM11516 1 0.4469 0.73294 0.796 0.040 0.000 0.092 0.072
#> GSM11517 3 0.1270 0.75866 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM11518 2 0.7491 0.05617 0.368 0.380 0.000 0.204 0.048
#> GSM11519 1 0.0451 0.76770 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM11520 3 0.5723 0.23184 0.076 0.000 0.532 0.004 0.388
#> GSM11521 2 0.5390 0.67541 0.008 0.676 0.000 0.104 0.212
#> GSM11522 3 0.3961 0.57749 0.000 0.016 0.736 0.000 0.248
#> GSM11523 1 0.3544 0.60178 0.788 0.000 0.200 0.004 0.008
#> GSM11524 3 0.6562 0.26738 0.000 0.000 0.472 0.244 0.284
#> GSM11525 2 0.1282 0.77493 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> GSM11526 4 0.2708 0.58544 0.072 0.000 0.044 0.884 0.000
#> GSM11527 2 0.5063 0.70144 0.008 0.720 0.000 0.156 0.116
#> GSM11528 2 0.0451 0.77232 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM11529 1 0.4745 0.70375 0.760 0.068 0.000 0.148 0.024
#> GSM11530 3 0.3880 0.62333 0.204 0.020 0.772 0.000 0.004
#> GSM11531 2 0.4059 0.73214 0.112 0.808 0.000 0.068 0.012
#> GSM11532 5 0.4294 -0.03286 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM11533 1 0.3798 0.73519 0.816 0.060 0.004 0.120 0.000
#> GSM11534 5 0.5528 0.21365 0.012 0.396 0.036 0.004 0.552
#> GSM11535 1 0.5798 0.46603 0.620 0.280 0.000 0.020 0.080
#> GSM11536 5 0.4306 -0.02777 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM11537 2 0.0740 0.76855 0.008 0.980 0.000 0.008 0.004
#> GSM11538 4 0.8773 0.07784 0.036 0.308 0.200 0.348 0.108
#> GSM11539 1 0.6885 0.16696 0.460 0.380 0.000 0.120 0.040
#> GSM11540 2 0.1914 0.77357 0.016 0.924 0.000 0.060 0.000
#> GSM11541 4 0.3239 0.56344 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> GSM11542 2 0.1597 0.76503 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> GSM11543 4 0.6746 0.38127 0.256 0.056 0.028 0.600 0.060
#> GSM11544 1 0.0404 0.76768 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11545 1 0.0451 0.76921 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM11546 2 0.3667 0.72380 0.000 0.812 0.000 0.048 0.140
#> GSM11547 2 0.4747 0.63527 0.184 0.732 0.000 0.080 0.004
#> GSM11548 5 0.7467 0.05262 0.000 0.248 0.200 0.068 0.484
#> GSM11549 5 0.4220 0.25408 0.008 0.000 0.300 0.004 0.688
#> GSM11550 5 0.5556 0.35347 0.244 0.000 0.100 0.008 0.648
#> GSM11551 5 0.7553 -0.12564 0.012 0.388 0.064 0.120 0.416
#> GSM11552 3 0.0000 0.76931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0566 0.77121 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM11554 2 0.0162 0.76913 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM11555 5 0.5306 0.20729 0.004 0.400 0.044 0.000 0.552
#> GSM11556 3 0.4321 0.34705 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM11557 2 0.0771 0.77172 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> GSM11558 2 0.0162 0.76885 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11559 2 0.3352 0.63814 0.192 0.800 0.000 0.004 0.004
#> GSM11560 3 0.3274 0.65174 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.4703 0.73650 0.016 0.756 0.000 0.156 0.072
#> GSM11562 2 0.6306 0.06078 0.128 0.504 0.000 0.008 0.360
#> GSM11563 5 0.4273 0.10391 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM11564 2 0.5682 0.53656 0.256 0.640 0.000 0.016 0.088
#> GSM11565 5 0.4827 0.05572 0.476 0.000 0.020 0.000 0.504
#> GSM11566 2 0.3871 0.72947 0.004 0.808 0.000 0.056 0.132
#> GSM11567 2 0.4121 0.74543 0.012 0.804 0.024 0.144 0.016
#> GSM11568 1 0.5313 0.60616 0.692 0.232 0.004 0.036 0.036
#> GSM11569 2 0.1331 0.76381 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> GSM11570 3 0.0162 0.76935 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11571 1 0.4943 0.70773 0.764 0.020 0.040 0.148 0.028
#> GSM11572 5 0.6304 0.36697 0.220 0.220 0.004 0.000 0.556
#> GSM11573 1 0.0865 0.76865 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM11574 1 0.2971 0.76016 0.880 0.072 0.000 0.016 0.032
#> GSM11575 1 0.4098 0.72204 0.796 0.048 0.000 0.144 0.012
#> GSM11576 1 0.1544 0.74219 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM11577 1 0.4779 0.73546 0.796 0.056 0.020 0.080 0.048
#> GSM11578 1 0.1331 0.76912 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> GSM11579 2 0.3193 0.73011 0.000 0.840 0.000 0.028 0.132
#> GSM11580 2 0.7295 0.22634 0.336 0.492 0.040 0.108 0.024
#> GSM11581 5 0.4422 0.01001 0.000 0.012 0.320 0.004 0.664
#> GSM11582 4 0.2719 0.55979 0.004 0.000 0.144 0.852 0.000
#> GSM11583 3 0.3863 0.66601 0.008 0.012 0.812 0.148 0.020
#> GSM11584 5 0.4815 0.22259 0.000 0.124 0.064 0.044 0.768
#> GSM11585 2 0.5718 0.63611 0.168 0.660 0.012 0.160 0.000
#> GSM11586 5 0.6852 0.29453 0.352 0.012 0.080 0.044 0.512
#> GSM11587 3 0.3260 0.72907 0.084 0.000 0.856 0.004 0.056
#> GSM11588 1 0.0794 0.76819 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM11589 1 0.8283 0.37961 0.496 0.072 0.072 0.224 0.136
#> GSM11590 1 0.0404 0.76768 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11591 1 0.3806 0.72440 0.804 0.040 0.000 0.152 0.004
#> GSM11592 5 0.5234 0.31553 0.332 0.000 0.052 0.004 0.612
#> GSM11593 1 0.0794 0.76667 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM11594 1 0.0290 0.76855 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM11595 1 0.6025 0.45091 0.616 0.028 0.000 0.092 0.264
#> GSM11596 5 0.8728 -0.02698 0.140 0.292 0.036 0.148 0.384
#> GSM11597 5 0.7097 0.19147 0.288 0.004 0.044 0.148 0.516
#> GSM11598 1 0.1892 0.73803 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> GSM11599 3 0.5981 0.51086 0.004 0.008 0.576 0.092 0.320
#> GSM11600 3 0.3430 0.62105 0.000 0.004 0.776 0.000 0.220
#> GSM11601 2 0.3366 0.63556 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM11602 3 0.3607 0.58894 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM11603 3 0.4114 0.66091 0.176 0.000 0.776 0.004 0.044
#> GSM11604 3 0.5775 0.35338 0.076 0.000 0.496 0.004 0.424
#> GSM11605 5 0.4170 0.18480 0.000 0.004 0.272 0.012 0.712
#> GSM11606 1 0.4298 0.51253 0.640 0.352 0.000 0.008 0.000
#> GSM11607 1 0.1043 0.76446 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM11608 3 0.1282 0.76019 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM11609 2 0.4451 0.11003 0.000 0.504 0.004 0.000 0.492
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.1307 0.6119 0.032 0.000 0.008 0.952 0.008 0.000
#> GSM11438 1 0.5336 0.6024 0.644 0.056 0.000 0.000 0.240 0.060
#> GSM11439 1 0.3971 0.0778 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448
#> GSM11440 3 0.5732 0.1769 0.000 0.076 0.556 0.008 0.332 0.028
#> GSM11441 5 0.4406 0.3495 0.024 0.000 0.000 0.008 0.624 0.344
#> GSM11442 5 0.5097 0.2359 0.000 0.056 0.020 0.292 0.628 0.004
#> GSM11443 2 0.3431 0.6063 0.000 0.756 0.000 0.000 0.016 0.228
#> GSM11444 3 0.2362 0.6718 0.000 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> GSM11445 3 0.0865 0.7288 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11446 3 0.6682 0.1096 0.076 0.000 0.492 0.012 0.316 0.104
#> GSM11447 6 0.5599 -0.0252 0.008 0.000 0.000 0.152 0.276 0.564
#> GSM11448 1 0.4527 0.5706 0.724 0.136 0.000 0.000 0.008 0.132
#> GSM11449 3 0.3329 0.5563 0.220 0.000 0.768 0.000 0.008 0.004
#> GSM11450 1 0.4379 0.2717 0.576 0.000 0.000 0.396 0.000 0.028
#> GSM11451 1 0.3333 0.7170 0.784 0.024 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM11452 1 0.1933 0.7604 0.920 0.044 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM11453 1 0.0622 0.7582 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM11454 3 0.4193 0.5517 0.000 0.000 0.724 0.008 0.220 0.048
#> GSM11455 2 0.4354 0.6562 0.000 0.704 0.000 0.000 0.216 0.080
#> GSM11456 2 0.3930 0.2594 0.004 0.628 0.000 0.000 0.004 0.364
#> GSM11457 2 0.1663 0.7449 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM11458 3 0.0260 0.7362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM11459 5 0.3930 0.2588 0.000 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> GSM11460 4 0.0909 0.6115 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000
#> GSM11461 1 0.2955 0.7261 0.816 0.000 0.008 0.004 0.172 0.000
#> GSM11462 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1713 0.7444 0.000 0.928 0.000 0.000 0.044 0.028
#> GSM11464 4 0.0260 0.6169 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM11465 2 0.1346 0.7419 0.000 0.952 0.024 0.000 0.016 0.008
#> GSM11466 2 0.6960 0.4247 0.052 0.588 0.044 0.036 0.200 0.080
#> GSM11467 4 0.4225 -0.0695 0.440 0.000 0.004 0.548 0.004 0.004
#> GSM11468 3 0.3782 0.2010 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM11469 3 0.1957 0.6905 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM11470 4 0.3864 -0.1570 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000
#> GSM11471 6 0.4278 0.3499 0.360 0.000 0.004 0.000 0.020 0.616
#> GSM11472 6 0.6047 0.1578 0.260 0.000 0.000 0.000 0.340 0.400
#> GSM11473 6 0.4725 0.3507 0.024 0.288 0.000 0.000 0.036 0.652
#> GSM11474 2 0.0363 0.7395 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM11475 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11476 2 0.6642 0.4530 0.000 0.544 0.000 0.148 0.156 0.152
#> GSM11477 2 0.0692 0.7411 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11478 2 0.2980 0.7146 0.008 0.800 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM11479 2 0.1152 0.7334 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM11480 2 0.2562 0.7202 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM11481 3 0.2361 0.7099 0.000 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> GSM11482 2 0.5204 0.6510 0.000 0.652 0.016 0.000 0.204 0.128
#> GSM11483 2 0.5133 0.5917 0.000 0.576 0.000 0.004 0.332 0.088
#> GSM11484 6 0.5544 0.1720 0.008 0.052 0.000 0.416 0.024 0.500
#> GSM11485 2 0.5231 0.5442 0.000 0.608 0.000 0.000 0.168 0.224
#> GSM11486 1 0.5926 0.5724 0.624 0.144 0.000 0.000 0.080 0.152
#> GSM11487 1 0.1845 0.7315 0.916 0.000 0.000 0.008 0.004 0.072
#> GSM11488 4 0.8344 0.2442 0.020 0.264 0.072 0.400 0.100 0.144
#> GSM11489 2 0.2793 0.6188 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM11490 6 0.4512 0.2800 0.400 0.000 0.004 0.020 0.004 0.572
#> GSM11491 1 0.0260 0.7587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM11492 6 0.5052 0.2024 0.000 0.004 0.004 0.396 0.056 0.540
#> GSM11493 4 0.6549 0.1875 0.000 0.336 0.048 0.464 0.148 0.004
#> GSM11494 4 0.6468 0.1928 0.028 0.000 0.000 0.432 0.324 0.216
#> GSM11495 6 0.4609 0.1999 0.000 0.008 0.004 0.452 0.016 0.520
#> GSM11496 6 0.3605 0.4793 0.084 0.108 0.000 0.000 0.004 0.804
#> GSM11497 2 0.4934 0.5504 0.004 0.688 0.056 0.012 0.012 0.228
#> GSM11498 2 0.4890 0.6259 0.144 0.712 0.000 0.000 0.032 0.112
#> GSM11499 4 0.7220 0.2435 0.000 0.184 0.000 0.416 0.272 0.128
#> GSM11500 5 0.6105 -0.3135 0.000 0.352 0.000 0.000 0.360 0.288
#> GSM11501 6 0.4662 0.4298 0.000 0.236 0.000 0.000 0.096 0.668
#> GSM11502 2 0.4482 0.2787 0.416 0.552 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM11503 2 0.6483 0.4928 0.048 0.500 0.000 0.000 0.252 0.200
#> GSM11504 4 0.0665 0.6165 0.000 0.000 0.008 0.980 0.004 0.008
#> GSM11505 2 0.5594 0.5494 0.004 0.568 0.000 0.000 0.200 0.228
#> GSM11506 2 0.5711 0.5295 0.000 0.544 0.000 0.004 0.204 0.248
#> GSM11507 2 0.1075 0.7426 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM11508 3 0.3336 0.6386 0.000 0.000 0.812 0.000 0.132 0.056
#> GSM11509 5 0.5509 0.3512 0.044 0.004 0.044 0.000 0.564 0.344
#> GSM11510 6 0.5277 0.2470 0.004 0.056 0.000 0.372 0.016 0.552
#> GSM11511 6 0.4043 0.4673 0.212 0.000 0.036 0.012 0.000 0.740
#> GSM11512 4 0.1036 0.6142 0.000 0.000 0.004 0.964 0.024 0.008
#> GSM11513 5 0.3955 0.2359 0.000 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004
#> GSM11514 2 0.3234 0.7244 0.056 0.860 0.048 0.000 0.024 0.012
#> GSM11515 5 0.3568 0.5008 0.000 0.012 0.024 0.028 0.828 0.108
#> GSM11516 1 0.4185 0.7312 0.796 0.036 0.000 0.012 0.092 0.064
#> GSM11517 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11518 1 0.7598 -0.0465 0.360 0.360 0.000 0.108 0.140 0.032
#> GSM11519 1 0.0405 0.7586 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11520 3 0.5315 0.2376 0.076 0.000 0.532 0.012 0.000 0.380
#> GSM11521 2 0.5600 0.5745 0.000 0.572 0.000 0.008 0.256 0.164
#> GSM11522 3 0.3790 0.5326 0.000 0.016 0.716 0.000 0.004 0.264
#> GSM11523 1 0.3689 0.5932 0.772 0.000 0.192 0.020 0.000 0.016
#> GSM11524 5 0.5399 0.4106 0.000 0.000 0.300 0.116 0.576 0.008
#> GSM11525 2 0.1075 0.7453 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM11526 4 0.0692 0.6179 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000
#> GSM11527 2 0.4476 0.6588 0.000 0.664 0.000 0.000 0.272 0.064
#> GSM11528 2 0.0260 0.7422 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM11529 1 0.4340 0.6888 0.720 0.064 0.000 0.000 0.208 0.008
#> GSM11530 3 0.3401 0.5639 0.204 0.004 0.776 0.000 0.016 0.000
#> GSM11531 2 0.4232 0.7036 0.096 0.780 0.000 0.000 0.080 0.044
#> GSM11532 6 0.3955 0.0746 0.000 0.000 0.436 0.000 0.004 0.560
#> GSM11533 1 0.3332 0.7302 0.808 0.048 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM11534 6 0.4109 0.3350 0.000 0.392 0.008 0.004 0.000 0.596
#> GSM11535 1 0.5129 0.4675 0.624 0.280 0.000 0.000 0.016 0.080
#> GSM11536 6 0.4228 0.3155 0.000 0.392 0.000 0.000 0.020 0.588
#> GSM11537 2 0.0508 0.7401 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11538 4 0.8527 0.1045 0.016 0.264 0.164 0.364 0.116 0.076
#> GSM11539 1 0.6161 0.1774 0.440 0.364 0.000 0.000 0.180 0.016
#> GSM11540 2 0.2358 0.7439 0.016 0.876 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM11541 4 0.0260 0.6169 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM11542 2 0.1297 0.7363 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM11543 4 0.7272 0.1790 0.236 0.028 0.004 0.392 0.308 0.032
#> GSM11544 1 0.0405 0.7586 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11545 1 0.0405 0.7594 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11546 2 0.4513 0.6412 0.000 0.692 0.000 0.000 0.212 0.096
#> GSM11547 2 0.6026 0.5293 0.080 0.592 0.000 0.000 0.100 0.228
#> GSM11548 5 0.3850 0.5727 0.000 0.096 0.084 0.000 0.800 0.020
#> GSM11549 6 0.4812 0.3472 0.008 0.000 0.264 0.008 0.056 0.664
#> GSM11550 6 0.6730 0.3896 0.236 0.000 0.068 0.020 0.136 0.540
#> GSM11551 5 0.3659 0.5180 0.012 0.148 0.016 0.000 0.804 0.020
#> GSM11552 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0405 0.7415 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.7390 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11555 6 0.4227 0.3986 0.000 0.344 0.004 0.000 0.020 0.632
#> GSM11556 3 0.4570 0.2679 0.000 0.000 0.528 0.000 0.036 0.436
#> GSM11557 2 0.0547 0.7415 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM11558 2 0.0146 0.7389 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11559 2 0.2902 0.6173 0.196 0.800 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11560 3 0.2848 0.6462 0.176 0.000 0.816 0.008 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.4250 0.6978 0.012 0.708 0.000 0.000 0.244 0.036
#> GSM11562 2 0.5498 -0.0358 0.116 0.504 0.000 0.000 0.004 0.376
#> GSM11563 6 0.3890 0.3215 0.000 0.400 0.004 0.000 0.000 0.596
#> GSM11564 2 0.5411 0.4991 0.268 0.620 0.000 0.000 0.044 0.068
#> GSM11565 6 0.3986 0.1480 0.464 0.000 0.004 0.000 0.000 0.532
#> GSM11566 2 0.4465 0.6562 0.004 0.704 0.000 0.000 0.212 0.080
#> GSM11567 2 0.3592 0.7134 0.000 0.784 0.016 0.004 0.184 0.012
#> GSM11568 1 0.5006 0.6059 0.680 0.232 0.000 0.008 0.044 0.036
#> GSM11569 2 0.1075 0.7347 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11570 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11571 1 0.4375 0.6934 0.724 0.012 0.036 0.004 0.220 0.004
#> GSM11572 6 0.6000 0.5087 0.188 0.180 0.004 0.000 0.036 0.592
#> GSM11573 1 0.0622 0.7602 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM11574 1 0.2706 0.7509 0.880 0.068 0.000 0.000 0.024 0.028
#> GSM11575 1 0.3628 0.7160 0.776 0.036 0.000 0.000 0.184 0.004
#> GSM11576 1 0.1584 0.7358 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000 0.000
#> GSM11577 1 0.4502 0.7322 0.788 0.052 0.020 0.008 0.092 0.040
#> GSM11578 1 0.1196 0.7594 0.952 0.040 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM11579 2 0.4094 0.6617 0.000 0.740 0.000 0.000 0.180 0.080
#> GSM11580 2 0.6770 0.2018 0.320 0.484 0.048 0.004 0.128 0.016
#> GSM11581 5 0.5581 0.4824 0.000 0.008 0.220 0.000 0.584 0.188
#> GSM11582 4 0.0767 0.6150 0.004 0.000 0.008 0.976 0.000 0.012
#> GSM11583 3 0.3431 0.5393 0.000 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016
#> GSM11584 5 0.4202 0.4855 0.000 0.032 0.016 0.004 0.736 0.212
#> GSM11585 2 0.5190 0.6035 0.164 0.644 0.008 0.000 0.184 0.000
#> GSM11586 6 0.7368 0.4070 0.300 0.012 0.060 0.068 0.080 0.480
#> GSM11587 3 0.2602 0.7188 0.052 0.000 0.888 0.020 0.000 0.040
#> GSM11588 1 0.1478 0.7547 0.944 0.000 0.000 0.004 0.020 0.032
#> GSM11589 1 0.7954 0.3475 0.452 0.040 0.064 0.080 0.284 0.080
#> GSM11590 1 0.0405 0.7586 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11591 1 0.3393 0.7192 0.784 0.020 0.000 0.000 0.192 0.004
#> GSM11592 6 0.5432 0.4595 0.276 0.000 0.028 0.008 0.068 0.620
#> GSM11593 1 0.0692 0.7573 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM11594 1 0.0405 0.7586 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11595 1 0.5479 0.4330 0.620 0.024 0.000 0.096 0.004 0.256
#> GSM11596 5 0.4977 0.3782 0.080 0.152 0.000 0.000 0.712 0.056
#> GSM11597 5 0.4190 0.4583 0.148 0.000 0.000 0.000 0.740 0.112
#> GSM11598 1 0.1908 0.7111 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> GSM11599 5 0.3895 0.4608 0.000 0.000 0.280 0.008 0.700 0.012
#> GSM11600 3 0.3541 0.6037 0.000 0.000 0.748 0.000 0.020 0.232
#> GSM11601 2 0.3109 0.6079 0.000 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> GSM11602 3 0.3078 0.6164 0.000 0.000 0.796 0.012 0.000 0.192
#> GSM11603 3 0.3134 0.6429 0.168 0.000 0.808 0.024 0.000 0.000
#> GSM11604 5 0.5760 0.4105 0.036 0.000 0.308 0.000 0.560 0.096
#> GSM11605 5 0.6022 0.3120 0.000 0.000 0.160 0.020 0.508 0.312
#> GSM11606 1 0.4012 0.5204 0.640 0.344 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM11607 1 0.0713 0.7569 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM11608 3 0.0291 0.7369 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM11609 6 0.5635 0.1308 0.000 0.408 0.008 0.000 0.116 0.468
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:pam 147 0.0154 2
#> SD:pam 162 0.0349 3
#> SD:pam 135 0.1206 4
#> SD:pam 116 0.0605 5
#> SD:pam 108 0.2768 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.310 0.700 0.846 0.2519 0.785 0.785
#> 3 3 0.160 0.707 0.749 1.2119 0.449 0.347
#> 4 4 0.596 0.613 0.820 0.2980 0.832 0.575
#> 5 5 0.506 0.451 0.687 0.0610 0.882 0.611
#> 6 6 0.553 0.418 0.633 0.0457 0.884 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.4815 0.8162 0.896 0.104
#> GSM11438 1 0.9815 -0.1878 0.580 0.420
#> GSM11439 1 0.1843 0.8162 0.972 0.028
#> GSM11440 1 0.0672 0.8132 0.992 0.008
#> GSM11441 1 0.1633 0.8112 0.976 0.024
#> GSM11442 1 0.1633 0.8092 0.976 0.024
#> GSM11443 1 0.9815 -0.1144 0.580 0.420
#> GSM11444 1 0.0938 0.8104 0.988 0.012
#> GSM11445 1 0.1184 0.8104 0.984 0.016
#> GSM11446 1 0.2236 0.8006 0.964 0.036
#> GSM11447 1 0.2043 0.8084 0.968 0.032
#> GSM11448 1 0.5519 0.7956 0.872 0.128
#> GSM11449 1 0.5294 0.8108 0.880 0.120
#> GSM11450 1 0.6148 0.7986 0.848 0.152
#> GSM11451 2 0.8016 0.7182 0.244 0.756
#> GSM11452 1 0.5737 0.7972 0.864 0.136
#> GSM11453 1 0.5737 0.7972 0.864 0.136
#> GSM11454 1 0.2948 0.7904 0.948 0.052
#> GSM11455 1 0.2236 0.8113 0.964 0.036
#> GSM11456 1 0.6712 0.7540 0.824 0.176
#> GSM11457 2 0.9850 0.6638 0.428 0.572
#> GSM11458 1 0.3431 0.7813 0.936 0.064
#> GSM11459 1 0.2778 0.7940 0.952 0.048
#> GSM11460 1 0.3879 0.8018 0.924 0.076
#> GSM11461 1 0.6048 0.8024 0.852 0.148
#> GSM11462 1 0.2948 0.7919 0.948 0.052
#> GSM11463 1 0.9815 -0.1216 0.580 0.420
#> GSM11464 1 0.6343 0.7968 0.840 0.160
#> GSM11465 1 0.5519 0.7997 0.872 0.128
#> GSM11466 1 0.0376 0.8143 0.996 0.004
#> GSM11467 1 0.6531 0.7920 0.832 0.168
#> GSM11468 1 0.0938 0.8104 0.988 0.012
#> GSM11469 1 0.2603 0.7981 0.956 0.044
#> GSM11470 1 0.7745 0.7312 0.772 0.228
#> GSM11471 1 0.5408 0.8127 0.876 0.124
#> GSM11472 1 0.4022 0.8228 0.920 0.080
#> GSM11473 1 0.4431 0.8152 0.908 0.092
#> GSM11474 2 0.9970 0.5804 0.468 0.532
#> GSM11475 1 0.0376 0.8143 0.996 0.004
#> GSM11476 1 0.1843 0.8088 0.972 0.028
#> GSM11477 2 0.9686 0.7027 0.396 0.604
#> GSM11478 2 0.9881 0.6514 0.436 0.564
#> GSM11479 1 0.4431 0.7722 0.908 0.092
#> GSM11480 2 0.6531 0.7119 0.168 0.832
#> GSM11481 1 0.0938 0.8147 0.988 0.012
#> GSM11482 1 0.0938 0.8127 0.988 0.012
#> GSM11483 1 0.8955 0.2812 0.688 0.312
#> GSM11484 1 0.2603 0.8012 0.956 0.044
#> GSM11485 1 0.6247 0.6439 0.844 0.156
#> GSM11486 1 0.8144 0.5278 0.748 0.252
#> GSM11487 1 0.5737 0.8006 0.864 0.136
#> GSM11488 1 0.2236 0.8070 0.964 0.036
#> GSM11489 1 0.3274 0.8200 0.940 0.060
#> GSM11490 1 0.1414 0.8128 0.980 0.020
#> GSM11491 1 0.6148 0.7983 0.848 0.152
#> GSM11492 1 0.1633 0.8107 0.976 0.024
#> GSM11493 1 0.1633 0.8098 0.976 0.024
#> GSM11494 1 0.1414 0.8100 0.980 0.020
#> GSM11495 1 0.1633 0.8126 0.976 0.024
#> GSM11496 1 0.1843 0.8153 0.972 0.028
#> GSM11497 1 0.5629 0.7940 0.868 0.132
#> GSM11498 1 0.6048 0.7839 0.852 0.148
#> GSM11499 1 0.6973 0.5684 0.812 0.188
#> GSM11500 1 0.7453 0.5105 0.788 0.212
#> GSM11501 1 0.1633 0.8104 0.976 0.024
#> GSM11502 2 0.9686 0.7027 0.396 0.604
#> GSM11503 1 0.9944 -0.3113 0.544 0.456
#> GSM11504 1 0.1414 0.8091 0.980 0.020
#> GSM11505 2 0.9998 0.5028 0.492 0.508
#> GSM11506 2 1.0000 0.5040 0.496 0.504
#> GSM11507 2 0.7219 0.7279 0.200 0.800
#> GSM11508 1 0.2236 0.7995 0.964 0.036
#> GSM11509 1 0.0938 0.8122 0.988 0.012
#> GSM11510 1 0.6801 0.7448 0.820 0.180
#> GSM11511 1 0.5842 0.8016 0.860 0.140
#> GSM11512 1 0.2423 0.8008 0.960 0.040
#> GSM11513 1 0.1633 0.8068 0.976 0.024
#> GSM11514 1 0.2948 0.8209 0.948 0.052
#> GSM11515 1 0.1414 0.8100 0.980 0.020
#> GSM11516 1 0.5629 0.7967 0.868 0.132
#> GSM11517 1 0.1414 0.8093 0.980 0.020
#> GSM11518 1 0.2236 0.8226 0.964 0.036
#> GSM11519 1 0.6343 0.7971 0.840 0.160
#> GSM11520 1 0.6531 0.7920 0.832 0.168
#> GSM11521 1 0.1414 0.8119 0.980 0.020
#> GSM11522 1 0.5629 0.8084 0.868 0.132
#> GSM11523 1 0.7299 0.7624 0.796 0.204
#> GSM11524 1 0.1633 0.8080 0.976 0.024
#> GSM11525 1 0.9998 -0.4711 0.508 0.492
#> GSM11526 1 0.0938 0.8126 0.988 0.012
#> GSM11527 1 0.9944 -0.3728 0.544 0.456
#> GSM11528 2 0.9580 0.7134 0.380 0.620
#> GSM11529 1 0.5629 0.7940 0.868 0.132
#> GSM11530 1 0.0672 0.8142 0.992 0.008
#> GSM11531 1 0.8016 0.6249 0.756 0.244
#> GSM11532 1 0.0376 0.8141 0.996 0.004
#> GSM11533 1 0.5629 0.7940 0.868 0.132
#> GSM11534 1 0.5519 0.7956 0.872 0.128
#> GSM11535 1 0.5737 0.7920 0.864 0.136
#> GSM11536 1 0.1414 0.8141 0.980 0.020
#> GSM11537 2 0.9248 0.6349 0.340 0.660
#> GSM11538 1 0.3114 0.8230 0.944 0.056
#> GSM11539 2 0.9963 0.5895 0.464 0.536
#> GSM11540 2 0.9815 0.6756 0.420 0.580
#> GSM11541 1 0.2948 0.7943 0.948 0.052
#> GSM11542 2 0.7056 0.7263 0.192 0.808
#> GSM11543 1 0.5178 0.8053 0.884 0.116
#> GSM11544 1 0.6531 0.7949 0.832 0.168
#> GSM11545 1 0.5842 0.7984 0.860 0.140
#> GSM11546 1 0.9209 0.3220 0.664 0.336
#> GSM11547 1 0.8713 0.5133 0.708 0.292
#> GSM11548 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM11549 1 0.6247 0.7975 0.844 0.156
#> GSM11550 1 0.6148 0.7990 0.848 0.152
#> GSM11551 1 0.4161 0.8235 0.916 0.084
#> GSM11552 1 0.2948 0.7919 0.948 0.052
#> GSM11553 1 0.9998 -0.4673 0.508 0.492
#> GSM11554 2 0.6438 0.7088 0.164 0.836
#> GSM11555 1 0.1843 0.8208 0.972 0.028
#> GSM11556 1 0.3274 0.7870 0.940 0.060
#> GSM11557 1 0.9933 -0.2914 0.548 0.452
#> GSM11558 2 0.7815 0.7349 0.232 0.768
#> GSM11559 1 0.9775 -0.0669 0.588 0.412
#> GSM11560 1 0.6623 0.7886 0.828 0.172
#> GSM11561 2 0.8207 0.7357 0.256 0.744
#> GSM11562 2 0.8443 0.7446 0.272 0.728
#> GSM11563 1 0.5519 0.7956 0.872 0.128
#> GSM11564 1 0.5629 0.7968 0.868 0.132
#> GSM11565 1 0.5842 0.7999 0.860 0.140
#> GSM11566 1 0.8909 0.4567 0.692 0.308
#> GSM11567 1 0.0938 0.8127 0.988 0.012
#> GSM11568 1 0.5629 0.7967 0.868 0.132
#> GSM11569 2 0.6438 0.7088 0.164 0.836
#> GSM11570 1 0.2948 0.7919 0.948 0.052
#> GSM11571 1 0.6343 0.7955 0.840 0.160
#> GSM11572 1 0.5629 0.7940 0.868 0.132
#> GSM11573 1 0.5842 0.7975 0.860 0.140
#> GSM11574 1 0.7674 0.6710 0.776 0.224
#> GSM11575 1 0.5519 0.7988 0.872 0.128
#> GSM11576 1 0.7815 0.7252 0.768 0.232
#> GSM11577 1 0.5842 0.7975 0.860 0.140
#> GSM11578 1 0.5629 0.7967 0.868 0.132
#> GSM11579 1 0.1184 0.8124 0.984 0.016
#> GSM11580 1 0.5519 0.7956 0.872 0.128
#> GSM11581 1 0.0672 0.8108 0.992 0.008
#> GSM11582 1 0.3114 0.7906 0.944 0.056
#> GSM11583 1 0.2043 0.8050 0.968 0.032
#> GSM11584 1 0.1843 0.8078 0.972 0.028
#> GSM11585 2 0.9996 0.5166 0.488 0.512
#> GSM11586 1 0.6247 0.7969 0.844 0.156
#> GSM11587 1 0.7815 0.7252 0.768 0.232
#> GSM11588 1 0.5842 0.7975 0.860 0.140
#> GSM11589 1 0.5629 0.8002 0.868 0.132
#> GSM11590 1 0.6438 0.7943 0.836 0.164
#> GSM11591 1 0.9977 -0.3938 0.528 0.472
#> GSM11592 1 0.6148 0.8009 0.848 0.152
#> GSM11593 1 0.6623 0.7905 0.828 0.172
#> GSM11594 1 0.6623 0.7905 0.828 0.172
#> GSM11595 1 0.5178 0.8040 0.884 0.116
#> GSM11596 1 0.8813 0.4627 0.700 0.300
#> GSM11597 1 0.2043 0.8096 0.968 0.032
#> GSM11598 1 0.6531 0.7924 0.832 0.168
#> GSM11599 1 0.2423 0.7992 0.960 0.040
#> GSM11600 1 0.2236 0.8052 0.964 0.036
#> GSM11601 1 0.2423 0.8194 0.960 0.040
#> GSM11602 1 0.6623 0.7905 0.828 0.172
#> GSM11603 1 0.7815 0.7252 0.768 0.232
#> GSM11604 1 0.2948 0.7919 0.948 0.052
#> GSM11605 1 0.2778 0.7972 0.952 0.048
#> GSM11606 1 0.9170 0.3452 0.668 0.332
#> GSM11607 1 0.6623 0.7905 0.828 0.172
#> GSM11608 1 0.2948 0.7933 0.948 0.052
#> GSM11609 1 0.0938 0.8127 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.4742 0.7932 0.048 0.104 0.848
#> GSM11438 2 0.4834 0.7825 0.004 0.792 0.204
#> GSM11439 3 0.4848 0.7745 0.036 0.128 0.836
#> GSM11440 3 0.2903 0.8438 0.028 0.048 0.924
#> GSM11441 3 0.2550 0.8413 0.024 0.040 0.936
#> GSM11442 3 0.2918 0.8302 0.044 0.032 0.924
#> GSM11443 2 0.5454 0.7810 0.044 0.804 0.152
#> GSM11444 3 0.1950 0.8464 0.040 0.008 0.952
#> GSM11445 3 0.1453 0.8444 0.024 0.008 0.968
#> GSM11446 3 0.2269 0.8390 0.040 0.016 0.944
#> GSM11447 3 0.3155 0.8282 0.040 0.044 0.916
#> GSM11448 2 0.6341 0.6724 0.016 0.672 0.312
#> GSM11449 1 0.9527 0.5566 0.436 0.192 0.372
#> GSM11450 1 0.7106 0.8228 0.700 0.076 0.224
#> GSM11451 2 0.2564 0.6916 0.028 0.936 0.036
#> GSM11452 1 0.9424 0.4551 0.464 0.352 0.184
#> GSM11453 1 0.9313 0.6080 0.512 0.288 0.200
#> GSM11454 3 0.2063 0.8363 0.044 0.008 0.948
#> GSM11455 3 0.6204 0.0640 0.000 0.424 0.576
#> GSM11456 2 0.6027 0.7138 0.016 0.712 0.272
#> GSM11457 2 0.4063 0.7801 0.020 0.868 0.112
#> GSM11458 3 0.4346 0.7668 0.184 0.000 0.816
#> GSM11459 3 0.1711 0.8373 0.032 0.008 0.960
#> GSM11460 3 0.4326 0.7615 0.144 0.012 0.844
#> GSM11461 3 0.9281 0.1704 0.204 0.276 0.520
#> GSM11462 3 0.4629 0.7091 0.188 0.004 0.808
#> GSM11463 2 0.4413 0.7922 0.008 0.832 0.160
#> GSM11464 1 0.6224 0.7522 0.688 0.016 0.296
#> GSM11465 2 0.6155 0.6640 0.008 0.664 0.328
#> GSM11466 3 0.1765 0.8467 0.004 0.040 0.956
#> GSM11467 1 0.7248 0.7967 0.676 0.068 0.256
#> GSM11468 3 0.1453 0.8444 0.024 0.008 0.968
#> GSM11469 3 0.2446 0.8444 0.052 0.012 0.936
#> GSM11470 1 0.4994 0.7904 0.816 0.024 0.160
#> GSM11471 3 0.9059 -0.2623 0.380 0.140 0.480
#> GSM11472 3 0.3550 0.8261 0.024 0.080 0.896
#> GSM11473 2 0.6935 0.6776 0.036 0.652 0.312
#> GSM11474 2 0.4249 0.7761 0.028 0.864 0.108
#> GSM11475 3 0.1129 0.8489 0.004 0.020 0.976
#> GSM11476 3 0.3947 0.8165 0.040 0.076 0.884
#> GSM11477 2 0.3619 0.7907 0.000 0.864 0.136
#> GSM11478 2 0.4172 0.7939 0.004 0.840 0.156
#> GSM11479 2 0.7424 0.5100 0.040 0.572 0.388
#> GSM11480 2 0.2031 0.6816 0.032 0.952 0.016
#> GSM11481 3 0.2176 0.8415 0.020 0.032 0.948
#> GSM11482 3 0.3500 0.7920 0.004 0.116 0.880
#> GSM11483 2 0.6984 0.6403 0.040 0.656 0.304
#> GSM11484 3 0.2280 0.8308 0.052 0.008 0.940
#> GSM11485 3 0.6432 0.1048 0.004 0.428 0.568
#> GSM11486 2 0.5734 0.7814 0.048 0.788 0.164
#> GSM11487 1 0.8907 0.7400 0.560 0.168 0.272
#> GSM11488 3 0.2280 0.8308 0.052 0.008 0.940
#> GSM11489 2 0.6045 0.6102 0.000 0.620 0.380
#> GSM11490 3 0.3370 0.8270 0.024 0.072 0.904
#> GSM11491 1 0.8303 0.7655 0.632 0.196 0.172
#> GSM11492 3 0.1170 0.8451 0.016 0.008 0.976
#> GSM11493 3 0.2681 0.8357 0.040 0.028 0.932
#> GSM11494 3 0.2810 0.8359 0.036 0.036 0.928
#> GSM11495 3 0.4196 0.7998 0.024 0.112 0.864
#> GSM11496 3 0.7575 -0.2000 0.040 0.456 0.504
#> GSM11497 2 0.7829 0.6304 0.164 0.672 0.164
#> GSM11498 2 0.5580 0.7380 0.008 0.736 0.256
#> GSM11499 3 0.6754 0.0843 0.012 0.432 0.556
#> GSM11500 3 0.7542 0.0614 0.040 0.432 0.528
#> GSM11501 3 0.5977 0.6049 0.020 0.252 0.728
#> GSM11502 2 0.3983 0.7930 0.004 0.852 0.144
#> GSM11503 2 0.4277 0.7900 0.016 0.852 0.132
#> GSM11504 3 0.1170 0.8451 0.016 0.008 0.976
#> GSM11505 2 0.4369 0.7662 0.040 0.864 0.096
#> GSM11506 2 0.5180 0.7889 0.032 0.812 0.156
#> GSM11507 2 0.2176 0.6868 0.032 0.948 0.020
#> GSM11508 3 0.1453 0.8367 0.024 0.008 0.968
#> GSM11509 3 0.2564 0.8403 0.036 0.028 0.936
#> GSM11510 2 0.4842 0.7712 0.000 0.776 0.224
#> GSM11511 1 0.8649 0.7491 0.600 0.204 0.196
#> GSM11512 3 0.1832 0.8418 0.036 0.008 0.956
#> GSM11513 3 0.2063 0.8350 0.044 0.008 0.948
#> GSM11514 3 0.6724 -0.0197 0.012 0.420 0.568
#> GSM11515 3 0.1636 0.8494 0.016 0.020 0.964
#> GSM11516 1 0.8966 0.6901 0.560 0.256 0.184
#> GSM11517 3 0.0848 0.8455 0.008 0.008 0.984
#> GSM11518 3 0.5167 0.7183 0.024 0.172 0.804
#> GSM11519 1 0.7775 0.7956 0.676 0.156 0.168
#> GSM11520 1 0.6537 0.8265 0.740 0.064 0.196
#> GSM11521 3 0.3456 0.8305 0.036 0.060 0.904
#> GSM11522 1 0.8535 0.5421 0.500 0.096 0.404
#> GSM11523 1 0.5111 0.7945 0.808 0.024 0.168
#> GSM11524 3 0.1015 0.8471 0.012 0.008 0.980
#> GSM11525 2 0.4209 0.7835 0.020 0.860 0.120
#> GSM11526 3 0.1170 0.8451 0.016 0.008 0.976
#> GSM11527 2 0.4931 0.7764 0.004 0.784 0.212
#> GSM11528 2 0.3918 0.7911 0.004 0.856 0.140
#> GSM11529 2 0.8072 0.6164 0.164 0.652 0.184
#> GSM11530 3 0.3752 0.8061 0.020 0.096 0.884
#> GSM11531 2 0.4345 0.7910 0.016 0.848 0.136
#> GSM11532 3 0.2434 0.8474 0.024 0.036 0.940
#> GSM11533 2 0.9174 0.3121 0.276 0.532 0.192
#> GSM11534 2 0.9392 0.1420 0.312 0.492 0.196
#> GSM11535 2 0.5115 0.7810 0.016 0.796 0.188
#> GSM11536 3 0.2703 0.8371 0.016 0.056 0.928
#> GSM11537 2 0.2689 0.6907 0.032 0.932 0.036
#> GSM11538 3 0.7401 0.2412 0.048 0.340 0.612
#> GSM11539 2 0.4136 0.7801 0.020 0.864 0.116
#> GSM11540 2 0.3752 0.7931 0.000 0.856 0.144
#> GSM11541 3 0.2063 0.8405 0.044 0.008 0.948
#> GSM11542 2 0.1877 0.6768 0.032 0.956 0.012
#> GSM11543 2 0.6617 0.4845 0.008 0.556 0.436
#> GSM11544 1 0.6882 0.8226 0.732 0.096 0.172
#> GSM11545 2 0.9759 0.1055 0.284 0.444 0.272
#> GSM11546 2 0.5643 0.7667 0.020 0.760 0.220
#> GSM11547 2 0.5435 0.7872 0.024 0.784 0.192
#> GSM11548 3 0.1529 0.8432 0.040 0.000 0.960
#> GSM11549 1 0.7188 0.7950 0.664 0.056 0.280
#> GSM11550 1 0.7666 0.7877 0.636 0.076 0.288
#> GSM11551 3 0.4256 0.8049 0.036 0.096 0.868
#> GSM11552 3 0.2625 0.8277 0.084 0.000 0.916
#> GSM11553 2 0.4293 0.7901 0.004 0.832 0.164
#> GSM11554 2 0.1877 0.6768 0.032 0.956 0.012
#> GSM11555 3 0.3752 0.7952 0.020 0.096 0.884
#> GSM11556 3 0.2682 0.8256 0.076 0.004 0.920
#> GSM11557 2 0.4324 0.7798 0.028 0.860 0.112
#> GSM11558 2 0.2176 0.6859 0.032 0.948 0.020
#> GSM11559 2 0.4172 0.7922 0.004 0.840 0.156
#> GSM11560 1 0.6601 0.7142 0.676 0.028 0.296
#> GSM11561 2 0.2313 0.6903 0.032 0.944 0.024
#> GSM11562 2 0.2229 0.7135 0.012 0.944 0.044
#> GSM11563 2 0.9120 0.3844 0.156 0.504 0.340
#> GSM11564 2 0.7065 0.6157 0.032 0.616 0.352
#> GSM11565 1 0.8028 0.7825 0.656 0.176 0.168
#> GSM11566 2 0.4700 0.7869 0.008 0.812 0.180
#> GSM11567 3 0.2096 0.8420 0.004 0.052 0.944
#> GSM11568 1 0.8977 0.6900 0.560 0.252 0.188
#> GSM11569 2 0.1877 0.6768 0.032 0.956 0.012
#> GSM11570 3 0.2356 0.8301 0.072 0.000 0.928
#> GSM11571 1 0.6783 0.8239 0.736 0.088 0.176
#> GSM11572 2 0.6047 0.6772 0.008 0.680 0.312
#> GSM11573 1 0.9678 0.4673 0.444 0.328 0.228
#> GSM11574 2 0.4755 0.7821 0.008 0.808 0.184
#> GSM11575 2 0.7478 0.6318 0.060 0.632 0.308
#> GSM11576 1 0.4934 0.7862 0.820 0.024 0.156
#> GSM11577 1 0.8877 0.7000 0.572 0.244 0.184
#> GSM11578 1 0.9122 0.6406 0.536 0.280 0.184
#> GSM11579 3 0.4353 0.7581 0.008 0.156 0.836
#> GSM11580 2 0.9512 -0.1921 0.384 0.428 0.188
#> GSM11581 3 0.1453 0.8444 0.024 0.008 0.968
#> GSM11582 3 0.2229 0.8395 0.044 0.012 0.944
#> GSM11583 3 0.2939 0.8373 0.072 0.012 0.916
#> GSM11584 3 0.0661 0.8464 0.004 0.008 0.988
#> GSM11585 2 0.4110 0.7929 0.004 0.844 0.152
#> GSM11586 1 0.6984 0.8254 0.720 0.088 0.192
#> GSM11587 1 0.4994 0.7864 0.816 0.024 0.160
#> GSM11588 1 0.9150 0.6471 0.536 0.272 0.192
#> GSM11589 2 0.9612 0.2172 0.216 0.452 0.332
#> GSM11590 1 0.6595 0.8261 0.744 0.076 0.180
#> GSM11591 2 0.4233 0.7912 0.004 0.836 0.160
#> GSM11592 1 0.7337 0.7786 0.644 0.056 0.300
#> GSM11593 1 0.6192 0.8211 0.764 0.060 0.176
#> GSM11594 1 0.6208 0.8216 0.756 0.052 0.192
#> GSM11595 2 0.7080 0.5235 0.024 0.564 0.412
#> GSM11596 2 0.4409 0.7892 0.004 0.824 0.172
#> GSM11597 3 0.2806 0.8426 0.032 0.040 0.928
#> GSM11598 1 0.6544 0.8208 0.752 0.084 0.164
#> GSM11599 3 0.1585 0.8447 0.028 0.008 0.964
#> GSM11600 3 0.2492 0.8374 0.048 0.016 0.936
#> GSM11601 2 0.6386 0.5555 0.004 0.584 0.412
#> GSM11602 1 0.5559 0.8079 0.780 0.028 0.192
#> GSM11603 1 0.4934 0.7862 0.820 0.024 0.156
#> GSM11604 3 0.3272 0.7992 0.104 0.004 0.892
#> GSM11605 3 0.1999 0.8423 0.036 0.012 0.952
#> GSM11606 2 0.4531 0.7900 0.008 0.824 0.168
#> GSM11607 1 0.6192 0.8211 0.764 0.060 0.176
#> GSM11608 3 0.4351 0.7314 0.168 0.004 0.828
#> GSM11609 3 0.2680 0.8313 0.008 0.068 0.924
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.9041 0.32131 0.240 0.108 0.464 0.188
#> GSM11438 2 0.0524 0.85238 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM11439 3 0.2528 0.69606 0.008 0.080 0.908 0.004
#> GSM11440 4 0.5127 0.53214 0.008 0.008 0.316 0.668
#> GSM11441 3 0.1575 0.71986 0.012 0.004 0.956 0.028
#> GSM11442 3 0.3523 0.63684 0.008 0.008 0.848 0.136
#> GSM11443 2 0.4722 0.51648 0.008 0.692 0.300 0.000
#> GSM11444 3 0.0992 0.72388 0.012 0.004 0.976 0.008
#> GSM11445 3 0.5404 0.15010 0.012 0.004 0.600 0.384
#> GSM11446 3 0.0844 0.72343 0.012 0.004 0.980 0.004
#> GSM11447 3 0.0712 0.72307 0.008 0.004 0.984 0.004
#> GSM11448 2 0.3821 0.76095 0.040 0.840 0.120 0.000
#> GSM11449 1 0.4277 0.67113 0.840 0.024 0.092 0.044
#> GSM11450 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11452 2 0.5039 0.22814 0.404 0.592 0.004 0.000
#> GSM11453 1 0.4522 0.50597 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM11454 3 0.3612 0.65454 0.012 0.004 0.840 0.144
#> GSM11455 2 0.2941 0.79274 0.008 0.888 0.096 0.008
#> GSM11456 2 0.2011 0.81500 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.85267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11458 3 0.7234 0.37293 0.260 0.004 0.560 0.176
#> GSM11459 3 0.5431 0.45963 0.028 0.004 0.668 0.300
#> GSM11460 1 0.5297 0.17462 0.548 0.004 0.004 0.444
#> GSM11461 1 0.7043 -0.11428 0.464 0.092 0.436 0.008
#> GSM11462 1 0.6919 0.33300 0.600 0.004 0.152 0.244
#> GSM11463 2 0.2198 0.81548 0.008 0.920 0.072 0.000
#> GSM11464 1 0.2266 0.71336 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM11465 2 0.3808 0.73250 0.012 0.824 0.160 0.004
#> GSM11466 4 0.5417 0.45691 0.012 0.004 0.388 0.596
#> GSM11467 1 0.0657 0.75737 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM11468 4 0.5134 0.51436 0.012 0.004 0.320 0.664
#> GSM11469 4 0.7803 0.24460 0.220 0.004 0.332 0.444
#> GSM11470 1 0.0376 0.75923 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM11471 1 0.4677 0.40848 0.680 0.004 0.316 0.000
#> GSM11472 4 0.7543 0.45173 0.040 0.248 0.124 0.588
#> GSM11473 3 0.5464 -0.06073 0.008 0.492 0.496 0.004
#> GSM11474 2 0.0000 0.85267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11475 4 0.5497 0.48650 0.012 0.008 0.372 0.608
#> GSM11476 4 0.5998 0.48935 0.000 0.248 0.088 0.664
#> GSM11477 2 0.0188 0.85304 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM11478 2 0.0336 0.85214 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM11479 2 0.4857 0.47534 0.008 0.668 0.324 0.000
#> GSM11480 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11481 4 0.1007 0.71030 0.008 0.008 0.008 0.976
#> GSM11482 4 0.5040 0.65457 0.008 0.048 0.180 0.764
#> GSM11483 2 0.4267 0.65115 0.008 0.772 0.216 0.004
#> GSM11484 4 0.0524 0.70595 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM11485 2 0.6851 0.16608 0.008 0.548 0.088 0.356
#> GSM11486 2 0.4328 0.61436 0.008 0.748 0.244 0.000
#> GSM11487 1 0.0817 0.75587 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM11488 4 0.0524 0.70595 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM11489 2 0.1732 0.83803 0.008 0.948 0.040 0.004
#> GSM11490 3 0.0859 0.72352 0.008 0.008 0.980 0.004
#> GSM11491 1 0.3074 0.68503 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM11492 4 0.1007 0.71030 0.008 0.008 0.008 0.976
#> GSM11493 4 0.4071 0.67147 0.000 0.064 0.104 0.832
#> GSM11494 3 0.1943 0.72166 0.008 0.016 0.944 0.032
#> GSM11495 3 0.7599 0.32238 0.008 0.240 0.528 0.224
#> GSM11496 3 0.3907 0.61979 0.008 0.180 0.808 0.004
#> GSM11497 2 0.4105 0.72198 0.156 0.812 0.032 0.000
#> GSM11498 2 0.0524 0.85211 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM11499 2 0.6918 -0.00689 0.008 0.500 0.084 0.408
#> GSM11500 3 0.5454 0.03873 0.008 0.468 0.520 0.004
#> GSM11501 4 0.6448 0.42995 0.004 0.292 0.088 0.616
#> GSM11502 2 0.0336 0.85214 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.0188 0.85238 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11504 4 0.0992 0.71043 0.012 0.004 0.008 0.976
#> GSM11505 2 0.0469 0.85104 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11506 2 0.2799 0.78183 0.008 0.884 0.108 0.000
#> GSM11507 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11508 4 0.5175 0.50377 0.012 0.004 0.328 0.656
#> GSM11509 3 0.0859 0.72391 0.008 0.004 0.980 0.008
#> GSM11510 2 0.2384 0.81181 0.008 0.916 0.072 0.004
#> GSM11511 1 0.6084 0.46807 0.656 0.092 0.252 0.000
#> GSM11512 4 0.0672 0.70661 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM11513 3 0.4600 0.56841 0.012 0.004 0.744 0.240
#> GSM11514 4 0.6500 0.46119 0.056 0.248 0.036 0.660
#> GSM11515 3 0.4216 0.56180 0.008 0.008 0.788 0.196
#> GSM11516 1 0.5143 0.22324 0.540 0.456 0.004 0.000
#> GSM11517 4 0.6528 0.33898 0.068 0.004 0.388 0.540
#> GSM11518 3 0.2207 0.71054 0.012 0.056 0.928 0.004
#> GSM11519 1 0.2589 0.70998 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM11520 1 0.0376 0.75928 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM11521 4 0.5334 0.57713 0.000 0.172 0.088 0.740
#> GSM11522 1 0.3831 0.65180 0.848 0.004 0.108 0.040
#> GSM11523 1 0.0188 0.75714 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11524 4 0.4355 0.62886 0.012 0.004 0.212 0.772
#> GSM11525 2 0.0376 0.85292 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM11526 4 0.3760 0.67744 0.012 0.004 0.156 0.828
#> GSM11527 2 0.1042 0.84747 0.008 0.972 0.020 0.000
#> GSM11528 2 0.0524 0.85240 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM11529 2 0.3791 0.67284 0.200 0.796 0.004 0.000
#> GSM11530 1 0.7583 -0.15197 0.432 0.004 0.396 0.168
#> GSM11531 2 0.0712 0.85238 0.004 0.984 0.008 0.004
#> GSM11532 4 0.7439 0.39477 0.164 0.004 0.332 0.500
#> GSM11533 2 0.3908 0.66194 0.212 0.784 0.004 0.000
#> GSM11534 2 0.5000 -0.09349 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM11535 2 0.0564 0.85272 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM11536 4 0.0859 0.70993 0.008 0.008 0.004 0.980
#> GSM11537 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11538 4 0.2310 0.70091 0.040 0.028 0.004 0.928
#> GSM11539 2 0.0188 0.85238 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11540 2 0.0188 0.85304 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM11541 4 0.0844 0.70986 0.012 0.004 0.004 0.980
#> GSM11542 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11543 2 0.4567 0.71699 0.032 0.792 0.168 0.008
#> GSM11544 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.5582 0.35997 0.576 0.400 0.000 0.024
#> GSM11546 2 0.5024 0.38751 0.008 0.632 0.360 0.000
#> GSM11547 2 0.5281 0.10284 0.008 0.528 0.464 0.000
#> GSM11548 3 0.2587 0.69597 0.012 0.004 0.908 0.076
#> GSM11549 1 0.0336 0.75972 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0524 0.75915 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM11551 3 0.3754 0.67741 0.092 0.048 0.856 0.004
#> GSM11552 4 0.7856 0.26417 0.280 0.004 0.264 0.452
#> GSM11553 2 0.0524 0.85240 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM11554 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11555 4 0.2161 0.69680 0.016 0.048 0.004 0.932
#> GSM11556 4 0.5328 0.02000 0.472 0.004 0.004 0.520
#> GSM11557 2 0.0564 0.85272 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM11558 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11559 2 0.0524 0.85107 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM11560 1 0.1978 0.73361 0.928 0.004 0.000 0.068
#> GSM11561 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11562 2 0.0469 0.85258 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11563 1 0.4955 0.46300 0.648 0.344 0.008 0.000
#> GSM11564 2 0.3737 0.75670 0.136 0.840 0.004 0.020
#> GSM11565 1 0.2216 0.72790 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.0657 0.85227 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM11567 4 0.4285 0.68374 0.008 0.068 0.092 0.832
#> GSM11568 1 0.5132 0.24605 0.548 0.448 0.004 0.000
#> GSM11569 2 0.0592 0.85137 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11570 4 0.6146 0.49922 0.244 0.004 0.088 0.664
#> GSM11571 1 0.0707 0.75654 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM11572 2 0.2731 0.79862 0.092 0.896 0.004 0.008
#> GSM11573 1 0.6882 0.42247 0.548 0.328 0.000 0.124
#> GSM11574 2 0.0469 0.85198 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM11575 2 0.5137 0.12169 0.452 0.544 0.004 0.000
#> GSM11576 1 0.0188 0.75714 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11577 1 0.4661 0.45852 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM11578 1 0.4989 0.18038 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM11579 4 0.6875 0.32757 0.008 0.364 0.088 0.540
#> GSM11580 2 0.4643 0.38687 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM11581 4 0.4755 0.58589 0.012 0.004 0.260 0.724
#> GSM11582 4 0.2010 0.69543 0.060 0.004 0.004 0.932
#> GSM11583 3 0.6646 0.48323 0.248 0.020 0.644 0.088
#> GSM11584 4 0.3004 0.69564 0.008 0.008 0.100 0.884
#> GSM11585 2 0.0376 0.85291 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM11586 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11587 1 0.0188 0.75714 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11588 1 0.4713 0.43730 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM11589 1 0.7550 0.35641 0.464 0.332 0.000 0.204
#> GSM11590 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.0524 0.85211 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM11592 1 0.0376 0.75919 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM11593 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11595 2 0.7872 0.06481 0.276 0.448 0.272 0.004
#> GSM11596 2 0.1396 0.84360 0.032 0.960 0.004 0.004
#> GSM11597 3 0.3538 0.63344 0.160 0.004 0.832 0.004
#> GSM11598 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11599 4 0.5232 0.48709 0.012 0.004 0.340 0.644
#> GSM11600 4 0.3441 0.62575 0.152 0.004 0.004 0.840
#> GSM11601 2 0.4854 0.49693 0.004 0.676 0.316 0.004
#> GSM11602 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0188 0.75714 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11604 1 0.7501 0.03203 0.492 0.004 0.332 0.172
#> GSM11605 4 0.0844 0.70986 0.012 0.004 0.004 0.980
#> GSM11606 2 0.0469 0.85198 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.0188 0.75991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11608 1 0.6758 0.27581 0.580 0.004 0.104 0.312
#> GSM11609 4 0.2966 0.69391 0.008 0.076 0.020 0.896
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.8672 0.07245 0.340 0.060 0.076 0.164 0.360
#> GSM11438 2 0.4114 0.46102 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM11439 5 0.3745 0.32003 0.000 0.024 0.196 0.000 0.780
#> GSM11440 4 0.4390 0.14384 0.004 0.000 0.428 0.568 0.000
#> GSM11441 3 0.4936 0.24776 0.008 0.000 0.560 0.016 0.416
#> GSM11442 3 0.6299 0.34445 0.000 0.008 0.544 0.148 0.300
#> GSM11443 5 0.4291 0.05293 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM11444 3 0.4283 0.36317 0.000 0.000 0.644 0.008 0.348
#> GSM11445 3 0.5284 0.45625 0.008 0.000 0.688 0.204 0.100
#> GSM11446 3 0.4371 0.36759 0.000 0.000 0.644 0.012 0.344
#> GSM11447 5 0.4300 -0.14451 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM11448 2 0.4898 0.42399 0.032 0.592 0.000 0.000 0.376
#> GSM11449 1 0.4897 0.75794 0.772 0.116 0.012 0.024 0.076
#> GSM11450 1 0.3412 0.78273 0.848 0.096 0.008 0.000 0.048
#> GSM11451 2 0.0404 0.70145 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM11452 2 0.4632 -0.16248 0.448 0.540 0.000 0.000 0.012
#> GSM11453 1 0.3969 0.64659 0.692 0.304 0.000 0.004 0.000
#> GSM11454 3 0.4948 0.48498 0.004 0.000 0.700 0.072 0.224
#> GSM11455 2 0.7212 0.27000 0.000 0.548 0.092 0.148 0.212
#> GSM11456 5 0.4306 -0.28109 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM11457 2 0.2329 0.69276 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM11458 3 0.3760 0.46486 0.016 0.000 0.828 0.112 0.044
#> GSM11459 3 0.5834 0.49293 0.052 0.000 0.688 0.148 0.112
#> GSM11460 4 0.6117 0.21289 0.376 0.000 0.104 0.512 0.008
#> GSM11461 5 0.6962 0.20804 0.324 0.064 0.104 0.000 0.508
#> GSM11462 3 0.6998 0.08317 0.312 0.000 0.396 0.284 0.008
#> GSM11463 2 0.4182 0.35734 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM11464 1 0.4629 0.52350 0.724 0.000 0.044 0.224 0.008
#> GSM11465 2 0.4416 0.43332 0.012 0.632 0.000 0.000 0.356
#> GSM11466 4 0.6764 0.11207 0.036 0.000 0.364 0.484 0.116
#> GSM11467 1 0.3849 0.77493 0.820 0.104 0.000 0.068 0.008
#> GSM11468 4 0.4747 -0.00852 0.016 0.000 0.488 0.496 0.000
#> GSM11469 3 0.6306 0.15676 0.172 0.000 0.500 0.328 0.000
#> GSM11470 1 0.3264 0.68234 0.836 0.004 0.140 0.000 0.020
#> GSM11471 1 0.6609 0.54741 0.608 0.100 0.080 0.000 0.212
#> GSM11472 4 0.8681 0.26807 0.176 0.212 0.212 0.384 0.016
#> GSM11473 5 0.3160 0.49969 0.000 0.188 0.004 0.000 0.808
#> GSM11474 2 0.3586 0.57118 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM11475 3 0.6721 0.12230 0.112 0.004 0.524 0.328 0.032
#> GSM11476 4 0.5377 0.48194 0.000 0.124 0.140 0.712 0.024
#> GSM11477 2 0.1341 0.70427 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM11478 2 0.2329 0.66890 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM11479 5 0.4063 0.39893 0.000 0.280 0.012 0.000 0.708
#> GSM11480 2 0.0703 0.69842 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM11481 4 0.0451 0.56372 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM11482 4 0.4944 0.48031 0.000 0.060 0.204 0.720 0.016
#> GSM11483 5 0.5112 0.13561 0.000 0.408 0.016 0.016 0.560
#> GSM11484 4 0.0000 0.56459 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11485 4 0.7074 0.19514 0.000 0.384 0.104 0.448 0.064
#> GSM11486 5 0.4182 0.17607 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM11487 1 0.3477 0.77425 0.852 0.088 0.024 0.036 0.000
#> GSM11488 4 0.0510 0.56551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM11489 2 0.4657 0.52679 0.000 0.668 0.036 0.000 0.296
#> GSM11490 5 0.3999 0.10072 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM11491 1 0.2806 0.78524 0.844 0.152 0.000 0.000 0.004
#> GSM11492 4 0.2497 0.54340 0.004 0.000 0.112 0.880 0.004
#> GSM11493 4 0.4440 0.51577 0.000 0.060 0.148 0.776 0.016
#> GSM11494 3 0.5034 0.33059 0.000 0.016 0.616 0.020 0.348
#> GSM11495 5 0.8064 -0.15954 0.000 0.088 0.292 0.288 0.332
#> GSM11496 5 0.2359 0.44014 0.000 0.036 0.060 0.000 0.904
#> GSM11497 2 0.6284 0.35533 0.172 0.508 0.000 0.000 0.320
#> GSM11498 2 0.2763 0.68766 0.004 0.848 0.000 0.000 0.148
#> GSM11499 4 0.6869 0.24032 0.000 0.364 0.096 0.484 0.056
#> GSM11500 5 0.6034 0.46592 0.000 0.256 0.172 0.000 0.572
#> GSM11501 4 0.5955 0.44332 0.000 0.172 0.136 0.660 0.032
#> GSM11502 2 0.0609 0.70563 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11503 2 0.3774 0.54887 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM11504 4 0.3412 0.50985 0.008 0.000 0.172 0.812 0.008
#> GSM11505 2 0.3730 0.54830 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM11506 2 0.4060 0.41798 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM11507 2 0.0794 0.69875 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM11508 3 0.4341 0.25264 0.008 0.000 0.628 0.364 0.000
#> GSM11509 3 0.4307 0.13399 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM11510 2 0.5020 0.54451 0.004 0.744 0.044 0.040 0.168
#> GSM11511 1 0.5431 0.21893 0.500 0.048 0.004 0.000 0.448
#> GSM11512 4 0.0290 0.56521 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM11513 3 0.5271 0.50031 0.012 0.000 0.692 0.088 0.208
#> GSM11514 4 0.6568 0.32258 0.080 0.272 0.044 0.592 0.012
#> GSM11515 3 0.5728 0.44974 0.000 0.008 0.648 0.148 0.196
#> GSM11516 1 0.4561 0.29277 0.504 0.488 0.000 0.000 0.008
#> GSM11517 3 0.6265 0.24555 0.160 0.000 0.540 0.296 0.004
#> GSM11518 5 0.3621 0.32292 0.000 0.020 0.192 0.000 0.788
#> GSM11519 1 0.2719 0.78858 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> GSM11520 1 0.2858 0.78701 0.876 0.100 0.012 0.004 0.008
#> GSM11521 4 0.5106 0.49471 0.000 0.104 0.136 0.736 0.024
#> GSM11522 1 0.5421 0.73138 0.748 0.104 0.048 0.016 0.084
#> GSM11523 1 0.3399 0.66096 0.812 0.000 0.168 0.000 0.020
#> GSM11524 4 0.4410 0.13914 0.004 0.000 0.440 0.556 0.000
#> GSM11525 2 0.3857 0.52926 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM11526 4 0.4313 0.43850 0.008 0.000 0.276 0.704 0.012
#> GSM11527 2 0.4310 0.41120 0.000 0.604 0.004 0.000 0.392
#> GSM11528 2 0.0963 0.70192 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM11529 2 0.6085 0.45227 0.216 0.572 0.000 0.000 0.212
#> GSM11530 3 0.7196 0.26458 0.308 0.024 0.516 0.120 0.032
#> GSM11531 2 0.3895 0.52658 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM11532 3 0.6265 0.11886 0.160 0.000 0.540 0.296 0.004
#> GSM11533 2 0.6072 0.42266 0.252 0.568 0.000 0.000 0.180
#> GSM11534 1 0.5103 0.43265 0.556 0.404 0.000 0.000 0.040
#> GSM11535 2 0.3635 0.61588 0.004 0.748 0.000 0.000 0.248
#> GSM11536 4 0.0404 0.56500 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM11537 2 0.0324 0.70358 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM11538 4 0.4975 0.42636 0.204 0.076 0.000 0.712 0.008
#> GSM11539 2 0.2813 0.66627 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM11540 2 0.1732 0.70599 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM11541 4 0.4568 0.48901 0.136 0.000 0.092 0.764 0.008
#> GSM11542 2 0.1043 0.70038 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM11543 2 0.6808 0.15333 0.028 0.460 0.048 0.040 0.424
#> GSM11544 1 0.2280 0.78965 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.4890 0.58542 0.628 0.332 0.000 0.040 0.000
#> GSM11546 5 0.4060 0.27865 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM11547 5 0.3999 0.33183 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM11548 3 0.4589 0.39585 0.004 0.000 0.660 0.020 0.316
#> GSM11549 1 0.3170 0.72222 0.852 0.012 0.016 0.000 0.120
#> GSM11550 1 0.3674 0.75739 0.860 0.048 0.020 0.044 0.028
#> GSM11551 5 0.6320 0.16133 0.080 0.032 0.312 0.004 0.572
#> GSM11552 3 0.6322 0.15249 0.176 0.000 0.500 0.324 0.000
#> GSM11553 2 0.0290 0.70458 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11554 2 0.0609 0.70080 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11555 4 0.4945 0.48761 0.156 0.032 0.048 0.756 0.008
#> GSM11556 4 0.6353 0.28150 0.256 0.000 0.180 0.556 0.008
#> GSM11557 2 0.3336 0.62624 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM11558 2 0.0963 0.69948 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM11559 2 0.1121 0.70607 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM11560 1 0.4657 0.62247 0.752 0.000 0.128 0.116 0.004
#> GSM11561 2 0.0880 0.69958 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM11562 2 0.0609 0.70422 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11563 1 0.4562 0.66245 0.676 0.292 0.000 0.000 0.032
#> GSM11564 2 0.5727 0.12477 0.384 0.540 0.000 0.068 0.008
#> GSM11565 1 0.3381 0.77559 0.808 0.176 0.000 0.000 0.016
#> GSM11566 2 0.1830 0.68784 0.008 0.924 0.000 0.000 0.068
#> GSM11567 4 0.4584 0.52948 0.000 0.060 0.104 0.788 0.048
#> GSM11568 1 0.4905 0.29326 0.500 0.476 0.000 0.000 0.024
#> GSM11569 2 0.0609 0.69939 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11570 4 0.6616 0.06188 0.164 0.000 0.400 0.428 0.008
#> GSM11571 1 0.3264 0.78168 0.820 0.164 0.000 0.000 0.016
#> GSM11572 2 0.3774 0.58497 0.140 0.816 0.000 0.028 0.016
#> GSM11573 1 0.5887 0.61875 0.588 0.300 0.000 0.104 0.008
#> GSM11574 2 0.0451 0.70291 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM11575 2 0.7032 0.08453 0.340 0.364 0.008 0.000 0.288
#> GSM11576 1 0.3399 0.66096 0.812 0.000 0.168 0.000 0.020
#> GSM11577 1 0.4327 0.56572 0.632 0.360 0.000 0.000 0.008
#> GSM11578 2 0.4562 -0.30584 0.496 0.496 0.000 0.000 0.008
#> GSM11579 4 0.6021 0.43706 0.000 0.180 0.136 0.652 0.032
#> GSM11580 2 0.4542 -0.16399 0.456 0.536 0.000 0.000 0.008
#> GSM11581 4 0.4350 0.17000 0.004 0.000 0.408 0.588 0.000
#> GSM11582 4 0.4626 0.47913 0.152 0.000 0.084 0.756 0.008
#> GSM11583 3 0.7804 0.38547 0.164 0.028 0.516 0.068 0.224
#> GSM11584 4 0.3123 0.48504 0.000 0.000 0.184 0.812 0.004
#> GSM11585 2 0.2377 0.68551 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM11586 1 0.2805 0.78891 0.872 0.108 0.000 0.012 0.008
#> GSM11587 1 0.3399 0.66096 0.812 0.000 0.168 0.000 0.020
#> GSM11588 1 0.4387 0.58253 0.640 0.348 0.000 0.012 0.000
#> GSM11589 1 0.6526 0.53940 0.528 0.260 0.000 0.204 0.008
#> GSM11590 1 0.2462 0.78920 0.880 0.112 0.000 0.000 0.008
#> GSM11591 2 0.1965 0.69450 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM11592 1 0.4072 0.70622 0.832 0.020 0.028 0.088 0.032
#> GSM11593 1 0.2513 0.78974 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> GSM11594 1 0.2748 0.78480 0.884 0.092 0.012 0.004 0.008
#> GSM11595 2 0.7363 -0.21255 0.340 0.372 0.028 0.000 0.260
#> GSM11596 2 0.4941 0.58969 0.064 0.692 0.000 0.004 0.240
#> GSM11597 5 0.6437 -0.13888 0.088 0.000 0.372 0.032 0.508
#> GSM11598 1 0.2439 0.78947 0.876 0.120 0.000 0.000 0.004
#> GSM11599 3 0.4747 -0.04132 0.016 0.000 0.496 0.488 0.000
#> GSM11600 4 0.4593 0.47536 0.160 0.000 0.076 0.756 0.008
#> GSM11601 5 0.4374 0.26734 0.000 0.272 0.028 0.000 0.700
#> GSM11602 1 0.0968 0.74215 0.972 0.012 0.012 0.000 0.004
#> GSM11603 1 0.3399 0.66096 0.812 0.000 0.168 0.000 0.020
#> GSM11604 3 0.6439 0.21588 0.260 0.000 0.504 0.236 0.000
#> GSM11605 4 0.4432 0.48869 0.144 0.000 0.076 0.772 0.008
#> GSM11606 2 0.0510 0.70575 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM11607 1 0.2280 0.78965 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM11608 4 0.7060 -0.02183 0.324 0.000 0.332 0.336 0.008
#> GSM11609 4 0.2876 0.56235 0.000 0.052 0.044 0.888 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 1 0.7975 0.14174 0.412 0.012 0.020 0.152 0.196 0.208
#> GSM11438 6 0.4122 0.34666 0.000 0.472 0.004 0.000 0.004 0.520
#> GSM11439 5 0.3727 0.30124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM11440 4 0.5190 -0.22347 0.000 0.000 0.448 0.464 0.088 0.000
#> GSM11441 5 0.2873 0.56440 0.012 0.000 0.092 0.016 0.868 0.012
#> GSM11442 5 0.3784 0.53851 0.000 0.012 0.060 0.112 0.808 0.008
#> GSM11443 6 0.4999 0.56687 0.000 0.364 0.004 0.000 0.068 0.564
#> GSM11444 5 0.3970 0.54825 0.008 0.000 0.168 0.016 0.776 0.032
#> GSM11445 5 0.5406 0.29452 0.012 0.000 0.324 0.076 0.580 0.008
#> GSM11446 5 0.3157 0.55939 0.004 0.000 0.136 0.012 0.832 0.016
#> GSM11447 5 0.1007 0.57523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM11448 2 0.7410 -0.04397 0.096 0.396 0.016 0.000 0.176 0.316
#> GSM11449 1 0.3805 0.67282 0.816 0.088 0.012 0.016 0.068 0.000
#> GSM11450 1 0.4903 0.67010 0.752 0.088 0.020 0.004 0.036 0.100
#> GSM11451 2 0.0405 0.64107 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM11452 2 0.5434 -0.26286 0.456 0.460 0.060 0.000 0.000 0.024
#> GSM11453 1 0.3011 0.66792 0.800 0.192 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM11454 5 0.4781 0.32270 0.012 0.000 0.336 0.028 0.616 0.008
#> GSM11455 2 0.6878 -0.11988 0.000 0.420 0.004 0.212 0.052 0.312
#> GSM11456 6 0.5714 0.38144 0.000 0.340 0.000 0.000 0.176 0.484
#> GSM11457 2 0.2632 0.53660 0.000 0.832 0.004 0.000 0.000 0.164
#> GSM11458 3 0.5749 -0.10003 0.004 0.000 0.492 0.032 0.404 0.068
#> GSM11459 5 0.4761 -0.00663 0.000 0.000 0.468 0.032 0.492 0.008
#> GSM11460 1 0.6594 -0.34427 0.348 0.000 0.344 0.284 0.000 0.024
#> GSM11461 5 0.6775 0.15295 0.348 0.032 0.000 0.008 0.396 0.216
#> GSM11462 3 0.5791 0.60086 0.232 0.000 0.608 0.120 0.036 0.004
#> GSM11463 6 0.4851 0.48376 0.000 0.428 0.008 0.000 0.040 0.524
#> GSM11464 1 0.5592 0.39940 0.636 0.000 0.224 0.044 0.004 0.092
#> GSM11465 2 0.6202 0.25048 0.036 0.572 0.008 0.000 0.184 0.200
#> GSM11466 3 0.7286 0.39732 0.108 0.000 0.420 0.292 0.172 0.008
#> GSM11467 1 0.4132 0.65284 0.808 0.060 0.016 0.088 0.012 0.016
#> GSM11468 3 0.5532 0.49894 0.020 0.000 0.584 0.288 0.108 0.000
#> GSM11469 3 0.5632 0.65213 0.192 0.000 0.640 0.056 0.112 0.000
#> GSM11470 1 0.6378 0.42573 0.480 0.000 0.288 0.000 0.032 0.200
#> GSM11471 1 0.5761 0.56570 0.656 0.072 0.028 0.004 0.204 0.036
#> GSM11472 1 0.8074 -0.21561 0.432 0.068 0.280 0.124 0.064 0.032
#> GSM11473 6 0.5008 0.42313 0.000 0.084 0.004 0.000 0.308 0.604
#> GSM11474 2 0.3915 -0.22523 0.000 0.584 0.004 0.000 0.000 0.412
#> GSM11475 3 0.7613 0.53024 0.136 0.000 0.452 0.196 0.188 0.028
#> GSM11476 4 0.4338 0.57285 0.000 0.116 0.000 0.768 0.040 0.076
#> GSM11477 2 0.1858 0.61058 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000 0.092
#> GSM11478 2 0.2178 0.53015 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM11479 6 0.5046 0.59612 0.000 0.224 0.000 0.000 0.144 0.632
#> GSM11480 2 0.1010 0.63299 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> GSM11481 4 0.2425 0.54868 0.004 0.000 0.088 0.884 0.000 0.024
#> GSM11482 4 0.4362 0.57220 0.000 0.036 0.068 0.796 0.040 0.060
#> GSM11483 6 0.4462 0.57445 0.000 0.356 0.000 0.012 0.020 0.612
#> GSM11484 4 0.0405 0.59338 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM11485 4 0.5645 0.47006 0.000 0.232 0.000 0.616 0.040 0.112
#> GSM11486 6 0.4616 0.60662 0.000 0.280 0.000 0.000 0.072 0.648
#> GSM11487 1 0.2479 0.64100 0.892 0.028 0.064 0.016 0.000 0.000
#> GSM11488 4 0.0909 0.59726 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM11489 2 0.5137 0.04553 0.000 0.564 0.004 0.008 0.060 0.364
#> GSM11490 5 0.3390 0.43400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM11491 1 0.2196 0.68405 0.884 0.108 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM11492 4 0.3152 0.44860 0.000 0.000 0.196 0.792 0.008 0.004
#> GSM11493 4 0.3579 0.59807 0.000 0.044 0.020 0.844 0.040 0.052
#> GSM11494 5 0.4353 0.55559 0.008 0.016 0.116 0.028 0.788 0.044
#> GSM11495 5 0.6789 0.07157 0.000 0.056 0.008 0.384 0.404 0.148
#> GSM11496 6 0.3810 0.13487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM11497 6 0.6292 0.36386 0.204 0.268 0.008 0.000 0.016 0.504
#> GSM11498 2 0.4595 0.46124 0.068 0.696 0.012 0.000 0.000 0.224
#> GSM11499 4 0.5141 0.45949 0.000 0.260 0.000 0.640 0.024 0.076
#> GSM11500 5 0.5740 -0.10534 0.000 0.168 0.000 0.000 0.436 0.396
#> GSM11501 4 0.4420 0.56892 0.000 0.124 0.000 0.760 0.040 0.076
#> GSM11502 2 0.1265 0.63536 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> GSM11503 6 0.3868 0.37879 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM11504 4 0.4076 0.25222 0.004 0.000 0.336 0.648 0.004 0.008
#> GSM11505 2 0.4097 -0.41404 0.000 0.504 0.008 0.000 0.000 0.488
#> GSM11506 2 0.4444 -0.31451 0.000 0.536 0.000 0.000 0.028 0.436
#> GSM11507 2 0.1349 0.62559 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> GSM11508 3 0.5558 0.17344 0.000 0.000 0.488 0.108 0.396 0.008
#> GSM11509 5 0.2504 0.58416 0.004 0.000 0.032 0.008 0.892 0.064
#> GSM11510 2 0.4221 0.38813 0.004 0.744 0.004 0.020 0.024 0.204
#> GSM11511 1 0.5987 0.19621 0.476 0.004 0.024 0.000 0.108 0.388
#> GSM11512 4 0.0603 0.59163 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM11513 5 0.4939 0.19665 0.012 0.000 0.396 0.028 0.556 0.008
#> GSM11514 4 0.5995 0.37161 0.060 0.268 0.016 0.604 0.012 0.040
#> GSM11515 5 0.5320 0.47183 0.004 0.008 0.168 0.104 0.688 0.028
#> GSM11516 1 0.5130 0.42315 0.548 0.380 0.060 0.000 0.000 0.012
#> GSM11517 3 0.6198 0.62731 0.196 0.000 0.596 0.060 0.140 0.008
#> GSM11518 5 0.4018 0.24137 0.008 0.000 0.000 0.000 0.580 0.412
#> GSM11519 1 0.2822 0.68596 0.856 0.108 0.032 0.000 0.000 0.004
#> GSM11520 1 0.3886 0.65039 0.824 0.044 0.016 0.016 0.012 0.088
#> GSM11521 4 0.3866 0.58992 0.000 0.076 0.000 0.808 0.040 0.076
#> GSM11522 1 0.4761 0.60922 0.772 0.052 0.088 0.020 0.060 0.008
#> GSM11523 1 0.6342 0.42347 0.492 0.000 0.276 0.000 0.032 0.200
#> GSM11524 3 0.4964 0.31766 0.000 0.000 0.540 0.388 0.072 0.000
#> GSM11525 6 0.3860 0.44514 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM11526 4 0.6370 -0.05242 0.016 0.000 0.260 0.504 0.208 0.012
#> GSM11527 6 0.4120 0.40955 0.000 0.468 0.004 0.000 0.004 0.524
#> GSM11528 2 0.0692 0.64064 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM11529 6 0.6408 0.11863 0.228 0.344 0.020 0.000 0.000 0.408
#> GSM11530 3 0.6752 0.55005 0.308 0.000 0.504 0.056 0.100 0.032
#> GSM11531 6 0.4086 0.42172 0.000 0.464 0.008 0.000 0.000 0.528
#> GSM11532 3 0.6633 0.63076 0.204 0.000 0.556 0.124 0.108 0.008
#> GSM11533 2 0.6893 0.07238 0.216 0.412 0.064 0.000 0.000 0.308
#> GSM11534 1 0.4804 0.43381 0.576 0.380 0.012 0.000 0.004 0.028
#> GSM11535 2 0.5242 -0.21259 0.056 0.484 0.016 0.000 0.000 0.444
#> GSM11536 4 0.0291 0.59421 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM11537 2 0.1500 0.61820 0.052 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11538 4 0.5615 0.32891 0.208 0.108 0.016 0.644 0.000 0.024
#> GSM11539 2 0.3468 0.33582 0.000 0.712 0.004 0.000 0.000 0.284
#> GSM11540 2 0.2178 0.57034 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM11541 4 0.6305 -0.14866 0.184 0.000 0.352 0.440 0.000 0.024
#> GSM11542 2 0.0405 0.64055 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM11543 6 0.7841 0.25755 0.144 0.280 0.016 0.016 0.136 0.408
#> GSM11544 1 0.2609 0.68382 0.868 0.096 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.3466 0.65479 0.760 0.224 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM11546 6 0.4747 0.60153 0.000 0.288 0.000 0.000 0.080 0.632
#> GSM11547 6 0.4977 0.60118 0.000 0.236 0.000 0.000 0.128 0.636
#> GSM11548 5 0.4056 0.51755 0.012 0.000 0.184 0.020 0.764 0.020
#> GSM11549 1 0.3841 0.59815 0.812 0.000 0.092 0.008 0.020 0.068
#> GSM11550 1 0.3743 0.57892 0.812 0.000 0.124 0.012 0.024 0.028
#> GSM11551 5 0.5891 0.49977 0.128 0.016 0.008 0.020 0.632 0.196
#> GSM11552 3 0.5683 0.66176 0.180 0.000 0.644 0.076 0.100 0.000
#> GSM11553 2 0.0665 0.64137 0.008 0.980 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM11554 2 0.0363 0.63870 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11555 4 0.6109 0.12924 0.272 0.008 0.148 0.548 0.000 0.024
#> GSM11556 3 0.6480 0.34474 0.240 0.000 0.448 0.288 0.004 0.020
#> GSM11557 2 0.4147 -0.18939 0.000 0.552 0.012 0.000 0.000 0.436
#> GSM11558 2 0.1462 0.62520 0.000 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056
#> GSM11559 2 0.1942 0.62807 0.012 0.916 0.008 0.000 0.000 0.064
#> GSM11560 1 0.6167 0.50800 0.644 0.000 0.124 0.128 0.032 0.072
#> GSM11561 2 0.1462 0.62520 0.000 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056
#> GSM11562 2 0.0508 0.64155 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM11563 1 0.4107 0.65958 0.748 0.208 0.008 0.004 0.020 0.012
#> GSM11564 1 0.5280 0.50125 0.632 0.284 0.032 0.020 0.000 0.032
#> GSM11565 1 0.3143 0.68751 0.840 0.124 0.016 0.000 0.008 0.012
#> GSM11566 2 0.2069 0.61701 0.020 0.908 0.004 0.000 0.000 0.068
#> GSM11567 4 0.4040 0.59502 0.036 0.020 0.020 0.828 0.048 0.048
#> GSM11568 1 0.5223 0.45265 0.568 0.352 0.060 0.000 0.000 0.020
#> GSM11569 2 0.0508 0.63854 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM11570 3 0.5802 0.65360 0.180 0.000 0.640 0.108 0.068 0.004
#> GSM11571 1 0.3395 0.68491 0.812 0.136 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM11572 2 0.4424 0.43063 0.208 0.728 0.000 0.040 0.012 0.012
#> GSM11573 1 0.5520 0.47126 0.556 0.352 0.012 0.064 0.000 0.016
#> GSM11574 2 0.2706 0.60214 0.060 0.880 0.016 0.000 0.000 0.044
#> GSM11575 1 0.6410 -0.04392 0.444 0.132 0.012 0.004 0.020 0.388
#> GSM11576 1 0.6400 0.41821 0.472 0.000 0.296 0.000 0.032 0.200
#> GSM11577 1 0.4667 0.54686 0.632 0.308 0.056 0.000 0.000 0.004
#> GSM11578 1 0.5201 0.47353 0.576 0.344 0.060 0.000 0.000 0.020
#> GSM11579 4 0.4649 0.55535 0.000 0.148 0.000 0.736 0.040 0.076
#> GSM11580 1 0.5173 0.47712 0.576 0.344 0.064 0.000 0.000 0.016
#> GSM11581 3 0.5171 0.25954 0.000 0.000 0.496 0.416 0.088 0.000
#> GSM11582 4 0.6310 -0.15687 0.184 0.000 0.356 0.436 0.000 0.024
#> GSM11583 5 0.8434 -0.09855 0.188 0.012 0.260 0.064 0.360 0.116
#> GSM11584 4 0.3985 0.47897 0.000 0.000 0.180 0.764 0.032 0.024
#> GSM11585 2 0.3617 0.43039 0.000 0.736 0.020 0.000 0.000 0.244
#> GSM11586 1 0.4613 0.67371 0.764 0.092 0.040 0.000 0.012 0.092
#> GSM11587 1 0.6400 0.41821 0.472 0.000 0.296 0.000 0.032 0.200
#> GSM11588 1 0.4487 0.57071 0.656 0.300 0.028 0.016 0.000 0.000
#> GSM11589 1 0.6140 0.52887 0.560 0.220 0.008 0.188 0.000 0.024
#> GSM11590 1 0.4751 0.67366 0.752 0.096 0.052 0.000 0.008 0.092
#> GSM11591 2 0.3402 0.53894 0.012 0.800 0.020 0.000 0.000 0.168
#> GSM11592 1 0.4697 0.54590 0.748 0.000 0.140 0.016 0.028 0.068
#> GSM11593 1 0.4549 0.67399 0.756 0.096 0.052 0.000 0.000 0.096
#> GSM11594 1 0.2679 0.61636 0.872 0.008 0.100 0.000 0.012 0.008
#> GSM11595 1 0.7287 0.40188 0.428 0.260 0.012 0.000 0.216 0.084
#> GSM11596 2 0.6170 -0.08162 0.196 0.468 0.016 0.000 0.000 0.320
#> GSM11597 5 0.5754 0.39738 0.152 0.000 0.072 0.012 0.664 0.100
#> GSM11598 1 0.2051 0.68196 0.896 0.096 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM11599 3 0.5596 0.52114 0.024 0.000 0.592 0.268 0.116 0.000
#> GSM11600 4 0.6229 -0.06863 0.180 0.000 0.320 0.476 0.000 0.024
#> GSM11601 6 0.4902 0.42134 0.000 0.076 0.004 0.000 0.304 0.616
#> GSM11602 1 0.3128 0.60040 0.848 0.000 0.104 0.004 0.012 0.032
#> GSM11603 1 0.6400 0.41821 0.472 0.000 0.296 0.000 0.032 0.200
#> GSM11604 3 0.5361 0.64160 0.208 0.000 0.652 0.036 0.104 0.000
#> GSM11605 4 0.6015 -0.02112 0.144 0.000 0.324 0.508 0.000 0.024
#> GSM11606 2 0.2901 0.61306 0.040 0.872 0.032 0.000 0.000 0.056
#> GSM11607 1 0.2609 0.68371 0.868 0.096 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.5587 0.56097 0.244 0.000 0.600 0.140 0.004 0.012
#> GSM11609 4 0.2870 0.60555 0.000 0.040 0.012 0.880 0.016 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:mclust 158 0.27689 2
#> SD:mclust 155 0.14734 3
#> SD:mclust 123 0.06081 4
#> SD:mclust 83 0.16225 5
#> SD:mclust 90 0.00799 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.573 0.823 0.911 0.5004 0.498 0.498
#> 3 3 0.493 0.667 0.797 0.3322 0.699 0.469
#> 4 4 0.431 0.499 0.700 0.1197 0.842 0.577
#> 5 5 0.475 0.440 0.633 0.0670 0.889 0.613
#> 6 6 0.536 0.389 0.593 0.0409 0.943 0.755
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.3431 0.8986 0.936 0.064
#> GSM11438 2 0.0938 0.8889 0.012 0.988
#> GSM11439 1 0.4562 0.8737 0.904 0.096
#> GSM11440 1 0.8499 0.6469 0.724 0.276
#> GSM11441 1 0.1843 0.9089 0.972 0.028
#> GSM11442 2 0.8763 0.6151 0.296 0.704
#> GSM11443 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.1843 0.9089 0.972 0.028
#> GSM11445 1 0.8327 0.6625 0.736 0.264
#> GSM11446 1 0.2043 0.9079 0.968 0.032
#> GSM11447 1 0.9460 0.4431 0.636 0.364
#> GSM11448 2 0.9922 0.2607 0.448 0.552
#> GSM11449 1 0.1843 0.9096 0.972 0.028
#> GSM11450 1 0.1414 0.9110 0.980 0.020
#> GSM11451 2 0.0672 0.8893 0.008 0.992
#> GSM11452 2 0.5737 0.8172 0.136 0.864
#> GSM11453 1 0.6973 0.7858 0.812 0.188
#> GSM11454 1 0.1184 0.9113 0.984 0.016
#> GSM11455 2 0.1414 0.8864 0.020 0.980
#> GSM11456 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11457 2 0.0376 0.8900 0.004 0.996
#> GSM11458 1 0.0376 0.9119 0.996 0.004
#> GSM11459 1 0.0938 0.9116 0.988 0.012
#> GSM11460 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.2043 0.9113 0.968 0.032
#> GSM11462 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1633 0.8855 0.024 0.976
#> GSM11464 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000
#> GSM11465 2 0.6801 0.7687 0.180 0.820
#> GSM11466 1 0.5408 0.8485 0.876 0.124
#> GSM11467 1 0.1633 0.9101 0.976 0.024
#> GSM11468 1 0.2423 0.9049 0.960 0.040
#> GSM11469 1 0.0672 0.9118 0.992 0.008
#> GSM11470 1 0.1843 0.9089 0.972 0.028
#> GSM11471 1 0.0938 0.9122 0.988 0.012
#> GSM11472 1 0.6712 0.7892 0.824 0.176
#> GSM11473 2 0.2948 0.8772 0.052 0.948
#> GSM11474 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11475 1 0.7815 0.7180 0.768 0.232
#> GSM11476 2 0.2423 0.8800 0.040 0.960
#> GSM11477 2 0.0376 0.8900 0.004 0.996
#> GSM11478 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11479 2 0.1633 0.8854 0.024 0.976
#> GSM11480 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11481 1 0.8555 0.6346 0.720 0.280
#> GSM11482 2 0.3114 0.8750 0.056 0.944
#> GSM11483 2 0.1414 0.8870 0.020 0.980
#> GSM11484 2 0.9358 0.5000 0.352 0.648
#> GSM11485 2 0.1843 0.8842 0.028 0.972
#> GSM11486 2 0.0938 0.8889 0.012 0.988
#> GSM11487 1 0.1633 0.9117 0.976 0.024
#> GSM11488 2 0.7883 0.7094 0.236 0.764
#> GSM11489 2 0.0938 0.8898 0.012 0.988
#> GSM11490 1 0.8386 0.6561 0.732 0.268
#> GSM11491 1 0.3879 0.8865 0.924 0.076
#> GSM11492 1 0.8499 0.6375 0.724 0.276
#> GSM11493 2 0.4939 0.8410 0.108 0.892
#> GSM11494 1 0.9983 0.0737 0.524 0.476
#> GSM11495 2 0.3431 0.8697 0.064 0.936
#> GSM11496 2 0.5408 0.8284 0.124 0.876
#> GSM11497 2 0.2043 0.8845 0.032 0.968
#> GSM11498 2 0.0672 0.8893 0.008 0.992
#> GSM11499 2 0.1843 0.8842 0.028 0.972
#> GSM11500 2 0.2948 0.8753 0.052 0.948
#> GSM11501 2 0.1633 0.8855 0.024 0.976
#> GSM11502 2 0.0672 0.8893 0.008 0.992
#> GSM11503 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11504 1 0.4298 0.8768 0.912 0.088
#> GSM11505 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0672 0.8897 0.008 0.992
#> GSM11507 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.3431 0.8925 0.936 0.064
#> GSM11509 1 0.6712 0.7917 0.824 0.176
#> GSM11510 2 0.0376 0.8903 0.004 0.996
#> GSM11511 1 0.2043 0.9080 0.968 0.032
#> GSM11512 2 0.9977 0.1278 0.472 0.528
#> GSM11513 1 0.2236 0.9065 0.964 0.036
#> GSM11514 2 0.7139 0.7431 0.196 0.804
#> GSM11515 2 0.8813 0.6079 0.300 0.700
#> GSM11516 2 0.9248 0.5348 0.340 0.660
#> GSM11517 1 0.1184 0.9113 0.984 0.016
#> GSM11518 1 0.0938 0.9134 0.988 0.012
#> GSM11519 1 0.3879 0.8859 0.924 0.076
#> GSM11520 1 0.1414 0.9110 0.980 0.020
#> GSM11521 2 0.2603 0.8783 0.044 0.956
#> GSM11522 1 0.1414 0.9122 0.980 0.020
#> GSM11523 1 0.1184 0.9119 0.984 0.016
#> GSM11524 1 0.2423 0.9051 0.960 0.040
#> GSM11525 2 0.0376 0.8903 0.004 0.996
#> GSM11526 1 0.5629 0.8406 0.868 0.132
#> GSM11527 2 0.1184 0.8883 0.016 0.984
#> GSM11528 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.1633 0.8874 0.024 0.976
#> GSM11530 1 0.0938 0.9136 0.988 0.012
#> GSM11531 2 0.1184 0.8873 0.016 0.984
#> GSM11532 1 0.1843 0.9097 0.972 0.028
#> GSM11533 2 0.3274 0.8670 0.060 0.940
#> GSM11534 2 0.9635 0.3918 0.388 0.612
#> GSM11535 2 0.1414 0.8861 0.020 0.980
#> GSM11536 2 0.2236 0.8820 0.036 0.964
#> GSM11537 2 0.0672 0.8893 0.008 0.992
#> GSM11538 2 0.6531 0.7854 0.168 0.832
#> GSM11539 2 0.0672 0.8893 0.008 0.992
#> GSM11540 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11541 1 0.1184 0.9113 0.984 0.016
#> GSM11542 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11543 2 0.7815 0.7106 0.232 0.768
#> GSM11544 1 0.3733 0.8882 0.928 0.072
#> GSM11545 2 0.9850 0.3057 0.428 0.572
#> GSM11546 2 0.7528 0.7337 0.216 0.784
#> GSM11547 2 0.9580 0.4476 0.380 0.620
#> GSM11548 1 0.3584 0.8941 0.932 0.068
#> GSM11549 1 0.0672 0.9125 0.992 0.008
#> GSM11550 1 0.0376 0.9123 0.996 0.004
#> GSM11551 1 0.1633 0.9128 0.976 0.024
#> GSM11552 1 0.0672 0.9118 0.992 0.008
#> GSM11553 2 0.0938 0.8884 0.012 0.988
#> GSM11554 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11555 1 0.6623 0.8082 0.828 0.172
#> GSM11556 1 0.0376 0.9119 0.996 0.004
#> GSM11557 2 0.1184 0.8873 0.016 0.984
#> GSM11558 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0938 0.8884 0.012 0.988
#> GSM11560 1 0.1184 0.9119 0.984 0.016
#> GSM11561 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11563 1 0.8144 0.6967 0.748 0.252
#> GSM11564 2 0.9491 0.4514 0.368 0.632
#> GSM11565 1 0.3733 0.8880 0.928 0.072
#> GSM11566 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.8813 0.6045 0.300 0.700
#> GSM11568 1 0.7376 0.7485 0.792 0.208
#> GSM11569 2 0.0376 0.8900 0.004 0.996
#> GSM11570 1 0.0672 0.9127 0.992 0.008
#> GSM11571 1 0.6623 0.7928 0.828 0.172
#> GSM11572 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000
#> GSM11573 2 0.5059 0.8383 0.112 0.888
#> GSM11574 2 0.1633 0.8845 0.024 0.976
#> GSM11575 1 0.9661 0.3370 0.608 0.392
#> GSM11576 1 0.1633 0.9102 0.976 0.024
#> GSM11577 2 0.7056 0.7573 0.192 0.808
#> GSM11578 2 0.8713 0.6176 0.292 0.708
#> GSM11579 2 0.2603 0.8786 0.044 0.956
#> GSM11580 2 0.8499 0.6414 0.276 0.724
#> GSM11581 1 0.3879 0.8854 0.924 0.076
#> GSM11582 1 0.0672 0.9118 0.992 0.008
#> GSM11583 1 0.4298 0.8734 0.912 0.088
#> GSM11584 2 0.8813 0.6057 0.300 0.700
#> GSM11585 2 0.1184 0.8873 0.016 0.984
#> GSM11586 1 0.1843 0.9096 0.972 0.028
#> GSM11587 1 0.1414 0.9110 0.980 0.020
#> GSM11588 2 0.9795 0.3381 0.416 0.584
#> GSM11589 2 0.8443 0.6541 0.272 0.728
#> GSM11590 1 0.2603 0.9033 0.956 0.044
#> GSM11591 2 0.2236 0.8803 0.036 0.964
#> GSM11592 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000
#> GSM11593 1 0.2778 0.9016 0.952 0.048
#> GSM11594 1 0.1184 0.9119 0.984 0.016
#> GSM11595 1 0.8499 0.6461 0.724 0.276
#> GSM11596 2 0.8016 0.6937 0.244 0.756
#> GSM11597 1 0.0672 0.9122 0.992 0.008
#> GSM11598 1 0.3114 0.8972 0.944 0.056
#> GSM11599 1 0.2236 0.9065 0.964 0.036
#> GSM11600 1 0.1414 0.9132 0.980 0.020
#> GSM11601 2 0.0938 0.8900 0.012 0.988
#> GSM11602 1 0.1184 0.9119 0.984 0.016
#> GSM11603 1 0.1414 0.9110 0.980 0.020
#> GSM11604 1 0.0376 0.9119 0.996 0.004
#> GSM11605 1 0.1184 0.9113 0.984 0.016
#> GSM11606 2 0.1633 0.8845 0.024 0.976
#> GSM11607 1 0.3879 0.8876 0.924 0.076
#> GSM11608 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.2603 0.8797 0.044 0.956
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.7238 0.4098 0.628 0.044 0.328
#> GSM11438 2 0.2625 0.7930 0.000 0.916 0.084
#> GSM11439 3 0.1919 0.8193 0.024 0.020 0.956
#> GSM11440 3 0.3500 0.7737 0.004 0.116 0.880
#> GSM11441 3 0.1753 0.8124 0.048 0.000 0.952
#> GSM11442 3 0.2356 0.7971 0.000 0.072 0.928
#> GSM11443 2 0.1765 0.8084 0.004 0.956 0.040
#> GSM11444 3 0.1289 0.8159 0.032 0.000 0.968
#> GSM11445 3 0.1031 0.8143 0.000 0.024 0.976
#> GSM11446 3 0.1860 0.8105 0.052 0.000 0.948
#> GSM11447 3 0.1163 0.8149 0.000 0.028 0.972
#> GSM11448 1 0.5956 0.5212 0.672 0.324 0.004
#> GSM11449 1 0.4897 0.6836 0.812 0.016 0.172
#> GSM11450 1 0.1289 0.7806 0.968 0.000 0.032
#> GSM11451 2 0.1860 0.7978 0.052 0.948 0.000
#> GSM11452 1 0.6204 0.3066 0.576 0.424 0.000
#> GSM11453 1 0.3941 0.7246 0.844 0.156 0.000
#> GSM11454 3 0.1964 0.8073 0.056 0.000 0.944
#> GSM11455 2 0.6154 0.3573 0.000 0.592 0.408
#> GSM11456 2 0.1399 0.8108 0.004 0.968 0.028
#> GSM11457 2 0.0829 0.8102 0.012 0.984 0.004
#> GSM11458 3 0.5363 0.6300 0.276 0.000 0.724
#> GSM11459 3 0.2066 0.8060 0.060 0.000 0.940
#> GSM11460 1 0.5968 0.3186 0.636 0.000 0.364
#> GSM11461 1 0.3941 0.7020 0.844 0.000 0.156
#> GSM11462 3 0.6235 0.3096 0.436 0.000 0.564
#> GSM11463 2 0.2959 0.7697 0.100 0.900 0.000
#> GSM11464 1 0.5254 0.5364 0.736 0.000 0.264
#> GSM11465 2 0.6393 0.6990 0.088 0.764 0.148
#> GSM11466 3 0.2280 0.8140 0.052 0.008 0.940
#> GSM11467 1 0.1753 0.7735 0.952 0.000 0.048
#> GSM11468 3 0.0983 0.8180 0.016 0.004 0.980
#> GSM11469 3 0.4504 0.7210 0.196 0.000 0.804
#> GSM11470 1 0.0747 0.7821 0.984 0.000 0.016
#> GSM11471 1 0.4521 0.6688 0.816 0.004 0.180
#> GSM11472 3 0.7722 0.4896 0.296 0.076 0.628
#> GSM11473 2 0.4291 0.7644 0.008 0.840 0.152
#> GSM11474 2 0.1289 0.8075 0.000 0.968 0.032
#> GSM11475 3 0.1267 0.8161 0.004 0.024 0.972
#> GSM11476 3 0.5706 0.4631 0.000 0.320 0.680
#> GSM11477 2 0.1031 0.8058 0.024 0.976 0.000
#> GSM11478 2 0.1860 0.8028 0.000 0.948 0.052
#> GSM11479 2 0.5650 0.5646 0.000 0.688 0.312
#> GSM11480 2 0.0592 0.8103 0.000 0.988 0.012
#> GSM11481 3 0.4413 0.7819 0.036 0.104 0.860
#> GSM11482 3 0.5760 0.4565 0.000 0.328 0.672
#> GSM11483 2 0.4555 0.7088 0.000 0.800 0.200
#> GSM11484 3 0.2448 0.7951 0.000 0.076 0.924
#> GSM11485 2 0.5926 0.4809 0.000 0.644 0.356
#> GSM11486 2 0.3116 0.7832 0.000 0.892 0.108
#> GSM11487 1 0.2384 0.7739 0.936 0.008 0.056
#> GSM11488 3 0.2878 0.7806 0.000 0.096 0.904
#> GSM11489 2 0.4931 0.6690 0.000 0.768 0.232
#> GSM11490 3 0.1989 0.8109 0.004 0.048 0.948
#> GSM11491 1 0.2356 0.7786 0.928 0.072 0.000
#> GSM11492 3 0.1399 0.8147 0.004 0.028 0.968
#> GSM11493 3 0.3941 0.7242 0.000 0.156 0.844
#> GSM11494 3 0.1289 0.8125 0.000 0.032 0.968
#> GSM11495 3 0.5016 0.6119 0.000 0.240 0.760
#> GSM11496 2 0.6305 0.1514 0.000 0.516 0.484
#> GSM11497 2 0.4784 0.6746 0.200 0.796 0.004
#> GSM11498 2 0.1643 0.8003 0.044 0.956 0.000
#> GSM11499 2 0.5760 0.5334 0.000 0.672 0.328
#> GSM11500 2 0.6307 0.1362 0.000 0.512 0.488
#> GSM11501 2 0.6008 0.4417 0.000 0.628 0.372
#> GSM11502 2 0.2066 0.7932 0.060 0.940 0.000
#> GSM11503 2 0.1170 0.8106 0.016 0.976 0.008
#> GSM11504 3 0.0747 0.8167 0.016 0.000 0.984
#> GSM11505 2 0.1015 0.8103 0.012 0.980 0.008
#> GSM11506 2 0.2448 0.7962 0.000 0.924 0.076
#> GSM11507 2 0.0747 0.8101 0.000 0.984 0.016
#> GSM11508 3 0.0424 0.8164 0.008 0.000 0.992
#> GSM11509 3 0.0892 0.8162 0.000 0.020 0.980
#> GSM11510 2 0.2537 0.7943 0.000 0.920 0.080
#> GSM11511 1 0.1337 0.7859 0.972 0.016 0.012
#> GSM11512 3 0.1878 0.8085 0.004 0.044 0.952
#> GSM11513 3 0.1289 0.8143 0.032 0.000 0.968
#> GSM11514 2 0.6102 0.5229 0.008 0.672 0.320
#> GSM11515 3 0.1964 0.8052 0.000 0.056 0.944
#> GSM11516 1 0.5810 0.5048 0.664 0.336 0.000
#> GSM11517 3 0.2448 0.8002 0.076 0.000 0.924
#> GSM11518 3 0.4931 0.6849 0.232 0.000 0.768
#> GSM11519 1 0.2448 0.7768 0.924 0.076 0.000
#> GSM11520 1 0.1163 0.7793 0.972 0.000 0.028
#> GSM11521 3 0.5760 0.4456 0.000 0.328 0.672
#> GSM11522 1 0.4682 0.6538 0.804 0.004 0.192
#> GSM11523 1 0.1964 0.7687 0.944 0.000 0.056
#> GSM11524 3 0.1289 0.8156 0.032 0.000 0.968
#> GSM11525 2 0.1643 0.8058 0.000 0.956 0.044
#> GSM11526 3 0.0661 0.8167 0.004 0.008 0.988
#> GSM11527 2 0.3686 0.7642 0.000 0.860 0.140
#> GSM11528 2 0.1015 0.8107 0.008 0.980 0.012
#> GSM11529 2 0.5024 0.6451 0.220 0.776 0.004
#> GSM11530 3 0.5882 0.5207 0.348 0.000 0.652
#> GSM11531 2 0.2625 0.7797 0.084 0.916 0.000
#> GSM11532 3 0.3295 0.7951 0.096 0.008 0.896
#> GSM11533 2 0.6008 0.3363 0.372 0.628 0.000
#> GSM11534 2 0.6305 -0.0611 0.484 0.516 0.000
#> GSM11535 2 0.3752 0.7327 0.144 0.856 0.000
#> GSM11536 2 0.6520 0.0973 0.004 0.508 0.488
#> GSM11537 2 0.1753 0.7997 0.048 0.952 0.000
#> GSM11538 2 0.5826 0.6656 0.204 0.764 0.032
#> GSM11539 2 0.1860 0.7977 0.052 0.948 0.000
#> GSM11540 2 0.1031 0.8092 0.000 0.976 0.024
#> GSM11541 3 0.5926 0.4986 0.356 0.000 0.644
#> GSM11542 2 0.0747 0.8087 0.016 0.984 0.000
#> GSM11543 2 0.8742 0.4227 0.136 0.556 0.308
#> GSM11544 1 0.1878 0.7871 0.952 0.044 0.004
#> GSM11545 1 0.4605 0.6871 0.796 0.204 0.000
#> GSM11546 2 0.6511 0.6959 0.072 0.748 0.180
#> GSM11547 2 0.6969 0.3386 0.380 0.596 0.024
#> GSM11548 3 0.1711 0.8176 0.032 0.008 0.960
#> GSM11549 1 0.4452 0.6449 0.808 0.000 0.192
#> GSM11550 1 0.4555 0.6360 0.800 0.000 0.200
#> GSM11551 3 0.6404 0.5088 0.344 0.012 0.644
#> GSM11552 3 0.4121 0.7434 0.168 0.000 0.832
#> GSM11553 2 0.2066 0.7935 0.060 0.940 0.000
#> GSM11554 2 0.0424 0.8095 0.008 0.992 0.000
#> GSM11555 3 0.8865 0.1492 0.404 0.120 0.476
#> GSM11556 3 0.6280 0.2517 0.460 0.000 0.540
#> GSM11557 2 0.2796 0.7747 0.092 0.908 0.000
#> GSM11558 2 0.0983 0.8107 0.004 0.980 0.016
#> GSM11559 2 0.2165 0.7916 0.064 0.936 0.000
#> GSM11560 1 0.2448 0.7571 0.924 0.000 0.076
#> GSM11561 2 0.0747 0.8101 0.000 0.984 0.016
#> GSM11562 2 0.1170 0.8105 0.016 0.976 0.008
#> GSM11563 1 0.5551 0.6852 0.768 0.212 0.020
#> GSM11564 1 0.6627 0.4986 0.644 0.336 0.020
#> GSM11565 1 0.2096 0.7862 0.944 0.052 0.004
#> GSM11566 2 0.1182 0.8112 0.012 0.976 0.012
#> GSM11567 3 0.4755 0.6993 0.008 0.184 0.808
#> GSM11568 1 0.4575 0.7050 0.812 0.184 0.004
#> GSM11569 2 0.0892 0.8067 0.020 0.980 0.000
#> GSM11570 3 0.4555 0.7164 0.200 0.000 0.800
#> GSM11571 1 0.2772 0.7791 0.916 0.080 0.004
#> GSM11572 2 0.0892 0.8076 0.020 0.980 0.000
#> GSM11573 1 0.6359 0.3579 0.592 0.404 0.004
#> GSM11574 2 0.4346 0.6883 0.184 0.816 0.000
#> GSM11575 1 0.5443 0.6108 0.736 0.260 0.004
#> GSM11576 1 0.0424 0.7836 0.992 0.000 0.008
#> GSM11577 1 0.6180 0.3340 0.584 0.416 0.000
#> GSM11578 1 0.6062 0.4091 0.616 0.384 0.000
#> GSM11579 3 0.6126 0.2537 0.000 0.400 0.600
#> GSM11580 2 0.6295 0.0162 0.472 0.528 0.000
#> GSM11581 3 0.0424 0.8163 0.000 0.008 0.992
#> GSM11582 3 0.6026 0.4697 0.376 0.000 0.624
#> GSM11583 3 0.5138 0.6587 0.252 0.000 0.748
#> GSM11584 3 0.1647 0.8108 0.004 0.036 0.960
#> GSM11585 2 0.3412 0.7487 0.124 0.876 0.000
#> GSM11586 1 0.1031 0.7814 0.976 0.000 0.024
#> GSM11587 1 0.1411 0.7770 0.964 0.000 0.036
#> GSM11588 1 0.5397 0.5938 0.720 0.280 0.000
#> GSM11589 1 0.6307 0.1097 0.512 0.488 0.000
#> GSM11590 1 0.1289 0.7870 0.968 0.032 0.000
#> GSM11591 2 0.4555 0.6703 0.200 0.800 0.000
#> GSM11592 1 0.5560 0.4663 0.700 0.000 0.300
#> GSM11593 1 0.1289 0.7870 0.968 0.032 0.000
#> GSM11594 1 0.2165 0.7649 0.936 0.000 0.064
#> GSM11595 1 0.7186 0.6483 0.696 0.224 0.080
#> GSM11596 2 0.5961 0.7234 0.096 0.792 0.112
#> GSM11597 3 0.3752 0.7616 0.144 0.000 0.856
#> GSM11598 1 0.1411 0.7870 0.964 0.036 0.000
#> GSM11599 3 0.1411 0.8134 0.036 0.000 0.964
#> GSM11600 3 0.4931 0.6948 0.232 0.000 0.768
#> GSM11601 2 0.6016 0.6399 0.020 0.724 0.256
#> GSM11602 1 0.2711 0.7488 0.912 0.000 0.088
#> GSM11603 1 0.1411 0.7770 0.964 0.000 0.036
#> GSM11604 3 0.5678 0.5706 0.316 0.000 0.684
#> GSM11605 3 0.5529 0.6141 0.296 0.000 0.704
#> GSM11606 2 0.4654 0.6576 0.208 0.792 0.000
#> GSM11607 1 0.1643 0.7870 0.956 0.044 0.000
#> GSM11608 1 0.6309 -0.1385 0.500 0.000 0.500
#> GSM11609 3 0.6148 0.4143 0.004 0.356 0.640
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 1 0.859 0.09959 0.404 0.048 0.364 0.184
#> GSM11438 2 0.555 0.64644 0.000 0.728 0.112 0.160
#> GSM11439 3 0.474 0.50300 0.036 0.164 0.788 0.012
#> GSM11440 3 0.608 0.25879 0.020 0.016 0.532 0.432
#> GSM11441 3 0.189 0.61559 0.016 0.000 0.940 0.044
#> GSM11442 3 0.395 0.57573 0.000 0.064 0.840 0.096
#> GSM11443 2 0.446 0.68287 0.024 0.792 0.176 0.008
#> GSM11444 3 0.251 0.60411 0.016 0.036 0.924 0.024
#> GSM11445 3 0.361 0.59811 0.000 0.024 0.844 0.132
#> GSM11446 3 0.226 0.61258 0.012 0.016 0.932 0.040
#> GSM11447 3 0.220 0.57746 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM11448 2 0.742 0.15347 0.372 0.492 0.124 0.012
#> GSM11449 1 0.543 0.57017 0.728 0.004 0.204 0.064
#> GSM11450 1 0.265 0.69091 0.912 0.028 0.056 0.004
#> GSM11451 2 0.367 0.71629 0.044 0.852 0.000 0.104
#> GSM11452 1 0.514 0.14465 0.544 0.452 0.000 0.004
#> GSM11453 1 0.483 0.64066 0.776 0.156 0.000 0.068
#> GSM11454 3 0.433 0.59194 0.040 0.000 0.800 0.160
#> GSM11455 2 0.784 -0.17952 0.000 0.376 0.264 0.360
#> GSM11456 2 0.495 0.63905 0.016 0.736 0.236 0.012
#> GSM11457 2 0.175 0.74020 0.012 0.952 0.012 0.024
#> GSM11458 3 0.663 0.50270 0.216 0.000 0.624 0.160
#> GSM11459 3 0.543 0.56084 0.072 0.000 0.720 0.208
#> GSM11460 1 0.697 0.27977 0.532 0.000 0.128 0.340
#> GSM11461 1 0.698 0.34779 0.524 0.084 0.380 0.012
#> GSM11462 1 0.779 -0.04074 0.416 0.000 0.328 0.256
#> GSM11463 2 0.409 0.72015 0.080 0.844 0.068 0.008
#> GSM11464 1 0.558 0.55883 0.728 0.000 0.128 0.144
#> GSM11465 2 0.705 0.62999 0.056 0.660 0.184 0.100
#> GSM11466 3 0.597 0.31267 0.044 0.000 0.564 0.392
#> GSM11467 1 0.447 0.61198 0.788 0.000 0.040 0.172
#> GSM11468 3 0.578 0.42683 0.040 0.000 0.604 0.356
#> GSM11469 3 0.723 0.41079 0.200 0.000 0.544 0.256
#> GSM11470 1 0.176 0.69033 0.952 0.020 0.016 0.012
#> GSM11471 1 0.643 0.42683 0.600 0.040 0.336 0.024
#> GSM11472 4 0.867 0.18129 0.188 0.056 0.320 0.436
#> GSM11473 3 0.634 -0.15538 0.036 0.456 0.496 0.012
#> GSM11474 2 0.289 0.72998 0.000 0.896 0.068 0.036
#> GSM11475 3 0.442 0.54549 0.008 0.000 0.736 0.256
#> GSM11476 4 0.721 0.37603 0.000 0.160 0.324 0.516
#> GSM11477 2 0.162 0.73826 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM11478 2 0.375 0.70387 0.000 0.840 0.032 0.128
#> GSM11479 3 0.563 -0.00978 0.000 0.420 0.556 0.024
#> GSM11480 2 0.402 0.64946 0.004 0.772 0.000 0.224
#> GSM11481 4 0.271 0.58333 0.040 0.016 0.028 0.916
#> GSM11482 4 0.647 0.43951 0.000 0.108 0.280 0.612
#> GSM11483 2 0.579 0.49341 0.000 0.616 0.340 0.044
#> GSM11484 4 0.371 0.55526 0.000 0.024 0.140 0.836
#> GSM11485 4 0.689 0.34764 0.000 0.344 0.120 0.536
#> GSM11486 2 0.490 0.55281 0.004 0.668 0.324 0.004
#> GSM11487 1 0.491 0.61708 0.772 0.012 0.036 0.180
#> GSM11488 4 0.460 0.49803 0.000 0.028 0.212 0.760
#> GSM11489 2 0.660 0.49400 0.000 0.616 0.248 0.136
#> GSM11490 3 0.362 0.55134 0.020 0.108 0.860 0.012
#> GSM11491 1 0.357 0.67393 0.860 0.092 0.000 0.048
#> GSM11492 4 0.540 0.08978 0.016 0.000 0.404 0.580
#> GSM11493 4 0.605 0.23992 0.000 0.052 0.372 0.576
#> GSM11494 3 0.322 0.59830 0.000 0.044 0.880 0.076
#> GSM11495 3 0.544 0.47223 0.000 0.160 0.736 0.104
#> GSM11496 3 0.583 0.24836 0.028 0.328 0.632 0.012
#> GSM11497 2 0.499 0.62161 0.216 0.740 0.044 0.000
#> GSM11498 2 0.415 0.71502 0.072 0.844 0.072 0.012
#> GSM11499 4 0.691 0.26852 0.000 0.384 0.112 0.504
#> GSM11500 3 0.555 0.07567 0.000 0.428 0.552 0.020
#> GSM11501 4 0.539 0.48811 0.000 0.268 0.044 0.688
#> GSM11502 2 0.301 0.73276 0.056 0.892 0.000 0.052
#> GSM11503 2 0.350 0.73813 0.032 0.884 0.048 0.036
#> GSM11504 4 0.601 -0.03442 0.044 0.000 0.408 0.548
#> GSM11505 2 0.236 0.73456 0.004 0.920 0.064 0.012
#> GSM11506 2 0.472 0.69622 0.000 0.792 0.116 0.092
#> GSM11507 2 0.416 0.63258 0.004 0.756 0.000 0.240
#> GSM11508 3 0.496 0.51662 0.020 0.000 0.696 0.284
#> GSM11509 3 0.223 0.58726 0.004 0.064 0.924 0.008
#> GSM11510 2 0.553 0.47249 0.000 0.632 0.032 0.336
#> GSM11511 1 0.689 0.56413 0.632 0.156 0.200 0.012
#> GSM11512 4 0.335 0.53237 0.000 0.008 0.148 0.844
#> GSM11513 3 0.396 0.59755 0.028 0.000 0.820 0.152
#> GSM11514 4 0.453 0.59686 0.020 0.160 0.020 0.800
#> GSM11515 3 0.406 0.58390 0.000 0.032 0.816 0.152
#> GSM11516 1 0.570 0.25627 0.572 0.404 0.008 0.016
#> GSM11517 3 0.550 0.54678 0.068 0.000 0.708 0.224
#> GSM11518 3 0.462 0.53925 0.076 0.096 0.816 0.012
#> GSM11519 1 0.398 0.66516 0.836 0.108 0.000 0.056
#> GSM11520 1 0.238 0.67649 0.916 0.000 0.016 0.068
#> GSM11521 4 0.576 0.57547 0.000 0.160 0.128 0.712
#> GSM11522 1 0.558 0.55240 0.712 0.004 0.220 0.064
#> GSM11523 1 0.346 0.68397 0.864 0.040 0.096 0.000
#> GSM11524 3 0.615 0.22440 0.048 0.000 0.476 0.476
#> GSM11525 2 0.305 0.71210 0.000 0.860 0.136 0.004
#> GSM11526 3 0.559 0.19956 0.020 0.000 0.524 0.456
#> GSM11527 2 0.499 0.66624 0.000 0.764 0.164 0.072
#> GSM11528 2 0.374 0.69654 0.016 0.824 0.000 0.160
#> GSM11529 2 0.554 0.59154 0.216 0.720 0.056 0.008
#> GSM11530 3 0.712 0.42944 0.304 0.004 0.552 0.140
#> GSM11531 2 0.467 0.70265 0.072 0.812 0.104 0.012
#> GSM11532 3 0.657 0.47358 0.124 0.000 0.612 0.264
#> GSM11533 2 0.564 0.48402 0.308 0.656 0.024 0.012
#> GSM11534 1 0.747 0.25082 0.512 0.364 0.028 0.096
#> GSM11535 2 0.506 0.67065 0.144 0.780 0.064 0.012
#> GSM11536 4 0.326 0.60047 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM11537 2 0.430 0.70260 0.064 0.816 0.000 0.120
#> GSM11538 4 0.441 0.59352 0.064 0.128 0.000 0.808
#> GSM11539 2 0.225 0.73745 0.040 0.932 0.020 0.008
#> GSM11540 2 0.310 0.71752 0.000 0.868 0.012 0.120
#> GSM11541 4 0.644 0.34470 0.284 0.000 0.104 0.612
#> GSM11542 2 0.432 0.67510 0.028 0.788 0.000 0.184
#> GSM11543 3 0.881 -0.01660 0.052 0.328 0.396 0.224
#> GSM11544 1 0.254 0.68154 0.904 0.084 0.000 0.012
#> GSM11545 1 0.632 0.55574 0.660 0.172 0.000 0.168
#> GSM11546 2 0.609 0.55077 0.044 0.648 0.292 0.016
#> GSM11547 2 0.654 0.49286 0.108 0.600 0.292 0.000
#> GSM11548 3 0.317 0.61469 0.020 0.012 0.888 0.080
#> GSM11549 1 0.527 0.58776 0.724 0.016 0.236 0.024
#> GSM11550 1 0.523 0.62121 0.760 0.004 0.152 0.084
#> GSM11551 3 0.499 0.52189 0.144 0.060 0.784 0.012
#> GSM11552 3 0.740 0.37882 0.200 0.000 0.508 0.292
#> GSM11553 2 0.484 0.66803 0.052 0.764 0.000 0.184
#> GSM11554 2 0.339 0.71023 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM11555 4 0.339 0.58146 0.104 0.024 0.004 0.868
#> GSM11556 1 0.753 0.11887 0.448 0.000 0.192 0.360
#> GSM11557 2 0.278 0.72936 0.084 0.896 0.020 0.000
#> GSM11558 2 0.499 0.47372 0.008 0.640 0.000 0.352
#> GSM11559 2 0.369 0.72275 0.076 0.856 0.000 0.068
#> GSM11560 1 0.454 0.63659 0.804 0.000 0.088 0.108
#> GSM11561 2 0.499 0.47879 0.008 0.640 0.000 0.352
#> GSM11562 2 0.386 0.70044 0.028 0.828 0.000 0.144
#> GSM11563 1 0.735 0.53336 0.628 0.140 0.044 0.188
#> GSM11564 4 0.739 0.20759 0.344 0.128 0.012 0.516
#> GSM11565 1 0.421 0.66101 0.824 0.136 0.028 0.012
#> GSM11566 4 0.543 0.09932 0.016 0.416 0.000 0.568
#> GSM11567 4 0.464 0.55098 0.004 0.044 0.164 0.788
#> GSM11568 1 0.626 0.40196 0.608 0.332 0.048 0.012
#> GSM11569 2 0.454 0.66531 0.032 0.772 0.000 0.196
#> GSM11570 3 0.776 0.23612 0.240 0.000 0.412 0.348
#> GSM11571 1 0.300 0.67024 0.864 0.132 0.004 0.000
#> GSM11572 2 0.603 0.08499 0.032 0.488 0.004 0.476
#> GSM11573 4 0.730 0.25542 0.288 0.188 0.000 0.524
#> GSM11574 2 0.461 0.69158 0.144 0.792 0.000 0.064
#> GSM11575 1 0.776 0.07516 0.428 0.400 0.160 0.012
#> GSM11576 1 0.184 0.69060 0.948 0.028 0.016 0.008
#> GSM11577 1 0.682 0.20801 0.512 0.384 0.000 0.104
#> GSM11578 1 0.536 0.29829 0.592 0.392 0.000 0.016
#> GSM11579 4 0.671 0.53604 0.000 0.212 0.172 0.616
#> GSM11580 2 0.498 0.32394 0.384 0.612 0.000 0.004
#> GSM11581 3 0.570 0.33366 0.028 0.000 0.560 0.412
#> GSM11582 4 0.598 0.38555 0.216 0.000 0.104 0.680
#> GSM11583 3 0.662 0.50585 0.220 0.000 0.624 0.156
#> GSM11584 4 0.518 0.07520 0.008 0.000 0.408 0.584
#> GSM11585 2 0.286 0.72434 0.112 0.880 0.008 0.000
#> GSM11586 1 0.470 0.59830 0.764 0.012 0.016 0.208
#> GSM11587 1 0.301 0.68777 0.888 0.032 0.080 0.000
#> GSM11588 1 0.697 0.40550 0.576 0.168 0.000 0.256
#> GSM11589 4 0.738 0.29426 0.260 0.220 0.000 0.520
#> GSM11590 1 0.297 0.67882 0.892 0.036 0.000 0.072
#> GSM11591 2 0.312 0.69632 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM11592 1 0.602 0.54645 0.672 0.000 0.228 0.100
#> GSM11593 1 0.240 0.68474 0.920 0.048 0.000 0.032
#> GSM11594 1 0.337 0.66008 0.872 0.000 0.048 0.080
#> GSM11595 1 0.820 0.34412 0.468 0.288 0.220 0.024
#> GSM11596 2 0.644 0.67087 0.124 0.712 0.120 0.044
#> GSM11597 3 0.288 0.60403 0.068 0.004 0.900 0.028
#> GSM11598 1 0.291 0.68220 0.896 0.040 0.000 0.064
#> GSM11599 3 0.570 0.47146 0.044 0.000 0.636 0.320
#> GSM11600 4 0.477 0.49811 0.136 0.004 0.068 0.792
#> GSM11601 2 0.627 0.17634 0.032 0.484 0.472 0.012
#> GSM11602 1 0.324 0.66180 0.876 0.000 0.088 0.036
#> GSM11603 1 0.197 0.68738 0.940 0.008 0.044 0.008
#> GSM11604 3 0.735 0.39347 0.264 0.000 0.524 0.212
#> GSM11605 4 0.500 0.49394 0.144 0.004 0.076 0.776
#> GSM11606 2 0.424 0.68563 0.160 0.808 0.004 0.028
#> GSM11607 1 0.267 0.68372 0.908 0.048 0.000 0.044
#> GSM11608 1 0.772 0.10308 0.448 0.000 0.268 0.284
#> GSM11609 4 0.408 0.60125 0.000 0.100 0.068 0.832
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.939 -0.0510 0.280 0.120 0.328 0.168 0.104
#> GSM11438 2 0.528 0.6313 0.008 0.744 0.076 0.132 0.040
#> GSM11439 5 0.547 0.3625 0.000 0.076 0.308 0.004 0.612
#> GSM11440 3 0.663 0.3807 0.004 0.008 0.536 0.212 0.240
#> GSM11441 5 0.494 0.0939 0.004 0.000 0.436 0.020 0.540
#> GSM11442 3 0.575 0.2245 0.000 0.016 0.580 0.064 0.340
#> GSM11443 2 0.433 0.6413 0.000 0.788 0.064 0.016 0.132
#> GSM11444 3 0.445 0.2531 0.000 0.008 0.592 0.000 0.400
#> GSM11445 3 0.409 0.5022 0.000 0.008 0.784 0.040 0.168
#> GSM11446 3 0.435 0.3598 0.004 0.012 0.680 0.000 0.304
#> GSM11447 3 0.523 -0.0502 0.000 0.044 0.504 0.000 0.452
#> GSM11448 5 0.662 0.0801 0.284 0.180 0.008 0.004 0.524
#> GSM11449 1 0.680 0.3836 0.556 0.048 0.300 0.012 0.084
#> GSM11450 1 0.495 0.4575 0.620 0.004 0.024 0.004 0.348
#> GSM11451 2 0.415 0.7005 0.032 0.812 0.000 0.104 0.052
#> GSM11452 2 0.629 0.2436 0.368 0.512 0.000 0.016 0.104
#> GSM11453 1 0.508 0.5789 0.752 0.100 0.000 0.044 0.104
#> GSM11454 3 0.321 0.5454 0.016 0.020 0.876 0.016 0.072
#> GSM11455 2 0.797 0.0390 0.000 0.404 0.132 0.312 0.152
#> GSM11456 5 0.581 0.2595 0.040 0.308 0.020 0.016 0.616
#> GSM11457 2 0.251 0.7024 0.000 0.896 0.000 0.060 0.044
#> GSM11458 3 0.498 0.4965 0.180 0.016 0.728 0.000 0.076
#> GSM11459 3 0.278 0.5732 0.032 0.000 0.896 0.032 0.040
#> GSM11460 1 0.791 0.1059 0.420 0.012 0.320 0.180 0.068
#> GSM11461 3 0.880 0.0124 0.264 0.188 0.372 0.028 0.148
#> GSM11462 3 0.574 0.3462 0.312 0.000 0.608 0.036 0.044
#> GSM11463 2 0.381 0.6699 0.012 0.824 0.036 0.004 0.124
#> GSM11464 1 0.663 0.4714 0.604 0.000 0.104 0.076 0.216
#> GSM11465 5 0.810 0.2924 0.160 0.212 0.056 0.064 0.508
#> GSM11466 5 0.751 -0.0597 0.040 0.004 0.336 0.208 0.412
#> GSM11467 1 0.575 0.5015 0.688 0.000 0.168 0.100 0.044
#> GSM11468 3 0.402 0.5542 0.016 0.000 0.792 0.164 0.028
#> GSM11469 3 0.598 0.5441 0.092 0.000 0.688 0.116 0.104
#> GSM11470 1 0.280 0.6353 0.880 0.000 0.016 0.012 0.092
#> GSM11471 5 0.610 0.0829 0.336 0.008 0.088 0.008 0.560
#> GSM11472 4 0.788 0.1838 0.200 0.016 0.344 0.392 0.048
#> GSM11473 5 0.632 0.4459 0.000 0.244 0.148 0.020 0.588
#> GSM11474 2 0.318 0.6932 0.000 0.868 0.012 0.048 0.072
#> GSM11475 3 0.471 0.5542 0.016 0.020 0.788 0.100 0.076
#> GSM11476 4 0.654 0.5271 0.000 0.084 0.144 0.632 0.140
#> GSM11477 2 0.353 0.6876 0.012 0.840 0.000 0.040 0.108
#> GSM11478 2 0.417 0.6811 0.000 0.784 0.004 0.148 0.064
#> GSM11479 5 0.720 0.4328 0.000 0.228 0.180 0.064 0.528
#> GSM11480 2 0.331 0.6397 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM11481 4 0.443 0.5899 0.052 0.004 0.128 0.792 0.024
#> GSM11482 4 0.631 0.5241 0.000 0.068 0.120 0.648 0.164
#> GSM11483 5 0.744 0.2902 0.000 0.324 0.132 0.084 0.460
#> GSM11484 4 0.464 0.5939 0.024 0.008 0.156 0.772 0.040
#> GSM11485 4 0.661 0.4889 0.000 0.192 0.084 0.616 0.108
#> GSM11486 2 0.546 0.4707 0.000 0.640 0.092 0.004 0.264
#> GSM11487 1 0.506 0.5540 0.752 0.008 0.096 0.124 0.020
#> GSM11488 4 0.480 0.5776 0.008 0.024 0.200 0.740 0.028
#> GSM11489 5 0.746 0.3337 0.008 0.284 0.076 0.128 0.504
#> GSM11490 5 0.487 0.3407 0.004 0.028 0.308 0.004 0.656
#> GSM11491 1 0.447 0.6183 0.808 0.076 0.008 0.044 0.064
#> GSM11492 4 0.656 0.1322 0.016 0.000 0.380 0.472 0.132
#> GSM11493 4 0.600 0.4909 0.000 0.020 0.180 0.640 0.160
#> GSM11494 5 0.681 0.0724 0.000 0.028 0.420 0.132 0.420
#> GSM11495 5 0.692 0.3614 0.000 0.080 0.236 0.116 0.568
#> GSM11496 5 0.594 0.4376 0.004 0.136 0.240 0.004 0.616
#> GSM11497 2 0.557 0.6190 0.128 0.708 0.020 0.008 0.136
#> GSM11498 2 0.623 0.4917 0.100 0.600 0.004 0.024 0.272
#> GSM11499 4 0.678 0.4006 0.000 0.256 0.064 0.568 0.112
#> GSM11500 2 0.758 0.0500 0.000 0.428 0.304 0.060 0.208
#> GSM11501 4 0.468 0.6012 0.004 0.116 0.040 0.784 0.056
#> GSM11502 2 0.361 0.7027 0.024 0.848 0.000 0.068 0.060
#> GSM11503 2 0.438 0.6654 0.016 0.820 0.052 0.048 0.064
#> GSM11504 4 0.616 0.2323 0.036 0.008 0.432 0.488 0.036
#> GSM11505 2 0.270 0.6872 0.000 0.896 0.020 0.024 0.060
#> GSM11506 2 0.511 0.6288 0.000 0.744 0.072 0.140 0.044
#> GSM11507 2 0.368 0.6322 0.000 0.760 0.004 0.232 0.004
#> GSM11508 3 0.357 0.5577 0.000 0.000 0.828 0.104 0.068
#> GSM11509 3 0.501 0.0691 0.000 0.012 0.492 0.012 0.484
#> GSM11510 2 0.653 0.3846 0.016 0.524 0.024 0.364 0.072
#> GSM11511 1 0.715 0.2161 0.436 0.100 0.052 0.008 0.404
#> GSM11512 4 0.383 0.5924 0.012 0.004 0.148 0.812 0.024
#> GSM11513 3 0.334 0.5369 0.004 0.000 0.840 0.032 0.124
#> GSM11514 4 0.619 0.5786 0.060 0.096 0.104 0.704 0.036
#> GSM11515 3 0.520 0.4494 0.000 0.028 0.716 0.068 0.188
#> GSM11516 1 0.654 0.3675 0.528 0.216 0.000 0.008 0.248
#> GSM11517 3 0.503 0.5200 0.024 0.000 0.732 0.072 0.172
#> GSM11518 5 0.602 0.2802 0.020 0.052 0.376 0.008 0.544
#> GSM11519 1 0.395 0.6249 0.832 0.052 0.000 0.048 0.068
#> GSM11520 1 0.340 0.6412 0.864 0.004 0.036 0.024 0.072
#> GSM11521 4 0.402 0.6240 0.000 0.060 0.064 0.828 0.048
#> GSM11522 1 0.671 0.3370 0.508 0.004 0.148 0.016 0.324
#> GSM11523 1 0.479 0.5987 0.744 0.008 0.056 0.008 0.184
#> GSM11524 3 0.653 0.3979 0.020 0.000 0.540 0.296 0.144
#> GSM11525 2 0.430 0.6450 0.000 0.776 0.040 0.016 0.168
#> GSM11526 3 0.652 0.2210 0.056 0.016 0.592 0.284 0.052
#> GSM11527 2 0.578 0.5752 0.000 0.684 0.100 0.172 0.044
#> GSM11528 2 0.539 0.6454 0.020 0.696 0.000 0.192 0.092
#> GSM11529 2 0.664 0.3827 0.204 0.508 0.004 0.004 0.280
#> GSM11530 3 0.574 0.4991 0.184 0.016 0.680 0.008 0.112
#> GSM11531 2 0.499 0.5990 0.048 0.708 0.012 0.004 0.228
#> GSM11532 3 0.726 0.3749 0.064 0.000 0.516 0.180 0.240
#> GSM11533 2 0.578 0.5692 0.172 0.648 0.004 0.004 0.172
#> GSM11534 1 0.778 0.1401 0.388 0.136 0.000 0.112 0.364
#> GSM11535 2 0.587 0.5254 0.124 0.636 0.008 0.004 0.228
#> GSM11536 4 0.260 0.6285 0.004 0.028 0.036 0.908 0.024
#> GSM11537 2 0.616 0.6544 0.080 0.668 0.000 0.140 0.112
#> GSM11538 4 0.638 0.5557 0.128 0.132 0.040 0.672 0.028
#> GSM11539 2 0.236 0.6954 0.016 0.920 0.008 0.020 0.036
#> GSM11540 2 0.297 0.7011 0.008 0.880 0.012 0.084 0.016
#> GSM11541 4 0.670 0.4078 0.248 0.000 0.184 0.544 0.024
#> GSM11542 2 0.593 0.5614 0.008 0.600 0.000 0.272 0.120
#> GSM11543 5 0.669 0.4312 0.076 0.044 0.092 0.120 0.668
#> GSM11544 1 0.318 0.6393 0.876 0.064 0.008 0.012 0.040
#> GSM11545 1 0.683 0.4771 0.612 0.176 0.008 0.136 0.068
#> GSM11546 2 0.610 0.5531 0.024 0.676 0.180 0.028 0.092
#> GSM11547 2 0.709 0.4390 0.068 0.588 0.188 0.012 0.144
#> GSM11548 3 0.427 0.4407 0.000 0.028 0.748 0.008 0.216
#> GSM11549 1 0.692 0.4447 0.536 0.016 0.192 0.012 0.244
#> GSM11550 1 0.661 0.4963 0.580 0.000 0.144 0.040 0.236
#> GSM11551 5 0.638 0.1852 0.084 0.016 0.396 0.008 0.496
#> GSM11552 3 0.594 0.4505 0.184 0.024 0.692 0.052 0.048
#> GSM11553 2 0.589 0.6642 0.048 0.680 0.000 0.156 0.116
#> GSM11554 2 0.475 0.6879 0.008 0.748 0.000 0.144 0.100
#> GSM11555 4 0.485 0.5912 0.124 0.020 0.080 0.768 0.008
#> GSM11556 1 0.780 -0.1073 0.352 0.000 0.336 0.248 0.064
#> GSM11557 2 0.310 0.6864 0.032 0.872 0.004 0.008 0.084
#> GSM11558 2 0.425 0.5431 0.000 0.672 0.000 0.316 0.012
#> GSM11559 2 0.648 0.5638 0.136 0.616 0.000 0.052 0.196
#> GSM11560 1 0.723 0.3026 0.536 0.056 0.300 0.032 0.076
#> GSM11561 2 0.465 0.5518 0.000 0.684 0.012 0.284 0.020
#> GSM11562 2 0.558 0.6610 0.024 0.692 0.000 0.148 0.136
#> GSM11563 5 0.713 -0.1553 0.392 0.040 0.004 0.132 0.432
#> GSM11564 4 0.675 0.4388 0.264 0.072 0.048 0.592 0.024
#> GSM11565 1 0.549 0.4487 0.616 0.060 0.000 0.012 0.312
#> GSM11566 2 0.623 0.1885 0.024 0.488 0.028 0.432 0.028
#> GSM11567 4 0.448 0.5949 0.008 0.008 0.072 0.784 0.128
#> GSM11568 1 0.639 0.3650 0.528 0.156 0.000 0.008 0.308
#> GSM11569 2 0.386 0.6852 0.016 0.808 0.000 0.148 0.028
#> GSM11570 3 0.588 0.4355 0.216 0.004 0.664 0.080 0.036
#> GSM11571 1 0.729 0.3884 0.512 0.292 0.100 0.004 0.092
#> GSM11572 4 0.683 0.2777 0.048 0.252 0.000 0.556 0.144
#> GSM11573 4 0.692 0.2788 0.300 0.104 0.004 0.536 0.056
#> GSM11574 2 0.616 0.5916 0.160 0.656 0.000 0.052 0.132
#> GSM11575 2 0.779 0.0284 0.276 0.360 0.060 0.000 0.304
#> GSM11576 1 0.507 0.5804 0.748 0.044 0.136 0.000 0.072
#> GSM11577 1 0.678 -0.0775 0.432 0.432 0.000 0.064 0.072
#> GSM11578 1 0.674 0.1596 0.464 0.344 0.000 0.012 0.180
#> GSM11579 4 0.715 0.2718 0.000 0.324 0.180 0.460 0.036
#> GSM11580 2 0.565 0.5417 0.240 0.664 0.012 0.012 0.072
#> GSM11581 3 0.615 0.4603 0.012 0.000 0.604 0.212 0.172
#> GSM11582 4 0.702 0.2817 0.256 0.000 0.276 0.452 0.016
#> GSM11583 3 0.754 0.3591 0.180 0.072 0.588 0.072 0.088
#> GSM11584 4 0.583 0.3468 0.000 0.000 0.276 0.588 0.136
#> GSM11585 2 0.463 0.6394 0.076 0.752 0.000 0.008 0.164
#> GSM11586 1 0.590 0.5169 0.648 0.004 0.012 0.136 0.200
#> GSM11587 1 0.449 0.6153 0.780 0.012 0.068 0.004 0.136
#> GSM11588 1 0.684 0.4464 0.584 0.084 0.000 0.220 0.112
#> GSM11589 4 0.856 0.2277 0.288 0.240 0.072 0.364 0.036
#> GSM11590 1 0.327 0.6279 0.864 0.008 0.004 0.044 0.080
#> GSM11591 2 0.435 0.6608 0.100 0.784 0.000 0.008 0.108
#> GSM11592 5 0.690 -0.0718 0.396 0.000 0.100 0.052 0.452
#> GSM11593 1 0.230 0.6324 0.904 0.008 0.000 0.008 0.080
#> GSM11594 1 0.412 0.6313 0.832 0.012 0.068 0.040 0.048
#> GSM11595 5 0.626 0.1645 0.284 0.072 0.024 0.016 0.604
#> GSM11596 2 0.657 0.5580 0.060 0.672 0.140 0.044 0.084
#> GSM11597 5 0.526 0.0101 0.028 0.004 0.452 0.004 0.512
#> GSM11598 1 0.267 0.6406 0.904 0.032 0.004 0.040 0.020
#> GSM11599 3 0.533 0.5421 0.024 0.000 0.716 0.140 0.120
#> GSM11600 4 0.671 0.4847 0.176 0.020 0.196 0.592 0.016
#> GSM11601 5 0.614 0.4687 0.020 0.208 0.136 0.004 0.632
#> GSM11602 1 0.521 0.5508 0.712 0.004 0.176 0.008 0.100
#> GSM11603 1 0.465 0.6029 0.772 0.004 0.120 0.012 0.092
#> GSM11604 3 0.653 0.4296 0.136 0.000 0.604 0.048 0.212
#> GSM11605 4 0.693 0.4381 0.196 0.020 0.208 0.560 0.016
#> GSM11606 2 0.677 0.4736 0.216 0.560 0.000 0.036 0.188
#> GSM11607 1 0.297 0.6389 0.892 0.052 0.016 0.024 0.016
#> GSM11608 3 0.602 0.2682 0.344 0.000 0.564 0.060 0.032
#> GSM11609 4 0.340 0.6300 0.000 0.044 0.048 0.864 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.922 0.14876 0.184 0.096 0.100 0.152 0.100 0.368
#> GSM11438 2 0.716 0.48387 0.004 0.556 0.080 0.092 0.076 0.192
#> GSM11439 5 0.513 0.40125 0.004 0.020 0.256 0.000 0.648 0.072
#> GSM11440 3 0.564 0.54951 0.004 0.004 0.664 0.172 0.100 0.056
#> GSM11441 5 0.589 0.30069 0.028 0.000 0.308 0.068 0.572 0.024
#> GSM11442 3 0.572 0.00880 0.000 0.000 0.448 0.044 0.448 0.060
#> GSM11443 2 0.473 0.59044 0.004 0.720 0.012 0.004 0.176 0.084
#> GSM11444 3 0.401 0.50179 0.000 0.000 0.724 0.012 0.240 0.024
#> GSM11445 3 0.346 0.60863 0.000 0.000 0.828 0.040 0.104 0.028
#> GSM11446 3 0.434 0.39790 0.000 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> GSM11447 5 0.541 0.12291 0.000 0.012 0.384 0.012 0.536 0.056
#> GSM11448 5 0.729 -0.10113 0.348 0.112 0.004 0.004 0.384 0.148
#> GSM11449 3 0.684 0.31107 0.208 0.032 0.528 0.004 0.032 0.196
#> GSM11450 1 0.730 0.26901 0.452 0.016 0.092 0.000 0.196 0.244
#> GSM11451 2 0.411 0.60107 0.020 0.796 0.000 0.052 0.020 0.112
#> GSM11452 2 0.582 0.38415 0.252 0.576 0.000 0.008 0.012 0.152
#> GSM11453 1 0.578 0.41982 0.648 0.036 0.000 0.044 0.060 0.212
#> GSM11454 3 0.520 0.55453 0.008 0.000 0.672 0.016 0.108 0.196
#> GSM11455 2 0.896 -0.18636 0.000 0.228 0.188 0.184 0.208 0.192
#> GSM11456 5 0.736 0.19512 0.012 0.268 0.072 0.004 0.416 0.228
#> GSM11457 2 0.220 0.64158 0.000 0.912 0.000 0.028 0.028 0.032
#> GSM11458 3 0.544 0.43912 0.072 0.000 0.612 0.008 0.024 0.284
#> GSM11459 3 0.331 0.62874 0.004 0.000 0.848 0.028 0.040 0.080
#> GSM11460 1 0.779 -0.16108 0.332 0.000 0.108 0.204 0.028 0.328
#> GSM11461 6 0.794 -0.06114 0.124 0.048 0.336 0.012 0.100 0.380
#> GSM11462 3 0.591 0.45136 0.112 0.000 0.616 0.040 0.012 0.220
#> GSM11463 2 0.472 0.60828 0.024 0.748 0.016 0.000 0.088 0.124
#> GSM11464 1 0.616 0.42153 0.656 0.000 0.096 0.048 0.120 0.080
#> GSM11465 6 0.882 -0.16586 0.080 0.208 0.128 0.020 0.248 0.316
#> GSM11466 3 0.781 0.03224 0.040 0.000 0.384 0.112 0.300 0.164
#> GSM11467 1 0.741 0.10792 0.492 0.012 0.088 0.092 0.044 0.272
#> GSM11468 3 0.425 0.62726 0.004 0.000 0.780 0.112 0.032 0.072
#> GSM11469 3 0.475 0.61086 0.012 0.000 0.756 0.096 0.052 0.084
#> GSM11470 1 0.197 0.49715 0.916 0.000 0.004 0.004 0.012 0.064
#> GSM11471 1 0.779 0.02766 0.356 0.012 0.160 0.008 0.320 0.144
#> GSM11472 4 0.861 0.24396 0.116 0.012 0.208 0.364 0.092 0.208
#> GSM11473 5 0.610 0.43251 0.032 0.220 0.068 0.016 0.632 0.032
#> GSM11474 2 0.320 0.63623 0.000 0.852 0.004 0.020 0.084 0.040
#> GSM11475 3 0.540 0.60147 0.004 0.008 0.704 0.132 0.076 0.076
#> GSM11476 4 0.538 0.52030 0.000 0.052 0.032 0.692 0.180 0.044
#> GSM11477 2 0.370 0.61691 0.016 0.816 0.004 0.004 0.044 0.116
#> GSM11478 2 0.424 0.61909 0.000 0.776 0.000 0.104 0.084 0.036
#> GSM11479 5 0.621 0.48520 0.000 0.148 0.088 0.092 0.640 0.032
#> GSM11480 2 0.344 0.60862 0.000 0.812 0.000 0.140 0.012 0.036
#> GSM11481 4 0.583 0.48786 0.056 0.000 0.084 0.656 0.024 0.180
#> GSM11482 4 0.613 0.51080 0.000 0.084 0.044 0.640 0.176 0.056
#> GSM11483 5 0.638 0.35117 0.000 0.180 0.036 0.152 0.596 0.036
#> GSM11484 4 0.598 0.53531 0.016 0.008 0.068 0.656 0.084 0.168
#> GSM11485 4 0.685 0.44143 0.004 0.136 0.020 0.544 0.224 0.072
#> GSM11486 2 0.569 0.43235 0.000 0.572 0.052 0.000 0.308 0.068
#> GSM11487 1 0.595 0.32476 0.624 0.008 0.004 0.144 0.036 0.184
#> GSM11488 4 0.603 0.54821 0.012 0.008 0.068 0.652 0.112 0.148
#> GSM11489 5 0.826 0.28026 0.000 0.228 0.156 0.060 0.364 0.192
#> GSM11490 5 0.519 0.40235 0.000 0.008 0.252 0.024 0.652 0.064
#> GSM11491 1 0.497 0.37950 0.668 0.048 0.000 0.024 0.008 0.252
#> GSM11492 4 0.748 0.34323 0.008 0.008 0.156 0.436 0.268 0.124
#> GSM11493 4 0.503 0.50257 0.000 0.020 0.044 0.692 0.216 0.028
#> GSM11494 5 0.618 0.37595 0.000 0.008 0.200 0.180 0.576 0.036
#> GSM11495 5 0.638 0.41488 0.004 0.056 0.132 0.172 0.612 0.024
#> GSM11496 5 0.468 0.52288 0.020 0.092 0.084 0.016 0.772 0.016
#> GSM11497 2 0.653 0.50346 0.132 0.580 0.004 0.012 0.200 0.072
#> GSM11498 2 0.697 0.28954 0.052 0.468 0.008 0.036 0.348 0.088
#> GSM11499 4 0.667 0.41496 0.000 0.180 0.012 0.552 0.180 0.076
#> GSM11500 2 0.788 -0.03655 0.000 0.356 0.132 0.076 0.348 0.088
#> GSM11501 4 0.510 0.56350 0.000 0.048 0.044 0.744 0.088 0.076
#> GSM11502 2 0.255 0.62474 0.020 0.880 0.000 0.012 0.000 0.088
#> GSM11503 2 0.485 0.58015 0.000 0.712 0.020 0.024 0.044 0.200
#> GSM11504 4 0.671 0.50783 0.040 0.000 0.108 0.592 0.160 0.100
#> GSM11505 2 0.410 0.61884 0.004 0.796 0.004 0.024 0.100 0.072
#> GSM11506 2 0.656 0.45314 0.000 0.564 0.004 0.168 0.156 0.108
#> GSM11507 2 0.413 0.59129 0.000 0.760 0.000 0.172 0.028 0.040
#> GSM11508 3 0.402 0.62090 0.000 0.000 0.796 0.084 0.080 0.040
#> GSM11509 3 0.545 0.12590 0.020 0.000 0.508 0.028 0.420 0.024
#> GSM11510 4 0.766 0.13794 0.012 0.332 0.004 0.356 0.128 0.168
#> GSM11511 1 0.651 0.28694 0.500 0.040 0.024 0.008 0.352 0.076
#> GSM11512 4 0.449 0.57849 0.008 0.008 0.040 0.780 0.104 0.060
#> GSM11513 3 0.366 0.59823 0.000 0.000 0.808 0.028 0.128 0.036
#> GSM11514 4 0.761 0.13797 0.036 0.120 0.044 0.412 0.036 0.352
#> GSM11515 3 0.536 0.51408 0.000 0.012 0.688 0.048 0.172 0.080
#> GSM11516 1 0.654 0.23665 0.524 0.252 0.000 0.000 0.088 0.136
#> GSM11517 3 0.456 0.61670 0.008 0.000 0.760 0.096 0.104 0.032
#> GSM11518 5 0.648 0.26199 0.008 0.016 0.340 0.016 0.484 0.136
#> GSM11519 1 0.402 0.46455 0.780 0.020 0.000 0.024 0.016 0.160
#> GSM11520 1 0.329 0.49846 0.844 0.004 0.000 0.024 0.032 0.096
#> GSM11521 4 0.410 0.57796 0.000 0.036 0.048 0.812 0.072 0.032
#> GSM11522 1 0.763 0.23475 0.420 0.000 0.212 0.016 0.204 0.148
#> GSM11523 1 0.353 0.49550 0.828 0.004 0.016 0.000 0.092 0.060
#> GSM11524 3 0.526 0.55046 0.004 0.000 0.672 0.208 0.072 0.044
#> GSM11525 2 0.426 0.61623 0.000 0.764 0.012 0.012 0.156 0.056
#> GSM11526 4 0.870 0.17183 0.056 0.016 0.264 0.300 0.196 0.168
#> GSM11527 2 0.638 0.46819 0.000 0.580 0.004 0.188 0.136 0.092
#> GSM11528 2 0.685 0.35593 0.004 0.504 0.004 0.256 0.152 0.080
#> GSM11529 2 0.683 0.43237 0.164 0.548 0.016 0.008 0.204 0.060
#> GSM11530 3 0.455 0.60969 0.060 0.004 0.776 0.008 0.060 0.092
#> GSM11531 2 0.536 0.57334 0.040 0.676 0.008 0.000 0.188 0.088
#> GSM11532 3 0.655 0.37756 0.016 0.000 0.532 0.248 0.164 0.040
#> GSM11533 2 0.509 0.58690 0.116 0.720 0.004 0.000 0.084 0.076
#> GSM11534 1 0.807 0.20412 0.408 0.060 0.008 0.120 0.276 0.128
#> GSM11535 2 0.599 0.52061 0.112 0.620 0.004 0.000 0.188 0.076
#> GSM11536 4 0.386 0.55953 0.004 0.032 0.008 0.808 0.024 0.124
#> GSM11537 2 0.528 0.54415 0.056 0.696 0.000 0.048 0.020 0.180
#> GSM11538 4 0.632 0.44958 0.052 0.100 0.028 0.632 0.012 0.176
#> GSM11539 2 0.320 0.63285 0.004 0.860 0.012 0.012 0.036 0.076
#> GSM11540 2 0.382 0.62943 0.000 0.816 0.012 0.056 0.020 0.096
#> GSM11541 4 0.633 0.36808 0.248 0.000 0.048 0.576 0.024 0.104
#> GSM11542 2 0.720 0.29145 0.020 0.468 0.000 0.280 0.112 0.120
#> GSM11543 5 0.765 0.36751 0.112 0.032 0.076 0.180 0.536 0.064
#> GSM11544 1 0.497 0.41651 0.668 0.052 0.004 0.000 0.028 0.248
#> GSM11545 6 0.734 -0.05539 0.356 0.180 0.004 0.076 0.012 0.372
#> GSM11546 2 0.623 0.40381 0.000 0.544 0.088 0.024 0.036 0.308
#> GSM11547 2 0.729 0.28669 0.020 0.444 0.156 0.000 0.092 0.288
#> GSM11548 3 0.491 0.49837 0.000 0.020 0.688 0.012 0.228 0.052
#> GSM11549 1 0.676 0.34141 0.564 0.004 0.060 0.024 0.188 0.160
#> GSM11550 1 0.618 0.40577 0.616 0.004 0.024 0.044 0.212 0.100
#> GSM11551 5 0.814 0.37180 0.204 0.048 0.176 0.040 0.456 0.076
#> GSM11552 3 0.563 0.45494 0.056 0.000 0.620 0.056 0.008 0.260
#> GSM11553 2 0.651 0.41742 0.032 0.580 0.008 0.052 0.080 0.248
#> GSM11554 2 0.399 0.61083 0.004 0.804 0.008 0.040 0.028 0.116
#> GSM11555 4 0.591 0.42040 0.088 0.024 0.032 0.612 0.000 0.244
#> GSM11556 1 0.821 0.00127 0.356 0.000 0.200 0.196 0.044 0.204
#> GSM11557 2 0.341 0.63292 0.024 0.848 0.008 0.004 0.080 0.036
#> GSM11558 2 0.444 0.54528 0.000 0.704 0.000 0.236 0.020 0.040
#> GSM11559 2 0.598 0.53722 0.088 0.656 0.008 0.012 0.076 0.160
#> GSM11560 6 0.695 0.03281 0.344 0.012 0.184 0.032 0.008 0.420
#> GSM11561 2 0.471 0.53604 0.000 0.692 0.000 0.224 0.020 0.064
#> GSM11562 2 0.662 0.42077 0.036 0.560 0.012 0.048 0.072 0.272
#> GSM11563 1 0.893 0.05329 0.296 0.060 0.068 0.076 0.268 0.232
#> GSM11564 4 0.730 0.37472 0.212 0.044 0.004 0.504 0.060 0.176
#> GSM11565 1 0.530 0.44286 0.668 0.032 0.000 0.000 0.148 0.152
#> GSM11566 2 0.615 0.18241 0.004 0.492 0.004 0.352 0.020 0.128
#> GSM11567 4 0.411 0.57316 0.004 0.024 0.028 0.812 0.080 0.052
#> GSM11568 1 0.638 0.31643 0.572 0.188 0.000 0.000 0.120 0.120
#> GSM11569 2 0.412 0.59631 0.008 0.788 0.004 0.068 0.012 0.120
#> GSM11570 3 0.601 0.45974 0.076 0.000 0.596 0.084 0.004 0.240
#> GSM11571 1 0.703 -0.05286 0.400 0.248 0.032 0.004 0.012 0.304
#> GSM11572 4 0.770 0.22753 0.052 0.276 0.008 0.452 0.092 0.120
#> GSM11573 6 0.777 -0.07150 0.160 0.140 0.008 0.320 0.012 0.360
#> GSM11574 2 0.579 0.45952 0.076 0.616 0.000 0.016 0.040 0.252
#> GSM11575 2 0.817 0.14065 0.212 0.364 0.044 0.000 0.200 0.180
#> GSM11576 1 0.466 0.32722 0.668 0.008 0.020 0.008 0.012 0.284
#> GSM11577 2 0.619 0.17272 0.392 0.468 0.000 0.064 0.004 0.072
#> GSM11578 2 0.693 0.06244 0.264 0.384 0.000 0.000 0.056 0.296
#> GSM11579 4 0.761 0.30555 0.000 0.268 0.112 0.444 0.044 0.132
#> GSM11580 2 0.588 0.49663 0.152 0.628 0.008 0.008 0.024 0.180
#> GSM11581 3 0.518 0.55436 0.004 0.000 0.680 0.196 0.088 0.032
#> GSM11582 4 0.739 0.18778 0.220 0.000 0.124 0.432 0.008 0.216
#> GSM11583 3 0.749 0.15909 0.056 0.020 0.436 0.104 0.044 0.340
#> GSM11584 4 0.574 0.42480 0.004 0.000 0.240 0.616 0.092 0.048
#> GSM11585 2 0.352 0.62769 0.036 0.836 0.004 0.000 0.080 0.044
#> GSM11586 1 0.515 0.48062 0.744 0.004 0.036 0.048 0.080 0.088
#> GSM11587 1 0.318 0.48411 0.844 0.000 0.012 0.000 0.052 0.092
#> GSM11588 1 0.718 0.08285 0.396 0.080 0.000 0.116 0.028 0.380
#> GSM11589 4 0.807 0.03216 0.148 0.248 0.032 0.336 0.000 0.236
#> GSM11590 1 0.403 0.47235 0.780 0.012 0.004 0.020 0.020 0.164
#> GSM11591 2 0.347 0.61834 0.048 0.836 0.004 0.000 0.024 0.088
#> GSM11592 1 0.690 0.13743 0.436 0.000 0.080 0.040 0.380 0.064
#> GSM11593 1 0.211 0.50062 0.896 0.008 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM11594 1 0.468 0.45863 0.732 0.000 0.044 0.012 0.032 0.180
#> GSM11595 5 0.844 0.09731 0.132 0.088 0.148 0.004 0.336 0.292
#> GSM11596 2 0.651 0.42036 0.016 0.568 0.136 0.024 0.020 0.236
#> GSM11597 3 0.551 0.12886 0.016 0.000 0.524 0.008 0.388 0.064
#> GSM11598 1 0.458 0.39658 0.672 0.020 0.000 0.016 0.012 0.280
#> GSM11599 3 0.355 0.61880 0.004 0.000 0.828 0.084 0.068 0.016
#> GSM11600 4 0.637 0.40832 0.116 0.008 0.076 0.572 0.000 0.228
#> GSM11601 5 0.733 0.33188 0.004 0.160 0.272 0.000 0.420 0.144
#> GSM11602 1 0.460 0.36520 0.712 0.000 0.032 0.004 0.036 0.216
#> GSM11603 1 0.329 0.46138 0.824 0.000 0.012 0.000 0.032 0.132
#> GSM11604 3 0.533 0.55218 0.112 0.000 0.712 0.024 0.108 0.044
#> GSM11605 4 0.615 0.41218 0.156 0.008 0.060 0.620 0.004 0.152
#> GSM11606 2 0.642 0.34935 0.128 0.532 0.000 0.004 0.064 0.272
#> GSM11607 1 0.405 0.42952 0.716 0.020 0.000 0.008 0.004 0.252
#> GSM11608 3 0.614 0.43369 0.120 0.000 0.588 0.064 0.004 0.224
#> GSM11609 4 0.388 0.56781 0.004 0.036 0.028 0.832 0.052 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 162 0.0121 2
#> SD:NMF 141 0.1295 3
#> SD:NMF 107 0.0168 4
#> SD:NMF 82 0.0087 5
#> SD:NMF 59 0.0552 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0175 0.231 0.616 0.4086 0.794 0.794
#> 3 3 0.0156 0.259 0.510 0.3563 0.493 0.441
#> 4 4 0.0349 0.287 0.512 0.1432 0.736 0.539
#> 5 5 0.0705 0.267 0.524 0.1005 0.890 0.727
#> 6 6 0.1466 0.298 0.541 0.0661 0.875 0.647
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.975 0.28457 0.592 0.408
#> GSM11438 2 0.998 0.57467 0.472 0.528
#> GSM11439 1 0.946 0.22528 0.636 0.364
#> GSM11440 1 0.541 0.43555 0.876 0.124
#> GSM11441 1 0.921 0.35553 0.664 0.336
#> GSM11442 1 0.981 0.04079 0.580 0.420
#> GSM11443 1 0.993 -0.39732 0.548 0.452
#> GSM11444 1 0.662 0.43711 0.828 0.172
#> GSM11445 1 0.563 0.43407 0.868 0.132
#> GSM11446 1 0.909 0.28459 0.676 0.324
#> GSM11447 1 0.973 0.15743 0.596 0.404
#> GSM11448 1 0.909 0.35169 0.676 0.324
#> GSM11449 1 0.781 0.43566 0.768 0.232
#> GSM11450 1 0.850 0.46101 0.724 0.276
#> GSM11451 1 0.978 -0.25265 0.588 0.412
#> GSM11452 1 0.949 0.06110 0.632 0.368
#> GSM11453 1 0.788 0.45199 0.764 0.236
#> GSM11454 1 0.844 0.37194 0.728 0.272
#> GSM11455 1 0.998 -0.32541 0.528 0.472
#> GSM11456 1 0.850 0.29011 0.724 0.276
#> GSM11457 1 0.995 -0.44597 0.540 0.460
#> GSM11458 1 0.788 0.44322 0.764 0.236
#> GSM11459 1 0.802 0.37898 0.756 0.244
#> GSM11460 1 0.978 0.28055 0.588 0.412
#> GSM11461 1 0.861 0.43449 0.716 0.284
#> GSM11462 1 0.680 0.44654 0.820 0.180
#> GSM11463 1 0.955 -0.16951 0.624 0.376
#> GSM11464 1 0.925 0.41453 0.660 0.340
#> GSM11465 1 0.839 0.28800 0.732 0.268
#> GSM11466 1 0.876 0.31144 0.704 0.296
#> GSM11467 1 0.973 0.30450 0.596 0.404
#> GSM11468 1 0.518 0.44372 0.884 0.116
#> GSM11469 1 0.518 0.44372 0.884 0.116
#> GSM11470 1 0.802 0.42031 0.756 0.244
#> GSM11471 1 0.775 0.33674 0.772 0.228
#> GSM11472 1 0.939 0.32180 0.644 0.356
#> GSM11473 1 1.000 -0.22619 0.508 0.492
#> GSM11474 1 0.994 -0.38936 0.544 0.456
#> GSM11475 1 0.595 0.42336 0.856 0.144
#> GSM11476 2 0.999 0.60492 0.480 0.520
#> GSM11477 1 0.983 -0.30016 0.576 0.424
#> GSM11478 2 1.000 0.52037 0.496 0.504
#> GSM11479 1 0.999 -0.48505 0.516 0.484
#> GSM11480 2 0.997 0.60671 0.468 0.532
#> GSM11481 1 0.958 -0.06175 0.620 0.380
#> GSM11482 1 0.996 -0.48702 0.536 0.464
#> GSM11483 2 0.952 0.63337 0.372 0.628
#> GSM11484 1 0.988 -0.21729 0.564 0.436
#> GSM11485 2 0.946 0.67981 0.364 0.636
#> GSM11486 2 0.988 0.60817 0.436 0.564
#> GSM11487 1 0.745 0.46494 0.788 0.212
#> GSM11488 1 0.993 -0.28819 0.548 0.452
#> GSM11489 1 0.980 -0.31075 0.584 0.416
#> GSM11490 1 0.949 0.21684 0.632 0.368
#> GSM11491 1 0.753 0.45808 0.784 0.216
#> GSM11492 1 0.975 -0.10615 0.592 0.408
#> GSM11493 1 0.993 -0.42429 0.548 0.452
#> GSM11494 1 0.990 -0.09771 0.560 0.440
#> GSM11495 1 0.994 -0.34944 0.544 0.456
#> GSM11496 1 0.991 -0.07708 0.556 0.444
#> GSM11497 1 0.876 0.45783 0.704 0.296
#> GSM11498 1 0.952 -0.06418 0.628 0.372
#> GSM11499 2 0.981 0.70471 0.420 0.580
#> GSM11500 2 0.983 0.51077 0.424 0.576
#> GSM11501 2 0.946 0.70144 0.364 0.636
#> GSM11502 1 0.971 -0.22925 0.600 0.400
#> GSM11503 2 0.997 0.56014 0.468 0.532
#> GSM11504 1 0.981 0.26997 0.580 0.420
#> GSM11505 1 0.999 -0.47975 0.516 0.484
#> GSM11506 2 0.871 0.60571 0.292 0.708
#> GSM11507 2 0.946 0.69867 0.364 0.636
#> GSM11508 1 0.821 0.36429 0.744 0.256
#> GSM11509 1 0.775 0.41507 0.772 0.228
#> GSM11510 1 0.952 -0.06191 0.628 0.372
#> GSM11511 1 0.827 0.43043 0.740 0.260
#> GSM11512 1 0.978 0.28750 0.588 0.412
#> GSM11513 1 0.827 0.36572 0.740 0.260
#> GSM11514 1 0.985 -0.24484 0.572 0.428
#> GSM11515 1 0.946 0.17378 0.636 0.364
#> GSM11516 1 0.781 0.45500 0.768 0.232
#> GSM11517 1 0.689 0.46201 0.816 0.184
#> GSM11518 1 0.932 0.32632 0.652 0.348
#> GSM11519 1 0.753 0.45744 0.784 0.216
#> GSM11520 1 0.745 0.46195 0.788 0.212
#> GSM11521 2 0.952 0.70302 0.372 0.628
#> GSM11522 1 0.615 0.46305 0.848 0.152
#> GSM11523 1 0.795 0.41492 0.760 0.240
#> GSM11524 1 0.563 0.44878 0.868 0.132
#> GSM11525 1 0.997 -0.44893 0.532 0.468
#> GSM11526 1 0.978 0.29055 0.588 0.412
#> GSM11527 1 0.993 -0.41915 0.548 0.452
#> GSM11528 1 0.971 -0.18333 0.600 0.400
#> GSM11529 1 0.952 -0.00152 0.628 0.372
#> GSM11530 1 0.563 0.43748 0.868 0.132
#> GSM11531 1 0.961 -0.17124 0.616 0.384
#> GSM11532 1 0.584 0.45328 0.860 0.140
#> GSM11533 1 0.925 0.23176 0.660 0.340
#> GSM11534 1 0.833 0.44948 0.736 0.264
#> GSM11535 1 0.936 0.32498 0.648 0.352
#> GSM11536 1 0.985 -0.25897 0.572 0.428
#> GSM11537 1 0.981 -0.25191 0.580 0.420
#> GSM11538 1 0.969 0.20462 0.604 0.396
#> GSM11539 1 0.949 0.07752 0.632 0.368
#> GSM11540 1 1.000 -0.56517 0.508 0.492
#> GSM11541 1 0.973 0.29171 0.596 0.404
#> GSM11542 1 0.971 -0.18333 0.600 0.400
#> GSM11543 1 1.000 -0.20036 0.500 0.500
#> GSM11544 1 0.802 0.45134 0.756 0.244
#> GSM11545 1 0.833 0.42174 0.736 0.264
#> GSM11546 1 0.949 0.21947 0.632 0.368
#> GSM11547 1 0.895 0.36221 0.688 0.312
#> GSM11548 1 0.767 0.41750 0.776 0.224
#> GSM11549 1 0.839 0.45160 0.732 0.268
#> GSM11550 1 0.850 0.42483 0.724 0.276
#> GSM11551 1 0.895 0.40907 0.688 0.312
#> GSM11552 1 0.697 0.44457 0.812 0.188
#> GSM11553 1 0.946 -0.06353 0.636 0.364
#> GSM11554 1 0.949 -0.07869 0.632 0.368
#> GSM11555 1 0.966 -0.09027 0.608 0.392
#> GSM11556 1 0.966 -0.09027 0.608 0.392
#> GSM11557 1 0.952 -0.14697 0.628 0.372
#> GSM11558 2 0.963 0.71114 0.388 0.612
#> GSM11559 1 0.891 0.17450 0.692 0.308
#> GSM11560 1 0.833 0.43671 0.736 0.264
#> GSM11561 2 0.958 0.71394 0.380 0.620
#> GSM11562 1 0.981 -0.32256 0.580 0.420
#> GSM11563 1 0.775 0.43495 0.772 0.228
#> GSM11564 1 0.973 -0.14375 0.596 0.404
#> GSM11565 1 0.921 0.41495 0.664 0.336
#> GSM11566 2 0.996 0.63597 0.464 0.536
#> GSM11567 1 0.993 -0.42429 0.548 0.452
#> GSM11568 1 0.827 0.43270 0.740 0.260
#> GSM11569 1 0.978 -0.24629 0.588 0.412
#> GSM11570 1 0.697 0.44457 0.812 0.188
#> GSM11571 1 0.833 0.45081 0.736 0.264
#> GSM11572 1 0.855 0.27495 0.720 0.280
#> GSM11573 1 0.839 0.42547 0.732 0.268
#> GSM11574 1 0.961 -0.09332 0.616 0.384
#> GSM11575 1 0.955 0.07465 0.624 0.376
#> GSM11576 1 0.833 0.42030 0.736 0.264
#> GSM11577 1 0.814 0.45287 0.748 0.252
#> GSM11578 1 0.966 -0.05680 0.608 0.392
#> GSM11579 2 0.997 0.61912 0.468 0.532
#> GSM11580 1 0.839 0.45025 0.732 0.268
#> GSM11581 1 0.605 0.44385 0.852 0.148
#> GSM11582 1 0.971 0.29836 0.600 0.400
#> GSM11583 1 0.891 0.38868 0.692 0.308
#> GSM11584 2 0.999 0.60492 0.480 0.520
#> GSM11585 1 0.966 -0.15249 0.608 0.392
#> GSM11586 1 0.781 0.42415 0.768 0.232
#> GSM11587 1 0.795 0.41492 0.760 0.240
#> GSM11588 1 0.827 0.45367 0.740 0.260
#> GSM11589 1 0.921 0.36004 0.664 0.336
#> GSM11590 1 0.775 0.43015 0.772 0.228
#> GSM11591 1 0.969 -0.16102 0.604 0.396
#> GSM11592 1 0.802 0.43868 0.756 0.244
#> GSM11593 1 0.760 0.43362 0.780 0.220
#> GSM11594 1 0.760 0.45753 0.780 0.220
#> GSM11595 1 0.814 0.34108 0.748 0.252
#> GSM11596 1 0.929 0.29276 0.656 0.344
#> GSM11597 1 0.827 0.34957 0.740 0.260
#> GSM11598 1 0.767 0.45861 0.776 0.224
#> GSM11599 1 0.760 0.39901 0.780 0.220
#> GSM11600 1 0.958 -0.06175 0.620 0.380
#> GSM11601 1 0.850 0.31896 0.724 0.276
#> GSM11602 1 0.814 0.40980 0.748 0.252
#> GSM11603 1 0.821 0.40949 0.744 0.256
#> GSM11604 1 0.552 0.45055 0.872 0.128
#> GSM11605 1 0.913 0.36498 0.672 0.328
#> GSM11606 1 0.955 -0.04992 0.624 0.376
#> GSM11607 1 0.767 0.45861 0.776 0.224
#> GSM11608 1 0.671 0.44580 0.824 0.176
#> GSM11609 2 0.992 0.64969 0.448 0.552
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.951 0.23666 0.492 0.260 0.248
#> GSM11438 2 0.839 0.31386 0.148 0.616 0.236
#> GSM11439 2 0.970 0.07238 0.336 0.436 0.228
#> GSM11440 2 0.923 -0.19052 0.420 0.428 0.152
#> GSM11441 1 0.976 0.05122 0.444 0.288 0.268
#> GSM11442 2 0.982 0.12219 0.328 0.416 0.256
#> GSM11443 2 0.415 0.44660 0.044 0.876 0.080
#> GSM11444 1 0.946 0.22524 0.444 0.372 0.184
#> GSM11445 1 0.934 0.19035 0.420 0.416 0.164
#> GSM11446 1 0.987 0.09928 0.400 0.336 0.264
#> GSM11447 2 0.964 0.10470 0.344 0.440 0.216
#> GSM11448 2 0.896 0.07230 0.360 0.504 0.136
#> GSM11449 2 0.874 -0.10049 0.392 0.496 0.112
#> GSM11450 1 0.892 0.40446 0.524 0.336 0.140
#> GSM11451 2 0.497 0.47687 0.100 0.840 0.060
#> GSM11452 2 0.631 0.36478 0.200 0.748 0.052
#> GSM11453 1 0.690 0.42230 0.612 0.364 0.024
#> GSM11454 1 0.964 0.19082 0.432 0.356 0.212
#> GSM11455 2 0.938 0.27976 0.228 0.512 0.260
#> GSM11456 2 0.798 0.29565 0.248 0.640 0.112
#> GSM11457 2 0.517 0.43331 0.048 0.824 0.128
#> GSM11458 1 0.929 0.32967 0.464 0.372 0.164
#> GSM11459 1 0.967 0.20836 0.436 0.344 0.220
#> GSM11460 1 0.935 0.25371 0.516 0.232 0.252
#> GSM11461 1 0.909 0.30285 0.460 0.400 0.140
#> GSM11462 1 0.930 0.28948 0.436 0.404 0.160
#> GSM11463 2 0.412 0.46631 0.084 0.876 0.040
#> GSM11464 1 0.804 0.44581 0.648 0.216 0.136
#> GSM11465 2 0.803 0.30022 0.240 0.640 0.120
#> GSM11466 2 0.899 0.14542 0.340 0.516 0.144
#> GSM11467 1 0.934 0.25804 0.516 0.264 0.220
#> GSM11468 1 0.949 0.21139 0.412 0.404 0.184
#> GSM11469 1 0.949 0.21139 0.412 0.404 0.184
#> GSM11470 1 0.644 0.47360 0.748 0.188 0.064
#> GSM11471 2 0.852 0.18596 0.280 0.588 0.132
#> GSM11472 1 0.962 0.14778 0.416 0.380 0.204
#> GSM11473 2 0.940 0.01092 0.216 0.504 0.280
#> GSM11474 2 0.437 0.43544 0.040 0.864 0.096
#> GSM11475 2 0.921 -0.15671 0.392 0.456 0.152
#> GSM11476 2 0.921 0.19996 0.184 0.520 0.296
#> GSM11477 2 0.336 0.47503 0.056 0.908 0.036
#> GSM11478 2 0.475 0.40749 0.040 0.844 0.116
#> GSM11479 2 0.807 0.40090 0.160 0.652 0.188
#> GSM11480 2 0.527 0.39387 0.044 0.816 0.140
#> GSM11481 2 0.970 0.19911 0.256 0.456 0.288
#> GSM11482 2 0.840 0.37892 0.196 0.624 0.180
#> GSM11483 2 0.853 -0.26357 0.108 0.548 0.344
#> GSM11484 2 0.979 0.18278 0.256 0.428 0.316
#> GSM11485 2 0.871 -0.10809 0.108 0.484 0.408
#> GSM11486 2 0.784 0.16046 0.128 0.664 0.208
#> GSM11487 1 0.708 0.42955 0.592 0.380 0.028
#> GSM11488 2 0.971 0.20145 0.244 0.448 0.308
#> GSM11489 2 0.835 0.44921 0.176 0.628 0.196
#> GSM11490 2 0.966 0.06330 0.340 0.440 0.220
#> GSM11491 1 0.695 0.45762 0.636 0.332 0.032
#> GSM11492 2 0.983 0.19744 0.268 0.424 0.308
#> GSM11493 2 0.949 0.20473 0.228 0.492 0.280
#> GSM11494 2 0.983 0.14673 0.304 0.424 0.272
#> GSM11495 2 0.961 0.17951 0.244 0.472 0.284
#> GSM11496 2 0.947 0.14348 0.272 0.496 0.232
#> GSM11497 1 0.853 0.37661 0.524 0.376 0.100
#> GSM11498 2 0.761 0.43078 0.216 0.676 0.108
#> GSM11499 2 0.849 0.13648 0.128 0.588 0.284
#> GSM11500 2 0.914 0.07925 0.196 0.540 0.264
#> GSM11501 2 0.875 -0.01666 0.112 0.492 0.396
#> GSM11502 2 0.389 0.47736 0.064 0.888 0.048
#> GSM11503 2 0.775 0.23798 0.092 0.648 0.260
#> GSM11504 1 0.935 0.24853 0.516 0.228 0.256
#> GSM11505 2 0.456 0.42444 0.044 0.856 0.100
#> GSM11506 2 0.796 -0.22439 0.060 0.516 0.424
#> GSM11507 2 0.767 0.00488 0.060 0.600 0.340
#> GSM11508 1 0.975 0.18713 0.416 0.352 0.232
#> GSM11509 1 0.973 0.19127 0.400 0.376 0.224
#> GSM11510 2 0.784 0.42769 0.220 0.660 0.120
#> GSM11511 1 0.787 0.46446 0.652 0.236 0.112
#> GSM11512 1 0.944 0.25222 0.504 0.252 0.244
#> GSM11513 1 0.959 0.19050 0.436 0.360 0.204
#> GSM11514 2 0.945 0.27964 0.220 0.496 0.284
#> GSM11515 2 0.937 0.15040 0.308 0.496 0.196
#> GSM11516 1 0.747 0.44750 0.612 0.336 0.052
#> GSM11517 1 0.903 0.37676 0.536 0.300 0.164
#> GSM11518 1 0.987 -0.09540 0.392 0.348 0.260
#> GSM11519 1 0.708 0.45090 0.628 0.336 0.036
#> GSM11520 1 0.751 0.48360 0.644 0.288 0.068
#> GSM11521 2 0.881 -0.02239 0.116 0.484 0.400
#> GSM11522 1 0.887 0.28424 0.496 0.380 0.124
#> GSM11523 1 0.663 0.46661 0.728 0.212 0.060
#> GSM11524 1 0.914 0.26043 0.448 0.408 0.144
#> GSM11525 2 0.487 0.44448 0.056 0.844 0.100
#> GSM11526 1 0.936 0.25666 0.516 0.240 0.244
#> GSM11527 2 0.477 0.45452 0.052 0.848 0.100
#> GSM11528 2 0.791 0.42720 0.220 0.656 0.124
#> GSM11529 2 0.589 0.42946 0.168 0.780 0.052
#> GSM11530 2 0.933 -0.18696 0.400 0.436 0.164
#> GSM11531 2 0.401 0.46728 0.084 0.880 0.036
#> GSM11532 1 0.894 0.20154 0.448 0.428 0.124
#> GSM11533 2 0.684 0.23727 0.284 0.676 0.040
#> GSM11534 1 0.842 0.46029 0.584 0.300 0.116
#> GSM11535 2 0.780 0.15610 0.320 0.608 0.072
#> GSM11536 2 0.930 0.30348 0.232 0.524 0.244
#> GSM11537 2 0.386 0.47742 0.072 0.888 0.040
#> GSM11538 2 0.960 -0.05338 0.388 0.412 0.200
#> GSM11539 2 0.678 0.38017 0.188 0.732 0.080
#> GSM11540 2 0.611 0.42666 0.080 0.780 0.140
#> GSM11541 1 0.943 0.24751 0.504 0.264 0.232
#> GSM11542 2 0.791 0.42720 0.220 0.656 0.124
#> GSM11543 3 0.953 0.00000 0.216 0.308 0.476
#> GSM11544 1 0.739 0.39359 0.580 0.380 0.040
#> GSM11545 2 0.792 -0.23661 0.468 0.476 0.056
#> GSM11546 2 0.846 0.19070 0.296 0.584 0.120
#> GSM11547 2 0.889 -0.01756 0.352 0.516 0.132
#> GSM11548 1 0.965 0.20336 0.404 0.388 0.208
#> GSM11549 1 0.869 0.40102 0.516 0.372 0.112
#> GSM11550 2 0.922 -0.20669 0.400 0.448 0.152
#> GSM11551 1 0.949 0.18048 0.424 0.392 0.184
#> GSM11552 1 0.937 0.27600 0.424 0.408 0.168
#> GSM11553 2 0.567 0.45164 0.140 0.800 0.060
#> GSM11554 2 0.544 0.46012 0.132 0.812 0.056
#> GSM11555 2 0.971 0.20516 0.256 0.452 0.292
#> GSM11556 2 0.971 0.20516 0.256 0.452 0.292
#> GSM11557 2 0.429 0.46432 0.092 0.868 0.040
#> GSM11558 2 0.764 0.08821 0.068 0.624 0.308
#> GSM11559 2 0.703 0.37539 0.196 0.716 0.088
#> GSM11560 1 0.866 0.39840 0.536 0.348 0.116
#> GSM11561 2 0.761 0.07697 0.064 0.620 0.316
#> GSM11562 2 0.509 0.49243 0.076 0.836 0.088
#> GSM11563 2 0.846 -0.10178 0.396 0.512 0.092
#> GSM11564 2 0.834 0.40236 0.204 0.628 0.168
#> GSM11565 1 0.922 0.17818 0.532 0.260 0.208
#> GSM11566 2 0.656 0.38039 0.100 0.756 0.144
#> GSM11567 2 0.946 0.20704 0.224 0.496 0.280
#> GSM11568 1 0.735 0.45905 0.664 0.268 0.068
#> GSM11569 2 0.383 0.47672 0.076 0.888 0.036
#> GSM11570 1 0.937 0.27600 0.424 0.408 0.168
#> GSM11571 1 0.747 0.32701 0.516 0.448 0.036
#> GSM11572 2 0.829 0.22825 0.280 0.604 0.116
#> GSM11573 2 0.792 -0.24753 0.468 0.476 0.056
#> GSM11574 2 0.468 0.45444 0.112 0.848 0.040
#> GSM11575 2 0.719 0.35203 0.232 0.692 0.076
#> GSM11576 1 0.808 0.45155 0.608 0.296 0.096
#> GSM11577 1 0.731 0.40462 0.580 0.384 0.036
#> GSM11578 2 0.496 0.44497 0.128 0.832 0.040
#> GSM11579 2 0.666 0.38293 0.096 0.748 0.156
#> GSM11580 1 0.757 0.33089 0.508 0.452 0.040
#> GSM11581 1 0.930 0.22712 0.424 0.416 0.160
#> GSM11582 1 0.945 0.24532 0.500 0.268 0.232
#> GSM11583 2 0.918 -0.16659 0.408 0.444 0.148
#> GSM11584 2 0.923 0.20161 0.188 0.520 0.292
#> GSM11585 2 0.426 0.44956 0.096 0.868 0.036
#> GSM11586 1 0.701 0.47553 0.712 0.208 0.080
#> GSM11587 1 0.672 0.46431 0.724 0.212 0.064
#> GSM11588 1 0.776 0.38638 0.564 0.380 0.056
#> GSM11589 2 0.840 -0.08585 0.400 0.512 0.088
#> GSM11590 1 0.639 0.47809 0.736 0.216 0.048
#> GSM11591 2 0.448 0.45273 0.096 0.860 0.044
#> GSM11592 1 0.756 0.47512 0.676 0.224 0.100
#> GSM11593 1 0.663 0.47728 0.724 0.220 0.056
#> GSM11594 1 0.695 0.45756 0.636 0.332 0.032
#> GSM11595 2 0.820 0.24706 0.268 0.616 0.116
#> GSM11596 2 0.840 0.17134 0.328 0.568 0.104
#> GSM11597 2 0.849 0.18119 0.284 0.588 0.128
#> GSM11598 1 0.710 0.42639 0.608 0.360 0.032
#> GSM11599 1 0.971 0.20372 0.408 0.372 0.220
#> GSM11600 2 0.970 0.19911 0.256 0.456 0.288
#> GSM11601 2 0.820 0.24379 0.268 0.616 0.116
#> GSM11602 1 0.730 0.47166 0.676 0.252 0.072
#> GSM11603 1 0.694 0.46723 0.708 0.224 0.068
#> GSM11604 1 0.918 0.26512 0.448 0.404 0.148
#> GSM11605 2 0.884 -0.16497 0.432 0.452 0.116
#> GSM11606 2 0.582 0.44434 0.144 0.792 0.064
#> GSM11607 1 0.710 0.42639 0.608 0.360 0.032
#> GSM11608 1 0.933 0.28371 0.432 0.404 0.164
#> GSM11609 2 0.918 0.06079 0.160 0.496 0.344
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.853 0.26854 0.200 0.164 0.536 0.100
#> GSM11438 2 0.755 0.24550 0.028 0.552 0.296 0.124
#> GSM11439 2 0.935 -0.08673 0.184 0.360 0.340 0.116
#> GSM11440 3 0.783 0.30992 0.220 0.348 0.428 0.004
#> GSM11441 3 0.977 0.12642 0.236 0.200 0.360 0.204
#> GSM11442 3 0.911 0.13771 0.164 0.324 0.408 0.104
#> GSM11443 2 0.426 0.47978 0.028 0.844 0.080 0.048
#> GSM11444 3 0.809 0.34527 0.248 0.300 0.440 0.012
#> GSM11445 3 0.794 0.31680 0.220 0.340 0.432 0.008
#> GSM11446 3 0.898 0.28754 0.228 0.260 0.436 0.076
#> GSM11447 2 0.923 -0.09582 0.196 0.356 0.352 0.096
#> GSM11448 2 0.903 0.07737 0.332 0.416 0.136 0.116
#> GSM11449 2 0.861 -0.06072 0.228 0.440 0.288 0.044
#> GSM11450 1 0.825 0.47307 0.524 0.276 0.132 0.068
#> GSM11451 2 0.474 0.47836 0.092 0.816 0.068 0.024
#> GSM11452 2 0.481 0.42495 0.208 0.760 0.020 0.012
#> GSM11453 1 0.761 0.54217 0.532 0.304 0.144 0.020
#> GSM11454 3 0.884 0.33556 0.220 0.260 0.452 0.068
#> GSM11455 2 0.861 0.06030 0.064 0.424 0.360 0.152
#> GSM11456 2 0.802 0.29906 0.144 0.584 0.192 0.080
#> GSM11457 2 0.545 0.46472 0.032 0.772 0.068 0.128
#> GSM11458 3 0.908 -0.01279 0.304 0.312 0.324 0.060
#> GSM11459 3 0.866 0.34194 0.224 0.268 0.456 0.052
#> GSM11460 3 0.829 0.25672 0.216 0.132 0.556 0.096
#> GSM11461 2 0.938 -0.14381 0.280 0.344 0.284 0.092
#> GSM11462 3 0.854 0.25530 0.240 0.324 0.404 0.032
#> GSM11463 2 0.324 0.47628 0.064 0.888 0.040 0.008
#> GSM11464 1 0.766 0.39213 0.572 0.128 0.260 0.040
#> GSM11465 2 0.809 0.29067 0.148 0.576 0.196 0.080
#> GSM11466 2 0.891 -0.09607 0.148 0.408 0.352 0.092
#> GSM11467 3 0.860 0.21231 0.264 0.172 0.492 0.072
#> GSM11468 3 0.811 0.32787 0.216 0.328 0.440 0.016
#> GSM11469 3 0.811 0.32787 0.216 0.328 0.440 0.016
#> GSM11470 1 0.469 0.64897 0.804 0.132 0.052 0.012
#> GSM11471 2 0.837 0.21629 0.204 0.544 0.172 0.080
#> GSM11472 3 0.960 0.10671 0.264 0.272 0.340 0.124
#> GSM11473 2 0.936 0.16700 0.160 0.440 0.192 0.208
#> GSM11474 2 0.406 0.48406 0.028 0.856 0.052 0.064
#> GSM11475 3 0.790 0.29577 0.204 0.364 0.424 0.008
#> GSM11476 2 0.844 0.00254 0.028 0.388 0.360 0.224
#> GSM11477 2 0.302 0.48334 0.044 0.904 0.028 0.024
#> GSM11478 2 0.495 0.46266 0.024 0.804 0.092 0.080
#> GSM11479 2 0.777 0.28959 0.064 0.572 0.264 0.100
#> GSM11480 2 0.497 0.42960 0.008 0.788 0.120 0.084
#> GSM11481 3 0.706 0.30947 0.068 0.328 0.572 0.032
#> GSM11482 2 0.816 0.13959 0.056 0.508 0.308 0.128
#> GSM11483 2 0.868 -0.14483 0.056 0.440 0.192 0.312
#> GSM11484 3 0.665 0.30592 0.036 0.296 0.620 0.048
#> GSM11485 3 0.832 -0.03985 0.016 0.356 0.364 0.264
#> GSM11486 2 0.779 0.30574 0.076 0.608 0.172 0.144
#> GSM11487 1 0.762 0.54306 0.524 0.304 0.156 0.016
#> GSM11488 3 0.665 0.28055 0.028 0.316 0.604 0.052
#> GSM11489 2 0.802 0.27986 0.076 0.568 0.236 0.120
#> GSM11490 2 0.924 -0.09151 0.200 0.364 0.340 0.096
#> GSM11491 1 0.710 0.61415 0.600 0.256 0.128 0.016
#> GSM11492 3 0.705 0.31807 0.056 0.300 0.596 0.048
#> GSM11493 3 0.887 0.03644 0.056 0.348 0.376 0.220
#> GSM11494 3 0.906 0.17286 0.136 0.296 0.440 0.128
#> GSM11495 3 0.922 0.04168 0.116 0.352 0.372 0.160
#> GSM11496 2 0.950 0.10366 0.184 0.412 0.236 0.168
#> GSM11497 1 0.748 0.48901 0.524 0.356 0.080 0.040
#> GSM11498 2 0.740 0.36908 0.132 0.640 0.164 0.064
#> GSM11499 2 0.806 0.18440 0.016 0.468 0.284 0.232
#> GSM11500 2 0.872 0.10521 0.096 0.452 0.328 0.124
#> GSM11501 3 0.793 -0.03551 0.004 0.364 0.392 0.240
#> GSM11502 2 0.366 0.48413 0.056 0.876 0.036 0.032
#> GSM11503 2 0.767 0.33999 0.036 0.580 0.160 0.224
#> GSM11504 3 0.827 0.26038 0.212 0.128 0.560 0.100
#> GSM11505 2 0.498 0.46998 0.028 0.804 0.092 0.076
#> GSM11506 2 0.830 -0.21685 0.020 0.392 0.228 0.360
#> GSM11507 2 0.768 0.11293 0.008 0.504 0.200 0.288
#> GSM11508 3 0.835 0.36357 0.200 0.260 0.496 0.044
#> GSM11509 3 0.930 0.21722 0.292 0.312 0.316 0.080
#> GSM11510 2 0.757 0.36411 0.140 0.628 0.160 0.072
#> GSM11511 1 0.619 0.62268 0.720 0.168 0.052 0.060
#> GSM11512 3 0.852 0.26454 0.224 0.156 0.528 0.092
#> GSM11513 3 0.873 0.33938 0.212 0.272 0.456 0.060
#> GSM11514 3 0.686 0.20989 0.020 0.392 0.528 0.060
#> GSM11515 2 0.878 -0.09723 0.140 0.412 0.364 0.084
#> GSM11516 1 0.540 0.62732 0.668 0.304 0.020 0.008
#> GSM11517 3 0.860 0.11949 0.368 0.228 0.368 0.036
#> GSM11518 3 0.991 0.00221 0.208 0.236 0.316 0.240
#> GSM11519 1 0.717 0.59626 0.588 0.268 0.128 0.016
#> GSM11520 1 0.626 0.64730 0.660 0.236 0.100 0.004
#> GSM11521 3 0.781 -0.00907 0.000 0.356 0.392 0.252
#> GSM11522 1 0.838 -0.18749 0.352 0.304 0.328 0.016
#> GSM11523 1 0.436 0.65191 0.808 0.156 0.024 0.012
#> GSM11524 3 0.854 0.30034 0.264 0.324 0.384 0.028
#> GSM11525 2 0.514 0.47102 0.040 0.796 0.108 0.056
#> GSM11526 3 0.838 0.25958 0.224 0.140 0.544 0.092
#> GSM11527 2 0.515 0.47261 0.032 0.796 0.080 0.092
#> GSM11528 2 0.791 0.33536 0.124 0.600 0.184 0.092
#> GSM11529 2 0.562 0.46190 0.164 0.748 0.064 0.024
#> GSM11530 3 0.765 0.30768 0.216 0.348 0.436 0.000
#> GSM11531 2 0.305 0.47618 0.064 0.896 0.032 0.008
#> GSM11532 2 0.842 -0.25745 0.272 0.364 0.344 0.020
#> GSM11533 2 0.573 0.28956 0.288 0.668 0.028 0.016
#> GSM11534 1 0.735 0.59607 0.612 0.240 0.100 0.048
#> GSM11535 2 0.662 0.20033 0.328 0.592 0.064 0.016
#> GSM11536 3 0.742 0.20784 0.044 0.396 0.496 0.064
#> GSM11537 2 0.305 0.47861 0.048 0.900 0.040 0.012
#> GSM11538 3 0.915 0.18062 0.200 0.324 0.388 0.088
#> GSM11539 2 0.609 0.42879 0.136 0.724 0.116 0.024
#> GSM11540 2 0.582 0.41291 0.024 0.732 0.176 0.068
#> GSM11541 3 0.860 0.25329 0.228 0.168 0.516 0.088
#> GSM11542 2 0.791 0.33536 0.124 0.600 0.184 0.092
#> GSM11543 4 0.829 0.00000 0.128 0.168 0.132 0.572
#> GSM11544 1 0.784 0.50056 0.508 0.312 0.156 0.024
#> GSM11545 2 0.814 -0.29143 0.392 0.416 0.164 0.028
#> GSM11546 2 0.846 0.24755 0.216 0.528 0.180 0.076
#> GSM11547 2 0.885 0.15434 0.224 0.472 0.224 0.080
#> GSM11548 3 0.899 0.26150 0.244 0.332 0.364 0.060
#> GSM11549 1 0.834 0.44554 0.484 0.320 0.136 0.060
#> GSM11550 2 0.922 -0.16779 0.340 0.376 0.180 0.104
#> GSM11551 2 0.956 -0.16384 0.288 0.320 0.280 0.112
#> GSM11552 3 0.852 0.25616 0.232 0.328 0.408 0.032
#> GSM11553 2 0.524 0.45756 0.100 0.792 0.068 0.040
#> GSM11554 2 0.524 0.46242 0.100 0.792 0.068 0.040
#> GSM11555 3 0.704 0.31091 0.068 0.324 0.576 0.032
#> GSM11556 3 0.704 0.31091 0.068 0.324 0.576 0.032
#> GSM11557 2 0.341 0.47452 0.064 0.880 0.048 0.008
#> GSM11558 2 0.753 0.23750 0.012 0.548 0.188 0.252
#> GSM11559 2 0.692 0.38856 0.160 0.676 0.108 0.056
#> GSM11560 1 0.906 0.34095 0.412 0.284 0.228 0.076
#> GSM11561 2 0.761 0.21953 0.012 0.532 0.184 0.272
#> GSM11562 2 0.407 0.47662 0.036 0.844 0.104 0.016
#> GSM11563 2 0.823 -0.06737 0.352 0.472 0.116 0.060
#> GSM11564 2 0.806 0.23603 0.124 0.528 0.292 0.056
#> GSM11565 1 0.822 0.23583 0.564 0.168 0.080 0.188
#> GSM11566 2 0.627 0.38882 0.028 0.704 0.180 0.088
#> GSM11567 3 0.887 0.03135 0.056 0.352 0.372 0.220
#> GSM11568 1 0.507 0.65646 0.748 0.212 0.020 0.020
#> GSM11569 2 0.309 0.47797 0.052 0.896 0.044 0.008
#> GSM11570 3 0.852 0.25616 0.232 0.328 0.408 0.032
#> GSM11571 1 0.723 0.40756 0.496 0.408 0.060 0.036
#> GSM11572 2 0.817 0.25096 0.204 0.564 0.156 0.076
#> GSM11573 2 0.812 -0.30720 0.396 0.416 0.160 0.028
#> GSM11574 2 0.446 0.47234 0.092 0.832 0.048 0.028
#> GSM11575 2 0.695 0.40021 0.208 0.648 0.112 0.032
#> GSM11576 1 0.811 0.50631 0.544 0.248 0.152 0.056
#> GSM11577 1 0.650 0.57238 0.600 0.332 0.040 0.028
#> GSM11578 2 0.470 0.47127 0.108 0.816 0.048 0.028
#> GSM11579 2 0.641 0.37573 0.028 0.684 0.208 0.080
#> GSM11580 1 0.709 0.44078 0.512 0.400 0.052 0.036
#> GSM11581 3 0.898 0.29992 0.240 0.328 0.372 0.060
#> GSM11582 3 0.858 0.26310 0.220 0.172 0.520 0.088
#> GSM11583 2 0.917 0.04510 0.264 0.404 0.248 0.084
#> GSM11584 2 0.846 0.00436 0.028 0.388 0.356 0.228
#> GSM11585 2 0.294 0.47725 0.096 0.888 0.008 0.008
#> GSM11586 1 0.466 0.64726 0.804 0.136 0.048 0.012
#> GSM11587 1 0.413 0.65025 0.816 0.156 0.020 0.008
#> GSM11588 1 0.795 0.47036 0.496 0.320 0.156 0.028
#> GSM11589 2 0.886 -0.09367 0.308 0.440 0.172 0.080
#> GSM11590 1 0.478 0.66543 0.784 0.164 0.044 0.008
#> GSM11591 2 0.313 0.47765 0.092 0.884 0.008 0.016
#> GSM11592 1 0.653 0.61591 0.700 0.168 0.080 0.052
#> GSM11593 1 0.461 0.66519 0.792 0.164 0.036 0.008
#> GSM11594 1 0.715 0.61175 0.596 0.256 0.132 0.016
#> GSM11595 2 0.831 0.25696 0.172 0.552 0.196 0.080
#> GSM11596 2 0.826 0.24065 0.240 0.520 0.192 0.048
#> GSM11597 2 0.846 0.15504 0.152 0.516 0.256 0.076
#> GSM11598 1 0.756 0.54373 0.544 0.292 0.144 0.020
#> GSM11599 3 0.879 0.33478 0.216 0.304 0.424 0.056
#> GSM11600 3 0.706 0.30947 0.068 0.328 0.572 0.032
#> GSM11601 2 0.826 0.19835 0.144 0.540 0.244 0.072
#> GSM11602 1 0.538 0.65582 0.744 0.196 0.040 0.020
#> GSM11603 1 0.455 0.65080 0.796 0.164 0.028 0.012
#> GSM11604 3 0.854 0.29699 0.264 0.320 0.388 0.028
#> GSM11605 2 0.914 -0.12454 0.288 0.360 0.284 0.068
#> GSM11606 2 0.557 0.45301 0.112 0.772 0.072 0.044
#> GSM11607 1 0.756 0.54373 0.544 0.292 0.144 0.020
#> GSM11608 3 0.853 0.27290 0.236 0.324 0.408 0.032
#> GSM11609 2 0.852 0.04432 0.024 0.364 0.316 0.296
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.772 0.67368 0.112 0.108 0.380 0.396 0.004
#> GSM11438 2 0.753 0.15289 0.004 0.500 0.272 0.104 0.120
#> GSM11439 3 0.891 0.18270 0.084 0.264 0.324 0.276 0.052
#> GSM11440 3 0.713 0.35591 0.172 0.272 0.516 0.032 0.008
#> GSM11441 3 0.937 0.02638 0.132 0.128 0.340 0.280 0.120
#> GSM11442 3 0.844 0.21401 0.056 0.264 0.420 0.208 0.052
#> GSM11443 2 0.400 0.49501 0.024 0.836 0.064 0.012 0.064
#> GSM11444 3 0.748 0.36441 0.168 0.232 0.516 0.080 0.004
#> GSM11445 3 0.726 0.36607 0.164 0.256 0.520 0.056 0.004
#> GSM11446 3 0.828 0.26085 0.120 0.160 0.484 0.204 0.032
#> GSM11447 3 0.890 0.18494 0.092 0.252 0.360 0.244 0.052
#> GSM11448 2 0.912 0.12544 0.280 0.376 0.128 0.108 0.108
#> GSM11449 2 0.824 -0.04595 0.180 0.408 0.316 0.060 0.036
#> GSM11450 1 0.824 0.41828 0.488 0.248 0.120 0.088 0.056
#> GSM11451 2 0.473 0.50888 0.076 0.796 0.076 0.020 0.032
#> GSM11452 2 0.470 0.47149 0.184 0.756 0.016 0.020 0.024
#> GSM11453 1 0.728 0.53863 0.520 0.260 0.164 0.048 0.008
#> GSM11454 3 0.807 0.28819 0.136 0.180 0.484 0.188 0.012
#> GSM11455 2 0.831 0.01230 0.020 0.392 0.332 0.124 0.132
#> GSM11456 2 0.771 0.31420 0.116 0.556 0.196 0.096 0.036
#> GSM11457 2 0.510 0.45250 0.024 0.752 0.072 0.012 0.140
#> GSM11458 3 0.876 0.06239 0.192 0.264 0.296 0.240 0.008
#> GSM11459 3 0.797 0.32049 0.164 0.184 0.500 0.140 0.012
#> GSM11460 3 0.765 -0.72809 0.128 0.076 0.400 0.388 0.008
#> GSM11461 2 0.862 -0.09731 0.176 0.324 0.192 0.300 0.008
#> GSM11462 3 0.823 0.24187 0.152 0.260 0.428 0.152 0.008
#> GSM11463 2 0.296 0.52290 0.052 0.892 0.024 0.012 0.020
#> GSM11464 1 0.737 0.21488 0.540 0.084 0.208 0.164 0.004
#> GSM11465 2 0.778 0.29833 0.120 0.544 0.208 0.092 0.036
#> GSM11466 3 0.830 0.19378 0.100 0.332 0.416 0.112 0.040
#> GSM11467 3 0.816 -0.69205 0.184 0.112 0.360 0.340 0.004
#> GSM11468 3 0.739 0.35052 0.172 0.264 0.508 0.044 0.012
#> GSM11469 3 0.739 0.35052 0.172 0.264 0.508 0.044 0.012
#> GSM11470 1 0.404 0.61344 0.828 0.084 0.032 0.052 0.004
#> GSM11471 2 0.807 0.22190 0.180 0.500 0.212 0.056 0.052
#> GSM11472 3 0.966 -0.01616 0.216 0.224 0.288 0.176 0.096
#> GSM11473 2 0.943 -0.00778 0.104 0.360 0.152 0.224 0.160
#> GSM11474 2 0.374 0.50185 0.016 0.848 0.052 0.012 0.072
#> GSM11475 3 0.720 0.34872 0.164 0.288 0.504 0.036 0.008
#> GSM11476 3 0.816 -0.22296 0.008 0.292 0.384 0.084 0.232
#> GSM11477 2 0.265 0.51788 0.032 0.908 0.028 0.008 0.024
#> GSM11478 2 0.462 0.44061 0.008 0.784 0.080 0.016 0.112
#> GSM11479 2 0.792 0.24215 0.040 0.504 0.260 0.076 0.120
#> GSM11480 2 0.515 0.37470 0.000 0.732 0.136 0.024 0.108
#> GSM11481 3 0.625 0.16352 0.032 0.220 0.644 0.088 0.016
#> GSM11482 2 0.776 0.04206 0.020 0.416 0.376 0.068 0.120
#> GSM11483 2 0.835 -0.22864 0.004 0.384 0.148 0.196 0.268
#> GSM11484 3 0.573 0.15006 0.000 0.196 0.672 0.104 0.028
#> GSM11485 5 0.839 0.24930 0.004 0.284 0.288 0.116 0.308
#> GSM11486 2 0.778 0.15804 0.028 0.552 0.128 0.160 0.132
#> GSM11487 1 0.729 0.53555 0.508 0.272 0.168 0.044 0.008
#> GSM11488 3 0.601 0.14504 0.000 0.212 0.644 0.112 0.032
#> GSM11489 2 0.768 0.24049 0.040 0.524 0.252 0.052 0.132
#> GSM11490 3 0.890 0.19476 0.088 0.272 0.324 0.268 0.048
#> GSM11491 1 0.669 0.60527 0.596 0.228 0.128 0.040 0.008
#> GSM11492 3 0.592 0.16403 0.008 0.192 0.672 0.100 0.028
#> GSM11493 3 0.835 -0.12419 0.024 0.256 0.416 0.084 0.220
#> GSM11494 3 0.854 0.19538 0.052 0.220 0.448 0.196 0.084
#> GSM11495 3 0.876 0.06657 0.048 0.268 0.404 0.112 0.168
#> GSM11496 2 0.944 -0.02303 0.096 0.332 0.212 0.236 0.124
#> GSM11497 1 0.717 0.47107 0.532 0.312 0.060 0.064 0.032
#> GSM11498 2 0.698 0.40294 0.096 0.612 0.200 0.028 0.064
#> GSM11499 2 0.796 -0.22149 0.000 0.408 0.232 0.096 0.264
#> GSM11500 2 0.850 -0.02002 0.024 0.396 0.296 0.160 0.124
#> GSM11501 3 0.815 -0.39582 0.000 0.272 0.328 0.100 0.300
#> GSM11502 2 0.394 0.52521 0.056 0.844 0.056 0.020 0.024
#> GSM11503 2 0.726 0.09577 0.024 0.528 0.112 0.044 0.292
#> GSM11504 3 0.758 -0.72007 0.124 0.072 0.408 0.388 0.008
#> GSM11505 2 0.501 0.46274 0.024 0.772 0.092 0.020 0.092
#> GSM11506 5 0.742 0.34705 0.008 0.300 0.108 0.084 0.500
#> GSM11507 2 0.710 -0.29847 0.008 0.420 0.120 0.036 0.416
#> GSM11508 3 0.737 0.31626 0.140 0.164 0.568 0.120 0.008
#> GSM11509 3 0.905 0.31128 0.232 0.212 0.376 0.124 0.056
#> GSM11510 2 0.720 0.39401 0.104 0.596 0.196 0.028 0.076
#> GSM11511 1 0.601 0.58027 0.708 0.124 0.036 0.096 0.036
#> GSM11512 4 0.766 0.68926 0.132 0.100 0.380 0.388 0.000
#> GSM11513 3 0.786 0.31104 0.148 0.180 0.516 0.144 0.012
#> GSM11514 3 0.672 0.15196 0.000 0.300 0.540 0.116 0.044
#> GSM11515 3 0.846 0.20695 0.080 0.336 0.380 0.164 0.040
#> GSM11516 1 0.483 0.59709 0.680 0.284 0.016 0.012 0.008
#> GSM11517 3 0.823 0.24799 0.300 0.136 0.436 0.100 0.028
#> GSM11518 4 0.948 -0.14214 0.092 0.160 0.268 0.316 0.164
#> GSM11519 1 0.677 0.58889 0.580 0.236 0.140 0.036 0.008
#> GSM11520 1 0.618 0.62686 0.648 0.204 0.108 0.032 0.008
#> GSM11521 3 0.802 -0.37724 0.000 0.276 0.344 0.084 0.296
#> GSM11522 3 0.785 0.23912 0.312 0.244 0.392 0.032 0.020
#> GSM11523 1 0.347 0.62363 0.840 0.104 0.004 0.052 0.000
#> GSM11524 3 0.813 0.34419 0.220 0.248 0.440 0.072 0.020
#> GSM11525 2 0.486 0.47383 0.016 0.780 0.096 0.024 0.084
#> GSM11526 3 0.765 -0.73680 0.132 0.084 0.392 0.388 0.004
#> GSM11527 2 0.481 0.47650 0.024 0.780 0.084 0.012 0.100
#> GSM11528 2 0.742 0.36886 0.084 0.576 0.212 0.036 0.092
#> GSM11529 2 0.538 0.50533 0.132 0.748 0.048 0.024 0.048
#> GSM11530 3 0.698 0.34925 0.180 0.288 0.504 0.024 0.004
#> GSM11531 2 0.261 0.52400 0.044 0.908 0.024 0.016 0.008
#> GSM11532 3 0.790 0.29564 0.220 0.292 0.424 0.044 0.020
#> GSM11533 2 0.537 0.35027 0.268 0.668 0.012 0.032 0.020
#> GSM11534 1 0.718 0.57107 0.592 0.208 0.112 0.052 0.036
#> GSM11535 2 0.651 0.26255 0.312 0.576 0.044 0.032 0.036
#> GSM11536 3 0.684 0.17632 0.008 0.300 0.548 0.096 0.048
#> GSM11537 2 0.305 0.52256 0.036 0.884 0.056 0.004 0.020
#> GSM11538 3 0.922 -0.28958 0.116 0.260 0.320 0.240 0.064
#> GSM11539 2 0.610 0.47271 0.104 0.712 0.072 0.076 0.036
#> GSM11540 2 0.577 0.39228 0.012 0.692 0.188 0.032 0.076
#> GSM11541 4 0.782 0.68301 0.148 0.108 0.372 0.372 0.000
#> GSM11542 2 0.742 0.36886 0.084 0.576 0.212 0.036 0.092
#> GSM11543 5 0.807 0.14093 0.088 0.084 0.060 0.284 0.484
#> GSM11544 1 0.749 0.50344 0.488 0.284 0.168 0.048 0.012
#> GSM11545 2 0.777 -0.28589 0.376 0.380 0.184 0.044 0.016
#> GSM11546 2 0.825 0.26135 0.140 0.504 0.132 0.184 0.040
#> GSM11547 2 0.858 0.16045 0.148 0.452 0.144 0.216 0.040
#> GSM11548 3 0.856 0.34018 0.192 0.240 0.420 0.120 0.028
#> GSM11549 1 0.842 0.38396 0.428 0.268 0.128 0.152 0.024
#> GSM11550 2 0.943 -0.12795 0.272 0.308 0.168 0.176 0.076
#> GSM11551 3 0.938 0.15504 0.244 0.260 0.280 0.156 0.060
#> GSM11552 3 0.821 0.22628 0.140 0.264 0.428 0.160 0.008
#> GSM11553 2 0.513 0.50142 0.092 0.768 0.088 0.028 0.024
#> GSM11554 2 0.499 0.50760 0.092 0.776 0.084 0.024 0.024
#> GSM11555 3 0.623 0.16319 0.032 0.216 0.648 0.088 0.016
#> GSM11556 3 0.623 0.16319 0.032 0.216 0.648 0.088 0.016
#> GSM11557 2 0.313 0.52203 0.052 0.884 0.032 0.012 0.020
#> GSM11558 2 0.705 -0.15897 0.008 0.472 0.128 0.032 0.360
#> GSM11559 2 0.676 0.41902 0.140 0.640 0.144 0.040 0.036
#> GSM11560 1 0.876 0.19756 0.312 0.252 0.164 0.260 0.012
#> GSM11561 2 0.704 -0.17813 0.008 0.460 0.124 0.032 0.376
#> GSM11562 2 0.399 0.52087 0.016 0.832 0.096 0.020 0.036
#> GSM11563 2 0.788 0.03084 0.336 0.440 0.140 0.048 0.036
#> GSM11564 2 0.813 0.24182 0.092 0.464 0.304 0.080 0.060
#> GSM11565 1 0.805 0.33597 0.544 0.132 0.056 0.152 0.116
#> GSM11566 2 0.636 0.33398 0.020 0.652 0.192 0.036 0.100
#> GSM11567 3 0.836 -0.12931 0.024 0.260 0.412 0.084 0.220
#> GSM11568 1 0.469 0.64049 0.756 0.184 0.012 0.028 0.020
#> GSM11569 2 0.293 0.52218 0.040 0.888 0.056 0.004 0.012
#> GSM11570 3 0.821 0.22628 0.140 0.264 0.428 0.160 0.008
#> GSM11571 1 0.704 0.34101 0.472 0.392 0.068 0.040 0.028
#> GSM11572 2 0.808 0.27375 0.168 0.520 0.184 0.052 0.076
#> GSM11573 2 0.773 -0.29800 0.380 0.384 0.176 0.044 0.016
#> GSM11574 2 0.434 0.51830 0.088 0.816 0.056 0.020 0.020
#> GSM11575 2 0.683 0.44669 0.184 0.624 0.116 0.052 0.024
#> GSM11576 1 0.770 0.43218 0.488 0.228 0.088 0.192 0.004
#> GSM11577 1 0.588 0.55133 0.620 0.300 0.032 0.028 0.020
#> GSM11578 2 0.455 0.51652 0.104 0.800 0.056 0.020 0.020
#> GSM11579 2 0.666 0.32454 0.020 0.624 0.212 0.048 0.096
#> GSM11580 1 0.668 0.39568 0.508 0.380 0.048 0.040 0.024
#> GSM11581 3 0.848 0.35180 0.188 0.264 0.428 0.072 0.048
#> GSM11582 4 0.775 0.68928 0.132 0.112 0.372 0.384 0.000
#> GSM11583 2 0.900 0.06696 0.172 0.380 0.168 0.236 0.044
#> GSM11584 3 0.819 -0.22974 0.008 0.292 0.380 0.088 0.232
#> GSM11585 2 0.259 0.52465 0.076 0.896 0.004 0.004 0.020
#> GSM11586 1 0.363 0.62518 0.848 0.092 0.036 0.008 0.016
#> GSM11587 1 0.316 0.62348 0.852 0.104 0.000 0.044 0.000
#> GSM11588 1 0.749 0.47250 0.480 0.288 0.180 0.036 0.016
#> GSM11589 2 0.875 -0.05099 0.280 0.412 0.148 0.072 0.088
#> GSM11590 1 0.344 0.64519 0.840 0.120 0.028 0.012 0.000
#> GSM11591 2 0.283 0.52353 0.072 0.888 0.008 0.004 0.028
#> GSM11592 1 0.578 0.59145 0.732 0.108 0.072 0.056 0.032
#> GSM11593 1 0.340 0.64764 0.840 0.124 0.024 0.012 0.000
#> GSM11594 1 0.675 0.60414 0.592 0.228 0.128 0.044 0.008
#> GSM11595 2 0.798 0.27349 0.136 0.524 0.208 0.092 0.040
#> GSM11596 2 0.793 0.26948 0.200 0.512 0.184 0.072 0.032
#> GSM11597 2 0.816 0.10140 0.116 0.460 0.280 0.116 0.028
#> GSM11598 1 0.729 0.53702 0.520 0.264 0.156 0.052 0.008
#> GSM11599 3 0.817 0.34938 0.156 0.224 0.476 0.124 0.020
#> GSM11600 3 0.625 0.16352 0.032 0.220 0.644 0.088 0.016
#> GSM11601 2 0.800 0.16503 0.108 0.488 0.264 0.112 0.028
#> GSM11602 1 0.486 0.62998 0.752 0.144 0.012 0.088 0.004
#> GSM11603 1 0.361 0.62211 0.824 0.112 0.000 0.064 0.000
#> GSM11604 3 0.820 0.34291 0.220 0.248 0.436 0.072 0.024
#> GSM11605 2 0.935 -0.12794 0.248 0.320 0.228 0.132 0.072
#> GSM11606 2 0.557 0.49445 0.112 0.736 0.096 0.028 0.028
#> GSM11607 1 0.729 0.53702 0.520 0.264 0.156 0.052 0.008
#> GSM11608 3 0.823 0.25283 0.152 0.260 0.428 0.152 0.008
#> GSM11609 5 0.825 0.24363 0.004 0.276 0.268 0.100 0.352
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.358 0.49995 0.052 0.080 0.032 0.832 0.004 0.000
#> GSM11438 2 0.803 -0.08206 0.004 0.432 0.196 0.140 0.052 0.176
#> GSM11439 3 0.728 0.23206 0.020 0.176 0.568 0.092 0.072 0.072
#> GSM11440 3 0.774 0.35768 0.152 0.220 0.444 0.156 0.008 0.020
#> GSM11441 3 0.855 -0.04074 0.060 0.080 0.436 0.120 0.216 0.088
#> GSM11442 3 0.734 0.26025 0.004 0.188 0.528 0.144 0.056 0.080
#> GSM11443 2 0.400 0.46017 0.016 0.816 0.044 0.024 0.008 0.092
#> GSM11444 3 0.737 0.39873 0.140 0.164 0.524 0.136 0.008 0.028
#> GSM11445 3 0.737 0.38549 0.140 0.200 0.496 0.140 0.004 0.020
#> GSM11446 3 0.656 0.34845 0.048 0.092 0.652 0.116 0.036 0.056
#> GSM11447 3 0.706 0.24424 0.016 0.168 0.584 0.104 0.052 0.076
#> GSM11448 2 0.884 0.09639 0.288 0.340 0.124 0.064 0.128 0.056
#> GSM11449 2 0.835 -0.07065 0.176 0.364 0.264 0.128 0.008 0.060
#> GSM11450 1 0.795 0.40750 0.500 0.204 0.100 0.080 0.080 0.036
#> GSM11451 2 0.458 0.46977 0.076 0.788 0.028 0.056 0.008 0.044
#> GSM11452 2 0.465 0.47350 0.188 0.736 0.020 0.016 0.008 0.032
#> GSM11453 1 0.701 0.53362 0.548 0.208 0.076 0.136 0.016 0.016
#> GSM11454 3 0.706 0.35408 0.084 0.100 0.584 0.172 0.024 0.036
#> GSM11455 2 0.866 -0.19049 0.012 0.324 0.244 0.188 0.064 0.168
#> GSM11456 2 0.782 0.34094 0.124 0.524 0.156 0.100 0.068 0.028
#> GSM11457 2 0.468 0.39048 0.016 0.736 0.044 0.020 0.004 0.180
#> GSM11458 4 0.879 -0.03554 0.168 0.208 0.256 0.288 0.016 0.064
#> GSM11459 3 0.708 0.37667 0.120 0.108 0.580 0.144 0.024 0.024
#> GSM11460 4 0.325 0.49914 0.064 0.048 0.024 0.856 0.000 0.008
#> GSM11461 4 0.886 0.08857 0.152 0.280 0.128 0.328 0.036 0.076
#> GSM11462 3 0.805 0.21022 0.140 0.212 0.348 0.272 0.008 0.020
#> GSM11463 2 0.333 0.49781 0.028 0.860 0.056 0.008 0.008 0.040
#> GSM11464 1 0.527 0.22996 0.532 0.052 0.016 0.396 0.004 0.000
#> GSM11465 2 0.786 0.32617 0.132 0.512 0.172 0.092 0.064 0.028
#> GSM11466 3 0.889 0.17718 0.084 0.292 0.308 0.188 0.048 0.080
#> GSM11467 4 0.463 0.48708 0.128 0.088 0.020 0.752 0.008 0.004
#> GSM11468 3 0.787 0.36304 0.140 0.208 0.444 0.172 0.020 0.016
#> GSM11469 3 0.787 0.36304 0.140 0.208 0.444 0.172 0.020 0.016
#> GSM11470 1 0.300 0.59629 0.860 0.048 0.008 0.080 0.004 0.000
#> GSM11471 2 0.794 0.21060 0.184 0.456 0.220 0.060 0.056 0.024
#> GSM11472 4 0.950 0.06644 0.216 0.184 0.208 0.240 0.068 0.084
#> GSM11473 3 0.877 -0.05339 0.056 0.308 0.308 0.040 0.128 0.160
#> GSM11474 2 0.397 0.46980 0.020 0.820 0.040 0.024 0.008 0.088
#> GSM11475 3 0.758 0.35193 0.144 0.240 0.432 0.168 0.004 0.012
#> GSM11476 6 0.872 0.38808 0.012 0.248 0.172 0.224 0.060 0.284
#> GSM11477 2 0.318 0.48668 0.028 0.868 0.036 0.024 0.000 0.044
#> GSM11478 2 0.506 0.39542 0.008 0.732 0.080 0.028 0.016 0.136
#> GSM11479 2 0.809 0.10523 0.024 0.432 0.256 0.084 0.052 0.152
#> GSM11480 2 0.505 0.29282 0.000 0.716 0.040 0.092 0.008 0.144
#> GSM11481 3 0.822 0.00330 0.044 0.160 0.348 0.344 0.052 0.052
#> GSM11482 2 0.832 -0.22116 0.016 0.388 0.176 0.208 0.036 0.176
#> GSM11483 2 0.817 -0.18097 0.000 0.328 0.248 0.036 0.168 0.220
#> GSM11484 3 0.785 -0.00862 0.012 0.148 0.368 0.352 0.048 0.072
#> GSM11485 6 0.816 0.41726 0.000 0.196 0.180 0.176 0.056 0.392
#> GSM11486 2 0.736 0.10884 0.020 0.496 0.244 0.060 0.024 0.156
#> GSM11487 1 0.716 0.53328 0.528 0.224 0.092 0.124 0.016 0.016
#> GSM11488 4 0.806 -0.04352 0.012 0.160 0.344 0.348 0.056 0.080
#> GSM11489 2 0.822 0.13872 0.044 0.460 0.208 0.084 0.056 0.148
#> GSM11490 3 0.738 0.25769 0.028 0.180 0.560 0.100 0.064 0.068
#> GSM11491 1 0.643 0.58793 0.620 0.180 0.076 0.092 0.016 0.016
#> GSM11492 3 0.785 0.02019 0.024 0.140 0.380 0.352 0.056 0.048
#> GSM11493 4 0.889 -0.34473 0.016 0.232 0.208 0.240 0.064 0.240
#> GSM11494 3 0.772 0.18335 0.012 0.172 0.488 0.180 0.040 0.108
#> GSM11495 3 0.876 -0.00139 0.040 0.196 0.392 0.104 0.084 0.184
#> GSM11496 3 0.817 0.09312 0.044 0.272 0.432 0.056 0.072 0.124
#> GSM11497 1 0.688 0.46250 0.540 0.276 0.064 0.036 0.016 0.068
#> GSM11498 2 0.739 0.32029 0.088 0.564 0.120 0.116 0.012 0.100
#> GSM11499 2 0.846 -0.39943 0.004 0.340 0.120 0.156 0.096 0.284
#> GSM11500 3 0.757 -0.08219 0.000 0.304 0.384 0.120 0.016 0.176
#> GSM11501 6 0.794 0.46049 0.000 0.212 0.116 0.232 0.044 0.396
#> GSM11502 2 0.420 0.49278 0.064 0.812 0.032 0.048 0.004 0.040
#> GSM11503 2 0.573 -0.15387 0.016 0.492 0.020 0.060 0.000 0.412
#> GSM11504 4 0.321 0.49525 0.060 0.044 0.028 0.860 0.000 0.008
#> GSM11505 2 0.467 0.41808 0.020 0.752 0.080 0.020 0.000 0.128
#> GSM11506 6 0.447 0.15348 0.004 0.220 0.004 0.048 0.008 0.716
#> GSM11507 6 0.546 0.42939 0.000 0.364 0.016 0.064 0.008 0.548
#> GSM11508 3 0.641 0.36933 0.088 0.088 0.620 0.176 0.016 0.012
#> GSM11509 3 0.685 0.38088 0.168 0.124 0.580 0.008 0.096 0.024
#> GSM11510 2 0.758 0.29970 0.096 0.544 0.120 0.112 0.012 0.116
#> GSM11511 1 0.591 0.55182 0.708 0.084 0.068 0.040 0.036 0.064
#> GSM11512 4 0.354 0.51088 0.068 0.076 0.028 0.828 0.000 0.000
#> GSM11513 3 0.688 0.37045 0.104 0.104 0.596 0.152 0.024 0.020
#> GSM11514 4 0.840 -0.01180 0.012 0.232 0.288 0.316 0.068 0.084
#> GSM11515 3 0.822 0.26294 0.064 0.256 0.412 0.180 0.052 0.036
#> GSM11516 1 0.443 0.56781 0.696 0.260 0.020 0.008 0.004 0.012
#> GSM11517 3 0.752 0.30064 0.264 0.068 0.480 0.136 0.028 0.024
#> GSM11518 3 0.885 -0.15634 0.032 0.120 0.332 0.144 0.280 0.092
#> GSM11519 1 0.644 0.57333 0.608 0.188 0.060 0.116 0.016 0.012
#> GSM11520 1 0.568 0.61472 0.684 0.152 0.080 0.060 0.020 0.004
#> GSM11521 6 0.794 0.45745 0.000 0.208 0.152 0.220 0.032 0.388
#> GSM11522 3 0.807 0.28271 0.308 0.180 0.356 0.116 0.020 0.020
#> GSM11523 1 0.332 0.60135 0.856 0.060 0.024 0.044 0.000 0.016
#> GSM11524 3 0.790 0.36917 0.192 0.188 0.444 0.136 0.028 0.012
#> GSM11525 2 0.475 0.44138 0.012 0.756 0.088 0.032 0.004 0.108
#> GSM11526 4 0.318 0.50511 0.068 0.056 0.024 0.852 0.000 0.000
#> GSM11527 2 0.434 0.42670 0.016 0.780 0.052 0.020 0.004 0.128
#> GSM11528 2 0.776 0.25535 0.088 0.532 0.124 0.112 0.020 0.124
#> GSM11529 2 0.517 0.48184 0.120 0.736 0.060 0.020 0.008 0.056
#> GSM11530 3 0.750 0.36004 0.164 0.236 0.440 0.144 0.000 0.016
#> GSM11531 2 0.308 0.50321 0.028 0.872 0.056 0.004 0.008 0.032
#> GSM11532 3 0.795 0.33517 0.200 0.252 0.400 0.112 0.020 0.016
#> GSM11533 2 0.519 0.37048 0.264 0.656 0.024 0.012 0.008 0.036
#> GSM11534 1 0.684 0.54929 0.600 0.188 0.080 0.064 0.044 0.024
#> GSM11535 2 0.626 0.29717 0.296 0.568 0.064 0.020 0.016 0.036
#> GSM11536 4 0.839 -0.03799 0.020 0.252 0.272 0.320 0.048 0.088
#> GSM11537 2 0.302 0.49218 0.044 0.876 0.024 0.036 0.000 0.020
#> GSM11538 4 0.737 0.16100 0.088 0.236 0.040 0.520 0.016 0.100
#> GSM11539 2 0.616 0.45439 0.092 0.676 0.072 0.084 0.008 0.068
#> GSM11540 2 0.613 0.29082 0.012 0.656 0.096 0.108 0.012 0.116
#> GSM11541 4 0.392 0.50751 0.084 0.084 0.024 0.804 0.004 0.000
#> GSM11542 2 0.776 0.25535 0.088 0.532 0.124 0.112 0.020 0.124
#> GSM11543 5 0.381 0.00000 0.024 0.056 0.028 0.016 0.840 0.036
#> GSM11544 1 0.745 0.50835 0.504 0.232 0.096 0.124 0.016 0.028
#> GSM11545 1 0.797 0.33330 0.396 0.320 0.092 0.132 0.024 0.036
#> GSM11546 2 0.800 0.24001 0.132 0.460 0.100 0.200 0.004 0.104
#> GSM11547 2 0.863 0.14748 0.124 0.404 0.128 0.212 0.024 0.108
#> GSM11548 3 0.776 0.38092 0.136 0.136 0.540 0.080 0.064 0.044
#> GSM11549 1 0.843 0.37350 0.416 0.212 0.140 0.152 0.048 0.032
#> GSM11550 1 0.934 0.09634 0.260 0.260 0.168 0.156 0.112 0.044
#> GSM11551 3 0.934 0.17370 0.196 0.172 0.328 0.132 0.104 0.068
#> GSM11552 3 0.812 0.19032 0.132 0.220 0.332 0.284 0.012 0.020
#> GSM11553 2 0.528 0.49274 0.100 0.744 0.064 0.036 0.032 0.024
#> GSM11554 2 0.521 0.49586 0.100 0.748 0.064 0.036 0.028 0.024
#> GSM11555 3 0.820 0.00759 0.048 0.156 0.352 0.344 0.052 0.048
#> GSM11556 3 0.820 0.00759 0.048 0.156 0.352 0.344 0.052 0.048
#> GSM11557 2 0.345 0.49874 0.028 0.852 0.064 0.008 0.008 0.040
#> GSM11558 6 0.570 0.35542 0.000 0.428 0.028 0.080 0.000 0.464
#> GSM11559 2 0.669 0.43900 0.148 0.612 0.132 0.056 0.036 0.016
#> GSM11560 4 0.866 -0.16296 0.292 0.220 0.092 0.300 0.024 0.072
#> GSM11561 6 0.563 0.37663 0.000 0.416 0.024 0.080 0.000 0.480
#> GSM11562 2 0.422 0.48847 0.024 0.812 0.064 0.052 0.008 0.040
#> GSM11563 2 0.760 0.05522 0.340 0.408 0.140 0.060 0.036 0.016
#> GSM11564 2 0.865 0.14545 0.080 0.408 0.204 0.160 0.036 0.112
#> GSM11565 1 0.707 0.06793 0.548 0.080 0.060 0.028 0.248 0.036
#> GSM11566 2 0.646 0.19127 0.020 0.616 0.060 0.164 0.012 0.128
#> GSM11567 2 0.892 -0.42647 0.016 0.236 0.208 0.236 0.068 0.236
#> GSM11568 1 0.455 0.61429 0.764 0.152 0.028 0.016 0.020 0.020
#> GSM11569 2 0.299 0.49208 0.048 0.876 0.020 0.040 0.000 0.016
#> GSM11570 3 0.812 0.19032 0.132 0.220 0.332 0.284 0.012 0.020
#> GSM11571 1 0.661 0.32040 0.468 0.376 0.052 0.056 0.000 0.048
#> GSM11572 2 0.812 0.25746 0.176 0.468 0.188 0.068 0.040 0.060
#> GSM11573 1 0.790 0.34002 0.400 0.324 0.084 0.132 0.024 0.036
#> GSM11574 2 0.435 0.49546 0.092 0.800 0.028 0.044 0.016 0.020
#> GSM11575 2 0.689 0.44132 0.172 0.600 0.084 0.080 0.020 0.044
#> GSM11576 1 0.753 0.36359 0.476 0.196 0.048 0.216 0.008 0.056
#> GSM11577 1 0.568 0.54021 0.624 0.268 0.028 0.044 0.004 0.032
#> GSM11578 2 0.458 0.49449 0.104 0.784 0.028 0.044 0.020 0.020
#> GSM11579 2 0.663 0.17247 0.020 0.596 0.064 0.180 0.012 0.128
#> GSM11580 1 0.615 0.37102 0.512 0.364 0.032 0.056 0.000 0.036
#> GSM11581 3 0.823 0.37275 0.168 0.204 0.432 0.132 0.032 0.032
#> GSM11582 4 0.398 0.50468 0.068 0.088 0.028 0.808 0.004 0.004
#> GSM11583 2 0.887 0.02079 0.152 0.336 0.124 0.248 0.020 0.120
#> GSM11584 6 0.875 0.39182 0.012 0.248 0.168 0.224 0.064 0.284
#> GSM11585 2 0.287 0.50032 0.060 0.880 0.032 0.004 0.004 0.020
#> GSM11586 1 0.296 0.60674 0.880 0.052 0.032 0.016 0.016 0.004
#> GSM11587 1 0.310 0.60196 0.868 0.060 0.020 0.036 0.000 0.016
#> GSM11588 1 0.740 0.49113 0.512 0.228 0.076 0.136 0.020 0.028
#> GSM11589 2 0.820 -0.11891 0.284 0.380 0.060 0.152 0.008 0.116
#> GSM11590 1 0.325 0.62323 0.856 0.076 0.024 0.036 0.004 0.004
#> GSM11591 2 0.304 0.49947 0.056 0.872 0.036 0.004 0.004 0.028
#> GSM11592 1 0.501 0.54454 0.748 0.052 0.100 0.020 0.076 0.004
#> GSM11593 1 0.297 0.62605 0.860 0.088 0.020 0.032 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.648 0.58592 0.616 0.180 0.080 0.092 0.016 0.016
#> GSM11595 2 0.810 0.29736 0.140 0.488 0.176 0.088 0.076 0.032
#> GSM11596 2 0.785 0.27155 0.200 0.480 0.148 0.112 0.016 0.044
#> GSM11597 2 0.823 0.07625 0.092 0.416 0.284 0.108 0.068 0.032
#> GSM11598 1 0.713 0.53511 0.536 0.212 0.092 0.128 0.016 0.016
#> GSM11599 3 0.767 0.39454 0.124 0.144 0.524 0.144 0.040 0.024
#> GSM11600 3 0.822 0.00330 0.044 0.160 0.348 0.344 0.052 0.052
#> GSM11601 2 0.805 0.14938 0.092 0.444 0.272 0.104 0.052 0.036
#> GSM11602 1 0.437 0.59757 0.784 0.096 0.020 0.072 0.000 0.028
#> GSM11603 1 0.346 0.59588 0.844 0.064 0.016 0.060 0.000 0.016
#> GSM11604 3 0.796 0.36832 0.192 0.188 0.440 0.136 0.032 0.012
#> GSM11605 2 0.867 -0.16246 0.240 0.292 0.076 0.272 0.016 0.104
#> GSM11606 2 0.557 0.48533 0.120 0.720 0.056 0.048 0.032 0.024
#> GSM11607 1 0.713 0.53511 0.536 0.212 0.092 0.128 0.016 0.016
#> GSM11608 3 0.804 0.22478 0.144 0.204 0.356 0.268 0.008 0.020
#> GSM11609 6 0.839 0.43384 0.012 0.248 0.068 0.212 0.096 0.364
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:hclust 20 NA 2
#> CV:hclust 0 NA 3
#> CV:hclust 24 NA 4
#> CV:hclust 44 0.636 5
#> CV:hclust 29 0.756 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.231 0.711 0.837 0.4932 0.498 0.498
#> 3 3 0.509 0.668 0.832 0.3469 0.731 0.511
#> 4 4 0.441 0.491 0.709 0.1135 0.865 0.630
#> 5 5 0.516 0.464 0.630 0.0701 0.912 0.689
#> 6 6 0.574 0.444 0.622 0.0391 0.935 0.723
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.9988 0.03499 0.520 0.480
#> GSM11438 2 0.2423 0.83382 0.040 0.960
#> GSM11439 2 0.5408 0.81093 0.124 0.876
#> GSM11440 1 0.9881 0.15105 0.564 0.436
#> GSM11441 1 0.9983 -0.02700 0.524 0.476
#> GSM11442 2 0.6048 0.78664 0.148 0.852
#> GSM11443 2 0.1414 0.83008 0.020 0.980
#> GSM11444 2 0.9833 0.36479 0.424 0.576
#> GSM11445 2 0.9491 0.51097 0.368 0.632
#> GSM11446 2 0.9661 0.46985 0.392 0.608
#> GSM11447 2 0.6712 0.77149 0.176 0.824
#> GSM11448 2 0.8144 0.62395 0.252 0.748
#> GSM11449 1 0.4562 0.80383 0.904 0.096
#> GSM11450 1 0.4431 0.80368 0.908 0.092
#> GSM11451 2 0.3733 0.81557 0.072 0.928
#> GSM11452 1 0.8763 0.66460 0.704 0.296
#> GSM11453 1 0.7056 0.77192 0.808 0.192
#> GSM11454 1 0.9850 0.15479 0.572 0.428
#> GSM11455 2 0.4298 0.82493 0.088 0.912
#> GSM11456 2 0.2948 0.83473 0.052 0.948
#> GSM11457 2 0.2948 0.82484 0.052 0.948
#> GSM11458 1 0.3879 0.76205 0.924 0.076
#> GSM11459 1 0.9087 0.45242 0.676 0.324
#> GSM11460 1 0.1633 0.77322 0.976 0.024
#> GSM11461 1 0.6887 0.77668 0.816 0.184
#> GSM11462 1 0.1633 0.77585 0.976 0.024
#> GSM11463 2 0.3114 0.82362 0.056 0.944
#> GSM11464 1 0.1414 0.77373 0.980 0.020
#> GSM11465 2 0.7219 0.73385 0.200 0.800
#> GSM11466 1 0.8813 0.52518 0.700 0.300
#> GSM11467 1 0.2778 0.79590 0.952 0.048
#> GSM11468 1 0.9393 0.35136 0.644 0.356
#> GSM11469 1 0.4562 0.75514 0.904 0.096
#> GSM11470 1 0.5408 0.79823 0.876 0.124
#> GSM11471 1 0.5178 0.80479 0.884 0.116
#> GSM11472 1 0.7745 0.70201 0.772 0.228
#> GSM11473 2 0.2423 0.83571 0.040 0.960
#> GSM11474 2 0.1633 0.83002 0.024 0.976
#> GSM11475 2 0.9580 0.50988 0.380 0.620
#> GSM11476 2 0.5737 0.79475 0.136 0.864
#> GSM11477 2 0.2948 0.82484 0.052 0.948
#> GSM11478 2 0.0938 0.83275 0.012 0.988
#> GSM11479 2 0.3584 0.82454 0.068 0.932
#> GSM11480 2 0.2236 0.82953 0.036 0.964
#> GSM11481 1 0.5946 0.74953 0.856 0.144
#> GSM11482 2 0.5946 0.79742 0.144 0.856
#> GSM11483 2 0.3274 0.82860 0.060 0.940
#> GSM11484 2 0.7674 0.73699 0.224 0.776
#> GSM11485 2 0.4298 0.81691 0.088 0.912
#> GSM11486 2 0.1414 0.83406 0.020 0.980
#> GSM11487 1 0.5737 0.80143 0.864 0.136
#> GSM11488 2 0.6973 0.76619 0.188 0.812
#> GSM11489 2 0.3274 0.83453 0.060 0.940
#> GSM11490 2 0.6048 0.79635 0.148 0.852
#> GSM11491 1 0.6531 0.78564 0.832 0.168
#> GSM11492 2 0.8081 0.70828 0.248 0.752
#> GSM11493 2 0.6438 0.78410 0.164 0.836
#> GSM11494 2 0.6623 0.77391 0.172 0.828
#> GSM11495 2 0.5178 0.80276 0.116 0.884
#> GSM11496 2 0.3114 0.82858 0.056 0.944
#> GSM11497 2 0.7376 0.65748 0.208 0.792
#> GSM11498 2 0.2423 0.82868 0.040 0.960
#> GSM11499 2 0.4431 0.81926 0.092 0.908
#> GSM11500 2 0.4690 0.81206 0.100 0.900
#> GSM11501 2 0.5178 0.81251 0.116 0.884
#> GSM11502 2 0.3114 0.82309 0.056 0.944
#> GSM11503 2 0.2043 0.82936 0.032 0.968
#> GSM11504 1 0.9754 0.22774 0.592 0.408
#> GSM11505 2 0.1414 0.83008 0.020 0.980
#> GSM11506 2 0.1843 0.83279 0.028 0.972
#> GSM11507 2 0.1843 0.83011 0.028 0.972
#> GSM11508 2 0.9963 0.24863 0.464 0.536
#> GSM11509 2 0.7453 0.74762 0.212 0.788
#> GSM11510 2 0.2778 0.83453 0.048 0.952
#> GSM11511 1 0.8207 0.72058 0.744 0.256
#> GSM11512 2 0.9000 0.61465 0.316 0.684
#> GSM11513 1 0.9970 0.00066 0.532 0.468
#> GSM11514 2 0.7299 0.78072 0.204 0.796
#> GSM11515 2 0.6623 0.77407 0.172 0.828
#> GSM11516 1 0.7950 0.73180 0.760 0.240
#> GSM11517 1 0.5408 0.72739 0.876 0.124
#> GSM11518 2 0.6048 0.80111 0.148 0.852
#> GSM11519 1 0.6712 0.78106 0.824 0.176
#> GSM11520 1 0.5294 0.79945 0.880 0.120
#> GSM11521 2 0.5737 0.79475 0.136 0.864
#> GSM11522 1 0.4022 0.80287 0.920 0.080
#> GSM11523 1 0.5294 0.80046 0.880 0.120
#> GSM11524 1 0.4161 0.75064 0.916 0.084
#> GSM11525 2 0.1184 0.83157 0.016 0.984
#> GSM11526 2 0.9833 0.37680 0.424 0.576
#> GSM11527 2 0.2603 0.83151 0.044 0.956
#> GSM11528 2 0.2423 0.82868 0.040 0.960
#> GSM11529 2 0.5842 0.74915 0.140 0.860
#> GSM11530 1 0.4939 0.76096 0.892 0.108
#> GSM11531 2 0.2948 0.82536 0.052 0.948
#> GSM11532 1 0.7376 0.64206 0.792 0.208
#> GSM11533 2 0.8909 0.44268 0.308 0.692
#> GSM11534 1 0.9909 0.41218 0.556 0.444
#> GSM11535 2 0.3274 0.82178 0.060 0.940
#> GSM11536 2 0.7453 0.77349 0.212 0.788
#> GSM11537 2 0.3431 0.81974 0.064 0.936
#> GSM11538 1 0.5408 0.79296 0.876 0.124
#> GSM11539 2 0.2948 0.82406 0.052 0.948
#> GSM11540 2 0.1843 0.83011 0.028 0.972
#> GSM11541 1 0.1633 0.77403 0.976 0.024
#> GSM11542 2 0.3114 0.82364 0.056 0.944
#> GSM11543 2 0.4161 0.83101 0.084 0.916
#> GSM11544 1 0.5737 0.79525 0.864 0.136
#> GSM11545 1 0.9000 0.67202 0.684 0.316
#> GSM11546 2 0.5408 0.81039 0.124 0.876
#> GSM11547 2 0.6438 0.78087 0.164 0.836
#> GSM11548 2 0.8499 0.68437 0.276 0.724
#> GSM11549 1 0.5294 0.80211 0.880 0.120
#> GSM11550 1 0.4431 0.80417 0.908 0.092
#> GSM11551 1 0.9460 0.46718 0.636 0.364
#> GSM11552 1 0.3584 0.76547 0.932 0.068
#> GSM11553 2 0.6343 0.73043 0.160 0.840
#> GSM11554 2 0.3114 0.82364 0.056 0.944
#> GSM11555 1 0.5059 0.79037 0.888 0.112
#> GSM11556 1 0.1184 0.77505 0.984 0.016
#> GSM11557 2 0.3274 0.82178 0.060 0.940
#> GSM11558 2 0.2778 0.82719 0.048 0.952
#> GSM11559 2 0.5946 0.75037 0.144 0.856
#> GSM11560 1 0.3733 0.80144 0.928 0.072
#> GSM11561 2 0.2603 0.83014 0.044 0.956
#> GSM11562 2 0.3114 0.82364 0.056 0.944
#> GSM11563 1 0.6887 0.77752 0.816 0.184
#> GSM11564 1 1.0000 0.20225 0.504 0.496
#> GSM11565 1 0.6048 0.79259 0.852 0.148
#> GSM11566 2 0.2948 0.82864 0.052 0.948
#> GSM11567 2 0.9933 0.30753 0.452 0.548
#> GSM11568 1 0.7453 0.75606 0.788 0.212
#> GSM11569 2 0.3114 0.82364 0.056 0.944
#> GSM11570 1 0.3431 0.77013 0.936 0.064
#> GSM11571 1 0.5737 0.79520 0.864 0.136
#> GSM11572 2 0.9732 0.14227 0.404 0.596
#> GSM11573 1 0.7602 0.75632 0.780 0.220
#> GSM11574 2 0.7299 0.66701 0.204 0.796
#> GSM11575 1 0.9944 0.37851 0.544 0.456
#> GSM11576 1 0.5178 0.80022 0.884 0.116
#> GSM11577 1 0.7056 0.77104 0.808 0.192
#> GSM11578 1 0.8386 0.70093 0.732 0.268
#> GSM11579 2 0.5842 0.79699 0.140 0.860
#> GSM11580 1 0.7815 0.73873 0.768 0.232
#> GSM11581 1 0.9580 0.29369 0.620 0.380
#> GSM11582 1 0.1414 0.77399 0.980 0.020
#> GSM11583 1 0.8955 0.50552 0.688 0.312
#> GSM11584 2 0.9686 0.48109 0.396 0.604
#> GSM11585 2 0.4022 0.81037 0.080 0.920
#> GSM11586 1 0.5059 0.80261 0.888 0.112
#> GSM11587 1 0.5294 0.80046 0.880 0.120
#> GSM11588 1 0.7219 0.76853 0.800 0.200
#> GSM11589 1 0.6623 0.78344 0.828 0.172
#> GSM11590 1 0.5519 0.79780 0.872 0.128
#> GSM11591 2 0.7139 0.68316 0.196 0.804
#> GSM11592 1 0.3733 0.80052 0.928 0.072
#> GSM11593 1 0.5629 0.79646 0.868 0.132
#> GSM11594 1 0.4431 0.80267 0.908 0.092
#> GSM11595 1 0.9970 0.28743 0.532 0.468
#> GSM11596 2 0.8327 0.61160 0.264 0.736
#> GSM11597 1 0.6712 0.68563 0.824 0.176
#> GSM11598 1 0.5737 0.79525 0.864 0.136
#> GSM11599 1 0.7815 0.61604 0.768 0.232
#> GSM11600 1 0.4562 0.76186 0.904 0.096
#> GSM11601 2 0.3733 0.83485 0.072 0.928
#> GSM11602 1 0.5059 0.80218 0.888 0.112
#> GSM11603 1 0.5294 0.80046 0.880 0.120
#> GSM11604 1 0.1414 0.77320 0.980 0.020
#> GSM11605 1 0.2236 0.77956 0.964 0.036
#> GSM11606 2 0.7376 0.66271 0.208 0.792
#> GSM11607 1 0.5737 0.79525 0.864 0.136
#> GSM11608 1 0.0672 0.78127 0.992 0.008
#> GSM11609 2 0.9129 0.63350 0.328 0.672
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.8636 0.2116 0.500 0.104 0.396
#> GSM11438 2 0.3879 0.7864 0.000 0.848 0.152
#> GSM11439 3 0.6888 0.0950 0.016 0.432 0.552
#> GSM11440 3 0.4172 0.7564 0.028 0.104 0.868
#> GSM11441 3 0.2681 0.7844 0.028 0.040 0.932
#> GSM11442 3 0.2200 0.7846 0.004 0.056 0.940
#> GSM11443 2 0.2955 0.8265 0.008 0.912 0.080
#> GSM11444 3 0.2414 0.7812 0.020 0.040 0.940
#> GSM11445 3 0.1182 0.7849 0.012 0.012 0.976
#> GSM11446 3 0.2313 0.7803 0.024 0.032 0.944
#> GSM11447 3 0.5062 0.6898 0.016 0.184 0.800
#> GSM11448 2 0.3129 0.8117 0.088 0.904 0.008
#> GSM11449 1 0.6341 0.6001 0.716 0.032 0.252
#> GSM11450 1 0.1525 0.7932 0.964 0.032 0.004
#> GSM11451 2 0.1182 0.8460 0.012 0.976 0.012
#> GSM11452 1 0.6244 0.2439 0.560 0.440 0.000
#> GSM11453 1 0.3043 0.7770 0.908 0.084 0.008
#> GSM11454 3 0.2152 0.7787 0.036 0.016 0.948
#> GSM11455 2 0.4654 0.7021 0.000 0.792 0.208
#> GSM11456 2 0.0983 0.8479 0.004 0.980 0.016
#> GSM11457 2 0.0829 0.8489 0.004 0.984 0.012
#> GSM11458 3 0.6664 0.0385 0.464 0.008 0.528
#> GSM11459 3 0.3031 0.7669 0.076 0.012 0.912
#> GSM11460 1 0.5115 0.6327 0.768 0.004 0.228
#> GSM11461 1 0.7265 0.5537 0.684 0.076 0.240
#> GSM11462 1 0.6260 0.2208 0.552 0.000 0.448
#> GSM11463 2 0.2116 0.8421 0.012 0.948 0.040
#> GSM11464 1 0.1647 0.7857 0.960 0.004 0.036
#> GSM11465 2 0.5939 0.6331 0.028 0.748 0.224
#> GSM11466 3 0.3213 0.7722 0.028 0.060 0.912
#> GSM11467 1 0.1015 0.7926 0.980 0.012 0.008
#> GSM11468 3 0.3359 0.7636 0.084 0.016 0.900
#> GSM11469 3 0.5775 0.5590 0.260 0.012 0.728
#> GSM11470 1 0.0424 0.7918 0.992 0.008 0.000
#> GSM11471 1 0.6653 0.5433 0.680 0.032 0.288
#> GSM11472 1 0.7366 0.1043 0.524 0.032 0.444
#> GSM11473 2 0.3846 0.8077 0.016 0.876 0.108
#> GSM11474 2 0.1411 0.8461 0.000 0.964 0.036
#> GSM11475 3 0.2804 0.7742 0.060 0.016 0.924
#> GSM11476 3 0.5706 0.4748 0.000 0.320 0.680
#> GSM11477 2 0.0661 0.8479 0.004 0.988 0.008
#> GSM11478 2 0.1647 0.8476 0.004 0.960 0.036
#> GSM11479 2 0.6057 0.5327 0.004 0.656 0.340
#> GSM11480 2 0.1129 0.8473 0.004 0.976 0.020
#> GSM11481 3 0.7979 0.4247 0.272 0.100 0.628
#> GSM11482 3 0.4796 0.6955 0.000 0.220 0.780
#> GSM11483 2 0.6095 0.4368 0.000 0.608 0.392
#> GSM11484 3 0.3129 0.7814 0.008 0.088 0.904
#> GSM11485 2 0.6045 0.4430 0.000 0.620 0.380
#> GSM11486 2 0.3043 0.8244 0.008 0.908 0.084
#> GSM11487 1 0.2031 0.7918 0.952 0.032 0.016
#> GSM11488 3 0.3112 0.7800 0.004 0.096 0.900
#> GSM11489 2 0.2173 0.8407 0.008 0.944 0.048
#> GSM11490 3 0.5687 0.6298 0.020 0.224 0.756
#> GSM11491 1 0.2301 0.7862 0.936 0.060 0.004
#> GSM11492 3 0.3213 0.7768 0.008 0.092 0.900
#> GSM11493 3 0.2860 0.7812 0.004 0.084 0.912
#> GSM11494 3 0.3918 0.7335 0.004 0.140 0.856
#> GSM11495 3 0.6111 0.2293 0.000 0.396 0.604
#> GSM11496 2 0.6641 0.2726 0.008 0.544 0.448
#> GSM11497 2 0.7295 0.5837 0.252 0.676 0.072
#> GSM11498 2 0.1765 0.8470 0.004 0.956 0.040
#> GSM11499 2 0.6062 0.4343 0.000 0.616 0.384
#> GSM11500 2 0.6598 0.3366 0.008 0.564 0.428
#> GSM11501 2 0.5835 0.4888 0.000 0.660 0.340
#> GSM11502 2 0.1015 0.8467 0.008 0.980 0.012
#> GSM11503 2 0.1989 0.8432 0.004 0.948 0.048
#> GSM11504 3 0.1337 0.7837 0.012 0.016 0.972
#> GSM11505 2 0.2774 0.8302 0.008 0.920 0.072
#> GSM11506 2 0.3295 0.8201 0.008 0.896 0.096
#> GSM11507 2 0.1267 0.8471 0.004 0.972 0.024
#> GSM11508 3 0.0661 0.7825 0.008 0.004 0.988
#> GSM11509 3 0.3377 0.7718 0.012 0.092 0.896
#> GSM11510 2 0.5244 0.6782 0.004 0.756 0.240
#> GSM11511 1 0.3742 0.7561 0.892 0.036 0.072
#> GSM11512 3 0.2339 0.7834 0.012 0.048 0.940
#> GSM11513 3 0.1877 0.7796 0.032 0.012 0.956
#> GSM11514 3 0.7248 0.2580 0.028 0.436 0.536
#> GSM11515 3 0.2550 0.7859 0.012 0.056 0.932
#> GSM11516 1 0.5678 0.5309 0.684 0.316 0.000
#> GSM11517 3 0.3030 0.7598 0.092 0.004 0.904
#> GSM11518 3 0.7170 0.3323 0.036 0.352 0.612
#> GSM11519 1 0.2301 0.7862 0.936 0.060 0.004
#> GSM11520 1 0.0592 0.7919 0.988 0.012 0.000
#> GSM11521 3 0.5968 0.4166 0.000 0.364 0.636
#> GSM11522 1 0.6416 0.5896 0.708 0.032 0.260
#> GSM11523 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11524 3 0.2998 0.7667 0.068 0.016 0.916
#> GSM11525 2 0.2165 0.8399 0.000 0.936 0.064
#> GSM11526 3 0.1620 0.7851 0.012 0.024 0.964
#> GSM11527 2 0.3349 0.8180 0.004 0.888 0.108
#> GSM11528 2 0.0983 0.8473 0.004 0.980 0.016
#> GSM11529 2 0.5637 0.7047 0.172 0.788 0.040
#> GSM11530 3 0.7032 0.2967 0.368 0.028 0.604
#> GSM11531 2 0.1950 0.8431 0.008 0.952 0.040
#> GSM11532 3 0.6019 0.5178 0.288 0.012 0.700
#> GSM11533 2 0.6416 0.4884 0.304 0.676 0.020
#> GSM11534 1 0.5722 0.5817 0.704 0.292 0.004
#> GSM11535 2 0.1832 0.8438 0.008 0.956 0.036
#> GSM11536 3 0.5812 0.6338 0.012 0.264 0.724
#> GSM11537 2 0.1620 0.8431 0.024 0.964 0.012
#> GSM11538 1 0.8262 0.5388 0.608 0.116 0.276
#> GSM11539 2 0.1647 0.8439 0.004 0.960 0.036
#> GSM11540 2 0.0829 0.8480 0.004 0.984 0.012
#> GSM11541 1 0.5061 0.6605 0.784 0.008 0.208
#> GSM11542 2 0.1182 0.8463 0.012 0.976 0.012
#> GSM11543 2 0.6931 0.1938 0.016 0.528 0.456
#> GSM11544 1 0.1411 0.7921 0.964 0.036 0.000
#> GSM11545 1 0.5315 0.6835 0.772 0.216 0.012
#> GSM11546 2 0.4628 0.7944 0.088 0.856 0.056
#> GSM11547 2 0.4628 0.7944 0.088 0.856 0.056
#> GSM11548 3 0.2689 0.7807 0.036 0.032 0.932
#> GSM11549 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11550 1 0.1170 0.7892 0.976 0.008 0.016
#> GSM11551 3 0.7413 0.6172 0.224 0.092 0.684
#> GSM11552 3 0.6299 0.0113 0.476 0.000 0.524
#> GSM11553 2 0.1620 0.8428 0.024 0.964 0.012
#> GSM11554 2 0.1182 0.8463 0.012 0.976 0.012
#> GSM11555 1 0.8792 0.2611 0.492 0.116 0.392
#> GSM11556 1 0.6140 0.3215 0.596 0.000 0.404
#> GSM11557 2 0.1832 0.8438 0.008 0.956 0.036
#> GSM11558 2 0.1453 0.8469 0.008 0.968 0.024
#> GSM11559 2 0.1751 0.8414 0.028 0.960 0.012
#> GSM11560 1 0.1170 0.7871 0.976 0.008 0.016
#> GSM11561 2 0.1832 0.8450 0.008 0.956 0.036
#> GSM11562 2 0.1182 0.8463 0.012 0.976 0.012
#> GSM11563 1 0.3607 0.7634 0.880 0.112 0.008
#> GSM11564 1 0.7116 0.4934 0.636 0.324 0.040
#> GSM11565 1 0.2261 0.7857 0.932 0.068 0.000
#> GSM11566 2 0.1832 0.8450 0.008 0.956 0.036
#> GSM11567 3 0.4068 0.7663 0.016 0.120 0.864
#> GSM11568 1 0.5621 0.5476 0.692 0.308 0.000
#> GSM11569 2 0.1015 0.8467 0.008 0.980 0.012
#> GSM11570 3 0.6299 0.0113 0.476 0.000 0.524
#> GSM11571 1 0.1015 0.7909 0.980 0.012 0.008
#> GSM11572 2 0.4056 0.7980 0.092 0.876 0.032
#> GSM11573 1 0.4349 0.7502 0.852 0.128 0.020
#> GSM11574 2 0.1999 0.8379 0.036 0.952 0.012
#> GSM11575 2 0.6553 0.2850 0.412 0.580 0.008
#> GSM11576 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11577 1 0.3038 0.7698 0.896 0.104 0.000
#> GSM11578 1 0.5882 0.4690 0.652 0.348 0.000
#> GSM11579 2 0.6625 0.2241 0.008 0.552 0.440
#> GSM11580 1 0.4291 0.7162 0.820 0.180 0.000
#> GSM11581 3 0.2947 0.7710 0.060 0.020 0.920
#> GSM11582 1 0.6505 0.1601 0.528 0.004 0.468
#> GSM11583 1 0.8337 0.0393 0.476 0.080 0.444
#> GSM11584 3 0.3369 0.7799 0.040 0.052 0.908
#> GSM11585 2 0.1163 0.8453 0.028 0.972 0.000
#> GSM11586 1 0.1774 0.7918 0.960 0.016 0.024
#> GSM11587 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11588 1 0.4068 0.7564 0.864 0.120 0.016
#> GSM11589 1 0.3415 0.7772 0.900 0.080 0.020
#> GSM11590 1 0.1399 0.7928 0.968 0.028 0.004
#> GSM11591 2 0.1529 0.8407 0.040 0.960 0.000
#> GSM11592 1 0.1015 0.7909 0.980 0.008 0.012
#> GSM11593 1 0.0892 0.7927 0.980 0.020 0.000
#> GSM11594 1 0.0848 0.7908 0.984 0.008 0.008
#> GSM11595 2 0.9050 0.2732 0.296 0.536 0.168
#> GSM11596 2 0.4015 0.8047 0.096 0.876 0.028
#> GSM11597 3 0.5371 0.7408 0.140 0.048 0.812
#> GSM11598 1 0.1163 0.7929 0.972 0.028 0.000
#> GSM11599 3 0.2955 0.7628 0.080 0.008 0.912
#> GSM11600 1 0.7411 0.2620 0.548 0.036 0.416
#> GSM11601 2 0.3213 0.8282 0.008 0.900 0.092
#> GSM11602 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11603 1 0.0848 0.7887 0.984 0.008 0.008
#> GSM11604 3 0.6442 0.1470 0.432 0.004 0.564
#> GSM11605 1 0.4700 0.6913 0.812 0.008 0.180
#> GSM11606 2 0.2339 0.8350 0.048 0.940 0.012
#> GSM11607 1 0.1031 0.7929 0.976 0.024 0.000
#> GSM11608 1 0.6180 0.3059 0.584 0.000 0.416
#> GSM11609 3 0.7226 0.6505 0.076 0.236 0.688
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.8975 0.11131 0.340 0.060 0.236 0.364
#> GSM11438 2 0.6523 0.52957 0.000 0.628 0.136 0.236
#> GSM11439 3 0.7152 -0.02532 0.000 0.284 0.544 0.172
#> GSM11440 3 0.6175 0.39414 0.008 0.052 0.616 0.324
#> GSM11441 3 0.5966 0.21051 0.032 0.036 0.692 0.240
#> GSM11442 3 0.5648 0.16174 0.000 0.064 0.684 0.252
#> GSM11443 2 0.3325 0.72086 0.000 0.864 0.112 0.024
#> GSM11444 3 0.2207 0.48094 0.004 0.024 0.932 0.040
#> GSM11445 3 0.3907 0.47291 0.004 0.008 0.808 0.180
#> GSM11446 3 0.1624 0.45943 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM11447 3 0.6121 0.14371 0.000 0.156 0.680 0.164
#> GSM11448 2 0.7287 0.53034 0.148 0.632 0.040 0.180
#> GSM11449 3 0.8702 0.05051 0.348 0.072 0.428 0.152
#> GSM11450 1 0.5742 0.71855 0.760 0.068 0.048 0.124
#> GSM11451 2 0.2342 0.74453 0.008 0.912 0.000 0.080
#> GSM11452 2 0.6214 -0.14932 0.472 0.476 0.000 0.052
#> GSM11453 1 0.5833 0.71613 0.692 0.096 0.000 0.212
#> GSM11454 3 0.2021 0.49535 0.024 0.000 0.936 0.040
#> GSM11455 2 0.6953 0.19221 0.000 0.476 0.112 0.412
#> GSM11456 2 0.4452 0.68874 0.000 0.796 0.048 0.156
#> GSM11457 2 0.1661 0.75505 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM11458 3 0.6759 0.38044 0.344 0.000 0.548 0.108
#> GSM11459 3 0.3333 0.50084 0.040 0.000 0.872 0.088
#> GSM11460 1 0.5926 0.43947 0.632 0.000 0.060 0.308
#> GSM11461 1 0.9244 0.05496 0.448 0.132 0.224 0.196
#> GSM11462 3 0.7073 0.35620 0.364 0.000 0.504 0.132
#> GSM11463 2 0.2310 0.74388 0.004 0.920 0.068 0.008
#> GSM11464 1 0.4900 0.70020 0.760 0.008 0.032 0.200
#> GSM11465 2 0.7555 0.39554 0.024 0.552 0.136 0.288
#> GSM11466 4 0.5704 -0.09509 0.012 0.008 0.484 0.496
#> GSM11467 1 0.5065 0.65618 0.708 0.016 0.008 0.268
#> GSM11468 3 0.5118 0.47830 0.032 0.008 0.736 0.224
#> GSM11469 3 0.5894 0.46814 0.060 0.008 0.680 0.252
#> GSM11470 1 0.2010 0.73592 0.932 0.004 0.004 0.060
#> GSM11471 3 0.8795 0.04596 0.344 0.080 0.424 0.152
#> GSM11472 3 0.8274 -0.13905 0.340 0.012 0.356 0.292
#> GSM11473 2 0.6476 0.48648 0.000 0.616 0.272 0.112
#> GSM11474 2 0.2413 0.74434 0.000 0.916 0.064 0.020
#> GSM11475 3 0.5340 0.47464 0.016 0.036 0.736 0.212
#> GSM11476 4 0.6957 0.45673 0.000 0.172 0.248 0.580
#> GSM11477 2 0.1635 0.75137 0.008 0.948 0.000 0.044
#> GSM11478 2 0.3166 0.73908 0.000 0.868 0.016 0.116
#> GSM11479 2 0.7585 0.19047 0.000 0.472 0.304 0.224
#> GSM11480 2 0.2647 0.74119 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11481 4 0.5630 0.33293 0.084 0.012 0.164 0.740
#> GSM11482 4 0.6152 0.47450 0.000 0.120 0.212 0.668
#> GSM11483 2 0.7818 -0.03916 0.000 0.408 0.268 0.324
#> GSM11484 4 0.5271 0.44760 0.000 0.024 0.320 0.656
#> GSM11485 4 0.7507 0.28631 0.000 0.316 0.204 0.480
#> GSM11486 2 0.5018 0.66319 0.000 0.768 0.144 0.088
#> GSM11487 1 0.4692 0.73229 0.756 0.032 0.000 0.212
#> GSM11488 4 0.5322 0.46088 0.000 0.028 0.312 0.660
#> GSM11489 2 0.4692 0.67043 0.000 0.756 0.032 0.212
#> GSM11490 3 0.6503 0.12521 0.000 0.164 0.640 0.196
#> GSM11491 1 0.5240 0.73524 0.740 0.072 0.000 0.188
#> GSM11492 4 0.5754 0.38666 0.004 0.024 0.400 0.572
#> GSM11493 4 0.5920 0.43263 0.000 0.052 0.336 0.612
#> GSM11494 3 0.6759 -0.15711 0.000 0.108 0.548 0.344
#> GSM11495 4 0.7654 0.31682 0.000 0.212 0.368 0.420
#> GSM11496 2 0.7451 0.07816 0.000 0.420 0.408 0.172
#> GSM11497 2 0.6542 0.54417 0.248 0.648 0.088 0.016
#> GSM11498 2 0.3548 0.74740 0.000 0.864 0.068 0.068
#> GSM11499 4 0.7344 0.32928 0.000 0.300 0.188 0.512
#> GSM11500 2 0.7665 0.01248 0.000 0.404 0.384 0.212
#> GSM11501 4 0.6439 0.27599 0.000 0.340 0.084 0.576
#> GSM11502 2 0.1890 0.74813 0.008 0.936 0.000 0.056
#> GSM11503 2 0.2915 0.74035 0.000 0.892 0.080 0.028
#> GSM11504 4 0.5085 0.41759 0.020 0.000 0.304 0.676
#> GSM11505 2 0.3051 0.73268 0.000 0.884 0.088 0.028
#> GSM11506 2 0.5110 0.67291 0.000 0.764 0.132 0.104
#> GSM11507 2 0.3074 0.72490 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM11508 3 0.3351 0.46243 0.008 0.000 0.844 0.148
#> GSM11509 3 0.2558 0.46778 0.008 0.036 0.920 0.036
#> GSM11510 2 0.7086 0.40257 0.000 0.548 0.160 0.292
#> GSM11511 1 0.5469 0.63677 0.772 0.072 0.124 0.032
#> GSM11512 4 0.4997 0.43747 0.012 0.004 0.296 0.688
#> GSM11513 3 0.2773 0.49608 0.028 0.000 0.900 0.072
#> GSM11514 4 0.5354 0.41628 0.004 0.152 0.092 0.752
#> GSM11515 3 0.5716 0.11033 0.000 0.060 0.668 0.272
#> GSM11516 1 0.6141 0.53370 0.624 0.300 0.000 0.076
#> GSM11517 3 0.3790 0.48979 0.016 0.000 0.820 0.164
#> GSM11518 3 0.7711 -0.01110 0.012 0.244 0.524 0.220
#> GSM11519 1 0.4852 0.74596 0.776 0.072 0.000 0.152
#> GSM11520 1 0.2413 0.75216 0.916 0.020 0.000 0.064
#> GSM11521 4 0.6745 0.47138 0.000 0.176 0.212 0.612
#> GSM11522 3 0.8600 0.00328 0.376 0.060 0.408 0.156
#> GSM11523 1 0.0672 0.73348 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM11524 3 0.4814 0.39962 0.008 0.000 0.676 0.316
#> GSM11525 2 0.2408 0.75030 0.000 0.920 0.044 0.036
#> GSM11526 4 0.5669 0.22693 0.016 0.004 0.464 0.516
#> GSM11527 2 0.5058 0.68604 0.000 0.768 0.104 0.128
#> GSM11528 2 0.2999 0.74516 0.000 0.864 0.004 0.132
#> GSM11529 2 0.5285 0.63148 0.176 0.760 0.024 0.040
#> GSM11530 3 0.7116 0.44847 0.128 0.028 0.628 0.216
#> GSM11531 2 0.1824 0.74736 0.000 0.936 0.060 0.004
#> GSM11532 3 0.6924 0.43592 0.128 0.008 0.600 0.264
#> GSM11533 2 0.5061 0.48660 0.272 0.704 0.004 0.020
#> GSM11534 1 0.6888 0.61315 0.644 0.200 0.020 0.136
#> GSM11535 2 0.1909 0.75174 0.004 0.940 0.048 0.008
#> GSM11536 4 0.4491 0.47008 0.000 0.060 0.140 0.800
#> GSM11537 2 0.2987 0.73289 0.016 0.880 0.000 0.104
#> GSM11538 4 0.6159 0.19901 0.232 0.040 0.040 0.688
#> GSM11539 2 0.1406 0.75343 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM11540 2 0.1902 0.75346 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM11541 4 0.6197 -0.19803 0.440 0.000 0.052 0.508
#> GSM11542 2 0.3351 0.73386 0.008 0.844 0.000 0.148
#> GSM11543 4 0.8044 0.37701 0.028 0.192 0.272 0.508
#> GSM11544 1 0.4756 0.74473 0.784 0.072 0.000 0.144
#> GSM11545 1 0.7307 0.57517 0.524 0.192 0.000 0.284
#> GSM11546 2 0.5667 0.65973 0.100 0.756 0.120 0.024
#> GSM11547 2 0.6455 0.63196 0.104 0.716 0.124 0.056
#> GSM11548 3 0.2197 0.49540 0.024 0.012 0.936 0.028
#> GSM11549 1 0.1174 0.73125 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM11550 1 0.1584 0.73270 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM11551 3 0.7769 0.28925 0.172 0.108 0.616 0.104
#> GSM11552 3 0.7122 0.36870 0.340 0.000 0.516 0.144
#> GSM11553 2 0.3224 0.72583 0.016 0.864 0.000 0.120
#> GSM11554 2 0.2053 0.74959 0.004 0.924 0.000 0.072
#> GSM11555 4 0.7713 0.03683 0.276 0.048 0.112 0.564
#> GSM11556 1 0.7323 0.16950 0.456 0.000 0.156 0.388
#> GSM11557 2 0.1890 0.74787 0.000 0.936 0.056 0.008
#> GSM11558 2 0.3123 0.72437 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM11559 2 0.3384 0.72264 0.024 0.860 0.000 0.116
#> GSM11560 1 0.3694 0.69479 0.844 0.000 0.032 0.124
#> GSM11561 2 0.3123 0.72261 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM11562 2 0.2737 0.73602 0.008 0.888 0.000 0.104
#> GSM11563 1 0.6808 0.66055 0.652 0.132 0.020 0.196
#> GSM11564 1 0.7806 0.24895 0.424 0.152 0.016 0.408
#> GSM11565 1 0.5827 0.71175 0.740 0.104 0.020 0.136
#> GSM11566 2 0.4304 0.62140 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM11567 4 0.5625 0.46410 0.012 0.056 0.212 0.720
#> GSM11568 1 0.6326 0.58369 0.644 0.268 0.008 0.080
#> GSM11569 2 0.2053 0.74848 0.004 0.924 0.000 0.072
#> GSM11570 3 0.7181 0.36602 0.336 0.000 0.512 0.152
#> GSM11571 1 0.1247 0.73766 0.968 0.016 0.004 0.012
#> GSM11572 2 0.6423 0.36089 0.060 0.540 0.004 0.396
#> GSM11573 1 0.7200 0.51745 0.484 0.144 0.000 0.372
#> GSM11574 2 0.3367 0.72329 0.028 0.864 0.000 0.108
#> GSM11575 2 0.6652 0.42798 0.348 0.580 0.032 0.040
#> GSM11576 1 0.1256 0.73077 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM11577 1 0.4477 0.74081 0.808 0.108 0.000 0.084
#> GSM11578 1 0.6757 0.37122 0.524 0.376 0.000 0.100
#> GSM11579 4 0.6878 0.36259 0.000 0.316 0.128 0.556
#> GSM11580 1 0.4175 0.64078 0.784 0.200 0.000 0.016
#> GSM11581 3 0.4957 0.40924 0.016 0.000 0.684 0.300
#> GSM11582 4 0.7254 -0.06518 0.384 0.000 0.148 0.468
#> GSM11583 1 0.9309 -0.29792 0.344 0.084 0.300 0.272
#> GSM11584 4 0.5803 0.31787 0.008 0.028 0.348 0.616
#> GSM11585 2 0.1871 0.75263 0.016 0.948 0.012 0.024
#> GSM11586 1 0.4025 0.74860 0.832 0.036 0.004 0.128
#> GSM11587 1 0.0927 0.73091 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM11588 1 0.6366 0.68516 0.640 0.120 0.000 0.240
#> GSM11589 1 0.5579 0.70087 0.688 0.060 0.000 0.252
#> GSM11590 1 0.3505 0.75156 0.864 0.048 0.000 0.088
#> GSM11591 2 0.2002 0.74696 0.020 0.936 0.000 0.044
#> GSM11592 1 0.3647 0.73492 0.860 0.004 0.040 0.096
#> GSM11593 1 0.2908 0.75337 0.896 0.040 0.000 0.064
#> GSM11594 1 0.3808 0.73208 0.824 0.004 0.012 0.160
#> GSM11595 2 0.9356 0.06879 0.192 0.384 0.116 0.308
#> GSM11596 2 0.5126 0.71606 0.048 0.800 0.096 0.056
#> GSM11597 3 0.7384 0.31294 0.088 0.056 0.608 0.248
#> GSM11598 1 0.4959 0.73904 0.752 0.052 0.000 0.196
#> GSM11599 3 0.4745 0.48144 0.036 0.000 0.756 0.208
#> GSM11600 4 0.7382 0.11783 0.328 0.008 0.144 0.520
#> GSM11601 2 0.6260 0.55183 0.000 0.664 0.192 0.144
#> GSM11602 1 0.1151 0.72960 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM11603 1 0.1042 0.73050 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM11604 3 0.6664 0.43578 0.232 0.000 0.616 0.152
#> GSM11605 1 0.6305 0.28573 0.516 0.000 0.060 0.424
#> GSM11606 2 0.3367 0.72290 0.028 0.864 0.000 0.108
#> GSM11607 1 0.3793 0.75571 0.844 0.044 0.000 0.112
#> GSM11608 3 0.7135 0.30585 0.400 0.000 0.468 0.132
#> GSM11609 4 0.5042 0.46840 0.000 0.096 0.136 0.768
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.651 -0.1355 0.124 0.008 0.012 0.316 0.540
#> GSM11438 2 0.693 0.0190 0.000 0.456 0.028 0.156 0.360
#> GSM11439 5 0.652 0.4697 0.000 0.080 0.304 0.056 0.560
#> GSM11440 3 0.495 0.6052 0.064 0.052 0.780 0.092 0.012
#> GSM11441 5 0.694 0.2812 0.016 0.008 0.400 0.148 0.428
#> GSM11442 5 0.680 0.2805 0.000 0.016 0.408 0.164 0.412
#> GSM11443 2 0.425 0.5910 0.000 0.700 0.008 0.008 0.284
#> GSM11444 3 0.333 0.5623 0.000 0.000 0.828 0.028 0.144
#> GSM11445 3 0.324 0.6197 0.000 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM11446 3 0.484 0.3486 0.000 0.000 0.660 0.048 0.292
#> GSM11447 5 0.647 0.4434 0.000 0.060 0.332 0.064 0.544
#> GSM11448 2 0.740 0.1069 0.176 0.460 0.012 0.032 0.320
#> GSM11449 3 0.685 0.3160 0.312 0.088 0.536 0.004 0.060
#> GSM11450 1 0.506 0.6398 0.760 0.088 0.072 0.000 0.080
#> GSM11451 2 0.139 0.6844 0.008 0.956 0.000 0.024 0.012
#> GSM11452 1 0.489 0.1587 0.492 0.488 0.000 0.004 0.016
#> GSM11453 1 0.624 0.5998 0.648 0.080 0.012 0.216 0.044
#> GSM11454 3 0.388 0.5718 0.004 0.000 0.812 0.068 0.116
#> GSM11455 5 0.750 0.2393 0.000 0.312 0.040 0.252 0.396
#> GSM11456 2 0.561 0.2536 0.012 0.580 0.016 0.028 0.364
#> GSM11457 2 0.236 0.6920 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM11458 3 0.625 0.4898 0.172 0.000 0.588 0.012 0.228
#> GSM11459 3 0.257 0.6159 0.004 0.000 0.896 0.068 0.032
#> GSM11460 1 0.805 0.0846 0.328 0.000 0.088 0.320 0.264
#> GSM11461 5 0.824 0.1226 0.184 0.084 0.136 0.076 0.520
#> GSM11462 3 0.616 0.4985 0.168 0.000 0.620 0.020 0.192
#> GSM11463 2 0.372 0.6195 0.004 0.736 0.000 0.000 0.260
#> GSM11464 1 0.681 0.4838 0.588 0.000 0.084 0.216 0.112
#> GSM11465 2 0.828 0.0154 0.136 0.440 0.100 0.032 0.292
#> GSM11466 3 0.793 -0.0370 0.052 0.012 0.408 0.268 0.260
#> GSM11467 1 0.695 0.4319 0.560 0.008 0.040 0.244 0.148
#> GSM11468 3 0.230 0.6424 0.004 0.000 0.908 0.068 0.020
#> GSM11469 3 0.320 0.6408 0.076 0.004 0.872 0.028 0.020
#> GSM11470 1 0.344 0.6704 0.848 0.000 0.008 0.056 0.088
#> GSM11471 3 0.724 0.2453 0.328 0.100 0.496 0.008 0.068
#> GSM11472 4 0.784 0.2366 0.216 0.000 0.256 0.436 0.092
#> GSM11473 5 0.577 -0.0532 0.000 0.412 0.048 0.020 0.520
#> GSM11474 2 0.358 0.6481 0.000 0.768 0.000 0.008 0.224
#> GSM11475 3 0.464 0.6051 0.012 0.012 0.776 0.060 0.140
#> GSM11476 4 0.564 0.3903 0.000 0.064 0.032 0.656 0.248
#> GSM11477 2 0.096 0.6869 0.004 0.972 0.000 0.008 0.016
#> GSM11478 2 0.422 0.6501 0.000 0.780 0.000 0.112 0.108
#> GSM11479 5 0.742 0.3741 0.000 0.228 0.068 0.208 0.496
#> GSM11480 2 0.393 0.6508 0.000 0.800 0.000 0.124 0.076
#> GSM11481 4 0.521 0.5013 0.116 0.000 0.132 0.728 0.024
#> GSM11482 4 0.620 0.4358 0.000 0.060 0.084 0.636 0.220
#> GSM11483 5 0.731 0.1970 0.000 0.180 0.044 0.348 0.428
#> GSM11484 4 0.417 0.5007 0.000 0.000 0.112 0.784 0.104
#> GSM11485 4 0.642 0.1733 0.000 0.120 0.020 0.532 0.328
#> GSM11486 2 0.533 0.2839 0.000 0.516 0.016 0.024 0.444
#> GSM11487 1 0.486 0.5942 0.700 0.012 0.004 0.252 0.032
#> GSM11488 4 0.438 0.4817 0.000 0.000 0.092 0.764 0.144
#> GSM11489 2 0.654 0.2668 0.012 0.572 0.012 0.140 0.264
#> GSM11490 5 0.638 0.4502 0.000 0.060 0.320 0.060 0.560
#> GSM11491 1 0.515 0.6271 0.720 0.056 0.004 0.196 0.024
#> GSM11492 4 0.461 0.4813 0.000 0.004 0.124 0.756 0.116
#> GSM11493 4 0.530 0.4270 0.000 0.000 0.108 0.660 0.232
#> GSM11494 5 0.668 0.3140 0.000 0.008 0.248 0.244 0.500
#> GSM11495 4 0.705 -0.0829 0.000 0.044 0.132 0.420 0.404
#> GSM11496 5 0.648 0.4999 0.000 0.136 0.196 0.052 0.616
#> GSM11497 2 0.671 0.3513 0.268 0.468 0.000 0.004 0.260
#> GSM11498 2 0.499 0.5701 0.012 0.640 0.000 0.028 0.320
#> GSM11499 4 0.615 0.2751 0.000 0.116 0.016 0.580 0.288
#> GSM11500 5 0.743 0.4445 0.000 0.188 0.164 0.116 0.532
#> GSM11501 4 0.604 0.3509 0.000 0.108 0.024 0.620 0.248
#> GSM11502 2 0.139 0.6863 0.012 0.956 0.000 0.008 0.024
#> GSM11503 2 0.429 0.6268 0.000 0.716 0.004 0.020 0.260
#> GSM11504 4 0.539 0.4736 0.016 0.000 0.100 0.692 0.192
#> GSM11505 2 0.419 0.6033 0.000 0.708 0.004 0.012 0.276
#> GSM11506 2 0.559 0.5459 0.000 0.608 0.004 0.088 0.300
#> GSM11507 2 0.447 0.6289 0.000 0.756 0.000 0.148 0.096
#> GSM11508 3 0.341 0.5916 0.000 0.000 0.836 0.112 0.052
#> GSM11509 3 0.444 0.4719 0.000 0.000 0.748 0.072 0.180
#> GSM11510 2 0.724 0.1190 0.008 0.376 0.008 0.272 0.336
#> GSM11511 1 0.532 0.5164 0.612 0.028 0.016 0.004 0.340
#> GSM11512 4 0.483 0.4995 0.016 0.000 0.084 0.748 0.152
#> GSM11513 3 0.294 0.6025 0.004 0.000 0.876 0.072 0.048
#> GSM11514 4 0.763 0.3349 0.104 0.200 0.040 0.564 0.092
#> GSM11515 3 0.683 -0.2777 0.000 0.020 0.444 0.160 0.376
#> GSM11516 1 0.485 0.5951 0.708 0.232 0.004 0.004 0.052
#> GSM11517 3 0.204 0.6252 0.000 0.000 0.920 0.056 0.024
#> GSM11518 5 0.658 0.4357 0.004 0.056 0.336 0.064 0.540
#> GSM11519 1 0.458 0.6531 0.768 0.044 0.004 0.164 0.020
#> GSM11520 1 0.156 0.6892 0.948 0.004 0.000 0.028 0.020
#> GSM11521 4 0.593 0.4030 0.000 0.076 0.040 0.640 0.244
#> GSM11522 3 0.673 0.2667 0.356 0.072 0.512 0.004 0.056
#> GSM11523 1 0.369 0.6428 0.812 0.000 0.028 0.008 0.152
#> GSM11524 3 0.324 0.6164 0.012 0.000 0.828 0.156 0.004
#> GSM11525 2 0.347 0.6731 0.000 0.824 0.008 0.020 0.148
#> GSM11526 4 0.643 0.3749 0.028 0.000 0.172 0.596 0.204
#> GSM11527 2 0.585 0.5257 0.000 0.604 0.004 0.128 0.264
#> GSM11528 2 0.517 0.6513 0.020 0.736 0.004 0.100 0.140
#> GSM11529 2 0.417 0.6606 0.076 0.820 0.020 0.008 0.076
#> GSM11530 3 0.436 0.6205 0.124 0.028 0.804 0.020 0.024
#> GSM11531 2 0.340 0.6309 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM11532 3 0.526 0.6128 0.104 0.000 0.744 0.076 0.076
#> GSM11533 2 0.455 0.5368 0.212 0.732 0.000 0.004 0.052
#> GSM11534 1 0.612 0.5853 0.668 0.196 0.020 0.032 0.084
#> GSM11535 2 0.343 0.6606 0.012 0.796 0.000 0.000 0.192
#> GSM11536 4 0.447 0.5292 0.024 0.024 0.060 0.812 0.080
#> GSM11537 2 0.250 0.6671 0.036 0.912 0.004 0.032 0.016
#> GSM11538 4 0.674 0.4298 0.172 0.040 0.064 0.648 0.076
#> GSM11539 2 0.316 0.6663 0.000 0.808 0.000 0.004 0.188
#> GSM11540 2 0.254 0.6874 0.000 0.888 0.000 0.024 0.088
#> GSM11541 4 0.732 0.2440 0.260 0.000 0.080 0.512 0.148
#> GSM11542 2 0.506 0.6302 0.028 0.764 0.012 0.104 0.092
#> GSM11543 5 0.816 0.0339 0.040 0.072 0.128 0.344 0.416
#> GSM11544 1 0.514 0.6623 0.756 0.072 0.012 0.128 0.032
#> GSM11545 1 0.773 0.3417 0.420 0.256 0.008 0.272 0.044
#> GSM11546 2 0.556 0.4547 0.024 0.556 0.024 0.004 0.392
#> GSM11547 5 0.539 -0.2697 0.032 0.452 0.012 0.000 0.504
#> GSM11548 3 0.327 0.5906 0.004 0.000 0.852 0.044 0.100
#> GSM11549 1 0.439 0.6240 0.744 0.000 0.036 0.008 0.212
#> GSM11550 1 0.461 0.6239 0.740 0.000 0.040 0.016 0.204
#> GSM11551 3 0.855 -0.0605 0.148 0.068 0.372 0.064 0.348
#> GSM11552 3 0.615 0.4974 0.164 0.000 0.620 0.020 0.196
#> GSM11553 2 0.321 0.6433 0.084 0.868 0.004 0.032 0.012
#> GSM11554 2 0.162 0.6854 0.004 0.948 0.004 0.028 0.016
#> GSM11555 4 0.712 0.3366 0.236 0.028 0.104 0.580 0.052
#> GSM11556 4 0.778 0.1751 0.256 0.000 0.160 0.464 0.120
#> GSM11557 2 0.331 0.6459 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM11558 2 0.435 0.6334 0.000 0.764 0.000 0.152 0.084
#> GSM11559 2 0.377 0.6191 0.104 0.836 0.004 0.032 0.024
#> GSM11560 1 0.703 0.5084 0.556 0.000 0.068 0.156 0.220
#> GSM11561 2 0.444 0.6246 0.000 0.756 0.000 0.156 0.088
#> GSM11562 2 0.222 0.6735 0.024 0.924 0.004 0.036 0.012
#> GSM11563 1 0.658 0.5579 0.640 0.208 0.032 0.056 0.064
#> GSM11564 4 0.694 0.3393 0.256 0.080 0.012 0.576 0.076
#> GSM11565 1 0.470 0.6474 0.776 0.124 0.016 0.008 0.076
#> GSM11566 2 0.495 0.5139 0.000 0.664 0.000 0.276 0.060
#> GSM11567 4 0.641 0.4623 0.024 0.024 0.112 0.640 0.200
#> GSM11568 1 0.513 0.5941 0.696 0.228 0.008 0.004 0.064
#> GSM11569 2 0.146 0.6860 0.004 0.952 0.000 0.028 0.016
#> GSM11570 3 0.613 0.4989 0.164 0.000 0.624 0.020 0.192
#> GSM11571 1 0.439 0.6385 0.776 0.012 0.028 0.012 0.172
#> GSM11572 2 0.797 0.2837 0.184 0.508 0.036 0.204 0.068
#> GSM11573 1 0.772 0.3395 0.420 0.204 0.020 0.324 0.032
#> GSM11574 2 0.350 0.6269 0.104 0.848 0.004 0.028 0.016
#> GSM11575 2 0.683 0.3863 0.192 0.564 0.020 0.012 0.212
#> GSM11576 1 0.474 0.6282 0.748 0.000 0.028 0.044 0.180
#> GSM11577 1 0.258 0.6898 0.892 0.084 0.000 0.016 0.008
#> GSM11578 1 0.591 0.2671 0.488 0.444 0.004 0.040 0.024
#> GSM11579 4 0.680 0.2555 0.000 0.204 0.036 0.556 0.204
#> GSM11580 1 0.670 0.5266 0.600 0.196 0.020 0.020 0.164
#> GSM11581 3 0.313 0.6114 0.008 0.000 0.820 0.172 0.000
#> GSM11582 4 0.785 0.2720 0.196 0.000 0.148 0.476 0.180
#> GSM11583 5 0.792 0.0301 0.132 0.040 0.248 0.072 0.508
#> GSM11584 4 0.607 0.4209 0.000 0.004 0.224 0.592 0.180
#> GSM11585 2 0.141 0.6877 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM11586 1 0.313 0.6828 0.888 0.020 0.032 0.028 0.032
#> GSM11587 1 0.377 0.6388 0.804 0.000 0.028 0.008 0.160
#> GSM11588 1 0.711 0.5356 0.556 0.172 0.012 0.220 0.040
#> GSM11589 1 0.641 0.5383 0.632 0.056 0.028 0.240 0.044
#> GSM11590 1 0.200 0.6906 0.928 0.032 0.000 0.036 0.004
#> GSM11591 2 0.131 0.6842 0.012 0.960 0.000 0.012 0.016
#> GSM11592 1 0.422 0.6608 0.812 0.004 0.080 0.020 0.084
#> GSM11593 1 0.167 0.6910 0.944 0.016 0.000 0.032 0.008
#> GSM11594 1 0.500 0.6254 0.728 0.000 0.036 0.192 0.044
#> GSM11595 2 0.874 -0.1320 0.232 0.336 0.092 0.036 0.304
#> GSM11596 2 0.466 0.6534 0.012 0.796 0.092 0.036 0.064
#> GSM11597 3 0.684 -0.1183 0.028 0.032 0.520 0.068 0.352
#> GSM11598 1 0.503 0.6380 0.736 0.052 0.004 0.180 0.028
#> GSM11599 3 0.193 0.6397 0.004 0.000 0.920 0.072 0.004
#> GSM11600 4 0.713 0.3824 0.176 0.000 0.124 0.572 0.128
#> GSM11601 5 0.702 0.2133 0.004 0.388 0.180 0.016 0.412
#> GSM11602 1 0.381 0.6349 0.800 0.000 0.028 0.008 0.164
#> GSM11603 1 0.381 0.6367 0.800 0.000 0.028 0.008 0.164
#> GSM11604 3 0.345 0.6323 0.144 0.000 0.828 0.016 0.012
#> GSM11605 4 0.762 0.1113 0.292 0.000 0.104 0.464 0.140
#> GSM11606 2 0.380 0.6048 0.128 0.824 0.004 0.028 0.016
#> GSM11607 1 0.375 0.6731 0.832 0.024 0.004 0.116 0.024
#> GSM11608 3 0.613 0.5028 0.176 0.000 0.624 0.020 0.180
#> GSM11609 4 0.687 0.4641 0.028 0.040 0.112 0.608 0.212
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.673 0.3517 0.068 0.024 0.016 0.080 0.244 0.568
#> GSM11438 2 0.714 -0.1702 0.000 0.340 0.024 0.280 0.328 0.028
#> GSM11439 5 0.370 0.5186 0.000 0.048 0.084 0.012 0.828 0.028
#> GSM11440 3 0.368 0.6956 0.052 0.032 0.844 0.048 0.012 0.012
#> GSM11441 5 0.513 0.4944 0.004 0.004 0.196 0.084 0.688 0.024
#> GSM11442 5 0.491 0.4838 0.000 0.008 0.184 0.116 0.688 0.004
#> GSM11443 2 0.560 0.5909 0.000 0.652 0.004 0.056 0.192 0.096
#> GSM11444 3 0.338 0.6582 0.000 0.000 0.760 0.004 0.228 0.008
#> GSM11445 3 0.285 0.7123 0.000 0.000 0.848 0.024 0.124 0.004
#> GSM11446 5 0.459 0.1096 0.000 0.000 0.372 0.016 0.592 0.020
#> GSM11447 5 0.368 0.5137 0.000 0.020 0.124 0.024 0.816 0.016
#> GSM11448 5 0.820 0.2019 0.168 0.300 0.028 0.032 0.372 0.100
#> GSM11449 3 0.547 0.5295 0.220 0.040 0.668 0.004 0.024 0.044
#> GSM11450 1 0.582 0.5170 0.700 0.056 0.080 0.008 0.100 0.056
#> GSM11451 2 0.258 0.6689 0.016 0.888 0.000 0.044 0.000 0.052
#> GSM11452 2 0.480 -0.0311 0.456 0.492 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM11453 1 0.572 0.4999 0.672 0.040 0.004 0.104 0.020 0.160
#> GSM11454 3 0.472 0.6102 0.000 0.000 0.680 0.028 0.248 0.044
#> GSM11455 5 0.702 0.2714 0.000 0.184 0.044 0.296 0.452 0.024
#> GSM11456 5 0.648 0.1630 0.016 0.416 0.032 0.028 0.452 0.056
#> GSM11457 2 0.337 0.6812 0.000 0.832 0.000 0.104 0.020 0.044
#> GSM11458 3 0.509 0.5185 0.068 0.000 0.624 0.004 0.012 0.292
#> GSM11459 3 0.421 0.6508 0.000 0.000 0.756 0.036 0.172 0.036
#> GSM11460 6 0.567 0.4207 0.208 0.000 0.040 0.088 0.016 0.648
#> GSM11461 6 0.807 0.0740 0.100 0.080 0.072 0.024 0.340 0.384
#> GSM11462 3 0.455 0.5752 0.064 0.000 0.692 0.004 0.004 0.236
#> GSM11463 2 0.485 0.6338 0.000 0.728 0.004 0.036 0.136 0.096
#> GSM11464 1 0.642 -0.1370 0.460 0.000 0.072 0.068 0.012 0.388
#> GSM11465 5 0.833 0.2394 0.108 0.320 0.084 0.032 0.376 0.080
#> GSM11466 5 0.814 0.2024 0.052 0.012 0.268 0.184 0.392 0.092
#> GSM11467 6 0.549 0.0778 0.444 0.000 0.024 0.040 0.012 0.480
#> GSM11468 3 0.141 0.7309 0.004 0.000 0.952 0.012 0.012 0.020
#> GSM11469 3 0.143 0.7310 0.028 0.000 0.948 0.000 0.008 0.016
#> GSM11470 1 0.378 0.4207 0.708 0.000 0.000 0.008 0.008 0.276
#> GSM11471 3 0.761 0.3094 0.256 0.080 0.492 0.016 0.076 0.080
#> GSM11472 4 0.905 -0.0258 0.176 0.016 0.156 0.296 0.228 0.128
#> GSM11473 5 0.645 0.2362 0.004 0.272 0.012 0.060 0.552 0.100
#> GSM11474 2 0.481 0.6522 0.000 0.736 0.000 0.068 0.112 0.084
#> GSM11475 3 0.346 0.6997 0.008 0.016 0.848 0.020 0.084 0.024
#> GSM11476 4 0.473 0.4446 0.000 0.048 0.036 0.740 0.160 0.016
#> GSM11477 2 0.268 0.6688 0.016 0.892 0.000 0.028 0.016 0.048
#> GSM11478 2 0.425 0.6434 0.000 0.740 0.000 0.196 0.036 0.028
#> GSM11479 5 0.628 0.3573 0.000 0.140 0.016 0.288 0.532 0.024
#> GSM11480 2 0.386 0.6421 0.000 0.756 0.000 0.204 0.016 0.024
#> GSM11481 4 0.676 0.2636 0.100 0.008 0.096 0.584 0.024 0.188
#> GSM11482 4 0.542 0.4605 0.012 0.048 0.068 0.716 0.136 0.020
#> GSM11483 5 0.581 0.1496 0.000 0.092 0.004 0.436 0.448 0.020
#> GSM11484 4 0.559 0.3895 0.008 0.000 0.044 0.664 0.152 0.132
#> GSM11485 4 0.553 0.2195 0.000 0.088 0.004 0.620 0.256 0.032
#> GSM11486 2 0.621 0.2796 0.000 0.468 0.000 0.064 0.380 0.088
#> GSM11487 1 0.562 0.4844 0.672 0.020 0.004 0.108 0.028 0.168
#> GSM11488 4 0.575 0.3846 0.008 0.000 0.040 0.640 0.176 0.136
#> GSM11489 2 0.772 0.0764 0.012 0.440 0.044 0.224 0.224 0.056
#> GSM11490 5 0.374 0.5134 0.000 0.020 0.116 0.016 0.816 0.032
#> GSM11491 1 0.548 0.5196 0.688 0.048 0.000 0.084 0.020 0.160
#> GSM11492 4 0.628 0.3279 0.008 0.000 0.056 0.580 0.208 0.148
#> GSM11493 4 0.479 0.4610 0.000 0.004 0.056 0.724 0.172 0.044
#> GSM11494 5 0.418 0.4651 0.000 0.004 0.060 0.176 0.752 0.008
#> GSM11495 5 0.550 0.1618 0.000 0.024 0.028 0.404 0.520 0.024
#> GSM11496 5 0.437 0.4715 0.000 0.108 0.028 0.016 0.780 0.068
#> GSM11497 2 0.741 0.3595 0.256 0.456 0.004 0.016 0.164 0.104
#> GSM11498 2 0.632 0.5387 0.008 0.588 0.016 0.040 0.236 0.112
#> GSM11499 4 0.475 0.3511 0.000 0.080 0.000 0.708 0.188 0.024
#> GSM11500 5 0.610 0.4347 0.000 0.132 0.052 0.160 0.632 0.024
#> GSM11501 4 0.533 0.3704 0.000 0.100 0.036 0.696 0.152 0.016
#> GSM11502 2 0.242 0.6632 0.040 0.896 0.000 0.012 0.000 0.052
#> GSM11503 2 0.550 0.6359 0.000 0.692 0.012 0.084 0.132 0.080
#> GSM11504 4 0.632 0.0727 0.004 0.000 0.040 0.468 0.124 0.364
#> GSM11505 2 0.538 0.6073 0.000 0.672 0.000 0.060 0.172 0.096
#> GSM11506 2 0.652 0.5511 0.000 0.564 0.004 0.160 0.176 0.096
#> GSM11507 2 0.423 0.6109 0.000 0.708 0.000 0.248 0.024 0.020
#> GSM11508 3 0.430 0.6422 0.000 0.000 0.732 0.052 0.200 0.016
#> GSM11509 3 0.510 0.4266 0.000 0.000 0.588 0.048 0.340 0.024
#> GSM11510 4 0.749 -0.1348 0.000 0.312 0.016 0.336 0.260 0.076
#> GSM11511 1 0.684 0.3200 0.544 0.036 0.024 0.012 0.212 0.172
#> GSM11512 4 0.618 0.1195 0.004 0.000 0.040 0.496 0.108 0.352
#> GSM11513 3 0.438 0.6281 0.000 0.000 0.736 0.048 0.188 0.028
#> GSM11514 4 0.853 0.1956 0.104 0.160 0.028 0.428 0.096 0.184
#> GSM11515 5 0.607 0.4599 0.000 0.020 0.224 0.140 0.592 0.024
#> GSM11516 1 0.446 0.5158 0.724 0.200 0.004 0.000 0.012 0.060
#> GSM11517 3 0.255 0.7193 0.008 0.000 0.888 0.020 0.076 0.008
#> GSM11518 5 0.557 0.5185 0.012 0.040 0.132 0.044 0.712 0.060
#> GSM11519 1 0.467 0.5421 0.752 0.024 0.000 0.068 0.020 0.136
#> GSM11520 1 0.172 0.6011 0.932 0.004 0.004 0.012 0.000 0.048
#> GSM11521 4 0.462 0.4216 0.000 0.060 0.032 0.756 0.136 0.016
#> GSM11522 3 0.575 0.4819 0.256 0.028 0.628 0.004 0.040 0.044
#> GSM11523 1 0.373 0.5186 0.764 0.000 0.008 0.004 0.020 0.204
#> GSM11524 3 0.336 0.6995 0.012 0.000 0.840 0.100 0.036 0.012
#> GSM11525 2 0.394 0.6735 0.000 0.800 0.000 0.096 0.068 0.036
#> GSM11526 6 0.714 0.0829 0.008 0.000 0.072 0.272 0.220 0.428
#> GSM11527 2 0.611 0.5505 0.000 0.576 0.000 0.244 0.100 0.080
#> GSM11528 2 0.633 0.5967 0.008 0.628 0.020 0.172 0.084 0.088
#> GSM11529 2 0.429 0.6539 0.044 0.812 0.024 0.016 0.048 0.056
#> GSM11530 3 0.272 0.7152 0.052 0.024 0.892 0.004 0.012 0.016
#> GSM11531 2 0.438 0.6341 0.000 0.740 0.000 0.012 0.156 0.092
#> GSM11532 3 0.451 0.6823 0.052 0.000 0.788 0.056 0.040 0.064
#> GSM11533 2 0.501 0.5503 0.192 0.688 0.000 0.000 0.032 0.088
#> GSM11534 1 0.680 0.4833 0.640 0.112 0.068 0.052 0.068 0.060
#> GSM11535 2 0.463 0.6398 0.012 0.736 0.000 0.008 0.132 0.112
#> GSM11536 4 0.487 0.4176 0.028 0.020 0.044 0.760 0.024 0.124
#> GSM11537 2 0.349 0.6445 0.036 0.848 0.004 0.040 0.008 0.064
#> GSM11538 4 0.744 0.1087 0.116 0.036 0.064 0.456 0.016 0.312
#> GSM11539 2 0.391 0.6658 0.000 0.800 0.000 0.028 0.084 0.088
#> GSM11540 2 0.314 0.6793 0.000 0.856 0.004 0.084 0.028 0.028
#> GSM11541 6 0.704 0.2358 0.176 0.000 0.068 0.296 0.012 0.448
#> GSM11542 2 0.643 0.5603 0.028 0.636 0.028 0.176 0.064 0.068
#> GSM11543 5 0.704 0.2181 0.024 0.020 0.076 0.348 0.468 0.064
#> GSM11544 1 0.544 0.5494 0.716 0.052 0.016 0.056 0.020 0.140
#> GSM11545 1 0.758 0.2763 0.452 0.180 0.000 0.144 0.024 0.200
#> GSM11546 2 0.701 0.4503 0.004 0.500 0.020 0.060 0.156 0.260
#> GSM11547 2 0.733 0.1312 0.008 0.372 0.016 0.040 0.304 0.260
#> GSM11548 3 0.472 0.6302 0.000 0.008 0.712 0.036 0.208 0.036
#> GSM11549 1 0.475 0.4820 0.676 0.000 0.008 0.012 0.048 0.256
#> GSM11550 1 0.502 0.4805 0.664 0.000 0.012 0.016 0.056 0.252
#> GSM11551 5 0.875 0.2360 0.120 0.056 0.232 0.068 0.396 0.128
#> GSM11552 3 0.454 0.5761 0.052 0.000 0.692 0.008 0.004 0.244
#> GSM11553 2 0.395 0.6182 0.080 0.816 0.004 0.032 0.008 0.060
#> GSM11554 2 0.345 0.6658 0.016 0.852 0.004 0.056 0.020 0.052
#> GSM11555 4 0.804 0.0902 0.172 0.036 0.092 0.428 0.024 0.248
#> GSM11556 4 0.779 -0.0813 0.180 0.000 0.136 0.372 0.024 0.288
#> GSM11557 2 0.422 0.6494 0.000 0.768 0.000 0.020 0.116 0.096
#> GSM11558 2 0.418 0.6083 0.000 0.704 0.000 0.256 0.012 0.028
#> GSM11559 2 0.409 0.6011 0.104 0.796 0.004 0.024 0.004 0.068
#> GSM11560 1 0.651 0.2538 0.460 0.004 0.060 0.056 0.024 0.396
#> GSM11561 2 0.419 0.6092 0.000 0.704 0.000 0.256 0.016 0.024
#> GSM11562 2 0.336 0.6455 0.032 0.856 0.004 0.040 0.008 0.060
#> GSM11563 1 0.737 0.4388 0.576 0.164 0.048 0.064 0.064 0.084
#> GSM11564 4 0.769 0.1424 0.256 0.068 0.016 0.468 0.048 0.144
#> GSM11565 1 0.559 0.5379 0.716 0.088 0.020 0.016 0.084 0.076
#> GSM11566 2 0.512 0.4402 0.000 0.564 0.000 0.368 0.024 0.044
#> GSM11567 4 0.568 0.4628 0.016 0.016 0.072 0.700 0.128 0.068
#> GSM11568 1 0.509 0.5148 0.704 0.176 0.012 0.000 0.032 0.076
#> GSM11569 2 0.257 0.6709 0.012 0.892 0.000 0.052 0.004 0.040
#> GSM11570 3 0.454 0.5761 0.052 0.000 0.692 0.008 0.004 0.244
#> GSM11571 1 0.420 0.5097 0.732 0.020 0.004 0.004 0.016 0.224
#> GSM11572 2 0.838 -0.0200 0.180 0.344 0.028 0.308 0.044 0.096
#> GSM11573 1 0.776 0.2282 0.416 0.160 0.000 0.196 0.024 0.204
#> GSM11574 2 0.408 0.5984 0.108 0.796 0.004 0.024 0.004 0.064
#> GSM11575 2 0.698 0.4012 0.120 0.532 0.008 0.008 0.120 0.212
#> GSM11576 1 0.379 0.5028 0.712 0.000 0.004 0.008 0.004 0.272
#> GSM11577 1 0.221 0.6038 0.904 0.064 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM11578 1 0.612 0.1990 0.452 0.420 0.004 0.020 0.012 0.092
#> GSM11579 4 0.602 0.3102 0.000 0.152 0.028 0.648 0.116 0.056
#> GSM11580 1 0.584 0.3674 0.568 0.184 0.000 0.004 0.012 0.232
#> GSM11581 3 0.329 0.6999 0.012 0.000 0.844 0.100 0.032 0.012
#> GSM11582 6 0.696 0.3101 0.124 0.000 0.120 0.200 0.020 0.536
#> GSM11583 6 0.868 0.1099 0.056 0.044 0.228 0.080 0.264 0.328
#> GSM11584 4 0.554 0.4306 0.012 0.004 0.160 0.676 0.116 0.032
#> GSM11585 2 0.270 0.6744 0.012 0.884 0.000 0.004 0.052 0.048
#> GSM11586 1 0.268 0.5944 0.896 0.004 0.040 0.020 0.012 0.028
#> GSM11587 1 0.368 0.5159 0.760 0.000 0.004 0.004 0.020 0.212
#> GSM11588 1 0.710 0.4053 0.540 0.128 0.004 0.116 0.024 0.188
#> GSM11589 1 0.687 0.3535 0.576 0.068 0.044 0.204 0.008 0.100
#> GSM11590 1 0.172 0.6048 0.940 0.012 0.004 0.012 0.004 0.028
#> GSM11591 2 0.253 0.6607 0.052 0.892 0.000 0.004 0.008 0.044
#> GSM11592 1 0.469 0.5475 0.772 0.000 0.064 0.028 0.064 0.072
#> GSM11593 1 0.115 0.6040 0.960 0.004 0.000 0.004 0.004 0.028
#> GSM11594 1 0.567 0.5083 0.688 0.016 0.032 0.076 0.024 0.164
#> GSM11595 5 0.845 0.2619 0.164 0.248 0.088 0.024 0.396 0.080
#> GSM11596 2 0.615 0.5417 0.000 0.660 0.112 0.092 0.080 0.056
#> GSM11597 5 0.532 0.4191 0.000 0.012 0.320 0.028 0.600 0.040
#> GSM11598 1 0.545 0.5182 0.696 0.036 0.004 0.088 0.020 0.156
#> GSM11599 3 0.231 0.7251 0.000 0.000 0.900 0.024 0.064 0.012
#> GSM11600 4 0.736 0.0186 0.124 0.000 0.120 0.452 0.024 0.280
#> GSM11601 5 0.686 0.3573 0.016 0.300 0.120 0.008 0.500 0.056
#> GSM11602 1 0.387 0.5004 0.732 0.000 0.004 0.004 0.020 0.240
#> GSM11603 1 0.371 0.5132 0.756 0.000 0.004 0.004 0.020 0.216
#> GSM11604 3 0.309 0.7208 0.076 0.000 0.864 0.012 0.028 0.020
#> GSM11605 4 0.760 -0.1141 0.252 0.000 0.100 0.396 0.020 0.232
#> GSM11606 2 0.424 0.5937 0.112 0.788 0.004 0.024 0.008 0.064
#> GSM11607 1 0.382 0.5664 0.812 0.016 0.000 0.044 0.016 0.112
#> GSM11608 3 0.471 0.5658 0.076 0.000 0.680 0.004 0.004 0.236
#> GSM11609 4 0.571 0.4661 0.016 0.036 0.100 0.708 0.096 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:kmeans 151 0.42618 2
#> CV:kmeans 138 0.25895 3
#> CV:kmeans 86 0.05696 4
#> CV:kmeans 95 0.02358 5
#> CV:kmeans 88 0.00176 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.541 0.798 0.905 0.5029 0.497 0.497
#> 3 3 0.471 0.668 0.832 0.3309 0.727 0.504
#> 4 4 0.417 0.482 0.672 0.1212 0.839 0.566
#> 5 5 0.459 0.423 0.614 0.0657 0.898 0.634
#> 6 6 0.504 0.321 0.542 0.0410 0.931 0.697
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.9460 0.46543 0.636 0.364
#> GSM11438 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11439 2 0.2948 0.88673 0.052 0.948
#> GSM11440 1 0.4431 0.85041 0.908 0.092
#> GSM11441 1 0.8386 0.64224 0.732 0.268
#> GSM11442 2 0.2043 0.89717 0.032 0.968
#> GSM11443 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.9732 0.36162 0.596 0.404
#> GSM11445 2 0.9988 0.04776 0.480 0.520
#> GSM11446 2 0.9998 0.00569 0.492 0.508
#> GSM11447 2 0.2948 0.88673 0.052 0.948
#> GSM11448 2 0.8144 0.65013 0.252 0.748
#> GSM11449 1 0.0938 0.88054 0.988 0.012
#> GSM11450 1 0.0938 0.88153 0.988 0.012
#> GSM11451 2 0.0376 0.90493 0.004 0.996
#> GSM11452 1 0.9248 0.53475 0.660 0.340
#> GSM11453 1 0.4161 0.85800 0.916 0.084
#> GSM11454 1 0.7815 0.68749 0.768 0.232
#> GSM11455 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11458 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.3114 0.86150 0.944 0.056
#> GSM11460 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.1414 0.88038 0.980 0.020
#> GSM11462 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0376 0.90529 0.004 0.996
#> GSM11464 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11465 2 0.8763 0.56934 0.296 0.704
#> GSM11466 1 0.3114 0.86494 0.944 0.056
#> GSM11467 1 0.0672 0.88103 0.992 0.008
#> GSM11468 1 0.4431 0.83845 0.908 0.092
#> GSM11469 1 0.0376 0.88115 0.996 0.004
#> GSM11470 1 0.0672 0.88103 0.992 0.008
#> GSM11471 1 0.0672 0.88103 0.992 0.008
#> GSM11472 1 0.5408 0.82007 0.876 0.124
#> GSM11473 2 0.0938 0.90362 0.012 0.988
#> GSM11474 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11475 2 0.9963 0.12608 0.464 0.536
#> GSM11476 2 0.1184 0.90230 0.016 0.984
#> GSM11477 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11479 2 0.1184 0.90230 0.016 0.984
#> GSM11480 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11481 1 0.2423 0.87594 0.960 0.040
#> GSM11482 2 0.2043 0.89833 0.032 0.968
#> GSM11483 2 0.0672 0.90459 0.008 0.992
#> GSM11484 2 0.7950 0.68773 0.240 0.760
#> GSM11485 2 0.0672 0.90459 0.008 0.992
#> GSM11486 2 0.0376 0.90532 0.004 0.996
#> GSM11487 1 0.0938 0.88079 0.988 0.012
#> GSM11488 2 0.6531 0.78471 0.168 0.832
#> GSM11489 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11490 2 0.3431 0.88097 0.064 0.936
#> GSM11491 1 0.1843 0.87822 0.972 0.028
#> GSM11492 2 0.8661 0.60400 0.288 0.712
#> GSM11493 2 0.5294 0.83596 0.120 0.880
#> GSM11494 2 0.3114 0.88510 0.056 0.944
#> GSM11495 2 0.1184 0.90230 0.016 0.984
#> GSM11496 2 0.0938 0.90362 0.012 0.988
#> GSM11497 2 0.6148 0.79225 0.152 0.848
#> GSM11498 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11499 2 0.0672 0.90459 0.008 0.992
#> GSM11500 2 0.1414 0.90117 0.020 0.980
#> GSM11501 2 0.0376 0.90532 0.004 0.996
#> GSM11502 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11503 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11504 1 0.7883 0.68367 0.764 0.236
#> GSM11505 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0672 0.90459 0.008 0.992
#> GSM11507 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.9087 0.54048 0.676 0.324
#> GSM11509 2 0.5629 0.82634 0.132 0.868
#> GSM11510 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.8327 0.66643 0.736 0.264
#> GSM11512 2 0.9996 0.01683 0.488 0.512
#> GSM11513 1 0.8144 0.66691 0.748 0.252
#> GSM11514 2 0.7883 0.69381 0.236 0.764
#> GSM11515 2 0.2778 0.88978 0.048 0.952
#> GSM11516 1 0.7674 0.71797 0.776 0.224
#> GSM11517 1 0.3274 0.85684 0.940 0.060
#> GSM11518 2 0.6712 0.78587 0.176 0.824
#> GSM11519 1 0.1414 0.87900 0.980 0.020
#> GSM11520 1 0.0672 0.88103 0.992 0.008
#> GSM11521 2 0.0938 0.90387 0.012 0.988
#> GSM11522 1 0.0938 0.88054 0.988 0.012
#> GSM11523 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11524 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11525 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11526 1 0.9661 0.38760 0.608 0.392
#> GSM11527 2 0.0938 0.90362 0.012 0.988
#> GSM11528 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.4298 0.85888 0.088 0.912
#> GSM11530 1 0.0672 0.88103 0.992 0.008
#> GSM11531 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11532 1 0.1843 0.87590 0.972 0.028
#> GSM11533 2 0.4939 0.83734 0.108 0.892
#> GSM11534 1 0.9795 0.37956 0.584 0.416
#> GSM11535 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11536 2 0.6887 0.76410 0.184 0.816
#> GSM11537 2 0.0672 0.90375 0.008 0.992
#> GSM11538 1 0.2948 0.86872 0.948 0.052
#> GSM11539 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11541 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11543 2 0.4431 0.86245 0.092 0.908
#> GSM11544 1 0.1184 0.87980 0.984 0.016
#> GSM11545 1 0.7528 0.72645 0.784 0.216
#> GSM11546 2 0.2778 0.89168 0.048 0.952
#> GSM11547 2 0.3274 0.88418 0.060 0.940
#> GSM11548 2 0.8207 0.66897 0.256 0.744
#> GSM11549 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.7299 0.73591 0.796 0.204
#> GSM11552 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.6623 0.75729 0.172 0.828
#> GSM11554 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11555 1 0.1633 0.87909 0.976 0.024
#> GSM11556 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.5408 0.81522 0.124 0.876
#> GSM11560 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11563 1 0.4161 0.85393 0.916 0.084
#> GSM11564 1 0.9815 0.28109 0.580 0.420
#> GSM11565 1 0.3733 0.85875 0.928 0.072
#> GSM11566 2 0.1414 0.89946 0.020 0.980
#> GSM11567 1 0.9522 0.46116 0.628 0.372
#> GSM11568 1 0.7299 0.74143 0.796 0.204
#> GSM11569 2 0.0000 0.90585 0.000 1.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.2603 0.87288 0.956 0.044
#> GSM11572 1 0.9909 0.26544 0.556 0.444
#> GSM11573 1 0.5408 0.82506 0.876 0.124
#> GSM11574 2 0.7299 0.71506 0.204 0.796
#> GSM11575 1 0.9922 0.22429 0.552 0.448
#> GSM11576 1 0.0376 0.88112 0.996 0.004
#> GSM11577 1 0.2948 0.86820 0.948 0.052
#> GSM11578 1 0.9129 0.55856 0.672 0.328
#> GSM11579 2 0.1633 0.90054 0.024 0.976
#> GSM11580 1 0.8499 0.64879 0.724 0.276
#> GSM11581 1 0.5059 0.82411 0.888 0.112
#> GSM11582 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11583 1 0.8499 0.61677 0.724 0.276
#> GSM11584 1 0.9896 0.22004 0.560 0.440
#> GSM11585 2 0.0672 0.90373 0.008 0.992
#> GSM11586 1 0.0672 0.88120 0.992 0.008
#> GSM11587 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11588 1 0.3733 0.85954 0.928 0.072
#> GSM11589 1 0.2603 0.87098 0.956 0.044
#> GSM11590 1 0.1184 0.87980 0.984 0.016
#> GSM11591 2 0.6623 0.75950 0.172 0.828
#> GSM11592 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11593 1 0.1184 0.87980 0.984 0.016
#> GSM11594 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11595 1 0.9460 0.48371 0.636 0.364
#> GSM11596 2 0.8555 0.63490 0.280 0.720
#> GSM11597 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11598 1 0.1184 0.87980 0.984 0.016
#> GSM11599 1 0.0376 0.88076 0.996 0.004
#> GSM11600 1 0.1633 0.87736 0.976 0.024
#> GSM11601 2 0.1633 0.89672 0.024 0.976
#> GSM11602 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11604 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11605 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11606 2 0.7376 0.70816 0.208 0.792
#> GSM11607 1 0.1184 0.87980 0.984 0.016
#> GSM11608 1 0.0000 0.88110 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.9661 0.35334 0.392 0.608
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.8338 0.2081 0.516 0.084 0.400
#> GSM11438 2 0.4002 0.7774 0.000 0.840 0.160
#> GSM11439 3 0.6095 0.1834 0.000 0.392 0.608
#> GSM11440 3 0.3764 0.7770 0.040 0.068 0.892
#> GSM11441 3 0.2400 0.7847 0.064 0.004 0.932
#> GSM11442 3 0.1411 0.7921 0.000 0.036 0.964
#> GSM11443 2 0.2878 0.8181 0.000 0.904 0.096
#> GSM11444 3 0.1182 0.7951 0.012 0.012 0.976
#> GSM11445 3 0.0424 0.7929 0.000 0.008 0.992
#> GSM11446 3 0.0983 0.7941 0.016 0.004 0.980
#> GSM11447 3 0.3619 0.7192 0.000 0.136 0.864
#> GSM11448 2 0.6487 0.5490 0.268 0.700 0.032
#> GSM11449 1 0.5610 0.6642 0.776 0.028 0.196
#> GSM11450 1 0.2527 0.7893 0.936 0.044 0.020
#> GSM11451 2 0.1643 0.8251 0.044 0.956 0.000
#> GSM11452 1 0.6299 0.1886 0.524 0.476 0.000
#> GSM11453 1 0.4007 0.7732 0.880 0.084 0.036
#> GSM11454 3 0.1163 0.7924 0.028 0.000 0.972
#> GSM11455 2 0.5650 0.5860 0.000 0.688 0.312
#> GSM11456 2 0.1163 0.8384 0.000 0.972 0.028
#> GSM11457 2 0.0237 0.8355 0.004 0.996 0.000
#> GSM11458 3 0.6280 0.1465 0.460 0.000 0.540
#> GSM11459 3 0.2796 0.7705 0.092 0.000 0.908
#> GSM11460 1 0.3686 0.7182 0.860 0.000 0.140
#> GSM11461 1 0.5951 0.6565 0.764 0.040 0.196
#> GSM11462 1 0.6204 0.2250 0.576 0.000 0.424
#> GSM11463 2 0.1399 0.8372 0.004 0.968 0.028
#> GSM11464 1 0.2356 0.7729 0.928 0.000 0.072
#> GSM11465 2 0.6057 0.6566 0.044 0.760 0.196
#> GSM11466 3 0.2793 0.7919 0.044 0.028 0.928
#> GSM11467 1 0.0848 0.7910 0.984 0.008 0.008
#> GSM11468 3 0.3340 0.7529 0.120 0.000 0.880
#> GSM11469 3 0.5397 0.5670 0.280 0.000 0.720
#> GSM11470 1 0.0000 0.7894 1.000 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.6601 0.5182 0.676 0.028 0.296
#> GSM11472 1 0.6282 0.3108 0.612 0.004 0.384
#> GSM11473 2 0.4931 0.7410 0.004 0.784 0.212
#> GSM11474 2 0.1753 0.8339 0.000 0.952 0.048
#> GSM11475 3 0.3587 0.7715 0.088 0.020 0.892
#> GSM11476 3 0.5327 0.5187 0.000 0.272 0.728
#> GSM11477 2 0.0661 0.8368 0.004 0.988 0.008
#> GSM11478 2 0.2066 0.8312 0.000 0.940 0.060
#> GSM11479 2 0.5733 0.5896 0.000 0.676 0.324
#> GSM11480 2 0.0424 0.8371 0.000 0.992 0.008
#> GSM11481 3 0.7186 0.3983 0.336 0.040 0.624
#> GSM11482 3 0.4351 0.7278 0.004 0.168 0.828
#> GSM11483 2 0.6111 0.4591 0.000 0.604 0.396
#> GSM11484 3 0.2056 0.7938 0.024 0.024 0.952
#> GSM11485 2 0.6008 0.4973 0.000 0.628 0.372
#> GSM11486 2 0.3340 0.8060 0.000 0.880 0.120
#> GSM11487 1 0.2297 0.7885 0.944 0.020 0.036
#> GSM11488 3 0.1399 0.7945 0.004 0.028 0.968
#> GSM11489 2 0.3686 0.7914 0.000 0.860 0.140
#> GSM11490 3 0.4390 0.7087 0.012 0.148 0.840
#> GSM11491 1 0.2356 0.7830 0.928 0.072 0.000
#> GSM11492 3 0.2806 0.7876 0.032 0.040 0.928
#> GSM11493 3 0.1289 0.7932 0.000 0.032 0.968
#> GSM11494 3 0.2165 0.7817 0.000 0.064 0.936
#> GSM11495 3 0.5650 0.4148 0.000 0.312 0.688
#> GSM11496 2 0.6204 0.4068 0.000 0.576 0.424
#> GSM11497 2 0.7557 0.5532 0.264 0.656 0.080
#> GSM11498 2 0.3637 0.8250 0.024 0.892 0.084
#> GSM11499 2 0.6168 0.4252 0.000 0.588 0.412
#> GSM11500 2 0.6235 0.3690 0.000 0.564 0.436
#> GSM11501 2 0.6026 0.4586 0.000 0.624 0.376
#> GSM11502 2 0.0237 0.8355 0.004 0.996 0.000
#> GSM11503 2 0.2116 0.8376 0.012 0.948 0.040
#> GSM11504 3 0.1015 0.7932 0.012 0.008 0.980
#> GSM11505 2 0.2165 0.8297 0.000 0.936 0.064
#> GSM11506 2 0.4178 0.7708 0.000 0.828 0.172
#> GSM11507 2 0.0424 0.8371 0.000 0.992 0.008
#> GSM11508 3 0.0592 0.7910 0.012 0.000 0.988
#> GSM11509 3 0.2625 0.7699 0.000 0.084 0.916
#> GSM11510 2 0.5431 0.6503 0.000 0.716 0.284
#> GSM11511 1 0.4253 0.7609 0.872 0.048 0.080
#> GSM11512 3 0.1170 0.7937 0.008 0.016 0.976
#> GSM11513 3 0.1860 0.7874 0.052 0.000 0.948
#> GSM11514 3 0.8310 0.3614 0.088 0.368 0.544
#> GSM11515 3 0.1860 0.7890 0.000 0.052 0.948
#> GSM11516 1 0.5859 0.5105 0.656 0.344 0.000
#> GSM11517 3 0.3038 0.7674 0.104 0.000 0.896
#> GSM11518 3 0.7624 0.5697 0.104 0.224 0.672
#> GSM11519 1 0.2165 0.7847 0.936 0.064 0.000
#> GSM11520 1 0.0000 0.7894 1.000 0.000 0.000
#> GSM11521 3 0.5431 0.5116 0.000 0.284 0.716
#> GSM11522 1 0.5698 0.5930 0.736 0.012 0.252
#> GSM11523 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11524 3 0.2066 0.7834 0.060 0.000 0.940
#> GSM11525 2 0.2878 0.8194 0.000 0.904 0.096
#> GSM11526 3 0.1399 0.7946 0.028 0.004 0.968
#> GSM11527 2 0.4654 0.7384 0.000 0.792 0.208
#> GSM11528 2 0.1289 0.8374 0.000 0.968 0.032
#> GSM11529 2 0.6756 0.6137 0.232 0.712 0.056
#> GSM11530 3 0.7128 0.4123 0.344 0.036 0.620
#> GSM11531 2 0.1399 0.8371 0.004 0.968 0.028
#> GSM11532 3 0.5845 0.5138 0.308 0.004 0.688
#> GSM11533 2 0.6018 0.4656 0.308 0.684 0.008
#> GSM11534 1 0.7187 0.6266 0.692 0.232 0.076
#> GSM11535 2 0.1781 0.8375 0.020 0.960 0.020
#> GSM11536 3 0.5891 0.6949 0.036 0.200 0.764
#> GSM11537 2 0.1529 0.8261 0.040 0.960 0.000
#> GSM11538 1 0.7391 0.6505 0.696 0.108 0.196
#> GSM11539 2 0.0892 0.8373 0.000 0.980 0.020
#> GSM11540 2 0.0424 0.8369 0.000 0.992 0.008
#> GSM11541 1 0.4605 0.6728 0.796 0.000 0.204
#> GSM11542 2 0.1015 0.8354 0.012 0.980 0.008
#> GSM11543 3 0.9076 0.0919 0.144 0.368 0.488
#> GSM11544 1 0.1643 0.7890 0.956 0.044 0.000
#> GSM11545 1 0.4842 0.7058 0.776 0.224 0.000
#> GSM11546 2 0.6181 0.7479 0.116 0.780 0.104
#> GSM11547 2 0.5514 0.7489 0.156 0.800 0.044
#> GSM11548 3 0.1636 0.7964 0.016 0.020 0.964
#> GSM11549 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11550 1 0.0424 0.7893 0.992 0.000 0.008
#> GSM11551 3 0.7589 0.3808 0.360 0.052 0.588
#> GSM11552 3 0.6291 0.1200 0.468 0.000 0.532
#> GSM11553 2 0.0892 0.8325 0.020 0.980 0.000
#> GSM11554 2 0.0237 0.8355 0.004 0.996 0.000
#> GSM11555 1 0.7940 0.4345 0.592 0.076 0.332
#> GSM11556 1 0.5926 0.3979 0.644 0.000 0.356
#> GSM11557 2 0.1129 0.8370 0.004 0.976 0.020
#> GSM11558 2 0.0237 0.8368 0.000 0.996 0.004
#> GSM11559 2 0.1643 0.8244 0.044 0.956 0.000
#> GSM11560 1 0.0892 0.7860 0.980 0.000 0.020
#> GSM11561 2 0.0237 0.8368 0.000 0.996 0.004
#> GSM11562 2 0.0424 0.8352 0.008 0.992 0.000
#> GSM11563 1 0.5236 0.7322 0.804 0.168 0.028
#> GSM11564 1 0.7772 0.5848 0.672 0.196 0.132
#> GSM11565 1 0.3619 0.7569 0.864 0.136 0.000
#> GSM11566 2 0.2806 0.8302 0.032 0.928 0.040
#> GSM11567 3 0.5075 0.7524 0.096 0.068 0.836
#> GSM11568 1 0.5497 0.5928 0.708 0.292 0.000
#> GSM11569 2 0.0237 0.8355 0.004 0.996 0.000
#> GSM11570 3 0.6302 0.0826 0.480 0.000 0.520
#> GSM11571 1 0.0424 0.7914 0.992 0.008 0.000
#> GSM11572 2 0.6879 0.3348 0.360 0.616 0.024
#> GSM11573 1 0.4861 0.7223 0.800 0.192 0.008
#> GSM11574 2 0.2165 0.8128 0.064 0.936 0.000
#> GSM11575 2 0.6816 0.0781 0.472 0.516 0.012
#> GSM11576 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11577 1 0.3686 0.7565 0.860 0.140 0.000
#> GSM11578 1 0.6095 0.4137 0.608 0.392 0.000
#> GSM11579 2 0.6799 0.2122 0.012 0.532 0.456
#> GSM11580 1 0.4555 0.7158 0.800 0.200 0.000
#> GSM11581 3 0.1964 0.7846 0.056 0.000 0.944
#> GSM11582 1 0.6244 0.1812 0.560 0.000 0.440
#> GSM11583 1 0.8119 0.0404 0.500 0.068 0.432
#> GSM11584 3 0.2116 0.7905 0.040 0.012 0.948
#> GSM11585 2 0.0475 0.8362 0.004 0.992 0.004
#> GSM11586 1 0.1182 0.7915 0.976 0.012 0.012
#> GSM11587 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11588 1 0.4465 0.7339 0.820 0.176 0.004
#> GSM11589 1 0.3377 0.7776 0.896 0.092 0.012
#> GSM11590 1 0.0747 0.7903 0.984 0.016 0.000
#> GSM11591 2 0.1031 0.8327 0.024 0.976 0.000
#> GSM11592 1 0.1411 0.7858 0.964 0.000 0.036
#> GSM11593 1 0.0592 0.7901 0.988 0.012 0.000
#> GSM11594 1 0.0747 0.7883 0.984 0.000 0.016
#> GSM11595 1 0.9252 0.2261 0.448 0.396 0.156
#> GSM11596 2 0.6764 0.7044 0.148 0.744 0.108
#> GSM11597 3 0.5754 0.5781 0.296 0.004 0.700
#> GSM11598 1 0.0747 0.7903 0.984 0.016 0.000
#> GSM11599 3 0.2711 0.7715 0.088 0.000 0.912
#> GSM11600 1 0.6228 0.3523 0.624 0.004 0.372
#> GSM11601 2 0.4409 0.7644 0.004 0.824 0.172
#> GSM11602 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11603 1 0.0237 0.7890 0.996 0.000 0.004
#> GSM11604 3 0.6225 0.2424 0.432 0.000 0.568
#> GSM11605 1 0.3752 0.7203 0.856 0.000 0.144
#> GSM11606 2 0.1529 0.8262 0.040 0.960 0.000
#> GSM11607 1 0.0592 0.7901 0.988 0.012 0.000
#> GSM11608 1 0.6140 0.2804 0.596 0.000 0.404
#> GSM11609 3 0.7860 0.6326 0.132 0.204 0.664
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.9323 0.07836 0.308 0.104 0.208 0.380
#> GSM11438 2 0.6384 0.25402 0.000 0.532 0.068 0.400
#> GSM11439 4 0.7931 0.26828 0.004 0.260 0.312 0.424
#> GSM11440 3 0.4635 0.51861 0.032 0.028 0.812 0.128
#> GSM11441 3 0.6957 0.04763 0.056 0.024 0.480 0.440
#> GSM11442 3 0.5931 0.02294 0.000 0.036 0.504 0.460
#> GSM11443 2 0.3991 0.66299 0.000 0.832 0.048 0.120
#> GSM11444 3 0.4257 0.49640 0.000 0.048 0.812 0.140
#> GSM11445 3 0.3542 0.53151 0.000 0.028 0.852 0.120
#> GSM11446 3 0.5284 0.36657 0.000 0.040 0.696 0.264
#> GSM11447 3 0.7047 -0.13419 0.000 0.120 0.444 0.436
#> GSM11448 2 0.8814 0.21324 0.280 0.428 0.056 0.236
#> GSM11449 3 0.6283 0.19258 0.444 0.024 0.512 0.020
#> GSM11450 1 0.3465 0.75177 0.880 0.020 0.072 0.028
#> GSM11451 2 0.3523 0.71415 0.032 0.856 0.000 0.112
#> GSM11452 1 0.5721 0.26087 0.548 0.428 0.004 0.020
#> GSM11453 1 0.5675 0.70897 0.744 0.052 0.032 0.172
#> GSM11454 3 0.4461 0.50502 0.012 0.016 0.788 0.184
#> GSM11455 4 0.6685 0.31619 0.000 0.324 0.108 0.568
#> GSM11456 2 0.6274 0.44917 0.016 0.612 0.044 0.328
#> GSM11457 2 0.2010 0.72547 0.004 0.932 0.004 0.060
#> GSM11458 3 0.4609 0.53404 0.224 0.000 0.752 0.024
#> GSM11459 3 0.3619 0.55954 0.036 0.004 0.860 0.100
#> GSM11460 1 0.6722 0.47851 0.616 0.000 0.200 0.184
#> GSM11461 1 0.9298 -0.07283 0.360 0.112 0.348 0.180
#> GSM11462 3 0.4776 0.50875 0.272 0.000 0.712 0.016
#> GSM11463 2 0.3150 0.69899 0.004 0.888 0.036 0.072
#> GSM11464 1 0.5470 0.66403 0.736 0.000 0.148 0.116
#> GSM11465 2 0.9350 -0.00796 0.104 0.376 0.304 0.216
#> GSM11466 3 0.6198 0.40091 0.048 0.020 0.652 0.280
#> GSM11467 1 0.4608 0.71157 0.800 0.000 0.096 0.104
#> GSM11468 3 0.2644 0.56341 0.032 0.000 0.908 0.060
#> GSM11469 3 0.3243 0.56769 0.088 0.000 0.876 0.036
#> GSM11470 1 0.1706 0.75439 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM11471 3 0.7274 0.14078 0.436 0.044 0.468 0.052
#> GSM11472 1 0.8400 0.12951 0.428 0.028 0.228 0.316
#> GSM11473 2 0.6497 0.35165 0.000 0.596 0.100 0.304
#> GSM11474 2 0.3099 0.69879 0.000 0.876 0.020 0.104
#> GSM11475 3 0.4920 0.53304 0.028 0.056 0.804 0.112
#> GSM11476 4 0.5234 0.49087 0.000 0.096 0.152 0.752
#> GSM11477 2 0.2384 0.72364 0.004 0.916 0.008 0.072
#> GSM11478 2 0.3219 0.70579 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM11479 4 0.6770 0.14964 0.000 0.408 0.096 0.496
#> GSM11480 2 0.3355 0.69883 0.000 0.836 0.004 0.160
#> GSM11481 4 0.7246 -0.04368 0.124 0.004 0.424 0.448
#> GSM11482 4 0.6201 0.39213 0.000 0.080 0.300 0.620
#> GSM11483 4 0.6820 0.27580 0.000 0.364 0.108 0.528
#> GSM11484 4 0.5519 0.31957 0.004 0.028 0.316 0.652
#> GSM11485 4 0.5619 0.41469 0.000 0.248 0.064 0.688
#> GSM11486 2 0.5404 0.52737 0.000 0.700 0.052 0.248
#> GSM11487 1 0.4331 0.72518 0.800 0.004 0.028 0.168
#> GSM11488 4 0.4546 0.37886 0.000 0.012 0.256 0.732
#> GSM11489 2 0.7030 0.29173 0.016 0.524 0.080 0.380
#> GSM11490 4 0.7484 0.15980 0.004 0.156 0.384 0.456
#> GSM11491 1 0.3798 0.75356 0.856 0.032 0.012 0.100
#> GSM11492 4 0.5478 0.26058 0.008 0.016 0.340 0.636
#> GSM11493 4 0.5069 0.31240 0.000 0.016 0.320 0.664
#> GSM11494 4 0.6033 0.30856 0.000 0.064 0.316 0.620
#> GSM11495 4 0.6098 0.43555 0.000 0.124 0.200 0.676
#> GSM11496 4 0.7449 0.27351 0.000 0.356 0.180 0.464
#> GSM11497 2 0.7010 0.45054 0.276 0.608 0.028 0.088
#> GSM11498 2 0.6524 0.61110 0.064 0.680 0.044 0.212
#> GSM11499 4 0.5596 0.45532 0.000 0.236 0.068 0.696
#> GSM11500 4 0.7167 0.21842 0.000 0.396 0.136 0.468
#> GSM11501 4 0.5816 0.45639 0.000 0.224 0.088 0.688
#> GSM11502 2 0.2549 0.71845 0.024 0.916 0.004 0.056
#> GSM11503 2 0.4026 0.70170 0.012 0.848 0.048 0.092
#> GSM11504 4 0.5377 0.17725 0.012 0.004 0.376 0.608
#> GSM11505 2 0.2775 0.69981 0.000 0.896 0.020 0.084
#> GSM11506 2 0.5279 0.57492 0.000 0.704 0.044 0.252
#> GSM11507 2 0.3583 0.69329 0.004 0.816 0.000 0.180
#> GSM11508 3 0.3982 0.48944 0.000 0.004 0.776 0.220
#> GSM11509 3 0.5925 0.34788 0.000 0.068 0.648 0.284
#> GSM11510 4 0.6506 -0.00796 0.016 0.444 0.040 0.500
#> GSM11511 1 0.6476 0.65115 0.720 0.108 0.076 0.096
#> GSM11512 4 0.5544 0.31336 0.028 0.008 0.296 0.668
#> GSM11513 3 0.3774 0.51520 0.008 0.004 0.820 0.168
#> GSM11514 4 0.8235 0.33250 0.072 0.160 0.216 0.552
#> GSM11515 3 0.6145 -0.04019 0.000 0.048 0.492 0.460
#> GSM11516 1 0.5346 0.60614 0.708 0.248 0.004 0.040
#> GSM11517 3 0.4540 0.56780 0.072 0.008 0.816 0.104
#> GSM11518 4 0.8846 0.23784 0.076 0.168 0.336 0.420
#> GSM11519 1 0.2629 0.76141 0.912 0.024 0.004 0.060
#> GSM11520 1 0.1913 0.75847 0.940 0.000 0.040 0.020
#> GSM11521 4 0.5772 0.49375 0.000 0.116 0.176 0.708
#> GSM11522 3 0.6550 0.26896 0.420 0.016 0.520 0.044
#> GSM11523 1 0.2222 0.74861 0.924 0.000 0.060 0.016
#> GSM11524 3 0.3401 0.51691 0.008 0.000 0.840 0.152
#> GSM11525 2 0.2924 0.71237 0.000 0.884 0.016 0.100
#> GSM11526 3 0.6499 0.20477 0.036 0.020 0.524 0.420
#> GSM11527 2 0.5574 0.50525 0.000 0.668 0.048 0.284
#> GSM11528 2 0.5400 0.60924 0.012 0.684 0.020 0.284
#> GSM11529 2 0.5781 0.62605 0.168 0.740 0.032 0.060
#> GSM11530 3 0.4866 0.56100 0.112 0.036 0.808 0.044
#> GSM11531 2 0.3128 0.70128 0.004 0.888 0.032 0.076
#> GSM11532 3 0.5387 0.54008 0.112 0.008 0.760 0.120
#> GSM11533 2 0.4896 0.51857 0.280 0.704 0.004 0.012
#> GSM11534 1 0.7035 0.61633 0.664 0.136 0.048 0.152
#> GSM11535 2 0.3094 0.71340 0.032 0.900 0.020 0.048
#> GSM11536 4 0.6005 0.40308 0.012 0.072 0.224 0.692
#> GSM11537 2 0.4261 0.69675 0.068 0.820 0.000 0.112
#> GSM11538 4 0.8925 0.04042 0.292 0.064 0.228 0.416
#> GSM11539 2 0.2392 0.71937 0.008 0.924 0.016 0.052
#> GSM11540 2 0.2675 0.72080 0.000 0.892 0.008 0.100
#> GSM11541 1 0.7415 0.36329 0.512 0.000 0.216 0.272
#> GSM11542 2 0.5342 0.65186 0.024 0.724 0.020 0.232
#> GSM11543 4 0.7856 0.42990 0.132 0.092 0.168 0.608
#> GSM11544 1 0.2586 0.76310 0.920 0.020 0.016 0.044
#> GSM11545 1 0.7052 0.58554 0.624 0.184 0.016 0.176
#> GSM11546 2 0.7277 0.48433 0.036 0.628 0.148 0.188
#> GSM11547 2 0.6920 0.55459 0.048 0.672 0.116 0.164
#> GSM11548 3 0.4938 0.49128 0.008 0.032 0.756 0.204
#> GSM11549 1 0.3169 0.74169 0.884 0.004 0.084 0.028
#> GSM11550 1 0.3471 0.74232 0.868 0.000 0.072 0.060
#> GSM11551 3 0.8644 0.27467 0.252 0.060 0.476 0.212
#> GSM11552 3 0.4833 0.52418 0.228 0.000 0.740 0.032
#> GSM11553 2 0.4979 0.67924 0.072 0.784 0.008 0.136
#> GSM11554 2 0.2976 0.71108 0.008 0.872 0.000 0.120
#> GSM11555 4 0.8977 -0.05476 0.300 0.052 0.308 0.340
#> GSM11556 3 0.7475 0.06985 0.404 0.000 0.420 0.176
#> GSM11557 2 0.1635 0.71279 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM11558 2 0.3982 0.66753 0.004 0.776 0.000 0.220
#> GSM11559 2 0.4985 0.68394 0.092 0.788 0.008 0.112
#> GSM11560 1 0.4686 0.68824 0.788 0.000 0.144 0.068
#> GSM11561 2 0.3972 0.67174 0.000 0.788 0.008 0.204
#> GSM11562 2 0.3863 0.70422 0.028 0.828 0.000 0.144
#> GSM11563 1 0.6953 0.64709 0.680 0.120 0.064 0.136
#> GSM11564 4 0.8646 -0.07996 0.368 0.124 0.084 0.424
#> GSM11565 1 0.3705 0.74994 0.872 0.064 0.024 0.040
#> GSM11566 2 0.5761 0.51120 0.012 0.632 0.024 0.332
#> GSM11567 4 0.6500 0.24345 0.032 0.028 0.376 0.564
#> GSM11568 1 0.5371 0.65744 0.728 0.224 0.020 0.028
#> GSM11569 2 0.2861 0.71450 0.016 0.888 0.000 0.096
#> GSM11570 3 0.4728 0.52791 0.216 0.000 0.752 0.032
#> GSM11571 1 0.3498 0.75416 0.880 0.060 0.044 0.016
#> GSM11572 2 0.9577 0.01586 0.236 0.340 0.124 0.300
#> GSM11573 1 0.7736 0.54720 0.576 0.128 0.048 0.248
#> GSM11574 2 0.4571 0.67911 0.116 0.808 0.004 0.072
#> GSM11575 2 0.8011 0.18651 0.364 0.484 0.080 0.072
#> GSM11576 1 0.2335 0.74719 0.920 0.000 0.060 0.020
#> GSM11577 1 0.4500 0.70712 0.796 0.168 0.012 0.024
#> GSM11578 1 0.6059 0.44903 0.616 0.328 0.004 0.052
#> GSM11579 4 0.7307 0.39064 0.000 0.284 0.192 0.524
#> GSM11580 1 0.6072 0.53433 0.648 0.296 0.028 0.028
#> GSM11581 3 0.3448 0.51006 0.004 0.000 0.828 0.168
#> GSM11582 3 0.7572 0.29751 0.288 0.000 0.480 0.232
#> GSM11583 3 0.8569 0.28425 0.248 0.040 0.444 0.268
#> GSM11584 3 0.5679 -0.07019 0.004 0.016 0.492 0.488
#> GSM11585 2 0.2019 0.71943 0.032 0.940 0.004 0.024
#> GSM11586 1 0.2131 0.76169 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM11587 1 0.2222 0.74632 0.924 0.000 0.060 0.016
#> GSM11588 1 0.6213 0.67653 0.708 0.084 0.028 0.180
#> GSM11589 1 0.6755 0.66742 0.684 0.060 0.080 0.176
#> GSM11590 1 0.1262 0.76053 0.968 0.008 0.008 0.016
#> GSM11591 2 0.3077 0.71178 0.068 0.892 0.004 0.036
#> GSM11592 1 0.3818 0.73853 0.844 0.000 0.108 0.048
#> GSM11593 1 0.0672 0.75872 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM11594 1 0.3216 0.75384 0.880 0.000 0.044 0.076
#> GSM11595 1 0.9883 -0.02400 0.324 0.216 0.208 0.252
#> GSM11596 2 0.8262 0.43587 0.180 0.572 0.116 0.132
#> GSM11597 3 0.7593 0.31760 0.188 0.016 0.552 0.244
#> GSM11598 1 0.2384 0.75865 0.916 0.004 0.008 0.072
#> GSM11599 3 0.3099 0.55006 0.020 0.000 0.876 0.104
#> GSM11600 3 0.8143 0.14703 0.280 0.008 0.380 0.332
#> GSM11601 2 0.7871 0.25298 0.024 0.528 0.188 0.260
#> GSM11602 1 0.2522 0.74189 0.908 0.000 0.076 0.016
#> GSM11603 1 0.2142 0.74645 0.928 0.000 0.056 0.016
#> GSM11604 3 0.4576 0.54489 0.232 0.000 0.748 0.020
#> GSM11605 1 0.7450 0.34481 0.504 0.000 0.216 0.280
#> GSM11606 2 0.4526 0.68264 0.108 0.812 0.004 0.076
#> GSM11607 1 0.1452 0.76008 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM11608 3 0.5271 0.46433 0.320 0.000 0.656 0.024
#> GSM11609 4 0.6578 0.36963 0.024 0.064 0.280 0.632
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.880 -0.017343 0.152 0.024 0.196 0.268 0.360
#> GSM11438 2 0.695 -0.000669 0.004 0.424 0.012 0.184 0.376
#> GSM11439 5 0.392 0.470331 0.000 0.048 0.104 0.024 0.824
#> GSM11440 3 0.612 0.562018 0.048 0.028 0.688 0.168 0.068
#> GSM11441 5 0.720 0.192911 0.064 0.000 0.256 0.160 0.520
#> GSM11442 5 0.673 0.141550 0.000 0.008 0.312 0.208 0.472
#> GSM11443 2 0.484 0.443974 0.000 0.604 0.012 0.012 0.372
#> GSM11444 3 0.485 0.515801 0.000 0.000 0.648 0.044 0.308
#> GSM11445 3 0.458 0.594364 0.000 0.000 0.740 0.084 0.176
#> GSM11446 3 0.533 0.256155 0.000 0.000 0.512 0.052 0.436
#> GSM11447 5 0.540 0.401239 0.000 0.032 0.204 0.068 0.696
#> GSM11448 5 0.854 0.178127 0.212 0.236 0.048 0.076 0.428
#> GSM11449 3 0.686 0.374378 0.328 0.060 0.540 0.044 0.028
#> GSM11450 1 0.613 0.622917 0.704 0.044 0.072 0.048 0.132
#> GSM11451 2 0.283 0.642688 0.028 0.892 0.000 0.028 0.052
#> GSM11452 1 0.553 0.174315 0.500 0.452 0.004 0.012 0.032
#> GSM11453 1 0.672 0.539596 0.592 0.032 0.020 0.252 0.104
#> GSM11454 3 0.472 0.600222 0.012 0.000 0.748 0.072 0.168
#> GSM11455 5 0.769 0.243649 0.016 0.272 0.040 0.216 0.456
#> GSM11456 5 0.600 0.020483 0.016 0.424 0.012 0.044 0.504
#> GSM11457 2 0.315 0.642450 0.000 0.844 0.000 0.028 0.128
#> GSM11458 3 0.413 0.572070 0.120 0.000 0.808 0.028 0.044
#> GSM11459 3 0.362 0.620944 0.004 0.000 0.832 0.068 0.096
#> GSM11460 1 0.764 0.187430 0.380 0.000 0.276 0.296 0.048
#> GSM11461 3 0.870 0.066475 0.204 0.044 0.364 0.084 0.304
#> GSM11462 3 0.375 0.545291 0.176 0.000 0.796 0.020 0.008
#> GSM11463 2 0.447 0.549204 0.004 0.684 0.020 0.000 0.292
#> GSM11464 1 0.671 0.506759 0.596 0.008 0.124 0.228 0.044
#> GSM11465 2 0.905 -0.094796 0.104 0.376 0.188 0.072 0.260
#> GSM11466 3 0.816 0.131971 0.060 0.036 0.420 0.320 0.164
#> GSM11467 1 0.673 0.489605 0.584 0.012 0.140 0.236 0.028
#> GSM11468 3 0.363 0.622237 0.016 0.004 0.848 0.080 0.052
#> GSM11469 3 0.438 0.621711 0.056 0.012 0.816 0.076 0.040
#> GSM11470 1 0.270 0.685142 0.896 0.000 0.060 0.024 0.020
#> GSM11471 3 0.815 0.208226 0.352 0.076 0.420 0.052 0.100
#> GSM11472 4 0.901 0.176943 0.264 0.028 0.168 0.316 0.224
#> GSM11473 5 0.478 0.308942 0.004 0.244 0.008 0.036 0.708
#> GSM11474 2 0.437 0.565235 0.000 0.700 0.000 0.028 0.272
#> GSM11475 3 0.581 0.590474 0.016 0.020 0.688 0.096 0.180
#> GSM11476 4 0.613 0.285077 0.000 0.044 0.076 0.612 0.268
#> GSM11477 2 0.276 0.645987 0.012 0.880 0.000 0.012 0.096
#> GSM11478 2 0.429 0.605680 0.000 0.772 0.000 0.136 0.092
#> GSM11479 5 0.659 0.438379 0.000 0.200 0.044 0.160 0.596
#> GSM11480 2 0.363 0.620249 0.004 0.820 0.000 0.136 0.040
#> GSM11481 4 0.568 0.428137 0.076 0.016 0.208 0.684 0.016
#> GSM11482 4 0.711 0.318442 0.000 0.088 0.144 0.560 0.208
#> GSM11483 5 0.700 0.319544 0.000 0.196 0.028 0.284 0.492
#> GSM11484 4 0.525 0.444254 0.008 0.020 0.152 0.732 0.088
#> GSM11485 4 0.717 -0.069426 0.000 0.204 0.028 0.432 0.336
#> GSM11486 5 0.531 -0.063360 0.000 0.412 0.008 0.036 0.544
#> GSM11487 1 0.595 0.580042 0.636 0.028 0.044 0.272 0.020
#> GSM11488 4 0.540 0.398884 0.000 0.020 0.120 0.704 0.156
#> GSM11489 2 0.814 -0.163765 0.012 0.344 0.068 0.236 0.340
#> GSM11490 5 0.469 0.427511 0.012 0.012 0.164 0.048 0.764
#> GSM11491 1 0.592 0.629978 0.688 0.060 0.032 0.192 0.028
#> GSM11492 4 0.617 0.331661 0.008 0.004 0.176 0.608 0.204
#> GSM11493 4 0.615 0.368973 0.004 0.020 0.160 0.636 0.180
#> GSM11494 5 0.582 0.263615 0.000 0.008 0.108 0.276 0.608
#> GSM11495 5 0.655 0.026291 0.000 0.028 0.100 0.420 0.452
#> GSM11496 5 0.422 0.486563 0.000 0.128 0.028 0.044 0.800
#> GSM11497 2 0.690 0.201090 0.280 0.392 0.000 0.004 0.324
#> GSM11498 2 0.766 0.145827 0.076 0.400 0.012 0.116 0.396
#> GSM11499 4 0.674 0.115058 0.000 0.164 0.024 0.520 0.292
#> GSM11500 5 0.655 0.443782 0.000 0.212 0.060 0.120 0.608
#> GSM11501 4 0.703 0.190907 0.000 0.220 0.040 0.524 0.216
#> GSM11502 2 0.280 0.638817 0.048 0.888 0.000 0.008 0.056
#> GSM11503 2 0.586 0.568663 0.020 0.668 0.036 0.044 0.232
#> GSM11504 4 0.661 0.375017 0.036 0.000 0.208 0.584 0.172
#> GSM11505 2 0.465 0.529897 0.000 0.668 0.008 0.020 0.304
#> GSM11506 2 0.630 0.351248 0.000 0.524 0.008 0.136 0.332
#> GSM11507 2 0.435 0.598398 0.000 0.764 0.000 0.152 0.084
#> GSM11508 3 0.497 0.567442 0.000 0.000 0.712 0.152 0.136
#> GSM11509 3 0.599 0.374972 0.004 0.004 0.540 0.092 0.360
#> GSM11510 5 0.765 0.195111 0.008 0.256 0.032 0.336 0.368
#> GSM11511 1 0.628 0.487178 0.576 0.008 0.088 0.020 0.308
#> GSM11512 4 0.502 0.442054 0.024 0.000 0.104 0.744 0.128
#> GSM11513 3 0.461 0.590824 0.000 0.000 0.744 0.104 0.152
#> GSM11514 4 0.847 0.247350 0.104 0.212 0.096 0.492 0.096
#> GSM11515 5 0.706 0.094551 0.000 0.016 0.348 0.228 0.408
#> GSM11516 1 0.519 0.550318 0.676 0.260 0.012 0.004 0.048
#> GSM11517 3 0.523 0.617858 0.080 0.000 0.748 0.084 0.088
#> GSM11518 5 0.623 0.398520 0.052 0.036 0.156 0.068 0.688
#> GSM11519 1 0.423 0.660987 0.796 0.028 0.008 0.148 0.020
#> GSM11520 1 0.367 0.687646 0.840 0.000 0.064 0.080 0.016
#> GSM11521 4 0.677 0.316855 0.000 0.108 0.084 0.592 0.216
#> GSM11522 3 0.690 0.273750 0.392 0.016 0.476 0.040 0.076
#> GSM11523 1 0.368 0.667588 0.832 0.000 0.108 0.012 0.048
#> GSM11524 3 0.446 0.539313 0.004 0.000 0.740 0.208 0.048
#> GSM11525 2 0.466 0.581270 0.000 0.724 0.012 0.040 0.224
#> GSM11526 4 0.738 0.189700 0.044 0.000 0.324 0.432 0.200
#> GSM11527 2 0.697 0.234364 0.000 0.476 0.024 0.192 0.308
#> GSM11528 2 0.675 0.444298 0.032 0.556 0.000 0.188 0.224
#> GSM11529 2 0.670 0.491980 0.164 0.628 0.020 0.040 0.148
#> GSM11530 3 0.466 0.625302 0.056 0.032 0.808 0.044 0.060
#> GSM11531 2 0.474 0.526552 0.008 0.644 0.012 0.004 0.332
#> GSM11532 3 0.632 0.561196 0.084 0.008 0.668 0.152 0.088
#> GSM11533 2 0.568 0.437077 0.268 0.608 0.000 0.000 0.124
#> GSM11534 1 0.750 0.482535 0.580 0.104 0.028 0.160 0.128
#> GSM11535 2 0.540 0.530901 0.076 0.628 0.004 0.000 0.292
#> GSM11536 4 0.398 0.454372 0.012 0.068 0.040 0.840 0.040
#> GSM11537 2 0.375 0.612806 0.076 0.848 0.008 0.036 0.032
#> GSM11538 4 0.714 0.396116 0.200 0.052 0.128 0.592 0.028
#> GSM11539 2 0.416 0.608173 0.004 0.764 0.008 0.020 0.204
#> GSM11540 2 0.389 0.633744 0.000 0.812 0.004 0.072 0.112
#> GSM11541 4 0.682 0.186110 0.316 0.000 0.164 0.496 0.024
#> GSM11542 2 0.721 0.444432 0.060 0.568 0.016 0.220 0.136
#> GSM11543 5 0.840 -0.013002 0.076 0.096 0.076 0.376 0.376
#> GSM11544 1 0.467 0.672011 0.788 0.052 0.016 0.120 0.024
#> GSM11545 1 0.774 0.417342 0.488 0.196 0.020 0.244 0.052
#> GSM11546 5 0.795 0.032940 0.028 0.348 0.160 0.052 0.412
#> GSM11547 5 0.745 0.089168 0.032 0.324 0.156 0.020 0.468
#> GSM11548 3 0.501 0.550964 0.000 0.000 0.680 0.080 0.240
#> GSM11549 1 0.476 0.637063 0.748 0.000 0.160 0.012 0.080
#> GSM11550 1 0.610 0.599208 0.672 0.000 0.152 0.088 0.088
#> GSM11551 3 0.886 0.087915 0.212 0.024 0.312 0.148 0.304
#> GSM11552 3 0.375 0.566946 0.124 0.000 0.824 0.036 0.016
#> GSM11553 2 0.427 0.594955 0.076 0.820 0.008 0.040 0.056
#> GSM11554 2 0.233 0.636416 0.016 0.916 0.000 0.040 0.028
#> GSM11555 4 0.786 0.280207 0.212 0.056 0.208 0.496 0.028
#> GSM11556 4 0.712 0.046394 0.292 0.000 0.324 0.372 0.012
#> GSM11557 2 0.374 0.584691 0.000 0.732 0.004 0.000 0.264
#> GSM11558 2 0.420 0.567797 0.000 0.752 0.004 0.212 0.032
#> GSM11559 2 0.427 0.599667 0.080 0.820 0.012 0.028 0.060
#> GSM11560 1 0.648 0.512987 0.568 0.000 0.272 0.132 0.028
#> GSM11561 2 0.406 0.582082 0.000 0.772 0.000 0.180 0.048
#> GSM11562 2 0.449 0.620987 0.052 0.808 0.008 0.068 0.064
#> GSM11563 1 0.765 0.506747 0.580 0.152 0.048 0.128 0.092
#> GSM11564 4 0.865 0.224761 0.244 0.108 0.064 0.448 0.136
#> GSM11565 1 0.627 0.628766 0.688 0.092 0.040 0.040 0.140
#> GSM11566 2 0.565 0.426177 0.000 0.616 0.016 0.300 0.068
#> GSM11567 4 0.696 0.413045 0.044 0.044 0.156 0.628 0.128
#> GSM11568 1 0.628 0.592243 0.648 0.212 0.048 0.012 0.080
#> GSM11569 2 0.273 0.633233 0.024 0.896 0.000 0.056 0.024
#> GSM11570 3 0.357 0.566824 0.124 0.000 0.828 0.044 0.004
#> GSM11571 1 0.485 0.665561 0.776 0.056 0.124 0.012 0.032
#> GSM11572 2 0.863 0.017963 0.188 0.372 0.052 0.316 0.072
#> GSM11573 1 0.766 0.369034 0.460 0.196 0.020 0.288 0.036
#> GSM11574 2 0.411 0.580550 0.116 0.816 0.008 0.020 0.040
#> GSM11575 2 0.861 0.049379 0.268 0.356 0.144 0.012 0.220
#> GSM11576 1 0.468 0.656673 0.768 0.000 0.144 0.056 0.032
#> GSM11577 1 0.428 0.661268 0.800 0.132 0.012 0.044 0.012
#> GSM11578 1 0.617 0.260112 0.500 0.416 0.008 0.024 0.052
#> GSM11579 4 0.813 0.074554 0.000 0.268 0.140 0.404 0.188
#> GSM11580 1 0.732 0.487692 0.564 0.236 0.112 0.028 0.060
#> GSM11581 3 0.453 0.494602 0.004 0.000 0.712 0.248 0.036
#> GSM11582 4 0.676 0.102167 0.172 0.000 0.404 0.412 0.012
#> GSM11583 3 0.769 0.286521 0.120 0.020 0.520 0.092 0.248
#> GSM11584 4 0.620 0.297096 0.000 0.008 0.344 0.528 0.120
#> GSM11585 2 0.362 0.629095 0.016 0.808 0.004 0.004 0.168
#> GSM11586 1 0.382 0.680881 0.844 0.016 0.044 0.080 0.016
#> GSM11587 1 0.366 0.660109 0.832 0.000 0.116 0.016 0.036
#> GSM11588 1 0.669 0.535949 0.596 0.120 0.012 0.236 0.036
#> GSM11589 1 0.742 0.454586 0.540 0.096 0.084 0.260 0.020
#> GSM11590 1 0.347 0.681421 0.864 0.048 0.008 0.060 0.020
#> GSM11591 2 0.245 0.639286 0.048 0.900 0.000 0.000 0.052
#> GSM11592 1 0.548 0.631586 0.736 0.004 0.096 0.080 0.084
#> GSM11593 1 0.205 0.688401 0.932 0.012 0.012 0.036 0.008
#> GSM11594 1 0.536 0.646440 0.712 0.004 0.104 0.164 0.016
#> GSM11595 5 0.902 0.128218 0.252 0.200 0.092 0.076 0.380
#> GSM11596 2 0.815 0.362265 0.084 0.536 0.176 0.088 0.116
#> GSM11597 3 0.741 0.215429 0.112 0.008 0.452 0.068 0.360
#> GSM11598 1 0.507 0.653355 0.752 0.040 0.024 0.160 0.024
#> GSM11599 3 0.369 0.602795 0.008 0.000 0.824 0.124 0.044
#> GSM11600 4 0.675 0.311106 0.164 0.004 0.276 0.536 0.020
#> GSM11601 5 0.684 0.344125 0.024 0.264 0.084 0.044 0.584
#> GSM11602 1 0.460 0.638703 0.760 0.000 0.172 0.028 0.040
#> GSM11603 1 0.403 0.651923 0.804 0.000 0.140 0.020 0.036
#> GSM11604 3 0.448 0.582763 0.184 0.000 0.760 0.028 0.028
#> GSM11605 4 0.700 0.057358 0.300 0.000 0.216 0.464 0.020
#> GSM11606 2 0.437 0.571527 0.120 0.796 0.008 0.012 0.064
#> GSM11607 1 0.349 0.682619 0.852 0.008 0.024 0.100 0.016
#> GSM11608 3 0.401 0.515694 0.220 0.000 0.756 0.020 0.004
#> GSM11609 4 0.654 0.401929 0.004 0.060 0.136 0.632 0.168
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.9299 0.03673 0.216 0.040 0.084 0.232 0.224 0.204
#> GSM11438 2 0.7794 0.00429 0.004 0.380 0.032 0.248 0.256 0.080
#> GSM11439 5 0.4294 0.45468 0.004 0.040 0.096 0.048 0.796 0.016
#> GSM11440 3 0.4786 0.61267 0.020 0.016 0.776 0.072 0.044 0.072
#> GSM11441 5 0.7596 0.27570 0.092 0.008 0.204 0.168 0.488 0.040
#> GSM11442 5 0.6714 0.20758 0.000 0.024 0.236 0.260 0.464 0.016
#> GSM11443 2 0.4935 0.42415 0.004 0.600 0.004 0.028 0.348 0.016
#> GSM11444 3 0.4194 0.52348 0.000 0.000 0.692 0.024 0.272 0.012
#> GSM11445 3 0.4487 0.60466 0.000 0.004 0.748 0.104 0.128 0.016
#> GSM11446 3 0.6022 0.19631 0.008 0.004 0.468 0.084 0.412 0.024
#> GSM11447 5 0.5308 0.39128 0.000 0.024 0.156 0.124 0.684 0.012
#> GSM11448 5 0.8734 0.11128 0.216 0.132 0.040 0.044 0.348 0.220
#> GSM11449 3 0.6464 0.39724 0.220 0.016 0.552 0.004 0.028 0.180
#> GSM11450 1 0.6877 0.25896 0.524 0.004 0.116 0.008 0.108 0.240
#> GSM11451 2 0.4411 0.56659 0.016 0.752 0.000 0.040 0.020 0.172
#> GSM11452 1 0.6701 -0.00862 0.368 0.348 0.000 0.000 0.036 0.248
#> GSM11453 6 0.7804 0.12118 0.336 0.048 0.028 0.124 0.056 0.408
#> GSM11454 3 0.6142 0.53889 0.056 0.000 0.632 0.100 0.180 0.032
#> GSM11455 5 0.8043 0.15374 0.000 0.228 0.068 0.288 0.340 0.076
#> GSM11456 5 0.6842 0.29200 0.004 0.244 0.020 0.056 0.528 0.148
#> GSM11457 2 0.4873 0.56448 0.004 0.724 0.000 0.080 0.152 0.040
#> GSM11458 3 0.4916 0.56890 0.240 0.000 0.684 0.020 0.028 0.028
#> GSM11459 3 0.4393 0.60448 0.024 0.000 0.776 0.072 0.112 0.016
#> GSM11460 1 0.7682 0.06300 0.444 0.004 0.128 0.152 0.028 0.244
#> GSM11461 1 0.9244 -0.04350 0.292 0.084 0.200 0.064 0.248 0.112
#> GSM11462 3 0.3998 0.57313 0.236 0.000 0.728 0.020 0.000 0.016
#> GSM11463 2 0.5109 0.46245 0.016 0.628 0.008 0.016 0.308 0.024
#> GSM11464 1 0.7241 0.20083 0.512 0.000 0.124 0.112 0.036 0.216
#> GSM11465 5 0.8872 0.11480 0.036 0.156 0.148 0.064 0.304 0.292
#> GSM11466 3 0.8400 0.16327 0.048 0.008 0.356 0.216 0.212 0.160
#> GSM11467 1 0.6950 0.09566 0.432 0.004 0.088 0.072 0.024 0.380
#> GSM11468 3 0.2653 0.63751 0.024 0.000 0.896 0.036 0.024 0.020
#> GSM11469 3 0.2679 0.63845 0.036 0.000 0.892 0.028 0.008 0.036
#> GSM11470 1 0.3561 0.44427 0.808 0.000 0.020 0.016 0.008 0.148
#> GSM11471 3 0.7955 0.20325 0.244 0.032 0.424 0.028 0.068 0.204
#> GSM11472 6 0.9472 0.09261 0.208 0.044 0.156 0.228 0.132 0.232
#> GSM11473 5 0.6125 0.23435 0.036 0.232 0.024 0.036 0.628 0.044
#> GSM11474 2 0.4890 0.49120 0.000 0.640 0.000 0.052 0.288 0.020
#> GSM11475 3 0.5563 0.59943 0.032 0.028 0.724 0.084 0.096 0.036
#> GSM11476 4 0.4528 0.41285 0.000 0.064 0.028 0.744 0.160 0.004
#> GSM11477 2 0.4800 0.57079 0.000 0.712 0.000 0.024 0.104 0.160
#> GSM11478 2 0.4259 0.54197 0.000 0.752 0.000 0.160 0.072 0.016
#> GSM11479 5 0.6987 0.34419 0.000 0.216 0.040 0.196 0.508 0.040
#> GSM11480 2 0.4708 0.53853 0.000 0.716 0.004 0.192 0.024 0.064
#> GSM11481 4 0.6561 0.27055 0.020 0.012 0.172 0.504 0.008 0.284
#> GSM11482 4 0.7012 0.40232 0.000 0.104 0.112 0.576 0.140 0.068
#> GSM11483 5 0.6796 0.14308 0.000 0.212 0.012 0.368 0.380 0.028
#> GSM11484 4 0.5596 0.44742 0.000 0.016 0.048 0.664 0.080 0.192
#> GSM11485 4 0.6813 0.13864 0.000 0.260 0.012 0.476 0.208 0.044
#> GSM11486 5 0.5569 -0.16371 0.000 0.428 0.008 0.048 0.488 0.028
#> GSM11487 1 0.6788 -0.06126 0.408 0.016 0.012 0.140 0.024 0.400
#> GSM11488 4 0.5744 0.44640 0.000 0.020 0.044 0.648 0.084 0.204
#> GSM11489 2 0.8496 -0.07950 0.004 0.292 0.068 0.220 0.284 0.132
#> GSM11490 5 0.5318 0.42271 0.016 0.016 0.124 0.096 0.720 0.028
#> GSM11491 1 0.5519 0.07267 0.464 0.024 0.016 0.036 0.000 0.460
#> GSM11492 4 0.7052 0.38281 0.016 0.004 0.096 0.524 0.148 0.212
#> GSM11493 4 0.5500 0.45765 0.004 0.016 0.072 0.700 0.140 0.068
#> GSM11494 5 0.5809 0.18205 0.000 0.012 0.072 0.344 0.544 0.028
#> GSM11495 4 0.6306 -0.03397 0.004 0.036 0.048 0.452 0.424 0.036
#> GSM11496 5 0.4968 0.45560 0.008 0.104 0.052 0.056 0.756 0.024
#> GSM11497 2 0.7533 0.17096 0.264 0.348 0.004 0.004 0.280 0.100
#> GSM11498 5 0.8568 -0.06658 0.072 0.312 0.028 0.088 0.328 0.172
#> GSM11499 4 0.5924 0.27581 0.000 0.208 0.000 0.580 0.180 0.032
#> GSM11500 5 0.7300 0.32918 0.000 0.236 0.060 0.180 0.480 0.044
#> GSM11501 4 0.6254 0.34719 0.000 0.172 0.016 0.616 0.112 0.084
#> GSM11502 2 0.3564 0.57451 0.004 0.796 0.000 0.004 0.036 0.160
#> GSM11503 2 0.6147 0.50461 0.016 0.640 0.032 0.056 0.204 0.052
#> GSM11504 4 0.6822 0.43734 0.060 0.000 0.104 0.592 0.096 0.148
#> GSM11505 2 0.4442 0.50955 0.000 0.696 0.000 0.036 0.248 0.020
#> GSM11506 2 0.6398 0.29366 0.000 0.488 0.008 0.200 0.284 0.020
#> GSM11507 2 0.4104 0.54799 0.000 0.760 0.000 0.172 0.048 0.020
#> GSM11508 3 0.5022 0.54940 0.000 0.000 0.680 0.188 0.112 0.020
#> GSM11509 3 0.6183 0.39047 0.012 0.008 0.540 0.084 0.324 0.032
#> GSM11510 4 0.8291 0.08335 0.008 0.180 0.044 0.360 0.260 0.148
#> GSM11511 1 0.6213 0.28010 0.600 0.024 0.024 0.020 0.252 0.080
#> GSM11512 4 0.6052 0.45611 0.028 0.008 0.056 0.656 0.084 0.168
#> GSM11513 3 0.4787 0.56906 0.008 0.000 0.724 0.088 0.160 0.020
#> GSM11514 6 0.7685 -0.03361 0.020 0.092 0.068 0.372 0.056 0.392
#> GSM11515 5 0.7510 0.11456 0.000 0.052 0.336 0.212 0.360 0.040
#> GSM11516 1 0.6131 0.21370 0.552 0.176 0.000 0.004 0.028 0.240
#> GSM11517 3 0.5202 0.63126 0.072 0.004 0.744 0.076 0.064 0.040
#> GSM11518 5 0.7071 0.41321 0.064 0.052 0.144 0.040 0.604 0.096
#> GSM11519 1 0.4939 0.16906 0.520 0.016 0.008 0.020 0.000 0.436
#> GSM11520 1 0.4793 0.41183 0.712 0.004 0.040 0.036 0.004 0.204
#> GSM11521 4 0.5344 0.42233 0.000 0.120 0.024 0.708 0.108 0.040
#> GSM11522 3 0.6777 0.39900 0.260 0.004 0.532 0.032 0.040 0.132
#> GSM11523 1 0.2218 0.46208 0.916 0.004 0.028 0.004 0.012 0.036
#> GSM11524 3 0.4442 0.57957 0.004 0.000 0.752 0.160 0.044 0.040
#> GSM11525 2 0.5303 0.51415 0.000 0.668 0.004 0.064 0.212 0.052
#> GSM11526 4 0.8249 0.29454 0.052 0.004 0.180 0.388 0.168 0.208
#> GSM11527 2 0.6983 0.13918 0.004 0.412 0.016 0.280 0.264 0.024
#> GSM11528 2 0.7861 0.21364 0.012 0.380 0.004 0.216 0.212 0.176
#> GSM11529 2 0.7735 0.39103 0.136 0.512 0.028 0.032 0.152 0.140
#> GSM11530 3 0.3976 0.63820 0.048 0.024 0.832 0.020 0.028 0.048
#> GSM11531 2 0.5244 0.43316 0.016 0.568 0.008 0.000 0.360 0.048
#> GSM11532 3 0.6614 0.54721 0.080 0.012 0.632 0.140 0.076 0.060
#> GSM11533 2 0.7143 0.34623 0.236 0.468 0.004 0.000 0.152 0.140
#> GSM11534 1 0.8137 0.18242 0.496 0.072 0.036 0.128 0.124 0.144
#> GSM11535 2 0.6776 0.32493 0.108 0.448 0.004 0.004 0.356 0.080
#> GSM11536 4 0.4054 0.44524 0.000 0.032 0.020 0.772 0.008 0.168
#> GSM11537 2 0.5252 0.52165 0.036 0.664 0.000 0.040 0.020 0.240
#> GSM11538 4 0.7649 0.06456 0.112 0.052 0.096 0.432 0.004 0.304
#> GSM11539 2 0.4299 0.55516 0.020 0.760 0.004 0.016 0.176 0.024
#> GSM11540 2 0.4541 0.56424 0.000 0.756 0.000 0.084 0.108 0.052
#> GSM11541 4 0.7821 0.03122 0.252 0.000 0.112 0.372 0.028 0.236
#> GSM11542 2 0.7637 0.36495 0.024 0.456 0.008 0.240 0.116 0.156
#> GSM11543 5 0.9373 0.06483 0.152 0.092 0.064 0.264 0.268 0.160
#> GSM11544 1 0.4876 0.20880 0.540 0.016 0.016 0.004 0.004 0.420
#> GSM11545 6 0.6325 0.29713 0.204 0.092 0.012 0.068 0.012 0.612
#> GSM11546 2 0.8723 0.06377 0.116 0.360 0.084 0.084 0.296 0.060
#> GSM11547 5 0.7673 -0.08294 0.100 0.356 0.064 0.024 0.408 0.048
#> GSM11548 3 0.6051 0.53487 0.024 0.020 0.648 0.064 0.200 0.044
#> GSM11549 1 0.4512 0.42929 0.792 0.016 0.064 0.012 0.068 0.048
#> GSM11550 1 0.5842 0.37099 0.696 0.008 0.076 0.040 0.076 0.104
#> GSM11551 3 0.9100 -0.08768 0.244 0.048 0.268 0.088 0.256 0.096
#> GSM11552 3 0.4346 0.57220 0.220 0.000 0.724 0.028 0.004 0.024
#> GSM11553 2 0.5695 0.47507 0.004 0.584 0.004 0.048 0.052 0.308
#> GSM11554 2 0.4858 0.55891 0.000 0.708 0.000 0.048 0.060 0.184
#> GSM11555 6 0.7681 0.03043 0.084 0.056 0.092 0.356 0.012 0.400
#> GSM11556 6 0.7955 0.11239 0.280 0.000 0.204 0.224 0.012 0.280
#> GSM11557 2 0.4606 0.49524 0.012 0.652 0.004 0.000 0.300 0.032
#> GSM11558 2 0.4113 0.51601 0.000 0.712 0.000 0.244 0.004 0.040
#> GSM11559 2 0.6837 0.44480 0.036 0.528 0.016 0.048 0.076 0.296
#> GSM11560 1 0.6131 0.22859 0.556 0.000 0.192 0.028 0.004 0.220
#> GSM11561 2 0.4687 0.52212 0.000 0.704 0.000 0.212 0.032 0.052
#> GSM11562 2 0.6071 0.51921 0.004 0.612 0.008 0.072 0.080 0.224
#> GSM11563 6 0.8069 0.05200 0.340 0.072 0.048 0.084 0.060 0.396
#> GSM11564 6 0.8745 0.13371 0.188 0.088 0.044 0.304 0.064 0.312
#> GSM11565 1 0.7303 0.22310 0.508 0.052 0.028 0.024 0.140 0.248
#> GSM11566 2 0.6683 0.33128 0.008 0.540 0.020 0.264 0.044 0.124
#> GSM11567 4 0.6951 0.43367 0.060 0.044 0.124 0.620 0.052 0.100
#> GSM11568 1 0.6768 0.27398 0.584 0.140 0.032 0.008 0.060 0.176
#> GSM11569 2 0.4276 0.57378 0.000 0.756 0.000 0.056 0.028 0.160
#> GSM11570 3 0.4326 0.57055 0.216 0.000 0.724 0.028 0.000 0.032
#> GSM11571 1 0.4246 0.43899 0.792 0.072 0.036 0.000 0.012 0.088
#> GSM11572 6 0.8810 0.11800 0.108 0.224 0.040 0.256 0.056 0.316
#> GSM11573 6 0.6053 0.34672 0.144 0.104 0.004 0.088 0.012 0.648
#> GSM11574 2 0.4345 0.46362 0.016 0.628 0.000 0.000 0.012 0.344
#> GSM11575 1 0.8805 -0.06665 0.300 0.284 0.076 0.020 0.176 0.144
#> GSM11576 1 0.3573 0.41868 0.796 0.000 0.052 0.004 0.000 0.148
#> GSM11577 1 0.6279 0.26822 0.572 0.176 0.016 0.016 0.008 0.212
#> GSM11578 6 0.6352 0.08431 0.264 0.260 0.000 0.000 0.020 0.456
#> GSM11579 4 0.7742 0.16177 0.012 0.292 0.104 0.444 0.096 0.052
#> GSM11580 1 0.6702 0.23332 0.564 0.232 0.028 0.008 0.048 0.120
#> GSM11581 3 0.4485 0.56031 0.008 0.000 0.728 0.200 0.048 0.016
#> GSM11582 3 0.7943 -0.18199 0.184 0.000 0.272 0.268 0.012 0.264
#> GSM11583 3 0.8711 0.22263 0.228 0.040 0.376 0.100 0.188 0.068
#> GSM11584 4 0.5691 0.30734 0.004 0.000 0.316 0.568 0.080 0.032
#> GSM11585 2 0.4649 0.56546 0.012 0.716 0.000 0.000 0.152 0.120
#> GSM11586 1 0.4883 0.39852 0.728 0.004 0.028 0.060 0.012 0.168
#> GSM11587 1 0.0891 0.46043 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> GSM11588 6 0.5776 0.23496 0.256 0.044 0.004 0.072 0.008 0.616
#> GSM11589 1 0.8323 -0.06459 0.372 0.112 0.052 0.212 0.012 0.240
#> GSM11590 1 0.4364 0.33185 0.652 0.020 0.008 0.000 0.004 0.316
#> GSM11591 2 0.4508 0.57105 0.012 0.740 0.000 0.012 0.064 0.172
#> GSM11592 1 0.5912 0.36427 0.688 0.004 0.104 0.052 0.068 0.084
#> GSM11593 1 0.3788 0.36766 0.712 0.008 0.004 0.004 0.000 0.272
#> GSM11594 1 0.5821 0.21765 0.560 0.000 0.060 0.048 0.008 0.324
#> GSM11595 5 0.8329 0.10344 0.080 0.092 0.092 0.036 0.384 0.316
#> GSM11596 2 0.8547 0.28477 0.080 0.472 0.140 0.100 0.092 0.116
#> GSM11597 3 0.7469 0.01781 0.100 0.004 0.388 0.056 0.380 0.072
#> GSM11598 6 0.5258 -0.11655 0.436 0.012 0.020 0.016 0.008 0.508
#> GSM11599 3 0.3686 0.63103 0.020 0.000 0.832 0.056 0.072 0.020
#> GSM11600 4 0.7489 0.04942 0.148 0.000 0.188 0.384 0.004 0.276
#> GSM11601 5 0.6584 0.41969 0.008 0.168 0.104 0.024 0.608 0.088
#> GSM11602 1 0.2868 0.44686 0.876 0.000 0.060 0.012 0.008 0.044
#> GSM11603 1 0.1116 0.45875 0.960 0.000 0.028 0.000 0.004 0.008
#> GSM11604 3 0.4901 0.62800 0.124 0.000 0.748 0.036 0.052 0.040
#> GSM11605 1 0.8001 -0.12025 0.324 0.004 0.156 0.276 0.016 0.224
#> GSM11606 2 0.5133 0.42802 0.024 0.588 0.004 0.000 0.040 0.344
#> GSM11607 1 0.4395 0.29357 0.628 0.012 0.012 0.004 0.000 0.344
#> GSM11608 3 0.4403 0.54035 0.268 0.000 0.684 0.016 0.000 0.032
#> GSM11609 4 0.5867 0.47041 0.008 0.032 0.132 0.684 0.056 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:skmeans 158 0.1427 2
#> CV:skmeans 140 0.3385 3
#> CV:skmeans 97 0.0067 4
#> CV:skmeans 82 0.0121 5
#> CV:skmeans 43 0.0668 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.340 0.792 0.847 0.4529 0.548 0.548
#> 3 3 0.463 0.765 0.853 0.4111 0.734 0.546
#> 4 4 0.461 0.628 0.788 0.1040 0.952 0.865
#> 5 5 0.507 0.506 0.729 0.0758 0.908 0.717
#> 6 6 0.545 0.513 0.711 0.0472 0.933 0.738
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.8144 0.7862 0.748 0.252
#> GSM11438 2 0.0672 0.8377 0.008 0.992
#> GSM11439 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11440 1 0.9393 0.6197 0.644 0.356
#> GSM11441 2 0.8081 0.8494 0.248 0.752
#> GSM11442 2 0.3274 0.8275 0.060 0.940
#> GSM11443 2 0.2778 0.8310 0.048 0.952
#> GSM11444 1 0.6247 0.8233 0.844 0.156
#> GSM11445 1 0.7219 0.7874 0.800 0.200
#> GSM11446 1 0.6973 0.7927 0.812 0.188
#> GSM11447 2 0.7139 0.8541 0.196 0.804
#> GSM11448 2 0.6247 0.8677 0.156 0.844
#> GSM11449 1 0.7299 0.8024 0.796 0.204
#> GSM11450 1 0.8909 0.4836 0.692 0.308
#> GSM11451 2 0.0672 0.8429 0.008 0.992
#> GSM11452 2 0.6623 0.8572 0.172 0.828
#> GSM11453 2 0.8443 0.7792 0.272 0.728
#> GSM11454 1 0.6973 0.7780 0.812 0.188
#> GSM11455 2 0.3733 0.8320 0.072 0.928
#> GSM11456 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11457 2 0.2423 0.8403 0.040 0.960
#> GSM11458 1 0.6801 0.7827 0.820 0.180
#> GSM11459 1 0.6623 0.7881 0.828 0.172
#> GSM11460 1 0.6531 0.7908 0.832 0.168
#> GSM11461 1 0.8207 0.7776 0.744 0.256
#> GSM11462 1 0.3431 0.8361 0.936 0.064
#> GSM11463 2 0.1414 0.8385 0.020 0.980
#> GSM11464 1 0.8207 0.6015 0.744 0.256
#> GSM11465 2 0.6531 0.8659 0.168 0.832
#> GSM11466 2 0.7056 0.8551 0.192 0.808
#> GSM11467 1 0.4022 0.8210 0.920 0.080
#> GSM11468 1 0.0938 0.8336 0.988 0.012
#> GSM11469 1 0.6048 0.8097 0.852 0.148
#> GSM11470 1 0.3114 0.8289 0.944 0.056
#> GSM11471 2 0.8144 0.8067 0.252 0.748
#> GSM11472 2 0.7674 0.8457 0.224 0.776
#> GSM11473 2 0.7299 0.8557 0.204 0.796
#> GSM11474 2 0.2778 0.8304 0.048 0.952
#> GSM11475 1 0.6623 0.7927 0.828 0.172
#> GSM11476 2 0.7139 0.8645 0.196 0.804
#> GSM11477 2 0.6712 0.8550 0.176 0.824
#> GSM11478 2 0.2778 0.8304 0.048 0.952
#> GSM11479 2 0.7453 0.8579 0.212 0.788
#> GSM11480 2 0.2778 0.8304 0.048 0.952
#> GSM11481 1 0.2043 0.8363 0.968 0.032
#> GSM11482 2 0.7219 0.8660 0.200 0.800
#> GSM11483 2 0.6343 0.8673 0.160 0.840
#> GSM11484 2 0.7815 0.8543 0.232 0.768
#> GSM11485 2 0.7528 0.8582 0.216 0.784
#> GSM11486 2 0.2236 0.8555 0.036 0.964
#> GSM11487 2 0.9686 0.5291 0.396 0.604
#> GSM11488 2 0.5737 0.8627 0.136 0.864
#> GSM11489 2 0.7602 0.8552 0.220 0.780
#> GSM11490 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11491 2 0.3879 0.8096 0.076 0.924
#> GSM11492 2 0.9954 0.5014 0.460 0.540
#> GSM11493 2 0.3733 0.8446 0.072 0.928
#> GSM11494 2 0.5294 0.8544 0.120 0.880
#> GSM11495 2 0.7376 0.8549 0.208 0.792
#> GSM11496 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11497 2 0.3584 0.8549 0.068 0.932
#> GSM11498 2 0.7528 0.8564 0.216 0.784
#> GSM11499 2 0.7219 0.8636 0.200 0.800
#> GSM11500 2 0.2948 0.8322 0.052 0.948
#> GSM11501 2 0.7883 0.8527 0.236 0.764
#> GSM11502 2 0.0376 0.8389 0.004 0.996
#> GSM11503 2 0.1414 0.8442 0.020 0.980
#> GSM11504 1 0.2423 0.8373 0.960 0.040
#> GSM11505 2 0.1633 0.8378 0.024 0.976
#> GSM11506 2 0.2778 0.8344 0.048 0.952
#> GSM11507 2 0.2778 0.8344 0.048 0.952
#> GSM11508 1 0.4161 0.8273 0.916 0.084
#> GSM11509 2 0.7219 0.8641 0.200 0.800
#> GSM11510 2 0.7056 0.8564 0.192 0.808
#> GSM11511 1 0.6973 0.7184 0.812 0.188
#> GSM11512 2 0.7950 0.8545 0.240 0.760
#> GSM11513 1 0.4022 0.8311 0.920 0.080
#> GSM11514 2 0.6712 0.8623 0.176 0.824
#> GSM11515 2 0.4022 0.8303 0.080 0.920
#> GSM11516 2 0.9866 0.4540 0.432 0.568
#> GSM11517 1 0.2603 0.8321 0.956 0.044
#> GSM11518 2 0.1843 0.8474 0.028 0.972
#> GSM11519 1 0.9881 0.0396 0.564 0.436
#> GSM11520 1 0.3114 0.8289 0.944 0.056
#> GSM11521 2 0.6048 0.8658 0.148 0.852
#> GSM11522 1 0.3733 0.8250 0.928 0.072
#> GSM11523 1 0.3114 0.8289 0.944 0.056
#> GSM11524 1 0.1414 0.8358 0.980 0.020
#> GSM11525 2 0.2778 0.8403 0.048 0.952
#> GSM11526 2 0.6801 0.8634 0.180 0.820
#> GSM11527 2 0.2778 0.8344 0.048 0.952
#> GSM11528 2 0.3879 0.8655 0.076 0.924
#> GSM11529 2 0.0672 0.8429 0.008 0.992
#> GSM11530 1 0.7674 0.7919 0.776 0.224
#> GSM11531 2 0.3274 0.8630 0.060 0.940
#> GSM11532 1 0.0938 0.8329 0.988 0.012
#> GSM11533 2 0.5059 0.8700 0.112 0.888
#> GSM11534 2 0.7139 0.8498 0.196 0.804
#> GSM11535 2 0.5946 0.8693 0.144 0.856
#> GSM11536 2 0.7883 0.8527 0.236 0.764
#> GSM11537 2 0.5946 0.8677 0.144 0.856
#> GSM11538 2 0.9129 0.6473 0.328 0.672
#> GSM11539 2 0.0376 0.8396 0.004 0.996
#> GSM11540 2 0.2603 0.8323 0.044 0.956
#> GSM11541 1 0.1184 0.8339 0.984 0.016
#> GSM11542 2 0.7745 0.8560 0.228 0.772
#> GSM11543 2 0.3879 0.8453 0.076 0.924
#> GSM11544 1 0.9977 -0.1118 0.528 0.472
#> GSM11545 2 0.5629 0.8714 0.132 0.868
#> GSM11546 2 0.3274 0.8275 0.060 0.940
#> GSM11547 2 0.2236 0.8339 0.036 0.964
#> GSM11548 2 0.6623 0.8487 0.172 0.828
#> GSM11549 1 0.1843 0.8342 0.972 0.028
#> GSM11550 1 0.4690 0.8341 0.900 0.100
#> GSM11551 2 0.7299 0.7855 0.204 0.796
#> GSM11552 1 0.6048 0.8030 0.852 0.148
#> GSM11553 2 0.0938 0.8427 0.012 0.988
#> GSM11554 2 0.6801 0.8622 0.180 0.820
#> GSM11555 2 0.8386 0.8346 0.268 0.732
#> GSM11556 1 0.0938 0.8329 0.988 0.012
#> GSM11557 2 0.0672 0.8377 0.008 0.992
#> GSM11558 2 0.4022 0.8513 0.080 0.920
#> GSM11559 2 0.5946 0.8685 0.144 0.856
#> GSM11560 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> GSM11561 2 0.2603 0.8326 0.044 0.956
#> GSM11562 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11563 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11564 2 0.7219 0.8562 0.200 0.800
#> GSM11565 2 0.7299 0.8486 0.204 0.796
#> GSM11566 2 0.2778 0.8304 0.048 0.952
#> GSM11567 2 0.4022 0.8454 0.080 0.920
#> GSM11568 2 0.6148 0.8684 0.152 0.848
#> GSM11569 2 0.6247 0.8638 0.156 0.844
#> GSM11570 1 0.0672 0.8328 0.992 0.008
#> GSM11571 1 0.7883 0.7908 0.764 0.236
#> GSM11572 2 0.7139 0.8557 0.196 0.804
#> GSM11573 2 0.6973 0.8537 0.188 0.812
#> GSM11574 2 0.4815 0.8697 0.104 0.896
#> GSM11575 2 0.1633 0.8486 0.024 0.976
#> GSM11576 1 0.7602 0.7932 0.780 0.220
#> GSM11577 2 0.8608 0.7128 0.284 0.716
#> GSM11578 2 0.6712 0.8550 0.176 0.824
#> GSM11579 2 0.4161 0.8503 0.084 0.916
#> GSM11580 1 0.9983 0.3419 0.524 0.476
#> GSM11581 1 0.6801 0.6650 0.820 0.180
#> GSM11582 1 0.3431 0.8338 0.936 0.064
#> GSM11583 1 0.6623 0.7891 0.828 0.172
#> GSM11584 2 0.7674 0.8554 0.224 0.776
#> GSM11585 2 0.0672 0.8402 0.008 0.992
#> GSM11586 2 0.9552 0.6005 0.376 0.624
#> GSM11587 1 0.2948 0.8296 0.948 0.052
#> GSM11588 2 0.6973 0.8523 0.188 0.812
#> GSM11589 2 0.9170 0.4233 0.332 0.668
#> GSM11590 1 0.7528 0.6776 0.784 0.216
#> GSM11591 2 0.0376 0.8417 0.004 0.996
#> GSM11592 1 0.9996 -0.1943 0.512 0.488
#> GSM11593 1 0.4161 0.8184 0.916 0.084
#> GSM11594 2 0.9833 0.3937 0.424 0.576
#> GSM11595 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11596 2 0.1843 0.8364 0.028 0.972
#> GSM11597 2 0.4939 0.8705 0.108 0.892
#> GSM11598 1 0.9996 -0.1945 0.512 0.488
#> GSM11599 1 0.6343 0.7964 0.840 0.160
#> GSM11600 1 0.0938 0.8329 0.988 0.012
#> GSM11601 2 0.7056 0.8510 0.192 0.808
#> GSM11602 1 0.3114 0.8289 0.944 0.056
#> GSM11603 1 0.2948 0.8296 0.948 0.052
#> GSM11604 1 0.2778 0.8307 0.952 0.048
#> GSM11605 1 0.1843 0.8365 0.972 0.028
#> GSM11606 2 0.6712 0.8583 0.176 0.824
#> GSM11607 1 0.6623 0.7384 0.828 0.172
#> GSM11608 1 0.1633 0.8355 0.976 0.024
#> GSM11609 2 0.8081 0.8491 0.248 0.752
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.5111 0.7599 0.808 0.168 0.024
#> GSM11438 1 0.4750 0.7549 0.784 0.216 0.000
#> GSM11439 1 0.5678 0.4227 0.684 0.316 0.000
#> GSM11440 3 0.4399 0.7098 0.000 0.188 0.812
#> GSM11441 1 0.5443 0.5569 0.736 0.260 0.004
#> GSM11442 2 0.1163 0.8237 0.000 0.972 0.028
#> GSM11443 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11444 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11445 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11446 3 0.5696 0.7470 0.148 0.056 0.796
#> GSM11447 2 0.6521 0.3043 0.492 0.504 0.004
#> GSM11448 2 0.6215 0.4427 0.428 0.572 0.000
#> GSM11449 3 0.0424 0.8729 0.008 0.000 0.992
#> GSM11450 1 0.0424 0.8168 0.992 0.000 0.008
#> GSM11451 1 0.5058 0.7502 0.756 0.244 0.000
#> GSM11452 1 0.2711 0.8146 0.912 0.088 0.000
#> GSM11453 1 0.3678 0.7993 0.892 0.028 0.080
#> GSM11454 3 0.0424 0.8736 0.000 0.008 0.992
#> GSM11455 2 0.2229 0.8371 0.044 0.944 0.012
#> GSM11456 2 0.4504 0.8241 0.196 0.804 0.000
#> GSM11457 2 0.0983 0.8306 0.016 0.980 0.004
#> GSM11458 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11459 3 0.1267 0.8716 0.004 0.024 0.972
#> GSM11460 3 0.2584 0.8547 0.008 0.064 0.928
#> GSM11461 1 0.5696 0.7510 0.800 0.136 0.064
#> GSM11462 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11463 2 0.0237 0.8224 0.004 0.996 0.000
#> GSM11464 1 0.4399 0.6623 0.812 0.000 0.188
#> GSM11465 2 0.4575 0.8395 0.160 0.828 0.012
#> GSM11466 2 0.6452 0.7667 0.264 0.704 0.032
#> GSM11467 1 0.3879 0.7103 0.848 0.000 0.152
#> GSM11468 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11469 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11470 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.5905 0.2677 0.648 0.352 0.000
#> GSM11473 2 0.5200 0.8292 0.184 0.796 0.020
#> GSM11474 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11475 3 0.0237 0.8737 0.000 0.004 0.996
#> GSM11476 2 0.4062 0.8384 0.164 0.836 0.000
#> GSM11477 2 0.3686 0.8357 0.140 0.860 0.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11479 2 0.4452 0.8259 0.192 0.808 0.000
#> GSM11480 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11481 3 0.0892 0.8751 0.020 0.000 0.980
#> GSM11482 2 0.4413 0.8395 0.160 0.832 0.008
#> GSM11483 2 0.3619 0.8454 0.136 0.864 0.000
#> GSM11484 2 0.4504 0.8243 0.196 0.804 0.000
#> GSM11485 2 0.4178 0.8333 0.172 0.828 0.000
#> GSM11486 1 0.6079 0.5742 0.612 0.388 0.000
#> GSM11487 1 0.1753 0.8180 0.952 0.048 0.000
#> GSM11488 2 0.4357 0.8413 0.080 0.868 0.052
#> GSM11489 2 0.4555 0.8220 0.200 0.800 0.000
#> GSM11490 1 0.0592 0.8176 0.988 0.012 0.000
#> GSM11491 1 0.5744 0.7522 0.800 0.128 0.072
#> GSM11492 2 0.8907 0.5734 0.200 0.572 0.228
#> GSM11493 2 0.2318 0.8379 0.028 0.944 0.028
#> GSM11494 1 0.5785 0.6409 0.696 0.300 0.004
#> GSM11495 2 0.4702 0.8189 0.212 0.788 0.000
#> GSM11496 2 0.4605 0.8210 0.204 0.796 0.000
#> GSM11497 2 0.4289 0.8092 0.092 0.868 0.040
#> GSM11498 2 0.5470 0.8197 0.168 0.796 0.036
#> GSM11499 2 0.3879 0.8411 0.152 0.848 0.000
#> GSM11500 2 0.0475 0.8249 0.004 0.992 0.004
#> GSM11501 2 0.4555 0.8220 0.200 0.800 0.000
#> GSM11502 2 0.4062 0.6907 0.164 0.836 0.000
#> GSM11503 2 0.0892 0.8228 0.020 0.980 0.000
#> GSM11504 3 0.4277 0.8286 0.132 0.016 0.852
#> GSM11505 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> GSM11506 2 0.0424 0.8262 0.008 0.992 0.000
#> GSM11507 2 0.0424 0.8262 0.008 0.992 0.000
#> GSM11508 3 0.0237 0.8735 0.000 0.004 0.996
#> GSM11509 2 0.6239 0.8041 0.160 0.768 0.072
#> GSM11510 2 0.4399 0.8279 0.188 0.812 0.000
#> GSM11511 1 0.4233 0.7005 0.836 0.004 0.160
#> GSM11512 2 0.5831 0.7633 0.284 0.708 0.008
#> GSM11513 3 0.1170 0.8758 0.016 0.008 0.976
#> GSM11514 2 0.5500 0.8286 0.100 0.816 0.084
#> GSM11515 2 0.2793 0.8333 0.028 0.928 0.044
#> GSM11516 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11517 3 0.1163 0.8746 0.028 0.000 0.972
#> GSM11518 2 0.3009 0.8339 0.052 0.920 0.028
#> GSM11519 1 0.1411 0.8141 0.964 0.000 0.036
#> GSM11520 3 0.5254 0.7135 0.264 0.000 0.736
#> GSM11521 2 0.3340 0.8456 0.120 0.880 0.000
#> GSM11522 3 0.2947 0.8638 0.060 0.020 0.920
#> GSM11523 1 0.6008 0.3651 0.628 0.000 0.372
#> GSM11524 3 0.1163 0.8746 0.028 0.000 0.972
#> GSM11525 2 0.2152 0.8360 0.036 0.948 0.016
#> GSM11526 2 0.7466 0.1437 0.444 0.520 0.036
#> GSM11527 2 0.1031 0.8327 0.024 0.976 0.000
#> GSM11528 2 0.3377 0.8467 0.092 0.896 0.012
#> GSM11529 1 0.6302 0.3752 0.520 0.480 0.000
#> GSM11530 3 0.2625 0.8391 0.084 0.000 0.916
#> GSM11531 2 0.1964 0.8420 0.056 0.944 0.000
#> GSM11532 3 0.4452 0.7853 0.192 0.000 0.808
#> GSM11533 1 0.3116 0.8118 0.892 0.108 0.000
#> GSM11534 2 0.5722 0.7562 0.292 0.704 0.004
#> GSM11535 1 0.5650 0.5049 0.688 0.312 0.000
#> GSM11536 2 0.4555 0.8220 0.200 0.800 0.000
#> GSM11537 2 0.3267 0.8429 0.116 0.884 0.000
#> GSM11538 2 0.9734 0.1427 0.292 0.448 0.260
#> GSM11539 1 0.5948 0.6414 0.640 0.360 0.000
#> GSM11540 2 0.1878 0.8117 0.044 0.952 0.004
#> GSM11541 3 0.4504 0.7815 0.196 0.000 0.804
#> GSM11542 2 0.4504 0.8248 0.196 0.804 0.000
#> GSM11543 2 0.6282 0.4441 0.324 0.664 0.012
#> GSM11544 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.3045 0.8198 0.916 0.064 0.020
#> GSM11546 2 0.1620 0.8291 0.012 0.964 0.024
#> GSM11547 2 0.4834 0.6077 0.204 0.792 0.004
#> GSM11548 2 0.5239 0.7860 0.032 0.808 0.160
#> GSM11549 3 0.4796 0.7619 0.220 0.000 0.780
#> GSM11550 3 0.7170 0.5252 0.352 0.036 0.612
#> GSM11551 2 0.6254 0.7431 0.056 0.756 0.188
#> GSM11552 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11553 2 0.1765 0.8368 0.040 0.956 0.004
#> GSM11554 2 0.4121 0.8352 0.168 0.832 0.000
#> GSM11555 2 0.6000 0.8085 0.200 0.760 0.040
#> GSM11556 3 0.4555 0.7777 0.200 0.000 0.800
#> GSM11557 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11558 2 0.1964 0.8438 0.056 0.944 0.000
#> GSM11559 2 0.6126 0.5015 0.400 0.600 0.000
#> GSM11560 3 0.0237 0.8745 0.004 0.000 0.996
#> GSM11561 2 0.0000 0.8222 0.000 1.000 0.000
#> GSM11562 2 0.6026 0.6309 0.376 0.624 0.000
#> GSM11563 2 0.4605 0.8214 0.204 0.796 0.000
#> GSM11564 2 0.4887 0.8112 0.228 0.772 0.000
#> GSM11565 1 0.3583 0.8109 0.900 0.056 0.044
#> GSM11566 2 0.0592 0.8220 0.012 0.988 0.000
#> GSM11567 2 0.2773 0.8397 0.048 0.928 0.024
#> GSM11568 1 0.5268 0.7155 0.776 0.212 0.012
#> GSM11569 2 0.5650 0.6437 0.312 0.688 0.000
#> GSM11570 3 0.0000 0.8734 0.000 0.000 1.000
#> GSM11571 1 0.7930 0.6504 0.664 0.164 0.172
#> GSM11572 2 0.5859 0.6740 0.344 0.656 0.000
#> GSM11573 1 0.1289 0.8217 0.968 0.032 0.000
#> GSM11574 1 0.3340 0.8046 0.880 0.120 0.000
#> GSM11575 1 0.5016 0.7455 0.760 0.240 0.000
#> GSM11576 3 0.5541 0.6145 0.252 0.008 0.740
#> GSM11577 1 0.2383 0.8221 0.940 0.044 0.016
#> GSM11578 1 0.1964 0.8167 0.944 0.056 0.000
#> GSM11579 2 0.2590 0.8430 0.072 0.924 0.004
#> GSM11580 3 0.9907 0.0396 0.268 0.356 0.376
#> GSM11581 3 0.7283 0.6392 0.116 0.176 0.708
#> GSM11582 3 0.2902 0.8648 0.064 0.016 0.920
#> GSM11583 3 0.4397 0.8188 0.028 0.116 0.856
#> GSM11584 2 0.4452 0.8259 0.192 0.808 0.000
#> GSM11585 2 0.2096 0.8110 0.052 0.944 0.004
#> GSM11586 1 0.3461 0.8032 0.900 0.076 0.024
#> GSM11587 3 0.3192 0.8483 0.112 0.000 0.888
#> GSM11588 1 0.0424 0.8178 0.992 0.008 0.000
#> GSM11589 1 0.6722 0.7371 0.720 0.220 0.060
#> GSM11590 1 0.2772 0.7939 0.916 0.004 0.080
#> GSM11591 1 0.5591 0.7056 0.696 0.304 0.000
#> GSM11592 1 0.2496 0.7901 0.928 0.004 0.068
#> GSM11593 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.2050 0.8232 0.952 0.028 0.020
#> GSM11595 1 0.4887 0.6165 0.772 0.228 0.000
#> GSM11596 2 0.3845 0.7520 0.116 0.872 0.012
#> GSM11597 1 0.3207 0.8188 0.904 0.084 0.012
#> GSM11598 1 0.0000 0.8161 1.000 0.000 0.000
#> GSM11599 3 0.0892 0.8721 0.000 0.020 0.980
#> GSM11600 3 0.4555 0.7777 0.200 0.000 0.800
#> GSM11601 2 0.4504 0.8241 0.196 0.804 0.000
#> GSM11602 3 0.4555 0.7777 0.200 0.000 0.800
#> GSM11603 3 0.2066 0.8674 0.060 0.000 0.940
#> GSM11604 3 0.3619 0.8108 0.136 0.000 0.864
#> GSM11605 3 0.5072 0.7805 0.196 0.012 0.792
#> GSM11606 1 0.5327 0.6005 0.728 0.272 0.000
#> GSM11607 1 0.0237 0.8172 0.996 0.004 0.000
#> GSM11608 3 0.0237 0.8745 0.004 0.000 0.996
#> GSM11609 2 0.5122 0.8197 0.200 0.788 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.6088 0.4770 0.192 0.088 0.016 0.704
#> GSM11438 1 0.4955 0.6633 0.772 0.144 0.000 0.084
#> GSM11439 1 0.5936 0.3363 0.620 0.324 0.000 0.056
#> GSM11440 3 0.3486 0.6358 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM11441 1 0.7709 -0.0440 0.448 0.196 0.004 0.352
#> GSM11442 2 0.5387 0.1425 0.000 0.584 0.016 0.400
#> GSM11443 2 0.1557 0.7509 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM11444 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11445 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11446 3 0.6185 0.6570 0.132 0.040 0.728 0.100
#> GSM11447 4 0.7878 0.2050 0.236 0.332 0.004 0.428
#> GSM11448 2 0.6031 0.4166 0.388 0.564 0.000 0.048
#> GSM11449 3 0.0188 0.8151 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM11450 1 0.4964 0.3633 0.616 0.000 0.004 0.380
#> GSM11451 1 0.4920 0.6695 0.768 0.164 0.000 0.068
#> GSM11452 1 0.2996 0.7066 0.892 0.044 0.000 0.064
#> GSM11453 1 0.2982 0.7110 0.900 0.012 0.064 0.024
#> GSM11454 3 0.2867 0.7800 0.000 0.012 0.884 0.104
#> GSM11455 2 0.3712 0.7097 0.004 0.832 0.012 0.152
#> GSM11456 2 0.4227 0.7377 0.120 0.820 0.000 0.060
#> GSM11457 2 0.1545 0.7569 0.008 0.952 0.000 0.040
#> GSM11458 3 0.0188 0.8149 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM11459 3 0.3414 0.7866 0.004 0.048 0.876 0.072
#> GSM11460 4 0.6581 0.2334 0.028 0.040 0.352 0.580
#> GSM11461 1 0.4546 0.6820 0.820 0.096 0.072 0.012
#> GSM11462 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1661 0.7542 0.004 0.944 0.000 0.052
#> GSM11464 4 0.4464 0.5329 0.224 0.004 0.012 0.760
#> GSM11465 2 0.4129 0.7531 0.104 0.840 0.012 0.044
#> GSM11466 2 0.6181 0.6839 0.204 0.700 0.028 0.068
#> GSM11467 1 0.5392 0.2981 0.564 0.004 0.008 0.424
#> GSM11468 3 0.1557 0.8078 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM11469 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11470 1 0.4776 0.3684 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM11471 1 0.1978 0.7051 0.928 0.004 0.000 0.068
#> GSM11472 1 0.7190 0.2497 0.548 0.260 0.000 0.192
#> GSM11473 2 0.4654 0.7502 0.100 0.816 0.016 0.068
#> GSM11474 2 0.1211 0.7543 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM11475 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11476 2 0.5257 0.7158 0.060 0.728 0.000 0.212
#> GSM11477 2 0.3734 0.7576 0.044 0.848 0.000 0.108
#> GSM11478 2 0.1302 0.7517 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM11479 2 0.3745 0.7579 0.060 0.852 0.000 0.088
#> GSM11480 2 0.1389 0.7517 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM11481 3 0.0859 0.8166 0.008 0.004 0.980 0.008
#> GSM11482 2 0.5688 0.7243 0.112 0.736 0.008 0.144
#> GSM11483 2 0.3899 0.7660 0.052 0.840 0.000 0.108
#> GSM11484 2 0.7151 0.0361 0.132 0.448 0.000 0.420
#> GSM11485 2 0.4957 0.7245 0.048 0.748 0.000 0.204
#> GSM11486 1 0.6187 0.4945 0.596 0.336 0.000 0.068
#> GSM11487 1 0.3037 0.7126 0.888 0.036 0.000 0.076
#> GSM11488 2 0.6868 0.3419 0.036 0.572 0.048 0.344
#> GSM11489 2 0.4356 0.7338 0.124 0.812 0.000 0.064
#> GSM11490 1 0.2522 0.7036 0.908 0.016 0.000 0.076
#> GSM11491 1 0.3794 0.6930 0.868 0.032 0.032 0.068
#> GSM11492 4 0.7820 0.2616 0.128 0.292 0.040 0.540
#> GSM11493 2 0.5792 0.1376 0.008 0.572 0.020 0.400
#> GSM11494 4 0.7077 0.2390 0.348 0.120 0.004 0.528
#> GSM11495 2 0.7251 0.0228 0.144 0.440 0.000 0.416
#> GSM11496 2 0.4586 0.7273 0.136 0.796 0.000 0.068
#> GSM11497 2 0.4811 0.7219 0.108 0.812 0.040 0.040
#> GSM11498 2 0.5417 0.7392 0.080 0.780 0.036 0.104
#> GSM11499 4 0.6499 0.0408 0.076 0.400 0.000 0.524
#> GSM11500 2 0.3123 0.7182 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM11501 2 0.5962 0.6934 0.128 0.692 0.000 0.180
#> GSM11502 2 0.5256 0.6027 0.204 0.732 0.000 0.064
#> GSM11503 2 0.2174 0.7529 0.020 0.928 0.000 0.052
#> GSM11504 4 0.3974 0.6512 0.060 0.016 0.068 0.856
#> GSM11505 2 0.1902 0.7499 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM11506 2 0.1867 0.7486 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM11507 2 0.1637 0.7500 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM11508 3 0.2281 0.7901 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM11509 2 0.6025 0.7280 0.104 0.748 0.060 0.088
#> GSM11510 2 0.6652 0.4287 0.108 0.576 0.000 0.316
#> GSM11511 1 0.4713 0.6065 0.788 0.004 0.156 0.052
#> GSM11512 4 0.3800 0.6347 0.112 0.036 0.004 0.848
#> GSM11513 3 0.3253 0.7890 0.008 0.016 0.876 0.100
#> GSM11514 2 0.4844 0.7549 0.092 0.812 0.068 0.028
#> GSM11515 2 0.5921 0.0686 0.000 0.516 0.036 0.448
#> GSM11516 1 0.1743 0.7103 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM11517 3 0.1114 0.8161 0.016 0.004 0.972 0.008
#> GSM11518 2 0.2782 0.7660 0.068 0.904 0.024 0.004
#> GSM11519 1 0.1151 0.7250 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM11520 3 0.5327 0.6495 0.208 0.004 0.732 0.056
#> GSM11521 2 0.4595 0.7239 0.040 0.776 0.000 0.184
#> GSM11522 3 0.2484 0.8080 0.040 0.024 0.924 0.012
#> GSM11523 1 0.5038 0.3952 0.652 0.000 0.336 0.012
#> GSM11524 3 0.5134 0.4923 0.016 0.004 0.680 0.300
#> GSM11525 2 0.1675 0.7552 0.004 0.948 0.004 0.044
#> GSM11526 4 0.4000 0.6365 0.072 0.052 0.020 0.856
#> GSM11527 2 0.2216 0.7426 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM11528 2 0.3304 0.7673 0.076 0.884 0.012 0.028
#> GSM11529 1 0.6413 0.3662 0.516 0.416 0.000 0.068
#> GSM11530 3 0.2081 0.7855 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM11531 2 0.2813 0.7611 0.024 0.896 0.000 0.080
#> GSM11532 3 0.4592 0.7102 0.128 0.004 0.804 0.064
#> GSM11533 1 0.3687 0.7091 0.856 0.064 0.000 0.080
#> GSM11534 2 0.5678 0.6734 0.224 0.704 0.004 0.068
#> GSM11535 1 0.5592 0.4439 0.656 0.300 0.000 0.044
#> GSM11536 2 0.4605 0.7270 0.132 0.796 0.000 0.072
#> GSM11537 2 0.3439 0.7633 0.048 0.868 0.000 0.084
#> GSM11538 2 0.9165 -0.1219 0.092 0.380 0.192 0.336
#> GSM11539 1 0.5905 0.5535 0.636 0.304 0.000 0.060
#> GSM11540 2 0.3582 0.7508 0.060 0.868 0.004 0.068
#> GSM11541 4 0.3551 0.6389 0.108 0.004 0.028 0.860
#> GSM11542 2 0.4410 0.7323 0.128 0.808 0.000 0.064
#> GSM11543 2 0.7160 -0.1561 0.116 0.468 0.004 0.412
#> GSM11544 1 0.0817 0.7242 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM11545 1 0.2188 0.7300 0.936 0.032 0.012 0.020
#> GSM11546 2 0.3428 0.7082 0.000 0.844 0.012 0.144
#> GSM11547 2 0.4655 0.5767 0.208 0.760 0.000 0.032
#> GSM11548 2 0.6253 0.6385 0.012 0.696 0.152 0.140
#> GSM11549 3 0.6167 0.6194 0.144 0.004 0.688 0.164
#> GSM11550 3 0.8026 0.3849 0.280 0.036 0.520 0.164
#> GSM11551 2 0.6429 0.6152 0.024 0.696 0.152 0.128
#> GSM11552 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.1771 0.7539 0.012 0.948 0.004 0.036
#> GSM11554 2 0.3421 0.7640 0.044 0.868 0.000 0.088
#> GSM11555 2 0.5763 0.7133 0.132 0.748 0.024 0.096
#> GSM11556 3 0.4716 0.7009 0.132 0.004 0.796 0.068
#> GSM11557 2 0.1356 0.7572 0.008 0.960 0.000 0.032
#> GSM11558 2 0.1807 0.7637 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM11559 2 0.5997 0.4453 0.376 0.576 0.000 0.048
#> GSM11560 3 0.1767 0.8100 0.044 0.000 0.944 0.012
#> GSM11561 2 0.3172 0.7229 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM11562 2 0.5812 0.5637 0.328 0.624 0.000 0.048
#> GSM11563 2 0.4586 0.7273 0.136 0.796 0.000 0.068
#> GSM11564 2 0.4776 0.7271 0.164 0.776 0.000 0.060
#> GSM11565 1 0.4689 0.6929 0.824 0.052 0.040 0.084
#> GSM11566 2 0.3708 0.7099 0.020 0.832 0.000 0.148
#> GSM11567 2 0.2780 0.7671 0.048 0.912 0.024 0.016
#> GSM11568 1 0.4989 0.6181 0.756 0.200 0.008 0.036
#> GSM11569 2 0.5995 0.5740 0.232 0.672 0.000 0.096
#> GSM11570 3 0.0000 0.8148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.7126 0.5503 0.644 0.124 0.192 0.040
#> GSM11572 2 0.5835 0.6032 0.280 0.656 0.000 0.064
#> GSM11573 1 0.1733 0.7302 0.948 0.028 0.000 0.024
#> GSM11574 1 0.3761 0.7090 0.852 0.068 0.000 0.080
#> GSM11575 1 0.4123 0.6610 0.772 0.220 0.000 0.008
#> GSM11576 3 0.5364 0.4986 0.320 0.000 0.652 0.028
#> GSM11577 1 0.2594 0.7332 0.920 0.032 0.012 0.036
#> GSM11578 1 0.2892 0.7064 0.896 0.036 0.000 0.068
#> GSM11579 2 0.3534 0.7173 0.008 0.840 0.004 0.148
#> GSM11580 3 0.8328 -0.0317 0.272 0.336 0.376 0.016
#> GSM11581 3 0.7422 0.4954 0.068 0.160 0.640 0.132
#> GSM11582 4 0.4233 0.5966 0.032 0.008 0.140 0.820
#> GSM11583 3 0.4934 0.7291 0.012 0.104 0.796 0.088
#> GSM11584 2 0.5466 0.7036 0.068 0.712 0.000 0.220
#> GSM11585 2 0.2855 0.7453 0.052 0.904 0.004 0.040
#> GSM11586 1 0.6403 0.4176 0.608 0.052 0.016 0.324
#> GSM11587 3 0.3266 0.7955 0.084 0.004 0.880 0.032
#> GSM11588 1 0.2831 0.7022 0.876 0.004 0.000 0.120
#> GSM11589 1 0.7350 0.5559 0.624 0.192 0.040 0.144
#> GSM11590 1 0.2060 0.7176 0.932 0.000 0.052 0.016
#> GSM11591 1 0.5596 0.6114 0.696 0.236 0.000 0.068
#> GSM11592 1 0.4176 0.6730 0.832 0.008 0.044 0.116
#> GSM11593 1 0.0707 0.7249 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11594 1 0.1262 0.7282 0.968 0.008 0.016 0.008
#> GSM11595 1 0.6750 0.4496 0.612 0.180 0.000 0.208
#> GSM11596 2 0.5512 0.6468 0.120 0.756 0.012 0.112
#> GSM11597 1 0.4019 0.7223 0.848 0.068 0.008 0.076
#> GSM11598 1 0.1211 0.7241 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM11599 3 0.1854 0.8101 0.000 0.012 0.940 0.048
#> GSM11600 3 0.4644 0.7044 0.132 0.004 0.800 0.064
#> GSM11601 2 0.4388 0.7317 0.132 0.808 0.000 0.060
#> GSM11602 3 0.4425 0.7325 0.160 0.004 0.800 0.036
#> GSM11603 3 0.2473 0.8048 0.080 0.000 0.908 0.012
#> GSM11604 3 0.3681 0.7521 0.124 0.004 0.848 0.024
#> GSM11605 3 0.7236 0.4631 0.136 0.012 0.568 0.284
#> GSM11606 1 0.5767 0.4639 0.660 0.280 0.000 0.060
#> GSM11607 1 0.0336 0.7252 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11608 3 0.0188 0.8156 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM11609 2 0.5991 0.7056 0.132 0.712 0.008 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.3291 0.4845 0.072 0.024 0.012 0.872 0.020
#> GSM11438 1 0.4407 0.6708 0.760 0.064 0.000 0.004 0.172
#> GSM11439 1 0.6516 0.3379 0.572 0.280 0.000 0.044 0.104
#> GSM11440 3 0.3282 0.5704 0.000 0.188 0.804 0.000 0.008
#> GSM11441 5 0.4238 0.3879 0.112 0.028 0.000 0.056 0.804
#> GSM11442 2 0.7234 -0.1835 0.004 0.376 0.012 0.276 0.332
#> GSM11443 2 0.0451 0.6810 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM11444 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11445 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11446 3 0.5734 0.4661 0.072 0.016 0.604 0.000 0.308
#> GSM11447 4 0.8057 0.0333 0.152 0.144 0.000 0.388 0.316
#> GSM11448 2 0.6321 0.3379 0.352 0.536 0.000 0.036 0.076
#> GSM11449 3 0.0162 0.7569 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM11450 4 0.4843 0.0368 0.428 0.000 0.004 0.552 0.016
#> GSM11451 1 0.3961 0.6914 0.780 0.184 0.000 0.004 0.032
#> GSM11452 1 0.2805 0.7192 0.872 0.108 0.000 0.008 0.012
#> GSM11453 1 0.2536 0.7268 0.908 0.024 0.052 0.008 0.008
#> GSM11454 3 0.4108 0.4878 0.000 0.000 0.684 0.008 0.308
#> GSM11455 2 0.4675 0.2117 0.004 0.544 0.000 0.008 0.444
#> GSM11456 2 0.4228 0.6577 0.088 0.812 0.000 0.040 0.060
#> GSM11457 2 0.1644 0.6881 0.008 0.940 0.000 0.004 0.048
#> GSM11458 3 0.0162 0.7566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11459 3 0.4497 0.4238 0.000 0.008 0.568 0.000 0.424
#> GSM11460 4 0.5634 0.3304 0.028 0.000 0.184 0.684 0.104
#> GSM11461 1 0.3896 0.7086 0.848 0.032 0.044 0.020 0.056
#> GSM11462 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0579 0.6847 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM11464 4 0.1117 0.5041 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016
#> GSM11465 2 0.3742 0.6791 0.072 0.852 0.016 0.028 0.032
#> GSM11466 2 0.6009 0.6104 0.168 0.696 0.028 0.052 0.056
#> GSM11467 4 0.5078 0.0864 0.404 0.000 0.008 0.564 0.024
#> GSM11468 3 0.3508 0.6271 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM11469 3 0.1270 0.7452 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM11470 4 0.4403 0.0288 0.436 0.000 0.000 0.560 0.004
#> GSM11471 1 0.4136 0.6293 0.764 0.000 0.000 0.048 0.188
#> GSM11472 5 0.5444 0.3524 0.196 0.048 0.000 0.056 0.700
#> GSM11473 2 0.4650 0.6696 0.084 0.800 0.016 0.036 0.064
#> GSM11474 2 0.1671 0.6809 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM11475 3 0.0162 0.7566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11476 2 0.5648 0.3583 0.036 0.568 0.000 0.028 0.368
#> GSM11477 2 0.1901 0.6817 0.040 0.932 0.000 0.004 0.024
#> GSM11478 2 0.1857 0.6816 0.008 0.928 0.000 0.004 0.060
#> GSM11479 2 0.3350 0.6817 0.040 0.844 0.000 0.004 0.112
#> GSM11480 2 0.1644 0.6823 0.008 0.940 0.000 0.004 0.048
#> GSM11481 3 0.0451 0.7564 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM11482 2 0.6626 0.2734 0.084 0.520 0.004 0.040 0.352
#> GSM11483 2 0.4562 0.6267 0.036 0.732 0.000 0.012 0.220
#> GSM11484 4 0.7534 0.0363 0.092 0.348 0.000 0.432 0.128
#> GSM11485 2 0.5479 0.1997 0.032 0.500 0.000 0.016 0.452
#> GSM11486 1 0.5620 0.5110 0.608 0.296 0.000 0.004 0.092
#> GSM11487 1 0.2670 0.7292 0.888 0.080 0.000 0.004 0.028
#> GSM11488 2 0.8181 0.0170 0.032 0.420 0.052 0.220 0.276
#> GSM11489 2 0.4107 0.6604 0.084 0.820 0.000 0.040 0.056
#> GSM11490 1 0.4212 0.6644 0.792 0.012 0.000 0.060 0.136
#> GSM11491 1 0.2635 0.7152 0.900 0.064 0.020 0.004 0.012
#> GSM11492 4 0.7798 -0.0199 0.096 0.124 0.008 0.416 0.356
#> GSM11493 2 0.5853 0.0847 0.008 0.540 0.016 0.392 0.044
#> GSM11494 5 0.7425 0.0617 0.208 0.040 0.004 0.292 0.456
#> GSM11495 4 0.7864 0.0730 0.104 0.272 0.000 0.436 0.188
#> GSM11496 2 0.5898 0.5519 0.096 0.672 0.000 0.048 0.184
#> GSM11497 2 0.4992 0.6217 0.096 0.776 0.048 0.012 0.068
#> GSM11498 2 0.4584 0.6406 0.064 0.804 0.028 0.020 0.084
#> GSM11499 4 0.7646 -0.1748 0.044 0.316 0.000 0.328 0.312
#> GSM11500 2 0.4576 0.1716 0.004 0.536 0.000 0.004 0.456
#> GSM11501 5 0.6571 0.0875 0.088 0.324 0.000 0.048 0.540
#> GSM11502 2 0.3522 0.5416 0.212 0.780 0.000 0.004 0.004
#> GSM11503 2 0.2196 0.6775 0.024 0.916 0.000 0.004 0.056
#> GSM11504 4 0.1710 0.5003 0.012 0.000 0.024 0.944 0.020
#> GSM11505 2 0.1605 0.6782 0.012 0.944 0.000 0.004 0.040
#> GSM11506 2 0.3456 0.6206 0.004 0.788 0.000 0.004 0.204
#> GSM11507 2 0.0613 0.6797 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM11508 3 0.3586 0.5599 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM11509 5 0.7131 0.0738 0.088 0.408 0.052 0.012 0.440
#> GSM11510 2 0.7217 0.2958 0.084 0.508 0.000 0.292 0.116
#> GSM11511 1 0.5706 0.5922 0.672 0.004 0.028 0.076 0.220
#> GSM11512 4 0.1822 0.4960 0.036 0.000 0.004 0.936 0.024
#> GSM11513 3 0.4359 0.4193 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> GSM11514 2 0.4225 0.6758 0.080 0.820 0.068 0.016 0.016
#> GSM11515 5 0.4268 0.4039 0.000 0.200 0.020 0.020 0.760
#> GSM11516 1 0.2588 0.7197 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> GSM11517 3 0.0854 0.7550 0.004 0.000 0.976 0.008 0.012
#> GSM11518 2 0.4260 0.6809 0.048 0.824 0.028 0.020 0.080
#> GSM11519 1 0.1200 0.7387 0.964 0.000 0.016 0.008 0.012
#> GSM11520 3 0.5766 0.5114 0.176 0.000 0.680 0.036 0.108
#> GSM11521 5 0.5260 -0.1738 0.020 0.456 0.000 0.016 0.508
#> GSM11522 3 0.2500 0.7390 0.024 0.016 0.916 0.016 0.028
#> GSM11523 1 0.6106 0.3118 0.572 0.000 0.328 0.040 0.060
#> GSM11524 3 0.6462 0.3749 0.008 0.000 0.536 0.188 0.268
#> GSM11525 2 0.2707 0.6725 0.008 0.860 0.000 0.000 0.132
#> GSM11526 4 0.2372 0.5003 0.036 0.012 0.016 0.920 0.016
#> GSM11527 2 0.3913 0.4932 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM11528 2 0.3538 0.6884 0.068 0.860 0.008 0.024 0.040
#> GSM11529 1 0.5471 0.3568 0.516 0.428 0.000 0.004 0.052
#> GSM11530 3 0.1792 0.7278 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM11531 2 0.1653 0.6866 0.024 0.944 0.000 0.004 0.028
#> GSM11532 3 0.4972 0.5869 0.088 0.000 0.760 0.044 0.108
#> GSM11533 1 0.2982 0.7206 0.860 0.116 0.000 0.004 0.020
#> GSM11534 2 0.6432 0.4875 0.116 0.608 0.000 0.048 0.228
#> GSM11535 1 0.5968 0.4194 0.612 0.284 0.000 0.036 0.068
#> GSM11536 2 0.6008 0.5413 0.092 0.664 0.000 0.056 0.188
#> GSM11537 2 0.1725 0.6884 0.044 0.936 0.000 0.000 0.020
#> GSM11538 4 0.8308 0.0855 0.068 0.308 0.120 0.440 0.064
#> GSM11539 1 0.5426 0.5700 0.636 0.276 0.000 0.004 0.084
#> GSM11540 2 0.3827 0.6708 0.068 0.816 0.000 0.004 0.112
#> GSM11541 4 0.1018 0.5036 0.016 0.000 0.000 0.968 0.016
#> GSM11542 2 0.4373 0.6520 0.088 0.804 0.000 0.048 0.060
#> GSM11543 4 0.7882 -0.0381 0.072 0.348 0.004 0.376 0.200
#> GSM11544 1 0.1399 0.7349 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> GSM11545 1 0.1988 0.7420 0.936 0.016 0.008 0.012 0.028
#> GSM11546 2 0.4450 0.1572 0.000 0.508 0.004 0.000 0.488
#> GSM11547 2 0.5240 0.4829 0.204 0.676 0.000 0.000 0.120
#> GSM11548 5 0.6028 0.4254 0.008 0.212 0.152 0.004 0.624
#> GSM11549 5 0.6575 0.2162 0.092 0.000 0.312 0.048 0.548
#> GSM11550 5 0.7385 0.2326 0.164 0.016 0.288 0.036 0.496
#> GSM11551 5 0.6021 0.4215 0.016 0.296 0.100 0.000 0.588
#> GSM11552 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.2519 0.6771 0.016 0.884 0.000 0.000 0.100
#> GSM11554 2 0.2932 0.6871 0.020 0.864 0.000 0.004 0.112
#> GSM11555 2 0.6397 0.5340 0.088 0.652 0.016 0.052 0.192
#> GSM11556 3 0.5529 0.5276 0.092 0.000 0.712 0.048 0.148
#> GSM11557 2 0.2351 0.6823 0.016 0.896 0.000 0.000 0.088
#> GSM11558 2 0.2462 0.6809 0.008 0.880 0.000 0.000 0.112
#> GSM11559 2 0.5757 0.4055 0.356 0.572 0.000 0.036 0.036
#> GSM11560 3 0.2054 0.7415 0.072 0.000 0.916 0.008 0.004
#> GSM11561 2 0.4661 0.3476 0.016 0.624 0.000 0.004 0.356
#> GSM11562 2 0.5852 0.5066 0.280 0.624 0.000 0.044 0.052
#> GSM11563 2 0.5930 0.5439 0.096 0.668 0.000 0.048 0.188
#> GSM11564 2 0.4815 0.6477 0.124 0.768 0.000 0.044 0.064
#> GSM11565 1 0.5818 0.6134 0.704 0.032 0.036 0.052 0.176
#> GSM11566 2 0.4830 0.1436 0.020 0.492 0.000 0.000 0.488
#> GSM11567 2 0.3986 0.6860 0.032 0.836 0.024 0.020 0.088
#> GSM11568 1 0.5991 0.6123 0.680 0.184 0.008 0.064 0.064
#> GSM11569 2 0.4178 0.5112 0.220 0.748 0.000 0.004 0.028
#> GSM11570 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11571 1 0.7301 0.5367 0.604 0.052 0.164 0.056 0.124
#> GSM11572 2 0.6883 0.3876 0.224 0.548 0.000 0.040 0.188
#> GSM11573 1 0.1982 0.7400 0.932 0.028 0.000 0.028 0.012
#> GSM11574 1 0.3446 0.7184 0.840 0.116 0.000 0.008 0.036
#> GSM11575 1 0.4853 0.6761 0.748 0.156 0.000 0.020 0.076
#> GSM11576 3 0.5964 0.4381 0.312 0.000 0.592 0.064 0.032
#> GSM11577 1 0.2624 0.7451 0.904 0.012 0.004 0.048 0.032
#> GSM11578 1 0.2352 0.7201 0.896 0.092 0.000 0.004 0.008
#> GSM11579 2 0.4434 0.1743 0.004 0.536 0.000 0.000 0.460
#> GSM11580 3 0.8356 -0.1389 0.244 0.292 0.376 0.036 0.052
#> GSM11581 5 0.6272 -0.0465 0.048 0.020 0.392 0.020 0.520
#> GSM11582 4 0.1831 0.4780 0.004 0.000 0.076 0.920 0.000
#> GSM11583 3 0.4746 0.5837 0.012 0.036 0.724 0.004 0.224
#> GSM11584 5 0.4796 0.4390 0.044 0.196 0.000 0.024 0.736
#> GSM11585 2 0.3237 0.6740 0.064 0.868 0.008 0.004 0.056
#> GSM11586 5 0.7709 -0.0705 0.300 0.028 0.012 0.288 0.372
#> GSM11587 3 0.4506 0.6880 0.080 0.000 0.796 0.048 0.076
#> GSM11588 1 0.3427 0.7029 0.836 0.000 0.000 0.108 0.056
#> GSM11589 1 0.7879 0.4971 0.556 0.116 0.044 0.140 0.144
#> GSM11590 1 0.1364 0.7335 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM11591 1 0.4558 0.6387 0.708 0.252 0.000 0.004 0.036
#> GSM11592 1 0.5265 0.5537 0.656 0.004 0.008 0.052 0.280
#> GSM11593 1 0.1845 0.7388 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016
#> GSM11594 1 0.1173 0.7406 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> GSM11595 1 0.7298 0.4423 0.552 0.176 0.000 0.152 0.120
#> GSM11596 5 0.6085 0.2689 0.120 0.344 0.004 0.000 0.532
#> GSM11597 1 0.5909 0.2984 0.488 0.024 0.004 0.040 0.444
#> GSM11598 1 0.1549 0.7370 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> GSM11599 3 0.4370 0.5263 0.000 0.008 0.656 0.004 0.332
#> GSM11600 3 0.4491 0.6186 0.092 0.000 0.796 0.048 0.064
#> GSM11601 2 0.4163 0.6585 0.088 0.816 0.000 0.040 0.056
#> GSM11602 3 0.5433 0.6211 0.120 0.000 0.724 0.048 0.108
#> GSM11603 3 0.3937 0.7061 0.072 0.000 0.832 0.044 0.052
#> GSM11604 3 0.5404 0.5284 0.080 0.000 0.652 0.008 0.260
#> GSM11605 5 0.7499 0.3082 0.096 0.008 0.256 0.120 0.520
#> GSM11606 1 0.4688 0.4754 0.660 0.312 0.000 0.008 0.020
#> GSM11607 1 0.0898 0.7395 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM11608 3 0.0162 0.7568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM11609 2 0.6602 0.4082 0.092 0.540 0.000 0.048 0.320
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.1265 0.5605 0.044 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM11438 1 0.3727 0.6597 0.748 0.036 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM11439 1 0.6492 0.3894 0.496 0.260 0.000 0.000 0.196 0.048
#> GSM11440 3 0.3277 0.5110 0.000 0.188 0.792 0.004 0.016 0.000
#> GSM11441 5 0.3662 0.4346 0.044 0.004 0.000 0.000 0.780 0.172
#> GSM11442 5 0.7669 0.1341 0.000 0.180 0.004 0.220 0.356 0.240
#> GSM11443 2 0.3499 0.5703 0.012 0.812 0.000 0.000 0.044 0.132
#> GSM11444 3 0.0405 0.7230 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM11445 3 0.0146 0.7237 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11446 3 0.6951 -0.1290 0.036 0.008 0.428 0.004 0.264 0.260
#> GSM11447 5 0.6644 0.2733 0.052 0.072 0.000 0.136 0.604 0.136
#> GSM11448 2 0.5837 0.3859 0.312 0.528 0.000 0.000 0.144 0.016
#> GSM11449 3 0.0291 0.7235 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM11450 4 0.4450 0.1901 0.380 0.000 0.000 0.592 0.012 0.016
#> GSM11451 1 0.3578 0.6950 0.784 0.164 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM11452 1 0.2566 0.7172 0.868 0.112 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM11453 1 0.2280 0.7275 0.916 0.012 0.036 0.008 0.008 0.020
#> GSM11454 3 0.4189 0.2305 0.000 0.000 0.552 0.008 0.004 0.436
#> GSM11455 6 0.4009 0.5810 0.004 0.356 0.000 0.008 0.000 0.632
#> GSM11456 2 0.3202 0.6673 0.040 0.816 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM11457 2 0.1781 0.6853 0.008 0.924 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM11458 3 0.0291 0.7240 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM11459 5 0.5515 0.4553 0.000 0.000 0.320 0.000 0.528 0.152
#> GSM11460 4 0.4082 0.4159 0.008 0.000 0.144 0.764 0.000 0.084
#> GSM11461 1 0.3196 0.7172 0.868 0.012 0.040 0.028 0.004 0.048
#> GSM11462 3 0.0000 0.7233 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.2043 0.6722 0.012 0.912 0.000 0.000 0.012 0.064
#> GSM11464 4 0.0405 0.5705 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM11465 2 0.2790 0.6836 0.032 0.868 0.012 0.000 0.088 0.000
#> GSM11466 2 0.5159 0.6329 0.120 0.696 0.020 0.012 0.152 0.000
#> GSM11467 4 0.4426 0.2349 0.356 0.000 0.004 0.616 0.016 0.008
#> GSM11468 3 0.5146 0.1381 0.000 0.000 0.596 0.004 0.300 0.100
#> GSM11469 3 0.1714 0.6653 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM11470 4 0.5037 0.0913 0.428 0.000 0.000 0.516 0.036 0.020
#> GSM11471 1 0.4130 0.5973 0.672 0.004 0.000 0.000 0.300 0.024
#> GSM11472 5 0.4753 0.3878 0.124 0.020 0.000 0.000 0.716 0.140
#> GSM11473 2 0.6030 0.5667 0.052 0.624 0.012 0.000 0.164 0.148
#> GSM11474 2 0.1714 0.6661 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM11475 3 0.0146 0.7237 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11476 6 0.5331 0.3873 0.008 0.428 0.000 0.012 0.052 0.500
#> GSM11477 2 0.1382 0.6813 0.036 0.948 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM11478 2 0.2019 0.6765 0.012 0.900 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM11479 2 0.2790 0.6722 0.012 0.868 0.000 0.000 0.032 0.088
#> GSM11480 2 0.1858 0.6757 0.012 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM11481 3 0.1321 0.7195 0.004 0.000 0.952 0.000 0.020 0.024
#> GSM11482 2 0.6410 -0.2878 0.040 0.424 0.004 0.000 0.132 0.400
#> GSM11483 2 0.4626 0.4519 0.012 0.652 0.000 0.000 0.044 0.292
#> GSM11484 4 0.7432 -0.0110 0.040 0.320 0.000 0.376 0.220 0.044
#> GSM11485 6 0.5032 0.5826 0.016 0.316 0.000 0.000 0.060 0.608
#> GSM11486 1 0.5518 0.5434 0.596 0.276 0.000 0.000 0.024 0.104
#> GSM11487 1 0.2358 0.7316 0.900 0.056 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM11488 6 0.7824 0.4234 0.044 0.272 0.044 0.212 0.020 0.408
#> GSM11489 2 0.3264 0.6692 0.040 0.820 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM11490 1 0.4080 0.6351 0.704 0.016 0.000 0.000 0.264 0.016
#> GSM11491 1 0.1824 0.7225 0.932 0.040 0.016 0.004 0.004 0.004
#> GSM11492 4 0.7311 -0.1364 0.048 0.028 0.000 0.360 0.212 0.352
#> GSM11493 2 0.5921 0.1216 0.024 0.524 0.012 0.376 0.016 0.048
#> GSM11494 6 0.6028 0.3379 0.052 0.012 0.004 0.256 0.076 0.600
#> GSM11495 4 0.7257 0.0335 0.048 0.248 0.000 0.376 0.308 0.020
#> GSM11496 2 0.6270 0.4313 0.044 0.492 0.000 0.000 0.328 0.136
#> GSM11497 2 0.6807 0.4389 0.104 0.580 0.028 0.004 0.108 0.176
#> GSM11498 2 0.4467 0.6553 0.064 0.784 0.028 0.000 0.088 0.036
#> GSM11499 6 0.7369 0.3830 0.024 0.180 0.000 0.284 0.080 0.432
#> GSM11500 6 0.3410 0.5273 0.008 0.216 0.000 0.000 0.008 0.768
#> GSM11501 6 0.6289 0.4271 0.036 0.184 0.000 0.000 0.268 0.512
#> GSM11502 2 0.3073 0.5704 0.204 0.788 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM11503 2 0.3408 0.6633 0.036 0.828 0.000 0.000 0.024 0.112
#> GSM11504 4 0.0603 0.5697 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM11505 2 0.4248 0.5574 0.024 0.744 0.000 0.000 0.044 0.188
#> GSM11506 2 0.4786 0.2157 0.004 0.540 0.000 0.000 0.044 0.412
#> GSM11507 2 0.0909 0.6782 0.020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11508 3 0.3390 0.4551 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM11509 5 0.4797 0.4704 0.032 0.172 0.040 0.000 0.732 0.024
#> GSM11510 2 0.7471 0.3171 0.044 0.468 0.000 0.192 0.220 0.076
#> GSM11511 1 0.6277 0.3496 0.424 0.000 0.004 0.008 0.344 0.220
#> GSM11512 4 0.1500 0.5532 0.012 0.000 0.000 0.936 0.052 0.000
#> GSM11513 5 0.5274 0.3248 0.000 0.004 0.432 0.000 0.480 0.084
#> GSM11514 2 0.3655 0.6863 0.076 0.824 0.052 0.000 0.048 0.000
#> GSM11515 6 0.4584 0.3323 0.000 0.044 0.024 0.008 0.200 0.724
#> GSM11516 1 0.2757 0.7101 0.848 0.004 0.000 0.004 0.136 0.008
#> GSM11517 3 0.0713 0.7216 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM11518 2 0.4645 0.6770 0.052 0.780 0.016 0.020 0.032 0.100
#> GSM11519 1 0.1232 0.7350 0.956 0.004 0.016 0.000 0.024 0.000
#> GSM11520 3 0.5154 0.4928 0.132 0.004 0.668 0.000 0.184 0.012
#> GSM11521 6 0.4514 0.6155 0.004 0.244 0.000 0.000 0.068 0.684
#> GSM11522 3 0.2610 0.6918 0.004 0.016 0.880 0.000 0.088 0.012
#> GSM11523 1 0.6556 0.2557 0.520 0.000 0.288 0.008 0.104 0.080
#> GSM11524 5 0.4788 0.3895 0.000 0.000 0.396 0.056 0.548 0.000
#> GSM11525 2 0.2558 0.6529 0.004 0.840 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM11526 4 0.0717 0.5684 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000
#> GSM11527 2 0.3727 0.2545 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM11528 2 0.3245 0.6916 0.036 0.860 0.012 0.000 0.060 0.032
#> GSM11529 1 0.5358 0.3308 0.504 0.408 0.000 0.000 0.012 0.076
#> GSM11530 3 0.1897 0.6781 0.084 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000
#> GSM11531 2 0.1970 0.6845 0.028 0.920 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM11532 3 0.4155 0.5604 0.036 0.004 0.748 0.000 0.196 0.016
#> GSM11533 1 0.2850 0.7190 0.856 0.112 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM11534 2 0.5432 0.4808 0.048 0.564 0.000 0.000 0.344 0.044
#> GSM11535 1 0.5758 0.4114 0.560 0.284 0.000 0.000 0.136 0.020
#> GSM11536 2 0.5226 0.5375 0.040 0.620 0.000 0.004 0.296 0.040
#> GSM11537 2 0.1074 0.6901 0.028 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM11538 4 0.7086 0.1314 0.060 0.296 0.064 0.500 0.004 0.076
#> GSM11539 1 0.4915 0.5851 0.632 0.260 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM11540 2 0.3819 0.6218 0.064 0.764 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM11541 4 0.0291 0.5700 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM11542 2 0.3123 0.6687 0.040 0.824 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM11543 4 0.7330 -0.2137 0.052 0.292 0.000 0.364 0.020 0.272
#> GSM11544 1 0.2095 0.7323 0.904 0.004 0.000 0.000 0.076 0.016
#> GSM11545 1 0.2175 0.7350 0.924 0.016 0.012 0.012 0.016 0.020
#> GSM11546 6 0.3337 0.6153 0.000 0.260 0.004 0.000 0.000 0.736
#> GSM11547 2 0.6224 0.3168 0.160 0.536 0.000 0.000 0.044 0.260
#> GSM11548 5 0.6880 0.4298 0.000 0.188 0.128 0.004 0.520 0.160
#> GSM11549 6 0.6737 0.1020 0.044 0.004 0.188 0.000 0.356 0.408
#> GSM11550 6 0.7283 0.1650 0.100 0.008 0.212 0.004 0.212 0.464
#> GSM11551 5 0.6967 0.2190 0.004 0.272 0.068 0.000 0.444 0.212
#> GSM11552 3 0.0146 0.7237 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.2425 0.6689 0.024 0.884 0.004 0.000 0.000 0.088
#> GSM11554 2 0.2669 0.6802 0.016 0.880 0.000 0.000 0.032 0.072
#> GSM11555 2 0.5794 0.5094 0.040 0.592 0.020 0.004 0.300 0.044
#> GSM11556 3 0.4794 0.5019 0.040 0.004 0.688 0.000 0.236 0.032
#> GSM11557 2 0.1913 0.6728 0.012 0.908 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM11558 2 0.2006 0.6609 0.004 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM11559 2 0.5394 0.4609 0.304 0.580 0.000 0.000 0.104 0.012
#> GSM11560 3 0.2113 0.7002 0.092 0.000 0.896 0.008 0.000 0.004
#> GSM11561 6 0.4333 0.3409 0.020 0.468 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM11562 2 0.5182 0.5534 0.224 0.628 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM11563 2 0.4809 0.5491 0.044 0.640 0.000 0.000 0.296 0.020
#> GSM11564 2 0.4078 0.6604 0.076 0.768 0.000 0.000 0.144 0.012
#> GSM11565 1 0.5416 0.5982 0.648 0.028 0.036 0.012 0.260 0.016
#> GSM11566 6 0.3360 0.6157 0.004 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM11567 2 0.4220 0.6787 0.024 0.796 0.016 0.004 0.056 0.104
#> GSM11568 1 0.6153 0.6170 0.616 0.172 0.004 0.008 0.144 0.056
#> GSM11569 2 0.3357 0.5451 0.224 0.764 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM11570 3 0.0146 0.7237 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11571 1 0.6977 0.5136 0.572 0.008 0.152 0.028 0.100 0.140
#> GSM11572 2 0.6124 0.4187 0.168 0.520 0.000 0.000 0.284 0.028
#> GSM11573 1 0.2420 0.7382 0.892 0.032 0.000 0.000 0.068 0.008
#> GSM11574 1 0.3140 0.7145 0.840 0.116 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM11575 1 0.4812 0.6805 0.728 0.140 0.000 0.000 0.052 0.080
#> GSM11576 3 0.6073 0.3659 0.328 0.000 0.536 0.008 0.076 0.052
#> GSM11577 1 0.2839 0.7312 0.868 0.004 0.004 0.004 0.092 0.028
#> GSM11578 1 0.2062 0.7231 0.900 0.088 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM11579 6 0.3636 0.6152 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004 0.676
#> GSM11580 3 0.7944 -0.0108 0.208 0.268 0.376 0.000 0.100 0.048
#> GSM11581 5 0.5506 0.5482 0.020 0.004 0.224 0.000 0.628 0.124
#> GSM11582 4 0.0291 0.5667 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM11583 3 0.4784 0.4144 0.016 0.012 0.620 0.004 0.012 0.336
#> GSM11584 5 0.4911 0.3173 0.008 0.060 0.000 0.000 0.600 0.332
#> GSM11585 2 0.3025 0.6703 0.060 0.856 0.004 0.000 0.004 0.076
#> GSM11586 5 0.6562 0.2121 0.148 0.004 0.008 0.160 0.584 0.096
#> GSM11587 3 0.5177 0.5996 0.076 0.000 0.712 0.008 0.140 0.064
#> GSM11588 1 0.4182 0.6963 0.780 0.004 0.000 0.096 0.100 0.020
#> GSM11589 1 0.7963 0.4923 0.524 0.104 0.040 0.128 0.080 0.124
#> GSM11590 1 0.1693 0.7233 0.936 0.000 0.020 0.000 0.032 0.012
#> GSM11591 1 0.4202 0.6480 0.712 0.224 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM11592 1 0.4774 0.4945 0.560 0.004 0.004 0.000 0.396 0.036
#> GSM11593 1 0.2320 0.7367 0.892 0.000 0.000 0.004 0.080 0.024
#> GSM11594 1 0.1180 0.7356 0.960 0.004 0.008 0.004 0.024 0.000
#> GSM11595 1 0.6948 0.4509 0.508 0.176 0.000 0.124 0.188 0.004
#> GSM11596 6 0.7010 0.4048 0.116 0.276 0.008 0.000 0.124 0.476
#> GSM11597 5 0.4532 0.4661 0.196 0.004 0.008 0.016 0.732 0.044
#> GSM11598 1 0.2158 0.7332 0.912 0.004 0.000 0.012 0.056 0.016
#> GSM11599 5 0.4950 0.3746 0.000 0.000 0.416 0.004 0.524 0.056
#> GSM11600 3 0.4128 0.5841 0.040 0.004 0.768 0.000 0.164 0.024
#> GSM11601 2 0.3083 0.6706 0.040 0.828 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM11602 3 0.5626 0.5739 0.092 0.004 0.680 0.008 0.148 0.068
#> GSM11603 3 0.4922 0.6111 0.092 0.000 0.740 0.008 0.096 0.064
#> GSM11604 5 0.4603 0.3619 0.040 0.000 0.416 0.000 0.544 0.000
#> GSM11605 6 0.7105 0.2117 0.044 0.012 0.172 0.032 0.216 0.524
#> GSM11606 1 0.4601 0.5118 0.616 0.336 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM11607 1 0.1536 0.7361 0.940 0.004 0.000 0.000 0.040 0.016
#> GSM11608 3 0.0000 0.7233 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11609 2 0.6728 -0.0314 0.040 0.420 0.004 0.000 0.204 0.332
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:pam 164 0.0345 2
#> CV:pam 163 0.0278 3
#> CV:pam 137 0.0617 4
#> CV:pam 108 0.4882 5
#> CV:pam 108 0.6795 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.210 0.582 0.772 0.2523 0.933 0.933
#> 3 3 0.083 0.626 0.719 1.1348 0.376 0.350
#> 4 4 0.520 0.521 0.754 0.3200 0.842 0.613
#> 5 5 0.475 0.423 0.679 0.0697 0.849 0.545
#> 6 6 0.575 0.405 0.656 0.0551 0.852 0.456
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.2948 0.7574 0.948 0.052
#> GSM11438 1 0.9393 0.1506 0.644 0.356
#> GSM11439 1 0.2778 0.7443 0.952 0.048
#> GSM11440 1 0.1414 0.7477 0.980 0.020
#> GSM11441 1 0.2043 0.7465 0.968 0.032
#> GSM11442 1 0.3114 0.7320 0.944 0.056
#> GSM11443 1 0.9491 0.1727 0.632 0.368
#> GSM11444 1 0.1633 0.7464 0.976 0.024
#> GSM11445 1 0.1633 0.7464 0.976 0.024
#> GSM11446 1 0.2778 0.7400 0.952 0.048
#> GSM11447 1 0.3114 0.7334 0.944 0.056
#> GSM11448 1 0.4022 0.7408 0.920 0.080
#> GSM11449 1 0.4562 0.7534 0.904 0.096
#> GSM11450 1 0.7453 0.6856 0.788 0.212
#> GSM11451 1 0.9983 -0.4689 0.524 0.476
#> GSM11452 1 0.6148 0.7234 0.848 0.152
#> GSM11453 1 0.5059 0.7337 0.888 0.112
#> GSM11454 1 0.2603 0.7478 0.956 0.044
#> GSM11455 1 0.4161 0.7343 0.916 0.084
#> GSM11456 1 0.8813 0.3779 0.700 0.300
#> GSM11457 1 0.9661 -0.0729 0.608 0.392
#> GSM11458 1 0.6343 0.6456 0.840 0.160
#> GSM11459 1 0.2043 0.7484 0.968 0.032
#> GSM11460 1 0.5178 0.6977 0.884 0.116
#> GSM11461 1 0.4562 0.7502 0.904 0.096
#> GSM11462 1 0.6887 0.6155 0.816 0.184
#> GSM11463 1 0.9044 0.3410 0.680 0.320
#> GSM11464 1 0.7745 0.6231 0.772 0.228
#> GSM11465 1 0.3879 0.7487 0.924 0.076
#> GSM11466 1 0.1414 0.7477 0.980 0.020
#> GSM11467 1 0.7376 0.6566 0.792 0.208
#> GSM11468 1 0.1843 0.7491 0.972 0.028
#> GSM11469 1 0.2778 0.7442 0.952 0.048
#> GSM11470 1 0.9358 0.4727 0.648 0.352
#> GSM11471 1 0.4161 0.7559 0.916 0.084
#> GSM11472 1 0.3584 0.7544 0.932 0.068
#> GSM11473 1 0.6531 0.7005 0.832 0.168
#> GSM11474 1 0.9881 -0.2312 0.564 0.436
#> GSM11475 1 0.1414 0.7477 0.980 0.020
#> GSM11476 1 0.2948 0.7408 0.948 0.052
#> GSM11477 1 0.9996 -0.4872 0.512 0.488
#> GSM11478 1 0.9815 -0.1793 0.580 0.420
#> GSM11479 1 0.9000 0.3255 0.684 0.316
#> GSM11480 2 0.9248 0.8735 0.340 0.660
#> GSM11481 1 0.1184 0.7509 0.984 0.016
#> GSM11482 1 0.1414 0.7476 0.980 0.020
#> GSM11483 1 0.9522 0.1320 0.628 0.372
#> GSM11484 1 0.2043 0.7478 0.968 0.032
#> GSM11485 1 0.5946 0.6943 0.856 0.144
#> GSM11486 1 0.9323 0.2332 0.652 0.348
#> GSM11487 1 0.5178 0.7383 0.884 0.116
#> GSM11488 1 0.2603 0.7431 0.956 0.044
#> GSM11489 1 0.5946 0.7026 0.856 0.144
#> GSM11490 1 0.1633 0.7475 0.976 0.024
#> GSM11491 1 0.5842 0.7333 0.860 0.140
#> GSM11492 1 0.1843 0.7492 0.972 0.028
#> GSM11493 1 0.2423 0.7419 0.960 0.040
#> GSM11494 1 0.2778 0.7372 0.952 0.048
#> GSM11495 1 0.2778 0.7418 0.952 0.048
#> GSM11496 1 0.4815 0.7390 0.896 0.104
#> GSM11497 1 0.5178 0.7315 0.884 0.116
#> GSM11498 1 0.7376 0.6299 0.792 0.208
#> GSM11499 1 0.6801 0.6147 0.820 0.180
#> GSM11500 1 0.7376 0.5923 0.792 0.208
#> GSM11501 1 0.4161 0.7245 0.916 0.084
#> GSM11502 2 0.9988 0.5703 0.480 0.520
#> GSM11503 1 0.9209 0.2241 0.664 0.336
#> GSM11504 1 0.1843 0.7482 0.972 0.028
#> GSM11505 1 0.9881 -0.2127 0.564 0.436
#> GSM11506 1 0.9358 0.1841 0.648 0.352
#> GSM11507 1 0.9996 -0.5747 0.512 0.488
#> GSM11508 1 0.2603 0.7423 0.956 0.044
#> GSM11509 1 0.2603 0.7394 0.956 0.044
#> GSM11510 1 0.5842 0.7174 0.860 0.140
#> GSM11511 1 0.5294 0.7384 0.880 0.120
#> GSM11512 1 0.2043 0.7478 0.968 0.032
#> GSM11513 1 0.1843 0.7490 0.972 0.028
#> GSM11514 1 0.1843 0.7549 0.972 0.028
#> GSM11515 1 0.2778 0.7370 0.952 0.048
#> GSM11516 1 0.7056 0.6982 0.808 0.192
#> GSM11517 1 0.2043 0.7494 0.968 0.032
#> GSM11518 1 0.1843 0.7539 0.972 0.028
#> GSM11519 1 0.8081 0.6467 0.752 0.248
#> GSM11520 1 0.8555 0.6014 0.720 0.280
#> GSM11521 1 0.2423 0.7428 0.960 0.040
#> GSM11522 1 0.4562 0.7527 0.904 0.096
#> GSM11523 1 0.9209 0.5061 0.664 0.336
#> GSM11524 1 0.2236 0.7487 0.964 0.036
#> GSM11525 1 0.9833 -0.1975 0.576 0.424
#> GSM11526 1 0.1843 0.7482 0.972 0.028
#> GSM11527 1 0.9248 0.2259 0.660 0.340
#> GSM11528 1 0.9933 -0.3545 0.548 0.452
#> GSM11529 1 0.5178 0.7315 0.884 0.116
#> GSM11530 1 0.2236 0.7477 0.964 0.036
#> GSM11531 1 0.8861 0.3646 0.696 0.304
#> GSM11532 1 0.2236 0.7477 0.964 0.036
#> GSM11533 1 0.4431 0.7387 0.908 0.092
#> GSM11534 1 0.4690 0.7367 0.900 0.100
#> GSM11535 1 0.5737 0.7157 0.864 0.136
#> GSM11536 1 0.1633 0.7490 0.976 0.024
#> GSM11537 1 0.9983 -0.4622 0.524 0.476
#> GSM11538 1 0.2948 0.7583 0.948 0.052
#> GSM11539 1 0.9815 -0.1630 0.580 0.420
#> GSM11540 1 0.9850 -0.2111 0.572 0.428
#> GSM11541 1 0.5294 0.6955 0.880 0.120
#> GSM11542 2 0.9881 0.7559 0.436 0.564
#> GSM11543 1 0.4022 0.7431 0.920 0.080
#> GSM11544 1 0.7528 0.6838 0.784 0.216
#> GSM11545 1 0.5737 0.7347 0.864 0.136
#> GSM11546 1 0.7528 0.6015 0.784 0.216
#> GSM11547 1 0.7453 0.6351 0.788 0.212
#> GSM11548 1 0.1633 0.7485 0.976 0.024
#> GSM11549 1 0.5946 0.7355 0.856 0.144
#> GSM11550 1 0.6148 0.7325 0.848 0.152
#> GSM11551 1 0.3114 0.7581 0.944 0.056
#> GSM11552 1 0.5294 0.6935 0.880 0.120
#> GSM11553 1 0.9775 -0.1523 0.588 0.412
#> GSM11554 2 0.9000 0.8636 0.316 0.684
#> GSM11555 1 0.3114 0.7572 0.944 0.056
#> GSM11556 1 0.5059 0.7023 0.888 0.112
#> GSM11557 1 0.9358 0.2041 0.648 0.352
#> GSM11558 1 0.9661 -0.1187 0.608 0.392
#> GSM11559 1 0.7528 0.6123 0.784 0.216
#> GSM11560 1 0.8327 0.5769 0.736 0.264
#> GSM11561 1 0.9393 0.1056 0.644 0.356
#> GSM11562 2 0.9323 0.8747 0.348 0.652
#> GSM11563 1 0.4690 0.7400 0.900 0.100
#> GSM11564 1 0.4815 0.7382 0.896 0.104
#> GSM11565 1 0.5519 0.7361 0.872 0.128
#> GSM11566 1 0.6343 0.6971 0.840 0.160
#> GSM11567 1 0.0938 0.7501 0.988 0.012
#> GSM11568 1 0.7139 0.6988 0.804 0.196
#> GSM11569 2 0.9044 0.8661 0.320 0.680
#> GSM11570 1 0.5294 0.6933 0.880 0.120
#> GSM11571 1 0.8713 0.5857 0.708 0.292
#> GSM11572 1 0.4161 0.7380 0.916 0.084
#> GSM11573 1 0.5059 0.7376 0.888 0.112
#> GSM11574 1 0.5178 0.7303 0.884 0.116
#> GSM11575 1 0.5519 0.7361 0.872 0.128
#> GSM11576 1 0.9491 0.4369 0.632 0.368
#> GSM11577 1 0.7376 0.6874 0.792 0.208
#> GSM11578 1 0.5946 0.7311 0.856 0.144
#> GSM11579 1 0.2043 0.7488 0.968 0.032
#> GSM11580 1 0.5178 0.7404 0.884 0.116
#> GSM11581 1 0.1633 0.7498 0.976 0.024
#> GSM11582 1 0.4690 0.7130 0.900 0.100
#> GSM11583 1 0.2043 0.7528 0.968 0.032
#> GSM11584 1 0.1414 0.7476 0.980 0.020
#> GSM11585 1 0.9754 -0.0954 0.592 0.408
#> GSM11586 1 0.8499 0.6055 0.724 0.276
#> GSM11587 1 0.9491 0.4369 0.632 0.368
#> GSM11588 1 0.5294 0.7344 0.880 0.120
#> GSM11589 1 0.4815 0.7443 0.896 0.104
#> GSM11590 1 0.8713 0.5857 0.708 0.292
#> GSM11591 1 0.9732 -0.1067 0.596 0.404
#> GSM11592 1 0.7815 0.6593 0.768 0.232
#> GSM11593 1 0.8813 0.5727 0.700 0.300
#> GSM11594 1 0.8608 0.5962 0.716 0.284
#> GSM11595 1 0.3733 0.7468 0.928 0.072
#> GSM11596 1 0.8081 0.5443 0.752 0.248
#> GSM11597 1 0.2043 0.7499 0.968 0.032
#> GSM11598 1 0.7376 0.6933 0.792 0.208
#> GSM11599 1 0.2603 0.7456 0.956 0.044
#> GSM11600 1 0.2603 0.7467 0.956 0.044
#> GSM11601 1 0.5059 0.7325 0.888 0.112
#> GSM11602 1 0.8555 0.6024 0.720 0.280
#> GSM11603 1 0.9427 0.4488 0.640 0.360
#> GSM11604 1 0.6247 0.6535 0.844 0.156
#> GSM11605 1 0.4161 0.7262 0.916 0.084
#> GSM11606 1 0.8267 0.5130 0.740 0.260
#> GSM11607 1 0.8713 0.5857 0.708 0.292
#> GSM11608 1 0.5842 0.6717 0.860 0.140
#> GSM11609 1 0.0938 0.7498 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.6107 0.6736 0.052 0.184 0.764
#> GSM11438 2 0.5763 0.7660 0.016 0.740 0.244
#> GSM11439 3 0.6676 -0.3537 0.008 0.476 0.516
#> GSM11440 3 0.3532 0.7341 0.008 0.108 0.884
#> GSM11441 3 0.1170 0.7302 0.008 0.016 0.976
#> GSM11442 3 0.1399 0.7286 0.004 0.028 0.968
#> GSM11443 2 0.6894 0.6918 0.052 0.692 0.256
#> GSM11444 3 0.0237 0.7197 0.000 0.004 0.996
#> GSM11445 3 0.0892 0.7305 0.000 0.020 0.980
#> GSM11446 3 0.0592 0.7203 0.000 0.012 0.988
#> GSM11447 3 0.5335 0.5436 0.008 0.232 0.760
#> GSM11448 2 0.6264 0.7367 0.028 0.716 0.256
#> GSM11449 3 0.9639 -0.0774 0.332 0.220 0.448
#> GSM11450 1 0.8271 0.7520 0.632 0.156 0.212
#> GSM11451 2 0.1411 0.6077 0.036 0.964 0.000
#> GSM11452 2 0.9369 -0.2607 0.408 0.424 0.168
#> GSM11453 2 0.9100 0.4210 0.248 0.548 0.204
#> GSM11454 3 0.0237 0.7221 0.004 0.000 0.996
#> GSM11455 2 0.6448 0.6749 0.016 0.656 0.328
#> GSM11456 2 0.5551 0.7717 0.016 0.760 0.224
#> GSM11457 2 0.5455 0.7770 0.028 0.788 0.184
#> GSM11458 3 0.4974 0.5817 0.236 0.000 0.764
#> GSM11459 3 0.0237 0.7221 0.004 0.000 0.996
#> GSM11460 3 0.7230 0.4263 0.344 0.040 0.616
#> GSM11461 2 0.9880 0.1436 0.260 0.384 0.356
#> GSM11462 3 0.6026 0.3318 0.376 0.000 0.624
#> GSM11463 2 0.5466 0.7686 0.040 0.800 0.160
#> GSM11464 1 0.7576 0.6724 0.648 0.076 0.276
#> GSM11465 2 0.6217 0.7339 0.024 0.712 0.264
#> GSM11466 3 0.3987 0.7362 0.020 0.108 0.872
#> GSM11467 1 0.7651 0.7373 0.672 0.108 0.220
#> GSM11468 3 0.2955 0.7434 0.008 0.080 0.912
#> GSM11469 3 0.5042 0.7085 0.060 0.104 0.836
#> GSM11470 1 0.4663 0.7254 0.828 0.016 0.156
#> GSM11471 3 0.9117 0.1004 0.328 0.160 0.512
#> GSM11472 3 0.7391 0.4201 0.056 0.308 0.636
#> GSM11473 2 0.7271 0.6399 0.040 0.608 0.352
#> GSM11474 2 0.5295 0.7676 0.036 0.808 0.156
#> GSM11475 3 0.3295 0.7434 0.008 0.096 0.896
#> GSM11476 3 0.7553 0.4002 0.060 0.320 0.620
#> GSM11477 2 0.3769 0.7332 0.016 0.880 0.104
#> GSM11478 2 0.4682 0.7735 0.004 0.804 0.192
#> GSM11479 2 0.6483 0.6141 0.008 0.600 0.392
#> GSM11480 2 0.1337 0.6306 0.012 0.972 0.016
#> GSM11481 3 0.5519 0.7149 0.068 0.120 0.812
#> GSM11482 3 0.6341 0.4785 0.016 0.312 0.672
#> GSM11483 2 0.6434 0.6090 0.008 0.612 0.380
#> GSM11484 3 0.5538 0.7338 0.072 0.116 0.812
#> GSM11485 2 0.7152 0.4585 0.024 0.532 0.444
#> GSM11486 2 0.6781 0.7127 0.052 0.704 0.244
#> GSM11487 1 0.9730 0.3874 0.428 0.340 0.232
#> GSM11488 3 0.5174 0.7276 0.076 0.092 0.832
#> GSM11489 2 0.5541 0.7559 0.008 0.740 0.252
#> GSM11490 3 0.6047 0.3242 0.008 0.312 0.680
#> GSM11491 1 0.8918 0.6465 0.552 0.288 0.160
#> GSM11492 3 0.3637 0.7345 0.024 0.084 0.892
#> GSM11493 3 0.6336 0.6833 0.064 0.180 0.756
#> GSM11494 3 0.4121 0.7178 0.024 0.108 0.868
#> GSM11495 3 0.6651 0.2216 0.020 0.340 0.640
#> GSM11496 2 0.7526 0.5138 0.040 0.536 0.424
#> GSM11497 2 0.8061 0.6578 0.192 0.652 0.156
#> GSM11498 2 0.5072 0.7710 0.012 0.792 0.196
#> GSM11499 2 0.6950 0.5105 0.020 0.572 0.408
#> GSM11500 2 0.6678 0.4018 0.008 0.512 0.480
#> GSM11501 2 0.7159 0.3862 0.024 0.528 0.448
#> GSM11502 2 0.3587 0.7194 0.020 0.892 0.088
#> GSM11503 2 0.5402 0.7742 0.028 0.792 0.180
#> GSM11504 3 0.2806 0.7436 0.040 0.032 0.928
#> GSM11505 2 0.5667 0.7584 0.060 0.800 0.140
#> GSM11506 2 0.7417 0.6753 0.056 0.632 0.312
#> GSM11507 2 0.3802 0.6969 0.032 0.888 0.080
#> GSM11508 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000
#> GSM11509 3 0.2356 0.7219 0.000 0.072 0.928
#> GSM11510 2 0.6195 0.7388 0.020 0.704 0.276
#> GSM11511 1 0.9684 0.3345 0.428 0.352 0.220
#> GSM11512 3 0.4628 0.7468 0.056 0.088 0.856
#> GSM11513 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000
#> GSM11514 2 0.7334 0.6340 0.048 0.624 0.328
#> GSM11515 3 0.1964 0.7299 0.000 0.056 0.944
#> GSM11516 1 0.8817 0.6783 0.568 0.272 0.160
#> GSM11517 3 0.2749 0.7441 0.012 0.064 0.924
#> GSM11518 2 0.6813 0.4548 0.012 0.520 0.468
#> GSM11519 1 0.7918 0.7532 0.660 0.204 0.136
#> GSM11520 1 0.6834 0.7845 0.740 0.112 0.148
#> GSM11521 3 0.7301 0.4757 0.052 0.308 0.640
#> GSM11522 3 0.9149 -0.2008 0.416 0.144 0.440
#> GSM11523 1 0.4782 0.7259 0.820 0.016 0.164
#> GSM11524 3 0.2939 0.7434 0.012 0.072 0.916
#> GSM11525 2 0.5355 0.7704 0.032 0.800 0.168
#> GSM11526 3 0.2810 0.7438 0.036 0.036 0.928
#> GSM11527 2 0.6396 0.6912 0.016 0.664 0.320
#> GSM11528 2 0.4411 0.7602 0.016 0.844 0.140
#> GSM11529 2 0.7918 0.6761 0.136 0.660 0.204
#> GSM11530 3 0.5371 0.6910 0.048 0.140 0.812
#> GSM11531 2 0.5571 0.7634 0.056 0.804 0.140
#> GSM11532 3 0.4324 0.7318 0.028 0.112 0.860
#> GSM11533 2 0.8216 0.6143 0.172 0.640 0.188
#> GSM11534 2 0.8419 0.6155 0.168 0.620 0.212
#> GSM11535 2 0.5875 0.7707 0.056 0.784 0.160
#> GSM11536 3 0.6685 0.6246 0.048 0.244 0.708
#> GSM11537 2 0.0747 0.6074 0.016 0.984 0.000
#> GSM11538 3 0.8691 0.1933 0.116 0.356 0.528
#> GSM11539 2 0.5062 0.7689 0.016 0.800 0.184
#> GSM11540 2 0.4399 0.7732 0.000 0.812 0.188
#> GSM11541 3 0.7317 0.6022 0.208 0.096 0.696
#> GSM11542 2 0.1620 0.6171 0.024 0.964 0.012
#> GSM11543 2 0.6796 0.6221 0.020 0.612 0.368
#> GSM11544 1 0.7785 0.7660 0.672 0.192 0.136
#> GSM11545 2 0.7297 0.7296 0.108 0.704 0.188
#> GSM11546 2 0.6448 0.6714 0.012 0.636 0.352
#> GSM11547 2 0.5775 0.7625 0.012 0.728 0.260
#> GSM11548 3 0.0747 0.7230 0.000 0.016 0.984
#> GSM11549 1 0.7014 0.7594 0.712 0.080 0.208
#> GSM11550 1 0.8554 0.5673 0.560 0.116 0.324
#> GSM11551 3 0.6108 0.5333 0.028 0.240 0.732
#> GSM11552 3 0.4974 0.5770 0.236 0.000 0.764
#> GSM11553 2 0.3752 0.7273 0.020 0.884 0.096
#> GSM11554 2 0.0424 0.6081 0.008 0.992 0.000
#> GSM11555 3 0.7199 0.5828 0.064 0.260 0.676
#> GSM11556 3 0.6437 0.6272 0.220 0.048 0.732
#> GSM11557 2 0.5466 0.7693 0.040 0.800 0.160
#> GSM11558 2 0.2689 0.6445 0.032 0.932 0.036
#> GSM11559 2 0.4485 0.7583 0.020 0.844 0.136
#> GSM11560 1 0.5938 0.6581 0.732 0.020 0.248
#> GSM11561 2 0.3973 0.7111 0.032 0.880 0.088
#> GSM11562 2 0.1182 0.6257 0.012 0.976 0.012
#> GSM11563 2 0.8069 0.6601 0.120 0.636 0.244
#> GSM11564 2 0.6929 0.7371 0.052 0.688 0.260
#> GSM11565 1 0.9220 0.4308 0.468 0.376 0.156
#> GSM11566 2 0.6491 0.7569 0.052 0.732 0.216
#> GSM11567 3 0.5689 0.7015 0.036 0.184 0.780
#> GSM11568 1 0.8938 0.6477 0.552 0.284 0.164
#> GSM11569 2 0.0592 0.6076 0.012 0.988 0.000
#> GSM11570 3 0.5115 0.5857 0.228 0.004 0.768
#> GSM11571 1 0.6960 0.7857 0.732 0.116 0.152
#> GSM11572 2 0.6662 0.7340 0.044 0.704 0.252
#> GSM11573 2 0.9053 0.4668 0.224 0.556 0.220
#> GSM11574 2 0.5393 0.7577 0.044 0.808 0.148
#> GSM11575 2 0.6067 0.7520 0.028 0.736 0.236
#> GSM11576 1 0.4209 0.7007 0.856 0.016 0.128
#> GSM11577 1 0.8485 0.7309 0.612 0.224 0.164
#> GSM11578 1 0.9262 0.3359 0.436 0.408 0.156
#> GSM11579 3 0.7001 0.2160 0.024 0.388 0.588
#> GSM11580 1 0.9399 0.4403 0.452 0.372 0.176
#> GSM11581 3 0.2173 0.7436 0.008 0.048 0.944
#> GSM11582 3 0.6595 0.6545 0.180 0.076 0.744
#> GSM11583 3 0.7192 0.6840 0.164 0.120 0.716
#> GSM11584 3 0.4137 0.7456 0.032 0.096 0.872
#> GSM11585 2 0.5147 0.7669 0.020 0.800 0.180
#> GSM11586 1 0.7505 0.7835 0.696 0.144 0.160
#> GSM11587 1 0.4209 0.7007 0.856 0.016 0.128
#> GSM11588 2 0.9471 -0.1292 0.376 0.440 0.184
#> GSM11589 2 0.9721 -0.0347 0.336 0.432 0.232
#> GSM11590 1 0.7337 0.7866 0.708 0.140 0.152
#> GSM11591 2 0.5147 0.7669 0.020 0.800 0.180
#> GSM11592 1 0.7769 0.7497 0.660 0.108 0.232
#> GSM11593 1 0.6452 0.7771 0.760 0.088 0.152
#> GSM11594 1 0.6245 0.7634 0.760 0.060 0.180
#> GSM11595 2 0.6373 0.7300 0.028 0.704 0.268
#> GSM11596 2 0.5680 0.7700 0.024 0.764 0.212
#> GSM11597 3 0.4045 0.7459 0.024 0.104 0.872
#> GSM11598 1 0.7721 0.7768 0.680 0.168 0.152
#> GSM11599 3 0.2339 0.7431 0.012 0.048 0.940
#> GSM11600 3 0.7202 0.6706 0.124 0.160 0.716
#> GSM11601 2 0.5737 0.7506 0.012 0.732 0.256
#> GSM11602 1 0.4840 0.7258 0.816 0.016 0.168
#> GSM11603 1 0.4059 0.6981 0.860 0.012 0.128
#> GSM11604 3 0.5986 0.5003 0.284 0.012 0.704
#> GSM11605 3 0.7226 0.5987 0.228 0.080 0.692
#> GSM11606 2 0.5223 0.7652 0.024 0.800 0.176
#> GSM11607 1 0.6231 0.7714 0.772 0.080 0.148
#> GSM11608 3 0.6189 0.3655 0.364 0.004 0.632
#> GSM11609 3 0.5891 0.6927 0.036 0.200 0.764
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.6951 0.5832 0.024 0.160 0.648 0.168
#> GSM11438 2 0.2198 0.7236 0.000 0.920 0.072 0.008
#> GSM11439 3 0.6058 0.6135 0.000 0.296 0.632 0.072
#> GSM11440 4 0.2466 0.5898 0.004 0.096 0.000 0.900
#> GSM11441 4 0.5679 -0.3483 0.004 0.016 0.484 0.496
#> GSM11442 4 0.5137 0.2432 0.000 0.024 0.296 0.680
#> GSM11443 2 0.5158 -0.1301 0.000 0.524 0.472 0.004
#> GSM11444 3 0.5513 0.5283 0.004 0.016 0.596 0.384
#> GSM11445 4 0.3519 0.5267 0.004 0.016 0.128 0.852
#> GSM11446 3 0.5486 0.5331 0.004 0.016 0.604 0.376
#> GSM11447 3 0.6566 0.6565 0.000 0.140 0.624 0.236
#> GSM11448 2 0.1762 0.7437 0.004 0.944 0.048 0.004
#> GSM11449 1 0.6392 0.6282 0.676 0.164 0.008 0.152
#> GSM11450 1 0.3052 0.7041 0.860 0.136 0.000 0.004
#> GSM11451 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11452 2 0.4888 0.1861 0.412 0.588 0.000 0.000
#> GSM11453 2 0.6061 0.1045 0.400 0.552 0.048 0.000
#> GSM11454 3 0.5648 0.4406 0.004 0.016 0.536 0.444
#> GSM11455 2 0.2297 0.7325 0.004 0.928 0.024 0.044
#> GSM11456 2 0.1743 0.7423 0.004 0.940 0.056 0.000
#> GSM11457 2 0.1004 0.7503 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM11458 1 0.7003 0.0803 0.476 0.016 0.072 0.436
#> GSM11459 4 0.3315 0.5454 0.008 0.016 0.104 0.872
#> GSM11460 1 0.6384 0.5053 0.688 0.016 0.172 0.124
#> GSM11461 1 0.8377 0.3100 0.556 0.200 0.128 0.116
#> GSM11462 1 0.5463 0.2779 0.580 0.012 0.004 0.404
#> GSM11463 2 0.4950 0.2079 0.000 0.620 0.376 0.004
#> GSM11464 1 0.1297 0.7335 0.964 0.016 0.000 0.020
#> GSM11465 2 0.3025 0.7099 0.004 0.896 0.044 0.056
#> GSM11466 4 0.1484 0.6217 0.004 0.016 0.020 0.960
#> GSM11467 1 0.2774 0.7213 0.908 0.024 0.060 0.008
#> GSM11468 4 0.0967 0.6166 0.004 0.016 0.004 0.976
#> GSM11469 4 0.4356 0.5004 0.200 0.016 0.004 0.780
#> GSM11470 1 0.0592 0.7360 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.7088 0.4850 0.600 0.092 0.028 0.280
#> GSM11472 4 0.7355 0.4918 0.024 0.232 0.148 0.596
#> GSM11473 3 0.4991 0.4706 0.000 0.388 0.608 0.004
#> GSM11474 2 0.1978 0.7249 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM11475 4 0.3705 0.5528 0.004 0.052 0.084 0.860
#> GSM11476 4 0.6730 0.4214 0.000 0.276 0.132 0.592
#> GSM11477 2 0.0376 0.7495 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM11478 2 0.0804 0.7486 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM11479 2 0.5147 -0.0859 0.000 0.536 0.460 0.004
#> GSM11480 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11481 4 0.5562 0.6240 0.008 0.024 0.316 0.652
#> GSM11482 4 0.6462 0.5469 0.004 0.200 0.140 0.656
#> GSM11483 2 0.5924 -0.0074 0.000 0.556 0.404 0.040
#> GSM11484 4 0.5742 0.6144 0.000 0.052 0.300 0.648
#> GSM11485 2 0.5500 0.2367 0.004 0.600 0.016 0.380
#> GSM11486 2 0.5119 -0.0177 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM11487 1 0.5879 0.5921 0.676 0.260 0.056 0.008
#> GSM11488 4 0.5546 0.6234 0.000 0.052 0.268 0.680
#> GSM11489 2 0.0564 0.7488 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM11490 3 0.6545 0.6665 0.000 0.152 0.632 0.216
#> GSM11491 1 0.6102 0.4244 0.592 0.356 0.048 0.004
#> GSM11492 4 0.5389 0.5929 0.004 0.140 0.104 0.752
#> GSM11493 4 0.6111 0.6003 0.000 0.092 0.256 0.652
#> GSM11494 3 0.6497 0.5940 0.000 0.100 0.596 0.304
#> GSM11495 2 0.7877 -0.3035 0.000 0.364 0.280 0.356
#> GSM11496 3 0.4920 0.5012 0.000 0.368 0.628 0.004
#> GSM11497 2 0.7528 0.1992 0.188 0.504 0.304 0.004
#> GSM11498 2 0.1109 0.7467 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM11499 2 0.5607 0.1440 0.004 0.560 0.016 0.420
#> GSM11500 3 0.5387 0.4601 0.000 0.400 0.584 0.016
#> GSM11501 4 0.7289 0.3721 0.004 0.328 0.148 0.520
#> GSM11502 2 0.0336 0.7496 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM11503 2 0.1474 0.7412 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM11504 4 0.3878 0.6443 0.004 0.016 0.156 0.824
#> GSM11505 2 0.4560 0.3943 0.000 0.700 0.296 0.004
#> GSM11506 2 0.5060 0.1063 0.000 0.584 0.412 0.004
#> GSM11507 2 0.0921 0.7472 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM11508 4 0.1114 0.6138 0.004 0.016 0.008 0.972
#> GSM11509 3 0.5298 0.5460 0.000 0.016 0.612 0.372
#> GSM11510 2 0.0992 0.7485 0.004 0.976 0.012 0.008
#> GSM11511 3 0.6022 0.0414 0.460 0.032 0.504 0.004
#> GSM11512 4 0.5012 0.6201 0.004 0.008 0.320 0.668
#> GSM11513 4 0.4471 0.3992 0.004 0.016 0.212 0.768
#> GSM11514 2 0.6502 0.4460 0.004 0.644 0.228 0.124
#> GSM11515 4 0.4791 0.4852 0.004 0.056 0.156 0.784
#> GSM11516 1 0.5070 0.3226 0.580 0.416 0.004 0.000
#> GSM11517 4 0.3102 0.5865 0.064 0.016 0.024 0.896
#> GSM11518 3 0.6713 0.6674 0.004 0.232 0.624 0.140
#> GSM11519 1 0.5420 0.4407 0.624 0.352 0.024 0.000
#> GSM11520 1 0.1082 0.7375 0.972 0.020 0.004 0.004
#> GSM11521 4 0.6771 0.5558 0.000 0.152 0.248 0.600
#> GSM11522 1 0.6034 0.6139 0.704 0.092 0.012 0.192
#> GSM11523 1 0.0779 0.7360 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM11524 4 0.0779 0.6172 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM11525 2 0.3583 0.6103 0.000 0.816 0.180 0.004
#> GSM11526 4 0.3679 0.6348 0.004 0.016 0.140 0.840
#> GSM11527 2 0.4978 0.1705 0.000 0.612 0.384 0.004
#> GSM11528 2 0.0469 0.7490 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11529 2 0.4050 0.6372 0.168 0.808 0.024 0.000
#> GSM11530 4 0.6663 0.1169 0.344 0.100 0.000 0.556
#> GSM11531 2 0.4155 0.5169 0.000 0.756 0.240 0.004
#> GSM11532 4 0.5309 0.5329 0.124 0.080 0.020 0.776
#> GSM11533 2 0.4485 0.5485 0.248 0.740 0.012 0.000
#> GSM11534 2 0.5271 0.3824 0.320 0.656 0.024 0.000
#> GSM11535 2 0.2010 0.7326 0.004 0.932 0.060 0.004
#> GSM11536 4 0.6353 0.6051 0.004 0.072 0.320 0.604
#> GSM11537 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11538 4 0.8456 0.3451 0.020 0.300 0.324 0.356
#> GSM11539 2 0.0779 0.7488 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM11540 2 0.0524 0.7495 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM11541 4 0.6629 0.6081 0.080 0.016 0.280 0.624
#> GSM11542 2 0.0707 0.7459 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM11543 2 0.4882 0.5909 0.004 0.776 0.056 0.164
#> GSM11544 1 0.3910 0.6871 0.820 0.156 0.024 0.000
#> GSM11545 2 0.3764 0.6821 0.076 0.852 0.072 0.000
#> GSM11546 2 0.5296 -0.2293 0.000 0.496 0.496 0.008
#> GSM11547 3 0.5260 0.3803 0.004 0.424 0.568 0.004
#> GSM11548 3 0.5570 0.5106 0.004 0.016 0.576 0.404
#> GSM11549 1 0.1114 0.7358 0.972 0.016 0.004 0.008
#> GSM11550 1 0.1526 0.7342 0.960 0.016 0.012 0.012
#> GSM11551 3 0.7230 0.6635 0.012 0.220 0.592 0.176
#> GSM11552 4 0.5543 0.0464 0.444 0.012 0.004 0.540
#> GSM11553 2 0.0000 0.7497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11554 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11555 2 0.8450 -0.2872 0.020 0.356 0.292 0.332
#> GSM11556 1 0.7429 0.0653 0.484 0.016 0.112 0.388
#> GSM11557 2 0.1902 0.7312 0.004 0.932 0.064 0.000
#> GSM11558 2 0.1389 0.7389 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.7497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11560 1 0.2684 0.7168 0.912 0.016 0.060 0.012
#> GSM11561 2 0.0707 0.7491 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM11562 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11563 2 0.5542 0.3570 0.328 0.644 0.016 0.012
#> GSM11564 2 0.2099 0.7368 0.004 0.936 0.040 0.020
#> GSM11565 1 0.4964 0.3913 0.616 0.380 0.004 0.000
#> GSM11566 2 0.1585 0.7408 0.004 0.952 0.040 0.004
#> GSM11567 4 0.5722 0.6277 0.004 0.044 0.292 0.660
#> GSM11568 1 0.5039 0.3587 0.592 0.404 0.004 0.000
#> GSM11569 2 0.0592 0.7460 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM11570 4 0.5846 0.1320 0.416 0.012 0.016 0.556
#> GSM11571 1 0.0921 0.7384 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM11572 2 0.3819 0.6452 0.004 0.816 0.172 0.008
#> GSM11573 2 0.7274 0.4333 0.108 0.616 0.236 0.040
#> GSM11574 2 0.0188 0.7493 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM11575 2 0.4617 0.5767 0.204 0.764 0.032 0.000
#> GSM11576 1 0.0844 0.7344 0.980 0.012 0.004 0.004
#> GSM11577 1 0.5016 0.3633 0.600 0.396 0.004 0.000
#> GSM11578 2 0.5273 0.0429 0.456 0.536 0.008 0.000
#> GSM11579 4 0.6707 0.4012 0.004 0.312 0.100 0.584
#> GSM11580 1 0.5050 0.3482 0.588 0.408 0.004 0.000
#> GSM11581 4 0.0779 0.6172 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM11582 4 0.8059 0.4855 0.240 0.016 0.272 0.472
#> GSM11583 1 0.9254 0.0116 0.416 0.152 0.136 0.296
#> GSM11584 4 0.5309 0.6332 0.004 0.028 0.280 0.688
#> GSM11585 2 0.0895 0.7483 0.004 0.976 0.020 0.000
#> GSM11586 1 0.2665 0.7258 0.900 0.088 0.004 0.008
#> GSM11587 1 0.0844 0.7343 0.980 0.012 0.004 0.004
#> GSM11588 2 0.5923 0.1816 0.376 0.580 0.044 0.000
#> GSM11589 2 0.7933 0.2279 0.164 0.512 0.296 0.028
#> GSM11590 1 0.2452 0.7286 0.908 0.084 0.004 0.004
#> GSM11591 2 0.0524 0.7494 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM11592 1 0.1191 0.7379 0.968 0.024 0.004 0.004
#> GSM11593 1 0.1004 0.7380 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM11594 1 0.2275 0.7262 0.928 0.020 0.048 0.004
#> GSM11595 2 0.3695 0.6959 0.020 0.872 0.048 0.060
#> GSM11596 2 0.0844 0.7487 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM11597 4 0.8571 0.0294 0.320 0.040 0.216 0.424
#> GSM11598 1 0.3555 0.7196 0.868 0.080 0.048 0.004
#> GSM11599 4 0.0779 0.6172 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM11600 4 0.8786 0.3987 0.280 0.040 0.324 0.356
#> GSM11601 2 0.2530 0.7205 0.004 0.896 0.100 0.000
#> GSM11602 1 0.0967 0.7359 0.976 0.016 0.004 0.004
#> GSM11603 1 0.0844 0.7343 0.980 0.012 0.004 0.004
#> GSM11604 1 0.5500 0.2490 0.564 0.012 0.004 0.420
#> GSM11605 4 0.6524 0.6117 0.056 0.016 0.336 0.592
#> GSM11606 2 0.0188 0.7493 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.1247 0.7338 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM11608 1 0.5692 0.2879 0.576 0.016 0.008 0.400
#> GSM11609 4 0.6059 0.6230 0.004 0.064 0.288 0.644
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.8056 0.30950 0.060 0.076 0.196 0.140 0.528
#> GSM11438 2 0.4651 0.27190 0.000 0.608 0.000 0.020 0.372
#> GSM11439 5 0.4411 0.55659 0.000 0.096 0.128 0.004 0.772
#> GSM11440 3 0.5450 0.01211 0.000 0.060 0.496 0.444 0.000
#> GSM11441 3 0.5459 0.25105 0.000 0.000 0.568 0.072 0.360
#> GSM11442 3 0.6494 0.22667 0.000 0.000 0.492 0.252 0.256
#> GSM11443 5 0.3949 0.55633 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM11444 3 0.4505 0.21423 0.000 0.000 0.604 0.012 0.384
#> GSM11445 3 0.5128 0.23760 0.000 0.000 0.604 0.344 0.052
#> GSM11446 3 0.4696 0.15653 0.000 0.000 0.556 0.016 0.428
#> GSM11447 5 0.5758 0.23132 0.000 0.056 0.352 0.020 0.572
#> GSM11448 2 0.4299 0.49080 0.000 0.672 0.008 0.004 0.316
#> GSM11449 1 0.8091 0.59559 0.428 0.124 0.316 0.016 0.116
#> GSM11450 1 0.6463 0.71499 0.616 0.104 0.232 0.008 0.040
#> GSM11451 2 0.0000 0.66984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11452 2 0.5138 0.08906 0.396 0.568 0.008 0.000 0.028
#> GSM11453 2 0.6037 -0.03007 0.392 0.532 0.012 0.044 0.020
#> GSM11454 3 0.3861 0.34491 0.000 0.000 0.728 0.008 0.264
#> GSM11455 2 0.6300 0.30422 0.000 0.568 0.008 0.184 0.240
#> GSM11456 2 0.4321 0.33012 0.000 0.600 0.004 0.000 0.396
#> GSM11457 2 0.2727 0.64465 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116
#> GSM11458 3 0.4199 0.39733 0.296 0.000 0.692 0.008 0.004
#> GSM11459 3 0.3489 0.39651 0.000 0.000 0.820 0.144 0.036
#> GSM11460 3 0.7393 0.04990 0.248 0.000 0.384 0.336 0.032
#> GSM11461 5 0.8318 0.15570 0.232 0.092 0.140 0.052 0.484
#> GSM11462 3 0.4946 0.41329 0.168 0.000 0.712 0.120 0.000
#> GSM11463 5 0.4299 0.46892 0.000 0.388 0.004 0.000 0.608
#> GSM11464 1 0.6145 0.54639 0.580 0.000 0.264 0.148 0.008
#> GSM11465 2 0.4216 0.51738 0.000 0.720 0.008 0.012 0.260
#> GSM11466 4 0.4640 0.17237 0.000 0.000 0.400 0.584 0.016
#> GSM11467 1 0.7744 0.66754 0.520 0.108 0.240 0.112 0.020
#> GSM11468 3 0.4201 0.13593 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM11469 3 0.4481 0.35746 0.048 0.000 0.720 0.232 0.000
#> GSM11470 1 0.0566 0.56621 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM11471 3 0.8393 -0.37570 0.316 0.100 0.400 0.028 0.156
#> GSM11472 4 0.7308 0.33298 0.024 0.168 0.240 0.536 0.032
#> GSM11473 5 0.3123 0.63305 0.000 0.184 0.004 0.000 0.812
#> GSM11474 2 0.3752 0.40339 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM11475 3 0.5881 0.36874 0.008 0.012 0.640 0.244 0.096
#> GSM11476 4 0.3474 0.58326 0.000 0.116 0.004 0.836 0.044
#> GSM11477 2 0.0703 0.66781 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM11478 2 0.2052 0.64792 0.000 0.912 0.004 0.004 0.080
#> GSM11479 5 0.4173 0.58164 0.000 0.300 0.012 0.000 0.688
#> GSM11480 2 0.0162 0.66988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11481 4 0.1997 0.58974 0.000 0.000 0.040 0.924 0.036
#> GSM11482 4 0.3624 0.59183 0.000 0.112 0.032 0.836 0.020
#> GSM11483 5 0.6880 0.40638 0.000 0.376 0.032 0.136 0.456
#> GSM11484 4 0.1569 0.60610 0.000 0.032 0.012 0.948 0.008
#> GSM11485 4 0.6031 0.28062 0.000 0.368 0.012 0.532 0.088
#> GSM11486 5 0.3966 0.54901 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM11487 1 0.8018 0.62451 0.500 0.088 0.236 0.144 0.032
#> GSM11488 4 0.2772 0.59688 0.000 0.028 0.032 0.896 0.044
#> GSM11489 2 0.3807 0.56898 0.000 0.776 0.012 0.008 0.204
#> GSM11490 5 0.4151 0.49173 0.000 0.044 0.156 0.012 0.788
#> GSM11491 1 0.7441 0.64507 0.504 0.264 0.176 0.040 0.016
#> GSM11492 4 0.5710 0.45236 0.000 0.088 0.232 0.656 0.024
#> GSM11493 4 0.2171 0.60460 0.000 0.028 0.016 0.924 0.032
#> GSM11494 3 0.6421 -0.01899 0.000 0.044 0.456 0.064 0.436
#> GSM11495 4 0.7564 0.15803 0.000 0.164 0.084 0.468 0.284
#> GSM11496 5 0.2873 0.63378 0.000 0.128 0.016 0.000 0.856
#> GSM11497 5 0.6235 0.35844 0.188 0.244 0.004 0.000 0.564
#> GSM11498 2 0.3910 0.48706 0.000 0.720 0.008 0.000 0.272
#> GSM11499 4 0.5085 0.41593 0.000 0.324 0.012 0.632 0.032
#> GSM11500 5 0.6417 0.57954 0.000 0.224 0.216 0.008 0.552
#> GSM11501 4 0.3934 0.56726 0.000 0.160 0.008 0.796 0.036
#> GSM11502 2 0.0290 0.66989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11503 2 0.4353 0.35001 0.000 0.660 0.004 0.008 0.328
#> GSM11504 4 0.4558 0.33349 0.000 0.000 0.324 0.652 0.024
#> GSM11505 2 0.4300 -0.20447 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM11506 5 0.5019 0.40376 0.000 0.396 0.000 0.036 0.568
#> GSM11507 2 0.1668 0.65654 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> GSM11508 3 0.3816 0.24286 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM11509 5 0.4827 -0.01625 0.000 0.000 0.476 0.020 0.504
#> GSM11510 2 0.4704 0.54281 0.000 0.748 0.008 0.084 0.160
#> GSM11511 5 0.4353 0.26197 0.328 0.000 0.008 0.004 0.660
#> GSM11512 4 0.1403 0.59115 0.000 0.000 0.024 0.952 0.024
#> GSM11513 3 0.4535 0.37920 0.000 0.000 0.752 0.140 0.108
#> GSM11514 2 0.5714 0.24355 0.000 0.524 0.020 0.412 0.044
#> GSM11515 3 0.7006 0.13201 0.000 0.016 0.416 0.356 0.212
#> GSM11516 1 0.5156 0.25712 0.504 0.464 0.008 0.000 0.024
#> GSM11517 3 0.3727 0.38793 0.016 0.000 0.768 0.216 0.000
#> GSM11518 5 0.2846 0.57822 0.000 0.052 0.048 0.012 0.888
#> GSM11519 1 0.7001 0.59763 0.524 0.300 0.136 0.024 0.016
#> GSM11520 1 0.5795 0.71538 0.644 0.100 0.236 0.000 0.020
#> GSM11521 4 0.2740 0.60285 0.000 0.064 0.004 0.888 0.044
#> GSM11522 1 0.8103 0.49185 0.380 0.112 0.376 0.020 0.112
#> GSM11523 1 0.0404 0.56275 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM11524 4 0.4305 0.00586 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM11525 2 0.4201 0.14204 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM11526 4 0.4963 0.25201 0.000 0.000 0.352 0.608 0.040
#> GSM11527 5 0.4866 0.43764 0.000 0.396 0.004 0.020 0.580
#> GSM11528 2 0.0671 0.67040 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM11529 2 0.6268 0.41159 0.152 0.556 0.008 0.000 0.284
#> GSM11530 3 0.5509 0.40736 0.124 0.016 0.700 0.156 0.004
#> GSM11531 5 0.4452 0.18634 0.004 0.496 0.000 0.000 0.500
#> GSM11532 3 0.4879 0.34221 0.044 0.004 0.692 0.256 0.004
#> GSM11533 2 0.6573 0.39841 0.260 0.540 0.008 0.004 0.188
#> GSM11534 2 0.5916 0.20394 0.328 0.592 0.008 0.028 0.044
#> GSM11535 2 0.3928 0.43954 0.004 0.700 0.000 0.000 0.296
#> GSM11536 4 0.1280 0.60772 0.000 0.024 0.008 0.960 0.008
#> GSM11537 2 0.0290 0.67050 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11538 4 0.7197 0.25662 0.012 0.216 0.188 0.544 0.040
#> GSM11539 2 0.2886 0.61194 0.000 0.844 0.008 0.000 0.148
#> GSM11540 2 0.2124 0.64328 0.000 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM11541 4 0.6156 0.19790 0.056 0.000 0.364 0.540 0.040
#> GSM11542 2 0.0807 0.66859 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM11543 2 0.6981 -0.05647 0.000 0.404 0.008 0.312 0.276
#> GSM11544 1 0.6956 0.69922 0.564 0.208 0.188 0.024 0.016
#> GSM11545 2 0.5524 0.55626 0.120 0.744 0.048 0.060 0.028
#> GSM11546 5 0.3989 0.60519 0.000 0.260 0.008 0.004 0.728
#> GSM11547 5 0.3551 0.62535 0.000 0.220 0.008 0.000 0.772
#> GSM11548 3 0.4576 0.21784 0.000 0.000 0.608 0.016 0.376
#> GSM11549 1 0.5989 0.64196 0.620 0.000 0.240 0.016 0.124
#> GSM11550 1 0.7091 0.58715 0.552 0.000 0.240 0.104 0.104
#> GSM11551 5 0.6722 0.41711 0.020 0.104 0.284 0.024 0.568
#> GSM11552 3 0.4849 0.41672 0.136 0.000 0.724 0.140 0.000
#> GSM11553 2 0.0162 0.66988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11554 2 0.0162 0.66988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11555 4 0.6952 0.28593 0.008 0.168 0.240 0.552 0.032
#> GSM11556 3 0.6573 0.23776 0.160 0.000 0.544 0.276 0.020
#> GSM11557 2 0.3906 0.43279 0.004 0.704 0.000 0.000 0.292
#> GSM11558 2 0.1915 0.65365 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM11559 2 0.0854 0.67119 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012
#> GSM11560 1 0.3899 0.54330 0.840 0.004 0.040 0.060 0.056
#> GSM11561 2 0.1579 0.65971 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM11562 2 0.0000 0.66984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11563 2 0.6644 -0.04100 0.352 0.528 0.068 0.012 0.040
#> GSM11564 2 0.7186 0.21362 0.012 0.532 0.216 0.208 0.032
#> GSM11565 1 0.5776 0.41437 0.540 0.392 0.036 0.000 0.032
#> GSM11566 2 0.1836 0.66420 0.000 0.936 0.008 0.040 0.016
#> GSM11567 4 0.2234 0.60058 0.000 0.012 0.032 0.920 0.036
#> GSM11568 1 0.5140 0.30812 0.524 0.444 0.008 0.000 0.024
#> GSM11569 2 0.0290 0.66960 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11570 3 0.4855 0.40432 0.112 0.000 0.720 0.168 0.000
#> GSM11571 1 0.6176 0.71914 0.612 0.128 0.236 0.000 0.024
#> GSM11572 2 0.4051 0.58003 0.004 0.792 0.008 0.164 0.032
#> GSM11573 2 0.6834 0.38555 0.100 0.624 0.048 0.196 0.032
#> GSM11574 2 0.0162 0.67053 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11575 2 0.8065 -0.00814 0.164 0.416 0.104 0.008 0.308
#> GSM11576 1 0.0613 0.55782 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM11577 1 0.5758 0.34968 0.508 0.432 0.036 0.004 0.020
#> GSM11578 2 0.5221 -0.07502 0.432 0.536 0.008 0.008 0.016
#> GSM11579 4 0.3894 0.56949 0.000 0.156 0.008 0.800 0.036
#> GSM11580 1 0.6000 0.32727 0.488 0.440 0.044 0.008 0.020
#> GSM11581 4 0.4305 0.00541 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM11582 4 0.5973 0.02760 0.060 0.000 0.452 0.468 0.020
#> GSM11583 3 0.8348 0.27965 0.104 0.076 0.504 0.108 0.208
#> GSM11584 4 0.2054 0.59281 0.000 0.000 0.052 0.920 0.028
#> GSM11585 2 0.2753 0.62515 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> GSM11586 1 0.6120 0.71609 0.620 0.120 0.240 0.012 0.008
#> GSM11587 1 0.0579 0.55885 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM11588 2 0.5450 0.23551 0.308 0.632 0.008 0.036 0.016
#> GSM11589 2 0.9031 -0.26361 0.144 0.360 0.200 0.252 0.044
#> GSM11590 1 0.5769 0.71847 0.624 0.136 0.236 0.004 0.000
#> GSM11591 2 0.1644 0.66302 0.004 0.940 0.008 0.000 0.048
#> GSM11592 1 0.6655 0.60008 0.588 0.000 0.240 0.108 0.064
#> GSM11593 1 0.5459 0.71799 0.644 0.120 0.236 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.6640 0.60517 0.588 0.012 0.240 0.136 0.024
#> GSM11595 2 0.6472 0.43079 0.108 0.596 0.024 0.012 0.260
#> GSM11596 2 0.5923 0.44983 0.004 0.676 0.128 0.032 0.160
#> GSM11597 3 0.7457 0.33520 0.076 0.012 0.516 0.120 0.276
#> GSM11598 1 0.7198 0.70395 0.548 0.160 0.236 0.040 0.016
#> GSM11599 3 0.4297 0.01032 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> GSM11600 4 0.6156 0.24836 0.052 0.012 0.312 0.592 0.032
#> GSM11601 5 0.4383 0.09173 0.000 0.424 0.004 0.000 0.572
#> GSM11602 1 0.4468 0.65618 0.728 0.000 0.228 0.004 0.040
#> GSM11603 1 0.0579 0.55885 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM11604 3 0.4922 0.41354 0.156 0.000 0.716 0.128 0.000
#> GSM11605 4 0.5359 0.28961 0.020 0.000 0.312 0.628 0.040
#> GSM11606 2 0.0451 0.67095 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.6317 0.71772 0.608 0.132 0.236 0.012 0.012
#> GSM11608 3 0.5279 0.40232 0.184 0.000 0.688 0.124 0.004
#> GSM11609 4 0.2362 0.60491 0.000 0.028 0.024 0.916 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.8564 0.18497 0.120 0.048 0.356 0.048 0.304 0.124
#> GSM11438 5 0.4698 0.42949 0.000 0.452 0.000 0.044 0.504 0.000
#> GSM11439 5 0.4825 0.21984 0.004 0.032 0.196 0.016 0.720 0.032
#> GSM11440 4 0.5691 0.19219 0.008 0.008 0.404 0.484 0.000 0.096
#> GSM11441 3 0.4718 0.44163 0.004 0.000 0.668 0.032 0.272 0.024
#> GSM11442 3 0.6326 0.30284 0.000 0.004 0.512 0.192 0.264 0.028
#> GSM11443 5 0.3619 0.61688 0.004 0.316 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM11444 3 0.4345 0.45220 0.004 0.000 0.708 0.020 0.244 0.024
#> GSM11445 3 0.4528 0.37407 0.000 0.004 0.724 0.180 0.084 0.008
#> GSM11446 3 0.4608 0.43425 0.000 0.000 0.656 0.024 0.292 0.028
#> GSM11447 3 0.5899 0.28812 0.004 0.024 0.484 0.036 0.420 0.032
#> GSM11448 5 0.4876 0.16964 0.048 0.444 0.000 0.004 0.504 0.000
#> GSM11449 1 0.3701 0.51256 0.836 0.008 0.056 0.004 0.052 0.044
#> GSM11450 1 0.2505 0.54555 0.888 0.016 0.004 0.000 0.012 0.080
#> GSM11451 2 0.0632 0.70446 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11452 1 0.4284 0.34661 0.596 0.384 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM11453 1 0.4322 0.48699 0.716 0.228 0.000 0.008 0.004 0.044
#> GSM11454 3 0.2581 0.47086 0.000 0.000 0.856 0.016 0.128 0.000
#> GSM11455 2 0.6293 0.02087 0.000 0.424 0.000 0.312 0.252 0.012
#> GSM11456 5 0.3955 0.32799 0.000 0.436 0.000 0.000 0.560 0.004
#> GSM11457 2 0.4059 0.49235 0.000 0.732 0.000 0.048 0.216 0.004
#> GSM11458 3 0.4947 0.32614 0.008 0.000 0.552 0.012 0.028 0.400
#> GSM11459 3 0.2130 0.48351 0.008 0.000 0.920 0.016 0.028 0.028
#> GSM11460 6 0.7352 0.19261 0.320 0.000 0.204 0.068 0.020 0.388
#> GSM11461 1 0.7531 0.05651 0.452 0.068 0.060 0.016 0.320 0.084
#> GSM11462 3 0.6069 0.20534 0.264 0.000 0.508 0.008 0.004 0.216
#> GSM11463 5 0.3728 0.60646 0.004 0.344 0.000 0.000 0.652 0.000
#> GSM11464 1 0.5810 0.13206 0.580 0.000 0.132 0.012 0.012 0.264
#> GSM11465 2 0.5070 0.44542 0.044 0.640 0.004 0.016 0.288 0.008
#> GSM11466 4 0.6377 0.19801 0.016 0.000 0.348 0.480 0.024 0.132
#> GSM11467 1 0.3748 0.45165 0.772 0.008 0.008 0.012 0.004 0.196
#> GSM11468 3 0.6491 0.10251 0.092 0.000 0.480 0.344 0.004 0.080
#> GSM11469 3 0.6767 0.22969 0.260 0.000 0.496 0.076 0.004 0.164
#> GSM11470 6 0.4010 0.21387 0.408 0.000 0.000 0.000 0.008 0.584
#> GSM11471 1 0.5597 0.35496 0.692 0.008 0.132 0.012 0.104 0.052
#> GSM11472 1 0.8744 -0.24313 0.352 0.084 0.096 0.176 0.032 0.260
#> GSM11473 5 0.2933 0.59243 0.000 0.128 0.000 0.016 0.844 0.012
#> GSM11474 5 0.3991 0.46966 0.004 0.472 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM11475 3 0.5376 0.44720 0.164 0.000 0.688 0.080 0.060 0.008
#> GSM11476 4 0.1785 0.67767 0.000 0.048 0.000 0.928 0.008 0.016
#> GSM11477 2 0.1327 0.68030 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM11478 2 0.2408 0.64071 0.000 0.876 0.000 0.012 0.108 0.004
#> GSM11479 5 0.4544 0.61797 0.004 0.292 0.028 0.008 0.664 0.004
#> GSM11480 2 0.0582 0.70618 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004 0.004
#> GSM11481 4 0.4186 0.61372 0.008 0.000 0.032 0.756 0.020 0.184
#> GSM11482 4 0.1991 0.68402 0.000 0.044 0.024 0.920 0.012 0.000
#> GSM11483 5 0.6440 0.51209 0.004 0.336 0.048 0.132 0.480 0.000
#> GSM11484 4 0.2857 0.67985 0.008 0.032 0.004 0.884 0.020 0.052
#> GSM11485 4 0.4373 0.50104 0.000 0.260 0.000 0.688 0.044 0.008
#> GSM11486 5 0.3499 0.61587 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM11487 1 0.3591 0.50944 0.840 0.016 0.028 0.020 0.008 0.088
#> GSM11488 4 0.2769 0.67668 0.004 0.020 0.020 0.892 0.044 0.020
#> GSM11489 2 0.3932 0.49590 0.000 0.720 0.000 0.028 0.248 0.004
#> GSM11490 5 0.5079 0.06691 0.004 0.016 0.260 0.024 0.664 0.032
#> GSM11491 1 0.1793 0.55763 0.928 0.032 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM11492 4 0.5941 0.31970 0.000 0.064 0.328 0.552 0.040 0.016
#> GSM11493 4 0.0717 0.68261 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM11494 3 0.6237 0.34919 0.000 0.012 0.544 0.144 0.272 0.028
#> GSM11495 4 0.7090 0.25738 0.000 0.096 0.132 0.472 0.284 0.016
#> GSM11496 5 0.3486 0.55305 0.004 0.092 0.036 0.008 0.840 0.020
#> GSM11497 5 0.5244 0.47905 0.248 0.124 0.000 0.000 0.620 0.008
#> GSM11498 2 0.3937 -0.19131 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424 0.000
#> GSM11499 4 0.3983 0.53981 0.000 0.248 0.000 0.720 0.020 0.012
#> GSM11500 5 0.6756 0.27736 0.004 0.200 0.360 0.032 0.400 0.004
#> GSM11501 4 0.2660 0.66177 0.000 0.100 0.004 0.872 0.008 0.016
#> GSM11502 2 0.0458 0.70579 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM11503 5 0.4493 0.50993 0.004 0.424 0.000 0.024 0.548 0.000
#> GSM11504 4 0.6091 0.33639 0.000 0.000 0.256 0.520 0.020 0.204
#> GSM11505 5 0.3955 0.52901 0.004 0.436 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM11506 5 0.4808 0.58388 0.000 0.304 0.000 0.060 0.628 0.008
#> GSM11507 2 0.1982 0.67613 0.000 0.912 0.000 0.068 0.004 0.016
#> GSM11508 3 0.3739 0.39476 0.000 0.000 0.796 0.144 0.024 0.036
#> GSM11509 3 0.5090 0.39372 0.004 0.000 0.588 0.032 0.348 0.028
#> GSM11510 2 0.4010 0.56693 0.000 0.764 0.000 0.084 0.148 0.004
#> GSM11511 5 0.4275 0.16260 0.388 0.000 0.004 0.000 0.592 0.016
#> GSM11512 4 0.2940 0.65714 0.004 0.000 0.012 0.856 0.020 0.108
#> GSM11513 3 0.1801 0.48247 0.004 0.000 0.924 0.016 0.056 0.000
#> GSM11514 4 0.6227 -0.05697 0.024 0.444 0.020 0.444 0.044 0.024
#> GSM11515 3 0.6298 0.21129 0.000 0.004 0.496 0.296 0.180 0.024
#> GSM11516 1 0.4190 0.40591 0.668 0.304 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM11517 3 0.6610 0.29567 0.256 0.000 0.540 0.056 0.020 0.128
#> GSM11518 5 0.3225 0.44657 0.004 0.024 0.052 0.024 0.868 0.028
#> GSM11519 1 0.1794 0.56139 0.924 0.040 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM11520 1 0.2451 0.52468 0.876 0.008 0.004 0.000 0.004 0.108
#> GSM11521 4 0.1148 0.68320 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> GSM11522 1 0.5019 0.39282 0.732 0.008 0.144 0.008 0.048 0.060
#> GSM11523 6 0.4192 0.20291 0.412 0.000 0.000 0.000 0.016 0.572
#> GSM11524 4 0.5802 0.09238 0.000 0.000 0.400 0.420 0.000 0.180
#> GSM11525 5 0.3923 0.54562 0.000 0.416 0.000 0.004 0.580 0.000
#> GSM11526 3 0.6981 0.20149 0.012 0.000 0.480 0.248 0.068 0.192
#> GSM11527 5 0.4825 0.59320 0.004 0.328 0.004 0.036 0.620 0.008
#> GSM11528 2 0.0713 0.70451 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM11529 5 0.5854 0.39530 0.172 0.312 0.000 0.000 0.508 0.008
#> GSM11530 3 0.6788 0.19644 0.352 0.000 0.428 0.036 0.016 0.168
#> GSM11531 5 0.3862 0.57989 0.004 0.388 0.000 0.000 0.608 0.000
#> GSM11532 3 0.7229 0.23964 0.272 0.000 0.468 0.076 0.028 0.156
#> GSM11533 5 0.5717 0.39933 0.272 0.212 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM11534 1 0.5270 0.15847 0.468 0.468 0.000 0.008 0.040 0.016
#> GSM11535 5 0.4123 0.54204 0.012 0.420 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM11536 4 0.1863 0.68340 0.000 0.016 0.004 0.920 0.000 0.060
#> GSM11537 2 0.0520 0.70835 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM11538 4 0.8106 -0.06372 0.280 0.152 0.008 0.348 0.024 0.188
#> GSM11539 2 0.3797 -0.22454 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> GSM11540 2 0.2778 0.55402 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> GSM11541 6 0.7850 0.20617 0.288 0.000 0.164 0.176 0.020 0.352
#> GSM11542 2 0.1049 0.70234 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> GSM11543 5 0.6478 0.24440 0.004 0.264 0.000 0.336 0.384 0.012
#> GSM11544 1 0.1405 0.55895 0.948 0.024 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM11545 1 0.5760 0.14071 0.456 0.440 0.000 0.020 0.008 0.076
#> GSM11546 5 0.3481 0.62310 0.000 0.228 0.000 0.012 0.756 0.004
#> GSM11547 5 0.3141 0.61465 0.000 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012
#> GSM11548 3 0.4537 0.44226 0.000 0.000 0.696 0.040 0.240 0.024
#> GSM11549 1 0.4415 0.43553 0.780 0.000 0.088 0.008 0.060 0.064
#> GSM11550 1 0.4807 0.42059 0.756 0.000 0.096 0.016 0.068 0.064
#> GSM11551 3 0.7256 0.26358 0.060 0.048 0.476 0.044 0.332 0.040
#> GSM11552 3 0.5951 0.21774 0.260 0.000 0.524 0.012 0.000 0.204
#> GSM11553 2 0.0922 0.70805 0.024 0.968 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM11554 2 0.0146 0.70662 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11555 1 0.7069 -0.16283 0.420 0.024 0.008 0.308 0.020 0.220
#> GSM11556 3 0.7325 -0.07214 0.272 0.000 0.340 0.056 0.016 0.316
#> GSM11557 5 0.4045 0.53382 0.008 0.428 0.000 0.000 0.564 0.000
#> GSM11558 2 0.2293 0.66592 0.000 0.896 0.004 0.080 0.004 0.016
#> GSM11559 2 0.1642 0.70343 0.028 0.936 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM11560 1 0.4691 0.01194 0.524 0.000 0.016 0.004 0.012 0.444
#> GSM11561 2 0.2179 0.67870 0.000 0.908 0.004 0.064 0.008 0.016
#> GSM11562 2 0.0547 0.70434 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM11563 1 0.4737 0.44047 0.656 0.280 0.000 0.000 0.044 0.020
#> GSM11564 2 0.7120 -0.02191 0.392 0.420 0.024 0.096 0.032 0.036
#> GSM11565 1 0.2699 0.53659 0.856 0.124 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM11566 2 0.3012 0.67425 0.016 0.872 0.004 0.072 0.024 0.012
#> GSM11567 4 0.3417 0.65489 0.008 0.000 0.008 0.828 0.040 0.116
#> GSM11568 1 0.3812 0.45589 0.728 0.248 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM11569 2 0.0146 0.70662 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11570 3 0.6032 0.21654 0.260 0.000 0.520 0.016 0.000 0.204
#> GSM11571 1 0.1269 0.55464 0.956 0.020 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM11572 2 0.6489 0.42994 0.160 0.600 0.004 0.160 0.032 0.044
#> GSM11573 2 0.7031 -0.00915 0.316 0.436 0.004 0.108 0.000 0.136
#> GSM11574 2 0.1387 0.69153 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11575 5 0.6289 0.34621 0.324 0.244 0.000 0.012 0.420 0.000
#> GSM11576 6 0.4002 0.21282 0.404 0.000 0.000 0.000 0.008 0.588
#> GSM11577 1 0.3858 0.46181 0.740 0.228 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM11578 1 0.3867 0.41440 0.688 0.296 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM11579 4 0.2114 0.67402 0.000 0.076 0.000 0.904 0.008 0.012
#> GSM11580 1 0.3020 0.52496 0.824 0.156 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM11581 4 0.4946 0.25872 0.000 0.000 0.404 0.528 0.000 0.068
#> GSM11582 6 0.7881 0.12258 0.264 0.000 0.216 0.164 0.016 0.340
#> GSM11583 3 0.8587 0.22356 0.280 0.040 0.380 0.104 0.120 0.076
#> GSM11584 4 0.0964 0.68187 0.000 0.000 0.016 0.968 0.004 0.012
#> GSM11585 2 0.3636 0.20479 0.004 0.676 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM11586 1 0.2907 0.51825 0.856 0.008 0.008 0.004 0.008 0.116
#> GSM11587 6 0.4018 0.21338 0.412 0.000 0.000 0.000 0.008 0.580
#> GSM11588 1 0.5140 0.26280 0.512 0.424 0.004 0.008 0.000 0.052
#> GSM11589 1 0.7154 0.18575 0.528 0.180 0.004 0.084 0.028 0.176
#> GSM11590 1 0.2597 0.52608 0.868 0.012 0.004 0.000 0.004 0.112
#> GSM11591 2 0.2867 0.63108 0.040 0.848 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM11592 1 0.4662 0.43231 0.764 0.000 0.100 0.016 0.044 0.076
#> GSM11593 1 0.2856 0.50350 0.844 0.012 0.004 0.000 0.004 0.136
#> GSM11594 1 0.3958 0.44664 0.788 0.000 0.096 0.016 0.000 0.100
#> GSM11595 2 0.6557 0.13330 0.300 0.416 0.004 0.012 0.264 0.004
#> GSM11596 2 0.6524 0.02431 0.288 0.480 0.028 0.008 0.196 0.000
#> GSM11597 3 0.7637 0.26150 0.280 0.012 0.404 0.040 0.224 0.040
#> GSM11598 1 0.1816 0.55215 0.928 0.016 0.004 0.004 0.000 0.048
#> GSM11599 3 0.6417 0.16581 0.052 0.000 0.504 0.284 0.000 0.160
#> GSM11600 6 0.7974 0.22292 0.284 0.004 0.116 0.244 0.024 0.328
#> GSM11601 5 0.3507 0.56040 0.000 0.216 0.000 0.012 0.764 0.008
#> GSM11602 1 0.4098 0.42095 0.764 0.000 0.028 0.000 0.040 0.168
#> GSM11603 6 0.4018 0.21338 0.412 0.000 0.000 0.000 0.008 0.580
#> GSM11604 3 0.6054 0.20787 0.260 0.000 0.512 0.008 0.004 0.216
#> GSM11605 6 0.7792 0.22458 0.276 0.000 0.120 0.236 0.020 0.348
#> GSM11606 2 0.1625 0.69690 0.060 0.928 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM11607 1 0.1218 0.55375 0.956 0.012 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM11608 3 0.6069 0.20534 0.264 0.000 0.508 0.008 0.004 0.216
#> GSM11609 4 0.0951 0.68122 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:mclust 140 0.444 2
#> CV:mclust 143 0.149 3
#> CV:mclust 115 0.224 4
#> CV:mclust 79 0.299 5
#> CV:mclust 71 0.426 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.500 0.809 0.898 0.4981 0.498 0.498
#> 3 3 0.433 0.605 0.795 0.3361 0.718 0.492
#> 4 4 0.420 0.481 0.693 0.1215 0.873 0.646
#> 5 5 0.464 0.425 0.616 0.0656 0.881 0.596
#> 6 6 0.521 0.395 0.593 0.0427 0.918 0.663
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> GSM11438 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11439 2 0.3431 0.888 0.064 0.936
#> GSM11440 1 0.9909 0.260 0.556 0.444
#> GSM11441 1 0.8016 0.706 0.756 0.244
#> GSM11442 2 0.5178 0.846 0.116 0.884
#> GSM11443 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11444 1 0.8267 0.685 0.740 0.260
#> GSM11445 2 0.9833 0.238 0.424 0.576
#> GSM11446 1 0.7528 0.744 0.784 0.216
#> GSM11447 2 0.3584 0.882 0.068 0.932
#> GSM11448 2 0.9248 0.513 0.340 0.660
#> GSM11449 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM11450 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM11451 2 0.2236 0.901 0.036 0.964
#> GSM11452 1 0.9427 0.503 0.640 0.360
#> GSM11453 1 0.5842 0.826 0.860 0.140
#> GSM11454 1 0.3733 0.853 0.928 0.072
#> GSM11455 2 0.1633 0.900 0.024 0.976
#> GSM11456 2 0.1633 0.906 0.024 0.976
#> GSM11457 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11458 1 0.1414 0.868 0.980 0.020
#> GSM11459 1 0.4022 0.851 0.920 0.080
#> GSM11460 1 0.0938 0.869 0.988 0.012
#> GSM11461 1 0.1843 0.875 0.972 0.028
#> GSM11462 1 0.0938 0.869 0.988 0.012
#> GSM11463 2 0.3431 0.885 0.064 0.936
#> GSM11464 1 0.1184 0.871 0.984 0.016
#> GSM11465 2 0.7056 0.783 0.192 0.808
#> GSM11466 1 0.9393 0.503 0.644 0.356
#> GSM11467 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM11468 1 0.6343 0.803 0.840 0.160
#> GSM11469 1 0.1843 0.867 0.972 0.028
#> GSM11470 1 0.1633 0.872 0.976 0.024
#> GSM11471 1 0.0376 0.870 0.996 0.004
#> GSM11472 1 0.8443 0.718 0.728 0.272
#> GSM11473 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11474 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11475 2 0.9686 0.348 0.396 0.604
#> GSM11476 2 0.2043 0.897 0.032 0.968
#> GSM11477 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11478 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11479 2 0.1184 0.903 0.016 0.984
#> GSM11480 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11481 1 0.9129 0.560 0.672 0.328
#> GSM11482 2 0.2236 0.897 0.036 0.964
#> GSM11483 2 0.0938 0.905 0.012 0.988
#> GSM11484 2 0.3733 0.881 0.072 0.928
#> GSM11485 2 0.1184 0.903 0.016 0.984
#> GSM11486 2 0.0672 0.904 0.008 0.992
#> GSM11487 1 0.1843 0.871 0.972 0.028
#> GSM11488 2 0.4022 0.875 0.080 0.920
#> GSM11489 2 0.1633 0.904 0.024 0.976
#> GSM11490 2 0.5842 0.824 0.140 0.860
#> GSM11491 1 0.3114 0.865 0.944 0.056
#> GSM11492 2 0.7950 0.692 0.240 0.760
#> GSM11493 2 0.2948 0.890 0.052 0.948
#> GSM11494 2 0.4431 0.867 0.092 0.908
#> GSM11495 2 0.2423 0.895 0.040 0.960
#> GSM11496 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11497 2 0.4562 0.869 0.096 0.904
#> GSM11498 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11499 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11500 2 0.1414 0.901 0.020 0.980
#> GSM11501 2 0.0938 0.903 0.012 0.988
#> GSM11502 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> GSM11503 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11504 1 0.8955 0.595 0.688 0.312
#> GSM11505 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11506 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11507 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11508 1 0.9129 0.570 0.672 0.328
#> GSM11509 2 0.7299 0.748 0.204 0.796
#> GSM11510 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11511 1 0.2236 0.871 0.964 0.036
#> GSM11512 2 0.8144 0.672 0.252 0.748
#> GSM11513 1 0.7453 0.751 0.788 0.212
#> GSM11514 2 0.6048 0.825 0.148 0.852
#> GSM11515 2 0.5294 0.843 0.120 0.880
#> GSM11516 1 0.5629 0.824 0.868 0.132
#> GSM11517 1 0.3431 0.857 0.936 0.064
#> GSM11518 2 0.9358 0.478 0.352 0.648
#> GSM11519 1 0.2778 0.866 0.952 0.048
#> GSM11520 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM11521 2 0.2236 0.895 0.036 0.964
#> GSM11522 1 0.0938 0.872 0.988 0.012
#> GSM11523 1 0.1184 0.872 0.984 0.016
#> GSM11524 1 0.5178 0.832 0.884 0.116
#> GSM11525 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11526 1 0.9922 0.248 0.552 0.448
#> GSM11527 2 0.0938 0.905 0.012 0.988
#> GSM11528 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11529 2 0.3431 0.889 0.064 0.936
#> GSM11530 1 0.1414 0.870 0.980 0.020
#> GSM11531 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> GSM11532 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM11533 2 0.7453 0.726 0.212 0.788
#> GSM11534 2 0.9393 0.425 0.356 0.644
#> GSM11535 2 0.2778 0.895 0.048 0.952
#> GSM11536 2 0.1633 0.900 0.024 0.976
#> GSM11537 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> GSM11538 1 0.8267 0.674 0.740 0.260
#> GSM11539 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> GSM11540 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11541 1 0.1633 0.868 0.976 0.024
#> GSM11542 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11543 2 0.2603 0.897 0.044 0.956
#> GSM11544 1 0.2423 0.868 0.960 0.040
#> GSM11545 1 0.8861 0.617 0.696 0.304
#> GSM11546 2 0.6148 0.809 0.152 0.848
#> GSM11547 2 0.9710 0.297 0.400 0.600
#> GSM11548 2 0.9944 0.134 0.456 0.544
#> GSM11549 1 0.1843 0.873 0.972 0.028
#> GSM11550 1 0.1843 0.873 0.972 0.028
#> GSM11551 1 0.5294 0.845 0.880 0.120
#> GSM11552 1 0.1414 0.868 0.980 0.020
#> GSM11553 2 0.2423 0.898 0.040 0.960
#> GSM11554 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11555 1 0.2423 0.872 0.960 0.040
#> GSM11556 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM11557 2 0.2603 0.896 0.044 0.956
#> GSM11558 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11559 2 0.2423 0.898 0.040 0.960
#> GSM11560 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM11561 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11562 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11563 1 0.6801 0.794 0.820 0.180
#> GSM11564 2 0.8861 0.558 0.304 0.696
#> GSM11565 1 0.2948 0.866 0.948 0.052
#> GSM11566 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM11567 2 0.8267 0.660 0.260 0.740
#> GSM11568 1 0.3274 0.863 0.940 0.060
#> GSM11569 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> GSM11570 1 0.2236 0.867 0.964 0.036
#> GSM11571 1 0.2423 0.868 0.960 0.040
#> GSM11572 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> GSM11573 1 0.9896 0.295 0.560 0.440
#> GSM11574 2 0.3879 0.875 0.076 0.924
#> GSM11575 1 0.9358 0.531 0.648 0.352
#> GSM11576 1 0.1633 0.872 0.976 0.024
#> GSM11577 1 0.6531 0.792 0.832 0.168
#> GSM11578 1 0.8386 0.674 0.732 0.268
#> GSM11579 2 0.1843 0.898 0.028 0.972
#> GSM11580 1 0.9580 0.459 0.620 0.380
#> GSM11581 1 0.9323 0.529 0.652 0.348
#> GSM11582 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM11583 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> GSM11584 2 0.5519 0.838 0.128 0.872
#> GSM11585 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> GSM11586 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM11587 1 0.1184 0.872 0.984 0.016
#> GSM11588 1 0.8081 0.707 0.752 0.248
#> GSM11589 1 0.7056 0.773 0.808 0.192
#> GSM11590 1 0.2043 0.870 0.968 0.032
#> GSM11591 2 0.5629 0.824 0.132 0.868
#> GSM11592 1 0.0938 0.872 0.988 0.012
#> GSM11593 1 0.2236 0.869 0.964 0.036
#> GSM11594 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM11595 1 0.9209 0.541 0.664 0.336
#> GSM11596 2 0.6438 0.789 0.164 0.836
#> GSM11597 1 0.3114 0.861 0.944 0.056
#> GSM11598 1 0.2423 0.868 0.960 0.040
#> GSM11599 1 0.4298 0.847 0.912 0.088
#> GSM11600 1 0.4690 0.844 0.900 0.100
#> GSM11601 2 0.1633 0.906 0.024 0.976
#> GSM11602 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM11603 1 0.1414 0.872 0.980 0.020
#> GSM11604 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM11605 1 0.1184 0.869 0.984 0.016
#> GSM11606 2 0.4022 0.872 0.080 0.920
#> GSM11607 1 0.2423 0.868 0.960 0.040
#> GSM11608 1 0.0672 0.870 0.992 0.008
#> GSM11609 2 0.2236 0.899 0.036 0.964
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.7990 0.10631 0.452 0.060 0.488
#> GSM11438 2 0.4291 0.72406 0.000 0.820 0.180
#> GSM11439 3 0.5363 0.53044 0.000 0.276 0.724
#> GSM11440 3 0.4475 0.72470 0.016 0.144 0.840
#> GSM11441 3 0.1529 0.75203 0.040 0.000 0.960
#> GSM11442 3 0.2537 0.75322 0.000 0.080 0.920
#> GSM11443 2 0.3412 0.76870 0.000 0.876 0.124
#> GSM11444 3 0.1525 0.75517 0.032 0.004 0.964
#> GSM11445 3 0.1289 0.76145 0.000 0.032 0.968
#> GSM11446 3 0.2063 0.75284 0.044 0.008 0.948
#> GSM11447 3 0.2711 0.75200 0.000 0.088 0.912
#> GSM11448 2 0.6698 0.46749 0.280 0.684 0.036
#> GSM11449 1 0.5803 0.58870 0.760 0.028 0.212
#> GSM11450 1 0.1751 0.72110 0.960 0.012 0.028
#> GSM11451 2 0.2537 0.76029 0.080 0.920 0.000
#> GSM11452 1 0.6235 0.31827 0.564 0.436 0.000
#> GSM11453 1 0.5760 0.53236 0.672 0.328 0.000
#> GSM11454 3 0.2959 0.72135 0.100 0.000 0.900
#> GSM11455 2 0.6154 0.36361 0.000 0.592 0.408
#> GSM11456 2 0.1860 0.79396 0.000 0.948 0.052
#> GSM11457 2 0.0848 0.79289 0.008 0.984 0.008
#> GSM11458 3 0.6026 0.37754 0.376 0.000 0.624
#> GSM11459 3 0.3482 0.70167 0.128 0.000 0.872
#> GSM11460 1 0.5706 0.41098 0.680 0.000 0.320
#> GSM11461 1 0.4873 0.65283 0.824 0.024 0.152
#> GSM11462 1 0.6291 0.03242 0.532 0.000 0.468
#> GSM11463 2 0.2384 0.77667 0.056 0.936 0.008
#> GSM11464 1 0.5178 0.51865 0.744 0.000 0.256
#> GSM11465 2 0.6703 0.60154 0.052 0.712 0.236
#> GSM11466 3 0.2599 0.76266 0.016 0.052 0.932
#> GSM11467 1 0.2400 0.70572 0.932 0.004 0.064
#> GSM11468 3 0.1860 0.74765 0.052 0.000 0.948
#> GSM11469 3 0.5591 0.50682 0.304 0.000 0.696
#> GSM11470 1 0.0747 0.72532 0.984 0.016 0.000
#> GSM11471 1 0.5578 0.54104 0.748 0.012 0.240
#> GSM11472 3 0.8675 0.19351 0.388 0.108 0.504
#> GSM11473 2 0.4974 0.68140 0.000 0.764 0.236
#> GSM11474 2 0.2165 0.79206 0.000 0.936 0.064
#> GSM11475 3 0.0983 0.76178 0.004 0.016 0.980
#> GSM11476 3 0.5926 0.36459 0.000 0.356 0.644
#> GSM11477 2 0.1163 0.78661 0.028 0.972 0.000
#> GSM11478 2 0.3267 0.76962 0.000 0.884 0.116
#> GSM11479 2 0.5835 0.51450 0.000 0.660 0.340
#> GSM11480 2 0.1399 0.79556 0.004 0.968 0.028
#> GSM11481 3 0.4892 0.73598 0.048 0.112 0.840
#> GSM11482 3 0.5706 0.46757 0.000 0.320 0.680
#> GSM11483 2 0.5560 0.57948 0.000 0.700 0.300
#> GSM11484 3 0.3412 0.72844 0.000 0.124 0.876
#> GSM11485 2 0.6079 0.41629 0.000 0.612 0.388
#> GSM11486 2 0.4291 0.72458 0.000 0.820 0.180
#> GSM11487 1 0.1482 0.72589 0.968 0.020 0.012
#> GSM11488 3 0.3116 0.73734 0.000 0.108 0.892
#> GSM11489 2 0.4842 0.68405 0.000 0.776 0.224
#> GSM11490 3 0.2959 0.74551 0.000 0.100 0.900
#> GSM11491 1 0.4178 0.68626 0.828 0.172 0.000
#> GSM11492 3 0.1753 0.76275 0.000 0.048 0.952
#> GSM11493 3 0.4062 0.68723 0.000 0.164 0.836
#> GSM11494 3 0.2066 0.75960 0.000 0.060 0.940
#> GSM11495 3 0.5497 0.50374 0.000 0.292 0.708
#> GSM11496 2 0.6140 0.38528 0.000 0.596 0.404
#> GSM11497 2 0.5220 0.61728 0.208 0.780 0.012
#> GSM11498 2 0.1453 0.79108 0.024 0.968 0.008
#> GSM11499 2 0.5988 0.46292 0.000 0.632 0.368
#> GSM11500 3 0.6307 -0.09008 0.000 0.488 0.512
#> GSM11501 2 0.6045 0.42411 0.000 0.620 0.380
#> GSM11502 2 0.2165 0.76915 0.064 0.936 0.000
#> GSM11503 2 0.0983 0.79557 0.004 0.980 0.016
#> GSM11504 3 0.1129 0.75820 0.020 0.004 0.976
#> GSM11505 2 0.1765 0.79703 0.004 0.956 0.040
#> GSM11506 2 0.4504 0.70909 0.000 0.804 0.196
#> GSM11507 2 0.1289 0.79597 0.000 0.968 0.032
#> GSM11508 3 0.0592 0.75853 0.012 0.000 0.988
#> GSM11509 3 0.1643 0.76257 0.000 0.044 0.956
#> GSM11510 2 0.4121 0.73432 0.000 0.832 0.168
#> GSM11511 1 0.3669 0.72899 0.896 0.064 0.040
#> GSM11512 3 0.2496 0.75852 0.004 0.068 0.928
#> GSM11513 3 0.1860 0.74715 0.052 0.000 0.948
#> GSM11514 2 0.6255 0.48922 0.012 0.668 0.320
#> GSM11515 3 0.2711 0.74849 0.000 0.088 0.912
#> GSM11516 1 0.6026 0.45227 0.624 0.376 0.000
#> GSM11517 3 0.3412 0.70486 0.124 0.000 0.876
#> GSM11518 3 0.4128 0.72163 0.012 0.132 0.856
#> GSM11519 1 0.4291 0.68109 0.820 0.180 0.000
#> GSM11520 1 0.0592 0.72497 0.988 0.012 0.000
#> GSM11521 3 0.6045 0.30146 0.000 0.380 0.620
#> GSM11522 1 0.5899 0.54126 0.736 0.020 0.244
#> GSM11523 1 0.2165 0.70222 0.936 0.000 0.064
#> GSM11524 3 0.2625 0.73257 0.084 0.000 0.916
#> GSM11525 2 0.3340 0.76684 0.000 0.880 0.120
#> GSM11526 3 0.1337 0.76181 0.012 0.016 0.972
#> GSM11527 2 0.5138 0.64555 0.000 0.748 0.252
#> GSM11528 2 0.1647 0.79640 0.004 0.960 0.036
#> GSM11529 2 0.5360 0.60298 0.220 0.768 0.012
#> GSM11530 3 0.6302 0.17209 0.480 0.000 0.520
#> GSM11531 2 0.1399 0.78685 0.028 0.968 0.004
#> GSM11532 3 0.4399 0.65536 0.188 0.000 0.812
#> GSM11533 2 0.5785 0.39015 0.332 0.668 0.000
#> GSM11534 2 0.6104 0.32750 0.348 0.648 0.004
#> GSM11535 2 0.3116 0.73779 0.108 0.892 0.000
#> GSM11536 3 0.6518 -0.00985 0.004 0.484 0.512
#> GSM11537 2 0.2682 0.76388 0.076 0.920 0.004
#> GSM11538 1 0.8610 0.48013 0.548 0.336 0.116
#> GSM11539 2 0.1529 0.78030 0.040 0.960 0.000
#> GSM11540 2 0.1753 0.79459 0.000 0.952 0.048
#> GSM11541 1 0.6154 0.21252 0.592 0.000 0.408
#> GSM11542 2 0.1453 0.78864 0.024 0.968 0.008
#> GSM11543 2 0.6386 0.36953 0.004 0.584 0.412
#> GSM11544 1 0.3340 0.71600 0.880 0.120 0.000
#> GSM11545 1 0.6095 0.42345 0.608 0.392 0.000
#> GSM11546 2 0.6978 0.50619 0.032 0.632 0.336
#> GSM11547 2 0.7364 0.43463 0.304 0.640 0.056
#> GSM11548 3 0.1636 0.76032 0.020 0.016 0.964
#> GSM11549 1 0.3983 0.64729 0.852 0.004 0.144
#> GSM11550 1 0.4784 0.58971 0.796 0.004 0.200
#> GSM11551 3 0.5812 0.57709 0.264 0.012 0.724
#> GSM11552 3 0.5948 0.40830 0.360 0.000 0.640
#> GSM11553 2 0.2301 0.77310 0.060 0.936 0.004
#> GSM11554 2 0.1337 0.79335 0.012 0.972 0.016
#> GSM11555 1 0.8386 0.57173 0.620 0.156 0.224
#> GSM11556 1 0.6280 0.06379 0.540 0.000 0.460
#> GSM11557 2 0.2448 0.76284 0.076 0.924 0.000
#> GSM11558 2 0.2063 0.79635 0.008 0.948 0.044
#> GSM11559 2 0.2945 0.75518 0.088 0.908 0.004
#> GSM11560 1 0.2448 0.69560 0.924 0.000 0.076
#> GSM11561 2 0.1989 0.79602 0.004 0.948 0.048
#> GSM11562 2 0.0983 0.78982 0.016 0.980 0.004
#> GSM11563 1 0.5982 0.53392 0.668 0.328 0.004
#> GSM11564 2 0.8367 0.51552 0.252 0.612 0.136
#> GSM11565 1 0.4504 0.66938 0.804 0.196 0.000
#> GSM11566 2 0.2774 0.79436 0.008 0.920 0.072
#> GSM11567 3 0.4164 0.71620 0.008 0.144 0.848
#> GSM11568 1 0.5098 0.62336 0.752 0.248 0.000
#> GSM11569 2 0.1289 0.78431 0.032 0.968 0.000
#> GSM11570 3 0.6095 0.35374 0.392 0.000 0.608
#> GSM11571 1 0.2878 0.72742 0.904 0.096 0.000
#> GSM11572 2 0.2680 0.77040 0.068 0.924 0.008
#> GSM11573 1 0.6373 0.37939 0.588 0.408 0.004
#> GSM11574 2 0.4504 0.64067 0.196 0.804 0.000
#> GSM11575 1 0.6432 0.26528 0.568 0.428 0.004
#> GSM11576 1 0.0661 0.72175 0.988 0.004 0.008
#> GSM11577 1 0.5948 0.48202 0.640 0.360 0.000
#> GSM11578 1 0.6180 0.36827 0.584 0.416 0.000
#> GSM11579 3 0.5810 0.40711 0.000 0.336 0.664
#> GSM11580 2 0.6280 0.00580 0.460 0.540 0.000
#> GSM11581 3 0.1031 0.75640 0.024 0.000 0.976
#> GSM11582 3 0.6299 0.13033 0.476 0.000 0.524
#> GSM11583 3 0.6566 0.37567 0.376 0.012 0.612
#> GSM11584 3 0.2066 0.76212 0.000 0.060 0.940
#> GSM11585 2 0.2682 0.76588 0.076 0.920 0.004
#> GSM11586 1 0.1170 0.72354 0.976 0.008 0.016
#> GSM11587 1 0.1529 0.71062 0.960 0.000 0.040
#> GSM11588 1 0.6209 0.45813 0.628 0.368 0.004
#> GSM11589 1 0.5810 0.52546 0.664 0.336 0.000
#> GSM11590 1 0.1964 0.72880 0.944 0.056 0.000
#> GSM11591 2 0.3941 0.68935 0.156 0.844 0.000
#> GSM11592 1 0.5058 0.53310 0.756 0.000 0.244
#> GSM11593 1 0.2448 0.72807 0.924 0.076 0.000
#> GSM11594 1 0.2066 0.70306 0.940 0.000 0.060
#> GSM11595 1 0.7699 0.33069 0.532 0.420 0.048
#> GSM11596 2 0.6696 0.67864 0.076 0.736 0.188
#> GSM11597 3 0.4796 0.61305 0.220 0.000 0.780
#> GSM11598 1 0.2796 0.72717 0.908 0.092 0.000
#> GSM11599 3 0.2796 0.72621 0.092 0.000 0.908
#> GSM11600 3 0.6931 0.21008 0.456 0.016 0.528
#> GSM11601 2 0.3784 0.76490 0.004 0.864 0.132
#> GSM11602 1 0.2496 0.70115 0.928 0.004 0.068
#> GSM11603 1 0.1643 0.70889 0.956 0.000 0.044
#> GSM11604 3 0.6154 0.30667 0.408 0.000 0.592
#> GSM11605 1 0.6235 0.12298 0.564 0.000 0.436
#> GSM11606 2 0.4452 0.64513 0.192 0.808 0.000
#> GSM11607 1 0.2796 0.72717 0.908 0.092 0.000
#> GSM11608 1 0.6111 0.23992 0.604 0.000 0.396
#> GSM11609 3 0.5859 0.45112 0.000 0.344 0.656
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.891 0.21208 0.280 0.068 0.432 0.220
#> GSM11438 2 0.579 0.58926 0.000 0.708 0.124 0.168
#> GSM11439 3 0.558 0.42126 0.044 0.220 0.720 0.016
#> GSM11440 3 0.558 0.30265 0.004 0.016 0.572 0.408
#> GSM11441 3 0.140 0.59912 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM11442 3 0.340 0.56160 0.000 0.064 0.872 0.064
#> GSM11443 2 0.453 0.63085 0.008 0.764 0.216 0.012
#> GSM11444 3 0.222 0.58370 0.008 0.044 0.932 0.016
#> GSM11445 3 0.310 0.58964 0.000 0.020 0.876 0.104
#> GSM11446 3 0.241 0.58996 0.020 0.036 0.928 0.016
#> GSM11447 3 0.281 0.52426 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM11448 2 0.732 0.28686 0.348 0.520 0.120 0.012
#> GSM11449 1 0.569 0.55266 0.724 0.008 0.188 0.080
#> GSM11450 1 0.174 0.69795 0.952 0.008 0.024 0.016
#> GSM11451 2 0.391 0.65630 0.044 0.836 0.000 0.120
#> GSM11452 1 0.586 0.23034 0.552 0.412 0.000 0.036
#> GSM11453 1 0.576 0.58113 0.688 0.232 0.000 0.080
#> GSM11454 3 0.365 0.60320 0.052 0.000 0.856 0.092
#> GSM11455 2 0.748 0.10761 0.000 0.484 0.200 0.316
#> GSM11456 2 0.395 0.66851 0.012 0.832 0.140 0.016
#> GSM11457 2 0.227 0.68656 0.012 0.928 0.008 0.052
#> GSM11458 3 0.666 0.48275 0.244 0.000 0.612 0.144
#> GSM11459 3 0.492 0.57207 0.056 0.000 0.760 0.184
#> GSM11460 1 0.732 0.25771 0.492 0.000 0.168 0.340
#> GSM11461 1 0.737 0.46745 0.600 0.080 0.264 0.056
#> GSM11462 3 0.759 0.15352 0.400 0.000 0.404 0.196
#> GSM11463 2 0.534 0.66701 0.104 0.776 0.100 0.020
#> GSM11464 1 0.629 0.50873 0.660 0.000 0.140 0.200
#> GSM11465 2 0.813 0.44492 0.052 0.548 0.212 0.188
#> GSM11466 3 0.494 0.28768 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM11467 1 0.562 0.54760 0.676 0.004 0.044 0.276
#> GSM11468 3 0.547 0.47464 0.036 0.000 0.656 0.308
#> GSM11469 3 0.713 0.42487 0.184 0.000 0.556 0.260
#> GSM11470 1 0.119 0.69788 0.968 0.004 0.004 0.024
#> GSM11471 1 0.607 0.50949 0.696 0.028 0.224 0.052
#> GSM11472 4 0.802 0.22338 0.112 0.052 0.336 0.500
#> GSM11473 2 0.667 0.35318 0.052 0.520 0.412 0.016
#> GSM11474 2 0.217 0.68570 0.000 0.928 0.052 0.020
#> GSM11475 3 0.278 0.59760 0.004 0.004 0.888 0.104
#> GSM11476 4 0.750 0.31962 0.000 0.188 0.356 0.456
#> GSM11477 2 0.189 0.68190 0.016 0.940 0.000 0.044
#> GSM11478 2 0.419 0.63648 0.000 0.812 0.040 0.148
#> GSM11479 2 0.611 0.36518 0.000 0.528 0.424 0.048
#> GSM11480 2 0.431 0.55851 0.004 0.736 0.000 0.260
#> GSM11481 4 0.313 0.53878 0.012 0.008 0.100 0.880
#> GSM11482 4 0.679 0.39682 0.000 0.120 0.316 0.564
#> GSM11483 2 0.614 0.47317 0.000 0.596 0.340 0.064
#> GSM11484 4 0.545 0.48857 0.000 0.056 0.244 0.700
#> GSM11485 2 0.757 -0.07178 0.000 0.416 0.192 0.392
#> GSM11486 2 0.475 0.59516 0.000 0.716 0.268 0.016
#> GSM11487 1 0.506 0.61291 0.736 0.008 0.028 0.228
#> GSM11488 4 0.594 0.31128 0.000 0.048 0.360 0.592
#> GSM11489 2 0.605 0.57047 0.000 0.676 0.212 0.112
#> GSM11490 3 0.433 0.47951 0.012 0.172 0.800 0.016
#> GSM11491 1 0.443 0.67599 0.812 0.092 0.000 0.096
#> GSM11492 3 0.527 0.31393 0.000 0.016 0.620 0.364
#> GSM11493 4 0.641 0.27898 0.000 0.072 0.384 0.544
#> GSM11494 3 0.434 0.53056 0.000 0.060 0.812 0.128
#> GSM11495 3 0.608 0.37794 0.000 0.204 0.676 0.120
#> GSM11496 3 0.605 -0.07654 0.020 0.416 0.548 0.016
#> GSM11497 2 0.643 0.48771 0.276 0.636 0.076 0.012
#> GSM11498 2 0.411 0.67573 0.052 0.840 0.100 0.008
#> GSM11499 4 0.750 0.11374 0.000 0.400 0.180 0.420
#> GSM11500 3 0.659 -0.09735 0.000 0.392 0.524 0.084
#> GSM11501 4 0.605 0.38750 0.000 0.320 0.064 0.616
#> GSM11502 2 0.337 0.67071 0.036 0.868 0.000 0.096
#> GSM11503 2 0.414 0.68551 0.028 0.852 0.060 0.060
#> GSM11504 3 0.568 0.32015 0.020 0.004 0.568 0.408
#> GSM11505 2 0.351 0.67977 0.012 0.864 0.108 0.016
#> GSM11506 2 0.561 0.59970 0.000 0.716 0.188 0.096
#> GSM11507 2 0.404 0.57270 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM11508 3 0.414 0.55830 0.012 0.000 0.780 0.208
#> GSM11509 3 0.304 0.54829 0.000 0.100 0.880 0.020
#> GSM11510 2 0.560 0.52468 0.000 0.696 0.068 0.236
#> GSM11511 1 0.739 0.45171 0.592 0.200 0.188 0.020
#> GSM11512 4 0.466 0.39237 0.008 0.004 0.264 0.724
#> GSM11513 3 0.325 0.59227 0.008 0.000 0.852 0.140
#> GSM11514 4 0.574 0.55066 0.004 0.216 0.076 0.704
#> GSM11515 3 0.410 0.56009 0.000 0.036 0.816 0.148
#> GSM11516 1 0.535 0.40002 0.640 0.336 0.000 0.024
#> GSM11517 3 0.495 0.57169 0.060 0.000 0.760 0.180
#> GSM11518 3 0.547 0.44572 0.044 0.196 0.740 0.020
#> GSM11519 1 0.465 0.66749 0.796 0.120 0.000 0.084
#> GSM11520 1 0.212 0.69639 0.932 0.004 0.012 0.052
#> GSM11521 4 0.636 0.54756 0.000 0.160 0.184 0.656
#> GSM11522 1 0.591 0.50031 0.696 0.016 0.232 0.056
#> GSM11523 1 0.280 0.68885 0.900 0.012 0.080 0.008
#> GSM11524 3 0.555 0.33382 0.020 0.000 0.552 0.428
#> GSM11525 2 0.388 0.65333 0.000 0.812 0.172 0.016
#> GSM11526 3 0.536 0.35911 0.012 0.004 0.612 0.372
#> GSM11527 2 0.651 0.51778 0.000 0.628 0.240 0.132
#> GSM11528 2 0.271 0.67314 0.004 0.892 0.004 0.100
#> GSM11529 2 0.575 0.58535 0.224 0.704 0.064 0.008
#> GSM11530 3 0.758 0.28418 0.368 0.004 0.456 0.172
#> GSM11531 2 0.484 0.65983 0.092 0.792 0.112 0.004
#> GSM11532 3 0.647 0.50500 0.148 0.000 0.640 0.212
#> GSM11533 2 0.562 0.40574 0.348 0.624 0.020 0.008
#> GSM11534 1 0.697 0.14153 0.492 0.412 0.008 0.088
#> GSM11535 2 0.524 0.63021 0.172 0.760 0.056 0.012
#> GSM11536 4 0.406 0.59885 0.000 0.152 0.032 0.816
#> GSM11537 2 0.431 0.63935 0.048 0.808 0.000 0.144
#> GSM11538 4 0.472 0.58501 0.056 0.120 0.016 0.808
#> GSM11539 2 0.310 0.68663 0.072 0.892 0.008 0.028
#> GSM11540 2 0.247 0.67736 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM11541 4 0.691 0.24124 0.272 0.000 0.152 0.576
#> GSM11542 2 0.498 0.60215 0.024 0.748 0.012 0.216
#> GSM11543 2 0.834 0.10099 0.020 0.388 0.352 0.240
#> GSM11544 1 0.340 0.69330 0.872 0.064 0.000 0.064
#> GSM11545 1 0.771 0.27267 0.440 0.320 0.000 0.240
#> GSM11546 2 0.748 0.49378 0.064 0.564 0.308 0.064
#> GSM11547 2 0.779 0.43962 0.228 0.536 0.216 0.020
#> GSM11548 3 0.220 0.59296 0.012 0.028 0.936 0.024
#> GSM11549 1 0.391 0.63993 0.820 0.000 0.156 0.024
#> GSM11550 1 0.495 0.62047 0.784 0.004 0.124 0.088
#> GSM11551 3 0.582 0.47028 0.180 0.072 0.728 0.020
#> GSM11552 3 0.755 0.37442 0.272 0.000 0.488 0.240
#> GSM11553 2 0.517 0.55939 0.032 0.716 0.004 0.248
#> GSM11554 2 0.348 0.64151 0.012 0.840 0.000 0.148
#> GSM11555 4 0.399 0.57307 0.080 0.056 0.012 0.852
#> GSM11556 1 0.785 -0.00666 0.388 0.000 0.272 0.340
#> GSM11557 2 0.411 0.67270 0.124 0.832 0.036 0.008
#> GSM11558 2 0.513 0.36698 0.008 0.604 0.000 0.388
#> GSM11559 2 0.398 0.65381 0.056 0.836 0.000 0.108
#> GSM11560 1 0.426 0.66196 0.820 0.000 0.068 0.112
#> GSM11561 2 0.518 0.32047 0.008 0.584 0.000 0.408
#> GSM11562 2 0.377 0.65540 0.020 0.844 0.008 0.128
#> GSM11563 1 0.759 0.28831 0.484 0.188 0.004 0.324
#> GSM11564 4 0.669 0.49233 0.076 0.240 0.032 0.652
#> GSM11565 1 0.418 0.62299 0.800 0.180 0.008 0.012
#> GSM11566 4 0.487 0.28368 0.004 0.356 0.000 0.640
#> GSM11567 4 0.460 0.54410 0.024 0.028 0.140 0.808
#> GSM11568 1 0.472 0.50858 0.708 0.280 0.000 0.012
#> GSM11569 2 0.432 0.61055 0.020 0.776 0.000 0.204
#> GSM11570 3 0.770 0.33915 0.288 0.000 0.452 0.260
#> GSM11571 1 0.208 0.68813 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM11572 4 0.568 0.15606 0.020 0.408 0.004 0.568
#> GSM11573 4 0.695 0.37379 0.180 0.236 0.000 0.584
#> GSM11574 2 0.494 0.62509 0.096 0.776 0.000 0.128
#> GSM11575 1 0.729 0.01008 0.456 0.420 0.116 0.008
#> GSM11576 1 0.201 0.69851 0.940 0.008 0.012 0.040
#> GSM11577 1 0.617 0.53766 0.648 0.256 0.000 0.096
#> GSM11578 1 0.594 0.36586 0.592 0.360 0.000 0.048
#> GSM11579 4 0.690 0.50180 0.000 0.168 0.244 0.588
#> GSM11580 2 0.586 0.00789 0.472 0.496 0.000 0.032
#> GSM11581 3 0.543 0.41460 0.016 0.004 0.620 0.360
#> GSM11582 4 0.682 0.23086 0.212 0.000 0.184 0.604
#> GSM11583 3 0.764 0.34427 0.336 0.008 0.484 0.172
#> GSM11584 4 0.536 0.13692 0.000 0.016 0.392 0.592
#> GSM11585 2 0.363 0.67859 0.104 0.860 0.028 0.008
#> GSM11586 1 0.535 0.49782 0.656 0.004 0.020 0.320
#> GSM11587 1 0.149 0.69491 0.956 0.004 0.036 0.004
#> GSM11588 1 0.770 0.26048 0.448 0.248 0.000 0.304
#> GSM11589 4 0.704 0.29680 0.268 0.168 0.000 0.564
#> GSM11590 1 0.393 0.65893 0.808 0.016 0.000 0.176
#> GSM11591 2 0.401 0.65665 0.148 0.820 0.000 0.032
#> GSM11592 1 0.559 0.57244 0.732 0.004 0.168 0.096
#> GSM11593 1 0.247 0.69521 0.916 0.028 0.000 0.056
#> GSM11594 1 0.439 0.65318 0.808 0.000 0.060 0.132
#> GSM11595 2 0.829 -0.06541 0.404 0.420 0.116 0.060
#> GSM11596 2 0.806 0.47015 0.132 0.596 0.128 0.144
#> GSM11597 3 0.508 0.57163 0.148 0.016 0.780 0.056
#> GSM11598 1 0.369 0.68316 0.844 0.032 0.000 0.124
#> GSM11599 3 0.557 0.50520 0.052 0.000 0.676 0.272
#> GSM11600 4 0.548 0.45298 0.156 0.012 0.080 0.752
#> GSM11601 2 0.572 0.52362 0.024 0.640 0.324 0.012
#> GSM11602 1 0.248 0.68729 0.916 0.000 0.052 0.032
#> GSM11603 1 0.139 0.69444 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM11604 3 0.726 0.42745 0.268 0.000 0.536 0.196
#> GSM11605 4 0.586 0.39829 0.172 0.004 0.112 0.712
#> GSM11606 2 0.466 0.63966 0.116 0.796 0.000 0.088
#> GSM11607 1 0.329 0.69135 0.876 0.044 0.000 0.080
#> GSM11608 1 0.772 -0.03008 0.436 0.000 0.324 0.240
#> GSM11609 4 0.460 0.58129 0.000 0.088 0.112 0.800
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.715 0.292195 0.064 0.088 0.632 0.140 0.076
#> GSM11438 2 0.647 0.500890 0.000 0.620 0.112 0.204 0.064
#> GSM11439 5 0.360 0.537728 0.016 0.096 0.032 0.008 0.848
#> GSM11440 5 0.796 -0.041102 0.060 0.008 0.296 0.248 0.388
#> GSM11441 5 0.488 0.456359 0.012 0.000 0.136 0.108 0.744
#> GSM11442 5 0.479 0.501771 0.000 0.024 0.136 0.080 0.760
#> GSM11443 2 0.418 0.580551 0.000 0.740 0.024 0.004 0.232
#> GSM11444 5 0.403 0.411770 0.016 0.000 0.236 0.004 0.744
#> GSM11445 5 0.613 0.051584 0.000 0.020 0.404 0.076 0.500
#> GSM11446 5 0.429 0.383798 0.000 0.008 0.272 0.012 0.708
#> GSM11447 5 0.371 0.526850 0.000 0.044 0.108 0.016 0.832
#> GSM11448 1 0.736 0.064992 0.360 0.296 0.008 0.012 0.324
#> GSM11449 1 0.665 0.185643 0.468 0.036 0.408 0.004 0.084
#> GSM11450 1 0.306 0.646338 0.864 0.012 0.020 0.000 0.104
#> GSM11451 2 0.433 0.638717 0.060 0.800 0.020 0.116 0.004
#> GSM11452 1 0.599 0.163373 0.512 0.420 0.024 0.020 0.024
#> GSM11453 1 0.564 0.628137 0.720 0.148 0.048 0.072 0.012
#> GSM11454 3 0.479 0.402285 0.000 0.016 0.684 0.024 0.276
#> GSM11455 2 0.775 -0.031173 0.000 0.404 0.116 0.352 0.128
#> GSM11456 2 0.649 0.227349 0.068 0.456 0.004 0.036 0.436
#> GSM11457 2 0.314 0.655739 0.004 0.872 0.008 0.076 0.040
#> GSM11458 3 0.363 0.514863 0.056 0.004 0.828 0.000 0.112
#> GSM11459 3 0.555 0.397276 0.004 0.000 0.616 0.088 0.292
#> GSM11460 3 0.566 0.320746 0.152 0.004 0.672 0.164 0.008
#> GSM11461 3 0.751 0.221354 0.116 0.152 0.596 0.060 0.076
#> GSM11462 3 0.398 0.536529 0.084 0.000 0.824 0.024 0.068
#> GSM11463 2 0.460 0.645051 0.024 0.792 0.088 0.008 0.088
#> GSM11464 1 0.585 0.515547 0.692 0.000 0.096 0.068 0.144
#> GSM11465 5 0.907 -0.000184 0.264 0.220 0.044 0.136 0.336
#> GSM11466 5 0.780 0.105108 0.088 0.000 0.200 0.280 0.432
#> GSM11467 1 0.626 0.275511 0.484 0.004 0.396 0.112 0.004
#> GSM11468 3 0.608 0.439438 0.004 0.000 0.592 0.192 0.212
#> GSM11469 3 0.727 0.438817 0.076 0.000 0.532 0.196 0.196
#> GSM11470 1 0.285 0.655307 0.880 0.008 0.092 0.004 0.016
#> GSM11471 1 0.639 0.438947 0.600 0.008 0.112 0.024 0.256
#> GSM11472 4 0.771 0.040622 0.056 0.040 0.392 0.420 0.092
#> GSM11473 5 0.508 0.293753 0.016 0.316 0.016 0.008 0.644
#> GSM11474 2 0.316 0.655503 0.000 0.860 0.004 0.044 0.092
#> GSM11475 3 0.593 0.306840 0.000 0.044 0.596 0.048 0.312
#> GSM11476 4 0.664 0.477198 0.000 0.108 0.068 0.596 0.228
#> GSM11477 2 0.293 0.663197 0.044 0.888 0.000 0.040 0.028
#> GSM11478 2 0.450 0.621508 0.000 0.768 0.008 0.140 0.084
#> GSM11479 5 0.543 0.373459 0.000 0.264 0.008 0.080 0.648
#> GSM11480 2 0.426 0.566940 0.004 0.744 0.012 0.228 0.012
#> GSM11481 4 0.473 0.496879 0.060 0.004 0.128 0.776 0.032
#> GSM11482 4 0.657 0.500252 0.000 0.088 0.100 0.620 0.192
#> GSM11483 5 0.605 0.275194 0.004 0.300 0.004 0.116 0.576
#> GSM11484 4 0.528 0.497323 0.008 0.028 0.080 0.736 0.148
#> GSM11485 4 0.692 0.367115 0.000 0.264 0.028 0.512 0.196
#> GSM11486 2 0.485 0.381138 0.000 0.600 0.012 0.012 0.376
#> GSM11487 1 0.647 0.518480 0.596 0.024 0.224 0.152 0.004
#> GSM11488 4 0.572 0.464710 0.000 0.036 0.120 0.688 0.156
#> GSM11489 2 0.739 0.136191 0.028 0.448 0.044 0.096 0.384
#> GSM11490 5 0.288 0.542043 0.012 0.048 0.028 0.016 0.896
#> GSM11491 1 0.483 0.648124 0.772 0.108 0.060 0.060 0.000
#> GSM11492 5 0.677 0.177540 0.008 0.016 0.128 0.372 0.476
#> GSM11493 4 0.564 0.389748 0.000 0.032 0.048 0.628 0.292
#> GSM11494 5 0.566 0.472515 0.000 0.036 0.128 0.140 0.696
#> GSM11495 5 0.485 0.518463 0.012 0.064 0.020 0.136 0.768
#> GSM11496 5 0.387 0.479907 0.008 0.212 0.012 0.000 0.768
#> GSM11497 2 0.595 0.567250 0.172 0.656 0.012 0.008 0.152
#> GSM11498 2 0.568 0.537078 0.068 0.636 0.004 0.016 0.276
#> GSM11499 4 0.682 0.390171 0.000 0.280 0.036 0.532 0.152
#> GSM11500 5 0.698 0.227758 0.000 0.336 0.080 0.084 0.500
#> GSM11501 4 0.529 0.566212 0.000 0.188 0.036 0.712 0.064
#> GSM11502 2 0.322 0.656578 0.052 0.872 0.028 0.048 0.000
#> GSM11503 2 0.518 0.605513 0.008 0.744 0.152 0.060 0.036
#> GSM11504 4 0.714 -0.201321 0.016 0.000 0.328 0.396 0.260
#> GSM11505 2 0.340 0.652947 0.000 0.848 0.036 0.012 0.104
#> GSM11506 2 0.627 0.539700 0.000 0.656 0.076 0.152 0.116
#> GSM11507 2 0.448 0.546222 0.000 0.724 0.016 0.240 0.020
#> GSM11508 3 0.654 0.244824 0.004 0.004 0.484 0.156 0.352
#> GSM11509 5 0.430 0.491148 0.020 0.012 0.152 0.024 0.792
#> GSM11510 2 0.625 0.405782 0.000 0.560 0.008 0.280 0.152
#> GSM11511 1 0.724 0.309825 0.472 0.124 0.048 0.008 0.348
#> GSM11512 4 0.420 0.516177 0.012 0.000 0.096 0.800 0.092
#> GSM11513 3 0.599 0.097308 0.008 0.000 0.456 0.084 0.452
#> GSM11514 4 0.582 0.535872 0.036 0.176 0.052 0.704 0.032
#> GSM11515 5 0.685 0.190321 0.000 0.040 0.340 0.124 0.496
#> GSM11516 1 0.420 0.586089 0.760 0.188 0.000 0.000 0.052
#> GSM11517 5 0.643 -0.028907 0.020 0.000 0.380 0.108 0.492
#> GSM11518 5 0.516 0.515596 0.020 0.120 0.084 0.020 0.756
#> GSM11519 1 0.409 0.661303 0.824 0.056 0.064 0.056 0.000
#> GSM11520 1 0.279 0.655253 0.884 0.000 0.084 0.016 0.016
#> GSM11521 4 0.459 0.594521 0.000 0.084 0.040 0.788 0.088
#> GSM11522 1 0.624 0.416851 0.620 0.012 0.168 0.008 0.192
#> GSM11523 1 0.443 0.646311 0.796 0.020 0.104 0.004 0.076
#> GSM11524 3 0.753 0.170925 0.036 0.000 0.348 0.328 0.288
#> GSM11525 2 0.433 0.596551 0.000 0.732 0.008 0.024 0.236
#> GSM11526 3 0.759 0.208140 0.028 0.008 0.380 0.260 0.324
#> GSM11527 2 0.689 0.454028 0.000 0.592 0.100 0.188 0.120
#> GSM11528 2 0.475 0.626902 0.008 0.756 0.004 0.144 0.088
#> GSM11529 2 0.704 0.332529 0.292 0.488 0.016 0.008 0.196
#> GSM11530 3 0.639 0.473764 0.136 0.008 0.636 0.036 0.184
#> GSM11531 2 0.563 0.570064 0.084 0.668 0.012 0.008 0.228
#> GSM11532 3 0.743 0.379544 0.072 0.000 0.468 0.156 0.304
#> GSM11533 2 0.583 0.487990 0.256 0.644 0.020 0.008 0.072
#> GSM11534 1 0.676 0.440309 0.596 0.208 0.000 0.084 0.112
#> GSM11535 2 0.561 0.591940 0.136 0.676 0.004 0.008 0.176
#> GSM11536 4 0.256 0.600604 0.004 0.072 0.012 0.900 0.012
#> GSM11537 2 0.473 0.619488 0.112 0.752 0.008 0.128 0.000
#> GSM11538 4 0.627 0.525782 0.044 0.140 0.180 0.636 0.000
#> GSM11539 2 0.373 0.652254 0.028 0.844 0.096 0.016 0.016
#> GSM11540 2 0.342 0.646547 0.000 0.856 0.044 0.080 0.020
#> GSM11541 4 0.726 0.082089 0.220 0.000 0.268 0.472 0.040
#> GSM11542 2 0.610 0.510702 0.032 0.620 0.004 0.264 0.080
#> GSM11543 5 0.665 0.392316 0.076 0.076 0.016 0.200 0.632
#> GSM11544 1 0.524 0.653514 0.744 0.072 0.140 0.036 0.008
#> GSM11545 2 0.798 0.052852 0.320 0.392 0.116 0.172 0.000
#> GSM11546 2 0.655 0.301790 0.000 0.472 0.404 0.036 0.088
#> GSM11547 2 0.717 0.340484 0.024 0.468 0.360 0.020 0.128
#> GSM11548 5 0.544 0.162140 0.000 0.028 0.408 0.020 0.544
#> GSM11549 1 0.621 0.413184 0.552 0.024 0.356 0.012 0.056
#> GSM11550 1 0.649 0.393588 0.544 0.000 0.324 0.040 0.092
#> GSM11551 5 0.686 0.349573 0.112 0.048 0.216 0.020 0.604
#> GSM11552 3 0.315 0.536654 0.028 0.000 0.876 0.040 0.056
#> GSM11553 2 0.519 0.568320 0.044 0.708 0.028 0.216 0.004
#> GSM11554 2 0.387 0.630300 0.012 0.812 0.004 0.144 0.028
#> GSM11555 4 0.573 0.518066 0.076 0.084 0.136 0.704 0.000
#> GSM11556 3 0.777 0.324385 0.280 0.000 0.452 0.156 0.112
#> GSM11557 2 0.430 0.658138 0.060 0.820 0.052 0.008 0.060
#> GSM11558 2 0.513 0.324375 0.000 0.580 0.024 0.384 0.012
#> GSM11559 2 0.583 0.599691 0.180 0.680 0.004 0.104 0.032
#> GSM11560 3 0.541 0.225236 0.208 0.044 0.696 0.052 0.000
#> GSM11561 2 0.542 0.368389 0.000 0.596 0.064 0.336 0.004
#> GSM11562 2 0.493 0.634575 0.048 0.764 0.008 0.140 0.040
#> GSM11563 1 0.659 0.547413 0.664 0.056 0.032 0.132 0.116
#> GSM11564 4 0.650 0.544757 0.036 0.172 0.172 0.616 0.004
#> GSM11565 1 0.370 0.649972 0.832 0.080 0.008 0.000 0.080
#> GSM11566 4 0.631 0.085608 0.008 0.408 0.120 0.464 0.000
#> GSM11567 4 0.492 0.570258 0.016 0.032 0.060 0.776 0.116
#> GSM11568 1 0.455 0.616974 0.772 0.140 0.004 0.008 0.076
#> GSM11569 2 0.399 0.606316 0.012 0.784 0.024 0.180 0.000
#> GSM11570 3 0.395 0.543902 0.052 0.000 0.832 0.048 0.068
#> GSM11571 1 0.720 0.426976 0.464 0.196 0.312 0.012 0.016
#> GSM11572 4 0.644 0.305131 0.052 0.308 0.016 0.580 0.044
#> GSM11573 4 0.695 0.356599 0.176 0.208 0.056 0.560 0.000
#> GSM11574 2 0.601 0.562533 0.196 0.656 0.028 0.116 0.004
#> GSM11575 2 0.835 0.109485 0.284 0.392 0.176 0.008 0.140
#> GSM11576 1 0.590 0.437673 0.528 0.040 0.404 0.020 0.008
#> GSM11577 1 0.617 0.322062 0.564 0.332 0.040 0.064 0.000
#> GSM11578 1 0.629 0.229576 0.520 0.388 0.044 0.040 0.008
#> GSM11579 4 0.721 0.406279 0.000 0.224 0.312 0.436 0.028
#> GSM11580 2 0.672 0.427504 0.220 0.576 0.172 0.024 0.008
#> GSM11581 3 0.718 0.205407 0.016 0.000 0.380 0.284 0.320
#> GSM11582 3 0.608 0.205557 0.104 0.000 0.528 0.360 0.008
#> GSM11583 3 0.496 0.456091 0.024 0.036 0.784 0.076 0.080
#> GSM11584 4 0.618 0.281859 0.004 0.008 0.196 0.608 0.184
#> GSM11585 2 0.450 0.631714 0.140 0.772 0.000 0.012 0.076
#> GSM11586 1 0.497 0.589760 0.760 0.000 0.048 0.116 0.076
#> GSM11587 1 0.436 0.632502 0.780 0.012 0.164 0.008 0.036
#> GSM11588 1 0.667 0.502927 0.608 0.136 0.036 0.208 0.012
#> GSM11589 4 0.813 0.309504 0.100 0.240 0.252 0.404 0.004
#> GSM11590 1 0.254 0.659506 0.900 0.008 0.064 0.028 0.000
#> GSM11591 2 0.328 0.640582 0.144 0.836 0.004 0.008 0.008
#> GSM11592 1 0.597 0.485016 0.648 0.004 0.060 0.048 0.240
#> GSM11593 1 0.217 0.662517 0.920 0.012 0.052 0.016 0.000
#> GSM11594 1 0.590 0.598973 0.700 0.016 0.164 0.068 0.052
#> GSM11595 1 0.713 0.379204 0.516 0.088 0.024 0.044 0.328
#> GSM11596 2 0.628 0.313889 0.012 0.516 0.384 0.076 0.012
#> GSM11597 5 0.610 0.344314 0.076 0.000 0.220 0.060 0.644
#> GSM11598 1 0.525 0.638029 0.736 0.064 0.140 0.060 0.000
#> GSM11599 3 0.690 0.262315 0.012 0.000 0.444 0.216 0.328
#> GSM11600 3 0.594 -0.124069 0.052 0.024 0.476 0.448 0.000
#> GSM11601 5 0.654 0.113228 0.088 0.360 0.020 0.012 0.520
#> GSM11602 1 0.569 0.332962 0.512 0.016 0.436 0.016 0.020
#> GSM11603 1 0.470 0.587563 0.724 0.016 0.232 0.008 0.020
#> GSM11604 3 0.783 0.228685 0.260 0.000 0.396 0.072 0.272
#> GSM11605 4 0.529 0.074482 0.048 0.000 0.456 0.496 0.000
#> GSM11606 2 0.622 0.448377 0.292 0.596 0.012 0.080 0.020
#> GSM11607 1 0.537 0.631510 0.708 0.072 0.184 0.036 0.000
#> GSM11608 3 0.485 0.537404 0.120 0.000 0.768 0.056 0.056
#> GSM11609 4 0.489 0.594380 0.000 0.088 0.096 0.768 0.048
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.795 0.5153 0.088 0.060 0.072 0.112 0.136 0.532
#> GSM11438 2 0.788 0.3021 0.000 0.444 0.060 0.124 0.164 0.208
#> GSM11439 5 0.411 0.4508 0.000 0.032 0.120 0.004 0.788 0.056
#> GSM11440 3 0.533 0.5674 0.012 0.020 0.732 0.084 0.096 0.056
#> GSM11441 5 0.526 0.3982 0.020 0.000 0.164 0.068 0.704 0.044
#> GSM11442 5 0.518 0.2421 0.000 0.000 0.296 0.060 0.616 0.028
#> GSM11443 2 0.521 0.5310 0.000 0.656 0.000 0.040 0.232 0.072
#> GSM11444 3 0.494 0.3640 0.004 0.012 0.572 0.004 0.380 0.028
#> GSM11445 3 0.419 0.6112 0.000 0.008 0.756 0.032 0.184 0.020
#> GSM11446 5 0.536 -0.0828 0.004 0.000 0.384 0.012 0.532 0.068
#> GSM11447 5 0.429 0.3751 0.000 0.004 0.188 0.016 0.744 0.048
#> GSM11448 5 0.835 0.0957 0.232 0.228 0.040 0.008 0.340 0.152
#> GSM11449 3 0.625 0.3759 0.184 0.048 0.620 0.004 0.024 0.120
#> GSM11450 1 0.657 0.4889 0.604 0.040 0.096 0.000 0.092 0.168
#> GSM11451 2 0.412 0.6255 0.016 0.808 0.004 0.060 0.028 0.084
#> GSM11452 2 0.647 0.1879 0.372 0.464 0.004 0.012 0.032 0.116
#> GSM11453 1 0.696 0.4922 0.588 0.100 0.016 0.076 0.044 0.176
#> GSM11454 3 0.635 0.3432 0.008 0.000 0.488 0.016 0.208 0.280
#> GSM11455 5 0.877 -0.0272 0.000 0.252 0.116 0.200 0.260 0.172
#> GSM11456 5 0.754 -0.0134 0.024 0.352 0.080 0.004 0.368 0.172
#> GSM11457 2 0.289 0.6353 0.000 0.868 0.000 0.076 0.032 0.024
#> GSM11458 3 0.582 0.1090 0.072 0.000 0.508 0.004 0.036 0.380
#> GSM11459 3 0.488 0.5783 0.004 0.000 0.712 0.020 0.112 0.152
#> GSM11460 6 0.697 0.4246 0.228 0.000 0.108 0.140 0.012 0.512
#> GSM11461 6 0.745 0.5709 0.080 0.108 0.184 0.012 0.076 0.540
#> GSM11462 3 0.512 0.3452 0.084 0.000 0.632 0.016 0.000 0.268
#> GSM11463 2 0.501 0.5776 0.020 0.724 0.008 0.012 0.084 0.152
#> GSM11464 1 0.537 0.5270 0.728 0.000 0.076 0.060 0.068 0.068
#> GSM11465 5 0.871 0.1438 0.060 0.248 0.200 0.008 0.264 0.220
#> GSM11466 3 0.782 0.1579 0.028 0.008 0.412 0.108 0.272 0.172
#> GSM11467 1 0.742 -0.0754 0.368 0.004 0.168 0.068 0.024 0.368
#> GSM11468 3 0.284 0.6381 0.000 0.004 0.880 0.052 0.032 0.032
#> GSM11469 3 0.317 0.6202 0.020 0.008 0.872 0.028 0.020 0.052
#> GSM11470 1 0.203 0.5671 0.912 0.000 0.024 0.004 0.000 0.060
#> GSM11471 1 0.827 0.1240 0.348 0.044 0.264 0.004 0.168 0.172
#> GSM11472 4 0.845 0.0910 0.100 0.008 0.128 0.344 0.120 0.300
#> GSM11473 5 0.507 0.2630 0.008 0.292 0.016 0.008 0.640 0.036
#> GSM11474 2 0.345 0.6263 0.000 0.832 0.004 0.048 0.100 0.016
#> GSM11475 3 0.575 0.6006 0.000 0.028 0.680 0.064 0.132 0.096
#> GSM11476 4 0.590 0.4781 0.000 0.076 0.076 0.656 0.168 0.024
#> GSM11477 2 0.415 0.6290 0.028 0.808 0.008 0.012 0.076 0.068
#> GSM11478 2 0.480 0.5502 0.000 0.704 0.000 0.196 0.068 0.032
#> GSM11479 5 0.463 0.4783 0.000 0.108 0.036 0.084 0.760 0.012
#> GSM11480 2 0.426 0.5593 0.008 0.736 0.000 0.208 0.012 0.036
#> GSM11481 4 0.542 0.5257 0.036 0.004 0.160 0.704 0.036 0.060
#> GSM11482 4 0.646 0.4606 0.000 0.088 0.108 0.612 0.160 0.032
#> GSM11483 5 0.543 0.3764 0.000 0.124 0.016 0.152 0.680 0.028
#> GSM11484 4 0.553 0.5189 0.000 0.024 0.068 0.700 0.116 0.092
#> GSM11485 4 0.620 0.3491 0.000 0.100 0.016 0.556 0.288 0.040
#> GSM11486 2 0.551 0.2115 0.000 0.480 0.016 0.024 0.444 0.036
#> GSM11487 1 0.658 0.3508 0.540 0.008 0.020 0.216 0.020 0.196
#> GSM11488 4 0.626 0.4142 0.000 0.004 0.068 0.576 0.224 0.128
#> GSM11489 2 0.797 0.0886 0.008 0.416 0.180 0.028 0.220 0.148
#> GSM11490 5 0.394 0.4497 0.012 0.016 0.128 0.008 0.804 0.032
#> GSM11491 1 0.608 0.4917 0.636 0.084 0.008 0.060 0.016 0.196
#> GSM11492 5 0.709 -0.0721 0.012 0.008 0.116 0.384 0.404 0.076
#> GSM11493 4 0.561 0.4022 0.000 0.020 0.064 0.636 0.244 0.036
#> GSM11494 5 0.556 0.3862 0.000 0.000 0.100 0.184 0.652 0.064
#> GSM11495 5 0.561 0.4071 0.004 0.040 0.060 0.176 0.684 0.036
#> GSM11496 5 0.322 0.4969 0.004 0.096 0.024 0.008 0.852 0.016
#> GSM11497 2 0.732 0.4146 0.152 0.484 0.000 0.028 0.232 0.104
#> GSM11498 2 0.693 0.3604 0.048 0.488 0.004 0.060 0.328 0.072
#> GSM11499 4 0.579 0.4209 0.000 0.132 0.004 0.608 0.224 0.032
#> GSM11500 5 0.690 0.3625 0.000 0.152 0.044 0.116 0.576 0.112
#> GSM11501 4 0.547 0.5492 0.000 0.112 0.080 0.712 0.052 0.044
#> GSM11502 2 0.260 0.6350 0.008 0.892 0.000 0.024 0.016 0.060
#> GSM11503 2 0.553 0.5554 0.004 0.680 0.012 0.068 0.056 0.180
#> GSM11504 4 0.702 0.2988 0.020 0.000 0.124 0.512 0.240 0.104
#> GSM11505 2 0.445 0.6094 0.000 0.764 0.000 0.056 0.108 0.072
#> GSM11506 2 0.728 0.3010 0.000 0.448 0.008 0.240 0.188 0.116
#> GSM11507 2 0.468 0.5102 0.004 0.692 0.000 0.240 0.028 0.036
#> GSM11508 3 0.532 0.5681 0.000 0.000 0.664 0.076 0.204 0.056
#> GSM11509 5 0.533 -0.1139 0.012 0.000 0.416 0.016 0.516 0.040
#> GSM11510 4 0.733 0.1819 0.004 0.292 0.008 0.396 0.228 0.072
#> GSM11511 1 0.660 0.2711 0.492 0.044 0.032 0.000 0.340 0.092
#> GSM11512 4 0.418 0.5477 0.008 0.004 0.064 0.804 0.060 0.060
#> GSM11513 3 0.505 0.5524 0.000 0.000 0.660 0.032 0.244 0.064
#> GSM11514 4 0.748 0.4220 0.012 0.128 0.084 0.516 0.048 0.212
#> GSM11515 3 0.616 0.3485 0.000 0.000 0.524 0.064 0.316 0.096
#> GSM11516 1 0.581 0.4702 0.652 0.172 0.004 0.008 0.052 0.112
#> GSM11517 3 0.425 0.5950 0.004 0.000 0.732 0.048 0.208 0.008
#> GSM11518 5 0.630 0.4058 0.020 0.044 0.176 0.016 0.628 0.116
#> GSM11519 1 0.430 0.5543 0.776 0.032 0.004 0.032 0.012 0.144
#> GSM11520 1 0.229 0.5760 0.912 0.000 0.020 0.024 0.008 0.036
#> GSM11521 4 0.484 0.5499 0.000 0.068 0.064 0.764 0.068 0.036
#> GSM11522 1 0.734 0.1008 0.404 0.032 0.356 0.000 0.108 0.100
#> GSM11523 1 0.332 0.5565 0.848 0.000 0.028 0.004 0.044 0.076
#> GSM11524 3 0.548 0.5421 0.012 0.000 0.680 0.164 0.096 0.048
#> GSM11525 2 0.496 0.5692 0.000 0.692 0.004 0.048 0.212 0.044
#> GSM11526 5 0.838 -0.0640 0.036 0.004 0.184 0.256 0.272 0.248
#> GSM11527 2 0.689 0.3204 0.000 0.500 0.008 0.252 0.148 0.092
#> GSM11528 2 0.658 0.4757 0.008 0.564 0.008 0.224 0.132 0.064
#> GSM11529 2 0.711 0.3659 0.216 0.488 0.000 0.012 0.188 0.096
#> GSM11530 3 0.482 0.5756 0.064 0.032 0.768 0.016 0.020 0.100
#> GSM11531 2 0.576 0.5310 0.052 0.644 0.012 0.004 0.216 0.072
#> GSM11532 3 0.500 0.6070 0.012 0.008 0.744 0.100 0.096 0.040
#> GSM11533 2 0.590 0.5646 0.156 0.648 0.004 0.004 0.080 0.108
#> GSM11534 1 0.733 0.4609 0.584 0.096 0.028 0.072 0.120 0.100
#> GSM11535 2 0.651 0.4947 0.108 0.592 0.012 0.008 0.200 0.080
#> GSM11536 4 0.336 0.5669 0.000 0.044 0.040 0.856 0.016 0.044
#> GSM11537 2 0.513 0.5989 0.052 0.744 0.004 0.048 0.044 0.108
#> GSM11538 4 0.662 0.4642 0.036 0.108 0.072 0.600 0.004 0.180
#> GSM11539 2 0.385 0.5964 0.008 0.788 0.000 0.036 0.012 0.156
#> GSM11540 2 0.460 0.6200 0.000 0.764 0.016 0.068 0.036 0.116
#> GSM11541 4 0.669 0.2309 0.288 0.000 0.068 0.500 0.008 0.136
#> GSM11542 2 0.610 0.5231 0.012 0.624 0.008 0.212 0.072 0.072
#> GSM11543 5 0.727 0.2729 0.104 0.024 0.036 0.224 0.540 0.072
#> GSM11544 1 0.616 0.4875 0.608 0.052 0.036 0.020 0.028 0.256
#> GSM11545 2 0.836 0.0177 0.216 0.332 0.028 0.100 0.032 0.292
#> GSM11546 2 0.670 -0.0830 0.008 0.424 0.060 0.040 0.044 0.424
#> GSM11547 6 0.702 0.0717 0.016 0.380 0.084 0.008 0.088 0.424
#> GSM11548 3 0.559 0.4316 0.000 0.004 0.564 0.028 0.332 0.072
#> GSM11549 1 0.565 0.3289 0.624 0.000 0.044 0.008 0.076 0.248
#> GSM11550 1 0.630 0.4054 0.628 0.000 0.052 0.048 0.108 0.164
#> GSM11551 5 0.846 0.2473 0.168 0.056 0.160 0.036 0.436 0.144
#> GSM11552 3 0.532 0.2338 0.044 0.000 0.572 0.024 0.008 0.352
#> GSM11553 2 0.590 0.5518 0.012 0.664 0.028 0.068 0.044 0.184
#> GSM11554 2 0.360 0.6292 0.000 0.836 0.012 0.036 0.036 0.080
#> GSM11555 4 0.690 0.4518 0.044 0.068 0.112 0.588 0.012 0.176
#> GSM11556 1 0.831 0.0410 0.348 0.000 0.220 0.200 0.056 0.176
#> GSM11557 2 0.389 0.6165 0.028 0.808 0.000 0.004 0.068 0.092
#> GSM11558 2 0.465 0.4570 0.004 0.656 0.000 0.288 0.008 0.044
#> GSM11559 2 0.557 0.5597 0.088 0.692 0.008 0.016 0.044 0.152
#> GSM11560 6 0.617 0.4721 0.220 0.020 0.168 0.008 0.008 0.576
#> GSM11561 2 0.575 0.3475 0.004 0.568 0.000 0.292 0.020 0.116
#> GSM11562 2 0.598 0.5581 0.028 0.676 0.044 0.028 0.064 0.160
#> GSM11563 1 0.856 0.3219 0.432 0.088 0.092 0.056 0.108 0.224
#> GSM11564 4 0.669 0.4657 0.072 0.076 0.016 0.616 0.048 0.172
#> GSM11565 1 0.522 0.5333 0.724 0.044 0.016 0.004 0.104 0.108
#> GSM11566 4 0.638 0.2739 0.000 0.296 0.004 0.456 0.016 0.228
#> GSM11567 4 0.575 0.5275 0.008 0.024 0.112 0.696 0.084 0.076
#> GSM11568 1 0.636 0.4501 0.616 0.156 0.016 0.004 0.076 0.132
#> GSM11569 2 0.393 0.6184 0.008 0.812 0.004 0.092 0.020 0.064
#> GSM11570 3 0.537 0.3504 0.056 0.000 0.616 0.048 0.000 0.280
#> GSM11571 1 0.634 -0.0720 0.416 0.248 0.008 0.000 0.004 0.324
#> GSM11572 4 0.807 0.1389 0.036 0.340 0.068 0.380 0.048 0.128
#> GSM11573 4 0.827 0.2634 0.128 0.172 0.040 0.400 0.020 0.240
#> GSM11574 2 0.593 0.5612 0.080 0.676 0.016 0.032 0.040 0.156
#> GSM11575 2 0.812 0.1611 0.148 0.392 0.044 0.004 0.172 0.240
#> GSM11576 1 0.493 0.2269 0.556 0.004 0.040 0.008 0.000 0.392
#> GSM11577 1 0.616 0.1409 0.488 0.364 0.000 0.076 0.000 0.072
#> GSM11578 2 0.729 0.2756 0.248 0.456 0.024 0.020 0.028 0.224
#> GSM11579 4 0.738 0.2570 0.000 0.212 0.064 0.456 0.036 0.232
#> GSM11580 2 0.595 0.3978 0.140 0.592 0.004 0.020 0.008 0.236
#> GSM11581 3 0.483 0.5776 0.008 0.000 0.728 0.140 0.100 0.024
#> GSM11582 4 0.752 -0.0509 0.148 0.000 0.244 0.336 0.000 0.272
#> GSM11583 6 0.723 0.4483 0.036 0.056 0.284 0.056 0.052 0.516
#> GSM11584 4 0.622 0.1378 0.000 0.012 0.420 0.448 0.068 0.052
#> GSM11585 2 0.383 0.6231 0.060 0.824 0.004 0.004 0.048 0.060
#> GSM11586 1 0.493 0.5550 0.764 0.004 0.048 0.076 0.044 0.064
#> GSM11587 1 0.312 0.5364 0.848 0.000 0.024 0.000 0.028 0.100
#> GSM11588 1 0.818 0.3788 0.436 0.108 0.032 0.152 0.040 0.232
#> GSM11589 4 0.776 0.1465 0.104 0.224 0.024 0.404 0.004 0.240
#> GSM11590 1 0.407 0.5751 0.812 0.012 0.032 0.036 0.012 0.096
#> GSM11591 2 0.315 0.6314 0.060 0.860 0.000 0.008 0.016 0.056
#> GSM11592 1 0.564 0.4894 0.664 0.000 0.084 0.012 0.180 0.060
#> GSM11593 1 0.201 0.5775 0.916 0.016 0.000 0.012 0.000 0.056
#> GSM11594 1 0.593 0.5106 0.664 0.008 0.068 0.052 0.032 0.176
#> GSM11595 5 0.890 0.1515 0.148 0.168 0.164 0.004 0.296 0.220
#> GSM11596 2 0.659 0.2092 0.004 0.516 0.076 0.044 0.036 0.324
#> GSM11597 3 0.645 0.2052 0.040 0.004 0.452 0.008 0.388 0.108
#> GSM11598 1 0.637 0.4504 0.580 0.040 0.040 0.048 0.016 0.276
#> GSM11599 3 0.376 0.6332 0.004 0.000 0.816 0.068 0.088 0.024
#> GSM11600 4 0.631 0.2892 0.092 0.000 0.104 0.552 0.000 0.252
#> GSM11601 5 0.796 0.2153 0.040 0.256 0.176 0.004 0.404 0.120
#> GSM11602 1 0.510 0.3264 0.632 0.000 0.048 0.016 0.012 0.292
#> GSM11603 1 0.373 0.4975 0.800 0.000 0.028 0.012 0.012 0.148
#> GSM11604 3 0.531 0.5897 0.116 0.000 0.716 0.028 0.096 0.044
#> GSM11605 4 0.660 0.2255 0.132 0.000 0.088 0.532 0.004 0.244
#> GSM11606 2 0.653 0.4955 0.100 0.612 0.020 0.020 0.060 0.188
#> GSM11607 1 0.536 0.4410 0.624 0.052 0.016 0.024 0.000 0.284
#> GSM11608 3 0.503 0.4081 0.084 0.000 0.660 0.020 0.000 0.236
#> GSM11609 4 0.505 0.5536 0.000 0.044 0.132 0.736 0.044 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:NMF 163 0.0635 2
#> CV:NMF 128 0.0908 3
#> CV:NMF 99 0.0394 4
#> CV:NMF 78 0.0773 5
#> CV:NMF 64 0.0165 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0148 0.438 0.694 0.4008 0.675 0.675
#> 3 3 0.0235 0.202 0.526 0.4310 0.736 0.641
#> 4 4 0.0592 0.288 0.500 0.1716 0.650 0.412
#> 5 5 0.1439 0.333 0.529 0.0853 0.876 0.638
#> 6 6 0.2394 0.262 0.531 0.0575 0.947 0.810
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.998 0.4734 0.528 0.472
#> GSM11438 2 0.662 0.5739 0.172 0.828
#> GSM11439 2 0.955 0.3449 0.376 0.624
#> GSM11440 2 0.866 0.4653 0.288 0.712
#> GSM11441 2 0.958 0.2611 0.380 0.620
#> GSM11442 2 0.844 0.5212 0.272 0.728
#> GSM11443 2 0.574 0.5827 0.136 0.864
#> GSM11444 2 0.886 0.4226 0.304 0.696
#> GSM11445 2 0.895 0.4201 0.312 0.688
#> GSM11446 2 0.978 0.2297 0.412 0.588
#> GSM11447 2 0.949 0.3606 0.368 0.632
#> GSM11448 2 0.991 -0.0184 0.444 0.556
#> GSM11449 2 0.808 0.5117 0.248 0.752
#> GSM11450 1 0.991 0.4230 0.556 0.444
#> GSM11451 2 0.584 0.5780 0.140 0.860
#> GSM11452 2 0.644 0.5534 0.164 0.836
#> GSM11453 1 0.985 0.6476 0.572 0.428
#> GSM11454 2 0.981 0.1020 0.420 0.580
#> GSM11455 2 0.722 0.5938 0.200 0.800
#> GSM11456 2 0.900 0.4153 0.316 0.684
#> GSM11457 2 0.469 0.5793 0.100 0.900
#> GSM11458 2 1.000 -0.3223 0.500 0.500
#> GSM11459 2 0.963 0.2708 0.388 0.612
#> GSM11460 1 0.999 0.4133 0.520 0.480
#> GSM11461 2 0.996 -0.3287 0.464 0.536
#> GSM11462 2 0.969 0.2141 0.396 0.604
#> GSM11463 2 0.563 0.5722 0.132 0.868
#> GSM11464 1 0.952 0.6033 0.628 0.372
#> GSM11465 2 0.939 0.3086 0.356 0.644
#> GSM11466 2 0.949 0.3607 0.368 0.632
#> GSM11467 1 0.994 0.4966 0.544 0.456
#> GSM11468 2 0.917 0.3785 0.332 0.668
#> GSM11469 2 0.917 0.3785 0.332 0.668
#> GSM11470 1 0.855 0.6347 0.720 0.280
#> GSM11471 2 0.969 0.2609 0.396 0.604
#> GSM11472 2 0.932 0.4172 0.348 0.652
#> GSM11473 2 0.861 0.5066 0.284 0.716
#> GSM11474 2 0.706 0.5744 0.192 0.808
#> GSM11475 2 0.821 0.5070 0.256 0.744
#> GSM11476 2 0.730 0.5413 0.204 0.796
#> GSM11477 2 0.529 0.5773 0.120 0.880
#> GSM11478 2 0.595 0.5563 0.144 0.856
#> GSM11479 2 0.861 0.5343 0.284 0.716
#> GSM11480 2 0.541 0.5569 0.124 0.876
#> GSM11481 2 0.781 0.5422 0.232 0.768
#> GSM11482 2 0.808 0.5671 0.248 0.752
#> GSM11483 2 0.808 0.5167 0.248 0.752
#> GSM11484 2 0.802 0.5413 0.244 0.756
#> GSM11485 2 0.767 0.5055 0.224 0.776
#> GSM11486 2 0.781 0.5537 0.232 0.768
#> GSM11487 1 0.998 0.5497 0.528 0.472
#> GSM11488 2 0.753 0.5511 0.216 0.784
#> GSM11489 2 0.904 0.4839 0.320 0.680
#> GSM11490 2 0.955 0.3400 0.376 0.624
#> GSM11491 1 0.963 0.6642 0.612 0.388
#> GSM11492 2 0.821 0.5364 0.256 0.744
#> GSM11493 2 0.738 0.5507 0.208 0.792
#> GSM11494 2 0.844 0.5692 0.272 0.728
#> GSM11495 2 0.904 0.5082 0.320 0.680
#> GSM11496 2 0.913 0.4595 0.328 0.672
#> GSM11497 2 0.850 0.4287 0.276 0.724
#> GSM11498 2 0.781 0.5471 0.232 0.768
#> GSM11499 2 0.760 0.5450 0.220 0.780
#> GSM11500 2 0.781 0.5678 0.232 0.768
#> GSM11501 2 0.689 0.5268 0.184 0.816
#> GSM11502 2 0.518 0.5670 0.116 0.884
#> GSM11503 2 0.615 0.5831 0.152 0.848
#> GSM11504 2 0.995 -0.2045 0.460 0.540
#> GSM11505 2 0.518 0.5810 0.116 0.884
#> GSM11506 2 0.839 0.4463 0.268 0.732
#> GSM11507 2 0.722 0.5108 0.200 0.800
#> GSM11508 2 0.936 0.3618 0.352 0.648
#> GSM11509 2 0.987 0.2416 0.432 0.568
#> GSM11510 2 0.730 0.5727 0.204 0.796
#> GSM11511 1 0.998 0.4259 0.524 0.476
#> GSM11512 1 0.999 0.4280 0.520 0.480
#> GSM11513 2 0.949 0.3379 0.368 0.632
#> GSM11514 2 0.788 0.5560 0.236 0.764
#> GSM11515 2 0.900 0.4595 0.316 0.684
#> GSM11516 2 0.932 0.2021 0.348 0.652
#> GSM11517 2 0.971 0.1251 0.400 0.600
#> GSM11518 2 0.963 0.1977 0.388 0.612
#> GSM11519 1 0.983 0.6520 0.576 0.424
#> GSM11520 1 0.999 0.5388 0.516 0.484
#> GSM11521 2 0.706 0.5222 0.192 0.808
#> GSM11522 2 0.929 0.3276 0.344 0.656
#> GSM11523 1 0.850 0.6232 0.724 0.276
#> GSM11524 2 0.971 0.2477 0.400 0.600
#> GSM11525 2 0.574 0.5630 0.136 0.864
#> GSM11526 1 0.999 0.4178 0.516 0.484
#> GSM11527 2 0.482 0.5828 0.104 0.896
#> GSM11528 2 0.697 0.5716 0.188 0.812
#> GSM11529 2 0.689 0.5670 0.184 0.816
#> GSM11530 2 0.886 0.4211 0.304 0.696
#> GSM11531 2 0.552 0.5755 0.128 0.872
#> GSM11532 2 0.943 0.3410 0.360 0.640
#> GSM11533 2 0.689 0.5324 0.184 0.816
#> GSM11534 2 0.980 0.1131 0.416 0.584
#> GSM11535 2 0.680 0.5371 0.180 0.820
#> GSM11536 2 0.814 0.5335 0.252 0.748
#> GSM11537 2 0.482 0.5807 0.104 0.896
#> GSM11538 2 0.886 0.3678 0.304 0.696
#> GSM11539 2 0.506 0.5823 0.112 0.888
#> GSM11540 2 0.552 0.5823 0.128 0.872
#> GSM11541 1 0.999 0.4193 0.516 0.484
#> GSM11542 2 0.697 0.5716 0.188 0.812
#> GSM11543 2 0.993 0.1617 0.452 0.548
#> GSM11544 1 0.995 0.5955 0.540 0.460
#> GSM11545 1 0.997 0.5831 0.532 0.468
#> GSM11546 2 0.904 0.3040 0.320 0.680
#> GSM11547 2 0.788 0.4912 0.236 0.764
#> GSM11548 2 0.955 0.3043 0.376 0.624
#> GSM11549 1 0.995 0.4072 0.540 0.460
#> GSM11550 2 0.998 -0.1831 0.476 0.524
#> GSM11551 2 0.998 -0.1680 0.476 0.524
#> GSM11552 2 0.973 0.1948 0.404 0.596
#> GSM11553 2 0.706 0.5382 0.192 0.808
#> GSM11554 2 0.662 0.5521 0.172 0.828
#> GSM11555 2 0.821 0.5364 0.256 0.744
#> GSM11556 2 0.821 0.5364 0.256 0.744
#> GSM11557 2 0.482 0.5754 0.104 0.896
#> GSM11558 2 0.671 0.5402 0.176 0.824
#> GSM11559 2 0.876 0.4602 0.296 0.704
#> GSM11560 1 0.966 0.6435 0.608 0.392
#> GSM11561 2 0.680 0.5348 0.180 0.820
#> GSM11562 2 0.506 0.5808 0.112 0.888
#> GSM11563 2 0.998 -0.1204 0.476 0.524
#> GSM11564 2 0.998 -0.2741 0.476 0.524
#> GSM11565 1 0.991 0.3260 0.556 0.444
#> GSM11566 2 0.563 0.5597 0.132 0.868
#> GSM11567 2 0.745 0.5513 0.212 0.788
#> GSM11568 2 0.990 -0.1372 0.440 0.560
#> GSM11569 2 0.506 0.5813 0.112 0.888
#> GSM11570 2 0.973 0.1948 0.404 0.596
#> GSM11571 2 0.795 0.4893 0.240 0.760
#> GSM11572 2 0.876 0.4502 0.296 0.704
#> GSM11573 1 0.997 0.5831 0.532 0.468
#> GSM11574 2 0.722 0.5232 0.200 0.800
#> GSM11575 2 0.936 0.3671 0.352 0.648
#> GSM11576 1 0.949 0.6529 0.632 0.368
#> GSM11577 2 0.855 0.4034 0.280 0.720
#> GSM11578 2 0.738 0.5249 0.208 0.792
#> GSM11579 2 0.574 0.5702 0.136 0.864
#> GSM11580 2 0.855 0.4128 0.280 0.720
#> GSM11581 2 0.973 0.2396 0.404 0.596
#> GSM11582 1 0.999 0.4187 0.516 0.484
#> GSM11583 2 0.939 0.1758 0.356 0.644
#> GSM11584 2 0.722 0.5439 0.200 0.800
#> GSM11585 2 0.584 0.5583 0.140 0.860
#> GSM11586 1 0.925 0.5999 0.660 0.340
#> GSM11587 1 0.850 0.6232 0.724 0.276
#> GSM11588 1 0.995 0.5993 0.540 0.460
#> GSM11589 2 0.738 0.5495 0.208 0.792
#> GSM11590 1 0.943 0.6640 0.640 0.360
#> GSM11591 2 0.574 0.5604 0.136 0.864
#> GSM11592 1 0.936 0.5605 0.648 0.352
#> GSM11593 1 0.943 0.6640 0.640 0.360
#> GSM11594 1 0.969 0.6672 0.604 0.396
#> GSM11595 2 0.943 0.2961 0.360 0.640
#> GSM11596 2 0.745 0.5438 0.212 0.788
#> GSM11597 2 0.949 0.2911 0.368 0.632
#> GSM11598 1 0.993 0.6049 0.548 0.452
#> GSM11599 2 0.966 0.2627 0.392 0.608
#> GSM11600 2 0.781 0.5422 0.232 0.768
#> GSM11601 2 0.943 0.3100 0.360 0.640
#> GSM11602 1 0.855 0.6252 0.720 0.280
#> GSM11603 1 0.850 0.6232 0.724 0.276
#> GSM11604 2 0.978 0.2132 0.412 0.588
#> GSM11605 2 0.966 0.1111 0.392 0.608
#> GSM11606 2 0.753 0.5108 0.216 0.784
#> GSM11607 1 0.993 0.6049 0.548 0.452
#> GSM11608 2 0.966 0.2230 0.392 0.608
#> GSM11609 2 0.680 0.5452 0.180 0.820
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.912 0.27155 0.544 0.256 0.200
#> GSM11438 2 0.770 0.31131 0.084 0.644 0.272
#> GSM11439 2 0.969 -0.07733 0.376 0.408 0.216
#> GSM11440 2 0.920 0.18755 0.280 0.528 0.192
#> GSM11441 1 0.985 -0.11090 0.396 0.352 0.252
#> GSM11442 2 0.957 0.10244 0.280 0.480 0.240
#> GSM11443 2 0.639 0.39612 0.124 0.768 0.108
#> GSM11444 2 0.916 0.16903 0.328 0.508 0.164
#> GSM11445 2 0.924 0.16006 0.328 0.500 0.172
#> GSM11446 1 0.967 0.06153 0.424 0.360 0.216
#> GSM11447 2 0.967 -0.06812 0.376 0.412 0.212
#> GSM11448 1 0.957 -0.24855 0.440 0.360 0.200
#> GSM11449 2 0.820 0.27841 0.284 0.608 0.108
#> GSM11450 1 0.886 0.04046 0.576 0.232 0.192
#> GSM11451 2 0.574 0.41360 0.092 0.804 0.104
#> GSM11452 2 0.648 0.38741 0.184 0.748 0.068
#> GSM11453 1 0.547 0.42591 0.800 0.160 0.040
#> GSM11454 1 0.951 0.15933 0.468 0.328 0.204
#> GSM11455 2 0.844 0.30520 0.160 0.616 0.224
#> GSM11456 2 0.905 0.10699 0.332 0.516 0.152
#> GSM11457 2 0.588 0.39327 0.064 0.788 0.148
#> GSM11458 1 0.904 0.27254 0.544 0.280 0.176
#> GSM11459 1 0.973 0.03714 0.420 0.352 0.228
#> GSM11460 1 0.939 0.24266 0.508 0.268 0.224
#> GSM11461 1 0.855 0.25732 0.568 0.312 0.120
#> GSM11462 2 0.933 -0.07187 0.408 0.428 0.164
#> GSM11463 2 0.649 0.38553 0.192 0.744 0.064
#> GSM11464 1 0.772 0.32025 0.680 0.152 0.168
#> GSM11465 2 0.945 -0.00204 0.384 0.436 0.180
#> GSM11466 2 0.962 -0.00788 0.344 0.444 0.212
#> GSM11467 1 0.907 0.28151 0.552 0.244 0.204
#> GSM11468 2 0.954 0.06341 0.364 0.440 0.196
#> GSM11469 2 0.954 0.06341 0.364 0.440 0.196
#> GSM11470 1 0.389 0.34257 0.884 0.032 0.084
#> GSM11471 1 0.957 -0.06449 0.416 0.388 0.196
#> GSM11472 2 0.954 0.03358 0.380 0.428 0.192
#> GSM11473 2 0.930 -0.02392 0.244 0.524 0.232
#> GSM11474 2 0.746 0.32761 0.112 0.692 0.196
#> GSM11475 2 0.904 0.21728 0.280 0.544 0.176
#> GSM11476 2 0.787 0.20021 0.064 0.568 0.368
#> GSM11477 2 0.579 0.40582 0.116 0.800 0.084
#> GSM11478 2 0.536 0.35575 0.032 0.800 0.168
#> GSM11479 2 0.888 0.13580 0.212 0.576 0.212
#> GSM11480 2 0.469 0.35921 0.012 0.820 0.168
#> GSM11481 2 0.857 0.25027 0.128 0.576 0.296
#> GSM11482 2 0.839 0.25463 0.112 0.584 0.304
#> GSM11483 2 0.779 0.14029 0.064 0.588 0.348
#> GSM11484 2 0.864 0.21567 0.116 0.540 0.344
#> GSM11485 2 0.762 0.12940 0.048 0.560 0.392
#> GSM11486 2 0.804 0.25116 0.116 0.636 0.248
#> GSM11487 1 0.738 0.37957 0.684 0.228 0.088
#> GSM11488 2 0.842 0.25505 0.108 0.572 0.320
#> GSM11489 2 0.939 -0.01695 0.304 0.496 0.200
#> GSM11490 2 0.969 -0.07637 0.376 0.408 0.216
#> GSM11491 1 0.507 0.42150 0.828 0.128 0.044
#> GSM11492 2 0.884 0.21298 0.136 0.536 0.328
#> GSM11493 2 0.803 0.23451 0.080 0.584 0.336
#> GSM11494 2 0.922 0.16937 0.200 0.528 0.272
#> GSM11495 2 0.949 -0.06542 0.244 0.496 0.260
#> GSM11496 2 0.958 -0.03358 0.272 0.480 0.248
#> GSM11497 2 0.798 0.24598 0.356 0.572 0.072
#> GSM11498 2 0.836 0.29243 0.216 0.624 0.160
#> GSM11499 2 0.798 0.18885 0.076 0.584 0.340
#> GSM11500 2 0.872 0.20200 0.152 0.576 0.272
#> GSM11501 2 0.714 0.23173 0.040 0.632 0.328
#> GSM11502 2 0.566 0.40903 0.152 0.796 0.052
#> GSM11503 2 0.666 0.37506 0.096 0.748 0.156
#> GSM11504 1 0.986 0.12542 0.412 0.316 0.272
#> GSM11505 2 0.619 0.39430 0.084 0.776 0.140
#> GSM11506 2 0.645 0.11756 0.008 0.608 0.384
#> GSM11507 2 0.631 0.21603 0.016 0.676 0.308
#> GSM11508 1 0.979 0.04160 0.384 0.380 0.236
#> GSM11509 1 0.991 -0.21657 0.388 0.340 0.272
#> GSM11510 2 0.822 0.32309 0.188 0.640 0.172
#> GSM11511 1 0.901 -0.01694 0.556 0.256 0.188
#> GSM11512 1 0.934 0.25042 0.516 0.264 0.220
#> GSM11513 1 0.980 0.01448 0.400 0.360 0.240
#> GSM11514 2 0.860 0.22773 0.124 0.564 0.312
#> GSM11515 2 0.982 -0.00903 0.344 0.408 0.248
#> GSM11516 2 0.824 0.06218 0.416 0.508 0.076
#> GSM11517 1 0.940 0.16209 0.480 0.332 0.188
#> GSM11518 1 0.979 -0.13585 0.428 0.316 0.256
#> GSM11519 1 0.541 0.42500 0.804 0.156 0.040
#> GSM11520 1 0.635 0.40088 0.744 0.204 0.052
#> GSM11521 2 0.729 0.21423 0.040 0.604 0.356
#> GSM11522 2 0.918 0.02346 0.404 0.448 0.148
#> GSM11523 1 0.426 0.31076 0.868 0.036 0.096
#> GSM11524 1 0.969 0.02933 0.404 0.380 0.216
#> GSM11525 2 0.536 0.36034 0.032 0.800 0.168
#> GSM11526 1 0.938 0.24397 0.512 0.260 0.228
#> GSM11527 2 0.600 0.39822 0.072 0.784 0.144
#> GSM11528 2 0.762 0.35026 0.160 0.688 0.152
#> GSM11529 2 0.646 0.38760 0.128 0.764 0.108
#> GSM11530 2 0.923 0.16321 0.316 0.508 0.176
#> GSM11531 2 0.606 0.40587 0.160 0.776 0.064
#> GSM11532 2 0.924 0.07967 0.368 0.472 0.160
#> GSM11533 2 0.680 0.37152 0.204 0.724 0.072
#> GSM11534 2 0.956 -0.20290 0.372 0.432 0.196
#> GSM11535 2 0.722 0.33527 0.244 0.684 0.072
#> GSM11536 2 0.870 0.21659 0.124 0.544 0.332
#> GSM11537 2 0.551 0.41311 0.092 0.816 0.092
#> GSM11538 2 0.971 0.04694 0.256 0.452 0.292
#> GSM11539 2 0.628 0.40332 0.176 0.760 0.064
#> GSM11540 2 0.576 0.38973 0.064 0.796 0.140
#> GSM11541 1 0.936 0.24917 0.512 0.268 0.220
#> GSM11542 2 0.762 0.35026 0.160 0.688 0.152
#> GSM11543 3 0.970 0.00000 0.240 0.312 0.448
#> GSM11544 1 0.698 0.40244 0.708 0.220 0.072
#> GSM11545 1 0.719 0.40288 0.696 0.224 0.080
#> GSM11546 2 0.883 0.11433 0.384 0.496 0.120
#> GSM11547 2 0.859 0.20827 0.332 0.552 0.116
#> GSM11548 1 0.967 -0.04889 0.396 0.392 0.212
#> GSM11549 1 0.883 0.13966 0.580 0.224 0.196
#> GSM11550 1 0.930 -0.00407 0.512 0.292 0.196
#> GSM11551 1 0.931 0.04129 0.516 0.276 0.208
#> GSM11552 1 0.927 0.07678 0.428 0.416 0.156
#> GSM11553 2 0.734 0.35879 0.232 0.684 0.084
#> GSM11554 2 0.685 0.37437 0.224 0.712 0.064
#> GSM11555 2 0.884 0.21298 0.136 0.536 0.328
#> GSM11556 2 0.884 0.21298 0.136 0.536 0.328
#> GSM11557 2 0.560 0.40594 0.148 0.800 0.052
#> GSM11558 2 0.598 0.27260 0.020 0.728 0.252
#> GSM11559 2 0.884 0.15710 0.328 0.536 0.136
#> GSM11560 1 0.689 0.39100 0.736 0.152 0.112
#> GSM11561 2 0.613 0.25532 0.020 0.712 0.268
#> GSM11562 2 0.566 0.41040 0.096 0.808 0.096
#> GSM11563 1 0.932 0.04945 0.504 0.304 0.192
#> GSM11564 1 0.886 0.21355 0.544 0.312 0.144
#> GSM11565 1 0.968 -0.43147 0.432 0.220 0.348
#> GSM11566 2 0.568 0.35635 0.032 0.776 0.192
#> GSM11567 2 0.811 0.23358 0.084 0.580 0.336
#> GSM11568 1 0.875 0.02027 0.508 0.376 0.116
#> GSM11569 2 0.543 0.41261 0.092 0.820 0.088
#> GSM11570 1 0.927 0.07678 0.428 0.416 0.156
#> GSM11571 2 0.771 0.32475 0.264 0.648 0.088
#> GSM11572 2 0.903 0.09852 0.328 0.520 0.152
#> GSM11573 1 0.719 0.40288 0.696 0.224 0.080
#> GSM11574 2 0.704 0.34465 0.252 0.688 0.060
#> GSM11575 2 0.905 0.11040 0.360 0.496 0.144
#> GSM11576 1 0.663 0.39185 0.752 0.144 0.104
#> GSM11577 2 0.806 0.26624 0.328 0.588 0.084
#> GSM11578 2 0.716 0.34168 0.256 0.680 0.064
#> GSM11579 2 0.563 0.36865 0.032 0.780 0.188
#> GSM11580 2 0.797 0.27672 0.324 0.596 0.080
#> GSM11581 1 0.969 0.00939 0.408 0.376 0.216
#> GSM11582 1 0.937 0.24467 0.512 0.264 0.224
#> GSM11583 2 0.911 -0.10213 0.428 0.432 0.140
#> GSM11584 2 0.789 0.19596 0.064 0.564 0.372
#> GSM11585 2 0.585 0.39394 0.172 0.780 0.048
#> GSM11586 1 0.757 0.19770 0.688 0.128 0.184
#> GSM11587 1 0.426 0.31076 0.868 0.036 0.096
#> GSM11588 1 0.689 0.40323 0.708 0.228 0.064
#> GSM11589 2 0.792 0.33683 0.204 0.660 0.136
#> GSM11590 1 0.451 0.37957 0.860 0.092 0.048
#> GSM11591 2 0.575 0.39888 0.180 0.780 0.040
#> GSM11592 1 0.817 0.11554 0.640 0.148 0.212
#> GSM11593 1 0.451 0.37957 0.860 0.092 0.048
#> GSM11594 1 0.514 0.42126 0.824 0.132 0.044
#> GSM11595 2 0.942 -0.00839 0.388 0.436 0.176
#> GSM11596 2 0.756 0.36560 0.224 0.676 0.100
#> GSM11597 2 0.930 -0.01589 0.380 0.456 0.164
#> GSM11598 1 0.645 0.41017 0.744 0.196 0.060
#> GSM11599 1 0.954 0.08386 0.444 0.360 0.196
#> GSM11600 2 0.857 0.25027 0.128 0.576 0.296
#> GSM11601 2 0.929 0.00251 0.372 0.464 0.164
#> GSM11602 1 0.437 0.31077 0.864 0.040 0.096
#> GSM11603 1 0.426 0.31076 0.868 0.036 0.096
#> GSM11604 1 0.962 0.04450 0.420 0.376 0.204
#> GSM11605 2 0.923 -0.07787 0.416 0.432 0.152
#> GSM11606 2 0.723 0.32869 0.264 0.672 0.064
#> GSM11607 1 0.645 0.41017 0.744 0.196 0.060
#> GSM11608 2 0.933 -0.06109 0.404 0.432 0.164
#> GSM11609 2 0.779 0.21209 0.064 0.588 0.348
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 1 0.725 0.41366 0.664 0.116 0.096 0.124
#> GSM11438 2 0.885 -0.13126 0.068 0.452 0.240 0.240
#> GSM11439 3 0.735 0.41991 0.124 0.200 0.628 0.048
#> GSM11440 3 0.922 0.29940 0.140 0.292 0.424 0.144
#> GSM11441 3 0.843 0.42926 0.144 0.148 0.560 0.148
#> GSM11442 3 0.877 0.35683 0.104 0.256 0.492 0.148
#> GSM11443 2 0.607 0.47129 0.028 0.724 0.160 0.088
#> GSM11444 3 0.878 0.40011 0.164 0.284 0.468 0.084
#> GSM11445 3 0.875 0.39903 0.164 0.276 0.476 0.084
#> GSM11446 3 0.770 0.42713 0.164 0.168 0.608 0.060
#> GSM11447 3 0.751 0.41866 0.120 0.200 0.620 0.060
#> GSM11448 3 0.976 0.18355 0.232 0.252 0.348 0.168
#> GSM11449 2 0.843 -0.05424 0.136 0.496 0.296 0.072
#> GSM11450 1 0.918 0.12959 0.392 0.168 0.332 0.108
#> GSM11451 2 0.463 0.44071 0.076 0.828 0.040 0.056
#> GSM11452 2 0.447 0.51009 0.084 0.828 0.072 0.016
#> GSM11453 1 0.612 0.50766 0.700 0.160 0.132 0.008
#> GSM11454 3 0.789 0.40367 0.228 0.164 0.564 0.044
#> GSM11455 2 0.919 -0.11095 0.100 0.380 0.340 0.180
#> GSM11456 3 0.821 0.22300 0.128 0.392 0.432 0.048
#> GSM11457 2 0.530 0.44317 0.024 0.780 0.080 0.116
#> GSM11458 1 0.834 -0.09725 0.408 0.152 0.396 0.044
#> GSM11459 3 0.777 0.45910 0.164 0.184 0.596 0.056
#> GSM11460 1 0.736 0.39426 0.652 0.100 0.096 0.152
#> GSM11461 1 0.880 0.18442 0.484 0.236 0.196 0.084
#> GSM11462 3 0.949 0.19822 0.316 0.224 0.344 0.116
#> GSM11463 2 0.677 0.48089 0.096 0.684 0.168 0.052
#> GSM11464 1 0.656 0.46964 0.712 0.068 0.100 0.120
#> GSM11465 3 0.849 0.34832 0.168 0.324 0.456 0.052
#> GSM11466 3 0.924 0.42938 0.196 0.256 0.432 0.116
#> GSM11467 1 0.722 0.42489 0.664 0.116 0.084 0.136
#> GSM11468 3 0.887 0.40956 0.196 0.240 0.476 0.088
#> GSM11469 3 0.887 0.40956 0.196 0.240 0.476 0.088
#> GSM11470 1 0.554 0.50255 0.760 0.052 0.152 0.036
#> GSM11471 3 0.858 0.40032 0.156 0.276 0.492 0.076
#> GSM11472 3 0.977 0.17205 0.272 0.260 0.316 0.152
#> GSM11473 3 0.839 0.06403 0.060 0.356 0.452 0.132
#> GSM11474 2 0.735 0.34268 0.020 0.592 0.228 0.160
#> GSM11475 3 0.927 0.28098 0.148 0.316 0.400 0.136
#> GSM11476 4 0.892 0.64673 0.092 0.360 0.148 0.400
#> GSM11477 2 0.461 0.49804 0.032 0.828 0.072 0.068
#> GSM11478 2 0.546 0.38904 0.016 0.764 0.104 0.116
#> GSM11479 3 0.831 0.04774 0.040 0.364 0.436 0.160
#> GSM11480 2 0.507 0.26310 0.040 0.784 0.028 0.148
#> GSM11481 2 0.977 -0.43289 0.156 0.308 0.236 0.300
#> GSM11482 2 0.916 -0.47801 0.084 0.396 0.224 0.296
#> GSM11483 2 0.835 0.00742 0.020 0.412 0.304 0.264
#> GSM11484 3 0.972 -0.26362 0.144 0.300 0.316 0.240
#> GSM11485 4 0.844 0.38470 0.028 0.352 0.224 0.396
#> GSM11486 2 0.799 0.16771 0.016 0.456 0.336 0.192
#> GSM11487 1 0.777 0.43845 0.584 0.196 0.176 0.044
#> GSM11488 2 0.962 -0.43636 0.124 0.328 0.276 0.272
#> GSM11489 3 0.780 0.26581 0.064 0.348 0.512 0.076
#> GSM11490 3 0.739 0.42596 0.128 0.200 0.624 0.048
#> GSM11491 1 0.608 0.51332 0.704 0.132 0.156 0.008
#> GSM11492 3 0.974 -0.23977 0.152 0.300 0.316 0.232
#> GSM11493 4 0.916 0.61679 0.112 0.348 0.156 0.384
#> GSM11494 3 0.837 0.13830 0.032 0.312 0.448 0.208
#> GSM11495 3 0.835 0.22597 0.052 0.320 0.476 0.152
#> GSM11496 3 0.787 0.21399 0.060 0.296 0.544 0.100
#> GSM11497 2 0.800 0.31782 0.208 0.564 0.176 0.052
#> GSM11498 2 0.824 0.33485 0.104 0.568 0.200 0.128
#> GSM11499 2 0.855 -0.24311 0.032 0.400 0.240 0.328
#> GSM11500 2 0.874 0.01848 0.052 0.404 0.340 0.204
#> GSM11501 4 0.863 0.55593 0.060 0.388 0.160 0.392
#> GSM11502 2 0.401 0.50866 0.060 0.856 0.064 0.020
#> GSM11503 2 0.580 0.43396 0.056 0.760 0.072 0.112
#> GSM11504 1 0.821 0.23210 0.556 0.108 0.100 0.236
#> GSM11505 2 0.540 0.45038 0.020 0.772 0.104 0.104
#> GSM11506 2 0.637 -0.04706 0.024 0.556 0.028 0.392
#> GSM11507 2 0.606 0.02039 0.016 0.632 0.036 0.316
#> GSM11508 3 0.805 0.47548 0.148 0.184 0.584 0.084
#> GSM11509 3 0.700 0.41329 0.100 0.164 0.672 0.064
#> GSM11510 2 0.782 0.34513 0.084 0.608 0.172 0.136
#> GSM11511 1 0.953 0.10482 0.360 0.196 0.308 0.136
#> GSM11512 1 0.737 0.39779 0.652 0.104 0.096 0.148
#> GSM11513 3 0.802 0.46403 0.156 0.192 0.580 0.072
#> GSM11514 2 0.976 -0.41689 0.152 0.328 0.256 0.264
#> GSM11515 3 0.845 0.44878 0.148 0.208 0.544 0.100
#> GSM11516 2 0.771 0.24262 0.248 0.568 0.148 0.036
#> GSM11517 3 0.854 0.33509 0.272 0.212 0.468 0.048
#> GSM11518 3 0.920 0.30271 0.208 0.168 0.464 0.160
#> GSM11519 1 0.608 0.51094 0.704 0.156 0.132 0.008
#> GSM11520 1 0.769 0.35067 0.540 0.172 0.268 0.020
#> GSM11521 4 0.860 0.56550 0.064 0.380 0.148 0.408
#> GSM11522 3 0.947 0.35116 0.196 0.276 0.392 0.136
#> GSM11523 1 0.653 0.47335 0.692 0.068 0.188 0.052
#> GSM11524 3 0.748 0.45288 0.160 0.188 0.612 0.040
#> GSM11525 2 0.552 0.39401 0.016 0.760 0.108 0.116
#> GSM11526 1 0.741 0.39581 0.648 0.108 0.092 0.152
#> GSM11527 2 0.541 0.45478 0.024 0.772 0.124 0.080
#> GSM11528 2 0.759 0.37586 0.084 0.632 0.148 0.136
#> GSM11529 2 0.607 0.48735 0.072 0.744 0.116 0.068
#> GSM11530 3 0.890 0.37818 0.176 0.280 0.456 0.088
#> GSM11531 2 0.543 0.51035 0.064 0.772 0.132 0.032
#> GSM11532 3 0.953 0.36343 0.200 0.280 0.380 0.140
#> GSM11533 2 0.489 0.51412 0.104 0.804 0.072 0.020
#> GSM11534 1 0.985 -0.14007 0.316 0.280 0.188 0.216
#> GSM11535 2 0.665 0.47230 0.124 0.692 0.144 0.040
#> GSM11536 3 0.975 -0.27280 0.148 0.300 0.304 0.248
#> GSM11537 2 0.489 0.44648 0.024 0.808 0.088 0.080
#> GSM11538 1 0.925 -0.25178 0.352 0.236 0.084 0.328
#> GSM11539 2 0.623 0.49757 0.072 0.724 0.152 0.052
#> GSM11540 2 0.628 0.35257 0.020 0.704 0.128 0.148
#> GSM11541 1 0.741 0.39294 0.648 0.104 0.096 0.152
#> GSM11542 2 0.759 0.37586 0.084 0.632 0.148 0.136
#> GSM11543 4 0.921 -0.07917 0.096 0.192 0.340 0.372
#> GSM11544 1 0.751 0.46839 0.604 0.184 0.176 0.036
#> GSM11545 1 0.767 0.46121 0.596 0.188 0.172 0.044
#> GSM11546 2 0.905 0.01285 0.296 0.408 0.220 0.076
#> GSM11547 2 0.885 0.08694 0.228 0.440 0.268 0.064
#> GSM11548 3 0.818 0.45431 0.136 0.216 0.564 0.084
#> GSM11549 1 0.919 0.04986 0.364 0.172 0.360 0.104
#> GSM11550 3 0.951 0.14548 0.280 0.216 0.376 0.128
#> GSM11551 3 0.912 0.19062 0.260 0.180 0.448 0.112
#> GSM11552 1 0.942 -0.20198 0.336 0.220 0.336 0.108
#> GSM11553 2 0.608 0.44084 0.112 0.708 0.168 0.012
#> GSM11554 2 0.570 0.46830 0.104 0.740 0.144 0.012
#> GSM11555 3 0.974 -0.23977 0.152 0.300 0.316 0.232
#> GSM11556 3 0.974 -0.23977 0.152 0.300 0.316 0.232
#> GSM11557 2 0.582 0.49741 0.056 0.748 0.148 0.048
#> GSM11558 2 0.546 0.16627 0.008 0.700 0.036 0.256
#> GSM11559 2 0.805 0.11311 0.156 0.520 0.284 0.040
#> GSM11560 1 0.628 0.49241 0.728 0.112 0.108 0.052
#> GSM11561 2 0.583 0.11987 0.012 0.676 0.044 0.268
#> GSM11562 2 0.508 0.43265 0.024 0.796 0.088 0.092
#> GSM11563 3 0.891 0.20467 0.276 0.236 0.424 0.064
#> GSM11564 1 0.905 0.19797 0.444 0.228 0.240 0.088
#> GSM11565 3 0.956 -0.01774 0.240 0.136 0.380 0.244
#> GSM11566 2 0.636 0.20641 0.072 0.712 0.052 0.164
#> GSM11567 4 0.919 0.61238 0.116 0.344 0.156 0.384
#> GSM11568 2 0.892 -0.05207 0.312 0.408 0.216 0.064
#> GSM11569 2 0.489 0.44804 0.024 0.808 0.084 0.084
#> GSM11570 1 0.942 -0.20198 0.336 0.220 0.336 0.108
#> GSM11571 2 0.630 0.46418 0.152 0.712 0.104 0.032
#> GSM11572 2 0.875 -0.07497 0.140 0.452 0.320 0.088
#> GSM11573 1 0.767 0.46121 0.596 0.188 0.172 0.044
#> GSM11574 2 0.610 0.46004 0.128 0.720 0.132 0.020
#> GSM11575 2 0.880 0.05067 0.192 0.468 0.264 0.076
#> GSM11576 1 0.628 0.50158 0.728 0.112 0.108 0.052
#> GSM11577 2 0.695 0.41837 0.236 0.640 0.084 0.040
#> GSM11578 2 0.625 0.45544 0.136 0.712 0.128 0.024
#> GSM11579 2 0.667 0.21167 0.072 0.696 0.072 0.160
#> GSM11580 2 0.684 0.42641 0.232 0.648 0.084 0.036
#> GSM11581 3 0.766 0.45668 0.156 0.196 0.600 0.048
#> GSM11582 1 0.740 0.39344 0.648 0.104 0.092 0.156
#> GSM11583 1 0.931 -0.10448 0.360 0.316 0.232 0.092
#> GSM11584 4 0.889 0.64697 0.092 0.360 0.144 0.404
#> GSM11585 2 0.394 0.51424 0.076 0.852 0.064 0.008
#> GSM11586 1 0.847 0.32762 0.488 0.124 0.308 0.080
#> GSM11587 1 0.653 0.47335 0.692 0.068 0.188 0.052
#> GSM11588 1 0.773 0.47359 0.596 0.192 0.160 0.052
#> GSM11589 2 0.751 0.32311 0.148 0.640 0.088 0.124
#> GSM11590 1 0.680 0.50183 0.672 0.116 0.176 0.036
#> GSM11591 2 0.386 0.51621 0.084 0.852 0.060 0.004
#> GSM11592 1 0.846 0.26524 0.444 0.100 0.368 0.088
#> GSM11593 1 0.680 0.50183 0.672 0.116 0.176 0.036
#> GSM11594 1 0.599 0.51511 0.704 0.140 0.152 0.004
#> GSM11595 3 0.849 0.34595 0.168 0.324 0.456 0.052
#> GSM11596 2 0.652 0.47571 0.120 0.708 0.124 0.048
#> GSM11597 3 0.794 0.44471 0.148 0.260 0.548 0.044
#> GSM11598 1 0.718 0.48863 0.644 0.160 0.156 0.040
#> GSM11599 3 0.764 0.44961 0.176 0.164 0.608 0.052
#> GSM11600 2 0.977 -0.43289 0.156 0.308 0.236 0.300
#> GSM11601 3 0.801 0.43892 0.144 0.268 0.540 0.048
#> GSM11602 1 0.657 0.47394 0.688 0.068 0.192 0.052
#> GSM11603 1 0.653 0.47335 0.692 0.068 0.188 0.052
#> GSM11604 3 0.744 0.44878 0.164 0.188 0.612 0.036
#> GSM11605 1 0.928 0.16334 0.420 0.268 0.116 0.196
#> GSM11606 2 0.643 0.43108 0.128 0.696 0.152 0.024
#> GSM11607 1 0.718 0.48863 0.644 0.160 0.156 0.040
#> GSM11608 3 0.950 0.19550 0.320 0.224 0.340 0.116
#> GSM11609 4 0.838 0.57947 0.084 0.380 0.096 0.440
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 1 0.718 0.29188 0.480 0.048 0.040 0.376 0.056
#> GSM11438 2 0.828 0.08219 0.032 0.416 0.228 0.264 0.060
#> GSM11439 3 0.526 0.37965 0.076 0.148 0.740 0.016 0.020
#> GSM11440 4 0.865 -0.16535 0.108 0.196 0.324 0.344 0.028
#> GSM11441 3 0.813 0.29274 0.076 0.104 0.540 0.112 0.168
#> GSM11442 3 0.743 0.35885 0.040 0.180 0.544 0.208 0.028
#> GSM11443 2 0.583 0.56883 0.036 0.700 0.184 0.036 0.044
#> GSM11444 3 0.837 0.25042 0.140 0.188 0.396 0.268 0.008
#> GSM11445 3 0.834 0.24912 0.136 0.184 0.400 0.272 0.008
#> GSM11446 3 0.645 0.44238 0.116 0.092 0.672 0.104 0.016
#> GSM11447 3 0.543 0.38260 0.076 0.148 0.732 0.028 0.016
#> GSM11448 5 0.940 0.32518 0.228 0.212 0.224 0.052 0.284
#> GSM11449 2 0.881 -0.05647 0.148 0.428 0.232 0.136 0.056
#> GSM11450 1 0.899 -0.23419 0.396 0.128 0.200 0.056 0.220
#> GSM11451 2 0.418 0.59739 0.052 0.820 0.036 0.088 0.004
#> GSM11452 2 0.428 0.60752 0.124 0.804 0.044 0.020 0.008
#> GSM11453 1 0.487 0.49391 0.768 0.104 0.044 0.084 0.000
#> GSM11454 3 0.726 0.43740 0.156 0.096 0.576 0.164 0.008
#> GSM11455 3 0.854 0.09140 0.052 0.316 0.340 0.244 0.048
#> GSM11456 2 0.880 -0.19506 0.164 0.352 0.336 0.076 0.072
#> GSM11457 2 0.547 0.60877 0.032 0.756 0.088 0.064 0.060
#> GSM11458 3 0.808 0.12163 0.376 0.084 0.384 0.132 0.024
#> GSM11459 3 0.736 0.40764 0.092 0.096 0.580 0.204 0.028
#> GSM11460 1 0.676 0.24993 0.452 0.036 0.020 0.432 0.060
#> GSM11461 1 0.864 0.14993 0.460 0.164 0.212 0.096 0.068
#> GSM11462 4 0.887 -0.06456 0.268 0.148 0.268 0.296 0.020
#> GSM11463 2 0.614 0.54683 0.112 0.668 0.176 0.020 0.024
#> GSM11464 1 0.627 0.39485 0.608 0.020 0.032 0.284 0.056
#> GSM11465 3 0.887 0.28759 0.184 0.280 0.384 0.080 0.072
#> GSM11466 3 0.896 0.36071 0.172 0.200 0.388 0.200 0.040
#> GSM11467 1 0.671 0.32547 0.512 0.048 0.020 0.372 0.048
#> GSM11468 3 0.861 0.24083 0.164 0.152 0.380 0.284 0.020
#> GSM11469 3 0.861 0.24083 0.164 0.152 0.380 0.284 0.020
#> GSM11470 1 0.393 0.42496 0.840 0.008 0.060 0.032 0.060
#> GSM11471 3 0.915 0.25955 0.196 0.228 0.384 0.088 0.104
#> GSM11472 4 0.930 0.05347 0.244 0.152 0.240 0.308 0.056
#> GSM11473 3 0.762 0.12433 0.052 0.300 0.492 0.028 0.128
#> GSM11474 2 0.725 0.46208 0.024 0.564 0.248 0.096 0.068
#> GSM11475 3 0.848 0.11605 0.112 0.228 0.328 0.320 0.012
#> GSM11476 4 0.768 0.42382 0.012 0.288 0.092 0.488 0.120
#> GSM11477 2 0.475 0.62165 0.056 0.800 0.072 0.048 0.024
#> GSM11478 2 0.553 0.57948 0.020 0.744 0.104 0.080 0.052
#> GSM11479 3 0.812 0.10917 0.032 0.324 0.436 0.112 0.096
#> GSM11480 2 0.413 0.50649 0.000 0.796 0.024 0.148 0.032
#> GSM11481 4 0.601 0.48836 0.028 0.204 0.100 0.660 0.008
#> GSM11482 4 0.813 0.28896 0.024 0.324 0.176 0.408 0.068
#> GSM11483 2 0.811 0.15228 0.008 0.392 0.336 0.120 0.144
#> GSM11484 4 0.634 0.45526 0.020 0.180 0.184 0.612 0.004
#> GSM11485 4 0.825 0.22944 0.000 0.284 0.216 0.364 0.136
#> GSM11486 2 0.776 0.16972 0.024 0.416 0.384 0.088 0.088
#> GSM11487 1 0.719 0.44224 0.596 0.128 0.092 0.168 0.016
#> GSM11488 4 0.636 0.47098 0.012 0.204 0.172 0.604 0.008
#> GSM11489 3 0.848 0.28720 0.092 0.292 0.440 0.072 0.104
#> GSM11490 3 0.540 0.38654 0.080 0.148 0.732 0.020 0.020
#> GSM11491 1 0.453 0.48604 0.804 0.084 0.044 0.060 0.008
#> GSM11492 4 0.658 0.45062 0.032 0.180 0.184 0.600 0.004
#> GSM11493 4 0.790 0.41849 0.024 0.268 0.108 0.492 0.108
#> GSM11494 3 0.772 0.22756 0.012 0.224 0.476 0.232 0.056
#> GSM11495 3 0.853 0.24585 0.048 0.248 0.452 0.132 0.120
#> GSM11496 3 0.685 0.24652 0.052 0.260 0.592 0.036 0.060
#> GSM11497 2 0.781 0.38595 0.240 0.520 0.140 0.048 0.052
#> GSM11498 2 0.829 0.38205 0.076 0.524 0.168 0.112 0.120
#> GSM11499 2 0.866 0.01418 0.016 0.360 0.236 0.252 0.136
#> GSM11500 3 0.819 -0.01056 0.020 0.344 0.348 0.228 0.060
#> GSM11501 4 0.726 0.40439 0.000 0.300 0.104 0.500 0.096
#> GSM11502 2 0.386 0.61786 0.088 0.840 0.040 0.016 0.016
#> GSM11503 2 0.571 0.60082 0.060 0.744 0.084 0.064 0.048
#> GSM11504 4 0.682 -0.08149 0.336 0.048 0.012 0.528 0.076
#> GSM11505 2 0.564 0.59558 0.028 0.736 0.124 0.060 0.052
#> GSM11506 2 0.730 0.30256 0.004 0.548 0.080 0.200 0.168
#> GSM11507 2 0.637 0.36929 0.000 0.636 0.056 0.164 0.144
#> GSM11508 3 0.684 0.37821 0.056 0.096 0.584 0.252 0.012
#> GSM11509 3 0.677 0.28370 0.104 0.084 0.648 0.024 0.140
#> GSM11510 2 0.789 0.43074 0.060 0.564 0.144 0.112 0.120
#> GSM11511 1 0.874 -0.29527 0.408 0.148 0.180 0.032 0.232
#> GSM11512 1 0.678 0.26060 0.464 0.036 0.024 0.420 0.056
#> GSM11513 3 0.734 0.38759 0.076 0.100 0.572 0.224 0.028
#> GSM11514 4 0.743 0.40928 0.028 0.216 0.184 0.536 0.036
#> GSM11515 3 0.740 0.37077 0.060 0.128 0.552 0.236 0.024
#> GSM11516 2 0.697 0.32163 0.316 0.540 0.076 0.028 0.040
#> GSM11517 3 0.845 0.31016 0.224 0.148 0.412 0.204 0.012
#> GSM11518 3 0.880 -0.03467 0.124 0.112 0.432 0.080 0.252
#> GSM11519 1 0.480 0.49488 0.772 0.104 0.040 0.084 0.000
#> GSM11520 1 0.690 0.37622 0.628 0.108 0.152 0.096 0.016
#> GSM11521 4 0.724 0.39880 0.000 0.296 0.096 0.504 0.104
#> GSM11522 3 0.958 0.23309 0.224 0.180 0.284 0.232 0.080
#> GSM11523 1 0.457 0.36771 0.792 0.016 0.080 0.012 0.100
#> GSM11524 3 0.795 0.45021 0.172 0.120 0.544 0.120 0.044
#> GSM11525 2 0.568 0.58126 0.020 0.732 0.116 0.076 0.056
#> GSM11526 1 0.682 0.25561 0.456 0.040 0.020 0.424 0.060
#> GSM11527 2 0.536 0.59443 0.024 0.752 0.124 0.048 0.052
#> GSM11528 2 0.767 0.46457 0.060 0.588 0.112 0.124 0.116
#> GSM11529 2 0.573 0.60709 0.080 0.732 0.112 0.048 0.028
#> GSM11530 3 0.842 0.21411 0.148 0.176 0.376 0.292 0.008
#> GSM11531 2 0.492 0.59150 0.072 0.760 0.140 0.012 0.016
#> GSM11532 3 0.949 0.19205 0.188 0.204 0.280 0.260 0.068
#> GSM11533 2 0.461 0.60151 0.140 0.780 0.052 0.016 0.012
#> GSM11534 1 0.943 -0.15178 0.288 0.224 0.132 0.276 0.080
#> GSM11535 2 0.629 0.56490 0.148 0.676 0.108 0.020 0.048
#> GSM11536 4 0.644 0.46668 0.028 0.188 0.168 0.612 0.004
#> GSM11537 2 0.526 0.59253 0.040 0.760 0.076 0.104 0.020
#> GSM11538 4 0.809 0.27500 0.196 0.192 0.032 0.496 0.084
#> GSM11539 2 0.611 0.57947 0.100 0.688 0.152 0.032 0.028
#> GSM11540 2 0.659 0.52423 0.032 0.656 0.116 0.152 0.044
#> GSM11541 1 0.672 0.24955 0.456 0.032 0.024 0.432 0.056
#> GSM11542 2 0.767 0.46457 0.060 0.588 0.112 0.124 0.116
#> GSM11543 5 0.609 0.51783 0.044 0.128 0.100 0.028 0.700
#> GSM11544 1 0.658 0.47284 0.660 0.112 0.088 0.124 0.016
#> GSM11545 1 0.663 0.45928 0.652 0.132 0.076 0.124 0.016
#> GSM11546 2 0.904 0.02808 0.288 0.336 0.220 0.084 0.072
#> GSM11547 2 0.841 0.12605 0.216 0.412 0.268 0.040 0.064
#> GSM11548 3 0.808 0.40943 0.132 0.120 0.552 0.120 0.076
#> GSM11549 1 0.889 -0.02967 0.416 0.100 0.264 0.096 0.124
#> GSM11550 1 0.946 -0.22675 0.300 0.136 0.292 0.096 0.176
#> GSM11551 3 0.909 -0.00211 0.276 0.100 0.380 0.100 0.144
#> GSM11552 4 0.878 -0.05655 0.284 0.144 0.264 0.292 0.016
#> GSM11553 2 0.643 0.52188 0.136 0.672 0.116 0.048 0.028
#> GSM11554 2 0.595 0.54553 0.132 0.708 0.092 0.044 0.024
#> GSM11555 4 0.661 0.45131 0.032 0.184 0.184 0.596 0.004
#> GSM11556 4 0.661 0.45131 0.032 0.184 0.184 0.596 0.004
#> GSM11557 2 0.520 0.58098 0.068 0.736 0.164 0.012 0.020
#> GSM11558 2 0.587 0.46237 0.008 0.700 0.048 0.140 0.104
#> GSM11559 2 0.805 0.22261 0.200 0.484 0.220 0.056 0.040
#> GSM11560 1 0.602 0.43396 0.712 0.064 0.060 0.128 0.036
#> GSM11561 2 0.598 0.42983 0.004 0.684 0.052 0.152 0.108
#> GSM11562 2 0.549 0.57992 0.044 0.740 0.084 0.116 0.016
#> GSM11563 1 0.903 -0.20662 0.332 0.196 0.312 0.080 0.080
#> GSM11564 1 0.858 0.22902 0.440 0.168 0.180 0.184 0.028
#> GSM11565 5 0.779 0.52102 0.244 0.096 0.128 0.020 0.512
#> GSM11566 2 0.546 0.44819 0.020 0.716 0.044 0.188 0.032
#> GSM11567 4 0.802 0.41380 0.028 0.260 0.108 0.488 0.116
#> GSM11568 1 0.800 -0.07188 0.384 0.376 0.132 0.016 0.092
#> GSM11569 2 0.518 0.59302 0.040 0.764 0.080 0.100 0.016
#> GSM11570 4 0.878 -0.05655 0.284 0.144 0.264 0.292 0.016
#> GSM11571 2 0.593 0.54513 0.192 0.684 0.068 0.040 0.016
#> GSM11572 2 0.889 0.01629 0.196 0.404 0.240 0.072 0.088
#> GSM11573 1 0.663 0.45928 0.652 0.132 0.076 0.124 0.016
#> GSM11574 2 0.613 0.53314 0.152 0.688 0.096 0.040 0.024
#> GSM11575 2 0.886 0.09794 0.236 0.396 0.220 0.080 0.068
#> GSM11576 1 0.558 0.43873 0.748 0.060 0.056 0.100 0.036
#> GSM11577 2 0.624 0.47379 0.272 0.616 0.064 0.032 0.016
#> GSM11578 2 0.624 0.52977 0.160 0.680 0.092 0.040 0.028
#> GSM11579 2 0.593 0.44395 0.020 0.684 0.072 0.192 0.032
#> GSM11580 2 0.609 0.48580 0.272 0.624 0.060 0.032 0.012
#> GSM11581 3 0.810 0.44793 0.176 0.132 0.532 0.108 0.052
#> GSM11582 1 0.670 0.24978 0.456 0.032 0.020 0.432 0.060
#> GSM11583 1 0.919 -0.09703 0.324 0.248 0.252 0.112 0.064
#> GSM11584 4 0.771 0.42396 0.012 0.284 0.096 0.488 0.120
#> GSM11585 2 0.375 0.60945 0.108 0.828 0.052 0.012 0.000
#> GSM11586 1 0.733 0.18106 0.580 0.076 0.164 0.020 0.160
#> GSM11587 1 0.457 0.36771 0.792 0.016 0.080 0.012 0.100
#> GSM11588 1 0.669 0.46980 0.652 0.124 0.080 0.124 0.020
#> GSM11589 2 0.708 0.44819 0.164 0.612 0.056 0.136 0.032
#> GSM11590 1 0.480 0.45625 0.800 0.064 0.056 0.044 0.036
#> GSM11591 2 0.367 0.60904 0.116 0.828 0.048 0.008 0.000
#> GSM11592 1 0.771 0.04582 0.508 0.060 0.216 0.020 0.196
#> GSM11593 1 0.480 0.45625 0.800 0.064 0.056 0.044 0.036
#> GSM11594 1 0.489 0.49572 0.776 0.088 0.048 0.084 0.004
#> GSM11595 3 0.888 0.28635 0.188 0.276 0.384 0.080 0.072
#> GSM11596 2 0.655 0.56436 0.132 0.664 0.108 0.076 0.020
#> GSM11597 3 0.789 0.42051 0.144 0.208 0.528 0.084 0.036
#> GSM11598 1 0.610 0.47913 0.696 0.092 0.064 0.132 0.016
#> GSM11599 3 0.748 0.43766 0.136 0.092 0.580 0.164 0.028
#> GSM11600 4 0.601 0.48836 0.028 0.204 0.100 0.660 0.008
#> GSM11601 3 0.791 0.42038 0.140 0.216 0.524 0.084 0.036
#> GSM11602 1 0.467 0.36788 0.788 0.016 0.080 0.016 0.100
#> GSM11603 1 0.457 0.36771 0.792 0.016 0.080 0.012 0.100
#> GSM11604 3 0.787 0.45015 0.180 0.120 0.548 0.112 0.040
#> GSM11605 1 0.804 0.04761 0.384 0.184 0.044 0.356 0.032
#> GSM11606 2 0.661 0.51138 0.148 0.660 0.108 0.044 0.040
#> GSM11607 1 0.610 0.47913 0.696 0.092 0.064 0.132 0.016
#> GSM11608 4 0.886 -0.05721 0.264 0.148 0.268 0.300 0.020
#> GSM11609 4 0.740 0.38025 0.012 0.308 0.048 0.488 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 1 0.757 0.2611 0.360 0.020 0.048 0.256 0.012 0.304
#> GSM11438 2 0.840 -0.3130 0.024 0.332 0.148 0.268 0.204 0.024
#> GSM11439 3 0.493 0.3002 0.012 0.084 0.764 0.032 0.076 0.032
#> GSM11440 3 0.834 0.1868 0.072 0.196 0.336 0.308 0.072 0.016
#> GSM11441 3 0.758 0.1750 0.040 0.028 0.528 0.160 0.080 0.164
#> GSM11442 3 0.710 0.2588 0.004 0.084 0.520 0.260 0.088 0.044
#> GSM11443 2 0.565 0.3420 0.024 0.668 0.132 0.020 0.152 0.004
#> GSM11444 3 0.815 0.2857 0.092 0.184 0.400 0.260 0.048 0.016
#> GSM11445 3 0.810 0.2856 0.088 0.180 0.404 0.264 0.048 0.016
#> GSM11446 3 0.558 0.3954 0.044 0.056 0.724 0.108 0.044 0.024
#> GSM11447 3 0.505 0.3031 0.012 0.084 0.756 0.036 0.080 0.032
#> GSM11448 6 0.912 0.3973 0.220 0.204 0.140 0.028 0.108 0.300
#> GSM11449 2 0.838 0.0291 0.120 0.436 0.224 0.120 0.036 0.064
#> GSM11450 1 0.867 -0.3038 0.392 0.124 0.144 0.036 0.072 0.232
#> GSM11451 2 0.382 0.4298 0.032 0.828 0.012 0.072 0.052 0.004
#> GSM11452 2 0.319 0.4939 0.092 0.852 0.032 0.008 0.016 0.000
#> GSM11453 1 0.453 0.4895 0.776 0.100 0.028 0.076 0.004 0.016
#> GSM11454 3 0.647 0.3895 0.080 0.056 0.620 0.192 0.012 0.040
#> GSM11455 3 0.880 -0.0451 0.024 0.232 0.280 0.264 0.144 0.056
#> GSM11456 2 0.872 -0.1157 0.132 0.340 0.312 0.084 0.076 0.056
#> GSM11457 2 0.495 0.3807 0.016 0.744 0.052 0.024 0.144 0.020
#> GSM11458 3 0.778 0.1907 0.272 0.060 0.436 0.084 0.004 0.144
#> GSM11459 3 0.667 0.3480 0.052 0.056 0.572 0.260 0.032 0.028
#> GSM11460 1 0.716 0.2186 0.332 0.008 0.028 0.300 0.012 0.320
#> GSM11461 1 0.845 0.1040 0.372 0.124 0.228 0.020 0.048 0.208
#> GSM11462 3 0.937 0.2100 0.192 0.148 0.272 0.232 0.048 0.108
#> GSM11463 2 0.644 0.3949 0.080 0.648 0.132 0.016 0.084 0.040
#> GSM11464 1 0.672 0.3535 0.484 0.012 0.040 0.192 0.000 0.272
#> GSM11465 3 0.876 0.1766 0.156 0.272 0.360 0.076 0.052 0.084
#> GSM11466 3 0.874 0.3123 0.112 0.164 0.396 0.204 0.036 0.088
#> GSM11467 1 0.735 0.2965 0.384 0.028 0.028 0.260 0.008 0.292
#> GSM11468 3 0.841 0.2918 0.100 0.160 0.388 0.268 0.052 0.032
#> GSM11469 3 0.841 0.2918 0.100 0.160 0.388 0.268 0.052 0.032
#> GSM11470 1 0.412 0.4250 0.792 0.020 0.044 0.012 0.004 0.128
#> GSM11471 3 0.905 0.1610 0.172 0.256 0.332 0.068 0.084 0.088
#> GSM11472 4 0.857 0.1164 0.228 0.072 0.208 0.380 0.076 0.036
#> GSM11473 3 0.710 -0.1827 0.016 0.260 0.412 0.000 0.268 0.044
#> GSM11474 2 0.634 -0.0630 0.000 0.528 0.180 0.048 0.244 0.000
#> GSM11475 4 0.834 -0.2376 0.060 0.232 0.304 0.316 0.068 0.020
#> GSM11476 4 0.732 0.3085 0.012 0.172 0.040 0.456 0.288 0.032
#> GSM11477 2 0.420 0.4628 0.036 0.812 0.036 0.032 0.076 0.008
#> GSM11478 2 0.528 0.2634 0.004 0.700 0.080 0.044 0.164 0.008
#> GSM11479 3 0.817 -0.1647 0.012 0.244 0.388 0.088 0.216 0.052
#> GSM11480 2 0.465 0.2314 0.004 0.724 0.004 0.120 0.144 0.004
#> GSM11481 4 0.470 0.4938 0.032 0.104 0.044 0.772 0.044 0.004
#> GSM11482 4 0.831 0.2201 0.016 0.248 0.128 0.376 0.192 0.040
#> GSM11483 5 0.765 0.4251 0.000 0.292 0.236 0.068 0.368 0.036
#> GSM11484 4 0.416 0.4740 0.024 0.072 0.096 0.796 0.008 0.004
#> GSM11485 4 0.749 -0.0991 0.000 0.132 0.116 0.384 0.344 0.024
#> GSM11486 2 0.706 -0.3940 0.008 0.352 0.304 0.044 0.292 0.000
#> GSM11487 1 0.649 0.4380 0.616 0.112 0.060 0.176 0.016 0.020
#> GSM11488 4 0.418 0.4908 0.012 0.064 0.080 0.804 0.036 0.004
#> GSM11489 3 0.830 0.1711 0.056 0.296 0.408 0.064 0.108 0.068
#> GSM11490 3 0.501 0.3037 0.012 0.080 0.760 0.040 0.076 0.032
#> GSM11491 1 0.414 0.4879 0.808 0.088 0.032 0.048 0.004 0.020
#> GSM11492 4 0.424 0.4675 0.036 0.072 0.096 0.788 0.008 0.000
#> GSM11493 4 0.787 0.3291 0.012 0.180 0.052 0.440 0.244 0.072
#> GSM11494 3 0.787 0.1326 0.004 0.116 0.404 0.276 0.164 0.036
#> GSM11495 3 0.876 0.0833 0.028 0.208 0.372 0.136 0.180 0.076
#> GSM11496 3 0.678 0.0177 0.016 0.204 0.536 0.024 0.200 0.020
#> GSM11497 2 0.755 0.3345 0.224 0.512 0.136 0.040 0.048 0.040
#> GSM11498 2 0.816 0.2107 0.060 0.512 0.136 0.104 0.104 0.084
#> GSM11499 5 0.784 0.3527 0.004 0.260 0.168 0.184 0.372 0.012
#> GSM11500 3 0.810 -0.3469 0.008 0.256 0.288 0.216 0.224 0.008
#> GSM11501 4 0.625 0.2868 0.000 0.148 0.032 0.556 0.252 0.012
#> GSM11502 2 0.296 0.4835 0.064 0.876 0.020 0.004 0.028 0.008
#> GSM11503 2 0.519 0.3903 0.028 0.732 0.052 0.036 0.140 0.012
#> GSM11504 4 0.743 -0.0628 0.248 0.012 0.020 0.392 0.040 0.288
#> GSM11505 2 0.531 0.3246 0.024 0.700 0.084 0.016 0.168 0.008
#> GSM11506 5 0.522 0.1837 0.000 0.448 0.000 0.048 0.484 0.020
#> GSM11507 2 0.520 -0.2787 0.000 0.532 0.004 0.052 0.400 0.012
#> GSM11508 3 0.619 0.3179 0.032 0.048 0.564 0.312 0.028 0.016
#> GSM11509 3 0.715 0.2523 0.052 0.084 0.612 0.060 0.088 0.104
#> GSM11510 2 0.784 0.2227 0.048 0.544 0.108 0.100 0.120 0.080
#> GSM11511 1 0.873 -0.3104 0.384 0.144 0.148 0.024 0.092 0.208
#> GSM11512 1 0.721 0.2316 0.340 0.008 0.032 0.292 0.012 0.316
#> GSM11513 3 0.662 0.3260 0.040 0.056 0.564 0.276 0.040 0.024
#> GSM11514 4 0.661 0.4143 0.024 0.144 0.116 0.628 0.048 0.040
#> GSM11515 3 0.693 0.2797 0.032 0.056 0.532 0.292 0.048 0.040
#> GSM11516 2 0.626 0.3703 0.284 0.576 0.056 0.012 0.020 0.052
#> GSM11517 3 0.834 0.2661 0.192 0.116 0.392 0.236 0.032 0.032
#> GSM11518 3 0.883 -0.1519 0.108 0.084 0.384 0.064 0.112 0.248
#> GSM11519 1 0.445 0.4905 0.780 0.100 0.024 0.076 0.004 0.016
#> GSM11520 1 0.686 0.3553 0.600 0.124 0.132 0.100 0.016 0.028
#> GSM11521 4 0.624 0.2750 0.000 0.144 0.028 0.544 0.272 0.012
#> GSM11522 3 0.936 0.1872 0.224 0.188 0.272 0.180 0.064 0.072
#> GSM11523 1 0.413 0.3606 0.796 0.020 0.072 0.000 0.016 0.096
#> GSM11524 3 0.773 0.4115 0.120 0.108 0.528 0.164 0.036 0.044
#> GSM11525 2 0.539 0.2699 0.004 0.696 0.084 0.044 0.160 0.012
#> GSM11526 1 0.723 0.2247 0.336 0.008 0.028 0.292 0.016 0.320
#> GSM11527 2 0.535 0.3689 0.016 0.716 0.088 0.024 0.136 0.020
#> GSM11528 2 0.726 0.3075 0.056 0.600 0.056 0.112 0.096 0.080
#> GSM11529 2 0.530 0.4137 0.056 0.736 0.084 0.044 0.076 0.004
#> GSM11530 3 0.812 0.2636 0.096 0.176 0.384 0.284 0.048 0.012
#> GSM11531 2 0.477 0.4653 0.056 0.760 0.108 0.012 0.060 0.004
#> GSM11532 3 0.925 0.2175 0.188 0.204 0.268 0.224 0.060 0.056
#> GSM11533 2 0.362 0.4978 0.112 0.824 0.032 0.004 0.024 0.004
#> GSM11534 4 0.924 0.0600 0.264 0.140 0.100 0.300 0.140 0.056
#> GSM11535 2 0.570 0.4724 0.132 0.696 0.088 0.008 0.040 0.036
#> GSM11536 4 0.446 0.4803 0.032 0.076 0.080 0.784 0.028 0.000
#> GSM11537 2 0.468 0.3802 0.016 0.760 0.036 0.100 0.088 0.000
#> GSM11538 4 0.884 0.2434 0.160 0.152 0.012 0.356 0.136 0.184
#> GSM11539 2 0.598 0.4390 0.072 0.692 0.104 0.024 0.080 0.028
#> GSM11540 2 0.635 0.1849 0.016 0.600 0.068 0.148 0.168 0.000
#> GSM11541 1 0.712 0.2240 0.340 0.004 0.032 0.296 0.012 0.316
#> GSM11542 2 0.726 0.3075 0.056 0.600 0.056 0.112 0.096 0.080
#> GSM11543 6 0.719 0.4735 0.044 0.092 0.068 0.020 0.232 0.544
#> GSM11544 1 0.600 0.4676 0.672 0.112 0.056 0.124 0.012 0.024
#> GSM11545 1 0.615 0.4505 0.656 0.136 0.056 0.116 0.012 0.024
#> GSM11546 2 0.914 0.0245 0.212 0.316 0.204 0.040 0.096 0.132
#> GSM11547 2 0.870 0.0929 0.156 0.368 0.240 0.020 0.100 0.116
#> GSM11548 3 0.775 0.3663 0.080 0.108 0.552 0.132 0.072 0.056
#> GSM11549 1 0.903 -0.0715 0.368 0.096 0.228 0.092 0.072 0.144
#> GSM11550 1 0.959 -0.2495 0.256 0.132 0.236 0.092 0.100 0.184
#> GSM11551 3 0.932 -0.0507 0.232 0.108 0.328 0.100 0.092 0.140
#> GSM11552 3 0.938 0.2018 0.204 0.140 0.268 0.228 0.048 0.112
#> GSM11553 2 0.608 0.4692 0.104 0.684 0.092 0.064 0.036 0.020
#> GSM11554 2 0.564 0.4811 0.104 0.716 0.076 0.052 0.036 0.016
#> GSM11555 4 0.430 0.4688 0.036 0.076 0.096 0.784 0.008 0.000
#> GSM11556 4 0.430 0.4688 0.036 0.076 0.096 0.784 0.008 0.000
#> GSM11557 2 0.536 0.4357 0.048 0.724 0.120 0.012 0.076 0.020
#> GSM11558 2 0.478 -0.0433 0.000 0.624 0.004 0.044 0.320 0.008
#> GSM11559 2 0.789 0.3021 0.156 0.496 0.192 0.064 0.044 0.048
#> GSM11560 1 0.608 0.4148 0.652 0.056 0.064 0.048 0.004 0.176
#> GSM11561 2 0.499 -0.1453 0.000 0.588 0.004 0.052 0.348 0.008
#> GSM11562 2 0.525 0.3651 0.020 0.716 0.048 0.128 0.088 0.000
#> GSM11563 1 0.892 -0.1668 0.304 0.212 0.276 0.060 0.064 0.084
#> GSM11564 1 0.849 0.2201 0.436 0.128 0.136 0.196 0.064 0.040
#> GSM11565 6 0.791 0.5165 0.284 0.080 0.072 0.020 0.100 0.444
#> GSM11566 2 0.598 0.1408 0.024 0.636 0.020 0.172 0.140 0.008
#> GSM11567 4 0.793 0.3329 0.016 0.176 0.052 0.440 0.244 0.072
#> GSM11568 2 0.725 0.0746 0.372 0.412 0.092 0.004 0.032 0.088
#> GSM11569 2 0.482 0.3809 0.016 0.756 0.036 0.100 0.088 0.004
#> GSM11570 3 0.938 0.2018 0.204 0.140 0.268 0.228 0.048 0.112
#> GSM11571 2 0.582 0.4479 0.144 0.696 0.048 0.028 0.044 0.040
#> GSM11572 2 0.861 0.1528 0.152 0.428 0.204 0.068 0.076 0.072
#> GSM11573 1 0.615 0.4505 0.656 0.136 0.056 0.116 0.012 0.024
#> GSM11574 2 0.561 0.4820 0.120 0.712 0.076 0.044 0.016 0.032
#> GSM11575 2 0.863 0.2099 0.200 0.404 0.192 0.052 0.060 0.092
#> GSM11576 1 0.565 0.4181 0.684 0.052 0.060 0.024 0.008 0.172
#> GSM11577 2 0.613 0.4116 0.232 0.628 0.040 0.032 0.028 0.040
#> GSM11578 2 0.578 0.4783 0.128 0.700 0.072 0.048 0.020 0.032
#> GSM11579 2 0.643 0.1265 0.024 0.604 0.044 0.184 0.136 0.008
#> GSM11580 2 0.609 0.4202 0.224 0.636 0.036 0.032 0.032 0.040
#> GSM11581 3 0.789 0.4093 0.124 0.116 0.524 0.140 0.052 0.044
#> GSM11582 1 0.707 0.2230 0.340 0.004 0.028 0.296 0.012 0.320
#> GSM11583 3 0.938 0.0405 0.228 0.208 0.256 0.060 0.076 0.172
#> GSM11584 4 0.735 0.3095 0.012 0.168 0.040 0.456 0.288 0.036
#> GSM11585 2 0.313 0.4963 0.076 0.860 0.040 0.012 0.012 0.000
#> GSM11586 1 0.701 0.1702 0.576 0.072 0.152 0.016 0.032 0.152
#> GSM11587 1 0.413 0.3606 0.796 0.020 0.072 0.000 0.016 0.096
#> GSM11588 1 0.608 0.4600 0.664 0.128 0.044 0.120 0.012 0.032
#> GSM11589 2 0.710 0.3175 0.128 0.600 0.040 0.104 0.092 0.036
#> GSM11590 1 0.416 0.4536 0.812 0.076 0.032 0.036 0.004 0.040
#> GSM11591 2 0.303 0.4986 0.084 0.860 0.040 0.008 0.008 0.000
#> GSM11592 1 0.748 0.0214 0.492 0.048 0.216 0.016 0.044 0.184
#> GSM11593 1 0.416 0.4536 0.812 0.076 0.032 0.036 0.004 0.040
#> GSM11594 1 0.444 0.4949 0.780 0.088 0.036 0.080 0.000 0.016
#> GSM11595 3 0.874 0.1758 0.160 0.272 0.360 0.076 0.052 0.080
#> GSM11596 2 0.624 0.4327 0.076 0.684 0.096 0.044 0.052 0.048
#> GSM11597 3 0.791 0.3430 0.092 0.180 0.520 0.092 0.064 0.052
#> GSM11598 1 0.539 0.4766 0.712 0.096 0.036 0.128 0.008 0.020
#> GSM11599 3 0.695 0.3908 0.084 0.060 0.576 0.216 0.032 0.032
#> GSM11600 4 0.470 0.4938 0.032 0.104 0.044 0.772 0.044 0.004
#> GSM11601 3 0.789 0.3390 0.092 0.188 0.516 0.096 0.064 0.044
#> GSM11602 1 0.427 0.3604 0.792 0.020 0.072 0.004 0.016 0.096
#> GSM11603 1 0.413 0.3606 0.796 0.020 0.072 0.000 0.016 0.096
#> GSM11604 3 0.772 0.4130 0.128 0.112 0.532 0.148 0.036 0.044
#> GSM11605 1 0.833 0.0874 0.364 0.144 0.040 0.324 0.064 0.064
#> GSM11606 2 0.598 0.4721 0.120 0.688 0.088 0.048 0.028 0.028
#> GSM11607 1 0.539 0.4766 0.712 0.096 0.036 0.128 0.008 0.020
#> GSM11608 3 0.937 0.2054 0.188 0.148 0.272 0.236 0.048 0.108
#> GSM11609 4 0.730 0.1807 0.012 0.216 0.020 0.376 0.344 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:hclust 97 1.000 2
#> MAD:hclust 0 NA 3
#> MAD:hclust 21 0.378 4
#> MAD:hclust 34 1.000 5
#> MAD:hclust 1 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.206 0.621 0.799 0.4950 0.499 0.499
#> 3 3 0.577 0.676 0.836 0.3457 0.712 0.484
#> 4 4 0.525 0.548 0.737 0.1192 0.843 0.575
#> 5 5 0.559 0.565 0.707 0.0623 0.906 0.664
#> 6 6 0.611 0.472 0.647 0.0403 0.925 0.682
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.9580 0.5307 0.620 0.380
#> GSM11438 2 0.4431 0.7534 0.092 0.908
#> GSM11439 2 0.9944 0.0769 0.456 0.544
#> GSM11440 1 0.6247 0.6763 0.844 0.156
#> GSM11441 1 0.4939 0.6941 0.892 0.108
#> GSM11442 2 0.9552 0.4039 0.376 0.624
#> GSM11443 2 0.1843 0.7810 0.028 0.972
#> GSM11444 1 0.8713 0.5205 0.708 0.292
#> GSM11445 1 0.9460 0.3785 0.636 0.364
#> GSM11446 1 0.8813 0.4986 0.700 0.300
#> GSM11447 2 0.9977 0.1317 0.472 0.528
#> GSM11448 2 0.8608 0.4924 0.284 0.716
#> GSM11449 1 0.7219 0.6955 0.800 0.200
#> GSM11450 1 0.7219 0.6932 0.800 0.200
#> GSM11451 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11452 2 0.9044 0.4135 0.320 0.680
#> GSM11453 1 0.8327 0.6495 0.736 0.264
#> GSM11454 1 0.8499 0.5362 0.724 0.276
#> GSM11455 2 0.6438 0.6951 0.164 0.836
#> GSM11456 2 0.1843 0.7831 0.028 0.972
#> GSM11457 2 0.1184 0.7867 0.016 0.984
#> GSM11458 1 0.4161 0.7033 0.916 0.084
#> GSM11459 1 0.6343 0.6630 0.840 0.160
#> GSM11460 1 0.1414 0.7166 0.980 0.020
#> GSM11461 1 0.8327 0.6946 0.736 0.264
#> GSM11462 1 0.0672 0.7165 0.992 0.008
#> GSM11463 2 0.2043 0.7867 0.032 0.968
#> GSM11464 1 0.2948 0.7193 0.948 0.052
#> GSM11465 2 0.8207 0.5209 0.256 0.744
#> GSM11466 1 0.5059 0.7089 0.888 0.112
#> GSM11467 1 0.6438 0.7087 0.836 0.164
#> GSM11468 1 0.6712 0.6494 0.824 0.176
#> GSM11469 1 0.3879 0.7091 0.924 0.076
#> GSM11470 1 0.7453 0.6852 0.788 0.212
#> GSM11471 1 0.7139 0.6972 0.804 0.196
#> GSM11472 1 0.4161 0.7239 0.916 0.084
#> GSM11473 2 0.3733 0.7673 0.072 0.928
#> GSM11474 2 0.1633 0.7819 0.024 0.976
#> GSM11475 1 0.9522 0.3595 0.628 0.372
#> GSM11476 2 0.7602 0.6368 0.220 0.780
#> GSM11477 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11478 2 0.1414 0.7826 0.020 0.980
#> GSM11479 2 0.6247 0.7052 0.156 0.844
#> GSM11480 2 0.2236 0.7865 0.036 0.964
#> GSM11481 1 0.3879 0.7183 0.924 0.076
#> GSM11482 2 0.7883 0.6220 0.236 0.764
#> GSM11483 2 0.6148 0.7059 0.152 0.848
#> GSM11484 1 0.9795 0.2879 0.584 0.416
#> GSM11485 2 0.7453 0.6446 0.212 0.788
#> GSM11486 2 0.4562 0.7509 0.096 0.904
#> GSM11487 1 0.7745 0.6796 0.772 0.228
#> GSM11488 1 0.9881 0.2309 0.564 0.436
#> GSM11489 2 0.3584 0.7696 0.068 0.932
#> GSM11490 1 0.9977 0.1364 0.528 0.472
#> GSM11491 1 0.8327 0.6495 0.736 0.264
#> GSM11492 1 0.9286 0.4267 0.656 0.344
#> GSM11493 2 0.9552 0.3875 0.376 0.624
#> GSM11494 1 0.9993 0.0148 0.516 0.484
#> GSM11495 2 0.7883 0.6248 0.236 0.764
#> GSM11496 2 0.6438 0.7063 0.164 0.836
#> GSM11497 2 0.3584 0.7684 0.068 0.932
#> GSM11498 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11499 2 0.7299 0.6537 0.204 0.796
#> GSM11500 2 0.7602 0.6431 0.220 0.780
#> GSM11501 2 0.7453 0.6446 0.212 0.788
#> GSM11502 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11503 2 0.2043 0.7870 0.032 0.968
#> GSM11504 1 0.6531 0.6549 0.832 0.168
#> GSM11505 2 0.0938 0.7845 0.012 0.988
#> GSM11506 2 0.2043 0.7802 0.032 0.968
#> GSM11507 2 0.1633 0.7872 0.024 0.976
#> GSM11508 1 0.8555 0.5303 0.720 0.280
#> GSM11509 1 0.9922 0.1578 0.552 0.448
#> GSM11510 2 0.2778 0.7773 0.048 0.952
#> GSM11511 1 0.8713 0.6250 0.708 0.292
#> GSM11512 1 0.9323 0.4329 0.652 0.348
#> GSM11513 1 0.7745 0.5978 0.772 0.228
#> GSM11514 2 1.0000 -0.1988 0.496 0.504
#> GSM11515 2 0.9866 0.2581 0.432 0.568
#> GSM11516 2 0.9460 0.3124 0.364 0.636
#> GSM11517 1 0.3114 0.7068 0.944 0.056
#> GSM11518 1 0.9754 0.4609 0.592 0.408
#> GSM11519 1 0.8327 0.6495 0.736 0.264
#> GSM11520 1 0.7219 0.6949 0.800 0.200
#> GSM11521 2 0.7528 0.6407 0.216 0.784
#> GSM11522 1 0.6801 0.7039 0.820 0.180
#> GSM11523 1 0.7139 0.6939 0.804 0.196
#> GSM11524 1 0.3879 0.7073 0.924 0.076
#> GSM11525 2 0.0938 0.7835 0.012 0.988
#> GSM11526 1 0.9129 0.4496 0.672 0.328
#> GSM11527 2 0.4815 0.7458 0.104 0.896
#> GSM11528 2 0.2236 0.7848 0.036 0.964
#> GSM11529 2 0.5059 0.7253 0.112 0.888
#> GSM11530 1 0.5519 0.6926 0.872 0.128
#> GSM11531 2 0.2423 0.7841 0.040 0.960
#> GSM11532 1 0.5408 0.6924 0.876 0.124
#> GSM11533 2 0.5408 0.7096 0.124 0.876
#> GSM11534 2 0.9815 0.1574 0.420 0.580
#> GSM11535 2 0.2778 0.7809 0.048 0.952
#> GSM11536 2 0.9732 0.3491 0.404 0.596
#> GSM11537 2 0.2423 0.7795 0.040 0.960
#> GSM11538 1 0.8499 0.6243 0.724 0.276
#> GSM11539 2 0.2423 0.7841 0.040 0.960
#> GSM11540 2 0.1633 0.7872 0.024 0.976
#> GSM11541 1 0.1633 0.7171 0.976 0.024
#> GSM11542 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11543 2 0.9608 0.2293 0.384 0.616
#> GSM11544 1 0.8207 0.6559 0.744 0.256
#> GSM11545 1 0.8713 0.6359 0.708 0.292
#> GSM11546 2 0.4161 0.7668 0.084 0.916
#> GSM11547 2 0.4022 0.7667 0.080 0.920
#> GSM11548 1 0.9552 0.3511 0.624 0.376
#> GSM11549 1 0.6343 0.7114 0.840 0.160
#> GSM11550 1 0.6343 0.7111 0.840 0.160
#> GSM11551 1 0.7376 0.6990 0.792 0.208
#> GSM11552 1 0.4161 0.7038 0.916 0.084
#> GSM11553 2 0.4022 0.7550 0.080 0.920
#> GSM11554 2 0.1843 0.7848 0.028 0.972
#> GSM11555 1 0.4431 0.7232 0.908 0.092
#> GSM11556 1 0.1184 0.7164 0.984 0.016
#> GSM11557 2 0.2423 0.7841 0.040 0.960
#> GSM11558 2 0.2236 0.7865 0.036 0.964
#> GSM11559 2 0.4298 0.7497 0.088 0.912
#> GSM11560 1 0.6623 0.7059 0.828 0.172
#> GSM11561 2 0.2043 0.7870 0.032 0.968
#> GSM11562 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11563 1 0.8267 0.6537 0.740 0.260
#> GSM11564 1 0.8661 0.6574 0.712 0.288
#> GSM11565 1 0.8207 0.6559 0.744 0.256
#> GSM11566 2 0.2236 0.7865 0.036 0.964
#> GSM11567 1 0.9393 0.4216 0.644 0.356
#> GSM11568 2 0.9896 0.0882 0.440 0.560
#> GSM11569 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11570 1 0.4161 0.7065 0.916 0.084
#> GSM11571 1 0.9833 0.3431 0.576 0.424
#> GSM11572 2 0.7883 0.5735 0.236 0.764
#> GSM11573 1 0.8813 0.6086 0.700 0.300
#> GSM11574 2 0.5519 0.7123 0.128 0.872
#> GSM11575 1 0.9970 0.2305 0.532 0.468
#> GSM11576 1 0.7453 0.6831 0.788 0.212
#> GSM11577 2 0.9866 0.1159 0.432 0.568
#> GSM11578 2 0.9522 0.2927 0.372 0.628
#> GSM11579 2 0.7528 0.6407 0.216 0.784
#> GSM11580 2 0.9323 0.3510 0.348 0.652
#> GSM11581 1 0.7056 0.6438 0.808 0.192
#> GSM11582 1 0.1633 0.7177 0.976 0.024
#> GSM11583 1 0.6247 0.6672 0.844 0.156
#> GSM11584 1 0.8909 0.5008 0.692 0.308
#> GSM11585 2 0.2043 0.7836 0.032 0.968
#> GSM11586 1 0.7602 0.6839 0.780 0.220
#> GSM11587 1 0.7139 0.6939 0.804 0.196
#> GSM11588 1 0.8713 0.6179 0.708 0.292
#> GSM11589 1 0.9775 0.3706 0.588 0.412
#> GSM11590 1 0.7950 0.6696 0.760 0.240
#> GSM11591 2 0.5408 0.7160 0.124 0.876
#> GSM11592 1 0.5178 0.7184 0.884 0.116
#> GSM11593 1 0.8016 0.6665 0.756 0.244
#> GSM11594 1 0.6712 0.7065 0.824 0.176
#> GSM11595 1 0.9580 0.5003 0.620 0.380
#> GSM11596 2 0.6247 0.6950 0.156 0.844
#> GSM11597 1 0.5946 0.6985 0.856 0.144
#> GSM11598 1 0.8144 0.6591 0.748 0.252
#> GSM11599 1 0.5737 0.6826 0.864 0.136
#> GSM11600 1 0.2948 0.7190 0.948 0.052
#> GSM11601 2 0.3879 0.7656 0.076 0.924
#> GSM11602 1 0.6801 0.7020 0.820 0.180
#> GSM11603 1 0.7139 0.6939 0.804 0.196
#> GSM11604 1 0.1633 0.7157 0.976 0.024
#> GSM11605 1 0.1633 0.7173 0.976 0.024
#> GSM11606 2 0.5842 0.6996 0.140 0.860
#> GSM11607 1 0.8207 0.6559 0.744 0.256
#> GSM11608 1 0.0938 0.7167 0.988 0.012
#> GSM11609 2 0.9963 0.2325 0.464 0.536
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.7993 -0.0673 0.484 0.060 0.456
#> GSM11438 2 0.4796 0.7058 0.000 0.780 0.220
#> GSM11439 3 0.5603 0.7304 0.060 0.136 0.804
#> GSM11440 3 0.3910 0.7868 0.104 0.020 0.876
#> GSM11441 3 0.3784 0.7740 0.132 0.004 0.864
#> GSM11442 3 0.1399 0.8004 0.004 0.028 0.968
#> GSM11443 2 0.2116 0.8674 0.012 0.948 0.040
#> GSM11444 3 0.2703 0.7985 0.056 0.016 0.928
#> GSM11445 3 0.1999 0.8033 0.036 0.012 0.952
#> GSM11446 3 0.2845 0.7979 0.068 0.012 0.920
#> GSM11447 3 0.3148 0.7952 0.036 0.048 0.916
#> GSM11448 2 0.7187 -0.0469 0.480 0.496 0.024
#> GSM11449 1 0.2846 0.7825 0.924 0.020 0.056
#> GSM11450 1 0.1585 0.7881 0.964 0.008 0.028
#> GSM11451 2 0.1337 0.8711 0.016 0.972 0.012
#> GSM11452 2 0.6314 0.2664 0.392 0.604 0.004
#> GSM11453 1 0.1878 0.7906 0.952 0.044 0.004
#> GSM11454 3 0.2866 0.7987 0.076 0.008 0.916
#> GSM11455 2 0.6308 0.0897 0.000 0.508 0.492
#> GSM11456 2 0.2845 0.8577 0.012 0.920 0.068
#> GSM11457 2 0.0829 0.8727 0.012 0.984 0.004
#> GSM11458 3 0.5982 0.5466 0.328 0.004 0.668
#> GSM11459 3 0.2860 0.7963 0.084 0.004 0.912
#> GSM11460 1 0.5902 0.4487 0.680 0.004 0.316
#> GSM11461 1 0.7661 -0.0189 0.504 0.044 0.452
#> GSM11462 3 0.6309 0.0621 0.496 0.000 0.504
#> GSM11463 2 0.1905 0.8703 0.016 0.956 0.028
#> GSM11464 1 0.2165 0.7710 0.936 0.000 0.064
#> GSM11465 2 0.6621 0.6895 0.148 0.752 0.100
#> GSM11466 3 0.3377 0.7960 0.092 0.012 0.896
#> GSM11467 1 0.1525 0.7865 0.964 0.004 0.032
#> GSM11468 3 0.2590 0.7987 0.072 0.004 0.924
#> GSM11469 3 0.5363 0.6054 0.276 0.000 0.724
#> GSM11470 1 0.0983 0.7884 0.980 0.004 0.016
#> GSM11471 1 0.2492 0.7850 0.936 0.016 0.048
#> GSM11472 1 0.6678 -0.0199 0.512 0.008 0.480
#> GSM11473 2 0.4335 0.8213 0.036 0.864 0.100
#> GSM11474 2 0.1399 0.8715 0.004 0.968 0.028
#> GSM11475 3 0.3207 0.8001 0.084 0.012 0.904
#> GSM11476 3 0.5618 0.5949 0.008 0.260 0.732
#> GSM11477 2 0.0747 0.8715 0.016 0.984 0.000
#> GSM11478 2 0.1289 0.8675 0.000 0.968 0.032
#> GSM11479 2 0.6255 0.5488 0.012 0.668 0.320
#> GSM11480 2 0.1399 0.8678 0.004 0.968 0.028
#> GSM11481 3 0.7372 0.1474 0.448 0.032 0.520
#> GSM11482 3 0.5578 0.6384 0.012 0.240 0.748
#> GSM11483 2 0.6205 0.5218 0.008 0.656 0.336
#> GSM11484 3 0.3310 0.7887 0.028 0.064 0.908
#> GSM11485 2 0.6513 0.3722 0.008 0.592 0.400
#> GSM11486 2 0.3031 0.8520 0.012 0.912 0.076
#> GSM11487 1 0.1950 0.7916 0.952 0.040 0.008
#> GSM11488 3 0.3213 0.7900 0.028 0.060 0.912
#> GSM11489 2 0.2774 0.8492 0.008 0.920 0.072
#> GSM11490 3 0.4179 0.7820 0.072 0.052 0.876
#> GSM11491 1 0.1878 0.7906 0.952 0.044 0.004
#> GSM11492 3 0.3267 0.7971 0.044 0.044 0.912
#> GSM11493 3 0.3832 0.7727 0.020 0.100 0.880
#> GSM11494 3 0.2599 0.7953 0.016 0.052 0.932
#> GSM11495 3 0.5817 0.6308 0.020 0.236 0.744
#> GSM11496 3 0.7491 -0.0791 0.036 0.472 0.492
#> GSM11497 2 0.1781 0.8706 0.020 0.960 0.020
#> GSM11498 2 0.1182 0.8714 0.012 0.976 0.012
#> GSM11499 2 0.6527 0.3613 0.008 0.588 0.404
#> GSM11500 2 0.6869 0.3123 0.016 0.560 0.424
#> GSM11501 2 0.6682 0.0863 0.008 0.504 0.488
#> GSM11502 2 0.1170 0.8722 0.016 0.976 0.008
#> GSM11503 2 0.1170 0.8726 0.008 0.976 0.016
#> GSM11504 3 0.2443 0.7970 0.032 0.028 0.940
#> GSM11505 2 0.1585 0.8706 0.008 0.964 0.028
#> GSM11506 2 0.2063 0.8645 0.008 0.948 0.044
#> GSM11507 2 0.1399 0.8678 0.004 0.968 0.028
#> GSM11508 3 0.1399 0.8033 0.028 0.004 0.968
#> GSM11509 3 0.3028 0.7979 0.048 0.032 0.920
#> GSM11510 2 0.3459 0.8339 0.012 0.892 0.096
#> GSM11511 1 0.2773 0.7750 0.928 0.024 0.048
#> GSM11512 3 0.3009 0.7918 0.028 0.052 0.920
#> GSM11513 3 0.2590 0.7980 0.072 0.004 0.924
#> GSM11514 3 0.8746 0.5445 0.184 0.228 0.588
#> GSM11515 3 0.1585 0.8013 0.008 0.028 0.964
#> GSM11516 1 0.6587 0.2877 0.568 0.424 0.008
#> GSM11517 3 0.2772 0.7960 0.080 0.004 0.916
#> GSM11518 3 0.7770 0.5323 0.272 0.088 0.640
#> GSM11519 1 0.1878 0.7906 0.952 0.044 0.004
#> GSM11520 1 0.1015 0.7899 0.980 0.012 0.008
#> GSM11521 3 0.5896 0.5487 0.008 0.292 0.700
#> GSM11522 1 0.3293 0.7619 0.900 0.012 0.088
#> GSM11523 1 0.1031 0.7850 0.976 0.000 0.024
#> GSM11524 3 0.2998 0.7996 0.068 0.016 0.916
#> GSM11525 2 0.2050 0.8708 0.020 0.952 0.028
#> GSM11526 3 0.2313 0.8047 0.032 0.024 0.944
#> GSM11527 2 0.2486 0.8578 0.008 0.932 0.060
#> GSM11528 2 0.1620 0.8710 0.012 0.964 0.024
#> GSM11529 2 0.4139 0.7937 0.124 0.860 0.016
#> GSM11530 3 0.5831 0.5921 0.284 0.008 0.708
#> GSM11531 2 0.1781 0.8701 0.020 0.960 0.020
#> GSM11532 3 0.5928 0.5756 0.296 0.008 0.696
#> GSM11533 2 0.3769 0.8054 0.104 0.880 0.016
#> GSM11534 1 0.5677 0.7150 0.804 0.124 0.072
#> GSM11535 2 0.1636 0.8706 0.016 0.964 0.020
#> GSM11536 3 0.6895 0.6526 0.072 0.212 0.716
#> GSM11537 2 0.1337 0.8711 0.016 0.972 0.012
#> GSM11538 1 0.8362 0.1975 0.528 0.088 0.384
#> GSM11539 2 0.1491 0.8723 0.016 0.968 0.016
#> GSM11540 2 0.1182 0.8726 0.012 0.976 0.012
#> GSM11541 1 0.6313 0.4607 0.676 0.016 0.308
#> GSM11542 2 0.1781 0.8701 0.020 0.960 0.020
#> GSM11543 1 0.9659 0.0760 0.440 0.220 0.340
#> GSM11544 1 0.1765 0.7921 0.956 0.040 0.004
#> GSM11545 1 0.1989 0.7905 0.948 0.048 0.004
#> GSM11546 2 0.3369 0.8495 0.040 0.908 0.052
#> GSM11547 2 0.3572 0.8462 0.040 0.900 0.060
#> GSM11548 3 0.3083 0.7991 0.060 0.024 0.916
#> GSM11549 1 0.1647 0.7831 0.960 0.004 0.036
#> GSM11550 1 0.1647 0.7857 0.960 0.004 0.036
#> GSM11551 3 0.6859 0.2562 0.420 0.016 0.564
#> GSM11552 3 0.5706 0.5343 0.320 0.000 0.680
#> GSM11553 2 0.1482 0.8706 0.020 0.968 0.012
#> GSM11554 2 0.1491 0.8711 0.016 0.968 0.016
#> GSM11555 1 0.7581 0.1817 0.548 0.044 0.408
#> GSM11556 1 0.6330 0.2287 0.600 0.004 0.396
#> GSM11557 2 0.1781 0.8701 0.020 0.960 0.020
#> GSM11558 2 0.1399 0.8678 0.004 0.968 0.028
#> GSM11559 2 0.1315 0.8697 0.020 0.972 0.008
#> GSM11560 1 0.1031 0.7837 0.976 0.000 0.024
#> GSM11561 2 0.1399 0.8678 0.004 0.968 0.028
#> GSM11562 2 0.1337 0.8711 0.016 0.972 0.012
#> GSM11563 1 0.2599 0.7880 0.932 0.052 0.016
#> GSM11564 1 0.2599 0.7878 0.932 0.052 0.016
#> GSM11565 1 0.2383 0.7901 0.940 0.044 0.016
#> GSM11566 2 0.1525 0.8668 0.004 0.964 0.032
#> GSM11567 3 0.5944 0.7374 0.088 0.120 0.792
#> GSM11568 1 0.6566 0.3949 0.612 0.376 0.012
#> GSM11569 2 0.1491 0.8711 0.016 0.968 0.016
#> GSM11570 3 0.6104 0.4846 0.348 0.004 0.648
#> GSM11571 1 0.3454 0.7643 0.888 0.104 0.008
#> GSM11572 2 0.5894 0.6459 0.220 0.752 0.028
#> GSM11573 1 0.2550 0.7850 0.932 0.056 0.012
#> GSM11574 2 0.2173 0.8572 0.048 0.944 0.008
#> GSM11575 1 0.6794 0.4665 0.648 0.324 0.028
#> GSM11576 1 0.0892 0.7850 0.980 0.000 0.020
#> GSM11577 1 0.5882 0.4701 0.652 0.348 0.000
#> GSM11578 1 0.6608 0.2642 0.560 0.432 0.008
#> GSM11579 2 0.6307 0.1168 0.000 0.512 0.488
#> GSM11580 1 0.6309 0.0713 0.500 0.500 0.000
#> GSM11581 3 0.2446 0.8010 0.052 0.012 0.936
#> GSM11582 1 0.6669 0.0320 0.524 0.008 0.468
#> GSM11583 3 0.6033 0.5194 0.336 0.004 0.660
#> GSM11584 3 0.2569 0.7970 0.032 0.032 0.936
#> GSM11585 2 0.1491 0.8700 0.016 0.968 0.016
#> GSM11586 1 0.1781 0.7898 0.960 0.020 0.020
#> GSM11587 1 0.1031 0.7850 0.976 0.000 0.024
#> GSM11588 1 0.2280 0.7876 0.940 0.052 0.008
#> GSM11589 1 0.4280 0.7526 0.856 0.124 0.020
#> GSM11590 1 0.1647 0.7918 0.960 0.036 0.004
#> GSM11591 2 0.1832 0.8632 0.036 0.956 0.008
#> GSM11592 1 0.1765 0.7866 0.956 0.004 0.040
#> GSM11593 1 0.1647 0.7918 0.960 0.036 0.004
#> GSM11594 1 0.0829 0.7892 0.984 0.004 0.012
#> GSM11595 1 0.7757 0.5933 0.664 0.224 0.112
#> GSM11596 2 0.2743 0.8599 0.052 0.928 0.020
#> GSM11597 3 0.4475 0.7655 0.144 0.016 0.840
#> GSM11598 1 0.1647 0.7919 0.960 0.036 0.004
#> GSM11599 3 0.2356 0.7976 0.072 0.000 0.928
#> GSM11600 1 0.7004 0.1275 0.552 0.020 0.428
#> GSM11601 2 0.5967 0.6939 0.032 0.752 0.216
#> GSM11602 1 0.1031 0.7850 0.976 0.000 0.024
#> GSM11603 1 0.1031 0.7850 0.976 0.000 0.024
#> GSM11604 3 0.5835 0.5090 0.340 0.000 0.660
#> GSM11605 1 0.5953 0.5051 0.708 0.012 0.280
#> GSM11606 2 0.2384 0.8509 0.056 0.936 0.008
#> GSM11607 1 0.1765 0.7911 0.956 0.040 0.004
#> GSM11608 1 0.6008 0.3363 0.628 0.000 0.372
#> GSM11609 3 0.8532 0.5784 0.168 0.224 0.608
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.8370 0.0585 0.228 0.036 0.260 0.476
#> GSM11438 2 0.6290 0.3302 0.000 0.568 0.068 0.364
#> GSM11439 3 0.5754 0.4104 0.008 0.016 0.548 0.428
#> GSM11440 3 0.4055 0.4618 0.060 0.000 0.832 0.108
#> GSM11441 3 0.5884 0.4652 0.044 0.000 0.592 0.364
#> GSM11442 3 0.5231 0.4407 0.000 0.012 0.604 0.384
#> GSM11443 2 0.2271 0.8311 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM11444 3 0.4516 0.5422 0.000 0.012 0.736 0.252
#> GSM11445 3 0.2401 0.5482 0.004 0.000 0.904 0.092
#> GSM11446 3 0.4891 0.5120 0.000 0.012 0.680 0.308
#> GSM11447 3 0.5387 0.4343 0.000 0.016 0.584 0.400
#> GSM11448 1 0.7832 0.4893 0.564 0.188 0.036 0.212
#> GSM11449 1 0.5430 0.6689 0.732 0.008 0.204 0.056
#> GSM11450 1 0.3877 0.7690 0.852 0.008 0.044 0.096
#> GSM11451 2 0.1624 0.8390 0.020 0.952 0.000 0.028
#> GSM11452 2 0.4606 0.5987 0.264 0.724 0.000 0.012
#> GSM11453 1 0.1847 0.7917 0.940 0.004 0.004 0.052
#> GSM11454 3 0.3626 0.5641 0.004 0.000 0.812 0.184
#> GSM11455 4 0.7344 0.3148 0.000 0.316 0.180 0.504
#> GSM11456 2 0.6097 0.5301 0.016 0.624 0.036 0.324
#> GSM11457 2 0.0524 0.8422 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM11458 3 0.5763 0.5156 0.132 0.000 0.712 0.156
#> GSM11459 3 0.3249 0.5745 0.008 0.000 0.852 0.140
#> GSM11460 1 0.7836 -0.0570 0.408 0.000 0.288 0.304
#> GSM11461 3 0.8120 0.3888 0.172 0.032 0.488 0.308
#> GSM11462 3 0.5727 0.3873 0.228 0.000 0.692 0.080
#> GSM11463 2 0.1978 0.8337 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM11464 1 0.3652 0.7721 0.856 0.000 0.052 0.092
#> GSM11465 2 0.8646 0.3879 0.144 0.524 0.116 0.216
#> GSM11466 3 0.5462 0.4688 0.040 0.004 0.692 0.264
#> GSM11467 1 0.4072 0.7429 0.828 0.000 0.052 0.120
#> GSM11468 3 0.1890 0.5409 0.008 0.000 0.936 0.056
#> GSM11469 3 0.3523 0.5296 0.112 0.000 0.856 0.032
#> GSM11470 1 0.2256 0.7878 0.924 0.000 0.020 0.056
#> GSM11471 1 0.5116 0.7355 0.784 0.012 0.096 0.108
#> GSM11472 4 0.8031 0.0109 0.332 0.004 0.284 0.380
#> GSM11473 2 0.6859 0.2930 0.000 0.512 0.108 0.380
#> GSM11474 2 0.1474 0.8390 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM11475 3 0.4104 0.4524 0.028 0.000 0.808 0.164
#> GSM11476 4 0.7155 0.4402 0.000 0.164 0.300 0.536
#> GSM11477 2 0.0672 0.8423 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM11478 2 0.1211 0.8366 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM11479 4 0.7210 0.0125 0.000 0.404 0.140 0.456
#> GSM11480 2 0.1716 0.8289 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM11481 4 0.7467 0.3132 0.156 0.004 0.372 0.468
#> GSM11482 4 0.6751 0.4128 0.000 0.096 0.396 0.508
#> GSM11483 4 0.6990 0.0912 0.000 0.408 0.116 0.476
#> GSM11484 4 0.5546 0.3334 0.008 0.008 0.436 0.548
#> GSM11485 4 0.6741 0.4068 0.004 0.256 0.128 0.612
#> GSM11486 2 0.4910 0.6230 0.000 0.704 0.020 0.276
#> GSM11487 1 0.1675 0.7919 0.948 0.004 0.004 0.044
#> GSM11488 4 0.5680 0.3543 0.004 0.020 0.408 0.568
#> GSM11489 2 0.5866 0.5862 0.016 0.656 0.032 0.296
#> GSM11490 3 0.5754 0.4104 0.008 0.016 0.548 0.428
#> GSM11491 1 0.1004 0.7951 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM11492 4 0.5509 0.3002 0.012 0.004 0.424 0.560
#> GSM11493 4 0.6247 0.3709 0.000 0.056 0.428 0.516
#> GSM11494 4 0.5649 -0.1555 0.000 0.028 0.392 0.580
#> GSM11495 4 0.6102 0.2295 0.000 0.116 0.212 0.672
#> GSM11496 4 0.7676 -0.0163 0.000 0.240 0.308 0.452
#> GSM11497 2 0.2820 0.8309 0.020 0.904 0.008 0.068
#> GSM11498 2 0.4733 0.7792 0.064 0.800 0.008 0.128
#> GSM11499 4 0.7447 0.4268 0.004 0.260 0.204 0.532
#> GSM11500 4 0.7668 0.1740 0.000 0.348 0.220 0.432
#> GSM11501 4 0.7590 0.4500 0.016 0.208 0.220 0.556
#> GSM11502 2 0.0895 0.8414 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM11503 2 0.0921 0.8407 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM11504 4 0.5392 0.2963 0.012 0.000 0.460 0.528
#> GSM11505 2 0.1807 0.8363 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM11506 2 0.2271 0.8303 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM11507 2 0.1792 0.8274 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM11508 3 0.2773 0.5442 0.004 0.000 0.880 0.116
#> GSM11509 3 0.5018 0.4977 0.000 0.012 0.656 0.332
#> GSM11510 2 0.5048 0.6947 0.032 0.744 0.008 0.216
#> GSM11511 1 0.4947 0.7376 0.780 0.012 0.048 0.160
#> GSM11512 4 0.5321 0.3105 0.004 0.004 0.464 0.528
#> GSM11513 3 0.3945 0.5576 0.004 0.000 0.780 0.216
#> GSM11514 4 0.8144 0.4087 0.104 0.072 0.308 0.516
#> GSM11515 3 0.4697 0.4722 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM11516 1 0.5924 0.3078 0.556 0.404 0.000 0.040
#> GSM11517 3 0.2402 0.5555 0.012 0.000 0.912 0.076
#> GSM11518 4 0.7316 -0.2926 0.052 0.048 0.408 0.492
#> GSM11519 1 0.1305 0.7941 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM11520 1 0.1639 0.7931 0.952 0.004 0.008 0.036
#> GSM11521 4 0.7137 0.4445 0.000 0.168 0.288 0.544
#> GSM11522 1 0.5771 0.6392 0.704 0.004 0.212 0.080
#> GSM11523 1 0.2871 0.7864 0.896 0.000 0.032 0.072
#> GSM11524 3 0.3280 0.4724 0.016 0.000 0.860 0.124
#> GSM11525 2 0.1022 0.8418 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM11526 3 0.5252 0.0081 0.004 0.004 0.572 0.420
#> GSM11527 2 0.3810 0.7428 0.000 0.804 0.008 0.188
#> GSM11528 2 0.3552 0.7957 0.024 0.848 0.000 0.128
#> GSM11529 2 0.3694 0.7690 0.124 0.844 0.000 0.032
#> GSM11530 3 0.3238 0.5445 0.092 0.008 0.880 0.020
#> GSM11531 2 0.1978 0.8330 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM11532 3 0.5477 0.4316 0.092 0.000 0.728 0.180
#> GSM11533 2 0.3441 0.7772 0.120 0.856 0.000 0.024
#> GSM11534 1 0.5992 0.6573 0.700 0.028 0.048 0.224
#> GSM11535 2 0.2926 0.8219 0.012 0.888 0.004 0.096
#> GSM11536 4 0.7787 0.4256 0.068 0.076 0.324 0.532
#> GSM11537 2 0.1820 0.8392 0.020 0.944 0.000 0.036
#> GSM11538 4 0.8485 0.3487 0.200 0.048 0.276 0.476
#> GSM11539 2 0.1209 0.8421 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM11540 2 0.1211 0.8380 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM11541 4 0.7790 0.2174 0.252 0.000 0.340 0.408
#> GSM11542 2 0.3706 0.7940 0.040 0.848 0.000 0.112
#> GSM11543 4 0.7911 -0.0184 0.364 0.052 0.096 0.488
#> GSM11544 1 0.0672 0.7969 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM11545 1 0.2992 0.7716 0.892 0.016 0.008 0.084
#> GSM11546 2 0.5461 0.6656 0.008 0.736 0.064 0.192
#> GSM11547 2 0.6058 0.5795 0.008 0.668 0.068 0.256
#> GSM11548 3 0.4319 0.5492 0.000 0.012 0.760 0.228
#> GSM11549 1 0.3895 0.7733 0.832 0.000 0.036 0.132
#> GSM11550 1 0.3694 0.7778 0.844 0.000 0.032 0.124
#> GSM11551 3 0.8459 0.1168 0.328 0.020 0.352 0.300
#> GSM11552 3 0.4890 0.4589 0.144 0.000 0.776 0.080
#> GSM11553 2 0.2500 0.8324 0.040 0.916 0.000 0.044
#> GSM11554 2 0.1209 0.8386 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM11555 4 0.8212 0.2386 0.264 0.012 0.336 0.388
#> GSM11556 1 0.7807 -0.0787 0.420 0.000 0.292 0.288
#> GSM11557 2 0.2010 0.8348 0.004 0.932 0.004 0.060
#> GSM11558 2 0.1792 0.8274 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM11559 2 0.2644 0.8261 0.060 0.908 0.000 0.032
#> GSM11560 1 0.3486 0.7667 0.864 0.000 0.044 0.092
#> GSM11561 2 0.1792 0.8274 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM11562 2 0.2214 0.8371 0.028 0.928 0.000 0.044
#> GSM11563 1 0.4265 0.7563 0.832 0.020 0.032 0.116
#> GSM11564 1 0.3829 0.7291 0.828 0.016 0.004 0.152
#> GSM11565 1 0.3672 0.7691 0.864 0.012 0.032 0.092
#> GSM11566 2 0.4040 0.6327 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM11567 4 0.6924 0.4053 0.020 0.064 0.392 0.524
#> GSM11568 1 0.6656 0.4332 0.572 0.348 0.012 0.068
#> GSM11569 2 0.1109 0.8393 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM11570 3 0.5834 0.3857 0.172 0.000 0.704 0.124
#> GSM11571 1 0.4529 0.7443 0.820 0.112 0.016 0.052
#> GSM11572 2 0.8232 0.2693 0.128 0.532 0.072 0.268
#> GSM11573 1 0.4286 0.7378 0.828 0.024 0.024 0.124
#> GSM11574 2 0.2300 0.8283 0.064 0.920 0.000 0.016
#> GSM11575 1 0.7419 0.5853 0.608 0.216 0.036 0.140
#> GSM11576 1 0.2142 0.7861 0.928 0.000 0.016 0.056
#> GSM11577 1 0.5320 0.2575 0.572 0.416 0.000 0.012
#> GSM11578 1 0.5453 0.3593 0.592 0.388 0.000 0.020
#> GSM11579 4 0.7366 0.4420 0.000 0.224 0.252 0.524
#> GSM11580 2 0.5793 0.2733 0.384 0.580 0.000 0.036
#> GSM11581 3 0.3142 0.4683 0.008 0.000 0.860 0.132
#> GSM11582 3 0.7812 -0.1950 0.252 0.000 0.376 0.372
#> GSM11583 3 0.6640 0.4775 0.136 0.004 0.632 0.228
#> GSM11584 3 0.5407 -0.3202 0.000 0.012 0.504 0.484
#> GSM11585 2 0.1724 0.8366 0.032 0.948 0.000 0.020
#> GSM11586 1 0.1543 0.7951 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM11587 1 0.2797 0.7871 0.900 0.000 0.032 0.068
#> GSM11588 1 0.2744 0.7849 0.908 0.020 0.008 0.064
#> GSM11589 1 0.9267 -0.0441 0.408 0.188 0.112 0.292
#> GSM11590 1 0.0376 0.7968 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM11591 2 0.1938 0.8310 0.052 0.936 0.000 0.012
#> GSM11592 1 0.4171 0.7637 0.824 0.000 0.060 0.116
#> GSM11593 1 0.0188 0.7966 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.2089 0.7900 0.932 0.000 0.020 0.048
#> GSM11595 1 0.8047 0.5185 0.576 0.092 0.112 0.220
#> GSM11596 2 0.2940 0.8362 0.036 0.908 0.028 0.028
#> GSM11597 3 0.5715 0.4839 0.028 0.008 0.636 0.328
#> GSM11598 1 0.1305 0.7947 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM11599 3 0.1256 0.5535 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM11600 4 0.7993 0.2135 0.264 0.004 0.344 0.388
#> GSM11601 4 0.8339 -0.0675 0.016 0.280 0.328 0.376
#> GSM11602 1 0.3082 0.7833 0.884 0.000 0.032 0.084
#> GSM11603 1 0.3013 0.7842 0.888 0.000 0.032 0.080
#> GSM11604 3 0.4599 0.4876 0.212 0.000 0.760 0.028
#> GSM11605 4 0.8025 0.2042 0.320 0.004 0.288 0.388
#> GSM11606 2 0.2775 0.8146 0.084 0.896 0.000 0.020
#> GSM11607 1 0.0524 0.7965 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM11608 3 0.6316 0.2659 0.324 0.000 0.596 0.080
#> GSM11609 4 0.7874 0.4303 0.064 0.088 0.320 0.528
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.8458 0.2759 0.128 0.012 0.192 0.372 0.296
#> GSM11438 2 0.6659 -0.0531 0.000 0.436 0.012 0.156 0.396
#> GSM11439 5 0.4234 0.3587 0.004 0.004 0.296 0.004 0.692
#> GSM11440 3 0.4952 0.6184 0.032 0.000 0.724 0.204 0.040
#> GSM11441 5 0.5921 0.1826 0.044 0.000 0.368 0.036 0.552
#> GSM11442 5 0.5930 0.1297 0.000 0.000 0.372 0.112 0.516
#> GSM11443 2 0.3675 0.7377 0.000 0.788 0.000 0.024 0.188
#> GSM11444 3 0.4108 0.5379 0.000 0.000 0.684 0.008 0.308
#> GSM11445 3 0.4221 0.6997 0.000 0.000 0.780 0.108 0.112
#> GSM11446 3 0.4457 0.4303 0.000 0.000 0.620 0.012 0.368
#> GSM11447 5 0.4691 0.2908 0.000 0.004 0.340 0.020 0.636
#> GSM11448 1 0.7069 0.3564 0.488 0.100 0.028 0.024 0.360
#> GSM11449 1 0.6353 0.3543 0.532 0.008 0.360 0.020 0.080
#> GSM11450 1 0.4207 0.6993 0.792 0.008 0.040 0.008 0.152
#> GSM11451 2 0.0932 0.7927 0.004 0.972 0.000 0.020 0.004
#> GSM11452 2 0.3357 0.7187 0.136 0.836 0.000 0.016 0.012
#> GSM11453 1 0.2756 0.7174 0.880 0.000 0.004 0.092 0.024
#> GSM11454 3 0.4096 0.6396 0.000 0.000 0.760 0.040 0.200
#> GSM11455 5 0.6962 0.1640 0.000 0.196 0.024 0.296 0.484
#> GSM11456 5 0.6000 0.3608 0.028 0.328 0.024 0.028 0.592
#> GSM11457 2 0.2067 0.7963 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> GSM11458 3 0.3761 0.6522 0.028 0.000 0.840 0.064 0.068
#> GSM11459 3 0.3555 0.6865 0.000 0.000 0.824 0.052 0.124
#> GSM11460 4 0.7915 0.2936 0.220 0.000 0.252 0.428 0.100
#> GSM11461 3 0.8010 0.1646 0.112 0.032 0.460 0.088 0.308
#> GSM11462 3 0.3907 0.6429 0.044 0.000 0.828 0.096 0.032
#> GSM11463 2 0.3239 0.7578 0.004 0.828 0.000 0.012 0.156
#> GSM11464 1 0.5958 0.6099 0.676 0.000 0.072 0.172 0.080
#> GSM11465 5 0.8284 0.1807 0.196 0.344 0.060 0.032 0.368
#> GSM11466 3 0.7561 0.1469 0.096 0.000 0.436 0.128 0.340
#> GSM11467 1 0.6594 0.5041 0.608 0.000 0.088 0.216 0.088
#> GSM11468 3 0.2984 0.7142 0.000 0.000 0.860 0.108 0.032
#> GSM11469 3 0.3458 0.7043 0.056 0.000 0.860 0.048 0.036
#> GSM11470 1 0.3466 0.7208 0.856 0.000 0.028 0.076 0.040
#> GSM11471 1 0.5543 0.6521 0.716 0.028 0.060 0.020 0.176
#> GSM11472 1 0.8487 -0.0544 0.336 0.000 0.216 0.244 0.204
#> GSM11473 5 0.4560 0.4736 0.000 0.268 0.020 0.012 0.700
#> GSM11474 2 0.3326 0.7598 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> GSM11475 3 0.4593 0.6625 0.000 0.000 0.736 0.184 0.080
#> GSM11476 4 0.5952 0.5191 0.000 0.044 0.060 0.620 0.276
#> GSM11477 2 0.0566 0.7936 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM11478 2 0.3116 0.7764 0.000 0.860 0.000 0.064 0.076
#> GSM11479 5 0.5102 0.5001 0.000 0.144 0.020 0.104 0.732
#> GSM11480 2 0.3159 0.7710 0.000 0.856 0.000 0.088 0.056
#> GSM11481 4 0.5000 0.5990 0.100 0.000 0.148 0.736 0.016
#> GSM11482 4 0.5940 0.5573 0.000 0.032 0.092 0.640 0.236
#> GSM11483 5 0.5907 0.3944 0.000 0.176 0.008 0.188 0.628
#> GSM11484 4 0.4450 0.6297 0.012 0.000 0.092 0.780 0.116
#> GSM11485 4 0.5968 0.3546 0.000 0.096 0.008 0.548 0.348
#> GSM11486 5 0.4744 -0.0796 0.000 0.476 0.000 0.016 0.508
#> GSM11487 1 0.2746 0.7063 0.872 0.000 0.008 0.112 0.008
#> GSM11488 4 0.4597 0.6249 0.012 0.000 0.080 0.764 0.144
#> GSM11489 5 0.6580 0.0383 0.020 0.432 0.020 0.068 0.460
#> GSM11490 5 0.4309 0.3659 0.004 0.004 0.288 0.008 0.696
#> GSM11491 1 0.2237 0.7213 0.904 0.000 0.004 0.084 0.008
#> GSM11492 4 0.4965 0.6083 0.012 0.000 0.112 0.736 0.140
#> GSM11493 4 0.5659 0.5610 0.000 0.016 0.096 0.652 0.236
#> GSM11494 5 0.5730 0.4260 0.000 0.004 0.176 0.180 0.640
#> GSM11495 5 0.5752 0.4051 0.000 0.032 0.092 0.208 0.668
#> GSM11496 5 0.4580 0.5315 0.000 0.084 0.128 0.016 0.772
#> GSM11497 2 0.2976 0.7665 0.012 0.852 0.000 0.004 0.132
#> GSM11498 2 0.5711 0.5756 0.048 0.636 0.008 0.024 0.284
#> GSM11499 4 0.5733 0.4121 0.000 0.096 0.004 0.588 0.312
#> GSM11500 5 0.6551 0.4622 0.000 0.168 0.084 0.120 0.628
#> GSM11501 4 0.5872 0.4915 0.004 0.068 0.024 0.624 0.280
#> GSM11502 2 0.1299 0.7955 0.008 0.960 0.000 0.012 0.020
#> GSM11503 2 0.2628 0.7877 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> GSM11504 4 0.5283 0.6032 0.016 0.000 0.144 0.712 0.128
#> GSM11505 2 0.3454 0.7597 0.000 0.816 0.000 0.028 0.156
#> GSM11506 2 0.4462 0.7141 0.000 0.740 0.000 0.064 0.196
#> GSM11507 2 0.3297 0.7662 0.000 0.848 0.000 0.084 0.068
#> GSM11508 3 0.4545 0.6827 0.000 0.000 0.752 0.132 0.116
#> GSM11509 3 0.5122 0.2984 0.000 0.004 0.556 0.032 0.408
#> GSM11510 2 0.6607 0.5729 0.028 0.580 0.004 0.148 0.240
#> GSM11511 1 0.5823 0.6223 0.644 0.004 0.068 0.028 0.256
#> GSM11512 4 0.4717 0.6214 0.000 0.000 0.120 0.736 0.144
#> GSM11513 3 0.4133 0.6382 0.000 0.000 0.768 0.052 0.180
#> GSM11514 4 0.6059 0.6075 0.112 0.032 0.080 0.712 0.064
#> GSM11515 3 0.5884 0.0894 0.000 0.000 0.480 0.100 0.420
#> GSM11516 1 0.6026 0.2540 0.508 0.412 0.012 0.008 0.060
#> GSM11517 3 0.3702 0.7044 0.000 0.000 0.820 0.084 0.096
#> GSM11518 5 0.4967 0.4290 0.048 0.004 0.212 0.016 0.720
#> GSM11519 1 0.2177 0.7200 0.908 0.000 0.004 0.080 0.008
#> GSM11520 1 0.2354 0.7238 0.904 0.000 0.012 0.076 0.008
#> GSM11521 4 0.5951 0.5272 0.000 0.060 0.052 0.636 0.252
#> GSM11522 1 0.6296 0.5199 0.596 0.004 0.268 0.024 0.108
#> GSM11523 1 0.4733 0.6987 0.776 0.000 0.108 0.040 0.076
#> GSM11524 3 0.3878 0.6300 0.000 0.000 0.748 0.236 0.016
#> GSM11525 2 0.2470 0.7858 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> GSM11526 4 0.6016 0.4738 0.004 0.000 0.216 0.600 0.180
#> GSM11527 2 0.6086 0.3796 0.000 0.548 0.004 0.128 0.320
#> GSM11528 2 0.5299 0.7145 0.020 0.732 0.008 0.108 0.132
#> GSM11529 2 0.2424 0.7819 0.052 0.908 0.000 0.008 0.032
#> GSM11530 3 0.3255 0.7040 0.068 0.000 0.868 0.040 0.024
#> GSM11531 2 0.2770 0.7661 0.004 0.864 0.000 0.008 0.124
#> GSM11532 3 0.5694 0.5999 0.024 0.000 0.672 0.196 0.108
#> GSM11533 2 0.2201 0.7824 0.040 0.920 0.000 0.008 0.032
#> GSM11534 1 0.6692 0.5896 0.624 0.040 0.028 0.096 0.212
#> GSM11535 2 0.3325 0.7493 0.008 0.832 0.004 0.008 0.148
#> GSM11536 4 0.4491 0.6419 0.036 0.020 0.052 0.812 0.080
#> GSM11537 2 0.1904 0.7863 0.016 0.936 0.000 0.028 0.020
#> GSM11538 4 0.5391 0.6185 0.088 0.016 0.092 0.752 0.052
#> GSM11539 2 0.1809 0.7944 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> GSM11540 2 0.2300 0.7920 0.000 0.908 0.000 0.040 0.052
#> GSM11541 4 0.5901 0.5636 0.112 0.000 0.136 0.688 0.064
#> GSM11542 2 0.5023 0.7203 0.040 0.768 0.008 0.100 0.084
#> GSM11543 5 0.7083 0.1615 0.296 0.028 0.040 0.092 0.544
#> GSM11544 1 0.1970 0.7272 0.924 0.000 0.004 0.060 0.012
#> GSM11545 1 0.3927 0.6770 0.804 0.008 0.008 0.156 0.024
#> GSM11546 2 0.6508 0.4664 0.000 0.568 0.100 0.044 0.288
#> GSM11547 2 0.6411 0.2787 0.000 0.520 0.088 0.032 0.360
#> GSM11548 3 0.4335 0.6059 0.000 0.004 0.740 0.036 0.220
#> GSM11549 1 0.6105 0.6504 0.656 0.000 0.120 0.048 0.176
#> GSM11550 1 0.5594 0.6762 0.700 0.000 0.080 0.048 0.172
#> GSM11551 5 0.7591 0.2097 0.260 0.016 0.204 0.040 0.480
#> GSM11552 3 0.3751 0.6516 0.028 0.000 0.832 0.108 0.032
#> GSM11553 2 0.3189 0.7535 0.080 0.868 0.000 0.032 0.020
#> GSM11554 2 0.1106 0.7960 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM11555 4 0.5614 0.5680 0.148 0.000 0.148 0.684 0.020
#> GSM11556 4 0.6811 0.3843 0.256 0.000 0.184 0.532 0.028
#> GSM11557 2 0.2911 0.7672 0.004 0.852 0.000 0.008 0.136
#> GSM11558 2 0.3110 0.7723 0.000 0.860 0.000 0.080 0.060
#> GSM11559 2 0.3416 0.7385 0.096 0.852 0.000 0.020 0.032
#> GSM11560 1 0.6269 0.5932 0.644 0.000 0.164 0.140 0.052
#> GSM11561 2 0.3359 0.7640 0.000 0.844 0.000 0.084 0.072
#> GSM11562 2 0.1913 0.7868 0.020 0.936 0.000 0.024 0.020
#> GSM11563 1 0.5050 0.6750 0.752 0.044 0.024 0.020 0.160
#> GSM11564 1 0.4815 0.6276 0.732 0.004 0.020 0.208 0.036
#> GSM11565 1 0.4443 0.6923 0.788 0.016 0.028 0.020 0.148
#> GSM11566 2 0.5544 0.5077 0.000 0.624 0.004 0.280 0.092
#> GSM11567 4 0.6361 0.5879 0.036 0.028 0.084 0.656 0.196
#> GSM11568 1 0.6669 0.4711 0.560 0.284 0.016 0.016 0.124
#> GSM11569 2 0.1106 0.7955 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM11570 3 0.4250 0.6185 0.032 0.000 0.792 0.144 0.032
#> GSM11571 1 0.7110 0.5824 0.612 0.192 0.092 0.052 0.052
#> GSM11572 2 0.8150 0.2051 0.188 0.440 0.004 0.224 0.144
#> GSM11573 1 0.4997 0.6237 0.728 0.028 0.008 0.204 0.032
#> GSM11574 2 0.3038 0.7540 0.088 0.872 0.000 0.024 0.016
#> GSM11575 1 0.7862 0.4112 0.476 0.260 0.044 0.032 0.188
#> GSM11576 1 0.4587 0.6877 0.788 0.000 0.100 0.068 0.044
#> GSM11577 2 0.5423 0.0937 0.460 0.496 0.000 0.024 0.020
#> GSM11578 1 0.5290 0.2783 0.548 0.412 0.000 0.020 0.020
#> GSM11579 4 0.6649 0.4172 0.000 0.136 0.040 0.568 0.256
#> GSM11580 2 0.5827 0.5446 0.224 0.676 0.024 0.040 0.036
#> GSM11581 3 0.3878 0.6289 0.000 0.000 0.748 0.236 0.016
#> GSM11582 4 0.6394 0.5031 0.100 0.000 0.196 0.632 0.072
#> GSM11583 3 0.5597 0.5445 0.032 0.000 0.696 0.112 0.160
#> GSM11584 4 0.6023 0.5530 0.000 0.004 0.188 0.600 0.208
#> GSM11585 2 0.1413 0.7915 0.012 0.956 0.000 0.012 0.020
#> GSM11586 1 0.2026 0.7318 0.928 0.000 0.016 0.012 0.044
#> GSM11587 1 0.4817 0.6960 0.772 0.000 0.108 0.048 0.072
#> GSM11588 1 0.3554 0.7129 0.848 0.012 0.008 0.100 0.032
#> GSM11589 4 0.8492 0.0850 0.296 0.284 0.044 0.328 0.048
#> GSM11590 1 0.0865 0.7328 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM11591 2 0.1787 0.7844 0.044 0.936 0.000 0.016 0.004
#> GSM11592 1 0.4660 0.6799 0.752 0.000 0.044 0.024 0.180
#> GSM11593 1 0.0703 0.7329 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM11594 1 0.2635 0.7215 0.888 0.000 0.016 0.088 0.008
#> GSM11595 1 0.7739 0.1436 0.408 0.128 0.068 0.016 0.380
#> GSM11596 2 0.3365 0.7811 0.004 0.868 0.056 0.024 0.048
#> GSM11597 5 0.5326 -0.0168 0.028 0.000 0.464 0.012 0.496
#> GSM11598 1 0.2568 0.7184 0.888 0.000 0.004 0.092 0.016
#> GSM11599 3 0.3146 0.7123 0.000 0.000 0.856 0.092 0.052
#> GSM11600 4 0.5440 0.5669 0.120 0.000 0.160 0.700 0.020
#> GSM11601 5 0.5971 0.4900 0.004 0.192 0.176 0.004 0.624
#> GSM11602 1 0.4885 0.6946 0.768 0.000 0.108 0.052 0.072
#> GSM11603 1 0.4817 0.6960 0.772 0.000 0.108 0.048 0.072
#> GSM11604 3 0.3147 0.6750 0.112 0.000 0.856 0.008 0.024
#> GSM11605 4 0.6029 0.5442 0.172 0.000 0.136 0.656 0.036
#> GSM11606 2 0.3262 0.7389 0.104 0.856 0.000 0.020 0.020
#> GSM11607 1 0.1864 0.7249 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> GSM11608 3 0.5053 0.5620 0.112 0.000 0.752 0.096 0.040
#> GSM11609 4 0.6395 0.5915 0.024 0.032 0.092 0.644 0.208
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 6 0.8365 -0.19774 0.108 0.016 0.068 0.200 0.200 0.408
#> GSM11438 2 0.7311 -0.15961 0.000 0.348 0.020 0.284 0.300 0.048
#> GSM11439 5 0.3254 0.55243 0.000 0.008 0.172 0.000 0.804 0.016
#> GSM11440 3 0.3406 0.74515 0.024 0.004 0.852 0.076 0.028 0.016
#> GSM11441 5 0.5740 0.46115 0.004 0.000 0.264 0.040 0.600 0.092
#> GSM11442 5 0.5278 0.46573 0.000 0.000 0.248 0.140 0.608 0.004
#> GSM11443 2 0.4983 0.61687 0.000 0.676 0.000 0.032 0.224 0.068
#> GSM11444 3 0.3713 0.59211 0.000 0.000 0.704 0.004 0.284 0.008
#> GSM11445 3 0.2776 0.74831 0.000 0.000 0.860 0.032 0.104 0.004
#> GSM11446 3 0.4256 0.30589 0.000 0.000 0.564 0.012 0.420 0.004
#> GSM11447 5 0.3649 0.52866 0.000 0.004 0.204 0.016 0.768 0.008
#> GSM11448 6 0.7300 0.28369 0.240 0.052 0.020 0.000 0.328 0.360
#> GSM11449 3 0.6913 -0.15451 0.232 0.004 0.420 0.000 0.052 0.292
#> GSM11450 1 0.6755 -0.19363 0.408 0.004 0.056 0.000 0.160 0.372
#> GSM11451 2 0.1465 0.73696 0.004 0.948 0.000 0.020 0.004 0.024
#> GSM11452 2 0.2831 0.71818 0.048 0.872 0.000 0.000 0.016 0.064
#> GSM11453 1 0.1015 0.57689 0.968 0.004 0.000 0.012 0.004 0.012
#> GSM11454 3 0.3479 0.71282 0.000 0.000 0.812 0.024 0.140 0.024
#> GSM11455 5 0.6633 0.33265 0.000 0.128 0.040 0.332 0.480 0.020
#> GSM11456 5 0.5765 0.45096 0.008 0.212 0.016 0.032 0.648 0.084
#> GSM11457 2 0.2981 0.73389 0.000 0.868 0.000 0.052 0.040 0.040
#> GSM11458 3 0.3967 0.68578 0.024 0.000 0.748 0.004 0.012 0.212
#> GSM11459 3 0.2624 0.73474 0.000 0.000 0.880 0.024 0.080 0.016
#> GSM11460 6 0.7773 -0.16347 0.212 0.000 0.108 0.216 0.040 0.424
#> GSM11461 5 0.8070 0.25486 0.080 0.016 0.200 0.044 0.396 0.264
#> GSM11462 3 0.3788 0.69683 0.024 0.000 0.772 0.012 0.004 0.188
#> GSM11463 2 0.4479 0.65698 0.000 0.732 0.000 0.024 0.180 0.064
#> GSM11464 1 0.6906 0.19616 0.500 0.000 0.056 0.108 0.040 0.296
#> GSM11465 5 0.7747 0.19033 0.076 0.260 0.040 0.012 0.444 0.168
#> GSM11466 5 0.7324 0.34540 0.040 0.000 0.284 0.108 0.468 0.100
#> GSM11467 1 0.7025 0.15612 0.468 0.000 0.072 0.092 0.040 0.328
#> GSM11468 3 0.1624 0.76475 0.000 0.000 0.936 0.044 0.008 0.012
#> GSM11469 3 0.1690 0.76454 0.004 0.000 0.940 0.020 0.020 0.016
#> GSM11470 1 0.3845 0.46289 0.756 0.000 0.000 0.028 0.012 0.204
#> GSM11471 1 0.6784 -0.20599 0.404 0.008 0.072 0.000 0.120 0.396
#> GSM11472 1 0.7709 0.08637 0.464 0.000 0.176 0.172 0.144 0.044
#> GSM11473 5 0.4788 0.50393 0.000 0.148 0.008 0.028 0.732 0.084
#> GSM11474 2 0.4663 0.66486 0.000 0.728 0.000 0.040 0.168 0.064
#> GSM11475 3 0.3882 0.73412 0.008 0.000 0.812 0.100 0.040 0.040
#> GSM11476 4 0.3185 0.57547 0.000 0.012 0.008 0.836 0.128 0.016
#> GSM11477 2 0.1350 0.74068 0.000 0.952 0.000 0.008 0.020 0.020
#> GSM11478 2 0.3514 0.71690 0.000 0.824 0.000 0.108 0.036 0.032
#> GSM11479 5 0.5752 0.44152 0.000 0.072 0.016 0.268 0.608 0.036
#> GSM11480 2 0.3470 0.71465 0.000 0.820 0.000 0.124 0.028 0.028
#> GSM11481 4 0.7013 0.57607 0.176 0.000 0.128 0.536 0.020 0.140
#> GSM11482 4 0.3683 0.59901 0.000 0.016 0.036 0.820 0.112 0.016
#> GSM11483 5 0.5711 0.17907 0.000 0.068 0.004 0.436 0.464 0.028
#> GSM11484 4 0.5610 0.62727 0.072 0.000 0.044 0.704 0.076 0.104
#> GSM11485 4 0.4727 0.44096 0.000 0.060 0.004 0.716 0.192 0.028
#> GSM11486 5 0.5728 0.27236 0.000 0.304 0.000 0.064 0.572 0.060
#> GSM11487 1 0.1204 0.57292 0.960 0.004 0.000 0.016 0.004 0.016
#> GSM11488 4 0.5224 0.63249 0.044 0.004 0.036 0.736 0.076 0.104
#> GSM11489 5 0.7396 0.27777 0.008 0.304 0.024 0.132 0.448 0.084
#> GSM11490 5 0.3492 0.55186 0.000 0.004 0.176 0.000 0.788 0.032
#> GSM11491 1 0.0665 0.57859 0.980 0.004 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM11492 4 0.6220 0.60256 0.072 0.000 0.068 0.656 0.100 0.104
#> GSM11493 4 0.3375 0.60707 0.000 0.008 0.032 0.832 0.116 0.012
#> GSM11494 5 0.4525 0.48325 0.000 0.000 0.088 0.228 0.684 0.000
#> GSM11495 5 0.5273 0.17924 0.000 0.008 0.024 0.424 0.512 0.032
#> GSM11496 5 0.3405 0.56644 0.000 0.044 0.048 0.012 0.852 0.044
#> GSM11497 2 0.4389 0.67201 0.008 0.728 0.000 0.000 0.180 0.084
#> GSM11498 2 0.6655 0.46815 0.044 0.524 0.004 0.024 0.292 0.112
#> GSM11499 4 0.4104 0.49252 0.000 0.048 0.000 0.760 0.172 0.020
#> GSM11500 5 0.7006 0.37919 0.000 0.092 0.084 0.260 0.520 0.044
#> GSM11501 4 0.3945 0.56343 0.004 0.032 0.020 0.816 0.100 0.028
#> GSM11502 2 0.1312 0.73968 0.008 0.956 0.000 0.004 0.012 0.020
#> GSM11503 2 0.3895 0.70831 0.000 0.800 0.000 0.032 0.108 0.060
#> GSM11504 4 0.6396 0.55766 0.032 0.000 0.060 0.576 0.080 0.252
#> GSM11505 2 0.4593 0.66108 0.000 0.728 0.000 0.032 0.176 0.064
#> GSM11506 2 0.5874 0.59402 0.000 0.620 0.000 0.116 0.192 0.072
#> GSM11507 2 0.3706 0.70324 0.000 0.800 0.000 0.140 0.032 0.028
#> GSM11508 3 0.3159 0.72892 0.000 0.000 0.840 0.072 0.084 0.004
#> GSM11509 3 0.4964 0.31485 0.004 0.000 0.568 0.020 0.380 0.028
#> GSM11510 2 0.7546 0.45111 0.036 0.476 0.004 0.180 0.212 0.092
#> GSM11511 6 0.6157 0.22264 0.372 0.004 0.012 0.000 0.168 0.444
#> GSM11512 4 0.5510 0.58765 0.020 0.000 0.032 0.660 0.076 0.212
#> GSM11513 3 0.3465 0.69150 0.000 0.000 0.820 0.044 0.120 0.016
#> GSM11514 4 0.7978 0.51437 0.216 0.048 0.060 0.484 0.056 0.136
#> GSM11515 5 0.5780 0.35711 0.000 0.000 0.344 0.136 0.508 0.012
#> GSM11516 2 0.6456 0.00252 0.204 0.472 0.000 0.000 0.036 0.288
#> GSM11517 3 0.2351 0.75288 0.000 0.000 0.900 0.036 0.052 0.012
#> GSM11518 5 0.5466 0.47259 0.008 0.000 0.136 0.032 0.668 0.156
#> GSM11519 1 0.0551 0.57877 0.984 0.004 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11520 1 0.1484 0.57596 0.944 0.004 0.008 0.004 0.000 0.040
#> GSM11521 4 0.3520 0.57329 0.000 0.036 0.020 0.840 0.084 0.020
#> GSM11522 6 0.7219 0.17254 0.304 0.004 0.304 0.000 0.068 0.320
#> GSM11523 1 0.4411 -0.03161 0.504 0.000 0.008 0.000 0.012 0.476
#> GSM11524 3 0.2841 0.74467 0.004 0.000 0.852 0.124 0.012 0.008
#> GSM11525 2 0.3020 0.73252 0.000 0.864 0.000 0.032 0.064 0.040
#> GSM11526 4 0.7860 0.43111 0.040 0.000 0.144 0.404 0.148 0.264
#> GSM11527 2 0.6882 0.30245 0.000 0.440 0.000 0.300 0.180 0.080
#> GSM11528 2 0.6663 0.61694 0.028 0.604 0.004 0.124 0.128 0.112
#> GSM11529 2 0.2103 0.73226 0.020 0.912 0.000 0.000 0.012 0.056
#> GSM11530 3 0.3024 0.75408 0.032 0.016 0.884 0.020 0.028 0.020
#> GSM11531 2 0.3997 0.68279 0.000 0.764 0.000 0.004 0.152 0.080
#> GSM11532 3 0.5698 0.61020 0.016 0.000 0.672 0.076 0.080 0.156
#> GSM11533 2 0.2428 0.73027 0.020 0.896 0.000 0.000 0.024 0.060
#> GSM11534 6 0.7908 0.24053 0.312 0.020 0.028 0.116 0.124 0.400
#> GSM11535 2 0.4449 0.65590 0.000 0.712 0.000 0.000 0.164 0.124
#> GSM11536 4 0.4956 0.64368 0.064 0.004 0.048 0.752 0.024 0.108
#> GSM11537 2 0.2574 0.72397 0.008 0.896 0.000 0.020 0.028 0.048
#> GSM11538 4 0.6758 0.59036 0.096 0.008 0.084 0.588 0.032 0.192
#> GSM11539 2 0.3220 0.72005 0.000 0.844 0.000 0.016 0.088 0.052
#> GSM11540 2 0.2911 0.73391 0.000 0.872 0.000 0.052 0.040 0.036
#> GSM11541 4 0.7130 0.47783 0.092 0.000 0.088 0.476 0.040 0.304
#> GSM11542 2 0.5970 0.64687 0.032 0.676 0.004 0.112 0.084 0.092
#> GSM11543 6 0.7852 0.04813 0.080 0.000 0.044 0.228 0.320 0.328
#> GSM11544 1 0.1615 0.56820 0.928 0.004 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM11545 1 0.2723 0.53906 0.892 0.024 0.000 0.024 0.020 0.040
#> GSM11546 2 0.7087 0.40585 0.000 0.496 0.020 0.080 0.232 0.172
#> GSM11547 5 0.7066 0.15909 0.000 0.320 0.020 0.060 0.440 0.160
#> GSM11548 3 0.3811 0.69851 0.004 0.000 0.792 0.024 0.152 0.028
#> GSM11549 6 0.5563 0.19010 0.376 0.000 0.016 0.004 0.080 0.524
#> GSM11550 6 0.5698 0.13364 0.428 0.000 0.020 0.004 0.080 0.468
#> GSM11551 6 0.7543 0.18581 0.096 0.004 0.148 0.024 0.328 0.400
#> GSM11552 3 0.3788 0.69497 0.024 0.000 0.772 0.012 0.004 0.188
#> GSM11553 2 0.3492 0.70847 0.040 0.848 0.000 0.020 0.032 0.060
#> GSM11554 2 0.2201 0.73857 0.000 0.912 0.000 0.028 0.032 0.028
#> GSM11555 4 0.7712 0.46085 0.264 0.004 0.140 0.416 0.020 0.156
#> GSM11556 1 0.7813 -0.28723 0.340 0.000 0.148 0.312 0.020 0.180
#> GSM11557 2 0.3707 0.68136 0.000 0.784 0.000 0.004 0.156 0.056
#> GSM11558 2 0.3196 0.71326 0.000 0.832 0.000 0.128 0.020 0.020
#> GSM11559 2 0.3894 0.69236 0.056 0.824 0.008 0.008 0.032 0.072
#> GSM11560 1 0.4188 0.36998 0.712 0.000 0.048 0.004 0.000 0.236
#> GSM11561 2 0.3556 0.70427 0.000 0.808 0.000 0.140 0.024 0.028
#> GSM11562 2 0.2574 0.72397 0.008 0.896 0.000 0.020 0.028 0.048
#> GSM11563 1 0.6725 -0.14664 0.440 0.040 0.016 0.004 0.124 0.376
#> GSM11564 1 0.3824 0.48376 0.804 0.004 0.008 0.132 0.012 0.040
#> GSM11565 1 0.5753 -0.06748 0.504 0.008 0.008 0.000 0.108 0.372
#> GSM11566 2 0.5291 0.42887 0.008 0.568 0.000 0.360 0.032 0.032
#> GSM11567 4 0.3739 0.61149 0.004 0.008 0.036 0.832 0.068 0.052
#> GSM11568 6 0.7248 0.24515 0.240 0.288 0.004 0.000 0.084 0.384
#> GSM11569 2 0.1478 0.73926 0.000 0.944 0.000 0.032 0.020 0.004
#> GSM11570 3 0.3788 0.69683 0.024 0.000 0.772 0.012 0.004 0.188
#> GSM11571 6 0.6255 0.19335 0.292 0.240 0.008 0.000 0.004 0.456
#> GSM11572 2 0.7698 0.28481 0.116 0.436 0.008 0.300 0.052 0.088
#> GSM11573 1 0.3711 0.49158 0.836 0.044 0.000 0.048 0.020 0.052
#> GSM11574 2 0.3276 0.70708 0.052 0.856 0.000 0.008 0.028 0.056
#> GSM11575 6 0.7832 0.27447 0.216 0.284 0.012 0.000 0.164 0.324
#> GSM11576 1 0.3679 0.39025 0.724 0.000 0.012 0.004 0.000 0.260
#> GSM11577 2 0.5259 0.39964 0.300 0.596 0.000 0.000 0.012 0.092
#> GSM11578 2 0.5727 0.16465 0.388 0.500 0.000 0.000 0.032 0.080
#> GSM11579 4 0.5068 0.45226 0.000 0.116 0.032 0.732 0.092 0.028
#> GSM11580 2 0.4966 0.56329 0.104 0.684 0.004 0.000 0.012 0.196
#> GSM11581 3 0.2948 0.74012 0.004 0.000 0.840 0.136 0.016 0.004
#> GSM11582 4 0.7825 0.38440 0.124 0.000 0.136 0.356 0.044 0.340
#> GSM11583 3 0.7005 0.36341 0.024 0.000 0.496 0.056 0.196 0.228
#> GSM11584 4 0.3862 0.59940 0.000 0.004 0.084 0.800 0.100 0.012
#> GSM11585 2 0.1908 0.73387 0.012 0.924 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM11586 1 0.3861 0.26183 0.672 0.000 0.008 0.004 0.000 0.316
#> GSM11587 1 0.4227 -0.03835 0.496 0.000 0.008 0.000 0.004 0.492
#> GSM11588 1 0.2446 0.55045 0.904 0.020 0.000 0.012 0.020 0.044
#> GSM11589 2 0.8210 -0.01368 0.264 0.348 0.036 0.232 0.012 0.108
#> GSM11590 1 0.2243 0.54071 0.880 0.004 0.000 0.004 0.000 0.112
#> GSM11591 2 0.1838 0.73302 0.020 0.928 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM11592 1 0.6347 -0.15176 0.464 0.000 0.032 0.012 0.116 0.376
#> GSM11593 1 0.2006 0.54199 0.892 0.004 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM11594 1 0.1080 0.57694 0.960 0.000 0.004 0.004 0.000 0.032
#> GSM11595 5 0.7807 0.00798 0.160 0.108 0.040 0.008 0.452 0.232
#> GSM11596 2 0.4032 0.71881 0.008 0.824 0.056 0.052 0.024 0.036
#> GSM11597 5 0.5031 0.39359 0.004 0.000 0.332 0.012 0.600 0.052
#> GSM11598 1 0.1338 0.57811 0.952 0.004 0.000 0.004 0.008 0.032
#> GSM11599 3 0.1768 0.76289 0.004 0.000 0.932 0.040 0.020 0.004
#> GSM11600 4 0.7677 0.48533 0.224 0.000 0.152 0.420 0.020 0.184
#> GSM11601 5 0.5505 0.54624 0.000 0.092 0.144 0.008 0.684 0.072
#> GSM11602 6 0.4226 -0.04477 0.484 0.000 0.008 0.000 0.004 0.504
#> GSM11603 6 0.4227 -0.04964 0.488 0.000 0.008 0.000 0.004 0.500
#> GSM11604 3 0.2626 0.75899 0.044 0.000 0.896 0.020 0.020 0.020
#> GSM11605 4 0.7270 0.47420 0.268 0.000 0.128 0.460 0.016 0.128
#> GSM11606 2 0.3705 0.69401 0.064 0.828 0.000 0.008 0.032 0.068
#> GSM11607 1 0.0935 0.57601 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM11608 3 0.3936 0.69205 0.032 0.000 0.764 0.012 0.004 0.188
#> GSM11609 4 0.4209 0.61378 0.012 0.016 0.072 0.800 0.088 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:kmeans 139 0.04213 2
#> MAD:kmeans 142 0.13741 3
#> MAD:kmeans 100 0.00139 4
#> MAD:kmeans 125 0.01047 5
#> MAD:kmeans 98 0.00849 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.596 0.807 0.914 0.5027 0.498 0.498
#> 3 3 0.583 0.680 0.859 0.3324 0.682 0.444
#> 4 4 0.484 0.518 0.716 0.1206 0.868 0.631
#> 5 5 0.509 0.465 0.673 0.0644 0.880 0.590
#> 6 6 0.548 0.366 0.592 0.0410 0.931 0.713
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.6623 0.7812 0.828 0.172
#> GSM11438 2 0.0376 0.9009 0.004 0.996
#> GSM11439 2 0.9552 0.3959 0.376 0.624
#> GSM11440 1 0.0376 0.9022 0.996 0.004
#> GSM11441 1 0.0938 0.8995 0.988 0.012
#> GSM11442 2 0.6048 0.7920 0.148 0.852
#> GSM11443 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.4562 0.8531 0.904 0.096
#> GSM11445 1 0.9087 0.5429 0.676 0.324
#> GSM11446 1 0.3879 0.8661 0.924 0.076
#> GSM11447 2 0.9170 0.4952 0.332 0.668
#> GSM11448 2 0.7219 0.7399 0.200 0.800
#> GSM11449 1 0.1184 0.8991 0.984 0.016
#> GSM11450 1 0.0938 0.9003 0.988 0.012
#> GSM11451 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.6801 0.7523 0.180 0.820
#> GSM11453 1 0.2423 0.8916 0.960 0.040
#> GSM11454 1 0.3114 0.8788 0.944 0.056
#> GSM11455 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11458 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11460 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.1633 0.8994 0.976 0.024
#> GSM11462 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11464 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11465 2 0.7815 0.6883 0.232 0.768
#> GSM11466 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11467 1 0.1184 0.8991 0.984 0.016
#> GSM11468 1 0.1414 0.8973 0.980 0.020
#> GSM11469 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11470 1 0.1184 0.8991 0.984 0.016
#> GSM11471 1 0.0672 0.9012 0.992 0.008
#> GSM11472 1 0.0376 0.9015 0.996 0.004
#> GSM11473 2 0.1414 0.8956 0.020 0.980
#> GSM11474 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11475 1 0.8713 0.6026 0.708 0.292
#> GSM11476 2 0.1843 0.8914 0.028 0.972
#> GSM11477 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11479 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11480 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11481 1 0.0376 0.9022 0.996 0.004
#> GSM11482 2 0.1633 0.8948 0.024 0.976
#> GSM11483 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11484 1 0.9129 0.5340 0.672 0.328
#> GSM11485 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11486 2 0.0376 0.9010 0.004 0.996
#> GSM11487 1 0.1184 0.9000 0.984 0.016
#> GSM11488 1 0.9944 0.1932 0.544 0.456
#> GSM11489 2 0.0376 0.9010 0.004 0.996
#> GSM11490 1 0.9954 0.1329 0.540 0.460
#> GSM11491 1 0.3274 0.8786 0.940 0.060
#> GSM11492 1 0.7745 0.7002 0.772 0.228
#> GSM11493 2 0.6438 0.7767 0.164 0.836
#> GSM11494 2 0.9491 0.4152 0.368 0.632
#> GSM11495 2 0.2043 0.8894 0.032 0.968
#> GSM11496 2 0.1843 0.8919 0.028 0.972
#> GSM11497 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11498 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11499 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11500 2 0.1633 0.8936 0.024 0.976
#> GSM11501 2 0.1414 0.8968 0.020 0.980
#> GSM11502 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11503 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11504 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM11505 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0376 0.9009 0.004 0.996
#> GSM11507 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.3114 0.8785 0.944 0.056
#> GSM11509 2 0.9944 0.1635 0.456 0.544
#> GSM11510 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.6973 0.7513 0.812 0.188
#> GSM11512 1 0.8016 0.6806 0.756 0.244
#> GSM11513 1 0.3431 0.8734 0.936 0.064
#> GSM11514 2 0.9963 0.0962 0.464 0.536
#> GSM11515 2 0.7815 0.6809 0.232 0.768
#> GSM11516 2 0.8608 0.6013 0.284 0.716
#> GSM11517 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11518 1 0.9323 0.4752 0.652 0.348
#> GSM11519 1 0.2423 0.8904 0.960 0.040
#> GSM11520 1 0.0672 0.9012 0.992 0.008
#> GSM11521 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11522 1 0.0672 0.9012 0.992 0.008
#> GSM11523 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11524 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11525 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11526 1 0.7815 0.6989 0.768 0.232
#> GSM11527 2 0.0938 0.8985 0.012 0.988
#> GSM11528 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.1843 0.8892 0.028 0.972
#> GSM11530 1 0.0376 0.9020 0.996 0.004
#> GSM11531 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11532 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11533 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11534 2 0.9608 0.3975 0.384 0.616
#> GSM11535 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11536 2 0.9087 0.5073 0.324 0.676
#> GSM11537 2 0.0376 0.9005 0.004 0.996
#> GSM11538 1 0.8207 0.6540 0.744 0.256
#> GSM11539 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11541 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11543 2 0.9323 0.4949 0.348 0.652
#> GSM11544 1 0.1843 0.8951 0.972 0.028
#> GSM11545 1 0.4939 0.8507 0.892 0.108
#> GSM11546 2 0.2236 0.8880 0.036 0.964
#> GSM11547 2 0.1633 0.8940 0.024 0.976
#> GSM11548 1 0.9460 0.4567 0.636 0.364
#> GSM11549 1 0.0376 0.9015 0.996 0.004
#> GSM11550 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.5842 0.8092 0.860 0.140
#> GSM11552 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.1184 0.8957 0.016 0.984
#> GSM11554 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11555 1 0.1633 0.8995 0.976 0.024
#> GSM11556 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0938 0.8976 0.012 0.988
#> GSM11560 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0376 0.9005 0.004 0.996
#> GSM11563 1 0.6623 0.7795 0.828 0.172
#> GSM11564 1 0.5946 0.8169 0.856 0.144
#> GSM11565 1 0.2948 0.8850 0.948 0.052
#> GSM11566 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11567 1 0.9686 0.3376 0.604 0.396
#> GSM11568 2 0.9580 0.4036 0.380 0.620
#> GSM11569 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.9393 0.4504 0.644 0.356
#> GSM11572 2 0.6148 0.7892 0.152 0.848
#> GSM11573 1 0.6801 0.7666 0.820 0.180
#> GSM11574 2 0.1184 0.8957 0.016 0.984
#> GSM11575 2 0.9983 0.1207 0.476 0.524
#> GSM11576 1 0.1184 0.8991 0.984 0.016
#> GSM11577 2 0.9896 0.2323 0.440 0.560
#> GSM11578 2 0.8016 0.6675 0.244 0.756
#> GSM11579 2 0.1184 0.8972 0.016 0.984
#> GSM11580 2 0.7602 0.7017 0.220 0.780
#> GSM11581 1 0.3114 0.8783 0.944 0.056
#> GSM11582 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11583 1 0.2603 0.8870 0.956 0.044
#> GSM11584 1 0.9323 0.4895 0.652 0.348
#> GSM11585 2 0.0376 0.9005 0.004 0.996
#> GSM11586 1 0.0938 0.9003 0.988 0.012
#> GSM11587 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11588 1 0.6343 0.7878 0.840 0.160
#> GSM11589 1 0.9358 0.4598 0.648 0.352
#> GSM11590 1 0.1414 0.8980 0.980 0.020
#> GSM11591 2 0.1184 0.8957 0.016 0.984
#> GSM11592 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11593 1 0.1633 0.8966 0.976 0.024
#> GSM11594 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11595 1 0.9635 0.3642 0.612 0.388
#> GSM11596 2 0.3733 0.8648 0.072 0.928
#> GSM11597 1 0.0376 0.9015 0.996 0.004
#> GSM11598 1 0.1843 0.8951 0.972 0.028
#> GSM11599 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11600 1 0.0376 0.9020 0.996 0.004
#> GSM11601 2 0.0672 0.9003 0.008 0.992
#> GSM11602 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11604 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11605 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11606 2 0.1184 0.8957 0.016 0.984
#> GSM11607 1 0.1843 0.8951 0.972 0.028
#> GSM11608 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.8813 0.5709 0.300 0.700
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.8947 0.19675 0.496 0.132 0.372
#> GSM11438 2 0.4555 0.71854 0.000 0.800 0.200
#> GSM11439 3 0.5791 0.70527 0.060 0.148 0.792
#> GSM11440 3 0.2096 0.78563 0.052 0.004 0.944
#> GSM11441 3 0.3482 0.74133 0.128 0.000 0.872
#> GSM11442 3 0.0592 0.80114 0.000 0.012 0.988
#> GSM11443 2 0.0424 0.89084 0.000 0.992 0.008
#> GSM11444 3 0.0747 0.80106 0.016 0.000 0.984
#> GSM11445 3 0.0237 0.80102 0.004 0.000 0.996
#> GSM11446 3 0.0747 0.80106 0.016 0.000 0.984
#> GSM11447 3 0.1950 0.79580 0.008 0.040 0.952
#> GSM11448 1 0.6495 0.13743 0.536 0.460 0.004
#> GSM11449 1 0.1163 0.80429 0.972 0.000 0.028
#> GSM11450 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0237 0.89190 0.004 0.996 0.000
#> GSM11452 2 0.5926 0.40426 0.356 0.644 0.000
#> GSM11453 1 0.0237 0.81116 0.996 0.004 0.000
#> GSM11454 3 0.0592 0.80113 0.012 0.000 0.988
#> GSM11455 3 0.6295 0.10277 0.000 0.472 0.528
#> GSM11456 2 0.2496 0.85730 0.004 0.928 0.068
#> GSM11457 2 0.0237 0.89190 0.004 0.996 0.000
#> GSM11458 3 0.5810 0.44314 0.336 0.000 0.664
#> GSM11459 3 0.0747 0.80068 0.016 0.000 0.984
#> GSM11460 1 0.5397 0.55470 0.720 0.000 0.280
#> GSM11461 1 0.8415 0.33866 0.564 0.104 0.332
#> GSM11462 1 0.6225 0.23141 0.568 0.000 0.432
#> GSM11463 2 0.0475 0.89222 0.004 0.992 0.004
#> GSM11464 1 0.2261 0.78000 0.932 0.000 0.068
#> GSM11465 2 0.6906 0.65088 0.192 0.724 0.084
#> GSM11466 3 0.2301 0.78863 0.060 0.004 0.936
#> GSM11467 1 0.0237 0.81158 0.996 0.000 0.004
#> GSM11468 3 0.1031 0.79830 0.024 0.000 0.976
#> GSM11469 3 0.5591 0.50537 0.304 0.000 0.696
#> GSM11470 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11471 1 0.1453 0.80503 0.968 0.008 0.024
#> GSM11472 1 0.6225 0.20486 0.568 0.000 0.432
#> GSM11473 2 0.3816 0.78334 0.000 0.852 0.148
#> GSM11474 2 0.0237 0.89160 0.000 0.996 0.004
#> GSM11475 3 0.1860 0.78732 0.052 0.000 0.948
#> GSM11476 3 0.4346 0.69337 0.000 0.184 0.816
#> GSM11477 2 0.0000 0.89188 0.000 1.000 0.000
#> GSM11478 2 0.0424 0.89113 0.000 0.992 0.008
#> GSM11479 2 0.6204 0.25607 0.000 0.576 0.424
#> GSM11480 2 0.0237 0.89175 0.000 0.996 0.004
#> GSM11481 3 0.6140 0.26917 0.404 0.000 0.596
#> GSM11482 3 0.3267 0.76583 0.000 0.116 0.884
#> GSM11483 2 0.6267 0.17387 0.000 0.548 0.452
#> GSM11484 3 0.0424 0.80149 0.000 0.008 0.992
#> GSM11485 2 0.6309 -0.00494 0.000 0.500 0.500
#> GSM11486 2 0.2711 0.84139 0.000 0.912 0.088
#> GSM11487 1 0.0592 0.81073 0.988 0.000 0.012
#> GSM11488 3 0.0747 0.80067 0.000 0.016 0.984
#> GSM11489 2 0.4399 0.72840 0.000 0.812 0.188
#> GSM11490 3 0.3713 0.76898 0.076 0.032 0.892
#> GSM11491 1 0.0424 0.81023 0.992 0.008 0.000
#> GSM11492 3 0.0237 0.80192 0.004 0.000 0.996
#> GSM11493 3 0.0892 0.79986 0.000 0.020 0.980
#> GSM11494 3 0.0592 0.80165 0.000 0.012 0.988
#> GSM11495 3 0.4346 0.69216 0.000 0.184 0.816
#> GSM11496 2 0.6309 0.02248 0.000 0.504 0.496
#> GSM11497 2 0.1453 0.88574 0.024 0.968 0.008
#> GSM11498 2 0.2845 0.85837 0.068 0.920 0.012
#> GSM11499 3 0.6302 0.04868 0.000 0.480 0.520
#> GSM11500 3 0.6307 0.00660 0.000 0.488 0.512
#> GSM11501 3 0.6095 0.33891 0.000 0.392 0.608
#> GSM11502 2 0.0237 0.89190 0.004 0.996 0.000
#> GSM11503 2 0.0424 0.89084 0.000 0.992 0.008
#> GSM11504 3 0.0237 0.80104 0.000 0.004 0.996
#> GSM11505 2 0.0424 0.89084 0.000 0.992 0.008
#> GSM11506 2 0.1163 0.88387 0.000 0.972 0.028
#> GSM11507 2 0.0237 0.89175 0.000 0.996 0.004
#> GSM11508 3 0.0237 0.80102 0.004 0.000 0.996
#> GSM11509 3 0.1774 0.79993 0.016 0.024 0.960
#> GSM11510 2 0.4452 0.73043 0.000 0.808 0.192
#> GSM11511 1 0.1636 0.80266 0.964 0.016 0.020
#> GSM11512 3 0.0237 0.80104 0.000 0.004 0.996
#> GSM11513 3 0.0592 0.80113 0.012 0.000 0.988
#> GSM11514 3 0.9283 0.37541 0.260 0.216 0.524
#> GSM11515 3 0.0424 0.80141 0.000 0.008 0.992
#> GSM11516 1 0.6309 0.02878 0.504 0.496 0.000
#> GSM11517 3 0.1860 0.78997 0.052 0.000 0.948
#> GSM11518 3 0.7337 0.48745 0.300 0.056 0.644
#> GSM11519 1 0.0237 0.81080 0.996 0.004 0.000
#> GSM11520 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11521 3 0.4399 0.68979 0.000 0.188 0.812
#> GSM11522 1 0.2356 0.77807 0.928 0.000 0.072
#> GSM11523 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11524 3 0.0892 0.79923 0.020 0.000 0.980
#> GSM11525 2 0.0000 0.89188 0.000 1.000 0.000
#> GSM11526 3 0.0475 0.80151 0.004 0.004 0.992
#> GSM11527 2 0.2711 0.84353 0.000 0.912 0.088
#> GSM11528 2 0.0000 0.89188 0.000 1.000 0.000
#> GSM11529 2 0.4047 0.77473 0.148 0.848 0.004
#> GSM11530 3 0.6820 0.55424 0.248 0.052 0.700
#> GSM11531 2 0.0424 0.89142 0.008 0.992 0.000
#> GSM11532 3 0.5098 0.59492 0.248 0.000 0.752
#> GSM11533 2 0.3412 0.80388 0.124 0.876 0.000
#> GSM11534 1 0.6529 0.66030 0.760 0.124 0.116
#> GSM11535 2 0.0424 0.89142 0.008 0.992 0.000
#> GSM11536 3 0.5730 0.72418 0.060 0.144 0.796
#> GSM11537 2 0.0424 0.89154 0.008 0.992 0.000
#> GSM11538 1 0.7013 0.38862 0.608 0.028 0.364
#> GSM11539 2 0.0237 0.89160 0.000 0.996 0.004
#> GSM11540 2 0.0000 0.89188 0.000 1.000 0.000
#> GSM11541 1 0.5621 0.51874 0.692 0.000 0.308
#> GSM11542 2 0.0424 0.89203 0.008 0.992 0.000
#> GSM11543 3 0.8795 0.05050 0.444 0.112 0.444
#> GSM11544 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.1753 0.79573 0.952 0.048 0.000
#> GSM11546 2 0.1711 0.88112 0.008 0.960 0.032
#> GSM11547 2 0.1129 0.88750 0.004 0.976 0.020
#> GSM11548 3 0.1170 0.80233 0.016 0.008 0.976
#> GSM11549 1 0.0747 0.80950 0.984 0.000 0.016
#> GSM11550 1 0.0592 0.80934 0.988 0.000 0.012
#> GSM11551 3 0.7286 0.08706 0.464 0.028 0.508
#> GSM11552 3 0.6026 0.35083 0.376 0.000 0.624
#> GSM11553 2 0.1031 0.88609 0.024 0.976 0.000
#> GSM11554 2 0.0237 0.89190 0.004 0.996 0.000
#> GSM11555 1 0.6529 0.38985 0.620 0.012 0.368
#> GSM11556 1 0.6062 0.35178 0.616 0.000 0.384
#> GSM11557 2 0.0475 0.89222 0.004 0.992 0.004
#> GSM11558 2 0.0237 0.89175 0.000 0.996 0.004
#> GSM11559 2 0.1411 0.88036 0.036 0.964 0.000
#> GSM11560 1 0.0424 0.81050 0.992 0.000 0.008
#> GSM11561 2 0.0237 0.89175 0.000 0.996 0.004
#> GSM11562 2 0.0424 0.89142 0.008 0.992 0.000
#> GSM11563 1 0.2096 0.79068 0.944 0.052 0.004
#> GSM11564 1 0.1491 0.80715 0.968 0.016 0.016
#> GSM11565 1 0.0237 0.81133 0.996 0.004 0.000
#> GSM11566 2 0.0237 0.89175 0.000 0.996 0.004
#> GSM11567 3 0.3356 0.78336 0.056 0.036 0.908
#> GSM11568 1 0.6291 0.12304 0.532 0.468 0.000
#> GSM11569 2 0.0237 0.89190 0.004 0.996 0.000
#> GSM11570 3 0.6168 0.25800 0.412 0.000 0.588
#> GSM11571 1 0.3619 0.73208 0.864 0.136 0.000
#> GSM11572 2 0.5831 0.57063 0.284 0.708 0.008
#> GSM11573 1 0.1482 0.80532 0.968 0.020 0.012
#> GSM11574 2 0.1860 0.87035 0.052 0.948 0.000
#> GSM11575 1 0.6467 0.33758 0.604 0.388 0.008
#> GSM11576 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11577 1 0.5988 0.39597 0.632 0.368 0.000
#> GSM11578 1 0.6309 0.01526 0.500 0.500 0.000
#> GSM11579 3 0.6215 0.24466 0.000 0.428 0.572
#> GSM11580 2 0.6252 0.15886 0.444 0.556 0.000
#> GSM11581 3 0.0424 0.80099 0.008 0.000 0.992
#> GSM11582 1 0.6286 0.14048 0.536 0.000 0.464
#> GSM11583 3 0.6565 0.24471 0.416 0.008 0.576
#> GSM11584 3 0.0000 0.80097 0.000 0.000 1.000
#> GSM11585 2 0.0424 0.89142 0.008 0.992 0.000
#> GSM11586 1 0.0237 0.81117 0.996 0.000 0.004
#> GSM11587 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11588 1 0.1015 0.80804 0.980 0.012 0.008
#> GSM11589 1 0.4249 0.75143 0.864 0.108 0.028
#> GSM11590 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.1289 0.88208 0.032 0.968 0.000
#> GSM11592 1 0.1411 0.80103 0.964 0.000 0.036
#> GSM11593 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11595 1 0.8042 0.52290 0.636 0.248 0.116
#> GSM11596 2 0.4295 0.82376 0.104 0.864 0.032
#> GSM11597 3 0.4346 0.70016 0.184 0.000 0.816
#> GSM11598 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11599 3 0.0747 0.80001 0.016 0.000 0.984
#> GSM11600 1 0.6168 0.29242 0.588 0.000 0.412
#> GSM11601 2 0.5247 0.68525 0.008 0.768 0.224
#> GSM11602 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11603 1 0.0237 0.81133 0.996 0.000 0.004
#> GSM11604 3 0.5988 0.38406 0.368 0.000 0.632
#> GSM11605 1 0.5016 0.61797 0.760 0.000 0.240
#> GSM11606 2 0.2261 0.85882 0.068 0.932 0.000
#> GSM11607 1 0.0000 0.81136 1.000 0.000 0.000
#> GSM11608 1 0.5560 0.51925 0.700 0.000 0.300
#> GSM11609 3 0.7680 0.62104 0.188 0.132 0.680
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.9108 0.0119 0.308 0.080 0.216 0.396
#> GSM11438 2 0.5581 0.3288 0.000 0.532 0.020 0.448
#> GSM11439 4 0.6486 -0.2172 0.012 0.044 0.468 0.476
#> GSM11440 3 0.3436 0.5267 0.016 0.008 0.864 0.112
#> GSM11441 3 0.6659 0.3110 0.088 0.000 0.512 0.400
#> GSM11442 4 0.5383 -0.1595 0.000 0.012 0.452 0.536
#> GSM11443 2 0.3672 0.7448 0.000 0.824 0.012 0.164
#> GSM11444 3 0.4908 0.4593 0.000 0.016 0.692 0.292
#> GSM11445 3 0.3494 0.5510 0.000 0.004 0.824 0.172
#> GSM11446 3 0.5189 0.3785 0.000 0.012 0.616 0.372
#> GSM11447 3 0.5778 0.2124 0.000 0.028 0.500 0.472
#> GSM11448 1 0.8386 0.3827 0.512 0.244 0.056 0.188
#> GSM11449 1 0.5916 0.2900 0.568 0.016 0.400 0.016
#> GSM11450 1 0.3700 0.7363 0.860 0.008 0.096 0.036
#> GSM11451 2 0.1557 0.7974 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM11452 2 0.4122 0.6215 0.236 0.760 0.000 0.004
#> GSM11453 1 0.1584 0.7689 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM11454 3 0.4483 0.5013 0.004 0.000 0.712 0.284
#> GSM11455 4 0.6267 0.4343 0.000 0.188 0.148 0.664
#> GSM11456 2 0.6266 0.4933 0.024 0.608 0.032 0.336
#> GSM11457 2 0.1118 0.8005 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM11458 3 0.4724 0.5652 0.096 0.000 0.792 0.112
#> GSM11459 3 0.3324 0.5702 0.012 0.000 0.852 0.136
#> GSM11460 1 0.7063 0.1795 0.508 0.000 0.360 0.132
#> GSM11461 3 0.8453 0.3346 0.204 0.056 0.504 0.236
#> GSM11462 3 0.3937 0.5195 0.188 0.000 0.800 0.012
#> GSM11463 2 0.2345 0.7872 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM11464 1 0.3907 0.7297 0.836 0.000 0.120 0.044
#> GSM11465 2 0.8886 0.2920 0.140 0.500 0.216 0.144
#> GSM11466 3 0.6585 0.4710 0.096 0.024 0.668 0.212
#> GSM11467 1 0.3245 0.7393 0.880 0.000 0.064 0.056
#> GSM11468 3 0.1970 0.5631 0.008 0.000 0.932 0.060
#> GSM11469 3 0.2775 0.5766 0.084 0.000 0.896 0.020
#> GSM11470 1 0.0524 0.7679 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM11471 1 0.5476 0.6300 0.736 0.024 0.204 0.036
#> GSM11472 1 0.7800 0.1492 0.460 0.004 0.236 0.300
#> GSM11473 2 0.6268 0.2727 0.000 0.496 0.056 0.448
#> GSM11474 2 0.2888 0.7839 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM11475 3 0.4462 0.4994 0.024 0.008 0.792 0.176
#> GSM11476 4 0.5429 0.4955 0.000 0.072 0.208 0.720
#> GSM11477 2 0.0592 0.7998 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM11478 2 0.2530 0.7892 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM11479 4 0.5574 0.2896 0.000 0.284 0.048 0.668
#> GSM11480 2 0.2704 0.7777 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM11481 3 0.7186 -0.1057 0.140 0.000 0.476 0.384
#> GSM11482 4 0.6089 0.4491 0.000 0.064 0.328 0.608
#> GSM11483 4 0.4932 0.3834 0.000 0.240 0.032 0.728
#> GSM11484 4 0.5250 0.3930 0.012 0.004 0.344 0.640
#> GSM11485 4 0.4875 0.4862 0.000 0.160 0.068 0.772
#> GSM11486 2 0.5498 0.4365 0.000 0.576 0.020 0.404
#> GSM11487 1 0.2546 0.7590 0.912 0.000 0.028 0.060
#> GSM11488 4 0.4980 0.4456 0.008 0.012 0.272 0.708
#> GSM11489 2 0.6412 0.4253 0.000 0.572 0.080 0.348
#> GSM11490 4 0.6266 -0.2264 0.012 0.032 0.468 0.488
#> GSM11491 1 0.1516 0.7700 0.960 0.016 0.008 0.016
#> GSM11492 4 0.5582 0.3454 0.032 0.000 0.348 0.620
#> GSM11493 4 0.5047 0.4340 0.000 0.016 0.316 0.668
#> GSM11494 4 0.4399 0.3027 0.000 0.020 0.212 0.768
#> GSM11495 4 0.4374 0.4079 0.000 0.068 0.120 0.812
#> GSM11496 4 0.7006 0.2176 0.000 0.204 0.216 0.580
#> GSM11497 2 0.3831 0.7792 0.040 0.848 0.004 0.108
#> GSM11498 2 0.7331 0.5501 0.172 0.588 0.016 0.224
#> GSM11499 4 0.5581 0.4963 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM11500 4 0.6084 0.3484 0.000 0.244 0.096 0.660
#> GSM11501 4 0.5875 0.4952 0.000 0.104 0.204 0.692
#> GSM11502 2 0.1059 0.7984 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM11503 2 0.2401 0.7977 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM11504 4 0.5792 0.2642 0.032 0.000 0.416 0.552
#> GSM11505 2 0.2011 0.7961 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM11506 2 0.4193 0.6922 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM11507 2 0.2530 0.7829 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM11508 3 0.3528 0.5220 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM11509 3 0.5805 0.3467 0.000 0.036 0.576 0.388
#> GSM11510 2 0.5919 0.2799 0.012 0.492 0.016 0.480
#> GSM11511 1 0.5027 0.7104 0.796 0.024 0.064 0.116
#> GSM11512 4 0.5513 0.3496 0.016 0.004 0.384 0.596
#> GSM11513 3 0.4690 0.5087 0.016 0.000 0.724 0.260
#> GSM11514 4 0.9017 0.2994 0.132 0.136 0.272 0.460
#> GSM11515 3 0.4967 0.2528 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM11516 1 0.5321 0.1677 0.528 0.464 0.004 0.004
#> GSM11517 3 0.3850 0.5769 0.044 0.000 0.840 0.116
#> GSM11518 4 0.7793 -0.1509 0.140 0.020 0.392 0.448
#> GSM11519 1 0.1007 0.7694 0.976 0.008 0.008 0.008
#> GSM11520 1 0.2002 0.7656 0.936 0.000 0.044 0.020
#> GSM11521 4 0.5953 0.4809 0.000 0.076 0.268 0.656
#> GSM11522 1 0.5369 0.4723 0.652 0.004 0.324 0.020
#> GSM11523 1 0.2111 0.7643 0.932 0.000 0.044 0.024
#> GSM11524 3 0.2868 0.4993 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM11525 2 0.2081 0.7976 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM11526 3 0.5852 0.1391 0.020 0.008 0.544 0.428
#> GSM11527 2 0.5387 0.4856 0.000 0.584 0.016 0.400
#> GSM11528 2 0.4579 0.7011 0.004 0.756 0.016 0.224
#> GSM11529 2 0.3278 0.7501 0.116 0.864 0.000 0.020
#> GSM11530 3 0.3793 0.5796 0.076 0.016 0.864 0.044
#> GSM11531 2 0.2839 0.7833 0.004 0.884 0.004 0.108
#> GSM11532 3 0.3392 0.5267 0.020 0.000 0.856 0.124
#> GSM11533 2 0.2216 0.7696 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM11534 1 0.7182 0.5972 0.656 0.064 0.108 0.172
#> GSM11535 2 0.2727 0.7919 0.012 0.900 0.004 0.084
#> GSM11536 4 0.6307 0.3973 0.012 0.044 0.364 0.580
#> GSM11537 2 0.1820 0.7966 0.020 0.944 0.000 0.036
#> GSM11538 4 0.8473 0.1671 0.184 0.040 0.376 0.400
#> GSM11539 2 0.1389 0.7998 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM11540 2 0.1557 0.8015 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM11541 3 0.7883 -0.0293 0.328 0.000 0.380 0.292
#> GSM11542 2 0.4186 0.7425 0.004 0.808 0.024 0.164
#> GSM11543 4 0.7775 0.1015 0.364 0.056 0.080 0.500
#> GSM11544 1 0.0859 0.7697 0.980 0.008 0.008 0.004
#> GSM11545 1 0.3703 0.7489 0.868 0.064 0.012 0.056
#> GSM11546 2 0.6407 0.5531 0.008 0.624 0.076 0.292
#> GSM11547 2 0.6826 0.4988 0.012 0.608 0.104 0.276
#> GSM11548 3 0.5110 0.4748 0.008 0.012 0.688 0.292
#> GSM11549 1 0.4004 0.7408 0.844 0.004 0.088 0.064
#> GSM11550 1 0.3323 0.7581 0.876 0.000 0.060 0.064
#> GSM11551 3 0.8476 0.1789 0.304 0.024 0.392 0.280
#> GSM11552 3 0.3037 0.5525 0.100 0.000 0.880 0.020
#> GSM11553 2 0.2131 0.7957 0.032 0.932 0.000 0.036
#> GSM11554 2 0.1209 0.7979 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM11555 3 0.8049 0.0194 0.280 0.008 0.428 0.284
#> GSM11556 1 0.7269 0.0269 0.456 0.000 0.396 0.148
#> GSM11557 2 0.1940 0.7926 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM11558 2 0.2647 0.7784 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11559 2 0.2161 0.7922 0.048 0.932 0.004 0.016
#> GSM11560 1 0.3182 0.7399 0.876 0.000 0.096 0.028
#> GSM11561 2 0.2773 0.7778 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM11562 2 0.1771 0.7993 0.012 0.948 0.004 0.036
#> GSM11563 1 0.4071 0.7467 0.856 0.068 0.040 0.036
#> GSM11564 1 0.5643 0.6334 0.728 0.024 0.044 0.204
#> GSM11565 1 0.2521 0.7619 0.924 0.016 0.028 0.032
#> GSM11566 2 0.4911 0.6175 0.008 0.704 0.008 0.280
#> GSM11567 4 0.6092 0.3993 0.028 0.016 0.364 0.592
#> GSM11568 1 0.5747 0.3863 0.588 0.384 0.008 0.020
#> GSM11569 2 0.1302 0.7979 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM11570 3 0.3758 0.5338 0.104 0.000 0.848 0.048
#> GSM11571 1 0.4448 0.6774 0.784 0.188 0.024 0.004
#> GSM11572 2 0.8746 0.2868 0.152 0.500 0.104 0.244
#> GSM11573 1 0.5588 0.6931 0.772 0.080 0.044 0.104
#> GSM11574 2 0.2376 0.7846 0.068 0.916 0.000 0.016
#> GSM11575 1 0.7983 0.3509 0.512 0.332 0.076 0.080
#> GSM11576 1 0.1584 0.7651 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM11577 1 0.5814 0.2259 0.544 0.428 0.004 0.024
#> GSM11578 1 0.5277 0.1742 0.532 0.460 0.000 0.008
#> GSM11579 4 0.7171 0.4617 0.000 0.212 0.232 0.556
#> GSM11580 2 0.5030 0.4076 0.352 0.640 0.004 0.004
#> GSM11581 3 0.2814 0.5079 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM11582 3 0.7402 0.1434 0.264 0.000 0.516 0.220
#> GSM11583 3 0.5866 0.5376 0.100 0.020 0.736 0.144
#> GSM11584 4 0.4996 0.2614 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM11585 2 0.1042 0.7976 0.020 0.972 0.000 0.008
#> GSM11586 1 0.1593 0.7688 0.956 0.004 0.024 0.016
#> GSM11587 1 0.2021 0.7650 0.936 0.000 0.040 0.024
#> GSM11588 1 0.3050 0.7613 0.900 0.044 0.012 0.044
#> GSM11589 1 0.9398 0.2124 0.436 0.200 0.168 0.196
#> GSM11590 1 0.0524 0.7684 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM11591 2 0.1824 0.7876 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM11592 1 0.3687 0.7466 0.856 0.000 0.080 0.064
#> GSM11593 1 0.0000 0.7675 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.1284 0.7687 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM11595 1 0.9047 0.3192 0.476 0.148 0.232 0.144
#> GSM11596 2 0.5859 0.7102 0.076 0.760 0.096 0.068
#> GSM11597 3 0.6656 0.3649 0.080 0.008 0.580 0.332
#> GSM11598 1 0.0859 0.7695 0.980 0.008 0.004 0.008
#> GSM11599 3 0.2342 0.5631 0.008 0.000 0.912 0.080
#> GSM11600 3 0.7690 0.0337 0.264 0.000 0.456 0.280
#> GSM11601 4 0.8314 0.0728 0.016 0.276 0.316 0.392
#> GSM11602 1 0.2363 0.7613 0.920 0.000 0.056 0.024
#> GSM11603 1 0.2111 0.7631 0.932 0.000 0.044 0.024
#> GSM11604 3 0.4225 0.5421 0.184 0.000 0.792 0.024
#> GSM11605 1 0.7868 -0.0988 0.372 0.000 0.352 0.276
#> GSM11606 2 0.2861 0.7686 0.096 0.888 0.000 0.016
#> GSM11607 1 0.0188 0.7676 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11608 3 0.4868 0.4049 0.304 0.000 0.684 0.012
#> GSM11609 4 0.6320 0.4047 0.012 0.044 0.368 0.576
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.917 -0.03694 0.260 0.036 0.172 0.248 0.284
#> GSM11438 2 0.785 0.03012 0.004 0.380 0.056 0.292 0.268
#> GSM11439 5 0.587 0.30463 0.004 0.008 0.264 0.104 0.620
#> GSM11440 3 0.501 0.60535 0.008 0.004 0.728 0.176 0.084
#> GSM11441 5 0.748 0.04556 0.060 0.000 0.356 0.172 0.412
#> GSM11442 3 0.679 0.02240 0.000 0.000 0.372 0.340 0.288
#> GSM11443 2 0.415 0.63820 0.000 0.752 0.004 0.028 0.216
#> GSM11444 3 0.488 0.53908 0.000 0.000 0.676 0.060 0.264
#> GSM11445 3 0.463 0.62766 0.000 0.000 0.744 0.120 0.136
#> GSM11446 3 0.525 0.46416 0.000 0.000 0.632 0.076 0.292
#> GSM11447 5 0.631 0.20834 0.000 0.004 0.308 0.160 0.528
#> GSM11448 5 0.702 0.19534 0.264 0.136 0.024 0.024 0.552
#> GSM11449 3 0.679 0.16306 0.348 0.008 0.492 0.016 0.136
#> GSM11450 1 0.575 0.55207 0.616 0.004 0.084 0.008 0.288
#> GSM11451 2 0.174 0.70135 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> GSM11452 2 0.407 0.60159 0.144 0.792 0.000 0.004 0.060
#> GSM11453 1 0.372 0.69247 0.844 0.012 0.008 0.080 0.056
#> GSM11454 3 0.425 0.61613 0.000 0.000 0.776 0.092 0.132
#> GSM11455 4 0.782 -0.00868 0.004 0.140 0.100 0.416 0.340
#> GSM11456 5 0.654 0.30196 0.000 0.320 0.036 0.104 0.540
#> GSM11457 2 0.232 0.70529 0.000 0.904 0.000 0.028 0.068
#> GSM11458 3 0.348 0.62379 0.084 0.000 0.836 0.000 0.080
#> GSM11459 3 0.318 0.65212 0.000 0.000 0.856 0.076 0.068
#> GSM11460 1 0.774 0.22324 0.432 0.000 0.284 0.204 0.080
#> GSM11461 3 0.799 0.08818 0.200 0.040 0.424 0.032 0.304
#> GSM11462 3 0.384 0.58038 0.164 0.000 0.800 0.012 0.024
#> GSM11463 2 0.367 0.66405 0.000 0.796 0.004 0.020 0.180
#> GSM11464 1 0.579 0.65212 0.704 0.000 0.112 0.088 0.096
#> GSM11465 5 0.793 0.30643 0.076 0.280 0.120 0.036 0.488
#> GSM11466 3 0.807 0.19779 0.080 0.012 0.416 0.192 0.300
#> GSM11467 1 0.554 0.64235 0.720 0.000 0.128 0.072 0.080
#> GSM11468 3 0.208 0.66354 0.000 0.000 0.916 0.064 0.020
#> GSM11469 3 0.285 0.65985 0.032 0.000 0.892 0.028 0.048
#> GSM11470 1 0.210 0.70764 0.916 0.000 0.024 0.000 0.060
#> GSM11471 1 0.720 0.24994 0.432 0.020 0.216 0.004 0.328
#> GSM11472 1 0.828 0.02601 0.380 0.004 0.236 0.264 0.116
#> GSM11473 5 0.633 0.31274 0.004 0.276 0.036 0.088 0.596
#> GSM11474 2 0.389 0.66726 0.000 0.784 0.000 0.040 0.176
#> GSM11475 3 0.514 0.62807 0.008 0.008 0.728 0.160 0.096
#> GSM11476 4 0.400 0.51863 0.000 0.028 0.048 0.820 0.104
#> GSM11477 2 0.157 0.70561 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> GSM11478 2 0.395 0.67631 0.000 0.800 0.000 0.116 0.084
#> GSM11479 5 0.693 0.16692 0.000 0.124 0.044 0.348 0.484
#> GSM11480 2 0.385 0.67259 0.000 0.800 0.000 0.144 0.056
#> GSM11481 4 0.683 0.42960 0.184 0.000 0.208 0.564 0.044
#> GSM11482 4 0.452 0.55740 0.000 0.028 0.120 0.784 0.068
#> GSM11483 4 0.674 0.06012 0.000 0.136 0.028 0.500 0.336
#> GSM11484 4 0.412 0.56880 0.040 0.000 0.100 0.816 0.044
#> GSM11485 4 0.562 0.38823 0.004 0.100 0.024 0.692 0.180
#> GSM11486 2 0.643 0.15620 0.000 0.464 0.024 0.096 0.416
#> GSM11487 1 0.358 0.68709 0.836 0.000 0.016 0.116 0.032
#> GSM11488 4 0.339 0.56618 0.028 0.000 0.076 0.860 0.036
#> GSM11489 2 0.765 -0.10410 0.004 0.396 0.044 0.232 0.324
#> GSM11490 5 0.560 0.29159 0.000 0.004 0.264 0.104 0.628
#> GSM11491 1 0.394 0.69109 0.840 0.012 0.024 0.064 0.060
#> GSM11492 4 0.582 0.50455 0.060 0.000 0.176 0.684 0.080
#> GSM11493 4 0.338 0.56154 0.000 0.004 0.088 0.848 0.060
#> GSM11494 4 0.634 0.02371 0.000 0.004 0.144 0.484 0.368
#> GSM11495 4 0.597 0.14767 0.000 0.016 0.076 0.544 0.364
#> GSM11496 5 0.645 0.39849 0.000 0.072 0.116 0.180 0.632
#> GSM11497 2 0.470 0.65898 0.048 0.752 0.004 0.016 0.180
#> GSM11498 5 0.818 -0.00525 0.136 0.356 0.008 0.136 0.364
#> GSM11499 4 0.504 0.44531 0.000 0.080 0.024 0.736 0.160
#> GSM11500 5 0.791 0.07716 0.000 0.128 0.140 0.356 0.376
#> GSM11501 4 0.501 0.50529 0.008 0.052 0.056 0.768 0.116
#> GSM11502 2 0.136 0.70297 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM11503 2 0.448 0.67460 0.004 0.784 0.028 0.040 0.144
#> GSM11504 4 0.556 0.47531 0.036 0.000 0.232 0.672 0.060
#> GSM11505 2 0.369 0.67344 0.000 0.800 0.000 0.036 0.164
#> GSM11506 2 0.556 0.58380 0.000 0.660 0.004 0.164 0.172
#> GSM11507 2 0.370 0.67833 0.000 0.816 0.000 0.120 0.064
#> GSM11508 3 0.455 0.62594 0.000 0.000 0.736 0.192 0.072
#> GSM11509 3 0.592 0.40002 0.004 0.000 0.580 0.120 0.296
#> GSM11510 4 0.753 0.02180 0.016 0.312 0.024 0.432 0.216
#> GSM11511 1 0.526 0.35711 0.508 0.012 0.012 0.008 0.460
#> GSM11512 4 0.439 0.56910 0.032 0.000 0.112 0.796 0.060
#> GSM11513 3 0.436 0.61342 0.000 0.000 0.768 0.116 0.116
#> GSM11514 4 0.849 0.35345 0.180 0.084 0.104 0.500 0.132
#> GSM11515 3 0.667 0.18213 0.000 0.004 0.476 0.284 0.236
#> GSM11516 2 0.683 0.13717 0.332 0.464 0.004 0.008 0.192
#> GSM11517 3 0.414 0.66471 0.032 0.000 0.816 0.084 0.068
#> GSM11518 5 0.649 0.34143 0.064 0.000 0.220 0.104 0.612
#> GSM11519 1 0.282 0.70094 0.892 0.004 0.008 0.048 0.048
#> GSM11520 1 0.346 0.71056 0.860 0.000 0.056 0.036 0.048
#> GSM11521 4 0.422 0.52820 0.000 0.068 0.064 0.816 0.052
#> GSM11522 3 0.738 -0.03274 0.380 0.004 0.404 0.040 0.172
#> GSM11523 1 0.394 0.67694 0.800 0.000 0.052 0.004 0.144
#> GSM11524 3 0.429 0.59044 0.004 0.000 0.740 0.224 0.032
#> GSM11525 2 0.427 0.66312 0.000 0.772 0.012 0.040 0.176
#> GSM11526 4 0.767 0.07999 0.076 0.008 0.368 0.416 0.132
#> GSM11527 2 0.677 0.18579 0.000 0.428 0.004 0.340 0.228
#> GSM11528 2 0.655 0.43234 0.008 0.544 0.004 0.256 0.188
#> GSM11529 2 0.515 0.64208 0.084 0.752 0.024 0.012 0.128
#> GSM11530 3 0.365 0.65523 0.040 0.012 0.856 0.024 0.068
#> GSM11531 2 0.346 0.66424 0.000 0.788 0.004 0.004 0.204
#> GSM11532 3 0.609 0.57275 0.040 0.000 0.652 0.176 0.132
#> GSM11533 2 0.275 0.68696 0.056 0.888 0.000 0.004 0.052
#> GSM11534 1 0.841 0.17984 0.380 0.076 0.028 0.208 0.308
#> GSM11535 2 0.321 0.65385 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM11536 4 0.366 0.56950 0.044 0.012 0.076 0.852 0.016
#> GSM11537 2 0.205 0.68799 0.004 0.916 0.000 0.008 0.072
#> GSM11538 4 0.710 0.45501 0.216 0.020 0.144 0.576 0.044
#> GSM11539 2 0.283 0.69723 0.000 0.872 0.004 0.020 0.104
#> GSM11540 2 0.273 0.70246 0.000 0.884 0.000 0.052 0.064
#> GSM11541 4 0.771 0.25419 0.292 0.000 0.192 0.436 0.080
#> GSM11542 2 0.573 0.57365 0.008 0.672 0.008 0.172 0.140
#> GSM11543 5 0.816 0.17008 0.184 0.028 0.064 0.300 0.424
#> GSM11544 1 0.249 0.71170 0.912 0.008 0.016 0.016 0.048
#> GSM11545 1 0.557 0.63166 0.736 0.060 0.012 0.100 0.092
#> GSM11546 2 0.743 0.27646 0.008 0.480 0.096 0.088 0.328
#> GSM11547 2 0.667 0.27905 0.012 0.508 0.084 0.028 0.368
#> GSM11548 3 0.482 0.57552 0.000 0.000 0.708 0.080 0.212
#> GSM11549 1 0.599 0.55262 0.596 0.000 0.100 0.016 0.288
#> GSM11550 1 0.597 0.56265 0.616 0.000 0.044 0.060 0.280
#> GSM11551 5 0.808 0.13835 0.208 0.012 0.276 0.080 0.424
#> GSM11552 3 0.308 0.63803 0.064 0.000 0.876 0.044 0.016
#> GSM11553 2 0.346 0.67228 0.024 0.844 0.000 0.020 0.112
#> GSM11554 2 0.177 0.70203 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM11555 4 0.751 0.16422 0.348 0.004 0.220 0.392 0.036
#> GSM11556 1 0.742 0.12882 0.432 0.000 0.272 0.256 0.040
#> GSM11557 2 0.254 0.69070 0.000 0.868 0.004 0.000 0.128
#> GSM11558 2 0.277 0.69302 0.000 0.868 0.000 0.112 0.020
#> GSM11559 2 0.317 0.67098 0.020 0.856 0.000 0.012 0.112
#> GSM11560 1 0.495 0.63647 0.732 0.000 0.188 0.028 0.052
#> GSM11561 2 0.401 0.65960 0.000 0.784 0.000 0.160 0.056
#> GSM11562 2 0.299 0.69041 0.016 0.880 0.004 0.020 0.080
#> GSM11563 1 0.701 0.46817 0.540 0.068 0.040 0.036 0.316
#> GSM11564 1 0.656 0.51569 0.604 0.012 0.044 0.252 0.088
#> GSM11565 1 0.491 0.61069 0.692 0.012 0.012 0.020 0.264
#> GSM11566 2 0.623 0.39593 0.016 0.556 0.012 0.344 0.072
#> GSM11567 4 0.501 0.54477 0.028 0.012 0.100 0.768 0.092
#> GSM11568 2 0.707 -0.15703 0.364 0.368 0.012 0.000 0.256
#> GSM11569 2 0.120 0.70298 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM11570 3 0.439 0.59345 0.088 0.000 0.792 0.100 0.020
#> GSM11571 1 0.672 0.51007 0.612 0.192 0.052 0.008 0.136
#> GSM11572 2 0.852 0.09946 0.092 0.396 0.036 0.304 0.172
#> GSM11573 1 0.629 0.58471 0.672 0.056 0.016 0.160 0.096
#> GSM11574 2 0.287 0.67538 0.044 0.880 0.000 0.004 0.072
#> GSM11575 5 0.769 -0.06924 0.348 0.208 0.064 0.000 0.380
#> GSM11576 1 0.230 0.70662 0.912 0.000 0.052 0.004 0.032
#> GSM11577 2 0.689 0.05514 0.420 0.440 0.008 0.036 0.096
#> GSM11578 2 0.617 0.25176 0.364 0.520 0.004 0.004 0.108
#> GSM11579 4 0.643 0.42800 0.000 0.124 0.124 0.648 0.104
#> GSM11580 2 0.689 0.35860 0.276 0.560 0.024 0.024 0.116
#> GSM11581 3 0.440 0.57767 0.004 0.000 0.724 0.240 0.032
#> GSM11582 4 0.767 0.16083 0.252 0.000 0.332 0.364 0.052
#> GSM11583 3 0.619 0.53169 0.100 0.008 0.680 0.072 0.140
#> GSM11584 4 0.435 0.51495 0.000 0.000 0.244 0.720 0.036
#> GSM11585 2 0.192 0.69951 0.008 0.924 0.004 0.000 0.064
#> GSM11586 1 0.428 0.67883 0.788 0.004 0.024 0.028 0.156
#> GSM11587 1 0.394 0.67597 0.800 0.000 0.052 0.004 0.144
#> GSM11588 1 0.450 0.67343 0.800 0.028 0.008 0.068 0.096
#> GSM11589 1 0.883 0.09649 0.384 0.184 0.080 0.284 0.068
#> GSM11590 1 0.170 0.70843 0.928 0.004 0.000 0.000 0.068
#> GSM11591 2 0.134 0.69318 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM11592 1 0.626 0.51768 0.580 0.004 0.060 0.044 0.312
#> GSM11593 1 0.164 0.70790 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM11594 1 0.294 0.71061 0.888 0.000 0.040 0.040 0.032
#> GSM11595 5 0.768 0.30466 0.176 0.176 0.104 0.012 0.532
#> GSM11596 2 0.760 0.44481 0.044 0.580 0.156 0.084 0.136
#> GSM11597 3 0.635 0.07996 0.040 0.000 0.480 0.064 0.416
#> GSM11598 1 0.284 0.70284 0.888 0.000 0.012 0.044 0.056
#> GSM11599 3 0.290 0.66345 0.000 0.000 0.868 0.096 0.036
#> GSM11600 4 0.737 0.31995 0.256 0.000 0.256 0.448 0.040
#> GSM11601 5 0.733 0.42406 0.004 0.180 0.216 0.068 0.532
#> GSM11602 1 0.472 0.67375 0.756 0.000 0.092 0.012 0.140
#> GSM11603 1 0.394 0.67788 0.800 0.000 0.052 0.004 0.144
#> GSM11604 3 0.462 0.62956 0.136 0.000 0.776 0.044 0.044
#> GSM11605 4 0.726 0.23728 0.320 0.000 0.180 0.456 0.044
#> GSM11606 2 0.378 0.64740 0.068 0.820 0.000 0.004 0.108
#> GSM11607 1 0.189 0.70858 0.936 0.000 0.012 0.024 0.028
#> GSM11608 3 0.523 0.49018 0.232 0.000 0.692 0.036 0.040
#> GSM11609 4 0.457 0.56369 0.008 0.012 0.132 0.780 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 5 0.9274 -0.14953 0.144 0.032 0.128 0.200 0.280 0.216
#> GSM11438 2 0.8293 0.00662 0.008 0.340 0.032 0.184 0.252 0.184
#> GSM11439 5 0.2902 0.36217 0.000 0.004 0.116 0.004 0.852 0.024
#> GSM11440 3 0.5412 0.60316 0.024 0.000 0.704 0.136 0.084 0.052
#> GSM11441 5 0.7163 0.10873 0.052 0.000 0.292 0.052 0.476 0.128
#> GSM11442 5 0.6239 0.20539 0.000 0.004 0.280 0.120 0.544 0.052
#> GSM11443 2 0.5839 0.42541 0.000 0.524 0.000 0.008 0.284 0.184
#> GSM11444 3 0.4687 0.50455 0.000 0.000 0.604 0.020 0.352 0.024
#> GSM11445 3 0.4341 0.63066 0.000 0.000 0.736 0.048 0.192 0.024
#> GSM11446 3 0.4464 0.36742 0.000 0.000 0.544 0.012 0.432 0.012
#> GSM11447 5 0.3417 0.35961 0.000 0.004 0.156 0.024 0.808 0.008
#> GSM11448 5 0.7827 -0.39258 0.224 0.100 0.012 0.012 0.328 0.324
#> GSM11449 3 0.7179 0.13078 0.220 0.016 0.492 0.024 0.036 0.212
#> GSM11450 1 0.6552 0.20671 0.568 0.008 0.068 0.004 0.156 0.196
#> GSM11451 2 0.2639 0.64518 0.008 0.880 0.000 0.048 0.000 0.064
#> GSM11452 2 0.4333 0.49432 0.200 0.720 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM11453 1 0.4648 0.52429 0.768 0.012 0.008 0.060 0.036 0.116
#> GSM11454 3 0.4544 0.59280 0.000 0.000 0.716 0.040 0.208 0.036
#> GSM11455 5 0.8295 0.19016 0.000 0.104 0.108 0.268 0.364 0.156
#> GSM11456 5 0.6455 0.23754 0.008 0.212 0.016 0.024 0.560 0.180
#> GSM11457 2 0.4633 0.64550 0.000 0.736 0.000 0.040 0.072 0.152
#> GSM11458 3 0.4045 0.61826 0.040 0.000 0.792 0.000 0.064 0.104
#> GSM11459 3 0.3514 0.63590 0.000 0.000 0.828 0.036 0.096 0.040
#> GSM11460 4 0.7917 0.01856 0.248 0.000 0.240 0.280 0.008 0.224
#> GSM11461 3 0.8707 -0.06435 0.152 0.036 0.332 0.044 0.272 0.164
#> GSM11462 3 0.3651 0.59216 0.068 0.000 0.816 0.012 0.004 0.100
#> GSM11463 2 0.5260 0.51532 0.000 0.604 0.000 0.000 0.224 0.172
#> GSM11464 1 0.7439 0.20047 0.504 0.000 0.104 0.144 0.052 0.196
#> GSM11465 2 0.8897 -0.19450 0.072 0.288 0.076 0.052 0.272 0.240
#> GSM11466 3 0.8498 0.00108 0.060 0.008 0.312 0.188 0.288 0.144
#> GSM11467 1 0.6444 0.34586 0.584 0.000 0.112 0.112 0.008 0.184
#> GSM11468 3 0.2115 0.65695 0.000 0.000 0.916 0.032 0.032 0.020
#> GSM11469 3 0.2799 0.65314 0.016 0.000 0.888 0.028 0.032 0.036
#> GSM11470 1 0.2500 0.54848 0.868 0.000 0.012 0.004 0.000 0.116
#> GSM11471 1 0.8037 -0.25824 0.360 0.028 0.200 0.004 0.140 0.268
#> GSM11472 1 0.8635 -0.21542 0.340 0.004 0.232 0.180 0.140 0.104
#> GSM11473 5 0.5968 0.31097 0.000 0.172 0.008 0.036 0.608 0.176
#> GSM11474 2 0.5764 0.55671 0.000 0.616 0.000 0.040 0.172 0.172
#> GSM11475 3 0.5810 0.57518 0.008 0.004 0.656 0.148 0.132 0.052
#> GSM11476 4 0.5146 0.40276 0.000 0.028 0.012 0.700 0.168 0.092
#> GSM11477 2 0.3438 0.65531 0.000 0.820 0.000 0.012 0.048 0.120
#> GSM11478 2 0.5418 0.59891 0.000 0.676 0.000 0.136 0.064 0.124
#> GSM11479 5 0.6351 0.34363 0.000 0.088 0.028 0.140 0.624 0.120
#> GSM11480 2 0.4946 0.60137 0.000 0.688 0.000 0.168 0.016 0.128
#> GSM11481 4 0.6576 0.41201 0.104 0.000 0.140 0.592 0.020 0.144
#> GSM11482 4 0.5732 0.44159 0.000 0.032 0.076 0.688 0.116 0.088
#> GSM11483 5 0.7082 0.21630 0.000 0.108 0.008 0.284 0.460 0.140
#> GSM11484 4 0.5479 0.46571 0.032 0.000 0.080 0.712 0.084 0.092
#> GSM11485 4 0.6559 0.26296 0.000 0.080 0.016 0.572 0.204 0.128
#> GSM11486 5 0.6438 0.04147 0.000 0.336 0.000 0.056 0.472 0.136
#> GSM11487 1 0.4731 0.49719 0.748 0.004 0.020 0.128 0.012 0.088
#> GSM11488 4 0.5439 0.45171 0.008 0.000 0.056 0.684 0.156 0.096
#> GSM11489 5 0.7909 0.21388 0.004 0.196 0.020 0.184 0.400 0.196
#> GSM11490 5 0.3776 0.35021 0.000 0.000 0.132 0.016 0.796 0.056
#> GSM11491 1 0.3861 0.54011 0.812 0.056 0.004 0.036 0.000 0.092
#> GSM11492 4 0.6859 0.39842 0.032 0.000 0.128 0.572 0.152 0.116
#> GSM11493 4 0.5163 0.43857 0.000 0.004 0.056 0.704 0.152 0.084
#> GSM11494 5 0.5640 0.30464 0.000 0.004 0.088 0.220 0.636 0.052
#> GSM11495 5 0.5886 0.16181 0.000 0.008 0.028 0.360 0.520 0.084
#> GSM11496 5 0.3308 0.37851 0.000 0.052 0.020 0.016 0.856 0.056
#> GSM11497 2 0.6206 0.51531 0.052 0.580 0.000 0.004 0.184 0.180
#> GSM11498 5 0.8600 0.02910 0.128 0.252 0.000 0.108 0.300 0.212
#> GSM11499 4 0.6468 0.23710 0.000 0.072 0.004 0.540 0.252 0.132
#> GSM11500 5 0.7558 0.31808 0.000 0.088 0.096 0.152 0.512 0.152
#> GSM11501 4 0.5790 0.37933 0.000 0.044 0.024 0.664 0.132 0.136
#> GSM11502 2 0.2077 0.65048 0.008 0.916 0.000 0.008 0.012 0.056
#> GSM11503 2 0.5727 0.58940 0.000 0.648 0.012 0.040 0.120 0.180
#> GSM11504 4 0.6633 0.40340 0.008 0.000 0.152 0.568 0.128 0.144
#> GSM11505 2 0.5029 0.58978 0.000 0.680 0.000 0.016 0.148 0.156
#> GSM11506 2 0.7051 0.42074 0.000 0.476 0.000 0.144 0.196 0.184
#> GSM11507 2 0.5355 0.58349 0.000 0.668 0.000 0.156 0.040 0.136
#> GSM11508 3 0.4780 0.59850 0.000 0.000 0.704 0.108 0.172 0.016
#> GSM11509 3 0.6148 0.20078 0.000 0.004 0.436 0.040 0.424 0.096
#> GSM11510 4 0.8110 -0.08614 0.012 0.260 0.008 0.300 0.244 0.176
#> GSM11511 1 0.6412 -0.09987 0.452 0.008 0.012 0.000 0.228 0.300
#> GSM11512 4 0.6192 0.44073 0.012 0.000 0.092 0.624 0.140 0.132
#> GSM11513 3 0.4741 0.58820 0.000 0.000 0.720 0.056 0.176 0.048
#> GSM11514 4 0.8840 0.22502 0.140 0.080 0.092 0.416 0.084 0.188
#> GSM11515 3 0.6601 0.12260 0.000 0.004 0.432 0.120 0.380 0.064
#> GSM11516 2 0.6182 -0.02326 0.376 0.436 0.000 0.000 0.020 0.168
#> GSM11517 3 0.4763 0.63110 0.020 0.000 0.760 0.048 0.096 0.076
#> GSM11518 5 0.6379 0.17491 0.040 0.004 0.164 0.024 0.600 0.168
#> GSM11519 1 0.2817 0.55608 0.876 0.008 0.008 0.040 0.000 0.068
#> GSM11520 1 0.4131 0.54071 0.800 0.004 0.028 0.064 0.008 0.096
#> GSM11521 4 0.5171 0.39745 0.000 0.028 0.012 0.704 0.128 0.128
#> GSM11522 3 0.7765 -0.24343 0.336 0.004 0.344 0.036 0.072 0.208
#> GSM11523 1 0.3905 0.47333 0.756 0.000 0.028 0.000 0.016 0.200
#> GSM11524 3 0.4034 0.62294 0.000 0.000 0.772 0.160 0.036 0.032
#> GSM11525 2 0.4917 0.62495 0.000 0.716 0.000 0.040 0.128 0.116
#> GSM11526 4 0.7623 0.24209 0.008 0.004 0.252 0.408 0.176 0.152
#> GSM11527 2 0.7752 0.10724 0.000 0.316 0.004 0.256 0.240 0.184
#> GSM11528 2 0.7713 0.22419 0.008 0.348 0.000 0.276 0.164 0.204
#> GSM11529 2 0.4970 0.58764 0.088 0.744 0.012 0.008 0.036 0.112
#> GSM11530 3 0.3702 0.64864 0.020 0.016 0.844 0.020 0.060 0.040
#> GSM11531 2 0.4888 0.53226 0.000 0.644 0.000 0.000 0.240 0.116
#> GSM11532 3 0.6712 0.48297 0.024 0.004 0.592 0.152 0.104 0.124
#> GSM11533 2 0.4077 0.61686 0.068 0.788 0.000 0.000 0.036 0.108
#> GSM11534 6 0.8271 0.16045 0.340 0.044 0.036 0.112 0.112 0.356
#> GSM11535 2 0.5851 0.50340 0.024 0.592 0.000 0.004 0.220 0.160
#> GSM11536 4 0.3107 0.48666 0.012 0.004 0.028 0.864 0.012 0.080
#> GSM11537 2 0.3000 0.63340 0.016 0.860 0.000 0.028 0.004 0.092
#> GSM11538 4 0.6109 0.43770 0.096 0.016 0.096 0.648 0.004 0.140
#> GSM11539 2 0.4559 0.63064 0.000 0.748 0.004 0.024 0.096 0.128
#> GSM11540 2 0.4868 0.62285 0.000 0.728 0.000 0.080 0.064 0.128
#> GSM11541 4 0.6916 0.31761 0.140 0.000 0.132 0.524 0.008 0.196
#> GSM11542 2 0.6839 0.39858 0.004 0.484 0.000 0.248 0.072 0.192
#> GSM11543 6 0.8648 0.31318 0.136 0.028 0.040 0.228 0.256 0.312
#> GSM11544 1 0.2732 0.55740 0.880 0.024 0.012 0.008 0.000 0.076
#> GSM11545 1 0.6428 0.41678 0.636 0.088 0.024 0.084 0.016 0.152
#> GSM11546 2 0.7759 0.08806 0.000 0.340 0.068 0.048 0.332 0.212
#> GSM11547 5 0.7301 0.06662 0.004 0.304 0.064 0.012 0.404 0.212
#> GSM11548 3 0.5209 0.53514 0.000 0.004 0.644 0.024 0.256 0.072
#> GSM11549 1 0.6063 0.22421 0.540 0.000 0.068 0.000 0.084 0.308
#> GSM11550 1 0.6607 0.14658 0.516 0.000 0.040 0.052 0.076 0.316
#> GSM11551 6 0.8660 0.29117 0.120 0.024 0.240 0.052 0.256 0.308
#> GSM11552 3 0.3245 0.60884 0.032 0.000 0.840 0.024 0.000 0.104
#> GSM11553 2 0.4812 0.60033 0.044 0.744 0.004 0.060 0.008 0.140
#> GSM11554 2 0.3263 0.64863 0.000 0.832 0.000 0.040 0.012 0.116
#> GSM11555 4 0.7641 0.29082 0.216 0.004 0.140 0.448 0.020 0.172
#> GSM11556 4 0.7875 0.07611 0.316 0.000 0.200 0.316 0.020 0.148
#> GSM11557 2 0.4737 0.56452 0.000 0.676 0.000 0.000 0.192 0.132
#> GSM11558 2 0.4786 0.60106 0.000 0.700 0.000 0.184 0.016 0.100
#> GSM11559 2 0.4851 0.59400 0.040 0.724 0.000 0.020 0.036 0.180
#> GSM11560 1 0.4990 0.44687 0.688 0.000 0.172 0.012 0.004 0.124
#> GSM11561 2 0.5045 0.59426 0.000 0.688 0.000 0.156 0.024 0.132
#> GSM11562 2 0.3928 0.63347 0.012 0.804 0.000 0.060 0.016 0.108
#> GSM11563 1 0.7646 0.08119 0.476 0.076 0.024 0.048 0.100 0.276
#> GSM11564 1 0.7504 0.09228 0.456 0.024 0.032 0.276 0.040 0.172
#> GSM11565 1 0.5194 0.41759 0.696 0.020 0.008 0.016 0.064 0.196
#> GSM11566 2 0.6118 0.32920 0.008 0.480 0.000 0.360 0.016 0.136
#> GSM11567 4 0.5226 0.42699 0.016 0.008 0.060 0.724 0.052 0.140
#> GSM11568 1 0.6514 0.02589 0.416 0.276 0.000 0.000 0.024 0.284
#> GSM11569 2 0.3315 0.65000 0.004 0.832 0.000 0.056 0.004 0.104
#> GSM11570 3 0.4064 0.59826 0.032 0.000 0.796 0.072 0.004 0.096
#> GSM11571 1 0.6353 0.30605 0.568 0.172 0.052 0.000 0.008 0.200
#> GSM11572 4 0.8628 -0.06018 0.120 0.252 0.020 0.332 0.060 0.216
#> GSM11573 1 0.6993 0.32707 0.552 0.088 0.020 0.148 0.008 0.184
#> GSM11574 2 0.3489 0.60335 0.068 0.820 0.000 0.004 0.004 0.104
#> GSM11575 1 0.8599 -0.17310 0.300 0.224 0.068 0.008 0.136 0.264
#> GSM11576 1 0.2542 0.54578 0.876 0.000 0.044 0.000 0.000 0.080
#> GSM11577 1 0.6239 0.08631 0.448 0.392 0.004 0.032 0.000 0.124
#> GSM11578 2 0.5666 0.11916 0.380 0.492 0.000 0.004 0.004 0.120
#> GSM11579 4 0.7474 0.20861 0.000 0.152 0.068 0.516 0.104 0.160
#> GSM11580 2 0.7033 0.18127 0.248 0.468 0.016 0.024 0.016 0.228
#> GSM11581 3 0.4436 0.61046 0.000 0.000 0.740 0.168 0.068 0.024
#> GSM11582 4 0.7330 0.26676 0.116 0.000 0.296 0.396 0.004 0.188
#> GSM11583 3 0.6969 0.39302 0.056 0.004 0.556 0.044 0.156 0.184
#> GSM11584 4 0.5627 0.40918 0.000 0.000 0.212 0.636 0.080 0.072
#> GSM11585 2 0.2950 0.64345 0.008 0.864 0.000 0.004 0.048 0.076
#> GSM11586 1 0.3294 0.52066 0.812 0.000 0.012 0.020 0.000 0.156
#> GSM11587 1 0.3906 0.46656 0.744 0.000 0.032 0.000 0.008 0.216
#> GSM11588 1 0.4837 0.49339 0.744 0.036 0.000 0.080 0.016 0.124
#> GSM11589 1 0.8658 -0.14087 0.316 0.156 0.116 0.232 0.000 0.180
#> GSM11590 1 0.1692 0.56014 0.932 0.008 0.000 0.012 0.000 0.048
#> GSM11591 2 0.2420 0.63782 0.032 0.892 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM11592 1 0.7190 0.08048 0.504 0.000 0.068 0.056 0.116 0.256
#> GSM11593 1 0.0692 0.55612 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM11594 1 0.3408 0.55759 0.852 0.008 0.028 0.044 0.004 0.064
#> GSM11595 5 0.8722 -0.17604 0.180 0.108 0.088 0.024 0.360 0.240
#> GSM11596 2 0.8170 0.32782 0.044 0.488 0.144 0.084 0.072 0.168
#> GSM11597 5 0.5731 -0.09129 0.012 0.000 0.436 0.016 0.464 0.072
#> GSM11598 1 0.3457 0.55109 0.848 0.012 0.008 0.036 0.016 0.080
#> GSM11599 3 0.2897 0.65349 0.000 0.000 0.872 0.052 0.048 0.028
#> GSM11600 4 0.7289 0.31872 0.184 0.000 0.188 0.468 0.008 0.152
#> GSM11601 5 0.6242 0.31610 0.004 0.148 0.112 0.008 0.624 0.104
#> GSM11602 1 0.4948 0.41034 0.648 0.000 0.080 0.000 0.012 0.260
#> GSM11603 1 0.4012 0.45644 0.728 0.000 0.032 0.000 0.008 0.232
#> GSM11604 3 0.3986 0.62562 0.096 0.000 0.808 0.012 0.052 0.032
#> GSM11605 4 0.7149 0.26267 0.232 0.000 0.156 0.452 0.000 0.160
#> GSM11606 2 0.4454 0.57239 0.084 0.752 0.000 0.004 0.020 0.140
#> GSM11607 1 0.1768 0.56231 0.932 0.008 0.004 0.012 0.000 0.044
#> GSM11608 3 0.4691 0.52846 0.128 0.000 0.740 0.016 0.012 0.104
#> GSM11609 4 0.5529 0.45524 0.008 0.008 0.116 0.696 0.056 0.116
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:skmeans 154 0.0600 2
#> MAD:skmeans 137 0.1327 3
#> MAD:skmeans 95 0.0230 4
#> MAD:skmeans 103 0.0178 5
#> MAD:skmeans 67 0.0171 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.316 0.787 0.869 0.4649 0.544 0.544
#> 3 3 0.455 0.776 0.849 0.3985 0.723 0.528
#> 4 4 0.497 0.710 0.787 0.1185 0.898 0.722
#> 5 5 0.552 0.607 0.749 0.0658 0.940 0.792
#> 6 6 0.606 0.523 0.708 0.0454 0.944 0.781
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.8955 0.67416 0.688 0.312
#> GSM11438 2 0.4431 0.86571 0.092 0.908
#> GSM11439 2 0.4562 0.85846 0.096 0.904
#> GSM11440 1 0.8267 0.73776 0.740 0.260
#> GSM11441 1 0.9393 0.29704 0.644 0.356
#> GSM11442 2 0.7139 0.80981 0.196 0.804
#> GSM11443 2 0.3274 0.86390 0.060 0.940
#> GSM11444 1 0.7219 0.80047 0.800 0.200
#> GSM11445 1 0.5737 0.84768 0.864 0.136
#> GSM11446 1 0.4022 0.85171 0.920 0.080
#> GSM11447 2 0.5946 0.83147 0.144 0.856
#> GSM11448 2 0.4022 0.85875 0.080 0.920
#> GSM11449 1 0.4690 0.84998 0.900 0.100
#> GSM11450 1 0.5519 0.84057 0.872 0.128
#> GSM11451 2 0.2423 0.86045 0.040 0.960
#> GSM11452 2 0.3114 0.85788 0.056 0.944
#> GSM11453 2 0.8608 0.67021 0.284 0.716
#> GSM11454 1 0.1184 0.84970 0.984 0.016
#> GSM11455 2 0.7528 0.79453 0.216 0.784
#> GSM11456 2 0.1414 0.86868 0.020 0.980
#> GSM11457 2 0.0672 0.86712 0.008 0.992
#> GSM11458 1 0.0938 0.84990 0.988 0.012
#> GSM11459 1 0.0672 0.85027 0.992 0.008
#> GSM11460 1 0.0000 0.85002 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.6887 0.81593 0.816 0.184
#> GSM11462 1 0.3733 0.85331 0.928 0.072
#> GSM11463 2 0.0376 0.86633 0.004 0.996
#> GSM11464 1 0.9209 0.63579 0.664 0.336
#> GSM11465 2 0.4022 0.86225 0.080 0.920
#> GSM11466 2 0.5178 0.85289 0.116 0.884
#> GSM11467 1 0.4562 0.85062 0.904 0.096
#> GSM11468 1 0.2603 0.83882 0.956 0.044
#> GSM11469 1 0.4022 0.85263 0.920 0.080
#> GSM11470 1 0.6148 0.82992 0.848 0.152
#> GSM11471 2 0.9933 0.25058 0.452 0.548
#> GSM11472 2 0.5842 0.83462 0.140 0.860
#> GSM11473 2 0.1843 0.87043 0.028 0.972
#> GSM11474 2 0.3274 0.86146 0.060 0.940
#> GSM11475 1 0.3733 0.84657 0.928 0.072
#> GSM11476 2 0.5059 0.85172 0.112 0.888
#> GSM11477 2 0.0000 0.86507 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.4022 0.85244 0.080 0.920
#> GSM11479 2 0.4431 0.85445 0.092 0.908
#> GSM11480 2 0.4022 0.85244 0.080 0.920
#> GSM11481 1 0.5629 0.85031 0.868 0.132
#> GSM11482 2 0.5629 0.85004 0.132 0.868
#> GSM11483 2 0.4431 0.85404 0.092 0.908
#> GSM11484 2 0.5737 0.85063 0.136 0.864
#> GSM11485 2 0.4939 0.85230 0.108 0.892
#> GSM11486 2 0.1633 0.86941 0.024 0.976
#> GSM11487 1 0.9970 0.32982 0.532 0.468
#> GSM11488 2 0.7453 0.79593 0.212 0.788
#> GSM11489 2 0.4815 0.85027 0.104 0.896
#> GSM11490 2 0.4690 0.85127 0.100 0.900
#> GSM11491 2 0.8499 0.61921 0.276 0.724
#> GSM11492 1 0.7528 0.72503 0.784 0.216
#> GSM11493 2 0.5294 0.84933 0.120 0.880
#> GSM11494 2 0.9815 0.53646 0.420 0.580
#> GSM11495 2 0.3431 0.87223 0.064 0.936
#> GSM11496 2 0.1414 0.86799 0.020 0.980
#> GSM11497 2 0.3114 0.87149 0.056 0.944
#> GSM11498 2 0.1843 0.87088 0.028 0.972
#> GSM11499 2 0.5294 0.84847 0.120 0.880
#> GSM11500 2 0.6247 0.83557 0.156 0.844
#> GSM11501 2 0.6801 0.82298 0.180 0.820
#> GSM11502 2 0.0376 0.86564 0.004 0.996
#> GSM11503 2 0.2043 0.87061 0.032 0.968
#> GSM11504 1 0.2043 0.84555 0.968 0.032
#> GSM11505 2 0.2043 0.86764 0.032 0.968
#> GSM11506 2 0.4022 0.85244 0.080 0.920
#> GSM11507 2 0.2603 0.86513 0.044 0.956
#> GSM11508 1 0.2236 0.84077 0.964 0.036
#> GSM11509 2 0.7674 0.76087 0.224 0.776
#> GSM11510 2 0.3733 0.86700 0.072 0.928
#> GSM11511 1 1.0000 -0.00533 0.504 0.496
#> GSM11512 2 0.8207 0.74986 0.256 0.744
#> GSM11513 1 0.0000 0.85002 1.000 0.000
#> GSM11514 2 0.5178 0.83971 0.116 0.884
#> GSM11515 2 0.9881 0.44126 0.436 0.564
#> GSM11516 2 0.3114 0.85914 0.056 0.944
#> GSM11517 1 0.4939 0.85401 0.892 0.108
#> GSM11518 2 0.7883 0.74055 0.236 0.764
#> GSM11519 2 0.9286 0.48384 0.344 0.656
#> GSM11520 1 0.4690 0.84988 0.900 0.100
#> GSM11521 2 0.6973 0.81401 0.188 0.812
#> GSM11522 1 0.6247 0.84256 0.844 0.156
#> GSM11523 1 0.4815 0.84852 0.896 0.104
#> GSM11524 1 0.2948 0.83944 0.948 0.052
#> GSM11525 2 0.0376 0.86564 0.004 0.996
#> GSM11526 2 0.8661 0.72071 0.288 0.712
#> GSM11527 2 0.4939 0.85368 0.108 0.892
#> GSM11528 2 0.5842 0.84328 0.140 0.860
#> GSM11529 2 0.2236 0.86356 0.036 0.964
#> GSM11530 1 0.7299 0.80329 0.796 0.204
#> GSM11531 2 0.2423 0.86694 0.040 0.960
#> GSM11532 1 0.2423 0.84680 0.960 0.040
#> GSM11533 2 0.2236 0.86115 0.036 0.964
#> GSM11534 2 0.6801 0.79818 0.180 0.820
#> GSM11535 2 0.1184 0.86773 0.016 0.984
#> GSM11536 2 0.4815 0.85308 0.104 0.896
#> GSM11537 2 0.0000 0.86507 0.000 1.000
#> GSM11538 2 0.9129 0.62512 0.328 0.672
#> GSM11539 2 0.3114 0.87228 0.056 0.944
#> GSM11540 2 0.3879 0.85283 0.076 0.924
#> GSM11541 1 0.2236 0.84374 0.964 0.036
#> GSM11542 2 0.2236 0.87216 0.036 0.964
#> GSM11543 2 0.4022 0.86522 0.080 0.920
#> GSM11544 1 0.9754 0.49039 0.592 0.408
#> GSM11545 2 0.3114 0.86182 0.056 0.944
#> GSM11546 2 0.4431 0.85271 0.092 0.908
#> GSM11547 2 0.2603 0.87464 0.044 0.956
#> GSM11548 2 0.9491 0.59916 0.368 0.632
#> GSM11549 1 0.2043 0.85486 0.968 0.032
#> GSM11550 1 0.2603 0.84857 0.956 0.044
#> GSM11551 2 0.8081 0.76641 0.248 0.752
#> GSM11552 1 0.0672 0.85044 0.992 0.008
#> GSM11553 2 0.0376 0.86611 0.004 0.996
#> GSM11554 2 0.0672 0.86665 0.008 0.992
#> GSM11555 2 0.9286 0.50967 0.344 0.656
#> GSM11556 1 0.2423 0.85182 0.960 0.040
#> GSM11557 2 0.0376 0.86564 0.004 0.996
#> GSM11558 2 0.3879 0.85283 0.076 0.924
#> GSM11559 2 0.0938 0.86703 0.012 0.988
#> GSM11560 1 0.4022 0.85590 0.920 0.080
#> GSM11561 2 0.4022 0.85244 0.080 0.920
#> GSM11562 2 0.1184 0.86773 0.016 0.984
#> GSM11563 2 0.4815 0.85204 0.104 0.896
#> GSM11564 2 0.4815 0.85570 0.104 0.896
#> GSM11565 2 0.9522 0.48011 0.372 0.628
#> GSM11566 2 0.4022 0.85357 0.080 0.920
#> GSM11567 2 0.6973 0.80992 0.188 0.812
#> GSM11568 2 0.3431 0.86928 0.064 0.936
#> GSM11569 2 0.0000 0.86507 0.000 1.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.85002 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.8763 0.70254 0.704 0.296
#> GSM11572 2 0.2778 0.86668 0.048 0.952
#> GSM11573 2 0.3274 0.85965 0.060 0.940
#> GSM11574 2 0.2423 0.86045 0.040 0.960
#> GSM11575 2 0.3114 0.86246 0.056 0.944
#> GSM11576 1 0.5059 0.84708 0.888 0.112
#> GSM11577 2 0.5946 0.79805 0.144 0.856
#> GSM11578 2 0.2603 0.86018 0.044 0.956
#> GSM11579 2 0.8443 0.73862 0.272 0.728
#> GSM11580 2 0.4298 0.85644 0.088 0.912
#> GSM11581 1 0.7883 0.65218 0.764 0.236
#> GSM11582 1 0.0938 0.85332 0.988 0.012
#> GSM11583 1 0.0000 0.85002 1.000 0.000
#> GSM11584 2 0.7883 0.77915 0.236 0.764
#> GSM11585 2 0.0376 0.86564 0.004 0.996
#> GSM11586 2 0.9710 0.40721 0.400 0.600
#> GSM11587 1 0.4562 0.85069 0.904 0.096
#> GSM11588 2 0.4939 0.83772 0.108 0.892
#> GSM11589 1 0.9754 0.28631 0.592 0.408
#> GSM11590 1 0.9170 0.64142 0.668 0.332
#> GSM11591 2 0.2423 0.86118 0.040 0.960
#> GSM11592 2 0.9963 0.21446 0.464 0.536
#> GSM11593 1 0.7219 0.78932 0.800 0.200
#> GSM11594 2 0.9661 0.30959 0.392 0.608
#> GSM11595 2 0.5842 0.83605 0.140 0.860
#> GSM11596 2 0.5178 0.84969 0.116 0.884
#> GSM11597 2 0.8443 0.66150 0.272 0.728
#> GSM11598 1 0.9833 0.37997 0.576 0.424
#> GSM11599 1 0.0000 0.85002 1.000 0.000
#> GSM11600 1 0.3274 0.84104 0.940 0.060
#> GSM11601 2 0.4022 0.86375 0.080 0.920
#> GSM11602 1 0.4022 0.85176 0.920 0.080
#> GSM11603 1 0.4690 0.84988 0.900 0.100
#> GSM11604 1 0.3879 0.85198 0.924 0.076
#> GSM11605 1 0.0376 0.85038 0.996 0.004
#> GSM11606 2 0.2236 0.86115 0.036 0.964
#> GSM11607 1 0.9933 0.34284 0.548 0.452
#> GSM11608 1 0.2778 0.85917 0.952 0.048
#> GSM11609 2 0.9358 0.60945 0.352 0.648
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.2590 0.8299 0.924 0.072 0.004
#> GSM11438 1 0.5363 0.7457 0.724 0.276 0.000
#> GSM11439 1 0.2663 0.8183 0.932 0.044 0.024
#> GSM11440 3 0.5036 0.7268 0.020 0.172 0.808
#> GSM11441 1 0.4539 0.7660 0.836 0.016 0.148
#> GSM11442 2 0.4960 0.8155 0.040 0.832 0.128
#> GSM11443 2 0.0424 0.8525 0.008 0.992 0.000
#> GSM11444 3 0.1774 0.8780 0.016 0.024 0.960
#> GSM11445 3 0.1315 0.8835 0.020 0.008 0.972
#> GSM11446 3 0.6625 0.1221 0.440 0.008 0.552
#> GSM11447 1 0.4569 0.7981 0.860 0.068 0.072
#> GSM11448 1 0.6483 0.3680 0.600 0.392 0.008
#> GSM11449 3 0.5156 0.7019 0.216 0.008 0.776
#> GSM11450 1 0.2796 0.7949 0.908 0.000 0.092
#> GSM11451 1 0.4842 0.7770 0.776 0.224 0.000
#> GSM11452 1 0.3752 0.8161 0.856 0.144 0.000
#> GSM11453 1 0.5481 0.8071 0.816 0.076 0.108
#> GSM11454 3 0.1337 0.8795 0.016 0.012 0.972
#> GSM11455 2 0.2550 0.8551 0.024 0.936 0.040
#> GSM11456 2 0.3030 0.8525 0.092 0.904 0.004
#> GSM11457 2 0.0983 0.8568 0.016 0.980 0.004
#> GSM11458 3 0.0237 0.8829 0.000 0.004 0.996
#> GSM11459 3 0.1337 0.8795 0.016 0.012 0.972
#> GSM11460 3 0.2400 0.8715 0.064 0.004 0.932
#> GSM11461 1 0.4291 0.7526 0.820 0.000 0.180
#> GSM11462 3 0.0592 0.8841 0.012 0.000 0.988
#> GSM11463 2 0.0424 0.8525 0.008 0.992 0.000
#> GSM11464 1 0.4586 0.8196 0.856 0.048 0.096
#> GSM11465 2 0.3406 0.8547 0.068 0.904 0.028
#> GSM11466 2 0.6940 0.7498 0.224 0.708 0.068
#> GSM11467 1 0.3816 0.7719 0.852 0.000 0.148
#> GSM11468 3 0.0983 0.8809 0.016 0.004 0.980
#> GSM11469 3 0.0237 0.8833 0.004 0.000 0.996
#> GSM11470 1 0.3947 0.8201 0.884 0.040 0.076
#> GSM11471 1 0.3340 0.7875 0.880 0.000 0.120
#> GSM11472 1 0.2116 0.8269 0.948 0.040 0.012
#> GSM11473 2 0.3607 0.8575 0.112 0.880 0.008
#> GSM11474 2 0.0237 0.8526 0.004 0.996 0.000
#> GSM11475 3 0.2446 0.8664 0.012 0.052 0.936
#> GSM11476 2 0.2625 0.8531 0.084 0.916 0.000
#> GSM11477 2 0.1529 0.8506 0.040 0.960 0.000
#> GSM11478 2 0.2165 0.8413 0.064 0.936 0.000
#> GSM11479 2 0.3112 0.8491 0.096 0.900 0.004
#> GSM11480 2 0.1964 0.8438 0.056 0.944 0.000
#> GSM11481 3 0.1031 0.8802 0.000 0.024 0.976
#> GSM11482 2 0.5295 0.8366 0.156 0.808 0.036
#> GSM11483 2 0.2356 0.8617 0.072 0.928 0.000
#> GSM11484 2 0.6158 0.8149 0.188 0.760 0.052
#> GSM11485 2 0.3038 0.8481 0.104 0.896 0.000
#> GSM11486 2 0.6632 0.3600 0.392 0.596 0.012
#> GSM11487 1 0.2096 0.8308 0.944 0.052 0.004
#> GSM11488 2 0.3805 0.8436 0.024 0.884 0.092
#> GSM11489 2 0.3461 0.8518 0.076 0.900 0.024
#> GSM11490 1 0.2301 0.8297 0.936 0.060 0.004
#> GSM11491 1 0.4136 0.8236 0.864 0.116 0.020
#> GSM11492 3 0.5780 0.7870 0.120 0.080 0.800
#> GSM11493 2 0.3434 0.8560 0.064 0.904 0.032
#> GSM11494 1 0.4357 0.8052 0.868 0.052 0.080
#> GSM11495 2 0.3826 0.8459 0.124 0.868 0.008
#> GSM11496 2 0.5754 0.7247 0.296 0.700 0.004
#> GSM11497 2 0.2297 0.8565 0.020 0.944 0.036
#> GSM11498 2 0.5365 0.7551 0.252 0.744 0.004
#> GSM11499 2 0.4446 0.8344 0.112 0.856 0.032
#> GSM11500 2 0.4075 0.8417 0.048 0.880 0.072
#> GSM11501 2 0.3695 0.8450 0.108 0.880 0.012
#> GSM11502 2 0.4842 0.7335 0.224 0.776 0.000
#> GSM11503 2 0.3918 0.8146 0.140 0.856 0.004
#> GSM11504 3 0.2584 0.8829 0.064 0.008 0.928
#> GSM11505 2 0.2066 0.8436 0.060 0.940 0.000
#> GSM11506 2 0.0475 0.8534 0.004 0.992 0.004
#> GSM11507 2 0.0424 0.8538 0.008 0.992 0.000
#> GSM11508 3 0.0237 0.8829 0.000 0.004 0.996
#> GSM11509 1 0.6843 0.7416 0.740 0.116 0.144
#> GSM11510 2 0.3989 0.8419 0.124 0.864 0.012
#> GSM11511 1 0.5239 0.7358 0.808 0.032 0.160
#> GSM11512 2 0.8633 0.0731 0.436 0.464 0.100
#> GSM11513 3 0.0983 0.8859 0.016 0.004 0.980
#> GSM11514 2 0.5582 0.8086 0.100 0.812 0.088
#> GSM11515 2 0.7101 0.7192 0.080 0.704 0.216
#> GSM11516 1 0.3816 0.8200 0.852 0.148 0.000
#> GSM11517 3 0.0424 0.8840 0.008 0.000 0.992
#> GSM11518 2 0.7992 0.5334 0.328 0.592 0.080
#> GSM11519 1 0.4475 0.8225 0.864 0.064 0.072
#> GSM11520 3 0.4750 0.7773 0.216 0.000 0.784
#> GSM11521 2 0.3690 0.8446 0.100 0.884 0.016
#> GSM11522 3 0.3947 0.8466 0.040 0.076 0.884
#> GSM11523 1 0.4002 0.7576 0.840 0.000 0.160
#> GSM11524 3 0.0747 0.8817 0.016 0.000 0.984
#> GSM11525 2 0.0747 0.8530 0.016 0.984 0.000
#> GSM11526 1 0.8297 0.3567 0.560 0.348 0.092
#> GSM11527 2 0.2063 0.8602 0.044 0.948 0.008
#> GSM11528 2 0.2689 0.8558 0.032 0.932 0.036
#> GSM11529 1 0.4931 0.7673 0.768 0.232 0.000
#> GSM11530 3 0.8120 0.1017 0.396 0.072 0.532
#> GSM11531 2 0.5905 0.4738 0.352 0.648 0.000
#> GSM11532 3 0.3141 0.8663 0.068 0.020 0.912
#> GSM11533 1 0.5016 0.7624 0.760 0.240 0.000
#> GSM11534 2 0.7011 0.7605 0.188 0.720 0.092
#> GSM11535 2 0.4346 0.8153 0.184 0.816 0.000
#> GSM11536 2 0.4047 0.8474 0.148 0.848 0.004
#> GSM11537 2 0.1289 0.8504 0.032 0.968 0.000
#> GSM11538 2 0.6057 0.7549 0.044 0.760 0.196
#> GSM11539 2 0.6180 0.2074 0.416 0.584 0.000
#> GSM11540 2 0.2261 0.8409 0.068 0.932 0.000
#> GSM11541 3 0.2165 0.8728 0.064 0.000 0.936
#> GSM11542 2 0.2063 0.8564 0.044 0.948 0.008
#> GSM11543 1 0.7153 0.6763 0.652 0.300 0.048
#> GSM11544 1 0.1711 0.8279 0.960 0.032 0.008
#> GSM11545 1 0.2711 0.8300 0.912 0.088 0.000
#> GSM11546 2 0.0237 0.8536 0.004 0.996 0.000
#> GSM11547 2 0.3755 0.8173 0.120 0.872 0.008
#> GSM11548 2 0.6109 0.7685 0.048 0.760 0.192
#> GSM11549 3 0.5560 0.6719 0.300 0.000 0.700
#> GSM11550 3 0.6617 0.5150 0.388 0.012 0.600
#> GSM11551 2 0.5470 0.7896 0.036 0.796 0.168
#> GSM11552 3 0.0829 0.8820 0.012 0.004 0.984
#> GSM11553 2 0.0661 0.8531 0.008 0.988 0.004
#> GSM11554 2 0.0983 0.8539 0.016 0.980 0.004
#> GSM11555 2 0.8340 0.6569 0.236 0.620 0.144
#> GSM11556 3 0.2796 0.8577 0.092 0.000 0.908
#> GSM11557 2 0.0592 0.8522 0.012 0.988 0.000
#> GSM11558 2 0.0592 0.8537 0.012 0.988 0.000
#> GSM11559 2 0.4178 0.7778 0.172 0.828 0.000
#> GSM11560 3 0.3412 0.8399 0.124 0.000 0.876
#> GSM11561 2 0.1163 0.8518 0.028 0.972 0.000
#> GSM11562 2 0.4110 0.8176 0.152 0.844 0.004
#> GSM11563 2 0.6109 0.8097 0.192 0.760 0.048
#> GSM11564 2 0.5903 0.7673 0.232 0.744 0.024
#> GSM11565 1 0.5105 0.8013 0.828 0.048 0.124
#> GSM11566 2 0.0592 0.8540 0.012 0.988 0.000
#> GSM11567 2 0.4165 0.8482 0.048 0.876 0.076
#> GSM11568 2 0.7386 -0.0561 0.460 0.508 0.032
#> GSM11569 2 0.1964 0.8487 0.056 0.944 0.000
#> GSM11570 3 0.0237 0.8829 0.000 0.004 0.996
#> GSM11571 1 0.7327 0.7374 0.708 0.132 0.160
#> GSM11572 1 0.6675 0.3307 0.584 0.404 0.012
#> GSM11573 1 0.2448 0.8280 0.924 0.076 0.000
#> GSM11574 1 0.5058 0.7597 0.756 0.244 0.000
#> GSM11575 1 0.5016 0.7444 0.760 0.240 0.000
#> GSM11576 1 0.5733 0.5296 0.676 0.000 0.324
#> GSM11577 1 0.5816 0.7769 0.752 0.224 0.024
#> GSM11578 1 0.3412 0.8191 0.876 0.124 0.000
#> GSM11579 2 0.4709 0.8372 0.092 0.852 0.056
#> GSM11580 2 0.6652 0.7474 0.172 0.744 0.084
#> GSM11581 3 0.7564 0.5664 0.096 0.232 0.672
#> GSM11582 3 0.0892 0.8826 0.020 0.000 0.980
#> GSM11583 3 0.2749 0.8734 0.064 0.012 0.924
#> GSM11584 2 0.5467 0.8151 0.112 0.816 0.072
#> GSM11585 2 0.3941 0.7878 0.156 0.844 0.000
#> GSM11586 1 0.6510 0.7285 0.756 0.088 0.156
#> GSM11587 3 0.4062 0.8256 0.164 0.000 0.836
#> GSM11588 1 0.2496 0.8283 0.928 0.068 0.004
#> GSM11589 1 0.9413 0.2980 0.468 0.184 0.348
#> GSM11590 1 0.3276 0.8294 0.908 0.068 0.024
#> GSM11591 1 0.5058 0.7588 0.756 0.244 0.000
#> GSM11592 1 0.4912 0.7406 0.796 0.008 0.196
#> GSM11593 1 0.2448 0.8006 0.924 0.000 0.076
#> GSM11594 1 0.2446 0.8300 0.936 0.052 0.012
#> GSM11595 1 0.6059 0.7586 0.764 0.188 0.048
#> GSM11596 2 0.6361 0.6962 0.232 0.728 0.040
#> GSM11597 1 0.2955 0.8064 0.912 0.008 0.080
#> GSM11598 1 0.2031 0.8220 0.952 0.016 0.032
#> GSM11599 3 0.1129 0.8821 0.020 0.004 0.976
#> GSM11600 3 0.2446 0.8769 0.052 0.012 0.936
#> GSM11601 2 0.4779 0.8382 0.124 0.840 0.036
#> GSM11602 3 0.3267 0.8555 0.116 0.000 0.884
#> GSM11603 3 0.2711 0.8642 0.088 0.000 0.912
#> GSM11604 3 0.4399 0.7479 0.188 0.000 0.812
#> GSM11605 3 0.2680 0.8720 0.068 0.008 0.924
#> GSM11606 1 0.5291 0.7382 0.732 0.268 0.000
#> GSM11607 1 0.1860 0.8322 0.948 0.052 0.000
#> GSM11608 3 0.1620 0.8830 0.024 0.012 0.964
#> GSM11609 2 0.7345 0.7178 0.108 0.700 0.192
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.5360 0.6264 0.304 0.024 0.004 0.668
#> GSM11438 1 0.4514 0.7393 0.800 0.136 0.000 0.064
#> GSM11439 1 0.4224 0.7530 0.808 0.020 0.008 0.164
#> GSM11440 3 0.5864 0.4996 0.000 0.072 0.664 0.264
#> GSM11441 1 0.6044 0.4306 0.544 0.004 0.036 0.416
#> GSM11442 4 0.4253 0.7360 0.004 0.132 0.044 0.820
#> GSM11443 2 0.0937 0.8278 0.012 0.976 0.000 0.012
#> GSM11444 3 0.2256 0.7924 0.000 0.020 0.924 0.056
#> GSM11445 3 0.1978 0.7892 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM11446 3 0.7354 0.0942 0.388 0.000 0.452 0.160
#> GSM11447 4 0.2587 0.7325 0.056 0.020 0.008 0.916
#> GSM11448 1 0.6898 0.3605 0.524 0.360 0.000 0.116
#> GSM11449 3 0.3626 0.6870 0.184 0.000 0.812 0.004
#> GSM11450 1 0.3667 0.7598 0.856 0.000 0.056 0.088
#> GSM11451 1 0.3962 0.7418 0.832 0.124 0.000 0.044
#> GSM11452 1 0.3286 0.7575 0.876 0.080 0.000 0.044
#> GSM11453 1 0.4424 0.7685 0.836 0.056 0.080 0.028
#> GSM11454 3 0.4722 0.5729 0.000 0.008 0.692 0.300
#> GSM11455 2 0.1822 0.8206 0.004 0.944 0.008 0.044
#> GSM11456 2 0.2565 0.8221 0.032 0.912 0.000 0.056
#> GSM11457 2 0.1042 0.8266 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM11458 3 0.0336 0.8054 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM11459 3 0.3257 0.7480 0.000 0.004 0.844 0.152
#> GSM11460 4 0.5929 0.4700 0.048 0.000 0.356 0.596
#> GSM11461 1 0.4462 0.7271 0.804 0.000 0.132 0.064
#> GSM11462 3 0.0000 0.8048 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1284 0.8262 0.012 0.964 0.000 0.024
#> GSM11464 4 0.4602 0.7290 0.176 0.016 0.020 0.788
#> GSM11465 2 0.2188 0.8243 0.032 0.936 0.012 0.020
#> GSM11466 2 0.6407 0.7002 0.160 0.700 0.028 0.112
#> GSM11467 1 0.4953 0.7321 0.776 0.000 0.120 0.104
#> GSM11468 3 0.2921 0.7530 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM11469 3 0.1022 0.8051 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM11470 1 0.3031 0.7768 0.896 0.016 0.072 0.016
#> GSM11471 1 0.4875 0.7412 0.772 0.000 0.068 0.160
#> GSM11472 1 0.3498 0.7530 0.832 0.008 0.000 0.160
#> GSM11473 2 0.4370 0.8011 0.044 0.800 0.000 0.156
#> GSM11474 2 0.0779 0.8238 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM11475 3 0.0967 0.8026 0.004 0.016 0.976 0.004
#> GSM11476 4 0.5326 0.5364 0.016 0.380 0.000 0.604
#> GSM11477 2 0.3367 0.8075 0.108 0.864 0.000 0.028
#> GSM11478 2 0.3404 0.8115 0.104 0.864 0.000 0.032
#> GSM11479 2 0.2002 0.8191 0.020 0.936 0.000 0.044
#> GSM11480 2 0.3464 0.8038 0.108 0.860 0.000 0.032
#> GSM11481 3 0.0927 0.8060 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM11482 2 0.4733 0.7997 0.064 0.800 0.008 0.128
#> GSM11483 2 0.3392 0.8251 0.020 0.856 0.000 0.124
#> GSM11484 4 0.4547 0.7369 0.092 0.104 0.000 0.804
#> GSM11485 2 0.2706 0.8191 0.020 0.900 0.000 0.080
#> GSM11486 2 0.6638 0.2745 0.420 0.496 0.000 0.084
#> GSM11487 1 0.3852 0.7205 0.808 0.012 0.000 0.180
#> GSM11488 4 0.5827 0.6654 0.000 0.316 0.052 0.632
#> GSM11489 2 0.2222 0.8261 0.032 0.932 0.004 0.032
#> GSM11490 1 0.5617 0.6054 0.632 0.028 0.004 0.336
#> GSM11491 1 0.1863 0.7756 0.944 0.040 0.012 0.004
#> GSM11492 4 0.3494 0.7179 0.028 0.016 0.080 0.876
#> GSM11493 4 0.5160 0.6988 0.016 0.264 0.012 0.708
#> GSM11494 4 0.3900 0.7370 0.112 0.024 0.016 0.848
#> GSM11495 4 0.3999 0.7373 0.036 0.140 0.000 0.824
#> GSM11496 2 0.6049 0.6960 0.184 0.684 0.000 0.132
#> GSM11497 2 0.2895 0.8274 0.032 0.908 0.044 0.016
#> GSM11498 2 0.5078 0.7412 0.272 0.700 0.000 0.028
#> GSM11499 4 0.4486 0.7394 0.020 0.188 0.008 0.784
#> GSM11500 2 0.2917 0.8172 0.020 0.904 0.016 0.060
#> GSM11501 2 0.4219 0.7902 0.040 0.820 0.004 0.136
#> GSM11502 2 0.5198 0.7015 0.252 0.708 0.000 0.040
#> GSM11503 2 0.4978 0.7597 0.180 0.764 0.004 0.052
#> GSM11504 4 0.4725 0.6295 0.012 0.004 0.256 0.728
#> GSM11505 2 0.3182 0.8153 0.096 0.876 0.000 0.028
#> GSM11506 2 0.3099 0.8123 0.020 0.876 0.000 0.104
#> GSM11507 2 0.1452 0.8228 0.008 0.956 0.000 0.036
#> GSM11508 3 0.1398 0.8053 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM11509 1 0.7548 0.5434 0.548 0.060 0.068 0.324
#> GSM11510 4 0.6084 0.6928 0.148 0.152 0.004 0.696
#> GSM11511 1 0.5715 0.7225 0.756 0.028 0.108 0.108
#> GSM11512 4 0.4201 0.7457 0.092 0.036 0.028 0.844
#> GSM11513 3 0.3142 0.7689 0.000 0.008 0.860 0.132
#> GSM11514 2 0.4908 0.7931 0.116 0.796 0.076 0.012
#> GSM11515 4 0.3697 0.7284 0.000 0.048 0.100 0.852
#> GSM11516 1 0.4171 0.7674 0.828 0.088 0.000 0.084
#> GSM11517 3 0.0336 0.8052 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM11518 2 0.6499 0.5857 0.296 0.628 0.036 0.040
#> GSM11519 1 0.2761 0.7792 0.908 0.012 0.064 0.016
#> GSM11520 3 0.4780 0.7136 0.116 0.000 0.788 0.096
#> GSM11521 2 0.3630 0.7943 0.020 0.848 0.004 0.128
#> GSM11522 3 0.2413 0.7947 0.004 0.036 0.924 0.036
#> GSM11523 1 0.4088 0.7410 0.820 0.000 0.140 0.040
#> GSM11524 4 0.4103 0.5856 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM11525 2 0.1042 0.8288 0.020 0.972 0.000 0.008
#> GSM11526 4 0.4341 0.7338 0.136 0.020 0.024 0.820
#> GSM11527 2 0.1489 0.8202 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM11528 2 0.1811 0.8296 0.020 0.948 0.004 0.028
#> GSM11529 1 0.4462 0.7138 0.792 0.164 0.000 0.044
#> GSM11530 3 0.5884 0.2145 0.384 0.032 0.580 0.004
#> GSM11531 2 0.6023 0.4500 0.328 0.612 0.000 0.060
#> GSM11532 3 0.2984 0.7752 0.028 0.000 0.888 0.084
#> GSM11533 1 0.4070 0.7374 0.824 0.132 0.000 0.044
#> GSM11534 2 0.6647 0.7295 0.104 0.704 0.064 0.128
#> GSM11535 2 0.5174 0.7754 0.152 0.756 0.000 0.092
#> GSM11536 2 0.4890 0.7892 0.080 0.776 0.000 0.144
#> GSM11537 2 0.3013 0.8147 0.080 0.888 0.000 0.032
#> GSM11538 2 0.7393 0.4790 0.032 0.612 0.184 0.172
#> GSM11539 2 0.6081 0.0912 0.472 0.484 0.000 0.044
#> GSM11540 2 0.3999 0.7816 0.140 0.824 0.000 0.036
#> GSM11541 4 0.4872 0.6363 0.028 0.000 0.244 0.728
#> GSM11542 2 0.1297 0.8277 0.020 0.964 0.000 0.016
#> GSM11543 4 0.5774 0.7391 0.132 0.120 0.012 0.736
#> GSM11544 1 0.2197 0.7728 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM11545 1 0.1398 0.7762 0.956 0.040 0.000 0.004
#> GSM11546 2 0.1302 0.8203 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM11547 2 0.3764 0.7970 0.116 0.844 0.000 0.040
#> GSM11548 2 0.5715 0.6806 0.008 0.732 0.104 0.156
#> GSM11549 3 0.6167 0.5931 0.220 0.000 0.664 0.116
#> GSM11550 3 0.7411 0.4670 0.276 0.004 0.532 0.188
#> GSM11551 2 0.5597 0.7039 0.024 0.756 0.076 0.144
#> GSM11552 3 0.0921 0.8027 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM11553 2 0.0657 0.8269 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM11554 2 0.0707 0.8262 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM11555 2 0.7881 0.6410 0.116 0.612 0.128 0.144
#> GSM11556 3 0.3999 0.7408 0.036 0.000 0.824 0.140
#> GSM11557 2 0.0657 0.8269 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM11558 2 0.1151 0.8259 0.008 0.968 0.000 0.024
#> GSM11559 2 0.4635 0.7339 0.216 0.756 0.000 0.028
#> GSM11560 3 0.2011 0.7906 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM11561 2 0.3088 0.8281 0.060 0.888 0.000 0.052
#> GSM11562 2 0.4805 0.7811 0.132 0.784 0.000 0.084
#> GSM11563 2 0.6229 0.7472 0.152 0.708 0.020 0.120
#> GSM11564 2 0.4669 0.7578 0.200 0.764 0.000 0.036
#> GSM11565 1 0.5698 0.7525 0.756 0.028 0.124 0.092
#> GSM11566 2 0.1584 0.8252 0.012 0.952 0.000 0.036
#> GSM11567 2 0.4129 0.7992 0.012 0.840 0.044 0.104
#> GSM11568 1 0.6906 0.1496 0.492 0.432 0.028 0.048
#> GSM11569 2 0.2271 0.8264 0.076 0.916 0.000 0.008
#> GSM11570 3 0.0000 0.8048 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11571 1 0.5792 0.7083 0.752 0.064 0.140 0.044
#> GSM11572 1 0.6536 0.4072 0.580 0.324 0.000 0.096
#> GSM11573 1 0.0921 0.7734 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM11574 1 0.4070 0.7374 0.824 0.132 0.000 0.044
#> GSM11575 1 0.5464 0.7102 0.716 0.212 0.000 0.072
#> GSM11576 1 0.4655 0.5332 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM11577 1 0.4587 0.7426 0.812 0.128 0.016 0.044
#> GSM11578 1 0.2816 0.7634 0.900 0.064 0.000 0.036
#> GSM11579 2 0.3080 0.8151 0.020 0.900 0.028 0.052
#> GSM11580 2 0.6362 0.7147 0.152 0.712 0.096 0.040
#> GSM11581 3 0.8198 0.3124 0.032 0.232 0.500 0.236
#> GSM11582 4 0.3950 0.6636 0.008 0.004 0.184 0.804
#> GSM11583 3 0.1452 0.8051 0.036 0.000 0.956 0.008
#> GSM11584 4 0.5793 0.4798 0.016 0.316 0.024 0.644
#> GSM11585 2 0.5056 0.7189 0.224 0.732 0.000 0.044
#> GSM11586 1 0.7859 0.5949 0.592 0.072 0.128 0.208
#> GSM11587 3 0.3245 0.7798 0.100 0.000 0.872 0.028
#> GSM11588 1 0.1936 0.7697 0.940 0.028 0.000 0.032
#> GSM11589 1 0.9338 0.2152 0.412 0.140 0.284 0.164
#> GSM11590 1 0.1151 0.7760 0.968 0.024 0.008 0.000
#> GSM11591 1 0.4088 0.7353 0.820 0.140 0.000 0.040
#> GSM11592 1 0.5816 0.7031 0.708 0.000 0.144 0.148
#> GSM11593 1 0.3399 0.7594 0.868 0.000 0.040 0.092
#> GSM11594 1 0.2441 0.7822 0.916 0.012 0.004 0.068
#> GSM11595 1 0.6231 0.7096 0.696 0.168 0.012 0.124
#> GSM11596 2 0.7094 0.5694 0.264 0.584 0.008 0.144
#> GSM11597 1 0.5010 0.6888 0.700 0.000 0.024 0.276
#> GSM11598 1 0.3046 0.7680 0.884 0.004 0.016 0.096
#> GSM11599 3 0.5080 0.3361 0.000 0.004 0.576 0.420
#> GSM11600 3 0.1174 0.8047 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM11601 2 0.4363 0.8001 0.052 0.816 0.004 0.128
#> GSM11602 3 0.2399 0.7974 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM11603 3 0.1807 0.8021 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM11604 3 0.6204 0.6180 0.164 0.000 0.672 0.164
#> GSM11605 3 0.5231 0.5675 0.028 0.000 0.676 0.296
#> GSM11606 1 0.4285 0.7277 0.804 0.156 0.000 0.040
#> GSM11607 1 0.2813 0.7802 0.896 0.024 0.000 0.080
#> GSM11608 3 0.0657 0.8062 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM11609 2 0.7029 0.6150 0.024 0.640 0.168 0.168
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.3396 0.689928 0.156 0.012 0.004 0.824 0.004
#> GSM11438 1 0.6156 0.631308 0.672 0.100 0.000 0.128 0.100
#> GSM11439 1 0.4827 0.622627 0.712 0.004 0.004 0.052 0.228
#> GSM11440 3 0.6654 -0.000342 0.000 0.044 0.480 0.088 0.388
#> GSM11441 5 0.3937 0.474635 0.132 0.000 0.004 0.060 0.804
#> GSM11442 4 0.5511 0.348468 0.000 0.056 0.004 0.524 0.416
#> GSM11443 2 0.0833 0.786906 0.004 0.976 0.000 0.016 0.004
#> GSM11444 3 0.2284 0.741463 0.000 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM11445 3 0.2230 0.723340 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM11446 5 0.7518 0.275330 0.316 0.000 0.288 0.036 0.360
#> GSM11447 5 0.5036 -0.142674 0.024 0.000 0.004 0.452 0.520
#> GSM11448 1 0.6910 0.347120 0.508 0.304 0.000 0.036 0.152
#> GSM11449 3 0.3649 0.621068 0.152 0.000 0.808 0.000 0.040
#> GSM11450 1 0.3216 0.693057 0.856 0.000 0.004 0.044 0.096
#> GSM11451 1 0.4408 0.700977 0.784 0.072 0.000 0.128 0.016
#> GSM11452 1 0.4091 0.706819 0.804 0.052 0.000 0.128 0.016
#> GSM11453 1 0.3266 0.716649 0.880 0.024 0.016 0.040 0.040
#> GSM11454 3 0.6481 0.196090 0.000 0.004 0.516 0.204 0.276
#> GSM11455 2 0.3405 0.755151 0.000 0.848 0.012 0.036 0.104
#> GSM11456 2 0.2912 0.778657 0.008 0.876 0.000 0.028 0.088
#> GSM11457 2 0.1369 0.786728 0.008 0.956 0.000 0.028 0.008
#> GSM11458 3 0.0955 0.779491 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM11459 5 0.4632 0.130781 0.000 0.000 0.448 0.012 0.540
#> GSM11460 4 0.4563 0.598623 0.048 0.000 0.244 0.708 0.000
#> GSM11461 1 0.3359 0.692105 0.860 0.000 0.064 0.016 0.060
#> GSM11462 3 0.0162 0.781103 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11463 2 0.1356 0.782753 0.004 0.956 0.000 0.028 0.012
#> GSM11464 4 0.2578 0.721812 0.032 0.012 0.020 0.912 0.024
#> GSM11465 2 0.1602 0.785222 0.008 0.952 0.012 0.012 0.016
#> GSM11466 2 0.6116 0.481012 0.120 0.604 0.004 0.012 0.260
#> GSM11467 1 0.4936 0.664679 0.768 0.000 0.072 0.092 0.068
#> GSM11468 3 0.4074 0.318813 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM11469 3 0.1270 0.774405 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM11470 1 0.4050 0.719316 0.820 0.004 0.064 0.096 0.016
#> GSM11471 1 0.6367 0.382783 0.516 0.000 0.076 0.036 0.372
#> GSM11472 5 0.4969 0.074264 0.468 0.004 0.000 0.020 0.508
#> GSM11473 2 0.5631 0.600456 0.020 0.608 0.000 0.056 0.316
#> GSM11474 2 0.0671 0.784257 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> GSM11475 3 0.0162 0.781066 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11476 4 0.5725 0.495542 0.000 0.280 0.004 0.608 0.108
#> GSM11477 2 0.3383 0.775322 0.072 0.856 0.000 0.060 0.012
#> GSM11478 2 0.3870 0.773895 0.060 0.828 0.000 0.092 0.020
#> GSM11479 2 0.2150 0.780790 0.004 0.924 0.004 0.040 0.028
#> GSM11480 2 0.3481 0.769209 0.056 0.840 0.000 0.100 0.004
#> GSM11481 3 0.1041 0.776874 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM11482 2 0.5176 0.748042 0.028 0.732 0.004 0.068 0.168
#> GSM11483 2 0.5391 0.735193 0.024 0.708 0.000 0.108 0.160
#> GSM11484 4 0.3447 0.727244 0.028 0.044 0.004 0.864 0.060
#> GSM11485 2 0.4612 0.717108 0.000 0.736 0.000 0.084 0.180
#> GSM11486 2 0.7106 0.242925 0.368 0.452 0.000 0.128 0.052
#> GSM11487 1 0.4548 0.607503 0.752 0.000 0.000 0.128 0.120
#> GSM11488 4 0.4880 0.648470 0.000 0.236 0.028 0.708 0.028
#> GSM11489 2 0.1854 0.786371 0.008 0.936 0.000 0.020 0.036
#> GSM11490 1 0.7024 0.432284 0.488 0.012 0.008 0.264 0.228
#> GSM11491 1 0.0693 0.732214 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> GSM11492 4 0.4838 0.617616 0.008 0.012 0.012 0.664 0.304
#> GSM11493 4 0.4321 0.709858 0.008 0.160 0.012 0.784 0.036
#> GSM11494 4 0.4080 0.730215 0.052 0.012 0.000 0.800 0.136
#> GSM11495 4 0.4112 0.727996 0.004 0.064 0.004 0.800 0.128
#> GSM11496 2 0.6902 0.549665 0.148 0.568 0.004 0.048 0.232
#> GSM11497 2 0.3076 0.784262 0.028 0.884 0.052 0.032 0.004
#> GSM11498 2 0.4777 0.696605 0.260 0.696 0.000 0.028 0.016
#> GSM11499 4 0.4901 0.681902 0.000 0.104 0.000 0.712 0.184
#> GSM11500 2 0.4006 0.747892 0.020 0.816 0.004 0.036 0.124
#> GSM11501 2 0.5823 0.461914 0.008 0.512 0.004 0.060 0.416
#> GSM11502 2 0.5753 0.638985 0.204 0.656 0.000 0.124 0.016
#> GSM11503 2 0.6605 0.655228 0.116 0.640 0.004 0.140 0.100
#> GSM11504 4 0.4000 0.699165 0.000 0.004 0.164 0.788 0.044
#> GSM11505 2 0.3466 0.777663 0.048 0.844 0.000 0.100 0.008
#> GSM11506 2 0.3956 0.756674 0.004 0.808 0.000 0.108 0.080
#> GSM11507 2 0.1364 0.779624 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM11508 3 0.3670 0.656591 0.000 0.008 0.792 0.012 0.188
#> GSM11509 5 0.3305 0.478557 0.088 0.012 0.008 0.028 0.864
#> GSM11510 4 0.4163 0.655120 0.076 0.064 0.008 0.824 0.028
#> GSM11511 1 0.5052 0.585260 0.724 0.012 0.032 0.024 0.208
#> GSM11512 4 0.3673 0.727676 0.004 0.020 0.004 0.808 0.164
#> GSM11513 5 0.5001 0.062765 0.000 0.008 0.480 0.016 0.496
#> GSM11514 2 0.4863 0.751673 0.116 0.776 0.068 0.028 0.012
#> GSM11515 5 0.4839 0.227531 0.000 0.028 0.012 0.288 0.672
#> GSM11516 1 0.5217 0.709041 0.740 0.076 0.000 0.132 0.052
#> GSM11517 3 0.0000 0.781334 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11518 2 0.6465 0.479197 0.344 0.552 0.024 0.032 0.048
#> GSM11519 1 0.1806 0.724830 0.940 0.004 0.032 0.004 0.020
#> GSM11520 3 0.5615 0.506187 0.092 0.000 0.680 0.028 0.200
#> GSM11521 2 0.4581 0.725149 0.004 0.768 0.004 0.112 0.112
#> GSM11522 3 0.2712 0.732355 0.000 0.032 0.880 0.000 0.088
#> GSM11523 1 0.2876 0.706247 0.888 0.000 0.052 0.016 0.044
#> GSM11524 5 0.5940 0.207471 0.000 0.000 0.140 0.292 0.568
#> GSM11525 2 0.0693 0.787081 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000
#> GSM11526 4 0.3053 0.732586 0.012 0.008 0.000 0.852 0.128
#> GSM11527 2 0.3342 0.752333 0.004 0.848 0.000 0.048 0.100
#> GSM11528 2 0.1799 0.788581 0.000 0.940 0.012 0.028 0.020
#> GSM11529 1 0.5420 0.657755 0.708 0.140 0.000 0.128 0.024
#> GSM11530 3 0.4505 0.257531 0.368 0.008 0.620 0.004 0.000
#> GSM11531 2 0.6118 0.443513 0.312 0.584 0.000 0.056 0.048
#> GSM11532 3 0.3403 0.667661 0.008 0.000 0.820 0.012 0.160
#> GSM11533 1 0.4524 0.696508 0.776 0.080 0.000 0.128 0.016
#> GSM11534 2 0.7001 0.593603 0.080 0.608 0.052 0.044 0.216
#> GSM11535 2 0.5244 0.744369 0.100 0.744 0.000 0.096 0.060
#> GSM11536 2 0.5465 0.692397 0.012 0.692 0.004 0.104 0.188
#> GSM11537 2 0.2949 0.778256 0.052 0.876 0.000 0.068 0.004
#> GSM11538 2 0.8381 0.331670 0.036 0.484 0.144 0.160 0.176
#> GSM11539 2 0.6909 0.007607 0.420 0.420 0.000 0.120 0.040
#> GSM11540 2 0.4120 0.750235 0.072 0.804 0.000 0.112 0.012
#> GSM11541 4 0.3602 0.683565 0.000 0.000 0.180 0.796 0.024
#> GSM11542 2 0.0798 0.785859 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM11543 4 0.5932 0.663908 0.048 0.084 0.000 0.660 0.208
#> GSM11544 1 0.2046 0.714556 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> GSM11545 1 0.0854 0.729246 0.976 0.008 0.000 0.004 0.012
#> GSM11546 2 0.3255 0.752842 0.000 0.848 0.000 0.052 0.100
#> GSM11547 2 0.3522 0.766094 0.104 0.844 0.000 0.032 0.020
#> GSM11548 5 0.5468 0.350990 0.004 0.324 0.052 0.008 0.612
#> GSM11549 3 0.7241 0.130521 0.224 0.000 0.448 0.032 0.296
#> GSM11550 5 0.7294 0.134923 0.236 0.004 0.296 0.024 0.440
#> GSM11551 5 0.4958 0.336223 0.008 0.340 0.020 0.004 0.628
#> GSM11552 3 0.1270 0.770244 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM11553 2 0.0798 0.786528 0.008 0.976 0.000 0.016 0.000
#> GSM11554 2 0.0451 0.784981 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM11555 2 0.7733 0.536837 0.052 0.548 0.100 0.076 0.224
#> GSM11556 3 0.4324 0.601889 0.012 0.000 0.736 0.020 0.232
#> GSM11557 2 0.0898 0.786011 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> GSM11558 2 0.0771 0.786021 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> GSM11559 2 0.4797 0.707847 0.176 0.736 0.000 0.080 0.008
#> GSM11560 3 0.2416 0.736655 0.100 0.000 0.888 0.000 0.012
#> GSM11561 2 0.4103 0.781157 0.036 0.820 0.000 0.080 0.064
#> GSM11562 2 0.5110 0.743976 0.092 0.756 0.000 0.080 0.072
#> GSM11563 2 0.6492 0.613898 0.128 0.624 0.012 0.032 0.204
#> GSM11564 2 0.4848 0.677820 0.236 0.704 0.000 0.008 0.052
#> GSM11565 1 0.6872 0.565749 0.600 0.008 0.140 0.060 0.192
#> GSM11566 2 0.3063 0.759310 0.004 0.864 0.000 0.036 0.096
#> GSM11567 2 0.4309 0.755396 0.012 0.808 0.024 0.040 0.116
#> GSM11568 1 0.5544 0.106681 0.512 0.440 0.004 0.028 0.016
#> GSM11569 2 0.2388 0.787734 0.072 0.900 0.000 0.028 0.000
#> GSM11570 3 0.0162 0.781103 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11571 1 0.6042 0.654176 0.696 0.048 0.128 0.112 0.016
#> GSM11572 1 0.8277 0.299383 0.388 0.204 0.004 0.128 0.276
#> GSM11573 1 0.0451 0.729981 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM11574 1 0.4524 0.696508 0.776 0.080 0.000 0.128 0.016
#> GSM11575 1 0.5358 0.638927 0.692 0.228 0.004 0.036 0.040
#> GSM11576 1 0.3981 0.567552 0.764 0.000 0.212 0.012 0.012
#> GSM11577 1 0.5830 0.676328 0.712 0.088 0.008 0.120 0.072
#> GSM11578 1 0.3783 0.712322 0.824 0.040 0.000 0.120 0.016
#> GSM11579 2 0.3732 0.748788 0.004 0.836 0.020 0.032 0.108
#> GSM11580 2 0.5754 0.692122 0.120 0.720 0.104 0.032 0.024
#> GSM11581 5 0.2304 0.487516 0.004 0.020 0.068 0.000 0.908
#> GSM11582 4 0.4298 0.681712 0.000 0.000 0.060 0.756 0.184
#> GSM11583 3 0.1569 0.779454 0.032 0.000 0.948 0.012 0.008
#> GSM11584 5 0.3849 0.386238 0.000 0.080 0.000 0.112 0.808
#> GSM11585 2 0.5464 0.674133 0.168 0.692 0.000 0.124 0.016
#> GSM11586 5 0.6982 0.327747 0.260 0.020 0.112 0.040 0.568
#> GSM11587 3 0.2925 0.749548 0.064 0.000 0.884 0.016 0.036
#> GSM11588 1 0.4490 0.690088 0.776 0.012 0.000 0.088 0.124
#> GSM11589 1 0.9505 -0.048994 0.328 0.096 0.244 0.152 0.180
#> GSM11590 1 0.0324 0.730838 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM11591 1 0.4790 0.696337 0.764 0.080 0.000 0.128 0.028
#> GSM11592 5 0.6810 -0.136540 0.400 0.000 0.124 0.032 0.444
#> GSM11593 1 0.2144 0.710089 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> GSM11594 1 0.1251 0.730092 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM11595 1 0.6158 0.628889 0.680 0.172 0.020 0.048 0.080
#> GSM11596 5 0.6599 0.354013 0.160 0.248 0.000 0.028 0.564
#> GSM11597 5 0.4184 0.427349 0.284 0.000 0.000 0.016 0.700
#> GSM11598 1 0.3078 0.685811 0.848 0.000 0.004 0.016 0.132
#> GSM11599 5 0.5684 0.362158 0.000 0.004 0.300 0.096 0.600
#> GSM11600 3 0.0290 0.781993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM11601 2 0.4737 0.745895 0.024 0.760 0.004 0.048 0.164
#> GSM11602 3 0.1982 0.772698 0.028 0.000 0.932 0.012 0.028
#> GSM11603 3 0.2116 0.762201 0.076 0.000 0.912 0.004 0.008
#> GSM11604 5 0.5036 0.350807 0.052 0.000 0.320 0.000 0.628
#> GSM11605 5 0.5384 0.130069 0.008 0.000 0.416 0.040 0.536
#> GSM11606 1 0.4940 0.685671 0.744 0.120 0.000 0.120 0.016
#> GSM11607 1 0.1731 0.722834 0.932 0.004 0.000 0.004 0.060
#> GSM11608 3 0.0162 0.781640 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11609 2 0.7345 0.337698 0.004 0.472 0.144 0.056 0.324
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.2670 0.75026 0.084 0.000 0.004 0.876 0.004 0.032
#> GSM11438 1 0.4401 0.48573 0.776 0.088 0.000 0.008 0.092 0.036
#> GSM11439 1 0.6275 0.35850 0.496 0.000 0.000 0.088 0.076 0.340
#> GSM11440 3 0.7228 0.04152 0.000 0.040 0.464 0.060 0.288 0.148
#> GSM11441 5 0.3277 0.60515 0.012 0.000 0.004 0.028 0.832 0.124
#> GSM11442 5 0.4832 0.07210 0.000 0.032 0.012 0.440 0.516 0.000
#> GSM11443 2 0.3459 0.61093 0.016 0.768 0.000 0.004 0.000 0.212
#> GSM11444 3 0.1845 0.75192 0.000 0.004 0.916 0.008 0.072 0.000
#> GSM11445 3 0.2003 0.72341 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM11446 5 0.7718 0.28424 0.216 0.000 0.236 0.028 0.408 0.112
#> GSM11447 5 0.6086 0.14046 0.000 0.000 0.000 0.336 0.384 0.280
#> GSM11448 1 0.7640 0.03354 0.388 0.308 0.000 0.040 0.076 0.188
#> GSM11449 3 0.3977 0.58766 0.144 0.000 0.780 0.000 0.020 0.056
#> GSM11450 1 0.5271 0.55283 0.580 0.000 0.004 0.080 0.008 0.328
#> GSM11451 1 0.0547 0.57822 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11452 1 0.0458 0.57920 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11453 1 0.5130 0.55582 0.568 0.016 0.004 0.036 0.004 0.372
#> GSM11454 3 0.6195 0.09521 0.000 0.004 0.468 0.140 0.364 0.024
#> GSM11455 2 0.3656 0.68357 0.000 0.820 0.004 0.036 0.108 0.032
#> GSM11456 2 0.3674 0.68147 0.004 0.820 0.000 0.052 0.024 0.100
#> GSM11457 2 0.1734 0.71913 0.048 0.932 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM11458 3 0.0777 0.77555 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM11459 5 0.3175 0.57033 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM11460 4 0.3354 0.67596 0.000 0.000 0.184 0.792 0.008 0.016
#> GSM11461 1 0.5514 0.56874 0.660 0.000 0.068 0.004 0.072 0.196
#> GSM11462 3 0.0000 0.77341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.2183 0.71372 0.012 0.912 0.000 0.004 0.020 0.052
#> GSM11464 4 0.1753 0.75849 0.084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004
#> GSM11465 2 0.1457 0.71538 0.004 0.948 0.004 0.028 0.000 0.016
#> GSM11466 2 0.5969 0.34772 0.100 0.556 0.004 0.008 0.308 0.024
#> GSM11467 1 0.6465 0.51169 0.552 0.000 0.052 0.148 0.012 0.236
#> GSM11468 3 0.3857 0.02830 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM11469 3 0.1075 0.76860 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11470 1 0.3768 0.56843 0.812 0.000 0.056 0.096 0.000 0.036
#> GSM11471 6 0.7338 0.39576 0.264 0.000 0.060 0.048 0.160 0.468
#> GSM11472 5 0.5479 0.06835 0.124 0.000 0.000 0.000 0.448 0.428
#> GSM11473 6 0.6800 0.30834 0.044 0.228 0.000 0.044 0.140 0.544
#> GSM11474 2 0.0748 0.71580 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM11475 3 0.0000 0.77341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11476 4 0.5652 0.51687 0.000 0.220 0.000 0.620 0.120 0.040
#> GSM11477 2 0.2838 0.68821 0.188 0.808 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM11478 2 0.3301 0.68307 0.216 0.772 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM11479 2 0.2152 0.71240 0.000 0.912 0.000 0.040 0.036 0.012
#> GSM11480 2 0.2854 0.68819 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11481 3 0.1625 0.75203 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> GSM11482 2 0.5497 0.64487 0.016 0.696 0.000 0.088 0.128 0.072
#> GSM11483 2 0.6091 0.62884 0.040 0.652 0.000 0.096 0.148 0.064
#> GSM11484 4 0.3811 0.73717 0.072 0.032 0.000 0.828 0.024 0.044
#> GSM11485 2 0.5715 0.56653 0.004 0.652 0.000 0.060 0.140 0.144
#> GSM11486 1 0.6632 -0.16008 0.460 0.324 0.000 0.032 0.012 0.172
#> GSM11487 1 0.5297 0.46757 0.496 0.000 0.000 0.088 0.004 0.412
#> GSM11488 4 0.4949 0.64600 0.008 0.216 0.028 0.700 0.040 0.008
#> GSM11489 2 0.1994 0.71528 0.008 0.924 0.000 0.040 0.008 0.020
#> GSM11490 1 0.7223 -0.08994 0.424 0.004 0.000 0.240 0.096 0.236
#> GSM11491 1 0.3702 0.60994 0.720 0.012 0.000 0.000 0.004 0.264
#> GSM11492 4 0.4902 0.48140 0.008 0.016 0.004 0.620 0.328 0.024
#> GSM11493 4 0.3732 0.73958 0.020 0.116 0.016 0.820 0.024 0.004
#> GSM11494 4 0.3392 0.73595 0.016 0.008 0.000 0.832 0.116 0.028
#> GSM11495 4 0.3179 0.72362 0.008 0.008 0.000 0.852 0.052 0.080
#> GSM11496 6 0.7076 0.14310 0.032 0.300 0.000 0.100 0.088 0.480
#> GSM11497 2 0.5044 0.59410 0.064 0.692 0.032 0.008 0.000 0.204
#> GSM11498 2 0.5079 0.51670 0.092 0.628 0.000 0.004 0.004 0.272
#> GSM11499 4 0.5797 0.59036 0.000 0.060 0.000 0.616 0.108 0.216
#> GSM11500 2 0.5473 0.49525 0.000 0.600 0.000 0.012 0.140 0.248
#> GSM11501 6 0.6963 0.28233 0.004 0.288 0.000 0.076 0.184 0.448
#> GSM11502 2 0.3774 0.51943 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11503 1 0.6735 -0.28467 0.336 0.316 0.000 0.004 0.024 0.320
#> GSM11504 4 0.2282 0.74735 0.000 0.000 0.088 0.888 0.024 0.000
#> GSM11505 2 0.5483 0.54538 0.172 0.604 0.000 0.004 0.004 0.216
#> GSM11506 2 0.5938 0.52470 0.024 0.620 0.000 0.056 0.064 0.236
#> GSM11507 2 0.1590 0.71357 0.008 0.944 0.000 0.012 0.028 0.008
#> GSM11508 3 0.3780 0.60915 0.000 0.004 0.744 0.000 0.224 0.028
#> GSM11509 5 0.3737 0.57613 0.036 0.000 0.008 0.028 0.816 0.112
#> GSM11510 4 0.6555 0.41506 0.260 0.036 0.000 0.500 0.008 0.196
#> GSM11511 6 0.4672 0.14162 0.220 0.012 0.004 0.008 0.048 0.708
#> GSM11512 4 0.2513 0.75333 0.008 0.012 0.004 0.892 0.076 0.008
#> GSM11513 5 0.3380 0.59328 0.000 0.004 0.244 0.000 0.748 0.004
#> GSM11514 2 0.4700 0.63500 0.064 0.736 0.040 0.004 0.000 0.156
#> GSM11515 5 0.3662 0.60557 0.004 0.016 0.012 0.112 0.824 0.032
#> GSM11516 1 0.2924 0.57281 0.872 0.068 0.000 0.032 0.004 0.024
#> GSM11517 3 0.0000 0.77341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11518 2 0.7180 0.14052 0.144 0.456 0.004 0.052 0.032 0.312
#> GSM11519 1 0.4164 0.59882 0.668 0.008 0.012 0.000 0.004 0.308
#> GSM11520 3 0.5897 0.15398 0.012 0.000 0.520 0.036 0.064 0.368
#> GSM11521 2 0.4992 0.63270 0.000 0.708 0.000 0.116 0.136 0.040
#> GSM11522 3 0.3854 0.62575 0.000 0.028 0.780 0.000 0.028 0.164
#> GSM11523 1 0.4679 0.56753 0.612 0.000 0.032 0.004 0.008 0.344
#> GSM11524 5 0.4437 0.61096 0.000 0.000 0.112 0.148 0.732 0.008
#> GSM11525 2 0.1116 0.71987 0.028 0.960 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM11526 4 0.2451 0.75725 0.060 0.000 0.000 0.884 0.056 0.000
#> GSM11527 2 0.3521 0.67958 0.000 0.820 0.000 0.024 0.116 0.040
#> GSM11528 2 0.1549 0.71726 0.024 0.944 0.004 0.024 0.000 0.004
#> GSM11529 1 0.2866 0.51079 0.864 0.092 0.000 0.000 0.024 0.020
#> GSM11530 3 0.3807 0.24539 0.368 0.004 0.628 0.000 0.000 0.000
#> GSM11531 2 0.5876 0.38426 0.276 0.584 0.000 0.028 0.012 0.100
#> GSM11532 3 0.4523 0.51693 0.000 0.000 0.708 0.016 0.060 0.216
#> GSM11533 1 0.0458 0.57920 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11534 2 0.6935 0.19016 0.020 0.496 0.016 0.056 0.096 0.316
#> GSM11535 2 0.4636 0.67078 0.120 0.764 0.000 0.056 0.024 0.036
#> GSM11536 2 0.6261 0.49557 0.056 0.632 0.000 0.052 0.088 0.172
#> GSM11537 2 0.2320 0.70613 0.132 0.864 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM11538 2 0.8159 -0.00281 0.012 0.424 0.096 0.152 0.072 0.244
#> GSM11539 1 0.4744 -0.01457 0.576 0.384 0.000 0.004 0.024 0.012
#> GSM11540 2 0.3721 0.64861 0.252 0.728 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM11541 4 0.1814 0.74059 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM11542 2 0.0909 0.71652 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM11543 4 0.6907 0.56459 0.048 0.080 0.000 0.564 0.116 0.192
#> GSM11544 1 0.3795 0.57287 0.632 0.000 0.000 0.000 0.004 0.364
#> GSM11545 1 0.3619 0.59479 0.680 0.004 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM11546 2 0.4989 0.59832 0.000 0.692 0.000 0.024 0.116 0.168
#> GSM11547 2 0.4749 0.58109 0.024 0.708 0.000 0.016 0.036 0.216
#> GSM11548 5 0.3451 0.58526 0.000 0.156 0.028 0.000 0.804 0.012
#> GSM11549 6 0.7074 0.23514 0.036 0.000 0.320 0.052 0.136 0.456
#> GSM11550 6 0.7144 0.35169 0.048 0.004 0.212 0.028 0.220 0.488
#> GSM11551 5 0.3056 0.55965 0.000 0.184 0.008 0.000 0.804 0.004
#> GSM11552 3 0.0790 0.77052 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM11553 2 0.0972 0.71876 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM11554 2 0.0363 0.71504 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11555 2 0.8297 0.04755 0.100 0.416 0.060 0.048 0.092 0.284
#> GSM11556 3 0.5429 0.50667 0.000 0.000 0.656 0.040 0.180 0.124
#> GSM11557 2 0.1036 0.71814 0.024 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM11558 2 0.0713 0.71674 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11559 2 0.3499 0.60852 0.320 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11560 3 0.2805 0.65195 0.004 0.000 0.812 0.000 0.000 0.184
#> GSM11561 2 0.4310 0.69302 0.144 0.764 0.000 0.008 0.068 0.016
#> GSM11562 2 0.4827 0.63562 0.196 0.708 0.000 0.004 0.032 0.060
#> GSM11563 2 0.6648 0.24339 0.024 0.520 0.008 0.048 0.088 0.312
#> GSM11564 2 0.5044 0.42771 0.040 0.596 0.000 0.000 0.028 0.336
#> GSM11565 1 0.6702 0.12853 0.564 0.000 0.112 0.032 0.072 0.220
#> GSM11566 2 0.3636 0.68746 0.016 0.820 0.000 0.012 0.116 0.036
#> GSM11567 2 0.3917 0.68956 0.000 0.808 0.016 0.040 0.112 0.024
#> GSM11568 2 0.5638 -0.02213 0.436 0.460 0.000 0.008 0.008 0.088
#> GSM11569 2 0.1863 0.71887 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11570 3 0.0000 0.77341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11571 1 0.3760 0.53813 0.828 0.024 0.084 0.000 0.028 0.036
#> GSM11572 1 0.6770 -0.30013 0.420 0.108 0.000 0.008 0.080 0.384
#> GSM11573 1 0.3428 0.60129 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM11574 1 0.0458 0.57920 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11575 1 0.5174 0.43677 0.664 0.248 0.000 0.028 0.036 0.024
#> GSM11576 1 0.6142 0.46712 0.512 0.000 0.148 0.024 0.004 0.312
#> GSM11577 1 0.4000 0.48291 0.800 0.056 0.004 0.008 0.016 0.116
#> GSM11578 1 0.0363 0.58723 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM11579 2 0.3724 0.67428 0.000 0.804 0.008 0.012 0.136 0.040
#> GSM11580 2 0.5248 0.61066 0.136 0.712 0.104 0.028 0.008 0.012
#> GSM11581 5 0.3351 0.55490 0.000 0.000 0.036 0.004 0.808 0.152
#> GSM11582 4 0.3134 0.70132 0.000 0.000 0.036 0.820 0.144 0.000
#> GSM11583 3 0.1760 0.76363 0.000 0.000 0.928 0.004 0.020 0.048
#> GSM11584 5 0.4033 0.51779 0.000 0.032 0.000 0.032 0.768 0.168
#> GSM11585 2 0.3819 0.54673 0.372 0.624 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM11586 6 0.7146 0.37821 0.088 0.012 0.076 0.040 0.260 0.524
#> GSM11587 3 0.3612 0.70205 0.016 0.000 0.824 0.032 0.016 0.112
#> GSM11588 1 0.3940 0.39128 0.640 0.000 0.000 0.000 0.012 0.348
#> GSM11589 6 0.9289 0.25142 0.232 0.084 0.148 0.132 0.080 0.324
#> GSM11590 1 0.3426 0.60792 0.720 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276
#> GSM11591 1 0.1176 0.57120 0.956 0.020 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM11592 6 0.7714 0.41235 0.204 0.000 0.084 0.048 0.236 0.428
#> GSM11593 1 0.3728 0.58381 0.652 0.000 0.000 0.000 0.004 0.344
#> GSM11594 1 0.3950 0.60217 0.696 0.000 0.000 0.000 0.028 0.276
#> GSM11595 1 0.6588 0.43071 0.628 0.156 0.012 0.084 0.056 0.064
#> GSM11596 5 0.5469 0.47951 0.124 0.060 0.000 0.000 0.668 0.148
#> GSM11597 5 0.3600 0.58610 0.088 0.000 0.000 0.032 0.824 0.056
#> GSM11598 1 0.4494 0.52293 0.572 0.000 0.000 0.012 0.016 0.400
#> GSM11599 5 0.3630 0.63385 0.000 0.004 0.176 0.040 0.780 0.000
#> GSM11600 3 0.0405 0.77338 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM11601 2 0.5674 0.63440 0.068 0.704 0.000 0.084 0.068 0.076
#> GSM11602 3 0.2565 0.74470 0.004 0.000 0.888 0.024 0.012 0.072
#> GSM11603 3 0.2473 0.73347 0.008 0.000 0.876 0.012 0.000 0.104
#> GSM11604 5 0.4105 0.61234 0.020 0.000 0.188 0.000 0.752 0.040
#> GSM11605 5 0.6856 0.14572 0.000 0.004 0.304 0.040 0.396 0.256
#> GSM11606 1 0.1007 0.57752 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.3847 0.58059 0.644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.348
#> GSM11608 3 0.0146 0.77325 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11609 2 0.8104 -0.20619 0.000 0.340 0.112 0.052 0.212 0.284
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:pam 159 0.0114 2
#> MAD:pam 162 0.0167 3
#> MAD:pam 156 0.1277 4
#> MAD:pam 131 0.2588 5
#> MAD:pam 123 0.5371 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.236 0.542 0.770 0.2980 0.911 0.911
#> 3 3 0.425 0.732 0.826 1.0768 0.375 0.337
#> 4 4 0.680 0.723 0.874 0.1843 0.820 0.545
#> 5 5 0.580 0.562 0.738 0.0625 0.908 0.682
#> 6 6 0.604 0.480 0.690 0.0399 0.927 0.711
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.4939 0.708 0.892 0.108
#> GSM11438 1 0.6247 0.650 0.844 0.156
#> GSM11439 1 0.8016 0.711 0.756 0.244
#> GSM11440 1 0.8207 0.706 0.744 0.256
#> GSM11441 1 0.8267 0.709 0.740 0.260
#> GSM11442 1 0.8763 0.692 0.704 0.296
#> GSM11443 1 0.7453 0.232 0.788 0.212
#> GSM11444 1 0.8207 0.709 0.744 0.256
#> GSM11445 1 0.8386 0.702 0.732 0.268
#> GSM11446 1 0.8813 0.692 0.700 0.300
#> GSM11447 1 0.8144 0.709 0.748 0.252
#> GSM11448 1 0.2778 0.680 0.952 0.048
#> GSM11449 1 0.2423 0.675 0.960 0.040
#> GSM11450 1 0.4161 0.651 0.916 0.084
#> GSM11451 2 0.9881 0.953 0.436 0.564
#> GSM11452 1 0.1414 0.644 0.980 0.020
#> GSM11453 1 0.0672 0.654 0.992 0.008
#> GSM11454 1 0.8955 0.682 0.688 0.312
#> GSM11455 1 0.8443 0.702 0.728 0.272
#> GSM11456 1 0.6973 0.515 0.812 0.188
#> GSM11457 1 0.9988 -0.837 0.520 0.480
#> GSM11458 1 0.9286 0.662 0.656 0.344
#> GSM11459 1 0.9087 0.676 0.676 0.324
#> GSM11460 1 0.9209 0.665 0.664 0.336
#> GSM11461 1 0.6247 0.714 0.844 0.156
#> GSM11462 1 0.9286 0.660 0.656 0.344
#> GSM11463 1 0.6712 0.337 0.824 0.176
#> GSM11464 1 0.5737 0.650 0.864 0.136
#> GSM11465 1 0.2236 0.659 0.964 0.036
#> GSM11466 1 0.7745 0.714 0.772 0.228
#> GSM11467 1 0.5408 0.651 0.876 0.124
#> GSM11468 1 0.8555 0.699 0.720 0.280
#> GSM11469 1 0.9087 0.677 0.676 0.324
#> GSM11470 1 0.5946 0.576 0.856 0.144
#> GSM11471 1 0.5059 0.693 0.888 0.112
#> GSM11472 1 0.7883 0.715 0.764 0.236
#> GSM11473 1 0.6887 0.712 0.816 0.184
#> GSM11474 1 0.9850 -0.693 0.572 0.428
#> GSM11475 1 0.8207 0.705 0.744 0.256
#> GSM11476 1 0.8499 0.700 0.724 0.276
#> GSM11477 1 0.9993 -0.847 0.516 0.484
#> GSM11478 1 0.9970 -0.802 0.532 0.468
#> GSM11479 1 0.7376 0.711 0.792 0.208
#> GSM11480 2 0.9954 0.950 0.460 0.540
#> GSM11481 1 0.8386 0.703 0.732 0.268
#> GSM11482 1 0.8443 0.702 0.728 0.272
#> GSM11483 1 0.7376 0.701 0.792 0.208
#> GSM11484 1 0.8499 0.699 0.724 0.276
#> GSM11485 1 0.8386 0.704 0.732 0.268
#> GSM11486 1 0.5629 0.676 0.868 0.132
#> GSM11487 1 0.1414 0.659 0.980 0.020
#> GSM11488 1 0.8555 0.698 0.720 0.280
#> GSM11489 1 0.5408 0.696 0.876 0.124
#> GSM11490 1 0.7883 0.712 0.764 0.236
#> GSM11491 1 0.1184 0.656 0.984 0.016
#> GSM11492 1 0.8499 0.698 0.724 0.276
#> GSM11493 1 0.8499 0.700 0.724 0.276
#> GSM11494 1 0.8555 0.698 0.720 0.280
#> GSM11495 1 0.8081 0.707 0.752 0.248
#> GSM11496 1 0.8081 0.708 0.752 0.248
#> GSM11497 1 0.3733 0.585 0.928 0.072
#> GSM11498 1 0.4690 0.537 0.900 0.100
#> GSM11499 1 0.8267 0.706 0.740 0.260
#> GSM11500 1 0.8555 0.699 0.720 0.280
#> GSM11501 1 0.8499 0.700 0.724 0.276
#> GSM11502 1 0.9993 -0.847 0.516 0.484
#> GSM11503 1 0.8909 -0.275 0.692 0.308
#> GSM11504 1 0.8763 0.692 0.704 0.296
#> GSM11505 1 0.9775 -0.641 0.588 0.412
#> GSM11506 1 0.9323 -0.416 0.652 0.348
#> GSM11507 2 0.9896 0.954 0.440 0.560
#> GSM11508 1 0.8813 0.689 0.700 0.300
#> GSM11509 1 0.7883 0.712 0.764 0.236
#> GSM11510 1 0.2948 0.654 0.948 0.052
#> GSM11511 1 0.0938 0.663 0.988 0.012
#> GSM11512 1 0.8443 0.701 0.728 0.272
#> GSM11513 1 0.8813 0.690 0.700 0.300
#> GSM11514 1 0.6623 0.710 0.828 0.172
#> GSM11515 1 0.8443 0.700 0.728 0.272
#> GSM11516 1 0.1633 0.645 0.976 0.024
#> GSM11517 1 0.8608 0.697 0.716 0.284
#> GSM11518 1 0.7674 0.713 0.776 0.224
#> GSM11519 1 0.2043 0.654 0.968 0.032
#> GSM11520 1 0.4022 0.640 0.920 0.080
#> GSM11521 1 0.8555 0.698 0.720 0.280
#> GSM11522 1 0.4939 0.688 0.892 0.108
#> GSM11523 1 0.4815 0.623 0.896 0.104
#> GSM11524 1 0.8955 0.687 0.688 0.312
#> GSM11525 1 0.9000 -0.285 0.684 0.316
#> GSM11526 1 0.8386 0.702 0.732 0.268
#> GSM11527 1 0.7674 0.460 0.776 0.224
#> GSM11528 1 0.9833 -0.701 0.576 0.424
#> GSM11529 1 0.1414 0.644 0.980 0.020
#> GSM11530 1 0.8016 0.713 0.756 0.244
#> GSM11531 1 0.2236 0.630 0.964 0.036
#> GSM11532 1 0.8443 0.703 0.728 0.272
#> GSM11533 1 0.1414 0.644 0.980 0.020
#> GSM11534 1 0.0938 0.650 0.988 0.012
#> GSM11535 1 0.4431 0.552 0.908 0.092
#> GSM11536 1 0.8443 0.701 0.728 0.272
#> GSM11537 2 0.9993 0.911 0.484 0.516
#> GSM11538 1 0.8081 0.709 0.752 0.248
#> GSM11539 1 0.9775 -0.661 0.588 0.412
#> GSM11540 1 0.9988 -0.837 0.520 0.480
#> GSM11541 1 0.9000 0.682 0.684 0.316
#> GSM11542 2 0.9983 0.934 0.476 0.524
#> GSM11543 1 0.4022 0.691 0.920 0.080
#> GSM11544 1 0.2423 0.654 0.960 0.040
#> GSM11545 1 0.0938 0.655 0.988 0.012
#> GSM11546 1 0.4431 0.623 0.908 0.092
#> GSM11547 1 0.4690 0.693 0.900 0.100
#> GSM11548 1 0.8386 0.702 0.732 0.268
#> GSM11549 1 0.2423 0.665 0.960 0.040
#> GSM11550 1 0.4690 0.685 0.900 0.100
#> GSM11551 1 0.7139 0.717 0.804 0.196
#> GSM11552 1 0.9286 0.661 0.656 0.344
#> GSM11553 1 0.9732 -0.634 0.596 0.404
#> GSM11554 2 0.9866 0.950 0.432 0.568
#> GSM11555 1 0.7528 0.717 0.784 0.216
#> GSM11556 1 0.9323 0.658 0.652 0.348
#> GSM11557 1 0.9129 -0.362 0.672 0.328
#> GSM11558 1 0.8813 -0.160 0.700 0.300
#> GSM11559 1 0.9491 -0.523 0.632 0.368
#> GSM11560 1 0.5737 0.648 0.864 0.136
#> GSM11561 1 0.7453 0.265 0.788 0.212
#> GSM11562 2 0.9977 0.936 0.472 0.528
#> GSM11563 1 0.0938 0.653 0.988 0.012
#> GSM11564 1 0.0376 0.654 0.996 0.004
#> GSM11565 1 0.1633 0.656 0.976 0.024
#> GSM11566 1 0.2236 0.654 0.964 0.036
#> GSM11567 1 0.8267 0.705 0.740 0.260
#> GSM11568 1 0.1414 0.648 0.980 0.020
#> GSM11569 2 0.9866 0.950 0.432 0.568
#> GSM11570 1 0.9248 0.665 0.660 0.340
#> GSM11571 1 0.2043 0.654 0.968 0.032
#> GSM11572 1 0.1633 0.643 0.976 0.024
#> GSM11573 1 0.0938 0.653 0.988 0.012
#> GSM11574 1 0.7139 0.276 0.804 0.196
#> GSM11575 1 0.0672 0.654 0.992 0.008
#> GSM11576 1 0.6048 0.571 0.852 0.148
#> GSM11577 1 0.0938 0.653 0.988 0.012
#> GSM11578 1 0.1414 0.648 0.980 0.020
#> GSM11579 1 0.8386 0.703 0.732 0.268
#> GSM11580 1 0.0938 0.653 0.988 0.012
#> GSM11581 1 0.8661 0.695 0.712 0.288
#> GSM11582 1 0.9286 0.662 0.656 0.344
#> GSM11583 1 0.8608 0.700 0.716 0.284
#> GSM11584 1 0.8499 0.698 0.724 0.276
#> GSM11585 1 0.9795 -0.675 0.584 0.416
#> GSM11586 1 0.4298 0.634 0.912 0.088
#> GSM11587 1 0.6048 0.571 0.852 0.148
#> GSM11588 1 0.0938 0.653 0.988 0.012
#> GSM11589 1 0.1843 0.664 0.972 0.028
#> GSM11590 1 0.4298 0.634 0.912 0.088
#> GSM11591 1 0.8955 -0.291 0.688 0.312
#> GSM11592 1 0.5059 0.693 0.888 0.112
#> GSM11593 1 0.4431 0.629 0.908 0.092
#> GSM11594 1 0.4562 0.630 0.904 0.096
#> GSM11595 1 0.2948 0.685 0.948 0.052
#> GSM11596 1 0.0376 0.654 0.996 0.004
#> GSM11597 1 0.8267 0.709 0.740 0.260
#> GSM11598 1 0.3879 0.641 0.924 0.076
#> GSM11599 1 0.9044 0.680 0.680 0.320
#> GSM11600 1 0.8813 0.692 0.700 0.300
#> GSM11601 1 0.6712 0.712 0.824 0.176
#> GSM11602 1 0.4690 0.634 0.900 0.100
#> GSM11603 1 0.6048 0.571 0.852 0.148
#> GSM11604 1 0.9323 0.658 0.652 0.348
#> GSM11605 1 0.9000 0.682 0.684 0.316
#> GSM11606 1 0.5946 0.439 0.856 0.144
#> GSM11607 1 0.4562 0.630 0.904 0.096
#> GSM11608 1 0.9286 0.660 0.656 0.344
#> GSM11609 1 0.8207 0.706 0.744 0.256
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.6046 0.7681 0.080 0.136 0.784
#> GSM11438 2 0.5053 0.7965 0.024 0.812 0.164
#> GSM11439 3 0.5069 0.7688 0.044 0.128 0.828
#> GSM11440 3 0.2297 0.8439 0.020 0.036 0.944
#> GSM11441 3 0.2492 0.8384 0.048 0.016 0.936
#> GSM11442 3 0.1411 0.8391 0.036 0.000 0.964
#> GSM11443 2 0.4146 0.8213 0.044 0.876 0.080
#> GSM11444 3 0.1989 0.8395 0.048 0.004 0.948
#> GSM11445 3 0.0592 0.8419 0.012 0.000 0.988
#> GSM11446 3 0.1529 0.8382 0.040 0.000 0.960
#> GSM11447 3 0.2918 0.8307 0.044 0.032 0.924
#> GSM11448 2 0.4233 0.7955 0.004 0.836 0.160
#> GSM11449 1 0.6576 0.7305 0.740 0.068 0.192
#> GSM11450 1 0.3780 0.8450 0.892 0.044 0.064
#> GSM11451 2 0.0424 0.8193 0.008 0.992 0.000
#> GSM11452 2 0.6770 0.5671 0.264 0.692 0.044
#> GSM11453 1 0.7968 0.4010 0.560 0.372 0.068
#> GSM11454 3 0.1643 0.8381 0.044 0.000 0.956
#> GSM11455 3 0.6235 0.1247 0.000 0.436 0.564
#> GSM11456 2 0.3826 0.8162 0.008 0.868 0.124
#> GSM11457 2 0.1267 0.8373 0.004 0.972 0.024
#> GSM11458 3 0.5216 0.7206 0.260 0.000 0.740
#> GSM11459 3 0.1163 0.8432 0.028 0.000 0.972
#> GSM11460 3 0.6026 0.4617 0.376 0.000 0.624
#> GSM11461 3 0.8243 0.2406 0.420 0.076 0.504
#> GSM11462 3 0.6280 0.2261 0.460 0.000 0.540
#> GSM11463 2 0.2339 0.8418 0.012 0.940 0.048
#> GSM11464 1 0.3472 0.8444 0.904 0.040 0.056
#> GSM11465 2 0.4172 0.7994 0.004 0.840 0.156
#> GSM11466 3 0.2443 0.8462 0.032 0.028 0.940
#> GSM11467 1 0.3967 0.8396 0.884 0.044 0.072
#> GSM11468 3 0.1765 0.8422 0.040 0.004 0.956
#> GSM11469 3 0.4452 0.7494 0.192 0.000 0.808
#> GSM11470 1 0.3375 0.8465 0.908 0.044 0.048
#> GSM11471 1 0.6283 0.7471 0.760 0.064 0.176
#> GSM11472 3 0.2200 0.8415 0.056 0.004 0.940
#> GSM11473 2 0.6247 0.7519 0.044 0.744 0.212
#> GSM11474 2 0.1751 0.8393 0.012 0.960 0.028
#> GSM11475 3 0.1491 0.8451 0.016 0.016 0.968
#> GSM11476 3 0.3850 0.8181 0.028 0.088 0.884
#> GSM11477 2 0.1163 0.8389 0.000 0.972 0.028
#> GSM11478 2 0.1529 0.8408 0.000 0.960 0.040
#> GSM11479 2 0.7368 0.5139 0.044 0.604 0.352
#> GSM11480 2 0.0424 0.8193 0.008 0.992 0.000
#> GSM11481 3 0.2550 0.8425 0.040 0.024 0.936
#> GSM11482 3 0.4700 0.7521 0.008 0.180 0.812
#> GSM11483 2 0.6633 0.6794 0.040 0.700 0.260
#> GSM11484 3 0.2569 0.8364 0.032 0.032 0.936
#> GSM11485 3 0.6713 0.1955 0.012 0.416 0.572
#> GSM11486 2 0.5202 0.8042 0.044 0.820 0.136
#> GSM11487 1 0.6936 0.7595 0.732 0.108 0.160
#> GSM11488 3 0.2050 0.8349 0.028 0.020 0.952
#> GSM11489 2 0.4351 0.7885 0.004 0.828 0.168
#> GSM11490 3 0.3683 0.8200 0.044 0.060 0.896
#> GSM11491 1 0.4339 0.8335 0.868 0.084 0.048
#> GSM11492 3 0.0829 0.8438 0.012 0.004 0.984
#> GSM11493 3 0.2806 0.8367 0.032 0.040 0.928
#> GSM11494 3 0.1529 0.8382 0.040 0.000 0.960
#> GSM11495 3 0.3933 0.8159 0.028 0.092 0.880
#> GSM11496 2 0.7668 0.2352 0.044 0.496 0.460
#> GSM11497 2 0.3692 0.8352 0.056 0.896 0.048
#> GSM11498 2 0.3715 0.8158 0.004 0.868 0.128
#> GSM11499 3 0.6357 0.4593 0.012 0.336 0.652
#> GSM11500 3 0.6188 0.6490 0.040 0.216 0.744
#> GSM11501 3 0.6441 0.5936 0.028 0.276 0.696
#> GSM11502 2 0.1031 0.8372 0.000 0.976 0.024
#> GSM11503 2 0.1643 0.8405 0.000 0.956 0.044
#> GSM11504 3 0.0983 0.8439 0.016 0.004 0.980
#> GSM11505 2 0.2569 0.8360 0.032 0.936 0.032
#> GSM11506 2 0.3237 0.8359 0.032 0.912 0.056
#> GSM11507 2 0.0424 0.8193 0.008 0.992 0.000
#> GSM11508 3 0.0237 0.8416 0.004 0.000 0.996
#> GSM11509 3 0.2793 0.8317 0.044 0.028 0.928
#> GSM11510 2 0.3038 0.8306 0.000 0.896 0.104
#> GSM11511 1 0.7810 0.5948 0.640 0.268 0.092
#> GSM11512 3 0.2313 0.8417 0.032 0.024 0.944
#> GSM11513 3 0.1753 0.8393 0.048 0.000 0.952
#> GSM11514 2 0.6282 0.4656 0.004 0.612 0.384
#> GSM11515 3 0.1031 0.8409 0.024 0.000 0.976
#> GSM11516 2 0.7674 -0.1149 0.476 0.480 0.044
#> GSM11517 3 0.1765 0.8414 0.040 0.004 0.956
#> GSM11518 3 0.5403 0.7797 0.060 0.124 0.816
#> GSM11519 1 0.3791 0.8455 0.892 0.060 0.048
#> GSM11520 1 0.3484 0.8463 0.904 0.048 0.048
#> GSM11521 3 0.3213 0.8320 0.028 0.060 0.912
#> GSM11522 1 0.6354 0.7269 0.748 0.056 0.196
#> GSM11523 1 0.3039 0.8407 0.920 0.036 0.044
#> GSM11524 3 0.2200 0.8385 0.056 0.004 0.940
#> GSM11525 2 0.1877 0.8404 0.012 0.956 0.032
#> GSM11526 3 0.1585 0.8461 0.028 0.008 0.964
#> GSM11527 2 0.4676 0.8105 0.040 0.848 0.112
#> GSM11528 2 0.1529 0.8416 0.000 0.960 0.040
#> GSM11529 2 0.5036 0.7759 0.120 0.832 0.048
#> GSM11530 3 0.6527 0.7012 0.188 0.068 0.744
#> GSM11531 2 0.1877 0.8402 0.012 0.956 0.032
#> GSM11532 3 0.2845 0.8334 0.068 0.012 0.920
#> GSM11533 2 0.4786 0.7847 0.112 0.844 0.044
#> GSM11534 2 0.7525 0.6237 0.208 0.684 0.108
#> GSM11535 2 0.3377 0.8318 0.012 0.896 0.092
#> GSM11536 3 0.4634 0.7675 0.012 0.164 0.824
#> GSM11537 2 0.0592 0.8204 0.012 0.988 0.000
#> GSM11538 3 0.8322 0.5083 0.124 0.268 0.608
#> GSM11539 2 0.1315 0.8349 0.008 0.972 0.020
#> GSM11540 2 0.1163 0.8387 0.000 0.972 0.028
#> GSM11541 3 0.5201 0.7029 0.236 0.004 0.760
#> GSM11542 2 0.0848 0.8264 0.008 0.984 0.008
#> GSM11543 2 0.6713 0.3630 0.012 0.572 0.416
#> GSM11544 1 0.3692 0.8462 0.896 0.056 0.048
#> GSM11545 1 0.8957 0.3357 0.492 0.376 0.132
#> GSM11546 2 0.6361 0.7239 0.040 0.728 0.232
#> GSM11547 2 0.5826 0.7662 0.032 0.764 0.204
#> GSM11548 3 0.1529 0.8382 0.040 0.000 0.960
#> GSM11549 1 0.6523 0.6929 0.724 0.048 0.228
#> GSM11550 1 0.6506 0.6740 0.720 0.044 0.236
#> GSM11551 3 0.3669 0.8356 0.064 0.040 0.896
#> GSM11552 3 0.4062 0.7766 0.164 0.000 0.836
#> GSM11553 2 0.1289 0.8398 0.000 0.968 0.032
#> GSM11554 2 0.0424 0.8193 0.008 0.992 0.000
#> GSM11555 3 0.7252 0.6534 0.196 0.100 0.704
#> GSM11556 3 0.5835 0.5431 0.340 0.000 0.660
#> GSM11557 2 0.1877 0.8402 0.012 0.956 0.032
#> GSM11558 2 0.1015 0.8281 0.008 0.980 0.012
#> GSM11559 2 0.1289 0.8398 0.000 0.968 0.032
#> GSM11560 1 0.4058 0.8380 0.880 0.044 0.076
#> GSM11561 2 0.1453 0.8348 0.008 0.968 0.024
#> GSM11562 2 0.0592 0.8296 0.000 0.988 0.012
#> GSM11563 1 0.9174 0.4060 0.504 0.332 0.164
#> GSM11564 2 0.8010 0.3262 0.068 0.548 0.384
#> GSM11565 1 0.4075 0.8412 0.880 0.072 0.048
#> GSM11566 2 0.3412 0.8217 0.000 0.876 0.124
#> GSM11567 3 0.2651 0.8381 0.012 0.060 0.928
#> GSM11568 1 0.7901 0.1976 0.504 0.440 0.056
#> GSM11569 2 0.0424 0.8193 0.008 0.992 0.000
#> GSM11570 3 0.4796 0.7227 0.220 0.000 0.780
#> GSM11571 1 0.3692 0.8468 0.896 0.056 0.048
#> GSM11572 2 0.4047 0.8031 0.004 0.848 0.148
#> GSM11573 1 0.7653 0.6134 0.644 0.276 0.080
#> GSM11574 2 0.1647 0.8405 0.004 0.960 0.036
#> GSM11575 2 0.7875 0.6002 0.200 0.664 0.136
#> GSM11576 1 0.3267 0.8445 0.912 0.044 0.044
#> GSM11577 1 0.7962 0.2430 0.512 0.428 0.060
#> GSM11578 2 0.7671 0.1696 0.408 0.544 0.048
#> GSM11579 3 0.3349 0.8140 0.004 0.108 0.888
#> GSM11580 2 0.6950 0.5927 0.252 0.692 0.056
#> GSM11581 3 0.1399 0.8439 0.028 0.004 0.968
#> GSM11582 3 0.5465 0.6295 0.288 0.000 0.712
#> GSM11583 3 0.3918 0.8161 0.140 0.004 0.856
#> GSM11584 3 0.1919 0.8441 0.020 0.024 0.956
#> GSM11585 2 0.1525 0.8401 0.004 0.964 0.032
#> GSM11586 1 0.3589 0.8473 0.900 0.048 0.052
#> GSM11587 1 0.3267 0.8445 0.912 0.044 0.044
#> GSM11588 1 0.7588 0.5430 0.624 0.312 0.064
#> GSM11589 2 0.9319 0.1270 0.340 0.484 0.176
#> GSM11590 1 0.3484 0.8474 0.904 0.048 0.048
#> GSM11591 2 0.1647 0.8406 0.004 0.960 0.036
#> GSM11592 1 0.5905 0.7510 0.772 0.044 0.184
#> GSM11593 1 0.3375 0.8465 0.908 0.044 0.048
#> GSM11594 1 0.3375 0.8465 0.908 0.044 0.048
#> GSM11595 2 0.8828 0.4640 0.192 0.580 0.228
#> GSM11596 2 0.4551 0.8040 0.020 0.840 0.140
#> GSM11597 3 0.4249 0.8318 0.108 0.028 0.864
#> GSM11598 1 0.3375 0.8451 0.908 0.044 0.048
#> GSM11599 3 0.1878 0.8412 0.044 0.004 0.952
#> GSM11600 3 0.4883 0.7336 0.208 0.004 0.788
#> GSM11601 2 0.4409 0.7868 0.004 0.824 0.172
#> GSM11602 1 0.3375 0.8465 0.908 0.044 0.048
#> GSM11603 1 0.3267 0.8445 0.912 0.044 0.044
#> GSM11604 3 0.5905 0.5141 0.352 0.000 0.648
#> GSM11605 3 0.4521 0.7641 0.180 0.004 0.816
#> GSM11606 2 0.1832 0.8402 0.008 0.956 0.036
#> GSM11607 1 0.3481 0.8467 0.904 0.044 0.052
#> GSM11608 1 0.6955 -0.0858 0.496 0.016 0.488
#> GSM11609 3 0.3722 0.8237 0.024 0.088 0.888
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.9669 0.3325 0.204 0.184 0.384 0.228
#> GSM11438 2 0.0524 0.9118 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM11439 3 0.0657 0.7877 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM11440 4 0.3356 0.7466 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM11441 3 0.1042 0.7859 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM11442 3 0.2530 0.7571 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM11443 2 0.3569 0.7103 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM11444 3 0.0592 0.7881 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM11445 3 0.4522 0.5058 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM11446 3 0.0469 0.7884 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM11447 3 0.0376 0.7880 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM11448 2 0.3636 0.7681 0.008 0.820 0.172 0.000
#> GSM11449 1 0.0804 0.8056 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM11450 1 0.0188 0.8085 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11452 2 0.4431 0.5429 0.304 0.696 0.000 0.000
#> GSM11453 1 0.2868 0.7282 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM11454 3 0.3486 0.7013 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM11455 2 0.4795 0.5470 0.000 0.696 0.012 0.292
#> GSM11456 2 0.2197 0.8611 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11458 3 0.6722 0.5042 0.200 0.000 0.616 0.184
#> GSM11459 3 0.4819 0.4632 0.004 0.000 0.652 0.344
#> GSM11460 1 0.4804 0.3531 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM11461 1 0.6988 0.4116 0.604 0.016 0.268 0.112
#> GSM11462 1 0.5106 0.5612 0.720 0.000 0.040 0.240
#> GSM11463 2 0.0469 0.9107 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11464 1 0.0188 0.8091 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11465 2 0.2760 0.8208 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM11466 4 0.5592 0.6050 0.056 0.000 0.264 0.680
#> GSM11467 1 0.0469 0.8079 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM11468 4 0.3074 0.7592 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM11469 1 0.7284 -0.1380 0.428 0.000 0.148 0.424
#> GSM11470 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.3306 0.7128 0.840 0.004 0.156 0.000
#> GSM11472 4 0.2179 0.8089 0.064 0.000 0.012 0.924
#> GSM11473 3 0.3626 0.6727 0.004 0.184 0.812 0.000
#> GSM11474 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11475 4 0.3024 0.7683 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM11476 4 0.1938 0.8074 0.000 0.052 0.012 0.936
#> GSM11477 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11479 3 0.5163 0.0365 0.004 0.480 0.516 0.000
#> GSM11480 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11481 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11482 4 0.1406 0.8255 0.000 0.024 0.016 0.960
#> GSM11483 2 0.3583 0.7317 0.004 0.816 0.180 0.000
#> GSM11484 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11485 4 0.5268 0.3370 0.000 0.396 0.012 0.592
#> GSM11486 2 0.3257 0.7687 0.004 0.844 0.152 0.000
#> GSM11487 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11488 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11489 2 0.0779 0.9068 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM11490 3 0.0524 0.7883 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM11491 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11492 4 0.0921 0.8293 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM11493 4 0.0657 0.8309 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM11494 3 0.2868 0.7399 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM11495 3 0.3551 0.7385 0.004 0.028 0.860 0.108
#> GSM11496 3 0.1109 0.7827 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM11497 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11498 2 0.0188 0.9147 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11499 4 0.4718 0.5165 0.000 0.280 0.012 0.708
#> GSM11500 3 0.4804 0.6001 0.000 0.276 0.708 0.016
#> GSM11501 4 0.2255 0.7945 0.000 0.068 0.012 0.920
#> GSM11502 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11504 4 0.0469 0.8314 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM11505 2 0.0469 0.9107 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11506 2 0.1389 0.8835 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11508 4 0.3569 0.7182 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM11509 3 0.0376 0.7880 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM11510 2 0.0469 0.9106 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11511 1 0.4937 0.6559 0.764 0.064 0.172 0.000
#> GSM11512 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11513 3 0.3311 0.7135 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM11514 4 0.3380 0.7306 0.004 0.136 0.008 0.852
#> GSM11515 3 0.3688 0.6778 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM11516 1 0.4992 0.0992 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM11517 4 0.5820 0.6396 0.108 0.000 0.192 0.700
#> GSM11518 3 0.0524 0.7883 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM11519 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11520 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11521 4 0.0779 0.8284 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM11522 1 0.1520 0.7945 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM11523 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11524 4 0.2081 0.8050 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM11525 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11526 4 0.4477 0.4894 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM11527 2 0.0921 0.8998 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM11528 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11529 2 0.2345 0.8354 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM11530 1 0.6854 0.3900 0.596 0.000 0.172 0.232
#> GSM11531 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11532 4 0.6133 0.6175 0.188 0.000 0.136 0.676
#> GSM11533 2 0.1022 0.8961 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM11534 2 0.4999 0.4870 0.328 0.660 0.012 0.000
#> GSM11535 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11536 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11537 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11538 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11539 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11541 4 0.0707 0.8263 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM11542 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11543 2 0.5196 0.7139 0.008 0.764 0.160 0.068
#> GSM11544 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.3355 0.7117 0.836 0.160 0.000 0.004
#> GSM11546 2 0.4991 0.2704 0.004 0.608 0.388 0.000
#> GSM11547 3 0.5112 0.2603 0.004 0.436 0.560 0.000
#> GSM11548 3 0.3074 0.7282 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM11549 1 0.0469 0.8062 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11550 1 0.1389 0.7912 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11551 3 0.1339 0.7865 0.024 0.008 0.964 0.004
#> GSM11552 4 0.6355 0.3972 0.348 0.000 0.076 0.576
#> GSM11553 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11555 4 0.0921 0.8255 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM11556 1 0.4917 0.4319 0.656 0.000 0.008 0.336
#> GSM11557 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0188 0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11560 1 0.0469 0.8079 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM11561 2 0.0188 0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11563 1 0.3937 0.6753 0.800 0.188 0.012 0.000
#> GSM11564 1 0.6754 0.1310 0.464 0.444 0.000 0.092
#> GSM11565 1 0.0188 0.8094 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.0657 0.9087 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM11567 4 0.0188 0.8310 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM11568 1 0.4907 0.2737 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM11569 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11570 4 0.5311 0.4700 0.328 0.000 0.024 0.648
#> GSM11571 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11572 2 0.0672 0.9088 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM11573 1 0.3249 0.7254 0.852 0.140 0.000 0.008
#> GSM11574 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11575 1 0.4472 0.6477 0.760 0.220 0.020 0.000
#> GSM11576 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11577 1 0.4877 0.3004 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM11578 1 0.4989 0.1128 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM11579 4 0.2255 0.7960 0.000 0.068 0.012 0.920
#> GSM11580 2 0.4661 0.4310 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM11581 4 0.2814 0.7749 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM11582 4 0.3688 0.6717 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM11583 1 0.7914 -0.1261 0.356 0.000 0.312 0.332
#> GSM11584 4 0.0592 0.8308 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM11585 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11586 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11587 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.4222 0.5832 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM11589 4 0.7747 -0.0788 0.384 0.232 0.000 0.384
#> GSM11590 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11592 1 0.1474 0.7890 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM11593 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11595 2 0.7638 -0.0536 0.372 0.420 0.208 0.000
#> GSM11596 2 0.0188 0.9147 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11597 3 0.3105 0.7066 0.140 0.004 0.856 0.000
#> GSM11598 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11599 4 0.3123 0.7559 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM11600 4 0.2589 0.7656 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM11601 2 0.4819 0.4984 0.004 0.652 0.344 0.000
#> GSM11602 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11604 1 0.6310 0.4996 0.660 0.000 0.188 0.152
#> GSM11605 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11606 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.0188 0.8105 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM11608 1 0.4630 0.5709 0.732 0.000 0.016 0.252
#> GSM11609 4 0.0000 0.8315 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.9170 0.0944 0.296 0.120 0.060 0.212 0.312
#> GSM11438 2 0.5905 0.6730 0.000 0.680 0.072 0.076 0.172
#> GSM11439 5 0.0324 0.6564 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM11440 4 0.6155 -0.1819 0.044 0.000 0.388 0.520 0.048
#> GSM11441 5 0.5198 0.6175 0.012 0.000 0.164 0.112 0.712
#> GSM11442 5 0.6249 0.5245 0.000 0.008 0.236 0.180 0.576
#> GSM11443 2 0.4637 0.6285 0.000 0.728 0.076 0.000 0.196
#> GSM11444 5 0.4948 0.6185 0.000 0.000 0.184 0.108 0.708
#> GSM11445 5 0.6755 0.3628 0.012 0.000 0.288 0.208 0.492
#> GSM11446 5 0.5167 0.6031 0.000 0.000 0.200 0.116 0.684
#> GSM11447 5 0.2992 0.6662 0.000 0.000 0.064 0.068 0.868
#> GSM11448 2 0.6184 0.5706 0.028 0.604 0.108 0.000 0.260
#> GSM11449 1 0.2874 0.7769 0.892 0.008 0.012 0.028 0.060
#> GSM11450 1 0.3243 0.7526 0.848 0.004 0.032 0.000 0.116
#> GSM11451 2 0.1544 0.8083 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM11452 2 0.5269 0.6287 0.188 0.688 0.120 0.000 0.004
#> GSM11453 1 0.2903 0.7524 0.872 0.080 0.048 0.000 0.000
#> GSM11454 5 0.5913 0.3569 0.008 0.000 0.380 0.084 0.528
#> GSM11455 4 0.7554 -0.0568 0.004 0.396 0.096 0.400 0.104
#> GSM11456 2 0.5104 0.5929 0.000 0.648 0.068 0.000 0.284
#> GSM11457 2 0.0794 0.8106 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM11458 3 0.5801 0.2618 0.044 0.000 0.616 0.044 0.296
#> GSM11459 3 0.5768 0.3316 0.020 0.000 0.604 0.068 0.308
#> GSM11460 3 0.6746 0.2663 0.264 0.000 0.392 0.344 0.000
#> GSM11461 1 0.6524 0.3153 0.508 0.008 0.032 0.072 0.380
#> GSM11462 3 0.5524 0.4728 0.332 0.000 0.596 0.064 0.008
#> GSM11463 2 0.3289 0.7835 0.000 0.844 0.108 0.000 0.048
#> GSM11464 1 0.2635 0.7571 0.888 0.000 0.088 0.008 0.016
#> GSM11465 2 0.5532 0.6053 0.008 0.628 0.080 0.000 0.284
#> GSM11466 4 0.7920 -0.2714 0.092 0.000 0.328 0.380 0.200
#> GSM11467 1 0.2429 0.7577 0.900 0.004 0.020 0.076 0.000
#> GSM11468 3 0.5589 0.4672 0.024 0.000 0.600 0.332 0.044
#> GSM11469 3 0.6379 0.5613 0.180 0.000 0.624 0.152 0.044
#> GSM11470 1 0.1792 0.7714 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.3652 0.7045 0.784 0.004 0.012 0.000 0.200
#> GSM11472 4 0.5704 0.2490 0.104 0.004 0.236 0.648 0.008
#> GSM11473 5 0.3930 0.5975 0.000 0.152 0.056 0.000 0.792
#> GSM11474 2 0.2388 0.8019 0.000 0.900 0.072 0.000 0.028
#> GSM11475 4 0.6211 -0.1399 0.040 0.000 0.364 0.536 0.060
#> GSM11476 4 0.1970 0.5832 0.000 0.012 0.060 0.924 0.004
#> GSM11477 2 0.0290 0.8101 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM11478 2 0.2144 0.8068 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> GSM11479 5 0.4429 0.5079 0.000 0.192 0.064 0.000 0.744
#> GSM11480 2 0.2248 0.8031 0.000 0.900 0.088 0.000 0.012
#> GSM11481 4 0.2930 0.5419 0.004 0.000 0.164 0.832 0.000
#> GSM11482 4 0.1443 0.5883 0.000 0.004 0.044 0.948 0.004
#> GSM11483 2 0.6205 0.2338 0.000 0.468 0.088 0.016 0.428
#> GSM11484 4 0.2127 0.5729 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM11485 4 0.4679 0.4580 0.000 0.136 0.072 0.768 0.024
#> GSM11486 2 0.5664 0.4488 0.000 0.560 0.092 0.000 0.348
#> GSM11487 1 0.1970 0.7758 0.924 0.004 0.060 0.012 0.000
#> GSM11488 4 0.1965 0.5886 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM11489 2 0.4756 0.6219 0.000 0.668 0.044 0.000 0.288
#> GSM11490 5 0.0579 0.6618 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM11491 1 0.1211 0.7864 0.960 0.016 0.024 0.000 0.000
#> GSM11492 4 0.4193 0.3289 0.012 0.000 0.304 0.684 0.000
#> GSM11493 4 0.0671 0.5916 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM11494 5 0.5580 0.5612 0.000 0.000 0.236 0.132 0.632
#> GSM11495 5 0.3916 0.6193 0.000 0.012 0.012 0.204 0.772
#> GSM11496 5 0.1444 0.6467 0.000 0.012 0.040 0.000 0.948
#> GSM11497 2 0.3570 0.7893 0.004 0.828 0.124 0.000 0.044
#> GSM11498 2 0.2726 0.8056 0.000 0.884 0.064 0.000 0.052
#> GSM11499 4 0.3474 0.5114 0.000 0.116 0.044 0.836 0.004
#> GSM11500 5 0.5098 0.5822 0.000 0.096 0.048 0.104 0.752
#> GSM11501 4 0.2308 0.5767 0.000 0.036 0.048 0.912 0.004
#> GSM11502 2 0.0703 0.8107 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.2446 0.8056 0.000 0.900 0.044 0.000 0.056
#> GSM11504 3 0.4659 0.1613 0.012 0.000 0.500 0.488 0.000
#> GSM11505 2 0.2450 0.8001 0.000 0.896 0.076 0.000 0.028
#> GSM11506 2 0.3579 0.7798 0.000 0.828 0.072 0.000 0.100
#> GSM11507 2 0.2305 0.8026 0.000 0.896 0.092 0.000 0.012
#> GSM11508 3 0.6141 0.4350 0.016 0.000 0.556 0.328 0.100
#> GSM11509 5 0.2409 0.6685 0.000 0.000 0.032 0.068 0.900
#> GSM11510 2 0.4808 0.7561 0.004 0.780 0.060 0.052 0.104
#> GSM11511 1 0.6541 0.2747 0.476 0.076 0.044 0.000 0.404
#> GSM11512 4 0.1544 0.5917 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM11513 5 0.6215 0.3518 0.012 0.000 0.376 0.104 0.508
#> GSM11514 4 0.4562 0.4703 0.108 0.096 0.012 0.780 0.004
#> GSM11515 5 0.6191 0.4978 0.004 0.000 0.252 0.176 0.568
#> GSM11516 2 0.6164 0.1913 0.380 0.504 0.108 0.000 0.008
#> GSM11517 3 0.6791 0.5078 0.084 0.000 0.548 0.292 0.076
#> GSM11518 5 0.1580 0.6595 0.016 0.004 0.016 0.012 0.952
#> GSM11519 1 0.1117 0.7869 0.964 0.016 0.020 0.000 0.000
#> GSM11520 1 0.0451 0.7853 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM11521 4 0.1205 0.5890 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000
#> GSM11522 1 0.3711 0.7418 0.832 0.004 0.024 0.020 0.120
#> GSM11523 1 0.2248 0.7713 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> GSM11524 3 0.4892 0.3800 0.012 0.000 0.584 0.392 0.012
#> GSM11525 2 0.2782 0.7900 0.000 0.880 0.072 0.000 0.048
#> GSM11526 4 0.6508 0.0843 0.016 0.000 0.196 0.560 0.228
#> GSM11527 2 0.4978 0.7059 0.004 0.716 0.076 0.004 0.200
#> GSM11528 2 0.2708 0.8024 0.000 0.884 0.072 0.000 0.044
#> GSM11529 2 0.4818 0.7558 0.068 0.764 0.132 0.000 0.036
#> GSM11530 1 0.7510 0.0475 0.516 0.004 0.212 0.188 0.080
#> GSM11531 2 0.3106 0.7851 0.000 0.844 0.132 0.000 0.024
#> GSM11532 3 0.6813 0.3733 0.116 0.000 0.440 0.408 0.036
#> GSM11533 2 0.4038 0.7583 0.056 0.800 0.136 0.000 0.008
#> GSM11534 2 0.6863 0.0947 0.412 0.452 0.060 0.004 0.072
#> GSM11535 2 0.3370 0.7787 0.000 0.824 0.148 0.000 0.028
#> GSM11536 4 0.1952 0.5861 0.004 0.000 0.084 0.912 0.000
#> GSM11537 2 0.1608 0.8093 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM11538 4 0.4073 0.5090 0.104 0.004 0.092 0.800 0.000
#> GSM11539 2 0.1628 0.8060 0.000 0.936 0.056 0.000 0.008
#> GSM11540 2 0.1893 0.8084 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024
#> GSM11541 4 0.5607 0.0736 0.080 0.000 0.380 0.540 0.000
#> GSM11542 2 0.2813 0.8006 0.000 0.876 0.084 0.000 0.040
#> GSM11543 2 0.7587 0.3903 0.076 0.500 0.048 0.060 0.316
#> GSM11544 1 0.0671 0.7857 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.4771 0.6387 0.712 0.224 0.060 0.004 0.000
#> GSM11546 5 0.5834 -0.1319 0.004 0.444 0.080 0.000 0.472
#> GSM11547 5 0.5387 0.4000 0.004 0.300 0.072 0.000 0.624
#> GSM11548 5 0.5556 0.5862 0.004 0.000 0.184 0.152 0.660
#> GSM11549 1 0.3216 0.7559 0.848 0.000 0.044 0.000 0.108
#> GSM11550 1 0.4045 0.7202 0.792 0.000 0.056 0.004 0.148
#> GSM11551 5 0.4409 0.6446 0.068 0.000 0.040 0.092 0.800
#> GSM11552 3 0.5987 0.5548 0.144 0.000 0.620 0.224 0.012
#> GSM11553 2 0.2308 0.8116 0.004 0.912 0.048 0.000 0.036
#> GSM11554 2 0.1732 0.8036 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM11555 4 0.5565 0.3422 0.164 0.004 0.172 0.660 0.000
#> GSM11556 3 0.6662 0.3572 0.280 0.000 0.444 0.276 0.000
#> GSM11557 2 0.2951 0.7912 0.000 0.860 0.112 0.000 0.028
#> GSM11558 2 0.2793 0.8007 0.000 0.876 0.088 0.000 0.036
#> GSM11559 2 0.2344 0.8099 0.000 0.904 0.064 0.000 0.032
#> GSM11560 1 0.3648 0.7303 0.824 0.000 0.084 0.092 0.000
#> GSM11561 2 0.3076 0.8002 0.000 0.868 0.088 0.008 0.036
#> GSM11562 2 0.2153 0.8091 0.000 0.916 0.044 0.000 0.040
#> GSM11563 1 0.4381 0.7277 0.792 0.124 0.028 0.000 0.056
#> GSM11564 1 0.7151 0.2645 0.468 0.352 0.068 0.112 0.000
#> GSM11565 1 0.1538 0.7910 0.948 0.008 0.008 0.000 0.036
#> GSM11566 2 0.4849 0.7723 0.020 0.792 0.076 0.048 0.064
#> GSM11567 4 0.0771 0.5970 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> GSM11568 1 0.5943 0.0245 0.468 0.444 0.080 0.000 0.008
#> GSM11569 2 0.1732 0.8036 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM11570 3 0.5876 0.5331 0.140 0.000 0.608 0.248 0.004
#> GSM11571 1 0.1690 0.7872 0.944 0.024 0.024 0.000 0.008
#> GSM11572 2 0.5796 0.6568 0.148 0.696 0.080 0.076 0.000
#> GSM11573 1 0.4741 0.6699 0.740 0.176 0.076 0.008 0.000
#> GSM11574 2 0.2439 0.7930 0.004 0.876 0.120 0.000 0.000
#> GSM11575 1 0.7216 0.4413 0.532 0.252 0.092 0.000 0.124
#> GSM11576 1 0.1851 0.7701 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM11577 1 0.5269 0.5175 0.648 0.276 0.072 0.000 0.004
#> GSM11578 2 0.6110 0.1319 0.392 0.492 0.112 0.000 0.004
#> GSM11579 4 0.1990 0.5847 0.000 0.028 0.040 0.928 0.004
#> GSM11580 2 0.6152 0.2940 0.348 0.536 0.104 0.000 0.012
#> GSM11581 3 0.5482 0.4201 0.016 0.000 0.572 0.372 0.040
#> GSM11582 4 0.6077 -0.1146 0.124 0.000 0.396 0.480 0.000
#> GSM11583 4 0.8381 -0.3121 0.168 0.000 0.300 0.332 0.200
#> GSM11584 4 0.3336 0.4759 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM11585 2 0.1908 0.7972 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM11586 1 0.1041 0.7841 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> GSM11587 1 0.1851 0.7701 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.4303 0.6623 0.752 0.192 0.056 0.000 0.000
#> GSM11589 1 0.7537 0.1523 0.412 0.212 0.052 0.324 0.000
#> GSM11590 1 0.0566 0.7864 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.2179 0.7936 0.004 0.896 0.100 0.000 0.000
#> GSM11592 1 0.4293 0.7060 0.772 0.000 0.064 0.004 0.160
#> GSM11593 1 0.0451 0.7863 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0771 0.7836 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> GSM11595 1 0.7630 0.3099 0.416 0.244 0.056 0.000 0.284
#> GSM11596 2 0.5685 0.7096 0.124 0.720 0.056 0.008 0.092
#> GSM11597 5 0.5039 0.6245 0.068 0.000 0.072 0.100 0.760
#> GSM11598 1 0.0566 0.7861 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM11599 3 0.5621 0.4791 0.028 0.000 0.608 0.320 0.044
#> GSM11600 4 0.5626 0.1618 0.092 0.000 0.336 0.572 0.000
#> GSM11601 5 0.5459 0.0416 0.000 0.360 0.072 0.000 0.568
#> GSM11602 1 0.1822 0.7845 0.936 0.004 0.024 0.000 0.036
#> GSM11603 1 0.1851 0.7701 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM11604 3 0.5735 0.4854 0.312 0.000 0.608 0.036 0.044
#> GSM11605 4 0.5099 0.2415 0.052 0.000 0.336 0.612 0.000
#> GSM11606 2 0.2389 0.7929 0.004 0.880 0.116 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.0451 0.7860 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.6685 0.3105 0.376 0.000 0.388 0.236 0.000
#> GSM11609 4 0.2179 0.5895 0.004 0.000 0.100 0.896 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 1 0.8787 -0.0176 0.324 0.056 0.080 0.088 0.320 0.132
#> GSM11438 2 0.6512 -0.2107 0.000 0.484 0.004 0.096 0.080 0.336
#> GSM11439 5 0.2624 0.4931 0.000 0.004 0.004 0.000 0.844 0.148
#> GSM11440 3 0.5002 0.4856 0.044 0.000 0.604 0.332 0.016 0.004
#> GSM11441 5 0.4662 0.5523 0.008 0.000 0.228 0.068 0.692 0.004
#> GSM11442 5 0.5583 0.4996 0.000 0.008 0.272 0.152 0.568 0.000
#> GSM11443 2 0.4720 0.0746 0.000 0.560 0.000 0.000 0.052 0.388
#> GSM11444 5 0.3865 0.5999 0.000 0.000 0.192 0.056 0.752 0.000
#> GSM11445 5 0.5453 0.4051 0.008 0.000 0.340 0.108 0.544 0.000
#> GSM11446 5 0.4247 0.5684 0.000 0.000 0.240 0.060 0.700 0.000
#> GSM11447 5 0.1838 0.6250 0.000 0.000 0.068 0.016 0.916 0.000
#> GSM11448 2 0.7705 -0.2242 0.144 0.320 0.008 0.000 0.228 0.300
#> GSM11449 1 0.2607 0.7387 0.900 0.008 0.016 0.008 0.028 0.040
#> GSM11450 1 0.3398 0.7318 0.848 0.008 0.028 0.000 0.060 0.056
#> GSM11451 2 0.1531 0.5675 0.004 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM11452 2 0.6531 0.1011 0.280 0.408 0.024 0.000 0.000 0.288
#> GSM11453 1 0.2697 0.7328 0.876 0.068 0.008 0.000 0.000 0.048
#> GSM11454 5 0.4698 0.2743 0.000 0.000 0.452 0.044 0.504 0.000
#> GSM11455 4 0.6591 0.2787 0.008 0.288 0.016 0.540 0.080 0.068
#> GSM11456 2 0.6041 -0.3468 0.000 0.416 0.000 0.000 0.272 0.312
#> GSM11457 2 0.2624 0.5460 0.004 0.844 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM11458 3 0.4663 0.2868 0.012 0.000 0.668 0.020 0.280 0.020
#> GSM11459 3 0.4102 0.4014 0.016 0.000 0.700 0.016 0.268 0.000
#> GSM11460 3 0.6300 0.5502 0.104 0.000 0.584 0.164 0.000 0.148
#> GSM11461 1 0.6942 0.4302 0.520 0.016 0.080 0.028 0.292 0.064
#> GSM11462 3 0.3912 0.6782 0.120 0.000 0.800 0.048 0.004 0.028
#> GSM11463 2 0.4310 0.1301 0.000 0.540 0.000 0.000 0.020 0.440
#> GSM11464 1 0.4492 0.5879 0.700 0.000 0.236 0.008 0.004 0.052
#> GSM11465 2 0.6972 -0.0486 0.072 0.472 0.008 0.000 0.196 0.252
#> GSM11466 3 0.6860 0.5530 0.100 0.000 0.552 0.172 0.156 0.020
#> GSM11467 1 0.3479 0.7148 0.836 0.004 0.044 0.028 0.000 0.088
#> GSM11468 3 0.3178 0.6664 0.028 0.000 0.832 0.128 0.012 0.000
#> GSM11469 3 0.2454 0.6773 0.088 0.000 0.884 0.020 0.008 0.000
#> GSM11470 1 0.4605 0.6565 0.708 0.000 0.084 0.012 0.000 0.196
#> GSM11471 1 0.3889 0.6916 0.776 0.008 0.016 0.000 0.176 0.024
#> GSM11472 3 0.7336 0.3973 0.124 0.000 0.408 0.336 0.020 0.112
#> GSM11473 5 0.4675 -0.1023 0.000 0.052 0.000 0.000 0.580 0.368
#> GSM11474 2 0.3670 0.3610 0.000 0.704 0.000 0.000 0.012 0.284
#> GSM11475 3 0.6054 0.2907 0.048 0.000 0.440 0.424 0.088 0.000
#> GSM11476 4 0.1605 0.7654 0.000 0.032 0.016 0.940 0.012 0.000
#> GSM11477 2 0.2402 0.5655 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM11478 2 0.1333 0.5726 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> GSM11479 5 0.5531 -0.2972 0.000 0.128 0.004 0.000 0.524 0.344
#> GSM11480 2 0.0405 0.5702 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM11481 4 0.5262 0.4657 0.008 0.000 0.204 0.632 0.000 0.156
#> GSM11482 4 0.1405 0.7653 0.000 0.024 0.024 0.948 0.004 0.000
#> GSM11483 6 0.6536 0.5306 0.000 0.324 0.004 0.012 0.312 0.348
#> GSM11484 4 0.2179 0.7493 0.000 0.000 0.064 0.900 0.000 0.036
#> GSM11485 4 0.3703 0.6899 0.000 0.092 0.008 0.824 0.048 0.028
#> GSM11486 6 0.5951 0.4524 0.000 0.368 0.000 0.000 0.220 0.412
#> GSM11487 1 0.2237 0.7274 0.896 0.004 0.080 0.000 0.000 0.020
#> GSM11488 4 0.1327 0.7606 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM11489 2 0.5599 -0.0383 0.000 0.568 0.004 0.000 0.216 0.212
#> GSM11490 5 0.2488 0.5185 0.000 0.004 0.008 0.000 0.864 0.124
#> GSM11491 1 0.1624 0.7400 0.936 0.020 0.004 0.000 0.000 0.040
#> GSM11492 4 0.4662 -0.0217 0.016 0.000 0.404 0.560 0.020 0.000
#> GSM11493 4 0.1036 0.7646 0.000 0.008 0.024 0.964 0.004 0.000
#> GSM11494 5 0.4849 0.5440 0.000 0.000 0.240 0.112 0.648 0.000
#> GSM11495 5 0.4105 0.5339 0.000 0.008 0.012 0.196 0.752 0.032
#> GSM11496 5 0.3672 0.2887 0.000 0.008 0.004 0.000 0.712 0.276
#> GSM11497 2 0.4787 0.1018 0.028 0.488 0.000 0.000 0.012 0.472
#> GSM11498 2 0.3827 0.4580 0.004 0.680 0.000 0.000 0.008 0.308
#> GSM11499 4 0.2408 0.7357 0.000 0.076 0.004 0.892 0.024 0.004
#> GSM11500 5 0.6187 0.3732 0.000 0.072 0.008 0.140 0.608 0.172
#> GSM11501 4 0.1332 0.7672 0.000 0.028 0.012 0.952 0.008 0.000
#> GSM11502 2 0.2146 0.5740 0.004 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM11503 2 0.3733 0.3947 0.004 0.700 0.000 0.000 0.008 0.288
#> GSM11504 3 0.3812 0.5581 0.016 0.000 0.712 0.268 0.000 0.004
#> GSM11505 2 0.4012 0.2616 0.000 0.640 0.000 0.000 0.016 0.344
#> GSM11506 2 0.3778 0.3184 0.000 0.708 0.000 0.000 0.020 0.272
#> GSM11507 2 0.0405 0.5722 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM11508 3 0.4594 0.4494 0.016 0.000 0.692 0.056 0.236 0.000
#> GSM11509 5 0.2027 0.6014 0.000 0.000 0.032 0.016 0.920 0.032
#> GSM11510 2 0.4020 0.4318 0.008 0.812 0.004 0.040 0.052 0.084
#> GSM11511 1 0.6883 0.2213 0.440 0.036 0.016 0.000 0.204 0.304
#> GSM11512 4 0.2190 0.7500 0.000 0.000 0.040 0.900 0.000 0.060
#> GSM11513 5 0.5174 0.2272 0.008 0.000 0.456 0.064 0.472 0.000
#> GSM11514 4 0.5931 0.4936 0.120 0.184 0.012 0.632 0.000 0.052
#> GSM11515 5 0.5383 0.4881 0.000 0.000 0.260 0.164 0.576 0.000
#> GSM11516 1 0.6426 0.2611 0.448 0.280 0.024 0.000 0.000 0.248
#> GSM11517 3 0.4303 0.6809 0.080 0.000 0.764 0.128 0.028 0.000
#> GSM11518 5 0.2998 0.5213 0.020 0.008 0.008 0.000 0.852 0.112
#> GSM11519 1 0.1829 0.7373 0.920 0.012 0.004 0.000 0.000 0.064
#> GSM11520 1 0.1503 0.7373 0.944 0.008 0.016 0.000 0.000 0.032
#> GSM11521 4 0.1092 0.7685 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000 0.000
#> GSM11522 1 0.3401 0.7304 0.856 0.008 0.028 0.008 0.056 0.044
#> GSM11523 1 0.4527 0.6572 0.712 0.000 0.088 0.008 0.000 0.192
#> GSM11524 3 0.2948 0.6577 0.016 0.000 0.840 0.136 0.004 0.004
#> GSM11525 2 0.4482 0.1519 0.000 0.580 0.000 0.000 0.036 0.384
#> GSM11526 3 0.6970 0.2048 0.016 0.000 0.328 0.304 0.328 0.024
#> GSM11527 2 0.5759 -0.1910 0.000 0.520 0.000 0.016 0.124 0.340
#> GSM11528 2 0.1194 0.5636 0.008 0.956 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM11529 2 0.5375 0.2167 0.096 0.484 0.000 0.000 0.004 0.416
#> GSM11530 1 0.6973 -0.1129 0.428 0.000 0.352 0.144 0.056 0.020
#> GSM11531 2 0.4089 0.1327 0.000 0.524 0.000 0.000 0.008 0.468
#> GSM11532 3 0.5194 0.6391 0.108 0.000 0.664 0.208 0.012 0.008
#> GSM11533 2 0.5328 0.2566 0.072 0.496 0.012 0.000 0.000 0.420
#> GSM11534 1 0.6419 0.3757 0.520 0.284 0.016 0.000 0.028 0.152
#> GSM11535 6 0.4393 -0.2468 0.004 0.480 0.000 0.000 0.016 0.500
#> GSM11536 4 0.2742 0.7338 0.008 0.000 0.044 0.872 0.000 0.076
#> GSM11537 2 0.1806 0.5619 0.004 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM11538 4 0.6120 0.5019 0.096 0.020 0.096 0.640 0.000 0.148
#> GSM11539 2 0.3586 0.4397 0.004 0.712 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM11540 2 0.1908 0.5668 0.004 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM11541 3 0.6339 0.5247 0.076 0.000 0.560 0.212 0.000 0.152
#> GSM11542 2 0.0603 0.5686 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11543 6 0.8622 0.2874 0.144 0.216 0.028 0.036 0.264 0.312
#> GSM11544 1 0.1398 0.7378 0.940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM11545 1 0.4523 0.6604 0.724 0.144 0.008 0.000 0.000 0.124
#> GSM11546 6 0.6674 0.5374 0.004 0.316 0.000 0.024 0.268 0.388
#> GSM11547 6 0.6416 0.4865 0.008 0.184 0.000 0.016 0.384 0.408
#> GSM11548 5 0.4890 0.5544 0.000 0.000 0.180 0.160 0.660 0.000
#> GSM11549 1 0.3968 0.7068 0.804 0.000 0.096 0.004 0.060 0.036
#> GSM11550 1 0.4979 0.6663 0.724 0.000 0.136 0.008 0.092 0.040
#> GSM11551 5 0.4412 0.5970 0.072 0.000 0.060 0.044 0.792 0.032
#> GSM11552 3 0.2373 0.6796 0.084 0.000 0.888 0.024 0.004 0.000
#> GSM11553 2 0.1151 0.5741 0.012 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM11554 2 0.0692 0.5717 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM11555 4 0.7499 -0.1543 0.216 0.000 0.276 0.352 0.000 0.156
#> GSM11556 3 0.5774 0.6045 0.116 0.000 0.648 0.128 0.000 0.108
#> GSM11557 2 0.3975 0.1845 0.000 0.544 0.000 0.000 0.004 0.452
#> GSM11558 2 0.0603 0.5686 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11559 2 0.3109 0.5454 0.016 0.812 0.004 0.000 0.000 0.168
#> GSM11560 1 0.5255 0.6548 0.688 0.000 0.140 0.036 0.004 0.132
#> GSM11561 2 0.0837 0.5664 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM11562 2 0.1219 0.5681 0.004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM11563 1 0.4008 0.7283 0.808 0.088 0.012 0.000 0.032 0.060
#> GSM11564 1 0.6459 0.5301 0.596 0.204 0.096 0.032 0.000 0.072
#> GSM11565 1 0.2663 0.7455 0.884 0.012 0.012 0.000 0.016 0.076
#> GSM11566 2 0.3243 0.4914 0.040 0.864 0.004 0.024 0.012 0.056
#> GSM11567 4 0.2813 0.7271 0.008 0.000 0.036 0.864 0.000 0.092
#> GSM11568 1 0.6086 0.3665 0.512 0.232 0.016 0.000 0.000 0.240
#> GSM11569 2 0.0777 0.5712 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM11570 3 0.3475 0.6851 0.084 0.000 0.832 0.056 0.000 0.028
#> GSM11571 1 0.2274 0.7380 0.892 0.012 0.008 0.000 0.000 0.088
#> GSM11572 2 0.4681 0.2900 0.212 0.708 0.004 0.052 0.000 0.024
#> GSM11573 1 0.5366 0.6335 0.664 0.184 0.016 0.012 0.000 0.124
#> GSM11574 2 0.4419 0.4453 0.036 0.700 0.020 0.000 0.000 0.244
#> GSM11575 1 0.6034 0.4855 0.580 0.080 0.004 0.000 0.072 0.264
#> GSM11576 1 0.4576 0.6572 0.712 0.000 0.084 0.012 0.000 0.192
#> GSM11577 1 0.5336 0.5625 0.628 0.232 0.016 0.000 0.000 0.124
#> GSM11578 1 0.6317 0.3277 0.480 0.268 0.024 0.000 0.000 0.228
#> GSM11579 4 0.1555 0.7633 0.000 0.040 0.012 0.940 0.008 0.000
#> GSM11580 1 0.6189 0.2813 0.464 0.320 0.016 0.000 0.000 0.200
#> GSM11581 3 0.3577 0.6134 0.016 0.000 0.772 0.200 0.012 0.000
#> GSM11582 3 0.6418 0.5392 0.092 0.000 0.560 0.196 0.000 0.152
#> GSM11583 3 0.7025 0.3564 0.084 0.000 0.420 0.212 0.284 0.000
#> GSM11584 4 0.2933 0.6477 0.004 0.000 0.200 0.796 0.000 0.000
#> GSM11585 2 0.4031 0.4343 0.008 0.652 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM11586 1 0.2722 0.7364 0.880 0.008 0.048 0.004 0.000 0.060
#> GSM11587 1 0.4605 0.6552 0.708 0.000 0.084 0.012 0.000 0.196
#> GSM11588 1 0.4073 0.6790 0.760 0.160 0.008 0.000 0.000 0.072
#> GSM11589 1 0.7564 0.3990 0.476 0.208 0.040 0.136 0.000 0.140
#> GSM11590 1 0.1900 0.7390 0.916 0.008 0.000 0.008 0.000 0.068
#> GSM11591 2 0.4402 0.4544 0.020 0.664 0.020 0.000 0.000 0.296
#> GSM11592 1 0.5204 0.6590 0.708 0.000 0.128 0.008 0.108 0.048
#> GSM11593 1 0.2225 0.7376 0.892 0.008 0.000 0.008 0.000 0.092
#> GSM11594 1 0.2322 0.7271 0.896 0.000 0.064 0.000 0.004 0.036
#> GSM11595 1 0.7001 0.4604 0.520 0.132 0.016 0.000 0.216 0.116
#> GSM11596 2 0.6829 0.0145 0.208 0.444 0.008 0.000 0.044 0.296
#> GSM11597 5 0.4439 0.5811 0.056 0.000 0.116 0.048 0.772 0.008
#> GSM11598 1 0.1483 0.7397 0.944 0.008 0.012 0.000 0.000 0.036
#> GSM11599 3 0.3219 0.6741 0.040 0.000 0.836 0.112 0.012 0.000
#> GSM11600 3 0.6547 0.4854 0.080 0.000 0.524 0.240 0.000 0.156
#> GSM11601 5 0.5445 -0.4275 0.000 0.120 0.000 0.000 0.464 0.416
#> GSM11602 1 0.3405 0.7102 0.832 0.000 0.084 0.000 0.016 0.068
#> GSM11603 1 0.4546 0.6560 0.716 0.000 0.084 0.012 0.000 0.188
#> GSM11604 3 0.2633 0.6623 0.112 0.000 0.864 0.004 0.020 0.000
#> GSM11605 3 0.6415 0.4932 0.068 0.000 0.536 0.240 0.000 0.156
#> GSM11606 2 0.4602 0.4381 0.032 0.668 0.024 0.000 0.000 0.276
#> GSM11607 1 0.1477 0.7393 0.940 0.008 0.004 0.000 0.000 0.048
#> GSM11608 3 0.5836 0.5899 0.160 0.000 0.636 0.112 0.000 0.092
#> GSM11609 4 0.1985 0.7623 0.008 0.004 0.064 0.916 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:mclust 149 0.8120 2
#> MAD:mclust 153 0.3903 3
#> MAD:mclust 147 0.0639 4
#> MAD:mclust 120 0.1993 5
#> MAD:mclust 102 0.1694 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.615 0.832 0.919 0.5006 0.497 0.497
#> 3 3 0.478 0.639 0.821 0.3325 0.695 0.463
#> 4 4 0.438 0.513 0.701 0.1212 0.847 0.585
#> 5 5 0.484 0.431 0.645 0.0651 0.886 0.604
#> 6 6 0.529 0.374 0.589 0.0403 0.904 0.610
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.5629 0.836 0.868 0.132
#> GSM11438 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11439 1 0.7815 0.719 0.768 0.232
#> GSM11440 1 0.5737 0.844 0.864 0.136
#> GSM11441 1 0.1843 0.912 0.972 0.028
#> GSM11442 2 0.6343 0.795 0.160 0.840
#> GSM11443 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.2236 0.910 0.964 0.036
#> GSM11445 1 0.9732 0.341 0.596 0.404
#> GSM11446 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> GSM11447 2 0.9686 0.363 0.396 0.604
#> GSM11448 2 0.9393 0.495 0.356 0.644
#> GSM11449 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> GSM11450 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11451 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11452 2 0.5737 0.822 0.136 0.864
#> GSM11453 1 0.6438 0.794 0.836 0.164
#> GSM11454 1 0.2043 0.911 0.968 0.032
#> GSM11455 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11456 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11458 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11459 1 0.1633 0.913 0.976 0.024
#> GSM11460 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11462 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11463 2 0.1184 0.903 0.016 0.984
#> GSM11464 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11465 2 0.6712 0.787 0.176 0.824
#> GSM11466 1 0.1843 0.913 0.972 0.028
#> GSM11467 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11468 1 0.3274 0.899 0.940 0.060
#> GSM11469 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11470 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> GSM11471 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> GSM11472 1 0.1843 0.913 0.972 0.028
#> GSM11473 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> GSM11474 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11475 1 0.9909 0.209 0.556 0.444
#> GSM11476 2 0.1843 0.897 0.028 0.972
#> GSM11477 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11478 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11479 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11480 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11481 1 0.4562 0.876 0.904 0.096
#> GSM11482 2 0.1414 0.901 0.020 0.980
#> GSM11483 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11484 2 0.7602 0.718 0.220 0.780
#> GSM11485 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11486 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11487 1 0.0938 0.916 0.988 0.012
#> GSM11488 2 0.4939 0.842 0.108 0.892
#> GSM11489 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11490 1 0.9323 0.492 0.652 0.348
#> GSM11491 1 0.4161 0.875 0.916 0.084
#> GSM11492 1 0.7528 0.740 0.784 0.216
#> GSM11493 2 0.2423 0.891 0.040 0.960
#> GSM11494 2 0.9358 0.480 0.352 0.648
#> GSM11495 2 0.2423 0.891 0.040 0.960
#> GSM11496 2 0.3431 0.879 0.064 0.936
#> GSM11497 2 0.0938 0.905 0.012 0.988
#> GSM11498 2 0.1414 0.903 0.020 0.980
#> GSM11499 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11500 2 0.1843 0.897 0.028 0.972
#> GSM11501 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11502 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11503 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM11504 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> GSM11505 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.3274 0.898 0.940 0.060
#> GSM11509 1 0.8661 0.621 0.712 0.288
#> GSM11510 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.2043 0.909 0.968 0.032
#> GSM11512 2 0.9815 0.290 0.420 0.580
#> GSM11513 1 0.2948 0.902 0.948 0.052
#> GSM11514 2 0.4431 0.855 0.092 0.908
#> GSM11515 2 0.8207 0.663 0.256 0.744
#> GSM11516 2 0.8713 0.619 0.292 0.708
#> GSM11517 1 0.1633 0.913 0.976 0.024
#> GSM11518 1 0.3431 0.898 0.936 0.064
#> GSM11519 1 0.3584 0.886 0.932 0.068
#> GSM11520 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11521 2 0.1633 0.899 0.024 0.976
#> GSM11522 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> GSM11523 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11524 1 0.1633 0.913 0.976 0.024
#> GSM11525 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11526 1 0.6343 0.813 0.840 0.160
#> GSM11527 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> GSM11528 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.2043 0.899 0.032 0.968
#> GSM11530 1 0.0672 0.917 0.992 0.008
#> GSM11531 2 0.1633 0.901 0.024 0.976
#> GSM11532 1 0.2778 0.906 0.952 0.048
#> GSM11533 2 0.2236 0.895 0.036 0.964
#> GSM11534 2 0.9522 0.438 0.372 0.628
#> GSM11535 2 0.1633 0.901 0.024 0.976
#> GSM11536 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> GSM11537 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11538 2 0.8207 0.677 0.256 0.744
#> GSM11539 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11540 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11541 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM11542 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM11543 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> GSM11544 1 0.2423 0.902 0.960 0.040
#> GSM11545 1 0.9933 0.153 0.548 0.452
#> GSM11546 2 0.4815 0.846 0.104 0.896
#> GSM11547 2 0.7528 0.736 0.216 0.784
#> GSM11548 1 0.8555 0.636 0.720 0.280
#> GSM11549 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.1414 0.914 0.980 0.020
#> GSM11552 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM11553 2 0.1184 0.903 0.016 0.984
#> GSM11554 2 0.0376 0.906 0.004 0.996
#> GSM11555 1 0.2778 0.902 0.952 0.048
#> GSM11556 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11557 2 0.1414 0.902 0.020 0.980
#> GSM11558 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.1414 0.902 0.020 0.980
#> GSM11560 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11563 1 0.5842 0.826 0.860 0.140
#> GSM11564 1 0.8267 0.663 0.740 0.260
#> GSM11565 1 0.2948 0.896 0.948 0.052
#> GSM11566 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.9460 0.455 0.364 0.636
#> GSM11568 1 0.9580 0.382 0.620 0.380
#> GSM11569 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> GSM11570 1 0.0672 0.916 0.992 0.008
#> GSM11571 1 0.4815 0.858 0.896 0.104
#> GSM11572 2 0.1184 0.903 0.016 0.984
#> GSM11573 2 0.9922 0.225 0.448 0.552
#> GSM11574 2 0.1633 0.901 0.024 0.976
#> GSM11575 1 0.8081 0.681 0.752 0.248
#> GSM11576 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11577 2 0.7453 0.738 0.212 0.788
#> GSM11578 2 0.9248 0.523 0.340 0.660
#> GSM11579 2 0.1633 0.899 0.024 0.976
#> GSM11580 2 0.6973 0.770 0.188 0.812
#> GSM11581 1 0.4298 0.879 0.912 0.088
#> GSM11582 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11583 1 0.2236 0.912 0.964 0.036
#> GSM11584 2 0.9833 0.272 0.424 0.576
#> GSM11585 2 0.1414 0.902 0.020 0.980
#> GSM11586 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11587 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11588 1 0.9775 0.291 0.588 0.412
#> GSM11589 2 0.9661 0.396 0.392 0.608
#> GSM11590 1 0.1184 0.913 0.984 0.016
#> GSM11591 2 0.1633 0.901 0.024 0.976
#> GSM11592 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11593 1 0.1633 0.910 0.976 0.024
#> GSM11594 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11595 1 0.7883 0.691 0.764 0.236
#> GSM11596 2 0.7376 0.746 0.208 0.792
#> GSM11597 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM11598 1 0.1843 0.910 0.972 0.028
#> GSM11599 1 0.1633 0.913 0.976 0.024
#> GSM11600 1 0.0938 0.917 0.988 0.012
#> GSM11601 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM11602 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> GSM11604 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11605 1 0.0938 0.915 0.988 0.012
#> GSM11606 2 0.2043 0.897 0.032 0.968
#> GSM11607 1 0.1843 0.909 0.972 0.028
#> GSM11608 1 0.0000 0.916 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.1633 0.900 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.7567 0.2749 0.576 0.048 0.376
#> GSM11438 2 0.4121 0.7301 0.000 0.832 0.168
#> GSM11439 3 0.2492 0.7776 0.016 0.048 0.936
#> GSM11440 3 0.2663 0.7795 0.024 0.044 0.932
#> GSM11441 3 0.2796 0.7606 0.092 0.000 0.908
#> GSM11442 3 0.3116 0.7518 0.000 0.108 0.892
#> GSM11443 2 0.2682 0.8004 0.004 0.920 0.076
#> GSM11444 3 0.1860 0.7730 0.052 0.000 0.948
#> GSM11445 3 0.1964 0.7749 0.000 0.056 0.944
#> GSM11446 3 0.2356 0.7667 0.072 0.000 0.928
#> GSM11447 3 0.2496 0.7710 0.004 0.068 0.928
#> GSM11448 1 0.6701 0.2761 0.576 0.412 0.012
#> GSM11449 1 0.4345 0.7220 0.848 0.016 0.136
#> GSM11450 1 0.2959 0.7396 0.900 0.000 0.100
#> GSM11451 2 0.2537 0.7906 0.080 0.920 0.000
#> GSM11452 2 0.6302 0.0477 0.480 0.520 0.000
#> GSM11453 1 0.4178 0.6971 0.828 0.172 0.000
#> GSM11454 3 0.2165 0.7695 0.064 0.000 0.936
#> GSM11455 2 0.6274 0.1930 0.000 0.544 0.456
#> GSM11456 2 0.1529 0.8100 0.000 0.960 0.040
#> GSM11457 2 0.0661 0.8112 0.008 0.988 0.004
#> GSM11458 3 0.5621 0.5359 0.308 0.000 0.692
#> GSM11459 3 0.2796 0.7578 0.092 0.000 0.908
#> GSM11460 1 0.6192 0.2177 0.580 0.000 0.420
#> GSM11461 1 0.4634 0.6949 0.824 0.012 0.164
#> GSM11462 3 0.6302 0.1168 0.480 0.000 0.520
#> GSM11463 2 0.1753 0.8037 0.048 0.952 0.000
#> GSM11464 1 0.5058 0.5874 0.756 0.000 0.244
#> GSM11465 2 0.5200 0.7015 0.184 0.796 0.020
#> GSM11466 3 0.4110 0.7226 0.152 0.004 0.844
#> GSM11467 1 0.2261 0.7530 0.932 0.000 0.068
#> GSM11468 3 0.1878 0.7746 0.044 0.004 0.952
#> GSM11469 3 0.5882 0.4583 0.348 0.000 0.652
#> GSM11470 1 0.0829 0.7663 0.984 0.004 0.012
#> GSM11471 1 0.3784 0.7201 0.864 0.004 0.132
#> GSM11472 3 0.5465 0.5677 0.288 0.000 0.712
#> GSM11473 2 0.4473 0.7403 0.008 0.828 0.164
#> GSM11474 2 0.1964 0.8046 0.000 0.944 0.056
#> GSM11475 3 0.2584 0.7742 0.008 0.064 0.928
#> GSM11476 3 0.5678 0.4775 0.000 0.316 0.684
#> GSM11477 2 0.1289 0.8070 0.032 0.968 0.000
#> GSM11478 2 0.2537 0.7964 0.000 0.920 0.080
#> GSM11479 2 0.6192 0.3006 0.000 0.580 0.420
#> GSM11480 2 0.1129 0.8119 0.004 0.976 0.020
#> GSM11481 3 0.3045 0.7754 0.064 0.020 0.916
#> GSM11482 3 0.6008 0.3623 0.000 0.372 0.628
#> GSM11483 2 0.5650 0.5290 0.000 0.688 0.312
#> GSM11484 3 0.3038 0.7547 0.000 0.104 0.896
#> GSM11485 2 0.6309 0.0576 0.000 0.504 0.496
#> GSM11486 2 0.3686 0.7565 0.000 0.860 0.140
#> GSM11487 1 0.2947 0.7641 0.920 0.020 0.060
#> GSM11488 3 0.3116 0.7523 0.000 0.108 0.892
#> GSM11489 2 0.3340 0.7739 0.000 0.880 0.120
#> GSM11490 3 0.2550 0.7773 0.012 0.056 0.932
#> GSM11491 1 0.2796 0.7553 0.908 0.092 0.000
#> GSM11492 3 0.1289 0.7777 0.000 0.032 0.968
#> GSM11493 3 0.4062 0.7006 0.000 0.164 0.836
#> GSM11494 3 0.2261 0.7712 0.000 0.068 0.932
#> GSM11495 3 0.5016 0.6033 0.000 0.240 0.760
#> GSM11496 3 0.6468 0.1267 0.004 0.444 0.552
#> GSM11497 2 0.2537 0.7921 0.080 0.920 0.000
#> GSM11498 2 0.1964 0.7999 0.056 0.944 0.000
#> GSM11499 2 0.6252 0.2293 0.000 0.556 0.444
#> GSM11500 3 0.6154 0.2554 0.000 0.408 0.592
#> GSM11501 2 0.6267 0.2016 0.000 0.548 0.452
#> GSM11502 2 0.2537 0.7891 0.080 0.920 0.000
#> GSM11503 2 0.0848 0.8120 0.008 0.984 0.008
#> GSM11504 3 0.1289 0.7767 0.032 0.000 0.968
#> GSM11505 2 0.1585 0.8131 0.008 0.964 0.028
#> GSM11506 2 0.3192 0.7775 0.000 0.888 0.112
#> GSM11507 2 0.1163 0.8110 0.000 0.972 0.028
#> GSM11508 3 0.0892 0.7773 0.020 0.000 0.980
#> GSM11509 3 0.1765 0.7770 0.004 0.040 0.956
#> GSM11510 2 0.3192 0.7778 0.000 0.888 0.112
#> GSM11511 1 0.2689 0.7700 0.932 0.032 0.036
#> GSM11512 3 0.2448 0.7683 0.000 0.076 0.924
#> GSM11513 3 0.1964 0.7717 0.056 0.000 0.944
#> GSM11514 2 0.5276 0.7548 0.052 0.820 0.128
#> GSM11515 3 0.2711 0.7632 0.000 0.088 0.912
#> GSM11516 1 0.6291 0.1146 0.532 0.468 0.000
#> GSM11517 3 0.3038 0.7492 0.104 0.000 0.896
#> GSM11518 3 0.4139 0.7467 0.124 0.016 0.860
#> GSM11519 1 0.3349 0.7466 0.888 0.108 0.004
#> GSM11520 1 0.1529 0.7604 0.960 0.000 0.040
#> GSM11521 3 0.5650 0.4840 0.000 0.312 0.688
#> GSM11522 1 0.4465 0.6770 0.820 0.004 0.176
#> GSM11523 1 0.3038 0.7333 0.896 0.000 0.104
#> GSM11524 3 0.2261 0.7671 0.068 0.000 0.932
#> GSM11525 2 0.2165 0.8022 0.000 0.936 0.064
#> GSM11526 3 0.1170 0.7791 0.008 0.016 0.976
#> GSM11527 2 0.4702 0.6793 0.000 0.788 0.212
#> GSM11528 2 0.1453 0.8126 0.008 0.968 0.024
#> GSM11529 2 0.3879 0.7357 0.152 0.848 0.000
#> GSM11530 3 0.6260 0.2243 0.448 0.000 0.552
#> GSM11531 2 0.2165 0.7978 0.064 0.936 0.000
#> GSM11532 3 0.2711 0.7600 0.088 0.000 0.912
#> GSM11533 2 0.5497 0.5418 0.292 0.708 0.000
#> GSM11534 2 0.6584 0.3046 0.380 0.608 0.012
#> GSM11535 2 0.3116 0.7725 0.108 0.892 0.000
#> GSM11536 3 0.6633 0.1219 0.008 0.444 0.548
#> GSM11537 2 0.2878 0.7800 0.096 0.904 0.000
#> GSM11538 2 0.7492 0.3786 0.340 0.608 0.052
#> GSM11539 2 0.1643 0.8040 0.044 0.956 0.000
#> GSM11540 2 0.1411 0.8100 0.000 0.964 0.036
#> GSM11541 3 0.6045 0.3926 0.380 0.000 0.620
#> GSM11542 2 0.0892 0.8097 0.020 0.980 0.000
#> GSM11543 2 0.6816 0.1040 0.012 0.516 0.472
#> GSM11544 1 0.2261 0.7664 0.932 0.068 0.000
#> GSM11545 1 0.4931 0.6349 0.768 0.232 0.000
#> GSM11546 2 0.6193 0.5807 0.016 0.692 0.292
#> GSM11547 2 0.6254 0.6769 0.188 0.756 0.056
#> GSM11548 3 0.2050 0.7804 0.028 0.020 0.952
#> GSM11549 1 0.5363 0.5382 0.724 0.000 0.276
#> GSM11550 1 0.5560 0.4983 0.700 0.000 0.300
#> GSM11551 3 0.5580 0.6219 0.256 0.008 0.736
#> GSM11552 3 0.4702 0.6599 0.212 0.000 0.788
#> GSM11553 2 0.3038 0.7750 0.104 0.896 0.000
#> GSM11554 2 0.0592 0.8104 0.012 0.988 0.000
#> GSM11555 1 0.6438 0.6762 0.748 0.064 0.188
#> GSM11556 1 0.6309 -0.0562 0.504 0.000 0.496
#> GSM11557 2 0.2356 0.7931 0.072 0.928 0.000
#> GSM11558 2 0.1289 0.8109 0.000 0.968 0.032
#> GSM11559 2 0.3038 0.7748 0.104 0.896 0.000
#> GSM11560 1 0.3038 0.7336 0.896 0.000 0.104
#> GSM11561 2 0.1529 0.8093 0.000 0.960 0.040
#> GSM11562 2 0.1163 0.8084 0.028 0.972 0.000
#> GSM11563 1 0.4539 0.7239 0.836 0.148 0.016
#> GSM11564 1 0.5573 0.7239 0.796 0.160 0.044
#> GSM11565 1 0.2537 0.7608 0.920 0.080 0.000
#> GSM11566 2 0.1525 0.8116 0.004 0.964 0.032
#> GSM11567 3 0.3784 0.7319 0.004 0.132 0.864
#> GSM11568 1 0.5397 0.5605 0.720 0.280 0.000
#> GSM11569 2 0.1289 0.8065 0.032 0.968 0.000
#> GSM11570 3 0.5529 0.5510 0.296 0.000 0.704
#> GSM11571 1 0.3340 0.7409 0.880 0.120 0.000
#> GSM11572 2 0.2774 0.7950 0.072 0.920 0.008
#> GSM11573 1 0.5690 0.5492 0.708 0.288 0.004
#> GSM11574 2 0.4887 0.6425 0.228 0.772 0.000
#> GSM11575 1 0.4805 0.7046 0.812 0.176 0.012
#> GSM11576 1 0.1337 0.7672 0.972 0.012 0.016
#> GSM11577 1 0.6495 0.1422 0.536 0.460 0.004
#> GSM11578 1 0.6026 0.3775 0.624 0.376 0.000
#> GSM11579 3 0.5650 0.4834 0.000 0.312 0.688
#> GSM11580 2 0.6302 0.0369 0.480 0.520 0.000
#> GSM11581 3 0.0983 0.7781 0.016 0.004 0.980
#> GSM11582 3 0.6225 0.2665 0.432 0.000 0.568
#> GSM11583 3 0.5070 0.6508 0.224 0.004 0.772
#> GSM11584 3 0.2165 0.7724 0.000 0.064 0.936
#> GSM11585 2 0.3038 0.7751 0.104 0.896 0.000
#> GSM11586 1 0.1399 0.7649 0.968 0.004 0.028
#> GSM11587 1 0.2356 0.7499 0.928 0.000 0.072
#> GSM11588 1 0.5201 0.6246 0.760 0.236 0.004
#> GSM11589 1 0.6468 0.2150 0.552 0.444 0.004
#> GSM11590 1 0.2280 0.7689 0.940 0.052 0.008
#> GSM11591 2 0.4702 0.6644 0.212 0.788 0.000
#> GSM11592 1 0.5859 0.4074 0.656 0.000 0.344
#> GSM11593 1 0.2096 0.7683 0.944 0.052 0.004
#> GSM11594 1 0.2796 0.7398 0.908 0.000 0.092
#> GSM11595 1 0.5746 0.6943 0.780 0.180 0.040
#> GSM11596 2 0.4982 0.7628 0.096 0.840 0.064
#> GSM11597 3 0.4931 0.6433 0.232 0.000 0.768
#> GSM11598 1 0.2301 0.7677 0.936 0.060 0.004
#> GSM11599 3 0.2625 0.7605 0.084 0.000 0.916
#> GSM11600 3 0.6126 0.3555 0.400 0.000 0.600
#> GSM11601 2 0.4228 0.7536 0.008 0.844 0.148
#> GSM11602 1 0.3941 0.6941 0.844 0.000 0.156
#> GSM11603 1 0.2261 0.7520 0.932 0.000 0.068
#> GSM11604 3 0.6095 0.3718 0.392 0.000 0.608
#> GSM11605 3 0.5650 0.5348 0.312 0.000 0.688
#> GSM11606 2 0.5397 0.5582 0.280 0.720 0.000
#> GSM11607 1 0.1964 0.7680 0.944 0.056 0.000
#> GSM11608 1 0.6192 0.2199 0.580 0.000 0.420
#> GSM11609 3 0.6333 0.4429 0.012 0.332 0.656
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.8409 0.12941 0.344 0.048 0.448 0.160
#> GSM11438 2 0.5816 0.64251 0.000 0.708 0.148 0.144
#> GSM11439 3 0.4001 0.54584 0.036 0.116 0.840 0.008
#> GSM11440 4 0.5767 0.08503 0.016 0.008 0.436 0.540
#> GSM11441 3 0.3706 0.58581 0.040 0.000 0.848 0.112
#> GSM11442 3 0.3542 0.57738 0.000 0.028 0.852 0.120
#> GSM11443 2 0.4614 0.66199 0.016 0.752 0.228 0.004
#> GSM11444 3 0.2039 0.60290 0.008 0.016 0.940 0.036
#> GSM11445 3 0.3355 0.57011 0.000 0.004 0.836 0.160
#> GSM11446 3 0.1892 0.60523 0.016 0.004 0.944 0.036
#> GSM11447 3 0.2335 0.58630 0.000 0.060 0.920 0.020
#> GSM11448 2 0.7946 0.16232 0.340 0.448 0.200 0.012
#> GSM11449 1 0.4090 0.70613 0.844 0.008 0.072 0.076
#> GSM11450 1 0.2923 0.71866 0.896 0.016 0.080 0.008
#> GSM11451 2 0.2662 0.73838 0.016 0.900 0.000 0.084
#> GSM11452 2 0.5553 0.16012 0.452 0.532 0.004 0.012
#> GSM11453 1 0.4173 0.69979 0.828 0.120 0.004 0.048
#> GSM11454 3 0.4881 0.54654 0.048 0.000 0.756 0.196
#> GSM11455 4 0.7583 0.15484 0.000 0.384 0.196 0.420
#> GSM11456 2 0.5248 0.62810 0.024 0.716 0.248 0.012
#> GSM11457 2 0.1406 0.75070 0.000 0.960 0.016 0.024
#> GSM11458 3 0.6295 0.47705 0.196 0.000 0.660 0.144
#> GSM11459 3 0.5723 0.49304 0.072 0.000 0.684 0.244
#> GSM11460 1 0.6939 0.30451 0.540 0.000 0.128 0.332
#> GSM11461 1 0.7611 0.26264 0.508 0.072 0.368 0.052
#> GSM11462 1 0.7518 0.23522 0.496 0.000 0.244 0.260
#> GSM11463 2 0.4696 0.70963 0.056 0.792 0.148 0.004
#> GSM11464 1 0.5000 0.63850 0.772 0.000 0.100 0.128
#> GSM11465 2 0.6831 0.58803 0.168 0.664 0.140 0.028
#> GSM11466 3 0.6058 0.36697 0.060 0.000 0.604 0.336
#> GSM11467 1 0.3790 0.66432 0.820 0.000 0.016 0.164
#> GSM11468 3 0.6125 0.17749 0.048 0.000 0.516 0.436
#> GSM11469 3 0.7746 0.20227 0.272 0.000 0.440 0.288
#> GSM11470 1 0.1124 0.72683 0.972 0.012 0.004 0.012
#> GSM11471 1 0.5596 0.59703 0.712 0.040 0.232 0.016
#> GSM11472 4 0.7512 0.26969 0.192 0.008 0.264 0.536
#> GSM11473 3 0.6098 0.19651 0.044 0.340 0.608 0.008
#> GSM11474 2 0.2983 0.74120 0.000 0.892 0.068 0.040
#> GSM11475 3 0.5026 0.42020 0.016 0.000 0.672 0.312
#> GSM11476 4 0.6895 0.45581 0.000 0.148 0.276 0.576
#> GSM11477 2 0.0844 0.75072 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM11478 2 0.4072 0.70786 0.000 0.828 0.052 0.120
#> GSM11479 3 0.5271 0.26305 0.000 0.340 0.640 0.020
#> GSM11480 2 0.3791 0.67162 0.004 0.796 0.000 0.200
#> GSM11481 4 0.1909 0.59960 0.048 0.004 0.008 0.940
#> GSM11482 4 0.6352 0.53215 0.000 0.156 0.188 0.656
#> GSM11483 2 0.5894 0.38365 0.000 0.568 0.392 0.040
#> GSM11484 4 0.3800 0.59754 0.004 0.036 0.112 0.848
#> GSM11485 4 0.7028 0.40510 0.000 0.304 0.148 0.548
#> GSM11486 2 0.5159 0.47843 0.000 0.624 0.364 0.012
#> GSM11487 1 0.3721 0.67002 0.816 0.004 0.004 0.176
#> GSM11488 4 0.4677 0.54436 0.000 0.040 0.192 0.768
#> GSM11489 2 0.5143 0.61902 0.000 0.708 0.256 0.036
#> GSM11490 3 0.2732 0.57275 0.012 0.076 0.904 0.008
#> GSM11491 1 0.3399 0.71094 0.868 0.092 0.000 0.040
#> GSM11492 4 0.5360 0.12039 0.012 0.000 0.436 0.552
#> GSM11493 4 0.5464 0.52615 0.000 0.064 0.228 0.708
#> GSM11494 3 0.3266 0.58477 0.000 0.024 0.868 0.108
#> GSM11495 3 0.5228 0.51620 0.000 0.124 0.756 0.120
#> GSM11496 3 0.4827 0.46389 0.020 0.224 0.748 0.008
#> GSM11497 2 0.4656 0.72289 0.112 0.808 0.072 0.008
#> GSM11498 2 0.4687 0.71893 0.084 0.812 0.092 0.012
#> GSM11499 4 0.6375 0.43823 0.000 0.312 0.088 0.600
#> GSM11500 3 0.6141 0.32637 0.000 0.300 0.624 0.076
#> GSM11501 4 0.5221 0.56393 0.000 0.208 0.060 0.732
#> GSM11502 2 0.2089 0.74835 0.020 0.932 0.000 0.048
#> GSM11503 2 0.3411 0.74659 0.008 0.880 0.048 0.064
#> GSM11504 4 0.5997 0.18234 0.048 0.000 0.376 0.576
#> GSM11505 2 0.2847 0.74419 0.004 0.896 0.084 0.016
#> GSM11506 2 0.5121 0.68659 0.000 0.764 0.120 0.116
#> GSM11507 2 0.3751 0.67266 0.000 0.800 0.004 0.196
#> GSM11508 3 0.5343 0.42612 0.028 0.000 0.656 0.316
#> GSM11509 3 0.2174 0.59059 0.000 0.052 0.928 0.020
#> GSM11510 2 0.4599 0.64352 0.000 0.760 0.028 0.212
#> GSM11511 1 0.7555 0.37172 0.512 0.152 0.324 0.012
#> GSM11512 4 0.3568 0.58975 0.004 0.024 0.116 0.856
#> GSM11513 3 0.4379 0.55921 0.036 0.000 0.792 0.172
#> GSM11514 4 0.4922 0.51843 0.036 0.228 0.000 0.736
#> GSM11515 3 0.4182 0.55228 0.000 0.024 0.796 0.180
#> GSM11516 1 0.6124 0.21349 0.556 0.404 0.020 0.020
#> GSM11517 3 0.5979 0.45959 0.076 0.000 0.652 0.272
#> GSM11518 3 0.3725 0.56178 0.060 0.076 0.860 0.004
#> GSM11519 1 0.3435 0.70831 0.864 0.100 0.000 0.036
#> GSM11520 1 0.2546 0.70855 0.900 0.000 0.008 0.092
#> GSM11521 4 0.5051 0.59635 0.000 0.132 0.100 0.768
#> GSM11522 1 0.4915 0.65035 0.776 0.012 0.172 0.040
#> GSM11523 1 0.3355 0.67915 0.836 0.004 0.160 0.000
#> GSM11524 4 0.5943 0.18462 0.048 0.000 0.360 0.592
#> GSM11525 2 0.3631 0.71192 0.004 0.824 0.168 0.004
#> GSM11526 3 0.5805 0.29790 0.036 0.000 0.576 0.388
#> GSM11527 2 0.5798 0.62905 0.000 0.704 0.184 0.112
#> GSM11528 2 0.2899 0.73013 0.004 0.880 0.004 0.112
#> GSM11529 2 0.6149 0.60916 0.192 0.696 0.100 0.012
#> GSM11530 3 0.7192 0.17088 0.388 0.000 0.472 0.140
#> GSM11531 2 0.5603 0.67399 0.088 0.744 0.156 0.012
#> GSM11532 3 0.7052 0.21350 0.128 0.000 0.500 0.372
#> GSM11533 2 0.6192 0.53125 0.268 0.656 0.064 0.012
#> GSM11534 2 0.8114 0.03263 0.396 0.408 0.024 0.172
#> GSM11535 2 0.5721 0.66514 0.132 0.740 0.116 0.012
#> GSM11536 4 0.3695 0.59668 0.000 0.156 0.016 0.828
#> GSM11537 2 0.3015 0.73384 0.024 0.884 0.000 0.092
#> GSM11538 4 0.4782 0.57360 0.068 0.152 0.000 0.780
#> GSM11539 2 0.2719 0.75183 0.024 0.916 0.040 0.020
#> GSM11540 2 0.3219 0.72496 0.000 0.868 0.020 0.112
#> GSM11541 4 0.5850 0.44701 0.244 0.000 0.080 0.676
#> GSM11542 2 0.3529 0.70582 0.012 0.836 0.000 0.152
#> GSM11543 3 0.8189 0.19265 0.028 0.288 0.480 0.204
#> GSM11544 1 0.2156 0.72227 0.928 0.060 0.004 0.008
#> GSM11545 1 0.5494 0.61765 0.716 0.208 0.000 0.076
#> GSM11546 2 0.6638 0.34926 0.024 0.532 0.404 0.040
#> GSM11547 3 0.6447 -0.12989 0.068 0.448 0.484 0.000
#> GSM11548 3 0.2441 0.60312 0.012 0.004 0.916 0.068
#> GSM11549 1 0.5026 0.50479 0.672 0.000 0.312 0.016
#> GSM11550 1 0.6042 0.54786 0.672 0.000 0.224 0.104
#> GSM11551 3 0.4719 0.56665 0.116 0.048 0.812 0.024
#> GSM11552 4 0.7710 -0.06555 0.224 0.000 0.368 0.408
#> GSM11553 2 0.3205 0.73044 0.024 0.872 0.000 0.104
#> GSM11554 2 0.1902 0.74310 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM11555 4 0.3881 0.54441 0.172 0.016 0.000 0.812
#> GSM11556 1 0.7507 0.18473 0.480 0.000 0.204 0.316
#> GSM11557 2 0.3795 0.73605 0.060 0.856 0.080 0.004
#> GSM11558 2 0.4584 0.55152 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM11559 2 0.2670 0.74312 0.052 0.908 0.000 0.040
#> GSM11560 1 0.4245 0.68344 0.820 0.000 0.064 0.116
#> GSM11561 2 0.4608 0.54939 0.004 0.692 0.000 0.304
#> GSM11562 2 0.2675 0.73292 0.008 0.892 0.000 0.100
#> GSM11563 1 0.5957 0.66840 0.740 0.148 0.044 0.068
#> GSM11564 1 0.7289 0.31884 0.520 0.116 0.012 0.352
#> GSM11565 1 0.3763 0.70452 0.856 0.104 0.028 0.012
#> GSM11566 2 0.5168 0.10304 0.004 0.500 0.000 0.496
#> GSM11567 4 0.3240 0.60783 0.020 0.028 0.060 0.892
#> GSM11568 1 0.6483 0.33987 0.592 0.336 0.060 0.012
#> GSM11569 2 0.3300 0.71064 0.008 0.848 0.000 0.144
#> GSM11570 4 0.7611 0.13757 0.268 0.000 0.256 0.476
#> GSM11571 1 0.3317 0.70520 0.868 0.112 0.012 0.008
#> GSM11572 4 0.6248 -0.03641 0.044 0.472 0.004 0.480
#> GSM11573 1 0.7529 0.23148 0.460 0.196 0.000 0.344
#> GSM11574 2 0.4244 0.67585 0.168 0.800 0.000 0.032
#> GSM11575 1 0.7818 0.35816 0.500 0.276 0.212 0.012
#> GSM11576 1 0.1369 0.72666 0.964 0.004 0.016 0.016
#> GSM11577 1 0.6737 0.30557 0.532 0.368 0.000 0.100
#> GSM11578 1 0.5718 0.38098 0.624 0.344 0.012 0.020
#> GSM11579 4 0.6075 0.56423 0.000 0.148 0.168 0.684
#> GSM11580 2 0.5756 0.10970 0.452 0.524 0.004 0.020
#> GSM11581 3 0.5768 0.11163 0.028 0.000 0.516 0.456
#> GSM11582 4 0.6028 0.40324 0.280 0.000 0.076 0.644
#> GSM11583 3 0.7250 0.35959 0.236 0.000 0.544 0.220
#> GSM11584 4 0.4584 0.41842 0.000 0.004 0.300 0.696
#> GSM11585 2 0.2958 0.74237 0.072 0.896 0.028 0.004
#> GSM11586 1 0.3631 0.67565 0.824 0.004 0.004 0.168
#> GSM11587 1 0.2266 0.71804 0.912 0.004 0.084 0.000
#> GSM11588 1 0.5979 0.60458 0.692 0.172 0.000 0.136
#> GSM11589 4 0.7080 0.33525 0.236 0.196 0.000 0.568
#> GSM11590 1 0.2845 0.71740 0.896 0.028 0.000 0.076
#> GSM11591 2 0.3808 0.67721 0.184 0.808 0.004 0.004
#> GSM11592 1 0.6162 0.46840 0.620 0.000 0.304 0.076
#> GSM11593 1 0.2675 0.72263 0.908 0.044 0.000 0.048
#> GSM11594 1 0.2596 0.71165 0.908 0.000 0.024 0.068
#> GSM11595 1 0.7949 0.42316 0.520 0.248 0.208 0.024
#> GSM11596 2 0.7613 0.61219 0.156 0.628 0.136 0.080
#> GSM11597 3 0.3048 0.58621 0.108 0.000 0.876 0.016
#> GSM11598 1 0.2466 0.72181 0.916 0.028 0.000 0.056
#> GSM11599 3 0.6510 0.29226 0.080 0.000 0.540 0.380
#> GSM11600 4 0.4315 0.53874 0.172 0.008 0.020 0.800
#> GSM11601 3 0.6300 -0.00132 0.044 0.404 0.544 0.008
#> GSM11602 1 0.3320 0.70547 0.876 0.000 0.068 0.056
#> GSM11603 1 0.1854 0.72445 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM11604 3 0.7238 0.33865 0.304 0.000 0.524 0.172
#> GSM11605 4 0.3934 0.55652 0.116 0.000 0.048 0.836
#> GSM11606 2 0.4711 0.60044 0.236 0.740 0.000 0.024
#> GSM11607 1 0.2214 0.72491 0.928 0.044 0.000 0.028
#> GSM11608 1 0.6592 0.40660 0.600 0.000 0.116 0.284
#> GSM11609 4 0.3625 0.60897 0.004 0.120 0.024 0.852
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.647 0.36265 0.136 0.128 0.664 0.048 0.024
#> GSM11438 2 0.587 0.64164 0.000 0.688 0.144 0.108 0.060
#> GSM11439 5 0.351 0.54858 0.024 0.044 0.080 0.000 0.852
#> GSM11440 5 0.782 0.21719 0.084 0.000 0.196 0.320 0.400
#> GSM11441 5 0.538 0.50553 0.024 0.000 0.200 0.080 0.696
#> GSM11442 5 0.591 0.48556 0.000 0.028 0.228 0.100 0.644
#> GSM11443 2 0.544 0.61708 0.000 0.684 0.096 0.016 0.204
#> GSM11444 5 0.436 0.51016 0.016 0.000 0.212 0.024 0.748
#> GSM11445 5 0.624 0.28383 0.000 0.012 0.388 0.104 0.496
#> GSM11446 5 0.446 0.42198 0.000 0.004 0.356 0.008 0.632
#> GSM11447 5 0.421 0.54064 0.000 0.028 0.208 0.008 0.756
#> GSM11448 1 0.682 0.27927 0.436 0.188 0.012 0.000 0.364
#> GSM11449 1 0.574 0.37602 0.608 0.016 0.324 0.024 0.028
#> GSM11450 1 0.446 0.54420 0.764 0.012 0.040 0.004 0.180
#> GSM11451 2 0.247 0.72654 0.036 0.908 0.012 0.044 0.000
#> GSM11452 2 0.529 0.43068 0.328 0.620 0.028 0.000 0.024
#> GSM11453 1 0.366 0.58656 0.848 0.076 0.056 0.008 0.012
#> GSM11454 3 0.495 0.24164 0.004 0.008 0.688 0.040 0.260
#> GSM11455 2 0.758 0.01161 0.000 0.420 0.248 0.280 0.052
#> GSM11456 5 0.667 0.09273 0.112 0.324 0.024 0.008 0.532
#> GSM11457 2 0.215 0.73457 0.008 0.928 0.008 0.032 0.024
#> GSM11458 3 0.433 0.47776 0.060 0.004 0.796 0.016 0.124
#> GSM11459 3 0.601 0.28583 0.016 0.000 0.616 0.124 0.244
#> GSM11460 3 0.548 0.35980 0.264 0.012 0.648 0.076 0.000
#> GSM11461 3 0.571 0.43300 0.148 0.084 0.708 0.004 0.056
#> GSM11462 3 0.526 0.49602 0.184 0.000 0.716 0.064 0.036
#> GSM11463 2 0.490 0.67138 0.008 0.736 0.112 0.000 0.144
#> GSM11464 1 0.646 0.41924 0.640 0.000 0.116 0.088 0.156
#> GSM11465 1 0.826 0.21818 0.376 0.216 0.044 0.040 0.324
#> GSM11466 5 0.761 0.34156 0.120 0.000 0.164 0.212 0.504
#> GSM11467 1 0.500 0.15592 0.548 0.000 0.420 0.032 0.000
#> GSM11468 3 0.654 0.21787 0.004 0.000 0.500 0.292 0.204
#> GSM11469 3 0.772 0.28677 0.116 0.000 0.484 0.220 0.180
#> GSM11470 1 0.293 0.53992 0.832 0.004 0.164 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.641 0.25202 0.492 0.020 0.040 0.032 0.416
#> GSM11472 3 0.754 0.26920 0.140 0.008 0.504 0.268 0.080
#> GSM11473 5 0.538 0.41490 0.012 0.240 0.068 0.004 0.676
#> GSM11474 2 0.390 0.71954 0.000 0.824 0.020 0.052 0.104
#> GSM11475 3 0.700 0.04754 0.000 0.020 0.460 0.212 0.308
#> GSM11476 4 0.591 0.57211 0.000 0.084 0.072 0.684 0.160
#> GSM11477 2 0.255 0.72028 0.048 0.904 0.012 0.000 0.036
#> GSM11478 2 0.427 0.69277 0.000 0.792 0.016 0.132 0.060
#> GSM11479 5 0.464 0.52000 0.000 0.148 0.056 0.028 0.768
#> GSM11480 2 0.350 0.67859 0.016 0.816 0.008 0.160 0.000
#> GSM11481 4 0.265 0.60692 0.040 0.000 0.044 0.900 0.016
#> GSM11482 4 0.519 0.61485 0.000 0.080 0.052 0.744 0.124
#> GSM11483 5 0.643 0.37741 0.000 0.260 0.060 0.084 0.596
#> GSM11484 4 0.312 0.62403 0.004 0.008 0.036 0.872 0.080
#> GSM11485 4 0.647 0.52385 0.000 0.216 0.064 0.616 0.104
#> GSM11486 2 0.568 0.41277 0.000 0.564 0.080 0.004 0.352
#> GSM11487 1 0.602 0.34159 0.608 0.016 0.260 0.116 0.000
#> GSM11488 4 0.399 0.61820 0.004 0.020 0.076 0.828 0.072
#> GSM11489 5 0.713 0.29558 0.064 0.268 0.028 0.076 0.564
#> GSM11490 5 0.279 0.55826 0.024 0.020 0.056 0.004 0.896
#> GSM11491 1 0.447 0.56842 0.780 0.076 0.128 0.016 0.000
#> GSM11492 4 0.599 0.25689 0.016 0.000 0.088 0.572 0.324
#> GSM11493 4 0.464 0.59489 0.000 0.036 0.044 0.768 0.152
#> GSM11494 5 0.555 0.50843 0.000 0.024 0.196 0.096 0.684
#> GSM11495 5 0.461 0.54378 0.008 0.028 0.048 0.132 0.784
#> GSM11496 5 0.390 0.53195 0.000 0.108 0.076 0.004 0.812
#> GSM11497 2 0.503 0.70675 0.068 0.764 0.040 0.008 0.120
#> GSM11498 2 0.644 0.52804 0.124 0.584 0.024 0.004 0.264
#> GSM11499 4 0.623 0.48695 0.000 0.260 0.064 0.612 0.064
#> GSM11500 5 0.795 0.26262 0.000 0.252 0.228 0.100 0.420
#> GSM11501 4 0.381 0.61475 0.004 0.136 0.020 0.820 0.020
#> GSM11502 2 0.207 0.73018 0.036 0.928 0.020 0.016 0.000
#> GSM11503 2 0.463 0.68945 0.000 0.760 0.168 0.044 0.028
#> GSM11504 4 0.649 0.17237 0.008 0.000 0.332 0.500 0.160
#> GSM11505 2 0.412 0.71830 0.004 0.824 0.064 0.032 0.076
#> GSM11506 2 0.538 0.65994 0.000 0.732 0.108 0.104 0.056
#> GSM11507 2 0.309 0.68135 0.000 0.836 0.008 0.152 0.004
#> GSM11508 3 0.687 0.05549 0.008 0.000 0.444 0.248 0.300
#> GSM11509 5 0.344 0.55948 0.020 0.000 0.104 0.028 0.848
#> GSM11510 2 0.578 0.44735 0.004 0.604 0.020 0.316 0.056
#> GSM11511 1 0.754 0.31380 0.444 0.064 0.136 0.008 0.348
#> GSM11512 4 0.361 0.61948 0.000 0.016 0.076 0.844 0.064
#> GSM11513 5 0.569 0.21901 0.004 0.000 0.440 0.068 0.488
#> GSM11514 4 0.558 0.57111 0.056 0.168 0.072 0.704 0.000
#> GSM11515 5 0.658 0.32417 0.000 0.024 0.360 0.120 0.496
#> GSM11516 1 0.582 0.38189 0.604 0.292 0.012 0.000 0.092
#> GSM11517 5 0.728 0.09124 0.032 0.000 0.364 0.208 0.396
#> GSM11518 5 0.443 0.53969 0.020 0.032 0.172 0.004 0.772
#> GSM11519 1 0.357 0.57943 0.844 0.068 0.076 0.012 0.000
#> GSM11520 1 0.310 0.55566 0.860 0.000 0.108 0.024 0.008
#> GSM11521 4 0.310 0.63462 0.000 0.044 0.036 0.880 0.040
#> GSM11522 1 0.618 0.42972 0.616 0.000 0.080 0.048 0.256
#> GSM11523 1 0.482 0.46308 0.708 0.004 0.236 0.004 0.048
#> GSM11524 4 0.728 -0.00979 0.036 0.000 0.212 0.444 0.308
#> GSM11525 2 0.433 0.62450 0.000 0.716 0.032 0.000 0.252
#> GSM11526 3 0.684 0.22544 0.008 0.012 0.528 0.220 0.232
#> GSM11527 2 0.608 0.63628 0.000 0.680 0.116 0.104 0.100
#> GSM11528 2 0.449 0.69237 0.004 0.784 0.016 0.132 0.064
#> GSM11529 2 0.621 0.47615 0.224 0.584 0.008 0.000 0.184
#> GSM11530 3 0.580 0.45060 0.140 0.000 0.668 0.024 0.168
#> GSM11531 2 0.556 0.61457 0.064 0.676 0.036 0.000 0.224
#> GSM11532 5 0.785 0.14691 0.076 0.000 0.220 0.332 0.372
#> GSM11533 2 0.518 0.62344 0.164 0.724 0.024 0.000 0.088
#> GSM11534 1 0.798 0.40254 0.508 0.132 0.024 0.116 0.220
#> GSM11535 2 0.554 0.60782 0.116 0.672 0.012 0.000 0.200
#> GSM11536 4 0.226 0.63015 0.016 0.048 0.012 0.920 0.004
#> GSM11537 2 0.468 0.68488 0.112 0.792 0.016 0.044 0.036
#> GSM11538 4 0.619 0.54039 0.064 0.184 0.100 0.652 0.000
#> GSM11539 2 0.367 0.72400 0.012 0.852 0.080 0.032 0.024
#> GSM11540 2 0.330 0.71016 0.000 0.860 0.048 0.080 0.012
#> GSM11541 4 0.631 0.33146 0.204 0.000 0.188 0.592 0.016
#> GSM11542 2 0.580 0.61222 0.044 0.676 0.012 0.220 0.048
#> GSM11543 5 0.745 0.36170 0.192 0.048 0.036 0.160 0.564
#> GSM11544 1 0.419 0.54964 0.780 0.060 0.156 0.000 0.004
#> GSM11545 1 0.611 0.49177 0.632 0.232 0.096 0.040 0.000
#> GSM11546 2 0.683 0.32646 0.000 0.452 0.396 0.040 0.112
#> GSM11547 3 0.719 -0.21414 0.024 0.400 0.404 0.008 0.164
#> GSM11548 5 0.501 0.36766 0.000 0.008 0.408 0.020 0.564
#> GSM11549 3 0.683 -0.07194 0.408 0.004 0.432 0.020 0.136
#> GSM11550 1 0.732 0.23677 0.488 0.000 0.268 0.056 0.188
#> GSM11551 5 0.531 0.45888 0.056 0.000 0.268 0.016 0.660
#> GSM11552 3 0.448 0.53272 0.056 0.012 0.808 0.088 0.036
#> GSM11553 2 0.360 0.71035 0.080 0.856 0.016 0.028 0.020
#> GSM11554 2 0.307 0.72869 0.024 0.888 0.012 0.048 0.028
#> GSM11555 4 0.477 0.56366 0.108 0.028 0.096 0.768 0.000
#> GSM11556 1 0.812 -0.20538 0.340 0.000 0.308 0.252 0.100
#> GSM11557 2 0.408 0.71213 0.048 0.820 0.040 0.000 0.092
#> GSM11558 2 0.452 0.58902 0.012 0.716 0.024 0.248 0.000
#> GSM11559 2 0.628 0.46200 0.264 0.604 0.012 0.016 0.104
#> GSM11560 3 0.500 0.22234 0.340 0.020 0.624 0.016 0.000
#> GSM11561 2 0.473 0.59222 0.008 0.716 0.048 0.228 0.000
#> GSM11562 2 0.511 0.69252 0.076 0.776 0.020 0.056 0.072
#> GSM11563 1 0.686 0.44008 0.596 0.044 0.032 0.080 0.248
#> GSM11564 4 0.737 0.05345 0.368 0.052 0.168 0.412 0.000
#> GSM11565 1 0.453 0.56527 0.772 0.060 0.020 0.000 0.148
#> GSM11566 2 0.581 0.15001 0.004 0.500 0.080 0.416 0.000
#> GSM11567 4 0.347 0.61505 0.016 0.008 0.040 0.860 0.076
#> GSM11568 1 0.574 0.51661 0.660 0.192 0.016 0.000 0.132
#> GSM11569 2 0.296 0.71509 0.020 0.872 0.012 0.096 0.000
#> GSM11570 3 0.516 0.50104 0.072 0.000 0.736 0.152 0.040
#> GSM11571 1 0.659 0.21823 0.436 0.216 0.348 0.000 0.000
#> GSM11572 4 0.676 0.37245 0.092 0.276 0.016 0.576 0.040
#> GSM11573 1 0.709 0.15755 0.448 0.208 0.024 0.320 0.000
#> GSM11574 2 0.519 0.54772 0.248 0.688 0.028 0.004 0.032
#> GSM11575 1 0.802 0.27324 0.400 0.284 0.108 0.000 0.208
#> GSM11576 1 0.488 0.26188 0.572 0.028 0.400 0.000 0.000
#> GSM11577 1 0.565 0.00778 0.484 0.460 0.028 0.028 0.000
#> GSM11578 1 0.550 0.25890 0.576 0.364 0.012 0.000 0.048
#> GSM11579 4 0.722 0.35822 0.000 0.268 0.240 0.460 0.032
#> GSM11580 2 0.577 0.52371 0.232 0.648 0.100 0.020 0.000
#> GSM11581 4 0.726 -0.17874 0.028 0.000 0.220 0.380 0.372
#> GSM11582 4 0.666 -0.04016 0.156 0.000 0.416 0.416 0.012
#> GSM11583 3 0.454 0.50573 0.056 0.040 0.816 0.040 0.048
#> GSM11584 4 0.439 0.54024 0.000 0.000 0.076 0.756 0.168
#> GSM11585 2 0.419 0.67444 0.108 0.800 0.012 0.000 0.080
#> GSM11586 1 0.522 0.50592 0.724 0.000 0.032 0.168 0.076
#> GSM11587 1 0.494 0.39489 0.648 0.004 0.308 0.000 0.040
#> GSM11588 1 0.522 0.55695 0.744 0.128 0.016 0.096 0.016
#> GSM11589 4 0.827 0.17971 0.152 0.312 0.188 0.348 0.000
#> GSM11590 1 0.315 0.57643 0.880 0.016 0.056 0.040 0.008
#> GSM11591 2 0.395 0.66730 0.156 0.800 0.020 0.000 0.024
#> GSM11592 5 0.681 -0.11203 0.420 0.000 0.040 0.108 0.432
#> GSM11593 1 0.233 0.57977 0.908 0.024 0.064 0.004 0.000
#> GSM11594 1 0.428 0.51555 0.788 0.004 0.156 0.020 0.032
#> GSM11595 1 0.715 0.19617 0.428 0.096 0.036 0.020 0.420
#> GSM11596 2 0.589 0.41635 0.036 0.552 0.376 0.032 0.004
#> GSM11597 5 0.500 0.51065 0.060 0.000 0.200 0.020 0.720
#> GSM11598 1 0.388 0.56809 0.820 0.040 0.120 0.020 0.000
#> GSM11599 3 0.734 -0.02989 0.028 0.000 0.388 0.256 0.328
#> GSM11600 4 0.533 0.39481 0.096 0.000 0.260 0.644 0.000
#> GSM11601 5 0.545 0.45345 0.080 0.180 0.028 0.004 0.708
#> GSM11602 3 0.565 -0.11671 0.472 0.004 0.476 0.024 0.024
#> GSM11603 1 0.502 0.30315 0.600 0.004 0.368 0.004 0.024
#> GSM11604 5 0.819 0.08996 0.216 0.000 0.296 0.124 0.364
#> GSM11605 4 0.559 0.38273 0.096 0.004 0.280 0.620 0.000
#> GSM11606 2 0.646 0.20103 0.380 0.500 0.020 0.004 0.096
#> GSM11607 1 0.393 0.53889 0.792 0.040 0.164 0.004 0.000
#> GSM11608 3 0.614 0.37549 0.284 0.000 0.592 0.100 0.024
#> GSM11609 4 0.300 0.62482 0.004 0.092 0.028 0.872 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.881 0.18987 0.168 0.104 0.428 0.064 0.120 0.116
#> GSM11438 2 0.690 0.50288 0.004 0.600 0.100 0.128 0.072 0.096
#> GSM11439 5 0.523 0.43772 0.000 0.040 0.104 0.000 0.676 0.180
#> GSM11440 3 0.754 0.25261 0.008 0.000 0.344 0.208 0.120 0.320
#> GSM11441 5 0.563 0.47622 0.024 0.000 0.128 0.048 0.684 0.116
#> GSM11442 5 0.621 0.33500 0.000 0.004 0.252 0.064 0.568 0.112
#> GSM11443 2 0.511 0.57150 0.000 0.692 0.032 0.008 0.192 0.076
#> GSM11444 5 0.610 0.03216 0.004 0.000 0.384 0.004 0.416 0.192
#> GSM11445 3 0.642 0.28590 0.000 0.004 0.540 0.052 0.232 0.172
#> GSM11446 5 0.501 0.17048 0.000 0.000 0.388 0.008 0.548 0.056
#> GSM11447 5 0.467 0.50131 0.000 0.036 0.148 0.008 0.744 0.064
#> GSM11448 6 0.736 0.23911 0.328 0.072 0.012 0.000 0.244 0.344
#> GSM11449 3 0.685 0.09207 0.312 0.024 0.440 0.016 0.004 0.204
#> GSM11450 1 0.575 0.09358 0.508 0.012 0.044 0.000 0.040 0.396
#> GSM11451 2 0.323 0.65794 0.024 0.848 0.000 0.052 0.000 0.076
#> GSM11452 2 0.518 0.47692 0.248 0.640 0.004 0.004 0.004 0.100
#> GSM11453 1 0.508 0.50329 0.736 0.036 0.020 0.044 0.016 0.148
#> GSM11454 3 0.529 0.34864 0.008 0.004 0.664 0.040 0.236 0.048
#> GSM11455 4 0.889 0.03665 0.008 0.220 0.220 0.236 0.084 0.232
#> GSM11456 6 0.691 0.39650 0.028 0.268 0.012 0.004 0.252 0.436
#> GSM11457 2 0.162 0.66353 0.000 0.940 0.000 0.024 0.024 0.012
#> GSM11458 3 0.335 0.45915 0.068 0.000 0.844 0.000 0.052 0.036
#> GSM11459 3 0.464 0.44074 0.000 0.000 0.740 0.060 0.144 0.056
#> GSM11460 3 0.666 0.07038 0.332 0.004 0.492 0.092 0.012 0.068
#> GSM11461 3 0.588 0.37910 0.112 0.064 0.680 0.000 0.048 0.096
#> GSM11462 3 0.323 0.49311 0.092 0.000 0.848 0.036 0.004 0.020
#> GSM11463 2 0.464 0.62500 0.020 0.772 0.060 0.000 0.084 0.064
#> GSM11464 1 0.659 0.40030 0.576 0.000 0.040 0.040 0.180 0.164
#> GSM11465 6 0.714 0.46674 0.120 0.152 0.052 0.012 0.088 0.576
#> GSM11466 6 0.764 -0.20145 0.032 0.000 0.176 0.092 0.332 0.368
#> GSM11467 1 0.625 0.22355 0.472 0.008 0.392 0.040 0.004 0.084
#> GSM11468 3 0.583 0.45393 0.000 0.000 0.636 0.136 0.080 0.148
#> GSM11469 3 0.649 0.41986 0.028 0.000 0.564 0.100 0.056 0.252
#> GSM11470 1 0.258 0.55849 0.880 0.000 0.072 0.000 0.004 0.044
#> GSM11471 1 0.676 -0.14466 0.368 0.000 0.032 0.004 0.244 0.352
#> GSM11472 3 0.852 0.01398 0.176 0.000 0.320 0.248 0.172 0.084
#> GSM11473 5 0.590 0.22919 0.012 0.216 0.032 0.000 0.612 0.128
#> GSM11474 2 0.265 0.65736 0.000 0.884 0.000 0.028 0.064 0.024
#> GSM11475 3 0.677 0.39840 0.008 0.012 0.580 0.128 0.148 0.124
#> GSM11476 4 0.585 0.49440 0.000 0.080 0.024 0.636 0.216 0.044
#> GSM11477 2 0.309 0.65114 0.028 0.848 0.000 0.000 0.020 0.104
#> GSM11478 2 0.395 0.64589 0.000 0.792 0.000 0.116 0.068 0.024
#> GSM11479 5 0.420 0.43832 0.000 0.112 0.008 0.036 0.788 0.056
#> GSM11480 2 0.317 0.63354 0.004 0.816 0.000 0.156 0.000 0.024
#> GSM11481 4 0.470 0.55005 0.040 0.000 0.028 0.744 0.028 0.160
#> GSM11482 4 0.570 0.54843 0.000 0.068 0.032 0.680 0.156 0.064
#> GSM11483 5 0.574 0.38059 0.000 0.160 0.016 0.128 0.656 0.040
#> GSM11484 4 0.440 0.55901 0.004 0.012 0.012 0.760 0.156 0.056
#> GSM11485 4 0.585 0.46279 0.000 0.160 0.004 0.592 0.220 0.024
#> GSM11486 2 0.584 0.38625 0.000 0.552 0.024 0.008 0.320 0.096
#> GSM11487 1 0.639 0.47337 0.640 0.012 0.080 0.164 0.048 0.056
#> GSM11488 4 0.445 0.56621 0.008 0.012 0.016 0.768 0.140 0.056
#> GSM11489 6 0.746 0.34561 0.008 0.268 0.044 0.024 0.264 0.392
#> GSM11490 5 0.495 0.37471 0.004 0.024 0.052 0.004 0.684 0.232
#> GSM11491 1 0.481 0.52029 0.748 0.048 0.044 0.024 0.000 0.136
#> GSM11492 5 0.628 -0.06498 0.008 0.000 0.052 0.396 0.460 0.084
#> GSM11493 4 0.554 0.40501 0.000 0.024 0.020 0.584 0.324 0.048
#> GSM11494 5 0.427 0.50753 0.000 0.016 0.076 0.096 0.788 0.024
#> GSM11495 5 0.456 0.45053 0.000 0.020 0.020 0.096 0.764 0.100
#> GSM11496 5 0.481 0.41673 0.004 0.088 0.036 0.008 0.748 0.116
#> GSM11497 2 0.578 0.56709 0.076 0.672 0.020 0.004 0.164 0.064
#> GSM11498 2 0.751 0.08129 0.100 0.416 0.004 0.016 0.292 0.172
#> GSM11499 4 0.630 0.44804 0.004 0.192 0.008 0.552 0.220 0.024
#> GSM11500 5 0.749 0.30577 0.000 0.184 0.108 0.148 0.504 0.056
#> GSM11501 4 0.489 0.58994 0.008 0.048 0.036 0.768 0.056 0.084
#> GSM11502 2 0.224 0.66270 0.020 0.900 0.000 0.008 0.000 0.072
#> GSM11503 2 0.458 0.64011 0.008 0.788 0.072 0.040 0.028 0.064
#> GSM11504 4 0.705 0.33784 0.040 0.000 0.136 0.496 0.272 0.056
#> GSM11505 2 0.347 0.65100 0.000 0.844 0.012 0.032 0.076 0.036
#> GSM11506 2 0.640 0.47553 0.004 0.616 0.028 0.164 0.132 0.056
#> GSM11507 2 0.342 0.63092 0.004 0.812 0.000 0.148 0.008 0.028
#> GSM11508 3 0.625 0.36471 0.000 0.000 0.576 0.132 0.208 0.084
#> GSM11509 5 0.535 0.43455 0.020 0.012 0.108 0.008 0.692 0.160
#> GSM11510 4 0.741 0.04006 0.008 0.352 0.000 0.356 0.140 0.144
#> GSM11511 5 0.760 -0.14124 0.332 0.044 0.048 0.004 0.372 0.200
#> GSM11512 4 0.536 0.53974 0.016 0.012 0.028 0.692 0.192 0.060
#> GSM11513 3 0.572 0.24358 0.000 0.000 0.560 0.048 0.320 0.072
#> GSM11514 4 0.711 0.28323 0.052 0.088 0.036 0.472 0.016 0.336
#> GSM11515 3 0.635 0.30475 0.000 0.004 0.560 0.080 0.244 0.112
#> GSM11516 1 0.616 -0.01150 0.464 0.308 0.000 0.000 0.012 0.216
#> GSM11517 3 0.717 0.34581 0.012 0.000 0.500 0.144 0.176 0.168
#> GSM11518 5 0.702 0.16946 0.028 0.016 0.212 0.008 0.432 0.304
#> GSM11519 1 0.337 0.54635 0.844 0.012 0.016 0.024 0.004 0.100
#> GSM11520 1 0.367 0.55540 0.844 0.008 0.024 0.028 0.032 0.064
#> GSM11521 4 0.347 0.59299 0.000 0.028 0.036 0.852 0.040 0.044
#> GSM11522 1 0.710 0.05961 0.428 0.004 0.112 0.020 0.076 0.360
#> GSM11523 1 0.494 0.52543 0.740 0.008 0.088 0.000 0.076 0.088
#> GSM11524 3 0.764 0.19013 0.000 0.000 0.324 0.252 0.228 0.196
#> GSM11525 2 0.363 0.62843 0.000 0.784 0.004 0.004 0.176 0.032
#> GSM11526 3 0.813 0.07833 0.044 0.028 0.376 0.188 0.300 0.064
#> GSM11527 2 0.662 0.44303 0.000 0.580 0.036 0.160 0.172 0.052
#> GSM11528 2 0.702 0.39362 0.020 0.520 0.004 0.240 0.084 0.132
#> GSM11529 2 0.675 0.39492 0.116 0.552 0.004 0.004 0.184 0.140
#> GSM11530 3 0.550 0.44508 0.044 0.008 0.676 0.008 0.072 0.192
#> GSM11531 2 0.565 0.53262 0.032 0.652 0.012 0.000 0.132 0.172
#> GSM11532 3 0.773 0.26771 0.020 0.000 0.368 0.220 0.116 0.276
#> GSM11533 2 0.504 0.58381 0.128 0.720 0.012 0.000 0.032 0.108
#> GSM11534 1 0.801 -0.04231 0.368 0.024 0.016 0.120 0.160 0.312
#> GSM11535 2 0.635 0.45571 0.084 0.592 0.008 0.000 0.136 0.180
#> GSM11536 4 0.261 0.59304 0.000 0.008 0.004 0.876 0.016 0.096
#> GSM11537 2 0.451 0.59782 0.060 0.736 0.000 0.032 0.000 0.172
#> GSM11538 4 0.638 0.53664 0.052 0.108 0.080 0.636 0.000 0.124
#> GSM11539 2 0.291 0.66186 0.012 0.884 0.028 0.012 0.012 0.052
#> GSM11540 2 0.286 0.66588 0.008 0.876 0.004 0.048 0.004 0.060
#> GSM11541 4 0.691 0.29329 0.284 0.000 0.092 0.512 0.040 0.072
#> GSM11542 2 0.675 0.35896 0.040 0.504 0.004 0.256 0.012 0.184
#> GSM11543 5 0.684 0.23632 0.112 0.004 0.020 0.096 0.556 0.212
#> GSM11544 1 0.463 0.50800 0.748 0.060 0.072 0.000 0.000 0.120
#> GSM11545 1 0.718 0.20810 0.464 0.212 0.044 0.036 0.000 0.244
#> GSM11546 2 0.701 0.32852 0.012 0.484 0.316 0.016 0.096 0.076
#> GSM11547 3 0.730 -0.11760 0.024 0.352 0.404 0.000 0.112 0.108
#> GSM11548 5 0.631 0.10136 0.004 0.024 0.392 0.024 0.472 0.084
#> GSM11549 1 0.700 0.35132 0.472 0.000 0.228 0.004 0.208 0.088
#> GSM11550 1 0.718 0.29339 0.468 0.000 0.100 0.028 0.296 0.108
#> GSM11551 5 0.687 0.35987 0.124 0.016 0.104 0.028 0.600 0.128
#> GSM11552 3 0.253 0.49404 0.052 0.000 0.892 0.044 0.004 0.008
#> GSM11553 2 0.512 0.55972 0.044 0.672 0.000 0.052 0.004 0.228
#> GSM11554 2 0.357 0.64239 0.008 0.804 0.000 0.052 0.000 0.136
#> GSM11555 4 0.611 0.48576 0.112 0.008 0.052 0.620 0.008 0.200
#> GSM11556 1 0.839 0.21558 0.396 0.000 0.172 0.168 0.140 0.124
#> GSM11557 2 0.346 0.65128 0.020 0.844 0.012 0.000 0.064 0.060
#> GSM11558 2 0.399 0.56270 0.004 0.732 0.000 0.224 0.000 0.040
#> GSM11559 2 0.588 0.43381 0.128 0.600 0.000 0.012 0.024 0.236
#> GSM11560 3 0.584 0.08148 0.332 0.024 0.552 0.008 0.004 0.080
#> GSM11561 2 0.492 0.49330 0.004 0.672 0.004 0.240 0.008 0.072
#> GSM11562 2 0.577 0.46269 0.044 0.600 0.000 0.052 0.020 0.284
#> GSM11563 6 0.655 0.01196 0.400 0.020 0.004 0.028 0.112 0.436
#> GSM11564 4 0.824 0.07138 0.340 0.036 0.072 0.372 0.100 0.080
#> GSM11565 1 0.463 0.35019 0.672 0.004 0.004 0.000 0.060 0.260
#> GSM11566 4 0.632 0.17020 0.012 0.376 0.028 0.476 0.004 0.104
#> GSM11567 4 0.426 0.56233 0.008 0.004 0.012 0.780 0.096 0.100
#> GSM11568 1 0.637 0.14324 0.536 0.172 0.004 0.000 0.044 0.244
#> GSM11569 2 0.336 0.65681 0.016 0.836 0.000 0.072 0.000 0.076
#> GSM11570 3 0.387 0.49888 0.072 0.000 0.808 0.092 0.004 0.024
#> GSM11571 1 0.710 0.25352 0.392 0.252 0.276 0.000 0.000 0.080
#> GSM11572 4 0.743 0.28589 0.040 0.248 0.000 0.444 0.060 0.208
#> GSM11573 1 0.743 0.06461 0.316 0.120 0.000 0.304 0.000 0.260
#> GSM11574 2 0.544 0.49248 0.144 0.628 0.004 0.012 0.000 0.212
#> GSM11575 2 0.804 -0.01938 0.292 0.356 0.060 0.000 0.096 0.196
#> GSM11576 1 0.483 0.44163 0.640 0.012 0.288 0.000 0.000 0.060
#> GSM11577 1 0.620 -0.00895 0.456 0.416 0.016 0.052 0.000 0.060
#> GSM11578 2 0.687 0.02117 0.344 0.380 0.020 0.004 0.012 0.240
#> GSM11579 4 0.756 0.39480 0.000 0.240 0.172 0.460 0.060 0.068
#> GSM11580 2 0.566 0.48099 0.256 0.620 0.060 0.000 0.008 0.056
#> GSM11581 3 0.770 0.16151 0.008 0.000 0.352 0.212 0.272 0.156
#> GSM11582 3 0.726 -0.02213 0.204 0.000 0.356 0.352 0.008 0.080
#> GSM11583 3 0.431 0.44624 0.048 0.028 0.804 0.008 0.032 0.080
#> GSM11584 4 0.602 0.39316 0.000 0.004 0.068 0.604 0.220 0.104
#> GSM11585 2 0.366 0.63641 0.052 0.824 0.004 0.000 0.028 0.092
#> GSM11586 1 0.590 0.43597 0.648 0.000 0.016 0.080 0.080 0.176
#> GSM11587 1 0.424 0.53467 0.760 0.000 0.156 0.000 0.028 0.056
#> GSM11588 1 0.596 0.32504 0.556 0.044 0.004 0.092 0.000 0.304
#> GSM11589 4 0.857 0.22594 0.164 0.280 0.172 0.292 0.000 0.092
#> GSM11590 1 0.344 0.53943 0.840 0.004 0.020 0.028 0.008 0.100
#> GSM11591 2 0.406 0.60788 0.080 0.768 0.004 0.000 0.004 0.144
#> GSM11592 1 0.718 0.00428 0.364 0.000 0.020 0.044 0.348 0.224
#> GSM11593 1 0.251 0.54726 0.896 0.004 0.020 0.012 0.004 0.064
#> GSM11594 1 0.515 0.52500 0.732 0.004 0.048 0.016 0.108 0.092
#> GSM11595 6 0.646 0.42186 0.208 0.052 0.028 0.000 0.128 0.584
#> GSM11596 2 0.753 0.29010 0.036 0.448 0.328 0.040 0.048 0.100
#> GSM11597 5 0.660 0.23084 0.028 0.000 0.304 0.008 0.456 0.204
#> GSM11598 1 0.428 0.51613 0.764 0.020 0.052 0.008 0.000 0.156
#> GSM11599 3 0.686 0.33544 0.004 0.000 0.516 0.112 0.204 0.164
#> GSM11600 4 0.620 0.42628 0.100 0.000 0.192 0.600 0.004 0.104
#> GSM11601 6 0.720 0.28973 0.012 0.180 0.076 0.000 0.336 0.396
#> GSM11602 1 0.531 0.42771 0.600 0.000 0.304 0.000 0.028 0.068
#> GSM11603 1 0.438 0.52297 0.732 0.000 0.192 0.000 0.020 0.056
#> GSM11604 3 0.781 0.16437 0.124 0.000 0.392 0.028 0.244 0.212
#> GSM11605 4 0.595 0.40403 0.124 0.004 0.208 0.616 0.004 0.044
#> GSM11606 2 0.616 0.27470 0.172 0.512 0.004 0.004 0.012 0.296
#> GSM11607 1 0.382 0.54558 0.820 0.032 0.072 0.008 0.000 0.068
#> GSM11608 3 0.465 0.48938 0.112 0.000 0.748 0.080 0.000 0.060
#> GSM11609 4 0.397 0.59041 0.004 0.036 0.036 0.820 0.020 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:NMF 158 0.01885 2
#> MAD:NMF 137 0.09590 3
#> MAD:NMF 111 0.00897 4
#> MAD:NMF 85 0.12391 5
#> MAD:NMF 54 0.24352 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.178 0.646 0.812 0.4311 0.501 0.501
#> 3 3 0.218 0.601 0.744 0.3267 0.729 0.545
#> 4 4 0.296 0.322 0.608 0.1950 0.819 0.613
#> 5 5 0.370 0.397 0.610 0.0915 0.791 0.461
#> 6 6 0.440 0.409 0.621 0.0520 0.950 0.792
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.3274 0.7360 0.940 0.060
#> GSM11438 2 1.0000 -0.2287 0.496 0.504
#> GSM11439 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11440 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11441 1 0.7602 0.7539 0.780 0.220
#> GSM11442 1 0.9998 0.2816 0.508 0.492
#> GSM11443 1 0.0672 0.7061 0.992 0.008
#> GSM11444 1 0.7376 0.7577 0.792 0.208
#> GSM11445 1 0.8207 0.7345 0.744 0.256
#> GSM11446 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11447 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11448 1 0.9000 0.6818 0.684 0.316
#> GSM11449 1 0.8016 0.7428 0.756 0.244
#> GSM11450 1 0.7950 0.7451 0.760 0.240
#> GSM11451 2 0.3431 0.7933 0.064 0.936
#> GSM11452 2 0.7602 0.6695 0.220 0.780
#> GSM11453 2 0.9850 0.0350 0.428 0.572
#> GSM11454 1 0.2043 0.7209 0.968 0.032
#> GSM11455 2 0.2778 0.7955 0.048 0.952
#> GSM11456 2 0.9775 0.1585 0.412 0.588
#> GSM11457 1 0.9775 0.5056 0.588 0.412
#> GSM11458 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.5408 0.7593 0.876 0.124
#> GSM11460 1 0.6048 0.7635 0.852 0.148
#> GSM11461 1 0.3584 0.7403 0.932 0.068
#> GSM11462 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> GSM11463 1 0.5178 0.7531 0.884 0.116
#> GSM11464 1 1.0000 0.3053 0.504 0.496
#> GSM11465 2 0.2236 0.7987 0.036 0.964
#> GSM11466 2 0.0672 0.7947 0.008 0.992
#> GSM11467 2 0.0938 0.7946 0.012 0.988
#> GSM11468 2 0.2603 0.7939 0.044 0.956
#> GSM11469 2 0.2603 0.7939 0.044 0.956
#> GSM11470 1 0.9993 0.3439 0.516 0.484
#> GSM11471 1 0.9993 0.3448 0.516 0.484
#> GSM11472 1 0.9000 0.6829 0.684 0.316
#> GSM11473 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11474 1 0.9933 0.3821 0.548 0.452
#> GSM11475 1 0.8207 0.7345 0.744 0.256
#> GSM11476 2 0.9850 0.0624 0.428 0.572
#> GSM11477 2 0.9732 0.1994 0.404 0.596
#> GSM11478 2 0.1633 0.7967 0.024 0.976
#> GSM11479 1 0.7453 0.7581 0.788 0.212
#> GSM11480 2 0.1184 0.7962 0.016 0.984
#> GSM11481 2 0.2236 0.7986 0.036 0.964
#> GSM11482 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11483 1 0.9866 0.4621 0.568 0.432
#> GSM11484 2 0.5946 0.7426 0.144 0.856
#> GSM11485 2 0.6438 0.7282 0.164 0.836
#> GSM11486 1 0.9087 0.6611 0.676 0.324
#> GSM11487 1 0.9732 0.5459 0.596 0.404
#> GSM11488 2 0.5946 0.7426 0.144 0.856
#> GSM11489 2 0.9909 0.0139 0.444 0.556
#> GSM11490 1 0.7376 0.7577 0.792 0.208
#> GSM11491 1 0.9922 0.4447 0.552 0.448
#> GSM11492 1 0.9393 0.6413 0.644 0.356
#> GSM11493 2 0.7376 0.6791 0.208 0.792
#> GSM11494 1 0.6973 0.7625 0.812 0.188
#> GSM11495 1 0.9580 0.5708 0.620 0.380
#> GSM11496 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11497 1 0.5178 0.7531 0.884 0.116
#> GSM11498 1 0.9087 0.6703 0.676 0.324
#> GSM11499 1 0.9815 0.4867 0.580 0.420
#> GSM11500 1 0.0376 0.7034 0.996 0.004
#> GSM11501 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11502 2 0.8955 0.5076 0.312 0.688
#> GSM11503 1 0.5842 0.7611 0.860 0.140
#> GSM11504 1 0.7883 0.7476 0.764 0.236
#> GSM11505 1 0.1414 0.7138 0.980 0.020
#> GSM11506 1 0.5294 0.7577 0.880 0.120
#> GSM11507 2 0.8955 0.5076 0.312 0.688
#> GSM11508 1 0.6623 0.7636 0.828 0.172
#> GSM11509 1 0.7219 0.7602 0.800 0.200
#> GSM11510 1 0.9209 0.6545 0.664 0.336
#> GSM11511 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11512 2 0.2236 0.7988 0.036 0.964
#> GSM11513 1 0.5408 0.7593 0.876 0.124
#> GSM11514 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11515 1 0.7139 0.7616 0.804 0.196
#> GSM11516 2 0.7528 0.6729 0.216 0.784
#> GSM11517 1 0.9129 0.6748 0.672 0.328
#> GSM11518 1 0.7602 0.7531 0.780 0.220
#> GSM11519 2 0.9996 -0.2491 0.488 0.512
#> GSM11520 1 0.9896 0.4659 0.560 0.440
#> GSM11521 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11522 1 0.8386 0.7259 0.732 0.268
#> GSM11523 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11524 2 0.0672 0.7947 0.008 0.992
#> GSM11525 2 0.8443 0.5777 0.272 0.728
#> GSM11526 1 0.6623 0.7613 0.828 0.172
#> GSM11527 1 0.9087 0.6517 0.676 0.324
#> GSM11528 2 0.9358 0.3728 0.352 0.648
#> GSM11529 2 0.8443 0.5777 0.272 0.728
#> GSM11530 1 0.8207 0.7345 0.744 0.256
#> GSM11531 1 0.4690 0.7501 0.900 0.100
#> GSM11532 1 0.8713 0.7081 0.708 0.292
#> GSM11533 1 0.9427 0.5913 0.640 0.360
#> GSM11534 2 0.9044 0.4712 0.320 0.680
#> GSM11535 1 0.6887 0.7518 0.816 0.184
#> GSM11536 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11537 2 0.0672 0.7944 0.008 0.992
#> GSM11538 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11539 1 0.8499 0.7038 0.724 0.276
#> GSM11540 2 0.2778 0.7955 0.048 0.952
#> GSM11541 1 0.9580 0.5684 0.620 0.380
#> GSM11542 2 0.9358 0.3728 0.352 0.648
#> GSM11543 1 0.9170 0.6644 0.668 0.332
#> GSM11544 1 0.9909 0.4567 0.556 0.444
#> GSM11545 1 0.9944 0.4241 0.544 0.456
#> GSM11546 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11547 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11548 1 0.4298 0.7491 0.912 0.088
#> GSM11549 1 0.4939 0.7566 0.892 0.108
#> GSM11550 1 0.9044 0.6780 0.680 0.320
#> GSM11551 1 0.5408 0.7606 0.876 0.124
#> GSM11552 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> GSM11553 2 0.1414 0.7974 0.020 0.980
#> GSM11554 2 0.0672 0.7944 0.008 0.992
#> GSM11555 2 0.2236 0.7990 0.036 0.964
#> GSM11556 1 0.9323 0.6463 0.652 0.348
#> GSM11557 1 0.4939 0.7533 0.892 0.108
#> GSM11558 2 0.0938 0.7952 0.012 0.988
#> GSM11559 2 0.7528 0.6648 0.216 0.784
#> GSM11560 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0938 0.7952 0.012 0.988
#> GSM11562 2 0.0376 0.7926 0.004 0.996
#> GSM11563 2 0.2948 0.7969 0.052 0.948
#> GSM11564 1 0.9661 0.5702 0.608 0.392
#> GSM11565 1 0.9491 0.6111 0.632 0.368
#> GSM11566 2 0.4298 0.7838 0.088 0.912
#> GSM11567 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11568 2 0.9896 0.0321 0.440 0.560
#> GSM11569 2 0.0672 0.7944 0.008 0.992
#> GSM11570 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> GSM11571 2 0.9922 -0.0278 0.448 0.552
#> GSM11572 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11573 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11574 2 0.6048 0.7415 0.148 0.852
#> GSM11575 1 0.7674 0.7547 0.776 0.224
#> GSM11576 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11577 2 0.6343 0.7354 0.160 0.840
#> GSM11578 2 0.6438 0.7283 0.164 0.836
#> GSM11579 2 0.4298 0.7838 0.088 0.912
#> GSM11580 2 0.7815 0.6530 0.232 0.768
#> GSM11581 2 0.7139 0.6801 0.196 0.804
#> GSM11582 2 0.0376 0.7924 0.004 0.996
#> GSM11583 1 0.2423 0.7257 0.960 0.040
#> GSM11584 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11585 2 0.7602 0.6692 0.220 0.780
#> GSM11586 2 0.2423 0.7944 0.040 0.960
#> GSM11587 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11588 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11589 2 0.4939 0.7707 0.108 0.892
#> GSM11590 2 0.4815 0.7726 0.104 0.896
#> GSM11591 2 0.7376 0.6779 0.208 0.792
#> GSM11592 2 0.9580 0.2465 0.380 0.620
#> GSM11593 2 0.9087 0.4262 0.324 0.676
#> GSM11594 1 1.0000 0.3053 0.504 0.496
#> GSM11595 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
#> GSM11596 2 0.9922 -0.0278 0.448 0.552
#> GSM11597 1 0.9866 0.4841 0.568 0.432
#> GSM11598 1 0.9954 0.4131 0.540 0.460
#> GSM11599 2 0.2603 0.7939 0.044 0.956
#> GSM11600 2 0.4815 0.7758 0.104 0.896
#> GSM11601 1 0.9866 0.4844 0.568 0.432
#> GSM11602 1 0.4161 0.7481 0.916 0.084
#> GSM11603 1 0.0000 0.7007 1.000 0.000
#> GSM11604 1 0.9998 0.3164 0.508 0.492
#> GSM11605 2 0.1414 0.7966 0.020 0.980
#> GSM11606 2 0.6048 0.7415 0.148 0.852
#> GSM11607 1 0.9954 0.4131 0.540 0.460
#> GSM11608 1 0.4161 0.7481 0.916 0.084
#> GSM11609 2 0.0000 0.7910 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.620 0.52466 0.424 0.000 0.576
#> GSM11438 1 0.707 0.59740 0.700 0.228 0.072
#> GSM11439 3 0.484 0.79265 0.224 0.000 0.776
#> GSM11440 2 0.263 0.79540 0.084 0.916 0.000
#> GSM11441 1 0.321 0.64907 0.904 0.012 0.084
#> GSM11442 1 0.693 0.59273 0.700 0.240 0.060
#> GSM11443 3 0.631 0.39214 0.492 0.000 0.508
#> GSM11444 1 0.468 0.61821 0.832 0.020 0.148
#> GSM11445 1 0.350 0.67099 0.900 0.028 0.072
#> GSM11446 3 0.435 0.80255 0.184 0.000 0.816
#> GSM11447 3 0.484 0.79265 0.224 0.000 0.776
#> GSM11448 1 0.378 0.69932 0.892 0.064 0.044
#> GSM11449 1 0.323 0.66591 0.908 0.020 0.072
#> GSM11450 1 0.333 0.66368 0.904 0.020 0.076
#> GSM11451 2 0.630 0.73540 0.248 0.720 0.032
#> GSM11452 2 0.757 0.31039 0.456 0.504 0.040
#> GSM11453 1 0.587 0.46881 0.684 0.312 0.004
#> GSM11454 3 0.599 0.65432 0.368 0.000 0.632
#> GSM11455 2 0.583 0.76511 0.204 0.764 0.032
#> GSM11456 1 0.718 0.42732 0.648 0.304 0.048
#> GSM11457 1 0.659 0.68470 0.756 0.132 0.112
#> GSM11458 3 0.236 0.79302 0.072 0.000 0.928
#> GSM11459 1 0.502 0.45694 0.760 0.000 0.240
#> GSM11460 1 0.566 0.42690 0.712 0.004 0.284
#> GSM11461 3 0.630 0.37583 0.476 0.000 0.524
#> GSM11462 1 0.569 0.46425 0.724 0.008 0.268
#> GSM11463 1 0.607 0.34160 0.676 0.008 0.316
#> GSM11464 1 0.502 0.62351 0.776 0.220 0.004
#> GSM11465 2 0.423 0.80066 0.148 0.844 0.008
#> GSM11466 2 0.312 0.80229 0.108 0.892 0.000
#> GSM11467 2 0.296 0.79623 0.100 0.900 0.000
#> GSM11468 2 0.394 0.78897 0.156 0.844 0.000
#> GSM11469 2 0.394 0.78897 0.156 0.844 0.000
#> GSM11470 1 0.511 0.63310 0.780 0.212 0.008
#> GSM11471 1 0.488 0.63466 0.788 0.208 0.004
#> GSM11472 1 0.397 0.70116 0.884 0.072 0.044
#> GSM11473 3 0.576 0.72260 0.328 0.000 0.672
#> GSM11474 1 0.734 0.63953 0.700 0.192 0.108
#> GSM11475 1 0.350 0.67099 0.900 0.028 0.072
#> GSM11476 1 0.755 0.44702 0.620 0.320 0.060
#> GSM11477 1 0.740 0.36543 0.624 0.324 0.052
#> GSM11478 2 0.547 0.78812 0.176 0.792 0.032
#> GSM11479 1 0.447 0.64402 0.852 0.028 0.120
#> GSM11480 2 0.524 0.78953 0.160 0.808 0.032
#> GSM11481 2 0.361 0.79553 0.112 0.880 0.008
#> GSM11482 2 0.219 0.75716 0.024 0.948 0.028
#> GSM11483 1 0.603 0.66349 0.776 0.164 0.060
#> GSM11484 2 0.676 0.63912 0.288 0.676 0.036
#> GSM11485 2 0.700 0.58932 0.340 0.628 0.032
#> GSM11486 1 0.616 0.67162 0.780 0.092 0.128
#> GSM11487 1 0.448 0.70107 0.844 0.136 0.020
#> GSM11488 2 0.676 0.63912 0.288 0.676 0.036
#> GSM11489 1 0.716 0.49420 0.668 0.276 0.056
#> GSM11490 1 0.468 0.61821 0.832 0.020 0.148
#> GSM11491 1 0.459 0.66837 0.820 0.172 0.008
#> GSM11492 1 0.380 0.70895 0.884 0.092 0.024
#> GSM11493 2 0.702 0.51137 0.344 0.624 0.032
#> GSM11494 1 0.490 0.58464 0.812 0.016 0.172
#> GSM11495 1 0.674 0.67434 0.744 0.156 0.100
#> GSM11496 3 0.579 0.71763 0.332 0.000 0.668
#> GSM11497 1 0.607 0.34160 0.676 0.008 0.316
#> GSM11498 1 0.574 0.68670 0.804 0.096 0.100
#> GSM11499 1 0.606 0.66996 0.776 0.160 0.064
#> GSM11500 3 0.611 0.63028 0.396 0.000 0.604
#> GSM11501 2 0.304 0.76446 0.040 0.920 0.040
#> GSM11502 1 0.764 0.08409 0.556 0.396 0.048
#> GSM11503 1 0.546 0.46361 0.748 0.008 0.244
#> GSM11504 1 0.454 0.63897 0.848 0.028 0.124
#> GSM11505 1 0.628 -0.25976 0.540 0.000 0.460
#> GSM11506 1 0.552 0.40822 0.728 0.004 0.268
#> GSM11507 1 0.766 0.05545 0.548 0.404 0.048
#> GSM11508 1 0.481 0.55914 0.804 0.008 0.188
#> GSM11509 1 0.368 0.63066 0.876 0.008 0.116
#> GSM11510 1 0.582 0.68887 0.800 0.104 0.096
#> GSM11511 3 0.280 0.80171 0.092 0.000 0.908
#> GSM11512 2 0.398 0.80206 0.144 0.852 0.004
#> GSM11513 1 0.502 0.45694 0.760 0.000 0.240
#> GSM11514 2 0.254 0.79486 0.080 0.920 0.000
#> GSM11515 1 0.522 0.58954 0.800 0.024 0.176
#> GSM11516 2 0.748 0.31508 0.460 0.504 0.036
#> GSM11517 1 0.376 0.70583 0.892 0.068 0.040
#> GSM11518 1 0.377 0.64376 0.880 0.016 0.104
#> GSM11519 1 0.520 0.60241 0.760 0.236 0.004
#> GSM11520 1 0.469 0.67438 0.820 0.168 0.012
#> GSM11521 2 0.304 0.76446 0.040 0.920 0.040
#> GSM11522 1 0.397 0.68001 0.884 0.044 0.072
#> GSM11523 3 0.236 0.79302 0.072 0.000 0.928
#> GSM11524 2 0.312 0.80229 0.108 0.892 0.000
#> GSM11525 1 0.756 -0.06336 0.516 0.444 0.040
#> GSM11526 1 0.629 0.46018 0.704 0.024 0.272
#> GSM11527 1 0.671 0.66363 0.748 0.112 0.140
#> GSM11528 1 0.753 0.17509 0.564 0.392 0.044
#> GSM11529 1 0.756 -0.06336 0.516 0.444 0.040
#> GSM11530 1 0.350 0.67099 0.900 0.028 0.072
#> GSM11531 1 0.610 0.33266 0.672 0.008 0.320
#> GSM11532 1 0.390 0.69061 0.888 0.056 0.056
#> GSM11533 1 0.725 0.66203 0.712 0.120 0.168
#> GSM11534 1 0.738 -0.16272 0.516 0.452 0.032
#> GSM11535 1 0.634 0.53766 0.724 0.036 0.240
#> GSM11536 2 0.232 0.75648 0.028 0.944 0.028
#> GSM11537 2 0.466 0.79739 0.124 0.844 0.032
#> GSM11538 2 0.219 0.75747 0.024 0.948 0.028
#> GSM11539 1 0.665 0.64850 0.744 0.084 0.172
#> GSM11540 2 0.597 0.75724 0.216 0.752 0.032
#> GSM11541 1 0.711 0.64802 0.720 0.168 0.112
#> GSM11542 1 0.753 0.17509 0.564 0.392 0.044
#> GSM11543 1 0.328 0.70137 0.908 0.068 0.024
#> GSM11544 1 0.495 0.67030 0.808 0.176 0.016
#> GSM11545 1 0.470 0.66076 0.812 0.180 0.008
#> GSM11546 3 0.280 0.80014 0.092 0.000 0.908
#> GSM11547 3 0.280 0.80014 0.092 0.000 0.908
#> GSM11548 1 0.608 0.23216 0.652 0.004 0.344
#> GSM11549 1 0.603 0.20707 0.624 0.000 0.376
#> GSM11550 1 0.388 0.70007 0.888 0.068 0.044
#> GSM11551 1 0.552 0.42389 0.728 0.004 0.268
#> GSM11552 1 0.569 0.46425 0.724 0.008 0.268
#> GSM11553 2 0.506 0.79960 0.148 0.820 0.032
#> GSM11554 2 0.466 0.79739 0.124 0.844 0.032
#> GSM11555 2 0.385 0.78250 0.108 0.876 0.016
#> GSM11556 1 0.364 0.70602 0.892 0.084 0.024
#> GSM11557 1 0.602 0.36186 0.684 0.008 0.308
#> GSM11558 2 0.506 0.79221 0.148 0.820 0.032
#> GSM11559 2 0.659 0.44702 0.424 0.568 0.008
#> GSM11560 3 0.362 0.80512 0.136 0.000 0.864
#> GSM11561 2 0.506 0.79221 0.148 0.820 0.032
#> GSM11562 2 0.368 0.79353 0.080 0.892 0.028
#> GSM11563 2 0.460 0.79812 0.152 0.832 0.016
#> GSM11564 1 0.428 0.70690 0.856 0.124 0.020
#> GSM11565 1 0.391 0.70725 0.876 0.104 0.020
#> GSM11566 2 0.659 0.69617 0.280 0.688 0.032
#> GSM11567 2 0.219 0.75716 0.024 0.948 0.028
#> GSM11568 1 0.732 0.50697 0.668 0.264 0.068
#> GSM11569 2 0.518 0.79119 0.156 0.812 0.032
#> GSM11570 1 0.569 0.46425 0.724 0.008 0.268
#> GSM11571 1 0.644 0.54291 0.720 0.240 0.040
#> GSM11572 2 0.271 0.79668 0.088 0.912 0.000
#> GSM11573 2 0.263 0.79540 0.084 0.916 0.000
#> GSM11574 2 0.716 0.55123 0.372 0.596 0.032
#> GSM11575 1 0.595 0.60793 0.764 0.040 0.196
#> GSM11576 3 0.362 0.80512 0.136 0.000 0.864
#> GSM11577 2 0.719 0.56217 0.356 0.608 0.036
#> GSM11578 2 0.728 0.48697 0.404 0.564 0.032
#> GSM11579 2 0.659 0.69617 0.280 0.688 0.032
#> GSM11580 2 0.749 0.26342 0.468 0.496 0.036
#> GSM11581 2 0.623 0.56408 0.340 0.652 0.008
#> GSM11582 2 0.280 0.79603 0.092 0.908 0.000
#> GSM11583 3 0.581 0.64730 0.336 0.000 0.664
#> GSM11584 2 0.219 0.75716 0.024 0.948 0.028
#> GSM11585 2 0.757 0.32236 0.448 0.512 0.040
#> GSM11586 2 0.412 0.79470 0.168 0.832 0.000
#> GSM11587 3 0.236 0.79302 0.072 0.000 0.928
#> GSM11588 2 0.263 0.79540 0.084 0.916 0.000
#> GSM11589 2 0.636 0.69550 0.280 0.696 0.024
#> GSM11590 2 0.518 0.73240 0.256 0.744 0.000
#> GSM11591 2 0.749 0.29538 0.468 0.496 0.036
#> GSM11592 1 0.614 0.22619 0.596 0.404 0.000
#> GSM11593 1 0.650 -0.00162 0.536 0.460 0.004
#> GSM11594 1 0.502 0.62351 0.776 0.220 0.004
#> GSM11595 2 0.271 0.79778 0.088 0.912 0.000
#> GSM11596 1 0.644 0.54291 0.720 0.240 0.040
#> GSM11597 1 0.478 0.68241 0.820 0.164 0.016
#> GSM11598 1 0.475 0.65724 0.808 0.184 0.008
#> GSM11599 2 0.394 0.79040 0.156 0.844 0.000
#> GSM11600 2 0.538 0.71945 0.236 0.756 0.008
#> GSM11601 1 0.478 0.68361 0.820 0.164 0.016
#> GSM11602 1 0.621 0.04219 0.572 0.000 0.428
#> GSM11603 3 0.236 0.79302 0.072 0.000 0.928
#> GSM11604 1 0.502 0.62606 0.776 0.220 0.004
#> GSM11605 2 0.304 0.78742 0.084 0.908 0.008
#> GSM11606 2 0.716 0.55123 0.372 0.596 0.032
#> GSM11607 1 0.475 0.65724 0.808 0.184 0.008
#> GSM11608 1 0.621 0.04219 0.572 0.000 0.428
#> GSM11609 2 0.129 0.73357 0.000 0.968 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.736 0.3110 0.216 0.260 0.524 0.000
#> GSM11438 1 0.696 -0.0157 0.504 0.400 0.008 0.088
#> GSM11439 3 0.551 0.6184 0.084 0.196 0.720 0.000
#> GSM11440 4 0.297 0.7343 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM11441 1 0.537 0.0563 0.692 0.264 0.044 0.000
#> GSM11442 2 0.714 0.1656 0.408 0.460 0.000 0.132
#> GSM11443 2 0.738 -0.0500 0.168 0.468 0.364 0.000
#> GSM11444 1 0.647 -0.0408 0.608 0.288 0.104 0.000
#> GSM11445 1 0.532 0.0613 0.672 0.296 0.032 0.000
#> GSM11446 3 0.449 0.6536 0.060 0.140 0.800 0.000
#> GSM11447 3 0.551 0.6184 0.084 0.196 0.720 0.000
#> GSM11448 1 0.409 0.2593 0.828 0.136 0.028 0.008
#> GSM11449 1 0.528 0.0881 0.704 0.252 0.044 0.000
#> GSM11450 1 0.536 0.0826 0.700 0.252 0.048 0.000
#> GSM11451 4 0.760 0.5560 0.224 0.308 0.000 0.468
#> GSM11452 1 0.771 -0.0722 0.444 0.308 0.000 0.248
#> GSM11453 1 0.476 0.3443 0.768 0.048 0.000 0.184
#> GSM11454 3 0.682 0.4569 0.212 0.184 0.604 0.000
#> GSM11455 4 0.728 0.6183 0.188 0.284 0.000 0.528
#> GSM11456 1 0.704 0.1817 0.532 0.328 0.000 0.140
#> GSM11457 1 0.660 -0.1003 0.512 0.428 0.036 0.024
#> GSM11458 3 0.000 0.6735 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.734 -0.1766 0.520 0.284 0.196 0.000
#> GSM11460 1 0.792 -0.3707 0.380 0.380 0.236 0.004
#> GSM11461 3 0.762 0.1691 0.244 0.284 0.472 0.000
#> GSM11462 1 0.763 -0.3130 0.440 0.348 0.212 0.000
#> GSM11463 2 0.724 0.5287 0.276 0.536 0.188 0.000
#> GSM11464 1 0.293 0.3750 0.880 0.012 0.000 0.108
#> GSM11465 4 0.547 0.7157 0.220 0.068 0.000 0.712
#> GSM11466 4 0.349 0.7355 0.172 0.004 0.000 0.824
#> GSM11467 4 0.350 0.7334 0.160 0.008 0.000 0.832
#> GSM11468 4 0.416 0.7056 0.224 0.008 0.000 0.768
#> GSM11469 4 0.416 0.7056 0.224 0.008 0.000 0.768
#> GSM11470 1 0.280 0.3753 0.884 0.008 0.000 0.108
#> GSM11471 1 0.261 0.3760 0.896 0.008 0.000 0.096
#> GSM11472 1 0.392 0.2439 0.828 0.148 0.016 0.008
#> GSM11473 3 0.692 0.4300 0.124 0.340 0.536 0.000
#> GSM11474 1 0.705 -0.0589 0.460 0.452 0.020 0.068
#> GSM11475 1 0.530 0.0647 0.676 0.292 0.032 0.000
#> GSM11476 2 0.756 0.1338 0.360 0.444 0.000 0.196
#> GSM11477 1 0.702 0.1431 0.484 0.396 0.000 0.120
#> GSM11478 4 0.703 0.6577 0.156 0.288 0.000 0.556
#> GSM11479 1 0.638 -0.2026 0.556 0.388 0.044 0.012
#> GSM11480 4 0.681 0.6534 0.128 0.300 0.000 0.572
#> GSM11481 4 0.371 0.7261 0.132 0.028 0.000 0.840
#> GSM11482 4 0.295 0.6913 0.024 0.088 0.000 0.888
#> GSM11483 2 0.647 0.3010 0.388 0.536 0.000 0.076
#> GSM11484 4 0.734 0.5177 0.192 0.292 0.000 0.516
#> GSM11485 4 0.760 0.4483 0.216 0.324 0.000 0.460
#> GSM11486 2 0.702 0.4643 0.348 0.560 0.036 0.056
#> GSM11487 1 0.350 0.3347 0.872 0.084 0.008 0.036
#> GSM11488 4 0.734 0.5177 0.192 0.292 0.000 0.516
#> GSM11489 1 0.670 0.1604 0.544 0.356 0.000 0.100
#> GSM11490 1 0.647 -0.0408 0.608 0.288 0.104 0.000
#> GSM11491 1 0.272 0.3695 0.904 0.032 0.000 0.064
#> GSM11492 1 0.489 0.2159 0.764 0.196 0.012 0.028
#> GSM11493 4 0.748 0.3969 0.208 0.300 0.000 0.492
#> GSM11494 1 0.724 -0.3052 0.464 0.408 0.124 0.004
#> GSM11495 1 0.694 -0.1694 0.516 0.404 0.028 0.052
#> GSM11496 3 0.695 0.4205 0.124 0.348 0.528 0.000
#> GSM11497 2 0.724 0.5287 0.276 0.536 0.188 0.000
#> GSM11498 1 0.669 -0.3224 0.488 0.448 0.040 0.024
#> GSM11499 2 0.658 0.3176 0.384 0.540 0.004 0.072
#> GSM11500 3 0.726 0.3092 0.156 0.352 0.492 0.000
#> GSM11501 4 0.451 0.7082 0.044 0.168 0.000 0.788
#> GSM11502 1 0.747 0.1377 0.436 0.388 0.000 0.176
#> GSM11503 2 0.735 0.5583 0.320 0.528 0.144 0.008
#> GSM11504 2 0.689 0.3888 0.424 0.492 0.072 0.012
#> GSM11505 2 0.743 0.1296 0.192 0.492 0.316 0.000
#> GSM11506 2 0.726 0.5390 0.292 0.544 0.160 0.004
#> GSM11507 1 0.749 0.1206 0.428 0.392 0.000 0.180
#> GSM11508 1 0.737 -0.3033 0.456 0.400 0.140 0.004
#> GSM11509 1 0.588 -0.0216 0.656 0.276 0.068 0.000
#> GSM11510 1 0.670 -0.2986 0.500 0.436 0.036 0.028
#> GSM11511 3 0.141 0.6841 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM11512 4 0.492 0.7276 0.200 0.048 0.000 0.752
#> GSM11513 1 0.734 -0.1766 0.520 0.284 0.196 0.000
#> GSM11514 4 0.325 0.7380 0.140 0.008 0.000 0.852
#> GSM11515 1 0.738 -0.2791 0.472 0.392 0.128 0.008
#> GSM11516 1 0.770 -0.0754 0.448 0.304 0.000 0.248
#> GSM11517 1 0.469 0.1566 0.704 0.288 0.004 0.004
#> GSM11518 1 0.584 0.0362 0.656 0.280 0.064 0.000
#> GSM11519 1 0.382 0.3699 0.844 0.048 0.000 0.108
#> GSM11520 1 0.291 0.3670 0.896 0.040 0.000 0.064
#> GSM11521 4 0.451 0.7082 0.044 0.168 0.000 0.788
#> GSM11522 1 0.493 0.1344 0.728 0.240 0.032 0.000
#> GSM11523 3 0.000 0.6735 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11524 4 0.331 0.7348 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM11525 1 0.750 0.0869 0.464 0.344 0.000 0.192
#> GSM11526 1 0.765 -0.3602 0.424 0.364 0.212 0.000
#> GSM11527 2 0.717 0.3709 0.412 0.496 0.056 0.036
#> GSM11528 1 0.749 0.1863 0.472 0.336 0.000 0.192
#> GSM11529 1 0.750 0.0869 0.464 0.344 0.000 0.192
#> GSM11530 1 0.527 0.0694 0.680 0.288 0.032 0.000
#> GSM11531 2 0.697 0.5208 0.256 0.576 0.168 0.000
#> GSM11532 1 0.506 0.1488 0.728 0.240 0.024 0.008
#> GSM11533 2 0.702 0.2061 0.436 0.480 0.060 0.024
#> GSM11534 1 0.777 0.0185 0.468 0.232 0.004 0.296
#> GSM11535 2 0.748 0.5258 0.340 0.516 0.128 0.016
#> GSM11536 4 0.294 0.7000 0.032 0.076 0.000 0.892
#> GSM11537 4 0.657 0.6852 0.128 0.256 0.000 0.616
#> GSM11538 4 0.280 0.6861 0.016 0.092 0.000 0.892
#> GSM11539 2 0.726 0.4035 0.420 0.480 0.072 0.028
#> GSM11540 4 0.741 0.6009 0.204 0.288 0.000 0.508
#> GSM11541 2 0.805 0.3953 0.344 0.496 0.064 0.096
#> GSM11542 1 0.749 0.1863 0.472 0.336 0.000 0.192
#> GSM11543 1 0.343 0.2792 0.860 0.120 0.012 0.008
#> GSM11544 1 0.306 0.3691 0.892 0.032 0.004 0.072
#> GSM11545 1 0.245 0.3753 0.912 0.016 0.000 0.072
#> GSM11546 3 0.128 0.6810 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM11547 3 0.128 0.6810 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM11548 1 0.775 -0.2629 0.436 0.260 0.304 0.000
#> GSM11549 1 0.781 -0.3001 0.380 0.252 0.368 0.000
#> GSM11550 1 0.399 0.2613 0.832 0.136 0.024 0.008
#> GSM11551 1 0.746 -0.1951 0.504 0.272 0.224 0.000
#> GSM11552 1 0.763 -0.3130 0.440 0.348 0.212 0.000
#> GSM11553 4 0.681 0.6885 0.156 0.248 0.000 0.596
#> GSM11554 4 0.657 0.6852 0.128 0.256 0.000 0.616
#> GSM11555 4 0.495 0.7241 0.124 0.100 0.000 0.776
#> GSM11556 1 0.405 0.2645 0.824 0.148 0.012 0.016
#> GSM11557 2 0.698 0.5331 0.264 0.572 0.164 0.000
#> GSM11558 4 0.673 0.6695 0.128 0.284 0.000 0.588
#> GSM11559 1 0.668 -0.2364 0.496 0.088 0.000 0.416
#> GSM11560 3 0.249 0.6788 0.048 0.036 0.916 0.000
#> GSM11561 4 0.673 0.6695 0.128 0.284 0.000 0.588
#> GSM11562 4 0.577 0.7212 0.104 0.192 0.000 0.704
#> GSM11563 4 0.565 0.7273 0.164 0.116 0.000 0.720
#> GSM11564 1 0.329 0.3336 0.884 0.072 0.008 0.036
#> GSM11565 1 0.308 0.3255 0.896 0.064 0.012 0.028
#> GSM11566 4 0.762 0.5253 0.228 0.308 0.000 0.464
#> GSM11567 4 0.295 0.6913 0.024 0.088 0.000 0.888
#> GSM11568 1 0.725 0.2008 0.572 0.300 0.024 0.104
#> GSM11569 4 0.699 0.6593 0.160 0.272 0.000 0.568
#> GSM11570 1 0.763 -0.3130 0.440 0.348 0.212 0.000
#> GSM11571 1 0.612 0.2557 0.640 0.276 0.000 0.084
#> GSM11572 4 0.302 0.7339 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM11573 4 0.297 0.7343 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM11574 1 0.768 -0.2980 0.424 0.220 0.000 0.356
#> GSM11575 1 0.730 -0.1426 0.552 0.288 0.152 0.008
#> GSM11576 3 0.249 0.6788 0.048 0.036 0.916 0.000
#> GSM11577 4 0.781 0.3297 0.360 0.252 0.000 0.388
#> GSM11578 1 0.760 -0.2273 0.456 0.212 0.000 0.332
#> GSM11579 4 0.762 0.5253 0.228 0.308 0.000 0.464
#> GSM11580 1 0.775 -0.0432 0.432 0.312 0.000 0.256
#> GSM11581 4 0.556 0.4534 0.392 0.024 0.000 0.584
#> GSM11582 4 0.340 0.7355 0.152 0.008 0.000 0.840
#> GSM11583 3 0.616 0.5019 0.164 0.160 0.676 0.000
#> GSM11584 4 0.295 0.6913 0.024 0.088 0.000 0.888
#> GSM11585 1 0.773 -0.0822 0.440 0.308 0.000 0.252
#> GSM11586 4 0.394 0.7039 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM11587 3 0.000 0.6735 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11588 4 0.297 0.7343 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM11589 4 0.719 0.5841 0.244 0.204 0.000 0.552
#> GSM11590 4 0.464 0.6101 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM11591 1 0.746 -0.0379 0.508 0.240 0.000 0.252
#> GSM11592 1 0.525 0.2754 0.672 0.028 0.000 0.300
#> GSM11593 1 0.504 0.1072 0.628 0.008 0.000 0.364
#> GSM11594 1 0.280 0.3746 0.884 0.008 0.000 0.108
#> GSM11595 4 0.302 0.7369 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM11596 1 0.612 0.2557 0.640 0.276 0.000 0.084
#> GSM11597 1 0.297 0.3641 0.900 0.032 0.008 0.060
#> GSM11598 1 0.240 0.3761 0.912 0.012 0.000 0.076
#> GSM11599 4 0.419 0.7055 0.228 0.008 0.000 0.764
#> GSM11600 4 0.552 0.6295 0.264 0.052 0.000 0.684
#> GSM11601 1 0.342 0.3592 0.880 0.056 0.008 0.056
#> GSM11602 3 0.772 -0.1105 0.348 0.232 0.420 0.000
#> GSM11603 3 0.000 0.6735 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11604 1 0.293 0.3729 0.880 0.012 0.000 0.108
#> GSM11605 4 0.328 0.7299 0.116 0.020 0.000 0.864
#> GSM11606 1 0.768 -0.2980 0.424 0.220 0.000 0.356
#> GSM11607 1 0.240 0.3761 0.912 0.012 0.000 0.076
#> GSM11608 3 0.772 -0.1105 0.348 0.232 0.420 0.000
#> GSM11609 4 0.187 0.6652 0.000 0.072 0.000 0.928
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.6596 0.29017 0.236 0.000 0.456 0.000 0.308
#> GSM11438 2 0.6235 0.10337 0.156 0.544 0.000 0.004 0.296
#> GSM11439 3 0.5350 0.51568 0.040 0.008 0.604 0.004 0.344
#> GSM11440 4 0.3983 0.73230 0.052 0.164 0.000 0.784 0.000
#> GSM11441 1 0.4604 0.48192 0.764 0.068 0.016 0.000 0.152
#> GSM11442 2 0.7276 -0.12890 0.220 0.428 0.000 0.032 0.320
#> GSM11443 5 0.4481 0.32713 0.052 0.012 0.176 0.000 0.760
#> GSM11444 1 0.5930 0.40222 0.664 0.060 0.072 0.000 0.204
#> GSM11445 1 0.4993 0.45762 0.724 0.072 0.016 0.000 0.188
#> GSM11446 3 0.4578 0.62619 0.040 0.004 0.712 0.000 0.244
#> GSM11447 3 0.5350 0.51568 0.040 0.008 0.604 0.004 0.344
#> GSM11448 1 0.4794 0.55171 0.744 0.164 0.012 0.000 0.080
#> GSM11449 1 0.4131 0.49989 0.804 0.060 0.016 0.000 0.120
#> GSM11450 1 0.4225 0.49812 0.800 0.060 0.020 0.000 0.120
#> GSM11451 2 0.4404 0.37980 0.028 0.716 0.000 0.252 0.004
#> GSM11452 2 0.3984 0.53887 0.108 0.816 0.000 0.060 0.016
#> GSM11453 1 0.6336 0.25424 0.488 0.376 0.000 0.128 0.008
#> GSM11454 3 0.6375 0.42812 0.244 0.008 0.556 0.000 0.192
#> GSM11455 2 0.4403 0.29556 0.012 0.668 0.000 0.316 0.004
#> GSM11456 2 0.6189 0.34096 0.260 0.600 0.000 0.024 0.116
#> GSM11457 2 0.6881 -0.06142 0.204 0.472 0.016 0.000 0.308
#> GSM11458 3 0.0324 0.73971 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM11459 1 0.5742 0.33353 0.664 0.016 0.168 0.000 0.152
#> GSM11460 5 0.7273 0.11319 0.380 0.028 0.188 0.004 0.400
#> GSM11461 3 0.6738 0.18271 0.280 0.000 0.412 0.000 0.308
#> GSM11462 1 0.7215 -0.03175 0.452 0.036 0.160 0.004 0.348
#> GSM11463 5 0.5232 0.56002 0.108 0.096 0.044 0.004 0.748
#> GSM11464 1 0.5216 0.42207 0.604 0.344 0.000 0.048 0.004
#> GSM11465 4 0.5290 0.60738 0.076 0.300 0.000 0.624 0.000
#> GSM11466 4 0.4497 0.71963 0.060 0.208 0.000 0.732 0.000
#> GSM11467 4 0.4190 0.73055 0.060 0.172 0.000 0.768 0.000
#> GSM11468 4 0.4951 0.69099 0.100 0.196 0.000 0.704 0.000
#> GSM11469 4 0.4951 0.69099 0.100 0.196 0.000 0.704 0.000
#> GSM11470 1 0.5002 0.42435 0.612 0.344 0.000 0.044 0.000
#> GSM11471 1 0.4880 0.42772 0.616 0.348 0.000 0.036 0.000
#> GSM11472 1 0.5059 0.54148 0.724 0.176 0.004 0.008 0.088
#> GSM11473 5 0.5595 -0.05143 0.048 0.012 0.348 0.004 0.588
#> GSM11474 2 0.6497 0.05108 0.188 0.500 0.004 0.000 0.308
#> GSM11475 1 0.4993 0.45754 0.724 0.072 0.016 0.000 0.188
#> GSM11476 2 0.8086 -0.04244 0.228 0.408 0.000 0.120 0.244
#> GSM11477 2 0.5908 0.39257 0.144 0.656 0.000 0.024 0.176
#> GSM11478 2 0.4218 0.23372 0.000 0.660 0.000 0.332 0.008
#> GSM11479 1 0.6231 0.12438 0.524 0.100 0.016 0.000 0.360
#> GSM11480 2 0.4201 0.24573 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008
#> GSM11481 4 0.4475 0.70901 0.068 0.160 0.000 0.764 0.008
#> GSM11482 4 0.2777 0.61497 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016
#> GSM11483 2 0.6395 -0.28800 0.168 0.424 0.000 0.000 0.408
#> GSM11484 2 0.6858 0.11757 0.092 0.468 0.000 0.384 0.056
#> GSM11485 2 0.7033 0.25836 0.108 0.528 0.000 0.288 0.076
#> GSM11486 5 0.6243 0.49543 0.160 0.264 0.008 0.000 0.568
#> GSM11487 1 0.5405 0.51672 0.636 0.300 0.004 0.012 0.048
#> GSM11488 2 0.6858 0.11757 0.092 0.468 0.000 0.384 0.056
#> GSM11489 2 0.6071 0.25756 0.288 0.568 0.000 0.004 0.140
#> GSM11490 1 0.5930 0.40222 0.664 0.060 0.072 0.000 0.204
#> GSM11491 1 0.5096 0.48885 0.636 0.320 0.000 0.024 0.020
#> GSM11492 1 0.5779 0.50353 0.660 0.200 0.004 0.012 0.124
#> GSM11493 4 0.7696 0.00183 0.128 0.336 0.000 0.424 0.112
#> GSM11494 1 0.7098 -0.02023 0.460 0.064 0.092 0.004 0.380
#> GSM11495 1 0.7400 -0.12104 0.384 0.328 0.012 0.012 0.264
#> GSM11496 5 0.5630 -0.03570 0.052 0.012 0.340 0.004 0.592
#> GSM11497 5 0.5232 0.56002 0.108 0.096 0.044 0.004 0.748
#> GSM11498 5 0.6863 0.24093 0.332 0.260 0.004 0.000 0.404
#> GSM11499 5 0.6396 0.26248 0.168 0.412 0.000 0.000 0.420
#> GSM11500 5 0.5860 0.03242 0.080 0.012 0.340 0.000 0.568
#> GSM11501 4 0.4348 0.42387 0.000 0.316 0.000 0.668 0.016
#> GSM11502 2 0.4322 0.50007 0.076 0.788 0.000 0.012 0.124
#> GSM11503 5 0.4449 0.56940 0.112 0.104 0.008 0.000 0.776
#> GSM11504 5 0.6725 0.33125 0.332 0.100 0.032 0.008 0.528
#> GSM11505 5 0.4091 0.39548 0.052 0.016 0.128 0.000 0.804
#> GSM11506 5 0.3643 0.55013 0.080 0.076 0.008 0.000 0.836
#> GSM11507 2 0.4363 0.50526 0.072 0.788 0.000 0.016 0.124
#> GSM11508 1 0.6957 0.06705 0.492 0.048 0.104 0.004 0.352
#> GSM11509 1 0.5607 0.41299 0.672 0.080 0.028 0.000 0.220
#> GSM11510 5 0.6897 0.23110 0.336 0.272 0.004 0.000 0.388
#> GSM11511 3 0.1947 0.73864 0.016 0.004 0.932 0.004 0.044
#> GSM11512 4 0.5295 0.66432 0.064 0.280 0.000 0.648 0.008
#> GSM11513 1 0.5705 0.33295 0.668 0.016 0.168 0.000 0.148
#> GSM11514 4 0.4028 0.73269 0.048 0.176 0.000 0.776 0.000
#> GSM11515 1 0.6972 0.12060 0.512 0.056 0.100 0.004 0.328
#> GSM11516 2 0.3883 0.53788 0.108 0.820 0.000 0.060 0.012
#> GSM11517 1 0.5050 0.47983 0.700 0.180 0.000 0.000 0.120
#> GSM11518 1 0.4544 0.47680 0.780 0.044 0.040 0.000 0.136
#> GSM11519 1 0.5727 0.38571 0.556 0.372 0.000 0.056 0.016
#> GSM11520 1 0.5163 0.49525 0.636 0.316 0.000 0.024 0.024
#> GSM11521 4 0.4348 0.42387 0.000 0.316 0.000 0.668 0.016
#> GSM11522 1 0.4525 0.50602 0.772 0.084 0.012 0.000 0.132
#> GSM11523 3 0.0324 0.73971 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM11524 4 0.4433 0.72248 0.060 0.200 0.000 0.740 0.000
#> GSM11525 2 0.3698 0.54437 0.104 0.832 0.000 0.012 0.052
#> GSM11526 1 0.7971 -0.18321 0.372 0.120 0.160 0.000 0.348
#> GSM11527 5 0.6946 0.38166 0.224 0.336 0.012 0.000 0.428
#> GSM11528 2 0.6492 0.44433 0.232 0.608 0.000 0.072 0.088
#> GSM11529 2 0.3698 0.54437 0.104 0.832 0.000 0.012 0.052
#> GSM11530 1 0.5016 0.46070 0.724 0.076 0.016 0.000 0.184
#> GSM11531 5 0.4534 0.55766 0.088 0.092 0.024 0.004 0.792
#> GSM11532 1 0.4883 0.50856 0.760 0.108 0.012 0.008 0.112
#> GSM11533 5 0.6823 0.20109 0.156 0.396 0.020 0.000 0.428
#> GSM11534 2 0.7505 0.29676 0.364 0.380 0.000 0.208 0.048
#> GSM11535 5 0.6029 0.54264 0.172 0.152 0.028 0.000 0.648
#> GSM11536 4 0.3183 0.60345 0.000 0.156 0.000 0.828 0.016
#> GSM11537 2 0.4490 0.09239 0.004 0.588 0.000 0.404 0.004
#> GSM11538 4 0.2835 0.61172 0.004 0.112 0.000 0.868 0.016
#> GSM11539 5 0.6805 0.43353 0.184 0.272 0.024 0.000 0.520
#> GSM11540 2 0.4359 0.32912 0.016 0.692 0.000 0.288 0.004
#> GSM11541 5 0.8323 0.37077 0.252 0.204 0.032 0.076 0.436
#> GSM11542 2 0.6492 0.44433 0.232 0.608 0.000 0.072 0.088
#> GSM11543 1 0.4114 0.55392 0.772 0.184 0.004 0.000 0.040
#> GSM11544 1 0.5225 0.47980 0.636 0.312 0.000 0.028 0.024
#> GSM11545 1 0.4906 0.46356 0.640 0.324 0.000 0.028 0.008
#> GSM11546 3 0.1991 0.73293 0.004 0.000 0.916 0.004 0.076
#> GSM11547 3 0.1991 0.73293 0.004 0.000 0.916 0.004 0.076
#> GSM11548 1 0.6285 0.17432 0.548 0.004 0.272 0.000 0.176
#> GSM11549 1 0.6764 0.02156 0.436 0.004 0.328 0.000 0.232
#> GSM11550 1 0.4681 0.55484 0.752 0.164 0.012 0.000 0.072
#> GSM11551 1 0.6101 0.28318 0.612 0.012 0.188 0.000 0.188
#> GSM11552 1 0.7215 -0.03175 0.452 0.036 0.160 0.004 0.348
#> GSM11553 2 0.5299 0.00147 0.040 0.520 0.000 0.436 0.004
#> GSM11554 2 0.4490 0.09239 0.004 0.588 0.000 0.404 0.004
#> GSM11555 4 0.5015 0.59930 0.056 0.252 0.000 0.684 0.008
#> GSM11556 1 0.5454 0.53697 0.684 0.200 0.004 0.008 0.104
#> GSM11557 5 0.4552 0.56237 0.092 0.096 0.020 0.004 0.788
#> GSM11558 2 0.4327 0.19363 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> GSM11559 2 0.6736 0.06801 0.276 0.412 0.000 0.312 0.000
#> GSM11560 3 0.2694 0.72180 0.076 0.000 0.884 0.000 0.040
#> GSM11561 2 0.4327 0.19363 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> GSM11562 4 0.4684 0.23697 0.008 0.452 0.000 0.536 0.004
#> GSM11563 4 0.5186 0.51127 0.052 0.320 0.000 0.624 0.004
#> GSM11564 1 0.5284 0.53185 0.660 0.276 0.004 0.012 0.048
#> GSM11565 1 0.3893 0.55005 0.760 0.224 0.004 0.008 0.004
#> GSM11566 2 0.4542 0.39541 0.020 0.724 0.000 0.236 0.020
#> GSM11567 4 0.2777 0.61497 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016
#> GSM11568 2 0.6562 0.34584 0.216 0.600 0.016 0.016 0.152
#> GSM11569 2 0.4419 0.22737 0.008 0.644 0.000 0.344 0.004
#> GSM11570 1 0.7215 -0.03175 0.452 0.036 0.160 0.004 0.348
#> GSM11571 2 0.6278 0.20886 0.304 0.552 0.000 0.012 0.132
#> GSM11572 4 0.4010 0.73200 0.056 0.160 0.000 0.784 0.000
#> GSM11573 4 0.3944 0.73253 0.052 0.160 0.000 0.788 0.000
#> GSM11574 2 0.5472 0.38841 0.156 0.656 0.000 0.188 0.000
#> GSM11575 1 0.6894 0.31914 0.584 0.084 0.128 0.000 0.204
#> GSM11576 3 0.2694 0.72180 0.076 0.000 0.884 0.000 0.040
#> GSM11577 2 0.5528 0.42185 0.096 0.680 0.000 0.204 0.020
#> GSM11578 2 0.5446 0.40955 0.176 0.660 0.000 0.164 0.000
#> GSM11579 2 0.4542 0.39541 0.020 0.724 0.000 0.236 0.020
#> GSM11580 2 0.5214 0.52923 0.120 0.744 0.000 0.076 0.060
#> GSM11581 4 0.6449 0.37766 0.268 0.204 0.000 0.524 0.004
#> GSM11582 4 0.4059 0.73184 0.052 0.172 0.000 0.776 0.000
#> GSM11583 3 0.5575 0.49697 0.212 0.000 0.640 0.000 0.148
#> GSM11584 4 0.2777 0.61497 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016
#> GSM11585 2 0.4205 0.53450 0.108 0.804 0.000 0.068 0.020
#> GSM11586 4 0.5102 0.66729 0.128 0.176 0.000 0.696 0.000
#> GSM11587 3 0.0324 0.73971 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM11588 4 0.3944 0.73253 0.052 0.160 0.000 0.788 0.000
#> GSM11589 2 0.5782 0.11821 0.064 0.536 0.000 0.388 0.012
#> GSM11590 4 0.6016 0.51254 0.184 0.236 0.000 0.580 0.000
#> GSM11591 2 0.4781 0.47792 0.188 0.728 0.000 0.080 0.004
#> GSM11592 1 0.6718 0.11645 0.460 0.300 0.000 0.236 0.004
#> GSM11593 1 0.6774 -0.00251 0.392 0.320 0.000 0.288 0.000
#> GSM11594 1 0.5230 0.41724 0.600 0.348 0.000 0.048 0.004
#> GSM11595 4 0.4059 0.73290 0.052 0.172 0.000 0.776 0.000
#> GSM11596 2 0.6278 0.20886 0.304 0.552 0.000 0.012 0.132
#> GSM11597 1 0.4645 0.50016 0.672 0.300 0.000 0.016 0.012
#> GSM11598 1 0.4806 0.45725 0.640 0.328 0.000 0.028 0.004
#> GSM11599 4 0.4964 0.68756 0.096 0.204 0.000 0.700 0.000
#> GSM11600 4 0.5970 0.53549 0.148 0.232 0.000 0.612 0.008
#> GSM11601 1 0.5163 0.47717 0.632 0.320 0.000 0.016 0.032
#> GSM11602 1 0.6799 -0.07542 0.388 0.004 0.380 0.000 0.228
#> GSM11603 3 0.0324 0.73971 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM11604 1 0.5309 0.42669 0.604 0.336 0.000 0.056 0.004
#> GSM11605 4 0.3887 0.71999 0.040 0.160 0.000 0.796 0.004
#> GSM11606 2 0.5472 0.38841 0.156 0.656 0.000 0.188 0.000
#> GSM11607 1 0.4806 0.45725 0.640 0.328 0.000 0.028 0.004
#> GSM11608 1 0.6799 -0.07542 0.388 0.004 0.380 0.000 0.228
#> GSM11609 4 0.1331 0.62002 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.7274 0.15507 0.132 0.000 0.384 0.000 0.176 0.308
#> GSM11438 2 0.6572 0.16960 0.080 0.524 0.000 0.000 0.228 0.168
#> GSM11439 3 0.5258 0.40812 0.004 0.000 0.524 0.000 0.384 0.088
#> GSM11440 4 0.3193 0.73459 0.052 0.124 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM11441 1 0.5274 0.33131 0.660 0.040 0.004 0.000 0.068 0.228
#> GSM11442 2 0.6779 0.05060 0.052 0.416 0.000 0.012 0.140 0.380
#> GSM11443 5 0.3153 0.48169 0.000 0.008 0.128 0.000 0.832 0.032
#> GSM11444 1 0.6322 0.08893 0.528 0.016 0.048 0.000 0.092 0.316
#> GSM11445 1 0.5700 0.21956 0.592 0.024 0.016 0.000 0.076 0.292
#> GSM11446 3 0.5238 0.56710 0.008 0.000 0.624 0.000 0.240 0.128
#> GSM11447 3 0.5258 0.40812 0.004 0.000 0.524 0.000 0.384 0.088
#> GSM11448 1 0.4876 0.51623 0.736 0.108 0.008 0.000 0.040 0.108
#> GSM11449 1 0.4619 0.35221 0.736 0.024 0.012 0.000 0.052 0.176
#> GSM11450 1 0.4651 0.34616 0.732 0.024 0.012 0.000 0.052 0.180
#> GSM11451 2 0.3661 0.42995 0.020 0.768 0.000 0.200 0.000 0.012
#> GSM11452 2 0.3733 0.54145 0.128 0.808 0.000 0.040 0.008 0.016
#> GSM11453 1 0.5787 0.42478 0.564 0.268 0.000 0.148 0.000 0.020
#> GSM11454 3 0.7028 0.30038 0.208 0.004 0.492 0.000 0.124 0.172
#> GSM11455 2 0.3652 0.36446 0.000 0.720 0.000 0.264 0.000 0.016
#> GSM11456 2 0.6556 0.38505 0.184 0.580 0.000 0.016 0.088 0.132
#> GSM11457 2 0.7254 0.00698 0.148 0.436 0.008 0.000 0.284 0.124
#> GSM11458 3 0.0146 0.70999 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11459 1 0.6273 0.03426 0.576 0.008 0.148 0.000 0.052 0.216
#> GSM11460 6 0.6973 0.52796 0.196 0.020 0.128 0.000 0.120 0.536
#> GSM11461 3 0.7348 -0.05228 0.160 0.000 0.352 0.000 0.156 0.332
#> GSM11462 6 0.7027 0.56183 0.280 0.016 0.116 0.000 0.104 0.484
#> GSM11463 5 0.4658 0.57666 0.064 0.084 0.024 0.000 0.772 0.056
#> GSM11464 1 0.4936 0.53114 0.672 0.228 0.000 0.080 0.000 0.020
#> GSM11465 4 0.4659 0.61874 0.084 0.260 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM11466 4 0.3903 0.72272 0.060 0.172 0.000 0.764 0.000 0.004
#> GSM11467 4 0.3662 0.73444 0.064 0.128 0.000 0.800 0.000 0.008
#> GSM11468 4 0.4375 0.70134 0.120 0.144 0.000 0.732 0.000 0.004
#> GSM11469 4 0.4375 0.70134 0.120 0.144 0.000 0.732 0.000 0.004
#> GSM11470 1 0.4650 0.53142 0.684 0.232 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM11471 1 0.4726 0.53782 0.680 0.240 0.000 0.064 0.000 0.016
#> GSM11472 1 0.5137 0.50156 0.708 0.124 0.000 0.008 0.036 0.124
#> GSM11473 5 0.3907 0.20380 0.000 0.000 0.268 0.000 0.704 0.028
#> GSM11474 2 0.6726 0.10471 0.128 0.480 0.000 0.000 0.292 0.100
#> GSM11475 1 0.5730 0.22157 0.592 0.024 0.016 0.000 0.080 0.288
#> GSM11476 2 0.7421 0.08461 0.048 0.396 0.000 0.104 0.088 0.364
#> GSM11477 2 0.6074 0.39931 0.116 0.636 0.000 0.020 0.164 0.064
#> GSM11478 2 0.3935 0.31140 0.000 0.692 0.000 0.288 0.008 0.012
#> GSM11479 1 0.7156 -0.12815 0.396 0.076 0.004 0.000 0.228 0.296
#> GSM11480 2 0.3738 0.32608 0.000 0.704 0.000 0.280 0.000 0.016
#> GSM11481 4 0.4125 0.71114 0.068 0.136 0.000 0.776 0.004 0.016
#> GSM11482 4 0.3164 0.60764 0.000 0.120 0.000 0.832 0.004 0.044
#> GSM11483 2 0.6702 -0.13590 0.036 0.380 0.000 0.000 0.252 0.332
#> GSM11484 2 0.6490 0.15246 0.008 0.460 0.000 0.344 0.032 0.156
#> GSM11485 2 0.6580 0.29253 0.020 0.528 0.000 0.252 0.036 0.164
#> GSM11486 5 0.6684 0.27166 0.044 0.236 0.000 0.000 0.436 0.284
#> GSM11487 1 0.5266 0.54631 0.684 0.200 0.000 0.024 0.024 0.068
#> GSM11488 2 0.6490 0.15246 0.008 0.460 0.000 0.344 0.032 0.156
#> GSM11489 2 0.6529 0.33484 0.216 0.536 0.000 0.000 0.084 0.164
#> GSM11490 1 0.6322 0.08893 0.528 0.016 0.048 0.000 0.092 0.316
#> GSM11491 1 0.4870 0.56514 0.704 0.208 0.000 0.048 0.012 0.028
#> GSM11492 1 0.6528 0.40920 0.560 0.152 0.000 0.016 0.056 0.216
#> GSM11493 4 0.6845 -0.02024 0.012 0.328 0.000 0.396 0.028 0.236
#> GSM11494 6 0.7301 0.46090 0.284 0.028 0.072 0.004 0.148 0.464
#> GSM11495 2 0.7539 -0.17918 0.244 0.308 0.000 0.000 0.148 0.300
#> GSM11496 5 0.4002 0.21883 0.000 0.000 0.260 0.000 0.704 0.036
#> GSM11497 5 0.4658 0.57666 0.064 0.084 0.024 0.000 0.772 0.056
#> GSM11498 6 0.7574 0.02152 0.176 0.212 0.000 0.000 0.280 0.332
#> GSM11499 2 0.6715 -0.15743 0.036 0.368 0.000 0.000 0.256 0.340
#> GSM11500 5 0.5302 0.21834 0.036 0.004 0.264 0.000 0.636 0.060
#> GSM11501 4 0.4672 0.34686 0.000 0.340 0.000 0.608 0.004 0.048
#> GSM11502 2 0.4787 0.49330 0.076 0.752 0.000 0.008 0.092 0.072
#> GSM11503 5 0.5100 0.49829 0.036 0.072 0.000 0.000 0.668 0.224
#> GSM11504 6 0.5439 0.33558 0.080 0.060 0.004 0.004 0.168 0.684
#> GSM11505 5 0.2663 0.52983 0.000 0.012 0.084 0.000 0.876 0.028
#> GSM11506 5 0.4091 0.51865 0.004 0.052 0.000 0.000 0.732 0.212
#> GSM11507 2 0.4832 0.49772 0.072 0.752 0.000 0.012 0.092 0.072
#> GSM11508 6 0.7162 0.42618 0.324 0.016 0.080 0.004 0.132 0.444
#> GSM11509 1 0.5866 0.28385 0.596 0.036 0.000 0.000 0.180 0.188
#> GSM11510 6 0.7607 0.01783 0.180 0.224 0.000 0.000 0.272 0.324
#> GSM11511 3 0.1887 0.70931 0.012 0.000 0.924 0.000 0.048 0.016
#> GSM11512 4 0.5036 0.66658 0.056 0.240 0.000 0.672 0.012 0.020
#> GSM11513 1 0.6250 0.03557 0.580 0.008 0.148 0.000 0.052 0.212
#> GSM11514 4 0.3355 0.73537 0.048 0.132 0.000 0.816 0.000 0.004
#> GSM11515 6 0.7380 0.40157 0.340 0.032 0.076 0.004 0.128 0.420
#> GSM11516 2 0.3643 0.54102 0.128 0.812 0.000 0.040 0.008 0.012
#> GSM11517 1 0.5912 0.34542 0.600 0.148 0.000 0.000 0.048 0.204
#> GSM11518 1 0.5383 0.29171 0.676 0.024 0.032 0.000 0.064 0.204
#> GSM11519 1 0.5249 0.51601 0.636 0.264 0.000 0.072 0.004 0.024
#> GSM11520 1 0.4941 0.56607 0.700 0.208 0.000 0.048 0.012 0.032
#> GSM11521 4 0.4672 0.34686 0.000 0.340 0.000 0.608 0.004 0.048
#> GSM11522 1 0.5295 0.33668 0.672 0.040 0.012 0.000 0.060 0.216
#> GSM11523 3 0.0146 0.70999 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11524 4 0.3835 0.72546 0.060 0.164 0.000 0.772 0.000 0.004
#> GSM11525 2 0.4096 0.53717 0.104 0.800 0.000 0.016 0.052 0.028
#> GSM11526 6 0.8328 0.46417 0.212 0.116 0.108 0.000 0.176 0.388
#> GSM11527 5 0.7293 0.24935 0.096 0.324 0.004 0.000 0.368 0.208
#> GSM11528 2 0.6680 0.46882 0.184 0.592 0.000 0.060 0.064 0.100
#> GSM11529 2 0.4096 0.53717 0.104 0.800 0.000 0.016 0.052 0.028
#> GSM11530 1 0.5684 0.22815 0.596 0.024 0.016 0.000 0.076 0.288
#> GSM11531 5 0.3255 0.59475 0.028 0.076 0.004 0.000 0.852 0.040
#> GSM11532 1 0.5555 0.35433 0.672 0.060 0.012 0.008 0.048 0.200
#> GSM11533 5 0.6890 0.13738 0.132 0.368 0.008 0.000 0.416 0.076
#> GSM11534 2 0.7417 0.24341 0.344 0.376 0.000 0.180 0.024 0.076
#> GSM11535 5 0.5917 0.47826 0.104 0.144 0.012 0.000 0.652 0.088
#> GSM11536 4 0.3683 0.59484 0.000 0.160 0.000 0.784 0.004 0.052
#> GSM11537 2 0.4102 0.20179 0.004 0.628 0.000 0.356 0.000 0.012
#> GSM11538 4 0.3096 0.60437 0.000 0.108 0.000 0.840 0.004 0.048
#> GSM11539 5 0.6955 0.35381 0.112 0.252 0.008 0.000 0.496 0.132
#> GSM11540 2 0.3622 0.38809 0.004 0.744 0.000 0.236 0.000 0.016
#> GSM11541 6 0.6979 0.19964 0.068 0.176 0.004 0.056 0.124 0.572
#> GSM11542 2 0.6680 0.46882 0.184 0.592 0.000 0.060 0.064 0.100
#> GSM11543 1 0.4477 0.52833 0.740 0.124 0.000 0.000 0.016 0.120
#> GSM11544 1 0.5115 0.56333 0.680 0.220 0.000 0.052 0.008 0.040
#> GSM11545 1 0.4462 0.55966 0.708 0.224 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM11546 3 0.1908 0.69917 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM11547 3 0.1908 0.69917 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM11548 1 0.7094 -0.24205 0.436 0.004 0.244 0.000 0.080 0.236
#> GSM11549 6 0.7201 0.41980 0.276 0.000 0.292 0.000 0.084 0.348
#> GSM11550 1 0.4767 0.52017 0.732 0.108 0.004 0.000 0.028 0.128
#> GSM11551 1 0.6934 -0.17010 0.472 0.008 0.156 0.000 0.080 0.284
#> GSM11552 6 0.7027 0.56183 0.280 0.016 0.116 0.000 0.104 0.484
#> GSM11553 2 0.4893 0.11027 0.040 0.552 0.000 0.396 0.000 0.012
#> GSM11554 2 0.4102 0.20179 0.004 0.628 0.000 0.356 0.000 0.012
#> GSM11555 4 0.5217 0.58069 0.072 0.244 0.000 0.652 0.004 0.028
#> GSM11556 1 0.5943 0.49752 0.632 0.148 0.000 0.012 0.048 0.160
#> GSM11557 5 0.3351 0.59467 0.028 0.084 0.000 0.000 0.840 0.048
#> GSM11558 2 0.3888 0.28185 0.000 0.672 0.000 0.312 0.000 0.016
#> GSM11559 2 0.6120 -0.00868 0.308 0.360 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM11560 3 0.3194 0.65589 0.044 0.000 0.840 0.000 0.012 0.104
#> GSM11561 2 0.3888 0.28185 0.000 0.672 0.000 0.312 0.000 0.016
#> GSM11562 4 0.4696 0.13467 0.008 0.480 0.000 0.488 0.004 0.020
#> GSM11563 4 0.5254 0.48927 0.072 0.300 0.000 0.608 0.004 0.016
#> GSM11564 1 0.4911 0.55581 0.716 0.184 0.000 0.024 0.020 0.056
#> GSM11565 1 0.3674 0.55695 0.804 0.132 0.000 0.020 0.000 0.044
#> GSM11566 2 0.3866 0.43796 0.000 0.764 0.000 0.188 0.012 0.036
#> GSM11567 4 0.3164 0.60764 0.000 0.120 0.000 0.832 0.004 0.044
#> GSM11568 2 0.6910 0.37893 0.184 0.564 0.008 0.020 0.132 0.092
#> GSM11569 2 0.3878 0.30731 0.008 0.688 0.000 0.296 0.000 0.008
#> GSM11570 6 0.7027 0.56183 0.280 0.016 0.116 0.000 0.104 0.484
#> GSM11571 2 0.6870 0.26269 0.256 0.520 0.000 0.020 0.088 0.116
#> GSM11572 4 0.3211 0.73427 0.056 0.120 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM11573 4 0.3150 0.73468 0.052 0.120 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM11574 2 0.5231 0.38909 0.184 0.628 0.000 0.184 0.000 0.004
#> GSM11575 1 0.7828 -0.02847 0.456 0.076 0.108 0.000 0.140 0.220
#> GSM11576 3 0.3194 0.65589 0.044 0.000 0.840 0.000 0.012 0.104
#> GSM11577 2 0.5284 0.44029 0.128 0.664 0.000 0.184 0.004 0.020
#> GSM11578 2 0.5213 0.40232 0.208 0.628 0.000 0.160 0.000 0.004
#> GSM11579 2 0.3866 0.43796 0.000 0.764 0.000 0.188 0.012 0.036
#> GSM11580 2 0.5051 0.53316 0.140 0.732 0.000 0.052 0.044 0.032
#> GSM11581 4 0.6052 0.44561 0.288 0.156 0.000 0.532 0.004 0.020
#> GSM11582 4 0.3546 0.73521 0.056 0.128 0.000 0.808 0.000 0.008
#> GSM11583 3 0.5745 0.32839 0.116 0.000 0.600 0.000 0.040 0.244
#> GSM11584 4 0.3164 0.60764 0.000 0.120 0.000 0.832 0.004 0.044
#> GSM11585 2 0.4028 0.53739 0.136 0.788 0.000 0.048 0.008 0.020
#> GSM11586 4 0.4279 0.67670 0.140 0.128 0.000 0.732 0.000 0.000
#> GSM11587 3 0.0146 0.70999 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11588 4 0.3150 0.73468 0.052 0.120 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM11589 2 0.5253 0.14757 0.056 0.536 0.000 0.388 0.000 0.020
#> GSM11590 4 0.5195 0.54940 0.228 0.160 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM11591 2 0.4634 0.45863 0.208 0.704 0.000 0.076 0.004 0.008
#> GSM11592 1 0.6203 0.26627 0.496 0.224 0.000 0.260 0.000 0.020
#> GSM11593 1 0.5904 0.13432 0.456 0.224 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.4984 0.52314 0.664 0.236 0.000 0.080 0.000 0.020
#> GSM11595 4 0.3276 0.73525 0.052 0.132 0.000 0.816 0.000 0.000
#> GSM11596 2 0.6870 0.26269 0.256 0.520 0.000 0.020 0.088 0.116
#> GSM11597 1 0.4538 0.56716 0.732 0.188 0.000 0.036 0.004 0.040
#> GSM11598 1 0.4432 0.55772 0.708 0.224 0.000 0.056 0.000 0.012
#> GSM11599 4 0.4411 0.70030 0.120 0.148 0.000 0.728 0.000 0.004
#> GSM11600 4 0.5671 0.56234 0.176 0.184 0.000 0.616 0.004 0.020
#> GSM11601 1 0.5582 0.53591 0.644 0.232 0.000 0.032 0.020 0.072
#> GSM11602 6 0.7098 0.35824 0.224 0.000 0.344 0.000 0.080 0.352
#> GSM11603 3 0.0146 0.70999 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11604 1 0.4912 0.53620 0.676 0.224 0.000 0.080 0.000 0.020
#> GSM11605 4 0.3774 0.72305 0.052 0.124 0.000 0.804 0.004 0.016
#> GSM11606 2 0.5231 0.38909 0.184 0.628 0.000 0.184 0.000 0.004
#> GSM11607 1 0.4432 0.55772 0.708 0.224 0.000 0.056 0.000 0.012
#> GSM11608 6 0.7098 0.35824 0.224 0.000 0.344 0.000 0.080 0.352
#> GSM11609 4 0.1863 0.61657 0.000 0.016 0.000 0.920 0.004 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:hclust 141 0.125 2
#> ATC:hclust 131 0.246 3
#> ATC:hclust 67 0.506 4
#> ATC:hclust 67 0.775 5
#> ATC:hclust 74 0.851 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.917 0.948 0.977 0.4979 0.503 0.503
#> 3 3 0.394 0.491 0.727 0.3241 0.721 0.499
#> 4 4 0.525 0.634 0.739 0.1342 0.798 0.484
#> 5 5 0.599 0.447 0.645 0.0659 0.926 0.725
#> 6 6 0.655 0.525 0.716 0.0416 0.854 0.445
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11438 1 0.3733 0.9128 0.928 0.072
#> GSM11439 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11440 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11441 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11442 2 0.0938 0.9593 0.012 0.988
#> GSM11443 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11444 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11445 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11446 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11447 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11448 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11449 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11450 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11453 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11454 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11455 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.4562 0.8911 0.096 0.904
#> GSM11457 1 0.1184 0.9712 0.984 0.016
#> GSM11458 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11460 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11462 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11463 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11464 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11465 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11466 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11467 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11468 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11469 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11470 2 0.8861 0.6001 0.304 0.696
#> GSM11471 2 0.3114 0.9251 0.056 0.944
#> GSM11472 2 0.4815 0.8824 0.104 0.896
#> GSM11473 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11474 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11475 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11476 2 0.1843 0.9472 0.028 0.972
#> GSM11477 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11479 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11480 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11481 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11482 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11483 2 0.0938 0.9593 0.012 0.988
#> GSM11484 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11485 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11486 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11487 2 0.5629 0.8530 0.132 0.868
#> GSM11488 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11489 2 0.8861 0.5993 0.304 0.696
#> GSM11490 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11491 2 0.9044 0.5683 0.320 0.680
#> GSM11492 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11493 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11494 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11495 2 0.9000 0.5753 0.316 0.684
#> GSM11496 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11497 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11498 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11499 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11500 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11501 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11502 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11503 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11504 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11505 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11506 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11509 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11510 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11512 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11513 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11514 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11515 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11516 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11517 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11518 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11519 2 0.2603 0.9350 0.044 0.956
#> GSM11520 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11521 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11522 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11523 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11524 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11525 1 0.9970 0.0559 0.532 0.468
#> GSM11526 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11527 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11528 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11530 1 0.4298 0.8946 0.912 0.088
#> GSM11531 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11532 2 0.6438 0.8166 0.164 0.836
#> GSM11533 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11534 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11535 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11536 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11537 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11538 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11539 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11541 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11543 1 0.6148 0.8114 0.848 0.152
#> GSM11544 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11545 2 0.9000 0.5763 0.316 0.684
#> GSM11546 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11547 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11548 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11549 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11552 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11555 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11556 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11557 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11560 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11563 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11564 2 0.4690 0.8862 0.100 0.900
#> GSM11565 2 0.1414 0.9536 0.020 0.980
#> GSM11566 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11568 2 0.8144 0.6912 0.252 0.748
#> GSM11569 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11570 2 0.4690 0.8863 0.100 0.900
#> GSM11571 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11572 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11573 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11574 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11575 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11576 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11577 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11578 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11579 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11580 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11581 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11582 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11583 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11584 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11585 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11586 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11587 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11588 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11589 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11590 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11591 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11592 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11593 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11594 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11595 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11596 2 0.5178 0.8701 0.116 0.884
#> GSM11597 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11598 1 0.1414 0.9673 0.980 0.020
#> GSM11599 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11600 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11601 1 0.7453 0.7205 0.788 0.212
#> GSM11602 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11604 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11605 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11606 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> GSM11607 2 0.7950 0.7103 0.240 0.760
#> GSM11608 1 0.0000 0.9857 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.0000 0.724246 0.000 0.000 1.000
#> GSM11438 1 0.9734 0.290423 0.400 0.376 0.224
#> GSM11439 3 0.0000 0.724246 0.000 0.000 1.000
#> GSM11440 2 0.5926 0.591921 0.356 0.644 0.000
#> GSM11441 1 0.5216 0.401187 0.740 0.000 0.260
#> GSM11442 1 0.9266 0.190146 0.424 0.420 0.156
#> GSM11443 3 0.1753 0.702933 0.048 0.000 0.952
#> GSM11444 3 0.1643 0.732445 0.044 0.000 0.956
#> GSM11445 3 0.5948 0.312256 0.360 0.000 0.640
#> GSM11446 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11447 3 0.0000 0.724246 0.000 0.000 1.000
#> GSM11448 3 0.5138 0.671367 0.252 0.000 0.748
#> GSM11449 1 0.5216 0.402040 0.740 0.000 0.260
#> GSM11450 1 0.5254 0.395760 0.736 0.000 0.264
#> GSM11451 2 0.2959 0.626737 0.100 0.900 0.000
#> GSM11452 2 0.6625 0.000154 0.440 0.552 0.008
#> GSM11453 1 0.6225 -0.274282 0.568 0.432 0.000
#> GSM11454 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11455 2 0.0892 0.678358 0.020 0.980 0.000
#> GSM11456 1 0.9264 0.245588 0.432 0.412 0.156
#> GSM11457 1 0.9666 0.304921 0.428 0.356 0.216
#> GSM11458 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11459 3 0.4750 0.684348 0.216 0.000 0.784
#> GSM11460 3 0.4002 0.726844 0.160 0.000 0.840
#> GSM11461 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11462 1 0.5591 0.327409 0.696 0.000 0.304
#> GSM11463 3 0.1753 0.702933 0.048 0.000 0.952
#> GSM11464 1 0.2866 0.547108 0.916 0.076 0.008
#> GSM11465 2 0.3686 0.698972 0.140 0.860 0.000
#> GSM11466 2 0.5988 0.583387 0.368 0.632 0.000
#> GSM11467 2 0.6154 0.535676 0.408 0.592 0.000
#> GSM11468 2 0.5988 0.580924 0.368 0.632 0.000
#> GSM11469 2 0.6280 0.473300 0.460 0.540 0.000
#> GSM11470 1 0.3272 0.559319 0.904 0.080 0.016
#> GSM11471 1 0.3120 0.556913 0.908 0.080 0.012
#> GSM11472 1 0.2339 0.563892 0.940 0.048 0.012
#> GSM11473 3 0.0424 0.721480 0.008 0.000 0.992
#> GSM11474 1 0.9907 0.243499 0.400 0.288 0.312
#> GSM11475 3 0.6299 0.279606 0.476 0.000 0.524
#> GSM11476 2 0.9013 -0.000984 0.324 0.524 0.152
#> GSM11477 2 0.6501 0.292714 0.316 0.664 0.020
#> GSM11478 2 0.1643 0.655558 0.044 0.956 0.000
#> GSM11479 3 0.6026 0.327049 0.376 0.000 0.624
#> GSM11480 2 0.1860 0.645895 0.052 0.948 0.000
#> GSM11481 2 0.5948 0.589285 0.360 0.640 0.000
#> GSM11482 2 0.4002 0.696453 0.160 0.840 0.000
#> GSM11483 2 0.9264 -0.232802 0.412 0.432 0.156
#> GSM11484 2 0.6062 0.571006 0.384 0.616 0.000
#> GSM11485 2 0.5810 0.354193 0.336 0.664 0.000
#> GSM11486 3 0.9220 0.043076 0.376 0.156 0.468
#> GSM11487 1 0.2339 0.563892 0.940 0.048 0.012
#> GSM11488 2 0.4555 0.667449 0.200 0.800 0.000
#> GSM11489 1 0.9296 0.257866 0.436 0.404 0.160
#> GSM11490 3 0.2066 0.733408 0.060 0.000 0.940
#> GSM11491 1 0.2749 0.565078 0.924 0.064 0.012
#> GSM11492 1 0.6282 0.344945 0.612 0.004 0.384
#> GSM11493 2 0.4750 0.675301 0.216 0.784 0.000
#> GSM11494 3 0.0892 0.722846 0.020 0.000 0.980
#> GSM11495 1 0.9189 0.296845 0.492 0.348 0.160
#> GSM11496 3 0.0747 0.718436 0.016 0.000 0.984
#> GSM11497 3 0.1860 0.700911 0.052 0.000 0.948
#> GSM11498 3 0.5905 0.353519 0.352 0.000 0.648
#> GSM11499 1 0.9256 0.214327 0.444 0.400 0.156
#> GSM11500 3 0.0747 0.718436 0.016 0.000 0.984
#> GSM11501 2 0.4121 0.695583 0.168 0.832 0.000
#> GSM11502 1 0.9259 0.251975 0.440 0.404 0.156
#> GSM11503 3 0.4555 0.602859 0.200 0.000 0.800
#> GSM11504 3 0.6738 0.298173 0.356 0.020 0.624
#> GSM11505 3 0.3764 0.659917 0.068 0.040 0.892
#> GSM11506 3 0.3947 0.658074 0.076 0.040 0.884
#> GSM11507 2 0.2959 0.626737 0.100 0.900 0.000
#> GSM11508 3 0.4121 0.724442 0.168 0.000 0.832
#> GSM11509 1 0.6235 -0.023345 0.564 0.000 0.436
#> GSM11510 1 0.6253 0.331079 0.732 0.232 0.036
#> GSM11511 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11512 2 0.5926 0.591178 0.356 0.644 0.000
#> GSM11513 3 0.4062 0.723521 0.164 0.000 0.836
#> GSM11514 2 0.4346 0.692297 0.184 0.816 0.000
#> GSM11515 3 0.5678 0.402155 0.316 0.000 0.684
#> GSM11516 2 0.4750 0.526416 0.216 0.784 0.000
#> GSM11517 1 0.4887 0.428078 0.772 0.000 0.228
#> GSM11518 3 0.6280 0.328767 0.460 0.000 0.540
#> GSM11519 1 0.3272 0.535747 0.892 0.104 0.004
#> GSM11520 1 0.5397 0.369575 0.720 0.000 0.280
#> GSM11521 2 0.1643 0.686635 0.044 0.956 0.000
#> GSM11522 1 0.6305 -0.198124 0.516 0.000 0.484
#> GSM11523 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11524 2 0.6026 0.574402 0.376 0.624 0.000
#> GSM11525 1 0.9521 0.296583 0.440 0.368 0.192
#> GSM11526 3 0.7143 0.241048 0.396 0.028 0.576
#> GSM11527 1 0.9919 0.275015 0.392 0.324 0.284
#> GSM11528 2 0.5363 0.395094 0.276 0.724 0.000
#> GSM11529 1 0.9228 0.286976 0.464 0.380 0.156
#> GSM11530 1 0.3678 0.573879 0.892 0.028 0.080
#> GSM11531 3 0.5728 0.579614 0.196 0.032 0.772
#> GSM11532 1 0.3445 0.545742 0.896 0.088 0.016
#> GSM11533 3 0.9241 0.008917 0.388 0.156 0.456
#> GSM11534 2 0.5327 0.394883 0.272 0.728 0.000
#> GSM11535 3 0.8910 0.212144 0.312 0.148 0.540
#> GSM11536 2 0.4178 0.694960 0.172 0.828 0.000
#> GSM11537 2 0.0592 0.676125 0.012 0.988 0.000
#> GSM11538 2 0.4178 0.694960 0.172 0.828 0.000
#> GSM11539 3 0.9047 0.139601 0.344 0.148 0.508
#> GSM11540 2 0.5988 0.336270 0.304 0.688 0.008
#> GSM11541 1 0.6154 -0.162852 0.592 0.408 0.000
#> GSM11542 2 0.0892 0.681668 0.020 0.980 0.000
#> GSM11543 1 0.4235 0.498105 0.824 0.000 0.176
#> GSM11544 1 0.6260 -0.097394 0.552 0.000 0.448
#> GSM11545 1 0.2939 0.561967 0.916 0.072 0.012
#> GSM11546 3 0.0424 0.726152 0.008 0.000 0.992
#> GSM11547 3 0.0424 0.726152 0.008 0.000 0.992
#> GSM11548 3 0.4121 0.722979 0.168 0.000 0.832
#> GSM11549 3 0.4002 0.726844 0.160 0.000 0.840
#> GSM11550 1 0.5216 0.404422 0.740 0.000 0.260
#> GSM11551 3 0.4654 0.706646 0.208 0.000 0.792
#> GSM11552 1 0.5905 0.220533 0.648 0.000 0.352
#> GSM11553 2 0.1643 0.684494 0.044 0.956 0.000
#> GSM11554 2 0.1860 0.657205 0.052 0.948 0.000
#> GSM11555 2 0.4654 0.682310 0.208 0.792 0.000
#> GSM11556 1 0.4887 0.446901 0.772 0.000 0.228
#> GSM11557 3 0.9032 0.148888 0.340 0.148 0.512
#> GSM11558 2 0.1411 0.655985 0.036 0.964 0.000
#> GSM11559 1 0.6168 0.047361 0.588 0.412 0.000
#> GSM11560 3 0.4121 0.721152 0.168 0.000 0.832
#> GSM11561 2 0.1031 0.663703 0.024 0.976 0.000
#> GSM11562 2 0.1529 0.683271 0.040 0.960 0.000
#> GSM11563 2 0.4291 0.695013 0.180 0.820 0.000
#> GSM11564 1 0.2845 0.553304 0.920 0.068 0.012
#> GSM11565 1 0.3120 0.556913 0.908 0.080 0.012
#> GSM11566 2 0.4002 0.567328 0.160 0.840 0.000
#> GSM11567 2 0.4178 0.694960 0.172 0.828 0.000
#> GSM11568 1 0.9172 0.321238 0.488 0.356 0.156
#> GSM11569 2 0.2261 0.649229 0.068 0.932 0.000
#> GSM11570 1 0.3826 0.516236 0.868 0.124 0.008
#> GSM11571 1 0.7851 0.133559 0.616 0.080 0.304
#> GSM11572 2 0.4235 0.695361 0.176 0.824 0.000
#> GSM11573 2 0.5905 0.595538 0.352 0.648 0.000
#> GSM11574 2 0.3412 0.684180 0.124 0.876 0.000
#> GSM11575 3 0.5178 0.666101 0.256 0.000 0.744
#> GSM11576 3 0.4555 0.694643 0.200 0.000 0.800
#> GSM11577 2 0.3267 0.697734 0.116 0.884 0.000
#> GSM11578 2 0.6225 0.319590 0.432 0.568 0.000
#> GSM11579 2 0.5953 0.367248 0.280 0.708 0.012
#> GSM11580 2 0.6608 0.015527 0.432 0.560 0.008
#> GSM11581 2 0.6062 0.567968 0.384 0.616 0.000
#> GSM11582 2 0.5882 0.596931 0.348 0.652 0.000
#> GSM11583 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11584 2 0.4178 0.694960 0.172 0.828 0.000
#> GSM11585 2 0.5623 0.409344 0.280 0.716 0.004
#> GSM11586 2 0.6008 0.587265 0.372 0.628 0.000
#> GSM11587 3 0.4121 0.721152 0.168 0.000 0.832
#> GSM11588 2 0.6008 0.580887 0.372 0.628 0.000
#> GSM11589 2 0.2261 0.691989 0.068 0.932 0.000
#> GSM11590 2 0.6192 0.520869 0.420 0.580 0.000
#> GSM11591 1 0.5926 0.258733 0.644 0.356 0.000
#> GSM11592 1 0.5497 0.163749 0.708 0.292 0.000
#> GSM11593 1 0.6111 -0.146686 0.604 0.396 0.000
#> GSM11594 1 0.3686 0.487499 0.860 0.140 0.000
#> GSM11595 2 0.6026 0.576435 0.376 0.624 0.000
#> GSM11596 1 0.4555 0.523237 0.800 0.200 0.000
#> GSM11597 1 0.4702 0.464995 0.788 0.000 0.212
#> GSM11598 1 0.4345 0.536672 0.848 0.016 0.136
#> GSM11599 2 0.6180 0.522780 0.416 0.584 0.000
#> GSM11600 1 0.5431 0.225818 0.716 0.284 0.000
#> GSM11601 1 0.8162 0.459108 0.644 0.192 0.164
#> GSM11602 3 0.4346 0.717262 0.184 0.000 0.816
#> GSM11603 3 0.3941 0.727269 0.156 0.000 0.844
#> GSM11604 1 0.2772 0.543506 0.916 0.080 0.004
#> GSM11605 2 0.5859 0.599036 0.344 0.656 0.000
#> GSM11606 2 0.3340 0.680717 0.120 0.880 0.000
#> GSM11607 1 0.3272 0.559319 0.904 0.080 0.016
#> GSM11608 1 0.6274 -0.106831 0.544 0.000 0.456
#> GSM11609 2 0.4452 0.689140 0.192 0.808 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.307 0.7281 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM11438 2 0.308 0.7066 0.024 0.900 0.052 0.024
#> GSM11439 3 0.344 0.7032 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM11440 4 0.461 0.6704 0.264 0.012 0.000 0.724
#> GSM11441 1 0.449 0.7557 0.808 0.056 0.132 0.004
#> GSM11442 2 0.623 0.6271 0.072 0.704 0.032 0.192
#> GSM11443 3 0.436 0.5667 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM11444 3 0.470 0.7496 0.056 0.164 0.780 0.000
#> GSM11445 2 0.651 0.5739 0.128 0.688 0.160 0.024
#> GSM11446 3 0.130 0.8191 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM11447 3 0.344 0.7032 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM11448 3 0.570 0.5773 0.260 0.064 0.676 0.000
#> GSM11449 1 0.461 0.7423 0.788 0.056 0.156 0.000
#> GSM11450 1 0.466 0.7390 0.784 0.056 0.160 0.000
#> GSM11451 2 0.540 0.1218 0.012 0.524 0.000 0.464
#> GSM11452 2 0.543 0.5897 0.120 0.740 0.000 0.140
#> GSM11453 1 0.416 0.5246 0.768 0.008 0.000 0.224
#> GSM11454 3 0.147 0.8187 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM11455 4 0.307 0.6524 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM11456 2 0.356 0.6912 0.036 0.864 0.004 0.096
#> GSM11457 2 0.303 0.7056 0.032 0.900 0.012 0.056
#> GSM11458 3 0.164 0.8173 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM11459 3 0.450 0.6515 0.236 0.016 0.748 0.000
#> GSM11460 3 0.297 0.8057 0.096 0.020 0.884 0.000
#> GSM11461 3 0.147 0.8185 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM11462 1 0.507 0.6966 0.740 0.052 0.208 0.000
#> GSM11463 3 0.438 0.5659 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM11464 1 0.208 0.7452 0.932 0.004 0.008 0.056
#> GSM11465 4 0.557 0.6662 0.124 0.148 0.000 0.728
#> GSM11466 4 0.466 0.6650 0.272 0.012 0.000 0.716
#> GSM11467 4 0.492 0.5779 0.368 0.004 0.000 0.628
#> GSM11468 4 0.455 0.6754 0.256 0.012 0.000 0.732
#> GSM11469 1 0.486 0.2979 0.668 0.008 0.000 0.324
#> GSM11470 1 0.290 0.7922 0.904 0.032 0.056 0.008
#> GSM11471 1 0.258 0.7934 0.916 0.032 0.048 0.004
#> GSM11472 1 0.149 0.7844 0.960 0.024 0.008 0.008
#> GSM11473 3 0.353 0.6964 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM11474 2 0.293 0.7002 0.024 0.900 0.068 0.008
#> GSM11475 1 0.635 0.5753 0.624 0.100 0.276 0.000
#> GSM11476 2 0.688 0.4919 0.060 0.576 0.028 0.336
#> GSM11477 2 0.510 0.5179 0.028 0.696 0.000 0.276
#> GSM11478 4 0.458 0.5554 0.012 0.260 0.000 0.728
#> GSM11479 2 0.530 0.5886 0.072 0.748 0.176 0.004
#> GSM11480 4 0.451 0.5456 0.008 0.268 0.000 0.724
#> GSM11481 4 0.458 0.6743 0.260 0.012 0.000 0.728
#> GSM11482 4 0.172 0.7304 0.048 0.008 0.000 0.944
#> GSM11483 2 0.350 0.7112 0.044 0.884 0.040 0.032
#> GSM11484 4 0.518 0.6732 0.196 0.064 0.000 0.740
#> GSM11485 2 0.705 0.1511 0.120 0.448 0.000 0.432
#> GSM11486 2 0.388 0.6468 0.016 0.812 0.172 0.000
#> GSM11487 1 0.170 0.7807 0.952 0.028 0.004 0.016
#> GSM11488 4 0.628 0.4735 0.120 0.228 0.000 0.652
#> GSM11489 2 0.272 0.7111 0.040 0.916 0.020 0.024
#> GSM11490 3 0.426 0.7689 0.048 0.140 0.812 0.000
#> GSM11491 1 0.270 0.7887 0.916 0.044 0.020 0.020
#> GSM11492 2 0.753 -0.0230 0.440 0.448 0.060 0.052
#> GSM11493 4 0.583 0.5756 0.124 0.172 0.000 0.704
#> GSM11494 3 0.549 0.6238 0.036 0.280 0.680 0.004
#> GSM11495 2 0.617 0.6431 0.124 0.728 0.036 0.112
#> GSM11496 3 0.407 0.6281 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM11497 3 0.478 0.4023 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM11498 2 0.555 0.5788 0.080 0.728 0.188 0.004
#> GSM11499 2 0.622 0.6331 0.076 0.708 0.032 0.184
#> GSM11500 3 0.404 0.6333 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM11501 4 0.185 0.7299 0.048 0.012 0.000 0.940
#> GSM11502 2 0.394 0.6811 0.064 0.852 0.008 0.076
#> GSM11503 2 0.513 0.4469 0.016 0.652 0.332 0.000
#> GSM11504 2 0.805 0.5000 0.144 0.584 0.188 0.084
#> GSM11505 2 0.482 0.4353 0.004 0.652 0.344 0.000
#> GSM11506 2 0.488 0.4623 0.008 0.664 0.328 0.000
#> GSM11507 2 0.540 0.0795 0.012 0.512 0.000 0.476
#> GSM11508 3 0.380 0.7976 0.068 0.072 0.856 0.004
#> GSM11509 1 0.608 0.5979 0.660 0.244 0.096 0.000
#> GSM11510 2 0.714 0.5881 0.192 0.632 0.028 0.148
#> GSM11511 3 0.156 0.8178 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM11512 4 0.476 0.6928 0.176 0.052 0.000 0.772
#> GSM11513 3 0.293 0.7979 0.108 0.012 0.880 0.000
#> GSM11514 4 0.201 0.7368 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM11515 2 0.671 0.3736 0.096 0.576 0.324 0.004
#> GSM11516 2 0.661 0.3709 0.112 0.592 0.000 0.296
#> GSM11517 1 0.640 0.6685 0.668 0.204 0.120 0.008
#> GSM11518 1 0.579 0.5563 0.640 0.052 0.308 0.000
#> GSM11519 1 0.215 0.7807 0.936 0.036 0.008 0.020
#> GSM11520 1 0.402 0.7682 0.832 0.052 0.116 0.000
#> GSM11521 4 0.182 0.7262 0.036 0.020 0.000 0.944
#> GSM11522 1 0.570 0.5803 0.656 0.052 0.292 0.000
#> GSM11523 3 0.194 0.8137 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM11524 4 0.469 0.6610 0.276 0.012 0.000 0.712
#> GSM11525 2 0.351 0.7099 0.040 0.884 0.036 0.040
#> GSM11526 2 0.521 0.6073 0.080 0.760 0.156 0.004
#> GSM11527 2 0.287 0.7038 0.020 0.908 0.052 0.020
#> GSM11528 2 0.566 0.4237 0.032 0.600 0.000 0.368
#> GSM11529 2 0.470 0.6605 0.120 0.800 0.004 0.076
#> GSM11530 1 0.293 0.7944 0.904 0.056 0.028 0.012
#> GSM11531 2 0.504 0.4431 0.012 0.652 0.336 0.000
#> GSM11532 1 0.583 0.7026 0.752 0.080 0.040 0.128
#> GSM11533 2 0.359 0.6919 0.016 0.868 0.092 0.024
#> GSM11534 4 0.639 -0.0408 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM11535 2 0.394 0.6376 0.012 0.800 0.188 0.000
#> GSM11536 4 0.179 0.7355 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM11537 4 0.433 0.6108 0.016 0.216 0.000 0.768
#> GSM11538 4 0.198 0.7349 0.068 0.004 0.000 0.928
#> GSM11539 2 0.406 0.6511 0.016 0.808 0.172 0.004
#> GSM11540 2 0.525 0.4897 0.028 0.672 0.000 0.300
#> GSM11541 4 0.697 0.2570 0.396 0.116 0.000 0.488
#> GSM11542 4 0.364 0.6451 0.008 0.172 0.000 0.820
#> GSM11543 1 0.387 0.7843 0.856 0.060 0.076 0.008
#> GSM11544 1 0.552 0.6476 0.696 0.060 0.244 0.000
#> GSM11545 1 0.299 0.7921 0.900 0.036 0.056 0.008
#> GSM11546 3 0.174 0.7843 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM11547 3 0.174 0.7843 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM11548 3 0.316 0.7869 0.124 0.012 0.864 0.000
#> GSM11549 3 0.268 0.8070 0.092 0.012 0.896 0.000
#> GSM11550 1 0.442 0.7313 0.788 0.036 0.176 0.000
#> GSM11551 3 0.422 0.7600 0.144 0.044 0.812 0.000
#> GSM11552 1 0.579 0.5804 0.648 0.056 0.296 0.000
#> GSM11553 4 0.433 0.6108 0.016 0.216 0.000 0.768
#> GSM11554 4 0.443 0.5982 0.016 0.228 0.000 0.756
#> GSM11555 4 0.194 0.7352 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM11556 1 0.384 0.7739 0.844 0.052 0.104 0.000
#> GSM11557 2 0.395 0.6515 0.012 0.812 0.172 0.004
#> GSM11558 4 0.419 0.5974 0.008 0.228 0.000 0.764
#> GSM11559 1 0.603 0.4955 0.680 0.204 0.000 0.116
#> GSM11560 3 0.259 0.7946 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM11561 4 0.428 0.6042 0.012 0.224 0.000 0.764
#> GSM11562 4 0.433 0.6108 0.016 0.216 0.000 0.768
#> GSM11563 4 0.305 0.7339 0.088 0.028 0.000 0.884
#> GSM11564 1 0.163 0.7763 0.956 0.016 0.008 0.020
#> GSM11565 1 0.253 0.7930 0.920 0.024 0.048 0.008
#> GSM11566 2 0.522 0.4180 0.016 0.632 0.000 0.352
#> GSM11567 4 0.182 0.7338 0.060 0.004 0.000 0.936
#> GSM11568 2 0.530 0.6381 0.136 0.764 0.008 0.092
#> GSM11569 4 0.478 0.5427 0.016 0.272 0.000 0.712
#> GSM11570 1 0.478 0.6948 0.800 0.036 0.024 0.140
#> GSM11571 1 0.752 0.3696 0.504 0.328 0.160 0.008
#> GSM11572 4 0.227 0.7382 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM11573 4 0.443 0.6787 0.276 0.004 0.000 0.720
#> GSM11574 4 0.633 0.5841 0.132 0.216 0.000 0.652
#> GSM11575 3 0.454 0.7552 0.144 0.060 0.796 0.000
#> GSM11576 3 0.365 0.6997 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM11577 4 0.464 0.6377 0.040 0.188 0.000 0.772
#> GSM11578 1 0.715 0.2849 0.560 0.228 0.000 0.212
#> GSM11579 2 0.525 0.4587 0.020 0.644 0.000 0.336
#> GSM11580 2 0.533 0.5911 0.088 0.740 0.000 0.172
#> GSM11581 4 0.588 0.4056 0.420 0.036 0.000 0.544
#> GSM11582 4 0.406 0.7090 0.200 0.012 0.000 0.788
#> GSM11583 3 0.187 0.8157 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM11584 4 0.234 0.7345 0.080 0.008 0.000 0.912
#> GSM11585 2 0.638 0.4266 0.104 0.624 0.000 0.272
#> GSM11586 4 0.430 0.6706 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM11587 3 0.253 0.7941 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM11588 4 0.458 0.6591 0.300 0.004 0.000 0.696
#> GSM11589 4 0.440 0.6028 0.016 0.224 0.000 0.760
#> GSM11590 4 0.522 0.4828 0.424 0.008 0.000 0.568
#> GSM11591 1 0.657 0.4319 0.612 0.264 0.000 0.124
#> GSM11592 1 0.349 0.6060 0.824 0.004 0.000 0.172
#> GSM11593 1 0.261 0.7034 0.896 0.008 0.000 0.096
#> GSM11594 1 0.213 0.7229 0.920 0.004 0.000 0.076
#> GSM11595 4 0.465 0.6476 0.312 0.004 0.000 0.684
#> GSM11596 1 0.468 0.7108 0.804 0.124 0.008 0.064
#> GSM11597 1 0.287 0.7886 0.896 0.032 0.072 0.000
#> GSM11598 1 0.327 0.7845 0.876 0.040 0.084 0.000
#> GSM11599 4 0.540 0.3208 0.468 0.012 0.000 0.520
#> GSM11600 1 0.410 0.5834 0.784 0.012 0.000 0.204
#> GSM11601 2 0.489 0.6548 0.196 0.764 0.028 0.012
#> GSM11602 3 0.473 0.6762 0.216 0.032 0.752 0.000
#> GSM11603 3 0.194 0.8137 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM11604 1 0.216 0.7418 0.928 0.004 0.008 0.060
#> GSM11605 4 0.385 0.7139 0.180 0.012 0.000 0.808
#> GSM11606 4 0.642 0.5698 0.132 0.228 0.000 0.640
#> GSM11607 1 0.299 0.7921 0.900 0.036 0.056 0.008
#> GSM11608 1 0.583 0.5477 0.632 0.052 0.316 0.000
#> GSM11609 4 0.179 0.7355 0.068 0.000 0.000 0.932
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.4402 0.44565 0.000 0.352 0.636 0.000 0.012
#> GSM11438 2 0.3266 0.42161 0.004 0.796 0.000 0.000 0.200
#> GSM11439 3 0.4717 0.34948 0.000 0.396 0.584 0.000 0.020
#> GSM11440 4 0.4799 0.54688 0.228 0.004 0.000 0.708 0.060
#> GSM11441 1 0.5365 0.61534 0.688 0.020 0.060 0.004 0.228
#> GSM11442 2 0.6050 0.25742 0.024 0.516 0.000 0.064 0.396
#> GSM11443 2 0.4397 0.01122 0.000 0.564 0.432 0.000 0.004
#> GSM11444 3 0.7139 0.37239 0.032 0.340 0.444 0.000 0.184
#> GSM11445 5 0.6307 -0.26517 0.048 0.452 0.012 0.028 0.460
#> GSM11446 3 0.1200 0.76437 0.008 0.012 0.964 0.000 0.016
#> GSM11447 3 0.4717 0.34948 0.000 0.396 0.584 0.000 0.020
#> GSM11448 1 0.7933 -0.03549 0.360 0.104 0.360 0.000 0.176
#> GSM11449 1 0.5657 0.59509 0.676 0.020 0.124 0.000 0.180
#> GSM11450 1 0.5780 0.59362 0.672 0.028 0.120 0.000 0.180
#> GSM11451 5 0.6304 0.40540 0.000 0.220 0.000 0.248 0.532
#> GSM11452 5 0.6158 0.40021 0.032 0.376 0.000 0.064 0.528
#> GSM11453 1 0.4351 0.45778 0.724 0.004 0.000 0.244 0.028
#> GSM11454 3 0.0290 0.76783 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM11455 4 0.3783 0.49106 0.000 0.008 0.000 0.740 0.252
#> GSM11456 2 0.5018 0.23286 0.012 0.596 0.000 0.020 0.372
#> GSM11457 2 0.4565 0.00616 0.012 0.580 0.000 0.000 0.408
#> GSM11458 3 0.0290 0.76783 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM11459 3 0.5435 0.60653 0.128 0.016 0.696 0.000 0.160
#> GSM11460 3 0.4676 0.69889 0.036 0.044 0.764 0.000 0.156
#> GSM11461 3 0.0451 0.76775 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM11462 1 0.5683 0.55644 0.652 0.008 0.200 0.000 0.140
#> GSM11463 2 0.4457 0.19100 0.000 0.620 0.368 0.000 0.012
#> GSM11464 1 0.1822 0.69266 0.936 0.004 0.000 0.036 0.024
#> GSM11465 4 0.5405 0.45524 0.052 0.012 0.000 0.616 0.320
#> GSM11466 4 0.4948 0.54309 0.224 0.004 0.000 0.700 0.072
#> GSM11467 4 0.4911 0.41832 0.356 0.004 0.000 0.612 0.028
#> GSM11468 4 0.4676 0.54792 0.208 0.000 0.000 0.720 0.072
#> GSM11469 1 0.4958 0.24641 0.616 0.004 0.000 0.348 0.032
#> GSM11470 1 0.0902 0.72064 0.976 0.004 0.004 0.008 0.008
#> GSM11471 1 0.0798 0.72305 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM11472 1 0.0889 0.72352 0.976 0.004 0.004 0.004 0.012
#> GSM11473 3 0.4565 0.33054 0.000 0.408 0.580 0.000 0.012
#> GSM11474 2 0.3280 0.43711 0.004 0.808 0.004 0.000 0.184
#> GSM11475 1 0.8002 0.27557 0.380 0.168 0.120 0.000 0.332
#> GSM11476 2 0.6975 0.04056 0.020 0.412 0.000 0.184 0.384
#> GSM11477 5 0.5865 0.43483 0.000 0.360 0.000 0.108 0.532
#> GSM11478 4 0.4855 0.33017 0.000 0.024 0.000 0.552 0.424
#> GSM11479 2 0.4065 0.46563 0.016 0.752 0.008 0.000 0.224
#> GSM11480 4 0.4948 0.29571 0.000 0.028 0.000 0.536 0.436
#> GSM11481 4 0.4886 0.54572 0.208 0.004 0.000 0.712 0.076
#> GSM11482 4 0.1041 0.60054 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM11483 2 0.4017 0.41839 0.012 0.736 0.000 0.004 0.248
#> GSM11484 4 0.5851 0.23178 0.056 0.024 0.000 0.564 0.356
#> GSM11485 5 0.7437 0.08954 0.032 0.280 0.000 0.308 0.380
#> GSM11486 2 0.1386 0.51134 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> GSM11487 1 0.1059 0.72184 0.968 0.004 0.000 0.008 0.020
#> GSM11488 4 0.6787 -0.03091 0.028 0.132 0.000 0.460 0.380
#> GSM11489 2 0.4502 0.37035 0.012 0.668 0.000 0.008 0.312
#> GSM11490 3 0.6950 0.39670 0.020 0.320 0.464 0.000 0.196
#> GSM11491 1 0.0867 0.72121 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> GSM11492 5 0.6920 -0.21183 0.116 0.392 0.008 0.028 0.456
#> GSM11493 4 0.6450 0.06250 0.024 0.104 0.000 0.504 0.368
#> GSM11494 2 0.6617 0.25420 0.016 0.492 0.148 0.000 0.344
#> GSM11495 2 0.5606 0.28518 0.028 0.528 0.000 0.028 0.416
#> GSM11496 2 0.4746 -0.14370 0.000 0.504 0.480 0.000 0.016
#> GSM11497 2 0.3912 0.44639 0.000 0.752 0.228 0.000 0.020
#> GSM11498 2 0.4451 0.44610 0.024 0.736 0.016 0.000 0.224
#> GSM11499 2 0.6168 0.24956 0.028 0.512 0.000 0.068 0.392
#> GSM11500 2 0.4746 -0.15123 0.000 0.504 0.480 0.000 0.016
#> GSM11501 4 0.1041 0.60054 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM11502 2 0.4713 -0.09084 0.016 0.544 0.000 0.000 0.440
#> GSM11503 2 0.4112 0.48774 0.016 0.800 0.136 0.000 0.048
#> GSM11504 5 0.7041 -0.19397 0.064 0.384 0.008 0.076 0.468
#> GSM11505 2 0.2605 0.50022 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM11506 2 0.2424 0.50535 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM11507 5 0.6350 0.43312 0.000 0.240 0.000 0.236 0.524
#> GSM11508 3 0.6792 0.43808 0.016 0.188 0.488 0.000 0.308
#> GSM11509 1 0.6252 0.55866 0.636 0.164 0.040 0.000 0.160
#> GSM11510 2 0.6607 0.23888 0.104 0.488 0.000 0.032 0.376
#> GSM11511 3 0.0727 0.76718 0.004 0.004 0.980 0.000 0.012
#> GSM11512 4 0.5157 0.43173 0.060 0.012 0.000 0.680 0.248
#> GSM11513 3 0.3187 0.74738 0.036 0.012 0.864 0.000 0.088
#> GSM11514 4 0.0798 0.60987 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> GSM11515 2 0.6597 0.24829 0.036 0.460 0.092 0.000 0.412
#> GSM11516 5 0.6800 0.45551 0.040 0.300 0.000 0.132 0.528
#> GSM11517 1 0.6390 0.51113 0.544 0.080 0.040 0.000 0.336
#> GSM11518 1 0.6776 0.46381 0.564 0.040 0.220 0.000 0.176
#> GSM11519 1 0.0867 0.72121 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> GSM11520 1 0.3658 0.68824 0.836 0.016 0.044 0.000 0.104
#> GSM11521 4 0.1697 0.59256 0.000 0.008 0.000 0.932 0.060
#> GSM11522 1 0.6723 0.47727 0.568 0.036 0.204 0.000 0.192
#> GSM11523 3 0.0404 0.76861 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM11524 4 0.4919 0.54283 0.228 0.004 0.000 0.700 0.068
#> GSM11525 2 0.4356 0.19023 0.012 0.648 0.000 0.000 0.340
#> GSM11526 2 0.4940 0.37897 0.028 0.640 0.004 0.004 0.324
#> GSM11527 2 0.3585 0.41942 0.004 0.772 0.000 0.004 0.220
#> GSM11528 5 0.6654 0.21974 0.004 0.284 0.000 0.232 0.480
#> GSM11529 2 0.5531 -0.14405 0.056 0.508 0.000 0.004 0.432
#> GSM11530 1 0.2395 0.71748 0.904 0.016 0.000 0.008 0.072
#> GSM11531 2 0.2722 0.50661 0.000 0.872 0.108 0.000 0.020
#> GSM11532 1 0.7295 0.38755 0.448 0.060 0.012 0.096 0.384
#> GSM11533 2 0.3611 0.31949 0.004 0.780 0.008 0.000 0.208
#> GSM11534 5 0.6881 0.24073 0.016 0.204 0.000 0.308 0.472
#> GSM11535 2 0.2450 0.50023 0.000 0.900 0.048 0.000 0.052
#> GSM11536 4 0.0955 0.60176 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM11537 4 0.4707 0.38156 0.000 0.020 0.000 0.588 0.392
#> GSM11538 4 0.0955 0.60176 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM11539 2 0.2304 0.50412 0.000 0.908 0.048 0.000 0.044
#> GSM11540 5 0.5975 0.44682 0.000 0.344 0.000 0.124 0.532
#> GSM11541 5 0.7277 -0.07073 0.128 0.064 0.000 0.396 0.412
#> GSM11542 4 0.4836 0.31168 0.000 0.032 0.000 0.612 0.356
#> GSM11543 1 0.4597 0.63920 0.716 0.020 0.020 0.000 0.244
#> GSM11544 1 0.5992 0.54950 0.640 0.020 0.188 0.000 0.152
#> GSM11545 1 0.0867 0.72121 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> GSM11546 3 0.1851 0.71144 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> GSM11547 3 0.1851 0.71144 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> GSM11548 3 0.3760 0.73236 0.044 0.016 0.828 0.000 0.112
#> GSM11549 3 0.3344 0.74337 0.028 0.016 0.852 0.000 0.104
#> GSM11550 1 0.5791 0.58021 0.664 0.020 0.144 0.000 0.172
#> GSM11551 3 0.6481 0.62256 0.080 0.112 0.632 0.000 0.176
#> GSM11552 1 0.6761 0.21430 0.440 0.016 0.384 0.000 0.160
#> GSM11553 4 0.4769 0.38523 0.004 0.016 0.000 0.588 0.392
#> GSM11554 4 0.4833 0.34837 0.000 0.024 0.000 0.564 0.412
#> GSM11555 4 0.1469 0.60655 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> GSM11556 1 0.2971 0.70198 0.872 0.004 0.024 0.004 0.096
#> GSM11557 2 0.1800 0.50732 0.000 0.932 0.048 0.000 0.020
#> GSM11558 4 0.4760 0.34827 0.000 0.020 0.000 0.564 0.416
#> GSM11559 1 0.5205 0.37174 0.616 0.012 0.000 0.036 0.336
#> GSM11560 3 0.1251 0.76534 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> GSM11561 4 0.4630 0.37979 0.000 0.016 0.000 0.588 0.396
#> GSM11562 4 0.4769 0.38523 0.004 0.016 0.000 0.588 0.392
#> GSM11563 4 0.3734 0.56677 0.036 0.000 0.000 0.796 0.168
#> GSM11564 1 0.0404 0.71724 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM11565 1 0.0960 0.72170 0.972 0.004 0.000 0.008 0.016
#> GSM11566 5 0.6237 0.46413 0.000 0.276 0.000 0.188 0.536
#> GSM11567 4 0.0955 0.60176 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM11568 5 0.5670 0.25356 0.044 0.452 0.000 0.016 0.488
#> GSM11569 4 0.5341 0.24108 0.000 0.052 0.000 0.504 0.444
#> GSM11570 1 0.5543 0.57451 0.696 0.012 0.012 0.188 0.092
#> GSM11571 1 0.8042 0.17491 0.404 0.280 0.116 0.000 0.200
#> GSM11572 4 0.2260 0.60464 0.028 0.000 0.000 0.908 0.064
#> GSM11573 4 0.3779 0.56931 0.236 0.000 0.000 0.752 0.012
#> GSM11574 4 0.6037 0.34827 0.076 0.016 0.000 0.512 0.396
#> GSM11575 3 0.7251 0.56283 0.136 0.168 0.560 0.000 0.136
#> GSM11576 3 0.2136 0.74521 0.088 0.000 0.904 0.000 0.008
#> GSM11577 4 0.4747 0.40105 0.008 0.012 0.000 0.604 0.376
#> GSM11578 1 0.6248 0.12566 0.484 0.028 0.000 0.072 0.416
#> GSM11579 5 0.6673 0.38064 0.000 0.332 0.000 0.244 0.424
#> GSM11580 5 0.6206 0.39210 0.020 0.392 0.000 0.084 0.504
#> GSM11581 4 0.6470 0.28484 0.316 0.004 0.000 0.500 0.180
#> GSM11582 4 0.3764 0.58094 0.148 0.004 0.000 0.808 0.040
#> GSM11583 3 0.0693 0.76893 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM11584 4 0.1153 0.60106 0.008 0.004 0.000 0.964 0.024
#> GSM11585 5 0.6681 0.44488 0.036 0.328 0.000 0.116 0.520
#> GSM11586 4 0.4404 0.54950 0.252 0.004 0.000 0.716 0.028
#> GSM11587 3 0.0880 0.76669 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM11588 4 0.4449 0.52219 0.288 0.004 0.000 0.688 0.020
#> GSM11589 4 0.4686 0.38315 0.004 0.012 0.000 0.588 0.396
#> GSM11590 1 0.5116 -0.09214 0.508 0.004 0.000 0.460 0.028
#> GSM11591 1 0.5975 0.19219 0.532 0.060 0.000 0.024 0.384
#> GSM11592 1 0.2642 0.65650 0.888 0.004 0.000 0.084 0.024
#> GSM11593 1 0.2209 0.68662 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032
#> GSM11594 1 0.1978 0.68762 0.928 0.004 0.000 0.044 0.024
#> GSM11595 4 0.4503 0.53762 0.268 0.004 0.000 0.700 0.028
#> GSM11596 1 0.4049 0.62593 0.800 0.052 0.004 0.004 0.140
#> GSM11597 1 0.1369 0.72162 0.956 0.008 0.008 0.000 0.028
#> GSM11598 1 0.1281 0.72225 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032
#> GSM11599 4 0.5511 0.21669 0.416 0.004 0.000 0.524 0.056
#> GSM11600 1 0.4644 0.50166 0.720 0.004 0.000 0.224 0.052
#> GSM11601 2 0.5791 0.25039 0.188 0.616 0.000 0.000 0.196
#> GSM11602 3 0.6148 0.55484 0.152 0.040 0.648 0.000 0.160
#> GSM11603 3 0.0566 0.76847 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM11604 1 0.1978 0.68762 0.928 0.004 0.000 0.044 0.024
#> GSM11605 4 0.3593 0.57789 0.116 0.000 0.000 0.824 0.060
#> GSM11606 4 0.6445 0.28713 0.084 0.032 0.000 0.476 0.408
#> GSM11607 1 0.1143 0.72210 0.968 0.008 0.004 0.008 0.012
#> GSM11608 1 0.6939 0.18918 0.428 0.024 0.384 0.000 0.164
#> GSM11609 4 0.0798 0.60913 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.4338 -0.1622 0.000 0.000 0.492 0.000 0.488 0.020
#> GSM11438 5 0.5624 0.0891 0.000 0.200 0.000 0.000 0.536 0.264
#> GSM11439 5 0.4529 0.1721 0.000 0.004 0.460 0.000 0.512 0.024
#> GSM11440 4 0.2011 0.7671 0.064 0.004 0.000 0.912 0.000 0.020
#> GSM11441 1 0.4916 0.5544 0.612 0.028 0.012 0.004 0.008 0.336
#> GSM11442 6 0.5071 0.5730 0.004 0.040 0.000 0.048 0.240 0.668
#> GSM11443 5 0.3606 0.4947 0.000 0.004 0.264 0.000 0.724 0.008
#> GSM11444 5 0.7285 -0.0412 0.036 0.028 0.296 0.000 0.356 0.284
#> GSM11445 6 0.3686 0.5523 0.012 0.000 0.000 0.012 0.228 0.748
#> GSM11446 3 0.1465 0.7040 0.004 0.004 0.948 0.000 0.020 0.024
#> GSM11447 5 0.4527 0.1780 0.000 0.004 0.456 0.000 0.516 0.024
#> GSM11448 1 0.6736 0.4010 0.516 0.028 0.128 0.000 0.048 0.280
#> GSM11449 1 0.5087 0.5700 0.648 0.028 0.044 0.000 0.008 0.272
#> GSM11450 1 0.5064 0.5700 0.644 0.028 0.040 0.000 0.008 0.280
#> GSM11451 2 0.1901 0.6776 0.000 0.924 0.000 0.028 0.040 0.008
#> GSM11452 2 0.4571 0.5713 0.044 0.732 0.000 0.004 0.184 0.036
#> GSM11453 1 0.4503 0.1659 0.560 0.008 0.000 0.412 0.000 0.020
#> GSM11454 3 0.0748 0.7109 0.004 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004
#> GSM11455 2 0.4660 0.3330 0.000 0.600 0.000 0.344 0.000 0.056
#> GSM11456 6 0.6197 0.2004 0.008 0.228 0.000 0.000 0.368 0.396
#> GSM11457 2 0.5194 0.1100 0.004 0.488 0.000 0.000 0.432 0.076
#> GSM11458 3 0.0363 0.7154 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11459 3 0.5664 0.5888 0.104 0.024 0.608 0.000 0.008 0.256
#> GSM11460 3 0.5501 0.6300 0.052 0.040 0.656 0.000 0.024 0.228
#> GSM11461 3 0.0363 0.7154 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11462 1 0.6062 0.4626 0.592 0.032 0.168 0.004 0.004 0.200
#> GSM11463 5 0.2768 0.5920 0.000 0.012 0.156 0.000 0.832 0.000
#> GSM11464 1 0.2869 0.6753 0.832 0.000 0.000 0.148 0.000 0.020
#> GSM11465 4 0.4947 -0.0139 0.036 0.416 0.000 0.532 0.000 0.016
#> GSM11466 4 0.2119 0.7642 0.060 0.000 0.000 0.904 0.000 0.036
#> GSM11467 4 0.3742 0.6903 0.188 0.020 0.000 0.772 0.000 0.020
#> GSM11468 4 0.2030 0.7634 0.064 0.000 0.000 0.908 0.000 0.028
#> GSM11469 4 0.4034 0.5402 0.280 0.004 0.000 0.692 0.000 0.024
#> GSM11470 1 0.1913 0.7261 0.920 0.012 0.004 0.060 0.000 0.004
#> GSM11471 1 0.1693 0.7340 0.932 0.004 0.000 0.044 0.000 0.020
#> GSM11472 1 0.2179 0.7319 0.900 0.000 0.000 0.036 0.000 0.064
#> GSM11473 5 0.4301 0.2926 0.000 0.004 0.400 0.000 0.580 0.016
#> GSM11474 5 0.3706 0.4795 0.000 0.172 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM11475 6 0.5881 0.0189 0.328 0.032 0.044 0.012 0.016 0.568
#> GSM11476 6 0.5822 0.5902 0.004 0.096 0.000 0.116 0.132 0.652
#> GSM11477 2 0.3739 0.5904 0.000 0.776 0.000 0.008 0.176 0.040
#> GSM11478 2 0.3459 0.6396 0.000 0.792 0.000 0.172 0.004 0.032
#> GSM11479 5 0.4908 -0.1539 0.008 0.044 0.000 0.000 0.520 0.428
#> GSM11480 2 0.3459 0.6392 0.000 0.792 0.000 0.172 0.004 0.032
#> GSM11481 4 0.2129 0.7624 0.056 0.000 0.000 0.904 0.000 0.040
#> GSM11482 4 0.3602 0.6909 0.000 0.160 0.000 0.784 0.000 0.056
#> GSM11483 6 0.5272 0.2967 0.004 0.084 0.000 0.000 0.428 0.484
#> GSM11484 6 0.4860 0.3816 0.012 0.036 0.000 0.352 0.004 0.596
#> GSM11485 6 0.5958 0.5850 0.004 0.096 0.000 0.148 0.116 0.636
#> GSM11486 5 0.1257 0.5873 0.000 0.028 0.000 0.000 0.952 0.020
#> GSM11487 1 0.2747 0.7193 0.860 0.000 0.000 0.044 0.000 0.096
#> GSM11488 6 0.5416 0.5251 0.004 0.076 0.000 0.260 0.032 0.628
#> GSM11489 6 0.5786 0.3317 0.008 0.144 0.000 0.000 0.364 0.484
#> GSM11490 5 0.7245 -0.0616 0.032 0.028 0.304 0.000 0.348 0.288
#> GSM11491 1 0.1655 0.7297 0.936 0.012 0.004 0.044 0.000 0.004
#> GSM11492 6 0.3822 0.5674 0.060 0.000 0.000 0.012 0.140 0.788
#> GSM11493 6 0.5258 0.4857 0.004 0.060 0.000 0.300 0.024 0.612
#> GSM11494 6 0.4929 0.4328 0.012 0.020 0.044 0.000 0.252 0.672
#> GSM11495 6 0.4375 0.5670 0.008 0.036 0.000 0.008 0.240 0.708
#> GSM11496 5 0.4034 0.4632 0.000 0.004 0.280 0.000 0.692 0.024
#> GSM11497 5 0.1946 0.6015 0.000 0.004 0.072 0.000 0.912 0.012
#> GSM11498 5 0.4255 0.3268 0.012 0.020 0.004 0.000 0.692 0.272
#> GSM11499 6 0.5505 0.5690 0.004 0.048 0.000 0.068 0.248 0.632
#> GSM11500 5 0.3997 0.4586 0.000 0.004 0.288 0.000 0.688 0.020
#> GSM11501 4 0.3948 0.6607 0.000 0.188 0.000 0.748 0.000 0.064
#> GSM11502 2 0.5311 0.2966 0.024 0.556 0.000 0.004 0.368 0.048
#> GSM11503 5 0.2220 0.5925 0.004 0.012 0.016 0.000 0.908 0.060
#> GSM11504 6 0.3818 0.5962 0.004 0.000 0.000 0.084 0.128 0.784
#> GSM11505 5 0.1167 0.6013 0.000 0.008 0.020 0.000 0.960 0.012
#> GSM11506 5 0.1078 0.5998 0.000 0.008 0.016 0.000 0.964 0.012
#> GSM11507 2 0.2772 0.6681 0.000 0.876 0.000 0.036 0.068 0.020
#> GSM11508 6 0.5543 0.2508 0.036 0.028 0.192 0.000 0.072 0.672
#> GSM11509 1 0.5438 0.5721 0.644 0.032 0.016 0.000 0.060 0.248
#> GSM11510 6 0.5896 0.5715 0.052 0.032 0.000 0.056 0.232 0.628
#> GSM11511 3 0.0820 0.7159 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM11512 4 0.3759 0.5579 0.008 0.008 0.000 0.732 0.004 0.248
#> GSM11513 3 0.4586 0.6623 0.052 0.024 0.732 0.000 0.008 0.184
#> GSM11514 4 0.2191 0.7351 0.000 0.120 0.000 0.876 0.000 0.004
#> GSM11515 6 0.5016 0.4582 0.052 0.028 0.044 0.000 0.144 0.732
#> GSM11516 2 0.4595 0.6110 0.036 0.760 0.000 0.028 0.140 0.036
#> GSM11517 6 0.5015 0.0700 0.328 0.028 0.016 0.000 0.016 0.612
#> GSM11518 1 0.5849 0.4831 0.572 0.028 0.100 0.000 0.008 0.292
#> GSM11519 1 0.1621 0.7299 0.936 0.008 0.004 0.048 0.000 0.004
#> GSM11520 1 0.2983 0.7026 0.856 0.008 0.020 0.004 0.004 0.108
#> GSM11521 4 0.4444 0.5687 0.000 0.256 0.000 0.676 0.000 0.068
#> GSM11522 1 0.6045 0.4535 0.544 0.032 0.108 0.000 0.008 0.308
#> GSM11523 3 0.0363 0.7154 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11524 4 0.2119 0.7642 0.060 0.000 0.000 0.904 0.000 0.036
#> GSM11525 5 0.5124 -0.0469 0.008 0.444 0.000 0.000 0.488 0.060
#> GSM11526 6 0.5126 0.4790 0.012 0.044 0.000 0.012 0.336 0.596
#> GSM11527 5 0.5522 0.0572 0.000 0.168 0.000 0.000 0.544 0.288
#> GSM11528 6 0.6088 0.4814 0.000 0.276 0.000 0.060 0.108 0.556
#> GSM11529 2 0.5674 0.3183 0.048 0.552 0.000 0.004 0.344 0.052
#> GSM11530 1 0.3291 0.7210 0.828 0.000 0.004 0.064 0.000 0.104
#> GSM11531 5 0.1313 0.6051 0.000 0.016 0.028 0.000 0.952 0.004
#> GSM11532 6 0.4714 0.1928 0.312 0.012 0.012 0.024 0.000 0.640
#> GSM11533 5 0.3262 0.5162 0.008 0.196 0.000 0.000 0.788 0.008
#> GSM11534 6 0.6164 0.5336 0.012 0.232 0.000 0.084 0.076 0.596
#> GSM11535 5 0.2389 0.5551 0.000 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> GSM11536 4 0.3445 0.7000 0.000 0.156 0.000 0.796 0.000 0.048
#> GSM11537 2 0.3630 0.6085 0.000 0.756 0.000 0.212 0.000 0.032
#> GSM11538 4 0.3432 0.7014 0.000 0.148 0.000 0.800 0.000 0.052
#> GSM11539 5 0.2212 0.5624 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008
#> GSM11540 2 0.3978 0.5921 0.000 0.764 0.000 0.008 0.168 0.060
#> GSM11541 6 0.4645 0.5049 0.012 0.028 0.000 0.280 0.012 0.668
#> GSM11542 2 0.5764 0.2161 0.000 0.488 0.000 0.348 0.004 0.160
#> GSM11543 1 0.4578 0.5665 0.640 0.020 0.012 0.000 0.008 0.320
#> GSM11544 1 0.5180 0.5838 0.676 0.028 0.076 0.000 0.008 0.212
#> GSM11545 1 0.1655 0.7297 0.936 0.012 0.004 0.044 0.000 0.004
#> GSM11546 3 0.1814 0.6409 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM11547 3 0.1957 0.6282 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM11548 3 0.4900 0.6483 0.064 0.024 0.700 0.000 0.008 0.204
#> GSM11549 3 0.4161 0.6699 0.028 0.024 0.760 0.000 0.008 0.180
#> GSM11550 1 0.4673 0.6014 0.688 0.028 0.044 0.000 0.000 0.240
#> GSM11551 3 0.7069 0.4699 0.116 0.028 0.476 0.000 0.080 0.300
#> GSM11552 3 0.6713 0.1098 0.372 0.032 0.400 0.004 0.004 0.188
#> GSM11553 2 0.3699 0.6078 0.000 0.752 0.000 0.212 0.000 0.036
#> GSM11554 2 0.3669 0.6174 0.000 0.760 0.000 0.208 0.004 0.028
#> GSM11555 4 0.3278 0.7095 0.000 0.152 0.000 0.808 0.000 0.040
#> GSM11556 1 0.2679 0.7179 0.876 0.008 0.004 0.024 0.000 0.088
#> GSM11557 5 0.0935 0.5958 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> GSM11558 2 0.3621 0.6259 0.000 0.772 0.000 0.192 0.004 0.032
#> GSM11559 1 0.6087 0.1166 0.480 0.368 0.000 0.124 0.004 0.024
#> GSM11560 3 0.1680 0.7159 0.020 0.012 0.940 0.000 0.004 0.024
#> GSM11561 2 0.3669 0.6157 0.000 0.760 0.000 0.208 0.004 0.028
#> GSM11562 2 0.3630 0.6085 0.000 0.756 0.000 0.212 0.000 0.032
#> GSM11563 4 0.5086 0.3667 0.032 0.348 0.000 0.584 0.000 0.036
#> GSM11564 1 0.1333 0.7322 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM11565 1 0.1542 0.7321 0.936 0.004 0.000 0.052 0.000 0.008
#> GSM11566 2 0.3649 0.6510 0.000 0.820 0.000 0.032 0.092 0.056
#> GSM11567 4 0.3506 0.6976 0.000 0.156 0.000 0.792 0.000 0.052
#> GSM11568 2 0.5370 0.4324 0.048 0.616 0.000 0.004 0.288 0.044
#> GSM11569 2 0.2376 0.6740 0.000 0.884 0.000 0.096 0.012 0.008
#> GSM11570 1 0.5952 0.3017 0.516 0.016 0.016 0.356 0.000 0.096
#> GSM11571 1 0.7711 0.2346 0.436 0.260 0.048 0.004 0.176 0.076
#> GSM11572 4 0.3804 0.6625 0.020 0.196 0.000 0.764 0.000 0.020
#> GSM11573 4 0.3440 0.7354 0.116 0.040 0.000 0.824 0.000 0.020
#> GSM11574 2 0.4661 0.5922 0.056 0.708 0.000 0.212 0.004 0.020
#> GSM11575 3 0.8168 0.2114 0.240 0.032 0.324 0.000 0.192 0.212
#> GSM11576 3 0.2495 0.7058 0.060 0.016 0.892 0.000 0.000 0.032
#> GSM11577 2 0.4552 0.5482 0.024 0.668 0.000 0.280 0.000 0.028
#> GSM11578 2 0.5802 0.3923 0.280 0.572 0.000 0.124 0.008 0.016
#> GSM11579 2 0.6467 0.1228 0.000 0.492 0.000 0.060 0.144 0.304
#> GSM11580 2 0.5215 0.4965 0.052 0.656 0.000 0.008 0.248 0.036
#> GSM11581 4 0.3834 0.6602 0.116 0.000 0.000 0.776 0.000 0.108
#> GSM11582 4 0.1549 0.7687 0.044 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020
#> GSM11583 3 0.1198 0.7175 0.004 0.012 0.960 0.000 0.004 0.020
#> GSM11584 4 0.3354 0.7103 0.000 0.128 0.000 0.812 0.000 0.060
#> GSM11585 2 0.4672 0.6011 0.048 0.752 0.000 0.020 0.144 0.036
#> GSM11586 4 0.2791 0.7427 0.124 0.008 0.000 0.852 0.000 0.016
#> GSM11587 3 0.0363 0.7154 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11588 4 0.3649 0.7168 0.152 0.036 0.000 0.796 0.000 0.016
#> GSM11589 2 0.3570 0.6152 0.000 0.752 0.000 0.228 0.004 0.016
#> GSM11590 4 0.4437 0.4237 0.348 0.012 0.000 0.620 0.000 0.020
#> GSM11591 2 0.6321 0.2414 0.364 0.492 0.000 0.076 0.052 0.016
#> GSM11592 1 0.3495 0.6378 0.792 0.008 0.000 0.172 0.000 0.028
#> GSM11593 1 0.3268 0.6563 0.808 0.008 0.000 0.164 0.000 0.020
#> GSM11594 1 0.2833 0.6729 0.836 0.004 0.000 0.148 0.000 0.012
#> GSM11595 4 0.3384 0.7299 0.132 0.032 0.000 0.820 0.000 0.016
#> GSM11596 1 0.4669 0.5683 0.720 0.200 0.000 0.016 0.048 0.016
#> GSM11597 1 0.2365 0.7315 0.888 0.000 0.000 0.040 0.000 0.072
#> GSM11598 1 0.2314 0.7224 0.900 0.008 0.012 0.008 0.000 0.072
#> GSM11599 4 0.3236 0.6754 0.180 0.000 0.000 0.796 0.000 0.024
#> GSM11600 1 0.4580 0.1489 0.528 0.004 0.000 0.440 0.000 0.028
#> GSM11601 5 0.7161 0.0792 0.332 0.196 0.004 0.000 0.384 0.084
#> GSM11602 3 0.6513 0.4892 0.180 0.040 0.532 0.000 0.012 0.236
#> GSM11603 3 0.0767 0.7161 0.000 0.004 0.976 0.000 0.012 0.008
#> GSM11604 1 0.2783 0.6764 0.836 0.000 0.000 0.148 0.000 0.016
#> GSM11605 4 0.2266 0.7653 0.040 0.024 0.000 0.908 0.000 0.028
#> GSM11606 2 0.4540 0.6164 0.060 0.732 0.000 0.184 0.008 0.016
#> GSM11607 1 0.1699 0.7300 0.936 0.012 0.008 0.040 0.000 0.004
#> GSM11608 3 0.7054 0.1628 0.320 0.040 0.388 0.004 0.008 0.240
#> GSM11609 4 0.2402 0.7229 0.000 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:kmeans 172 0.1751 2
#> ATC:kmeans 107 0.0864 3
#> ATC:kmeans 145 0.0926 4
#> ATC:kmeans 83 0.2805 5
#> ATC:kmeans 117 0.4319 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.928 0.931 0.972 0.5031 0.497 0.497
#> 3 3 0.579 0.609 0.771 0.3140 0.744 0.530
#> 4 4 0.574 0.627 0.782 0.1300 0.796 0.483
#> 5 5 0.655 0.629 0.803 0.0639 0.855 0.511
#> 6 6 0.685 0.642 0.785 0.0407 0.915 0.631
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11438 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11439 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11440 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11441 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11442 2 0.8144 0.65317 0.252 0.748
#> GSM11443 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11444 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11445 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11446 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11447 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11448 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11449 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11450 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11453 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11454 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11455 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11456 2 1.0000 0.00618 0.496 0.504
#> GSM11457 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11458 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11460 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11462 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11463 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11464 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11465 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11466 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11467 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11468 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11469 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11470 1 0.9491 0.41862 0.632 0.368
#> GSM11471 2 0.1633 0.95183 0.024 0.976
#> GSM11472 2 0.6343 0.80075 0.160 0.840
#> GSM11473 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11474 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11475 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11476 2 0.9286 0.46499 0.344 0.656
#> GSM11477 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11479 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11480 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11481 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11482 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11483 2 0.7950 0.67400 0.240 0.760
#> GSM11484 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11485 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11486 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11487 2 0.9661 0.34697 0.392 0.608
#> GSM11488 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11489 1 0.7056 0.75530 0.808 0.192
#> GSM11490 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11491 1 0.9427 0.43789 0.640 0.360
#> GSM11492 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11493 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11494 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11495 1 0.7883 0.68970 0.764 0.236
#> GSM11496 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11497 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11498 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11499 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11500 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11501 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11502 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11503 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11504 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11505 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11506 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11509 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11510 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11512 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11513 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11514 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11515 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11516 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11517 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11518 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11519 2 0.0672 0.96593 0.008 0.992
#> GSM11520 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11521 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11522 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11523 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11524 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11525 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11526 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11527 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11528 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11530 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11531 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11532 1 0.8713 0.58981 0.708 0.292
#> GSM11533 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11534 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11535 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11536 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11537 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11538 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11539 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11541 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11543 1 0.0938 0.95784 0.988 0.012
#> GSM11544 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11545 1 0.9427 0.43795 0.640 0.360
#> GSM11546 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11547 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11548 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11549 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11552 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11555 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11556 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11557 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11560 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11563 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11564 2 0.3584 0.90898 0.068 0.932
#> GSM11565 2 0.0376 0.96919 0.004 0.996
#> GSM11566 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11568 1 0.8327 0.64246 0.736 0.264
#> GSM11569 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11570 2 0.4562 0.87982 0.096 0.904
#> GSM11571 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11572 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11573 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11574 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11575 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11576 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11577 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11578 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11579 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11580 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11581 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11582 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11583 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11584 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11585 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11586 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11587 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11588 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11589 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11590 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11591 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11592 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11593 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11594 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11595 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11596 2 0.6887 0.76771 0.184 0.816
#> GSM11597 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11598 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11599 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11600 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11601 1 0.0938 0.95759 0.988 0.012
#> GSM11602 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11604 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11605 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11606 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
#> GSM11607 1 0.9933 0.17790 0.548 0.452
#> GSM11608 1 0.0000 0.96815 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.0000 0.97252 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.0237 0.757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11438 2 0.5926 0.519 0.000 0.644 0.356
#> GSM11439 3 0.0237 0.757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11440 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11441 3 0.5968 0.754 0.364 0.000 0.636
#> GSM11442 2 0.7848 0.585 0.096 0.640 0.264
#> GSM11443 3 0.0237 0.753 0.000 0.004 0.996
#> GSM11444 3 0.3038 0.788 0.104 0.000 0.896
#> GSM11445 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11446 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11447 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11448 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11449 3 0.5905 0.763 0.352 0.000 0.648
#> GSM11450 3 0.5733 0.781 0.324 0.000 0.676
#> GSM11451 2 0.0000 0.698 0.000 1.000 0.000
#> GSM11452 2 0.0424 0.698 0.000 0.992 0.008
#> GSM11453 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11454 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11455 2 0.0592 0.695 0.012 0.988 0.000
#> GSM11456 2 0.5905 0.524 0.000 0.648 0.352
#> GSM11457 2 0.5926 0.519 0.000 0.644 0.356
#> GSM11458 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11459 3 0.5529 0.797 0.296 0.000 0.704
#> GSM11460 3 0.5216 0.812 0.260 0.000 0.740
#> GSM11461 3 0.5216 0.812 0.260 0.000 0.740
#> GSM11462 3 0.6095 0.729 0.392 0.000 0.608
#> GSM11463 3 0.0237 0.753 0.000 0.004 0.996
#> GSM11464 1 0.1163 0.591 0.972 0.028 0.000
#> GSM11465 2 0.6235 -0.290 0.436 0.564 0.000
#> GSM11466 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11467 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11468 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11469 1 0.5882 0.722 0.652 0.348 0.000
#> GSM11470 1 0.2537 0.500 0.920 0.000 0.080
#> GSM11471 1 0.0000 0.576 1.000 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.0424 0.571 0.992 0.000 0.008
#> GSM11473 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11474 2 0.6204 0.415 0.000 0.576 0.424
#> GSM11475 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11476 2 0.5956 0.613 0.016 0.720 0.264
#> GSM11477 2 0.1031 0.696 0.000 0.976 0.024
#> GSM11478 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11479 3 0.0237 0.753 0.000 0.004 0.996
#> GSM11480 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11481 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11482 2 0.6295 -0.417 0.472 0.528 0.000
#> GSM11483 2 0.5216 0.615 0.000 0.740 0.260
#> GSM11484 1 0.5948 0.716 0.640 0.360 0.000
#> GSM11485 2 0.4121 0.507 0.168 0.832 0.000
#> GSM11486 3 0.6291 -0.201 0.000 0.468 0.532
#> GSM11487 1 0.0424 0.571 0.992 0.000 0.008
#> GSM11488 2 0.6111 -0.193 0.396 0.604 0.000
#> GSM11489 2 0.5882 0.530 0.000 0.652 0.348
#> GSM11490 3 0.3551 0.795 0.132 0.000 0.868
#> GSM11491 1 0.2959 0.464 0.900 0.000 0.100
#> GSM11492 3 0.0747 0.753 0.016 0.000 0.984
#> GSM11493 1 0.6291 0.545 0.532 0.468 0.000
#> GSM11494 3 0.0237 0.757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11495 3 0.7752 -0.281 0.048 0.456 0.496
#> GSM11496 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11497 3 0.0237 0.753 0.000 0.004 0.996
#> GSM11498 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11499 2 0.8977 0.494 0.204 0.564 0.232
#> GSM11500 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11501 2 0.6307 -0.460 0.488 0.512 0.000
#> GSM11502 2 0.4931 0.627 0.000 0.768 0.232
#> GSM11503 3 0.0237 0.753 0.000 0.004 0.996
#> GSM11504 3 0.0237 0.757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11505 3 0.1289 0.730 0.000 0.032 0.968
#> GSM11506 3 0.1163 0.733 0.000 0.028 0.972
#> GSM11507 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11508 3 0.5178 0.812 0.256 0.000 0.744
#> GSM11509 3 0.4702 0.810 0.212 0.000 0.788
#> GSM11510 1 0.7451 0.669 0.636 0.304 0.060
#> GSM11511 3 0.5138 0.813 0.252 0.000 0.748
#> GSM11512 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11513 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11514 1 0.6062 0.690 0.616 0.384 0.000
#> GSM11515 3 0.0237 0.757 0.004 0.000 0.996
#> GSM11516 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11517 3 0.5216 0.812 0.260 0.000 0.740
#> GSM11518 3 0.5291 0.810 0.268 0.000 0.732
#> GSM11519 1 0.1643 0.598 0.956 0.044 0.000
#> GSM11520 3 0.5968 0.754 0.364 0.000 0.636
#> GSM11521 2 0.3752 0.551 0.144 0.856 0.000
#> GSM11522 3 0.5678 0.786 0.316 0.000 0.684
#> GSM11523 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11524 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11525 2 0.5926 0.519 0.000 0.644 0.356
#> GSM11526 3 0.0424 0.750 0.000 0.008 0.992
#> GSM11527 2 0.5926 0.519 0.000 0.644 0.356
#> GSM11528 2 0.0000 0.698 0.000 1.000 0.000
#> GSM11529 2 0.4887 0.629 0.000 0.772 0.228
#> GSM11530 1 0.6267 -0.500 0.548 0.000 0.452
#> GSM11531 3 0.0892 0.740 0.000 0.020 0.980
#> GSM11532 1 0.2356 0.517 0.928 0.000 0.072
#> GSM11533 3 0.6308 -0.261 0.000 0.492 0.508
#> GSM11534 2 0.1289 0.681 0.032 0.968 0.000
#> GSM11535 3 0.6295 -0.212 0.000 0.472 0.528
#> GSM11536 1 0.6126 0.670 0.600 0.400 0.000
#> GSM11537 2 0.0592 0.695 0.012 0.988 0.000
#> GSM11538 1 0.6126 0.670 0.600 0.400 0.000
#> GSM11539 3 0.6309 -0.270 0.000 0.496 0.504
#> GSM11540 2 0.0424 0.698 0.000 0.992 0.008
#> GSM11541 1 0.5926 0.720 0.644 0.356 0.000
#> GSM11542 2 0.2625 0.631 0.084 0.916 0.000
#> GSM11543 3 0.6154 0.712 0.408 0.000 0.592
#> GSM11544 3 0.5810 0.774 0.336 0.000 0.664
#> GSM11545 1 0.3116 0.448 0.892 0.000 0.108
#> GSM11546 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11547 3 0.0000 0.755 0.000 0.000 1.000
#> GSM11548 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11549 3 0.5216 0.812 0.260 0.000 0.740
#> GSM11550 3 0.6008 0.747 0.372 0.000 0.628
#> GSM11551 3 0.5178 0.812 0.256 0.000 0.744
#> GSM11552 3 0.5905 0.763 0.352 0.000 0.648
#> GSM11553 2 0.0592 0.695 0.012 0.988 0.000
#> GSM11554 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11555 1 0.6095 0.681 0.608 0.392 0.000
#> GSM11556 3 0.6140 0.717 0.404 0.000 0.596
#> GSM11557 2 0.6309 0.255 0.000 0.500 0.500
#> GSM11558 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11559 2 0.6215 -0.251 0.428 0.572 0.000
#> GSM11560 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11561 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11562 2 0.0592 0.695 0.012 0.988 0.000
#> GSM11563 1 0.6168 0.652 0.588 0.412 0.000
#> GSM11564 1 0.0237 0.574 0.996 0.000 0.004
#> GSM11565 1 0.0000 0.576 1.000 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.0237 0.698 0.000 0.996 0.004
#> GSM11567 1 0.6140 0.664 0.596 0.404 0.000
#> GSM11568 2 0.5810 0.546 0.000 0.664 0.336
#> GSM11569 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.576 1.000 0.000 0.000
#> GSM11571 3 0.7745 0.768 0.260 0.092 0.648
#> GSM11572 1 0.6095 0.680 0.608 0.392 0.000
#> GSM11573 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11574 2 0.5058 0.356 0.244 0.756 0.000
#> GSM11575 3 0.5178 0.812 0.256 0.000 0.744
#> GSM11576 3 0.5905 0.763 0.352 0.000 0.648
#> GSM11577 2 0.6295 -0.404 0.472 0.528 0.000
#> GSM11578 2 0.5363 0.286 0.276 0.724 0.000
#> GSM11579 2 0.0892 0.697 0.000 0.980 0.020
#> GSM11580 2 0.0475 0.699 0.004 0.992 0.004
#> GSM11581 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11582 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11583 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11584 1 0.6126 0.670 0.600 0.400 0.000
#> GSM11585 2 0.0424 0.697 0.008 0.992 0.000
#> GSM11586 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11587 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11588 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11589 2 0.4555 0.451 0.200 0.800 0.000
#> GSM11590 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11591 2 0.4605 0.456 0.204 0.796 0.000
#> GSM11592 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11593 1 0.4931 0.679 0.768 0.232 0.000
#> GSM11594 1 0.3879 0.645 0.848 0.152 0.000
#> GSM11595 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11596 2 0.6798 0.361 0.400 0.584 0.016
#> GSM11597 3 0.6168 0.708 0.412 0.000 0.588
#> GSM11598 1 0.6204 -0.451 0.576 0.000 0.424
#> GSM11599 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11600 1 0.5178 0.687 0.744 0.256 0.000
#> GSM11601 2 0.6302 0.305 0.000 0.520 0.480
#> GSM11602 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11603 3 0.5254 0.812 0.264 0.000 0.736
#> GSM11604 1 0.1031 0.589 0.976 0.024 0.000
#> GSM11605 1 0.5905 0.723 0.648 0.352 0.000
#> GSM11606 2 0.3267 0.590 0.116 0.884 0.000
#> GSM11607 1 0.2796 0.479 0.908 0.000 0.092
#> GSM11608 3 0.5882 0.766 0.348 0.000 0.652
#> GSM11609 1 0.5926 0.720 0.644 0.356 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.3610 0.6005 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM11438 3 0.4331 0.5360 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM11439 3 0.3123 0.6528 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM11440 4 0.1211 0.7461 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM11441 1 0.2281 0.7422 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM11442 3 0.7149 0.3717 0.000 0.264 0.552 0.184
#> GSM11443 3 0.0000 0.7506 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11444 3 0.4877 0.0298 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM11445 3 0.3925 0.6367 0.176 0.000 0.808 0.016
#> GSM11446 1 0.4661 0.6396 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM11447 3 0.2973 0.6643 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM11448 1 0.4103 0.7317 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM11449 1 0.1209 0.7188 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM11450 1 0.3377 0.7511 0.848 0.000 0.140 0.012
#> GSM11451 2 0.2494 0.7730 0.000 0.916 0.036 0.048
#> GSM11452 2 0.3853 0.6680 0.000 0.820 0.160 0.020
#> GSM11453 4 0.1452 0.7290 0.036 0.008 0.000 0.956
#> GSM11454 1 0.4543 0.6727 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM11455 2 0.3444 0.7082 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM11456 2 0.3975 0.5733 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM11457 2 0.4877 0.2302 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM11458 1 0.4304 0.7124 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM11459 1 0.3444 0.7529 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM11460 1 0.4406 0.6986 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM11461 1 0.4500 0.6822 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM11462 1 0.0779 0.7098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM11463 3 0.0188 0.7503 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM11464 4 0.4535 0.5565 0.292 0.004 0.000 0.704
#> GSM11465 2 0.4746 0.5295 0.008 0.688 0.000 0.304
#> GSM11466 4 0.1637 0.7474 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM11467 4 0.1724 0.7288 0.032 0.020 0.000 0.948
#> GSM11468 4 0.1940 0.7472 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM11469 4 0.1022 0.7326 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM11470 1 0.4313 0.4683 0.736 0.004 0.000 0.260
#> GSM11471 1 0.4401 0.4476 0.724 0.004 0.000 0.272
#> GSM11472 1 0.4999 -0.1358 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM11473 3 0.1302 0.7385 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM11474 3 0.3486 0.6620 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM11475 1 0.4679 0.6332 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM11476 2 0.7362 -0.0581 0.000 0.444 0.396 0.160
#> GSM11477 2 0.2266 0.7377 0.000 0.912 0.084 0.004
#> GSM11478 2 0.2675 0.7701 0.000 0.892 0.008 0.100
#> GSM11479 3 0.0921 0.7448 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM11480 2 0.2345 0.7675 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM11481 4 0.1940 0.7472 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM11482 4 0.4164 0.6512 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM11483 3 0.4564 0.4806 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM11484 4 0.3764 0.6968 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM11485 4 0.5206 0.5922 0.000 0.308 0.024 0.668
#> GSM11486 3 0.2647 0.7200 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM11487 4 0.5080 0.3312 0.420 0.004 0.000 0.576
#> GSM11488 4 0.4428 0.6504 0.000 0.276 0.004 0.720
#> GSM11489 3 0.4522 0.4918 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM11490 3 0.4925 -0.0486 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM11491 1 0.5055 0.2385 0.624 0.008 0.000 0.368
#> GSM11492 3 0.4462 0.6305 0.180 0.004 0.788 0.028
#> GSM11493 4 0.4155 0.6776 0.000 0.240 0.004 0.756
#> GSM11494 3 0.3444 0.6218 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM11495 3 0.5332 0.6186 0.000 0.184 0.736 0.080
#> GSM11496 3 0.1118 0.7418 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM11497 3 0.0000 0.7506 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11498 3 0.1474 0.7346 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM11499 3 0.7509 0.0244 0.000 0.188 0.452 0.360
#> GSM11500 3 0.1211 0.7402 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11501 4 0.4222 0.6419 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM11502 2 0.4313 0.5440 0.000 0.736 0.260 0.004
#> GSM11503 3 0.0469 0.7491 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM11504 3 0.5252 0.5842 0.208 0.004 0.736 0.052
#> GSM11505 3 0.0469 0.7503 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM11506 3 0.0336 0.7507 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM11507 2 0.3435 0.7750 0.000 0.864 0.036 0.100
#> GSM11508 1 0.4955 0.4448 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM11509 1 0.4967 0.3660 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM11510 4 0.6616 0.4057 0.000 0.108 0.308 0.584
#> GSM11511 1 0.4500 0.6830 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM11512 4 0.2814 0.7338 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM11513 1 0.4008 0.7375 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM11514 4 0.3942 0.6800 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM11515 3 0.4008 0.5278 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM11516 2 0.3796 0.7743 0.000 0.848 0.056 0.096
#> GSM11517 1 0.3688 0.7504 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM11518 1 0.3610 0.7516 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM11519 4 0.5290 0.3680 0.404 0.012 0.000 0.584
#> GSM11520 1 0.1488 0.7160 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM11521 4 0.4877 0.3839 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM11522 1 0.3649 0.7512 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM11523 1 0.4072 0.7339 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM11524 4 0.1118 0.7457 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM11525 3 0.4985 0.1372 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM11526 3 0.1452 0.7462 0.036 0.008 0.956 0.000
#> GSM11527 3 0.3726 0.6344 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM11528 2 0.2589 0.7134 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM11529 2 0.4453 0.5653 0.000 0.744 0.244 0.012
#> GSM11530 1 0.5809 0.5459 0.692 0.000 0.092 0.216
#> GSM11531 3 0.0188 0.7508 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM11532 4 0.5861 0.2220 0.472 0.024 0.004 0.500
#> GSM11533 3 0.4679 0.4299 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM11534 2 0.4477 0.4710 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM11535 3 0.2647 0.7196 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM11536 4 0.3975 0.6761 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM11537 2 0.2647 0.7600 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11538 4 0.3975 0.6761 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM11539 3 0.2704 0.7167 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM11540 2 0.1474 0.7523 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM11541 4 0.3649 0.7044 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM11542 2 0.4477 0.5145 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM11543 1 0.2983 0.7232 0.892 0.000 0.068 0.040
#> GSM11544 1 0.3052 0.7512 0.860 0.000 0.136 0.004
#> GSM11545 1 0.4313 0.4683 0.736 0.004 0.000 0.260
#> GSM11546 3 0.4040 0.5200 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM11547 3 0.3942 0.5429 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM11548 1 0.4164 0.7272 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM11549 1 0.4477 0.6872 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM11550 1 0.0707 0.7139 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM11551 1 0.4477 0.6872 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM11552 1 0.1792 0.7320 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM11553 2 0.2647 0.7600 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11554 2 0.2530 0.7639 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM11555 4 0.3942 0.6800 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM11556 1 0.1975 0.6914 0.936 0.000 0.016 0.048
#> GSM11557 3 0.2647 0.7196 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM11558 2 0.2408 0.7665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM11559 2 0.5427 0.5007 0.016 0.568 0.000 0.416
#> GSM11560 1 0.3610 0.7514 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM11561 2 0.2647 0.7600 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11562 2 0.2647 0.7600 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM11563 4 0.5285 0.2228 0.008 0.468 0.000 0.524
#> GSM11564 4 0.5161 0.1909 0.476 0.004 0.000 0.520
#> GSM11565 1 0.4428 0.4406 0.720 0.004 0.000 0.276
#> GSM11566 2 0.1118 0.7560 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM11567 4 0.4103 0.6593 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM11568 2 0.3933 0.6278 0.000 0.792 0.200 0.008
#> GSM11569 2 0.3182 0.7747 0.000 0.876 0.028 0.096
#> GSM11570 4 0.5157 0.6086 0.284 0.028 0.000 0.688
#> GSM11571 1 0.6808 0.5256 0.560 0.120 0.320 0.000
#> GSM11572 4 0.4891 0.5976 0.012 0.308 0.000 0.680
#> GSM11573 4 0.1520 0.7314 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM11574 2 0.4776 0.6822 0.016 0.712 0.000 0.272
#> GSM11575 1 0.4543 0.6837 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM11576 1 0.3074 0.7533 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM11577 2 0.3852 0.6931 0.008 0.800 0.000 0.192
#> GSM11578 2 0.5339 0.5805 0.020 0.624 0.000 0.356
#> GSM11579 2 0.0779 0.7572 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM11580 2 0.4055 0.7595 0.000 0.832 0.108 0.060
#> GSM11581 4 0.1940 0.7472 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM11582 4 0.2216 0.7444 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM11583 1 0.4331 0.7091 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM11584 4 0.3975 0.6761 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM11585 2 0.4879 0.7664 0.000 0.780 0.092 0.128
#> GSM11586 4 0.1520 0.7340 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM11587 1 0.3528 0.7526 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM11588 4 0.1624 0.7301 0.028 0.020 0.000 0.952
#> GSM11589 2 0.3219 0.7285 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM11590 4 0.1706 0.7254 0.036 0.016 0.000 0.948
#> GSM11591 2 0.5619 0.5927 0.040 0.640 0.000 0.320
#> GSM11592 4 0.2089 0.7198 0.048 0.020 0.000 0.932
#> GSM11593 4 0.4855 0.5700 0.268 0.020 0.000 0.712
#> GSM11594 4 0.4910 0.5639 0.276 0.020 0.000 0.704
#> GSM11595 4 0.1520 0.7314 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM11596 2 0.7768 0.3953 0.260 0.524 0.016 0.200
#> GSM11597 1 0.2973 0.6180 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM11598 1 0.2647 0.6342 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11599 4 0.0524 0.7398 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM11600 4 0.3384 0.6943 0.116 0.024 0.000 0.860
#> GSM11601 3 0.5180 0.4945 0.016 0.308 0.672 0.004
#> GSM11602 1 0.3975 0.7393 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM11603 1 0.4134 0.7293 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM11604 4 0.4535 0.5565 0.292 0.004 0.000 0.704
#> GSM11605 4 0.2647 0.7376 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM11606 2 0.4661 0.6955 0.016 0.728 0.000 0.256
#> GSM11607 1 0.4283 0.4736 0.740 0.004 0.000 0.256
#> GSM11608 1 0.3024 0.7532 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM11609 4 0.3569 0.7063 0.000 0.196 0.000 0.804
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.4192 0.4334 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM11438 5 0.1502 0.7735 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> GSM11439 5 0.3876 0.6163 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> GSM11440 4 0.5296 0.5234 0.280 0.084 0.000 0.636 0.000
#> GSM11441 3 0.4890 0.6382 0.224 0.000 0.708 0.060 0.008
#> GSM11442 4 0.5015 0.1996 0.004 0.020 0.008 0.612 0.356
#> GSM11443 5 0.2516 0.7988 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM11444 3 0.3949 0.4115 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM11445 5 0.6289 0.5474 0.000 0.000 0.228 0.236 0.536
#> GSM11446 3 0.1043 0.8380 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM11447 5 0.3661 0.6744 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM11448 3 0.0324 0.8513 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM11449 3 0.2648 0.7641 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM11450 3 0.1792 0.8272 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0963 0.8186 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM11452 2 0.2848 0.7855 0.028 0.868 0.000 0.000 0.104
#> GSM11453 1 0.4734 0.4677 0.704 0.064 0.000 0.232 0.000
#> GSM11454 3 0.0609 0.8476 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM11455 2 0.3884 0.4627 0.004 0.708 0.000 0.288 0.000
#> GSM11456 5 0.5501 -0.0348 0.000 0.444 0.000 0.064 0.492
#> GSM11457 5 0.4126 0.2859 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM11458 3 0.0404 0.8498 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM11459 3 0.0609 0.8494 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM11460 3 0.0510 0.8490 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM11461 3 0.1121 0.8366 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM11462 3 0.2852 0.7382 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM11463 5 0.2690 0.7943 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM11464 1 0.1121 0.6738 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM11465 2 0.5158 0.4001 0.080 0.656 0.000 0.264 0.000
#> GSM11466 4 0.5304 0.5375 0.272 0.088 0.000 0.640 0.000
#> GSM11467 1 0.5580 0.2588 0.576 0.088 0.000 0.336 0.000
#> GSM11468 4 0.4901 0.6090 0.216 0.084 0.000 0.700 0.000
#> GSM11469 1 0.5639 0.1293 0.524 0.080 0.000 0.396 0.000
#> GSM11470 1 0.1792 0.6730 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.1544 0.6798 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.2983 0.6680 0.868 0.000 0.076 0.056 0.000
#> GSM11473 5 0.2929 0.7752 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM11474 5 0.1661 0.7912 0.000 0.036 0.024 0.000 0.940
#> GSM11475 3 0.1564 0.8415 0.004 0.000 0.948 0.024 0.024
#> GSM11476 4 0.4472 0.5315 0.000 0.076 0.004 0.760 0.160
#> GSM11477 2 0.1671 0.8002 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM11478 2 0.0671 0.8235 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM11479 5 0.2516 0.8004 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM11480 2 0.0865 0.8222 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM11481 4 0.4850 0.6004 0.224 0.076 0.000 0.700 0.000
#> GSM11482 4 0.4489 0.6791 0.068 0.192 0.000 0.740 0.000
#> GSM11483 5 0.4187 0.6836 0.004 0.032 0.004 0.192 0.768
#> GSM11484 4 0.1168 0.6361 0.008 0.000 0.000 0.960 0.032
#> GSM11485 4 0.2536 0.6210 0.004 0.052 0.000 0.900 0.044
#> GSM11486 5 0.0955 0.7982 0.000 0.004 0.028 0.000 0.968
#> GSM11487 1 0.3320 0.6225 0.828 0.000 0.012 0.152 0.008
#> GSM11488 4 0.1569 0.6312 0.004 0.008 0.000 0.944 0.044
#> GSM11489 5 0.4033 0.7074 0.004 0.068 0.004 0.116 0.808
#> GSM11490 3 0.3579 0.6020 0.000 0.000 0.756 0.004 0.240
#> GSM11491 1 0.1197 0.6834 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM11492 5 0.7182 0.2758 0.032 0.000 0.184 0.392 0.392
#> GSM11493 4 0.1041 0.6367 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM11494 5 0.5498 0.4788 0.000 0.000 0.356 0.076 0.568
#> GSM11495 5 0.4530 0.4523 0.004 0.000 0.008 0.376 0.612
#> GSM11496 5 0.2605 0.7955 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM11497 5 0.2471 0.8001 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM11498 5 0.2732 0.7894 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM11499 4 0.4070 0.4433 0.004 0.012 0.000 0.728 0.256
#> GSM11500 5 0.2648 0.7938 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM11501 4 0.4337 0.6758 0.052 0.204 0.000 0.744 0.000
#> GSM11502 2 0.3707 0.5990 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM11503 5 0.2966 0.7722 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM11504 4 0.5644 0.2470 0.000 0.000 0.144 0.628 0.228
#> GSM11505 5 0.2179 0.8043 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM11506 5 0.2179 0.8043 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM11507 2 0.0162 0.8245 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11508 3 0.2370 0.8122 0.000 0.000 0.904 0.056 0.040
#> GSM11509 3 0.6339 0.2583 0.188 0.000 0.508 0.000 0.304
#> GSM11510 4 0.4719 0.5119 0.056 0.012 0.000 0.736 0.196
#> GSM11511 3 0.0703 0.8459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM11512 4 0.2228 0.6611 0.040 0.028 0.000 0.920 0.012
#> GSM11513 3 0.0162 0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11514 4 0.5375 0.6423 0.136 0.200 0.000 0.664 0.000
#> GSM11515 3 0.4823 0.4827 0.000 0.000 0.672 0.052 0.276
#> GSM11516 2 0.1211 0.8240 0.024 0.960 0.000 0.000 0.016
#> GSM11517 3 0.2901 0.8144 0.020 0.000 0.888 0.048 0.044
#> GSM11518 3 0.0609 0.8495 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM11519 1 0.0579 0.6812 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> GSM11520 3 0.4268 0.2843 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM11521 4 0.4249 0.6051 0.016 0.296 0.000 0.688 0.000
#> GSM11522 3 0.0880 0.8474 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM11523 3 0.0162 0.8511 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11524 4 0.5304 0.5031 0.292 0.080 0.000 0.628 0.000
#> GSM11525 5 0.3242 0.6152 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM11526 5 0.3734 0.7850 0.000 0.000 0.128 0.060 0.812
#> GSM11527 5 0.1673 0.7812 0.000 0.032 0.008 0.016 0.944
#> GSM11528 4 0.5385 0.1190 0.000 0.432 0.000 0.512 0.056
#> GSM11529 2 0.4302 0.6396 0.032 0.720 0.000 0.000 0.248
#> GSM11530 1 0.6341 0.1562 0.496 0.000 0.396 0.076 0.032
#> GSM11531 5 0.2329 0.8028 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM11532 4 0.4405 0.5277 0.040 0.000 0.152 0.780 0.028
#> GSM11533 5 0.3327 0.7146 0.000 0.144 0.028 0.000 0.828
#> GSM11534 4 0.5078 0.3421 0.004 0.388 0.000 0.576 0.032
#> GSM11535 5 0.1568 0.7979 0.000 0.020 0.036 0.000 0.944
#> GSM11536 4 0.4466 0.6809 0.076 0.176 0.000 0.748 0.000
#> GSM11537 2 0.0794 0.8192 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM11538 4 0.4502 0.6807 0.076 0.180 0.000 0.744 0.000
#> GSM11539 5 0.1469 0.7990 0.000 0.016 0.036 0.000 0.948
#> GSM11540 2 0.1956 0.8013 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM11541 4 0.0880 0.6364 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM11542 4 0.4658 0.2039 0.012 0.484 0.000 0.504 0.000
#> GSM11543 3 0.5922 0.4664 0.284 0.000 0.604 0.096 0.016
#> GSM11544 3 0.1792 0.8254 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.1851 0.6712 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM11546 3 0.4242 0.0933 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM11547 3 0.4307 -0.1675 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM11548 3 0.0162 0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11549 3 0.0609 0.8479 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM11550 3 0.3508 0.6484 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM11551 3 0.0609 0.8472 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM11552 3 0.2230 0.7909 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0703 0.8205 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM11554 2 0.0510 0.8229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM11555 4 0.4818 0.6722 0.100 0.180 0.000 0.720 0.000
#> GSM11556 1 0.4489 0.0966 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> GSM11557 5 0.1281 0.7982 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956
#> GSM11558 2 0.0865 0.8223 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM11559 2 0.5027 0.5062 0.304 0.640 0.000 0.056 0.000
#> GSM11560 3 0.0510 0.8510 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0609 0.8218 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM11562 2 0.0794 0.8192 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM11563 2 0.5870 0.2321 0.140 0.584 0.000 0.276 0.000
#> GSM11564 1 0.1281 0.6836 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM11565 1 0.1410 0.6813 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.1956 0.8013 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM11567 4 0.4605 0.6781 0.076 0.192 0.000 0.732 0.000
#> GSM11568 2 0.3961 0.6949 0.028 0.760 0.000 0.000 0.212
#> GSM11569 2 0.0290 0.8244 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11570 4 0.5446 0.3720 0.360 0.004 0.060 0.576 0.000
#> GSM11571 3 0.5197 0.6060 0.020 0.188 0.712 0.000 0.080
#> GSM11572 2 0.6243 -0.1444 0.148 0.472 0.000 0.380 0.000
#> GSM11573 1 0.5618 0.2314 0.564 0.088 0.000 0.348 0.000
#> GSM11574 2 0.1845 0.8095 0.056 0.928 0.000 0.016 0.000
#> GSM11575 3 0.2179 0.7810 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM11576 3 0.1608 0.8287 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM11577 2 0.2676 0.7710 0.036 0.884 0.000 0.080 0.000
#> GSM11578 2 0.3491 0.6738 0.228 0.768 0.000 0.004 0.000
#> GSM11579 2 0.4810 0.6308 0.000 0.712 0.000 0.204 0.084
#> GSM11580 2 0.1894 0.8052 0.008 0.920 0.000 0.000 0.072
#> GSM11581 4 0.4325 0.6378 0.180 0.064 0.000 0.756 0.000
#> GSM11582 4 0.4982 0.6041 0.220 0.088 0.000 0.692 0.000
#> GSM11583 3 0.0404 0.8498 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM11584 4 0.4334 0.6825 0.080 0.156 0.000 0.764 0.000
#> GSM11585 2 0.0898 0.8244 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> GSM11586 1 0.5700 0.1402 0.532 0.088 0.000 0.380 0.000
#> GSM11587 3 0.0510 0.8511 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.5552 0.2749 0.584 0.088 0.000 0.328 0.000
#> GSM11589 2 0.1571 0.7975 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> GSM11590 1 0.5116 0.4217 0.668 0.084 0.000 0.248 0.000
#> GSM11591 2 0.3844 0.6439 0.256 0.736 0.000 0.004 0.004
#> GSM11592 1 0.4385 0.5197 0.752 0.068 0.000 0.180 0.000
#> GSM11593 1 0.0955 0.6751 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> GSM11594 1 0.0703 0.6772 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM11595 1 0.5618 0.2314 0.564 0.088 0.000 0.348 0.000
#> GSM11596 2 0.6192 0.3849 0.348 0.548 0.072 0.000 0.032
#> GSM11597 1 0.3932 0.3655 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM11598 1 0.3684 0.4502 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> GSM11599 4 0.5579 0.3406 0.368 0.080 0.000 0.552 0.000
#> GSM11600 1 0.4452 -0.0795 0.500 0.004 0.000 0.496 0.000
#> GSM11601 5 0.3173 0.7396 0.016 0.112 0.016 0.000 0.856
#> GSM11602 3 0.0451 0.8514 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM11603 3 0.0162 0.8511 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11604 1 0.1043 0.6753 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM11605 4 0.4612 0.6382 0.180 0.084 0.000 0.736 0.000
#> GSM11606 2 0.1628 0.8122 0.056 0.936 0.000 0.008 0.000
#> GSM11607 1 0.2020 0.6647 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.1478 0.8323 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM11609 4 0.5006 0.6588 0.136 0.156 0.000 0.708 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 5 0.5015 0.4536 0.004 0.000 0.352 0.000 0.572 0.072
#> GSM11438 5 0.2799 0.6980 0.000 0.076 0.000 0.000 0.860 0.064
#> GSM11439 5 0.5010 0.5786 0.004 0.000 0.252 0.000 0.636 0.108
#> GSM11440 4 0.2019 0.7296 0.088 0.000 0.000 0.900 0.000 0.012
#> GSM11441 3 0.5855 0.4377 0.224 0.000 0.540 0.004 0.004 0.228
#> GSM11442 6 0.3754 0.6699 0.004 0.016 0.000 0.092 0.076 0.812
#> GSM11443 5 0.1995 0.7637 0.000 0.000 0.052 0.000 0.912 0.036
#> GSM11444 3 0.5360 0.4426 0.012 0.000 0.604 0.000 0.268 0.116
#> GSM11445 6 0.5682 0.3118 0.004 0.000 0.100 0.028 0.276 0.592
#> GSM11446 3 0.2772 0.7910 0.004 0.000 0.864 0.000 0.040 0.092
#> GSM11447 5 0.4716 0.6145 0.000 0.000 0.224 0.000 0.668 0.108
#> GSM11448 3 0.2032 0.8212 0.036 0.000 0.920 0.000 0.020 0.024
#> GSM11449 3 0.3566 0.7515 0.156 0.000 0.788 0.000 0.000 0.056
#> GSM11450 3 0.3595 0.7689 0.120 0.000 0.796 0.000 0.000 0.084
#> GSM11451 2 0.0146 0.8132 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM11452 2 0.2415 0.7904 0.040 0.900 0.000 0.000 0.036 0.024
#> GSM11453 4 0.3991 0.2389 0.472 0.000 0.000 0.524 0.000 0.004
#> GSM11454 3 0.1251 0.8216 0.008 0.000 0.956 0.000 0.024 0.012
#> GSM11455 2 0.4549 0.5581 0.000 0.680 0.000 0.232 0.000 0.088
#> GSM11456 5 0.6713 -0.0562 0.000 0.316 0.000 0.036 0.384 0.264
#> GSM11457 5 0.4624 0.4600 0.004 0.280 0.000 0.004 0.660 0.052
#> GSM11458 3 0.1078 0.8211 0.008 0.000 0.964 0.000 0.012 0.016
#> GSM11459 3 0.1745 0.8153 0.020 0.000 0.924 0.000 0.000 0.056
#> GSM11460 3 0.2076 0.8190 0.016 0.000 0.920 0.004 0.020 0.040
#> GSM11461 3 0.2395 0.8045 0.012 0.000 0.892 0.000 0.076 0.020
#> GSM11462 3 0.4031 0.6961 0.188 0.000 0.748 0.004 0.000 0.060
#> GSM11463 5 0.1444 0.7661 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM11464 1 0.3394 0.6888 0.776 0.000 0.000 0.200 0.000 0.024
#> GSM11465 2 0.4537 0.0290 0.024 0.488 0.000 0.484 0.000 0.004
#> GSM11466 4 0.2149 0.7297 0.080 0.004 0.000 0.900 0.000 0.016
#> GSM11467 4 0.3744 0.6445 0.256 0.016 0.000 0.724 0.000 0.004
#> GSM11468 4 0.1511 0.7265 0.044 0.004 0.000 0.940 0.000 0.012
#> GSM11469 4 0.3014 0.7017 0.184 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012
#> GSM11470 1 0.1364 0.8065 0.952 0.000 0.016 0.020 0.000 0.012
#> GSM11471 1 0.1483 0.8040 0.944 0.000 0.008 0.036 0.000 0.012
#> GSM11472 1 0.4523 0.7631 0.760 0.000 0.060 0.096 0.000 0.084
#> GSM11473 5 0.3163 0.7333 0.000 0.000 0.140 0.000 0.820 0.040
#> GSM11474 5 0.1440 0.7408 0.004 0.012 0.004 0.000 0.948 0.032
#> GSM11475 3 0.3493 0.7987 0.044 0.000 0.828 0.008 0.012 0.108
#> GSM11476 6 0.4890 0.6429 0.000 0.048 0.000 0.196 0.056 0.700
#> GSM11477 2 0.1536 0.8025 0.000 0.940 0.000 0.004 0.040 0.016
#> GSM11478 2 0.1010 0.8130 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM11479 5 0.3650 0.7360 0.000 0.000 0.092 0.000 0.792 0.116
#> GSM11480 2 0.1857 0.8055 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> GSM11481 4 0.2058 0.7230 0.056 0.000 0.000 0.908 0.000 0.036
#> GSM11482 4 0.3013 0.6382 0.000 0.088 0.000 0.844 0.000 0.068
#> GSM11483 6 0.4735 0.1478 0.004 0.040 0.000 0.000 0.416 0.540
#> GSM11484 6 0.3890 0.4815 0.000 0.004 0.000 0.400 0.000 0.596
#> GSM11485 6 0.4145 0.6278 0.000 0.048 0.000 0.252 0.000 0.700
#> GSM11486 5 0.1285 0.7529 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM11487 1 0.4121 0.6928 0.736 0.000 0.004 0.060 0.000 0.200
#> GSM11488 6 0.4131 0.6194 0.000 0.040 0.000 0.272 0.000 0.688
#> GSM11489 5 0.4807 0.1878 0.000 0.048 0.000 0.004 0.556 0.392
#> GSM11490 3 0.5028 0.5795 0.012 0.000 0.668 0.000 0.196 0.124
#> GSM11491 1 0.1798 0.8041 0.932 0.000 0.028 0.020 0.000 0.020
#> GSM11492 6 0.4404 0.5943 0.016 0.000 0.072 0.040 0.088 0.784
#> GSM11493 6 0.3789 0.5781 0.000 0.008 0.000 0.332 0.000 0.660
#> GSM11494 6 0.6485 -0.1577 0.016 0.000 0.308 0.000 0.332 0.344
#> GSM11495 6 0.3309 0.5941 0.004 0.000 0.004 0.028 0.148 0.816
#> GSM11496 5 0.3261 0.7399 0.000 0.000 0.104 0.000 0.824 0.072
#> GSM11497 5 0.1333 0.7668 0.000 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM11498 5 0.3726 0.7267 0.004 0.000 0.124 0.000 0.792 0.080
#> GSM11499 6 0.4649 0.6735 0.004 0.016 0.000 0.172 0.084 0.724
#> GSM11500 5 0.3150 0.7421 0.000 0.000 0.104 0.000 0.832 0.064
#> GSM11501 4 0.4240 0.5181 0.000 0.140 0.000 0.736 0.000 0.124
#> GSM11502 2 0.4238 0.6263 0.016 0.720 0.000 0.000 0.228 0.036
#> GSM11503 5 0.2979 0.7492 0.000 0.000 0.116 0.000 0.840 0.044
#> GSM11504 6 0.4302 0.6719 0.004 0.000 0.040 0.120 0.060 0.776
#> GSM11505 5 0.1720 0.7644 0.000 0.000 0.040 0.000 0.928 0.032
#> GSM11506 5 0.1794 0.7645 0.000 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> GSM11507 2 0.0725 0.8143 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> GSM11508 3 0.3801 0.6998 0.016 0.000 0.740 0.000 0.012 0.232
#> GSM11509 3 0.7096 0.2561 0.264 0.000 0.440 0.000 0.116 0.180
#> GSM11510 6 0.5957 0.4325 0.020 0.012 0.000 0.344 0.100 0.524
#> GSM11511 3 0.1726 0.8183 0.012 0.000 0.932 0.000 0.044 0.012
#> GSM11512 4 0.3244 0.4185 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM11513 3 0.1923 0.8109 0.016 0.000 0.916 0.000 0.004 0.064
#> GSM11514 4 0.2164 0.7144 0.020 0.060 0.000 0.908 0.000 0.012
#> GSM11515 3 0.5524 0.4984 0.012 0.000 0.592 0.000 0.144 0.252
#> GSM11516 2 0.1693 0.8014 0.032 0.936 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM11517 3 0.4497 0.6769 0.052 0.000 0.692 0.000 0.012 0.244
#> GSM11518 3 0.2294 0.8078 0.036 0.000 0.892 0.000 0.000 0.072
#> GSM11519 1 0.1838 0.8059 0.928 0.000 0.012 0.040 0.000 0.020
#> GSM11520 1 0.4514 0.3129 0.588 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040
#> GSM11521 4 0.5356 0.2564 0.000 0.248 0.000 0.584 0.000 0.168
#> GSM11522 3 0.2483 0.8172 0.056 0.000 0.892 0.004 0.004 0.044
#> GSM11523 3 0.0665 0.8214 0.008 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004
#> GSM11524 4 0.2112 0.7278 0.088 0.000 0.000 0.896 0.000 0.016
#> GSM11525 5 0.3781 0.5733 0.004 0.204 0.000 0.000 0.756 0.036
#> GSM11526 5 0.5203 0.4294 0.000 0.000 0.100 0.004 0.580 0.316
#> GSM11527 5 0.2882 0.6736 0.000 0.028 0.000 0.004 0.848 0.120
#> GSM11528 6 0.6401 0.1530 0.000 0.364 0.000 0.176 0.032 0.428
#> GSM11529 2 0.4435 0.6799 0.044 0.744 0.000 0.000 0.168 0.044
#> GSM11530 1 0.7464 0.2110 0.428 0.000 0.320 0.088 0.048 0.116
#> GSM11531 5 0.1461 0.7666 0.000 0.000 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM11532 6 0.6566 0.3356 0.040 0.000 0.192 0.344 0.000 0.424
#> GSM11533 5 0.2067 0.7254 0.004 0.064 0.004 0.000 0.912 0.016
#> GSM11534 2 0.6421 -0.1241 0.000 0.380 0.004 0.280 0.008 0.328
#> GSM11535 5 0.0951 0.7485 0.000 0.004 0.008 0.000 0.968 0.020
#> GSM11536 4 0.2197 0.6826 0.000 0.056 0.000 0.900 0.000 0.044
#> GSM11537 2 0.1285 0.8107 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM11538 4 0.2258 0.6807 0.000 0.060 0.000 0.896 0.000 0.044
#> GSM11539 5 0.0551 0.7506 0.000 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> GSM11540 2 0.1959 0.8046 0.000 0.924 0.000 0.024 0.020 0.032
#> GSM11541 6 0.3819 0.5319 0.000 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624
#> GSM11542 4 0.5556 0.0604 0.000 0.412 0.000 0.452 0.000 0.136
#> GSM11543 3 0.5919 0.3320 0.292 0.000 0.512 0.004 0.004 0.188
#> GSM11544 3 0.3229 0.7632 0.140 0.000 0.816 0.000 0.000 0.044
#> GSM11545 1 0.1528 0.8044 0.944 0.000 0.028 0.016 0.000 0.012
#> GSM11546 5 0.3854 0.2499 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM11547 5 0.3737 0.4395 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM11548 3 0.0976 0.8215 0.008 0.000 0.968 0.000 0.008 0.016
#> GSM11549 3 0.0748 0.8225 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016 0.000
#> GSM11550 3 0.3781 0.6969 0.204 0.000 0.756 0.004 0.000 0.036
#> GSM11551 3 0.1426 0.8188 0.008 0.000 0.948 0.000 0.028 0.016
#> GSM11552 3 0.3705 0.7370 0.144 0.000 0.792 0.008 0.000 0.056
#> GSM11553 2 0.1349 0.8098 0.000 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> GSM11554 2 0.1152 0.8115 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM11555 4 0.2322 0.6876 0.004 0.064 0.000 0.896 0.000 0.036
#> GSM11556 1 0.4609 0.6063 0.684 0.000 0.244 0.012 0.000 0.060
#> GSM11557 5 0.0405 0.7515 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM11558 2 0.1528 0.8093 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> GSM11559 2 0.5743 0.5222 0.192 0.596 0.000 0.188 0.000 0.024
#> GSM11560 3 0.2128 0.8094 0.056 0.000 0.908 0.004 0.000 0.032
#> GSM11561 2 0.1285 0.8107 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM11562 2 0.1411 0.8088 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> GSM11563 4 0.4830 0.2116 0.040 0.412 0.000 0.540 0.000 0.008
#> GSM11564 1 0.2649 0.7974 0.880 0.000 0.016 0.076 0.000 0.028
#> GSM11565 1 0.1555 0.8042 0.940 0.000 0.008 0.040 0.000 0.012
#> GSM11566 2 0.2332 0.8001 0.000 0.904 0.000 0.040 0.020 0.036
#> GSM11567 4 0.2318 0.6786 0.000 0.064 0.000 0.892 0.000 0.044
#> GSM11568 2 0.4303 0.6848 0.032 0.748 0.000 0.004 0.184 0.032
#> GSM11569 2 0.0777 0.8134 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM11570 4 0.6291 0.2739 0.256 0.000 0.136 0.544 0.000 0.064
#> GSM11571 3 0.7002 0.5036 0.104 0.120 0.568 0.000 0.156 0.052
#> GSM11572 4 0.4088 0.5923 0.040 0.240 0.000 0.716 0.000 0.004
#> GSM11573 4 0.3608 0.6553 0.248 0.012 0.000 0.736 0.000 0.004
#> GSM11574 2 0.2865 0.7849 0.080 0.868 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM11575 3 0.3596 0.6095 0.008 0.000 0.740 0.000 0.244 0.008
#> GSM11576 3 0.3313 0.7516 0.148 0.000 0.812 0.004 0.000 0.036
#> GSM11577 2 0.3481 0.6713 0.012 0.756 0.000 0.228 0.000 0.004
#> GSM11578 2 0.3969 0.7032 0.188 0.760 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM11579 2 0.5565 0.4871 0.000 0.632 0.000 0.128 0.036 0.204
#> GSM11580 2 0.1768 0.8083 0.012 0.936 0.000 0.008 0.032 0.012
#> GSM11581 4 0.1856 0.7133 0.032 0.000 0.000 0.920 0.000 0.048
#> GSM11582 4 0.1296 0.7299 0.044 0.004 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM11583 3 0.1570 0.8199 0.016 0.000 0.944 0.004 0.008 0.028
#> GSM11584 4 0.1995 0.6890 0.000 0.036 0.000 0.912 0.000 0.052
#> GSM11585 2 0.2014 0.8004 0.032 0.924 0.000 0.004 0.016 0.024
#> GSM11586 4 0.3329 0.6670 0.236 0.004 0.000 0.756 0.000 0.004
#> GSM11587 3 0.1332 0.8210 0.028 0.000 0.952 0.000 0.008 0.012
#> GSM11588 4 0.3733 0.6150 0.288 0.008 0.000 0.700 0.000 0.004
#> GSM11589 2 0.2632 0.7477 0.000 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> GSM11590 4 0.3942 0.4884 0.368 0.004 0.000 0.624 0.000 0.004
#> GSM11591 2 0.4314 0.6306 0.252 0.704 0.000 0.020 0.004 0.020
#> GSM11592 4 0.4300 0.2524 0.456 0.004 0.000 0.528 0.000 0.012
#> GSM11593 1 0.2482 0.7256 0.848 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004
#> GSM11594 1 0.2624 0.7592 0.856 0.000 0.000 0.124 0.000 0.020
#> GSM11595 4 0.3481 0.6715 0.228 0.012 0.000 0.756 0.000 0.004
#> GSM11596 2 0.6527 0.2431 0.348 0.492 0.080 0.004 0.012 0.064
#> GSM11597 1 0.5395 0.6023 0.632 0.000 0.248 0.040 0.000 0.080
#> GSM11598 1 0.3590 0.6870 0.776 0.000 0.188 0.004 0.000 0.032
#> GSM11599 4 0.2302 0.7237 0.120 0.000 0.000 0.872 0.000 0.008
#> GSM11600 4 0.3337 0.6304 0.260 0.000 0.000 0.736 0.000 0.004
#> GSM11601 5 0.3868 0.6803 0.020 0.084 0.012 0.004 0.820 0.060
#> GSM11602 3 0.2263 0.8136 0.036 0.000 0.908 0.004 0.008 0.044
#> GSM11603 3 0.1579 0.8194 0.020 0.000 0.944 0.004 0.008 0.024
#> GSM11604 1 0.3394 0.6868 0.776 0.000 0.000 0.200 0.000 0.024
#> GSM11605 4 0.1434 0.7187 0.024 0.008 0.000 0.948 0.000 0.020
#> GSM11606 2 0.2629 0.7877 0.080 0.880 0.000 0.020 0.000 0.020
#> GSM11607 1 0.1622 0.8038 0.940 0.000 0.028 0.016 0.000 0.016
#> GSM11608 3 0.3265 0.7683 0.112 0.000 0.828 0.004 0.000 0.056
#> GSM11609 4 0.1332 0.7157 0.008 0.028 0.000 0.952 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:skmeans 166 0.2629 2
#> ATC:skmeans 147 0.4449 3
#> ATC:skmeans 144 0.4963 4
#> ATC:skmeans 134 0.0952 5
#> ATC:skmeans 140 0.5003 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.203 0.512 0.798 0.4840 0.515 0.515
#> 3 3 0.295 0.500 0.736 0.3510 0.652 0.421
#> 4 4 0.418 0.395 0.638 0.1268 0.759 0.421
#> 5 5 0.614 0.607 0.757 0.0701 0.745 0.286
#> 6 6 0.700 0.608 0.779 0.0430 0.906 0.603
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.2423 0.69637 0.960 0.040
#> GSM11438 2 0.9358 0.36365 0.352 0.648
#> GSM11439 1 0.3879 0.69548 0.924 0.076
#> GSM11440 1 0.9427 0.36237 0.640 0.360
#> GSM11441 1 0.6973 0.64529 0.812 0.188
#> GSM11442 2 0.9710 0.37168 0.400 0.600
#> GSM11443 1 0.9933 -0.01688 0.548 0.452
#> GSM11444 1 0.2778 0.70475 0.952 0.048
#> GSM11445 1 0.9323 0.23530 0.652 0.348
#> GSM11446 1 0.3733 0.69728 0.928 0.072
#> GSM11447 1 0.2778 0.69221 0.952 0.048
#> GSM11448 1 0.7453 0.63264 0.788 0.212
#> GSM11449 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11450 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11451 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.7602 0.54453 0.220 0.780
#> GSM11453 1 0.7299 0.61594 0.796 0.204
#> GSM11454 1 0.2423 0.69566 0.960 0.040
#> GSM11455 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.8555 0.50066 0.280 0.720
#> GSM11457 2 0.9323 0.36174 0.348 0.652
#> GSM11458 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0672 0.70343 0.992 0.008
#> GSM11460 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.3431 0.70014 0.936 0.064
#> GSM11462 1 0.0672 0.70343 0.992 0.008
#> GSM11463 2 0.9881 0.18661 0.436 0.564
#> GSM11464 1 0.8016 0.60751 0.756 0.244
#> GSM11465 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11466 1 0.9896 0.34230 0.560 0.440
#> GSM11467 2 0.9866 0.01157 0.432 0.568
#> GSM11468 2 0.9909 0.26488 0.444 0.556
#> GSM11469 1 0.4815 0.69682 0.896 0.104
#> GSM11470 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11471 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11472 1 0.7528 0.63416 0.784 0.216
#> GSM11473 1 0.8955 0.36408 0.688 0.312
#> GSM11474 2 1.0000 0.09342 0.500 0.500
#> GSM11475 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11476 2 0.8499 0.53035 0.276 0.724
#> GSM11477 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11479 1 1.0000 -0.11696 0.500 0.500
#> GSM11480 2 0.0376 0.70015 0.004 0.996
#> GSM11481 2 0.9944 0.26459 0.456 0.544
#> GSM11482 2 0.7299 0.57431 0.204 0.796
#> GSM11483 2 0.4161 0.68876 0.084 0.916
#> GSM11484 1 0.8144 0.52450 0.748 0.252
#> GSM11485 2 0.9209 0.47693 0.336 0.664
#> GSM11486 2 0.9850 0.28162 0.428 0.572
#> GSM11487 1 0.6148 0.66358 0.848 0.152
#> GSM11488 2 0.9044 0.49305 0.320 0.680
#> GSM11489 2 0.9170 0.39090 0.332 0.668
#> GSM11490 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11491 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11492 1 0.9522 0.13713 0.628 0.372
#> GSM11493 2 0.9608 0.40874 0.384 0.616
#> GSM11494 1 0.2778 0.69221 0.952 0.048
#> GSM11495 1 0.8661 0.40953 0.712 0.288
#> GSM11496 1 0.9710 0.07072 0.600 0.400
#> GSM11497 1 0.9833 0.00321 0.576 0.424
#> GSM11498 1 0.1633 0.70057 0.976 0.024
#> GSM11499 2 0.9754 0.36597 0.408 0.592
#> GSM11500 1 0.9881 -0.00505 0.564 0.436
#> GSM11501 2 0.4431 0.67975 0.092 0.908
#> GSM11502 2 0.7815 0.53520 0.232 0.768
#> GSM11503 2 0.9491 0.33123 0.368 0.632
#> GSM11504 1 0.2043 0.70057 0.968 0.032
#> GSM11505 1 0.9954 -0.03085 0.540 0.460
#> GSM11506 1 0.9833 0.00321 0.576 0.424
#> GSM11507 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.2236 0.69528 0.964 0.036
#> GSM11509 1 0.8499 0.59680 0.724 0.276
#> GSM11510 1 0.7674 0.60317 0.776 0.224
#> GSM11511 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11512 1 0.8016 0.54074 0.756 0.244
#> GSM11513 1 0.0376 0.70233 0.996 0.004
#> GSM11514 2 0.9000 0.31083 0.316 0.684
#> GSM11515 1 0.9833 0.00321 0.576 0.424
#> GSM11516 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11517 1 0.9427 0.19544 0.640 0.360
#> GSM11518 1 0.3274 0.70521 0.940 0.060
#> GSM11519 1 0.9129 0.52055 0.672 0.328
#> GSM11520 1 0.2603 0.70572 0.956 0.044
#> GSM11521 2 0.2236 0.69299 0.036 0.964
#> GSM11522 1 0.0672 0.70343 0.992 0.008
#> GSM11523 1 0.1843 0.70511 0.972 0.028
#> GSM11524 1 0.9087 0.38342 0.676 0.324
#> GSM11525 2 0.8443 0.48838 0.272 0.728
#> GSM11526 1 0.5178 0.66821 0.884 0.116
#> GSM11527 1 0.9977 -0.13094 0.528 0.472
#> GSM11528 2 0.7745 0.57915 0.228 0.772
#> GSM11529 2 0.7602 0.54496 0.220 0.780
#> GSM11530 1 0.3431 0.70577 0.936 0.064
#> GSM11531 2 0.9460 0.33600 0.364 0.636
#> GSM11532 1 0.2043 0.70175 0.968 0.032
#> GSM11533 2 0.9248 0.36410 0.340 0.660
#> GSM11534 2 0.6247 0.66380 0.156 0.844
#> GSM11535 2 0.9522 0.33404 0.372 0.628
#> GSM11536 2 0.2423 0.69396 0.040 0.960
#> GSM11537 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11538 1 0.9963 0.04419 0.536 0.464
#> GSM11539 1 0.9996 -0.08989 0.512 0.488
#> GSM11540 2 0.0672 0.69948 0.008 0.992
#> GSM11541 1 0.9933 -0.09831 0.548 0.452
#> GSM11542 2 0.2778 0.68204 0.048 0.952
#> GSM11543 1 0.7745 0.62674 0.772 0.228
#> GSM11544 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11545 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11546 1 0.3879 0.69548 0.924 0.076
#> GSM11547 1 0.3879 0.69548 0.924 0.076
#> GSM11548 1 0.0376 0.70306 0.996 0.004
#> GSM11549 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.6712 0.64644 0.824 0.176
#> GSM11551 1 0.2778 0.69221 0.952 0.048
#> GSM11552 1 0.0376 0.70301 0.996 0.004
#> GSM11553 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11555 2 0.3879 0.67910 0.076 0.924
#> GSM11556 1 0.1633 0.70307 0.976 0.024
#> GSM11557 2 0.9000 0.48285 0.316 0.684
#> GSM11558 2 0.1414 0.69829 0.020 0.980
#> GSM11559 1 0.9754 0.38302 0.592 0.408
#> GSM11560 1 0.2236 0.70592 0.964 0.036
#> GSM11561 2 0.0672 0.69948 0.008 0.992
#> GSM11562 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11563 2 0.2778 0.68204 0.048 0.952
#> GSM11564 1 0.8016 0.61327 0.756 0.244
#> GSM11565 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11566 2 0.0672 0.69948 0.008 0.992
#> GSM11567 2 0.2043 0.69367 0.032 0.968
#> GSM11568 1 0.9922 0.31591 0.552 0.448
#> GSM11569 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11570 1 0.5519 0.63925 0.872 0.128
#> GSM11571 1 0.8909 0.56169 0.692 0.308
#> GSM11572 2 0.6438 0.57946 0.164 0.836
#> GSM11573 2 0.9850 0.02311 0.428 0.572
#> GSM11574 2 0.9286 0.20382 0.344 0.656
#> GSM11575 1 0.8443 0.60154 0.728 0.272
#> GSM11576 1 0.4022 0.70263 0.920 0.080
#> GSM11577 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11578 1 0.9815 0.39935 0.580 0.420
#> GSM11579 2 0.3114 0.68827 0.056 0.944
#> GSM11580 2 0.5178 0.64687 0.116 0.884
#> GSM11581 1 0.9427 0.32319 0.640 0.360
#> GSM11582 1 0.9881 0.17854 0.564 0.436
#> GSM11583 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11584 2 0.7056 0.58210 0.192 0.808
#> GSM11585 2 0.0000 0.70054 0.000 1.000
#> GSM11586 2 0.9850 0.02311 0.428 0.572
#> GSM11587 1 0.7299 0.63600 0.796 0.204
#> GSM11588 2 0.9922 -0.03461 0.448 0.552
#> GSM11589 2 0.5408 0.62608 0.124 0.876
#> GSM11590 1 0.9881 0.32309 0.564 0.436
#> GSM11591 1 0.9754 0.41537 0.592 0.408
#> GSM11592 2 0.9922 -0.08659 0.448 0.552
#> GSM11593 1 0.9552 0.44441 0.624 0.376
#> GSM11594 1 0.9286 0.49651 0.656 0.344
#> GSM11595 2 0.9833 0.03403 0.424 0.576
#> GSM11596 2 0.9944 0.04132 0.456 0.544
#> GSM11597 1 0.4298 0.70410 0.912 0.088
#> GSM11598 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11599 1 0.7745 0.55004 0.772 0.228
#> GSM11600 1 0.5408 0.64272 0.876 0.124
#> GSM11601 1 0.8207 0.61191 0.744 0.256
#> GSM11602 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.70222 1.000 0.000
#> GSM11604 1 0.6973 0.63190 0.812 0.188
#> GSM11605 1 0.9393 0.28354 0.644 0.356
#> GSM11606 2 0.8207 0.40575 0.256 0.744
#> GSM11607 1 0.7745 0.62343 0.772 0.228
#> GSM11608 1 0.0672 0.70343 0.992 0.008
#> GSM11609 2 0.3879 0.67910 0.076 0.924
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 1 0.6633 0.05337 0.548 0.444 0.008
#> GSM11438 2 0.5987 0.63927 0.208 0.756 0.036
#> GSM11439 2 0.7826 0.26156 0.312 0.612 0.076
#> GSM11440 3 0.5455 0.53119 0.184 0.028 0.788
#> GSM11441 1 0.3987 0.63981 0.872 0.020 0.108
#> GSM11442 2 0.7157 0.62120 0.188 0.712 0.100
#> GSM11443 2 0.1753 0.62339 0.048 0.952 0.000
#> GSM11444 1 0.7906 0.52871 0.656 0.220 0.124
#> GSM11445 1 0.7230 0.17622 0.616 0.344 0.040
#> GSM11446 1 0.6244 0.21047 0.560 0.440 0.000
#> GSM11447 2 0.4702 0.49506 0.212 0.788 0.000
#> GSM11448 1 0.3550 0.64445 0.896 0.024 0.080
#> GSM11449 1 0.4121 0.63877 0.832 0.000 0.168
#> GSM11450 1 0.5363 0.60440 0.724 0.000 0.276
#> GSM11451 3 0.5327 0.56247 0.000 0.272 0.728
#> GSM11452 2 0.9543 0.36618 0.220 0.476 0.304
#> GSM11453 1 0.6680 0.33590 0.508 0.008 0.484
#> GSM11454 2 0.6307 -0.03286 0.488 0.512 0.000
#> GSM11455 3 0.5706 0.55356 0.000 0.320 0.680
#> GSM11456 2 0.9392 -0.01298 0.172 0.436 0.392
#> GSM11457 2 0.5816 0.63452 0.224 0.752 0.024
#> GSM11458 1 0.5178 0.51278 0.744 0.256 0.000
#> GSM11459 1 0.1643 0.62697 0.956 0.044 0.000
#> GSM11460 1 0.3482 0.58821 0.872 0.128 0.000
#> GSM11461 1 0.7377 0.08308 0.516 0.452 0.032
#> GSM11462 1 0.0424 0.63609 0.992 0.000 0.008
#> GSM11463 2 0.4235 0.52835 0.176 0.824 0.000
#> GSM11464 1 0.6677 0.53363 0.652 0.024 0.324
#> GSM11465 3 0.2066 0.70294 0.000 0.060 0.940
#> GSM11466 3 0.5726 0.47811 0.216 0.024 0.760
#> GSM11467 3 0.1031 0.69978 0.024 0.000 0.976
#> GSM11468 3 0.8484 0.53022 0.196 0.188 0.616
#> GSM11469 1 0.5360 0.63037 0.768 0.012 0.220
#> GSM11470 1 0.5560 0.59294 0.700 0.000 0.300
#> GSM11471 1 0.5560 0.59294 0.700 0.000 0.300
#> GSM11472 1 0.5919 0.60745 0.724 0.016 0.260
#> GSM11473 2 0.4452 0.51727 0.192 0.808 0.000
#> GSM11474 2 0.5298 0.65522 0.164 0.804 0.032
#> GSM11475 1 0.0592 0.63308 0.988 0.012 0.000
#> GSM11476 3 0.9292 0.33607 0.176 0.332 0.492
#> GSM11477 2 0.5397 0.45522 0.000 0.720 0.280
#> GSM11478 2 0.6314 0.15179 0.004 0.604 0.392
#> GSM11479 2 0.5461 0.63491 0.244 0.748 0.008
#> GSM11480 3 0.5706 0.54166 0.000 0.320 0.680
#> GSM11481 1 0.9767 0.00266 0.428 0.244 0.328
#> GSM11482 3 0.6699 0.55930 0.044 0.256 0.700
#> GSM11483 2 0.5852 0.52680 0.044 0.776 0.180
#> GSM11484 1 0.8966 0.27504 0.560 0.256 0.184
#> GSM11485 2 0.6892 0.58339 0.152 0.736 0.112
#> GSM11486 2 0.2793 0.64870 0.044 0.928 0.028
#> GSM11487 1 0.3482 0.58000 0.872 0.128 0.000
#> GSM11488 2 0.8852 -0.00525 0.120 0.484 0.396
#> GSM11489 2 0.6348 0.62891 0.212 0.740 0.048
#> GSM11490 1 0.4002 0.57605 0.840 0.160 0.000
#> GSM11491 1 0.5560 0.59294 0.700 0.000 0.300
#> GSM11492 2 0.7156 0.39598 0.400 0.572 0.028
#> GSM11493 2 0.9574 0.29464 0.232 0.476 0.292
#> GSM11494 2 0.7250 0.34734 0.396 0.572 0.032
#> GSM11495 2 0.6481 0.61608 0.224 0.728 0.048
#> GSM11496 2 0.4121 0.54123 0.168 0.832 0.000
#> GSM11497 2 0.3918 0.61385 0.140 0.856 0.004
#> GSM11498 1 0.6126 0.19672 0.600 0.400 0.000
#> GSM11499 2 0.7138 0.60258 0.160 0.720 0.120
#> GSM11500 2 0.1399 0.62693 0.028 0.968 0.004
#> GSM11501 3 0.7138 0.55205 0.044 0.312 0.644
#> GSM11502 2 0.9408 0.39521 0.196 0.488 0.316
#> GSM11503 2 0.3755 0.63067 0.120 0.872 0.008
#> GSM11504 1 0.6678 0.52154 0.728 0.208 0.064
#> GSM11505 2 0.2496 0.64814 0.068 0.928 0.004
#> GSM11506 2 0.2301 0.64880 0.060 0.936 0.004
#> GSM11507 2 0.5968 0.27601 0.000 0.636 0.364
#> GSM11508 1 0.5660 0.53802 0.772 0.200 0.028
#> GSM11509 2 0.9718 0.32674 0.260 0.452 0.288
#> GSM11510 1 0.9027 0.23492 0.532 0.308 0.160
#> GSM11511 1 0.5216 0.51064 0.740 0.260 0.000
#> GSM11512 3 0.9581 0.33533 0.268 0.252 0.480
#> GSM11513 1 0.4887 0.54014 0.772 0.228 0.000
#> GSM11514 3 0.1751 0.70643 0.012 0.028 0.960
#> GSM11515 2 0.6556 0.60200 0.276 0.692 0.032
#> GSM11516 3 0.4178 0.61771 0.000 0.172 0.828
#> GSM11517 1 0.6522 0.40248 0.696 0.272 0.032
#> GSM11518 1 0.5327 0.60635 0.728 0.000 0.272
#> GSM11519 1 0.6140 0.46344 0.596 0.000 0.404
#> GSM11520 1 0.2711 0.64650 0.912 0.000 0.088
#> GSM11521 3 0.7164 0.54691 0.044 0.316 0.640
#> GSM11522 1 0.0424 0.63609 0.992 0.000 0.008
#> GSM11523 1 0.5216 0.51064 0.740 0.260 0.000
#> GSM11524 3 0.4677 0.65670 0.132 0.028 0.840
#> GSM11525 2 0.6142 0.63415 0.212 0.748 0.040
#> GSM11526 2 0.6653 0.57615 0.288 0.680 0.032
#> GSM11527 2 0.5360 0.64101 0.220 0.768 0.012
#> GSM11528 3 0.7164 0.54691 0.044 0.316 0.640
#> GSM11529 2 0.9347 0.41430 0.212 0.512 0.276
#> GSM11530 1 0.6262 0.59990 0.696 0.020 0.284
#> GSM11531 2 0.4982 0.63628 0.064 0.840 0.096
#> GSM11532 1 0.2636 0.62923 0.932 0.020 0.048
#> GSM11533 2 0.9070 0.42767 0.172 0.536 0.292
#> GSM11534 1 0.9956 -0.22809 0.360 0.288 0.352
#> GSM11535 2 0.4602 0.66156 0.152 0.832 0.016
#> GSM11536 3 0.6662 0.56383 0.044 0.252 0.704
#> GSM11537 3 0.5465 0.57483 0.000 0.288 0.712
#> GSM11538 3 0.5058 0.65064 0.148 0.032 0.820
#> GSM11539 2 0.3272 0.65631 0.104 0.892 0.004
#> GSM11540 2 0.5098 0.47743 0.000 0.752 0.248
#> GSM11541 1 0.5470 0.56130 0.796 0.036 0.168
#> GSM11542 3 0.5815 0.57420 0.004 0.304 0.692
#> GSM11543 1 0.8966 0.44948 0.560 0.184 0.256
#> GSM11544 1 0.5363 0.60440 0.724 0.000 0.276
#> GSM11545 1 0.5363 0.60440 0.724 0.000 0.276
#> GSM11546 2 0.6095 0.21349 0.392 0.608 0.000
#> GSM11547 2 0.6180 0.16270 0.416 0.584 0.000
#> GSM11548 1 0.2261 0.62491 0.932 0.068 0.000
#> GSM11549 1 0.4235 0.56568 0.824 0.176 0.000
#> GSM11550 1 0.0475 0.63541 0.992 0.004 0.004
#> GSM11551 1 0.5560 0.13843 0.700 0.300 0.000
#> GSM11552 1 0.0475 0.63465 0.992 0.004 0.004
#> GSM11553 3 0.2066 0.70217 0.000 0.060 0.940
#> GSM11554 3 0.2066 0.70217 0.000 0.060 0.940
#> GSM11555 3 0.7027 0.55715 0.044 0.296 0.660
#> GSM11556 1 0.0983 0.63666 0.980 0.004 0.016
#> GSM11557 2 0.2663 0.64831 0.044 0.932 0.024
#> GSM11558 3 0.6126 0.52782 0.004 0.352 0.644
#> GSM11559 3 0.6698 0.36412 0.280 0.036 0.684
#> GSM11560 1 0.5455 0.56954 0.788 0.184 0.028
#> GSM11561 3 0.6126 0.52782 0.004 0.352 0.644
#> GSM11562 3 0.2066 0.70217 0.000 0.060 0.940
#> GSM11563 3 0.2066 0.70217 0.000 0.060 0.940
#> GSM11564 1 0.5560 0.59683 0.700 0.000 0.300
#> GSM11565 1 0.5560 0.59294 0.700 0.000 0.300
#> GSM11566 2 0.5098 0.47743 0.000 0.752 0.248
#> GSM11567 3 0.3780 0.69679 0.044 0.064 0.892
#> GSM11568 2 0.9571 0.36101 0.224 0.472 0.304
#> GSM11569 3 0.3816 0.64223 0.000 0.148 0.852
#> GSM11570 1 0.4953 0.57321 0.808 0.016 0.176
#> GSM11571 1 0.9976 -0.10340 0.356 0.344 0.300
#> GSM11572 3 0.0592 0.70444 0.000 0.012 0.988
#> GSM11573 3 0.0892 0.70031 0.020 0.000 0.980
#> GSM11574 3 0.2492 0.70169 0.016 0.048 0.936
#> GSM11575 2 0.9823 0.21658 0.336 0.412 0.252
#> GSM11576 1 0.4821 0.60362 0.840 0.120 0.040
#> GSM11577 3 0.2165 0.70286 0.000 0.064 0.936
#> GSM11578 3 0.5810 0.24390 0.336 0.000 0.664
#> GSM11579 3 0.7360 0.35755 0.032 0.440 0.528
#> GSM11580 3 0.8827 -0.12195 0.120 0.384 0.496
#> GSM11581 3 0.5355 0.63139 0.160 0.036 0.804
#> GSM11582 3 0.3181 0.69547 0.064 0.024 0.912
#> GSM11583 1 0.4974 0.52146 0.764 0.236 0.000
#> GSM11584 3 0.4146 0.69216 0.044 0.080 0.876
#> GSM11585 3 0.3551 0.66193 0.000 0.132 0.868
#> GSM11586 3 0.2050 0.70234 0.020 0.028 0.952
#> GSM11587 1 0.6188 0.54238 0.744 0.216 0.040
#> GSM11588 3 0.5591 0.24627 0.304 0.000 0.696
#> GSM11589 3 0.4413 0.67783 0.008 0.160 0.832
#> GSM11590 3 0.6252 -0.19206 0.444 0.000 0.556
#> GSM11591 1 0.9302 0.26068 0.424 0.160 0.416
#> GSM11592 3 0.3454 0.65437 0.104 0.008 0.888
#> GSM11593 1 0.6274 0.38160 0.544 0.000 0.456
#> GSM11594 1 0.6225 0.42878 0.568 0.000 0.432
#> GSM11595 3 0.0747 0.70093 0.016 0.000 0.984
#> GSM11596 2 0.9738 0.32987 0.264 0.448 0.288
#> GSM11597 1 0.8258 0.49220 0.604 0.112 0.284
#> GSM11598 1 0.4235 0.63753 0.824 0.000 0.176
#> GSM11599 3 0.7187 -0.21483 0.480 0.024 0.496
#> GSM11600 1 0.4679 0.58847 0.832 0.020 0.148
#> GSM11601 1 0.9113 0.39889 0.528 0.172 0.300
#> GSM11602 1 0.3816 0.58024 0.852 0.148 0.000
#> GSM11603 1 0.4974 0.52146 0.764 0.236 0.000
#> GSM11604 1 0.6617 0.41840 0.556 0.008 0.436
#> GSM11605 3 0.6337 0.53872 0.264 0.028 0.708
#> GSM11606 3 0.2384 0.70148 0.008 0.056 0.936
#> GSM11607 1 0.5397 0.60294 0.720 0.000 0.280
#> GSM11608 1 0.0237 0.63390 0.996 0.004 0.000
#> GSM11609 3 0.2793 0.69767 0.044 0.028 0.928
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 2 0.9926 -0.0250 0.244 0.308 0.240 0.208
#> GSM11438 2 0.3047 0.6835 0.116 0.872 0.012 0.000
#> GSM11439 2 0.6355 0.4683 0.076 0.576 0.348 0.000
#> GSM11440 4 0.2345 0.6332 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM11441 1 0.5154 0.6481 0.776 0.072 0.140 0.012
#> GSM11442 4 0.4543 0.4038 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM11443 2 0.3172 0.6449 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM11444 1 0.7182 0.5194 0.600 0.188 0.200 0.012
#> GSM11445 4 0.8345 0.2001 0.288 0.036 0.204 0.472
#> GSM11446 3 0.7251 -0.2748 0.144 0.416 0.440 0.000
#> GSM11447 2 0.6123 0.4984 0.000 0.600 0.336 0.064
#> GSM11448 1 0.4720 0.6365 0.720 0.016 0.264 0.000
#> GSM11449 1 0.3764 0.6501 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM11450 1 0.1389 0.6534 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11451 3 0.9491 0.3416 0.212 0.212 0.416 0.160
#> GSM11452 2 0.5329 0.4147 0.420 0.568 0.012 0.000
#> GSM11453 1 0.5007 0.1515 0.636 0.000 0.008 0.356
#> GSM11454 3 0.6108 -0.3066 0.048 0.424 0.528 0.000
#> GSM11455 3 0.9171 0.3135 0.096 0.216 0.424 0.264
#> GSM11456 2 0.8687 0.0628 0.112 0.468 0.312 0.108
#> GSM11457 2 0.2976 0.6841 0.120 0.872 0.008 0.000
#> GSM11458 3 0.6682 -0.2351 0.312 0.112 0.576 0.000
#> GSM11459 1 0.5500 0.4746 0.520 0.016 0.464 0.000
#> GSM11460 1 0.6940 0.5232 0.540 0.056 0.376 0.028
#> GSM11461 3 0.7716 -0.2909 0.224 0.380 0.396 0.000
#> GSM11462 1 0.4500 0.6164 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM11463 2 0.3803 0.6579 0.032 0.836 0.132 0.000
#> GSM11464 4 0.4877 0.3521 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM11465 3 0.8597 0.3773 0.304 0.032 0.396 0.268
#> GSM11466 4 0.3569 0.6216 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM11467 3 0.7772 0.3485 0.368 0.000 0.392 0.240
#> GSM11468 4 0.3724 0.6270 0.084 0.040 0.012 0.864
#> GSM11469 1 0.6352 0.5580 0.656 0.000 0.188 0.156
#> GSM11470 1 0.0336 0.6300 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM11471 1 0.0188 0.6324 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11472 1 0.2780 0.6578 0.912 0.024 0.048 0.016
#> GSM11473 2 0.4605 0.5263 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM11474 2 0.1716 0.6931 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM11475 1 0.5090 0.6137 0.672 0.004 0.312 0.012
#> GSM11476 4 0.3577 0.5835 0.000 0.156 0.012 0.832
#> GSM11477 2 0.4199 0.6219 0.044 0.824 0.128 0.004
#> GSM11478 2 0.7028 0.2970 0.000 0.568 0.172 0.260
#> GSM11479 2 0.2814 0.6847 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM11480 3 0.8389 0.2748 0.024 0.292 0.424 0.260
#> GSM11481 4 0.2704 0.6412 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM11482 4 0.4898 0.0584 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM11483 2 0.2888 0.6398 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM11484 4 0.4781 0.5843 0.212 0.036 0.000 0.752
#> GSM11485 4 0.4955 0.1982 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM11486 2 0.1059 0.6896 0.016 0.972 0.012 0.000
#> GSM11487 1 0.5774 0.5077 0.696 0.008 0.060 0.236
#> GSM11488 4 0.3975 0.5168 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM11489 2 0.3401 0.6736 0.152 0.840 0.008 0.000
#> GSM11490 1 0.8708 0.3760 0.480 0.068 0.232 0.220
#> GSM11491 1 0.0336 0.6300 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM11492 2 0.7341 0.3083 0.220 0.528 0.000 0.252
#> GSM11493 4 0.3945 0.6371 0.064 0.076 0.008 0.852
#> GSM11494 2 0.8050 0.2099 0.060 0.472 0.096 0.372
#> GSM11495 2 0.6052 0.4745 0.076 0.640 0.000 0.284
#> GSM11496 2 0.3873 0.6119 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM11497 2 0.3479 0.6646 0.012 0.840 0.148 0.000
#> GSM11498 1 0.6560 0.3146 0.576 0.356 0.048 0.020
#> GSM11499 4 0.4454 0.4241 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM11500 2 0.1637 0.6805 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM11501 3 0.7623 0.1844 0.000 0.204 0.416 0.380
#> GSM11502 2 0.5172 0.4401 0.404 0.588 0.008 0.000
#> GSM11503 2 0.3176 0.6826 0.036 0.880 0.084 0.000
#> GSM11504 4 0.6204 0.5123 0.192 0.004 0.124 0.680
#> GSM11505 2 0.2522 0.6830 0.016 0.908 0.076 0.000
#> GSM11506 2 0.2450 0.6838 0.016 0.912 0.072 0.000
#> GSM11507 2 0.6772 0.4896 0.028 0.664 0.116 0.192
#> GSM11508 3 0.7584 -0.1325 0.060 0.076 0.560 0.304
#> GSM11509 2 0.5159 0.5003 0.364 0.624 0.012 0.000
#> GSM11510 4 0.5195 0.5225 0.276 0.032 0.000 0.692
#> GSM11511 3 0.6669 -0.2413 0.320 0.108 0.572 0.000
#> GSM11512 4 0.3791 0.6047 0.200 0.004 0.000 0.796
#> GSM11513 3 0.6362 -0.2966 0.368 0.072 0.560 0.000
#> GSM11514 4 0.7978 -0.0131 0.264 0.028 0.188 0.520
#> GSM11515 2 0.7569 0.3624 0.116 0.552 0.032 0.300
#> GSM11516 3 0.9173 0.3602 0.304 0.112 0.416 0.168
#> GSM11517 1 0.7072 0.4738 0.560 0.268 0.172 0.000
#> GSM11518 1 0.1389 0.6534 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11519 1 0.0657 0.6351 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM11520 1 0.4103 0.6414 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM11521 3 0.7623 0.1844 0.000 0.204 0.416 0.380
#> GSM11522 1 0.4655 0.6170 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM11523 3 0.6637 -0.2438 0.324 0.104 0.572 0.000
#> GSM11524 4 0.2814 0.6406 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM11525 2 0.3047 0.6835 0.116 0.872 0.012 0.000
#> GSM11526 4 0.6716 0.3868 0.320 0.112 0.000 0.568
#> GSM11527 2 0.2593 0.6876 0.104 0.892 0.004 0.000
#> GSM11528 3 0.8250 0.2608 0.016 0.296 0.420 0.268
#> GSM11529 2 0.4820 0.5704 0.296 0.692 0.012 0.000
#> GSM11530 4 0.5288 0.2197 0.472 0.000 0.008 0.520
#> GSM11531 2 0.3071 0.6915 0.068 0.888 0.044 0.000
#> GSM11532 1 0.5742 0.6169 0.664 0.000 0.276 0.060
#> GSM11533 2 0.4795 0.5729 0.292 0.696 0.012 0.000
#> GSM11534 1 0.9899 -0.0123 0.324 0.220 0.224 0.232
#> GSM11535 2 0.1474 0.6940 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM11536 4 0.4898 0.0584 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM11537 3 0.9080 0.3264 0.100 0.172 0.424 0.304
#> GSM11538 4 0.4843 0.0911 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM11539 2 0.1661 0.6959 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM11540 2 0.4000 0.6165 0.012 0.828 0.144 0.016
#> GSM11541 4 0.5683 0.5536 0.216 0.032 0.032 0.720
#> GSM11542 3 0.9096 0.3263 0.100 0.176 0.424 0.300
#> GSM11543 1 0.8093 0.3771 0.524 0.244 0.036 0.196
#> GSM11544 1 0.1389 0.6534 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11545 1 0.1474 0.6523 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM11546 2 0.5543 0.4297 0.020 0.556 0.424 0.000
#> GSM11547 2 0.5838 0.3927 0.032 0.524 0.444 0.000
#> GSM11548 1 0.5417 0.5338 0.572 0.016 0.412 0.000
#> GSM11549 3 0.6464 -0.3177 0.384 0.076 0.540 0.000
#> GSM11550 1 0.4655 0.6170 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM11551 2 0.7774 0.1389 0.328 0.452 0.216 0.004
#> GSM11552 1 0.4677 0.6162 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM11553 3 0.8156 0.3859 0.288 0.012 0.424 0.276
#> GSM11554 3 0.8157 0.3852 0.284 0.012 0.424 0.280
#> GSM11555 3 0.8643 0.2753 0.052 0.188 0.424 0.336
#> GSM11556 1 0.5036 0.6239 0.696 0.000 0.280 0.024
#> GSM11557 2 0.1059 0.6896 0.016 0.972 0.012 0.000
#> GSM11558 3 0.7761 0.2378 0.000 0.244 0.416 0.340
#> GSM11559 1 0.5945 0.1021 0.648 0.004 0.292 0.056
#> GSM11560 3 0.6253 -0.3053 0.372 0.064 0.564 0.000
#> GSM11561 3 0.7500 0.1895 0.000 0.180 0.416 0.404
#> GSM11562 3 0.8156 0.3859 0.288 0.012 0.424 0.276
#> GSM11563 3 0.8145 0.3749 0.260 0.012 0.424 0.304
#> GSM11564 1 0.1388 0.6502 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM11565 1 0.0188 0.6324 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11566 2 0.4060 0.6180 0.012 0.832 0.132 0.024
#> GSM11567 4 0.4898 0.0584 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM11568 1 0.5508 -0.2845 0.508 0.476 0.016 0.000
#> GSM11569 3 0.8932 0.3812 0.288 0.068 0.424 0.220
#> GSM11570 1 0.7811 0.2446 0.412 0.000 0.268 0.320
#> GSM11571 1 0.4973 0.0784 0.644 0.348 0.008 0.000
#> GSM11572 3 0.7782 0.3693 0.264 0.000 0.424 0.312
#> GSM11573 3 0.7796 0.3723 0.288 0.000 0.424 0.288
#> GSM11574 3 0.7777 0.3794 0.316 0.000 0.424 0.260
#> GSM11575 1 0.5402 -0.1975 0.516 0.472 0.012 0.000
#> GSM11576 1 0.5882 0.5613 0.608 0.048 0.344 0.000
#> GSM11577 3 0.8157 0.3841 0.280 0.012 0.424 0.284
#> GSM11578 1 0.6138 0.1200 0.648 0.028 0.292 0.032
#> GSM11579 2 0.7304 -0.1195 0.000 0.448 0.400 0.152
#> GSM11580 2 0.7826 0.4471 0.312 0.524 0.036 0.128
#> GSM11581 4 0.2282 0.6273 0.052 0.024 0.000 0.924
#> GSM11582 4 0.1211 0.6078 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM11583 3 0.6619 -0.2529 0.332 0.100 0.568 0.000
#> GSM11584 4 0.4804 0.1090 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM11585 3 0.9490 0.3493 0.296 0.112 0.352 0.240
#> GSM11586 4 0.1297 0.5731 0.020 0.000 0.016 0.964
#> GSM11587 3 0.6702 -0.2735 0.356 0.100 0.544 0.000
#> GSM11588 1 0.6587 0.0208 0.616 0.000 0.132 0.252
#> GSM11589 3 0.9293 0.3525 0.200 0.108 0.400 0.292
#> GSM11590 1 0.4804 0.3570 0.708 0.000 0.016 0.276
#> GSM11591 1 0.4362 0.5171 0.816 0.136 0.008 0.040
#> GSM11592 3 0.9397 0.3153 0.328 0.116 0.360 0.196
#> GSM11593 1 0.1970 0.5893 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM11594 1 0.1486 0.6178 0.960 0.024 0.008 0.008
#> GSM11595 3 0.7790 0.3773 0.304 0.000 0.424 0.272
#> GSM11596 2 0.5526 0.4147 0.416 0.564 0.020 0.000
#> GSM11597 1 0.2805 0.5808 0.888 0.100 0.012 0.000
#> GSM11598 1 0.3610 0.6535 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM11599 4 0.3801 0.6044 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM11600 1 0.6473 0.6176 0.660 0.024 0.244 0.072
#> GSM11601 1 0.3196 0.5582 0.856 0.136 0.008 0.000
#> GSM11602 3 0.6425 -0.3904 0.436 0.056 0.504 0.004
#> GSM11603 3 0.6620 -0.2401 0.320 0.104 0.576 0.000
#> GSM11604 1 0.3710 0.4963 0.804 0.000 0.004 0.192
#> GSM11605 4 0.0336 0.5889 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM11606 3 0.7931 0.3812 0.312 0.004 0.424 0.260
#> GSM11607 1 0.1389 0.6534 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11608 1 0.4655 0.6170 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM11609 4 0.4898 0.0584 0.000 0.000 0.416 0.584
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 5 0.5596 0.4836 0.216 0.000 0.120 0.008 0.656
#> GSM11438 1 0.7060 0.2987 0.460 0.148 0.000 0.040 0.352
#> GSM11439 5 0.3707 0.6833 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM11440 4 0.1205 0.7687 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000
#> GSM11441 1 0.6591 -0.1316 0.516 0.000 0.312 0.156 0.016
#> GSM11442 4 0.0324 0.7637 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM11443 5 0.2648 0.7586 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM11444 5 0.6163 0.2154 0.300 0.000 0.164 0.000 0.536
#> GSM11445 4 0.6528 0.2852 0.196 0.008 0.240 0.552 0.004
#> GSM11446 5 0.4210 0.5566 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM11447 5 0.3684 0.6863 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM11448 3 0.4088 0.7010 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> GSM11449 3 0.4283 0.5781 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM11450 1 0.2773 0.4964 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> GSM11451 2 0.5061 0.3742 0.288 0.660 0.000 0.040 0.012
#> GSM11452 1 0.4527 0.5648 0.700 0.000 0.000 0.040 0.260
#> GSM11453 1 0.3011 0.6161 0.844 0.016 0.000 0.140 0.000
#> GSM11454 3 0.3689 0.2611 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256
#> GSM11455 2 0.0963 0.8029 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11456 2 0.6777 0.3744 0.164 0.560 0.000 0.040 0.236
#> GSM11457 1 0.7491 0.2886 0.444 0.148 0.016 0.040 0.352
#> GSM11458 3 0.1732 0.5792 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM11459 3 0.2230 0.7363 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM11460 3 0.4086 0.7505 0.284 0.000 0.704 0.012 0.000
#> GSM11461 3 0.3885 0.6359 0.176 0.000 0.784 0.000 0.040
#> GSM11462 3 0.3876 0.7398 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM11463 5 0.1768 0.7793 0.004 0.000 0.072 0.000 0.924
#> GSM11464 4 0.3561 0.5994 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM11465 1 0.4252 0.4497 0.652 0.340 0.000 0.000 0.008
#> GSM11466 4 0.1251 0.7699 0.008 0.036 0.000 0.956 0.000
#> GSM11467 1 0.3966 0.4591 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> GSM11468 4 0.0451 0.7664 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> GSM11469 3 0.6674 0.3787 0.280 0.000 0.440 0.280 0.000
#> GSM11470 1 0.0609 0.6366 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.1732 0.5956 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.4645 0.4404 0.764 0.008 0.168 0.044 0.016
#> GSM11473 5 0.3684 0.6863 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM11474 5 0.4232 0.6378 0.020 0.152 0.000 0.040 0.788
#> GSM11475 3 0.4009 0.7421 0.312 0.000 0.684 0.004 0.000
#> GSM11476 4 0.0404 0.7628 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM11477 1 0.7585 0.1633 0.344 0.296 0.000 0.040 0.320
#> GSM11478 2 0.2032 0.7787 0.020 0.924 0.000 0.004 0.052
#> GSM11479 5 0.7336 0.3318 0.212 0.132 0.092 0.008 0.556
#> GSM11480 2 0.0963 0.8029 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11481 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11482 2 0.2605 0.7386 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM11483 4 0.6945 0.1449 0.020 0.184 0.000 0.444 0.352
#> GSM11484 4 0.0404 0.7677 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM11485 4 0.3194 0.6607 0.000 0.148 0.000 0.832 0.020
#> GSM11486 5 0.0771 0.7603 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM11487 4 0.6241 0.2188 0.324 0.000 0.164 0.512 0.000
#> GSM11488 4 0.0404 0.7628 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM11489 1 0.8368 0.2205 0.364 0.200 0.056 0.040 0.340
#> GSM11490 3 0.6870 0.2170 0.156 0.000 0.488 0.328 0.028
#> GSM11491 1 0.0703 0.6347 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM11492 4 0.6931 0.4330 0.052 0.036 0.052 0.556 0.304
#> GSM11493 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11494 4 0.6959 0.4126 0.052 0.000 0.140 0.532 0.276
#> GSM11495 4 0.5540 0.4431 0.056 0.012 0.000 0.592 0.340
#> GSM11496 5 0.2891 0.7482 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM11497 5 0.1478 0.7751 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM11498 4 0.9227 -0.0316 0.288 0.084 0.212 0.320 0.096
#> GSM11499 4 0.0865 0.7661 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM11500 5 0.0510 0.7737 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM11501 2 0.0404 0.8117 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11502 1 0.5289 0.5313 0.656 0.024 0.000 0.040 0.280
#> GSM11503 5 0.1403 0.7753 0.024 0.000 0.024 0.000 0.952
#> GSM11504 4 0.1485 0.7627 0.032 0.000 0.020 0.948 0.000
#> GSM11505 5 0.0794 0.7763 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM11506 5 0.0794 0.7763 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM11507 2 0.4481 0.5539 0.024 0.732 0.000 0.016 0.228
#> GSM11508 3 0.2516 0.5986 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM11509 1 0.4286 0.5084 0.652 0.000 0.004 0.004 0.340
#> GSM11510 4 0.3031 0.7275 0.120 0.020 0.000 0.856 0.004
#> GSM11511 3 0.1195 0.6640 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> GSM11512 4 0.1195 0.7706 0.012 0.028 0.000 0.960 0.000
#> GSM11513 3 0.0404 0.6824 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM11514 2 0.6107 0.2943 0.132 0.496 0.000 0.372 0.000
#> GSM11515 4 0.6789 0.3520 0.032 0.020 0.080 0.532 0.336
#> GSM11516 1 0.5085 0.4719 0.652 0.300 0.000 0.028 0.020
#> GSM11517 3 0.7224 0.6574 0.228 0.088 0.584 0.040 0.060
#> GSM11518 1 0.3143 0.4237 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM11519 1 0.1732 0.5956 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM11520 3 0.4210 0.6432 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> GSM11521 2 0.0404 0.8117 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM11522 3 0.3876 0.7398 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM11523 3 0.0000 0.6736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11524 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11525 1 0.7279 0.2508 0.424 0.184 0.000 0.040 0.352
#> GSM11526 4 0.4235 0.6391 0.220 0.012 0.000 0.748 0.020
#> GSM11527 5 0.5619 0.4711 0.028 0.264 0.008 0.044 0.656
#> GSM11528 2 0.1124 0.8028 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> GSM11529 1 0.4921 0.4832 0.620 0.000 0.000 0.040 0.340
#> GSM11530 4 0.5345 0.3532 0.404 0.000 0.056 0.540 0.000
#> GSM11531 5 0.0609 0.7619 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM11532 3 0.4873 0.7323 0.312 0.000 0.644 0.044 0.000
#> GSM11533 1 0.5600 0.4554 0.584 0.052 0.000 0.016 0.348
#> GSM11534 2 0.4782 0.6784 0.104 0.792 0.036 0.036 0.032
#> GSM11535 5 0.3626 0.6590 0.020 0.152 0.000 0.012 0.816
#> GSM11536 2 0.2605 0.7386 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM11537 2 0.0000 0.8128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11538 4 0.4249 0.2210 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM11539 5 0.4364 0.6375 0.028 0.148 0.000 0.040 0.784
#> GSM11540 2 0.5266 0.4126 0.020 0.648 0.000 0.040 0.292
#> GSM11541 4 0.1168 0.7646 0.032 0.000 0.008 0.960 0.000
#> GSM11542 2 0.0162 0.8130 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11543 4 0.7649 0.4216 0.176 0.000 0.120 0.500 0.204
#> GSM11544 1 0.2773 0.4964 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.2074 0.5702 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM11546 5 0.3684 0.6883 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM11547 5 0.3796 0.6658 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM11548 3 0.2773 0.7525 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM11549 3 0.1270 0.7042 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM11550 3 0.4066 0.7357 0.324 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM11551 3 0.5770 0.6808 0.264 0.000 0.612 0.004 0.120
#> GSM11552 3 0.4029 0.7400 0.316 0.000 0.680 0.004 0.000
#> GSM11553 2 0.2605 0.7492 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM11554 2 0.2605 0.7492 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM11555 2 0.0162 0.8127 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11556 3 0.4084 0.7336 0.328 0.000 0.668 0.004 0.000
#> GSM11557 5 0.0566 0.7634 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> GSM11558 2 0.0000 0.8128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11559 1 0.1671 0.6584 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM11560 3 0.0290 0.6801 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.8128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11562 2 0.2605 0.7492 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM11563 2 0.2605 0.7492 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM11564 1 0.2536 0.5449 0.868 0.000 0.128 0.004 0.000
#> GSM11565 1 0.1732 0.5956 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.4638 0.5932 0.020 0.744 0.000 0.040 0.196
#> GSM11567 2 0.2605 0.7386 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM11568 1 0.3048 0.6414 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> GSM11569 2 0.3573 0.7507 0.152 0.812 0.000 0.036 0.000
#> GSM11570 3 0.6127 0.6575 0.316 0.000 0.532 0.152 0.000
#> GSM11571 1 0.1704 0.6610 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM11572 2 0.3513 0.7044 0.180 0.800 0.000 0.020 0.000
#> GSM11573 1 0.4387 0.4342 0.640 0.348 0.000 0.012 0.000
#> GSM11574 1 0.4015 0.4419 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> GSM11575 1 0.4127 0.5905 0.784 0.000 0.080 0.000 0.136
#> GSM11576 3 0.3707 0.7507 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM11577 2 0.2690 0.7423 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM11578 1 0.1732 0.6590 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM11579 2 0.2770 0.7562 0.000 0.880 0.000 0.044 0.076
#> GSM11580 1 0.5658 0.4690 0.572 0.096 0.000 0.000 0.332
#> GSM11581 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11582 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11583 3 0.0162 0.6769 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM11584 4 0.3999 0.4185 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM11585 1 0.4602 0.4714 0.656 0.316 0.000 0.000 0.028
#> GSM11586 4 0.3336 0.5844 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM11587 3 0.0404 0.6811 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.5120 0.5451 0.680 0.252 0.056 0.012 0.000
#> GSM11589 1 0.4383 0.3306 0.572 0.424 0.000 0.004 0.000
#> GSM11590 1 0.4500 0.6086 0.760 0.040 0.020 0.180 0.000
#> GSM11591 1 0.1413 0.6544 0.956 0.012 0.012 0.000 0.020
#> GSM11592 1 0.5770 0.5501 0.644 0.192 0.000 0.008 0.156
#> GSM11593 1 0.1399 0.6466 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0609 0.6366 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM11595 1 0.4030 0.4368 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> GSM11596 1 0.4651 0.5842 0.712 0.004 0.028 0.008 0.248
#> GSM11597 1 0.1270 0.6177 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM11598 3 0.4307 0.4973 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM11599 4 0.1168 0.7704 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000
#> GSM11600 3 0.5505 0.7016 0.328 0.000 0.588 0.084 0.000
#> GSM11601 1 0.1117 0.6485 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM11602 3 0.2629 0.7447 0.136 0.000 0.860 0.004 0.000
#> GSM11603 3 0.0162 0.6769 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM11604 1 0.3696 0.5858 0.772 0.000 0.016 0.212 0.000
#> GSM11605 4 0.1043 0.7694 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM11606 1 0.4015 0.4419 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> GSM11607 1 0.2773 0.4964 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.4029 0.7400 0.316 0.000 0.680 0.004 0.000
#> GSM11609 2 0.2605 0.7386 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 5 0.1116 0.8714 0.008 0.004 0.028 0.000 0.960 0.000
#> GSM11438 2 0.3786 0.6315 0.220 0.748 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM11439 5 0.0260 0.8797 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM11440 4 0.0551 0.8476 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004
#> GSM11441 3 0.6931 0.4370 0.264 0.176 0.472 0.084 0.004 0.000
#> GSM11442 4 0.0458 0.8454 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM11443 5 0.0937 0.8916 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM11444 5 0.6232 -0.2267 0.244 0.008 0.348 0.000 0.400 0.000
#> GSM11445 4 0.6879 0.1551 0.196 0.164 0.136 0.504 0.000 0.000
#> GSM11446 3 0.3971 -0.0927 0.000 0.004 0.548 0.000 0.448 0.000
#> GSM11447 5 0.0260 0.8801 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM11448 3 0.4060 0.5973 0.284 0.032 0.684 0.000 0.000 0.000
#> GSM11449 3 0.4378 0.4958 0.368 0.032 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM11450 1 0.4356 0.1392 0.608 0.032 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM11451 6 0.5081 0.2908 0.316 0.088 0.000 0.004 0.000 0.592
#> GSM11452 1 0.3221 0.4427 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11453 1 0.2631 0.6344 0.856 0.004 0.012 0.128 0.000 0.000
#> GSM11454 3 0.5030 0.3754 0.004 0.108 0.632 0.000 0.256 0.000
#> GSM11455 6 0.0692 0.8751 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM11456 2 0.4490 0.4650 0.032 0.640 0.004 0.000 0.004 0.320
#> GSM11457 2 0.4483 0.6217 0.056 0.748 0.164 0.000 0.008 0.024
#> GSM11458 3 0.4281 0.6029 0.000 0.220 0.708 0.000 0.072 0.000
#> GSM11459 3 0.1788 0.6730 0.076 0.004 0.916 0.000 0.004 0.000
#> GSM11460 3 0.6106 0.6787 0.232 0.216 0.532 0.016 0.004 0.000
#> GSM11461 3 0.3787 0.5779 0.064 0.100 0.808 0.000 0.028 0.000
#> GSM11462 3 0.5607 0.6776 0.240 0.216 0.544 0.000 0.000 0.000
#> GSM11463 5 0.1007 0.8913 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM11464 4 0.3314 0.6221 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000 0.000
#> GSM11465 1 0.3508 0.5508 0.704 0.000 0.000 0.000 0.004 0.292
#> GSM11466 4 0.0508 0.8479 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM11467 1 0.3626 0.5509 0.704 0.000 0.000 0.004 0.004 0.288
#> GSM11468 4 0.0291 0.8512 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM11469 4 0.7824 -0.2956 0.252 0.236 0.220 0.288 0.004 0.000
#> GSM11470 1 0.0508 0.6689 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.1644 0.6415 0.932 0.028 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.5832 -0.1057 0.468 0.168 0.360 0.004 0.000 0.000
#> GSM11473 5 0.0146 0.8811 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM11474 2 0.3641 0.5517 0.000 0.748 0.000 0.000 0.224 0.028
#> GSM11475 3 0.5840 0.6766 0.240 0.216 0.536 0.008 0.000 0.000
#> GSM11476 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11477 2 0.4693 0.6310 0.188 0.692 0.000 0.000 0.004 0.116
#> GSM11478 6 0.1387 0.8334 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM11479 2 0.4967 0.6402 0.088 0.748 0.056 0.000 0.084 0.024
#> GSM11480 6 0.0000 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11481 4 0.0146 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM11482 6 0.0713 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM11483 2 0.4082 0.6090 0.000 0.748 0.000 0.188 0.008 0.056
#> GSM11484 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11485 4 0.1564 0.8085 0.000 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> GSM11486 2 0.3659 0.3853 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM11487 3 0.6755 0.2880 0.292 0.036 0.360 0.312 0.000 0.000
#> GSM11488 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11489 2 0.3917 0.6531 0.164 0.772 0.004 0.000 0.004 0.056
#> GSM11490 3 0.6346 0.5222 0.156 0.032 0.612 0.148 0.052 0.000
#> GSM11491 1 0.0603 0.6673 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM11492 2 0.5046 0.3160 0.032 0.556 0.020 0.388 0.004 0.000
#> GSM11493 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11494 2 0.5317 0.2536 0.000 0.500 0.080 0.412 0.008 0.000
#> GSM11495 2 0.3405 0.5523 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004 0.000
#> GSM11496 5 0.0865 0.8912 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM11497 5 0.1007 0.8913 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM11498 2 0.7716 0.0538 0.272 0.404 0.212 0.080 0.012 0.020
#> GSM11499 4 0.0458 0.8454 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM11500 5 0.1007 0.8887 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM11501 6 0.0146 0.8821 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM11502 1 0.3528 0.3818 0.700 0.296 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM11503 5 0.1075 0.8889 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM11504 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM11505 5 0.1007 0.8913 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM11506 5 0.1007 0.8913 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM11507 6 0.4261 0.1719 0.000 0.408 0.000 0.020 0.000 0.572
#> GSM11508 3 0.4644 0.6169 0.000 0.216 0.696 0.076 0.012 0.000
#> GSM11509 2 0.3405 0.5957 0.272 0.724 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11510 4 0.2243 0.7638 0.112 0.004 0.004 0.880 0.000 0.000
#> GSM11511 3 0.3092 0.6391 0.000 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> GSM11512 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11513 3 0.0935 0.6372 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM11514 6 0.4902 0.3495 0.060 0.000 0.000 0.364 0.004 0.572
#> GSM11515 2 0.4987 0.4660 0.000 0.608 0.068 0.316 0.004 0.004
#> GSM11516 1 0.3670 0.5547 0.704 0.012 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM11517 3 0.5207 0.5819 0.228 0.132 0.632 0.000 0.000 0.008
#> GSM11518 1 0.4601 -0.0232 0.556 0.032 0.408 0.000 0.004 0.000
#> GSM11519 1 0.1856 0.6336 0.920 0.032 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM11520 3 0.4518 0.5297 0.352 0.044 0.604 0.000 0.000 0.000
#> GSM11521 6 0.0146 0.8821 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM11522 3 0.5607 0.6776 0.240 0.216 0.544 0.000 0.000 0.000
#> GSM11523 3 0.2046 0.6301 0.008 0.032 0.916 0.000 0.044 0.000
#> GSM11524 4 0.0291 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM11525 2 0.4082 0.6472 0.188 0.748 0.000 0.000 0.008 0.056
#> GSM11526 4 0.3652 0.6515 0.196 0.032 0.004 0.768 0.000 0.000
#> GSM11527 2 0.4117 0.5910 0.000 0.748 0.000 0.000 0.140 0.112
#> GSM11528 6 0.0951 0.8738 0.004 0.020 0.000 0.008 0.000 0.968
#> GSM11529 2 0.3383 0.5977 0.268 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM11530 4 0.5220 0.2959 0.348 0.004 0.092 0.556 0.000 0.000
#> GSM11531 2 0.3862 0.1338 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM11532 3 0.6548 0.6618 0.236 0.216 0.496 0.052 0.000 0.000
#> GSM11533 2 0.3468 0.5807 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM11534 6 0.4310 0.6592 0.144 0.068 0.016 0.008 0.000 0.764
#> GSM11535 2 0.4293 0.4809 0.000 0.672 0.012 0.000 0.292 0.024
#> GSM11536 6 0.0713 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM11537 6 0.0000 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11538 4 0.3881 0.3080 0.000 0.000 0.000 0.600 0.004 0.396
#> GSM11539 2 0.3593 0.5484 0.000 0.748 0.000 0.000 0.228 0.024
#> GSM11540 2 0.3995 0.0989 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> GSM11541 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11542 6 0.2661 0.8244 0.016 0.020 0.004 0.068 0.004 0.888
#> GSM11543 2 0.6476 0.3923 0.116 0.556 0.228 0.096 0.004 0.000
#> GSM11544 1 0.4356 0.1392 0.608 0.032 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.3636 0.2658 0.676 0.004 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM11546 5 0.1789 0.8533 0.000 0.044 0.032 0.000 0.924 0.000
#> GSM11547 5 0.0405 0.8802 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM11548 3 0.3822 0.7048 0.096 0.128 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM11549 3 0.4137 0.6603 0.040 0.216 0.732 0.000 0.012 0.000
#> GSM11550 3 0.6057 0.6607 0.268 0.240 0.484 0.008 0.000 0.000
#> GSM11551 2 0.6240 -0.3901 0.208 0.472 0.304 0.012 0.004 0.000
#> GSM11552 3 0.5840 0.6766 0.240 0.216 0.536 0.008 0.000 0.000
#> GSM11553 6 0.0632 0.8789 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM11554 6 0.0632 0.8789 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM11555 6 0.0146 0.8821 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM11556 3 0.6014 0.6510 0.292 0.236 0.468 0.004 0.000 0.000
#> GSM11557 5 0.3695 0.3071 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM11558 6 0.0000 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11559 1 0.1267 0.6805 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM11560 3 0.1914 0.6608 0.008 0.056 0.920 0.000 0.016 0.000
#> GSM11561 6 0.0000 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11562 6 0.0777 0.8797 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM11563 6 0.0777 0.8797 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM11564 1 0.3740 0.4079 0.740 0.032 0.228 0.000 0.000 0.000
#> GSM11565 1 0.1713 0.6389 0.928 0.028 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.3944 0.2473 0.000 0.568 0.000 0.000 0.004 0.428
#> GSM11567 6 0.0632 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM11568 1 0.2527 0.5764 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11569 6 0.0777 0.8797 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM11570 3 0.7290 0.6030 0.232 0.216 0.416 0.136 0.000 0.000
#> GSM11571 1 0.2030 0.6544 0.908 0.064 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM11572 6 0.1411 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936
#> GSM11573 1 0.3508 0.5508 0.704 0.000 0.000 0.000 0.004 0.292
#> GSM11574 1 0.3390 0.5488 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM11575 2 0.4659 0.2928 0.460 0.504 0.032 0.000 0.004 0.000
#> GSM11576 3 0.3956 0.6118 0.264 0.032 0.704 0.000 0.000 0.000
#> GSM11577 6 0.1910 0.8157 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM11578 1 0.1444 0.6791 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM11579 6 0.4304 0.0645 0.000 0.448 0.000 0.008 0.008 0.536
#> GSM11580 2 0.4285 0.5255 0.320 0.644 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM11581 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11582 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11583 3 0.3596 0.6416 0.008 0.216 0.760 0.000 0.016 0.000
#> GSM11584 4 0.3428 0.5010 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM11585 1 0.3738 0.5577 0.704 0.016 0.000 0.000 0.000 0.280
#> GSM11586 4 0.3273 0.6465 0.000 0.008 0.000 0.776 0.004 0.212
#> GSM11587 3 0.2171 0.6318 0.016 0.032 0.912 0.000 0.040 0.000
#> GSM11588 1 0.4664 0.6020 0.708 0.024 0.024 0.012 0.004 0.228
#> GSM11589 1 0.3941 0.5024 0.660 0.004 0.000 0.004 0.004 0.328
#> GSM11590 1 0.3104 0.5641 0.788 0.000 0.000 0.204 0.004 0.004
#> GSM11591 1 0.0837 0.6771 0.972 0.020 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM11592 1 0.4924 0.4533 0.652 0.204 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM11593 1 0.0291 0.6772 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM11594 1 0.0000 0.6745 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11595 1 0.3528 0.5460 0.700 0.000 0.000 0.000 0.004 0.296
#> GSM11596 2 0.4932 0.2692 0.452 0.492 0.052 0.000 0.004 0.000
#> GSM11597 1 0.2070 0.6133 0.896 0.012 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM11598 3 0.4389 0.4888 0.372 0.032 0.596 0.000 0.000 0.000
#> GSM11599 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11600 3 0.7265 0.5977 0.292 0.244 0.364 0.100 0.000 0.000
#> GSM11601 1 0.1657 0.6573 0.928 0.056 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM11602 3 0.5305 0.6881 0.124 0.216 0.644 0.008 0.008 0.000
#> GSM11603 3 0.3686 0.6317 0.000 0.220 0.748 0.000 0.032 0.000
#> GSM11604 1 0.3430 0.5773 0.772 0.004 0.016 0.208 0.000 0.000
#> GSM11605 4 0.0000 0.8530 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11606 1 0.3390 0.5488 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM11607 1 0.4344 0.1500 0.612 0.032 0.356 0.000 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.5739 0.6769 0.240 0.216 0.540 0.004 0.000 0.000
#> GSM11609 6 0.0632 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:pam 114 0.0733 2
#> ATC:pam 119 0.2231 3
#> ATC:pam 83 0.2753 4
#> ATC:pam 126 0.2805 5
#> ATC:pam 133 0.2775 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.756 0.916 0.955 0.4634 0.541 0.541
#> 3 3 0.794 0.864 0.937 0.3491 0.771 0.601
#> 4 4 0.636 0.714 0.820 0.1370 0.918 0.790
#> 5 5 0.647 0.616 0.775 0.0908 0.867 0.601
#> 6 6 0.707 0.508 0.735 0.0597 0.824 0.367
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.6887 0.8196 0.816 0.184
#> GSM11438 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11439 1 0.6712 0.8285 0.824 0.176
#> GSM11440 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11441 1 0.0672 0.9540 0.992 0.008
#> GSM11442 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11443 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11444 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11445 1 0.6623 0.8252 0.828 0.172
#> GSM11446 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11447 1 0.7299 0.7972 0.796 0.204
#> GSM11448 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11449 1 0.0376 0.9532 0.996 0.004
#> GSM11450 1 0.1184 0.9519 0.984 0.016
#> GSM11451 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11452 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11453 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11454 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11455 2 0.5737 0.8381 0.136 0.864
#> GSM11456 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11457 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11458 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11459 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11460 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11461 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11462 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11463 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11464 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11465 2 1.0000 0.0783 0.500 0.500
#> GSM11466 1 0.0376 0.9536 0.996 0.004
#> GSM11467 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11468 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11469 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11470 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11471 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11472 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11473 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11474 2 0.0672 0.9544 0.008 0.992
#> GSM11475 1 0.1414 0.9518 0.980 0.020
#> GSM11476 1 0.6887 0.8079 0.816 0.184
#> GSM11477 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11478 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11479 2 0.6343 0.7921 0.160 0.840
#> GSM11480 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11481 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11482 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11483 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11484 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11485 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11486 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11487 1 0.0672 0.9530 0.992 0.008
#> GSM11488 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11489 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11490 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11491 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11492 1 0.1184 0.9524 0.984 0.016
#> GSM11493 1 0.3274 0.9219 0.940 0.060
#> GSM11494 1 0.6887 0.8196 0.816 0.184
#> GSM11495 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11496 2 0.0672 0.9495 0.008 0.992
#> GSM11497 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11498 1 0.9460 0.5156 0.636 0.364
#> GSM11499 1 0.6623 0.8211 0.828 0.172
#> GSM11500 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11501 1 0.6531 0.8254 0.832 0.168
#> GSM11502 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11503 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11504 1 0.2603 0.9367 0.956 0.044
#> GSM11505 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11506 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11507 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11508 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11509 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11510 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11511 1 0.6438 0.8407 0.836 0.164
#> GSM11512 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11513 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11514 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11515 1 0.6887 0.8196 0.816 0.184
#> GSM11516 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11517 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11518 1 0.1414 0.9518 0.980 0.020
#> GSM11519 1 0.0672 0.9530 0.992 0.008
#> GSM11520 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11521 1 0.6801 0.8124 0.820 0.180
#> GSM11522 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11523 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11524 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11525 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11526 1 0.6801 0.8205 0.820 0.180
#> GSM11527 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11528 2 0.1414 0.9512 0.020 0.980
#> GSM11529 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11530 1 0.0672 0.9530 0.992 0.008
#> GSM11531 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11532 1 0.0672 0.9530 0.992 0.008
#> GSM11533 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11534 1 0.6973 0.8032 0.812 0.188
#> GSM11535 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11536 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11537 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11538 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11539 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11540 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11541 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11542 2 0.8386 0.6299 0.268 0.732
#> GSM11543 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11544 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11545 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11546 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11547 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11548 1 0.1184 0.9519 0.984 0.016
#> GSM11549 1 0.3733 0.9212 0.928 0.072
#> GSM11550 1 0.0672 0.9525 0.992 0.008
#> GSM11551 1 0.1633 0.9511 0.976 0.024
#> GSM11552 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11553 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11554 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11555 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11556 1 0.0672 0.9525 0.992 0.008
#> GSM11557 2 0.0000 0.9521 0.000 1.000
#> GSM11558 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11559 1 0.9552 0.3579 0.624 0.376
#> GSM11560 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11561 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11562 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11563 1 0.1184 0.9507 0.984 0.016
#> GSM11564 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11565 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11566 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11567 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11568 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11569 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11570 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11571 2 0.4815 0.8737 0.104 0.896
#> GSM11572 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11573 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11574 2 0.6623 0.8097 0.172 0.828
#> GSM11575 2 0.6048 0.8238 0.148 0.852
#> GSM11576 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11577 2 0.6801 0.8021 0.180 0.820
#> GSM11578 2 0.6623 0.8097 0.172 0.828
#> GSM11579 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11580 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11581 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11582 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11583 1 0.1184 0.9519 0.984 0.016
#> GSM11584 1 0.0938 0.9520 0.988 0.012
#> GSM11585 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> GSM11586 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11587 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11588 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11589 2 0.9286 0.5344 0.344 0.656
#> GSM11590 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11591 2 0.6623 0.8097 0.172 0.828
#> GSM11592 1 0.0376 0.9536 0.996 0.004
#> GSM11593 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11595 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11596 1 0.6623 0.7879 0.828 0.172
#> GSM11597 1 0.0376 0.9532 0.996 0.004
#> GSM11598 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11599 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11600 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11601 2 0.1184 0.9537 0.016 0.984
#> GSM11602 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11603 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11604 1 0.0376 0.9536 0.996 0.004
#> GSM11605 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11606 2 0.1414 0.9514 0.020 0.980
#> GSM11607 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
#> GSM11608 1 0.0938 0.9512 0.988 0.012
#> GSM11609 1 0.0000 0.9536 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.5719 0.7723 0.156 0.052 0.792
#> GSM11438 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11439 3 0.8817 0.4556 0.160 0.272 0.568
#> GSM11440 1 0.2356 0.8926 0.928 0.000 0.072
#> GSM11441 1 0.0424 0.9312 0.992 0.000 0.008
#> GSM11442 3 0.1289 0.8860 0.000 0.032 0.968
#> GSM11443 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11444 1 0.2537 0.8878 0.920 0.000 0.080
#> GSM11445 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11446 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11447 2 0.8720 0.0886 0.108 0.480 0.412
#> GSM11448 1 0.2537 0.8863 0.920 0.000 0.080
#> GSM11449 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11450 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11452 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11453 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11454 1 0.1529 0.9126 0.960 0.000 0.040
#> GSM11455 2 0.3482 0.8268 0.000 0.872 0.128
#> GSM11456 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11458 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11460 1 0.5905 0.4242 0.648 0.000 0.352
#> GSM11461 1 0.2356 0.8921 0.928 0.000 0.072
#> GSM11462 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11464 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11465 1 0.8546 0.3363 0.544 0.348 0.108
#> GSM11466 1 0.3340 0.8510 0.880 0.000 0.120
#> GSM11467 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11468 1 0.2711 0.8801 0.912 0.000 0.088
#> GSM11469 1 0.0424 0.9312 0.992 0.000 0.008
#> GSM11470 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11472 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11473 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11474 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11475 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11476 3 0.2878 0.8393 0.000 0.096 0.904
#> GSM11477 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11479 2 0.3038 0.8553 0.000 0.896 0.104
#> GSM11480 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11481 1 0.3879 0.8169 0.848 0.000 0.152
#> GSM11482 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11483 2 0.1753 0.9038 0.000 0.952 0.048
#> GSM11484 3 0.1289 0.8994 0.032 0.000 0.968
#> GSM11485 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11486 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11487 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11488 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11489 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11490 1 0.3551 0.8405 0.868 0.000 0.132
#> GSM11491 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11492 3 0.1289 0.8994 0.032 0.000 0.968
#> GSM11493 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11494 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11495 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11496 2 0.1031 0.9216 0.000 0.976 0.024
#> GSM11497 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11498 2 0.6994 0.2743 0.020 0.556 0.424
#> GSM11499 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11500 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11501 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11502 2 0.0237 0.9337 0.000 0.996 0.004
#> GSM11503 2 0.1860 0.8985 0.000 0.948 0.052
#> GSM11504 3 0.1289 0.8994 0.032 0.000 0.968
#> GSM11505 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11506 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11508 3 0.1411 0.8983 0.036 0.000 0.964
#> GSM11509 1 0.1964 0.9060 0.944 0.000 0.056
#> GSM11510 3 0.2356 0.8815 0.072 0.000 0.928
#> GSM11511 1 0.5637 0.7550 0.788 0.040 0.172
#> GSM11512 3 0.1411 0.8988 0.036 0.000 0.964
#> GSM11513 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11514 1 0.3551 0.8541 0.868 0.000 0.132
#> GSM11515 3 0.0000 0.9019 0.000 0.000 1.000
#> GSM11516 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11517 1 0.4702 0.7414 0.788 0.000 0.212
#> GSM11518 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11519 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11520 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11521 3 0.0747 0.8969 0.000 0.016 0.984
#> GSM11522 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11523 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11524 1 0.3038 0.8664 0.896 0.000 0.104
#> GSM11525 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11526 3 0.1399 0.8957 0.028 0.004 0.968
#> GSM11527 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11528 2 0.1289 0.9142 0.000 0.968 0.032
#> GSM11529 2 0.1860 0.8985 0.000 0.948 0.052
#> GSM11530 1 0.0237 0.9329 0.996 0.000 0.004
#> GSM11531 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11532 1 0.2537 0.8903 0.920 0.000 0.080
#> GSM11533 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11534 3 0.3619 0.7977 0.000 0.136 0.864
#> GSM11535 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11536 3 0.1289 0.8984 0.032 0.000 0.968
#> GSM11537 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11538 3 0.4002 0.7960 0.160 0.000 0.840
#> GSM11539 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11541 3 0.2711 0.8723 0.088 0.000 0.912
#> GSM11542 2 0.5948 0.4607 0.000 0.640 0.360
#> GSM11543 1 0.1031 0.9240 0.976 0.000 0.024
#> GSM11544 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11546 2 0.0237 0.9336 0.000 0.996 0.004
#> GSM11547 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11548 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11549 1 0.5012 0.7370 0.788 0.008 0.204
#> GSM11550 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11551 3 0.6252 0.2254 0.444 0.000 0.556
#> GSM11552 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0237 0.9336 0.000 0.996 0.004
#> GSM11554 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11555 3 0.6062 0.3550 0.384 0.000 0.616
#> GSM11556 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11559 1 0.5004 0.8202 0.840 0.088 0.072
#> GSM11560 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11563 1 0.3112 0.8722 0.900 0.004 0.096
#> GSM11564 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11565 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11567 3 0.2165 0.8822 0.064 0.000 0.936
#> GSM11568 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11569 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11570 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11571 2 0.7620 0.3695 0.348 0.596 0.056
#> GSM11572 1 0.2866 0.8908 0.916 0.008 0.076
#> GSM11573 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11574 1 0.7777 0.2348 0.532 0.416 0.052
#> GSM11575 1 0.7339 0.6129 0.688 0.224 0.088
#> GSM11576 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11577 2 0.7531 0.5349 0.236 0.672 0.092
#> GSM11578 1 0.5115 0.7401 0.796 0.188 0.016
#> GSM11579 2 0.0000 0.9358 0.000 1.000 0.000
#> GSM11580 2 0.1529 0.9085 0.000 0.960 0.040
#> GSM11581 1 0.3879 0.8169 0.848 0.000 0.152
#> GSM11582 1 0.3038 0.8664 0.896 0.000 0.104
#> GSM11583 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11584 3 0.3879 0.8066 0.152 0.000 0.848
#> GSM11585 2 0.1411 0.9117 0.000 0.964 0.036
#> GSM11586 1 0.0424 0.9312 0.992 0.000 0.008
#> GSM11587 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11589 2 0.8683 0.0480 0.428 0.468 0.104
#> GSM11590 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11591 1 0.6348 0.6801 0.740 0.212 0.048
#> GSM11592 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11593 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11594 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11595 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11596 1 0.4007 0.8605 0.880 0.036 0.084
#> GSM11597 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11598 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11599 1 0.1031 0.9232 0.976 0.000 0.024
#> GSM11600 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11601 2 0.4316 0.8281 0.044 0.868 0.088
#> GSM11602 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11604 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11605 1 0.3816 0.8214 0.852 0.000 0.148
#> GSM11606 2 0.1860 0.8985 0.000 0.948 0.052
#> GSM11607 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11608 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000
#> GSM11609 1 0.4002 0.8080 0.840 0.000 0.160
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 4 0.2256 0.7727 0.020 0.056 0.000 0.924
#> GSM11438 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11439 4 0.2949 0.7375 0.024 0.088 0.000 0.888
#> GSM11440 1 0.5040 0.7264 0.628 0.000 0.364 0.008
#> GSM11441 1 0.4679 0.7334 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM11442 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11443 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11444 1 0.6928 0.4034 0.556 0.000 0.136 0.308
#> GSM11445 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11446 1 0.2149 0.8116 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM11447 4 0.5112 0.2527 0.008 0.384 0.000 0.608
#> GSM11448 1 0.2563 0.7844 0.908 0.000 0.020 0.072
#> GSM11449 1 0.0592 0.7992 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM11450 1 0.2216 0.8124 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11452 2 0.5000 -0.4622 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM11453 1 0.3074 0.8054 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM11454 1 0.1398 0.8082 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM11455 4 0.4661 0.3534 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM11456 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11457 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11458 1 0.1118 0.7936 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11459 1 0.3801 0.7769 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM11460 1 0.6495 0.0397 0.492 0.000 0.072 0.436
#> GSM11461 1 0.1767 0.7915 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM11462 1 0.3172 0.7821 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM11463 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11464 1 0.4356 0.7693 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM11465 3 0.6877 0.4464 0.048 0.088 0.664 0.200
#> GSM11466 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11467 1 0.1211 0.7999 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM11468 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11469 1 0.4713 0.7351 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM11470 1 0.2530 0.7571 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM11471 1 0.2216 0.7684 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM11472 1 0.3726 0.7919 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM11473 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11474 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11475 1 0.4986 0.7830 0.740 0.000 0.216 0.044
#> GSM11476 4 0.0817 0.7932 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM11477 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11479 2 0.4746 0.2361 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM11480 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11481 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11482 4 0.0712 0.7985 0.004 0.004 0.008 0.984
#> GSM11483 2 0.3400 0.6182 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM11484 4 0.4018 0.7285 0.004 0.000 0.224 0.772
#> GSM11485 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11486 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11487 1 0.3528 0.7957 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM11488 4 0.2281 0.7820 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM11489 2 0.0592 0.8734 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM11490 1 0.5906 0.5576 0.644 0.000 0.064 0.292
#> GSM11491 1 0.0592 0.8014 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM11492 4 0.3539 0.7418 0.004 0.000 0.176 0.820
#> GSM11493 4 0.2973 0.7615 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM11494 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11495 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11496 2 0.3764 0.5678 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM11497 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11498 4 0.3074 0.6728 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM11499 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11500 2 0.0188 0.8878 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11501 4 0.1930 0.7935 0.004 0.004 0.056 0.936
#> GSM11502 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.0469 0.8800 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM11504 4 0.3626 0.7378 0.004 0.000 0.184 0.812
#> GSM11505 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11506 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11508 4 0.3626 0.7378 0.004 0.000 0.184 0.812
#> GSM11509 1 0.3625 0.8006 0.828 0.000 0.160 0.012
#> GSM11510 4 0.3999 0.7355 0.036 0.000 0.140 0.824
#> GSM11511 1 0.6750 0.5461 0.652 0.136 0.016 0.196
#> GSM11512 4 0.5075 0.6528 0.012 0.000 0.344 0.644
#> GSM11513 1 0.2921 0.8071 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM11514 1 0.6548 0.6881 0.636 0.000 0.188 0.176
#> GSM11515 4 0.0000 0.7968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM11516 2 0.5000 -0.4718 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM11517 1 0.7179 0.2643 0.456 0.000 0.136 0.408
#> GSM11518 1 0.0817 0.8076 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM11519 1 0.0817 0.8043 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM11520 1 0.0336 0.7997 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM11521 4 0.0921 0.7920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM11522 1 0.1022 0.8092 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM11523 1 0.1118 0.7936 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11524 1 0.5024 0.7265 0.632 0.000 0.360 0.008
#> GSM11525 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11526 4 0.0188 0.7967 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM11527 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11528 2 0.4585 0.3038 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM11529 2 0.3907 0.4889 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM11530 1 0.2345 0.8110 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM11531 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11532 1 0.4990 0.7291 0.640 0.000 0.352 0.008
#> GSM11533 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11534 4 0.4034 0.6255 0.004 0.192 0.008 0.796
#> GSM11535 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11536 4 0.5289 0.6459 0.020 0.000 0.344 0.636
#> GSM11537 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11538 4 0.4579 0.7114 0.032 0.000 0.200 0.768
#> GSM11539 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11541 4 0.5213 0.6580 0.020 0.000 0.328 0.652
#> GSM11542 4 0.4746 0.4296 0.000 0.304 0.008 0.688
#> GSM11543 1 0.3266 0.7977 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM11544 1 0.1792 0.7822 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM11545 1 0.2149 0.7709 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM11546 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11547 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11548 1 0.0921 0.8066 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM11549 1 0.6349 0.5634 0.672 0.068 0.024 0.236
#> GSM11550 1 0.1022 0.8090 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM11551 4 0.4595 0.6799 0.176 0.000 0.044 0.780
#> GSM11552 1 0.2081 0.8019 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM11553 3 0.5000 0.4284 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11555 4 0.5594 0.6394 0.100 0.000 0.180 0.720
#> GSM11556 1 0.3356 0.8062 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11559 3 0.7826 0.2759 0.316 0.016 0.492 0.176
#> GSM11560 1 0.0817 0.7959 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11562 2 0.5000 -0.4718 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM11563 1 0.7924 0.5527 0.540 0.032 0.244 0.184
#> GSM11564 1 0.2345 0.8118 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM11565 1 0.2469 0.7630 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM11566 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11567 4 0.4121 0.7215 0.020 0.000 0.184 0.796
#> GSM11568 3 0.5000 0.4186 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM11569 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11570 1 0.3498 0.7779 0.832 0.000 0.160 0.008
#> GSM11571 3 0.6147 0.5974 0.056 0.380 0.564 0.000
#> GSM11572 1 0.7042 0.6576 0.592 0.004 0.224 0.180
#> GSM11573 1 0.4730 0.7438 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM11574 3 0.6544 0.6488 0.112 0.284 0.604 0.000
#> GSM11575 3 0.8516 0.6678 0.164 0.212 0.532 0.092
#> GSM11576 1 0.2345 0.7657 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM11577 3 0.6772 0.5628 0.020 0.156 0.660 0.164
#> GSM11578 3 0.6790 0.6333 0.196 0.196 0.608 0.000
#> GSM11579 2 0.0188 0.8877 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11580 2 0.4008 0.4490 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM11581 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11582 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11583 1 0.1022 0.7945 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM11584 4 0.5404 0.6488 0.028 0.000 0.328 0.644
#> GSM11585 3 0.4999 0.4371 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM11586 1 0.4730 0.7333 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM11587 1 0.2530 0.7571 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM11588 1 0.3942 0.7885 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM11589 3 0.7704 0.5883 0.044 0.180 0.592 0.184
#> GSM11590 1 0.3726 0.7986 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM11591 3 0.6816 0.6405 0.184 0.212 0.604 0.000
#> GSM11592 1 0.3400 0.7986 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM11593 1 0.2408 0.7651 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM11594 1 0.1302 0.7958 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM11595 1 0.3400 0.8066 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM11596 1 0.7843 -0.1413 0.444 0.012 0.368 0.176
#> GSM11597 1 0.1389 0.8106 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11598 1 0.1389 0.7907 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM11599 1 0.4889 0.7275 0.636 0.000 0.360 0.004
#> GSM11600 1 0.4543 0.7475 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM11601 3 0.7181 0.5747 0.000 0.336 0.512 0.152
#> GSM11602 1 0.0336 0.7995 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM11603 1 0.1118 0.7936 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM11604 1 0.4624 0.7450 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM11605 1 0.5007 0.7267 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM11606 3 0.4933 0.5329 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM11607 1 0.2408 0.7618 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM11608 1 0.0921 0.8028 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM11609 1 0.5040 0.7264 0.628 0.000 0.364 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 4 0.2795 0.7666 0.000 0.056 0.000 0.880 0.064
#> GSM11438 2 0.0162 0.9294 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11439 4 0.1822 0.7756 0.004 0.024 0.000 0.936 0.036
#> GSM11440 1 0.4235 0.4495 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM11441 1 0.4126 0.5095 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM11442 4 0.0000 0.7808 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11443 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11444 3 0.6931 0.5087 0.272 0.000 0.540 0.132 0.056
#> GSM11445 4 0.0794 0.7807 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM11446 1 0.5350 -0.2518 0.488 0.000 0.460 0.000 0.052
#> GSM11447 4 0.4000 0.6061 0.000 0.228 0.000 0.748 0.024
#> GSM11448 3 0.5723 0.4255 0.388 0.000 0.532 0.004 0.076
#> GSM11449 1 0.1270 0.6549 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM11450 1 0.2920 0.6396 0.852 0.000 0.132 0.000 0.016
#> GSM11451 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11452 5 0.3039 0.7817 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM11453 1 0.3837 0.5614 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM11454 3 0.5469 0.4153 0.392 0.000 0.548 0.004 0.056
#> GSM11455 4 0.4981 0.5819 0.000 0.172 0.000 0.708 0.120
#> GSM11456 2 0.2179 0.9114 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM11457 2 0.1341 0.9262 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM11458 1 0.3724 0.5107 0.788 0.000 0.184 0.000 0.028
#> GSM11459 1 0.3182 0.6490 0.844 0.000 0.124 0.000 0.032
#> GSM11460 3 0.7736 0.2176 0.172 0.000 0.396 0.348 0.084
#> GSM11461 3 0.5560 0.4080 0.412 0.000 0.524 0.004 0.060
#> GSM11462 1 0.1732 0.6584 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM11463 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11464 1 0.3774 0.5693 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM11465 5 0.4088 0.6647 0.000 0.000 0.168 0.056 0.776
#> GSM11466 3 0.3395 0.3548 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> GSM11467 1 0.3143 0.6148 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM11468 1 0.4302 0.3761 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> GSM11469 1 0.3983 0.5324 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> GSM11470 1 0.1956 0.6279 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM11471 1 0.1956 0.6279 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM11472 1 0.4126 0.4179 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM11473 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11474 2 0.0290 0.9296 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM11475 3 0.6072 0.5115 0.288 0.000 0.600 0.080 0.032
#> GSM11476 4 0.0794 0.7805 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM11477 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11478 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11479 4 0.5171 0.1675 0.000 0.456 0.000 0.504 0.040
#> GSM11480 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11481 3 0.3305 0.3397 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM11482 4 0.2650 0.7627 0.000 0.004 0.036 0.892 0.068
#> GSM11483 2 0.2732 0.8036 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM11484 4 0.4299 0.4058 0.004 0.000 0.388 0.608 0.000
#> GSM11485 4 0.0000 0.7808 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11486 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11487 3 0.4268 0.1105 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM11488 4 0.0290 0.7798 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM11489 2 0.2130 0.9190 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080
#> GSM11490 3 0.6927 0.5175 0.224 0.000 0.556 0.168 0.052
#> GSM11491 1 0.4047 0.2014 0.676 0.000 0.320 0.000 0.004
#> GSM11492 4 0.3395 0.6269 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM11493 4 0.0290 0.7798 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM11494 4 0.0000 0.7808 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11495 4 0.0162 0.7809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM11496 2 0.2017 0.8568 0.000 0.912 0.000 0.080 0.008
#> GSM11497 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11498 4 0.2378 0.7685 0.000 0.048 0.000 0.904 0.048
#> GSM11499 4 0.0000 0.7808 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11500 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11501 4 0.3197 0.7503 0.000 0.008 0.052 0.864 0.076
#> GSM11502 2 0.2424 0.8989 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM11503 2 0.1628 0.8895 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM11504 4 0.0794 0.7774 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM11505 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11506 2 0.0162 0.9265 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM11507 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11508 4 0.3837 0.5442 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM11509 3 0.5565 0.4578 0.344 0.000 0.592 0.040 0.024
#> GSM11510 4 0.2423 0.7544 0.000 0.000 0.080 0.896 0.024
#> GSM11511 3 0.8085 0.5079 0.236 0.048 0.508 0.108 0.100
#> GSM11512 3 0.4410 -0.1460 0.004 0.000 0.556 0.440 0.000
#> GSM11513 1 0.5142 0.0779 0.564 0.000 0.392 0.000 0.044
#> GSM11514 3 0.5422 0.4068 0.268 0.000 0.656 0.052 0.024
#> GSM11515 4 0.0162 0.7809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM11516 5 0.2605 0.8235 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM11517 3 0.7240 0.3305 0.148 0.000 0.468 0.328 0.056
#> GSM11518 1 0.4835 0.0846 0.592 0.000 0.380 0.000 0.028
#> GSM11519 1 0.4235 0.1758 0.656 0.000 0.336 0.000 0.008
#> GSM11520 1 0.1952 0.6408 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> GSM11521 4 0.2293 0.7551 0.000 0.016 0.000 0.900 0.084
#> GSM11522 1 0.3280 0.5945 0.812 0.000 0.176 0.000 0.012
#> GSM11523 1 0.3449 0.5233 0.812 0.000 0.164 0.000 0.024
#> GSM11524 1 0.4235 0.4438 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM11525 2 0.1121 0.9277 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM11526 4 0.1444 0.7800 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> GSM11527 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11528 4 0.6160 0.0359 0.000 0.420 0.000 0.448 0.132
#> GSM11529 5 0.3837 0.5885 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM11530 3 0.4481 0.3881 0.416 0.000 0.576 0.000 0.008
#> GSM11531 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11532 3 0.3745 0.4601 0.196 0.000 0.780 0.024 0.000
#> GSM11533 2 0.0609 0.9278 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM11534 4 0.3911 0.6944 0.000 0.060 0.000 0.796 0.144
#> GSM11535 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11536 4 0.4410 0.3742 0.000 0.000 0.440 0.556 0.004
#> GSM11537 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11538 4 0.4803 0.3456 0.000 0.000 0.444 0.536 0.020
#> GSM11539 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11540 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11541 4 0.4305 0.2765 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM11542 4 0.4297 0.6607 0.000 0.072 0.000 0.764 0.164
#> GSM11543 3 0.4268 0.3847 0.344 0.000 0.648 0.008 0.000
#> GSM11544 1 0.1965 0.6240 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM11545 1 0.1251 0.6586 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM11546 2 0.0162 0.9271 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM11547 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11548 1 0.5010 0.0245 0.572 0.000 0.392 0.000 0.036
#> GSM11549 3 0.8033 0.4908 0.236 0.008 0.452 0.204 0.100
#> GSM11550 1 0.2583 0.6477 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004
#> GSM11551 4 0.6418 0.2554 0.052 0.000 0.352 0.532 0.064
#> GSM11552 1 0.2329 0.6308 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM11553 5 0.2516 0.8282 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM11554 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11555 3 0.5631 -0.1859 0.020 0.000 0.484 0.460 0.036
#> GSM11556 1 0.2891 0.6449 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM11557 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM11558 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11559 5 0.4514 0.6585 0.068 0.000 0.164 0.008 0.760
#> GSM11560 1 0.1908 0.6142 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11562 5 0.2516 0.8282 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM11563 3 0.7241 0.3387 0.152 0.016 0.464 0.024 0.344
#> GSM11564 1 0.2732 0.6496 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM11565 1 0.1956 0.6279 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM11566 2 0.2179 0.9111 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM11567 4 0.3885 0.6131 0.000 0.000 0.268 0.724 0.008
#> GSM11568 5 0.2605 0.8235 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM11569 2 0.2280 0.9080 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM11570 1 0.3109 0.6108 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> GSM11571 5 0.3116 0.8205 0.064 0.076 0.000 0.000 0.860
#> GSM11572 3 0.6715 0.3911 0.196 0.000 0.532 0.020 0.252
#> GSM11573 1 0.4030 0.5267 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM11574 5 0.2153 0.8280 0.044 0.040 0.000 0.000 0.916
#> GSM11575 5 0.3984 0.7210 0.144 0.024 0.020 0.004 0.808
#> GSM11576 1 0.1851 0.6203 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM11577 5 0.2577 0.7861 0.000 0.016 0.084 0.008 0.892
#> GSM11578 5 0.3340 0.7349 0.156 0.016 0.004 0.000 0.824
#> GSM11579 2 0.2074 0.9137 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM11580 5 0.4126 0.4149 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM11581 3 0.3774 0.1882 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM11582 3 0.4273 -0.2431 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM11583 3 0.4738 0.3575 0.464 0.000 0.520 0.000 0.016
#> GSM11584 4 0.4375 0.4081 0.000 0.000 0.420 0.576 0.004
#> GSM11585 5 0.2516 0.8285 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM11586 1 0.4126 0.5015 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM11587 1 0.2439 0.5964 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> GSM11588 1 0.4127 0.5587 0.680 0.000 0.312 0.000 0.008
#> GSM11589 5 0.2158 0.8280 0.000 0.052 0.020 0.008 0.920
#> GSM11590 1 0.3707 0.5717 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM11591 5 0.2669 0.7912 0.104 0.020 0.000 0.000 0.876
#> GSM11592 1 0.4114 0.4274 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM11593 1 0.3171 0.6086 0.816 0.000 0.176 0.000 0.008
#> GSM11594 1 0.2561 0.6318 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> GSM11595 1 0.3730 0.5741 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM11596 5 0.5476 0.5318 0.216 0.004 0.096 0.008 0.676
#> GSM11597 1 0.2389 0.6528 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> GSM11598 1 0.1043 0.6444 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM11599 1 0.4138 0.4939 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> GSM11600 1 0.4114 0.5127 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM11601 5 0.1830 0.8304 0.000 0.068 0.000 0.008 0.924
#> GSM11602 3 0.4968 0.3443 0.456 0.000 0.516 0.000 0.028
#> GSM11603 1 0.3343 0.5299 0.812 0.000 0.172 0.000 0.016
#> GSM11604 1 0.4088 0.5155 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> GSM11605 3 0.4273 -0.2547 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM11606 5 0.1851 0.8360 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM11607 1 0.1830 0.6277 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> GSM11608 1 0.1608 0.6473 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM11609 3 0.4291 -0.2791 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 4 0.5854 0.4088 0.000 0.000 0.212 0.468 0.320 0.000
#> GSM11438 5 0.1341 0.8182 0.000 0.024 0.000 0.000 0.948 0.028
#> GSM11439 4 0.5706 0.3527 0.000 0.000 0.348 0.480 0.172 0.000
#> GSM11440 6 0.2257 0.6050 0.116 0.000 0.008 0.000 0.000 0.876
#> GSM11441 6 0.5680 -0.0327 0.136 0.000 0.404 0.004 0.000 0.456
#> GSM11442 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11443 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11444 3 0.0972 0.7207 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000 0.000
#> GSM11445 4 0.1387 0.7989 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM11446 3 0.0909 0.7311 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM11447 5 0.4787 0.2584 0.000 0.000 0.068 0.336 0.596 0.000
#> GSM11448 3 0.1285 0.7308 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000 0.000
#> GSM11449 1 0.3370 0.6237 0.804 0.000 0.148 0.000 0.000 0.048
#> GSM11450 1 0.4648 0.0979 0.496 0.000 0.464 0.000 0.000 0.040
#> GSM11451 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11452 2 0.1049 0.6186 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM11453 1 0.5187 0.1800 0.472 0.000 0.088 0.000 0.000 0.440
#> GSM11454 3 0.0405 0.7268 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000
#> GSM11455 2 0.5509 0.0879 0.000 0.496 0.008 0.416 0.068 0.012
#> GSM11456 2 0.4852 0.3320 0.000 0.528 0.004 0.000 0.420 0.048
#> GSM11457 5 0.4666 0.0798 0.000 0.388 0.000 0.000 0.564 0.048
#> GSM11458 3 0.1714 0.7230 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM11459 3 0.4895 0.5003 0.108 0.000 0.636 0.000 0.000 0.256
#> GSM11460 3 0.2706 0.6304 0.008 0.000 0.832 0.160 0.000 0.000
#> GSM11461 3 0.1152 0.7316 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> GSM11462 1 0.5202 0.4757 0.616 0.000 0.196 0.000 0.000 0.188
#> GSM11463 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11464 1 0.4561 0.2573 0.536 0.000 0.036 0.000 0.000 0.428
#> GSM11465 2 0.4061 0.4512 0.016 0.760 0.028 0.008 0.000 0.188
#> GSM11466 6 0.1686 0.6314 0.064 0.000 0.012 0.000 0.000 0.924
#> GSM11467 1 0.2482 0.6011 0.848 0.000 0.004 0.000 0.000 0.148
#> GSM11468 6 0.1806 0.6269 0.088 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908
#> GSM11469 6 0.4080 -0.0755 0.456 0.000 0.008 0.000 0.000 0.536
#> GSM11470 1 0.0547 0.6583 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM11471 1 0.0547 0.6583 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM11472 6 0.6095 -0.1432 0.292 0.000 0.324 0.000 0.000 0.384
#> GSM11473 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11474 5 0.1865 0.7963 0.000 0.040 0.000 0.000 0.920 0.040
#> GSM11475 3 0.1401 0.7344 0.028 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020
#> GSM11476 4 0.1074 0.8022 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012 0.000
#> GSM11477 2 0.4697 0.3655 0.000 0.548 0.000 0.000 0.404 0.048
#> GSM11478 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11479 5 0.3539 0.5761 0.000 0.000 0.024 0.220 0.756 0.000
#> GSM11480 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11481 6 0.1411 0.6312 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000 0.936
#> GSM11482 4 0.3479 0.7399 0.008 0.096 0.012 0.832 0.000 0.052
#> GSM11483 5 0.3513 0.7118 0.000 0.024 0.000 0.152 0.804 0.020
#> GSM11484 4 0.4006 0.3409 0.004 0.000 0.004 0.600 0.000 0.392
#> GSM11485 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11486 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11487 3 0.6018 -0.0441 0.252 0.000 0.416 0.000 0.000 0.332
#> GSM11488 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11489 5 0.5396 0.1588 0.000 0.356 0.008 0.028 0.564 0.044
#> GSM11490 3 0.1049 0.7197 0.008 0.000 0.960 0.032 0.000 0.000
#> GSM11491 1 0.4453 0.2622 0.568 0.000 0.400 0.000 0.000 0.032
#> GSM11492 4 0.0146 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11493 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11494 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11495 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11496 5 0.0146 0.8432 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM11497 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11498 4 0.4974 0.4846 0.000 0.000 0.088 0.588 0.324 0.000
#> GSM11499 4 0.0000 0.8179 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM11500 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11501 4 0.5233 0.5450 0.008 0.080 0.016 0.644 0.000 0.252
#> GSM11502 2 0.4728 0.3804 0.000 0.556 0.000 0.000 0.392 0.052
#> GSM11503 5 0.1766 0.8075 0.000 0.016 0.016 0.028 0.936 0.004
#> GSM11504 4 0.0146 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM11505 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11506 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11508 4 0.0820 0.8130 0.000 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM11509 3 0.1434 0.7273 0.012 0.000 0.948 0.028 0.000 0.012
#> GSM11510 4 0.2798 0.7283 0.000 0.000 0.036 0.852 0.000 0.112
#> GSM11511 3 0.0972 0.7144 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM11512 6 0.4256 0.1249 0.012 0.000 0.004 0.420 0.000 0.564
#> GSM11513 3 0.0909 0.7311 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM11514 6 0.3612 0.5834 0.092 0.000 0.100 0.004 0.000 0.804
#> GSM11515 4 0.0363 0.8161 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM11516 2 0.0692 0.6194 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM11517 3 0.3172 0.6596 0.048 0.000 0.824 0.128 0.000 0.000
#> GSM11518 3 0.2039 0.7243 0.076 0.000 0.904 0.000 0.000 0.020
#> GSM11519 1 0.4815 0.2991 0.556 0.000 0.384 0.000 0.000 0.060
#> GSM11520 3 0.4705 0.0421 0.472 0.000 0.484 0.000 0.000 0.044
#> GSM11521 4 0.2300 0.7380 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM11522 3 0.3803 0.6181 0.184 0.000 0.760 0.000 0.000 0.056
#> GSM11523 3 0.2003 0.7138 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> GSM11524 6 0.1958 0.6181 0.100 0.000 0.004 0.000 0.000 0.896
#> GSM11525 5 0.4709 -0.0026 0.000 0.412 0.000 0.000 0.540 0.048
#> GSM11526 4 0.1471 0.8009 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004 0.000
#> GSM11527 5 0.0291 0.8432 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM11528 4 0.6343 -0.1335 0.000 0.392 0.008 0.404 0.184 0.012
#> GSM11529 2 0.3164 0.6040 0.012 0.856 0.012 0.000 0.084 0.036
#> GSM11530 3 0.4099 0.5347 0.244 0.000 0.708 0.000 0.000 0.048
#> GSM11531 5 0.0146 0.8437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM11532 6 0.4141 0.5366 0.092 0.000 0.140 0.008 0.000 0.760
#> GSM11533 5 0.4453 0.2329 0.000 0.332 0.000 0.000 0.624 0.044
#> GSM11534 4 0.3947 0.6796 0.008 0.188 0.032 0.764 0.000 0.008
#> GSM11535 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11536 6 0.4629 0.1524 0.016 0.000 0.020 0.388 0.000 0.576
#> GSM11537 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11538 6 0.4370 0.0731 0.008 0.000 0.012 0.428 0.000 0.552
#> GSM11539 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11540 2 0.4697 0.3655 0.000 0.548 0.000 0.000 0.404 0.048
#> GSM11541 4 0.3163 0.6113 0.000 0.000 0.004 0.764 0.000 0.232
#> GSM11542 2 0.5356 0.0710 0.008 0.524 0.028 0.412 0.020 0.008
#> GSM11543 3 0.5625 0.3126 0.216 0.000 0.588 0.012 0.000 0.184
#> GSM11544 1 0.3911 0.3058 0.624 0.000 0.368 0.000 0.000 0.008
#> GSM11545 1 0.0935 0.6588 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> GSM11546 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11547 5 0.0000 0.8445 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM11548 3 0.1549 0.7311 0.044 0.000 0.936 0.000 0.000 0.020
#> GSM11549 3 0.1615 0.7019 0.004 0.000 0.928 0.064 0.004 0.000
#> GSM11550 3 0.5826 0.0451 0.376 0.000 0.436 0.000 0.000 0.188
#> GSM11551 3 0.3221 0.4842 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM11552 3 0.6053 0.0677 0.336 0.000 0.400 0.000 0.000 0.264
#> GSM11553 2 0.0405 0.6187 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM11554 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11555 6 0.5250 0.1294 0.016 0.004 0.052 0.384 0.000 0.544
#> GSM11556 3 0.6017 0.1014 0.304 0.000 0.428 0.000 0.000 0.268
#> GSM11557 5 0.0146 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM11558 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11559 2 0.6154 -0.1882 0.364 0.468 0.020 0.004 0.000 0.144
#> GSM11560 3 0.3869 0.1690 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> GSM11561 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11562 2 0.0777 0.6194 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM11563 2 0.7533 -0.1885 0.268 0.376 0.148 0.004 0.000 0.204
#> GSM11564 1 0.4537 0.5172 0.664 0.000 0.072 0.000 0.000 0.264
#> GSM11565 1 0.0547 0.6583 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM11566 2 0.4703 0.3570 0.000 0.544 0.000 0.000 0.408 0.048
#> GSM11567 6 0.4561 -0.0537 0.008 0.000 0.020 0.464 0.000 0.508
#> GSM11568 2 0.0972 0.6191 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM11569 2 0.4690 0.3730 0.000 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048
#> GSM11570 6 0.4747 0.1177 0.376 0.000 0.056 0.000 0.000 0.568
#> GSM11571 2 0.2306 0.5816 0.092 0.888 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM11572 2 0.6513 -0.2871 0.284 0.364 0.012 0.004 0.000 0.336
#> GSM11573 1 0.2883 0.5298 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM11574 2 0.1461 0.6061 0.044 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11575 3 0.5420 0.2855 0.080 0.432 0.476 0.000 0.000 0.012
#> GSM11576 1 0.1910 0.6264 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM11577 2 0.2020 0.6061 0.020 0.920 0.020 0.000 0.000 0.040
#> GSM11578 2 0.4168 0.0498 0.400 0.584 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11579 5 0.5365 0.4625 0.000 0.216 0.000 0.088 0.652 0.044
#> GSM11580 2 0.3167 0.5878 0.012 0.836 0.000 0.000 0.120 0.032
#> GSM11581 6 0.1411 0.6312 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000 0.936
#> GSM11582 6 0.1812 0.6294 0.080 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912
#> GSM11583 3 0.1918 0.7228 0.088 0.000 0.904 0.000 0.000 0.008
#> GSM11584 6 0.3982 0.0171 0.004 0.000 0.000 0.460 0.000 0.536
#> GSM11585 2 0.0984 0.6161 0.012 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM11586 6 0.3615 0.3639 0.292 0.000 0.008 0.000 0.000 0.700
#> GSM11587 1 0.3862 -0.1632 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000
#> GSM11588 1 0.2994 0.5422 0.788 0.000 0.004 0.000 0.000 0.208
#> GSM11589 2 0.1766 0.6116 0.016 0.936 0.028 0.004 0.000 0.016
#> GSM11590 1 0.3426 0.4967 0.720 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276
#> GSM11591 2 0.3003 0.5058 0.172 0.812 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11592 1 0.5841 0.2230 0.436 0.000 0.192 0.000 0.000 0.372
#> GSM11593 1 0.0717 0.6547 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM11594 1 0.0725 0.6563 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM11595 1 0.3927 0.4040 0.644 0.000 0.012 0.000 0.000 0.344
#> GSM11596 1 0.5691 0.2983 0.480 0.412 0.088 0.004 0.000 0.016
#> GSM11597 1 0.5586 0.1435 0.472 0.000 0.384 0.000 0.000 0.144
#> GSM11598 1 0.1141 0.6585 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM11599 6 0.3012 0.5179 0.196 0.000 0.008 0.000 0.000 0.796
#> GSM11600 6 0.3729 0.3461 0.296 0.000 0.012 0.000 0.000 0.692
#> GSM11601 2 0.1622 0.6127 0.016 0.940 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM11602 3 0.2122 0.7237 0.076 0.000 0.900 0.000 0.000 0.024
#> GSM11603 3 0.2135 0.7068 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> GSM11604 1 0.3221 0.5071 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM11605 6 0.1411 0.6312 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000 0.936
#> GSM11606 2 0.1003 0.6124 0.020 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM11607 1 0.0790 0.6572 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM11608 3 0.5701 0.1460 0.376 0.000 0.460 0.000 0.000 0.164
#> GSM11609 6 0.1471 0.6308 0.064 0.000 0.004 0.000 0.000 0.932
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:mclust 171 0.133 2
#> ATC:mclust 162 0.152 3
#> ATC:mclust 154 0.116 4
#> ATC:mclust 128 0.400 5
#> ATC:mclust 106 0.211 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11993 rows and 173 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.894 0.924 0.969 0.4949 0.506 0.506
#> 3 3 0.614 0.759 0.881 0.3414 0.658 0.421
#> 4 4 0.569 0.659 0.809 0.1280 0.790 0.469
#> 5 5 0.613 0.646 0.792 0.0631 0.875 0.569
#> 6 6 0.620 0.519 0.718 0.0419 0.928 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM11437 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11438 2 1.0000 0.0432 0.500 0.500
#> GSM11439 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11440 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11441 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11442 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11443 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11444 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11445 1 0.0376 0.9733 0.996 0.004
#> GSM11446 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11447 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11448 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11449 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11450 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11451 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11452 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11453 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11454 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11455 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11456 2 0.1843 0.9386 0.028 0.972
#> GSM11457 2 0.9881 0.2663 0.436 0.564
#> GSM11458 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11459 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11460 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11461 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11462 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11463 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11464 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11465 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11466 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11467 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11468 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11469 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11470 1 0.6801 0.7701 0.820 0.180
#> GSM11471 2 0.4690 0.8744 0.100 0.900
#> GSM11472 2 0.6801 0.7832 0.180 0.820
#> GSM11473 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11474 1 0.1633 0.9551 0.976 0.024
#> GSM11475 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11476 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11477 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11478 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11479 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11480 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11481 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11482 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11483 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11484 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11485 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11486 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11487 2 0.8207 0.6719 0.256 0.744
#> GSM11488 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11489 2 0.4161 0.8899 0.084 0.916
#> GSM11490 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11491 2 0.9635 0.4001 0.388 0.612
#> GSM11492 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11493 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11494 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11495 2 0.7602 0.7286 0.220 0.780
#> GSM11496 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11497 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11498 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11499 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11500 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11501 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11502 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11503 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11504 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11505 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11506 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11507 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11508 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11509 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11510 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11511 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11512 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11513 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11514 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11515 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11516 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11517 1 0.4939 0.8647 0.892 0.108
#> GSM11518 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11519 2 0.1184 0.9479 0.016 0.984
#> GSM11520 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11521 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11522 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11523 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11524 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11525 2 0.9996 0.0885 0.488 0.512
#> GSM11526 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11527 1 0.7950 0.6740 0.760 0.240
#> GSM11528 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11529 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11530 1 0.7815 0.6876 0.768 0.232
#> GSM11531 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11532 2 0.3114 0.9154 0.056 0.944
#> GSM11533 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11534 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11535 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11536 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11537 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11538 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11539 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11540 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11541 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11542 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11543 1 0.8861 0.5477 0.696 0.304
#> GSM11544 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11545 2 0.9044 0.5542 0.320 0.680
#> GSM11546 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11547 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11548 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11549 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11550 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11551 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11552 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11553 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11554 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11555 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11556 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11557 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11558 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11559 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11560 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11561 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11562 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11563 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11564 2 0.4431 0.8823 0.092 0.908
#> GSM11565 2 0.1184 0.9479 0.016 0.984
#> GSM11566 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11567 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11568 2 0.7056 0.7682 0.192 0.808
#> GSM11569 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11570 2 0.2778 0.9223 0.048 0.952
#> GSM11571 1 0.0376 0.9733 0.996 0.004
#> GSM11572 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11573 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11574 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11575 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11576 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11577 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11578 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11579 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11580 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11581 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11582 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11583 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11584 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11585 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11586 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11587 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11588 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11589 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11590 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11591 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11592 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11593 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11594 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11595 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11596 2 0.5737 0.8357 0.136 0.864
#> GSM11597 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11598 1 0.2423 0.9395 0.960 0.040
#> GSM11599 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11600 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11601 1 0.9988 0.0212 0.520 0.480
#> GSM11602 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11603 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11604 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11605 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11606 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
#> GSM11607 2 0.8267 0.6657 0.260 0.740
#> GSM11608 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000
#> GSM11609 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM11437 3 0.1753 0.85286 0.000 0.048 0.952
#> GSM11438 2 0.1529 0.85282 0.000 0.960 0.040
#> GSM11439 3 0.1289 0.86069 0.000 0.032 0.968
#> GSM11440 1 0.1289 0.85727 0.968 0.032 0.000
#> GSM11441 1 0.5835 0.47102 0.660 0.000 0.340
#> GSM11442 2 0.0237 0.86569 0.000 0.996 0.004
#> GSM11443 3 0.6026 0.39715 0.000 0.376 0.624
#> GSM11444 3 0.0237 0.87206 0.004 0.000 0.996
#> GSM11445 3 0.2796 0.82783 0.000 0.092 0.908
#> GSM11446 3 0.1411 0.87117 0.036 0.000 0.964
#> GSM11447 3 0.1964 0.84829 0.000 0.056 0.944
#> GSM11448 3 0.0892 0.87265 0.020 0.000 0.980
#> GSM11449 1 0.5138 0.64349 0.748 0.000 0.252
#> GSM11450 3 0.6180 0.30781 0.416 0.000 0.584
#> GSM11451 2 0.0747 0.86605 0.016 0.984 0.000
#> GSM11452 2 0.0000 0.86631 0.000 1.000 0.000
#> GSM11453 1 0.0983 0.86010 0.980 0.016 0.004
#> GSM11454 3 0.0000 0.87135 0.000 0.000 1.000
#> GSM11455 2 0.3267 0.81940 0.116 0.884 0.000
#> GSM11456 2 0.0424 0.86504 0.000 0.992 0.008
#> GSM11457 2 0.1529 0.85282 0.000 0.960 0.040
#> GSM11458 3 0.1163 0.87220 0.028 0.000 0.972
#> GSM11459 3 0.4750 0.71306 0.216 0.000 0.784
#> GSM11460 3 0.1411 0.87144 0.036 0.000 0.964
#> GSM11461 3 0.0000 0.87135 0.000 0.000 1.000
#> GSM11462 1 0.4504 0.72377 0.804 0.000 0.196
#> GSM11463 3 0.6309 0.01770 0.000 0.496 0.504
#> GSM11464 1 0.1643 0.84734 0.956 0.000 0.044
#> GSM11465 1 0.6079 0.35301 0.612 0.388 0.000
#> GSM11466 1 0.1643 0.85372 0.956 0.044 0.000
#> GSM11467 1 0.0592 0.85964 0.988 0.012 0.000
#> GSM11468 1 0.0592 0.85964 0.988 0.012 0.000
#> GSM11469 1 0.0592 0.85645 0.988 0.000 0.012
#> GSM11470 1 0.2796 0.82108 0.908 0.000 0.092
#> GSM11471 1 0.2165 0.83812 0.936 0.000 0.064
#> GSM11472 1 0.1964 0.84198 0.944 0.000 0.056
#> GSM11473 3 0.2959 0.81724 0.000 0.100 0.900
#> GSM11474 2 0.1860 0.84658 0.000 0.948 0.052
#> GSM11475 3 0.3482 0.81482 0.128 0.000 0.872
#> GSM11476 2 0.0237 0.86648 0.004 0.996 0.000
#> GSM11477 2 0.0000 0.86631 0.000 1.000 0.000
#> GSM11478 2 0.1529 0.86169 0.040 0.960 0.000
#> GSM11479 2 0.6225 0.21939 0.000 0.568 0.432
#> GSM11480 2 0.1411 0.86280 0.036 0.964 0.000
#> GSM11481 1 0.1529 0.85526 0.960 0.040 0.000
#> GSM11482 2 0.5363 0.62679 0.276 0.724 0.000
#> GSM11483 2 0.1163 0.85803 0.000 0.972 0.028
#> GSM11484 1 0.1753 0.85290 0.952 0.048 0.000
#> GSM11485 2 0.2261 0.85207 0.068 0.932 0.000
#> GSM11486 2 0.2448 0.83157 0.000 0.924 0.076
#> GSM11487 1 0.2448 0.83173 0.924 0.000 0.076
#> GSM11488 2 0.3116 0.82538 0.108 0.892 0.000
#> GSM11489 2 0.0747 0.86267 0.000 0.984 0.016
#> GSM11490 3 0.1163 0.87256 0.028 0.000 0.972
#> GSM11491 1 0.3412 0.79808 0.876 0.000 0.124
#> GSM11492 3 0.3412 0.81966 0.124 0.000 0.876
#> GSM11493 2 0.5760 0.53542 0.328 0.672 0.000
#> GSM11494 3 0.1411 0.85913 0.000 0.036 0.964
#> GSM11495 2 0.1411 0.85746 0.000 0.964 0.036
#> GSM11496 3 0.4399 0.72863 0.000 0.188 0.812
#> GSM11497 2 0.6280 0.11748 0.000 0.540 0.460
#> GSM11498 3 0.5291 0.61750 0.000 0.268 0.732
#> GSM11499 2 0.0475 0.86667 0.004 0.992 0.004
#> GSM11500 3 0.4555 0.71369 0.000 0.200 0.800
#> GSM11501 1 0.6260 0.18799 0.552 0.448 0.000
#> GSM11502 2 0.0747 0.86267 0.000 0.984 0.016
#> GSM11503 3 0.5968 0.42593 0.000 0.364 0.636
#> GSM11504 3 0.1774 0.87050 0.016 0.024 0.960
#> GSM11505 2 0.4346 0.71968 0.000 0.816 0.184
#> GSM11506 2 0.3482 0.78507 0.000 0.872 0.128
#> GSM11507 2 0.0747 0.86605 0.016 0.984 0.000
#> GSM11508 3 0.1753 0.86817 0.048 0.000 0.952
#> GSM11509 3 0.1411 0.87117 0.036 0.000 0.964
#> GSM11510 2 0.6260 0.22134 0.448 0.552 0.000
#> GSM11511 3 0.0237 0.87035 0.000 0.004 0.996
#> GSM11512 1 0.1753 0.85207 0.952 0.048 0.000
#> GSM11513 3 0.1753 0.86758 0.048 0.000 0.952
#> GSM11514 1 0.3267 0.80919 0.884 0.116 0.000
#> GSM11515 3 0.1643 0.85569 0.000 0.044 0.956
#> GSM11516 2 0.2066 0.85509 0.060 0.940 0.000
#> GSM11517 3 0.6111 0.35438 0.396 0.000 0.604
#> GSM11518 3 0.3340 0.82097 0.120 0.000 0.880
#> GSM11519 1 0.1015 0.85942 0.980 0.012 0.008
#> GSM11520 3 0.6274 0.18271 0.456 0.000 0.544
#> GSM11521 2 0.4346 0.75077 0.184 0.816 0.000
#> GSM11522 3 0.5733 0.53121 0.324 0.000 0.676
#> GSM11523 3 0.1529 0.87020 0.040 0.000 0.960
#> GSM11524 1 0.0592 0.85964 0.988 0.012 0.000
#> GSM11525 2 0.1529 0.85282 0.000 0.960 0.040
#> GSM11526 2 0.6235 0.20474 0.000 0.564 0.436
#> GSM11527 2 0.1643 0.85076 0.000 0.956 0.044
#> GSM11528 2 0.1289 0.86400 0.032 0.968 0.000
#> GSM11529 2 0.0237 0.86569 0.000 0.996 0.004
#> GSM11530 1 0.4346 0.74135 0.816 0.000 0.184
#> GSM11531 2 0.5733 0.48844 0.000 0.676 0.324
#> GSM11532 1 0.1411 0.85061 0.964 0.000 0.036
#> GSM11533 2 0.2796 0.81866 0.000 0.908 0.092
#> GSM11534 2 0.4796 0.70207 0.220 0.780 0.000
#> GSM11535 2 0.2959 0.81154 0.000 0.900 0.100
#> GSM11536 1 0.4654 0.71683 0.792 0.208 0.000
#> GSM11537 2 0.3038 0.82853 0.104 0.896 0.000
#> GSM11538 1 0.4605 0.71874 0.796 0.204 0.000
#> GSM11539 2 0.2448 0.83145 0.000 0.924 0.076
#> GSM11540 2 0.0000 0.86631 0.000 1.000 0.000
#> GSM11541 1 0.0592 0.85964 0.988 0.012 0.000
#> GSM11542 2 0.3619 0.80242 0.136 0.864 0.000
#> GSM11543 1 0.4452 0.73151 0.808 0.000 0.192
#> GSM11544 3 0.4002 0.78241 0.160 0.000 0.840
#> GSM11545 1 0.2878 0.81958 0.904 0.000 0.096
#> GSM11546 3 0.2261 0.84055 0.000 0.068 0.932
#> GSM11547 3 0.2261 0.84055 0.000 0.068 0.932
#> GSM11548 3 0.1860 0.86606 0.052 0.000 0.948
#> GSM11549 3 0.0829 0.87310 0.012 0.004 0.984
#> GSM11550 1 0.4452 0.72922 0.808 0.000 0.192
#> GSM11551 3 0.0000 0.87135 0.000 0.000 1.000
#> GSM11552 1 0.5529 0.56388 0.704 0.000 0.296
#> GSM11553 2 0.3686 0.79837 0.140 0.860 0.000
#> GSM11554 2 0.2066 0.85494 0.060 0.940 0.000
#> GSM11555 1 0.5016 0.67332 0.760 0.240 0.000
#> GSM11556 1 0.5016 0.66215 0.760 0.000 0.240
#> GSM11557 2 0.2625 0.82525 0.000 0.916 0.084
#> GSM11558 2 0.1964 0.85661 0.056 0.944 0.000
#> GSM11559 1 0.3752 0.78512 0.856 0.144 0.000
#> GSM11560 3 0.1860 0.86586 0.052 0.000 0.948
#> GSM11561 2 0.2537 0.84435 0.080 0.920 0.000
#> GSM11562 2 0.3619 0.80198 0.136 0.864 0.000
#> GSM11563 1 0.4504 0.73749 0.804 0.196 0.000
#> GSM11564 1 0.1860 0.84405 0.948 0.000 0.052
#> GSM11565 1 0.1753 0.84576 0.952 0.000 0.048
#> GSM11566 2 0.0000 0.86631 0.000 1.000 0.000
#> GSM11567 1 0.4750 0.70320 0.784 0.216 0.000
#> GSM11568 2 0.1031 0.85974 0.000 0.976 0.024
#> GSM11569 2 0.1031 0.86517 0.024 0.976 0.000
#> GSM11570 1 0.1411 0.85025 0.964 0.000 0.036
#> GSM11571 3 0.3038 0.82016 0.000 0.104 0.896
#> GSM11572 1 0.3752 0.78496 0.856 0.144 0.000
#> GSM11573 1 0.1753 0.85189 0.952 0.048 0.000
#> GSM11574 1 0.6154 0.30648 0.592 0.408 0.000
#> GSM11575 3 0.0424 0.86926 0.000 0.008 0.992
#> GSM11576 3 0.3816 0.79492 0.148 0.000 0.852
#> GSM11577 2 0.6280 0.17102 0.460 0.540 0.000
#> GSM11578 1 0.4121 0.76123 0.832 0.168 0.000
#> GSM11579 2 0.0000 0.86631 0.000 1.000 0.000
#> GSM11580 2 0.0592 0.86636 0.012 0.988 0.000
#> GSM11581 1 0.0829 0.85956 0.984 0.012 0.004
#> GSM11582 1 0.1163 0.85810 0.972 0.028 0.000
#> GSM11583 3 0.1411 0.87117 0.036 0.000 0.964
#> GSM11584 1 0.3619 0.79204 0.864 0.136 0.000
#> GSM11585 2 0.1163 0.86459 0.028 0.972 0.000
#> GSM11586 1 0.1643 0.85392 0.956 0.044 0.000
#> GSM11587 3 0.1753 0.86758 0.048 0.000 0.952
#> GSM11588 1 0.1643 0.85387 0.956 0.044 0.000
#> GSM11589 2 0.6295 0.12592 0.472 0.528 0.000
#> GSM11590 1 0.0747 0.85946 0.984 0.016 0.000
#> GSM11591 1 0.5760 0.50176 0.672 0.328 0.000
#> GSM11592 1 0.0892 0.85928 0.980 0.020 0.000
#> GSM11593 1 0.0747 0.85571 0.984 0.000 0.016
#> GSM11594 1 0.1163 0.85271 0.972 0.000 0.028
#> GSM11595 1 0.1289 0.85727 0.968 0.032 0.000
#> GSM11596 1 0.7595 0.69309 0.688 0.136 0.176
#> GSM11597 1 0.4555 0.72001 0.800 0.000 0.200
#> GSM11598 1 0.4062 0.76021 0.836 0.000 0.164
#> GSM11599 1 0.0424 0.85716 0.992 0.000 0.008
#> GSM11600 1 0.0747 0.85571 0.984 0.000 0.016
#> GSM11601 2 0.5792 0.70207 0.036 0.772 0.192
#> GSM11602 3 0.2066 0.86170 0.060 0.000 0.940
#> GSM11603 3 0.1753 0.86758 0.048 0.000 0.952
#> GSM11604 1 0.1753 0.84576 0.952 0.000 0.048
#> GSM11605 1 0.1031 0.85867 0.976 0.024 0.000
#> GSM11606 2 0.5363 0.62445 0.276 0.724 0.000
#> GSM11607 1 0.2625 0.82674 0.916 0.000 0.084
#> GSM11608 1 0.6307 -0.00049 0.512 0.000 0.488
#> GSM11609 1 0.2537 0.83435 0.920 0.080 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM11437 3 0.2926 0.84465 0.000 0.056 0.896 0.048
#> GSM11438 2 0.3143 0.80274 0.000 0.876 0.024 0.100
#> GSM11439 3 0.2300 0.85690 0.000 0.048 0.924 0.028
#> GSM11440 1 0.4741 0.29952 0.668 0.004 0.000 0.328
#> GSM11441 4 0.6860 0.50334 0.164 0.000 0.244 0.592
#> GSM11442 4 0.1975 0.72138 0.000 0.048 0.016 0.936
#> GSM11443 2 0.5500 0.17906 0.000 0.520 0.464 0.016
#> GSM11444 3 0.0895 0.87389 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM11445 4 0.3547 0.68766 0.000 0.016 0.144 0.840
#> GSM11446 3 0.1510 0.87317 0.016 0.000 0.956 0.028
#> GSM11447 3 0.3168 0.83991 0.000 0.060 0.884 0.056
#> GSM11448 3 0.2363 0.85976 0.056 0.024 0.920 0.000
#> GSM11449 1 0.4053 0.63854 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM11450 1 0.4998 0.08134 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM11451 2 0.1798 0.81811 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM11452 2 0.2976 0.77430 0.120 0.872 0.008 0.000
#> GSM11453 1 0.1639 0.71885 0.952 0.008 0.004 0.036
#> GSM11454 3 0.0844 0.87418 0.004 0.004 0.980 0.012
#> GSM11455 2 0.4877 0.52619 0.008 0.664 0.000 0.328
#> GSM11456 2 0.1902 0.81989 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM11457 2 0.0779 0.82469 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM11458 3 0.1004 0.87150 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM11459 3 0.3392 0.83355 0.056 0.000 0.872 0.072
#> GSM11460 3 0.3157 0.79896 0.004 0.000 0.852 0.144
#> GSM11461 3 0.1510 0.86979 0.028 0.016 0.956 0.000
#> GSM11462 1 0.6402 0.52363 0.624 0.000 0.268 0.108
#> GSM11463 2 0.5070 0.43735 0.008 0.620 0.372 0.000
#> GSM11464 1 0.3071 0.68969 0.888 0.000 0.044 0.068
#> GSM11465 1 0.4955 0.42464 0.648 0.344 0.000 0.008
#> GSM11466 4 0.4936 0.57779 0.340 0.000 0.008 0.652
#> GSM11467 1 0.1174 0.72375 0.968 0.012 0.000 0.020
#> GSM11468 4 0.5269 0.54160 0.364 0.000 0.016 0.620
#> GSM11469 1 0.4199 0.60539 0.804 0.000 0.032 0.164
#> GSM11470 1 0.2546 0.73048 0.912 0.028 0.060 0.000
#> GSM11471 1 0.2002 0.73160 0.936 0.020 0.044 0.000
#> GSM11472 1 0.6013 0.34493 0.624 0.000 0.064 0.312
#> GSM11473 3 0.2730 0.83454 0.000 0.088 0.896 0.016
#> GSM11474 2 0.1388 0.82410 0.000 0.960 0.028 0.012
#> GSM11475 4 0.5905 0.29724 0.040 0.000 0.396 0.564
#> GSM11476 4 0.2413 0.71533 0.000 0.064 0.020 0.916
#> GSM11477 2 0.1004 0.82167 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM11478 2 0.2522 0.81838 0.016 0.908 0.000 0.076
#> GSM11479 3 0.7299 0.29702 0.000 0.312 0.512 0.176
#> GSM11480 2 0.2861 0.81032 0.016 0.888 0.000 0.096
#> GSM11481 4 0.4164 0.66389 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM11482 4 0.3051 0.72330 0.028 0.088 0.000 0.884
#> GSM11483 2 0.5161 0.62701 0.000 0.676 0.024 0.300
#> GSM11484 4 0.2198 0.73836 0.072 0.000 0.008 0.920
#> GSM11485 4 0.1635 0.72604 0.000 0.044 0.008 0.948
#> GSM11486 2 0.3308 0.79983 0.000 0.872 0.036 0.092
#> GSM11487 1 0.6214 0.26806 0.576 0.000 0.064 0.360
#> GSM11488 4 0.1191 0.73367 0.004 0.024 0.004 0.968
#> GSM11489 2 0.3219 0.79949 0.000 0.868 0.020 0.112
#> GSM11490 3 0.1722 0.86512 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM11491 1 0.3447 0.71003 0.852 0.020 0.128 0.000
#> GSM11492 4 0.2174 0.73462 0.020 0.000 0.052 0.928
#> GSM11493 4 0.0844 0.73542 0.004 0.012 0.004 0.980
#> GSM11494 4 0.4019 0.63908 0.000 0.012 0.196 0.792
#> GSM11495 4 0.2596 0.71067 0.000 0.068 0.024 0.908
#> GSM11496 3 0.5332 0.73472 0.000 0.128 0.748 0.124
#> GSM11497 2 0.5498 0.33241 0.000 0.576 0.404 0.020
#> GSM11498 3 0.5569 0.70453 0.000 0.172 0.724 0.104
#> GSM11499 4 0.2775 0.70327 0.000 0.084 0.020 0.896
#> GSM11500 3 0.4907 0.72419 0.000 0.176 0.764 0.060
#> GSM11501 4 0.3601 0.73297 0.084 0.056 0.000 0.860
#> GSM11502 2 0.1022 0.81928 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM11503 2 0.5457 0.12736 0.004 0.516 0.472 0.008
#> GSM11504 4 0.1452 0.73276 0.000 0.008 0.036 0.956
#> GSM11505 2 0.4286 0.75824 0.000 0.812 0.136 0.052
#> GSM11506 2 0.5674 0.70025 0.000 0.720 0.132 0.148
#> GSM11507 2 0.1820 0.82383 0.020 0.944 0.000 0.036
#> GSM11508 4 0.3852 0.67459 0.012 0.000 0.180 0.808
#> GSM11509 3 0.2513 0.87536 0.036 0.016 0.924 0.024
#> GSM11510 4 0.4635 0.69448 0.080 0.124 0.000 0.796
#> GSM11511 3 0.1362 0.87143 0.012 0.020 0.964 0.004
#> GSM11512 4 0.2125 0.73864 0.076 0.000 0.004 0.920
#> GSM11513 3 0.1936 0.87045 0.032 0.000 0.940 0.028
#> GSM11514 1 0.4274 0.62414 0.808 0.044 0.000 0.148
#> GSM11515 4 0.5756 0.20871 0.000 0.032 0.400 0.568
#> GSM11516 2 0.3123 0.74565 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM11517 3 0.5788 0.59215 0.084 0.000 0.688 0.228
#> GSM11518 3 0.2412 0.84387 0.084 0.000 0.908 0.008
#> GSM11519 1 0.1913 0.73223 0.940 0.020 0.040 0.000
#> GSM11520 1 0.5285 0.14366 0.524 0.000 0.468 0.008
#> GSM11521 4 0.2988 0.71107 0.012 0.112 0.000 0.876
#> GSM11522 3 0.4227 0.77527 0.120 0.000 0.820 0.060
#> GSM11523 3 0.1209 0.86949 0.032 0.004 0.964 0.000
#> GSM11524 4 0.4814 0.60098 0.316 0.000 0.008 0.676
#> GSM11525 2 0.0927 0.82499 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM11526 4 0.7431 -0.00566 0.000 0.172 0.380 0.448
#> GSM11527 2 0.3367 0.79721 0.000 0.864 0.028 0.108
#> GSM11528 2 0.4535 0.62109 0.000 0.704 0.004 0.292
#> GSM11529 2 0.1557 0.81259 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM11530 1 0.6745 0.18051 0.480 0.000 0.428 0.092
#> GSM11531 2 0.4401 0.61072 0.004 0.724 0.272 0.000
#> GSM11532 4 0.4323 0.70446 0.184 0.000 0.028 0.788
#> GSM11533 2 0.2670 0.80970 0.024 0.904 0.072 0.000
#> GSM11534 4 0.5131 0.53533 0.028 0.280 0.000 0.692
#> GSM11535 2 0.2021 0.81855 0.000 0.932 0.056 0.012
#> GSM11536 4 0.5055 0.66294 0.256 0.032 0.000 0.712
#> GSM11537 2 0.2973 0.79570 0.096 0.884 0.000 0.020
#> GSM11538 4 0.4797 0.66527 0.260 0.020 0.000 0.720
#> GSM11539 2 0.2500 0.81570 0.000 0.916 0.040 0.044
#> GSM11540 2 0.1211 0.82484 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM11541 4 0.2021 0.73883 0.056 0.000 0.012 0.932
#> GSM11542 2 0.4707 0.71618 0.036 0.760 0.000 0.204
#> GSM11543 1 0.6860 0.46253 0.592 0.000 0.164 0.244
#> GSM11544 3 0.5487 0.25081 0.400 0.020 0.580 0.000
#> GSM11545 1 0.3266 0.71755 0.868 0.024 0.108 0.000
#> GSM11546 3 0.1716 0.85335 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM11547 3 0.1716 0.85335 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM11548 3 0.1706 0.86857 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM11549 3 0.1262 0.87446 0.008 0.008 0.968 0.016
#> GSM11550 1 0.6516 0.45701 0.592 0.000 0.308 0.100
#> GSM11551 3 0.2384 0.85300 0.008 0.004 0.916 0.072
#> GSM11552 4 0.7426 0.26468 0.172 0.000 0.376 0.452
#> GSM11553 2 0.3498 0.74043 0.160 0.832 0.000 0.008
#> GSM11554 2 0.2412 0.80137 0.084 0.908 0.000 0.008
#> GSM11555 4 0.5790 0.55593 0.340 0.044 0.000 0.616
#> GSM11556 1 0.7081 0.23433 0.484 0.000 0.388 0.128
#> GSM11557 2 0.2844 0.81132 0.000 0.900 0.048 0.052
#> GSM11558 2 0.2949 0.81272 0.024 0.888 0.000 0.088
#> GSM11559 1 0.3123 0.67827 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM11560 3 0.1716 0.85614 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM11561 2 0.2919 0.81612 0.044 0.896 0.000 0.060
#> GSM11562 2 0.3498 0.74072 0.160 0.832 0.000 0.008
#> GSM11563 1 0.3910 0.68216 0.820 0.156 0.000 0.024
#> GSM11564 1 0.2131 0.71294 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM11565 1 0.2111 0.73185 0.932 0.024 0.044 0.000
#> GSM11566 2 0.1557 0.82231 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM11567 4 0.4059 0.70531 0.200 0.012 0.000 0.788
#> GSM11568 2 0.2522 0.80071 0.076 0.908 0.016 0.000
#> GSM11569 2 0.2125 0.80437 0.076 0.920 0.000 0.004
#> GSM11570 4 0.5860 0.49645 0.380 0.000 0.040 0.580
#> GSM11571 2 0.7795 0.14509 0.296 0.424 0.280 0.000
#> GSM11572 1 0.3215 0.70362 0.876 0.092 0.000 0.032
#> GSM11573 1 0.1733 0.71862 0.948 0.024 0.000 0.028
#> GSM11574 1 0.4585 0.45808 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM11575 3 0.3071 0.84940 0.044 0.068 0.888 0.000
#> GSM11576 3 0.4722 0.51806 0.300 0.008 0.692 0.000
#> GSM11577 1 0.4972 0.12008 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM11578 1 0.4136 0.64514 0.788 0.196 0.016 0.000
#> GSM11579 2 0.4576 0.68890 0.000 0.748 0.020 0.232
#> GSM11580 2 0.1661 0.81388 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM11581 4 0.4012 0.70722 0.184 0.000 0.016 0.800
#> GSM11582 4 0.5355 0.46711 0.408 0.004 0.008 0.580
#> GSM11583 3 0.1004 0.87212 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM11584 4 0.3681 0.71625 0.176 0.008 0.000 0.816
#> GSM11585 2 0.2773 0.77980 0.116 0.880 0.004 0.000
#> GSM11586 1 0.3351 0.64038 0.844 0.008 0.000 0.148
#> GSM11587 3 0.2329 0.85158 0.072 0.012 0.916 0.000
#> GSM11588 1 0.2060 0.71959 0.932 0.052 0.000 0.016
#> GSM11589 2 0.5295 0.02550 0.488 0.504 0.000 0.008
#> GSM11590 1 0.1151 0.72179 0.968 0.008 0.000 0.024
#> GSM11591 1 0.4934 0.56508 0.720 0.252 0.028 0.000
#> GSM11592 1 0.1585 0.71690 0.952 0.004 0.004 0.040
#> GSM11593 1 0.1396 0.72827 0.960 0.032 0.004 0.004
#> GSM11594 1 0.1229 0.72569 0.968 0.004 0.020 0.008
#> GSM11595 1 0.1833 0.71831 0.944 0.024 0.000 0.032
#> GSM11596 1 0.6245 0.58751 0.668 0.164 0.168 0.000
#> GSM11597 1 0.4707 0.64118 0.760 0.000 0.204 0.036
#> GSM11598 1 0.3024 0.69982 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM11599 4 0.5453 0.48804 0.388 0.000 0.020 0.592
#> GSM11600 1 0.5906 -0.13494 0.528 0.000 0.036 0.436
#> GSM11601 2 0.6119 0.61215 0.152 0.680 0.168 0.000
#> GSM11602 3 0.2224 0.86130 0.032 0.000 0.928 0.040
#> GSM11603 3 0.1209 0.86977 0.032 0.000 0.964 0.004
#> GSM11604 1 0.3144 0.68820 0.884 0.000 0.044 0.072
#> GSM11605 4 0.4770 0.63823 0.288 0.000 0.012 0.700
#> GSM11606 1 0.5163 0.06005 0.516 0.480 0.004 0.000
#> GSM11607 1 0.3840 0.71078 0.844 0.052 0.104 0.000
#> GSM11608 3 0.6084 0.57409 0.204 0.000 0.676 0.120
#> GSM11609 4 0.5590 0.34456 0.456 0.020 0.000 0.524
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM11437 3 0.2727 0.78192 0.000 0.016 0.868 0.000 0.116
#> GSM11438 2 0.3385 0.76415 0.000 0.856 0.016 0.084 0.044
#> GSM11439 5 0.2463 0.72720 0.004 0.008 0.100 0.000 0.888
#> GSM11440 1 0.2616 0.77967 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036
#> GSM11441 5 0.4569 0.63721 0.132 0.000 0.016 0.080 0.772
#> GSM11442 5 0.3554 0.60835 0.004 0.004 0.000 0.216 0.776
#> GSM11443 2 0.6546 0.12105 0.000 0.440 0.172 0.004 0.384
#> GSM11444 5 0.3023 0.70636 0.004 0.008 0.132 0.004 0.852
#> GSM11445 4 0.6132 -0.00888 0.004 0.004 0.096 0.476 0.420
#> GSM11446 5 0.4047 0.46270 0.000 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM11447 5 0.2561 0.72926 0.000 0.020 0.096 0.000 0.884
#> GSM11448 3 0.4826 0.73014 0.044 0.028 0.752 0.004 0.172
#> GSM11449 1 0.4240 0.56207 0.684 0.000 0.304 0.004 0.008
#> GSM11450 1 0.5309 0.60416 0.684 0.004 0.216 0.004 0.092
#> GSM11451 2 0.1948 0.77881 0.024 0.932 0.000 0.036 0.008
#> GSM11452 2 0.2829 0.75843 0.080 0.884 0.004 0.004 0.028
#> GSM11453 1 0.0579 0.80630 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM11454 3 0.2536 0.78242 0.000 0.004 0.868 0.000 0.128
#> GSM11455 4 0.4546 0.06637 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008
#> GSM11456 2 0.2792 0.77151 0.000 0.884 0.004 0.072 0.040
#> GSM11457 2 0.1306 0.78070 0.000 0.960 0.008 0.016 0.016
#> GSM11458 3 0.0703 0.81892 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM11459 3 0.4280 0.75100 0.040 0.000 0.792 0.028 0.140
#> GSM11460 3 0.2597 0.76377 0.004 0.000 0.872 0.120 0.004
#> GSM11461 3 0.0727 0.81755 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> GSM11462 3 0.4316 0.70019 0.108 0.000 0.772 0.120 0.000
#> GSM11463 2 0.5204 0.30603 0.000 0.560 0.392 0.000 0.048
#> GSM11464 1 0.1981 0.79495 0.924 0.000 0.000 0.028 0.048
#> GSM11465 1 0.2921 0.75760 0.844 0.148 0.000 0.004 0.004
#> GSM11466 1 0.5508 0.51448 0.636 0.000 0.000 0.244 0.120
#> GSM11467 1 0.3705 0.79516 0.856 0.024 0.052 0.052 0.016
#> GSM11468 4 0.3264 0.71760 0.140 0.000 0.020 0.836 0.004
#> GSM11469 1 0.3277 0.74224 0.832 0.000 0.012 0.148 0.008
#> GSM11470 1 0.2611 0.80229 0.904 0.028 0.052 0.004 0.012
#> GSM11471 1 0.2011 0.80946 0.936 0.012 0.016 0.012 0.024
#> GSM11472 1 0.4350 0.73517 0.792 0.000 0.020 0.120 0.068
#> GSM11473 5 0.5958 0.25704 0.000 0.100 0.372 0.004 0.524
#> GSM11474 2 0.2548 0.75679 0.000 0.876 0.004 0.004 0.116
#> GSM11475 4 0.4869 0.45566 0.016 0.000 0.308 0.656 0.020
#> GSM11476 4 0.2438 0.72716 0.000 0.060 0.000 0.900 0.040
#> GSM11477 2 0.1153 0.77915 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> GSM11478 2 0.3080 0.77832 0.008 0.872 0.000 0.060 0.060
#> GSM11479 5 0.3981 0.71036 0.000 0.096 0.084 0.008 0.812
#> GSM11480 2 0.3183 0.73435 0.000 0.828 0.000 0.156 0.016
#> GSM11481 1 0.6363 0.23348 0.504 0.000 0.000 0.304 0.192
#> GSM11482 4 0.2196 0.73758 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> GSM11483 5 0.4461 0.56517 0.000 0.220 0.000 0.052 0.728
#> GSM11484 4 0.4840 0.55046 0.064 0.000 0.000 0.688 0.248
#> GSM11485 4 0.4276 0.34740 0.000 0.004 0.000 0.616 0.380
#> GSM11486 2 0.4809 0.26921 0.000 0.516 0.008 0.008 0.468
#> GSM11487 1 0.5359 0.27426 0.532 0.000 0.000 0.056 0.412
#> GSM11488 4 0.2233 0.72031 0.000 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM11489 2 0.4552 0.25251 0.000 0.524 0.000 0.008 0.468
#> GSM11490 5 0.3053 0.71168 0.008 0.000 0.128 0.012 0.852
#> GSM11491 1 0.3319 0.79986 0.872 0.052 0.040 0.004 0.032
#> GSM11492 5 0.3878 0.66058 0.036 0.000 0.012 0.144 0.808
#> GSM11493 4 0.3548 0.66017 0.012 0.004 0.000 0.796 0.188
#> GSM11494 5 0.3875 0.67800 0.000 0.000 0.048 0.160 0.792
#> GSM11495 5 0.3058 0.69807 0.020 0.008 0.004 0.100 0.868
#> GSM11496 5 0.2300 0.73496 0.000 0.040 0.052 0.000 0.908
#> GSM11497 2 0.5962 0.44658 0.000 0.584 0.248 0.000 0.168
#> GSM11498 5 0.3056 0.72333 0.000 0.068 0.068 0.000 0.864
#> GSM11499 5 0.3752 0.62221 0.004 0.016 0.000 0.200 0.780
#> GSM11500 5 0.4219 0.68363 0.000 0.104 0.116 0.000 0.780
#> GSM11501 4 0.1862 0.74331 0.004 0.048 0.000 0.932 0.016
#> GSM11502 2 0.3803 0.73639 0.032 0.816 0.004 0.008 0.140
#> GSM11503 2 0.6530 0.37677 0.004 0.532 0.196 0.004 0.264
#> GSM11504 4 0.2612 0.70748 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> GSM11505 2 0.4938 0.55743 0.000 0.648 0.040 0.004 0.308
#> GSM11506 5 0.5584 -0.15839 0.000 0.456 0.044 0.012 0.488
#> GSM11507 2 0.2708 0.77608 0.020 0.892 0.000 0.016 0.072
#> GSM11508 5 0.5695 0.34626 0.004 0.000 0.080 0.356 0.560
#> GSM11509 5 0.3078 0.71916 0.080 0.008 0.028 0.008 0.876
#> GSM11510 5 0.3120 0.69762 0.064 0.012 0.000 0.052 0.872
#> GSM11511 3 0.2796 0.79546 0.008 0.008 0.868 0.000 0.116
#> GSM11512 4 0.3736 0.69190 0.052 0.000 0.000 0.808 0.140
#> GSM11513 3 0.4553 0.37367 0.008 0.000 0.604 0.004 0.384
#> GSM11514 1 0.4191 0.73173 0.780 0.060 0.000 0.156 0.004
#> GSM11515 5 0.6733 0.41452 0.000 0.012 0.204 0.288 0.496
#> GSM11516 2 0.2899 0.75174 0.100 0.872 0.000 0.008 0.020
#> GSM11517 5 0.8087 0.18567 0.084 0.008 0.312 0.204 0.392
#> GSM11518 3 0.4946 0.72288 0.100 0.004 0.732 0.004 0.160
#> GSM11519 1 0.3396 0.79675 0.864 0.036 0.076 0.016 0.008
#> GSM11520 1 0.4785 0.68144 0.744 0.008 0.184 0.008 0.056
#> GSM11521 4 0.2505 0.72097 0.000 0.092 0.000 0.888 0.020
#> GSM11522 3 0.4663 0.77660 0.080 0.004 0.784 0.028 0.104
#> GSM11523 3 0.2520 0.80781 0.012 0.004 0.888 0.000 0.096
#> GSM11524 1 0.5342 0.44652 0.612 0.000 0.000 0.312 0.076
#> GSM11525 2 0.3477 0.72951 0.012 0.816 0.004 0.004 0.164
#> GSM11526 5 0.7129 0.44443 0.000 0.052 0.160 0.280 0.508
#> GSM11527 2 0.3646 0.73627 0.000 0.820 0.008 0.140 0.032
#> GSM11528 2 0.5048 0.07249 0.000 0.492 0.000 0.476 0.032
#> GSM11529 2 0.5456 0.59849 0.076 0.660 0.004 0.008 0.252
#> GSM11530 1 0.5622 0.71672 0.720 0.004 0.132 0.072 0.072
#> GSM11531 2 0.5566 0.53713 0.012 0.632 0.052 0.008 0.296
#> GSM11532 4 0.2990 0.73854 0.080 0.000 0.032 0.876 0.012
#> GSM11533 2 0.2648 0.76426 0.008 0.900 0.020 0.008 0.064
#> GSM11534 4 0.4508 0.57414 0.004 0.256 0.000 0.708 0.032
#> GSM11535 2 0.2087 0.77848 0.000 0.928 0.020 0.020 0.032
#> GSM11536 4 0.2544 0.75553 0.064 0.028 0.000 0.900 0.008
#> GSM11537 2 0.2674 0.77279 0.032 0.896 0.000 0.060 0.012
#> GSM11538 4 0.2704 0.73887 0.028 0.064 0.004 0.896 0.008
#> GSM11539 2 0.2987 0.77158 0.000 0.884 0.028 0.032 0.056
#> GSM11540 2 0.1710 0.77736 0.004 0.940 0.000 0.040 0.016
#> GSM11541 4 0.1306 0.74617 0.008 0.000 0.016 0.960 0.016
#> GSM11542 2 0.4285 0.67608 0.008 0.752 0.000 0.208 0.032
#> GSM11543 1 0.6027 0.29937 0.528 0.000 0.036 0.048 0.388
#> GSM11544 3 0.3826 0.72671 0.172 0.012 0.796 0.000 0.020
#> GSM11545 1 0.3967 0.75908 0.808 0.040 0.136 0.000 0.016
#> GSM11546 3 0.2079 0.80765 0.000 0.020 0.916 0.000 0.064
#> GSM11547 3 0.2325 0.80466 0.000 0.028 0.904 0.000 0.068
#> GSM11548 3 0.3055 0.78378 0.016 0.000 0.840 0.000 0.144
#> GSM11549 3 0.1168 0.81996 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM11550 3 0.5144 0.60709 0.244 0.000 0.680 0.068 0.008
#> GSM11551 3 0.2935 0.78792 0.000 0.004 0.860 0.016 0.120
#> GSM11552 3 0.5357 0.11846 0.028 0.004 0.520 0.440 0.008
#> GSM11553 2 0.2627 0.77100 0.044 0.900 0.000 0.044 0.012
#> GSM11554 2 0.1739 0.77754 0.024 0.940 0.000 0.032 0.004
#> GSM11555 4 0.2922 0.74534 0.072 0.056 0.000 0.872 0.000
#> GSM11556 1 0.6095 0.57032 0.640 0.000 0.072 0.060 0.228
#> GSM11557 2 0.3111 0.74241 0.000 0.840 0.012 0.004 0.144
#> GSM11558 2 0.3141 0.73696 0.000 0.832 0.000 0.152 0.016
#> GSM11559 1 0.2957 0.77132 0.860 0.120 0.000 0.008 0.012
#> GSM11560 3 0.0994 0.81455 0.016 0.004 0.972 0.004 0.004
#> GSM11561 2 0.4023 0.72968 0.016 0.792 0.000 0.164 0.028
#> GSM11562 2 0.2766 0.76133 0.084 0.884 0.000 0.024 0.008
#> GSM11563 1 0.3684 0.72342 0.788 0.192 0.000 0.016 0.004
#> GSM11564 1 0.0854 0.80469 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> GSM11565 1 0.1743 0.80862 0.940 0.028 0.028 0.004 0.000
#> GSM11566 2 0.3059 0.75496 0.000 0.856 0.008 0.120 0.016
#> GSM11567 4 0.2086 0.75582 0.048 0.020 0.000 0.924 0.008
#> GSM11568 2 0.2187 0.77058 0.056 0.920 0.008 0.004 0.012
#> GSM11569 2 0.1978 0.77561 0.024 0.932 0.000 0.032 0.012
#> GSM11570 4 0.4555 0.62467 0.052 0.000 0.212 0.732 0.004
#> GSM11571 3 0.4629 0.64100 0.028 0.188 0.756 0.012 0.016
#> GSM11572 1 0.2917 0.78066 0.868 0.108 0.000 0.012 0.012
#> GSM11573 1 0.1554 0.80533 0.952 0.024 0.004 0.008 0.012
#> GSM11574 1 0.4775 0.48232 0.640 0.332 0.000 0.008 0.020
#> GSM11575 3 0.3100 0.80891 0.020 0.032 0.880 0.004 0.064
#> GSM11576 3 0.1651 0.81225 0.036 0.008 0.944 0.000 0.012
#> GSM11577 2 0.5086 0.24991 0.408 0.560 0.000 0.008 0.024
#> GSM11578 1 0.4209 0.65932 0.740 0.236 0.004 0.008 0.012
#> GSM11579 4 0.4836 0.17955 0.000 0.412 0.012 0.568 0.008
#> GSM11580 2 0.2115 0.77711 0.032 0.928 0.008 0.004 0.028
#> GSM11581 4 0.6665 0.16004 0.240 0.000 0.000 0.424 0.336
#> GSM11582 4 0.3768 0.71231 0.144 0.000 0.036 0.812 0.008
#> GSM11583 3 0.0451 0.81677 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM11584 4 0.1877 0.75240 0.064 0.000 0.000 0.924 0.012
#> GSM11585 2 0.3896 0.73469 0.116 0.820 0.004 0.008 0.052
#> GSM11586 1 0.1717 0.79921 0.936 0.004 0.000 0.052 0.008
#> GSM11587 3 0.2075 0.82019 0.032 0.004 0.924 0.000 0.040
#> GSM11588 1 0.1205 0.80362 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> GSM11589 2 0.6332 0.30234 0.064 0.540 0.012 0.360 0.024
#> GSM11590 1 0.0404 0.80597 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM11591 1 0.4715 0.55143 0.668 0.300 0.000 0.008 0.024
#> GSM11592 1 0.1200 0.80638 0.964 0.008 0.000 0.016 0.012
#> GSM11593 1 0.1560 0.80572 0.948 0.028 0.020 0.000 0.004
#> GSM11594 1 0.0486 0.80641 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> GSM11595 1 0.0727 0.80655 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> GSM11596 3 0.7205 0.12875 0.328 0.208 0.440 0.012 0.012
#> GSM11597 1 0.3067 0.76964 0.856 0.000 0.012 0.012 0.120
#> GSM11598 1 0.4360 0.60908 0.704 0.008 0.276 0.008 0.004
#> GSM11599 1 0.4707 0.61011 0.708 0.000 0.000 0.228 0.064
#> GSM11600 4 0.5086 0.48524 0.304 0.000 0.060 0.636 0.000
#> GSM11601 2 0.5741 0.61777 0.180 0.676 0.012 0.008 0.124
#> GSM11602 3 0.1364 0.81050 0.012 0.000 0.952 0.036 0.000
#> GSM11603 3 0.0566 0.81866 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM11604 1 0.1992 0.79432 0.924 0.000 0.000 0.032 0.044
#> GSM11605 4 0.2482 0.74330 0.084 0.000 0.024 0.892 0.000
#> GSM11606 2 0.4704 -0.01931 0.480 0.508 0.000 0.004 0.008
#> GSM11607 1 0.4875 0.63896 0.700 0.052 0.240 0.000 0.008
#> GSM11608 3 0.3678 0.73563 0.040 0.004 0.816 0.140 0.000
#> GSM11609 4 0.3607 0.64092 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM11437 3 0.4348 0.585880 0.000 0.004 0.736 0.016 0.196 0.048
#> GSM11438 2 0.2697 0.711143 0.000 0.888 0.004 0.040 0.044 0.024
#> GSM11439 5 0.1297 0.669445 0.000 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> GSM11440 1 0.3752 0.655094 0.796 0.000 0.000 0.080 0.008 0.116
#> GSM11441 5 0.5959 0.339995 0.080 0.000 0.016 0.036 0.572 0.296
#> GSM11442 5 0.3799 0.615639 0.004 0.004 0.000 0.104 0.796 0.092
#> GSM11443 5 0.6778 0.171546 0.000 0.324 0.112 0.000 0.452 0.112
#> GSM11444 5 0.2942 0.648007 0.000 0.000 0.032 0.000 0.836 0.132
#> GSM11445 4 0.6112 0.092277 0.004 0.000 0.040 0.444 0.420 0.092
#> GSM11446 5 0.4079 0.571249 0.000 0.000 0.172 0.000 0.744 0.084
#> GSM11447 5 0.1138 0.670882 0.000 0.004 0.024 0.000 0.960 0.012
#> GSM11448 6 0.6048 0.401930 0.080 0.024 0.280 0.000 0.036 0.580
#> GSM11449 6 0.6020 0.256593 0.372 0.000 0.204 0.000 0.004 0.420
#> GSM11450 6 0.5588 0.389791 0.300 0.000 0.088 0.000 0.032 0.580
#> GSM11451 2 0.1973 0.707173 0.028 0.924 0.000 0.008 0.004 0.036
#> GSM11452 2 0.3601 0.684793 0.072 0.824 0.004 0.000 0.016 0.084
#> GSM11453 1 0.1377 0.690431 0.952 0.004 0.000 0.024 0.004 0.016
#> GSM11454 3 0.2680 0.711496 0.000 0.000 0.860 0.000 0.108 0.032
#> GSM11455 2 0.5248 0.336507 0.000 0.572 0.000 0.304 0.000 0.124
#> GSM11456 2 0.5221 0.248812 0.000 0.524 0.008 0.052 0.008 0.408
#> GSM11457 2 0.2643 0.686809 0.000 0.856 0.008 0.000 0.008 0.128
#> GSM11458 3 0.1155 0.744439 0.000 0.000 0.956 0.004 0.004 0.036
#> GSM11459 3 0.5674 0.446283 0.016 0.000 0.612 0.012 0.120 0.240
#> GSM11460 3 0.3268 0.671897 0.000 0.000 0.812 0.144 0.000 0.044
#> GSM11461 3 0.1873 0.736318 0.000 0.000 0.924 0.008 0.020 0.048
#> GSM11462 3 0.4129 0.640452 0.088 0.000 0.784 0.096 0.000 0.032
#> GSM11463 2 0.5812 0.202458 0.000 0.476 0.388 0.000 0.016 0.120
#> GSM11464 1 0.3044 0.672237 0.864 0.000 0.000 0.052 0.048 0.036
#> GSM11465 1 0.4632 0.566824 0.712 0.128 0.000 0.000 0.008 0.152
#> GSM11466 1 0.6104 0.337932 0.552 0.000 0.000 0.280 0.108 0.060
#> GSM11467 1 0.3606 0.659703 0.832 0.020 0.012 0.084 0.000 0.052
#> GSM11468 4 0.3908 0.655917 0.100 0.000 0.000 0.768 0.000 0.132
#> GSM11469 1 0.5409 0.223907 0.524 0.000 0.000 0.128 0.000 0.348
#> GSM11470 1 0.1780 0.687087 0.932 0.012 0.028 0.000 0.000 0.028
#> GSM11471 1 0.3850 0.442141 0.652 0.004 0.000 0.000 0.004 0.340
#> GSM11472 1 0.6771 0.432608 0.584 0.000 0.064 0.072 0.092 0.188
#> GSM11473 5 0.6054 0.437049 0.000 0.052 0.244 0.000 0.572 0.132
#> GSM11474 2 0.3610 0.680026 0.000 0.804 0.004 0.000 0.088 0.104
#> GSM11475 4 0.4639 0.538442 0.024 0.000 0.224 0.704 0.004 0.044
#> GSM11476 4 0.4261 0.585941 0.000 0.112 0.000 0.732 0.000 0.156
#> GSM11477 2 0.1124 0.711715 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM11478 2 0.2781 0.705495 0.020 0.888 0.000 0.016 0.040 0.036
#> GSM11479 5 0.4919 0.602028 0.000 0.080 0.052 0.000 0.716 0.152
#> GSM11480 2 0.2384 0.696449 0.000 0.884 0.000 0.084 0.000 0.032
#> GSM11481 4 0.6720 0.206931 0.340 0.000 0.000 0.420 0.184 0.056
#> GSM11482 4 0.3125 0.670491 0.012 0.092 0.000 0.852 0.004 0.040
#> GSM11483 5 0.3016 0.643384 0.000 0.136 0.000 0.012 0.836 0.016
#> GSM11484 4 0.5747 0.477648 0.032 0.000 0.000 0.564 0.104 0.300
#> GSM11485 4 0.6152 0.348110 0.004 0.008 0.000 0.480 0.296 0.212
#> GSM11486 5 0.4330 0.445882 0.000 0.272 0.000 0.004 0.680 0.044
#> GSM11487 5 0.5133 0.131394 0.392 0.000 0.000 0.052 0.540 0.016
#> GSM11488 4 0.3782 0.661186 0.004 0.004 0.000 0.796 0.080 0.116
#> GSM11489 6 0.5992 -0.065597 0.000 0.384 0.000 0.040 0.096 0.480
#> GSM11490 5 0.3644 0.614635 0.004 0.000 0.020 0.012 0.784 0.180
#> GSM11491 1 0.5714 0.580459 0.700 0.028 0.052 0.068 0.016 0.136
#> GSM11492 5 0.3674 0.620685 0.012 0.000 0.004 0.060 0.812 0.112
#> GSM11493 4 0.3448 0.548168 0.004 0.000 0.000 0.716 0.280 0.000
#> GSM11494 5 0.3990 0.619269 0.000 0.004 0.012 0.080 0.788 0.116
#> GSM11495 5 0.2848 0.641939 0.004 0.000 0.000 0.036 0.856 0.104
#> GSM11496 5 0.2039 0.667256 0.000 0.020 0.012 0.000 0.916 0.052
#> GSM11497 2 0.7076 0.223370 0.000 0.436 0.280 0.000 0.116 0.168
#> GSM11498 5 0.4005 0.631239 0.000 0.044 0.024 0.008 0.792 0.132
#> GSM11499 5 0.3590 0.623752 0.000 0.032 0.000 0.136 0.808 0.024
#> GSM11500 5 0.3357 0.665499 0.000 0.040 0.064 0.000 0.844 0.052
#> GSM11501 4 0.5196 0.494209 0.004 0.128 0.000 0.616 0.000 0.252
#> GSM11502 2 0.5915 0.346953 0.040 0.556 0.004 0.004 0.320 0.076
#> GSM11503 5 0.7315 0.113744 0.016 0.328 0.148 0.000 0.408 0.100
#> GSM11504 4 0.3562 0.655852 0.000 0.004 0.020 0.800 0.160 0.016
#> GSM11505 2 0.5682 0.098632 0.000 0.468 0.032 0.000 0.428 0.072
#> GSM11506 5 0.5373 0.375133 0.000 0.304 0.020 0.016 0.608 0.052
#> GSM11507 2 0.5223 0.608249 0.052 0.716 0.000 0.020 0.140 0.072
#> GSM11508 5 0.6826 0.203131 0.000 0.000 0.060 0.244 0.440 0.256
#> GSM11509 5 0.2575 0.648798 0.024 0.000 0.004 0.000 0.872 0.100
#> GSM11510 5 0.3697 0.655887 0.016 0.028 0.000 0.052 0.832 0.072
#> GSM11511 3 0.4294 0.516893 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 0.280
#> GSM11512 4 0.4533 0.607704 0.052 0.000 0.000 0.720 0.200 0.028
#> GSM11513 3 0.6095 0.066649 0.000 0.000 0.392 0.004 0.380 0.224
#> GSM11514 1 0.5947 0.331840 0.560 0.024 0.000 0.188 0.000 0.228
#> GSM11515 5 0.7580 0.021168 0.000 0.004 0.152 0.196 0.324 0.324
#> GSM11516 2 0.3297 0.671115 0.068 0.820 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM11517 6 0.5695 0.488374 0.044 0.032 0.072 0.076 0.052 0.724
#> GSM11518 6 0.6299 0.388785 0.092 0.000 0.276 0.004 0.080 0.548
#> GSM11519 1 0.4510 0.597474 0.728 0.000 0.064 0.024 0.000 0.184
#> GSM11520 1 0.5450 0.550572 0.700 0.000 0.108 0.012 0.088 0.092
#> GSM11521 4 0.5351 0.441342 0.000 0.200 0.000 0.592 0.000 0.208
#> GSM11522 6 0.6302 0.408798 0.072 0.000 0.292 0.052 0.028 0.556
#> GSM11523 3 0.2985 0.711125 0.000 0.000 0.844 0.000 0.056 0.100
#> GSM11524 1 0.6343 0.346298 0.516 0.000 0.000 0.288 0.056 0.140
#> GSM11525 2 0.4054 0.508604 0.000 0.688 0.004 0.000 0.284 0.024
#> GSM11526 5 0.7594 0.371935 0.012 0.060 0.140 0.212 0.504 0.072
#> GSM11527 2 0.3209 0.676244 0.000 0.840 0.000 0.088 0.008 0.064
#> GSM11528 2 0.6182 0.000935 0.000 0.380 0.004 0.260 0.000 0.356
#> GSM11529 5 0.5881 0.013128 0.068 0.424 0.004 0.000 0.464 0.040
#> GSM11530 1 0.7295 0.362352 0.520 0.000 0.068 0.180 0.168 0.064
#> GSM11531 2 0.6416 0.096804 0.000 0.428 0.040 0.000 0.376 0.156
#> GSM11532 4 0.4819 0.451631 0.032 0.004 0.012 0.592 0.000 0.360
#> GSM11533 2 0.3739 0.685903 0.004 0.812 0.028 0.000 0.040 0.116
#> GSM11534 6 0.6062 0.126160 0.004 0.256 0.004 0.244 0.000 0.492
#> GSM11535 2 0.4163 0.620046 0.000 0.748 0.052 0.004 0.008 0.188
#> GSM11536 4 0.3559 0.677888 0.036 0.052 0.000 0.828 0.000 0.084
#> GSM11537 2 0.1773 0.711311 0.016 0.932 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM11538 4 0.3625 0.675645 0.052 0.048 0.016 0.840 0.000 0.044
#> GSM11539 2 0.4343 0.680417 0.000 0.788 0.040 0.016 0.092 0.064
#> GSM11540 2 0.1059 0.713634 0.000 0.964 0.000 0.016 0.004 0.016
#> GSM11541 4 0.2101 0.685719 0.008 0.000 0.008 0.908 0.004 0.072
#> GSM11542 2 0.6577 0.093373 0.008 0.424 0.004 0.224 0.012 0.328
#> GSM11543 6 0.6495 0.366270 0.248 0.000 0.020 0.024 0.184 0.524
#> GSM11544 3 0.4213 0.596981 0.108 0.000 0.748 0.000 0.004 0.140
#> GSM11545 1 0.3536 0.639470 0.820 0.012 0.116 0.004 0.000 0.048
#> GSM11546 3 0.1528 0.745145 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> GSM11547 3 0.1908 0.740393 0.000 0.000 0.916 0.000 0.028 0.056
#> GSM11548 3 0.4478 0.625587 0.008 0.000 0.724 0.000 0.100 0.168
#> GSM11549 3 0.3933 0.530261 0.000 0.000 0.676 0.008 0.008 0.308
#> GSM11550 6 0.6292 0.174895 0.100 0.000 0.408 0.060 0.000 0.432
#> GSM11551 3 0.4416 0.605466 0.000 0.000 0.708 0.004 0.076 0.212
#> GSM11552 3 0.5406 0.224403 0.036 0.000 0.532 0.384 0.000 0.048
#> GSM11553 2 0.1708 0.708216 0.040 0.932 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM11554 2 0.0891 0.710940 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM11555 4 0.3382 0.686246 0.080 0.040 0.000 0.840 0.000 0.040
#> GSM11556 1 0.7208 0.376116 0.532 0.000 0.088 0.100 0.212 0.068
#> GSM11557 2 0.4960 0.562066 0.000 0.680 0.024 0.000 0.212 0.084
#> GSM11558 2 0.2277 0.696705 0.000 0.892 0.000 0.076 0.000 0.032
#> GSM11559 1 0.3728 0.630643 0.788 0.068 0.000 0.000 0.004 0.140
#> GSM11560 3 0.0972 0.738967 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> GSM11561 2 0.4913 0.631473 0.056 0.736 0.000 0.124 0.008 0.076
#> GSM11562 2 0.2660 0.686116 0.048 0.868 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM11563 6 0.6599 0.112688 0.376 0.172 0.000 0.048 0.000 0.404
#> GSM11564 1 0.1109 0.690824 0.964 0.004 0.004 0.012 0.000 0.016
#> GSM11565 1 0.3368 0.581640 0.756 0.000 0.012 0.000 0.000 0.232
#> GSM11566 2 0.1845 0.709287 0.000 0.920 0.000 0.052 0.000 0.028
#> GSM11567 4 0.3427 0.685149 0.044 0.056 0.000 0.840 0.000 0.060
#> GSM11568 2 0.2058 0.707197 0.024 0.916 0.012 0.000 0.000 0.048
#> GSM11569 2 0.1401 0.711255 0.020 0.948 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM11570 4 0.5445 0.495199 0.088 0.004 0.252 0.628 0.000 0.028
#> GSM11571 3 0.4436 0.541932 0.024 0.168 0.740 0.000 0.000 0.068
#> GSM11572 1 0.3149 0.667535 0.852 0.076 0.000 0.020 0.000 0.052
#> GSM11573 1 0.1138 0.689481 0.960 0.012 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM11574 1 0.4332 0.478244 0.664 0.288 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM11575 3 0.2971 0.707152 0.000 0.012 0.848 0.000 0.024 0.116
#> GSM11576 3 0.2278 0.719900 0.044 0.000 0.900 0.004 0.000 0.052
#> GSM11577 1 0.5877 0.281776 0.520 0.352 0.000 0.044 0.000 0.084
#> GSM11578 1 0.3523 0.600143 0.780 0.180 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM11579 2 0.5597 0.094448 0.000 0.484 0.020 0.412 0.000 0.084
#> GSM11580 2 0.5382 0.644357 0.068 0.728 0.032 0.016 0.036 0.120
#> GSM11581 4 0.6853 0.326867 0.112 0.000 0.000 0.448 0.316 0.124
#> GSM11582 4 0.5282 0.571287 0.220 0.012 0.036 0.676 0.004 0.052
#> GSM11583 3 0.0806 0.743211 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM11584 4 0.2659 0.694292 0.064 0.020 0.000 0.888 0.008 0.020
#> GSM11585 2 0.5316 0.597852 0.144 0.688 0.000 0.000 0.084 0.084
#> GSM11586 1 0.2492 0.677550 0.876 0.004 0.000 0.020 0.000 0.100
#> GSM11587 3 0.2393 0.738277 0.004 0.000 0.892 0.000 0.040 0.064
#> GSM11588 1 0.1563 0.685574 0.932 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM11589 2 0.7358 0.172936 0.164 0.440 0.016 0.272 0.000 0.108
#> GSM11590 1 0.1728 0.683048 0.924 0.008 0.000 0.004 0.000 0.064
#> GSM11591 1 0.4191 0.529144 0.704 0.240 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM11592 1 0.3373 0.654722 0.808 0.008 0.000 0.020 0.004 0.160
#> GSM11593 1 0.1010 0.685965 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> GSM11594 1 0.1148 0.690076 0.960 0.020 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM11595 1 0.2958 0.647527 0.824 0.008 0.000 0.008 0.000 0.160
#> GSM11596 3 0.7366 -0.039944 0.308 0.240 0.352 0.000 0.004 0.096
#> GSM11597 1 0.5807 0.489684 0.640 0.000 0.040 0.012 0.176 0.132
#> GSM11598 1 0.5692 0.069403 0.500 0.000 0.180 0.000 0.000 0.320
#> GSM11599 1 0.5559 0.536623 0.656 0.000 0.000 0.144 0.056 0.144
#> GSM11600 4 0.4944 0.586991 0.220 0.000 0.036 0.688 0.004 0.052
#> GSM11601 2 0.6922 0.031290 0.152 0.416 0.008 0.000 0.068 0.356
#> GSM11602 3 0.1401 0.743241 0.004 0.000 0.948 0.020 0.000 0.028
#> GSM11603 3 0.1219 0.741995 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM11604 1 0.3343 0.664012 0.824 0.000 0.000 0.016 0.032 0.128
#> GSM11605 4 0.3700 0.667093 0.112 0.004 0.036 0.816 0.000 0.032
#> GSM11606 1 0.5034 0.255485 0.520 0.404 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM11607 1 0.4944 0.494247 0.672 0.016 0.220 0.000 0.000 0.092
#> GSM11608 3 0.2839 0.703703 0.008 0.000 0.860 0.100 0.000 0.032
#> GSM11609 4 0.4120 0.598287 0.228 0.008 0.000 0.724 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:NMF 168 0.1729 2
#> ATC:NMF 155 0.2155 3
#> ATC:NMF 143 0.2493 4
#> ATC:NMF 141 0.0873 5
#> ATC:NMF 112 0.3309 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0