Date: 2019-12-25 21:54:38 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 23598 163
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.959 | 0.980 | ** | |
| ATC:mclust | 3 | 0.996 | 0.961 | 0.977 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 0.967 | 0.946 | 0.973 | ** | |
| CV:skmeans | 4 | 0.961 | 0.937 | 0.968 | ** | 3 |
| SD:skmeans | 4 | 0.952 | 0.933 | 0.960 | ** | 3 |
| MAD:skmeans | 4 | 0.948 | 0.925 | 0.964 | * | 3 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.948 | 0.917 | 0.954 | * | 2 |
| CV:kmeans | 3 | 0.932 | 0.933 | 0.960 | * | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.927 | 0.940 | 0.958 | * | |
| SD:NMF | 3 | 0.915 | 0.924 | 0.966 | * | |
| SD:kmeans | 3 | 0.910 | 0.933 | 0.954 | * | |
| MAD:NMF | 3 | 0.907 | 0.913 | 0.962 | * | |
| CV:mclust | 3 | 0.906 | 0.926 | 0.967 | * | |
| CV:NMF | 3 | 0.899 | 0.921 | 0.966 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.885 | 0.933 | 0.966 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.826 | 0.923 | 0.961 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.762 | 0.877 | 0.948 | ||
| ATC:pam | 4 | 0.742 | 0.811 | 0.901 | ||
| CV:pam | 3 | 0.638 | 0.771 | 0.886 | ||
| SD:pam | 2 | 0.546 | 0.884 | 0.929 | ||
| ATC:hclust | 4 | 0.527 | 0.663 | 0.761 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.504 | 0.753 | 0.889 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.484 | 0.766 | 0.882 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.474 | 0.721 | 0.880 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.810 0.912 0.961 0.474 0.526 0.526
#> CV:NMF 2 0.778 0.903 0.957 0.475 0.529 0.529
#> MAD:NMF 2 0.864 0.933 0.971 0.470 0.532 0.532
#> ATC:NMF 2 0.762 0.877 0.948 0.473 0.529 0.529
#> SD:skmeans 2 0.619 0.863 0.933 0.495 0.509 0.509
#> CV:skmeans 2 0.614 0.866 0.935 0.494 0.513 0.513
#> MAD:skmeans 2 0.669 0.861 0.936 0.495 0.505 0.505
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.970 0.987 0.493 0.509 0.509
#> SD:mclust 2 0.314 0.770 0.821 0.373 0.577 0.577
#> CV:mclust 2 0.185 0.653 0.722 0.359 0.572 0.572
#> MAD:mclust 2 0.286 0.559 0.767 0.315 0.884 0.884
#> ATC:mclust 2 0.351 0.564 0.805 0.435 0.582 0.582
#> SD:kmeans 2 0.722 0.921 0.956 0.475 0.529 0.529
#> CV:kmeans 2 0.684 0.900 0.948 0.478 0.529 0.529
#> MAD:kmeans 2 0.858 0.946 0.969 0.472 0.529 0.529
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.959 0.980 0.414 0.592 0.592
#> SD:pam 2 0.546 0.884 0.929 0.459 0.539 0.539
#> CV:pam 2 0.519 0.877 0.926 0.456 0.539 0.539
#> MAD:pam 2 0.967 0.946 0.973 0.460 0.539 0.539
#> ATC:pam 2 0.443 0.747 0.817 0.398 0.603 0.603
#> SD:hclust 2 0.484 0.766 0.882 0.444 0.532 0.532
#> CV:hclust 2 0.474 0.721 0.880 0.437 0.546 0.546
#> MAD:hclust 2 0.504 0.753 0.889 0.441 0.546 0.546
#> ATC:hclust 2 0.602 0.843 0.930 0.349 0.682 0.682
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.915 0.924 0.966 0.411 0.758 0.559
#> CV:NMF 3 0.899 0.921 0.966 0.407 0.762 0.566
#> MAD:NMF 3 0.907 0.913 0.962 0.422 0.767 0.575
#> ATC:NMF 3 0.763 0.846 0.932 0.399 0.695 0.477
#> SD:skmeans 3 0.960 0.957 0.979 0.352 0.740 0.527
#> CV:skmeans 3 0.924 0.953 0.979 0.355 0.747 0.538
#> MAD:skmeans 3 0.992 0.964 0.983 0.354 0.738 0.522
#> ATC:skmeans 3 0.892 0.896 0.957 0.355 0.712 0.488
#> SD:mclust 3 0.826 0.923 0.961 0.781 0.672 0.470
#> CV:mclust 3 0.906 0.926 0.967 0.856 0.677 0.474
#> MAD:mclust 3 0.885 0.933 0.966 1.111 0.389 0.331
#> ATC:mclust 3 0.996 0.961 0.977 0.503 0.695 0.503
#> SD:kmeans 3 0.910 0.933 0.954 0.395 0.773 0.581
#> CV:kmeans 3 0.932 0.933 0.960 0.390 0.773 0.581
#> MAD:kmeans 3 0.927 0.940 0.958 0.407 0.773 0.581
#> ATC:kmeans 3 0.664 0.854 0.893 0.568 0.704 0.518
#> SD:pam 3 0.660 0.765 0.890 0.452 0.731 0.527
#> CV:pam 3 0.638 0.771 0.886 0.458 0.686 0.472
#> MAD:pam 3 0.658 0.620 0.830 0.451 0.736 0.535
#> ATC:pam 3 0.580 0.340 0.682 0.611 0.621 0.427
#> SD:hclust 3 0.348 0.671 0.791 0.401 0.806 0.635
#> CV:hclust 3 0.355 0.615 0.783 0.413 0.785 0.611
#> MAD:hclust 3 0.381 0.618 0.795 0.423 0.786 0.612
#> ATC:hclust 3 0.413 0.591 0.747 0.631 0.712 0.586
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.631 0.597 0.804 0.1108 0.869 0.637
#> CV:NMF 4 0.646 0.595 0.765 0.1115 0.863 0.621
#> MAD:NMF 4 0.646 0.624 0.810 0.1153 0.860 0.613
#> ATC:NMF 4 0.725 0.760 0.885 0.1237 0.869 0.636
#> SD:skmeans 4 0.952 0.933 0.960 0.0981 0.920 0.764
#> CV:skmeans 4 0.961 0.937 0.968 0.0980 0.920 0.764
#> MAD:skmeans 4 0.948 0.925 0.964 0.0987 0.914 0.749
#> ATC:skmeans 4 0.948 0.917 0.954 0.1005 0.899 0.710
#> SD:mclust 4 0.644 0.540 0.804 0.0785 0.960 0.884
#> CV:mclust 4 0.732 0.726 0.824 0.0737 0.870 0.648
#> MAD:mclust 4 0.849 0.828 0.916 0.0850 0.911 0.743
#> ATC:mclust 4 0.683 0.665 0.792 0.1030 0.997 0.991
#> SD:kmeans 4 0.698 0.666 0.796 0.1083 0.972 0.915
#> CV:kmeans 4 0.703 0.779 0.808 0.1038 0.984 0.953
#> MAD:kmeans 4 0.660 0.626 0.728 0.1054 0.940 0.824
#> ATC:kmeans 4 0.737 0.753 0.843 0.1275 0.820 0.534
#> SD:pam 4 0.696 0.739 0.837 0.1090 0.842 0.578
#> CV:pam 4 0.671 0.741 0.853 0.1129 0.854 0.604
#> MAD:pam 4 0.741 0.796 0.875 0.1119 0.772 0.439
#> ATC:pam 4 0.742 0.811 0.901 0.1646 0.755 0.416
#> SD:hclust 4 0.504 0.677 0.808 0.1386 0.893 0.700
#> CV:hclust 4 0.519 0.642 0.801 0.1421 0.881 0.674
#> MAD:hclust 4 0.468 0.596 0.737 0.1315 0.885 0.685
#> ATC:hclust 4 0.527 0.663 0.761 0.2373 0.811 0.561
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.715 0.708 0.845 0.0661 0.869 0.563
#> CV:NMF 5 0.758 0.754 0.863 0.0671 0.891 0.617
#> MAD:NMF 5 0.677 0.651 0.811 0.0626 0.886 0.603
#> ATC:NMF 5 0.661 0.618 0.795 0.0521 0.949 0.809
#> SD:skmeans 5 0.874 0.855 0.917 0.0833 0.902 0.654
#> CV:skmeans 5 0.884 0.869 0.926 0.0832 0.902 0.654
#> MAD:skmeans 5 0.883 0.844 0.913 0.0824 0.908 0.669
#> ATC:skmeans 5 0.832 0.800 0.852 0.0608 0.940 0.782
#> SD:mclust 5 0.700 0.730 0.793 0.0848 0.864 0.592
#> CV:mclust 5 0.677 0.701 0.801 0.0852 0.887 0.626
#> MAD:mclust 5 0.704 0.621 0.789 0.0813 0.933 0.765
#> ATC:mclust 5 0.790 0.785 0.869 0.0976 0.858 0.589
#> SD:kmeans 5 0.666 0.628 0.739 0.0678 0.856 0.559
#> CV:kmeans 5 0.663 0.631 0.736 0.0697 0.868 0.609
#> MAD:kmeans 5 0.658 0.627 0.699 0.0691 0.836 0.502
#> ATC:kmeans 5 0.673 0.650 0.755 0.0653 0.952 0.815
#> SD:pam 5 0.739 0.715 0.841 0.0619 0.905 0.665
#> CV:pam 5 0.678 0.690 0.802 0.0627 0.904 0.663
#> MAD:pam 5 0.757 0.733 0.841 0.0613 0.903 0.657
#> ATC:pam 5 0.766 0.759 0.854 0.0373 0.979 0.920
#> SD:hclust 5 0.567 0.624 0.739 0.0844 0.970 0.894
#> CV:hclust 5 0.525 0.526 0.708 0.0844 0.942 0.799
#> MAD:hclust 5 0.521 0.531 0.695 0.0729 0.921 0.740
#> ATC:hclust 5 0.556 0.550 0.737 0.0374 0.916 0.719
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.798 0.729 0.860 0.0371 0.935 0.710
#> CV:NMF 6 0.789 0.703 0.847 0.0353 0.934 0.708
#> MAD:NMF 6 0.796 0.749 0.854 0.0378 0.919 0.650
#> ATC:NMF 6 0.638 0.510 0.712 0.0421 0.882 0.564
#> SD:skmeans 6 0.831 0.803 0.897 0.0429 0.938 0.712
#> CV:skmeans 6 0.819 0.796 0.888 0.0409 0.947 0.754
#> MAD:skmeans 6 0.825 0.777 0.884 0.0408 0.947 0.752
#> ATC:skmeans 6 0.832 0.713 0.804 0.0356 0.924 0.694
#> SD:mclust 6 0.726 0.666 0.825 0.0610 0.884 0.535
#> CV:mclust 6 0.728 0.713 0.820 0.0577 0.879 0.520
#> MAD:mclust 6 0.757 0.751 0.839 0.0547 0.851 0.452
#> ATC:mclust 6 0.806 0.789 0.868 0.0371 0.953 0.783
#> SD:kmeans 6 0.729 0.668 0.788 0.0494 0.932 0.697
#> CV:kmeans 6 0.731 0.654 0.784 0.0474 0.913 0.632
#> MAD:kmeans 6 0.703 0.655 0.777 0.0463 0.928 0.684
#> ATC:kmeans 6 0.719 0.599 0.727 0.0509 0.934 0.714
#> SD:pam 6 0.720 0.564 0.796 0.0418 0.927 0.690
#> CV:pam 6 0.699 0.593 0.788 0.0431 0.912 0.637
#> MAD:pam 6 0.723 0.569 0.769 0.0434 0.879 0.521
#> ATC:pam 6 0.715 0.636 0.790 0.0459 0.901 0.624
#> SD:hclust 6 0.616 0.595 0.721 0.0390 0.922 0.712
#> CV:hclust 6 0.615 0.481 0.682 0.0430 0.924 0.720
#> MAD:hclust 6 0.582 0.467 0.660 0.0454 0.899 0.640
#> ATC:hclust 6 0.598 0.677 0.750 0.0344 0.865 0.546
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 159 0.610 0.1893 0.01227 0.1615 2
#> CV:NMF 156 0.495 0.1346 0.01204 0.0923 2
#> MAD:NMF 159 0.549 0.0727 0.01049 0.1741 2
#> ATC:NMF 153 0.806 0.2420 0.67525 0.2815 2
#> SD:skmeans 159 0.554 0.0568 0.00393 0.2485 2
#> CV:skmeans 158 0.465 0.0707 0.00727 0.2200 2
#> MAD:skmeans 156 0.511 0.0462 0.00155 0.4391 2
#> ATC:skmeans 161 0.429 0.1740 0.34136 0.1739 2
#> SD:mclust 152 0.715 0.7758 0.00186 0.9893 2
#> CV:mclust 146 0.698 0.8337 0.00769 0.9793 2
#> MAD:mclust 127 1.000 0.8917 0.04375 0.6568 2
#> ATC:mclust 106 0.909 0.7424 0.75567 0.6499 2
#> SD:kmeans 163 0.429 0.0639 0.01253 0.3769 2
#> CV:kmeans 161 0.415 0.0656 0.01186 0.3103 2
#> MAD:kmeans 162 0.448 0.0609 0.01450 0.3779 2
#> ATC:kmeans 161 1.000 0.6180 0.69198 0.4854 2
#> SD:pam 159 0.225 0.0507 0.01137 0.3597 2
#> CV:pam 160 0.213 0.0518 0.01008 0.4064 2
#> MAD:pam 162 0.262 0.0874 0.00475 0.4955 2
#> ATC:pam 160 0.324 0.0754 0.05546 0.1887 2
#> SD:hclust 144 0.222 0.1322 0.00286 0.6194 2
#> CV:hclust 133 0.143 0.1857 0.00161 0.5586 2
#> MAD:hclust 138 0.150 0.1212 0.00479 0.5851 2
#> ATC:hclust 154 0.515 0.1561 0.93880 0.4689 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 159 0.747 0.1715 0.04513 0.566 3
#> CV:NMF 158 0.829 0.2011 0.03829 0.593 3
#> MAD:NMF 157 0.675 0.2515 0.05162 0.488 3
#> ATC:NMF 147 0.738 0.2667 0.11197 0.577 3
#> SD:skmeans 161 0.672 0.0638 0.04165 0.596 3
#> CV:skmeans 160 0.681 0.0658 0.04819 0.653 3
#> MAD:skmeans 161 0.672 0.0638 0.04165 0.596 3
#> ATC:skmeans 152 0.646 0.2315 0.08051 0.414 3
#> SD:mclust 160 0.567 0.0492 0.16352 0.410 3
#> CV:mclust 159 0.517 0.0388 0.15703 0.438 3
#> MAD:mclust 161 0.431 0.0539 0.11822 0.453 3
#> ATC:mclust 162 0.356 0.3245 0.13238 0.432 3
#> SD:kmeans 162 0.636 0.0597 0.05995 0.539 3
#> CV:kmeans 160 0.546 0.0516 0.07056 0.480 3
#> MAD:kmeans 160 0.746 0.0690 0.05503 0.565 3
#> ATC:kmeans 162 0.431 0.3072 0.13016 0.458 3
#> SD:pam 146 0.166 0.0974 0.03662 0.549 3
#> CV:pam 150 0.118 0.0583 0.03526 0.611 3
#> MAD:pam 112 0.451 0.1507 0.06484 0.505 3
#> ATC:pam 75 0.112 0.0859 0.00714 0.641 3
#> SD:hclust 135 0.134 0.1153 0.03728 0.721 3
#> CV:hclust 121 0.199 0.2844 0.05839 0.760 3
#> MAD:hclust 128 0.307 0.1339 0.01550 0.835 3
#> ATC:hclust 137 0.219 0.1236 0.73307 0.206 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 121 0.435568 8.94e-02 0.521680 0.268 4
#> CV:NMF 109 0.105220 8.87e-03 0.248579 0.217 4
#> MAD:NMF 118 0.229939 6.52e-02 0.000424 0.583 4
#> ATC:NMF 143 0.037818 5.74e-02 0.013150 0.561 4
#> SD:skmeans 161 0.000262 1.49e-05 0.004237 0.149 4
#> CV:skmeans 161 0.000262 1.49e-05 0.004237 0.149 4
#> MAD:skmeans 157 0.000129 4.01e-06 0.001005 0.170 4
#> ATC:skmeans 158 0.236362 1.72e-01 0.207718 0.475 4
#> SD:mclust 101 0.705174 3.63e-01 0.356912 0.992 4
#> CV:mclust 141 0.030171 3.85e-03 0.019410 0.552 4
#> MAD:mclust 151 0.033936 3.01e-03 0.010772 0.728 4
#> ATC:mclust 137 0.785266 7.18e-01 0.111967 0.501 4
#> SD:kmeans 140 0.399973 5.49e-02 0.020018 0.558 4
#> CV:kmeans 158 0.668884 6.09e-02 0.068448 0.432 4
#> MAD:kmeans 137 0.898377 6.12e-01 0.010334 0.599 4
#> ATC:kmeans 135 0.368345 2.04e-01 0.124009 0.514 4
#> SD:pam 141 0.023859 4.09e-03 0.001187 0.528 4
#> CV:pam 149 0.010991 3.52e-03 0.002945 0.389 4
#> MAD:pam 151 0.009100 9.07e-03 0.002190 0.513 4
#> ATC:pam 151 0.114053 2.77e-01 0.405471 0.634 4
#> SD:hclust 137 0.370822 1.10e-01 0.059508 0.751 4
#> CV:hclust 124 0.492527 1.04e-01 0.037841 0.665 4
#> MAD:hclust 122 0.494797 1.87e-01 0.104147 0.694 4
#> ATC:hclust 129 0.217215 2.86e-01 0.276186 0.364 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 141 2.69e-03 1.19e-04 0.011063 0.4286 5
#> CV:NMF 141 1.12e-03 3.82e-05 0.011241 0.4446 5
#> MAD:NMF 130 4.28e-03 4.50e-04 0.008573 0.3861 5
#> ATC:NMF 121 1.06e-01 1.15e-05 0.010499 0.3022 5
#> SD:skmeans 153 1.58e-05 7.62e-07 0.000555 0.1269 5
#> CV:skmeans 156 3.24e-05 1.01e-06 0.002232 0.0963 5
#> MAD:skmeans 152 3.53e-06 9.55e-08 0.001132 0.1136 5
#> ATC:skmeans 156 2.42e-01 3.60e-01 0.187148 0.5308 5
#> SD:mclust 146 5.97e-04 2.46e-04 0.004524 0.3898 5
#> CV:mclust 143 1.51e-03 5.53e-04 0.002316 0.5518 5
#> MAD:mclust 124 1.11e-02 1.52e-02 0.010071 0.7989 5
#> ATC:mclust 154 2.58e-04 1.10e-03 0.003229 0.2469 5
#> SD:kmeans 130 3.23e-04 2.86e-05 0.007163 0.3018 5
#> CV:kmeans 128 2.17e-04 9.63e-05 0.010246 0.3091 5
#> MAD:kmeans 131 1.75e-04 2.03e-05 0.004209 0.3892 5
#> ATC:kmeans 133 5.53e-02 4.64e-02 0.241606 0.2274 5
#> SD:pam 143 6.80e-04 6.45e-04 0.007226 0.4414 5
#> CV:pam 142 5.73e-04 8.18e-04 0.001220 0.3205 5
#> MAD:pam 147 4.20e-04 3.56e-04 0.007787 0.2818 5
#> ATC:pam 149 1.90e-01 4.23e-01 0.238996 0.6540 5
#> SD:hclust 132 1.67e-01 4.39e-02 0.010329 0.9349 5
#> CV:hclust 106 5.24e-01 2.89e-01 0.108168 0.9228 5
#> MAD:hclust 92 4.65e-01 5.51e-01 0.011718 0.9996 5
#> ATC:hclust 108 3.70e-02 1.18e-01 0.026090 0.5771 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 141 7.92e-04 2.26e-10 3.50e-03 0.3397 6
#> CV:NMF 140 7.89e-04 1.59e-09 8.10e-03 0.1609 6
#> MAD:NMF 144 7.53e-04 4.73e-11 1.20e-03 0.3551 6
#> ATC:NMF 100 8.84e-04 8.68e-08 9.33e-03 0.3226 6
#> SD:skmeans 149 5.13e-05 4.47e-08 9.48e-04 0.1058 6
#> CV:skmeans 151 2.55e-05 4.90e-08 1.07e-03 0.0741 6
#> MAD:skmeans 148 4.76e-05 1.72e-07 2.01e-03 0.2215 6
#> ATC:skmeans 145 3.64e-03 7.66e-04 1.04e-02 0.3446 6
#> SD:mclust 130 5.46e-04 9.06e-05 6.10e-02 0.4800 6
#> CV:mclust 149 1.60e-04 1.96e-05 2.70e-02 0.3641 6
#> MAD:mclust 148 1.01e-03 1.31e-03 6.38e-03 0.3978 6
#> ATC:mclust 154 1.70e-03 8.19e-03 3.43e-03 0.5399 6
#> SD:kmeans 135 1.22e-04 5.55e-09 4.51e-04 0.2149 6
#> CV:kmeans 127 3.19e-04 5.41e-08 2.68e-03 0.2383 6
#> MAD:kmeans 133 2.03e-04 5.47e-08 1.47e-03 0.4062 6
#> ATC:kmeans 114 1.95e-01 1.79e-01 5.06e-01 0.5894 6
#> SD:pam 109 2.22e-02 1.04e-01 6.39e-04 0.7672 6
#> CV:pam 121 1.14e-02 5.78e-05 2.44e-04 0.4005 6
#> MAD:pam 108 1.70e-02 1.18e-01 9.73e-05 0.6616 6
#> ATC:pam 127 5.98e-01 6.76e-01 2.54e-01 0.8372 6
#> SD:hclust 126 1.33e-01 4.56e-02 4.62e-02 0.9241 6
#> CV:hclust 97 2.27e-01 3.02e-02 5.33e-03 0.3525 6
#> MAD:hclust 99 9.19e-02 3.28e-01 1.09e-03 0.9826 6
#> ATC:hclust 127 1.35e-02 3.17e-02 5.03e-02 0.6680 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.484 0.766 0.882 0.4440 0.532 0.532
#> 3 3 0.348 0.671 0.791 0.4008 0.806 0.635
#> 4 4 0.504 0.677 0.808 0.1386 0.893 0.700
#> 5 5 0.567 0.624 0.739 0.0844 0.970 0.894
#> 6 6 0.616 0.595 0.721 0.0390 0.922 0.712
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.3584 0.852 0.068 0.932
#> GSM1317946 2 0.9686 0.311 0.396 0.604
#> GSM1317947 1 0.8661 0.719 0.712 0.288
#> GSM1317948 1 0.9850 0.521 0.572 0.428
#> GSM1317949 1 0.8661 0.719 0.712 0.288
#> GSM1317950 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.7815 0.674 0.768 0.232
#> GSM1317955 1 0.7815 0.674 0.768 0.232
#> GSM1317956 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.1184 0.899 0.016 0.984
#> GSM1317958 1 0.2236 0.792 0.964 0.036
#> GSM1317959 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317960 1 0.9795 0.545 0.584 0.416
#> GSM1317961 2 0.6048 0.761 0.148 0.852
#> GSM1317962 2 0.9608 0.373 0.384 0.616
#> GSM1317963 1 0.9754 0.560 0.592 0.408
#> GSM1317964 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.2236 0.882 0.036 0.964
#> GSM1317966 2 0.6048 0.761 0.148 0.852
#> GSM1317967 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317968 2 0.9608 0.373 0.384 0.616
#> GSM1317969 2 0.2236 0.882 0.036 0.964
#> GSM1317970 2 0.1184 0.899 0.016 0.984
#> GSM1317952 1 0.9850 0.521 0.572 0.428
#> GSM1317951 1 0.7815 0.674 0.768 0.232
#> GSM1317971 2 0.1843 0.887 0.028 0.972
#> GSM1317972 2 0.9608 0.373 0.384 0.616
#> GSM1317973 2 0.2236 0.894 0.036 0.964
#> GSM1317974 2 0.9608 0.373 0.384 0.616
#> GSM1317975 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317978 2 0.9323 0.451 0.348 0.652
#> GSM1317979 2 0.9580 0.147 0.380 0.620
#> GSM1317980 2 0.9580 0.147 0.380 0.620
#> GSM1317981 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317982 2 0.9580 0.147 0.380 0.620
#> GSM1317983 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317988 2 0.2236 0.894 0.036 0.964
#> GSM1317989 1 0.8016 0.745 0.756 0.244
#> GSM1317990 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317991 2 0.1843 0.887 0.028 0.972
#> GSM1317992 2 0.1843 0.887 0.028 0.972
#> GSM1317993 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317994 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.8016 0.745 0.756 0.244
#> GSM1317976 2 0.9608 0.373 0.384 0.616
#> GSM1317995 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.5059 0.826 0.112 0.888
#> GSM1317997 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0376 0.790 0.996 0.004
#> GSM1317999 1 0.3114 0.791 0.944 0.056
#> GSM1318002 2 0.1633 0.897 0.024 0.976
#> GSM1318003 2 0.1633 0.897 0.024 0.976
#> GSM1318004 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM1318005 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM1318006 1 0.1843 0.791 0.972 0.028
#> GSM1318007 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM1318008 1 0.3114 0.791 0.944 0.056
#> GSM1318009 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318010 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.9635 0.593 0.612 0.388
#> GSM1318012 1 0.9635 0.593 0.612 0.388
#> GSM1318013 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM1318014 1 0.9635 0.593 0.612 0.388
#> GSM1318015 2 0.1633 0.897 0.024 0.976
#> GSM1318001 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318016 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318017 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.2236 0.894 0.036 0.964
#> GSM1318020 2 0.9044 0.396 0.320 0.680
#> GSM1318021 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318022 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318025 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.9850 0.337 0.572 0.428
#> GSM1318029 2 0.0376 0.898 0.004 0.996
#> GSM1318018 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318030 1 0.9993 0.375 0.516 0.484
#> GSM1318031 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.9580 0.531 0.620 0.380
#> GSM1318034 1 0.8763 0.712 0.704 0.296
#> GSM1318035 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318036 1 0.9580 0.531 0.620 0.380
#> GSM1318037 1 0.9993 0.375 0.516 0.484
#> GSM1318038 1 0.8713 0.719 0.708 0.292
#> GSM1318039 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0672 0.790 0.992 0.008
#> GSM1317917 1 0.8713 0.719 0.708 0.292
#> GSM1317918 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0376 0.898 0.004 0.996
#> GSM1317921 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7674 0.750 0.776 0.224
#> GSM1317923 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317926 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317928 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0376 0.898 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.9044 0.396 0.320 0.680
#> GSM1317933 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317934 2 0.9044 0.396 0.320 0.680
#> GSM1317935 2 0.9044 0.396 0.320 0.680
#> GSM1317936 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317939 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317940 1 0.4431 0.787 0.908 0.092
#> GSM1317941 2 0.6801 0.753 0.180 0.820
#> GSM1317942 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317943 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317944 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317896 2 0.9044 0.399 0.320 0.680
#> GSM1317897 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.6048 0.777 0.852 0.148
#> GSM1317899 1 0.1843 0.791 0.972 0.028
#> GSM1317900 2 0.9044 0.399 0.320 0.680
#> GSM1317901 1 0.8661 0.719 0.712 0.288
#> GSM1317902 1 0.0376 0.790 0.996 0.004
#> GSM1317903 1 0.0376 0.790 0.996 0.004
#> GSM1317904 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1317905 2 0.0376 0.898 0.004 0.996
#> GSM1317906 2 0.0376 0.898 0.004 0.996
#> GSM1317907 2 0.3584 0.852 0.068 0.932
#> GSM1317908 1 0.8661 0.719 0.712 0.288
#> GSM1317909 1 0.9286 0.656 0.656 0.344
#> GSM1317910 1 0.9286 0.656 0.656 0.344
#> GSM1317911 1 0.9286 0.656 0.656 0.344
#> GSM1317912 2 0.3584 0.852 0.068 0.932
#> GSM1317913 2 0.3584 0.852 0.068 0.932
#> GSM1318041 1 0.8763 0.714 0.704 0.296
#> GSM1318042 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.789 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.9833 0.530 0.576 0.424
#> GSM1318048 1 0.8713 0.716 0.708 0.292
#> GSM1318049 1 0.8713 0.716 0.708 0.292
#> GSM1318050 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318051 2 0.2423 0.893 0.040 0.960
#> GSM1318052 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.899 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.5901 0.6721 0.048 0.776 0.176
#> GSM1317946 2 0.6126 0.4198 0.352 0.644 0.004
#> GSM1317947 1 0.8445 0.5944 0.580 0.116 0.304
#> GSM1317948 1 0.9437 0.4916 0.492 0.300 0.208
#> GSM1317949 1 0.8445 0.5944 0.580 0.116 0.304
#> GSM1317950 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4931 0.5931 0.768 0.232 0.000
#> GSM1317955 1 0.4931 0.5931 0.768 0.232 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.2280 0.8423 0.008 0.940 0.052
#> GSM1317958 1 0.2050 0.7375 0.952 0.028 0.020
#> GSM1317959 2 0.1289 0.8512 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317960 1 0.9353 0.5065 0.504 0.296 0.200
#> GSM1317961 3 0.8547 0.4668 0.104 0.364 0.532
#> GSM1317962 2 0.6416 0.4039 0.376 0.616 0.008
#> GSM1317963 1 0.9231 0.5176 0.516 0.300 0.184
#> GSM1317964 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.6169 0.5740 0.004 0.360 0.636
#> GSM1317966 3 0.8547 0.4668 0.104 0.364 0.532
#> GSM1317967 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1317968 2 0.6416 0.4039 0.376 0.616 0.008
#> GSM1317969 3 0.6169 0.5740 0.004 0.360 0.636
#> GSM1317970 2 0.2280 0.8423 0.008 0.940 0.052
#> GSM1317952 1 0.9437 0.4916 0.492 0.300 0.208
#> GSM1317951 1 0.4931 0.5931 0.768 0.232 0.000
#> GSM1317971 3 0.6398 0.4963 0.004 0.416 0.580
#> GSM1317972 2 0.6416 0.4039 0.376 0.616 0.008
#> GSM1317973 2 0.1411 0.8515 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317974 2 0.6416 0.4039 0.376 0.616 0.008
#> GSM1317975 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317978 2 0.5815 0.5262 0.304 0.692 0.004
#> GSM1317979 3 0.9970 -0.0783 0.296 0.348 0.356
#> GSM1317980 3 0.9970 -0.0783 0.296 0.348 0.356
#> GSM1317981 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317982 3 0.9970 -0.0783 0.296 0.348 0.356
#> GSM1317983 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317985 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317986 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317988 2 0.1411 0.8515 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317989 1 0.7966 0.6503 0.652 0.128 0.220
#> GSM1317990 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317991 3 0.6398 0.4963 0.004 0.416 0.580
#> GSM1317992 3 0.6398 0.4963 0.004 0.416 0.580
#> GSM1317993 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317994 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317977 1 0.7966 0.6503 0.652 0.128 0.220
#> GSM1317976 2 0.6416 0.4039 0.376 0.616 0.008
#> GSM1317995 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317996 2 0.2939 0.7984 0.072 0.916 0.012
#> GSM1317997 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317998 1 0.0829 0.7346 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317999 1 0.2663 0.7368 0.932 0.044 0.024
#> GSM1318002 2 0.1163 0.8524 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318003 2 0.1163 0.8524 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318004 2 0.1878 0.8508 0.004 0.952 0.044
#> GSM1318005 2 0.1878 0.8508 0.004 0.952 0.044
#> GSM1318006 1 0.2773 0.7361 0.928 0.024 0.048
#> GSM1318007 2 0.1878 0.8508 0.004 0.952 0.044
#> GSM1318008 1 0.2663 0.7368 0.932 0.044 0.024
#> GSM1318009 2 0.1411 0.8517 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318010 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1318011 1 0.9174 0.5410 0.532 0.276 0.192
#> GSM1318012 1 0.9174 0.5410 0.532 0.276 0.192
#> GSM1318013 2 0.1878 0.8508 0.004 0.952 0.044
#> GSM1318014 1 0.9174 0.5410 0.532 0.276 0.192
#> GSM1318015 2 0.1163 0.8524 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318001 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1318000 2 0.1411 0.8517 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318016 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318017 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.1411 0.8515 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318020 3 0.8681 0.4187 0.216 0.188 0.596
#> GSM1318021 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318022 3 0.4555 0.7444 0.000 0.200 0.800
#> GSM1318023 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318025 3 0.4002 0.7658 0.000 0.160 0.840
#> GSM1318026 2 0.1860 0.8414 0.000 0.948 0.052
#> GSM1318027 2 0.2537 0.8269 0.000 0.920 0.080
#> GSM1318028 1 0.7213 0.2728 0.552 0.420 0.028
#> GSM1318029 3 0.6247 0.5945 0.004 0.376 0.620
#> GSM1318018 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 1 0.9614 0.3971 0.436 0.356 0.208
#> GSM1318031 3 0.4002 0.7658 0.000 0.160 0.840
#> GSM1318033 1 0.8519 0.4328 0.508 0.396 0.096
#> GSM1318034 1 0.7920 0.5485 0.572 0.068 0.360
#> GSM1318035 2 0.0747 0.8523 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318036 1 0.8519 0.4328 0.508 0.396 0.096
#> GSM1318037 1 0.9614 0.3971 0.436 0.356 0.208
#> GSM1318038 1 0.6421 0.5175 0.572 0.004 0.424
#> GSM1318039 1 0.0592 0.7336 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318040 3 0.4002 0.7658 0.000 0.160 0.840
#> GSM1318032 3 0.4002 0.7658 0.000 0.160 0.840
#> GSM1317914 3 0.4750 0.7385 0.000 0.216 0.784
#> GSM1317915 1 0.0592 0.7336 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317916 1 0.3752 0.7190 0.856 0.000 0.144
#> GSM1317917 1 0.6421 0.5175 0.572 0.004 0.424
#> GSM1317918 1 0.0592 0.7336 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317919 3 0.4796 0.7378 0.000 0.220 0.780
#> GSM1317920 3 0.6247 0.5945 0.004 0.376 0.620
#> GSM1317921 3 0.4796 0.7378 0.000 0.220 0.780
#> GSM1317922 1 0.6148 0.5923 0.640 0.004 0.356
#> GSM1317923 3 0.4555 0.7444 0.000 0.200 0.800
#> GSM1317924 3 0.4002 0.7658 0.000 0.160 0.840
#> GSM1317925 2 0.0592 0.8521 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317926 3 0.4555 0.7444 0.000 0.200 0.800
#> GSM1317927 2 0.0747 0.8523 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317928 2 0.4750 0.6369 0.000 0.784 0.216
#> GSM1317929 3 0.6247 0.5945 0.004 0.376 0.620
#> GSM1317930 2 0.4750 0.6369 0.000 0.784 0.216
#> GSM1317931 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317932 3 0.8722 0.4164 0.216 0.192 0.592
#> GSM1317933 2 0.0747 0.8523 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317934 3 0.8722 0.4164 0.216 0.192 0.592
#> GSM1317935 3 0.8722 0.4164 0.216 0.192 0.592
#> GSM1317936 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1317937 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1031 0.8524 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317939 2 0.1031 0.8524 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317940 1 0.3802 0.7304 0.888 0.080 0.032
#> GSM1317941 2 0.4897 0.7000 0.172 0.812 0.016
#> GSM1317942 2 0.1031 0.8524 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317943 2 0.1031 0.8524 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317944 2 0.0747 0.8523 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317896 3 0.6954 0.4237 0.196 0.084 0.720
#> GSM1317897 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.5650 0.7134 0.808 0.084 0.108
#> GSM1317899 1 0.2773 0.7361 0.928 0.024 0.048
#> GSM1317900 3 0.8569 0.4128 0.196 0.196 0.608
#> GSM1317901 1 0.8445 0.5944 0.580 0.116 0.304
#> GSM1317902 1 0.0829 0.7344 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317903 1 0.0829 0.7344 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317904 2 0.1289 0.8512 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317905 2 0.5365 0.5701 0.004 0.744 0.252
#> GSM1317906 2 0.5365 0.5701 0.004 0.744 0.252
#> GSM1317907 2 0.5901 0.6721 0.048 0.776 0.176
#> GSM1317908 1 0.8445 0.5944 0.580 0.116 0.304
#> GSM1317909 1 0.8813 0.5826 0.580 0.236 0.184
#> GSM1317910 1 0.8813 0.5826 0.580 0.236 0.184
#> GSM1317911 1 0.8813 0.5826 0.580 0.236 0.184
#> GSM1317912 2 0.5901 0.6721 0.048 0.776 0.176
#> GSM1317913 2 0.5901 0.6721 0.048 0.776 0.176
#> GSM1318041 1 0.7980 0.5568 0.572 0.072 0.356
#> GSM1318042 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1318043 3 0.3686 0.7664 0.000 0.140 0.860
#> GSM1318044 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.7327 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.9442 0.4983 0.496 0.288 0.216
#> GSM1318048 1 0.8468 0.5901 0.576 0.116 0.308
#> GSM1318049 1 0.8468 0.5901 0.576 0.116 0.308
#> GSM1318050 2 0.1289 0.8512 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318051 2 0.1289 0.8512 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318052 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1318053 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1318054 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1318055 3 0.3816 0.7665 0.000 0.148 0.852
#> GSM1318056 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1318057 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
#> GSM1318058 2 0.3412 0.7880 0.000 0.876 0.124
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.5510 0.5899 0.008 0.684 0.032 0.276
#> GSM1317946 2 0.5639 0.4611 0.324 0.636 0.000 0.040
#> GSM1317947 4 0.3833 0.6260 0.076 0.036 0.024 0.864
#> GSM1317948 4 0.6587 0.6454 0.136 0.204 0.008 0.652
#> GSM1317949 4 0.3833 0.6260 0.076 0.036 0.024 0.864
#> GSM1317950 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317953 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317954 1 0.4194 0.6053 0.764 0.228 0.000 0.008
#> GSM1317955 1 0.4194 0.6053 0.764 0.228 0.000 0.008
#> GSM1317956 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317957 2 0.2131 0.8524 0.008 0.936 0.016 0.040
#> GSM1317958 1 0.2345 0.8242 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317959 2 0.1733 0.8572 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM1317960 4 0.6598 0.6455 0.140 0.200 0.008 0.652
#> GSM1317961 3 0.8747 0.2553 0.048 0.300 0.416 0.236
#> GSM1317962 2 0.5937 0.4358 0.340 0.608 0.000 0.052
#> GSM1317963 4 0.6948 0.6129 0.204 0.208 0.000 0.588
#> GSM1317964 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317965 3 0.6956 0.4719 0.000 0.288 0.564 0.148
#> GSM1317966 3 0.8747 0.2553 0.048 0.300 0.416 0.236
#> GSM1317967 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1317968 2 0.5937 0.4358 0.340 0.608 0.000 0.052
#> GSM1317969 3 0.6956 0.4719 0.000 0.288 0.564 0.148
#> GSM1317970 2 0.2131 0.8524 0.008 0.936 0.016 0.040
#> GSM1317952 4 0.6587 0.6454 0.136 0.204 0.008 0.652
#> GSM1317951 1 0.4194 0.6053 0.764 0.228 0.000 0.008
#> GSM1317971 3 0.6937 0.4356 0.000 0.344 0.532 0.124
#> GSM1317972 2 0.5937 0.4358 0.340 0.608 0.000 0.052
#> GSM1317973 2 0.1833 0.8574 0.000 0.944 0.024 0.032
#> GSM1317974 2 0.5937 0.4358 0.340 0.608 0.000 0.052
#> GSM1317975 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317978 2 0.5366 0.5475 0.276 0.684 0.000 0.040
#> GSM1317979 4 0.8264 0.5711 0.068 0.248 0.148 0.536
#> GSM1317980 4 0.8264 0.5711 0.068 0.248 0.148 0.536
#> GSM1317981 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317982 4 0.8264 0.5711 0.068 0.248 0.148 0.536
#> GSM1317983 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317984 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317985 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317986 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317987 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317988 2 0.1833 0.8574 0.000 0.944 0.024 0.032
#> GSM1317989 4 0.6046 0.5596 0.180 0.068 0.032 0.720
#> GSM1317990 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317991 3 0.6937 0.4356 0.000 0.344 0.532 0.124
#> GSM1317992 3 0.6937 0.4356 0.000 0.344 0.532 0.124
#> GSM1317993 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317994 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317977 4 0.6046 0.5596 0.180 0.068 0.032 0.720
#> GSM1317976 2 0.5937 0.4358 0.340 0.608 0.000 0.052
#> GSM1317995 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317996 2 0.2329 0.8207 0.072 0.916 0.000 0.012
#> GSM1317997 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317998 1 0.1792 0.8408 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317999 1 0.2647 0.8044 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318002 2 0.0895 0.8591 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM1318003 2 0.0895 0.8591 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM1318004 2 0.2197 0.8546 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM1318005 2 0.2197 0.8546 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM1318006 1 0.5320 0.2971 0.572 0.012 0.000 0.416
#> GSM1318007 2 0.2197 0.8546 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM1318008 1 0.2647 0.8044 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318009 2 0.1629 0.8580 0.000 0.952 0.024 0.024
#> GSM1318010 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318011 4 0.6856 0.6343 0.172 0.192 0.008 0.628
#> GSM1318012 4 0.6856 0.6343 0.172 0.192 0.008 0.628
#> GSM1318013 2 0.2197 0.8546 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM1318014 4 0.6856 0.6343 0.172 0.192 0.008 0.628
#> GSM1318015 2 0.0895 0.8591 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM1318001 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318000 2 0.1629 0.8580 0.000 0.952 0.024 0.024
#> GSM1318016 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318017 1 0.0921 0.8526 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318019 2 0.1733 0.8583 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM1318020 4 0.7609 0.0223 0.016 0.128 0.408 0.448
#> GSM1318021 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318022 3 0.4104 0.7214 0.000 0.080 0.832 0.088
#> GSM1318023 1 0.0921 0.8526 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318024 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318025 3 0.1733 0.7698 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM1318026 2 0.1520 0.8558 0.000 0.956 0.024 0.020
#> GSM1318027 2 0.2816 0.8440 0.000 0.900 0.036 0.064
#> GSM1318028 1 0.7003 0.1913 0.508 0.368 0.000 0.124
#> GSM1318029 3 0.6399 0.5833 0.000 0.276 0.620 0.104
#> GSM1318018 1 0.0921 0.8526 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318030 4 0.6879 0.6219 0.124 0.264 0.008 0.604
#> GSM1318031 3 0.1733 0.7698 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM1318033 4 0.7745 0.4787 0.200 0.360 0.004 0.436
#> GSM1318034 4 0.5589 0.5965 0.076 0.032 0.128 0.764
#> GSM1318035 2 0.0188 0.8593 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318036 4 0.7745 0.4787 0.200 0.360 0.004 0.436
#> GSM1318037 4 0.6879 0.6219 0.124 0.264 0.008 0.604
#> GSM1318038 4 0.4669 0.5030 0.036 0.000 0.200 0.764
#> GSM1318039 1 0.3486 0.7441 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1318040 3 0.1733 0.7698 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM1318032 3 0.1733 0.7698 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM1317914 3 0.3754 0.7282 0.000 0.084 0.852 0.064
#> GSM1317915 1 0.3486 0.7441 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317916 4 0.4454 0.3006 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM1317917 4 0.4669 0.5030 0.036 0.000 0.200 0.764
#> GSM1317918 1 0.3486 0.7441 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317919 3 0.4483 0.7243 0.000 0.104 0.808 0.088
#> GSM1317920 3 0.6399 0.5833 0.000 0.276 0.620 0.104
#> GSM1317921 3 0.4483 0.7243 0.000 0.104 0.808 0.088
#> GSM1317922 4 0.5174 0.5514 0.092 0.000 0.152 0.756
#> GSM1317923 3 0.4104 0.7214 0.000 0.080 0.832 0.088
#> GSM1317924 3 0.1733 0.7698 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM1317925 2 0.0188 0.8592 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317926 3 0.4104 0.7214 0.000 0.080 0.832 0.088
#> GSM1317927 2 0.0188 0.8593 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317928 2 0.5143 0.5531 0.000 0.708 0.256 0.036
#> GSM1317929 3 0.6399 0.5833 0.000 0.276 0.620 0.104
#> GSM1317930 2 0.5143 0.5531 0.000 0.708 0.256 0.036
#> GSM1317931 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317932 4 0.7642 0.0326 0.016 0.132 0.404 0.448
#> GSM1317933 2 0.0188 0.8593 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317934 4 0.7642 0.0326 0.016 0.132 0.404 0.448
#> GSM1317935 4 0.7642 0.0326 0.016 0.132 0.404 0.448
#> GSM1317936 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317937 1 0.1118 0.8524 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317938 2 0.0524 0.8598 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317939 2 0.0524 0.8598 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317940 1 0.3812 0.7192 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM1317941 2 0.4274 0.7243 0.148 0.808 0.000 0.044
#> GSM1317942 2 0.0524 0.8598 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317943 2 0.0524 0.8598 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317944 2 0.0188 0.8593 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.6140 0.1916 0.008 0.036 0.556 0.400
#> GSM1317897 1 0.0188 0.8494 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317898 4 0.5488 0.0588 0.452 0.016 0.000 0.532
#> GSM1317899 1 0.5320 0.2971 0.572 0.012 0.000 0.416
#> GSM1317900 4 0.7601 -0.0410 0.008 0.152 0.420 0.420
#> GSM1317901 4 0.3833 0.6260 0.076 0.036 0.024 0.864
#> GSM1317902 1 0.1867 0.8404 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM1317903 1 0.1867 0.8404 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM1317904 2 0.1733 0.8572 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM1317905 2 0.5345 0.6703 0.004 0.748 0.168 0.080
#> GSM1317906 2 0.5345 0.6703 0.004 0.748 0.168 0.080
#> GSM1317907 2 0.5510 0.5899 0.008 0.684 0.032 0.276
#> GSM1317908 4 0.3833 0.6260 0.076 0.036 0.024 0.864
#> GSM1317909 4 0.6895 0.5759 0.276 0.148 0.000 0.576
#> GSM1317910 4 0.6895 0.5759 0.276 0.148 0.000 0.576
#> GSM1317911 4 0.6895 0.5759 0.276 0.148 0.000 0.576
#> GSM1317912 2 0.5510 0.5899 0.008 0.684 0.032 0.276
#> GSM1317913 2 0.5510 0.5899 0.008 0.684 0.032 0.276
#> GSM1318041 4 0.5940 0.6115 0.096 0.036 0.124 0.744
#> GSM1318042 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318043 3 0.0336 0.7674 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318044 1 0.1118 0.8524 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318045 1 0.1118 0.8524 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318046 1 0.1118 0.8524 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318047 4 0.6436 0.6488 0.132 0.192 0.008 0.668
#> GSM1318048 4 0.4031 0.6287 0.076 0.036 0.032 0.856
#> GSM1318049 4 0.4031 0.6287 0.076 0.036 0.032 0.856
#> GSM1318050 2 0.1733 0.8572 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM1318051 2 0.1733 0.8572 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM1318052 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1318053 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1318054 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1318055 3 0.0937 0.7692 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM1318056 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1318057 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM1318058 2 0.3764 0.8142 0.000 0.852 0.072 0.076
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.4884 0.4273 0.000 NA 0.020 0.572 0.404
#> GSM1317946 4 0.7637 0.3067 0.272 NA 0.000 0.436 0.064
#> GSM1317947 5 0.5274 0.5974 0.040 NA 0.012 0.000 0.612
#> GSM1317948 5 0.3984 0.6763 0.112 NA 0.004 0.068 0.812
#> GSM1317949 5 0.5274 0.5974 0.040 NA 0.012 0.000 0.612
#> GSM1317950 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317953 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317954 1 0.4986 0.6499 0.716 NA 0.000 0.104 0.004
#> GSM1317955 1 0.4986 0.6499 0.716 NA 0.000 0.104 0.004
#> GSM1317956 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317957 4 0.4654 0.6126 0.000 NA 0.000 0.628 0.024
#> GSM1317958 1 0.2270 0.8090 0.904 NA 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317959 4 0.4084 0.7146 0.000 NA 0.016 0.800 0.140
#> GSM1317960 5 0.4081 0.6760 0.120 NA 0.004 0.068 0.804
#> GSM1317961 3 0.8789 0.3869 0.044 NA 0.400 0.108 0.228
#> GSM1317962 4 0.7931 0.0922 0.288 NA 0.000 0.336 0.072
#> GSM1317963 5 0.5305 0.6410 0.172 NA 0.000 0.060 0.720
#> GSM1317964 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317965 3 0.7319 0.5509 0.000 NA 0.548 0.140 0.124
#> GSM1317966 3 0.8789 0.3869 0.044 NA 0.400 0.108 0.228
#> GSM1317967 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1317968 4 0.7931 0.0922 0.288 NA 0.000 0.336 0.072
#> GSM1317969 3 0.7319 0.5509 0.000 NA 0.548 0.140 0.124
#> GSM1317970 4 0.4654 0.6126 0.000 NA 0.000 0.628 0.024
#> GSM1317952 5 0.3984 0.6763 0.112 NA 0.004 0.068 0.812
#> GSM1317951 1 0.4986 0.6499 0.716 NA 0.000 0.104 0.004
#> GSM1317971 3 0.7427 0.5280 0.000 NA 0.512 0.168 0.088
#> GSM1317972 4 0.7931 0.0922 0.288 NA 0.000 0.336 0.072
#> GSM1317973 4 0.4022 0.7201 0.000 NA 0.016 0.808 0.128
#> GSM1317974 4 0.7931 0.0922 0.288 NA 0.000 0.336 0.072
#> GSM1317975 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1317978 4 0.7632 0.3370 0.224 NA 0.000 0.436 0.064
#> GSM1317979 5 0.6294 0.5879 0.056 NA 0.124 0.104 0.688
#> GSM1317980 5 0.6294 0.5879 0.056 NA 0.124 0.104 0.688
#> GSM1317981 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1317982 5 0.6294 0.5879 0.056 NA 0.124 0.104 0.688
#> GSM1317983 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317984 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317985 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317986 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317987 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1317988 4 0.4022 0.7201 0.000 NA 0.016 0.808 0.128
#> GSM1317989 5 0.6933 0.5189 0.156 NA 0.012 0.020 0.528
#> GSM1317990 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1317991 3 0.7427 0.5280 0.000 NA 0.512 0.168 0.088
#> GSM1317992 3 0.7427 0.5280 0.000 NA 0.512 0.168 0.088
#> GSM1317993 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1317994 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317977 5 0.6933 0.5189 0.156 NA 0.012 0.020 0.528
#> GSM1317976 4 0.7931 0.0922 0.288 NA 0.000 0.336 0.072
#> GSM1317995 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317996 4 0.5439 0.5658 0.032 NA 0.000 0.596 0.024
#> GSM1317997 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317998 1 0.1668 0.8261 0.940 NA 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317999 1 0.2628 0.7920 0.884 NA 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318002 4 0.1830 0.7478 0.000 NA 0.000 0.924 0.008
#> GSM1318003 4 0.1830 0.7478 0.000 NA 0.000 0.924 0.008
#> GSM1318004 4 0.4291 0.7079 0.000 NA 0.016 0.780 0.160
#> GSM1318005 4 0.4291 0.7079 0.000 NA 0.016 0.780 0.160
#> GSM1318006 1 0.6191 0.3141 0.552 NA 0.000 0.000 0.244
#> GSM1318007 4 0.4291 0.7079 0.000 NA 0.016 0.780 0.160
#> GSM1318008 1 0.2628 0.7920 0.884 NA 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318009 4 0.3584 0.7309 0.000 NA 0.016 0.840 0.104
#> GSM1318010 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318011 5 0.4468 0.6649 0.156 NA 0.004 0.060 0.772
#> GSM1318012 5 0.4468 0.6649 0.156 NA 0.004 0.060 0.772
#> GSM1318013 4 0.4291 0.7079 0.000 NA 0.016 0.780 0.160
#> GSM1318014 5 0.4468 0.6649 0.156 NA 0.004 0.060 0.772
#> GSM1318015 4 0.1830 0.7478 0.000 NA 0.000 0.924 0.008
#> GSM1318001 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318000 4 0.3584 0.7309 0.000 NA 0.016 0.840 0.104
#> GSM1318016 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1318017 1 0.0693 0.8357 0.980 NA 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318019 4 0.3748 0.7329 0.000 NA 0.016 0.832 0.100
#> GSM1318020 3 0.7818 0.2082 0.012 NA 0.392 0.052 0.352
#> GSM1318021 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1318022 3 0.4656 0.6752 0.000 NA 0.788 0.068 0.072
#> GSM1318023 1 0.0693 0.8357 0.980 NA 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318024 4 0.1557 0.7491 0.000 NA 0.000 0.940 0.008
#> GSM1318025 3 0.1644 0.7389 0.000 NA 0.940 0.004 0.008
#> GSM1318026 4 0.2395 0.7453 0.000 NA 0.016 0.904 0.008
#> GSM1318027 4 0.4070 0.7286 0.000 NA 0.016 0.812 0.100
#> GSM1318028 1 0.7852 0.3342 0.476 NA 0.000 0.176 0.148
#> GSM1318029 3 0.7004 0.6127 0.000 NA 0.564 0.096 0.108
#> GSM1318018 1 0.0693 0.8357 0.980 NA 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318030 5 0.4605 0.6530 0.108 NA 0.004 0.132 0.756
#> GSM1318031 3 0.1644 0.7389 0.000 NA 0.940 0.004 0.008
#> GSM1318033 5 0.6803 0.5343 0.156 NA 0.000 0.192 0.588
#> GSM1318034 5 0.6782 0.4976 0.048 NA 0.112 0.000 0.528
#> GSM1318035 4 0.0324 0.7507 0.000 NA 0.000 0.992 0.004
#> GSM1318036 5 0.6803 0.5343 0.156 NA 0.000 0.192 0.588
#> GSM1318037 5 0.4605 0.6530 0.108 NA 0.004 0.132 0.756
#> GSM1318038 5 0.6419 0.4277 0.000 NA 0.156 0.004 0.476
#> GSM1318039 1 0.4334 0.7094 0.768 NA 0.000 0.000 0.140
#> GSM1318040 3 0.1644 0.7389 0.000 NA 0.940 0.004 0.008
#> GSM1318032 3 0.1644 0.7389 0.000 NA 0.940 0.004 0.008
#> GSM1317914 3 0.4188 0.6791 0.000 NA 0.800 0.080 0.012
#> GSM1317915 1 0.4334 0.7094 0.768 NA 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317916 5 0.6698 0.3213 0.260 NA 0.000 0.000 0.424
#> GSM1317917 5 0.6419 0.4277 0.000 NA 0.156 0.004 0.476
#> GSM1317918 1 0.4334 0.7094 0.768 NA 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317919 3 0.4994 0.6863 0.000 NA 0.764 0.068 0.076
#> GSM1317920 3 0.7004 0.6127 0.000 NA 0.564 0.096 0.108
#> GSM1317921 3 0.4994 0.6863 0.000 NA 0.764 0.068 0.076
#> GSM1317922 5 0.6959 0.4891 0.052 NA 0.112 0.000 0.476
#> GSM1317923 3 0.4656 0.6752 0.000 NA 0.788 0.068 0.072
#> GSM1317924 3 0.1644 0.7389 0.000 NA 0.940 0.004 0.008
#> GSM1317925 4 0.1484 0.7496 0.000 NA 0.000 0.944 0.008
#> GSM1317926 3 0.4656 0.6752 0.000 NA 0.788 0.068 0.072
#> GSM1317927 4 0.0162 0.7505 0.000 NA 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317928 4 0.4629 0.5164 0.000 NA 0.244 0.704 0.000
#> GSM1317929 3 0.7004 0.6127 0.000 NA 0.564 0.096 0.108
#> GSM1317930 4 0.4629 0.5164 0.000 NA 0.244 0.704 0.000
#> GSM1317931 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317932 3 0.7867 0.2045 0.012 NA 0.388 0.056 0.352
#> GSM1317933 4 0.0162 0.7505 0.000 NA 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317934 3 0.7867 0.2045 0.012 NA 0.388 0.056 0.352
#> GSM1317935 3 0.7867 0.2045 0.012 NA 0.388 0.056 0.352
#> GSM1317936 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317937 1 0.0898 0.8358 0.972 NA 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317938 4 0.1731 0.7491 0.000 NA 0.008 0.940 0.012
#> GSM1317939 4 0.0693 0.7510 0.000 NA 0.008 0.980 0.000
#> GSM1317940 1 0.3495 0.7013 0.812 NA 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317941 4 0.7223 0.4469 0.124 NA 0.000 0.488 0.072
#> GSM1317942 4 0.0693 0.7510 0.000 NA 0.008 0.980 0.000
#> GSM1317943 4 0.0693 0.7510 0.000 NA 0.008 0.980 0.000
#> GSM1317944 4 0.0324 0.7507 0.000 NA 0.000 0.992 0.004
#> GSM1317896 3 0.6233 0.3474 0.000 NA 0.540 0.004 0.304
#> GSM1317897 1 0.0771 0.8326 0.976 NA 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317898 1 0.6557 -0.0753 0.428 NA 0.000 0.000 0.368
#> GSM1317899 1 0.6191 0.3141 0.552 NA 0.000 0.000 0.244
#> GSM1317900 3 0.7537 0.2525 0.000 NA 0.404 0.052 0.336
#> GSM1317901 5 0.5274 0.5974 0.040 NA 0.012 0.000 0.612
#> GSM1317902 1 0.1725 0.8257 0.936 NA 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317903 1 0.1725 0.8257 0.936 NA 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317904 4 0.4084 0.7146 0.000 NA 0.016 0.800 0.140
#> GSM1317905 4 0.6803 0.4998 0.000 NA 0.144 0.568 0.052
#> GSM1317906 4 0.6803 0.4998 0.000 NA 0.144 0.568 0.052
#> GSM1317907 4 0.4884 0.4273 0.000 NA 0.020 0.572 0.404
#> GSM1317908 5 0.5274 0.5974 0.040 NA 0.012 0.000 0.612
#> GSM1317909 5 0.4602 0.5973 0.240 NA 0.000 0.000 0.708
#> GSM1317910 5 0.4602 0.5973 0.240 NA 0.000 0.000 0.708
#> GSM1317911 5 0.4602 0.5973 0.240 NA 0.000 0.000 0.708
#> GSM1317912 4 0.4884 0.4273 0.000 NA 0.020 0.572 0.404
#> GSM1317913 4 0.4884 0.4273 0.000 NA 0.020 0.572 0.404
#> GSM1318041 5 0.7175 0.5239 0.068 NA 0.112 0.004 0.512
#> GSM1318042 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318043 3 0.0290 0.7385 0.000 NA 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318044 1 0.0898 0.8358 0.972 NA 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318045 1 0.0898 0.8358 0.972 NA 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318046 1 0.0898 0.8358 0.972 NA 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318047 5 0.4338 0.6795 0.112 NA 0.008 0.068 0.800
#> GSM1318048 5 0.5437 0.5968 0.048 NA 0.016 0.000 0.616
#> GSM1318049 5 0.5437 0.5968 0.048 NA 0.016 0.000 0.616
#> GSM1318050 4 0.4084 0.7146 0.000 NA 0.016 0.800 0.140
#> GSM1318051 4 0.4084 0.7146 0.000 NA 0.016 0.800 0.140
#> GSM1318052 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1318053 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1318054 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1318055 3 0.1588 0.7361 0.000 NA 0.948 0.008 0.028
#> GSM1318056 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1318057 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
#> GSM1318058 4 0.5964 0.6690 0.000 NA 0.032 0.660 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.5573 0.4080 0.000 0.200 0.004 0.572 0.000 0.224
#> GSM1317946 1 0.7285 0.6087 0.376 0.024 0.000 0.324 0.228 0.048
#> GSM1317947 2 0.0862 0.6396 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317948 6 0.6135 0.7085 0.000 0.296 0.000 0.064 0.100 0.540
#> GSM1317949 2 0.0862 0.6396 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317950 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317953 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317954 5 0.4219 0.4989 0.360 0.000 0.000 0.012 0.620 0.008
#> GSM1317955 5 0.4219 0.4989 0.360 0.000 0.000 0.012 0.620 0.008
#> GSM1317956 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317957 1 0.4798 0.4413 0.548 0.012 0.004 0.412 0.000 0.024
#> GSM1317958 5 0.1956 0.7883 0.004 0.080 0.000 0.000 0.908 0.008
#> GSM1317959 4 0.3647 0.6779 0.052 0.000 0.004 0.788 0.000 0.156
#> GSM1317960 6 0.6208 0.7089 0.000 0.296 0.000 0.064 0.108 0.532
#> GSM1317961 3 0.8682 0.1744 0.176 0.228 0.376 0.064 0.032 0.124
#> GSM1317962 1 0.7198 0.7217 0.476 0.040 0.000 0.196 0.240 0.048
#> GSM1317963 6 0.6349 0.7016 0.020 0.188 0.000 0.056 0.140 0.596
#> GSM1317964 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317965 3 0.7493 0.3753 0.156 0.156 0.516 0.092 0.000 0.080
#> GSM1317966 3 0.8682 0.1744 0.176 0.228 0.376 0.064 0.032 0.124
#> GSM1317967 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1317968 1 0.7198 0.7217 0.476 0.040 0.000 0.196 0.240 0.048
#> GSM1317969 3 0.7493 0.3753 0.156 0.156 0.516 0.092 0.000 0.080
#> GSM1317970 1 0.4798 0.4413 0.548 0.012 0.004 0.412 0.000 0.024
#> GSM1317952 6 0.6135 0.7085 0.000 0.296 0.000 0.064 0.100 0.540
#> GSM1317951 5 0.4219 0.4989 0.360 0.000 0.000 0.012 0.620 0.008
#> GSM1317971 3 0.7525 0.3937 0.200 0.104 0.504 0.116 0.000 0.076
#> GSM1317972 1 0.7198 0.7217 0.476 0.040 0.000 0.196 0.240 0.048
#> GSM1317973 4 0.3710 0.6819 0.064 0.000 0.004 0.788 0.000 0.144
#> GSM1317974 1 0.7198 0.7217 0.476 0.040 0.000 0.196 0.240 0.048
#> GSM1317975 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1317978 1 0.7040 0.6940 0.456 0.024 0.000 0.292 0.180 0.048
#> GSM1317979 6 0.7528 0.5905 0.016 0.248 0.104 0.096 0.040 0.496
#> GSM1317980 6 0.7528 0.5905 0.016 0.248 0.104 0.096 0.040 0.496
#> GSM1317981 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1317982 6 0.7528 0.5905 0.016 0.248 0.104 0.096 0.040 0.496
#> GSM1317983 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317984 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317987 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1317988 4 0.3710 0.6819 0.064 0.000 0.004 0.788 0.000 0.144
#> GSM1317989 2 0.3849 0.5631 0.004 0.804 0.004 0.020 0.128 0.040
#> GSM1317990 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1317991 3 0.7525 0.3937 0.200 0.104 0.504 0.116 0.000 0.076
#> GSM1317992 3 0.7525 0.3937 0.200 0.104 0.504 0.116 0.000 0.076
#> GSM1317993 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1317994 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 2 0.3849 0.5631 0.004 0.804 0.004 0.020 0.128 0.040
#> GSM1317976 1 0.7198 0.7217 0.476 0.040 0.000 0.196 0.240 0.048
#> GSM1317995 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 1 0.4178 0.5465 0.608 0.000 0.000 0.372 0.000 0.020
#> GSM1317997 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.1285 0.8026 0.004 0.052 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM1317999 5 0.2149 0.7736 0.004 0.104 0.000 0.000 0.888 0.004
#> GSM1318002 4 0.2009 0.6763 0.084 0.008 0.000 0.904 0.000 0.004
#> GSM1318003 4 0.2009 0.6763 0.084 0.008 0.000 0.904 0.000 0.004
#> GSM1318004 4 0.3936 0.6663 0.060 0.000 0.004 0.760 0.000 0.176
#> GSM1318005 4 0.3936 0.6663 0.060 0.000 0.004 0.760 0.000 0.176
#> GSM1318006 5 0.4214 0.2016 0.004 0.460 0.000 0.000 0.528 0.008
#> GSM1318007 4 0.3936 0.6663 0.060 0.000 0.004 0.760 0.000 0.176
#> GSM1318008 5 0.2149 0.7736 0.004 0.104 0.000 0.000 0.888 0.004
#> GSM1318009 4 0.3121 0.6930 0.044 0.000 0.004 0.836 0.000 0.116
#> GSM1318010 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 6 0.6330 0.7061 0.000 0.284 0.000 0.056 0.140 0.520
#> GSM1318012 6 0.6330 0.7061 0.000 0.284 0.000 0.056 0.140 0.520
#> GSM1318013 4 0.3936 0.6663 0.060 0.000 0.004 0.760 0.000 0.176
#> GSM1318014 6 0.6330 0.7061 0.000 0.284 0.000 0.056 0.140 0.520
#> GSM1318015 4 0.2009 0.6763 0.084 0.008 0.000 0.904 0.000 0.004
#> GSM1318001 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.3121 0.6930 0.044 0.000 0.004 0.836 0.000 0.116
#> GSM1318016 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1318017 5 0.0363 0.8127 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318019 4 0.3642 0.6901 0.080 0.000 0.004 0.800 0.000 0.116
#> GSM1318020 2 0.5659 0.2949 0.072 0.520 0.380 0.008 0.000 0.020
#> GSM1318021 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1318022 3 0.5220 0.5905 0.128 0.016 0.676 0.008 0.000 0.172
#> GSM1318023 5 0.0363 0.8127 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318024 4 0.1787 0.6808 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM1318025 3 0.1716 0.7119 0.028 0.004 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318026 4 0.2597 0.6697 0.088 0.008 0.020 0.880 0.000 0.004
#> GSM1318027 4 0.3758 0.6805 0.068 0.000 0.008 0.792 0.000 0.132
#> GSM1318028 5 0.7395 -0.0538 0.328 0.112 0.000 0.068 0.432 0.060
#> GSM1318029 3 0.7299 0.4805 0.248 0.072 0.440 0.020 0.000 0.220
#> GSM1318018 5 0.0363 0.8127 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318030 6 0.6497 0.6968 0.000 0.248 0.000 0.128 0.092 0.532
#> GSM1318031 3 0.1716 0.7119 0.028 0.004 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318033 6 0.7541 0.5741 0.096 0.096 0.000 0.180 0.116 0.512
#> GSM1318034 2 0.2492 0.6487 0.000 0.876 0.100 0.000 0.020 0.004
#> GSM1318035 4 0.0603 0.6974 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318036 6 0.7541 0.5741 0.096 0.096 0.000 0.180 0.116 0.512
#> GSM1318037 6 0.6497 0.6968 0.000 0.248 0.000 0.128 0.092 0.532
#> GSM1318038 6 0.5610 0.2495 0.168 0.108 0.060 0.004 0.000 0.660
#> GSM1318039 5 0.5191 0.6838 0.072 0.072 0.000 0.000 0.692 0.164
#> GSM1318040 3 0.1716 0.7119 0.028 0.004 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318032 3 0.1716 0.7119 0.028 0.004 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317914 3 0.5333 0.5731 0.204 0.008 0.656 0.016 0.000 0.116
#> GSM1317915 5 0.5191 0.6838 0.072 0.072 0.000 0.000 0.692 0.164
#> GSM1317916 6 0.6790 0.2320 0.128 0.132 0.000 0.000 0.236 0.504
#> GSM1317917 6 0.5610 0.2495 0.168 0.108 0.060 0.004 0.000 0.660
#> GSM1317918 5 0.5191 0.6838 0.072 0.072 0.000 0.000 0.692 0.164
#> GSM1317919 3 0.5487 0.6015 0.136 0.024 0.644 0.004 0.000 0.192
#> GSM1317920 3 0.7299 0.4805 0.248 0.072 0.440 0.020 0.000 0.220
#> GSM1317921 3 0.5487 0.6015 0.136 0.024 0.644 0.004 0.000 0.192
#> GSM1317922 6 0.5678 0.2540 0.160 0.144 0.016 0.000 0.028 0.652
#> GSM1317923 3 0.5220 0.5905 0.128 0.016 0.676 0.008 0.000 0.172
#> GSM1317924 3 0.1716 0.7119 0.028 0.004 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317925 4 0.1728 0.6826 0.064 0.008 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM1317926 3 0.5220 0.5905 0.128 0.016 0.676 0.008 0.000 0.172
#> GSM1317927 4 0.0363 0.6976 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.4980 0.3386 0.168 0.000 0.184 0.648 0.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.7299 0.4805 0.248 0.072 0.440 0.020 0.000 0.220
#> GSM1317930 4 0.4980 0.3386 0.168 0.000 0.184 0.648 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.5741 0.3005 0.072 0.520 0.376 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317933 4 0.0363 0.6976 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.5741 0.3005 0.072 0.520 0.376 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317935 2 0.5741 0.3005 0.072 0.520 0.376 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317936 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0603 0.8128 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM1317938 4 0.1461 0.6924 0.044 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016
#> GSM1317939 4 0.0458 0.6986 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317940 5 0.4315 0.6853 0.040 0.124 0.000 0.000 0.768 0.068
#> GSM1317941 1 0.6918 0.6666 0.460 0.028 0.000 0.336 0.120 0.056
#> GSM1317942 4 0.0458 0.6986 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317943 4 0.0458 0.6986 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317944 4 0.0603 0.6974 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.3986 -0.0608 0.004 0.464 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 5 0.1951 0.8028 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM1317898 2 0.4226 0.1049 0.004 0.580 0.000 0.000 0.404 0.012
#> GSM1317899 5 0.4214 0.2016 0.004 0.460 0.000 0.000 0.528 0.008
#> GSM1317900 2 0.6052 0.2241 0.080 0.480 0.396 0.012 0.000 0.032
#> GSM1317901 2 0.0862 0.6396 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317902 5 0.1493 0.8015 0.004 0.056 0.000 0.000 0.936 0.004
#> GSM1317903 5 0.1493 0.8015 0.004 0.056 0.000 0.000 0.936 0.004
#> GSM1317904 4 0.3647 0.6779 0.052 0.000 0.004 0.788 0.000 0.156
#> GSM1317905 4 0.7234 -0.2496 0.356 0.040 0.124 0.416 0.000 0.064
#> GSM1317906 4 0.7234 -0.2496 0.356 0.040 0.124 0.416 0.000 0.064
#> GSM1317907 4 0.5573 0.4080 0.000 0.200 0.004 0.572 0.000 0.224
#> GSM1317908 2 0.0862 0.6396 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317909 6 0.5836 0.6526 0.028 0.184 0.000 0.000 0.200 0.588
#> GSM1317910 6 0.5836 0.6526 0.028 0.184 0.000 0.000 0.200 0.588
#> GSM1317911 6 0.5836 0.6526 0.028 0.184 0.000 0.000 0.200 0.588
#> GSM1317912 4 0.5573 0.4080 0.000 0.200 0.004 0.572 0.000 0.224
#> GSM1317913 4 0.5573 0.4080 0.000 0.200 0.004 0.572 0.000 0.224
#> GSM1318041 2 0.3481 0.6337 0.000 0.832 0.100 0.004 0.040 0.024
#> GSM1318042 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0363 0.7161 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0603 0.8128 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM1318045 5 0.0603 0.8128 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM1318046 5 0.0603 0.8128 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM1318047 6 0.6228 0.7003 0.000 0.328 0.000 0.064 0.100 0.508
#> GSM1318048 2 0.1053 0.6359 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020 0.012
#> GSM1318049 2 0.1053 0.6359 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020 0.012
#> GSM1318050 4 0.3647 0.6779 0.052 0.000 0.004 0.788 0.000 0.156
#> GSM1318051 4 0.3647 0.6779 0.052 0.000 0.004 0.788 0.000 0.156
#> GSM1318052 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1318053 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1318054 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1318055 3 0.1774 0.7012 0.004 0.024 0.936 0.016 0.000 0.020
#> GSM1318056 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1318057 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
#> GSM1318058 4 0.6035 0.5181 0.160 0.040 0.012 0.612 0.000 0.176
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:hclust 144 0.222 0.1322 0.00286 0.619 2
#> SD:hclust 135 0.134 0.1153 0.03728 0.721 3
#> SD:hclust 137 0.371 0.1098 0.05951 0.751 4
#> SD:hclust 132 0.167 0.0439 0.01033 0.935 5
#> SD:hclust 126 0.133 0.0456 0.04619 0.924 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.722 0.921 0.956 0.4749 0.529 0.529
#> 3 3 0.910 0.933 0.954 0.3948 0.773 0.581
#> 4 4 0.698 0.666 0.796 0.1083 0.972 0.915
#> 5 5 0.666 0.628 0.739 0.0678 0.856 0.559
#> 6 6 0.729 0.668 0.788 0.0494 0.932 0.697
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317946 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317947 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317948 1 0.7299 0.787 0.796 0.204
#> GSM1317949 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317950 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317953 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317954 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317955 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317956 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317957 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317959 2 0.4431 0.898 0.092 0.908
#> GSM1317960 1 0.6247 0.835 0.844 0.156
#> GSM1317961 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317963 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317964 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317965 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317969 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.7139 0.795 0.804 0.196
#> GSM1317951 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317971 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317973 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317975 2 0.7219 0.805 0.200 0.800
#> GSM1317978 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317979 2 0.7815 0.672 0.232 0.768
#> GSM1317980 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317982 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317984 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317987 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317988 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.4690 0.886 0.900 0.100
#> GSM1317990 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317991 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317994 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.1633 0.945 0.976 0.024
#> GSM1317976 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317995 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317997 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317999 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318002 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM1318004 2 0.5946 0.861 0.144 0.856
#> GSM1318005 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1318006 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318007 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318009 2 0.6712 0.832 0.176 0.824
#> GSM1318010 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318012 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318013 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0938 0.954 0.988 0.012
#> GSM1318015 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1318016 2 0.4562 0.896 0.096 0.904
#> GSM1318017 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318019 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.6712 0.832 0.176 0.824
#> GSM1318022 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1318023 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318024 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1318025 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318029 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1318018 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318030 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318034 1 0.9522 0.504 0.628 0.372
#> GSM1318035 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1318036 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318037 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1318039 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317915 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317918 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317920 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317921 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317922 1 0.7745 0.754 0.772 0.228
#> GSM1317923 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317924 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317926 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317927 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317928 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317934 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317938 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317939 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317940 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317941 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317942 2 0.7219 0.805 0.200 0.800
#> GSM1317943 2 0.7056 0.815 0.192 0.808
#> GSM1317944 2 0.6148 0.855 0.152 0.848
#> GSM1317896 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317898 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317899 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317900 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317902 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317903 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317904 2 0.7219 0.805 0.200 0.800
#> GSM1317905 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.8267 0.715 0.740 0.260
#> GSM1317909 1 0.7299 0.787 0.796 0.204
#> GSM1317910 1 0.7219 0.786 0.800 0.200
#> GSM1317911 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1317912 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> GSM1318042 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318045 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318046 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318047 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> GSM1318048 1 0.7299 0.787 0.796 0.204
#> GSM1318049 1 0.7056 0.799 0.808 0.192
#> GSM1318050 2 0.4431 0.898 0.092 0.908
#> GSM1318051 2 0.4431 0.898 0.092 0.908
#> GSM1318052 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317946 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317947 3 0.2297 0.958 0.020 0.036 0.944
#> GSM1317948 1 0.4784 0.764 0.796 0.004 0.200
#> GSM1317949 1 0.0829 0.964 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317950 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317953 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317954 1 0.0829 0.963 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317955 1 0.0829 0.963 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317956 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317957 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317959 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317960 1 0.4733 0.770 0.800 0.004 0.196
#> GSM1317961 3 0.1964 0.966 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317962 1 0.1585 0.948 0.964 0.028 0.008
#> GSM1317963 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317964 1 0.0829 0.963 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317965 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317966 3 0.1964 0.966 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317967 2 0.2796 0.887 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317968 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317969 3 0.2537 0.954 0.000 0.080 0.920
#> GSM1317970 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317952 1 0.4733 0.770 0.800 0.004 0.196
#> GSM1317951 1 0.0829 0.963 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317971 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317972 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317973 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317974 1 0.1585 0.948 0.964 0.028 0.008
#> GSM1317975 2 0.0848 0.944 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317978 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317979 3 0.2434 0.948 0.036 0.024 0.940
#> GSM1317980 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317981 2 0.0848 0.944 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317982 3 0.4887 0.757 0.000 0.228 0.772
#> GSM1317983 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317984 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317985 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317986 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317987 2 0.0848 0.944 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317988 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317989 1 0.4228 0.829 0.844 0.008 0.148
#> GSM1317990 2 0.0424 0.950 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317991 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317992 2 0.1753 0.924 0.000 0.952 0.048
#> GSM1317993 2 0.0237 0.953 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317994 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317977 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317976 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317995 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317996 2 0.0424 0.950 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317997 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317998 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317999 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318002 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318003 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318004 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318005 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318006 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318007 2 0.4555 0.760 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318008 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318009 2 0.0661 0.952 0.008 0.988 0.004
#> GSM1318010 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318011 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318012 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318013 2 0.3116 0.873 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318014 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318015 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318001 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318000 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318016 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318017 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318019 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318020 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318021 2 0.0424 0.950 0.008 0.992 0.000
#> GSM1318022 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1318023 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318024 2 0.0237 0.953 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318025 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318026 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318027 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318028 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1318029 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1318018 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318030 2 0.6180 0.279 0.000 0.584 0.416
#> GSM1318031 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318033 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318034 3 0.2173 0.933 0.048 0.008 0.944
#> GSM1318035 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318036 1 0.0475 0.965 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318037 2 0.4504 0.765 0.000 0.804 0.196
#> GSM1318038 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1318039 1 0.1529 0.950 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318040 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318032 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317914 3 0.1529 0.965 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317915 1 0.1529 0.950 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317916 1 0.1411 0.952 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317917 3 0.1015 0.945 0.012 0.008 0.980
#> GSM1317918 1 0.1643 0.948 0.956 0.000 0.044
#> GSM1317919 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317920 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317921 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317922 3 0.0592 0.938 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317923 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317924 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317925 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317926 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317927 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317928 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317929 3 0.0892 0.956 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317930 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317931 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317932 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317933 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317934 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317935 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317936 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317937 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317938 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317939 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317940 1 0.0661 0.963 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317941 2 0.0848 0.944 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317942 2 0.0424 0.950 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317943 2 0.0661 0.952 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317944 2 0.0475 0.954 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317896 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317897 1 0.0829 0.963 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317898 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317899 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317900 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1317901 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317902 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317903 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317904 2 0.0661 0.952 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317905 2 0.3192 0.869 0.000 0.888 0.112
#> GSM1317906 2 0.3192 0.869 0.000 0.888 0.112
#> GSM1317907 2 0.4887 0.717 0.000 0.772 0.228
#> GSM1317908 3 0.1031 0.936 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317909 1 0.4605 0.766 0.796 0.000 0.204
#> GSM1317910 1 0.5815 0.608 0.692 0.004 0.304
#> GSM1317911 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.5785 0.553 0.000 0.332 0.668
#> GSM1317913 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318041 3 0.2443 0.951 0.032 0.028 0.940
#> GSM1318042 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318043 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318044 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318045 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318046 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318047 1 0.0424 0.964 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318048 3 0.2096 0.928 0.052 0.004 0.944
#> GSM1318049 1 0.4733 0.770 0.800 0.004 0.196
#> GSM1318050 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318051 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318052 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318053 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318054 2 0.4555 0.760 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318055 3 0.2066 0.971 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318056 2 0.3116 0.873 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318057 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318058 2 0.4842 0.724 0.000 0.776 0.224
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.4356 0.5943 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM1317946 1 0.3873 0.7783 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM1317947 3 0.4436 0.6717 0.020 0.000 0.764 0.216
#> GSM1317948 1 0.6488 0.5545 0.604 0.000 0.104 0.292
#> GSM1317949 1 0.4635 0.7594 0.720 0.000 0.012 0.268
#> GSM1317950 1 0.2704 0.7976 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM1317953 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317954 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317955 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317956 1 0.2704 0.7976 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM1317957 2 0.4830 0.5524 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM1317958 1 0.2469 0.7931 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317959 2 0.4843 0.4857 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM1317960 1 0.6371 0.5606 0.608 0.000 0.092 0.300
#> GSM1317961 3 0.3626 0.7688 0.000 0.004 0.812 0.184
#> GSM1317962 1 0.5184 0.7589 0.736 0.060 0.000 0.204
#> GSM1317963 1 0.4304 0.7432 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM1317964 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317965 3 0.0817 0.8384 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317966 3 0.3626 0.7688 0.000 0.004 0.812 0.184
#> GSM1317967 2 0.7072 0.2534 0.000 0.524 0.140 0.336
#> GSM1317968 1 0.3444 0.7840 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317969 3 0.6139 0.2894 0.000 0.100 0.656 0.244
#> GSM1317970 2 0.4605 0.5860 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM1317952 1 0.6488 0.5545 0.604 0.000 0.104 0.292
#> GSM1317951 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317971 3 0.2300 0.8242 0.000 0.016 0.920 0.064
#> GSM1317972 1 0.3626 0.7823 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM1317973 2 0.4624 0.5742 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM1317974 1 0.4121 0.7726 0.796 0.020 0.000 0.184
#> GSM1317975 2 0.1792 0.6202 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317978 1 0.3444 0.7840 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317979 3 0.7012 0.3569 0.156 0.000 0.560 0.284
#> GSM1317980 3 0.1557 0.8333 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317981 2 0.1792 0.6202 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317982 4 0.7314 0.3423 0.000 0.152 0.420 0.428
#> GSM1317983 1 0.2704 0.7976 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM1317984 3 0.0336 0.8419 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317985 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317986 1 0.2704 0.7976 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM1317987 2 0.1792 0.6202 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317988 2 0.4522 0.5942 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317989 1 0.6277 0.5780 0.572 0.000 0.068 0.360
#> GSM1317990 2 0.1716 0.6243 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317991 3 0.1398 0.8393 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM1317992 2 0.5167 0.5035 0.000 0.760 0.108 0.132
#> GSM1317993 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.8413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.5152 0.6388 0.664 0.000 0.020 0.316
#> GSM1317976 1 0.3668 0.7805 0.808 0.004 0.000 0.188
#> GSM1317995 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317996 2 0.4008 0.6415 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM1317997 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317998 1 0.2345 0.7956 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317999 1 0.3123 0.7749 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM1318002 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.5060 0.4427 0.004 0.584 0.000 0.412
#> GSM1318005 2 0.4730 0.5415 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM1318006 1 0.2011 0.8005 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM1318007 4 0.7021 0.1688 0.000 0.400 0.120 0.480
#> GSM1318008 1 0.2647 0.7904 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318009 2 0.4103 0.6337 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM1318010 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318011 1 0.4936 0.6768 0.700 0.000 0.020 0.280
#> GSM1318012 1 0.4988 0.6693 0.692 0.000 0.020 0.288
#> GSM1318013 2 0.6750 0.0498 0.000 0.472 0.092 0.436
#> GSM1318014 1 0.5036 0.6732 0.696 0.000 0.024 0.280
#> GSM1318015 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318000 2 0.3486 0.6567 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM1318016 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0188 0.8108 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318019 2 0.4277 0.6213 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM1318020 3 0.0469 0.8410 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318021 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.4103 0.7520 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM1318023 1 0.0188 0.8108 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318024 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.1118 0.8353 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318026 2 0.1151 0.6655 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM1318027 2 0.4585 0.5875 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1318028 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1318029 3 0.3907 0.7635 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM1318018 1 0.0188 0.8108 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318030 4 0.7782 0.3214 0.000 0.312 0.264 0.424
#> GSM1318031 3 0.1118 0.8353 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318033 1 0.3528 0.7560 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM1318034 3 0.5609 0.5977 0.088 0.000 0.712 0.200
#> GSM1318035 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.4730 0.6598 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM1318037 4 0.6659 0.1779 0.000 0.400 0.088 0.512
#> GSM1318038 3 0.3942 0.7596 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM1318039 1 0.2868 0.7956 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM1318040 3 0.1118 0.8353 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318032 3 0.1118 0.8353 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317914 3 0.2973 0.8012 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM1317915 1 0.2868 0.7956 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM1317916 1 0.1474 0.8092 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM1317917 3 0.3975 0.7585 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM1317918 1 0.4103 0.7393 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM1317919 3 0.3975 0.7543 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM1317920 3 0.4134 0.7509 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM1317921 3 0.3942 0.7556 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM1317922 3 0.4134 0.7484 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM1317923 3 0.4072 0.7542 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM1317924 3 0.1118 0.8353 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317925 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.4134 0.7509 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM1317927 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0336 0.8416 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317929 3 0.4072 0.7512 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM1317930 2 0.0188 0.6790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317931 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317932 3 0.5720 0.4564 0.000 0.296 0.652 0.052
#> GSM1317933 2 0.0188 0.6790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317934 3 0.5742 0.4502 0.000 0.300 0.648 0.052
#> GSM1317935 3 0.2216 0.8216 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317936 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317937 1 0.0188 0.8108 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317938 2 0.1867 0.6781 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317939 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.3444 0.7840 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317941 2 0.4679 0.5881 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM1317942 2 0.0188 0.6790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317943 2 0.0188 0.6790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317944 2 0.0000 0.6786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0469 0.8410 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317897 1 0.3486 0.7830 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317898 1 0.3528 0.7554 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM1317899 1 0.2814 0.7857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM1317900 3 0.1118 0.8380 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317901 1 0.3356 0.7643 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM1317902 1 0.1940 0.8012 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317903 1 0.1557 0.8049 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317904 2 0.4730 0.5415 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM1317905 2 0.6930 0.2912 0.000 0.524 0.120 0.356
#> GSM1317906 2 0.7013 0.2659 0.000 0.516 0.128 0.356
#> GSM1317907 4 0.6894 0.2574 0.000 0.376 0.112 0.512
#> GSM1317908 3 0.3024 0.7834 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM1317909 1 0.6548 0.5252 0.592 0.000 0.104 0.304
#> GSM1317910 4 0.7154 -0.3568 0.428 0.000 0.132 0.440
#> GSM1317911 1 0.2589 0.8028 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317912 4 0.8067 0.4156 0.108 0.104 0.208 0.580
#> GSM1317913 2 0.4855 0.4887 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM1318041 3 0.6167 0.4922 0.096 0.000 0.648 0.256
#> GSM1318042 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318043 3 0.0707 0.8414 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318044 1 0.0188 0.8108 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318045 1 0.2011 0.8005 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM1318046 1 0.1637 0.8059 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1318047 1 0.4988 0.6699 0.692 0.000 0.020 0.288
#> GSM1318048 3 0.6374 0.4939 0.128 0.000 0.644 0.228
#> GSM1318049 1 0.6375 0.5789 0.624 0.000 0.104 0.272
#> GSM1318050 2 0.4730 0.5415 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM1318051 2 0.4500 0.5976 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM1318052 2 0.4585 0.5875 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1318053 2 0.4585 0.5875 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1318054 2 0.7393 0.1301 0.000 0.488 0.180 0.332
#> GSM1318055 3 0.1022 0.8357 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318056 2 0.7363 0.1474 0.000 0.492 0.176 0.332
#> GSM1318057 2 0.4605 0.5838 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM1318058 2 0.7770 -0.1411 0.000 0.416 0.248 0.336
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5073 0.5492 0.000 0.212 0.000 0.688 0.100
#> GSM1317946 1 0.2142 0.6644 0.920 0.028 0.000 0.004 0.048
#> GSM1317947 3 0.3932 0.5089 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM1317948 5 0.5029 0.6467 0.200 0.000 0.056 0.024 0.720
#> GSM1317949 1 0.4971 -0.2483 0.504 0.020 0.004 0.000 0.472
#> GSM1317950 1 0.1831 0.6822 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317953 1 0.0404 0.6970 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.1251 0.6917 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317955 1 0.1331 0.6905 0.952 0.040 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317956 1 0.1831 0.6822 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317957 4 0.3546 0.7342 0.060 0.064 0.000 0.852 0.024
#> GSM1317958 5 0.4658 0.1836 0.484 0.012 0.000 0.000 0.504
#> GSM1317959 4 0.2740 0.7797 0.000 0.028 0.000 0.876 0.096
#> GSM1317960 5 0.5012 0.6485 0.204 0.000 0.048 0.028 0.720
#> GSM1317961 3 0.7381 0.6525 0.088 0.084 0.600 0.052 0.176
#> GSM1317962 1 0.4499 0.5403 0.792 0.036 0.000 0.072 0.100
#> GSM1317963 1 0.5270 0.0655 0.584 0.016 0.000 0.028 0.372
#> GSM1317964 1 0.0290 0.6968 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.2072 0.7903 0.000 0.016 0.928 0.020 0.036
#> GSM1317966 3 0.7381 0.6525 0.088 0.084 0.600 0.052 0.176
#> GSM1317967 4 0.2630 0.7609 0.000 0.016 0.080 0.892 0.012
#> GSM1317968 1 0.1106 0.6958 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317969 4 0.4686 0.2856 0.000 0.004 0.396 0.588 0.012
#> GSM1317970 4 0.1597 0.7735 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> GSM1317952 5 0.5029 0.6467 0.200 0.000 0.056 0.024 0.720
#> GSM1317951 1 0.1251 0.6917 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317971 3 0.5280 0.7419 0.000 0.048 0.736 0.124 0.092
#> GSM1317972 1 0.1300 0.6931 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317973 4 0.2221 0.7792 0.000 0.036 0.000 0.912 0.052
#> GSM1317974 1 0.1386 0.6910 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317975 2 0.4675 0.8265 0.060 0.736 0.000 0.196 0.008
#> GSM1317978 1 0.1106 0.6958 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317979 5 0.6479 0.1781 0.012 0.004 0.320 0.132 0.532
#> GSM1317980 3 0.1732 0.7729 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317981 2 0.4675 0.8265 0.060 0.736 0.000 0.196 0.008
#> GSM1317982 4 0.4435 0.7199 0.000 0.012 0.124 0.780 0.084
#> GSM1317983 1 0.1892 0.6806 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM1317984 3 0.0290 0.7923 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317985 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317986 1 0.1892 0.6806 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM1317987 2 0.4612 0.8303 0.056 0.740 0.000 0.196 0.008
#> GSM1317988 4 0.2304 0.7758 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048
#> GSM1317989 5 0.5146 0.5891 0.316 0.004 0.020 0.020 0.640
#> GSM1317990 2 0.4362 0.8486 0.036 0.748 0.000 0.208 0.008
#> GSM1317991 3 0.4310 0.7753 0.000 0.052 0.808 0.052 0.088
#> GSM1317992 4 0.6126 -0.2271 0.000 0.408 0.044 0.504 0.044
#> GSM1317993 2 0.3741 0.8977 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004
#> GSM1317994 3 0.0290 0.7923 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317977 5 0.5092 0.6485 0.232 0.008 0.016 0.040 0.704
#> GSM1317976 1 0.1300 0.6931 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317995 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317996 4 0.5281 0.2231 0.044 0.348 0.000 0.600 0.008
#> GSM1317997 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317998 5 0.4656 0.1980 0.480 0.012 0.000 0.000 0.508
#> GSM1317999 5 0.4597 0.3775 0.424 0.012 0.000 0.000 0.564
#> GSM1318002 2 0.3992 0.8973 0.000 0.720 0.000 0.268 0.012
#> GSM1318003 2 0.3766 0.8988 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1318004 4 0.3085 0.7728 0.000 0.032 0.000 0.852 0.116
#> GSM1318005 4 0.2694 0.7784 0.000 0.040 0.000 0.884 0.076
#> GSM1318006 1 0.4659 -0.1734 0.500 0.012 0.000 0.000 0.488
#> GSM1318007 4 0.3567 0.7650 0.000 0.004 0.052 0.832 0.112
#> GSM1318008 5 0.4653 0.2229 0.472 0.012 0.000 0.000 0.516
#> GSM1318009 4 0.4221 0.5301 0.000 0.236 0.000 0.732 0.032
#> GSM1318010 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318011 5 0.4532 0.6482 0.248 0.000 0.016 0.020 0.716
#> GSM1318012 5 0.4880 0.6495 0.240 0.004 0.016 0.032 0.708
#> GSM1318013 4 0.3289 0.7754 0.000 0.004 0.048 0.852 0.096
#> GSM1318014 5 0.4532 0.6496 0.248 0.000 0.020 0.016 0.716
#> GSM1318015 2 0.3992 0.8973 0.000 0.720 0.000 0.268 0.012
#> GSM1318001 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318000 4 0.4135 0.2613 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> GSM1318016 2 0.3766 0.8988 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1318017 1 0.4218 0.3647 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM1318019 4 0.2806 0.6788 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> GSM1318020 3 0.0510 0.7915 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318021 2 0.3612 0.8992 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM1318022 3 0.7392 0.6327 0.000 0.208 0.488 0.060 0.244
#> GSM1318023 1 0.4218 0.3647 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM1318024 2 0.3766 0.8987 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1318025 3 0.2359 0.7824 0.000 0.008 0.912 0.044 0.036
#> GSM1318026 2 0.4400 0.8442 0.000 0.672 0.000 0.308 0.020
#> GSM1318027 4 0.1281 0.7694 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1318028 1 0.0703 0.6961 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.7077 0.6408 0.000 0.208 0.504 0.036 0.252
#> GSM1318018 1 0.4218 0.3647 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM1318030 4 0.3759 0.7545 0.000 0.000 0.092 0.816 0.092
#> GSM1318031 3 0.3027 0.7732 0.000 0.012 0.876 0.072 0.040
#> GSM1318033 5 0.5129 0.5042 0.356 0.012 0.000 0.028 0.604
#> GSM1318034 3 0.4088 0.3893 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1318035 2 0.3766 0.8993 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1318036 5 0.6987 0.2954 0.292 0.008 0.000 0.296 0.404
#> GSM1318037 4 0.3678 0.7444 0.000 0.008 0.020 0.804 0.168
#> GSM1318038 3 0.7148 0.6386 0.000 0.204 0.516 0.048 0.232
#> GSM1318039 1 0.2669 0.6736 0.876 0.020 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318040 3 0.3310 0.7673 0.000 0.016 0.860 0.084 0.040
#> GSM1318032 3 0.3310 0.7673 0.000 0.016 0.860 0.084 0.040
#> GSM1317914 3 0.6335 0.6889 0.000 0.180 0.604 0.024 0.192
#> GSM1317915 1 0.2669 0.6736 0.876 0.020 0.000 0.000 0.104
#> GSM1317916 1 0.4558 0.4263 0.652 0.024 0.000 0.000 0.324
#> GSM1317917 3 0.7127 0.6363 0.000 0.204 0.512 0.044 0.240
#> GSM1317918 1 0.3075 0.5945 0.860 0.048 0.000 0.000 0.092
#> GSM1317919 3 0.7496 0.6328 0.000 0.212 0.480 0.068 0.240
#> GSM1317920 3 0.7409 0.6316 0.000 0.208 0.484 0.060 0.248
#> GSM1317921 3 0.7378 0.6359 0.000 0.212 0.492 0.060 0.236
#> GSM1317922 3 0.6830 0.6198 0.000 0.208 0.492 0.016 0.284
#> GSM1317923 3 0.7388 0.6321 0.000 0.204 0.488 0.060 0.248
#> GSM1317924 3 0.3027 0.7732 0.000 0.012 0.876 0.072 0.040
#> GSM1317925 2 0.3766 0.8987 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1317926 3 0.7409 0.6316 0.000 0.208 0.484 0.060 0.248
#> GSM1317927 2 0.3766 0.8993 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1317928 3 0.0671 0.7927 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM1317929 3 0.7545 0.6250 0.000 0.212 0.468 0.068 0.252
#> GSM1317930 2 0.3910 0.8961 0.000 0.720 0.000 0.272 0.008
#> GSM1317931 3 0.0510 0.7916 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317932 2 0.6239 0.2896 0.000 0.548 0.348 0.048 0.056
#> GSM1317933 2 0.3790 0.8969 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM1317934 2 0.6170 0.3153 0.000 0.556 0.344 0.052 0.048
#> GSM1317935 3 0.4112 0.7541 0.000 0.056 0.804 0.016 0.124
#> GSM1317936 3 0.0510 0.7914 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317937 1 0.4218 0.3647 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM1317938 2 0.4504 0.6019 0.000 0.564 0.000 0.428 0.008
#> GSM1317939 2 0.3766 0.8993 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1317940 1 0.1106 0.6958 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317941 4 0.4516 0.7290 0.080 0.072 0.000 0.796 0.052
#> GSM1317942 2 0.3790 0.8969 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM1317943 2 0.3790 0.8969 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM1317944 2 0.3766 0.8993 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM1317896 3 0.0609 0.7909 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317897 1 0.0404 0.6970 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.4449 0.5290 0.352 0.008 0.000 0.004 0.636
#> GSM1317899 5 0.4871 0.3497 0.432 0.012 0.000 0.008 0.548
#> GSM1317900 3 0.2993 0.7872 0.000 0.024 0.884 0.048 0.044
#> GSM1317901 5 0.4264 0.4940 0.376 0.000 0.004 0.000 0.620
#> GSM1317902 1 0.4656 -0.1407 0.508 0.012 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317903 1 0.4610 0.0570 0.556 0.012 0.000 0.000 0.432
#> GSM1317904 4 0.2754 0.7775 0.000 0.040 0.000 0.880 0.080
#> GSM1317905 4 0.2722 0.7688 0.000 0.056 0.020 0.896 0.028
#> GSM1317906 4 0.2727 0.7657 0.000 0.056 0.024 0.896 0.024
#> GSM1317907 4 0.4181 0.7338 0.000 0.008 0.052 0.784 0.156
#> GSM1317908 3 0.4184 0.7086 0.000 0.048 0.772 0.004 0.176
#> GSM1317909 5 0.6702 0.5465 0.204 0.036 0.108 0.028 0.624
#> GSM1317910 5 0.8233 0.2158 0.172 0.132 0.108 0.064 0.524
#> GSM1317911 1 0.4423 0.4348 0.684 0.008 0.000 0.012 0.296
#> GSM1317912 4 0.5925 0.2575 0.000 0.000 0.104 0.472 0.424
#> GSM1317913 4 0.2423 0.7834 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080
#> GSM1318041 3 0.5114 0.0935 0.000 0.000 0.488 0.036 0.476
#> GSM1318042 3 0.0609 0.7903 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318043 3 0.0404 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318044 1 0.4218 0.3647 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> GSM1318045 1 0.4659 -0.1734 0.500 0.012 0.000 0.000 0.488
#> GSM1318046 1 0.4590 0.1067 0.568 0.012 0.000 0.000 0.420
#> GSM1318047 5 0.4712 0.6530 0.236 0.000 0.028 0.020 0.716
#> GSM1318048 5 0.4278 0.0694 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM1318049 5 0.5059 0.6307 0.232 0.000 0.076 0.004 0.688
#> GSM1318050 4 0.2694 0.7784 0.000 0.040 0.000 0.884 0.076
#> GSM1318051 4 0.2300 0.7713 0.000 0.052 0.000 0.908 0.040
#> GSM1318052 4 0.0992 0.7741 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM1318053 4 0.1168 0.7717 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> GSM1318054 4 0.2727 0.7592 0.000 0.020 0.080 0.888 0.012
#> GSM1318055 3 0.2144 0.7780 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> GSM1318056 4 0.2819 0.7581 0.000 0.024 0.080 0.884 0.012
#> GSM1318057 4 0.0898 0.7765 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM1318058 4 0.3642 0.7042 0.000 0.020 0.144 0.820 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.5057 0.4904 0.000 0.288 0.000 0.612 0.096 0.004
#> GSM1317946 1 0.4311 0.6831 0.800 0.048 0.000 0.036 0.068 0.048
#> GSM1317947 3 0.4818 0.3435 0.000 0.000 0.572 0.004 0.372 0.052
#> GSM1317948 5 0.2940 0.7003 0.024 0.000 0.024 0.048 0.880 0.024
#> GSM1317949 5 0.5242 0.4992 0.284 0.024 0.000 0.004 0.624 0.064
#> GSM1317950 1 0.2066 0.7182 0.908 0.000 0.000 0.000 0.052 0.040
#> GSM1317953 1 0.0862 0.7406 0.972 0.016 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM1317954 1 0.1970 0.7385 0.920 0.044 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM1317955 1 0.1713 0.7374 0.928 0.044 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317956 1 0.2066 0.7182 0.908 0.000 0.000 0.000 0.052 0.040
#> GSM1317957 4 0.5259 0.7200 0.056 0.100 0.000 0.716 0.016 0.112
#> GSM1317958 5 0.4577 0.5718 0.272 0.000 0.000 0.000 0.656 0.072
#> GSM1317959 4 0.2501 0.8162 0.000 0.028 0.000 0.888 0.072 0.012
#> GSM1317960 5 0.2728 0.7017 0.024 0.000 0.016 0.056 0.888 0.016
#> GSM1317961 3 0.8547 0.0776 0.116 0.044 0.376 0.048 0.140 0.276
#> GSM1317962 1 0.5972 0.5763 0.676 0.052 0.000 0.084 0.104 0.084
#> GSM1317963 1 0.6620 0.1325 0.456 0.008 0.000 0.080 0.364 0.092
#> GSM1317964 1 0.1148 0.7388 0.960 0.016 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM1317965 3 0.2123 0.7216 0.000 0.000 0.912 0.012 0.024 0.052
#> GSM1317966 3 0.8547 0.0776 0.116 0.044 0.376 0.048 0.140 0.276
#> GSM1317967 4 0.3519 0.7870 0.000 0.028 0.040 0.840 0.012 0.080
#> GSM1317968 1 0.3039 0.7254 0.868 0.048 0.000 0.004 0.028 0.052
#> GSM1317969 4 0.4436 0.6029 0.000 0.000 0.220 0.712 0.016 0.052
#> GSM1317970 4 0.3121 0.7969 0.004 0.056 0.000 0.848 0.004 0.088
#> GSM1317952 5 0.2940 0.7003 0.024 0.000 0.024 0.048 0.880 0.024
#> GSM1317951 1 0.1970 0.7385 0.920 0.044 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM1317971 3 0.6544 0.2583 0.000 0.024 0.536 0.184 0.028 0.228
#> GSM1317972 1 0.3525 0.7126 0.836 0.052 0.000 0.004 0.032 0.076
#> GSM1317973 4 0.2257 0.8200 0.000 0.040 0.000 0.904 0.048 0.008
#> GSM1317974 1 0.3825 0.7054 0.824 0.052 0.000 0.016 0.032 0.076
#> GSM1317975 2 0.1251 0.8761 0.008 0.956 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM1317978 1 0.2985 0.7269 0.872 0.048 0.000 0.004 0.032 0.044
#> GSM1317979 5 0.5543 0.4421 0.000 0.000 0.212 0.096 0.640 0.052
#> GSM1317980 3 0.3219 0.6620 0.000 0.000 0.836 0.012 0.112 0.040
#> GSM1317981 2 0.1251 0.8761 0.008 0.956 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM1317982 4 0.2123 0.8173 0.000 0.000 0.024 0.912 0.052 0.012
#> GSM1317983 1 0.2209 0.7173 0.904 0.004 0.000 0.000 0.052 0.040
#> GSM1317984 3 0.0820 0.7534 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM1317985 3 0.0914 0.7534 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM1317986 1 0.2209 0.7173 0.904 0.004 0.000 0.000 0.052 0.040
#> GSM1317987 2 0.1251 0.8761 0.008 0.956 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM1317988 4 0.2325 0.8196 0.000 0.044 0.000 0.900 0.048 0.008
#> GSM1317989 5 0.3466 0.6908 0.100 0.000 0.004 0.020 0.832 0.044
#> GSM1317990 2 0.1346 0.8786 0.008 0.952 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM1317991 3 0.4927 0.5250 0.004 0.012 0.700 0.044 0.024 0.216
#> GSM1317992 4 0.6860 -0.0360 0.000 0.400 0.040 0.400 0.028 0.132
#> GSM1317993 2 0.0865 0.8998 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0820 0.7534 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM1317977 5 0.2696 0.7124 0.032 0.000 0.000 0.052 0.884 0.032
#> GSM1317976 1 0.3396 0.7162 0.844 0.052 0.000 0.004 0.028 0.072
#> GSM1317995 3 0.0914 0.7534 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM1317996 2 0.6151 -0.0889 0.052 0.452 0.000 0.412 0.004 0.080
#> GSM1317997 3 0.0914 0.7534 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM1317998 5 0.4476 0.5718 0.272 0.000 0.000 0.000 0.664 0.064
#> GSM1317999 5 0.4024 0.6568 0.184 0.000 0.000 0.000 0.744 0.072
#> GSM1318002 2 0.2250 0.8996 0.000 0.896 0.000 0.064 0.000 0.040
#> GSM1318003 2 0.2030 0.9038 0.000 0.908 0.000 0.064 0.000 0.028
#> GSM1318004 4 0.2323 0.8147 0.000 0.012 0.000 0.892 0.084 0.012
#> GSM1318005 4 0.2434 0.8172 0.000 0.036 0.000 0.892 0.064 0.008
#> GSM1318006 5 0.4547 0.5709 0.276 0.000 0.000 0.000 0.656 0.068
#> GSM1318007 4 0.2089 0.8174 0.000 0.004 0.012 0.908 0.072 0.004
#> GSM1318008 5 0.4392 0.5889 0.256 0.000 0.000 0.000 0.680 0.064
#> GSM1318009 4 0.4561 0.6200 0.000 0.244 0.000 0.692 0.040 0.024
#> GSM1318010 3 0.0914 0.7534 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM1318011 5 0.2222 0.7155 0.040 0.000 0.004 0.032 0.912 0.012
#> GSM1318012 5 0.2476 0.7013 0.032 0.000 0.000 0.072 0.888 0.008
#> GSM1318013 4 0.2089 0.8179 0.000 0.012 0.004 0.908 0.072 0.004
#> GSM1318014 5 0.2239 0.7158 0.040 0.000 0.004 0.028 0.912 0.016
#> GSM1318015 2 0.2250 0.8996 0.000 0.896 0.000 0.064 0.000 0.040
#> GSM1318001 3 0.0914 0.7534 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM1318000 4 0.4644 0.1780 0.000 0.440 0.000 0.524 0.004 0.032
#> GSM1318016 2 0.2009 0.9032 0.000 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> GSM1318017 1 0.5102 0.0179 0.492 0.000 0.000 0.000 0.428 0.080
#> GSM1318019 4 0.3053 0.7482 0.000 0.168 0.000 0.812 0.000 0.020
#> GSM1318020 3 0.1262 0.7530 0.000 0.000 0.956 0.008 0.020 0.016
#> GSM1318021 2 0.1267 0.9071 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.4284 0.8903 0.000 0.004 0.304 0.024 0.004 0.664
#> GSM1318023 1 0.5102 0.0179 0.492 0.000 0.000 0.000 0.428 0.080
#> GSM1318024 2 0.1625 0.9061 0.000 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> GSM1318025 3 0.2774 0.7054 0.000 0.000 0.872 0.012 0.040 0.076
#> GSM1318026 2 0.3474 0.8574 0.000 0.840 0.024 0.080 0.008 0.048
#> GSM1318027 4 0.3175 0.7944 0.000 0.056 0.004 0.852 0.012 0.076
#> GSM1318028 1 0.2400 0.7324 0.900 0.048 0.000 0.004 0.008 0.040
#> GSM1318029 6 0.4091 0.8768 0.000 0.004 0.292 0.012 0.008 0.684
#> GSM1318018 1 0.5102 0.0179 0.492 0.000 0.000 0.000 0.428 0.080
#> GSM1318030 4 0.2177 0.8184 0.000 0.004 0.024 0.908 0.060 0.004
#> GSM1318031 3 0.3833 0.6611 0.000 0.000 0.804 0.044 0.040 0.112
#> GSM1318033 5 0.5175 0.6212 0.136 0.000 0.000 0.100 0.700 0.064
#> GSM1318034 3 0.4798 0.2942 0.000 0.000 0.532 0.004 0.420 0.044
#> GSM1318035 2 0.1411 0.9071 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM1318036 4 0.6245 0.2521 0.096 0.008 0.000 0.488 0.364 0.044
#> GSM1318037 4 0.2051 0.8074 0.000 0.004 0.000 0.896 0.096 0.004
#> GSM1318038 6 0.4214 0.8751 0.000 0.004 0.320 0.012 0.008 0.656
#> GSM1318039 1 0.3430 0.6993 0.832 0.012 0.000 0.004 0.056 0.096
#> GSM1318040 3 0.4044 0.6478 0.000 0.000 0.788 0.052 0.040 0.120
#> GSM1318032 3 0.4044 0.6478 0.000 0.000 0.788 0.052 0.040 0.120
#> GSM1317914 6 0.4403 0.6431 0.000 0.000 0.460 0.012 0.008 0.520
#> GSM1317915 1 0.3430 0.6993 0.832 0.012 0.000 0.004 0.056 0.096
#> GSM1317916 1 0.5809 0.2278 0.520 0.012 0.000 0.004 0.340 0.124
#> GSM1317917 6 0.4214 0.8751 0.000 0.004 0.320 0.012 0.008 0.656
#> GSM1317918 1 0.2822 0.7005 0.852 0.016 0.000 0.004 0.004 0.124
#> GSM1317919 6 0.4317 0.8695 0.000 0.004 0.288 0.024 0.008 0.676
#> GSM1317920 6 0.4172 0.8907 0.000 0.004 0.296 0.020 0.004 0.676
#> GSM1317921 6 0.4147 0.8878 0.000 0.004 0.304 0.024 0.000 0.668
#> GSM1317922 6 0.4072 0.8506 0.000 0.004 0.292 0.004 0.016 0.684
#> GSM1317923 6 0.4284 0.8903 0.000 0.004 0.304 0.024 0.004 0.664
#> GSM1317924 3 0.3833 0.6611 0.000 0.000 0.804 0.044 0.040 0.112
#> GSM1317925 2 0.1411 0.9071 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM1317926 6 0.4248 0.8901 0.000 0.004 0.296 0.024 0.004 0.672
#> GSM1317927 2 0.1471 0.9065 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004 0.000
#> GSM1317928 3 0.1129 0.7460 0.000 0.012 0.964 0.004 0.012 0.008
#> GSM1317929 6 0.3993 0.8707 0.000 0.004 0.272 0.024 0.000 0.700
#> GSM1317930 2 0.1674 0.9052 0.000 0.924 0.000 0.068 0.004 0.004
#> GSM1317931 3 0.0922 0.7532 0.000 0.000 0.968 0.004 0.024 0.004
#> GSM1317932 2 0.5045 0.5952 0.000 0.688 0.220 0.020 0.048 0.024
#> GSM1317933 2 0.1531 0.9053 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> GSM1317934 2 0.4615 0.6290 0.000 0.716 0.216 0.020 0.028 0.020
#> GSM1317935 3 0.5242 0.4078 0.000 0.004 0.664 0.020 0.112 0.200
#> GSM1317936 3 0.1059 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.004 0.016 0.016
#> GSM1317937 1 0.5102 0.0179 0.492 0.000 0.000 0.000 0.428 0.080
#> GSM1317938 2 0.3895 0.5927 0.000 0.700 0.000 0.280 0.008 0.012
#> GSM1317939 2 0.1531 0.9053 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> GSM1317940 1 0.3087 0.7263 0.868 0.048 0.000 0.008 0.028 0.048
#> GSM1317941 4 0.5675 0.7166 0.084 0.092 0.000 0.700 0.044 0.080
#> GSM1317942 2 0.1787 0.9038 0.000 0.920 0.000 0.068 0.008 0.004
#> GSM1317943 2 0.1674 0.9049 0.000 0.924 0.000 0.068 0.004 0.004
#> GSM1317944 2 0.1411 0.9071 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM1317896 3 0.0363 0.7540 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317897 1 0.0748 0.7403 0.976 0.016 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM1317898 5 0.3213 0.6949 0.132 0.000 0.000 0.000 0.820 0.048
#> GSM1317899 5 0.4253 0.6197 0.232 0.000 0.000 0.000 0.704 0.064
#> GSM1317900 3 0.3387 0.6945 0.000 0.004 0.836 0.032 0.024 0.104
#> GSM1317901 5 0.3447 0.6912 0.148 0.000 0.000 0.004 0.804 0.044
#> GSM1317902 5 0.4634 0.5538 0.284 0.000 0.000 0.000 0.644 0.072
#> GSM1317903 5 0.4766 0.4946 0.316 0.000 0.000 0.000 0.612 0.072
#> GSM1317904 4 0.2772 0.8143 0.000 0.036 0.000 0.876 0.068 0.020
#> GSM1317905 4 0.3142 0.7972 0.000 0.044 0.004 0.848 0.008 0.096
#> GSM1317906 4 0.3192 0.7950 0.000 0.044 0.004 0.848 0.012 0.092
#> GSM1317907 4 0.2317 0.8123 0.000 0.008 0.004 0.892 0.088 0.008
#> GSM1317908 3 0.5151 0.4463 0.000 0.000 0.656 0.012 0.188 0.144
#> GSM1317909 5 0.5897 0.5440 0.048 0.000 0.056 0.052 0.652 0.192
#> GSM1317910 6 0.6647 0.3283 0.068 0.000 0.048 0.064 0.276 0.544
#> GSM1317911 1 0.5592 0.2040 0.504 0.000 0.000 0.040 0.400 0.056
#> GSM1317912 4 0.5399 0.1928 0.000 0.004 0.052 0.472 0.452 0.020
#> GSM1317913 4 0.2065 0.8196 0.000 0.032 0.000 0.912 0.052 0.004
#> GSM1318041 5 0.5241 0.3533 0.000 0.000 0.292 0.056 0.616 0.036
#> GSM1318042 3 0.1421 0.7475 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM1318043 3 0.0820 0.7534 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM1318044 1 0.5108 -0.0146 0.484 0.000 0.000 0.000 0.436 0.080
#> GSM1318045 5 0.4597 0.5669 0.276 0.000 0.000 0.000 0.652 0.072
#> GSM1318046 5 0.4783 0.4944 0.308 0.000 0.000 0.000 0.616 0.076
#> GSM1318047 5 0.2384 0.7134 0.032 0.000 0.012 0.032 0.908 0.016
#> GSM1318048 5 0.4721 0.3273 0.000 0.000 0.324 0.008 0.620 0.048
#> GSM1318049 5 0.3287 0.7047 0.060 0.000 0.040 0.008 0.856 0.036
#> GSM1318050 4 0.2414 0.8181 0.000 0.036 0.000 0.896 0.056 0.012
#> GSM1318051 4 0.2360 0.8193 0.000 0.044 0.000 0.900 0.044 0.012
#> GSM1318052 4 0.3120 0.7953 0.000 0.056 0.004 0.856 0.012 0.072
#> GSM1318053 4 0.3113 0.7951 0.000 0.052 0.004 0.856 0.012 0.076
#> GSM1318054 4 0.3519 0.7870 0.000 0.028 0.040 0.840 0.012 0.080
#> GSM1318055 3 0.2965 0.6939 0.000 0.000 0.864 0.036 0.024 0.076
#> GSM1318056 4 0.3571 0.7853 0.000 0.028 0.040 0.836 0.012 0.084
#> GSM1318057 4 0.3120 0.7953 0.000 0.056 0.004 0.856 0.012 0.072
#> GSM1318058 4 0.4578 0.7434 0.000 0.024 0.068 0.768 0.028 0.112
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:kmeans 163 0.428869 6.39e-02 0.012533 0.377 2
#> SD:kmeans 162 0.635959 5.97e-02 0.059951 0.539 3
#> SD:kmeans 140 0.399973 5.49e-02 0.020018 0.558 4
#> SD:kmeans 130 0.000323 2.86e-05 0.007163 0.302 5
#> SD:kmeans 135 0.000122 5.55e-09 0.000451 0.215 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.619 0.863 0.933 0.4948 0.509 0.509
#> 3 3 0.960 0.957 0.979 0.3519 0.740 0.527
#> 4 4 0.952 0.933 0.960 0.0981 0.920 0.764
#> 5 5 0.874 0.855 0.917 0.0833 0.902 0.654
#> 6 6 0.831 0.803 0.897 0.0429 0.938 0.712
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0376 0.915 0.004 0.996
#> GSM1317946 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317947 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317948 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317949 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.7745 0.756 0.228 0.772
#> GSM1317960 1 0.0672 0.926 0.992 0.008
#> GSM1317961 1 0.8661 0.656 0.712 0.288
#> GSM1317962 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317966 1 0.9427 0.524 0.640 0.360
#> GSM1317967 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.7139 0.770 0.804 0.196
#> GSM1317951 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.9710 0.452 0.400 0.600
#> GSM1317978 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.9248 0.561 0.660 0.340
#> GSM1317980 2 0.7883 0.643 0.236 0.764
#> GSM1317981 2 0.9248 0.582 0.340 0.660
#> GSM1317982 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.9248 0.582 0.340 0.660
#> GSM1317988 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317991 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317994 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317997 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.7139 0.789 0.196 0.804
#> GSM1318004 1 0.8443 0.574 0.728 0.272
#> GSM1318005 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318006 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318010 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318016 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318017 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318022 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318025 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.9323 0.397 0.348 0.652
#> GSM1318018 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318034 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1318035 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318036 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.7950 0.637 0.240 0.760
#> GSM1317918 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.7674 0.663 0.224 0.776
#> GSM1317921 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317923 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317926 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317928 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317934 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317939 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317940 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.7950 0.632 0.760 0.240
#> GSM1317942 2 0.9732 0.443 0.404 0.596
#> GSM1317943 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317944 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1317896 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.7602 0.667 0.780 0.220
#> GSM1317905 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317909 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318041 1 0.9710 0.430 0.600 0.400
#> GSM1318042 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1318049 1 0.7219 0.766 0.800 0.200
#> GSM1318050 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318051 2 0.7219 0.786 0.200 0.800
#> GSM1318052 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.917 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.2356 0.916 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317949 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.3752 0.838 0.000 0.856 0.144
#> GSM1317968 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317951 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0237 0.994 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317983 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.3267 0.862 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317993 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4555 0.780 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318008 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.3686 0.842 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318014 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6235 0.328 0.000 0.564 0.436
#> GSM1318031 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.4555 0.780 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318038 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.4654 0.770 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317906 2 0.4654 0.770 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317907 2 0.6111 0.434 0.000 0.604 0.396
#> GSM1317908 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4555 0.746 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317910 1 0.4750 0.721 0.784 0.000 0.216
#> GSM1317911 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.2448 0.910 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317913 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318050 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.4504 0.785 0.000 0.804 0.196
#> GSM1318055 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.4399 0.793 0.000 0.812 0.188
#> GSM1318057 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.5859 0.549 0.000 0.656 0.344
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.4522 0.528 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317946 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0895 0.968 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM1317948 1 0.4050 0.788 0.808 0.000 0.168 0.024
#> GSM1317949 1 0.1411 0.959 0.960 0.020 0.000 0.020
#> GSM1317950 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.4564 0.544 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM1317958 1 0.0336 0.963 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317959 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317960 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317961 3 0.1004 0.967 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM1317962 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.1004 0.967 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM1317967 4 0.1042 0.931 0.000 0.008 0.020 0.972
#> GSM1317968 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4804 0.345 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM1317970 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1317952 1 0.3384 0.850 0.860 0.000 0.116 0.024
#> GSM1317951 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317972 1 0.1118 0.958 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1317974 1 0.4008 0.709 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.1624 0.948 0.028 0.000 0.952 0.020
#> GSM1317980 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.1867 0.887 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM1317983 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1317989 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317990 2 0.0592 0.951 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317991 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317992 2 0.4327 0.731 0.000 0.768 0.016 0.216
#> GSM1317993 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317994 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317976 1 0.1118 0.958 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.0592 0.951 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317997 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317999 1 0.0336 0.963 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318002 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318003 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318004 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318005 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318006 1 0.0336 0.963 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318007 4 0.0895 0.931 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM1318008 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318009 4 0.4933 0.255 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM1318010 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318012 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318013 4 0.0895 0.931 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM1318014 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318015 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318001 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318016 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318017 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2760 0.843 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM1318020 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318022 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318023 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318025 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318027 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318028 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318018 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.1389 0.911 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318031 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318034 3 0.1174 0.962 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM1318035 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318036 1 0.0779 0.964 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM1318037 4 0.0895 0.931 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM1318038 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318039 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317915 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317918 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317920 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317921 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317922 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317923 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317924 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317926 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317927 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317928 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317930 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317931 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.2868 0.819 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM1317933 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317934 2 0.2469 0.853 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM1317935 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317936 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317939 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317940 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.4643 0.541 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM1317942 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317943 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317944 2 0.1022 0.962 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317896 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.1022 0.960 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317899 1 0.0336 0.963 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317900 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317902 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317903 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317905 4 0.0895 0.930 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM1317906 4 0.0895 0.930 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM1317907 4 0.1211 0.917 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317908 3 0.0707 0.973 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317909 1 0.4054 0.765 0.796 0.000 0.188 0.016
#> GSM1317910 1 0.4695 0.674 0.732 0.012 0.252 0.004
#> GSM1317911 1 0.0336 0.964 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317912 4 0.3978 0.713 0.012 0.000 0.192 0.796
#> GSM1317913 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318041 3 0.1624 0.948 0.028 0.000 0.952 0.020
#> GSM1318042 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0336 0.963 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318046 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0817 0.958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318048 3 0.1724 0.944 0.032 0.000 0.948 0.020
#> GSM1318049 1 0.3335 0.847 0.860 0.000 0.120 0.020
#> GSM1318050 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318051 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318052 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318053 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318054 4 0.1004 0.929 0.000 0.004 0.024 0.972
#> GSM1318055 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.1042 0.931 0.000 0.008 0.020 0.972
#> GSM1318057 4 0.0921 0.933 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318058 4 0.1004 0.929 0.000 0.004 0.024 0.972
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 2 0.4088 0.370 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 5 0.4192 0.291 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM1317948 5 0.1701 0.779 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> GSM1317949 5 0.3796 0.623 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM1317950 1 0.0880 0.923 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317953 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0880 0.923 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317957 4 0.4929 0.414 0.032 0.340 0.004 0.624 0.000
#> GSM1317958 5 0.3336 0.771 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM1317959 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.1701 0.779 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> GSM1317961 3 0.5119 0.427 0.360 0.000 0.592 0.000 0.048
#> GSM1317962 1 0.0162 0.937 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.1544 0.898 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317964 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.5119 0.427 0.360 0.000 0.592 0.000 0.048
#> GSM1317967 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4219 0.271 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM1317970 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.1701 0.779 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> GSM1317951 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0794 0.941 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317972 1 0.0162 0.937 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0290 0.934 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 5 0.4045 0.432 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM1317980 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317981 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.2074 0.855 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM1317983 1 0.0880 0.923 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317984 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317985 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317986 1 0.0880 0.923 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317987 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.2424 0.781 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM1317990 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0794 0.941 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317992 2 0.3550 0.747 0.000 0.796 0.020 0.184 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317977 5 0.1608 0.786 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1317976 1 0.0162 0.937 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317996 2 0.0290 0.964 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317997 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317998 5 0.3210 0.775 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM1317999 5 0.2773 0.786 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM1318002 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.3336 0.771 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM1318007 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.3210 0.775 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM1318009 4 0.4262 0.226 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM1318010 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318011 5 0.1608 0.786 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318012 5 0.1608 0.786 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318013 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.1544 0.785 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM1318015 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318000 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.4101 0.646 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM1318019 4 0.2424 0.825 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM1318020 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318021 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318023 5 0.4101 0.646 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM1318024 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318018 5 0.4101 0.646 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM1318030 4 0.1608 0.891 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.3949 0.674 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM1318034 5 0.3452 0.619 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM1318035 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0963 0.913 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318037 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.1544 0.930 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318039 1 0.0963 0.923 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318040 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0703 0.942 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317915 1 0.0963 0.923 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317916 5 0.4088 0.647 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM1317917 3 0.1544 0.930 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317918 1 0.0703 0.920 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317919 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317920 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317921 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317922 3 0.1544 0.930 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317923 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317924 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317927 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0324 0.945 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM1317929 3 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317930 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317932 2 0.1732 0.893 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.1544 0.906 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.1043 0.941 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317936 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317937 5 0.4101 0.646 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM1317938 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.3809 0.601 0.736 0.008 0.000 0.256 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317897 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.2127 0.788 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM1317899 5 0.3274 0.774 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM1317900 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.2127 0.788 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM1317902 5 0.3336 0.771 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM1317903 5 0.3949 0.693 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM1317904 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.0451 0.949 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317906 4 0.0451 0.949 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317907 4 0.0671 0.942 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM1317908 3 0.2424 0.833 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM1317909 5 0.4926 0.606 0.132 0.000 0.152 0.000 0.716
#> GSM1317910 1 0.6139 0.423 0.556 0.000 0.184 0.000 0.260
#> GSM1317911 1 0.3336 0.632 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM1317912 5 0.5351 -0.095 0.000 0.000 0.052 0.464 0.484
#> GSM1317913 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 5 0.3895 0.530 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM1318042 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318043 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318044 5 0.4030 0.671 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM1318045 5 0.3336 0.771 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM1318046 5 0.3932 0.687 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM1318047 5 0.1478 0.784 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318048 5 0.1478 0.748 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM1318049 5 0.1701 0.779 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> GSM1318050 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318056 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.3634 0.3997 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.3431 0.6524 0.000 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016
#> GSM1317948 5 0.0909 0.8283 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM1317949 5 0.3758 0.5201 0.324 0.000 0.000 0.000 0.668 0.008
#> GSM1317950 1 0.1700 0.8759 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.1700 0.8759 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> GSM1317957 4 0.6087 0.4993 0.116 0.204 0.000 0.596 0.000 0.084
#> GSM1317958 5 0.2178 0.8566 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM1317959 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317960 5 0.0806 0.8301 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM1317961 6 0.5846 0.4442 0.256 0.000 0.224 0.004 0.000 0.516
#> GSM1317962 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.2214 0.8639 0.888 0.000 0.000 0.000 0.096 0.016
#> GSM1317964 1 0.0146 0.9206 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317965 3 0.1897 0.8071 0.000 0.000 0.908 0.004 0.004 0.084
#> GSM1317966 6 0.5827 0.4513 0.256 0.000 0.220 0.004 0.000 0.520
#> GSM1317967 4 0.0748 0.9003 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004 0.016
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4415 0.2023 0.000 0.000 0.556 0.420 0.004 0.020
#> GSM1317970 4 0.1327 0.8764 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317952 5 0.0909 0.8283 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.3864 0.4874 0.000 0.000 0.648 0.004 0.004 0.344
#> GSM1317972 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.5123 0.2643 0.000 0.000 0.508 0.000 0.408 0.084
#> GSM1317980 3 0.0717 0.8339 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.2056 0.8522 0.000 0.000 0.080 0.904 0.004 0.012
#> GSM1317983 1 0.2320 0.8188 0.864 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004
#> GSM1317984 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317985 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317986 1 0.1806 0.8689 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.004
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317989 5 0.2191 0.8003 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3805 0.5035 0.000 0.000 0.664 0.004 0.004 0.328
#> GSM1317992 2 0.5252 0.6202 0.000 0.692 0.164 0.052 0.004 0.088
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317977 5 0.0260 0.8391 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317976 1 0.0146 0.9189 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317995 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317996 2 0.0520 0.9345 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317998 5 0.1957 0.8591 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM1317999 5 0.1556 0.8578 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318005 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318006 5 0.2178 0.8566 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM1318007 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318008 5 0.1957 0.8591 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM1318009 4 0.3950 0.2383 0.000 0.432 0.000 0.564 0.004 0.000
#> GSM1318010 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318011 5 0.0951 0.8327 0.004 0.000 0.008 0.000 0.968 0.020
#> GSM1318012 5 0.0717 0.8361 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> GSM1318013 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318014 5 0.0806 0.8301 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.3360 0.7638 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> GSM1318019 4 0.2664 0.7455 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0291 0.8407 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.1327 0.8587 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318023 5 0.3360 0.7638 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0837 0.8342 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> GSM1318026 2 0.0405 0.9370 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318027 4 0.0603 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1318028 1 0.0146 0.9206 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318029 6 0.1141 0.8591 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1318018 5 0.3360 0.7638 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> GSM1318030 4 0.2389 0.8056 0.000 0.000 0.128 0.864 0.008 0.000
#> GSM1318031 3 0.1897 0.8076 0.000 0.000 0.908 0.004 0.004 0.084
#> GSM1318033 5 0.3678 0.7756 0.228 0.000 0.000 0.016 0.748 0.008
#> GSM1318034 3 0.2145 0.7930 0.000 0.000 0.900 0.000 0.072 0.028
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.1408 0.8940 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036 0.000
#> GSM1318037 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318038 6 0.2003 0.8327 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM1318039 1 0.3229 0.8059 0.816 0.000 0.000 0.000 0.044 0.140
#> GSM1318040 3 0.1949 0.8063 0.000 0.000 0.904 0.004 0.004 0.088
#> GSM1318032 3 0.1949 0.8063 0.000 0.000 0.904 0.004 0.004 0.088
#> GSM1317914 3 0.3864 0.0094 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317915 1 0.3229 0.8059 0.816 0.000 0.000 0.000 0.044 0.140
#> GSM1317916 5 0.5270 0.6161 0.268 0.000 0.000 0.000 0.588 0.144
#> GSM1317917 6 0.1957 0.8330 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM1317918 1 0.2948 0.7724 0.804 0.000 0.000 0.000 0.008 0.188
#> GSM1317919 6 0.1007 0.8552 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM1317920 6 0.1204 0.8596 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM1317921 6 0.1141 0.8584 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1317922 6 0.1957 0.8336 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM1317923 6 0.1556 0.8534 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM1317924 3 0.1843 0.8084 0.000 0.000 0.912 0.004 0.004 0.080
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.1204 0.8596 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0146 0.8401 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317929 6 0.1007 0.8552 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317932 2 0.3508 0.5808 0.000 0.704 0.292 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.3405 0.6164 0.000 0.724 0.272 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317935 3 0.3819 0.3204 0.000 0.000 0.624 0.000 0.004 0.372
#> GSM1317936 3 0.0291 0.8407 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM1317937 5 0.3383 0.7587 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.004
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0146 0.9206 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317941 1 0.3154 0.6778 0.800 0.012 0.000 0.184 0.004 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8409 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0146 0.9206 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317898 5 0.0935 0.8451 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM1317899 5 0.2092 0.8586 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1317900 3 0.2101 0.8015 0.000 0.000 0.892 0.004 0.004 0.100
#> GSM1317901 5 0.1049 0.8447 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM1317902 5 0.2178 0.8566 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM1317903 5 0.3163 0.7946 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> GSM1317904 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317905 4 0.2913 0.7691 0.000 0.000 0.004 0.812 0.004 0.180
#> GSM1317906 4 0.2913 0.7691 0.000 0.000 0.004 0.812 0.004 0.180
#> GSM1317907 4 0.1812 0.8524 0.000 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> GSM1317908 3 0.3518 0.7125 0.000 0.000 0.804 0.000 0.104 0.092
#> GSM1317909 6 0.4659 -0.0297 0.032 0.000 0.004 0.000 0.460 0.504
#> GSM1317910 6 0.2813 0.7754 0.092 0.000 0.008 0.000 0.036 0.864
#> GSM1317911 1 0.4039 0.3544 0.632 0.000 0.000 0.000 0.352 0.016
#> GSM1317912 4 0.6232 -0.0398 0.000 0.000 0.396 0.408 0.176 0.020
#> GSM1317913 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318041 3 0.3859 0.5460 0.000 0.000 0.692 0.000 0.288 0.020
#> GSM1318042 3 0.0291 0.8405 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM1318043 3 0.0146 0.8415 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318044 5 0.3314 0.7723 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> GSM1318045 5 0.2178 0.8566 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM1318046 5 0.3163 0.7864 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> GSM1318047 5 0.0806 0.8301 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM1318048 3 0.4417 0.3594 0.000 0.000 0.556 0.000 0.416 0.028
#> GSM1318049 5 0.0909 0.8283 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM1318050 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318051 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318052 4 0.0603 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1318053 4 0.0603 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1318054 4 0.0748 0.9003 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004 0.016
#> GSM1318055 3 0.0748 0.8354 0.000 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> GSM1318056 4 0.0748 0.9003 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004 0.016
#> GSM1318057 4 0.0363 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318058 4 0.1888 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.916 0.004 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:skmeans 159 5.54e-01 5.68e-02 0.003930 0.249 2
#> SD:skmeans 161 6.72e-01 6.38e-02 0.041650 0.596 3
#> SD:skmeans 161 2.62e-04 1.49e-05 0.004237 0.149 4
#> SD:skmeans 153 1.58e-05 7.62e-07 0.000555 0.127 5
#> SD:skmeans 149 5.13e-05 4.47e-08 0.000948 0.106 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.546 0.884 0.929 0.4594 0.539 0.539
#> 3 3 0.660 0.765 0.890 0.4517 0.731 0.527
#> 4 4 0.696 0.739 0.837 0.1090 0.842 0.578
#> 5 5 0.739 0.715 0.841 0.0619 0.905 0.665
#> 6 6 0.720 0.564 0.796 0.0418 0.927 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1317946 2 0.8661 0.707 0.288 0.712
#> GSM1317947 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1317948 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1317949 1 0.6623 0.835 0.828 0.172
#> GSM1317950 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1317958 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.9460 0.438 0.636 0.364
#> GSM1317960 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1317961 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317962 1 0.2778 0.890 0.952 0.048
#> GSM1317963 2 0.5946 0.875 0.144 0.856
#> GSM1317964 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317967 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1317952 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1317951 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.9000 0.474 0.684 0.316
#> GSM1317973 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1317974 2 0.7950 0.774 0.240 0.760
#> GSM1317975 2 0.6343 0.863 0.160 0.840
#> GSM1317978 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.1843 0.916 0.028 0.972
#> GSM1317980 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317982 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317988 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1317989 1 0.5519 0.862 0.872 0.128
#> GSM1317990 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317991 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317992 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317993 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317994 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.4562 0.872 0.904 0.096
#> GSM1317976 2 0.9044 0.651 0.320 0.680
#> GSM1317995 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317997 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0376 0.907 0.996 0.004
#> GSM1317999 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1318003 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318004 2 0.9552 0.488 0.376 0.624
#> GSM1318005 2 0.5946 0.875 0.144 0.856
#> GSM1318006 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1318010 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1318012 1 0.6438 0.844 0.836 0.164
#> GSM1318013 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318014 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1318015 2 0.2778 0.917 0.048 0.952
#> GSM1318001 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.6148 0.869 0.152 0.848
#> GSM1318016 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318017 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1318020 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1318022 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1318025 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318028 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.2423 0.896 0.960 0.040
#> GSM1318034 1 0.7815 0.800 0.768 0.232
#> GSM1318035 2 0.6148 0.869 0.152 0.848
#> GSM1318036 2 0.6048 0.873 0.148 0.852
#> GSM1318037 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318038 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0376 0.907 0.996 0.004
#> GSM1317917 2 0.0376 0.929 0.004 0.996
#> GSM1317918 1 0.8955 0.484 0.688 0.312
#> GSM1317919 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7950 0.792 0.760 0.240
#> GSM1317923 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.6148 0.869 0.152 0.848
#> GSM1317926 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317928 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1317931 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1317934 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.5842 0.877 0.140 0.860
#> GSM1317939 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1317940 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.6247 0.867 0.156 0.844
#> GSM1317942 2 0.6438 0.860 0.164 0.836
#> GSM1317943 2 0.6148 0.870 0.152 0.848
#> GSM1317944 2 0.5946 0.874 0.144 0.856
#> GSM1317896 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.3114 0.890 0.944 0.056
#> GSM1317899 1 0.2043 0.898 0.968 0.032
#> GSM1317900 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317901 1 0.4562 0.875 0.904 0.096
#> GSM1317902 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.6438 0.860 0.164 0.836
#> GSM1317905 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1317906 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1317907 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1317908 2 0.1414 0.921 0.020 0.980
#> GSM1317909 1 0.7815 0.800 0.768 0.232
#> GSM1317910 2 0.0672 0.928 0.008 0.992
#> GSM1317911 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM1317912 1 0.9129 0.671 0.672 0.328
#> GSM1317913 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318041 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> GSM1318042 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0376 0.907 0.996 0.004
#> GSM1318047 1 0.7528 0.813 0.784 0.216
#> GSM1318048 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1318049 1 0.7602 0.811 0.780 0.220
#> GSM1318050 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1318051 2 0.5408 0.886 0.124 0.876
#> GSM1318052 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318053 2 0.5178 0.890 0.116 0.884
#> GSM1318054 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0376 0.931 0.004 0.996
#> GSM1318058 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.2066 0.7957 0.060 0.940 0.000
#> GSM1317947 3 0.6209 0.4288 0.368 0.004 0.628
#> GSM1317948 3 0.9447 0.2498 0.348 0.188 0.464
#> GSM1317949 1 0.0237 0.8946 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317958 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.8907 0.4273 0.568 0.248 0.184
#> GSM1317961 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.6111 0.3581 0.604 0.396 0.000
#> GSM1317963 2 0.5465 0.4452 0.288 0.712 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0424 0.8329 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317968 1 0.5138 0.6280 0.748 0.252 0.000
#> GSM1317969 3 0.4702 0.7481 0.000 0.212 0.788
#> GSM1317970 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317952 1 0.9756 0.0987 0.436 0.248 0.316
#> GSM1317951 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.3816 0.7246 0.000 0.148 0.852
#> GSM1317972 1 0.6280 0.1756 0.540 0.460 0.000
#> GSM1317973 2 0.4346 0.7744 0.000 0.816 0.184
#> GSM1317974 2 0.6302 0.0109 0.480 0.520 0.000
#> GSM1317975 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317978 1 0.5882 0.4562 0.652 0.348 0.000
#> GSM1317979 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317980 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317981 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317982 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317983 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317985 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317986 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317988 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317989 1 0.6617 0.3614 0.600 0.388 0.012
#> GSM1317990 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317991 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317993 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317994 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.5327 0.6109 0.728 0.272 0.000
#> GSM1317976 2 0.8929 0.1162 0.416 0.460 0.124
#> GSM1317995 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.2537 0.8148 0.000 0.920 0.080
#> GSM1317997 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318003 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318004 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4887 0.5848 0.000 0.772 0.228
#> GSM1318008 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0661 0.8900 0.988 0.004 0.008
#> GSM1318012 1 0.4172 0.7571 0.840 0.156 0.004
#> GSM1318013 2 0.0424 0.8329 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318014 1 0.2496 0.8415 0.928 0.004 0.068
#> GSM1318015 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318001 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318016 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318017 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318020 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318022 3 0.0237 0.8741 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318023 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318025 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318027 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318028 1 0.0237 0.8943 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.5529 0.4435 0.000 0.704 0.296
#> GSM1318031 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.5098 0.6415 0.752 0.248 0.000
#> GSM1318034 3 0.5285 0.6590 0.244 0.004 0.752
#> GSM1318035 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318036 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.0592 0.8307 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318038 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318039 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0424 0.8720 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318032 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317915 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317918 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.4178 0.7521 0.172 0.000 0.828
#> GSM1317923 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317924 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.5098 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317926 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317928 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317929 3 0.0237 0.8741 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.3551 0.8071 0.000 0.132 0.868
#> GSM1317932 3 0.5497 0.4121 0.000 0.292 0.708
#> GSM1317933 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.5810 0.6430 0.000 0.664 0.336
#> GSM1317935 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.7250 0.3000 0.572 0.396 0.032
#> GSM1317941 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317897 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0237 0.8946 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317899 1 0.0237 0.8946 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 3 0.1860 0.8404 0.000 0.052 0.948
#> GSM1317906 3 0.1163 0.8614 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317907 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317908 3 0.5285 0.6590 0.244 0.004 0.752
#> GSM1317909 1 0.6386 0.2365 0.584 0.004 0.412
#> GSM1317910 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317911 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317913 2 0.0747 0.8285 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318041 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318042 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318043 3 0.0237 0.8755 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318044 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0237 0.8946 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318048 3 0.5325 0.6534 0.248 0.004 0.748
#> GSM1318049 1 0.4351 0.7281 0.828 0.004 0.168
#> GSM1318050 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0237 0.8361 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318054 2 0.6280 -0.1287 0.000 0.540 0.460
#> GSM1318055 3 0.5098 0.7197 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318056 2 0.6280 -0.1287 0.000 0.540 0.460
#> GSM1318057 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.2796 0.7988 0.000 0.092 0.908
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.2921 0.679124 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM1317946 4 0.5689 0.559575 0.184 0.104 0.000 0.712
#> GSM1317947 3 0.3117 0.827042 0.092 0.000 0.880 0.028
#> GSM1317948 4 0.5351 0.595513 0.104 0.000 0.152 0.744
#> GSM1317949 1 0.2918 0.850814 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM1317950 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.2081 0.858124 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.4304 0.647895 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4888 0.483373 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1317958 1 0.2345 0.859248 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317959 4 0.2089 0.708176 0.020 0.048 0.000 0.932
#> GSM1317960 4 0.4605 0.624178 0.108 0.000 0.092 0.800
#> GSM1317961 3 0.1624 0.915334 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM1317962 4 0.6885 0.313440 0.164 0.248 0.000 0.588
#> GSM1317963 4 0.3402 0.641308 0.004 0.164 0.000 0.832
#> GSM1317964 1 0.2081 0.858124 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0376 0.923382 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317966 3 0.1624 0.915334 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM1317967 4 0.3996 0.698029 0.000 0.104 0.060 0.836
#> GSM1317968 1 0.3354 0.838920 0.872 0.084 0.000 0.044
#> GSM1317969 3 0.0336 0.923407 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317970 4 0.4406 0.406206 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM1317952 4 0.5031 0.611905 0.092 0.000 0.140 0.768
#> GSM1317951 1 0.4040 0.699912 0.752 0.248 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.3247 0.840954 0.000 0.060 0.880 0.060
#> GSM1317972 2 0.6810 0.486233 0.156 0.596 0.000 0.248
#> GSM1317973 4 0.2469 0.702676 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM1317974 2 0.6338 0.537270 0.120 0.644 0.000 0.236
#> GSM1317975 2 0.2281 0.838666 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317978 1 0.6275 0.559854 0.640 0.104 0.000 0.256
#> GSM1317979 3 0.0188 0.923426 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317980 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.2281 0.838666 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317982 3 0.1284 0.918239 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM1317983 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.2281 0.838666 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317988 4 0.2589 0.700353 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM1317989 4 0.7646 0.130075 0.148 0.012 0.376 0.464
#> GSM1317990 2 0.2281 0.838666 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317991 3 0.5256 0.347889 0.000 0.392 0.596 0.012
#> GSM1317992 2 0.4730 0.573136 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM1317993 2 0.2469 0.839768 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317994 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317977 4 0.4991 0.368701 0.316 0.004 0.008 0.672
#> GSM1317976 2 0.6083 0.568703 0.112 0.672 0.000 0.216
#> GSM1317995 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.4790 0.538418 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM1317997 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.2345 0.859248 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317999 1 0.2714 0.852574 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM1318002 2 0.3356 0.801837 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM1318003 2 0.2647 0.839256 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM1318004 4 0.1022 0.702718 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM1318005 4 0.2011 0.707864 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM1318006 1 0.2530 0.858071 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM1318007 4 0.1890 0.698734 0.000 0.008 0.056 0.936
#> GSM1318008 1 0.2408 0.858063 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318009 4 0.2814 0.690505 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM1318010 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.5548 0.542986 0.628 0.000 0.032 0.340
#> GSM1318012 4 0.4098 0.579669 0.204 0.000 0.012 0.784
#> GSM1318013 4 0.2443 0.710986 0.000 0.060 0.024 0.916
#> GSM1318014 1 0.6265 0.488707 0.588 0.000 0.072 0.340
#> GSM1318015 2 0.2704 0.837976 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM1318001 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.2814 0.690505 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM1318016 2 0.2589 0.840369 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM1318017 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2589 0.698563 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM1318020 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318021 2 0.2469 0.839768 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1318022 3 0.1624 0.913701 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM1318023 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.2589 0.840369 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM1318025 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318026 2 0.3266 0.810083 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM1318027 4 0.2589 0.698563 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM1318028 1 0.4516 0.632964 0.736 0.252 0.000 0.012
#> GSM1318029 3 0.2546 0.885792 0.000 0.028 0.912 0.060
#> GSM1318018 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.4327 0.629169 0.000 0.016 0.216 0.768
#> GSM1318031 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318033 4 0.3528 0.594303 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM1318034 3 0.1042 0.910337 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM1318035 2 0.2469 0.839768 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1318036 4 0.1940 0.674368 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM1318037 4 0.1174 0.706555 0.000 0.020 0.012 0.968
#> GSM1318038 3 0.1004 0.919026 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM1318039 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0779 0.921131 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318032 3 0.0779 0.921131 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317914 3 0.1256 0.917540 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM1317915 1 0.1867 0.862913 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.1985 0.909935 0.020 0.024 0.944 0.012
#> GSM1317918 1 0.2081 0.858124 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.1837 0.910762 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM1317920 3 0.3245 0.843641 0.000 0.028 0.872 0.100
#> GSM1317921 3 0.1837 0.910762 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM1317922 3 0.1520 0.913668 0.000 0.024 0.956 0.020
#> GSM1317923 3 0.1256 0.917540 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM1317924 3 0.0188 0.923774 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317925 2 0.2647 0.836348 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM1317926 3 0.1510 0.915811 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM1317927 2 0.2530 0.839268 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM1317928 3 0.2124 0.882157 0.000 0.068 0.924 0.008
#> GSM1317929 3 0.5207 0.540124 0.000 0.028 0.680 0.292
#> GSM1317930 4 0.4977 0.178673 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM1317931 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 3 0.6383 0.344184 0.000 0.356 0.568 0.076
#> GSM1317933 2 0.4382 0.572407 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM1317934 2 0.3587 0.791652 0.000 0.860 0.052 0.088
#> GSM1317935 3 0.1059 0.921442 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM1317936 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.4356 0.494010 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM1317939 4 0.4992 0.126657 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM1317940 2 0.7478 0.353395 0.240 0.504 0.000 0.256
#> GSM1317941 4 0.2530 0.704608 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM1317942 4 0.4761 0.389693 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM1317943 4 0.4948 0.222569 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM1317944 2 0.2530 0.839268 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM1317896 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.1940 0.861447 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.4699 0.620311 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM1317899 1 0.3109 0.851706 0.880 0.016 0.004 0.100
#> GSM1317900 3 0.1305 0.913262 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM1317901 1 0.2714 0.852574 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM1317902 1 0.2530 0.858071 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM1317903 1 0.0336 0.873562 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317904 4 0.2530 0.704091 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM1317905 4 0.5416 0.564902 0.000 0.048 0.260 0.692
#> GSM1317906 4 0.5821 0.238640 0.000 0.032 0.432 0.536
#> GSM1317907 4 0.4679 0.497992 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM1317908 3 0.0817 0.918900 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317909 3 0.7830 0.000463 0.324 0.000 0.404 0.272
#> GSM1317910 4 0.5716 0.553110 0.020 0.024 0.284 0.672
#> GSM1317911 1 0.3667 0.860614 0.856 0.056 0.000 0.088
#> GSM1317912 4 0.5606 0.148695 0.020 0.000 0.480 0.500
#> GSM1317913 4 0.1940 0.709859 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM1318041 3 0.5498 0.115304 0.020 0.000 0.576 0.404
#> GSM1318042 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.923717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.873758 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.2530 0.858071 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM1318046 1 0.2125 0.865988 0.920 0.004 0.000 0.076
#> GSM1318047 1 0.3335 0.837771 0.856 0.000 0.016 0.128
#> GSM1318048 3 0.2002 0.884801 0.020 0.000 0.936 0.044
#> GSM1318049 1 0.5012 0.762562 0.772 0.000 0.116 0.112
#> GSM1318050 4 0.2345 0.704442 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318051 4 0.2345 0.704442 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318052 4 0.2345 0.704442 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318053 4 0.2345 0.704442 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318054 4 0.6249 0.453407 0.000 0.072 0.336 0.592
#> GSM1318055 3 0.0188 0.923426 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318056 4 0.6249 0.453407 0.000 0.072 0.336 0.592
#> GSM1318057 4 0.2345 0.704442 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318058 3 0.3597 0.780464 0.000 0.016 0.836 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5901 0.6724 0.040 0.064 0.000 0.628 0.268
#> GSM1317946 1 0.2517 0.7346 0.884 0.004 0.000 0.008 0.104
#> GSM1317947 3 0.4268 0.1821 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM1317948 5 0.6553 -0.3345 0.052 0.000 0.068 0.396 0.484
#> GSM1317949 5 0.3231 0.7320 0.196 0.000 0.004 0.000 0.800
#> GSM1317950 1 0.2561 0.7786 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317953 1 0.0566 0.8115 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317954 1 0.1792 0.8106 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317955 1 0.1502 0.8176 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317956 1 0.2561 0.7786 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317957 2 0.5532 0.5390 0.036 0.604 0.000 0.332 0.028
#> GSM1317958 5 0.2280 0.7694 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM1317959 4 0.1965 0.7403 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317960 4 0.5861 0.4616 0.052 0.000 0.020 0.488 0.440
#> GSM1317961 3 0.2122 0.9018 0.016 0.008 0.928 0.040 0.008
#> GSM1317962 5 0.5612 0.4932 0.156 0.012 0.000 0.160 0.672
#> GSM1317963 1 0.5946 0.4266 0.588 0.004 0.000 0.132 0.276
#> GSM1317964 1 0.1502 0.8176 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317965 3 0.0324 0.9169 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM1317966 3 0.2985 0.8813 0.048 0.008 0.888 0.044 0.012
#> GSM1317967 4 0.0451 0.7402 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317968 1 0.0932 0.8019 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> GSM1317969 3 0.0324 0.9172 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317970 4 0.3596 0.4480 0.012 0.212 0.000 0.776 0.000
#> GSM1317952 4 0.6117 0.5066 0.052 0.000 0.036 0.504 0.408
#> GSM1317951 1 0.1502 0.8176 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317971 3 0.3456 0.7504 0.004 0.000 0.788 0.204 0.004
#> GSM1317972 1 0.2756 0.7536 0.880 0.092 0.000 0.004 0.024
#> GSM1317973 4 0.3059 0.7543 0.028 0.004 0.000 0.860 0.108
#> GSM1317974 1 0.2753 0.7486 0.876 0.104 0.000 0.008 0.012
#> GSM1317975 2 0.0794 0.8119 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317978 1 0.2389 0.7368 0.880 0.004 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317979 3 0.0162 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0794 0.8119 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317982 3 0.1403 0.9112 0.000 0.024 0.952 0.024 0.000
#> GSM1317983 1 0.2561 0.7786 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.2561 0.7786 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317987 2 0.0794 0.8119 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317988 4 0.2880 0.7550 0.020 0.004 0.000 0.868 0.108
#> GSM1317989 5 0.2953 0.6202 0.144 0.000 0.000 0.012 0.844
#> GSM1317990 2 0.0794 0.8119 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317991 3 0.5267 0.0133 0.004 0.476 0.488 0.028 0.004
#> GSM1317992 2 0.5633 0.5647 0.004 0.612 0.052 0.316 0.016
#> GSM1317993 2 0.0880 0.8128 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.2522 0.6517 0.052 0.000 0.000 0.052 0.896
#> GSM1317976 1 0.3216 0.7332 0.852 0.116 0.000 0.020 0.012
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.5465 0.5470 0.056 0.612 0.000 0.320 0.012
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.2230 0.7694 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM1317999 5 0.2230 0.7694 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM1318002 2 0.3906 0.6546 0.000 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM1318003 2 0.2471 0.7858 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM1318004 4 0.4269 0.7425 0.056 0.000 0.000 0.756 0.188
#> GSM1318005 4 0.4059 0.7464 0.052 0.000 0.000 0.776 0.172
#> GSM1318006 5 0.2280 0.7694 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM1318007 4 0.4948 0.7414 0.052 0.000 0.028 0.732 0.188
#> GSM1318008 5 0.2230 0.7694 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM1318009 4 0.3936 0.7485 0.052 0.004 0.000 0.800 0.144
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.1628 0.6847 0.056 0.000 0.008 0.000 0.936
#> GSM1318012 5 0.5009 0.1569 0.060 0.000 0.000 0.288 0.652
#> GSM1318013 4 0.4168 0.7437 0.052 0.000 0.000 0.764 0.184
#> GSM1318014 5 0.1809 0.6896 0.060 0.000 0.012 0.000 0.928
#> GSM1318015 2 0.2806 0.7764 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4642 0.7126 0.140 0.004 0.000 0.752 0.104
#> GSM1318016 2 0.2329 0.7905 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318017 5 0.3913 0.6012 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318019 4 0.2011 0.7555 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0880 0.8128 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1318022 3 0.1960 0.9057 0.004 0.028 0.936 0.020 0.012
#> GSM1318023 5 0.3913 0.6012 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318024 2 0.2074 0.7971 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.3554 0.7264 0.004 0.776 0.000 0.216 0.004
#> GSM1318027 4 0.0324 0.7389 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM1318028 1 0.4229 0.3978 0.704 0.020 0.000 0.000 0.276
#> GSM1318029 3 0.3437 0.8650 0.004 0.028 0.864 0.040 0.064
#> GSM1318018 5 0.3913 0.6012 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318030 4 0.6519 0.6386 0.052 0.008 0.204 0.628 0.108
#> GSM1318031 3 0.0162 0.9174 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.5458 0.4157 0.060 0.000 0.000 0.476 0.464
#> GSM1318034 3 0.0794 0.9050 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318035 2 0.0880 0.8128 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1318036 4 0.6808 0.3310 0.308 0.000 0.000 0.368 0.324
#> GSM1318037 4 0.4655 0.7153 0.052 0.000 0.000 0.700 0.248
#> GSM1318038 3 0.1483 0.9092 0.000 0.028 0.952 0.008 0.012
#> GSM1318039 1 0.2561 0.7786 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM1318040 3 0.1116 0.9115 0.004 0.000 0.964 0.028 0.004
#> GSM1318032 3 0.1365 0.9062 0.004 0.000 0.952 0.040 0.004
#> GSM1317914 3 0.1862 0.9067 0.004 0.028 0.940 0.016 0.012
#> GSM1317915 1 0.3913 0.4602 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM1317916 5 0.3895 0.6065 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM1317917 3 0.2379 0.8952 0.000 0.028 0.912 0.012 0.048
#> GSM1317918 1 0.1638 0.8168 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> GSM1317919 3 0.2465 0.8956 0.004 0.028 0.912 0.044 0.012
#> GSM1317920 3 0.3928 0.8347 0.004 0.028 0.832 0.044 0.092
#> GSM1317921 3 0.2227 0.9016 0.004 0.028 0.924 0.032 0.012
#> GSM1317922 3 0.1989 0.9043 0.004 0.028 0.932 0.004 0.032
#> GSM1317923 3 0.1862 0.9067 0.004 0.028 0.940 0.016 0.012
#> GSM1317924 3 0.0162 0.9174 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0880 0.8128 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317926 3 0.2465 0.8956 0.004 0.028 0.912 0.044 0.012
#> GSM1317927 2 0.0963 0.8123 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM1317928 3 0.1991 0.8750 0.000 0.076 0.916 0.004 0.004
#> GSM1317929 3 0.6176 0.6351 0.024 0.028 0.676 0.156 0.116
#> GSM1317930 4 0.4074 0.3730 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.5954 0.1762 0.004 0.508 0.392 0.000 0.096
#> GSM1317933 2 0.3366 0.6220 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM1317934 2 0.1490 0.7896 0.004 0.952 0.032 0.004 0.008
#> GSM1317935 3 0.1329 0.9091 0.004 0.000 0.956 0.032 0.008
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.3913 0.6012 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1317938 4 0.4914 0.6194 0.000 0.204 0.000 0.704 0.092
#> GSM1317939 2 0.4307 -0.0923 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM1317940 1 0.3875 0.6910 0.792 0.048 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317941 4 0.4883 0.7024 0.152 0.008 0.000 0.736 0.104
#> GSM1317942 4 0.5946 0.4077 0.008 0.356 0.000 0.544 0.092
#> GSM1317943 2 0.4307 -0.1015 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM1317944 2 0.0880 0.8128 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.1638 0.8168 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> GSM1317898 5 0.3300 0.6864 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> GSM1317899 5 0.3214 0.7578 0.120 0.036 0.000 0.000 0.844
#> GSM1317900 3 0.2235 0.8924 0.004 0.004 0.920 0.040 0.032
#> GSM1317901 5 0.2516 0.7616 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1317902 5 0.2329 0.7688 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM1317903 5 0.3752 0.6411 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM1317904 4 0.3465 0.7481 0.052 0.004 0.000 0.840 0.104
#> GSM1317905 4 0.3702 0.6891 0.004 0.028 0.120 0.832 0.016
#> GSM1317906 4 0.3025 0.6859 0.004 0.024 0.100 0.868 0.004
#> GSM1317907 4 0.5364 0.4436 0.000 0.000 0.364 0.572 0.064
#> GSM1317908 3 0.0451 0.9167 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM1317909 5 0.4096 0.5651 0.052 0.000 0.176 0.000 0.772
#> GSM1317910 4 0.7479 0.5154 0.052 0.028 0.288 0.516 0.116
#> GSM1317911 1 0.2719 0.7560 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> GSM1317912 4 0.6011 0.4676 0.000 0.000 0.344 0.528 0.128
#> GSM1317913 4 0.1732 0.7558 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM1318041 3 0.5009 -0.0110 0.000 0.000 0.540 0.428 0.032
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.3913 0.6012 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318045 5 0.2280 0.7694 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM1318046 5 0.3480 0.6897 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM1318047 5 0.2230 0.7694 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM1318048 3 0.2561 0.8045 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM1318049 5 0.3375 0.7466 0.104 0.000 0.056 0.000 0.840
#> GSM1318050 4 0.0865 0.7423 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM1318051 4 0.0162 0.7398 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318052 4 0.0162 0.7398 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318053 4 0.0162 0.7398 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318054 4 0.0324 0.7399 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0324 0.7399 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318057 4 0.0162 0.7398 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318058 3 0.4347 0.5284 0.004 0.000 0.636 0.356 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.3622 0.55745 0.000 0.024 0.000 0.820 0.088 0.068
#> GSM1317946 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 5 0.4837 0.16931 0.000 0.000 0.432 0.000 0.512 0.056
#> GSM1317948 4 0.6626 0.11730 0.000 0.000 0.320 0.472 0.120 0.088
#> GSM1317949 5 0.2594 0.83785 0.028 0.000 0.000 0.016 0.884 0.072
#> GSM1317950 1 0.1327 0.89935 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.2631 0.81662 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.1327 0.89935 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM1317957 4 0.5999 0.07154 0.004 0.320 0.000 0.460 0.000 0.216
#> GSM1317958 5 0.1643 0.84436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.924 0.068
#> GSM1317959 4 0.3934 0.48556 0.000 0.000 0.000 0.616 0.008 0.376
#> GSM1317960 4 0.4165 0.52513 0.000 0.000 0.020 0.772 0.120 0.088
#> GSM1317961 3 0.3455 0.58757 0.020 0.000 0.776 0.004 0.000 0.200
#> GSM1317962 5 0.5021 0.64789 0.096 0.000 0.000 0.172 0.696 0.036
#> GSM1317963 1 0.4087 0.74838 0.788 0.000 0.000 0.072 0.104 0.036
#> GSM1317964 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.1957 0.67036 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317966 3 0.3354 0.56274 0.004 0.000 0.752 0.004 0.000 0.240
#> GSM1317967 4 0.4006 0.47486 0.000 0.004 0.004 0.600 0.000 0.392
#> GSM1317968 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4315 0.24751 0.000 0.000 0.636 0.328 0.000 0.036
#> GSM1317970 6 0.5901 -0.06486 0.024 0.156 0.000 0.264 0.000 0.556
#> GSM1317952 4 0.4203 0.52496 0.000 0.000 0.024 0.772 0.116 0.088
#> GSM1317951 1 0.1556 0.88337 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM1317971 3 0.5509 0.38971 0.000 0.052 0.648 0.100 0.000 0.200
#> GSM1317972 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.2772 0.47080 0.000 0.004 0.000 0.816 0.000 0.180
#> GSM1317974 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0146 0.77923 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.91054 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.1434 0.69483 0.000 0.000 0.940 0.048 0.012 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0146 0.77923 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.4147 0.06797 0.000 0.000 0.552 0.436 0.000 0.012
#> GSM1317983 1 0.2135 0.86164 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.1444 0.89667 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM1317987 2 0.0146 0.77923 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.2994 0.43915 0.000 0.004 0.000 0.788 0.000 0.208
#> GSM1317989 5 0.5993 0.51274 0.020 0.000 0.024 0.264 0.584 0.108
#> GSM1317990 2 0.0146 0.77923 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.5714 0.14245 0.000 0.296 0.508 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317992 4 0.6016 0.07097 0.000 0.316 0.008 0.476 0.000 0.200
#> GSM1317993 2 0.0000 0.78055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.2956 0.82399 0.000 0.000 0.000 0.064 0.848 0.088
#> GSM1317976 1 0.0405 0.90605 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.5422 0.04577 0.044 0.464 0.000 0.456 0.000 0.036
#> GSM1317997 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.1245 0.84603 0.000 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> GSM1317999 5 0.2647 0.83278 0.000 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> GSM1318002 2 0.3388 0.63275 0.000 0.792 0.000 0.172 0.000 0.036
#> GSM1318003 2 0.1007 0.77278 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.1635 0.60109 0.020 0.000 0.000 0.940 0.020 0.020
#> GSM1318005 4 0.0806 0.60346 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM1318006 5 0.0000 0.84448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.2252 0.58949 0.000 0.000 0.044 0.908 0.028 0.020
#> GSM1318008 5 0.2136 0.84227 0.000 0.000 0.000 0.048 0.904 0.048
#> GSM1318009 4 0.0665 0.60331 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318010 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.2837 0.82889 0.000 0.000 0.000 0.056 0.856 0.088
#> GSM1318012 4 0.5036 0.25401 0.000 0.000 0.000 0.568 0.344 0.088
#> GSM1318013 4 0.0972 0.60420 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM1318014 5 0.2897 0.82737 0.000 0.000 0.000 0.060 0.852 0.088
#> GSM1318015 2 0.1421 0.76359 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM1318001 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.2492 0.57978 0.068 0.008 0.000 0.888 0.000 0.036
#> GSM1318016 2 0.0865 0.77539 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.1910 0.79688 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318019 4 0.2053 0.58936 0.000 0.004 0.000 0.888 0.000 0.108
#> GSM1318020 3 0.1814 0.67972 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1318021 2 0.0000 0.78055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.3868 -0.11192 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM1318023 5 0.1910 0.79688 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318024 2 0.0632 0.77835 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.4589 0.56294 0.000 0.696 0.000 0.132 0.000 0.172
#> GSM1318027 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318028 1 0.3727 0.26510 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM1318029 6 0.5219 0.19966 0.000 0.000 0.340 0.108 0.000 0.552
#> GSM1318018 5 0.1910 0.79688 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318030 4 0.3564 0.43997 0.000 0.004 0.204 0.768 0.000 0.024
#> GSM1318031 3 0.2135 0.66164 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318033 4 0.3796 0.52645 0.000 0.000 0.000 0.776 0.140 0.084
#> GSM1318034 3 0.0790 0.70805 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.78055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.6323 0.32084 0.248 0.000 0.000 0.552 0.112 0.088
#> GSM1318037 4 0.2801 0.57374 0.000 0.000 0.000 0.860 0.068 0.072
#> GSM1318038 3 0.5223 0.13609 0.000 0.000 0.540 0.104 0.000 0.356
#> GSM1318039 1 0.1444 0.89667 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM1318040 3 0.2664 0.61770 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1318032 3 0.2762 0.60610 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317914 3 0.3847 0.12347 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM1317915 1 0.3620 0.50378 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM1317916 5 0.1814 0.80281 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317917 3 0.5426 0.12115 0.000 0.000 0.528 0.112 0.004 0.356
#> GSM1317918 1 0.1333 0.89666 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> GSM1317919 6 0.3838 -0.01116 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM1317920 6 0.5523 0.27995 0.000 0.000 0.268 0.180 0.000 0.552
#> GSM1317921 6 0.3851 -0.03831 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM1317922 3 0.4889 0.07911 0.000 0.000 0.504 0.000 0.060 0.436
#> GSM1317923 3 0.3860 0.08461 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317924 3 0.1267 0.69747 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1317925 2 0.0000 0.78055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.3869 0.00569 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM1317927 2 0.0458 0.77897 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.5440 0.07293 0.000 0.132 0.520 0.348 0.000 0.000
#> GSM1317929 6 0.4690 0.14107 0.000 0.000 0.048 0.400 0.000 0.552
#> GSM1317930 2 0.4791 0.14742 0.000 0.512 0.000 0.436 0.000 0.052
#> GSM1317931 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.6630 0.18780 0.000 0.472 0.300 0.064 0.000 0.164
#> GSM1317933 2 0.2912 0.60839 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.5442 0.35422 0.000 0.588 0.244 0.004 0.000 0.164
#> GSM1317935 3 0.3074 0.59865 0.000 0.000 0.792 0.004 0.004 0.200
#> GSM1317936 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.1910 0.79688 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317938 4 0.4282 0.04889 0.000 0.420 0.000 0.560 0.000 0.020
#> GSM1317939 2 0.3789 0.27678 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.1789 0.88081 0.924 0.044 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317941 4 0.2509 0.57111 0.088 0.000 0.000 0.876 0.000 0.036
#> GSM1317942 2 0.3866 0.12825 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.3789 0.27678 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.78055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0632 0.90974 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317898 5 0.3337 0.82401 0.028 0.000 0.000 0.044 0.840 0.088
#> GSM1317899 5 0.0909 0.84332 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> GSM1317900 3 0.3982 0.54081 0.000 0.000 0.740 0.060 0.000 0.200
#> GSM1317901 5 0.1643 0.84404 0.000 0.000 0.000 0.008 0.924 0.068
#> GSM1317902 5 0.0000 0.84448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317903 5 0.1814 0.80302 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317904 4 0.1413 0.59251 0.008 0.004 0.000 0.948 0.004 0.036
#> GSM1317905 6 0.4850 -0.22368 0.000 0.000 0.056 0.448 0.000 0.496
#> GSM1317906 6 0.4341 -0.23487 0.000 0.000 0.024 0.412 0.000 0.564
#> GSM1317907 4 0.4871 0.20624 0.000 0.000 0.324 0.616 0.024 0.036
#> GSM1317908 3 0.0632 0.70843 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317909 3 0.6443 -0.07451 0.000 0.000 0.456 0.132 0.356 0.056
#> GSM1317910 4 0.5781 -0.11750 0.000 0.000 0.404 0.440 0.004 0.152
#> GSM1317911 1 0.1866 0.88786 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084 0.000
#> GSM1317912 3 0.5195 0.00991 0.000 0.000 0.476 0.460 0.032 0.032
#> GSM1317913 4 0.2504 0.58949 0.000 0.004 0.000 0.856 0.004 0.136
#> GSM1318041 3 0.2118 0.65029 0.000 0.000 0.888 0.104 0.008 0.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.1910 0.79688 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318045 5 0.0000 0.84448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318046 5 0.1858 0.81120 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904 0.000
#> GSM1318047 5 0.2712 0.83172 0.000 0.000 0.000 0.048 0.864 0.088
#> GSM1318048 3 0.2801 0.61087 0.000 0.000 0.860 0.000 0.072 0.068
#> GSM1318049 5 0.5345 0.43078 0.000 0.000 0.344 0.020 0.564 0.072
#> GSM1318050 4 0.3819 0.48114 0.000 0.004 0.000 0.624 0.000 0.372
#> GSM1318051 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318052 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318053 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318054 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318055 3 0.0000 0.71982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318057 4 0.3881 0.47588 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM1318058 6 0.5604 0.17790 0.000 0.004 0.268 0.172 0.000 0.556
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:pam 159 0.22478 0.050691 0.011373 0.360 2
#> SD:pam 146 0.16587 0.097371 0.036616 0.549 3
#> SD:pam 141 0.02386 0.004089 0.001187 0.528 4
#> SD:pam 143 0.00068 0.000645 0.007226 0.441 5
#> SD:pam 109 0.02225 0.103942 0.000639 0.767 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.314 0.770 0.821 0.3733 0.577 0.577
#> 3 3 0.826 0.923 0.961 0.7812 0.672 0.470
#> 4 4 0.644 0.540 0.804 0.0785 0.960 0.884
#> 5 5 0.700 0.730 0.793 0.0848 0.864 0.592
#> 6 6 0.726 0.666 0.825 0.0610 0.884 0.535
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.9996 0.1164 0.488 0.512
#> GSM1317946 2 0.9732 0.4968 0.404 0.596
#> GSM1317947 1 0.0376 0.7817 0.996 0.004
#> GSM1317948 1 0.6712 0.8140 0.824 0.176
#> GSM1317949 1 0.6712 0.8140 0.824 0.176
#> GSM1317950 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317953 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317954 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317955 1 0.7139 0.8169 0.804 0.196
#> GSM1317956 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317957 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317958 1 0.7528 0.8136 0.784 0.216
#> GSM1317959 1 1.0000 -0.1129 0.504 0.496
#> GSM1317960 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1317961 1 0.1843 0.7783 0.972 0.028
#> GSM1317962 1 0.7674 0.7706 0.776 0.224
#> GSM1317963 1 0.6801 0.8147 0.820 0.180
#> GSM1317964 1 0.7602 0.8113 0.780 0.220
#> GSM1317965 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1317966 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317967 2 0.9754 0.4471 0.408 0.592
#> GSM1317968 1 0.7299 0.8156 0.796 0.204
#> GSM1317969 1 0.7602 0.7889 0.780 0.220
#> GSM1317970 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317952 1 0.6712 0.8140 0.824 0.176
#> GSM1317951 1 0.7056 0.8163 0.808 0.192
#> GSM1317971 1 0.2948 0.7704 0.948 0.052
#> GSM1317972 2 0.9963 0.2839 0.464 0.536
#> GSM1317973 2 0.6623 0.9040 0.172 0.828
#> GSM1317974 2 0.9170 0.6753 0.332 0.668
#> GSM1317975 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317978 1 0.7528 0.8094 0.784 0.216
#> GSM1317979 1 0.6712 0.8140 0.824 0.176
#> GSM1317980 1 0.1633 0.7809 0.976 0.024
#> GSM1317981 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317982 1 0.7453 0.7957 0.788 0.212
#> GSM1317983 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317984 1 0.5178 0.7011 0.884 0.116
#> GSM1317985 1 0.6048 0.6639 0.852 0.148
#> GSM1317986 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317987 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317988 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1317989 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1317990 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317991 1 0.2236 0.7772 0.964 0.036
#> GSM1317992 2 0.9248 0.6348 0.340 0.660
#> GSM1317993 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317994 1 0.4690 0.7181 0.900 0.100
#> GSM1317977 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1317976 1 0.6887 0.8097 0.816 0.184
#> GSM1317995 1 0.6048 0.6639 0.852 0.148
#> GSM1317996 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317997 1 0.6048 0.6639 0.852 0.148
#> GSM1317998 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317999 1 0.7528 0.8136 0.784 0.216
#> GSM1318002 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318003 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318004 1 0.9993 -0.0779 0.516 0.484
#> GSM1318005 2 0.6801 0.8965 0.180 0.820
#> GSM1318006 1 0.7602 0.8125 0.780 0.220
#> GSM1318007 1 0.9661 0.3749 0.608 0.392
#> GSM1318008 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318009 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318010 1 0.5178 0.7011 0.884 0.116
#> GSM1318011 1 0.7299 0.8155 0.796 0.204
#> GSM1318012 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1318013 1 1.0000 -0.1062 0.500 0.500
#> GSM1318014 1 0.7376 0.8167 0.792 0.208
#> GSM1318015 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318001 1 0.6048 0.6639 0.852 0.148
#> GSM1318000 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318016 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318017 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318019 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318020 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1318021 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318022 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1318023 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318024 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318025 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1318026 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1318027 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318028 1 0.7056 0.8163 0.808 0.192
#> GSM1318029 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1318018 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318030 1 0.7674 0.7863 0.776 0.224
#> GSM1318031 1 0.2423 0.7763 0.960 0.040
#> GSM1318033 1 0.7219 0.8157 0.800 0.200
#> GSM1318034 1 0.0376 0.7817 0.996 0.004
#> GSM1318035 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318036 1 0.7139 0.8006 0.804 0.196
#> GSM1318037 1 0.7453 0.7933 0.788 0.212
#> GSM1318038 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1318039 1 0.7602 0.8113 0.780 0.220
#> GSM1318040 1 0.3431 0.7621 0.936 0.064
#> GSM1318032 1 0.3431 0.7621 0.936 0.064
#> GSM1317914 1 0.2423 0.7766 0.960 0.040
#> GSM1317915 1 0.7528 0.8128 0.784 0.216
#> GSM1317916 1 0.7528 0.8128 0.784 0.216
#> GSM1317917 1 0.3114 0.7874 0.944 0.056
#> GSM1317918 1 0.7602 0.8113 0.780 0.220
#> GSM1317919 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317920 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317921 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317922 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317923 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317924 1 0.2423 0.7763 0.960 0.040
#> GSM1317925 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317926 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317927 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317928 1 0.2948 0.7704 0.948 0.052
#> GSM1317929 1 0.2236 0.7762 0.964 0.036
#> GSM1317930 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1317931 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1317932 1 0.7376 0.7926 0.792 0.208
#> GSM1317933 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317934 1 0.7674 0.7851 0.776 0.224
#> GSM1317935 1 0.2043 0.7770 0.968 0.032
#> GSM1317936 1 0.6048 0.6639 0.852 0.148
#> GSM1317937 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317938 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317939 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317940 1 0.7056 0.8168 0.808 0.192
#> GSM1317941 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1317942 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317943 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1317944 2 0.6247 0.9097 0.156 0.844
#> GSM1317896 1 0.5178 0.7011 0.884 0.116
#> GSM1317897 1 0.7602 0.8113 0.780 0.220
#> GSM1317898 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1317899 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1317900 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1317901 1 0.7376 0.8167 0.792 0.208
#> GSM1317902 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317903 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1317904 2 0.6801 0.8965 0.180 0.820
#> GSM1317905 1 0.8443 0.7229 0.728 0.272
#> GSM1317906 2 0.9970 0.2210 0.468 0.532
#> GSM1317907 1 0.7602 0.7901 0.780 0.220
#> GSM1317908 1 0.1414 0.7802 0.980 0.020
#> GSM1317909 1 0.6801 0.8154 0.820 0.180
#> GSM1317910 1 0.7139 0.8094 0.804 0.196
#> GSM1317911 1 0.7528 0.8136 0.784 0.216
#> GSM1317912 1 0.7139 0.8038 0.804 0.196
#> GSM1317913 2 0.9996 0.1164 0.488 0.512
#> GSM1318041 1 0.6973 0.8094 0.812 0.188
#> GSM1318042 1 0.2043 0.7783 0.968 0.032
#> GSM1318043 1 0.5178 0.7011 0.884 0.116
#> GSM1318044 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318045 1 0.7602 0.8125 0.780 0.220
#> GSM1318046 1 0.7528 0.8124 0.784 0.216
#> GSM1318047 1 0.6801 0.8119 0.820 0.180
#> GSM1318048 1 0.0376 0.7817 0.996 0.004
#> GSM1318049 1 0.7139 0.8177 0.804 0.196
#> GSM1318050 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1318051 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318052 2 0.6438 0.9111 0.164 0.836
#> GSM1318053 2 0.6343 0.9130 0.160 0.840
#> GSM1318054 2 0.9580 0.5329 0.380 0.620
#> GSM1318055 1 0.2236 0.7775 0.964 0.036
#> GSM1318056 2 0.9323 0.6163 0.348 0.652
#> GSM1318057 2 0.6623 0.9040 0.172 0.828
#> GSM1318058 1 0.9996 -0.0147 0.512 0.488
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.2356 0.9186 0.000 0.928 0.072
#> GSM1317946 2 0.3192 0.8805 0.112 0.888 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.3192 0.8782 0.888 0.000 0.112
#> GSM1317949 1 0.0424 0.9689 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317950 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317959 2 0.3038 0.9025 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317960 1 0.3116 0.8823 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317961 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317962 2 0.5216 0.6941 0.260 0.740 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317966 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317967 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.5882 0.4205 0.000 0.348 0.652
#> GSM1317970 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.3192 0.8782 0.888 0.000 0.112
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317972 2 0.5560 0.6136 0.300 0.700 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.3038 0.8873 0.104 0.896 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.5178 0.6340 0.256 0.000 0.744
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.6045 0.3333 0.000 0.380 0.620
#> GSM1317983 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.3116 0.8823 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317992 2 0.3038 0.9018 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.2878 0.8957 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317976 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317999 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318005 2 0.0237 0.9435 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318006 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318008 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318009 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.1643 0.9449 0.956 0.000 0.044
#> GSM1318012 1 0.1753 0.9417 0.952 0.000 0.048
#> GSM1318013 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318014 1 0.1643 0.9449 0.956 0.000 0.044
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318023 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318027 2 0.1411 0.9330 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318028 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318018 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.4887 0.7527 0.000 0.772 0.228
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318034 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.3589 0.9035 0.900 0.052 0.048
#> GSM1318037 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318038 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318039 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.1529 0.9259 0.000 0.040 0.960
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317915 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317918 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317920 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317921 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317922 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317923 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.3193 0.8618 0.004 0.100 0.896
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.3918 0.8114 0.004 0.140 0.856
#> GSM1317935 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317899 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317900 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317901 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317903 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.3038 0.9018 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317906 2 0.3116 0.8994 0.000 0.892 0.108
#> GSM1317907 2 0.3267 0.8928 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317908 3 0.0237 0.9592 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317909 1 0.5706 0.5386 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317910 3 0.6305 0.0305 0.484 0.000 0.516
#> GSM1317911 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.7670 0.6898 0.152 0.684 0.164
#> GSM1317913 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318041 3 0.1031 0.9418 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.9730 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318046 1 0.0237 0.9717 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318047 1 0.1753 0.9417 0.952 0.000 0.048
#> GSM1318048 3 0.1529 0.9270 0.040 0.000 0.960
#> GSM1318049 1 0.2625 0.9090 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318050 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.1031 0.9374 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318053 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9594 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318057 2 0.2711 0.9110 0.000 0.912 0.088
#> GSM1318058 2 0.3116 0.8999 0.000 0.892 0.108
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.1109 0.78023 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM1317946 2 0.6820 0.08096 0.364 0.528 0.000 0.108
#> GSM1317947 3 0.1798 0.91174 0.040 0.000 0.944 0.016
#> GSM1317948 1 0.2843 0.47210 0.892 0.000 0.088 0.020
#> GSM1317949 1 0.4136 0.33569 0.788 0.000 0.016 0.196
#> GSM1317950 1 0.4961 -0.61358 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM1317953 1 0.4989 -0.64366 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317954 1 0.4989 -0.64366 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317955 1 0.4994 -0.66438 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317956 1 0.4961 -0.61358 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM1317957 2 0.4661 0.71678 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM1317958 1 0.0188 0.49627 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317959 2 0.2317 0.76535 0.032 0.928 0.036 0.004
#> GSM1317960 1 0.2593 0.48093 0.904 0.000 0.080 0.016
#> GSM1317961 3 0.1792 0.91181 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM1317962 2 0.5856 -0.00303 0.464 0.504 0.000 0.032
#> GSM1317963 1 0.3790 0.36544 0.840 0.004 0.024 0.132
#> GSM1317964 1 0.4992 -0.65265 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM1317965 3 0.1661 0.91239 0.000 0.004 0.944 0.052
#> GSM1317966 3 0.1792 0.91111 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM1317967 2 0.3402 0.72010 0.004 0.832 0.164 0.000
#> GSM1317968 1 0.4989 -0.64366 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317969 3 0.2189 0.90356 0.020 0.044 0.932 0.004
#> GSM1317970 2 0.4543 0.72703 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM1317952 1 0.2882 0.47134 0.892 0.000 0.084 0.024
#> GSM1317951 1 0.4992 -0.65265 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM1317971 3 0.2224 0.90637 0.000 0.032 0.928 0.040
#> GSM1317972 4 0.7589 0.43891 0.396 0.196 0.000 0.408
#> GSM1317973 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.7181 0.08182 0.336 0.512 0.000 0.152
#> GSM1317975 2 0.4925 0.67896 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM1317978 1 0.5498 -0.55441 0.576 0.020 0.000 0.404
#> GSM1317979 3 0.5408 0.32757 0.408 0.000 0.576 0.016
#> GSM1317980 3 0.1584 0.91424 0.036 0.000 0.952 0.012
#> GSM1317981 2 0.4907 0.68502 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1317982 3 0.3622 0.88563 0.028 0.064 0.876 0.032
#> GSM1317983 1 0.4967 -0.62381 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM1317984 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1317985 3 0.1610 0.91525 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM1317986 1 0.4967 -0.62381 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM1317987 2 0.4907 0.68502 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1317988 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.2593 0.48093 0.904 0.000 0.080 0.016
#> GSM1317990 2 0.4830 0.70222 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM1317991 3 0.1557 0.91087 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317992 2 0.7319 0.61401 0.000 0.532 0.220 0.248
#> GSM1317993 2 0.4746 0.71493 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1317994 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1317977 1 0.2124 0.49082 0.924 0.000 0.068 0.008
#> GSM1317976 1 0.4989 -0.64366 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317995 3 0.1610 0.91525 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM1317996 2 0.4830 0.70222 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM1317997 3 0.1610 0.91525 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM1317998 1 0.0817 0.47960 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317999 1 0.0937 0.49835 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM1318002 2 0.4585 0.72459 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1318003 2 0.2704 0.77712 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM1318004 2 0.2500 0.76114 0.040 0.916 0.044 0.000
#> GSM1318005 2 0.0469 0.78188 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318006 1 0.0657 0.49344 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM1318007 2 0.4776 0.68874 0.060 0.776 0.164 0.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.49495 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1318011 1 0.2300 0.49099 0.920 0.000 0.064 0.016
#> GSM1318012 1 0.1854 0.49646 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM1318013 2 0.4197 0.70637 0.036 0.808 0.156 0.000
#> GSM1318014 1 0.2376 0.48908 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM1318015 2 0.4605 0.72342 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM1318001 3 0.1610 0.91525 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM1318000 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.4454 0.73365 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM1318017 1 0.4040 0.07317 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM1318019 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.1584 0.91479 0.036 0.000 0.952 0.012
#> GSM1318021 2 0.4643 0.72579 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM1318022 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1318023 1 0.4222 -0.02306 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM1318024 2 0.4746 0.71493 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1318025 3 0.1022 0.91596 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318026 2 0.6953 0.49876 0.000 0.536 0.336 0.128
#> GSM1318027 2 0.0592 0.78388 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM1318028 1 0.4992 -0.65265 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM1318029 3 0.1716 0.91107 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM1318018 1 0.4585 -0.25902 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM1318030 2 0.5659 0.39326 0.032 0.600 0.368 0.000
#> GSM1318031 3 0.2094 0.91516 0.024 0.012 0.940 0.024
#> GSM1318033 1 0.0921 0.47593 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318034 3 0.1888 0.91032 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM1318035 2 0.4643 0.72579 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM1318036 1 0.3030 0.43921 0.892 0.076 0.028 0.004
#> GSM1318037 2 0.4290 0.69975 0.036 0.800 0.164 0.000
#> GSM1318038 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1318039 4 0.4998 0.74967 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM1318040 3 0.3134 0.86435 0.024 0.088 0.884 0.004
#> GSM1318032 3 0.2297 0.90964 0.024 0.032 0.932 0.012
#> GSM1317914 3 0.1824 0.91115 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM1317915 4 0.4998 0.74967 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM1317916 1 0.4955 -0.47084 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM1317917 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317918 4 0.4994 0.74644 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM1317919 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317920 3 0.2149 0.90354 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317921 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317922 3 0.2469 0.90223 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM1317923 3 0.1637 0.91055 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM1317924 3 0.1962 0.91600 0.024 0.008 0.944 0.024
#> GSM1317925 2 0.4746 0.71493 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1317926 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317927 2 0.3486 0.76924 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM1317928 3 0.1624 0.91201 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM1317929 3 0.2281 0.90113 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317930 2 0.0188 0.78530 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317931 3 0.0921 0.91678 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317932 3 0.2741 0.86267 0.000 0.096 0.892 0.012
#> GSM1317933 2 0.1792 0.78467 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317934 3 0.4453 0.62713 0.000 0.244 0.744 0.012
#> GSM1317935 3 0.1557 0.91087 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317936 3 0.1510 0.91612 0.028 0.000 0.956 0.016
#> GSM1317937 1 0.4431 -0.14932 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM1317938 2 0.0188 0.78408 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317939 2 0.0469 0.78480 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317940 1 0.4989 -0.64366 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317941 2 0.4994 0.60510 0.208 0.744 0.000 0.048
#> GSM1317942 2 0.1118 0.78477 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317943 2 0.1211 0.78504 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317944 2 0.4585 0.73038 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1317896 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1317897 1 0.4992 -0.65265 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM1317898 1 0.1488 0.49775 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM1317899 1 0.1109 0.49915 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM1317900 3 0.2048 0.91450 0.008 0.000 0.928 0.064
#> GSM1317901 1 0.2271 0.48549 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM1317902 1 0.0469 0.49102 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317903 1 0.1557 0.45509 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317904 2 0.0469 0.78188 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317905 2 0.6305 0.28449 0.000 0.516 0.424 0.060
#> GSM1317906 2 0.6330 0.21526 0.000 0.492 0.448 0.060
#> GSM1317907 2 0.5648 0.48166 0.032 0.640 0.324 0.004
#> GSM1317908 3 0.2345 0.90495 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM1317909 1 0.5693 0.25024 0.688 0.000 0.240 0.072
#> GSM1317910 1 0.6457 0.16324 0.604 0.000 0.296 0.100
#> GSM1317911 1 0.2814 0.36195 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM1317912 1 0.8144 -0.09277 0.388 0.236 0.364 0.012
#> GSM1317913 2 0.2943 0.75144 0.032 0.892 0.076 0.000
#> GSM1318041 3 0.4857 0.64560 0.284 0.000 0.700 0.016
#> GSM1318042 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1318043 3 0.1488 0.91541 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM1318044 1 0.4008 0.08712 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM1318045 1 0.0657 0.49344 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM1318046 1 0.1118 0.47096 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318047 1 0.2376 0.48908 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM1318048 3 0.3695 0.82549 0.156 0.000 0.828 0.016
#> GSM1318049 1 0.2706 0.47884 0.900 0.000 0.080 0.020
#> GSM1318050 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.78503 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0817 0.78204 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM1318053 2 0.0188 0.78561 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318054 2 0.4501 0.65937 0.024 0.764 0.212 0.000
#> GSM1318055 3 0.1575 0.91405 0.028 0.012 0.956 0.004
#> GSM1318056 2 0.4754 0.65574 0.024 0.752 0.220 0.004
#> GSM1318057 2 0.1743 0.77310 0.004 0.940 0.056 0.000
#> GSM1318058 3 0.6497 0.05499 0.024 0.412 0.532 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.0932 0.7621 0.000 0.004 0.020 0.972 0.004
#> GSM1317946 1 0.6520 0.1832 0.528 0.060 0.000 0.348 0.064
#> GSM1317947 3 0.2732 0.7931 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM1317948 5 0.0290 0.8195 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317949 5 0.4592 0.3650 0.332 0.000 0.024 0.000 0.644
#> GSM1317950 1 0.2230 0.8495 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317953 1 0.1965 0.8573 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM1317954 1 0.1851 0.8577 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317955 1 0.1952 0.8569 0.912 0.004 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317956 1 0.2179 0.8519 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317957 2 0.4210 0.8825 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM1317958 5 0.1478 0.8292 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1317959 4 0.2512 0.7287 0.008 0.008 0.012 0.904 0.068
#> GSM1317960 5 0.0162 0.8208 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317961 3 0.4607 0.7999 0.020 0.276 0.692 0.000 0.012
#> GSM1317962 1 0.8256 -0.3247 0.308 0.272 0.000 0.304 0.116
#> GSM1317963 5 0.4470 0.5144 0.328 0.008 0.008 0.000 0.656
#> GSM1317964 1 0.1851 0.8580 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317965 3 0.1554 0.8388 0.012 0.024 0.952 0.004 0.008
#> GSM1317966 3 0.4252 0.7969 0.020 0.280 0.700 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.1768 0.7404 0.000 0.004 0.072 0.924 0.000
#> GSM1317968 1 0.2648 0.8094 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM1317969 3 0.3216 0.7972 0.048 0.016 0.868 0.068 0.000
#> GSM1317970 2 0.4227 0.8741 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM1317952 5 0.0290 0.8195 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317951 1 0.1851 0.8577 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317971 3 0.6512 0.7371 0.072 0.200 0.620 0.108 0.000
#> GSM1317972 1 0.5826 0.4811 0.636 0.032 0.000 0.260 0.072
#> GSM1317973 4 0.0162 0.7591 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317974 2 0.7170 0.4995 0.300 0.392 0.000 0.292 0.016
#> GSM1317975 2 0.4201 0.9102 0.008 0.664 0.000 0.328 0.000
#> GSM1317978 1 0.5337 0.6389 0.684 0.004 0.000 0.136 0.176
#> GSM1317979 5 0.3942 0.5903 0.000 0.012 0.260 0.000 0.728
#> GSM1317980 3 0.1544 0.8296 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317981 2 0.4201 0.9102 0.008 0.664 0.000 0.328 0.000
#> GSM1317982 3 0.5017 0.5654 0.000 0.048 0.684 0.256 0.012
#> GSM1317983 1 0.2230 0.8495 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317984 3 0.1197 0.8305 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM1317985 3 0.2544 0.8213 0.008 0.028 0.900 0.000 0.064
#> GSM1317986 1 0.2230 0.8495 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317987 2 0.4201 0.9102 0.008 0.664 0.000 0.328 0.000
#> GSM1317988 4 0.0162 0.7606 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317989 5 0.0579 0.8243 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM1317990 2 0.4118 0.9162 0.004 0.660 0.000 0.336 0.000
#> GSM1317991 3 0.4949 0.7870 0.056 0.288 0.656 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.5470 0.6963 0.000 0.564 0.072 0.364 0.000
#> GSM1317993 2 0.4015 0.9209 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM1317994 3 0.1638 0.8295 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM1317977 5 0.1605 0.8283 0.040 0.000 0.004 0.012 0.944
#> GSM1317976 1 0.2589 0.8460 0.888 0.012 0.000 0.008 0.092
#> GSM1317995 3 0.2544 0.8213 0.008 0.028 0.900 0.000 0.064
#> GSM1317996 2 0.3999 0.9197 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM1317997 3 0.2544 0.8213 0.008 0.028 0.900 0.000 0.064
#> GSM1317998 5 0.1544 0.8286 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM1317999 5 0.0880 0.8297 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM1318002 2 0.4171 0.8969 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM1318003 4 0.4126 -0.3223 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM1318004 4 0.2873 0.7103 0.008 0.008 0.012 0.880 0.092
#> GSM1318005 4 0.0740 0.7594 0.008 0.008 0.004 0.980 0.000
#> GSM1318006 5 0.1792 0.8238 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM1318007 4 0.5451 0.4952 0.008 0.012 0.060 0.668 0.252
#> GSM1318008 5 0.1478 0.8297 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318009 4 0.0955 0.7538 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> GSM1318010 3 0.1638 0.8295 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM1318011 5 0.0162 0.8241 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM1318012 5 0.0880 0.8297 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM1318013 4 0.3667 0.7062 0.008 0.012 0.064 0.848 0.068
#> GSM1318014 5 0.0162 0.8208 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318015 2 0.4150 0.9038 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM1318001 3 0.2544 0.8213 0.008 0.028 0.900 0.000 0.064
#> GSM1318000 4 0.1124 0.7483 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000
#> GSM1318016 2 0.4088 0.9142 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM1318017 5 0.3796 0.5959 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM1318019 4 0.0794 0.7499 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318020 3 0.1270 0.8306 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM1318021 2 0.4015 0.9209 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM1318022 3 0.3884 0.7963 0.004 0.288 0.708 0.000 0.000
#> GSM1318023 5 0.4030 0.4935 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM1318024 2 0.4030 0.9203 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM1318025 3 0.2889 0.8217 0.056 0.008 0.888 0.004 0.044
#> GSM1318026 4 0.5226 -0.3225 0.000 0.376 0.052 0.572 0.000
#> GSM1318027 4 0.1012 0.7609 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> GSM1318028 1 0.2193 0.8576 0.900 0.008 0.000 0.000 0.092
#> GSM1318029 3 0.3730 0.7975 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.4307 0.0482 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM1318030 4 0.4470 0.5677 0.000 0.028 0.244 0.720 0.008
#> GSM1318031 3 0.2700 0.8183 0.068 0.012 0.896 0.020 0.004
#> GSM1318033 5 0.1965 0.8144 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM1318034 3 0.2929 0.7806 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM1318035 2 0.4015 0.9209 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM1318036 5 0.3931 0.6767 0.032 0.004 0.008 0.152 0.804
#> GSM1318037 4 0.3867 0.6880 0.000 0.012 0.076 0.824 0.088
#> GSM1318038 3 0.3884 0.7963 0.004 0.288 0.708 0.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.2358 0.8523 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318040 3 0.3312 0.8028 0.068 0.020 0.864 0.048 0.000
#> GSM1318032 3 0.3239 0.8043 0.068 0.020 0.868 0.044 0.000
#> GSM1317914 3 0.4538 0.8189 0.060 0.180 0.752 0.008 0.000
#> GSM1317915 1 0.2411 0.8501 0.884 0.008 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317916 1 0.4235 0.4264 0.656 0.008 0.000 0.000 0.336
#> GSM1317917 3 0.4974 0.7694 0.004 0.288 0.660 0.000 0.048
#> GSM1317918 1 0.2136 0.8559 0.904 0.008 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317919 3 0.5107 0.7802 0.064 0.296 0.640 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.3730 0.7975 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.4206 0.7940 0.016 0.288 0.696 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.3884 0.7978 0.000 0.288 0.708 0.000 0.004
#> GSM1317923 3 0.3730 0.7975 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.3040 0.8176 0.068 0.012 0.884 0.020 0.016
#> GSM1317925 2 0.4015 0.9209 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM1317926 3 0.3884 0.7963 0.004 0.288 0.708 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.4161 0.8810 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM1317928 3 0.2703 0.8223 0.060 0.024 0.896 0.020 0.000
#> GSM1317929 3 0.4249 0.7921 0.016 0.296 0.688 0.000 0.000
#> GSM1317930 4 0.0794 0.7524 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317931 3 0.1043 0.8319 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317932 3 0.6394 0.6625 0.072 0.108 0.636 0.184 0.000
#> GSM1317933 4 0.2966 0.5312 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM1317934 3 0.6468 0.6368 0.072 0.104 0.624 0.200 0.000
#> GSM1317935 3 0.4206 0.7940 0.016 0.288 0.696 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.2544 0.8213 0.008 0.028 0.900 0.000 0.064
#> GSM1317937 5 0.4278 0.2430 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM1317938 4 0.1041 0.7513 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> GSM1317939 4 0.1357 0.7400 0.000 0.048 0.004 0.948 0.000
#> GSM1317940 1 0.2193 0.8576 0.900 0.008 0.000 0.000 0.092
#> GSM1317941 2 0.4796 0.7978 0.008 0.532 0.000 0.452 0.008
#> GSM1317942 4 0.1831 0.7152 0.004 0.076 0.000 0.920 0.000
#> GSM1317943 4 0.2074 0.6809 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM1317944 2 0.4045 0.9181 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM1317896 3 0.1638 0.8295 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM1317897 1 0.2077 0.8555 0.908 0.008 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317898 5 0.0880 0.8297 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317899 5 0.1544 0.8286 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM1317900 3 0.3504 0.8381 0.012 0.100 0.844 0.000 0.044
#> GSM1317901 5 0.2798 0.7508 0.140 0.000 0.008 0.000 0.852
#> GSM1317902 5 0.1608 0.8279 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1317903 5 0.1965 0.8184 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM1317904 4 0.1074 0.7566 0.012 0.016 0.000 0.968 0.004
#> GSM1317905 4 0.5781 0.1114 0.000 0.308 0.116 0.576 0.000
#> GSM1317906 4 0.6759 -0.2506 0.008 0.360 0.196 0.436 0.000
#> GSM1317907 4 0.4461 0.6585 0.000 0.068 0.108 0.792 0.032
#> GSM1317908 3 0.4520 0.8024 0.000 0.284 0.684 0.000 0.032
#> GSM1317909 5 0.4171 0.6819 0.000 0.112 0.104 0.000 0.784
#> GSM1317910 5 0.5678 0.4809 0.000 0.284 0.116 0.000 0.600
#> GSM1317911 5 0.2966 0.7468 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM1317912 4 0.5778 0.3972 0.000 0.004 0.096 0.576 0.324
#> GSM1317913 4 0.2283 0.7451 0.000 0.008 0.036 0.916 0.040
#> GSM1318041 5 0.3607 0.6123 0.000 0.004 0.244 0.000 0.752
#> GSM1318042 3 0.1478 0.8298 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318043 3 0.1638 0.8295 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM1318044 5 0.3684 0.6214 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> GSM1318045 5 0.1608 0.8279 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318046 5 0.1608 0.8284 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318047 5 0.0000 0.8226 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318048 3 0.4114 0.5374 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM1318049 5 0.0609 0.8116 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM1318050 4 0.0566 0.7587 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM1318051 4 0.0609 0.7555 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318052 4 0.0609 0.7610 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM1318053 4 0.1197 0.7295 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM1318054 4 0.3013 0.6774 0.000 0.008 0.160 0.832 0.000
#> GSM1318055 3 0.2933 0.8168 0.056 0.012 0.892 0.024 0.016
#> GSM1318056 4 0.2848 0.6845 0.000 0.004 0.156 0.840 0.000
#> GSM1318057 4 0.0771 0.7605 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM1318058 4 0.5818 0.3170 0.068 0.012 0.380 0.540 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.0603 0.7734 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.3683 0.7151 0.184 0.768 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.3727 0.7925 0.000 0.000 0.784 0.000 0.088 0.128
#> GSM1317948 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317949 5 0.5022 0.4711 0.156 0.000 0.000 0.000 0.640 0.204
#> GSM1317950 1 0.2404 0.8043 0.872 0.016 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM1317953 1 0.0458 0.8305 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.8309 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0458 0.8305 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.2404 0.8043 0.872 0.016 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM1317957 2 0.2450 0.7726 0.000 0.868 0.016 0.116 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.1682 0.8273 0.052 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000
#> GSM1317959 4 0.0914 0.7735 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317961 6 0.0146 0.6595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317962 2 0.4993 0.6171 0.184 0.684 0.000 0.020 0.112 0.000
#> GSM1317963 5 0.5907 0.2588 0.376 0.000 0.108 0.000 0.488 0.028
#> GSM1317964 1 0.0458 0.8305 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 6 0.2793 0.5749 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM1317966 6 0.0000 0.6599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 4 0.0146 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317968 1 0.1910 0.7747 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM1317969 4 0.3094 0.5934 0.000 0.000 0.036 0.824 0.000 0.140
#> GSM1317970 2 0.2744 0.7450 0.000 0.840 0.016 0.144 0.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.8309 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 6 0.3606 0.5878 0.000 0.000 0.016 0.256 0.000 0.728
#> GSM1317972 2 0.3684 0.4566 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.3348 0.6429 0.000 0.216 0.016 0.768 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.2300 0.7607 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0146 0.8263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.4148 0.6331 0.744 0.148 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM1317979 3 0.3859 0.4556 0.000 0.000 0.692 0.000 0.288 0.020
#> GSM1317980 3 0.2489 0.8473 0.000 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> GSM1317981 2 0.0146 0.8263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.2384 0.6930 0.000 0.000 0.048 0.888 0.000 0.064
#> GSM1317983 1 0.3938 0.6259 0.660 0.016 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM1317984 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317985 3 0.1910 0.8479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317986 1 0.3853 0.6530 0.680 0.016 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM1317987 2 0.0146 0.8263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.2783 0.7009 0.000 0.148 0.016 0.836 0.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.2501 0.8116 0.004 0.000 0.108 0.000 0.872 0.016
#> GSM1317990 2 0.0146 0.8263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317991 6 0.0717 0.6598 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.976
#> GSM1317992 2 0.3984 0.3116 0.000 0.596 0.000 0.396 0.000 0.008
#> GSM1317993 2 0.0363 0.8258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317977 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317976 1 0.1610 0.7942 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM1317995 3 0.1910 0.8479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317996 2 0.0146 0.8263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.1910 0.8479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317998 5 0.1444 0.8164 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM1317999 5 0.0547 0.8274 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318002 2 0.1910 0.7924 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.1814 0.8026 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.1059 0.7716 0.000 0.004 0.016 0.964 0.016 0.000
#> GSM1318005 4 0.3348 0.6445 0.000 0.216 0.016 0.768 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.1444 0.8164 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM1318007 4 0.0603 0.7720 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318008 5 0.1983 0.8220 0.072 0.000 0.020 0.000 0.908 0.000
#> GSM1318009 4 0.4110 0.4076 0.000 0.376 0.016 0.608 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318011 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318012 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318013 4 0.0603 0.7720 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318014 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318015 2 0.1957 0.7896 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.1910 0.8479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1318000 2 0.4052 0.4275 0.000 0.628 0.016 0.356 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0458 0.8261 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.1556 0.8123 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318019 2 0.3797 0.3499 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM1318020 6 0.3854 0.0812 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM1318021 2 0.0458 0.8261 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.2697 0.5587 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM1318023 5 0.1556 0.8123 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318024 2 0.0363 0.8257 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.2623 0.8390 0.000 0.000 0.852 0.016 0.000 0.132
#> GSM1318026 4 0.3847 0.0326 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.3756 0.2461 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.8309 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 6 0.1863 0.6234 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM1318018 5 0.2912 0.6618 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM1318030 4 0.1003 0.7627 0.000 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> GSM1318031 6 0.5259 0.4679 0.000 0.000 0.240 0.160 0.000 0.600
#> GSM1318033 5 0.3514 0.8216 0.088 0.000 0.108 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318034 3 0.2361 0.6986 0.000 0.000 0.884 0.000 0.088 0.028
#> GSM1318035 2 0.0146 0.8271 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.5320 0.3765 0.012 0.000 0.108 0.604 0.276 0.000
#> GSM1318037 4 0.0603 0.7720 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318038 6 0.3817 0.0588 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM1318039 1 0.3998 0.6001 0.644 0.016 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM1318040 6 0.5045 0.4447 0.000 0.000 0.084 0.364 0.000 0.552
#> GSM1318032 6 0.5070 0.5087 0.000 0.000 0.100 0.316 0.000 0.584
#> GSM1317914 6 0.3879 0.4279 0.000 0.000 0.292 0.020 0.000 0.688
#> GSM1317915 1 0.3647 0.5589 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM1317916 1 0.3765 0.4558 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM1317917 3 0.3789 0.1031 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM1317918 1 0.2968 0.7494 0.816 0.016 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM1317919 6 0.0000 0.6599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 6 0.2491 0.5814 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM1317921 6 0.0000 0.6599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 6 0.3515 0.3539 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM1317923 6 0.3499 0.3815 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM1317924 6 0.5173 0.4894 0.000 0.000 0.224 0.160 0.000 0.616
#> GSM1317925 2 0.0260 0.8271 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.2883 0.5323 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM1317927 2 0.0458 0.8261 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317928 6 0.5912 0.3869 0.000 0.000 0.216 0.344 0.000 0.440
#> GSM1317929 6 0.0000 0.6599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 4 0.3266 0.5668 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317932 6 0.3935 0.5502 0.000 0.004 0.016 0.292 0.000 0.688
#> GSM1317933 2 0.2178 0.7593 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM1317934 6 0.3990 0.5352 0.000 0.004 0.016 0.304 0.000 0.676
#> GSM1317935 6 0.0000 0.6599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.1910 0.8479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317937 5 0.3330 0.5407 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM1317938 4 0.4250 0.1374 0.000 0.456 0.016 0.528 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.3969 0.4572 0.000 0.652 0.016 0.332 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.8309 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.1391 0.8199 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.3390 0.5407 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.3109 0.6556 0.000 0.772 0.004 0.224 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8265 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317897 1 0.0458 0.8305 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317899 5 0.3307 0.8248 0.072 0.000 0.108 0.000 0.820 0.000
#> GSM1317900 6 0.2902 0.5781 0.000 0.000 0.196 0.004 0.000 0.800
#> GSM1317901 5 0.1350 0.8200 0.020 0.000 0.008 0.000 0.952 0.020
#> GSM1317902 5 0.1444 0.8164 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM1317903 5 0.1556 0.8123 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1317904 4 0.3871 0.5142 0.016 0.308 0.000 0.676 0.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.5773 -0.1465 0.000 0.112 0.016 0.456 0.000 0.416
#> GSM1317906 6 0.5436 0.2330 0.000 0.120 0.000 0.404 0.000 0.476
#> GSM1317907 4 0.1003 0.7627 0.000 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> GSM1317908 6 0.3428 0.4122 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM1317909 5 0.4704 0.6599 0.000 0.000 0.156 0.000 0.684 0.160
#> GSM1317910 6 0.5285 -0.0214 0.000 0.000 0.108 0.000 0.368 0.524
#> GSM1317911 5 0.2260 0.7646 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM1317912 5 0.5568 0.4279 0.000 0.000 0.104 0.308 0.568 0.020
#> GSM1317913 4 0.0603 0.7734 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.3916 0.4321 0.000 0.000 0.680 0.000 0.300 0.020
#> GSM1318042 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318043 3 0.2135 0.8516 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318044 5 0.1556 0.8123 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318045 5 0.1444 0.8164 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM1318046 5 0.1501 0.8143 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM1318047 5 0.1910 0.8218 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318048 3 0.2250 0.6857 0.000 0.000 0.888 0.000 0.092 0.020
#> GSM1318049 5 0.3528 0.6119 0.000 0.000 0.296 0.000 0.700 0.004
#> GSM1318050 4 0.3606 0.5991 0.000 0.256 0.016 0.728 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.3499 0.4898 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.1610 0.7437 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.3727 0.4431 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0146 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318055 3 0.2972 0.8261 0.000 0.000 0.836 0.036 0.000 0.128
#> GSM1318056 4 0.0146 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318057 4 0.0458 0.7713 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.3126 0.4918 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:mclust 152 0.715140 7.76e-01 0.00186 0.989 2
#> SD:mclust 160 0.567306 4.92e-02 0.16352 0.410 3
#> SD:mclust 101 0.705174 3.63e-01 0.35691 0.992 4
#> SD:mclust 146 0.000597 2.46e-04 0.00452 0.390 5
#> SD:mclust 130 0.000546 9.06e-05 0.06099 0.480 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.810 0.912 0.961 0.4739 0.526 0.526
#> 3 3 0.915 0.924 0.966 0.4109 0.758 0.559
#> 4 4 0.631 0.597 0.804 0.1108 0.869 0.637
#> 5 5 0.715 0.708 0.845 0.0661 0.869 0.563
#> 6 6 0.798 0.729 0.860 0.0371 0.935 0.710
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.9209 0.546 0.664 0.336
#> GSM1317949 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.6247 0.800 0.156 0.844
#> GSM1317960 1 0.7376 0.752 0.792 0.208
#> GSM1317961 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.7602 0.737 0.780 0.220
#> GSM1317951 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317975 1 0.9922 0.169 0.552 0.448
#> GSM1317978 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.8267 0.627 0.260 0.740
#> GSM1317980 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.9491 0.436 0.368 0.632
#> GSM1317982 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.8661 0.611 0.288 0.712
#> GSM1317988 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.9129 0.562 0.672 0.328
#> GSM1317990 2 0.7219 0.754 0.200 0.800
#> GSM1317991 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.5408 0.850 0.124 0.876
#> GSM1317994 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM1317976 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7219 0.754 0.200 0.800
#> GSM1317997 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318004 2 0.4022 0.894 0.080 0.920
#> GSM1318005 2 0.0376 0.964 0.004 0.996
#> GSM1318006 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.7139 0.762 0.196 0.804
#> GSM1318010 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0376 0.941 0.996 0.004
#> GSM1318015 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.7139 0.759 0.196 0.804
#> GSM1318022 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1184 0.954 0.016 0.984
#> GSM1318025 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.2236 0.937 0.036 0.964
#> GSM1318035 2 0.2778 0.927 0.048 0.952
#> GSM1318036 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.2423 0.933 0.040 0.960
#> GSM1317918 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.8909 0.601 0.692 0.308
#> GSM1317923 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317926 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.5629 0.841 0.132 0.868
#> GSM1317928 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317934 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317939 2 0.4939 0.868 0.108 0.892
#> GSM1317940 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.5294 0.840 0.880 0.120
#> GSM1317942 1 0.9850 0.236 0.572 0.428
#> GSM1317943 2 0.7219 0.754 0.200 0.800
#> GSM1317944 2 0.3114 0.920 0.056 0.944
#> GSM1317896 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.1184 0.932 0.984 0.016
#> GSM1317905 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.7453 0.748 0.788 0.212
#> GSM1317911 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> GSM1318042 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM1318048 2 0.9286 0.438 0.344 0.656
#> GSM1318049 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM1318050 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.3038 0.865 0.896 0.104 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.6079 0.410 0.612 0.000 0.388
#> GSM1317949 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.1964 0.904 0.056 0.944 0.000
#> GSM1317960 1 0.5058 0.699 0.756 0.000 0.244
#> GSM1317961 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.5591 0.549 0.696 0.304 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.3879 0.810 0.000 0.848 0.152
#> GSM1317968 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.4931 0.717 0.768 0.000 0.232
#> GSM1317951 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.5882 0.501 0.000 0.652 0.348
#> GSM1317972 1 0.4796 0.717 0.780 0.220 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.0592 0.946 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.1411 0.954 0.036 0.000 0.964
#> GSM1317980 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.4654 0.750 0.792 0.000 0.208
#> GSM1317990 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.1289 0.959 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317992 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.1163 0.934 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317976 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0661 0.947 0.004 0.988 0.008
#> GSM1318005 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 3 0.5733 0.485 0.000 0.324 0.676
#> GSM1318008 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0592 0.946 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318012 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.5397 0.629 0.000 0.720 0.280
#> GSM1318014 1 0.1411 0.928 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318015 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0424 0.980 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 3 0.1753 0.942 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318031 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.7475 0.382 0.044 0.580 0.376
#> GSM1318038 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0237 0.983 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317914 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.1964 0.934 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317920 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.1289 0.958 0.032 0.000 0.968
#> GSM1317923 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0237 0.983 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.4750 0.727 0.000 0.784 0.216
#> GSM1317933 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.3267 0.851 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317935 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317907 3 0.2796 0.892 0.000 0.092 0.908
#> GSM1317908 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4555 0.760 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317910 1 0.4555 0.760 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0747 0.943 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318048 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.5327 0.653 0.728 0.000 0.272
#> GSM1318050 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.5835 0.520 0.000 0.660 0.340
#> GSM1318055 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.1753 0.916 0.000 0.952 0.048
#> GSM1318057 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.6235 0.279 0.000 0.564 0.436
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.3300 0.70258 0.008 0.144 0.000 0.848
#> GSM1317946 1 0.6400 0.05071 0.524 0.068 0.000 0.408
#> GSM1317947 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317948 1 0.4074 0.57722 0.792 0.004 0.196 0.008
#> GSM1317949 1 0.4543 0.40463 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.2704 0.70000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.4998 0.00132 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4933 0.15397 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM1317955 2 0.4967 0.09145 0.452 0.548 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.4277 0.50515 0.720 0.280 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4605 0.07344 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM1317958 1 0.0188 0.76411 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.4456 0.40179 0.280 0.004 0.000 0.716
#> GSM1317960 1 0.5290 0.57666 0.760 0.004 0.104 0.132
#> GSM1317961 2 0.4843 0.19439 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM1317962 2 0.7721 0.30690 0.276 0.448 0.000 0.276
#> GSM1317963 1 0.4843 0.27549 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM1317964 2 0.4999 -0.01404 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 2 0.4500 0.34225 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM1317967 4 0.0336 0.72370 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317968 1 0.4996 0.00143 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.3649 0.71549 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM1317970 4 0.4134 0.67383 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM1317952 1 0.3995 0.62732 0.824 0.004 0.148 0.024
#> GSM1317951 2 0.5000 -0.01659 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.5004 0.39763 0.000 0.392 0.604 0.004
#> GSM1317972 2 0.5809 0.43919 0.216 0.692 0.000 0.092
#> GSM1317973 4 0.0469 0.72508 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317974 2 0.5772 0.40400 0.116 0.708 0.000 0.176
#> GSM1317975 2 0.1389 0.40276 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM1317978 1 0.4164 0.51972 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.6083 0.32150 0.372 0.004 0.580 0.044
#> GSM1317980 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1867 0.37389 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317982 3 0.5039 0.43152 0.000 0.004 0.592 0.404
#> GSM1317983 1 0.2973 0.68436 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.3400 0.64898 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1474 0.39677 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM1317988 4 0.0469 0.72456 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317989 1 0.4640 0.67712 0.804 0.116 0.076 0.004
#> GSM1317990 2 0.4941 -0.47432 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM1317991 2 0.4981 -0.10326 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM1317992 4 0.5372 0.58832 0.000 0.444 0.012 0.544
#> GSM1317993 4 0.4996 0.56338 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM1317994 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.3494 0.63038 0.824 0.004 0.000 0.172
#> GSM1317976 2 0.3837 0.42713 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.4605 0.64271 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM1317997 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0524 0.76226 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1317999 1 0.0469 0.76360 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318002 4 0.4866 0.61837 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM1318003 4 0.4843 0.62752 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM1318004 4 0.1743 0.69095 0.056 0.004 0.000 0.940
#> GSM1318005 4 0.0376 0.71827 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM1318006 1 0.1118 0.75461 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.7674 0.12275 0.288 0.004 0.220 0.488
#> GSM1318008 1 0.0524 0.76226 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1318009 4 0.0336 0.72370 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1318010 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.0657 0.76083 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM1318012 1 0.3539 0.61884 0.820 0.004 0.000 0.176
#> GSM1318013 4 0.2007 0.69052 0.036 0.004 0.020 0.940
#> GSM1318014 1 0.0376 0.76288 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM1318015 4 0.4933 0.60479 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM1318001 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.3172 0.71321 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM1318016 4 0.4916 0.61065 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM1318017 1 0.0336 0.76412 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2011 0.72716 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM1318020 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 4 0.4994 0.56821 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM1318022 3 0.4643 0.54152 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM1318023 1 0.0469 0.76360 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318024 4 0.4994 0.56821 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM1318025 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 4 0.4907 0.61273 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM1318027 4 0.0817 0.72611 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318028 2 0.4941 0.13229 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0469 0.76360 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.5047 0.30676 0.004 0.004 0.356 0.636
#> GSM1318031 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.3355 0.63854 0.836 0.004 0.000 0.160
#> GSM1318034 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318035 4 0.4992 0.57268 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM1318036 1 0.3384 0.69110 0.860 0.024 0.000 0.116
#> GSM1318037 4 0.5162 0.54310 0.092 0.004 0.136 0.768
#> GSM1318038 3 0.3043 0.81217 0.004 0.112 0.876 0.008
#> GSM1318039 2 0.5000 -0.02918 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0188 0.89947 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318032 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0188 0.89966 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317915 2 0.5000 -0.04211 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.4304 0.51703 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.7073 0.60315 0.132 0.160 0.660 0.048
#> GSM1317918 2 0.4925 0.11153 0.428 0.572 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.4916 0.35913 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM1317920 3 0.0188 0.89958 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317921 3 0.1389 0.87115 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM1317922 3 0.3587 0.79614 0.052 0.088 0.860 0.000
#> GSM1317923 3 0.0188 0.89966 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317924 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 4 0.4994 0.56821 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM1317926 3 0.0817 0.88739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317927 4 0.4985 0.58063 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM1317928 3 0.5042 0.70080 0.000 0.136 0.768 0.096
#> GSM1317929 2 0.4134 0.38057 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM1317930 4 0.3907 0.68523 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM1317931 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.7606 -0.16707 0.000 0.476 0.276 0.248
#> GSM1317933 4 0.4761 0.64441 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM1317934 2 0.7578 -0.14381 0.000 0.480 0.284 0.236
#> GSM1317935 3 0.3942 0.68109 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0817 0.76200 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.1716 0.73045 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM1317939 4 0.4941 0.60790 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM1317940 2 0.4643 0.24786 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.4134 0.67370 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM1317942 4 0.3311 0.71437 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM1317943 4 0.3688 0.70683 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM1317944 4 0.4992 0.57268 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM1317896 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 2 0.4992 0.02564 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0707 0.76122 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0657 0.76083 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM1317900 3 0.0188 0.89960 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317901 1 0.2647 0.69967 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.76374 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0592 0.76259 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0779 0.71321 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM1317905 4 0.4697 0.65888 0.000 0.296 0.008 0.696
#> GSM1317906 4 0.4744 0.66479 0.000 0.284 0.012 0.704
#> GSM1317907 4 0.6565 0.38990 0.132 0.004 0.224 0.640
#> GSM1317908 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.5284 0.33439 0.616 0.016 0.368 0.000
#> GSM1317910 1 0.7605 0.11540 0.452 0.336 0.212 0.000
#> GSM1317911 1 0.0672 0.76278 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM1317912 1 0.7677 0.19046 0.464 0.004 0.196 0.336
#> GSM1317913 4 0.0895 0.71087 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM1318041 3 0.6682 0.43194 0.296 0.004 0.596 0.104
#> GSM1318042 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.90155 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0336 0.76412 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0336 0.76412 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0524 0.76226 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1318047 1 0.1109 0.75294 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM1318048 3 0.0336 0.89633 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318049 1 0.3172 0.62767 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1318050 4 0.0895 0.71087 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM1318051 4 0.0188 0.71981 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318052 4 0.0336 0.72370 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1318053 4 0.1474 0.72792 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM1318054 4 0.0336 0.71957 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318055 3 0.0592 0.89250 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318056 4 0.0469 0.72456 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1318057 4 0.0000 0.72120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318058 4 0.4636 0.59211 0.000 0.040 0.188 0.772
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.4748 0.1939 0.004 0.384 0.000 0.596 0.016
#> GSM1317946 4 0.7256 0.2272 0.120 0.076 0.000 0.480 0.324
#> GSM1317947 3 0.0880 0.8340 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317948 5 0.3197 0.7118 0.004 0.000 0.152 0.012 0.832
#> GSM1317949 5 0.3608 0.7505 0.064 0.112 0.000 0.000 0.824
#> GSM1317950 5 0.2260 0.8449 0.064 0.028 0.000 0.000 0.908
#> GSM1317953 1 0.5006 0.6986 0.704 0.116 0.000 0.000 0.180
#> GSM1317954 5 0.5732 0.2632 0.296 0.116 0.000 0.000 0.588
#> GSM1317955 1 0.4149 0.7380 0.784 0.128 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317956 5 0.3359 0.7804 0.108 0.052 0.000 0.000 0.840
#> GSM1317957 1 0.6725 0.2094 0.400 0.256 0.000 0.344 0.000
#> GSM1317958 5 0.0566 0.8899 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> GSM1317959 4 0.2017 0.7876 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> GSM1317960 5 0.2074 0.8479 0.008 0.004 0.008 0.056 0.924
#> GSM1317961 3 0.6361 -0.1900 0.424 0.140 0.432 0.000 0.004
#> GSM1317962 2 0.8161 -0.1219 0.136 0.404 0.000 0.228 0.232
#> GSM1317963 1 0.3807 0.7020 0.792 0.028 0.000 0.004 0.176
#> GSM1317964 1 0.4411 0.7344 0.764 0.116 0.000 0.000 0.120
#> GSM1317965 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 1 0.6460 0.3289 0.476 0.164 0.356 0.000 0.004
#> GSM1317967 4 0.0794 0.8256 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317968 5 0.6132 -0.1056 0.388 0.132 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317969 3 0.4182 0.3473 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM1317970 4 0.3055 0.7380 0.016 0.144 0.000 0.840 0.000
#> GSM1317952 5 0.2022 0.8492 0.004 0.004 0.048 0.016 0.928
#> GSM1317951 1 0.5843 0.5291 0.572 0.124 0.000 0.000 0.304
#> GSM1317971 3 0.3365 0.6987 0.008 0.180 0.808 0.004 0.000
#> GSM1317972 2 0.7243 -0.1309 0.300 0.496 0.000 0.072 0.132
#> GSM1317973 4 0.2629 0.7487 0.136 0.004 0.000 0.860 0.000
#> GSM1317974 1 0.6441 0.5173 0.560 0.304 0.000 0.100 0.036
#> GSM1317975 2 0.0404 0.7443 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.4169 0.6944 0.100 0.116 0.000 0.000 0.784
#> GSM1317979 3 0.5453 0.6066 0.020 0.004 0.692 0.076 0.208
#> GSM1317980 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0404 0.7443 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.3593 0.7239 0.116 0.000 0.060 0.824 0.000
#> GSM1317983 5 0.2260 0.8464 0.064 0.028 0.000 0.000 0.908
#> GSM1317984 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.3035 0.8031 0.112 0.032 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317987 2 0.0404 0.7443 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0510 0.8279 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317989 5 0.2677 0.8581 0.036 0.020 0.036 0.004 0.904
#> GSM1317990 2 0.1484 0.7891 0.008 0.944 0.000 0.048 0.000
#> GSM1317991 2 0.5201 0.1301 0.044 0.532 0.424 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.3035 0.8239 0.008 0.848 0.008 0.136 0.000
#> GSM1317993 2 0.2286 0.8280 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.1124 0.8740 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM1317976 2 0.6072 0.0247 0.252 0.568 0.000 0.000 0.180
#> GSM1317995 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.5607 0.5025 0.228 0.140 0.000 0.632 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0404 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317999 5 0.0671 0.8895 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM1318002 2 0.2605 0.8212 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM1318003 2 0.2516 0.8260 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM1318004 4 0.1568 0.8228 0.000 0.020 0.000 0.944 0.036
#> GSM1318005 4 0.0510 0.8280 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318006 5 0.0510 0.8888 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1318007 4 0.2746 0.7625 0.000 0.008 0.008 0.872 0.112
#> GSM1318008 5 0.0404 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318009 4 0.0794 0.8256 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.0404 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318012 5 0.1502 0.8573 0.004 0.000 0.000 0.056 0.940
#> GSM1318013 4 0.0771 0.8252 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM1318014 5 0.0404 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318015 2 0.2329 0.8317 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4297 -0.0672 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM1318016 2 0.2377 0.8310 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM1318017 5 0.0798 0.8901 0.016 0.000 0.000 0.008 0.976
#> GSM1318019 4 0.1608 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM1318020 3 0.0162 0.8484 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.2329 0.8317 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318022 1 0.3693 0.5505 0.804 0.012 0.168 0.016 0.000
#> GSM1318023 5 0.0671 0.8896 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM1318024 2 0.2329 0.8317 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.2329 0.8317 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318027 4 0.1270 0.8156 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM1318028 1 0.5159 0.7049 0.692 0.144 0.000 0.000 0.164
#> GSM1318029 3 0.1478 0.8238 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.0609 0.8873 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM1318030 4 0.3308 0.7257 0.004 0.020 0.144 0.832 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.4283 0.2258 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM1318034 3 0.1341 0.8182 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1318035 2 0.2280 0.8314 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM1318036 4 0.3752 0.5777 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM1318037 4 0.3251 0.7811 0.000 0.016 0.040 0.864 0.080
#> GSM1318038 3 0.5004 0.6355 0.276 0.004 0.676 0.032 0.012
#> GSM1318039 1 0.1469 0.7331 0.948 0.016 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318040 3 0.1671 0.8041 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0162 0.8482 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.3972 0.7267 0.188 0.020 0.780 0.012 0.000
#> GSM1317915 1 0.1408 0.7295 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317916 1 0.4481 0.1640 0.576 0.000 0.000 0.008 0.416
#> GSM1317917 3 0.6467 0.5232 0.304 0.008 0.576 0.052 0.060
#> GSM1317918 1 0.0510 0.7219 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317919 3 0.4718 0.4697 0.404 0.008 0.580 0.008 0.000
#> GSM1317920 3 0.4264 0.5371 0.376 0.000 0.620 0.004 0.000
#> GSM1317921 3 0.4318 0.6389 0.296 0.008 0.688 0.008 0.000
#> GSM1317922 3 0.4539 0.6063 0.320 0.000 0.660 0.012 0.008
#> GSM1317923 3 0.4756 0.6664 0.240 0.004 0.704 0.052 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.2389 0.8305 0.004 0.880 0.000 0.116 0.000
#> GSM1317926 1 0.4194 0.3722 0.708 0.004 0.276 0.012 0.000
#> GSM1317927 2 0.2280 0.8314 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM1317928 2 0.6062 0.4292 0.132 0.600 0.256 0.012 0.000
#> GSM1317929 1 0.2875 0.7119 0.884 0.056 0.052 0.008 0.000
#> GSM1317930 2 0.3983 0.5695 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM1317931 3 0.0579 0.8459 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.2329 0.7376 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.2471 0.8265 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM1317934 2 0.2389 0.7461 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> GSM1317935 3 0.4445 0.4858 0.024 0.300 0.676 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0324 0.8475 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0404 0.8898 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317938 2 0.4030 0.5574 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM1317939 2 0.2329 0.8311 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM1317940 1 0.4849 0.7234 0.724 0.140 0.000 0.000 0.136
#> GSM1317941 4 0.3944 0.7030 0.032 0.200 0.000 0.768 0.000
#> GSM1317942 2 0.3109 0.7744 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM1317943 2 0.2966 0.7904 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317944 2 0.2280 0.8314 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.5167 0.6805 0.684 0.116 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317898 5 0.0451 0.8900 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317899 5 0.1830 0.8493 0.000 0.068 0.000 0.008 0.924
#> GSM1317900 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.1830 0.8612 0.040 0.028 0.000 0.000 0.932
#> GSM1317902 5 0.0162 0.8887 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317903 5 0.0510 0.8888 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317904 4 0.0290 0.8280 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317905 4 0.2304 0.7813 0.008 0.100 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317906 4 0.2388 0.8015 0.028 0.072 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317907 4 0.5350 0.6136 0.112 0.004 0.144 0.720 0.020
#> GSM1317908 3 0.0162 0.8482 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317909 5 0.5689 0.2395 0.068 0.000 0.368 0.008 0.556
#> GSM1317910 1 0.1413 0.7146 0.956 0.000 0.020 0.012 0.012
#> GSM1317911 5 0.2540 0.8271 0.024 0.000 0.000 0.088 0.888
#> GSM1317912 4 0.6198 0.4607 0.004 0.004 0.188 0.592 0.212
#> GSM1317913 4 0.0290 0.8275 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318041 3 0.4953 0.5371 0.000 0.004 0.664 0.048 0.284
#> GSM1318042 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0566 0.8899 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> GSM1318045 5 0.0324 0.8893 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> GSM1318046 5 0.0404 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318047 5 0.0671 0.8841 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> GSM1318048 3 0.4030 0.4391 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM1318049 5 0.1492 0.8703 0.008 0.000 0.040 0.004 0.948
#> GSM1318050 4 0.0771 0.8236 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM1318051 4 0.0290 0.8280 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318052 4 0.0703 0.8264 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318053 4 0.1502 0.8134 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> GSM1318054 4 0.0510 0.8276 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318055 3 0.0794 0.8370 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM1318056 4 0.0703 0.8264 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318057 4 0.0510 0.8276 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318058 4 0.3890 0.7200 0.004 0.036 0.168 0.792 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.6793 0.1196 0.044 0.416 0.000 0.352 0.008 0.180
#> GSM1317946 4 0.6228 0.1992 0.276 0.012 0.000 0.524 0.172 0.016
#> GSM1317947 3 0.3780 0.6142 0.008 0.000 0.732 0.000 0.244 0.016
#> GSM1317948 5 0.3324 0.7582 0.024 0.000 0.088 0.000 0.840 0.048
#> GSM1317949 5 0.1556 0.8391 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM1317950 5 0.2340 0.7739 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM1317953 1 0.3287 0.6604 0.768 0.000 0.000 0.000 0.220 0.012
#> GSM1317954 5 0.4114 -0.0651 0.460 0.004 0.000 0.000 0.532 0.004
#> GSM1317955 1 0.2390 0.6057 0.888 0.000 0.000 0.000 0.056 0.056
#> GSM1317956 5 0.3221 0.6089 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM1317957 1 0.4738 0.1324 0.544 0.004 0.012 0.420 0.000 0.020
#> GSM1317958 5 0.0458 0.8599 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317959 4 0.1401 0.8488 0.020 0.000 0.000 0.948 0.004 0.028
#> GSM1317960 5 0.3976 0.6684 0.052 0.000 0.004 0.000 0.748 0.196
#> GSM1317961 1 0.4749 0.1796 0.536 0.004 0.428 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317962 4 0.6055 -0.0653 0.388 0.004 0.000 0.448 0.148 0.012
#> GSM1317963 1 0.2908 0.5877 0.864 0.000 0.000 0.012 0.048 0.076
#> GSM1317964 1 0.2581 0.6495 0.860 0.000 0.000 0.000 0.120 0.020
#> GSM1317965 3 0.0603 0.8680 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM1317966 1 0.4712 0.3464 0.600 0.008 0.360 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317967 4 0.1053 0.8541 0.004 0.000 0.012 0.964 0.000 0.020
#> GSM1317968 1 0.3756 0.4952 0.644 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM1317969 4 0.4328 0.1156 0.000 0.000 0.460 0.520 0.000 0.020
#> GSM1317970 4 0.1745 0.8366 0.056 0.000 0.000 0.924 0.000 0.020
#> GSM1317952 5 0.3044 0.7833 0.036 0.000 0.028 0.000 0.860 0.076
#> GSM1317951 1 0.4338 0.5977 0.660 0.004 0.000 0.000 0.300 0.036
#> GSM1317971 3 0.2905 0.8019 0.048 0.012 0.880 0.036 0.000 0.024
#> GSM1317972 1 0.5509 0.6152 0.648 0.100 0.000 0.052 0.200 0.000
#> GSM1317973 4 0.2912 0.6914 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM1317974 1 0.4158 0.5817 0.768 0.024 0.000 0.160 0.044 0.004
#> GSM1317975 2 0.1007 0.9018 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.3769 0.3638 0.356 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004
#> GSM1317979 3 0.5938 0.5416 0.036 0.000 0.640 0.036 0.196 0.092
#> GSM1317980 3 0.0806 0.8723 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317981 2 0.1007 0.9018 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0806 0.8568 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM1317983 5 0.2320 0.7862 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.004
#> GSM1317984 3 0.0547 0.8739 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317985 3 0.0891 0.8709 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317986 5 0.2994 0.7024 0.208 0.000 0.000 0.000 0.788 0.004
#> GSM1317987 2 0.0865 0.9044 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0363 0.8559 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317989 5 0.4614 0.6609 0.052 0.000 0.164 0.020 0.744 0.020
#> GSM1317990 2 0.0937 0.9032 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.4476 0.6325 0.196 0.044 0.732 0.008 0.000 0.020
#> GSM1317992 2 0.4417 0.7678 0.052 0.788 0.076 0.064 0.000 0.020
#> GSM1317993 2 0.0146 0.9084 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0146 0.8745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317977 5 0.0964 0.8507 0.016 0.000 0.000 0.012 0.968 0.004
#> GSM1317976 1 0.4580 0.6567 0.728 0.040 0.008 0.004 0.200 0.020
#> GSM1317995 3 0.0806 0.8723 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317996 4 0.5004 0.1132 0.420 0.004 0.000 0.516 0.000 0.060
#> GSM1317997 3 0.0405 0.8753 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317998 5 0.0146 0.8595 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317999 5 0.0790 0.8571 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318002 2 0.2731 0.8506 0.044 0.876 0.000 0.068 0.000 0.012
#> GSM1318003 2 0.1749 0.8948 0.024 0.932 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM1318004 4 0.0820 0.8552 0.012 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM1318005 4 0.0405 0.8557 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM1318006 5 0.0632 0.8596 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318007 4 0.0964 0.8582 0.016 0.000 0.000 0.968 0.004 0.012
#> GSM1318008 5 0.0363 0.8607 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318009 4 0.0508 0.8560 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM1318010 3 0.0891 0.8709 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318011 5 0.0547 0.8539 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318012 5 0.2444 0.8091 0.052 0.000 0.000 0.016 0.896 0.036
#> GSM1318013 4 0.0458 0.8568 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.0964 0.8516 0.012 0.000 0.004 0.000 0.968 0.016
#> GSM1318015 2 0.1320 0.9015 0.036 0.948 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0891 0.8709 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318000 4 0.2007 0.8357 0.032 0.036 0.000 0.920 0.000 0.012
#> GSM1318016 2 0.1421 0.8990 0.028 0.944 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.0865 0.8561 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM1318019 4 0.0405 0.8565 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM1318020 3 0.0000 0.8742 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0405 0.9084 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM1318022 6 0.2250 0.7714 0.092 0.000 0.020 0.000 0.000 0.888
#> GSM1318023 5 0.0713 0.8584 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318024 2 0.1124 0.9039 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0260 0.8747 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318026 2 0.1149 0.9059 0.024 0.960 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM1318027 4 0.1262 0.8519 0.016 0.000 0.008 0.956 0.000 0.020
#> GSM1318028 1 0.2915 0.6721 0.808 0.008 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM1318029 3 0.1806 0.8156 0.004 0.000 0.908 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318018 5 0.0790 0.8573 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318030 4 0.3054 0.7934 0.028 0.000 0.028 0.856 0.000 0.088
#> GSM1318031 3 0.0603 0.8689 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318033 4 0.6023 0.1890 0.044 0.000 0.000 0.468 0.396 0.092
#> GSM1318034 3 0.2333 0.7794 0.004 0.000 0.872 0.000 0.120 0.004
#> GSM1318035 2 0.0146 0.9076 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318036 4 0.1692 0.8408 0.012 0.000 0.000 0.932 0.048 0.008
#> GSM1318037 4 0.1570 0.8529 0.016 0.000 0.008 0.944 0.004 0.028
#> GSM1318038 6 0.1668 0.7691 0.008 0.004 0.060 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318039 1 0.3706 -0.0815 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM1318040 3 0.1680 0.8506 0.004 0.024 0.940 0.012 0.000 0.020
#> GSM1318032 3 0.1053 0.8595 0.004 0.000 0.964 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317914 6 0.3387 0.7271 0.000 0.040 0.164 0.000 0.000 0.796
#> GSM1317915 6 0.4080 0.4231 0.456 0.000 0.000 0.000 0.008 0.536
#> GSM1317916 6 0.2901 0.7342 0.128 0.000 0.000 0.000 0.032 0.840
#> GSM1317917 6 0.1672 0.7538 0.016 0.012 0.028 0.000 0.004 0.940
#> GSM1317918 6 0.3765 0.5285 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM1317919 6 0.5464 0.6069 0.204 0.000 0.224 0.000 0.000 0.572
#> GSM1317920 6 0.5428 0.5266 0.140 0.000 0.320 0.000 0.000 0.540
#> GSM1317921 6 0.3732 0.7631 0.076 0.000 0.144 0.000 0.000 0.780
#> GSM1317922 6 0.2457 0.7861 0.036 0.000 0.084 0.000 0.000 0.880
#> GSM1317923 6 0.2255 0.7806 0.016 0.000 0.088 0.004 0.000 0.892
#> GSM1317924 3 0.0508 0.8706 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317925 2 0.0146 0.9076 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317926 6 0.3649 0.7412 0.196 0.000 0.040 0.000 0.000 0.764
#> GSM1317927 2 0.0291 0.9083 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM1317928 2 0.3043 0.7301 0.000 0.792 0.008 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317929 1 0.3529 0.3654 0.764 0.000 0.028 0.000 0.000 0.208
#> GSM1317930 2 0.1918 0.8566 0.000 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> GSM1317931 3 0.4613 0.5419 0.008 0.064 0.676 0.000 0.000 0.252
#> GSM1317932 2 0.0146 0.9076 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317933 2 0.0520 0.9075 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM1317934 2 0.0000 0.9082 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317935 2 0.4735 0.4029 0.008 0.616 0.328 0.000 0.000 0.048
#> GSM1317936 3 0.1643 0.8421 0.008 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317937 5 0.0748 0.8606 0.016 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM1317938 2 0.2730 0.7418 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0363 0.9067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317940 1 0.2921 0.6725 0.828 0.008 0.000 0.000 0.156 0.008
#> GSM1317941 4 0.2199 0.8137 0.088 0.000 0.000 0.892 0.000 0.020
#> GSM1317942 2 0.1148 0.9033 0.004 0.960 0.000 0.020 0.000 0.016
#> GSM1317943 2 0.1003 0.9044 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> GSM1317944 2 0.0146 0.9076 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8742 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.3109 0.6548 0.772 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004
#> GSM1317898 5 0.0632 0.8596 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317899 5 0.4665 0.3534 0.016 0.372 0.000 0.000 0.588 0.024
#> GSM1317900 3 0.1536 0.8492 0.024 0.000 0.944 0.012 0.000 0.020
#> GSM1317901 5 0.1500 0.8466 0.052 0.000 0.012 0.000 0.936 0.000
#> GSM1317902 5 0.0363 0.8582 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1317903 5 0.0547 0.8598 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317904 4 0.0820 0.8540 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> GSM1317905 4 0.2188 0.8358 0.036 0.000 0.032 0.912 0.000 0.020
#> GSM1317906 4 0.1679 0.8507 0.016 0.000 0.012 0.936 0.000 0.036
#> GSM1317907 4 0.4554 0.6848 0.036 0.000 0.020 0.736 0.020 0.188
#> GSM1317908 3 0.0508 0.8747 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317909 5 0.5384 0.3625 0.044 0.000 0.328 0.000 0.580 0.048
#> GSM1317910 1 0.4004 -0.0631 0.620 0.000 0.012 0.000 0.000 0.368
#> GSM1317911 5 0.3740 0.7530 0.064 0.000 0.000 0.096 0.812 0.028
#> GSM1317912 4 0.7604 0.2102 0.052 0.000 0.064 0.428 0.260 0.196
#> GSM1317913 4 0.1485 0.8464 0.024 0.000 0.000 0.944 0.004 0.028
#> GSM1318041 3 0.5925 0.2400 0.048 0.000 0.492 0.008 0.396 0.056
#> GSM1318042 3 0.0717 0.8734 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318043 3 0.0405 0.8749 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318044 5 0.0458 0.8599 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318045 5 0.0260 0.8598 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318046 5 0.0993 0.8484 0.024 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012
#> GSM1318047 5 0.1934 0.8213 0.044 0.000 0.000 0.000 0.916 0.040
#> GSM1318048 3 0.4195 0.2019 0.008 0.000 0.548 0.000 0.440 0.004
#> GSM1318049 5 0.1168 0.8528 0.016 0.000 0.028 0.000 0.956 0.000
#> GSM1318050 4 0.1844 0.8396 0.024 0.000 0.000 0.924 0.004 0.048
#> GSM1318051 4 0.1074 0.8523 0.012 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028
#> GSM1318052 4 0.0458 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318053 4 0.1262 0.8519 0.016 0.000 0.008 0.956 0.000 0.020
#> GSM1318054 4 0.0820 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM1318055 3 0.0891 0.8638 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM1318056 4 0.0806 0.8556 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM1318057 4 0.0000 0.8561 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.2964 0.7896 0.024 0.000 0.100 0.856 0.000 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> SD:NMF 159 0.609803 1.89e-01 0.0123 0.161 2
#> SD:NMF 159 0.747380 1.71e-01 0.0451 0.566 3
#> SD:NMF 121 0.435568 8.94e-02 0.5217 0.268 4
#> SD:NMF 141 0.002690 1.19e-04 0.0111 0.429 5
#> SD:NMF 141 0.000792 2.26e-10 0.0035 0.340 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.474 0.721 0.880 0.4367 0.546 0.546
#> 3 3 0.355 0.615 0.783 0.4126 0.785 0.611
#> 4 4 0.519 0.642 0.801 0.1421 0.881 0.674
#> 5 5 0.525 0.526 0.708 0.0844 0.942 0.799
#> 6 6 0.615 0.481 0.682 0.0430 0.924 0.720
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.5842 0.7585 0.140 0.860
#> GSM1317946 2 0.9977 0.0251 0.472 0.528
#> GSM1317947 1 0.9323 0.6064 0.652 0.348
#> GSM1317948 1 0.9954 0.3566 0.540 0.460
#> GSM1317949 1 0.9323 0.6064 0.652 0.348
#> GSM1317950 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.6712 0.7114 0.824 0.176
#> GSM1317955 1 0.6712 0.7114 0.824 0.176
#> GSM1317956 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0672 0.8838 0.008 0.992
#> GSM1317958 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1317960 1 0.9944 0.3674 0.544 0.456
#> GSM1317961 2 0.5178 0.7895 0.116 0.884
#> GSM1317962 2 0.9866 0.1874 0.432 0.568
#> GSM1317963 1 0.9661 0.5174 0.608 0.392
#> GSM1317964 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.2236 0.8642 0.036 0.964
#> GSM1317966 2 0.5178 0.7895 0.116 0.884
#> GSM1317967 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317968 2 0.9866 0.1874 0.432 0.568
#> GSM1317969 2 0.2236 0.8642 0.036 0.964
#> GSM1317970 2 0.0672 0.8838 0.008 0.992
#> GSM1317952 1 0.9954 0.3566 0.540 0.460
#> GSM1317951 1 0.6712 0.7114 0.824 0.176
#> GSM1317971 2 0.1843 0.8705 0.028 0.972
#> GSM1317972 2 0.9866 0.1874 0.432 0.568
#> GSM1317973 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1317974 2 0.9866 0.1874 0.432 0.568
#> GSM1317975 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317978 2 0.9754 0.2525 0.408 0.592
#> GSM1317979 2 0.9850 0.0546 0.428 0.572
#> GSM1317980 2 0.9850 0.0546 0.428 0.572
#> GSM1317981 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317982 2 0.9850 0.0546 0.428 0.572
#> GSM1317983 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317988 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1317989 1 0.9000 0.6439 0.684 0.316
#> GSM1317990 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317991 2 0.1843 0.8705 0.028 0.972
#> GSM1317992 2 0.1843 0.8705 0.028 0.972
#> GSM1317993 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317994 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.9000 0.6439 0.684 0.316
#> GSM1317976 2 0.9866 0.1874 0.432 0.568
#> GSM1317995 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.6712 0.7007 0.176 0.824
#> GSM1317997 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0672 0.7872 0.992 0.008
#> GSM1318002 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318004 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318005 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318006 1 0.0938 0.7868 0.988 0.012
#> GSM1318007 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318008 1 0.0672 0.7872 0.992 0.008
#> GSM1318009 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318010 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.9775 0.4755 0.588 0.412
#> GSM1318012 1 0.9775 0.4755 0.588 0.412
#> GSM1318013 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318014 1 0.9775 0.4755 0.588 0.412
#> GSM1318015 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318016 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1318017 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318020 2 0.8955 0.4384 0.312 0.688
#> GSM1318021 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1318022 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1318025 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.9775 0.4330 0.588 0.412
#> GSM1318029 2 0.0672 0.8832 0.008 0.992
#> GSM1318018 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.9710 0.1669 0.400 0.600
#> GSM1318031 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318033 2 0.9988 -0.1300 0.480 0.520
#> GSM1318034 1 0.9977 0.3255 0.528 0.472
#> GSM1318035 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1318036 2 0.9944 -0.0278 0.456 0.544
#> GSM1318037 2 0.9710 0.1669 0.400 0.600
#> GSM1318038 1 0.7815 0.7127 0.768 0.232
#> GSM1318039 1 0.0376 0.7873 0.996 0.004
#> GSM1318040 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0376 0.7873 0.996 0.004
#> GSM1317916 1 0.0376 0.7873 0.996 0.004
#> GSM1317917 1 0.7815 0.7127 0.768 0.232
#> GSM1317918 1 0.0376 0.7873 0.996 0.004
#> GSM1317919 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0672 0.8832 0.008 0.992
#> GSM1317921 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7602 0.7177 0.780 0.220
#> GSM1317923 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317926 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317928 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0672 0.8832 0.008 0.992
#> GSM1317930 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.8955 0.4384 0.312 0.688
#> GSM1317933 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317934 2 0.8955 0.4384 0.312 0.688
#> GSM1317935 2 0.8955 0.4384 0.312 0.688
#> GSM1317936 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1317939 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317940 1 0.7056 0.7347 0.808 0.192
#> GSM1317941 2 0.4431 0.8189 0.092 0.908
#> GSM1317942 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317943 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317944 2 0.0672 0.8849 0.008 0.992
#> GSM1317896 2 0.9000 0.4258 0.316 0.684
#> GSM1317897 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.5059 0.7647 0.888 0.112
#> GSM1317899 1 0.0938 0.7868 0.988 0.012
#> GSM1317900 2 0.9087 0.4074 0.324 0.676
#> GSM1317901 1 0.9323 0.6064 0.652 0.348
#> GSM1317902 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1317905 2 0.0672 0.8838 0.008 0.992
#> GSM1317906 2 0.0672 0.8838 0.008 0.992
#> GSM1317907 2 0.5946 0.7535 0.144 0.856
#> GSM1317908 1 0.9323 0.6064 0.652 0.348
#> GSM1317909 1 0.9129 0.6207 0.672 0.328
#> GSM1317910 1 0.9129 0.6207 0.672 0.328
#> GSM1317911 1 0.8763 0.6511 0.704 0.296
#> GSM1317912 2 0.5946 0.7535 0.144 0.856
#> GSM1317913 2 0.5946 0.7535 0.144 0.856
#> GSM1318041 1 0.9970 0.3382 0.532 0.468
#> GSM1318042 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.7869 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.9977 0.3306 0.528 0.472
#> GSM1318048 1 0.9427 0.5883 0.640 0.360
#> GSM1318049 1 0.9427 0.5883 0.640 0.360
#> GSM1318050 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318051 2 0.0938 0.8839 0.012 0.988
#> GSM1318052 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.6754 0.5549 0.092 0.740 0.168
#> GSM1317946 2 0.6291 0.1561 0.468 0.532 0.000
#> GSM1317947 1 0.9059 0.4576 0.480 0.140 0.380
#> GSM1317948 1 0.9520 0.3508 0.452 0.352 0.196
#> GSM1317949 1 0.9059 0.4576 0.480 0.140 0.380
#> GSM1317950 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317953 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317954 1 0.4465 0.6478 0.820 0.176 0.004
#> GSM1317955 1 0.4465 0.6478 0.820 0.176 0.004
#> GSM1317956 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317957 2 0.0983 0.7830 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317958 1 0.0424 0.7491 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317959 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317960 1 0.9510 0.3596 0.456 0.348 0.196
#> GSM1317961 3 0.8045 0.3963 0.064 0.432 0.504
#> GSM1317962 2 0.6587 0.2779 0.424 0.568 0.008
#> GSM1317963 1 0.9111 0.4854 0.532 0.292 0.176
#> GSM1317964 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317965 3 0.6314 0.5704 0.004 0.392 0.604
#> GSM1317966 3 0.8045 0.3963 0.064 0.432 0.504
#> GSM1317967 2 0.3686 0.6564 0.000 0.860 0.140
#> GSM1317968 2 0.6587 0.2779 0.424 0.568 0.008
#> GSM1317969 3 0.6314 0.5704 0.004 0.392 0.604
#> GSM1317970 2 0.0983 0.7830 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317952 1 0.9520 0.3508 0.452 0.352 0.196
#> GSM1317951 1 0.4465 0.6478 0.820 0.176 0.004
#> GSM1317971 3 0.6495 0.4610 0.004 0.460 0.536
#> GSM1317972 2 0.6587 0.2779 0.424 0.568 0.008
#> GSM1317973 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317974 2 0.6587 0.2779 0.424 0.568 0.008
#> GSM1317975 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 2 0.6140 0.3303 0.404 0.596 0.000
#> GSM1317979 2 0.9999 -0.1942 0.332 0.340 0.328
#> GSM1317980 2 0.9999 -0.1942 0.332 0.340 0.328
#> GSM1317981 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 2 0.9999 -0.1942 0.332 0.340 0.328
#> GSM1317983 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317984 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317985 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317986 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317987 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317989 1 0.9257 0.5374 0.520 0.196 0.284
#> GSM1317990 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.6495 0.4610 0.004 0.460 0.536
#> GSM1317992 3 0.6495 0.4610 0.004 0.460 0.536
#> GSM1317993 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317977 1 0.9257 0.5374 0.520 0.196 0.284
#> GSM1317976 2 0.6587 0.2779 0.424 0.568 0.008
#> GSM1317995 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317996 2 0.4351 0.6513 0.168 0.828 0.004
#> GSM1317997 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317998 1 0.0424 0.7491 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317999 1 0.0747 0.7494 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318002 2 0.1289 0.7732 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318003 2 0.1289 0.7732 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318004 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318005 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318006 1 0.1711 0.7493 0.960 0.008 0.032
#> GSM1318007 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318008 1 0.0747 0.7494 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318009 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318010 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318011 1 0.9207 0.4434 0.508 0.320 0.172
#> GSM1318012 1 0.9207 0.4434 0.508 0.320 0.172
#> GSM1318013 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318014 1 0.9207 0.4434 0.508 0.320 0.172
#> GSM1318015 2 0.1289 0.7732 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318001 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318000 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318016 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.7474 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.1129 0.7827 0.004 0.976 0.020
#> GSM1318020 3 0.8655 0.4136 0.156 0.256 0.588
#> GSM1318021 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.4887 0.7730 0.000 0.228 0.772
#> GSM1318023 1 0.0000 0.7474 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.4555 0.7823 0.000 0.200 0.800
#> GSM1318026 2 0.1411 0.7708 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318027 2 0.1289 0.7765 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318028 1 0.7919 0.3533 0.556 0.380 0.064
#> GSM1318029 3 0.6081 0.6810 0.004 0.344 0.652
#> GSM1318018 1 0.0000 0.7474 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.9527 0.0113 0.332 0.464 0.204
#> GSM1318031 3 0.4555 0.7823 0.000 0.200 0.800
#> GSM1318033 2 0.9098 -0.1163 0.404 0.456 0.140
#> GSM1318034 3 0.8798 -0.1268 0.356 0.124 0.520
#> GSM1318035 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 2 0.8943 -0.0361 0.392 0.480 0.128
#> GSM1318037 2 0.9527 0.0113 0.332 0.464 0.204
#> GSM1318038 1 0.6798 0.5373 0.584 0.016 0.400
#> GSM1318039 1 0.2165 0.7371 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318040 3 0.4555 0.7823 0.000 0.200 0.800
#> GSM1318032 3 0.4555 0.7823 0.000 0.200 0.800
#> GSM1317914 3 0.4605 0.7758 0.000 0.204 0.796
#> GSM1317915 1 0.2165 0.7371 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317916 1 0.4399 0.7087 0.812 0.000 0.188
#> GSM1317917 1 0.6798 0.5373 0.584 0.016 0.400
#> GSM1317918 1 0.2165 0.7371 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317919 3 0.5016 0.7679 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317920 3 0.6081 0.6810 0.004 0.344 0.652
#> GSM1317921 3 0.5016 0.7679 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317922 1 0.6865 0.5522 0.596 0.020 0.384
#> GSM1317923 3 0.5016 0.7679 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317924 3 0.4555 0.7823 0.000 0.200 0.800
#> GSM1317925 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.5016 0.7679 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317927 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.1411 0.7711 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317929 3 0.6081 0.6810 0.004 0.344 0.652
#> GSM1317930 2 0.1411 0.7711 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317931 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317932 3 0.8655 0.4136 0.156 0.256 0.588
#> GSM1317933 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.8655 0.4136 0.156 0.256 0.588
#> GSM1317935 3 0.8655 0.4136 0.156 0.256 0.588
#> GSM1317936 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317937 1 0.0592 0.7494 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317938 2 0.0237 0.7849 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.6252 0.6878 0.772 0.144 0.084
#> GSM1317941 2 0.2866 0.7376 0.076 0.916 0.008
#> GSM1317942 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.7852 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.7026 0.4426 0.152 0.120 0.728
#> GSM1317897 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317898 1 0.4527 0.7233 0.860 0.052 0.088
#> GSM1317899 1 0.1711 0.7493 0.960 0.008 0.032
#> GSM1317900 3 0.8528 0.3990 0.156 0.240 0.604
#> GSM1317901 1 0.9059 0.4576 0.480 0.140 0.380
#> GSM1317902 1 0.0424 0.7491 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317903 1 0.0424 0.7491 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317904 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317905 2 0.1765 0.7708 0.004 0.956 0.040
#> GSM1317906 2 0.1765 0.7708 0.004 0.956 0.040
#> GSM1317907 2 0.6829 0.5496 0.096 0.736 0.168
#> GSM1317908 1 0.9022 0.4530 0.480 0.136 0.384
#> GSM1317909 1 0.8753 0.5627 0.588 0.224 0.188
#> GSM1317910 1 0.8753 0.5627 0.588 0.224 0.188
#> GSM1317911 1 0.8423 0.5893 0.616 0.228 0.156
#> GSM1317912 2 0.6829 0.5496 0.096 0.736 0.168
#> GSM1317913 2 0.6829 0.5496 0.096 0.736 0.168
#> GSM1318041 3 0.8784 -0.1509 0.368 0.120 0.512
#> GSM1318042 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318043 3 0.4452 0.7820 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318044 1 0.0592 0.7494 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318045 1 0.0592 0.7494 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318046 1 0.0592 0.7494 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318047 1 0.9746 0.3710 0.436 0.320 0.244
#> GSM1318048 1 0.9273 0.4560 0.472 0.164 0.364
#> GSM1318049 1 0.9273 0.4560 0.472 0.164 0.364
#> GSM1318050 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318051 2 0.0983 0.7844 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318052 2 0.3686 0.6564 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318053 2 0.3686 0.6564 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318054 2 0.4654 0.5423 0.000 0.792 0.208
#> GSM1318055 3 0.4555 0.7819 0.000 0.200 0.800
#> GSM1318056 2 0.3686 0.6564 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318057 2 0.3686 0.6564 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318058 2 0.4654 0.5423 0.000 0.792 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.5290 0.4669 0.004 0.680 0.024 0.292
#> GSM1317946 2 0.6376 0.1539 0.432 0.504 0.000 0.064
#> GSM1317947 4 0.4363 0.6023 0.028 0.060 0.072 0.840
#> GSM1317948 4 0.7198 0.5638 0.180 0.280 0.000 0.540
#> GSM1317949 4 0.4363 0.6023 0.028 0.060 0.072 0.840
#> GSM1317950 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4199 0.6615 0.804 0.164 0.000 0.032
#> GSM1317955 1 0.4199 0.6615 0.804 0.164 0.000 0.032
#> GSM1317956 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.1486 0.8264 0.008 0.960 0.008 0.024
#> GSM1317958 1 0.2469 0.8341 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317959 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1317960 4 0.7179 0.5652 0.180 0.276 0.000 0.544
#> GSM1317961 3 0.8141 0.1558 0.020 0.312 0.456 0.212
#> GSM1317962 2 0.6285 0.2584 0.412 0.528 0.000 0.060
#> GSM1317963 4 0.7563 0.4877 0.304 0.220 0.000 0.476
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.6685 0.4046 0.000 0.284 0.592 0.124
#> GSM1317966 3 0.8141 0.1558 0.020 0.312 0.456 0.212
#> GSM1317967 2 0.3763 0.7215 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM1317968 2 0.6285 0.2584 0.412 0.528 0.000 0.060
#> GSM1317969 3 0.6685 0.4046 0.000 0.284 0.592 0.124
#> GSM1317970 2 0.1486 0.8264 0.008 0.960 0.008 0.024
#> GSM1317952 4 0.7198 0.5638 0.180 0.280 0.000 0.540
#> GSM1317951 1 0.4199 0.6615 0.804 0.164 0.000 0.032
#> GSM1317971 3 0.6508 0.3578 0.000 0.360 0.556 0.084
#> GSM1317972 2 0.6285 0.2584 0.412 0.528 0.000 0.060
#> GSM1317973 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1317974 2 0.6285 0.2584 0.412 0.528 0.000 0.060
#> GSM1317975 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 2 0.6240 0.2962 0.368 0.568 0.000 0.064
#> GSM1317979 4 0.8610 0.5907 0.108 0.252 0.128 0.512
#> GSM1317980 4 0.8610 0.5907 0.108 0.252 0.128 0.512
#> GSM1317981 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.8610 0.5907 0.108 0.252 0.128 0.512
#> GSM1317983 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317985 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317986 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1317989 4 0.5400 0.5903 0.100 0.108 0.020 0.772
#> GSM1317990 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.6508 0.3578 0.000 0.360 0.556 0.084
#> GSM1317992 3 0.6508 0.3578 0.000 0.360 0.556 0.084
#> GSM1317993 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317977 4 0.5400 0.5903 0.100 0.108 0.020 0.772
#> GSM1317976 2 0.6285 0.2584 0.412 0.528 0.000 0.060
#> GSM1317995 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317996 2 0.4057 0.6849 0.160 0.812 0.000 0.028
#> GSM1317997 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317998 1 0.2149 0.8372 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317999 1 0.2281 0.8351 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM1318002 2 0.1174 0.8268 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM1318003 2 0.1174 0.8268 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM1318004 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318005 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318006 1 0.4222 0.6938 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM1318007 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318008 1 0.2281 0.8351 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM1318009 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318010 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318011 4 0.7458 0.5306 0.240 0.252 0.000 0.508
#> GSM1318012 4 0.7458 0.5306 0.240 0.252 0.000 0.508
#> GSM1318013 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318014 4 0.7458 0.5306 0.240 0.252 0.000 0.508
#> GSM1318015 2 0.1174 0.8268 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM1318001 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318000 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318016 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.1302 0.8404 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318019 2 0.1406 0.8296 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318020 4 0.7506 0.1443 0.000 0.184 0.376 0.440
#> GSM1318021 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.3308 0.7527 0.000 0.036 0.872 0.092
#> GSM1318023 1 0.1302 0.8404 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318024 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.1545 0.7732 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM1318026 2 0.1297 0.8260 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM1318027 2 0.1488 0.8275 0.000 0.956 0.032 0.012
#> GSM1318028 1 0.7439 0.0903 0.500 0.296 0.000 0.204
#> GSM1318029 3 0.5462 0.6462 0.000 0.152 0.736 0.112
#> GSM1318018 1 0.1302 0.8404 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318030 4 0.7965 0.3982 0.140 0.396 0.028 0.436
#> GSM1318031 3 0.1545 0.7732 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM1318033 2 0.7700 -0.3855 0.220 0.396 0.000 0.384
#> GSM1318034 4 0.6510 0.3926 0.028 0.056 0.276 0.640
#> GSM1318035 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 2 0.7638 -0.3342 0.208 0.420 0.000 0.372
#> GSM1318037 4 0.7965 0.3982 0.140 0.396 0.028 0.436
#> GSM1318038 4 0.4656 0.4979 0.072 0.000 0.136 0.792
#> GSM1318039 1 0.3649 0.7235 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM1318040 3 0.1545 0.7732 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM1318032 3 0.1545 0.7732 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM1317914 3 0.1820 0.7807 0.000 0.020 0.944 0.036
#> GSM1317915 1 0.3649 0.7235 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM1317916 4 0.4382 0.1620 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM1317917 4 0.4656 0.4979 0.072 0.000 0.136 0.792
#> GSM1317918 1 0.3649 0.7235 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM1317919 3 0.3286 0.7551 0.000 0.044 0.876 0.080
#> GSM1317920 3 0.5462 0.6462 0.000 0.152 0.736 0.112
#> GSM1317921 3 0.3286 0.7551 0.000 0.044 0.876 0.080
#> GSM1317922 4 0.4688 0.5006 0.080 0.000 0.128 0.792
#> GSM1317923 3 0.3286 0.7551 0.000 0.044 0.876 0.080
#> GSM1317924 3 0.1545 0.7732 0.000 0.008 0.952 0.040
#> GSM1317925 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.3286 0.7551 0.000 0.044 0.876 0.080
#> GSM1317927 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.1510 0.8226 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM1317929 3 0.5462 0.6462 0.000 0.152 0.736 0.112
#> GSM1317930 2 0.1510 0.8226 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM1317931 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317932 4 0.7510 0.1361 0.000 0.184 0.380 0.436
#> GSM1317933 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.7510 0.1361 0.000 0.184 0.380 0.436
#> GSM1317935 4 0.7510 0.1361 0.000 0.184 0.380 0.436
#> GSM1317936 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317937 1 0.2760 0.8247 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317938 2 0.0469 0.8308 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317939 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.5644 0.4803 0.708 0.068 0.004 0.220
#> GSM1317941 2 0.3383 0.7598 0.076 0.872 0.000 0.052
#> GSM1317942 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.6310 0.1479 0.000 0.060 0.512 0.428
#> GSM1317897 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.5323 0.5110 0.628 0.020 0.000 0.352
#> GSM1317899 1 0.4222 0.6938 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM1317900 4 0.7526 0.1075 0.000 0.188 0.372 0.440
#> GSM1317901 4 0.4363 0.6023 0.028 0.060 0.072 0.840
#> GSM1317902 1 0.2469 0.8341 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317903 1 0.2469 0.8341 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317904 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1317905 2 0.2353 0.8133 0.008 0.928 0.040 0.024
#> GSM1317906 2 0.2353 0.8133 0.008 0.928 0.040 0.024
#> GSM1317907 2 0.5314 0.4583 0.004 0.676 0.024 0.296
#> GSM1317908 4 0.4356 0.5989 0.028 0.056 0.076 0.840
#> GSM1317909 4 0.7261 0.4269 0.368 0.152 0.000 0.480
#> GSM1317910 4 0.7261 0.4269 0.368 0.152 0.000 0.480
#> GSM1317911 4 0.7332 0.3723 0.396 0.156 0.000 0.448
#> GSM1317912 2 0.5314 0.4583 0.004 0.676 0.024 0.296
#> GSM1317913 2 0.5314 0.4583 0.004 0.676 0.024 0.296
#> GSM1318041 4 0.6846 0.4097 0.048 0.052 0.276 0.624
#> GSM1318042 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318043 3 0.0817 0.7870 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318044 1 0.2760 0.8247 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318045 1 0.2760 0.8247 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318046 1 0.2760 0.8247 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318047 4 0.8040 0.5882 0.176 0.248 0.040 0.536
#> GSM1318048 4 0.5400 0.6057 0.064 0.080 0.068 0.788
#> GSM1318049 4 0.5400 0.6057 0.064 0.080 0.068 0.788
#> GSM1318050 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318051 2 0.1406 0.8299 0.000 0.960 0.024 0.016
#> GSM1318052 2 0.3763 0.7215 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM1318053 2 0.3763 0.7215 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM1318054 2 0.4832 0.6590 0.000 0.768 0.176 0.056
#> GSM1318055 3 0.1722 0.7729 0.000 0.008 0.944 0.048
#> GSM1318056 2 0.3763 0.7215 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM1318057 2 0.3763 0.7215 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM1318058 2 0.4832 0.6590 0.000 0.768 0.176 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5071 0.3518 0.000 0.036 0.000 0.540 0.424
#> GSM1317946 1 0.7751 0.1747 0.416 0.152 0.000 0.332 0.100
#> GSM1317947 5 0.4876 -0.2669 0.012 0.216 0.056 0.000 0.716
#> GSM1317948 5 0.5380 0.3810 0.160 0.012 0.000 0.132 0.696
#> GSM1317949 5 0.4876 -0.2669 0.012 0.216 0.056 0.000 0.716
#> GSM1317950 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4451 0.6346 0.784 0.060 0.000 0.132 0.024
#> GSM1317955 1 0.4451 0.6346 0.784 0.060 0.000 0.132 0.024
#> GSM1317956 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.4873 0.7090 0.000 0.244 0.000 0.688 0.068
#> GSM1317958 1 0.2914 0.7243 0.872 0.052 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317959 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1317960 5 0.5380 0.3803 0.160 0.012 0.000 0.132 0.696
#> GSM1317961 3 0.8713 0.2435 0.020 0.224 0.368 0.140 0.248
#> GSM1317962 1 0.7930 0.2207 0.388 0.196 0.000 0.320 0.096
#> GSM1317963 5 0.5682 0.3151 0.296 0.016 0.000 0.072 0.616
#> GSM1317964 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.7603 0.4405 0.000 0.208 0.508 0.156 0.128
#> GSM1317966 3 0.8713 0.2435 0.020 0.224 0.368 0.140 0.248
#> GSM1317967 4 0.5929 0.6531 0.000 0.236 0.020 0.632 0.112
#> GSM1317968 1 0.7930 0.2207 0.388 0.196 0.000 0.320 0.096
#> GSM1317969 3 0.7603 0.4405 0.000 0.208 0.508 0.156 0.128
#> GSM1317970 4 0.4873 0.7090 0.000 0.244 0.000 0.688 0.068
#> GSM1317952 5 0.5380 0.3810 0.160 0.012 0.000 0.132 0.696
#> GSM1317951 1 0.4451 0.6346 0.784 0.060 0.000 0.132 0.024
#> GSM1317971 3 0.7716 0.4064 0.000 0.244 0.460 0.208 0.088
#> GSM1317972 1 0.7930 0.2207 0.388 0.196 0.000 0.320 0.096
#> GSM1317973 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1317974 1 0.7930 0.2207 0.388 0.196 0.000 0.320 0.096
#> GSM1317975 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317978 4 0.7840 -0.0728 0.352 0.164 0.000 0.384 0.100
#> GSM1317979 5 0.6735 0.3426 0.100 0.032 0.092 0.116 0.660
#> GSM1317980 5 0.6735 0.3426 0.100 0.032 0.092 0.116 0.660
#> GSM1317981 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317982 5 0.6735 0.3426 0.100 0.032 0.092 0.116 0.660
#> GSM1317983 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317985 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317986 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317988 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1317989 5 0.4709 -0.0442 0.076 0.144 0.008 0.008 0.764
#> GSM1317990 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317991 3 0.7716 0.4064 0.000 0.244 0.460 0.208 0.088
#> GSM1317992 3 0.7716 0.4064 0.000 0.244 0.460 0.208 0.088
#> GSM1317993 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317994 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317977 5 0.4709 -0.0442 0.076 0.144 0.008 0.008 0.764
#> GSM1317976 1 0.7930 0.2207 0.388 0.196 0.000 0.320 0.096
#> GSM1317995 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317996 4 0.6533 0.5445 0.140 0.228 0.000 0.592 0.040
#> GSM1317997 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317998 1 0.2446 0.7296 0.900 0.044 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317999 1 0.2580 0.7278 0.892 0.044 0.000 0.000 0.064
#> GSM1318002 4 0.2054 0.7935 0.000 0.072 0.004 0.916 0.008
#> GSM1318003 4 0.2054 0.7935 0.000 0.072 0.004 0.916 0.008
#> GSM1318004 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318005 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318006 1 0.5116 0.5766 0.692 0.120 0.000 0.000 0.188
#> GSM1318007 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318008 1 0.2580 0.7278 0.892 0.044 0.000 0.000 0.064
#> GSM1318009 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318010 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318011 5 0.5990 0.3679 0.220 0.028 0.000 0.112 0.640
#> GSM1318012 5 0.5990 0.3679 0.220 0.028 0.000 0.112 0.640
#> GSM1318013 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318014 5 0.5990 0.3679 0.220 0.028 0.000 0.112 0.640
#> GSM1318015 4 0.2054 0.7935 0.000 0.072 0.004 0.916 0.008
#> GSM1318001 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318000 4 0.4054 0.7557 0.000 0.072 0.000 0.788 0.140
#> GSM1318016 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1318017 1 0.1364 0.7349 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318019 4 0.3526 0.7857 0.000 0.096 0.000 0.832 0.072
#> GSM1318020 5 0.7443 -0.0509 0.000 0.156 0.360 0.064 0.420
#> GSM1318021 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1318022 3 0.4249 0.6602 0.000 0.120 0.800 0.024 0.056
#> GSM1318023 1 0.1364 0.7349 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318024 4 0.1331 0.7968 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM1318025 3 0.2629 0.7161 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000
#> GSM1318026 4 0.2733 0.7776 0.000 0.112 0.004 0.872 0.012
#> GSM1318027 4 0.3620 0.7826 0.000 0.108 0.000 0.824 0.068
#> GSM1318028 1 0.7618 0.2461 0.480 0.100 0.000 0.160 0.260
#> GSM1318029 3 0.6643 0.5608 0.000 0.240 0.584 0.052 0.124
#> GSM1318018 1 0.1364 0.7349 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318030 5 0.6643 0.3464 0.128 0.012 0.028 0.240 0.592
#> GSM1318031 3 0.2629 0.7161 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000
#> GSM1318033 5 0.6880 0.3310 0.204 0.028 0.000 0.244 0.524
#> GSM1318034 5 0.6243 -0.2087 0.008 0.160 0.264 0.000 0.568
#> GSM1318035 4 0.0404 0.7994 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318036 5 0.6760 0.3195 0.192 0.020 0.000 0.268 0.520
#> GSM1318037 5 0.6643 0.3464 0.128 0.012 0.028 0.240 0.592
#> GSM1318038 2 0.5557 1.0000 0.000 0.468 0.068 0.000 0.464
#> GSM1318039 1 0.4376 0.5872 0.764 0.092 0.000 0.000 0.144
#> GSM1318040 3 0.2629 0.7161 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000
#> GSM1318032 3 0.2629 0.7161 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000
#> GSM1317914 3 0.2914 0.7053 0.000 0.100 0.872 0.012 0.016
#> GSM1317915 1 0.4376 0.5872 0.764 0.092 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317916 5 0.6638 -0.4810 0.224 0.364 0.000 0.000 0.412
#> GSM1317917 2 0.5557 1.0000 0.000 0.468 0.068 0.000 0.464
#> GSM1317918 1 0.4376 0.5872 0.764 0.092 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317919 3 0.4271 0.6663 0.000 0.108 0.804 0.032 0.056
#> GSM1317920 3 0.6643 0.5608 0.000 0.240 0.584 0.052 0.124
#> GSM1317921 3 0.4271 0.6663 0.000 0.108 0.804 0.032 0.056
#> GSM1317922 5 0.5710 -0.9573 0.008 0.460 0.060 0.000 0.472
#> GSM1317923 3 0.4271 0.6663 0.000 0.108 0.804 0.032 0.056
#> GSM1317924 3 0.2629 0.7161 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000
#> GSM1317925 4 0.1082 0.7988 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM1317926 3 0.4271 0.6663 0.000 0.108 0.804 0.032 0.056
#> GSM1317927 4 0.0290 0.7994 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317928 4 0.1579 0.7977 0.000 0.032 0.024 0.944 0.000
#> GSM1317929 3 0.6643 0.5608 0.000 0.240 0.584 0.052 0.124
#> GSM1317930 4 0.1579 0.7977 0.000 0.032 0.024 0.944 0.000
#> GSM1317931 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317932 5 0.7447 -0.0506 0.000 0.156 0.364 0.064 0.416
#> GSM1317933 4 0.0290 0.7994 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317934 5 0.7447 -0.0506 0.000 0.156 0.364 0.064 0.416
#> GSM1317935 5 0.7447 -0.0506 0.000 0.156 0.364 0.064 0.416
#> GSM1317936 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317937 1 0.3226 0.7152 0.852 0.060 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317938 4 0.2782 0.7891 0.000 0.048 0.000 0.880 0.072
#> GSM1317939 4 0.0290 0.7996 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317940 1 0.4262 0.4027 0.696 0.012 0.000 0.004 0.288
#> GSM1317941 4 0.6585 0.6168 0.064 0.228 0.000 0.600 0.108
#> GSM1317942 4 0.0290 0.7996 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317943 4 0.0290 0.7996 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317944 4 0.0404 0.7994 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1317896 3 0.6249 0.0847 0.000 0.128 0.476 0.004 0.392
#> GSM1317897 1 0.0290 0.7305 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.5737 0.4170 0.592 0.120 0.000 0.000 0.288
#> GSM1317899 1 0.5116 0.5766 0.692 0.120 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317900 5 0.7704 -0.0760 0.000 0.204 0.332 0.068 0.396
#> GSM1317901 5 0.4876 -0.2669 0.012 0.216 0.056 0.000 0.716
#> GSM1317902 1 0.2914 0.7243 0.872 0.052 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317903 1 0.2914 0.7243 0.872 0.052 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317904 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1317905 4 0.5322 0.6941 0.000 0.256 0.012 0.664 0.068
#> GSM1317906 4 0.5322 0.6941 0.000 0.256 0.012 0.664 0.068
#> GSM1317907 4 0.4942 0.3464 0.000 0.028 0.000 0.540 0.432
#> GSM1317908 5 0.4999 -0.2817 0.012 0.216 0.064 0.000 0.708
#> GSM1317909 5 0.4934 0.2486 0.352 0.024 0.000 0.008 0.616
#> GSM1317910 5 0.4934 0.2486 0.352 0.024 0.000 0.008 0.616
#> GSM1317911 5 0.5122 0.2400 0.380 0.024 0.000 0.012 0.584
#> GSM1317912 4 0.4942 0.3464 0.000 0.028 0.000 0.540 0.432
#> GSM1317913 4 0.4942 0.3464 0.000 0.028 0.000 0.540 0.432
#> GSM1318041 5 0.6793 -0.1944 0.028 0.156 0.264 0.004 0.548
#> GSM1318042 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318043 3 0.0510 0.7388 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318044 1 0.3226 0.7152 0.852 0.060 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318045 1 0.3226 0.7152 0.852 0.060 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318046 1 0.3226 0.7152 0.852 0.060 0.000 0.000 0.088
#> GSM1318047 5 0.6219 0.3601 0.160 0.012 0.036 0.128 0.664
#> GSM1318048 5 0.4808 -0.1470 0.040 0.148 0.052 0.000 0.760
#> GSM1318049 5 0.4808 -0.1470 0.040 0.148 0.052 0.000 0.760
#> GSM1318050 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1318051 4 0.3994 0.7566 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140
#> GSM1318052 4 0.5929 0.6531 0.000 0.236 0.020 0.632 0.112
#> GSM1318053 4 0.5929 0.6531 0.000 0.236 0.020 0.632 0.112
#> GSM1318054 4 0.6022 0.6095 0.000 0.284 0.036 0.608 0.072
#> GSM1318055 3 0.2664 0.7097 0.000 0.092 0.884 0.004 0.020
#> GSM1318056 4 0.5929 0.6531 0.000 0.236 0.020 0.632 0.112
#> GSM1318057 4 0.5929 0.6531 0.000 0.236 0.020 0.632 0.112
#> GSM1318058 4 0.6022 0.6095 0.000 0.284 0.036 0.608 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.4467 0.36838 0.016 0.248 0.000 0.700 0.008 0.028
#> GSM1317946 1 0.7167 0.41302 0.384 0.060 0.000 0.188 0.352 0.016
#> GSM1317947 2 0.2244 0.18831 0.036 0.912 0.032 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317948 2 0.7901 0.33777 0.024 0.368 0.000 0.260 0.184 0.164
#> GSM1317949 2 0.2244 0.18831 0.036 0.912 0.032 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317950 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317953 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317954 5 0.4096 0.53677 0.268 0.012 0.000 0.020 0.700 0.000
#> GSM1317955 5 0.4096 0.53677 0.268 0.012 0.000 0.020 0.700 0.000
#> GSM1317956 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317957 1 0.4397 0.34520 0.528 0.012 0.000 0.452 0.000 0.008
#> GSM1317958 5 0.2094 0.76745 0.016 0.068 0.000 0.000 0.908 0.008
#> GSM1317959 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1317960 2 0.7901 0.33703 0.024 0.368 0.000 0.260 0.184 0.164
#> GSM1317961 3 0.7872 0.18858 0.272 0.280 0.336 0.020 0.012 0.080
#> GSM1317962 1 0.5950 0.52252 0.544 0.060 0.000 0.080 0.316 0.000
#> GSM1317963 2 0.8375 0.24406 0.060 0.320 0.000 0.208 0.252 0.160
#> GSM1317964 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317965 3 0.7382 0.40836 0.252 0.168 0.468 0.044 0.000 0.068
#> GSM1317966 3 0.7872 0.18858 0.272 0.280 0.336 0.020 0.012 0.080
#> GSM1317967 4 0.5837 0.21197 0.252 0.056 0.008 0.608 0.000 0.076
#> GSM1317968 1 0.5950 0.52252 0.544 0.060 0.000 0.080 0.316 0.000
#> GSM1317969 3 0.7382 0.40836 0.252 0.168 0.468 0.044 0.000 0.068
#> GSM1317970 1 0.4397 0.34520 0.528 0.012 0.000 0.452 0.000 0.008
#> GSM1317952 2 0.7901 0.33777 0.024 0.368 0.000 0.260 0.184 0.164
#> GSM1317951 5 0.4096 0.53677 0.268 0.012 0.000 0.020 0.700 0.000
#> GSM1317971 3 0.7734 0.38750 0.296 0.128 0.420 0.076 0.000 0.080
#> GSM1317972 1 0.5950 0.52252 0.544 0.060 0.000 0.080 0.316 0.000
#> GSM1317973 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.5950 0.52252 0.544 0.060 0.000 0.080 0.316 0.000
#> GSM1317975 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1317978 1 0.7025 0.52977 0.464 0.064 0.000 0.172 0.284 0.016
#> GSM1317979 2 0.8432 0.32987 0.012 0.368 0.080 0.272 0.108 0.160
#> GSM1317980 2 0.8432 0.32987 0.012 0.368 0.080 0.272 0.108 0.160
#> GSM1317981 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1317982 2 0.8432 0.32987 0.012 0.368 0.080 0.272 0.108 0.160
#> GSM1317983 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317984 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317987 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1317988 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1317989 2 0.3478 0.23258 0.000 0.828 0.004 0.056 0.100 0.012
#> GSM1317990 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1317991 3 0.7734 0.38750 0.296 0.128 0.420 0.076 0.000 0.080
#> GSM1317992 3 0.7734 0.38750 0.296 0.128 0.420 0.076 0.000 0.080
#> GSM1317993 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1317994 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 2 0.3478 0.23258 0.000 0.828 0.004 0.056 0.100 0.012
#> GSM1317976 1 0.5950 0.52252 0.544 0.060 0.000 0.080 0.316 0.000
#> GSM1317995 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 1 0.5564 0.52215 0.588 0.008 0.000 0.296 0.092 0.016
#> GSM1317997 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.1552 0.77373 0.020 0.036 0.000 0.000 0.940 0.004
#> GSM1317999 5 0.1693 0.77278 0.020 0.044 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM1318002 4 0.5121 0.59632 0.108 0.016 0.004 0.672 0.000 0.200
#> GSM1318003 4 0.5121 0.59632 0.108 0.016 0.004 0.672 0.000 0.200
#> GSM1318004 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.4012 0.60913 0.024 0.240 0.000 0.000 0.724 0.012
#> GSM1318007 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.1693 0.77278 0.020 0.044 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM1318009 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 2 0.7951 0.32210 0.024 0.348 0.000 0.236 0.244 0.148
#> GSM1318012 2 0.7951 0.32210 0.024 0.348 0.000 0.236 0.244 0.148
#> GSM1318013 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318014 2 0.7951 0.32210 0.024 0.348 0.000 0.236 0.244 0.148
#> GSM1318015 4 0.5121 0.59632 0.108 0.016 0.004 0.672 0.000 0.200
#> GSM1318001 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.0865 0.58555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318016 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1318017 5 0.0146 0.77680 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318019 4 0.2402 0.50967 0.140 0.004 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.5968 0.05259 0.124 0.524 0.328 0.012 0.000 0.012
#> GSM1318021 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1318022 3 0.4696 0.58461 0.172 0.028 0.720 0.000 0.000 0.080
#> GSM1318023 5 0.0146 0.77680 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318024 4 0.4720 0.60213 0.076 0.008 0.000 0.672 0.000 0.244
#> GSM1318025 3 0.3127 0.69446 0.060 0.020 0.860 0.004 0.000 0.056
#> GSM1318026 4 0.5654 0.48653 0.232 0.020 0.004 0.608 0.000 0.136
#> GSM1318027 4 0.2955 0.49348 0.172 0.008 0.000 0.816 0.000 0.004
#> GSM1318028 5 0.7446 0.03649 0.288 0.204 0.000 0.064 0.412 0.032
#> GSM1318029 3 0.6988 0.48623 0.260 0.116 0.488 0.008 0.000 0.128
#> GSM1318018 5 0.0146 0.77680 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318030 4 0.8372 -0.37006 0.036 0.292 0.028 0.360 0.128 0.156
#> GSM1318031 3 0.3127 0.69446 0.060 0.020 0.860 0.004 0.000 0.056
#> GSM1318033 4 0.8361 -0.35927 0.068 0.224 0.000 0.352 0.196 0.160
#> GSM1318034 2 0.3627 0.16139 0.004 0.740 0.244 0.000 0.004 0.008
#> GSM1318035 4 0.4038 0.61390 0.044 0.000 0.000 0.712 0.000 0.244
#> GSM1318036 4 0.8250 -0.31586 0.064 0.220 0.000 0.376 0.184 0.156
#> GSM1318037 4 0.8372 -0.37006 0.036 0.292 0.028 0.360 0.128 0.156
#> GSM1318038 6 0.5528 0.83972 0.100 0.244 0.036 0.000 0.000 0.620
#> GSM1318039 5 0.4812 0.60493 0.044 0.068 0.000 0.000 0.716 0.172
#> GSM1318040 3 0.3127 0.69446 0.060 0.020 0.860 0.004 0.000 0.056
#> GSM1318032 3 0.3127 0.69446 0.060 0.020 0.860 0.004 0.000 0.056
#> GSM1317914 3 0.3610 0.63748 0.152 0.004 0.792 0.000 0.000 0.052
#> GSM1317915 5 0.4812 0.60493 0.044 0.068 0.000 0.000 0.716 0.172
#> GSM1317916 6 0.5764 0.56994 0.008 0.220 0.000 0.000 0.220 0.552
#> GSM1317917 6 0.5528 0.83972 0.100 0.244 0.036 0.000 0.000 0.620
#> GSM1317918 5 0.4812 0.60493 0.044 0.068 0.000 0.000 0.716 0.172
#> GSM1317919 3 0.4763 0.59067 0.180 0.032 0.720 0.004 0.000 0.064
#> GSM1317920 3 0.6988 0.48623 0.260 0.116 0.488 0.008 0.000 0.128
#> GSM1317921 3 0.4763 0.59067 0.180 0.032 0.720 0.004 0.000 0.064
#> GSM1317922 6 0.5845 0.82706 0.100 0.260 0.036 0.000 0.008 0.596
#> GSM1317923 3 0.4763 0.59067 0.180 0.032 0.720 0.004 0.000 0.064
#> GSM1317924 3 0.3127 0.69446 0.060 0.020 0.860 0.004 0.000 0.056
#> GSM1317925 4 0.4515 0.60911 0.060 0.008 0.000 0.688 0.000 0.244
#> GSM1317926 3 0.4763 0.59067 0.180 0.032 0.720 0.004 0.000 0.064
#> GSM1317927 4 0.3975 0.61456 0.040 0.000 0.000 0.716 0.000 0.244
#> GSM1317928 4 0.4540 0.61493 0.052 0.008 0.012 0.716 0.000 0.212
#> GSM1317929 3 0.6988 0.48623 0.260 0.116 0.488 0.008 0.000 0.128
#> GSM1317930 4 0.4540 0.61493 0.052 0.008 0.012 0.716 0.000 0.212
#> GSM1317931 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.5978 0.04278 0.124 0.520 0.332 0.012 0.000 0.012
#> GSM1317933 4 0.3975 0.61456 0.040 0.000 0.000 0.716 0.000 0.244
#> GSM1317934 2 0.5978 0.04278 0.124 0.520 0.332 0.012 0.000 0.012
#> GSM1317935 2 0.5978 0.04278 0.124 0.520 0.332 0.012 0.000 0.012
#> GSM1317936 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.2415 0.75855 0.016 0.084 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM1317938 4 0.2563 0.60296 0.052 0.000 0.000 0.876 0.000 0.072
#> GSM1317939 4 0.3770 0.61863 0.028 0.000 0.000 0.728 0.000 0.244
#> GSM1317940 5 0.6145 0.43036 0.080 0.232 0.000 0.040 0.608 0.040
#> GSM1317941 1 0.5340 0.44769 0.496 0.028 0.000 0.428 0.048 0.000
#> GSM1317942 4 0.3770 0.61863 0.028 0.000 0.000 0.728 0.000 0.244
#> GSM1317943 4 0.3770 0.61863 0.028 0.000 0.000 0.728 0.000 0.244
#> GSM1317944 4 0.4038 0.61390 0.044 0.000 0.000 0.712 0.000 0.244
#> GSM1317896 3 0.4666 0.17476 0.024 0.480 0.488 0.004 0.000 0.004
#> GSM1317897 5 0.2320 0.75762 0.080 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM1317898 5 0.5025 0.44996 0.024 0.312 0.000 0.028 0.624 0.012
#> GSM1317899 5 0.4012 0.60913 0.024 0.240 0.000 0.000 0.724 0.012
#> GSM1317900 2 0.6196 -0.00435 0.140 0.492 0.340 0.012 0.000 0.016
#> GSM1317901 2 0.2244 0.18831 0.036 0.912 0.032 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317902 5 0.2094 0.76745 0.016 0.068 0.000 0.000 0.908 0.008
#> GSM1317903 5 0.2094 0.76745 0.016 0.068 0.000 0.000 0.908 0.008
#> GSM1317904 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1317905 1 0.4981 0.32836 0.504 0.008 0.008 0.448 0.000 0.032
#> GSM1317906 1 0.4981 0.32836 0.504 0.008 0.008 0.448 0.000 0.032
#> GSM1317907 4 0.4352 0.36738 0.012 0.256 0.000 0.700 0.008 0.024
#> GSM1317908 2 0.2388 0.17975 0.036 0.904 0.040 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317909 2 0.8554 0.15666 0.096 0.308 0.000 0.140 0.260 0.196
#> GSM1317910 2 0.8554 0.15666 0.096 0.308 0.000 0.140 0.260 0.196
#> GSM1317911 5 0.8555 -0.31365 0.092 0.280 0.000 0.144 0.288 0.196
#> GSM1317912 4 0.4352 0.36738 0.012 0.256 0.000 0.700 0.008 0.024
#> GSM1317913 4 0.4352 0.36738 0.012 0.256 0.000 0.700 0.008 0.024
#> GSM1318041 2 0.4401 0.16828 0.004 0.708 0.244 0.004 0.024 0.016
#> GSM1318042 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0790 0.71473 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.2415 0.75855 0.016 0.084 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM1318045 5 0.2415 0.75855 0.016 0.084 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM1318046 5 0.2415 0.75855 0.016 0.084 0.000 0.000 0.888 0.012
#> GSM1318047 2 0.7954 0.33988 0.012 0.404 0.016 0.224 0.184 0.160
#> GSM1318048 2 0.2834 0.23250 0.000 0.880 0.028 0.016 0.064 0.012
#> GSM1318049 2 0.2834 0.23250 0.000 0.880 0.028 0.016 0.064 0.012
#> GSM1318050 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0790 0.58679 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.5837 0.21197 0.252 0.056 0.008 0.608 0.000 0.076
#> GSM1318053 4 0.5837 0.21197 0.252 0.056 0.008 0.608 0.000 0.076
#> GSM1318054 4 0.6731 0.15621 0.268 0.076 0.040 0.540 0.000 0.076
#> GSM1318055 3 0.2875 0.68816 0.036 0.032 0.884 0.032 0.000 0.016
#> GSM1318056 4 0.5837 0.21197 0.252 0.056 0.008 0.608 0.000 0.076
#> GSM1318057 4 0.5837 0.21197 0.252 0.056 0.008 0.608 0.000 0.076
#> GSM1318058 4 0.6731 0.15621 0.268 0.076 0.040 0.540 0.000 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:hclust 133 0.143 0.1857 0.00161 0.559 2
#> CV:hclust 121 0.199 0.2844 0.05839 0.760 3
#> CV:hclust 124 0.493 0.1043 0.03784 0.665 4
#> CV:hclust 106 0.524 0.2890 0.10817 0.923 5
#> CV:hclust 97 0.227 0.0302 0.00533 0.352 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.684 0.900 0.948 0.4785 0.529 0.529
#> 3 3 0.932 0.933 0.960 0.3899 0.773 0.581
#> 4 4 0.703 0.779 0.808 0.1038 0.984 0.953
#> 5 5 0.663 0.631 0.736 0.0697 0.868 0.609
#> 6 6 0.731 0.654 0.784 0.0474 0.913 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1317946 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0376 0.927 0.004 0.996
#> GSM1317948 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM1317949 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1317960 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.5842 0.829 0.860 0.140
#> GSM1317951 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317978 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.9323 0.403 0.348 0.652
#> GSM1317980 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317982 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317988 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.0376 0.957 0.996 0.004
#> GSM1317990 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317991 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317994 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317997 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1318004 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318005 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318006 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318010 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318016 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1318017 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318022 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.7376 0.802 0.208 0.792
#> GSM1318025 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318034 1 0.9996 0.155 0.512 0.488
#> GSM1318035 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1318036 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7453 0.749 0.788 0.212
#> GSM1317923 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1317926 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317928 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1317934 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317939 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317940 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317942 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317943 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317944 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317896 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.7453 0.799 0.212 0.788
#> GSM1317905 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.8386 0.679 0.732 0.268
#> GSM1317909 1 0.7299 0.758 0.796 0.204
#> GSM1317910 1 0.7453 0.749 0.788 0.212
#> GSM1317911 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.0376 0.927 0.004 0.996
#> GSM1318042 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.961 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.7602 0.740 0.780 0.220
#> GSM1318049 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM1318050 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1318051 2 0.7219 0.809 0.200 0.800
#> GSM1318052 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.929 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0661 0.950 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317946 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317947 3 0.1620 0.966 0.012 0.024 0.964
#> GSM1317948 1 0.4834 0.744 0.792 0.004 0.204
#> GSM1317949 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317950 1 0.0237 0.971 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317953 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317954 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317955 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317956 1 0.0237 0.971 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317957 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317958 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317959 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317960 1 0.0661 0.968 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317961 3 0.1411 0.971 0.000 0.036 0.964
#> GSM1317962 1 0.0747 0.966 0.984 0.016 0.000
#> GSM1317963 1 0.0661 0.970 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317964 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317965 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317966 3 0.1411 0.971 0.000 0.036 0.964
#> GSM1317967 2 0.2959 0.888 0.000 0.900 0.100
#> GSM1317968 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317969 3 0.2878 0.904 0.000 0.096 0.904
#> GSM1317970 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317952 1 0.4351 0.794 0.828 0.004 0.168
#> GSM1317951 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317971 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317972 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317973 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317974 1 0.0747 0.966 0.984 0.016 0.000
#> GSM1317975 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317978 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317979 3 0.1711 0.950 0.032 0.008 0.960
#> GSM1317980 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317981 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317982 3 0.5098 0.675 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317983 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317985 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317986 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317988 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317989 1 0.1129 0.959 0.976 0.004 0.020
#> GSM1317990 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317991 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317992 2 0.2165 0.917 0.000 0.936 0.064
#> GSM1317993 2 0.0661 0.949 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317994 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317977 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317976 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317995 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317996 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317997 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317998 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317999 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318002 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318003 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318004 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318005 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318006 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318007 2 0.4654 0.769 0.000 0.792 0.208
#> GSM1318008 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318009 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318010 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318011 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318012 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318013 2 0.2878 0.891 0.000 0.904 0.096
#> GSM1318014 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318015 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318001 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318000 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318016 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318017 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318020 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318021 2 0.0661 0.949 0.008 0.988 0.004
#> GSM1318022 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0661 0.949 0.008 0.988 0.004
#> GSM1318025 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318026 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318027 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318028 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1318029 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318018 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6215 0.302 0.000 0.572 0.428
#> GSM1318031 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318033 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318034 3 0.1525 0.949 0.032 0.004 0.964
#> GSM1318035 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318036 1 0.0661 0.970 0.988 0.008 0.004
#> GSM1318037 2 0.4605 0.770 0.000 0.796 0.204
#> GSM1318038 3 0.0592 0.962 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318039 1 0.1031 0.960 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318040 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318032 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317914 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317915 1 0.1031 0.960 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317916 1 0.1031 0.960 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317917 3 0.0661 0.957 0.004 0.008 0.988
#> GSM1317918 1 0.1453 0.958 0.968 0.008 0.024
#> GSM1317919 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317920 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317921 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317922 3 0.0848 0.954 0.008 0.008 0.984
#> GSM1317923 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317924 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317925 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317926 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317927 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317928 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317929 3 0.0424 0.963 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317930 2 0.0592 0.949 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317931 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317932 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317933 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317934 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317935 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317936 3 0.1289 0.973 0.000 0.032 0.968
#> GSM1317937 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317939 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317940 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317941 2 0.0424 0.947 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317942 2 0.0661 0.949 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317943 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317944 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317896 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317897 1 0.0424 0.970 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317898 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317899 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317900 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317901 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317902 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317903 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1317905 2 0.4178 0.815 0.000 0.828 0.172
#> GSM1317906 2 0.4178 0.815 0.000 0.828 0.172
#> GSM1317907 2 0.4931 0.729 0.000 0.768 0.232
#> GSM1317908 3 0.0983 0.955 0.016 0.004 0.980
#> GSM1317909 1 0.6075 0.543 0.676 0.008 0.316
#> GSM1317910 1 0.6297 0.490 0.640 0.008 0.352
#> GSM1317911 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.5948 0.425 0.000 0.360 0.640
#> GSM1317913 2 0.0592 0.949 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318041 3 0.1491 0.963 0.016 0.016 0.968
#> GSM1318042 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> GSM1318043 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318044 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318046 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318047 1 0.0475 0.970 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318048 3 0.1525 0.949 0.032 0.004 0.964
#> GSM1318049 1 0.4733 0.756 0.800 0.004 0.196
#> GSM1318050 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318051 2 0.0848 0.951 0.008 0.984 0.008
#> GSM1318052 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318053 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318054 2 0.4654 0.769 0.000 0.792 0.208
#> GSM1318055 3 0.1163 0.973 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318056 2 0.4178 0.815 0.000 0.828 0.172
#> GSM1318057 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318058 2 0.5591 0.610 0.000 0.696 0.304
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.3610 0.780 0.000 0.800 0.000 NA
#> GSM1317946 1 0.3893 0.830 0.796 0.008 0.000 NA
#> GSM1317947 3 0.3401 0.809 0.008 0.000 0.840 NA
#> GSM1317948 1 0.6954 0.619 0.600 0.004 0.164 NA
#> GSM1317949 1 0.4327 0.836 0.768 0.000 0.016 NA
#> GSM1317950 1 0.2081 0.850 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1317953 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 NA
#> GSM1317954 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 NA
#> GSM1317955 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 NA
#> GSM1317956 1 0.2081 0.850 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1317957 2 0.3266 0.746 0.000 0.832 0.000 NA
#> GSM1317958 1 0.1867 0.853 0.928 0.000 0.000 NA
#> GSM1317959 2 0.2216 0.763 0.000 0.908 0.000 NA
#> GSM1317960 1 0.5848 0.740 0.696 0.008 0.068 NA
#> GSM1317961 3 0.3528 0.833 0.000 0.000 0.808 NA
#> GSM1317962 1 0.4121 0.829 0.796 0.020 0.000 NA
#> GSM1317963 1 0.4234 0.812 0.764 0.004 0.004 NA
#> GSM1317964 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 NA
#> GSM1317965 3 0.1978 0.870 0.000 0.004 0.928 NA
#> GSM1317966 3 0.3528 0.833 0.000 0.000 0.808 NA
#> GSM1317967 2 0.3900 0.721 0.000 0.844 0.084 NA
#> GSM1317968 1 0.3266 0.833 0.832 0.000 0.000 NA
#> GSM1317969 3 0.6614 0.359 0.000 0.360 0.548 NA
#> GSM1317970 2 0.1792 0.772 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM1317952 1 0.6849 0.637 0.612 0.004 0.156 NA
#> GSM1317951 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 NA
#> GSM1317971 3 0.3581 0.854 0.000 0.032 0.852 NA
#> GSM1317972 1 0.3494 0.830 0.824 0.004 0.000 NA
#> GSM1317973 2 0.0707 0.780 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM1317974 1 0.3991 0.822 0.808 0.020 0.000 NA
#> GSM1317975 2 0.4925 0.712 0.000 0.572 0.000 NA
#> GSM1317978 1 0.3266 0.833 0.832 0.000 0.000 NA
#> GSM1317979 3 0.7415 0.527 0.180 0.020 0.588 NA
#> GSM1317980 3 0.1209 0.874 0.000 0.004 0.964 NA
#> GSM1317981 2 0.4925 0.712 0.000 0.572 0.000 NA
#> GSM1317982 2 0.7155 0.283 0.000 0.536 0.300 NA
#> GSM1317983 1 0.2081 0.850 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1317984 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317985 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317986 1 0.2081 0.850 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1317987 2 0.4925 0.712 0.000 0.572 0.000 NA
#> GSM1317988 2 0.0707 0.780 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM1317989 1 0.6536 0.746 0.632 0.040 0.040 NA
#> GSM1317990 2 0.4916 0.714 0.000 0.576 0.000 NA
#> GSM1317991 3 0.2469 0.868 0.000 0.000 0.892 NA
#> GSM1317992 2 0.5972 0.725 0.000 0.640 0.068 NA
#> GSM1317993 2 0.4643 0.756 0.000 0.656 0.000 NA
#> GSM1317994 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317977 1 0.5463 0.767 0.724 0.032 0.020 NA
#> GSM1317976 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 NA
#> GSM1317995 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317996 2 0.4072 0.770 0.000 0.748 0.000 NA
#> GSM1317997 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317998 1 0.1792 0.854 0.932 0.000 0.000 NA
#> GSM1317999 1 0.2589 0.843 0.884 0.000 0.000 NA
#> GSM1318002 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1318003 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1318004 2 0.2714 0.753 0.004 0.884 0.000 NA
#> GSM1318005 2 0.1867 0.770 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM1318006 1 0.1637 0.855 0.940 0.000 0.000 NA
#> GSM1318007 2 0.5073 0.671 0.000 0.744 0.056 NA
#> GSM1318008 1 0.2081 0.852 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1318009 2 0.2647 0.788 0.000 0.880 0.000 NA
#> GSM1318010 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1318011 1 0.4764 0.780 0.748 0.000 0.032 NA
#> GSM1318012 1 0.4652 0.785 0.756 0.004 0.020 NA
#> GSM1318013 2 0.4467 0.707 0.000 0.788 0.040 NA
#> GSM1318014 1 0.4764 0.780 0.748 0.000 0.032 NA
#> GSM1318015 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1318001 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1318000 2 0.3172 0.785 0.000 0.840 0.000 NA
#> GSM1318016 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1318017 1 0.0188 0.859 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM1318019 2 0.0707 0.784 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM1318020 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1318021 2 0.4643 0.756 0.000 0.656 0.000 NA
#> GSM1318022 3 0.4741 0.814 0.000 0.028 0.744 NA
#> GSM1318023 1 0.0188 0.859 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM1318024 2 0.4643 0.756 0.000 0.656 0.000 NA
#> GSM1318025 3 0.2266 0.864 0.000 0.004 0.912 NA
#> GSM1318026 2 0.4855 0.749 0.000 0.600 0.000 NA
#> GSM1318027 2 0.1792 0.770 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM1318028 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 NA
#> GSM1318029 3 0.3688 0.832 0.000 0.000 0.792 NA
#> GSM1318018 1 0.0188 0.859 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM1318030 2 0.6162 0.571 0.000 0.676 0.168 NA
#> GSM1318031 3 0.2401 0.864 0.000 0.004 0.904 NA
#> GSM1318033 1 0.3024 0.832 0.852 0.000 0.000 NA
#> GSM1318034 3 0.4205 0.792 0.056 0.000 0.820 NA
#> GSM1318035 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1318036 1 0.6607 0.698 0.592 0.112 0.000 NA
#> GSM1318037 2 0.5166 0.662 0.004 0.736 0.044 NA
#> GSM1318038 3 0.4446 0.821 0.000 0.028 0.776 NA
#> GSM1318039 1 0.2714 0.846 0.884 0.000 0.004 NA
#> GSM1318040 3 0.2401 0.864 0.000 0.004 0.904 NA
#> GSM1318032 3 0.2401 0.864 0.000 0.004 0.904 NA
#> GSM1317914 3 0.2944 0.864 0.000 0.004 0.868 NA
#> GSM1317915 1 0.2714 0.846 0.884 0.000 0.004 NA
#> GSM1317916 1 0.1661 0.857 0.944 0.000 0.004 NA
#> GSM1317917 3 0.4446 0.821 0.000 0.028 0.776 NA
#> GSM1317918 1 0.4220 0.792 0.748 0.000 0.004 NA
#> GSM1317919 3 0.4964 0.804 0.000 0.028 0.716 NA
#> GSM1317920 3 0.4711 0.815 0.000 0.024 0.740 NA
#> GSM1317921 3 0.4775 0.813 0.000 0.028 0.740 NA
#> GSM1317922 3 0.3837 0.825 0.000 0.000 0.776 NA
#> GSM1317923 3 0.4741 0.814 0.000 0.028 0.744 NA
#> GSM1317924 3 0.2401 0.864 0.000 0.004 0.904 NA
#> GSM1317925 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1317926 3 0.4808 0.812 0.000 0.028 0.736 NA
#> GSM1317927 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1317928 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317929 3 0.4993 0.804 0.000 0.028 0.712 NA
#> GSM1317930 2 0.4605 0.758 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM1317931 3 0.0524 0.876 0.000 0.004 0.988 NA
#> GSM1317932 3 0.5903 0.538 0.000 0.052 0.616 NA
#> GSM1317933 2 0.4605 0.758 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM1317934 3 0.6426 0.438 0.000 0.080 0.568 NA
#> GSM1317935 3 0.1661 0.872 0.000 0.004 0.944 NA
#> GSM1317936 3 0.0524 0.876 0.000 0.004 0.988 NA
#> GSM1317937 1 0.0188 0.859 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM1317938 2 0.3356 0.784 0.000 0.824 0.000 NA
#> GSM1317939 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1317940 1 0.3266 0.833 0.832 0.000 0.000 NA
#> GSM1317941 2 0.2216 0.767 0.000 0.908 0.000 NA
#> GSM1317942 2 0.4605 0.758 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM1317943 2 0.4605 0.758 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM1317944 2 0.4624 0.757 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM1317896 3 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.992 NA
#> GSM1317897 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 NA
#> GSM1317898 1 0.2760 0.839 0.872 0.000 0.000 NA
#> GSM1317899 1 0.2081 0.852 0.916 0.000 0.000 NA
#> GSM1317900 3 0.2334 0.869 0.000 0.004 0.908 NA
#> GSM1317901 1 0.3217 0.834 0.860 0.000 0.012 NA
#> GSM1317902 1 0.1118 0.858 0.964 0.000 0.000 NA
#> GSM1317903 1 0.1118 0.858 0.964 0.000 0.000 NA
#> GSM1317904 2 0.1867 0.770 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM1317905 2 0.4231 0.709 0.000 0.824 0.080 NA
#> GSM1317906 2 0.4359 0.703 0.000 0.816 0.084 NA
#> GSM1317907 2 0.5823 0.611 0.000 0.704 0.120 NA
#> GSM1317908 3 0.2530 0.845 0.004 0.000 0.896 NA
#> GSM1317909 1 0.7308 0.535 0.552 0.004 0.188 NA
#> GSM1317910 1 0.8388 0.337 0.444 0.032 0.212 NA
#> GSM1317911 1 0.2281 0.850 0.904 0.000 0.000 NA
#> GSM1317912 2 0.8847 0.260 0.080 0.472 0.216 NA
#> GSM1317913 2 0.2149 0.765 0.000 0.912 0.000 NA
#> GSM1318041 3 0.5775 0.695 0.076 0.008 0.712 NA
#> GSM1318042 3 0.0524 0.876 0.000 0.004 0.988 NA
#> GSM1318043 3 0.0524 0.876 0.000 0.004 0.988 NA
#> GSM1318044 1 0.0188 0.859 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM1318045 1 0.1637 0.855 0.940 0.000 0.000 NA
#> GSM1318046 1 0.1389 0.858 0.952 0.000 0.000 NA
#> GSM1318047 1 0.4888 0.775 0.740 0.000 0.036 NA
#> GSM1318048 3 0.5280 0.720 0.096 0.000 0.748 NA
#> GSM1318049 1 0.6634 0.642 0.624 0.000 0.164 NA
#> GSM1318050 2 0.1867 0.770 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM1318051 2 0.0592 0.780 0.000 0.984 0.000 NA
#> GSM1318052 2 0.1792 0.770 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM1318053 2 0.1792 0.770 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM1318054 2 0.4168 0.711 0.000 0.828 0.092 NA
#> GSM1318055 3 0.2053 0.867 0.000 0.004 0.924 NA
#> GSM1318056 2 0.4036 0.715 0.000 0.836 0.088 NA
#> GSM1318057 2 0.1940 0.768 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM1318058 2 0.5907 0.525 0.000 0.680 0.228 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5551 0.4783 0.000 0.284 0.000 0.612 0.104
#> GSM1317946 1 0.3530 0.5764 0.856 0.044 0.000 0.040 0.060
#> GSM1317947 3 0.4037 0.5553 0.000 0.004 0.704 0.004 0.288
#> GSM1317948 5 0.6041 0.6723 0.164 0.004 0.080 0.072 0.680
#> GSM1317949 1 0.5277 -0.0815 0.528 0.024 0.008 0.004 0.436
#> GSM1317950 1 0.1990 0.6743 0.920 0.004 0.000 0.008 0.068
#> GSM1317953 1 0.0898 0.6774 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317954 1 0.1442 0.6768 0.952 0.032 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317955 1 0.1364 0.6745 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317956 1 0.1990 0.6743 0.920 0.004 0.000 0.008 0.068
#> GSM1317957 4 0.4722 0.7059 0.056 0.156 0.000 0.760 0.028
#> GSM1317958 1 0.4420 0.1949 0.548 0.000 0.000 0.004 0.448
#> GSM1317959 4 0.3689 0.7699 0.000 0.076 0.004 0.828 0.092
#> GSM1317960 5 0.5801 0.6836 0.196 0.000 0.052 0.076 0.676
#> GSM1317961 3 0.7335 0.6604 0.064 0.056 0.588 0.080 0.212
#> GSM1317962 1 0.3016 0.6470 0.884 0.044 0.000 0.032 0.040
#> GSM1317963 1 0.5849 -0.2053 0.520 0.008 0.000 0.076 0.396
#> GSM1317964 1 0.0898 0.6774 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317965 3 0.2278 0.7803 0.000 0.008 0.916 0.032 0.044
#> GSM1317966 3 0.7335 0.6604 0.064 0.056 0.588 0.080 0.212
#> GSM1317967 4 0.3191 0.7568 0.000 0.064 0.040 0.872 0.024
#> GSM1317968 1 0.1251 0.6778 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317969 4 0.4701 0.2734 0.000 0.004 0.368 0.612 0.016
#> GSM1317970 4 0.2674 0.7646 0.000 0.120 0.000 0.868 0.012
#> GSM1317952 5 0.6054 0.6757 0.172 0.004 0.080 0.068 0.676
#> GSM1317951 1 0.1525 0.6757 0.948 0.036 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317971 3 0.5916 0.6975 0.000 0.040 0.668 0.180 0.112
#> GSM1317972 1 0.1522 0.6727 0.944 0.044 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317973 4 0.3888 0.7626 0.000 0.148 0.000 0.796 0.056
#> GSM1317974 1 0.1757 0.6673 0.936 0.048 0.000 0.004 0.012
#> GSM1317975 2 0.2871 0.8301 0.040 0.872 0.000 0.088 0.000
#> GSM1317978 1 0.1251 0.6778 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317979 5 0.6647 0.2445 0.008 0.008 0.308 0.156 0.520
#> GSM1317980 3 0.2177 0.7584 0.000 0.004 0.908 0.008 0.080
#> GSM1317981 2 0.2871 0.8301 0.040 0.872 0.000 0.088 0.000
#> GSM1317982 4 0.3997 0.7112 0.000 0.004 0.116 0.804 0.076
#> GSM1317983 1 0.2115 0.6734 0.916 0.008 0.000 0.008 0.068
#> GSM1317984 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317985 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317986 1 0.2115 0.6734 0.916 0.008 0.000 0.008 0.068
#> GSM1317987 2 0.2793 0.8333 0.036 0.876 0.000 0.088 0.000
#> GSM1317988 4 0.3970 0.7586 0.000 0.156 0.000 0.788 0.056
#> GSM1317989 5 0.5886 0.6419 0.272 0.004 0.024 0.072 0.628
#> GSM1317990 2 0.2769 0.8366 0.032 0.876 0.000 0.092 0.000
#> GSM1317991 3 0.4275 0.7652 0.000 0.020 0.800 0.076 0.104
#> GSM1317992 4 0.5928 0.0526 0.000 0.388 0.024 0.532 0.056
#> GSM1317993 2 0.2516 0.8761 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM1317994 3 0.0290 0.7828 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317977 5 0.5585 0.6704 0.232 0.000 0.016 0.092 0.660
#> GSM1317976 1 0.1444 0.6751 0.948 0.040 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317995 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317996 2 0.5427 0.1779 0.044 0.544 0.000 0.404 0.008
#> GSM1317997 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317998 1 0.4415 0.2083 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444
#> GSM1317999 5 0.4443 0.1010 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524
#> GSM1318002 2 0.2890 0.8874 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM1318003 2 0.2890 0.8874 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM1318004 4 0.3683 0.7691 0.000 0.072 0.004 0.828 0.096
#> GSM1318005 4 0.3639 0.7684 0.000 0.100 0.000 0.824 0.076
#> GSM1318006 1 0.4390 0.2508 0.568 0.000 0.000 0.004 0.428
#> GSM1318007 4 0.3142 0.7596 0.000 0.004 0.032 0.856 0.108
#> GSM1318008 1 0.4727 0.1366 0.532 0.000 0.000 0.016 0.452
#> GSM1318009 4 0.5069 0.5083 0.000 0.328 0.000 0.620 0.052
#> GSM1318010 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318011 5 0.5268 0.6648 0.256 0.000 0.020 0.052 0.672
#> GSM1318012 5 0.5360 0.6680 0.244 0.000 0.012 0.076 0.668
#> GSM1318013 4 0.3163 0.7724 0.000 0.032 0.012 0.864 0.092
#> GSM1318014 5 0.5228 0.6608 0.260 0.000 0.020 0.048 0.672
#> GSM1318015 2 0.2890 0.8874 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM1318001 3 0.0404 0.7822 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318000 4 0.4446 0.0389 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> GSM1318016 2 0.2890 0.8874 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM1318017 1 0.3969 0.4948 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM1318019 4 0.3715 0.6491 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> GSM1318020 3 0.0794 0.7822 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318021 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1318022 3 0.7261 0.6353 0.000 0.108 0.520 0.104 0.268
#> GSM1318023 1 0.3969 0.4948 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM1318024 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1318025 3 0.2954 0.7663 0.000 0.004 0.876 0.056 0.064
#> GSM1318026 2 0.3877 0.8139 0.000 0.764 0.000 0.212 0.024
#> GSM1318027 4 0.2574 0.7637 0.000 0.112 0.000 0.876 0.012
#> GSM1318028 1 0.0963 0.6775 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.6926 0.6447 0.000 0.108 0.528 0.064 0.300
#> GSM1318018 1 0.3990 0.4922 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> GSM1318030 4 0.3281 0.7538 0.000 0.000 0.060 0.848 0.092
#> GSM1318031 3 0.3936 0.7446 0.000 0.008 0.812 0.116 0.064
#> GSM1318033 5 0.5476 0.3763 0.388 0.000 0.000 0.068 0.544
#> GSM1318034 3 0.4200 0.4759 0.000 0.004 0.672 0.004 0.320
#> GSM1318035 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1318036 5 0.6912 0.3880 0.212 0.012 0.000 0.348 0.428
#> GSM1318037 4 0.3403 0.7353 0.000 0.012 0.008 0.820 0.160
#> GSM1318038 3 0.7074 0.6391 0.000 0.108 0.540 0.088 0.264
#> GSM1318039 1 0.2507 0.6686 0.900 0.016 0.000 0.012 0.072
#> GSM1318040 3 0.3984 0.7438 0.000 0.008 0.808 0.120 0.064
#> GSM1318032 3 0.3984 0.7438 0.000 0.008 0.808 0.120 0.064
#> GSM1317914 3 0.5760 0.7156 0.000 0.076 0.672 0.044 0.208
#> GSM1317915 1 0.2507 0.6686 0.900 0.016 0.000 0.012 0.072
#> GSM1317916 1 0.4342 0.5568 0.724 0.016 0.000 0.012 0.248
#> GSM1317917 3 0.7033 0.6344 0.000 0.108 0.536 0.080 0.276
#> GSM1317918 1 0.2618 0.6261 0.900 0.036 0.000 0.012 0.052
#> GSM1317919 3 0.7534 0.6263 0.000 0.112 0.488 0.128 0.272
#> GSM1317920 3 0.7311 0.6309 0.000 0.108 0.500 0.100 0.292
#> GSM1317921 3 0.7237 0.6372 0.000 0.108 0.520 0.100 0.272
#> GSM1317922 3 0.6684 0.6208 0.000 0.112 0.528 0.040 0.320
#> GSM1317923 3 0.7221 0.6370 0.000 0.108 0.524 0.100 0.268
#> GSM1317924 3 0.3936 0.7446 0.000 0.008 0.812 0.116 0.064
#> GSM1317925 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1317926 3 0.7253 0.6347 0.000 0.108 0.516 0.100 0.276
#> GSM1317927 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1317928 3 0.0798 0.7842 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM1317929 3 0.7600 0.6185 0.000 0.112 0.468 0.128 0.292
#> GSM1317930 2 0.2773 0.8858 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317931 3 0.0510 0.7819 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317932 2 0.5482 0.4141 0.000 0.632 0.296 0.020 0.052
#> GSM1317933 2 0.2773 0.8858 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317934 2 0.4983 0.4840 0.000 0.672 0.280 0.020 0.028
#> GSM1317935 3 0.3731 0.7461 0.000 0.012 0.800 0.016 0.172
#> GSM1317936 3 0.0510 0.7819 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317937 1 0.3928 0.5034 0.700 0.000 0.000 0.004 0.296
#> GSM1317938 2 0.4383 0.3212 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004
#> GSM1317939 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1317940 1 0.1251 0.6764 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317941 4 0.5695 0.7207 0.056 0.196 0.000 0.684 0.064
#> GSM1317942 2 0.2773 0.8858 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317943 2 0.2773 0.8858 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317944 2 0.2732 0.8881 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1317896 3 0.0510 0.7819 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317897 1 0.0898 0.6774 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317898 5 0.4390 0.2674 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568
#> GSM1317899 1 0.4434 0.1465 0.536 0.000 0.000 0.004 0.460
#> GSM1317900 3 0.3191 0.7746 0.000 0.012 0.868 0.060 0.060
#> GSM1317901 5 0.4630 0.3093 0.416 0.004 0.008 0.000 0.572
#> GSM1317902 1 0.4331 0.3220 0.596 0.000 0.000 0.004 0.400
#> GSM1317903 1 0.4299 0.3491 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388
#> GSM1317904 4 0.3631 0.7680 0.000 0.104 0.000 0.824 0.072
#> GSM1317905 4 0.3023 0.7618 0.000 0.088 0.012 0.872 0.028
#> GSM1317906 4 0.3248 0.7576 0.000 0.084 0.020 0.864 0.032
#> GSM1317907 4 0.3813 0.7193 0.000 0.008 0.028 0.800 0.164
#> GSM1317908 3 0.3450 0.7119 0.000 0.008 0.808 0.008 0.176
#> GSM1317909 5 0.6686 0.5667 0.136 0.028 0.112 0.068 0.656
#> GSM1317910 5 0.8128 0.3206 0.124 0.080 0.124 0.124 0.548
#> GSM1317911 1 0.5140 0.2901 0.624 0.004 0.000 0.048 0.324
#> GSM1317912 4 0.5984 0.1601 0.000 0.004 0.096 0.484 0.416
#> GSM1317913 4 0.3512 0.7727 0.000 0.068 0.004 0.840 0.088
#> GSM1318041 3 0.5897 0.0758 0.000 0.008 0.476 0.076 0.440
#> GSM1318042 3 0.0865 0.7797 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM1318043 3 0.0510 0.7819 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318044 1 0.4009 0.4861 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> GSM1318045 1 0.4403 0.2279 0.560 0.000 0.000 0.004 0.436
#> GSM1318046 1 0.4658 0.2738 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> GSM1318047 5 0.5367 0.6713 0.248 0.000 0.024 0.056 0.672
#> GSM1318048 3 0.4596 0.0291 0.000 0.004 0.500 0.004 0.492
#> GSM1318049 5 0.6273 0.6357 0.224 0.004 0.096 0.044 0.632
#> GSM1318050 4 0.3631 0.7680 0.000 0.104 0.000 0.824 0.072
#> GSM1318051 4 0.4098 0.7581 0.000 0.156 0.000 0.780 0.064
#> GSM1318052 4 0.2522 0.7644 0.000 0.108 0.000 0.880 0.012
#> GSM1318053 4 0.2625 0.7631 0.000 0.108 0.000 0.876 0.016
#> GSM1318054 4 0.3134 0.7568 0.000 0.056 0.044 0.876 0.024
#> GSM1318055 3 0.2879 0.7554 0.000 0.000 0.868 0.100 0.032
#> GSM1318056 4 0.3288 0.7526 0.000 0.060 0.044 0.868 0.028
#> GSM1318057 4 0.2416 0.7676 0.000 0.100 0.000 0.888 0.012
#> GSM1318058 4 0.4361 0.6648 0.000 0.032 0.140 0.788 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.5457 0.5712 0.000 0.216 0.000 0.612 0.160 0.012
#> GSM1317946 1 0.3109 0.6947 0.864 0.040 0.000 0.016 0.068 0.012
#> GSM1317947 3 0.4325 0.3717 0.000 0.004 0.592 0.004 0.388 0.012
#> GSM1317948 5 0.2691 0.6574 0.024 0.000 0.028 0.044 0.892 0.012
#> GSM1317949 5 0.4737 0.4600 0.308 0.028 0.004 0.000 0.640 0.020
#> GSM1317950 1 0.3052 0.7239 0.852 0.000 0.000 0.008 0.064 0.076
#> GSM1317953 1 0.1406 0.7596 0.952 0.016 0.000 0.008 0.004 0.020
#> GSM1317954 1 0.1842 0.7590 0.932 0.036 0.000 0.008 0.012 0.012
#> GSM1317955 1 0.1711 0.7566 0.936 0.040 0.000 0.008 0.008 0.008
#> GSM1317956 1 0.3052 0.7239 0.852 0.000 0.000 0.008 0.064 0.076
#> GSM1317957 4 0.5109 0.7280 0.080 0.092 0.004 0.740 0.016 0.068
#> GSM1317958 5 0.5063 0.4932 0.288 0.004 0.000 0.004 0.620 0.084
#> GSM1317959 4 0.2361 0.8201 0.000 0.028 0.000 0.884 0.088 0.000
#> GSM1317960 5 0.2554 0.6618 0.032 0.000 0.024 0.044 0.896 0.004
#> GSM1317961 3 0.8086 -0.0843 0.120 0.036 0.400 0.032 0.104 0.308
#> GSM1317962 1 0.4292 0.6564 0.800 0.040 0.000 0.068 0.060 0.032
#> GSM1317963 5 0.5915 0.1012 0.412 0.008 0.000 0.068 0.476 0.036
#> GSM1317964 1 0.1684 0.7573 0.940 0.016 0.000 0.008 0.008 0.028
#> GSM1317965 3 0.2245 0.7138 0.000 0.004 0.904 0.012 0.012 0.068
#> GSM1317966 3 0.8086 -0.0843 0.120 0.036 0.400 0.032 0.104 0.308
#> GSM1317967 4 0.3266 0.7857 0.000 0.028 0.024 0.844 0.004 0.100
#> GSM1317968 1 0.1750 0.7509 0.932 0.040 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM1317969 4 0.4193 0.6313 0.000 0.004 0.188 0.736 0.000 0.072
#> GSM1317970 4 0.2356 0.8044 0.004 0.048 0.004 0.900 0.000 0.044
#> GSM1317952 5 0.2552 0.6602 0.024 0.000 0.028 0.036 0.900 0.012
#> GSM1317951 1 0.1812 0.7575 0.932 0.040 0.000 0.008 0.008 0.012
#> GSM1317971 3 0.6830 0.0308 0.004 0.020 0.472 0.180 0.028 0.296
#> GSM1317972 1 0.1988 0.7487 0.924 0.040 0.000 0.004 0.016 0.016
#> GSM1317973 4 0.2506 0.8206 0.000 0.052 0.000 0.880 0.068 0.000
#> GSM1317974 1 0.2057 0.7473 0.920 0.044 0.000 0.004 0.016 0.016
#> GSM1317975 2 0.1406 0.8743 0.016 0.952 0.000 0.020 0.004 0.008
#> GSM1317978 1 0.1838 0.7520 0.928 0.040 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM1317979 5 0.4886 0.4677 0.000 0.000 0.188 0.092 0.696 0.024
#> GSM1317980 3 0.2699 0.6733 0.000 0.000 0.856 0.008 0.124 0.012
#> GSM1317981 2 0.1406 0.8743 0.016 0.952 0.000 0.020 0.004 0.008
#> GSM1317982 4 0.3026 0.8106 0.000 0.004 0.036 0.864 0.076 0.020
#> GSM1317983 1 0.3194 0.7221 0.848 0.004 0.000 0.008 0.064 0.076
#> GSM1317984 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317985 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317986 1 0.3194 0.7221 0.848 0.004 0.000 0.008 0.064 0.076
#> GSM1317987 2 0.1406 0.8743 0.016 0.952 0.000 0.020 0.004 0.008
#> GSM1317988 4 0.2448 0.8209 0.000 0.052 0.000 0.884 0.064 0.000
#> GSM1317989 5 0.3165 0.6435 0.104 0.000 0.012 0.028 0.848 0.008
#> GSM1317990 2 0.1251 0.8807 0.012 0.956 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM1317991 3 0.5361 0.3293 0.004 0.020 0.648 0.040 0.028 0.260
#> GSM1317992 4 0.6317 -0.0538 0.004 0.424 0.016 0.424 0.016 0.116
#> GSM1317993 2 0.1152 0.8995 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM1317994 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317977 5 0.3023 0.6633 0.048 0.000 0.004 0.056 0.868 0.024
#> GSM1317976 1 0.2388 0.7398 0.904 0.040 0.000 0.004 0.036 0.016
#> GSM1317995 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317996 2 0.5411 0.0120 0.072 0.488 0.000 0.424 0.000 0.016
#> GSM1317997 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317998 5 0.5213 0.4648 0.304 0.004 0.000 0.004 0.596 0.092
#> GSM1317999 5 0.4705 0.5621 0.228 0.004 0.000 0.004 0.684 0.080
#> GSM1318002 2 0.1644 0.9030 0.000 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004
#> GSM1318003 2 0.1588 0.9044 0.000 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> GSM1318004 4 0.2361 0.8201 0.000 0.028 0.000 0.884 0.088 0.000
#> GSM1318005 4 0.2436 0.8201 0.000 0.032 0.000 0.880 0.088 0.000
#> GSM1318006 5 0.5242 0.4493 0.312 0.004 0.000 0.004 0.588 0.092
#> GSM1318007 4 0.2264 0.8185 0.000 0.012 0.004 0.888 0.096 0.000
#> GSM1318008 5 0.5080 0.4868 0.292 0.004 0.000 0.004 0.616 0.084
#> GSM1318009 4 0.4227 0.6289 0.000 0.256 0.000 0.692 0.052 0.000
#> GSM1318010 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1318011 5 0.2214 0.6679 0.044 0.000 0.012 0.028 0.912 0.004
#> GSM1318012 5 0.2722 0.6610 0.048 0.000 0.004 0.060 0.880 0.008
#> GSM1318013 4 0.2290 0.8217 0.000 0.020 0.004 0.892 0.084 0.000
#> GSM1318014 5 0.2281 0.6684 0.048 0.000 0.012 0.028 0.908 0.004
#> GSM1318015 2 0.1644 0.9030 0.000 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004
#> GSM1318001 3 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1318000 4 0.3975 0.1708 0.000 0.452 0.000 0.544 0.000 0.004
#> GSM1318016 2 0.1387 0.9058 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.5672 0.1448 0.504 0.004 0.000 0.004 0.364 0.124
#> GSM1318019 4 0.2454 0.7600 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0862 0.7592 0.000 0.008 0.972 0.000 0.016 0.004
#> GSM1318021 2 0.1327 0.9061 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.4043 0.8972 0.000 0.000 0.276 0.020 0.008 0.696
#> GSM1318023 1 0.5672 0.1448 0.504 0.004 0.000 0.004 0.364 0.124
#> GSM1318024 2 0.1387 0.9058 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.2933 0.7037 0.000 0.004 0.860 0.008 0.032 0.096
#> GSM1318026 2 0.3680 0.8150 0.000 0.816 0.012 0.108 0.008 0.056
#> GSM1318027 4 0.2933 0.7939 0.000 0.040 0.008 0.856 0.000 0.096
#> GSM1318028 1 0.1268 0.7558 0.952 0.036 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM1318029 6 0.4289 0.8809 0.000 0.004 0.264 0.012 0.024 0.696
#> GSM1318018 1 0.5672 0.1448 0.504 0.004 0.000 0.004 0.364 0.124
#> GSM1318030 4 0.2728 0.8189 0.000 0.012 0.024 0.876 0.084 0.004
#> GSM1318031 3 0.4451 0.6329 0.000 0.004 0.760 0.072 0.032 0.132
#> GSM1318033 5 0.5692 0.5655 0.160 0.004 0.000 0.112 0.656 0.068
#> GSM1318034 3 0.4226 0.4386 0.000 0.004 0.648 0.004 0.328 0.016
#> GSM1318035 2 0.1728 0.9065 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> GSM1318036 4 0.5886 0.1928 0.112 0.004 0.000 0.472 0.396 0.016
#> GSM1318037 4 0.2884 0.7778 0.000 0.008 0.000 0.824 0.164 0.004
#> GSM1318038 6 0.4303 0.8839 0.000 0.000 0.292 0.020 0.016 0.672
#> GSM1318039 1 0.3501 0.7208 0.828 0.008 0.000 0.008 0.060 0.096
#> GSM1318040 3 0.4592 0.6213 0.000 0.004 0.748 0.080 0.032 0.136
#> GSM1318032 3 0.4592 0.6213 0.000 0.004 0.748 0.080 0.032 0.136
#> GSM1317914 6 0.4025 0.6791 0.000 0.000 0.416 0.008 0.000 0.576
#> GSM1317915 1 0.3501 0.7208 0.828 0.008 0.000 0.008 0.060 0.096
#> GSM1317916 1 0.6030 0.2598 0.516 0.012 0.000 0.012 0.328 0.132
#> GSM1317917 6 0.4303 0.8839 0.000 0.000 0.292 0.020 0.016 0.672
#> GSM1317918 1 0.2964 0.7247 0.852 0.012 0.000 0.008 0.012 0.116
#> GSM1317919 6 0.3834 0.8919 0.000 0.000 0.268 0.024 0.000 0.708
#> GSM1317920 6 0.4331 0.8947 0.000 0.004 0.272 0.024 0.012 0.688
#> GSM1317921 6 0.3876 0.8955 0.000 0.000 0.276 0.024 0.000 0.700
#> GSM1317922 6 0.4334 0.8617 0.000 0.004 0.284 0.004 0.032 0.676
#> GSM1317923 6 0.4087 0.8974 0.000 0.000 0.276 0.028 0.004 0.692
#> GSM1317924 3 0.4451 0.6329 0.000 0.004 0.760 0.072 0.032 0.132
#> GSM1317925 2 0.1769 0.9058 0.000 0.924 0.000 0.060 0.004 0.012
#> GSM1317926 6 0.3993 0.8971 0.000 0.000 0.272 0.024 0.004 0.700
#> GSM1317927 2 0.1728 0.9065 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> GSM1317928 3 0.1167 0.7496 0.000 0.012 0.960 0.000 0.008 0.020
#> GSM1317929 6 0.4289 0.8899 0.000 0.004 0.264 0.024 0.012 0.696
#> GSM1317930 2 0.1787 0.9054 0.000 0.920 0.000 0.068 0.004 0.008
#> GSM1317931 3 0.0508 0.7595 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317932 2 0.4898 0.6319 0.000 0.716 0.180 0.008 0.044 0.052
#> GSM1317933 2 0.1728 0.9065 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> GSM1317934 2 0.4499 0.6749 0.000 0.748 0.164 0.008 0.028 0.052
#> GSM1317935 3 0.4960 0.2718 0.000 0.008 0.636 0.000 0.084 0.272
#> GSM1317936 3 0.0653 0.7588 0.000 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317937 1 0.5702 0.1480 0.500 0.004 0.000 0.004 0.364 0.128
#> GSM1317938 2 0.4165 0.2410 0.000 0.568 0.000 0.420 0.004 0.008
#> GSM1317939 2 0.1728 0.9065 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> GSM1317940 1 0.2164 0.7446 0.912 0.044 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM1317941 4 0.5055 0.7591 0.088 0.084 0.000 0.740 0.068 0.020
#> GSM1317942 2 0.2062 0.8938 0.000 0.900 0.000 0.088 0.004 0.008
#> GSM1317943 2 0.1787 0.9054 0.000 0.920 0.000 0.068 0.004 0.008
#> GSM1317944 2 0.1728 0.9065 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> GSM1317896 3 0.0260 0.7588 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317897 1 0.1337 0.7590 0.956 0.016 0.000 0.008 0.008 0.012
#> GSM1317898 5 0.3620 0.6102 0.184 0.000 0.000 0.000 0.772 0.044
#> GSM1317899 5 0.4925 0.5162 0.268 0.004 0.000 0.004 0.644 0.080
#> GSM1317900 3 0.3513 0.6956 0.004 0.008 0.844 0.036 0.032 0.076
#> GSM1317901 5 0.3389 0.6236 0.164 0.000 0.004 0.000 0.800 0.032
#> GSM1317902 5 0.5440 0.3658 0.352 0.004 0.000 0.004 0.540 0.100
#> GSM1317903 5 0.5490 0.3057 0.376 0.004 0.000 0.004 0.516 0.100
#> GSM1317904 4 0.2600 0.8198 0.000 0.036 0.000 0.876 0.084 0.004
#> GSM1317905 4 0.3000 0.7970 0.004 0.028 0.004 0.864 0.012 0.088
#> GSM1317906 4 0.3075 0.7939 0.004 0.032 0.008 0.856 0.004 0.096
#> GSM1317907 4 0.3228 0.7669 0.000 0.012 0.004 0.804 0.176 0.004
#> GSM1317908 3 0.4601 0.4961 0.000 0.008 0.692 0.000 0.224 0.076
#> GSM1317909 5 0.5959 0.4560 0.040 0.004 0.068 0.036 0.640 0.212
#> GSM1317910 6 0.6678 0.2889 0.032 0.004 0.084 0.044 0.352 0.484
#> GSM1317911 1 0.5667 0.0141 0.468 0.004 0.000 0.028 0.436 0.064
#> GSM1317912 5 0.4928 -0.1018 0.000 0.008 0.036 0.432 0.520 0.004
#> GSM1317913 4 0.2309 0.8211 0.000 0.028 0.000 0.888 0.084 0.000
#> GSM1318041 5 0.5102 0.2787 0.000 0.004 0.328 0.052 0.600 0.016
#> GSM1318042 3 0.1363 0.7492 0.000 0.004 0.952 0.004 0.028 0.012
#> GSM1318043 3 0.0653 0.7588 0.000 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> GSM1318044 1 0.5703 0.0726 0.484 0.004 0.000 0.004 0.384 0.124
#> GSM1318045 5 0.5297 0.4440 0.316 0.004 0.000 0.004 0.580 0.096
#> GSM1318046 5 0.5399 0.3418 0.368 0.004 0.000 0.004 0.532 0.092
#> GSM1318047 5 0.2214 0.6689 0.044 0.000 0.012 0.028 0.912 0.004
#> GSM1318048 5 0.4211 0.2867 0.000 0.004 0.348 0.004 0.632 0.012
#> GSM1318049 5 0.3125 0.6508 0.060 0.000 0.068 0.004 0.856 0.012
#> GSM1318050 4 0.2457 0.8199 0.000 0.036 0.000 0.880 0.084 0.000
#> GSM1318051 4 0.2532 0.8211 0.000 0.052 0.000 0.884 0.060 0.004
#> GSM1318052 4 0.2933 0.7939 0.000 0.040 0.008 0.856 0.000 0.096
#> GSM1318053 4 0.3075 0.7926 0.004 0.040 0.008 0.852 0.000 0.096
#> GSM1318054 4 0.3376 0.7841 0.000 0.028 0.024 0.840 0.008 0.100
#> GSM1318055 3 0.3579 0.6636 0.000 0.000 0.816 0.060 0.016 0.108
#> GSM1318056 4 0.3376 0.7841 0.000 0.028 0.024 0.840 0.008 0.100
#> GSM1318057 4 0.2933 0.7939 0.000 0.040 0.008 0.856 0.000 0.096
#> GSM1318058 4 0.4528 0.7341 0.004 0.016 0.060 0.772 0.028 0.120
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:kmeans 161 0.414959 6.56e-02 0.01186 0.310 2
#> CV:kmeans 160 0.546073 5.16e-02 0.07056 0.480 3
#> CV:kmeans 158 0.668884 6.09e-02 0.06845 0.432 4
#> CV:kmeans 128 0.000217 9.63e-05 0.01025 0.309 5
#> CV:kmeans 127 0.000319 5.41e-08 0.00268 0.238 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.614 0.866 0.935 0.4939 0.513 0.513
#> 3 3 0.924 0.953 0.979 0.3547 0.747 0.538
#> 4 4 0.961 0.937 0.968 0.0980 0.920 0.764
#> 5 5 0.884 0.869 0.926 0.0832 0.902 0.654
#> 6 6 0.819 0.796 0.888 0.0409 0.947 0.754
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.706 0.795 0.192 0.808
#> GSM1317946 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317947 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317948 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317949 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.936 0.569 0.352 0.648
#> GSM1317960 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.980 0.224 0.416 0.584
#> GSM1317962 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.978 0.237 0.412 0.588
#> GSM1317967 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.494 0.857 0.892 0.108
#> GSM1317951 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.969 0.470 0.396 0.604
#> GSM1317978 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.760 0.742 0.780 0.220
#> GSM1317980 2 0.730 0.706 0.204 0.796
#> GSM1317981 2 0.767 0.764 0.224 0.776
#> GSM1317982 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.767 0.764 0.224 0.776
#> GSM1317988 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317991 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317994 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317997 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318004 1 0.760 0.672 0.780 0.220
#> GSM1318005 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318006 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318010 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318016 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318017 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318022 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318025 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.827 0.613 0.260 0.740
#> GSM1318018 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318034 1 0.738 0.756 0.792 0.208
#> GSM1318035 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318036 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.850 0.587 0.276 0.724
#> GSM1317918 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.574 0.792 0.136 0.864
#> GSM1317921 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317923 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317926 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317928 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317934 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317939 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317940 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.767 0.665 0.776 0.224
#> GSM1317942 2 0.980 0.421 0.416 0.584
#> GSM1317943 2 0.738 0.781 0.208 0.792
#> GSM1317944 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1317896 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.605 0.783 0.852 0.148
#> GSM1317905 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317909 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1317911 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318041 1 0.971 0.403 0.600 0.400
#> GSM1318042 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.000 0.945 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1318049 1 0.722 0.765 0.800 0.200
#> GSM1318050 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318051 2 0.722 0.789 0.200 0.800
#> GSM1318052 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.000 0.911 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.1411 0.955 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317949 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.3619 0.842 0.000 0.864 0.136
#> GSM1317968 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0592 0.984 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317980 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0747 0.980 0.000 0.016 0.984
#> GSM1317983 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.3482 0.850 0.000 0.872 0.128
#> GSM1317993 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318008 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.3116 0.867 0.000 0.892 0.108
#> GSM1318014 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6305 0.172 0.000 0.516 0.484
#> GSM1318031 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318038 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317906 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317907 2 0.6126 0.419 0.000 0.600 0.400
#> GSM1317908 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4842 0.706 0.776 0.000 0.224
#> GSM1317910 1 0.5016 0.679 0.760 0.000 0.240
#> GSM1317911 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.3412 0.845 0.000 0.124 0.876
#> GSM1317913 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318050 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318055 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.4555 0.777 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318057 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.6111 0.428 0.000 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.4164 0.630 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM1317946 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0672 0.974 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1317948 1 0.3925 0.779 0.808 0.000 0.176 0.016
#> GSM1317949 1 0.0524 0.967 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1317950 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.4193 0.643 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM1317958 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317959 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1317960 1 0.0927 0.960 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM1317961 3 0.0524 0.982 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317962 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0524 0.968 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM1317964 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317966 3 0.0524 0.982 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317967 4 0.0657 0.933 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM1317968 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4961 0.156 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM1317970 4 0.0592 0.933 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1317952 1 0.2450 0.899 0.912 0.000 0.072 0.016
#> GSM1317951 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317972 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0817 0.930 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317974 1 0.3610 0.754 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0927 0.968 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM1317980 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.3649 0.732 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM1317983 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0817 0.930 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317989 1 0.0336 0.967 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317990 2 0.0336 0.973 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317991 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317992 2 0.3945 0.724 0.000 0.780 0.004 0.216
#> GSM1317993 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317994 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.0592 0.964 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317976 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.0336 0.973 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317997 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317999 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318002 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318003 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318004 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318005 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318006 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318007 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM1318008 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318009 4 0.4925 0.292 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM1318010 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.0592 0.964 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318012 1 0.0592 0.964 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318013 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM1318014 1 0.0469 0.966 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318015 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318001 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318016 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318017 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.3311 0.788 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM1318020 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318022 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318023 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318025 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318026 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318027 4 0.0592 0.933 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318028 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.0921 0.916 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318031 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318033 1 0.0336 0.967 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318034 3 0.0524 0.977 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM1318035 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318036 1 0.0672 0.967 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM1318037 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM1318038 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318032 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317914 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317915 1 0.0336 0.969 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317918 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317920 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317921 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317922 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317924 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317925 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317926 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317927 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317928 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317930 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317931 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.1118 0.942 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317933 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317934 2 0.1118 0.942 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317939 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317940 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.4134 0.674 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM1317942 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317943 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317944 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317896 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0469 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0336 0.967 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317899 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317900 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317901 1 0.0336 0.967 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317902 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317903 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1317905 4 0.0672 0.931 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM1317906 4 0.0672 0.931 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM1317907 4 0.2345 0.854 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM1317908 3 0.0188 0.982 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317909 1 0.4594 0.624 0.712 0.000 0.280 0.008
#> GSM1317910 1 0.5074 0.522 0.656 0.008 0.332 0.004
#> GSM1317911 1 0.0524 0.968 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM1317912 4 0.3972 0.726 0.008 0.000 0.204 0.788
#> GSM1317913 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318041 3 0.0804 0.971 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM1318042 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0188 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318046 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0592 0.964 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318048 3 0.0804 0.970 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM1318049 1 0.3725 0.778 0.812 0.000 0.180 0.008
#> GSM1318050 4 0.0592 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318051 4 0.0707 0.931 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM1318052 4 0.0592 0.933 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318053 4 0.0592 0.933 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318054 4 0.0657 0.933 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM1318055 3 0.0336 0.984 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318056 4 0.0657 0.933 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM1318057 4 0.0592 0.933 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318058 4 0.0672 0.931 0.000 0.008 0.008 0.984
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 2 0.3816 0.529 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 5 0.3857 0.484 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM1317948 5 0.1018 0.773 0.016 0.000 0.016 0.000 0.968
#> GSM1317949 5 0.3508 0.643 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM1317950 1 0.0510 0.935 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317953 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0510 0.935 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317957 4 0.4442 0.525 0.016 0.304 0.004 0.676 0.000
#> GSM1317958 5 0.3508 0.756 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM1317959 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.0955 0.778 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> GSM1317961 3 0.3039 0.815 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> GSM1317962 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.1197 0.911 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM1317964 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.3039 0.815 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> GSM1317967 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4287 0.129 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> GSM1317970 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.0992 0.777 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968
#> GSM1317951 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0404 0.962 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317972 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0162 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 5 0.3661 0.589 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM1317980 3 0.0404 0.962 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317981 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.3039 0.740 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM1317983 1 0.0609 0.931 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317984 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317985 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317986 1 0.0510 0.935 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317987 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.1792 0.780 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM1317990 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317992 2 0.3427 0.736 0.000 0.796 0.012 0.192 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317977 5 0.1043 0.781 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM1317976 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317996 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317998 5 0.3480 0.756 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM1317999 5 0.2471 0.780 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM1318002 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.3561 0.751 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM1318007 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.3480 0.756 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM1318009 4 0.4249 0.255 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM1318010 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318011 5 0.0963 0.780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM1318012 5 0.1043 0.781 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM1318013 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.0963 0.780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM1318015 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318000 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.4060 0.662 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM1318019 4 0.2891 0.771 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM1318020 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318021 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318023 5 0.4060 0.662 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM1318024 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318018 5 0.4060 0.662 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM1318030 4 0.1341 0.904 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.3913 0.687 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318034 5 0.3586 0.604 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM1318035 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0880 0.917 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM1318037 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.0963 0.957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318039 1 0.0609 0.935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318040 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0510 0.961 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317915 1 0.0609 0.935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317916 5 0.4060 0.658 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM1317917 3 0.0963 0.957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317918 1 0.0404 0.933 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317919 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317920 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317921 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317922 3 0.0963 0.957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317923 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317924 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317927 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317929 3 0.0880 0.957 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317930 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317932 2 0.0404 0.968 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.0290 0.972 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.0404 0.964 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317936 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317937 5 0.4074 0.657 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM1317938 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.4283 0.399 0.644 0.008 0.000 0.348 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317897 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.1671 0.783 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM1317899 5 0.3534 0.754 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM1317900 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.1608 0.783 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1317902 5 0.3561 0.751 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM1317903 5 0.3949 0.694 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM1317904 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.0404 0.946 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317906 4 0.0404 0.946 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317907 4 0.0898 0.934 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM1317908 3 0.3074 0.763 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317909 5 0.4066 0.664 0.044 0.000 0.188 0.000 0.768
#> GSM1317910 1 0.6135 0.395 0.560 0.000 0.192 0.000 0.248
#> GSM1317911 1 0.3242 0.647 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM1317912 5 0.4736 0.132 0.000 0.000 0.020 0.404 0.576
#> GSM1317913 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 5 0.3999 0.500 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM1318042 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318043 3 0.0290 0.963 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318044 5 0.3983 0.685 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM1318045 5 0.3534 0.754 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM1318046 5 0.3913 0.696 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM1318047 5 0.0880 0.779 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM1318048 5 0.0880 0.763 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM1318049 5 0.0992 0.777 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968
#> GSM1318050 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0162 0.964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318056 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.0290 0.948 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.3828 0.5299 0.000 0.696 0.000 0.288 0.012 0.004
#> GSM1317946 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.3190 0.6653 0.000 0.000 0.772 0.000 0.220 0.008
#> GSM1317948 5 0.0717 0.7871 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM1317949 5 0.3584 0.5527 0.308 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004
#> GSM1317950 1 0.1327 0.8867 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0146 0.9232 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.1327 0.8867 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM1317957 4 0.6357 0.4783 0.088 0.220 0.000 0.560 0.000 0.132
#> GSM1317958 5 0.2793 0.8101 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM1317959 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317960 5 0.0508 0.7908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM1317961 3 0.5576 0.2235 0.144 0.000 0.480 0.000 0.000 0.376
#> GSM1317962 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.1863 0.8678 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.2146 0.7914 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116
#> GSM1317966 3 0.5549 0.2324 0.140 0.000 0.484 0.000 0.000 0.376
#> GSM1317967 4 0.1219 0.8705 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.5097 0.1134 0.000 0.000 0.508 0.420 0.004 0.068
#> GSM1317970 4 0.1204 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1317952 5 0.0717 0.7871 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM1317951 1 0.0146 0.9232 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317971 3 0.3772 0.6017 0.000 0.000 0.672 0.004 0.004 0.320
#> GSM1317972 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.8752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 5 0.4897 -0.0395 0.000 0.000 0.448 0.000 0.492 0.060
#> GSM1317980 3 0.0508 0.8327 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.3043 0.7741 0.000 0.000 0.140 0.832 0.008 0.020
#> GSM1317983 1 0.1814 0.8499 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM1317984 3 0.0146 0.8354 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317985 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317986 1 0.1610 0.8680 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.8752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.2191 0.7761 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3528 0.6166 0.000 0.000 0.700 0.000 0.004 0.296
#> GSM1317992 2 0.5867 0.5318 0.000 0.636 0.144 0.064 0.004 0.152
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0146 0.8354 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317977 5 0.0547 0.8044 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317996 2 0.0891 0.9219 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317998 5 0.2664 0.8125 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> GSM1317999 5 0.1863 0.8181 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318005 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318006 5 0.2793 0.8101 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM1318007 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318008 5 0.2631 0.8135 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM1318009 4 0.3860 0.1223 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318011 5 0.0405 0.7978 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM1318012 5 0.0622 0.7996 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM1318013 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318014 5 0.0291 0.7955 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318000 2 0.0363 0.9360 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.3288 0.7562 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM1318019 4 0.3742 0.4639 0.000 0.348 0.000 0.648 0.000 0.004
#> GSM1318020 3 0.0000 0.8348 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.1267 0.9496 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1318023 5 0.3288 0.7562 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.1219 0.8216 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM1318026 2 0.0748 0.9274 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004 0.016
#> GSM1318027 4 0.1219 0.8705 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM1318028 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 6 0.1267 0.9496 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1318018 5 0.3288 0.7562 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM1318030 4 0.2825 0.7856 0.000 0.000 0.136 0.844 0.012 0.008
#> GSM1318031 3 0.2278 0.7887 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM1318033 5 0.3979 0.7536 0.244 0.000 0.000 0.032 0.720 0.004
#> GSM1318034 3 0.1462 0.8093 0.000 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.2340 0.8638 0.896 0.000 0.000 0.044 0.056 0.004
#> GSM1318037 4 0.0551 0.8736 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008 0.004
#> GSM1318038 6 0.2300 0.8950 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM1318039 1 0.2357 0.8503 0.872 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116
#> GSM1318040 3 0.2584 0.7808 0.000 0.000 0.848 0.004 0.004 0.144
#> GSM1318032 3 0.2584 0.7808 0.000 0.000 0.848 0.004 0.004 0.144
#> GSM1317914 3 0.3756 0.3305 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM1317915 1 0.2450 0.8485 0.868 0.000 0.000 0.000 0.016 0.116
#> GSM1317916 5 0.5133 0.6388 0.292 0.000 0.000 0.000 0.592 0.116
#> GSM1317917 6 0.2300 0.8950 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317918 1 0.2260 0.8333 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317919 6 0.1075 0.9402 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM1317920 6 0.1267 0.9496 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1317921 6 0.1267 0.9496 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1317922 6 0.2300 0.8950 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317923 6 0.1387 0.9467 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM1317924 3 0.2278 0.7887 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.1267 0.9496 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.8348 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317929 6 0.1075 0.9402 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317932 2 0.3515 0.5066 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.3175 0.6356 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.3012 0.6809 0.000 0.000 0.796 0.000 0.008 0.196
#> GSM1317936 3 0.0260 0.8352 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317937 5 0.3351 0.7440 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.3840 0.5134 0.696 0.008 0.000 0.288 0.000 0.008
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0146 0.8354 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.1204 0.8127 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM1317899 5 0.2697 0.8138 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> GSM1317900 3 0.2191 0.7908 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM1317901 5 0.1285 0.8114 0.052 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM1317902 5 0.2793 0.8101 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM1317903 5 0.3151 0.7783 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM1317904 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317905 4 0.3459 0.7322 0.000 0.000 0.016 0.768 0.004 0.212
#> GSM1317906 4 0.3459 0.7322 0.000 0.000 0.016 0.768 0.004 0.212
#> GSM1317907 4 0.3395 0.7640 0.000 0.000 0.148 0.812 0.020 0.020
#> GSM1317908 3 0.3139 0.7202 0.000 0.000 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM1317909 5 0.4921 0.1353 0.004 0.000 0.052 0.000 0.508 0.436
#> GSM1317910 6 0.3282 0.8331 0.108 0.000 0.020 0.000 0.036 0.836
#> GSM1317911 1 0.3620 0.3471 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM1317912 4 0.6295 0.1407 0.000 0.000 0.320 0.420 0.248 0.012
#> GSM1317913 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318041 3 0.3741 0.5004 0.000 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM1318042 3 0.0405 0.8341 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM1318043 3 0.0146 0.8354 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318044 5 0.3221 0.7680 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM1318045 5 0.2793 0.8101 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM1318046 5 0.3101 0.7780 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318047 5 0.0405 0.7945 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM1318048 3 0.4039 0.3417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.424 0.008
#> GSM1318049 5 0.0806 0.7864 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM1318050 4 0.0291 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1318051 4 0.0000 0.8752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.1219 0.8705 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM1318053 4 0.1219 0.8705 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM1318054 4 0.1364 0.8697 0.000 0.000 0.004 0.944 0.004 0.048
#> GSM1318055 3 0.1296 0.8224 0.000 0.000 0.948 0.004 0.004 0.044
#> GSM1318056 4 0.1364 0.8697 0.000 0.000 0.004 0.944 0.004 0.048
#> GSM1318057 4 0.1082 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM1318058 4 0.3516 0.7888 0.000 0.000 0.088 0.812 0.004 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:skmeans 158 4.65e-01 7.07e-02 0.00727 0.2200 2
#> CV:skmeans 160 6.81e-01 6.58e-02 0.04819 0.6533 3
#> CV:skmeans 161 2.62e-04 1.49e-05 0.00424 0.1491 4
#> CV:skmeans 156 3.24e-05 1.01e-06 0.00223 0.0963 5
#> CV:skmeans 151 2.55e-05 4.90e-08 0.00107 0.0741 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.519 0.877 0.926 0.4561 0.539 0.539
#> 3 3 0.638 0.771 0.886 0.4581 0.686 0.472
#> 4 4 0.671 0.741 0.853 0.1129 0.854 0.604
#> 5 5 0.678 0.690 0.802 0.0627 0.904 0.663
#> 6 6 0.699 0.593 0.788 0.0431 0.912 0.637
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> GSM1317946 2 0.8016 0.769 0.244 0.756
#> GSM1317947 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1317948 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1317949 1 0.6048 0.837 0.852 0.148
#> GSM1317950 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1317958 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.9661 0.375 0.608 0.392
#> GSM1317960 1 0.8144 0.778 0.748 0.252
#> GSM1317961 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.2948 0.874 0.948 0.052
#> GSM1317963 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317964 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317967 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1317952 1 0.8144 0.778 0.748 0.252
#> GSM1317951 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.9460 0.343 0.636 0.364
#> GSM1317973 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1317974 2 0.7674 0.793 0.224 0.776
#> GSM1317975 2 0.6973 0.835 0.188 0.812
#> GSM1317978 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.0672 0.926 0.008 0.992
#> GSM1317980 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317982 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317988 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1317989 1 0.7056 0.818 0.808 0.192
#> GSM1317990 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317991 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317994 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.5408 0.841 0.876 0.124
#> GSM1317976 2 0.7674 0.793 0.224 0.776
#> GSM1317995 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317997 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0376 0.894 0.996 0.004
#> GSM1318002 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318003 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318004 2 0.7299 0.814 0.204 0.796
#> GSM1318005 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318006 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1318010 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.7950 0.787 0.760 0.240
#> GSM1318012 1 0.7883 0.789 0.764 0.236
#> GSM1318013 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1318014 1 0.7528 0.800 0.784 0.216
#> GSM1318015 2 0.4562 0.899 0.096 0.904
#> GSM1318001 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.6712 0.846 0.176 0.824
#> GSM1318016 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1318017 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318020 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1318022 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1318025 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> GSM1318028 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.4431 0.857 0.908 0.092
#> GSM1318034 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1318035 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1318036 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1318037 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1318038 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.8909 0.494 0.692 0.308
#> GSM1317919 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1317923 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317926 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317928 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317931 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317934 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317939 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317940 1 0.0672 0.892 0.992 0.008
#> GSM1317941 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM1317942 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317943 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317944 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317896 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.2043 0.884 0.968 0.032
#> GSM1317899 1 0.1414 0.889 0.980 0.020
#> GSM1317900 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.5737 0.840 0.864 0.136
#> GSM1317902 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.5629 0.883 0.132 0.868
#> GSM1317905 2 0.1633 0.925 0.024 0.976
#> GSM1317906 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317907 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1317910 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1317911 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.9608 0.586 0.616 0.384
#> GSM1317913 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> GSM1318041 1 0.9460 0.622 0.636 0.364
#> GSM1318042 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.895 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.7883 0.790 0.764 0.236
#> GSM1318048 1 0.8267 0.771 0.740 0.260
#> GSM1318049 1 0.7528 0.800 0.784 0.216
#> GSM1318050 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318051 2 0.5519 0.885 0.128 0.872
#> GSM1318052 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> GSM1318053 2 0.3733 0.909 0.072 0.928
#> GSM1318054 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1318058 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.2261 0.7920 0.068 0.932 0.000
#> GSM1317947 3 0.6126 0.4843 0.352 0.004 0.644
#> GSM1317948 3 0.8042 0.6295 0.116 0.248 0.636
#> GSM1317949 1 0.0424 0.9295 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317958 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.9092 0.3602 0.548 0.252 0.200
#> GSM1317961 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.6154 0.3460 0.408 0.592 0.000
#> GSM1317963 2 0.5244 0.5920 0.240 0.756 0.004
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.4346 0.6510 0.000 0.816 0.184
#> GSM1317968 1 0.5178 0.5862 0.744 0.256 0.000
#> GSM1317969 3 0.4235 0.7696 0.000 0.176 0.824
#> GSM1317970 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317952 3 0.9850 0.1919 0.356 0.252 0.392
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.1163 0.8377 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317972 2 0.5706 0.5303 0.320 0.680 0.000
#> GSM1317973 2 0.4654 0.7587 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317974 2 0.5327 0.6052 0.272 0.728 0.000
#> GSM1317975 2 0.5502 0.7388 0.008 0.744 0.248
#> GSM1317978 1 0.6308 -0.1106 0.508 0.492 0.000
#> GSM1317979 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317980 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317981 2 0.5502 0.7388 0.008 0.744 0.248
#> GSM1317982 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317983 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0592 0.8506 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317985 3 0.0237 0.8524 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317986 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.5502 0.7388 0.008 0.744 0.248
#> GSM1317988 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317989 2 0.8963 0.2033 0.404 0.468 0.128
#> GSM1317990 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1317991 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1317993 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1317994 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.6079 0.3140 0.612 0.388 0.000
#> GSM1317976 2 0.7383 0.6316 0.236 0.680 0.084
#> GSM1317995 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.1399 0.8186 0.004 0.968 0.028
#> GSM1317997 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0237 0.9313 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318002 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318003 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.5327 0.4838 0.000 0.728 0.272
#> GSM1318008 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.1170 0.9180 0.976 0.008 0.016
#> GSM1318012 1 0.4887 0.6776 0.772 0.228 0.000
#> GSM1318013 2 0.4002 0.6783 0.000 0.840 0.160
#> GSM1318014 1 0.4353 0.7559 0.836 0.008 0.156
#> GSM1318015 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318001 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0475 0.8221 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318016 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1318017 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0237 0.8221 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318020 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1318022 3 0.0424 0.8488 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1318025 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.5098 0.7398 0.000 0.752 0.248
#> GSM1318027 2 0.0237 0.8221 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318028 1 0.0747 0.9209 0.984 0.016 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6168 0.0601 0.000 0.588 0.412
#> GSM1318031 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.5058 0.6536 0.756 0.244 0.000
#> GSM1318034 3 0.5285 0.6608 0.244 0.004 0.752
#> GSM1318035 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1318036 2 0.0237 0.8213 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318037 2 0.4291 0.6500 0.000 0.820 0.180
#> GSM1318038 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318039 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0237 0.8524 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317915 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317918 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.4887 0.6834 0.228 0.000 0.772
#> GSM1317923 3 0.0237 0.8524 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317924 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.5325 0.7397 0.004 0.748 0.248
#> GSM1317926 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0475 0.8221 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317928 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317929 3 0.0237 0.8514 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.2796 0.8173 0.000 0.092 0.908
#> GSM1317932 3 0.5016 0.5315 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317933 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317934 2 0.6299 0.3802 0.000 0.524 0.476
#> GSM1317935 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317939 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317940 2 0.6490 0.4504 0.360 0.628 0.012
#> GSM1317941 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317942 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317943 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317944 2 0.0475 0.8224 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0424 0.9295 0.992 0.008 0.000
#> GSM1317899 1 0.0237 0.9313 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.8530 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0237 0.9313 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0237 0.8220 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317905 3 0.5678 0.3679 0.000 0.316 0.684
#> GSM1317906 3 0.4178 0.6700 0.000 0.172 0.828
#> GSM1317907 3 0.5138 0.7186 0.000 0.252 0.748
#> GSM1317908 3 0.5285 0.6608 0.244 0.004 0.752
#> GSM1317909 3 0.6483 0.2427 0.452 0.004 0.544
#> GSM1317910 3 0.5138 0.7186 0.000 0.252 0.748
#> GSM1317911 1 0.0237 0.9313 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317912 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1317913 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318042 3 0.0237 0.8524 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318043 3 0.0237 0.8524 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318044 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0661 0.9273 0.988 0.008 0.004
#> GSM1318048 3 0.5285 0.6608 0.244 0.004 0.752
#> GSM1318049 1 0.5012 0.6815 0.788 0.008 0.204
#> GSM1318050 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0237 0.8221 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318054 3 0.5678 0.6516 0.000 0.316 0.684
#> GSM1318055 3 0.5098 0.7212 0.000 0.248 0.752
#> GSM1318056 3 0.5678 0.6516 0.000 0.316 0.684
#> GSM1318057 2 0.0000 0.8218 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.1411 0.8308 0.000 0.036 0.964
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.4222 0.639207 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM1317946 4 0.5519 0.560188 0.264 0.052 0.000 0.684
#> GSM1317947 3 0.3081 0.835162 0.048 0.000 0.888 0.064
#> GSM1317948 4 0.4319 0.566978 0.012 0.000 0.228 0.760
#> GSM1317949 1 0.3569 0.859320 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317950 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317953 1 0.0672 0.864185 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM1317954 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317955 1 0.3768 0.697166 0.808 0.184 0.000 0.008
#> GSM1317956 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317957 2 0.4103 0.617237 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM1317958 1 0.3528 0.861189 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM1317959 4 0.2888 0.715948 0.004 0.124 0.000 0.872
#> GSM1317960 4 0.4405 0.597547 0.048 0.000 0.152 0.800
#> GSM1317961 3 0.1474 0.905730 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM1317962 4 0.7250 0.186997 0.168 0.316 0.000 0.516
#> GSM1317963 4 0.3857 0.646097 0.104 0.044 0.004 0.848
#> GSM1317964 1 0.0672 0.864185 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM1317965 3 0.1211 0.909330 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM1317966 3 0.1557 0.905125 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317967 4 0.5257 0.696451 0.000 0.212 0.060 0.728
#> GSM1317968 1 0.3013 0.805771 0.888 0.032 0.000 0.080
#> GSM1317969 3 0.0921 0.913114 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317970 4 0.4907 0.302147 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM1317952 4 0.4669 0.573220 0.036 0.000 0.200 0.764
#> GSM1317951 1 0.3972 0.666970 0.788 0.204 0.000 0.008
#> GSM1317971 3 0.3081 0.869282 0.000 0.048 0.888 0.064
#> GSM1317972 2 0.7318 0.450578 0.280 0.524 0.000 0.196
#> GSM1317973 4 0.3907 0.696529 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM1317974 2 0.6912 0.536103 0.192 0.592 0.000 0.216
#> GSM1317975 2 0.0000 0.802864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.4465 0.716813 0.800 0.056 0.000 0.144
#> GSM1317979 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.802864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.2647 0.862362 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM1317983 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317984 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317987 2 0.0000 0.802864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.3907 0.696529 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM1317989 4 0.6401 0.155522 0.056 0.008 0.364 0.572
#> GSM1317990 2 0.0000 0.802864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.5898 0.435366 0.000 0.348 0.604 0.048
#> GSM1317992 2 0.4599 0.641407 0.000 0.760 0.028 0.212
#> GSM1317993 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317994 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 4 0.4050 0.568284 0.148 0.016 0.012 0.824
#> GSM1317976 2 0.5905 0.629164 0.156 0.700 0.000 0.144
#> GSM1317995 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.4164 0.601482 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM1317997 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.3444 0.864160 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317999 1 0.3569 0.859320 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM1318002 2 0.2408 0.754894 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1318003 2 0.0707 0.802959 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318004 4 0.2760 0.710736 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM1318005 4 0.3123 0.715126 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM1318006 1 0.3444 0.864160 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1318007 4 0.4168 0.693737 0.000 0.080 0.092 0.828
#> GSM1318008 1 0.3528 0.861189 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM1318009 4 0.4040 0.686552 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM1318010 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.4560 0.769114 0.700 0.000 0.004 0.296
#> GSM1318012 4 0.3123 0.572493 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM1318013 4 0.3401 0.716865 0.000 0.152 0.008 0.840
#> GSM1318014 1 0.5742 0.739434 0.664 0.000 0.060 0.276
#> GSM1318015 2 0.1118 0.796825 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318001 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4008 0.688893 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM1318016 2 0.0592 0.803602 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318017 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1318019 4 0.3942 0.694440 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM1318020 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318022 3 0.2466 0.881013 0.000 0.004 0.900 0.096
#> GSM1318023 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1318024 2 0.0592 0.803602 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318025 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.1940 0.774701 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM1318027 4 0.3942 0.694440 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM1318028 1 0.5387 0.534065 0.696 0.256 0.000 0.048
#> GSM1318029 3 0.1792 0.902284 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM1318018 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1318030 4 0.6300 0.608907 0.000 0.108 0.252 0.640
#> GSM1318031 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.3486 0.539673 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM1318034 3 0.0817 0.904482 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318035 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318036 4 0.2919 0.682367 0.060 0.044 0.000 0.896
#> GSM1318037 4 0.2831 0.716697 0.000 0.120 0.004 0.876
#> GSM1318038 3 0.0592 0.912803 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318039 1 0.0336 0.867360 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318040 3 0.1576 0.907152 0.000 0.004 0.948 0.048
#> GSM1318032 3 0.1474 0.905730 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM1317914 3 0.1716 0.903223 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM1317915 1 0.0469 0.872180 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317916 1 0.1867 0.880416 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM1317917 3 0.4304 0.553151 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM1317918 1 0.0524 0.865962 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1317919 3 0.2647 0.861851 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM1317920 3 0.2589 0.865199 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317921 3 0.2530 0.871009 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM1317922 3 0.0672 0.912912 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1317923 3 0.1716 0.903223 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM1317924 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317926 3 0.1557 0.905028 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317927 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317928 3 0.1824 0.889567 0.000 0.060 0.936 0.004
#> GSM1317929 3 0.3528 0.784703 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM1317930 2 0.5000 -0.339031 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM1317931 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 3 0.5558 0.268716 0.000 0.432 0.548 0.020
#> GSM1317933 2 0.3764 0.537665 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM1317934 2 0.2805 0.722219 0.000 0.888 0.100 0.012
#> GSM1317935 3 0.1389 0.907153 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM1317936 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317938 4 0.4431 0.624588 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM1317939 2 0.4855 0.000885 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM1317940 2 0.6296 0.567397 0.244 0.644 0.000 0.112
#> GSM1317941 4 0.3726 0.704921 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM1317942 4 0.4898 0.482889 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM1317943 2 0.4977 -0.172893 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM1317944 2 0.0336 0.803982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317896 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0524 0.865962 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM1317898 1 0.3945 0.850403 0.780 0.004 0.000 0.216
#> GSM1317899 1 0.3444 0.864160 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317900 3 0.2011 0.893987 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM1317901 1 0.3569 0.859320 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317902 1 0.2469 0.877097 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317903 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317904 4 0.3873 0.701458 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM1317905 4 0.4782 0.661363 0.000 0.068 0.152 0.780
#> GSM1317906 4 0.5312 0.597517 0.000 0.052 0.236 0.712
#> GSM1317907 4 0.4331 0.569712 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM1317908 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 3 0.7065 0.387681 0.212 0.000 0.572 0.216
#> GSM1317910 4 0.4898 0.331517 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM1317911 1 0.3688 0.812532 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM1317912 4 0.4843 0.404874 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM1317913 4 0.2814 0.718827 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM1318041 3 0.4877 0.153056 0.000 0.000 0.592 0.408
#> GSM1318042 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.1792 0.880442 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1318045 1 0.3444 0.864160 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1318046 1 0.3400 0.865332 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM1318047 1 0.3610 0.857077 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM1318048 3 0.1792 0.875710 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM1318049 1 0.6586 0.684255 0.632 0.000 0.184 0.184
#> GSM1318050 4 0.3801 0.701299 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM1318051 4 0.3837 0.699970 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM1318052 4 0.3649 0.703853 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM1318053 4 0.3649 0.703853 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM1318054 4 0.6521 0.562590 0.000 0.124 0.256 0.620
#> GSM1318055 3 0.0000 0.915947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.6495 0.566601 0.000 0.124 0.252 0.624
#> GSM1318057 4 0.3649 0.703853 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM1318058 3 0.3959 0.818420 0.000 0.068 0.840 0.092
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5820 0.6711 0.080 0.024 0.000 0.628 0.268
#> GSM1317946 1 0.1704 0.6890 0.928 0.004 0.000 0.068 0.000
#> GSM1317947 3 0.4294 -0.0162 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM1317948 4 0.6633 0.6102 0.088 0.000 0.056 0.548 0.308
#> GSM1317949 5 0.2377 0.6492 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> GSM1317950 1 0.4009 0.6637 0.684 0.004 0.000 0.000 0.312
#> GSM1317953 1 0.2648 0.7600 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM1317954 1 0.3231 0.7475 0.800 0.004 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317955 1 0.2732 0.7600 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317956 1 0.4009 0.6637 0.684 0.004 0.000 0.000 0.312
#> GSM1317957 2 0.5180 0.5619 0.064 0.624 0.000 0.312 0.000
#> GSM1317958 5 0.0162 0.7327 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317959 4 0.3565 0.7351 0.024 0.000 0.000 0.800 0.176
#> GSM1317960 4 0.6374 0.6237 0.088 0.000 0.040 0.568 0.304
#> GSM1317961 3 0.3521 0.8262 0.040 0.000 0.820 0.140 0.000
#> GSM1317962 5 0.7446 0.2419 0.268 0.040 0.000 0.268 0.424
#> GSM1317963 1 0.6301 0.1492 0.516 0.000 0.000 0.300 0.184
#> GSM1317964 1 0.2732 0.7600 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317965 3 0.2409 0.8558 0.032 0.000 0.900 0.068 0.000
#> GSM1317966 3 0.4268 0.8088 0.084 0.000 0.772 0.144 0.000
#> GSM1317967 4 0.2438 0.7221 0.040 0.000 0.060 0.900 0.000
#> GSM1317968 1 0.2144 0.7359 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> GSM1317969 3 0.2074 0.8602 0.036 0.000 0.920 0.044 0.000
#> GSM1317970 4 0.4744 0.4192 0.056 0.252 0.000 0.692 0.000
#> GSM1317952 4 0.6358 0.6280 0.088 0.000 0.040 0.572 0.300
#> GSM1317951 1 0.2732 0.7600 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317971 3 0.4313 0.7577 0.040 0.000 0.732 0.228 0.000
#> GSM1317972 1 0.2291 0.7023 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> GSM1317973 4 0.3707 0.7429 0.120 0.036 0.000 0.828 0.016
#> GSM1317974 1 0.2426 0.7023 0.900 0.064 0.000 0.036 0.000
#> GSM1317975 2 0.0162 0.8344 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.1915 0.7187 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> GSM1317979 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0162 0.8344 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.3242 0.8290 0.012 0.000 0.816 0.172 0.000
#> GSM1317983 1 0.4009 0.6637 0.684 0.004 0.000 0.000 0.312
#> GSM1317984 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.4009 0.6637 0.684 0.004 0.000 0.000 0.312
#> GSM1317987 2 0.0162 0.8344 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.3115 0.7353 0.112 0.036 0.000 0.852 0.000
#> GSM1317989 5 0.4629 0.5014 0.280 0.000 0.012 0.020 0.688
#> GSM1317990 2 0.0162 0.8344 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.6615 0.1052 0.040 0.464 0.408 0.088 0.000
#> GSM1317992 2 0.5547 0.5948 0.040 0.648 0.040 0.272 0.000
#> GSM1317993 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.4974 0.3940 0.092 0.000 0.000 0.212 0.696
#> GSM1317976 1 0.4104 0.6048 0.788 0.124 0.000 0.088 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.4898 0.6153 0.068 0.684 0.000 0.248 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0290 0.7335 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317999 5 0.0000 0.7322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318002 2 0.4065 0.6544 0.016 0.720 0.000 0.264 0.000
#> GSM1318003 2 0.0963 0.8304 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM1318004 4 0.4867 0.7229 0.104 0.000 0.000 0.716 0.180
#> GSM1318005 4 0.4683 0.7262 0.092 0.000 0.000 0.732 0.176
#> GSM1318006 5 0.0451 0.7335 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318007 4 0.5630 0.7227 0.088 0.000 0.040 0.692 0.180
#> GSM1318008 5 0.0000 0.7322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318009 4 0.5279 0.7379 0.084 0.080 0.000 0.744 0.092
#> GSM1318010 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.2511 0.6659 0.088 0.000 0.004 0.016 0.892
#> GSM1318012 4 0.5686 0.5689 0.092 0.000 0.000 0.552 0.356
#> GSM1318013 4 0.4683 0.7262 0.092 0.000 0.000 0.732 0.176
#> GSM1318014 5 0.3038 0.6550 0.088 0.000 0.024 0.016 0.872
#> GSM1318015 2 0.3061 0.7724 0.020 0.844 0.000 0.136 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4639 0.6524 0.236 0.056 0.000 0.708 0.000
#> GSM1318016 2 0.0963 0.8304 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM1318017 5 0.3814 0.4946 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720
#> GSM1318019 4 0.1836 0.7387 0.032 0.036 0.000 0.932 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318022 3 0.4059 0.8139 0.052 0.000 0.776 0.172 0.000
#> GSM1318023 5 0.3814 0.4946 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720
#> GSM1318024 2 0.0880 0.8314 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.3764 0.7471 0.044 0.800 0.000 0.156 0.000
#> GSM1318027 4 0.1997 0.7246 0.040 0.036 0.000 0.924 0.000
#> GSM1318028 1 0.4249 0.4616 0.688 0.016 0.000 0.000 0.296
#> GSM1318029 3 0.3970 0.8239 0.056 0.000 0.788 0.156 0.000
#> GSM1318018 5 0.3814 0.4946 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720
#> GSM1318030 4 0.5525 0.6136 0.100 0.000 0.288 0.612 0.000
#> GSM1318031 3 0.0609 0.8650 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.5686 0.5696 0.092 0.000 0.000 0.552 0.356
#> GSM1318034 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318035 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318036 4 0.6775 0.3815 0.336 0.000 0.000 0.384 0.280
#> GSM1318037 4 0.5240 0.6813 0.092 0.000 0.000 0.656 0.252
#> GSM1318038 3 0.2554 0.8521 0.036 0.000 0.892 0.072 0.000
#> GSM1318039 1 0.4009 0.6637 0.684 0.004 0.000 0.000 0.312
#> GSM1318040 3 0.3141 0.8416 0.040 0.000 0.852 0.108 0.000
#> GSM1318032 3 0.3432 0.8305 0.040 0.000 0.828 0.132 0.000
#> GSM1317914 3 0.4059 0.8139 0.052 0.000 0.776 0.172 0.000
#> GSM1317915 1 0.4443 0.3103 0.524 0.004 0.000 0.000 0.472
#> GSM1317916 5 0.3790 0.5008 0.272 0.004 0.000 0.000 0.724
#> GSM1317917 3 0.6680 0.3131 0.032 0.000 0.532 0.304 0.132
#> GSM1317918 1 0.2852 0.7578 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317919 3 0.4238 0.8008 0.052 0.000 0.756 0.192 0.000
#> GSM1317920 3 0.4571 0.7901 0.076 0.000 0.736 0.188 0.000
#> GSM1317921 3 0.4168 0.8065 0.052 0.000 0.764 0.184 0.000
#> GSM1317922 3 0.4056 0.8157 0.052 0.000 0.824 0.044 0.080
#> GSM1317923 3 0.4059 0.8139 0.052 0.000 0.776 0.172 0.000
#> GSM1317924 3 0.0404 0.8657 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317926 3 0.4096 0.8113 0.052 0.000 0.772 0.176 0.000
#> GSM1317927 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317928 3 0.2233 0.8349 0.000 0.080 0.904 0.016 0.000
#> GSM1317929 3 0.5216 0.7151 0.092 0.000 0.660 0.248 0.000
#> GSM1317930 4 0.4425 0.4700 0.008 0.392 0.000 0.600 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.6516 0.0844 0.064 0.476 0.408 0.052 0.000
#> GSM1317933 2 0.3336 0.5650 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM1317934 2 0.2701 0.7922 0.044 0.896 0.048 0.012 0.000
#> GSM1317935 3 0.2813 0.8495 0.040 0.000 0.876 0.084 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.3814 0.4946 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720
#> GSM1317938 4 0.3182 0.7242 0.032 0.124 0.000 0.844 0.000
#> GSM1317939 4 0.4304 0.2922 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM1317940 1 0.4698 0.5567 0.752 0.168 0.000 0.016 0.064
#> GSM1317941 4 0.4532 0.6555 0.248 0.036 0.000 0.712 0.004
#> GSM1317942 4 0.5069 0.5622 0.052 0.328 0.000 0.620 0.000
#> GSM1317943 4 0.4434 0.3260 0.004 0.460 0.000 0.536 0.000
#> GSM1317944 2 0.0162 0.8361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.2929 0.7551 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM1317898 5 0.2890 0.6337 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM1317899 5 0.0992 0.7291 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317900 3 0.3146 0.8392 0.028 0.000 0.844 0.128 0.000
#> GSM1317901 5 0.0510 0.7320 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317902 5 0.2890 0.6373 0.160 0.004 0.000 0.000 0.836
#> GSM1317903 5 0.3766 0.5065 0.268 0.004 0.000 0.000 0.728
#> GSM1317904 4 0.3132 0.7439 0.092 0.036 0.000 0.864 0.008
#> GSM1317905 4 0.2673 0.7198 0.044 0.020 0.036 0.900 0.000
#> GSM1317906 4 0.1877 0.7114 0.064 0.000 0.012 0.924 0.000
#> GSM1317907 4 0.4492 0.6501 0.004 0.000 0.196 0.744 0.056
#> GSM1317908 3 0.0162 0.8648 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317909 5 0.6000 0.4011 0.084 0.000 0.340 0.016 0.560
#> GSM1317910 4 0.5289 0.5824 0.096 0.000 0.252 0.652 0.000
#> GSM1317911 1 0.4886 0.5656 0.648 0.004 0.000 0.036 0.312
#> GSM1317912 4 0.6114 0.6017 0.000 0.000 0.244 0.564 0.192
#> GSM1317913 4 0.3123 0.7451 0.012 0.000 0.000 0.828 0.160
#> GSM1318041 3 0.4644 -0.1534 0.000 0.000 0.528 0.460 0.012
#> GSM1318042 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.3814 0.4946 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720
#> GSM1318045 5 0.0451 0.7335 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318046 5 0.1952 0.6972 0.084 0.004 0.000 0.000 0.912
#> GSM1318047 5 0.0000 0.7322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318048 3 0.1908 0.8074 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318049 5 0.3305 0.5651 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM1318050 4 0.3052 0.7480 0.016 0.036 0.000 0.876 0.072
#> GSM1318051 4 0.1728 0.7343 0.020 0.036 0.000 0.940 0.004
#> GSM1318052 4 0.1568 0.7327 0.020 0.036 0.000 0.944 0.000
#> GSM1318053 4 0.1469 0.7320 0.016 0.036 0.000 0.948 0.000
#> GSM1318054 4 0.2228 0.7217 0.040 0.000 0.048 0.912 0.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.8662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.2228 0.7217 0.040 0.000 0.048 0.912 0.000
#> GSM1318057 4 0.1568 0.7327 0.020 0.036 0.000 0.944 0.000
#> GSM1318058 3 0.4928 0.6853 0.056 0.000 0.660 0.284 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.5429 0.6049 0.000 0.000 0.000 0.576 0.188 0.236
#> GSM1317946 1 0.0260 0.8602 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317947 5 0.3742 0.4508 0.000 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> GSM1317948 3 0.6683 0.1365 0.000 0.000 0.496 0.072 0.196 0.236
#> GSM1317949 5 0.1218 0.8327 0.012 0.000 0.000 0.028 0.956 0.004
#> GSM1317950 1 0.2092 0.8317 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.2664 0.7921 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.2092 0.8317 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM1317957 6 0.5346 0.2202 0.000 0.252 0.000 0.164 0.000 0.584
#> GSM1317958 5 0.0146 0.8357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317959 4 0.1970 0.6287 0.000 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028
#> GSM1317960 4 0.5478 0.6003 0.000 0.000 0.000 0.568 0.196 0.236
#> GSM1317961 3 0.3945 0.3189 0.008 0.000 0.612 0.000 0.000 0.380
#> GSM1317962 5 0.5418 0.6263 0.152 0.000 0.000 0.100 0.676 0.072
#> GSM1317963 1 0.4691 0.5987 0.696 0.000 0.000 0.100 0.196 0.008
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.3547 0.4053 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM1317966 3 0.3727 0.3161 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM1317967 4 0.1524 0.6048 0.000 0.000 0.008 0.932 0.000 0.060
#> GSM1317968 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.5756 -0.1267 0.000 0.000 0.440 0.388 0.000 0.172
#> GSM1317970 4 0.6636 -0.1873 0.108 0.096 0.000 0.460 0.000 0.336
#> GSM1317952 4 0.5478 0.6003 0.000 0.000 0.000 0.568 0.196 0.236
#> GSM1317951 1 0.0363 0.8617 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317971 3 0.5761 0.0950 0.000 0.064 0.512 0.048 0.000 0.376
#> GSM1317972 1 0.0146 0.8617 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317973 6 0.3756 -0.1694 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM1317974 1 0.0146 0.8617 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0547 0.7221 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.5030 0.2924 0.000 0.000 0.316 0.588 0.000 0.096
#> GSM1317983 1 0.2631 0.7937 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.2092 0.8317 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 6 0.3737 -0.1543 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM1317989 5 0.5185 0.6223 0.008 0.000 0.108 0.052 0.712 0.120
#> GSM1317990 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.6031 -0.1843 0.000 0.248 0.392 0.000 0.000 0.360
#> GSM1317992 6 0.5381 0.1571 0.000 0.296 0.000 0.144 0.000 0.560
#> GSM1317993 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.2912 0.6929 0.000 0.000 0.000 0.172 0.816 0.012
#> GSM1317976 1 0.0717 0.8526 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317995 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.6851 0.3174 0.112 0.488 0.000 0.152 0.000 0.248
#> GSM1317997 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0777 0.8358 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM1317999 5 0.1349 0.8260 0.000 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM1318002 2 0.4237 0.6323 0.000 0.736 0.000 0.144 0.000 0.120
#> GSM1318003 2 0.1950 0.8119 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024
#> GSM1318004 4 0.6169 0.6028 0.084 0.000 0.000 0.568 0.100 0.248
#> GSM1318005 4 0.4619 0.6385 0.000 0.000 0.000 0.668 0.088 0.244
#> GSM1318006 5 0.0146 0.8357 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318007 4 0.5183 0.6357 0.000 0.000 0.020 0.648 0.100 0.232
#> GSM1318008 5 0.1429 0.8285 0.004 0.000 0.000 0.052 0.940 0.004
#> GSM1318009 4 0.3841 0.6411 0.000 0.032 0.000 0.724 0.000 0.244
#> GSM1318010 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.1563 0.8224 0.000 0.000 0.000 0.056 0.932 0.012
#> GSM1318012 4 0.5696 0.5642 0.000 0.000 0.000 0.524 0.256 0.220
#> GSM1318013 4 0.4407 0.6436 0.000 0.000 0.000 0.692 0.076 0.232
#> GSM1318014 5 0.1563 0.8224 0.000 0.000 0.000 0.056 0.932 0.012
#> GSM1318015 2 0.3112 0.7512 0.000 0.836 0.000 0.068 0.000 0.096
#> GSM1318001 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.5859 0.5651 0.124 0.028 0.000 0.548 0.000 0.300
#> GSM1318016 2 0.1779 0.8150 0.000 0.920 0.000 0.064 0.000 0.016
#> GSM1318017 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318019 4 0.3390 0.6187 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM1318020 3 0.0458 0.7269 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318021 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.3198 0.5481 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM1318023 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318024 2 0.0993 0.8372 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> GSM1318025 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.5358 0.2896 0.000 0.544 0.000 0.128 0.000 0.328
#> GSM1318027 4 0.1387 0.6034 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318028 1 0.3634 0.3104 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> GSM1318029 6 0.3076 0.5595 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM1318018 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318030 4 0.5734 0.5043 0.000 0.000 0.228 0.516 0.000 0.256
#> GSM1318031 3 0.3244 0.4934 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM1318033 4 0.5501 0.5979 0.000 0.000 0.000 0.564 0.200 0.236
#> GSM1318034 3 0.0146 0.7317 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.7594 0.4177 0.220 0.000 0.000 0.348 0.196 0.236
#> GSM1318037 4 0.5404 0.6073 0.000 0.000 0.000 0.580 0.184 0.236
#> GSM1318038 6 0.6046 0.3156 0.000 0.000 0.304 0.280 0.000 0.416
#> GSM1318039 1 0.2092 0.8317 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM1318040 3 0.3819 0.3381 0.000 0.000 0.624 0.004 0.000 0.372
#> GSM1318032 3 0.3830 0.3305 0.000 0.000 0.620 0.004 0.000 0.376
#> GSM1317914 6 0.3198 0.5481 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM1317915 1 0.3659 0.4841 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM1317916 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1317917 6 0.6039 0.2842 0.000 0.000 0.264 0.324 0.000 0.412
#> GSM1317918 1 0.2146 0.8183 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> GSM1317919 6 0.3151 0.5544 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM1317920 6 0.2491 0.5660 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM1317921 6 0.3151 0.5544 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM1317922 6 0.6100 0.2838 0.000 0.000 0.268 0.004 0.284 0.444
#> GSM1317923 6 0.3221 0.5452 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM1317924 3 0.2664 0.5880 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317925 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.3151 0.5544 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM1317927 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.5191 0.1755 0.000 0.076 0.428 0.492 0.000 0.004
#> GSM1317929 6 0.0632 0.4889 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM1317930 4 0.3797 0.3296 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 6 0.6120 0.0826 0.000 0.320 0.316 0.000 0.000 0.364
#> GSM1317933 2 0.2912 0.5692 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.5947 -0.0244 0.000 0.448 0.240 0.000 0.000 0.312
#> GSM1317935 3 0.3634 0.3716 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM1317936 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1317938 4 0.4804 0.5622 0.000 0.232 0.000 0.656 0.000 0.112
#> GSM1317939 4 0.3868 0.2269 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.4723 0.6486 0.708 0.156 0.000 0.000 0.124 0.012
#> GSM1317941 4 0.5408 0.5604 0.124 0.000 0.000 0.560 0.004 0.312
#> GSM1317942 4 0.5004 0.3594 0.004 0.420 0.000 0.516 0.000 0.060
#> GSM1317943 4 0.3868 0.2178 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.1501 0.8507 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM1317898 5 0.1644 0.8249 0.012 0.000 0.000 0.052 0.932 0.004
#> GSM1317899 5 0.0862 0.8332 0.016 0.004 0.000 0.008 0.972 0.000
#> GSM1317900 3 0.3672 0.3748 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM1317901 5 0.0291 0.8356 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317902 5 0.2631 0.7497 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM1317903 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1317904 4 0.4201 0.6317 0.000 0.000 0.000 0.664 0.036 0.300
#> GSM1317905 4 0.4175 -0.0427 0.000 0.000 0.012 0.524 0.000 0.464
#> GSM1317906 4 0.3810 -0.0205 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM1317907 4 0.6620 0.5592 0.000 0.000 0.144 0.532 0.108 0.216
#> GSM1317908 3 0.0405 0.7281 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM1317909 3 0.4486 0.4596 0.000 0.000 0.728 0.008 0.140 0.124
#> GSM1317910 3 0.4131 0.2769 0.000 0.000 0.600 0.016 0.000 0.384
#> GSM1317911 1 0.3483 0.7296 0.748 0.000 0.000 0.016 0.236 0.000
#> GSM1317912 4 0.5511 0.3633 0.000 0.000 0.296 0.572 0.120 0.012
#> GSM1317913 4 0.3709 0.6532 0.000 0.000 0.000 0.756 0.040 0.204
#> GSM1318041 3 0.0547 0.7221 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.2762 0.7369 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318045 5 0.0146 0.8357 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318046 5 0.1610 0.8091 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM1318047 5 0.1462 0.8241 0.000 0.000 0.000 0.056 0.936 0.008
#> GSM1318048 3 0.0935 0.7085 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM1318049 3 0.3899 0.2980 0.000 0.000 0.628 0.000 0.364 0.008
#> GSM1318050 4 0.1007 0.6221 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM1318051 4 0.1204 0.6079 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1318052 4 0.1204 0.6079 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1318053 4 0.1444 0.5998 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1318054 4 0.1387 0.6034 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318055 3 0.0000 0.7332 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.1556 0.5955 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1318057 4 0.1204 0.6079 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1318058 3 0.6109 -0.0856 0.000 0.000 0.360 0.292 0.000 0.348
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:pam 160 0.212897 5.18e-02 0.010079 0.406 2
#> CV:pam 150 0.118437 5.83e-02 0.035260 0.611 3
#> CV:pam 149 0.010991 3.52e-03 0.002945 0.389 4
#> CV:pam 142 0.000573 8.18e-04 0.001220 0.320 5
#> CV:pam 121 0.011398 5.78e-05 0.000244 0.400 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.185 0.653 0.722 0.3592 0.572 0.572
#> 3 3 0.906 0.926 0.967 0.8561 0.677 0.474
#> 4 4 0.732 0.726 0.824 0.0737 0.870 0.648
#> 5 5 0.677 0.701 0.801 0.0852 0.887 0.626
#> 6 6 0.728 0.713 0.820 0.0577 0.879 0.520
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.9993 -0.461 0.516 0.484
#> GSM1317946 2 0.9933 0.503 0.452 0.548
#> GSM1317947 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317948 1 0.7950 0.660 0.760 0.240
#> GSM1317949 1 0.7674 0.670 0.776 0.224
#> GSM1317950 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317953 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317954 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317955 1 0.9044 0.666 0.680 0.320
#> GSM1317956 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317957 2 0.8813 0.838 0.300 0.700
#> GSM1317958 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317959 2 0.9963 0.506 0.464 0.536
#> GSM1317960 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1317961 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.8499 0.610 0.724 0.276
#> GSM1317963 1 0.7950 0.660 0.760 0.240
#> GSM1317964 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317965 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317966 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317967 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM1317968 1 0.9209 0.662 0.664 0.336
#> GSM1317969 1 0.5737 0.638 0.864 0.136
#> GSM1317970 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317952 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1317951 1 0.9044 0.666 0.680 0.320
#> GSM1317971 1 0.3274 0.584 0.940 0.060
#> GSM1317972 2 0.9988 0.388 0.480 0.520
#> GSM1317973 2 0.8763 0.839 0.296 0.704
#> GSM1317974 2 0.9427 0.751 0.360 0.640
#> GSM1317975 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317978 1 0.9129 0.664 0.672 0.328
#> GSM1317979 1 0.7950 0.660 0.760 0.240
#> GSM1317980 1 0.2423 0.663 0.960 0.040
#> GSM1317981 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317982 1 0.8016 0.656 0.756 0.244
#> GSM1317983 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317984 1 0.6801 0.469 0.820 0.180
#> GSM1317985 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1317986 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317987 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317988 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317989 1 0.7950 0.660 0.760 0.240
#> GSM1317990 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317991 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317992 2 0.9933 0.758 0.452 0.548
#> GSM1317993 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317994 1 0.6438 0.486 0.836 0.164
#> GSM1317977 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1317976 1 0.8016 0.657 0.756 0.244
#> GSM1317995 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1317996 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317997 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1317998 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317999 1 0.9209 0.664 0.664 0.336
#> GSM1318002 2 0.9635 0.824 0.388 0.612
#> GSM1318003 2 0.9635 0.824 0.388 0.612
#> GSM1318004 2 0.9963 0.506 0.464 0.536
#> GSM1318005 2 0.9209 0.795 0.336 0.664
#> GSM1318006 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1318007 1 0.9922 -0.113 0.552 0.448
#> GSM1318008 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1318009 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318010 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1318011 1 0.8443 0.671 0.728 0.272
#> GSM1318012 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1318013 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM1318014 1 0.9129 0.667 0.672 0.328
#> GSM1318015 2 0.9635 0.824 0.388 0.612
#> GSM1318001 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1318000 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318016 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1318017 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1318019 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318020 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1318021 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1318022 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1318023 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1318024 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1318025 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1318026 2 0.9661 0.820 0.392 0.608
#> GSM1318027 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318028 1 0.8861 0.669 0.696 0.304
#> GSM1318029 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1318030 1 0.8016 0.656 0.756 0.244
#> GSM1318031 1 0.0672 0.649 0.992 0.008
#> GSM1318033 1 0.8661 0.669 0.712 0.288
#> GSM1318034 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1318035 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1318036 1 0.8081 0.653 0.752 0.248
#> GSM1318037 1 0.8016 0.656 0.756 0.244
#> GSM1318038 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1318040 1 0.1843 0.629 0.972 0.028
#> GSM1318032 1 0.1633 0.633 0.976 0.024
#> GSM1317914 1 0.0938 0.645 0.988 0.012
#> GSM1317915 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317916 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317917 1 0.3114 0.658 0.944 0.056
#> GSM1317918 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317919 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317920 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317921 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317922 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317923 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317924 1 0.0672 0.649 0.992 0.008
#> GSM1317925 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317926 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317928 1 0.3879 0.556 0.924 0.076
#> GSM1317929 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317930 2 0.9635 0.824 0.388 0.612
#> GSM1317931 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317932 1 0.7219 0.500 0.800 0.200
#> GSM1317933 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317934 1 0.7528 0.488 0.784 0.216
#> GSM1317935 1 0.0000 0.653 1.000 0.000
#> GSM1317936 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1317937 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317938 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317939 2 0.9580 0.827 0.380 0.620
#> GSM1317940 1 0.8144 0.680 0.748 0.252
#> GSM1317941 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317942 2 0.8661 0.835 0.288 0.712
#> GSM1317943 2 0.8955 0.838 0.312 0.688
#> GSM1317944 2 0.9608 0.825 0.384 0.616
#> GSM1317896 1 0.7056 0.456 0.808 0.192
#> GSM1317897 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1317898 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1317899 1 0.7950 0.660 0.760 0.240
#> GSM1317900 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317901 1 0.9129 0.667 0.672 0.328
#> GSM1317902 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317903 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317904 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1317905 1 0.8207 0.456 0.744 0.256
#> GSM1317906 1 0.9754 -0.387 0.592 0.408
#> GSM1317907 1 0.8016 0.656 0.756 0.244
#> GSM1317908 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1317909 1 0.7453 0.673 0.788 0.212
#> GSM1317910 1 0.7453 0.674 0.788 0.212
#> GSM1317911 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1317912 1 0.8016 0.656 0.756 0.244
#> GSM1317913 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM1318041 1 0.7815 0.666 0.768 0.232
#> GSM1318042 1 0.0376 0.651 0.996 0.004
#> GSM1318043 1 0.6973 0.460 0.812 0.188
#> GSM1318044 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1318045 1 0.9248 0.661 0.660 0.340
#> GSM1318046 1 0.9286 0.659 0.656 0.344
#> GSM1318047 1 0.7883 0.663 0.764 0.236
#> GSM1318048 1 0.0672 0.653 0.992 0.008
#> GSM1318049 1 0.8081 0.677 0.752 0.248
#> GSM1318050 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318051 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318052 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318053 2 0.8713 0.838 0.292 0.708
#> GSM1318054 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM1318055 1 0.0672 0.649 0.992 0.008
#> GSM1318056 2 0.9970 0.501 0.468 0.532
#> GSM1318057 2 0.9087 0.814 0.324 0.676
#> GSM1318058 1 0.9710 0.144 0.600 0.400
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.2982 0.9004 0.024 0.920 0.056
#> GSM1317946 2 0.4842 0.7417 0.224 0.776 0.000
#> GSM1317947 3 0.1643 0.9366 0.044 0.000 0.956
#> GSM1317948 1 0.0592 0.9666 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317949 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317960 1 0.0592 0.9666 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.4842 0.7426 0.224 0.776 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.5988 0.3776 0.000 0.368 0.632
#> GSM1317970 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0592 0.9666 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 2 0.6154 0.3753 0.408 0.592 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.4178 0.8053 0.172 0.828 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.6307 0.0505 0.512 0.000 0.488
#> GSM1317980 3 0.3941 0.8027 0.156 0.000 0.844
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 2 0.9353 0.1344 0.168 0.444 0.388
#> GSM1317983 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.0592 0.9666 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.3340 0.8527 0.000 0.880 0.120
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0424 0.9700 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317976 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.3845 0.8551 0.116 0.872 0.012
#> GSM1318005 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4805 0.7940 0.176 0.812 0.012
#> GSM1318008 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318014 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318027 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.5236 0.7935 0.168 0.804 0.028
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.4409 0.7642 0.824 0.172 0.004
#> GSM1318037 2 0.4805 0.7940 0.176 0.812 0.012
#> GSM1318038 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.1643 0.9370 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.2537 0.8981 0.000 0.080 0.920
#> GSM1317935 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0424 0.9697 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317941 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0892 0.9370 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317906 2 0.0892 0.9370 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317907 2 0.4979 0.7985 0.168 0.812 0.020
#> GSM1317908 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4750 0.7208 0.784 0.000 0.216
#> GSM1317910 1 0.5254 0.6409 0.736 0.000 0.264
#> GSM1317911 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.7514 0.5095 0.328 0.616 0.056
#> GSM1317913 2 0.0829 0.9405 0.004 0.984 0.012
#> GSM1318041 3 0.4178 0.7799 0.172 0.000 0.828
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.3482 0.8433 0.128 0.000 0.872
#> GSM1318049 1 0.0424 0.9700 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318050 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.9465 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.0747 0.9394 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9771 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318057 2 0.0424 0.9433 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318058 2 0.1289 0.9288 0.000 0.968 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.6726 0.6850 0.000 0.364 0.100 0.536
#> GSM1317946 1 0.5596 0.4504 0.632 0.332 0.000 0.036
#> GSM1317947 3 0.0672 0.9323 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1317948 1 0.3933 0.6692 0.792 0.000 0.200 0.008
#> GSM1317949 1 0.3307 0.8302 0.868 0.000 0.028 0.104
#> GSM1317950 1 0.4123 0.8208 0.772 0.000 0.008 0.220
#> GSM1317953 1 0.4567 0.8071 0.716 0.000 0.008 0.276
#> GSM1317954 1 0.4746 0.7970 0.688 0.000 0.008 0.304
#> GSM1317955 1 0.4857 0.7877 0.668 0.000 0.008 0.324
#> GSM1317956 1 0.4621 0.8044 0.708 0.000 0.008 0.284
#> GSM1317957 2 0.3569 0.4803 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317958 1 0.0188 0.8308 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317959 4 0.5633 0.8074 0.012 0.348 0.016 0.624
#> GSM1317960 1 0.1452 0.8157 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM1317961 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317962 1 0.5530 0.4329 0.632 0.336 0.000 0.032
#> GSM1317963 1 0.1798 0.8373 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM1317964 1 0.4857 0.7877 0.668 0.000 0.008 0.324
#> GSM1317965 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317966 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317967 4 0.6058 0.7605 0.000 0.308 0.068 0.624
#> GSM1317968 1 0.4228 0.8181 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317969 3 0.0817 0.9239 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317970 2 0.3528 0.4774 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM1317952 1 0.3893 0.6740 0.796 0.000 0.196 0.008
#> GSM1317951 1 0.4857 0.7877 0.668 0.000 0.008 0.324
#> GSM1317971 3 0.0592 0.9349 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317972 1 0.6576 0.6823 0.628 0.152 0.000 0.220
#> GSM1317973 4 0.4817 0.8072 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1317974 1 0.7517 -0.0780 0.428 0.388 0.000 0.184
#> GSM1317975 2 0.1211 0.6533 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317978 1 0.4192 0.8233 0.780 0.004 0.008 0.208
#> GSM1317979 3 0.4722 0.5616 0.300 0.000 0.692 0.008
#> GSM1317980 3 0.0336 0.9349 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317981 2 0.1118 0.6571 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317982 3 0.3505 0.8178 0.000 0.048 0.864 0.088
#> GSM1317983 1 0.4746 0.7969 0.688 0.000 0.008 0.304
#> GSM1317984 3 0.0469 0.9345 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317985 3 0.0817 0.9313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317986 1 0.4746 0.7969 0.688 0.000 0.008 0.304
#> GSM1317987 2 0.1022 0.6602 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317988 4 0.4817 0.8072 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1317989 1 0.3450 0.7266 0.836 0.000 0.156 0.008
#> GSM1317990 2 0.0469 0.6720 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317991 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317992 2 0.6639 0.1780 0.000 0.596 0.284 0.120
#> GSM1317993 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0592 0.9335 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317977 1 0.1174 0.8226 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM1317976 1 0.4442 0.8168 0.752 0.004 0.008 0.236
#> GSM1317995 3 0.0817 0.9313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317996 2 0.3400 0.5216 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM1317997 3 0.0817 0.9313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317998 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0336 0.8299 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318002 2 0.0921 0.6662 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318003 2 0.4331 0.2486 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM1318004 4 0.5513 0.8077 0.008 0.348 0.016 0.628
#> GSM1318005 4 0.4776 0.8142 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1318006 1 0.0188 0.8323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318007 4 0.6548 0.7405 0.012 0.296 0.076 0.616
#> GSM1318008 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 4 0.4790 0.8112 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM1318010 3 0.0592 0.9335 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318011 1 0.0672 0.8280 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM1318012 1 0.0524 0.8289 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM1318013 4 0.6261 0.7593 0.008 0.300 0.064 0.628
#> GSM1318014 1 0.1151 0.8221 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM1318015 2 0.0707 0.6704 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318001 3 0.0817 0.9313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318000 4 0.4830 0.8014 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM1318016 2 0.0707 0.6704 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318017 1 0.2704 0.8351 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM1318019 4 0.4817 0.8072 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9361 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318023 1 0.2921 0.8338 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1318024 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0336 0.9349 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318026 2 0.5897 0.1587 0.000 0.588 0.368 0.044
#> GSM1318027 4 0.4978 0.8111 0.000 0.384 0.004 0.612
#> GSM1318028 1 0.4836 0.7899 0.672 0.000 0.008 0.320
#> GSM1318029 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318018 1 0.3545 0.8308 0.828 0.000 0.008 0.164
#> GSM1318030 4 0.7811 0.2897 0.000 0.260 0.336 0.404
#> GSM1318031 3 0.0469 0.9355 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1318033 1 0.0336 0.8299 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318034 3 0.0672 0.9323 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1318035 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.3920 0.7677 0.856 0.056 0.012 0.076
#> GSM1318037 4 0.6450 0.7442 0.008 0.300 0.076 0.616
#> GSM1318038 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318039 1 0.4769 0.7952 0.684 0.000 0.008 0.308
#> GSM1318040 3 0.1042 0.9242 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM1318032 3 0.0469 0.9355 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317914 3 0.0592 0.9349 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317915 1 0.4769 0.7952 0.684 0.000 0.008 0.308
#> GSM1317916 1 0.4621 0.8061 0.708 0.000 0.008 0.284
#> GSM1317917 3 0.0524 0.9357 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM1317918 1 0.4814 0.7917 0.676 0.000 0.008 0.316
#> GSM1317919 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317920 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317921 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317922 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317923 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317924 3 0.0592 0.9355 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317925 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317927 2 0.3074 0.5149 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM1317928 3 0.0524 0.9349 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317929 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317930 2 0.4948 -0.3702 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM1317931 3 0.0336 0.9344 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317932 3 0.0927 0.9288 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM1317933 2 0.4776 -0.1696 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM1317934 3 0.1576 0.9041 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM1317935 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317936 3 0.0592 0.9324 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317937 1 0.3498 0.8315 0.832 0.000 0.008 0.160
#> GSM1317938 4 0.4817 0.8072 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1317939 2 0.4955 -0.3883 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM1317940 1 0.4567 0.8072 0.716 0.000 0.008 0.276
#> GSM1317941 2 0.7632 -0.0604 0.244 0.468 0.000 0.288
#> GSM1317942 2 0.4985 -0.4627 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM1317943 2 0.4955 -0.3858 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM1317944 2 0.0000 0.6763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0592 0.9335 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317897 1 0.4857 0.7877 0.668 0.000 0.008 0.324
#> GSM1317898 1 0.0524 0.8289 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM1317899 1 0.0188 0.8312 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317900 3 0.0469 0.9362 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317901 1 0.1406 0.8324 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM1317902 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0188 0.8323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317904 4 0.4790 0.8112 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM1317905 3 0.7588 -0.2043 0.000 0.320 0.464 0.216
#> GSM1317906 3 0.7542 -0.1689 0.000 0.312 0.476 0.212
#> GSM1317907 4 0.7852 0.2903 0.000 0.276 0.332 0.392
#> GSM1317908 3 0.0336 0.9364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317909 1 0.5203 0.4683 0.636 0.000 0.348 0.016
#> GSM1317910 1 0.5326 0.4099 0.604 0.000 0.380 0.016
#> GSM1317911 1 0.1635 0.8368 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM1317912 3 0.8586 0.1322 0.252 0.040 0.440 0.268
#> GSM1317913 4 0.5395 0.8106 0.004 0.352 0.016 0.628
#> GSM1318041 3 0.2976 0.8323 0.120 0.000 0.872 0.008
#> GSM1318042 3 0.0672 0.9323 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1318043 3 0.0592 0.9335 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318044 1 0.2760 0.8349 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318045 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0927 0.8254 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM1318048 3 0.0804 0.9309 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM1318049 1 0.3893 0.6740 0.796 0.000 0.196 0.008
#> GSM1318050 4 0.4776 0.8142 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1318051 4 0.4776 0.8142 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1318052 4 0.4964 0.8136 0.000 0.380 0.004 0.616
#> GSM1318053 4 0.4817 0.8072 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1318054 4 0.6951 0.6345 0.000 0.304 0.140 0.556
#> GSM1318055 3 0.0592 0.9345 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318056 4 0.7416 0.5204 0.000 0.312 0.192 0.496
#> GSM1318057 4 0.5040 0.8141 0.000 0.364 0.008 0.628
#> GSM1318058 3 0.6948 0.2634 0.000 0.204 0.588 0.208
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.2389 0.7210 0.000 0.004 0.116 0.880 0.000
#> GSM1317946 1 0.5911 0.2457 0.564 0.068 0.000 0.348 0.020
#> GSM1317947 3 0.2629 0.8265 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> GSM1317948 5 0.1478 0.6673 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM1317949 5 0.5246 0.1647 0.344 0.000 0.060 0.000 0.596
#> GSM1317950 1 0.3274 0.8036 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM1317953 1 0.3039 0.8205 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM1317954 1 0.3003 0.8213 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317955 1 0.2773 0.8174 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM1317956 1 0.3242 0.8071 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM1317957 2 0.4192 0.7006 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM1317958 5 0.2516 0.7497 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1317959 4 0.0324 0.7835 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM1317960 5 0.3459 0.7401 0.116 0.000 0.052 0.000 0.832
#> GSM1317961 3 0.2989 0.8498 0.060 0.072 0.868 0.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.7523 -0.2262 0.384 0.232 0.000 0.340 0.044
#> GSM1317963 5 0.4157 0.6078 0.264 0.000 0.020 0.000 0.716
#> GSM1317964 1 0.2891 0.8218 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM1317965 3 0.1864 0.8545 0.068 0.004 0.924 0.000 0.004
#> GSM1317966 3 0.3731 0.8358 0.112 0.072 0.816 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.1704 0.7551 0.000 0.004 0.068 0.928 0.000
#> GSM1317968 1 0.3123 0.8211 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317969 3 0.4280 0.7581 0.028 0.040 0.792 0.140 0.000
#> GSM1317970 2 0.4210 0.6908 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM1317952 5 0.1410 0.6703 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM1317951 1 0.2852 0.8206 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317971 3 0.5210 0.7915 0.112 0.092 0.744 0.052 0.000
#> GSM1317972 1 0.5559 0.3336 0.608 0.056 0.000 0.320 0.016
#> GSM1317973 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317974 4 0.7113 -0.3819 0.280 0.352 0.000 0.356 0.012
#> GSM1317975 2 0.3011 0.8232 0.016 0.844 0.000 0.140 0.000
#> GSM1317978 1 0.4551 0.7599 0.744 0.012 0.000 0.044 0.200
#> GSM1317979 5 0.3752 0.4712 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM1317980 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1317981 2 0.3011 0.8232 0.016 0.844 0.000 0.140 0.000
#> GSM1317982 3 0.5143 0.0999 0.000 0.040 0.532 0.428 0.000
#> GSM1317983 1 0.3305 0.7960 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM1317984 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1317985 3 0.3767 0.8097 0.016 0.032 0.820 0.000 0.132
#> GSM1317986 1 0.3274 0.8025 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM1317987 2 0.3011 0.8232 0.016 0.844 0.000 0.140 0.000
#> GSM1317988 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317989 5 0.3946 0.7316 0.120 0.000 0.080 0.000 0.800
#> GSM1317990 2 0.2690 0.8335 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM1317991 3 0.4183 0.8208 0.136 0.084 0.780 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.5761 0.5421 0.000 0.620 0.184 0.196 0.000
#> GSM1317993 2 0.2929 0.8444 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1317994 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1317977 5 0.3291 0.7357 0.120 0.000 0.000 0.040 0.840
#> GSM1317976 1 0.3573 0.7964 0.812 0.036 0.000 0.000 0.152
#> GSM1317995 3 0.3767 0.8097 0.016 0.032 0.820 0.000 0.132
#> GSM1317996 2 0.4015 0.7365 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM1317997 3 0.3767 0.8097 0.016 0.032 0.820 0.000 0.132
#> GSM1317998 5 0.2516 0.7497 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1317999 5 0.2329 0.7512 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM1318002 2 0.3774 0.8023 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM1318003 2 0.4235 0.6467 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM1318004 4 0.0324 0.7835 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM1318005 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318006 5 0.2929 0.7193 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM1318007 4 0.3239 0.6985 0.000 0.000 0.080 0.852 0.068
#> GSM1318008 5 0.2516 0.7497 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1318009 4 0.0290 0.7824 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318010 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1318011 5 0.2270 0.7381 0.076 0.000 0.020 0.000 0.904
#> GSM1318012 5 0.2329 0.7512 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM1318013 4 0.1502 0.7632 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM1318014 5 0.1270 0.6755 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM1318015 2 0.3796 0.7992 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM1318001 3 0.3767 0.8097 0.016 0.032 0.820 0.000 0.132
#> GSM1318000 4 0.1197 0.7563 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM1318016 2 0.3730 0.8065 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM1318017 5 0.4138 0.3429 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM1318019 4 0.1792 0.7298 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM1318020 3 0.0912 0.8559 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> GSM1318021 2 0.2929 0.8444 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1318022 3 0.3239 0.8397 0.080 0.068 0.852 0.000 0.000
#> GSM1318023 5 0.4268 0.1308 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM1318024 2 0.3143 0.8391 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318025 3 0.1806 0.8555 0.032 0.020 0.940 0.004 0.004
#> GSM1318026 2 0.5250 0.4939 0.000 0.536 0.048 0.416 0.000
#> GSM1318027 4 0.1478 0.7497 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM1318028 1 0.3003 0.8213 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM1318029 3 0.1942 0.8533 0.012 0.068 0.920 0.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.4304 0.1306 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM1318030 4 0.4313 0.5960 0.000 0.040 0.228 0.732 0.000
#> GSM1318031 3 0.2791 0.8466 0.072 0.032 0.888 0.004 0.004
#> GSM1318033 5 0.2516 0.7497 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1318034 3 0.2629 0.8265 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> GSM1318035 2 0.2929 0.8444 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1318036 5 0.5431 0.5792 0.116 0.004 0.008 0.180 0.692
#> GSM1318037 4 0.3475 0.6663 0.000 0.012 0.180 0.804 0.004
#> GSM1318038 3 0.3215 0.8424 0.068 0.068 0.860 0.000 0.004
#> GSM1318039 1 0.3039 0.8061 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM1318040 3 0.4466 0.7947 0.072 0.056 0.800 0.072 0.000
#> GSM1318032 3 0.4466 0.7947 0.072 0.056 0.800 0.072 0.000
#> GSM1317914 3 0.3237 0.8440 0.104 0.048 0.848 0.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.3074 0.8031 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317916 1 0.4060 0.4722 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM1317917 3 0.5435 0.7371 0.068 0.068 0.724 0.000 0.140
#> GSM1317918 1 0.2813 0.8140 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM1317919 3 0.4183 0.8208 0.136 0.084 0.780 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.1864 0.8539 0.004 0.068 0.924 0.000 0.004
#> GSM1317921 3 0.3950 0.8264 0.136 0.068 0.796 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.3971 0.8283 0.004 0.068 0.804 0.000 0.124
#> GSM1317923 3 0.2115 0.8541 0.008 0.068 0.916 0.000 0.008
#> GSM1317924 3 0.2707 0.8477 0.072 0.028 0.892 0.004 0.004
#> GSM1317925 2 0.2929 0.8444 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1317926 3 0.3056 0.8418 0.068 0.068 0.864 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.2966 0.8440 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317928 3 0.3482 0.8343 0.104 0.040 0.844 0.012 0.000
#> GSM1317929 3 0.4183 0.8208 0.136 0.084 0.780 0.000 0.000
#> GSM1317930 4 0.2471 0.6852 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM1317931 3 0.0566 0.8536 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM1317932 3 0.5193 0.7722 0.136 0.048 0.740 0.076 0.000
#> GSM1317933 4 0.4219 0.0513 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM1317934 3 0.5108 0.7707 0.136 0.040 0.744 0.080 0.000
#> GSM1317935 3 0.3670 0.8324 0.112 0.068 0.820 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.3767 0.8097 0.016 0.032 0.820 0.000 0.132
#> GSM1317937 5 0.4305 -0.0693 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM1317938 4 0.0609 0.7762 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317939 4 0.3242 0.5892 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM1317940 1 0.3003 0.8213 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317941 2 0.4420 0.6310 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM1317942 4 0.2690 0.6679 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM1317943 4 0.3210 0.5878 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM1317944 2 0.2929 0.8444 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1317896 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1317897 1 0.2773 0.8174 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM1317898 5 0.2329 0.7512 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM1317899 5 0.2516 0.7497 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM1317900 3 0.2857 0.8577 0.064 0.020 0.888 0.000 0.028
#> GSM1317901 5 0.3885 0.5537 0.176 0.000 0.040 0.000 0.784
#> GSM1317902 5 0.2561 0.7478 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317903 5 0.3003 0.7124 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM1317904 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317905 4 0.6761 0.2409 0.020 0.180 0.288 0.512 0.000
#> GSM1317906 4 0.7699 -0.1681 0.052 0.336 0.264 0.348 0.000
#> GSM1317907 4 0.4378 0.6047 0.000 0.040 0.216 0.740 0.004
#> GSM1317908 3 0.3971 0.8283 0.004 0.068 0.804 0.000 0.124
#> GSM1317909 5 0.3659 0.5342 0.000 0.012 0.220 0.000 0.768
#> GSM1317910 5 0.4708 0.4939 0.000 0.068 0.220 0.000 0.712
#> GSM1317911 5 0.2929 0.7202 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM1317912 4 0.5834 0.4488 0.000 0.000 0.276 0.588 0.136
#> GSM1317913 4 0.0794 0.7778 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM1318041 5 0.4114 0.3794 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1318042 3 0.2583 0.8273 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM1318043 3 0.2707 0.8264 0.008 0.000 0.860 0.000 0.132
#> GSM1318044 5 0.4182 0.2941 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM1318045 5 0.2648 0.7430 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM1318046 5 0.2561 0.7480 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM1318047 5 0.2513 0.7518 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876
#> GSM1318048 3 0.3689 0.7363 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256
#> GSM1318049 5 0.2074 0.6341 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM1318050 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318051 4 0.0162 0.7836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.7837 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.1732 0.7337 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318054 4 0.2448 0.7325 0.000 0.020 0.088 0.892 0.000
#> GSM1318055 3 0.2282 0.8519 0.032 0.036 0.920 0.004 0.008
#> GSM1318056 4 0.2448 0.7397 0.000 0.020 0.088 0.892 0.000
#> GSM1318057 4 0.0451 0.7830 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM1318058 3 0.6172 0.5024 0.068 0.040 0.576 0.316 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.2044 0.8275 0.012 0.008 0.004 0.920 0.004 0.052
#> GSM1317946 2 0.4527 0.6095 0.284 0.664 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM1317947 3 0.4279 0.7532 0.000 0.000 0.732 0.000 0.140 0.128
#> GSM1317948 5 0.0937 0.7466 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM1317949 5 0.4884 0.5317 0.076 0.000 0.028 0.000 0.692 0.204
#> GSM1317950 1 0.2277 0.8572 0.892 0.000 0.076 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317953 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317954 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317955 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317956 1 0.2277 0.8572 0.892 0.000 0.076 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317957 2 0.3023 0.7563 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.3730 0.7388 0.168 0.000 0.060 0.000 0.772 0.000
#> GSM1317959 4 0.0622 0.8363 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM1317960 5 0.0713 0.7524 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317961 6 0.1152 0.7738 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.952
#> GSM1317962 2 0.5483 0.6261 0.248 0.616 0.000 0.116 0.016 0.004
#> GSM1317963 5 0.3050 0.6027 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> GSM1317964 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317965 6 0.2048 0.7468 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM1317966 6 0.0508 0.7774 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM1317967 4 0.1007 0.8356 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM1317968 1 0.0547 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317969 4 0.4322 0.2681 0.000 0.000 0.028 0.600 0.000 0.372
#> GSM1317970 2 0.3309 0.7167 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.0937 0.7466 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM1317951 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317971 6 0.1625 0.7720 0.000 0.000 0.012 0.060 0.000 0.928
#> GSM1317972 2 0.4719 0.2660 0.464 0.500 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM1317973 4 0.1674 0.8101 0.004 0.068 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM1317974 2 0.4372 0.6159 0.280 0.680 0.000 0.024 0.012 0.004
#> GSM1317975 2 0.1148 0.8122 0.016 0.960 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317978 1 0.1789 0.8505 0.924 0.044 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317979 5 0.4598 0.1280 0.000 0.000 0.360 0.000 0.592 0.048
#> GSM1317980 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317981 2 0.1148 0.8122 0.016 0.960 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317982 4 0.2224 0.8130 0.012 0.000 0.020 0.904 0.000 0.064
#> GSM1317983 1 0.4305 0.6697 0.708 0.000 0.076 0.000 0.216 0.000
#> GSM1317984 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317985 3 0.1610 0.8175 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317986 1 0.4278 0.6761 0.712 0.000 0.076 0.000 0.212 0.000
#> GSM1317987 2 0.1148 0.8122 0.016 0.960 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317988 4 0.1267 0.8165 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.1605 0.7427 0.012 0.000 0.032 0.000 0.940 0.016
#> GSM1317990 2 0.1148 0.8122 0.016 0.960 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317991 6 0.0146 0.7770 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317992 2 0.5195 0.5329 0.000 0.616 0.000 0.208 0.000 0.176
#> GSM1317993 2 0.2145 0.8248 0.016 0.916 0.004 0.044 0.020 0.000
#> GSM1317994 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317977 5 0.0993 0.7520 0.012 0.000 0.000 0.024 0.964 0.000
#> GSM1317976 1 0.0547 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317995 3 0.1610 0.8175 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317996 2 0.1429 0.8217 0.004 0.940 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM1317997 3 0.1610 0.8175 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317998 5 0.3946 0.7334 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756 0.000
#> GSM1317999 5 0.1829 0.7626 0.024 0.000 0.056 0.000 0.920 0.000
#> GSM1318002 2 0.2378 0.8027 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.2595 0.8034 0.004 0.836 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0622 0.8363 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM1318005 4 0.1644 0.8168 0.012 0.052 0.000 0.932 0.000 0.004
#> GSM1318006 5 0.3946 0.7334 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318007 4 0.1367 0.8347 0.012 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044
#> GSM1318008 5 0.3786 0.7377 0.168 0.000 0.064 0.000 0.768 0.000
#> GSM1318009 4 0.2979 0.6875 0.004 0.188 0.000 0.804 0.000 0.004
#> GSM1318010 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318011 5 0.0603 0.7563 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318012 5 0.0632 0.7593 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318013 4 0.1367 0.8347 0.012 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044
#> GSM1318014 5 0.0790 0.7507 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318015 2 0.1957 0.8180 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.1610 0.8175 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1318000 2 0.3918 0.6081 0.004 0.632 0.000 0.360 0.000 0.004
#> GSM1318016 2 0.1075 0.8240 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.4278 0.6987 0.212 0.000 0.076 0.000 0.712 0.000
#> GSM1318019 2 0.3807 0.6007 0.004 0.628 0.000 0.368 0.000 0.000
#> GSM1318020 6 0.2823 0.6799 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM1318021 2 0.1367 0.8242 0.012 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.2632 0.6660 0.000 0.000 0.164 0.000 0.004 0.832
#> GSM1318023 5 0.4278 0.6987 0.212 0.000 0.076 0.000 0.712 0.000
#> GSM1318024 2 0.1367 0.8242 0.012 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.2260 0.8248 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1318026 2 0.5069 0.5733 0.000 0.624 0.004 0.264 0.000 0.108
#> GSM1318027 4 0.3076 0.5604 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0547 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318029 6 0.2772 0.6696 0.000 0.000 0.180 0.000 0.004 0.816
#> GSM1318018 5 0.4407 0.6757 0.232 0.000 0.076 0.000 0.692 0.000
#> GSM1318030 4 0.2159 0.8158 0.012 0.000 0.012 0.904 0.000 0.072
#> GSM1318031 6 0.4172 0.5820 0.000 0.000 0.280 0.040 0.000 0.680
#> GSM1318033 5 0.2527 0.7459 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1318034 3 0.4253 0.7352 0.000 0.000 0.732 0.000 0.160 0.108
#> GSM1318035 2 0.2145 0.8248 0.016 0.916 0.004 0.044 0.020 0.000
#> GSM1318036 4 0.3738 0.6663 0.012 0.000 0.000 0.740 0.236 0.012
#> GSM1318037 4 0.1870 0.8299 0.012 0.000 0.012 0.928 0.004 0.044
#> GSM1318038 3 0.3991 0.3816 0.000 0.000 0.524 0.000 0.004 0.472
#> GSM1318039 1 0.4281 0.6564 0.704 0.000 0.068 0.000 0.228 0.000
#> GSM1318040 6 0.4952 0.6125 0.000 0.000 0.168 0.180 0.000 0.652
#> GSM1318032 6 0.4923 0.6181 0.000 0.000 0.168 0.176 0.000 0.656
#> GSM1317914 6 0.3126 0.5397 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM1317915 1 0.4507 0.5697 0.664 0.000 0.068 0.000 0.268 0.000
#> GSM1317916 5 0.5061 0.2405 0.428 0.000 0.076 0.000 0.496 0.000
#> GSM1317917 3 0.5065 0.4070 0.000 0.000 0.524 0.000 0.080 0.396
#> GSM1317918 1 0.2697 0.7649 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317919 6 0.0146 0.7770 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317920 6 0.2703 0.6797 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004 0.824
#> GSM1317921 6 0.0146 0.7770 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317922 3 0.5213 0.5376 0.000 0.000 0.544 0.000 0.104 0.352
#> GSM1317923 6 0.3852 0.1624 0.000 0.000 0.384 0.000 0.004 0.612
#> GSM1317924 6 0.4254 0.5904 0.000 0.000 0.272 0.048 0.000 0.680
#> GSM1317925 2 0.2145 0.8248 0.016 0.916 0.004 0.044 0.020 0.000
#> GSM1317926 6 0.2838 0.6359 0.000 0.000 0.188 0.000 0.004 0.808
#> GSM1317927 2 0.1367 0.8242 0.012 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1317928 6 0.3481 0.6982 0.000 0.000 0.032 0.192 0.000 0.776
#> GSM1317929 6 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317930 4 0.3330 0.6016 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.2562 0.8081 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317932 6 0.2584 0.7299 0.000 0.000 0.004 0.144 0.004 0.848
#> GSM1317933 2 0.2446 0.8065 0.012 0.864 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM1317934 6 0.2504 0.7349 0.000 0.004 0.000 0.136 0.004 0.856
#> GSM1317935 6 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317936 3 0.1610 0.8175 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317937 5 0.4813 0.5384 0.316 0.000 0.076 0.000 0.608 0.000
#> GSM1317938 4 0.3429 0.5706 0.004 0.252 0.000 0.740 0.000 0.004
#> GSM1317939 2 0.2664 0.7724 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0547 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317941 2 0.3543 0.7492 0.016 0.756 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM1317942 2 0.3074 0.7707 0.004 0.792 0.000 0.200 0.000 0.004
#> GSM1317943 2 0.2558 0.7925 0.004 0.840 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.2145 0.8248 0.016 0.916 0.004 0.044 0.020 0.000
#> GSM1317896 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317897 1 0.0790 0.8889 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317898 5 0.0632 0.7593 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317899 5 0.2562 0.7457 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM1317900 6 0.1267 0.7729 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM1317901 5 0.2070 0.7592 0.012 0.000 0.092 0.000 0.896 0.000
#> GSM1317902 5 0.3946 0.7334 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756 0.000
#> GSM1317903 5 0.4012 0.7287 0.176 0.000 0.076 0.000 0.748 0.000
#> GSM1317904 4 0.2162 0.7885 0.012 0.088 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM1317905 4 0.4988 -0.0416 0.000 0.068 0.000 0.484 0.000 0.448
#> GSM1317906 6 0.5196 0.1939 0.000 0.092 0.000 0.404 0.000 0.504
#> GSM1317907 4 0.2715 0.7877 0.012 0.000 0.012 0.868 0.004 0.104
#> GSM1317908 3 0.5344 0.5277 0.000 0.000 0.532 0.000 0.120 0.348
#> GSM1317909 5 0.2618 0.7002 0.000 0.000 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM1317910 5 0.3954 0.5837 0.000 0.000 0.056 0.000 0.740 0.204
#> GSM1317911 5 0.4195 0.7140 0.200 0.000 0.076 0.000 0.724 0.000
#> GSM1317912 5 0.5571 0.3458 0.012 0.000 0.036 0.292 0.604 0.056
#> GSM1317913 4 0.0508 0.8360 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318041 3 0.5209 0.3405 0.000 0.000 0.492 0.000 0.416 0.092
#> GSM1318042 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318043 3 0.2135 0.8340 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1318044 5 0.4278 0.6987 0.212 0.000 0.076 0.000 0.712 0.000
#> GSM1318045 5 0.3946 0.7334 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318046 5 0.3979 0.7312 0.172 0.000 0.076 0.000 0.752 0.000
#> GSM1318047 5 0.0622 0.7573 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318048 3 0.3980 0.6851 0.000 0.000 0.732 0.000 0.216 0.052
#> GSM1318049 5 0.3288 0.4333 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM1318050 4 0.1411 0.8103 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM1318051 4 0.2146 0.7567 0.000 0.116 0.000 0.880 0.000 0.004
#> GSM1318052 4 0.0632 0.8287 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.3867 0.3339 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.1152 0.8353 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM1318055 3 0.2260 0.8248 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1318056 4 0.1152 0.8353 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM1318057 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.3967 0.3826 0.000 0.000 0.012 0.632 0.000 0.356
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:mclust 146 0.69841 8.34e-01 0.00769 0.979 2
#> CV:mclust 159 0.51729 3.88e-02 0.15703 0.438 3
#> CV:mclust 141 0.03017 3.85e-03 0.01941 0.552 4
#> CV:mclust 143 0.00151 5.53e-04 0.00232 0.552 5
#> CV:mclust 149 0.00016 1.96e-05 0.02700 0.364 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.778 0.903 0.957 0.4755 0.529 0.529
#> 3 3 0.899 0.921 0.966 0.4068 0.762 0.566
#> 4 4 0.646 0.595 0.765 0.1115 0.863 0.621
#> 5 5 0.758 0.754 0.863 0.0671 0.891 0.617
#> 6 6 0.789 0.703 0.847 0.0353 0.934 0.708
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.9427 0.487 0.640 0.360
#> GSM1317949 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.6531 0.780 0.168 0.832
#> GSM1317960 1 0.5178 0.853 0.884 0.116
#> GSM1317961 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.6623 0.794 0.828 0.172
#> GSM1317951 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.9993 0.116 0.484 0.516
#> GSM1317978 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.8555 0.590 0.280 0.720
#> GSM1317980 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.9393 0.491 0.356 0.644
#> GSM1317982 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.8386 0.664 0.268 0.732
#> GSM1317988 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.9815 0.336 0.580 0.420
#> GSM1317990 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> GSM1317991 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> GSM1317994 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.5946 0.826 0.856 0.144
#> GSM1317976 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7299 0.759 0.204 0.796
#> GSM1317997 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318004 2 0.5178 0.846 0.116 0.884
#> GSM1318005 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> GSM1318006 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.7674 0.736 0.224 0.776
#> GSM1318010 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0938 0.942 0.988 0.012
#> GSM1318015 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> GSM1318022 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.4431 0.879 0.092 0.908
#> GSM1318025 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM1318035 2 0.7056 0.773 0.192 0.808
#> GSM1318036 1 0.0938 0.942 0.988 0.012
#> GSM1318037 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.1843 0.933 0.028 0.972
#> GSM1317918 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7883 0.712 0.764 0.236
#> GSM1317923 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317926 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> GSM1317928 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> GSM1317934 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.3584 0.901 0.068 0.932
#> GSM1317939 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> GSM1317940 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.9427 0.455 0.640 0.360
#> GSM1317942 1 0.9323 0.435 0.652 0.348
#> GSM1317943 2 0.7376 0.753 0.208 0.792
#> GSM1317944 2 0.7139 0.768 0.196 0.804
#> GSM1317896 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> GSM1317905 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.7219 0.759 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.7219 0.759 0.800 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM1318042 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> GSM1318048 2 0.9087 0.494 0.324 0.676
#> GSM1318049 1 0.7219 0.759 0.800 0.200
#> GSM1318050 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.2448 0.896 0.924 0.076 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.6095 0.395 0.608 0.000 0.392
#> GSM1317949 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.1289 0.929 0.032 0.968 0.000
#> GSM1317960 1 0.3941 0.815 0.844 0.000 0.156
#> GSM1317961 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.3551 0.830 0.868 0.132 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.4504 0.748 0.000 0.804 0.196
#> GSM1317968 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.4605 0.754 0.796 0.000 0.204
#> GSM1317951 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.5882 0.481 0.000 0.652 0.348
#> GSM1317972 1 0.3340 0.852 0.880 0.120 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.0424 0.951 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0424 0.969 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317980 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.5138 0.680 0.748 0.000 0.252
#> GSM1317990 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0424 0.951 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318005 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 3 0.5497 0.575 0.000 0.292 0.708
#> GSM1318008 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0424 0.954 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318012 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.5650 0.555 0.000 0.688 0.312
#> GSM1318014 1 0.1529 0.929 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318015 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 3 0.2711 0.889 0.000 0.088 0.912
#> GSM1318031 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.7460 0.177 0.036 0.524 0.440
#> GSM1318038 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.3816 0.817 0.000 0.148 0.852
#> GSM1317920 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.3879 0.802 0.152 0.000 0.848
#> GSM1317923 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0237 0.972 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317929 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.4654 0.732 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317933 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.1411 0.928 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317935 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317906 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317907 3 0.3941 0.805 0.000 0.156 0.844
#> GSM1317908 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4605 0.753 0.796 0.000 0.204
#> GSM1317910 1 0.4555 0.758 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318048 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.5882 0.499 0.652 0.000 0.348
#> GSM1318050 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.6280 0.173 0.000 0.540 0.460
#> GSM1318055 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.3619 0.824 0.000 0.864 0.136
#> GSM1318057 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.5650 0.531 0.000 0.312 0.688
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.3528 0.54137 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM1317946 1 0.5839 0.34512 0.604 0.044 0.000 0.352
#> GSM1317947 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317948 1 0.4446 0.62068 0.776 0.000 0.196 0.028
#> GSM1317949 1 0.4477 0.67773 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.2814 0.75760 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.4877 0.62197 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4866 0.62469 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.4961 0.58148 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.4477 0.68529 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4543 0.26164 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM1317958 1 0.0000 0.77493 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.4406 0.41422 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM1317960 1 0.5132 0.61126 0.748 0.000 0.068 0.184
#> GSM1317961 2 0.5000 -0.24484 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM1317962 2 0.6694 -0.20235 0.392 0.516 0.000 0.092
#> GSM1317963 1 0.4331 0.69687 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.4907 0.61326 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 2 0.4830 -0.00135 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM1317967 4 0.0188 0.71043 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317968 1 0.4948 0.58618 0.560 0.440 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.3907 0.67513 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM1317970 4 0.4356 0.33270 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM1317952 1 0.4290 0.64922 0.800 0.000 0.164 0.036
#> GSM1317951 1 0.4961 0.58148 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.4877 0.34778 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM1317972 2 0.4655 -0.10991 0.312 0.684 0.000 0.004
#> GSM1317973 4 0.0469 0.70988 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317974 2 0.5496 0.28055 0.188 0.724 0.000 0.088
#> GSM1317975 2 0.0817 0.42670 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317978 1 0.4500 0.67509 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.6440 0.32811 0.356 0.000 0.564 0.080
#> GSM1317980 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1118 0.42817 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317982 4 0.4999 -0.12436 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM1317983 1 0.3123 0.75223 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.3356 0.74545 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0921 0.42754 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317988 4 0.0707 0.70682 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM1317989 1 0.5772 0.66285 0.716 0.100 0.180 0.004
#> GSM1317990 2 0.4830 0.41044 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM1317991 3 0.4907 0.33260 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM1317992 2 0.5097 0.39428 0.000 0.568 0.004 0.428
#> GSM1317993 2 0.4898 0.40579 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM1317994 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.3688 0.64020 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM1317976 2 0.3764 0.15377 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.4843 0.03049 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM1317997 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0707 0.77069 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317999 1 0.0336 0.77569 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.4948 0.37808 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM1318003 2 0.4967 0.35605 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM1318004 4 0.2011 0.65585 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM1318005 4 0.0188 0.70919 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1318006 1 0.1211 0.77373 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.6664 0.32077 0.308 0.000 0.112 0.580
#> GSM1318008 1 0.0817 0.76944 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318009 4 0.0469 0.70988 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1318010 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.0921 0.76791 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318012 1 0.3801 0.61558 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM1318013 4 0.1824 0.67228 0.060 0.000 0.004 0.936
#> GSM1318014 1 0.0336 0.77356 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318015 2 0.4916 0.40059 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM1318001 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.3764 0.49000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM1318016 2 0.4925 0.39613 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM1318017 1 0.0000 0.77493 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2530 0.63501 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM1318020 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.4907 0.40396 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1318022 3 0.4040 0.68252 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM1318023 1 0.0188 0.77545 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.4907 0.40396 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1318025 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.4941 0.38377 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM1318027 4 0.1118 0.69809 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM1318028 1 0.4985 0.55475 0.532 0.468 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0336 0.77569 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.4522 0.38704 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM1318031 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.3400 0.66306 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM1318034 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318035 2 0.4907 0.40396 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1318036 1 0.3836 0.67625 0.816 0.016 0.000 0.168
#> GSM1318037 4 0.4969 0.54295 0.088 0.000 0.140 0.772
#> GSM1318038 3 0.0657 0.89276 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM1318039 1 0.4898 0.61703 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.4898 0.61703 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.4103 0.71542 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.7231 0.59251 0.160 0.116 0.656 0.068
#> GSM1317918 1 0.4907 0.61326 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.4804 0.40442 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.1474 0.86282 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM1317922 3 0.4656 0.71007 0.136 0.072 0.792 0.000
#> GSM1317923 3 0.0707 0.88751 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317924 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.4907 0.40396 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1317926 3 0.0469 0.89428 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317927 2 0.4933 0.38438 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM1317928 3 0.6147 0.53057 0.000 0.200 0.672 0.128
#> GSM1317929 2 0.4888 -0.04524 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM1317930 4 0.4522 0.32843 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM1317931 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.6890 0.32112 0.000 0.580 0.268 0.152
#> GSM1317933 2 0.5000 0.21324 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM1317934 2 0.6873 0.32134 0.000 0.580 0.272 0.148
#> GSM1317935 3 0.4406 0.56264 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0592 0.77618 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.3172 0.60182 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM1317939 2 0.4948 0.36688 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM1317940 2 0.4730 -0.31450 0.364 0.636 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.4406 0.32363 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM1317942 4 0.4543 0.33150 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM1317943 4 0.4761 0.20174 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM1317944 2 0.4907 0.40396 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM1317896 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.4907 0.61326 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0592 0.77574 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.1042 0.76916 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM1317900 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.2814 0.75679 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.77493 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0336 0.77569 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0336 0.70816 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317905 4 0.4661 0.18541 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM1317906 4 0.4624 0.20901 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM1317907 4 0.5998 0.44791 0.116 0.000 0.200 0.684
#> GSM1317908 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.4905 0.38282 0.632 0.004 0.364 0.000
#> GSM1317910 1 0.7519 0.47869 0.496 0.248 0.256 0.000
#> GSM1317911 1 0.0469 0.77277 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317912 1 0.7586 -0.00973 0.416 0.000 0.196 0.388
#> GSM1317913 4 0.0336 0.70816 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM1318041 3 0.6968 0.37154 0.308 0.000 0.552 0.140
#> GSM1318042 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.90129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0188 0.77545 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0188 0.77545 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0817 0.76944 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318047 1 0.1302 0.76096 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318048 3 0.0336 0.89620 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318049 1 0.3569 0.63553 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM1318050 4 0.0469 0.70628 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318051 4 0.0000 0.70987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318052 4 0.0469 0.70988 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1318053 4 0.1637 0.68230 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM1318054 4 0.0524 0.70994 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM1318055 3 0.0592 0.89196 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318056 4 0.0592 0.70860 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318057 4 0.0188 0.71043 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318058 4 0.5411 0.39001 0.000 0.032 0.312 0.656
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5098 0.18912 0.012 0.480 0.000 0.492 0.016
#> GSM1317946 4 0.7690 0.01288 0.276 0.056 0.000 0.396 0.272
#> GSM1317947 3 0.1831 0.81741 0.004 0.000 0.920 0.000 0.076
#> GSM1317948 5 0.2569 0.81715 0.016 0.000 0.076 0.012 0.896
#> GSM1317949 5 0.2881 0.80907 0.124 0.004 0.012 0.000 0.860
#> GSM1317950 5 0.2719 0.79888 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> GSM1317953 1 0.2763 0.70617 0.848 0.004 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317954 1 0.4560 0.12255 0.508 0.008 0.000 0.000 0.484
#> GSM1317955 1 0.2654 0.73192 0.884 0.032 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317956 5 0.3579 0.67085 0.240 0.000 0.000 0.004 0.756
#> GSM1317957 1 0.5940 0.17169 0.516 0.096 0.004 0.384 0.000
#> GSM1317958 5 0.0510 0.88972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317959 4 0.1943 0.83168 0.000 0.020 0.000 0.924 0.056
#> GSM1317960 5 0.1524 0.87368 0.016 0.000 0.016 0.016 0.952
#> GSM1317961 1 0.5065 0.24316 0.544 0.036 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.8128 0.31775 0.364 0.200 0.000 0.120 0.316
#> GSM1317963 1 0.3231 0.66763 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196
#> GSM1317964 1 0.2179 0.72606 0.896 0.004 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317965 3 0.0290 0.85829 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1317966 1 0.5102 0.34181 0.580 0.044 0.376 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.2284 0.85756 0.004 0.096 0.004 0.896 0.000
#> GSM1317968 1 0.4963 0.44841 0.608 0.040 0.000 0.000 0.352
#> GSM1317969 3 0.4803 -0.00391 0.004 0.012 0.500 0.484 0.000
#> GSM1317970 4 0.3488 0.80741 0.024 0.168 0.000 0.808 0.000
#> GSM1317952 5 0.1306 0.87766 0.016 0.000 0.016 0.008 0.960
#> GSM1317951 1 0.3812 0.66861 0.772 0.024 0.000 0.000 0.204
#> GSM1317971 3 0.2740 0.78919 0.028 0.096 0.876 0.000 0.000
#> GSM1317972 1 0.5465 0.57436 0.660 0.244 0.000 0.012 0.084
#> GSM1317973 4 0.1310 0.82036 0.024 0.020 0.000 0.956 0.000
#> GSM1317974 1 0.4116 0.69970 0.816 0.096 0.000 0.056 0.032
#> GSM1317975 2 0.1908 0.85961 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.3671 0.64395 0.236 0.008 0.000 0.000 0.756
#> GSM1317979 3 0.4763 0.63025 0.016 0.000 0.720 0.040 0.224
#> GSM1317980 3 0.0404 0.85989 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1792 0.86918 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.1740 0.79252 0.012 0.000 0.056 0.932 0.000
#> GSM1317983 5 0.2690 0.79460 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM1317984 3 0.0000 0.86011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0510 0.85878 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.3579 0.68057 0.240 0.000 0.000 0.004 0.756
#> GSM1317987 2 0.1851 0.86468 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.2011 0.85835 0.004 0.088 0.000 0.908 0.000
#> GSM1317989 5 0.2949 0.83979 0.052 0.000 0.068 0.004 0.876
#> GSM1317990 2 0.0963 0.91271 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.5519 0.21387 0.068 0.412 0.520 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.1405 0.92054 0.016 0.956 0.020 0.008 0.000
#> GSM1317993 2 0.0162 0.93366 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.86011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.0794 0.88304 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317976 1 0.5443 0.48218 0.604 0.312 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317995 3 0.0404 0.85989 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.5940 0.46490 0.292 0.140 0.000 0.568 0.000
#> GSM1317997 3 0.0290 0.86011 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0579 0.89030 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM1317999 5 0.0671 0.88991 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM1318002 2 0.0510 0.93433 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM1318003 2 0.0703 0.93074 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM1318004 4 0.2291 0.84907 0.000 0.056 0.000 0.908 0.036
#> GSM1318005 4 0.1956 0.85795 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008
#> GSM1318006 5 0.0794 0.88608 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318007 4 0.2532 0.80384 0.012 0.000 0.008 0.892 0.088
#> GSM1318008 5 0.0162 0.88934 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318009 4 0.1965 0.85719 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM1318010 3 0.0404 0.85989 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.1087 0.88154 0.016 0.000 0.008 0.008 0.968
#> GSM1318012 5 0.1547 0.87176 0.016 0.000 0.004 0.032 0.948
#> GSM1318013 4 0.2227 0.84786 0.004 0.048 0.000 0.916 0.032
#> GSM1318014 5 0.1074 0.88139 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968
#> GSM1318015 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318001 3 0.0404 0.85989 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4302 0.24196 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM1318016 2 0.0609 0.93257 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318017 5 0.0566 0.89033 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> GSM1318019 4 0.2286 0.85299 0.004 0.108 0.000 0.888 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.86011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318022 1 0.5491 0.31189 0.600 0.000 0.312 0.088 0.000
#> GSM1318023 5 0.0703 0.88801 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM1318024 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.86011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318027 4 0.2124 0.85708 0.004 0.096 0.000 0.900 0.000
#> GSM1318028 1 0.2694 0.73215 0.884 0.040 0.000 0.000 0.076
#> GSM1318029 3 0.1557 0.83993 0.052 0.000 0.940 0.008 0.000
#> GSM1318018 5 0.0609 0.88909 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM1318030 4 0.5120 0.73279 0.016 0.080 0.148 0.744 0.012
#> GSM1318031 3 0.0162 0.85941 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.3913 0.47132 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM1318034 3 0.1041 0.84685 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM1318035 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318036 4 0.3783 0.64649 0.008 0.000 0.000 0.740 0.252
#> GSM1318037 4 0.3879 0.79157 0.016 0.016 0.044 0.840 0.084
#> GSM1318038 3 0.4620 0.73154 0.136 0.000 0.760 0.096 0.008
#> GSM1318039 1 0.2927 0.71858 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM1318040 3 0.1952 0.81116 0.004 0.084 0.912 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0162 0.85941 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.3191 0.79543 0.052 0.004 0.860 0.084 0.000
#> GSM1317915 1 0.3362 0.71394 0.844 0.000 0.000 0.076 0.080
#> GSM1317916 5 0.5654 0.21624 0.380 0.000 0.000 0.084 0.536
#> GSM1317917 3 0.6570 0.62840 0.148 0.008 0.648 0.104 0.092
#> GSM1317918 1 0.2676 0.71661 0.884 0.000 0.000 0.080 0.036
#> GSM1317919 3 0.4528 0.67814 0.212 0.000 0.728 0.060 0.000
#> GSM1317920 3 0.4747 0.66615 0.196 0.000 0.720 0.084 0.000
#> GSM1317921 3 0.4149 0.74043 0.128 0.000 0.784 0.088 0.000
#> GSM1317922 3 0.5200 0.67268 0.172 0.000 0.720 0.084 0.024
#> GSM1317923 3 0.4117 0.74999 0.096 0.000 0.788 0.116 0.000
#> GSM1317924 3 0.0162 0.85941 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317926 1 0.5715 0.16131 0.524 0.000 0.388 0.088 0.000
#> GSM1317927 2 0.0290 0.93618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317928 2 0.4334 0.73401 0.000 0.768 0.140 0.092 0.000
#> GSM1317929 1 0.3400 0.65590 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> GSM1317930 2 0.2230 0.84422 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM1317931 3 0.0798 0.85570 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM1317932 2 0.1908 0.85600 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0794 0.92689 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317934 2 0.1792 0.86471 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.4310 0.30342 0.000 0.392 0.604 0.004 0.000
#> GSM1317936 3 0.0510 0.85878 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0794 0.88719 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM1317938 2 0.2852 0.77615 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM1317939 2 0.0609 0.93148 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317940 1 0.2514 0.73502 0.896 0.044 0.000 0.000 0.060
#> GSM1317941 4 0.4183 0.77069 0.084 0.136 0.000 0.780 0.000
#> GSM1317942 2 0.1341 0.90705 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM1317943 2 0.1410 0.90595 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1317944 2 0.0162 0.93685 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.86011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.2890 0.69799 0.836 0.004 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317898 5 0.0566 0.89079 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM1317899 5 0.1041 0.87971 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964
#> GSM1317900 3 0.0162 0.85941 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.2036 0.86799 0.056 0.000 0.024 0.000 0.920
#> GSM1317902 5 0.0404 0.89023 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317903 5 0.0510 0.88972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317904 4 0.1892 0.85844 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> GSM1317905 4 0.3538 0.83362 0.028 0.128 0.012 0.832 0.000
#> GSM1317906 4 0.2919 0.84079 0.024 0.104 0.004 0.868 0.000
#> GSM1317907 4 0.4188 0.64526 0.020 0.004 0.164 0.788 0.024
#> GSM1317908 3 0.0162 0.86015 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317909 5 0.5403 0.19270 0.044 0.000 0.392 0.008 0.556
#> GSM1317910 1 0.4377 0.67614 0.796 0.000 0.088 0.092 0.024
#> GSM1317911 5 0.2068 0.83168 0.004 0.000 0.000 0.092 0.904
#> GSM1317912 4 0.6423 0.41417 0.016 0.000 0.140 0.544 0.300
#> GSM1317913 4 0.2414 0.85631 0.012 0.080 0.000 0.900 0.008
#> GSM1318041 3 0.5070 0.49719 0.016 0.000 0.640 0.028 0.316
#> GSM1318042 3 0.0290 0.86011 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0162 0.86015 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0404 0.89023 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318045 5 0.0290 0.89053 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM1318046 5 0.0451 0.88964 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM1318047 5 0.0981 0.88234 0.012 0.000 0.008 0.008 0.972
#> GSM1318048 3 0.4473 0.29080 0.008 0.000 0.580 0.000 0.412
#> GSM1318049 5 0.1195 0.87426 0.012 0.000 0.028 0.000 0.960
#> GSM1318050 4 0.1608 0.85789 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM1318051 4 0.1792 0.85842 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM1318052 4 0.2068 0.85787 0.004 0.092 0.000 0.904 0.000
#> GSM1318053 4 0.2193 0.85812 0.008 0.092 0.000 0.900 0.000
#> GSM1318054 4 0.2112 0.85898 0.004 0.084 0.004 0.908 0.000
#> GSM1318055 3 0.0671 0.85544 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM1318056 4 0.2352 0.85822 0.008 0.092 0.004 0.896 0.000
#> GSM1318057 4 0.1952 0.85861 0.004 0.084 0.000 0.912 0.000
#> GSM1318058 4 0.3211 0.75399 0.004 0.008 0.164 0.824 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.7179 0.05704 0.052 0.380 0.000 0.276 0.012 0.280
#> GSM1317946 4 0.6422 0.03895 0.224 0.008 0.000 0.472 0.280 0.016
#> GSM1317947 3 0.2588 0.73698 0.004 0.000 0.860 0.000 0.124 0.012
#> GSM1317948 5 0.3956 0.70457 0.040 0.000 0.032 0.000 0.784 0.144
#> GSM1317949 5 0.1429 0.79008 0.052 0.004 0.004 0.000 0.940 0.000
#> GSM1317950 5 0.1701 0.76627 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.008
#> GSM1317953 1 0.3518 0.67413 0.732 0.000 0.000 0.000 0.256 0.012
#> GSM1317954 5 0.3975 -0.17654 0.452 0.000 0.000 0.000 0.544 0.004
#> GSM1317955 1 0.2446 0.64310 0.864 0.000 0.000 0.000 0.124 0.012
#> GSM1317956 5 0.3012 0.61991 0.196 0.000 0.000 0.000 0.796 0.008
#> GSM1317957 4 0.4440 0.14076 0.452 0.008 0.008 0.528 0.000 0.004
#> GSM1317958 5 0.0547 0.79778 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317959 4 0.1049 0.86685 0.008 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032
#> GSM1317960 5 0.4958 0.56962 0.056 0.004 0.004 0.008 0.640 0.288
#> GSM1317961 3 0.4830 0.22004 0.424 0.008 0.540 0.008 0.008 0.012
#> GSM1317962 1 0.6625 0.33570 0.348 0.008 0.000 0.316 0.316 0.012
#> GSM1317963 1 0.3735 0.59194 0.792 0.000 0.004 0.000 0.120 0.084
#> GSM1317964 1 0.2631 0.66740 0.840 0.000 0.000 0.000 0.152 0.008
#> GSM1317965 3 0.0291 0.84103 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317966 3 0.5010 0.04339 0.476 0.012 0.480 0.004 0.008 0.020
#> GSM1317967 4 0.0551 0.87519 0.004 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004
#> GSM1317968 1 0.4144 0.48203 0.580 0.004 0.000 0.000 0.408 0.008
#> GSM1317969 4 0.4033 0.33068 0.004 0.000 0.404 0.588 0.000 0.004
#> GSM1317970 4 0.0951 0.87078 0.020 0.008 0.000 0.968 0.000 0.004
#> GSM1317952 5 0.4120 0.67855 0.052 0.000 0.012 0.000 0.748 0.188
#> GSM1317951 1 0.3804 0.61240 0.656 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008
#> GSM1317971 3 0.2372 0.79727 0.024 0.024 0.908 0.008 0.000 0.036
#> GSM1317972 1 0.5351 0.64559 0.628 0.060 0.000 0.024 0.276 0.012
#> GSM1317973 4 0.3101 0.67230 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM1317974 1 0.4962 0.57378 0.688 0.012 0.000 0.184 0.112 0.004
#> GSM1317975 2 0.0508 0.92088 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317978 5 0.3586 0.42599 0.280 0.000 0.000 0.004 0.712 0.004
#> GSM1317979 3 0.6506 0.36275 0.052 0.000 0.564 0.016 0.188 0.180
#> GSM1317980 3 0.1082 0.83543 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317981 2 0.0508 0.92088 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317982 4 0.1265 0.86536 0.000 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> GSM1317983 5 0.1700 0.76744 0.080 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004
#> GSM1317984 3 0.0865 0.83851 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317985 3 0.1700 0.80732 0.004 0.000 0.916 0.000 0.000 0.080
#> GSM1317986 5 0.2668 0.68605 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> GSM1317987 2 0.0622 0.91999 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317988 4 0.0146 0.87485 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.3473 0.69425 0.040 0.000 0.136 0.000 0.812 0.012
#> GSM1317990 2 0.0260 0.92186 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3720 0.70789 0.108 0.060 0.812 0.004 0.000 0.016
#> GSM1317992 2 0.4434 0.74313 0.024 0.776 0.116 0.060 0.000 0.024
#> GSM1317993 2 0.0260 0.92192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317994 3 0.0000 0.84231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.1448 0.79610 0.024 0.000 0.000 0.016 0.948 0.012
#> GSM1317976 1 0.5224 0.65807 0.656 0.048 0.016 0.000 0.252 0.028
#> GSM1317995 3 0.1152 0.83333 0.004 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317996 4 0.4821 0.02135 0.468 0.008 0.000 0.488 0.000 0.036
#> GSM1317997 3 0.0547 0.84259 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317998 5 0.1074 0.79835 0.028 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> GSM1317999 5 0.0777 0.79635 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM1318002 2 0.2084 0.89087 0.016 0.916 0.000 0.044 0.000 0.024
#> GSM1318003 2 0.1523 0.90212 0.008 0.940 0.000 0.044 0.000 0.008
#> GSM1318004 4 0.0146 0.87485 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0146 0.87486 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.0547 0.79831 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318007 4 0.1536 0.86032 0.016 0.000 0.000 0.940 0.004 0.040
#> GSM1318008 5 0.0692 0.80104 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM1318009 4 0.0260 0.87486 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.1588 0.81363 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000 0.072
#> GSM1318011 5 0.2278 0.77686 0.044 0.000 0.004 0.000 0.900 0.052
#> GSM1318012 5 0.3920 0.70810 0.052 0.000 0.004 0.012 0.784 0.148
#> GSM1318013 4 0.0291 0.87503 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM1318014 5 0.2868 0.74933 0.032 0.000 0.004 0.000 0.852 0.112
#> GSM1318015 2 0.1167 0.91459 0.008 0.960 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM1318001 3 0.1285 0.82834 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052
#> GSM1318000 4 0.1577 0.85749 0.008 0.036 0.000 0.940 0.000 0.016
#> GSM1318016 2 0.1483 0.90559 0.008 0.944 0.000 0.036 0.000 0.012
#> GSM1318017 5 0.0777 0.79824 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM1318019 4 0.0291 0.87461 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0551 0.83924 0.004 0.004 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318021 2 0.0363 0.92150 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318022 6 0.2848 0.74199 0.176 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816
#> GSM1318023 5 0.0858 0.79672 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004
#> GSM1318024 2 0.1078 0.91770 0.008 0.964 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM1318025 3 0.0260 0.84368 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318026 2 0.1294 0.91406 0.008 0.956 0.008 0.004 0.000 0.024
#> GSM1318027 4 0.0696 0.87433 0.008 0.004 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318028 1 0.3691 0.68207 0.764 0.012 0.000 0.000 0.204 0.020
#> GSM1318029 3 0.2263 0.75785 0.016 0.000 0.884 0.000 0.000 0.100
#> GSM1318018 5 0.0790 0.79342 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318030 4 0.3576 0.77191 0.024 0.000 0.028 0.816 0.004 0.128
#> GSM1318031 3 0.0291 0.84103 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318033 5 0.6279 0.28479 0.044 0.000 0.000 0.320 0.496 0.140
#> GSM1318034 3 0.1444 0.79926 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM1318035 2 0.0260 0.92022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318036 4 0.3089 0.80342 0.024 0.000 0.000 0.856 0.080 0.040
#> GSM1318037 4 0.3186 0.79085 0.020 0.000 0.012 0.840 0.008 0.120
#> GSM1318038 6 0.1890 0.75477 0.024 0.000 0.060 0.000 0.000 0.916
#> GSM1318039 1 0.3468 0.23067 0.728 0.000 0.000 0.000 0.008 0.264
#> GSM1318040 3 0.0696 0.83942 0.004 0.008 0.980 0.004 0.000 0.004
#> GSM1318032 3 0.0291 0.84103 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317914 6 0.3895 0.63982 0.004 0.016 0.284 0.000 0.000 0.696
#> GSM1317915 1 0.3872 -0.12881 0.604 0.000 0.000 0.000 0.004 0.392
#> GSM1317916 6 0.3950 0.65337 0.276 0.000 0.000 0.000 0.028 0.696
#> GSM1317917 6 0.1251 0.71560 0.012 0.000 0.024 0.000 0.008 0.956
#> GSM1317918 1 0.3847 -0.29782 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> GSM1317919 6 0.5969 0.50158 0.260 0.000 0.292 0.000 0.000 0.448
#> GSM1317920 3 0.5945 -0.36012 0.220 0.000 0.420 0.000 0.000 0.360
#> GSM1317921 6 0.4493 0.74688 0.132 0.000 0.160 0.000 0.000 0.708
#> GSM1317922 6 0.4178 0.76815 0.156 0.000 0.092 0.000 0.004 0.748
#> GSM1317923 6 0.3291 0.77545 0.064 0.000 0.104 0.004 0.000 0.828
#> GSM1317924 3 0.0692 0.84399 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317925 2 0.0547 0.92143 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317926 6 0.4436 0.65968 0.312 0.000 0.048 0.000 0.000 0.640
#> GSM1317927 2 0.0363 0.92162 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317928 2 0.2964 0.74557 0.004 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM1317929 1 0.3575 0.40036 0.796 0.000 0.076 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317930 2 0.1908 0.86787 0.004 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM1317931 3 0.4365 0.50815 0.004 0.040 0.664 0.000 0.000 0.292
#> GSM1317932 2 0.0363 0.92090 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317933 2 0.0405 0.92059 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM1317934 2 0.0458 0.92192 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317935 2 0.3791 0.60958 0.000 0.732 0.236 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317936 3 0.1908 0.79582 0.004 0.000 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM1317937 5 0.0914 0.80167 0.016 0.000 0.000 0.000 0.968 0.016
#> GSM1317938 2 0.2165 0.84609 0.000 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> GSM1317939 2 0.0508 0.91840 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317940 1 0.3231 0.68026 0.800 0.012 0.000 0.000 0.180 0.008
#> GSM1317941 4 0.1296 0.86038 0.044 0.004 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM1317942 2 0.1138 0.91449 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM1317943 2 0.0837 0.91634 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM1317944 2 0.0260 0.92022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317896 3 0.0000 0.84231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.3190 0.68104 0.772 0.000 0.000 0.000 0.220 0.008
#> GSM1317898 5 0.0458 0.79946 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317899 5 0.4081 0.56939 0.020 0.224 0.000 0.000 0.732 0.024
#> GSM1317900 3 0.0520 0.83921 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317901 5 0.1364 0.78338 0.048 0.000 0.004 0.000 0.944 0.004
#> GSM1317902 5 0.0806 0.80006 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008
#> GSM1317903 5 0.0547 0.79778 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317904 4 0.0405 0.87446 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM1317905 4 0.2554 0.82126 0.020 0.000 0.088 0.880 0.000 0.012
#> GSM1317906 4 0.2086 0.84490 0.008 0.004 0.064 0.912 0.000 0.012
#> GSM1317907 4 0.4917 0.58995 0.040 0.000 0.008 0.652 0.020 0.280
#> GSM1317908 3 0.0363 0.84343 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317909 5 0.6051 0.39269 0.048 0.000 0.248 0.000 0.568 0.136
#> GSM1317910 1 0.4246 -0.09600 0.580 0.000 0.020 0.000 0.000 0.400
#> GSM1317911 5 0.3830 0.72645 0.032 0.000 0.000 0.084 0.808 0.076
#> GSM1317912 5 0.7576 0.00219 0.052 0.000 0.036 0.276 0.320 0.316
#> GSM1317913 4 0.2122 0.84103 0.024 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076
#> GSM1318041 5 0.7081 0.02966 0.052 0.000 0.352 0.012 0.376 0.208
#> GSM1318042 3 0.0858 0.84002 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318043 3 0.0363 0.84343 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318044 5 0.0291 0.80088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM1318045 5 0.0000 0.80066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318046 5 0.1865 0.78642 0.040 0.000 0.000 0.000 0.920 0.040
#> GSM1318047 5 0.3159 0.74607 0.052 0.000 0.004 0.004 0.844 0.096
#> GSM1318048 3 0.4184 0.16862 0.004 0.000 0.556 0.000 0.432 0.008
#> GSM1318049 5 0.1367 0.79071 0.012 0.000 0.044 0.000 0.944 0.000
#> GSM1318050 4 0.1643 0.85289 0.008 0.000 0.000 0.924 0.000 0.068
#> GSM1318051 4 0.0520 0.87390 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM1318052 4 0.0405 0.87500 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM1318053 4 0.0653 0.87464 0.012 0.000 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM1318054 4 0.0551 0.87519 0.004 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318055 3 0.0603 0.83770 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0551 0.87519 0.004 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318057 4 0.0000 0.87482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.2656 0.79766 0.012 0.000 0.120 0.860 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> CV:NMF 156 0.495132 1.35e-01 0.0120 0.0923 2
#> CV:NMF 158 0.829415 2.01e-01 0.0383 0.5934 3
#> CV:NMF 109 0.105220 8.87e-03 0.2486 0.2168 4
#> CV:NMF 141 0.001118 3.82e-05 0.0112 0.4446 5
#> CV:NMF 140 0.000789 1.59e-09 0.0081 0.1609 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.504 0.753 0.889 0.4411 0.546 0.546
#> 3 3 0.381 0.618 0.795 0.4226 0.786 0.612
#> 4 4 0.468 0.596 0.737 0.1315 0.885 0.685
#> 5 5 0.521 0.531 0.695 0.0729 0.921 0.740
#> 6 6 0.582 0.467 0.660 0.0454 0.899 0.640
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.4431 0.831 0.092 0.908
#> GSM1317946 2 0.9635 0.347 0.388 0.612
#> GSM1317947 1 0.7299 0.754 0.796 0.204
#> GSM1317948 1 0.9909 0.386 0.556 0.444
#> GSM1317949 1 0.7299 0.754 0.796 0.204
#> GSM1317950 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.6531 0.746 0.832 0.168
#> GSM1317955 1 0.6531 0.746 0.832 0.168
#> GSM1317956 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.2423 0.876 0.040 0.960
#> GSM1317958 1 0.0672 0.817 0.992 0.008
#> GSM1317959 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317960 1 0.9909 0.386 0.556 0.444
#> GSM1317961 2 0.4431 0.830 0.092 0.908
#> GSM1317962 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> GSM1317963 1 0.9881 0.414 0.564 0.436
#> GSM1317964 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0938 0.890 0.012 0.988
#> GSM1317966 2 0.4431 0.830 0.092 0.908
#> GSM1317967 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317968 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> GSM1317969 2 0.0938 0.890 0.012 0.988
#> GSM1317970 2 0.2423 0.876 0.040 0.960
#> GSM1317952 1 0.9909 0.386 0.556 0.444
#> GSM1317951 1 0.6531 0.746 0.832 0.168
#> GSM1317971 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317972 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> GSM1317973 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317974 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> GSM1317975 2 0.2603 0.880 0.044 0.956
#> GSM1317978 2 0.9460 0.411 0.364 0.636
#> GSM1317979 2 0.9522 0.302 0.372 0.628
#> GSM1317980 2 0.9522 0.302 0.372 0.628
#> GSM1317981 2 0.2603 0.880 0.044 0.956
#> GSM1317982 2 0.9522 0.302 0.372 0.628
#> GSM1317983 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.2603 0.880 0.044 0.956
#> GSM1317988 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317989 1 0.6148 0.784 0.848 0.152
#> GSM1317990 2 0.2603 0.880 0.044 0.956
#> GSM1317991 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317992 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317993 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317994 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.6148 0.784 0.848 0.152
#> GSM1317976 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> GSM1317995 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.3431 0.866 0.064 0.936
#> GSM1317997 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.1184 0.818 0.984 0.016
#> GSM1318002 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318004 2 0.1414 0.890 0.020 0.980
#> GSM1318005 2 0.1414 0.890 0.020 0.980
#> GSM1318006 1 0.1184 0.818 0.984 0.016
#> GSM1318007 2 0.1414 0.890 0.020 0.980
#> GSM1318008 1 0.1184 0.818 0.984 0.016
#> GSM1318009 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318010 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.9815 0.444 0.580 0.420
#> GSM1318012 1 0.9815 0.444 0.580 0.420
#> GSM1318013 2 0.1414 0.890 0.020 0.980
#> GSM1318014 1 0.9815 0.444 0.580 0.420
#> GSM1318015 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318016 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318017 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.8267 0.592 0.260 0.740
#> GSM1318021 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318022 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318025 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.8081 0.697 0.752 0.248
#> GSM1318029 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.9850 0.096 0.428 0.572
#> GSM1318031 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.9710 0.425 0.600 0.400
#> GSM1318034 1 0.7602 0.741 0.780 0.220
#> GSM1318035 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318036 1 0.9998 0.153 0.508 0.492
#> GSM1318037 2 0.9850 0.096 0.428 0.572
#> GSM1318038 2 0.9552 0.289 0.376 0.624
#> GSM1318039 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0376 0.818 0.996 0.004
#> GSM1317917 2 0.9552 0.289 0.376 0.624
#> GSM1317918 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7453 0.747 0.788 0.212
#> GSM1317923 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317924 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317926 2 0.0672 0.892 0.008 0.992
#> GSM1317927 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317928 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.8267 0.592 0.260 0.740
#> GSM1317933 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317934 2 0.8267 0.592 0.260 0.740
#> GSM1317935 2 0.8267 0.592 0.260 0.740
#> GSM1317936 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317939 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317940 1 0.4431 0.804 0.908 0.092
#> GSM1317941 2 0.8499 0.594 0.276 0.724
#> GSM1317942 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317943 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317944 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317896 2 0.6887 0.716 0.184 0.816
#> GSM1317897 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.2948 0.812 0.948 0.052
#> GSM1317899 1 0.1184 0.818 0.984 0.016
#> GSM1317900 2 0.6973 0.711 0.188 0.812
#> GSM1317901 1 0.7299 0.754 0.796 0.204
#> GSM1317902 1 0.0376 0.818 0.996 0.004
#> GSM1317903 1 0.0376 0.818 0.996 0.004
#> GSM1317904 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1317905 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM1317906 2 0.0376 0.893 0.004 0.996
#> GSM1317907 2 0.4431 0.831 0.092 0.908
#> GSM1317908 1 0.7299 0.754 0.796 0.204
#> GSM1317909 1 0.9286 0.593 0.656 0.344
#> GSM1317910 1 0.9286 0.593 0.656 0.344
#> GSM1317911 1 0.9286 0.593 0.656 0.344
#> GSM1317912 2 0.4431 0.831 0.092 0.908
#> GSM1317913 2 0.4431 0.831 0.092 0.908
#> GSM1318041 1 0.9970 0.322 0.532 0.468
#> GSM1318042 2 0.5519 0.786 0.128 0.872
#> GSM1318043 2 0.5519 0.786 0.128 0.872
#> GSM1318044 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.9833 0.442 0.576 0.424
#> GSM1318048 1 0.6973 0.766 0.812 0.188
#> GSM1318049 1 0.6973 0.766 0.812 0.188
#> GSM1318050 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318051 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM1318052 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.893 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.7058 0.5452 0.080 0.708 0.212
#> GSM1317946 2 0.7107 0.4030 0.340 0.624 0.036
#> GSM1317947 1 0.6264 0.6808 0.724 0.032 0.244
#> GSM1317948 1 0.9582 0.4308 0.480 0.256 0.264
#> GSM1317949 1 0.6264 0.6808 0.724 0.032 0.244
#> GSM1317950 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4121 0.7034 0.832 0.168 0.000
#> GSM1317955 1 0.4121 0.7034 0.832 0.168 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.3042 0.7524 0.040 0.920 0.040
#> GSM1317958 1 0.0475 0.7927 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317959 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1317960 1 0.9582 0.4308 0.480 0.256 0.264
#> GSM1317961 3 0.7853 0.4267 0.060 0.384 0.556
#> GSM1317962 2 0.7145 0.1730 0.440 0.536 0.024
#> GSM1317963 1 0.9463 0.4549 0.500 0.244 0.256
#> GSM1317964 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.6330 0.4705 0.004 0.396 0.600
#> GSM1317966 3 0.7853 0.4267 0.060 0.384 0.556
#> GSM1317967 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1317968 2 0.7145 0.1730 0.440 0.536 0.024
#> GSM1317969 3 0.6330 0.4705 0.004 0.396 0.600
#> GSM1317970 2 0.3042 0.7524 0.040 0.920 0.040
#> GSM1317952 1 0.9582 0.4308 0.480 0.256 0.264
#> GSM1317951 1 0.4121 0.7034 0.832 0.168 0.000
#> GSM1317971 2 0.6308 -0.2005 0.000 0.508 0.492
#> GSM1317972 2 0.7145 0.1730 0.440 0.536 0.024
#> GSM1317973 2 0.3038 0.7515 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317974 2 0.7145 0.1730 0.440 0.536 0.024
#> GSM1317975 2 0.1781 0.7583 0.020 0.960 0.020
#> GSM1317978 2 0.6625 0.4363 0.316 0.660 0.024
#> GSM1317979 3 0.9987 0.0151 0.308 0.344 0.348
#> GSM1317980 3 0.9987 0.0151 0.308 0.344 0.348
#> GSM1317981 2 0.1781 0.7583 0.020 0.960 0.020
#> GSM1317982 3 0.9987 0.0151 0.308 0.344 0.348
#> GSM1317983 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317985 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317986 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1781 0.7583 0.020 0.960 0.020
#> GSM1317988 2 0.3038 0.7515 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317989 1 0.5891 0.7314 0.780 0.052 0.168
#> GSM1317990 2 0.1781 0.7583 0.020 0.960 0.020
#> GSM1317991 2 0.6308 -0.2005 0.000 0.508 0.492
#> GSM1317992 2 0.6308 -0.2005 0.000 0.508 0.492
#> GSM1317993 2 0.0892 0.7595 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317994 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317977 1 0.5891 0.7314 0.780 0.052 0.168
#> GSM1317976 2 0.7145 0.1730 0.440 0.536 0.024
#> GSM1317995 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317996 2 0.1765 0.7456 0.040 0.956 0.004
#> GSM1317997 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317998 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0848 0.7926 0.984 0.008 0.008
#> GSM1318002 2 0.1964 0.7578 0.000 0.944 0.056
#> GSM1318003 2 0.1964 0.7578 0.000 0.944 0.056
#> GSM1318004 2 0.3482 0.7291 0.000 0.872 0.128
#> GSM1318005 2 0.3482 0.7291 0.000 0.872 0.128
#> GSM1318006 1 0.1636 0.7913 0.964 0.020 0.016
#> GSM1318007 2 0.3482 0.7291 0.000 0.872 0.128
#> GSM1318008 1 0.0848 0.7926 0.984 0.008 0.008
#> GSM1318009 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1318010 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1318011 1 0.9438 0.4658 0.504 0.252 0.244
#> GSM1318012 1 0.9438 0.4658 0.504 0.252 0.244
#> GSM1318013 2 0.3482 0.7291 0.000 0.872 0.128
#> GSM1318014 1 0.9438 0.4658 0.504 0.252 0.244
#> GSM1318015 2 0.1964 0.7578 0.000 0.944 0.056
#> GSM1318001 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1318000 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1318016 2 0.0892 0.7595 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318017 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.3267 0.7462 0.000 0.884 0.116
#> GSM1318020 3 0.8649 0.5623 0.204 0.196 0.600
#> GSM1318021 2 0.0892 0.7595 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318022 3 0.3551 0.7156 0.000 0.132 0.868
#> GSM1318023 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0892 0.7595 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318025 3 0.4452 0.7071 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318026 2 0.2165 0.7544 0.000 0.936 0.064
#> GSM1318027 2 0.3267 0.7462 0.000 0.884 0.116
#> GSM1318028 1 0.6767 0.6609 0.720 0.216 0.064
#> GSM1318029 3 0.6225 0.4210 0.000 0.432 0.568
#> GSM1318018 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.9666 -0.0980 0.356 0.428 0.216
#> GSM1318031 3 0.4452 0.7071 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318033 1 0.8699 0.3431 0.512 0.376 0.112
#> GSM1318034 1 0.6337 0.6623 0.708 0.028 0.264
#> GSM1318035 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318036 2 0.8981 -0.1326 0.424 0.448 0.128
#> GSM1318037 2 0.9666 -0.0980 0.356 0.428 0.216
#> GSM1318038 3 0.6200 0.2775 0.312 0.012 0.676
#> GSM1318039 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.4452 0.7071 0.000 0.192 0.808
#> GSM1318032 3 0.4452 0.7071 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317914 3 0.4002 0.7007 0.000 0.160 0.840
#> GSM1317915 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.2356 0.7826 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317917 3 0.6200 0.2775 0.312 0.012 0.676
#> GSM1317918 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.5706 0.6052 0.000 0.320 0.680
#> GSM1317920 3 0.6225 0.4210 0.000 0.432 0.568
#> GSM1317921 3 0.5706 0.6052 0.000 0.320 0.680
#> GSM1317922 1 0.5728 0.6604 0.720 0.008 0.272
#> GSM1317923 3 0.3551 0.7156 0.000 0.132 0.868
#> GSM1317924 3 0.4452 0.7071 0.000 0.192 0.808
#> GSM1317925 2 0.0892 0.7595 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317926 3 0.3551 0.7156 0.000 0.132 0.868
#> GSM1317927 2 0.1031 0.7601 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317928 2 0.4842 0.5772 0.000 0.776 0.224
#> GSM1317929 3 0.6225 0.4210 0.000 0.432 0.568
#> GSM1317930 2 0.4842 0.5772 0.000 0.776 0.224
#> GSM1317931 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317932 3 0.8649 0.5623 0.204 0.196 0.600
#> GSM1317933 2 0.1031 0.7601 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317934 3 0.8649 0.5623 0.204 0.196 0.600
#> GSM1317935 3 0.8649 0.5623 0.204 0.196 0.600
#> GSM1317936 3 0.2448 0.7259 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317937 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317939 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317940 1 0.4189 0.7713 0.876 0.056 0.068
#> GSM1317941 2 0.5982 0.5487 0.228 0.744 0.028
#> GSM1317942 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317943 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317944 2 0.1163 0.7604 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317896 3 0.5603 0.6418 0.136 0.060 0.804
#> GSM1317897 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.2773 0.7842 0.928 0.024 0.048
#> GSM1317899 1 0.1636 0.7913 0.964 0.020 0.016
#> GSM1317900 3 0.8334 0.5882 0.136 0.248 0.616
#> GSM1317901 1 0.6264 0.6808 0.724 0.032 0.244
#> GSM1317902 1 0.0237 0.7925 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317903 1 0.0237 0.7925 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317904 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1317905 2 0.5285 0.5345 0.004 0.752 0.244
#> GSM1317906 2 0.5285 0.5345 0.004 0.752 0.244
#> GSM1317907 2 0.7058 0.5452 0.080 0.708 0.212
#> GSM1317908 1 0.6264 0.6808 0.724 0.032 0.244
#> GSM1317909 1 0.8657 0.5646 0.592 0.164 0.244
#> GSM1317910 1 0.8657 0.5646 0.592 0.164 0.244
#> GSM1317911 1 0.8657 0.5646 0.592 0.164 0.244
#> GSM1317912 2 0.7058 0.5452 0.080 0.708 0.212
#> GSM1317913 2 0.7058 0.5452 0.080 0.708 0.212
#> GSM1318041 1 0.9413 0.3743 0.468 0.184 0.348
#> GSM1318042 3 0.4316 0.6871 0.088 0.044 0.868
#> GSM1318043 3 0.4316 0.6871 0.088 0.044 0.868
#> GSM1318044 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.7922 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.9433 0.4657 0.504 0.236 0.260
#> GSM1318048 1 0.6099 0.6965 0.740 0.032 0.228
#> GSM1318049 1 0.6099 0.6965 0.740 0.032 0.228
#> GSM1318050 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1318051 2 0.2356 0.7573 0.000 0.928 0.072
#> GSM1318052 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1318053 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1318054 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1318055 3 0.3482 0.7258 0.000 0.128 0.872
#> GSM1318056 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1318057 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
#> GSM1318058 2 0.3192 0.7464 0.000 0.888 0.112
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.5588 0.5227 0.004 0.600 0.020 0.376
#> GSM1317946 2 0.7232 0.3556 0.268 0.568 0.008 0.156
#> GSM1317947 4 0.5230 0.4127 0.368 0.004 0.008 0.620
#> GSM1317948 4 0.6471 0.6015 0.196 0.144 0.004 0.656
#> GSM1317949 4 0.5230 0.4127 0.368 0.004 0.008 0.620
#> GSM1317950 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4356 0.6408 0.804 0.148 0.000 0.048
#> GSM1317955 1 0.4356 0.6408 0.804 0.148 0.000 0.048
#> GSM1317956 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.3884 0.7624 0.008 0.848 0.036 0.108
#> GSM1317958 1 0.1118 0.8728 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317959 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1317960 4 0.6471 0.6015 0.196 0.144 0.004 0.656
#> GSM1317961 3 0.8528 0.3730 0.024 0.328 0.356 0.292
#> GSM1317962 2 0.7460 0.1555 0.368 0.472 0.004 0.156
#> GSM1317963 4 0.6814 0.5656 0.268 0.128 0.004 0.600
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.7511 0.4597 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM1317966 3 0.8528 0.3730 0.024 0.328 0.356 0.292
#> GSM1317967 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1317968 2 0.7460 0.1555 0.368 0.472 0.004 0.156
#> GSM1317969 3 0.7511 0.4597 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM1317970 2 0.3884 0.7624 0.008 0.848 0.036 0.108
#> GSM1317952 4 0.6471 0.6015 0.196 0.144 0.004 0.656
#> GSM1317951 1 0.4356 0.6408 0.804 0.148 0.000 0.048
#> GSM1317971 2 0.7171 -0.2175 0.000 0.464 0.400 0.136
#> GSM1317972 2 0.7460 0.1555 0.368 0.472 0.004 0.156
#> GSM1317973 2 0.4285 0.7586 0.000 0.804 0.040 0.156
#> GSM1317974 2 0.7460 0.1555 0.368 0.472 0.004 0.156
#> GSM1317975 2 0.1388 0.7649 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM1317978 2 0.6878 0.3947 0.244 0.604 0.004 0.148
#> GSM1317979 4 0.7479 0.5037 0.068 0.204 0.104 0.624
#> GSM1317980 4 0.7479 0.5037 0.068 0.204 0.104 0.624
#> GSM1317981 2 0.1388 0.7649 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM1317982 4 0.7479 0.5037 0.068 0.204 0.104 0.624
#> GSM1317983 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317985 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317986 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1388 0.7649 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM1317988 2 0.4285 0.7586 0.000 0.804 0.040 0.156
#> GSM1317989 4 0.5976 0.2686 0.452 0.024 0.008 0.516
#> GSM1317990 2 0.1388 0.7649 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM1317991 2 0.7171 -0.2175 0.000 0.464 0.400 0.136
#> GSM1317992 2 0.7171 -0.2175 0.000 0.464 0.400 0.136
#> GSM1317993 2 0.0707 0.7669 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317994 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317977 4 0.5976 0.2686 0.452 0.024 0.008 0.516
#> GSM1317976 2 0.7460 0.1555 0.368 0.472 0.004 0.156
#> GSM1317995 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317996 2 0.2796 0.7582 0.008 0.892 0.004 0.096
#> GSM1317997 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317998 1 0.0336 0.8805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317999 1 0.1118 0.8694 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318002 2 0.2036 0.7608 0.000 0.936 0.032 0.032
#> GSM1318003 2 0.2036 0.7608 0.000 0.936 0.032 0.032
#> GSM1318004 2 0.4426 0.7288 0.000 0.772 0.024 0.204
#> GSM1318005 2 0.4426 0.7288 0.000 0.772 0.024 0.204
#> GSM1318006 1 0.4422 0.5797 0.736 0.008 0.000 0.256
#> GSM1318007 2 0.4426 0.7288 0.000 0.772 0.024 0.204
#> GSM1318008 1 0.1118 0.8694 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318009 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1318010 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1318011 4 0.6624 0.5950 0.220 0.140 0.004 0.636
#> GSM1318012 4 0.6624 0.5950 0.220 0.140 0.004 0.636
#> GSM1318013 2 0.4426 0.7288 0.000 0.772 0.024 0.204
#> GSM1318014 4 0.6624 0.5950 0.220 0.140 0.004 0.636
#> GSM1318015 2 0.2036 0.7608 0.000 0.936 0.032 0.032
#> GSM1318001 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1318000 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1318016 2 0.0707 0.7669 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318017 1 0.0336 0.8805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318019 2 0.4436 0.7613 0.000 0.800 0.052 0.148
#> GSM1318020 4 0.8653 -0.2737 0.068 0.148 0.384 0.400
#> GSM1318021 2 0.0707 0.7669 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318022 3 0.4906 0.6639 0.000 0.084 0.776 0.140
#> GSM1318023 1 0.0336 0.8805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318024 2 0.0707 0.7669 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318025 3 0.4840 0.7069 0.000 0.100 0.784 0.116
#> GSM1318026 2 0.2224 0.7566 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM1318027 2 0.4436 0.7613 0.000 0.800 0.052 0.148
#> GSM1318028 1 0.6469 0.4044 0.644 0.164 0.000 0.192
#> GSM1318029 3 0.7408 0.4524 0.000 0.364 0.464 0.172
#> GSM1318018 1 0.0336 0.8805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318030 4 0.7548 0.4327 0.168 0.316 0.008 0.508
#> GSM1318031 3 0.4840 0.7069 0.000 0.100 0.784 0.116
#> GSM1318033 4 0.7956 0.4413 0.300 0.276 0.004 0.420
#> GSM1318034 4 0.6863 0.3604 0.392 0.004 0.092 0.512
#> GSM1318035 2 0.0524 0.7722 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM1318036 4 0.8025 0.3618 0.236 0.348 0.008 0.408
#> GSM1318037 4 0.7548 0.4327 0.168 0.316 0.008 0.508
#> GSM1318038 4 0.5678 -0.0444 0.024 0.000 0.452 0.524
#> GSM1318039 1 0.0707 0.8753 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318040 3 0.4840 0.7069 0.000 0.100 0.784 0.116
#> GSM1318032 3 0.4840 0.7069 0.000 0.100 0.784 0.116
#> GSM1317914 3 0.4610 0.6661 0.000 0.100 0.800 0.100
#> GSM1317915 1 0.0707 0.8753 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317916 1 0.4855 0.2010 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM1317917 4 0.5678 -0.0444 0.024 0.000 0.452 0.524
#> GSM1317918 1 0.0707 0.8753 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317919 3 0.6897 0.6284 0.000 0.256 0.584 0.160
#> GSM1317920 3 0.7408 0.4524 0.000 0.364 0.464 0.172
#> GSM1317921 3 0.6897 0.6284 0.000 0.256 0.584 0.160
#> GSM1317922 4 0.7081 0.3289 0.388 0.000 0.128 0.484
#> GSM1317923 3 0.4906 0.6639 0.000 0.084 0.776 0.140
#> GSM1317924 3 0.4840 0.7069 0.000 0.100 0.784 0.116
#> GSM1317925 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.4906 0.6639 0.000 0.084 0.776 0.140
#> GSM1317927 2 0.0376 0.7723 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317928 2 0.4507 0.5589 0.000 0.756 0.224 0.020
#> GSM1317929 3 0.7408 0.4524 0.000 0.364 0.464 0.172
#> GSM1317930 2 0.4507 0.5589 0.000 0.756 0.224 0.020
#> GSM1317931 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317932 4 0.8653 -0.2737 0.068 0.148 0.384 0.400
#> GSM1317933 2 0.0376 0.7723 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317934 4 0.8653 -0.2737 0.068 0.148 0.384 0.400
#> GSM1317935 4 0.8653 -0.2737 0.068 0.148 0.384 0.400
#> GSM1317936 3 0.0657 0.7121 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317937 1 0.0707 0.8793 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317938 2 0.0779 0.7746 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1317939 2 0.0779 0.7746 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1317940 1 0.3863 0.6951 0.828 0.028 0.000 0.144
#> GSM1317941 2 0.6340 0.5260 0.160 0.672 0.004 0.164
#> GSM1317942 2 0.0779 0.7746 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1317943 2 0.0779 0.7746 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM1317944 2 0.0524 0.7722 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM1317896 3 0.5065 0.4822 0.008 0.016 0.708 0.268
#> GSM1317897 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.4673 0.5010 0.700 0.008 0.000 0.292
#> GSM1317899 1 0.4422 0.5797 0.736 0.008 0.000 0.256
#> GSM1317900 3 0.7830 0.3739 0.008 0.188 0.408 0.396
#> GSM1317901 4 0.5230 0.4127 0.368 0.004 0.008 0.620
#> GSM1317902 1 0.1118 0.8725 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317903 1 0.1118 0.8725 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317904 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1317905 2 0.5770 0.5572 0.000 0.712 0.148 0.140
#> GSM1317906 2 0.5770 0.5572 0.000 0.712 0.148 0.140
#> GSM1317907 2 0.5588 0.5227 0.004 0.600 0.020 0.376
#> GSM1317908 4 0.5230 0.4127 0.368 0.004 0.008 0.620
#> GSM1317909 4 0.5929 0.5054 0.356 0.048 0.000 0.596
#> GSM1317910 4 0.5929 0.5054 0.356 0.048 0.000 0.596
#> GSM1317911 4 0.5929 0.5054 0.356 0.048 0.000 0.596
#> GSM1317912 2 0.5588 0.5227 0.004 0.600 0.020 0.376
#> GSM1317913 2 0.5588 0.5227 0.004 0.600 0.020 0.376
#> GSM1318041 4 0.8143 0.5720 0.200 0.076 0.156 0.568
#> GSM1318042 3 0.3024 0.6284 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM1318043 3 0.3024 0.6284 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM1318044 1 0.0707 0.8793 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318045 1 0.0707 0.8793 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318046 1 0.0707 0.8793 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318047 4 0.6377 0.5991 0.212 0.124 0.004 0.660
#> GSM1318048 4 0.5365 0.3515 0.412 0.004 0.008 0.576
#> GSM1318049 4 0.5365 0.3515 0.412 0.004 0.008 0.576
#> GSM1318050 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1318051 2 0.3547 0.7589 0.000 0.840 0.016 0.144
#> GSM1318052 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1318053 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1318054 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1318055 3 0.2706 0.7052 0.000 0.020 0.900 0.080
#> GSM1318056 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1318057 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
#> GSM1318058 2 0.4663 0.7571 0.000 0.788 0.064 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5295 0.4294 0.000 0.032 0.008 0.504 0.456
#> GSM1317946 4 0.8762 0.1216 0.252 0.136 0.032 0.392 0.188
#> GSM1317947 5 0.6730 0.3761 0.260 0.244 0.008 0.000 0.488
#> GSM1317948 5 0.4183 0.5625 0.136 0.000 0.000 0.084 0.780
#> GSM1317949 5 0.6730 0.3761 0.260 0.244 0.008 0.000 0.488
#> GSM1317950 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4644 0.6270 0.788 0.060 0.000 0.068 0.084
#> GSM1317955 1 0.4644 0.6270 0.788 0.060 0.000 0.068 0.084
#> GSM1317956 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.6835 0.5537 0.000 0.192 0.064 0.584 0.160
#> GSM1317958 1 0.1386 0.7565 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317959 4 0.4330 0.7194 0.000 0.036 0.008 0.752 0.204
#> GSM1317960 5 0.4183 0.5625 0.136 0.000 0.000 0.084 0.780
#> GSM1317961 3 0.7735 0.3461 0.016 0.096 0.528 0.168 0.192
#> GSM1317962 1 0.8928 0.1353 0.344 0.136 0.032 0.244 0.244
#> GSM1317963 5 0.5469 0.5332 0.212 0.024 0.000 0.080 0.684
#> GSM1317964 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.6358 0.4498 0.000 0.092 0.632 0.204 0.072
#> GSM1317966 3 0.7735 0.3461 0.016 0.096 0.528 0.168 0.192
#> GSM1317967 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1317968 1 0.8928 0.1353 0.344 0.136 0.032 0.244 0.244
#> GSM1317969 3 0.6358 0.4498 0.000 0.092 0.632 0.204 0.072
#> GSM1317970 4 0.6835 0.5537 0.000 0.192 0.064 0.584 0.160
#> GSM1317952 5 0.4183 0.5625 0.136 0.000 0.000 0.084 0.780
#> GSM1317951 1 0.4644 0.6270 0.788 0.060 0.000 0.068 0.084
#> GSM1317971 3 0.6403 0.3839 0.000 0.112 0.544 0.320 0.024
#> GSM1317972 1 0.8928 0.1353 0.344 0.136 0.032 0.244 0.244
#> GSM1317973 4 0.5028 0.7188 0.000 0.068 0.012 0.708 0.212
#> GSM1317974 1 0.8928 0.1353 0.344 0.136 0.032 0.244 0.244
#> GSM1317975 4 0.1617 0.7485 0.000 0.012 0.020 0.948 0.020
#> GSM1317978 4 0.8957 0.0833 0.228 0.148 0.032 0.348 0.244
#> GSM1317979 5 0.7089 0.3706 0.052 0.072 0.096 0.148 0.632
#> GSM1317980 5 0.7089 0.3706 0.052 0.072 0.096 0.148 0.632
#> GSM1317981 4 0.1617 0.7485 0.000 0.012 0.020 0.948 0.020
#> GSM1317982 5 0.7089 0.3706 0.052 0.072 0.096 0.148 0.632
#> GSM1317983 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317985 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317986 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 4 0.1617 0.7485 0.000 0.012 0.020 0.948 0.020
#> GSM1317988 4 0.5028 0.7188 0.000 0.068 0.012 0.708 0.212
#> GSM1317989 5 0.7118 0.3840 0.340 0.188 0.008 0.016 0.448
#> GSM1317990 4 0.1617 0.7485 0.000 0.012 0.020 0.948 0.020
#> GSM1317991 3 0.6403 0.3839 0.000 0.112 0.544 0.320 0.024
#> GSM1317992 3 0.6403 0.3839 0.000 0.112 0.544 0.320 0.024
#> GSM1317993 4 0.1059 0.7515 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> GSM1317994 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317977 5 0.7118 0.3840 0.340 0.188 0.008 0.016 0.448
#> GSM1317976 1 0.8928 0.1353 0.344 0.136 0.032 0.244 0.244
#> GSM1317995 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317996 4 0.6474 0.5761 0.000 0.156 0.056 0.624 0.164
#> GSM1317997 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317998 1 0.0566 0.7640 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317999 1 0.1300 0.7545 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318002 4 0.2522 0.7437 0.000 0.056 0.028 0.904 0.012
#> GSM1318003 4 0.2522 0.7437 0.000 0.056 0.028 0.904 0.012
#> GSM1318004 4 0.4939 0.6747 0.000 0.044 0.008 0.676 0.272
#> GSM1318005 4 0.4939 0.6747 0.000 0.044 0.008 0.676 0.272
#> GSM1318006 1 0.5857 0.3413 0.620 0.160 0.000 0.004 0.216
#> GSM1318007 4 0.4939 0.6747 0.000 0.044 0.008 0.676 0.272
#> GSM1318008 1 0.1300 0.7545 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318009 4 0.4270 0.7294 0.000 0.040 0.008 0.764 0.188
#> GSM1318010 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1318011 5 0.4584 0.5726 0.160 0.004 0.000 0.084 0.752
#> GSM1318012 5 0.4584 0.5726 0.160 0.004 0.000 0.084 0.752
#> GSM1318013 4 0.4939 0.6747 0.000 0.044 0.008 0.676 0.272
#> GSM1318014 5 0.4584 0.5726 0.160 0.004 0.000 0.084 0.752
#> GSM1318015 4 0.2522 0.7437 0.000 0.056 0.028 0.904 0.012
#> GSM1318001 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1318000 4 0.4270 0.7294 0.000 0.040 0.008 0.764 0.188
#> GSM1318016 4 0.1059 0.7515 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> GSM1318017 1 0.0566 0.7640 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318019 4 0.4735 0.7398 0.000 0.064 0.016 0.748 0.172
#> GSM1318020 3 0.7525 0.2348 0.024 0.084 0.524 0.092 0.276
#> GSM1318021 4 0.1059 0.7515 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> GSM1318022 3 0.6285 0.0528 0.000 0.448 0.452 0.068 0.032
#> GSM1318023 1 0.0566 0.7640 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318024 4 0.1059 0.7515 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> GSM1318025 3 0.1197 0.5121 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM1318026 4 0.2590 0.7424 0.000 0.060 0.028 0.900 0.012
#> GSM1318027 4 0.4698 0.7403 0.000 0.064 0.016 0.752 0.168
#> GSM1318028 1 0.6363 0.4485 0.616 0.080 0.000 0.068 0.236
#> GSM1318029 3 0.6790 0.4153 0.000 0.164 0.572 0.216 0.048
#> GSM1318018 1 0.0566 0.7640 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318030 5 0.6013 0.4533 0.120 0.020 0.000 0.236 0.624
#> GSM1318031 3 0.1197 0.5121 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM1318033 5 0.6726 0.4620 0.244 0.020 0.000 0.204 0.532
#> GSM1318034 5 0.7854 0.2863 0.280 0.204 0.092 0.000 0.424
#> GSM1318035 4 0.0771 0.7572 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM1318036 5 0.6820 0.4170 0.184 0.024 0.000 0.276 0.516
#> GSM1318037 5 0.6013 0.4533 0.120 0.020 0.000 0.236 0.624
#> GSM1318038 2 0.5851 1.0000 0.000 0.588 0.140 0.000 0.272
#> GSM1318039 1 0.1195 0.7543 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318040 3 0.1197 0.5121 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM1318032 3 0.1197 0.5121 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM1317914 3 0.5961 0.0645 0.000 0.452 0.452 0.092 0.004
#> GSM1317915 1 0.1195 0.7543 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317916 1 0.6300 -0.0771 0.488 0.164 0.000 0.000 0.348
#> GSM1317917 2 0.5851 1.0000 0.000 0.588 0.140 0.000 0.272
#> GSM1317918 1 0.1195 0.7543 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317919 3 0.5658 0.4499 0.000 0.108 0.688 0.172 0.032
#> GSM1317920 3 0.6790 0.4153 0.000 0.164 0.572 0.216 0.048
#> GSM1317921 3 0.5658 0.4499 0.000 0.108 0.688 0.172 0.032
#> GSM1317922 5 0.7862 0.0802 0.276 0.252 0.076 0.000 0.396
#> GSM1317923 3 0.6285 0.0528 0.000 0.448 0.452 0.068 0.032
#> GSM1317924 3 0.1197 0.5121 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM1317925 4 0.0290 0.7575 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317926 3 0.6285 0.0528 0.000 0.448 0.452 0.068 0.032
#> GSM1317927 4 0.0609 0.7577 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317928 4 0.5090 0.5559 0.000 0.092 0.168 0.724 0.016
#> GSM1317929 3 0.6790 0.4153 0.000 0.164 0.572 0.216 0.048
#> GSM1317930 4 0.5090 0.5559 0.000 0.092 0.168 0.724 0.016
#> GSM1317931 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317932 3 0.7525 0.2348 0.024 0.084 0.524 0.092 0.276
#> GSM1317933 4 0.0609 0.7577 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317934 3 0.7525 0.2348 0.024 0.084 0.524 0.092 0.276
#> GSM1317935 3 0.7525 0.2348 0.024 0.084 0.524 0.092 0.276
#> GSM1317936 3 0.3388 0.4034 0.000 0.200 0.792 0.000 0.008
#> GSM1317937 1 0.1106 0.7616 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317938 4 0.1836 0.7565 0.000 0.036 0.000 0.932 0.032
#> GSM1317939 4 0.1668 0.7576 0.000 0.028 0.000 0.940 0.032
#> GSM1317940 1 0.3651 0.5913 0.808 0.028 0.000 0.004 0.160
#> GSM1317941 4 0.8828 0.2476 0.140 0.148 0.052 0.416 0.244
#> GSM1317942 4 0.1668 0.7576 0.000 0.028 0.000 0.940 0.032
#> GSM1317943 4 0.1668 0.7576 0.000 0.028 0.000 0.940 0.032
#> GSM1317944 4 0.0771 0.7572 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM1317896 3 0.6479 0.0894 0.000 0.240 0.540 0.008 0.212
#> GSM1317897 1 0.0290 0.7633 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.6048 0.2572 0.588 0.160 0.000 0.004 0.248
#> GSM1317899 1 0.5857 0.3413 0.620 0.160 0.000 0.004 0.216
#> GSM1317900 3 0.7046 0.3165 0.000 0.084 0.556 0.124 0.236
#> GSM1317901 5 0.6730 0.3761 0.260 0.244 0.008 0.000 0.488
#> GSM1317902 1 0.1386 0.7561 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317903 1 0.1386 0.7561 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317904 4 0.4330 0.7194 0.000 0.036 0.008 0.752 0.204
#> GSM1317905 4 0.6758 0.3451 0.000 0.140 0.288 0.536 0.036
#> GSM1317906 4 0.6758 0.3451 0.000 0.140 0.288 0.536 0.036
#> GSM1317907 4 0.5295 0.4294 0.000 0.032 0.008 0.504 0.456
#> GSM1317908 5 0.6730 0.3761 0.260 0.244 0.008 0.000 0.488
#> GSM1317909 5 0.4445 0.5045 0.300 0.024 0.000 0.000 0.676
#> GSM1317910 5 0.4445 0.5045 0.300 0.024 0.000 0.000 0.676
#> GSM1317911 5 0.4445 0.5045 0.300 0.024 0.000 0.000 0.676
#> GSM1317912 4 0.5295 0.4294 0.000 0.032 0.008 0.504 0.456
#> GSM1317913 4 0.5295 0.4294 0.000 0.032 0.008 0.504 0.456
#> GSM1318041 5 0.8690 0.3198 0.128 0.196 0.136 0.072 0.468
#> GSM1318042 3 0.5329 0.2447 0.000 0.236 0.656 0.000 0.108
#> GSM1318043 3 0.5329 0.2447 0.000 0.236 0.656 0.000 0.108
#> GSM1318044 1 0.1106 0.7616 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318045 1 0.1106 0.7616 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318046 1 0.1106 0.7616 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318047 5 0.5540 0.5619 0.152 0.056 0.000 0.080 0.712
#> GSM1318048 5 0.6826 0.3736 0.300 0.236 0.008 0.000 0.456
#> GSM1318049 5 0.6826 0.3736 0.300 0.236 0.008 0.000 0.456
#> GSM1318050 4 0.4330 0.7194 0.000 0.036 0.008 0.752 0.204
#> GSM1318051 4 0.4330 0.7194 0.000 0.036 0.008 0.752 0.204
#> GSM1318052 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1318053 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1318054 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1318055 3 0.4339 0.3900 0.000 0.136 0.776 0.004 0.084
#> GSM1318056 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1318057 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
#> GSM1318058 4 0.5560 0.7214 0.000 0.088 0.044 0.704 0.164
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.5000 0.4402 0.000 0.692 0.000 0.032 0.092 0.184
#> GSM1317946 2 0.8143 -0.5003 0.240 0.324 0.016 0.308 0.052 0.060
#> GSM1317947 5 0.2599 0.5093 0.068 0.000 0.008 0.028 0.888 0.008
#> GSM1317948 6 0.6967 -0.0584 0.052 0.228 0.000 0.004 0.356 0.360
#> GSM1317949 5 0.2599 0.5093 0.068 0.000 0.008 0.028 0.888 0.008
#> GSM1317950 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317953 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317954 1 0.4340 0.6866 0.740 0.000 0.000 0.176 0.068 0.016
#> GSM1317955 1 0.4340 0.6866 0.740 0.000 0.000 0.176 0.068 0.016
#> GSM1317956 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317957 4 0.5275 0.3543 0.000 0.328 0.024 0.584 0.064 0.000
#> GSM1317958 1 0.1471 0.8734 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> GSM1317959 2 0.1421 0.6125 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM1317960 6 0.6967 -0.0584 0.052 0.228 0.000 0.004 0.356 0.360
#> GSM1317961 3 0.7176 0.4035 0.012 0.040 0.544 0.212 0.120 0.072
#> GSM1317962 4 0.8122 0.5174 0.328 0.124 0.016 0.372 0.104 0.056
#> GSM1317963 6 0.7771 0.0294 0.116 0.220 0.000 0.028 0.240 0.396
#> GSM1317964 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317965 3 0.5612 0.4961 0.000 0.080 0.648 0.204 0.064 0.004
#> GSM1317966 3 0.7176 0.4035 0.012 0.040 0.544 0.212 0.120 0.072
#> GSM1317967 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1317968 4 0.8122 0.5174 0.328 0.124 0.016 0.372 0.104 0.056
#> GSM1317969 3 0.5612 0.4961 0.000 0.080 0.648 0.204 0.064 0.004
#> GSM1317970 4 0.5275 0.3543 0.000 0.328 0.024 0.584 0.064 0.000
#> GSM1317952 6 0.6967 -0.0584 0.052 0.228 0.000 0.004 0.356 0.360
#> GSM1317951 1 0.4340 0.6866 0.740 0.000 0.000 0.176 0.068 0.016
#> GSM1317971 3 0.5804 0.3298 0.000 0.148 0.560 0.276 0.008 0.008
#> GSM1317972 4 0.8122 0.5174 0.328 0.124 0.016 0.372 0.104 0.056
#> GSM1317973 2 0.2527 0.6073 0.000 0.876 0.000 0.084 0.000 0.040
#> GSM1317974 4 0.8122 0.5174 0.328 0.124 0.016 0.372 0.104 0.056
#> GSM1317975 2 0.4398 0.5674 0.000 0.688 0.024 0.268 0.016 0.004
#> GSM1317978 4 0.8261 0.5790 0.216 0.232 0.016 0.392 0.084 0.060
#> GSM1317979 5 0.8205 0.0305 0.008 0.276 0.072 0.060 0.308 0.276
#> GSM1317980 5 0.8205 0.0305 0.008 0.276 0.072 0.060 0.308 0.276
#> GSM1317981 2 0.4398 0.5674 0.000 0.688 0.024 0.268 0.016 0.004
#> GSM1317982 5 0.8205 0.0305 0.008 0.276 0.072 0.060 0.308 0.276
#> GSM1317983 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317984 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317985 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317986 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317987 2 0.4398 0.5674 0.000 0.688 0.024 0.268 0.016 0.004
#> GSM1317988 2 0.2527 0.6073 0.000 0.876 0.000 0.084 0.000 0.040
#> GSM1317989 5 0.3954 0.5126 0.144 0.008 0.008 0.008 0.792 0.040
#> GSM1317990 2 0.4398 0.5674 0.000 0.688 0.024 0.268 0.016 0.004
#> GSM1317991 3 0.5804 0.3298 0.000 0.148 0.560 0.276 0.008 0.008
#> GSM1317992 3 0.5804 0.3298 0.000 0.148 0.560 0.276 0.008 0.008
#> GSM1317993 2 0.3993 0.5749 0.000 0.700 0.024 0.272 0.000 0.004
#> GSM1317994 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317977 5 0.3954 0.5126 0.144 0.008 0.008 0.008 0.792 0.040
#> GSM1317976 4 0.8122 0.5174 0.328 0.124 0.016 0.372 0.104 0.056
#> GSM1317995 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317996 4 0.5416 0.3001 0.000 0.432 0.016 0.480 0.072 0.000
#> GSM1317997 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317998 1 0.0935 0.8815 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM1317999 1 0.1411 0.8729 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM1318002 2 0.4292 0.5488 0.000 0.628 0.032 0.340 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.4292 0.5488 0.000 0.628 0.032 0.340 0.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.2747 0.5809 0.000 0.860 0.000 0.044 0.000 0.096
#> GSM1318005 2 0.2747 0.5809 0.000 0.860 0.000 0.044 0.000 0.096
#> GSM1318006 5 0.4364 0.1602 0.424 0.000 0.000 0.008 0.556 0.012
#> GSM1318007 2 0.2747 0.5809 0.000 0.860 0.000 0.044 0.000 0.096
#> GSM1318008 1 0.1411 0.8729 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM1318009 2 0.1151 0.6188 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM1318010 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1318011 5 0.7074 -0.0239 0.076 0.228 0.000 0.000 0.352 0.344
#> GSM1318012 5 0.7074 -0.0239 0.076 0.228 0.000 0.000 0.352 0.344
#> GSM1318013 2 0.2747 0.5809 0.000 0.860 0.000 0.044 0.000 0.096
#> GSM1318014 5 0.7074 -0.0239 0.076 0.228 0.000 0.000 0.352 0.344
#> GSM1318015 2 0.4292 0.5488 0.000 0.628 0.032 0.340 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1318000 2 0.1151 0.6188 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM1318016 2 0.3993 0.5749 0.000 0.700 0.024 0.272 0.000 0.004
#> GSM1318017 1 0.0935 0.8815 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM1318019 2 0.2778 0.5967 0.000 0.824 0.008 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.5885 0.4433 0.008 0.008 0.540 0.096 0.336 0.012
#> GSM1318021 2 0.3993 0.5749 0.000 0.700 0.024 0.272 0.000 0.004
#> GSM1318022 6 0.6264 -0.1941 0.000 0.020 0.340 0.152 0.008 0.480
#> GSM1318023 1 0.0935 0.8815 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM1318024 2 0.3993 0.5749 0.000 0.700 0.024 0.272 0.000 0.004
#> GSM1318025 3 0.0858 0.6058 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.4306 0.5462 0.000 0.624 0.032 0.344 0.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.2778 0.5958 0.000 0.824 0.008 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.6658 0.4344 0.572 0.016 0.000 0.180 0.128 0.104
#> GSM1318029 3 0.6416 0.4123 0.000 0.040 0.516 0.312 0.016 0.116
#> GSM1318018 1 0.0935 0.8815 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM1318030 2 0.7281 -0.2525 0.044 0.376 0.000 0.028 0.220 0.332
#> GSM1318031 3 0.0858 0.6058 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318033 2 0.8065 -0.3215 0.160 0.344 0.000 0.040 0.164 0.292
#> GSM1318034 5 0.3418 0.4752 0.084 0.000 0.092 0.000 0.820 0.004
#> GSM1318035 2 0.3534 0.6059 0.000 0.772 0.024 0.200 0.000 0.004
#> GSM1318036 2 0.7692 -0.1960 0.108 0.412 0.000 0.036 0.164 0.280
#> GSM1318037 2 0.7281 -0.2525 0.044 0.376 0.000 0.028 0.220 0.332
#> GSM1318038 6 0.4392 0.1979 0.000 0.000 0.028 0.132 0.084 0.756
#> GSM1318039 1 0.3469 0.8075 0.816 0.000 0.000 0.032 0.132 0.020
#> GSM1318040 3 0.0858 0.6058 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0858 0.6058 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM1317914 6 0.6490 -0.1645 0.000 0.032 0.304 0.216 0.000 0.448
#> GSM1317915 1 0.3469 0.8075 0.816 0.000 0.000 0.032 0.132 0.020
#> GSM1317916 5 0.6908 0.2983 0.296 0.000 0.000 0.056 0.392 0.256
#> GSM1317917 6 0.4392 0.1979 0.000 0.000 0.028 0.132 0.084 0.756
#> GSM1317918 1 0.3469 0.8075 0.816 0.000 0.000 0.032 0.132 0.020
#> GSM1317919 3 0.5674 0.4873 0.000 0.028 0.632 0.220 0.012 0.108
#> GSM1317920 3 0.6416 0.4123 0.000 0.040 0.516 0.312 0.016 0.116
#> GSM1317921 3 0.5674 0.4873 0.000 0.028 0.632 0.220 0.012 0.108
#> GSM1317922 5 0.6743 0.2044 0.084 0.000 0.004 0.112 0.408 0.392
#> GSM1317923 6 0.6264 -0.1941 0.000 0.020 0.340 0.152 0.008 0.480
#> GSM1317924 3 0.0858 0.6058 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.3809 0.5938 0.000 0.732 0.024 0.240 0.000 0.004
#> GSM1317926 6 0.6264 -0.1941 0.000 0.020 0.340 0.152 0.008 0.480
#> GSM1317927 2 0.3622 0.6027 0.000 0.760 0.024 0.212 0.000 0.004
#> GSM1317928 2 0.5935 0.3657 0.000 0.504 0.152 0.328 0.000 0.016
#> GSM1317929 3 0.6416 0.4123 0.000 0.040 0.516 0.312 0.016 0.116
#> GSM1317930 2 0.5935 0.3657 0.000 0.504 0.152 0.328 0.000 0.016
#> GSM1317931 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317932 3 0.5885 0.4433 0.008 0.008 0.540 0.096 0.336 0.012
#> GSM1317933 2 0.3622 0.6027 0.000 0.760 0.024 0.212 0.000 0.004
#> GSM1317934 3 0.5885 0.4433 0.008 0.008 0.540 0.096 0.336 0.012
#> GSM1317935 3 0.5885 0.4433 0.008 0.008 0.540 0.096 0.336 0.012
#> GSM1317936 3 0.3271 0.5379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM1317937 1 0.1429 0.8777 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> GSM1317938 2 0.3062 0.6152 0.000 0.816 0.024 0.160 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.3098 0.6143 0.000 0.812 0.024 0.164 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.4565 0.7036 0.764 0.008 0.000 0.044 0.076 0.108
#> GSM1317941 4 0.7911 0.5513 0.124 0.296 0.016 0.420 0.100 0.044
#> GSM1317942 2 0.3098 0.6143 0.000 0.812 0.024 0.164 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.3098 0.6143 0.000 0.812 0.024 0.164 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.3534 0.6059 0.000 0.772 0.024 0.200 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.5931 0.4306 0.000 0.000 0.524 0.012 0.272 0.192
#> GSM1317897 1 0.1636 0.8704 0.936 0.000 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM1317898 5 0.4200 0.2514 0.392 0.000 0.000 0.004 0.592 0.012
#> GSM1317899 5 0.4364 0.1602 0.424 0.000 0.000 0.008 0.556 0.012
#> GSM1317900 3 0.5874 0.4913 0.000 0.012 0.568 0.120 0.284 0.016
#> GSM1317901 5 0.2599 0.5093 0.068 0.000 0.008 0.028 0.888 0.008
#> GSM1317902 1 0.1531 0.8706 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> GSM1317903 1 0.1531 0.8706 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> GSM1317904 2 0.1421 0.6125 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM1317905 4 0.6077 0.2186 0.000 0.296 0.304 0.400 0.000 0.000
#> GSM1317906 4 0.6077 0.2186 0.000 0.296 0.304 0.400 0.000 0.000
#> GSM1317907 2 0.5000 0.4402 0.000 0.692 0.000 0.032 0.092 0.184
#> GSM1317908 5 0.2599 0.5093 0.068 0.000 0.008 0.028 0.888 0.008
#> GSM1317909 6 0.7805 0.0360 0.204 0.128 0.000 0.028 0.244 0.396
#> GSM1317910 6 0.7805 0.0360 0.204 0.128 0.000 0.028 0.244 0.396
#> GSM1317911 6 0.7805 0.0360 0.204 0.128 0.000 0.028 0.244 0.396
#> GSM1317912 2 0.5000 0.4402 0.000 0.692 0.000 0.032 0.092 0.184
#> GSM1317913 2 0.5000 0.4402 0.000 0.692 0.000 0.032 0.092 0.184
#> GSM1318041 5 0.6871 0.2662 0.044 0.184 0.124 0.000 0.568 0.080
#> GSM1318042 3 0.5080 0.4791 0.000 0.000 0.624 0.000 0.140 0.236
#> GSM1318043 3 0.5080 0.4791 0.000 0.000 0.624 0.000 0.140 0.236
#> GSM1318044 1 0.1429 0.8777 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> GSM1318045 1 0.1429 0.8777 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> GSM1318046 1 0.1429 0.8777 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> GSM1318047 5 0.6920 0.0319 0.068 0.216 0.000 0.000 0.416 0.300
#> GSM1318048 5 0.2261 0.5188 0.104 0.000 0.008 0.000 0.884 0.004
#> GSM1318049 5 0.2261 0.5188 0.104 0.000 0.008 0.000 0.884 0.004
#> GSM1318050 2 0.1421 0.6125 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM1318051 2 0.1421 0.6125 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM1318052 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.4358 0.5054 0.000 0.096 0.744 0.012 0.000 0.148
#> GSM1318056 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1318057 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.3791 0.5143 0.000 0.732 0.032 0.236 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:hclust 138 0.1503 0.121 0.00479 0.585 2
#> MAD:hclust 128 0.3072 0.134 0.01550 0.835 3
#> MAD:hclust 122 0.4948 0.187 0.10415 0.694 4
#> MAD:hclust 92 0.4652 0.551 0.01172 1.000 5
#> MAD:hclust 99 0.0919 0.328 0.00109 0.983 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.858 0.946 0.969 0.4725 0.529 0.529
#> 3 3 0.927 0.940 0.958 0.4072 0.773 0.581
#> 4 4 0.660 0.626 0.728 0.1054 0.940 0.824
#> 5 5 0.658 0.627 0.699 0.0691 0.836 0.502
#> 6 6 0.703 0.655 0.777 0.0463 0.928 0.684
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317946 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317947 2 0.2423 0.940 0.040 0.960
#> GSM1317948 1 0.5946 0.859 0.856 0.144
#> GSM1317949 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317950 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317953 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317954 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317955 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317956 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317957 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317959 2 0.3114 0.938 0.056 0.944
#> GSM1317960 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317961 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317963 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317964 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317965 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317969 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.2778 0.943 0.952 0.048
#> GSM1317951 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317971 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317973 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317975 2 0.6531 0.830 0.168 0.832
#> GSM1317978 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317979 2 0.9754 0.256 0.408 0.592
#> GSM1317980 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317982 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317984 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317987 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317988 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.5737 0.862 0.864 0.136
#> GSM1317990 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317991 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317994 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317976 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317995 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317997 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317999 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318002 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0938 0.962 0.012 0.988
#> GSM1318004 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318005 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318006 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318007 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318009 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318010 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318012 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318013 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318015 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318016 2 0.1843 0.954 0.028 0.972
#> GSM1318017 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318019 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318022 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318024 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318025 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318029 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1318018 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318030 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318034 1 0.7453 0.782 0.788 0.212
#> GSM1318035 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1318036 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318037 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1318039 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317915 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317918 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317920 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317921 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317922 1 0.7056 0.798 0.808 0.192
#> GSM1317923 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317924 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.2236 0.949 0.036 0.964
#> GSM1317926 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317927 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317928 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM1317930 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.2778 0.943 0.048 0.952
#> GSM1317934 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317938 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317939 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317940 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317941 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317942 2 0.7056 0.798 0.192 0.808
#> GSM1317943 2 0.4939 0.898 0.108 0.892
#> GSM1317944 2 0.4431 0.913 0.092 0.908
#> GSM1317896 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317898 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317899 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317900 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317902 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317903 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317904 2 0.6712 0.820 0.176 0.824
#> GSM1317905 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.7453 0.782 0.788 0.212
#> GSM1317909 1 0.7056 0.807 0.808 0.192
#> GSM1317910 1 0.7139 0.793 0.804 0.196
#> GSM1317911 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317912 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.6623 0.785 0.172 0.828
#> GSM1318042 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318045 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318046 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318047 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318048 1 0.7299 0.792 0.796 0.204
#> GSM1318049 1 0.2778 0.943 0.952 0.048
#> GSM1318050 2 0.2603 0.945 0.044 0.956
#> GSM1318051 2 0.2043 0.952 0.032 0.968
#> GSM1318052 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317946 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317947 3 0.2152 0.956 0.036 0.016 0.948
#> GSM1317948 1 0.4912 0.753 0.796 0.008 0.196
#> GSM1317949 1 0.0475 0.964 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317950 1 0.0892 0.962 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317953 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317954 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317955 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317956 1 0.0892 0.962 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317957 2 0.0424 0.956 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317958 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317960 1 0.1765 0.936 0.956 0.004 0.040
#> GSM1317961 3 0.1529 0.975 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317962 1 0.3886 0.879 0.880 0.096 0.024
#> GSM1317963 1 0.0475 0.964 0.992 0.004 0.004
#> GSM1317964 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317965 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317966 3 0.1529 0.975 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317967 2 0.1753 0.932 0.000 0.952 0.048
#> GSM1317968 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317969 3 0.2356 0.956 0.000 0.072 0.928
#> GSM1317970 2 0.0592 0.958 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317952 1 0.3644 0.853 0.872 0.004 0.124
#> GSM1317951 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317971 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317972 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317973 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317974 1 0.4413 0.849 0.852 0.124 0.024
#> GSM1317975 2 0.1129 0.946 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317978 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317979 3 0.2584 0.933 0.064 0.008 0.928
#> GSM1317980 3 0.1878 0.977 0.004 0.044 0.952
#> GSM1317981 2 0.1129 0.946 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317982 3 0.4121 0.843 0.000 0.168 0.832
#> GSM1317983 1 0.0892 0.962 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317984 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317985 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317986 1 0.0892 0.962 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317987 2 0.1129 0.946 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317988 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317989 1 0.4413 0.812 0.832 0.008 0.160
#> GSM1317990 2 0.0661 0.955 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317991 3 0.1529 0.979 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317992 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> GSM1317993 2 0.0661 0.955 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317994 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317977 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317976 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317995 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317996 2 0.0661 0.955 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317997 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317998 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318003 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318004 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318005 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318006 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4555 0.757 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318008 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318010 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318011 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318012 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318013 2 0.1643 0.932 0.000 0.956 0.044
#> GSM1318014 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318015 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318001 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318000 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1318016 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318017 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318020 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318021 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1318022 3 0.1031 0.974 0.000 0.024 0.976
#> GSM1318023 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0661 0.955 0.004 0.988 0.008
#> GSM1318025 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318026 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318027 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318028 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1318029 3 0.0892 0.972 0.000 0.020 0.980
#> GSM1318018 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6154 0.315 0.000 0.592 0.408
#> GSM1318031 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318033 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318034 3 0.2063 0.949 0.044 0.008 0.948
#> GSM1318035 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1318036 1 0.0848 0.963 0.984 0.008 0.008
#> GSM1318037 2 0.4002 0.813 0.000 0.840 0.160
#> GSM1318038 3 0.1163 0.972 0.000 0.028 0.972
#> GSM1318039 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318040 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318032 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317914 3 0.1411 0.978 0.000 0.036 0.964
#> GSM1317915 1 0.1289 0.959 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317916 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317917 3 0.1482 0.959 0.020 0.012 0.968
#> GSM1317918 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317919 3 0.1031 0.974 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317920 3 0.0892 0.972 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317921 3 0.1031 0.974 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317922 3 0.1399 0.951 0.028 0.004 0.968
#> GSM1317923 3 0.1163 0.972 0.000 0.028 0.972
#> GSM1317924 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317925 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317926 3 0.1031 0.974 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317927 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317928 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317929 3 0.0892 0.972 0.000 0.020 0.980
#> GSM1317930 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317931 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317932 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317933 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317934 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317935 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317936 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317937 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317939 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317940 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317941 2 0.0829 0.952 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317942 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317943 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317944 2 0.0661 0.958 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317896 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1317897 1 0.1267 0.961 0.972 0.004 0.024
#> GSM1317898 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317900 3 0.1529 0.979 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317901 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317905 2 0.3267 0.869 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317906 2 0.3267 0.869 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317907 2 0.5948 0.447 0.000 0.640 0.360
#> GSM1317908 3 0.1411 0.952 0.036 0.000 0.964
#> GSM1317909 1 0.4784 0.754 0.796 0.004 0.200
#> GSM1317910 1 0.6169 0.457 0.636 0.004 0.360
#> GSM1317911 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.4589 0.829 0.008 0.172 0.820
#> GSM1317913 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318041 3 0.2116 0.953 0.040 0.012 0.948
#> GSM1318042 3 0.1753 0.978 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318043 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318044 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0237 0.964 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318048 3 0.2063 0.949 0.044 0.008 0.948
#> GSM1318049 1 0.3644 0.853 0.872 0.004 0.124
#> GSM1318050 2 0.0475 0.957 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318051 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318052 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318053 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318054 2 0.4062 0.813 0.000 0.836 0.164
#> GSM1318055 3 0.1643 0.980 0.000 0.044 0.956
#> GSM1318056 2 0.2066 0.923 0.000 0.940 0.060
#> GSM1318057 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318058 2 0.4605 0.758 0.000 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.3598 0.7400 0.000 0.848 0.028 0.124
#> GSM1317946 1 0.4252 0.8103 0.744 0.000 0.004 0.252
#> GSM1317947 4 0.5303 -0.1616 0.004 0.004 0.448 0.544
#> GSM1317948 1 0.5686 0.5924 0.592 0.000 0.032 0.376
#> GSM1317949 1 0.4343 0.8101 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM1317950 1 0.2149 0.8362 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317953 1 0.3494 0.8170 0.824 0.000 0.004 0.172
#> GSM1317954 1 0.3539 0.8154 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM1317955 1 0.3539 0.8154 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM1317956 1 0.2149 0.8362 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317957 2 0.4039 0.7414 0.000 0.836 0.080 0.084
#> GSM1317958 1 0.1637 0.8390 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1317959 2 0.3105 0.7231 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM1317960 1 0.5361 0.6628 0.636 0.004 0.016 0.344
#> GSM1317961 4 0.4998 -0.2483 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM1317962 1 0.5308 0.8003 0.756 0.044 0.020 0.180
#> GSM1317963 1 0.4608 0.7583 0.692 0.004 0.000 0.304
#> GSM1317964 1 0.3494 0.8170 0.824 0.000 0.004 0.172
#> GSM1317965 3 0.4920 0.6931 0.000 0.004 0.628 0.368
#> GSM1317966 4 0.4998 -0.2483 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM1317967 2 0.3597 0.7037 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM1317968 1 0.3448 0.8174 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM1317969 3 0.6881 0.0163 0.000 0.340 0.540 0.120
#> GSM1317970 2 0.1716 0.7609 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM1317952 1 0.5400 0.6176 0.608 0.000 0.020 0.372
#> GSM1317951 1 0.3539 0.8154 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM1317971 3 0.4836 0.6405 0.000 0.008 0.672 0.320
#> GSM1317972 1 0.3946 0.8104 0.812 0.000 0.020 0.168
#> GSM1317973 2 0.1902 0.7539 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM1317974 1 0.5009 0.7923 0.776 0.036 0.020 0.168
#> GSM1317975 2 0.6523 0.6974 0.000 0.564 0.348 0.088
#> GSM1317978 1 0.3448 0.8174 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM1317979 4 0.6768 0.1938 0.144 0.016 0.188 0.652
#> GSM1317980 3 0.5268 0.5363 0.000 0.008 0.540 0.452
#> GSM1317981 2 0.6523 0.6974 0.000 0.564 0.348 0.088
#> GSM1317982 2 0.6979 0.2798 0.000 0.528 0.344 0.128
#> GSM1317983 1 0.2149 0.8362 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317984 3 0.5016 0.7103 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM1317985 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1317986 1 0.2149 0.8362 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317987 2 0.6523 0.6974 0.000 0.564 0.348 0.088
#> GSM1317988 2 0.1398 0.7590 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM1317989 1 0.5918 0.6545 0.568 0.004 0.032 0.396
#> GSM1317990 2 0.6523 0.6974 0.000 0.564 0.348 0.088
#> GSM1317991 3 0.4643 0.6594 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM1317992 2 0.4916 0.7056 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM1317993 2 0.4837 0.7442 0.000 0.648 0.348 0.004
#> GSM1317994 3 0.5016 0.7103 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM1317977 1 0.4584 0.7243 0.696 0.004 0.000 0.300
#> GSM1317976 1 0.3946 0.8104 0.812 0.000 0.020 0.168
#> GSM1317995 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1317996 2 0.5022 0.7594 0.000 0.708 0.264 0.028
#> GSM1317997 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1317998 1 0.2149 0.8355 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM1317999 1 0.2868 0.8175 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM1318002 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318003 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318004 2 0.3306 0.7144 0.000 0.840 0.004 0.156
#> GSM1318005 2 0.2888 0.7313 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM1318006 1 0.1118 0.8419 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318007 2 0.5833 0.6050 0.000 0.692 0.096 0.212
#> GSM1318008 1 0.2345 0.8325 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1318009 2 0.2830 0.7688 0.000 0.900 0.060 0.040
#> GSM1318010 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1318011 1 0.4331 0.7359 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM1318012 1 0.4382 0.7301 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM1318013 2 0.4590 0.6943 0.000 0.792 0.060 0.148
#> GSM1318014 1 0.4356 0.7324 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM1318015 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318001 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1318000 2 0.3764 0.7676 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM1318016 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318017 1 0.0336 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318019 2 0.0592 0.7660 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM1318020 3 0.5016 0.7103 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM1318021 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318022 4 0.5604 -0.1814 0.000 0.020 0.476 0.504
#> GSM1318023 1 0.0336 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318024 2 0.4661 0.7456 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM1318025 3 0.4837 0.6732 0.000 0.004 0.648 0.348
#> GSM1318026 2 0.4978 0.7428 0.000 0.612 0.384 0.004
#> GSM1318027 2 0.1489 0.7588 0.000 0.952 0.044 0.004
#> GSM1318028 1 0.3539 0.8154 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM1318029 4 0.4977 -0.2419 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM1318018 1 0.0336 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318030 2 0.6374 0.5243 0.000 0.644 0.228 0.128
#> GSM1318031 3 0.4837 0.6661 0.000 0.004 0.648 0.348
#> GSM1318033 1 0.3668 0.7947 0.808 0.004 0.000 0.188
#> GSM1318034 4 0.6197 0.0279 0.056 0.000 0.400 0.544
#> GSM1318035 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1318036 1 0.6091 0.7016 0.596 0.060 0.000 0.344
#> GSM1318037 2 0.5374 0.6162 0.000 0.704 0.052 0.244
#> GSM1318038 4 0.5590 -0.1824 0.000 0.020 0.456 0.524
#> GSM1318039 1 0.2408 0.8341 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318040 3 0.5492 0.5960 0.000 0.032 0.640 0.328
#> GSM1318032 3 0.5492 0.5960 0.000 0.032 0.640 0.328
#> GSM1317914 3 0.5132 0.4253 0.000 0.004 0.548 0.448
#> GSM1317915 1 0.2408 0.8341 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1317916 1 0.0921 0.8434 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317917 4 0.5535 -0.0848 0.000 0.020 0.420 0.560
#> GSM1317918 1 0.3688 0.8018 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM1317919 3 0.5508 0.1698 0.000 0.016 0.508 0.476
#> GSM1317920 4 0.5602 -0.1827 0.000 0.020 0.472 0.508
#> GSM1317921 3 0.5510 0.1670 0.000 0.016 0.504 0.480
#> GSM1317922 4 0.4964 -0.0181 0.004 0.000 0.380 0.616
#> GSM1317923 4 0.5607 -0.1900 0.000 0.020 0.484 0.496
#> GSM1317924 3 0.4837 0.6661 0.000 0.004 0.648 0.348
#> GSM1317925 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1317926 4 0.5604 -0.1814 0.000 0.020 0.476 0.504
#> GSM1317927 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1317928 3 0.4978 0.7065 0.000 0.004 0.612 0.384
#> GSM1317929 3 0.5510 0.1565 0.000 0.016 0.504 0.480
#> GSM1317930 2 0.4522 0.7526 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM1317931 3 0.5016 0.7103 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM1317932 3 0.4706 0.2170 0.000 0.028 0.748 0.224
#> GSM1317933 2 0.4585 0.7497 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM1317934 3 0.4706 0.2170 0.000 0.028 0.748 0.224
#> GSM1317935 3 0.5060 0.6610 0.000 0.004 0.584 0.412
#> GSM1317936 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1317937 1 0.0336 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317938 2 0.4356 0.7584 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM1317939 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1317940 1 0.3448 0.8174 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM1317941 2 0.2843 0.7497 0.000 0.892 0.020 0.088
#> GSM1317942 2 0.4522 0.7523 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM1317943 2 0.4543 0.7517 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM1317944 2 0.4643 0.7469 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM1317896 3 0.5016 0.7103 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM1317897 1 0.3494 0.8170 0.824 0.000 0.004 0.172
#> GSM1317898 1 0.3172 0.8069 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317899 1 0.1867 0.8380 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM1317900 3 0.4889 0.6882 0.000 0.004 0.636 0.360
#> GSM1317901 1 0.2921 0.8148 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317902 1 0.1118 0.8419 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317903 1 0.0817 0.8430 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317904 2 0.2704 0.7325 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM1317905 2 0.3219 0.6955 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM1317906 2 0.3402 0.6934 0.000 0.832 0.164 0.004
#> GSM1317907 2 0.6285 0.5027 0.000 0.624 0.092 0.284
#> GSM1317908 3 0.5168 0.3288 0.004 0.000 0.500 0.496
#> GSM1317909 1 0.5721 0.5877 0.584 0.004 0.024 0.388
#> GSM1317910 4 0.6874 -0.4057 0.452 0.020 0.056 0.472
#> GSM1317911 1 0.2999 0.8193 0.864 0.004 0.000 0.132
#> GSM1317912 2 0.8507 0.0630 0.048 0.404 0.168 0.380
#> GSM1317913 2 0.3552 0.7240 0.000 0.848 0.024 0.128
#> GSM1318041 4 0.5909 0.1741 0.064 0.004 0.264 0.668
#> GSM1318042 3 0.5161 0.6988 0.000 0.008 0.592 0.400
#> GSM1318043 3 0.5028 0.7081 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM1318044 1 0.0336 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318045 1 0.1211 0.8415 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM1318046 1 0.2081 0.8368 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1318047 1 0.4522 0.7094 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM1318048 4 0.6589 0.1179 0.092 0.000 0.352 0.556
#> GSM1318049 1 0.5173 0.6656 0.660 0.000 0.020 0.320
#> GSM1318050 2 0.2831 0.7332 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM1318051 2 0.1398 0.7590 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM1318052 2 0.1975 0.7564 0.000 0.936 0.048 0.016
#> GSM1318053 2 0.1722 0.7574 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM1318054 2 0.3969 0.6749 0.000 0.804 0.180 0.016
#> GSM1318055 3 0.4837 0.6732 0.000 0.004 0.648 0.348
#> GSM1318056 2 0.3450 0.6998 0.000 0.836 0.156 0.008
#> GSM1318057 2 0.1888 0.7561 0.000 0.940 0.044 0.016
#> GSM1318058 2 0.3982 0.6366 0.000 0.776 0.220 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.6599 0.682153 0.000 0.340 0.004 0.464 0.192
#> GSM1317946 1 0.3999 0.534995 0.812 0.020 0.000 0.044 0.124
#> GSM1317947 3 0.3689 0.614465 0.000 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM1317948 5 0.3973 0.640887 0.164 0.000 0.036 0.008 0.792
#> GSM1317949 1 0.5261 0.115180 0.572 0.004 0.000 0.044 0.380
#> GSM1317950 1 0.2179 0.649481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317953 1 0.0609 0.672907 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317954 1 0.1430 0.669722 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM1317955 1 0.1717 0.666563 0.936 0.008 0.000 0.052 0.004
#> GSM1317956 1 0.2179 0.649481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317957 4 0.5684 0.608383 0.076 0.268 0.000 0.636 0.020
#> GSM1317958 5 0.4557 0.085860 0.476 0.000 0.000 0.008 0.516
#> GSM1317959 4 0.6297 0.759045 0.000 0.236 0.004 0.556 0.204
#> GSM1317960 5 0.3891 0.643334 0.172 0.000 0.028 0.008 0.792
#> GSM1317961 3 0.6979 0.658803 0.128 0.024 0.632 0.112 0.104
#> GSM1317962 1 0.4310 0.589320 0.808 0.044 0.000 0.064 0.084
#> GSM1317963 5 0.4455 0.415991 0.404 0.000 0.000 0.008 0.588
#> GSM1317964 1 0.0290 0.673268 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317965 3 0.1828 0.794185 0.000 0.004 0.936 0.032 0.028
#> GSM1317966 3 0.6979 0.658803 0.128 0.024 0.632 0.112 0.104
#> GSM1317967 4 0.4912 0.753183 0.000 0.256 0.048 0.688 0.008
#> GSM1317968 1 0.2060 0.666605 0.924 0.008 0.000 0.052 0.016
#> GSM1317969 4 0.5549 -0.008004 0.000 0.056 0.464 0.476 0.004
#> GSM1317970 4 0.4270 0.729049 0.000 0.336 0.004 0.656 0.004
#> GSM1317952 5 0.3934 0.642503 0.168 0.000 0.032 0.008 0.792
#> GSM1317951 1 0.1717 0.666563 0.936 0.008 0.000 0.052 0.004
#> GSM1317971 3 0.4624 0.750379 0.000 0.024 0.756 0.176 0.044
#> GSM1317972 1 0.2536 0.654310 0.904 0.032 0.000 0.052 0.012
#> GSM1317973 4 0.6058 0.756099 0.000 0.312 0.004 0.556 0.128
#> GSM1317974 1 0.2800 0.645524 0.892 0.040 0.000 0.052 0.016
#> GSM1317975 2 0.2378 0.803267 0.048 0.904 0.000 0.048 0.000
#> GSM1317978 1 0.2158 0.665698 0.920 0.008 0.000 0.052 0.020
#> GSM1317979 5 0.6156 0.425794 0.056 0.000 0.268 0.064 0.612
#> GSM1317980 3 0.2074 0.767710 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1317981 2 0.2378 0.803267 0.048 0.904 0.000 0.048 0.000
#> GSM1317982 4 0.6535 0.745481 0.000 0.132 0.084 0.632 0.152
#> GSM1317983 1 0.2179 0.649481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317984 3 0.0510 0.795764 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317985 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317986 1 0.2179 0.649481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317987 2 0.2378 0.803267 0.048 0.904 0.000 0.048 0.000
#> GSM1317988 4 0.5832 0.744754 0.000 0.340 0.004 0.560 0.096
#> GSM1317989 5 0.4913 0.502157 0.352 0.004 0.016 0.008 0.620
#> GSM1317990 2 0.2077 0.818240 0.040 0.920 0.000 0.040 0.000
#> GSM1317991 3 0.3730 0.784832 0.000 0.028 0.840 0.084 0.048
#> GSM1317992 2 0.4971 0.453530 0.000 0.692 0.036 0.252 0.020
#> GSM1317993 2 0.0609 0.872579 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317994 3 0.0404 0.796009 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317977 5 0.3618 0.639885 0.196 0.000 0.004 0.012 0.788
#> GSM1317976 1 0.2472 0.660383 0.908 0.020 0.000 0.052 0.020
#> GSM1317995 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317996 2 0.3691 0.660185 0.028 0.804 0.000 0.164 0.004
#> GSM1317997 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317998 1 0.4562 -0.045565 0.500 0.000 0.000 0.008 0.492
#> GSM1317999 5 0.4510 0.245754 0.432 0.000 0.000 0.008 0.560
#> GSM1318002 2 0.0290 0.883864 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318003 2 0.0290 0.885765 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318004 4 0.6281 0.754255 0.000 0.220 0.004 0.560 0.216
#> GSM1318005 4 0.6249 0.761285 0.000 0.264 0.004 0.556 0.176
#> GSM1318006 1 0.4653 0.019331 0.516 0.000 0.000 0.012 0.472
#> GSM1318007 4 0.6398 0.768588 0.000 0.172 0.032 0.608 0.188
#> GSM1318008 5 0.4538 0.164836 0.452 0.000 0.000 0.008 0.540
#> GSM1318009 2 0.5597 -0.524735 0.000 0.488 0.000 0.440 0.072
#> GSM1318010 3 0.0510 0.795795 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318011 5 0.3388 0.640222 0.200 0.000 0.008 0.000 0.792
#> GSM1318012 5 0.3652 0.638117 0.200 0.000 0.004 0.012 0.784
#> GSM1318013 4 0.6352 0.777110 0.000 0.192 0.028 0.608 0.172
#> GSM1318014 5 0.3421 0.638520 0.204 0.000 0.008 0.000 0.788
#> GSM1318015 2 0.0404 0.884755 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1318001 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318000 2 0.2891 0.638649 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM1318016 2 0.0510 0.884650 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM1318017 1 0.4066 0.435252 0.672 0.000 0.000 0.004 0.324
#> GSM1318019 4 0.4430 0.595094 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> GSM1318020 3 0.0510 0.795953 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318021 2 0.0162 0.885987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318022 3 0.6263 0.646661 0.000 0.000 0.532 0.276 0.192
#> GSM1318023 1 0.4066 0.435252 0.672 0.000 0.000 0.004 0.324
#> GSM1318024 2 0.0290 0.883864 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318025 3 0.2756 0.777573 0.000 0.004 0.880 0.092 0.024
#> GSM1318026 2 0.2228 0.806427 0.000 0.900 0.004 0.092 0.004
#> GSM1318027 4 0.4162 0.738780 0.000 0.312 0.004 0.680 0.004
#> GSM1318028 1 0.1557 0.667835 0.940 0.008 0.000 0.052 0.000
#> GSM1318029 3 0.6153 0.658964 0.000 0.000 0.560 0.232 0.208
#> GSM1318018 1 0.4066 0.435252 0.672 0.000 0.000 0.004 0.324
#> GSM1318030 4 0.6387 0.769681 0.000 0.168 0.044 0.624 0.164
#> GSM1318031 3 0.3569 0.753013 0.000 0.004 0.816 0.152 0.028
#> GSM1318033 5 0.4309 0.503073 0.308 0.000 0.000 0.016 0.676
#> GSM1318034 3 0.4166 0.436973 0.000 0.000 0.648 0.004 0.348
#> GSM1318035 2 0.0324 0.886336 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM1318036 5 0.6101 0.439007 0.284 0.000 0.000 0.164 0.552
#> GSM1318037 4 0.6129 0.725754 0.000 0.160 0.004 0.572 0.264
#> GSM1318038 3 0.6124 0.653562 0.000 0.000 0.564 0.236 0.200
#> GSM1318039 1 0.3241 0.632994 0.832 0.000 0.000 0.024 0.144
#> GSM1318040 3 0.3961 0.738246 0.000 0.012 0.792 0.168 0.028
#> GSM1318032 3 0.3961 0.738246 0.000 0.012 0.792 0.168 0.028
#> GSM1317914 3 0.4981 0.733155 0.000 0.000 0.708 0.172 0.120
#> GSM1317915 1 0.3241 0.632994 0.832 0.000 0.000 0.024 0.144
#> GSM1317916 1 0.4624 0.448049 0.636 0.000 0.000 0.024 0.340
#> GSM1317917 3 0.6171 0.649015 0.000 0.000 0.556 0.240 0.204
#> GSM1317918 1 0.3130 0.577160 0.856 0.000 0.000 0.048 0.096
#> GSM1317919 3 0.6404 0.648367 0.000 0.004 0.524 0.288 0.184
#> GSM1317920 3 0.6296 0.647838 0.000 0.000 0.528 0.272 0.200
#> GSM1317921 3 0.6155 0.653195 0.000 0.000 0.548 0.276 0.176
#> GSM1317922 3 0.6307 0.628904 0.000 0.000 0.532 0.224 0.244
#> GSM1317923 3 0.6237 0.647593 0.000 0.000 0.536 0.276 0.188
#> GSM1317924 3 0.3569 0.753013 0.000 0.004 0.816 0.152 0.028
#> GSM1317925 2 0.0324 0.886336 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM1317926 3 0.6263 0.646661 0.000 0.000 0.532 0.276 0.192
#> GSM1317927 2 0.0451 0.885703 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM1317928 3 0.0854 0.797390 0.000 0.004 0.976 0.012 0.008
#> GSM1317929 3 0.6479 0.641753 0.000 0.004 0.512 0.288 0.196
#> GSM1317930 2 0.0865 0.877446 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> GSM1317931 3 0.0510 0.796184 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317932 3 0.5735 0.512970 0.000 0.312 0.608 0.036 0.044
#> GSM1317933 2 0.0771 0.879752 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM1317934 3 0.5607 0.481524 0.000 0.332 0.600 0.036 0.032
#> GSM1317935 3 0.2770 0.786429 0.000 0.000 0.880 0.044 0.076
#> GSM1317936 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317937 1 0.4047 0.439346 0.676 0.000 0.000 0.004 0.320
#> GSM1317938 2 0.1671 0.823415 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM1317939 2 0.0451 0.885703 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM1317940 1 0.1988 0.667750 0.928 0.008 0.000 0.048 0.016
#> GSM1317941 4 0.6838 0.577848 0.116 0.300 0.000 0.532 0.052
#> GSM1317942 2 0.0794 0.875527 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317943 2 0.0794 0.875527 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317944 2 0.0324 0.886336 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM1317896 3 0.0510 0.795953 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317897 1 0.0609 0.673268 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317898 5 0.4551 0.400885 0.368 0.000 0.000 0.016 0.616
#> GSM1317899 5 0.4796 0.105408 0.468 0.000 0.004 0.012 0.516
#> GSM1317900 3 0.2142 0.792561 0.000 0.004 0.920 0.048 0.028
#> GSM1317901 5 0.4310 0.362192 0.392 0.000 0.000 0.004 0.604
#> GSM1317902 1 0.4555 0.032252 0.520 0.000 0.000 0.008 0.472
#> GSM1317903 1 0.4446 0.271288 0.592 0.000 0.000 0.008 0.400
#> GSM1317904 4 0.6227 0.761606 0.000 0.272 0.004 0.556 0.168
#> GSM1317905 4 0.4736 0.728984 0.000 0.252 0.024 0.704 0.020
#> GSM1317906 4 0.4736 0.728984 0.000 0.252 0.024 0.704 0.020
#> GSM1317907 4 0.7057 0.715671 0.000 0.156 0.068 0.552 0.224
#> GSM1317908 3 0.3016 0.746397 0.000 0.000 0.848 0.020 0.132
#> GSM1317909 5 0.5583 0.579566 0.180 0.000 0.096 0.032 0.692
#> GSM1317910 5 0.6707 0.372808 0.112 0.000 0.144 0.124 0.620
#> GSM1317911 1 0.4517 0.131029 0.556 0.000 0.000 0.008 0.436
#> GSM1317912 5 0.6809 -0.135192 0.000 0.036 0.128 0.336 0.500
#> GSM1317913 4 0.6053 0.776859 0.000 0.232 0.004 0.592 0.172
#> GSM1318041 5 0.4617 0.044627 0.000 0.000 0.436 0.012 0.552
#> GSM1318042 3 0.0880 0.792330 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318043 3 0.0609 0.795244 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318044 1 0.4084 0.427678 0.668 0.000 0.000 0.004 0.328
#> GSM1318045 1 0.4559 -0.000135 0.512 0.000 0.000 0.008 0.480
#> GSM1318046 1 0.4555 0.036175 0.520 0.000 0.000 0.008 0.472
#> GSM1318047 5 0.3391 0.643813 0.188 0.000 0.012 0.000 0.800
#> GSM1318048 3 0.4443 0.119012 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472
#> GSM1318049 5 0.4793 0.568398 0.256 0.000 0.048 0.004 0.692
#> GSM1318050 4 0.6187 0.761382 0.000 0.284 0.004 0.556 0.156
#> GSM1318051 4 0.5741 0.744893 0.000 0.340 0.004 0.568 0.088
#> GSM1318052 4 0.4240 0.746621 0.000 0.304 0.004 0.684 0.008
#> GSM1318053 4 0.4162 0.738780 0.000 0.312 0.004 0.680 0.004
#> GSM1318054 4 0.4881 0.746815 0.000 0.240 0.060 0.696 0.004
#> GSM1318055 3 0.2707 0.763831 0.000 0.000 0.860 0.132 0.008
#> GSM1318056 4 0.4793 0.747116 0.000 0.256 0.048 0.692 0.004
#> GSM1318057 4 0.4305 0.751668 0.000 0.296 0.004 0.688 0.012
#> GSM1318058 4 0.5254 0.710462 0.000 0.200 0.100 0.692 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.4264 0.7596 0.000 0.124 0.000 0.744 0.128 0.004
#> GSM1317946 1 0.4763 0.6029 0.760 0.040 0.000 0.040 0.116 0.044
#> GSM1317947 3 0.4373 0.4384 0.000 0.004 0.656 0.004 0.308 0.028
#> GSM1317948 5 0.1976 0.6501 0.000 0.000 0.016 0.060 0.916 0.008
#> GSM1317949 5 0.5490 0.1697 0.420 0.032 0.004 0.004 0.504 0.036
#> GSM1317950 1 0.3754 0.6694 0.776 0.000 0.000 0.000 0.152 0.072
#> GSM1317953 1 0.1906 0.7286 0.924 0.008 0.000 0.000 0.036 0.032
#> GSM1317954 1 0.2231 0.7267 0.908 0.048 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM1317955 1 0.2151 0.7266 0.912 0.048 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM1317956 1 0.3754 0.6694 0.776 0.000 0.000 0.000 0.152 0.072
#> GSM1317957 4 0.5913 0.6303 0.152 0.076 0.004 0.636 0.000 0.132
#> GSM1317958 5 0.4245 0.4828 0.256 0.000 0.000 0.004 0.696 0.044
#> GSM1317959 4 0.3029 0.8223 0.000 0.036 0.000 0.840 0.120 0.004
#> GSM1317960 5 0.1829 0.6497 0.000 0.000 0.012 0.064 0.920 0.004
#> GSM1317961 3 0.7806 0.1298 0.212 0.040 0.452 0.016 0.072 0.208
#> GSM1317962 1 0.5671 0.5554 0.700 0.060 0.000 0.076 0.108 0.056
#> GSM1317963 5 0.5889 0.3809 0.240 0.000 0.000 0.104 0.596 0.060
#> GSM1317964 1 0.1649 0.7262 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032
#> GSM1317965 3 0.1872 0.6841 0.004 0.008 0.920 0.004 0.000 0.064
#> GSM1317966 3 0.7806 0.1298 0.212 0.040 0.452 0.016 0.072 0.208
#> GSM1317967 4 0.3256 0.7734 0.000 0.020 0.032 0.836 0.000 0.112
#> GSM1317968 1 0.2713 0.7133 0.888 0.036 0.000 0.004 0.032 0.040
#> GSM1317969 4 0.4927 0.4637 0.000 0.008 0.300 0.628 0.004 0.060
#> GSM1317970 4 0.3297 0.7879 0.008 0.060 0.000 0.832 0.000 0.100
#> GSM1317952 5 0.1820 0.6516 0.000 0.000 0.012 0.056 0.924 0.008
#> GSM1317951 1 0.2231 0.7267 0.908 0.048 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM1317971 3 0.5730 0.4080 0.012 0.032 0.624 0.100 0.000 0.232
#> GSM1317972 1 0.3301 0.6971 0.852 0.056 0.000 0.004 0.032 0.056
#> GSM1317973 4 0.2712 0.8283 0.000 0.048 0.000 0.864 0.088 0.000
#> GSM1317974 1 0.3472 0.6914 0.844 0.060 0.000 0.008 0.032 0.056
#> GSM1317975 2 0.2045 0.8665 0.028 0.920 0.000 0.024 0.000 0.028
#> GSM1317978 1 0.2924 0.7134 0.876 0.040 0.000 0.004 0.036 0.044
#> GSM1317979 5 0.4850 0.5221 0.000 0.000 0.176 0.104 0.700 0.020
#> GSM1317980 3 0.3191 0.6346 0.000 0.000 0.832 0.024 0.128 0.016
#> GSM1317981 2 0.2045 0.8665 0.028 0.920 0.000 0.024 0.000 0.028
#> GSM1317982 4 0.3271 0.8257 0.000 0.004 0.032 0.848 0.088 0.028
#> GSM1317983 1 0.3754 0.6694 0.776 0.000 0.000 0.000 0.152 0.072
#> GSM1317984 3 0.0603 0.7200 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM1317985 3 0.0858 0.7212 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM1317986 1 0.3754 0.6694 0.776 0.000 0.000 0.000 0.152 0.072
#> GSM1317987 2 0.2045 0.8665 0.028 0.920 0.000 0.024 0.000 0.028
#> GSM1317988 4 0.2776 0.8279 0.000 0.052 0.000 0.860 0.088 0.000
#> GSM1317989 5 0.3853 0.5719 0.168 0.000 0.008 0.008 0.780 0.036
#> GSM1317990 2 0.1882 0.8770 0.020 0.928 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM1317991 3 0.4823 0.5050 0.020 0.032 0.708 0.020 0.004 0.216
#> GSM1317992 2 0.6825 0.4143 0.012 0.504 0.064 0.248 0.000 0.172
#> GSM1317993 2 0.1554 0.8973 0.004 0.940 0.000 0.044 0.004 0.008
#> GSM1317994 3 0.0748 0.7190 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> GSM1317977 5 0.2077 0.6532 0.008 0.000 0.008 0.056 0.916 0.012
#> GSM1317976 1 0.3300 0.6934 0.852 0.052 0.000 0.004 0.032 0.060
#> GSM1317995 3 0.0858 0.7212 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM1317996 2 0.5036 0.5211 0.024 0.628 0.000 0.300 0.004 0.044
#> GSM1317997 3 0.0858 0.7212 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM1317998 5 0.4373 0.4766 0.260 0.000 0.000 0.008 0.688 0.044
#> GSM1317999 5 0.3987 0.5256 0.224 0.000 0.000 0.004 0.732 0.040
#> GSM1318002 2 0.1858 0.9134 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000 0.012
#> GSM1318003 2 0.1757 0.9137 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM1318004 4 0.3329 0.8196 0.000 0.036 0.000 0.828 0.120 0.016
#> GSM1318005 4 0.3238 0.8205 0.000 0.036 0.000 0.832 0.120 0.012
#> GSM1318006 5 0.4599 0.4254 0.292 0.000 0.000 0.004 0.648 0.056
#> GSM1318007 4 0.3015 0.8250 0.000 0.024 0.012 0.844 0.120 0.000
#> GSM1318008 5 0.4271 0.5095 0.232 0.000 0.000 0.008 0.712 0.048
#> GSM1318009 4 0.4494 0.6867 0.000 0.220 0.000 0.708 0.056 0.016
#> GSM1318010 3 0.0777 0.7211 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> GSM1318011 5 0.1396 0.6562 0.008 0.000 0.012 0.024 0.952 0.004
#> GSM1318012 5 0.2101 0.6478 0.004 0.000 0.008 0.072 0.908 0.008
#> GSM1318013 4 0.2815 0.8243 0.000 0.032 0.000 0.848 0.120 0.000
#> GSM1318014 5 0.1414 0.6559 0.012 0.000 0.012 0.020 0.952 0.004
#> GSM1318015 2 0.1858 0.9134 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000 0.012
#> GSM1318001 3 0.0858 0.7212 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM1318000 2 0.3998 0.5054 0.000 0.644 0.000 0.340 0.000 0.016
#> GSM1318016 2 0.1757 0.9137 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> GSM1318017 1 0.5157 0.1629 0.484 0.000 0.000 0.004 0.440 0.072
#> GSM1318019 4 0.3161 0.7094 0.000 0.216 0.000 0.776 0.000 0.008
#> GSM1318020 3 0.1377 0.7166 0.000 0.004 0.952 0.004 0.024 0.016
#> GSM1318021 2 0.1644 0.9151 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000
#> GSM1318022 6 0.4134 0.9197 0.004 0.000 0.288 0.020 0.004 0.684
#> GSM1318023 1 0.5114 0.1595 0.488 0.000 0.000 0.004 0.440 0.068
#> GSM1318024 2 0.1802 0.9129 0.000 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012
#> GSM1318025 3 0.3817 0.6290 0.008 0.008 0.796 0.052 0.000 0.136
#> GSM1318026 2 0.4137 0.7984 0.004 0.776 0.020 0.140 0.000 0.060
#> GSM1318027 4 0.3049 0.7810 0.000 0.048 0.004 0.844 0.000 0.104
#> GSM1318028 1 0.2116 0.7215 0.916 0.036 0.000 0.000 0.024 0.024
#> GSM1318029 6 0.3990 0.8902 0.000 0.000 0.304 0.016 0.004 0.676
#> GSM1318018 1 0.5116 0.1529 0.484 0.000 0.000 0.004 0.444 0.068
#> GSM1318030 4 0.2981 0.8266 0.000 0.020 0.016 0.848 0.116 0.000
#> GSM1318031 3 0.4667 0.5701 0.008 0.008 0.724 0.104 0.000 0.156
#> GSM1318033 5 0.4528 0.5840 0.088 0.000 0.000 0.120 0.752 0.040
#> GSM1318034 3 0.4504 0.3420 0.000 0.000 0.576 0.004 0.392 0.028
#> GSM1318035 2 0.1901 0.9150 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> GSM1318036 5 0.6540 0.2301 0.140 0.012 0.000 0.320 0.488 0.040
#> GSM1318037 4 0.3322 0.8076 0.000 0.020 0.004 0.820 0.144 0.012
#> GSM1318038 6 0.4320 0.8961 0.004 0.000 0.332 0.020 0.004 0.640
#> GSM1318039 1 0.4380 0.6610 0.756 0.024 0.000 0.000 0.124 0.096
#> GSM1318040 3 0.4888 0.5546 0.008 0.012 0.708 0.116 0.000 0.156
#> GSM1318032 3 0.4888 0.5546 0.008 0.012 0.708 0.116 0.000 0.156
#> GSM1317914 6 0.4522 0.5878 0.004 0.004 0.476 0.016 0.000 0.500
#> GSM1317915 1 0.4380 0.6610 0.756 0.024 0.000 0.000 0.124 0.096
#> GSM1317916 1 0.5996 0.2709 0.504 0.024 0.000 0.004 0.352 0.116
#> GSM1317917 6 0.4425 0.8921 0.004 0.000 0.332 0.020 0.008 0.636
#> GSM1317918 1 0.3502 0.6686 0.800 0.024 0.000 0.000 0.016 0.160
#> GSM1317919 6 0.3652 0.8981 0.000 0.000 0.264 0.016 0.000 0.720
#> GSM1317920 6 0.3799 0.9167 0.000 0.000 0.276 0.020 0.000 0.704
#> GSM1317921 6 0.3833 0.9065 0.004 0.000 0.272 0.016 0.000 0.708
#> GSM1317922 6 0.4912 0.8531 0.008 0.012 0.316 0.004 0.032 0.628
#> GSM1317923 6 0.4035 0.9183 0.004 0.000 0.296 0.020 0.000 0.680
#> GSM1317924 3 0.4667 0.5701 0.008 0.008 0.724 0.104 0.000 0.156
#> GSM1317925 2 0.2095 0.9146 0.000 0.904 0.000 0.076 0.004 0.016
#> GSM1317926 6 0.3997 0.9196 0.004 0.000 0.288 0.020 0.000 0.688
#> GSM1317927 2 0.1901 0.9150 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> GSM1317928 3 0.1498 0.7113 0.004 0.012 0.948 0.000 0.012 0.024
#> GSM1317929 6 0.3606 0.8973 0.000 0.000 0.256 0.016 0.000 0.728
#> GSM1317930 2 0.1956 0.9136 0.000 0.908 0.000 0.080 0.004 0.008
#> GSM1317931 3 0.0893 0.7201 0.004 0.004 0.972 0.000 0.016 0.004
#> GSM1317932 3 0.5631 0.2864 0.004 0.384 0.524 0.008 0.016 0.064
#> GSM1317933 2 0.1956 0.9136 0.000 0.908 0.000 0.080 0.004 0.008
#> GSM1317934 3 0.5570 0.2713 0.004 0.396 0.516 0.008 0.012 0.064
#> GSM1317935 3 0.3980 0.5481 0.000 0.004 0.772 0.004 0.068 0.152
#> GSM1317936 3 0.0935 0.7203 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317937 1 0.5111 0.1673 0.492 0.000 0.000 0.004 0.436 0.068
#> GSM1317938 2 0.2714 0.8659 0.000 0.848 0.000 0.136 0.004 0.012
#> GSM1317939 2 0.1901 0.9150 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> GSM1317940 1 0.2959 0.7092 0.876 0.036 0.000 0.008 0.032 0.048
#> GSM1317941 4 0.6612 0.6296 0.184 0.080 0.000 0.600 0.076 0.060
#> GSM1317942 2 0.2110 0.9115 0.000 0.900 0.000 0.084 0.004 0.012
#> GSM1317943 2 0.2056 0.9131 0.000 0.904 0.000 0.080 0.004 0.012
#> GSM1317944 2 0.1901 0.9150 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> GSM1317896 3 0.0837 0.7217 0.000 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> GSM1317897 1 0.1675 0.7285 0.936 0.008 0.000 0.000 0.032 0.024
#> GSM1317898 5 0.3149 0.6086 0.132 0.000 0.000 0.000 0.824 0.044
#> GSM1317899 5 0.4379 0.5567 0.180 0.008 0.000 0.008 0.740 0.064
#> GSM1317900 3 0.2914 0.6727 0.008 0.008 0.864 0.016 0.004 0.100
#> GSM1317901 5 0.3381 0.5827 0.156 0.000 0.000 0.000 0.800 0.044
#> GSM1317902 5 0.4522 0.4061 0.300 0.000 0.000 0.004 0.648 0.048
#> GSM1317903 5 0.4763 0.2224 0.372 0.000 0.000 0.004 0.576 0.048
#> GSM1317904 4 0.3743 0.8137 0.000 0.040 0.000 0.808 0.116 0.036
#> GSM1317905 4 0.3644 0.7744 0.004 0.032 0.016 0.804 0.000 0.144
#> GSM1317906 4 0.4059 0.7537 0.004 0.032 0.024 0.768 0.000 0.172
#> GSM1317907 4 0.3374 0.8139 0.000 0.016 0.024 0.824 0.132 0.004
#> GSM1317908 3 0.4121 0.5686 0.000 0.004 0.760 0.004 0.156 0.076
#> GSM1317909 5 0.4994 0.5774 0.028 0.000 0.076 0.032 0.736 0.128
#> GSM1317910 5 0.6806 0.0511 0.024 0.000 0.096 0.064 0.440 0.376
#> GSM1317911 5 0.5381 0.0656 0.392 0.000 0.000 0.024 0.524 0.060
#> GSM1317912 5 0.5337 -0.1053 0.000 0.004 0.068 0.432 0.488 0.008
#> GSM1317913 4 0.2775 0.8271 0.000 0.040 0.000 0.856 0.104 0.000
#> GSM1318041 5 0.4810 0.4030 0.000 0.000 0.288 0.052 0.644 0.016
#> GSM1318042 3 0.1785 0.7095 0.000 0.000 0.928 0.008 0.048 0.016
#> GSM1318043 3 0.0862 0.7213 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> GSM1318044 1 0.5117 0.1412 0.480 0.000 0.000 0.004 0.448 0.068
#> GSM1318045 5 0.4449 0.4349 0.284 0.000 0.000 0.004 0.664 0.048
#> GSM1318046 5 0.4573 0.4243 0.288 0.000 0.000 0.008 0.656 0.048
#> GSM1318047 5 0.1218 0.6559 0.000 0.000 0.012 0.028 0.956 0.004
#> GSM1318048 5 0.4536 0.1279 0.000 0.000 0.408 0.004 0.560 0.028
#> GSM1318049 5 0.2672 0.6343 0.048 0.000 0.048 0.000 0.884 0.020
#> GSM1318050 4 0.2937 0.8266 0.000 0.044 0.000 0.852 0.100 0.004
#> GSM1318051 4 0.2828 0.8264 0.000 0.060 0.000 0.864 0.072 0.004
#> GSM1318052 4 0.2917 0.7834 0.000 0.040 0.004 0.852 0.000 0.104
#> GSM1318053 4 0.3059 0.7815 0.004 0.040 0.004 0.848 0.000 0.104
#> GSM1318054 4 0.3386 0.7676 0.000 0.020 0.032 0.824 0.000 0.124
#> GSM1318055 3 0.4319 0.5827 0.004 0.000 0.748 0.112 0.004 0.132
#> GSM1318056 4 0.3386 0.7676 0.000 0.020 0.032 0.824 0.000 0.124
#> GSM1318057 4 0.2848 0.7857 0.000 0.036 0.004 0.856 0.000 0.104
#> GSM1318058 4 0.4304 0.7314 0.008 0.028 0.056 0.772 0.000 0.136
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:kmeans 162 0.448204 6.09e-02 0.01450 0.378 2
#> MAD:kmeans 160 0.746000 6.90e-02 0.05503 0.565 3
#> MAD:kmeans 137 0.898377 6.12e-01 0.01033 0.599 4
#> MAD:kmeans 131 0.000175 2.03e-05 0.00421 0.389 5
#> MAD:kmeans 133 0.000203 5.47e-08 0.00147 0.406 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.669 0.861 0.936 0.4948 0.505 0.505
#> 3 3 0.992 0.964 0.983 0.3535 0.738 0.522
#> 4 4 0.948 0.925 0.964 0.0987 0.914 0.749
#> 5 5 0.883 0.844 0.913 0.0824 0.908 0.669
#> 6 6 0.825 0.777 0.884 0.0408 0.947 0.752
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0672 0.929 0.008 0.992
#> GSM1317946 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317947 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317948 1 0.5294 0.835 0.880 0.120
#> GSM1317949 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.7815 0.752 0.232 0.768
#> GSM1317960 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317961 1 0.8555 0.668 0.720 0.280
#> GSM1317962 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317966 1 0.8713 0.651 0.708 0.292
#> GSM1317967 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.2423 0.896 0.960 0.040
#> GSM1317951 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.7883 0.746 0.236 0.764
#> GSM1317978 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317980 1 0.9988 0.227 0.520 0.480
#> GSM1317981 2 0.7299 0.785 0.204 0.796
#> GSM1317982 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.7299 0.785 0.204 0.796
#> GSM1317988 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317991 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317994 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317997 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.2423 0.910 0.040 0.960
#> GSM1318004 1 1.0000 -0.133 0.504 0.496
#> GSM1318005 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318006 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318010 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318016 2 0.2948 0.903 0.052 0.948
#> GSM1318017 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318022 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318025 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318029 1 0.9866 0.366 0.568 0.432
#> GSM1318018 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318034 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1318035 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1318036 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317917 1 0.9963 0.275 0.536 0.464
#> GSM1317918 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.9732 0.186 0.404 0.596
#> GSM1317921 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317923 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.5178 0.859 0.116 0.884
#> GSM1317926 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317928 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.5946 0.838 0.144 0.856
#> GSM1317934 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317939 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317940 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317941 2 1.0000 0.140 0.496 0.504
#> GSM1317942 2 0.7950 0.740 0.240 0.760
#> GSM1317943 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317944 2 0.7219 0.790 0.200 0.800
#> GSM1317896 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 1.0000 -0.133 0.504 0.496
#> GSM1317905 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1317908 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317909 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM1317913 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318041 1 0.7815 0.730 0.768 0.232
#> GSM1318042 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> GSM1318049 1 0.2948 0.888 0.948 0.052
#> GSM1318050 2 0.6343 0.825 0.160 0.840
#> GSM1318051 2 0.3274 0.898 0.060 0.940
#> GSM1318052 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317949 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0747 0.951 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317968 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0237 0.988 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.2448 0.916 0.076 0.000 0.924
#> GSM1317980 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.2448 0.914 0.000 0.076 0.924
#> GSM1317983 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0747 0.951 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317993 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4452 0.781 0.000 0.808 0.192
#> GSM1318008 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0237 0.959 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318014 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6045 0.445 0.000 0.620 0.380
#> GSM1318031 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.2878 0.884 0.000 0.904 0.096
#> GSM1318038 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.4555 0.771 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317906 2 0.4555 0.771 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317907 2 0.6192 0.341 0.000 0.580 0.420
#> GSM1317908 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4555 0.744 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317910 1 0.5058 0.673 0.756 0.000 0.244
#> GSM1317911 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.1964 0.937 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317913 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318050 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.4555 0.771 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318055 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.3267 0.865 0.000 0.884 0.116
#> GSM1318057 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.4605 0.766 0.000 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.4761 0.400 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM1317946 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0336 0.986 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317948 1 0.1022 0.940 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317949 1 0.0592 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4817 0.406 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM1317958 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317960 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317961 3 0.0817 0.975 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317962 1 0.3024 0.840 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0817 0.975 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317967 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1317968 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317969 4 0.4898 0.306 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM1317970 4 0.1474 0.896 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM1317952 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317972 1 0.3311 0.810 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.4998 0.108 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.3355 0.797 0.160 0.000 0.836 0.004
#> GSM1317980 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0469 0.928 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317983 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.0188 0.966 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317990 2 0.0336 0.928 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317991 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317992 2 0.3801 0.737 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM1317993 2 0.0707 0.936 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317994 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317976 1 0.3024 0.840 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.0592 0.933 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317997 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318003 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318004 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 4 0.4776 0.392 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1318010 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318013 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318001 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318016 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318017 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2345 0.849 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318020 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318022 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318025 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318027 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318028 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318034 3 0.0707 0.976 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318035 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318036 1 0.0524 0.965 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM1318037 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318038 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318032 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317914 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317918 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317926 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317928 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.2589 0.855 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM1317931 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.3907 0.693 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM1317933 2 0.1022 0.934 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317934 2 0.2973 0.800 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1022 0.934 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317939 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317940 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.4761 0.425 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM1317942 2 0.1022 0.934 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317943 2 0.1022 0.934 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317944 2 0.0817 0.937 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317896 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0817 0.960 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317905 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317906 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317907 4 0.1118 0.906 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM1317908 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.3610 0.739 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM1317910 1 0.4746 0.558 0.688 0.008 0.304 0.000
#> GSM1317911 1 0.0336 0.965 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317912 4 0.4175 0.705 0.016 0.000 0.200 0.784
#> GSM1317913 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318041 3 0.0817 0.972 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0817 0.972 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318049 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318050 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318052 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318053 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318054 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318055 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318057 4 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318058 4 0.0188 0.936 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.4192 0.3589 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM1317946 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317947 5 0.4307 -0.1246 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM1317948 5 0.1331 0.7750 0.040 0.000 0.008 0.000 0.952
#> GSM1317949 5 0.4278 0.2466 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM1317950 1 0.1043 0.8910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317953 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317954 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317955 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317956 1 0.1043 0.8910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317957 2 0.5923 0.2104 0.060 0.516 0.008 0.408 0.008
#> GSM1317958 5 0.3707 0.7555 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM1317959 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.1197 0.7788 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM1317961 3 0.4736 0.3350 0.404 0.000 0.576 0.000 0.020
#> GSM1317962 1 0.0290 0.9057 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.2179 0.8359 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM1317964 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317965 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317966 3 0.4736 0.3350 0.404 0.000 0.576 0.000 0.020
#> GSM1317967 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317969 4 0.4201 0.3318 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM1317970 4 0.0693 0.9271 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM1317952 5 0.1197 0.7788 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM1317951 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317971 3 0.0510 0.9513 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317972 1 0.0404 0.9025 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0880 0.8813 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317979 5 0.2179 0.6903 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM1317980 3 0.1410 0.9296 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0703 0.9234 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1317983 1 0.1608 0.8619 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM1317984 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317985 3 0.0794 0.9486 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317986 1 0.1544 0.8666 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.2891 0.7491 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0510 0.9513 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317992 2 0.4316 0.7691 0.000 0.784 0.128 0.080 0.008
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317977 5 0.1478 0.7840 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1317976 1 0.0290 0.9057 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0794 0.9486 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317996 2 0.0794 0.9379 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM1317997 3 0.0794 0.9486 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317998 5 0.3661 0.7578 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM1317999 5 0.3242 0.7757 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.3707 0.7555 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM1318007 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.3661 0.7578 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM1318009 4 0.4030 0.4777 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM1318010 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318011 5 0.1478 0.7840 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318012 5 0.1478 0.7840 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318013 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.1478 0.7840 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0794 0.9486 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.4045 0.6918 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM1318019 4 0.1851 0.8645 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM1318020 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1318023 5 0.4045 0.6918 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9529 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318029 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1318018 5 0.4045 0.6918 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM1318030 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318033 5 0.3932 0.7094 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM1318034 5 0.1908 0.7169 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0794 0.8961 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318037 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.1282 0.9461 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1318039 1 0.1478 0.8706 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM1318040 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318032 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317914 3 0.0671 0.9526 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM1317915 1 0.1544 0.8666 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317916 5 0.4030 0.6928 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM1317917 3 0.1357 0.9451 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> GSM1317918 1 0.0404 0.9001 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317919 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317920 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317921 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317922 3 0.1282 0.9461 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317923 3 0.1205 0.9442 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> GSM1317924 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0510 0.9521 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317929 3 0.1282 0.9431 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM1317930 2 0.0290 0.9545 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317931 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317932 2 0.3048 0.7831 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.2280 0.8503 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.0703 0.9530 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317936 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317937 5 0.4045 0.6918 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317941 1 0.4965 0.4280 0.644 0.052 0.000 0.304 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317897 1 0.0162 0.9102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317898 5 0.2280 0.7862 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM1317899 5 0.3707 0.7555 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM1317900 3 0.0290 0.9524 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317901 5 0.2230 0.7862 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM1317902 5 0.3730 0.7527 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM1317903 5 0.3999 0.7055 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM1317904 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.1522 0.9043 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM1317906 4 0.1522 0.9043 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM1317907 4 0.1211 0.9149 0.000 0.000 0.024 0.960 0.016
#> GSM1317908 3 0.3074 0.7755 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317909 5 0.1331 0.7664 0.040 0.000 0.008 0.000 0.952
#> GSM1317910 1 0.6417 0.0979 0.424 0.000 0.172 0.000 0.404
#> GSM1317911 1 0.4138 0.1499 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM1317912 4 0.4451 0.5551 0.000 0.000 0.016 0.644 0.340
#> GSM1317913 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 5 0.1908 0.7212 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM1318042 3 0.1197 0.9378 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM1318043 3 0.0609 0.9515 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318044 5 0.4030 0.6968 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM1318045 5 0.3707 0.7555 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM1318046 5 0.3983 0.7055 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM1318047 5 0.1341 0.7817 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM1318048 5 0.1197 0.7449 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM1318049 5 0.1331 0.7750 0.040 0.000 0.008 0.000 0.952
#> GSM1318050 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0162 0.9528 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318056 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.9372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.0566 0.9298 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.3706 0.4290 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.2738 0.7142 0.000 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> GSM1317948 5 0.0520 0.7832 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM1317949 5 0.3907 0.3120 0.408 0.000 0.000 0.000 0.588 0.004
#> GSM1317950 1 0.2416 0.7664 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.2416 0.7664 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM1317957 4 0.7455 0.1687 0.188 0.296 0.004 0.376 0.000 0.136
#> GSM1317958 5 0.2527 0.7888 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1317959 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.0260 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317961 6 0.6130 0.1237 0.324 0.000 0.336 0.000 0.000 0.340
#> GSM1317962 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.3052 0.7100 0.780 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.2300 0.7886 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM1317966 6 0.6130 0.1237 0.324 0.000 0.336 0.000 0.000 0.340
#> GSM1317967 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317968 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 4 0.4945 0.0881 0.000 0.000 0.452 0.484 0.000 0.064
#> GSM1317970 4 0.1444 0.8486 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317952 5 0.0260 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317951 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.3499 0.6015 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM1317972 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0146 0.8715 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317974 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 5 0.5081 0.3463 0.000 0.000 0.308 0.000 0.588 0.104
#> GSM1317980 3 0.0777 0.8470 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0993 0.8651 0.000 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024
#> GSM1317983 1 0.2969 0.6741 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM1317984 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317985 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317986 1 0.2823 0.7055 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0146 0.8715 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317989 5 0.3101 0.6149 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3409 0.6141 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM1317992 2 0.5391 0.5240 0.000 0.656 0.148 0.032 0.000 0.164
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317977 5 0.0260 0.7903 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317996 2 0.0508 0.9699 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM1317997 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317998 5 0.2300 0.7923 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM1317999 5 0.1765 0.7981 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.2527 0.7888 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1318007 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.2300 0.7923 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM1318009 4 0.3737 0.3961 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318011 5 0.0520 0.7889 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM1318012 5 0.0405 0.7897 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM1318013 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.0520 0.7889 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.3076 0.7399 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM1318019 4 0.3534 0.6151 0.000 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> GSM1318020 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.1141 0.8537 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1318023 5 0.3101 0.7373 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.1387 0.8328 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1318026 2 0.0717 0.9619 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318027 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318028 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 6 0.1141 0.8537 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1318018 5 0.3101 0.7373 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318030 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.2527 0.7791 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM1318033 5 0.3470 0.7518 0.200 0.000 0.000 0.028 0.772 0.000
#> GSM1318034 3 0.2848 0.7090 0.000 0.000 0.816 0.000 0.176 0.008
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.1723 0.8352 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036 0.000
#> GSM1318037 4 0.0260 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM1318038 6 0.2378 0.7953 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM1318039 1 0.4062 0.6976 0.736 0.000 0.000 0.000 0.068 0.196
#> GSM1318040 3 0.2597 0.7763 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM1318032 3 0.2597 0.7763 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM1317914 3 0.3446 0.5248 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM1317915 1 0.4114 0.6949 0.732 0.000 0.000 0.000 0.072 0.196
#> GSM1317916 5 0.5534 0.5375 0.248 0.000 0.000 0.000 0.556 0.196
#> GSM1317917 6 0.2378 0.7915 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM1317918 1 0.3290 0.6607 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.252
#> GSM1317919 6 0.0790 0.8429 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317920 6 0.1141 0.8537 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1317921 6 0.1075 0.8520 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM1317922 6 0.2378 0.7957 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM1317923 6 0.1204 0.8525 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM1317924 3 0.2527 0.7791 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.1141 0.8537 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317929 6 0.0790 0.8429 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317932 3 0.3756 0.3862 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.3838 0.2603 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.2738 0.7187 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM1317936 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317937 5 0.3126 0.7333 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.3837 0.5773 0.752 0.052 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 5 0.1141 0.7946 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM1317899 5 0.2527 0.7888 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1317900 3 0.2454 0.7814 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317901 5 0.1349 0.7946 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004
#> GSM1317902 5 0.2562 0.7867 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM1317903 5 0.3023 0.7481 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> GSM1317904 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.3468 0.6508 0.000 0.000 0.008 0.728 0.000 0.264
#> GSM1317906 4 0.3468 0.6508 0.000 0.000 0.008 0.728 0.000 0.264
#> GSM1317907 4 0.1812 0.8237 0.000 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008
#> GSM1317908 3 0.2706 0.7549 0.000 0.000 0.852 0.000 0.124 0.024
#> GSM1317909 5 0.4483 0.4684 0.004 0.000 0.040 0.000 0.636 0.320
#> GSM1317910 6 0.3851 0.7251 0.096 0.000 0.028 0.000 0.072 0.804
#> GSM1317911 1 0.3955 0.1473 0.560 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004
#> GSM1317912 4 0.5750 0.4077 0.000 0.000 0.244 0.552 0.196 0.008
#> GSM1317913 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318041 5 0.4089 0.0894 0.000 0.000 0.468 0.000 0.524 0.008
#> GSM1318042 3 0.0405 0.8547 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM1318043 3 0.0260 0.8565 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1318044 5 0.3101 0.7373 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM1318045 5 0.2527 0.7888 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1318046 5 0.2854 0.7578 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> GSM1318047 5 0.0260 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318048 5 0.4080 0.0742 0.000 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008
#> GSM1318049 5 0.0260 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318050 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318053 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318054 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318055 3 0.1007 0.8446 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318056 4 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318057 4 0.0713 0.8690 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318058 4 0.2672 0.8103 0.000 0.000 0.052 0.868 0.000 0.080
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:skmeans 156 5.11e-01 4.62e-02 0.00155 0.439 2
#> MAD:skmeans 161 6.72e-01 6.38e-02 0.04165 0.596 3
#> MAD:skmeans 157 1.29e-04 4.01e-06 0.00100 0.170 4
#> MAD:skmeans 152 3.53e-06 9.55e-08 0.00113 0.114 5
#> MAD:skmeans 148 4.76e-05 1.72e-07 0.00201 0.222 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.967 0.946 0.973 0.4596 0.539 0.539
#> 3 3 0.658 0.620 0.830 0.4506 0.736 0.535
#> 4 4 0.741 0.796 0.875 0.1119 0.772 0.439
#> 5 5 0.757 0.733 0.841 0.0613 0.903 0.657
#> 6 6 0.723 0.569 0.769 0.0434 0.879 0.521
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317946 2 0.7883 0.721 0.236 0.764
#> GSM1317947 1 0.3584 0.930 0.932 0.068
#> GSM1317948 1 0.3584 0.930 0.932 0.068
#> GSM1317949 1 0.0672 0.958 0.992 0.008
#> GSM1317950 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317958 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.9044 0.569 0.680 0.320
#> GSM1317960 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1317961 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.2778 0.940 0.952 0.048
#> GSM1317963 2 0.3733 0.918 0.072 0.928
#> GSM1317964 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317952 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1317951 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.9815 0.259 0.580 0.420
#> GSM1317973 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317974 2 0.6973 0.791 0.188 0.812
#> GSM1317975 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317978 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.8207 0.657 0.256 0.744
#> GSM1317980 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317982 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317988 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317989 1 0.2948 0.940 0.948 0.052
#> GSM1317990 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317991 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317994 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.2948 0.941 0.948 0.052
#> GSM1317976 2 0.7528 0.745 0.216 0.784
#> GSM1317995 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> GSM1317997 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318003 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318004 2 0.9129 0.516 0.328 0.672
#> GSM1318005 2 0.3879 0.916 0.076 0.924
#> GSM1318006 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0938 0.972 0.012 0.988
#> GSM1318008 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1318010 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1318012 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1318013 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.2603 0.945 0.956 0.044
#> GSM1318015 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318001 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1318016 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318017 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318020 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1318022 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1318025 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> GSM1318034 1 0.4690 0.903 0.900 0.100
#> GSM1318035 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318036 2 0.4562 0.896 0.096 0.904
#> GSM1318037 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.4161 0.900 0.084 0.916
#> GSM1317918 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> GSM1317919 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.5737 0.865 0.864 0.136
#> GSM1317923 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317926 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317928 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317934 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317939 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317940 1 0.1414 0.953 0.980 0.020
#> GSM1317941 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> GSM1317942 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> GSM1317943 2 0.2948 0.939 0.052 0.948
#> GSM1317944 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317896 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> GSM1317899 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> GSM1317900 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0672 0.958 0.992 0.008
#> GSM1317902 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.3879 0.916 0.076 0.924
#> GSM1317905 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.4161 0.906 0.084 0.916
#> GSM1317909 1 0.3584 0.930 0.932 0.068
#> GSM1317910 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1317911 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.8813 0.615 0.700 0.300
#> GSM1317913 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318041 1 0.7376 0.775 0.792 0.208
#> GSM1318042 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1318048 1 0.3584 0.930 0.932 0.068
#> GSM1318049 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> GSM1318050 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318051 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318052 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> GSM1318054 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317946 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317947 1 0.6274 0.3240 0.544 0.456 0.000
#> GSM1317948 2 0.6215 -0.1578 0.428 0.572 0.000
#> GSM1317949 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317960 2 0.6126 0.2269 0.400 0.600 0.000
#> GSM1317961 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317962 1 0.6045 0.4514 0.620 0.000 0.380
#> GSM1317963 2 0.7113 0.5648 0.112 0.720 0.168
#> GSM1317964 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317966 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317967 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317968 1 0.3686 0.7547 0.860 0.000 0.140
#> GSM1317969 2 0.3038 0.2061 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317970 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317952 2 0.4346 0.4212 0.184 0.816 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317972 1 0.6244 0.3426 0.560 0.000 0.440
#> GSM1317973 3 0.3482 0.1108 0.000 0.128 0.872
#> GSM1317974 1 0.6244 0.3426 0.560 0.000 0.440
#> GSM1317975 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317978 1 0.5016 0.6464 0.760 0.000 0.240
#> GSM1317979 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317980 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317982 2 0.0237 0.4080 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317983 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.6309 0.6978 0.000 0.500 0.500
#> GSM1317985 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317986 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317988 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.6247 0.4547 0.620 0.004 0.376
#> GSM1317990 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317991 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317992 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317993 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317994 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317977 1 0.5178 0.6294 0.744 0.000 0.256
#> GSM1317976 3 0.4974 0.1144 0.236 0.000 0.764
#> GSM1317995 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317996 3 0.4796 -0.1638 0.000 0.220 0.780
#> GSM1317997 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317998 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318004 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318005 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318006 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4974 0.5810 0.000 0.764 0.236
#> GSM1318008 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318010 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318011 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.2878 0.7846 0.904 0.096 0.000
#> GSM1318013 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318014 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318001 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318000 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318016 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318020 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318021 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318022 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1318023 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318025 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318026 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.6305 0.6980 0.000 0.516 0.484
#> GSM1318028 1 0.0237 0.8640 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318029 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318018 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.3038 0.4904 0.000 0.896 0.104
#> GSM1318031 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1318033 1 0.6309 -0.0507 0.500 0.500 0.000
#> GSM1318034 1 0.6295 0.2917 0.528 0.472 0.000
#> GSM1318035 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318036 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318037 2 0.6291 0.7075 0.000 0.532 0.468
#> GSM1318038 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1318032 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317914 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317915 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317920 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317921 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317922 1 0.7759 0.1738 0.480 0.472 0.048
#> GSM1317923 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317924 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317925 3 0.0000 0.4006 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317926 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317927 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317928 2 0.1753 0.3320 0.000 0.952 0.048
#> GSM1317929 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317930 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317931 2 0.4235 -0.0244 0.000 0.824 0.176
#> GSM1317932 3 0.6252 0.7134 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317933 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317934 3 0.4605 0.5391 0.000 0.204 0.796
#> GSM1317935 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317936 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317937 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317939 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317940 1 0.6215 0.3911 0.572 0.000 0.428
#> GSM1317941 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317942 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317943 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317944 3 0.6235 -0.6170 0.000 0.436 0.564
#> GSM1317896 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1317897 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317901 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1317905 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317906 3 0.6291 0.7265 0.000 0.468 0.532
#> GSM1317907 2 0.0237 0.4080 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317908 1 0.6295 0.2917 0.528 0.472 0.000
#> GSM1317909 1 0.5882 0.5078 0.652 0.348 0.000
#> GSM1317910 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317911 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317913 2 0.5810 0.6416 0.000 0.664 0.336
#> GSM1318041 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318042 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318043 3 0.6295 0.7249 0.000 0.472 0.528
#> GSM1318044 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.8667 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.6252 0.3473 0.556 0.444 0.000
#> GSM1318049 1 0.4555 0.6951 0.800 0.200 0.000
#> GSM1318050 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318051 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318052 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318053 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318054 2 0.1411 0.4360 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318055 2 0.0000 0.4070 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 2 0.1411 0.4360 0.000 0.964 0.036
#> GSM1318057 2 0.6295 0.7091 0.000 0.528 0.472
#> GSM1318058 3 0.6274 0.7204 0.000 0.456 0.544
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.1211 0.7748 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM1317946 4 0.5624 0.6760 0.128 0.148 0.000 0.724
#> GSM1317947 3 0.2224 0.9065 0.032 0.000 0.928 0.040
#> GSM1317948 4 0.4261 0.6872 0.112 0.000 0.068 0.820
#> GSM1317949 1 0.3534 0.8426 0.840 0.004 0.008 0.148
#> GSM1317950 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.2149 0.8524 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.4697 0.4947 0.644 0.356 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.3266 0.7951 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM1317958 1 0.2760 0.8527 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317959 4 0.2928 0.7674 0.052 0.052 0.000 0.896
#> GSM1317960 4 0.3598 0.6953 0.124 0.000 0.028 0.848
#> GSM1317961 3 0.0895 0.9551 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317962 2 0.5900 0.5612 0.096 0.684 0.000 0.220
#> GSM1317963 4 0.2216 0.7278 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM1317964 1 0.2149 0.8524 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0376 0.9585 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1317966 3 0.0895 0.9551 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317967 4 0.4100 0.7706 0.000 0.148 0.036 0.816
#> GSM1317968 1 0.3243 0.8380 0.876 0.088 0.000 0.036
#> GSM1317969 3 0.0657 0.9574 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317970 2 0.4961 0.2417 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM1317952 4 0.3919 0.6998 0.104 0.000 0.056 0.840
#> GSM1317951 1 0.4967 0.2465 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.1406 0.9452 0.000 0.024 0.960 0.016
#> GSM1317972 2 0.4605 0.6829 0.132 0.796 0.000 0.072
#> GSM1317973 4 0.3123 0.7754 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM1317974 2 0.3996 0.7080 0.104 0.836 0.000 0.060
#> GSM1317975 2 0.2011 0.8411 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317978 1 0.5496 0.7425 0.732 0.160 0.000 0.108
#> GSM1317979 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.2011 0.8411 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317982 3 0.0592 0.9575 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317983 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1940 0.8405 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM1317988 4 0.3219 0.7739 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM1317989 3 0.7026 0.5070 0.128 0.016 0.612 0.244
#> GSM1317990 2 0.2011 0.8411 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317991 2 0.5360 0.1909 0.000 0.552 0.436 0.012
#> GSM1317992 2 0.2868 0.8170 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM1317993 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 4 0.5198 0.2533 0.360 0.004 0.008 0.628
#> GSM1317976 2 0.2021 0.7737 0.024 0.936 0.000 0.040
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.2973 0.8104 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.2345 0.8620 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317999 1 0.3024 0.8440 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1318002 2 0.2281 0.8418 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1318003 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318004 4 0.1867 0.7787 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM1318005 4 0.2081 0.7818 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM1318006 1 0.2408 0.8607 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318007 4 0.2831 0.7373 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM1318008 1 0.3024 0.8440 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1318009 4 0.3486 0.7576 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.3933 0.8058 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM1318012 4 0.3306 0.6709 0.156 0.000 0.004 0.840
#> GSM1318013 4 0.2011 0.7814 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM1318014 1 0.3933 0.8058 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM1318015 2 0.2281 0.8418 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.3486 0.7576 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM1318016 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318017 1 0.0000 0.8720 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.3219 0.7705 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318022 3 0.0779 0.9567 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM1318023 1 0.0000 0.8720 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.2216 0.8410 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318027 4 0.3219 0.7705 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM1318028 2 0.5281 0.0534 0.464 0.528 0.000 0.008
#> GSM1318029 3 0.0657 0.9576 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1318018 1 0.0000 0.8720 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.3810 0.7108 0.000 0.008 0.188 0.804
#> GSM1318031 3 0.0376 0.9585 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM1318033 4 0.2814 0.6941 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM1318034 3 0.1722 0.9170 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM1318035 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1318036 4 0.2376 0.7365 0.016 0.068 0.000 0.916
#> GSM1318037 4 0.0657 0.7726 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM1318038 3 0.0657 0.9577 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1318039 1 0.1940 0.8571 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.1489 0.9371 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM1318032 3 0.0895 0.9545 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317914 3 0.0779 0.9567 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM1317915 1 0.1867 0.8583 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0188 0.8722 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317917 3 0.3934 0.8113 0.048 0.000 0.836 0.116
#> GSM1317918 1 0.2081 0.8542 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.1042 0.9539 0.000 0.008 0.972 0.020
#> GSM1317920 3 0.1209 0.9493 0.000 0.004 0.964 0.032
#> GSM1317921 3 0.0895 0.9551 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317922 3 0.0524 0.9580 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317923 3 0.0657 0.9573 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317924 3 0.0188 0.9586 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317925 2 0.2408 0.8385 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1317926 3 0.0895 0.9551 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317927 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1317928 3 0.0524 0.9579 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM1317929 3 0.1743 0.9292 0.000 0.004 0.940 0.056
#> GSM1317930 4 0.4072 0.7059 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 3 0.3372 0.8614 0.000 0.096 0.868 0.036
#> GSM1317933 2 0.4661 0.4108 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM1317934 2 0.5170 0.6113 0.000 0.724 0.228 0.048
#> GSM1317935 3 0.0657 0.9569 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.8720 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.3444 0.7591 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM1317939 4 0.4477 0.6233 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM1317940 2 0.6059 0.3305 0.328 0.616 0.004 0.052
#> GSM1317941 4 0.3219 0.7750 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM1317942 4 0.3726 0.7408 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM1317943 4 0.4730 0.5086 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM1317944 2 0.2216 0.8427 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.2081 0.8542 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.4123 0.7950 0.772 0.008 0.000 0.220
#> GSM1317899 1 0.2408 0.8607 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1317900 3 0.0895 0.9551 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM1317901 1 0.2469 0.8595 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317902 1 0.1940 0.8676 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317903 1 0.0707 0.8721 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317904 4 0.3172 0.7752 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM1317905 4 0.5080 0.3466 0.000 0.004 0.420 0.576
#> GSM1317906 3 0.5050 0.2151 0.000 0.004 0.588 0.408
#> GSM1317907 4 0.4522 0.5883 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM1317908 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.6901 0.2272 0.488 0.000 0.404 0.108
#> GSM1317910 4 0.5848 0.5306 0.048 0.000 0.336 0.616
#> GSM1317911 1 0.4301 0.8499 0.816 0.064 0.000 0.120
#> GSM1317912 4 0.4881 0.6720 0.048 0.000 0.196 0.756
#> GSM1317913 4 0.2060 0.7842 0.000 0.052 0.016 0.932
#> GSM1318041 4 0.5984 0.4641 0.048 0.000 0.372 0.580
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.8720 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.2408 0.8607 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318046 1 0.1867 0.8682 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM1318047 1 0.3448 0.8306 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM1318048 3 0.3617 0.8346 0.076 0.000 0.860 0.064
#> GSM1318049 1 0.4804 0.7962 0.780 0.000 0.072 0.148
#> GSM1318050 4 0.3074 0.7749 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1318051 4 0.3074 0.7749 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1318052 4 0.3074 0.7749 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1318053 4 0.3074 0.7749 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1318054 4 0.4538 0.6758 0.000 0.024 0.216 0.760
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.4538 0.6758 0.000 0.024 0.216 0.760
#> GSM1318057 4 0.3074 0.7749 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1318058 3 0.2799 0.8638 0.000 0.008 0.884 0.108
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.5654 0.6731 0.156 0.004 0.000 0.648 0.192
#> GSM1317946 1 0.1310 0.6845 0.956 0.024 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317947 3 0.4288 0.3572 0.004 0.000 0.612 0.000 0.384
#> GSM1317948 5 0.6197 0.2732 0.160 0.000 0.012 0.236 0.592
#> GSM1317949 5 0.1845 0.7383 0.056 0.000 0.016 0.000 0.928
#> GSM1317950 1 0.3366 0.7663 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM1317953 1 0.2813 0.7956 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM1317954 1 0.3003 0.7903 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM1317955 1 0.2852 0.7955 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317956 1 0.3366 0.7663 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM1317957 2 0.4037 0.7162 0.020 0.752 0.004 0.224 0.000
#> GSM1317958 5 0.0000 0.7577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317959 4 0.1557 0.7422 0.008 0.000 0.000 0.940 0.052
#> GSM1317960 4 0.6555 0.5018 0.160 0.000 0.012 0.508 0.320
#> GSM1317961 3 0.1469 0.9224 0.016 0.000 0.948 0.036 0.000
#> GSM1317962 5 0.7505 0.4243 0.252 0.092 0.000 0.160 0.496
#> GSM1317963 1 0.5354 0.3254 0.652 0.000 0.000 0.108 0.240
#> GSM1317964 1 0.2852 0.7955 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317965 3 0.0566 0.9332 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM1317966 3 0.2074 0.9080 0.044 0.000 0.920 0.036 0.000
#> GSM1317967 4 0.0613 0.7352 0.004 0.004 0.008 0.984 0.000
#> GSM1317968 1 0.2286 0.7740 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> GSM1317969 3 0.0566 0.9339 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> GSM1317970 4 0.4676 0.0335 0.012 0.392 0.004 0.592 0.000
#> GSM1317952 4 0.6631 0.4420 0.160 0.000 0.012 0.476 0.352
#> GSM1317951 1 0.3093 0.7955 0.824 0.008 0.000 0.000 0.168
#> GSM1317971 3 0.2006 0.9006 0.012 0.000 0.916 0.072 0.000
#> GSM1317972 1 0.3246 0.6922 0.808 0.184 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317973 4 0.3890 0.7472 0.168 0.036 0.004 0.792 0.000
#> GSM1317974 1 0.3246 0.6922 0.808 0.184 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317975 2 0.0162 0.8788 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0898 0.6996 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM1317979 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0162 0.8788 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0703 0.9314 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM1317983 1 0.3366 0.7663 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM1317984 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.3366 0.7663 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM1317987 2 0.0162 0.8788 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.3773 0.7489 0.164 0.032 0.004 0.800 0.000
#> GSM1317989 5 0.4000 0.6306 0.228 0.000 0.000 0.024 0.748
#> GSM1317990 2 0.0162 0.8788 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.5190 0.3863 0.012 0.604 0.352 0.032 0.000
#> GSM1317992 2 0.3805 0.7428 0.016 0.784 0.008 0.192 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.3855 0.6515 0.160 0.000 0.008 0.032 0.800
#> GSM1317976 1 0.4268 0.5653 0.708 0.268 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317995 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.3246 0.7548 0.008 0.808 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317997 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.1124 0.7572 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> GSM1317999 5 0.0162 0.7576 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318002 2 0.1608 0.8612 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM1318003 2 0.1121 0.8724 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM1318004 4 0.5544 0.7205 0.172 0.024 0.000 0.692 0.112
#> GSM1318005 4 0.4504 0.7470 0.156 0.024 0.000 0.772 0.048
#> GSM1318006 5 0.0794 0.7567 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318007 4 0.5267 0.7329 0.156 0.000 0.020 0.716 0.108
#> GSM1318008 5 0.0162 0.7576 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318009 4 0.4518 0.7467 0.156 0.044 0.000 0.772 0.028
#> GSM1318010 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.2848 0.6771 0.156 0.000 0.000 0.004 0.840
#> GSM1318012 5 0.5163 0.4985 0.156 0.000 0.000 0.152 0.692
#> GSM1318013 4 0.3835 0.7512 0.156 0.000 0.000 0.796 0.048
#> GSM1318014 5 0.2719 0.6865 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> GSM1318015 2 0.1341 0.8692 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM1318001 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4400 0.7312 0.212 0.052 0.000 0.736 0.000
#> GSM1318016 2 0.1121 0.8729 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM1318017 5 0.3636 0.5452 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM1318019 4 0.3216 0.7527 0.108 0.044 0.000 0.848 0.000
#> GSM1318020 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0807 0.9324 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM1318023 5 0.3636 0.5452 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM1318024 2 0.0404 0.8794 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1318025 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.2228 0.8553 0.012 0.908 0.004 0.076 0.000
#> GSM1318027 4 0.0566 0.7348 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318028 1 0.4987 0.6341 0.684 0.080 0.000 0.000 0.236
#> GSM1318029 3 0.1830 0.9150 0.028 0.000 0.932 0.040 0.000
#> GSM1318018 5 0.3636 0.5452 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM1318030 4 0.5654 0.6747 0.156 0.004 0.192 0.648 0.000
#> GSM1318031 3 0.0566 0.9332 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM1318033 4 0.6235 0.4694 0.156 0.000 0.000 0.500 0.344
#> GSM1318034 3 0.1205 0.9106 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> GSM1318035 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.6396 0.0347 0.508 0.000 0.000 0.212 0.280
#> GSM1318037 4 0.5163 0.7048 0.156 0.000 0.000 0.692 0.152
#> GSM1318038 3 0.0865 0.9322 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM1318039 1 0.3366 0.7663 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM1318040 3 0.1525 0.9218 0.012 0.004 0.948 0.036 0.000
#> GSM1318032 3 0.1364 0.9229 0.012 0.000 0.952 0.036 0.000
#> GSM1317914 3 0.0807 0.9324 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM1317915 5 0.4305 -0.1111 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM1317916 5 0.3480 0.5785 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM1317917 3 0.3090 0.8203 0.000 0.000 0.856 0.104 0.040
#> GSM1317918 1 0.2852 0.7955 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317919 3 0.1444 0.9224 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> GSM1317920 3 0.3242 0.8261 0.116 0.000 0.844 0.040 0.000
#> GSM1317921 3 0.1444 0.9224 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> GSM1317922 3 0.0981 0.9325 0.012 0.000 0.972 0.008 0.008
#> GSM1317923 3 0.0807 0.9324 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM1317924 3 0.0404 0.9338 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.1444 0.9224 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.1106 0.9259 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000
#> GSM1317929 3 0.5273 0.5976 0.164 0.000 0.680 0.156 0.000
#> GSM1317930 4 0.3242 0.6290 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM1317931 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317932 3 0.6169 0.5036 0.160 0.216 0.608 0.016 0.000
#> GSM1317933 2 0.3586 0.5461 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM1317934 2 0.2976 0.8094 0.044 0.880 0.064 0.012 0.000
#> GSM1317935 3 0.1281 0.9248 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> GSM1317936 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.3636 0.5452 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM1317938 4 0.5263 0.6831 0.144 0.176 0.000 0.680 0.000
#> GSM1317939 4 0.4294 0.2496 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM1317940 1 0.1631 0.6792 0.948 0.024 0.004 0.004 0.020
#> GSM1317941 4 0.5100 0.4122 0.448 0.036 0.000 0.516 0.000
#> GSM1317942 4 0.5729 0.6390 0.148 0.236 0.000 0.616 0.000
#> GSM1317943 2 0.4297 -0.1024 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.2852 0.7955 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317898 5 0.2536 0.7102 0.128 0.000 0.000 0.004 0.868
#> GSM1317899 5 0.2054 0.7414 0.028 0.052 0.000 0.000 0.920
#> GSM1317900 3 0.1579 0.9201 0.024 0.000 0.944 0.032 0.000
#> GSM1317901 5 0.0963 0.7546 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM1317902 5 0.1608 0.7417 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM1317903 5 0.3143 0.6307 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM1317904 4 0.3733 0.7480 0.160 0.032 0.000 0.804 0.004
#> GSM1317905 4 0.4213 0.5306 0.012 0.000 0.308 0.680 0.000
#> GSM1317906 4 0.4270 0.4075 0.012 0.000 0.320 0.668 0.000
#> GSM1317907 4 0.4045 0.5040 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM1317908 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317909 5 0.3927 0.6643 0.164 0.000 0.040 0.004 0.792
#> GSM1317910 4 0.6491 0.5596 0.160 0.000 0.300 0.528 0.012
#> GSM1317911 1 0.3969 0.7038 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM1317912 4 0.5620 0.5955 0.000 0.000 0.272 0.612 0.116
#> GSM1317913 4 0.2730 0.7543 0.056 0.008 0.000 0.892 0.044
#> GSM1318041 4 0.5813 0.3472 0.004 0.000 0.416 0.500 0.080
#> GSM1318042 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.3636 0.5452 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM1318045 5 0.1043 0.7549 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM1318046 5 0.2280 0.7098 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM1318047 5 0.0162 0.7576 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM1318048 3 0.3928 0.5827 0.004 0.000 0.700 0.000 0.296
#> GSM1318049 5 0.0865 0.7527 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> GSM1318050 4 0.1483 0.7404 0.008 0.012 0.000 0.952 0.028
#> GSM1318051 4 0.0404 0.7357 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318052 4 0.0404 0.7357 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318053 4 0.0404 0.7357 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318054 4 0.0727 0.7351 0.004 0.004 0.012 0.980 0.000
#> GSM1318055 3 0.0162 0.9349 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0613 0.7352 0.004 0.004 0.008 0.984 0.000
#> GSM1318057 4 0.0404 0.7357 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318058 3 0.4567 0.5152 0.012 0.004 0.628 0.356 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.5551 0.6728 0.016 0.000 0.000 0.568 0.112 0.304
#> GSM1317946 1 0.1590 0.8324 0.936 0.008 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM1317947 5 0.4403 0.0196 0.000 0.000 0.468 0.000 0.508 0.024
#> GSM1317948 3 0.6426 0.1687 0.016 0.000 0.480 0.016 0.172 0.316
#> GSM1317949 5 0.1578 0.8535 0.012 0.000 0.004 0.000 0.936 0.048
#> GSM1317950 1 0.1219 0.8509 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> GSM1317953 1 0.0603 0.8538 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM1317954 1 0.1957 0.8163 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM1317955 1 0.0622 0.8538 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317956 1 0.1141 0.8483 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM1317957 6 0.5047 0.3935 0.000 0.236 0.000 0.136 0.000 0.628
#> GSM1317958 5 0.0937 0.8572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM1317959 4 0.1082 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM1317960 3 0.7692 -0.1497 0.016 0.000 0.356 0.176 0.140 0.312
#> GSM1317961 3 0.4263 -0.3351 0.016 0.000 0.504 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317962 5 0.4963 0.7402 0.076 0.020 0.000 0.076 0.748 0.080
#> GSM1317963 1 0.4426 0.7008 0.752 0.000 0.000 0.024 0.124 0.100
#> GSM1317964 1 0.0547 0.8539 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317965 3 0.3727 -0.1340 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM1317966 3 0.3995 -0.3165 0.004 0.000 0.516 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317967 4 0.1204 0.6821 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1317968 1 0.1226 0.8446 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> GSM1317969 3 0.5260 0.0653 0.000 0.000 0.504 0.396 0.000 0.100
#> GSM1317970 6 0.5483 0.3865 0.008 0.096 0.000 0.432 0.000 0.464
#> GSM1317952 4 0.7735 0.4687 0.016 0.000 0.168 0.352 0.156 0.308
#> GSM1317951 1 0.1563 0.8454 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM1317971 6 0.4705 0.3433 0.000 0.044 0.476 0.000 0.000 0.480
#> GSM1317972 1 0.1957 0.8324 0.920 0.024 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM1317973 6 0.3672 -0.0332 0.000 0.008 0.000 0.304 0.000 0.688
#> GSM1317974 1 0.1957 0.8324 0.920 0.024 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.1364 0.8376 0.944 0.000 0.000 0.048 0.004 0.004
#> GSM1317979 3 0.0508 0.6205 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.4185 0.0407 0.000 0.000 0.492 0.496 0.000 0.012
#> GSM1317983 1 0.1863 0.8218 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.1141 0.8483 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 6 0.3043 0.2753 0.000 0.008 0.000 0.200 0.000 0.792
#> GSM1317989 5 0.3799 0.7360 0.024 0.000 0.008 0.008 0.772 0.188
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 6 0.5844 0.4654 0.000 0.216 0.308 0.000 0.000 0.476
#> GSM1317992 6 0.4465 0.3890 0.000 0.244 0.016 0.044 0.000 0.696
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.2151 0.8352 0.016 0.000 0.000 0.008 0.904 0.072
#> GSM1317976 1 0.2672 0.7860 0.868 0.080 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM1317995 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.4869 0.6205 0.024 0.696 0.000 0.088 0.000 0.192
#> GSM1317997 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.1674 0.8611 0.068 0.000 0.000 0.004 0.924 0.004
#> GSM1317999 5 0.1398 0.8535 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> GSM1318002 2 0.1563 0.8770 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> GSM1318003 2 0.1838 0.8681 0.000 0.916 0.000 0.016 0.000 0.068
#> GSM1318004 4 0.4823 0.6956 0.036 0.004 0.000 0.608 0.012 0.340
#> GSM1318005 4 0.4194 0.7055 0.016 0.004 0.000 0.656 0.004 0.320
#> GSM1318006 5 0.1327 0.8604 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM1318007 4 0.5723 0.6852 0.016 0.000 0.016 0.584 0.092 0.292
#> GSM1318008 5 0.1398 0.8535 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> GSM1318009 4 0.4814 0.7053 0.028 0.036 0.000 0.644 0.000 0.292
#> GSM1318010 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.1957 0.8409 0.008 0.000 0.000 0.008 0.912 0.072
#> GSM1318012 5 0.5436 0.4468 0.016 0.000 0.000 0.128 0.612 0.244
#> GSM1318013 4 0.3833 0.7140 0.016 0.000 0.000 0.708 0.004 0.272
#> GSM1318014 5 0.1787 0.8460 0.004 0.000 0.000 0.008 0.920 0.068
#> GSM1318015 2 0.1686 0.8730 0.000 0.924 0.000 0.012 0.000 0.064
#> GSM1318001 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.5292 0.6958 0.052 0.044 0.000 0.616 0.000 0.288
#> GSM1318016 2 0.1528 0.8797 0.000 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> GSM1318017 5 0.2092 0.8347 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1318019 4 0.3875 0.7189 0.016 0.008 0.000 0.716 0.000 0.260
#> GSM1318020 3 0.1863 0.5315 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.3774 0.4195 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM1318023 5 0.2092 0.8347 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1318024 2 0.1196 0.8868 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> GSM1318025 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 6 0.4475 0.1756 0.000 0.412 0.000 0.032 0.000 0.556
#> GSM1318027 4 0.1387 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318028 1 0.3831 0.5504 0.712 0.008 0.000 0.000 0.268 0.012
#> GSM1318029 6 0.3717 0.4410 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM1318018 5 0.2092 0.8347 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1318030 4 0.5758 0.6200 0.016 0.000 0.148 0.556 0.000 0.280
#> GSM1318031 3 0.3843 -0.2630 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM1318033 4 0.5702 0.6530 0.016 0.000 0.000 0.548 0.128 0.308
#> GSM1318034 3 0.0547 0.6178 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.6949 0.1034 0.416 0.000 0.000 0.188 0.080 0.316
#> GSM1318037 4 0.5197 0.6850 0.016 0.000 0.000 0.600 0.076 0.308
#> GSM1318038 3 0.5449 0.1061 0.000 0.000 0.488 0.388 0.000 0.124
#> GSM1318039 1 0.1141 0.8483 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM1318040 6 0.4333 0.3390 0.000 0.000 0.468 0.020 0.000 0.512
#> GSM1318032 6 0.3996 0.3156 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000 0.512
#> GSM1317914 6 0.3867 0.3006 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM1317915 1 0.3857 0.0410 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM1317916 5 0.1957 0.8422 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM1317917 3 0.5875 0.1112 0.000 0.000 0.480 0.380 0.020 0.120
#> GSM1317918 1 0.0909 0.8541 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM1317919 6 0.3756 0.4271 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM1317920 6 0.3288 0.4841 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM1317921 6 0.3782 0.4141 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM1317922 3 0.5758 0.0717 0.000 0.000 0.476 0.000 0.340 0.184
#> GSM1317923 6 0.3868 0.2836 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM1317924 3 0.3717 -0.1296 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.3866 0.3050 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM1317927 2 0.0146 0.8991 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.4721 0.1032 0.000 0.008 0.540 0.420 0.000 0.032
#> GSM1317929 6 0.2831 0.4900 0.000 0.000 0.136 0.024 0.000 0.840
#> GSM1317930 4 0.3482 0.4969 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317932 6 0.5249 0.4607 0.000 0.244 0.156 0.000 0.000 0.600
#> GSM1317933 2 0.3309 0.4974 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> GSM1317934 6 0.5374 0.3250 0.000 0.380 0.116 0.000 0.000 0.504
#> GSM1317935 3 0.3862 -0.3030 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM1317936 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.2092 0.8347 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1317938 4 0.5393 0.6195 0.016 0.192 0.000 0.632 0.000 0.160
#> GSM1317939 2 0.3998 -0.1915 0.000 0.504 0.000 0.492 0.000 0.004
#> GSM1317940 1 0.2272 0.8245 0.900 0.056 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM1317941 1 0.6340 -0.2365 0.344 0.008 0.000 0.324 0.000 0.324
#> GSM1317942 4 0.5444 0.5702 0.016 0.268 0.000 0.600 0.000 0.116
#> GSM1317943 4 0.3868 0.1283 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9006 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0937 0.8514 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM1317898 5 0.1644 0.8524 0.012 0.000 0.000 0.004 0.932 0.052
#> GSM1317899 5 0.1867 0.8561 0.064 0.020 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM1317900 3 0.3868 -0.3345 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM1317901 5 0.1152 0.8570 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044
#> GSM1317902 5 0.1501 0.8577 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM1317903 5 0.1957 0.8423 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM1317904 4 0.4421 0.7027 0.028 0.008 0.000 0.636 0.000 0.328
#> GSM1317905 6 0.5831 0.4824 0.000 0.000 0.244 0.264 0.000 0.492
#> GSM1317906 6 0.4401 0.3507 0.000 0.000 0.024 0.464 0.000 0.512
#> GSM1317907 4 0.4366 0.2109 0.000 0.000 0.428 0.548 0.000 0.024
#> GSM1317908 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317909 3 0.5589 0.1012 0.016 0.000 0.528 0.004 0.368 0.084
#> GSM1317910 3 0.5105 0.2938 0.016 0.000 0.648 0.056 0.012 0.268
#> GSM1317911 1 0.2554 0.8435 0.876 0.000 0.000 0.048 0.076 0.000
#> GSM1317912 4 0.4440 0.2197 0.000 0.000 0.420 0.556 0.016 0.008
#> GSM1317913 4 0.2595 0.7217 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.160
#> GSM1318041 3 0.1829 0.5826 0.000 0.000 0.920 0.056 0.024 0.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.6268 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.2092 0.8347 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1318045 5 0.1327 0.8604 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM1318046 5 0.2362 0.8280 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860 0.000
#> GSM1318047 5 0.1398 0.8535 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> GSM1318048 3 0.3381 0.4701 0.000 0.000 0.800 0.000 0.156 0.044
#> GSM1318049 3 0.4757 -0.1103 0.000 0.000 0.480 0.000 0.472 0.048
#> GSM1318050 4 0.0935 0.7041 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM1318051 4 0.0405 0.6944 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM1318052 4 0.0937 0.6876 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318053 4 0.1141 0.6839 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM1318054 4 0.1285 0.6828 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> GSM1318055 3 0.0935 0.6032 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM1318056 4 0.1204 0.6821 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1318057 4 0.0937 0.6876 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318058 6 0.5412 0.4422 0.000 0.000 0.120 0.384 0.000 0.496
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:pam 162 0.26218 0.087412 4.75e-03 0.496 2
#> MAD:pam 112 0.45094 0.150657 6.48e-02 0.505 3
#> MAD:pam 151 0.00910 0.009067 2.19e-03 0.513 4
#> MAD:pam 147 0.00042 0.000356 7.79e-03 0.282 5
#> MAD:pam 108 0.01698 0.117664 9.73e-05 0.662 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.286 0.559 0.767 0.3155 0.884 0.884
#> 3 3 0.885 0.933 0.966 1.1107 0.389 0.331
#> 4 4 0.849 0.828 0.916 0.0850 0.911 0.743
#> 5 5 0.704 0.621 0.789 0.0813 0.933 0.765
#> 6 6 0.757 0.751 0.839 0.0547 0.851 0.452
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.5946 0.70233 0.144 0.856
#> GSM1317946 2 0.2948 0.71776 0.052 0.948
#> GSM1317947 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317948 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317949 2 0.4022 0.66080 0.080 0.920
#> GSM1317950 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317953 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317954 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317955 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317956 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317957 2 0.7602 0.67590 0.220 0.780
#> GSM1317958 2 0.4022 0.69708 0.080 0.920
#> GSM1317959 2 0.6623 0.69315 0.172 0.828
#> GSM1317960 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317961 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317962 2 0.1184 0.71643 0.016 0.984
#> GSM1317963 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317964 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317965 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317966 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317967 2 0.6623 0.69315 0.172 0.828
#> GSM1317968 2 0.4022 0.69708 0.080 0.920
#> GSM1317969 2 0.4690 0.65360 0.100 0.900
#> GSM1317970 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317952 2 0.0376 0.71236 0.004 0.996
#> GSM1317951 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317971 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317972 2 0.2236 0.71782 0.036 0.964
#> GSM1317973 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1317974 2 0.6148 0.70152 0.152 0.848
#> GSM1317975 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317978 2 0.4022 0.69708 0.080 0.920
#> GSM1317979 2 0.0376 0.71236 0.004 0.996
#> GSM1317980 2 0.9661 0.00247 0.392 0.608
#> GSM1317981 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317982 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317983 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317984 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1317985 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1317986 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317987 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317988 2 0.7139 0.68152 0.196 0.804
#> GSM1317989 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317990 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317991 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317992 2 0.7528 0.68341 0.216 0.784
#> GSM1317993 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317994 1 0.9460 0.83433 0.636 0.364
#> GSM1317977 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317976 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317995 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1317996 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317997 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1317998 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317999 2 0.4022 0.69708 0.080 0.920
#> GSM1318002 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318003 2 0.7376 0.67836 0.208 0.792
#> GSM1318004 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1318005 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318006 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318007 2 0.5737 0.70448 0.136 0.864
#> GSM1318008 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318009 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318010 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1318011 2 0.0376 0.71354 0.004 0.996
#> GSM1318012 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318013 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1318014 2 0.1414 0.71233 0.020 0.980
#> GSM1318015 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318001 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1318000 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318016 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318017 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318019 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318020 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318021 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318022 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318023 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318024 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318025 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318026 2 0.7950 0.67137 0.240 0.760
#> GSM1318027 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318028 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318029 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318018 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318030 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318033 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318034 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318035 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1318036 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318039 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318040 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318032 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317914 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317915 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317916 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317917 2 0.8327 0.38329 0.264 0.736
#> GSM1317918 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317919 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317920 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317921 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317922 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317923 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317924 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317925 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317926 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317927 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317928 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317929 2 0.9710 -0.00688 0.400 0.600
#> GSM1317930 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317931 2 0.9775 -0.08313 0.412 0.588
#> GSM1317932 2 0.9686 0.02100 0.396 0.604
#> GSM1317933 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317934 2 0.8267 0.44528 0.260 0.740
#> GSM1317935 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317936 1 0.8713 0.97177 0.708 0.292
#> GSM1317937 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317938 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317939 2 0.7453 0.67768 0.212 0.788
#> GSM1317940 2 0.4022 0.70012 0.080 0.920
#> GSM1317941 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317942 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317943 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317944 2 0.8081 0.66635 0.248 0.752
#> GSM1317896 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1317897 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317898 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317899 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317900 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317901 2 0.5294 0.67287 0.120 0.880
#> GSM1317902 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317903 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1317904 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1317905 2 0.3733 0.70267 0.072 0.928
#> GSM1317906 2 0.7528 0.68341 0.216 0.784
#> GSM1317907 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1317909 2 0.3733 0.67335 0.072 0.928
#> GSM1317910 2 0.3274 0.68019 0.060 0.940
#> GSM1317911 2 0.4022 0.69718 0.080 0.920
#> GSM1317912 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1318041 2 0.2043 0.69903 0.032 0.968
#> GSM1318042 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318043 1 0.8608 0.98198 0.716 0.284
#> GSM1318044 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318045 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318046 2 0.4161 0.69539 0.084 0.916
#> GSM1318047 2 0.0000 0.71357 0.000 1.000
#> GSM1318048 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318049 2 0.3274 0.68605 0.060 0.940
#> GSM1318050 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318051 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318052 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318053 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318054 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1318055 2 0.9686 -0.00596 0.396 0.604
#> GSM1318056 2 0.6531 0.69477 0.168 0.832
#> GSM1318057 2 0.7219 0.67926 0.200 0.800
#> GSM1318058 2 0.6973 0.69387 0.188 0.812
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317946 2 0.4121 0.812 0.168 0.832 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.4504 0.775 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317949 1 0.1411 0.942 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317950 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317958 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317960 1 0.3551 0.850 0.868 0.000 0.132
#> GSM1317961 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.3030 0.889 0.092 0.904 0.004
#> GSM1317963 1 0.0747 0.953 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317964 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.2796 0.899 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317968 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.5291 0.603 0.000 0.268 0.732
#> GSM1317970 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317952 1 0.4121 0.809 0.832 0.000 0.168
#> GSM1317951 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0747 0.971 0.000 0.016 0.984
#> GSM1317972 2 0.6154 0.349 0.408 0.592 0.000
#> GSM1317973 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317974 2 0.1525 0.934 0.032 0.964 0.004
#> GSM1317975 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317979 3 0.5327 0.598 0.272 0.000 0.728
#> GSM1317980 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 2 0.5216 0.701 0.000 0.740 0.260
#> GSM1317983 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317989 1 0.4121 0.809 0.832 0.000 0.168
#> GSM1317990 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.3116 0.886 0.000 0.892 0.108
#> GSM1317993 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.2066 0.921 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317976 1 0.0983 0.949 0.980 0.016 0.004
#> GSM1317995 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317997 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318003 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318004 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318005 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318006 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.3879 0.845 0.000 0.848 0.152
#> GSM1318008 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318010 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0892 0.951 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318012 1 0.0892 0.951 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318013 2 0.3038 0.890 0.000 0.896 0.104
#> GSM1318014 1 0.1031 0.949 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318015 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318001 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318016 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318017 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318020 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318027 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318028 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.4178 0.823 0.000 0.828 0.172
#> GSM1318031 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0661 0.954 0.988 0.008 0.004
#> GSM1318034 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.6209 0.428 0.628 0.368 0.004
#> GSM1318037 2 0.3752 0.853 0.000 0.856 0.144
#> GSM1318038 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.1289 0.956 0.000 0.032 0.968
#> GSM1318032 3 0.0747 0.971 0.000 0.016 0.984
#> GSM1317914 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317920 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0424 0.979 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317930 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317931 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 3 0.0747 0.971 0.000 0.016 0.984
#> GSM1317935 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317939 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317941 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317942 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317943 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317944 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0747 0.953 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317899 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0892 0.951 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317902 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317905 2 0.2448 0.910 0.000 0.924 0.076
#> GSM1317906 2 0.2878 0.896 0.000 0.904 0.096
#> GSM1317907 2 0.4654 0.778 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317908 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4555 0.770 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317910 1 0.5706 0.569 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317911 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.5681 0.725 0.016 0.748 0.236
#> GSM1317913 2 0.0424 0.951 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318041 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.1031 0.949 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318048 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.4399 0.786 0.812 0.000 0.188
#> GSM1318050 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318051 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318052 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318053 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318054 2 0.3619 0.861 0.000 0.864 0.136
#> GSM1318055 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.3340 0.876 0.000 0.880 0.120
#> GSM1318057 2 0.0237 0.953 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318058 2 0.3752 0.853 0.000 0.856 0.144
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317946 1 0.5429 0.307 0.592 0.012 0.004 0.392
#> GSM1317947 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317948 1 0.5466 0.601 0.668 0.040 0.292 0.000
#> GSM1317949 1 0.2830 0.887 0.900 0.040 0.060 0.000
#> GSM1317950 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0469 0.927 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4103 0.706 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM1317958 1 0.1022 0.923 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.0524 0.834 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM1317960 1 0.3587 0.840 0.856 0.040 0.104 0.000
#> GSM1317961 3 0.0469 0.964 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317962 1 0.5568 0.545 0.664 0.028 0.008 0.300
#> GSM1317963 1 0.1545 0.918 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM1317964 1 0.0469 0.927 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0469 0.964 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317967 4 0.0592 0.832 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM1317968 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317970 2 0.4905 0.546 0.000 0.632 0.004 0.364
#> GSM1317952 1 0.4793 0.728 0.756 0.040 0.204 0.000
#> GSM1317951 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317972 1 0.2586 0.881 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM1317973 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317974 4 0.8029 -0.145 0.280 0.340 0.004 0.376
#> GSM1317975 2 0.1807 0.832 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM1317978 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.5821 0.302 0.368 0.040 0.592 0.000
#> GSM1317980 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1807 0.832 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM1317982 3 0.4761 0.337 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM1317983 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0188 0.968 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317985 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317986 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1807 0.832 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM1317988 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317989 1 0.4831 0.722 0.752 0.040 0.208 0.000
#> GSM1317990 2 0.1824 0.833 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM1317991 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.6442 0.612 0.000 0.632 0.124 0.244
#> GSM1317993 2 0.1637 0.832 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317994 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317977 1 0.1985 0.913 0.940 0.040 0.016 0.004
#> GSM1317976 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317996 2 0.2868 0.811 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM1317997 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317998 1 0.0921 0.924 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.1022 0.923 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.2149 0.832 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM1318003 4 0.4277 0.462 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM1318004 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318005 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318006 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.0804 0.830 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM1318008 1 0.1022 0.923 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1318009 4 0.0672 0.832 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM1318010 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318011 1 0.1545 0.918 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM1318012 1 0.1677 0.916 0.948 0.040 0.012 0.000
#> GSM1318013 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318014 1 0.1798 0.915 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM1318015 2 0.2271 0.834 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM1318001 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318000 4 0.1109 0.821 0.000 0.028 0.004 0.968
#> GSM1318016 2 0.3024 0.798 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM1318017 1 0.0188 0.928 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.0524 0.831 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM1318020 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.3123 0.789 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM1318022 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.0188 0.928 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1637 0.832 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1318025 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.6836 0.543 0.000 0.580 0.140 0.280
#> GSM1318027 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318028 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318018 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.2281 0.754 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM1318031 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318033 1 0.1305 0.921 0.960 0.036 0.004 0.000
#> GSM1318034 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318035 2 0.2149 0.829 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM1318036 1 0.5223 0.698 0.736 0.040 0.008 0.216
#> GSM1318037 4 0.0657 0.832 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM1318038 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318039 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.2282 0.893 0.000 0.024 0.924 0.052
#> GSM1318032 3 0.0524 0.963 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM1317914 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317915 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317918 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317925 2 0.1637 0.832 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317926 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.4697 0.479 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM1317928 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 4 0.2611 0.765 0.000 0.096 0.008 0.896
#> GSM1317931 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317933 4 0.4804 0.269 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM1317934 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317935 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317937 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317939 4 0.3610 0.640 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM1317940 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.6447 0.423 0.136 0.188 0.008 0.668
#> GSM1317942 4 0.2198 0.786 0.000 0.072 0.008 0.920
#> GSM1317943 4 0.3688 0.629 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM1317944 2 0.4356 0.604 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM1317896 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1317897 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.1545 0.918 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM1317899 1 0.1305 0.921 0.960 0.036 0.004 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.0524 0.927 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM1317902 1 0.0592 0.926 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317905 4 0.7924 -0.231 0.000 0.328 0.336 0.336
#> GSM1317906 2 0.7889 0.209 0.000 0.364 0.288 0.348
#> GSM1317907 4 0.4193 0.513 0.000 0.000 0.268 0.732
#> GSM1317908 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317909 1 0.4793 0.728 0.756 0.040 0.204 0.000
#> GSM1317910 1 0.5284 0.646 0.696 0.040 0.264 0.000
#> GSM1317911 1 0.1022 0.923 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM1317912 4 0.6602 0.157 0.020 0.040 0.444 0.496
#> GSM1317913 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318041 3 0.4379 0.709 0.172 0.036 0.792 0.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0336 0.965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318044 1 0.0188 0.928 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0469 0.927 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0921 0.924 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.1798 0.915 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM1318048 3 0.1004 0.948 0.004 0.024 0.972 0.000
#> GSM1318049 1 0.4793 0.728 0.756 0.040 0.204 0.000
#> GSM1318050 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318051 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318052 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318053 4 0.0779 0.827 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM1318054 4 0.0592 0.832 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM1318055 3 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318056 4 0.1807 0.798 0.000 0.008 0.052 0.940
#> GSM1318057 4 0.0336 0.835 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1318058 4 0.7877 -0.144 0.000 0.312 0.300 0.388
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.0290 0.87103 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317946 1 0.7178 0.22866 0.516 0.052 0.000 0.236 0.196
#> GSM1317947 3 0.2074 0.81595 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1317948 5 0.6060 0.73825 0.384 0.000 0.124 0.000 0.492
#> GSM1317949 5 0.6977 -0.02755 0.352 0.060 0.104 0.000 0.484
#> GSM1317950 1 0.0609 0.56261 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317953 1 0.3266 0.52043 0.796 0.004 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317954 1 0.4370 0.50128 0.744 0.056 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317955 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317956 1 0.0794 0.56172 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317957 2 0.3177 0.73497 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM1317958 1 0.4060 0.00198 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM1317959 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.6002 0.73743 0.392 0.000 0.116 0.000 0.492
#> GSM1317961 3 0.4263 0.81024 0.000 0.060 0.760 0.000 0.180
#> GSM1317962 5 0.8533 -0.17857 0.208 0.260 0.000 0.220 0.312
#> GSM1317963 1 0.4235 -0.22266 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM1317964 1 0.3266 0.52043 0.796 0.004 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317965 3 0.1732 0.84973 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317966 3 0.4367 0.80052 0.000 0.060 0.748 0.000 0.192
#> GSM1317967 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317969 3 0.4411 0.76045 0.000 0.000 0.764 0.120 0.116
#> GSM1317970 2 0.4219 0.49647 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM1317952 5 0.6032 0.74025 0.388 0.000 0.120 0.000 0.492
#> GSM1317951 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317971 3 0.3612 0.79967 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM1317972 1 0.7771 0.23934 0.488 0.144 0.000 0.168 0.200
#> GSM1317973 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.7911 0.40069 0.160 0.468 0.000 0.172 0.200
#> GSM1317975 2 0.0000 0.77404 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317979 5 0.6465 0.61786 0.288 0.000 0.220 0.000 0.492
#> GSM1317980 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317981 2 0.0000 0.77404 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.4182 0.42763 0.000 0.000 0.352 0.644 0.004
#> GSM1317983 1 0.0162 0.56282 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317984 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317985 3 0.2127 0.82115 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317986 1 0.0290 0.56298 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317987 2 0.0000 0.77404 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.6604 0.51028 0.328 0.036 0.108 0.000 0.528
#> GSM1317990 2 0.0000 0.77404 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3809 0.80203 0.000 0.008 0.736 0.000 0.256
#> GSM1317992 2 0.6493 0.62299 0.000 0.628 0.172 0.132 0.068
#> GSM1317993 2 0.1410 0.79729 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1317994 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317977 1 0.5201 -0.31585 0.532 0.000 0.000 0.044 0.424
#> GSM1317976 1 0.4725 0.48202 0.720 0.080 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317995 3 0.2127 0.82115 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317996 2 0.2852 0.77331 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM1317997 3 0.2127 0.82115 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317998 1 0.3949 0.08582 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM1317999 1 0.4030 0.01375 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM1318002 2 0.2891 0.77115 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM1318003 2 0.4126 0.55698 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.2127 0.49081 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM1318007 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 1 0.4045 0.01518 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM1318009 4 0.0794 0.86251 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318010 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318011 5 0.5457 0.58997 0.460 0.000 0.060 0.000 0.480
#> GSM1318012 1 0.4497 -0.25556 0.568 0.000 0.008 0.000 0.424
#> GSM1318013 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.6002 0.73743 0.392 0.000 0.116 0.000 0.492
#> GSM1318015 2 0.2929 0.76926 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM1318001 3 0.2127 0.82115 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1318000 4 0.1544 0.83112 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM1318016 2 0.2648 0.77941 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM1318017 1 0.1270 0.54314 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM1318019 4 0.1965 0.80552 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM1318020 3 0.0963 0.84429 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318021 2 0.1410 0.79729 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1318022 3 0.2471 0.83978 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM1318023 1 0.1121 0.54770 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM1318024 2 0.1410 0.79729 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1318025 3 0.2852 0.82831 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM1318026 2 0.6008 0.54177 0.000 0.576 0.048 0.332 0.044
#> GSM1318027 4 0.0510 0.86650 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318028 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1318029 3 0.2127 0.84450 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1318018 1 0.0609 0.55684 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318030 4 0.1671 0.81603 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM1318031 3 0.2891 0.82663 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM1318033 1 0.4101 -0.04245 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318034 3 0.2280 0.80385 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM1318035 2 0.1410 0.79729 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1318036 1 0.6477 -0.37094 0.424 0.000 0.000 0.184 0.392
#> GSM1318037 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.2127 0.84452 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1318039 1 0.0162 0.56282 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318040 3 0.4683 0.75972 0.000 0.000 0.732 0.092 0.176
#> GSM1318032 3 0.4683 0.75972 0.000 0.000 0.732 0.092 0.176
#> GSM1317914 3 0.3177 0.82622 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM1317915 1 0.0000 0.56202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.1270 0.54306 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM1317917 3 0.3752 0.68518 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM1317918 1 0.2690 0.53399 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM1317919 3 0.3612 0.79967 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM1317920 3 0.2020 0.84585 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM1317921 3 0.2852 0.83394 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM1317922 3 0.2127 0.81322 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317923 3 0.0404 0.84613 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317924 3 0.2891 0.82663 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM1317925 2 0.1410 0.79729 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM1317926 3 0.2020 0.84341 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM1317927 2 0.2280 0.77756 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM1317928 3 0.3177 0.82622 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM1317929 3 0.3274 0.82085 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM1317930 4 0.1270 0.84537 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM1317931 3 0.1478 0.84546 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317932 3 0.3586 0.80190 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM1317933 2 0.4305 0.07561 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM1317934 3 0.3534 0.80633 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM1317935 3 0.2690 0.83694 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM1317936 3 0.2127 0.82115 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317937 1 0.1043 0.54943 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317938 4 0.0703 0.86432 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317939 4 0.2773 0.73734 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM1317940 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317941 2 0.4613 0.58973 0.020 0.620 0.000 0.360 0.000
#> GSM1317942 4 0.2690 0.74515 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM1317943 4 0.3586 0.56359 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM1317944 2 0.1608 0.79569 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM1317896 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1317897 1 0.4433 0.49951 0.740 0.060 0.000 0.000 0.200
#> GSM1317898 1 0.4235 -0.22266 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM1317899 1 0.4101 -0.04245 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317900 3 0.2230 0.84490 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM1317901 1 0.3565 0.31320 0.800 0.000 0.024 0.000 0.176
#> GSM1317902 1 0.3586 0.24688 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM1317903 1 0.1544 0.53100 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317904 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.7943 -0.08829 0.000 0.204 0.340 0.364 0.092
#> GSM1317906 2 0.7784 0.30035 0.000 0.376 0.200 0.348 0.076
#> GSM1317907 4 0.2424 0.75944 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM1317908 3 0.2074 0.81595 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1317909 5 0.6032 0.74025 0.388 0.000 0.120 0.000 0.492
#> GSM1317910 5 0.6060 0.73825 0.384 0.000 0.124 0.000 0.492
#> GSM1317911 1 0.4030 0.02686 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM1317912 4 0.7074 0.22984 0.036 0.000 0.196 0.500 0.268
#> GSM1317913 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.5778 -0.20389 0.088 0.000 0.464 0.000 0.448
#> GSM1318042 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318043 3 0.1544 0.83303 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318044 1 0.1197 0.54559 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM1318045 1 0.3109 0.36669 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM1318046 1 0.3932 0.09660 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM1318047 5 0.5799 0.69622 0.416 0.000 0.092 0.000 0.492
#> GSM1318048 3 0.4088 0.38067 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1318049 5 0.6032 0.74025 0.388 0.000 0.120 0.000 0.492
#> GSM1318050 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.2280 0.77187 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM1318054 4 0.0404 0.86798 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM1318055 3 0.2074 0.84684 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1318056 4 0.0703 0.85889 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.87398 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.7060 0.26787 0.000 0.104 0.260 0.544 0.092
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.0260 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317946 2 0.5457 0.6597 0.212 0.604 0.008 0.176 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.3297 0.8411 0.000 0.000 0.820 0.000 0.068 0.112
#> GSM1317948 5 0.2664 0.7424 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM1317949 5 0.6534 0.2295 0.104 0.000 0.092 0.000 0.484 0.320
#> GSM1317950 1 0.2491 0.7686 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317953 1 0.1204 0.8278 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM1317954 1 0.0632 0.8308 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317955 1 0.0547 0.8304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317956 1 0.2491 0.7686 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317957 2 0.2902 0.8052 0.004 0.800 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.2121 0.7708 0.096 0.000 0.012 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317959 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317960 5 0.2491 0.7501 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM1317961 6 0.1053 0.8240 0.020 0.000 0.012 0.000 0.004 0.964
#> GSM1317962 2 0.5777 0.6500 0.188 0.568 0.008 0.232 0.004 0.000
#> GSM1317963 5 0.2726 0.7732 0.032 0.000 0.112 0.000 0.856 0.000
#> GSM1317964 1 0.1075 0.8300 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM1317965 6 0.1714 0.8205 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM1317966 6 0.1511 0.8078 0.044 0.000 0.012 0.000 0.004 0.940
#> GSM1317967 4 0.0363 0.9285 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317968 1 0.1349 0.8278 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM1317969 6 0.4452 0.5624 0.000 0.000 0.048 0.316 0.000 0.636
#> GSM1317970 2 0.2912 0.7929 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.2597 0.7461 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM1317951 1 0.0547 0.8304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317971 6 0.1010 0.8354 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000 0.960
#> GSM1317972 1 0.5188 -0.0989 0.512 0.412 0.008 0.068 0.000 0.000
#> GSM1317973 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.4195 0.7305 0.188 0.740 0.008 0.064 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.1462 0.8267 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056 0.000
#> GSM1317979 3 0.3489 0.5158 0.000 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004
#> GSM1317980 3 0.2581 0.8612 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> GSM1317981 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.1720 0.8735 0.000 0.000 0.032 0.928 0.000 0.040
#> GSM1317983 1 0.3860 0.2081 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM1317984 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1317985 3 0.2003 0.8643 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317986 1 0.3774 0.3932 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM1317987 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317989 5 0.3044 0.7509 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836 0.000
#> GSM1317990 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 6 0.0363 0.8335 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317992 2 0.5137 0.5443 0.000 0.596 0.000 0.120 0.000 0.284
#> GSM1317993 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1317977 5 0.2822 0.7536 0.000 0.000 0.108 0.040 0.852 0.000
#> GSM1317976 1 0.1257 0.8227 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028 0.000
#> GSM1317995 3 0.2003 0.8643 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317996 2 0.2325 0.8354 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.2003 0.8643 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317998 5 0.2003 0.7608 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM1317999 5 0.0603 0.7769 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318002 2 0.1957 0.8343 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.2882 0.8130 0.008 0.812 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.2135 0.7555 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM1318007 4 0.0146 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318008 5 0.2257 0.7637 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876 0.000
#> GSM1318009 4 0.1382 0.9007 0.008 0.036 0.008 0.948 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318011 5 0.2219 0.7618 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM1318012 5 0.2212 0.7672 0.000 0.000 0.112 0.008 0.880 0.000
#> GSM1318013 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318014 5 0.2562 0.7473 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM1318015 2 0.2003 0.8335 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.2003 0.8643 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM1318000 2 0.3899 0.6226 0.008 0.628 0.000 0.364 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.1866 0.8366 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.2178 0.7523 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM1318019 2 0.4039 0.5152 0.008 0.568 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM1318020 6 0.2597 0.7504 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM1318021 2 0.0260 0.8195 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.3175 0.5873 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM1318023 5 0.2219 0.7494 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM1318024 2 0.0260 0.8195 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.2595 0.8381 0.000 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160
#> GSM1318026 2 0.3134 0.8149 0.000 0.808 0.000 0.168 0.000 0.024
#> GSM1318027 4 0.3266 0.4721 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0547 0.8304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318029 6 0.1958 0.7951 0.000 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM1318018 5 0.3126 0.6024 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM1318030 4 0.0909 0.9121 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM1318031 6 0.2389 0.7927 0.000 0.000 0.128 0.008 0.000 0.864
#> GSM1318033 5 0.4138 0.7690 0.108 0.000 0.112 0.012 0.768 0.000
#> GSM1318034 3 0.2376 0.7938 0.000 0.000 0.888 0.000 0.068 0.044
#> GSM1318035 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.4043 0.6825 0.000 0.000 0.116 0.756 0.128 0.000
#> GSM1318037 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.3499 0.6762 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM1318039 1 0.3843 0.2206 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM1318040 6 0.2630 0.7966 0.000 0.000 0.064 0.064 0.000 0.872
#> GSM1318032 6 0.2571 0.7981 0.000 0.000 0.060 0.064 0.000 0.876
#> GSM1317914 6 0.3782 0.3799 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000 0.636
#> GSM1317915 5 0.3851 0.0680 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM1317916 5 0.3409 0.5431 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> GSM1317917 3 0.3098 0.7120 0.000 0.000 0.812 0.000 0.024 0.164
#> GSM1317918 1 0.2912 0.6415 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM1317919 6 0.0937 0.8344 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM1317920 6 0.2631 0.7182 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM1317921 6 0.1007 0.8346 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM1317922 3 0.3387 0.7973 0.000 0.000 0.796 0.000 0.040 0.164
#> GSM1317923 3 0.3993 0.4235 0.000 0.000 0.592 0.008 0.000 0.400
#> GSM1317924 6 0.2389 0.7927 0.000 0.000 0.128 0.008 0.000 0.864
#> GSM1317925 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.3428 0.4841 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM1317927 2 0.0891 0.8225 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317928 6 0.3547 0.4617 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM1317929 6 0.0363 0.8335 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317930 4 0.1007 0.9035 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.2260 0.8523 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317932 6 0.0363 0.8335 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317933 2 0.2389 0.8164 0.008 0.864 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM1317934 6 0.0363 0.8335 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317935 6 0.0363 0.8335 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317936 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1317937 5 0.3695 0.3751 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM1317938 4 0.2473 0.7644 0.008 0.136 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.3288 0.7271 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0547 0.8304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317941 2 0.3166 0.8100 0.008 0.800 0.008 0.184 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.3915 0.6928 0.008 0.680 0.008 0.304 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.3411 0.7687 0.008 0.756 0.004 0.232 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0146 0.8197 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1317897 1 0.0547 0.8304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317898 5 0.1910 0.7679 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM1317899 5 0.3997 0.7651 0.132 0.000 0.108 0.000 0.760 0.000
#> GSM1317900 6 0.1765 0.8157 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM1317901 5 0.2019 0.7552 0.012 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317902 5 0.2003 0.7608 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM1317903 5 0.2092 0.7572 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM1317904 4 0.0260 0.9297 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM1317905 6 0.3387 0.7060 0.000 0.040 0.000 0.164 0.000 0.796
#> GSM1317906 6 0.4206 0.6390 0.000 0.092 0.000 0.176 0.000 0.732
#> GSM1317907 4 0.1528 0.8840 0.000 0.000 0.016 0.936 0.000 0.048
#> GSM1317908 3 0.3679 0.7986 0.000 0.000 0.760 0.000 0.040 0.200
#> GSM1317909 5 0.2854 0.7276 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM1317910 5 0.3043 0.7303 0.000 0.000 0.200 0.000 0.792 0.008
#> GSM1317911 5 0.2003 0.7608 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM1317912 5 0.5856 0.3572 0.000 0.000 0.188 0.316 0.492 0.004
#> GSM1317913 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.3161 0.6307 0.000 0.000 0.776 0.000 0.216 0.008
#> GSM1318042 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318043 3 0.2048 0.8649 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM1318044 5 0.2219 0.7494 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM1318045 5 0.1910 0.7639 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318046 5 0.2048 0.7592 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> GSM1318047 5 0.2300 0.7590 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM1318048 3 0.1753 0.7455 0.000 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> GSM1318049 3 0.3351 0.5066 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM1318050 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.3868 0.3373 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0508 0.9266 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM1318055 3 0.2877 0.8317 0.000 0.000 0.820 0.012 0.000 0.168
#> GSM1318056 4 0.0363 0.9285 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318057 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.4538 0.1687 0.000 0.008 0.020 0.536 0.000 0.436
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:mclust 127 1.00000 0.89170 0.04375 0.657 2
#> MAD:mclust 161 0.43087 0.05390 0.11822 0.453 3
#> MAD:mclust 151 0.03394 0.00301 0.01077 0.728 4
#> MAD:mclust 124 0.01110 0.01520 0.01007 0.799 5
#> MAD:mclust 148 0.00101 0.00131 0.00638 0.398 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.864 0.933 0.971 0.4700 0.532 0.532
#> 3 3 0.907 0.913 0.962 0.4225 0.767 0.575
#> 4 4 0.646 0.624 0.810 0.1153 0.860 0.613
#> 5 5 0.677 0.651 0.811 0.0626 0.886 0.603
#> 6 6 0.796 0.749 0.854 0.0378 0.919 0.650
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.7950 0.709 0.760 0.240
#> GSM1317949 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.5294 0.851 0.120 0.880
#> GSM1317960 1 0.3274 0.918 0.940 0.060
#> GSM1317961 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317952 1 0.4815 0.878 0.896 0.104
#> GSM1317951 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.9358 0.472 0.352 0.648
#> GSM1317978 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.9795 0.261 0.416 0.584
#> GSM1317980 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.6801 0.777 0.180 0.820
#> GSM1317982 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.4939 0.866 0.108 0.892
#> GSM1317988 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317989 1 0.7950 0.709 0.760 0.240
#> GSM1317990 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317991 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317994 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.6712 0.797 0.824 0.176
#> GSM1317976 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0672 0.965 0.008 0.992
#> GSM1317997 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318004 2 0.2603 0.933 0.044 0.956
#> GSM1318005 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0938 0.962 0.012 0.988
#> GSM1318010 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318022 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318025 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0938 0.962 0.012 0.988
#> GSM1318018 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.9323 0.452 0.348 0.652
#> GSM1318035 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318036 1 0.0376 0.961 0.996 0.004
#> GSM1318037 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318038 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.8144 0.655 0.252 0.748
#> GSM1317918 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317922 1 0.7453 0.751 0.788 0.212
#> GSM1317923 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317926 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317928 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317934 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.8813 0.571 0.300 0.700
#> GSM1317942 2 0.8016 0.683 0.244 0.756
#> GSM1317943 2 0.6712 0.782 0.176 0.824
#> GSM1317944 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317896 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.4815 0.875 0.896 0.104
#> GSM1317905 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317908 2 0.1843 0.948 0.028 0.972
#> GSM1317909 1 0.7219 0.767 0.800 0.200
#> GSM1317910 1 0.7376 0.756 0.792 0.208
#> GSM1317911 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318041 2 0.5629 0.836 0.132 0.868
#> GSM1318042 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.9795 0.322 0.584 0.416
#> GSM1318049 1 0.4022 0.900 0.920 0.080
#> GSM1318050 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.2066 0.904 0.940 0.060 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.5905 0.482 0.648 0.000 0.352
#> GSM1317949 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.4504 0.725 0.196 0.804 0.000
#> GSM1317960 1 0.3686 0.828 0.860 0.000 0.140
#> GSM1317961 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.6280 0.125 0.540 0.460 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0424 0.974 0.008 0.000 0.992
#> GSM1317967 2 0.2625 0.876 0.000 0.916 0.084
#> GSM1317968 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.3941 0.809 0.844 0.000 0.156
#> GSM1317951 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.5465 0.617 0.000 0.712 0.288
#> GSM1317972 1 0.6008 0.423 0.628 0.372 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.0424 0.941 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317980 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.4555 0.753 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317990 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.5968 0.390 0.000 0.364 0.636
#> GSM1317992 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 3 0.5706 0.501 0.000 0.320 0.680
#> GSM1318008 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.4504 0.751 0.000 0.804 0.196
#> GSM1318014 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318015 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 3 0.1411 0.947 0.000 0.036 0.964
#> GSM1318031 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318037 2 0.8609 0.510 0.160 0.596 0.244
#> GSM1318038 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.2448 0.904 0.000 0.076 0.924
#> GSM1318032 3 0.2165 0.918 0.000 0.064 0.936
#> GSM1317914 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317918 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.6140 0.370 0.000 0.596 0.404
#> GSM1317920 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317923 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0237 0.977 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317930 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.5650 0.575 0.000 0.688 0.312
#> GSM1317933 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.4654 0.739 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317935 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317907 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317908 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.4504 0.759 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317910 1 0.4555 0.753 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317911 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.4796 0.726 0.780 0.000 0.220
#> GSM1318050 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.6215 0.301 0.000 0.572 0.428
#> GSM1318055 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.1163 0.925 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318057 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.5621 0.582 0.000 0.692 0.308
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.3249 0.6297 0.008 0.140 0.000 0.852
#> GSM1317946 1 0.5944 0.5996 0.684 0.104 0.000 0.212
#> GSM1317947 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317948 1 0.4508 0.6530 0.780 0.000 0.184 0.036
#> GSM1317949 1 0.4543 0.6830 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.3074 0.7715 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.4730 0.6578 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.4790 0.6422 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.4972 0.5531 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.4164 0.7227 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4331 0.3719 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM1317958 1 0.0000 0.7930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.4164 0.4718 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM1317960 1 0.3972 0.6536 0.788 0.000 0.008 0.204
#> GSM1317961 2 0.5161 0.3206 0.024 0.676 0.300 0.000
#> GSM1317962 2 0.6770 0.1497 0.292 0.580 0.000 0.128
#> GSM1317963 1 0.2530 0.7864 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.4746 0.6545 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 2 0.4807 0.4056 0.024 0.728 0.248 0.000
#> GSM1317967 4 0.0817 0.7148 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1317968 1 0.4992 0.5120 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.4331 0.6036 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM1317970 4 0.4790 0.1811 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM1317952 1 0.2928 0.7574 0.896 0.000 0.052 0.052
#> GSM1317951 1 0.4961 0.5605 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.4981 0.1593 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM1317972 2 0.4728 0.2865 0.216 0.752 0.000 0.032
#> GSM1317973 4 0.1022 0.7139 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM1317974 2 0.5010 0.4216 0.120 0.772 0.000 0.108
#> GSM1317975 2 0.0921 0.5070 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317978 1 0.4543 0.6811 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.6764 0.1407 0.500 0.000 0.404 0.096
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1118 0.5076 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317982 4 0.5172 0.1400 0.008 0.000 0.404 0.588
#> GSM1317983 1 0.3074 0.7724 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.3486 0.7590 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0921 0.5070 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317988 4 0.1118 0.7128 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM1317989 1 0.6323 0.6909 0.668 0.200 0.128 0.004
#> GSM1317990 2 0.4222 0.4565 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM1317991 2 0.4356 0.4495 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM1317992 2 0.4866 0.3635 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM1317993 2 0.4564 0.4284 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.3873 0.6379 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM1317976 2 0.1716 0.4777 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.4961 -0.0491 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.1022 0.7863 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317999 1 0.0469 0.7943 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.4925 0.3289 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM1318003 2 0.4994 0.2116 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM1318004 4 0.2413 0.6886 0.064 0.020 0.000 0.916
#> GSM1318005 4 0.0336 0.7094 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM1318006 1 0.2011 0.7895 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.5337 0.4472 0.260 0.000 0.044 0.696
#> GSM1318008 1 0.1118 0.7850 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318009 4 0.1118 0.7130 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.1211 0.7835 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM1318012 1 0.4072 0.5936 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM1318013 4 0.1557 0.6843 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM1318014 1 0.0921 0.7874 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318015 2 0.4916 0.3340 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 4 0.4679 0.2717 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1318016 2 0.4967 0.2789 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM1318017 1 0.0000 0.7930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 4 0.2973 0.6407 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.4804 0.3829 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM1318022 3 0.3311 0.7554 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM1318023 1 0.0336 0.7940 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.4761 0.3966 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.4948 0.3043 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM1318027 4 0.1867 0.6960 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM1318028 1 0.4998 0.4999 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0469 0.7943 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.3016 0.6251 0.004 0.004 0.120 0.872
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.4277 0.5506 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM1318034 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318035 2 0.4804 0.3812 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM1318036 1 0.4290 0.7092 0.800 0.036 0.000 0.164
#> GSM1318037 4 0.3877 0.6064 0.112 0.000 0.048 0.840
#> GSM1318038 3 0.1452 0.9023 0.000 0.008 0.956 0.036
#> GSM1318039 1 0.4661 0.6727 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.1182 0.9069 0.000 0.016 0.968 0.016
#> GSM1318032 3 0.1022 0.9060 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.4661 0.6727 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.2216 0.7909 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM1317917 3 0.7914 0.3645 0.300 0.048 0.532 0.120
#> GSM1317918 1 0.4907 0.6141 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.4981 0.1511 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM1317920 3 0.0188 0.9272 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317921 3 0.0592 0.9198 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM1317922 3 0.4245 0.6887 0.196 0.020 0.784 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.4746 0.3982 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1317926 3 0.0188 0.9272 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317927 2 0.4898 0.3244 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM1317928 3 0.6110 0.5422 0.000 0.144 0.680 0.176
#> GSM1317929 2 0.4477 0.3834 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM1317930 4 0.3907 0.5581 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.5823 0.3945 0.000 0.608 0.348 0.044
#> GSM1317933 4 0.4941 0.0817 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM1317934 2 0.5677 0.4188 0.000 0.628 0.332 0.040
#> GSM1317935 3 0.3569 0.7145 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0707 0.7948 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM1317938 4 0.3219 0.6327 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM1317939 2 0.4985 0.1994 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM1317940 2 0.4804 -0.3017 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM1317941 4 0.4843 0.1560 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM1317942 4 0.3975 0.5469 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM1317943 4 0.4040 0.5317 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM1317944 2 0.4804 0.3812 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.4941 0.5957 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.1637 0.7924 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0921 0.7874 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317900 3 0.1302 0.8948 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM1317901 1 0.3710 0.7549 0.804 0.192 0.004 0.000
#> GSM1317902 1 0.0469 0.7910 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317903 1 0.0592 0.7944 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.0592 0.7070 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317905 4 0.5105 -0.0119 0.000 0.432 0.004 0.564
#> GSM1317906 4 0.4888 0.0656 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM1317907 4 0.6324 0.4281 0.168 0.000 0.172 0.660
#> GSM1317908 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.3975 0.6175 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM1317910 1 0.6013 0.5324 0.640 0.072 0.288 0.000
#> GSM1317911 1 0.1022 0.7863 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317912 4 0.7550 0.0779 0.372 0.000 0.192 0.436
#> GSM1317913 4 0.1022 0.7000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM1318041 3 0.7201 0.2321 0.356 0.000 0.496 0.148
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0188 0.7935 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0469 0.7943 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.1118 0.7850 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318047 1 0.1637 0.7747 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1318048 3 0.0707 0.9149 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318049 1 0.3355 0.6933 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM1318050 4 0.0817 0.7041 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM1318051 4 0.0188 0.7124 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM1318052 4 0.0921 0.7145 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1318053 4 0.2589 0.6661 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM1318054 4 0.0817 0.7149 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM1318055 3 0.1867 0.8729 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM1318056 4 0.1022 0.7139 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM1318057 4 0.0592 0.7143 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1318058 4 0.4261 0.6401 0.000 0.112 0.068 0.820
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.4116 0.5973 0.028 0.212 0.000 0.756 0.004
#> GSM1317946 4 0.7051 0.2476 0.124 0.056 0.000 0.492 0.328
#> GSM1317947 3 0.1638 0.7673 0.004 0.000 0.932 0.000 0.064
#> GSM1317948 5 0.2472 0.8314 0.020 0.000 0.052 0.020 0.908
#> GSM1317949 5 0.4761 0.6515 0.084 0.136 0.020 0.000 0.760
#> GSM1317950 5 0.2681 0.7868 0.108 0.012 0.000 0.004 0.876
#> GSM1317953 1 0.5612 0.6285 0.624 0.128 0.000 0.000 0.248
#> GSM1317954 5 0.6170 -0.0666 0.320 0.156 0.000 0.000 0.524
#> GSM1317955 1 0.5169 0.6615 0.688 0.184 0.000 0.000 0.128
#> GSM1317956 5 0.3387 0.7424 0.128 0.032 0.000 0.004 0.836
#> GSM1317957 2 0.6676 -0.0663 0.344 0.416 0.000 0.240 0.000
#> GSM1317958 5 0.0162 0.8626 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317959 4 0.2871 0.7734 0.088 0.000 0.000 0.872 0.040
#> GSM1317960 5 0.2949 0.8117 0.028 0.000 0.024 0.064 0.884
#> GSM1317961 1 0.6740 0.3615 0.444 0.228 0.324 0.004 0.000
#> GSM1317962 2 0.7687 -0.0310 0.144 0.488 0.000 0.132 0.236
#> GSM1317963 1 0.4741 0.5170 0.656 0.004 0.004 0.020 0.316
#> GSM1317964 1 0.5489 0.6506 0.648 0.136 0.000 0.000 0.216
#> GSM1317965 3 0.0609 0.7976 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1317966 1 0.6870 0.4513 0.472 0.244 0.272 0.000 0.012
#> GSM1317967 4 0.1041 0.8096 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> GSM1317968 1 0.6571 0.3707 0.400 0.204 0.000 0.000 0.396
#> GSM1317969 3 0.5046 0.1245 0.032 0.000 0.500 0.468 0.000
#> GSM1317970 4 0.4369 0.6266 0.052 0.208 0.000 0.740 0.000
#> GSM1317952 5 0.2366 0.8355 0.028 0.000 0.028 0.028 0.916
#> GSM1317951 1 0.6275 0.5632 0.520 0.180 0.000 0.000 0.300
#> GSM1317971 3 0.4956 0.5047 0.028 0.292 0.664 0.016 0.000
#> GSM1317972 2 0.6200 0.1751 0.240 0.620 0.000 0.040 0.100
#> GSM1317973 4 0.3209 0.7318 0.180 0.008 0.000 0.812 0.000
#> GSM1317974 2 0.6533 -0.2742 0.440 0.444 0.000 0.064 0.052
#> GSM1317975 2 0.0510 0.6836 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.4959 0.5142 0.160 0.128 0.000 0.000 0.712
#> GSM1317979 3 0.6500 0.4092 0.040 0.000 0.580 0.116 0.264
#> GSM1317980 3 0.0162 0.8017 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0671 0.6877 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317982 4 0.3757 0.7297 0.136 0.000 0.040 0.816 0.008
#> GSM1317983 5 0.2674 0.7824 0.120 0.012 0.000 0.000 0.868
#> GSM1317984 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0162 0.8017 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.3513 0.6995 0.180 0.020 0.000 0.000 0.800
#> GSM1317987 2 0.0671 0.6877 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317988 4 0.1082 0.8123 0.008 0.028 0.000 0.964 0.000
#> GSM1317989 5 0.3423 0.7940 0.044 0.020 0.080 0.000 0.856
#> GSM1317990 2 0.1041 0.7183 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM1317991 2 0.5296 0.3579 0.084 0.636 0.280 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.3489 0.7564 0.016 0.824 0.012 0.148 0.000
#> GSM1317993 2 0.2230 0.7651 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM1317994 3 0.0162 0.8015 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.1809 0.8386 0.012 0.000 0.000 0.060 0.928
#> GSM1317976 2 0.4890 0.2561 0.256 0.680 0.000 0.000 0.064
#> GSM1317995 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 4 0.5575 0.4866 0.148 0.212 0.000 0.640 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0771 0.8606 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976
#> GSM1317999 5 0.0404 0.8621 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318002 2 0.2930 0.7605 0.004 0.832 0.000 0.164 0.000
#> GSM1318003 2 0.3266 0.7417 0.004 0.796 0.000 0.200 0.000
#> GSM1318004 4 0.1965 0.8076 0.000 0.024 0.000 0.924 0.052
#> GSM1318005 4 0.0566 0.8141 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> GSM1318006 5 0.0912 0.8587 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318007 4 0.3100 0.7501 0.008 0.008 0.004 0.852 0.128
#> GSM1318008 5 0.1012 0.8590 0.012 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM1318009 4 0.1522 0.8066 0.012 0.044 0.000 0.944 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.1820 0.8488 0.020 0.000 0.020 0.020 0.940
#> GSM1318012 5 0.2846 0.8088 0.028 0.000 0.012 0.076 0.884
#> GSM1318013 4 0.1124 0.8089 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> GSM1318014 5 0.1186 0.8584 0.008 0.000 0.020 0.008 0.964
#> GSM1318015 2 0.2763 0.7655 0.004 0.848 0.000 0.148 0.000
#> GSM1318001 3 0.0162 0.8017 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.4192 0.4571 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM1318016 2 0.3086 0.7535 0.004 0.816 0.000 0.180 0.000
#> GSM1318017 5 0.0404 0.8617 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318019 4 0.1851 0.7790 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM1318020 3 0.0609 0.7968 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.2516 0.7660 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM1318022 1 0.4790 0.2025 0.672 0.016 0.292 0.020 0.000
#> GSM1318023 5 0.0510 0.8617 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1318024 2 0.2674 0.7663 0.004 0.856 0.000 0.140 0.000
#> GSM1318025 3 0.0510 0.7989 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.2732 0.7600 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1318027 4 0.1768 0.7890 0.004 0.072 0.000 0.924 0.000
#> GSM1318028 1 0.5792 0.6542 0.616 0.192 0.000 0.000 0.192
#> GSM1318029 3 0.2074 0.7662 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.0794 0.8590 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318030 4 0.1862 0.7990 0.016 0.000 0.048 0.932 0.004
#> GSM1318031 3 0.0609 0.7976 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.4905 -0.0219 0.024 0.000 0.000 0.476 0.500
#> GSM1318034 3 0.2690 0.6792 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM1318035 2 0.2471 0.7663 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM1318036 4 0.4150 0.4019 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM1318037 4 0.2942 0.7632 0.004 0.012 0.004 0.864 0.116
#> GSM1318038 3 0.5861 0.4630 0.372 0.004 0.556 0.044 0.024
#> GSM1318039 1 0.2300 0.6604 0.904 0.024 0.000 0.000 0.072
#> GSM1318040 3 0.4158 0.6174 0.020 0.224 0.748 0.008 0.000
#> GSM1318032 3 0.2251 0.7756 0.024 0.052 0.916 0.008 0.000
#> GSM1317914 3 0.4467 0.6443 0.240 0.024 0.724 0.012 0.000
#> GSM1317915 1 0.2625 0.6573 0.876 0.016 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317916 1 0.4268 0.1119 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM1317917 3 0.7324 0.2774 0.396 0.004 0.424 0.100 0.076
#> GSM1317918 1 0.1740 0.6503 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317919 3 0.5554 0.3975 0.404 0.040 0.540 0.016 0.000
#> GSM1317920 3 0.4546 0.3816 0.460 0.000 0.532 0.008 0.000
#> GSM1317921 3 0.4943 0.5049 0.376 0.016 0.596 0.012 0.000
#> GSM1317922 3 0.5636 0.4032 0.412 0.008 0.532 0.008 0.040
#> GSM1317923 3 0.5862 0.4683 0.344 0.000 0.544 0.112 0.000
#> GSM1317924 3 0.0992 0.7949 0.024 0.000 0.968 0.008 0.000
#> GSM1317925 2 0.2471 0.7663 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM1317926 1 0.4653 0.1344 0.652 0.008 0.324 0.016 0.000
#> GSM1317927 2 0.2732 0.7591 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM1317928 2 0.7232 -0.0389 0.160 0.404 0.392 0.044 0.000
#> GSM1317929 1 0.4695 0.6106 0.764 0.124 0.096 0.016 0.000
#> GSM1317930 4 0.4747 -0.1688 0.016 0.488 0.000 0.496 0.000
#> GSM1317931 3 0.0807 0.7982 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000
#> GSM1317932 2 0.2605 0.6684 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.3274 0.7148 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM1317934 2 0.2329 0.6821 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.3300 0.6352 0.004 0.204 0.792 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0162 0.8017 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0955 0.8585 0.028 0.004 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317938 2 0.3949 0.5997 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM1317939 2 0.2773 0.7571 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM1317940 1 0.5946 0.6393 0.592 0.224 0.000 0.000 0.184
#> GSM1317941 4 0.5051 0.5595 0.068 0.248 0.000 0.680 0.004
#> GSM1317942 2 0.4161 0.4520 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM1317943 2 0.4074 0.5245 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM1317944 2 0.2605 0.7635 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.5954 0.5994 0.576 0.152 0.000 0.000 0.272
#> GSM1317898 5 0.1278 0.8613 0.004 0.016 0.020 0.000 0.960
#> GSM1317899 5 0.2696 0.8159 0.024 0.072 0.000 0.012 0.892
#> GSM1317900 3 0.0865 0.7967 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> GSM1317901 5 0.2507 0.8330 0.044 0.028 0.020 0.000 0.908
#> GSM1317902 5 0.0290 0.8630 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317903 5 0.0404 0.8627 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317904 4 0.0693 0.8136 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM1317905 4 0.3812 0.6942 0.032 0.168 0.004 0.796 0.000
#> GSM1317906 4 0.3593 0.7492 0.060 0.116 0.000 0.824 0.000
#> GSM1317907 4 0.5366 0.6179 0.136 0.000 0.144 0.704 0.016
#> GSM1317908 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317909 5 0.5337 0.4380 0.064 0.000 0.252 0.016 0.668
#> GSM1317910 1 0.3779 0.6196 0.840 0.000 0.060 0.032 0.068
#> GSM1317911 5 0.2974 0.8067 0.052 0.000 0.000 0.080 0.868
#> GSM1317912 4 0.6723 0.4038 0.036 0.000 0.148 0.552 0.264
#> GSM1317913 4 0.0798 0.8134 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> GSM1318041 3 0.6259 0.2496 0.028 0.000 0.508 0.076 0.388
#> GSM1318042 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.8019 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0404 0.8627 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM1318045 5 0.0162 0.8629 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM1318046 5 0.1211 0.8566 0.016 0.000 0.000 0.024 0.960
#> GSM1318047 5 0.2354 0.8380 0.032 0.000 0.020 0.032 0.916
#> GSM1318048 3 0.4249 0.2176 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM1318049 5 0.1121 0.8532 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM1318050 4 0.1792 0.7925 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM1318051 4 0.0451 0.8135 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318052 4 0.0955 0.8104 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318053 4 0.1914 0.7962 0.016 0.060 0.000 0.924 0.000
#> GSM1318054 4 0.1012 0.8133 0.020 0.012 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318055 3 0.2505 0.7499 0.020 0.000 0.888 0.092 0.000
#> GSM1318056 4 0.1648 0.8054 0.020 0.040 0.000 0.940 0.000
#> GSM1318057 4 0.0162 0.8136 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318058 4 0.3843 0.7563 0.020 0.052 0.100 0.828 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.6403 0.5408 0.020 0.132 0.000 0.600 0.072 0.176
#> GSM1317946 4 0.4854 0.6190 0.184 0.008 0.000 0.704 0.092 0.012
#> GSM1317947 3 0.4495 0.4817 0.004 0.008 0.648 0.000 0.312 0.028
#> GSM1317948 5 0.2078 0.7947 0.012 0.000 0.032 0.000 0.916 0.040
#> GSM1317949 5 0.3161 0.7953 0.136 0.028 0.008 0.000 0.828 0.000
#> GSM1317950 5 0.2854 0.7508 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> GSM1317953 1 0.3102 0.7154 0.816 0.000 0.000 0.000 0.156 0.028
#> GSM1317954 1 0.4150 0.4325 0.616 0.008 0.000 0.000 0.368 0.008
#> GSM1317955 1 0.2631 0.6733 0.876 0.004 0.000 0.000 0.044 0.076
#> GSM1317956 5 0.3309 0.6533 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM1317957 1 0.4345 0.3883 0.628 0.012 0.016 0.344 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.1714 0.8295 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM1317959 4 0.1232 0.8661 0.004 0.000 0.000 0.956 0.016 0.024
#> GSM1317960 5 0.3112 0.7380 0.028 0.000 0.008 0.008 0.848 0.108
#> GSM1317961 1 0.4076 0.3920 0.648 0.004 0.336 0.008 0.000 0.004
#> GSM1317962 1 0.5690 0.5027 0.560 0.012 0.000 0.276 0.152 0.000
#> GSM1317963 1 0.4804 0.5938 0.720 0.000 0.004 0.024 0.160 0.092
#> GSM1317964 1 0.2776 0.7051 0.860 0.000 0.000 0.000 0.088 0.052
#> GSM1317965 3 0.0603 0.8633 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317966 1 0.3764 0.4528 0.700 0.004 0.288 0.004 0.000 0.004
#> GSM1317967 4 0.1074 0.8647 0.028 0.000 0.012 0.960 0.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.2994 0.6919 0.788 0.004 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM1317969 4 0.4282 0.2633 0.020 0.000 0.420 0.560 0.000 0.000
#> GSM1317970 4 0.1845 0.8468 0.072 0.004 0.008 0.916 0.000 0.000
#> GSM1317952 5 0.2375 0.7775 0.020 0.000 0.016 0.000 0.896 0.068
#> GSM1317951 1 0.3449 0.6977 0.780 0.008 0.000 0.000 0.196 0.016
#> GSM1317971 3 0.2796 0.7985 0.080 0.016 0.876 0.020 0.000 0.008
#> GSM1317972 1 0.4360 0.6813 0.764 0.108 0.000 0.032 0.096 0.000
#> GSM1317973 4 0.3023 0.7168 0.000 0.004 0.000 0.784 0.000 0.212
#> GSM1317974 1 0.3425 0.6921 0.848 0.024 0.000 0.072 0.040 0.016
#> GSM1317975 2 0.1075 0.9299 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.3864 0.0451 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM1317979 3 0.5953 0.3466 0.020 0.000 0.540 0.036 0.344 0.060
#> GSM1317980 3 0.0603 0.8666 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317981 2 0.1075 0.9306 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.1341 0.8638 0.000 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM1317983 5 0.2838 0.7672 0.188 0.000 0.000 0.000 0.808 0.004
#> GSM1317984 3 0.0458 0.8676 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317985 3 0.0692 0.8648 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM1317986 5 0.3190 0.7278 0.220 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008
#> GSM1317987 2 0.0790 0.9371 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.0363 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317989 5 0.4717 0.6568 0.092 0.000 0.180 0.012 0.712 0.004
#> GSM1317990 2 0.0790 0.9371 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.4839 0.4612 0.304 0.060 0.628 0.004 0.000 0.004
#> GSM1317992 2 0.4239 0.8006 0.084 0.788 0.048 0.076 0.000 0.004
#> GSM1317993 2 0.0458 0.9402 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0291 0.8673 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317977 5 0.0603 0.8293 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000
#> GSM1317976 1 0.3455 0.7081 0.832 0.068 0.012 0.000 0.084 0.004
#> GSM1317995 3 0.0363 0.8681 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317996 4 0.5055 0.0628 0.420 0.008 0.000 0.516 0.000 0.056
#> GSM1317997 3 0.0363 0.8681 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317998 5 0.1285 0.8357 0.052 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM1317999 5 0.1910 0.8237 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM1318002 2 0.2471 0.9026 0.056 0.888 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM1318003 2 0.1895 0.9129 0.016 0.912 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.1257 0.8667 0.020 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000
#> GSM1318005 4 0.0363 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318006 5 0.2163 0.8305 0.096 0.004 0.000 0.000 0.892 0.008
#> GSM1318007 4 0.1837 0.8632 0.020 0.000 0.004 0.932 0.032 0.012
#> GSM1318008 5 0.1007 0.8349 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM1318009 4 0.0653 0.8689 0.004 0.004 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM1318010 3 0.0458 0.8676 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318011 5 0.0622 0.8207 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM1318012 5 0.2201 0.7858 0.028 0.000 0.000 0.028 0.912 0.032
#> GSM1318013 4 0.0951 0.8685 0.004 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008
#> GSM1318014 5 0.0806 0.8221 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> GSM1318015 2 0.1649 0.9289 0.032 0.932 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0603 0.8666 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM1318000 4 0.2462 0.8114 0.028 0.096 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.1829 0.9218 0.024 0.920 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.1714 0.8296 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM1318019 4 0.0881 0.8688 0.008 0.012 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM1318020 3 0.0665 0.8643 0.008 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318021 2 0.0520 0.9420 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.1713 0.7805 0.044 0.000 0.028 0.000 0.000 0.928
#> GSM1318023 5 0.1765 0.8278 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM1318024 2 0.1010 0.9384 0.036 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0458 0.8639 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.1194 0.9394 0.032 0.956 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.1003 0.8652 0.028 0.004 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.2612 0.7246 0.868 0.008 0.000 0.000 0.108 0.016
#> GSM1318029 3 0.1863 0.7913 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM1318018 5 0.2020 0.8289 0.096 0.000 0.000 0.000 0.896 0.008
#> GSM1318030 4 0.2446 0.8430 0.008 0.000 0.008 0.900 0.040 0.044
#> GSM1318031 3 0.0820 0.8586 0.016 0.000 0.972 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.5329 0.2384 0.024 0.000 0.000 0.492 0.432 0.052
#> GSM1318034 3 0.3512 0.5613 0.000 0.000 0.720 0.000 0.272 0.008
#> GSM1318035 2 0.0146 0.9400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.2876 0.7946 0.016 0.000 0.000 0.844 0.132 0.008
#> GSM1318037 4 0.2296 0.8498 0.012 0.000 0.008 0.908 0.052 0.020
#> GSM1318038 6 0.2239 0.7746 0.012 0.004 0.052 0.004 0.016 0.912
#> GSM1318039 1 0.3860 -0.2498 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM1318040 3 0.3845 0.6505 0.028 0.204 0.756 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.1346 0.8505 0.024 0.008 0.952 0.016 0.000 0.000
#> GSM1317914 6 0.3637 0.7294 0.008 0.040 0.164 0.000 0.000 0.788
#> GSM1317915 6 0.3795 0.5285 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.632
#> GSM1317916 6 0.2448 0.7466 0.064 0.000 0.000 0.000 0.052 0.884
#> GSM1317917 6 0.2612 0.7585 0.020 0.004 0.036 0.012 0.028 0.900
#> GSM1317918 6 0.3288 0.6508 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM1317919 6 0.5714 0.5023 0.196 0.000 0.296 0.000 0.000 0.508
#> GSM1317920 6 0.5569 0.5377 0.180 0.000 0.280 0.000 0.000 0.540
#> GSM1317921 6 0.2784 0.7763 0.028 0.000 0.124 0.000 0.000 0.848
#> GSM1317922 6 0.1946 0.7873 0.012 0.000 0.072 0.000 0.004 0.912
#> GSM1317923 6 0.2174 0.7817 0.008 0.000 0.088 0.008 0.000 0.896
#> GSM1317924 3 0.0993 0.8546 0.024 0.000 0.964 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0146 0.9400 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 6 0.2696 0.7655 0.116 0.000 0.028 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317927 2 0.0547 0.9385 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.3875 0.5937 0.004 0.700 0.016 0.000 0.000 0.280
#> GSM1317929 1 0.4405 0.3710 0.688 0.000 0.072 0.000 0.000 0.240
#> GSM1317930 2 0.2750 0.8298 0.000 0.844 0.000 0.020 0.000 0.136
#> GSM1317931 3 0.4560 0.5930 0.012 0.048 0.708 0.000 0.008 0.224
#> GSM1317932 2 0.0146 0.9390 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0632 0.9373 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.0260 0.9396 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.4636 0.2047 0.004 0.432 0.532 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317936 3 0.1225 0.8555 0.004 0.004 0.956 0.000 0.004 0.032
#> GSM1317937 5 0.1625 0.8353 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012
#> GSM1317938 2 0.1958 0.8892 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0260 0.9395 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.2515 0.7259 0.876 0.008 0.004 0.000 0.104 0.008
#> GSM1317941 4 0.2244 0.8253 0.100 0.004 0.004 0.888 0.004 0.000
#> GSM1317942 2 0.1007 0.9312 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0865 0.9347 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0146 0.9400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0146 0.8675 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317897 1 0.3073 0.7133 0.824 0.008 0.000 0.000 0.152 0.016
#> GSM1317898 5 0.2237 0.8282 0.068 0.036 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM1317899 5 0.4854 0.1526 0.020 0.436 0.000 0.000 0.520 0.024
#> GSM1317900 3 0.1370 0.8483 0.036 0.000 0.948 0.012 0.000 0.004
#> GSM1317901 5 0.2462 0.8091 0.132 0.000 0.004 0.000 0.860 0.004
#> GSM1317902 5 0.1196 0.8349 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008
#> GSM1317903 5 0.2006 0.8256 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> GSM1317904 4 0.0458 0.8684 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317905 4 0.1890 0.8502 0.060 0.000 0.024 0.916 0.000 0.000
#> GSM1317906 4 0.2050 0.8557 0.048 0.008 0.012 0.920 0.000 0.012
#> GSM1317907 4 0.4877 0.6957 0.016 0.004 0.016 0.724 0.068 0.172
#> GSM1317908 3 0.0837 0.8662 0.004 0.004 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317909 5 0.5215 0.5426 0.024 0.000 0.248 0.004 0.648 0.076
#> GSM1317910 6 0.4927 0.4249 0.400 0.000 0.056 0.004 0.000 0.540
#> GSM1317911 5 0.3239 0.7939 0.056 0.000 0.000 0.040 0.852 0.052
#> GSM1317912 4 0.6633 0.3692 0.032 0.000 0.036 0.504 0.312 0.116
#> GSM1317913 4 0.1350 0.8644 0.008 0.000 0.000 0.952 0.020 0.020
#> GSM1318041 5 0.5417 0.4100 0.028 0.000 0.300 0.012 0.608 0.052
#> GSM1318042 3 0.0363 0.8681 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318043 3 0.0363 0.8681 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318044 5 0.1584 0.8355 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008
#> GSM1318045 5 0.1196 0.8355 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008
#> GSM1318046 5 0.0520 0.8248 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM1318047 5 0.1565 0.8026 0.028 0.000 0.004 0.000 0.940 0.028
#> GSM1318048 5 0.3979 0.1973 0.000 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> GSM1318049 5 0.1644 0.8300 0.028 0.000 0.040 0.000 0.932 0.000
#> GSM1318050 4 0.1554 0.8606 0.008 0.004 0.000 0.940 0.004 0.044
#> GSM1318051 4 0.0603 0.8681 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM1318052 4 0.0547 0.8674 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.1082 0.8629 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0260 0.8690 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0665 0.8666 0.008 0.000 0.980 0.008 0.000 0.004
#> GSM1318056 4 0.1003 0.8654 0.028 0.004 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0363 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318058 4 0.2308 0.8363 0.040 0.000 0.068 0.892 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> MAD:NMF 159 0.548974 7.27e-02 0.010485 0.174 2
#> MAD:NMF 157 0.674598 2.52e-01 0.051618 0.488 3
#> MAD:NMF 118 0.229939 6.52e-02 0.000424 0.583 4
#> MAD:NMF 130 0.004280 4.50e-04 0.008573 0.386 5
#> MAD:NMF 144 0.000753 4.73e-11 0.001204 0.355 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.602 0.843 0.930 0.3488 0.682 0.682
#> 3 3 0.413 0.591 0.747 0.6311 0.712 0.586
#> 4 4 0.527 0.663 0.761 0.2373 0.811 0.561
#> 5 5 0.556 0.550 0.737 0.0374 0.916 0.719
#> 6 6 0.598 0.677 0.750 0.0344 0.865 0.546
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317947 1 0.9998 0.0744 0.508 0.492
#> GSM1317948 1 0.0672 0.9210 0.992 0.008
#> GSM1317949 1 0.8955 0.5791 0.688 0.312
#> GSM1317950 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317957 1 0.6247 0.8113 0.844 0.156
#> GSM1317958 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.0376 0.9056 0.004 0.996
#> GSM1317962 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0672 0.9210 0.992 0.008
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0376 0.9056 0.004 0.996
#> GSM1317967 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317969 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1317970 1 0.6247 0.8113 0.844 0.156
#> GSM1317952 1 0.0672 0.9210 0.992 0.008
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317971 1 0.9661 0.3970 0.608 0.392
#> GSM1317972 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317973 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317975 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.7674 0.7242 0.776 0.224
#> GSM1317980 1 0.9993 0.0968 0.516 0.484
#> GSM1317981 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317982 1 0.8267 0.6753 0.740 0.260
#> GSM1317983 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317984 1 0.9996 0.0812 0.512 0.488
#> GSM1317985 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317987 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317988 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.1414 0.9142 0.980 0.020
#> GSM1317990 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.9170 0.5260 0.332 0.668
#> GSM1317992 1 0.9661 0.3970 0.608 0.392
#> GSM1317993 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317994 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.1414 0.9142 0.980 0.020
#> GSM1317976 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317996 1 0.0376 0.9231 0.996 0.004
#> GSM1317997 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318002 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318003 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318005 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318007 1 0.0938 0.9190 0.988 0.012
#> GSM1318008 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318009 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318010 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0376 0.9230 0.996 0.004
#> GSM1318012 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318013 1 0.0938 0.9190 0.988 0.012
#> GSM1318014 1 0.0376 0.9230 0.996 0.004
#> GSM1318015 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318000 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318016 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318019 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.9635 0.3706 0.388 0.612
#> GSM1318021 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318022 2 0.9170 0.5249 0.332 0.668
#> GSM1318023 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318024 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318025 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318026 1 0.6247 0.8113 0.844 0.156
#> GSM1318027 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1318028 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318030 1 0.2236 0.9067 0.964 0.036
#> GSM1318031 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318034 1 1.0000 0.0480 0.504 0.496
#> GSM1318035 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0938 0.9187 0.988 0.012
#> GSM1318037 1 0.2236 0.9067 0.964 0.036
#> GSM1318038 1 0.7950 0.7015 0.760 0.240
#> GSM1318039 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.6973 0.7639 0.188 0.812
#> GSM1317915 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317917 1 0.7950 0.7015 0.760 0.240
#> GSM1317918 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317919 2 0.6887 0.7673 0.184 0.816
#> GSM1317920 2 0.1414 0.8982 0.020 0.980
#> GSM1317921 2 0.6887 0.7673 0.184 0.816
#> GSM1317922 2 0.2043 0.8908 0.032 0.968
#> GSM1317923 2 0.9323 0.5050 0.348 0.652
#> GSM1317924 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317925 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317926 2 0.0938 0.9022 0.012 0.988
#> GSM1317927 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317928 1 0.4815 0.8584 0.896 0.104
#> GSM1317929 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317930 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317931 1 0.7219 0.7532 0.800 0.200
#> GSM1317932 1 0.4815 0.8584 0.896 0.104
#> GSM1317933 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317934 1 0.4815 0.8584 0.896 0.104
#> GSM1317935 1 0.4815 0.8584 0.896 0.104
#> GSM1317936 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317938 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317939 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.0938 0.9187 0.988 0.012
#> GSM1317942 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317943 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317944 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317896 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.1414 0.9157 0.980 0.020
#> GSM1317902 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317905 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1317906 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1317907 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317908 1 0.9922 0.2305 0.552 0.448
#> GSM1317909 1 0.7674 0.7242 0.776 0.224
#> GSM1317910 1 0.7674 0.7242 0.776 0.224
#> GSM1317911 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1317913 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.6801 0.7790 0.820 0.180
#> GSM1318042 1 1.0000 0.0480 0.504 0.496
#> GSM1318043 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> GSM1318049 1 0.6801 0.7790 0.820 0.180
#> GSM1318050 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318051 1 0.0000 0.9248 1.000 0.000
#> GSM1318052 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1318053 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1318054 1 0.6048 0.8195 0.852 0.148
#> GSM1318055 2 0.7376 0.7351 0.208 0.792
#> GSM1318056 1 0.8327 0.6633 0.736 0.264
#> GSM1318057 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> GSM1318058 2 0.8713 0.6037 0.292 0.708
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317946 1 0.2356 0.6846 0.928 0.072 0.000
#> GSM1317947 2 0.9027 0.3119 0.160 0.532 0.308
#> GSM1317948 1 0.4978 0.5539 0.780 0.216 0.004
#> GSM1317949 2 0.8702 0.5735 0.292 0.568 0.140
#> GSM1317950 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.4178 0.5925 0.172 0.828 0.000
#> GSM1317958 1 0.0237 0.6836 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317959 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317960 1 0.1860 0.6466 0.948 0.052 0.000
#> GSM1317961 3 0.2165 0.8991 0.000 0.064 0.936
#> GSM1317962 1 0.0892 0.6881 0.980 0.020 0.000
#> GSM1317963 1 0.4978 0.5539 0.780 0.216 0.004
#> GSM1317964 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.1860 0.9019 0.000 0.052 0.948
#> GSM1317966 3 0.2165 0.8991 0.000 0.064 0.936
#> GSM1317967 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1317968 1 0.0892 0.6881 0.980 0.020 0.000
#> GSM1317969 2 0.4702 0.5516 0.212 0.788 0.000
#> GSM1317970 2 0.4178 0.5925 0.172 0.828 0.000
#> GSM1317952 1 0.4978 0.5539 0.780 0.216 0.004
#> GSM1317951 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.5734 0.5052 0.048 0.788 0.164
#> GSM1317972 1 0.2356 0.6846 0.928 0.072 0.000
#> GSM1317973 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317974 1 0.2356 0.6846 0.928 0.072 0.000
#> GSM1317975 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317978 1 0.2356 0.6846 0.928 0.072 0.000
#> GSM1317979 2 0.8514 0.5172 0.372 0.528 0.100
#> GSM1317980 2 0.8173 0.3349 0.116 0.620 0.264
#> GSM1317981 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317982 2 0.8312 0.5661 0.324 0.576 0.100
#> GSM1317983 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.8203 0.3311 0.116 0.616 0.268
#> GSM1317985 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1317986 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317988 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317989 1 0.5843 0.4978 0.732 0.252 0.016
#> GSM1317990 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317991 2 0.6468 -0.1808 0.004 0.552 0.444
#> GSM1317992 2 0.5734 0.5052 0.048 0.788 0.164
#> GSM1317993 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317994 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1317977 1 0.4840 0.6254 0.816 0.168 0.016
#> GSM1317976 1 0.1643 0.6884 0.956 0.044 0.000
#> GSM1317995 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1317996 1 0.6154 0.5578 0.592 0.408 0.000
#> GSM1317997 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1317998 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0747 0.6768 0.984 0.016 0.000
#> GSM1318002 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318003 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318004 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318005 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.6204 -0.0916 0.424 0.576 0.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318010 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318011 1 0.4834 0.5643 0.792 0.204 0.004
#> GSM1318012 1 0.2165 0.6490 0.936 0.064 0.000
#> GSM1318013 2 0.6204 -0.0916 0.424 0.576 0.000
#> GSM1318014 1 0.4931 0.5521 0.784 0.212 0.004
#> GSM1318015 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318001 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318000 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318016 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318020 2 0.7339 -0.0110 0.036 0.572 0.392
#> GSM1318021 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318022 2 0.6267 -0.2107 0.000 0.548 0.452
#> GSM1318023 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318025 3 0.2356 0.8434 0.000 0.072 0.928
#> GSM1318026 2 0.4178 0.5925 0.172 0.828 0.000
#> GSM1318027 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1318028 1 0.1753 0.6505 0.952 0.048 0.000
#> GSM1318029 3 0.2066 0.9002 0.000 0.060 0.940
#> GSM1318018 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 1 0.6822 -0.0687 0.508 0.480 0.012
#> GSM1318031 3 0.2356 0.8434 0.000 0.072 0.928
#> GSM1318033 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.8262 0.3057 0.116 0.608 0.276
#> GSM1318035 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318036 1 0.6082 0.5374 0.692 0.296 0.012
#> GSM1318037 1 0.6822 -0.0687 0.508 0.480 0.012
#> GSM1318038 2 0.8434 0.5469 0.336 0.560 0.104
#> GSM1318039 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.2356 0.8434 0.000 0.072 0.928
#> GSM1318032 3 0.2356 0.8434 0.000 0.072 0.928
#> GSM1317914 3 0.5988 0.5775 0.000 0.368 0.632
#> GSM1317915 1 0.1411 0.6615 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317916 1 0.1411 0.6615 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317917 2 0.8434 0.5469 0.336 0.560 0.104
#> GSM1317918 1 0.1411 0.6615 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317919 3 0.5760 0.6359 0.000 0.328 0.672
#> GSM1317920 3 0.2356 0.8910 0.000 0.072 0.928
#> GSM1317921 3 0.5760 0.6359 0.000 0.328 0.672
#> GSM1317922 3 0.3816 0.8424 0.000 0.148 0.852
#> GSM1317923 3 0.8157 0.3074 0.072 0.412 0.516
#> GSM1317924 3 0.2356 0.8434 0.000 0.072 0.928
#> GSM1317925 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317926 3 0.2165 0.8942 0.000 0.064 0.936
#> GSM1317927 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317928 2 0.6497 0.4828 0.336 0.648 0.016
#> GSM1317929 3 0.1860 0.8993 0.000 0.052 0.948
#> GSM1317930 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317931 2 0.6606 0.5907 0.236 0.716 0.048
#> GSM1317932 2 0.6473 0.4842 0.332 0.652 0.016
#> GSM1317933 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317934 2 0.6473 0.4842 0.332 0.652 0.016
#> GSM1317935 2 0.6473 0.4842 0.332 0.652 0.016
#> GSM1317936 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1317937 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317939 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317940 1 0.1753 0.6505 0.952 0.048 0.000
#> GSM1317941 1 0.3845 0.6702 0.872 0.116 0.012
#> GSM1317942 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317943 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317944 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317896 3 0.1860 0.9019 0.000 0.052 0.948
#> GSM1317897 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.1411 0.6874 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317899 1 0.1289 0.6876 0.968 0.032 0.000
#> GSM1317900 3 0.1860 0.9019 0.000 0.052 0.948
#> GSM1317901 1 0.6008 0.2748 0.664 0.332 0.004
#> GSM1317902 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317905 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1317906 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1317907 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317908 2 0.8423 0.3825 0.156 0.616 0.228
#> GSM1317909 2 0.8549 0.4940 0.384 0.516 0.100
#> GSM1317910 2 0.8549 0.4940 0.384 0.516 0.100
#> GSM1317911 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1317913 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318041 2 0.8334 0.3915 0.440 0.480 0.080
#> GSM1318042 2 0.8262 0.3057 0.116 0.608 0.276
#> GSM1318043 3 0.1753 0.9023 0.000 0.048 0.952
#> GSM1318044 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.6857 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.1860 0.6466 0.948 0.052 0.000
#> GSM1318048 2 0.8419 0.4546 0.408 0.504 0.088
#> GSM1318049 2 0.8334 0.3905 0.440 0.480 0.080
#> GSM1318050 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318051 1 0.6140 0.5653 0.596 0.404 0.000
#> GSM1318052 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1318053 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1318054 2 0.4346 0.5836 0.184 0.816 0.000
#> GSM1318055 3 0.6045 0.5260 0.000 0.380 0.620
#> GSM1318056 2 0.5042 0.5951 0.104 0.836 0.060
#> GSM1318057 2 0.4452 0.5784 0.192 0.808 0.000
#> GSM1318058 2 0.6291 -0.2883 0.000 0.532 0.468
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.4961 -0.2101 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM1317947 4 0.4939 0.3192 0.040 0.000 0.220 0.740
#> GSM1317948 1 0.6939 0.4333 0.540 0.128 0.000 0.332
#> GSM1317949 4 0.4569 0.5028 0.144 0.004 0.052 0.800
#> GSM1317950 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.6360 0.5358 0.064 0.420 0.000 0.516
#> GSM1317958 1 0.3577 0.8226 0.832 0.156 0.000 0.012
#> GSM1317959 2 0.0469 0.8790 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.4344 0.7741 0.816 0.108 0.000 0.076
#> GSM1317961 3 0.2530 0.8716 0.004 0.000 0.896 0.100
#> GSM1317962 1 0.4500 0.7451 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.6939 0.4333 0.540 0.128 0.000 0.332
#> GSM1317964 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.2216 0.8740 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317966 3 0.2530 0.8716 0.004 0.000 0.896 0.100
#> GSM1317967 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1317968 1 0.4500 0.7451 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM1317969 4 0.6658 0.5054 0.084 0.444 0.000 0.472
#> GSM1317970 4 0.6360 0.5358 0.064 0.420 0.000 0.516
#> GSM1317952 1 0.6939 0.4333 0.540 0.128 0.000 0.332
#> GSM1317951 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317971 4 0.7354 0.5052 0.012 0.276 0.152 0.560
#> GSM1317972 2 0.4961 -0.2101 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.0524 0.8702 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM1317974 2 0.4961 -0.2101 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317978 2 0.4961 -0.2101 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM1317979 4 0.5321 0.5358 0.204 0.044 0.012 0.740
#> GSM1317980 4 0.4238 0.3745 0.028 0.000 0.176 0.796
#> GSM1317981 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.4866 0.5539 0.160 0.044 0.012 0.784
#> GSM1317983 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317984 4 0.4281 0.3710 0.028 0.000 0.180 0.792
#> GSM1317985 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317986 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0524 0.8702 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM1317989 1 0.7426 0.2417 0.488 0.188 0.000 0.324
#> GSM1317990 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317991 4 0.6043 -0.0967 0.016 0.020 0.412 0.552
#> GSM1317992 4 0.7354 0.5052 0.012 0.276 0.152 0.560
#> GSM1317993 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317977 1 0.7706 0.3604 0.424 0.348 0.000 0.228
#> GSM1317976 1 0.5277 0.7334 0.668 0.304 0.000 0.028
#> GSM1317995 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317996 2 0.0524 0.8786 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM1317997 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317998 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.3616 0.7971 0.852 0.112 0.000 0.036
#> GSM1318002 2 0.0188 0.8783 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318003 2 0.0376 0.8814 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM1318004 2 0.0657 0.8774 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318005 2 0.0657 0.8774 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318006 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.6147 0.2049 0.128 0.672 0.000 0.200
#> GSM1318008 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0469 0.8790 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1318011 1 0.6862 0.4691 0.560 0.128 0.000 0.312
#> GSM1318012 1 0.4646 0.7618 0.796 0.120 0.000 0.084
#> GSM1318013 2 0.6147 0.2049 0.128 0.672 0.000 0.200
#> GSM1318014 1 0.6685 0.4317 0.568 0.108 0.000 0.324
#> GSM1318015 2 0.0188 0.8783 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318001 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1318000 2 0.0469 0.8790 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0376 0.8814 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM1318020 4 0.5277 0.1628 0.028 0.000 0.304 0.668
#> GSM1318021 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318022 4 0.5545 -0.0960 0.020 0.004 0.364 0.612
#> GSM1318023 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.3474 0.7605 0.068 0.000 0.868 0.064
#> GSM1318026 4 0.6360 0.5358 0.064 0.420 0.000 0.516
#> GSM1318027 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1318028 1 0.4514 0.8116 0.796 0.148 0.000 0.056
#> GSM1318029 3 0.2345 0.8721 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM1318018 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.7589 0.3450 0.196 0.400 0.000 0.404
#> GSM1318031 3 0.3474 0.7605 0.068 0.000 0.868 0.064
#> GSM1318033 1 0.4304 0.7861 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM1318034 4 0.4365 0.3609 0.028 0.000 0.188 0.784
#> GSM1318035 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318036 2 0.6602 0.3743 0.164 0.628 0.000 0.208
#> GSM1318037 4 0.7589 0.3450 0.196 0.400 0.000 0.404
#> GSM1318038 4 0.5321 0.5337 0.192 0.044 0.016 0.748
#> GSM1318039 1 0.4764 0.8353 0.748 0.220 0.000 0.032
#> GSM1318040 3 0.3474 0.7605 0.068 0.000 0.868 0.064
#> GSM1318032 3 0.3474 0.7605 0.068 0.000 0.868 0.064
#> GSM1317914 3 0.5537 0.4437 0.012 0.004 0.544 0.440
#> GSM1317915 1 0.3400 0.7382 0.872 0.064 0.000 0.064
#> GSM1317916 1 0.3400 0.7382 0.872 0.064 0.000 0.064
#> GSM1317917 4 0.5321 0.5337 0.192 0.044 0.016 0.748
#> GSM1317918 1 0.3400 0.7382 0.872 0.064 0.000 0.064
#> GSM1317919 3 0.5306 0.5970 0.020 0.000 0.632 0.348
#> GSM1317920 3 0.2530 0.8641 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM1317921 3 0.5306 0.5970 0.020 0.000 0.632 0.348
#> GSM1317922 3 0.3942 0.7622 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM1317923 3 0.6616 0.3116 0.068 0.004 0.476 0.452
#> GSM1317924 3 0.3474 0.7605 0.068 0.000 0.868 0.064
#> GSM1317925 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.2408 0.8676 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317927 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.6592 0.5541 0.076 0.368 0.004 0.552
#> GSM1317929 3 0.2216 0.8712 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317930 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317931 4 0.6138 0.5497 0.012 0.360 0.036 0.592
#> GSM1317932 4 0.6603 0.5509 0.076 0.372 0.004 0.548
#> GSM1317933 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.6603 0.5509 0.076 0.372 0.004 0.548
#> GSM1317935 4 0.6603 0.5509 0.076 0.372 0.004 0.548
#> GSM1317936 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1317937 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.4514 0.8116 0.796 0.148 0.000 0.056
#> GSM1317941 2 0.5869 0.0648 0.360 0.596 0.000 0.044
#> GSM1317942 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.2216 0.8740 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317897 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.4957 0.7093 0.684 0.300 0.000 0.016
#> GSM1317899 1 0.4730 0.6723 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.2216 0.8740 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317901 1 0.6500 0.0787 0.484 0.072 0.000 0.444
#> GSM1317902 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0336 0.8816 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1317906 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1317907 2 0.0657 0.8704 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM1317908 4 0.3999 0.4113 0.036 0.000 0.140 0.824
#> GSM1317909 4 0.5217 0.5190 0.232 0.028 0.012 0.728
#> GSM1317910 4 0.5217 0.5190 0.232 0.028 0.012 0.728
#> GSM1317911 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0657 0.8704 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM1317913 2 0.0657 0.8704 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM1318041 4 0.5416 0.4912 0.260 0.048 0.000 0.692
#> GSM1318042 4 0.4365 0.3609 0.028 0.000 0.188 0.784
#> GSM1318043 3 0.2149 0.8745 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM1318044 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.3801 0.8451 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.4344 0.7741 0.816 0.108 0.000 0.076
#> GSM1318048 4 0.5372 0.5074 0.256 0.032 0.008 0.704
#> GSM1318049 4 0.5393 0.4915 0.268 0.044 0.000 0.688
#> GSM1318050 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0188 0.8838 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1318053 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1318054 4 0.6265 0.5079 0.056 0.444 0.000 0.500
#> GSM1318055 3 0.4888 0.4510 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM1318056 4 0.6828 0.4733 0.016 0.432 0.060 0.492
#> GSM1318057 4 0.6387 0.5103 0.064 0.444 0.000 0.492
#> GSM1318058 4 0.5882 -0.1905 0.016 0.012 0.436 0.536
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317946 4 0.4273 -0.2658 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM1317947 5 0.4624 0.3955 0.012 0.016 0.296 0.000 0.676
#> GSM1317948 1 0.6451 0.3263 0.520 0.020 0.004 0.100 0.356
#> GSM1317949 5 0.5103 0.5308 0.136 0.012 0.128 0.000 0.724
#> GSM1317950 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317953 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317954 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317955 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317956 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317957 4 0.8007 -0.1363 0.100 0.112 0.020 0.388 0.380
#> GSM1317958 1 0.2741 0.8070 0.860 0.004 0.000 0.132 0.004
#> GSM1317959 4 0.0404 0.7453 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1317960 1 0.3977 0.7399 0.820 0.020 0.000 0.100 0.060
#> GSM1317961 3 0.0798 0.7892 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM1317962 1 0.3796 0.7499 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM1317963 1 0.6451 0.3263 0.520 0.020 0.004 0.100 0.356
#> GSM1317964 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317965 3 0.0404 0.7916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317966 3 0.0798 0.7892 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM1317967 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1317968 1 0.3796 0.7499 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM1317969 4 0.8022 -0.0483 0.120 0.100 0.020 0.432 0.328
#> GSM1317970 4 0.8007 -0.1363 0.100 0.112 0.020 0.388 0.380
#> GSM1317952 1 0.6451 0.3263 0.520 0.020 0.004 0.100 0.356
#> GSM1317951 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317971 5 0.8238 0.2818 0.016 0.168 0.120 0.248 0.448
#> GSM1317972 4 0.4273 -0.2658 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM1317973 4 0.0510 0.7393 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317974 4 0.4273 -0.2658 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM1317975 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317978 4 0.4273 -0.2658 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM1317979 5 0.5819 0.5426 0.200 0.020 0.084 0.016 0.680
#> GSM1317980 5 0.4299 0.4507 0.028 0.008 0.220 0.000 0.744
#> GSM1317981 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317982 5 0.5857 0.5440 0.164 0.032 0.084 0.020 0.700
#> GSM1317983 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317984 5 0.4329 0.4481 0.028 0.008 0.224 0.000 0.740
#> GSM1317985 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317986 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317987 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317988 4 0.0510 0.7393 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317989 1 0.6596 0.1318 0.496 0.008 0.004 0.152 0.340
#> GSM1317990 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317991 5 0.6895 -0.0334 0.020 0.168 0.400 0.000 0.412
#> GSM1317992 5 0.8238 0.2818 0.016 0.168 0.120 0.248 0.448
#> GSM1317993 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317994 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317977 1 0.6840 0.2891 0.416 0.000 0.004 0.324 0.256
#> GSM1317976 1 0.4527 0.7400 0.692 0.000 0.000 0.272 0.036
#> GSM1317995 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317996 4 0.0960 0.7374 0.004 0.008 0.000 0.972 0.016
#> GSM1317997 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317998 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317999 1 0.2608 0.7700 0.888 0.004 0.000 0.088 0.020
#> GSM1318002 4 0.0290 0.7443 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318003 4 0.0290 0.7476 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318004 4 0.0609 0.7434 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318005 4 0.0609 0.7434 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318006 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318007 4 0.5847 0.3588 0.152 0.024 0.000 0.664 0.160
#> GSM1318008 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318009 4 0.0404 0.7453 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318010 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318011 1 0.6386 0.3736 0.544 0.020 0.004 0.100 0.332
#> GSM1318012 1 0.4393 0.7177 0.792 0.020 0.000 0.100 0.088
#> GSM1318013 4 0.5847 0.3588 0.152 0.024 0.000 0.664 0.160
#> GSM1318014 1 0.6186 0.3306 0.556 0.020 0.004 0.080 0.340
#> GSM1318015 4 0.0290 0.7443 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318001 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318000 4 0.0404 0.7453 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318016 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318017 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318019 4 0.0290 0.7476 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1318020 5 0.5026 0.2456 0.028 0.008 0.356 0.000 0.608
#> GSM1318021 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318022 5 0.7590 -0.2054 0.044 0.264 0.320 0.000 0.372
#> GSM1318023 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318024 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318025 2 0.4227 0.7997 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1318026 4 0.8007 -0.1363 0.100 0.112 0.020 0.388 0.380
#> GSM1318027 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1318028 1 0.3467 0.7937 0.832 0.004 0.000 0.128 0.036
#> GSM1318029 3 0.0833 0.7892 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016
#> GSM1318018 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318030 5 0.7266 0.2491 0.204 0.032 0.000 0.372 0.392
#> GSM1318031 2 0.4227 0.7997 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.3814 0.7812 0.720 0.004 0.000 0.276 0.000
#> GSM1318034 5 0.4443 0.4381 0.028 0.008 0.240 0.000 0.724
#> GSM1318035 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318036 4 0.6164 0.2873 0.156 0.012 0.000 0.596 0.236
#> GSM1318037 5 0.7266 0.2491 0.204 0.032 0.000 0.372 0.392
#> GSM1318038 5 0.6602 0.3769 0.192 0.240 0.012 0.004 0.552
#> GSM1318039 1 0.4425 0.8249 0.744 0.004 0.000 0.204 0.048
#> GSM1318040 2 0.4227 0.7997 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1318032 2 0.4227 0.7997 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.6906 0.2165 0.016 0.272 0.480 0.000 0.232
#> GSM1317915 1 0.2842 0.6914 0.888 0.012 0.000 0.044 0.056
#> GSM1317916 1 0.2842 0.6914 0.888 0.012 0.000 0.044 0.056
#> GSM1317917 5 0.6602 0.3769 0.192 0.240 0.012 0.004 0.552
#> GSM1317918 1 0.2842 0.6914 0.888 0.012 0.000 0.044 0.056
#> GSM1317919 3 0.6291 0.3967 0.036 0.144 0.624 0.000 0.196
#> GSM1317920 3 0.2529 0.7246 0.004 0.056 0.900 0.000 0.040
#> GSM1317921 3 0.6291 0.3967 0.036 0.144 0.624 0.000 0.196
#> GSM1317922 3 0.4314 0.5383 0.004 0.124 0.780 0.000 0.092
#> GSM1317923 3 0.7377 0.1512 0.064 0.160 0.468 0.000 0.308
#> GSM1317924 2 0.4227 0.7997 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM1317925 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317926 3 0.2369 0.7299 0.004 0.056 0.908 0.000 0.032
#> GSM1317927 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317928 5 0.7696 0.3112 0.112 0.100 0.008 0.328 0.452
#> GSM1317929 3 0.1329 0.7684 0.004 0.032 0.956 0.000 0.008
#> GSM1317930 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317931 5 0.6488 0.3227 0.016 0.100 0.012 0.324 0.548
#> GSM1317932 5 0.7704 0.3035 0.112 0.100 0.008 0.332 0.448
#> GSM1317933 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317934 5 0.7704 0.3035 0.112 0.100 0.008 0.332 0.448
#> GSM1317935 5 0.7704 0.3035 0.112 0.100 0.008 0.332 0.448
#> GSM1317936 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317937 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317938 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317939 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317940 1 0.3467 0.7937 0.832 0.004 0.000 0.128 0.036
#> GSM1317941 4 0.5240 -0.0211 0.360 0.000 0.000 0.584 0.056
#> GSM1317942 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317943 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317944 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317896 3 0.0404 0.7916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317897 1 0.3143 0.8406 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317898 1 0.3928 0.6986 0.700 0.000 0.000 0.296 0.004
#> GSM1317899 1 0.4074 0.6672 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM1317900 3 0.0404 0.7916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317901 1 0.5839 -0.0798 0.472 0.020 0.004 0.040 0.464
#> GSM1317902 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317903 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317904 4 0.0290 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM1317905 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1317906 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1317907 4 0.0609 0.7393 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317908 5 0.4037 0.4696 0.028 0.008 0.188 0.000 0.776
#> GSM1317909 5 0.5530 0.5334 0.204 0.020 0.084 0.004 0.688
#> GSM1317910 5 0.5530 0.5334 0.204 0.020 0.084 0.004 0.688
#> GSM1317911 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1317912 4 0.0609 0.7393 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317913 4 0.0609 0.7393 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318041 5 0.5860 0.5114 0.256 0.020 0.060 0.016 0.648
#> GSM1318042 5 0.4443 0.4381 0.028 0.008 0.240 0.000 0.724
#> GSM1318043 3 0.0290 0.7915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318044 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318045 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318046 1 0.3300 0.8410 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> GSM1318047 1 0.3977 0.7399 0.820 0.020 0.000 0.100 0.060
#> GSM1318048 5 0.5405 0.5194 0.248 0.016 0.060 0.004 0.672
#> GSM1318049 5 0.5810 0.5104 0.264 0.020 0.060 0.012 0.644
#> GSM1318050 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318051 4 0.0162 0.7488 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM1318052 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1318053 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1318054 4 0.7818 -0.0433 0.092 0.100 0.020 0.432 0.356
#> GSM1318055 3 0.6628 -0.2355 0.000 0.372 0.408 0.000 0.220
#> GSM1318056 4 0.7409 -0.0895 0.016 0.116 0.048 0.424 0.396
#> GSM1318057 4 0.7883 -0.0394 0.100 0.100 0.020 0.432 0.348
#> GSM1318058 2 0.7131 0.0172 0.012 0.380 0.228 0.004 0.376
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317946 5 0.3659 0.3030 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM1317947 3 0.5499 0.3844 0.028 0.008 0.624 0.080 0.000 0.260
#> GSM1317948 3 0.4214 0.1529 0.000 0.004 0.528 0.008 0.460 0.000
#> GSM1317949 3 0.3948 0.5224 0.016 0.004 0.804 0.080 0.004 0.092
#> GSM1317950 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317953 5 0.0806 0.8269 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM1317954 5 0.1124 0.8228 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> GSM1317955 5 0.1124 0.8228 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> GSM1317956 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.5422 0.7411 0.000 0.276 0.160 0.564 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.1531 0.7772 0.000 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> GSM1317959 2 0.2793 0.9388 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM1317960 5 0.3104 0.6461 0.000 0.004 0.204 0.004 0.788 0.000
#> GSM1317961 6 0.0551 0.8264 0.008 0.004 0.004 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317962 5 0.2443 0.7629 0.000 0.096 0.020 0.004 0.880 0.000
#> GSM1317963 3 0.4211 0.1613 0.000 0.004 0.532 0.008 0.456 0.000
#> GSM1317964 5 0.0806 0.8269 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM1317965 6 0.0146 0.8278 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM1317966 6 0.0551 0.8264 0.008 0.004 0.004 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317967 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1317968 5 0.2443 0.7629 0.000 0.096 0.020 0.004 0.880 0.000
#> GSM1317969 4 0.5669 0.7476 0.000 0.320 0.176 0.504 0.000 0.000
#> GSM1317970 4 0.5422 0.7411 0.000 0.276 0.160 0.564 0.000 0.000
#> GSM1317952 3 0.4214 0.1529 0.000 0.004 0.528 0.008 0.460 0.000
#> GSM1317951 5 0.1124 0.8228 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> GSM1317971 4 0.5337 0.4978 0.024 0.144 0.052 0.708 0.000 0.072
#> GSM1317972 5 0.3659 0.3030 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM1317973 2 0.2946 0.9284 0.000 0.812 0.012 0.000 0.176 0.000
#> GSM1317974 5 0.3659 0.3030 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM1317975 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317978 5 0.3659 0.3030 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM1317979 3 0.3268 0.5202 0.000 0.016 0.852 0.068 0.008 0.056
#> GSM1317980 3 0.5894 0.4215 0.020 0.012 0.604 0.184 0.000 0.180
#> GSM1317981 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317982 3 0.4627 0.3513 0.000 0.024 0.704 0.216 0.000 0.056
#> GSM1317983 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.5920 0.4183 0.020 0.012 0.600 0.184 0.000 0.184
#> GSM1317985 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317988 2 0.2946 0.9284 0.000 0.812 0.012 0.000 0.176 0.000
#> GSM1317989 3 0.5615 0.2579 0.000 0.112 0.520 0.012 0.356 0.000
#> GSM1317990 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317991 4 0.5668 -0.0679 0.028 0.016 0.052 0.552 0.000 0.352
#> GSM1317992 4 0.5337 0.4978 0.024 0.144 0.052 0.708 0.000 0.072
#> GSM1317993 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317994 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 5 0.6130 0.0416 0.000 0.208 0.372 0.008 0.412 0.000
#> GSM1317976 5 0.3862 0.7139 0.000 0.104 0.100 0.008 0.788 0.000
#> GSM1317995 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.3441 0.9259 0.000 0.784 0.004 0.024 0.188 0.000
#> GSM1317997 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317999 5 0.2333 0.7174 0.000 0.004 0.120 0.004 0.872 0.000
#> GSM1318002 2 0.2738 0.9391 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> GSM1318003 2 0.2805 0.9458 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184 0.000
#> GSM1318004 2 0.2948 0.9336 0.000 0.804 0.008 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318005 2 0.2948 0.9336 0.000 0.804 0.008 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318006 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.4733 0.1748 0.000 0.668 0.240 0.088 0.004 0.000
#> GSM1318008 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.2793 0.9388 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM1318010 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 3 0.4227 0.0687 0.000 0.004 0.500 0.008 0.488 0.000
#> GSM1318012 5 0.3411 0.6038 0.000 0.004 0.232 0.008 0.756 0.000
#> GSM1318013 2 0.4733 0.1748 0.000 0.668 0.240 0.088 0.004 0.000
#> GSM1318014 3 0.4306 0.1384 0.000 0.004 0.520 0.012 0.464 0.000
#> GSM1318015 2 0.2738 0.9391 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> GSM1318001 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.2793 0.9388 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM1318016 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318017 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.2805 0.9458 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184 0.000
#> GSM1318020 3 0.6459 0.1519 0.020 0.012 0.452 0.168 0.000 0.348
#> GSM1318021 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318022 6 0.8682 0.1084 0.216 0.168 0.108 0.200 0.000 0.308
#> GSM1318023 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318025 1 0.3076 1.0000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1318026 4 0.5422 0.7411 0.000 0.276 0.160 0.564 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1318028 5 0.2982 0.7315 0.000 0.008 0.152 0.012 0.828 0.000
#> GSM1318029 6 0.0551 0.8261 0.008 0.004 0.004 0.000 0.000 0.984
#> GSM1318018 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318030 3 0.6062 -0.2626 0.000 0.372 0.452 0.160 0.016 0.000
#> GSM1318031 1 0.3076 1.0000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1318033 5 0.1444 0.7916 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM1318034 3 0.6019 0.4081 0.020 0.012 0.584 0.180 0.000 0.204
#> GSM1318035 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318036 2 0.6182 0.2640 0.000 0.440 0.340 0.012 0.208 0.000
#> GSM1318037 3 0.6062 -0.2626 0.000 0.372 0.452 0.160 0.016 0.000
#> GSM1318038 3 0.5824 0.3214 0.180 0.020 0.572 0.228 0.000 0.000
#> GSM1318039 5 0.2250 0.7936 0.000 0.000 0.064 0.040 0.896 0.000
#> GSM1318040 1 0.3076 1.0000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1318032 1 0.3076 1.0000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1317914 6 0.7621 0.3117 0.232 0.068 0.056 0.200 0.000 0.444
#> GSM1317915 5 0.4374 0.5593 0.000 0.012 0.224 0.052 0.712 0.000
#> GSM1317916 5 0.4374 0.5593 0.000 0.012 0.224 0.052 0.712 0.000
#> GSM1317917 3 0.5824 0.3214 0.180 0.020 0.572 0.228 0.000 0.000
#> GSM1317918 5 0.4374 0.5593 0.000 0.012 0.224 0.052 0.712 0.000
#> GSM1317919 6 0.6444 0.5146 0.136 0.164 0.020 0.080 0.000 0.600
#> GSM1317920 6 0.2763 0.7732 0.052 0.012 0.004 0.052 0.000 0.880
#> GSM1317921 6 0.6444 0.5146 0.136 0.164 0.020 0.080 0.000 0.600
#> GSM1317922 6 0.4715 0.6058 0.120 0.004 0.032 0.104 0.000 0.740
#> GSM1317923 6 0.8065 0.2781 0.116 0.164 0.172 0.104 0.000 0.444
#> GSM1317924 1 0.3076 1.0000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1317925 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317926 6 0.2551 0.7777 0.052 0.004 0.004 0.052 0.000 0.888
#> GSM1317927 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317928 4 0.6392 0.6008 0.012 0.316 0.296 0.376 0.000 0.000
#> GSM1317929 6 0.1680 0.8052 0.040 0.004 0.004 0.016 0.000 0.936
#> GSM1317930 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317931 4 0.6111 0.5654 0.012 0.320 0.200 0.468 0.000 0.000
#> GSM1317932 4 0.6390 0.6048 0.012 0.320 0.292 0.376 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317934 4 0.6390 0.6048 0.012 0.320 0.292 0.376 0.000 0.000
#> GSM1317935 4 0.6390 0.6048 0.012 0.320 0.292 0.376 0.000 0.000
#> GSM1317936 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317939 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317940 5 0.2982 0.7315 0.000 0.008 0.152 0.012 0.828 0.000
#> GSM1317941 5 0.5352 -0.0204 0.000 0.408 0.084 0.008 0.500 0.000
#> GSM1317942 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317943 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317944 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1317896 6 0.0291 0.8275 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317897 5 0.0806 0.8269 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM1317898 5 0.3786 0.6987 0.000 0.168 0.064 0.000 0.768 0.000
#> GSM1317899 5 0.2527 0.7054 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM1317900 6 0.0291 0.8275 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317901 3 0.3878 0.4247 0.000 0.004 0.668 0.008 0.320 0.000
#> GSM1317902 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317903 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.2762 0.9420 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM1317905 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1317906 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1317907 2 0.3014 0.9259 0.000 0.804 0.012 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317908 3 0.5715 0.4414 0.020 0.012 0.628 0.188 0.000 0.152
#> GSM1317909 3 0.1964 0.5449 0.000 0.008 0.920 0.012 0.004 0.056
#> GSM1317910 3 0.1964 0.5449 0.000 0.008 0.920 0.012 0.004 0.056
#> GSM1317911 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.3014 0.9259 0.000 0.804 0.012 0.000 0.184 0.000
#> GSM1317913 2 0.3014 0.9259 0.000 0.804 0.012 0.000 0.184 0.000
#> GSM1318041 3 0.2896 0.5490 0.000 0.008 0.876 0.020 0.064 0.032
#> GSM1318042 3 0.6019 0.4081 0.020 0.012 0.584 0.180 0.000 0.204
#> GSM1318043 6 0.0000 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318045 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318046 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318047 5 0.3104 0.6461 0.000 0.004 0.204 0.004 0.788 0.000
#> GSM1318048 3 0.3235 0.5533 0.004 0.008 0.864 0.040 0.052 0.032
#> GSM1318049 3 0.2750 0.5498 0.000 0.008 0.884 0.016 0.060 0.032
#> GSM1318050 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318051 2 0.2697 0.9482 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM1318052 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.5428 0.7542 0.000 0.320 0.140 0.540 0.000 0.000
#> GSM1318055 4 0.6293 -0.3105 0.276 0.000 0.008 0.384 0.000 0.332
#> GSM1318056 4 0.4949 0.6688 0.024 0.312 0.044 0.620 0.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.5543 0.7580 0.000 0.320 0.156 0.524 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.6277 -0.0966 0.276 0.004 0.040 0.532 0.000 0.148
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:hclust 154 0.5149 0.1561 0.9388 0.469 2
#> ATC:hclust 137 0.2186 0.1236 0.7331 0.206 3
#> ATC:hclust 129 0.2172 0.2864 0.2762 0.364 4
#> ATC:hclust 108 0.0370 0.1177 0.0261 0.577 5
#> ATC:hclust 127 0.0135 0.0317 0.0503 0.668 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.959 0.980 0.4144 0.592 0.592
#> 3 3 0.664 0.854 0.893 0.5679 0.704 0.518
#> 4 4 0.737 0.753 0.843 0.1275 0.820 0.534
#> 5 5 0.673 0.650 0.755 0.0653 0.952 0.815
#> 6 6 0.719 0.599 0.727 0.0509 0.934 0.714
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317949 1 0.8267 0.662 0.740 0.260
#> GSM1317950 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317953 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317954 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317955 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317956 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317957 1 0.8763 0.572 0.704 0.296
#> GSM1317958 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317959 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317961 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317964 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317965 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317967 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1317968 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317969 1 0.9775 0.289 0.588 0.412
#> GSM1317970 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317951 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317971 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317972 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317973 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317975 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317979 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317980 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317981 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317982 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317983 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317984 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317987 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317988 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317990 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317992 2 0.6973 0.784 0.188 0.812
#> GSM1317993 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317994 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317976 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317995 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317996 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317997 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317999 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318002 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318003 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318005 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318007 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318008 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318009 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318010 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318012 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318013 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318015 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318000 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318016 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318019 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318021 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318022 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318024 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318025 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1318026 2 0.7139 0.772 0.196 0.804
#> GSM1318027 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318029 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318030 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> GSM1318031 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1318033 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318034 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318035 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> GSM1318037 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318038 2 0.7815 0.698 0.232 0.768
#> GSM1318039 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318040 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1318032 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317914 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317915 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317916 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317917 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317918 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317919 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317920 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317922 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317923 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317925 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317926 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317927 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317928 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317930 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317931 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1317932 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317933 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317934 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317935 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> GSM1317936 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317938 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317939 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317941 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317942 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317943 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317944 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317896 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317898 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317899 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317900 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317902 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317903 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317904 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317905 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317906 1 0.9815 0.264 0.580 0.420
#> GSM1317907 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317908 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> GSM1317910 2 0.2236 0.952 0.036 0.964
#> GSM1317911 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1317912 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1317913 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318042 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318045 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318046 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318047 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318048 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM1318050 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318051 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318052 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318053 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318054 1 0.8763 0.574 0.704 0.296
#> GSM1318055 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1318056 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> GSM1318057 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> GSM1318058 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317946 2 0.5733 0.778 0.324 0.676 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317949 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.6126 0.660 0.400 0.600 0.000
#> GSM1317963 1 0.1643 0.883 0.956 0.044 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.4605 0.776 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1317972 2 0.6274 0.544 0.456 0.544 0.000
#> GSM1317973 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317974 2 0.5706 0.783 0.320 0.680 0.000
#> GSM1317975 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317980 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1317981 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317982 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1317985 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317988 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317989 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317990 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.1529 0.885 0.960 0.040 0.000
#> GSM1318002 2 0.4931 0.860 0.232 0.768 0.000
#> GSM1318003 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318004 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318005 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.4842 0.761 0.776 0.224 0.000
#> GSM1318015 2 0.4605 0.853 0.204 0.796 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318016 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318020 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1318021 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318022 3 0.4750 0.821 0.000 0.216 0.784
#> GSM1318023 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1318035 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318036 2 0.5905 0.740 0.352 0.648 0.000
#> GSM1318037 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.5138 0.798 0.000 0.252 0.748
#> GSM1318039 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317916 1 0.4842 0.761 0.776 0.224 0.000
#> GSM1317917 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317918 1 0.2878 0.850 0.904 0.096 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1317924 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317928 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317931 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1317932 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317934 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317939 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317940 1 0.3752 0.818 0.856 0.144 0.000
#> GSM1317941 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317942 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317943 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317944 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317902 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317905 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317908 3 0.5016 0.807 0.000 0.240 0.760
#> GSM1317909 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1317910 1 0.6965 0.681 0.696 0.244 0.060
#> GSM1317911 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1317913 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318041 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1318042 3 0.5058 0.804 0.000 0.244 0.756
#> GSM1318043 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 1 0.9463 0.329 0.500 0.244 0.256
#> GSM1318049 1 0.5058 0.742 0.756 0.244 0.000
#> GSM1318050 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318051 2 0.5058 0.863 0.244 0.756 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0747 0.777 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318057 2 0.0000 0.790 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.0376 0.9270 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM1317946 2 0.2385 0.8470 0.028 0.920 0.000 0.052
#> GSM1317947 3 0.5062 0.6275 0.024 0.000 0.692 0.284
#> GSM1317948 4 0.4679 0.2281 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM1317949 4 0.4086 0.4348 0.216 0.000 0.008 0.776
#> GSM1317950 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.3383 0.8888 0.872 0.076 0.000 0.052
#> GSM1317954 1 0.3383 0.8888 0.872 0.076 0.000 0.052
#> GSM1317955 1 0.4285 0.8761 0.820 0.076 0.000 0.104
#> GSM1317956 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.5112 0.4763 0.004 0.436 0.000 0.560
#> GSM1317958 1 0.1557 0.9005 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.2053 0.8808 0.004 0.924 0.000 0.072
#> GSM1317960 1 0.3099 0.8518 0.876 0.020 0.000 0.104
#> GSM1317961 3 0.1284 0.9341 0.024 0.000 0.964 0.012
#> GSM1317962 2 0.6286 0.2043 0.384 0.552 0.000 0.064
#> GSM1317963 1 0.3908 0.7715 0.784 0.004 0.000 0.212
#> GSM1317964 1 0.3383 0.8888 0.872 0.076 0.000 0.052
#> GSM1317965 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317966 3 0.0188 0.9416 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM1317967 4 0.5132 0.4560 0.004 0.448 0.000 0.548
#> GSM1317968 1 0.3464 0.8870 0.868 0.076 0.000 0.056
#> GSM1317969 4 0.3052 0.6189 0.004 0.136 0.000 0.860
#> GSM1317970 4 0.5396 0.4227 0.012 0.464 0.000 0.524
#> GSM1317952 1 0.4624 0.5708 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM1317951 1 0.4285 0.8761 0.820 0.076 0.000 0.104
#> GSM1317971 4 0.5206 0.3628 0.024 0.000 0.308 0.668
#> GSM1317972 2 0.5917 0.3602 0.320 0.624 0.000 0.056
#> GSM1317973 2 0.3015 0.8138 0.024 0.884 0.000 0.092
#> GSM1317974 2 0.2363 0.8486 0.024 0.920 0.000 0.056
#> GSM1317975 2 0.0188 0.9277 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317978 1 0.3533 0.8850 0.864 0.080 0.000 0.056
#> GSM1317979 4 0.3837 0.4745 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM1317980 4 0.5088 0.3469 0.024 0.000 0.288 0.688
#> GSM1317981 2 0.0188 0.9277 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317982 4 0.3401 0.6160 0.008 0.152 0.000 0.840
#> GSM1317983 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317984 4 0.5620 0.1365 0.024 0.000 0.416 0.560
#> GSM1317985 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317986 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0188 0.9277 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317988 2 0.3015 0.8138 0.024 0.884 0.000 0.092
#> GSM1317989 4 0.2973 0.5248 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.1406 0.9327 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM1317992 4 0.5112 0.4763 0.004 0.436 0.000 0.560
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317977 1 0.3176 0.8658 0.880 0.036 0.000 0.084
#> GSM1317976 1 0.4428 0.8688 0.808 0.068 0.000 0.124
#> GSM1317995 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317996 2 0.2081 0.8624 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1317997 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317998 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.1637 0.8684 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1318002 2 0.1059 0.9078 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.3080 0.8120 0.024 0.880 0.000 0.096
#> GSM1318005 2 0.0707 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318006 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.5436 0.5316 0.024 0.356 0.000 0.620
#> GSM1318008 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0895 0.9377 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM1318011 1 0.2831 0.8373 0.876 0.004 0.000 0.120
#> GSM1318012 1 0.3245 0.8774 0.880 0.056 0.000 0.064
#> GSM1318013 4 0.5536 0.5083 0.024 0.384 0.000 0.592
#> GSM1318014 1 0.4454 0.6129 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM1318015 2 0.2197 0.8488 0.024 0.928 0.000 0.048
#> GSM1318001 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0188 0.9276 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318020 4 0.5663 0.0781 0.024 0.000 0.440 0.536
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.5780 0.0702 0.028 0.000 0.496 0.476
#> GSM1318023 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.1833 0.9292 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM1318026 4 0.5147 0.4388 0.004 0.460 0.000 0.536
#> GSM1318027 4 0.5281 0.4250 0.008 0.464 0.000 0.528
#> GSM1318028 1 0.3591 0.8379 0.824 0.008 0.000 0.168
#> GSM1318029 3 0.1629 0.9303 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM1318018 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.4741 0.5584 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM1318031 3 0.1833 0.9292 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM1318033 1 0.2742 0.8987 0.900 0.076 0.000 0.024
#> GSM1318034 4 0.4955 0.3743 0.024 0.000 0.268 0.708
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.7858 -0.0501 0.396 0.316 0.000 0.288
#> GSM1318037 4 0.5110 0.5556 0.016 0.328 0.000 0.656
#> GSM1318038 4 0.2799 0.5532 0.008 0.000 0.108 0.884
#> GSM1318039 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.1833 0.9292 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM1318032 3 0.1833 0.9292 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM1317914 3 0.1629 0.9303 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM1317915 1 0.2266 0.8631 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM1317916 1 0.2216 0.8579 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM1317917 4 0.3528 0.5218 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM1317918 1 0.3494 0.8321 0.824 0.004 0.000 0.172
#> GSM1317919 3 0.1406 0.9338 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM1317920 3 0.1629 0.9303 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM1317921 3 0.1629 0.9303 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM1317922 3 0.1520 0.9409 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM1317923 4 0.5600 0.2161 0.028 0.000 0.376 0.596
#> GSM1317924 3 0.1833 0.9292 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0895 0.9389 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.5203 0.5015 0.008 0.416 0.000 0.576
#> GSM1317929 3 0.1004 0.9424 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317931 4 0.4095 0.5083 0.024 0.000 0.172 0.804
#> GSM1317932 4 0.5193 0.5039 0.008 0.412 0.000 0.580
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.5193 0.5039 0.008 0.412 0.000 0.580
#> GSM1317935 4 0.2781 0.6230 0.008 0.072 0.016 0.904
#> GSM1317936 3 0.0707 0.9387 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317937 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.3569 0.8178 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM1317941 2 0.1042 0.9190 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317897 1 0.3383 0.8888 0.872 0.076 0.000 0.052
#> GSM1317898 1 0.2565 0.8996 0.912 0.056 0.000 0.032
#> GSM1317899 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317901 1 0.4250 0.6530 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM1317902 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0707 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317905 4 0.5193 0.5039 0.008 0.412 0.000 0.580
#> GSM1317906 4 0.5060 0.5042 0.004 0.412 0.000 0.584
#> GSM1317907 4 0.5452 0.5316 0.024 0.360 0.000 0.616
#> GSM1317908 4 0.5523 0.1825 0.024 0.000 0.380 0.596
#> GSM1317909 4 0.4040 0.4229 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM1317910 4 0.4332 0.5159 0.176 0.000 0.032 0.792
#> GSM1317911 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.4744 0.5804 0.024 0.736 0.000 0.240
#> GSM1317913 2 0.1724 0.8989 0.020 0.948 0.000 0.032
#> GSM1318041 4 0.3444 0.5261 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM1318042 4 0.5560 0.1877 0.024 0.000 0.392 0.584
#> GSM1318043 3 0.0707 0.9387 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318044 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.1940 0.9052 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.2987 0.8512 0.880 0.016 0.000 0.104
#> GSM1318048 4 0.4701 0.5309 0.164 0.000 0.056 0.780
#> GSM1318049 1 0.4907 0.4224 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM1318050 2 0.0707 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318051 2 0.0707 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318052 4 0.5285 0.4158 0.008 0.468 0.000 0.524
#> GSM1318053 4 0.5281 0.4250 0.008 0.464 0.000 0.528
#> GSM1318054 4 0.5088 0.4921 0.004 0.424 0.000 0.572
#> GSM1318055 3 0.0817 0.9430 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1318056 4 0.6354 0.4645 0.024 0.428 0.024 0.524
#> GSM1318057 4 0.5273 0.4400 0.008 0.456 0.000 0.536
#> GSM1318058 3 0.2174 0.9041 0.020 0.000 0.928 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 2 0.2230 0.828337 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> GSM1317946 2 0.4444 0.725768 0.104 0.788 0.000 0.020 0.088
#> GSM1317947 5 0.6171 -0.000584 0.004 0.000 0.416 0.116 0.464
#> GSM1317948 5 0.6834 0.318792 0.256 0.004 0.000 0.320 0.420
#> GSM1317949 5 0.5658 0.443177 0.096 0.000 0.000 0.332 0.572
#> GSM1317950 1 0.1877 0.806984 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317953 1 0.4138 0.767235 0.776 0.064 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317954 1 0.4215 0.766113 0.768 0.064 0.000 0.000 0.168
#> GSM1317955 1 0.4589 0.752496 0.724 0.064 0.000 0.000 0.212
#> GSM1317956 1 0.1877 0.806984 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317957 4 0.3750 0.729777 0.000 0.232 0.000 0.756 0.012
#> GSM1317958 1 0.2278 0.784830 0.908 0.032 0.000 0.000 0.060
#> GSM1317959 2 0.4749 0.676401 0.004 0.736 0.000 0.172 0.088
#> GSM1317960 1 0.5249 0.642528 0.692 0.012 0.000 0.084 0.212
#> GSM1317961 3 0.3551 0.774366 0.008 0.000 0.772 0.000 0.220
#> GSM1317962 2 0.7926 0.001270 0.288 0.380 0.000 0.080 0.252
#> GSM1317963 1 0.6777 0.210280 0.428 0.004 0.000 0.232 0.336
#> GSM1317964 1 0.4098 0.768999 0.780 0.064 0.000 0.000 0.156
#> GSM1317965 3 0.0000 0.804063 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.3419 0.789131 0.016 0.000 0.804 0.000 0.180
#> GSM1317967 4 0.3395 0.730485 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM1317968 1 0.4289 0.765636 0.760 0.064 0.000 0.000 0.176
#> GSM1317969 4 0.2370 0.531088 0.000 0.040 0.000 0.904 0.056
#> GSM1317970 4 0.4096 0.712375 0.004 0.260 0.000 0.724 0.012
#> GSM1317952 1 0.6697 0.228713 0.456 0.004 0.000 0.220 0.320
#> GSM1317951 1 0.4830 0.744360 0.684 0.060 0.000 0.000 0.256
#> GSM1317971 4 0.5779 0.087473 0.000 0.000 0.172 0.616 0.212
#> GSM1317972 2 0.6905 0.226544 0.276 0.492 0.000 0.020 0.212
#> GSM1317973 2 0.5037 0.639695 0.016 0.724 0.000 0.180 0.080
#> GSM1317974 2 0.4781 0.708277 0.092 0.760 0.000 0.020 0.128
#> GSM1317975 2 0.1605 0.846963 0.004 0.944 0.000 0.040 0.012
#> GSM1317978 1 0.5094 0.748843 0.724 0.080 0.000 0.020 0.176
#> GSM1317979 4 0.6024 -0.392415 0.116 0.000 0.000 0.472 0.412
#> GSM1317980 5 0.6599 0.448428 0.000 0.000 0.268 0.268 0.464
#> GSM1317981 2 0.1605 0.846963 0.004 0.944 0.000 0.040 0.012
#> GSM1317982 4 0.2376 0.542435 0.000 0.052 0.000 0.904 0.044
#> GSM1317983 1 0.1877 0.806984 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317984 5 0.6695 0.247479 0.000 0.000 0.368 0.240 0.392
#> GSM1317985 3 0.0000 0.804063 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.1877 0.806984 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317987 2 0.1605 0.846963 0.004 0.944 0.000 0.040 0.012
#> GSM1317988 2 0.4935 0.616899 0.012 0.720 0.000 0.200 0.068
#> GSM1317989 4 0.5687 -0.353576 0.080 0.000 0.000 0.484 0.436
#> GSM1317990 2 0.1492 0.847061 0.004 0.948 0.000 0.040 0.008
#> GSM1317991 3 0.3336 0.772412 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM1317992 4 0.3779 0.728081 0.000 0.236 0.000 0.752 0.012
#> GSM1317993 2 0.1153 0.852474 0.004 0.964 0.000 0.024 0.008
#> GSM1317994 3 0.0000 0.804063 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.5863 0.628842 0.652 0.036 0.000 0.084 0.228
#> GSM1317976 1 0.6090 0.657873 0.544 0.056 0.000 0.036 0.364
#> GSM1317995 3 0.0000 0.804063 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.3819 0.694197 0.004 0.772 0.000 0.208 0.016
#> GSM1317997 3 0.0000 0.804063 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.1764 0.807054 0.928 0.064 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317999 1 0.3523 0.728801 0.824 0.004 0.000 0.032 0.140
#> GSM1318002 2 0.2177 0.810476 0.004 0.908 0.000 0.080 0.008
#> GSM1318003 2 0.0865 0.853249 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM1318004 2 0.5668 0.547805 0.016 0.664 0.000 0.204 0.116
#> GSM1318005 2 0.2580 0.819925 0.000 0.892 0.000 0.064 0.044
#> GSM1318006 1 0.2193 0.807375 0.912 0.060 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318007 4 0.5648 0.597992 0.004 0.196 0.000 0.648 0.152
#> GSM1318008 1 0.2037 0.806068 0.920 0.064 0.000 0.004 0.012
#> GSM1318009 2 0.2152 0.832768 0.004 0.920 0.000 0.032 0.044
#> GSM1318010 3 0.2773 0.793627 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM1318011 1 0.5527 0.579287 0.660 0.004 0.000 0.136 0.200
#> GSM1318012 1 0.5785 0.667686 0.672 0.056 0.000 0.064 0.208
#> GSM1318013 4 0.6011 0.579561 0.004 0.220 0.000 0.600 0.176
#> GSM1318014 1 0.6366 0.358876 0.528 0.004 0.000 0.176 0.292
#> GSM1318015 2 0.2463 0.785173 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008
#> GSM1318001 3 0.0162 0.802973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318000 2 0.1285 0.845120 0.004 0.956 0.000 0.004 0.036
#> GSM1318016 2 0.1492 0.847061 0.004 0.948 0.000 0.040 0.008
#> GSM1318017 1 0.1638 0.807456 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318019 2 0.0865 0.852978 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> GSM1318020 3 0.6460 -0.114501 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> GSM1318021 2 0.1153 0.852474 0.004 0.964 0.000 0.024 0.008
#> GSM1318022 3 0.6641 0.066782 0.016 0.000 0.440 0.140 0.404
#> GSM1318023 1 0.1478 0.807632 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1492 0.847061 0.004 0.948 0.000 0.040 0.008
#> GSM1318025 3 0.2484 0.757295 0.004 0.000 0.900 0.028 0.068
#> GSM1318026 4 0.3689 0.723742 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> GSM1318027 4 0.3963 0.716878 0.004 0.256 0.000 0.732 0.008
#> GSM1318028 1 0.5186 0.641491 0.612 0.008 0.000 0.040 0.340
#> GSM1318029 3 0.4169 0.747232 0.016 0.000 0.724 0.004 0.256
#> GSM1318018 1 0.1638 0.807456 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318030 4 0.3236 0.672836 0.000 0.152 0.000 0.828 0.020
#> GSM1318031 3 0.2484 0.757295 0.004 0.000 0.900 0.028 0.068
#> GSM1318033 1 0.4039 0.767380 0.824 0.080 0.000 0.036 0.060
#> GSM1318034 5 0.5901 0.572983 0.000 0.000 0.132 0.300 0.568
#> GSM1318035 2 0.1026 0.852806 0.004 0.968 0.000 0.024 0.004
#> GSM1318036 4 0.8431 0.077923 0.212 0.172 0.000 0.312 0.304
#> GSM1318037 4 0.4690 0.621826 0.004 0.140 0.000 0.748 0.108
#> GSM1318038 5 0.6068 0.478640 0.032 0.000 0.052 0.424 0.492
#> GSM1318039 1 0.3213 0.796228 0.860 0.064 0.000 0.004 0.072
#> GSM1318040 3 0.2484 0.757295 0.004 0.000 0.900 0.028 0.068
#> GSM1318032 3 0.2484 0.757295 0.004 0.000 0.900 0.028 0.068
#> GSM1317914 3 0.4387 0.730116 0.016 0.000 0.704 0.008 0.272
#> GSM1317915 1 0.3829 0.729175 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> GSM1317916 1 0.4425 0.685089 0.716 0.000 0.000 0.040 0.244
#> GSM1317917 5 0.6190 0.414522 0.100 0.000 0.012 0.384 0.504
#> GSM1317918 1 0.5350 0.416051 0.488 0.000 0.000 0.052 0.460
#> GSM1317919 3 0.3883 0.762480 0.008 0.000 0.744 0.004 0.244
#> GSM1317920 3 0.4387 0.730116 0.016 0.000 0.704 0.008 0.272
#> GSM1317921 3 0.4230 0.727395 0.008 0.000 0.704 0.008 0.280
#> GSM1317922 3 0.4342 0.740242 0.016 0.000 0.724 0.012 0.248
#> GSM1317923 5 0.6785 0.257139 0.008 0.000 0.328 0.212 0.452
#> GSM1317924 3 0.2484 0.757295 0.004 0.000 0.900 0.028 0.068
#> GSM1317925 2 0.1492 0.847061 0.004 0.948 0.000 0.040 0.008
#> GSM1317926 3 0.4209 0.750714 0.016 0.000 0.732 0.008 0.244
#> GSM1317927 2 0.0865 0.853216 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317928 4 0.3852 0.725198 0.000 0.220 0.000 0.760 0.020
#> GSM1317929 3 0.3213 0.797587 0.016 0.000 0.836 0.004 0.144
#> GSM1317930 2 0.0510 0.853851 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM1317931 4 0.4763 0.152221 0.000 0.000 0.076 0.712 0.212
#> GSM1317932 4 0.4037 0.725993 0.004 0.224 0.000 0.752 0.020
#> GSM1317933 2 0.0865 0.853216 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317934 4 0.4037 0.725993 0.004 0.224 0.000 0.752 0.020
#> GSM1317935 4 0.3391 0.262010 0.000 0.000 0.012 0.800 0.188
#> GSM1317936 3 0.3048 0.788248 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> GSM1317937 1 0.1478 0.807632 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0324 0.852151 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317939 2 0.0566 0.853579 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317940 1 0.6060 0.477570 0.492 0.000 0.000 0.124 0.384
#> GSM1317941 2 0.2740 0.825241 0.004 0.888 0.000 0.044 0.064
#> GSM1317942 2 0.0833 0.848471 0.004 0.976 0.000 0.004 0.016
#> GSM1317943 2 0.0162 0.852404 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0865 0.853216 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> GSM1317896 3 0.0968 0.795559 0.004 0.000 0.972 0.012 0.012
#> GSM1317897 1 0.4138 0.768305 0.776 0.064 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317898 1 0.4897 0.722119 0.712 0.036 0.000 0.024 0.228
#> GSM1317899 1 0.2609 0.798859 0.896 0.068 0.000 0.008 0.028
#> GSM1317900 3 0.1200 0.797741 0.008 0.000 0.964 0.012 0.016
#> GSM1317901 1 0.6202 0.348276 0.484 0.000 0.000 0.144 0.372
#> GSM1317902 1 0.1478 0.807632 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.1478 0.807632 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.2740 0.821315 0.004 0.888 0.000 0.064 0.044
#> GSM1317905 4 0.3366 0.730204 0.004 0.212 0.000 0.784 0.000
#> GSM1317906 4 0.3274 0.730873 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM1317907 4 0.6569 0.542458 0.032 0.204 0.000 0.584 0.180
#> GSM1317908 5 0.6581 0.361292 0.000 0.000 0.316 0.228 0.456
#> GSM1317909 5 0.6183 0.464450 0.136 0.000 0.000 0.408 0.456
#> GSM1317910 5 0.6299 0.500510 0.084 0.000 0.024 0.404 0.488
#> GSM1317911 1 0.1764 0.807054 0.928 0.064 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317912 2 0.7442 -0.122286 0.044 0.412 0.000 0.332 0.212
#> GSM1317913 2 0.3317 0.795012 0.004 0.852 0.000 0.088 0.056
#> GSM1318041 4 0.5826 -0.354058 0.096 0.000 0.000 0.500 0.404
#> GSM1318042 5 0.6667 0.363748 0.000 0.000 0.320 0.248 0.432
#> GSM1318043 3 0.2890 0.795043 0.004 0.000 0.836 0.000 0.160
#> GSM1318044 1 0.1478 0.807632 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.1410 0.808024 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.1764 0.807054 0.928 0.064 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318047 1 0.4928 0.665099 0.724 0.012 0.000 0.072 0.192
#> GSM1318048 5 0.6408 0.514247 0.076 0.000 0.036 0.396 0.492
#> GSM1318049 5 0.6650 0.074647 0.360 0.000 0.000 0.228 0.412
#> GSM1318050 2 0.2673 0.823569 0.004 0.892 0.000 0.060 0.044
#> GSM1318051 2 0.2464 0.829398 0.004 0.904 0.000 0.048 0.044
#> GSM1318052 4 0.3844 0.718815 0.004 0.256 0.000 0.736 0.004
#> GSM1318053 4 0.3844 0.718815 0.004 0.256 0.000 0.736 0.004
#> GSM1318054 4 0.3336 0.731086 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM1318055 3 0.0807 0.795842 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM1318056 4 0.4519 0.700124 0.000 0.228 0.000 0.720 0.052
#> GSM1318057 4 0.3817 0.726996 0.004 0.252 0.000 0.740 0.004
#> GSM1318058 3 0.5063 0.654540 0.004 0.000 0.712 0.164 0.120
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.3727 0.74544 0.188 0.768 0.000 0.040 0.000 0.004
#> GSM1317946 2 0.6019 0.57677 0.192 0.608 0.000 0.012 0.152 0.036
#> GSM1317947 6 0.5529 0.55504 0.116 0.000 0.276 0.012 0.004 0.592
#> GSM1317948 1 0.5380 0.38214 0.636 0.000 0.000 0.036 0.088 0.240
#> GSM1317949 1 0.6253 0.07327 0.464 0.000 0.000 0.124 0.044 0.368
#> GSM1317950 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317953 5 0.4941 0.62649 0.168 0.028 0.000 0.016 0.720 0.068
#> GSM1317954 5 0.5391 0.60013 0.184 0.028 0.000 0.020 0.680 0.088
#> GSM1317955 5 0.6235 0.46828 0.240 0.028 0.000 0.024 0.576 0.132
#> GSM1317956 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317957 4 0.1909 0.84206 0.004 0.052 0.000 0.920 0.000 0.024
#> GSM1317958 5 0.1957 0.68001 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM1317959 2 0.5170 0.57709 0.296 0.596 0.000 0.104 0.000 0.004
#> GSM1317960 5 0.4472 -0.11678 0.476 0.000 0.000 0.000 0.496 0.028
#> GSM1317961 3 0.3650 0.66871 0.004 0.000 0.716 0.000 0.008 0.272
#> GSM1317962 1 0.7786 0.10568 0.412 0.236 0.000 0.052 0.220 0.080
#> GSM1317963 1 0.5238 0.51389 0.668 0.000 0.000 0.028 0.176 0.128
#> GSM1317964 5 0.5075 0.61764 0.172 0.028 0.000 0.016 0.708 0.076
#> GSM1317965 3 0.0363 0.75114 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317966 3 0.3517 0.71050 0.012 0.000 0.772 0.000 0.012 0.204
#> GSM1317967 4 0.1196 0.84755 0.008 0.040 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM1317968 5 0.5264 0.60524 0.184 0.028 0.000 0.016 0.688 0.084
#> GSM1317969 4 0.2925 0.79572 0.060 0.012 0.000 0.864 0.000 0.064
#> GSM1317970 4 0.2308 0.82972 0.016 0.076 0.000 0.896 0.000 0.012
#> GSM1317952 1 0.5385 0.49984 0.636 0.000 0.000 0.024 0.220 0.120
#> GSM1317951 5 0.6047 0.39665 0.288 0.008 0.000 0.024 0.548 0.132
#> GSM1317971 4 0.4032 0.59154 0.000 0.000 0.068 0.740 0.000 0.192
#> GSM1317972 2 0.7477 0.09447 0.292 0.368 0.000 0.016 0.244 0.080
#> GSM1317973 2 0.5203 0.61839 0.240 0.620 0.000 0.136 0.000 0.004
#> GSM1317974 2 0.6468 0.49982 0.232 0.556 0.000 0.012 0.144 0.056
#> GSM1317975 2 0.1594 0.82298 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM1317978 5 0.6036 0.43479 0.276 0.076 0.000 0.012 0.580 0.056
#> GSM1317979 1 0.5544 0.22340 0.584 0.000 0.000 0.100 0.024 0.292
#> GSM1317980 6 0.6091 0.63884 0.132 0.000 0.204 0.072 0.000 0.592
#> GSM1317981 2 0.1594 0.82298 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM1317982 4 0.3411 0.78946 0.088 0.032 0.000 0.836 0.000 0.044
#> GSM1317983 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317984 6 0.6070 0.49589 0.072 0.000 0.324 0.076 0.000 0.528
#> GSM1317985 3 0.0632 0.75312 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317986 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317987 2 0.1594 0.82298 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM1317988 2 0.5550 0.58000 0.224 0.576 0.000 0.196 0.000 0.004
#> GSM1317989 1 0.5320 0.27199 0.616 0.000 0.000 0.120 0.012 0.252
#> GSM1317990 2 0.1594 0.82298 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM1317991 3 0.3851 0.65196 0.004 0.000 0.700 0.008 0.004 0.284
#> GSM1317992 4 0.1765 0.84082 0.000 0.052 0.000 0.924 0.000 0.024
#> GSM1317993 2 0.1594 0.82298 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> GSM1317994 3 0.0632 0.75312 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317977 1 0.4076 0.24124 0.592 0.012 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM1317976 1 0.6535 0.17098 0.512 0.024 0.000 0.028 0.292 0.144
#> GSM1317995 3 0.0632 0.75312 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317996 2 0.4337 0.44663 0.008 0.604 0.000 0.372 0.000 0.016
#> GSM1317997 3 0.0632 0.75312 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317998 5 0.0858 0.76793 0.004 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM1317999 5 0.4359 0.28262 0.312 0.000 0.000 0.008 0.652 0.028
#> GSM1318002 2 0.2094 0.81319 0.008 0.908 0.000 0.068 0.000 0.016
#> GSM1318003 2 0.0937 0.82659 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.5731 0.40506 0.344 0.496 0.000 0.156 0.000 0.004
#> GSM1318005 2 0.3932 0.74270 0.184 0.760 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM1318006 5 0.1922 0.75417 0.040 0.024 0.000 0.000 0.924 0.012
#> GSM1318007 4 0.5325 0.37390 0.388 0.084 0.000 0.520 0.000 0.008
#> GSM1318008 5 0.1074 0.76401 0.012 0.028 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM1318009 2 0.3300 0.77538 0.148 0.816 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM1318010 3 0.3023 0.69216 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM1318011 5 0.5007 -0.15648 0.464 0.000 0.000 0.024 0.484 0.028
#> GSM1318012 1 0.4429 0.18386 0.548 0.028 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM1318013 4 0.5357 0.32682 0.412 0.084 0.000 0.496 0.000 0.008
#> GSM1318014 1 0.5590 0.44888 0.564 0.000 0.000 0.024 0.316 0.096
#> GSM1318015 2 0.2252 0.80826 0.012 0.900 0.000 0.072 0.000 0.016
#> GSM1318001 3 0.0858 0.75187 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318000 2 0.2480 0.79582 0.104 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318016 2 0.1500 0.82330 0.000 0.936 0.000 0.052 0.000 0.012
#> GSM1318017 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318019 2 0.1196 0.82704 0.008 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318020 6 0.5918 0.44235 0.060 0.000 0.336 0.072 0.000 0.532
#> GSM1318021 2 0.1644 0.82539 0.000 0.932 0.000 0.040 0.000 0.028
#> GSM1318022 6 0.5177 0.30391 0.016 0.000 0.296 0.052 0.012 0.624
#> GSM1318023 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318024 2 0.1682 0.82332 0.000 0.928 0.000 0.052 0.000 0.020
#> GSM1318025 3 0.2450 0.70408 0.024 0.000 0.896 0.012 0.004 0.064
#> GSM1318026 4 0.2094 0.83459 0.004 0.064 0.000 0.908 0.000 0.024
#> GSM1318027 4 0.1873 0.84514 0.020 0.048 0.000 0.924 0.000 0.008
#> GSM1318028 1 0.6127 0.18474 0.496 0.000 0.000 0.024 0.316 0.164
#> GSM1318029 3 0.4426 0.57623 0.008 0.000 0.596 0.000 0.020 0.376
#> GSM1318018 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318030 4 0.2833 0.81888 0.048 0.048 0.000 0.876 0.000 0.028
#> GSM1318031 3 0.2450 0.70408 0.024 0.000 0.896 0.012 0.004 0.064
#> GSM1318033 5 0.4121 0.49951 0.220 0.060 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM1318034 6 0.5981 0.54456 0.272 0.000 0.080 0.076 0.000 0.572
#> GSM1318035 2 0.1624 0.82543 0.004 0.936 0.000 0.040 0.000 0.020
#> GSM1318036 1 0.5153 0.41269 0.716 0.080 0.000 0.140 0.052 0.012
#> GSM1318037 4 0.4932 0.51800 0.312 0.060 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM1318038 6 0.5552 0.43184 0.216 0.000 0.016 0.144 0.004 0.620
#> GSM1318039 5 0.3528 0.70905 0.072 0.024 0.000 0.012 0.840 0.052
#> GSM1318040 3 0.2450 0.70408 0.024 0.000 0.896 0.012 0.004 0.064
#> GSM1318032 3 0.2450 0.70408 0.024 0.000 0.896 0.012 0.004 0.064
#> GSM1317914 3 0.4538 0.48890 0.008 0.000 0.536 0.000 0.020 0.436
#> GSM1317915 5 0.5743 0.27205 0.284 0.000 0.000 0.016 0.556 0.144
#> GSM1317916 5 0.5860 0.17180 0.320 0.000 0.000 0.016 0.520 0.144
#> GSM1317917 6 0.5242 -0.06550 0.444 0.000 0.000 0.056 0.016 0.484
#> GSM1317918 1 0.6527 0.14989 0.400 0.000 0.000 0.024 0.320 0.256
#> GSM1317919 3 0.4337 0.58900 0.008 0.000 0.604 0.000 0.016 0.372
#> GSM1317920 3 0.4496 0.53283 0.008 0.000 0.564 0.000 0.020 0.408
#> GSM1317921 3 0.4446 0.51570 0.008 0.000 0.552 0.000 0.016 0.424
#> GSM1317922 3 0.4332 0.60306 0.008 0.000 0.628 0.000 0.020 0.344
#> GSM1317923 6 0.4702 0.47194 0.008 0.000 0.228 0.056 0.012 0.696
#> GSM1317924 3 0.2450 0.70408 0.024 0.000 0.896 0.012 0.004 0.064
#> GSM1317925 2 0.1644 0.82361 0.004 0.932 0.000 0.052 0.000 0.012
#> GSM1317926 3 0.4345 0.60902 0.008 0.000 0.624 0.000 0.020 0.348
#> GSM1317927 2 0.1624 0.82543 0.004 0.936 0.000 0.040 0.000 0.020
#> GSM1317928 4 0.3236 0.82894 0.040 0.060 0.000 0.852 0.000 0.048
#> GSM1317929 3 0.3838 0.68846 0.008 0.000 0.732 0.000 0.020 0.240
#> GSM1317930 2 0.1737 0.82579 0.008 0.932 0.000 0.040 0.000 0.020
#> GSM1317931 4 0.5076 0.32893 0.048 0.000 0.020 0.576 0.000 0.356
#> GSM1317932 4 0.3303 0.82934 0.044 0.060 0.000 0.848 0.000 0.048
#> GSM1317933 2 0.1624 0.82543 0.004 0.936 0.000 0.040 0.000 0.020
#> GSM1317934 4 0.3303 0.82934 0.044 0.060 0.000 0.848 0.000 0.048
#> GSM1317935 4 0.4972 0.43931 0.108 0.000 0.000 0.620 0.000 0.272
#> GSM1317936 3 0.3244 0.66298 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM1317937 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317938 2 0.1088 0.81948 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317939 2 0.1237 0.82451 0.004 0.956 0.000 0.020 0.000 0.020
#> GSM1317940 1 0.6118 0.35221 0.560 0.000 0.000 0.044 0.236 0.160
#> GSM1317941 2 0.3931 0.75229 0.172 0.768 0.000 0.048 0.000 0.012
#> GSM1317942 2 0.1088 0.81948 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317943 2 0.0891 0.82027 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317944 2 0.1624 0.82543 0.004 0.936 0.000 0.040 0.000 0.020
#> GSM1317896 3 0.0146 0.75012 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317897 5 0.5315 0.60543 0.180 0.028 0.000 0.020 0.688 0.084
#> GSM1317898 1 0.4659 0.00826 0.504 0.000 0.000 0.004 0.460 0.032
#> GSM1317899 5 0.1934 0.73798 0.044 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM1317900 3 0.0260 0.75111 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM1317901 1 0.5821 0.48999 0.580 0.000 0.000 0.028 0.244 0.148
#> GSM1317902 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317903 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1317904 2 0.4248 0.74414 0.180 0.748 0.000 0.048 0.000 0.024
#> GSM1317905 4 0.1340 0.84802 0.008 0.040 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM1317906 4 0.1297 0.84587 0.000 0.040 0.000 0.948 0.000 0.012
#> GSM1317907 1 0.5371 -0.13103 0.512 0.088 0.000 0.392 0.000 0.008
#> GSM1317908 6 0.6079 0.63173 0.120 0.000 0.220 0.072 0.000 0.588
#> GSM1317909 1 0.6329 -0.04286 0.460 0.000 0.000 0.128 0.048 0.364
#> GSM1317910 6 0.6261 0.19791 0.412 0.000 0.020 0.140 0.008 0.420
#> GSM1317911 5 0.1257 0.75847 0.020 0.028 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM1317912 1 0.5553 0.24292 0.584 0.240 0.000 0.168 0.000 0.008
#> GSM1317913 2 0.4223 0.70225 0.232 0.712 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM1318041 1 0.5733 0.20704 0.568 0.000 0.000 0.124 0.024 0.284
#> GSM1318042 6 0.6156 0.60096 0.104 0.000 0.256 0.076 0.000 0.564
#> GSM1318043 3 0.3136 0.69491 0.000 0.000 0.768 0.000 0.004 0.228
#> GSM1318044 5 0.0713 0.76951 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318045 5 0.0777 0.76754 0.004 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM1318046 5 0.0858 0.76793 0.004 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM1318047 5 0.4453 -0.04032 0.444 0.000 0.000 0.000 0.528 0.028
#> GSM1318048 6 0.6352 0.27233 0.384 0.000 0.028 0.136 0.008 0.444
#> GSM1318049 1 0.5770 0.41244 0.588 0.000 0.000 0.028 0.144 0.240
#> GSM1318050 2 0.4248 0.74414 0.180 0.748 0.000 0.048 0.000 0.024
#> GSM1318051 2 0.3897 0.76784 0.140 0.788 0.000 0.048 0.000 0.024
#> GSM1318052 4 0.1950 0.83653 0.024 0.064 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.1700 0.84467 0.024 0.048 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.1196 0.84755 0.008 0.040 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0547 0.75250 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318056 4 0.1980 0.83482 0.008 0.036 0.000 0.920 0.000 0.036
#> GSM1318057 4 0.1480 0.84716 0.020 0.040 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.5582 0.25113 0.004 0.000 0.524 0.352 0.004 0.116
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:kmeans 161 1.0000 0.6180 0.692 0.485 2
#> ATC:kmeans 162 0.4312 0.3072 0.130 0.458 3
#> ATC:kmeans 135 0.3683 0.2043 0.124 0.514 4
#> ATC:kmeans 133 0.0553 0.0464 0.242 0.227 5
#> ATC:kmeans 114 0.1950 0.1788 0.506 0.589 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.970 0.987 0.4931 0.509 0.509
#> 3 3 0.892 0.896 0.957 0.3548 0.712 0.488
#> 4 4 0.948 0.917 0.954 0.1005 0.899 0.710
#> 5 5 0.832 0.800 0.852 0.0608 0.940 0.782
#> 6 6 0.832 0.713 0.804 0.0356 0.924 0.694
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.2778 0.939 0.952 0.048
#> GSM1317949 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317950 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317970 2 0.7299 0.745 0.204 0.796
#> GSM1317952 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317973 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317975 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317979 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317980 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317981 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317982 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317987 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317988 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317989 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317990 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317993 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317994 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317996 1 0.0672 0.978 0.992 0.008
#> GSM1317997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318002 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318003 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318005 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318007 1 0.5629 0.844 0.868 0.132
#> GSM1318008 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318009 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318010 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318013 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318015 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318001 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318000 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318016 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318019 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318021 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318022 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318024 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318025 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318029 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318031 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318035 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318037 1 0.9815 0.293 0.580 0.420
#> GSM1318038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.6712 0.787 0.176 0.824
#> GSM1317918 1 0.9393 0.441 0.644 0.356
#> GSM1317919 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317922 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317923 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317925 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317926 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317927 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317929 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317930 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317931 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317933 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.0672 0.983 0.008 0.992
#> GSM1317935 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317938 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317941 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317942 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317943 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317944 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317896 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.7299 0.746 0.796 0.204
#> GSM1317902 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317907 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317908 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317909 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317910 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1317911 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1317913 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318041 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318042 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318048 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.7602 0.722 0.780 0.220
#> GSM1318050 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318051 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.8499 0.624 0.276 0.724
#> GSM1318053 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM1318058 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317946 2 0.4291 0.770 0.180 0.820 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.0237 0.969 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317949 3 0.3038 0.845 0.104 0.000 0.896
#> GSM1317950 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 3 0.6168 0.297 0.000 0.412 0.588
#> GSM1317958 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.2796 0.878 0.908 0.092 0.000
#> GSM1317963 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317964 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.5968 0.435 0.000 0.636 0.364
#> GSM1317968 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0237 0.940 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317970 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.1529 0.938 0.960 0.040 0.000
#> GSM1317973 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317974 2 0.2261 0.893 0.068 0.932 0.000
#> GSM1317975 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.4654 0.721 0.792 0.000 0.208
#> GSM1317980 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317982 3 0.5706 0.515 0.000 0.320 0.680
#> GSM1317983 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317988 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317989 3 0.4974 0.666 0.236 0.000 0.764
#> GSM1317990 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 3 0.6140 0.320 0.000 0.404 0.596
#> GSM1317993 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318003 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318004 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318005 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318013 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318016 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.6111 0.351 0.000 0.604 0.396
#> GSM1318027 2 0.4504 0.746 0.000 0.804 0.196
#> GSM1318028 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 3 0.6154 0.309 0.000 0.408 0.592
#> GSM1318031 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318036 1 0.1031 0.953 0.976 0.024 0.000
#> GSM1318037 2 0.4555 0.741 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318038 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 1 0.6286 0.181 0.536 0.000 0.464
#> GSM1317918 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317928 2 0.4346 0.762 0.000 0.816 0.184
#> GSM1317929 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.4235 0.773 0.000 0.824 0.176
#> GSM1317933 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317934 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317935 3 0.0237 0.940 0.000 0.004 0.996
#> GSM1317936 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317939 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317942 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317943 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317944 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.0237 0.968 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317902 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317905 2 0.5905 0.463 0.000 0.648 0.352
#> GSM1317906 3 0.6140 0.320 0.000 0.404 0.596
#> GSM1317907 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317908 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.6079 0.347 0.612 0.000 0.388
#> GSM1317910 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317911 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317913 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318041 1 0.4784 0.729 0.796 0.004 0.200
#> GSM1318042 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.0592 0.962 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318050 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318051 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.6111 0.351 0.000 0.604 0.396
#> GSM1318055 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 3 0.6140 0.320 0.000 0.404 0.596
#> GSM1318057 2 0.3686 0.815 0.000 0.860 0.140
#> GSM1318058 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1317946 2 0.1557 0.895 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317948 1 0.1557 0.938 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317949 3 0.1004 0.950 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM1317950 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.3601 0.876 0.000 0.084 0.056 0.860
#> GSM1317958 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1317960 1 0.1022 0.954 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317961 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317962 2 0.4746 0.432 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.0921 0.956 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317964 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317968 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 4 0.2589 0.862 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM1317970 4 0.3074 0.838 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM1317952 1 0.1557 0.938 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1317951 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317972 2 0.1637 0.892 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1317974 2 0.1557 0.895 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317978 1 0.0921 0.949 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.5148 0.682 0.736 0.000 0.208 0.056
#> GSM1317980 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317982 4 0.0779 0.879 0.000 0.004 0.016 0.980
#> GSM1317983 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317988 2 0.2345 0.903 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM1317989 3 0.3355 0.762 0.160 0.000 0.836 0.004
#> GSM1317990 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317991 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317992 4 0.3601 0.876 0.000 0.084 0.056 0.860
#> GSM1317993 2 0.0817 0.929 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317994 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0817 0.951 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.1716 0.909 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317997 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318003 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318004 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318005 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318006 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.4830 0.240 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM1318008 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.1792 0.913 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM1318010 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.1557 0.938 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1318012 1 0.0921 0.956 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318013 2 0.4948 0.326 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM1318014 1 0.1557 0.938 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM1318015 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318001 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318017 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.1118 0.930 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318020 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0707 0.929 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318022 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318025 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 4 0.3601 0.876 0.000 0.084 0.056 0.860
#> GSM1318027 4 0.1661 0.899 0.000 0.004 0.052 0.944
#> GSM1318028 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.1743 0.898 0.000 0.004 0.056 0.940
#> GSM1318031 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.0336 0.964 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318035 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318036 1 0.2149 0.888 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM1318037 4 0.2197 0.878 0.000 0.048 0.024 0.928
#> GSM1318038 3 0.0188 0.977 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318039 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317917 3 0.5897 0.501 0.284 0.004 0.656 0.056
#> GSM1317918 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.1022 0.927 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317926 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317928 4 0.2949 0.875 0.000 0.088 0.024 0.888
#> GSM1317929 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.1022 0.929 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317931 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317932 4 0.3552 0.853 0.000 0.128 0.024 0.848
#> GSM1317933 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317934 4 0.3172 0.828 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM1317935 3 0.3311 0.773 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM1317936 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0188 0.930 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317940 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317896 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.1890 0.934 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM1317902 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1317905 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317906 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM1317907 2 0.2814 0.876 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM1317908 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.5150 0.349 0.596 0.000 0.396 0.008
#> GSM1317910 3 0.0188 0.977 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317911 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.2760 0.879 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM1317913 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318041 1 0.4524 0.743 0.768 0.000 0.028 0.204
#> GSM1318042 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.1022 0.954 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM1318048 3 0.0188 0.977 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318049 1 0.2256 0.924 0.924 0.000 0.020 0.056
#> GSM1318050 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318051 2 0.2081 0.905 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318052 4 0.1557 0.875 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM1318053 4 0.1557 0.875 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM1318054 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM1318055 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM1318057 4 0.1820 0.896 0.000 0.020 0.036 0.944
#> GSM1318058 4 0.4977 0.223 0.000 0.000 0.460 0.540
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1317946 2 0.3953 0.7687 0.168 0.784 0.000 0.000 0.048
#> GSM1317947 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317948 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1317949 3 0.4101 0.5158 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM1317950 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317953 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317957 4 0.2020 0.8556 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317958 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317959 2 0.3918 0.8227 0.000 0.804 0.000 0.100 0.096
#> GSM1317960 5 0.2127 0.8986 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.1628 0.5387 0.936 0.056 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317963 5 0.2127 0.8986 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM1317964 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 4 0.2966 0.7106 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM1317970 4 0.2020 0.8556 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317952 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1317951 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0162 0.9468 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317972 1 0.2304 0.4915 0.892 0.100 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317973 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1317974 2 0.3835 0.6847 0.260 0.732 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317975 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317978 1 0.0771 0.5975 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317979 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317982 4 0.1364 0.8642 0.000 0.012 0.000 0.952 0.036
#> GSM1317983 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317987 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317988 2 0.3967 0.8242 0.000 0.800 0.000 0.108 0.092
#> GSM1317989 3 0.6401 0.1902 0.380 0.000 0.448 0.000 0.172
#> GSM1317990 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317992 4 0.2020 0.8556 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM1317993 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.4126 0.7026 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM1317976 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.1671 0.8526 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.4126 0.7026 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM1317999 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318002 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318003 2 0.0404 0.8894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1318004 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318005 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318006 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318007 4 0.6765 0.0866 0.000 0.304 0.000 0.400 0.296
#> GSM1318008 1 0.4126 0.7026 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM1318009 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1318012 5 0.3857 0.1956 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM1318013 2 0.6597 0.3604 0.000 0.460 0.000 0.244 0.296
#> GSM1318014 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1318015 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0290 0.8888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318016 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318017 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318019 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318024 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 4 0.2020 0.8556 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM1318027 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318030 4 0.0693 0.8760 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.4278 0.6129 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM1318034 3 0.0510 0.9376 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318035 2 0.0404 0.8894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1318036 1 0.5696 0.4493 0.560 0.096 0.000 0.000 0.344
#> GSM1318037 4 0.2879 0.8091 0.000 0.032 0.000 0.868 0.100
#> GSM1318038 3 0.0290 0.9445 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318039 1 0.3707 0.6881 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.3707 0.6881 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM1317916 1 0.4060 0.7102 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM1317917 5 0.2470 0.7460 0.012 0.000 0.104 0.000 0.884
#> GSM1317918 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0609 0.8884 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0404 0.8894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317928 4 0.3789 0.7669 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.0162 0.8895 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317931 3 0.0290 0.9445 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317932 4 0.3789 0.7679 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016
#> GSM1317933 2 0.0404 0.8894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317934 4 0.3819 0.7636 0.000 0.228 0.000 0.756 0.016
#> GSM1317935 3 0.3527 0.7148 0.000 0.000 0.792 0.192 0.016
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317938 2 0.0290 0.8888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317939 2 0.0000 0.8890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317941 2 0.0290 0.8888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317942 2 0.0290 0.8888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317943 2 0.0290 0.8888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317944 2 0.0404 0.8894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.6056 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317899 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.2424 0.8668 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM1317902 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317903 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1317904 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1317905 4 0.0703 0.8830 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317906 4 0.0703 0.8830 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM1317907 2 0.5579 0.6175 0.000 0.600 0.000 0.100 0.300
#> GSM1317908 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317909 5 0.5082 0.5821 0.096 0.000 0.220 0.000 0.684
#> GSM1317910 3 0.3895 0.5719 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317911 1 0.4161 0.6836 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM1317912 2 0.5659 0.5922 0.000 0.580 0.000 0.100 0.320
#> GSM1317913 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318041 5 0.1908 0.8953 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318045 1 0.4101 0.7125 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318046 1 0.4126 0.7026 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM1318047 5 0.2127 0.8986 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM1318048 3 0.3684 0.6365 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM1318049 5 0.2020 0.9032 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM1318050 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318051 2 0.3865 0.8251 0.000 0.808 0.000 0.100 0.092
#> GSM1318052 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.8841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.4305 0.0475 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1317946 4 0.6550 0.4104 0.000 0.392 0.000 0.416 0.124 0.068
#> GSM1317947 3 0.0260 0.9468 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317948 6 0.5746 0.7318 0.000 0.000 0.000 0.188 0.324 0.488
#> GSM1317949 3 0.5996 0.2690 0.000 0.000 0.536 0.100 0.048 0.316
#> GSM1317950 5 0.0146 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317953 5 0.5481 0.5435 0.000 0.000 0.000 0.164 0.552 0.284
#> GSM1317954 5 0.5559 0.5386 0.000 0.000 0.000 0.176 0.540 0.284
#> GSM1317955 5 0.5621 0.5314 0.000 0.000 0.000 0.184 0.528 0.288
#> GSM1317956 5 0.0146 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317957 1 0.0865 0.9048 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317959 4 0.4504 0.7725 0.028 0.392 0.000 0.576 0.004 0.000
#> GSM1317960 5 0.5823 -0.6307 0.000 0.000 0.000 0.188 0.440 0.372
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317962 5 0.5481 0.5435 0.000 0.000 0.000 0.164 0.552 0.284
#> GSM1317963 6 0.5802 0.6567 0.000 0.000 0.000 0.180 0.400 0.420
#> GSM1317964 5 0.5559 0.5386 0.000 0.000 0.000 0.176 0.540 0.284
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317967 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317968 5 0.5507 0.5421 0.000 0.000 0.000 0.168 0.548 0.284
#> GSM1317969 1 0.3052 0.6733 0.780 0.000 0.216 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317970 1 0.0865 0.9048 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317952 6 0.5786 0.7208 0.000 0.000 0.000 0.188 0.344 0.468
#> GSM1317951 5 0.5621 0.5314 0.000 0.000 0.000 0.184 0.528 0.288
#> GSM1317971 3 0.0146 0.9495 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317972 5 0.5976 0.5334 0.000 0.024 0.000 0.160 0.540 0.276
#> GSM1317973 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.6513 0.1494 0.000 0.536 0.000 0.116 0.108 0.240
#> GSM1317975 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 5 0.4814 0.5621 0.000 0.000 0.000 0.100 0.644 0.256
#> GSM1317979 6 0.5583 0.7406 0.000 0.000 0.000 0.180 0.284 0.536
#> GSM1317980 3 0.0146 0.9499 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317981 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 1 0.2630 0.8521 0.872 0.000 0.004 0.032 0.000 0.092
#> GSM1317983 5 0.0146 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.0146 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317987 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1317989 6 0.5934 0.1854 0.000 0.000 0.336 0.088 0.048 0.528
#> GSM1317990 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317992 1 0.1464 0.9016 0.944 0.036 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317993 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.0146 0.6801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317976 5 0.5559 0.5386 0.000 0.000 0.000 0.176 0.540 0.284
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.1814 0.7598 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317999 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1318005 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.0146 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318007 4 0.3876 0.5545 0.156 0.068 0.000 0.772 0.000 0.004
#> GSM1318008 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318009 4 0.4388 0.7688 0.028 0.400 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.5798 -0.6008 0.000 0.000 0.000 0.188 0.460 0.352
#> GSM1318012 5 0.4264 -0.2495 0.000 0.000 0.000 0.484 0.500 0.016
#> GSM1318013 4 0.3972 0.6232 0.104 0.120 0.000 0.772 0.000 0.004
#> GSM1318014 6 0.5792 0.7179 0.000 0.000 0.000 0.188 0.348 0.464
#> GSM1318015 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.1387 0.7945 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0291 0.9473 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM1318023 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318026 1 0.1010 0.9043 0.960 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318027 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318028 5 0.5647 0.5261 0.000 0.000 0.000 0.184 0.520 0.296
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318030 1 0.3001 0.8368 0.852 0.004 0.008 0.028 0.000 0.108
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.2527 0.4813 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM1318034 3 0.2562 0.7724 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM1318035 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.4720 0.2701 0.000 0.052 0.000 0.560 0.388 0.000
#> GSM1318037 4 0.5943 0.1776 0.360 0.032 0.000 0.500 0.000 0.108
#> GSM1318038 3 0.3989 0.6611 0.000 0.000 0.720 0.044 0.000 0.236
#> GSM1318039 5 0.2860 0.6369 0.000 0.000 0.000 0.100 0.852 0.048
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0146 0.9501 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317915 5 0.4074 0.5690 0.000 0.000 0.000 0.108 0.752 0.140
#> GSM1317916 5 0.3940 0.5411 0.000 0.000 0.000 0.096 0.764 0.140
#> GSM1317917 6 0.4348 0.6424 0.000 0.000 0.000 0.056 0.268 0.676
#> GSM1317918 5 0.5537 0.4743 0.000 0.000 0.000 0.136 0.476 0.388
#> GSM1317919 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0146 0.9501 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0146 0.9501 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0260 0.8649 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.6332 0.0715 0.352 0.472 0.000 0.052 0.000 0.124
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.0260 0.8594 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.3130 0.7833 0.000 0.000 0.828 0.048 0.000 0.124
#> GSM1317932 2 0.6302 0.1297 0.336 0.488 0.000 0.052 0.000 0.124
#> GSM1317933 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.6255 0.1836 0.316 0.508 0.000 0.052 0.000 0.124
#> GSM1317935 3 0.4698 0.6701 0.080 0.000 0.740 0.052 0.000 0.128
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1007 0.8256 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0260 0.8594 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM1317940 5 0.5660 0.5231 0.000 0.000 0.000 0.184 0.516 0.300
#> GSM1317941 2 0.1267 0.8055 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.1327 0.8003 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0937 0.8299 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 5 0.5559 0.5386 0.000 0.000 0.000 0.176 0.540 0.284
#> GSM1317898 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317899 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317901 6 0.5803 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.184 0.372 0.444
#> GSM1317902 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317903 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1317905 1 0.0458 0.9133 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317906 1 0.0458 0.9133 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317907 4 0.3688 0.6838 0.028 0.196 0.000 0.768 0.000 0.008
#> GSM1317908 3 0.0363 0.9435 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317909 6 0.5640 0.6053 0.000 0.000 0.192 0.000 0.280 0.528
#> GSM1317910 6 0.3864 -0.0280 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM1317911 5 0.1204 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM1317912 4 0.3755 0.6815 0.028 0.192 0.000 0.768 0.000 0.012
#> GSM1317913 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1318041 6 0.5587 0.7376 0.000 0.000 0.000 0.188 0.272 0.540
#> GSM1318042 3 0.0146 0.9499 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318045 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318046 5 0.0000 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318047 5 0.5799 -0.6193 0.000 0.000 0.000 0.184 0.448 0.368
#> GSM1318048 3 0.3867 0.0405 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM1318049 6 0.5559 0.7405 0.000 0.000 0.000 0.176 0.284 0.540
#> GSM1318050 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.4379 0.7743 0.028 0.396 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM1318052 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318053 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318054 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9521 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318057 1 0.0000 0.9154 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 1 0.3782 0.3191 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:skmeans 161 0.42851 0.173952 0.3414 0.174 2
#> ATC:skmeans 152 0.64567 0.231518 0.0805 0.414 3
#> ATC:skmeans 158 0.23636 0.171812 0.2077 0.475 4
#> ATC:skmeans 156 0.24234 0.359528 0.1871 0.531 5
#> ATC:skmeans 145 0.00364 0.000766 0.0104 0.345 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.443 0.747 0.817 0.3976 0.603 0.603
#> 3 3 0.580 0.340 0.682 0.6106 0.621 0.427
#> 4 4 0.742 0.811 0.901 0.1646 0.755 0.416
#> 5 5 0.766 0.759 0.854 0.0373 0.979 0.920
#> 6 6 0.715 0.636 0.790 0.0459 0.901 0.624
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1317946 1 0.343 0.8681 0.936 0.064
#> GSM1317947 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317948 2 0.993 0.5646 0.452 0.548
#> GSM1317949 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317950 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.988 -0.3358 0.564 0.436
#> GSM1317956 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317958 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1317960 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317963 2 0.993 0.5805 0.452 0.548
#> GSM1317964 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317968 1 0.242 0.8998 0.960 0.040
#> GSM1317969 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317970 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317952 1 0.506 0.8159 0.888 0.112
#> GSM1317951 1 0.541 0.7705 0.876 0.124
#> GSM1317971 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317972 2 0.998 0.5776 0.476 0.524
#> GSM1317973 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317974 2 0.998 0.5776 0.476 0.524
#> GSM1317975 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317978 1 0.163 0.9171 0.976 0.024
#> GSM1317979 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317980 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317982 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317983 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317988 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317989 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317990 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317991 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317993 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317994 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.936 0.0317 0.648 0.352
#> GSM1317976 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317995 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317997 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.952 0.7266 0.372 0.628
#> GSM1318003 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318004 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318005 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1318006 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318008 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1318010 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.163 0.9171 0.976 0.024
#> GSM1318013 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318014 1 0.506 0.8159 0.888 0.112
#> GSM1318015 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318001 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318016 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318017 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.900 0.7590 0.316 0.684
#> GSM1318020 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318022 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318025 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318027 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318028 2 0.985 0.6682 0.428 0.572
#> GSM1318029 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318031 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.163 0.9171 0.976 0.024
#> GSM1318034 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318036 2 0.900 0.7590 0.316 0.684
#> GSM1318037 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318038 2 0.844 0.7550 0.272 0.728
#> GSM1318039 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317917 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317918 1 0.904 0.1980 0.680 0.320
#> GSM1317919 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317922 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317923 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317926 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317928 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317929 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.936 0.7395 0.352 0.648
#> GSM1317931 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317933 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317934 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317935 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317936 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317939 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317940 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317941 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317942 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1317943 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1317944 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1317896 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.163 0.9171 0.976 0.024
#> GSM1317899 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.430 0.8347 0.912 0.088
#> GSM1317902 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1317905 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317906 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317907 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317908 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1317909 2 0.983 0.6183 0.424 0.576
#> GSM1317910 2 0.827 0.7523 0.260 0.740
#> GSM1317911 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1317913 2 0.900 0.7590 0.316 0.684
#> GSM1318041 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318042 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.000 0.9360 1.000 0.000
#> GSM1318048 2 0.494 0.7114 0.108 0.892
#> GSM1318049 1 0.430 0.8347 0.912 0.088
#> GSM1318050 2 0.985 0.6690 0.428 0.572
#> GSM1318051 2 0.971 0.7058 0.400 0.600
#> GSM1318052 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318053 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318054 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318055 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.224 0.6939 0.036 0.964
#> GSM1318057 2 0.895 0.7608 0.312 0.688
#> GSM1318058 2 0.000 0.6861 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.813 0.680480 0.068 0.488 0.444
#> GSM1317946 2 0.756 0.699763 0.040 0.516 0.444
#> GSM1317947 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317948 1 0.663 0.433185 0.700 0.040 0.260
#> GSM1317949 1 0.780 0.132241 0.552 0.056 0.392
#> GSM1317950 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317953 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317954 1 0.517 0.760925 0.784 0.204 0.012
#> GSM1317955 3 0.958 -0.370551 0.352 0.204 0.444
#> GSM1317956 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317957 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317958 1 0.388 0.756485 0.848 0.152 0.000
#> GSM1317959 2 0.813 0.680480 0.068 0.488 0.444
#> GSM1317960 1 0.362 0.733891 0.864 0.136 0.000
#> GSM1317961 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317962 3 0.926 -0.552805 0.156 0.400 0.444
#> GSM1317963 1 0.756 -0.001978 0.516 0.040 0.444
#> GSM1317964 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317965 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317966 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317967 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317968 3 0.974 -0.445233 0.256 0.300 0.444
#> GSM1317969 3 0.898 -0.388946 0.204 0.232 0.564
#> GSM1317970 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317952 1 0.153 0.694289 0.960 0.040 0.000
#> GSM1317951 3 0.956 -0.370533 0.356 0.200 0.444
#> GSM1317971 2 0.935 -0.385808 0.168 0.444 0.388
#> GSM1317972 2 0.756 0.699763 0.040 0.516 0.444
#> GSM1317973 2 0.874 0.624032 0.108 0.448 0.444
#> GSM1317974 2 0.756 0.699763 0.040 0.516 0.444
#> GSM1317975 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317978 2 0.756 0.699763 0.040 0.516 0.444
#> GSM1317979 1 0.736 0.202556 0.588 0.040 0.372
#> GSM1317980 3 0.737 0.439200 0.032 0.444 0.524
#> GSM1317981 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317982 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317983 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317984 3 0.737 0.439200 0.032 0.444 0.524
#> GSM1317985 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317986 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317987 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317988 2 0.874 0.624032 0.108 0.448 0.444
#> GSM1317989 1 0.756 -0.001978 0.516 0.040 0.444
#> GSM1317990 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317991 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317992 3 0.951 -0.456971 0.204 0.328 0.468
#> GSM1317993 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317994 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317977 1 0.897 0.211128 0.500 0.136 0.364
#> GSM1317976 2 0.852 0.625526 0.092 0.464 0.444
#> GSM1317995 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317996 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317997 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317998 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317999 1 0.000 0.703372 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 3 0.894 -0.611819 0.124 0.432 0.444
#> GSM1318003 2 0.756 0.707775 0.040 0.516 0.444
#> GSM1318004 3 0.954 -0.480984 0.196 0.360 0.444
#> GSM1318005 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318006 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318007 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318008 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318009 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318010 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318011 1 0.153 0.694289 0.960 0.040 0.000
#> GSM1318012 1 0.435 0.725338 0.816 0.184 0.000
#> GSM1318013 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318014 1 0.153 0.694289 0.960 0.040 0.000
#> GSM1318015 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318001 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318000 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318016 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318017 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318019 2 0.813 0.680480 0.068 0.488 0.444
#> GSM1318020 2 0.884 -0.415487 0.116 0.444 0.440
#> GSM1318021 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318022 3 0.747 0.437173 0.036 0.444 0.520
#> GSM1318023 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318024 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318025 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318026 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318027 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318028 1 0.827 0.022699 0.480 0.076 0.444
#> GSM1318029 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318018 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318030 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318031 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318033 1 0.991 0.171896 0.400 0.296 0.304
#> GSM1318034 2 0.907 -0.403256 0.136 0.444 0.420
#> GSM1318035 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318036 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318037 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318038 2 0.946 -0.341007 0.204 0.484 0.312
#> GSM1318039 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318040 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318032 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317914 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317915 1 0.116 0.715391 0.972 0.028 0.000
#> GSM1317916 1 0.000 0.703372 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317917 1 0.715 0.457998 0.696 0.076 0.228
#> GSM1317918 1 0.226 0.708907 0.932 0.068 0.000
#> GSM1317919 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317920 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317921 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317922 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317923 2 0.907 -0.403256 0.136 0.444 0.420
#> GSM1317924 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317925 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317926 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317927 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317928 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317929 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317930 2 0.813 0.680480 0.068 0.488 0.444
#> GSM1317931 2 0.928 -0.387693 0.160 0.448 0.392
#> GSM1317932 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317933 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317934 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317935 3 0.605 -0.172800 0.204 0.040 0.756
#> GSM1317936 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317937 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317938 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317939 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317940 1 0.774 -0.000626 0.508 0.048 0.444
#> GSM1317941 2 0.765 0.703538 0.044 0.512 0.444
#> GSM1317942 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317943 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317944 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317896 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317897 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317898 3 0.926 -0.349380 0.400 0.156 0.444
#> GSM1317899 1 0.465 0.765743 0.792 0.208 0.000
#> GSM1317900 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1317901 1 0.141 0.695625 0.964 0.036 0.000
#> GSM1317902 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317903 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317904 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1317905 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317906 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317907 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1317908 3 0.737 0.439200 0.032 0.444 0.524
#> GSM1317909 1 0.644 0.465194 0.720 0.040 0.240
#> GSM1317910 1 0.810 0.341363 0.616 0.104 0.280
#> GSM1317911 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1317912 2 0.874 0.624032 0.108 0.448 0.444
#> GSM1317913 2 0.827 0.670321 0.076 0.480 0.444
#> GSM1318041 1 0.756 -0.001978 0.516 0.040 0.444
#> GSM1318042 3 0.737 0.439200 0.032 0.444 0.524
#> GSM1318043 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318044 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318045 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318046 1 0.460 0.766964 0.796 0.204 0.000
#> GSM1318047 1 0.362 0.733891 0.864 0.136 0.000
#> GSM1318048 2 0.856 -0.230562 0.420 0.484 0.096
#> GSM1318049 1 0.153 0.694289 0.960 0.040 0.000
#> GSM1318050 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318051 2 0.625 0.739509 0.000 0.556 0.444
#> GSM1318052 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318053 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318054 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318055 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
#> GSM1318056 3 0.846 -0.406670 0.136 0.264 0.600
#> GSM1318057 3 0.958 -0.465671 0.204 0.352 0.444
#> GSM1318058 3 0.625 0.451530 0.000 0.444 0.556
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.4335 0.7747 0.168 0.796 0.000 0.036
#> GSM1317946 2 0.1022 0.8935 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317947 3 0.2011 0.9119 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM1317948 4 0.3400 0.7784 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM1317949 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317950 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317955 4 0.7576 -0.0034 0.344 0.204 0.000 0.452
#> GSM1317956 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.1118 0.8352 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM1317958 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.4335 0.7747 0.168 0.796 0.000 0.036
#> GSM1317960 1 0.1302 0.8091 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317962 2 0.5637 0.6993 0.168 0.720 0.000 0.112
#> GSM1317963 4 0.3610 0.7652 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM1317964 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317968 2 0.5596 0.5906 0.068 0.696 0.000 0.236
#> GSM1317969 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317970 4 0.4868 0.5248 0.012 0.304 0.000 0.684
#> GSM1317952 4 0.3837 0.7478 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM1317951 4 0.5906 0.3855 0.436 0.036 0.000 0.528
#> GSM1317971 4 0.4925 0.1322 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM1317972 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317973 2 0.4335 0.7747 0.168 0.796 0.000 0.036
#> GSM1317974 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 2 0.0188 0.9000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317979 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317980 3 0.3569 0.8173 0.000 0.000 0.804 0.196
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317983 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.3528 0.8218 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317986 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.4335 0.7747 0.168 0.796 0.000 0.036
#> GSM1317989 4 0.3266 0.7840 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.2081 0.9097 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM1317992 4 0.1118 0.8352 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 4 0.4707 0.7447 0.204 0.036 0.000 0.760
#> GSM1317976 4 0.5066 0.7301 0.088 0.148 0.000 0.764
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.1211 0.8781 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.3123 0.8462 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.2011 0.7714 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM1318002 2 0.2647 0.8290 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.5033 0.7448 0.168 0.072 0.000 0.760
#> GSM1318005 2 0.2319 0.8752 0.040 0.924 0.000 0.036
#> GSM1318006 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318008 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318011 1 0.4761 0.1835 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM1318012 4 0.7143 0.4925 0.208 0.232 0.000 0.560
#> GSM1318013 4 0.0469 0.8483 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM1318014 4 0.4072 0.7275 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM1318015 2 0.3577 0.7735 0.012 0.832 0.000 0.156
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.3024 0.8047 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.3610 0.8123 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.3569 0.8173 0.000 0.000 0.804 0.196
#> GSM1318023 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 4 0.1211 0.8340 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM1318027 4 0.2647 0.7758 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM1318028 4 0.3649 0.7643 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 4 0.5345 0.4191 0.428 0.012 0.000 0.560
#> GSM1318034 4 0.4605 0.4230 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.4423 0.7680 0.168 0.040 0.000 0.792
#> GSM1318037 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318038 4 0.0817 0.8402 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM1318039 1 0.1389 0.8447 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.2647 0.8862 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM1317915 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0336 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317917 4 0.0469 0.8493 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317918 4 0.3975 0.7378 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM1317919 3 0.1211 0.9331 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.2589 0.8883 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317931 4 0.4907 0.1519 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM1317932 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317935 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317937 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 4 0.3528 0.7704 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM1317941 2 0.7264 0.3016 0.168 0.512 0.000 0.320
#> GSM1317942 2 0.0188 0.9015 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9022 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1317898 4 0.4599 0.7431 0.212 0.028 0.000 0.760
#> GSM1317899 1 0.4281 0.8190 0.792 0.180 0.000 0.028
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.4817 0.1422 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM1317902 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317905 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317906 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317907 4 0.3266 0.7840 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM1317908 3 0.3486 0.8260 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM1317909 4 0.0469 0.8483 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM1317910 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317911 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 4 0.4820 0.7540 0.168 0.060 0.000 0.772
#> GSM1317913 2 0.4335 0.7747 0.168 0.796 0.000 0.036
#> GSM1318041 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318042 3 0.3486 0.8260 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.3266 0.8450 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.4543 0.3378 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM1318050 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318051 2 0.1118 0.8920 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318052 2 0.5285 0.1916 0.008 0.524 0.000 0.468
#> GSM1318053 4 0.3400 0.7073 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM1318054 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.8514 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318058 3 0.1389 0.9240 0.000 0.000 0.952 0.048
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 2 0.3297 0.8756 0.040 0.868 0.000 0.032 0.060
#> GSM1317946 2 0.2437 0.8896 0.004 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM1317947 3 0.1608 0.8019 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM1317948 4 0.4527 0.7061 0.040 0.000 0.000 0.700 0.260
#> GSM1317949 4 0.0794 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM1317950 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.2515 0.8170 0.908 0.040 0.000 0.020 0.032
#> GSM1317954 1 0.1915 0.8251 0.928 0.040 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317955 4 0.7198 0.2733 0.300 0.080 0.000 0.504 0.116
#> GSM1317956 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.1478 0.7797 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM1317958 1 0.3534 0.7036 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM1317959 2 0.5102 0.7234 0.040 0.704 0.000 0.032 0.224
#> GSM1317960 1 0.4583 0.6520 0.672 0.000 0.000 0.032 0.296
#> GSM1317961 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317962 2 0.6165 0.6201 0.040 0.632 0.000 0.108 0.220
#> GSM1317963 4 0.4527 0.7061 0.040 0.000 0.000 0.700 0.260
#> GSM1317964 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317966 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317968 2 0.6432 0.3994 0.004 0.532 0.000 0.244 0.220
#> GSM1317969 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317970 4 0.4370 0.4951 0.008 0.332 0.000 0.656 0.004
#> GSM1317952 4 0.4527 0.7061 0.040 0.000 0.000 0.700 0.260
#> GSM1317951 4 0.6967 0.4170 0.264 0.032 0.000 0.512 0.192
#> GSM1317971 4 0.4210 0.1487 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM1317972 2 0.2278 0.8906 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM1317973 2 0.5028 0.7410 0.040 0.720 0.000 0.036 0.204
#> GSM1317974 2 0.2278 0.8906 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM1317975 2 0.0162 0.9047 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317978 2 0.3651 0.8572 0.060 0.848 0.000 0.032 0.060
#> GSM1317979 4 0.2020 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM1317980 3 0.3109 0.6713 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM1317981 2 0.0162 0.9047 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317982 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317983 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.3109 0.6716 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM1317985 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317986 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0162 0.9047 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317988 2 0.4261 0.8122 0.040 0.800 0.000 0.036 0.124
#> GSM1317989 4 0.3994 0.7347 0.040 0.000 0.000 0.772 0.188
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.1671 0.7993 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM1317992 4 0.1478 0.7797 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317977 4 0.4687 0.6921 0.040 0.000 0.000 0.672 0.288
#> GSM1317976 4 0.4373 0.7331 0.020 0.028 0.000 0.760 0.192
#> GSM1317995 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317996 2 0.2011 0.8382 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM1317997 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317998 1 0.0963 0.8379 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.4914 0.6424 0.676 0.000 0.000 0.064 0.260
#> GSM1318002 2 0.0880 0.8952 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.5903 0.6788 0.040 0.108 0.000 0.668 0.184
#> GSM1318005 2 0.2941 0.8872 0.020 0.884 0.000 0.032 0.064
#> GSM1318006 1 0.2605 0.7658 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM1318007 4 0.1041 0.7937 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM1318008 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.1908 0.8965 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM1318010 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318011 1 0.6736 0.0313 0.396 0.000 0.000 0.344 0.260
#> GSM1318012 4 0.7049 0.5224 0.040 0.156 0.000 0.484 0.320
#> GSM1318013 4 0.1836 0.7895 0.000 0.036 0.000 0.932 0.032
#> GSM1318014 4 0.5082 0.6844 0.076 0.000 0.000 0.664 0.260
#> GSM1318015 2 0.1168 0.8897 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> GSM1318001 3 0.1043 0.8186 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318000 2 0.1732 0.9002 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.1915 0.8930 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> GSM1318020 3 0.3177 0.6592 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.3074 0.6728 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM1318023 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 5 0.4030 0.9940 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1318026 4 0.1544 0.7785 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM1318027 4 0.2824 0.7395 0.000 0.096 0.000 0.872 0.032
#> GSM1318028 4 0.4028 0.7331 0.040 0.000 0.000 0.768 0.192
#> GSM1318029 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.0000 0.7948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318031 5 0.4030 0.9940 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1318033 4 0.6371 0.4707 0.200 0.000 0.000 0.508 0.292
#> GSM1318034 4 0.4299 0.2859 0.000 0.000 0.388 0.608 0.004
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.5745 0.6897 0.040 0.100 0.000 0.684 0.176
#> GSM1318037 4 0.0000 0.7948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 4 0.1582 0.7843 0.000 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM1318039 1 0.0290 0.8340 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 5 0.4030 0.9940 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1318032 5 0.4030 0.9940 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1317914 3 0.2852 0.6757 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM1317915 1 0.2732 0.7580 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM1317916 1 0.2852 0.7527 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM1317917 4 0.2561 0.7797 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM1317918 4 0.4495 0.7225 0.064 0.000 0.000 0.736 0.200
#> GSM1317919 3 0.0794 0.8297 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.2074 0.7746 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317923 4 0.1197 0.7822 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM1317924 5 0.4030 0.9940 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.8382 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317929 3 0.0794 0.8204 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1317930 2 0.1668 0.8993 0.000 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM1317931 4 0.4219 0.1321 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM1317932 4 0.0000 0.7948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.0000 0.7948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317935 4 0.0000 0.7948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317937 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.2193 0.8949 0.000 0.912 0.000 0.028 0.060
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 4 0.3994 0.7347 0.040 0.000 0.000 0.772 0.188
#> GSM1317941 2 0.5980 0.4921 0.040 0.604 0.000 0.296 0.060
#> GSM1317942 2 0.1768 0.9009 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM1317943 2 0.1410 0.9023 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.3143 0.5016 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM1317897 1 0.1915 0.8251 0.928 0.040 0.000 0.000 0.032
#> GSM1317898 4 0.4840 0.6774 0.040 0.000 0.000 0.640 0.320
#> GSM1317899 1 0.4751 0.7174 0.732 0.116 0.000 0.000 0.152
#> GSM1317900 5 0.4114 0.9691 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM1317901 1 0.6723 0.0737 0.408 0.000 0.000 0.332 0.260
#> GSM1317902 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.2344 0.8930 0.000 0.904 0.000 0.032 0.064
#> GSM1317905 4 0.0162 0.7951 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1317906 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317907 4 0.4028 0.7434 0.040 0.000 0.000 0.768 0.192
#> GSM1317908 3 0.2891 0.7028 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM1317909 4 0.2020 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM1317910 4 0.1908 0.7835 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM1317911 1 0.2020 0.7938 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM1317912 4 0.4840 0.6932 0.040 0.000 0.000 0.640 0.320
#> GSM1317913 2 0.3377 0.8736 0.040 0.864 0.000 0.036 0.060
#> GSM1318041 4 0.2020 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM1318042 3 0.2813 0.7111 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM1318043 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318044 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.1043 0.8378 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.3561 0.7008 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM1318048 4 0.2304 0.7800 0.000 0.000 0.008 0.892 0.100
#> GSM1318049 1 0.6541 0.2777 0.480 0.000 0.000 0.260 0.260
#> GSM1318050 2 0.2278 0.8933 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM1318051 2 0.2278 0.8933 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM1318052 4 0.5289 -0.0130 0.008 0.448 0.000 0.512 0.032
#> GSM1318053 4 0.3495 0.6823 0.000 0.152 0.000 0.816 0.032
#> GSM1318054 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318055 3 0.0404 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318056 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318057 4 0.0880 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318058 3 0.5946 -0.4429 0.000 0.000 0.508 0.112 0.380
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 2 0.4065 0.739887 0.056 0.724 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.4450 0.606419 0.336 0.628 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM1317947 3 0.0547 0.870821 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317948 1 0.2631 0.529904 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM1317949 4 0.3529 0.596775 0.208 0.000 0.000 0.764 0.000 0.028
#> GSM1317950 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317953 5 0.3312 0.707273 0.180 0.000 0.000 0.000 0.792 0.028
#> GSM1317954 5 0.2462 0.808324 0.096 0.000 0.000 0.000 0.876 0.028
#> GSM1317955 1 0.7163 0.014214 0.412 0.048 0.000 0.336 0.176 0.028
#> GSM1317956 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317957 4 0.3592 0.595404 0.020 0.240 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.3789 0.093132 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM1317959 2 0.5916 0.452036 0.336 0.444 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.5067 0.419449 0.636 0.000 0.000 0.184 0.180 0.000
#> GSM1317961 3 0.0458 0.871514 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.4576 -0.251343 0.532 0.436 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM1317963 1 0.2631 0.529904 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM1317964 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317966 3 0.0547 0.870821 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.0000 0.707854 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.5278 -0.155967 0.528 0.408 0.000 0.024 0.012 0.028
#> GSM1317969 4 0.0937 0.705565 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM1317970 4 0.3695 0.550379 0.016 0.272 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.2597 0.530906 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.6978 0.213318 0.500 0.052 0.000 0.244 0.176 0.028
#> GSM1317971 4 0.3337 0.550777 0.004 0.000 0.260 0.736 0.000 0.000
#> GSM1317972 2 0.4196 0.612665 0.332 0.640 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317973 2 0.5921 0.406761 0.240 0.460 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.4009 0.658662 0.288 0.684 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317975 2 0.1812 0.755564 0.080 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317978 2 0.5674 0.529990 0.332 0.556 0.000 0.004 0.080 0.028
#> GSM1317979 1 0.3706 0.283357 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM1317980 3 0.2793 0.715991 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM1317981 2 0.1812 0.755564 0.080 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317982 4 0.0547 0.705751 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM1317983 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.2933 0.714412 0.000 0.000 0.796 0.200 0.000 0.004
#> GSM1317985 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317986 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.1556 0.758963 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.5398 0.521660 0.136 0.544 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM1317989 4 0.4116 0.244012 0.416 0.000 0.000 0.572 0.000 0.012
#> GSM1317990 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.871923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317992 4 0.3592 0.595404 0.020 0.240 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.1007 0.868519 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM1317977 1 0.2178 0.543916 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.5516 -0.000779 0.500 0.064 0.000 0.408 0.000 0.028
#> GSM1317995 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317996 2 0.5038 0.264103 0.084 0.596 0.000 0.316 0.000 0.004
#> GSM1317997 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317998 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.4389 0.210720 0.596 0.000 0.000 0.032 0.372 0.000
#> GSM1318002 2 0.0508 0.774289 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0146 0.775354 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.6058 0.087183 0.408 0.396 0.000 0.188 0.000 0.008
#> GSM1318005 2 0.4955 0.719892 0.136 0.644 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.2762 0.714511 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM1318007 4 0.1257 0.700743 0.028 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM1318008 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.4990 0.722584 0.152 0.644 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318011 1 0.3381 0.545760 0.800 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000
#> GSM1318012 1 0.4025 0.421506 0.668 0.016 0.000 0.312 0.004 0.000
#> GSM1318013 4 0.3403 0.424190 0.020 0.212 0.000 0.768 0.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.2631 0.529904 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM1318015 2 0.0146 0.775354 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.2823 0.747975 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM1318000 2 0.4917 0.735719 0.140 0.668 0.000 0.188 0.000 0.004
#> GSM1318016 2 0.0146 0.775354 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.3073 0.755948 0.008 0.788 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.2823 0.710905 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.3210 0.733348 0.028 0.000 0.804 0.168 0.000 0.000
#> GSM1318023 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0146 0.775354 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 6 0.0713 0.978542 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318026 4 0.3076 0.591197 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.1225 0.707937 0.012 0.036 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.4471 -0.131550 0.500 0.000 0.000 0.472 0.000 0.028
#> GSM1318029 3 0.0713 0.869123 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318030 4 0.2823 0.620990 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM1318031 6 0.0713 0.978542 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318033 1 0.2433 0.537930 0.884 0.000 0.000 0.044 0.072 0.000
#> GSM1318034 3 0.5036 0.335408 0.088 0.000 0.568 0.344 0.000 0.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.6232 0.094304 0.408 0.396 0.000 0.176 0.000 0.020
#> GSM1318037 4 0.2823 0.620990 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM1318038 4 0.2404 0.692770 0.080 0.000 0.036 0.884 0.000 0.000
#> GSM1318039 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318040 6 0.0713 0.978542 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM1318032 6 0.0713 0.978542 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM1317914 3 0.4379 0.205945 0.028 0.000 0.576 0.396 0.000 0.000
#> GSM1317915 5 0.2793 0.700807 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM1317916 5 0.3288 0.597706 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM1317917 4 0.3851 -0.132351 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM1317918 1 0.4680 0.070116 0.576 0.000 0.000 0.384 0.012 0.028
#> GSM1317919 3 0.0363 0.871841 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0713 0.869123 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0713 0.869123 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0713 0.869123 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317923 4 0.4330 0.554478 0.068 0.000 0.236 0.696 0.000 0.000
#> GSM1317924 6 0.0713 0.978542 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM1317925 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0713 0.869123 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.0777 0.705804 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.2696 0.799293 0.028 0.000 0.856 0.000 0.000 0.116
#> GSM1317930 2 0.3374 0.752579 0.020 0.772 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM1317931 4 0.4300 0.457183 0.036 0.000 0.324 0.640 0.000 0.000
#> GSM1317932 4 0.2969 0.608357 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0363 0.777038 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.2969 0.608357 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM1317935 4 0.2969 0.608357 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317937 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.4095 0.744457 0.064 0.728 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 4 0.4423 0.216198 0.420 0.000 0.000 0.552 0.000 0.028
#> GSM1317941 2 0.4686 0.590916 0.312 0.636 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM1317942 2 0.4011 0.747502 0.060 0.736 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.3896 0.748656 0.052 0.744 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.774904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.3620 0.488601 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM1317897 5 0.2462 0.808324 0.096 0.000 0.000 0.000 0.876 0.028
#> GSM1317898 1 0.1572 0.530881 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> GSM1317899 1 0.5946 -0.039456 0.480 0.112 0.000 0.000 0.380 0.028
#> GSM1317900 6 0.2389 0.887818 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.864
#> GSM1317901 1 0.3470 0.546266 0.796 0.000 0.000 0.152 0.052 0.000
#> GSM1317902 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317903 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.4983 0.722183 0.148 0.644 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.2730 0.631481 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM1317906 4 0.0000 0.707854 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317907 4 0.3076 0.420561 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM1317908 3 0.1204 0.852958 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM1317909 1 0.3706 0.283357 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM1317910 1 0.3817 0.172793 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000
#> GSM1317911 5 0.3727 0.336933 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> GSM1317912 1 0.3547 0.416490 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM1317913 2 0.4498 0.673412 0.056 0.644 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.3747 0.271494 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM1318042 3 0.1642 0.853231 0.028 0.000 0.936 0.032 0.000 0.004
#> GSM1318043 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318044 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318045 5 0.0363 0.905483 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318046 5 0.0000 0.914415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.3717 0.161243 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM1318048 1 0.4703 0.246935 0.568 0.000 0.052 0.380 0.000 0.000
#> GSM1318049 1 0.5156 0.460371 0.616 0.000 0.000 0.152 0.232 0.000
#> GSM1318050 2 0.4065 0.739887 0.056 0.724 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.4065 0.739887 0.056 0.724 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.1074 0.686768 0.028 0.012 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.0146 0.706558 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0146 0.706137 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0865 0.870807 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318056 4 0.0000 0.707854 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0146 0.706137 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318058 4 0.5976 -0.008245 0.000 0.000 0.364 0.408 0.000 0.228
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:pam 160 0.324 0.0754 0.05546 0.189 2
#> ATC:pam 75 0.112 0.0859 0.00714 0.641 3
#> ATC:pam 151 0.114 0.2769 0.40547 0.634 4
#> ATC:pam 149 0.190 0.4227 0.23900 0.654 5
#> ATC:pam 127 0.598 0.6764 0.25350 0.837 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.351 0.564 0.805 0.4352 0.582 0.582
#> 3 3 0.996 0.961 0.977 0.5026 0.695 0.503
#> 4 4 0.683 0.665 0.792 0.1030 0.997 0.991
#> 5 5 0.790 0.785 0.869 0.0976 0.858 0.589
#> 6 6 0.806 0.789 0.868 0.0371 0.953 0.783
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.7139 0.6029 0.804 0.196
#> GSM1317947 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317948 1 0.9996 0.3414 0.512 0.488
#> GSM1317949 2 0.9954 -0.2112 0.460 0.540
#> GSM1317950 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317953 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317954 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317955 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317956 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317957 1 0.2043 0.6544 0.968 0.032
#> GSM1317958 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317959 1 0.5737 0.6298 0.864 0.136
#> GSM1317960 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317961 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317962 1 0.7139 0.6029 0.804 0.196
#> GSM1317963 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317964 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317965 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317966 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317967 1 0.5842 0.5814 0.860 0.140
#> GSM1317968 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317969 1 0.7815 0.5379 0.768 0.232
#> GSM1317970 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317951 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317971 2 0.6048 0.6994 0.148 0.852
#> GSM1317972 1 0.7139 0.6029 0.804 0.196
#> GSM1317973 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.7056 0.6051 0.808 0.192
#> GSM1317975 1 0.0672 0.6651 0.992 0.008
#> GSM1317978 1 0.7299 0.5984 0.796 0.204
#> GSM1317979 2 0.9710 -0.0227 0.400 0.600
#> GSM1317980 2 0.5946 0.6850 0.144 0.856
#> GSM1317981 1 0.0672 0.6651 0.992 0.008
#> GSM1317982 1 0.5842 0.5814 0.860 0.140
#> GSM1317983 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317984 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317985 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317986 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317987 1 0.0376 0.6664 0.996 0.004
#> GSM1317988 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317989 2 0.9996 -0.2977 0.488 0.512
#> GSM1317990 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317992 1 0.5519 0.5934 0.872 0.128
#> GSM1317993 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317994 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317977 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317976 1 0.9963 0.3687 0.536 0.464
#> GSM1317995 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317996 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317997 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317998 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317999 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318002 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318003 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318005 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318007 1 0.5059 0.6056 0.888 0.112
#> GSM1318008 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318009 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318010 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318011 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318012 1 0.9850 0.4068 0.572 0.428
#> GSM1318013 1 0.5059 0.6056 0.888 0.112
#> GSM1318014 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318015 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318001 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318000 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318016 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318019 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318021 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318022 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318023 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318024 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318025 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318026 1 0.4815 0.6130 0.896 0.104
#> GSM1318027 1 0.0376 0.6664 0.996 0.004
#> GSM1318028 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318029 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318018 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318030 1 0.5842 0.5814 0.860 0.140
#> GSM1318031 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318033 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318034 2 0.7745 0.5223 0.228 0.772
#> GSM1318035 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.7299 0.5984 0.796 0.204
#> GSM1318037 1 0.8144 0.5674 0.748 0.252
#> GSM1318038 2 0.9522 0.1151 0.372 0.628
#> GSM1318039 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318040 2 0.1184 0.8494 0.016 0.984
#> GSM1318032 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317914 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317915 1 1.0000 0.3174 0.504 0.496
#> GSM1317916 1 1.0000 0.3174 0.504 0.496
#> GSM1317917 2 0.9754 -0.0345 0.408 0.592
#> GSM1317918 1 1.0000 0.3174 0.504 0.496
#> GSM1317919 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317920 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317921 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317922 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317923 2 0.1414 0.8469 0.020 0.980
#> GSM1317924 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317925 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317926 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317927 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317928 1 0.5178 0.6024 0.884 0.116
#> GSM1317929 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317930 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317931 1 0.9775 0.3277 0.588 0.412
#> GSM1317932 1 0.3114 0.6431 0.944 0.056
#> GSM1317933 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317934 1 0.0376 0.6664 0.996 0.004
#> GSM1317935 1 0.9850 0.3077 0.572 0.428
#> GSM1317936 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317937 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317938 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317939 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317941 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317942 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317943 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317944 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317896 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317897 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317898 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317899 1 0.8955 0.5186 0.688 0.312
#> GSM1317900 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317901 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317902 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317903 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317904 1 0.0000 0.6675 1.000 0.000
#> GSM1317905 1 0.5737 0.5852 0.864 0.136
#> GSM1317906 1 0.6048 0.5730 0.852 0.148
#> GSM1317907 1 0.4939 0.6087 0.892 0.108
#> GSM1317908 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1317909 2 0.9552 0.0657 0.376 0.624
#> GSM1317910 2 0.9522 0.1151 0.372 0.628
#> GSM1317911 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1317912 1 0.6712 0.6131 0.824 0.176
#> GSM1317913 1 0.0672 0.6649 0.992 0.008
#> GSM1318041 2 0.9775 -0.0316 0.412 0.588
#> GSM1318042 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318043 2 0.0672 0.8580 0.008 0.992
#> GSM1318044 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318045 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318046 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318047 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318048 2 0.9522 0.1151 0.372 0.628
#> GSM1318049 1 0.9993 0.3500 0.516 0.484
#> GSM1318050 1 0.4815 0.6115 0.896 0.104
#> GSM1318051 1 0.1414 0.6601 0.980 0.020
#> GSM1318052 1 0.4022 0.6281 0.920 0.080
#> GSM1318053 1 0.0376 0.6664 0.996 0.004
#> GSM1318054 1 0.5842 0.5814 0.860 0.140
#> GSM1318055 2 0.0938 0.8539 0.012 0.988
#> GSM1318056 1 0.6148 0.5687 0.848 0.152
#> GSM1318057 1 0.5059 0.6056 0.888 0.112
#> GSM1318058 2 0.2236 0.8246 0.036 0.964
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.2448 0.919 0.076 0.924 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317949 1 0.2796 0.907 0.908 0.000 0.092
#> GSM1317950 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317958 1 0.1015 0.954 0.980 0.008 0.012
#> GSM1317959 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317961 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 2 0.4452 0.786 0.192 0.808 0.000
#> GSM1317963 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317964 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317970 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317952 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317951 1 0.0424 0.955 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317971 3 0.4399 0.770 0.000 0.188 0.812
#> GSM1317972 2 0.2625 0.910 0.084 0.916 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.1753 0.948 0.048 0.952 0.000
#> GSM1317975 2 0.0592 0.983 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317978 1 0.3038 0.884 0.896 0.104 0.000
#> GSM1317979 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317980 3 0.0592 0.968 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317981 2 0.0592 0.983 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317982 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317983 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0424 0.971 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317985 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317990 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317976 1 0.0661 0.954 0.988 0.008 0.004
#> GSM1317995 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0592 0.983 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317997 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317999 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318002 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318007 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318008 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318009 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318012 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318013 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318014 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318015 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0592 0.983 0.012 0.988 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318027 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.1337 0.955 0.012 0.016 0.972
#> GSM1318035 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 2 0.3695 0.860 0.108 0.880 0.012
#> GSM1318037 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318038 3 0.7027 0.692 0.104 0.172 0.724
#> GSM1318039 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317916 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317917 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317918 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317919 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0592 0.983 0.012 0.988 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.5859 0.497 0.000 0.344 0.656
#> GSM1317932 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317935 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317941 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.3377 0.924 0.896 0.092 0.012
#> GSM1317899 1 0.1529 0.940 0.960 0.040 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317902 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317906 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317907 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317908 3 0.0592 0.968 0.012 0.000 0.988
#> GSM1317909 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1317910 1 0.3234 0.935 0.908 0.072 0.020
#> GSM1317911 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317912 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.4692 0.840 0.820 0.168 0.012
#> GSM1318042 3 0.0424 0.971 0.008 0.000 0.992
#> GSM1318043 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> GSM1318046 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318048 1 0.3272 0.932 0.904 0.080 0.016
#> GSM1318049 1 0.3120 0.934 0.908 0.080 0.012
#> GSM1318050 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318053 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318054 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318057 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 2 0.1118 0.731 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317946 2 0.6381 0.663 0.196 0.652 0.000 0.152
#> GSM1317947 3 0.1118 0.863 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM1317948 1 0.7310 0.314 0.480 0.160 0.000 0.360
#> GSM1317949 1 0.6531 0.490 0.636 0.160 0.000 0.204
#> GSM1317950 1 0.0469 0.723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317953 1 0.2469 0.679 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317954 1 0.2921 0.659 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317955 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317956 1 0.0469 0.723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317957 2 0.3726 0.737 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM1317958 1 0.0469 0.723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317959 2 0.1635 0.720 0.008 0.948 0.000 0.044
#> GSM1317960 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1317961 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317962 2 0.6324 0.488 0.340 0.584 0.000 0.076
#> GSM1317963 1 0.7184 0.379 0.524 0.160 0.000 0.316
#> GSM1317964 1 0.2216 0.688 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM1317965 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317967 2 0.1557 0.701 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM1317968 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317969 2 0.2281 0.670 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM1317970 2 0.3444 0.744 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM1317952 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1317951 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317971 3 0.3668 0.545 0.000 0.188 0.808 0.004
#> GSM1317972 2 0.6926 0.364 0.392 0.496 0.000 0.112
#> GSM1317973 2 0.0817 0.734 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317974 2 0.6621 0.668 0.184 0.628 0.000 0.188
#> GSM1317975 2 0.4679 0.750 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM1317978 1 0.3761 0.632 0.852 0.080 0.000 0.068
#> GSM1317979 1 0.7318 0.307 0.476 0.160 0.000 0.364
#> GSM1317980 3 0.4758 0.515 0.000 0.156 0.780 0.064
#> GSM1317981 2 0.4817 0.741 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM1317982 2 0.2973 0.608 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM1317983 1 0.0469 0.723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317984 3 0.4332 0.549 0.000 0.160 0.800 0.040
#> GSM1317985 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317986 1 0.0469 0.723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317987 2 0.4866 0.736 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM1317988 2 0.1474 0.741 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM1317989 1 0.7301 0.326 0.484 0.160 0.000 0.356
#> GSM1317990 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1317991 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.3726 0.735 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM1317993 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1317994 3 0.0817 0.869 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317977 1 0.7169 0.385 0.528 0.160 0.000 0.312
#> GSM1317976 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317995 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317996 2 0.4679 0.750 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM1317997 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317998 1 0.2921 0.682 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM1317999 1 0.5993 0.532 0.692 0.160 0.000 0.148
#> GSM1318002 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1318003 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1318004 2 0.1022 0.736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1318005 2 0.3649 0.754 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM1318006 1 0.0000 0.724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.2345 0.666 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM1318008 1 0.3311 0.662 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM1318009 2 0.4008 0.761 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM1318010 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318011 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1318012 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1318013 2 0.2081 0.682 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM1318014 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1318015 2 0.4843 0.737 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM1318001 3 0.0817 0.869 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318000 2 0.4624 0.753 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM1318016 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1318017 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318019 2 0.4746 0.747 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM1318020 3 0.4332 0.549 0.000 0.160 0.800 0.040
#> GSM1318021 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1318022 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318024 2 0.4888 0.732 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM1318025 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.3688 0.736 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM1318027 2 0.3266 0.740 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM1318028 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1318029 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318030 2 0.2011 0.686 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1318031 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.4406 0.567 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM1318034 3 0.8286 -0.725 0.044 0.160 0.476 0.320
#> GSM1318035 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1318036 2 0.5938 0.291 0.168 0.696 0.000 0.136
#> GSM1318037 2 0.2149 0.677 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM1318038 4 0.8807 0.000 0.064 0.184 0.348 0.404
#> GSM1318039 1 0.0188 0.724 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318040 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.0188 0.724 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317916 1 0.0188 0.724 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317917 1 0.7292 0.328 0.488 0.160 0.000 0.352
#> GSM1317918 1 0.0336 0.723 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317919 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.3443 0.640 0.000 0.136 0.848 0.016
#> GSM1317924 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317926 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317928 2 0.1867 0.692 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317929 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.4072 0.761 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM1317931 3 0.6708 -0.334 0.000 0.448 0.464 0.088
#> GSM1317932 2 0.2011 0.712 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317933 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317934 2 0.1716 0.709 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1317935 2 0.2796 0.666 0.008 0.892 0.004 0.096
#> GSM1317936 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317937 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317938 2 0.4431 0.758 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM1317939 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317940 1 0.3024 0.654 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1317941 2 0.3942 0.767 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM1317942 2 0.4585 0.754 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM1317943 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317944 2 0.4877 0.734 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM1317896 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.1389 0.709 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM1317898 1 0.6685 0.471 0.616 0.160 0.000 0.224
#> GSM1317899 1 0.2081 0.704 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317900 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.5077 0.568 0.760 0.160 0.000 0.080
#> GSM1317902 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317903 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317904 2 0.3610 0.753 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317905 2 0.1637 0.708 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317906 2 0.1637 0.708 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM1317907 2 0.2011 0.686 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM1317908 3 0.4499 0.534 0.000 0.160 0.792 0.048
#> GSM1317909 1 0.7318 0.307 0.476 0.160 0.000 0.364
#> GSM1317910 1 0.7318 0.307 0.476 0.160 0.000 0.364
#> GSM1317911 1 0.2814 0.683 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM1317912 2 0.4164 0.329 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM1317913 2 0.1118 0.725 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1318041 1 0.7318 0.307 0.476 0.160 0.000 0.364
#> GSM1318042 3 0.4417 0.542 0.000 0.160 0.796 0.044
#> GSM1318043 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318044 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318045 1 0.0336 0.724 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318046 1 0.0469 0.724 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318047 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1318048 1 0.7318 0.307 0.476 0.160 0.000 0.364
#> GSM1318049 1 0.7261 0.348 0.500 0.160 0.000 0.340
#> GSM1318050 2 0.3528 0.751 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM1318051 2 0.3649 0.754 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM1318052 2 0.0336 0.727 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318053 2 0.2589 0.746 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM1318054 2 0.1867 0.692 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM1318055 3 0.1022 0.866 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318056 2 0.1716 0.705 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318057 2 0.1716 0.698 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318058 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.3452 0.7160 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM1317946 2 0.0613 0.9154 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM1317947 3 0.0451 0.8527 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM1317948 5 0.4419 0.7074 0.032 0.000 0.188 0.020 0.760
#> GSM1317949 1 0.2664 0.7453 0.884 0.000 0.020 0.004 0.092
#> GSM1317950 5 0.3395 0.5989 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM1317953 1 0.3480 0.8820 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM1317954 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317955 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317956 5 0.3395 0.5989 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM1317957 2 0.3424 0.6758 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM1317958 5 0.0290 0.7750 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM1317959 4 0.4073 0.7259 0.000 0.216 0.000 0.752 0.032
#> GSM1317960 5 0.3282 0.7267 0.000 0.000 0.188 0.008 0.804
#> GSM1317961 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.6191 0.6551 0.552 0.244 0.000 0.000 0.204
#> GSM1317963 5 0.0671 0.7741 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> GSM1317964 1 0.3480 0.8820 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM1317965 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317967 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317968 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317969 4 0.0404 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1317970 2 0.3424 0.6758 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM1317952 5 0.3879 0.7201 0.012 0.000 0.188 0.016 0.784
#> GSM1317951 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317971 3 0.3550 0.7217 0.000 0.004 0.760 0.236 0.000
#> GSM1317972 1 0.4551 0.3473 0.616 0.368 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317973 4 0.1478 0.8470 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM1317974 2 0.0290 0.9197 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.3689 0.8750 0.740 0.004 0.000 0.000 0.256
#> GSM1317979 5 0.4419 0.7074 0.032 0.000 0.188 0.020 0.760
#> GSM1317980 3 0.1485 0.8253 0.032 0.000 0.948 0.020 0.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0404 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1317983 5 0.3424 0.5925 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM1317984 3 0.0162 0.8558 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM1317985 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.3424 0.5925 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.1478 0.8470 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM1317989 1 0.4824 0.4397 0.512 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317992 2 0.3424 0.6758 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317977 5 0.0290 0.7755 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317976 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317995 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317998 5 0.0609 0.7751 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM1317999 5 0.1662 0.7717 0.004 0.000 0.056 0.004 0.936
#> GSM1318002 2 0.0162 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318003 2 0.0162 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318004 4 0.1670 0.8490 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012
#> GSM1318005 4 0.3534 0.7037 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM1318006 5 0.3074 0.6389 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM1318007 4 0.0807 0.8471 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM1318008 5 0.0451 0.7757 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM1318009 4 0.4074 0.5472 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM1318010 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318011 5 0.3282 0.7267 0.000 0.000 0.188 0.008 0.804
#> GSM1318012 5 0.3691 0.7259 0.000 0.000 0.156 0.040 0.804
#> GSM1318013 4 0.1195 0.8512 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012
#> GSM1318014 5 0.3953 0.7176 0.024 0.000 0.188 0.008 0.780
#> GSM1318015 2 0.0510 0.9155 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM1318001 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.0963 0.7711 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM1318019 2 0.0162 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1318020 3 0.3039 0.7762 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1318023 5 0.3039 0.6565 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.3424 0.6758 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM1318027 2 0.4268 0.2400 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM1318028 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1318029 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.1792 0.7485 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM1318030 4 0.0510 0.8519 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1318031 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1318033 5 0.0451 0.7753 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM1318034 3 0.4453 0.5881 0.032 0.000 0.756 0.020 0.192
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.3882 0.6852 0.000 0.044 0.000 0.788 0.168
#> GSM1318037 4 0.0404 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM1318038 3 0.6705 0.5334 0.032 0.000 0.564 0.208 0.196
#> GSM1318039 5 0.3730 0.4801 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM1318040 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317915 5 0.4015 0.3066 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM1317916 5 0.3242 0.6118 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM1317917 5 0.1915 0.7604 0.032 0.000 0.000 0.040 0.928
#> GSM1317918 1 0.3242 0.8687 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM1317919 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.3196 0.8940 0.192 0.000 0.804 0.004 0.000
#> GSM1317924 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.0510 0.8519 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM1317929 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317930 4 0.4235 0.4152 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM1317931 4 0.0290 0.8419 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM1317932 4 0.3074 0.6987 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.4291 0.0503 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM1317935 4 0.4235 0.3660 0.000 0.008 0.336 0.656 0.000
#> GSM1317936 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.3074 0.6522 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM1317938 2 0.3480 0.5851 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.3395 0.8897 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM1317941 2 0.0162 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM1317942 2 0.2516 0.7723 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.3424 0.8876 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM1317898 5 0.0290 0.7755 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317899 5 0.0609 0.7729 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM1317900 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM1317901 5 0.4118 0.7168 0.032 0.000 0.188 0.008 0.772
#> GSM1317902 5 0.1478 0.7592 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM1317903 5 0.2929 0.6693 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM1317904 4 0.3534 0.7037 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM1317905 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317906 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1317907 4 0.1597 0.8489 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> GSM1317908 3 0.0671 0.8474 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM1317909 5 0.4419 0.7074 0.032 0.000 0.188 0.020 0.760
#> GSM1317910 5 0.4419 0.7074 0.032 0.000 0.188 0.020 0.760
#> GSM1317911 5 0.0510 0.7754 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM1317912 4 0.1522 0.8485 0.000 0.044 0.000 0.944 0.012
#> GSM1317913 4 0.1410 0.8479 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM1318041 5 0.4472 0.7077 0.032 0.000 0.184 0.024 0.760
#> GSM1318042 3 0.0324 0.8552 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM1318043 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.2773 0.6852 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM1318045 5 0.1792 0.7484 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM1318046 5 0.0609 0.7751 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM1318047 5 0.3282 0.7267 0.000 0.000 0.188 0.008 0.804
#> GSM1318048 5 0.4419 0.7074 0.032 0.000 0.188 0.020 0.760
#> GSM1318049 5 0.4326 0.7096 0.032 0.000 0.188 0.016 0.764
#> GSM1318050 4 0.3534 0.7037 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM1318051 4 0.3586 0.6957 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM1318052 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318053 4 0.4256 0.1555 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM1318054 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318055 3 0.0162 0.8568 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318057 4 0.0609 0.8530 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM1318058 3 0.3003 0.8969 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.1863 0.8084 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.2165 0.8002 0.008 0.884 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM1317947 3 0.2491 0.8893 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317948 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317949 1 0.3950 0.6108 0.696 0.000 0.000 0.000 0.028 0.276
#> GSM1317950 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317954 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317955 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317956 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.3428 0.6002 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> GSM1317958 5 0.3175 0.5620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM1317959 4 0.2212 0.8023 0.000 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> GSM1317960 6 0.0937 0.8482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM1317961 3 0.0508 0.9040 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317962 1 0.4719 0.7789 0.692 0.100 0.000 0.000 0.200 0.008
#> GSM1317963 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317964 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317965 3 0.0508 0.9040 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317966 3 0.0508 0.9040 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317967 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317968 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317969 4 0.0458 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317970 2 0.3428 0.6002 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> GSM1317952 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317951 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317971 3 0.3766 0.6318 0.000 0.000 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM1317972 1 0.4691 0.7782 0.696 0.100 0.000 0.000 0.196 0.008
#> GSM1317973 4 0.1863 0.8084 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.1082 0.8756 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.3690 0.8407 0.684 0.000 0.000 0.000 0.308 0.008
#> GSM1317979 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317980 3 0.3752 0.8557 0.164 0.000 0.772 0.000 0.000 0.064
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317982 4 0.0865 0.8215 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM1317983 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.3351 0.8740 0.160 0.000 0.800 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317985 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317986 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317988 4 0.1863 0.8084 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.3789 0.3508 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0363 0.9050 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317992 2 0.3428 0.6002 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.2416 0.8903 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317977 6 0.0632 0.8533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM1317976 1 0.4382 0.8411 0.696 0.000 0.000 0.000 0.228 0.076
#> GSM1317995 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317996 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317997 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317998 6 0.3578 0.5157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM1317999 6 0.3774 0.2542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM1318002 2 0.0937 0.8883 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0937 0.8883 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.2020 0.8100 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM1318005 4 0.3198 0.6704 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM1318006 5 0.0260 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318007 4 0.0713 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318008 6 0.3266 0.6283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM1318009 4 0.3244 0.6608 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318011 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318012 6 0.1910 0.8046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM1318013 4 0.0713 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318014 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318015 2 0.1141 0.8828 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.2416 0.8903 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.1007 0.8869 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.1663 0.8534 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.3621 0.8771 0.160 0.000 0.788 0.004 0.000 0.048
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318023 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.2170 0.8609 0.100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318026 2 0.3428 0.6002 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> GSM1318027 4 0.3789 0.1569 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM1318028 1 0.4503 0.8288 0.696 0.000 0.000 0.000 0.204 0.100
#> GSM1318029 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318018 5 0.0146 0.8858 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM1318030 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.2170 0.8609 0.100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318033 6 0.3446 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM1318034 6 0.3555 0.5546 0.008 0.000 0.280 0.000 0.000 0.712
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 4 0.1863 0.7910 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM1318037 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318038 6 0.2703 0.7510 0.008 0.000 0.016 0.116 0.000 0.860
#> GSM1318039 5 0.0260 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM1318040 3 0.2170 0.8609 0.100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318032 3 0.2170 0.8609 0.100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317914 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317915 5 0.0909 0.8624 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012
#> GSM1317916 5 0.1863 0.7619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317917 6 0.0767 0.8476 0.000 0.000 0.012 0.008 0.004 0.976
#> GSM1317918 1 0.4599 0.8213 0.684 0.000 0.000 0.000 0.212 0.104
#> GSM1317919 3 0.0363 0.9050 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317920 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0363 0.9050 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317922 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.1204 0.9051 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.2170 0.8609 0.100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317928 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317929 3 0.0508 0.9040 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317930 4 0.3499 0.5833 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM1317931 4 0.0790 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317932 4 0.2912 0.6310 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM1317933 2 0.0632 0.8911 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317934 4 0.3828 0.0719 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM1317935 4 0.3857 -0.0688 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM1317936 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317937 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.3789 0.1306 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.4518 0.8256 0.696 0.000 0.000 0.000 0.200 0.104
#> GSM1317941 2 0.1007 0.8869 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.3076 0.6126 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.1141 0.8717 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0146 0.9058 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.3634 0.8531 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> GSM1317898 6 0.3017 0.7804 0.072 0.000 0.000 0.000 0.084 0.844
#> GSM1317899 6 0.3636 0.5429 0.000 0.000 0.000 0.004 0.320 0.676
#> GSM1317900 3 0.0508 0.9040 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317901 5 0.3756 0.2825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM1317902 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317903 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317904 4 0.3221 0.6655 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM1317905 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317906 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317907 4 0.0790 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM1317908 3 0.3387 0.8726 0.164 0.000 0.796 0.000 0.000 0.040
#> GSM1317909 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1317910 6 0.0622 0.8448 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM1317911 6 0.3499 0.5491 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM1317912 4 0.3862 0.7408 0.000 0.096 0.000 0.772 0.000 0.132
#> GSM1317913 4 0.2006 0.8086 0.000 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004
#> GSM1318041 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318042 3 0.3387 0.8726 0.164 0.000 0.796 0.000 0.000 0.040
#> GSM1318043 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318044 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318045 5 0.0000 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318046 5 0.3867 -0.1298 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM1318047 6 0.1141 0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM1318048 6 0.0622 0.8448 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM1318049 6 0.0363 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM1318050 4 0.3221 0.6655 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM1318051 4 0.3221 0.6655 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM1318052 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318053 4 0.3756 0.2123 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM1318054 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318055 3 0.2762 0.8799 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM1318056 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318057 4 0.0000 0.8313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318058 3 0.2531 0.8965 0.132 0.000 0.856 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:mclust 106 0.908910 0.74238 0.75567 0.650 2
#> ATC:mclust 162 0.355991 0.32449 0.13238 0.432 3
#> ATC:mclust 137 0.785266 0.71776 0.11197 0.501 4
#> ATC:mclust 154 0.000258 0.00110 0.00323 0.247 5
#> ATC:mclust 154 0.001705 0.00819 0.00343 0.540 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23598 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.762 0.877 0.948 0.4731 0.529 0.529
#> 3 3 0.763 0.846 0.932 0.3994 0.695 0.477
#> 4 4 0.725 0.760 0.885 0.1237 0.869 0.636
#> 5 5 0.661 0.618 0.795 0.0521 0.949 0.809
#> 6 6 0.638 0.510 0.712 0.0421 0.882 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM1317945 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317946 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317947 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1317949 2 0.456 0.8610 0.096 0.904
#> GSM1317950 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317958 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317959 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317961 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317963 1 0.118 0.9253 0.984 0.016
#> GSM1317964 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317965 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317966 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.141 0.9356 0.020 0.980
#> GSM1317968 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317969 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317970 1 0.952 0.4628 0.628 0.372
#> GSM1317952 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317951 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317971 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317973 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317974 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317975 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.973 0.3835 0.596 0.404
#> GSM1317980 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317981 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317982 2 0.963 0.3263 0.388 0.612
#> GSM1317983 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317984 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317985 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317987 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317988 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317989 1 0.983 0.3274 0.576 0.424
#> GSM1317990 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317991 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317993 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317994 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317995 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317996 1 0.402 0.8777 0.920 0.080
#> GSM1317997 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.184 0.9171 0.972 0.028
#> GSM1318002 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318003 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318004 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318005 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318007 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1318008 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318009 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318010 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318013 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1318014 1 0.706 0.7705 0.808 0.192
#> GSM1318015 1 0.430 0.8712 0.912 0.088
#> GSM1318001 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318000 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318016 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318019 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318020 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318021 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318022 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318024 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318025 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318027 2 0.963 0.3256 0.388 0.612
#> GSM1318028 1 0.706 0.7705 0.808 0.192
#> GSM1318029 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.662 0.7662 0.172 0.828
#> GSM1318031 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318034 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318035 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.141 0.9226 0.980 0.020
#> GSM1318037 1 0.891 0.5946 0.692 0.308
#> GSM1318038 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318040 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318032 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317914 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1317916 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1317917 1 0.992 0.2535 0.552 0.448
#> GSM1317918 1 0.973 0.3835 0.596 0.404
#> GSM1317919 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317920 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317921 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317922 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317923 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317924 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317925 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317926 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317927 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.494 0.8475 0.108 0.892
#> GSM1317929 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317930 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317931 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.866 0.5728 0.288 0.712
#> GSM1317933 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 1.000 -0.0558 0.492 0.508
#> GSM1317935 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317936 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317938 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317939 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1317941 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317942 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317943 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317944 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317896 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317899 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317900 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.730 0.7563 0.796 0.204
#> GSM1317902 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317904 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.844 0.6040 0.272 0.728
#> GSM1317906 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317907 1 0.494 0.8539 0.892 0.108
#> GSM1317908 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317909 2 0.891 0.5307 0.308 0.692
#> GSM1317910 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1317911 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317912 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1317913 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.909 0.5644 0.676 0.324
#> GSM1318042 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318043 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318048 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318049 1 0.738 0.7511 0.792 0.208
#> GSM1318050 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318051 1 0.000 0.9354 1.000 0.000
#> GSM1318052 1 0.722 0.7613 0.800 0.200
#> GSM1318053 1 0.961 0.4343 0.616 0.384
#> GSM1318054 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318055 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
#> GSM1318057 1 0.963 0.4246 0.612 0.388
#> GSM1318058 2 0.000 0.9526 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM1317945 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317946 2 0.4796 0.7181 0.220 0.780 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317948 1 0.4555 0.7412 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317949 3 0.6154 0.2583 0.408 0.000 0.592
#> GSM1317950 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317953 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317954 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317955 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317956 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317957 2 0.6126 0.4559 0.000 0.600 0.400
#> GSM1317958 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317959 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317960 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317962 1 0.6126 0.2580 0.600 0.400 0.000
#> GSM1317963 1 0.2959 0.8447 0.900 0.000 0.100
#> GSM1317964 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317967 2 0.4555 0.7676 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317968 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317969 3 0.0424 0.9499 0.000 0.008 0.992
#> GSM1317970 2 0.4346 0.7827 0.000 0.816 0.184
#> GSM1317952 1 0.4682 0.7656 0.804 0.192 0.004
#> GSM1317951 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317971 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317972 1 0.5882 0.4065 0.652 0.348 0.000
#> GSM1317973 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317974 2 0.4605 0.7374 0.204 0.796 0.000
#> GSM1317975 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317978 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317979 1 0.5529 0.5942 0.704 0.000 0.296
#> GSM1317980 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317981 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317982 3 0.5835 0.3704 0.000 0.340 0.660
#> GSM1317983 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317984 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317985 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317986 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317987 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317988 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317989 3 0.6305 -0.0116 0.484 0.000 0.516
#> GSM1317990 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317991 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317992 2 0.6095 0.4729 0.000 0.608 0.392
#> GSM1317993 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317977 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317976 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317995 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317996 2 0.0892 0.8940 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317998 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317999 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318002 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318004 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318005 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318006 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318007 2 0.3816 0.8121 0.000 0.852 0.148
#> GSM1318008 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318009 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318011 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318012 1 0.4235 0.7839 0.824 0.176 0.000
#> GSM1318013 2 0.1289 0.8883 0.000 0.968 0.032
#> GSM1318014 1 0.4555 0.7412 0.800 0.000 0.200
#> GSM1318015 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318000 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318019 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318021 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318023 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318024 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318026 2 0.4555 0.7676 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318027 2 0.4452 0.7755 0.000 0.808 0.192
#> GSM1318028 1 0.0237 0.9143 0.996 0.000 0.004
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318018 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318030 2 0.6286 0.2903 0.000 0.536 0.464
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318033 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318034 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318035 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.5901 0.7253 0.768 0.040 0.192
#> GSM1318037 2 0.6154 0.4381 0.000 0.592 0.408
#> GSM1318038 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318039 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317915 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317916 1 0.0892 0.9048 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317917 1 0.6140 0.3515 0.596 0.000 0.404
#> GSM1317918 1 0.2356 0.8681 0.928 0.000 0.072
#> GSM1317919 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317927 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.1289 0.8882 0.000 0.968 0.032
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317930 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317931 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317932 2 0.4654 0.7595 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317933 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.4654 0.7596 0.000 0.792 0.208
#> GSM1317935 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317936 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317937 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317938 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317940 1 0.4555 0.7412 0.800 0.000 0.200
#> GSM1317941 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317942 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317897 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317898 1 0.1860 0.8857 0.948 0.052 0.000
#> GSM1317899 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317901 1 0.4504 0.7460 0.804 0.000 0.196
#> GSM1317902 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317903 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317904 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317905 2 0.6045 0.4973 0.000 0.620 0.380
#> GSM1317906 2 0.6192 0.4095 0.000 0.580 0.420
#> GSM1317907 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317908 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1317909 1 0.5948 0.4629 0.640 0.000 0.360
#> GSM1317910 3 0.6045 0.3393 0.380 0.000 0.620
#> GSM1317911 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317912 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317913 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318041 1 0.6026 0.4248 0.624 0.000 0.376
#> GSM1318042 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318044 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318045 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318046 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318047 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318048 3 0.3482 0.8166 0.128 0.000 0.872
#> GSM1318049 1 0.4555 0.7412 0.800 0.000 0.200
#> GSM1318050 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318051 2 0.0000 0.9021 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318052 2 0.1163 0.8903 0.000 0.972 0.028
#> GSM1318053 2 0.4399 0.7793 0.000 0.812 0.188
#> GSM1318054 2 0.4796 0.7460 0.000 0.780 0.220
#> GSM1318055 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
#> GSM1318056 2 0.6154 0.4382 0.000 0.592 0.408
#> GSM1318057 2 0.4555 0.7676 0.000 0.800 0.200
#> GSM1318058 3 0.0000 0.9580 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM1317945 4 0.4679 0.4563 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM1317946 2 0.4250 0.5701 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM1317947 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317948 4 0.2814 0.7265 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM1317949 1 0.5376 0.3600 0.588 0.000 0.396 0.016
#> GSM1317950 1 0.0817 0.8660 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317953 1 0.0592 0.8596 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317954 1 0.0592 0.8596 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317955 1 0.0927 0.8568 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM1317956 1 0.0707 0.8661 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317957 2 0.5809 0.3694 0.012 0.572 0.400 0.016
#> GSM1317958 1 0.1389 0.8605 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM1317959 4 0.4387 0.6607 0.200 0.024 0.000 0.776
#> GSM1317960 4 0.3311 0.7042 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM1317961 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317962 1 0.3224 0.7614 0.864 0.120 0.000 0.016
#> GSM1317963 4 0.4994 0.0145 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM1317964 1 0.0336 0.8620 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317965 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317967 2 0.5417 0.6361 0.000 0.704 0.056 0.240
#> GSM1317968 1 0.0927 0.8568 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM1317969 3 0.4855 0.5130 0.000 0.004 0.644 0.352
#> GSM1317970 2 0.3320 0.8031 0.000 0.876 0.056 0.068
#> GSM1317952 4 0.1022 0.7832 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM1317951 1 0.0927 0.8568 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM1317971 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317972 1 0.2376 0.8171 0.916 0.068 0.000 0.016
#> GSM1317973 2 0.4222 0.6212 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM1317974 2 0.4831 0.5680 0.280 0.704 0.000 0.016
#> GSM1317975 2 0.1059 0.8450 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM1317978 1 0.1284 0.8554 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM1317979 4 0.1209 0.7828 0.032 0.000 0.004 0.964
#> GSM1317980 3 0.0592 0.9145 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1317981 2 0.0927 0.8470 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM1317982 4 0.2546 0.7653 0.000 0.028 0.060 0.912
#> GSM1317983 1 0.0592 0.8661 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317984 3 0.3649 0.7481 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM1317985 3 0.0469 0.9163 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM1317986 1 0.0592 0.8661 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317987 2 0.0927 0.8470 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM1317988 2 0.1940 0.8318 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM1317989 1 0.5376 0.3628 0.588 0.000 0.396 0.016
#> GSM1317990 2 0.0592 0.8501 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317991 3 0.0188 0.9189 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM1317992 2 0.6553 0.4545 0.000 0.584 0.316 0.100
#> GSM1317993 2 0.0592 0.8501 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317994 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317977 1 0.3219 0.7795 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM1317976 1 0.1697 0.8462 0.952 0.028 0.004 0.016
#> GSM1317995 3 0.0707 0.9124 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1317996 2 0.0927 0.8470 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM1317997 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317998 1 0.3528 0.7474 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM1317999 1 0.1118 0.8641 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318002 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.0336 0.8538 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1318004 2 0.1716 0.8393 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM1318005 2 0.3688 0.6760 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM1318006 1 0.0469 0.8657 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318007 4 0.2345 0.7473 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM1318008 1 0.3219 0.7794 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM1318009 2 0.1211 0.8439 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM1318010 3 0.2281 0.8556 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM1318011 4 0.2868 0.7382 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM1318012 4 0.3172 0.7138 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM1318013 4 0.1716 0.7695 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM1318014 4 0.4193 0.5398 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM1318015 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318000 2 0.0592 0.8528 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318016 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318017 1 0.2281 0.8358 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM1318019 2 0.0592 0.8528 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318020 3 0.0592 0.9146 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM1318021 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318022 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318023 1 0.0921 0.8656 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318024 2 0.0592 0.8501 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318025 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318026 2 0.3569 0.7071 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM1318027 2 0.3108 0.7892 0.000 0.872 0.112 0.016
#> GSM1318028 1 0.4356 0.6775 0.780 0.004 0.200 0.016
#> GSM1318029 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318018 1 0.0592 0.8661 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM1318030 4 0.7388 0.3136 0.000 0.188 0.312 0.500
#> GSM1318031 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318033 1 0.4961 0.2128 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM1318034 3 0.2760 0.8276 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM1318035 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1318036 1 0.4711 0.7576 0.816 0.092 0.020 0.072
#> GSM1318037 2 0.7841 0.1216 0.000 0.400 0.324 0.276
#> GSM1318038 4 0.2530 0.7498 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM1318039 1 0.0469 0.8657 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318040 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318032 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317914 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317915 1 0.1042 0.8613 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM1317916 1 0.4139 0.7189 0.800 0.000 0.176 0.024
#> GSM1317917 4 0.1520 0.7863 0.020 0.000 0.024 0.956
#> GSM1317918 1 0.3610 0.6861 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM1317919 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317920 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317921 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317922 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317923 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317924 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317925 2 0.0000 0.8539 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317926 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317927 2 0.0469 0.8534 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317928 4 0.3539 0.6715 0.000 0.176 0.004 0.820
#> GSM1317929 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317930 2 0.2149 0.8123 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM1317931 3 0.4746 0.4859 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM1317932 2 0.4669 0.6776 0.000 0.764 0.036 0.200
#> GSM1317933 2 0.0592 0.8528 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317934 2 0.5000 0.6982 0.000 0.772 0.100 0.128
#> GSM1317935 3 0.3610 0.7528 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM1317936 3 0.0817 0.9099 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317937 1 0.1792 0.8523 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM1317938 2 0.0707 0.8518 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317939 2 0.0469 0.8534 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317940 1 0.4356 0.6775 0.780 0.004 0.200 0.016
#> GSM1317941 2 0.0188 0.8532 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317942 2 0.0817 0.8504 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1317943 2 0.0592 0.8528 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317944 2 0.0188 0.8539 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317897 1 0.0336 0.8620 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317898 1 0.0817 0.8660 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317899 1 0.2868 0.8049 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM1317900 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1317901 1 0.0707 0.8664 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317902 1 0.2011 0.8458 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM1317903 1 0.1118 0.8639 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317904 2 0.5186 0.3947 0.016 0.640 0.000 0.344
#> GSM1317905 2 0.6570 0.4489 0.000 0.580 0.320 0.100
#> GSM1317906 3 0.5856 -0.0597 0.000 0.464 0.504 0.032
#> GSM1317907 4 0.0921 0.7827 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM1317908 3 0.2408 0.8490 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM1317909 4 0.6876 0.2489 0.352 0.000 0.116 0.532
#> GSM1317910 3 0.5599 0.4641 0.032 0.000 0.616 0.352
#> GSM1317911 1 0.4925 0.2647 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM1317912 4 0.0592 0.7859 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM1317913 4 0.2868 0.7365 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM1318041 4 0.1004 0.7847 0.024 0.000 0.004 0.972
#> GSM1318042 3 0.3024 0.8090 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM1318043 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM1318044 1 0.1716 0.8542 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM1318045 1 0.1474 0.8591 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM1318046 1 0.3024 0.7946 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM1318047 4 0.3764 0.6559 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM1318048 3 0.4599 0.7123 0.028 0.000 0.760 0.212
#> GSM1318049 1 0.4981 0.2218 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM1318050 4 0.4382 0.5589 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM1318051 2 0.4898 0.2117 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM1318052 2 0.2048 0.8308 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM1318053 2 0.3216 0.8042 0.000 0.880 0.076 0.044
#> GSM1318054 4 0.4994 0.6064 0.000 0.208 0.048 0.744
#> GSM1318055 3 0.0707 0.9123 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM1318056 3 0.5254 0.4633 0.000 0.300 0.672 0.028
#> GSM1318057 4 0.5953 0.4841 0.000 0.268 0.076 0.656
#> GSM1318058 3 0.0000 0.9213 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM1317945 4 0.4626 0.3108 0.000 0.364 0.000 0.616 0.020
#> GSM1317946 2 0.4730 0.2988 0.416 0.568 0.000 0.004 0.012
#> GSM1317947 3 0.0510 0.7935 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317948 4 0.3395 0.6248 0.092 0.000 0.012 0.852 0.044
#> GSM1317949 1 0.5961 0.2916 0.580 0.000 0.260 0.000 0.160
#> GSM1317950 1 0.1043 0.8314 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM1317953 1 0.0404 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317954 1 0.0703 0.8217 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317955 1 0.2629 0.7706 0.860 0.004 0.000 0.000 0.136
#> GSM1317956 1 0.1251 0.8315 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM1317957 2 0.7448 0.2400 0.024 0.396 0.384 0.016 0.180
#> GSM1317958 1 0.1608 0.8256 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM1317959 4 0.5890 0.5717 0.184 0.076 0.000 0.676 0.064
#> GSM1317960 4 0.3688 0.6300 0.124 0.000 0.000 0.816 0.060
#> GSM1317961 3 0.0162 0.7949 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM1317962 1 0.3485 0.7422 0.828 0.048 0.000 0.000 0.124
#> GSM1317963 4 0.4300 -0.0491 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM1317964 1 0.0609 0.8231 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317965 3 0.0000 0.7952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM1317966 3 0.0404 0.7946 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317967 2 0.7737 0.2497 0.000 0.408 0.312 0.208 0.072
#> GSM1317968 1 0.1965 0.7941 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM1317969 3 0.5533 0.3589 0.000 0.000 0.580 0.336 0.084
#> GSM1317970 2 0.5291 0.7077 0.004 0.724 0.068 0.032 0.172
#> GSM1317952 4 0.2233 0.6304 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> GSM1317951 1 0.2629 0.7708 0.860 0.004 0.000 0.000 0.136
#> GSM1317971 3 0.2127 0.7213 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM1317972 1 0.3359 0.7482 0.844 0.072 0.000 0.000 0.084
#> GSM1317973 2 0.5498 0.4410 0.000 0.568 0.000 0.356 0.076
#> GSM1317974 2 0.5821 0.2618 0.400 0.504 0.000 0.000 0.096
#> GSM1317975 2 0.2900 0.7338 0.028 0.864 0.000 0.000 0.108
#> GSM1317978 1 0.1662 0.8143 0.936 0.004 0.000 0.004 0.056
#> GSM1317979 4 0.2162 0.6372 0.012 0.000 0.008 0.916 0.064
#> GSM1317980 3 0.2448 0.7517 0.000 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM1317981 2 0.2669 0.7397 0.020 0.876 0.000 0.000 0.104
#> GSM1317982 4 0.3334 0.6207 0.000 0.004 0.064 0.852 0.080
#> GSM1317983 1 0.1041 0.8318 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM1317984 3 0.4777 0.5025 0.000 0.000 0.680 0.268 0.052
#> GSM1317985 3 0.1408 0.7909 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM1317986 1 0.0963 0.8314 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM1317987 2 0.2017 0.7562 0.008 0.912 0.000 0.000 0.080
#> GSM1317988 2 0.4258 0.6985 0.000 0.768 0.000 0.160 0.072
#> GSM1317989 1 0.6011 0.1244 0.500 0.000 0.408 0.012 0.080
#> GSM1317990 2 0.1956 0.7576 0.008 0.916 0.000 0.000 0.076
#> GSM1317991 3 0.1124 0.7855 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> GSM1317992 2 0.6469 0.4481 0.004 0.528 0.328 0.012 0.128
#> GSM1317993 2 0.1124 0.7699 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM1317994 3 0.0404 0.7958 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM1317977 1 0.3582 0.7032 0.768 0.000 0.000 0.224 0.008
#> GSM1317976 1 0.3380 0.7534 0.840 0.028 0.008 0.000 0.124
#> GSM1317995 3 0.1568 0.7889 0.000 0.000 0.944 0.020 0.036
#> GSM1317996 2 0.3403 0.7461 0.012 0.820 0.000 0.008 0.160
#> GSM1317997 3 0.0898 0.7950 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM1317998 1 0.4326 0.6268 0.708 0.000 0.000 0.264 0.028
#> GSM1317999 1 0.1798 0.8291 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> GSM1318002 2 0.1831 0.7733 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> GSM1318003 2 0.0963 0.7763 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM1318004 2 0.6811 0.5490 0.004 0.600 0.076 0.208 0.112
#> GSM1318005 2 0.5440 0.2336 0.000 0.540 0.000 0.396 0.064
#> GSM1318006 1 0.0807 0.8295 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM1318007 4 0.3646 0.6287 0.000 0.020 0.064 0.844 0.072
#> GSM1318008 1 0.3890 0.6552 0.736 0.000 0.000 0.252 0.012
#> GSM1318009 2 0.3307 0.7288 0.000 0.844 0.000 0.104 0.052
#> GSM1318010 3 0.1981 0.7825 0.000 0.000 0.924 0.028 0.048
#> GSM1318011 4 0.3368 0.6196 0.156 0.000 0.000 0.820 0.024
#> GSM1318012 4 0.3278 0.6259 0.156 0.000 0.000 0.824 0.020
#> GSM1318013 4 0.4817 0.5969 0.000 0.056 0.112 0.772 0.060
#> GSM1318014 4 0.4114 0.4731 0.272 0.000 0.000 0.712 0.016
#> GSM1318015 2 0.1043 0.7745 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM1318001 3 0.0794 0.7945 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM1318000 2 0.2228 0.7627 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> GSM1318016 2 0.0794 0.7770 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM1318017 1 0.2248 0.8166 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> GSM1318019 2 0.2067 0.7656 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> GSM1318020 3 0.2020 0.7580 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM1318021 2 0.0290 0.7749 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1318022 5 0.4084 0.6206 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> GSM1318023 1 0.1943 0.8282 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020
#> GSM1318024 2 0.1357 0.7712 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> GSM1318025 3 0.0510 0.7942 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1318026 2 0.3968 0.5943 0.000 0.716 0.276 0.004 0.004
#> GSM1318027 2 0.6185 0.5914 0.000 0.640 0.216 0.072 0.072
#> GSM1318028 1 0.2850 0.7753 0.872 0.000 0.036 0.000 0.092
#> GSM1318029 3 0.3774 0.3527 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM1318018 1 0.1357 0.8309 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> GSM1318030 4 0.6786 0.2649 0.000 0.088 0.340 0.512 0.060
#> GSM1318031 3 0.0703 0.7913 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM1318033 1 0.5649 0.0868 0.472 0.000 0.000 0.452 0.076
#> GSM1318034 3 0.2645 0.7577 0.000 0.000 0.888 0.068 0.044
#> GSM1318035 2 0.0404 0.7742 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318036 1 0.5647 0.6693 0.716 0.008 0.064 0.152 0.060
#> GSM1318037 3 0.6960 -0.0797 0.004 0.068 0.444 0.412 0.072
#> GSM1318038 5 0.4394 0.4560 0.000 0.000 0.048 0.220 0.732
#> GSM1318039 1 0.2648 0.7769 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM1318040 3 0.0609 0.7922 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1318032 3 0.0609 0.7922 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317914 5 0.4074 0.6070 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM1317915 5 0.4464 0.1960 0.408 0.000 0.008 0.000 0.584
#> GSM1317916 5 0.4567 0.3037 0.356 0.000 0.012 0.004 0.628
#> GSM1317917 5 0.4194 0.3633 0.016 0.000 0.004 0.260 0.720
#> GSM1317918 5 0.4677 0.4371 0.300 0.000 0.036 0.000 0.664
#> GSM1317919 3 0.3895 0.3051 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM1317920 5 0.4273 0.4694 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM1317921 5 0.4150 0.5711 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM1317922 5 0.4126 0.5766 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM1317923 5 0.4306 0.6251 0.000 0.000 0.328 0.012 0.660
#> GSM1317924 3 0.0510 0.7942 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM1317925 2 0.0703 0.7731 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM1317926 5 0.4161 0.5785 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM1317927 2 0.0566 0.7747 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM1317928 4 0.6778 0.0630 0.000 0.276 0.000 0.368 0.356
#> GSM1317929 3 0.3480 0.4678 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM1317930 2 0.1872 0.7634 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM1317931 3 0.6996 -0.0308 0.000 0.020 0.440 0.344 0.196
#> GSM1317932 2 0.4975 0.6378 0.000 0.736 0.024 0.172 0.068
#> GSM1317933 2 0.0865 0.7739 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM1317934 2 0.4024 0.7279 0.000 0.824 0.032 0.064 0.080
#> GSM1317935 5 0.7488 0.4594 0.000 0.068 0.248 0.204 0.480
#> GSM1317936 3 0.2873 0.7383 0.000 0.000 0.860 0.020 0.120
#> GSM1317937 1 0.2928 0.8127 0.872 0.000 0.000 0.064 0.064
#> GSM1317938 2 0.1041 0.7729 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM1317939 2 0.0451 0.7748 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM1317940 1 0.4114 0.6326 0.776 0.000 0.164 0.000 0.060
#> GSM1317941 2 0.3428 0.7564 0.004 0.860 0.020 0.036 0.080
#> GSM1317942 2 0.1205 0.7711 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM1317943 2 0.0865 0.7739 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM1317944 2 0.0162 0.7744 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.0609 0.7935 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM1317897 1 0.0510 0.8255 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM1317898 1 0.1282 0.8328 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM1317899 1 0.5331 0.7099 0.732 0.072 0.000 0.060 0.136
#> GSM1317900 3 0.0290 0.7949 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM1317901 1 0.1251 0.8323 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> GSM1317902 1 0.2989 0.8096 0.868 0.000 0.000 0.072 0.060
#> GSM1317903 1 0.2139 0.8274 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> GSM1317904 2 0.5546 0.1773 0.012 0.528 0.000 0.416 0.044
#> GSM1317905 2 0.6539 0.4257 0.000 0.520 0.356 0.060 0.064
#> GSM1317906 3 0.6107 -0.1380 0.000 0.424 0.488 0.028 0.060
#> GSM1317907 4 0.2139 0.6400 0.000 0.032 0.000 0.916 0.052
#> GSM1317908 3 0.3647 0.6900 0.000 0.000 0.816 0.052 0.132
#> GSM1317909 4 0.6655 0.3463 0.272 0.000 0.072 0.572 0.084
#> GSM1317910 4 0.6377 0.1119 0.016 0.000 0.328 0.532 0.124
#> GSM1317911 1 0.5182 0.2723 0.544 0.000 0.000 0.412 0.044
#> GSM1317912 4 0.1628 0.6420 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> GSM1317913 4 0.3165 0.6186 0.000 0.116 0.000 0.848 0.036
#> GSM1318041 4 0.1768 0.6325 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> GSM1318042 3 0.3262 0.7124 0.000 0.000 0.840 0.124 0.036
#> GSM1318043 3 0.0798 0.7958 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM1318044 1 0.2260 0.8238 0.908 0.000 0.000 0.064 0.028
#> GSM1318045 1 0.2079 0.8256 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> GSM1318046 1 0.3922 0.7311 0.780 0.000 0.000 0.180 0.040
#> GSM1318047 4 0.4645 0.4840 0.268 0.000 0.000 0.688 0.044
#> GSM1318048 3 0.5705 0.4147 0.028 0.000 0.620 0.296 0.056
#> GSM1318049 1 0.5348 0.1472 0.492 0.000 0.000 0.456 0.052
#> GSM1318050 4 0.5236 0.2585 0.000 0.380 0.000 0.568 0.052
#> GSM1318051 2 0.5304 0.2825 0.000 0.560 0.000 0.384 0.056
#> GSM1318052 2 0.6882 0.5292 0.000 0.584 0.188 0.156 0.072
#> GSM1318053 2 0.6422 0.5727 0.000 0.620 0.220 0.080 0.080
#> GSM1318054 4 0.7372 0.3574 0.000 0.152 0.292 0.484 0.072
#> GSM1318055 3 0.1484 0.7795 0.000 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM1318056 3 0.6057 0.4333 0.000 0.184 0.664 0.080 0.072
#> GSM1318057 4 0.7557 0.2887 0.000 0.228 0.216 0.480 0.076
#> GSM1318058 3 0.2074 0.7483 0.000 0.000 0.920 0.036 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM1317945 4 0.4853 0.47022 0.036 0.324 0.000 0.620 0.004 0.016
#> GSM1317946 5 0.4591 0.33777 0.016 0.372 0.000 0.020 0.592 0.000
#> GSM1317947 3 0.1065 0.71845 0.008 0.000 0.964 0.008 0.000 0.020
#> GSM1317948 4 0.6406 -0.06366 0.360 0.000 0.000 0.452 0.140 0.048
#> GSM1317949 5 0.6996 0.21040 0.364 0.000 0.148 0.000 0.384 0.104
#> GSM1317950 5 0.0837 0.73892 0.020 0.000 0.000 0.004 0.972 0.004
#> GSM1317953 5 0.2442 0.70664 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> GSM1317954 5 0.4428 0.58332 0.312 0.008 0.000 0.000 0.648 0.032
#> GSM1317955 5 0.5247 0.39047 0.452 0.028 0.000 0.000 0.480 0.040
#> GSM1317956 5 0.1080 0.73781 0.032 0.000 0.000 0.004 0.960 0.004
#> GSM1317957 1 0.7733 -0.16752 0.352 0.244 0.276 0.108 0.000 0.020
#> GSM1317958 5 0.0665 0.73930 0.008 0.000 0.000 0.008 0.980 0.004
#> GSM1317959 4 0.3837 0.57499 0.000 0.152 0.000 0.780 0.060 0.008
#> GSM1317960 4 0.5737 0.27601 0.080 0.000 0.000 0.592 0.272 0.056
#> GSM1317961 3 0.0291 0.71652 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM1317962 5 0.6005 0.34225 0.444 0.044 0.000 0.040 0.448 0.024
#> GSM1317963 5 0.4847 0.30385 0.040 0.000 0.000 0.424 0.528 0.008
#> GSM1317964 5 0.2768 0.69917 0.156 0.000 0.000 0.000 0.832 0.012
#> GSM1317965 3 0.0260 0.71902 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317966 3 0.0146 0.71896 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317967 4 0.6530 0.47857 0.040 0.196 0.220 0.532 0.000 0.012
#> GSM1317968 5 0.4234 0.50319 0.408 0.000 0.000 0.004 0.576 0.012
#> GSM1317969 4 0.4843 0.32260 0.068 0.000 0.288 0.636 0.000 0.008
#> GSM1317970 2 0.6957 0.30467 0.312 0.408 0.028 0.232 0.000 0.020
#> GSM1317952 4 0.6106 -0.01414 0.364 0.000 0.000 0.488 0.100 0.048
#> GSM1317951 5 0.5387 0.37263 0.456 0.024 0.000 0.000 0.464 0.056
#> GSM1317971 3 0.3296 0.64894 0.116 0.000 0.828 0.008 0.000 0.048
#> GSM1317972 5 0.5778 0.40759 0.296 0.184 0.000 0.004 0.516 0.000
#> GSM1317973 4 0.4592 0.51691 0.064 0.232 0.000 0.692 0.000 0.012
#> GSM1317974 5 0.6697 0.00310 0.308 0.328 0.000 0.016 0.340 0.008
#> GSM1317975 2 0.3862 0.55896 0.388 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317978 5 0.3734 0.64516 0.244 0.008 0.000 0.004 0.736 0.008
#> GSM1317979 4 0.5539 0.12316 0.324 0.000 0.000 0.568 0.076 0.032
#> GSM1317980 3 0.4699 0.52744 0.188 0.000 0.716 0.060 0.000 0.036
#> GSM1317981 2 0.3756 0.58730 0.352 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317982 4 0.3585 0.42659 0.168 0.008 0.004 0.796 0.004 0.020
#> GSM1317983 5 0.0909 0.73960 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020
#> GSM1317984 1 0.6877 0.20541 0.404 0.000 0.336 0.192 0.000 0.068
#> GSM1317985 3 0.5081 0.42567 0.280 0.000 0.636 0.044 0.000 0.040
#> GSM1317986 5 0.0717 0.73966 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> GSM1317987 2 0.3337 0.65266 0.260 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317988 4 0.5361 0.23317 0.116 0.372 0.000 0.512 0.000 0.000
#> GSM1317989 3 0.6093 0.00316 0.116 0.000 0.468 0.012 0.388 0.016
#> GSM1317990 2 0.3081 0.68618 0.220 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317991 3 0.1845 0.70249 0.052 0.000 0.920 0.000 0.000 0.028
#> GSM1317992 2 0.6838 0.32752 0.340 0.428 0.172 0.052 0.000 0.008
#> GSM1317993 2 0.2053 0.72217 0.108 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317994 3 0.1003 0.71571 0.016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020
#> GSM1317977 5 0.2790 0.69108 0.024 0.000 0.000 0.132 0.844 0.000
#> GSM1317976 1 0.5600 -0.40264 0.476 0.060 0.016 0.000 0.436 0.012
#> GSM1317995 3 0.5194 0.39175 0.292 0.000 0.620 0.044 0.000 0.044
#> GSM1317996 2 0.6125 0.47383 0.324 0.516 0.000 0.112 0.000 0.048
#> GSM1317997 3 0.4159 0.55018 0.216 0.000 0.732 0.016 0.000 0.036
#> GSM1317998 5 0.2681 0.71009 0.028 0.000 0.000 0.072 0.880 0.020
#> GSM1317999 5 0.0964 0.73897 0.016 0.000 0.000 0.012 0.968 0.004
#> GSM1318002 2 0.3104 0.71470 0.184 0.800 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318003 2 0.2066 0.72019 0.052 0.908 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM1318004 4 0.5758 0.46250 0.100 0.272 0.020 0.596 0.004 0.008
#> GSM1318005 4 0.4452 0.47517 0.028 0.312 0.000 0.648 0.012 0.000
#> GSM1318006 5 0.1341 0.73789 0.028 0.000 0.000 0.000 0.948 0.024
#> GSM1318007 4 0.2558 0.56164 0.024 0.032 0.036 0.900 0.004 0.004
#> GSM1318008 5 0.2622 0.70536 0.024 0.000 0.000 0.104 0.868 0.004
#> GSM1318009 2 0.4681 -0.03171 0.044 0.524 0.000 0.432 0.000 0.000
#> GSM1318010 3 0.5685 0.20842 0.360 0.000 0.532 0.056 0.000 0.052
#> GSM1318011 5 0.5431 0.44319 0.096 0.000 0.000 0.292 0.592 0.020
#> GSM1318012 4 0.4774 0.32743 0.044 0.000 0.000 0.648 0.288 0.020
#> GSM1318013 4 0.3167 0.58983 0.000 0.080 0.032 0.856 0.028 0.004
#> GSM1318014 5 0.5573 0.45024 0.160 0.000 0.000 0.196 0.620 0.024
#> GSM1318015 2 0.1895 0.74014 0.072 0.912 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM1318001 3 0.3419 0.62866 0.152 0.000 0.804 0.004 0.000 0.040
#> GSM1318000 2 0.3896 0.54391 0.056 0.748 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM1318016 2 0.1421 0.73107 0.028 0.944 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM1318017 5 0.1448 0.73337 0.016 0.000 0.000 0.024 0.948 0.012
#> GSM1318019 2 0.3896 0.53748 0.052 0.744 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM1318020 3 0.5102 0.38647 0.308 0.000 0.612 0.024 0.000 0.056
#> GSM1318021 2 0.0363 0.73897 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM1318022 6 0.2462 0.77219 0.004 0.000 0.132 0.004 0.000 0.860
#> GSM1318023 5 0.0632 0.73838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1318024 2 0.2191 0.72628 0.120 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM1318025 3 0.0363 0.71873 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1318026 2 0.4240 0.47891 0.004 0.680 0.288 0.020 0.000 0.008
#> GSM1318027 4 0.7271 0.21168 0.056 0.320 0.288 0.324 0.000 0.012
#> GSM1318028 5 0.4765 0.57520 0.300 0.000 0.020 0.000 0.640 0.040
#> GSM1318029 3 0.3499 0.32865 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM1318018 5 0.0777 0.73865 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM1318030 4 0.6101 0.48369 0.096 0.104 0.204 0.596 0.000 0.000
#> GSM1318031 3 0.0547 0.71610 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM1318033 5 0.4943 0.26713 0.024 0.000 0.000 0.400 0.548 0.028
#> GSM1318034 3 0.5366 0.36872 0.292 0.000 0.608 0.052 0.000 0.048
#> GSM1318035 2 0.0922 0.73946 0.024 0.968 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM1318036 5 0.4179 0.61232 0.012 0.000 0.056 0.188 0.744 0.000
#> GSM1318037 4 0.6301 0.33746 0.024 0.072 0.380 0.488 0.032 0.004
#> GSM1318038 6 0.2100 0.71199 0.032 0.000 0.016 0.036 0.000 0.916
#> GSM1318039 5 0.3714 0.64915 0.044 0.000 0.000 0.000 0.760 0.196
#> GSM1318040 3 0.0146 0.71901 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1318032 3 0.0146 0.71901 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317914 6 0.2664 0.76902 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM1317915 6 0.3947 0.60707 0.048 0.000 0.000 0.000 0.220 0.732
#> GSM1317916 6 0.3409 0.64646 0.028 0.000 0.000 0.000 0.192 0.780
#> GSM1317917 6 0.2123 0.69483 0.020 0.000 0.000 0.064 0.008 0.908
#> GSM1317918 6 0.3224 0.70224 0.036 0.000 0.008 0.000 0.128 0.828
#> GSM1317919 3 0.3819 0.33433 0.012 0.000 0.672 0.000 0.000 0.316
#> GSM1317920 6 0.3747 0.50596 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM1317921 6 0.3126 0.73482 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM1317922 6 0.3973 0.64486 0.012 0.000 0.296 0.000 0.008 0.684
#> GSM1317923 6 0.2234 0.77518 0.000 0.000 0.124 0.004 0.000 0.872
#> GSM1317924 3 0.0260 0.71902 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM1317925 2 0.0777 0.73935 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317926 6 0.2996 0.75356 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM1317927 2 0.0891 0.73443 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317928 2 0.6941 0.02677 0.320 0.432 0.000 0.112 0.000 0.136
#> GSM1317929 3 0.3023 0.50110 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM1317930 2 0.2420 0.65839 0.004 0.864 0.000 0.128 0.000 0.004
#> GSM1317931 1 0.7878 0.35386 0.428 0.048 0.196 0.204 0.000 0.124
#> GSM1317932 2 0.4445 0.58708 0.280 0.676 0.012 0.028 0.000 0.004
#> GSM1317933 2 0.1349 0.72117 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM1317934 2 0.4310 0.61669 0.252 0.704 0.016 0.004 0.000 0.024
#> GSM1317935 1 0.7794 0.23488 0.444 0.216 0.084 0.068 0.000 0.188
#> GSM1317936 3 0.6330 0.02655 0.372 0.000 0.464 0.080 0.000 0.084
#> GSM1317937 5 0.1218 0.73574 0.012 0.000 0.000 0.004 0.956 0.028
#> GSM1317938 2 0.1643 0.71415 0.008 0.924 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM1317939 2 0.0993 0.73567 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM1317940 5 0.4882 0.57126 0.204 0.000 0.124 0.000 0.668 0.004
#> GSM1317941 2 0.5572 0.44341 0.072 0.656 0.044 0.212 0.000 0.016
#> GSM1317942 2 0.2070 0.68839 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM1317943 2 0.1757 0.70936 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM1317944 2 0.1148 0.73873 0.020 0.960 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM1317896 3 0.0363 0.71873 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM1317897 5 0.2573 0.71482 0.112 0.000 0.000 0.000 0.864 0.024
#> GSM1317898 5 0.1707 0.73532 0.056 0.004 0.000 0.012 0.928 0.000
#> GSM1317899 5 0.4382 0.63089 0.024 0.152 0.000 0.016 0.764 0.044
#> GSM1317900 3 0.0146 0.71901 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM1317901 5 0.1948 0.73288 0.048 0.000 0.012 0.008 0.924 0.008
#> GSM1317902 5 0.1528 0.73296 0.016 0.000 0.000 0.012 0.944 0.028
#> GSM1317903 5 0.0632 0.73838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM1317904 4 0.4550 0.49132 0.008 0.296 0.000 0.652 0.044 0.000
#> GSM1317905 4 0.6949 0.22904 0.028 0.292 0.332 0.336 0.000 0.012
#> GSM1317906 3 0.6260 0.12034 0.028 0.196 0.560 0.204 0.000 0.012
#> GSM1317907 4 0.3613 0.53160 0.040 0.056 0.000 0.836 0.008 0.060
#> GSM1317908 1 0.5868 -0.09132 0.444 0.000 0.440 0.064 0.000 0.052
#> GSM1317909 5 0.6923 -0.08349 0.276 0.000 0.008 0.292 0.388 0.036
#> GSM1317910 4 0.8748 -0.37832 0.232 0.000 0.204 0.244 0.096 0.224
#> GSM1317911 5 0.4473 0.57952 0.036 0.000 0.000 0.240 0.700 0.024
#> GSM1317912 4 0.3968 0.42511 0.088 0.004 0.000 0.804 0.032 0.072
#> GSM1317913 4 0.3697 0.57948 0.024 0.148 0.000 0.800 0.004 0.024
#> GSM1318041 4 0.5684 0.05195 0.344 0.000 0.000 0.544 0.044 0.068
#> GSM1318042 3 0.6324 0.09912 0.324 0.000 0.496 0.124 0.000 0.056
#> GSM1318043 3 0.2383 0.67893 0.096 0.000 0.880 0.000 0.000 0.024
#> GSM1318044 5 0.0508 0.73863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> GSM1318045 5 0.0622 0.73961 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> GSM1318046 5 0.2335 0.71859 0.028 0.000 0.000 0.044 0.904 0.024
#> GSM1318047 5 0.5527 0.16617 0.040 0.000 0.000 0.444 0.468 0.048
#> GSM1318048 1 0.7518 0.30133 0.424 0.000 0.272 0.200 0.048 0.056
#> GSM1318049 1 0.6760 0.10641 0.380 0.000 0.000 0.200 0.368 0.052
#> GSM1318050 4 0.3947 0.52700 0.004 0.264 0.000 0.712 0.008 0.012
#> GSM1318051 4 0.4174 0.42739 0.016 0.352 0.000 0.628 0.000 0.004
#> GSM1318052 4 0.6347 0.44129 0.040 0.268 0.136 0.544 0.000 0.012
#> GSM1318053 4 0.7319 0.35188 0.072 0.260 0.236 0.416 0.000 0.016
#> GSM1318054 4 0.5426 0.55979 0.016 0.144 0.168 0.660 0.000 0.012
#> GSM1318055 3 0.1261 0.70842 0.024 0.000 0.952 0.024 0.000 0.000
#> GSM1318056 3 0.5601 0.21996 0.016 0.100 0.608 0.264 0.000 0.012
#> GSM1318057 4 0.5423 0.54512 0.024 0.192 0.108 0.664 0.000 0.012
#> GSM1318058 3 0.1644 0.67955 0.004 0.000 0.932 0.052 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) time(p) individual(p) k
#> ATC:NMF 153 0.806499 2.42e-01 0.67525 0.281 2
#> ATC:NMF 147 0.737565 2.67e-01 0.11197 0.577 3
#> ATC:NMF 143 0.037818 5.74e-02 0.01315 0.561 4
#> ATC:NMF 121 0.105845 1.15e-05 0.01050 0.302 5
#> ATC:NMF 100 0.000884 8.68e-08 0.00933 0.323 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0