Date: 2019-12-25 21:44:39 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 180
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.996 | 0.998 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:NMF | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.983 | 0.993 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| ATC:hclust | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.972 | 0.988 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.994 | 0.966 | 0.985 | ** | 2 |
| ATC:pam | 3 | 0.962 | 0.946 | 0.975 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 3 | 0.946 | 0.935 | 0.969 | * | 2 |
| MAD:mclust | 2 | 0.911 | 0.954 | 0.981 | * | |
| CV:hclust | 3 | 0.903 | 0.942 | 0.969 | * | 2 |
| MAD:pam | 2 | 0.900 | 0.952 | 0.978 | * | |
| MAD:NMF | 4 | 0.861 | 0.877 | 0.947 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.514 | 0.816 | 0.905 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 1.000 1.000 0.447 0.553 0.553
#> CV:NMF 2 1.000 1.000 1.000 0.447 0.553 0.553
#> MAD:NMF 2 0.881 0.928 0.953 0.451 0.561 0.561
#> ATC:NMF 2 1.000 0.995 0.998 0.472 0.527 0.527
#> SD:skmeans 2 1.000 0.998 0.999 0.448 0.553 0.553
#> CV:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.447 0.553 0.553
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.980 0.991 0.487 0.515 0.515
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.994 0.998 0.449 0.553 0.553
#> SD:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.448 0.553 0.553
#> CV:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.447 0.553 0.553
#> MAD:mclust 2 0.911 0.954 0.981 0.373 0.634 0.634
#> ATC:mclust 2 1.000 0.972 0.988 0.475 0.530 0.530
#> SD:kmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.445 0.557 0.557
#> CV:kmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.441 0.561 0.561
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.983 0.993 0.473 0.527 0.527
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.440 0.561 0.561
#> SD:pam 2 1.000 0.999 0.999 0.448 0.553 0.553
#> CV:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.440 0.561 0.561
#> MAD:pam 2 0.900 0.952 0.978 0.493 0.502 0.502
#> ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.440 0.561 0.561
#> SD:hclust 2 1.000 0.996 0.998 0.447 0.553 0.553
#> CV:hclust 2 1.000 0.992 0.996 0.445 0.553 0.553
#> MAD:hclust 2 0.514 0.816 0.905 0.489 0.506 0.506
#> ATC:hclust 2 1.000 0.999 0.999 0.440 0.561 0.561
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.709 0.831 0.881 0.457 0.804 0.645
#> CV:NMF 3 0.667 0.624 0.809 0.392 0.799 0.636
#> MAD:NMF 3 0.798 0.868 0.915 0.473 0.764 0.582
#> ATC:NMF 3 0.946 0.935 0.969 0.193 0.894 0.801
#> SD:skmeans 3 0.750 0.739 0.861 0.472 0.794 0.628
#> CV:skmeans 3 0.773 0.879 0.914 0.456 0.797 0.632
#> MAD:skmeans 3 0.787 0.885 0.927 0.350 0.810 0.636
#> ATC:skmeans 3 0.994 0.966 0.985 0.419 0.807 0.650
#> SD:mclust 3 0.710 0.704 0.792 0.372 0.836 0.704
#> CV:mclust 3 0.601 0.730 0.849 0.269 0.915 0.847
#> MAD:mclust 3 0.794 0.812 0.920 0.498 0.784 0.663
#> ATC:mclust 3 0.636 0.714 0.855 0.345 0.771 0.582
#> SD:kmeans 3 0.613 0.695 0.787 0.399 0.794 0.630
#> CV:kmeans 3 0.622 0.542 0.833 0.305 0.978 0.960
#> MAD:kmeans 3 0.749 0.784 0.906 0.404 0.777 0.587
#> ATC:kmeans 3 0.761 0.923 0.898 0.355 0.799 0.642
#> SD:pam 3 0.636 0.512 0.783 0.494 0.777 0.596
#> CV:pam 3 0.771 0.781 0.905 0.486 0.794 0.632
#> MAD:pam 3 0.699 0.761 0.876 0.312 0.833 0.673
#> ATC:pam 3 0.962 0.946 0.975 0.479 0.794 0.632
#> SD:hclust 3 0.615 0.772 0.833 0.435 0.777 0.597
#> CV:hclust 3 0.903 0.942 0.969 0.117 0.964 0.935
#> MAD:hclust 3 0.512 0.568 0.796 0.253 0.932 0.867
#> ATC:hclust 3 0.822 0.920 0.932 0.132 1.000 1.000
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.832 0.889 0.917 0.1215 0.851 0.611
#> CV:NMF 4 0.655 0.765 0.836 0.1417 0.807 0.540
#> MAD:NMF 4 0.861 0.877 0.947 0.1141 0.812 0.518
#> ATC:NMF 4 0.760 0.805 0.903 0.0891 0.982 0.957
#> SD:skmeans 4 0.833 0.853 0.915 0.1198 0.869 0.645
#> CV:skmeans 4 0.756 0.842 0.880 0.1294 0.882 0.677
#> MAD:skmeans 4 0.788 0.743 0.884 0.0980 0.824 0.557
#> ATC:skmeans 4 0.875 0.775 0.890 0.0758 0.973 0.926
#> SD:mclust 4 0.698 0.718 0.815 0.1619 0.852 0.640
#> CV:mclust 4 0.525 0.579 0.755 0.1886 0.779 0.555
#> MAD:mclust 4 0.628 0.725 0.842 0.2013 0.790 0.553
#> ATC:mclust 4 0.538 0.660 0.756 0.0896 0.844 0.610
#> SD:kmeans 4 0.561 0.705 0.751 0.1324 0.843 0.592
#> CV:kmeans 4 0.554 0.597 0.748 0.1873 0.764 0.567
#> MAD:kmeans 4 0.780 0.766 0.873 0.1023 0.830 0.559
#> ATC:kmeans 4 0.712 0.721 0.849 0.1467 0.959 0.890
#> SD:pam 4 0.679 0.585 0.762 0.1054 0.865 0.626
#> CV:pam 4 0.677 0.789 0.856 0.1139 0.873 0.660
#> MAD:pam 4 0.727 0.645 0.817 0.1126 0.853 0.627
#> ATC:pam 4 0.820 0.819 0.916 0.0831 0.886 0.702
#> SD:hclust 4 0.642 0.707 0.803 0.1099 0.935 0.810
#> CV:hclust 4 0.834 0.898 0.945 0.0527 0.977 0.955
#> MAD:hclust 4 0.584 0.540 0.752 0.1194 0.851 0.672
#> ATC:hclust 4 0.734 0.768 0.897 0.0908 0.927 0.870
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.792 0.594 0.814 0.0541 0.950 0.823
#> CV:NMF 5 0.717 0.581 0.727 0.0761 0.936 0.804
#> MAD:NMF 5 0.868 0.832 0.922 0.0664 0.903 0.659
#> ATC:NMF 5 0.663 0.677 0.851 0.0870 0.962 0.907
#> SD:skmeans 5 0.825 0.751 0.848 0.0501 0.928 0.741
#> CV:skmeans 5 0.866 0.838 0.910 0.0516 0.943 0.789
#> MAD:skmeans 5 0.787 0.749 0.868 0.0635 0.912 0.706
#> ATC:skmeans 5 0.801 0.773 0.886 0.0496 0.917 0.766
#> SD:mclust 5 0.728 0.768 0.866 0.0828 0.816 0.462
#> CV:mclust 5 0.537 0.456 0.708 0.0847 0.849 0.580
#> MAD:mclust 5 0.593 0.568 0.783 0.0673 0.847 0.588
#> ATC:mclust 5 0.558 0.519 0.695 0.0898 0.856 0.576
#> SD:kmeans 5 0.632 0.588 0.706 0.0858 0.867 0.561
#> CV:kmeans 5 0.597 0.628 0.761 0.0925 0.869 0.622
#> MAD:kmeans 5 0.716 0.594 0.744 0.0596 0.949 0.817
#> ATC:kmeans 5 0.677 0.485 0.706 0.0704 0.927 0.789
#> SD:pam 5 0.780 0.722 0.836 0.0493 0.904 0.669
#> CV:pam 5 0.771 0.734 0.868 0.0561 0.964 0.868
#> MAD:pam 5 0.706 0.656 0.811 0.0573 0.933 0.778
#> ATC:pam 5 0.818 0.811 0.904 0.0366 0.965 0.883
#> SD:hclust 5 0.712 0.688 0.799 0.0701 0.921 0.734
#> CV:hclust 5 0.616 0.808 0.878 0.1002 0.996 0.992
#> MAD:hclust 5 0.623 0.509 0.706 0.0565 0.920 0.761
#> ATC:hclust 5 0.712 0.776 0.898 0.0494 0.971 0.941
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.779 0.740 0.835 0.0373 0.915 0.696
#> CV:NMF 6 0.749 0.716 0.813 0.0596 0.830 0.471
#> MAD:NMF 6 0.806 0.741 0.844 0.0327 0.941 0.739
#> ATC:NMF 6 0.665 0.632 0.819 0.0737 0.924 0.808
#> SD:skmeans 6 0.822 0.729 0.842 0.0320 0.956 0.811
#> CV:skmeans 6 0.799 0.730 0.827 0.0399 0.992 0.967
#> MAD:skmeans 6 0.785 0.630 0.800 0.0316 0.967 0.862
#> ATC:skmeans 6 0.738 0.627 0.836 0.0406 0.974 0.912
#> SD:mclust 6 0.730 0.599 0.779 0.0509 0.875 0.547
#> CV:mclust 6 0.560 0.510 0.713 0.0603 0.879 0.604
#> MAD:mclust 6 0.658 0.640 0.772 0.1100 0.823 0.467
#> ATC:mclust 6 0.615 0.501 0.720 0.0436 0.909 0.649
#> SD:kmeans 6 0.676 0.561 0.734 0.0472 0.887 0.557
#> CV:kmeans 6 0.665 0.586 0.753 0.0582 0.963 0.854
#> MAD:kmeans 6 0.726 0.593 0.767 0.0393 0.923 0.707
#> ATC:kmeans 6 0.695 0.595 0.775 0.0569 0.862 0.575
#> SD:pam 6 0.827 0.742 0.856 0.0329 0.934 0.730
#> CV:pam 6 0.779 0.762 0.875 0.0385 0.961 0.843
#> MAD:pam 6 0.717 0.569 0.762 0.0398 0.925 0.730
#> ATC:pam 6 0.875 0.820 0.903 0.0275 0.972 0.900
#> SD:hclust 6 0.777 0.638 0.773 0.0378 0.971 0.876
#> CV:hclust 6 0.554 0.755 0.834 0.0676 0.993 0.986
#> MAD:hclust 6 0.663 0.544 0.694 0.0389 0.939 0.782
#> ATC:hclust 6 0.728 0.779 0.899 0.0174 0.998 0.996
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:NMF 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> MAD:NMF 178 2.18e-11 2.03e-37 2
#> ATC:NMF 180 3.26e-13 7.03e-32 2
#> SD:skmeans 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:skmeans 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> MAD:skmeans 179 6.26e-11 4.89e-28 2
#> ATC:skmeans 179 4.46e-12 1.03e-37 2
#> SD:mclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:mclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> MAD:mclust 177 6.64e-08 2.99e-27 2
#> ATC:mclust 177 2.30e-13 6.08e-32 2
#> SD:kmeans 179 8.34e-12 1.07e-37 2
#> CV:kmeans 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> MAD:kmeans 179 8.37e-14 1.52e-32 2
#> ATC:kmeans 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> SD:pam 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:pam 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> MAD:pam 177 1.48e-10 6.93e-25 2
#> ATC:pam 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> SD:hclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:hclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> MAD:hclust 163 1.72e-12 2.88e-26 2
#> ATC:hclust 180 2.02e-11 7.38e-38 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 174 1.06e-11 2.05e-35 3
#> CV:NMF 122 1.05e-13 1.17e-30 3
#> MAD:NMF 172 2.46e-11 1.42e-35 3
#> ATC:NMF 177 6.49e-13 1.59e-35 3
#> SD:skmeans 163 1.25e-11 5.45e-33 3
#> CV:skmeans 175 4.82e-12 3.08e-36 3
#> MAD:skmeans 171 3.28e-13 3.79e-30 3
#> ATC:skmeans 178 3.61e-12 1.77e-36 3
#> SD:mclust 157 6.88e-13 3.57e-33 3
#> CV:mclust 152 1.01e-08 7.11e-33 3
#> MAD:mclust 162 3.28e-13 3.64e-30 3
#> ATC:mclust 152 1.73e-13 2.04e-32 3
#> SD:kmeans 164 9.39e-11 2.98e-33 3
#> CV:kmeans 127 2.96e-10 1.87e-27 3
#> MAD:kmeans 162 4.31e-14 2.02e-31 3
#> ATC:kmeans 177 7.43e-12 1.62e-36 3
#> SD:pam 72 3.56e-09 2.90e-14 3
#> CV:pam 152 2.07e-11 3.55e-30 3
#> MAD:pam 169 4.05e-13 8.31e-27 3
#> ATC:pam 177 7.36e-12 3.23e-36 3
#> SD:hclust 167 1.26e-11 2.21e-33 3
#> CV:hclust 179 9.15e-13 1.41e-38 3
#> MAD:hclust 119 2.53e-12 8.44e-20 3
#> ATC:hclust 180 2.02e-11 7.38e-38 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 175 2.52e-13 1.15e-36 4
#> CV:NMF 165 4.32e-14 1.68e-35 4
#> MAD:NMF 172 4.17e-12 5.56e-36 4
#> ATC:NMF 166 2.84e-13 2.97e-35 4
#> SD:skmeans 172 6.37e-15 1.74e-38 4
#> CV:skmeans 173 4.46e-13 1.22e-35 4
#> MAD:skmeans 146 3.66e-11 2.45e-27 4
#> ATC:skmeans 151 1.27e-10 7.59e-31 4
#> SD:mclust 155 7.21e-14 2.06e-34 4
#> CV:mclust 140 8.51e-10 1.16e-28 4
#> MAD:mclust 160 1.59e-10 1.16e-31 4
#> ATC:mclust 150 4.69e-13 4.85e-32 4
#> SD:kmeans 152 5.62e-15 3.27e-35 4
#> CV:kmeans 122 7.07e-14 1.24e-24 4
#> MAD:kmeans 162 2.31e-13 2.45e-31 4
#> ATC:kmeans 155 2.42e-11 8.85e-32 4
#> SD:pam 98 1.29e-13 7.77e-19 4
#> CV:pam 167 7.81e-12 6.75e-34 4
#> MAD:pam 114 3.53e-09 3.97e-17 4
#> ATC:pam 165 1.02e-11 7.61e-33 4
#> SD:hclust 159 9.18e-13 1.72e-32 4
#> CV:hclust 177 1.10e-11 1.87e-36 4
#> MAD:hclust 99 1.45e-11 2.68e-15 4
#> ATC:hclust 170 1.04e-12 7.82e-35 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 123 1.56e-14 2.92e-24 5
#> CV:NMF 153 1.93e-12 5.05e-32 5
#> MAD:NMF 162 6.76e-15 5.09e-37 5
#> ATC:NMF 150 7.90e-11 4.03e-31 5
#> SD:skmeans 152 2.14e-15 1.07e-35 5
#> CV:skmeans 169 4.29e-14 4.01e-36 5
#> MAD:skmeans 154 2.33e-14 1.53e-30 5
#> ATC:skmeans 168 3.41e-11 8.93e-33 5
#> SD:mclust 158 6.80e-15 8.07e-36 5
#> CV:mclust 99 2.30e-10 1.19e-18 5
#> MAD:mclust 118 2.58e-09 1.74e-21 5
#> ATC:mclust 115 4.38e-09 1.21e-23 5
#> SD:kmeans 136 1.02e-11 7.38e-31 5
#> CV:kmeans 136 6.35e-09 1.74e-28 5
#> MAD:kmeans 120 1.41e-15 3.72e-28 5
#> ATC:kmeans 111 1.01e-04 1.23e-21 5
#> SD:pam 148 4.82e-13 2.19e-31 5
#> CV:pam 157 3.80e-11 1.57e-30 5
#> MAD:pam 132 7.77e-10 5.31e-21 5
#> ATC:pam 169 1.24e-10 1.32e-32 5
#> SD:hclust 146 1.49e-12 6.47e-30 5
#> CV:hclust 172 1.07e-11 5.92e-37 5
#> MAD:hclust 72 3.87e-01 3.41e-06 5
#> ATC:hclust 169 2.80e-11 5.68e-33 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 155 1.53e-13 1.21e-34 6
#> CV:NMF 158 9.36e-12 3.31e-31 6
#> MAD:NMF 157 2.00e-11 2.86e-31 6
#> ATC:NMF 141 1.96e-10 1.35e-27 6
#> SD:skmeans 152 2.32e-15 2.80e-34 6
#> CV:skmeans 165 5.35e-14 2.96e-35 6
#> MAD:skmeans 127 1.45e-11 1.06e-24 6
#> ATC:skmeans 146 2.29e-11 1.47e-27 6
#> SD:mclust 113 1.10e-13 1.58e-26 6
#> CV:mclust 124 2.99e-09 2.00e-23 6
#> MAD:mclust 154 1.56e-10 2.30e-28 6
#> ATC:mclust 104 3.50e-06 9.34e-20 6
#> SD:kmeans 121 5.78e-14 2.47e-28 6
#> CV:kmeans 134 2.42e-08 1.09e-27 6
#> MAD:kmeans 135 4.52e-12 5.11e-27 6
#> ATC:kmeans 137 3.74e-09 3.88e-26 6
#> SD:pam 152 1.42e-12 1.96e-31 6
#> CV:pam 163 2.70e-11 3.67e-32 6
#> MAD:pam 117 8.77e-06 2.64e-17 6
#> ATC:pam 170 2.06e-10 1.56e-31 6
#> SD:hclust 118 5.19e-14 1.89e-23 6
#> CV:hclust 174 7.44e-11 2.39e-34 6
#> MAD:hclust 91 4.26e-15 1.10e-16 6
#> ATC:hclust 166 5.95e-10 2.24e-31 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.4472 0.553 0.553
#> 3 3 0.615 0.772 0.833 0.4350 0.777 0.597
#> 4 4 0.642 0.707 0.803 0.1099 0.935 0.810
#> 5 5 0.712 0.688 0.799 0.0701 0.921 0.734
#> 6 6 0.777 0.638 0.773 0.0378 0.971 0.876
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.260 0.955 0.044 0.956
#> GSM337240 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.242 0.959 0.040 0.960
#> GSM337299 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.260 0.955 0.044 0.956
#> GSM337313 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.680 0.780 0.820 0.180
#> GSM337316 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.163 0.973 0.976 0.024
#> GSM337344 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.400 0.77707 0.000 0.840 0.160
#> GSM337198 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337199 2 0.254 0.78172 0.000 0.920 0.080
#> GSM337200 2 0.450 0.73651 0.000 0.804 0.196
#> GSM337201 2 0.236 0.78692 0.000 0.928 0.072
#> GSM337202 2 0.510 0.69202 0.000 0.752 0.248
#> GSM337203 3 0.622 0.36133 0.000 0.432 0.568
#> GSM337204 2 0.450 0.73651 0.000 0.804 0.196
#> GSM337205 3 0.590 0.51210 0.000 0.352 0.648
#> GSM337206 2 0.236 0.78692 0.000 0.928 0.072
#> GSM337207 2 0.540 0.63196 0.000 0.720 0.280
#> GSM337208 3 0.475 0.71983 0.000 0.216 0.784
#> GSM337209 2 0.502 0.75570 0.000 0.760 0.240
#> GSM337210 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337211 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337212 2 0.236 0.78692 0.000 0.928 0.072
#> GSM337213 3 0.631 0.17872 0.000 0.496 0.504
#> GSM337214 2 0.245 0.78706 0.000 0.924 0.076
#> GSM337215 2 0.455 0.73270 0.000 0.800 0.200
#> GSM337216 3 0.263 0.72834 0.000 0.084 0.916
#> GSM337217 3 0.510 0.69643 0.000 0.248 0.752
#> GSM337218 2 0.245 0.78887 0.000 0.924 0.076
#> GSM337219 3 0.590 0.57734 0.000 0.352 0.648
#> GSM337220 2 0.608 0.37138 0.000 0.612 0.388
#> GSM337221 2 0.497 0.76477 0.000 0.764 0.236
#> GSM337222 2 0.355 0.77939 0.000 0.868 0.132
#> GSM337223 2 0.529 0.71354 0.000 0.732 0.268
#> GSM337224 2 0.480 0.74467 0.000 0.780 0.220
#> GSM337225 3 0.445 0.73525 0.000 0.192 0.808
#> GSM337226 2 0.429 0.72519 0.000 0.820 0.180
#> GSM337227 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337228 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337229 2 0.406 0.76943 0.000 0.836 0.164
#> GSM337230 3 0.355 0.75060 0.000 0.132 0.868
#> GSM337231 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337232 3 0.631 0.17309 0.000 0.488 0.512
#> GSM337233 2 0.429 0.75458 0.000 0.820 0.180
#> GSM337234 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337235 2 0.630 -0.17647 0.000 0.520 0.480
#> GSM337236 3 0.630 0.04297 0.000 0.480 0.520
#> GSM337237 2 0.576 0.54042 0.000 0.672 0.328
#> GSM337238 2 0.375 0.78387 0.000 0.856 0.144
#> GSM337239 3 0.629 0.65354 0.036 0.236 0.728
#> GSM337240 2 0.465 0.72344 0.000 0.792 0.208
#> GSM337241 2 0.375 0.77412 0.000 0.856 0.144
#> GSM337242 2 0.506 0.71113 0.000 0.756 0.244
#> GSM337243 2 0.216 0.72562 0.000 0.936 0.064
#> GSM337244 2 0.375 0.78387 0.000 0.856 0.144
#> GSM337245 3 0.601 0.51745 0.000 0.372 0.628
#> GSM337246 2 0.355 0.77939 0.000 0.868 0.132
#> GSM337247 3 0.586 0.56106 0.000 0.344 0.656
#> GSM337248 2 0.288 0.73029 0.000 0.904 0.096
#> GSM337249 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337250 2 0.216 0.72562 0.000 0.936 0.064
#> GSM337251 2 0.375 0.77412 0.000 0.856 0.144
#> GSM337252 2 0.362 0.77809 0.000 0.864 0.136
#> GSM337253 3 0.424 0.71104 0.000 0.176 0.824
#> GSM337254 3 0.348 0.75172 0.000 0.128 0.872
#> GSM337255 3 0.460 0.71550 0.000 0.204 0.796
#> GSM337256 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337257 2 0.362 0.77809 0.000 0.864 0.136
#> GSM337258 3 0.480 0.70465 0.000 0.220 0.780
#> GSM337259 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337260 2 0.440 0.73897 0.000 0.812 0.188
#> GSM337261 3 0.263 0.72834 0.000 0.084 0.916
#> GSM337262 2 0.455 0.74582 0.000 0.800 0.200
#> GSM337263 2 0.497 0.70691 0.000 0.764 0.236
#> GSM337264 3 0.601 0.55258 0.000 0.372 0.628
#> GSM337265 3 0.546 0.62966 0.000 0.288 0.712
#> GSM337266 3 0.573 0.55735 0.000 0.324 0.676
#> GSM337267 2 0.327 0.79700 0.000 0.884 0.116
#> GSM337268 2 0.263 0.78172 0.000 0.916 0.084
#> GSM337269 2 0.186 0.77950 0.000 0.948 0.052
#> GSM337270 2 0.568 0.62386 0.000 0.684 0.316
#> GSM337271 3 0.583 0.55267 0.000 0.340 0.660
#> GSM337272 2 0.254 0.78172 0.000 0.920 0.080
#> GSM337273 2 0.550 0.66782 0.000 0.708 0.292
#> GSM337274 2 0.522 0.67161 0.000 0.740 0.260
#> GSM337275 2 0.522 0.59288 0.000 0.740 0.260
#> GSM337276 3 0.553 0.60508 0.000 0.296 0.704
#> GSM337277 3 0.624 0.38436 0.000 0.440 0.560
#> GSM337278 2 0.465 0.74769 0.000 0.792 0.208
#> GSM337279 2 0.304 0.76814 0.000 0.896 0.104
#> GSM337280 3 0.369 0.74997 0.000 0.140 0.860
#> GSM337281 2 0.418 0.71563 0.000 0.828 0.172
#> GSM337282 2 0.348 0.76242 0.000 0.872 0.128
#> GSM337283 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.626 0.26942 0.000 0.448 0.552
#> GSM337285 3 0.583 0.55267 0.000 0.340 0.660
#> GSM337286 2 0.631 -0.00858 0.000 0.512 0.488
#> GSM337287 3 0.573 0.55735 0.000 0.324 0.676
#> GSM337288 3 0.606 0.53808 0.000 0.384 0.616
#> GSM337289 3 0.625 0.28348 0.000 0.444 0.556
#> GSM337290 2 0.245 0.78887 0.000 0.924 0.076
#> GSM337291 3 0.440 0.74443 0.000 0.188 0.812
#> GSM337292 3 0.388 0.75275 0.000 0.152 0.848
#> GSM337293 2 0.525 0.63821 0.000 0.736 0.264
#> GSM337294 3 0.595 0.56902 0.000 0.360 0.640
#> GSM337295 2 0.440 0.72017 0.000 0.812 0.188
#> GSM337296 2 0.470 0.76076 0.000 0.788 0.212
#> GSM337297 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337298 3 0.392 0.71257 0.036 0.080 0.884
#> GSM337299 2 0.382 0.78279 0.000 0.852 0.148
#> GSM337300 3 0.593 0.54896 0.000 0.356 0.644
#> GSM337301 2 0.288 0.76285 0.000 0.904 0.096
#> GSM337302 2 0.388 0.77642 0.000 0.848 0.152
#> GSM337303 3 0.412 0.75045 0.000 0.168 0.832
#> GSM337304 3 0.394 0.74747 0.000 0.156 0.844
#> GSM337305 2 0.529 0.69237 0.000 0.732 0.268
#> GSM337306 3 0.610 0.49662 0.000 0.392 0.608
#> GSM337307 3 0.625 0.37885 0.000 0.444 0.556
#> GSM337308 2 0.533 0.65496 0.000 0.728 0.272
#> GSM337309 3 0.362 0.75143 0.000 0.136 0.864
#> GSM337310 3 0.348 0.75153 0.000 0.128 0.872
#> GSM337311 2 0.355 0.77939 0.000 0.868 0.132
#> GSM337312 3 0.374 0.70626 0.036 0.072 0.892
#> GSM337313 3 0.597 0.53848 0.000 0.364 0.636
#> GSM337314 2 0.529 0.68570 0.000 0.732 0.268
#> GSM337315 1 0.470 0.79024 0.812 0.008 0.180
#> GSM337316 3 0.617 0.46220 0.000 0.412 0.588
#> GSM337317 3 0.435 0.65545 0.000 0.184 0.816
#> GSM337318 2 0.475 0.75656 0.000 0.784 0.216
#> GSM337319 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.117 0.97243 0.976 0.016 0.008
#> GSM337344 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 0.99661 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.6525 0.60251 0.000 0.116 0.272 0.612
#> GSM337198 2 0.0376 0.78847 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337199 4 0.3996 0.66490 0.000 0.060 0.104 0.836
#> GSM337200 4 0.4793 0.60635 0.000 0.204 0.040 0.756
#> GSM337201 4 0.5292 0.63480 0.000 0.060 0.216 0.724
#> GSM337202 4 0.5879 0.57540 0.000 0.248 0.080 0.672
#> GSM337203 3 0.7581 0.64288 0.000 0.200 0.440 0.360
#> GSM337204 4 0.4793 0.60635 0.000 0.204 0.040 0.756
#> GSM337205 3 0.7346 0.72156 0.000 0.200 0.520 0.280
#> GSM337206 4 0.3935 0.67138 0.000 0.060 0.100 0.840
#> GSM337207 4 0.7188 0.51896 0.000 0.244 0.204 0.552
#> GSM337208 2 0.3435 0.71375 0.000 0.864 0.036 0.100
#> GSM337209 4 0.5929 0.61106 0.000 0.204 0.108 0.688
#> GSM337210 2 0.0376 0.78870 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337211 2 0.0376 0.78847 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337212 4 0.3935 0.67163 0.000 0.060 0.100 0.840
#> GSM337213 2 0.7098 0.15713 0.000 0.536 0.152 0.312
#> GSM337214 4 0.5327 0.63275 0.000 0.060 0.220 0.720
#> GSM337215 4 0.5073 0.60469 0.000 0.200 0.056 0.744
#> GSM337216 3 0.5296 0.22582 0.000 0.496 0.496 0.008
#> GSM337217 2 0.5993 0.44652 0.000 0.692 0.148 0.160
#> GSM337218 4 0.3679 0.67435 0.000 0.060 0.084 0.856
#> GSM337219 3 0.7683 0.70033 0.000 0.244 0.452 0.304
#> GSM337220 4 0.7259 0.36574 0.000 0.352 0.156 0.492
#> GSM337221 4 0.5849 0.64190 0.000 0.164 0.132 0.704
#> GSM337222 4 0.6275 0.60896 0.000 0.104 0.256 0.640
#> GSM337223 4 0.5900 0.60574 0.000 0.220 0.096 0.684
#> GSM337224 4 0.5610 0.63086 0.000 0.176 0.104 0.720
#> GSM337225 2 0.2871 0.74391 0.000 0.896 0.032 0.072
#> GSM337226 4 0.5160 0.59346 0.000 0.136 0.104 0.760
#> GSM337227 2 0.0188 0.78845 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337228 2 0.0657 0.78834 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM337229 4 0.6595 0.58974 0.000 0.124 0.268 0.608
#> GSM337230 2 0.0524 0.78955 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337231 2 0.0657 0.78834 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM337232 2 0.6897 0.19560 0.000 0.544 0.124 0.332
#> GSM337233 4 0.4336 0.60392 0.000 0.128 0.060 0.812
#> GSM337234 2 0.0188 0.78845 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337235 4 0.7578 -0.09655 0.000 0.284 0.236 0.480
#> GSM337236 2 0.6332 0.00717 0.000 0.532 0.064 0.404
#> GSM337237 4 0.7453 0.42827 0.000 0.300 0.204 0.496
#> GSM337238 4 0.5058 0.66563 0.000 0.104 0.128 0.768
#> GSM337239 3 0.7155 0.61631 0.000 0.300 0.536 0.164
#> GSM337240 4 0.5226 0.54029 0.000 0.116 0.128 0.756
#> GSM337241 4 0.6351 0.60080 0.000 0.104 0.268 0.628
#> GSM337242 4 0.5574 0.51470 0.000 0.148 0.124 0.728
#> GSM337243 4 0.3082 0.61633 0.000 0.032 0.084 0.884
#> GSM337244 4 0.5058 0.66563 0.000 0.104 0.128 0.768
#> GSM337245 2 0.5938 0.48578 0.000 0.696 0.136 0.168
#> GSM337246 4 0.6275 0.60896 0.000 0.104 0.256 0.640
#> GSM337247 3 0.7542 0.70552 0.000 0.212 0.476 0.312
#> GSM337248 4 0.3342 0.59551 0.000 0.032 0.100 0.868
#> GSM337249 2 0.0376 0.78879 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337250 4 0.3082 0.61633 0.000 0.032 0.084 0.884
#> GSM337251 4 0.6351 0.60080 0.000 0.104 0.268 0.628
#> GSM337252 4 0.6248 0.60722 0.000 0.100 0.260 0.640
#> GSM337253 2 0.4718 0.62804 0.000 0.792 0.116 0.092
#> GSM337254 2 0.1059 0.78362 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM337255 2 0.2662 0.72973 0.000 0.900 0.016 0.084
#> GSM337256 2 0.0779 0.78485 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM337257 4 0.6248 0.60722 0.000 0.100 0.260 0.640
#> GSM337258 2 0.3308 0.70449 0.000 0.872 0.036 0.092
#> GSM337259 2 0.0524 0.78815 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337260 4 0.6576 0.59620 0.000 0.152 0.220 0.628
#> GSM337261 3 0.5296 0.22582 0.000 0.496 0.496 0.008
#> GSM337262 4 0.4856 0.58774 0.000 0.136 0.084 0.780
#> GSM337263 4 0.5298 0.59147 0.000 0.244 0.048 0.708
#> GSM337264 2 0.7599 -0.20524 0.000 0.464 0.220 0.316
#> GSM337265 3 0.7429 0.67575 0.000 0.316 0.492 0.192
#> GSM337266 3 0.7681 0.70637 0.000 0.292 0.456 0.252
#> GSM337267 4 0.3972 0.67647 0.000 0.080 0.080 0.840
#> GSM337268 4 0.3144 0.64906 0.000 0.072 0.044 0.884
#> GSM337269 4 0.3216 0.67079 0.000 0.044 0.076 0.880
#> GSM337270 4 0.6790 0.47792 0.000 0.192 0.200 0.608
#> GSM337271 3 0.7744 0.70728 0.000 0.292 0.440 0.268
#> GSM337272 4 0.3996 0.66490 0.000 0.060 0.104 0.836
#> GSM337273 4 0.6683 0.55262 0.000 0.204 0.176 0.620
#> GSM337274 4 0.7085 0.54847 0.000 0.232 0.200 0.568
#> GSM337275 4 0.5990 0.47747 0.000 0.164 0.144 0.692
#> GSM337276 3 0.7319 0.71541 0.000 0.248 0.532 0.220
#> GSM337277 4 0.7847 -0.32150 0.000 0.328 0.276 0.396
#> GSM337278 4 0.4856 0.59177 0.000 0.136 0.084 0.780
#> GSM337279 4 0.3464 0.60593 0.000 0.056 0.076 0.868
#> GSM337280 2 0.1297 0.78278 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM337281 4 0.5815 0.60577 0.000 0.152 0.140 0.708
#> GSM337282 4 0.3996 0.59724 0.000 0.060 0.104 0.836
#> GSM337283 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.7665 0.58570 0.000 0.212 0.404 0.384
#> GSM337285 3 0.7744 0.70728 0.000 0.292 0.440 0.268
#> GSM337286 4 0.7568 -0.45776 0.000 0.200 0.352 0.448
#> GSM337287 3 0.7681 0.70637 0.000 0.292 0.456 0.252
#> GSM337288 3 0.7327 0.69549 0.000 0.176 0.504 0.320
#> GSM337289 3 0.7665 0.59049 0.000 0.212 0.404 0.384
#> GSM337290 4 0.3679 0.67435 0.000 0.060 0.084 0.856
#> GSM337291 2 0.3547 0.71400 0.000 0.864 0.064 0.072
#> GSM337292 2 0.2660 0.74936 0.000 0.908 0.056 0.036
#> GSM337293 4 0.5985 0.51299 0.000 0.140 0.168 0.692
#> GSM337294 3 0.7542 0.70951 0.000 0.212 0.476 0.312
#> GSM337295 4 0.5171 0.58437 0.000 0.128 0.112 0.760
#> GSM337296 4 0.5011 0.62397 0.000 0.160 0.076 0.764
#> GSM337297 2 0.0188 0.78845 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337298 2 0.4898 0.09145 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM337299 4 0.3873 0.64586 0.000 0.096 0.060 0.844
#> GSM337300 3 0.7414 0.70279 0.000 0.188 0.492 0.320
#> GSM337301 4 0.3239 0.63164 0.000 0.052 0.068 0.880
#> GSM337302 4 0.5351 0.65635 0.000 0.104 0.152 0.744
#> GSM337303 2 0.2926 0.73677 0.000 0.896 0.048 0.056
#> GSM337304 2 0.2032 0.77249 0.000 0.936 0.036 0.028
#> GSM337305 4 0.5615 0.53105 0.000 0.188 0.096 0.716
#> GSM337306 3 0.7421 0.66876 0.000 0.176 0.468 0.356
#> GSM337307 4 0.7830 -0.32942 0.000 0.324 0.272 0.404
#> GSM337308 4 0.5891 0.45832 0.000 0.168 0.132 0.700
#> GSM337309 2 0.1356 0.78117 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM337310 2 0.0657 0.78834 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM337311 4 0.6275 0.60896 0.000 0.104 0.256 0.640
#> GSM337312 3 0.4985 0.14854 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM337313 3 0.7432 0.69671 0.000 0.184 0.480 0.336
#> GSM337314 4 0.5615 0.52285 0.000 0.188 0.096 0.716
#> GSM337315 1 0.3837 0.75264 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM337316 4 0.7833 -0.37119 0.000 0.364 0.260 0.376
#> GSM337317 2 0.7088 -0.18322 0.000 0.480 0.392 0.128
#> GSM337318 4 0.5141 0.61802 0.000 0.160 0.084 0.756
#> GSM337319 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0895 0.97336 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM337344 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.99616 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 5 0.2629 0.714553 0.000 0.004 0.012 0.104 0.880
#> GSM337198 2 0.0162 0.815550 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.5443 0.507700 0.000 0.024 0.068 0.676 0.232
#> GSM337200 4 0.5432 0.601649 0.000 0.172 0.052 0.712 0.064
#> GSM337201 5 0.4553 0.369067 0.000 0.004 0.008 0.384 0.604
#> GSM337202 4 0.6845 0.555032 0.000 0.216 0.080 0.584 0.120
#> GSM337203 3 0.5005 0.566408 0.000 0.024 0.656 0.300 0.020
#> GSM337204 4 0.5617 0.598988 0.000 0.172 0.060 0.700 0.068
#> GSM337205 3 0.4307 0.625867 0.000 0.024 0.768 0.184 0.024
#> GSM337206 4 0.4774 0.024249 0.000 0.004 0.012 0.540 0.444
#> GSM337207 5 0.4559 0.645747 0.000 0.152 0.000 0.100 0.748
#> GSM337208 2 0.3511 0.740386 0.000 0.848 0.028 0.096 0.028
#> GSM337209 4 0.7662 0.466653 0.000 0.152 0.124 0.492 0.232
#> GSM337210 2 0.0162 0.815630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337211 2 0.0162 0.815550 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.4934 0.061014 0.000 0.004 0.020 0.544 0.432
#> GSM337213 2 0.6450 0.199651 0.000 0.508 0.008 0.156 0.328
#> GSM337214 5 0.4553 0.365606 0.000 0.004 0.008 0.384 0.604
#> GSM337215 4 0.5815 0.598145 0.000 0.168 0.072 0.688 0.072
#> GSM337216 3 0.4178 0.455573 0.000 0.292 0.696 0.008 0.004
#> GSM337217 2 0.6578 0.402380 0.000 0.604 0.180 0.168 0.048
#> GSM337218 4 0.4886 0.044598 0.000 0.000 0.024 0.528 0.448
#> GSM337219 3 0.5998 0.585512 0.000 0.088 0.604 0.284 0.024
#> GSM337220 5 0.6347 0.488334 0.000 0.268 0.024 0.128 0.580
#> GSM337221 4 0.7451 0.412546 0.000 0.096 0.124 0.476 0.304
#> GSM337222 5 0.2513 0.721272 0.000 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM337223 5 0.7731 -0.106821 0.000 0.092 0.156 0.360 0.392
#> GSM337224 4 0.7127 0.517459 0.000 0.108 0.112 0.556 0.224
#> GSM337225 2 0.2544 0.781767 0.000 0.900 0.028 0.064 0.008
#> GSM337226 4 0.5831 0.581371 0.000 0.096 0.116 0.700 0.088
#> GSM337227 2 0.0000 0.815354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0451 0.815477 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM337229 5 0.2669 0.719613 0.000 0.020 0.000 0.104 0.876
#> GSM337230 2 0.0324 0.816047 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM337231 2 0.0451 0.815477 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM337232 2 0.6724 0.275142 0.000 0.532 0.024 0.172 0.272
#> GSM337233 4 0.5902 0.605689 0.000 0.088 0.132 0.692 0.088
#> GSM337234 2 0.0000 0.815354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.7920 -0.000194 0.000 0.156 0.348 0.380 0.116
#> GSM337236 2 0.7328 -0.144217 0.000 0.424 0.056 0.152 0.368
#> GSM337237 5 0.5392 0.575868 0.000 0.216 0.004 0.112 0.668
#> GSM337238 5 0.5202 0.415578 0.000 0.000 0.056 0.348 0.596
#> GSM337239 3 0.6029 0.608135 0.000 0.140 0.676 0.120 0.064
#> GSM337240 4 0.5855 0.541322 0.000 0.052 0.196 0.672 0.080
#> GSM337241 5 0.2074 0.720719 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM337242 4 0.6211 0.505327 0.000 0.068 0.220 0.636 0.076
#> GSM337243 4 0.2325 0.585265 0.000 0.000 0.028 0.904 0.068
#> GSM337244 5 0.5155 0.414592 0.000 0.000 0.052 0.352 0.596
#> GSM337245 2 0.4109 0.557200 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> GSM337246 5 0.2513 0.721272 0.000 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM337247 3 0.5681 0.587764 0.000 0.052 0.616 0.304 0.028
#> GSM337248 4 0.2300 0.566001 0.000 0.000 0.052 0.908 0.040
#> GSM337249 2 0.0162 0.815678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.2325 0.585265 0.000 0.000 0.028 0.904 0.068
#> GSM337251 5 0.2074 0.720719 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM337252 5 0.2843 0.717106 0.000 0.000 0.008 0.144 0.848
#> GSM337253 2 0.5569 0.581369 0.000 0.708 0.144 0.104 0.044
#> GSM337254 2 0.1195 0.806983 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000
#> GSM337255 2 0.2414 0.774375 0.000 0.900 0.008 0.012 0.080
#> GSM337256 2 0.0703 0.810708 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM337257 5 0.2843 0.717106 0.000 0.000 0.008 0.144 0.848
#> GSM337258 2 0.2856 0.754591 0.000 0.872 0.008 0.016 0.104
#> GSM337259 2 0.0324 0.815170 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM337260 5 0.4100 0.702832 0.000 0.052 0.008 0.148 0.792
#> GSM337261 3 0.4178 0.455573 0.000 0.292 0.696 0.008 0.004
#> GSM337262 4 0.6336 0.586470 0.000 0.088 0.180 0.644 0.088
#> GSM337263 4 0.6398 0.554021 0.000 0.216 0.048 0.616 0.120
#> GSM337264 2 0.7964 -0.300701 0.000 0.360 0.296 0.264 0.080
#> GSM337265 3 0.5758 0.621332 0.000 0.128 0.692 0.136 0.044
#> GSM337266 3 0.5625 0.627064 0.000 0.112 0.688 0.172 0.028
#> GSM337267 4 0.5400 0.221778 0.000 0.004 0.056 0.576 0.364
#> GSM337268 4 0.4166 0.643883 0.000 0.036 0.068 0.816 0.080
#> GSM337269 4 0.4947 0.159228 0.000 0.004 0.024 0.576 0.396
#> GSM337270 5 0.7368 -0.039248 0.000 0.028 0.280 0.304 0.388
#> GSM337271 3 0.5739 0.623986 0.000 0.112 0.668 0.196 0.024
#> GSM337272 4 0.5443 0.507700 0.000 0.024 0.068 0.676 0.232
#> GSM337273 5 0.7194 0.166873 0.000 0.032 0.236 0.264 0.468
#> GSM337274 5 0.4889 0.657376 0.000 0.124 0.020 0.104 0.752
#> GSM337275 4 0.6198 0.491163 0.000 0.088 0.204 0.644 0.064
#> GSM337276 3 0.4462 0.633916 0.000 0.056 0.788 0.124 0.032
#> GSM337277 3 0.7996 0.209547 0.000 0.188 0.412 0.284 0.116
#> GSM337278 4 0.6219 0.592804 0.000 0.088 0.160 0.660 0.092
#> GSM337279 4 0.3803 0.596563 0.000 0.012 0.124 0.820 0.044
#> GSM337280 2 0.1701 0.797546 0.000 0.936 0.048 0.016 0.000
#> GSM337281 4 0.6272 0.278875 0.000 0.136 0.016 0.576 0.272
#> GSM337282 4 0.4157 0.587886 0.000 0.012 0.164 0.784 0.040
#> GSM337283 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.5580 0.532277 0.000 0.056 0.620 0.304 0.020
#> GSM337285 3 0.5739 0.623986 0.000 0.112 0.668 0.196 0.024
#> GSM337286 3 0.6001 0.410606 0.000 0.052 0.536 0.380 0.032
#> GSM337287 3 0.5625 0.627064 0.000 0.112 0.688 0.172 0.028
#> GSM337288 3 0.5389 0.570403 0.000 0.024 0.636 0.300 0.040
#> GSM337289 3 0.5608 0.538225 0.000 0.056 0.628 0.292 0.024
#> GSM337290 4 0.4886 0.044598 0.000 0.000 0.024 0.528 0.448
#> GSM337291 2 0.3948 0.702384 0.000 0.808 0.112 0.076 0.004
#> GSM337292 2 0.3052 0.761207 0.000 0.868 0.092 0.032 0.008
#> GSM337293 4 0.5846 0.536785 0.000 0.064 0.208 0.668 0.060
#> GSM337294 3 0.5602 0.584229 0.000 0.052 0.620 0.304 0.024
#> GSM337295 4 0.5860 0.578857 0.000 0.088 0.128 0.696 0.088
#> GSM337296 4 0.6450 0.604739 0.000 0.092 0.096 0.636 0.176
#> GSM337297 2 0.0000 0.815354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.5601 -0.060060 0.000 0.476 0.460 0.004 0.060
#> GSM337299 4 0.5098 0.640879 0.000 0.064 0.084 0.756 0.096
#> GSM337300 3 0.5373 0.586333 0.000 0.036 0.628 0.312 0.024
#> GSM337301 4 0.3773 0.624704 0.000 0.020 0.100 0.832 0.048
#> GSM337302 5 0.5037 0.551184 0.000 0.004 0.056 0.276 0.664
#> GSM337303 2 0.3427 0.737480 0.000 0.844 0.096 0.056 0.004
#> GSM337304 2 0.1893 0.802425 0.000 0.936 0.028 0.024 0.012
#> GSM337305 4 0.6938 0.522293 0.000 0.108 0.188 0.588 0.116
#> GSM337306 3 0.5607 0.556883 0.000 0.036 0.600 0.332 0.032
#> GSM337307 3 0.7970 0.226213 0.000 0.184 0.408 0.296 0.112
#> GSM337308 4 0.6095 0.478586 0.000 0.072 0.228 0.640 0.060
#> GSM337309 2 0.1153 0.810185 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> GSM337310 2 0.0451 0.815477 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM337311 5 0.2513 0.721272 0.000 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM337312 3 0.5531 0.375781 0.000 0.308 0.616 0.012 0.064
#> GSM337313 3 0.5264 0.583132 0.000 0.032 0.640 0.304 0.024
#> GSM337314 4 0.6926 0.512814 0.000 0.108 0.192 0.588 0.112
#> GSM337315 1 0.4205 0.740740 0.776 0.000 0.164 0.004 0.056
#> GSM337316 3 0.8034 0.263981 0.000 0.224 0.412 0.252 0.112
#> GSM337317 3 0.6939 0.280505 0.000 0.360 0.448 0.168 0.024
#> GSM337318 4 0.6639 0.601140 0.000 0.092 0.116 0.620 0.172
#> GSM337319 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0703 0.972316 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337344 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.996024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 3 0.1679 0.67869 0.000 0.000 0.936 0.008 0.028 0.028
#> GSM337198 2 0.0146 0.83921 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337199 4 0.5685 0.49976 0.000 0.004 0.224 0.584 0.008 0.180
#> GSM337200 4 0.5250 0.51863 0.000 0.128 0.032 0.720 0.040 0.080
#> GSM337201 3 0.4302 0.35442 0.000 0.000 0.644 0.324 0.004 0.028
#> GSM337202 4 0.6889 0.43888 0.000 0.168 0.092 0.544 0.020 0.176
#> GSM337203 5 0.4747 0.41858 0.000 0.000 0.008 0.204 0.688 0.100
#> GSM337204 4 0.5501 0.51732 0.000 0.128 0.036 0.704 0.052 0.080
#> GSM337205 5 0.3900 0.43616 0.000 0.000 0.008 0.092 0.784 0.116
#> GSM337206 3 0.4849 0.07699 0.000 0.000 0.480 0.476 0.012 0.032
#> GSM337207 3 0.2845 0.63676 0.000 0.148 0.836 0.008 0.000 0.008
#> GSM337208 2 0.3368 0.73716 0.000 0.828 0.012 0.108 0.000 0.052
#> GSM337209 4 0.7744 0.43984 0.000 0.092 0.208 0.472 0.144 0.084
#> GSM337210 2 0.0146 0.83936 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0146 0.83921 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337212 4 0.5060 -0.10183 0.000 0.000 0.468 0.476 0.020 0.036
#> GSM337213 2 0.6152 0.19224 0.000 0.488 0.340 0.140 0.000 0.032
#> GSM337214 3 0.4302 0.34470 0.000 0.000 0.644 0.324 0.004 0.028
#> GSM337215 4 0.5476 0.50909 0.000 0.124 0.032 0.696 0.032 0.116
#> GSM337216 5 0.4832 0.19680 0.000 0.244 0.000 0.000 0.648 0.108
#> GSM337217 2 0.6289 0.39425 0.000 0.588 0.016 0.064 0.104 0.228
#> GSM337218 3 0.5168 0.14334 0.000 0.000 0.480 0.456 0.020 0.044
#> GSM337219 5 0.6481 -0.04314 0.000 0.048 0.000 0.148 0.404 0.400
#> GSM337220 3 0.4885 0.51496 0.000 0.268 0.656 0.028 0.000 0.048
#> GSM337221 4 0.7259 0.37578 0.000 0.016 0.292 0.444 0.144 0.104
#> GSM337222 3 0.0837 0.68588 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> GSM337223 3 0.7794 0.03134 0.000 0.060 0.400 0.292 0.168 0.080
#> GSM337224 4 0.7327 0.41438 0.000 0.048 0.200 0.472 0.052 0.228
#> GSM337225 2 0.2407 0.79810 0.000 0.892 0.004 0.056 0.000 0.048
#> GSM337226 4 0.5988 0.42636 0.000 0.048 0.056 0.592 0.028 0.276
#> GSM337227 2 0.0000 0.83883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0458 0.83899 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337229 3 0.0951 0.68552 0.000 0.020 0.968 0.008 0.000 0.004
#> GSM337230 2 0.0405 0.84034 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM337231 2 0.0458 0.83899 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337232 2 0.6323 0.29411 0.000 0.520 0.280 0.148 0.000 0.052
#> GSM337233 4 0.5104 0.51885 0.000 0.004 0.032 0.700 0.148 0.116
#> GSM337234 2 0.0146 0.83929 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337235 6 0.6919 0.22407 0.000 0.040 0.036 0.308 0.140 0.476
#> GSM337236 3 0.7297 0.15677 0.000 0.384 0.392 0.104 0.064 0.056
#> GSM337237 3 0.3967 0.58443 0.000 0.212 0.748 0.024 0.004 0.012
#> GSM337238 3 0.4856 0.51174 0.000 0.000 0.684 0.200 0.012 0.104
#> GSM337239 5 0.5628 0.15378 0.000 0.052 0.000 0.044 0.468 0.436
#> GSM337240 4 0.6171 0.47668 0.000 0.008 0.060 0.596 0.208 0.128
#> GSM337241 3 0.0260 0.68580 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.6094 0.43390 0.000 0.008 0.032 0.576 0.232 0.152
#> GSM337243 4 0.3961 0.51211 0.000 0.000 0.036 0.776 0.028 0.160
#> GSM337244 3 0.4841 0.51174 0.000 0.000 0.684 0.204 0.012 0.100
#> GSM337245 2 0.3848 0.55845 0.000 0.692 0.292 0.004 0.000 0.012
#> GSM337246 3 0.0922 0.68605 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> GSM337247 6 0.5787 -0.12950 0.000 0.012 0.000 0.124 0.424 0.440
#> GSM337248 4 0.3730 0.50531 0.000 0.000 0.008 0.784 0.048 0.160
#> GSM337249 2 0.0260 0.83974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337250 4 0.3961 0.51211 0.000 0.000 0.036 0.776 0.028 0.160
#> GSM337251 3 0.0260 0.68580 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337252 3 0.1624 0.68307 0.000 0.000 0.936 0.040 0.004 0.020
#> GSM337253 2 0.5388 0.58223 0.000 0.692 0.016 0.044 0.088 0.160
#> GSM337254 2 0.1718 0.82483 0.000 0.936 0.000 0.020 0.024 0.020
#> GSM337255 2 0.2645 0.78486 0.000 0.880 0.084 0.004 0.012 0.020
#> GSM337256 2 0.1148 0.83209 0.000 0.960 0.000 0.004 0.016 0.020
#> GSM337257 3 0.1624 0.68307 0.000 0.000 0.936 0.040 0.004 0.020
#> GSM337258 2 0.3075 0.75924 0.000 0.848 0.108 0.004 0.008 0.032
#> GSM337259 2 0.0291 0.83907 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337260 3 0.2884 0.67648 0.000 0.048 0.880 0.036 0.008 0.028
#> GSM337261 5 0.4832 0.19680 0.000 0.244 0.000 0.000 0.648 0.108
#> GSM337262 4 0.5736 0.48161 0.000 0.004 0.032 0.624 0.184 0.156
#> GSM337263 4 0.6553 0.48069 0.000 0.168 0.104 0.608 0.052 0.068
#> GSM337264 6 0.7920 0.29477 0.000 0.268 0.028 0.216 0.132 0.356
#> GSM337265 5 0.5046 0.26346 0.000 0.024 0.008 0.040 0.636 0.292
#> GSM337266 5 0.4050 0.44234 0.000 0.012 0.000 0.104 0.776 0.108
#> GSM337267 4 0.5778 0.07505 0.000 0.000 0.404 0.460 0.012 0.124
#> GSM337268 4 0.4530 0.59073 0.000 0.004 0.072 0.768 0.072 0.084
#> GSM337269 4 0.5103 -0.05719 0.000 0.000 0.436 0.504 0.020 0.040
#> GSM337270 3 0.7067 0.12259 0.000 0.012 0.404 0.184 0.340 0.060
#> GSM337271 5 0.4348 0.43423 0.000 0.012 0.000 0.120 0.748 0.120
#> GSM337272 4 0.5685 0.49976 0.000 0.004 0.224 0.584 0.008 0.180
#> GSM337273 3 0.7199 0.30215 0.000 0.016 0.492 0.124 0.220 0.148
#> GSM337274 3 0.3854 0.64307 0.000 0.116 0.808 0.008 0.032 0.036
#> GSM337275 4 0.5969 0.31185 0.000 0.020 0.028 0.548 0.076 0.328
#> GSM337276 5 0.3978 0.42064 0.000 0.020 0.024 0.044 0.808 0.104
#> GSM337277 6 0.7050 0.34305 0.000 0.048 0.032 0.196 0.232 0.492
#> GSM337278 4 0.5260 0.50564 0.000 0.004 0.032 0.680 0.172 0.112
#> GSM337279 4 0.5027 0.53026 0.000 0.004 0.032 0.704 0.164 0.096
#> GSM337280 2 0.1787 0.82203 0.000 0.932 0.000 0.020 0.032 0.016
#> GSM337281 4 0.6819 0.35097 0.000 0.116 0.264 0.520 0.020 0.080
#> GSM337282 4 0.5487 0.50688 0.000 0.004 0.024 0.644 0.136 0.192
#> GSM337283 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.4910 0.37063 0.000 0.000 0.012 0.208 0.676 0.104
#> GSM337285 5 0.4348 0.43535 0.000 0.012 0.000 0.124 0.748 0.116
#> GSM337286 5 0.5317 0.29530 0.000 0.000 0.024 0.312 0.592 0.072
#> GSM337287 5 0.4050 0.44234 0.000 0.012 0.000 0.104 0.776 0.108
#> GSM337288 6 0.5831 -0.04682 0.000 0.000 0.008 0.144 0.408 0.440
#> GSM337289 5 0.4569 0.38668 0.000 0.000 0.012 0.220 0.700 0.068
#> GSM337290 3 0.5168 0.14334 0.000 0.000 0.480 0.456 0.020 0.044
#> GSM337291 2 0.4342 0.70094 0.000 0.776 0.000 0.076 0.076 0.072
#> GSM337292 2 0.3551 0.76935 0.000 0.836 0.004 0.036 0.060 0.064
#> GSM337293 4 0.5909 0.38812 0.000 0.012 0.024 0.568 0.104 0.292
#> GSM337294 5 0.5964 -0.02068 0.000 0.012 0.000 0.152 0.420 0.416
#> GSM337295 4 0.5988 0.42037 0.000 0.040 0.056 0.584 0.032 0.288
#> GSM337296 4 0.5998 0.53395 0.000 0.012 0.128 0.632 0.060 0.168
#> GSM337297 2 0.0000 0.83883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.6083 -0.16437 0.000 0.396 0.000 0.000 0.308 0.296
#> GSM337299 4 0.4072 0.57122 0.000 0.004 0.036 0.796 0.064 0.100
#> GSM337300 5 0.5508 0.00592 0.000 0.000 0.000 0.128 0.440 0.432
#> GSM337301 4 0.4755 0.55083 0.000 0.004 0.024 0.728 0.144 0.100
#> GSM337302 3 0.4436 0.59794 0.000 0.000 0.740 0.168 0.068 0.024
#> GSM337303 2 0.3848 0.73969 0.000 0.812 0.000 0.060 0.068 0.060
#> GSM337304 2 0.1780 0.81890 0.000 0.924 0.000 0.028 0.000 0.048
#> GSM337305 4 0.6092 0.43706 0.000 0.008 0.044 0.596 0.204 0.148
#> GSM337306 6 0.5963 -0.06478 0.000 0.000 0.008 0.168 0.396 0.428
#> GSM337307 6 0.7085 0.33541 0.000 0.044 0.032 0.204 0.244 0.476
#> GSM337308 4 0.5903 0.42544 0.000 0.012 0.020 0.600 0.208 0.160
#> GSM337309 2 0.1196 0.83123 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> GSM337310 2 0.0547 0.83861 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337311 3 0.0951 0.68561 0.000 0.000 0.968 0.020 0.004 0.008
#> GSM337312 6 0.5954 -0.11118 0.000 0.220 0.000 0.000 0.372 0.408
#> GSM337313 5 0.5631 0.04439 0.000 0.000 0.000 0.148 0.444 0.408
#> GSM337314 4 0.6064 0.42773 0.000 0.008 0.040 0.596 0.204 0.152
#> GSM337315 1 0.4012 0.70159 0.752 0.000 0.000 0.000 0.084 0.164
#> GSM337316 6 0.7387 0.33227 0.000 0.084 0.028 0.184 0.248 0.456
#> GSM337317 6 0.7032 0.05590 0.000 0.324 0.000 0.064 0.264 0.348
#> GSM337318 4 0.6264 0.51955 0.000 0.012 0.128 0.600 0.068 0.192
#> GSM337319 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0146 0.99190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337324 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0146 0.99190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337327 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0405 0.98545 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM337335 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0146 0.99187 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337337 1 0.0405 0.98545 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM337338 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.1053 0.96285 0.964 0.000 0.012 0.000 0.004 0.020
#> GSM337344 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.99488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:hclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> SD:hclust 167 1.26e-11 2.21e-33 3
#> SD:hclust 159 9.18e-13 1.72e-32 4
#> SD:hclust 146 1.49e-12 6.47e-30 5
#> SD:hclust 118 5.19e-14 1.89e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.4455 0.557 0.557
#> 3 3 0.613 0.695 0.787 0.3991 0.794 0.630
#> 4 4 0.561 0.705 0.751 0.1324 0.843 0.592
#> 5 5 0.632 0.588 0.706 0.0858 0.867 0.561
#> 6 6 0.676 0.561 0.734 0.0472 0.887 0.557
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.996 0.134 0.464 0.536
#> GSM337344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.5254 0.6364 0.000 0.736 0.264
#> GSM337198 3 0.5178 0.7505 0.000 0.256 0.744
#> GSM337199 2 0.5254 0.6348 0.000 0.736 0.264
#> GSM337200 2 0.4842 0.6469 0.000 0.776 0.224
#> GSM337201 2 0.5178 0.6420 0.000 0.744 0.256
#> GSM337202 2 0.4842 0.6480 0.000 0.776 0.224
#> GSM337203 2 0.2796 0.5937 0.000 0.908 0.092
#> GSM337204 2 0.4931 0.6412 0.000 0.768 0.232
#> GSM337205 2 0.2796 0.5937 0.000 0.908 0.092
#> GSM337206 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337207 3 0.6008 0.4733 0.000 0.372 0.628
#> GSM337208 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337209 2 0.5327 0.6319 0.000 0.728 0.272
#> GSM337210 3 0.5216 0.6545 0.000 0.260 0.740
#> GSM337211 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337212 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337213 3 0.6008 0.4733 0.000 0.372 0.628
#> GSM337214 2 0.5291 0.6325 0.000 0.732 0.268
#> GSM337215 2 0.5098 0.6421 0.000 0.752 0.248
#> GSM337216 3 0.6302 0.5640 0.000 0.480 0.520
#> GSM337217 2 0.6235 -0.3843 0.000 0.564 0.436
#> GSM337218 2 0.4974 0.6549 0.000 0.764 0.236
#> GSM337219 3 0.6299 0.5692 0.000 0.476 0.524
#> GSM337220 3 0.6244 0.3009 0.000 0.440 0.560
#> GSM337221 2 0.3482 0.6664 0.000 0.872 0.128
#> GSM337222 2 0.5216 0.6404 0.000 0.740 0.260
#> GSM337223 2 0.4291 0.6661 0.000 0.820 0.180
#> GSM337224 2 0.4750 0.6532 0.000 0.784 0.216
#> GSM337225 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337226 2 0.4452 0.6597 0.000 0.808 0.192
#> GSM337227 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337228 3 0.5216 0.7486 0.000 0.260 0.740
#> GSM337229 2 0.6244 0.1976 0.000 0.560 0.440
#> GSM337230 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337231 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337232 3 0.5948 0.4973 0.000 0.360 0.640
#> GSM337233 2 0.4504 0.6613 0.000 0.804 0.196
#> GSM337234 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337235 2 0.5058 0.5335 0.000 0.756 0.244
#> GSM337236 3 0.6026 0.5422 0.000 0.376 0.624
#> GSM337237 3 0.6267 0.2612 0.000 0.452 0.548
#> GSM337238 2 0.5178 0.6437 0.000 0.744 0.256
#> GSM337239 2 0.4291 0.4720 0.000 0.820 0.180
#> GSM337240 2 0.0424 0.6337 0.000 0.992 0.008
#> GSM337241 2 0.5431 0.6093 0.000 0.716 0.284
#> GSM337242 2 0.1753 0.6210 0.000 0.952 0.048
#> GSM337243 2 0.6126 0.3022 0.000 0.600 0.400
#> GSM337244 2 0.5058 0.6519 0.000 0.756 0.244
#> GSM337245 3 0.5465 0.6151 0.000 0.288 0.712
#> GSM337246 2 0.5216 0.6404 0.000 0.740 0.260
#> GSM337247 2 0.5397 0.1762 0.000 0.720 0.280
#> GSM337248 2 0.2066 0.6193 0.000 0.940 0.060
#> GSM337249 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337250 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337251 2 0.5291 0.6325 0.000 0.732 0.268
#> GSM337252 2 0.5254 0.6364 0.000 0.736 0.264
#> GSM337253 3 0.6126 0.6353 0.000 0.400 0.600
#> GSM337254 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337255 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337256 3 0.5216 0.7486 0.000 0.260 0.740
#> GSM337257 2 0.5291 0.6325 0.000 0.732 0.268
#> GSM337258 3 0.5138 0.7486 0.000 0.252 0.748
#> GSM337259 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337260 2 0.6244 0.1976 0.000 0.560 0.440
#> GSM337261 3 0.6299 0.5670 0.000 0.476 0.524
#> GSM337262 2 0.2356 0.6087 0.000 0.928 0.072
#> GSM337263 2 0.5254 0.6353 0.000 0.736 0.264
#> GSM337264 3 0.6295 0.5738 0.000 0.472 0.528
#> GSM337265 2 0.4062 0.5040 0.000 0.836 0.164
#> GSM337266 2 0.4002 0.5109 0.000 0.840 0.160
#> GSM337267 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337268 2 0.4121 0.6671 0.000 0.832 0.168
#> GSM337269 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337270 2 0.2356 0.6121 0.000 0.928 0.072
#> GSM337271 2 0.4002 0.5109 0.000 0.840 0.160
#> GSM337272 2 0.5254 0.6348 0.000 0.736 0.264
#> GSM337273 2 0.2261 0.6228 0.000 0.932 0.068
#> GSM337274 3 0.6286 0.2229 0.000 0.464 0.536
#> GSM337275 2 0.2625 0.6049 0.000 0.916 0.084
#> GSM337276 2 0.6267 -0.4544 0.000 0.548 0.452
#> GSM337277 2 0.3816 0.5293 0.000 0.852 0.148
#> GSM337278 2 0.0237 0.6327 0.000 0.996 0.004
#> GSM337279 2 0.0592 0.6370 0.000 0.988 0.012
#> GSM337280 3 0.5216 0.7490 0.000 0.260 0.740
#> GSM337281 2 0.6180 0.2113 0.000 0.584 0.416
#> GSM337282 2 0.2796 0.5937 0.000 0.908 0.092
#> GSM337283 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> GSM337284 2 0.3941 0.5113 0.000 0.844 0.156
#> GSM337285 2 0.3941 0.5174 0.000 0.844 0.156
#> GSM337286 2 0.2066 0.6157 0.000 0.940 0.060
#> GSM337287 2 0.4062 0.5040 0.000 0.836 0.164
#> GSM337288 2 0.2878 0.5899 0.000 0.904 0.096
#> GSM337289 2 0.2878 0.5899 0.000 0.904 0.096
#> GSM337290 2 0.5016 0.6531 0.000 0.760 0.240
#> GSM337291 3 0.6299 0.5692 0.000 0.476 0.524
#> GSM337292 3 0.6280 0.5849 0.000 0.460 0.540
#> GSM337293 2 0.2796 0.5937 0.000 0.908 0.092
#> GSM337294 2 0.4235 0.4732 0.000 0.824 0.176
#> GSM337295 2 0.4654 0.6565 0.000 0.792 0.208
#> GSM337296 2 0.4178 0.6670 0.000 0.828 0.172
#> GSM337297 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337298 3 0.6267 0.5896 0.000 0.452 0.548
#> GSM337299 2 0.4399 0.6667 0.000 0.812 0.188
#> GSM337300 2 0.4002 0.5046 0.000 0.840 0.160
#> GSM337301 2 0.4002 0.6679 0.000 0.840 0.160
#> GSM337302 2 0.5216 0.6404 0.000 0.740 0.260
#> GSM337303 3 0.6295 0.5738 0.000 0.472 0.528
#> GSM337304 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337305 2 0.1860 0.6218 0.000 0.948 0.052
#> GSM337306 2 0.2796 0.5937 0.000 0.908 0.092
#> GSM337307 2 0.4062 0.5040 0.000 0.836 0.164
#> GSM337308 2 0.2261 0.6113 0.000 0.932 0.068
#> GSM337309 3 0.5098 0.7528 0.000 0.248 0.752
#> GSM337310 3 0.5178 0.7505 0.000 0.256 0.744
#> GSM337311 2 0.5254 0.6364 0.000 0.736 0.264
#> GSM337312 3 0.6295 0.5716 0.000 0.472 0.528
#> GSM337313 2 0.4002 0.5046 0.000 0.840 0.160
#> GSM337314 2 0.3192 0.5718 0.000 0.888 0.112
#> GSM337315 1 0.5756 0.8576 0.764 0.028 0.208
#> GSM337316 3 0.6307 0.5503 0.000 0.488 0.512
#> GSM337317 3 0.6295 0.5738 0.000 0.472 0.528
#> GSM337318 2 0.3340 0.6654 0.000 0.880 0.120
#> GSM337319 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.4235 0.8918 0.824 0.000 0.176
#> GSM337324 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0237 0.9522 0.996 0.000 0.004
#> GSM337326 1 0.4235 0.8918 0.824 0.000 0.176
#> GSM337327 1 0.4654 0.8782 0.792 0.000 0.208
#> GSM337328 1 0.0237 0.9521 0.996 0.000 0.004
#> GSM337329 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337335 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337337 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337338 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337340 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> GSM337341 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.9787 -0.0132 0.296 0.268 0.436
#> GSM337344 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.2711 0.9247 0.912 0.000 0.088
#> GSM337351 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.4504 0.8834 0.804 0.000 0.196
#> GSM337356 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.3619 0.9070 0.864 0.000 0.136
#> GSM337358 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337360 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337362 1 0.4654 0.8779 0.792 0.000 0.208
#> GSM337363 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337365 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4702 0.8761 0.788 0.000 0.212
#> GSM337369 1 0.4654 0.8779 0.792 0.000 0.208
#> GSM337370 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.1031 0.9463 0.976 0.000 0.024
#> GSM337375 1 0.4555 0.8819 0.800 0.000 0.200
#> GSM337376 1 0.0000 0.9532 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.1584 0.71064 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM337198 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337199 4 0.2053 0.69952 0.000 0.004 0.072 0.924
#> GSM337200 4 0.5585 0.50306 0.000 0.084 0.204 0.712
#> GSM337201 4 0.0921 0.71697 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM337202 4 0.6124 0.44371 0.000 0.084 0.276 0.640
#> GSM337203 3 0.5090 0.76783 0.000 0.016 0.660 0.324
#> GSM337204 4 0.5576 0.52272 0.000 0.096 0.184 0.720
#> GSM337205 3 0.5090 0.76783 0.000 0.016 0.660 0.324
#> GSM337206 4 0.1716 0.70600 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM337207 4 0.4356 0.25776 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM337208 2 0.5343 0.90745 0.000 0.708 0.052 0.240
#> GSM337209 4 0.2255 0.70646 0.000 0.068 0.012 0.920
#> GSM337210 2 0.4277 0.85604 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM337211 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337212 4 0.1792 0.70467 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM337213 4 0.4855 -0.08162 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM337214 4 0.0672 0.71765 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM337215 4 0.4590 0.61321 0.000 0.036 0.192 0.772
#> GSM337216 3 0.6709 0.19102 0.000 0.400 0.508 0.092
#> GSM337217 3 0.6915 0.58029 0.000 0.196 0.592 0.212
#> GSM337218 4 0.2610 0.68510 0.000 0.012 0.088 0.900
#> GSM337219 3 0.6415 0.48579 0.000 0.288 0.612 0.100
#> GSM337220 4 0.4434 0.42685 0.000 0.228 0.016 0.756
#> GSM337221 4 0.5269 0.15044 0.000 0.016 0.364 0.620
#> GSM337222 4 0.0804 0.71851 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM337223 4 0.5311 0.26500 0.000 0.024 0.328 0.648
#> GSM337224 4 0.4957 0.46122 0.000 0.016 0.300 0.684
#> GSM337225 2 0.5417 0.90406 0.000 0.704 0.056 0.240
#> GSM337226 4 0.5512 -0.26471 0.000 0.016 0.488 0.496
#> GSM337227 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337228 2 0.5074 0.91398 0.000 0.724 0.040 0.236
#> GSM337229 4 0.3166 0.61421 0.000 0.116 0.016 0.868
#> GSM337230 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337231 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337232 4 0.5586 -0.29130 0.000 0.452 0.020 0.528
#> GSM337233 4 0.4690 0.43910 0.000 0.012 0.276 0.712
#> GSM337234 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337235 3 0.6219 0.65018 0.000 0.068 0.588 0.344
#> GSM337236 2 0.6969 0.36067 0.000 0.448 0.112 0.440
#> GSM337237 4 0.3837 0.44261 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM337238 4 0.0927 0.71837 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM337239 3 0.6027 0.76542 0.000 0.092 0.664 0.244
#> GSM337240 3 0.5174 0.71051 0.000 0.012 0.620 0.368
#> GSM337241 4 0.2227 0.70930 0.000 0.036 0.036 0.928
#> GSM337242 3 0.4564 0.76541 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM337243 4 0.5006 0.64843 0.000 0.124 0.104 0.772
#> GSM337244 4 0.1792 0.70305 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM337245 2 0.4304 0.84960 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM337246 4 0.1004 0.71726 0.000 0.004 0.024 0.972
#> GSM337247 3 0.5857 0.74517 0.000 0.108 0.696 0.196
#> GSM337248 3 0.5038 0.75916 0.000 0.012 0.652 0.336
#> GSM337249 2 0.5074 0.91398 0.000 0.724 0.040 0.236
#> GSM337250 4 0.2867 0.67332 0.000 0.012 0.104 0.884
#> GSM337251 4 0.1042 0.71474 0.000 0.008 0.020 0.972
#> GSM337252 4 0.0336 0.71802 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337253 2 0.5531 0.79969 0.000 0.732 0.128 0.140
#> GSM337254 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337255 2 0.5074 0.91398 0.000 0.724 0.040 0.236
#> GSM337256 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337257 4 0.0336 0.71802 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337258 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337259 2 0.5074 0.91398 0.000 0.724 0.040 0.236
#> GSM337260 4 0.2868 0.59986 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM337261 2 0.6780 0.08584 0.000 0.488 0.416 0.096
#> GSM337262 3 0.5110 0.76607 0.000 0.016 0.656 0.328
#> GSM337263 4 0.3149 0.69624 0.000 0.088 0.032 0.880
#> GSM337264 3 0.6765 0.45171 0.000 0.300 0.576 0.124
#> GSM337265 3 0.5799 0.76136 0.000 0.068 0.668 0.264
#> GSM337266 3 0.6078 0.76562 0.000 0.068 0.620 0.312
#> GSM337267 4 0.2216 0.70519 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM337268 4 0.5400 0.14575 0.000 0.020 0.372 0.608
#> GSM337269 4 0.1637 0.70667 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM337270 3 0.5018 0.76172 0.000 0.012 0.656 0.332
#> GSM337271 3 0.6078 0.76562 0.000 0.068 0.620 0.312
#> GSM337272 4 0.2053 0.69952 0.000 0.004 0.072 0.924
#> GSM337273 3 0.4980 0.75295 0.000 0.016 0.680 0.304
#> GSM337274 4 0.3837 0.44261 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM337275 3 0.5247 0.76077 0.000 0.032 0.684 0.284
#> GSM337276 3 0.6851 0.51057 0.000 0.300 0.568 0.132
#> GSM337277 3 0.5472 0.76491 0.000 0.044 0.676 0.280
#> GSM337278 3 0.5366 0.54836 0.000 0.012 0.548 0.440
#> GSM337279 4 0.5406 -0.35561 0.000 0.012 0.480 0.508
#> GSM337280 2 0.5102 0.89987 0.000 0.732 0.048 0.220
#> GSM337281 4 0.4784 0.62459 0.000 0.112 0.100 0.788
#> GSM337282 3 0.4804 0.77062 0.000 0.016 0.708 0.276
#> GSM337283 1 0.3427 0.87254 0.860 0.112 0.028 0.000
#> GSM337284 3 0.4993 0.78615 0.000 0.028 0.712 0.260
#> GSM337285 3 0.6078 0.76562 0.000 0.068 0.620 0.312
#> GSM337286 3 0.4720 0.76552 0.000 0.004 0.672 0.324
#> GSM337287 3 0.6078 0.76562 0.000 0.068 0.620 0.312
#> GSM337288 3 0.4857 0.77751 0.000 0.016 0.700 0.284
#> GSM337289 3 0.4857 0.76870 0.000 0.008 0.668 0.324
#> GSM337290 4 0.1637 0.70667 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM337291 3 0.6842 0.06544 0.000 0.436 0.464 0.100
#> GSM337292 2 0.5613 0.74690 0.000 0.724 0.156 0.120
#> GSM337293 3 0.4831 0.76871 0.000 0.016 0.704 0.280
#> GSM337294 3 0.5448 0.77987 0.000 0.056 0.700 0.244
#> GSM337295 4 0.4978 0.41823 0.000 0.012 0.324 0.664
#> GSM337296 4 0.5130 0.28878 0.000 0.016 0.332 0.652
#> GSM337297 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337298 2 0.5604 0.75179 0.000 0.724 0.160 0.116
#> GSM337299 4 0.4222 0.45414 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM337300 3 0.5113 0.78491 0.000 0.032 0.704 0.264
#> GSM337301 4 0.5496 0.11428 0.000 0.024 0.372 0.604
#> GSM337302 4 0.1452 0.71538 0.000 0.008 0.036 0.956
#> GSM337303 2 0.5569 0.72015 0.000 0.724 0.172 0.104
#> GSM337304 2 0.6167 0.85150 0.000 0.652 0.100 0.248
#> GSM337305 3 0.5237 0.73834 0.000 0.016 0.628 0.356
#> GSM337306 3 0.4776 0.77217 0.000 0.016 0.712 0.272
#> GSM337307 3 0.5810 0.76164 0.000 0.072 0.672 0.256
#> GSM337308 3 0.5018 0.76215 0.000 0.012 0.656 0.332
#> GSM337309 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337310 2 0.5106 0.91530 0.000 0.720 0.040 0.240
#> GSM337311 4 0.0336 0.71802 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337312 3 0.6837 0.00519 0.000 0.428 0.472 0.100
#> GSM337313 3 0.5169 0.78585 0.000 0.032 0.696 0.272
#> GSM337314 3 0.5193 0.76740 0.000 0.020 0.656 0.324
#> GSM337315 1 0.8240 0.65678 0.492 0.244 0.232 0.032
#> GSM337316 3 0.6245 0.56682 0.000 0.244 0.648 0.108
#> GSM337317 3 0.6859 0.17605 0.000 0.380 0.512 0.108
#> GSM337318 4 0.5364 0.05559 0.000 0.016 0.392 0.592
#> GSM337319 1 0.1798 0.88966 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM337320 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0592 0.89819 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.6339 0.79080 0.656 0.196 0.148 0.000
#> GSM337324 1 0.1975 0.88854 0.936 0.048 0.016 0.000
#> GSM337325 1 0.3099 0.87578 0.876 0.104 0.020 0.000
#> GSM337326 1 0.6339 0.79080 0.656 0.196 0.148 0.000
#> GSM337327 1 0.6461 0.76491 0.640 0.144 0.216 0.000
#> GSM337328 1 0.2111 0.89336 0.932 0.044 0.024 0.000
#> GSM337329 1 0.1798 0.88966 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM337330 1 0.0707 0.89797 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.2413 0.88633 0.916 0.064 0.020 0.000
#> GSM337332 1 0.1798 0.88966 0.944 0.040 0.016 0.000
#> GSM337333 1 0.0188 0.89809 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.6835 0.74362 0.592 0.156 0.252 0.000
#> GSM337335 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.6722 0.75903 0.616 0.200 0.184 0.000
#> GSM337337 1 0.6835 0.74362 0.592 0.156 0.252 0.000
#> GSM337338 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.6664 0.75751 0.620 0.164 0.216 0.000
#> GSM337340 1 0.3427 0.87254 0.860 0.112 0.028 0.000
#> GSM337341 1 0.2413 0.88633 0.916 0.064 0.020 0.000
#> GSM337342 1 0.0188 0.89809 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.9195 0.17859 0.132 0.160 0.268 0.440
#> GSM337344 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0188 0.89809 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.2256 0.88893 0.924 0.056 0.020 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.4362 0.84675 0.816 0.088 0.096 0.000
#> GSM337351 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0592 0.89819 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0188 0.89809 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.5905 0.79935 0.700 0.144 0.156 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.5990 0.80626 0.688 0.188 0.124 0.000
#> GSM337358 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.6621 0.75065 0.616 0.140 0.244 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.6621 0.75065 0.616 0.140 0.244 0.000
#> GSM337362 1 0.6497 0.76783 0.640 0.160 0.200 0.000
#> GSM337363 1 0.0657 0.89597 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM337364 1 0.6881 0.75283 0.592 0.236 0.172 0.000
#> GSM337365 1 0.1004 0.89623 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.6685 0.75393 0.616 0.160 0.224 0.000
#> GSM337369 1 0.6860 0.75416 0.592 0.244 0.164 0.000
#> GSM337370 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0336 0.89796 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.2335 0.88761 0.920 0.060 0.020 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.2256 0.88825 0.924 0.020 0.056 0.000
#> GSM337375 1 0.6215 0.78362 0.668 0.140 0.192 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.89816 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.293 0.77601 0.004 0.020 0.112 0.864 0.000
#> GSM337198 2 0.237 0.89125 0.000 0.904 0.040 0.056 0.000
#> GSM337199 4 0.529 0.72775 0.108 0.012 0.180 0.700 0.000
#> GSM337200 3 0.733 -0.23553 0.072 0.124 0.428 0.376 0.000
#> GSM337201 4 0.315 0.77935 0.012 0.008 0.136 0.844 0.000
#> GSM337202 4 0.804 0.20235 0.168 0.124 0.348 0.360 0.000
#> GSM337203 3 0.275 0.65710 0.080 0.004 0.884 0.032 0.000
#> GSM337204 3 0.744 -0.25421 0.072 0.140 0.408 0.380 0.000
#> GSM337205 3 0.289 0.65567 0.084 0.004 0.876 0.036 0.000
#> GSM337206 4 0.430 0.71689 0.032 0.000 0.248 0.720 0.000
#> GSM337207 4 0.427 0.60036 0.008 0.240 0.020 0.732 0.000
#> GSM337208 2 0.330 0.87224 0.032 0.868 0.040 0.060 0.000
#> GSM337209 4 0.566 0.73102 0.084 0.068 0.140 0.708 0.000
#> GSM337210 2 0.237 0.87116 0.004 0.904 0.020 0.072 0.000
#> GSM337211 2 0.237 0.89125 0.000 0.904 0.040 0.056 0.000
#> GSM337212 4 0.460 0.67582 0.032 0.000 0.300 0.668 0.000
#> GSM337213 4 0.526 0.13319 0.020 0.460 0.016 0.504 0.000
#> GSM337214 4 0.346 0.78024 0.020 0.016 0.128 0.836 0.000
#> GSM337215 4 0.737 0.48325 0.140 0.080 0.292 0.488 0.000
#> GSM337216 3 0.606 0.28264 0.124 0.324 0.548 0.004 0.000
#> GSM337217 3 0.551 0.54529 0.112 0.136 0.712 0.040 0.000
#> GSM337218 4 0.472 0.59545 0.024 0.000 0.368 0.608 0.000
#> GSM337219 3 0.494 0.48713 0.080 0.208 0.708 0.004 0.000
#> GSM337220 4 0.474 0.59811 0.024 0.240 0.024 0.712 0.000
#> GSM337221 3 0.696 0.32148 0.248 0.016 0.468 0.268 0.000
#> GSM337222 4 0.256 0.77871 0.000 0.008 0.120 0.872 0.000
#> GSM337223 3 0.729 0.25390 0.260 0.028 0.424 0.288 0.000
#> GSM337224 4 0.680 0.22453 0.152 0.020 0.412 0.416 0.000
#> GSM337225 2 0.353 0.86463 0.044 0.856 0.040 0.060 0.000
#> GSM337226 3 0.593 0.36411 0.152 0.008 0.620 0.220 0.000
#> GSM337227 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337228 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337229 4 0.351 0.74099 0.008 0.088 0.060 0.844 0.000
#> GSM337230 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337231 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337232 2 0.599 -0.05169 0.068 0.472 0.016 0.444 0.000
#> GSM337233 3 0.563 -0.20166 0.064 0.004 0.504 0.428 0.000
#> GSM337234 2 0.246 0.89167 0.004 0.904 0.040 0.052 0.000
#> GSM337235 3 0.593 0.58902 0.212 0.072 0.660 0.056 0.000
#> GSM337236 2 0.784 0.25856 0.208 0.464 0.116 0.212 0.000
#> GSM337237 4 0.412 0.64218 0.008 0.208 0.024 0.760 0.000
#> GSM337238 4 0.266 0.77881 0.000 0.008 0.128 0.864 0.000
#> GSM337239 3 0.551 0.63017 0.292 0.068 0.628 0.012 0.000
#> GSM337240 3 0.224 0.60901 0.024 0.000 0.908 0.068 0.000
#> GSM337241 4 0.436 0.75056 0.060 0.044 0.092 0.804 0.000
#> GSM337242 3 0.300 0.64969 0.092 0.000 0.864 0.044 0.000
#> GSM337243 4 0.619 0.39323 0.024 0.072 0.436 0.468 0.000
#> GSM337244 4 0.385 0.72787 0.016 0.000 0.232 0.752 0.000
#> GSM337245 2 0.239 0.86437 0.004 0.900 0.016 0.080 0.000
#> GSM337246 4 0.272 0.77730 0.000 0.012 0.124 0.864 0.000
#> GSM337247 3 0.327 0.64219 0.076 0.064 0.856 0.004 0.000
#> GSM337248 3 0.183 0.62756 0.028 0.000 0.932 0.040 0.000
#> GSM337249 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337250 3 0.491 -0.38708 0.024 0.000 0.492 0.484 0.000
#> GSM337251 4 0.278 0.77849 0.004 0.016 0.108 0.872 0.000
#> GSM337252 4 0.289 0.77955 0.004 0.016 0.116 0.864 0.000
#> GSM337253 2 0.241 0.84979 0.004 0.892 0.096 0.008 0.000
#> GSM337254 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337255 2 0.246 0.89167 0.004 0.904 0.040 0.052 0.000
#> GSM337256 2 0.237 0.89125 0.000 0.904 0.040 0.056 0.000
#> GSM337257 4 0.289 0.77955 0.004 0.016 0.116 0.864 0.000
#> GSM337258 2 0.252 0.88732 0.004 0.900 0.036 0.060 0.000
#> GSM337259 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337260 4 0.344 0.74215 0.004 0.092 0.060 0.844 0.000
#> GSM337261 2 0.687 -0.00699 0.236 0.436 0.320 0.008 0.000
#> GSM337262 3 0.184 0.63962 0.032 0.000 0.932 0.036 0.000
#> GSM337263 4 0.689 0.59436 0.056 0.120 0.288 0.536 0.000
#> GSM337264 3 0.659 0.15364 0.136 0.384 0.464 0.016 0.000
#> GSM337265 3 0.599 0.61375 0.340 0.064 0.568 0.028 0.000
#> GSM337266 3 0.549 0.63221 0.248 0.064 0.664 0.024 0.000
#> GSM337267 4 0.503 0.71431 0.092 0.000 0.220 0.688 0.000
#> GSM337268 3 0.495 0.29032 0.052 0.008 0.688 0.252 0.000
#> GSM337269 4 0.425 0.72196 0.032 0.000 0.240 0.728 0.000
#> GSM337270 3 0.475 0.64315 0.236 0.012 0.712 0.040 0.000
#> GSM337271 3 0.554 0.63230 0.244 0.064 0.664 0.028 0.000
#> GSM337272 4 0.462 0.75598 0.084 0.016 0.132 0.768 0.000
#> GSM337273 3 0.564 0.62821 0.304 0.020 0.616 0.060 0.000
#> GSM337274 4 0.415 0.63838 0.008 0.212 0.024 0.756 0.000
#> GSM337275 3 0.376 0.60860 0.136 0.008 0.816 0.040 0.000
#> GSM337276 3 0.686 0.35430 0.248 0.296 0.448 0.008 0.000
#> GSM337277 3 0.605 0.61375 0.328 0.040 0.576 0.056 0.000
#> GSM337278 3 0.334 0.58291 0.048 0.000 0.840 0.112 0.000
#> GSM337279 3 0.383 0.43967 0.028 0.000 0.776 0.196 0.000
#> GSM337280 2 0.230 0.89238 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000
#> GSM337281 4 0.688 0.47631 0.068 0.088 0.336 0.508 0.000
#> GSM337282 3 0.292 0.62697 0.104 0.004 0.868 0.024 0.000
#> GSM337283 5 0.652 -0.42434 0.372 0.064 0.016 0.028 0.520
#> GSM337284 3 0.472 0.65074 0.264 0.024 0.696 0.016 0.000
#> GSM337285 3 0.557 0.63157 0.248 0.064 0.660 0.028 0.000
#> GSM337286 3 0.436 0.65036 0.204 0.004 0.748 0.044 0.000
#> GSM337287 3 0.549 0.63221 0.248 0.064 0.664 0.024 0.000
#> GSM337288 3 0.289 0.65943 0.116 0.004 0.864 0.016 0.000
#> GSM337289 3 0.444 0.65090 0.208 0.008 0.744 0.040 0.000
#> GSM337290 4 0.400 0.72526 0.020 0.000 0.240 0.740 0.000
#> GSM337291 3 0.455 0.16960 0.008 0.384 0.604 0.004 0.000
#> GSM337292 2 0.234 0.83449 0.004 0.892 0.100 0.004 0.000
#> GSM337293 3 0.317 0.62180 0.104 0.004 0.856 0.036 0.000
#> GSM337294 3 0.323 0.65867 0.112 0.028 0.852 0.008 0.000
#> GSM337295 3 0.650 -0.05450 0.156 0.008 0.488 0.348 0.000
#> GSM337296 3 0.684 0.25733 0.224 0.012 0.476 0.288 0.000
#> GSM337297 2 0.246 0.89167 0.004 0.904 0.040 0.052 0.000
#> GSM337298 2 0.279 0.82404 0.020 0.880 0.092 0.008 0.000
#> GSM337299 3 0.538 -0.17543 0.056 0.000 0.520 0.424 0.000
#> GSM337300 3 0.298 0.65971 0.124 0.016 0.856 0.004 0.000
#> GSM337301 3 0.472 0.32505 0.040 0.008 0.704 0.248 0.000
#> GSM337302 4 0.317 0.76393 0.000 0.008 0.176 0.816 0.000
#> GSM337303 2 0.267 0.81834 0.008 0.872 0.116 0.004 0.000
#> GSM337304 2 0.452 0.81251 0.084 0.796 0.056 0.064 0.000
#> GSM337305 3 0.525 0.62636 0.264 0.012 0.664 0.060 0.000
#> GSM337306 3 0.312 0.63761 0.120 0.004 0.852 0.024 0.000
#> GSM337307 3 0.579 0.61538 0.344 0.060 0.576 0.020 0.000
#> GSM337308 3 0.155 0.63284 0.016 0.000 0.944 0.040 0.000
#> GSM337309 2 0.253 0.89011 0.004 0.900 0.040 0.056 0.000
#> GSM337310 2 0.246 0.89167 0.004 0.904 0.040 0.052 0.000
#> GSM337311 4 0.273 0.77954 0.000 0.016 0.116 0.868 0.000
#> GSM337312 2 0.712 -0.15353 0.292 0.364 0.332 0.012 0.000
#> GSM337313 3 0.301 0.66006 0.116 0.016 0.860 0.008 0.000
#> GSM337314 3 0.487 0.64291 0.236 0.020 0.708 0.036 0.000
#> GSM337315 5 0.763 0.29352 0.228 0.060 0.092 0.064 0.556
#> GSM337316 3 0.673 0.49078 0.340 0.180 0.468 0.012 0.000
#> GSM337317 3 0.586 0.33824 0.112 0.276 0.604 0.008 0.000
#> GSM337318 3 0.676 0.31329 0.232 0.012 0.500 0.256 0.000
#> GSM337319 1 0.480 0.80738 0.516 0.012 0.000 0.004 0.468
#> GSM337320 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337321 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337322 1 0.421 0.95815 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM337323 5 0.417 0.52476 0.056 0.056 0.016 0.040 0.832
#> GSM337324 5 0.497 -0.73970 0.480 0.020 0.000 0.004 0.496
#> GSM337325 5 0.663 -0.44777 0.380 0.060 0.016 0.036 0.508
#> GSM337326 5 0.409 0.52507 0.056 0.056 0.016 0.036 0.836
#> GSM337327 5 0.319 0.55702 0.064 0.012 0.000 0.056 0.868
#> GSM337328 5 0.527 -0.73247 0.468 0.016 0.000 0.020 0.496
#> GSM337329 1 0.480 0.80738 0.516 0.012 0.000 0.004 0.468
#> GSM337330 1 0.421 0.95815 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM337331 5 0.497 -0.71234 0.468 0.020 0.000 0.004 0.508
#> GSM337332 1 0.489 0.79085 0.508 0.016 0.000 0.004 0.472
#> GSM337333 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337334 5 0.201 0.56751 0.000 0.012 0.000 0.072 0.916
#> GSM337335 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337336 5 0.423 0.56391 0.040 0.060 0.016 0.056 0.828
#> GSM337337 5 0.213 0.56782 0.000 0.012 0.000 0.080 0.908
#> GSM337338 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337339 5 0.239 0.56762 0.044 0.012 0.000 0.032 0.912
#> GSM337340 5 0.652 -0.42434 0.372 0.064 0.016 0.028 0.520
#> GSM337341 5 0.497 -0.71234 0.468 0.020 0.000 0.004 0.508
#> GSM337342 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337343 5 0.463 0.17764 0.000 0.016 0.000 0.396 0.588
#> GSM337344 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337345 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337346 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337347 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337348 1 0.475 0.77872 0.500 0.016 0.000 0.000 0.484
#> GSM337349 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337350 5 0.448 0.10277 0.292 0.000 0.000 0.028 0.680
#> GSM337351 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337352 1 0.421 0.95815 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM337353 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337354 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337355 5 0.269 0.48228 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM337356 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337357 5 0.547 0.41095 0.140 0.064 0.016 0.044 0.736
#> GSM337358 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337359 5 0.298 0.56382 0.044 0.012 0.000 0.064 0.880
#> GSM337360 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337361 5 0.298 0.56382 0.044 0.012 0.000 0.064 0.880
#> GSM337362 5 0.235 0.55227 0.088 0.000 0.000 0.016 0.896
#> GSM337363 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337364 5 0.308 0.55390 0.000 0.064 0.016 0.044 0.876
#> GSM337365 1 0.421 0.95350 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM337366 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337367 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337368 5 0.263 0.56630 0.044 0.012 0.000 0.044 0.900
#> GSM337369 5 0.330 0.55223 0.008 0.060 0.016 0.044 0.872
#> GSM337370 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337371 1 0.420 0.96137 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM337372 1 0.475 0.77872 0.500 0.016 0.000 0.000 0.484
#> GSM337373 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM337374 5 0.430 -0.67204 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM337375 5 0.268 0.53210 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> GSM337376 1 0.419 0.96337 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.2182 0.768048 0.000 0.008 0.000 0.904 0.068 0.020
#> GSM337198 2 0.1138 0.913146 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012 0.000
#> GSM337199 4 0.6187 0.602126 0.000 0.008 0.068 0.596 0.116 0.212
#> GSM337200 5 0.7715 0.077505 0.000 0.092 0.044 0.252 0.424 0.188
#> GSM337201 4 0.3654 0.760685 0.000 0.004 0.004 0.808 0.100 0.084
#> GSM337202 5 0.8534 0.075724 0.000 0.084 0.152 0.240 0.312 0.212
#> GSM337203 5 0.3816 0.216429 0.000 0.012 0.200 0.028 0.760 0.000
#> GSM337204 5 0.7862 -0.000793 0.000 0.096 0.048 0.280 0.388 0.188
#> GSM337205 5 0.3905 0.229624 0.000 0.016 0.200 0.028 0.756 0.000
#> GSM337206 4 0.5325 0.640280 0.000 0.004 0.004 0.616 0.244 0.132
#> GSM337207 4 0.3888 0.648487 0.000 0.208 0.000 0.752 0.016 0.024
#> GSM337208 2 0.1975 0.895806 0.000 0.928 0.020 0.028 0.012 0.012
#> GSM337209 4 0.6294 0.657166 0.000 0.052 0.068 0.640 0.100 0.140
#> GSM337210 2 0.1297 0.901174 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM337211 2 0.1138 0.913146 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012 0.000
#> GSM337212 4 0.5306 0.611685 0.000 0.000 0.004 0.596 0.268 0.132
#> GSM337213 2 0.5560 0.150348 0.000 0.528 0.000 0.360 0.016 0.096
#> GSM337214 4 0.4117 0.741032 0.000 0.008 0.000 0.764 0.100 0.128
#> GSM337215 4 0.8061 0.082347 0.000 0.048 0.112 0.336 0.296 0.208
#> GSM337216 5 0.5815 0.032898 0.000 0.264 0.240 0.000 0.496 0.000
#> GSM337217 5 0.6045 0.349019 0.000 0.100 0.128 0.036 0.660 0.076
#> GSM337218 4 0.4787 0.537282 0.000 0.000 0.004 0.584 0.360 0.052
#> GSM337219 5 0.5124 0.292843 0.000 0.192 0.128 0.000 0.664 0.016
#> GSM337220 4 0.3973 0.653817 0.000 0.200 0.004 0.756 0.020 0.020
#> GSM337221 3 0.6972 0.133436 0.000 0.000 0.376 0.168 0.368 0.088
#> GSM337222 4 0.1732 0.774552 0.000 0.004 0.004 0.920 0.072 0.000
#> GSM337223 3 0.6809 0.176841 0.000 0.004 0.416 0.164 0.356 0.060
#> GSM337224 5 0.7632 0.040320 0.000 0.012 0.124 0.300 0.356 0.208
#> GSM337225 2 0.2621 0.870933 0.000 0.892 0.012 0.028 0.012 0.056
#> GSM337226 5 0.7056 0.362693 0.000 0.024 0.140 0.108 0.528 0.200
#> GSM337227 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337228 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337229 4 0.2445 0.746881 0.000 0.056 0.000 0.896 0.028 0.020
#> GSM337230 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337231 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337232 2 0.6520 -0.028013 0.000 0.436 0.024 0.376 0.016 0.148
#> GSM337233 5 0.6627 0.058979 0.000 0.008 0.044 0.288 0.488 0.172
#> GSM337234 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337235 5 0.7363 0.231142 0.000 0.076 0.196 0.036 0.476 0.216
#> GSM337236 3 0.7441 0.163565 0.000 0.376 0.384 0.100 0.088 0.052
#> GSM337237 4 0.3742 0.667190 0.000 0.188 0.000 0.772 0.020 0.020
#> GSM337238 4 0.2357 0.774881 0.000 0.004 0.004 0.888 0.092 0.012
#> GSM337239 3 0.4423 0.586380 0.000 0.028 0.608 0.000 0.360 0.004
#> GSM337240 5 0.2145 0.418196 0.000 0.004 0.020 0.044 0.916 0.016
#> GSM337241 4 0.3671 0.735971 0.000 0.028 0.064 0.836 0.052 0.020
#> GSM337242 5 0.3955 0.154323 0.000 0.012 0.200 0.028 0.756 0.004
#> GSM337243 5 0.5771 0.204069 0.000 0.068 0.020 0.280 0.600 0.032
#> GSM337244 4 0.3817 0.713462 0.000 0.004 0.004 0.748 0.220 0.024
#> GSM337245 2 0.2103 0.882445 0.000 0.912 0.000 0.056 0.012 0.020
#> GSM337246 4 0.1987 0.774049 0.000 0.004 0.004 0.908 0.080 0.004
#> GSM337247 5 0.3994 0.311297 0.000 0.048 0.192 0.000 0.752 0.008
#> GSM337248 5 0.1672 0.413247 0.000 0.016 0.012 0.028 0.940 0.004
#> GSM337249 2 0.1088 0.912382 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> GSM337250 5 0.4576 0.045009 0.000 0.000 0.004 0.368 0.592 0.036
#> GSM337251 4 0.1606 0.772999 0.000 0.008 0.000 0.932 0.056 0.004
#> GSM337252 4 0.1643 0.775000 0.000 0.008 0.000 0.924 0.068 0.000
#> GSM337253 2 0.1349 0.881039 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM337254 2 0.1138 0.913146 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012 0.000
#> GSM337255 2 0.1088 0.912382 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> GSM337256 2 0.1138 0.913146 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012 0.000
#> GSM337257 4 0.1584 0.774872 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064 0.000
#> GSM337258 2 0.1448 0.909124 0.000 0.948 0.000 0.024 0.016 0.012
#> GSM337259 2 0.1088 0.912382 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> GSM337260 4 0.2462 0.749627 0.000 0.064 0.000 0.892 0.032 0.012
#> GSM337261 3 0.5574 0.378056 0.000 0.332 0.512 0.000 0.156 0.000
#> GSM337262 5 0.2846 0.371144 0.000 0.016 0.080 0.028 0.872 0.004
#> GSM337263 4 0.7632 0.255235 0.000 0.084 0.032 0.372 0.320 0.192
#> GSM337264 2 0.7307 -0.020354 0.000 0.436 0.152 0.016 0.292 0.104
#> GSM337265 3 0.5083 0.554659 0.000 0.028 0.628 0.020 0.304 0.020
#> GSM337266 3 0.4803 0.592455 0.000 0.024 0.556 0.020 0.400 0.000
#> GSM337267 4 0.5783 0.633894 0.000 0.000 0.068 0.612 0.232 0.088
#> GSM337268 5 0.5673 0.387616 0.000 0.008 0.044 0.124 0.652 0.172
#> GSM337269 4 0.4730 0.689042 0.000 0.004 0.004 0.680 0.232 0.080
#> GSM337270 3 0.4765 0.565842 0.000 0.012 0.524 0.028 0.436 0.000
#> GSM337271 3 0.4817 0.590369 0.000 0.024 0.548 0.020 0.408 0.000
#> GSM337272 4 0.5547 0.672530 0.000 0.008 0.056 0.672 0.100 0.164
#> GSM337273 3 0.5294 0.556082 0.000 0.012 0.576 0.032 0.352 0.028
#> GSM337274 4 0.3770 0.661846 0.000 0.196 0.004 0.768 0.020 0.012
#> GSM337275 5 0.5086 0.399741 0.000 0.020 0.124 0.032 0.724 0.100
#> GSM337276 3 0.5591 0.466426 0.000 0.228 0.548 0.000 0.224 0.000
#> GSM337277 3 0.6426 0.373587 0.000 0.024 0.504 0.032 0.332 0.108
#> GSM337278 5 0.4403 0.372080 0.000 0.000 0.056 0.072 0.768 0.104
#> GSM337279 5 0.2760 0.430625 0.000 0.004 0.012 0.100 0.868 0.016
#> GSM337280 2 0.1003 0.911907 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> GSM337281 5 0.6984 0.108038 0.000 0.068 0.036 0.340 0.460 0.096
#> GSM337282 5 0.4175 0.388528 0.000 0.016 0.124 0.024 0.788 0.048
#> GSM337283 1 0.4657 0.548747 0.684 0.004 0.248 0.012 0.000 0.052
#> GSM337284 3 0.4421 0.562794 0.000 0.020 0.552 0.004 0.424 0.000
#> GSM337285 3 0.4810 0.591275 0.000 0.024 0.552 0.020 0.404 0.000
#> GSM337286 5 0.4740 -0.374114 0.000 0.012 0.416 0.028 0.544 0.000
#> GSM337287 3 0.4864 0.593717 0.000 0.028 0.556 0.020 0.396 0.000
#> GSM337288 5 0.3916 0.287948 0.000 0.020 0.216 0.004 0.748 0.012
#> GSM337289 5 0.4754 -0.376261 0.000 0.016 0.416 0.024 0.544 0.000
#> GSM337290 4 0.4223 0.699243 0.000 0.000 0.004 0.712 0.232 0.052
#> GSM337291 5 0.4684 0.177468 0.000 0.372 0.052 0.000 0.576 0.000
#> GSM337292 2 0.1196 0.885872 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040 0.000
#> GSM337293 5 0.4751 0.382171 0.000 0.016 0.144 0.032 0.744 0.064
#> GSM337294 5 0.3986 0.267522 0.000 0.032 0.228 0.000 0.732 0.008
#> GSM337295 5 0.7386 0.285779 0.000 0.012 0.128 0.196 0.452 0.212
#> GSM337296 5 0.7030 -0.075950 0.000 0.000 0.320 0.156 0.416 0.108
#> GSM337297 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337298 2 0.2007 0.862741 0.000 0.916 0.044 0.000 0.036 0.004
#> GSM337299 5 0.6411 0.054053 0.000 0.000 0.044 0.292 0.492 0.172
#> GSM337300 5 0.3966 0.254550 0.000 0.028 0.236 0.000 0.728 0.008
#> GSM337301 5 0.4919 0.433350 0.000 0.008 0.044 0.128 0.732 0.088
#> GSM337302 4 0.2936 0.755576 0.000 0.004 0.004 0.836 0.144 0.012
#> GSM337303 2 0.1633 0.871839 0.000 0.932 0.024 0.000 0.044 0.000
#> GSM337304 2 0.4590 0.747821 0.000 0.776 0.068 0.040 0.028 0.088
#> GSM337305 3 0.4977 0.527265 0.000 0.012 0.488 0.032 0.464 0.004
#> GSM337306 5 0.4481 0.328764 0.000 0.016 0.208 0.024 0.728 0.024
#> GSM337307 3 0.5230 0.546703 0.000 0.028 0.632 0.020 0.288 0.032
#> GSM337308 5 0.2094 0.399578 0.000 0.016 0.032 0.028 0.920 0.004
#> GSM337309 2 0.1353 0.909814 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012 0.012
#> GSM337310 2 0.0993 0.913662 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM337311 4 0.1728 0.775154 0.000 0.008 0.004 0.924 0.064 0.000
#> GSM337312 3 0.5796 0.417233 0.000 0.256 0.568 0.004 0.160 0.012
#> GSM337313 5 0.3946 0.253850 0.000 0.028 0.228 0.004 0.736 0.004
#> GSM337314 3 0.4858 0.567019 0.000 0.020 0.516 0.024 0.440 0.000
#> GSM337315 3 0.6078 -0.326920 0.024 0.020 0.496 0.020 0.040 0.400
#> GSM337316 3 0.5358 0.528595 0.000 0.080 0.656 0.016 0.228 0.020
#> GSM337317 5 0.5990 0.233871 0.000 0.244 0.144 0.004 0.576 0.032
#> GSM337318 5 0.6954 -0.046851 0.000 0.000 0.328 0.136 0.424 0.112
#> GSM337319 1 0.2520 0.773838 0.888 0.004 0.076 0.008 0.000 0.024
#> GSM337320 1 0.0405 0.828319 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.1608 0.814637 0.944 0.000 0.020 0.020 0.008 0.008
#> GSM337323 1 0.6809 -0.551292 0.356 0.012 0.272 0.020 0.000 0.340
#> GSM337324 1 0.3199 0.738437 0.836 0.004 0.124 0.012 0.000 0.024
#> GSM337325 1 0.4307 0.591870 0.716 0.008 0.236 0.012 0.000 0.028
#> GSM337326 1 0.6803 -0.553241 0.356 0.012 0.268 0.020 0.000 0.344
#> GSM337327 6 0.3584 0.813945 0.308 0.000 0.000 0.004 0.000 0.688
#> GSM337328 1 0.4346 0.704595 0.776 0.004 0.132 0.028 0.008 0.052
#> GSM337329 1 0.2520 0.773838 0.888 0.004 0.076 0.008 0.000 0.024
#> GSM337330 1 0.1736 0.808505 0.936 0.000 0.032 0.020 0.004 0.008
#> GSM337331 1 0.3918 0.694695 0.780 0.004 0.164 0.024 0.000 0.028
#> GSM337332 1 0.2728 0.766777 0.876 0.004 0.084 0.012 0.000 0.024
#> GSM337333 1 0.0146 0.829213 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337334 6 0.3934 0.827800 0.256 0.008 0.000 0.020 0.000 0.716
#> GSM337335 1 0.0665 0.826383 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM337336 6 0.6656 0.755783 0.296 0.012 0.180 0.016 0.012 0.484
#> GSM337337 6 0.3934 0.827800 0.256 0.008 0.000 0.020 0.000 0.716
#> GSM337338 1 0.0912 0.824997 0.972 0.004 0.000 0.012 0.008 0.004
#> GSM337339 6 0.5302 0.819730 0.284 0.004 0.056 0.020 0.008 0.628
#> GSM337340 1 0.4657 0.548747 0.684 0.004 0.248 0.012 0.000 0.052
#> GSM337341 1 0.3918 0.694695 0.780 0.004 0.164 0.024 0.000 0.028
#> GSM337342 1 0.0767 0.826923 0.976 0.004 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM337343 6 0.4389 0.508396 0.048 0.008 0.000 0.252 0.000 0.692
#> GSM337344 1 0.0146 0.829213 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337345 1 0.0912 0.824997 0.972 0.004 0.000 0.012 0.008 0.004
#> GSM337346 1 0.0146 0.829213 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337347 1 0.0146 0.829213 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337348 1 0.3582 0.720279 0.808 0.004 0.148 0.012 0.004 0.024
#> GSM337349 1 0.0146 0.829213 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337350 1 0.4418 -0.095504 0.592 0.004 0.000 0.012 0.008 0.384
#> GSM337351 1 0.0665 0.826383 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM337352 1 0.1425 0.818438 0.952 0.000 0.012 0.020 0.008 0.008
#> GSM337353 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.5902 -0.566022 0.456 0.004 0.088 0.020 0.004 0.428
#> GSM337356 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.6947 -0.347567 0.440 0.020 0.256 0.012 0.012 0.260
#> GSM337358 1 0.0551 0.827216 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM337359 6 0.3534 0.828927 0.276 0.000 0.000 0.008 0.000 0.716
#> GSM337360 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 6 0.3426 0.829048 0.276 0.000 0.000 0.004 0.000 0.720
#> GSM337362 6 0.5842 0.758737 0.352 0.004 0.092 0.020 0.004 0.528
#> GSM337363 1 0.0146 0.828894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337364 6 0.6932 0.708667 0.276 0.016 0.240 0.020 0.008 0.440
#> GSM337365 1 0.1409 0.813372 0.948 0.000 0.032 0.012 0.000 0.008
#> GSM337366 1 0.0146 0.828894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337367 1 0.0436 0.829093 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM337368 6 0.4747 0.827355 0.276 0.004 0.048 0.012 0.000 0.660
#> GSM337369 6 0.7031 0.670039 0.296 0.020 0.256 0.012 0.012 0.404
#> GSM337370 1 0.0912 0.824997 0.972 0.004 0.000 0.012 0.008 0.004
#> GSM337371 1 0.0665 0.826383 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM337372 1 0.3947 0.711955 0.796 0.008 0.140 0.024 0.004 0.028
#> GSM337373 1 0.0146 0.828894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337374 1 0.3787 0.685982 0.816 0.004 0.092 0.016 0.004 0.068
#> GSM337375 6 0.5524 0.719446 0.380 0.004 0.064 0.016 0.004 0.532
#> GSM337376 1 0.0000 0.829267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:kmeans 179 8.34e-12 1.07e-37 2
#> SD:kmeans 164 9.39e-11 2.98e-33 3
#> SD:kmeans 152 5.62e-15 3.27e-35 4
#> SD:kmeans 136 1.02e-11 7.38e-31 5
#> SD:kmeans 121 5.78e-14 2.47e-28 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.4480 0.553 0.553
#> 3 3 0.750 0.739 0.861 0.4718 0.794 0.628
#> 4 4 0.833 0.853 0.915 0.1198 0.869 0.645
#> 5 5 0.825 0.751 0.848 0.0501 0.928 0.741
#> 6 6 0.822 0.729 0.842 0.0320 0.956 0.811
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.595 0.832 0.144 0.856
#> GSM337288 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0592 0.6944 0 0.988 0.012
#> GSM337198 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337199 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337204 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337206 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337207 3 0.6305 0.5572 0 0.484 0.516
#> GSM337208 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337209 2 0.2356 0.6199 0 0.928 0.072
#> GSM337210 3 0.5968 0.7294 0 0.364 0.636
#> GSM337211 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337212 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337213 3 0.6305 0.5572 0 0.484 0.516
#> GSM337214 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337217 3 0.4504 0.4584 0 0.196 0.804
#> GSM337218 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337219 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.6168 -0.3266 0 0.588 0.412
#> GSM337221 2 0.1163 0.7030 0 0.972 0.028
#> GSM337222 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337225 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337226 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337227 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337228 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337229 2 0.5529 0.0838 0 0.704 0.296
#> GSM337230 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337231 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337232 3 0.6280 0.5986 0 0.460 0.540
#> GSM337233 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337234 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337235 2 0.2711 0.6745 0 0.912 0.088
#> GSM337236 3 0.6307 0.5470 0 0.488 0.512
#> GSM337237 2 0.6168 -0.3266 0 0.588 0.412
#> GSM337238 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.5497 0.0505 0 0.292 0.708
#> GSM337240 2 0.5948 0.6104 0 0.640 0.360
#> GSM337241 2 0.4291 0.4238 0 0.820 0.180
#> GSM337242 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337243 2 0.4605 0.3817 0 0.796 0.204
#> GSM337244 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337245 3 0.5968 0.7294 0 0.364 0.636
#> GSM337246 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337247 3 0.3116 0.4828 0 0.108 0.892
#> GSM337248 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337249 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337250 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337251 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337253 3 0.1860 0.6290 0 0.052 0.948
#> GSM337254 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337255 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337256 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337257 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.5968 0.7294 0 0.364 0.636
#> GSM337259 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337260 2 0.4974 0.2807 0 0.764 0.236
#> GSM337261 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337263 2 0.0892 0.6859 0 0.980 0.020
#> GSM337264 3 0.0424 0.6136 0 0.008 0.992
#> GSM337265 2 0.6305 0.4756 0 0.516 0.484
#> GSM337266 2 0.6274 0.5139 0 0.544 0.456
#> GSM337267 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337268 2 0.0424 0.7066 0 0.992 0.008
#> GSM337269 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337270 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337271 2 0.6274 0.5139 0 0.544 0.456
#> GSM337272 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.5968 0.6090 0 0.636 0.364
#> GSM337274 2 0.6168 -0.3266 0 0.588 0.412
#> GSM337275 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337276 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337278 2 0.5948 0.6104 0 0.640 0.360
#> GSM337279 2 0.5926 0.6120 0 0.644 0.356
#> GSM337280 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337281 2 0.4555 0.3766 0 0.800 0.200
#> GSM337282 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.6111 0.5815 0 0.604 0.396
#> GSM337285 2 0.6126 0.5776 0 0.600 0.400
#> GSM337286 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337287 2 0.6305 0.4756 0 0.516 0.484
#> GSM337288 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337289 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337290 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337291 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337292 3 0.0237 0.6115 0 0.004 0.996
#> GSM337293 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337294 3 0.3619 0.4361 0 0.136 0.864
#> GSM337295 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337296 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337297 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337298 3 0.0237 0.6115 0 0.004 0.996
#> GSM337299 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337300 2 0.6305 0.4756 0 0.516 0.484
#> GSM337301 2 0.0237 0.7069 0 0.996 0.004
#> GSM337302 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337303 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337304 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337305 2 0.5948 0.6104 0 0.640 0.360
#> GSM337306 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337307 2 0.6309 0.4500 0 0.500 0.500
#> GSM337308 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337309 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337310 3 0.5948 0.7336 0 0.360 0.640
#> GSM337311 2 0.0000 0.7055 0 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.6305 0.4756 0 0.516 0.484
#> GSM337314 2 0.5968 0.6093 0 0.636 0.364
#> GSM337315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337317 3 0.0000 0.6098 0 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.1289 0.7020 0 0.968 0.032
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.3601 0.8225 0 0.056 0.084 0.860
#> GSM337198 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337199 4 0.2921 0.8130 0 0.000 0.140 0.860
#> GSM337200 4 0.1576 0.8557 0 0.004 0.048 0.948
#> GSM337201 4 0.0188 0.8641 0 0.000 0.004 0.996
#> GSM337202 4 0.3870 0.7903 0 0.004 0.208 0.788
#> GSM337203 3 0.3105 0.8469 0 0.004 0.856 0.140
#> GSM337204 4 0.1004 0.8628 0 0.004 0.024 0.972
#> GSM337205 3 0.3105 0.8469 0 0.004 0.856 0.140
#> GSM337206 4 0.1118 0.8601 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM337207 4 0.4040 0.7108 0 0.248 0.000 0.752
#> GSM337208 2 0.0376 0.9136 0 0.992 0.004 0.004
#> GSM337209 4 0.0376 0.8645 0 0.004 0.004 0.992
#> GSM337210 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337211 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337212 4 0.1118 0.8601 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM337213 4 0.4454 0.6228 0 0.308 0.000 0.692
#> GSM337214 4 0.0188 0.8641 0 0.000 0.004 0.996
#> GSM337215 4 0.2921 0.8130 0 0.000 0.140 0.860
#> GSM337216 3 0.4277 0.5851 0 0.280 0.720 0.000
#> GSM337217 2 0.7281 0.1931 0 0.468 0.380 0.152
#> GSM337218 4 0.1305 0.8595 0 0.004 0.036 0.960
#> GSM337219 3 0.4999 0.0192 0 0.492 0.508 0.000
#> GSM337220 4 0.4220 0.7098 0 0.248 0.004 0.748
#> GSM337221 4 0.2216 0.8357 0 0.000 0.092 0.908
#> GSM337222 4 0.0000 0.8643 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM337223 4 0.1716 0.8477 0 0.000 0.064 0.936
#> GSM337224 4 0.3219 0.8092 0 0.000 0.164 0.836
#> GSM337225 2 0.0376 0.9136 0 0.992 0.004 0.004
#> GSM337226 4 0.4343 0.7335 0 0.004 0.264 0.732
#> GSM337227 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337228 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337229 4 0.3208 0.8028 0 0.148 0.004 0.848
#> GSM337230 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337231 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337232 4 0.4819 0.5558 0 0.344 0.004 0.652
#> GSM337233 4 0.2814 0.8014 0 0.000 0.132 0.868
#> GSM337234 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337235 3 0.6602 -0.0956 0 0.080 0.484 0.436
#> GSM337236 2 0.4994 -0.1243 0 0.520 0.000 0.480
#> GSM337237 4 0.3801 0.7439 0 0.220 0.000 0.780
#> GSM337238 4 0.0000 0.8643 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM337239 3 0.0895 0.8281 0 0.020 0.976 0.004
#> GSM337240 3 0.4800 0.5972 0 0.004 0.656 0.340
#> GSM337241 4 0.3196 0.8110 0 0.136 0.008 0.856
#> GSM337242 3 0.3157 0.8457 0 0.004 0.852 0.144
#> GSM337243 4 0.3969 0.7884 0 0.180 0.016 0.804
#> GSM337244 4 0.1557 0.8548 0 0.000 0.056 0.944
#> GSM337245 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337246 4 0.0188 0.8641 0 0.000 0.004 0.996
#> GSM337247 3 0.2345 0.7964 0 0.100 0.900 0.000
#> GSM337248 3 0.3908 0.7895 0 0.004 0.784 0.212
#> GSM337249 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337250 4 0.1305 0.8595 0 0.004 0.036 0.960
#> GSM337251 4 0.0336 0.8638 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM337252 4 0.0000 0.8643 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.9135 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337255 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337256 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337257 4 0.0000 0.8643 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337259 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337260 4 0.3024 0.8037 0 0.148 0.000 0.852
#> GSM337261 2 0.4992 0.0579 0 0.524 0.476 0.000
#> GSM337262 3 0.3105 0.8469 0 0.004 0.856 0.140
#> GSM337263 4 0.1209 0.8616 0 0.004 0.032 0.964
#> GSM337264 2 0.3300 0.7791 0 0.848 0.144 0.008
#> GSM337265 3 0.1022 0.8149 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM337266 3 0.2921 0.8470 0 0.000 0.860 0.140
#> GSM337267 4 0.2773 0.8374 0 0.004 0.116 0.880
#> GSM337268 4 0.3355 0.7680 0 0.004 0.160 0.836
#> GSM337269 4 0.1118 0.8601 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM337270 3 0.2973 0.8458 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM337271 3 0.2973 0.8458 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM337272 4 0.2921 0.8130 0 0.000 0.140 0.860
#> GSM337273 3 0.1677 0.8283 0 0.012 0.948 0.040
#> GSM337274 4 0.4103 0.7015 0 0.256 0.000 0.744
#> GSM337275 3 0.4088 0.6195 0 0.004 0.764 0.232
#> GSM337276 3 0.4008 0.6380 0 0.244 0.756 0.000
#> GSM337277 3 0.3355 0.7316 0 0.004 0.836 0.160
#> GSM337278 3 0.5137 0.3159 0 0.004 0.544 0.452
#> GSM337279 4 0.5126 0.0502 0 0.004 0.444 0.552
#> GSM337280 2 0.0000 0.9135 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.3208 0.8060 0 0.148 0.004 0.848
#> GSM337282 3 0.0524 0.8231 0 0.004 0.988 0.008
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.1302 0.8411 0 0.000 0.956 0.044
#> GSM337285 3 0.2973 0.8458 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM337286 3 0.2973 0.8458 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM337287 3 0.2921 0.8470 0 0.000 0.860 0.140
#> GSM337288 3 0.0376 0.8275 0 0.004 0.992 0.004
#> GSM337289 3 0.2921 0.8470 0 0.000 0.860 0.140
#> GSM337290 4 0.1118 0.8601 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM337291 2 0.4985 0.0362 0 0.532 0.468 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.9135 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 3 0.1209 0.8146 0 0.004 0.964 0.032
#> GSM337294 3 0.2334 0.8060 0 0.088 0.908 0.004
#> GSM337295 4 0.4018 0.7777 0 0.004 0.224 0.772
#> GSM337296 4 0.2345 0.8296 0 0.000 0.100 0.900
#> GSM337297 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337298 2 0.0188 0.9133 0 0.996 0.004 0.000
#> GSM337299 4 0.2999 0.7987 0 0.004 0.132 0.864
#> GSM337300 3 0.0376 0.8275 0 0.004 0.992 0.004
#> GSM337301 4 0.4053 0.6482 0 0.004 0.228 0.768
#> GSM337302 4 0.1118 0.8601 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM337303 2 0.0000 0.9135 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.2342 0.8470 0 0.912 0.080 0.008
#> GSM337305 3 0.2973 0.8458 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM337306 3 0.0376 0.8240 0 0.004 0.992 0.004
#> GSM337307 3 0.1022 0.8149 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM337308 3 0.3157 0.8457 0 0.004 0.852 0.144
#> GSM337309 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337310 2 0.0188 0.9158 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM337311 4 0.0000 0.8643 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.3356 0.7606 0 0.824 0.176 0.000
#> GSM337313 3 0.2401 0.8475 0 0.004 0.904 0.092
#> GSM337314 3 0.2921 0.8470 0 0.000 0.860 0.140
#> GSM337315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.3400 0.6915 0 0.180 0.820 0.000
#> GSM337317 2 0.1716 0.8662 0 0.936 0.064 0.000
#> GSM337318 4 0.3837 0.7864 0 0.000 0.224 0.776
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.1106 0.770 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM337198 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337199 4 0.4563 0.685 0.000 0.000 0.244 0.708 0.048
#> GSM337200 4 0.7425 0.488 0.000 0.080 0.152 0.488 0.280
#> GSM337201 4 0.0880 0.777 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM337202 4 0.7034 0.497 0.000 0.048 0.340 0.480 0.132
#> GSM337203 5 0.3011 0.482 0.000 0.000 0.140 0.016 0.844
#> GSM337204 4 0.6844 0.600 0.000 0.068 0.148 0.584 0.200
#> GSM337205 5 0.3152 0.488 0.000 0.000 0.136 0.024 0.840
#> GSM337206 4 0.3123 0.737 0.000 0.000 0.004 0.812 0.184
#> GSM337207 4 0.3196 0.695 0.000 0.192 0.004 0.804 0.000
#> GSM337208 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.1082 0.778 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM337210 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337212 4 0.3086 0.739 0.000 0.000 0.004 0.816 0.180
#> GSM337213 4 0.4225 0.483 0.000 0.364 0.004 0.632 0.000
#> GSM337214 4 0.1082 0.778 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM337215 4 0.6508 0.548 0.000 0.020 0.300 0.540 0.140
#> GSM337216 5 0.6326 0.162 0.000 0.208 0.268 0.000 0.524
#> GSM337217 5 0.6280 0.481 0.000 0.160 0.272 0.008 0.560
#> GSM337218 4 0.3586 0.675 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM337219 5 0.5359 0.424 0.000 0.304 0.080 0.000 0.616
#> GSM337220 4 0.3596 0.680 0.000 0.212 0.012 0.776 0.000
#> GSM337221 4 0.6452 0.361 0.000 0.000 0.284 0.496 0.220
#> GSM337222 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 3 0.6497 0.112 0.000 0.000 0.472 0.320 0.208
#> GSM337224 4 0.6071 0.547 0.000 0.000 0.300 0.548 0.152
#> GSM337225 2 0.0566 0.939 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM337226 5 0.6144 0.423 0.000 0.000 0.344 0.144 0.512
#> GSM337227 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.1124 0.767 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.5206 0.343 0.000 0.416 0.036 0.544 0.004
#> GSM337233 4 0.5855 0.520 0.000 0.000 0.108 0.536 0.356
#> GSM337234 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 5 0.7291 0.376 0.000 0.136 0.348 0.064 0.452
#> GSM337236 2 0.6309 0.249 0.000 0.532 0.232 0.236 0.000
#> GSM337237 4 0.2930 0.714 0.000 0.164 0.004 0.832 0.000
#> GSM337238 4 0.0290 0.776 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337239 3 0.3928 0.648 0.000 0.004 0.700 0.000 0.296
#> GSM337240 5 0.0865 0.573 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> GSM337241 4 0.2628 0.735 0.000 0.028 0.088 0.884 0.000
#> GSM337242 5 0.2300 0.536 0.000 0.000 0.072 0.024 0.904
#> GSM337243 5 0.5513 0.453 0.000 0.116 0.000 0.252 0.632
#> GSM337244 4 0.2773 0.745 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM337245 2 0.0955 0.922 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM337246 4 0.0162 0.775 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337247 5 0.3821 0.526 0.000 0.052 0.148 0.000 0.800
#> GSM337248 5 0.0992 0.571 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968
#> GSM337249 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.4192 0.197 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM337251 4 0.0451 0.774 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM337252 4 0.0162 0.775 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337253 2 0.0404 0.941 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337254 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337255 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337257 4 0.0162 0.775 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.1041 0.767 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> GSM337261 3 0.4836 0.382 0.000 0.356 0.612 0.000 0.032
#> GSM337262 5 0.1568 0.561 0.000 0.000 0.036 0.020 0.944
#> GSM337263 4 0.6217 0.659 0.000 0.048 0.108 0.636 0.208
#> GSM337264 2 0.5097 0.463 0.000 0.624 0.320 0.000 0.056
#> GSM337265 3 0.2806 0.589 0.000 0.000 0.844 0.004 0.152
#> GSM337266 3 0.4540 0.664 0.000 0.000 0.640 0.020 0.340
#> GSM337267 4 0.4711 0.723 0.000 0.000 0.148 0.736 0.116
#> GSM337268 5 0.4351 0.519 0.000 0.000 0.132 0.100 0.768
#> GSM337269 4 0.2813 0.744 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM337270 3 0.4671 0.665 0.000 0.000 0.640 0.028 0.332
#> GSM337271 3 0.4671 0.665 0.000 0.000 0.640 0.028 0.332
#> GSM337272 4 0.3821 0.709 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020
#> GSM337273 3 0.4150 0.609 0.000 0.000 0.748 0.036 0.216
#> GSM337274 4 0.2970 0.712 0.000 0.168 0.004 0.828 0.000
#> GSM337275 5 0.4135 0.517 0.000 0.000 0.340 0.004 0.656
#> GSM337276 3 0.5532 0.553 0.000 0.196 0.648 0.000 0.156
#> GSM337277 3 0.5568 -0.381 0.000 0.000 0.516 0.072 0.412
#> GSM337278 5 0.3055 0.491 0.000 0.000 0.016 0.144 0.840
#> GSM337279 5 0.1281 0.571 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> GSM337280 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 5 0.6668 0.412 0.000 0.076 0.068 0.312 0.544
#> GSM337282 5 0.3906 0.540 0.000 0.000 0.292 0.004 0.704
#> GSM337283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.4582 0.511 0.000 0.000 0.572 0.012 0.416
#> GSM337285 3 0.4671 0.665 0.000 0.000 0.640 0.028 0.332
#> GSM337286 5 0.4734 -0.136 0.000 0.000 0.372 0.024 0.604
#> GSM337287 3 0.4540 0.664 0.000 0.000 0.640 0.020 0.340
#> GSM337288 5 0.3480 0.516 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM337289 5 0.4808 -0.226 0.000 0.000 0.400 0.024 0.576
#> GSM337290 4 0.2852 0.742 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM337291 5 0.4268 0.249 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM337292 2 0.0290 0.947 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337293 5 0.4166 0.521 0.000 0.000 0.348 0.004 0.648
#> GSM337294 5 0.3650 0.504 0.000 0.028 0.176 0.000 0.796
#> GSM337295 5 0.6698 0.202 0.000 0.000 0.340 0.248 0.412
#> GSM337296 4 0.6023 0.556 0.000 0.000 0.168 0.572 0.260
#> GSM337297 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0510 0.941 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337299 4 0.5760 0.509 0.000 0.000 0.096 0.536 0.368
#> GSM337300 5 0.3336 0.508 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM337301 5 0.3710 0.559 0.000 0.000 0.144 0.048 0.808
#> GSM337302 4 0.1544 0.768 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM337303 2 0.0510 0.941 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337304 2 0.3430 0.690 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004
#> GSM337305 3 0.4761 0.651 0.000 0.000 0.616 0.028 0.356
#> GSM337306 5 0.3661 0.526 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM337307 3 0.2127 0.563 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337308 5 0.1399 0.568 0.000 0.000 0.020 0.028 0.952
#> GSM337309 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.4727 0.105 0.000 0.452 0.532 0.000 0.016
#> GSM337313 5 0.3010 0.506 0.000 0.000 0.172 0.004 0.824
#> GSM337314 3 0.4734 0.642 0.000 0.000 0.604 0.024 0.372
#> GSM337315 1 0.0162 0.996 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337316 3 0.3346 0.551 0.000 0.092 0.844 0.000 0.064
#> GSM337317 5 0.5394 0.332 0.000 0.400 0.060 0.000 0.540
#> GSM337318 4 0.6477 0.486 0.000 0.000 0.352 0.456 0.192
#> GSM337319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0566 0.987 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0566 0.987 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0162 0.996 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.0566 0.987 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337338 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.1074 0.972 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> GSM337344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0566 0.987 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337360 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0566 0.987 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.0837 0.7224 0.000 0.004 0.020 0.972 0.000 0.004
#> GSM337198 2 0.0260 0.9291 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337199 6 0.3807 0.1989 0.000 0.000 0.004 0.368 0.000 0.628
#> GSM337200 6 0.4621 0.6211 0.000 0.004 0.008 0.120 0.144 0.724
#> GSM337201 4 0.2981 0.6567 0.000 0.000 0.000 0.820 0.020 0.160
#> GSM337202 6 0.1925 0.6290 0.000 0.008 0.004 0.060 0.008 0.920
#> GSM337203 5 0.2632 0.6058 0.000 0.000 0.164 0.000 0.832 0.004
#> GSM337204 6 0.4596 0.6014 0.000 0.004 0.004 0.168 0.108 0.716
#> GSM337205 5 0.3011 0.6063 0.000 0.000 0.192 0.004 0.800 0.004
#> GSM337206 4 0.6064 0.1502 0.000 0.000 0.004 0.432 0.224 0.340
#> GSM337207 4 0.3606 0.6318 0.000 0.172 0.024 0.788 0.000 0.016
#> GSM337208 2 0.0909 0.9156 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM337209 4 0.4232 0.4211 0.000 0.000 0.012 0.640 0.012 0.336
#> GSM337210 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0458 0.9257 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.5979 0.1015 0.000 0.000 0.000 0.416 0.232 0.352
#> GSM337213 2 0.5983 -0.0546 0.000 0.464 0.024 0.388 0.000 0.124
#> GSM337214 4 0.3490 0.5239 0.000 0.000 0.000 0.724 0.008 0.268
#> GSM337215 6 0.2455 0.6182 0.000 0.004 0.000 0.112 0.012 0.872
#> GSM337216 5 0.5339 0.4890 0.000 0.136 0.268 0.000 0.592 0.004
#> GSM337217 5 0.5172 0.4609 0.000 0.056 0.020 0.000 0.572 0.352
#> GSM337218 4 0.5750 0.2169 0.000 0.000 0.000 0.448 0.380 0.172
#> GSM337219 5 0.5532 0.5871 0.000 0.136 0.120 0.000 0.668 0.076
#> GSM337220 4 0.4007 0.6028 0.000 0.192 0.028 0.756 0.000 0.024
#> GSM337221 6 0.7341 0.3771 0.000 0.000 0.156 0.196 0.236 0.412
#> GSM337222 4 0.0146 0.7254 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337223 6 0.7394 0.1308 0.000 0.000 0.320 0.172 0.156 0.352
#> GSM337224 6 0.2312 0.6183 0.000 0.000 0.000 0.112 0.012 0.876
#> GSM337225 2 0.1757 0.8749 0.000 0.916 0.008 0.000 0.000 0.076
#> GSM337226 6 0.2973 0.5350 0.000 0.000 0.004 0.024 0.136 0.836
#> GSM337227 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.1138 0.7207 0.000 0.012 0.024 0.960 0.000 0.004
#> GSM337230 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.6358 0.1408 0.000 0.392 0.028 0.404 0.000 0.176
#> GSM337233 6 0.4671 0.5605 0.000 0.000 0.000 0.068 0.304 0.628
#> GSM337234 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 6 0.2314 0.5892 0.000 0.012 0.008 0.008 0.072 0.900
#> GSM337236 2 0.6590 0.2689 0.000 0.516 0.220 0.192 0.000 0.072
#> GSM337237 4 0.2890 0.6682 0.000 0.128 0.024 0.844 0.000 0.004
#> GSM337238 4 0.2277 0.7053 0.000 0.000 0.000 0.892 0.076 0.032
#> GSM337239 3 0.2706 0.7123 0.000 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> GSM337240 5 0.2609 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.000 0.868 0.096
#> GSM337241 4 0.1003 0.7218 0.000 0.004 0.028 0.964 0.000 0.004
#> GSM337242 5 0.3876 0.5785 0.000 0.000 0.120 0.000 0.772 0.108
#> GSM337243 5 0.5610 0.5227 0.000 0.060 0.032 0.120 0.696 0.092
#> GSM337244 4 0.5054 0.5134 0.000 0.000 0.004 0.640 0.232 0.124
#> GSM337245 2 0.1829 0.8735 0.000 0.920 0.024 0.056 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.0622 0.7251 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337247 5 0.4091 0.6222 0.000 0.016 0.216 0.000 0.736 0.032
#> GSM337248 5 0.1531 0.6271 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> GSM337249 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.4721 0.3575 0.000 0.000 0.000 0.212 0.672 0.116
#> GSM337251 4 0.0405 0.7249 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM337252 4 0.0405 0.7262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337253 2 0.0713 0.9144 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM337254 2 0.0260 0.9291 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0458 0.9257 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0405 0.7262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337258 2 0.0547 0.9213 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.1059 0.7244 0.000 0.004 0.016 0.964 0.000 0.016
#> GSM337261 3 0.3911 0.5617 0.000 0.256 0.712 0.000 0.032 0.000
#> GSM337262 5 0.2672 0.6336 0.000 0.000 0.052 0.000 0.868 0.080
#> GSM337263 6 0.5437 0.5321 0.000 0.024 0.000 0.176 0.160 0.640
#> GSM337264 6 0.4983 -0.0846 0.000 0.460 0.008 0.000 0.048 0.484
#> GSM337265 3 0.3618 0.6776 0.000 0.000 0.768 0.000 0.040 0.192
#> GSM337266 3 0.2793 0.7489 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM337267 4 0.5460 0.3713 0.000 0.000 0.004 0.524 0.116 0.356
#> GSM337268 6 0.4423 0.5284 0.000 0.000 0.020 0.016 0.320 0.644
#> GSM337269 4 0.5278 0.4780 0.000 0.000 0.000 0.604 0.204 0.192
#> GSM337270 3 0.3608 0.7292 0.000 0.000 0.736 0.012 0.248 0.004
#> GSM337271 3 0.3023 0.7466 0.000 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004
#> GSM337272 4 0.3852 0.3824 0.000 0.000 0.004 0.612 0.000 0.384
#> GSM337273 3 0.6237 0.6124 0.000 0.000 0.592 0.104 0.164 0.140
#> GSM337274 4 0.2826 0.6679 0.000 0.128 0.028 0.844 0.000 0.000
#> GSM337275 6 0.3966 -0.2332 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444 0.552
#> GSM337276 3 0.3344 0.6687 0.000 0.152 0.804 0.000 0.044 0.000
#> GSM337277 6 0.5213 0.4056 0.000 0.000 0.140 0.024 0.168 0.668
#> GSM337278 5 0.4792 0.1728 0.000 0.000 0.020 0.044 0.644 0.292
#> GSM337279 5 0.2781 0.5949 0.000 0.000 0.024 0.008 0.860 0.108
#> GSM337280 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 5 0.7146 0.3017 0.000 0.052 0.024 0.264 0.452 0.208
#> GSM337282 5 0.3699 0.5351 0.000 0.000 0.004 0.000 0.660 0.336
#> GSM337283 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.3986 0.6067 0.000 0.000 0.664 0.000 0.316 0.020
#> GSM337285 3 0.2994 0.7470 0.000 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> GSM337286 5 0.3998 0.3087 0.000 0.000 0.340 0.000 0.644 0.016
#> GSM337287 3 0.2762 0.7480 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM337288 5 0.3790 0.6452 0.000 0.000 0.116 0.000 0.780 0.104
#> GSM337289 5 0.3797 0.1101 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM337290 4 0.5111 0.4987 0.000 0.000 0.000 0.624 0.224 0.152
#> GSM337291 5 0.4855 0.4692 0.000 0.316 0.060 0.000 0.616 0.008
#> GSM337292 2 0.0632 0.9211 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM337293 5 0.3937 0.4216 0.000 0.000 0.004 0.000 0.572 0.424
#> GSM337294 5 0.3933 0.6222 0.000 0.008 0.220 0.000 0.740 0.032
#> GSM337295 6 0.2380 0.5986 0.000 0.000 0.004 0.036 0.068 0.892
#> GSM337296 6 0.6972 0.4194 0.000 0.000 0.104 0.168 0.276 0.452
#> GSM337297 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.1364 0.8983 0.000 0.944 0.048 0.000 0.004 0.004
#> GSM337299 6 0.4871 0.5548 0.000 0.000 0.004 0.072 0.308 0.616
#> GSM337300 5 0.3892 0.6207 0.000 0.000 0.212 0.000 0.740 0.048
#> GSM337301 5 0.5160 0.3486 0.000 0.000 0.052 0.020 0.560 0.368
#> GSM337302 4 0.2961 0.6790 0.000 0.000 0.008 0.840 0.132 0.020
#> GSM337303 2 0.1349 0.8942 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> GSM337304 2 0.3468 0.6137 0.000 0.728 0.008 0.000 0.000 0.264
#> GSM337305 3 0.4839 0.6367 0.000 0.000 0.624 0.004 0.300 0.072
#> GSM337306 5 0.3892 0.6154 0.000 0.000 0.048 0.000 0.740 0.212
#> GSM337307 3 0.3924 0.6523 0.000 0.000 0.740 0.000 0.052 0.208
#> GSM337308 5 0.2060 0.6155 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900 0.084
#> GSM337309 2 0.0260 0.9285 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.9314 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0405 0.7262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337312 3 0.4939 0.5169 0.000 0.276 0.648 0.000 0.036 0.040
#> GSM337313 5 0.3720 0.6187 0.000 0.000 0.236 0.000 0.736 0.028
#> GSM337314 3 0.4317 0.6947 0.000 0.000 0.688 0.000 0.252 0.060
#> GSM337315 1 0.0603 0.9711 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM337316 3 0.3802 0.6760 0.000 0.048 0.804 0.000 0.032 0.116
#> GSM337317 5 0.5466 0.5250 0.000 0.236 0.056 0.000 0.636 0.072
#> GSM337318 6 0.5699 0.5765 0.000 0.000 0.076 0.080 0.216 0.628
#> GSM337319 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0291 0.9797 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337324 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.2208 0.9163 0.908 0.000 0.032 0.004 0.004 0.052
#> GSM337328 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2614 0.8960 0.884 0.000 0.052 0.004 0.004 0.056
#> GSM337335 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0458 0.9734 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.2614 0.8960 0.884 0.000 0.052 0.004 0.004 0.056
#> GSM337338 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.1074 0.9596 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> GSM337340 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.5363 0.5507 0.648 0.000 0.052 0.240 0.004 0.056
#> GSM337344 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.1116 0.9569 0.960 0.000 0.008 0.004 0.000 0.028
#> GSM337351 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.2551 0.8994 0.888 0.000 0.052 0.004 0.004 0.052
#> GSM337360 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.2551 0.8994 0.888 0.000 0.052 0.004 0.004 0.052
#> GSM337362 1 0.0146 0.9802 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1708 0.9385 0.932 0.000 0.024 0.004 0.000 0.040
#> GSM337369 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0146 0.9812 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0520 0.9754 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM337376 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:skmeans 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> SD:skmeans 163 1.25e-11 5.45e-33 3
#> SD:skmeans 172 6.37e-15 1.74e-38 4
#> SD:skmeans 152 2.14e-15 1.07e-35 5
#> SD:skmeans 152 2.32e-15 2.80e-34 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.636 0.512 0.783 0.4941 0.777 0.596
#> 4 4 0.679 0.585 0.762 0.1054 0.865 0.626
#> 5 5 0.780 0.722 0.836 0.0493 0.904 0.669
#> 6 6 0.827 0.742 0.856 0.0329 0.934 0.730
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.3584 0.927 0.068 0.932
#> GSM337288 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0376 0.995 0.004 0.996
#> GSM337313 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.3114 0.941 0.944 0.056
#> GSM337344 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.3752 0.4051 0.000 0.856 0.144
#> GSM337198 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337199 2 0.0424 0.5301 0.000 0.992 0.008
#> GSM337200 2 0.6274 0.1586 0.000 0.544 0.456
#> GSM337201 2 0.0000 0.5317 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.2625 0.4730 0.000 0.916 0.084
#> GSM337203 3 0.6280 -0.0949 0.000 0.460 0.540
#> GSM337204 2 0.4974 0.2895 0.000 0.764 0.236
#> GSM337205 2 0.5968 0.3846 0.000 0.636 0.364
#> GSM337206 2 0.3482 0.5032 0.000 0.872 0.128
#> GSM337207 2 0.6274 -0.1062 0.000 0.544 0.456
#> GSM337208 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337209 2 0.5058 0.2383 0.000 0.756 0.244
#> GSM337210 3 0.5968 0.3886 0.000 0.364 0.636
#> GSM337211 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337212 2 0.4178 0.4935 0.000 0.828 0.172
#> GSM337213 3 0.5968 0.3886 0.000 0.364 0.636
#> GSM337214 2 0.0237 0.5311 0.000 0.996 0.004
#> GSM337215 2 0.4399 0.3520 0.000 0.812 0.188
#> GSM337216 3 0.0424 0.3930 0.000 0.008 0.992
#> GSM337217 3 0.4062 0.3956 0.000 0.164 0.836
#> GSM337218 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337219 3 0.4291 0.2086 0.000 0.180 0.820
#> GSM337220 2 0.4974 0.2777 0.000 0.764 0.236
#> GSM337221 2 0.6235 0.1215 0.000 0.564 0.436
#> GSM337222 2 0.0237 0.5311 0.000 0.996 0.004
#> GSM337223 2 0.5905 0.1653 0.000 0.648 0.352
#> GSM337224 2 0.4346 0.4813 0.000 0.816 0.184
#> GSM337225 2 0.6280 -0.1138 0.000 0.540 0.460
#> GSM337226 2 0.2625 0.4817 0.000 0.916 0.084
#> GSM337227 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337228 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337229 2 0.4399 0.3455 0.000 0.812 0.188
#> GSM337230 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337231 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337232 2 0.6274 -0.1062 0.000 0.544 0.456
#> GSM337233 2 0.5905 0.3941 0.000 0.648 0.352
#> GSM337234 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337235 2 0.6274 0.1677 0.000 0.544 0.456
#> GSM337236 3 0.5859 0.3988 0.000 0.344 0.656
#> GSM337237 2 0.5254 0.2353 0.000 0.736 0.264
#> GSM337238 2 0.0000 0.5317 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.5098 0.1909 0.000 0.248 0.752
#> GSM337240 2 0.5968 0.3846 0.000 0.636 0.364
#> GSM337241 2 0.5706 0.1134 0.000 0.680 0.320
#> GSM337242 3 0.6280 -0.0950 0.000 0.460 0.540
#> GSM337243 2 0.6252 0.2190 0.000 0.556 0.444
#> GSM337244 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337245 3 0.5968 0.3886 0.000 0.364 0.636
#> GSM337246 2 0.2625 0.4700 0.000 0.916 0.084
#> GSM337247 3 0.5678 0.0361 0.000 0.316 0.684
#> GSM337248 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337249 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337250 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337251 2 0.3619 0.4153 0.000 0.864 0.136
#> GSM337252 2 0.0424 0.5298 0.000 0.992 0.008
#> GSM337253 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337254 3 0.3267 0.4172 0.000 0.116 0.884
#> GSM337255 3 0.5859 0.3994 0.000 0.344 0.656
#> GSM337256 3 0.5363 0.4046 0.000 0.276 0.724
#> GSM337257 2 0.0424 0.5298 0.000 0.992 0.008
#> GSM337258 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337259 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337260 2 0.6267 -0.1010 0.000 0.548 0.452
#> GSM337261 3 0.0237 0.3947 0.000 0.004 0.996
#> GSM337262 2 0.6079 0.3594 0.000 0.612 0.388
#> GSM337263 2 0.4931 0.3907 0.000 0.768 0.232
#> GSM337264 3 0.5560 0.2274 0.000 0.300 0.700
#> GSM337265 3 0.6215 0.0957 0.000 0.428 0.572
#> GSM337266 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337267 2 0.3686 0.5040 0.000 0.860 0.140
#> GSM337268 3 0.6302 -0.2139 0.000 0.480 0.520
#> GSM337269 2 0.0424 0.5319 0.000 0.992 0.008
#> GSM337270 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337271 3 0.5882 0.0520 0.000 0.348 0.652
#> GSM337272 2 0.0592 0.5281 0.000 0.988 0.012
#> GSM337273 3 0.5882 0.0151 0.000 0.348 0.652
#> GSM337274 3 0.6274 0.2709 0.000 0.456 0.544
#> GSM337275 2 0.6309 0.2576 0.000 0.504 0.496
#> GSM337276 3 0.1289 0.3988 0.000 0.032 0.968
#> GSM337277 2 0.6026 0.3358 0.000 0.624 0.376
#> GSM337278 2 0.6111 0.3481 0.000 0.604 0.396
#> GSM337279 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337280 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337281 2 0.5529 0.3924 0.000 0.704 0.296
#> GSM337282 3 0.6111 -0.1078 0.000 0.396 0.604
#> GSM337283 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.5835 0.0617 0.000 0.340 0.660
#> GSM337285 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337286 3 0.6280 -0.0945 0.000 0.460 0.540
#> GSM337287 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337288 2 0.6274 0.2981 0.000 0.544 0.456
#> GSM337289 3 0.6280 -0.0945 0.000 0.460 0.540
#> GSM337290 2 0.5529 0.4275 0.000 0.704 0.296
#> GSM337291 3 0.0424 0.3930 0.000 0.008 0.992
#> GSM337292 3 0.0000 0.3960 0.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.5948 0.3933 0.000 0.640 0.360
#> GSM337294 3 0.3752 0.2921 0.000 0.144 0.856
#> GSM337295 2 0.3551 0.4956 0.000 0.868 0.132
#> GSM337296 3 0.6308 -0.1237 0.000 0.492 0.508
#> GSM337297 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337298 3 0.3340 0.4173 0.000 0.120 0.880
#> GSM337299 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337300 3 0.4974 0.2021 0.000 0.236 0.764
#> GSM337301 3 0.6309 -0.2743 0.000 0.500 0.500
#> GSM337302 2 0.0424 0.5319 0.000 0.992 0.008
#> GSM337303 3 0.0237 0.3947 0.000 0.004 0.996
#> GSM337304 2 0.6274 -0.1062 0.000 0.544 0.456
#> GSM337305 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337306 2 0.5926 0.3921 0.000 0.644 0.356
#> GSM337307 3 0.6026 0.1688 0.000 0.376 0.624
#> GSM337308 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337309 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337310 3 0.5926 0.3974 0.000 0.356 0.644
#> GSM337311 2 0.0424 0.5298 0.000 0.992 0.008
#> GSM337312 3 0.3340 0.4173 0.000 0.120 0.880
#> GSM337313 3 0.6045 -0.0731 0.000 0.380 0.620
#> GSM337314 3 0.6274 -0.0865 0.000 0.456 0.544
#> GSM337315 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.3412 0.4167 0.000 0.124 0.876
#> GSM337317 3 0.5591 0.2179 0.000 0.304 0.696
#> GSM337318 2 0.6235 0.2809 0.000 0.564 0.436
#> GSM337319 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.6816 0.1362 0.516 0.472 0.012
#> GSM337344 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.6063 0.44616 0.000 0.124 0.196 0.680
#> GSM337198 2 0.3764 0.75275 0.000 0.816 0.012 0.172
#> GSM337199 4 0.4008 0.47621 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM337200 4 0.7704 0.05563 0.000 0.336 0.232 0.432
#> GSM337201 4 0.0592 0.55672 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM337202 4 0.7490 0.22778 0.000 0.220 0.284 0.496
#> GSM337203 3 0.4053 0.45777 0.000 0.004 0.768 0.228
#> GSM337204 4 0.5482 0.18577 0.000 0.368 0.024 0.608
#> GSM337205 3 0.3942 0.45493 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM337206 4 0.2704 0.50801 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM337207 4 0.4679 0.21347 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM337208 2 0.3610 0.74968 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM337209 4 0.7426 0.08117 0.000 0.264 0.224 0.512
#> GSM337210 2 0.3610 0.74725 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM337211 2 0.4054 0.75274 0.000 0.796 0.016 0.188
#> GSM337212 4 0.4406 0.42249 0.000 0.028 0.192 0.780
#> GSM337213 2 0.4761 0.51070 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM337214 4 0.0707 0.55607 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337215 4 0.5781 0.44596 0.000 0.072 0.252 0.676
#> GSM337216 3 0.4972 -0.12574 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM337217 3 0.7565 0.00158 0.000 0.312 0.472 0.216
#> GSM337218 4 0.4830 0.09726 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM337219 2 0.6407 0.26638 0.000 0.520 0.412 0.068
#> GSM337220 4 0.4372 0.40308 0.000 0.268 0.004 0.728
#> GSM337221 3 0.7410 0.45150 0.000 0.184 0.488 0.328
#> GSM337222 4 0.0707 0.55587 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337223 3 0.7884 0.32905 0.000 0.356 0.360 0.284
#> GSM337224 4 0.6552 0.43344 0.000 0.144 0.228 0.628
#> GSM337225 2 0.4898 0.40368 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM337226 3 0.6077 -0.16506 0.000 0.044 0.496 0.460
#> GSM337227 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337228 2 0.4267 0.75023 0.000 0.788 0.024 0.188
#> GSM337229 4 0.3751 0.50060 0.000 0.196 0.004 0.800
#> GSM337230 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337231 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337232 4 0.4661 0.22290 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM337233 4 0.5036 0.27918 0.000 0.024 0.280 0.696
#> GSM337234 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337235 4 0.7885 0.07129 0.000 0.288 0.340 0.372
#> GSM337236 2 0.6429 0.62004 0.000 0.644 0.144 0.212
#> GSM337237 4 0.3649 0.49094 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM337238 4 0.2530 0.51937 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM337239 2 0.5993 0.08403 0.000 0.628 0.308 0.064
#> GSM337240 3 0.5147 0.10272 0.000 0.004 0.536 0.460
#> GSM337241 4 0.7609 0.19478 0.000 0.224 0.312 0.464
#> GSM337242 3 0.5596 0.42259 0.000 0.036 0.632 0.332
#> GSM337243 4 0.7222 0.16645 0.000 0.172 0.300 0.528
#> GSM337244 4 0.4225 0.42297 0.000 0.024 0.184 0.792
#> GSM337245 2 0.3688 0.74410 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM337246 4 0.4040 0.34431 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM337247 3 0.6374 0.06744 0.000 0.372 0.556 0.072
#> GSM337248 3 0.5105 0.10935 0.000 0.004 0.564 0.432
#> GSM337249 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337250 4 0.4677 0.25585 0.000 0.004 0.316 0.680
#> GSM337251 4 0.2214 0.56257 0.000 0.044 0.028 0.928
#> GSM337252 4 0.0524 0.55932 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM337253 2 0.4499 0.72491 0.000 0.804 0.072 0.124
#> GSM337254 2 0.4590 0.73524 0.000 0.792 0.060 0.148
#> GSM337255 2 0.3486 0.75345 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337256 2 0.3668 0.75374 0.000 0.808 0.004 0.188
#> GSM337257 4 0.1256 0.56384 0.000 0.028 0.008 0.964
#> GSM337258 2 0.3569 0.75128 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM337259 2 0.3610 0.74725 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM337260 4 0.4304 0.36482 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM337261 2 0.4605 0.19902 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM337262 3 0.5599 0.41911 0.000 0.072 0.700 0.228
#> GSM337263 4 0.4630 0.46367 0.000 0.196 0.036 0.768
#> GSM337264 2 0.7660 -0.04488 0.000 0.452 0.316 0.232
#> GSM337265 3 0.5673 0.33883 0.000 0.372 0.596 0.032
#> GSM337266 3 0.7410 0.45150 0.000 0.184 0.488 0.328
#> GSM337267 4 0.3172 0.51761 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM337268 4 0.6140 0.23719 0.000 0.064 0.340 0.596
#> GSM337269 4 0.2704 0.50801 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM337270 3 0.7459 0.44920 0.000 0.188 0.476 0.336
#> GSM337271 3 0.7613 0.45671 0.000 0.288 0.472 0.240
#> GSM337272 4 0.4290 0.49077 0.000 0.016 0.212 0.772
#> GSM337273 3 0.6886 0.42769 0.000 0.200 0.596 0.204
#> GSM337274 4 0.7836 -0.03423 0.000 0.328 0.272 0.400
#> GSM337275 3 0.5846 -0.15414 0.000 0.032 0.516 0.452
#> GSM337276 2 0.5217 0.06510 0.000 0.608 0.380 0.012
#> GSM337277 4 0.7386 0.12192 0.000 0.184 0.320 0.496
#> GSM337278 4 0.6336 -0.19081 0.000 0.060 0.460 0.480
#> GSM337279 3 0.4898 0.28718 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM337280 2 0.4590 0.73435 0.000 0.792 0.060 0.148
#> GSM337281 4 0.6078 0.46717 0.000 0.164 0.152 0.684
#> GSM337282 3 0.6452 0.10949 0.000 0.116 0.624 0.260
#> GSM337283 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.5106 0.44869 0.000 0.240 0.720 0.040
#> GSM337285 3 0.7410 0.45150 0.000 0.184 0.488 0.328
#> GSM337286 3 0.7421 0.45063 0.000 0.184 0.484 0.332
#> GSM337287 3 0.7857 0.38711 0.000 0.280 0.392 0.328
#> GSM337288 3 0.2996 0.44201 0.000 0.064 0.892 0.044
#> GSM337289 3 0.7359 0.45901 0.000 0.184 0.504 0.312
#> GSM337290 4 0.3801 0.41143 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM337291 2 0.4978 0.39741 0.000 0.612 0.384 0.004
#> GSM337292 2 0.4008 0.57039 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM337293 3 0.4761 0.06730 0.000 0.004 0.664 0.332
#> GSM337294 3 0.5745 0.24475 0.000 0.288 0.656 0.056
#> GSM337295 3 0.6332 -0.17837 0.000 0.060 0.488 0.452
#> GSM337296 3 0.7451 0.44228 0.000 0.184 0.472 0.344
#> GSM337297 2 0.3610 0.74725 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM337298 2 0.2868 0.50554 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337299 4 0.4535 0.30344 0.000 0.004 0.292 0.704
#> GSM337300 3 0.4375 0.38370 0.000 0.180 0.788 0.032
#> GSM337301 4 0.6252 0.16965 0.000 0.056 0.432 0.512
#> GSM337302 4 0.2888 0.50807 0.000 0.004 0.124 0.872
#> GSM337303 2 0.3356 0.54456 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM337304 4 0.7098 0.30059 0.000 0.244 0.192 0.564
#> GSM337305 3 0.7451 0.44228 0.000 0.184 0.472 0.344
#> GSM337306 3 0.3402 0.33411 0.000 0.004 0.832 0.164
#> GSM337307 3 0.4770 0.41225 0.000 0.288 0.700 0.012
#> GSM337308 3 0.6478 0.34998 0.000 0.088 0.576 0.336
#> GSM337309 2 0.3610 0.74952 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM337310 2 0.3937 0.75351 0.000 0.800 0.012 0.188
#> GSM337311 4 0.0817 0.55973 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM337312 2 0.2921 0.49871 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM337313 3 0.4259 0.43211 0.000 0.128 0.816 0.056
#> GSM337314 3 0.6785 0.46723 0.000 0.184 0.608 0.208
#> GSM337315 1 0.6771 0.52533 0.672 0.184 0.108 0.036
#> GSM337316 2 0.5161 0.07014 0.000 0.592 0.400 0.008
#> GSM337317 2 0.6887 0.38646 0.000 0.560 0.308 0.132
#> GSM337318 3 0.7553 0.39707 0.000 0.200 0.456 0.344
#> GSM337319 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.9855 -0.41852 0.300 0.184 0.296 0.220
#> GSM337344 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.98239 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.3443 0.6494 0.000 0.036 0.064 0.860 0.040
#> GSM337198 2 0.0000 0.8768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.2304 0.6605 0.000 0.004 0.020 0.908 0.068
#> GSM337200 4 0.6448 0.2779 0.000 0.392 0.036 0.492 0.080
#> GSM337201 4 0.3197 0.6653 0.000 0.004 0.152 0.832 0.012
#> GSM337202 4 0.6283 0.4738 0.000 0.148 0.272 0.568 0.012
#> GSM337203 5 0.2424 0.6704 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM337204 2 0.6666 -0.0455 0.000 0.464 0.056 0.408 0.072
#> GSM337205 5 0.2903 0.6828 0.000 0.000 0.080 0.048 0.872
#> GSM337206 4 0.4350 0.5503 0.000 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM337207 4 0.3452 0.6056 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM337208 2 0.0963 0.8660 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM337209 3 0.5370 0.5451 0.000 0.120 0.720 0.128 0.032
#> GSM337210 2 0.1544 0.8433 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM337211 2 0.0290 0.8752 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337212 4 0.5461 0.5500 0.000 0.004 0.388 0.552 0.056
#> GSM337213 2 0.3966 0.4231 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM337214 4 0.3511 0.6577 0.000 0.004 0.184 0.800 0.012
#> GSM337215 4 0.2616 0.6490 0.000 0.036 0.000 0.888 0.076
#> GSM337216 5 0.3750 0.6301 0.000 0.232 0.012 0.000 0.756
#> GSM337217 4 0.5079 0.5760 0.000 0.136 0.000 0.700 0.164
#> GSM337218 4 0.5414 0.5151 0.000 0.000 0.412 0.528 0.060
#> GSM337219 5 0.3928 0.5696 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> GSM337220 4 0.4300 0.1185 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM337221 3 0.0771 0.6339 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337222 4 0.3575 0.6636 0.000 0.000 0.120 0.824 0.056
#> GSM337223 3 0.7473 0.4569 0.000 0.112 0.516 0.144 0.228
#> GSM337224 4 0.3612 0.6355 0.000 0.100 0.004 0.832 0.064
#> GSM337225 2 0.3752 0.4702 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM337226 4 0.3427 0.5988 0.000 0.012 0.000 0.796 0.192
#> GSM337227 2 0.0000 0.8768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0290 0.8752 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337229 4 0.3488 0.6547 0.000 0.168 0.024 0.808 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.8768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0162 0.8767 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337232 4 0.3636 0.5779 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM337233 4 0.6015 0.5093 0.000 0.000 0.360 0.516 0.124
#> GSM337234 2 0.0404 0.8751 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337235 4 0.6036 0.3154 0.000 0.340 0.004 0.540 0.116
#> GSM337236 2 0.3152 0.8015 0.000 0.876 0.052 0.028 0.044
#> GSM337237 4 0.3177 0.6333 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM337238 4 0.4350 0.5503 0.000 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM337239 3 0.6156 0.4336 0.000 0.216 0.560 0.000 0.224
#> GSM337240 5 0.4845 0.5620 0.000 0.000 0.148 0.128 0.724
#> GSM337241 3 0.5737 0.3545 0.000 0.112 0.628 0.252 0.008
#> GSM337242 3 0.5329 0.2429 0.000 0.000 0.516 0.052 0.432
#> GSM337243 5 0.5827 0.6314 0.000 0.072 0.176 0.068 0.684
#> GSM337244 4 0.4565 0.5478 0.000 0.000 0.408 0.580 0.012
#> GSM337245 2 0.1965 0.8291 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM337246 4 0.4415 0.4710 0.000 0.000 0.444 0.552 0.004
#> GSM337247 5 0.1408 0.7262 0.000 0.044 0.008 0.000 0.948
#> GSM337248 5 0.2563 0.6954 0.000 0.000 0.120 0.008 0.872
#> GSM337249 2 0.0000 0.8768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 3 0.6673 -0.3720 0.000 0.000 0.388 0.380 0.232
#> GSM337251 4 0.2677 0.6727 0.000 0.016 0.112 0.872 0.000
#> GSM337252 4 0.3078 0.6678 0.000 0.004 0.132 0.848 0.016
#> GSM337253 2 0.2424 0.7743 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM337254 2 0.0510 0.8712 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337255 2 0.0000 0.8768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0162 0.8763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337257 4 0.2962 0.6727 0.000 0.016 0.096 0.872 0.016
#> GSM337258 2 0.0880 0.8671 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM337259 2 0.0404 0.8748 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337260 4 0.2773 0.6464 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM337261 2 0.5178 -0.0380 0.000 0.484 0.476 0.000 0.040
#> GSM337262 5 0.3305 0.6095 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM337263 4 0.6898 0.4555 0.000 0.268 0.284 0.440 0.008
#> GSM337264 4 0.4855 0.5876 0.000 0.168 0.000 0.720 0.112
#> GSM337265 3 0.6206 0.4799 0.000 0.020 0.604 0.140 0.236
#> GSM337266 3 0.1041 0.6409 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM337267 4 0.4630 0.5557 0.000 0.000 0.396 0.588 0.016
#> GSM337268 4 0.5370 0.5809 0.000 0.024 0.040 0.640 0.296
#> GSM337269 4 0.4613 0.5495 0.000 0.008 0.408 0.580 0.004
#> GSM337270 3 0.4276 0.5749 0.000 0.000 0.716 0.028 0.256
#> GSM337271 3 0.4766 0.5439 0.000 0.016 0.688 0.024 0.272
#> GSM337272 4 0.1704 0.6564 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> GSM337273 3 0.6215 0.4367 0.000 0.020 0.612 0.200 0.168
#> GSM337274 4 0.7421 0.3722 0.000 0.280 0.068 0.480 0.172
#> GSM337275 4 0.3730 0.5047 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM337276 3 0.6307 0.4374 0.000 0.204 0.592 0.016 0.188
#> GSM337277 4 0.5254 0.3696 0.000 0.000 0.272 0.644 0.084
#> GSM337278 3 0.5394 0.3056 0.000 0.000 0.660 0.132 0.208
#> GSM337279 5 0.6383 0.0365 0.000 0.000 0.184 0.328 0.488
#> GSM337280 2 0.0703 0.8680 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337281 4 0.3471 0.6592 0.000 0.072 0.000 0.836 0.092
#> GSM337282 4 0.5164 0.1728 0.000 0.020 0.012 0.520 0.448
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.5329 0.4563 0.000 0.000 0.596 0.068 0.336
#> GSM337285 3 0.0794 0.6418 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337286 3 0.4276 0.5810 0.000 0.000 0.724 0.032 0.244
#> GSM337287 3 0.0865 0.6418 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM337288 5 0.2569 0.7090 0.000 0.004 0.032 0.068 0.896
#> GSM337289 3 0.2304 0.6372 0.000 0.000 0.892 0.008 0.100
#> GSM337290 4 0.4825 0.5429 0.000 0.000 0.408 0.568 0.024
#> GSM337291 5 0.4101 0.4384 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM337292 2 0.2929 0.7224 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM337293 5 0.3053 0.6612 0.000 0.000 0.008 0.164 0.828
#> GSM337294 5 0.2069 0.7224 0.000 0.076 0.012 0.000 0.912
#> GSM337295 4 0.3812 0.5932 0.000 0.020 0.004 0.780 0.196
#> GSM337296 3 0.1408 0.6193 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337297 2 0.0703 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337298 2 0.1628 0.8404 0.000 0.936 0.056 0.000 0.008
#> GSM337299 4 0.5996 0.5004 0.000 0.000 0.388 0.496 0.116
#> GSM337300 5 0.0912 0.7170 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> GSM337301 4 0.3944 0.6295 0.000 0.052 0.000 0.788 0.160
#> GSM337302 4 0.4455 0.5505 0.000 0.000 0.404 0.588 0.008
#> GSM337303 2 0.1043 0.8589 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM337304 4 0.5188 0.4024 0.000 0.328 0.000 0.612 0.060
#> GSM337305 3 0.2230 0.6319 0.000 0.000 0.912 0.044 0.044
#> GSM337306 5 0.2873 0.6813 0.000 0.000 0.020 0.120 0.860
#> GSM337307 3 0.6470 0.4587 0.000 0.032 0.584 0.136 0.248
#> GSM337308 5 0.4394 0.5556 0.000 0.004 0.228 0.036 0.732
#> GSM337309 2 0.0794 0.8679 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337310 2 0.0162 0.8763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337311 4 0.2806 0.6666 0.000 0.004 0.152 0.844 0.000
#> GSM337312 2 0.4620 0.4067 0.000 0.652 0.320 0.000 0.028
#> GSM337313 5 0.0963 0.7171 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM337314 3 0.2997 0.6229 0.000 0.000 0.840 0.012 0.148
#> GSM337315 3 0.4249 0.2436 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.7034 0.3757 0.000 0.284 0.532 0.088 0.096
#> GSM337317 5 0.4655 0.4840 0.000 0.328 0.000 0.028 0.644
#> GSM337318 3 0.1670 0.6223 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.5430 0.4079 0.296 0.000 0.628 0.068 0.008
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.2571 0.6241 0.000 0.000 0.060 0.876 0.000 0.064
#> GSM337198 2 0.0363 0.8534 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.3691 0.6576 0.000 0.000 0.204 0.764 0.012 0.020
#> GSM337200 4 0.6221 0.4499 0.000 0.328 0.040 0.536 0.064 0.032
#> GSM337201 4 0.2730 0.5891 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM337202 6 0.4614 0.5935 0.000 0.020 0.108 0.128 0.004 0.740
#> GSM337203 5 0.2176 0.7709 0.000 0.000 0.080 0.000 0.896 0.024
#> GSM337204 4 0.5225 0.1454 0.000 0.416 0.004 0.520 0.036 0.024
#> GSM337205 5 0.2398 0.7731 0.000 0.000 0.080 0.028 0.888 0.004
#> GSM337206 6 0.0146 0.7469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337207 4 0.2454 0.6437 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.1814 0.8206 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM337209 3 0.7498 0.3222 0.000 0.044 0.388 0.216 0.048 0.304
#> GSM337210 2 0.3244 0.6025 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.8532 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337212 6 0.3617 0.5919 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020 0.736
#> GSM337213 4 0.3995 -0.0723 0.000 0.480 0.000 0.516 0.000 0.004
#> GSM337214 4 0.2697 0.5840 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337215 4 0.3657 0.6588 0.000 0.012 0.204 0.768 0.012 0.004
#> GSM337216 5 0.2631 0.7493 0.000 0.152 0.008 0.000 0.840 0.000
#> GSM337217 4 0.6739 0.5387 0.000 0.136 0.176 0.528 0.160 0.000
#> GSM337218 6 0.1524 0.7371 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008 0.932
#> GSM337219 5 0.2513 0.7631 0.000 0.140 0.008 0.000 0.852 0.000
#> GSM337220 4 0.4533 0.4602 0.000 0.284 0.000 0.652 0.000 0.064
#> GSM337221 3 0.4172 0.4520 0.000 0.000 0.564 0.004 0.008 0.424
#> GSM337222 4 0.4270 0.4228 0.000 0.000 0.008 0.660 0.024 0.308
#> GSM337223 3 0.6492 0.5990 0.000 0.072 0.624 0.148 0.088 0.068
#> GSM337224 4 0.6026 0.5997 0.000 0.224 0.176 0.572 0.012 0.016
#> GSM337225 2 0.3288 0.4945 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.6279 0.5290 0.000 0.040 0.204 0.552 0.200 0.004
#> GSM337227 2 0.0547 0.8539 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.8532 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.2383 0.6691 0.000 0.096 0.000 0.880 0.000 0.024
#> GSM337230 2 0.0000 0.8532 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0260 0.8542 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.2491 0.6409 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM337233 6 0.1873 0.7400 0.000 0.000 0.008 0.020 0.048 0.924
#> GSM337234 2 0.0713 0.8529 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM337235 2 0.7113 -0.3771 0.000 0.364 0.204 0.364 0.056 0.012
#> GSM337236 2 0.3833 0.7557 0.000 0.812 0.028 0.092 0.004 0.064
#> GSM337237 4 0.5195 0.4310 0.000 0.160 0.000 0.612 0.000 0.228
#> GSM337238 6 0.0000 0.7463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337239 3 0.4117 0.6168 0.000 0.056 0.716 0.000 0.228 0.000
#> GSM337240 5 0.5496 0.4228 0.000 0.000 0.016 0.140 0.608 0.236
#> GSM337241 6 0.2946 0.6802 0.000 0.012 0.004 0.160 0.000 0.824
#> GSM337242 6 0.2494 0.6933 0.000 0.000 0.016 0.000 0.120 0.864
#> GSM337243 5 0.2282 0.7799 0.000 0.024 0.000 0.000 0.888 0.088
#> GSM337244 6 0.0000 0.7463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.3563 0.5260 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM337246 6 0.1556 0.7260 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM337247 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 5 0.2218 0.7540 0.000 0.000 0.012 0.000 0.884 0.104
#> GSM337249 2 0.0790 0.8521 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM337250 6 0.5826 0.0200 0.000 0.000 0.000 0.376 0.188 0.436
#> GSM337251 4 0.1501 0.6502 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM337252 4 0.1910 0.6393 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337253 2 0.1863 0.7950 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM337254 2 0.0260 0.8522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM337255 2 0.0713 0.8533 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.8532 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0363 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337258 2 0.1863 0.8177 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.1501 0.8346 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0363 0.6714 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM337261 2 0.3991 0.0691 0.000 0.524 0.472 0.000 0.004 0.000
#> GSM337262 5 0.3695 0.5357 0.000 0.000 0.016 0.000 0.712 0.272
#> GSM337263 6 0.5315 0.4513 0.000 0.096 0.000 0.304 0.012 0.588
#> GSM337264 4 0.6397 0.5645 0.000 0.216 0.204 0.528 0.052 0.000
#> GSM337265 3 0.0725 0.6458 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM337266 3 0.3619 0.6700 0.000 0.000 0.744 0.000 0.024 0.232
#> GSM337267 6 0.1267 0.7377 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM337268 4 0.7043 0.4686 0.000 0.060 0.104 0.500 0.284 0.052
#> GSM337269 6 0.3076 0.5948 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM337270 3 0.5376 0.2815 0.000 0.000 0.480 0.000 0.112 0.408
#> GSM337271 3 0.3520 0.6866 0.000 0.000 0.820 0.016 0.108 0.056
#> GSM337272 4 0.3572 0.6597 0.000 0.008 0.204 0.772 0.008 0.008
#> GSM337273 6 0.3515 0.6689 0.000 0.008 0.116 0.012 0.040 0.824
#> GSM337274 6 0.7250 0.2095 0.000 0.140 0.064 0.328 0.036 0.432
#> GSM337275 4 0.5966 0.4626 0.000 0.012 0.204 0.520 0.264 0.000
#> GSM337276 3 0.3730 0.6104 0.000 0.168 0.772 0.000 0.060 0.000
#> GSM337277 3 0.5729 -0.3174 0.000 0.000 0.448 0.424 0.012 0.116
#> GSM337278 6 0.0146 0.7466 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337279 6 0.6653 0.4087 0.000 0.008 0.084 0.112 0.284 0.512
#> GSM337280 2 0.0713 0.8444 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM337281 4 0.0767 0.6740 0.000 0.012 0.004 0.976 0.008 0.000
#> GSM337282 4 0.6576 0.4769 0.000 0.056 0.208 0.496 0.240 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.1584 0.6597 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000
#> GSM337285 3 0.2994 0.6838 0.000 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM337286 3 0.5516 0.3827 0.000 0.000 0.516 0.008 0.108 0.368
#> GSM337287 3 0.3052 0.6811 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM337288 5 0.2948 0.7449 0.000 0.000 0.188 0.000 0.804 0.008
#> GSM337289 3 0.3865 0.6843 0.000 0.000 0.752 0.000 0.056 0.192
#> GSM337290 6 0.1411 0.7381 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.936
#> GSM337291 5 0.3371 0.6108 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> GSM337292 2 0.2597 0.7239 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM337293 5 0.3500 0.7082 0.000 0.000 0.204 0.028 0.768 0.000
#> GSM337294 5 0.1168 0.8026 0.000 0.028 0.016 0.000 0.956 0.000
#> GSM337295 4 0.6364 0.5228 0.000 0.056 0.204 0.540 0.200 0.000
#> GSM337296 6 0.0260 0.7469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM337297 2 0.1327 0.8426 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.1866 0.8070 0.000 0.908 0.084 0.008 0.000 0.000
#> GSM337299 6 0.5095 0.3561 0.000 0.000 0.000 0.312 0.104 0.584
#> GSM337300 5 0.0363 0.8049 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM337301 4 0.5253 0.5578 0.000 0.100 0.032 0.660 0.208 0.000
#> GSM337302 6 0.0291 0.7472 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM337303 2 0.1075 0.8345 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM337304 4 0.6168 0.3946 0.000 0.356 0.200 0.432 0.012 0.000
#> GSM337305 6 0.2145 0.7115 0.000 0.000 0.072 0.000 0.028 0.900
#> GSM337306 5 0.3141 0.7240 0.000 0.000 0.200 0.012 0.788 0.000
#> GSM337307 3 0.1863 0.6303 0.000 0.004 0.920 0.016 0.060 0.000
#> GSM337308 6 0.4428 0.4609 0.000 0.004 0.032 0.000 0.340 0.624
#> GSM337309 2 0.0937 0.8445 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.8532 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.2178 0.6288 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM337312 2 0.4092 0.3631 0.000 0.636 0.344 0.000 0.020 0.000
#> GSM337313 5 0.0363 0.8008 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM337314 3 0.4428 0.6565 0.000 0.000 0.696 0.000 0.084 0.220
#> GSM337315 3 0.4038 0.4971 0.244 0.000 0.712 0.000 0.000 0.044
#> GSM337316 3 0.3350 0.6184 0.000 0.112 0.828 0.012 0.048 0.000
#> GSM337317 5 0.3121 0.7483 0.000 0.148 0.008 0.020 0.824 0.000
#> GSM337318 6 0.0405 0.7472 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 6 0.4320 0.3447 0.296 0.000 0.036 0.004 0.000 0.664
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:pam 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> SD:pam 72 3.56e-09 2.90e-14 3
#> SD:pam 98 1.29e-13 7.77e-19 4
#> SD:pam 148 4.82e-13 2.19e-31 5
#> SD:pam 152 1.42e-12 1.96e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.710 0.704 0.792 0.3724 0.836 0.704
#> 4 4 0.698 0.718 0.815 0.1619 0.852 0.640
#> 5 5 0.728 0.768 0.866 0.0828 0.816 0.462
#> 6 6 0.730 0.599 0.779 0.0509 0.875 0.547
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> GSM337266 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> GSM337288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337199 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337202 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.5760 0.6033 0.000 0.672 0.328
#> GSM337204 2 0.0237 0.6914 0.000 0.996 0.004
#> GSM337205 2 0.5760 0.6033 0.000 0.672 0.328
#> GSM337206 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337207 2 0.4887 0.2896 0.000 0.772 0.228
#> GSM337208 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337209 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337210 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337211 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337212 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337213 2 0.4887 0.2896 0.000 0.772 0.228
#> GSM337214 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337215 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.6299 -0.3331 0.000 0.476 0.524
#> GSM337217 2 0.5216 0.4686 0.000 0.740 0.260
#> GSM337218 2 0.0592 0.6930 0.000 0.988 0.012
#> GSM337219 2 0.6302 0.3540 0.000 0.520 0.480
#> GSM337220 2 0.4887 0.2896 0.000 0.772 0.228
#> GSM337221 2 0.4654 0.6630 0.000 0.792 0.208
#> GSM337222 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.5138 0.6462 0.000 0.748 0.252
#> GSM337224 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 3 0.6168 0.7439 0.000 0.412 0.588
#> GSM337226 2 0.4002 0.6751 0.000 0.840 0.160
#> GSM337227 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337228 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337229 2 0.3482 0.5149 0.000 0.872 0.128
#> GSM337230 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337231 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337232 2 0.4887 0.2896 0.000 0.772 0.228
#> GSM337233 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337234 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337235 2 0.0892 0.6951 0.000 0.980 0.020
#> GSM337236 2 0.4399 0.3937 0.000 0.812 0.188
#> GSM337237 2 0.4654 0.3448 0.000 0.792 0.208
#> GSM337238 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 2 0.5760 0.5988 0.000 0.672 0.328
#> GSM337240 2 0.4702 0.6616 0.000 0.788 0.212
#> GSM337241 2 0.0592 0.6802 0.000 0.988 0.012
#> GSM337242 2 0.5138 0.6454 0.000 0.748 0.252
#> GSM337243 2 0.3482 0.5388 0.000 0.872 0.128
#> GSM337244 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337246 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337247 2 0.5882 0.5862 0.000 0.652 0.348
#> GSM337248 2 0.5760 0.6033 0.000 0.672 0.328
#> GSM337249 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337250 2 0.0592 0.6930 0.000 0.988 0.012
#> GSM337251 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.5591 0.0704 0.000 0.696 0.304
#> GSM337254 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337255 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337256 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337257 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337259 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337260 2 0.4121 0.4377 0.000 0.832 0.168
#> GSM337261 3 0.6295 -0.3252 0.000 0.472 0.528
#> GSM337262 2 0.5760 0.6033 0.000 0.672 0.328
#> GSM337263 2 0.0892 0.6721 0.000 0.980 0.020
#> GSM337264 2 0.4605 0.3549 0.000 0.796 0.204
#> GSM337265 2 0.5760 0.5988 0.000 0.672 0.328
#> GSM337266 2 0.5810 0.5961 0.000 0.664 0.336
#> GSM337267 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 2 0.1163 0.6945 0.000 0.972 0.028
#> GSM337269 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337270 2 0.5254 0.6398 0.000 0.736 0.264
#> GSM337271 2 0.5810 0.5961 0.000 0.664 0.336
#> GSM337272 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.2878 0.6871 0.000 0.904 0.096
#> GSM337274 2 0.4235 0.4209 0.000 0.824 0.176
#> GSM337275 2 0.4654 0.6612 0.000 0.792 0.208
#> GSM337276 3 0.6309 -0.3855 0.000 0.500 0.500
#> GSM337277 2 0.5397 0.6286 0.000 0.720 0.280
#> GSM337278 2 0.4399 0.6688 0.000 0.812 0.188
#> GSM337279 2 0.3619 0.6805 0.000 0.864 0.136
#> GSM337280 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337281 2 0.4178 0.4296 0.000 0.828 0.172
#> GSM337282 2 0.4654 0.6612 0.000 0.792 0.208
#> GSM337283 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337284 2 0.5785 0.5997 0.000 0.668 0.332
#> GSM337285 2 0.5810 0.5961 0.000 0.664 0.336
#> GSM337286 2 0.5733 0.6062 0.000 0.676 0.324
#> GSM337287 2 0.5810 0.5961 0.000 0.664 0.336
#> GSM337288 2 0.5733 0.6020 0.000 0.676 0.324
#> GSM337289 2 0.5785 0.5997 0.000 0.668 0.332
#> GSM337290 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337291 2 0.4702 0.3619 0.000 0.788 0.212
#> GSM337292 2 0.6008 -0.2641 0.000 0.628 0.372
#> GSM337293 2 0.5706 0.6050 0.000 0.680 0.320
#> GSM337294 2 0.5760 0.6000 0.000 0.672 0.328
#> GSM337295 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.0747 0.6938 0.000 0.984 0.016
#> GSM337297 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337298 3 0.6286 -0.3111 0.000 0.464 0.536
#> GSM337299 2 0.0747 0.6938 0.000 0.984 0.016
#> GSM337300 2 0.5760 0.6012 0.000 0.672 0.328
#> GSM337301 2 0.1643 0.6940 0.000 0.956 0.044
#> GSM337302 2 0.0424 0.6916 0.000 0.992 0.008
#> GSM337303 2 0.5291 0.1545 0.000 0.732 0.268
#> GSM337304 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337305 2 0.5650 0.6136 0.000 0.688 0.312
#> GSM337306 2 0.5706 0.6050 0.000 0.680 0.320
#> GSM337307 2 0.5733 0.6020 0.000 0.676 0.324
#> GSM337308 2 0.4796 0.6577 0.000 0.780 0.220
#> GSM337309 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337310 3 0.6111 0.7656 0.000 0.396 0.604
#> GSM337311 2 0.0000 0.6908 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.6295 -0.3282 0.000 0.472 0.528
#> GSM337313 2 0.5733 0.6020 0.000 0.676 0.324
#> GSM337314 2 0.5760 0.6033 0.000 0.672 0.328
#> GSM337315 1 0.1753 0.9727 0.952 0.000 0.048
#> GSM337316 3 0.6305 -0.3495 0.000 0.484 0.516
#> GSM337317 3 0.6299 -0.3324 0.000 0.476 0.524
#> GSM337318 2 0.5098 0.6455 0.000 0.752 0.248
#> GSM337319 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337320 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337321 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337322 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1643 0.9740 0.956 0.000 0.044
#> GSM337324 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337325 1 0.1753 0.9771 0.952 0.000 0.048
#> GSM337326 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337327 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337328 1 0.0592 0.9797 0.988 0.000 0.012
#> GSM337329 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337330 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337333 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337334 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337335 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337336 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337337 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337338 1 0.1643 0.9739 0.956 0.000 0.044
#> GSM337339 1 0.1643 0.9739 0.956 0.000 0.044
#> GSM337340 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337341 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337343 1 0.2165 0.9632 0.936 0.000 0.064
#> GSM337344 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337345 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337347 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337348 1 0.0592 0.9805 0.988 0.000 0.012
#> GSM337349 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337350 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337351 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337352 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337354 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337355 1 0.1643 0.9739 0.956 0.000 0.044
#> GSM337356 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337357 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337358 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337359 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337360 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337361 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337362 1 0.1860 0.9709 0.948 0.000 0.052
#> GSM337363 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337364 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337365 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0892 0.9804 0.980 0.000 0.020
#> GSM337367 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1753 0.9725 0.952 0.000 0.048
#> GSM337369 1 0.1643 0.9739 0.956 0.000 0.044
#> GSM337370 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337371 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337372 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
#> GSM337374 1 0.1643 0.9739 0.956 0.000 0.044
#> GSM337375 1 0.1529 0.9749 0.960 0.000 0.040
#> GSM337376 1 0.0747 0.9802 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.2892 0.6181 0.000 0.068 0.036 0.896
#> GSM337198 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337199 4 0.5632 0.5507 0.000 0.340 0.036 0.624
#> GSM337200 4 0.5750 0.3697 0.000 0.440 0.028 0.532
#> GSM337201 4 0.4304 0.6131 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM337202 4 0.5695 0.5724 0.000 0.336 0.040 0.624
#> GSM337203 4 0.4086 0.3911 0.000 0.008 0.216 0.776
#> GSM337204 4 0.5388 0.3554 0.000 0.456 0.012 0.532
#> GSM337205 4 0.5057 0.0171 0.000 0.012 0.340 0.648
#> GSM337206 4 0.4927 0.6238 0.000 0.264 0.024 0.712
#> GSM337207 2 0.4250 0.5198 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM337208 2 0.0524 0.8493 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337209 4 0.4054 0.5894 0.000 0.188 0.016 0.796
#> GSM337210 2 0.0804 0.8518 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM337211 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337212 4 0.5839 0.5979 0.000 0.292 0.060 0.648
#> GSM337213 2 0.3123 0.7118 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM337214 4 0.3157 0.6737 0.000 0.144 0.004 0.852
#> GSM337215 4 0.5816 0.4649 0.000 0.392 0.036 0.572
#> GSM337216 3 0.6833 0.6672 0.000 0.144 0.584 0.272
#> GSM337217 4 0.5268 0.3891 0.000 0.452 0.008 0.540
#> GSM337218 4 0.4964 0.6309 0.000 0.256 0.028 0.716
#> GSM337219 2 0.6222 0.2310 0.000 0.532 0.412 0.056
#> GSM337220 2 0.4431 0.4513 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM337221 4 0.4487 0.5233 0.000 0.092 0.100 0.808
#> GSM337222 4 0.2816 0.6173 0.000 0.064 0.036 0.900
#> GSM337223 4 0.5321 0.4483 0.000 0.112 0.140 0.748
#> GSM337224 4 0.5558 0.5713 0.000 0.324 0.036 0.640
#> GSM337225 2 0.1022 0.8376 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM337226 4 0.5257 0.5278 0.000 0.144 0.104 0.752
#> GSM337227 2 0.1807 0.8548 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM337228 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337229 4 0.3105 0.6155 0.000 0.120 0.012 0.868
#> GSM337230 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337231 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337232 2 0.3400 0.6836 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM337233 4 0.5463 0.6312 0.000 0.256 0.052 0.692
#> GSM337234 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337235 4 0.6532 0.4452 0.000 0.420 0.076 0.504
#> GSM337236 2 0.4406 0.3833 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM337237 2 0.4817 0.1802 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM337238 4 0.2892 0.6203 0.000 0.068 0.036 0.896
#> GSM337239 3 0.3606 0.7654 0.000 0.024 0.844 0.132
#> GSM337240 4 0.5663 0.6239 0.000 0.264 0.060 0.676
#> GSM337241 4 0.3581 0.6111 0.000 0.116 0.032 0.852
#> GSM337242 4 0.2610 0.5708 0.000 0.012 0.088 0.900
#> GSM337243 4 0.5872 0.4800 0.000 0.384 0.040 0.576
#> GSM337244 4 0.4391 0.6398 0.000 0.252 0.008 0.740
#> GSM337245 2 0.1557 0.8209 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337246 4 0.1489 0.6194 0.000 0.044 0.004 0.952
#> GSM337247 3 0.6212 0.5731 0.000 0.060 0.560 0.380
#> GSM337248 4 0.6056 0.6336 0.000 0.248 0.092 0.660
#> GSM337249 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337250 4 0.4606 0.6225 0.000 0.264 0.012 0.724
#> GSM337251 4 0.2892 0.6181 0.000 0.068 0.036 0.896
#> GSM337252 4 0.4781 0.6530 0.000 0.212 0.036 0.752
#> GSM337253 2 0.1722 0.8574 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM337254 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337255 2 0.0524 0.8492 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337256 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337257 4 0.3107 0.6264 0.000 0.080 0.036 0.884
#> GSM337258 2 0.1118 0.8350 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM337259 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337260 4 0.5292 0.2534 0.000 0.480 0.008 0.512
#> GSM337261 3 0.4057 0.6944 0.000 0.152 0.816 0.032
#> GSM337262 4 0.5057 0.0116 0.000 0.012 0.340 0.648
#> GSM337263 4 0.5292 0.2488 0.000 0.480 0.008 0.512
#> GSM337264 2 0.3754 0.7551 0.000 0.852 0.084 0.064
#> GSM337265 3 0.2973 0.7595 0.000 0.020 0.884 0.096
#> GSM337266 3 0.3123 0.7560 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM337267 4 0.2892 0.6322 0.000 0.068 0.036 0.896
#> GSM337268 4 0.5619 0.6273 0.000 0.268 0.056 0.676
#> GSM337269 4 0.1724 0.6140 0.000 0.020 0.032 0.948
#> GSM337270 4 0.4004 0.4730 0.000 0.024 0.164 0.812
#> GSM337271 3 0.3123 0.7560 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM337272 4 0.5614 0.5561 0.000 0.336 0.036 0.628
#> GSM337273 4 0.3205 0.6322 0.000 0.104 0.024 0.872
#> GSM337274 2 0.4977 -0.1288 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM337275 4 0.5936 0.5845 0.000 0.324 0.056 0.620
#> GSM337276 3 0.6563 0.6933 0.000 0.160 0.632 0.208
#> GSM337277 4 0.5619 0.1287 0.000 0.040 0.320 0.640
#> GSM337278 4 0.3144 0.6110 0.000 0.044 0.072 0.884
#> GSM337279 4 0.5393 0.6209 0.000 0.268 0.044 0.688
#> GSM337280 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337281 4 0.5277 0.3195 0.000 0.460 0.008 0.532
#> GSM337282 4 0.6351 0.5652 0.000 0.332 0.080 0.588
#> GSM337283 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337284 3 0.5163 0.5090 0.000 0.004 0.516 0.480
#> GSM337285 3 0.3311 0.7492 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM337286 4 0.4420 0.3357 0.000 0.012 0.240 0.748
#> GSM337287 3 0.3024 0.7556 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM337288 3 0.5597 0.5125 0.000 0.020 0.516 0.464
#> GSM337289 4 0.5366 -0.3533 0.000 0.012 0.440 0.548
#> GSM337290 4 0.4452 0.6263 0.000 0.260 0.008 0.732
#> GSM337291 2 0.5497 0.5312 0.000 0.672 0.044 0.284
#> GSM337292 2 0.1807 0.8558 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM337293 4 0.5085 0.3448 0.000 0.032 0.260 0.708
#> GSM337294 3 0.5754 0.6742 0.000 0.048 0.636 0.316
#> GSM337295 4 0.5649 0.5414 0.000 0.344 0.036 0.620
#> GSM337296 4 0.1837 0.6136 0.000 0.028 0.028 0.944
#> GSM337297 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337298 3 0.4238 0.6728 0.000 0.176 0.796 0.028
#> GSM337299 4 0.5221 0.6614 0.000 0.208 0.060 0.732
#> GSM337300 3 0.5326 0.6455 0.000 0.016 0.604 0.380
#> GSM337301 4 0.5491 0.6281 0.000 0.260 0.052 0.688
#> GSM337302 4 0.1174 0.6118 0.000 0.012 0.020 0.968
#> GSM337303 2 0.3757 0.7652 0.000 0.828 0.152 0.020
#> GSM337304 2 0.0336 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337305 4 0.3598 0.5272 0.000 0.028 0.124 0.848
#> GSM337306 4 0.5663 -0.2675 0.000 0.024 0.440 0.536
#> GSM337307 3 0.3441 0.7616 0.000 0.024 0.856 0.120
#> GSM337308 4 0.6189 0.6142 0.000 0.268 0.092 0.640
#> GSM337309 2 0.0336 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337310 2 0.1635 0.8585 0.000 0.948 0.044 0.008
#> GSM337311 4 0.2892 0.6181 0.000 0.068 0.036 0.896
#> GSM337312 3 0.4057 0.6944 0.000 0.152 0.816 0.032
#> GSM337313 3 0.5657 0.5622 0.000 0.024 0.540 0.436
#> GSM337314 4 0.4820 0.1741 0.000 0.012 0.296 0.692
#> GSM337315 1 0.4769 0.6442 0.684 0.008 0.308 0.000
#> GSM337316 3 0.3778 0.7401 0.000 0.100 0.848 0.052
#> GSM337317 3 0.4105 0.6931 0.000 0.156 0.812 0.032
#> GSM337318 4 0.4150 0.5658 0.000 0.056 0.120 0.824
#> GSM337319 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337320 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337321 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1635 0.9624 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM337324 1 0.1022 0.9722 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM337325 1 0.1635 0.9674 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM337326 1 0.1635 0.9624 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM337327 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337333 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337334 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337335 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337336 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337337 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337338 1 0.1452 0.9657 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337339 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337340 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337343 1 0.3190 0.9051 0.880 0.008 0.096 0.016
#> GSM337344 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337347 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337350 1 0.1545 0.9640 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM337351 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337354 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337355 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337356 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337357 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337358 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337359 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337360 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337361 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337362 1 0.1890 0.9560 0.936 0.008 0.056 0.000
#> GSM337363 1 0.0188 0.9731 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337364 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337369 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337370 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337371 1 0.0188 0.9731 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337374 1 0.1452 0.9657 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337375 1 0.1452 0.9654 0.956 0.008 0.036 0.000
#> GSM337376 1 0.0592 0.9722 0.984 0.000 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337199 4 0.1216 0.8202 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> GSM337200 4 0.3897 0.7933 0.000 0.028 0.204 0.768 0.000
#> GSM337201 4 0.2189 0.8263 0.000 0.012 0.084 0.904 0.000
#> GSM337202 4 0.2189 0.8178 0.000 0.012 0.084 0.904 0.000
#> GSM337203 3 0.3983 0.4607 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM337204 4 0.3732 0.8114 0.000 0.032 0.176 0.792 0.000
#> GSM337205 3 0.2228 0.6996 0.000 0.004 0.900 0.092 0.004
#> GSM337206 4 0.3280 0.8090 0.000 0.012 0.176 0.812 0.000
#> GSM337207 4 0.3496 0.7405 0.000 0.200 0.012 0.788 0.000
#> GSM337208 2 0.0794 0.9474 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337209 4 0.3656 0.8019 0.000 0.032 0.168 0.800 0.000
#> GSM337210 2 0.0703 0.9498 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337211 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337212 4 0.3745 0.8024 0.000 0.024 0.196 0.780 0.000
#> GSM337213 4 0.3845 0.7348 0.000 0.208 0.024 0.768 0.000
#> GSM337214 4 0.2069 0.8277 0.000 0.012 0.076 0.912 0.000
#> GSM337215 4 0.1579 0.8217 0.000 0.024 0.032 0.944 0.000
#> GSM337216 3 0.3752 0.5970 0.000 0.200 0.780 0.016 0.004
#> GSM337217 4 0.6344 -0.2333 0.000 0.160 0.400 0.440 0.000
#> GSM337218 4 0.3318 0.8084 0.000 0.012 0.180 0.808 0.000
#> GSM337219 3 0.4161 0.5998 0.000 0.208 0.752 0.040 0.000
#> GSM337220 4 0.3462 0.7446 0.000 0.196 0.012 0.792 0.000
#> GSM337221 3 0.4249 0.2422 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM337222 4 0.0451 0.8124 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM337223 3 0.4545 0.2796 0.000 0.004 0.560 0.432 0.004
#> GSM337224 4 0.1522 0.8234 0.000 0.012 0.044 0.944 0.000
#> GSM337225 2 0.1608 0.9121 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM337226 3 0.4562 0.3548 0.000 0.008 0.496 0.496 0.000
#> GSM337227 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337228 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337229 4 0.1544 0.8075 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337230 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337231 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337232 4 0.3779 0.7394 0.000 0.200 0.024 0.776 0.000
#> GSM337233 4 0.3596 0.7932 0.000 0.012 0.212 0.776 0.000
#> GSM337234 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337235 3 0.4659 0.3067 0.000 0.012 0.496 0.492 0.000
#> GSM337236 4 0.3954 0.7466 0.000 0.192 0.036 0.772 0.000
#> GSM337237 4 0.3427 0.7486 0.000 0.192 0.012 0.796 0.000
#> GSM337238 4 0.0609 0.8187 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM337239 3 0.1278 0.7110 0.000 0.020 0.960 0.016 0.004
#> GSM337240 3 0.4730 0.2385 0.000 0.012 0.568 0.416 0.004
#> GSM337241 4 0.0290 0.8135 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM337242 3 0.4310 0.3459 0.000 0.000 0.604 0.392 0.004
#> GSM337243 4 0.4237 0.7788 0.000 0.152 0.076 0.772 0.000
#> GSM337244 4 0.2971 0.8160 0.000 0.008 0.156 0.836 0.000
#> GSM337245 2 0.2127 0.8673 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM337246 4 0.2069 0.8237 0.000 0.000 0.076 0.912 0.012
#> GSM337247 3 0.3764 0.6516 0.000 0.148 0.808 0.040 0.004
#> GSM337248 3 0.4644 0.3348 0.000 0.012 0.604 0.380 0.004
#> GSM337249 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337250 4 0.3242 0.8102 0.000 0.012 0.172 0.816 0.000
#> GSM337251 4 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0613 0.8157 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> GSM337253 2 0.4524 0.3306 0.000 0.644 0.336 0.020 0.000
#> GSM337254 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337255 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337256 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337257 4 0.0613 0.8139 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> GSM337258 2 0.1121 0.9355 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM337259 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337260 4 0.3203 0.7662 0.000 0.168 0.012 0.820 0.000
#> GSM337261 3 0.3422 0.5919 0.000 0.200 0.792 0.004 0.004
#> GSM337262 3 0.2011 0.6982 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM337263 4 0.4312 0.7974 0.000 0.124 0.104 0.772 0.000
#> GSM337264 3 0.5642 0.6122 0.000 0.180 0.636 0.184 0.000
#> GSM337265 3 0.2727 0.6999 0.000 0.012 0.888 0.080 0.020
#> GSM337266 3 0.0932 0.7084 0.000 0.004 0.972 0.004 0.020
#> GSM337267 4 0.1043 0.8198 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM337268 4 0.4063 0.7125 0.000 0.012 0.280 0.708 0.000
#> GSM337269 4 0.2852 0.8050 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM337270 3 0.4264 0.3835 0.000 0.000 0.620 0.376 0.004
#> GSM337271 3 0.1186 0.7099 0.000 0.008 0.964 0.008 0.020
#> GSM337272 4 0.0992 0.8151 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> GSM337273 4 0.4364 0.7597 0.000 0.088 0.148 0.764 0.000
#> GSM337274 4 0.3492 0.7533 0.000 0.188 0.016 0.796 0.000
#> GSM337275 4 0.4648 -0.2305 0.000 0.012 0.464 0.524 0.000
#> GSM337276 3 0.3562 0.6038 0.000 0.196 0.788 0.016 0.000
#> GSM337277 3 0.4530 0.5578 0.000 0.008 0.612 0.376 0.004
#> GSM337278 3 0.4306 -0.0177 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM337279 4 0.3751 0.7919 0.000 0.012 0.212 0.772 0.004
#> GSM337280 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337281 4 0.3495 0.7698 0.000 0.160 0.028 0.812 0.000
#> GSM337282 3 0.5334 0.2800 0.000 0.052 0.512 0.436 0.000
#> GSM337283 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337284 3 0.0794 0.7119 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM337285 3 0.1012 0.7092 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM337286 3 0.4118 0.4609 0.000 0.000 0.660 0.336 0.004
#> GSM337287 3 0.1299 0.7095 0.000 0.012 0.960 0.008 0.020
#> GSM337288 3 0.1124 0.7130 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM337289 3 0.0865 0.7103 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM337290 4 0.3132 0.8090 0.000 0.008 0.172 0.820 0.000
#> GSM337291 3 0.6618 0.2519 0.000 0.216 0.396 0.388 0.000
#> GSM337292 2 0.3013 0.7514 0.000 0.832 0.160 0.008 0.000
#> GSM337293 3 0.3752 0.6254 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM337294 3 0.3059 0.6742 0.000 0.108 0.860 0.028 0.004
#> GSM337295 4 0.1877 0.8238 0.000 0.012 0.064 0.924 0.000
#> GSM337296 4 0.3109 0.7929 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM337297 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337298 3 0.3333 0.5841 0.000 0.208 0.788 0.004 0.000
#> GSM337299 4 0.3628 0.7914 0.000 0.012 0.216 0.772 0.000
#> GSM337300 3 0.1012 0.7134 0.000 0.012 0.968 0.020 0.000
#> GSM337301 4 0.3659 0.7804 0.000 0.012 0.220 0.768 0.000
#> GSM337302 4 0.2964 0.8132 0.000 0.004 0.152 0.840 0.004
#> GSM337303 3 0.4626 0.3677 0.000 0.364 0.616 0.020 0.000
#> GSM337304 2 0.1043 0.9398 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM337305 3 0.4211 0.4171 0.000 0.000 0.636 0.360 0.004
#> GSM337306 3 0.2629 0.7038 0.000 0.000 0.860 0.136 0.004
#> GSM337307 3 0.2110 0.7079 0.000 0.016 0.912 0.072 0.000
#> GSM337308 3 0.4817 0.2928 0.000 0.024 0.572 0.404 0.000
#> GSM337309 2 0.1043 0.9398 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM337310 2 0.0290 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337311 4 0.0324 0.8131 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337312 3 0.3509 0.5952 0.000 0.196 0.792 0.008 0.004
#> GSM337313 3 0.1364 0.7140 0.000 0.012 0.952 0.036 0.000
#> GSM337314 3 0.2929 0.6450 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM337315 5 0.0771 0.9280 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> GSM337316 3 0.3391 0.6063 0.000 0.188 0.800 0.012 0.000
#> GSM337317 3 0.3353 0.5979 0.000 0.196 0.796 0.008 0.000
#> GSM337318 4 0.4192 0.2946 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337323 5 0.0771 0.9474 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> GSM337324 1 0.1608 0.9082 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337325 5 0.2020 0.8943 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM337326 5 0.0671 0.9442 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> GSM337327 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337328 1 0.4101 0.5523 0.664 0.004 0.000 0.000 0.332
#> GSM337329 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337331 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337332 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337335 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337337 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337338 5 0.4235 0.2276 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM337339 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337340 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337341 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337342 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 5 0.0609 0.9469 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM337344 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2891 0.8295 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM337346 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.2424 0.8688 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM337349 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337351 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337353 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337356 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337358 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337360 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337362 5 0.0404 0.9404 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM337363 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 5 0.0880 0.9544 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM337365 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337366 1 0.1544 0.9103 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337367 1 0.2516 0.8676 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM337368 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337369 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337370 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0162 0.9366 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337372 1 0.2719 0.8627 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM337373 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 5 0.4225 0.4094 0.364 0.004 0.000 0.000 0.632
#> GSM337375 5 0.1041 0.9540 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> GSM337376 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 3 0.3965 0.9216 0.000 0.000 0.604 0.388 0.008 0.000
#> GSM337198 2 0.0146 0.9457 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337199 4 0.4034 -0.4765 0.000 0.004 0.364 0.624 0.008 0.000
#> GSM337200 4 0.1779 0.3007 0.000 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> GSM337201 3 0.3838 0.8798 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM337202 4 0.3309 0.2416 0.000 0.004 0.172 0.800 0.024 0.000
#> GSM337203 4 0.5878 0.2736 0.000 0.000 0.308 0.468 0.224 0.000
#> GSM337204 4 0.1745 0.2449 0.000 0.000 0.068 0.920 0.012 0.000
#> GSM337205 4 0.5987 0.2174 0.000 0.000 0.300 0.440 0.260 0.000
#> GSM337206 4 0.3986 -0.7091 0.000 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> GSM337207 4 0.6323 -0.3607 0.000 0.148 0.280 0.520 0.052 0.000
#> GSM337208 2 0.1152 0.9268 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> GSM337209 4 0.3043 0.2817 0.000 0.020 0.056 0.860 0.064 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0146 0.9457 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337212 4 0.3255 0.2471 0.000 0.044 0.076 0.848 0.032 0.000
#> GSM337213 4 0.5828 -0.2026 0.000 0.176 0.220 0.580 0.024 0.000
#> GSM337214 4 0.3868 -0.8303 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM337215 4 0.3595 -0.2613 0.000 0.000 0.288 0.704 0.008 0.000
#> GSM337216 5 0.1814 0.8428 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM337217 4 0.5607 0.3628 0.000 0.124 0.068 0.656 0.152 0.000
#> GSM337218 4 0.3986 -0.6827 0.000 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> GSM337219 5 0.5903 0.2560 0.000 0.164 0.012 0.316 0.508 0.000
#> GSM337220 4 0.6231 -0.3048 0.000 0.148 0.256 0.544 0.052 0.000
#> GSM337221 4 0.4474 0.4603 0.000 0.000 0.120 0.708 0.172 0.000
#> GSM337222 3 0.3765 0.9336 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM337223 4 0.4012 0.4357 0.000 0.000 0.076 0.748 0.176 0.000
#> GSM337224 4 0.2613 0.2032 0.000 0.000 0.140 0.848 0.012 0.000
#> GSM337225 2 0.1806 0.9140 0.000 0.928 0.008 0.020 0.044 0.000
#> GSM337226 4 0.5023 0.4068 0.000 0.004 0.184 0.656 0.156 0.000
#> GSM337227 2 0.1663 0.8687 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM337228 2 0.0458 0.9439 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM337229 3 0.5063 0.8676 0.000 0.036 0.572 0.364 0.028 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.6081 -0.1948 0.000 0.160 0.208 0.580 0.052 0.000
#> GSM337233 4 0.1890 0.3768 0.000 0.000 0.060 0.916 0.024 0.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.5339 0.4093 0.000 0.004 0.136 0.592 0.268 0.000
#> GSM337236 4 0.4055 0.2218 0.000 0.184 0.044 0.756 0.016 0.000
#> GSM337237 4 0.6375 -0.3961 0.000 0.148 0.296 0.504 0.052 0.000
#> GSM337238 3 0.3747 0.9341 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM337239 5 0.2132 0.8497 0.000 0.028 0.004 0.052 0.912 0.004
#> GSM337240 4 0.4980 0.4641 0.000 0.000 0.184 0.648 0.168 0.000
#> GSM337241 3 0.4380 0.8484 0.000 0.008 0.544 0.436 0.012 0.000
#> GSM337242 4 0.5775 0.3036 0.000 0.000 0.328 0.480 0.192 0.000
#> GSM337243 4 0.3962 0.2627 0.000 0.152 0.036 0.780 0.032 0.000
#> GSM337244 4 0.3995 -0.7401 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> GSM337245 2 0.2964 0.8525 0.000 0.868 0.060 0.036 0.036 0.000
#> GSM337246 3 0.3838 0.8798 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM337247 5 0.1787 0.8519 0.000 0.068 0.004 0.008 0.920 0.000
#> GSM337248 4 0.5705 0.3400 0.000 0.000 0.280 0.516 0.204 0.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.3991 -0.7245 0.000 0.000 0.472 0.524 0.004 0.000
#> GSM337251 3 0.3965 0.9216 0.000 0.000 0.604 0.388 0.008 0.000
#> GSM337252 3 0.3765 0.9315 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM337253 2 0.3409 0.6930 0.000 0.780 0.000 0.028 0.192 0.000
#> GSM337254 2 0.0508 0.9435 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 3 0.3747 0.9348 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM337258 2 0.1218 0.9182 0.000 0.956 0.012 0.028 0.004 0.000
#> GSM337259 2 0.0458 0.9400 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM337260 4 0.6042 -0.4875 0.000 0.124 0.344 0.500 0.032 0.000
#> GSM337261 5 0.1814 0.8428 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM337262 4 0.5956 0.2321 0.000 0.000 0.324 0.440 0.236 0.000
#> GSM337263 4 0.4556 0.0591 0.000 0.112 0.124 0.740 0.024 0.000
#> GSM337264 5 0.6462 0.2644 0.000 0.292 0.032 0.216 0.460 0.000
#> GSM337265 5 0.2536 0.8290 0.000 0.004 0.064 0.040 0.888 0.004
#> GSM337266 5 0.2162 0.8265 0.000 0.000 0.012 0.088 0.896 0.004
#> GSM337267 3 0.3797 0.9062 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM337268 4 0.2930 0.4308 0.000 0.000 0.124 0.840 0.036 0.000
#> GSM337269 4 0.3866 -0.7190 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM337270 4 0.5726 0.3196 0.000 0.000 0.316 0.496 0.188 0.000
#> GSM337271 5 0.2393 0.8234 0.000 0.000 0.020 0.092 0.884 0.004
#> GSM337272 4 0.4097 -0.7611 0.000 0.000 0.492 0.500 0.008 0.000
#> GSM337273 4 0.5558 0.4055 0.000 0.088 0.112 0.668 0.132 0.000
#> GSM337274 4 0.5738 -0.2789 0.000 0.188 0.252 0.552 0.008 0.000
#> GSM337275 4 0.5231 0.4383 0.000 0.000 0.224 0.608 0.168 0.000
#> GSM337276 5 0.4051 0.7775 0.000 0.108 0.012 0.092 0.784 0.004
#> GSM337277 4 0.5764 0.2752 0.000 0.004 0.164 0.496 0.336 0.000
#> GSM337278 4 0.5488 0.3864 0.000 0.000 0.272 0.556 0.172 0.000
#> GSM337279 4 0.3595 0.4264 0.000 0.000 0.056 0.796 0.144 0.004
#> GSM337280 2 0.0000 0.9468 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.4426 0.2025 0.000 0.112 0.092 0.760 0.036 0.000
#> GSM337282 4 0.6041 0.4638 0.000 0.060 0.164 0.596 0.180 0.000
#> GSM337283 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337284 4 0.6125 0.0341 0.000 0.000 0.312 0.352 0.336 0.000
#> GSM337285 5 0.4736 0.6235 0.000 0.000 0.140 0.164 0.692 0.004
#> GSM337286 4 0.5862 0.2762 0.000 0.000 0.324 0.464 0.212 0.000
#> GSM337287 5 0.2205 0.8352 0.000 0.004 0.008 0.088 0.896 0.004
#> GSM337288 4 0.6039 0.1868 0.000 0.000 0.332 0.408 0.260 0.000
#> GSM337289 4 0.5962 0.2277 0.000 0.000 0.328 0.436 0.236 0.000
#> GSM337290 4 0.3993 -0.7314 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM337291 4 0.6085 0.3740 0.000 0.200 0.028 0.544 0.228 0.000
#> GSM337292 2 0.1501 0.8939 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM337293 4 0.5801 0.3733 0.000 0.000 0.280 0.496 0.224 0.000
#> GSM337294 5 0.1765 0.8523 0.000 0.052 0.000 0.024 0.924 0.000
#> GSM337295 4 0.2623 0.2359 0.000 0.000 0.132 0.852 0.016 0.000
#> GSM337296 4 0.2837 0.4123 0.000 0.000 0.056 0.856 0.088 0.000
#> GSM337297 2 0.0547 0.9432 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM337298 5 0.2092 0.8265 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM337299 4 0.2776 0.3967 0.000 0.000 0.088 0.860 0.052 0.000
#> GSM337300 5 0.1949 0.8368 0.000 0.004 0.004 0.088 0.904 0.000
#> GSM337301 4 0.2361 0.4079 0.000 0.000 0.088 0.884 0.028 0.000
#> GSM337302 4 0.4336 -0.7845 0.000 0.000 0.476 0.504 0.020 0.000
#> GSM337303 2 0.4478 0.5657 0.000 0.688 0.000 0.084 0.228 0.000
#> GSM337304 2 0.1477 0.9226 0.000 0.940 0.008 0.004 0.048 0.000
#> GSM337305 4 0.5844 0.2911 0.000 0.000 0.308 0.476 0.216 0.000
#> GSM337306 4 0.5957 0.2505 0.000 0.000 0.344 0.428 0.228 0.000
#> GSM337307 5 0.2918 0.8080 0.000 0.004 0.052 0.088 0.856 0.000
#> GSM337308 4 0.5805 0.4618 0.000 0.044 0.148 0.612 0.196 0.000
#> GSM337309 2 0.1082 0.9277 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040 0.000
#> GSM337310 2 0.0363 0.9437 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM337311 3 0.3727 0.9317 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM337312 5 0.1806 0.8447 0.000 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM337313 5 0.2526 0.8263 0.000 0.004 0.024 0.096 0.876 0.000
#> GSM337314 4 0.5842 0.2943 0.000 0.000 0.288 0.484 0.228 0.000
#> GSM337315 6 0.0405 0.9564 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM337316 5 0.1843 0.8490 0.000 0.080 0.004 0.004 0.912 0.000
#> GSM337317 5 0.1753 0.8444 0.000 0.084 0.004 0.000 0.912 0.000
#> GSM337318 4 0.5145 0.4515 0.000 0.000 0.200 0.624 0.176 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.2362 0.8755 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337323 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337324 1 0.1910 0.8954 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM337325 6 0.1204 0.9168 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM337326 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337327 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337328 1 0.3360 0.7153 0.732 0.000 0.000 0.000 0.004 0.264
#> GSM337329 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.2362 0.8755 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337331 1 0.2520 0.8608 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152
#> GSM337332 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337335 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337337 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337338 1 0.3797 0.3771 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM337339 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337340 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337341 1 0.2362 0.8755 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337342 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337344 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2092 0.8857 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM337346 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.1814 0.9002 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM337349 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 6 0.0260 0.9655 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM337351 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.2362 0.8755 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337353 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337356 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337358 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337360 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337362 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337363 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337364 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337365 1 0.2362 0.8755 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337366 1 0.1387 0.9128 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337367 1 0.1957 0.8925 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM337368 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337369 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337370 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0937 0.9170 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337372 1 0.2402 0.8723 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.140
#> GSM337373 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 6 0.3868 -0.1410 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM337375 6 0.0146 0.9692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM337376 1 0.0000 0.9357 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:mclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> SD:mclust 157 6.88e-13 3.57e-33 3
#> SD:mclust 155 7.21e-14 2.06e-34 4
#> SD:mclust 158 6.80e-15 8.07e-36 5
#> SD:mclust 113 1.10e-13 1.58e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.709 0.831 0.881 0.4572 0.804 0.645
#> 4 4 0.832 0.889 0.917 0.1215 0.851 0.611
#> 5 5 0.792 0.594 0.814 0.0541 0.950 0.823
#> 6 6 0.779 0.740 0.835 0.0373 0.915 0.696
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 1 0 1 1 0
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 1 0 1 1 0
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.4121 0.7812 0.000 0.832 0.168
#> GSM337198 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337199 2 0.4062 0.7856 0.000 0.836 0.164
#> GSM337200 2 0.4555 0.7666 0.000 0.800 0.200
#> GSM337201 2 0.3941 0.7879 0.000 0.844 0.156
#> GSM337202 2 0.5178 0.7106 0.000 0.744 0.256
#> GSM337203 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337204 2 0.4931 0.7244 0.000 0.768 0.232
#> GSM337205 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337206 2 0.2878 0.8097 0.000 0.904 0.096
#> GSM337207 3 0.3816 0.7452 0.000 0.148 0.852
#> GSM337208 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337209 2 0.4555 0.7595 0.000 0.800 0.200
#> GSM337210 3 0.2066 0.8264 0.000 0.060 0.940
#> GSM337211 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337212 2 0.0892 0.8160 0.000 0.980 0.020
#> GSM337213 3 0.3816 0.7478 0.000 0.148 0.852
#> GSM337214 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337215 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337216 3 0.5591 0.5907 0.000 0.304 0.696
#> GSM337217 2 0.5733 0.5425 0.000 0.676 0.324
#> GSM337218 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 3 0.6305 0.0798 0.000 0.484 0.516
#> GSM337220 3 0.5810 0.4518 0.000 0.336 0.664
#> GSM337221 2 0.0892 0.8162 0.000 0.980 0.020
#> GSM337222 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337223 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337224 2 0.4002 0.7860 0.000 0.840 0.160
#> GSM337225 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337226 2 0.3619 0.8024 0.000 0.864 0.136
#> GSM337227 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337228 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337229 2 0.4702 0.7532 0.000 0.788 0.212
#> GSM337230 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337231 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337232 3 0.3686 0.7547 0.000 0.140 0.860
#> GSM337233 2 0.2625 0.8121 0.000 0.916 0.084
#> GSM337234 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337235 2 0.5497 0.6106 0.000 0.708 0.292
#> GSM337236 3 0.6309 -0.1545 0.000 0.500 0.500
#> GSM337237 2 0.6252 0.2969 0.000 0.556 0.444
#> GSM337238 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337239 2 0.5835 0.5095 0.000 0.660 0.340
#> GSM337240 2 0.2448 0.8063 0.000 0.924 0.076
#> GSM337241 2 0.4796 0.7468 0.000 0.780 0.220
#> GSM337242 2 0.2625 0.8041 0.000 0.916 0.084
#> GSM337243 2 0.1163 0.8155 0.000 0.972 0.028
#> GSM337244 2 0.2878 0.8097 0.000 0.904 0.096
#> GSM337245 3 0.3619 0.7569 0.000 0.136 0.864
#> GSM337246 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337247 2 0.5529 0.5934 0.000 0.704 0.296
#> GSM337248 2 0.3619 0.7844 0.000 0.864 0.136
#> GSM337249 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337250 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.4121 0.7812 0.000 0.832 0.168
#> GSM337252 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337253 3 0.1860 0.8424 0.000 0.052 0.948
#> GSM337254 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337255 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337256 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337257 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337258 3 0.3116 0.7846 0.000 0.108 0.892
#> GSM337259 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337260 2 0.4291 0.7757 0.000 0.820 0.180
#> GSM337261 3 0.4121 0.7588 0.000 0.168 0.832
#> GSM337262 2 0.3551 0.7863 0.000 0.868 0.132
#> GSM337263 2 0.4452 0.7646 0.000 0.808 0.192
#> GSM337264 3 0.3941 0.7696 0.000 0.156 0.844
#> GSM337265 2 0.4654 0.7259 0.000 0.792 0.208
#> GSM337266 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337267 2 0.2356 0.8139 0.000 0.928 0.072
#> GSM337268 2 0.0237 0.8135 0.000 0.996 0.004
#> GSM337269 2 0.3941 0.7879 0.000 0.844 0.156
#> GSM337270 2 0.2711 0.8031 0.000 0.912 0.088
#> GSM337271 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337272 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337273 2 0.1753 0.8158 0.000 0.952 0.048
#> GSM337274 2 0.5678 0.6128 0.000 0.684 0.316
#> GSM337275 2 0.3816 0.7773 0.000 0.852 0.148
#> GSM337276 2 0.6308 -0.0122 0.000 0.508 0.492
#> GSM337277 2 0.4750 0.7170 0.000 0.784 0.216
#> GSM337278 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337281 2 0.3482 0.8086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337282 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337283 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337285 2 0.3482 0.7883 0.000 0.872 0.128
#> GSM337286 2 0.2959 0.7989 0.000 0.900 0.100
#> GSM337287 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337288 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337289 2 0.3551 0.7856 0.000 0.868 0.132
#> GSM337290 2 0.2711 0.8114 0.000 0.912 0.088
#> GSM337291 3 0.6286 0.1669 0.000 0.464 0.536
#> GSM337292 3 0.4002 0.7663 0.000 0.160 0.840
#> GSM337293 2 0.3816 0.7773 0.000 0.852 0.148
#> GSM337294 2 0.5465 0.6076 0.000 0.712 0.288
#> GSM337295 2 0.3267 0.8099 0.000 0.884 0.116
#> GSM337296 2 0.2878 0.8097 0.000 0.904 0.096
#> GSM337297 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337298 3 0.1643 0.8472 0.000 0.044 0.956
#> GSM337299 2 0.1031 0.8160 0.000 0.976 0.024
#> GSM337300 2 0.3879 0.7735 0.000 0.848 0.152
#> GSM337301 2 0.0237 0.8135 0.000 0.996 0.004
#> GSM337302 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337303 3 0.4178 0.7555 0.000 0.172 0.828
#> GSM337304 3 0.0424 0.8649 0.000 0.008 0.992
#> GSM337305 2 0.1753 0.8120 0.000 0.952 0.048
#> GSM337306 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337307 2 0.4750 0.7155 0.000 0.784 0.216
#> GSM337308 2 0.3686 0.7819 0.000 0.860 0.140
#> GSM337309 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337310 3 0.0237 0.8673 0.000 0.004 0.996
#> GSM337311 2 0.4062 0.7838 0.000 0.836 0.164
#> GSM337312 3 0.4062 0.7626 0.000 0.164 0.836
#> GSM337313 2 0.3816 0.7766 0.000 0.852 0.148
#> GSM337314 2 0.3551 0.7866 0.000 0.868 0.132
#> GSM337315 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.4121 0.7588 0.000 0.168 0.832
#> GSM337317 3 0.4235 0.7529 0.000 0.176 0.824
#> GSM337318 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337324 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337327 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337328 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337335 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337338 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337340 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.6939 0.6063 0.712 0.216 0.072
#> GSM337344 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337356 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337360 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337362 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337369 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337370 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0237 0.9923 0.996 0.000 0.004
#> GSM337376 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337199 4 0.1867 0.868 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM337200 4 0.1610 0.878 0.000 0.016 0.032 0.952
#> GSM337201 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337202 4 0.3790 0.804 0.000 0.016 0.164 0.820
#> GSM337203 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337204 4 0.0927 0.883 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM337205 3 0.3791 0.877 0.000 0.004 0.796 0.200
#> GSM337206 4 0.0707 0.881 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337207 4 0.3801 0.688 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM337208 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337209 4 0.0524 0.883 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM337210 2 0.0376 0.962 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337211 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337212 4 0.4761 0.265 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM337213 4 0.4933 0.293 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM337214 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337215 4 0.1211 0.876 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM337216 3 0.3764 0.712 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM337217 3 0.1936 0.801 0.000 0.032 0.940 0.028
#> GSM337218 4 0.1302 0.874 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM337219 3 0.3810 0.749 0.000 0.188 0.804 0.008
#> GSM337220 4 0.3726 0.700 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM337221 4 0.2081 0.846 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM337222 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337223 4 0.1211 0.877 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM337224 4 0.1211 0.876 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM337225 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337226 3 0.3972 0.634 0.000 0.008 0.788 0.204
#> GSM337227 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337228 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337229 4 0.0336 0.881 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337230 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337231 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337232 4 0.6323 0.561 0.000 0.248 0.112 0.640
#> GSM337233 4 0.2647 0.814 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM337234 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337235 3 0.2131 0.795 0.000 0.036 0.932 0.032
#> GSM337236 4 0.4866 0.388 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM337237 4 0.3528 0.723 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM337238 4 0.0336 0.883 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM337239 3 0.4292 0.854 0.000 0.080 0.820 0.100
#> GSM337240 3 0.3486 0.883 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM337241 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337242 3 0.3486 0.883 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM337243 3 0.4964 0.617 0.000 0.004 0.616 0.380
#> GSM337244 4 0.1474 0.872 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM337245 2 0.0592 0.952 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337246 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337247 3 0.3790 0.775 0.000 0.164 0.820 0.016
#> GSM337248 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337249 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337250 4 0.1211 0.875 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM337251 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337254 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337255 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337256 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0469 0.956 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337259 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337260 4 0.0707 0.875 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM337261 2 0.4193 0.623 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM337262 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337263 4 0.0927 0.883 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM337264 2 0.4401 0.728 0.000 0.724 0.272 0.004
#> GSM337265 3 0.0657 0.806 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM337266 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337267 4 0.1302 0.874 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM337268 3 0.4193 0.796 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM337269 4 0.0336 0.882 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM337270 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337271 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337272 4 0.0817 0.881 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM337273 3 0.4898 0.507 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM337274 4 0.3444 0.731 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM337275 3 0.2334 0.852 0.000 0.004 0.908 0.088
#> GSM337276 3 0.4011 0.725 0.000 0.208 0.784 0.008
#> GSM337277 3 0.1059 0.800 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM337278 3 0.3610 0.875 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM337279 3 0.3688 0.868 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM337280 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337281 4 0.2593 0.819 0.000 0.004 0.104 0.892
#> GSM337282 3 0.3583 0.888 0.000 0.004 0.816 0.180
#> GSM337283 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337285 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337286 3 0.3444 0.887 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM337287 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337288 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337289 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337290 4 0.0592 0.882 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM337291 3 0.3610 0.733 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM337292 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337293 3 0.2944 0.871 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM337294 3 0.3910 0.785 0.000 0.156 0.820 0.024
#> GSM337295 4 0.3710 0.785 0.000 0.004 0.192 0.804
#> GSM337296 4 0.2345 0.835 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM337297 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337298 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337299 4 0.3311 0.737 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM337300 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337301 4 0.3356 0.723 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM337302 4 0.0188 0.883 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337303 2 0.3688 0.728 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM337304 2 0.3335 0.856 0.000 0.856 0.128 0.016
#> GSM337305 3 0.3486 0.883 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM337306 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337307 3 0.1824 0.837 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM337308 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337309 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337310 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337313 3 0.3539 0.889 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM337314 3 0.3400 0.888 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337315 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337316 2 0.2149 0.892 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM337317 3 0.5070 0.311 0.000 0.416 0.580 0.004
#> GSM337318 4 0.4643 0.368 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM337319 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337328 1 0.0524 0.991 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.4834 0.606 0.252 0.008 0.012 0.728
#> GSM337344 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0524 0.991 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337362 1 0.0188 0.995 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0804 0.987 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM337369 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.0609 0.770938 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337198 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.5959 0.474098 0.000 0.000 0.108 0.472 0.420
#> GSM337200 5 0.5109 -0.432784 0.000 0.000 0.036 0.460 0.504
#> GSM337201 4 0.3636 0.677772 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM337202 5 0.6689 -0.200524 0.000 0.000 0.344 0.244 0.412
#> GSM337203 5 0.4517 -0.016259 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> GSM337204 4 0.4974 0.544051 0.000 0.000 0.032 0.560 0.408
#> GSM337205 5 0.5313 -0.094925 0.000 0.000 0.388 0.056 0.556
#> GSM337206 4 0.4192 0.572044 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM337207 4 0.1965 0.734139 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM337208 2 0.1251 0.902388 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008
#> GSM337209 4 0.3336 0.705770 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337210 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337212 5 0.3480 0.165356 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM337213 4 0.6441 0.583256 0.000 0.204 0.016 0.572 0.208
#> GSM337214 4 0.2773 0.740022 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM337215 4 0.5267 0.513671 0.000 0.000 0.048 0.524 0.428
#> GSM337216 5 0.6554 -0.602927 0.000 0.200 0.392 0.000 0.408
#> GSM337217 5 0.5043 -0.092268 0.000 0.044 0.356 0.000 0.600
#> GSM337218 4 0.2966 0.706471 0.000 0.000 0.016 0.848 0.136
#> GSM337219 5 0.2773 0.097029 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM337220 4 0.3336 0.703019 0.000 0.144 0.016 0.832 0.008
#> GSM337221 4 0.4743 0.595214 0.000 0.000 0.112 0.732 0.156
#> GSM337222 4 0.0609 0.770938 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337223 4 0.3130 0.735862 0.000 0.000 0.048 0.856 0.096
#> GSM337224 4 0.5096 0.505508 0.000 0.000 0.036 0.520 0.444
#> GSM337225 2 0.4021 0.673271 0.000 0.764 0.036 0.000 0.200
#> GSM337226 5 0.6178 0.038261 0.000 0.000 0.376 0.140 0.484
#> GSM337227 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.0290 0.768086 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337230 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.6254 0.662899 0.000 0.120 0.100 0.664 0.116
#> GSM337233 5 0.4430 -0.150935 0.000 0.000 0.012 0.360 0.628
#> GSM337234 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 5 0.4524 0.088770 0.000 0.000 0.336 0.020 0.644
#> GSM337236 4 0.5264 0.128298 0.000 0.464 0.020 0.500 0.016
#> GSM337237 4 0.1282 0.757321 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM337238 4 0.0794 0.770003 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM337239 5 0.4621 -0.074848 0.000 0.004 0.412 0.008 0.576
#> GSM337240 5 0.1106 0.218675 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> GSM337241 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337242 5 0.4494 -0.007320 0.000 0.000 0.380 0.012 0.608
#> GSM337243 5 0.4444 0.231894 0.000 0.052 0.008 0.184 0.756
#> GSM337244 4 0.3003 0.662450 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM337245 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337247 5 0.2964 0.118177 0.000 0.024 0.120 0.000 0.856
#> GSM337248 5 0.1195 0.216806 0.000 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM337249 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.4294 0.493171 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM337251 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337252 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337253 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0609 0.770938 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337258 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337261 2 0.5527 -0.113112 0.000 0.540 0.388 0.000 0.072
#> GSM337262 5 0.4323 0.017237 0.000 0.000 0.332 0.012 0.656
#> GSM337263 4 0.4815 0.502833 0.000 0.000 0.020 0.524 0.456
#> GSM337264 5 0.6402 0.016845 0.000 0.180 0.348 0.000 0.472
#> GSM337265 3 0.3242 0.357423 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM337266 5 0.4604 -0.085400 0.000 0.000 0.428 0.012 0.560
#> GSM337267 4 0.3452 0.702825 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM337268 5 0.3412 0.258301 0.000 0.000 0.028 0.152 0.820
#> GSM337269 4 0.0880 0.770498 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM337270 5 0.4597 -0.077473 0.000 0.000 0.424 0.012 0.564
#> GSM337271 5 0.4617 -0.101726 0.000 0.000 0.436 0.012 0.552
#> GSM337272 4 0.5002 0.584486 0.000 0.000 0.040 0.596 0.364
#> GSM337273 5 0.5919 -0.116779 0.000 0.000 0.416 0.104 0.480
#> GSM337274 4 0.3160 0.664619 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004
#> GSM337275 5 0.1478 0.211124 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM337276 3 0.6513 0.301372 0.000 0.192 0.424 0.000 0.384
#> GSM337277 5 0.3876 0.078436 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> GSM337278 5 0.4339 0.015589 0.000 0.000 0.336 0.012 0.652
#> GSM337279 5 0.5360 -0.034228 0.000 0.000 0.384 0.060 0.556
#> GSM337280 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.4937 0.523624 0.000 0.000 0.028 0.544 0.428
#> GSM337282 5 0.3835 0.033375 0.000 0.000 0.260 0.008 0.732
#> GSM337283 1 0.0404 0.963585 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.4425 -0.027696 0.000 0.000 0.392 0.008 0.600
#> GSM337285 5 0.4682 -0.071301 0.000 0.000 0.420 0.016 0.564
#> GSM337286 5 0.4517 -0.016259 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> GSM337287 5 0.4617 -0.101726 0.000 0.000 0.436 0.012 0.552
#> GSM337288 5 0.4380 -0.009517 0.000 0.000 0.376 0.008 0.616
#> GSM337289 5 0.4517 -0.016259 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> GSM337290 4 0.1410 0.760329 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM337291 5 0.3675 0.051274 0.000 0.188 0.024 0.000 0.788
#> GSM337292 2 0.0880 0.907364 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM337293 5 0.1484 0.221401 0.000 0.000 0.048 0.008 0.944
#> GSM337294 5 0.3236 0.091709 0.000 0.020 0.152 0.000 0.828
#> GSM337295 5 0.6171 -0.027772 0.000 0.000 0.240 0.204 0.556
#> GSM337296 4 0.3861 0.554334 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM337297 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.931773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337299 5 0.3661 0.097716 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM337300 5 0.4403 -0.017162 0.000 0.000 0.384 0.008 0.608
#> GSM337301 5 0.4948 -0.324893 0.000 0.000 0.028 0.436 0.536
#> GSM337302 4 0.0290 0.768086 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337303 2 0.3412 0.709645 0.000 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM337304 2 0.5008 0.570916 0.000 0.644 0.300 0.000 0.056
#> GSM337305 5 0.4517 -0.016410 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> GSM337306 5 0.4403 -0.017162 0.000 0.000 0.384 0.008 0.608
#> GSM337307 5 0.4219 -0.114880 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM337308 5 0.4470 -0.000899 0.000 0.000 0.372 0.012 0.616
#> GSM337309 2 0.0880 0.910544 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0404 0.924457 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0510 0.770788 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337312 2 0.0880 0.913807 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.4517 -0.016259 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> GSM337314 5 0.4193 0.020002 0.000 0.000 0.304 0.012 0.684
#> GSM337315 1 0.1041 0.952267 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM337316 2 0.4264 0.606100 0.000 0.744 0.044 0.000 0.212
#> GSM337317 5 0.4973 -0.036513 0.000 0.320 0.048 0.000 0.632
#> GSM337318 5 0.4181 0.192050 0.000 0.000 0.020 0.268 0.712
#> GSM337319 1 0.0290 0.963724 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0290 0.964202 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.2077 0.927612 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> GSM337324 1 0.0290 0.963724 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0404 0.963059 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0963 0.954976 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.3318 0.849272 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> GSM337328 1 0.2929 0.863986 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0290 0.963724 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0290 0.964202 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0404 0.963585 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0162 0.964341 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.3492 0.842629 0.796 0.000 0.188 0.016 0.000
#> GSM337335 1 0.0162 0.964415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.1792 0.929295 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.3492 0.842629 0.796 0.000 0.188 0.016 0.000
#> GSM337338 1 0.0162 0.964415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.3318 0.851701 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> GSM337340 1 0.0290 0.964390 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0290 0.964103 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0324 0.964283 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM337343 4 0.5440 0.452284 0.156 0.000 0.184 0.660 0.000
#> GSM337344 1 0.0162 0.964341 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0693 0.959939 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0162 0.964341 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0162 0.964181 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0162 0.964341 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.3048 0.858750 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> GSM337351 1 0.0162 0.964415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0290 0.964202 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2127 0.913599 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0510 0.960856 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0290 0.964346 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.3456 0.844982 0.800 0.000 0.184 0.016 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.3318 0.849272 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> GSM337362 1 0.0162 0.964415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.1270 0.944949 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0290 0.963599 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.3318 0.851701 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> GSM337369 1 0.0510 0.960856 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0290 0.964346 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0290 0.963599 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0404 0.962297 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.1732 0.930721 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.964655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337198 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337199 4 0.3056 0.6564 0.000 0.000 0.184 0.804 0.004 NA
#> GSM337200 4 0.4060 0.6581 0.000 0.000 0.180 0.760 0.032 NA
#> GSM337201 3 0.4168 0.1675 0.000 0.000 0.584 0.400 0.000 NA
#> GSM337202 4 0.3309 0.6260 0.000 0.000 0.016 0.788 0.004 NA
#> GSM337203 5 0.0260 0.7567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM337204 4 0.4064 0.6052 0.000 0.000 0.236 0.720 0.004 NA
#> GSM337205 5 0.1625 0.7413 0.000 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> GSM337206 4 0.4680 0.3868 0.000 0.000 0.384 0.576 0.012 NA
#> GSM337207 3 0.2119 0.7627 0.000 0.060 0.904 0.036 0.000 NA
#> GSM337208 2 0.2480 0.8330 0.000 0.872 0.000 0.104 0.000 NA
#> GSM337209 3 0.5673 0.4646 0.000 0.000 0.572 0.164 0.012 NA
#> GSM337210 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337211 2 0.1075 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 NA
#> GSM337212 4 0.4814 0.6140 0.000 0.000 0.032 0.684 0.232 NA
#> GSM337213 3 0.5741 0.0589 0.000 0.172 0.456 0.372 0.000 NA
#> GSM337214 3 0.3717 0.2986 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000 NA
#> GSM337215 4 0.3652 0.6391 0.000 0.000 0.196 0.768 0.004 NA
#> GSM337216 5 0.3200 0.5991 0.000 0.196 0.000 0.000 0.788 NA
#> GSM337217 5 0.5806 0.0826 0.000 0.004 0.000 0.408 0.432 NA
#> GSM337218 3 0.3438 0.6972 0.000 0.000 0.812 0.020 0.144 NA
#> GSM337219 4 0.5514 0.6015 0.000 0.144 0.000 0.644 0.176 NA
#> GSM337220 3 0.2365 0.7538 0.000 0.072 0.888 0.040 0.000 NA
#> GSM337221 3 0.6884 0.3141 0.000 0.000 0.488 0.104 0.192 NA
#> GSM337222 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337223 3 0.6209 0.4499 0.000 0.000 0.556 0.120 0.068 NA
#> GSM337224 4 0.4059 0.6139 0.000 0.000 0.216 0.732 0.004 NA
#> GSM337225 4 0.4684 0.3471 0.000 0.372 0.000 0.576 0.000 NA
#> GSM337226 4 0.3081 0.5863 0.000 0.000 0.004 0.776 0.000 NA
#> GSM337227 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337228 2 0.0146 0.9225 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337229 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337230 2 0.0508 0.9179 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM337231 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337232 3 0.5868 0.2547 0.000 0.044 0.508 0.368 0.000 NA
#> GSM337233 4 0.5242 0.6192 0.000 0.000 0.052 0.668 0.208 NA
#> GSM337234 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337235 4 0.1867 0.6772 0.000 0.000 0.000 0.916 0.020 NA
#> GSM337236 2 0.7271 0.1599 0.000 0.452 0.316 0.044 0.080 NA
#> GSM337237 3 0.0458 0.7869 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 NA
#> GSM337238 3 0.0862 0.7867 0.000 0.000 0.972 0.008 0.004 NA
#> GSM337239 5 0.3245 0.7364 0.000 0.000 0.000 0.008 0.764 NA
#> GSM337240 4 0.4406 0.5052 0.000 0.000 0.000 0.624 0.336 NA
#> GSM337241 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337242 5 0.3755 0.7285 0.000 0.000 0.000 0.036 0.744 NA
#> GSM337243 4 0.6052 0.5971 0.000 0.072 0.040 0.616 0.232 NA
#> GSM337244 3 0.3178 0.6502 0.000 0.000 0.804 0.004 0.176 NA
#> GSM337245 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337246 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337247 5 0.4530 0.2139 0.000 0.000 0.000 0.356 0.600 NA
#> GSM337248 4 0.4648 0.3635 0.000 0.000 0.000 0.548 0.408 NA
#> GSM337249 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337250 4 0.5727 0.6065 0.000 0.000 0.240 0.608 0.104 NA
#> GSM337251 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337252 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337253 2 0.1524 0.8811 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 NA
#> GSM337254 2 0.0146 0.9222 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337255 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337256 2 0.0146 0.9226 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337257 3 0.0458 0.7870 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA
#> GSM337258 2 0.0146 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337259 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337260 3 0.1082 0.7804 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000 NA
#> GSM337261 5 0.4456 0.0848 0.000 0.448 0.000 0.000 0.524 NA
#> GSM337262 5 0.5058 0.5598 0.000 0.000 0.000 0.200 0.636 NA
#> GSM337263 4 0.4282 0.6465 0.000 0.000 0.200 0.736 0.028 NA
#> GSM337264 4 0.2996 0.6488 0.000 0.008 0.000 0.832 0.016 NA
#> GSM337265 5 0.5454 0.5287 0.000 0.000 0.000 0.192 0.572 NA
#> GSM337266 5 0.3050 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 NA
#> GSM337267 3 0.4459 0.6416 0.000 0.000 0.724 0.200 0.024 NA
#> GSM337268 4 0.3593 0.6471 0.000 0.000 0.004 0.764 0.208 NA
#> GSM337269 3 0.1232 0.7830 0.000 0.000 0.956 0.024 0.004 NA
#> GSM337270 5 0.1531 0.7624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.928 NA
#> GSM337271 5 0.2431 0.7589 0.000 0.000 0.000 0.008 0.860 NA
#> GSM337272 4 0.4211 0.4180 0.000 0.000 0.364 0.616 0.004 NA
#> GSM337273 5 0.3930 0.7166 0.000 0.000 0.116 0.004 0.776 NA
#> GSM337274 3 0.2768 0.6812 0.000 0.156 0.832 0.000 0.012 NA
#> GSM337275 4 0.3481 0.6549 0.000 0.000 0.000 0.776 0.192 NA
#> GSM337276 5 0.4046 0.6511 0.000 0.084 0.000 0.000 0.748 NA
#> GSM337277 4 0.4463 0.4172 0.000 0.000 0.000 0.588 0.036 NA
#> GSM337278 5 0.5246 0.6177 0.000 0.000 0.000 0.164 0.604 NA
#> GSM337279 5 0.0870 0.7540 0.000 0.000 0.012 0.004 0.972 NA
#> GSM337280 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337281 4 0.5824 0.5939 0.000 0.000 0.244 0.596 0.112 NA
#> GSM337282 5 0.3934 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.304 0.676 NA
#> GSM337283 1 0.0458 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337284 5 0.1910 0.7633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 NA
#> GSM337285 5 0.2933 0.7443 0.000 0.000 0.000 0.004 0.796 NA
#> GSM337286 5 0.0790 0.7630 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> GSM337287 5 0.3409 0.7127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 NA
#> GSM337288 5 0.2826 0.7468 0.000 0.000 0.000 0.052 0.856 NA
#> GSM337289 5 0.0363 0.7533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM337290 3 0.0870 0.7856 0.000 0.000 0.972 0.004 0.012 NA
#> GSM337291 4 0.5914 0.5421 0.000 0.176 0.000 0.588 0.200 NA
#> GSM337292 2 0.1590 0.8825 0.000 0.936 0.000 0.048 0.008 NA
#> GSM337293 4 0.3830 0.6392 0.000 0.000 0.000 0.744 0.212 NA
#> GSM337294 5 0.4692 0.4275 0.000 0.000 0.000 0.276 0.644 NA
#> GSM337295 4 0.2036 0.6896 0.000 0.000 0.008 0.916 0.048 NA
#> GSM337296 3 0.7261 0.1993 0.000 0.000 0.424 0.136 0.212 NA
#> GSM337297 2 0.0000 0.9234 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337298 2 0.1007 0.9014 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337299 4 0.4488 0.6458 0.000 0.000 0.040 0.724 0.200 NA
#> GSM337300 5 0.1934 0.7403 0.000 0.000 0.000 0.044 0.916 NA
#> GSM337301 4 0.4474 0.6906 0.000 0.000 0.060 0.744 0.036 NA
#> GSM337302 3 0.2219 0.7355 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 NA
#> GSM337303 2 0.4051 0.7023 0.000 0.756 0.000 0.004 0.076 NA
#> GSM337304 4 0.5644 0.2271 0.000 0.288 0.000 0.524 0.000 NA
#> GSM337305 5 0.3808 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.036 0.736 NA
#> GSM337306 5 0.1341 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.024 0.948 NA
#> GSM337307 5 0.4203 0.7156 0.000 0.000 0.000 0.068 0.716 NA
#> GSM337308 5 0.3563 0.6963 0.000 0.000 0.000 0.132 0.796 NA
#> GSM337309 2 0.1682 0.8819 0.000 0.928 0.000 0.052 0.000 NA
#> GSM337310 2 0.0260 0.9211 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337311 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337312 2 0.3376 0.8006 0.000 0.816 0.000 0.004 0.052 NA
#> GSM337313 5 0.0806 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972 NA
#> GSM337314 5 0.5023 0.6395 0.000 0.000 0.000 0.144 0.636 NA
#> GSM337315 1 0.4230 0.4746 0.612 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> GSM337316 2 0.7094 0.1587 0.000 0.448 0.000 0.220 0.112 NA
#> GSM337317 4 0.6909 0.2379 0.000 0.352 0.000 0.376 0.208 NA
#> GSM337318 4 0.6743 0.3440 0.000 0.000 0.064 0.472 0.228 NA
#> GSM337319 1 0.0363 0.9372 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337320 1 0.0260 0.9384 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337321 1 0.0146 0.9383 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337322 1 0.1910 0.9136 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337323 1 0.1610 0.9168 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337324 1 0.0547 0.9355 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337325 1 0.0632 0.9344 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337326 1 0.1075 0.9292 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337327 1 0.2912 0.8565 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337328 1 0.2762 0.8756 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337329 1 0.0458 0.9377 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337330 1 0.0790 0.9371 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337331 1 0.0458 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337332 1 0.0458 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337333 1 0.0260 0.9384 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337334 1 0.3076 0.8459 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337335 1 0.1814 0.9167 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337336 1 0.2340 0.8976 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337337 1 0.3050 0.8456 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337338 1 0.1387 0.9273 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337339 1 0.2883 0.8621 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337340 1 0.0363 0.9371 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337341 1 0.0458 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337342 1 0.0865 0.9364 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337343 3 0.4973 0.4920 0.112 0.000 0.624 0.000 0.000 NA
#> GSM337344 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337345 1 0.2178 0.9062 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337346 1 0.0632 0.9372 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337347 1 0.0547 0.9388 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337348 1 0.0260 0.9373 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337349 1 0.0260 0.9378 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337350 1 0.2793 0.8672 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337351 1 0.2092 0.9084 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337352 1 0.2003 0.9106 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337353 1 0.0146 0.9383 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337354 1 0.0146 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337355 1 0.2664 0.8791 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337356 1 0.0146 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337357 1 0.0458 0.9363 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337358 1 0.1007 0.9349 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337359 1 0.2969 0.8508 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337360 1 0.0146 0.9383 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337361 1 0.2969 0.8508 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337362 1 0.2048 0.9105 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337363 1 0.0146 0.9380 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337364 1 0.2003 0.9138 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337365 1 0.0260 0.9383 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337366 1 0.0260 0.9373 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337367 1 0.0260 0.9384 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337368 1 0.2883 0.8588 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337369 1 0.0458 0.9363 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337370 1 0.1007 0.9358 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337371 1 0.1204 0.9317 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337372 1 0.0260 0.9373 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337373 1 0.0260 0.9373 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337374 1 0.0146 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337375 1 0.2697 0.8761 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337376 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> SD:NMF 174 1.06e-11 2.05e-35 3
#> SD:NMF 175 2.52e-13 1.15e-36 4
#> SD:NMF 123 1.56e-14 2.92e-24 5
#> SD:NMF 155 1.53e-13 1.21e-34 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.996 0.4450 0.553 0.553
#> 3 3 0.903 0.942 0.969 0.1174 0.964 0.935
#> 4 4 0.834 0.898 0.945 0.0527 0.977 0.955
#> 5 5 0.616 0.808 0.878 0.1002 0.996 0.992
#> 6 6 0.554 0.755 0.834 0.0676 0.993 0.986
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.917 0.514 0.668 0.332
#> GSM337316 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.430 0.905 0.912 0.088
#> GSM337324 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.141 0.972 0.980 0.020
#> GSM337326 1 0.430 0.905 0.912 0.088
#> GSM337327 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.141 0.972 0.980 0.020
#> GSM337330 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.416 0.909 0.916 0.084
#> GSM337344 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337198 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337200 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337201 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337202 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337203 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337204 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337205 2 0.3267 0.847 0.000 0.884 0.116
#> GSM337206 2 0.1031 0.954 0.000 0.976 0.024
#> GSM337207 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337209 2 0.3192 0.850 0.000 0.888 0.112
#> GSM337210 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337213 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337215 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337216 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337217 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337218 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337219 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337221 2 0.0892 0.958 0.000 0.980 0.020
#> GSM337222 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337223 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337224 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337225 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337227 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337229 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337230 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0892 0.958 0.000 0.980 0.020
#> GSM337234 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337235 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337236 2 0.1031 0.953 0.000 0.976 0.024
#> GSM337237 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337239 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337240 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337241 2 0.4796 0.636 0.000 0.780 0.220
#> GSM337242 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337243 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337244 2 0.4605 0.683 0.000 0.796 0.204
#> GSM337245 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337246 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337247 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337248 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337249 2 0.0892 0.953 0.000 0.980 0.020
#> GSM337250 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337251 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337252 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337253 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337254 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 2 0.4121 0.739 0.000 0.832 0.168
#> GSM337256 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337258 2 0.4121 0.739 0.000 0.832 0.168
#> GSM337259 2 0.4121 0.739 0.000 0.832 0.168
#> GSM337260 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337261 2 0.2448 0.891 0.000 0.924 0.076
#> GSM337262 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337263 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337264 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337265 3 0.5968 0.736 0.000 0.364 0.636
#> GSM337266 3 0.4555 0.936 0.000 0.200 0.800
#> GSM337267 2 0.3192 0.850 0.000 0.888 0.112
#> GSM337268 2 0.0592 0.963 0.000 0.988 0.012
#> GSM337269 2 0.0592 0.963 0.000 0.988 0.012
#> GSM337270 2 0.4504 0.695 0.000 0.804 0.196
#> GSM337271 3 0.4887 0.923 0.000 0.228 0.772
#> GSM337272 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337273 2 0.1163 0.952 0.000 0.972 0.028
#> GSM337274 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337275 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337276 2 0.3267 0.847 0.000 0.884 0.116
#> GSM337277 2 0.4504 0.693 0.000 0.804 0.196
#> GSM337278 2 0.2625 0.885 0.000 0.916 0.084
#> GSM337279 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337280 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337282 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337283 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337284 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337285 3 0.4555 0.936 0.000 0.200 0.800
#> GSM337286 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337287 3 0.4555 0.936 0.000 0.200 0.800
#> GSM337288 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337289 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337290 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337291 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337294 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337296 2 0.0892 0.958 0.000 0.980 0.020
#> GSM337297 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0747 0.956 0.000 0.984 0.016
#> GSM337299 2 0.3192 0.850 0.000 0.888 0.112
#> GSM337300 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337301 2 0.3192 0.850 0.000 0.888 0.112
#> GSM337302 2 0.3192 0.850 0.000 0.888 0.112
#> GSM337303 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337305 2 0.1289 0.948 0.000 0.968 0.032
#> GSM337306 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337307 2 0.0892 0.957 0.000 0.980 0.020
#> GSM337308 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM337309 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337311 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> GSM337312 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337314 2 0.1529 0.941 0.000 0.960 0.040
#> GSM337315 1 0.6680 0.281 0.508 0.008 0.484
#> GSM337316 2 0.4002 0.764 0.000 0.840 0.160
#> GSM337317 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> GSM337318 2 0.1411 0.945 0.000 0.964 0.036
#> GSM337319 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.5058 0.741 0.756 0.000 0.244
#> GSM337324 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337325 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM337326 1 0.5058 0.741 0.756 0.000 0.244
#> GSM337327 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.1031 0.962 0.976 0.000 0.024
#> GSM337330 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337332 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337333 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2625 0.914 0.916 0.000 0.084
#> GSM337335 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.1643 0.948 0.956 0.000 0.044
#> GSM337338 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337341 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.4293 0.830 0.832 0.004 0.164
#> GSM337344 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337358 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337363 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337365 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> GSM337370 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 2 0.0336 0.961 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337198 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337199 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337200 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337201 2 0.0376 0.960 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337202 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337203 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337204 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337205 2 0.2868 0.823 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337206 2 0.1109 0.949 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM337207 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337209 2 0.2999 0.827 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM337210 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337211 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337212 2 0.0376 0.961 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337213 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337214 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337215 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337216 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337217 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337218 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337219 2 0.0592 0.955 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337221 2 0.0895 0.955 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337222 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337223 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337224 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337225 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337226 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337227 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337228 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337229 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337230 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337231 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337232 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337233 2 0.1004 0.955 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM337234 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337235 2 0.0376 0.960 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337236 2 0.1109 0.951 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM337237 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337239 2 0.0524 0.961 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337240 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337241 2 0.4018 0.644 0.000 0.772 0.224 0.004
#> GSM337242 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337243 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337244 2 0.3870 0.688 0.000 0.788 0.208 0.004
#> GSM337245 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337246 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337247 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337248 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337249 2 0.0895 0.951 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337250 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337251 2 0.0376 0.960 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337252 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337253 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337254 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337255 2 0.3266 0.753 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337256 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337257 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337258 2 0.3266 0.753 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337259 2 0.3266 0.753 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337260 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337261 2 0.2081 0.891 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM337262 2 0.0469 0.960 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337263 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337264 2 0.0524 0.960 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337265 3 0.4643 0.656 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM337266 3 0.3356 0.867 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337267 2 0.2814 0.827 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM337268 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337269 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337270 2 0.3764 0.668 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM337271 3 0.3649 0.850 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM337272 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337273 2 0.0921 0.951 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM337274 2 0.0188 0.960 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337275 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337276 2 0.2868 0.823 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337277 2 0.3791 0.698 0.000 0.796 0.200 0.004
#> GSM337278 2 0.2281 0.876 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337279 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337280 2 0.0188 0.960 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337281 2 0.0592 0.956 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337282 2 0.0592 0.956 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337283 1 0.1151 0.917 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM337284 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337285 3 0.3356 0.867 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337286 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337287 3 0.3356 0.867 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337288 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337289 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337290 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337291 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337292 2 0.0188 0.960 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337293 2 0.0336 0.961 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337294 2 0.0592 0.955 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337295 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337296 2 0.0895 0.955 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337297 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337298 2 0.0779 0.954 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM337299 2 0.2814 0.827 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM337300 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337301 2 0.2814 0.827 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM337302 2 0.2814 0.827 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM337303 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337304 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337305 2 0.1022 0.948 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM337306 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337307 2 0.0895 0.954 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337308 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337309 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337310 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337311 2 0.0376 0.960 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337312 2 0.0376 0.960 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337313 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337314 2 0.1398 0.940 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM337315 4 0.4699 0.374 0.004 0.000 0.320 0.676
#> GSM337316 2 0.3402 0.770 0.000 0.832 0.164 0.004
#> GSM337317 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337318 2 0.1305 0.943 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM337319 1 0.1792 0.889 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM337320 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 4 0.6912 0.693 0.272 0.000 0.152 0.576
#> GSM337324 1 0.2742 0.863 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM337325 4 0.5938 0.298 0.480 0.000 0.036 0.484
#> GSM337326 4 0.6912 0.693 0.272 0.000 0.152 0.576
#> GSM337327 1 0.4163 0.721 0.792 0.000 0.020 0.188
#> GSM337328 1 0.0817 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337329 1 0.5396 -0.296 0.524 0.000 0.012 0.464
#> GSM337330 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.2742 0.863 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM337332 1 0.2742 0.863 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM337333 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 4 0.3569 0.689 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM337335 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.1936 0.904 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM337337 4 0.4677 0.681 0.192 0.000 0.040 0.768
#> GSM337338 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4035 0.741 0.804 0.000 0.020 0.176
#> GSM337340 1 0.1151 0.917 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM337341 1 0.1557 0.899 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM337342 1 0.0188 0.931 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337343 4 0.1488 0.553 0.032 0.000 0.012 0.956
#> GSM337344 1 0.0188 0.931 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337345 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0336 0.930 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337347 1 0.0469 0.930 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337348 1 0.2408 0.846 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM337349 1 0.0469 0.930 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337350 1 0.4035 0.740 0.804 0.000 0.020 0.176
#> GSM337351 1 0.0592 0.929 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337352 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0779 0.926 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM337356 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.1629 0.910 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM337358 1 0.0336 0.931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337359 1 0.4245 0.708 0.784 0.000 0.020 0.196
#> GSM337360 1 0.0188 0.931 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337361 1 0.4245 0.708 0.784 0.000 0.020 0.196
#> GSM337362 1 0.1042 0.924 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM337363 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.1833 0.906 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM337365 1 0.0336 0.930 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337366 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2675 0.852 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM337369 1 0.1629 0.910 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM337370 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.2408 0.846 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM337373 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.3160 0.829 0.872 0.000 0.020 0.108
#> GSM337376 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.2068 0.880 0.000 0.092 0.004 0.904 0.000
#> GSM337198 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337199 4 0.2077 0.867 0.000 0.084 0.008 0.908 0.000
#> GSM337200 4 0.1106 0.875 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM337201 4 0.0579 0.874 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM337202 4 0.1106 0.875 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM337203 4 0.2516 0.855 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM337204 4 0.1106 0.875 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM337205 4 0.5109 0.672 0.000 0.132 0.172 0.696 0.000
#> GSM337206 4 0.1168 0.872 0.000 0.008 0.032 0.960 0.000
#> GSM337207 4 0.1544 0.871 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337208 4 0.1544 0.871 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337209 4 0.3242 0.739 0.000 0.012 0.172 0.816 0.000
#> GSM337210 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337211 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337212 4 0.0771 0.878 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM337213 4 0.1544 0.870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337214 4 0.0693 0.874 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM337215 4 0.1106 0.875 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM337216 4 0.2813 0.855 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM337217 4 0.3177 0.834 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM337218 4 0.2930 0.844 0.000 0.164 0.004 0.832 0.000
#> GSM337219 4 0.3366 0.813 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM337220 4 0.1544 0.871 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337221 4 0.1310 0.872 0.000 0.020 0.024 0.956 0.000
#> GSM337222 4 0.0579 0.875 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM337223 4 0.1012 0.874 0.000 0.020 0.012 0.968 0.000
#> GSM337224 4 0.2069 0.870 0.000 0.076 0.012 0.912 0.000
#> GSM337225 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337226 4 0.2017 0.869 0.000 0.080 0.008 0.912 0.000
#> GSM337227 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337228 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337229 4 0.1357 0.876 0.000 0.048 0.004 0.948 0.000
#> GSM337230 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337231 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337232 4 0.1410 0.871 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM337233 4 0.2707 0.864 0.000 0.100 0.024 0.876 0.000
#> GSM337234 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337235 4 0.1331 0.877 0.000 0.040 0.008 0.952 0.000
#> GSM337236 4 0.1582 0.870 0.000 0.028 0.028 0.944 0.000
#> GSM337237 4 0.1478 0.871 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM337238 4 0.0566 0.874 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM337239 4 0.1168 0.876 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> GSM337240 4 0.2660 0.853 0.000 0.128 0.008 0.864 0.000
#> GSM337241 4 0.3819 0.625 0.000 0.016 0.228 0.756 0.000
#> GSM337242 4 0.1894 0.874 0.000 0.072 0.008 0.920 0.000
#> GSM337243 4 0.3508 0.789 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM337244 4 0.3696 0.667 0.000 0.016 0.212 0.772 0.000
#> GSM337245 4 0.1544 0.868 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337246 4 0.0566 0.874 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM337247 4 0.3508 0.789 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM337248 4 0.3508 0.789 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM337249 4 0.2208 0.860 0.000 0.072 0.020 0.908 0.000
#> GSM337250 4 0.3508 0.789 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM337251 4 0.0451 0.874 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM337252 4 0.0579 0.875 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM337253 4 0.3210 0.831 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM337254 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337255 4 0.4335 0.706 0.000 0.072 0.168 0.760 0.000
#> GSM337256 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337257 4 0.0579 0.875 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM337258 4 0.4335 0.706 0.000 0.072 0.168 0.760 0.000
#> GSM337259 4 0.4335 0.706 0.000 0.072 0.168 0.760 0.000
#> GSM337260 4 0.0865 0.878 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM337261 4 0.3921 0.835 0.000 0.128 0.072 0.800 0.000
#> GSM337262 4 0.2971 0.836 0.000 0.156 0.008 0.836 0.000
#> GSM337263 4 0.1106 0.875 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM337264 4 0.1195 0.874 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM337265 3 0.3876 0.539 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM337266 3 0.2471 0.806 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337267 4 0.4698 0.702 0.000 0.096 0.172 0.732 0.000
#> GSM337268 4 0.2771 0.852 0.000 0.128 0.012 0.860 0.000
#> GSM337269 4 0.2771 0.852 0.000 0.128 0.012 0.860 0.000
#> GSM337270 4 0.5442 0.531 0.000 0.116 0.240 0.644 0.000
#> GSM337271 3 0.2773 0.786 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM337272 4 0.2077 0.867 0.000 0.084 0.008 0.908 0.000
#> GSM337273 4 0.3317 0.847 0.000 0.116 0.044 0.840 0.000
#> GSM337274 4 0.2074 0.875 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM337275 4 0.2077 0.867 0.000 0.084 0.008 0.908 0.000
#> GSM337276 4 0.5109 0.672 0.000 0.132 0.172 0.696 0.000
#> GSM337277 4 0.3696 0.663 0.000 0.016 0.212 0.772 0.000
#> GSM337278 4 0.4964 0.710 0.000 0.156 0.132 0.712 0.000
#> GSM337279 4 0.2648 0.854 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM337280 4 0.2605 0.863 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM337281 4 0.2471 0.861 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM337282 4 0.2732 0.846 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM337283 1 0.1106 0.896 0.964 0.024 0.012 0.000 0.000
#> GSM337284 4 0.2763 0.850 0.000 0.148 0.004 0.848 0.000
#> GSM337285 3 0.2471 0.806 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337286 4 0.2583 0.853 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> GSM337287 3 0.2471 0.806 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337288 4 0.3452 0.793 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM337289 4 0.2629 0.852 0.000 0.136 0.004 0.860 0.000
#> GSM337290 4 0.2930 0.844 0.000 0.164 0.004 0.832 0.000
#> GSM337291 4 0.3305 0.820 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM337292 4 0.2605 0.863 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM337293 4 0.2179 0.864 0.000 0.100 0.004 0.896 0.000
#> GSM337294 4 0.3336 0.808 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM337295 4 0.2017 0.869 0.000 0.080 0.008 0.912 0.000
#> GSM337296 4 0.1211 0.873 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM337297 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337298 4 0.2110 0.862 0.000 0.072 0.016 0.912 0.000
#> GSM337299 4 0.4698 0.702 0.000 0.096 0.172 0.732 0.000
#> GSM337300 4 0.3452 0.790 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM337301 4 0.5305 0.639 0.000 0.152 0.172 0.676 0.000
#> GSM337302 4 0.3242 0.741 0.000 0.012 0.172 0.816 0.000
#> GSM337303 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337304 4 0.1544 0.873 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM337305 4 0.1568 0.873 0.000 0.020 0.036 0.944 0.000
#> GSM337306 4 0.3452 0.790 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM337307 4 0.1106 0.871 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM337308 4 0.2136 0.871 0.000 0.088 0.008 0.904 0.000
#> GSM337309 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337310 4 0.1608 0.867 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337311 4 0.0451 0.874 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM337312 4 0.1608 0.874 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM337313 4 0.3452 0.790 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM337314 4 0.1626 0.866 0.000 0.016 0.044 0.940 0.000
#> GSM337315 2 0.6400 0.000 0.004 0.480 0.116 0.008 0.392
#> GSM337316 4 0.3535 0.738 0.000 0.028 0.164 0.808 0.000
#> GSM337317 4 0.3561 0.787 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM337318 4 0.1549 0.868 0.000 0.016 0.040 0.944 0.000
#> GSM337319 1 0.2661 0.837 0.888 0.056 0.000 0.000 0.056
#> GSM337320 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 5 0.7371 0.327 0.180 0.352 0.048 0.000 0.420
#> GSM337324 1 0.3436 0.808 0.852 0.080 0.012 0.000 0.056
#> GSM337325 1 0.7205 -0.397 0.412 0.208 0.028 0.000 0.352
#> GSM337326 5 0.7371 0.327 0.180 0.352 0.048 0.000 0.420
#> GSM337327 1 0.4328 0.682 0.756 0.032 0.012 0.000 0.200
#> GSM337328 1 0.1074 0.903 0.968 0.012 0.004 0.000 0.016
#> GSM337329 1 0.6718 -0.273 0.468 0.176 0.012 0.000 0.344
#> GSM337330 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.3436 0.808 0.852 0.080 0.012 0.000 0.056
#> GSM337332 1 0.3436 0.808 0.852 0.080 0.012 0.000 0.056
#> GSM337333 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 5 0.2648 0.423 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM337335 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.2523 0.868 0.908 0.040 0.028 0.000 0.024
#> GSM337337 5 0.4167 0.419 0.152 0.032 0.024 0.000 0.792
#> GSM337338 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4226 0.701 0.768 0.032 0.012 0.000 0.188
#> GSM337340 1 0.1106 0.896 0.964 0.024 0.012 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.1981 0.870 0.924 0.028 0.000 0.000 0.048
#> GSM337342 1 0.0324 0.909 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337343 5 0.0609 -0.141 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM337344 1 0.0162 0.910 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0451 0.909 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0727 0.907 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> GSM337348 1 0.2616 0.838 0.888 0.036 0.000 0.000 0.076
#> GSM337349 1 0.0613 0.908 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> GSM337350 1 0.4226 0.700 0.768 0.032 0.012 0.000 0.188
#> GSM337351 1 0.0854 0.906 0.976 0.012 0.004 0.000 0.008
#> GSM337352 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0798 0.905 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM337356 1 0.0162 0.910 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.2277 0.875 0.920 0.028 0.028 0.000 0.024
#> GSM337358 1 0.0324 0.910 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337359 1 0.4361 0.676 0.752 0.032 0.012 0.000 0.204
#> GSM337360 1 0.0162 0.910 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4393 0.669 0.748 0.032 0.012 0.000 0.208
#> GSM337362 1 0.1885 0.891 0.936 0.032 0.020 0.000 0.012
#> GSM337363 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.2450 0.870 0.912 0.032 0.028 0.000 0.028
#> GSM337365 1 0.0290 0.909 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337366 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2813 0.838 0.880 0.032 0.004 0.000 0.084
#> GSM337369 1 0.2277 0.875 0.920 0.028 0.028 0.000 0.024
#> GSM337370 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.2616 0.838 0.888 0.036 0.000 0.000 0.076
#> GSM337373 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0290 0.910 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.3243 0.818 0.860 0.036 0.012 0.000 0.092
#> GSM337376 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.2597 0.814 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM337198 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.2340 0.798 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0777 0.816 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0458 0.816 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM337202 4 0.0777 0.816 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337203 4 0.3175 0.758 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM337204 4 0.0777 0.816 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337205 4 0.5472 0.505 0.000 0.256 0.180 0.564 0.000 0.000
#> GSM337206 4 0.1088 0.814 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000 0.000
#> GSM337207 4 0.1814 0.809 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM337208 4 0.1814 0.811 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.3385 0.670 0.000 0.032 0.180 0.788 0.000 0.000
#> GSM337210 4 0.2048 0.799 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM337211 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.1082 0.821 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> GSM337213 4 0.1814 0.809 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM337214 4 0.0603 0.815 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM337215 4 0.0777 0.816 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337216 4 0.3409 0.765 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM337217 4 0.3647 0.721 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM337218 4 0.3383 0.752 0.000 0.268 0.004 0.728 0.000 0.000
#> GSM337219 4 0.3659 0.709 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM337220 4 0.1814 0.810 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM337221 4 0.1088 0.815 0.000 0.024 0.016 0.960 0.000 0.000
#> GSM337222 4 0.0363 0.816 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM337223 4 0.0777 0.817 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337224 4 0.2191 0.808 0.000 0.120 0.004 0.876 0.000 0.000
#> GSM337225 4 0.2003 0.803 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.2092 0.807 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337227 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337228 4 0.2048 0.801 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.1610 0.816 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM337230 4 0.2003 0.801 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM337231 4 0.2048 0.801 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.1556 0.813 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM337233 4 0.2783 0.797 0.000 0.148 0.016 0.836 0.000 0.000
#> GSM337234 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.1204 0.819 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM337236 4 0.1408 0.813 0.000 0.036 0.020 0.944 0.000 0.000
#> GSM337237 4 0.1814 0.810 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM337238 4 0.0405 0.816 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM337239 4 0.1267 0.822 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM337240 4 0.2994 0.778 0.000 0.208 0.004 0.788 0.000 0.000
#> GSM337241 4 0.3376 0.626 0.000 0.016 0.220 0.764 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.2100 0.815 0.000 0.112 0.004 0.884 0.000 0.000
#> GSM337243 4 0.3789 0.640 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM337244 4 0.3261 0.657 0.000 0.016 0.204 0.780 0.000 0.000
#> GSM337245 4 0.1910 0.806 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.0405 0.816 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM337247 4 0.3797 0.638 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM337248 4 0.3782 0.641 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> GSM337249 4 0.2667 0.789 0.000 0.128 0.020 0.852 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.3782 0.641 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> GSM337251 4 0.0260 0.815 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0363 0.816 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM337253 4 0.3634 0.727 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM337254 4 0.2003 0.803 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM337255 4 0.4442 0.668 0.000 0.120 0.168 0.712 0.000 0.000
#> GSM337256 4 0.2048 0.801 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0363 0.816 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM337258 4 0.4442 0.668 0.000 0.120 0.168 0.712 0.000 0.000
#> GSM337259 4 0.4442 0.668 0.000 0.120 0.168 0.712 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0790 0.820 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM337261 4 0.4428 0.749 0.000 0.244 0.072 0.684 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.3314 0.743 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000 0.000
#> GSM337263 4 0.0777 0.816 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM337264 4 0.0935 0.816 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM337265 3 0.3766 0.503 0.000 0.012 0.684 0.304 0.000 0.000
#> GSM337266 3 0.2191 0.792 0.000 0.004 0.876 0.120 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.5039 0.591 0.000 0.180 0.180 0.640 0.000 0.000
#> GSM337268 4 0.3073 0.776 0.000 0.204 0.008 0.788 0.000 0.000
#> GSM337269 4 0.3073 0.776 0.000 0.204 0.008 0.788 0.000 0.000
#> GSM337270 4 0.5570 0.401 0.000 0.216 0.232 0.552 0.000 0.000
#> GSM337271 3 0.2482 0.771 0.000 0.004 0.848 0.148 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.2340 0.798 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM337273 4 0.3821 0.750 0.000 0.220 0.040 0.740 0.000 0.000
#> GSM337274 4 0.2793 0.808 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM337275 4 0.2340 0.798 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM337276 4 0.5472 0.505 0.000 0.256 0.180 0.564 0.000 0.000
#> GSM337277 4 0.3290 0.647 0.000 0.016 0.208 0.776 0.000 0.000
#> GSM337278 4 0.5220 0.577 0.000 0.264 0.140 0.596 0.000 0.000
#> GSM337279 4 0.3244 0.756 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> GSM337280 4 0.2941 0.796 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.2996 0.782 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM337282 4 0.3288 0.746 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM337283 1 0.1194 0.868 0.956 0.008 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM337284 4 0.3314 0.758 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000 0.000
#> GSM337285 3 0.2191 0.792 0.000 0.004 0.876 0.120 0.000 0.000
#> GSM337286 4 0.3215 0.762 0.000 0.240 0.004 0.756 0.000 0.000
#> GSM337287 3 0.2191 0.792 0.000 0.004 0.876 0.120 0.000 0.000
#> GSM337288 4 0.3747 0.653 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM337289 4 0.3240 0.759 0.000 0.244 0.004 0.752 0.000 0.000
#> GSM337290 4 0.3383 0.752 0.000 0.268 0.004 0.728 0.000 0.000
#> GSM337291 4 0.3634 0.722 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM337292 4 0.2912 0.798 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM337293 4 0.2631 0.790 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM337294 4 0.3634 0.698 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM337295 4 0.2092 0.807 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337296 4 0.0914 0.814 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM337297 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337298 4 0.2581 0.791 0.000 0.128 0.016 0.856 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.5039 0.591 0.000 0.180 0.180 0.640 0.000 0.000
#> GSM337300 4 0.3756 0.641 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM337301 4 0.5398 0.519 0.000 0.240 0.180 0.580 0.000 0.000
#> GSM337302 4 0.3312 0.672 0.000 0.028 0.180 0.792 0.000 0.000
#> GSM337303 4 0.2003 0.803 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM337304 4 0.1663 0.817 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM337305 4 0.1341 0.814 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000 0.000
#> GSM337306 4 0.3756 0.641 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM337307 4 0.0914 0.813 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM337308 4 0.2234 0.813 0.000 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000
#> GSM337309 4 0.2003 0.801 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM337310 4 0.2092 0.800 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0260 0.815 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM337312 4 0.2092 0.816 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM337313 4 0.3756 0.641 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM337314 4 0.1408 0.808 0.000 0.020 0.036 0.944 0.000 0.000
#> GSM337315 2 0.7278 0.000 0.004 0.344 0.080 0.000 0.316 0.256
#> GSM337316 4 0.3247 0.712 0.000 0.036 0.156 0.808 0.000 0.000
#> GSM337317 4 0.3823 0.634 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> GSM337318 4 0.1245 0.810 0.000 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM337319 1 0.3076 0.624 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM337320 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 6 0.1710 0.324 0.028 0.004 0.004 0.000 0.028 0.936
#> GSM337324 1 0.3628 0.571 0.720 0.008 0.004 0.000 0.000 0.268
#> GSM337325 6 0.3668 0.535 0.256 0.008 0.008 0.000 0.000 0.728
#> GSM337326 6 0.1710 0.324 0.028 0.004 0.004 0.000 0.028 0.936
#> GSM337327 1 0.5280 0.559 0.660 0.092 0.012 0.000 0.220 0.016
#> GSM337328 1 0.2279 0.851 0.908 0.056 0.012 0.000 0.012 0.012
#> GSM337329 6 0.3619 0.485 0.316 0.000 0.004 0.000 0.000 0.680
#> GSM337330 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.3628 0.571 0.720 0.008 0.004 0.000 0.000 0.268
#> GSM337332 1 0.3628 0.571 0.720 0.008 0.004 0.000 0.000 0.268
#> GSM337333 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 5 0.4273 0.692 0.148 0.000 0.000 0.000 0.732 0.120
#> GSM337335 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3179 0.823 0.868 0.024 0.028 0.000 0.044 0.036
#> GSM337337 5 0.4273 0.680 0.148 0.000 0.000 0.000 0.732 0.120
#> GSM337338 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.5204 0.582 0.672 0.092 0.012 0.000 0.208 0.016
#> GSM337340 1 0.1194 0.868 0.956 0.008 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM337341 1 0.2482 0.763 0.848 0.000 0.004 0.000 0.000 0.148
#> GSM337342 1 0.0260 0.884 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337343 5 0.2531 0.240 0.000 0.012 0.000 0.000 0.856 0.132
#> GSM337344 1 0.1116 0.875 0.960 0.028 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM337345 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.1644 0.861 0.932 0.052 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM337347 1 0.1858 0.859 0.924 0.052 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM337348 1 0.2402 0.783 0.856 0.004 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM337349 1 0.1453 0.869 0.944 0.040 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM337350 1 0.5204 0.582 0.672 0.092 0.012 0.000 0.208 0.016
#> GSM337351 1 0.2002 0.858 0.920 0.052 0.012 0.000 0.004 0.012
#> GSM337352 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0914 0.879 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM337356 1 0.0146 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337357 1 0.3047 0.827 0.876 0.028 0.028 0.000 0.032 0.036
#> GSM337358 1 0.0260 0.885 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337359 1 0.5242 0.552 0.656 0.092 0.012 0.000 0.228 0.012
#> GSM337360 1 0.0146 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337361 1 0.5328 0.544 0.652 0.092 0.012 0.000 0.228 0.016
#> GSM337362 1 0.4392 0.725 0.756 0.156 0.060 0.000 0.008 0.020
#> GSM337363 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.3111 0.824 0.872 0.024 0.028 0.000 0.040 0.036
#> GSM337365 1 0.0260 0.884 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337366 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4023 0.758 0.796 0.084 0.012 0.000 0.096 0.012
#> GSM337369 1 0.3047 0.827 0.876 0.028 0.028 0.000 0.032 0.036
#> GSM337370 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.2402 0.783 0.856 0.004 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM337373 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0291 0.885 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337375 1 0.4247 0.736 0.776 0.084 0.012 0.000 0.116 0.012
#> GSM337376 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:hclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:hclust 179 9.15e-13 1.41e-38 3
#> CV:hclust 177 1.10e-11 1.87e-36 4
#> CV:hclust 172 1.07e-11 5.92e-37 5
#> CV:hclust 174 7.44e-11 2.39e-34 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4408 0.561 0.561
#> 3 3 0.622 0.542 0.833 0.3046 0.978 0.960
#> 4 4 0.554 0.597 0.748 0.1873 0.764 0.567
#> 5 5 0.597 0.628 0.761 0.0925 0.869 0.622
#> 6 6 0.665 0.586 0.753 0.0582 0.963 0.854
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337315 2 0.343 0.931 0.064 0.936
#> GSM337316 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.697 0.769 0.188 0.812
#> GSM337344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0892 0.63388 0.000 0.980 0.020
#> GSM337198 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337199 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337200 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337201 2 0.0747 0.63093 0.000 0.984 0.016
#> GSM337202 2 0.0424 0.62945 0.000 0.992 0.008
#> GSM337203 2 0.3116 0.59916 0.000 0.892 0.108
#> GSM337204 2 0.0424 0.62945 0.000 0.992 0.008
#> GSM337205 2 0.3340 0.59170 0.000 0.880 0.120
#> GSM337206 2 0.0747 0.63093 0.000 0.984 0.016
#> GSM337207 2 0.5948 0.02107 0.000 0.640 0.360
#> GSM337208 2 0.6062 -0.01957 0.000 0.616 0.384
#> GSM337209 2 0.0747 0.62920 0.000 0.984 0.016
#> GSM337210 2 0.6026 -0.01231 0.000 0.624 0.376
#> GSM337211 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337212 2 0.0592 0.63235 0.000 0.988 0.012
#> GSM337213 2 0.5948 0.02107 0.000 0.640 0.360
#> GSM337214 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337215 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337216 2 0.6280 -0.10126 0.000 0.540 0.460
#> GSM337217 2 0.3551 0.58858 0.000 0.868 0.132
#> GSM337218 2 0.2711 0.60541 0.000 0.912 0.088
#> GSM337219 2 0.6008 0.11964 0.000 0.628 0.372
#> GSM337220 2 0.5948 0.02107 0.000 0.640 0.360
#> GSM337221 2 0.1529 0.61900 0.000 0.960 0.040
#> GSM337222 2 0.0747 0.63294 0.000 0.984 0.016
#> GSM337223 2 0.0592 0.63058 0.000 0.988 0.012
#> GSM337224 2 0.0424 0.63266 0.000 0.992 0.008
#> GSM337225 2 0.6026 0.00357 0.000 0.624 0.376
#> GSM337226 2 0.0424 0.63266 0.000 0.992 0.008
#> GSM337227 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337228 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337229 2 0.5706 0.10006 0.000 0.680 0.320
#> GSM337230 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337231 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337232 2 0.5948 0.02107 0.000 0.640 0.360
#> GSM337233 2 0.0424 0.63308 0.000 0.992 0.008
#> GSM337234 2 0.6062 -0.01957 0.000 0.616 0.384
#> GSM337235 2 0.0237 0.63096 0.000 0.996 0.004
#> GSM337236 2 0.2537 0.59707 0.000 0.920 0.080
#> GSM337237 2 0.5948 0.02107 0.000 0.640 0.360
#> GSM337238 2 0.0592 0.62956 0.000 0.988 0.012
#> GSM337239 2 0.2537 0.60533 0.000 0.920 0.080
#> GSM337240 2 0.2711 0.60541 0.000 0.912 0.088
#> GSM337241 2 0.4291 0.45665 0.000 0.820 0.180
#> GSM337242 2 0.2959 0.59914 0.000 0.900 0.100
#> GSM337243 2 0.2878 0.60650 0.000 0.904 0.096
#> GSM337244 2 0.4002 0.47680 0.000 0.840 0.160
#> GSM337245 2 0.6045 -0.01598 0.000 0.620 0.380
#> GSM337246 2 0.2165 0.60383 0.000 0.936 0.064
#> GSM337247 2 0.2878 0.60481 0.000 0.904 0.096
#> GSM337248 2 0.2711 0.60541 0.000 0.912 0.088
#> GSM337249 2 0.6111 -0.05350 0.000 0.604 0.396
#> GSM337250 2 0.2711 0.60541 0.000 0.912 0.088
#> GSM337251 2 0.0592 0.62956 0.000 0.988 0.012
#> GSM337252 2 0.0747 0.62974 0.000 0.984 0.016
#> GSM337253 2 0.6280 -0.11137 0.000 0.540 0.460
#> GSM337254 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337255 2 0.6286 -0.29218 0.000 0.536 0.464
#> GSM337256 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337257 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337258 2 0.6286 -0.29218 0.000 0.536 0.464
#> GSM337259 3 0.6307 0.17826 0.000 0.488 0.512
#> GSM337260 2 0.0747 0.62650 0.000 0.984 0.016
#> GSM337261 3 0.6215 0.23058 0.000 0.428 0.572
#> GSM337262 2 0.3482 0.58466 0.000 0.872 0.128
#> GSM337263 2 0.0424 0.62945 0.000 0.992 0.008
#> GSM337264 2 0.1753 0.61156 0.000 0.952 0.048
#> GSM337265 2 0.5098 0.39052 0.000 0.752 0.248
#> GSM337266 2 0.5138 0.38053 0.000 0.748 0.252
#> GSM337267 2 0.1163 0.63075 0.000 0.972 0.028
#> GSM337268 2 0.0237 0.63237 0.000 0.996 0.004
#> GSM337269 2 0.0237 0.63237 0.000 0.996 0.004
#> GSM337270 2 0.4931 0.42941 0.000 0.768 0.232
#> GSM337271 2 0.5178 0.37700 0.000 0.744 0.256
#> GSM337272 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337273 2 0.3482 0.59279 0.000 0.872 0.128
#> GSM337274 2 0.6244 -0.06795 0.000 0.560 0.440
#> GSM337275 2 0.1860 0.62320 0.000 0.948 0.052
#> GSM337276 2 0.5254 0.45143 0.000 0.736 0.264
#> GSM337277 2 0.4002 0.49179 0.000 0.840 0.160
#> GSM337278 2 0.2878 0.60085 0.000 0.904 0.096
#> GSM337279 2 0.2796 0.60437 0.000 0.908 0.092
#> GSM337280 2 0.6111 -0.03199 0.000 0.604 0.396
#> GSM337281 2 0.2625 0.60710 0.000 0.916 0.084
#> GSM337282 2 0.2878 0.60481 0.000 0.904 0.096
#> GSM337283 1 0.5138 0.85116 0.748 0.000 0.252
#> GSM337284 2 0.3752 0.56767 0.000 0.856 0.144
#> GSM337285 2 0.5138 0.38053 0.000 0.748 0.252
#> GSM337286 2 0.3879 0.55984 0.000 0.848 0.152
#> GSM337287 2 0.5138 0.38053 0.000 0.748 0.252
#> GSM337288 2 0.2796 0.60536 0.000 0.908 0.092
#> GSM337289 2 0.4452 0.49931 0.000 0.808 0.192
#> GSM337290 2 0.2625 0.60706 0.000 0.916 0.084
#> GSM337291 2 0.6235 -0.04347 0.000 0.564 0.436
#> GSM337292 2 0.6126 -0.03790 0.000 0.600 0.400
#> GSM337293 2 0.2796 0.60536 0.000 0.908 0.092
#> GSM337294 2 0.2878 0.60481 0.000 0.904 0.096
#> GSM337295 2 0.0747 0.63231 0.000 0.984 0.016
#> GSM337296 2 0.1529 0.61900 0.000 0.960 0.040
#> GSM337297 2 0.6062 -0.01957 0.000 0.616 0.384
#> GSM337298 2 0.6180 -0.10762 0.000 0.584 0.416
#> GSM337299 2 0.0592 0.63167 0.000 0.988 0.012
#> GSM337300 2 0.3038 0.60158 0.000 0.896 0.104
#> GSM337301 2 0.2878 0.60085 0.000 0.904 0.096
#> GSM337302 2 0.1031 0.63104 0.000 0.976 0.024
#> GSM337303 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337304 2 0.6062 -0.01957 0.000 0.616 0.384
#> GSM337305 2 0.1964 0.61821 0.000 0.944 0.056
#> GSM337306 2 0.3038 0.60158 0.000 0.896 0.104
#> GSM337307 2 0.2356 0.60998 0.000 0.928 0.072
#> GSM337308 2 0.3482 0.58466 0.000 0.872 0.128
#> GSM337309 2 0.6079 -0.02152 0.000 0.612 0.388
#> GSM337310 2 0.6062 -0.01957 0.000 0.616 0.384
#> GSM337311 2 0.0237 0.63072 0.000 0.996 0.004
#> GSM337312 2 0.6111 -0.05153 0.000 0.604 0.396
#> GSM337313 2 0.3038 0.60158 0.000 0.896 0.104
#> GSM337314 2 0.2448 0.61038 0.000 0.924 0.076
#> GSM337315 2 0.7561 -0.31348 0.040 0.516 0.444
#> GSM337316 2 0.4235 0.45779 0.000 0.824 0.176
#> GSM337317 2 0.6079 0.07608 0.000 0.612 0.388
#> GSM337318 2 0.1643 0.61762 0.000 0.956 0.044
#> GSM337319 1 0.4178 0.87409 0.828 0.000 0.172
#> GSM337320 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.6291 0.70494 0.532 0.000 0.468
#> GSM337324 1 0.4291 0.87280 0.820 0.000 0.180
#> GSM337325 1 0.6026 0.78637 0.624 0.000 0.376
#> GSM337326 1 0.6291 0.70494 0.532 0.000 0.468
#> GSM337327 1 0.2959 0.88890 0.900 0.000 0.100
#> GSM337328 1 0.4178 0.87584 0.828 0.000 0.172
#> GSM337329 1 0.4178 0.87409 0.828 0.000 0.172
#> GSM337330 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.4291 0.87280 0.820 0.000 0.180
#> GSM337332 1 0.4291 0.87280 0.820 0.000 0.180
#> GSM337333 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.5859 0.80412 0.656 0.000 0.344
#> GSM337335 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.4887 0.84516 0.772 0.000 0.228
#> GSM337337 1 0.5859 0.80412 0.656 0.000 0.344
#> GSM337338 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4002 0.86985 0.840 0.000 0.160
#> GSM337340 1 0.4796 0.86610 0.780 0.000 0.220
#> GSM337341 1 0.4291 0.87280 0.820 0.000 0.180
#> GSM337342 1 0.1643 0.90580 0.956 0.000 0.044
#> GSM337343 3 0.7169 0.05247 0.024 0.456 0.520
#> GSM337344 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3116 0.89245 0.892 0.000 0.108
#> GSM337348 1 0.4291 0.87280 0.820 0.000 0.180
#> GSM337349 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0592 0.91126 0.988 0.000 0.012
#> GSM337351 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0592 0.91222 0.988 0.000 0.012
#> GSM337356 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.5529 0.82435 0.704 0.000 0.296
#> GSM337358 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4555 0.85088 0.800 0.000 0.200
#> GSM337360 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4346 0.85779 0.816 0.000 0.184
#> GSM337362 1 0.4605 0.85023 0.796 0.000 0.204
#> GSM337363 1 0.0424 0.91256 0.992 0.000 0.008
#> GSM337364 1 0.5591 0.82029 0.696 0.000 0.304
#> GSM337365 1 0.2537 0.89854 0.920 0.000 0.080
#> GSM337366 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4605 0.85023 0.796 0.000 0.204
#> GSM337369 1 0.5650 0.81742 0.688 0.000 0.312
#> GSM337370 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.4346 0.87224 0.816 0.000 0.184
#> GSM337373 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0424 0.91298 0.992 0.000 0.008
#> GSM337375 1 0.3941 0.87265 0.844 0.000 0.156
#> GSM337376 1 0.0000 0.91342 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.7818 0.55498 0.000 0.332 0.404 0.264
#> GSM337198 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 3 0.7816 0.55664 0.000 0.340 0.400 0.260
#> GSM337200 3 0.7776 0.56082 0.000 0.340 0.412 0.248
#> GSM337201 3 0.7836 0.55085 0.000 0.328 0.400 0.272
#> GSM337202 3 0.7808 0.55571 0.000 0.344 0.400 0.256
#> GSM337203 3 0.3591 0.49022 0.000 0.168 0.824 0.008
#> GSM337204 3 0.7781 0.55838 0.000 0.344 0.408 0.248
#> GSM337205 3 0.5496 0.45012 0.000 0.160 0.732 0.108
#> GSM337206 3 0.7818 0.55384 0.000 0.332 0.404 0.264
#> GSM337207 2 0.1722 0.81929 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM337208 2 0.0188 0.86263 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337209 3 0.7922 0.49465 0.000 0.340 0.340 0.320
#> GSM337210 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 3 0.7617 0.56288 0.000 0.332 0.452 0.216
#> GSM337213 2 0.1722 0.81929 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM337214 3 0.7808 0.55504 0.000 0.344 0.400 0.256
#> GSM337215 3 0.7790 0.55971 0.000 0.340 0.408 0.252
#> GSM337216 3 0.6009 -0.11765 0.000 0.468 0.492 0.040
#> GSM337217 3 0.3751 0.48985 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM337218 3 0.3356 0.49914 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337219 3 0.4855 0.30553 0.000 0.352 0.644 0.004
#> GSM337220 2 0.1938 0.81341 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM337221 3 0.7871 0.45384 0.000 0.284 0.384 0.332
#> GSM337222 3 0.7786 0.56242 0.000 0.328 0.416 0.256
#> GSM337223 3 0.7818 0.55187 0.000 0.332 0.404 0.264
#> GSM337224 3 0.7763 0.56360 0.000 0.332 0.420 0.248
#> GSM337225 2 0.0376 0.86078 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337226 3 0.7792 0.56250 0.000 0.332 0.412 0.256
#> GSM337227 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.5428 0.45680 0.000 0.740 0.120 0.140
#> GSM337230 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337232 2 0.2124 0.80481 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM337233 3 0.7756 0.56362 0.000 0.328 0.424 0.248
#> GSM337234 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337235 3 0.7790 0.56016 0.000 0.340 0.408 0.252
#> GSM337236 2 0.7659 -0.55501 0.000 0.444 0.332 0.224
#> GSM337237 2 0.1722 0.81929 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM337238 3 0.7835 0.55036 0.000 0.336 0.396 0.268
#> GSM337239 3 0.7874 0.38810 0.000 0.336 0.380 0.284
#> GSM337240 3 0.4035 0.50575 0.000 0.176 0.804 0.020
#> GSM337241 4 0.7717 0.00834 0.000 0.232 0.344 0.424
#> GSM337242 3 0.7585 0.48698 0.000 0.224 0.472 0.304
#> GSM337243 3 0.3569 0.48851 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337244 4 0.7446 -0.13370 0.000 0.172 0.396 0.432
#> GSM337245 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.7776 0.36078 0.000 0.248 0.412 0.340
#> GSM337247 3 0.3539 0.49781 0.000 0.176 0.820 0.004
#> GSM337248 3 0.3356 0.49914 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337249 2 0.0336 0.85772 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337250 3 0.3356 0.49914 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337251 3 0.7854 0.54410 0.000 0.344 0.384 0.272
#> GSM337252 3 0.7887 0.53143 0.000 0.332 0.376 0.292
#> GSM337253 2 0.4072 0.57899 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.2466 0.78030 0.000 0.916 0.056 0.028
#> GSM337256 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 3 0.7832 0.55031 0.000 0.344 0.392 0.264
#> GSM337258 2 0.2466 0.78030 0.000 0.916 0.056 0.028
#> GSM337259 2 0.4614 0.64950 0.000 0.792 0.064 0.144
#> GSM337260 3 0.7812 0.55243 0.000 0.348 0.396 0.256
#> GSM337261 2 0.6316 0.49085 0.000 0.660 0.156 0.184
#> GSM337262 3 0.4758 0.46252 0.000 0.156 0.780 0.064
#> GSM337263 3 0.7781 0.55838 0.000 0.344 0.408 0.248
#> GSM337264 2 0.7596 -0.57314 0.000 0.456 0.332 0.212
#> GSM337265 3 0.7564 -0.13584 0.000 0.192 0.420 0.388
#> GSM337266 4 0.7563 0.16195 0.000 0.196 0.364 0.440
#> GSM337267 3 0.7877 0.52550 0.000 0.312 0.388 0.300
#> GSM337268 3 0.7756 0.56459 0.000 0.328 0.424 0.248
#> GSM337269 3 0.7756 0.56362 0.000 0.328 0.424 0.248
#> GSM337270 3 0.7098 0.05784 0.000 0.152 0.536 0.312
#> GSM337271 3 0.7538 -0.14057 0.000 0.188 0.428 0.384
#> GSM337272 3 0.7816 0.55664 0.000 0.340 0.400 0.260
#> GSM337273 3 0.7668 0.38212 0.000 0.288 0.460 0.252
#> GSM337274 2 0.4331 0.53384 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM337275 3 0.4998 0.51635 0.000 0.200 0.748 0.052
#> GSM337276 3 0.7175 0.10401 0.000 0.224 0.556 0.220
#> GSM337277 4 0.7760 -0.11136 0.000 0.236 0.372 0.392
#> GSM337278 3 0.6646 0.48577 0.000 0.172 0.624 0.204
#> GSM337279 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337280 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 3 0.3356 0.49914 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337282 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337283 1 0.4819 0.75135 0.652 0.000 0.004 0.344
#> GSM337284 3 0.4462 0.41955 0.000 0.132 0.804 0.064
#> GSM337285 4 0.7569 0.15632 0.000 0.196 0.368 0.436
#> GSM337286 3 0.5116 0.41017 0.000 0.128 0.764 0.108
#> GSM337287 4 0.7563 0.16195 0.000 0.196 0.364 0.440
#> GSM337288 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337289 3 0.4542 0.35581 0.000 0.108 0.804 0.088
#> GSM337290 3 0.4979 0.51446 0.000 0.176 0.760 0.064
#> GSM337291 2 0.4972 0.19775 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM337292 2 0.1867 0.79447 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337293 3 0.3881 0.50121 0.000 0.172 0.812 0.016
#> GSM337294 3 0.3539 0.49781 0.000 0.176 0.820 0.004
#> GSM337295 3 0.7764 0.56505 0.000 0.324 0.424 0.252
#> GSM337296 3 0.7866 0.45920 0.000 0.284 0.388 0.328
#> GSM337297 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.1406 0.83014 0.000 0.960 0.016 0.024
#> GSM337299 3 0.7888 0.52409 0.000 0.320 0.380 0.300
#> GSM337300 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337301 3 0.5932 0.48270 0.000 0.172 0.696 0.132
#> GSM337302 3 0.7921 0.49896 0.000 0.332 0.348 0.320
#> GSM337303 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0188 0.86263 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337305 3 0.7841 0.45373 0.000 0.272 0.396 0.332
#> GSM337306 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337307 3 0.7877 0.42742 0.000 0.308 0.388 0.304
#> GSM337308 3 0.5560 0.47402 0.000 0.156 0.728 0.116
#> GSM337309 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.86404 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 3 0.7832 0.55031 0.000 0.344 0.392 0.264
#> GSM337312 2 0.0524 0.85921 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337313 3 0.3494 0.49577 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM337314 3 0.7823 0.41894 0.000 0.272 0.408 0.320
#> GSM337315 4 0.5341 0.27524 0.008 0.064 0.180 0.748
#> GSM337316 4 0.7789 0.00862 0.000 0.248 0.352 0.400
#> GSM337317 3 0.5028 0.17176 0.000 0.400 0.596 0.004
#> GSM337318 3 0.7857 0.45484 0.000 0.280 0.392 0.328
#> GSM337319 1 0.4188 0.79434 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM337320 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0188 0.87309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337323 4 0.5570 -0.57711 0.440 0.000 0.020 0.540
#> GSM337324 1 0.4428 0.78426 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337325 1 0.5151 0.65542 0.532 0.000 0.004 0.464
#> GSM337326 4 0.5478 -0.57798 0.444 0.000 0.016 0.540
#> GSM337327 1 0.4039 0.82962 0.836 0.000 0.084 0.080
#> GSM337328 1 0.4767 0.79472 0.724 0.000 0.020 0.256
#> GSM337329 1 0.4220 0.79334 0.748 0.000 0.004 0.248
#> GSM337330 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.4428 0.78426 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337332 1 0.4401 0.78669 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM337333 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.6634 0.68538 0.564 0.000 0.100 0.336
#> GSM337335 1 0.0188 0.87309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337336 1 0.5599 0.76204 0.700 0.000 0.072 0.228
#> GSM337337 1 0.6599 0.68609 0.564 0.000 0.096 0.340
#> GSM337338 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337339 1 0.5066 0.79865 0.764 0.000 0.088 0.148
#> GSM337340 1 0.4560 0.78389 0.700 0.000 0.004 0.296
#> GSM337341 1 0.4428 0.78426 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337342 1 0.2125 0.85808 0.920 0.000 0.004 0.076
#> GSM337343 4 0.4103 0.30034 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM337344 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337345 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337346 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337347 1 0.3306 0.83565 0.840 0.000 0.004 0.156
#> GSM337348 1 0.4428 0.78426 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337349 1 0.0188 0.87309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337350 1 0.1820 0.86385 0.944 0.000 0.036 0.020
#> GSM337351 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337352 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337353 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1109 0.87046 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM337356 1 0.0188 0.87328 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337357 1 0.5966 0.72595 0.624 0.000 0.060 0.316
#> GSM337358 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337359 1 0.5535 0.76748 0.720 0.000 0.088 0.192
#> GSM337360 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.5395 0.77833 0.736 0.000 0.092 0.172
#> GSM337362 1 0.5448 0.77147 0.724 0.000 0.080 0.196
#> GSM337363 1 0.0188 0.87303 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337364 1 0.6121 0.72279 0.620 0.000 0.072 0.308
#> GSM337365 1 0.2973 0.83727 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM337366 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337368 1 0.5535 0.76748 0.720 0.000 0.088 0.192
#> GSM337369 1 0.6023 0.71825 0.612 0.000 0.060 0.328
#> GSM337370 1 0.0376 0.87278 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337371 1 0.0188 0.87309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337372 1 0.4428 0.78491 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337373 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0817 0.87164 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337375 1 0.4621 0.81455 0.796 0.000 0.076 0.128
#> GSM337376 1 0.0000 0.87319 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.1498 0.7583 0.000 0.008 0.016 0.952 0.024
#> GSM337198 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337199 4 0.1617 0.7506 0.000 0.012 0.020 0.948 0.020
#> GSM337200 4 0.1314 0.7530 0.000 0.016 0.012 0.960 0.012
#> GSM337201 4 0.1739 0.7515 0.000 0.004 0.024 0.940 0.032
#> GSM337202 4 0.1419 0.7515 0.000 0.016 0.016 0.956 0.012
#> GSM337203 5 0.4088 0.8214 0.000 0.008 0.000 0.304 0.688
#> GSM337204 4 0.0671 0.7558 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> GSM337205 5 0.5287 0.7619 0.000 0.008 0.068 0.268 0.656
#> GSM337206 4 0.1412 0.7509 0.000 0.004 0.008 0.952 0.036
#> GSM337207 2 0.4289 0.7906 0.000 0.708 0.012 0.272 0.008
#> GSM337208 2 0.3590 0.8894 0.000 0.820 0.016 0.148 0.016
#> GSM337209 4 0.3449 0.7027 0.000 0.012 0.068 0.852 0.068
#> GSM337210 2 0.2605 0.8995 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM337211 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337212 4 0.1357 0.7355 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM337213 2 0.4015 0.8042 0.000 0.724 0.004 0.264 0.008
#> GSM337214 4 0.1095 0.7559 0.000 0.012 0.012 0.968 0.008
#> GSM337215 4 0.1524 0.7503 0.000 0.016 0.016 0.952 0.016
#> GSM337216 5 0.5561 0.5155 0.000 0.236 0.016 0.088 0.660
#> GSM337217 5 0.4883 0.7912 0.000 0.004 0.028 0.348 0.620
#> GSM337218 5 0.3999 0.8231 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM337219 5 0.5753 0.6997 0.000 0.124 0.016 0.204 0.656
#> GSM337220 2 0.4336 0.7798 0.000 0.700 0.008 0.280 0.012
#> GSM337221 4 0.2518 0.7366 0.000 0.020 0.036 0.908 0.036
#> GSM337222 4 0.1074 0.7552 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012
#> GSM337223 4 0.0566 0.7576 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337224 4 0.1405 0.7505 0.000 0.008 0.016 0.956 0.020
#> GSM337225 2 0.3213 0.8964 0.000 0.836 0.004 0.144 0.016
#> GSM337226 4 0.1503 0.7505 0.000 0.008 0.020 0.952 0.020
#> GSM337227 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337228 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337229 4 0.4959 0.2312 0.000 0.308 0.020 0.652 0.020
#> GSM337230 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337231 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337232 2 0.5798 0.5108 0.000 0.528 0.036 0.404 0.032
#> GSM337233 4 0.0609 0.7512 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337234 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337235 4 0.1419 0.7512 0.000 0.012 0.016 0.956 0.016
#> GSM337236 4 0.3214 0.7090 0.000 0.104 0.008 0.856 0.032
#> GSM337237 2 0.4678 0.7094 0.000 0.648 0.012 0.328 0.012
#> GSM337238 4 0.0798 0.7569 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM337239 4 0.4509 0.6657 0.000 0.056 0.088 0.796 0.060
#> GSM337240 5 0.4249 0.7284 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM337241 4 0.6804 0.4417 0.000 0.108 0.248 0.572 0.072
#> GSM337242 4 0.3918 0.6763 0.000 0.024 0.068 0.828 0.080
#> GSM337243 5 0.4810 0.8161 0.000 0.012 0.020 0.316 0.652
#> GSM337244 4 0.5755 0.5812 0.000 0.072 0.144 0.700 0.084
#> GSM337245 2 0.2605 0.8995 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM337246 4 0.2321 0.7485 0.000 0.024 0.016 0.916 0.044
#> GSM337247 5 0.4288 0.8281 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> GSM337248 5 0.4235 0.8275 0.000 0.000 0.008 0.336 0.656
#> GSM337249 2 0.2561 0.8998 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM337250 5 0.4252 0.8254 0.000 0.000 0.008 0.340 0.652
#> GSM337251 4 0.1087 0.7561 0.000 0.008 0.016 0.968 0.008
#> GSM337252 4 0.1990 0.7457 0.000 0.004 0.028 0.928 0.040
#> GSM337253 2 0.5878 0.1872 0.000 0.496 0.016 0.060 0.428
#> GSM337254 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337255 2 0.2286 0.8655 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> GSM337256 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337257 4 0.0960 0.7561 0.000 0.004 0.016 0.972 0.008
#> GSM337258 2 0.2286 0.8655 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> GSM337259 2 0.4635 0.7062 0.000 0.776 0.128 0.064 0.032
#> GSM337260 4 0.1518 0.7532 0.000 0.016 0.020 0.952 0.012
#> GSM337261 2 0.6627 0.4521 0.000 0.580 0.256 0.056 0.108
#> GSM337262 5 0.5917 0.6529 0.000 0.016 0.068 0.384 0.532
#> GSM337263 4 0.0510 0.7557 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337264 4 0.4025 0.6512 0.000 0.156 0.016 0.796 0.032
#> GSM337265 4 0.7630 0.2475 0.000 0.116 0.316 0.448 0.120
#> GSM337266 4 0.7903 0.1721 0.000 0.116 0.364 0.368 0.152
#> GSM337267 4 0.3012 0.7074 0.000 0.004 0.052 0.872 0.072
#> GSM337268 4 0.0671 0.7519 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337269 4 0.0510 0.7521 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337270 4 0.8069 0.0162 0.000 0.108 0.272 0.392 0.228
#> GSM337271 4 0.7702 0.2231 0.000 0.116 0.320 0.436 0.128
#> GSM337272 4 0.1739 0.7508 0.000 0.004 0.032 0.940 0.024
#> GSM337273 4 0.5739 0.5582 0.000 0.056 0.112 0.700 0.132
#> GSM337274 2 0.6388 0.0977 0.000 0.464 0.016 0.108 0.412
#> GSM337275 4 0.4731 -0.5047 0.000 0.000 0.016 0.528 0.456
#> GSM337276 5 0.7692 0.4792 0.000 0.100 0.208 0.212 0.480
#> GSM337277 4 0.6021 0.5803 0.000 0.088 0.144 0.680 0.088
#> GSM337278 4 0.5551 -0.4631 0.000 0.000 0.068 0.488 0.444
#> GSM337279 5 0.4084 0.8293 0.000 0.004 0.000 0.328 0.668
#> GSM337280 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337281 5 0.4166 0.8197 0.000 0.000 0.004 0.348 0.648
#> GSM337282 5 0.3949 0.8281 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM337283 1 0.6513 0.3342 0.560 0.020 0.256 0.000 0.164
#> GSM337284 5 0.6056 0.7186 0.000 0.016 0.096 0.316 0.572
#> GSM337285 4 0.7903 0.1770 0.000 0.116 0.360 0.372 0.152
#> GSM337286 5 0.6139 0.7031 0.000 0.016 0.108 0.304 0.572
#> GSM337287 4 0.7903 0.1721 0.000 0.116 0.364 0.368 0.152
#> GSM337288 5 0.4101 0.8287 0.000 0.000 0.004 0.332 0.664
#> GSM337289 5 0.6189 0.6970 0.000 0.024 0.100 0.296 0.580
#> GSM337290 4 0.4425 -0.4788 0.000 0.000 0.004 0.544 0.452
#> GSM337291 5 0.6055 0.4134 0.000 0.296 0.012 0.112 0.580
#> GSM337292 2 0.3455 0.8349 0.000 0.844 0.004 0.084 0.068
#> GSM337293 5 0.4696 0.7109 0.000 0.000 0.016 0.428 0.556
#> GSM337294 5 0.4084 0.8292 0.000 0.000 0.004 0.328 0.668
#> GSM337295 4 0.1673 0.7453 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032
#> GSM337296 4 0.2689 0.7309 0.000 0.024 0.036 0.900 0.040
#> GSM337297 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337298 2 0.2424 0.8883 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM337299 4 0.2813 0.7138 0.000 0.004 0.048 0.884 0.064
#> GSM337300 5 0.4165 0.8294 0.000 0.000 0.008 0.320 0.672
#> GSM337301 5 0.5461 0.6426 0.000 0.000 0.064 0.408 0.528
#> GSM337302 4 0.3512 0.6964 0.000 0.004 0.088 0.840 0.068
#> GSM337303 2 0.2719 0.8975 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337304 2 0.4254 0.8533 0.000 0.768 0.020 0.188 0.024
#> GSM337305 4 0.3797 0.6897 0.000 0.024 0.076 0.836 0.064
#> GSM337306 5 0.4165 0.8294 0.000 0.000 0.008 0.320 0.672
#> GSM337307 4 0.4160 0.6954 0.000 0.036 0.084 0.816 0.064
#> GSM337308 5 0.5787 0.5393 0.000 0.016 0.052 0.456 0.476
#> GSM337309 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337310 2 0.2719 0.9011 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM337311 4 0.0960 0.7561 0.000 0.004 0.016 0.972 0.008
#> GSM337312 2 0.3387 0.8918 0.000 0.832 0.008 0.140 0.020
#> GSM337313 5 0.4251 0.8290 0.000 0.000 0.012 0.316 0.672
#> GSM337314 4 0.3877 0.6889 0.000 0.028 0.080 0.832 0.060
#> GSM337315 3 0.7294 0.1250 0.008 0.056 0.504 0.300 0.132
#> GSM337316 4 0.6758 0.4380 0.000 0.112 0.232 0.584 0.072
#> GSM337317 5 0.5898 0.6622 0.000 0.152 0.020 0.176 0.652
#> GSM337318 4 0.3665 0.7002 0.000 0.024 0.076 0.844 0.056
#> GSM337319 1 0.5336 0.5389 0.712 0.020 0.136 0.000 0.132
#> GSM337320 1 0.0404 0.7382 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.7388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0404 0.7386 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337323 3 0.7222 0.3295 0.292 0.060 0.496 0.000 0.152
#> GSM337324 1 0.6058 0.4636 0.632 0.020 0.192 0.000 0.156
#> GSM337325 1 0.7031 -0.1039 0.420 0.028 0.384 0.000 0.168
#> GSM337326 3 0.7193 0.3242 0.292 0.060 0.500 0.000 0.148
#> GSM337327 1 0.4134 0.4792 0.704 0.004 0.284 0.000 0.008
#> GSM337328 1 0.5889 0.4725 0.632 0.020 0.244 0.000 0.104
#> GSM337329 1 0.5416 0.5298 0.704 0.020 0.144 0.000 0.132
#> GSM337330 1 0.0162 0.7387 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.6058 0.4636 0.632 0.020 0.192 0.000 0.156
#> GSM337332 1 0.5992 0.4733 0.640 0.020 0.188 0.000 0.152
#> GSM337333 1 0.0000 0.7388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 3 0.5179 -0.0626 0.460 0.016 0.508 0.000 0.016
#> GSM337335 1 0.0404 0.7386 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.5215 0.2331 0.580 0.016 0.380 0.000 0.024
#> GSM337337 3 0.4791 -0.0725 0.460 0.004 0.524 0.000 0.012
#> GSM337338 1 0.0566 0.7387 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4449 0.3162 0.604 0.004 0.388 0.000 0.004
#> GSM337340 1 0.6110 0.4281 0.616 0.016 0.212 0.000 0.156
#> GSM337341 1 0.6022 0.4687 0.636 0.020 0.192 0.000 0.152
#> GSM337342 1 0.2502 0.6979 0.904 0.012 0.060 0.000 0.024
#> GSM337343 3 0.5258 0.3458 0.000 0.048 0.732 0.148 0.072
#> GSM337344 1 0.0290 0.7389 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0566 0.7387 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0290 0.7389 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3947 0.6425 0.824 0.020 0.084 0.000 0.072
#> GSM337348 1 0.6087 0.4593 0.628 0.020 0.196 0.000 0.156
#> GSM337349 1 0.0451 0.7391 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337350 1 0.2806 0.6496 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0290 0.7389 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0771 0.7344 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM337353 1 0.0000 0.7388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0162 0.7387 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2077 0.7042 0.908 0.000 0.084 0.000 0.008
#> GSM337356 1 0.0613 0.7378 0.984 0.004 0.008 0.000 0.004
#> GSM337357 1 0.6170 0.0983 0.520 0.024 0.380 0.000 0.076
#> GSM337358 1 0.0404 0.7386 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4806 0.2201 0.572 0.004 0.408 0.000 0.016
#> GSM337360 1 0.0000 0.7388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4769 0.2544 0.588 0.004 0.392 0.000 0.016
#> GSM337362 1 0.4871 0.2683 0.592 0.012 0.384 0.000 0.012
#> GSM337363 1 0.0451 0.7368 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337364 1 0.5447 0.0882 0.512 0.012 0.440 0.000 0.036
#> GSM337365 1 0.3815 0.6476 0.832 0.020 0.088 0.000 0.060
#> GSM337366 1 0.0162 0.7387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337367 1 0.0162 0.7391 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4727 0.2273 0.576 0.008 0.408 0.000 0.008
#> GSM337369 1 0.6178 0.0883 0.516 0.024 0.384 0.000 0.076
#> GSM337370 1 0.0566 0.7387 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0404 0.7386 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.6092 0.4583 0.632 0.024 0.200 0.000 0.144
#> GSM337373 1 0.0162 0.7391 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.2332 0.7041 0.904 0.004 0.076 0.000 0.016
#> GSM337375 1 0.4536 0.3924 0.640 0.008 0.344 0.000 0.008
#> GSM337376 1 0.0000 0.7388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.3121 0.7283 0.000 0.008 0.000 0.796 0.004 0.192
#> GSM337198 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337199 4 0.3778 0.7482 0.000 0.012 0.028 0.812 0.028 0.120
#> GSM337200 4 0.1905 0.7804 0.000 0.020 0.016 0.932 0.020 0.012
#> GSM337201 4 0.3100 0.7525 0.000 0.004 0.008 0.840 0.024 0.124
#> GSM337202 4 0.2659 0.7741 0.000 0.020 0.028 0.896 0.024 0.032
#> GSM337203 5 0.4046 0.7790 0.000 0.000 0.000 0.168 0.748 0.084
#> GSM337204 4 0.1237 0.7813 0.000 0.020 0.000 0.956 0.020 0.004
#> GSM337205 5 0.6232 0.6699 0.000 0.000 0.144 0.176 0.588 0.092
#> GSM337206 4 0.2051 0.7795 0.000 0.004 0.020 0.920 0.044 0.012
#> GSM337207 2 0.4816 0.6730 0.000 0.692 0.008 0.212 0.008 0.080
#> GSM337208 2 0.3347 0.8274 0.000 0.856 0.044 0.056 0.020 0.024
#> GSM337209 4 0.4736 0.6824 0.000 0.016 0.108 0.748 0.024 0.104
#> GSM337210 2 0.1204 0.8655 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337212 4 0.2110 0.7677 0.000 0.004 0.000 0.900 0.084 0.012
#> GSM337213 2 0.4224 0.7248 0.000 0.744 0.016 0.200 0.008 0.032
#> GSM337214 4 0.2803 0.7582 0.000 0.016 0.000 0.856 0.012 0.116
#> GSM337215 4 0.2409 0.7761 0.000 0.016 0.024 0.908 0.032 0.020
#> GSM337216 5 0.5245 0.5805 0.000 0.188 0.008 0.052 0.688 0.064
#> GSM337217 5 0.4584 0.7508 0.000 0.000 0.048 0.196 0.720 0.036
#> GSM337218 5 0.3456 0.7942 0.000 0.000 0.000 0.172 0.788 0.040
#> GSM337219 5 0.3893 0.7279 0.000 0.052 0.020 0.100 0.812 0.016
#> GSM337220 2 0.4603 0.6991 0.000 0.716 0.016 0.212 0.012 0.044
#> GSM337221 4 0.3392 0.7359 0.000 0.020 0.032 0.852 0.028 0.068
#> GSM337222 4 0.2667 0.7559 0.000 0.000 0.000 0.852 0.020 0.128
#> GSM337223 4 0.2821 0.7590 0.000 0.020 0.008 0.880 0.028 0.064
#> GSM337224 4 0.2399 0.7756 0.000 0.012 0.024 0.908 0.032 0.024
#> GSM337225 2 0.2831 0.8460 0.000 0.884 0.028 0.052 0.020 0.016
#> GSM337226 4 0.2482 0.7730 0.000 0.012 0.028 0.904 0.028 0.028
#> GSM337227 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337228 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337229 4 0.5623 0.4738 0.000 0.212 0.016 0.628 0.012 0.132
#> GSM337230 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337231 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337232 2 0.6878 0.1176 0.000 0.396 0.044 0.392 0.020 0.148
#> GSM337233 4 0.2763 0.7638 0.000 0.004 0.012 0.880 0.052 0.052
#> GSM337234 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337235 4 0.2928 0.7717 0.000 0.016 0.028 0.880 0.028 0.048
#> GSM337236 4 0.4237 0.7093 0.000 0.096 0.016 0.788 0.020 0.080
#> GSM337237 2 0.5386 0.5949 0.000 0.628 0.016 0.264 0.012 0.080
#> GSM337238 4 0.2538 0.7570 0.000 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> GSM337239 4 0.4917 0.6668 0.000 0.032 0.076 0.756 0.056 0.080
#> GSM337240 5 0.4034 0.7485 0.000 0.000 0.004 0.280 0.692 0.024
#> GSM337241 4 0.7310 0.0192 0.000 0.056 0.320 0.444 0.060 0.120
#> GSM337242 4 0.4531 0.6849 0.000 0.008 0.072 0.772 0.064 0.084
#> GSM337243 5 0.3104 0.7855 0.000 0.004 0.004 0.152 0.824 0.016
#> GSM337244 4 0.6410 0.4128 0.000 0.040 0.196 0.608 0.080 0.076
#> GSM337245 2 0.1349 0.8651 0.000 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> GSM337246 4 0.3395 0.7503 0.000 0.020 0.000 0.812 0.020 0.148
#> GSM337247 5 0.2859 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.156 0.828 0.016
#> GSM337248 5 0.2778 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.168 0.824 0.008
#> GSM337249 2 0.1075 0.8639 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.2778 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.168 0.824 0.008
#> GSM337251 4 0.2538 0.7540 0.000 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> GSM337252 4 0.2995 0.7486 0.000 0.012 0.008 0.844 0.008 0.128
#> GSM337253 2 0.5166 0.0883 0.000 0.476 0.008 0.028 0.468 0.020
#> GSM337254 2 0.1429 0.8666 0.000 0.940 0.000 0.052 0.004 0.004
#> GSM337255 2 0.0922 0.8431 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> GSM337256 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337257 4 0.2890 0.7543 0.000 0.016 0.000 0.848 0.012 0.124
#> GSM337258 2 0.0922 0.8431 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> GSM337259 2 0.4557 0.5493 0.000 0.696 0.244 0.020 0.036 0.004
#> GSM337260 4 0.3362 0.7488 0.000 0.016 0.008 0.828 0.020 0.128
#> GSM337261 2 0.6619 0.1107 0.000 0.464 0.372 0.024 0.068 0.072
#> GSM337262 5 0.6301 0.5287 0.000 0.004 0.064 0.320 0.516 0.096
#> GSM337263 4 0.1092 0.7810 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020 0.000
#> GSM337264 4 0.5543 0.6119 0.000 0.156 0.048 0.684 0.020 0.092
#> GSM337265 3 0.6189 0.4276 0.000 0.056 0.556 0.284 0.096 0.008
#> GSM337266 3 0.5573 0.5193 0.000 0.056 0.640 0.208 0.096 0.000
#> GSM337267 4 0.3504 0.7161 0.000 0.000 0.112 0.820 0.052 0.016
#> GSM337268 4 0.1621 0.7762 0.000 0.004 0.004 0.936 0.048 0.008
#> GSM337269 4 0.1590 0.7754 0.000 0.000 0.008 0.936 0.048 0.008
#> GSM337270 3 0.7958 0.3376 0.000 0.052 0.404 0.232 0.200 0.112
#> GSM337271 3 0.6063 0.4239 0.000 0.056 0.540 0.304 0.100 0.000
#> GSM337272 4 0.3904 0.7405 0.000 0.012 0.028 0.796 0.024 0.140
#> GSM337273 4 0.6194 0.5253 0.000 0.020 0.100 0.632 0.096 0.152
#> GSM337274 2 0.6743 0.1242 0.000 0.460 0.008 0.068 0.336 0.128
#> GSM337275 5 0.4939 0.3798 0.000 0.000 0.028 0.468 0.484 0.020
#> GSM337276 5 0.7838 0.1899 0.000 0.044 0.300 0.128 0.388 0.140
#> GSM337277 4 0.6412 0.4076 0.000 0.048 0.200 0.608 0.068 0.076
#> GSM337278 4 0.6552 -0.1804 0.000 0.000 0.128 0.468 0.332 0.072
#> GSM337279 5 0.4079 0.7858 0.000 0.000 0.000 0.172 0.744 0.084
#> GSM337280 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337281 5 0.3388 0.7955 0.000 0.000 0.000 0.172 0.792 0.036
#> GSM337282 5 0.3354 0.7941 0.000 0.000 0.000 0.168 0.796 0.036
#> GSM337283 1 0.6121 0.1593 0.436 0.000 0.284 0.000 0.004 0.276
#> GSM337284 5 0.5952 0.6724 0.000 0.004 0.076 0.200 0.620 0.100
#> GSM337285 3 0.5687 0.5238 0.000 0.056 0.624 0.220 0.100 0.000
#> GSM337286 5 0.6321 0.6389 0.000 0.004 0.104 0.212 0.580 0.100
#> GSM337287 3 0.5573 0.5193 0.000 0.056 0.640 0.208 0.096 0.000
#> GSM337288 5 0.2668 0.7956 0.000 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> GSM337289 5 0.6252 0.6454 0.000 0.008 0.104 0.184 0.604 0.100
#> GSM337290 5 0.4960 0.4458 0.000 0.000 0.004 0.424 0.516 0.056
#> GSM337291 5 0.5589 0.5498 0.000 0.244 0.008 0.068 0.632 0.048
#> GSM337292 2 0.1666 0.8536 0.000 0.936 0.008 0.036 0.020 0.000
#> GSM337293 5 0.5057 0.6427 0.000 0.000 0.028 0.340 0.592 0.040
#> GSM337294 5 0.2877 0.7950 0.000 0.000 0.000 0.168 0.820 0.012
#> GSM337295 4 0.2414 0.7718 0.000 0.000 0.028 0.900 0.044 0.028
#> GSM337296 4 0.3946 0.7195 0.000 0.020 0.048 0.820 0.044 0.068
#> GSM337297 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337298 2 0.1340 0.8590 0.000 0.948 0.000 0.040 0.008 0.004
#> GSM337299 4 0.3368 0.7200 0.000 0.000 0.108 0.828 0.052 0.012
#> GSM337300 5 0.2706 0.7951 0.000 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> GSM337301 5 0.6283 0.6067 0.000 0.000 0.132 0.304 0.512 0.052
#> GSM337302 4 0.5188 0.6323 0.000 0.004 0.132 0.692 0.032 0.140
#> GSM337303 2 0.1364 0.8646 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> GSM337304 2 0.4313 0.7587 0.000 0.780 0.044 0.128 0.020 0.028
#> GSM337305 4 0.4567 0.6780 0.000 0.012 0.080 0.772 0.056 0.080
#> GSM337306 5 0.2706 0.7951 0.000 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> GSM337307 4 0.5096 0.6754 0.000 0.028 0.096 0.736 0.044 0.096
#> GSM337308 5 0.6603 0.2960 0.000 0.004 0.056 0.404 0.404 0.132
#> GSM337309 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337310 2 0.1285 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM337311 4 0.2890 0.7543 0.000 0.016 0.000 0.848 0.012 0.124
#> GSM337312 2 0.3646 0.8191 0.000 0.840 0.032 0.056 0.024 0.048
#> GSM337313 5 0.2859 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.156 0.828 0.016
#> GSM337314 4 0.4741 0.6690 0.000 0.020 0.080 0.764 0.056 0.080
#> GSM337315 6 0.7338 -0.1876 0.004 0.012 0.312 0.208 0.068 0.396
#> GSM337316 4 0.6889 0.1329 0.000 0.056 0.304 0.504 0.068 0.068
#> GSM337317 5 0.3978 0.7268 0.000 0.052 0.020 0.100 0.808 0.020
#> GSM337318 4 0.4358 0.6976 0.000 0.020 0.072 0.792 0.048 0.068
#> GSM337319 1 0.5290 0.4224 0.608 0.000 0.244 0.000 0.004 0.144
#> GSM337320 1 0.0000 0.7012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0260 0.7019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337323 3 0.6402 -0.2320 0.176 0.004 0.436 0.000 0.024 0.360
#> GSM337324 1 0.5715 0.3464 0.532 0.000 0.284 0.000 0.004 0.180
#> GSM337325 3 0.6492 -0.3358 0.268 0.004 0.368 0.000 0.012 0.348
#> GSM337326 3 0.6408 -0.2319 0.180 0.004 0.444 0.000 0.024 0.348
#> GSM337327 1 0.4174 0.2442 0.628 0.004 0.000 0.000 0.016 0.352
#> GSM337328 1 0.5998 0.2895 0.504 0.004 0.216 0.000 0.004 0.272
#> GSM337329 1 0.5451 0.3957 0.584 0.000 0.252 0.000 0.004 0.160
#> GSM337330 1 0.0000 0.7012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.5715 0.3464 0.532 0.000 0.284 0.000 0.004 0.180
#> GSM337332 1 0.5701 0.3517 0.536 0.000 0.280 0.000 0.004 0.180
#> GSM337333 1 0.0146 0.7017 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.4333 0.2921 0.380 0.000 0.020 0.000 0.004 0.596
#> GSM337335 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337336 1 0.5231 -0.0808 0.524 0.004 0.028 0.004 0.024 0.416
#> GSM337337 6 0.3945 0.2897 0.380 0.000 0.008 0.000 0.000 0.612
#> GSM337338 1 0.0665 0.7006 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM337339 1 0.4787 -0.0344 0.524 0.008 0.012 0.000 0.016 0.440
#> GSM337340 1 0.5843 0.2570 0.516 0.000 0.260 0.000 0.004 0.220
#> GSM337341 1 0.5701 0.3517 0.536 0.000 0.280 0.000 0.004 0.180
#> GSM337342 1 0.2937 0.6480 0.872 0.008 0.056 0.000 0.012 0.052
#> GSM337343 6 0.5622 -0.0291 0.000 0.004 0.288 0.096 0.024 0.588
#> GSM337344 1 0.0696 0.7016 0.980 0.008 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM337345 1 0.0665 0.7006 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM337346 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337347 1 0.4390 0.5560 0.744 0.008 0.152 0.000 0.004 0.092
#> GSM337348 1 0.5771 0.3362 0.524 0.000 0.280 0.000 0.004 0.192
#> GSM337349 1 0.0912 0.7017 0.972 0.008 0.012 0.000 0.004 0.004
#> GSM337350 1 0.3321 0.5508 0.796 0.008 0.000 0.000 0.016 0.180
#> GSM337351 1 0.0696 0.7011 0.980 0.008 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM337352 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337353 1 0.0260 0.7019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0146 0.7017 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1942 0.6645 0.916 0.000 0.008 0.000 0.012 0.064
#> GSM337356 1 0.0458 0.7012 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.6179 -0.1814 0.464 0.004 0.116 0.004 0.024 0.388
#> GSM337358 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337359 1 0.4177 -0.0736 0.520 0.000 0.000 0.000 0.012 0.468
#> GSM337360 1 0.0260 0.7019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4172 -0.0541 0.528 0.000 0.000 0.000 0.012 0.460
#> GSM337362 1 0.4708 -0.0564 0.528 0.000 0.016 0.000 0.020 0.436
#> GSM337363 1 0.0363 0.7015 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 6 0.5435 0.1375 0.440 0.004 0.040 0.004 0.024 0.488
#> GSM337365 1 0.3955 0.5697 0.772 0.000 0.132 0.000 0.004 0.092
#> GSM337366 1 0.0260 0.7019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0405 0.7019 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM337368 1 0.4179 -0.0989 0.516 0.000 0.000 0.000 0.012 0.472
#> GSM337369 1 0.6192 -0.2200 0.448 0.004 0.116 0.004 0.024 0.404
#> GSM337370 1 0.0520 0.7013 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM337371 1 0.0551 0.7008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337372 1 0.5711 0.3456 0.540 0.000 0.264 0.000 0.004 0.192
#> GSM337373 1 0.0405 0.7019 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM337374 1 0.2209 0.6520 0.900 0.000 0.024 0.000 0.004 0.072
#> GSM337375 1 0.4123 0.0684 0.568 0.000 0.000 0.000 0.012 0.420
#> GSM337376 1 0.0260 0.7019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:kmeans 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> CV:kmeans 127 2.96e-10 1.87e-27 3
#> CV:kmeans 122 7.07e-14 1.24e-24 4
#> CV:kmeans 136 6.35e-09 1.74e-28 5
#> CV:kmeans 134 2.42e-08 1.09e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.773 0.879 0.914 0.4564 0.797 0.632
#> 4 4 0.756 0.842 0.880 0.1294 0.882 0.677
#> 5 5 0.866 0.838 0.910 0.0516 0.943 0.789
#> 6 6 0.799 0.730 0.827 0.0399 0.992 0.967
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 1 0 1 1 0
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 1 0 1 1 0
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337198 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337199 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337200 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337201 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337202 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337203 2 0.3116 0.8445 0 0.892 0.108
#> GSM337204 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337205 2 0.3038 0.8462 0 0.896 0.104
#> GSM337206 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337207 3 0.4121 0.8983 0 0.168 0.832
#> GSM337208 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337209 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337210 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337211 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337212 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337213 3 0.4121 0.8983 0 0.168 0.832
#> GSM337214 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337215 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337216 3 0.1753 0.7894 0 0.048 0.952
#> GSM337217 2 0.6260 -0.2389 0 0.552 0.448
#> GSM337218 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337219 3 0.5560 0.7981 0 0.300 0.700
#> GSM337220 3 0.4178 0.8953 0 0.172 0.828
#> GSM337221 2 0.4654 0.8228 0 0.792 0.208
#> GSM337222 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337223 2 0.4291 0.8382 0 0.820 0.180
#> GSM337224 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337225 3 0.4062 0.9004 0 0.164 0.836
#> GSM337226 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337227 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337228 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337229 3 0.4974 0.8308 0 0.236 0.764
#> GSM337230 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337231 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337232 3 0.4121 0.8983 0 0.168 0.832
#> GSM337233 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337234 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337235 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337236 3 0.5465 0.3666 0 0.288 0.712
#> GSM337237 3 0.4121 0.8983 0 0.168 0.832
#> GSM337238 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337239 2 0.5835 0.6942 0 0.660 0.340
#> GSM337240 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337241 2 0.5431 0.7681 0 0.716 0.284
#> GSM337242 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337243 2 0.5859 0.1938 0 0.656 0.344
#> GSM337244 2 0.4654 0.8228 0 0.792 0.208
#> GSM337245 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337246 2 0.4654 0.8228 0 0.792 0.208
#> GSM337247 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.0424 0.8144 0 0.008 0.992
#> GSM337250 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337252 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337253 3 0.4654 0.8765 0 0.208 0.792
#> GSM337254 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337255 3 0.0000 0.8090 0 0.000 1.000
#> GSM337256 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337257 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337258 3 0.0000 0.8090 0 0.000 1.000
#> GSM337259 3 0.0000 0.8090 0 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.6244 -0.0436 0 0.560 0.440
#> GSM337261 3 0.1643 0.7903 0 0.044 0.956
#> GSM337262 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337263 2 0.1964 0.8715 0 0.944 0.056
#> GSM337264 3 0.6079 0.0269 0 0.388 0.612
#> GSM337265 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337266 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337267 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337268 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337269 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337270 2 0.4291 0.8073 0 0.820 0.180
#> GSM337271 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337272 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337273 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337274 3 0.4750 0.8745 0 0.216 0.784
#> GSM337275 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.5138 0.5527 0 0.252 0.748
#> GSM337277 2 0.5291 0.7837 0 0.732 0.268
#> GSM337278 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0237 0.8735 0 0.996 0.004
#> GSM337280 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337281 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337285 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337286 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337287 2 0.5016 0.7690 0 0.760 0.240
#> GSM337288 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337289 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337290 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337291 3 0.4702 0.8758 0 0.212 0.788
#> GSM337292 3 0.4605 0.8787 0 0.204 0.796
#> GSM337293 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337296 2 0.4654 0.8228 0 0.792 0.208
#> GSM337297 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337298 3 0.0000 0.8090 0 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.1643 0.8768 0 0.956 0.044
#> GSM337300 2 0.0424 0.8735 0 0.992 0.008
#> GSM337301 2 0.0000 0.8733 0 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337303 3 0.0237 0.8079 0 0.004 0.996
#> GSM337304 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337305 2 0.4555 0.8225 0 0.800 0.200
#> GSM337306 2 0.0424 0.8735 0 0.992 0.008
#> GSM337307 2 0.4702 0.8172 0 0.788 0.212
#> GSM337308 2 0.4002 0.8153 0 0.840 0.160
#> GSM337309 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337310 3 0.4002 0.9022 0 0.160 0.840
#> GSM337311 2 0.1753 0.8763 0 0.952 0.048
#> GSM337312 3 0.0424 0.8064 0 0.008 0.992
#> GSM337313 2 0.0424 0.8735 0 0.992 0.008
#> GSM337314 2 0.4555 0.8225 0 0.800 0.200
#> GSM337315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337316 2 0.6095 0.6225 0 0.608 0.392
#> GSM337317 3 0.5431 0.8165 0 0.284 0.716
#> GSM337318 2 0.4654 0.8228 0 0.792 0.208
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.6296 0.777 0.000 0.124 0.224 0.652
#> GSM337198 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.5932 0.802 0.000 0.132 0.172 0.696
#> GSM337200 4 0.5985 0.802 0.000 0.140 0.168 0.692
#> GSM337201 4 0.4888 0.771 0.000 0.124 0.096 0.780
#> GSM337202 4 0.5859 0.803 0.000 0.140 0.156 0.704
#> GSM337203 3 0.1389 0.843 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM337204 4 0.5902 0.803 0.000 0.140 0.160 0.700
#> GSM337205 3 0.3356 0.797 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM337206 4 0.4827 0.773 0.000 0.124 0.092 0.784
#> GSM337207 2 0.2281 0.829 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337208 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.4636 0.766 0.000 0.140 0.068 0.792
#> GSM337210 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.6819 0.676 0.000 0.124 0.312 0.564
#> GSM337213 2 0.2011 0.843 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM337214 4 0.5849 0.803 0.000 0.132 0.164 0.704
#> GSM337215 4 0.5972 0.801 0.000 0.132 0.176 0.692
#> GSM337216 3 0.5429 0.672 0.000 0.208 0.720 0.072
#> GSM337217 3 0.3172 0.775 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM337218 3 0.1637 0.835 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM337219 3 0.3569 0.726 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337220 2 0.2281 0.829 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337221 4 0.2216 0.748 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM337222 4 0.5874 0.802 0.000 0.124 0.176 0.700
#> GSM337223 4 0.5325 0.801 0.000 0.096 0.160 0.744
#> GSM337224 4 0.5990 0.798 0.000 0.124 0.188 0.688
#> GSM337225 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.5990 0.798 0.000 0.124 0.188 0.688
#> GSM337227 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.5947 0.306 0.000 0.628 0.060 0.312
#> GSM337230 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337232 2 0.2345 0.824 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM337233 4 0.5977 0.798 0.000 0.120 0.192 0.688
#> GSM337234 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.5944 0.803 0.000 0.140 0.164 0.696
#> GSM337236 4 0.6617 0.304 0.000 0.380 0.088 0.532
#> GSM337237 2 0.2281 0.829 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337238 4 0.5800 0.804 0.000 0.128 0.164 0.708
#> GSM337239 4 0.6162 0.598 0.000 0.168 0.156 0.676
#> GSM337240 3 0.2011 0.821 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM337241 4 0.3793 0.705 0.000 0.044 0.112 0.844
#> GSM337242 4 0.3907 0.663 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM337243 3 0.3796 0.805 0.000 0.096 0.848 0.056
#> GSM337244 4 0.2589 0.723 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM337245 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.2216 0.748 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM337247 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337248 3 0.1389 0.842 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM337249 2 0.1211 0.883 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM337250 3 0.1637 0.835 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM337251 4 0.5581 0.800 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM337252 4 0.4568 0.772 0.000 0.124 0.076 0.800
#> GSM337253 2 0.4431 0.534 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.2760 0.821 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM337256 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.5849 0.803 0.000 0.132 0.164 0.704
#> GSM337258 2 0.2760 0.821 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM337259 2 0.2921 0.813 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM337260 4 0.6587 0.722 0.000 0.252 0.132 0.616
#> GSM337261 2 0.5929 0.635 0.000 0.688 0.108 0.204
#> GSM337262 3 0.1940 0.827 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337263 4 0.5948 0.802 0.000 0.144 0.160 0.696
#> GSM337264 4 0.6751 0.326 0.000 0.396 0.096 0.508
#> GSM337265 4 0.5993 0.484 0.000 0.064 0.308 0.628
#> GSM337266 4 0.4514 0.572 0.000 0.064 0.136 0.800
#> GSM337267 4 0.5012 0.762 0.000 0.112 0.116 0.772
#> GSM337268 4 0.6013 0.796 0.000 0.120 0.196 0.684
#> GSM337269 4 0.5902 0.801 0.000 0.120 0.184 0.696
#> GSM337270 3 0.4304 0.613 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM337271 4 0.5835 0.531 0.000 0.064 0.280 0.656
#> GSM337272 4 0.5923 0.801 0.000 0.128 0.176 0.696
#> GSM337273 4 0.5372 0.176 0.000 0.012 0.444 0.544
#> GSM337274 2 0.4761 0.382 0.000 0.628 0.372 0.000
#> GSM337275 3 0.3123 0.742 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM337276 3 0.6951 0.565 0.000 0.140 0.556 0.304
#> GSM337277 4 0.4139 0.704 0.000 0.040 0.144 0.816
#> GSM337278 3 0.4454 0.647 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM337279 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337280 2 0.0188 0.901 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337281 3 0.1637 0.835 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM337282 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.1940 0.827 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337285 4 0.4514 0.572 0.000 0.064 0.136 0.800
#> GSM337286 3 0.3266 0.799 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM337287 4 0.4514 0.572 0.000 0.064 0.136 0.800
#> GSM337288 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337289 3 0.2011 0.825 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM337290 3 0.2868 0.763 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM337291 3 0.4624 0.482 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM337292 2 0.2647 0.796 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337293 3 0.0817 0.852 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337294 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337295 4 0.6049 0.794 0.000 0.120 0.200 0.680
#> GSM337296 4 0.2345 0.746 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM337297 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.2760 0.821 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM337299 4 0.5010 0.764 0.000 0.120 0.108 0.772
#> GSM337300 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337301 3 0.4040 0.736 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM337302 4 0.4700 0.768 0.000 0.124 0.084 0.792
#> GSM337303 2 0.2469 0.836 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337304 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337305 4 0.3074 0.718 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM337306 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337307 4 0.4332 0.693 0.000 0.040 0.160 0.800
#> GSM337308 3 0.3266 0.769 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM337309 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.5842 0.803 0.000 0.128 0.168 0.704
#> GSM337312 2 0.2704 0.824 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM337313 3 0.0188 0.858 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337314 4 0.3450 0.713 0.000 0.008 0.156 0.836
#> GSM337315 1 0.2401 0.903 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM337316 4 0.5677 0.635 0.000 0.140 0.140 0.720
#> GSM337317 3 0.3486 0.735 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM337318 4 0.2345 0.745 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM337319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM337198 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.0771 0.872 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM337200 4 0.1251 0.874 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008
#> GSM337201 4 0.2389 0.811 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004
#> GSM337202 4 0.1205 0.872 0.000 0.000 0.040 0.956 0.004
#> GSM337203 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337204 4 0.0798 0.874 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM337205 5 0.3621 0.770 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM337206 4 0.2583 0.814 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004
#> GSM337207 2 0.3774 0.602 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM337208 2 0.0162 0.876 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337209 4 0.2929 0.751 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.2377 0.793 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM337213 2 0.3508 0.660 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM337214 4 0.0290 0.877 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337215 4 0.0880 0.874 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM337216 5 0.3160 0.743 0.000 0.188 0.004 0.000 0.808
#> GSM337217 5 0.3182 0.821 0.000 0.092 0.016 0.028 0.864
#> GSM337218 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337219 5 0.2179 0.825 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM337220 2 0.3684 0.625 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM337221 4 0.4327 0.110 0.000 0.000 0.360 0.632 0.008
#> GSM337222 4 0.0404 0.876 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337223 4 0.2390 0.816 0.000 0.000 0.084 0.896 0.020
#> GSM337224 4 0.1251 0.872 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008
#> GSM337225 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.0865 0.873 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM337227 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.3949 0.423 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337232 2 0.4444 0.475 0.000 0.624 0.012 0.364 0.000
#> GSM337233 4 0.2228 0.843 0.000 0.000 0.048 0.912 0.040
#> GSM337234 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.1251 0.872 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008
#> GSM337236 2 0.6388 0.206 0.000 0.552 0.188 0.252 0.008
#> GSM337237 2 0.3707 0.621 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM337238 4 0.0451 0.876 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM337239 3 0.5434 0.777 0.000 0.052 0.680 0.232 0.036
#> GSM337240 5 0.0963 0.876 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM337241 3 0.3861 0.775 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> GSM337242 3 0.5916 0.626 0.000 0.000 0.544 0.336 0.120
#> GSM337243 5 0.0671 0.872 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> GSM337244 3 0.3635 0.783 0.000 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM337245 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.1764 0.828 0.000 0.000 0.064 0.928 0.008
#> GSM337247 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337248 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337249 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337251 4 0.0451 0.876 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM337252 4 0.2389 0.810 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004
#> GSM337253 2 0.4291 0.107 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM337254 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0290 0.874 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0324 0.877 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337258 2 0.0794 0.861 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.3210 0.684 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0798 0.873 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM337261 3 0.4288 0.259 0.000 0.384 0.612 0.000 0.004
#> GSM337262 5 0.2915 0.812 0.000 0.000 0.116 0.024 0.860
#> GSM337263 4 0.0798 0.874 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM337264 2 0.5861 0.330 0.000 0.616 0.124 0.252 0.008
#> GSM337265 3 0.4139 0.794 0.000 0.004 0.780 0.164 0.052
#> GSM337266 3 0.1365 0.739 0.000 0.004 0.952 0.040 0.004
#> GSM337267 4 0.3109 0.751 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM337268 4 0.1300 0.869 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> GSM337269 4 0.1469 0.865 0.000 0.000 0.016 0.948 0.036
#> GSM337270 3 0.4101 0.697 0.000 0.000 0.768 0.048 0.184
#> GSM337271 3 0.4359 0.787 0.000 0.004 0.776 0.128 0.092
#> GSM337272 4 0.0609 0.873 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM337273 3 0.4364 0.791 0.000 0.000 0.764 0.148 0.088
#> GSM337274 2 0.4235 0.236 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM337275 5 0.3527 0.762 0.000 0.000 0.024 0.172 0.804
#> GSM337276 3 0.3384 0.641 0.000 0.060 0.848 0.004 0.088
#> GSM337277 3 0.3508 0.785 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM337278 5 0.5490 0.637 0.000 0.000 0.200 0.148 0.652
#> GSM337279 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337280 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337282 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337283 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337284 5 0.2915 0.812 0.000 0.000 0.116 0.024 0.860
#> GSM337285 3 0.1443 0.742 0.000 0.004 0.948 0.044 0.004
#> GSM337286 5 0.3266 0.779 0.000 0.000 0.200 0.004 0.796
#> GSM337287 3 0.1365 0.739 0.000 0.004 0.952 0.040 0.004
#> GSM337288 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337289 5 0.3241 0.788 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> GSM337290 5 0.3508 0.648 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM337291 5 0.3790 0.623 0.000 0.272 0.000 0.004 0.724
#> GSM337292 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337293 5 0.3197 0.795 0.000 0.000 0.024 0.140 0.836
#> GSM337294 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337295 4 0.1386 0.871 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> GSM337296 4 0.4824 -0.341 0.000 0.000 0.468 0.512 0.020
#> GSM337297 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.3074 0.753 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337300 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337301 5 0.5408 0.648 0.000 0.000 0.180 0.156 0.664
#> GSM337302 4 0.3074 0.740 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.1399 0.846 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000
#> GSM337305 3 0.5086 0.579 0.000 0.000 0.564 0.396 0.040
#> GSM337306 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337307 3 0.3884 0.752 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
#> GSM337308 5 0.5357 0.472 0.000 0.000 0.264 0.096 0.640
#> GSM337309 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0324 0.877 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337312 2 0.0000 0.878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.0609 0.881 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM337314 3 0.4275 0.761 0.000 0.000 0.696 0.284 0.020
#> GSM337315 1 0.3509 0.775 0.792 0.000 0.196 0.004 0.008
#> GSM337316 3 0.3888 0.792 0.000 0.008 0.756 0.228 0.008
#> GSM337317 5 0.2124 0.828 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> GSM337318 3 0.4746 0.404 0.000 0.000 0.504 0.480 0.016
#> GSM337319 1 0.0566 0.985 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337320 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337321 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1106 0.975 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> GSM337324 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337325 1 0.1012 0.978 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM337326 1 0.1012 0.978 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM337327 1 0.0451 0.985 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337328 1 0.0566 0.985 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337329 1 0.0566 0.985 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337330 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337332 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337333 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.1117 0.975 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> GSM337335 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.0912 0.980 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337338 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0566 0.986 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337341 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337342 1 0.0451 0.987 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337343 1 0.1469 0.964 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016
#> GSM337344 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0566 0.985 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM337348 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337349 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0451 0.985 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337357 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337358 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0579 0.983 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM337360 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0579 0.983 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM337362 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337365 1 0.0451 0.987 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337366 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0290 0.987 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337370 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0693 0.984 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM337373 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0162 0.988 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337375 1 0.0451 0.985 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337376 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.1036 0.6835 0.000 0.000 0.008 0.964 0.004 NA
#> GSM337198 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337199 4 0.3244 0.6889 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 NA
#> GSM337200 4 0.3986 0.6490 0.000 0.000 0.004 0.608 0.004 NA
#> GSM337201 4 0.1713 0.6895 0.000 0.000 0.044 0.928 0.000 NA
#> GSM337202 4 0.4300 0.6188 0.000 0.000 0.012 0.528 0.004 NA
#> GSM337203 5 0.0909 0.8424 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 NA
#> GSM337204 4 0.3725 0.6671 0.000 0.000 0.008 0.676 0.000 NA
#> GSM337205 5 0.4312 0.7110 0.000 0.000 0.204 0.008 0.724 NA
#> GSM337206 4 0.4612 0.6850 0.000 0.000 0.088 0.688 0.004 NA
#> GSM337207 2 0.3899 0.3836 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 NA
#> GSM337208 2 0.1327 0.8223 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337209 4 0.4299 0.6075 0.000 0.000 0.188 0.720 0.000 NA
#> GSM337210 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337211 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337212 4 0.4945 0.6503 0.000 0.000 0.004 0.660 0.128 NA
#> GSM337213 2 0.3617 0.6122 0.000 0.736 0.000 0.244 0.000 NA
#> GSM337214 4 0.1204 0.7056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> GSM337215 4 0.4056 0.6463 0.000 0.000 0.004 0.576 0.004 NA
#> GSM337216 5 0.3245 0.7171 0.000 0.184 0.004 0.000 0.796 NA
#> GSM337217 5 0.3414 0.7670 0.000 0.040 0.000 0.008 0.812 NA
#> GSM337218 5 0.0806 0.8423 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 NA
#> GSM337219 5 0.1918 0.8016 0.000 0.088 0.000 0.000 0.904 NA
#> GSM337220 2 0.3634 0.5575 0.000 0.696 0.000 0.296 0.000 NA
#> GSM337221 4 0.6062 -0.1023 0.000 0.000 0.304 0.408 0.000 NA
#> GSM337222 4 0.0000 0.6935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM337223 4 0.5464 0.5141 0.000 0.000 0.092 0.524 0.012 NA
#> GSM337224 4 0.4393 0.6183 0.000 0.000 0.012 0.532 0.008 NA
#> GSM337225 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337226 4 0.4285 0.6296 0.000 0.000 0.008 0.552 0.008 NA
#> GSM337227 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337228 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337229 4 0.2805 0.5486 0.000 0.184 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM337230 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337231 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337232 4 0.5313 -0.0038 0.000 0.412 0.000 0.484 0.000 NA
#> GSM337233 4 0.5887 0.5255 0.000 0.000 0.076 0.504 0.048 NA
#> GSM337234 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337235 4 0.4313 0.5974 0.000 0.000 0.012 0.504 0.004 NA
#> GSM337236 2 0.6692 0.2071 0.000 0.532 0.144 0.132 0.000 NA
#> GSM337237 2 0.3890 0.3934 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000 NA
#> GSM337238 4 0.0935 0.6981 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000 NA
#> GSM337239 3 0.6626 0.5911 0.000 0.024 0.504 0.148 0.032 NA
#> GSM337240 5 0.2302 0.8179 0.000 0.000 0.008 0.032 0.900 NA
#> GSM337241 3 0.3766 0.6135 0.000 0.000 0.684 0.304 0.000 NA
#> GSM337242 3 0.6957 0.4688 0.000 0.000 0.400 0.184 0.080 NA
#> GSM337243 5 0.0622 0.8415 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 NA
#> GSM337244 3 0.3909 0.6975 0.000 0.000 0.772 0.148 0.004 NA
#> GSM337245 2 0.0146 0.8631 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337246 4 0.0972 0.6768 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 NA
#> GSM337247 5 0.0146 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM337248 5 0.0000 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM337249 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337250 5 0.0000 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM337251 4 0.0146 0.6923 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM337252 4 0.1075 0.6798 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 NA
#> GSM337253 2 0.3995 0.0227 0.000 0.516 0.000 0.000 0.480 NA
#> GSM337254 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337255 2 0.0547 0.8535 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 NA
#> GSM337256 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337257 4 0.0000 0.6935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM337258 2 0.0790 0.8458 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 NA
#> GSM337259 2 0.3221 0.6121 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000 NA
#> GSM337260 4 0.0508 0.6894 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 NA
#> GSM337261 3 0.4015 0.2379 0.000 0.372 0.616 0.000 0.000 NA
#> GSM337262 5 0.4055 0.7252 0.000 0.000 0.132 0.024 0.780 NA
#> GSM337263 4 0.3629 0.6824 0.000 0.000 0.012 0.712 0.000 NA
#> GSM337264 2 0.6481 -0.0216 0.000 0.432 0.080 0.084 0.004 NA
#> GSM337265 3 0.3668 0.6933 0.000 0.000 0.800 0.032 0.024 NA
#> GSM337266 3 0.0767 0.6684 0.000 0.000 0.976 0.008 0.004 NA
#> GSM337267 4 0.5749 0.5923 0.000 0.000 0.196 0.532 0.004 NA
#> GSM337268 4 0.5302 0.5922 0.000 0.000 0.040 0.560 0.040 NA
#> GSM337269 4 0.4207 0.6807 0.000 0.000 0.028 0.728 0.024 NA
#> GSM337270 3 0.3706 0.6642 0.000 0.000 0.796 0.024 0.148 NA
#> GSM337271 3 0.3246 0.7019 0.000 0.000 0.848 0.048 0.076 NA
#> GSM337272 4 0.2527 0.6778 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 NA
#> GSM337273 3 0.4970 0.7033 0.000 0.000 0.716 0.068 0.072 NA
#> GSM337274 2 0.5807 0.1579 0.000 0.496 0.000 0.104 0.376 NA
#> GSM337275 5 0.4903 0.4471 0.000 0.000 0.000 0.072 0.568 NA
#> GSM337276 3 0.3743 0.5998 0.000 0.044 0.824 0.004 0.068 NA
#> GSM337277 3 0.4308 0.6741 0.000 0.000 0.728 0.120 0.000 NA
#> GSM337278 5 0.6542 0.5006 0.000 0.000 0.192 0.088 0.540 NA
#> GSM337279 5 0.0806 0.8427 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 NA
#> GSM337280 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337281 5 0.0363 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM337282 5 0.0363 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM337283 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337284 5 0.2740 0.7817 0.000 0.000 0.120 0.000 0.852 NA
#> GSM337285 3 0.0653 0.6764 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> GSM337286 5 0.3859 0.7310 0.000 0.000 0.204 0.016 0.756 NA
#> GSM337287 3 0.0665 0.6695 0.000 0.000 0.980 0.008 0.004 NA
#> GSM337288 5 0.0000 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM337289 5 0.3168 0.7434 0.000 0.000 0.172 0.000 0.804 NA
#> GSM337290 5 0.4094 0.6366 0.000 0.000 0.008 0.224 0.728 NA
#> GSM337291 5 0.3710 0.5699 0.000 0.292 0.000 0.000 0.696 NA
#> GSM337292 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337293 5 0.4072 0.6596 0.000 0.000 0.004 0.032 0.704 NA
#> GSM337294 5 0.0146 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM337295 4 0.4484 0.6100 0.000 0.000 0.008 0.516 0.016 NA
#> GSM337296 3 0.6300 0.3330 0.000 0.000 0.380 0.280 0.008 NA
#> GSM337297 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337298 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337299 4 0.5834 0.5788 0.000 0.000 0.184 0.496 0.004 NA
#> GSM337300 5 0.0146 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM337301 5 0.6114 0.5784 0.000 0.000 0.188 0.116 0.600 NA
#> GSM337302 4 0.3776 0.5804 0.000 0.000 0.196 0.756 0.000 NA
#> GSM337303 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337304 2 0.2988 0.7195 0.000 0.824 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM337305 3 0.6548 0.4945 0.000 0.000 0.444 0.196 0.040 NA
#> GSM337306 5 0.0000 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM337307 3 0.5489 0.5069 0.000 0.000 0.448 0.108 0.004 NA
#> GSM337308 5 0.6305 0.3014 0.000 0.000 0.252 0.064 0.544 NA
#> GSM337309 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337310 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337311 4 0.0000 0.6935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM337312 2 0.0146 0.8632 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337313 5 0.0146 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM337314 3 0.5908 0.5930 0.000 0.000 0.536 0.172 0.016 NA
#> GSM337315 1 0.5548 0.5293 0.540 0.000 0.172 0.000 0.000 NA
#> GSM337316 3 0.4238 0.6996 0.000 0.012 0.756 0.140 0.000 NA
#> GSM337317 5 0.1643 0.8140 0.000 0.068 0.000 0.000 0.924 NA
#> GSM337318 3 0.6315 0.3936 0.000 0.000 0.404 0.248 0.012 NA
#> GSM337319 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337320 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337321 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337322 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337323 1 0.3833 0.7279 0.648 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337324 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337325 1 0.3833 0.7279 0.648 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337326 1 0.3927 0.7238 0.644 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM337327 1 0.1701 0.8708 0.920 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337328 1 0.3240 0.8149 0.752 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337329 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337330 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337331 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337332 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337333 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337334 1 0.3349 0.8113 0.748 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337335 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337336 1 0.0260 0.8999 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337337 1 0.3190 0.8255 0.772 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337338 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337339 1 0.1471 0.8774 0.932 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337340 1 0.2402 0.8589 0.856 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337341 1 0.3405 0.7906 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337342 1 0.2562 0.8485 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337343 1 0.5624 0.5375 0.492 0.000 0.068 0.032 0.000 NA
#> GSM337344 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337345 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337346 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337347 1 0.2996 0.8189 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337348 1 0.3383 0.7931 0.728 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337349 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337350 1 0.1643 0.8731 0.924 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337351 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337352 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337353 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337354 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337355 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337356 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337357 1 0.0790 0.8943 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337358 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337359 1 0.1757 0.8687 0.916 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337360 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337361 1 0.1757 0.8687 0.916 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337362 1 0.0363 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337363 1 0.0790 0.8942 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337364 1 0.0692 0.8955 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337365 1 0.2562 0.8468 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337366 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337367 1 0.0260 0.9003 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337368 1 0.1333 0.8831 0.944 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337369 1 0.1219 0.8884 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337370 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337371 1 0.0260 0.8997 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337372 1 0.3290 0.8029 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337373 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337374 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337375 1 0.1398 0.8814 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM337376 1 0.0146 0.9000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:skmeans 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:skmeans 175 4.82e-12 3.08e-36 3
#> CV:skmeans 173 4.46e-13 1.22e-35 4
#> CV:skmeans 169 4.29e-14 4.01e-36 5
#> CV:skmeans 165 5.35e-14 2.96e-35 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4397 0.561 0.561
#> 3 3 0.771 0.781 0.905 0.4858 0.794 0.632
#> 4 4 0.677 0.789 0.856 0.1139 0.873 0.660
#> 5 5 0.771 0.734 0.868 0.0561 0.964 0.868
#> 6 6 0.779 0.762 0.875 0.0385 0.961 0.843
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337315 2 0.0938 0.988 0.012 0.988
#> GSM337316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> GSM337327 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337200 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337201 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337202 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337203 2 0.6008 0.4838 0.000 0.628 0.372
#> GSM337204 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337205 2 0.5968 0.4976 0.000 0.636 0.364
#> GSM337206 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337207 2 0.6244 0.0796 0.000 0.560 0.440
#> GSM337208 3 0.1289 0.8203 0.000 0.032 0.968
#> GSM337209 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337210 3 0.1643 0.8072 0.000 0.044 0.956
#> GSM337211 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337213 3 0.6204 0.2884 0.000 0.424 0.576
#> GSM337214 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337215 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337216 3 0.0747 0.8293 0.000 0.016 0.984
#> GSM337217 2 0.5497 0.4341 0.000 0.708 0.292
#> GSM337218 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 3 0.4974 0.5940 0.000 0.236 0.764
#> GSM337220 2 0.5254 0.5142 0.000 0.736 0.264
#> GSM337221 2 0.5098 0.6390 0.000 0.752 0.248
#> GSM337222 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337223 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 3 0.5968 0.3902 0.000 0.364 0.636
#> GSM337226 2 0.0237 0.8082 0.000 0.996 0.004
#> GSM337227 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337228 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.3412 0.7178 0.000 0.876 0.124
#> GSM337230 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337231 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.4605 0.6237 0.000 0.796 0.204
#> GSM337233 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337236 3 0.6204 0.1332 0.000 0.424 0.576
#> GSM337237 2 0.5859 0.3509 0.000 0.656 0.344
#> GSM337238 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337239 2 0.6062 0.4620 0.000 0.616 0.384
#> GSM337240 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 2 0.4796 0.6876 0.000 0.780 0.220
#> GSM337242 2 0.5926 0.5093 0.000 0.644 0.356
#> GSM337243 2 0.6079 0.1885 0.000 0.612 0.388
#> GSM337244 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 3 0.5905 0.4103 0.000 0.352 0.648
#> GSM337246 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337247 3 0.5591 0.4663 0.000 0.304 0.696
#> GSM337248 2 0.0237 0.8076 0.000 0.996 0.004
#> GSM337249 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.0892 0.8067 0.000 0.980 0.020
#> GSM337252 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337253 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337254 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337255 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337256 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337258 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337259 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.3192 0.7373 0.000 0.888 0.112
#> GSM337261 3 0.0747 0.8293 0.000 0.016 0.984
#> GSM337262 2 0.5882 0.5213 0.000 0.652 0.348
#> GSM337263 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337264 2 0.6192 0.3180 0.000 0.580 0.420
#> GSM337265 2 0.5948 0.5044 0.000 0.640 0.360
#> GSM337266 2 0.6008 0.4842 0.000 0.628 0.372
#> GSM337267 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337268 2 0.1289 0.7949 0.000 0.968 0.032
#> GSM337269 2 0.0592 0.8086 0.000 0.988 0.012
#> GSM337270 2 0.6026 0.4767 0.000 0.624 0.376
#> GSM337271 2 0.6079 0.4547 0.000 0.612 0.388
#> GSM337272 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337273 2 0.6008 0.4852 0.000 0.628 0.372
#> GSM337274 3 0.2796 0.7797 0.000 0.092 0.908
#> GSM337275 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.3267 0.7536 0.000 0.116 0.884
#> GSM337277 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337278 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.5621 0.5735 0.000 0.692 0.308
#> GSM337280 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0237 0.8076 0.000 0.996 0.004
#> GSM337282 2 0.1964 0.7797 0.000 0.944 0.056
#> GSM337283 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.5363 0.6097 0.000 0.724 0.276
#> GSM337285 2 0.5988 0.4907 0.000 0.632 0.368
#> GSM337286 2 0.5926 0.5093 0.000 0.644 0.356
#> GSM337287 2 0.6008 0.4842 0.000 0.628 0.372
#> GSM337288 2 0.6140 0.4177 0.000 0.596 0.404
#> GSM337289 2 0.5882 0.5213 0.000 0.652 0.348
#> GSM337290 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 3 0.1643 0.8157 0.000 0.044 0.956
#> GSM337292 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 3 0.5988 0.3104 0.000 0.368 0.632
#> GSM337295 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.3267 0.7503 0.000 0.884 0.116
#> GSM337297 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337298 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337300 2 0.5968 0.4976 0.000 0.636 0.364
#> GSM337301 2 0.0592 0.8058 0.000 0.988 0.012
#> GSM337302 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337303 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337304 3 0.6295 0.1839 0.000 0.472 0.528
#> GSM337305 2 0.5706 0.5587 0.000 0.680 0.320
#> GSM337306 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 2 0.5988 0.4908 0.000 0.632 0.368
#> GSM337308 3 0.6302 -0.0911 0.000 0.480 0.520
#> GSM337309 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337310 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0747 0.8086 0.000 0.984 0.016
#> GSM337312 3 0.0000 0.8394 0.000 0.000 1.000
#> GSM337313 3 0.6008 0.3485 0.000 0.372 0.628
#> GSM337314 2 0.5835 0.5325 0.000 0.660 0.340
#> GSM337315 2 0.6307 0.5436 0.012 0.660 0.328
#> GSM337316 3 0.6180 0.1149 0.000 0.416 0.584
#> GSM337317 3 0.6225 0.3072 0.000 0.432 0.568
#> GSM337318 2 0.3192 0.7527 0.000 0.888 0.112
#> GSM337319 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 2 0.0000 0.8077 0.000 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.4998 0.3899 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM337198 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337200 4 0.1938 0.8284 0.000 0.052 0.012 0.936
#> GSM337201 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337202 4 0.1807 0.8282 0.000 0.052 0.008 0.940
#> GSM337203 3 0.5171 0.7976 0.000 0.128 0.760 0.112
#> GSM337204 4 0.1938 0.8259 0.000 0.052 0.012 0.936
#> GSM337205 3 0.5174 0.8004 0.000 0.124 0.760 0.116
#> GSM337206 4 0.1890 0.8285 0.000 0.056 0.008 0.936
#> GSM337207 2 0.4855 0.3114 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM337208 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337210 2 0.0817 0.8498 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337211 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.1743 0.8278 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM337213 2 0.4961 0.1365 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM337214 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337215 4 0.1743 0.8278 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM337216 3 0.4304 0.6065 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM337217 4 0.6409 -0.0416 0.000 0.076 0.364 0.560
#> GSM337218 3 0.4277 0.7680 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM337219 2 0.6661 -0.2869 0.000 0.460 0.456 0.084
#> GSM337220 4 0.4331 0.5943 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM337221 4 0.4662 0.7092 0.000 0.112 0.092 0.796
#> GSM337222 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337223 4 0.2408 0.7748 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM337224 3 0.4888 0.5859 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM337225 2 0.2921 0.7297 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM337226 4 0.1978 0.7940 0.000 0.004 0.068 0.928
#> GSM337227 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.2647 0.7843 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM337230 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.4522 0.5585 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM337233 4 0.2589 0.7789 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM337234 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.1209 0.8239 0.000 0.032 0.004 0.964
#> GSM337236 4 0.5204 0.4050 0.000 0.376 0.012 0.612
#> GSM337237 4 0.4222 0.6372 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM337238 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337239 4 0.4501 0.6560 0.000 0.212 0.024 0.764
#> GSM337240 3 0.4277 0.7678 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM337241 4 0.3790 0.7220 0.000 0.016 0.164 0.820
#> GSM337242 4 0.5708 0.6359 0.000 0.124 0.160 0.716
#> GSM337243 3 0.5386 0.7579 0.000 0.056 0.708 0.236
#> GSM337244 4 0.2868 0.7516 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM337245 2 0.2704 0.7475 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM337246 4 0.0524 0.8124 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM337247 3 0.5647 0.7831 0.000 0.164 0.720 0.116
#> GSM337248 3 0.4277 0.7680 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM337249 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337250 3 0.4277 0.7680 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM337251 4 0.1637 0.8268 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM337252 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337253 2 0.0336 0.8634 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337254 2 0.0188 0.8658 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337255 2 0.1474 0.8401 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337256 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337258 2 0.1474 0.8401 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337259 2 0.4234 0.7514 0.000 0.816 0.132 0.052
#> GSM337260 4 0.3123 0.7709 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM337261 2 0.2060 0.8324 0.000 0.932 0.016 0.052
#> GSM337262 3 0.6521 0.6936 0.000 0.124 0.620 0.256
#> GSM337263 4 0.1716 0.8276 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM337264 4 0.5161 0.3203 0.000 0.400 0.008 0.592
#> GSM337265 3 0.5203 0.2883 0.000 0.008 0.576 0.416
#> GSM337266 4 0.4194 0.7125 0.000 0.028 0.172 0.800
#> GSM337267 4 0.1743 0.8278 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM337268 4 0.4893 0.6665 0.000 0.168 0.064 0.768
#> GSM337269 4 0.1722 0.8265 0.000 0.048 0.008 0.944
#> GSM337270 3 0.2530 0.7602 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM337271 3 0.3764 0.7267 0.000 0.012 0.816 0.172
#> GSM337272 4 0.1661 0.8272 0.000 0.052 0.004 0.944
#> GSM337273 4 0.6262 0.5464 0.000 0.132 0.208 0.660
#> GSM337274 3 0.4522 0.5598 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM337275 4 0.3196 0.7263 0.000 0.008 0.136 0.856
#> GSM337276 3 0.4745 0.7073 0.000 0.208 0.756 0.036
#> GSM337277 4 0.0921 0.8063 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM337278 4 0.4866 0.0636 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM337279 3 0.5174 0.8004 0.000 0.124 0.760 0.116
#> GSM337280 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 3 0.4428 0.7672 0.000 0.004 0.720 0.276
#> GSM337282 3 0.4277 0.7680 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM337283 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337284 3 0.5175 0.8015 0.000 0.120 0.760 0.120
#> GSM337285 4 0.4238 0.7075 0.000 0.028 0.176 0.796
#> GSM337286 3 0.5228 0.7993 0.000 0.124 0.756 0.120
#> GSM337287 4 0.4244 0.7106 0.000 0.032 0.168 0.800
#> GSM337288 3 0.5664 0.8040 0.000 0.124 0.720 0.156
#> GSM337289 3 0.5119 0.7981 0.000 0.124 0.764 0.112
#> GSM337290 3 0.4961 0.5153 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM337291 2 0.4872 0.2988 0.000 0.640 0.356 0.004
#> GSM337292 2 0.0779 0.8561 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM337293 3 0.4564 0.7238 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM337294 3 0.6863 0.5440 0.000 0.348 0.536 0.116
#> GSM337295 4 0.4730 0.1710 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM337296 4 0.2996 0.7756 0.000 0.064 0.044 0.892
#> GSM337297 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.1557 0.8383 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337299 4 0.1938 0.8281 0.000 0.052 0.012 0.936
#> GSM337300 3 0.5228 0.8006 0.000 0.124 0.756 0.120
#> GSM337301 3 0.4356 0.7602 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM337302 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337303 2 0.1557 0.8383 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337304 2 0.4193 0.5861 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM337305 4 0.4046 0.7170 0.000 0.124 0.048 0.828
#> GSM337306 3 0.4250 0.7696 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM337307 4 0.4050 0.7095 0.000 0.144 0.036 0.820
#> GSM337308 3 0.5483 0.7973 0.000 0.136 0.736 0.128
#> GSM337309 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.8675 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.1557 0.8280 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337312 2 0.1557 0.8383 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337313 3 0.5507 0.8059 0.000 0.112 0.732 0.156
#> GSM337314 4 0.4046 0.7161 0.000 0.124 0.048 0.828
#> GSM337315 4 0.3787 0.7251 0.000 0.124 0.036 0.840
#> GSM337316 2 0.6068 0.0336 0.000 0.508 0.044 0.448
#> GSM337317 3 0.7486 0.3452 0.000 0.348 0.464 0.188
#> GSM337318 4 0.2965 0.7761 0.000 0.072 0.036 0.892
#> GSM337319 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.5219 0.7746 0.712 0.000 0.244 0.044
#> GSM337324 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337325 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337326 1 0.5374 0.7650 0.704 0.000 0.244 0.052
#> GSM337327 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.2408 0.9332 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM337329 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337332 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.2469 0.9321 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337341 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.1557 0.8010 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM337344 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0336 0.9609 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337348 1 0.2408 0.9332 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM337349 1 0.0188 0.9619 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.2408 0.9332 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.2149 0.9385 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM337363 1 0.0188 0.9619 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337364 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337365 1 0.0336 0.9609 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2469 0.9321 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM337369 1 0.2530 0.9307 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.1211 0.9527 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 5 0.4029 0.45647 0.000 0.000 0.004 0.316 0.680
#> GSM337198 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337199 4 0.0703 0.78757 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337200 4 0.1341 0.78773 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM337201 4 0.0162 0.78300 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337202 4 0.1124 0.78908 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM337203 5 0.1310 0.81608 0.000 0.024 0.020 0.000 0.956
#> GSM337204 4 0.1544 0.78450 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM337205 5 0.2338 0.80735 0.000 0.036 0.016 0.032 0.916
#> GSM337206 4 0.1357 0.78801 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> GSM337207 2 0.4297 0.13823 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM337208 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337209 4 0.0566 0.78473 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM337210 2 0.0609 0.90665 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337211 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337212 4 0.1341 0.78773 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM337213 4 0.4306 0.00644 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM337214 4 0.0510 0.78754 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337215 4 0.0880 0.78881 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM337216 5 0.2470 0.77291 0.000 0.104 0.012 0.000 0.884
#> GSM337217 4 0.5551 0.09657 0.000 0.068 0.000 0.488 0.444
#> GSM337218 5 0.1197 0.81169 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM337219 5 0.4655 0.10550 0.000 0.476 0.000 0.012 0.512
#> GSM337220 4 0.3336 0.54879 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM337221 4 0.5025 0.51966 0.000 0.044 0.008 0.660 0.288
#> GSM337222 4 0.0162 0.78161 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337223 4 0.3741 0.60813 0.000 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM337224 5 0.3684 0.52295 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM337225 2 0.1732 0.84792 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM337226 4 0.1341 0.78241 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM337227 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337228 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337229 4 0.1082 0.78099 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM337230 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337231 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337232 4 0.3132 0.64702 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> GSM337233 4 0.3934 0.58404 0.000 0.000 0.008 0.716 0.276
#> GSM337234 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337235 4 0.1251 0.78916 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM337236 4 0.5666 0.26397 0.000 0.408 0.008 0.524 0.060
#> GSM337237 4 0.2966 0.62368 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM337238 4 0.1124 0.78923 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM337239 4 0.5394 0.46941 0.000 0.296 0.016 0.636 0.052
#> GSM337240 5 0.1608 0.79421 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM337241 4 0.4449 0.39175 0.000 0.020 0.288 0.688 0.004
#> GSM337242 4 0.5316 0.42295 0.000 0.040 0.012 0.600 0.348
#> GSM337243 5 0.3055 0.70577 0.000 0.016 0.000 0.144 0.840
#> GSM337244 4 0.4804 0.52908 0.000 0.012 0.244 0.704 0.040
#> GSM337245 2 0.1270 0.87180 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM337246 4 0.0727 0.78151 0.000 0.012 0.004 0.980 0.004
#> GSM337247 5 0.0162 0.81691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337248 5 0.0404 0.81696 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337249 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337250 5 0.0404 0.81696 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337251 4 0.0000 0.78146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.78146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.0693 0.90949 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM337254 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.90591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.78146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 2 0.0290 0.90212 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.3790 0.59062 0.000 0.724 0.272 0.000 0.004
#> GSM337260 4 0.1732 0.73623 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM337261 2 0.0703 0.89354 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.4103 0.66903 0.000 0.036 0.016 0.156 0.792
#> GSM337263 4 0.1357 0.78835 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> GSM337264 4 0.5430 0.16954 0.000 0.468 0.008 0.484 0.040
#> GSM337265 3 0.6330 0.53761 0.000 0.012 0.564 0.268 0.156
#> GSM337266 3 0.5098 0.46301 0.000 0.012 0.564 0.404 0.020
#> GSM337267 4 0.0404 0.78623 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337268 4 0.4025 0.67858 0.000 0.132 0.000 0.792 0.076
#> GSM337269 4 0.1430 0.78736 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> GSM337270 5 0.1341 0.80799 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM337271 3 0.5028 0.06725 0.000 0.012 0.560 0.016 0.412
#> GSM337272 4 0.0794 0.78746 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM337273 4 0.5478 0.36927 0.000 0.036 0.020 0.580 0.364
#> GSM337274 5 0.3463 0.72341 0.000 0.156 0.016 0.008 0.820
#> GSM337275 4 0.2074 0.75293 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM337276 5 0.2875 0.79650 0.000 0.060 0.020 0.032 0.888
#> GSM337277 4 0.1701 0.78473 0.000 0.012 0.016 0.944 0.028
#> GSM337278 5 0.4403 0.27689 0.000 0.000 0.008 0.384 0.608
#> GSM337279 5 0.0771 0.81586 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM337280 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337281 5 0.1851 0.80364 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM337282 5 0.1357 0.81322 0.000 0.000 0.004 0.048 0.948
#> GSM337283 1 0.4249 0.61104 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.1525 0.81330 0.000 0.036 0.012 0.004 0.948
#> GSM337285 3 0.5420 0.49008 0.000 0.012 0.564 0.384 0.040
#> GSM337286 5 0.2518 0.81012 0.000 0.036 0.020 0.036 0.908
#> GSM337287 3 0.5098 0.46301 0.000 0.012 0.564 0.404 0.020
#> GSM337288 5 0.0162 0.81691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337289 5 0.2436 0.80980 0.000 0.036 0.020 0.032 0.912
#> GSM337290 5 0.3636 0.55771 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM337291 2 0.4201 0.41601 0.000 0.664 0.008 0.000 0.328
#> GSM337292 2 0.0451 0.91049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM337293 5 0.2648 0.73590 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM337294 5 0.4088 0.42278 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM337295 4 0.3857 0.44252 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM337296 4 0.4544 0.63152 0.000 0.040 0.012 0.740 0.208
#> GSM337297 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.90591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.1270 0.78782 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM337300 5 0.0162 0.81691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337301 5 0.2605 0.76471 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM337302 4 0.0404 0.78491 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337303 2 0.0000 0.90591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.4208 0.58000 0.000 0.728 0.004 0.248 0.020
#> GSM337305 4 0.5007 0.57279 0.000 0.052 0.012 0.692 0.244
#> GSM337306 5 0.0451 0.81618 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM337307 4 0.4734 0.59035 0.000 0.220 0.016 0.724 0.040
#> GSM337308 5 0.2142 0.80698 0.000 0.048 0.004 0.028 0.920
#> GSM337309 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337310 2 0.0404 0.91308 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.78146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 2 0.0290 0.90212 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.0162 0.81691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337314 4 0.4136 0.70490 0.000 0.052 0.016 0.800 0.132
#> GSM337315 4 0.4303 0.68669 0.012 0.084 0.064 0.816 0.024
#> GSM337316 2 0.6298 0.09057 0.000 0.544 0.056 0.348 0.052
#> GSM337317 5 0.6178 0.30161 0.000 0.296 0.000 0.168 0.536
#> GSM337318 4 0.4181 0.68273 0.000 0.152 0.012 0.788 0.048
#> GSM337319 1 0.4256 0.60921 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 3 0.0880 0.49515 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.4242 0.61318 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.4256 0.60921 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM337326 3 0.0794 0.49776 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.3895 0.71872 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.4256 0.60921 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.4242 0.61318 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.4242 0.61318 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4171 0.64961 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.3074 0.80383 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.4138 0.66034 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.4256 0.60921 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.0865 0.78457 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> GSM337344 1 0.0162 0.88371 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3395 0.75176 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.3177 0.79327 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0404 0.88267 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.3109 0.79830 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.2690 0.82276 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0794 0.87625 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.3177 0.79807 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.3074 0.77933 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2929 0.80966 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.3305 0.78436 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0290 0.88321 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.2127 0.84583 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.88435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 5 0.4391 0.4812 0.000 0.000 0.028 0.320 0.644 0.008
#> GSM337198 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.1575 0.7827 0.000 0.000 0.032 0.936 0.000 0.032
#> GSM337200 4 0.1777 0.7869 0.000 0.000 0.024 0.932 0.012 0.032
#> GSM337201 4 0.1984 0.7836 0.000 0.000 0.056 0.912 0.000 0.032
#> GSM337202 4 0.0622 0.7888 0.000 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM337203 5 0.1564 0.7879 0.000 0.024 0.040 0.000 0.936 0.000
#> GSM337204 4 0.1636 0.7908 0.000 0.000 0.004 0.936 0.036 0.024
#> GSM337205 5 0.3304 0.7547 0.000 0.040 0.140 0.004 0.816 0.000
#> GSM337206 4 0.1086 0.7848 0.000 0.000 0.012 0.964 0.012 0.012
#> GSM337207 2 0.4526 0.0449 0.000 0.512 0.000 0.456 0.000 0.032
#> GSM337208 2 0.1116 0.8669 0.000 0.960 0.028 0.008 0.000 0.004
#> GSM337209 4 0.2357 0.7630 0.000 0.000 0.116 0.872 0.000 0.012
#> GSM337210 2 0.0405 0.8808 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM337211 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.1275 0.7886 0.000 0.000 0.012 0.956 0.016 0.016
#> GSM337213 4 0.4393 0.0941 0.000 0.480 0.004 0.500 0.000 0.016
#> GSM337214 4 0.1151 0.7877 0.000 0.000 0.032 0.956 0.000 0.012
#> GSM337215 4 0.2128 0.7810 0.000 0.000 0.056 0.908 0.004 0.032
#> GSM337216 5 0.2350 0.7626 0.000 0.100 0.020 0.000 0.880 0.000
#> GSM337217 4 0.6344 0.0867 0.000 0.056 0.052 0.472 0.392 0.028
#> GSM337218 5 0.2122 0.7842 0.000 0.000 0.008 0.084 0.900 0.008
#> GSM337219 2 0.5351 0.0339 0.000 0.484 0.036 0.024 0.448 0.008
#> GSM337220 4 0.4184 0.6387 0.000 0.196 0.028 0.744 0.000 0.032
#> GSM337221 4 0.5160 0.5761 0.000 0.036 0.048 0.672 0.232 0.012
#> GSM337222 4 0.1856 0.7831 0.000 0.000 0.048 0.920 0.000 0.032
#> GSM337223 4 0.3858 0.6468 0.000 0.000 0.020 0.740 0.228 0.012
#> GSM337224 5 0.4933 0.4806 0.000 0.000 0.044 0.308 0.624 0.024
#> GSM337225 2 0.2706 0.7925 0.000 0.880 0.028 0.068 0.000 0.024
#> GSM337226 4 0.2604 0.7738 0.000 0.000 0.056 0.888 0.024 0.032
#> GSM337227 2 0.0146 0.8865 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337228 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.1693 0.7852 0.000 0.012 0.020 0.936 0.000 0.032
#> GSM337230 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0146 0.8865 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337232 4 0.4262 0.6715 0.000 0.144 0.060 0.764 0.000 0.032
#> GSM337233 4 0.3807 0.6306 0.000 0.000 0.028 0.740 0.228 0.004
#> GSM337234 2 0.0146 0.8865 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337235 4 0.2245 0.7782 0.000 0.004 0.052 0.908 0.008 0.028
#> GSM337236 4 0.5743 0.3213 0.000 0.372 0.084 0.516 0.024 0.004
#> GSM337237 4 0.3187 0.6783 0.000 0.188 0.004 0.796 0.000 0.012
#> GSM337238 4 0.0951 0.7869 0.000 0.000 0.020 0.968 0.004 0.008
#> GSM337239 4 0.5208 0.5109 0.000 0.264 0.080 0.636 0.012 0.008
#> GSM337240 5 0.2362 0.7695 0.000 0.000 0.012 0.080 0.892 0.016
#> GSM337241 4 0.3910 0.5175 0.000 0.008 0.328 0.660 0.000 0.004
#> GSM337242 4 0.5371 0.4960 0.000 0.044 0.032 0.612 0.300 0.012
#> GSM337243 5 0.2695 0.6864 0.000 0.008 0.000 0.144 0.844 0.004
#> GSM337244 4 0.3584 0.6188 0.000 0.000 0.244 0.740 0.004 0.012
#> GSM337245 2 0.1082 0.8471 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> GSM337246 4 0.1367 0.7868 0.000 0.000 0.044 0.944 0.000 0.012
#> GSM337247 5 0.0000 0.7879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 5 0.0260 0.7882 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.0260 0.7882 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337251 4 0.1625 0.7851 0.000 0.000 0.060 0.928 0.000 0.012
#> GSM337252 4 0.1984 0.7829 0.000 0.000 0.056 0.912 0.000 0.032
#> GSM337253 2 0.0632 0.8764 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.1807 0.7852 0.000 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020
#> GSM337258 2 0.0260 0.8842 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.3531 0.4663 0.000 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.3279 0.7611 0.000 0.060 0.060 0.848 0.000 0.032
#> GSM337261 2 0.1387 0.8422 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.4986 0.6075 0.000 0.040 0.064 0.192 0.700 0.004
#> GSM337263 4 0.1180 0.7851 0.000 0.000 0.016 0.960 0.012 0.012
#> GSM337264 4 0.6153 0.2058 0.000 0.412 0.096 0.452 0.012 0.028
#> GSM337265 3 0.3112 0.8654 0.000 0.000 0.836 0.096 0.068 0.000
#> GSM337266 3 0.2006 0.8909 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004 0.000
#> GSM337267 4 0.2586 0.7696 0.000 0.000 0.100 0.868 0.000 0.032
#> GSM337268 4 0.3960 0.7096 0.000 0.128 0.024 0.800 0.020 0.028
#> GSM337269 4 0.1452 0.7893 0.000 0.000 0.012 0.948 0.020 0.020
#> GSM337270 5 0.1863 0.7747 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM337271 3 0.3175 0.7931 0.000 0.000 0.808 0.028 0.164 0.000
#> GSM337272 4 0.1418 0.7836 0.000 0.000 0.024 0.944 0.000 0.032
#> GSM337273 4 0.5753 0.4045 0.000 0.044 0.060 0.568 0.320 0.008
#> GSM337274 5 0.3713 0.7036 0.000 0.160 0.032 0.008 0.792 0.008
#> GSM337275 4 0.3652 0.7369 0.000 0.000 0.072 0.820 0.080 0.028
#> GSM337276 5 0.3496 0.7520 0.000 0.052 0.140 0.004 0.804 0.000
#> GSM337277 4 0.1531 0.7859 0.000 0.004 0.068 0.928 0.000 0.000
#> GSM337278 5 0.5384 0.2058 0.000 0.000 0.080 0.396 0.512 0.012
#> GSM337279 5 0.1124 0.7879 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337281 5 0.2039 0.7856 0.000 0.000 0.004 0.072 0.908 0.016
#> GSM337282 5 0.1952 0.7911 0.000 0.000 0.016 0.052 0.920 0.012
#> GSM337283 6 0.1075 0.8702 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM337284 5 0.2658 0.7876 0.000 0.040 0.052 0.016 0.888 0.004
#> GSM337285 3 0.2094 0.8984 0.000 0.000 0.900 0.080 0.020 0.000
#> GSM337286 5 0.3123 0.7815 0.000 0.040 0.072 0.024 0.860 0.004
#> GSM337287 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.112 0.004 0.000
#> GSM337288 5 0.1168 0.7892 0.000 0.000 0.028 0.016 0.956 0.000
#> GSM337289 5 0.3067 0.7825 0.000 0.040 0.068 0.024 0.864 0.004
#> GSM337290 5 0.4041 0.5553 0.000 0.000 0.008 0.292 0.684 0.016
#> GSM337291 2 0.4008 0.4635 0.000 0.672 0.016 0.004 0.308 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337293 5 0.4210 0.6737 0.000 0.000 0.052 0.168 0.756 0.024
#> GSM337294 5 0.4236 0.3629 0.000 0.352 0.008 0.008 0.628 0.004
#> GSM337295 4 0.4769 0.5322 0.000 0.000 0.052 0.684 0.236 0.028
#> GSM337296 4 0.4540 0.6455 0.000 0.028 0.040 0.740 0.180 0.012
#> GSM337297 2 0.0146 0.8865 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337298 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.2669 0.7842 0.000 0.000 0.072 0.880 0.016 0.032
#> GSM337300 5 0.0000 0.7879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337301 5 0.4626 0.6767 0.000 0.000 0.116 0.144 0.724 0.016
#> GSM337302 4 0.1578 0.7853 0.000 0.000 0.048 0.936 0.004 0.012
#> GSM337303 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.4717 0.5612 0.000 0.704 0.056 0.208 0.000 0.032
#> GSM337305 4 0.5217 0.5890 0.000 0.040 0.060 0.684 0.204 0.012
#> GSM337306 5 0.0260 0.7862 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM337307 4 0.5025 0.5690 0.000 0.216 0.096 0.672 0.008 0.008
#> GSM337308 5 0.3524 0.7639 0.000 0.064 0.036 0.068 0.832 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.1564 0.7858 0.000 0.000 0.040 0.936 0.000 0.024
#> GSM337312 2 0.1196 0.8597 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.0000 0.7879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337314 4 0.4355 0.7022 0.000 0.044 0.060 0.784 0.100 0.012
#> GSM337315 4 0.5728 0.6113 0.080 0.052 0.168 0.676 0.012 0.012
#> GSM337316 2 0.5556 0.2219 0.000 0.552 0.116 0.320 0.012 0.000
#> GSM337317 5 0.6515 0.2145 0.000 0.256 0.036 0.176 0.520 0.012
#> GSM337318 4 0.4223 0.6720 0.000 0.152 0.056 0.768 0.012 0.012
#> GSM337319 6 0.1007 0.8701 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM337320 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 6 0.1643 0.8123 0.008 0.000 0.068 0.000 0.000 0.924
#> GSM337324 6 0.1267 0.8677 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM337325 6 0.1007 0.8701 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM337326 6 0.1265 0.8228 0.008 0.000 0.044 0.000 0.000 0.948
#> GSM337327 1 0.0363 0.9397 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337328 6 0.2762 0.7267 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337329 6 0.1007 0.8701 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM337330 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 6 0.1267 0.8677 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM337332 6 0.1267 0.8677 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM337333 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.4098 0.5850 0.292 0.000 0.032 0.000 0.000 0.676
#> GSM337335 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0146 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.3318 0.7746 0.796 0.000 0.032 0.000 0.000 0.172
#> GSM337338 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337340 1 0.3797 0.3026 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM337341 6 0.1007 0.8701 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM337342 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337343 4 0.2431 0.7554 0.000 0.000 0.132 0.860 0.000 0.008
#> GSM337344 1 0.0260 0.9411 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337345 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337346 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 6 0.3101 0.6719 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM337348 1 0.2969 0.7274 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM337349 1 0.0547 0.9370 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337350 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337351 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337352 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.2793 0.7596 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM337358 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337359 1 0.0790 0.9281 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.1168 0.9250 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM337362 1 0.2416 0.8144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM337363 1 0.0790 0.9244 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM337364 1 0.2912 0.7521 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM337365 6 0.3371 0.6297 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM337366 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2631 0.7847 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM337369 1 0.2996 0.7258 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM337370 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0458 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337372 1 0.1910 0.8623 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM337373 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9429 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:pam 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> CV:pam 152 2.07e-11 3.55e-30 3
#> CV:pam 167 7.81e-12 6.75e-34 4
#> CV:pam 157 3.80e-11 1.57e-30 5
#> CV:pam 163 2.70e-11 3.67e-32 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.601 0.730 0.849 0.2685 0.915 0.847
#> 4 4 0.525 0.579 0.755 0.1886 0.779 0.555
#> 5 5 0.537 0.456 0.708 0.0847 0.849 0.580
#> 6 6 0.560 0.510 0.713 0.0603 0.879 0.604
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 1 0 1 1 0
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 1 0 1 1 0
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0892 0.8842 0.000 0.980 0.020
#> GSM337198 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337199 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.1163 0.8816 0.000 0.972 0.028
#> GSM337204 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.2448 0.8662 0.000 0.924 0.076
#> GSM337206 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337208 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337209 2 0.1289 0.8799 0.000 0.968 0.032
#> GSM337210 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337211 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337212 2 0.0592 0.8832 0.000 0.988 0.012
#> GSM337213 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337214 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 2 0.4887 0.8424 0.000 0.772 0.228
#> GSM337217 2 0.3116 0.8691 0.000 0.892 0.108
#> GSM337218 2 0.0424 0.8820 0.000 0.992 0.008
#> GSM337219 2 0.3686 0.8622 0.000 0.860 0.140
#> GSM337220 2 0.4605 0.8278 0.000 0.796 0.204
#> GSM337221 2 0.2448 0.8630 0.000 0.924 0.076
#> GSM337222 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.3551 0.8291 0.000 0.868 0.132
#> GSM337224 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 2 0.4605 0.8278 0.000 0.796 0.204
#> GSM337226 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337228 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337229 2 0.2796 0.8730 0.000 0.908 0.092
#> GSM337230 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337231 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337232 2 0.4504 0.8310 0.000 0.804 0.196
#> GSM337233 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337235 2 0.0237 0.8828 0.000 0.996 0.004
#> GSM337236 2 0.2165 0.8845 0.000 0.936 0.064
#> GSM337237 2 0.4555 0.8299 0.000 0.800 0.200
#> GSM337238 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.5254 0.5475 0.000 0.264 0.736
#> GSM337240 2 0.0237 0.8822 0.000 0.996 0.004
#> GSM337241 2 0.3619 0.8399 0.000 0.864 0.136
#> GSM337242 2 0.2066 0.8697 0.000 0.940 0.060
#> GSM337243 2 0.4062 0.8612 0.000 0.836 0.164
#> GSM337244 2 0.3340 0.8381 0.000 0.880 0.120
#> GSM337245 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337246 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337247 2 0.4605 0.8334 0.000 0.796 0.204
#> GSM337248 2 0.2959 0.8760 0.000 0.900 0.100
#> GSM337249 2 0.4887 0.8257 0.000 0.772 0.228
#> GSM337250 2 0.2959 0.8760 0.000 0.900 0.100
#> GSM337251 2 0.0424 0.8831 0.000 0.992 0.008
#> GSM337252 2 0.0424 0.8819 0.000 0.992 0.008
#> GSM337253 2 0.4555 0.8318 0.000 0.800 0.200
#> GSM337254 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337255 2 0.5465 0.8105 0.000 0.712 0.288
#> GSM337256 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337257 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 2 0.5431 0.8132 0.000 0.716 0.284
#> GSM337259 2 0.5560 0.8023 0.000 0.700 0.300
#> GSM337260 2 0.3340 0.8590 0.000 0.880 0.120
#> GSM337261 2 0.5397 0.8114 0.000 0.720 0.280
#> GSM337262 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337263 2 0.0892 0.8837 0.000 0.980 0.020
#> GSM337264 2 0.2878 0.8710 0.000 0.904 0.096
#> GSM337265 3 0.5363 0.5504 0.000 0.276 0.724
#> GSM337266 3 0.5948 0.5257 0.000 0.360 0.640
#> GSM337267 2 0.0892 0.8767 0.000 0.980 0.020
#> GSM337268 2 0.1860 0.8747 0.000 0.948 0.052
#> GSM337269 2 0.2537 0.8624 0.000 0.920 0.080
#> GSM337270 2 0.3192 0.8435 0.000 0.888 0.112
#> GSM337271 3 0.6045 0.4966 0.000 0.380 0.620
#> GSM337272 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.2878 0.8622 0.000 0.904 0.096
#> GSM337274 2 0.4654 0.8315 0.000 0.792 0.208
#> GSM337275 2 0.2878 0.8773 0.000 0.904 0.096
#> GSM337276 2 0.3482 0.8580 0.000 0.872 0.128
#> GSM337277 2 0.3551 0.8424 0.000 0.868 0.132
#> GSM337278 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0592 0.8814 0.000 0.988 0.012
#> GSM337280 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337281 2 0.1753 0.8841 0.000 0.952 0.048
#> GSM337282 2 0.2165 0.8826 0.000 0.936 0.064
#> GSM337283 1 0.6309 0.0798 0.504 0.000 0.496
#> GSM337284 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337285 3 0.6045 0.4966 0.000 0.380 0.620
#> GSM337286 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337287 3 0.5785 0.5426 0.000 0.332 0.668
#> GSM337288 2 0.5529 0.7134 0.000 0.704 0.296
#> GSM337289 2 0.2711 0.8572 0.000 0.912 0.088
#> GSM337290 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 2 0.4654 0.8342 0.000 0.792 0.208
#> GSM337292 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337293 2 0.0237 0.8822 0.000 0.996 0.004
#> GSM337294 2 0.4750 0.8264 0.000 0.784 0.216
#> GSM337295 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.2356 0.8649 0.000 0.928 0.072
#> GSM337297 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337298 2 0.5529 0.8053 0.000 0.704 0.296
#> GSM337299 2 0.0747 0.8782 0.000 0.984 0.016
#> GSM337300 2 0.6295 0.2408 0.000 0.528 0.472
#> GSM337301 2 0.0892 0.8767 0.000 0.980 0.020
#> GSM337302 2 0.3267 0.8551 0.000 0.884 0.116
#> GSM337303 2 0.4654 0.8286 0.000 0.792 0.208
#> GSM337304 2 0.4291 0.8365 0.000 0.820 0.180
#> GSM337305 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337306 2 0.3941 0.8570 0.000 0.844 0.156
#> GSM337307 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337308 2 0.2066 0.8697 0.000 0.940 0.060
#> GSM337309 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337310 2 0.4654 0.8256 0.000 0.792 0.208
#> GSM337311 2 0.0000 0.8823 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.4931 0.5460 0.000 0.232 0.768
#> GSM337313 2 0.4555 0.8393 0.000 0.800 0.200
#> GSM337314 2 0.2625 0.8590 0.000 0.916 0.084
#> GSM337315 3 0.6204 0.0403 0.424 0.000 0.576
#> GSM337316 2 0.3192 0.8546 0.000 0.888 0.112
#> GSM337317 3 0.4750 0.5407 0.000 0.216 0.784
#> GSM337318 2 0.2959 0.8513 0.000 0.900 0.100
#> GSM337319 1 0.5948 0.4426 0.640 0.000 0.360
#> GSM337320 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 3 0.6225 0.0235 0.432 0.000 0.568
#> GSM337324 1 0.5785 0.4935 0.668 0.000 0.332
#> GSM337325 3 0.6280 -0.0498 0.460 0.000 0.540
#> GSM337326 3 0.6235 0.0168 0.436 0.000 0.564
#> GSM337327 1 0.0424 0.7726 0.992 0.000 0.008
#> GSM337328 1 0.5988 0.4263 0.632 0.000 0.368
#> GSM337329 1 0.6045 0.3997 0.620 0.000 0.380
#> GSM337330 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.5785 0.4935 0.668 0.000 0.332
#> GSM337332 1 0.5785 0.4935 0.668 0.000 0.332
#> GSM337333 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 3 0.6274 -0.0462 0.456 0.000 0.544
#> GSM337335 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.6302 0.1286 0.520 0.000 0.480
#> GSM337337 3 0.6291 -0.0721 0.468 0.000 0.532
#> GSM337338 1 0.2625 0.7356 0.916 0.000 0.084
#> GSM337339 1 0.2165 0.7525 0.936 0.000 0.064
#> GSM337340 1 0.6309 0.0798 0.504 0.000 0.496
#> GSM337341 1 0.5785 0.4935 0.668 0.000 0.332
#> GSM337342 1 0.5926 0.4972 0.644 0.000 0.356
#> GSM337343 3 0.6204 0.0403 0.424 0.000 0.576
#> GSM337344 1 0.2711 0.7514 0.912 0.000 0.088
#> GSM337345 1 0.1753 0.7582 0.952 0.000 0.048
#> GSM337346 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.5785 0.4935 0.668 0.000 0.332
#> GSM337348 1 0.5621 0.5269 0.692 0.000 0.308
#> GSM337349 1 0.5465 0.5519 0.712 0.000 0.288
#> GSM337350 1 0.2796 0.7339 0.908 0.000 0.092
#> GSM337351 1 0.2796 0.7357 0.908 0.000 0.092
#> GSM337352 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0747 0.7702 0.984 0.000 0.016
#> GSM337354 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1163 0.7688 0.972 0.000 0.028
#> GSM337356 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0747 0.7713 0.984 0.000 0.016
#> GSM337358 1 0.5968 0.4440 0.636 0.000 0.364
#> GSM337359 1 0.6045 0.4324 0.620 0.000 0.380
#> GSM337360 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.3038 0.7278 0.896 0.000 0.104
#> GSM337362 3 0.6111 0.0126 0.396 0.000 0.604
#> GSM337363 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.6309 0.0798 0.504 0.000 0.496
#> GSM337365 1 0.1163 0.7684 0.972 0.000 0.028
#> GSM337366 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.1753 0.7582 0.952 0.000 0.048
#> GSM337368 1 0.6192 0.3634 0.580 0.000 0.420
#> GSM337369 1 0.2537 0.7357 0.920 0.000 0.080
#> GSM337370 1 0.1753 0.7582 0.952 0.000 0.048
#> GSM337371 1 0.6308 0.0936 0.508 0.000 0.492
#> GSM337372 1 0.0892 0.7721 0.980 0.000 0.020
#> GSM337373 1 0.1753 0.7582 0.952 0.000 0.048
#> GSM337374 1 0.2878 0.7307 0.904 0.000 0.096
#> GSM337375 1 0.0424 0.7726 0.992 0.000 0.008
#> GSM337376 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.4964 0.65047 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM337198 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 3 0.4998 0.54115 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM337200 3 0.4996 0.54676 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM337201 3 0.4992 0.55753 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM337202 3 0.4730 0.67568 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM337203 3 0.3837 0.70938 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM337204 3 0.4972 0.58982 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM337205 3 0.3982 0.70788 0.000 0.220 0.776 0.004
#> GSM337206 3 0.4992 0.56259 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.1118 0.75301 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM337209 2 0.6337 -0.52227 0.000 0.472 0.468 0.060
#> GSM337210 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.4961 -0.42525 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM337213 2 0.0188 0.76304 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337214 3 0.4994 0.55344 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM337215 3 0.4989 0.56349 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM337216 3 0.5685 0.22836 0.000 0.460 0.516 0.024
#> GSM337217 2 0.5143 0.06484 0.000 0.628 0.360 0.012
#> GSM337218 3 0.4761 0.65829 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM337219 2 0.5339 0.10560 0.000 0.624 0.356 0.020
#> GSM337220 2 0.0592 0.76092 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337221 3 0.4220 0.71161 0.000 0.248 0.748 0.004
#> GSM337222 3 0.4977 0.57972 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM337223 3 0.4158 0.70168 0.000 0.224 0.768 0.008
#> GSM337224 3 0.4996 0.55198 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM337225 2 0.0707 0.75939 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337226 3 0.4961 0.59624 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.4501 0.46622 0.000 0.764 0.212 0.024
#> GSM337230 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337232 2 0.0707 0.75944 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337233 3 0.4624 0.69272 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337235 3 0.4989 0.57349 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM337236 3 0.5151 0.36302 0.000 0.464 0.532 0.004
#> GSM337237 2 0.0592 0.76092 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337238 3 0.4817 0.66079 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM337239 4 0.6709 0.36370 0.000 0.088 0.452 0.460
#> GSM337240 3 0.4790 0.65177 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM337241 3 0.6052 0.58607 0.000 0.320 0.616 0.064
#> GSM337242 3 0.4072 0.71293 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM337243 2 0.5600 -0.17727 0.000 0.512 0.468 0.020
#> GSM337244 3 0.4122 0.70892 0.000 0.236 0.760 0.004
#> GSM337245 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.4188 0.71185 0.000 0.244 0.752 0.004
#> GSM337247 3 0.6634 0.46685 0.000 0.292 0.592 0.116
#> GSM337248 3 0.4770 0.68755 0.000 0.288 0.700 0.012
#> GSM337249 2 0.4053 0.54549 0.000 0.768 0.228 0.004
#> GSM337250 3 0.4697 0.69197 0.000 0.296 0.696 0.008
#> GSM337251 2 0.4998 -0.51218 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM337252 3 0.4730 0.68420 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM337253 2 0.4744 0.48051 0.000 0.736 0.240 0.024
#> GSM337254 2 0.0592 0.76092 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337255 2 0.4456 0.48821 0.000 0.716 0.280 0.004
#> GSM337256 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 3 0.4994 0.55639 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM337258 2 0.4456 0.48821 0.000 0.716 0.280 0.004
#> GSM337259 2 0.5901 0.42324 0.000 0.652 0.280 0.068
#> GSM337260 2 0.2647 0.65772 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337261 3 0.7076 -0.19178 0.000 0.416 0.460 0.124
#> GSM337262 3 0.3764 0.70530 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM337263 2 0.4948 -0.39568 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM337264 3 0.4964 0.59127 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM337265 4 0.6602 0.40667 0.000 0.080 0.436 0.484
#> GSM337266 3 0.4741 -0.00494 0.000 0.004 0.668 0.328
#> GSM337267 3 0.4967 0.59296 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM337268 3 0.4605 0.69279 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM337269 3 0.4406 0.70837 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM337270 3 0.4290 0.69847 0.000 0.212 0.772 0.016
#> GSM337271 3 0.4857 0.00827 0.000 0.008 0.668 0.324
#> GSM337272 3 0.4996 0.54676 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM337273 3 0.4585 0.64992 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM337274 2 0.3577 0.63638 0.000 0.832 0.156 0.012
#> GSM337275 3 0.4539 0.70041 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM337276 3 0.5994 0.60450 0.000 0.296 0.636 0.068
#> GSM337277 3 0.4539 0.69045 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM337278 3 0.4585 0.69737 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM337279 3 0.4008 0.71435 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM337280 2 0.0188 0.76304 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337281 3 0.5147 0.54700 0.000 0.460 0.536 0.004
#> GSM337282 3 0.4500 0.69949 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM337283 4 0.4500 0.49068 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM337284 3 0.3726 0.70339 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM337285 3 0.4857 0.00827 0.000 0.008 0.668 0.324
#> GSM337286 3 0.3837 0.70837 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM337287 3 0.5526 -0.26080 0.000 0.020 0.564 0.416
#> GSM337288 3 0.6469 0.23440 0.000 0.164 0.644 0.192
#> GSM337289 3 0.3801 0.70713 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM337290 3 0.4855 0.64024 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM337291 2 0.4957 0.40725 0.000 0.684 0.300 0.016
#> GSM337292 2 0.1867 0.71742 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337293 3 0.4250 0.71282 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM337294 3 0.5328 0.51805 0.000 0.248 0.704 0.048
#> GSM337295 3 0.4981 0.57988 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM337296 3 0.4188 0.71185 0.000 0.244 0.752 0.004
#> GSM337297 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.4584 0.46032 0.000 0.696 0.300 0.004
#> GSM337299 3 0.4981 0.57352 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM337300 3 0.6834 0.16904 0.000 0.164 0.596 0.240
#> GSM337301 3 0.5004 0.63483 0.000 0.392 0.604 0.004
#> GSM337302 3 0.5466 0.69456 0.000 0.292 0.668 0.040
#> GSM337303 2 0.3444 0.62173 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM337304 2 0.1211 0.75319 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337305 3 0.4188 0.71185 0.000 0.244 0.752 0.004
#> GSM337306 3 0.4535 0.70636 0.000 0.240 0.744 0.016
#> GSM337307 3 0.4220 0.71193 0.000 0.248 0.748 0.004
#> GSM337308 3 0.4008 0.71241 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.76299 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 3 0.4804 0.65991 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM337312 4 0.6993 0.46187 0.000 0.132 0.336 0.532
#> GSM337313 3 0.5137 0.64423 0.000 0.296 0.680 0.024
#> GSM337314 3 0.4220 0.71161 0.000 0.248 0.748 0.004
#> GSM337315 4 0.3494 0.58350 0.172 0.000 0.004 0.824
#> GSM337316 3 0.4855 0.59869 0.000 0.352 0.644 0.004
#> GSM337317 4 0.7379 0.35470 0.000 0.164 0.384 0.452
#> GSM337318 3 0.4122 0.71044 0.000 0.236 0.760 0.004
#> GSM337319 1 0.4776 0.43775 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM337320 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 4 0.2737 0.61783 0.104 0.000 0.008 0.888
#> GSM337324 1 0.4697 0.48474 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM337325 4 0.3583 0.60709 0.180 0.000 0.004 0.816
#> GSM337326 4 0.3196 0.61913 0.136 0.000 0.008 0.856
#> GSM337327 1 0.2281 0.77928 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM337328 1 0.4961 0.23498 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM337329 4 0.5000 -0.09755 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM337330 1 0.0188 0.78777 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337331 1 0.4585 0.53120 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM337332 1 0.4605 0.52421 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM337333 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 4 0.3751 0.57907 0.196 0.000 0.004 0.800
#> GSM337335 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.5294 -0.14800 0.508 0.000 0.008 0.484
#> GSM337337 4 0.4188 0.56009 0.244 0.000 0.004 0.752
#> GSM337338 1 0.3726 0.66381 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM337339 1 0.4072 0.69386 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM337340 4 0.4936 0.43167 0.372 0.000 0.004 0.624
#> GSM337341 1 0.4713 0.48026 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM337342 1 0.4843 0.55507 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM337343 4 0.2401 0.61615 0.092 0.000 0.004 0.904
#> GSM337344 1 0.2647 0.77918 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM337345 1 0.2973 0.71861 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM337346 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.4500 0.55179 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM337348 1 0.4103 0.64530 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM337349 1 0.3172 0.73659 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM337350 1 0.3801 0.66579 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM337351 1 0.2530 0.76579 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM337352 1 0.0188 0.78777 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337353 1 0.0921 0.78259 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337354 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2973 0.77256 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM337356 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.2281 0.77928 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM337358 1 0.4277 0.60647 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM337359 1 0.5070 0.40841 0.580 0.000 0.004 0.416
#> GSM337360 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.3486 0.74694 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM337362 4 0.4883 0.39660 0.288 0.000 0.016 0.696
#> GSM337363 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 4 0.4872 0.46152 0.356 0.000 0.004 0.640
#> GSM337365 1 0.3123 0.74273 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM337366 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.3024 0.71561 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM337368 1 0.4661 0.55616 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM337369 1 0.2868 0.76457 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM337370 1 0.3024 0.71561 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM337371 4 0.5004 0.40384 0.392 0.000 0.004 0.604
#> GSM337372 1 0.2868 0.76072 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM337373 1 0.3024 0.71561 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM337374 1 0.3801 0.65978 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM337375 1 0.2281 0.77928 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM337376 1 0.0000 0.78922 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.5360 0.4240 0.000 0.384 0.000 0.556 0.060
#> GSM337198 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337199 4 0.1281 0.5209 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM337200 4 0.1469 0.5151 0.000 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM337201 4 0.1041 0.5400 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM337202 4 0.3476 0.5461 0.000 0.176 0.000 0.804 0.020
#> GSM337203 4 0.6241 0.2481 0.000 0.192 0.004 0.564 0.240
#> GSM337204 4 0.1041 0.5322 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> GSM337205 4 0.6375 0.2969 0.000 0.192 0.008 0.556 0.244
#> GSM337206 4 0.1041 0.5394 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM337207 2 0.4878 0.7397 0.000 0.536 0.000 0.440 0.024
#> GSM337208 2 0.4894 0.7270 0.000 0.520 0.000 0.456 0.024
#> GSM337209 4 0.3590 0.4635 0.000 0.048 0.036 0.852 0.064
#> GSM337210 2 0.4798 0.7411 0.000 0.540 0.000 0.440 0.020
#> GSM337211 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337212 4 0.3647 0.3076 0.000 0.132 0.000 0.816 0.052
#> GSM337213 2 0.4953 0.7382 0.000 0.532 0.000 0.440 0.028
#> GSM337214 4 0.0671 0.5396 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM337215 4 0.0798 0.5409 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM337216 2 0.5973 -0.0977 0.000 0.580 0.000 0.256 0.164
#> GSM337217 4 0.5635 -0.1140 0.000 0.252 0.000 0.620 0.128
#> GSM337218 4 0.3872 0.4768 0.000 0.060 0.008 0.816 0.116
#> GSM337219 4 0.5815 -0.2094 0.000 0.272 0.000 0.592 0.136
#> GSM337220 2 0.4902 0.7130 0.000 0.508 0.000 0.468 0.024
#> GSM337221 4 0.4638 0.4591 0.000 0.324 0.000 0.648 0.028
#> GSM337222 4 0.0865 0.5543 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM337223 4 0.5598 0.3888 0.000 0.340 0.012 0.588 0.060
#> GSM337224 4 0.0404 0.5411 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM337225 2 0.4821 0.7204 0.000 0.516 0.000 0.464 0.020
#> GSM337226 4 0.0671 0.5547 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337227 2 0.4798 0.7411 0.000 0.540 0.000 0.440 0.020
#> GSM337228 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337229 4 0.4522 0.0434 0.000 0.196 0.000 0.736 0.068
#> GSM337230 2 0.4622 0.7452 0.000 0.548 0.000 0.440 0.012
#> GSM337231 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337232 2 0.5168 0.7257 0.000 0.508 0.000 0.452 0.040
#> GSM337233 4 0.3123 0.5482 0.000 0.160 0.000 0.828 0.012
#> GSM337234 2 0.4793 0.7392 0.000 0.544 0.000 0.436 0.020
#> GSM337235 4 0.1364 0.5260 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> GSM337236 2 0.5403 -0.3864 0.000 0.488 0.000 0.456 0.056
#> GSM337237 2 0.4902 0.7130 0.000 0.508 0.000 0.468 0.024
#> GSM337238 4 0.2798 0.5586 0.000 0.140 0.000 0.852 0.008
#> GSM337239 3 0.7769 0.0753 0.000 0.108 0.428 0.148 0.316
#> GSM337240 4 0.2992 0.5153 0.000 0.044 0.008 0.876 0.072
#> GSM337241 4 0.6355 0.2699 0.000 0.408 0.004 0.448 0.140
#> GSM337242 4 0.5279 0.4284 0.000 0.328 0.004 0.612 0.056
#> GSM337243 5 0.6528 0.4007 0.000 0.236 0.000 0.284 0.480
#> GSM337244 4 0.5353 0.4077 0.000 0.360 0.000 0.576 0.064
#> GSM337245 2 0.4517 0.7440 0.000 0.556 0.000 0.436 0.008
#> GSM337246 4 0.4838 0.4540 0.000 0.336 0.004 0.632 0.028
#> GSM337247 5 0.5370 0.5834 0.000 0.068 0.000 0.348 0.584
#> GSM337248 4 0.5773 -0.3510 0.000 0.088 0.000 0.476 0.436
#> GSM337249 2 0.2516 0.4032 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM337250 4 0.5737 -0.3798 0.000 0.084 0.000 0.464 0.452
#> GSM337251 4 0.2473 0.5261 0.000 0.072 0.000 0.896 0.032
#> GSM337252 4 0.2850 0.5648 0.000 0.092 0.000 0.872 0.036
#> GSM337253 4 0.5987 -0.3132 0.000 0.304 0.000 0.556 0.140
#> GSM337254 2 0.4894 0.7303 0.000 0.520 0.000 0.456 0.024
#> GSM337255 2 0.2806 0.3854 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM337256 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337257 4 0.0510 0.5378 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337258 2 0.3241 0.3614 0.000 0.832 0.000 0.144 0.024
#> GSM337259 2 0.4473 0.1750 0.000 0.768 0.004 0.112 0.116
#> GSM337260 4 0.5240 -0.4501 0.000 0.360 0.000 0.584 0.056
#> GSM337261 2 0.6700 -0.0462 0.000 0.592 0.052 0.184 0.172
#> GSM337262 4 0.5602 0.4147 0.000 0.324 0.008 0.596 0.072
#> GSM337263 4 0.3110 0.4259 0.000 0.080 0.000 0.860 0.060
#> GSM337264 4 0.5524 0.3953 0.000 0.416 0.000 0.516 0.068
#> GSM337265 3 0.7698 0.1537 0.000 0.112 0.460 0.144 0.284
#> GSM337266 3 0.7791 0.1316 0.000 0.088 0.444 0.240 0.228
#> GSM337267 4 0.1638 0.5449 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM337268 4 0.3885 0.5265 0.000 0.176 0.000 0.784 0.040
#> GSM337269 4 0.5157 0.4313 0.000 0.324 0.012 0.628 0.036
#> GSM337270 4 0.6446 0.2316 0.000 0.388 0.008 0.464 0.140
#> GSM337271 3 0.7764 0.0441 0.000 0.080 0.420 0.300 0.200
#> GSM337272 4 0.0703 0.5307 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM337273 4 0.5906 0.3756 0.000 0.404 0.000 0.492 0.104
#> GSM337274 4 0.5102 -0.4293 0.000 0.376 0.000 0.580 0.044
#> GSM337275 4 0.4535 0.4455 0.000 0.092 0.000 0.748 0.160
#> GSM337276 4 0.6935 0.3090 0.000 0.400 0.036 0.432 0.132
#> GSM337277 4 0.6567 0.2714 0.000 0.384 0.012 0.460 0.144
#> GSM337278 4 0.3643 0.5427 0.000 0.080 0.008 0.836 0.076
#> GSM337279 4 0.5571 -0.0321 0.000 0.060 0.008 0.568 0.364
#> GSM337280 2 0.4522 0.7454 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008
#> GSM337281 4 0.4636 0.3151 0.000 0.132 0.000 0.744 0.124
#> GSM337282 4 0.5559 -0.1311 0.000 0.076 0.000 0.544 0.380
#> GSM337283 3 0.5126 0.4327 0.300 0.000 0.636 0.000 0.064
#> GSM337284 4 0.5829 0.3997 0.000 0.332 0.008 0.572 0.088
#> GSM337285 3 0.7775 0.0905 0.000 0.080 0.432 0.264 0.224
#> GSM337286 4 0.5697 0.4226 0.000 0.336 0.008 0.580 0.076
#> GSM337287 3 0.7673 0.1848 0.000 0.092 0.472 0.192 0.244
#> GSM337288 5 0.5066 0.6349 0.000 0.044 0.012 0.276 0.668
#> GSM337289 4 0.5747 0.4142 0.000 0.336 0.008 0.576 0.080
#> GSM337290 4 0.2694 0.5229 0.000 0.032 0.008 0.892 0.068
#> GSM337291 4 0.5793 -0.3327 0.000 0.348 0.000 0.548 0.104
#> GSM337292 4 0.4821 -0.6535 0.000 0.464 0.000 0.516 0.020
#> GSM337293 4 0.5008 0.4733 0.000 0.160 0.008 0.724 0.108
#> GSM337294 5 0.5449 0.5341 0.000 0.068 0.000 0.376 0.556
#> GSM337295 4 0.2214 0.5143 0.000 0.052 0.004 0.916 0.028
#> GSM337296 4 0.4558 0.4598 0.000 0.324 0.000 0.652 0.024
#> GSM337297 2 0.4798 0.7411 0.000 0.540 0.000 0.440 0.020
#> GSM337298 2 0.4647 0.1901 0.000 0.736 0.000 0.172 0.092
#> GSM337299 4 0.1197 0.5429 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM337300 5 0.5040 0.6385 0.000 0.044 0.024 0.228 0.704
#> GSM337301 4 0.2295 0.5296 0.000 0.004 0.008 0.900 0.088
#> GSM337302 4 0.5941 0.4163 0.000 0.332 0.024 0.576 0.068
#> GSM337303 2 0.4400 0.5600 0.000 0.672 0.000 0.308 0.020
#> GSM337304 2 0.5173 0.7132 0.000 0.500 0.000 0.460 0.040
#> GSM337305 4 0.4787 0.4515 0.000 0.324 0.000 0.640 0.036
#> GSM337306 4 0.5946 -0.1135 0.000 0.112 0.000 0.508 0.380
#> GSM337307 4 0.4804 0.4540 0.000 0.328 0.000 0.636 0.036
#> GSM337308 4 0.5388 0.4285 0.000 0.360 0.004 0.580 0.056
#> GSM337309 2 0.4410 0.7452 0.000 0.556 0.000 0.440 0.004
#> GSM337310 2 0.4798 0.7440 0.000 0.540 0.000 0.440 0.020
#> GSM337311 4 0.2656 0.5539 0.000 0.064 0.012 0.896 0.028
#> GSM337312 5 0.6832 -0.2670 0.000 0.140 0.368 0.028 0.464
#> GSM337313 5 0.5677 0.3777 0.000 0.080 0.000 0.424 0.496
#> GSM337314 4 0.4731 0.4582 0.000 0.328 0.000 0.640 0.032
#> GSM337315 3 0.2929 0.5989 0.076 0.004 0.876 0.000 0.044
#> GSM337316 2 0.6189 -0.3846 0.000 0.476 0.000 0.384 0.140
#> GSM337317 5 0.4938 0.4511 0.000 0.084 0.064 0.084 0.768
#> GSM337318 4 0.5101 0.4403 0.000 0.328 0.012 0.628 0.032
#> GSM337319 1 0.4341 0.3809 0.628 0.008 0.364 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.7782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 3 0.2740 0.6001 0.064 0.004 0.888 0.000 0.044
#> GSM337324 1 0.4235 0.4418 0.656 0.008 0.336 0.000 0.000
#> GSM337325 3 0.3787 0.5872 0.120 0.008 0.820 0.000 0.052
#> GSM337326 3 0.3515 0.6000 0.084 0.008 0.844 0.000 0.064
#> GSM337327 1 0.2890 0.7090 0.836 0.004 0.160 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.4390 0.2438 0.568 0.004 0.428 0.000 0.000
#> GSM337329 3 0.5126 0.1810 0.432 0.008 0.536 0.000 0.024
#> GSM337330 1 0.0324 0.7778 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.4165 0.4761 0.672 0.008 0.320 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.4218 0.4508 0.660 0.008 0.332 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 3 0.3663 0.5040 0.208 0.000 0.776 0.000 0.016
#> GSM337335 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 3 0.5754 0.3092 0.380 0.004 0.536 0.000 0.080
#> GSM337337 3 0.4581 0.5221 0.196 0.000 0.732 0.000 0.072
#> GSM337338 1 0.3888 0.6813 0.788 0.004 0.176 0.000 0.032
#> GSM337339 1 0.4385 0.5733 0.672 0.004 0.312 0.000 0.012
#> GSM337340 3 0.5373 0.4465 0.296 0.000 0.620 0.000 0.084
#> GSM337341 1 0.4211 0.4013 0.636 0.004 0.360 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.4984 0.5779 0.648 0.008 0.308 0.000 0.036
#> GSM337343 3 0.2756 0.6004 0.060 0.012 0.892 0.000 0.036
#> GSM337344 1 0.1798 0.7655 0.928 0.004 0.064 0.000 0.004
#> GSM337345 1 0.3420 0.7151 0.836 0.004 0.124 0.000 0.036
#> GSM337346 1 0.0162 0.7776 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.4108 0.4959 0.684 0.008 0.308 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.3209 0.6863 0.812 0.008 0.180 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.3366 0.6058 0.784 0.004 0.212 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.4096 0.6694 0.744 0.004 0.232 0.000 0.020
#> GSM337351 1 0.0451 0.7774 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0324 0.7778 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.1518 0.7684 0.944 0.004 0.048 0.000 0.004
#> GSM337354 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.3491 0.6776 0.768 0.004 0.228 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0566 0.7770 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.3160 0.6923 0.808 0.004 0.188 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.4904 0.3600 0.644 0.004 0.316 0.000 0.036
#> GSM337359 3 0.4264 0.1977 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0162 0.7776 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4337 0.6032 0.696 0.004 0.284 0.000 0.016
#> GSM337362 3 0.6136 0.5047 0.180 0.016 0.616 0.000 0.188
#> GSM337363 1 0.0162 0.7776 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 3 0.5355 0.4531 0.292 0.000 0.624 0.000 0.084
#> GSM337365 1 0.1628 0.7649 0.936 0.008 0.056 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.3513 0.7094 0.828 0.004 0.132 0.000 0.036
#> GSM337368 3 0.4779 0.1859 0.396 0.004 0.584 0.000 0.016
#> GSM337369 1 0.3607 0.6408 0.752 0.004 0.244 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.3513 0.7094 0.828 0.004 0.132 0.000 0.036
#> GSM337371 1 0.5737 -0.1716 0.460 0.000 0.456 0.000 0.084
#> GSM337372 1 0.2513 0.7440 0.876 0.008 0.116 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.3513 0.7098 0.828 0.004 0.132 0.000 0.036
#> GSM337374 1 0.3812 0.6736 0.780 0.004 0.196 0.000 0.020
#> GSM337375 1 0.3086 0.6970 0.816 0.004 0.180 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0162 0.7784 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.3029 0.5448 0.000 0.036 0.004 0.840 0.120 0.000
#> GSM337198 2 0.2231 0.7446 0.000 0.912 0.008 0.048 0.020 0.012
#> GSM337199 4 0.4213 0.5943 0.000 0.224 0.000 0.724 0.036 0.016
#> GSM337200 4 0.4088 0.5934 0.000 0.240 0.000 0.716 0.040 0.004
#> GSM337201 4 0.5081 0.5869 0.000 0.216 0.048 0.688 0.032 0.016
#> GSM337202 4 0.3562 0.6190 0.000 0.168 0.000 0.788 0.040 0.004
#> GSM337203 4 0.4474 -0.2300 0.000 0.012 0.012 0.536 0.440 0.000
#> GSM337204 4 0.3892 0.5989 0.000 0.236 0.000 0.732 0.024 0.008
#> GSM337205 4 0.5194 -0.0402 0.000 0.012 0.064 0.536 0.388 0.000
#> GSM337206 4 0.5079 0.5876 0.000 0.220 0.056 0.684 0.024 0.016
#> GSM337207 2 0.2288 0.7488 0.000 0.904 0.004 0.048 0.040 0.004
#> GSM337208 2 0.2594 0.7502 0.000 0.884 0.004 0.068 0.040 0.004
#> GSM337209 4 0.6217 0.5155 0.000 0.288 0.076 0.560 0.060 0.016
#> GSM337210 2 0.2407 0.7417 0.000 0.904 0.016 0.048 0.024 0.008
#> GSM337211 2 0.1590 0.7499 0.000 0.936 0.008 0.048 0.000 0.008
#> GSM337212 4 0.5956 0.4614 0.000 0.268 0.004 0.548 0.164 0.016
#> GSM337213 2 0.2288 0.7488 0.000 0.904 0.004 0.048 0.040 0.004
#> GSM337214 4 0.3917 0.5960 0.000 0.240 0.000 0.728 0.024 0.008
#> GSM337215 4 0.4342 0.5948 0.000 0.224 0.000 0.716 0.044 0.016
#> GSM337216 5 0.6133 0.3415 0.000 0.188 0.012 0.376 0.424 0.000
#> GSM337217 2 0.6352 -0.1404 0.000 0.360 0.004 0.340 0.292 0.004
#> GSM337218 4 0.5888 -0.1134 0.000 0.140 0.012 0.444 0.404 0.000
#> GSM337219 5 0.6402 0.0812 0.000 0.344 0.004 0.264 0.380 0.008
#> GSM337220 2 0.3481 0.7352 0.000 0.820 0.004 0.120 0.048 0.008
#> GSM337221 4 0.1149 0.5768 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> GSM337222 4 0.4309 0.5976 0.000 0.212 0.008 0.732 0.032 0.016
#> GSM337223 4 0.2714 0.5446 0.000 0.004 0.060 0.872 0.064 0.000
#> GSM337224 4 0.3984 0.5994 0.000 0.224 0.000 0.736 0.028 0.012
#> GSM337225 2 0.4346 0.6548 0.000 0.728 0.004 0.208 0.048 0.012
#> GSM337226 4 0.4252 0.5999 0.000 0.220 0.000 0.724 0.040 0.016
#> GSM337227 2 0.2314 0.7425 0.000 0.908 0.012 0.048 0.024 0.008
#> GSM337228 2 0.2130 0.7446 0.000 0.916 0.008 0.048 0.020 0.008
#> GSM337229 2 0.6111 -0.1437 0.000 0.424 0.004 0.404 0.156 0.012
#> GSM337230 2 0.1477 0.7501 0.000 0.940 0.004 0.048 0.000 0.008
#> GSM337231 2 0.1590 0.7499 0.000 0.936 0.008 0.048 0.000 0.008
#> GSM337232 2 0.3189 0.7364 0.000 0.848 0.004 0.060 0.080 0.008
#> GSM337233 4 0.2361 0.6159 0.000 0.104 0.004 0.880 0.012 0.000
#> GSM337234 2 0.2231 0.7443 0.000 0.912 0.012 0.048 0.020 0.008
#> GSM337235 4 0.3866 0.5999 0.000 0.232 0.000 0.736 0.024 0.008
#> GSM337236 4 0.3897 0.4860 0.000 0.084 0.004 0.776 0.136 0.000
#> GSM337237 2 0.3575 0.7310 0.000 0.804 0.004 0.140 0.048 0.004
#> GSM337238 4 0.3157 0.6221 0.000 0.144 0.008 0.828 0.012 0.008
#> GSM337239 3 0.6536 0.6410 0.000 0.044 0.564 0.084 0.256 0.052
#> GSM337240 4 0.6250 0.0310 0.000 0.188 0.012 0.432 0.364 0.004
#> GSM337241 4 0.5557 0.1853 0.000 0.016 0.300 0.580 0.100 0.004
#> GSM337242 4 0.2454 0.5331 0.000 0.016 0.004 0.876 0.104 0.000
#> GSM337243 5 0.4567 0.5228 0.000 0.140 0.004 0.144 0.712 0.000
#> GSM337244 4 0.3792 0.4330 0.000 0.004 0.188 0.764 0.044 0.000
#> GSM337245 2 0.1732 0.7464 0.000 0.920 0.004 0.072 0.000 0.004
#> GSM337246 4 0.2126 0.5466 0.000 0.004 0.072 0.904 0.020 0.000
#> GSM337247 5 0.3426 0.5995 0.000 0.012 0.012 0.192 0.784 0.000
#> GSM337248 5 0.4255 0.6217 0.000 0.024 0.012 0.284 0.680 0.000
#> GSM337249 2 0.5234 0.4757 0.000 0.636 0.084 0.260 0.012 0.008
#> GSM337250 5 0.4293 0.6207 0.000 0.024 0.012 0.292 0.672 0.000
#> GSM337251 4 0.6064 0.3910 0.000 0.344 0.056 0.520 0.076 0.004
#> GSM337252 4 0.4504 0.6107 0.000 0.136 0.060 0.760 0.036 0.008
#> GSM337253 2 0.6527 0.1018 0.000 0.408 0.012 0.320 0.252 0.008
#> GSM337254 2 0.3306 0.7428 0.000 0.828 0.004 0.120 0.044 0.004
#> GSM337255 2 0.5377 0.4451 0.000 0.620 0.088 0.268 0.020 0.004
#> GSM337256 2 0.2265 0.7531 0.000 0.896 0.008 0.084 0.004 0.008
#> GSM337257 4 0.3863 0.5989 0.000 0.232 0.008 0.740 0.012 0.008
#> GSM337258 2 0.5974 0.4332 0.000 0.576 0.088 0.276 0.056 0.004
#> GSM337259 2 0.6831 0.0374 0.000 0.388 0.268 0.304 0.036 0.004
#> GSM337260 2 0.5721 0.2992 0.000 0.524 0.004 0.340 0.124 0.008
#> GSM337261 3 0.6930 0.2873 0.000 0.240 0.456 0.220 0.084 0.000
#> GSM337262 4 0.3853 0.2251 0.000 0.008 0.012 0.708 0.272 0.000
#> GSM337263 4 0.5594 0.5165 0.000 0.252 0.004 0.596 0.136 0.012
#> GSM337264 4 0.3477 0.5180 0.000 0.056 0.004 0.808 0.132 0.000
#> GSM337265 3 0.4446 0.7057 0.000 0.004 0.736 0.088 0.164 0.008
#> GSM337266 3 0.3666 0.7204 0.000 0.004 0.780 0.180 0.032 0.004
#> GSM337267 4 0.5245 0.5856 0.000 0.212 0.052 0.680 0.040 0.016
#> GSM337268 4 0.3514 0.6104 0.000 0.140 0.012 0.812 0.032 0.004
#> GSM337269 4 0.2486 0.5781 0.000 0.040 0.024 0.896 0.040 0.000
#> GSM337270 4 0.4468 0.3033 0.000 0.012 0.260 0.684 0.044 0.000
#> GSM337271 3 0.3809 0.6437 0.000 0.008 0.716 0.264 0.012 0.000
#> GSM337272 4 0.4073 0.5965 0.000 0.224 0.000 0.732 0.028 0.016
#> GSM337273 4 0.3419 0.5204 0.000 0.040 0.004 0.804 0.152 0.000
#> GSM337274 2 0.5374 0.2538 0.000 0.508 0.004 0.400 0.084 0.004
#> GSM337275 4 0.5922 -0.0751 0.000 0.156 0.004 0.448 0.388 0.004
#> GSM337276 4 0.4915 0.4553 0.000 0.028 0.096 0.728 0.136 0.012
#> GSM337277 4 0.4674 0.3626 0.000 0.004 0.180 0.696 0.120 0.000
#> GSM337278 4 0.6394 0.3648 0.000 0.184 0.056 0.532 0.228 0.000
#> GSM337279 5 0.4644 0.3340 0.000 0.020 0.012 0.456 0.512 0.000
#> GSM337280 2 0.3058 0.7306 0.000 0.836 0.008 0.136 0.004 0.016
#> GSM337281 5 0.6121 0.0975 0.000 0.252 0.000 0.316 0.428 0.004
#> GSM337282 5 0.4417 0.4615 0.000 0.028 0.000 0.416 0.556 0.000
#> GSM337283 6 0.3407 0.7065 0.168 0.016 0.016 0.000 0.000 0.800
#> GSM337284 4 0.3915 0.1998 0.000 0.008 0.012 0.696 0.284 0.000
#> GSM337285 3 0.3688 0.7105 0.000 0.008 0.768 0.196 0.028 0.000
#> GSM337286 4 0.4648 0.2261 0.000 0.012 0.052 0.664 0.272 0.000
#> GSM337287 3 0.3801 0.7263 0.000 0.000 0.792 0.132 0.064 0.012
#> GSM337288 5 0.3579 0.5748 0.000 0.004 0.020 0.184 0.784 0.008
#> GSM337289 4 0.3897 0.2542 0.000 0.016 0.008 0.712 0.264 0.000
#> GSM337290 4 0.6034 0.1173 0.000 0.180 0.012 0.476 0.332 0.000
#> GSM337291 4 0.6137 -0.0580 0.000 0.392 0.004 0.400 0.200 0.004
#> GSM337292 2 0.4660 0.5069 0.000 0.636 0.008 0.308 0.048 0.000
#> GSM337293 4 0.4974 0.2118 0.000 0.076 0.008 0.620 0.296 0.000
#> GSM337294 5 0.3459 0.6078 0.000 0.016 0.004 0.212 0.768 0.000
#> GSM337295 4 0.4993 0.5579 0.000 0.228 0.000 0.664 0.092 0.016
#> GSM337296 4 0.0858 0.5759 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> GSM337297 2 0.2407 0.7413 0.000 0.904 0.016 0.048 0.024 0.008
#> GSM337298 2 0.6627 0.2251 0.000 0.432 0.180 0.348 0.032 0.008
#> GSM337299 4 0.5301 0.5818 0.000 0.212 0.056 0.676 0.040 0.016
#> GSM337300 5 0.3801 0.4968 0.000 0.004 0.024 0.136 0.800 0.036
#> GSM337301 4 0.6949 0.2841 0.000 0.208 0.060 0.456 0.268 0.008
#> GSM337302 4 0.3472 0.5524 0.000 0.020 0.064 0.840 0.068 0.008
#> GSM337303 2 0.4773 0.5276 0.000 0.572 0.004 0.376 0.048 0.000
#> GSM337304 2 0.4148 0.6863 0.000 0.764 0.004 0.128 0.100 0.004
#> GSM337305 4 0.1149 0.5740 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> GSM337306 5 0.4313 0.5579 0.000 0.020 0.004 0.372 0.604 0.000
#> GSM337307 4 0.1196 0.5768 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040 0.000
#> GSM337308 4 0.2750 0.5247 0.000 0.020 0.000 0.844 0.136 0.000
#> GSM337309 2 0.2040 0.7516 0.000 0.904 0.004 0.084 0.004 0.004
#> GSM337310 2 0.2329 0.7505 0.000 0.904 0.004 0.048 0.036 0.008
#> GSM337311 4 0.4264 0.6008 0.000 0.204 0.020 0.740 0.028 0.008
#> GSM337312 3 0.6133 0.5579 0.000 0.056 0.540 0.008 0.316 0.080
#> GSM337313 5 0.3731 0.6347 0.000 0.020 0.004 0.240 0.736 0.000
#> GSM337314 4 0.1074 0.5763 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> GSM337315 6 0.4403 0.4909 0.016 0.032 0.268 0.000 0.000 0.684
#> GSM337316 4 0.6212 0.1981 0.000 0.056 0.228 0.560 0.156 0.000
#> GSM337317 5 0.4624 0.2128 0.000 0.020 0.092 0.028 0.764 0.096
#> GSM337318 4 0.1575 0.5620 0.000 0.000 0.032 0.936 0.032 0.000
#> GSM337319 1 0.5137 -0.0963 0.508 0.000 0.004 0.000 0.072 0.416
#> GSM337320 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0146 0.7333 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 6 0.3767 0.5847 0.016 0.004 0.260 0.000 0.000 0.720
#> GSM337324 1 0.5155 -0.1654 0.488 0.000 0.004 0.000 0.072 0.436
#> GSM337325 6 0.4552 0.6456 0.064 0.004 0.236 0.000 0.004 0.692
#> GSM337326 6 0.4226 0.6345 0.040 0.004 0.240 0.000 0.004 0.712
#> GSM337327 6 0.3944 0.5231 0.428 0.000 0.004 0.000 0.000 0.568
#> GSM337328 6 0.5177 0.3663 0.404 0.000 0.008 0.000 0.068 0.520
#> GSM337329 6 0.5523 0.6113 0.292 0.004 0.092 0.000 0.020 0.592
#> GSM337330 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.5132 -0.0703 0.512 0.000 0.004 0.000 0.072 0.412
#> GSM337332 1 0.5073 0.0719 0.548 0.000 0.004 0.000 0.072 0.376
#> GSM337333 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.2737 0.6896 0.060 0.024 0.036 0.000 0.000 0.880
#> GSM337335 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 6 0.3457 0.6977 0.232 0.000 0.016 0.000 0.000 0.752
#> GSM337337 6 0.3003 0.7055 0.104 0.016 0.028 0.000 0.000 0.852
#> GSM337338 1 0.4469 0.5373 0.700 0.000 0.076 0.000 0.004 0.220
#> GSM337339 6 0.3534 0.6497 0.244 0.000 0.016 0.000 0.000 0.740
#> GSM337340 6 0.3003 0.7036 0.172 0.000 0.016 0.000 0.000 0.812
#> GSM337341 6 0.5119 0.2410 0.452 0.000 0.004 0.000 0.068 0.476
#> GSM337342 1 0.5720 0.5000 0.596 0.000 0.080 0.000 0.056 0.268
#> GSM337343 6 0.4695 0.3511 0.016 0.032 0.336 0.000 0.000 0.616
#> GSM337344 1 0.3194 0.6520 0.808 0.000 0.020 0.000 0.004 0.168
#> GSM337345 1 0.3321 0.6351 0.820 0.000 0.080 0.000 0.000 0.100
#> GSM337346 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.5036 0.1324 0.564 0.000 0.004 0.000 0.072 0.360
#> GSM337348 1 0.5122 -0.0389 0.520 0.000 0.004 0.000 0.072 0.404
#> GSM337349 1 0.3240 0.4956 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> GSM337350 1 0.4660 0.1849 0.540 0.000 0.044 0.000 0.000 0.416
#> GSM337351 1 0.2972 0.6326 0.836 0.000 0.000 0.000 0.036 0.128
#> GSM337352 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.1826 0.7062 0.924 0.000 0.020 0.000 0.004 0.052
#> GSM337354 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 6 0.3592 0.6077 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM337356 1 0.2265 0.6958 0.896 0.000 0.000 0.000 0.052 0.052
#> GSM337357 6 0.3672 0.6114 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM337358 1 0.4284 0.1400 0.588 0.000 0.016 0.000 0.004 0.392
#> GSM337359 6 0.2402 0.6958 0.140 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856
#> GSM337360 1 0.0291 0.7330 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337361 6 0.3470 0.6681 0.248 0.000 0.012 0.000 0.000 0.740
#> GSM337362 6 0.4858 0.6623 0.060 0.028 0.152 0.000 0.024 0.736
#> GSM337363 1 0.1285 0.7146 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM337364 6 0.3037 0.7060 0.160 0.000 0.016 0.000 0.004 0.820
#> GSM337365 1 0.3092 0.6489 0.836 0.000 0.000 0.000 0.060 0.104
#> GSM337366 1 0.0000 0.7343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.3458 0.6295 0.808 0.000 0.080 0.000 0.000 0.112
#> GSM337368 6 0.2948 0.6993 0.188 0.000 0.008 0.000 0.000 0.804
#> GSM337369 6 0.3684 0.6481 0.332 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664
#> GSM337370 1 0.3367 0.6345 0.816 0.000 0.080 0.000 0.000 0.104
#> GSM337371 6 0.4302 0.5256 0.344 0.000 0.024 0.000 0.004 0.628
#> GSM337372 6 0.5345 0.3042 0.452 0.000 0.012 0.000 0.072 0.464
#> GSM337373 1 0.3508 0.6349 0.812 0.000 0.080 0.000 0.004 0.104
#> GSM337374 1 0.4308 0.4982 0.676 0.000 0.040 0.000 0.004 0.280
#> GSM337375 6 0.3819 0.6065 0.372 0.000 0.004 0.000 0.000 0.624
#> GSM337376 1 0.0146 0.7333 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:mclust 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:mclust 152 1.01e-08 7.11e-33 3
#> CV:mclust 140 8.51e-10 1.16e-28 4
#> CV:mclust 99 2.30e-10 1.19e-18 5
#> CV:mclust 124 2.99e-09 2.00e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4475 0.553 0.553
#> 3 3 0.667 0.624 0.809 0.3919 0.799 0.636
#> 4 4 0.655 0.765 0.836 0.1417 0.807 0.540
#> 5 5 0.717 0.581 0.727 0.0761 0.936 0.804
#> 6 6 0.749 0.716 0.813 0.0596 0.830 0.471
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 1 0 1 1 0
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 1 0 1 1 0
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.6192 0.29728 0.000 0.580 0.420
#> GSM337198 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337199 2 0.6154 0.32543 0.000 0.592 0.408
#> GSM337200 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337201 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337202 2 0.6095 0.34239 0.000 0.608 0.392
#> GSM337203 3 0.5431 0.58276 0.000 0.284 0.716
#> GSM337204 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337205 3 0.5397 0.58517 0.000 0.280 0.720
#> GSM337206 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337207 2 0.1964 0.60634 0.000 0.944 0.056
#> GSM337208 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337209 2 0.4452 0.53209 0.000 0.808 0.192
#> GSM337210 2 0.0000 0.60772 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.60772 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.6095 0.34074 0.000 0.608 0.392
#> GSM337213 2 0.1964 0.60634 0.000 0.944 0.056
#> GSM337214 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337215 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337216 3 0.5733 0.45701 0.000 0.324 0.676
#> GSM337217 2 0.5905 0.37644 0.000 0.648 0.352
#> GSM337218 3 0.6215 0.35443 0.000 0.428 0.572
#> GSM337219 2 0.5178 0.47486 0.000 0.744 0.256
#> GSM337220 2 0.2261 0.60368 0.000 0.932 0.068
#> GSM337221 3 0.6267 0.27101 0.000 0.452 0.548
#> GSM337222 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337223 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337224 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337225 2 0.2066 0.60552 0.000 0.940 0.060
#> GSM337226 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337227 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337228 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337229 2 0.2537 0.60079 0.000 0.920 0.080
#> GSM337230 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337231 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337232 2 0.1964 0.60634 0.000 0.944 0.056
#> GSM337233 2 0.6204 0.28527 0.000 0.576 0.424
#> GSM337234 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337235 2 0.6140 0.33015 0.000 0.596 0.404
#> GSM337236 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337237 2 0.1411 0.60843 0.000 0.964 0.036
#> GSM337238 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337239 2 0.5650 0.09945 0.000 0.688 0.312
#> GSM337240 3 0.6280 0.23807 0.000 0.460 0.540
#> GSM337241 2 0.6026 0.04284 0.000 0.624 0.376
#> GSM337242 3 0.5948 0.49557 0.000 0.360 0.640
#> GSM337243 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337244 3 0.3619 0.61081 0.000 0.136 0.864
#> GSM337245 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337246 3 0.6295 0.02688 0.000 0.472 0.528
#> GSM337247 3 0.6225 0.34351 0.000 0.432 0.568
#> GSM337248 3 0.6225 0.34351 0.000 0.432 0.568
#> GSM337249 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337250 3 0.6309 0.06628 0.000 0.496 0.504
#> GSM337251 2 0.5397 0.45986 0.000 0.720 0.280
#> GSM337252 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337253 2 0.1411 0.60838 0.000 0.964 0.036
#> GSM337254 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337255 2 0.1289 0.57673 0.000 0.968 0.032
#> GSM337256 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337257 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337258 2 0.1529 0.56735 0.000 0.960 0.040
#> GSM337259 2 0.5560 0.17113 0.000 0.700 0.300
#> GSM337260 2 0.3116 0.59036 0.000 0.892 0.108
#> GSM337261 3 0.6309 0.13182 0.000 0.496 0.504
#> GSM337262 3 0.3752 0.62309 0.000 0.144 0.856
#> GSM337263 2 0.3340 0.58384 0.000 0.880 0.120
#> GSM337264 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337265 3 0.3816 0.59843 0.000 0.148 0.852
#> GSM337266 3 0.3879 0.60093 0.000 0.152 0.848
#> GSM337267 2 0.6192 0.29898 0.000 0.580 0.420
#> GSM337268 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337269 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337270 3 0.3619 0.60796 0.000 0.136 0.864
#> GSM337271 3 0.3879 0.60093 0.000 0.152 0.848
#> GSM337272 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337273 3 0.5859 0.52613 0.000 0.344 0.656
#> GSM337274 2 0.2878 0.59562 0.000 0.904 0.096
#> GSM337275 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337276 3 0.5465 0.44443 0.000 0.288 0.712
#> GSM337277 3 0.3941 0.59817 0.000 0.156 0.844
#> GSM337278 3 0.6225 0.34351 0.000 0.432 0.568
#> GSM337279 3 0.5706 0.54755 0.000 0.320 0.680
#> GSM337280 2 0.0000 0.60772 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.6225 0.25610 0.000 0.568 0.432
#> GSM337282 3 0.5988 0.48256 0.000 0.368 0.632
#> GSM337283 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337284 3 0.2625 0.61799 0.000 0.084 0.916
#> GSM337285 3 0.3879 0.60093 0.000 0.152 0.848
#> GSM337286 3 0.2625 0.61799 0.000 0.084 0.916
#> GSM337287 3 0.3816 0.59843 0.000 0.148 0.852
#> GSM337288 3 0.6008 0.47449 0.000 0.372 0.628
#> GSM337289 3 0.2537 0.61793 0.000 0.080 0.920
#> GSM337290 3 0.6235 0.33009 0.000 0.436 0.564
#> GSM337291 2 0.2537 0.60054 0.000 0.920 0.080
#> GSM337292 2 0.0000 0.60772 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 3 0.6225 0.34351 0.000 0.432 0.568
#> GSM337294 3 0.6215 0.35443 0.000 0.428 0.572
#> GSM337295 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337296 2 0.6225 0.15477 0.000 0.568 0.432
#> GSM337297 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337298 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337299 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337300 3 0.5397 0.58517 0.000 0.280 0.720
#> GSM337301 2 0.6260 0.18984 0.000 0.552 0.448
#> GSM337302 2 0.6180 0.31147 0.000 0.584 0.416
#> GSM337303 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337304 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337305 3 0.3340 0.62374 0.000 0.120 0.880
#> GSM337306 3 0.5431 0.58276 0.000 0.284 0.716
#> GSM337307 3 0.3816 0.60707 0.000 0.148 0.852
#> GSM337308 3 0.5882 0.51309 0.000 0.348 0.652
#> GSM337309 2 0.0000 0.60772 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337311 2 0.6168 0.31978 0.000 0.588 0.412
#> GSM337312 2 0.0237 0.60677 0.000 0.996 0.004
#> GSM337313 3 0.5431 0.58276 0.000 0.284 0.716
#> GSM337314 3 0.3038 0.61818 0.000 0.104 0.896
#> GSM337315 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337316 2 0.6140 -0.00798 0.000 0.596 0.404
#> GSM337317 2 0.5926 0.37632 0.000 0.644 0.356
#> GSM337318 3 0.6126 0.38639 0.000 0.400 0.600
#> GSM337319 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337320 1 0.0424 0.96965 0.992 0.000 0.008
#> GSM337321 1 0.0237 0.96990 0.996 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.2066 0.96403 0.940 0.000 0.060
#> GSM337323 1 0.5058 0.75761 0.756 0.000 0.244
#> GSM337324 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337325 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337326 1 0.3267 0.89746 0.884 0.000 0.116
#> GSM337327 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337328 1 0.1964 0.96482 0.944 0.000 0.056
#> GSM337329 1 0.0424 0.96975 0.992 0.000 0.008
#> GSM337330 1 0.0424 0.96965 0.992 0.000 0.008
#> GSM337331 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337332 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337333 1 0.1031 0.96888 0.976 0.000 0.024
#> GSM337334 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337335 1 0.2066 0.96403 0.940 0.000 0.060
#> GSM337336 1 0.0424 0.96965 0.992 0.000 0.008
#> GSM337337 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337338 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337339 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337340 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337341 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337342 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337343 1 0.4002 0.89544 0.840 0.000 0.160
#> GSM337344 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337345 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337346 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337347 1 0.2165 0.96453 0.936 0.000 0.064
#> GSM337348 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337349 1 0.0592 0.97009 0.988 0.000 0.012
#> GSM337350 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337351 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337352 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337353 1 0.0424 0.97008 0.992 0.000 0.008
#> GSM337354 1 0.0592 0.96915 0.988 0.000 0.012
#> GSM337355 1 0.0237 0.96998 0.996 0.000 0.004
#> GSM337356 1 0.0592 0.96915 0.988 0.000 0.012
#> GSM337357 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337358 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337359 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337360 1 0.1163 0.96934 0.972 0.000 0.028
#> GSM337361 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337362 1 0.0000 0.97007 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337364 1 0.0592 0.96915 0.988 0.000 0.012
#> GSM337365 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337366 1 0.0592 0.96915 0.988 0.000 0.012
#> GSM337367 1 0.2165 0.96448 0.936 0.000 0.064
#> GSM337368 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337369 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337370 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337371 1 0.0237 0.97006 0.996 0.000 0.004
#> GSM337372 1 0.0747 0.96853 0.984 0.000 0.016
#> GSM337373 1 0.1031 0.96955 0.976 0.000 0.024
#> GSM337374 1 0.0424 0.96965 0.992 0.000 0.008
#> GSM337375 1 0.2165 0.96316 0.936 0.000 0.064
#> GSM337376 1 0.0000 0.97007 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.3910 0.75449 0.000 0.156 0.024 0.820
#> GSM337198 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337199 4 0.3764 0.75281 0.000 0.172 0.012 0.816
#> GSM337200 4 0.3895 0.74523 0.000 0.184 0.012 0.804
#> GSM337201 4 0.4100 0.75323 0.000 0.148 0.036 0.816
#> GSM337202 4 0.4711 0.68585 0.000 0.236 0.024 0.740
#> GSM337203 4 0.3749 0.67771 0.000 0.032 0.128 0.840
#> GSM337204 4 0.4542 0.69816 0.000 0.228 0.020 0.752
#> GSM337205 4 0.5105 0.51181 0.000 0.028 0.276 0.696
#> GSM337206 4 0.4436 0.75211 0.000 0.148 0.052 0.800
#> GSM337207 2 0.2081 0.88234 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM337208 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337209 2 0.6602 0.31325 0.000 0.552 0.092 0.356
#> GSM337210 2 0.1867 0.89010 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM337211 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337212 4 0.3219 0.78148 0.000 0.112 0.020 0.868
#> GSM337213 2 0.2011 0.88446 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM337214 4 0.4199 0.74424 0.000 0.164 0.032 0.804
#> GSM337215 4 0.3718 0.75534 0.000 0.168 0.012 0.820
#> GSM337216 3 0.7689 0.43322 0.000 0.300 0.452 0.248
#> GSM337217 4 0.4206 0.71553 0.000 0.136 0.048 0.816
#> GSM337218 4 0.1890 0.75499 0.000 0.008 0.056 0.936
#> GSM337219 4 0.5247 0.51985 0.000 0.284 0.032 0.684
#> GSM337220 2 0.3024 0.81999 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM337221 4 0.4017 0.75986 0.000 0.128 0.044 0.828
#> GSM337222 4 0.3278 0.77128 0.000 0.116 0.020 0.864
#> GSM337223 4 0.3219 0.76362 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM337224 4 0.3047 0.77602 0.000 0.116 0.012 0.872
#> GSM337225 2 0.1637 0.89586 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM337226 4 0.2329 0.78128 0.000 0.072 0.012 0.916
#> GSM337227 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337228 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337229 2 0.5512 -0.00108 0.000 0.496 0.016 0.488
#> GSM337230 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337231 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337232 2 0.3208 0.81599 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM337233 4 0.1302 0.77905 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM337234 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337235 4 0.4059 0.73177 0.000 0.200 0.012 0.788
#> GSM337236 2 0.1867 0.89012 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM337237 2 0.2011 0.88446 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM337238 4 0.3962 0.75337 0.000 0.152 0.028 0.820
#> GSM337239 2 0.6084 0.57300 0.000 0.676 0.204 0.120
#> GSM337240 4 0.2224 0.76216 0.000 0.032 0.040 0.928
#> GSM337241 3 0.6202 0.41711 0.000 0.312 0.612 0.076
#> GSM337242 4 0.2450 0.74175 0.000 0.016 0.072 0.912
#> GSM337243 4 0.2739 0.76852 0.000 0.060 0.036 0.904
#> GSM337244 3 0.4624 0.63886 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM337245 2 0.1940 0.88733 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM337246 4 0.4405 0.74793 0.000 0.152 0.048 0.800
#> GSM337247 4 0.2908 0.74240 0.000 0.040 0.064 0.896
#> GSM337248 4 0.2578 0.75103 0.000 0.036 0.052 0.912
#> GSM337249 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337250 4 0.1706 0.76618 0.000 0.016 0.036 0.948
#> GSM337251 4 0.5430 0.57383 0.000 0.300 0.036 0.664
#> GSM337252 4 0.4756 0.73841 0.000 0.144 0.072 0.784
#> GSM337253 2 0.3486 0.74751 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337254 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337255 2 0.2060 0.88823 0.000 0.932 0.016 0.052
#> GSM337256 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337257 4 0.4197 0.74809 0.000 0.156 0.036 0.808
#> GSM337258 2 0.2282 0.88283 0.000 0.924 0.024 0.052
#> GSM337259 2 0.3649 0.63851 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM337260 4 0.5172 0.34416 0.000 0.404 0.008 0.588
#> GSM337261 3 0.5645 0.33773 0.000 0.364 0.604 0.032
#> GSM337262 4 0.3863 0.65893 0.000 0.028 0.144 0.828
#> GSM337263 4 0.5256 0.41377 0.000 0.392 0.012 0.596
#> GSM337264 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337265 3 0.4164 0.71524 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM337266 3 0.3837 0.73361 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM337267 4 0.2915 0.76052 0.000 0.028 0.080 0.892
#> GSM337268 4 0.1706 0.77550 0.000 0.036 0.016 0.948
#> GSM337269 4 0.2266 0.78072 0.000 0.084 0.004 0.912
#> GSM337270 3 0.4406 0.68900 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM337271 3 0.4008 0.73275 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM337272 4 0.3577 0.75727 0.000 0.156 0.012 0.832
#> GSM337273 3 0.6370 0.66935 0.000 0.100 0.620 0.280
#> GSM337274 2 0.4713 0.43194 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM337275 4 0.2222 0.77366 0.000 0.060 0.016 0.924
#> GSM337276 3 0.5171 0.69220 0.000 0.128 0.760 0.112
#> GSM337277 3 0.4585 0.66974 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM337278 4 0.2676 0.75568 0.000 0.012 0.092 0.896
#> GSM337279 4 0.3051 0.72181 0.000 0.028 0.088 0.884
#> GSM337280 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337281 4 0.2759 0.76321 0.000 0.052 0.044 0.904
#> GSM337282 4 0.2943 0.73193 0.000 0.032 0.076 0.892
#> GSM337283 1 0.1716 0.88937 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337284 4 0.5263 -0.22732 0.000 0.008 0.448 0.544
#> GSM337285 3 0.3873 0.73253 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337286 4 0.4746 0.18624 0.000 0.000 0.368 0.632
#> GSM337287 3 0.3726 0.73319 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM337288 4 0.3037 0.73001 0.000 0.036 0.076 0.888
#> GSM337289 3 0.4843 0.56482 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM337290 4 0.1004 0.76612 0.000 0.004 0.024 0.972
#> GSM337291 2 0.5112 0.45549 0.000 0.608 0.008 0.384
#> GSM337292 2 0.3074 0.79104 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM337293 4 0.1929 0.76427 0.000 0.036 0.024 0.940
#> GSM337294 4 0.2983 0.74017 0.000 0.040 0.068 0.892
#> GSM337295 4 0.1677 0.77812 0.000 0.040 0.012 0.948
#> GSM337296 4 0.4274 0.75511 0.000 0.148 0.044 0.808
#> GSM337297 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337298 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337299 4 0.3833 0.76466 0.000 0.080 0.072 0.848
#> GSM337300 4 0.3895 0.66987 0.000 0.036 0.132 0.832
#> GSM337301 4 0.2402 0.75741 0.000 0.012 0.076 0.912
#> GSM337302 4 0.5476 0.69801 0.000 0.144 0.120 0.736
#> GSM337303 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337304 2 0.2271 0.88324 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM337305 4 0.2412 0.73218 0.000 0.008 0.084 0.908
#> GSM337306 4 0.3694 0.68228 0.000 0.032 0.124 0.844
#> GSM337307 4 0.5277 -0.21480 0.000 0.008 0.460 0.532
#> GSM337308 4 0.3082 0.72419 0.000 0.032 0.084 0.884
#> GSM337309 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337310 2 0.1557 0.89756 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337311 4 0.4197 0.74809 0.000 0.156 0.036 0.808
#> GSM337312 2 0.1807 0.89050 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM337313 4 0.3907 0.66343 0.000 0.032 0.140 0.828
#> GSM337314 4 0.4661 0.28753 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM337315 1 0.3157 0.82782 0.852 0.004 0.144 0.000
#> GSM337316 2 0.5125 0.26875 0.000 0.604 0.388 0.008
#> GSM337317 4 0.4364 0.71155 0.000 0.136 0.056 0.808
#> GSM337318 4 0.4508 0.68726 0.000 0.036 0.184 0.780
#> GSM337319 1 0.1716 0.88937 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337320 1 0.1118 0.90588 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM337321 1 0.0188 0.90763 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337322 1 0.3324 0.89812 0.852 0.012 0.136 0.000
#> GSM337323 3 0.5000 -0.16283 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM337324 1 0.1792 0.88733 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM337325 1 0.1867 0.88533 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM337326 1 0.4008 0.69702 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM337327 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337328 1 0.3653 0.89684 0.844 0.028 0.128 0.000
#> GSM337329 1 0.1389 0.89902 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM337330 1 0.0707 0.90614 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337331 1 0.1716 0.88937 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337332 1 0.1557 0.89260 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM337333 1 0.2081 0.90893 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM337334 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337335 1 0.3863 0.89068 0.828 0.028 0.144 0.000
#> GSM337336 1 0.2844 0.90207 0.900 0.048 0.052 0.000
#> GSM337337 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337338 1 0.3763 0.89215 0.832 0.024 0.144 0.000
#> GSM337339 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337340 1 0.1389 0.89538 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM337341 1 0.1716 0.88937 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337342 1 0.3105 0.90247 0.868 0.012 0.120 0.000
#> GSM337343 1 0.5116 0.85873 0.768 0.052 0.168 0.012
#> GSM337344 1 0.3088 0.90077 0.864 0.008 0.128 0.000
#> GSM337345 1 0.3863 0.89068 0.828 0.028 0.144 0.000
#> GSM337346 1 0.3217 0.89995 0.860 0.012 0.128 0.000
#> GSM337347 1 0.2647 0.90446 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM337348 1 0.1389 0.89538 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM337349 1 0.1557 0.91064 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM337350 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337351 1 0.3711 0.89356 0.836 0.024 0.140 0.000
#> GSM337352 1 0.4307 0.88339 0.808 0.048 0.144 0.000
#> GSM337353 1 0.1474 0.91066 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM337354 1 0.0707 0.90265 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337355 1 0.2224 0.90706 0.928 0.040 0.032 0.000
#> GSM337356 1 0.1022 0.89996 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM337357 1 0.1716 0.88952 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337358 1 0.3659 0.89487 0.840 0.024 0.136 0.000
#> GSM337359 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337360 1 0.2149 0.90833 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM337361 1 0.4387 0.88158 0.804 0.052 0.144 0.000
#> GSM337362 1 0.1406 0.90761 0.960 0.024 0.016 0.000
#> GSM337363 1 0.1637 0.89141 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM337364 1 0.2300 0.90663 0.924 0.028 0.048 0.000
#> GSM337365 1 0.1557 0.89260 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM337366 1 0.0817 0.90186 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337367 1 0.2589 0.90403 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM337368 1 0.4337 0.88378 0.808 0.052 0.140 0.000
#> GSM337369 1 0.1637 0.89167 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM337370 1 0.3658 0.89376 0.836 0.020 0.144 0.000
#> GSM337371 1 0.2984 0.90709 0.888 0.028 0.084 0.000
#> GSM337372 1 0.1474 0.89410 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM337373 1 0.1867 0.91049 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM337374 1 0.0817 0.90361 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337375 1 0.4139 0.88663 0.816 0.040 0.144 0.000
#> GSM337376 1 0.0188 0.90631 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.5576 0.5970 0.000 0.424 0.060 0.512 NA
#> GSM337198 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337199 4 0.5691 0.5931 0.000 0.428 0.060 0.504 NA
#> GSM337200 4 0.5211 0.6005 0.000 0.432 0.044 0.524 NA
#> GSM337201 4 0.5435 0.6053 0.000 0.404 0.052 0.540 NA
#> GSM337202 4 0.5710 0.5624 0.000 0.464 0.060 0.468 NA
#> GSM337203 4 0.1484 0.5399 0.000 0.000 0.048 0.944 NA
#> GSM337204 2 0.5407 -0.6202 0.000 0.472 0.056 0.472 NA
#> GSM337205 4 0.4030 0.1411 0.000 0.000 0.352 0.648 NA
#> GSM337206 4 0.6226 0.5704 0.000 0.376 0.128 0.492 NA
#> GSM337207 2 0.1894 0.4323 0.000 0.920 0.000 0.008 NA
#> GSM337208 2 0.4511 0.6901 0.000 0.628 0.016 0.000 NA
#> GSM337209 2 0.5506 -0.0778 0.000 0.648 0.240 0.108 NA
#> GSM337210 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337211 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337212 4 0.4108 0.6188 0.000 0.308 0.008 0.684 NA
#> GSM337213 2 0.3395 0.6105 0.000 0.764 0.000 0.000 NA
#> GSM337214 4 0.5581 0.5950 0.000 0.428 0.060 0.508 NA
#> GSM337215 4 0.5637 0.5952 0.000 0.428 0.056 0.508 NA
#> GSM337216 4 0.7216 -0.2713 0.000 0.212 0.284 0.468 NA
#> GSM337217 4 0.2125 0.5676 0.000 0.052 0.024 0.920 NA
#> GSM337218 4 0.0566 0.5746 0.000 0.004 0.012 0.984 NA
#> GSM337219 4 0.3563 0.4320 0.000 0.140 0.008 0.824 NA
#> GSM337220 2 0.2864 0.3265 0.000 0.884 0.008 0.064 NA
#> GSM337221 4 0.5719 0.5938 0.000 0.416 0.072 0.508 NA
#> GSM337222 4 0.5477 0.6085 0.000 0.396 0.056 0.544 NA
#> GSM337223 4 0.5412 0.5998 0.000 0.428 0.048 0.520 NA
#> GSM337224 4 0.5338 0.6084 0.000 0.400 0.056 0.544 NA
#> GSM337225 2 0.4138 0.7213 0.000 0.616 0.000 0.000 NA
#> GSM337226 4 0.5525 0.6077 0.000 0.392 0.060 0.544 NA
#> GSM337227 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337228 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337229 2 0.5080 -0.3248 0.000 0.656 0.056 0.284 NA
#> GSM337230 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337231 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337232 2 0.2387 0.2627 0.000 0.908 0.048 0.040 NA
#> GSM337233 4 0.4761 0.6153 0.000 0.356 0.028 0.616 NA
#> GSM337234 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337235 4 0.5585 0.5928 0.000 0.432 0.060 0.504 NA
#> GSM337236 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337237 2 0.2583 0.5018 0.000 0.864 0.000 0.004 NA
#> GSM337238 4 0.5790 0.5911 0.000 0.424 0.068 0.500 NA
#> GSM337239 2 0.6823 0.4960 0.008 0.436 0.020 0.120 NA
#> GSM337240 4 0.0162 0.5764 0.000 0.000 0.004 0.996 NA
#> GSM337241 3 0.3878 0.6494 0.000 0.236 0.748 0.016 NA
#> GSM337242 4 0.0404 0.5728 0.000 0.000 0.012 0.988 NA
#> GSM337243 4 0.0000 0.5778 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM337244 3 0.5091 0.4942 0.000 0.236 0.676 0.088 NA
#> GSM337245 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337246 4 0.5905 0.5833 0.000 0.420 0.088 0.488 NA
#> GSM337247 4 0.0898 0.5643 0.000 0.000 0.020 0.972 NA
#> GSM337248 4 0.0693 0.5693 0.000 0.000 0.012 0.980 NA
#> GSM337249 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337250 4 0.0162 0.5790 0.000 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM337251 2 0.5808 -0.5647 0.000 0.504 0.080 0.412 NA
#> GSM337252 4 0.6639 0.5007 0.000 0.396 0.188 0.412 NA
#> GSM337253 2 0.6008 0.4000 0.000 0.560 0.000 0.292 NA
#> GSM337254 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337255 2 0.4299 0.7197 0.000 0.608 0.004 0.000 NA
#> GSM337256 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337257 4 0.5679 0.5927 0.000 0.424 0.068 0.504 NA
#> GSM337258 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337259 2 0.5123 0.6816 0.000 0.572 0.044 0.000 NA
#> GSM337260 2 0.5185 -0.4811 0.000 0.580 0.040 0.376 NA
#> GSM337261 3 0.5322 0.4610 0.000 0.228 0.660 0.000 NA
#> GSM337262 4 0.1430 0.5388 0.000 0.000 0.052 0.944 NA
#> GSM337263 2 0.5731 -0.5935 0.000 0.480 0.048 0.456 NA
#> GSM337264 2 0.4851 0.6790 0.000 0.620 0.020 0.008 NA
#> GSM337265 3 0.3806 0.6858 0.000 0.012 0.792 0.180 NA
#> GSM337266 3 0.0963 0.7438 0.000 0.000 0.964 0.036 NA
#> GSM337267 4 0.6685 0.5059 0.000 0.356 0.204 0.436 NA
#> GSM337268 4 0.4088 0.6203 0.000 0.304 0.008 0.688 NA
#> GSM337269 4 0.4999 0.6141 0.000 0.360 0.032 0.604 NA
#> GSM337270 3 0.3550 0.6637 0.000 0.000 0.760 0.236 NA
#> GSM337271 3 0.1430 0.7427 0.000 0.000 0.944 0.052 NA
#> GSM337272 4 0.5576 0.5973 0.000 0.424 0.060 0.512 NA
#> GSM337273 3 0.5531 0.6637 0.000 0.060 0.676 0.228 NA
#> GSM337274 4 0.6181 -0.1459 0.000 0.392 0.004 0.484 NA
#> GSM337275 4 0.2990 0.5879 0.000 0.100 0.024 0.868 NA
#> GSM337276 3 0.1774 0.7393 0.000 0.016 0.932 0.052 NA
#> GSM337277 3 0.4852 0.6010 0.000 0.096 0.728 0.172 NA
#> GSM337278 4 0.4088 0.4897 0.000 0.056 0.168 0.776 NA
#> GSM337279 4 0.1116 0.5635 0.000 0.004 0.028 0.964 NA
#> GSM337280 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337281 4 0.0510 0.5738 0.000 0.000 0.016 0.984 NA
#> GSM337282 4 0.0992 0.5614 0.000 0.000 0.024 0.968 NA
#> GSM337283 1 0.2193 0.7551 0.900 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337284 4 0.3809 0.1705 0.000 0.000 0.256 0.736 NA
#> GSM337285 3 0.1124 0.7433 0.000 0.004 0.960 0.036 NA
#> GSM337286 4 0.3980 0.1695 0.000 0.000 0.284 0.708 NA
#> GSM337287 3 0.0880 0.7433 0.000 0.000 0.968 0.032 NA
#> GSM337288 4 0.0771 0.5665 0.000 0.000 0.020 0.976 NA
#> GSM337289 4 0.4341 -0.1941 0.000 0.000 0.404 0.592 NA
#> GSM337290 4 0.3689 0.6161 0.000 0.256 0.004 0.740 NA
#> GSM337291 4 0.5246 -0.0296 0.000 0.384 0.000 0.564 NA
#> GSM337292 2 0.4697 0.7051 0.000 0.592 0.000 0.020 NA
#> GSM337293 4 0.1854 0.5780 0.000 0.036 0.020 0.936 NA
#> GSM337294 4 0.0992 0.5614 0.000 0.000 0.024 0.968 NA
#> GSM337295 4 0.5516 0.6083 0.000 0.388 0.060 0.548 NA
#> GSM337296 4 0.5728 0.5906 0.000 0.424 0.072 0.500 NA
#> GSM337297 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337298 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337299 4 0.6695 0.5026 0.000 0.364 0.204 0.428 NA
#> GSM337300 4 0.1557 0.5369 0.000 0.000 0.052 0.940 NA
#> GSM337301 4 0.6545 0.5081 0.000 0.344 0.208 0.448 NA
#> GSM337302 2 0.7096 -0.5279 0.000 0.380 0.276 0.332 NA
#> GSM337303 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337304 2 0.5152 0.6554 0.000 0.608 0.044 0.004 NA
#> GSM337305 4 0.4464 0.6140 0.000 0.288 0.028 0.684 NA
#> GSM337306 4 0.1251 0.5513 0.000 0.000 0.036 0.956 NA
#> GSM337307 3 0.6140 0.0483 0.000 0.116 0.492 0.388 NA
#> GSM337308 4 0.0510 0.5709 0.000 0.000 0.016 0.984 NA
#> GSM337309 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337310 2 0.4150 0.7231 0.000 0.612 0.000 0.000 NA
#> GSM337311 4 0.5679 0.5927 0.000 0.424 0.068 0.504 NA
#> GSM337312 2 0.4524 0.6962 0.000 0.572 0.004 0.004 NA
#> GSM337313 4 0.1557 0.5355 0.000 0.000 0.052 0.940 NA
#> GSM337314 4 0.6655 0.2051 0.000 0.192 0.388 0.416 NA
#> GSM337315 1 0.4968 0.6345 0.712 0.000 0.152 0.000 NA
#> GSM337316 3 0.6236 -0.0134 0.000 0.400 0.456 0.000 NA
#> GSM337317 4 0.1377 0.5612 0.000 0.020 0.020 0.956 NA
#> GSM337318 4 0.6149 0.5814 0.000 0.372 0.120 0.504 NA
#> GSM337319 1 0.2017 0.7616 0.912 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337320 1 0.0865 0.7934 0.972 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337321 1 0.1792 0.8034 0.916 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337322 1 0.3816 0.7762 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337323 1 0.5967 -0.0763 0.456 0.000 0.436 0.000 NA
#> GSM337324 1 0.2249 0.7528 0.896 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337325 1 0.3061 0.7199 0.844 0.000 0.020 0.000 NA
#> GSM337326 1 0.4457 0.6279 0.760 0.000 0.116 0.000 NA
#> GSM337327 1 0.4278 0.7072 0.548 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337328 1 0.4192 0.7374 0.596 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337329 1 0.2522 0.7867 0.880 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM337330 1 0.1544 0.8036 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337331 1 0.2193 0.7551 0.900 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337332 1 0.1043 0.7824 0.960 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337333 1 0.2813 0.8014 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337334 1 0.4283 0.7057 0.544 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337335 1 0.3913 0.7689 0.676 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337336 1 0.3491 0.7795 0.768 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337337 1 0.4283 0.7057 0.544 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337338 1 0.3999 0.7620 0.656 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337339 1 0.4278 0.7072 0.548 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337340 1 0.1197 0.7786 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337341 1 0.2077 0.7593 0.908 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337342 1 0.4074 0.7573 0.636 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337343 1 0.4815 0.6911 0.524 0.000 0.020 0.000 NA
#> GSM337344 1 0.3612 0.7853 0.732 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337345 1 0.4201 0.7339 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337346 1 0.3561 0.7872 0.740 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337347 1 0.2929 0.8023 0.820 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337348 1 0.1430 0.7821 0.944 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337349 1 0.2471 0.8043 0.864 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337350 1 0.4278 0.7072 0.548 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337351 1 0.4161 0.7405 0.608 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337352 1 0.4262 0.7148 0.560 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337353 1 0.1544 0.7994 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337354 1 0.0703 0.7949 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337355 1 0.3741 0.7826 0.732 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337356 1 0.0703 0.7864 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337357 1 0.2818 0.7285 0.856 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM337358 1 0.3796 0.7770 0.700 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337359 1 0.4278 0.7072 0.548 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337360 1 0.2516 0.8037 0.860 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337361 1 0.4283 0.7057 0.544 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337362 1 0.2970 0.8014 0.828 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM337363 1 0.2193 0.7554 0.900 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337364 1 0.1892 0.8019 0.916 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337365 1 0.1956 0.7635 0.916 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337366 1 0.0609 0.7923 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337367 1 0.2424 0.8051 0.868 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337368 1 0.4273 0.7098 0.552 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337369 1 0.2771 0.7315 0.860 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM337370 1 0.4060 0.7550 0.640 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337371 1 0.3395 0.7932 0.764 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337372 1 0.2017 0.7610 0.912 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM337373 1 0.1410 0.7994 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337374 1 0.0771 0.7924 0.976 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM337375 1 0.4242 0.7217 0.572 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM337376 1 0.1410 0.8019 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.2976 0.7886 0.000 0.012 0.004 0.856 0.024 0.104
#> GSM337198 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.1026 0.7896 0.000 0.004 0.008 0.968 0.008 0.012
#> GSM337200 4 0.1268 0.7914 0.000 0.004 0.000 0.952 0.036 0.008
#> GSM337201 4 0.2794 0.7864 0.000 0.004 0.008 0.864 0.020 0.104
#> GSM337202 4 0.1881 0.7767 0.000 0.008 0.008 0.928 0.012 0.044
#> GSM337203 5 0.1471 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM337204 4 0.1338 0.7919 0.000 0.004 0.004 0.952 0.032 0.008
#> GSM337205 5 0.3570 0.6610 0.000 0.000 0.228 0.016 0.752 0.004
#> GSM337206 4 0.3835 0.7561 0.000 0.004 0.112 0.808 0.032 0.044
#> GSM337207 4 0.4810 0.5350 0.000 0.292 0.000 0.624 0.000 0.084
#> GSM337208 2 0.3316 0.7094 0.000 0.804 0.004 0.164 0.000 0.028
#> GSM337209 4 0.5731 0.5580 0.000 0.024 0.268 0.600 0.012 0.096
#> GSM337210 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.3606 0.6139 0.000 0.004 0.000 0.724 0.264 0.008
#> GSM337213 2 0.3756 0.2987 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM337214 4 0.1788 0.7965 0.000 0.004 0.004 0.928 0.012 0.052
#> GSM337215 4 0.1198 0.7907 0.000 0.004 0.004 0.960 0.020 0.012
#> GSM337216 5 0.3277 0.6806 0.000 0.188 0.016 0.000 0.792 0.004
#> GSM337217 5 0.3152 0.7514 0.000 0.004 0.004 0.192 0.796 0.004
#> GSM337218 5 0.1700 0.8639 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM337219 5 0.2821 0.8012 0.000 0.096 0.000 0.040 0.860 0.004
#> GSM337220 4 0.3345 0.6580 0.000 0.204 0.000 0.776 0.000 0.020
#> GSM337221 4 0.1401 0.7927 0.000 0.000 0.028 0.948 0.020 0.004
#> GSM337222 4 0.2701 0.7885 0.000 0.000 0.004 0.864 0.028 0.104
#> GSM337223 4 0.2144 0.7770 0.000 0.004 0.004 0.912 0.032 0.048
#> GSM337224 4 0.1457 0.7899 0.000 0.004 0.004 0.948 0.028 0.016
#> GSM337225 2 0.2592 0.7920 0.000 0.864 0.004 0.116 0.000 0.016
#> GSM337226 4 0.1768 0.7802 0.000 0.004 0.008 0.932 0.012 0.044
#> GSM337227 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.3508 0.7472 0.000 0.080 0.004 0.812 0.000 0.104
#> GSM337230 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.3204 0.7497 0.000 0.092 0.004 0.836 0.000 0.068
#> GSM337233 4 0.2668 0.7213 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> GSM337234 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.1950 0.7757 0.000 0.004 0.008 0.924 0.020 0.044
#> GSM337236 2 0.0622 0.9021 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> GSM337237 4 0.5087 0.4393 0.000 0.348 0.000 0.560 0.000 0.092
#> GSM337238 4 0.2504 0.7870 0.000 0.004 0.004 0.876 0.012 0.104
#> GSM337239 2 0.7966 0.2470 0.176 0.480 0.020 0.124 0.152 0.048
#> GSM337240 5 0.2595 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.160 0.836 0.004
#> GSM337241 3 0.3954 0.6711 0.000 0.056 0.740 0.204 0.000 0.000
#> GSM337242 5 0.3372 0.7733 0.000 0.000 0.008 0.176 0.796 0.020
#> GSM337243 5 0.1753 0.8630 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> GSM337244 3 0.4736 0.1839 0.000 0.000 0.576 0.380 0.012 0.032
#> GSM337245 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.2652 0.7834 0.000 0.000 0.020 0.868 0.008 0.104
#> GSM337247 5 0.1411 0.8653 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936 0.004
#> GSM337248 5 0.1700 0.8638 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM337249 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.1918 0.8616 0.000 0.000 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM337251 4 0.2757 0.7802 0.000 0.016 0.016 0.864 0.000 0.104
#> GSM337252 4 0.4179 0.7343 0.000 0.004 0.116 0.768 0.008 0.104
#> GSM337253 5 0.3862 0.1447 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM337254 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0260 0.9060 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.2515 0.7851 0.000 0.004 0.008 0.876 0.008 0.104
#> GSM337258 2 0.0260 0.9060 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337259 2 0.0713 0.8897 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.3543 0.7696 0.000 0.064 0.004 0.820 0.008 0.104
#> GSM337261 3 0.3684 0.3871 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.1411 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936 0.004
#> GSM337263 4 0.1826 0.7897 0.000 0.052 0.000 0.924 0.020 0.004
#> GSM337264 2 0.4960 0.4749 0.000 0.632 0.008 0.300 0.012 0.048
#> GSM337265 3 0.3899 0.7212 0.004 0.000 0.788 0.132 0.068 0.008
#> GSM337266 3 0.0914 0.7532 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM337267 4 0.4878 0.6852 0.000 0.000 0.180 0.704 0.032 0.084
#> GSM337268 4 0.3298 0.6557 0.000 0.000 0.000 0.756 0.236 0.008
#> GSM337269 4 0.4243 0.7169 0.000 0.000 0.000 0.732 0.164 0.104
#> GSM337270 3 0.3691 0.6515 0.000 0.000 0.780 0.048 0.168 0.004
#> GSM337271 3 0.1082 0.7523 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM337272 4 0.1390 0.7973 0.000 0.004 0.000 0.948 0.016 0.032
#> GSM337273 3 0.5758 0.5792 0.000 0.096 0.636 0.052 0.208 0.008
#> GSM337274 5 0.4481 0.3513 0.000 0.400 0.000 0.020 0.572 0.008
#> GSM337275 4 0.4928 -0.1074 0.000 0.000 0.004 0.500 0.444 0.052
#> GSM337276 3 0.2149 0.7286 0.000 0.000 0.900 0.016 0.080 0.004
#> GSM337277 3 0.4718 0.3957 0.000 0.000 0.572 0.384 0.008 0.036
#> GSM337278 5 0.4682 0.6078 0.000 0.000 0.112 0.192 0.692 0.004
#> GSM337279 5 0.1588 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924 0.004
#> GSM337280 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337281 5 0.1700 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM337282 5 0.1531 0.8657 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> GSM337283 1 0.1152 0.7220 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM337284 5 0.1542 0.8619 0.000 0.000 0.008 0.052 0.936 0.004
#> GSM337285 3 0.0909 0.7545 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM337286 5 0.2065 0.8423 0.000 0.000 0.052 0.032 0.912 0.004
#> GSM337287 3 0.0909 0.7545 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM337288 5 0.1588 0.8637 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924 0.004
#> GSM337289 5 0.3621 0.7347 0.000 0.000 0.160 0.048 0.788 0.004
#> GSM337290 4 0.5191 0.3386 0.000 0.000 0.000 0.508 0.400 0.092
#> GSM337291 5 0.3559 0.6291 0.000 0.240 0.000 0.012 0.744 0.004
#> GSM337292 2 0.0146 0.9074 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337293 5 0.4148 0.5656 0.000 0.000 0.004 0.344 0.636 0.016
#> GSM337294 5 0.1471 0.8652 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM337295 4 0.1666 0.7840 0.000 0.000 0.008 0.936 0.020 0.036
#> GSM337296 4 0.1962 0.7875 0.000 0.000 0.028 0.924 0.028 0.020
#> GSM337297 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.3706 0.7096 0.000 0.000 0.172 0.780 0.040 0.008
#> GSM337300 5 0.1204 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM337301 4 0.5762 0.5959 0.000 0.000 0.236 0.608 0.052 0.104
#> GSM337302 4 0.5466 0.5436 0.000 0.004 0.288 0.592 0.012 0.104
#> GSM337303 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.4140 0.5195 0.000 0.688 0.008 0.280 0.000 0.024
#> GSM337305 4 0.4712 0.5594 0.000 0.000 0.028 0.656 0.284 0.032
#> GSM337306 5 0.1267 0.8657 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM337307 4 0.5018 0.2370 0.000 0.000 0.320 0.608 0.020 0.052
#> GSM337308 5 0.2122 0.8625 0.000 0.000 0.008 0.084 0.900 0.008
#> GSM337309 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.2515 0.7851 0.000 0.004 0.008 0.876 0.008 0.104
#> GSM337312 2 0.2844 0.8276 0.012 0.888 0.004 0.028 0.028 0.040
#> GSM337313 5 0.1267 0.8657 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM337314 4 0.4615 0.4825 0.000 0.000 0.252 0.684 0.028 0.036
#> GSM337315 1 0.3853 0.5795 0.808 0.004 0.116 0.004 0.048 0.020
#> GSM337316 3 0.4056 0.2865 0.000 0.416 0.576 0.004 0.000 0.004
#> GSM337317 5 0.1585 0.8366 0.000 0.000 0.012 0.036 0.940 0.012
#> GSM337318 4 0.2620 0.7755 0.000 0.000 0.040 0.888 0.024 0.048
#> GSM337319 1 0.2355 0.7395 0.876 0.000 0.004 0.000 0.008 0.112
#> GSM337320 1 0.4113 0.5859 0.668 0.000 0.008 0.000 0.016 0.308
#> GSM337321 1 0.3515 0.5898 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM337322 6 0.3266 0.7917 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM337323 1 0.4196 0.3233 0.640 0.000 0.332 0.000 0.028 0.000
#> GSM337324 1 0.0937 0.7215 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337325 1 0.0520 0.6864 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM337326 1 0.2088 0.6220 0.904 0.000 0.068 0.000 0.028 0.000
#> GSM337327 6 0.2454 0.8636 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM337328 6 0.2823 0.8560 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM337329 1 0.3262 0.7187 0.788 0.000 0.008 0.000 0.008 0.196
#> GSM337330 1 0.3862 0.4429 0.608 0.000 0.004 0.000 0.000 0.388
#> GSM337331 1 0.1141 0.7272 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM337332 1 0.2597 0.7299 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM337333 1 0.3864 0.0889 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM337334 6 0.2920 0.8547 0.168 0.000 0.004 0.000 0.008 0.820
#> GSM337335 6 0.2912 0.8498 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM337336 6 0.4934 0.5144 0.376 0.000 0.016 0.000 0.040 0.568
#> GSM337337 6 0.2982 0.8554 0.164 0.000 0.004 0.000 0.012 0.820
#> GSM337338 6 0.2969 0.8472 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM337339 6 0.2562 0.8659 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM337340 1 0.2278 0.7407 0.868 0.000 0.004 0.000 0.000 0.128
#> GSM337341 1 0.1901 0.7339 0.912 0.000 0.004 0.000 0.008 0.076
#> GSM337342 6 0.3126 0.8376 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM337343 6 0.2301 0.6547 0.052 0.000 0.016 0.016 0.008 0.908
#> GSM337344 6 0.3531 0.6868 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM337345 6 0.2527 0.8660 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM337346 6 0.3371 0.7602 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM337347 1 0.3828 0.2277 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM337348 1 0.2793 0.7168 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM337349 1 0.3789 0.3421 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM337350 6 0.2454 0.8636 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM337351 6 0.2664 0.8653 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM337352 6 0.2562 0.8659 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM337353 1 0.3175 0.6834 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM337354 1 0.3076 0.6966 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM337355 6 0.4310 0.2701 0.440 0.000 0.000 0.000 0.020 0.540
#> GSM337356 1 0.2912 0.7117 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM337357 1 0.2294 0.6841 0.912 0.004 0.012 0.004 0.036 0.032
#> GSM337358 6 0.3351 0.7701 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM337359 6 0.2706 0.8614 0.160 0.000 0.000 0.000 0.008 0.832
#> GSM337360 1 0.3810 0.3232 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM337361 6 0.2595 0.8624 0.160 0.000 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM337362 6 0.3795 0.6247 0.364 0.004 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM337363 1 0.0935 0.7135 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM337364 6 0.4548 0.5917 0.360 0.000 0.012 0.000 0.024 0.604
#> GSM337365 1 0.2006 0.7400 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104
#> GSM337366 1 0.2597 0.7310 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM337367 1 0.3737 0.4315 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM337368 6 0.2527 0.8665 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM337369 1 0.2055 0.6799 0.924 0.004 0.012 0.004 0.036 0.020
#> GSM337370 6 0.2631 0.8659 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM337371 6 0.3244 0.8016 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM337372 1 0.1753 0.7382 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM337373 1 0.3076 0.6974 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM337374 1 0.4146 0.6251 0.680 0.000 0.004 0.000 0.028 0.288
#> GSM337375 6 0.2841 0.8628 0.164 0.000 0.000 0.000 0.012 0.824
#> GSM337376 1 0.3647 0.5086 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:NMF 180 5.92e-12 6.32e-38 2
#> CV:NMF 122 1.05e-13 1.17e-30 3
#> CV:NMF 165 4.32e-14 1.68e-35 4
#> CV:NMF 153 1.93e-12 5.05e-32 5
#> CV:NMF 158 9.36e-12 3.31e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.514 0.816 0.905 0.4890 0.506 0.506
#> 3 3 0.512 0.568 0.796 0.2530 0.932 0.867
#> 4 4 0.584 0.540 0.752 0.1194 0.851 0.672
#> 5 5 0.623 0.509 0.706 0.0565 0.920 0.761
#> 6 6 0.663 0.544 0.694 0.0389 0.939 0.782
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.7745 0.7722 0.228 0.772
#> GSM337198 2 0.2423 0.8735 0.040 0.960
#> GSM337199 2 0.1414 0.8715 0.020 0.980
#> GSM337200 2 0.1633 0.8718 0.024 0.976
#> GSM337201 2 0.0376 0.8669 0.004 0.996
#> GSM337202 2 0.2236 0.8733 0.036 0.964
#> GSM337203 2 0.5178 0.8579 0.116 0.884
#> GSM337204 2 0.1633 0.8718 0.024 0.976
#> GSM337205 2 0.6438 0.8328 0.164 0.836
#> GSM337206 2 0.1184 0.8702 0.016 0.984
#> GSM337207 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.2603 0.8735 0.044 0.956
#> GSM337209 2 0.9963 0.2475 0.464 0.536
#> GSM337210 2 0.2603 0.8737 0.044 0.956
#> GSM337211 2 0.2603 0.8737 0.044 0.956
#> GSM337212 2 0.1184 0.8702 0.016 0.984
#> GSM337213 2 0.1633 0.8724 0.024 0.976
#> GSM337214 2 0.1184 0.8702 0.016 0.984
#> GSM337215 2 0.1633 0.8718 0.024 0.976
#> GSM337216 1 0.3879 0.8656 0.924 0.076
#> GSM337217 2 0.1843 0.8737 0.028 0.972
#> GSM337218 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.3879 0.8670 0.076 0.924
#> GSM337220 2 0.9129 0.6227 0.328 0.672
#> GSM337221 1 0.9815 0.1401 0.580 0.420
#> GSM337222 2 0.8386 0.7269 0.268 0.732
#> GSM337223 2 0.9866 0.4145 0.432 0.568
#> GSM337224 2 0.3879 0.8700 0.076 0.924
#> GSM337225 2 0.5737 0.8454 0.136 0.864
#> GSM337226 2 0.7299 0.7963 0.204 0.796
#> GSM337227 1 0.9833 0.0947 0.576 0.424
#> GSM337228 1 0.9850 0.0778 0.572 0.428
#> GSM337229 2 0.8016 0.7545 0.244 0.756
#> GSM337230 2 0.5519 0.8483 0.128 0.872
#> GSM337231 2 0.7528 0.7832 0.216 0.784
#> GSM337232 2 0.5519 0.8483 0.128 0.872
#> GSM337233 2 0.3114 0.8705 0.056 0.944
#> GSM337234 2 0.9866 0.4161 0.432 0.568
#> GSM337235 2 0.6438 0.8318 0.164 0.836
#> GSM337236 2 0.6712 0.8143 0.176 0.824
#> GSM337237 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.3733 0.8671 0.072 0.928
#> GSM337239 1 0.5737 0.7915 0.864 0.136
#> GSM337240 2 0.0376 0.8668 0.004 0.996
#> GSM337241 2 0.9866 0.4161 0.432 0.568
#> GSM337242 2 0.4690 0.8637 0.100 0.900
#> GSM337243 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.9850 0.4267 0.428 0.572
#> GSM337246 2 0.9323 0.6064 0.348 0.652
#> GSM337247 2 0.8386 0.6962 0.268 0.732
#> GSM337248 2 0.2043 0.8730 0.032 0.968
#> GSM337249 1 0.9933 -0.0224 0.548 0.452
#> GSM337250 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.8555 0.7118 0.280 0.720
#> GSM337252 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.6623 0.8222 0.172 0.828
#> GSM337254 2 0.0938 0.8695 0.012 0.988
#> GSM337255 2 0.5946 0.8386 0.144 0.856
#> GSM337256 2 0.2603 0.8737 0.044 0.956
#> GSM337257 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.3584 0.8710 0.068 0.932
#> GSM337259 1 0.9833 0.0947 0.576 0.424
#> GSM337260 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337261 1 0.3879 0.8656 0.924 0.076
#> GSM337262 2 0.3584 0.8707 0.068 0.932
#> GSM337263 2 0.2236 0.8733 0.036 0.964
#> GSM337264 2 0.2423 0.8715 0.040 0.960
#> GSM337265 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337267 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.7376 0.7926 0.208 0.792
#> GSM337271 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.7299 0.7945 0.204 0.796
#> GSM337274 2 0.6712 0.8156 0.176 0.824
#> GSM337275 2 0.3431 0.8702 0.064 0.936
#> GSM337276 2 0.8763 0.6940 0.296 0.704
#> GSM337277 2 0.9977 0.2704 0.472 0.528
#> GSM337278 2 0.3584 0.8707 0.068 0.932
#> GSM337279 2 0.0376 0.8668 0.004 0.996
#> GSM337280 2 0.4562 0.8660 0.096 0.904
#> GSM337281 2 0.1184 0.8711 0.016 0.984
#> GSM337282 2 0.0938 0.8697 0.012 0.988
#> GSM337283 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.9954 0.3357 0.460 0.540
#> GSM337285 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337286 2 0.9686 0.4989 0.396 0.604
#> GSM337287 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337288 2 0.7056 0.8001 0.192 0.808
#> GSM337289 1 0.9358 0.3448 0.648 0.352
#> GSM337290 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0672 0.8685 0.008 0.992
#> GSM337292 2 0.3584 0.8693 0.068 0.932
#> GSM337293 2 0.1843 0.8724 0.028 0.972
#> GSM337294 2 0.9248 0.5930 0.340 0.660
#> GSM337295 2 0.0000 0.8653 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.7139 0.8039 0.196 0.804
#> GSM337297 2 0.9866 0.4161 0.432 0.568
#> GSM337298 1 0.6801 0.7312 0.820 0.180
#> GSM337299 2 0.3114 0.8705 0.056 0.944
#> GSM337300 2 0.9552 0.5297 0.376 0.624
#> GSM337301 2 0.0376 0.8668 0.004 0.996
#> GSM337302 2 0.1414 0.8716 0.020 0.980
#> GSM337303 2 0.1843 0.8722 0.028 0.972
#> GSM337304 2 0.5629 0.8475 0.132 0.868
#> GSM337305 2 0.6148 0.8357 0.152 0.848
#> GSM337306 2 0.6623 0.8222 0.172 0.828
#> GSM337307 1 0.6531 0.7459 0.832 0.168
#> GSM337308 2 0.3274 0.8726 0.060 0.940
#> GSM337309 2 0.5059 0.8555 0.112 0.888
#> GSM337310 2 0.5519 0.8507 0.128 0.872
#> GSM337311 2 0.1184 0.8708 0.016 0.984
#> GSM337312 1 0.5737 0.7915 0.864 0.136
#> GSM337313 2 0.8713 0.6856 0.292 0.708
#> GSM337314 2 0.9909 0.3699 0.444 0.556
#> GSM337315 1 0.1414 0.9220 0.980 0.020
#> GSM337316 1 0.6973 0.7150 0.812 0.188
#> GSM337317 2 0.8661 0.6910 0.288 0.712
#> GSM337318 2 0.5629 0.8456 0.132 0.868
#> GSM337319 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0376 0.9350 0.996 0.004
#> GSM337337 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.9775 0.1393 0.588 0.412
#> GSM337344 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.8437 0.638426 0.128 0.276 0.596
#> GSM337198 2 0.2625 0.607621 0.000 0.916 0.084
#> GSM337199 2 0.2356 0.605306 0.000 0.928 0.072
#> GSM337200 2 0.2066 0.605618 0.000 0.940 0.060
#> GSM337201 2 0.3619 0.560774 0.000 0.864 0.136
#> GSM337202 2 0.2448 0.604939 0.000 0.924 0.076
#> GSM337203 2 0.6867 0.469917 0.040 0.672 0.288
#> GSM337204 2 0.2066 0.605618 0.000 0.940 0.060
#> GSM337205 2 0.7577 0.419353 0.060 0.616 0.324
#> GSM337206 2 0.3551 0.569329 0.000 0.868 0.132
#> GSM337207 2 0.6215 0.007830 0.000 0.572 0.428
#> GSM337208 2 0.2682 0.606095 0.004 0.920 0.076
#> GSM337209 2 0.9808 -0.065580 0.308 0.428 0.264
#> GSM337210 2 0.2860 0.605421 0.004 0.912 0.084
#> GSM337211 2 0.2860 0.607671 0.004 0.912 0.084
#> GSM337212 2 0.3551 0.569329 0.000 0.868 0.132
#> GSM337213 2 0.2448 0.606371 0.000 0.924 0.076
#> GSM337214 2 0.3551 0.569329 0.000 0.868 0.132
#> GSM337215 2 0.2066 0.605618 0.000 0.940 0.060
#> GSM337216 1 0.4689 0.763023 0.852 0.052 0.096
#> GSM337217 2 0.3846 0.609246 0.016 0.876 0.108
#> GSM337218 2 0.5882 0.224325 0.000 0.652 0.348
#> GSM337219 2 0.5147 0.576092 0.020 0.800 0.180
#> GSM337220 2 0.9145 -0.142406 0.284 0.532 0.184
#> GSM337221 3 0.9234 0.283598 0.364 0.160 0.476
#> GSM337222 3 0.8637 0.660393 0.168 0.236 0.596
#> GSM337223 2 0.9820 -0.302959 0.360 0.396 0.244
#> GSM337224 2 0.5267 0.546656 0.044 0.816 0.140
#> GSM337225 2 0.6171 0.535115 0.080 0.776 0.144
#> GSM337226 2 0.7199 0.494146 0.092 0.704 0.204
#> GSM337227 1 0.9339 -0.159170 0.496 0.316 0.188
#> GSM337228 1 0.9560 -0.227893 0.464 0.324 0.212
#> GSM337229 3 0.8505 0.651070 0.144 0.256 0.600
#> GSM337230 2 0.6171 0.534874 0.080 0.776 0.144
#> GSM337231 2 0.7433 0.442852 0.132 0.700 0.168
#> GSM337232 2 0.6171 0.534874 0.080 0.776 0.144
#> GSM337233 2 0.5517 0.444051 0.004 0.728 0.268
#> GSM337234 2 0.9506 -0.165368 0.360 0.448 0.192
#> GSM337235 2 0.7504 0.404598 0.060 0.628 0.312
#> GSM337236 3 0.8271 0.412417 0.076 0.444 0.480
#> GSM337237 2 0.6079 0.129071 0.000 0.612 0.388
#> GSM337238 2 0.6282 0.240785 0.004 0.612 0.384
#> GSM337239 1 0.7189 0.492328 0.656 0.052 0.292
#> GSM337240 2 0.2066 0.610552 0.000 0.940 0.060
#> GSM337241 3 0.8875 0.538376 0.336 0.136 0.528
#> GSM337242 2 0.6507 0.497464 0.028 0.688 0.284
#> GSM337243 2 0.2066 0.604830 0.000 0.940 0.060
#> GSM337244 2 0.5733 0.309156 0.000 0.676 0.324
#> GSM337245 2 0.9529 -0.174271 0.356 0.448 0.196
#> GSM337246 3 0.8779 0.617125 0.248 0.172 0.580
#> GSM337247 2 0.8181 0.355403 0.092 0.584 0.324
#> GSM337248 2 0.3619 0.607260 0.000 0.864 0.136
#> GSM337249 1 0.9447 -0.249046 0.464 0.348 0.188
#> GSM337250 2 0.2066 0.604830 0.000 0.940 0.060
#> GSM337251 3 0.8668 0.657618 0.180 0.224 0.596
#> GSM337252 2 0.6274 -0.061675 0.000 0.544 0.456
#> GSM337253 2 0.7283 0.498207 0.116 0.708 0.176
#> GSM337254 2 0.3116 0.609523 0.000 0.892 0.108
#> GSM337255 2 0.7832 -0.216461 0.052 0.496 0.452
#> GSM337256 2 0.4002 0.598231 0.000 0.840 0.160
#> GSM337257 2 0.6274 -0.061675 0.000 0.544 0.456
#> GSM337258 2 0.6793 0.351641 0.036 0.672 0.292
#> GSM337259 1 0.9339 -0.159170 0.496 0.316 0.188
#> GSM337260 2 0.6225 -0.000856 0.000 0.568 0.432
#> GSM337261 1 0.4689 0.763023 0.852 0.052 0.096
#> GSM337262 2 0.5763 0.493516 0.008 0.716 0.276
#> GSM337263 2 0.2448 0.604939 0.000 0.924 0.076
#> GSM337264 2 0.4280 0.608315 0.020 0.856 0.124
#> GSM337265 1 0.0424 0.908208 0.992 0.000 0.008
#> GSM337266 1 0.0592 0.905390 0.988 0.000 0.012
#> GSM337267 2 0.5733 0.302925 0.000 0.676 0.324
#> GSM337268 2 0.2537 0.609863 0.000 0.920 0.080
#> GSM337269 2 0.3879 0.575571 0.000 0.848 0.152
#> GSM337270 3 0.8523 0.331169 0.092 0.444 0.464
#> GSM337271 1 0.0424 0.908208 0.992 0.000 0.008
#> GSM337272 2 0.1753 0.607124 0.000 0.952 0.048
#> GSM337273 3 0.8680 0.434651 0.104 0.424 0.472
#> GSM337274 3 0.8318 0.509280 0.084 0.392 0.524
#> GSM337275 2 0.4700 0.580833 0.008 0.812 0.180
#> GSM337276 3 0.9109 0.439423 0.148 0.364 0.488
#> GSM337277 2 0.9887 0.039861 0.268 0.396 0.336
#> GSM337278 2 0.5728 0.496388 0.008 0.720 0.272
#> GSM337279 2 0.2711 0.607644 0.000 0.912 0.088
#> GSM337280 2 0.5521 0.585725 0.032 0.788 0.180
#> GSM337281 2 0.3851 0.607962 0.004 0.860 0.136
#> GSM337282 2 0.3349 0.610894 0.004 0.888 0.108
#> GSM337283 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.9963 -0.108086 0.308 0.376 0.316
#> GSM337285 1 0.0424 0.908208 0.992 0.000 0.008
#> GSM337286 2 0.9623 -0.075852 0.304 0.464 0.232
#> GSM337287 1 0.0592 0.905390 0.988 0.000 0.012
#> GSM337288 2 0.7622 0.452736 0.080 0.648 0.272
#> GSM337289 1 0.9375 -0.024685 0.496 0.196 0.308
#> GSM337290 2 0.5882 0.224325 0.000 0.652 0.348
#> GSM337291 2 0.3272 0.609459 0.004 0.892 0.104
#> GSM337292 2 0.4861 0.580021 0.012 0.808 0.180
#> GSM337293 2 0.4164 0.606059 0.008 0.848 0.144
#> GSM337294 2 0.9008 0.248609 0.140 0.500 0.360
#> GSM337295 2 0.1289 0.607883 0.000 0.968 0.032
#> GSM337296 2 0.8393 -0.102253 0.088 0.516 0.396
#> GSM337297 2 0.9506 -0.165368 0.360 0.448 0.192
#> GSM337298 1 0.7898 0.406545 0.616 0.084 0.300
#> GSM337299 2 0.5443 0.454161 0.004 0.736 0.260
#> GSM337300 2 0.9374 0.193035 0.176 0.464 0.360
#> GSM337301 2 0.2356 0.613502 0.000 0.928 0.072
#> GSM337302 2 0.6460 -0.042696 0.004 0.556 0.440
#> GSM337303 2 0.3941 0.594737 0.000 0.844 0.156
#> GSM337304 2 0.5981 0.548987 0.080 0.788 0.132
#> GSM337305 2 0.7610 0.170840 0.048 0.564 0.388
#> GSM337306 2 0.7232 0.499346 0.116 0.712 0.172
#> GSM337307 1 0.7872 0.416799 0.620 0.084 0.296
#> GSM337308 2 0.5551 0.552953 0.016 0.760 0.224
#> GSM337309 2 0.5823 0.558516 0.064 0.792 0.144
#> GSM337310 2 0.5787 0.563458 0.068 0.796 0.136
#> GSM337311 2 0.6398 0.021931 0.004 0.580 0.416
#> GSM337312 1 0.7189 0.492328 0.656 0.052 0.292
#> GSM337313 2 0.8801 0.328027 0.148 0.560 0.292
#> GSM337314 2 0.9865 -0.161951 0.324 0.408 0.268
#> GSM337315 1 0.2866 0.838802 0.916 0.008 0.076
#> GSM337316 1 0.8198 0.360986 0.596 0.100 0.304
#> GSM337317 2 0.8776 0.331382 0.144 0.560 0.296
#> GSM337318 2 0.7459 0.200915 0.044 0.584 0.372
#> GSM337319 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0237 0.910124 0.996 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.7832 -0.185510 0.496 0.052 0.452
#> GSM337344 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.914025 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.5180 0.5485 0.060 0.100 0.044 0.796
#> GSM337198 2 0.3128 0.5740 0.000 0.884 0.076 0.040
#> GSM337199 2 0.2623 0.5600 0.000 0.908 0.028 0.064
#> GSM337200 2 0.1820 0.5639 0.000 0.944 0.020 0.036
#> GSM337201 2 0.4711 0.3456 0.000 0.740 0.024 0.236
#> GSM337202 2 0.2759 0.5679 0.000 0.904 0.052 0.044
#> GSM337203 2 0.7355 0.2442 0.016 0.484 0.396 0.104
#> GSM337204 2 0.1820 0.5639 0.000 0.944 0.020 0.036
#> GSM337205 3 0.7604 -0.1964 0.024 0.424 0.444 0.108
#> GSM337206 2 0.4574 0.3901 0.000 0.756 0.024 0.220
#> GSM337207 4 0.5038 0.4959 0.000 0.336 0.012 0.652
#> GSM337208 2 0.3004 0.5693 0.000 0.892 0.060 0.048
#> GSM337209 2 0.8873 -0.2257 0.240 0.408 0.296 0.056
#> GSM337210 2 0.3071 0.5682 0.000 0.888 0.068 0.044
#> GSM337211 2 0.3198 0.5733 0.000 0.880 0.080 0.040
#> GSM337212 2 0.4574 0.3901 0.000 0.756 0.024 0.220
#> GSM337213 2 0.2644 0.5622 0.000 0.908 0.032 0.060
#> GSM337214 2 0.4574 0.3901 0.000 0.756 0.024 0.220
#> GSM337215 2 0.1820 0.5639 0.000 0.944 0.020 0.036
#> GSM337216 1 0.4163 0.6614 0.792 0.000 0.188 0.020
#> GSM337217 2 0.6116 0.5484 0.008 0.700 0.164 0.128
#> GSM337218 4 0.5912 0.3533 0.000 0.440 0.036 0.524
#> GSM337219 2 0.5105 0.3001 0.004 0.564 0.432 0.000
#> GSM337220 2 0.9184 -0.1697 0.252 0.388 0.080 0.280
#> GSM337221 3 0.8920 0.2911 0.272 0.092 0.460 0.176
#> GSM337222 4 0.4574 0.5282 0.088 0.052 0.032 0.828
#> GSM337223 4 0.9513 0.0869 0.292 0.228 0.120 0.360
#> GSM337224 2 0.6744 0.3631 0.020 0.648 0.108 0.224
#> GSM337225 2 0.7001 0.4591 0.044 0.664 0.156 0.136
#> GSM337226 2 0.7227 0.3899 0.052 0.604 0.272 0.072
#> GSM337227 1 0.9483 -0.2430 0.416 0.228 0.160 0.196
#> GSM337228 1 0.9676 -0.3358 0.376 0.236 0.220 0.168
#> GSM337229 4 0.4387 0.5404 0.068 0.060 0.032 0.840
#> GSM337230 2 0.7092 0.4412 0.044 0.656 0.152 0.148
#> GSM337231 2 0.7871 0.3583 0.080 0.592 0.212 0.116
#> GSM337232 2 0.7092 0.4412 0.044 0.656 0.152 0.148
#> GSM337233 2 0.7034 0.2779 0.000 0.576 0.220 0.204
#> GSM337234 2 0.9763 -0.1072 0.284 0.328 0.160 0.228
#> GSM337235 2 0.7788 0.1661 0.024 0.440 0.408 0.128
#> GSM337236 4 0.7224 0.4602 0.036 0.284 0.088 0.592
#> GSM337237 4 0.5636 0.3909 0.000 0.424 0.024 0.552
#> GSM337238 4 0.7788 0.1361 0.000 0.376 0.244 0.380
#> GSM337239 1 0.5756 -0.0446 0.524 0.004 0.452 0.020
#> GSM337240 2 0.3842 0.5731 0.000 0.836 0.128 0.036
#> GSM337241 4 0.6538 0.3339 0.252 0.052 0.040 0.656
#> GSM337242 2 0.6806 0.2604 0.004 0.492 0.420 0.084
#> GSM337243 2 0.4605 0.5371 0.000 0.796 0.072 0.132
#> GSM337244 4 0.6507 0.2576 0.000 0.464 0.072 0.464
#> GSM337245 2 0.9789 -0.1138 0.280 0.312 0.156 0.252
#> GSM337246 4 0.5764 0.4514 0.164 0.052 0.040 0.744
#> GSM337247 3 0.5368 0.1724 0.024 0.340 0.636 0.000
#> GSM337248 2 0.5497 0.4793 0.000 0.672 0.284 0.044
#> GSM337249 1 0.9575 -0.3064 0.392 0.256 0.172 0.180
#> GSM337250 2 0.4605 0.5371 0.000 0.796 0.072 0.132
#> GSM337251 4 0.4853 0.5191 0.100 0.052 0.036 0.812
#> GSM337252 4 0.4868 0.5182 0.000 0.304 0.012 0.684
#> GSM337253 2 0.8346 0.0701 0.088 0.436 0.388 0.088
#> GSM337254 2 0.5031 0.5511 0.000 0.740 0.212 0.048
#> GSM337255 4 0.7879 0.3381 0.024 0.324 0.156 0.496
#> GSM337256 2 0.5024 0.4146 0.000 0.632 0.360 0.008
#> GSM337257 4 0.4868 0.5182 0.000 0.304 0.012 0.684
#> GSM337258 2 0.6614 -0.1207 0.004 0.480 0.068 0.448
#> GSM337259 1 0.9483 -0.2430 0.416 0.228 0.160 0.196
#> GSM337260 4 0.5018 0.4980 0.000 0.332 0.012 0.656
#> GSM337261 1 0.4054 0.6675 0.796 0.000 0.188 0.016
#> GSM337262 2 0.7238 0.3325 0.000 0.524 0.304 0.172
#> GSM337263 2 0.2759 0.5679 0.000 0.904 0.052 0.044
#> GSM337264 2 0.6138 0.5169 0.016 0.676 0.244 0.064
#> GSM337265 1 0.1004 0.8968 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM337266 1 0.1398 0.8824 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM337267 4 0.6506 0.2637 0.000 0.460 0.072 0.468
#> GSM337268 2 0.5066 0.5138 0.000 0.768 0.120 0.112
#> GSM337269 2 0.6634 0.2618 0.000 0.592 0.116 0.292
#> GSM337270 4 0.8494 0.3409 0.048 0.272 0.204 0.476
#> GSM337271 1 0.1004 0.8968 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM337272 2 0.4144 0.5423 0.000 0.828 0.068 0.104
#> GSM337273 4 0.8326 0.4262 0.064 0.272 0.148 0.516
#> GSM337274 4 0.6792 0.5340 0.048 0.204 0.080 0.668
#> GSM337275 2 0.4898 0.3304 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM337276 4 0.9066 0.2988 0.080 0.224 0.276 0.420
#> GSM337277 3 0.6486 0.4585 0.152 0.188 0.656 0.004
#> GSM337278 2 0.7222 0.3356 0.000 0.528 0.300 0.172
#> GSM337279 2 0.4482 0.5677 0.000 0.804 0.128 0.068
#> GSM337280 2 0.6318 0.3674 0.020 0.592 0.352 0.036
#> GSM337281 2 0.6262 0.5280 0.000 0.660 0.208 0.132
#> GSM337282 2 0.4711 0.5205 0.000 0.740 0.236 0.024
#> GSM337283 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.8694 0.4525 0.244 0.240 0.460 0.056
#> GSM337285 1 0.1004 0.8968 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM337286 3 0.9058 0.3433 0.248 0.336 0.352 0.064
#> GSM337287 1 0.1398 0.8824 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM337288 3 0.6282 0.0292 0.032 0.400 0.552 0.016
#> GSM337289 3 0.8163 0.3777 0.400 0.084 0.440 0.076
#> GSM337290 4 0.5912 0.3533 0.000 0.440 0.036 0.524
#> GSM337291 2 0.4468 0.5169 0.000 0.752 0.232 0.016
#> GSM337292 2 0.4907 0.3258 0.000 0.580 0.420 0.000
#> GSM337293 2 0.4535 0.4808 0.000 0.704 0.292 0.004
#> GSM337294 3 0.5249 0.3370 0.044 0.248 0.708 0.000
#> GSM337295 2 0.3621 0.5578 0.000 0.860 0.068 0.072
#> GSM337296 4 0.9018 0.1985 0.060 0.336 0.252 0.352
#> GSM337297 2 0.9763 -0.1072 0.284 0.328 0.160 0.228
#> GSM337298 1 0.6459 -0.1506 0.492 0.032 0.456 0.020
#> GSM337299 2 0.7054 0.2846 0.000 0.572 0.232 0.196
#> GSM337300 3 0.5598 0.3969 0.076 0.220 0.704 0.000
#> GSM337301 2 0.3999 0.5722 0.000 0.824 0.140 0.036
#> GSM337302 4 0.5250 0.5018 0.000 0.316 0.024 0.660
#> GSM337303 2 0.4817 0.3726 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM337304 2 0.7159 0.4524 0.048 0.652 0.164 0.136
#> GSM337305 2 0.8208 0.1001 0.020 0.432 0.332 0.216
#> GSM337306 2 0.8207 0.0520 0.088 0.440 0.396 0.076
#> GSM337307 3 0.5678 0.1309 0.480 0.004 0.500 0.016
#> GSM337308 2 0.5947 0.3651 0.000 0.572 0.384 0.044
#> GSM337309 2 0.7199 0.4353 0.032 0.632 0.152 0.184
#> GSM337310 2 0.6804 0.4842 0.044 0.676 0.176 0.104
#> GSM337311 4 0.5311 0.4901 0.000 0.328 0.024 0.648
#> GSM337312 1 0.5756 -0.0446 0.524 0.004 0.452 0.020
#> GSM337313 3 0.7488 0.2714 0.092 0.312 0.556 0.040
#> GSM337314 3 0.9124 0.3941 0.244 0.268 0.408 0.080
#> GSM337315 1 0.3280 0.7693 0.860 0.000 0.124 0.016
#> GSM337316 3 0.5929 0.2247 0.448 0.004 0.520 0.028
#> GSM337317 3 0.7435 0.2680 0.088 0.312 0.560 0.040
#> GSM337318 2 0.8217 0.0762 0.016 0.424 0.312 0.248
#> GSM337319 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0188 0.9169 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.6934 0.0687 0.444 0.040 0.036 0.480
#> GSM337344 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9213 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.4060 0.47831 0.024 0.040 0.076 0.836 0.024
#> GSM337198 2 0.2885 0.44934 0.000 0.880 0.064 0.004 0.052
#> GSM337199 2 0.2696 0.45095 0.000 0.896 0.052 0.040 0.012
#> GSM337200 2 0.2046 0.43671 0.000 0.916 0.068 0.000 0.016
#> GSM337201 2 0.5000 0.25827 0.000 0.688 0.068 0.240 0.004
#> GSM337202 2 0.2629 0.45276 0.000 0.896 0.064 0.008 0.032
#> GSM337203 5 0.7945 -0.26043 0.004 0.316 0.256 0.064 0.360
#> GSM337204 2 0.2046 0.43671 0.000 0.916 0.068 0.000 0.016
#> GSM337205 5 0.8050 -0.18524 0.012 0.284 0.240 0.064 0.400
#> GSM337206 2 0.4434 0.30790 0.000 0.736 0.056 0.208 0.000
#> GSM337207 4 0.5021 0.48602 0.000 0.268 0.044 0.676 0.012
#> GSM337208 2 0.2838 0.45403 0.000 0.884 0.072 0.008 0.036
#> GSM337209 2 0.8318 -0.11017 0.196 0.400 0.080 0.024 0.300
#> GSM337210 2 0.2775 0.45533 0.000 0.888 0.068 0.008 0.036
#> GSM337211 2 0.2940 0.44983 0.000 0.876 0.072 0.004 0.048
#> GSM337212 2 0.4434 0.30790 0.000 0.736 0.056 0.208 0.000
#> GSM337213 2 0.2688 0.45276 0.000 0.896 0.056 0.036 0.012
#> GSM337214 2 0.4434 0.30790 0.000 0.736 0.056 0.208 0.000
#> GSM337215 2 0.2046 0.43671 0.000 0.916 0.068 0.000 0.016
#> GSM337216 1 0.4915 0.57977 0.732 0.000 0.048 0.028 0.192
#> GSM337217 2 0.6560 0.36325 0.000 0.632 0.096 0.120 0.152
#> GSM337218 4 0.6169 0.35951 0.000 0.352 0.096 0.536 0.016
#> GSM337219 5 0.5294 -0.07506 0.000 0.432 0.040 0.004 0.524
#> GSM337220 2 0.8830 -0.14510 0.200 0.352 0.128 0.288 0.032
#> GSM337221 5 0.8571 0.09785 0.216 0.056 0.336 0.052 0.340
#> GSM337222 4 0.3326 0.47952 0.044 0.016 0.044 0.876 0.020
#> GSM337223 4 0.9204 0.12356 0.228 0.168 0.240 0.320 0.044
#> GSM337224 2 0.6728 0.31764 0.008 0.608 0.144 0.192 0.048
#> GSM337225 2 0.6913 0.41081 0.028 0.616 0.204 0.064 0.088
#> GSM337226 2 0.7333 0.32753 0.044 0.552 0.124 0.032 0.248
#> GSM337227 1 0.9381 -0.28811 0.332 0.196 0.248 0.148 0.076
#> GSM337228 1 0.9689 -0.35097 0.304 0.200 0.228 0.128 0.140
#> GSM337229 4 0.3018 0.48451 0.036 0.020 0.036 0.892 0.016
#> GSM337230 2 0.6793 0.40117 0.028 0.624 0.208 0.072 0.068
#> GSM337231 2 0.7789 0.33689 0.056 0.540 0.208 0.052 0.144
#> GSM337232 2 0.6793 0.40117 0.028 0.624 0.208 0.072 0.068
#> GSM337233 3 0.5771 0.59136 0.000 0.460 0.476 0.040 0.024
#> GSM337234 2 0.9272 -0.02545 0.204 0.304 0.264 0.180 0.048
#> GSM337235 3 0.7051 0.47764 0.008 0.340 0.348 0.000 0.304
#> GSM337236 4 0.6362 0.36962 0.000 0.196 0.152 0.616 0.036
#> GSM337237 4 0.5873 0.37733 0.000 0.344 0.080 0.564 0.012
#> GSM337238 3 0.7060 0.39746 0.000 0.276 0.472 0.228 0.024
#> GSM337239 5 0.5855 0.18226 0.452 0.000 0.072 0.008 0.468
#> GSM337240 2 0.5210 0.38566 0.000 0.724 0.056 0.044 0.176
#> GSM337241 4 0.5439 0.36652 0.192 0.012 0.068 0.708 0.020
#> GSM337242 5 0.7532 -0.24687 0.004 0.336 0.248 0.032 0.380
#> GSM337243 2 0.5813 0.40612 0.000 0.700 0.080 0.124 0.096
#> GSM337244 4 0.6849 0.17977 0.000 0.368 0.164 0.448 0.020
#> GSM337245 2 0.9284 -0.05300 0.204 0.292 0.256 0.204 0.044
#> GSM337246 4 0.4543 0.43836 0.104 0.012 0.068 0.796 0.020
#> GSM337247 5 0.3585 0.22897 0.004 0.220 0.000 0.004 0.772
#> GSM337248 2 0.6158 0.26452 0.000 0.556 0.060 0.040 0.344
#> GSM337249 1 0.9527 -0.33059 0.312 0.212 0.240 0.144 0.092
#> GSM337250 2 0.5813 0.40612 0.000 0.700 0.080 0.124 0.096
#> GSM337251 4 0.3612 0.47516 0.048 0.016 0.056 0.860 0.020
#> GSM337252 4 0.4898 0.49953 0.000 0.228 0.052 0.708 0.012
#> GSM337253 5 0.8147 0.15103 0.076 0.308 0.092 0.064 0.460
#> GSM337254 2 0.5939 0.37025 0.000 0.640 0.084 0.036 0.240
#> GSM337255 4 0.7506 0.23358 0.000 0.232 0.128 0.512 0.128
#> GSM337256 2 0.5688 0.26202 0.000 0.548 0.076 0.004 0.372
#> GSM337257 4 0.4898 0.49953 0.000 0.228 0.052 0.708 0.012
#> GSM337258 4 0.6850 0.11715 0.000 0.412 0.148 0.416 0.024
#> GSM337259 1 0.9381 -0.28811 0.332 0.196 0.248 0.148 0.076
#> GSM337260 4 0.4998 0.48869 0.000 0.264 0.044 0.680 0.012
#> GSM337261 1 0.4832 0.58702 0.736 0.000 0.048 0.024 0.192
#> GSM337262 3 0.6973 0.60179 0.000 0.380 0.416 0.020 0.184
#> GSM337263 2 0.2629 0.45276 0.000 0.896 0.064 0.008 0.032
#> GSM337264 2 0.6855 0.31288 0.008 0.568 0.132 0.040 0.252
#> GSM337265 1 0.1173 0.90649 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> GSM337266 1 0.1739 0.88380 0.940 0.000 0.024 0.004 0.032
#> GSM337267 4 0.6776 0.20244 0.000 0.372 0.152 0.456 0.020
#> GSM337268 2 0.5797 0.33326 0.000 0.692 0.156 0.092 0.060
#> GSM337269 2 0.7079 0.16843 0.000 0.516 0.144 0.284 0.056
#> GSM337270 4 0.8371 0.00818 0.024 0.184 0.280 0.416 0.096
#> GSM337271 1 0.1173 0.90649 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> GSM337272 2 0.5475 0.40264 0.000 0.728 0.088 0.108 0.076
#> GSM337273 4 0.7998 0.21455 0.028 0.192 0.192 0.504 0.084
#> GSM337274 4 0.5884 0.45443 0.020 0.132 0.088 0.712 0.048
#> GSM337275 5 0.5184 -0.10877 0.000 0.456 0.032 0.004 0.508
#> GSM337276 4 0.9034 -0.02250 0.052 0.148 0.280 0.360 0.160
#> GSM337277 5 0.5449 0.32129 0.124 0.088 0.052 0.004 0.732
#> GSM337278 3 0.6955 0.59972 0.000 0.384 0.416 0.020 0.180
#> GSM337279 2 0.5647 0.36584 0.000 0.696 0.056 0.072 0.176
#> GSM337280 2 0.6211 0.13667 0.012 0.476 0.052 0.020 0.440
#> GSM337281 2 0.7023 0.26501 0.000 0.540 0.064 0.136 0.260
#> GSM337282 2 0.6074 0.28695 0.000 0.604 0.076 0.036 0.284
#> GSM337283 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.8714 0.22994 0.188 0.172 0.184 0.032 0.424
#> GSM337285 1 0.1173 0.90649 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> GSM337286 5 0.9026 0.07618 0.192 0.252 0.184 0.032 0.340
#> GSM337287 1 0.1739 0.88380 0.940 0.000 0.024 0.004 0.032
#> GSM337288 5 0.6236 0.17779 0.020 0.264 0.112 0.004 0.600
#> GSM337289 5 0.8419 0.26706 0.328 0.060 0.168 0.052 0.392
#> GSM337290 4 0.6169 0.35951 0.000 0.352 0.096 0.536 0.016
#> GSM337291 2 0.5622 0.26856 0.000 0.628 0.064 0.020 0.288
#> GSM337292 5 0.5249 -0.10427 0.000 0.452 0.036 0.004 0.508
#> GSM337293 2 0.5465 0.24336 0.000 0.588 0.056 0.008 0.348
#> GSM337294 5 0.3106 0.27704 0.024 0.132 0.000 0.000 0.844
#> GSM337295 2 0.4941 0.41583 0.000 0.768 0.088 0.068 0.076
#> GSM337296 3 0.8231 0.32732 0.044 0.256 0.444 0.204 0.052
#> GSM337297 2 0.9272 -0.02545 0.204 0.304 0.264 0.180 0.048
#> GSM337298 5 0.6572 0.23827 0.424 0.016 0.100 0.008 0.452
#> GSM337299 3 0.6029 0.58349 0.000 0.456 0.464 0.048 0.032
#> GSM337300 5 0.3427 0.30784 0.056 0.108 0.000 0.000 0.836
#> GSM337301 2 0.5368 0.38802 0.000 0.712 0.064 0.044 0.180
#> GSM337302 4 0.5191 0.47773 0.000 0.244 0.064 0.680 0.012
#> GSM337303 2 0.5541 0.15101 0.000 0.496 0.056 0.004 0.444
#> GSM337304 2 0.6962 0.40009 0.032 0.608 0.216 0.060 0.084
#> GSM337305 3 0.6602 0.62410 0.008 0.304 0.556 0.028 0.104
#> GSM337306 5 0.8045 0.15962 0.076 0.308 0.092 0.056 0.468
#> GSM337307 5 0.5808 0.28268 0.412 0.000 0.080 0.004 0.504
#> GSM337308 2 0.6647 -0.10456 0.000 0.468 0.180 0.008 0.344
#> GSM337309 2 0.7078 0.38272 0.016 0.588 0.216 0.108 0.072
#> GSM337310 2 0.6847 0.40919 0.032 0.620 0.192 0.040 0.116
#> GSM337311 4 0.5129 0.47583 0.000 0.264 0.052 0.672 0.012
#> GSM337312 5 0.5855 0.18226 0.452 0.000 0.072 0.008 0.468
#> GSM337313 5 0.7012 0.31158 0.076 0.192 0.112 0.016 0.604
#> GSM337314 5 0.9029 0.06739 0.180 0.180 0.256 0.036 0.348
#> GSM337315 1 0.3718 0.73936 0.824 0.000 0.048 0.008 0.120
#> GSM337316 5 0.6417 0.31430 0.356 0.000 0.096 0.028 0.520
#> GSM337317 5 0.6919 0.31134 0.076 0.192 0.112 0.012 0.608
#> GSM337318 3 0.6649 0.65790 0.004 0.304 0.556 0.048 0.088
#> GSM337319 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0162 0.93400 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.5748 0.14177 0.396 0.008 0.032 0.544 0.020
#> GSM337344 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.93801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 3 0.4981 0.400932 0.020 0.328 0.616 0.008 0.004 0.024
#> GSM337198 4 0.2671 0.526512 0.000 0.040 0.008 0.892 0.036 0.024
#> GSM337199 4 0.2978 0.528927 0.000 0.024 0.064 0.872 0.008 0.032
#> GSM337200 4 0.2384 0.521277 0.000 0.032 0.016 0.904 0.004 0.044
#> GSM337201 4 0.4823 0.265501 0.000 0.000 0.348 0.584 0.000 0.068
#> GSM337202 4 0.2466 0.528175 0.000 0.040 0.016 0.904 0.016 0.024
#> GSM337203 5 0.7881 -0.000194 0.000 0.096 0.048 0.184 0.368 0.304
#> GSM337204 4 0.2384 0.521277 0.000 0.032 0.016 0.904 0.004 0.044
#> GSM337205 5 0.7664 0.060933 0.000 0.104 0.036 0.168 0.420 0.272
#> GSM337206 4 0.4597 0.364983 0.000 0.000 0.276 0.652 0.000 0.072
#> GSM337207 3 0.3534 0.533886 0.000 0.036 0.796 0.160 0.000 0.008
#> GSM337208 4 0.2659 0.529539 0.000 0.052 0.012 0.892 0.020 0.024
#> GSM337209 4 0.8577 -0.109038 0.160 0.100 0.020 0.384 0.240 0.096
#> GSM337210 4 0.2605 0.528749 0.000 0.048 0.016 0.896 0.020 0.020
#> GSM337211 4 0.2732 0.526734 0.000 0.048 0.008 0.888 0.032 0.024
#> GSM337212 4 0.4597 0.364983 0.000 0.000 0.276 0.652 0.000 0.072
#> GSM337213 4 0.2982 0.530491 0.000 0.028 0.064 0.872 0.008 0.028
#> GSM337214 4 0.4597 0.364983 0.000 0.000 0.276 0.652 0.000 0.072
#> GSM337215 4 0.2384 0.521277 0.000 0.032 0.016 0.904 0.004 0.044
#> GSM337216 1 0.6114 0.364247 0.620 0.160 0.008 0.000 0.136 0.076
#> GSM337217 4 0.7451 0.419058 0.000 0.104 0.140 0.524 0.156 0.076
#> GSM337218 3 0.4435 0.457994 0.000 0.004 0.724 0.204 0.012 0.056
#> GSM337219 5 0.4732 0.180704 0.000 0.020 0.000 0.368 0.588 0.024
#> GSM337220 3 0.8589 -0.278379 0.172 0.172 0.296 0.288 0.008 0.064
#> GSM337221 6 0.8515 0.000148 0.176 0.124 0.028 0.048 0.252 0.372
#> GSM337222 3 0.4900 0.442850 0.040 0.220 0.696 0.004 0.004 0.036
#> GSM337223 2 0.7852 0.525940 0.188 0.460 0.188 0.112 0.008 0.044
#> GSM337224 4 0.6771 0.387063 0.000 0.196 0.180 0.544 0.028 0.052
#> GSM337225 4 0.5464 0.415450 0.012 0.292 0.016 0.604 0.076 0.000
#> GSM337226 4 0.6884 0.380897 0.024 0.164 0.012 0.532 0.232 0.036
#> GSM337227 2 0.7177 0.641239 0.284 0.456 0.056 0.180 0.020 0.004
#> GSM337228 2 0.8045 0.626678 0.256 0.424 0.048 0.172 0.080 0.020
#> GSM337229 3 0.4756 0.448265 0.036 0.224 0.704 0.008 0.004 0.024
#> GSM337230 4 0.5491 0.379431 0.008 0.316 0.028 0.588 0.060 0.000
#> GSM337231 4 0.6708 0.312106 0.036 0.276 0.016 0.532 0.124 0.016
#> GSM337232 4 0.5491 0.379431 0.008 0.316 0.028 0.588 0.060 0.000
#> GSM337233 6 0.5684 0.443945 0.000 0.016 0.088 0.404 0.004 0.488
#> GSM337234 2 0.7802 0.605048 0.176 0.404 0.096 0.288 0.012 0.024
#> GSM337235 6 0.7349 0.314724 0.004 0.052 0.016 0.256 0.288 0.384
#> GSM337236 3 0.6481 0.269759 0.000 0.352 0.476 0.108 0.008 0.056
#> GSM337237 3 0.3975 0.471155 0.000 0.004 0.744 0.204 0.000 0.048
#> GSM337238 6 0.6226 0.267533 0.000 0.016 0.312 0.212 0.000 0.460
#> GSM337239 5 0.7100 -0.082804 0.372 0.144 0.004 0.000 0.376 0.104
#> GSM337240 4 0.6124 0.431107 0.000 0.028 0.076 0.624 0.204 0.068
#> GSM337241 3 0.6797 0.171299 0.188 0.252 0.492 0.000 0.008 0.060
#> GSM337242 5 0.7365 0.029062 0.000 0.048 0.036 0.204 0.400 0.312
#> GSM337243 4 0.6771 0.441327 0.000 0.048 0.220 0.564 0.104 0.064
#> GSM337244 3 0.5577 0.309802 0.000 0.000 0.588 0.244 0.012 0.156
#> GSM337245 2 0.7853 0.605330 0.176 0.396 0.116 0.280 0.008 0.024
#> GSM337246 3 0.6181 0.326317 0.100 0.260 0.572 0.000 0.008 0.060
#> GSM337247 5 0.3771 0.344016 0.000 0.020 0.000 0.164 0.784 0.032
#> GSM337248 4 0.6867 0.126352 0.000 0.080 0.052 0.440 0.380 0.048
#> GSM337249 2 0.7527 0.646474 0.264 0.444 0.056 0.192 0.036 0.008
#> GSM337250 4 0.6771 0.441327 0.000 0.048 0.220 0.564 0.104 0.064
#> GSM337251 3 0.5148 0.426462 0.044 0.240 0.668 0.004 0.004 0.040
#> GSM337252 3 0.3208 0.541991 0.000 0.040 0.832 0.120 0.000 0.008
#> GSM337253 5 0.7592 0.311874 0.056 0.128 0.072 0.208 0.516 0.020
#> GSM337254 4 0.6911 0.371523 0.000 0.068 0.084 0.540 0.248 0.060
#> GSM337255 3 0.8072 0.223726 0.000 0.248 0.408 0.152 0.108 0.084
#> GSM337256 4 0.5560 0.092354 0.000 0.056 0.004 0.496 0.416 0.028
#> GSM337257 3 0.3208 0.541991 0.000 0.040 0.832 0.120 0.000 0.008
#> GSM337258 3 0.6743 0.221447 0.000 0.284 0.404 0.280 0.008 0.024
#> GSM337259 2 0.7177 0.641239 0.284 0.456 0.056 0.180 0.020 0.004
#> GSM337260 3 0.3529 0.536525 0.000 0.040 0.800 0.152 0.000 0.008
#> GSM337261 1 0.6010 0.373622 0.624 0.160 0.004 0.000 0.136 0.076
#> GSM337262 6 0.6684 0.484820 0.000 0.004 0.064 0.260 0.172 0.500
#> GSM337263 4 0.2466 0.528175 0.000 0.040 0.016 0.904 0.016 0.024
#> GSM337264 4 0.8095 0.229311 0.004 0.132 0.132 0.404 0.264 0.064
#> GSM337265 1 0.1503 0.909075 0.944 0.032 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM337266 1 0.2103 0.874543 0.912 0.056 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM337267 3 0.5440 0.334670 0.000 0.000 0.604 0.248 0.012 0.136
#> GSM337268 4 0.7053 0.266587 0.000 0.120 0.232 0.520 0.028 0.100
#> GSM337269 3 0.7159 0.121748 0.000 0.108 0.464 0.300 0.024 0.104
#> GSM337270 2 0.8510 -0.138503 0.016 0.308 0.260 0.092 0.064 0.260
#> GSM337271 1 0.1503 0.909075 0.944 0.032 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM337272 4 0.6227 0.462302 0.000 0.044 0.196 0.624 0.076 0.060
#> GSM337273 3 0.8036 0.167431 0.016 0.324 0.356 0.096 0.032 0.176
#> GSM337274 3 0.6204 0.399073 0.016 0.292 0.572 0.064 0.012 0.044
#> GSM337275 5 0.4564 0.146299 0.000 0.012 0.000 0.396 0.572 0.020
#> GSM337276 2 0.8969 -0.093757 0.040 0.308 0.212 0.072 0.116 0.252
#> GSM337277 5 0.5280 0.276263 0.080 0.060 0.004 0.056 0.740 0.060
#> GSM337278 6 0.6674 0.484957 0.000 0.004 0.064 0.264 0.168 0.500
#> GSM337279 4 0.6587 0.418362 0.000 0.032 0.112 0.588 0.192 0.076
#> GSM337280 5 0.5635 0.058497 0.004 0.060 0.012 0.416 0.496 0.012
#> GSM337281 4 0.7650 0.264257 0.000 0.064 0.152 0.432 0.280 0.072
#> GSM337282 4 0.6649 0.246713 0.000 0.044 0.060 0.508 0.324 0.064
#> GSM337283 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.8732 0.018769 0.088 0.196 0.012 0.132 0.324 0.248
#> GSM337285 1 0.1503 0.909075 0.944 0.032 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM337286 5 0.9095 -0.130910 0.088 0.160 0.028 0.196 0.272 0.256
#> GSM337287 1 0.2103 0.874543 0.912 0.056 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM337288 5 0.6257 0.325792 0.004 0.064 0.008 0.192 0.604 0.128
#> GSM337289 5 0.8766 0.006493 0.216 0.200 0.016 0.052 0.276 0.240
#> GSM337290 3 0.4435 0.457994 0.000 0.004 0.724 0.204 0.012 0.056
#> GSM337291 4 0.6203 0.244584 0.000 0.024 0.040 0.540 0.320 0.076
#> GSM337292 5 0.4638 0.150657 0.000 0.016 0.000 0.392 0.572 0.020
#> GSM337293 4 0.5929 0.158505 0.000 0.024 0.020 0.508 0.380 0.068
#> GSM337294 5 0.3248 0.331456 0.004 0.016 0.000 0.084 0.848 0.048
#> GSM337295 4 0.5999 0.481154 0.000 0.044 0.152 0.660 0.084 0.060
#> GSM337296 6 0.8108 0.274795 0.028 0.188 0.172 0.192 0.012 0.408
#> GSM337297 2 0.7802 0.605048 0.176 0.404 0.096 0.288 0.012 0.024
#> GSM337298 1 0.7602 -0.385323 0.352 0.160 0.004 0.012 0.348 0.124
#> GSM337299 6 0.6137 0.435703 0.000 0.024 0.104 0.388 0.012 0.472
#> GSM337300 5 0.3625 0.332384 0.028 0.024 0.000 0.064 0.840 0.044
#> GSM337301 4 0.6221 0.421093 0.000 0.028 0.072 0.608 0.220 0.072
#> GSM337302 3 0.3015 0.531140 0.000 0.012 0.844 0.120 0.000 0.024
#> GSM337303 5 0.5354 0.079452 0.000 0.016 0.004 0.420 0.504 0.056
#> GSM337304 4 0.6181 0.364545 0.012 0.312 0.040 0.556 0.068 0.012
#> GSM337305 6 0.4811 0.534989 0.000 0.024 0.012 0.240 0.036 0.688
#> GSM337306 5 0.7541 0.321243 0.056 0.136 0.064 0.204 0.520 0.020
#> GSM337307 5 0.7534 -0.016967 0.296 0.192 0.004 0.000 0.360 0.148
#> GSM337308 5 0.6913 0.058941 0.000 0.024 0.020 0.364 0.368 0.224
#> GSM337309 4 0.6553 0.338948 0.004 0.324 0.108 0.500 0.056 0.008
#> GSM337310 4 0.6105 0.407308 0.012 0.288 0.020 0.576 0.084 0.020
#> GSM337311 3 0.3272 0.533222 0.000 0.016 0.820 0.144 0.000 0.020
#> GSM337312 5 0.7100 -0.082804 0.372 0.144 0.004 0.000 0.376 0.104
#> GSM337313 5 0.6423 0.371614 0.056 0.128 0.012 0.124 0.640 0.040
#> GSM337314 6 0.8574 0.125859 0.088 0.176 0.008 0.144 0.216 0.368
#> GSM337315 1 0.4543 0.648881 0.764 0.104 0.004 0.000 0.072 0.056
#> GSM337316 5 0.7669 0.038407 0.236 0.228 0.008 0.000 0.372 0.156
#> GSM337317 5 0.6330 0.372232 0.056 0.128 0.008 0.124 0.644 0.040
#> GSM337318 6 0.5401 0.559492 0.000 0.016 0.064 0.232 0.032 0.656
#> GSM337319 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0146 0.960234 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.6704 -0.091787 0.392 0.168 0.392 0.000 0.008 0.040
#> GSM337344 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.964283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:hclust 163 1.72e-12 2.88e-26 2
#> MAD:hclust 119 2.53e-12 8.44e-20 3
#> MAD:hclust 99 1.45e-11 2.68e-15 4
#> MAD:hclust 72 3.87e-01 3.41e-06 5
#> MAD:hclust 91 4.26e-15 1.10e-16 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.4730 0.527 0.527
#> 3 3 0.749 0.784 0.906 0.4042 0.777 0.587
#> 4 4 0.780 0.766 0.873 0.1023 0.830 0.559
#> 5 5 0.716 0.594 0.744 0.0596 0.949 0.817
#> 6 6 0.726 0.593 0.767 0.0393 0.923 0.707
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.662 0.790 0.172 0.828
#> GSM337217 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337241 1 0.987 0.235 0.568 0.432
#> GSM337242 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.416 0.905 0.084 0.916
#> GSM337260 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337261 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337262 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337265 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337267 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337271 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337272 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337285 1 0.722 0.746 0.800 0.200
#> GSM337286 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337288 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337312 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.895 0.544 0.312 0.688
#> GSM337317 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 0.990 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.4750 0.6529 0.000 0.784 0.216
#> GSM337198 3 0.5882 0.5564 0.000 0.348 0.652
#> GSM337199 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337200 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337201 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337203 3 0.1860 0.7486 0.000 0.052 0.948
#> GSM337204 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337205 3 0.0424 0.7575 0.000 0.008 0.992
#> GSM337206 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337208 3 0.6225 0.4362 0.000 0.432 0.568
#> GSM337209 3 0.1860 0.7498 0.000 0.052 0.948
#> GSM337210 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337211 3 0.6225 0.4343 0.000 0.432 0.568
#> GSM337212 2 0.0237 0.8656 0.000 0.996 0.004
#> GSM337213 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337214 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337216 3 0.0237 0.7560 0.004 0.000 0.996
#> GSM337217 2 0.4178 0.6882 0.000 0.828 0.172
#> GSM337218 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337219 3 0.5905 0.5515 0.000 0.352 0.648
#> GSM337220 2 0.4452 0.6838 0.000 0.808 0.192
#> GSM337221 3 0.1643 0.7478 0.000 0.044 0.956
#> GSM337222 2 0.4750 0.6529 0.000 0.784 0.216
#> GSM337223 3 0.5016 0.5846 0.000 0.240 0.760
#> GSM337224 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337225 2 0.0592 0.8630 0.000 0.988 0.012
#> GSM337226 3 0.6168 0.4704 0.000 0.412 0.588
#> GSM337227 3 0.2066 0.7445 0.000 0.060 0.940
#> GSM337228 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM337230 2 0.6111 0.0928 0.000 0.604 0.396
#> GSM337231 3 0.5098 0.6423 0.000 0.248 0.752
#> GSM337232 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337233 2 0.0237 0.8656 0.000 0.996 0.004
#> GSM337234 2 0.1753 0.8332 0.000 0.952 0.048
#> GSM337235 3 0.1860 0.7555 0.000 0.052 0.948
#> GSM337236 2 0.5968 0.4070 0.000 0.636 0.364
#> GSM337237 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337238 2 0.3686 0.7456 0.000 0.860 0.140
#> GSM337239 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.3267 0.7597 0.000 0.884 0.116
#> GSM337241 3 0.8361 0.4640 0.216 0.160 0.624
#> GSM337242 3 0.2261 0.7438 0.000 0.068 0.932
#> GSM337243 2 0.0237 0.8656 0.000 0.996 0.004
#> GSM337244 2 0.1643 0.8387 0.000 0.956 0.044
#> GSM337245 2 0.4842 0.6413 0.000 0.776 0.224
#> GSM337246 2 0.5621 0.5003 0.000 0.692 0.308
#> GSM337247 3 0.4974 0.6628 0.000 0.236 0.764
#> GSM337248 3 0.6295 0.3167 0.000 0.472 0.528
#> GSM337249 3 0.1643 0.7478 0.000 0.044 0.956
#> GSM337250 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.4931 0.6296 0.000 0.768 0.232
#> GSM337252 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337253 3 0.1411 0.7584 0.000 0.036 0.964
#> GSM337254 2 0.6286 -0.1456 0.000 0.536 0.464
#> GSM337255 3 0.6260 0.1210 0.000 0.448 0.552
#> GSM337256 3 0.5905 0.5525 0.000 0.352 0.648
#> GSM337257 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337258 2 0.5216 0.6068 0.000 0.740 0.260
#> GSM337259 3 0.5062 0.6376 0.016 0.184 0.800
#> GSM337260 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.5138 0.5577 0.252 0.000 0.748
#> GSM337262 3 0.6008 0.5242 0.000 0.372 0.628
#> GSM337263 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337264 3 0.5098 0.6583 0.000 0.248 0.752
#> GSM337265 1 0.3192 0.8764 0.888 0.000 0.112
#> GSM337266 1 0.3412 0.8558 0.876 0.000 0.124
#> GSM337267 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337268 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337269 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.4842 0.5958 0.000 0.224 0.776
#> GSM337271 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 3 0.6286 0.0522 0.000 0.464 0.536
#> GSM337274 2 0.4750 0.6529 0.000 0.784 0.216
#> GSM337275 3 0.6252 0.3870 0.000 0.444 0.556
#> GSM337276 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337277 3 0.0237 0.7570 0.000 0.004 0.996
#> GSM337278 2 0.4750 0.6460 0.000 0.784 0.216
#> GSM337279 2 0.0000 0.8650 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 3 0.6215 0.4198 0.000 0.428 0.572
#> GSM337281 2 0.0237 0.8655 0.000 0.996 0.004
#> GSM337282 2 0.6295 -0.1675 0.000 0.528 0.472
#> GSM337283 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.0237 0.7570 0.000 0.004 0.996
#> GSM337285 3 0.5363 0.5205 0.276 0.000 0.724
#> GSM337286 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337288 3 0.4842 0.6703 0.000 0.224 0.776
#> GSM337289 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337291 2 0.5291 0.5088 0.000 0.732 0.268
#> GSM337292 3 0.5905 0.5525 0.000 0.352 0.648
#> GSM337293 3 0.5905 0.5525 0.000 0.352 0.648
#> GSM337294 3 0.4842 0.6703 0.000 0.224 0.776
#> GSM337295 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337296 3 0.6267 0.1046 0.000 0.452 0.548
#> GSM337297 3 0.5926 0.4224 0.000 0.356 0.644
#> GSM337298 3 0.0237 0.7570 0.000 0.004 0.996
#> GSM337299 2 0.0237 0.8656 0.000 0.996 0.004
#> GSM337300 3 0.1411 0.7568 0.000 0.036 0.964
#> GSM337301 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337302 2 0.1643 0.8388 0.000 0.956 0.044
#> GSM337303 3 0.5905 0.5525 0.000 0.352 0.648
#> GSM337304 2 0.6295 -0.2021 0.000 0.528 0.472
#> GSM337305 3 0.1529 0.7506 0.000 0.040 0.960
#> GSM337306 3 0.1411 0.7584 0.000 0.036 0.964
#> GSM337307 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.6235 -0.0236 0.000 0.564 0.436
#> GSM337309 2 0.0424 0.8652 0.000 0.992 0.008
#> GSM337310 3 0.5465 0.6199 0.000 0.288 0.712
#> GSM337311 2 0.0237 0.8643 0.000 0.996 0.004
#> GSM337312 3 0.0237 0.7560 0.004 0.000 0.996
#> GSM337313 3 0.0237 0.7570 0.000 0.004 0.996
#> GSM337314 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.0000 0.7565 0.000 0.000 1.000
#> GSM337317 3 0.4974 0.6628 0.000 0.236 0.764
#> GSM337318 3 0.6126 0.2651 0.000 0.400 0.600
#> GSM337319 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0424 0.9880 0.992 0.000 0.008
#> GSM337344 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9960 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.2179 0.80738 0.000 0.012 0.064 0.924
#> GSM337198 2 0.1022 0.77597 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM337199 2 0.4585 0.53025 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM337200 2 0.3172 0.71222 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM337201 4 0.3123 0.78094 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM337202 2 0.4304 0.58998 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM337203 2 0.5250 0.15390 0.000 0.552 0.440 0.008
#> GSM337204 2 0.4277 0.59027 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM337205 2 0.5250 0.16200 0.000 0.552 0.440 0.008
#> GSM337206 4 0.3123 0.78094 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM337207 4 0.2281 0.82355 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337208 2 0.2179 0.76848 0.000 0.924 0.012 0.064
#> GSM337209 3 0.3895 0.75361 0.000 0.132 0.832 0.036
#> GSM337210 2 0.4477 0.54824 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM337211 2 0.0927 0.77655 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM337212 4 0.4941 0.20375 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM337213 2 0.4454 0.55044 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM337214 4 0.3074 0.78292 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM337215 2 0.4406 0.57187 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM337216 3 0.1022 0.82593 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM337217 2 0.2224 0.77742 0.000 0.928 0.032 0.040
#> GSM337218 4 0.2281 0.82241 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337219 2 0.1557 0.77219 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337220 4 0.2179 0.80738 0.000 0.012 0.064 0.924
#> GSM337221 3 0.2224 0.81086 0.000 0.032 0.928 0.040
#> GSM337222 4 0.2179 0.80738 0.000 0.012 0.064 0.924
#> GSM337223 3 0.4775 0.72628 0.000 0.076 0.784 0.140
#> GSM337224 2 0.4304 0.58957 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM337225 2 0.3688 0.67607 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM337226 2 0.1510 0.77793 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM337227 3 0.3037 0.80183 0.000 0.076 0.888 0.036
#> GSM337228 3 0.2565 0.81210 0.000 0.056 0.912 0.032
#> GSM337229 4 0.2131 0.82364 0.000 0.036 0.032 0.932
#> GSM337230 2 0.2408 0.74921 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM337231 2 0.5199 0.68045 0.000 0.756 0.144 0.100
#> GSM337232 2 0.4522 0.53537 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM337233 2 0.4564 0.52539 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM337234 2 0.5222 0.57732 0.000 0.688 0.032 0.280
#> GSM337235 2 0.4468 0.64185 0.000 0.752 0.232 0.016
#> GSM337236 4 0.6376 0.14837 0.000 0.064 0.432 0.504
#> GSM337237 4 0.1716 0.82679 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM337238 4 0.2101 0.81066 0.000 0.012 0.060 0.928
#> GSM337239 3 0.0817 0.82763 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM337240 2 0.1722 0.77160 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM337241 3 0.3873 0.73496 0.016 0.008 0.832 0.144
#> GSM337242 2 0.5085 0.33434 0.000 0.616 0.376 0.008
#> GSM337243 2 0.4454 0.51335 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM337244 4 0.2036 0.82491 0.000 0.032 0.032 0.936
#> GSM337245 4 0.3307 0.76856 0.000 0.028 0.104 0.868
#> GSM337246 4 0.3196 0.74395 0.000 0.008 0.136 0.856
#> GSM337247 2 0.3219 0.70464 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM337248 2 0.1305 0.77591 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM337249 3 0.2908 0.80552 0.000 0.064 0.896 0.040
#> GSM337250 4 0.2647 0.80950 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM337251 4 0.2480 0.79112 0.000 0.008 0.088 0.904
#> GSM337252 4 0.1867 0.82667 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM337253 2 0.5352 0.30121 0.000 0.596 0.388 0.016
#> GSM337254 2 0.0817 0.77486 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337255 3 0.7561 0.03763 0.000 0.384 0.424 0.192
#> GSM337256 2 0.1118 0.77530 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM337257 4 0.2281 0.82355 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337258 4 0.6195 0.53715 0.000 0.100 0.252 0.648
#> GSM337259 3 0.3873 0.76952 0.000 0.060 0.844 0.096
#> GSM337260 4 0.2281 0.82355 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337261 3 0.2871 0.76652 0.072 0.000 0.896 0.032
#> GSM337262 2 0.2281 0.75444 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337263 2 0.4304 0.58998 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM337264 2 0.1867 0.76536 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337265 3 0.5366 0.53461 0.276 0.000 0.684 0.040
#> GSM337266 3 0.5838 0.08106 0.444 0.000 0.524 0.032
#> GSM337267 4 0.2281 0.82241 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337268 2 0.1474 0.76994 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337269 4 0.2589 0.81336 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM337270 3 0.4630 0.60732 0.000 0.016 0.732 0.252
#> GSM337271 1 0.4459 0.76612 0.780 0.000 0.188 0.032
#> GSM337272 4 0.2814 0.80196 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM337273 4 0.5417 0.24134 0.000 0.016 0.412 0.572
#> GSM337274 4 0.2101 0.80967 0.000 0.012 0.060 0.928
#> GSM337275 2 0.1398 0.77620 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM337276 3 0.1284 0.81988 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM337277 3 0.1118 0.82563 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM337278 4 0.6302 0.32840 0.000 0.368 0.068 0.564
#> GSM337279 4 0.5000 -0.06332 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM337280 2 0.0524 0.77736 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337281 2 0.2760 0.74454 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM337282 2 0.1890 0.77085 0.000 0.936 0.056 0.008
#> GSM337283 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337284 3 0.1557 0.82059 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM337285 3 0.3013 0.75990 0.080 0.000 0.888 0.032
#> GSM337286 3 0.1792 0.81605 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM337287 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337288 2 0.4679 0.42749 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM337289 3 0.0707 0.82758 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM337290 4 0.2281 0.82241 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM337291 2 0.1297 0.77704 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM337292 2 0.1557 0.77219 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337293 2 0.1474 0.77262 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM337294 2 0.4776 0.37542 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM337295 2 0.3764 0.67550 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM337296 4 0.6277 -0.00682 0.000 0.056 0.472 0.472
#> GSM337297 2 0.7619 0.16108 0.000 0.436 0.356 0.208
#> GSM337298 3 0.1118 0.82816 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM337299 2 0.4605 0.51831 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM337300 3 0.4843 0.31011 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM337301 2 0.1557 0.76850 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337302 4 0.1975 0.81691 0.000 0.016 0.048 0.936
#> GSM337303 2 0.1557 0.77179 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337304 2 0.1635 0.77340 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM337305 3 0.4406 0.69515 0.000 0.192 0.780 0.028
#> GSM337306 2 0.5007 0.37430 0.000 0.636 0.356 0.008
#> GSM337307 3 0.0817 0.82763 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM337308 2 0.2101 0.76928 0.000 0.928 0.060 0.012
#> GSM337309 2 0.1867 0.76346 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM337310 2 0.1211 0.77454 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337311 4 0.2216 0.82317 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM337312 3 0.0817 0.82763 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM337313 3 0.3266 0.72251 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM337314 3 0.1118 0.82704 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM337315 1 0.3749 0.84977 0.840 0.000 0.128 0.032
#> GSM337316 3 0.0707 0.82758 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM337317 2 0.4164 0.58306 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM337318 3 0.7033 0.17207 0.000 0.128 0.508 0.364
#> GSM337319 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337320 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337321 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337322 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337323 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337324 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337325 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337326 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337327 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337328 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337329 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337330 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337331 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337332 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337333 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337334 1 0.1767 0.96630 0.944 0.000 0.012 0.044
#> GSM337335 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337336 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337337 1 0.0895 0.97148 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM337338 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337339 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337340 1 0.0592 0.97032 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337341 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337342 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337343 1 0.2197 0.95787 0.928 0.000 0.024 0.048
#> GSM337344 1 0.0000 0.97208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337346 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337347 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337348 1 0.1356 0.96810 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM337349 1 0.0921 0.96994 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337350 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337351 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337352 1 0.0469 0.97095 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337353 1 0.0592 0.97193 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337354 1 0.0469 0.97095 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337355 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337356 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337357 1 0.0000 0.97208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337359 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337360 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337361 1 0.0707 0.96907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337362 1 0.0469 0.97095 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337363 1 0.1356 0.96810 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM337364 1 0.0592 0.97032 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337365 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337366 1 0.0469 0.97095 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337367 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337368 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337369 1 0.0469 0.97112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337370 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337371 1 0.0592 0.97022 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337372 1 0.1488 0.96727 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM337373 1 0.1209 0.96878 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM337374 1 0.0188 0.97189 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337375 1 0.0188 0.97189 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337376 1 0.0336 0.97148 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.1697 0.75689 0.000 0.060 0.008 0.932 0.000
#> GSM337198 5 0.4538 -0.43115 0.000 0.452 0.008 0.000 0.540
#> GSM337199 5 0.6647 -0.47753 0.000 0.384 0.000 0.224 0.392
#> GSM337200 5 0.5959 -0.61011 0.000 0.420 0.000 0.108 0.472
#> GSM337201 4 0.5010 0.61066 0.000 0.248 0.000 0.676 0.076
#> GSM337202 2 0.6150 0.66547 0.000 0.464 0.000 0.132 0.404
#> GSM337203 5 0.5790 0.32912 0.000 0.120 0.268 0.004 0.608
#> GSM337204 2 0.6158 0.65178 0.000 0.452 0.000 0.132 0.416
#> GSM337205 5 0.5711 0.30990 0.000 0.100 0.296 0.004 0.600
#> GSM337206 4 0.5404 0.54806 0.000 0.292 0.000 0.620 0.088
#> GSM337207 4 0.2139 0.77220 0.000 0.052 0.000 0.916 0.032
#> GSM337208 2 0.5083 0.51348 0.000 0.496 0.020 0.008 0.476
#> GSM337209 3 0.5853 0.09575 0.000 0.448 0.476 0.012 0.064
#> GSM337210 2 0.6092 0.68695 0.000 0.504 0.000 0.132 0.364
#> GSM337211 5 0.4434 -0.45411 0.000 0.460 0.004 0.000 0.536
#> GSM337212 4 0.6829 0.02053 0.000 0.344 0.004 0.408 0.244
#> GSM337213 2 0.6236 0.64451 0.000 0.456 0.000 0.144 0.400
#> GSM337214 4 0.4995 0.54053 0.000 0.264 0.000 0.668 0.068
#> GSM337215 5 0.6215 -0.61098 0.000 0.412 0.000 0.140 0.448
#> GSM337216 3 0.2172 0.74359 0.000 0.076 0.908 0.000 0.016
#> GSM337217 5 0.2457 0.46201 0.000 0.076 0.008 0.016 0.900
#> GSM337218 4 0.3346 0.75674 0.000 0.092 0.000 0.844 0.064
#> GSM337219 5 0.1638 0.45331 0.000 0.064 0.004 0.000 0.932
#> GSM337220 4 0.1408 0.76411 0.000 0.044 0.008 0.948 0.000
#> GSM337221 3 0.2982 0.73671 0.000 0.116 0.860 0.020 0.004
#> GSM337222 4 0.1408 0.76289 0.000 0.044 0.008 0.948 0.000
#> GSM337223 3 0.6431 0.55584 0.000 0.332 0.508 0.152 0.008
#> GSM337224 2 0.6021 0.67372 0.000 0.476 0.000 0.116 0.408
#> GSM337225 2 0.5897 0.66206 0.000 0.496 0.004 0.088 0.412
#> GSM337226 5 0.3990 -0.00611 0.000 0.308 0.004 0.000 0.688
#> GSM337227 3 0.5998 0.38703 0.000 0.460 0.460 0.024 0.056
#> GSM337228 3 0.4805 0.67715 0.000 0.268 0.688 0.012 0.032
#> GSM337229 4 0.1365 0.76678 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM337230 2 0.5122 0.55521 0.000 0.496 0.004 0.028 0.472
#> GSM337231 2 0.6345 0.59317 0.000 0.520 0.064 0.044 0.372
#> GSM337232 2 0.6157 0.68549 0.000 0.496 0.000 0.140 0.364
#> GSM337233 2 0.6456 0.40130 0.000 0.428 0.000 0.180 0.392
#> GSM337234 2 0.6333 0.66709 0.000 0.536 0.020 0.108 0.336
#> GSM337235 2 0.6417 0.42366 0.000 0.488 0.160 0.004 0.348
#> GSM337236 4 0.7749 -0.10065 0.000 0.296 0.284 0.364 0.056
#> GSM337237 4 0.0566 0.77924 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM337238 4 0.2193 0.77486 0.000 0.092 0.008 0.900 0.000
#> GSM337239 3 0.1251 0.74055 0.000 0.036 0.956 0.000 0.008
#> GSM337240 5 0.2351 0.46636 0.000 0.088 0.000 0.016 0.896
#> GSM337241 3 0.5981 0.59382 0.000 0.216 0.588 0.196 0.000
#> GSM337242 5 0.5785 0.35110 0.000 0.128 0.252 0.004 0.616
#> GSM337243 5 0.5382 0.28321 0.000 0.120 0.000 0.224 0.656
#> GSM337244 4 0.2854 0.77097 0.000 0.084 0.008 0.880 0.028
#> GSM337245 4 0.4735 0.53867 0.000 0.284 0.044 0.672 0.000
#> GSM337246 4 0.2992 0.69884 0.000 0.064 0.068 0.868 0.000
#> GSM337247 5 0.4547 0.42778 0.000 0.044 0.252 0.000 0.704
#> GSM337248 5 0.1638 0.47886 0.000 0.064 0.000 0.004 0.932
#> GSM337249 3 0.5563 0.59682 0.000 0.348 0.588 0.020 0.044
#> GSM337250 4 0.4221 0.72119 0.000 0.112 0.000 0.780 0.108
#> GSM337251 4 0.2409 0.73283 0.000 0.068 0.032 0.900 0.000
#> GSM337252 4 0.0510 0.78023 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337253 5 0.5793 0.36224 0.000 0.240 0.136 0.004 0.620
#> GSM337254 5 0.3508 0.15684 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM337255 2 0.8370 0.10116 0.000 0.348 0.268 0.156 0.228
#> GSM337256 5 0.3756 0.16315 0.000 0.248 0.008 0.000 0.744
#> GSM337257 4 0.1836 0.77748 0.000 0.036 0.000 0.932 0.032
#> GSM337258 4 0.7379 -0.02620 0.000 0.400 0.104 0.404 0.092
#> GSM337259 3 0.5940 0.60323 0.000 0.348 0.544 0.104 0.004
#> GSM337260 4 0.2522 0.76717 0.000 0.052 0.000 0.896 0.052
#> GSM337261 3 0.2522 0.73666 0.012 0.108 0.880 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.4799 0.44702 0.000 0.120 0.108 0.016 0.756
#> GSM337263 5 0.6191 -0.62797 0.000 0.424 0.000 0.136 0.440
#> GSM337264 5 0.2522 0.42436 0.000 0.108 0.012 0.000 0.880
#> GSM337265 3 0.5537 0.59040 0.160 0.192 0.648 0.000 0.000
#> GSM337266 3 0.5618 0.53695 0.224 0.144 0.632 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.3304 0.76306 0.000 0.092 0.004 0.852 0.052
#> GSM337268 5 0.3812 0.27821 0.000 0.204 0.000 0.024 0.772
#> GSM337269 4 0.3682 0.74595 0.000 0.108 0.000 0.820 0.072
#> GSM337270 3 0.6543 0.48724 0.000 0.144 0.552 0.280 0.024
#> GSM337271 1 0.6392 0.14813 0.484 0.184 0.332 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.4528 0.67695 0.000 0.144 0.000 0.752 0.104
#> GSM337273 4 0.6683 0.33840 0.000 0.164 0.244 0.560 0.032
#> GSM337274 4 0.1740 0.75874 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> GSM337275 5 0.0703 0.46669 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM337276 3 0.2408 0.74544 0.000 0.096 0.892 0.008 0.004
#> GSM337277 3 0.2813 0.69633 0.000 0.040 0.876 0.000 0.084
#> GSM337278 4 0.7920 0.14051 0.000 0.220 0.084 0.368 0.328
#> GSM337279 5 0.6149 0.06415 0.000 0.120 0.004 0.372 0.504
#> GSM337280 5 0.2891 0.33662 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM337281 5 0.2972 0.44100 0.000 0.084 0.004 0.040 0.872
#> GSM337282 5 0.2813 0.47427 0.000 0.064 0.048 0.004 0.884
#> GSM337283 1 0.1638 0.92322 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.3193 0.66550 0.000 0.028 0.840 0.000 0.132
#> GSM337285 3 0.3550 0.71067 0.020 0.184 0.796 0.000 0.000
#> GSM337286 3 0.4934 0.58052 0.000 0.104 0.708 0.000 0.188
#> GSM337287 1 0.1638 0.92236 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> GSM337288 5 0.5145 0.32265 0.000 0.056 0.332 0.000 0.612
#> GSM337289 3 0.2006 0.74421 0.000 0.072 0.916 0.000 0.012
#> GSM337290 4 0.3269 0.75847 0.000 0.096 0.000 0.848 0.056
#> GSM337291 5 0.2332 0.47304 0.000 0.076 0.004 0.016 0.904
#> GSM337292 5 0.1952 0.43900 0.000 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM337293 5 0.1018 0.47907 0.000 0.016 0.016 0.000 0.968
#> GSM337294 5 0.4987 0.32698 0.000 0.044 0.340 0.000 0.616
#> GSM337295 5 0.6047 -0.53366 0.000 0.376 0.000 0.124 0.500
#> GSM337296 3 0.7561 0.33264 0.000 0.272 0.428 0.248 0.052
#> GSM337297 2 0.6732 0.49529 0.000 0.584 0.120 0.064 0.232
#> GSM337298 3 0.2408 0.73196 0.000 0.092 0.892 0.000 0.016
#> GSM337299 5 0.6628 -0.34356 0.000 0.372 0.000 0.220 0.408
#> GSM337300 5 0.5344 0.08154 0.000 0.052 0.448 0.000 0.500
#> GSM337301 5 0.3760 0.24786 0.000 0.188 0.000 0.028 0.784
#> GSM337302 4 0.1285 0.76793 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004
#> GSM337303 5 0.1764 0.48025 0.000 0.064 0.008 0.000 0.928
#> GSM337304 5 0.4586 -0.44178 0.000 0.468 0.004 0.004 0.524
#> GSM337305 3 0.5887 0.59399 0.000 0.136 0.676 0.040 0.148
#> GSM337306 5 0.5593 0.38948 0.000 0.116 0.240 0.004 0.640
#> GSM337307 3 0.0992 0.74064 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM337308 5 0.3730 0.46814 0.000 0.136 0.028 0.016 0.820
#> GSM337309 5 0.4425 -0.26848 0.000 0.392 0.000 0.008 0.600
#> GSM337310 5 0.4252 -0.08488 0.000 0.340 0.008 0.000 0.652
#> GSM337311 4 0.1753 0.77773 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032
#> GSM337312 3 0.2304 0.74571 0.000 0.100 0.892 0.000 0.008
#> GSM337313 3 0.4982 0.14533 0.000 0.032 0.556 0.000 0.412
#> GSM337314 3 0.2012 0.72933 0.000 0.020 0.920 0.000 0.060
#> GSM337315 1 0.5652 0.35398 0.564 0.092 0.344 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.2136 0.74441 0.000 0.088 0.904 0.000 0.008
#> GSM337317 5 0.4914 0.40460 0.000 0.092 0.204 0.000 0.704
#> GSM337318 3 0.7689 0.40765 0.000 0.220 0.480 0.200 0.100
#> GSM337319 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.1908 0.90837 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.1792 0.91137 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.1965 0.90701 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.1908 0.90837 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0290 0.92614 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2877 0.91094 0.848 0.144 0.004 0.004 0.000
#> GSM337335 1 0.1792 0.91137 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.2124 0.90663 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> GSM337337 1 0.2548 0.91310 0.876 0.116 0.004 0.004 0.000
#> GSM337338 1 0.1792 0.91137 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.2124 0.90663 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> GSM337340 1 0.2124 0.90663 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> GSM337341 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.5046 0.71541 0.660 0.292 0.020 0.028 0.000
#> GSM337344 1 0.0290 0.92739 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.1792 0.91137 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0290 0.92614 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.1270 0.92538 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.1792 0.91137 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0290 0.92614 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.1270 0.92022 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.1197 0.92581 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0963 0.92323 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1965 0.90701 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0162 0.92661 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0162 0.92679 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.2124 0.90663 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> GSM337360 1 0.0290 0.92614 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.2124 0.90663 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> GSM337362 1 0.1478 0.91752 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.1410 0.92446 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.2170 0.91001 0.904 0.088 0.004 0.004 0.000
#> GSM337365 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.1410 0.91841 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1704 0.92351 0.928 0.068 0.004 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.2068 0.90822 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> GSM337370 1 0.0794 0.92439 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.1671 0.91402 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.1571 0.92387 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.1410 0.92446 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0162 0.92661 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0404 0.92729 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0290 0.92614 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.3120 0.6241 0.000 0.028 0.008 0.832 0.000 0.132
#> GSM337198 2 0.3184 0.6329 0.000 0.832 0.004 0.004 0.128 0.032
#> GSM337199 2 0.6323 0.4102 0.000 0.568 0.000 0.216 0.104 0.112
#> GSM337200 2 0.3610 0.6376 0.000 0.824 0.000 0.052 0.088 0.036
#> GSM337201 4 0.6219 0.3857 0.000 0.296 0.000 0.532 0.068 0.104
#> GSM337202 2 0.3301 0.6361 0.000 0.848 0.000 0.056 0.056 0.040
#> GSM337203 5 0.4223 0.5963 0.000 0.020 0.072 0.012 0.784 0.112
#> GSM337204 2 0.3219 0.6373 0.000 0.852 0.000 0.060 0.056 0.032
#> GSM337205 5 0.3651 0.6372 0.000 0.004 0.100 0.012 0.816 0.068
#> GSM337206 4 0.6837 0.2559 0.000 0.324 0.000 0.440 0.092 0.144
#> GSM337207 4 0.1820 0.7122 0.000 0.056 0.000 0.924 0.008 0.012
#> GSM337208 2 0.2791 0.6210 0.000 0.872 0.004 0.004 0.052 0.068
#> GSM337209 2 0.6532 0.0566 0.000 0.508 0.296 0.004 0.072 0.120
#> GSM337210 2 0.2186 0.6410 0.000 0.908 0.000 0.056 0.024 0.012
#> GSM337211 2 0.2586 0.6431 0.000 0.876 0.004 0.004 0.096 0.020
#> GSM337212 2 0.7401 0.0196 0.000 0.360 0.000 0.300 0.200 0.140
#> GSM337213 2 0.3455 0.6298 0.000 0.836 0.000 0.076 0.052 0.036
#> GSM337214 4 0.6112 0.2231 0.000 0.372 0.000 0.476 0.040 0.112
#> GSM337215 2 0.3742 0.6294 0.000 0.816 0.000 0.068 0.080 0.036
#> GSM337216 3 0.1245 0.5659 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM337217 5 0.4359 0.6203 0.000 0.212 0.000 0.024 0.724 0.040
#> GSM337218 4 0.3514 0.6911 0.000 0.040 0.000 0.832 0.048 0.080
#> GSM337219 5 0.3648 0.6506 0.000 0.188 0.012 0.000 0.776 0.024
#> GSM337220 4 0.3561 0.6222 0.000 0.028 0.008 0.816 0.016 0.132
#> GSM337221 3 0.4727 0.3661 0.000 0.044 0.716 0.004 0.040 0.196
#> GSM337222 4 0.2686 0.6520 0.000 0.024 0.008 0.868 0.000 0.100
#> GSM337223 6 0.7701 0.5000 0.000 0.216 0.300 0.100 0.024 0.360
#> GSM337224 2 0.3696 0.6325 0.000 0.820 0.000 0.048 0.048 0.084
#> GSM337225 2 0.3063 0.6203 0.000 0.860 0.004 0.016 0.040 0.080
#> GSM337226 2 0.4602 0.3889 0.000 0.628 0.004 0.000 0.320 0.048
#> GSM337227 2 0.6235 -0.2407 0.000 0.456 0.316 0.000 0.016 0.212
#> GSM337228 3 0.5642 0.1245 0.000 0.180 0.604 0.000 0.020 0.196
#> GSM337229 4 0.2505 0.6603 0.000 0.020 0.008 0.880 0.000 0.092
#> GSM337230 2 0.3018 0.6191 0.000 0.856 0.004 0.004 0.056 0.080
#> GSM337231 2 0.4512 0.4937 0.000 0.760 0.020 0.032 0.040 0.148
#> GSM337232 2 0.2879 0.6229 0.000 0.864 0.000 0.056 0.008 0.072
#> GSM337233 2 0.6899 0.3354 0.000 0.504 0.000 0.148 0.184 0.164
#> GSM337234 2 0.3404 0.5377 0.000 0.824 0.008 0.016 0.020 0.132
#> GSM337235 2 0.5178 0.4745 0.000 0.688 0.048 0.000 0.096 0.168
#> GSM337236 6 0.8305 0.6336 0.000 0.244 0.156 0.224 0.052 0.324
#> GSM337237 4 0.0551 0.7074 0.000 0.004 0.000 0.984 0.004 0.008
#> GSM337238 4 0.4005 0.6559 0.000 0.012 0.008 0.780 0.048 0.152
#> GSM337239 3 0.2582 0.5387 0.000 0.020 0.888 0.000 0.032 0.060
#> GSM337240 5 0.4185 0.5805 0.000 0.168 0.000 0.012 0.752 0.068
#> GSM337241 3 0.5504 0.1966 0.000 0.016 0.608 0.112 0.004 0.260
#> GSM337242 5 0.4296 0.5852 0.000 0.020 0.068 0.012 0.776 0.124
#> GSM337243 5 0.6752 0.3228 0.000 0.144 0.000 0.264 0.492 0.100
#> GSM337244 4 0.3237 0.6766 0.000 0.008 0.000 0.836 0.056 0.100
#> GSM337245 4 0.6281 -0.1769 0.000 0.228 0.012 0.496 0.008 0.256
#> GSM337246 4 0.3791 0.5960 0.000 0.020 0.036 0.804 0.008 0.132
#> GSM337247 5 0.4128 0.6671 0.000 0.064 0.148 0.000 0.768 0.020
#> GSM337248 5 0.2199 0.6888 0.000 0.088 0.000 0.000 0.892 0.020
#> GSM337249 3 0.5960 -0.1130 0.000 0.252 0.524 0.000 0.012 0.212
#> GSM337250 4 0.4682 0.6433 0.000 0.068 0.000 0.748 0.088 0.096
#> GSM337251 4 0.3335 0.6207 0.000 0.024 0.008 0.824 0.008 0.136
#> GSM337252 4 0.0436 0.7084 0.000 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004
#> GSM337253 5 0.6153 0.5303 0.000 0.252 0.048 0.012 0.580 0.108
#> GSM337254 2 0.4333 0.2896 0.000 0.596 0.000 0.000 0.376 0.028
#> GSM337255 2 0.7638 -0.4397 0.000 0.416 0.120 0.076 0.072 0.316
#> GSM337256 2 0.4195 0.1710 0.000 0.548 0.004 0.000 0.440 0.008
#> GSM337257 4 0.1251 0.7147 0.000 0.024 0.000 0.956 0.008 0.012
#> GSM337258 2 0.6899 -0.2382 0.000 0.468 0.044 0.204 0.016 0.268
#> GSM337259 3 0.6598 -0.1597 0.000 0.156 0.512 0.064 0.004 0.264
#> GSM337260 4 0.2945 0.6977 0.000 0.072 0.000 0.864 0.016 0.048
#> GSM337261 3 0.1390 0.5619 0.016 0.000 0.948 0.000 0.004 0.032
#> GSM337262 5 0.3245 0.6561 0.000 0.024 0.020 0.004 0.840 0.112
#> GSM337263 2 0.3780 0.6276 0.000 0.816 0.000 0.068 0.068 0.048
#> GSM337264 5 0.4568 0.4577 0.000 0.344 0.004 0.000 0.612 0.040
#> GSM337265 3 0.5042 0.4094 0.136 0.000 0.648 0.000 0.004 0.212
#> GSM337266 3 0.4286 0.4468 0.164 0.000 0.728 0.000 0.000 0.108
#> GSM337267 4 0.2853 0.6967 0.000 0.012 0.000 0.868 0.048 0.072
#> GSM337268 5 0.6309 0.0280 0.000 0.372 0.000 0.064 0.464 0.100
#> GSM337269 4 0.4489 0.6504 0.000 0.096 0.000 0.760 0.048 0.096
#> GSM337270 3 0.7253 -0.2375 0.000 0.024 0.452 0.216 0.064 0.244
#> GSM337271 3 0.5877 0.2505 0.300 0.000 0.496 0.000 0.004 0.200
#> GSM337272 4 0.5468 0.5570 0.000 0.180 0.000 0.660 0.056 0.104
#> GSM337273 4 0.7361 -0.0637 0.000 0.048 0.096 0.468 0.104 0.284
#> GSM337274 4 0.3415 0.6144 0.000 0.024 0.004 0.820 0.016 0.136
#> GSM337275 5 0.2692 0.6676 0.000 0.148 0.000 0.000 0.840 0.012
#> GSM337276 3 0.2795 0.5442 0.000 0.004 0.864 0.004 0.028 0.100
#> GSM337277 3 0.3601 0.4791 0.000 0.008 0.792 0.000 0.160 0.040
#> GSM337278 5 0.7803 -0.0366 0.000 0.136 0.020 0.272 0.364 0.208
#> GSM337279 5 0.6602 0.1773 0.000 0.064 0.000 0.308 0.472 0.156
#> GSM337280 5 0.4338 0.1081 0.000 0.484 0.000 0.000 0.496 0.020
#> GSM337281 5 0.4925 0.5966 0.000 0.228 0.000 0.048 0.680 0.044
#> GSM337282 5 0.3951 0.6646 0.000 0.168 0.008 0.012 0.776 0.036
#> GSM337283 1 0.1333 0.8773 0.944 0.000 0.008 0.000 0.000 0.048
#> GSM337284 3 0.4933 0.3333 0.000 0.008 0.636 0.000 0.276 0.080
#> GSM337285 3 0.3647 0.5026 0.052 0.000 0.788 0.000 0.004 0.156
#> GSM337286 3 0.5721 0.1526 0.000 0.008 0.460 0.000 0.404 0.128
#> GSM337287 1 0.1895 0.8408 0.912 0.000 0.016 0.000 0.000 0.072
#> GSM337288 5 0.3671 0.6519 0.000 0.028 0.144 0.000 0.800 0.028
#> GSM337289 3 0.1575 0.5672 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> GSM337290 4 0.3514 0.6911 0.000 0.040 0.000 0.832 0.048 0.080
#> GSM337291 5 0.2476 0.6833 0.000 0.072 0.000 0.008 0.888 0.032
#> GSM337292 5 0.3342 0.6207 0.000 0.228 0.000 0.000 0.760 0.012
#> GSM337293 5 0.2877 0.6874 0.000 0.124 0.008 0.000 0.848 0.020
#> GSM337294 5 0.4356 0.5912 0.000 0.032 0.232 0.000 0.712 0.024
#> GSM337295 2 0.5280 0.5661 0.000 0.680 0.000 0.080 0.176 0.064
#> GSM337296 6 0.8349 0.5054 0.000 0.100 0.220 0.140 0.156 0.384
#> GSM337297 2 0.5179 0.3697 0.000 0.700 0.048 0.040 0.024 0.188
#> GSM337298 3 0.4449 0.4266 0.000 0.040 0.748 0.000 0.056 0.156
#> GSM337299 2 0.7251 0.2559 0.000 0.436 0.000 0.208 0.204 0.152
#> GSM337300 5 0.4753 0.5047 0.000 0.016 0.288 0.000 0.648 0.048
#> GSM337301 2 0.5895 0.1366 0.000 0.480 0.000 0.064 0.400 0.056
#> GSM337302 4 0.2274 0.6681 0.000 0.012 0.008 0.892 0.000 0.088
#> GSM337303 5 0.2917 0.6802 0.000 0.136 0.008 0.000 0.840 0.016
#> GSM337304 2 0.4028 0.5945 0.000 0.776 0.004 0.004 0.108 0.108
#> GSM337305 3 0.6796 0.0712 0.000 0.036 0.492 0.020 0.244 0.208
#> GSM337306 5 0.3236 0.6474 0.000 0.008 0.068 0.012 0.852 0.060
#> GSM337307 3 0.1788 0.5552 0.000 0.004 0.928 0.000 0.028 0.040
#> GSM337308 5 0.2663 0.6830 0.000 0.032 0.004 0.012 0.884 0.068
#> GSM337309 2 0.4108 0.5711 0.000 0.748 0.000 0.008 0.184 0.060
#> GSM337310 2 0.4562 0.4119 0.000 0.648 0.004 0.000 0.296 0.052
#> GSM337311 4 0.2147 0.7115 0.000 0.044 0.000 0.912 0.012 0.032
#> GSM337312 3 0.1649 0.5565 0.000 0.016 0.936 0.000 0.008 0.040
#> GSM337313 5 0.4890 0.3961 0.000 0.008 0.360 0.000 0.580 0.052
#> GSM337314 3 0.3168 0.5090 0.000 0.004 0.820 0.000 0.148 0.028
#> GSM337315 3 0.5400 0.1964 0.404 0.004 0.492 0.000 0.000 0.100
#> GSM337316 3 0.0993 0.5638 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM337317 5 0.5324 0.6273 0.000 0.156 0.156 0.000 0.660 0.028
#> GSM337318 3 0.8341 -0.3818 0.000 0.084 0.316 0.112 0.192 0.296
#> GSM337319 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.2941 0.8619 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM337321 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.2854 0.8671 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337323 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.3468 0.8275 0.712 0.004 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM337328 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.2941 0.8619 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM337331 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.1858 0.8944 0.904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM337334 1 0.3293 0.8333 0.788 0.004 0.008 0.000 0.004 0.196
#> GSM337335 1 0.2854 0.8671 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337336 1 0.3733 0.8181 0.700 0.000 0.008 0.000 0.004 0.288
#> GSM337337 1 0.3332 0.8399 0.772 0.004 0.004 0.000 0.004 0.216
#> GSM337338 1 0.2854 0.8671 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337339 1 0.3468 0.8257 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284
#> GSM337340 1 0.3713 0.8200 0.704 0.000 0.008 0.000 0.004 0.284
#> GSM337341 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.6111 0.2566 0.468 0.004 0.116 0.020 0.004 0.388
#> GSM337344 1 0.0865 0.8976 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337345 1 0.2854 0.8671 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337346 1 0.1858 0.8944 0.904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM337347 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.2854 0.8671 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337351 1 0.1714 0.8947 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM337352 1 0.2632 0.8813 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM337353 1 0.0405 0.8956 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337354 1 0.2442 0.8861 0.852 0.004 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM337355 1 0.3351 0.8267 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM337356 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.1531 0.8976 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337358 1 0.1610 0.8960 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM337359 1 0.3733 0.8181 0.700 0.000 0.008 0.000 0.004 0.288
#> GSM337360 1 0.1806 0.8951 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM337361 1 0.3586 0.8265 0.712 0.004 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM337362 1 0.2632 0.8815 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM337363 1 0.0146 0.8945 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.3360 0.8359 0.732 0.000 0.000 0.000 0.004 0.264
#> GSM337365 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.2632 0.8814 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM337367 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1588 0.8735 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337369 1 0.3699 0.8301 0.728 0.004 0.008 0.000 0.004 0.256
#> GSM337370 1 0.2320 0.8888 0.864 0.004 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM337371 1 0.2697 0.8748 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM337372 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.8945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.1531 0.8975 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337375 1 0.1411 0.8979 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM337376 1 0.1858 0.8944 0.904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:kmeans 179 8.37e-14 1.52e-32 2
#> MAD:kmeans 162 4.31e-14 2.02e-31 3
#> MAD:kmeans 162 2.31e-13 2.45e-31 4
#> MAD:kmeans 120 1.41e-15 3.72e-28 5
#> MAD:kmeans 135 4.52e-12 5.11e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.4866 0.515 0.515
#> 3 3 0.787 0.885 0.927 0.3504 0.810 0.636
#> 4 4 0.788 0.743 0.884 0.0980 0.824 0.557
#> 5 5 0.787 0.749 0.868 0.0635 0.912 0.706
#> 6 6 0.785 0.630 0.800 0.0316 0.967 0.862
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337216 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337227 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337228 1 0.7815 0.696 0.768 0.232
#> GSM337229 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.8763 0.584 0.296 0.704
#> GSM337240 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337241 1 0.0672 0.986 0.992 0.008
#> GSM337242 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337259 1 0.7139 0.754 0.804 0.196
#> GSM337260 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337261 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337262 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337265 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337267 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337271 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.6531 0.796 0.168 0.832
#> GSM337277 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337285 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337286 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337288 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.9552 0.407 0.376 0.624
#> GSM337299 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.8443 0.630 0.272 0.728
#> GSM337308 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337312 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337316 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> GSM337317 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 3 0.1289 0.8878 0.000 0.032 0.968
#> GSM337199 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337200 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337201 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337202 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337203 3 0.1964 0.8696 0.000 0.056 0.944
#> GSM337204 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337205 3 0.0237 0.8894 0.000 0.004 0.996
#> GSM337206 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337207 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337208 2 0.4346 0.8646 0.000 0.816 0.184
#> GSM337209 3 0.6267 0.0133 0.000 0.452 0.548
#> GSM337210 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337211 3 0.5291 0.5692 0.000 0.268 0.732
#> GSM337212 2 0.4235 0.8718 0.000 0.824 0.176
#> GSM337213 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337214 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337215 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337216 3 0.3482 0.7903 0.128 0.000 0.872
#> GSM337217 2 0.6204 0.4367 0.000 0.576 0.424
#> GSM337218 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337219 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337220 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337221 2 0.6180 0.0937 0.000 0.584 0.416
#> GSM337222 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.1163 0.8543 0.000 0.972 0.028
#> GSM337224 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337225 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337226 3 0.5621 0.4798 0.000 0.308 0.692
#> GSM337227 1 0.3769 0.8503 0.880 0.104 0.016
#> GSM337228 3 0.7699 0.6464 0.212 0.116 0.672
#> GSM337229 2 0.0237 0.8739 0.000 0.996 0.004
#> GSM337230 2 0.3752 0.8993 0.000 0.856 0.144
#> GSM337231 2 0.3686 0.8759 0.000 0.860 0.140
#> GSM337232 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337233 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337234 2 0.3412 0.9093 0.000 0.876 0.124
#> GSM337235 3 0.1031 0.8915 0.000 0.024 0.976
#> GSM337236 2 0.1163 0.8543 0.000 0.972 0.028
#> GSM337237 2 0.0424 0.8758 0.000 0.992 0.008
#> GSM337238 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.3267 0.8330 0.000 0.116 0.884
#> GSM337240 3 0.1289 0.8874 0.000 0.032 0.968
#> GSM337241 1 0.6307 0.5565 0.660 0.328 0.012
#> GSM337242 3 0.2066 0.8677 0.000 0.060 0.940
#> GSM337243 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337244 2 0.0237 0.8739 0.000 0.996 0.004
#> GSM337245 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337246 2 0.0592 0.8640 0.000 0.988 0.012
#> GSM337247 3 0.0592 0.8918 0.000 0.012 0.988
#> GSM337248 3 0.1289 0.8874 0.000 0.032 0.968
#> GSM337249 2 0.5465 0.4948 0.000 0.712 0.288
#> GSM337250 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337251 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 2 0.0237 0.8739 0.000 0.996 0.004
#> GSM337253 3 0.6235 0.0282 0.000 0.436 0.564
#> GSM337254 3 0.2537 0.8505 0.000 0.080 0.920
#> GSM337255 2 0.1643 0.8495 0.000 0.956 0.044
#> GSM337256 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337257 2 0.3192 0.9095 0.000 0.888 0.112
#> GSM337258 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000
#> GSM337259 1 0.5968 0.4812 0.636 0.364 0.000
#> GSM337260 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337261 1 0.0747 0.9712 0.984 0.000 0.016
#> GSM337262 3 0.0747 0.8915 0.000 0.016 0.984
#> GSM337263 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337264 3 0.0592 0.8918 0.000 0.012 0.988
#> GSM337265 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337267 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337268 2 0.4002 0.8875 0.000 0.840 0.160
#> GSM337269 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337270 2 0.5327 0.5376 0.000 0.728 0.272
#> GSM337271 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337272 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337273 2 0.1860 0.8438 0.000 0.948 0.052
#> GSM337274 2 0.0237 0.8739 0.000 0.996 0.004
#> GSM337275 3 0.1289 0.8874 0.000 0.032 0.968
#> GSM337276 3 0.3482 0.8263 0.000 0.128 0.872
#> GSM337277 3 0.0592 0.8876 0.000 0.012 0.988
#> GSM337278 2 0.6235 0.4173 0.000 0.564 0.436
#> GSM337279 2 0.3340 0.9101 0.000 0.880 0.120
#> GSM337280 3 0.1411 0.8852 0.000 0.036 0.964
#> GSM337281 2 0.3551 0.9070 0.000 0.868 0.132
#> GSM337282 3 0.3412 0.8000 0.000 0.124 0.876
#> GSM337283 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.2356 0.8609 0.000 0.072 0.928
#> GSM337285 1 0.0592 0.9746 0.988 0.000 0.012
#> GSM337286 3 0.3412 0.8291 0.000 0.124 0.876
#> GSM337287 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337288 3 0.0592 0.8918 0.000 0.012 0.988
#> GSM337289 3 0.3482 0.8263 0.000 0.128 0.872
#> GSM337290 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337291 3 0.2165 0.8643 0.000 0.064 0.936
#> GSM337292 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337293 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337294 3 0.0592 0.8918 0.000 0.012 0.988
#> GSM337295 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337296 2 0.1163 0.8543 0.000 0.972 0.028
#> GSM337297 2 0.1643 0.8889 0.000 0.956 0.044
#> GSM337298 3 0.0424 0.8887 0.000 0.008 0.992
#> GSM337299 2 0.3412 0.9098 0.000 0.876 0.124
#> GSM337300 3 0.0000 0.8898 0.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.3686 0.9019 0.000 0.860 0.140
#> GSM337302 2 0.0237 0.8739 0.000 0.996 0.004
#> GSM337303 3 0.0592 0.8918 0.000 0.012 0.988
#> GSM337304 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337305 3 0.3482 0.8263 0.000 0.128 0.872
#> GSM337306 3 0.0000 0.8898 0.000 0.000 1.000
#> GSM337307 3 0.3267 0.8330 0.000 0.116 0.884
#> GSM337308 3 0.0747 0.8915 0.000 0.016 0.984
#> GSM337309 2 0.3482 0.9086 0.000 0.872 0.128
#> GSM337310 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337311 2 0.3267 0.9101 0.000 0.884 0.116
#> GSM337312 1 0.3851 0.8347 0.860 0.004 0.136
#> GSM337313 3 0.0000 0.8898 0.000 0.000 1.000
#> GSM337314 3 0.3267 0.8330 0.000 0.116 0.884
#> GSM337315 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.8470 0.3959 0.344 0.104 0.552
#> GSM337317 3 0.1163 0.8891 0.000 0.028 0.972
#> GSM337318 2 0.1643 0.8475 0.000 0.956 0.044
#> GSM337319 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9850 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.7102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 2 0.4888 0.4558 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM337200 2 0.4761 0.5078 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM337201 4 0.3801 0.5971 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM337202 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337203 2 0.4313 0.3690 0.000 0.736 0.260 0.004
#> GSM337204 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337205 2 0.4193 0.3571 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM337206 4 0.3726 0.6100 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM337207 4 0.0707 0.8054 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM337208 2 0.4624 0.5417 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM337209 4 0.7832 0.0344 0.000 0.260 0.360 0.380
#> GSM337210 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337211 2 0.0336 0.7120 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337212 4 0.4914 0.3937 0.000 0.312 0.012 0.676
#> GSM337213 2 0.4898 0.4463 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM337214 4 0.2868 0.7125 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM337215 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337216 3 0.0000 0.8321 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337217 2 0.2048 0.7013 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM337218 4 0.1302 0.7976 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM337219 2 0.0592 0.7056 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337220 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337221 3 0.2345 0.7686 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM337222 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337223 4 0.3626 0.6729 0.000 0.004 0.184 0.812
#> GSM337224 2 0.4972 0.3626 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM337225 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337226 2 0.0592 0.7129 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337227 1 0.6024 0.6583 0.744 0.092 0.048 0.116
#> GSM337228 3 0.3649 0.6796 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM337229 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.4817 0.4884 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM337231 2 0.4961 0.3881 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM337232 2 0.4961 0.3793 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM337233 2 0.4948 0.3974 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM337234 2 0.4948 0.4026 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM337235 2 0.4890 0.6562 0.000 0.776 0.080 0.144
#> GSM337236 4 0.3448 0.6912 0.000 0.004 0.168 0.828
#> GSM337237 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337238 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337239 3 0.0000 0.8321 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337240 2 0.0657 0.7076 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM337241 4 0.5268 0.1180 0.008 0.000 0.452 0.540
#> GSM337242 2 0.4053 0.4360 0.000 0.768 0.228 0.004
#> GSM337243 2 0.4072 0.5206 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM337244 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337245 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337246 4 0.1867 0.7767 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM337247 2 0.4331 0.3308 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM337248 2 0.0592 0.7056 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337249 3 0.5596 0.5966 0.000 0.236 0.696 0.068
#> GSM337250 4 0.4164 0.5460 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM337251 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.1059 0.7091 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM337254 2 0.0000 0.7102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 4 0.6634 0.3498 0.000 0.292 0.116 0.592
#> GSM337256 2 0.0000 0.7102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337258 4 0.0336 0.8095 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337259 4 0.7983 0.0705 0.272 0.008 0.272 0.448
#> GSM337260 4 0.1940 0.7697 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM337261 3 0.1022 0.8163 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM337262 2 0.2011 0.6580 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM337263 2 0.4866 0.4665 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM337264 2 0.0336 0.7080 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337265 1 0.1940 0.9096 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM337266 1 0.4925 0.2616 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM337267 4 0.0921 0.8012 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM337268 2 0.0188 0.7113 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337269 4 0.2149 0.7589 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM337270 4 0.4992 0.0822 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM337271 1 0.1940 0.9095 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM337272 4 0.4304 0.4705 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM337273 4 0.2814 0.7257 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM337274 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0188 0.7094 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337276 3 0.0188 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337277 3 0.4072 0.6789 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM337278 4 0.4327 0.6152 0.000 0.216 0.016 0.768
#> GSM337279 2 0.4898 0.4201 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM337280 2 0.0000 0.7102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 2 0.2530 0.7086 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM337282 2 0.0336 0.7080 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.1940 0.8196 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337285 3 0.3942 0.6026 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM337286 3 0.0921 0.8317 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM337287 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 2 0.5000 -0.3109 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM337289 3 0.0000 0.8321 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0921 0.8012 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM337291 2 0.0592 0.7056 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337292 2 0.0336 0.7080 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337293 2 0.0592 0.7056 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337294 3 0.4996 0.3184 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM337295 2 0.4830 0.4831 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM337296 4 0.3400 0.6769 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM337297 4 0.4985 -0.2010 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM337298 3 0.2149 0.8128 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM337299 2 0.5080 0.4407 0.000 0.576 0.004 0.420
#> GSM337300 3 0.4955 0.4057 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM337301 2 0.2149 0.7118 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM337302 4 0.0000 0.8113 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0592 0.7056 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337304 2 0.3837 0.6411 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM337305 3 0.3443 0.7484 0.000 0.136 0.848 0.016
#> GSM337306 2 0.3494 0.5320 0.000 0.824 0.172 0.004
#> GSM337307 3 0.0000 0.8321 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337308 2 0.0895 0.7032 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM337309 2 0.3444 0.6671 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM337310 2 0.0000 0.7102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0188 0.8104 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM337312 3 0.0707 0.8236 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM337313 3 0.4916 0.4454 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM337314 3 0.0592 0.8313 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM337315 1 0.0817 0.9636 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337316 3 0.0188 0.8309 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337317 2 0.2868 0.5889 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM337318 4 0.4059 0.6622 0.000 0.012 0.200 0.788
#> GSM337319 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.0000 0.7720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 2 0.2732 0.7595 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM337199 2 0.5856 0.5504 0.000 0.604 0.000 0.224 0.172
#> GSM337200 2 0.3152 0.7835 0.000 0.840 0.000 0.024 0.136
#> GSM337201 4 0.5691 0.2441 0.000 0.400 0.000 0.516 0.084
#> GSM337202 2 0.2932 0.7895 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM337203 5 0.1282 0.7706 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM337204 2 0.2740 0.7908 0.000 0.876 0.000 0.028 0.096
#> GSM337205 5 0.1357 0.7689 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM337206 4 0.5952 0.1831 0.000 0.412 0.000 0.480 0.108
#> GSM337207 4 0.3642 0.6541 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008
#> GSM337208 2 0.1205 0.7856 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM337209 2 0.5406 0.5660 0.000 0.672 0.248 0.036 0.044
#> GSM337210 2 0.1661 0.7871 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024
#> GSM337211 2 0.1732 0.7861 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM337212 2 0.6599 0.1430 0.000 0.436 0.000 0.344 0.220
#> GSM337213 2 0.4016 0.7469 0.000 0.796 0.000 0.112 0.092
#> GSM337214 4 0.5065 0.2613 0.000 0.420 0.000 0.544 0.036
#> GSM337215 2 0.3543 0.7826 0.000 0.828 0.000 0.060 0.112
#> GSM337216 3 0.0510 0.7628 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337217 5 0.3051 0.7482 0.000 0.076 0.000 0.060 0.864
#> GSM337218 4 0.3180 0.7602 0.000 0.068 0.000 0.856 0.076
#> GSM337219 5 0.1965 0.7664 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM337220 4 0.0162 0.7715 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337221 3 0.4970 0.6602 0.000 0.116 0.736 0.136 0.012
#> GSM337222 4 0.0000 0.7720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 4 0.4820 0.5710 0.000 0.236 0.068 0.696 0.000
#> GSM337224 2 0.4010 0.7472 0.000 0.796 0.000 0.116 0.088
#> GSM337225 2 0.1195 0.7856 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM337226 2 0.4219 0.4200 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM337227 2 0.3634 0.6009 0.088 0.832 0.076 0.004 0.000
#> GSM337228 3 0.4045 0.5380 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.0000 0.7720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 2 0.0609 0.7784 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337231 2 0.0451 0.7708 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM337232 2 0.2260 0.7823 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> GSM337233 2 0.5137 0.6679 0.000 0.676 0.000 0.096 0.228
#> GSM337234 2 0.0324 0.7683 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM337235 2 0.3011 0.7617 0.000 0.844 0.016 0.000 0.140
#> GSM337236 4 0.4311 0.6936 0.000 0.116 0.036 0.800 0.048
#> GSM337237 4 0.0451 0.7737 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337238 4 0.1205 0.7707 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM337239 3 0.0324 0.7656 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM337240 5 0.1732 0.7613 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM337241 3 0.4664 0.2243 0.000 0.008 0.552 0.436 0.004
#> GSM337242 5 0.1202 0.7751 0.000 0.004 0.032 0.004 0.960
#> GSM337243 5 0.5931 0.3989 0.000 0.164 0.000 0.248 0.588
#> GSM337244 4 0.2270 0.7673 0.000 0.020 0.000 0.904 0.076
#> GSM337245 4 0.2813 0.6956 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM337246 4 0.0324 0.7691 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM337247 5 0.3061 0.7359 0.000 0.020 0.136 0.000 0.844
#> GSM337248 5 0.0880 0.7815 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM337249 3 0.4302 0.3187 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.5967 0.4461 0.000 0.136 0.000 0.556 0.308
#> GSM337251 4 0.0290 0.7702 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM337252 4 0.0290 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337253 5 0.3779 0.6781 0.000 0.200 0.000 0.024 0.776
#> GSM337254 2 0.4242 0.3848 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM337255 4 0.6779 0.4411 0.000 0.264 0.032 0.540 0.164
#> GSM337256 2 0.4306 0.1898 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM337257 4 0.1697 0.7744 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> GSM337258 4 0.3636 0.6201 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM337259 3 0.8339 0.3144 0.120 0.300 0.348 0.228 0.004
#> GSM337260 4 0.3789 0.6555 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016
#> GSM337261 3 0.0162 0.7651 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.0510 0.7838 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM337263 2 0.3375 0.7847 0.000 0.840 0.000 0.056 0.104
#> GSM337264 5 0.3452 0.6263 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM337265 1 0.3366 0.7186 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> GSM337266 3 0.3579 0.5582 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> GSM337267 4 0.2795 0.7682 0.000 0.056 0.000 0.880 0.064
#> GSM337268 5 0.4283 -0.1102 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM337269 4 0.4303 0.6768 0.000 0.192 0.000 0.752 0.056
#> GSM337270 4 0.5113 0.3405 0.000 0.000 0.324 0.620 0.056
#> GSM337271 1 0.3398 0.7121 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> GSM337272 4 0.5519 0.1988 0.000 0.412 0.000 0.520 0.068
#> GSM337273 4 0.2396 0.7499 0.000 0.004 0.024 0.904 0.068
#> GSM337274 4 0.0000 0.7720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 5 0.1732 0.7695 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM337276 3 0.2833 0.7172 0.000 0.004 0.864 0.012 0.120
#> GSM337277 3 0.4227 0.1288 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM337278 4 0.6100 0.2269 0.000 0.124 0.000 0.448 0.428
#> GSM337279 5 0.5527 0.0885 0.000 0.072 0.000 0.388 0.540
#> GSM337280 2 0.4242 0.2885 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM337281 5 0.4365 0.6665 0.000 0.116 0.000 0.116 0.768
#> GSM337282 5 0.1608 0.7755 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM337283 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.4302 0.0421 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM337285 3 0.1952 0.7215 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> GSM337286 5 0.4341 0.1913 0.000 0.000 0.404 0.004 0.592
#> GSM337287 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 5 0.1831 0.7564 0.000 0.004 0.076 0.000 0.920
#> GSM337289 3 0.0510 0.7628 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337290 4 0.2914 0.7655 0.000 0.076 0.000 0.872 0.052
#> GSM337291 5 0.1043 0.7794 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM337292 5 0.2377 0.7440 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM337293 5 0.1197 0.7812 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM337294 5 0.3809 0.6112 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> GSM337295 2 0.4203 0.7454 0.000 0.760 0.000 0.052 0.188
#> GSM337296 4 0.4626 0.7043 0.000 0.056 0.064 0.788 0.092
#> GSM337297 2 0.1074 0.7546 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM337298 3 0.4038 0.6869 0.000 0.128 0.792 0.000 0.080
#> GSM337299 2 0.6312 0.4798 0.000 0.524 0.000 0.200 0.276
#> GSM337300 5 0.3730 0.5636 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM337301 5 0.4443 -0.1361 0.000 0.472 0.000 0.004 0.524
#> GSM337302 4 0.0000 0.7720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337303 5 0.1608 0.7773 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM337304 2 0.1484 0.7797 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM337305 3 0.6458 0.4652 0.000 0.016 0.552 0.156 0.276
#> GSM337306 5 0.0671 0.7815 0.000 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM337307 3 0.0324 0.7656 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM337308 5 0.0162 0.7829 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337309 2 0.2929 0.7408 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM337310 2 0.4126 0.4230 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM337311 4 0.2017 0.7701 0.000 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM337312 3 0.0162 0.7655 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.3561 0.6009 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM337314 3 0.2690 0.6889 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM337315 1 0.2074 0.8770 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.0000 0.7651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337317 5 0.4386 0.7120 0.000 0.140 0.096 0.000 0.764
#> GSM337318 4 0.6469 0.5815 0.000 0.080 0.108 0.632 0.180
#> GSM337319 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0486 0.9799 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM337344 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.1285 0.69765 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> GSM337198 2 0.4067 0.43000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.104 0.144
#> GSM337199 2 0.3854 0.50157 0.000 0.796 0.000 0.128 0.048 0.028
#> GSM337200 2 0.1168 0.55376 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM337201 2 0.5197 -0.02626 0.000 0.532 0.000 0.400 0.028 0.040
#> GSM337202 2 0.1682 0.54291 0.000 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> GSM337203 5 0.1861 0.74473 0.000 0.020 0.016 0.000 0.928 0.036
#> GSM337204 2 0.1549 0.54467 0.000 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM337205 5 0.1078 0.75228 0.000 0.012 0.008 0.000 0.964 0.016
#> GSM337206 2 0.5614 0.11504 0.000 0.560 0.000 0.332 0.052 0.056
#> GSM337207 4 0.3448 0.57148 0.000 0.280 0.000 0.716 0.000 0.004
#> GSM337208 2 0.3081 0.38159 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004 0.220
#> GSM337209 2 0.6159 0.21665 0.000 0.604 0.176 0.004 0.076 0.140
#> GSM337210 2 0.2431 0.47722 0.000 0.860 0.000 0.008 0.000 0.132
#> GSM337211 2 0.3168 0.44084 0.000 0.804 0.000 0.000 0.024 0.172
#> GSM337212 2 0.5841 0.34496 0.000 0.616 0.000 0.196 0.132 0.056
#> GSM337213 2 0.2043 0.54353 0.000 0.912 0.000 0.064 0.012 0.012
#> GSM337214 2 0.4919 0.12919 0.000 0.592 0.000 0.348 0.016 0.044
#> GSM337215 2 0.0858 0.55584 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM337216 3 0.0622 0.66421 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM337217 5 0.4351 0.67557 0.000 0.152 0.000 0.072 0.752 0.024
#> GSM337218 4 0.4819 0.64057 0.000 0.188 0.000 0.708 0.064 0.040
#> GSM337219 5 0.2540 0.74415 0.000 0.104 0.004 0.000 0.872 0.020
#> GSM337220 4 0.2034 0.71120 0.000 0.024 0.000 0.912 0.004 0.060
#> GSM337221 3 0.7323 0.28576 0.000 0.056 0.476 0.132 0.064 0.272
#> GSM337222 4 0.0935 0.70272 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM337223 4 0.6008 0.12113 0.000 0.076 0.036 0.448 0.008 0.432
#> GSM337224 2 0.2752 0.54842 0.000 0.880 0.000 0.044 0.024 0.052
#> GSM337225 2 0.3314 0.36665 0.000 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> GSM337226 2 0.5118 0.24461 0.000 0.512 0.000 0.000 0.404 0.084
#> GSM337227 6 0.5290 0.36644 0.024 0.364 0.040 0.008 0.000 0.564
#> GSM337228 6 0.5285 0.29229 0.000 0.108 0.368 0.000 0.000 0.524
#> GSM337229 4 0.0692 0.70599 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> GSM337230 2 0.3592 0.22170 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM337231 2 0.4080 -0.11315 0.000 0.536 0.000 0.008 0.000 0.456
#> GSM337232 2 0.2869 0.48924 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000 0.148
#> GSM337233 2 0.4331 0.50032 0.000 0.772 0.000 0.044 0.088 0.096
#> GSM337234 2 0.3982 -0.10895 0.000 0.536 0.000 0.004 0.000 0.460
#> GSM337235 2 0.5126 0.14419 0.000 0.568 0.000 0.004 0.084 0.344
#> GSM337236 4 0.6078 0.49500 0.000 0.076 0.036 0.600 0.036 0.252
#> GSM337237 4 0.1411 0.71456 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> GSM337238 4 0.4100 0.70072 0.000 0.068 0.000 0.788 0.040 0.104
#> GSM337239 3 0.1908 0.65246 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM337240 5 0.3770 0.63448 0.000 0.212 0.000 0.004 0.752 0.032
#> GSM337241 3 0.6377 0.10442 0.016 0.000 0.376 0.372 0.000 0.236
#> GSM337242 5 0.2137 0.74238 0.000 0.028 0.012 0.000 0.912 0.048
#> GSM337243 5 0.6526 0.18643 0.000 0.276 0.000 0.228 0.460 0.036
#> GSM337244 4 0.4040 0.69592 0.000 0.108 0.000 0.792 0.056 0.044
#> GSM337245 4 0.3950 0.54979 0.000 0.040 0.000 0.720 0.000 0.240
#> GSM337246 4 0.1387 0.69232 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337247 5 0.2339 0.73042 0.000 0.020 0.072 0.000 0.896 0.012
#> GSM337248 5 0.1524 0.76183 0.000 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM337249 6 0.5292 0.50980 0.000 0.180 0.220 0.000 0.000 0.600
#> GSM337250 4 0.6100 0.45481 0.000 0.248 0.000 0.544 0.176 0.032
#> GSM337251 4 0.1663 0.68592 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM337252 4 0.1411 0.71456 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> GSM337253 5 0.4581 0.67639 0.000 0.164 0.000 0.028 0.732 0.076
#> GSM337254 2 0.5220 0.23610 0.000 0.528 0.000 0.000 0.372 0.100
#> GSM337255 4 0.7426 0.20914 0.000 0.300 0.020 0.408 0.088 0.184
#> GSM337256 2 0.5069 0.10498 0.000 0.484 0.000 0.000 0.440 0.076
#> GSM337257 4 0.2462 0.70378 0.000 0.132 0.000 0.860 0.004 0.004
#> GSM337258 4 0.5417 0.34604 0.000 0.164 0.000 0.568 0.000 0.268
#> GSM337259 6 0.6984 0.16052 0.056 0.036 0.228 0.160 0.000 0.520
#> GSM337260 4 0.4087 0.55902 0.000 0.276 0.000 0.692 0.004 0.028
#> GSM337261 3 0.1082 0.65566 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM337262 5 0.2279 0.75467 0.000 0.048 0.000 0.004 0.900 0.048
#> GSM337263 2 0.0993 0.55371 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM337264 5 0.5063 0.44211 0.000 0.284 0.000 0.000 0.604 0.112
#> GSM337265 1 0.4963 0.48547 0.636 0.000 0.240 0.000 0.000 0.124
#> GSM337266 3 0.4503 0.38419 0.204 0.000 0.696 0.000 0.000 0.100
#> GSM337267 4 0.4268 0.66882 0.000 0.172 0.000 0.752 0.044 0.032
#> GSM337268 2 0.5288 0.21747 0.000 0.540 0.000 0.020 0.380 0.060
#> GSM337269 4 0.5534 0.50274 0.000 0.288 0.000 0.596 0.040 0.076
#> GSM337270 4 0.6480 0.22363 0.000 0.000 0.292 0.500 0.064 0.144
#> GSM337271 1 0.4968 0.47485 0.632 0.000 0.248 0.000 0.000 0.120
#> GSM337272 2 0.5262 -0.07593 0.000 0.492 0.000 0.436 0.020 0.052
#> GSM337273 4 0.4614 0.64992 0.000 0.024 0.008 0.744 0.076 0.148
#> GSM337274 4 0.1226 0.70264 0.000 0.004 0.000 0.952 0.004 0.040
#> GSM337275 5 0.2831 0.73418 0.000 0.136 0.000 0.000 0.840 0.024
#> GSM337276 3 0.4001 0.59470 0.000 0.000 0.784 0.016 0.108 0.092
#> GSM337277 3 0.4648 -0.00756 0.000 0.000 0.496 0.000 0.464 0.040
#> GSM337278 4 0.7309 0.18086 0.000 0.316 0.000 0.324 0.260 0.100
#> GSM337279 5 0.6875 -0.11951 0.000 0.212 0.000 0.340 0.388 0.060
#> GSM337280 5 0.5680 0.03272 0.000 0.404 0.000 0.004 0.456 0.136
#> GSM337281 5 0.5800 0.44635 0.000 0.276 0.000 0.156 0.552 0.016
#> GSM337282 5 0.2613 0.74618 0.000 0.140 0.000 0.000 0.848 0.012
#> GSM337283 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337284 5 0.4648 -0.04084 0.000 0.000 0.464 0.000 0.496 0.040
#> GSM337285 3 0.3826 0.54337 0.088 0.000 0.784 0.000 0.004 0.124
#> GSM337286 5 0.5265 -0.02827 0.000 0.008 0.404 0.000 0.512 0.076
#> GSM337287 1 0.1564 0.92272 0.936 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040
#> GSM337288 5 0.1666 0.74748 0.000 0.008 0.036 0.000 0.936 0.020
#> GSM337289 3 0.1245 0.66364 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM337290 4 0.4465 0.65331 0.000 0.188 0.000 0.732 0.040 0.040
#> GSM337291 5 0.2547 0.74455 0.000 0.112 0.000 0.004 0.868 0.016
#> GSM337292 5 0.2450 0.73893 0.000 0.116 0.000 0.000 0.868 0.016
#> GSM337293 5 0.1753 0.75468 0.000 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> GSM337294 5 0.3708 0.60881 0.000 0.008 0.220 0.000 0.752 0.020
#> GSM337295 2 0.3423 0.54521 0.000 0.836 0.000 0.028 0.080 0.056
#> GSM337296 4 0.7175 0.46186 0.000 0.128 0.040 0.488 0.072 0.272
#> GSM337297 6 0.4072 0.17096 0.000 0.448 0.000 0.008 0.000 0.544
#> GSM337298 3 0.5626 0.35192 0.000 0.052 0.596 0.000 0.072 0.280
#> GSM337299 2 0.5649 0.44082 0.000 0.656 0.000 0.120 0.144 0.080
#> GSM337300 5 0.3648 0.58291 0.000 0.004 0.240 0.000 0.740 0.016
#> GSM337301 2 0.4847 0.24993 0.000 0.588 0.000 0.020 0.360 0.032
#> GSM337302 4 0.0692 0.70599 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> GSM337303 5 0.2775 0.73726 0.000 0.104 0.000 0.000 0.856 0.040
#> GSM337304 2 0.4420 0.23561 0.000 0.640 0.000 0.004 0.036 0.320
#> GSM337305 3 0.8046 0.25976 0.000 0.056 0.392 0.116 0.204 0.232
#> GSM337306 5 0.1401 0.75619 0.000 0.028 0.004 0.000 0.948 0.020
#> GSM337307 3 0.1812 0.65810 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> GSM337308 5 0.1616 0.75371 0.000 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020
#> GSM337309 2 0.5149 0.37255 0.000 0.640 0.000 0.008 0.128 0.224
#> GSM337310 2 0.5742 0.22382 0.000 0.484 0.000 0.000 0.332 0.184
#> GSM337311 4 0.2778 0.68292 0.000 0.168 0.000 0.824 0.000 0.008
#> GSM337312 3 0.1663 0.65645 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM337313 5 0.3018 0.66217 0.000 0.004 0.168 0.000 0.816 0.012
#> GSM337314 3 0.3675 0.61037 0.000 0.004 0.796 0.000 0.124 0.076
#> GSM337315 1 0.2579 0.85899 0.872 0.000 0.088 0.000 0.000 0.040
#> GSM337316 3 0.0547 0.66430 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337317 5 0.3980 0.72058 0.000 0.092 0.052 0.000 0.800 0.056
#> GSM337318 4 0.8369 0.30269 0.000 0.200 0.080 0.352 0.132 0.236
#> GSM337319 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337320 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337321 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337322 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337323 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337324 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337325 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337326 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337327 1 0.1387 0.93701 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337328 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337329 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337330 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337331 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337332 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337333 1 0.1204 0.94093 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM337334 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337335 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337336 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337337 1 0.0363 0.94842 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337338 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337339 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337340 1 0.0937 0.94514 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337341 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337342 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337343 1 0.3702 0.79607 0.812 0.000 0.052 0.028 0.000 0.108
#> GSM337344 1 0.0000 0.94877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337346 1 0.1007 0.94403 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM337347 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337348 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337349 1 0.0458 0.94811 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337350 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337351 1 0.0865 0.94588 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337352 1 0.1387 0.93689 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337353 1 0.0146 0.94877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337354 1 0.1327 0.93832 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM337355 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337356 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337357 1 0.0547 0.94816 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337358 1 0.0260 0.94897 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337359 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337360 1 0.0865 0.94565 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337361 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337362 1 0.1444 0.93532 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337363 1 0.0547 0.94764 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337364 1 0.0458 0.94944 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337365 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337366 1 0.1141 0.94215 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM337367 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337368 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337369 1 0.0547 0.94804 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337370 1 0.1141 0.94216 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM337371 1 0.1204 0.94093 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM337372 1 0.0632 0.94694 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337373 1 0.0458 0.94803 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337374 1 0.0458 0.94836 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337375 1 0.0363 0.94854 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337376 1 0.1007 0.94403 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:skmeans 179 6.26e-11 4.89e-28 2
#> MAD:skmeans 171 3.28e-13 3.79e-30 3
#> MAD:skmeans 146 3.66e-11 2.45e-27 4
#> MAD:skmeans 154 2.33e-14 1.53e-30 5
#> MAD:skmeans 127 1.45e-11 1.06e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.900 0.952 0.978 0.4934 0.502 0.502
#> 3 3 0.699 0.761 0.876 0.3117 0.833 0.673
#> 4 4 0.727 0.645 0.817 0.1126 0.853 0.627
#> 5 5 0.706 0.656 0.811 0.0573 0.933 0.778
#> 6 6 0.717 0.569 0.762 0.0398 0.925 0.730
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337216 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337217 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.295 0.938 0.052 0.948
#> GSM337224 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337227 1 0.767 0.739 0.776 0.224
#> GSM337228 1 0.722 0.771 0.800 0.200
#> GSM337229 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337239 1 0.653 0.808 0.832 0.168
#> GSM337240 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337241 1 0.680 0.795 0.820 0.180
#> GSM337242 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337246 1 0.996 0.200 0.536 0.464
#> GSM337247 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337249 1 0.722 0.771 0.800 0.200
#> GSM337250 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.204 0.960 0.032 0.968
#> GSM337252 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337259 1 0.722 0.771 0.800 0.200
#> GSM337260 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337261 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337262 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337265 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337267 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.722 0.738 0.200 0.800
#> GSM337271 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337272 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337276 1 0.971 0.390 0.600 0.400
#> GSM337277 2 0.753 0.711 0.216 0.784
#> GSM337278 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337285 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337286 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337288 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337289 1 0.722 0.771 0.800 0.200
#> GSM337290 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337298 1 0.416 0.892 0.916 0.084
#> GSM337299 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.738 0.725 0.208 0.792
#> GSM337306 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337307 1 0.722 0.771 0.800 0.200
#> GSM337308 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337312 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337314 1 0.971 0.390 0.600 0.400
#> GSM337315 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337316 1 0.714 0.776 0.804 0.196
#> GSM337317 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.494 0.864 0.892 0.108
#> GSM337337 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.000 0.959 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.000 0.959 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337200 3 0.5591 0.57236 0.000 0.304 0.696
#> GSM337201 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337202 2 0.6215 0.56584 0.000 0.572 0.428
#> GSM337203 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 3 0.1163 0.77004 0.000 0.028 0.972
#> GSM337205 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 2 0.6280 0.54174 0.000 0.540 0.460
#> GSM337207 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.6192 0.57542 0.000 0.580 0.420
#> GSM337209 2 0.5560 0.59693 0.000 0.700 0.300
#> GSM337210 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337211 2 0.0592 0.70742 0.000 0.988 0.012
#> GSM337212 2 0.6252 0.54998 0.000 0.556 0.444
#> GSM337213 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.6308 0.48806 0.000 0.508 0.492
#> GSM337215 3 0.6140 -0.22961 0.000 0.404 0.596
#> GSM337216 1 0.4605 0.77551 0.796 0.204 0.000
#> GSM337217 2 0.3879 0.72274 0.000 0.848 0.152
#> GSM337218 2 0.6280 0.54174 0.000 0.540 0.460
#> GSM337219 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337221 3 0.6410 0.34435 0.004 0.420 0.576
#> GSM337222 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337223 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.5810 0.64430 0.000 0.664 0.336
#> GSM337225 3 0.0424 0.78787 0.000 0.008 0.992
#> GSM337226 2 0.3941 0.72242 0.000 0.844 0.156
#> GSM337227 1 0.5295 0.74127 0.808 0.036 0.156
#> GSM337228 3 0.6805 0.51363 0.268 0.044 0.688
#> GSM337229 3 0.0747 0.77883 0.000 0.016 0.984
#> GSM337230 2 0.6168 0.58297 0.000 0.588 0.412
#> GSM337231 3 0.1643 0.77346 0.000 0.044 0.956
#> GSM337232 2 0.6192 0.57542 0.000 0.580 0.420
#> GSM337233 3 0.5621 0.56718 0.000 0.308 0.692
#> GSM337234 3 0.1643 0.77346 0.000 0.044 0.956
#> GSM337235 3 0.5859 0.52325 0.000 0.344 0.656
#> GSM337236 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337237 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337238 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337239 1 0.4654 0.77087 0.792 0.208 0.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 1 0.5706 0.53499 0.680 0.000 0.320
#> GSM337242 3 0.6286 0.40612 0.000 0.464 0.536
#> GSM337243 2 0.4346 0.71417 0.000 0.816 0.184
#> GSM337244 3 0.0237 0.78824 0.000 0.004 0.996
#> GSM337245 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337246 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.3780 0.73259 0.064 0.044 0.892
#> GSM337250 2 0.4555 0.70672 0.000 0.800 0.200
#> GSM337251 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.3941 0.72242 0.000 0.844 0.156
#> GSM337254 2 0.3879 0.72274 0.000 0.848 0.152
#> GSM337255 3 0.1860 0.76951 0.000 0.052 0.948
#> GSM337256 2 0.6260 -0.25034 0.000 0.552 0.448
#> GSM337257 3 0.0000 0.78935 0.000 0.000 1.000
#> GSM337258 3 0.5859 0.00488 0.000 0.344 0.656
#> GSM337259 1 0.5178 0.64043 0.744 0.000 0.256
#> GSM337260 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337261 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337262 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337263 2 0.6192 0.58174 0.000 0.580 0.420
#> GSM337264 2 0.3941 0.72242 0.000 0.844 0.156
#> GSM337265 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337267 3 0.0237 0.78824 0.000 0.004 0.996
#> GSM337268 2 0.3941 0.72235 0.000 0.844 0.156
#> GSM337269 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337270 3 0.5541 0.61301 0.008 0.252 0.740
#> GSM337271 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337272 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337273 3 0.5254 0.60505 0.000 0.264 0.736
#> GSM337274 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337275 2 0.0424 0.70895 0.000 0.992 0.008
#> GSM337276 1 0.8703 0.37419 0.588 0.244 0.168
#> GSM337277 2 0.8311 0.43858 0.216 0.628 0.156
#> GSM337278 2 0.3267 0.72551 0.000 0.884 0.116
#> GSM337279 2 0.4002 0.72170 0.000 0.840 0.160
#> GSM337280 2 0.3941 0.72242 0.000 0.844 0.156
#> GSM337281 2 0.5678 0.65511 0.000 0.684 0.316
#> GSM337282 2 0.3941 0.72235 0.000 0.844 0.156
#> GSM337283 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 2 0.3030 0.72330 0.004 0.904 0.092
#> GSM337285 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337286 3 0.6299 0.38938 0.000 0.476 0.524
#> GSM337287 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337288 2 0.1753 0.71797 0.000 0.952 0.048
#> GSM337289 1 0.5573 0.77526 0.796 0.160 0.044
#> GSM337290 2 0.6280 0.54174 0.000 0.540 0.460
#> GSM337291 2 0.1289 0.71499 0.000 0.968 0.032
#> GSM337292 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.4605 0.70553 0.000 0.796 0.204
#> GSM337296 3 0.5465 0.58597 0.000 0.288 0.712
#> GSM337297 3 0.1643 0.77346 0.000 0.044 0.956
#> GSM337298 1 0.6225 0.39589 0.568 0.432 0.000
#> GSM337299 2 0.3941 0.72235 0.000 0.844 0.156
#> GSM337300 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337301 2 0.4002 0.72137 0.000 0.840 0.160
#> GSM337302 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337303 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.6192 0.57542 0.000 0.580 0.420
#> GSM337305 3 0.5650 0.56269 0.000 0.312 0.688
#> GSM337306 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 1 0.4784 0.77606 0.796 0.200 0.004
#> GSM337308 2 0.0237 0.70754 0.000 0.996 0.004
#> GSM337309 2 0.6192 0.57542 0.000 0.580 0.420
#> GSM337310 2 0.3482 0.72526 0.000 0.872 0.128
#> GSM337311 2 0.6286 0.53849 0.000 0.536 0.464
#> GSM337312 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337313 2 0.0000 0.70609 0.000 1.000 0.000
#> GSM337314 3 0.6489 0.41398 0.004 0.456 0.540
#> GSM337315 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337316 1 0.5473 0.75229 0.808 0.052 0.140
#> GSM337317 2 0.0237 0.70637 0.000 0.996 0.004
#> GSM337318 3 0.4974 0.63174 0.000 0.236 0.764
#> GSM337319 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3038 0.85447 0.896 0.104 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.96251 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 2 0.5000 -0.5094 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM337198 3 0.0469 0.8408 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337199 2 0.0921 0.4487 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337200 4 0.4591 0.5245 0.000 0.116 0.084 0.800
#> GSM337201 2 0.0000 0.4426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 2 0.4248 0.4358 0.000 0.768 0.012 0.220
#> GSM337203 3 0.2988 0.8193 0.000 0.012 0.876 0.112
#> GSM337204 2 0.4925 -0.4301 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM337205 3 0.0937 0.8408 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM337206 2 0.0707 0.4516 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337207 2 0.4925 -0.4301 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM337208 2 0.7534 0.0754 0.000 0.448 0.360 0.192
#> GSM337209 3 0.4553 0.6703 0.000 0.180 0.780 0.040
#> GSM337210 2 0.0336 0.4415 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337211 3 0.2805 0.8321 0.000 0.012 0.888 0.100
#> GSM337212 2 0.3711 0.4797 0.000 0.836 0.024 0.140
#> GSM337213 4 0.4992 0.5030 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM337214 2 0.2149 0.3818 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM337215 2 0.1637 0.3863 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM337216 3 0.5878 0.4447 0.312 0.000 0.632 0.056
#> GSM337217 2 0.7314 0.3777 0.000 0.428 0.152 0.420
#> GSM337218 2 0.2647 0.4770 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM337219 3 0.0469 0.8408 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337220 2 0.5000 -0.5094 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM337221 4 0.5143 0.4044 0.000 0.036 0.256 0.708
#> GSM337222 2 0.4999 -0.5045 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM337223 4 0.4643 0.5657 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM337224 2 0.6111 0.4257 0.000 0.556 0.052 0.392
#> GSM337225 4 0.4877 0.5429 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM337226 3 0.6754 0.5379 0.000 0.184 0.612 0.204
#> GSM337227 1 0.4728 0.7368 0.776 0.016 0.020 0.188
#> GSM337228 4 0.4706 0.3642 0.248 0.000 0.020 0.732
#> GSM337229 2 0.4925 -0.4312 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM337230 2 0.5404 0.4532 0.000 0.644 0.028 0.328
#> GSM337231 4 0.4855 0.5722 0.000 0.268 0.020 0.712
#> GSM337232 2 0.4399 0.4364 0.000 0.768 0.020 0.212
#> GSM337233 4 0.2563 0.4299 0.000 0.020 0.072 0.908
#> GSM337234 4 0.4706 0.5730 0.000 0.248 0.020 0.732
#> GSM337235 3 0.4382 0.6872 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM337236 4 0.4989 0.4818 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM337237 2 0.4999 -0.5045 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM337238 4 0.4999 0.4920 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM337239 3 0.3687 0.7538 0.080 0.000 0.856 0.064
#> GSM337240 2 0.7824 0.1966 0.000 0.400 0.336 0.264
#> GSM337241 1 0.5963 0.5751 0.688 0.196 0.000 0.116
#> GSM337242 3 0.2921 0.8146 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM337243 2 0.7215 0.4111 0.000 0.500 0.152 0.348
#> GSM337244 4 0.4981 0.5051 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM337245 4 0.5000 0.4785 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM337246 2 0.5000 -0.5072 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM337247 3 0.0937 0.8408 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM337248 2 0.7693 0.2106 0.000 0.424 0.352 0.224
#> GSM337249 4 0.5947 0.5457 0.056 0.224 0.020 0.700
#> GSM337250 2 0.5528 0.4530 0.000 0.700 0.064 0.236
#> GSM337251 4 0.5000 0.4785 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM337252 2 0.4933 -0.4393 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM337253 2 0.7519 0.3741 0.000 0.424 0.184 0.392
#> GSM337254 2 0.6642 0.4141 0.000 0.492 0.084 0.424
#> GSM337255 4 0.4576 0.5672 0.000 0.232 0.020 0.748
#> GSM337256 3 0.2469 0.8366 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM337257 2 0.4916 -0.4287 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM337258 2 0.3266 0.2532 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM337259 1 0.5565 0.6077 0.700 0.232 0.000 0.068
#> GSM337260 2 0.0000 0.4426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 1 0.1557 0.9259 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM337262 3 0.4059 0.7977 0.000 0.012 0.788 0.200
#> GSM337263 2 0.3447 0.4686 0.000 0.852 0.020 0.128
#> GSM337264 2 0.7282 0.3822 0.000 0.436 0.148 0.416
#> GSM337265 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.4998 0.4921 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM337268 2 0.6384 0.4178 0.000 0.496 0.064 0.440
#> GSM337269 2 0.3688 0.4828 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM337270 4 0.3484 0.5096 0.004 0.144 0.008 0.844
#> GSM337271 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337272 2 0.0592 0.4470 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337273 4 0.4758 0.4777 0.000 0.156 0.064 0.780
#> GSM337274 2 0.3486 0.4415 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM337275 3 0.4175 0.7899 0.000 0.012 0.776 0.212
#> GSM337276 1 0.5793 0.4027 0.580 0.000 0.036 0.384
#> GSM337277 3 0.4353 0.7681 0.012 0.000 0.756 0.232
#> GSM337278 4 0.6795 -0.4058 0.000 0.432 0.096 0.472
#> GSM337279 2 0.6376 0.4200 0.000 0.504 0.064 0.432
#> GSM337280 3 0.4840 0.7347 0.000 0.028 0.732 0.240
#> GSM337281 2 0.5123 0.4855 0.000 0.724 0.044 0.232
#> GSM337282 2 0.6642 0.4146 0.000 0.492 0.084 0.424
#> GSM337283 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.4353 0.7863 0.000 0.012 0.756 0.232
#> GSM337285 1 0.0817 0.9517 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337286 3 0.2081 0.8349 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM337287 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 3 0.2741 0.8402 0.000 0.012 0.892 0.096
#> GSM337289 1 0.6957 0.3747 0.580 0.000 0.248 0.172
#> GSM337290 2 0.2647 0.4770 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM337291 2 0.7575 0.3648 0.000 0.444 0.200 0.356
#> GSM337292 3 0.3047 0.8282 0.000 0.012 0.872 0.116
#> GSM337293 3 0.0937 0.8408 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM337294 3 0.0469 0.8408 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337295 2 0.6123 0.4430 0.000 0.600 0.064 0.336
#> GSM337296 4 0.2546 0.4545 0.000 0.028 0.060 0.912
#> GSM337297 4 0.5233 0.5666 0.000 0.332 0.020 0.648
#> GSM337298 3 0.1716 0.8021 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM337299 2 0.6434 0.4183 0.000 0.500 0.068 0.432
#> GSM337300 3 0.0937 0.8408 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM337301 2 0.6542 0.4146 0.000 0.496 0.076 0.428
#> GSM337302 2 0.0188 0.4446 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337303 3 0.2805 0.8321 0.000 0.012 0.888 0.100
#> GSM337304 2 0.4284 0.4362 0.000 0.780 0.020 0.200
#> GSM337305 4 0.3444 0.4474 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM337306 3 0.3999 0.7929 0.000 0.036 0.824 0.140
#> GSM337307 3 0.5328 0.5862 0.212 0.000 0.724 0.064
#> GSM337308 3 0.4353 0.7828 0.000 0.012 0.756 0.232
#> GSM337309 2 0.5013 0.4597 0.000 0.688 0.020 0.292
#> GSM337310 3 0.4690 0.7403 0.000 0.012 0.712 0.276
#> GSM337311 2 0.0000 0.4426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 1 0.2021 0.9241 0.932 0.000 0.012 0.056
#> GSM337313 3 0.1174 0.8395 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM337314 4 0.3942 0.3986 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM337315 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337316 1 0.5140 0.7222 0.760 0.000 0.096 0.144
#> GSM337317 3 0.1022 0.8413 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM337318 4 0.5179 0.5636 0.000 0.220 0.052 0.728
#> GSM337319 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337336 1 0.2542 0.8805 0.904 0.084 0.012 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337339 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337340 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337346 1 0.0188 0.9662 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337355 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337362 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337371 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0188 0.9662 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0469 0.9641 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 3 0.4283 0.4069 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM337198 5 0.3774 0.4987 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM337199 2 0.4374 0.4411 0.000 0.700 0.028 0.272 0.000
#> GSM337200 3 0.3961 0.5490 0.000 0.072 0.812 0.108 0.008
#> GSM337201 2 0.3662 0.4732 0.000 0.744 0.004 0.252 0.000
#> GSM337202 2 0.5752 0.3998 0.000 0.620 0.172 0.208 0.000
#> GSM337203 5 0.2723 0.7726 0.000 0.000 0.012 0.124 0.864
#> GSM337204 2 0.2997 0.4138 0.000 0.840 0.148 0.012 0.000
#> GSM337205 5 0.0404 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337206 4 0.3928 0.4899 0.000 0.296 0.004 0.700 0.000
#> GSM337207 2 0.4322 0.4014 0.000 0.768 0.144 0.088 0.000
#> GSM337208 2 0.6259 0.3545 0.000 0.592 0.252 0.020 0.136
#> GSM337209 2 0.5115 -0.0652 0.000 0.484 0.036 0.000 0.480
#> GSM337210 2 0.2763 0.5291 0.000 0.848 0.004 0.148 0.000
#> GSM337211 5 0.6367 0.2150 0.000 0.388 0.144 0.004 0.464
#> GSM337212 4 0.4452 0.0663 0.000 0.496 0.000 0.500 0.004
#> GSM337213 2 0.3003 0.3698 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.3224 0.5286 0.000 0.824 0.016 0.160 0.000
#> GSM337215 2 0.3967 0.4482 0.000 0.724 0.012 0.264 0.000
#> GSM337216 5 0.4938 0.4297 0.312 0.000 0.048 0.000 0.640
#> GSM337217 4 0.3239 0.6886 0.000 0.000 0.068 0.852 0.080
#> GSM337218 4 0.2629 0.6625 0.000 0.136 0.004 0.860 0.000
#> GSM337219 5 0.0162 0.7875 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337220 3 0.4242 0.4448 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> GSM337221 3 0.5577 0.4113 0.000 0.072 0.704 0.056 0.168
#> GSM337222 3 0.4268 0.4261 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> GSM337223 3 0.3893 0.5725 0.000 0.140 0.804 0.052 0.004
#> GSM337224 4 0.4191 0.6626 0.000 0.032 0.184 0.772 0.012
#> GSM337225 3 0.4119 0.5316 0.000 0.212 0.752 0.036 0.000
#> GSM337226 5 0.5554 0.5350 0.000 0.000 0.120 0.252 0.628
#> GSM337227 2 0.5927 0.1729 0.120 0.540 0.340 0.000 0.000
#> GSM337228 3 0.1282 0.5307 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> GSM337229 2 0.5737 -0.3173 0.000 0.460 0.456 0.084 0.000
#> GSM337230 2 0.6979 0.2019 0.000 0.392 0.372 0.224 0.012
#> GSM337231 3 0.1808 0.5483 0.000 0.044 0.936 0.008 0.012
#> GSM337232 3 0.6978 -0.3485 0.000 0.360 0.376 0.256 0.008
#> GSM337233 3 0.3266 0.5342 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> GSM337234 3 0.1948 0.5466 0.000 0.036 0.932 0.024 0.008
#> GSM337235 5 0.4922 0.5193 0.000 0.004 0.424 0.020 0.552
#> GSM337236 3 0.5382 0.4410 0.000 0.252 0.644 0.104 0.000
#> GSM337237 3 0.4249 0.4405 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM337238 3 0.4726 0.4543 0.000 0.400 0.580 0.020 0.000
#> GSM337239 5 0.3437 0.6902 0.120 0.000 0.048 0.000 0.832
#> GSM337240 4 0.2561 0.6432 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM337241 1 0.5526 0.4711 0.648 0.200 0.152 0.000 0.000
#> GSM337242 5 0.3578 0.7672 0.000 0.000 0.048 0.132 0.820
#> GSM337243 4 0.2233 0.6984 0.000 0.000 0.016 0.904 0.080
#> GSM337244 3 0.6109 0.4630 0.000 0.212 0.568 0.220 0.000
#> GSM337245 3 0.4242 0.4418 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.4249 0.4405 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM337247 5 0.0404 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337248 4 0.2648 0.6613 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM337249 3 0.4726 -0.1244 0.020 0.400 0.580 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.0794 0.7097 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM337251 3 0.4287 0.4027 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM337252 2 0.5818 -0.3030 0.000 0.460 0.448 0.092 0.000
#> GSM337253 4 0.3527 0.6775 0.000 0.000 0.056 0.828 0.116
#> GSM337254 4 0.5264 0.5694 0.000 0.100 0.188 0.700 0.012
#> GSM337255 3 0.3365 0.4091 0.000 0.180 0.808 0.004 0.008
#> GSM337256 5 0.3779 0.7224 0.000 0.000 0.236 0.012 0.752
#> GSM337257 2 0.5895 -0.2863 0.000 0.460 0.440 0.100 0.000
#> GSM337258 2 0.4123 0.5203 0.000 0.788 0.104 0.108 0.000
#> GSM337259 1 0.5633 0.4931 0.648 0.204 0.144 0.000 0.004
#> GSM337260 4 0.4542 0.1850 0.000 0.456 0.008 0.536 0.000
#> GSM337261 1 0.1357 0.8946 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM337262 5 0.4437 0.7563 0.000 0.000 0.140 0.100 0.760
#> GSM337263 2 0.4608 0.3142 0.000 0.640 0.024 0.336 0.000
#> GSM337264 4 0.5289 0.5593 0.000 0.004 0.208 0.680 0.108
#> GSM337265 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337267 3 0.5806 0.4661 0.000 0.332 0.568 0.096 0.004
#> GSM337268 4 0.0865 0.7118 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM337269 4 0.2983 0.6850 0.000 0.076 0.056 0.868 0.000
#> GSM337270 3 0.4991 0.4706 0.012 0.024 0.656 0.304 0.004
#> GSM337271 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.4533 0.1983 0.000 0.448 0.008 0.544 0.000
#> GSM337273 3 0.4779 0.4430 0.000 0.024 0.588 0.388 0.000
#> GSM337274 4 0.4648 0.6205 0.000 0.156 0.104 0.740 0.000
#> GSM337275 5 0.4630 0.7520 0.000 0.000 0.140 0.116 0.744
#> GSM337276 1 0.4562 0.2836 0.548 0.004 0.444 0.000 0.004
#> GSM337277 5 0.3196 0.7576 0.000 0.000 0.192 0.004 0.804
#> GSM337278 4 0.2304 0.6751 0.000 0.000 0.100 0.892 0.008
#> GSM337279 4 0.0162 0.7092 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337280 5 0.5374 0.6650 0.000 0.008 0.264 0.076 0.652
#> GSM337281 4 0.2573 0.6931 0.000 0.104 0.016 0.880 0.000
#> GSM337282 4 0.3013 0.6431 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> GSM337283 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.4734 0.7544 0.000 0.000 0.176 0.096 0.728
#> GSM337285 1 0.0404 0.9191 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337286 5 0.2707 0.7813 0.000 0.000 0.024 0.100 0.876
#> GSM337287 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 5 0.2871 0.7921 0.000 0.000 0.088 0.040 0.872
#> GSM337289 1 0.6915 0.2203 0.528 0.032 0.232 0.000 0.208
#> GSM337290 4 0.2629 0.6625 0.000 0.136 0.004 0.860 0.000
#> GSM337291 4 0.4704 0.5979 0.000 0.000 0.152 0.736 0.112
#> GSM337292 5 0.2909 0.7717 0.000 0.000 0.140 0.012 0.848
#> GSM337293 5 0.0404 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337294 5 0.0162 0.7875 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337295 4 0.1914 0.7083 0.000 0.016 0.060 0.924 0.000
#> GSM337296 3 0.3999 0.4633 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM337297 3 0.2304 0.5620 0.000 0.100 0.892 0.000 0.008
#> GSM337298 5 0.0404 0.7842 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM337299 4 0.0162 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337300 5 0.0566 0.7873 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM337301 4 0.3890 0.5872 0.000 0.000 0.252 0.736 0.012
#> GSM337302 4 0.4196 0.3807 0.000 0.356 0.004 0.640 0.000
#> GSM337303 5 0.3197 0.7726 0.000 0.000 0.140 0.024 0.836
#> GSM337304 2 0.6613 0.3160 0.000 0.468 0.352 0.172 0.008
#> GSM337305 3 0.2179 0.5544 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM337306 5 0.4088 0.5050 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> GSM337307 5 0.4465 0.5741 0.212 0.000 0.056 0.000 0.732
#> GSM337308 5 0.4930 0.7375 0.000 0.000 0.144 0.140 0.716
#> GSM337309 4 0.6996 -0.0238 0.000 0.360 0.264 0.368 0.008
#> GSM337310 5 0.4990 0.6436 0.000 0.000 0.324 0.048 0.628
#> GSM337311 4 0.4430 0.1896 0.000 0.456 0.004 0.540 0.000
#> GSM337312 1 0.3909 0.8483 0.800 0.148 0.048 0.000 0.004
#> GSM337313 5 0.0510 0.7873 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM337314 3 0.2388 0.5477 0.000 0.000 0.900 0.072 0.028
#> GSM337315 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337316 1 0.4428 0.6968 0.760 0.000 0.144 0.000 0.096
#> GSM337317 5 0.0963 0.7850 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM337318 3 0.4100 0.5652 0.000 0.052 0.784 0.160 0.004
#> GSM337319 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3194 0.8646 0.832 0.148 0.000 0.020 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.1671 0.9054 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0162 0.9242 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.1341 0.9117 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0290 0.9237 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0510 0.9222 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0963 0.9175 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0162 0.9242 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.2605 0.8788 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.2424 0.8855 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9247 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0703 0.9205 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0162 0.9242 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.2280 0.8902 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.0713 0.4325 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM337198 5 0.5039 0.3024 0.000 0.176 0.184 0.000 0.640 0.000
#> GSM337199 4 0.6977 -0.0985 0.000 0.164 0.184 0.492 0.000 0.160
#> GSM337200 4 0.5729 0.2311 0.000 0.364 0.044 0.540 0.020 0.032
#> GSM337201 4 0.6671 -0.0979 0.000 0.160 0.244 0.508 0.000 0.088
#> GSM337202 2 0.6539 0.4489 0.000 0.404 0.292 0.280 0.000 0.024
#> GSM337203 5 0.3139 0.7151 0.000 0.008 0.120 0.000 0.836 0.036
#> GSM337204 4 0.5832 -0.1871 0.000 0.260 0.248 0.492 0.000 0.000
#> GSM337205 5 0.0000 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 6 0.4865 0.3632 0.000 0.028 0.036 0.304 0.000 0.632
#> GSM337207 4 0.6430 -0.0889 0.000 0.168 0.236 0.532 0.000 0.064
#> GSM337208 2 0.5885 0.5153 0.000 0.508 0.248 0.240 0.000 0.004
#> GSM337209 5 0.7485 -0.3991 0.000 0.280 0.252 0.136 0.332 0.000
#> GSM337210 4 0.5787 -0.1650 0.000 0.244 0.252 0.504 0.000 0.000
#> GSM337211 5 0.5930 -0.0966 0.000 0.384 0.212 0.000 0.404 0.000
#> GSM337212 6 0.6942 -0.1797 0.000 0.236 0.336 0.060 0.000 0.368
#> GSM337213 4 0.5703 -0.1417 0.000 0.236 0.240 0.524 0.000 0.000
#> GSM337214 4 0.6072 -0.1630 0.000 0.240 0.248 0.500 0.000 0.012
#> GSM337215 4 0.6800 -0.1002 0.000 0.168 0.220 0.504 0.000 0.108
#> GSM337216 3 0.5591 0.5490 0.228 0.000 0.548 0.000 0.224 0.000
#> GSM337217 6 0.4380 0.6991 0.000 0.100 0.040 0.016 0.060 0.784
#> GSM337218 6 0.1049 0.6998 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960
#> GSM337219 5 0.0000 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 4 0.3094 0.4756 0.000 0.140 0.036 0.824 0.000 0.000
#> GSM337221 3 0.6895 0.3180 0.000 0.112 0.484 0.240 0.164 0.000
#> GSM337222 4 0.1863 0.4725 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM337223 4 0.5546 0.3857 0.000 0.332 0.072 0.568 0.008 0.020
#> GSM337224 6 0.4896 0.6560 0.000 0.132 0.032 0.084 0.016 0.736
#> GSM337225 4 0.4148 0.3691 0.000 0.192 0.036 0.748 0.000 0.024
#> GSM337226 5 0.6460 0.4541 0.000 0.160 0.084 0.000 0.548 0.208
#> GSM337227 2 0.5847 0.2628 0.232 0.484 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 3 0.5737 0.2862 0.004 0.212 0.540 0.244 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.2030 0.4084 0.000 0.000 0.028 0.908 0.000 0.064
#> GSM337230 2 0.5516 0.4523 0.000 0.576 0.248 0.004 0.000 0.172
#> GSM337231 4 0.5300 0.2837 0.000 0.448 0.076 0.468 0.008 0.000
#> GSM337232 2 0.7165 0.4773 0.000 0.424 0.240 0.228 0.000 0.108
#> GSM337233 4 0.7058 0.3242 0.000 0.288 0.156 0.456 0.008 0.092
#> GSM337234 4 0.5105 0.2997 0.000 0.420 0.032 0.520 0.000 0.028
#> GSM337235 5 0.5096 0.5861 0.000 0.332 0.008 0.064 0.592 0.004
#> GSM337236 4 0.4640 0.3395 0.000 0.140 0.044 0.740 0.000 0.076
#> GSM337237 4 0.3088 0.4761 0.000 0.120 0.048 0.832 0.000 0.000
#> GSM337238 4 0.5305 0.4520 0.000 0.140 0.048 0.680 0.000 0.132
#> GSM337239 3 0.5480 0.4540 0.152 0.000 0.540 0.000 0.308 0.000
#> GSM337240 6 0.5989 0.5887 0.000 0.092 0.132 0.000 0.156 0.620
#> GSM337241 1 0.6578 -0.1406 0.504 0.104 0.108 0.284 0.000 0.000
#> GSM337242 5 0.4641 0.6938 0.000 0.100 0.124 0.000 0.740 0.036
#> GSM337243 6 0.3174 0.7097 0.000 0.000 0.104 0.004 0.056 0.836
#> GSM337244 4 0.5896 0.4182 0.000 0.140 0.048 0.600 0.000 0.212
#> GSM337245 4 0.3370 0.4741 0.000 0.148 0.048 0.804 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.3236 0.4758 0.000 0.140 0.036 0.820 0.000 0.004
#> GSM337247 5 0.0000 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 6 0.3658 0.6913 0.000 0.000 0.104 0.000 0.104 0.792
#> GSM337249 2 0.4537 0.3864 0.004 0.488 0.484 0.024 0.000 0.000
#> GSM337250 6 0.0725 0.7150 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> GSM337251 4 0.0713 0.4325 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.2201 0.4052 0.000 0.000 0.028 0.896 0.000 0.076
#> GSM337253 6 0.3923 0.6873 0.000 0.128 0.012 0.000 0.076 0.784
#> GSM337254 6 0.4806 0.5426 0.000 0.348 0.056 0.000 0.004 0.592
#> GSM337255 2 0.4746 -0.2297 0.000 0.540 0.012 0.420 0.000 0.028
#> GSM337256 5 0.3046 0.7281 0.000 0.188 0.012 0.000 0.800 0.000
#> GSM337257 4 0.2255 0.4027 0.000 0.000 0.028 0.892 0.000 0.080
#> GSM337258 4 0.6039 -0.3130 0.000 0.332 0.260 0.408 0.000 0.000
#> GSM337259 1 0.6460 -0.1006 0.536 0.068 0.212 0.184 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.4767 -0.1397 0.000 0.004 0.040 0.512 0.000 0.444
#> GSM337261 3 0.3843 0.3996 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.4285 0.7048 0.000 0.232 0.028 0.000 0.716 0.024
#> GSM337263 3 0.7092 -0.5516 0.000 0.260 0.356 0.312 0.000 0.072
#> GSM337264 6 0.5310 0.5253 0.000 0.332 0.020 0.000 0.072 0.576
#> GSM337265 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0865 0.8535 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.5864 0.4271 0.000 0.220 0.036 0.612 0.008 0.124
#> GSM337268 6 0.4286 0.6883 0.000 0.092 0.156 0.000 0.008 0.744
#> GSM337269 6 0.1036 0.7041 0.000 0.024 0.008 0.004 0.000 0.964
#> GSM337270 3 0.6121 0.3224 0.020 0.012 0.560 0.244 0.000 0.164
#> GSM337271 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.4413 -0.2229 0.000 0.008 0.012 0.496 0.000 0.484
#> GSM337273 4 0.6910 0.3301 0.000 0.140 0.128 0.480 0.000 0.252
#> GSM337274 6 0.3052 0.6535 0.000 0.004 0.000 0.216 0.000 0.780
#> GSM337275 5 0.4814 0.6932 0.000 0.232 0.052 0.000 0.684 0.032
#> GSM337276 3 0.5316 0.5022 0.240 0.168 0.592 0.000 0.000 0.000
#> GSM337277 5 0.3290 0.7104 0.000 0.208 0.016 0.000 0.776 0.000
#> GSM337278 6 0.2026 0.6972 0.000 0.004 0.008 0.060 0.012 0.916
#> GSM337279 6 0.1657 0.7219 0.000 0.012 0.040 0.000 0.012 0.936
#> GSM337280 5 0.4523 0.5891 0.000 0.376 0.016 0.000 0.592 0.016
#> GSM337281 6 0.3764 0.7020 0.000 0.068 0.012 0.092 0.012 0.816
#> GSM337282 6 0.5309 0.6351 0.000 0.220 0.112 0.000 0.024 0.644
#> GSM337283 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 5 0.6109 0.2274 0.000 0.152 0.404 0.000 0.424 0.020
#> GSM337285 1 0.2003 0.7627 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM337286 5 0.4220 0.5488 0.000 0.004 0.304 0.000 0.664 0.028
#> GSM337287 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 5 0.2882 0.7387 0.000 0.060 0.076 0.000 0.860 0.004
#> GSM337289 3 0.6406 0.5487 0.240 0.104 0.548 0.000 0.108 0.000
#> GSM337290 6 0.1124 0.6990 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000 0.956
#> GSM337291 6 0.5367 0.6610 0.000 0.132 0.112 0.000 0.072 0.684
#> GSM337292 5 0.3271 0.7134 0.000 0.232 0.008 0.000 0.760 0.000
#> GSM337293 5 0.0000 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 5 0.0000 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 6 0.4207 0.6815 0.000 0.144 0.104 0.000 0.004 0.748
#> GSM337296 4 0.6885 0.3361 0.000 0.228 0.084 0.468 0.000 0.220
#> GSM337297 4 0.4420 0.3613 0.000 0.360 0.036 0.604 0.000 0.000
#> GSM337298 5 0.0547 0.7202 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM337299 6 0.4024 0.6936 0.000 0.092 0.128 0.000 0.008 0.772
#> GSM337300 5 0.0260 0.7265 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM337301 6 0.4622 0.5441 0.000 0.348 0.036 0.000 0.008 0.608
#> GSM337302 6 0.4333 0.3071 0.000 0.000 0.028 0.376 0.000 0.596
#> GSM337303 5 0.2872 0.7279 0.000 0.140 0.024 0.000 0.836 0.000
#> GSM337304 2 0.6068 0.5233 0.000 0.516 0.236 0.232 0.000 0.016
#> GSM337305 4 0.6625 0.3194 0.000 0.304 0.184 0.468 0.008 0.036
#> GSM337306 5 0.5019 0.4900 0.000 0.000 0.104 0.000 0.604 0.292
#> GSM337307 3 0.5587 0.5378 0.212 0.000 0.548 0.000 0.240 0.000
#> GSM337308 5 0.5400 0.6771 0.000 0.176 0.124 0.000 0.660 0.040
#> GSM337309 2 0.5873 -0.1359 0.000 0.460 0.040 0.080 0.000 0.420
#> GSM337310 5 0.4414 0.6745 0.000 0.284 0.016 0.000 0.672 0.028
#> GSM337311 6 0.4456 0.1923 0.000 0.000 0.028 0.448 0.000 0.524
#> GSM337312 3 0.5587 0.3682 0.212 0.240 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM337313 5 0.0291 0.7273 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM337314 3 0.4648 0.3281 0.000 0.072 0.680 0.240 0.000 0.008
#> GSM337315 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.5623 0.5312 0.304 0.064 0.580 0.000 0.052 0.000
#> GSM337317 5 0.0713 0.7246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM337318 4 0.6614 0.3476 0.000 0.332 0.112 0.480 0.008 0.068
#> GSM337319 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.2048 0.8443 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0632 0.8770 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.1814 0.8527 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0713 0.8764 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0790 0.8755 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.1501 0.8618 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.3023 0.7904 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0632 0.8770 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.3076 0.7860 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.2730 0.8113 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.8807 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0146 0.8802 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.1075 0.8711 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0632 0.8770 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.2631 0.8173 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:pam 177 1.48e-10 6.93e-25 2
#> MAD:pam 169 4.05e-13 8.31e-27 3
#> MAD:pam 114 3.53e-09 3.97e-17 4
#> MAD:pam 132 7.77e-10 5.31e-21 5
#> MAD:pam 117 8.77e-06 2.64e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.911 0.954 0.981 0.3734 0.634 0.634
#> 3 3 0.794 0.812 0.920 0.4983 0.784 0.663
#> 4 4 0.628 0.725 0.842 0.2013 0.790 0.553
#> 5 5 0.593 0.568 0.783 0.0673 0.847 0.588
#> 6 6 0.658 0.640 0.772 0.1100 0.823 0.467
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337266 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337283 2 0.0672 0.9745 0.008 0.992
#> GSM337284 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337286 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.5737 0.8348 0.136 0.864
#> GSM337288 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337315 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337316 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337320 2 0.9993 0.0544 0.484 0.516
#> GSM337321 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.1184 0.9629 0.984 0.016
#> GSM337323 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337327 2 0.7139 0.7559 0.196 0.804
#> GSM337328 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337330 2 0.9998 0.0233 0.492 0.508
#> GSM337331 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337334 2 0.2423 0.9442 0.040 0.960
#> GSM337335 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337336 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337337 2 0.7139 0.7559 0.196 0.804
#> GSM337338 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337339 2 0.7299 0.7438 0.204 0.796
#> GSM337340 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.6973 0.7706 0.812 0.188
#> GSM337346 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.1633 0.9564 0.976 0.024
#> GSM337351 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337355 2 0.7139 0.7559 0.196 0.804
#> GSM337356 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.9248 0.4880 0.660 0.340
#> GSM337358 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337359 2 0.3584 0.9155 0.068 0.932
#> GSM337360 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337361 2 0.7139 0.7559 0.196 0.804
#> GSM337362 1 0.6531 0.7987 0.832 0.168
#> GSM337363 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337364 2 0.0672 0.9745 0.008 0.992
#> GSM337365 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.1414 0.9599 0.980 0.020
#> GSM337367 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337368 2 0.7139 0.7559 0.196 0.804
#> GSM337369 2 0.0672 0.9745 0.008 0.992
#> GSM337370 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.8144 0.6671 0.748 0.252
#> GSM337372 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.1411 0.91533 0.000 0.964 0.036
#> GSM337198 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337200 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337201 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337202 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337203 2 0.2959 0.86372 0.000 0.900 0.100
#> GSM337204 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337205 2 0.2356 0.89142 0.000 0.928 0.072
#> GSM337206 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0237 0.92855 0.000 0.996 0.004
#> GSM337209 2 0.1163 0.91987 0.000 0.972 0.028
#> GSM337210 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337214 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337215 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337216 3 0.6280 0.30320 0.000 0.460 0.540
#> GSM337217 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0592 0.92770 0.000 0.988 0.012
#> GSM337219 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0747 0.92507 0.000 0.984 0.016
#> GSM337221 2 0.3941 0.79343 0.000 0.844 0.156
#> GSM337222 2 0.0747 0.92507 0.000 0.984 0.016
#> GSM337223 2 0.2356 0.89115 0.000 0.928 0.072
#> GSM337224 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337225 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337226 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 3 0.6204 0.40698 0.000 0.424 0.576
#> GSM337228 3 0.6286 0.28974 0.000 0.464 0.536
#> GSM337229 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337230 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337231 2 0.0237 0.92855 0.000 0.996 0.004
#> GSM337232 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337233 2 0.0237 0.92855 0.000 0.996 0.004
#> GSM337234 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337235 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337236 2 0.1964 0.90313 0.000 0.944 0.056
#> GSM337237 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337238 2 0.1964 0.90310 0.000 0.944 0.056
#> GSM337239 2 0.6291 -0.05899 0.000 0.532 0.468
#> GSM337240 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.6204 0.40547 0.000 0.424 0.576
#> GSM337242 2 0.2878 0.86808 0.000 0.904 0.096
#> GSM337243 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.2066 0.90019 0.000 0.940 0.060
#> GSM337245 2 0.1031 0.92181 0.000 0.976 0.024
#> GSM337246 2 0.2261 0.89428 0.000 0.932 0.068
#> GSM337247 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 2 0.5016 0.65282 0.000 0.760 0.240
#> GSM337250 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337251 2 0.1860 0.90573 0.000 0.948 0.052
#> GSM337252 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337253 2 0.2537 0.88413 0.000 0.920 0.080
#> GSM337254 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 2 0.1964 0.90313 0.000 0.944 0.056
#> GSM337256 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337258 2 0.0592 0.92658 0.000 0.988 0.012
#> GSM337259 3 0.6154 0.44191 0.000 0.408 0.592
#> GSM337260 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.5621 0.61613 0.000 0.308 0.692
#> GSM337262 2 0.0237 0.92846 0.000 0.996 0.004
#> GSM337263 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337264 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337265 3 0.5560 0.62534 0.000 0.300 0.700
#> GSM337266 3 0.5591 0.62092 0.000 0.304 0.696
#> GSM337267 2 0.0592 0.92770 0.000 0.988 0.012
#> GSM337268 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337270 2 0.4452 0.73824 0.000 0.808 0.192
#> GSM337271 3 0.5291 0.65504 0.000 0.268 0.732
#> GSM337272 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.2448 0.88760 0.000 0.924 0.076
#> GSM337274 2 0.1529 0.91299 0.000 0.960 0.040
#> GSM337275 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 2 0.6308 -0.15774 0.000 0.508 0.492
#> GSM337277 2 0.4399 0.74493 0.000 0.812 0.188
#> GSM337278 2 0.1289 0.91755 0.000 0.968 0.032
#> GSM337279 2 0.0592 0.92655 0.000 0.988 0.012
#> GSM337280 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337282 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337283 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337284 2 0.2796 0.87227 0.000 0.908 0.092
#> GSM337285 3 0.5621 0.61613 0.000 0.308 0.692
#> GSM337286 2 0.5760 0.45145 0.000 0.672 0.328
#> GSM337287 3 0.0475 0.69520 0.004 0.004 0.992
#> GSM337288 2 0.0592 0.92655 0.000 0.988 0.012
#> GSM337289 2 0.6280 -0.02265 0.000 0.540 0.460
#> GSM337290 2 0.0424 0.92767 0.000 0.992 0.008
#> GSM337291 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337296 2 0.2448 0.88760 0.000 0.924 0.076
#> GSM337297 2 0.2537 0.88457 0.000 0.920 0.080
#> GSM337298 2 0.6126 0.22032 0.000 0.600 0.400
#> GSM337299 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 2 0.2356 0.89135 0.000 0.928 0.072
#> GSM337301 2 0.0237 0.92731 0.000 0.996 0.004
#> GSM337302 2 0.0747 0.92507 0.000 0.984 0.016
#> GSM337303 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0237 0.92855 0.000 0.996 0.004
#> GSM337305 2 0.5859 0.40637 0.000 0.656 0.344
#> GSM337306 2 0.2165 0.89740 0.000 0.936 0.064
#> GSM337307 2 0.6291 -0.05899 0.000 0.532 0.468
#> GSM337308 2 0.1753 0.90861 0.000 0.952 0.048
#> GSM337309 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.92868 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.6252 0.35267 0.000 0.444 0.556
#> GSM337313 2 0.3879 0.79948 0.000 0.848 0.152
#> GSM337314 2 0.6286 -0.04132 0.000 0.536 0.464
#> GSM337315 3 0.5327 0.65174 0.000 0.272 0.728
#> GSM337316 3 0.6252 0.35267 0.000 0.444 0.556
#> GSM337317 2 0.2261 0.89428 0.000 0.932 0.068
#> GSM337318 2 0.2356 0.89108 0.000 0.928 0.072
#> GSM337319 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 3 0.2625 0.63963 0.084 0.000 0.916
#> GSM337321 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.3267 0.88982 0.884 0.000 0.116
#> GSM337323 1 0.1411 0.94449 0.964 0.000 0.036
#> GSM337324 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2537 0.91229 0.920 0.000 0.080
#> GSM337327 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337328 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 3 0.2261 0.65486 0.068 0.000 0.932
#> GSM337331 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337335 1 0.3038 0.89958 0.896 0.000 0.104
#> GSM337336 3 0.2878 0.70732 0.000 0.096 0.904
#> GSM337337 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337338 1 0.3192 0.89390 0.888 0.000 0.112
#> GSM337339 3 0.1289 0.67706 0.032 0.000 0.968
#> GSM337340 3 0.1031 0.70127 0.000 0.024 0.976
#> GSM337341 1 0.0424 0.96072 0.992 0.000 0.008
#> GSM337342 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.5785 0.58130 0.000 0.332 0.668
#> GSM337344 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 3 0.5926 0.12429 0.356 0.000 0.644
#> GSM337346 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.6062 0.53076 0.616 0.000 0.384
#> GSM337351 1 0.2356 0.92371 0.928 0.000 0.072
#> GSM337352 1 0.3038 0.89958 0.896 0.000 0.104
#> GSM337353 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.3038 0.89958 0.896 0.000 0.104
#> GSM337355 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337356 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 3 0.2066 0.65412 0.060 0.000 0.940
#> GSM337358 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 3 0.2878 0.70732 0.000 0.096 0.904
#> GSM337360 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337362 3 0.6111 -0.00763 0.396 0.000 0.604
#> GSM337363 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337365 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.5529 0.67991 0.704 0.000 0.296
#> GSM337367 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337369 3 0.0237 0.69506 0.004 0.000 0.996
#> GSM337370 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 3 0.6126 0.12634 0.400 0.000 0.600
#> GSM337372 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.96493 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 2 0.6554 0.1350 0.000 0.540 0.376 0.084
#> GSM337198 2 0.0707 0.8575 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337199 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337200 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337201 2 0.1637 0.8371 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM337202 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337203 3 0.4790 0.6564 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM337204 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337205 3 0.4916 0.5883 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM337206 2 0.2011 0.8412 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM337207 2 0.2174 0.8282 0.000 0.928 0.052 0.020
#> GSM337208 2 0.0921 0.8550 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM337209 2 0.4713 0.2389 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337212 2 0.1302 0.8504 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM337213 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337214 2 0.1211 0.8509 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337215 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337216 3 0.3219 0.7189 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM337217 2 0.0817 0.8575 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM337218 2 0.2149 0.8340 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM337219 2 0.0707 0.8575 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337220 2 0.6200 0.2571 0.000 0.580 0.356 0.064
#> GSM337221 3 0.4605 0.6989 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM337222 2 0.6520 0.1824 0.000 0.552 0.364 0.084
#> GSM337223 3 0.5203 0.6046 0.000 0.416 0.576 0.008
#> GSM337224 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337225 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337226 2 0.0336 0.8574 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337227 3 0.5511 0.4694 0.000 0.352 0.620 0.028
#> GSM337228 3 0.4746 0.7178 0.000 0.304 0.688 0.008
#> GSM337229 2 0.5250 0.6766 0.000 0.744 0.176 0.080
#> GSM337230 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337231 2 0.1211 0.8502 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337232 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337233 2 0.2401 0.8176 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM337234 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337235 2 0.2408 0.8021 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM337236 3 0.5050 0.6059 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM337237 2 0.4356 0.7503 0.000 0.804 0.148 0.048
#> GSM337238 3 0.5691 0.4930 0.000 0.408 0.564 0.028
#> GSM337239 3 0.3266 0.7218 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM337240 2 0.1211 0.8522 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337241 3 0.3367 0.6463 0.000 0.108 0.864 0.028
#> GSM337242 3 0.4790 0.6565 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM337243 2 0.0707 0.8571 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337244 3 0.5256 0.6094 0.000 0.392 0.596 0.012
#> GSM337245 2 0.5883 0.4613 0.000 0.648 0.288 0.064
#> GSM337246 3 0.5781 0.6797 0.000 0.252 0.676 0.072
#> GSM337247 2 0.2814 0.7881 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM337248 2 0.0817 0.8575 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM337249 3 0.5040 0.6779 0.000 0.364 0.628 0.008
#> GSM337250 2 0.1557 0.8365 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337251 2 0.6658 -0.1896 0.000 0.472 0.444 0.084
#> GSM337252 2 0.4677 0.7121 0.000 0.776 0.176 0.048
#> GSM337253 2 0.4855 0.0567 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM337254 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337255 3 0.4888 0.6070 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM337256 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337257 2 0.2662 0.8305 0.000 0.900 0.084 0.016
#> GSM337258 2 0.3351 0.7556 0.000 0.844 0.148 0.008
#> GSM337259 3 0.4406 0.6987 0.000 0.192 0.780 0.028
#> GSM337260 2 0.1722 0.8337 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM337261 3 0.1661 0.5974 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM337262 2 0.3024 0.7644 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM337263 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337264 2 0.1022 0.8545 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM337265 3 0.2399 0.5737 0.000 0.048 0.920 0.032
#> GSM337266 3 0.2586 0.5631 0.000 0.048 0.912 0.040
#> GSM337267 2 0.2281 0.8311 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337268 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337269 2 0.1867 0.8374 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337270 3 0.4477 0.7131 0.000 0.312 0.688 0.000
#> GSM337271 3 0.3427 0.4608 0.000 0.028 0.860 0.112
#> GSM337272 2 0.1489 0.8374 0.000 0.952 0.044 0.004
#> GSM337273 3 0.4950 0.6214 0.000 0.376 0.620 0.004
#> GSM337274 2 0.6389 -0.1669 0.000 0.488 0.448 0.064
#> GSM337275 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337276 3 0.4304 0.7237 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM337277 3 0.4406 0.7183 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM337278 3 0.4972 0.5057 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM337279 2 0.3668 0.7022 0.000 0.808 0.188 0.004
#> GSM337280 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337281 2 0.0469 0.8588 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337282 2 0.2345 0.8066 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM337283 4 0.5060 0.5574 0.004 0.000 0.412 0.584
#> GSM337284 3 0.4804 0.6520 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM337285 3 0.2089 0.5827 0.000 0.048 0.932 0.020
#> GSM337286 3 0.4522 0.7097 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM337287 3 0.5236 -0.3519 0.008 0.000 0.560 0.432
#> GSM337288 2 0.3873 0.6299 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337289 3 0.3486 0.7269 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM337290 2 0.2741 0.8262 0.000 0.892 0.096 0.012
#> GSM337291 2 0.1389 0.8482 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM337292 2 0.0592 0.8575 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337293 2 0.1022 0.8553 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM337294 2 0.4500 0.4923 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM337295 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337296 3 0.4855 0.6279 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM337297 2 0.4877 0.2934 0.000 0.664 0.328 0.008
#> GSM337298 3 0.3569 0.7257 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337299 2 0.0817 0.8571 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM337300 3 0.4522 0.6570 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM337301 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337302 2 0.6049 0.5028 0.000 0.652 0.264 0.084
#> GSM337303 2 0.1557 0.8447 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337304 2 0.0592 0.8584 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337305 3 0.4522 0.7097 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM337306 3 0.4977 0.5101 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM337307 3 0.3266 0.7218 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM337308 2 0.4998 -0.3661 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM337309 2 0.0188 0.8558 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337310 2 0.0707 0.8572 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337311 2 0.2871 0.8217 0.000 0.896 0.072 0.032
#> GSM337312 3 0.1557 0.6047 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM337313 3 0.4761 0.6680 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM337314 3 0.4356 0.7217 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM337315 3 0.2300 0.5447 0.000 0.028 0.924 0.048
#> GSM337316 3 0.3219 0.7189 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM337317 2 0.4406 0.4843 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM337318 3 0.4746 0.6693 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 4 0.2256 0.8272 0.020 0.000 0.056 0.924
#> GSM337321 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 4 0.4431 0.6187 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM337323 1 0.3356 0.7840 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM337324 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2760 0.8423 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM337327 4 0.2266 0.8269 0.004 0.000 0.084 0.912
#> GSM337328 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 4 0.2335 0.8277 0.020 0.000 0.060 0.920
#> GSM337331 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0188 0.9748 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337334 3 0.5161 -0.3614 0.004 0.000 0.520 0.476
#> GSM337335 4 0.4746 0.5255 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM337336 4 0.5168 0.3451 0.000 0.004 0.492 0.504
#> GSM337337 4 0.2125 0.8284 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM337338 4 0.4564 0.5817 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM337339 4 0.2125 0.8284 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM337340 3 0.4925 -0.2699 0.000 0.000 0.572 0.428
#> GSM337341 1 0.1302 0.9400 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM337342 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.2751 0.5853 0.000 0.056 0.904 0.040
#> GSM337344 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 4 0.2480 0.8005 0.088 0.000 0.008 0.904
#> GSM337346 1 0.0188 0.9748 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337347 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0188 0.9743 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337349 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 4 0.3707 0.7862 0.132 0.000 0.028 0.840
#> GSM337351 1 0.3688 0.7205 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM337352 4 0.4790 0.5011 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM337353 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 4 0.4790 0.5012 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM337355 4 0.2125 0.8284 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM337356 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 4 0.2376 0.8286 0.016 0.000 0.068 0.916
#> GSM337358 1 0.1022 0.9523 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM337359 4 0.5330 0.3835 0.004 0.004 0.476 0.516
#> GSM337360 1 0.0188 0.9748 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337361 4 0.2125 0.8284 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM337362 4 0.2593 0.7928 0.104 0.000 0.004 0.892
#> GSM337363 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 4 0.2266 0.8268 0.004 0.000 0.084 0.912
#> GSM337365 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 4 0.3157 0.7704 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM337367 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 4 0.2125 0.8284 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM337369 4 0.3908 0.7608 0.004 0.000 0.212 0.784
#> GSM337370 1 0.0817 0.9598 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337371 4 0.4037 0.7848 0.136 0.000 0.040 0.824
#> GSM337372 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9764 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0336 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337375 1 0.0707 0.9631 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337376 1 0.0188 0.9748 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 2 0.3214 0.5955 0.000 0.844 0.120 0.036 0.000
#> GSM337198 4 0.1893 0.6861 0.000 0.048 0.024 0.928 0.000
#> GSM337199 4 0.2358 0.6605 0.000 0.104 0.000 0.888 0.008
#> GSM337200 4 0.1851 0.6758 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM337201 4 0.4165 0.3170 0.000 0.320 0.000 0.672 0.008
#> GSM337202 4 0.1484 0.6856 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM337203 4 0.4451 0.3730 0.000 0.016 0.340 0.644 0.000
#> GSM337204 4 0.1732 0.6717 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM337205 4 0.4558 0.3911 0.000 0.024 0.324 0.652 0.000
#> GSM337206 4 0.3366 0.4914 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM337207 4 0.4757 0.1031 0.000 0.380 0.024 0.596 0.000
#> GSM337208 4 0.2927 0.6757 0.000 0.040 0.092 0.868 0.000
#> GSM337209 4 0.4301 0.5100 0.000 0.028 0.260 0.712 0.000
#> GSM337210 4 0.2304 0.6634 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM337211 4 0.1670 0.6883 0.000 0.052 0.012 0.936 0.000
#> GSM337212 4 0.1704 0.6815 0.000 0.068 0.004 0.928 0.000
#> GSM337213 4 0.2358 0.6605 0.000 0.104 0.000 0.888 0.008
#> GSM337214 4 0.3209 0.5772 0.000 0.180 0.000 0.812 0.008
#> GSM337215 4 0.2358 0.6605 0.000 0.104 0.000 0.888 0.008
#> GSM337216 3 0.4003 0.4694 0.000 0.008 0.704 0.288 0.000
#> GSM337217 4 0.1618 0.6916 0.000 0.040 0.008 0.944 0.008
#> GSM337218 4 0.4505 0.2068 0.000 0.368 0.004 0.620 0.008
#> GSM337219 4 0.1740 0.6877 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> GSM337220 2 0.6021 0.4577 0.000 0.524 0.128 0.348 0.000
#> GSM337221 3 0.4829 0.0541 0.000 0.020 0.496 0.484 0.000
#> GSM337222 2 0.3214 0.5955 0.000 0.844 0.120 0.036 0.000
#> GSM337223 4 0.4736 0.2296 0.000 0.020 0.404 0.576 0.000
#> GSM337224 4 0.2304 0.6609 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM337225 4 0.2136 0.6670 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> GSM337226 4 0.2162 0.6882 0.000 0.064 0.012 0.916 0.008
#> GSM337227 3 0.2664 0.5324 0.000 0.040 0.892 0.064 0.004
#> GSM337228 3 0.4702 0.2247 0.000 0.016 0.552 0.432 0.000
#> GSM337229 2 0.3844 0.6041 0.000 0.804 0.064 0.132 0.000
#> GSM337230 4 0.1924 0.6816 0.000 0.064 0.004 0.924 0.008
#> GSM337231 4 0.3570 0.6592 0.000 0.048 0.108 0.836 0.008
#> GSM337232 4 0.2411 0.6573 0.000 0.108 0.000 0.884 0.008
#> GSM337233 4 0.2362 0.6801 0.000 0.076 0.024 0.900 0.000
#> GSM337234 4 0.2017 0.6720 0.000 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM337235 4 0.3043 0.6637 0.000 0.056 0.080 0.864 0.000
#> GSM337236 4 0.5827 0.4139 0.000 0.124 0.300 0.576 0.000
#> GSM337237 2 0.5223 0.3044 0.000 0.512 0.044 0.444 0.000
#> GSM337238 2 0.6680 0.2523 0.000 0.400 0.236 0.364 0.000
#> GSM337239 3 0.4201 0.4538 0.000 0.008 0.664 0.328 0.000
#> GSM337240 4 0.1809 0.6903 0.000 0.060 0.012 0.928 0.000
#> GSM337241 3 0.0798 0.5487 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM337242 4 0.4435 0.3811 0.000 0.016 0.336 0.648 0.000
#> GSM337243 4 0.2136 0.6707 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> GSM337244 4 0.6813 -0.2206 0.000 0.340 0.304 0.356 0.000
#> GSM337245 2 0.6015 0.4309 0.000 0.516 0.124 0.360 0.000
#> GSM337246 2 0.4088 0.4100 0.000 0.688 0.304 0.008 0.000
#> GSM337247 4 0.3904 0.6193 0.000 0.052 0.156 0.792 0.000
#> GSM337248 4 0.1522 0.6892 0.000 0.044 0.012 0.944 0.000
#> GSM337249 4 0.4829 -0.0549 0.000 0.020 0.480 0.500 0.000
#> GSM337250 4 0.4165 0.3176 0.000 0.320 0.000 0.672 0.008
#> GSM337251 2 0.3151 0.5771 0.000 0.836 0.144 0.020 0.000
#> GSM337252 2 0.5425 0.3468 0.000 0.520 0.060 0.420 0.000
#> GSM337253 4 0.4800 0.3055 0.000 0.028 0.368 0.604 0.000
#> GSM337254 4 0.1740 0.6891 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> GSM337255 4 0.4400 0.4342 0.000 0.020 0.308 0.672 0.000
#> GSM337256 4 0.1725 0.6874 0.000 0.044 0.020 0.936 0.000
#> GSM337257 4 0.4824 0.1028 0.000 0.376 0.028 0.596 0.000
#> GSM337258 4 0.4568 0.6329 0.000 0.092 0.136 0.764 0.008
#> GSM337259 3 0.2026 0.5511 0.000 0.012 0.924 0.056 0.008
#> GSM337260 4 0.4402 0.1957 0.000 0.372 0.004 0.620 0.004
#> GSM337261 3 0.1314 0.5573 0.000 0.016 0.960 0.012 0.012
#> GSM337262 4 0.3215 0.6589 0.000 0.056 0.092 0.852 0.000
#> GSM337263 4 0.2304 0.6630 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM337264 4 0.2149 0.6830 0.000 0.048 0.036 0.916 0.000
#> GSM337265 3 0.1750 0.5452 0.000 0.028 0.936 0.000 0.036
#> GSM337266 3 0.1750 0.5452 0.000 0.028 0.936 0.000 0.036
#> GSM337267 4 0.4594 0.2269 0.000 0.360 0.008 0.624 0.008
#> GSM337268 4 0.1792 0.6831 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM337269 4 0.4147 0.3071 0.000 0.316 0.000 0.676 0.008
#> GSM337270 3 0.6477 0.1103 0.000 0.192 0.456 0.352 0.000
#> GSM337271 3 0.1750 0.5452 0.000 0.028 0.936 0.000 0.036
#> GSM337272 4 0.3774 0.3824 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM337273 4 0.6773 -0.0859 0.000 0.276 0.344 0.380 0.000
#> GSM337274 2 0.5808 0.5963 0.000 0.608 0.160 0.232 0.000
#> GSM337275 4 0.1740 0.6891 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> GSM337276 3 0.4560 0.0762 0.000 0.008 0.508 0.484 0.000
#> GSM337277 3 0.4821 0.1596 0.000 0.020 0.516 0.464 0.000
#> GSM337278 4 0.4498 0.4685 0.000 0.032 0.280 0.688 0.000
#> GSM337279 4 0.3471 0.6603 0.000 0.092 0.072 0.836 0.000
#> GSM337280 4 0.1670 0.6888 0.000 0.052 0.012 0.936 0.000
#> GSM337281 4 0.2193 0.6719 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008
#> GSM337282 4 0.3262 0.6437 0.000 0.036 0.124 0.840 0.000
#> GSM337283 3 0.4374 0.2209 0.000 0.028 0.700 0.000 0.272
#> GSM337284 4 0.4757 0.2746 0.000 0.024 0.380 0.596 0.000
#> GSM337285 3 0.1804 0.5552 0.000 0.024 0.940 0.012 0.024
#> GSM337286 3 0.4659 0.0659 0.000 0.012 0.496 0.492 0.000
#> GSM337287 3 0.3724 0.3725 0.000 0.028 0.788 0.000 0.184
#> GSM337288 4 0.3622 0.6379 0.000 0.056 0.124 0.820 0.000
#> GSM337289 3 0.4201 0.4507 0.000 0.008 0.664 0.328 0.000
#> GSM337290 4 0.4310 0.1531 0.000 0.392 0.004 0.604 0.000
#> GSM337291 4 0.1872 0.6888 0.000 0.052 0.020 0.928 0.000
#> GSM337292 4 0.1597 0.6875 0.000 0.048 0.012 0.940 0.000
#> GSM337293 4 0.2139 0.6835 0.000 0.052 0.032 0.916 0.000
#> GSM337294 4 0.5069 0.3743 0.000 0.052 0.328 0.620 0.000
#> GSM337295 4 0.2358 0.6605 0.000 0.104 0.000 0.888 0.008
#> GSM337296 4 0.4824 0.2945 0.000 0.028 0.376 0.596 0.000
#> GSM337297 4 0.4642 0.4479 0.000 0.032 0.308 0.660 0.000
#> GSM337298 3 0.4524 0.4448 0.000 0.020 0.644 0.336 0.000
#> GSM337299 4 0.1732 0.6749 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM337300 3 0.4779 0.3463 0.000 0.024 0.588 0.388 0.000
#> GSM337301 4 0.1792 0.6733 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM337302 2 0.3479 0.6073 0.000 0.836 0.080 0.084 0.000
#> GSM337303 4 0.2228 0.6826 0.000 0.048 0.040 0.912 0.000
#> GSM337304 4 0.2544 0.6871 0.000 0.028 0.064 0.900 0.008
#> GSM337305 4 0.4617 0.1263 0.000 0.012 0.436 0.552 0.000
#> GSM337306 4 0.4540 0.3928 0.000 0.024 0.320 0.656 0.000
#> GSM337307 3 0.4201 0.4538 0.000 0.008 0.664 0.328 0.000
#> GSM337308 4 0.4597 0.4924 0.000 0.044 0.260 0.696 0.000
#> GSM337309 4 0.2193 0.6684 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008
#> GSM337310 4 0.2067 0.6837 0.000 0.048 0.032 0.920 0.000
#> GSM337311 4 0.5044 -0.1959 0.000 0.464 0.032 0.504 0.000
#> GSM337312 3 0.1981 0.5472 0.000 0.016 0.920 0.064 0.000
#> GSM337313 4 0.4818 -0.0243 0.000 0.020 0.460 0.520 0.000
#> GSM337314 3 0.4562 0.0662 0.000 0.008 0.496 0.496 0.000
#> GSM337315 3 0.1750 0.5452 0.000 0.028 0.936 0.000 0.036
#> GSM337316 3 0.3689 0.4784 0.000 0.004 0.740 0.256 0.000
#> GSM337317 4 0.5509 -0.0678 0.000 0.064 0.464 0.472 0.000
#> GSM337318 4 0.4718 0.3523 0.000 0.028 0.344 0.628 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 5 0.1153 0.8336 0.008 0.024 0.004 0.000 0.964
#> GSM337321 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 5 0.3550 0.7064 0.184 0.020 0.000 0.000 0.796
#> GSM337323 1 0.3966 0.4680 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM337324 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2605 0.7859 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM337327 5 0.2795 0.8143 0.000 0.028 0.100 0.000 0.872
#> GSM337328 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 5 0.2584 0.8314 0.008 0.040 0.052 0.000 0.900
#> GSM337331 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.3074 0.8046 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM337334 3 0.4420 0.2190 0.000 0.028 0.692 0.000 0.280
#> GSM337335 5 0.4419 0.5256 0.312 0.020 0.000 0.000 0.668
#> GSM337336 3 0.3366 0.4873 0.000 0.032 0.828 0.000 0.140
#> GSM337337 5 0.2325 0.8291 0.000 0.028 0.068 0.000 0.904
#> GSM337338 5 0.3942 0.6431 0.232 0.020 0.000 0.000 0.748
#> GSM337339 5 0.2054 0.8324 0.000 0.028 0.052 0.000 0.920
#> GSM337340 3 0.2984 0.5068 0.000 0.032 0.860 0.000 0.108
#> GSM337341 1 0.1270 0.8767 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM337342 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.0798 0.5506 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM337344 1 0.2230 0.8650 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM337345 5 0.1012 0.8248 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968
#> GSM337346 1 0.2929 0.8203 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM337347 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.1608 0.8853 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM337349 1 0.1341 0.8913 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM337350 5 0.1872 0.8115 0.052 0.020 0.000 0.000 0.928
#> GSM337351 1 0.4182 0.4578 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM337352 5 0.4473 0.4964 0.324 0.020 0.000 0.000 0.656
#> GSM337353 1 0.1197 0.8930 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM337354 5 0.4419 0.5256 0.312 0.020 0.000 0.000 0.668
#> GSM337355 5 0.2124 0.8316 0.000 0.028 0.056 0.000 0.916
#> GSM337356 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 5 0.1605 0.8349 0.012 0.004 0.040 0.000 0.944
#> GSM337358 1 0.3366 0.7838 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> GSM337359 3 0.4134 0.3891 0.000 0.044 0.760 0.000 0.196
#> GSM337360 1 0.2605 0.8453 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM337361 5 0.2124 0.8316 0.000 0.028 0.056 0.000 0.916
#> GSM337362 5 0.1012 0.8248 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968
#> GSM337363 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 5 0.4442 0.6377 0.000 0.028 0.284 0.000 0.688
#> GSM337365 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 5 0.1485 0.8195 0.032 0.020 0.000 0.000 0.948
#> GSM337367 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 5 0.2325 0.8291 0.000 0.028 0.068 0.000 0.904
#> GSM337369 5 0.4974 0.3585 0.000 0.028 0.464 0.000 0.508
#> GSM337370 1 0.3274 0.7760 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM337371 5 0.2270 0.7960 0.076 0.020 0.000 0.000 0.904
#> GSM337372 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0963 0.8958 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337374 1 0.2852 0.8362 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM337375 1 0.3003 0.8212 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM337376 1 0.2929 0.8203 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.0291 0.7309 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337198 5 0.2632 0.6255 0.000 0.000 0.004 0.164 0.832 0.000
#> GSM337199 4 0.0291 0.7527 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM337200 4 0.0363 0.7518 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337201 4 0.3547 0.3911 0.000 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> GSM337202 4 0.1957 0.6971 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM337203 5 0.4195 0.6398 0.000 0.016 0.256 0.024 0.704 0.000
#> GSM337204 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337205 5 0.4378 0.6589 0.000 0.016 0.240 0.040 0.704 0.000
#> GSM337206 4 0.4634 0.3898 0.000 0.284 0.000 0.644 0.072 0.000
#> GSM337207 2 0.3101 0.7284 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM337208 5 0.4667 0.6218 0.000 0.004 0.056 0.308 0.632 0.000
#> GSM337209 5 0.4871 0.6491 0.000 0.004 0.308 0.072 0.616 0.000
#> GSM337210 4 0.2632 0.6316 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164 0.000
#> GSM337211 5 0.2697 0.6177 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM337212 4 0.5077 0.5270 0.000 0.052 0.036 0.644 0.268 0.000
#> GSM337213 4 0.0260 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337214 4 0.3534 0.4492 0.000 0.276 0.000 0.716 0.008 0.000
#> GSM337215 4 0.0260 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337216 3 0.3830 0.1644 0.000 0.004 0.620 0.000 0.376 0.000
#> GSM337217 5 0.4294 0.4292 0.000 0.020 0.000 0.428 0.552 0.000
#> GSM337218 2 0.4258 0.3702 0.000 0.516 0.000 0.468 0.016 0.000
#> GSM337219 5 0.2527 0.6195 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM337220 2 0.3281 0.7453 0.000 0.784 0.004 0.200 0.012 0.000
#> GSM337221 5 0.4154 0.6100 0.000 0.012 0.296 0.016 0.676 0.000
#> GSM337222 2 0.0291 0.7309 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337223 5 0.5732 0.6502 0.000 0.068 0.248 0.076 0.608 0.000
#> GSM337224 4 0.0260 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337225 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337226 5 0.4793 0.6658 0.000 0.008 0.084 0.240 0.668 0.000
#> GSM337227 3 0.3384 0.5376 0.000 0.004 0.760 0.008 0.228 0.000
#> GSM337228 3 0.4326 -0.3030 0.000 0.008 0.500 0.008 0.484 0.000
#> GSM337229 2 0.0291 0.7309 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337230 4 0.3175 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM337231 5 0.5431 0.6157 0.000 0.008 0.108 0.332 0.552 0.000
#> GSM337232 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337233 4 0.4754 0.5285 0.000 0.084 0.004 0.660 0.252 0.000
#> GSM337234 4 0.2793 0.5692 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM337235 5 0.2362 0.6353 0.000 0.004 0.000 0.136 0.860 0.000
#> GSM337236 5 0.7596 0.1936 0.000 0.228 0.180 0.256 0.336 0.000
#> GSM337237 2 0.3357 0.7384 0.000 0.764 0.004 0.224 0.008 0.000
#> GSM337238 2 0.4783 0.6811 0.000 0.684 0.016 0.224 0.076 0.000
#> GSM337239 5 0.3899 0.5070 0.000 0.004 0.404 0.000 0.592 0.000
#> GSM337240 5 0.5503 0.1471 0.000 0.032 0.056 0.428 0.484 0.000
#> GSM337241 3 0.1686 0.7613 0.000 0.012 0.924 0.000 0.064 0.000
#> GSM337242 5 0.4236 0.6495 0.000 0.024 0.236 0.024 0.716 0.000
#> GSM337243 4 0.1644 0.7112 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> GSM337244 2 0.6005 0.5815 0.000 0.596 0.100 0.224 0.080 0.000
#> GSM337245 2 0.1296 0.7320 0.000 0.952 0.004 0.032 0.012 0.000
#> GSM337246 2 0.2772 0.5654 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> GSM337247 5 0.3989 0.6459 0.000 0.000 0.236 0.044 0.720 0.000
#> GSM337248 5 0.3963 0.6545 0.000 0.012 0.040 0.192 0.756 0.000
#> GSM337249 5 0.5184 0.6399 0.000 0.012 0.292 0.088 0.608 0.000
#> GSM337250 4 0.3578 0.2780 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM337251 2 0.0291 0.7309 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM337252 2 0.3454 0.7377 0.000 0.760 0.004 0.224 0.012 0.000
#> GSM337253 5 0.5404 0.6559 0.000 0.016 0.276 0.108 0.600 0.000
#> GSM337254 5 0.4271 0.5499 0.000 0.012 0.020 0.304 0.664 0.000
#> GSM337255 5 0.6124 0.6445 0.000 0.080 0.184 0.140 0.596 0.000
#> GSM337256 5 0.2491 0.6212 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM337257 2 0.3452 0.7184 0.000 0.736 0.004 0.256 0.004 0.000
#> GSM337258 5 0.7214 0.3202 0.000 0.284 0.096 0.240 0.380 0.000
#> GSM337259 3 0.2455 0.7147 0.000 0.004 0.872 0.012 0.112 0.000
#> GSM337260 2 0.3862 0.3556 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.2003 0.7256 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM337262 5 0.4087 0.6813 0.000 0.016 0.116 0.092 0.776 0.000
#> GSM337263 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337264 5 0.2454 0.6316 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM337265 3 0.0547 0.7592 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337266 3 0.0790 0.7619 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM337267 2 0.4408 0.2963 0.000 0.488 0.000 0.488 0.024 0.000
#> GSM337268 4 0.4045 0.4711 0.000 0.024 0.000 0.664 0.312 0.000
#> GSM337269 4 0.3874 0.2133 0.000 0.356 0.000 0.636 0.008 0.000
#> GSM337270 5 0.5507 0.5545 0.000 0.180 0.216 0.008 0.596 0.000
#> GSM337271 3 0.0260 0.7529 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337272 4 0.3652 0.3260 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM337273 5 0.6193 0.4257 0.000 0.276 0.196 0.024 0.504 0.000
#> GSM337274 2 0.0881 0.7336 0.000 0.972 0.008 0.008 0.012 0.000
#> GSM337275 5 0.2871 0.6239 0.000 0.004 0.000 0.192 0.804 0.000
#> GSM337276 5 0.4293 0.6011 0.000 0.016 0.308 0.016 0.660 0.000
#> GSM337277 5 0.3923 0.5501 0.000 0.008 0.372 0.000 0.620 0.000
#> GSM337278 5 0.5729 0.6219 0.000 0.048 0.176 0.148 0.628 0.000
#> GSM337279 4 0.5444 0.4082 0.000 0.216 0.000 0.576 0.208 0.000
#> GSM337280 5 0.3409 0.5657 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM337281 4 0.1349 0.7389 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056 0.000
#> GSM337282 5 0.4288 0.5718 0.000 0.012 0.016 0.328 0.644 0.000
#> GSM337283 3 0.3266 0.4061 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM337284 5 0.4215 0.6257 0.000 0.012 0.276 0.024 0.688 0.000
#> GSM337285 3 0.1663 0.7502 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM337286 5 0.4154 0.6117 0.000 0.012 0.296 0.016 0.676 0.000
#> GSM337287 3 0.2527 0.6016 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM337288 5 0.3539 0.6731 0.000 0.012 0.136 0.044 0.808 0.000
#> GSM337289 5 0.3899 0.5070 0.000 0.004 0.404 0.000 0.592 0.000
#> GSM337290 2 0.4131 0.5486 0.000 0.600 0.000 0.384 0.016 0.000
#> GSM337291 5 0.5252 0.1177 0.000 0.036 0.032 0.452 0.480 0.000
#> GSM337292 5 0.2491 0.6221 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM337293 5 0.2454 0.6332 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM337294 5 0.3470 0.6275 0.000 0.000 0.248 0.012 0.740 0.000
#> GSM337295 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337296 5 0.5065 0.6109 0.000 0.108 0.200 0.020 0.672 0.000
#> GSM337297 5 0.5895 0.6693 0.000 0.020 0.248 0.176 0.556 0.000
#> GSM337298 5 0.3955 0.5311 0.000 0.008 0.384 0.000 0.608 0.000
#> GSM337299 4 0.4361 0.6011 0.000 0.072 0.008 0.724 0.196 0.000
#> GSM337300 5 0.3819 0.5476 0.000 0.004 0.372 0.000 0.624 0.000
#> GSM337301 4 0.0363 0.7518 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337302 2 0.0551 0.7318 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008 0.000
#> GSM337303 5 0.4117 0.6796 0.000 0.008 0.100 0.128 0.764 0.000
#> GSM337304 5 0.4385 0.4456 0.000 0.008 0.012 0.440 0.540 0.000
#> GSM337305 5 0.4284 0.6171 0.000 0.016 0.288 0.020 0.676 0.000
#> GSM337306 5 0.4207 0.6562 0.000 0.020 0.232 0.028 0.720 0.000
#> GSM337307 5 0.3899 0.5070 0.000 0.004 0.404 0.000 0.592 0.000
#> GSM337308 5 0.4481 0.6844 0.000 0.032 0.124 0.092 0.752 0.000
#> GSM337309 4 0.0146 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337310 5 0.2778 0.6310 0.000 0.000 0.008 0.168 0.824 0.000
#> GSM337311 2 0.3081 0.7395 0.000 0.776 0.004 0.220 0.000 0.000
#> GSM337312 3 0.3595 0.4286 0.000 0.008 0.704 0.000 0.288 0.000
#> GSM337313 5 0.4046 0.5564 0.000 0.008 0.368 0.004 0.620 0.000
#> GSM337314 5 0.3938 0.5987 0.000 0.004 0.312 0.012 0.672 0.000
#> GSM337315 3 0.0713 0.7608 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337316 3 0.3742 0.2648 0.000 0.004 0.648 0.000 0.348 0.000
#> GSM337317 5 0.4204 0.6404 0.000 0.004 0.260 0.040 0.696 0.000
#> GSM337318 5 0.4519 0.6305 0.000 0.032 0.260 0.024 0.684 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 6 0.1957 0.7538 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM337321 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 6 0.2762 0.6309 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337323 1 0.1714 0.8223 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM337324 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2135 0.7824 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM337327 6 0.3330 0.6907 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM337328 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 6 0.2969 0.7220 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM337331 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.3528 0.6950 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM337334 3 0.2762 0.5494 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM337335 6 0.2996 0.5923 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM337336 3 0.2020 0.6689 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> GSM337337 6 0.3198 0.7090 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM337338 6 0.2562 0.6529 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM337339 6 0.3126 0.7157 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM337340 3 0.1610 0.6754 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM337341 1 0.0865 0.8647 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337342 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.0547 0.7592 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337344 1 0.2482 0.8248 0.848 0.004 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM337345 6 0.0000 0.7556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337346 1 0.3383 0.7295 0.728 0.004 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM337347 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.1908 0.8554 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337349 1 0.2006 0.8498 0.892 0.004 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM337350 6 0.1141 0.7423 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM337351 6 0.3961 -0.0914 0.440 0.004 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM337352 6 0.2969 0.5962 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM337353 1 0.2006 0.8501 0.892 0.004 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM337354 6 0.2996 0.5923 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM337355 6 0.3198 0.7090 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM337356 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 6 0.1663 0.7562 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM337358 1 0.3489 0.7064 0.708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM337359 3 0.2003 0.6462 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM337360 1 0.3337 0.7384 0.736 0.004 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM337361 6 0.3198 0.7090 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM337362 6 0.0146 0.7562 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337363 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 6 0.3499 0.6497 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM337365 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 6 0.0713 0.7524 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM337367 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 6 0.3198 0.7090 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM337369 6 0.3868 0.3855 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM337370 1 0.3489 0.7044 0.708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM337371 6 0.1910 0.7075 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM337372 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.1644 0.8614 0.920 0.004 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM337374 1 0.3290 0.7485 0.744 0.004 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM337375 1 0.3489 0.7136 0.708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM337376 1 0.3383 0.7295 0.728 0.004 0.000 0.000 0.000 0.268
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:mclust 177 6.64e-08 2.99e-27 2
#> MAD:mclust 162 3.28e-13 3.64e-30 3
#> MAD:mclust 160 1.59e-10 1.16e-31 4
#> MAD:mclust 118 2.58e-09 1.74e-21 5
#> MAD:mclust 154 1.56e-10 2.30e-28 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.881 0.928 0.953 0.4508 0.561 0.561
#> 3 3 0.798 0.868 0.915 0.4729 0.764 0.582
#> 4 4 0.861 0.877 0.947 0.1141 0.812 0.518
#> 5 5 0.868 0.832 0.922 0.0664 0.903 0.659
#> 6 6 0.806 0.741 0.844 0.0327 0.941 0.739
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337198 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337199 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0672 0.937 0.008 0.992
#> GSM337202 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.4298 0.924 0.088 0.912
#> GSM337204 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337206 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337208 2 0.2778 0.935 0.048 0.952
#> GSM337209 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337210 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.3733 0.930 0.072 0.928
#> GSM337212 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0938 0.937 0.012 0.988
#> GSM337215 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337217 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337218 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> GSM337219 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337220 2 0.4431 0.900 0.092 0.908
#> GSM337221 2 0.4298 0.924 0.088 0.912
#> GSM337222 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337223 2 0.2236 0.930 0.036 0.964
#> GSM337224 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337225 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337227 2 0.0938 0.939 0.012 0.988
#> GSM337228 2 0.4298 0.924 0.088 0.912
#> GSM337229 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337230 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337236 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337238 2 0.2603 0.927 0.044 0.956
#> GSM337239 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337240 2 0.2948 0.935 0.052 0.948
#> GSM337241 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337242 2 0.3733 0.930 0.072 0.928
#> GSM337243 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337244 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337245 2 0.4431 0.900 0.092 0.908
#> GSM337246 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337247 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337248 2 0.2236 0.937 0.036 0.964
#> GSM337249 2 0.1414 0.938 0.020 0.980
#> GSM337250 2 0.3584 0.915 0.068 0.932
#> GSM337251 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337252 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337253 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.2948 0.935 0.052 0.948
#> GSM337255 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337257 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337258 2 0.2603 0.927 0.044 0.956
#> GSM337259 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337260 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337261 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337262 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337263 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337265 2 0.4690 0.897 0.100 0.900
#> GSM337266 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337267 2 0.3114 0.922 0.056 0.944
#> GSM337268 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.3584 0.915 0.068 0.932
#> GSM337270 2 0.2236 0.930 0.036 0.964
#> GSM337271 2 0.1184 0.936 0.016 0.984
#> GSM337272 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> GSM337273 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337274 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337275 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337276 2 0.2778 0.936 0.048 0.952
#> GSM337277 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337278 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.3431 0.932 0.064 0.936
#> GSM337281 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.5294 0.854 0.880 0.120
#> GSM337284 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337285 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337286 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337287 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337288 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337289 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337290 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> GSM337291 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337293 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337294 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337295 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.2423 0.929 0.040 0.960
#> GSM337298 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337299 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337301 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337303 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337304 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.3879 0.929 0.076 0.924
#> GSM337306 2 0.1184 0.938 0.016 0.984
#> GSM337307 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337308 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337309 2 0.0376 0.938 0.004 0.996
#> GSM337310 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337311 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337312 2 0.6048 0.876 0.148 0.852
#> GSM337313 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337314 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337315 2 0.9754 0.393 0.408 0.592
#> GSM337316 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337317 2 0.4431 0.923 0.092 0.908
#> GSM337318 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337328 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337335 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.2948 0.925 0.948 0.052
#> GSM337337 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337338 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337340 1 0.9922 0.116 0.552 0.448
#> GSM337341 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.4562 0.897 0.096 0.904
#> GSM337344 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337356 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337360 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337362 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.4161 0.910 0.916 0.084
#> GSM337365 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> GSM337369 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 3 0.1964 0.8975 0.000 0.056 0.944
#> GSM337199 2 0.6225 0.3236 0.000 0.568 0.432
#> GSM337200 3 0.5178 0.6674 0.000 0.256 0.744
#> GSM337201 2 0.2261 0.8709 0.000 0.932 0.068
#> GSM337202 3 0.3038 0.8687 0.000 0.104 0.896
#> GSM337203 3 0.0424 0.9035 0.000 0.008 0.992
#> GSM337204 2 0.5431 0.6612 0.000 0.716 0.284
#> GSM337205 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.5529 0.6427 0.000 0.704 0.296
#> GSM337207 2 0.0237 0.8849 0.000 0.996 0.004
#> GSM337208 3 0.2356 0.8904 0.000 0.072 0.928
#> GSM337209 3 0.1860 0.8986 0.000 0.052 0.948
#> GSM337210 2 0.4399 0.7912 0.000 0.812 0.188
#> GSM337211 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337212 3 0.2356 0.8904 0.000 0.072 0.928
#> GSM337213 2 0.4062 0.8121 0.000 0.836 0.164
#> GSM337214 2 0.1643 0.8792 0.000 0.956 0.044
#> GSM337215 2 0.4605 0.7747 0.000 0.796 0.204
#> GSM337216 3 0.0237 0.9041 0.000 0.004 0.996
#> GSM337217 3 0.6260 0.1254 0.000 0.448 0.552
#> GSM337218 2 0.1529 0.8801 0.000 0.960 0.040
#> GSM337219 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337220 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337221 3 0.4346 0.7740 0.000 0.184 0.816
#> GSM337222 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.1964 0.8581 0.000 0.944 0.056
#> GSM337224 2 0.4702 0.7657 0.000 0.788 0.212
#> GSM337225 2 0.3551 0.8370 0.000 0.868 0.132
#> GSM337226 3 0.2356 0.8904 0.000 0.072 0.928
#> GSM337227 2 0.8144 0.3587 0.076 0.544 0.380
#> GSM337228 3 0.1529 0.8916 0.000 0.040 0.960
#> GSM337229 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 3 0.4062 0.8095 0.000 0.164 0.836
#> GSM337231 3 0.5254 0.6827 0.000 0.264 0.736
#> GSM337232 2 0.1964 0.8756 0.000 0.944 0.056
#> GSM337233 2 0.6008 0.4458 0.000 0.628 0.372
#> GSM337234 2 0.4887 0.7436 0.000 0.772 0.228
#> GSM337235 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.2165 0.8528 0.000 0.936 0.064
#> GSM337237 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0424 0.8825 0.000 0.992 0.008
#> GSM337239 3 0.1031 0.8989 0.000 0.024 0.976
#> GSM337240 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337241 2 0.2165 0.8528 0.000 0.936 0.064
#> GSM337242 3 0.0424 0.9035 0.000 0.008 0.992
#> GSM337243 2 0.6309 0.0695 0.000 0.500 0.500
#> GSM337244 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337246 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337247 3 0.0592 0.9050 0.000 0.012 0.988
#> GSM337248 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337249 3 0.5058 0.6910 0.000 0.244 0.756
#> GSM337250 2 0.2711 0.8615 0.000 0.912 0.088
#> GSM337251 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 3 0.5706 0.5306 0.000 0.320 0.680
#> GSM337254 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337255 3 0.6140 0.3463 0.000 0.404 0.596
#> GSM337256 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337260 2 0.1529 0.8801 0.000 0.960 0.040
#> GSM337261 3 0.1529 0.8916 0.000 0.040 0.960
#> GSM337262 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337263 3 0.4346 0.7841 0.000 0.184 0.816
#> GSM337264 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.2261 0.8509 0.000 0.932 0.068
#> GSM337266 3 0.2165 0.8784 0.000 0.064 0.936
#> GSM337267 2 0.1860 0.8771 0.000 0.948 0.052
#> GSM337268 3 0.2625 0.8832 0.000 0.084 0.916
#> GSM337269 2 0.1860 0.8769 0.000 0.948 0.052
#> GSM337270 2 0.2356 0.8487 0.000 0.928 0.072
#> GSM337271 2 0.2537 0.8452 0.000 0.920 0.080
#> GSM337272 2 0.1964 0.8756 0.000 0.944 0.056
#> GSM337273 2 0.2356 0.8487 0.000 0.928 0.072
#> GSM337274 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337276 3 0.4002 0.7985 0.000 0.160 0.840
#> GSM337277 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337278 3 0.0424 0.9035 0.000 0.008 0.992
#> GSM337279 2 0.2537 0.8678 0.000 0.920 0.080
#> GSM337280 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337281 2 0.4504 0.7838 0.000 0.804 0.196
#> GSM337282 3 0.2356 0.8915 0.000 0.072 0.928
#> GSM337283 1 0.4605 0.7390 0.796 0.000 0.204
#> GSM337284 3 0.0747 0.9015 0.000 0.016 0.984
#> GSM337285 3 0.3192 0.8414 0.000 0.112 0.888
#> GSM337286 3 0.1643 0.8897 0.000 0.044 0.956
#> GSM337287 3 0.3043 0.8605 0.008 0.084 0.908
#> GSM337288 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337289 3 0.2066 0.8809 0.000 0.060 0.940
#> GSM337290 2 0.0424 0.8847 0.000 0.992 0.008
#> GSM337291 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337292 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337293 3 0.2066 0.8962 0.000 0.060 0.940
#> GSM337294 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.6280 0.2290 0.000 0.540 0.460
#> GSM337296 2 0.2448 0.8478 0.000 0.924 0.076
#> GSM337297 2 0.1163 0.8831 0.000 0.972 0.028
#> GSM337298 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337299 3 0.3686 0.8349 0.000 0.140 0.860
#> GSM337300 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337301 3 0.5178 0.6678 0.000 0.256 0.744
#> GSM337302 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337303 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.4178 0.8070 0.000 0.828 0.172
#> GSM337305 3 0.2165 0.8784 0.000 0.064 0.936
#> GSM337306 3 0.0592 0.9050 0.000 0.012 0.988
#> GSM337307 3 0.1031 0.8989 0.000 0.024 0.976
#> GSM337308 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.4605 0.7752 0.000 0.796 0.204
#> GSM337310 3 0.1031 0.9039 0.000 0.024 0.976
#> GSM337311 2 0.0424 0.8847 0.000 0.992 0.008
#> GSM337312 3 0.0892 0.8970 0.020 0.000 0.980
#> GSM337313 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000
#> GSM337314 3 0.1860 0.8852 0.000 0.052 0.948
#> GSM337315 3 0.3644 0.8034 0.124 0.004 0.872
#> GSM337316 3 0.1860 0.8852 0.000 0.052 0.948
#> GSM337317 3 0.2165 0.8948 0.000 0.064 0.936
#> GSM337318 3 0.5497 0.6177 0.000 0.292 0.708
#> GSM337319 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0424 0.9786 0.992 0.008 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 2 0.2711 0.8247 0.088 0.912 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.1031 0.9607 0.976 0.000 0.024
#> GSM337337 1 0.0237 0.9824 0.996 0.004 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.6295 0.0699 0.528 0.000 0.472
#> GSM337341 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 2 0.0000 0.8851 0.000 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0237 0.9824 0.996 0.004 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0424 0.9787 0.992 0.008 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 2 0.1637 0.8808 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM337202 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337203 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 2 0.0707 0.9091 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337205 3 0.0707 0.8862 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM337206 2 0.3569 0.7358 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM337207 4 0.3764 0.7257 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM337208 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337209 2 0.4961 0.1821 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.3636 0.7535 0.000 0.820 0.172 0.008
#> GSM337213 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.4941 0.2676 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM337215 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337218 4 0.0817 0.9101 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM337219 2 0.0188 0.9185 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337220 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337221 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337222 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337223 4 0.1940 0.8704 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM337224 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0592 0.9116 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337226 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337227 2 0.0188 0.9183 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337228 3 0.3610 0.7278 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM337229 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.2345 0.8422 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM337232 2 0.2469 0.8334 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337233 2 0.5186 0.4486 0.000 0.640 0.016 0.344
#> GSM337234 2 0.0921 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337235 3 0.4382 0.5918 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM337236 4 0.4356 0.5897 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM337237 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337238 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337239 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337240 2 0.2647 0.8194 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337241 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337242 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337244 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337245 4 0.2081 0.8709 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM337246 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.3123 0.7783 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM337248 2 0.0188 0.9185 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337249 3 0.2760 0.8033 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM337250 2 0.2281 0.8479 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337251 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 3 0.2053 0.8442 0.000 0.004 0.924 0.072
#> GSM337256 2 0.0592 0.9116 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337257 4 0.1118 0.9049 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM337258 4 0.1302 0.9001 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM337259 4 0.3610 0.7509 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM337260 2 0.4830 0.3569 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM337261 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337262 3 0.4431 0.5676 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 2 0.0188 0.9186 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337265 4 0.4103 0.6549 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM337266 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337267 4 0.3400 0.7745 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM337268 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337269 4 0.3726 0.7266 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM337270 3 0.4776 0.3711 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM337271 3 0.4193 0.5966 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM337272 2 0.0188 0.9183 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337273 4 0.3649 0.7301 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM337274 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337276 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337277 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337278 3 0.0188 0.8941 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337279 4 0.2973 0.8259 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM337280 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0336 0.9164 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337283 3 0.2530 0.7977 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM337284 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337285 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337286 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337287 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337288 3 0.3266 0.7743 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM337289 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0188 0.9185 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0188 0.9185 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337294 2 0.4992 0.0768 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 3 0.4925 0.2218 0.000 0.000 0.572 0.428
#> GSM337297 2 0.4406 0.5608 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM337298 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 3 0.3649 0.7336 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337302 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337303 3 0.3400 0.7664 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337305 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337306 2 0.4955 0.1775 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM337307 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337308 3 0.2921 0.8015 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337312 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337313 3 0.4304 0.6073 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM337314 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337315 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337316 3 0.0000 0.8961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337318 3 0.0336 0.8918 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337319 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.2216 0.8947 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM337328 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 4 0.0592 0.9111 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM337335 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 2 0.2469 0.8213 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.1302 0.9496 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM337338 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.3726 0.7254 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0188 0.9894 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337362 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9932 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337198 2 0.3177 0.7436 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM337199 5 0.1043 0.8372 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM337200 2 0.1410 0.8667 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM337201 5 0.3692 0.7539 0.000 0.052 0.000 0.136 0.812
#> GSM337202 2 0.0290 0.8840 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337203 3 0.1410 0.8507 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM337204 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337205 5 0.4227 0.2145 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM337206 5 0.6155 0.4706 0.000 0.252 0.000 0.192 0.556
#> GSM337207 4 0.4074 0.4039 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM337208 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337209 2 0.5096 0.5113 0.000 0.656 0.272 0.000 0.072
#> GSM337210 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337212 5 0.4482 0.5998 0.000 0.252 0.004 0.032 0.712
#> GSM337213 2 0.2690 0.7925 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM337214 2 0.4524 0.4526 0.000 0.644 0.000 0.336 0.020
#> GSM337215 2 0.2230 0.8280 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM337216 3 0.0162 0.8748 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337217 5 0.0579 0.8451 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM337218 4 0.1410 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM337219 5 0.0000 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337220 4 0.1410 0.8892 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM337221 3 0.4464 0.2839 0.000 0.408 0.584 0.000 0.008
#> GSM337222 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.1704 0.8538 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000
#> GSM337224 2 0.0290 0.8846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337225 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337226 5 0.2377 0.7784 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM337227 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337228 2 0.1270 0.8645 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337231 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337232 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337233 2 0.2929 0.7881 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM337234 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337235 2 0.3012 0.8246 0.000 0.860 0.036 0.000 0.104
#> GSM337236 2 0.4794 0.4290 0.000 0.624 0.344 0.032 0.000
#> GSM337237 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 4 0.0609 0.9176 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM337239 3 0.0162 0.8748 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337240 5 0.0000 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337241 4 0.0162 0.9248 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337242 3 0.1851 0.8346 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM337243 5 0.0703 0.8416 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM337244 4 0.0162 0.9248 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337245 2 0.1197 0.8652 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM337246 4 0.0162 0.9248 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337247 5 0.0000 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337248 5 0.0000 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0963 0.8732 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM337250 5 0.2179 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM337251 4 0.0404 0.9219 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 5 0.2179 0.8116 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM337254 2 0.4126 0.3264 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM337255 3 0.3132 0.7407 0.000 0.172 0.820 0.008 0.000
#> GSM337256 2 0.0794 0.8803 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337257 4 0.0162 0.9248 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337258 2 0.0992 0.8776 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> GSM337259 2 0.0404 0.8824 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337260 4 0.3019 0.8340 0.000 0.048 0.000 0.864 0.088
#> GSM337261 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337262 5 0.2230 0.7770 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM337263 2 0.2852 0.7729 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM337264 2 0.5010 0.5881 0.000 0.688 0.088 0.000 0.224
#> GSM337265 4 0.4268 0.2021 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM337266 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.3966 0.4825 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM337268 5 0.0963 0.8399 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM337269 4 0.1915 0.8901 0.000 0.040 0.000 0.928 0.032
#> GSM337270 3 0.3774 0.5272 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM337271 3 0.1251 0.8568 0.000 0.036 0.956 0.008 0.000
#> GSM337272 5 0.3201 0.7972 0.000 0.096 0.000 0.052 0.852
#> GSM337273 4 0.2074 0.8440 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM337274 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 5 0.0162 0.8453 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337276 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337277 3 0.2230 0.8110 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM337278 3 0.3197 0.7735 0.000 0.000 0.836 0.140 0.024
#> GSM337279 4 0.2471 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM337280 5 0.1608 0.8275 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM337281 5 0.1430 0.8346 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM337282 5 0.3387 0.7195 0.000 0.196 0.004 0.004 0.796
#> GSM337283 3 0.2077 0.8087 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> GSM337284 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337285 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337286 3 0.0510 0.8709 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337287 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337288 3 0.3876 0.5147 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM337289 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 5 0.0162 0.8454 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337292 5 0.0404 0.8448 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM337293 5 0.0000 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337294 5 0.3707 0.5477 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM337295 5 0.4101 0.3914 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM337296 3 0.6386 0.2302 0.000 0.180 0.480 0.340 0.000
#> GSM337297 2 0.0162 0.8848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337298 3 0.5213 0.4560 0.000 0.320 0.616 0.000 0.064
#> GSM337299 5 0.4287 0.0873 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM337300 3 0.4171 0.3415 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM337301 5 0.1608 0.8261 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM337302 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337303 3 0.2377 0.7950 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM337304 2 0.0794 0.8778 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337305 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337306 5 0.0162 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM337307 3 0.0162 0.8748 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337308 5 0.4291 0.0966 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM337309 2 0.4030 0.4025 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM337310 2 0.1851 0.8511 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM337311 4 0.0162 0.9248 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337312 3 0.0162 0.8748 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337313 5 0.4126 0.3507 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM337314 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337315 3 0.0290 0.8735 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337316 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337317 5 0.0162 0.8453 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM337318 3 0.4159 0.7308 0.000 0.156 0.776 0.068 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.1544 0.9188 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 5 0.2329 0.7578 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM337337 1 0.1732 0.9076 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.4235 0.2722 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM337341 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0404 0.9763 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0609 0.9691 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.1704 0.9162 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM337365 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.0713 0.80298 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337198 6 0.3782 0.67029 0.000 0.124 0.000 0.000 0.096 0.780
#> GSM337199 5 0.3860 0.18061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM337200 6 0.5421 0.18355 0.000 0.328 0.000 0.000 0.136 0.536
#> GSM337201 5 0.6441 0.23501 0.000 0.024 0.000 0.276 0.444 0.256
#> GSM337202 6 0.2854 0.61832 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM337203 3 0.2066 0.80628 0.000 0.000 0.904 0.000 0.072 0.024
#> GSM337204 2 0.4109 0.40597 0.000 0.576 0.000 0.000 0.012 0.412
#> GSM337205 5 0.3778 0.54902 0.000 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020
#> GSM337206 6 0.3562 0.66559 0.000 0.004 0.000 0.176 0.036 0.784
#> GSM337207 4 0.4737 0.59162 0.000 0.192 0.000 0.676 0.000 0.132
#> GSM337208 2 0.3864 0.15123 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM337209 6 0.3457 0.72374 0.000 0.064 0.080 0.012 0.008 0.836
#> GSM337210 2 0.3189 0.68020 0.000 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> GSM337211 2 0.3582 0.65650 0.000 0.732 0.000 0.000 0.016 0.252
#> GSM337212 6 0.2967 0.71756 0.000 0.012 0.016 0.032 0.068 0.872
#> GSM337213 6 0.3882 0.66509 0.000 0.156 0.000 0.016 0.048 0.780
#> GSM337214 6 0.3582 0.64417 0.000 0.036 0.000 0.196 0.000 0.768
#> GSM337215 2 0.5714 0.41712 0.000 0.508 0.000 0.000 0.296 0.196
#> GSM337216 3 0.1152 0.82419 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM337217 5 0.1390 0.77023 0.000 0.000 0.004 0.016 0.948 0.032
#> GSM337218 4 0.2001 0.76533 0.000 0.000 0.004 0.900 0.092 0.004
#> GSM337219 5 0.2060 0.76708 0.000 0.016 0.000 0.000 0.900 0.084
#> GSM337220 4 0.4306 0.05770 0.000 0.012 0.000 0.520 0.004 0.464
#> GSM337221 6 0.4147 0.65188 0.000 0.060 0.224 0.000 0.000 0.716
#> GSM337222 4 0.1267 0.81953 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM337223 2 0.4361 0.68579 0.000 0.764 0.100 0.032 0.000 0.104
#> GSM337224 2 0.3584 0.60158 0.000 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> GSM337225 2 0.1753 0.75463 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM337226 5 0.3247 0.69879 0.000 0.156 0.000 0.000 0.808 0.036
#> GSM337227 2 0.0000 0.74845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.3852 0.56121 0.000 0.664 0.012 0.000 0.000 0.324
#> GSM337229 4 0.0937 0.82075 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM337230 2 0.0508 0.75108 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM337231 2 0.3448 0.60866 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM337232 2 0.2340 0.74192 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM337233 6 0.4026 0.69735 0.000 0.104 0.008 0.028 0.060 0.800
#> GSM337234 2 0.2854 0.69650 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM337235 6 0.3389 0.65915 0.000 0.164 0.032 0.000 0.004 0.800
#> GSM337236 3 0.5133 0.27970 0.000 0.380 0.552 0.048 0.000 0.020
#> GSM337237 4 0.1327 0.81871 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM337238 6 0.3838 0.15951 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM337239 3 0.2823 0.70668 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM337240 5 0.1462 0.77160 0.000 0.008 0.000 0.000 0.936 0.056
#> GSM337241 4 0.1444 0.81830 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM337242 3 0.3394 0.69270 0.000 0.000 0.776 0.000 0.200 0.024
#> GSM337243 5 0.1196 0.77390 0.000 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM337244 4 0.1814 0.80066 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM337245 2 0.5496 0.35708 0.000 0.544 0.000 0.160 0.000 0.296
#> GSM337246 4 0.1556 0.81498 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM337247 5 0.2416 0.73166 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM337248 5 0.0547 0.77434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337249 2 0.2527 0.74568 0.000 0.876 0.040 0.000 0.000 0.084
#> GSM337250 5 0.1088 0.77458 0.000 0.000 0.000 0.016 0.960 0.024
#> GSM337251 4 0.2094 0.80923 0.000 0.020 0.000 0.900 0.000 0.080
#> GSM337252 4 0.1152 0.81881 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM337253 5 0.3414 0.74201 0.000 0.072 0.004 0.044 0.844 0.036
#> GSM337254 2 0.2074 0.72786 0.000 0.912 0.004 0.000 0.048 0.036
#> GSM337255 3 0.2743 0.72873 0.000 0.164 0.828 0.000 0.000 0.008
#> GSM337256 2 0.3602 0.72867 0.000 0.792 0.000 0.000 0.072 0.136
#> GSM337257 4 0.1700 0.81512 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM337258 2 0.0935 0.74189 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> GSM337259 2 0.0806 0.74930 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM337260 4 0.5457 0.30442 0.000 0.336 0.000 0.552 0.100 0.012
#> GSM337261 3 0.0937 0.82572 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM337262 5 0.5451 0.11541 0.000 0.000 0.120 0.000 0.448 0.432
#> GSM337263 6 0.3585 0.63998 0.000 0.172 0.000 0.000 0.048 0.780
#> GSM337264 2 0.4056 0.55418 0.000 0.732 0.224 0.000 0.012 0.032
#> GSM337265 3 0.3836 0.70433 0.000 0.012 0.772 0.176 0.000 0.040
#> GSM337266 3 0.0260 0.82610 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337267 4 0.4834 0.58253 0.000 0.000 0.000 0.644 0.252 0.104
#> GSM337268 5 0.4228 0.60232 0.000 0.228 0.000 0.000 0.708 0.064
#> GSM337269 4 0.4936 0.58649 0.000 0.240 0.000 0.668 0.024 0.068
#> GSM337270 3 0.3699 0.66445 0.000 0.000 0.752 0.212 0.000 0.036
#> GSM337271 3 0.1793 0.81447 0.000 0.012 0.928 0.012 0.000 0.048
#> GSM337272 5 0.5305 0.54247 0.000 0.236 0.000 0.068 0.648 0.048
#> GSM337273 4 0.4810 0.12073 0.000 0.000 0.420 0.536 0.012 0.032
#> GSM337274 4 0.1642 0.78966 0.000 0.000 0.004 0.936 0.032 0.028
#> GSM337275 5 0.0632 0.77372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337276 3 0.0777 0.82539 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM337277 3 0.5503 0.06511 0.000 0.000 0.456 0.000 0.128 0.416
#> GSM337278 6 0.4299 0.68566 0.000 0.004 0.164 0.076 0.008 0.748
#> GSM337279 4 0.5069 -0.00612 0.000 0.000 0.024 0.480 0.464 0.032
#> GSM337280 5 0.3857 0.69129 0.000 0.152 0.000 0.000 0.768 0.080
#> GSM337281 5 0.2421 0.75828 0.000 0.012 0.004 0.052 0.900 0.032
#> GSM337282 5 0.7054 0.31184 0.000 0.112 0.284 0.064 0.496 0.044
#> GSM337283 3 0.2092 0.72926 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.0520 0.82706 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM337285 3 0.0458 0.82665 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM337286 3 0.0820 0.82844 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM337287 3 0.0146 0.82588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337288 3 0.3521 0.72272 0.000 0.004 0.796 0.000 0.156 0.044
#> GSM337289 3 0.0713 0.82589 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337290 4 0.1204 0.82066 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337291 5 0.0972 0.77689 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028
#> GSM337292 5 0.0622 0.77489 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM337293 5 0.0937 0.77282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM337294 5 0.5633 0.49077 0.000 0.008 0.180 0.000 0.572 0.240
#> GSM337295 2 0.5034 0.19416 0.000 0.532 0.000 0.008 0.404 0.056
#> GSM337296 6 0.4283 0.67501 0.000 0.012 0.068 0.180 0.000 0.740
#> GSM337297 2 0.2178 0.73702 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM337298 6 0.4077 0.65332 0.000 0.044 0.212 0.000 0.008 0.736
#> GSM337299 6 0.2308 0.70535 0.000 0.004 0.000 0.008 0.108 0.880
#> GSM337300 5 0.5628 0.43645 0.000 0.000 0.220 0.000 0.540 0.240
#> GSM337301 5 0.1082 0.77408 0.000 0.040 0.000 0.000 0.956 0.004
#> GSM337302 4 0.0000 0.81269 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337303 3 0.2553 0.80974 0.000 0.012 0.888 0.000 0.044 0.056
#> GSM337304 2 0.0777 0.74729 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM337305 3 0.3695 0.31048 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM337306 5 0.2263 0.76022 0.000 0.000 0.060 0.004 0.900 0.036
#> GSM337307 3 0.1957 0.79293 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM337308 5 0.3916 0.52943 0.000 0.000 0.300 0.000 0.680 0.020
#> GSM337309 2 0.2172 0.72403 0.000 0.912 0.000 0.020 0.044 0.024
#> GSM337310 2 0.2333 0.72602 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM337311 4 0.1588 0.81703 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072
#> GSM337312 3 0.1908 0.80910 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM337313 3 0.4788 0.39276 0.000 0.008 0.600 0.000 0.344 0.048
#> GSM337314 3 0.1814 0.80438 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM337315 6 0.3810 0.25239 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM337316 3 0.1814 0.80267 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM337317 5 0.2190 0.77173 0.000 0.040 0.000 0.000 0.900 0.060
#> GSM337318 6 0.2871 0.72364 0.000 0.008 0.116 0.024 0.000 0.852
#> GSM337319 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.2420 0.84029 0.864 0.004 0.000 0.128 0.000 0.004
#> GSM337328 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0291 0.97662 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337331 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 4 0.0458 0.80725 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337335 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 5 0.3827 0.61220 0.192 0.012 0.000 0.000 0.764 0.032
#> GSM337337 1 0.3697 0.64977 0.732 0.000 0.000 0.248 0.004 0.016
#> GSM337338 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0935 0.95375 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337340 5 0.4755 0.42900 0.324 0.000 0.044 0.000 0.620 0.012
#> GSM337341 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.0713 0.81953 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337344 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0291 0.97662 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337346 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.1049 0.95086 0.960 0.032 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337360 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0146 0.97935 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.1814 0.88482 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.4158 0.53824 0.688 0.000 0.000 0.012 0.280 0.020
#> GSM337365 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.98241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:NMF 178 2.18e-11 2.03e-37 2
#> MAD:NMF 172 2.46e-11 1.42e-35 3
#> MAD:NMF 172 4.17e-12 5.56e-36 4
#> MAD:NMF 162 6.76e-15 5.09e-37 5
#> MAD:NMF 157 2.00e-11 2.86e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4397 0.561 0.561
#> 3 3 0.822 0.920 0.932 0.1323 1.000 1.000
#> 4 4 0.734 0.768 0.897 0.0908 0.927 0.870
#> 5 5 0.712 0.776 0.898 0.0494 0.971 0.941
#> 6 6 0.728 0.779 0.899 0.0174 0.998 0.996
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337265 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM337266 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM337267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337271 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM337272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337285 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM337286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337287 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM337288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337315 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM337316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> GSM337324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> GSM337327 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337343 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> GSM337344 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 NA
#> GSM337198 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337199 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337200 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337201 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337202 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337203 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337204 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337205 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337206 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337207 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337208 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337209 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337210 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337211 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337212 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337213 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337214 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337215 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337216 2 0.3619 0.899 0.000 0.864 NA
#> GSM337217 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337218 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337219 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337220 2 0.1411 0.940 0.000 0.964 NA
#> GSM337221 2 0.3192 0.912 0.000 0.888 NA
#> GSM337222 2 0.1964 0.933 0.000 0.944 NA
#> GSM337223 2 0.2796 0.921 0.000 0.908 NA
#> GSM337224 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337225 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337226 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337227 2 0.2625 0.925 0.000 0.916 NA
#> GSM337228 2 0.2625 0.925 0.000 0.916 NA
#> GSM337229 2 0.1964 0.933 0.000 0.944 NA
#> GSM337230 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337231 2 0.0592 0.946 0.000 0.988 NA
#> GSM337232 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337233 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337234 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337235 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337236 2 0.3340 0.907 0.000 0.880 NA
#> GSM337237 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337238 2 0.1411 0.940 0.000 0.964 NA
#> GSM337239 2 0.4605 0.853 0.000 0.796 NA
#> GSM337240 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337241 2 0.5733 0.749 0.000 0.676 NA
#> GSM337242 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337243 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337244 2 0.1163 0.942 0.000 0.972 NA
#> GSM337245 2 0.1411 0.940 0.000 0.964 NA
#> GSM337246 2 0.3340 0.907 0.000 0.880 NA
#> GSM337247 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337248 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337249 2 0.3116 0.914 0.000 0.892 NA
#> GSM337250 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337251 2 0.3340 0.907 0.000 0.880 NA
#> GSM337252 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337253 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337254 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337255 2 0.2959 0.918 0.000 0.900 NA
#> GSM337256 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337257 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337258 2 0.2959 0.918 0.000 0.900 NA
#> GSM337259 2 0.5733 0.749 0.000 0.676 NA
#> GSM337260 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337261 2 0.5733 0.749 0.000 0.676 NA
#> GSM337262 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337263 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337264 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 NA
#> GSM337265 2 0.6126 0.669 0.000 0.600 NA
#> GSM337266 2 0.6126 0.669 0.000 0.600 NA
#> GSM337267 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337268 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337269 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337270 2 0.4555 0.857 0.000 0.800 NA
#> GSM337271 2 0.6126 0.669 0.000 0.600 NA
#> GSM337272 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337273 2 0.2959 0.918 0.000 0.900 NA
#> GSM337274 2 0.1860 0.935 0.000 0.948 NA
#> GSM337275 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337276 2 0.3686 0.897 0.000 0.860 NA
#> GSM337277 2 0.2796 0.922 0.000 0.908 NA
#> GSM337278 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337279 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337280 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337281 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337282 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337283 1 0.0592 0.956 0.988 0.000 NA
#> GSM337284 2 0.3192 0.912 0.000 0.888 NA
#> GSM337285 2 0.6126 0.669 0.000 0.600 NA
#> GSM337286 2 0.3192 0.912 0.000 0.888 NA
#> GSM337287 2 0.6126 0.669 0.000 0.600 NA
#> GSM337288 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337289 2 0.3619 0.899 0.000 0.864 NA
#> GSM337290 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337291 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337292 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337293 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337294 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337295 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337296 2 0.2878 0.920 0.000 0.904 NA
#> GSM337297 2 0.2625 0.925 0.000 0.916 NA
#> GSM337298 2 0.4235 0.874 0.000 0.824 NA
#> GSM337299 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337300 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337301 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337302 2 0.1964 0.934 0.000 0.944 NA
#> GSM337303 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337304 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337305 2 0.3038 0.916 0.000 0.896 NA
#> GSM337306 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337307 2 0.3412 0.905 0.000 0.876 NA
#> GSM337308 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337309 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337310 2 0.0237 0.947 0.000 0.996 NA
#> GSM337311 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337312 2 0.4605 0.853 0.000 0.796 NA
#> GSM337313 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337314 2 0.3412 0.905 0.000 0.876 NA
#> GSM337315 2 0.6442 0.625 0.004 0.564 NA
#> GSM337316 2 0.5733 0.749 0.000 0.676 NA
#> GSM337317 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 NA
#> GSM337318 2 0.2959 0.918 0.000 0.900 NA
#> GSM337319 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337320 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 NA
#> GSM337321 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 NA
#> GSM337322 1 0.1289 0.955 0.968 0.000 NA
#> GSM337323 1 0.6267 0.717 0.548 0.000 NA
#> GSM337324 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337325 1 0.6192 0.738 0.580 0.000 NA
#> GSM337326 1 0.6267 0.717 0.548 0.000 NA
#> GSM337327 1 0.3412 0.931 0.876 0.000 NA
#> GSM337328 1 0.1411 0.955 0.964 0.000 NA
#> GSM337329 1 0.5968 0.772 0.636 0.000 NA
#> GSM337330 1 0.1289 0.955 0.968 0.000 NA
#> GSM337331 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337332 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337333 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337334 1 0.3412 0.932 0.876 0.000 NA
#> GSM337335 1 0.1031 0.956 0.976 0.000 NA
#> GSM337336 1 0.3941 0.919 0.844 0.000 NA
#> GSM337337 1 0.3941 0.919 0.844 0.000 NA
#> GSM337338 1 0.0747 0.957 0.984 0.000 NA
#> GSM337339 1 0.3192 0.935 0.888 0.000 NA
#> GSM337340 1 0.0592 0.956 0.988 0.000 NA
#> GSM337341 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337342 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337343 2 0.6204 0.640 0.000 0.576 NA
#> GSM337344 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337345 1 0.1529 0.954 0.960 0.000 NA
#> GSM337346 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337347 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337348 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 NA
#> GSM337349 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337350 1 0.3192 0.935 0.888 0.000 NA
#> GSM337351 1 0.1163 0.956 0.972 0.000 NA
#> GSM337352 1 0.2796 0.941 0.908 0.000 NA
#> GSM337353 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337354 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337355 1 0.1411 0.955 0.964 0.000 NA
#> GSM337356 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337357 1 0.2261 0.948 0.932 0.000 NA
#> GSM337358 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337359 1 0.3941 0.919 0.844 0.000 NA
#> GSM337360 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337361 1 0.3941 0.919 0.844 0.000 NA
#> GSM337362 1 0.2261 0.949 0.932 0.000 NA
#> GSM337363 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337364 1 0.3267 0.935 0.884 0.000 NA
#> GSM337365 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337366 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337367 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337368 1 0.3412 0.932 0.876 0.000 NA
#> GSM337369 1 0.2356 0.947 0.928 0.000 NA
#> GSM337370 1 0.0747 0.957 0.984 0.000 NA
#> GSM337371 1 0.2796 0.941 0.908 0.000 NA
#> GSM337372 1 0.6026 0.766 0.624 0.000 NA
#> GSM337373 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337374 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
#> GSM337375 1 0.3412 0.931 0.876 0.000 NA
#> GSM337376 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 2 0.2973 0.71133 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337204 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0336 0.85527 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337209 2 0.1118 0.83520 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 2 0.4164 0.42991 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337220 2 0.2281 0.77557 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337221 2 0.3726 0.58522 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM337222 2 0.2704 0.73973 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM337223 2 0.3649 0.60510 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337226 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337227 2 0.3486 0.63828 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM337228 2 0.3486 0.63828 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM337229 2 0.2704 0.73973 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM337230 2 0.0336 0.85524 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337231 2 0.1557 0.81809 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM337232 2 0.0336 0.85524 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337233 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337234 2 0.0592 0.85059 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337235 2 0.0469 0.85298 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337236 2 0.3873 0.54406 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337238 2 0.2345 0.77089 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM337239 2 0.4661 -0.00632 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337241 2 0.4967 -0.57581 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM337242 2 0.0336 0.85483 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337244 2 0.1211 0.83217 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM337245 2 0.2345 0.77089 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM337246 2 0.3873 0.54406 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337249 2 0.3726 0.58505 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337251 2 0.3873 0.54406 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.3444 0.64551 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM337256 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337258 2 0.3610 0.61274 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM337259 2 0.4992 -0.66810 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.5000 0.72758 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM337262 2 0.0469 0.85238 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 2 0.2647 0.74640 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337265 3 0.5183 0.94897 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM337266 3 0.5183 0.94897 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM337267 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337270 2 0.4543 0.14749 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM337271 3 0.5183 0.94897 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM337272 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 2 0.3444 0.64615 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM337274 2 0.2589 0.74890 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337276 2 0.4164 0.43022 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM337277 2 0.3610 0.61512 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM337278 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0469 0.88503 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337284 2 0.3942 0.52194 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM337285 3 0.5183 0.94897 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM337286 2 0.3942 0.52194 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM337287 3 0.5183 0.94897 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM337288 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337289 2 0.4164 0.42991 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 2 0.3569 0.62130 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM337297 2 0.3486 0.63828 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM337298 2 0.4431 0.25544 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337302 2 0.1637 0.81299 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM337303 2 0.0188 0.85691 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337304 2 0.0469 0.85317 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337305 2 0.3528 0.62985 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337307 2 0.3975 0.50995 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0469 0.85317 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 2 0.4661 -0.00632 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM337313 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337314 2 0.3975 0.50995 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM337315 3 0.5957 0.89467 0.000 0.364 0.588 0.048
#> GSM337316 2 0.4967 -0.57581 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.85819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337318 2 0.3610 0.61391 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0336 0.88802 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337321 1 0.0188 0.88735 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.2011 0.86807 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM337323 4 0.0336 0.86887 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM337324 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 4 0.2589 0.88699 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM337326 4 0.0336 0.86887 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM337327 1 0.4761 0.69100 0.664 0.000 0.332 0.004
#> GSM337328 1 0.1474 0.87863 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM337329 4 0.3907 0.82511 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM337330 1 0.2081 0.86644 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4936 0.64648 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM337335 1 0.1118 0.88266 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM337336 1 0.5183 0.59672 0.584 0.000 0.408 0.008
#> GSM337337 1 0.5050 0.60222 0.588 0.000 0.408 0.004
#> GSM337338 1 0.0921 0.88459 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337339 1 0.4122 0.77506 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM337340 1 0.0469 0.88503 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM337341 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.5699 0.91954 0.000 0.380 0.588 0.032
#> GSM337344 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2345 0.85977 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0336 0.88802 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.4103 0.76275 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM337351 1 0.2345 0.86016 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM337352 1 0.3356 0.81898 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1807 0.87658 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM337356 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.5219 0.73556 0.728 0.000 0.216 0.056
#> GSM337358 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.5183 0.59672 0.584 0.000 0.408 0.008
#> GSM337360 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.5050 0.60222 0.588 0.000 0.408 0.004
#> GSM337362 1 0.3946 0.81381 0.812 0.000 0.168 0.020
#> GSM337363 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.5007 0.65995 0.636 0.000 0.356 0.008
#> GSM337365 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.4999 0.68715 0.660 0.000 0.328 0.012
#> GSM337369 1 0.5292 0.73192 0.724 0.000 0.216 0.060
#> GSM337370 1 0.0592 0.88692 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337371 1 0.3400 0.81638 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM337372 4 0.3649 0.85162 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM337373 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0188 0.88885 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337375 1 0.4761 0.69066 0.664 0.000 0.332 0.004
#> GSM337376 1 0.0000 0.88900 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.2605 0.7646 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM337198 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337203 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337205 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 4 0.0290 0.8755 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337209 4 0.0963 0.8602 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM337210 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 4 0.3684 0.5417 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM337217 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 4 0.2020 0.8122 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM337221 4 0.3242 0.6747 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM337222 4 0.2377 0.7854 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM337223 4 0.3177 0.6888 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM337224 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337226 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337227 4 0.3039 0.7121 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM337228 4 0.3039 0.7121 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM337229 4 0.2377 0.7854 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM337230 4 0.0290 0.8755 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337231 4 0.1410 0.8446 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM337232 4 0.0290 0.8755 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337233 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337234 4 0.0510 0.8720 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM337235 4 0.0404 0.8738 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337236 4 0.3366 0.6459 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM337237 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 4 0.2074 0.8087 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM337239 4 0.4291 -0.2476 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM337240 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 4 0.4294 -0.2708 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM337242 4 0.0290 0.8752 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM337243 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 4 0.1121 0.8554 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM337245 4 0.2074 0.8087 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM337246 4 0.3424 0.6312 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM337247 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 4 0.3242 0.6745 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM337250 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 4 0.3424 0.6312 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337254 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 4 0.3003 0.7177 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM337256 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 4 0.3143 0.6943 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM337259 4 0.4306 -0.3792 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM337260 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.4262 0.5691 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM337262 4 0.0510 0.8716 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM337263 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 4 0.2329 0.7906 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM337265 3 0.4025 0.8953 0.000 0.000 0.700 0.292 0.008
#> GSM337266 3 0.4025 0.8953 0.000 0.000 0.700 0.292 0.008
#> GSM337267 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337270 4 0.3983 0.3580 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM337271 3 0.4025 0.8953 0.000 0.000 0.700 0.292 0.008
#> GSM337272 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 4 0.3003 0.7180 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM337274 4 0.2280 0.7924 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM337275 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 4 0.3684 0.5420 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM337277 4 0.3177 0.6901 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM337278 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337279 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0451 0.9153 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM337284 4 0.3424 0.6320 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM337285 3 0.4025 0.8953 0.000 0.000 0.700 0.292 0.008
#> GSM337286 4 0.3424 0.6320 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM337287 3 0.4025 0.8953 0.000 0.000 0.700 0.292 0.008
#> GSM337288 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337289 4 0.3684 0.5417 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 4 0.3109 0.7004 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM337297 4 0.3039 0.7121 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM337298 4 0.3895 0.4255 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM337299 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337301 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 4 0.1478 0.8406 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM337303 4 0.0162 0.8767 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337304 4 0.0404 0.8739 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337305 4 0.3074 0.7062 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM337306 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 4 0.3534 0.5982 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> GSM337308 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 4 0.0404 0.8739 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 4 0.4291 -0.2476 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM337313 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337314 4 0.3534 0.5982 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> GSM337315 3 0.3925 0.7104 0.000 0.032 0.784 0.180 0.004
#> GSM337316 4 0.4294 -0.2708 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM337317 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337318 4 0.3143 0.6950 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0963 0.9089 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337321 1 0.0162 0.9186 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.2074 0.8530 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM337323 2 0.0290 0.7653 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 2 0.2233 0.7996 0.104 0.892 0.004 0.000 0.000
#> GSM337326 2 0.0290 0.7653 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337327 5 0.4390 0.3395 0.428 0.000 0.004 0.000 0.568
#> GSM337328 1 0.1410 0.8888 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM337329 2 0.3305 0.7109 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.2179 0.8485 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM337331 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337334 5 0.3767 0.7154 0.120 0.000 0.068 0.000 0.812
#> GSM337335 1 0.1197 0.9022 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM337336 5 0.2971 0.5931 0.008 0.000 0.156 0.000 0.836
#> GSM337337 5 0.4478 0.6997 0.100 0.000 0.144 0.000 0.756
#> GSM337338 1 0.1043 0.9071 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337339 1 0.4278 0.0837 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM337340 1 0.0451 0.9153 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.3777 0.7447 0.000 0.020 0.784 0.192 0.004
#> GSM337344 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337345 1 0.2471 0.8236 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM337346 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337347 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0290 0.9180 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337349 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337350 1 0.4126 0.3317 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM337351 1 0.3274 0.6893 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM337352 1 0.3143 0.7343 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM337353 1 0.0404 0.9169 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337354 1 0.0404 0.9169 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337355 1 0.3293 0.7706 0.824 0.008 0.008 0.000 0.160
#> GSM337356 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 5 0.6825 0.5543 0.252 0.048 0.144 0.000 0.556
#> GSM337358 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337359 5 0.1943 0.6740 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924
#> GSM337360 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 5 0.2616 0.6992 0.100 0.000 0.020 0.000 0.880
#> GSM337362 1 0.5415 0.1993 0.576 0.016 0.036 0.000 0.372
#> GSM337363 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 5 0.3695 0.6210 0.036 0.000 0.164 0.000 0.800
#> GSM337365 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0794 0.9097 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM337367 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 5 0.3937 0.6549 0.252 0.008 0.004 0.000 0.736
#> GSM337369 5 0.6851 0.5519 0.252 0.052 0.140 0.000 0.556
#> GSM337370 1 0.0794 0.9135 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM337371 1 0.3242 0.7152 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM337372 2 0.3231 0.7497 0.196 0.800 0.004 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0510 0.9147 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337374 1 0.0510 0.9181 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337375 5 0.3689 0.6527 0.256 0.000 0.004 0.000 0.740
#> GSM337376 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 4 0.2442 0.7994 0.000 0.004 0.144 0.852 0.000 0.000
#> GSM337198 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337203 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337204 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337205 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337206 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 4 0.0260 0.8897 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.0865 0.8769 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM337210 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337215 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 4 0.3468 0.6107 0.000 0.004 0.284 0.712 0.000 0.000
#> GSM337217 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337218 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337219 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337220 4 0.1814 0.8376 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM337221 4 0.3023 0.7282 0.000 0.004 0.212 0.784 0.000 0.000
#> GSM337222 4 0.2135 0.8158 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM337223 4 0.2964 0.7389 0.000 0.004 0.204 0.792 0.000 0.000
#> GSM337224 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337225 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337227 4 0.2730 0.7569 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM337228 4 0.2730 0.7569 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.2135 0.8158 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM337230 4 0.0260 0.8897 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM337231 4 0.1267 0.8640 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.0260 0.8897 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM337233 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337234 4 0.0458 0.8868 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM337235 4 0.0363 0.8883 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM337236 4 0.3136 0.7059 0.000 0.004 0.228 0.768 0.000 0.000
#> GSM337237 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337238 4 0.1863 0.8347 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM337239 4 0.5169 -0.2553 0.000 0.056 0.464 0.468 0.000 0.012
#> GSM337240 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337241 4 0.3862 -0.0146 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.0260 0.8895 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM337243 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337244 4 0.1007 0.8731 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM337245 4 0.1863 0.8347 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.3189 0.6945 0.000 0.004 0.236 0.760 0.000 0.000
#> GSM337247 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337248 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337249 4 0.3023 0.7284 0.000 0.004 0.212 0.784 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337251 4 0.3189 0.6945 0.000 0.004 0.236 0.760 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337253 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337254 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 4 0.2697 0.7623 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM337256 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337258 4 0.2823 0.7437 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM337259 4 0.3869 -0.1352 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.3774 0.4160 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.0458 0.8864 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM337263 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 4 0.2092 0.8199 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM337265 3 0.4164 0.7955 0.000 0.040 0.728 0.220 0.000 0.012
#> GSM337266 3 0.4164 0.7955 0.000 0.040 0.728 0.220 0.000 0.012
#> GSM337267 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337268 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337269 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337270 4 0.3592 0.4828 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM337271 3 0.4164 0.7955 0.000 0.040 0.728 0.220 0.000 0.012
#> GSM337272 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 4 0.2805 0.7628 0.000 0.004 0.184 0.812 0.000 0.000
#> GSM337274 4 0.2048 0.8214 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM337275 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337276 4 0.3448 0.6188 0.000 0.004 0.280 0.716 0.000 0.000
#> GSM337277 4 0.2964 0.7402 0.000 0.004 0.204 0.792 0.000 0.000
#> GSM337278 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337279 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337280 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337282 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0436 0.9128 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM337284 4 0.3189 0.6955 0.000 0.004 0.236 0.760 0.000 0.000
#> GSM337285 3 0.4164 0.7955 0.000 0.040 0.728 0.220 0.000 0.012
#> GSM337286 4 0.3189 0.6955 0.000 0.004 0.236 0.760 0.000 0.000
#> GSM337287 3 0.4164 0.7955 0.000 0.040 0.728 0.220 0.000 0.012
#> GSM337288 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337289 4 0.3468 0.6107 0.000 0.004 0.284 0.712 0.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337291 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337292 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337294 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337295 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 4 0.2902 0.7482 0.000 0.004 0.196 0.800 0.000 0.000
#> GSM337297 4 0.2730 0.7569 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM337298 4 0.4328 0.5285 0.000 0.040 0.284 0.672 0.000 0.004
#> GSM337299 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337301 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337302 4 0.1327 0.8610 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM337303 4 0.0146 0.8907 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM337304 4 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM337305 4 0.2871 0.7534 0.000 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> GSM337306 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337307 4 0.3290 0.6691 0.000 0.004 0.252 0.744 0.000 0.000
#> GSM337308 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337309 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 4 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 4 0.5169 -0.2553 0.000 0.056 0.464 0.468 0.000 0.012
#> GSM337313 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337314 4 0.3290 0.6691 0.000 0.004 0.252 0.744 0.000 0.000
#> GSM337315 3 0.4036 0.2648 0.000 0.140 0.788 0.020 0.012 0.040
#> GSM337316 4 0.3862 -0.0146 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM337317 4 0.0000 0.8915 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337318 4 0.2933 0.7446 0.000 0.004 0.200 0.796 0.000 0.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.1176 0.9025 0.956 0.020 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337321 1 0.0146 0.9159 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337322 1 0.1910 0.8504 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM337323 5 0.0458 0.7221 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 5 0.2051 0.7610 0.096 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000
#> GSM337326 5 0.0458 0.7221 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337327 6 0.3841 0.3124 0.380 0.004 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM337328 1 0.1327 0.8854 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM337329 5 0.2912 0.6634 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM337330 1 0.2212 0.8438 0.880 0.008 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM337331 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337334 6 0.3532 0.5513 0.064 0.140 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM337335 1 0.1141 0.8980 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM337336 2 0.3432 0.5231 0.000 0.764 0.020 0.000 0.000 0.216
#> GSM337337 6 0.4973 0.2502 0.052 0.308 0.020 0.000 0.000 0.620
#> GSM337338 1 0.0937 0.9049 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337339 1 0.4592 -0.0753 0.496 0.036 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM337340 1 0.0436 0.9128 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.2384 0.3728 0.000 0.044 0.904 0.032 0.004 0.016
#> GSM337344 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337345 1 0.2553 0.8105 0.848 0.008 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM337346 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337347 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0363 0.9143 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337349 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337350 1 0.4362 0.2546 0.584 0.028 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM337351 1 0.3175 0.6382 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM337352 1 0.3385 0.7353 0.788 0.032 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM337353 1 0.0363 0.9141 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337354 1 0.0363 0.9141 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337355 1 0.3578 0.7658 0.812 0.092 0.000 0.000 0.008 0.088
#> GSM337356 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 2 0.5801 0.5911 0.232 0.612 0.004 0.000 0.044 0.108
#> GSM337358 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337359 6 0.1204 0.5175 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM337360 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 6 0.1285 0.5990 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM337362 1 0.5825 0.2428 0.560 0.180 0.000 0.000 0.016 0.244
#> GSM337363 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 2 0.3200 0.5619 0.016 0.788 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM337365 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.1003 0.9038 0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337367 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 6 0.3074 0.5973 0.200 0.004 0.000 0.000 0.004 0.792
#> GSM337369 2 0.5858 0.5895 0.232 0.608 0.004 0.000 0.048 0.108
#> GSM337370 1 0.0713 0.9109 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM337371 1 0.3543 0.7049 0.768 0.032 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM337372 5 0.2979 0.7054 0.188 0.004 0.004 0.000 0.804 0.000
#> GSM337373 1 0.0622 0.9116 0.980 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337374 1 0.0458 0.9154 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337375 6 0.2823 0.5953 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM337376 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:hclust 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> ATC:hclust 180 2.02e-11 7.38e-38 3
#> ATC:hclust 170 1.04e-12 7.82e-35 4
#> ATC:hclust 169 2.80e-11 5.68e-33 5
#> ATC:hclust 166 5.95e-10 2.24e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4398 0.561 0.561
#> 3 3 0.761 0.923 0.898 0.3547 0.799 0.642
#> 4 4 0.712 0.721 0.849 0.1467 0.959 0.890
#> 5 5 0.677 0.485 0.706 0.0704 0.927 0.789
#> 6 6 0.695 0.595 0.775 0.0569 0.862 0.575
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 2 0 1 0 1
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 2 0 1 0 1
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.6126 0.8289 0.000 0.400 0.600
#> GSM337198 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337209 2 0.0747 0.9530 0.000 0.984 0.016
#> GSM337210 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.5560 0.9459 0.000 0.300 0.700
#> GSM337217 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337221 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337222 2 0.5098 0.4396 0.000 0.752 0.248
#> GSM337223 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337224 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 3 0.6299 0.6711 0.000 0.476 0.524
#> GSM337228 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337229 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337236 3 0.5733 0.9335 0.000 0.324 0.676
#> GSM337237 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337240 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.5560 0.9459 0.000 0.300 0.700
#> GSM337242 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 3 0.6235 0.7656 0.000 0.436 0.564
#> GSM337246 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337247 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337250 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337252 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.0424 0.9641 0.000 0.992 0.008
#> GSM337254 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 2 0.6274 -0.4881 0.000 0.544 0.456
#> GSM337256 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.6168 0.8089 0.000 0.412 0.588
#> GSM337259 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337260 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337262 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337265 3 0.5254 0.9140 0.000 0.264 0.736
#> GSM337266 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337267 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.5591 0.9471 0.000 0.304 0.696
#> GSM337271 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337272 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 3 0.5678 0.9411 0.000 0.316 0.684
#> GSM337274 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337277 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337278 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.2796 0.9318 0.908 0.000 0.092
#> GSM337284 3 0.5968 0.8853 0.000 0.364 0.636
#> GSM337285 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337286 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337287 3 0.5397 0.9321 0.000 0.280 0.720
#> GSM337288 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337289 3 0.5560 0.9459 0.000 0.300 0.700
#> GSM337290 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 3 0.5650 0.9447 0.000 0.312 0.688
#> GSM337297 3 0.6299 0.6711 0.000 0.476 0.524
#> GSM337298 3 0.5591 0.9471 0.000 0.304 0.696
#> GSM337299 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 2 0.2625 0.8452 0.000 0.916 0.084
#> GSM337301 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.4750 0.5418 0.000 0.784 0.216
#> GSM337303 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337305 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337306 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 3 0.5591 0.9471 0.000 0.304 0.696
#> GSM337308 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.5431 0.9361 0.000 0.284 0.716
#> GSM337313 2 0.5948 -0.0786 0.000 0.640 0.360
#> GSM337314 3 0.5621 0.9475 0.000 0.308 0.692
#> GSM337315 3 0.3941 0.7847 0.000 0.156 0.844
#> GSM337316 3 0.5560 0.9459 0.000 0.300 0.700
#> GSM337317 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> GSM337318 3 0.5650 0.9448 0.000 0.312 0.688
#> GSM337319 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337320 1 0.0747 0.9408 0.984 0.000 0.016
#> GSM337321 1 0.0237 0.9425 0.996 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.5327 0.8608 0.728 0.000 0.272
#> GSM337324 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337325 1 0.4654 0.8901 0.792 0.000 0.208
#> GSM337326 1 0.5327 0.8608 0.728 0.000 0.272
#> GSM337327 1 0.2165 0.9312 0.936 0.000 0.064
#> GSM337328 1 0.2165 0.9345 0.936 0.000 0.064
#> GSM337329 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337330 1 0.0747 0.9408 0.984 0.000 0.016
#> GSM337331 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337332 1 0.2261 0.9338 0.932 0.000 0.068
#> GSM337333 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4702 0.8694 0.788 0.000 0.212
#> GSM337335 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.4702 0.8694 0.788 0.000 0.212
#> GSM337337 1 0.4702 0.8694 0.788 0.000 0.212
#> GSM337338 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.2625 0.9256 0.916 0.000 0.084
#> GSM337340 1 0.1529 0.9397 0.960 0.000 0.040
#> GSM337341 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337342 1 0.2261 0.9338 0.932 0.000 0.068
#> GSM337343 3 0.3879 0.7801 0.000 0.152 0.848
#> GSM337344 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0747 0.9408 0.984 0.000 0.016
#> GSM337346 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.2261 0.9338 0.932 0.000 0.068
#> GSM337348 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337349 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.1289 0.9388 0.968 0.000 0.032
#> GSM337351 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0892 0.9404 0.980 0.000 0.020
#> GSM337353 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.1964 0.9344 0.944 0.000 0.056
#> GSM337356 1 0.2261 0.9338 0.932 0.000 0.068
#> GSM337357 1 0.4796 0.8687 0.780 0.000 0.220
#> GSM337358 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4702 0.8694 0.788 0.000 0.212
#> GSM337360 1 0.0237 0.9425 0.996 0.000 0.004
#> GSM337361 1 0.4702 0.8694 0.788 0.000 0.212
#> GSM337362 1 0.4399 0.8822 0.812 0.000 0.188
#> GSM337363 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337364 1 0.4654 0.8717 0.792 0.000 0.208
#> GSM337365 1 0.2356 0.9331 0.928 0.000 0.072
#> GSM337366 1 0.0424 0.9424 0.992 0.000 0.008
#> GSM337367 1 0.2261 0.9338 0.932 0.000 0.068
#> GSM337368 1 0.5363 0.8613 0.724 0.000 0.276
#> GSM337369 1 0.4796 0.8687 0.780 0.000 0.220
#> GSM337370 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.1529 0.9374 0.960 0.000 0.040
#> GSM337372 1 0.4605 0.8921 0.796 0.000 0.204
#> GSM337373 1 0.2261 0.9343 0.932 0.000 0.068
#> GSM337374 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.1163 0.9396 0.972 0.000 0.028
#> GSM337376 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.2647 0.745 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM337198 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337199 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337200 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337201 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337203 2 0.5815 0.598 0.000 0.652 0.288 0.060
#> GSM337204 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337205 2 0.5579 0.654 0.000 0.688 0.252 0.060
#> GSM337206 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.2281 0.830 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337209 2 0.5388 0.221 0.000 0.532 0.456 0.012
#> GSM337210 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337216 3 0.4568 0.718 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM337217 2 0.1716 0.868 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM337218 2 0.0707 0.882 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337219 2 0.1557 0.871 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337220 2 0.4776 0.461 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM337221 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337222 3 0.4964 0.353 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM337223 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337227 3 0.3356 0.697 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337228 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337229 2 0.4643 0.528 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.5428 0.433 0.000 0.600 0.380 0.020
#> GSM337232 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337234 2 0.3873 0.705 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337235 2 0.4761 0.469 0.000 0.628 0.372 0.000
#> GSM337236 3 0.2081 0.763 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337238 2 0.4776 0.462 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM337239 3 0.6324 0.488 0.000 0.076 0.584 0.340
#> GSM337240 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337241 3 0.6240 0.507 0.000 0.076 0.604 0.320
#> GSM337242 2 0.6089 0.525 0.000 0.608 0.328 0.064
#> GSM337243 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337244 2 0.4356 0.616 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM337245 3 0.3219 0.712 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM337246 3 0.4568 0.718 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM337247 2 0.1940 0.863 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM337248 2 0.1474 0.873 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337249 3 0.2125 0.764 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM337250 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337251 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337252 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337253 2 0.6369 0.461 0.000 0.572 0.352 0.076
#> GSM337254 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337255 3 0.4220 0.604 0.000 0.248 0.748 0.004
#> GSM337256 2 0.1302 0.876 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM337257 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337258 3 0.3208 0.723 0.000 0.148 0.848 0.004
#> GSM337259 3 0.5696 0.625 0.000 0.076 0.692 0.232
#> GSM337260 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.6340 0.470 0.000 0.076 0.580 0.344
#> GSM337262 2 0.4829 0.760 0.000 0.776 0.156 0.068
#> GSM337263 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 2 0.6150 0.459 0.000 0.580 0.360 0.060
#> GSM337265 4 0.6504 -0.413 0.000 0.072 0.452 0.476
#> GSM337266 3 0.6542 0.309 0.000 0.076 0.496 0.428
#> GSM337267 2 0.0469 0.884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337268 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337269 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337270 3 0.4568 0.718 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM337271 3 0.6542 0.309 0.000 0.076 0.496 0.428
#> GSM337272 2 0.0188 0.884 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337273 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337274 2 0.5428 0.437 0.000 0.600 0.380 0.020
#> GSM337275 2 0.1557 0.871 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337276 3 0.4458 0.722 0.000 0.076 0.808 0.116
#> GSM337277 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337278 2 0.3266 0.769 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337279 2 0.0707 0.882 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337280 2 0.1389 0.875 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM337281 2 0.1022 0.880 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM337282 2 0.2816 0.855 0.000 0.900 0.036 0.064
#> GSM337283 1 0.4764 0.731 0.748 0.000 0.032 0.220
#> GSM337284 3 0.2944 0.740 0.000 0.128 0.868 0.004
#> GSM337285 3 0.6542 0.309 0.000 0.076 0.496 0.428
#> GSM337286 3 0.2197 0.765 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM337287 3 0.6542 0.309 0.000 0.076 0.496 0.428
#> GSM337288 2 0.5346 0.711 0.000 0.732 0.192 0.076
#> GSM337289 3 0.4568 0.718 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM337290 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337292 2 0.1792 0.866 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337293 2 0.1557 0.871 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337294 2 0.1940 0.863 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM337295 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337297 3 0.3356 0.697 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM337298 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 2 0.6120 0.553 0.000 0.628 0.296 0.076
#> GSM337301 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337302 3 0.4898 0.242 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM337303 2 0.0817 0.882 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337304 2 0.5582 0.498 0.000 0.620 0.348 0.032
#> GSM337305 3 0.1940 0.765 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM337306 2 0.4919 0.758 0.000 0.772 0.152 0.076
#> GSM337307 3 0.4568 0.718 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM337308 2 0.1557 0.871 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337309 2 0.0707 0.882 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337310 2 0.5446 0.622 0.000 0.680 0.276 0.044
#> GSM337311 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 3 0.6324 0.488 0.000 0.076 0.584 0.340
#> GSM337313 3 0.6075 0.473 0.000 0.288 0.636 0.076
#> GSM337314 3 0.2522 0.762 0.000 0.076 0.908 0.016
#> GSM337315 3 0.5167 0.039 0.000 0.004 0.508 0.488
#> GSM337316 3 0.6004 0.567 0.000 0.076 0.648 0.276
#> GSM337317 2 0.2125 0.862 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM337318 3 0.2149 0.762 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM337319 1 0.3523 0.793 0.856 0.000 0.032 0.112
#> GSM337320 1 0.1109 0.835 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM337321 1 0.0524 0.839 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM337322 1 0.0188 0.839 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337323 4 0.6376 -0.290 0.432 0.000 0.064 0.504
#> GSM337324 1 0.3427 0.795 0.860 0.000 0.028 0.112
#> GSM337325 1 0.6110 0.459 0.576 0.000 0.056 0.368
#> GSM337326 4 0.6376 -0.290 0.432 0.000 0.064 0.504
#> GSM337327 1 0.2944 0.782 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM337328 1 0.2924 0.805 0.884 0.000 0.016 0.100
#> GSM337329 1 0.3958 0.775 0.824 0.000 0.032 0.144
#> GSM337330 1 0.1109 0.835 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM337331 1 0.3427 0.795 0.860 0.000 0.028 0.112
#> GSM337332 1 0.2987 0.803 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM337333 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.4699 0.608 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM337335 1 0.0188 0.839 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337336 1 0.4814 0.608 0.676 0.000 0.008 0.316
#> GSM337337 1 0.4699 0.608 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM337338 1 0.0188 0.839 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337339 1 0.4328 0.689 0.748 0.000 0.008 0.244
#> GSM337340 1 0.3402 0.767 0.832 0.000 0.004 0.164
#> GSM337341 1 0.3523 0.793 0.856 0.000 0.032 0.112
#> GSM337342 1 0.2987 0.803 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM337343 4 0.5163 -0.237 0.000 0.004 0.480 0.516
#> GSM337344 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.1109 0.835 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM337346 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.2987 0.803 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM337348 1 0.3598 0.791 0.848 0.000 0.028 0.124
#> GSM337349 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.2125 0.815 0.920 0.000 0.004 0.076
#> GSM337351 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.1302 0.830 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM337353 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0188 0.839 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337355 1 0.3052 0.785 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM337356 1 0.2530 0.809 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM337357 1 0.5271 0.585 0.656 0.000 0.024 0.320
#> GSM337358 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.4699 0.608 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM337360 1 0.0188 0.839 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337361 1 0.4699 0.608 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM337362 1 0.4608 0.628 0.692 0.000 0.004 0.304
#> GSM337363 1 0.2654 0.806 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM337364 1 0.4699 0.608 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM337365 1 0.3427 0.795 0.860 0.000 0.028 0.112
#> GSM337366 1 0.0524 0.839 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM337367 1 0.2530 0.809 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM337368 1 0.5112 0.510 0.560 0.000 0.004 0.436
#> GSM337369 1 0.4999 0.595 0.660 0.000 0.012 0.328
#> GSM337370 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.1743 0.826 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM337372 1 0.5720 0.619 0.652 0.000 0.052 0.296
#> GSM337373 1 0.2611 0.812 0.896 0.000 0.008 0.096
#> GSM337374 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.1978 0.820 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM337376 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 2 0.3030 0.6560 0.000 0.868 0.004 0.040 0.088
#> GSM337198 4 0.0290 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337199 4 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 4 0.0963 0.8322 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM337203 4 0.7108 0.4383 0.000 0.232 0.028 0.476 0.264
#> GSM337204 4 0.0703 0.8342 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337205 4 0.7140 0.4164 0.000 0.236 0.028 0.468 0.268
#> GSM337206 4 0.0404 0.8358 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337207 4 0.0510 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337208 4 0.4636 0.6869 0.000 0.124 0.000 0.744 0.132
#> GSM337209 2 0.6024 0.2012 0.000 0.512 0.000 0.364 0.124
#> GSM337210 4 0.0510 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337211 4 0.0404 0.8358 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337212 4 0.0510 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337213 4 0.0290 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337214 4 0.0510 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337215 4 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 2 0.3416 0.5893 0.000 0.840 0.124 0.020 0.016
#> GSM337217 4 0.3449 0.7825 0.000 0.000 0.024 0.812 0.164
#> GSM337218 4 0.1597 0.8334 0.000 0.000 0.012 0.940 0.048
#> GSM337219 4 0.2653 0.8107 0.000 0.000 0.024 0.880 0.096
#> GSM337220 4 0.6002 0.0609 0.000 0.436 0.000 0.452 0.112
#> GSM337221 2 0.1117 0.6868 0.000 0.964 0.016 0.020 0.000
#> GSM337222 2 0.5110 0.4713 0.000 0.680 0.000 0.224 0.096
#> GSM337223 2 0.1399 0.6900 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> GSM337224 4 0.0671 0.8364 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337225 4 0.1270 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM337226 4 0.0162 0.8369 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337227 2 0.2795 0.6621 0.000 0.880 0.000 0.064 0.056
#> GSM337228 2 0.1904 0.6909 0.000 0.936 0.016 0.020 0.028
#> GSM337229 4 0.6142 0.2637 0.000 0.368 0.004 0.508 0.120
#> GSM337230 4 0.1768 0.8202 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> GSM337231 2 0.6274 -0.0659 0.000 0.436 0.004 0.432 0.128
#> GSM337232 4 0.0865 0.8354 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM337233 4 0.0880 0.8327 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM337234 4 0.5508 0.5373 0.000 0.244 0.000 0.636 0.120
#> GSM337235 4 0.5986 0.3255 0.000 0.348 0.000 0.528 0.124
#> GSM337236 2 0.1106 0.6930 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM337237 4 0.1430 0.8304 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> GSM337238 4 0.6007 0.2039 0.000 0.396 0.000 0.488 0.116
#> GSM337239 2 0.5679 -0.1507 0.000 0.544 0.392 0.020 0.044
#> GSM337240 4 0.1012 0.8350 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM337241 2 0.4735 0.1128 0.000 0.624 0.352 0.020 0.004
#> GSM337242 4 0.7268 0.3780 0.000 0.248 0.032 0.448 0.272
#> GSM337243 4 0.0992 0.8350 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM337244 4 0.6053 0.4543 0.000 0.292 0.004 0.568 0.136
#> GSM337245 2 0.3102 0.6517 0.000 0.860 0.000 0.056 0.084
#> GSM337246 2 0.3080 0.5941 0.000 0.852 0.124 0.020 0.004
#> GSM337247 4 0.3691 0.7748 0.000 0.000 0.040 0.804 0.156
#> GSM337248 4 0.2208 0.8204 0.000 0.000 0.020 0.908 0.072
#> GSM337249 2 0.1173 0.6869 0.000 0.964 0.012 0.020 0.004
#> GSM337250 4 0.0693 0.8360 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> GSM337251 2 0.1413 0.6908 0.000 0.956 0.012 0.020 0.012
#> GSM337252 4 0.2112 0.8145 0.000 0.004 0.004 0.908 0.084
#> GSM337253 4 0.7577 0.1727 0.000 0.296 0.040 0.356 0.308
#> GSM337254 4 0.1701 0.8284 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> GSM337255 2 0.4098 0.5520 0.000 0.780 0.000 0.156 0.064
#> GSM337256 4 0.2597 0.8135 0.000 0.000 0.024 0.884 0.092
#> GSM337257 4 0.0566 0.8362 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM337258 2 0.2448 0.6555 0.000 0.892 0.000 0.088 0.020
#> GSM337259 2 0.4382 0.3430 0.000 0.700 0.276 0.020 0.004
#> GSM337260 4 0.0162 0.8365 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337261 2 0.4958 -0.2425 0.000 0.524 0.452 0.020 0.004
#> GSM337262 4 0.6381 0.5931 0.000 0.116 0.028 0.572 0.284
#> GSM337263 4 0.0290 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337264 4 0.6923 0.1179 0.000 0.404 0.024 0.412 0.160
#> GSM337265 3 0.4859 0.6314 0.000 0.288 0.672 0.020 0.020
#> GSM337266 3 0.5161 0.6239 0.000 0.336 0.620 0.020 0.024
#> GSM337267 4 0.1106 0.8388 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM337268 4 0.1012 0.8350 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM337269 4 0.0671 0.8359 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM337270 2 0.3670 0.5183 0.000 0.796 0.180 0.020 0.004
#> GSM337271 3 0.5161 0.6239 0.000 0.336 0.620 0.020 0.024
#> GSM337272 4 0.0162 0.8365 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337273 2 0.2448 0.6669 0.000 0.892 0.000 0.020 0.088
#> GSM337274 2 0.6991 -0.0933 0.000 0.392 0.012 0.368 0.228
#> GSM337275 4 0.2597 0.8125 0.000 0.000 0.024 0.884 0.092
#> GSM337276 2 0.3080 0.5941 0.000 0.852 0.124 0.020 0.004
#> GSM337277 2 0.1623 0.6852 0.000 0.948 0.016 0.020 0.016
#> GSM337278 4 0.5422 0.5872 0.000 0.196 0.000 0.660 0.144
#> GSM337279 4 0.1106 0.8345 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM337280 4 0.2540 0.8165 0.000 0.000 0.024 0.888 0.088
#> GSM337281 4 0.2270 0.8198 0.000 0.000 0.020 0.904 0.076
#> GSM337282 4 0.4620 0.7335 0.000 0.016 0.028 0.720 0.236
#> GSM337283 1 0.6002 -0.4898 0.452 0.000 0.112 0.000 0.436
#> GSM337284 2 0.2450 0.6765 0.000 0.900 0.000 0.052 0.048
#> GSM337285 3 0.5161 0.6239 0.000 0.336 0.620 0.020 0.024
#> GSM337286 2 0.1800 0.6850 0.000 0.932 0.000 0.020 0.048
#> GSM337287 3 0.5161 0.6239 0.000 0.336 0.620 0.020 0.024
#> GSM337288 4 0.6792 0.5482 0.000 0.144 0.040 0.544 0.272
#> GSM337289 2 0.3463 0.5834 0.000 0.836 0.128 0.020 0.016
#> GSM337290 4 0.0324 0.8368 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337291 4 0.2390 0.8193 0.000 0.000 0.020 0.896 0.084
#> GSM337292 4 0.3368 0.7853 0.000 0.000 0.024 0.820 0.156
#> GSM337293 4 0.2653 0.8107 0.000 0.000 0.024 0.880 0.096
#> GSM337294 4 0.4446 0.7499 0.000 0.012 0.040 0.752 0.196
#> GSM337295 4 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.1399 0.6905 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> GSM337297 2 0.3234 0.6448 0.000 0.852 0.000 0.064 0.084
#> GSM337298 2 0.1310 0.6896 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM337299 4 0.0404 0.8358 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337300 4 0.7459 0.2996 0.000 0.252 0.040 0.416 0.292
#> GSM337301 4 0.1012 0.8350 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM337302 2 0.5440 0.4366 0.000 0.648 0.004 0.252 0.096
#> GSM337303 4 0.2270 0.8203 0.000 0.000 0.020 0.904 0.076
#> GSM337304 4 0.7058 0.1648 0.000 0.364 0.016 0.396 0.224
#> GSM337305 2 0.0932 0.6903 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> GSM337306 4 0.6736 0.5522 0.000 0.128 0.040 0.540 0.292
#> GSM337307 2 0.3080 0.5941 0.000 0.852 0.124 0.020 0.004
#> GSM337308 4 0.3238 0.7972 0.000 0.000 0.028 0.836 0.136
#> GSM337309 4 0.1012 0.8350 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM337310 4 0.6962 0.3980 0.000 0.256 0.016 0.468 0.260
#> GSM337311 4 0.0671 0.8359 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM337312 2 0.5679 -0.1507 0.000 0.544 0.392 0.020 0.044
#> GSM337313 2 0.6867 0.3421 0.000 0.520 0.040 0.140 0.300
#> GSM337314 2 0.1471 0.6820 0.000 0.952 0.024 0.020 0.004
#> GSM337315 3 0.5002 0.5221 0.000 0.344 0.612 0.000 0.044
#> GSM337316 2 0.4471 0.2766 0.000 0.684 0.292 0.020 0.004
#> GSM337317 4 0.4638 0.7446 0.000 0.020 0.040 0.744 0.196
#> GSM337318 2 0.0992 0.6929 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM337319 5 0.5264 0.7842 0.392 0.000 0.052 0.000 0.556
#> GSM337320 1 0.4126 -0.1186 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM337321 1 0.4307 -0.4745 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM337322 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337323 3 0.6047 0.0822 0.400 0.000 0.480 0.000 0.120
#> GSM337324 5 0.4717 0.8510 0.396 0.000 0.020 0.000 0.584
#> GSM337325 1 0.6680 0.0620 0.412 0.000 0.348 0.000 0.240
#> GSM337326 3 0.6047 0.0822 0.400 0.000 0.480 0.000 0.120
#> GSM337327 1 0.2516 0.2884 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM337328 5 0.4781 0.8387 0.428 0.000 0.020 0.000 0.552
#> GSM337329 5 0.6194 0.4642 0.388 0.000 0.140 0.000 0.472
#> GSM337330 1 0.4161 -0.1578 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM337331 5 0.4717 0.8510 0.396 0.000 0.020 0.000 0.584
#> GSM337332 5 0.4767 0.8487 0.420 0.000 0.020 0.000 0.560
#> GSM337333 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337334 1 0.1012 0.3423 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337336 1 0.1117 0.3421 0.964 0.020 0.016 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.1117 0.3421 0.964 0.020 0.016 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337339 1 0.2177 0.3207 0.908 0.004 0.008 0.000 0.080
#> GSM337340 1 0.3861 0.1416 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> GSM337341 5 0.5281 0.8021 0.400 0.000 0.052 0.000 0.548
#> GSM337342 5 0.4774 0.8460 0.424 0.000 0.020 0.000 0.556
#> GSM337343 3 0.4382 0.6311 0.000 0.276 0.700 0.004 0.020
#> GSM337344 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337345 1 0.4138 -0.1361 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM337346 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337347 5 0.4774 0.8460 0.424 0.000 0.020 0.000 0.556
#> GSM337348 5 0.5229 0.7980 0.404 0.000 0.048 0.000 0.548
#> GSM337349 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337350 1 0.3452 0.1884 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM337351 1 0.4302 -0.3965 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM337352 1 0.3913 0.0431 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM337353 1 0.4305 -0.4257 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM337354 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337355 1 0.3988 0.1720 0.732 0.000 0.016 0.000 0.252
#> GSM337356 5 0.4242 0.7986 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> GSM337357 1 0.3648 0.2908 0.812 0.008 0.156 0.000 0.024
#> GSM337358 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337359 1 0.1018 0.3424 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.4307 -0.4603 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM337361 1 0.1018 0.3424 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.1124 0.3402 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> GSM337363 5 0.4192 0.8413 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM337364 1 0.1012 0.3423 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> GSM337365 5 0.4726 0.8476 0.400 0.000 0.020 0.000 0.580
#> GSM337366 5 0.4306 0.4599 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM337367 5 0.4235 0.8086 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM337368 1 0.4535 0.2120 0.752 0.000 0.140 0.000 0.108
#> GSM337369 1 0.3010 0.3116 0.860 0.008 0.116 0.000 0.016
#> GSM337370 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337371 1 0.3837 0.0802 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM337372 1 0.6328 0.0342 0.528 0.000 0.228 0.000 0.244
#> GSM337373 5 0.4192 0.8413 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM337374 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM337375 1 0.3796 0.0628 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM337376 1 0.4304 -0.4010 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.4502 0.5904 0.000 0.740 0.000 0.020 0.140 0.100
#> GSM337198 4 0.1644 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> GSM337199 4 0.0260 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337200 4 0.0363 0.8337 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337201 4 0.0146 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337202 4 0.2384 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.888 0.048 0.064
#> GSM337203 5 0.6193 0.7162 0.000 0.220 0.000 0.244 0.512 0.024
#> GSM337204 4 0.1780 0.8132 0.000 0.000 0.000 0.924 0.028 0.048
#> GSM337205 5 0.5884 0.7598 0.000 0.196 0.000 0.236 0.552 0.016
#> GSM337206 4 0.0520 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM337207 4 0.1492 0.8224 0.000 0.000 0.000 0.940 0.024 0.036
#> GSM337208 4 0.6666 -0.1428 0.000 0.124 0.000 0.528 0.216 0.132
#> GSM337209 2 0.6519 0.3080 0.000 0.556 0.000 0.124 0.184 0.136
#> GSM337210 4 0.1225 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.036
#> GSM337211 4 0.1124 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM337212 4 0.1124 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM337213 4 0.0972 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM337214 4 0.1124 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM337215 4 0.0363 0.8337 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337216 2 0.3047 0.4223 0.000 0.832 0.144 0.004 0.008 0.012
#> GSM337217 4 0.3782 0.3210 0.000 0.000 0.000 0.636 0.360 0.004
#> GSM337218 4 0.1124 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM337219 4 0.1858 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM337220 2 0.6872 0.1827 0.000 0.504 0.000 0.180 0.188 0.128
#> GSM337221 2 0.1440 0.6248 0.000 0.944 0.004 0.004 0.004 0.044
#> GSM337222 2 0.5654 0.4799 0.000 0.652 0.000 0.076 0.160 0.112
#> GSM337223 2 0.2288 0.6384 0.000 0.896 0.000 0.004 0.028 0.072
#> GSM337224 4 0.1649 0.8183 0.000 0.000 0.000 0.932 0.032 0.036
#> GSM337225 4 0.3017 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.844 0.072 0.084
#> GSM337226 4 0.1320 0.8300 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> GSM337227 2 0.3956 0.6245 0.000 0.796 0.000 0.028 0.080 0.096
#> GSM337228 2 0.1759 0.6284 0.000 0.924 0.004 0.004 0.004 0.064
#> GSM337229 2 0.7155 0.0165 0.000 0.448 0.000 0.220 0.200 0.132
#> GSM337230 4 0.4226 0.5484 0.000 0.000 0.000 0.736 0.152 0.112
#> GSM337231 2 0.7026 0.0836 0.000 0.468 0.000 0.176 0.232 0.124
#> GSM337232 4 0.2179 0.7950 0.000 0.000 0.000 0.900 0.064 0.036
#> GSM337233 4 0.2179 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.900 0.036 0.064
#> GSM337234 4 0.7404 -0.4782 0.000 0.288 0.000 0.364 0.212 0.136
#> GSM337235 2 0.7329 -0.1797 0.000 0.396 0.000 0.260 0.212 0.132
#> GSM337236 2 0.2437 0.6396 0.000 0.888 0.000 0.004 0.036 0.072
#> GSM337237 4 0.2066 0.7926 0.000 0.000 0.000 0.904 0.072 0.024
#> GSM337238 2 0.7225 -0.0913 0.000 0.424 0.000 0.248 0.200 0.128
#> GSM337239 3 0.6128 0.5187 0.000 0.424 0.444 0.004 0.060 0.068
#> GSM337240 4 0.0547 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337241 2 0.4256 -0.2457 0.000 0.564 0.420 0.004 0.000 0.012
#> GSM337242 5 0.5929 0.7382 0.000 0.212 0.000 0.212 0.556 0.020
#> GSM337243 4 0.0547 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337244 4 0.7102 -0.4370 0.000 0.308 0.000 0.408 0.180 0.104
#> GSM337245 2 0.4463 0.5962 0.000 0.752 0.000 0.028 0.116 0.104
#> GSM337246 2 0.2714 0.4434 0.000 0.848 0.136 0.004 0.000 0.012
#> GSM337247 4 0.3710 0.4688 0.000 0.000 0.000 0.696 0.292 0.012
#> GSM337248 4 0.1349 0.8166 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM337249 2 0.0653 0.6022 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000 0.012
#> GSM337250 4 0.0458 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM337251 2 0.1732 0.6318 0.000 0.920 0.000 0.004 0.004 0.072
#> GSM337252 4 0.2436 0.7655 0.000 0.000 0.000 0.880 0.088 0.032
#> GSM337253 5 0.5464 0.6592 0.000 0.228 0.000 0.132 0.620 0.020
#> GSM337254 4 0.0777 0.8322 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM337255 2 0.4335 0.5590 0.000 0.756 0.000 0.060 0.152 0.032
#> GSM337256 4 0.3053 0.7247 0.000 0.000 0.000 0.812 0.168 0.020
#> GSM337257 4 0.0622 0.8329 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337258 2 0.3139 0.6274 0.000 0.852 0.000 0.048 0.080 0.020
#> GSM337259 2 0.4181 -0.1332 0.000 0.600 0.384 0.004 0.000 0.012
#> GSM337260 4 0.0260 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337261 3 0.4209 0.5700 0.000 0.396 0.588 0.004 0.000 0.012
#> GSM337262 5 0.5255 0.7049 0.000 0.104 0.000 0.320 0.572 0.004
#> GSM337263 4 0.0806 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM337264 2 0.7006 -0.3890 0.000 0.372 0.000 0.204 0.348 0.076
#> GSM337265 3 0.3824 0.7886 0.000 0.088 0.816 0.004 0.044 0.048
#> GSM337266 3 0.2320 0.8069 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.1471 0.8227 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> GSM337268 4 0.0547 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337269 4 0.0972 0.8315 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM337270 2 0.3679 0.1947 0.000 0.724 0.260 0.004 0.000 0.012
#> GSM337271 3 0.2320 0.8069 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.0260 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337273 2 0.3462 0.6353 0.000 0.816 0.000 0.004 0.100 0.080
#> GSM337274 2 0.6841 -0.1263 0.000 0.424 0.000 0.140 0.344 0.092
#> GSM337275 4 0.1858 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM337276 2 0.2896 0.4349 0.000 0.840 0.140 0.004 0.004 0.012
#> GSM337277 2 0.0696 0.5996 0.000 0.980 0.004 0.004 0.004 0.008
#> GSM337278 4 0.7253 -0.4158 0.000 0.232 0.000 0.420 0.220 0.128
#> GSM337279 4 0.0713 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM337280 4 0.2491 0.7810 0.000 0.000 0.000 0.868 0.112 0.020
#> GSM337281 4 0.1958 0.7883 0.000 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM337282 4 0.4542 -0.1069 0.000 0.020 0.000 0.532 0.440 0.008
#> GSM337283 1 0.5388 0.4224 0.616 0.000 0.008 0.000 0.184 0.192
#> GSM337284 2 0.4169 0.5567 0.000 0.768 0.016 0.028 0.168 0.020
#> GSM337285 3 0.2320 0.8069 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> GSM337286 2 0.3598 0.5617 0.000 0.796 0.016 0.004 0.164 0.020
#> GSM337287 3 0.2320 0.8069 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> GSM337288 5 0.5695 0.7542 0.000 0.112 0.000 0.268 0.588 0.032
#> GSM337289 2 0.3047 0.4223 0.000 0.832 0.144 0.004 0.008 0.012
#> GSM337290 4 0.0520 0.8348 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM337291 4 0.1806 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM337292 4 0.3668 0.4014 0.000 0.000 0.000 0.668 0.328 0.004
#> GSM337293 4 0.2234 0.7615 0.000 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> GSM337294 4 0.4389 -0.1669 0.000 0.004 0.000 0.512 0.468 0.016
#> GSM337295 4 0.0000 0.8342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 2 0.2563 0.6400 0.000 0.880 0.000 0.004 0.040 0.076
#> GSM337297 2 0.4545 0.5908 0.000 0.744 0.000 0.028 0.124 0.104
#> GSM337298 2 0.1799 0.6064 0.000 0.928 0.008 0.004 0.052 0.008
#> GSM337299 4 0.0520 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM337300 5 0.5834 0.7375 0.000 0.168 0.000 0.196 0.600 0.036
#> GSM337301 4 0.0547 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM337302 2 0.5623 0.4821 0.000 0.660 0.000 0.084 0.140 0.116
#> GSM337303 4 0.1918 0.8011 0.000 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM337304 2 0.7073 -0.2737 0.000 0.376 0.000 0.164 0.356 0.104
#> GSM337305 2 0.0862 0.6143 0.000 0.972 0.000 0.004 0.016 0.008
#> GSM337306 5 0.5253 0.7512 0.000 0.084 0.000 0.280 0.616 0.020
#> GSM337307 2 0.2797 0.4359 0.000 0.844 0.140 0.004 0.004 0.008
#> GSM337308 4 0.3136 0.6233 0.000 0.000 0.000 0.768 0.228 0.004
#> GSM337309 4 0.1297 0.8319 0.000 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012
#> GSM337310 5 0.6820 0.6736 0.000 0.216 0.000 0.236 0.472 0.076
#> GSM337311 4 0.0806 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM337312 3 0.6128 0.5187 0.000 0.424 0.444 0.004 0.060 0.068
#> GSM337313 5 0.5187 0.4132 0.000 0.312 0.000 0.056 0.604 0.028
#> GSM337314 2 0.1261 0.5795 0.000 0.956 0.028 0.004 0.004 0.008
#> GSM337315 3 0.5979 0.6814 0.000 0.204 0.608 0.000 0.092 0.096
#> GSM337316 2 0.4171 -0.1496 0.000 0.604 0.380 0.004 0.000 0.012
#> GSM337317 5 0.4621 0.3579 0.000 0.008 0.000 0.448 0.520 0.024
#> GSM337318 2 0.1411 0.6275 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> GSM337319 1 0.3914 0.6955 0.788 0.000 0.012 0.000 0.100 0.100
#> GSM337320 1 0.3143 0.6326 0.836 0.004 0.008 0.000 0.024 0.128
#> GSM337321 1 0.1148 0.7781 0.960 0.004 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM337322 1 0.0798 0.7713 0.976 0.004 0.004 0.000 0.012 0.004
#> GSM337323 6 0.7222 0.4187 0.132 0.000 0.220 0.000 0.216 0.432
#> GSM337324 1 0.3565 0.7097 0.808 0.000 0.004 0.000 0.092 0.096
#> GSM337325 6 0.7526 0.3790 0.292 0.000 0.156 0.000 0.220 0.332
#> GSM337326 6 0.7222 0.4187 0.132 0.000 0.220 0.000 0.216 0.432
#> GSM337327 1 0.4261 -0.2485 0.568 0.000 0.008 0.000 0.008 0.416
#> GSM337328 1 0.3324 0.7338 0.832 0.000 0.008 0.000 0.084 0.076
#> GSM337329 1 0.5258 0.4826 0.640 0.000 0.012 0.000 0.204 0.144
#> GSM337330 1 0.2746 0.6707 0.868 0.004 0.008 0.000 0.020 0.100
#> GSM337331 1 0.3565 0.7097 0.808 0.000 0.004 0.000 0.092 0.096
#> GSM337332 1 0.3266 0.7266 0.832 0.000 0.004 0.000 0.080 0.084
#> GSM337333 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.4058 0.7478 0.372 0.000 0.008 0.000 0.004 0.616
#> GSM337335 1 0.0436 0.7763 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM337336 6 0.4581 0.7451 0.372 0.000 0.012 0.000 0.024 0.592
#> GSM337337 6 0.4058 0.7478 0.372 0.000 0.008 0.000 0.004 0.616
#> GSM337338 1 0.0436 0.7763 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM337339 6 0.4312 0.5059 0.476 0.000 0.004 0.000 0.012 0.508
#> GSM337340 1 0.4706 0.2200 0.652 0.000 0.012 0.000 0.052 0.284
#> GSM337341 1 0.3860 0.6962 0.788 0.000 0.008 0.000 0.108 0.096
#> GSM337342 1 0.3213 0.7286 0.836 0.000 0.004 0.000 0.076 0.084
#> GSM337343 3 0.3492 0.7576 0.000 0.056 0.836 0.000 0.048 0.060
#> GSM337344 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2635 0.6732 0.872 0.004 0.004 0.000 0.020 0.100
#> GSM337346 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3213 0.7286 0.836 0.000 0.004 0.000 0.076 0.084
#> GSM337348 1 0.4092 0.6923 0.776 0.004 0.008 0.000 0.108 0.104
#> GSM337349 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.3915 0.3108 0.696 0.000 0.008 0.000 0.012 0.284
#> GSM337351 1 0.0912 0.7691 0.972 0.004 0.004 0.000 0.012 0.008
#> GSM337352 1 0.3159 0.5803 0.812 0.004 0.004 0.000 0.012 0.168
#> GSM337353 1 0.0551 0.7794 0.984 0.004 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM337354 1 0.0146 0.7784 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337355 1 0.4175 0.3847 0.720 0.004 0.008 0.000 0.032 0.236
#> GSM337356 1 0.2176 0.7572 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024 0.080
#> GSM337357 6 0.5997 0.7007 0.328 0.000 0.024 0.000 0.140 0.508
#> GSM337358 1 0.0146 0.7784 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337359 6 0.3819 0.7466 0.372 0.000 0.004 0.000 0.000 0.624
#> GSM337360 1 0.0717 0.7791 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM337361 6 0.3923 0.7466 0.372 0.000 0.008 0.000 0.000 0.620
#> GSM337362 6 0.4436 0.7377 0.380 0.000 0.008 0.000 0.020 0.592
#> GSM337363 1 0.2412 0.7510 0.880 0.000 0.000 0.000 0.028 0.092
#> GSM337364 6 0.4507 0.7459 0.372 0.000 0.012 0.000 0.020 0.596
#> GSM337365 1 0.3612 0.7091 0.804 0.000 0.004 0.000 0.092 0.100
#> GSM337366 1 0.1237 0.7781 0.956 0.004 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM337367 1 0.2094 0.7582 0.900 0.000 0.000 0.000 0.020 0.080
#> GSM337368 6 0.5370 0.6466 0.260 0.000 0.016 0.000 0.112 0.612
#> GSM337369 6 0.5744 0.7157 0.344 0.000 0.020 0.000 0.112 0.524
#> GSM337370 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.3841 0.4892 0.756 0.004 0.008 0.000 0.024 0.208
#> GSM337372 1 0.6836 -0.3396 0.384 0.000 0.052 0.000 0.228 0.336
#> GSM337373 1 0.2651 0.7522 0.872 0.004 0.000 0.000 0.036 0.088
#> GSM337374 1 0.0000 0.7794 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.3411 0.4555 0.756 0.000 0.004 0.000 0.008 0.232
#> GSM337376 1 0.0146 0.7797 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:kmeans 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> ATC:kmeans 177 7.43e-12 1.62e-36 3
#> ATC:kmeans 155 2.42e-11 8.85e-32 4
#> ATC:kmeans 111 1.01e-04 1.23e-21 5
#> ATC:kmeans 137 3.74e-09 3.88e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.4489 0.553 0.553
#> 3 3 0.994 0.966 0.985 0.4192 0.807 0.650
#> 4 4 0.875 0.775 0.890 0.0758 0.973 0.926
#> 5 5 0.801 0.773 0.886 0.0496 0.917 0.766
#> 6 6 0.738 0.627 0.836 0.0406 0.974 0.912
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337198 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337199 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337200 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337201 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337202 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337203 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337204 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337205 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337206 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337207 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337208 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337209 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337210 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337211 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337212 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337213 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337214 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337215 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337216 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337217 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337218 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337219 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337220 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337221 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337222 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337223 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337224 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337225 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337226 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337227 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337228 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337229 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337230 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337231 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337232 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337233 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337234 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337235 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337236 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337237 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337238 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337239 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337240 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337241 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337242 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337243 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337244 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337245 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337246 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337247 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337248 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337249 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337250 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337251 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337252 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337253 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337254 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337255 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337256 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337257 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337258 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337259 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337260 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337261 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337262 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337263 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337264 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337265 2 0.971 0.333 0.4 0.6
#> GSM337266 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337267 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337268 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337269 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337270 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337271 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337272 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337273 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337274 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337275 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337276 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337277 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337278 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337279 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337280 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337281 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337282 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337283 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337284 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337285 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337286 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337287 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337288 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337289 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337290 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337291 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337292 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337293 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337294 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337295 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337296 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337297 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337298 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337299 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337300 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337301 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337302 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337303 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337304 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337305 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337306 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337307 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337308 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337309 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337310 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337311 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337312 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337313 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337314 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337315 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337316 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337317 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337318 2 0.000 0.997 0.0 1.0
#> GSM337319 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337320 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337321 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337322 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337323 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337324 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337325 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337326 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337327 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337328 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337329 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337330 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337331 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337332 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337333 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337334 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337335 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337336 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337337 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337338 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337339 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337340 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337341 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337342 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337343 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337344 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337345 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337346 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337347 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337348 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337349 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337350 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337351 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337352 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337353 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337354 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337355 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337356 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337357 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337358 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337359 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337360 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337361 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337362 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337363 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337364 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337365 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337366 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337367 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337368 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337369 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337370 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337371 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337372 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337373 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337374 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337375 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> GSM337376 1 0.000 1.000 1.0 0.0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.4931 0.720 0.000 0.232 0.768
#> GSM337198 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337209 2 0.2066 0.928 0.000 0.940 0.060
#> GSM337210 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0424 0.983 0.000 0.992 0.008
#> GSM337221 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.5254 0.624 0.000 0.736 0.264
#> GSM337223 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 3 0.5529 0.612 0.000 0.296 0.704
#> GSM337228 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337236 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> GSM337237 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 3 0.4452 0.774 0.000 0.192 0.808
#> GSM337246 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 3 0.5948 0.490 0.000 0.360 0.640
#> GSM337256 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.4555 0.765 0.000 0.200 0.800
#> GSM337259 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337265 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337266 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337271 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337277 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.4121 0.804 0.000 0.168 0.832
#> GSM337285 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337286 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> GSM337287 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337289 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337297 3 0.5988 0.461 0.000 0.368 0.632
#> GSM337298 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337301 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.5058 0.661 0.000 0.756 0.244
#> GSM337303 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337305 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.2625 0.900 0.000 0.916 0.084
#> GSM337314 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> GSM337316 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM337318 3 0.2625 0.884 0.000 0.084 0.916
#> GSM337319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.3619 0.843 0.864 0.000 0.136
#> GSM337344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.5465 0.5170 0.000 0.020 0.588 0.392
#> GSM337198 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0336 0.9118 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337203 2 0.5075 0.4932 0.000 0.644 0.012 0.344
#> GSM337204 2 0.0336 0.9118 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337205 2 0.1151 0.8990 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM337206 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0336 0.9118 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337209 4 0.7906 -0.3252 0.000 0.300 0.348 0.352
#> GSM337210 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 3 0.0921 0.5392 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM337217 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337218 2 0.0188 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337219 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337220 2 0.7647 -0.1225 0.000 0.404 0.208 0.388
#> GSM337221 3 0.4817 0.5372 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337222 3 0.6426 0.4489 0.000 0.072 0.536 0.392
#> GSM337223 3 0.4817 0.5372 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337224 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0592 0.9068 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337226 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337227 3 0.5125 0.5325 0.000 0.008 0.604 0.388
#> GSM337228 3 0.4817 0.5372 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337229 2 0.6168 0.3117 0.000 0.556 0.056 0.388
#> GSM337230 2 0.0336 0.9118 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337231 2 0.6357 0.2837 0.000 0.544 0.068 0.388
#> GSM337232 2 0.0188 0.9137 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337233 2 0.3649 0.7161 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM337234 2 0.5793 0.3583 0.000 0.580 0.036 0.384
#> GSM337235 2 0.7323 0.0351 0.000 0.456 0.156 0.388
#> GSM337236 3 0.4991 0.5351 0.000 0.004 0.608 0.388
#> GSM337237 2 0.0592 0.9080 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337238 2 0.7264 0.0552 0.000 0.460 0.148 0.392
#> GSM337239 3 0.4830 0.2113 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM337240 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337241 3 0.3801 0.4055 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM337242 2 0.2466 0.8377 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM337243 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337244 2 0.5204 0.4274 0.000 0.612 0.012 0.376
#> GSM337245 3 0.5364 0.5220 0.000 0.016 0.592 0.392
#> GSM337246 3 0.0336 0.5509 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337247 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337248 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337249 3 0.3444 0.5657 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM337250 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337251 3 0.4817 0.5372 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337252 2 0.1211 0.8893 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM337253 2 0.0524 0.9123 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM337254 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337255 3 0.7412 0.2263 0.000 0.200 0.504 0.296
#> GSM337256 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337257 2 0.0188 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337258 3 0.4849 0.3747 0.000 0.164 0.772 0.064
#> GSM337259 3 0.3356 0.4449 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM337260 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.4790 0.2309 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM337262 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337263 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 2 0.5637 0.6104 0.000 0.720 0.112 0.168
#> GSM337265 3 0.4961 0.1325 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM337266 3 0.4817 0.2211 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337267 2 0.0188 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337268 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337269 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337270 3 0.1557 0.5282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM337271 3 0.4817 0.2211 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337272 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 3 0.4830 0.5350 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM337274 2 0.7075 0.1323 0.000 0.488 0.128 0.384
#> GSM337275 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337276 3 0.0000 0.5508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337277 3 0.2081 0.5658 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM337278 2 0.4283 0.6411 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM337279 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337280 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337281 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337282 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337283 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.3707 0.4275 0.000 0.132 0.840 0.028
#> GSM337285 3 0.4817 0.2211 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337286 3 0.1356 0.5560 0.000 0.008 0.960 0.032
#> GSM337287 3 0.4817 0.2211 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337288 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337289 3 0.0921 0.5394 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM337290 2 0.0188 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337291 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337292 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337293 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337294 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337295 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 3 0.4817 0.5372 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM337297 3 0.5138 0.5293 0.000 0.008 0.600 0.392
#> GSM337298 3 0.3311 0.5668 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM337299 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337301 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337302 3 0.6735 0.4095 0.000 0.096 0.516 0.388
#> GSM337303 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337304 2 0.3071 0.8166 0.000 0.888 0.068 0.044
#> GSM337305 3 0.4804 0.5383 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM337306 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337307 3 0.0469 0.5492 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337308 2 0.0336 0.9138 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337309 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0376 0.9117 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337311 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 3 0.4843 0.2060 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM337313 2 0.4838 0.5666 0.000 0.724 0.252 0.024
#> GSM337314 3 0.1211 0.5599 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM337315 4 0.6110 0.1447 0.368 0.000 0.056 0.576
#> GSM337316 3 0.3400 0.4414 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM337317 2 0.0188 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337318 3 0.6357 0.4534 0.000 0.068 0.544 0.388
#> GSM337319 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.2408 0.8788 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM337324 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0817 0.9711 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337326 1 0.2814 0.8421 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM337327 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337328 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337335 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337338 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337340 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 4 0.6529 -0.1160 0.080 0.000 0.388 0.532
#> GSM337344 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337360 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337362 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337369 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0188 0.9917 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337376 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 2 0.0290 0.6354 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337198 4 0.0566 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337199 4 0.0451 0.9224 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337200 4 0.0451 0.9224 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337201 4 0.0566 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337202 4 0.1117 0.9162 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM337203 4 0.5727 0.3634 0.000 0.340 0.000 0.560 0.100
#> GSM337204 4 0.1117 0.9162 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM337205 4 0.4569 0.7476 0.000 0.148 0.000 0.748 0.104
#> GSM337206 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337207 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337208 4 0.1300 0.9132 0.000 0.028 0.000 0.956 0.016
#> GSM337209 2 0.3663 0.5624 0.000 0.776 0.000 0.208 0.016
#> GSM337210 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337211 4 0.0671 0.9213 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337212 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337213 4 0.0566 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337214 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337215 4 0.0451 0.9224 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337216 3 0.4101 0.6663 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM337217 4 0.1908 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM337218 4 0.0609 0.9214 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337219 4 0.1671 0.9018 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337220 2 0.3264 0.5858 0.000 0.820 0.000 0.164 0.016
#> GSM337221 2 0.1544 0.6000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM337222 2 0.1845 0.6290 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> GSM337223 2 0.0880 0.6226 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM337224 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337225 4 0.1774 0.8983 0.000 0.052 0.000 0.932 0.016
#> GSM337226 4 0.0451 0.9228 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337227 2 0.1314 0.6328 0.000 0.960 0.016 0.012 0.012
#> GSM337228 2 0.1043 0.6183 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.4206 0.5048 0.000 0.696 0.000 0.288 0.016
#> GSM337230 4 0.1211 0.9156 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM337231 2 0.3988 0.5342 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016
#> GSM337232 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337233 4 0.3419 0.7536 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016
#> GSM337234 2 0.4610 0.3475 0.000 0.596 0.000 0.388 0.016
#> GSM337235 2 0.4161 0.5063 0.000 0.704 0.000 0.280 0.016
#> GSM337236 2 0.1205 0.6241 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> GSM337237 4 0.1310 0.9169 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM337238 2 0.3906 0.5416 0.000 0.744 0.000 0.240 0.016
#> GSM337239 3 0.2628 0.7063 0.000 0.088 0.884 0.000 0.028
#> GSM337240 4 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337241 3 0.3750 0.7347 0.000 0.232 0.756 0.000 0.012
#> GSM337242 4 0.4686 0.7355 0.000 0.160 0.000 0.736 0.104
#> GSM337243 4 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337244 2 0.5464 0.0259 0.000 0.476 0.012 0.476 0.036
#> GSM337245 2 0.0000 0.6315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.4287 0.5329 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM337247 4 0.2389 0.8785 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> GSM337248 4 0.1671 0.9018 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337249 2 0.4015 -0.0221 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337251 2 0.1043 0.6193 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.2104 0.8944 0.000 0.060 0.000 0.916 0.024
#> GSM337253 4 0.4714 0.7559 0.000 0.100 0.004 0.744 0.152
#> GSM337254 4 0.0510 0.9210 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337255 2 0.4869 0.5297 0.000 0.748 0.140 0.096 0.016
#> GSM337256 4 0.0880 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM337257 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337258 2 0.5583 0.0441 0.000 0.572 0.352 0.072 0.004
#> GSM337259 3 0.4109 0.7150 0.000 0.288 0.700 0.000 0.012
#> GSM337260 4 0.0162 0.9226 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337261 3 0.3752 0.7353 0.000 0.148 0.804 0.000 0.048
#> GSM337262 4 0.2179 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM337263 4 0.0671 0.9213 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337264 4 0.5104 0.5077 0.000 0.304 0.008 0.644 0.044
#> GSM337265 3 0.2144 0.6337 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> GSM337266 3 0.3169 0.7067 0.000 0.084 0.856 0.000 0.060
#> GSM337267 4 0.0865 0.9226 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM337268 4 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337269 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337270 3 0.4101 0.6511 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM337271 3 0.3169 0.7067 0.000 0.084 0.856 0.000 0.060
#> GSM337272 4 0.0324 0.9226 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM337273 2 0.0579 0.6284 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM337274 2 0.4520 0.5019 0.000 0.684 0.000 0.284 0.032
#> GSM337275 4 0.1671 0.9018 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337276 3 0.4283 0.5399 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM337277 2 0.4481 -0.2617 0.000 0.576 0.416 0.000 0.008
#> GSM337278 4 0.4297 0.5693 0.000 0.288 0.000 0.692 0.020
#> GSM337279 4 0.0609 0.9214 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337280 4 0.0963 0.9171 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM337281 4 0.1270 0.9134 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM337282 4 0.2358 0.8876 0.000 0.008 0.000 0.888 0.104
#> GSM337283 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337284 3 0.6236 0.3185 0.000 0.436 0.464 0.076 0.024
#> GSM337285 3 0.3169 0.7067 0.000 0.084 0.856 0.000 0.060
#> GSM337286 2 0.4900 -0.4342 0.000 0.512 0.464 0.000 0.024
#> GSM337287 3 0.3169 0.7067 0.000 0.084 0.856 0.000 0.060
#> GSM337288 4 0.2439 0.8771 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> GSM337289 3 0.4101 0.6663 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0162 0.9226 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337291 4 0.0963 0.9183 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM337292 4 0.1792 0.8993 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM337293 4 0.1792 0.8993 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM337294 4 0.2286 0.8846 0.000 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM337295 4 0.0566 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337296 2 0.0794 0.6241 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM337297 2 0.0968 0.6327 0.000 0.972 0.012 0.004 0.012
#> GSM337298 2 0.4300 -0.4230 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337300 4 0.3197 0.8483 0.000 0.012 0.004 0.832 0.152
#> GSM337301 4 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337302 2 0.1914 0.6282 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> GSM337303 4 0.0609 0.9203 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM337304 4 0.4229 0.5861 0.000 0.276 0.000 0.704 0.020
#> GSM337305 2 0.1704 0.5998 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> GSM337306 4 0.3484 0.8401 0.000 0.024 0.004 0.820 0.152
#> GSM337307 3 0.4235 0.6015 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM337308 4 0.1908 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM337309 4 0.0290 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337310 4 0.2824 0.8582 0.000 0.096 0.000 0.872 0.032
#> GSM337311 4 0.0798 0.9205 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM337312 3 0.2628 0.7063 0.000 0.088 0.884 0.000 0.028
#> GSM337313 4 0.6029 0.5024 0.000 0.236 0.008 0.604 0.152
#> GSM337314 2 0.4304 -0.4418 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM337315 5 0.3754 0.5270 0.084 0.000 0.100 0.000 0.816
#> GSM337316 3 0.3534 0.7306 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> GSM337317 4 0.2624 0.8734 0.000 0.000 0.012 0.872 0.116
#> GSM337318 2 0.2300 0.6175 0.000 0.904 0.072 0.024 0.000
#> GSM337319 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337320 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 5 0.4268 0.6759 0.344 0.000 0.008 0.000 0.648
#> GSM337324 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337325 5 0.4449 0.3569 0.484 0.000 0.004 0.000 0.512
#> GSM337326 5 0.4418 0.6869 0.332 0.000 0.016 0.000 0.652
#> GSM337327 1 0.0912 0.9323 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337328 1 0.1851 0.8828 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM337329 1 0.3534 0.5693 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM337330 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337332 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337333 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0912 0.9323 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337335 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0404 0.9431 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0912 0.9323 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337338 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0798 0.9353 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM337340 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337342 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337343 5 0.3318 0.3380 0.008 0.000 0.192 0.000 0.800
#> GSM337344 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337348 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337349 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0671 0.9380 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0912 0.9323 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337360 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0912 0.9323 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337362 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0290 0.9460 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337364 1 0.0798 0.9353 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM337365 1 0.1965 0.8754 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM337366 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2230 0.8531 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM337369 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.3661 0.5129 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM337373 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0798 0.9356 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM337376 1 0.0000 0.9499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.1657 0.6261 0.000 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016
#> GSM337198 4 0.0260 0.7656 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337199 4 0.0260 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337200 4 0.0146 0.7655 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337201 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337202 4 0.0653 0.7585 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM337203 4 0.5762 -0.4482 0.000 0.152 0.000 0.464 0.380 0.004
#> GSM337204 4 0.0508 0.7599 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM337205 4 0.5557 -0.4546 0.000 0.120 0.000 0.480 0.396 0.004
#> GSM337206 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337207 4 0.0622 0.7597 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM337208 4 0.0964 0.7510 0.000 0.012 0.000 0.968 0.016 0.004
#> GSM337209 2 0.4115 0.5219 0.000 0.696 0.000 0.268 0.032 0.004
#> GSM337210 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337211 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337212 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337213 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337214 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337215 4 0.0260 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337216 3 0.4845 0.5519 0.000 0.388 0.560 0.000 0.044 0.008
#> GSM337217 4 0.3409 0.3817 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM337218 4 0.2020 0.7351 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096 0.008
#> GSM337219 4 0.2969 0.5447 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM337220 2 0.4164 0.5719 0.000 0.756 0.000 0.168 0.060 0.016
#> GSM337221 2 0.2456 0.5745 0.000 0.888 0.076 0.000 0.028 0.008
#> GSM337222 2 0.3185 0.6140 0.000 0.848 0.000 0.076 0.060 0.016
#> GSM337223 2 0.0870 0.6238 0.000 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
#> GSM337224 4 0.0291 0.7643 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM337225 4 0.1565 0.7273 0.000 0.028 0.000 0.940 0.028 0.004
#> GSM337226 4 0.0865 0.7598 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM337227 2 0.1692 0.6317 0.000 0.940 0.008 0.020 0.024 0.008
#> GSM337228 2 0.1367 0.6062 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012 0.000
#> GSM337229 2 0.4970 0.3741 0.000 0.624 0.000 0.300 0.060 0.016
#> GSM337230 4 0.0653 0.7579 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM337231 2 0.4844 0.4264 0.000 0.652 0.000 0.272 0.060 0.016
#> GSM337232 4 0.0779 0.7579 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008
#> GSM337233 4 0.2146 0.6896 0.000 0.060 0.000 0.908 0.024 0.008
#> GSM337234 2 0.4940 -0.0036 0.000 0.520 0.000 0.428 0.040 0.012
#> GSM337235 2 0.4450 0.2911 0.000 0.632 0.000 0.328 0.036 0.004
#> GSM337236 2 0.1518 0.6127 0.000 0.944 0.024 0.000 0.024 0.008
#> GSM337237 4 0.2094 0.7127 0.000 0.008 0.000 0.908 0.068 0.016
#> GSM337238 2 0.4784 0.4180 0.000 0.664 0.000 0.260 0.060 0.016
#> GSM337239 3 0.5506 0.6071 0.000 0.120 0.660 0.000 0.164 0.056
#> GSM337240 4 0.1501 0.7409 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM337241 3 0.3231 0.7026 0.000 0.200 0.784 0.000 0.000 0.016
#> GSM337242 4 0.5685 -0.4583 0.000 0.124 0.000 0.472 0.396 0.008
#> GSM337243 4 0.1444 0.7432 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337244 4 0.6103 -0.1848 0.000 0.304 0.004 0.516 0.156 0.020
#> GSM337245 2 0.1074 0.6287 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM337246 3 0.4822 0.3844 0.000 0.476 0.480 0.000 0.036 0.008
#> GSM337247 4 0.3620 0.1375 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM337248 4 0.2823 0.5828 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM337249 2 0.4055 0.3225 0.000 0.728 0.228 0.000 0.036 0.008
#> GSM337250 4 0.1267 0.7496 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM337251 2 0.1010 0.6123 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000
#> GSM337252 4 0.2570 0.6816 0.000 0.024 0.000 0.884 0.076 0.016
#> GSM337253 5 0.4982 0.8002 0.000 0.084 0.000 0.340 0.576 0.000
#> GSM337254 4 0.1501 0.7409 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM337255 2 0.5247 0.5434 0.000 0.712 0.116 0.076 0.088 0.008
#> GSM337256 4 0.2092 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM337257 4 0.0972 0.7518 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM337258 2 0.5633 0.2673 0.000 0.596 0.288 0.068 0.044 0.004
#> GSM337259 3 0.3721 0.6809 0.000 0.252 0.728 0.000 0.004 0.016
#> GSM337260 4 0.0260 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337261 3 0.3196 0.7051 0.000 0.136 0.824 0.000 0.004 0.036
#> GSM337262 4 0.3862 0.0251 0.000 0.000 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM337263 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337264 4 0.6198 -0.2763 0.000 0.240 0.004 0.512 0.228 0.016
#> GSM337265 3 0.2190 0.5822 0.000 0.000 0.900 0.000 0.060 0.040
#> GSM337266 3 0.2384 0.6684 0.000 0.056 0.896 0.000 0.008 0.040
#> GSM337267 4 0.2312 0.7211 0.000 0.000 0.000 0.876 0.112 0.012
#> GSM337268 4 0.1501 0.7409 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM337269 4 0.0291 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337270 3 0.3938 0.6233 0.000 0.324 0.660 0.000 0.016 0.000
#> GSM337271 3 0.2384 0.6684 0.000 0.056 0.896 0.000 0.008 0.040
#> GSM337272 4 0.0260 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337273 2 0.2207 0.6244 0.000 0.900 0.016 0.000 0.076 0.008
#> GSM337274 2 0.5509 0.4076 0.000 0.616 0.000 0.224 0.140 0.020
#> GSM337275 4 0.2854 0.5758 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM337276 3 0.4930 0.4138 0.000 0.460 0.488 0.000 0.044 0.008
#> GSM337277 2 0.4885 -0.0368 0.000 0.596 0.340 0.000 0.056 0.008
#> GSM337278 4 0.4656 0.2633 0.000 0.220 0.000 0.696 0.068 0.016
#> GSM337279 4 0.2070 0.7317 0.000 0.000 0.000 0.892 0.100 0.008
#> GSM337280 4 0.1765 0.7292 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM337281 4 0.2668 0.6562 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> GSM337282 4 0.3862 0.0236 0.000 0.000 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM337283 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337284 2 0.7044 -0.0589 0.000 0.432 0.308 0.072 0.180 0.008
#> GSM337285 3 0.2384 0.6684 0.000 0.056 0.896 0.000 0.008 0.040
#> GSM337286 2 0.5818 -0.0954 0.000 0.516 0.308 0.000 0.168 0.008
#> GSM337287 3 0.2384 0.6684 0.000 0.056 0.896 0.000 0.008 0.040
#> GSM337288 4 0.3955 -0.2985 0.000 0.004 0.000 0.560 0.436 0.000
#> GSM337289 3 0.4726 0.5635 0.000 0.380 0.572 0.000 0.044 0.004
#> GSM337290 4 0.1124 0.7589 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM337291 4 0.2402 0.6954 0.000 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> GSM337292 4 0.3351 0.4075 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM337293 4 0.2996 0.5409 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM337294 4 0.3672 0.0701 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM337295 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337296 2 0.1350 0.6192 0.000 0.952 0.020 0.000 0.020 0.008
#> GSM337297 2 0.1332 0.6305 0.000 0.952 0.000 0.012 0.028 0.008
#> GSM337298 2 0.5483 -0.1917 0.000 0.548 0.352 0.000 0.076 0.024
#> GSM337299 4 0.0146 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337300 5 0.4326 0.7608 0.000 0.024 0.000 0.404 0.572 0.000
#> GSM337301 4 0.1327 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM337302 2 0.3391 0.6083 0.000 0.832 0.000 0.092 0.060 0.016
#> GSM337303 4 0.2048 0.7109 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337304 4 0.4950 0.1739 0.000 0.236 0.000 0.664 0.084 0.016
#> GSM337305 2 0.2639 0.5740 0.000 0.880 0.064 0.000 0.048 0.008
#> GSM337306 5 0.4301 0.7738 0.000 0.024 0.000 0.392 0.584 0.000
#> GSM337307 3 0.4912 0.4857 0.000 0.432 0.516 0.000 0.044 0.008
#> GSM337308 4 0.3636 0.3251 0.000 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM337309 4 0.1444 0.7432 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM337310 4 0.3962 0.5441 0.000 0.096 0.000 0.772 0.128 0.004
#> GSM337311 4 0.0291 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM337312 3 0.5567 0.5938 0.000 0.120 0.652 0.000 0.172 0.056
#> GSM337313 5 0.5359 0.6748 0.000 0.164 0.004 0.228 0.604 0.000
#> GSM337314 2 0.4887 -0.2624 0.000 0.536 0.412 0.000 0.044 0.008
#> GSM337315 6 0.2240 0.5691 0.032 0.000 0.016 0.000 0.044 0.908
#> GSM337316 3 0.3627 0.6961 0.000 0.224 0.752 0.000 0.020 0.004
#> GSM337317 4 0.4314 -0.3815 0.000 0.000 0.020 0.536 0.444 0.000
#> GSM337318 2 0.2961 0.6006 0.000 0.872 0.068 0.024 0.028 0.008
#> GSM337319 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337320 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337321 1 0.0405 0.9022 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM337322 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337323 6 0.3405 0.7347 0.272 0.000 0.004 0.000 0.000 0.724
#> GSM337324 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337325 6 0.3672 0.5648 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM337326 6 0.3445 0.7360 0.260 0.000 0.008 0.000 0.000 0.732
#> GSM337327 1 0.2278 0.8150 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM337328 1 0.2199 0.8613 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088
#> GSM337329 1 0.3565 0.5294 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM337330 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337331 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337332 1 0.2191 0.8383 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120
#> GSM337333 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2362 0.8063 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM337335 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337336 1 0.1806 0.8498 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.004
#> GSM337337 1 0.2362 0.8063 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM337338 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337339 1 0.2146 0.8266 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM337340 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337341 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337342 1 0.2320 0.8281 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> GSM337343 6 0.3646 0.3972 0.000 0.000 0.172 0.000 0.052 0.776
#> GSM337344 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.2362 0.8246 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM337348 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337349 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.2191 0.8228 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0508 0.8992 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM337353 1 0.0146 0.9037 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0146 0.9035 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337356 1 0.1219 0.8873 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM337357 1 0.1349 0.8854 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM337358 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.2362 0.8063 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM337360 1 0.0146 0.9037 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337361 1 0.2362 0.8063 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM337362 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.1858 0.8617 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM337364 1 0.2191 0.8230 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> GSM337365 1 0.2482 0.8137 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM337366 1 0.0291 0.9033 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337367 1 0.0692 0.8986 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM337368 1 0.3053 0.7813 0.812 0.000 0.000 0.000 0.020 0.168
#> GSM337369 1 0.0405 0.9025 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM337370 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0291 0.9022 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM337372 1 0.3795 0.3495 0.632 0.000 0.000 0.000 0.004 0.364
#> GSM337373 1 0.1219 0.8876 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM337374 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.2191 0.8218 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> GSM337376 1 0.0146 0.9037 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:skmeans 179 4.46e-12 1.03e-37 2
#> ATC:skmeans 178 3.61e-12 1.77e-36 3
#> ATC:skmeans 151 1.27e-10 7.59e-31 4
#> ATC:skmeans 168 3.41e-11 8.93e-33 5
#> ATC:skmeans 146 2.29e-11 1.47e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4398 0.561 0.561
#> 3 3 0.962 0.946 0.975 0.4789 0.794 0.632
#> 4 4 0.820 0.819 0.916 0.0831 0.886 0.702
#> 5 5 0.818 0.811 0.904 0.0366 0.965 0.883
#> 6 6 0.875 0.820 0.903 0.0275 0.972 0.900
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0 1 0 1
#> GSM337198 2 0 1 0 1
#> GSM337199 2 0 1 0 1
#> GSM337200 2 0 1 0 1
#> GSM337201 2 0 1 0 1
#> GSM337202 2 0 1 0 1
#> GSM337203 2 0 1 0 1
#> GSM337204 2 0 1 0 1
#> GSM337205 2 0 1 0 1
#> GSM337206 2 0 1 0 1
#> GSM337207 2 0 1 0 1
#> GSM337208 2 0 1 0 1
#> GSM337209 2 0 1 0 1
#> GSM337210 2 0 1 0 1
#> GSM337211 2 0 1 0 1
#> GSM337212 2 0 1 0 1
#> GSM337213 2 0 1 0 1
#> GSM337214 2 0 1 0 1
#> GSM337215 2 0 1 0 1
#> GSM337216 2 0 1 0 1
#> GSM337217 2 0 1 0 1
#> GSM337218 2 0 1 0 1
#> GSM337219 2 0 1 0 1
#> GSM337220 2 0 1 0 1
#> GSM337221 2 0 1 0 1
#> GSM337222 2 0 1 0 1
#> GSM337223 2 0 1 0 1
#> GSM337224 2 0 1 0 1
#> GSM337225 2 0 1 0 1
#> GSM337226 2 0 1 0 1
#> GSM337227 2 0 1 0 1
#> GSM337228 2 0 1 0 1
#> GSM337229 2 0 1 0 1
#> GSM337230 2 0 1 0 1
#> GSM337231 2 0 1 0 1
#> GSM337232 2 0 1 0 1
#> GSM337233 2 0 1 0 1
#> GSM337234 2 0 1 0 1
#> GSM337235 2 0 1 0 1
#> GSM337236 2 0 1 0 1
#> GSM337237 2 0 1 0 1
#> GSM337238 2 0 1 0 1
#> GSM337239 2 0 1 0 1
#> GSM337240 2 0 1 0 1
#> GSM337241 2 0 1 0 1
#> GSM337242 2 0 1 0 1
#> GSM337243 2 0 1 0 1
#> GSM337244 2 0 1 0 1
#> GSM337245 2 0 1 0 1
#> GSM337246 2 0 1 0 1
#> GSM337247 2 0 1 0 1
#> GSM337248 2 0 1 0 1
#> GSM337249 2 0 1 0 1
#> GSM337250 2 0 1 0 1
#> GSM337251 2 0 1 0 1
#> GSM337252 2 0 1 0 1
#> GSM337253 2 0 1 0 1
#> GSM337254 2 0 1 0 1
#> GSM337255 2 0 1 0 1
#> GSM337256 2 0 1 0 1
#> GSM337257 2 0 1 0 1
#> GSM337258 2 0 1 0 1
#> GSM337259 2 0 1 0 1
#> GSM337260 2 0 1 0 1
#> GSM337261 2 0 1 0 1
#> GSM337262 2 0 1 0 1
#> GSM337263 2 0 1 0 1
#> GSM337264 2 0 1 0 1
#> GSM337265 2 0 1 0 1
#> GSM337266 2 0 1 0 1
#> GSM337267 2 0 1 0 1
#> GSM337268 2 0 1 0 1
#> GSM337269 2 0 1 0 1
#> GSM337270 2 0 1 0 1
#> GSM337271 2 0 1 0 1
#> GSM337272 2 0 1 0 1
#> GSM337273 2 0 1 0 1
#> GSM337274 2 0 1 0 1
#> GSM337275 2 0 1 0 1
#> GSM337276 2 0 1 0 1
#> GSM337277 2 0 1 0 1
#> GSM337278 2 0 1 0 1
#> GSM337279 2 0 1 0 1
#> GSM337280 2 0 1 0 1
#> GSM337281 2 0 1 0 1
#> GSM337282 2 0 1 0 1
#> GSM337283 1 0 1 1 0
#> GSM337284 2 0 1 0 1
#> GSM337285 2 0 1 0 1
#> GSM337286 2 0 1 0 1
#> GSM337287 2 0 1 0 1
#> GSM337288 2 0 1 0 1
#> GSM337289 2 0 1 0 1
#> GSM337290 2 0 1 0 1
#> GSM337291 2 0 1 0 1
#> GSM337292 2 0 1 0 1
#> GSM337293 2 0 1 0 1
#> GSM337294 2 0 1 0 1
#> GSM337295 2 0 1 0 1
#> GSM337296 2 0 1 0 1
#> GSM337297 2 0 1 0 1
#> GSM337298 2 0 1 0 1
#> GSM337299 2 0 1 0 1
#> GSM337300 2 0 1 0 1
#> GSM337301 2 0 1 0 1
#> GSM337302 2 0 1 0 1
#> GSM337303 2 0 1 0 1
#> GSM337304 2 0 1 0 1
#> GSM337305 2 0 1 0 1
#> GSM337306 2 0 1 0 1
#> GSM337307 2 0 1 0 1
#> GSM337308 2 0 1 0 1
#> GSM337309 2 0 1 0 1
#> GSM337310 2 0 1 0 1
#> GSM337311 2 0 1 0 1
#> GSM337312 2 0 1 0 1
#> GSM337313 2 0 1 0 1
#> GSM337314 2 0 1 0 1
#> GSM337315 2 0 1 0 1
#> GSM337316 2 0 1 0 1
#> GSM337317 2 0 1 0 1
#> GSM337318 2 0 1 0 1
#> GSM337319 1 0 1 1 0
#> GSM337320 1 0 1 1 0
#> GSM337321 1 0 1 1 0
#> GSM337322 1 0 1 1 0
#> GSM337323 1 0 1 1 0
#> GSM337324 1 0 1 1 0
#> GSM337325 1 0 1 1 0
#> GSM337326 1 0 1 1 0
#> GSM337327 1 0 1 1 0
#> GSM337328 1 0 1 1 0
#> GSM337329 1 0 1 1 0
#> GSM337330 1 0 1 1 0
#> GSM337331 1 0 1 1 0
#> GSM337332 1 0 1 1 0
#> GSM337333 1 0 1 1 0
#> GSM337334 1 0 1 1 0
#> GSM337335 1 0 1 1 0
#> GSM337336 1 0 1 1 0
#> GSM337337 1 0 1 1 0
#> GSM337338 1 0 1 1 0
#> GSM337339 1 0 1 1 0
#> GSM337340 1 0 1 1 0
#> GSM337341 1 0 1 1 0
#> GSM337342 1 0 1 1 0
#> GSM337343 2 0 1 0 1
#> GSM337344 1 0 1 1 0
#> GSM337345 1 0 1 1 0
#> GSM337346 1 0 1 1 0
#> GSM337347 1 0 1 1 0
#> GSM337348 1 0 1 1 0
#> GSM337349 1 0 1 1 0
#> GSM337350 1 0 1 1 0
#> GSM337351 1 0 1 1 0
#> GSM337352 1 0 1 1 0
#> GSM337353 1 0 1 1 0
#> GSM337354 1 0 1 1 0
#> GSM337355 1 0 1 1 0
#> GSM337356 1 0 1 1 0
#> GSM337357 1 0 1 1 0
#> GSM337358 1 0 1 1 0
#> GSM337359 1 0 1 1 0
#> GSM337360 1 0 1 1 0
#> GSM337361 1 0 1 1 0
#> GSM337362 1 0 1 1 0
#> GSM337363 1 0 1 1 0
#> GSM337364 1 0 1 1 0
#> GSM337365 1 0 1 1 0
#> GSM337366 1 0 1 1 0
#> GSM337367 1 0 1 1 0
#> GSM337368 1 0 1 1 0
#> GSM337369 1 0 1 1 0
#> GSM337370 1 0 1 1 0
#> GSM337371 1 0 1 1 0
#> GSM337372 1 0 1 1 0
#> GSM337373 1 0 1 1 0
#> GSM337374 1 0 1 1 0
#> GSM337375 1 0 1 1 0
#> GSM337376 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.4504 0.747 0.000 0.196 0.804
#> GSM337198 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.3686 0.839 0.000 0.860 0.140
#> GSM337204 2 0.0424 0.954 0.000 0.992 0.008
#> GSM337205 2 0.1289 0.942 0.000 0.968 0.032
#> GSM337206 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0892 0.949 0.000 0.980 0.020
#> GSM337208 2 0.2261 0.918 0.000 0.932 0.068
#> GSM337209 3 0.5529 0.565 0.000 0.296 0.704
#> GSM337210 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0747 0.951 0.000 0.984 0.016
#> GSM337215 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.3941 0.833 0.000 0.844 0.156
#> GSM337221 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.5591 0.614 0.000 0.696 0.304
#> GSM337223 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> GSM337225 2 0.0424 0.954 0.000 0.992 0.008
#> GSM337226 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 3 0.0592 0.968 0.000 0.012 0.988
#> GSM337228 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.3482 0.864 0.000 0.872 0.128
#> GSM337230 2 0.0592 0.953 0.000 0.988 0.012
#> GSM337231 2 0.3038 0.888 0.000 0.896 0.104
#> GSM337232 2 0.0424 0.954 0.000 0.992 0.008
#> GSM337233 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> GSM337234 2 0.2711 0.902 0.000 0.912 0.088
#> GSM337235 2 0.6305 0.103 0.000 0.516 0.484
#> GSM337236 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.4178 0.814 0.000 0.828 0.172
#> GSM337239 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.2066 0.924 0.000 0.940 0.060
#> GSM337243 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.0892 0.948 0.000 0.980 0.020
#> GSM337245 3 0.0424 0.971 0.000 0.008 0.992
#> GSM337246 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.2066 0.923 0.000 0.940 0.060
#> GSM337254 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 3 0.4062 0.800 0.000 0.164 0.836
#> GSM337256 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.2711 0.895 0.000 0.088 0.912
#> GSM337259 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337262 2 0.0592 0.952 0.000 0.988 0.012
#> GSM337263 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 2 0.6008 0.456 0.000 0.628 0.372
#> GSM337265 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337266 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337267 2 0.0892 0.948 0.000 0.980 0.020
#> GSM337268 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337271 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337272 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.2878 0.895 0.000 0.904 0.096
#> GSM337275 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337277 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.2711 0.901 0.000 0.912 0.088
#> GSM337279 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337284 3 0.0892 0.963 0.000 0.020 0.980
#> GSM337285 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337286 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337287 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337288 2 0.0592 0.953 0.000 0.988 0.012
#> GSM337289 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337297 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337298 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 2 0.2537 0.910 0.000 0.920 0.080
#> GSM337301 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.6225 0.309 0.000 0.568 0.432
#> GSM337303 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.2356 0.915 0.000 0.928 0.072
#> GSM337305 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.2448 0.912 0.000 0.924 0.076
#> GSM337311 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337313 2 0.5216 0.678 0.000 0.740 0.260
#> GSM337314 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337315 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337316 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM337318 3 0.1753 0.936 0.000 0.048 0.952
#> GSM337319 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1529 0.954 0.960 0.000 0.040
#> GSM337324 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337326 1 0.5431 0.604 0.716 0.000 0.284
#> GSM337327 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 4 0.0921 0.725 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM337198 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 2 0.3764 0.688 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM337203 4 0.4955 0.290 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM337204 2 0.3907 0.672 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM337205 2 0.1022 0.938 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM337206 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0707 0.949 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM337208 4 0.3356 0.665 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM337209 4 0.2081 0.717 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM337210 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0592 0.953 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337215 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337217 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337220 4 0.2530 0.706 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM337221 4 0.0469 0.716 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM337222 4 0.1716 0.722 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM337223 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337225 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337226 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337227 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337228 4 0.0817 0.710 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM337229 4 0.4277 0.538 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM337230 2 0.0469 0.956 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337231 4 0.3074 0.683 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM337232 2 0.0336 0.959 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337233 2 0.4222 0.577 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM337234 4 0.3172 0.677 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM337235 4 0.3123 0.680 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM337236 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337238 4 0.2704 0.701 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM337239 4 0.4776 0.137 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM337240 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337241 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337242 2 0.4477 0.507 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM337243 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337244 4 0.4948 0.298 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM337245 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337246 4 0.4972 -0.137 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM337247 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337249 4 0.1637 0.685 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM337250 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337251 4 0.0336 0.719 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM337252 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337253 2 0.1940 0.892 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM337254 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 4 0.2704 0.700 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM337256 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337258 4 0.3587 0.706 0.000 0.088 0.052 0.860
#> GSM337259 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337260 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337262 2 0.0817 0.947 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337263 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 4 0.3726 0.636 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM337265 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337266 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337267 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337268 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337270 3 0.4564 0.748 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM337271 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337272 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337274 4 0.4406 0.531 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM337275 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337276 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337277 4 0.4040 0.444 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM337278 2 0.4134 0.628 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM337279 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337284 4 0.1913 0.711 0.000 0.020 0.040 0.940
#> GSM337285 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337286 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337287 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337288 2 0.0921 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337289 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337290 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337297 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337298 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 2 0.2216 0.877 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM337301 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337302 4 0.0336 0.723 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM337303 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337304 4 0.3400 0.660 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM337305 4 0.0000 0.721 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337307 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337308 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 4 0.3610 0.643 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM337311 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 4 0.4008 0.451 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM337313 2 0.4877 0.278 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM337314 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337315 4 0.4977 -0.148 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM337316 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337317 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337318 4 0.1389 0.725 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM337319 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.5000 0.175 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.3873 0.726 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM337326 3 0.4761 0.258 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0188 0.962 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.3801 0.790 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM337337 1 0.3688 0.798 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337340 1 0.0817 0.953 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.3873 0.917 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM337344 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.1022 0.948 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.3801 0.790 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.3801 0.790 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM337362 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.3486 0.818 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0592 0.956 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM337369 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM337372 1 0.0707 0.954 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 2 0.0290 0.821 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM337198 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 4 0.3242 0.694 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM337203 2 0.4268 0.295 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM337204 4 0.3366 0.677 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM337205 4 0.1270 0.920 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM337206 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 4 0.0963 0.935 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM337208 2 0.2179 0.787 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM337209 2 0.1410 0.817 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM337210 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 4 0.1043 0.931 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM337215 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.4030 0.783 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM337217 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.1478 0.816 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337221 2 0.0404 0.812 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM337222 2 0.0794 0.823 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM337223 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337224 4 0.0510 0.950 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337225 4 0.0609 0.947 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM337226 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.0880 0.797 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.3366 0.628 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM337230 4 0.0510 0.950 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337231 2 0.1908 0.801 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM337232 4 0.0703 0.944 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM337233 4 0.3636 0.584 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM337234 2 0.2020 0.796 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM337235 2 0.1965 0.799 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337237 4 0.0162 0.957 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM337238 2 0.1671 0.811 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM337239 2 0.4273 -0.298 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM337240 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.4030 0.426 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM337243 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.4219 0.369 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.4045 0.779 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> GSM337247 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 2 0.2127 0.712 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.0290 0.815 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 4 0.1965 0.874 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM337254 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 2 0.1851 0.804 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM337256 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 2 0.3569 0.749 0.000 0.828 0.104 0.068 0.000
#> GSM337259 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.0794 0.941 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM337263 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 2 0.2891 0.722 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM337265 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337266 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.0880 0.937 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM337268 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.2732 0.875 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM337271 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337274 2 0.3452 0.621 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM337275 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.4030 0.784 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM337277 2 0.3857 0.256 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM337278 4 0.3752 0.576 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM337279 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337284 2 0.2104 0.785 0.000 0.916 0.060 0.024 0.000
#> GSM337285 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337286 2 0.0162 0.817 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM337287 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337288 4 0.0963 0.935 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM337289 3 0.4015 0.788 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337299 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 4 0.2074 0.866 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM337301 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.0162 0.820 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM337303 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.2280 0.779 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337306 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 3 0.4015 0.788 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM337308 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.2561 0.755 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 2 0.3876 0.240 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM337313 4 0.4249 0.195 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM337314 3 0.4114 0.748 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM337315 3 0.4045 0.778 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> GSM337316 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337317 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337318 2 0.0963 0.822 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM337319 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337320 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 5 0.0510 0.697 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM337324 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337325 5 0.3143 0.773 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM337326 5 0.0794 0.711 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM337327 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 5 0.4171 0.520 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM337330 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337332 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.5673 0.430 0.628 0.000 0.156 0.000 0.216
#> GSM337335 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.5375 0.506 0.668 0.000 0.156 0.000 0.176
#> GSM337337 1 0.4696 0.587 0.736 0.000 0.156 0.000 0.108
#> GSM337338 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0609 0.858 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337340 1 0.2280 0.780 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM337341 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337342 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.2690 0.877 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0510 0.860 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337346 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3074 0.657 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM337348 1 0.3586 0.540 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM337349 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2179 0.783 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM337356 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.4015 0.363 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM337358 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.5699 0.423 0.624 0.000 0.156 0.000 0.220
#> GSM337360 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.5699 0.423 0.624 0.000 0.156 0.000 0.220
#> GSM337362 1 0.2230 0.780 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM337363 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.4569 0.606 0.748 0.000 0.148 0.000 0.104
#> GSM337365 1 0.3636 0.524 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM337366 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2377 0.769 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM337369 1 0.2561 0.756 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM337370 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0510 0.860 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337372 5 0.3586 0.727 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM337373 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337198 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337199 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337200 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 4 0.2912 0.715 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM337203 2 0.3828 0.238 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> GSM337204 4 0.3023 0.689 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> GSM337205 4 0.1387 0.902 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM337206 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337207 4 0.1387 0.903 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0865 0.860 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM337209 2 0.0260 0.875 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337210 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337212 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337214 4 0.1444 0.898 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM337215 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 3 0.4252 0.777 0.000 0.036 0.652 0.000 0.312 0.000
#> GSM337217 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337218 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337219 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0146 0.875 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337221 2 0.1196 0.852 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> GSM337222 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337223 2 0.0260 0.872 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337224 4 0.0865 0.929 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM337225 4 0.0790 0.932 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337228 2 0.1075 0.850 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM337229 2 0.2562 0.706 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM337230 4 0.0790 0.932 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0260 0.874 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337232 4 0.1141 0.916 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM337233 4 0.3266 0.616 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM337234 2 0.0363 0.874 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM337235 2 0.0458 0.872 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337237 4 0.0260 0.947 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0260 0.874 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337239 3 0.5241 0.726 0.000 0.120 0.568 0.000 0.312 0.000
#> GSM337240 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337241 3 0.0865 0.758 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.3797 0.281 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM337243 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337244 2 0.3782 0.315 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337246 3 0.4968 0.659 0.000 0.248 0.632 0.000 0.120 0.000
#> GSM337247 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337248 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337249 2 0.2597 0.707 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> GSM337250 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337251 2 0.0547 0.868 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM337252 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337253 4 0.2260 0.825 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> GSM337254 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0146 0.875 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337256 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337257 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337258 2 0.3053 0.790 0.000 0.856 0.048 0.016 0.080 0.000
#> GSM337259 3 0.0937 0.757 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0713 0.756 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.0865 0.929 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM337263 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337264 2 0.2135 0.765 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM337265 3 0.0632 0.754 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM337266 3 0.0632 0.754 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.1327 0.905 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM337268 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337269 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337270 3 0.4316 0.776 0.000 0.040 0.648 0.000 0.312 0.000
#> GSM337271 3 0.0632 0.754 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 2 0.0146 0.874 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM337274 2 0.2527 0.701 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM337275 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337276 3 0.4436 0.773 0.000 0.048 0.640 0.000 0.312 0.000
#> GSM337277 3 0.6119 0.458 0.000 0.324 0.364 0.000 0.312 0.000
#> GSM337278 4 0.3684 0.417 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM337279 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337280 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337281 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337282 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337283 1 0.3975 0.574 0.716 0.000 0.000 0.000 0.040 0.244
#> GSM337284 2 0.5482 0.395 0.000 0.584 0.064 0.040 0.312 0.000
#> GSM337285 3 0.0632 0.754 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM337286 2 0.3601 0.547 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312 0.000
#> GSM337287 3 0.0632 0.754 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 4 0.0865 0.929 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM337289 3 0.4252 0.777 0.000 0.036 0.652 0.000 0.312 0.000
#> GSM337290 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337291 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337292 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337293 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337294 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337295 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337298 2 0.3390 0.579 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM337299 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337300 4 0.2300 0.821 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM337301 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337303 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0937 0.857 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM337305 2 0.3314 0.668 0.000 0.764 0.012 0.000 0.224 0.000
#> GSM337306 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337307 3 0.4252 0.777 0.000 0.036 0.652 0.000 0.312 0.000
#> GSM337308 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337309 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337310 2 0.1204 0.845 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM337311 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337312 3 0.5987 0.580 0.000 0.252 0.436 0.000 0.312 0.000
#> GSM337313 4 0.3847 0.128 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM337314 3 0.5404 0.710 0.000 0.140 0.548 0.000 0.312 0.000
#> GSM337315 3 0.4186 0.775 0.000 0.032 0.656 0.000 0.312 0.000
#> GSM337316 3 0.4252 0.777 0.000 0.036 0.652 0.000 0.312 0.000
#> GSM337317 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337318 2 0.0146 0.875 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM337319 1 0.4158 0.561 0.704 0.000 0.000 0.000 0.052 0.244
#> GSM337320 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0632 0.868 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 5 0.4045 0.742 0.000 0.000 0.024 0.000 0.664 0.312
#> GSM337324 1 0.3770 0.586 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028 0.244
#> GSM337325 5 0.5463 0.720 0.148 0.000 0.000 0.000 0.540 0.312
#> GSM337326 5 0.4045 0.742 0.000 0.000 0.024 0.000 0.664 0.312
#> GSM337327 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.6122 -0.516 0.360 0.000 0.000 0.000 0.328 0.312
#> GSM337330 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.3770 0.586 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028 0.244
#> GSM337332 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 6 0.3531 0.967 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM337335 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 6 0.3464 0.992 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM337337 6 0.3464 0.992 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM337338 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.3770 0.586 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028 0.244
#> GSM337342 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 3 0.0935 0.759 0.000 0.032 0.964 0.000 0.004 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0547 0.871 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.2762 0.679 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM337348 1 0.3745 0.593 0.732 0.000 0.000 0.000 0.028 0.240
#> GSM337349 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.3672 0.176 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 6 0.3464 0.992 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM337360 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 6 0.3464 0.992 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM337362 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.3578 0.012 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM337365 1 0.4158 0.561 0.704 0.000 0.000 0.000 0.052 0.244
#> GSM337366 1 0.0632 0.868 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1007 0.845 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM337369 1 0.1387 0.825 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 5 0.5903 0.602 0.228 0.000 0.000 0.000 0.460 0.312
#> GSM337373 1 0.0632 0.868 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:pam 180 2.02e-11 7.38e-38 2
#> ATC:pam 177 7.36e-12 3.23e-36 3
#> ATC:pam 165 1.02e-11 7.61e-33 4
#> ATC:pam 169 1.24e-10 1.32e-32 5
#> ATC:pam 170 2.06e-10 1.56e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.988 0.4752 0.530 0.530
#> 3 3 0.636 0.714 0.855 0.3453 0.771 0.582
#> 4 4 0.538 0.660 0.756 0.0896 0.844 0.610
#> 5 5 0.558 0.519 0.695 0.0898 0.856 0.576
#> 6 6 0.615 0.501 0.720 0.0436 0.909 0.649
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.7219 0.756 0.200 0.800
#> GSM337224 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337239 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337240 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> GSM337254 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337261 2 0.9881 0.230 0.436 0.564
#> GSM337262 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337265 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.2236 0.963 0.964 0.036
#> GSM337267 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337271 1 0.2423 0.959 0.960 0.040
#> GSM337272 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337285 1 0.2236 0.963 0.964 0.036
#> GSM337286 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.2236 0.963 0.964 0.036
#> GSM337288 2 0.6801 0.785 0.180 0.820
#> GSM337289 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.4690 0.882 0.100 0.900
#> GSM337295 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.6343 0.811 0.160 0.840
#> GSM337299 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.9323 0.489 0.348 0.652
#> GSM337301 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337312 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.6712 0.790 0.176 0.824
#> GSM337314 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.9635 0.394 0.388 0.612
#> GSM337318 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 3 0.4796 0.70469 0.000 0.220 0.780
#> GSM337198 2 0.6045 0.27442 0.000 0.620 0.380
#> GSM337199 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0592 0.81304 0.000 0.988 0.012
#> GSM337203 2 0.3686 0.71114 0.000 0.860 0.140
#> GSM337204 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.1643 0.79142 0.000 0.956 0.044
#> GSM337206 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.5621 0.45187 0.000 0.692 0.308
#> GSM337209 2 0.0592 0.81342 0.000 0.988 0.012
#> GSM337210 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.2796 0.74957 0.000 0.908 0.092
#> GSM337214 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.4555 0.70500 0.000 0.200 0.800
#> GSM337217 2 0.5882 0.39074 0.000 0.652 0.348
#> GSM337218 2 0.0592 0.81194 0.000 0.988 0.012
#> GSM337219 2 0.3941 0.70708 0.000 0.844 0.156
#> GSM337220 2 0.0424 0.81476 0.000 0.992 0.008
#> GSM337221 3 0.6008 0.61141 0.000 0.372 0.628
#> GSM337222 3 0.5138 0.69627 0.000 0.252 0.748
#> GSM337223 3 0.5109 0.70470 0.008 0.212 0.780
#> GSM337224 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0237 0.81598 0.000 0.996 0.004
#> GSM337227 3 0.5431 0.68764 0.000 0.284 0.716
#> GSM337228 3 0.5678 0.67243 0.000 0.316 0.684
#> GSM337229 3 0.5650 0.64725 0.000 0.312 0.688
#> GSM337230 2 0.5431 0.49714 0.000 0.716 0.284
#> GSM337231 3 0.6111 0.50514 0.000 0.396 0.604
#> GSM337232 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 2 0.2066 0.78041 0.000 0.940 0.060
#> GSM337235 2 0.0424 0.81288 0.000 0.992 0.008
#> GSM337236 3 0.6267 0.48254 0.000 0.452 0.548
#> GSM337237 2 0.0592 0.81194 0.000 0.988 0.012
#> GSM337238 2 0.0892 0.80945 0.000 0.980 0.020
#> GSM337239 3 0.4409 0.51306 0.172 0.004 0.824
#> GSM337240 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.5058 0.63033 0.000 0.244 0.756
#> GSM337242 2 0.6244 0.12381 0.000 0.560 0.440
#> GSM337243 2 0.0592 0.81305 0.000 0.988 0.012
#> GSM337244 2 0.5926 0.14944 0.000 0.644 0.356
#> GSM337245 2 0.6309 -0.39207 0.000 0.504 0.496
#> GSM337246 3 0.6140 0.55182 0.000 0.404 0.596
#> GSM337247 3 0.6309 0.06414 0.000 0.500 0.500
#> GSM337248 2 0.2959 0.75488 0.000 0.900 0.100
#> GSM337249 3 0.4796 0.70572 0.000 0.220 0.780
#> GSM337250 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 3 0.6192 0.54542 0.000 0.420 0.580
#> GSM337252 2 0.0747 0.80960 0.000 0.984 0.016
#> GSM337253 3 0.5706 0.58738 0.000 0.320 0.680
#> GSM337254 2 0.0592 0.81194 0.000 0.988 0.012
#> GSM337255 2 0.6204 -0.12743 0.000 0.576 0.424
#> GSM337256 2 0.5650 0.44962 0.000 0.688 0.312
#> GSM337257 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 3 0.6274 0.45615 0.000 0.456 0.544
#> GSM337259 3 0.5138 0.58984 0.000 0.252 0.748
#> GSM337260 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0892 0.61880 0.020 0.000 0.980
#> GSM337262 3 0.6295 0.15816 0.000 0.472 0.528
#> GSM337263 2 0.5254 0.52960 0.000 0.736 0.264
#> GSM337264 2 0.6291 -0.00809 0.000 0.532 0.468
#> GSM337265 3 0.6295 -0.26485 0.472 0.000 0.528
#> GSM337266 3 0.1753 0.60998 0.048 0.000 0.952
#> GSM337267 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 2 0.5706 0.43316 0.000 0.680 0.320
#> GSM337269 2 0.0237 0.81606 0.000 0.996 0.004
#> GSM337270 3 0.5706 0.64919 0.000 0.320 0.680
#> GSM337271 3 0.1753 0.60998 0.048 0.000 0.952
#> GSM337272 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 3 0.5291 0.69213 0.000 0.268 0.732
#> GSM337274 2 0.3941 0.69775 0.000 0.844 0.156
#> GSM337275 2 0.6309 -0.08630 0.000 0.504 0.496
#> GSM337276 3 0.6140 0.55117 0.000 0.404 0.596
#> GSM337277 3 0.5098 0.69865 0.000 0.248 0.752
#> GSM337278 2 0.0424 0.81508 0.000 0.992 0.008
#> GSM337279 2 0.0237 0.81494 0.000 0.996 0.004
#> GSM337280 2 0.6111 0.25751 0.000 0.604 0.396
#> GSM337281 2 0.0237 0.81563 0.000 0.996 0.004
#> GSM337282 2 0.1643 0.79142 0.000 0.956 0.044
#> GSM337283 1 0.2959 0.93744 0.900 0.000 0.100
#> GSM337284 3 0.5016 0.69914 0.000 0.240 0.760
#> GSM337285 3 0.1753 0.60998 0.048 0.000 0.952
#> GSM337286 3 0.4346 0.70425 0.000 0.184 0.816
#> GSM337287 3 0.1753 0.60998 0.048 0.000 0.952
#> GSM337288 3 0.6483 0.39530 0.008 0.392 0.600
#> GSM337289 3 0.4750 0.70481 0.000 0.216 0.784
#> GSM337290 2 0.0237 0.81494 0.000 0.996 0.004
#> GSM337291 2 0.1163 0.80337 0.000 0.972 0.028
#> GSM337292 2 0.6140 0.24712 0.000 0.596 0.404
#> GSM337293 2 0.6192 0.15896 0.000 0.580 0.420
#> GSM337294 3 0.6680 0.11129 0.008 0.484 0.508
#> GSM337295 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 3 0.6302 0.41926 0.000 0.480 0.520
#> GSM337297 3 0.4750 0.70444 0.000 0.216 0.784
#> GSM337298 3 0.3941 0.69569 0.000 0.156 0.844
#> GSM337299 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 3 0.4840 0.63793 0.016 0.168 0.816
#> GSM337301 2 0.0000 0.81652 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 3 0.5859 0.61702 0.000 0.344 0.656
#> GSM337303 2 0.3686 0.69632 0.000 0.860 0.140
#> GSM337304 3 0.6299 0.23140 0.000 0.476 0.524
#> GSM337305 3 0.5431 0.68426 0.000 0.284 0.716
#> GSM337306 2 0.6252 0.09210 0.000 0.556 0.444
#> GSM337307 3 0.6126 0.55501 0.000 0.400 0.600
#> GSM337308 2 0.4178 0.64826 0.000 0.828 0.172
#> GSM337309 2 0.3340 0.73055 0.000 0.880 0.120
#> GSM337310 2 0.6252 0.08177 0.000 0.556 0.444
#> GSM337311 2 0.6008 0.29168 0.000 0.628 0.372
#> GSM337312 3 0.6264 -0.00196 0.380 0.004 0.616
#> GSM337313 3 0.5058 0.67962 0.000 0.244 0.756
#> GSM337314 3 0.6154 0.54450 0.000 0.408 0.592
#> GSM337315 1 0.5058 0.80587 0.756 0.000 0.244
#> GSM337316 3 0.3686 0.66121 0.000 0.140 0.860
#> GSM337317 3 0.7327 0.56173 0.160 0.132 0.708
#> GSM337318 3 0.4702 0.70537 0.000 0.212 0.788
#> GSM337319 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337321 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.3879 0.90581 0.848 0.000 0.152
#> GSM337324 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337325 1 0.3879 0.90581 0.848 0.000 0.152
#> GSM337326 1 0.3879 0.90581 0.848 0.000 0.152
#> GSM337327 1 0.2165 0.94570 0.936 0.000 0.064
#> GSM337328 1 0.0237 0.95451 0.996 0.000 0.004
#> GSM337329 1 0.1643 0.93614 0.956 0.000 0.044
#> GSM337330 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337331 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337335 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.2959 0.93744 0.900 0.000 0.100
#> GSM337337 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337338 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337340 1 0.2959 0.93744 0.900 0.000 0.100
#> GSM337341 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.5733 0.69890 0.676 0.000 0.324
#> GSM337344 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.2796 0.94025 0.908 0.000 0.092
#> GSM337346 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0237 0.95451 0.996 0.000 0.004
#> GSM337351 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0237 0.95451 0.996 0.000 0.004
#> GSM337353 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337356 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337357 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337358 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337360 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337362 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337363 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337364 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337365 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0237 0.95451 0.996 0.000 0.004
#> GSM337367 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337369 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337370 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337372 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337373 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.2878 0.93929 0.904 0.000 0.096
#> GSM337376 1 0.0000 0.95473 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 3 0.5076 0.60746 0.000 0.172 0.756 0.072
#> GSM337198 3 0.5614 0.41561 0.000 0.336 0.628 0.036
#> GSM337199 2 0.2654 0.82553 0.000 0.888 0.108 0.004
#> GSM337200 2 0.2530 0.82680 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM337201 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337202 2 0.4356 0.66183 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM337203 3 0.5384 0.42134 0.000 0.324 0.648 0.028
#> GSM337204 2 0.2530 0.82597 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM337205 2 0.5594 0.24422 0.000 0.520 0.460 0.020
#> GSM337206 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337207 2 0.3266 0.80463 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337208 3 0.5573 0.51930 0.000 0.272 0.676 0.052
#> GSM337209 2 0.5768 0.20119 0.000 0.516 0.456 0.028
#> GSM337210 2 0.3907 0.75045 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM337211 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337212 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337213 2 0.5289 0.52161 0.000 0.636 0.344 0.020
#> GSM337214 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337215 2 0.2647 0.82538 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM337216 3 0.1824 0.63997 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM337217 3 0.4706 0.57222 0.000 0.224 0.748 0.028
#> GSM337218 2 0.3074 0.79946 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM337219 3 0.5498 0.18204 0.000 0.404 0.576 0.020
#> GSM337220 2 0.5649 0.41141 0.000 0.580 0.392 0.028
#> GSM337221 3 0.4083 0.67563 0.000 0.100 0.832 0.068
#> GSM337222 3 0.4466 0.61262 0.000 0.180 0.784 0.036
#> GSM337223 3 0.5842 0.54211 0.000 0.128 0.704 0.168
#> GSM337224 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337225 2 0.3801 0.76338 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM337226 2 0.4477 0.62083 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM337227 3 0.4937 0.61607 0.000 0.172 0.764 0.064
#> GSM337228 3 0.5396 0.62032 0.000 0.156 0.740 0.104
#> GSM337229 3 0.4677 0.60088 0.000 0.192 0.768 0.040
#> GSM337230 3 0.5620 0.20163 0.000 0.416 0.560 0.024
#> GSM337231 3 0.4322 0.64164 0.000 0.152 0.804 0.044
#> GSM337232 2 0.3764 0.76861 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM337233 2 0.2530 0.82597 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM337234 2 0.5643 0.29856 0.000 0.548 0.428 0.024
#> GSM337235 2 0.5467 0.49383 0.000 0.612 0.364 0.024
#> GSM337236 3 0.4244 0.62968 0.000 0.168 0.800 0.032
#> GSM337237 2 0.3219 0.79717 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM337238 2 0.5343 0.59948 0.000 0.656 0.316 0.028
#> GSM337239 4 0.5250 0.78090 0.080 0.000 0.176 0.744
#> GSM337240 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337241 3 0.5889 0.42923 0.000 0.100 0.688 0.212
#> GSM337242 3 0.4499 0.62317 0.000 0.160 0.792 0.048
#> GSM337243 2 0.4483 0.66672 0.000 0.712 0.284 0.004
#> GSM337244 3 0.4605 0.38020 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM337245 3 0.5403 0.39000 0.000 0.348 0.628 0.024
#> GSM337246 3 0.3842 0.64703 0.000 0.128 0.836 0.036
#> GSM337247 3 0.5257 0.62976 0.000 0.144 0.752 0.104
#> GSM337248 3 0.5597 -0.03969 0.000 0.464 0.516 0.020
#> GSM337249 3 0.2924 0.63183 0.000 0.016 0.884 0.100
#> GSM337250 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337251 3 0.5673 0.48801 0.000 0.288 0.660 0.052
#> GSM337252 2 0.3356 0.79286 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM337253 3 0.2830 0.66595 0.000 0.040 0.900 0.060
#> GSM337254 2 0.3942 0.69288 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM337255 3 0.4134 0.52617 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM337256 3 0.5195 0.50558 0.000 0.276 0.692 0.032
#> GSM337257 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337258 3 0.3978 0.60910 0.000 0.192 0.796 0.012
#> GSM337259 3 0.6198 0.40764 0.000 0.116 0.660 0.224
#> GSM337260 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337261 4 0.4661 0.69688 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM337262 3 0.4171 0.66269 0.000 0.084 0.828 0.088
#> GSM337263 3 0.5933 0.02012 0.000 0.464 0.500 0.036
#> GSM337264 3 0.3245 0.67154 0.000 0.100 0.872 0.028
#> GSM337265 4 0.5594 0.66395 0.164 0.000 0.112 0.724
#> GSM337266 4 0.4770 0.79315 0.012 0.000 0.288 0.700
#> GSM337267 2 0.2530 0.82714 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM337268 3 0.5856 0.02149 0.000 0.464 0.504 0.032
#> GSM337269 2 0.3945 0.76699 0.000 0.780 0.216 0.004
#> GSM337270 3 0.5421 0.45870 0.000 0.076 0.724 0.200
#> GSM337271 4 0.4770 0.79315 0.012 0.000 0.288 0.700
#> GSM337272 2 0.3791 0.77837 0.000 0.796 0.200 0.004
#> GSM337273 3 0.2660 0.66686 0.000 0.036 0.908 0.056
#> GSM337274 3 0.5928 0.00691 0.000 0.456 0.508 0.036
#> GSM337275 3 0.4590 0.63871 0.000 0.148 0.792 0.060
#> GSM337276 3 0.4100 0.64584 0.000 0.128 0.824 0.048
#> GSM337277 3 0.2002 0.65302 0.000 0.020 0.936 0.044
#> GSM337278 2 0.3266 0.80791 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM337279 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337280 3 0.4956 0.56468 0.000 0.232 0.732 0.036
#> GSM337281 2 0.3074 0.79946 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM337282 2 0.4697 0.49954 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM337283 1 0.6220 0.74721 0.648 0.104 0.000 0.248
#> GSM337284 3 0.1151 0.66544 0.000 0.024 0.968 0.008
#> GSM337285 4 0.4770 0.79315 0.012 0.000 0.288 0.700
#> GSM337286 3 0.1356 0.65004 0.000 0.008 0.960 0.032
#> GSM337287 4 0.4770 0.79315 0.012 0.000 0.288 0.700
#> GSM337288 3 0.6326 0.46801 0.000 0.108 0.636 0.256
#> GSM337289 3 0.1890 0.64360 0.000 0.008 0.936 0.056
#> GSM337290 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337291 2 0.4477 0.57906 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM337292 3 0.4446 0.60239 0.000 0.196 0.776 0.028
#> GSM337293 3 0.5052 0.54374 0.000 0.244 0.720 0.036
#> GSM337294 3 0.5911 0.56750 0.000 0.112 0.692 0.196
#> GSM337295 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337296 3 0.4175 0.59675 0.000 0.212 0.776 0.012
#> GSM337297 3 0.5174 0.61434 0.000 0.124 0.760 0.116
#> GSM337298 3 0.4103 0.33839 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM337299 2 0.2469 0.82702 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM337300 3 0.5548 0.15178 0.000 0.024 0.588 0.388
#> GSM337301 2 0.2654 0.82553 0.000 0.888 0.108 0.004
#> GSM337302 3 0.4323 0.60005 0.000 0.204 0.776 0.020
#> GSM337303 2 0.5409 0.13369 0.000 0.496 0.492 0.012
#> GSM337304 3 0.3307 0.67950 0.000 0.104 0.868 0.028
#> GSM337305 3 0.2124 0.65849 0.000 0.028 0.932 0.040
#> GSM337306 3 0.4540 0.60079 0.000 0.196 0.772 0.032
#> GSM337307 3 0.3991 0.65069 0.000 0.120 0.832 0.048
#> GSM337308 3 0.5493 -0.02874 0.000 0.456 0.528 0.016
#> GSM337309 2 0.5039 0.40099 0.000 0.592 0.404 0.004
#> GSM337310 3 0.4713 0.62391 0.000 0.172 0.776 0.052
#> GSM337311 3 0.5263 0.12129 0.000 0.448 0.544 0.008
#> GSM337312 4 0.5247 0.76377 0.100 0.000 0.148 0.752
#> GSM337313 3 0.4244 0.52865 0.000 0.032 0.800 0.168
#> GSM337314 3 0.3658 0.63930 0.000 0.144 0.836 0.020
#> GSM337315 1 0.5678 0.45740 0.524 0.000 0.024 0.452
#> GSM337316 3 0.5434 0.35081 0.000 0.052 0.696 0.252
#> GSM337317 3 0.6652 -0.22294 0.064 0.008 0.512 0.416
#> GSM337318 3 0.0927 0.65202 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM337319 1 0.4215 0.80141 0.824 0.104 0.000 0.072
#> GSM337320 1 0.2334 0.83243 0.908 0.004 0.000 0.088
#> GSM337321 1 0.0817 0.84042 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM337322 1 0.1118 0.83377 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM337323 1 0.6725 0.63060 0.548 0.104 0.000 0.348
#> GSM337324 1 0.4215 0.80141 0.824 0.104 0.000 0.072
#> GSM337325 1 0.6725 0.63060 0.548 0.104 0.000 0.348
#> GSM337326 1 0.6725 0.63060 0.548 0.104 0.000 0.348
#> GSM337327 1 0.3831 0.79766 0.792 0.004 0.000 0.204
#> GSM337328 1 0.6010 0.79245 0.676 0.104 0.000 0.220
#> GSM337329 1 0.6074 0.76181 0.668 0.104 0.000 0.228
#> GSM337330 1 0.3306 0.81665 0.840 0.004 0.000 0.156
#> GSM337331 1 0.4071 0.80569 0.832 0.104 0.000 0.064
#> GSM337332 1 0.3996 0.80748 0.836 0.104 0.000 0.060
#> GSM337333 1 0.0524 0.83915 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM337334 1 0.3831 0.79766 0.792 0.004 0.000 0.204
#> GSM337335 1 0.1118 0.83377 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM337336 1 0.4122 0.76958 0.760 0.004 0.000 0.236
#> GSM337337 1 0.4122 0.79056 0.760 0.004 0.000 0.236
#> GSM337338 1 0.1118 0.83377 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM337339 1 0.3791 0.79715 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM337340 1 0.3870 0.78848 0.788 0.004 0.000 0.208
#> GSM337341 1 0.4144 0.80366 0.828 0.104 0.000 0.068
#> GSM337342 1 0.3996 0.80748 0.836 0.104 0.000 0.060
#> GSM337343 4 0.5530 0.55118 0.212 0.000 0.076 0.712
#> GSM337344 1 0.2867 0.82337 0.884 0.104 0.000 0.012
#> GSM337345 1 0.1743 0.83329 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM337346 1 0.1356 0.83616 0.960 0.008 0.000 0.032
#> GSM337347 1 0.4071 0.80596 0.832 0.104 0.000 0.064
#> GSM337348 1 0.4215 0.80141 0.824 0.104 0.000 0.072
#> GSM337349 1 0.3099 0.82099 0.876 0.104 0.000 0.020
#> GSM337350 1 0.3583 0.80760 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM337351 1 0.4071 0.83340 0.832 0.104 0.000 0.064
#> GSM337352 1 0.2125 0.83463 0.920 0.004 0.000 0.076
#> GSM337353 1 0.0336 0.83915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM337354 1 0.0921 0.83552 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM337355 1 0.2266 0.83246 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM337356 1 0.3307 0.81952 0.868 0.104 0.000 0.028
#> GSM337357 1 0.3626 0.80575 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM337358 1 0.1356 0.83616 0.960 0.008 0.000 0.032
#> GSM337359 1 0.3791 0.79715 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM337360 1 0.3307 0.81952 0.868 0.104 0.000 0.028
#> GSM337361 1 0.3831 0.79766 0.792 0.004 0.000 0.204
#> GSM337362 1 0.3791 0.79932 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM337363 1 0.3307 0.81952 0.868 0.104 0.000 0.028
#> GSM337364 1 0.3791 0.79715 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM337365 1 0.4144 0.80366 0.828 0.104 0.000 0.068
#> GSM337366 1 0.1398 0.84370 0.956 0.004 0.000 0.040
#> GSM337367 1 0.3307 0.81952 0.868 0.104 0.000 0.028
#> GSM337368 1 0.3583 0.80683 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM337369 1 0.3945 0.78510 0.780 0.004 0.000 0.216
#> GSM337370 1 0.0524 0.83911 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM337371 1 0.2197 0.83241 0.916 0.004 0.000 0.080
#> GSM337372 1 0.6275 0.74699 0.640 0.104 0.000 0.256
#> GSM337373 1 0.3307 0.81952 0.868 0.104 0.000 0.028
#> GSM337374 1 0.0804 0.83927 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM337375 1 0.3791 0.80019 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM337376 1 0.0927 0.83904 0.976 0.008 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 2 0.5516 0.5470 0.000 0.644 0.220 0.136 0.000
#> GSM337198 4 0.6512 -0.1080 0.000 0.348 0.200 0.452 0.000
#> GSM337199 4 0.0451 0.7915 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM337200 4 0.0854 0.7917 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> GSM337201 4 0.0324 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337202 4 0.3061 0.7219 0.000 0.136 0.020 0.844 0.000
#> GSM337203 2 0.6114 0.2835 0.000 0.472 0.128 0.400 0.000
#> GSM337204 4 0.0451 0.7922 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM337205 4 0.6053 0.3329 0.000 0.228 0.196 0.576 0.000
#> GSM337206 4 0.0324 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337207 4 0.1557 0.7840 0.000 0.052 0.008 0.940 0.000
#> GSM337208 2 0.6534 0.4045 0.000 0.460 0.212 0.328 0.000
#> GSM337209 2 0.5555 0.2238 0.000 0.480 0.068 0.452 0.000
#> GSM337210 4 0.2411 0.7528 0.000 0.108 0.008 0.884 0.000
#> GSM337211 4 0.0000 0.7921 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 4 0.0290 0.7922 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM337213 4 0.3574 0.6718 0.000 0.168 0.028 0.804 0.000
#> GSM337214 4 0.0451 0.7922 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM337215 4 0.0854 0.7929 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> GSM337216 2 0.2284 0.5416 0.000 0.912 0.056 0.028 0.004
#> GSM337217 2 0.6676 0.3254 0.000 0.416 0.344 0.240 0.000
#> GSM337218 4 0.0771 0.7886 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM337219 4 0.6754 0.0592 0.000 0.264 0.276 0.456 0.004
#> GSM337220 4 0.5246 0.1464 0.000 0.384 0.052 0.564 0.000
#> GSM337221 2 0.2597 0.5965 0.000 0.872 0.004 0.120 0.004
#> GSM337222 2 0.5605 0.5702 0.000 0.640 0.192 0.168 0.000
#> GSM337223 2 0.6360 0.4006 0.000 0.560 0.284 0.140 0.016
#> GSM337224 4 0.0451 0.7922 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM337225 4 0.1764 0.7780 0.000 0.064 0.008 0.928 0.000
#> GSM337226 4 0.2953 0.7096 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000
#> GSM337227 2 0.4237 0.5944 0.000 0.772 0.076 0.152 0.000
#> GSM337228 2 0.3213 0.5849 0.000 0.836 0.016 0.144 0.004
#> GSM337229 2 0.6030 0.5603 0.000 0.580 0.196 0.224 0.000
#> GSM337230 4 0.5796 0.2324 0.000 0.312 0.116 0.572 0.000
#> GSM337231 2 0.6258 0.5674 0.000 0.564 0.216 0.216 0.004
#> GSM337232 4 0.2233 0.7761 0.000 0.080 0.016 0.904 0.000
#> GSM337233 4 0.0771 0.7906 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM337234 4 0.5240 0.2448 0.000 0.360 0.056 0.584 0.000
#> GSM337235 4 0.5229 0.3360 0.000 0.324 0.064 0.612 0.000
#> GSM337236 2 0.3399 0.6110 0.000 0.812 0.020 0.168 0.000
#> GSM337237 4 0.0771 0.7886 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> GSM337238 4 0.5086 0.3916 0.000 0.304 0.060 0.636 0.000
#> GSM337239 3 0.6361 0.4379 0.000 0.176 0.484 0.000 0.340
#> GSM337240 4 0.0324 0.7924 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337241 2 0.4936 0.2874 0.000 0.756 0.136 0.040 0.068
#> GSM337242 2 0.6323 0.3709 0.000 0.476 0.360 0.164 0.000
#> GSM337243 4 0.3736 0.7222 0.000 0.100 0.072 0.824 0.004
#> GSM337244 2 0.6499 0.2500 0.000 0.440 0.192 0.368 0.000
#> GSM337245 2 0.3988 0.5743 0.000 0.732 0.016 0.252 0.000
#> GSM337246 2 0.2935 0.5949 0.000 0.860 0.016 0.120 0.004
#> GSM337247 3 0.6324 -0.2494 0.000 0.412 0.432 0.156 0.000
#> GSM337248 4 0.6692 0.0835 0.000 0.280 0.244 0.472 0.004
#> GSM337249 2 0.2429 0.5785 0.000 0.900 0.020 0.076 0.004
#> GSM337250 4 0.0451 0.7915 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM337251 2 0.3081 0.5927 0.000 0.832 0.012 0.156 0.000
#> GSM337252 4 0.1484 0.7883 0.000 0.048 0.008 0.944 0.000
#> GSM337253 2 0.5078 0.2447 0.000 0.544 0.424 0.028 0.004
#> GSM337254 4 0.2069 0.7608 0.000 0.076 0.012 0.912 0.000
#> GSM337255 2 0.5714 0.5054 0.000 0.592 0.116 0.292 0.000
#> GSM337256 4 0.6609 -0.1930 0.000 0.368 0.216 0.416 0.000
#> GSM337257 4 0.0324 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337258 2 0.4226 0.5871 0.000 0.776 0.084 0.140 0.000
#> GSM337259 2 0.3690 0.4563 0.000 0.828 0.112 0.052 0.008
#> GSM337260 4 0.0324 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM337261 3 0.6271 0.4810 0.000 0.412 0.440 0.000 0.148
#> GSM337262 2 0.5352 0.2382 0.000 0.480 0.468 0.052 0.000
#> GSM337263 4 0.5348 0.4689 0.000 0.232 0.112 0.656 0.000
#> GSM337264 2 0.6043 0.5437 0.000 0.568 0.264 0.168 0.000
#> GSM337265 5 0.5994 -0.2995 0.004 0.096 0.428 0.000 0.472
#> GSM337266 3 0.6571 0.5294 0.000 0.268 0.472 0.000 0.260
#> GSM337267 4 0.0510 0.7942 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337268 4 0.5787 0.3764 0.000 0.240 0.152 0.608 0.000
#> GSM337269 4 0.2077 0.7774 0.000 0.084 0.008 0.908 0.000
#> GSM337270 2 0.1822 0.5232 0.000 0.936 0.024 0.036 0.004
#> GSM337271 3 0.6569 0.5318 0.000 0.272 0.472 0.000 0.256
#> GSM337272 4 0.1525 0.7896 0.000 0.036 0.012 0.948 0.004
#> GSM337273 2 0.3090 0.6093 0.000 0.860 0.052 0.088 0.000
#> GSM337274 2 0.5872 0.2854 0.000 0.492 0.100 0.408 0.000
#> GSM337275 2 0.6324 0.2379 0.000 0.432 0.412 0.156 0.000
#> GSM337276 2 0.2833 0.5939 0.000 0.864 0.012 0.120 0.004
#> GSM337277 2 0.3802 0.5995 0.000 0.820 0.096 0.080 0.004
#> GSM337278 4 0.1701 0.7813 0.000 0.048 0.016 0.936 0.000
#> GSM337279 4 0.0932 0.7889 0.000 0.020 0.004 0.972 0.004
#> GSM337280 2 0.6810 0.3422 0.000 0.368 0.316 0.316 0.000
#> GSM337281 4 0.0510 0.7905 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM337282 4 0.5027 0.5411 0.000 0.112 0.188 0.700 0.000
#> GSM337283 1 0.4696 -0.0032 0.556 0.000 0.016 0.000 0.428
#> GSM337284 2 0.4037 0.5052 0.000 0.752 0.224 0.020 0.004
#> GSM337285 3 0.6571 0.5294 0.000 0.268 0.472 0.000 0.260
#> GSM337286 2 0.4061 0.4615 0.000 0.740 0.240 0.016 0.004
#> GSM337287 3 0.6571 0.5294 0.000 0.268 0.472 0.000 0.260
#> GSM337288 3 0.5101 0.2167 0.000 0.296 0.652 0.040 0.012
#> GSM337289 2 0.1525 0.5188 0.000 0.948 0.036 0.012 0.004
#> GSM337290 4 0.0932 0.7889 0.000 0.020 0.004 0.972 0.004
#> GSM337291 4 0.4022 0.6591 0.000 0.100 0.104 0.796 0.000
#> GSM337292 2 0.6642 0.3195 0.000 0.428 0.340 0.232 0.000
#> GSM337293 2 0.6821 0.3201 0.000 0.352 0.320 0.328 0.000
#> GSM337294 3 0.5364 0.0470 0.000 0.352 0.588 0.056 0.004
#> GSM337295 4 0.0451 0.7915 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM337296 2 0.3876 0.6088 0.000 0.776 0.032 0.192 0.000
#> GSM337297 2 0.5632 0.5131 0.000 0.628 0.232 0.140 0.000
#> GSM337298 3 0.5658 0.1312 0.000 0.408 0.520 0.068 0.004
#> GSM337299 4 0.0162 0.7921 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM337300 3 0.4739 0.3490 0.000 0.240 0.712 0.020 0.028
#> GSM337301 4 0.0451 0.7915 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM337302 2 0.5653 0.5790 0.000 0.632 0.160 0.208 0.000
#> GSM337303 4 0.5440 0.4896 0.000 0.184 0.156 0.660 0.000
#> GSM337304 2 0.5487 0.5728 0.000 0.620 0.280 0.100 0.000
#> GSM337305 2 0.3384 0.6112 0.000 0.848 0.060 0.088 0.004
#> GSM337306 2 0.6519 0.3344 0.000 0.448 0.352 0.200 0.000
#> GSM337307 2 0.2935 0.5915 0.000 0.860 0.016 0.120 0.004
#> GSM337308 4 0.6345 0.2255 0.000 0.252 0.224 0.524 0.000
#> GSM337309 4 0.4263 0.6195 0.000 0.180 0.060 0.760 0.000
#> GSM337310 2 0.6722 0.4800 0.000 0.456 0.308 0.232 0.004
#> GSM337311 4 0.5449 0.4074 0.000 0.256 0.108 0.636 0.000
#> GSM337312 3 0.6180 0.3520 0.000 0.136 0.460 0.000 0.404
#> GSM337313 3 0.4934 0.0528 0.000 0.432 0.544 0.020 0.004
#> GSM337314 2 0.3219 0.6011 0.000 0.840 0.020 0.136 0.004
#> GSM337315 5 0.6735 0.2510 0.268 0.024 0.176 0.000 0.532
#> GSM337316 2 0.3166 0.4252 0.000 0.860 0.104 0.020 0.016
#> GSM337317 3 0.6377 0.4907 0.000 0.220 0.588 0.020 0.172
#> GSM337318 2 0.4641 0.5960 0.000 0.744 0.172 0.080 0.004
#> GSM337319 1 0.2110 0.6753 0.912 0.000 0.016 0.000 0.072
#> GSM337320 5 0.4383 0.2769 0.424 0.000 0.004 0.000 0.572
#> GSM337321 1 0.3016 0.7077 0.848 0.000 0.020 0.000 0.132
#> GSM337322 1 0.4029 0.4549 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316
#> GSM337323 5 0.4740 0.1046 0.468 0.000 0.016 0.000 0.516
#> GSM337324 1 0.0912 0.7409 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337325 5 0.4743 0.1008 0.472 0.000 0.016 0.000 0.512
#> GSM337326 5 0.4740 0.1046 0.468 0.000 0.016 0.000 0.516
#> GSM337327 5 0.3074 0.6401 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337328 5 0.4283 0.3511 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM337329 1 0.4666 0.0622 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> GSM337330 5 0.3906 0.5315 0.292 0.000 0.004 0.000 0.704
#> GSM337331 1 0.0912 0.7409 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337332 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.2674 0.7022 0.856 0.000 0.004 0.000 0.140
#> GSM337334 5 0.3143 0.6398 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM337335 1 0.4029 0.4549 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316
#> GSM337336 5 0.3318 0.5705 0.180 0.000 0.012 0.000 0.808
#> GSM337337 5 0.3366 0.6377 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784
#> GSM337338 1 0.3662 0.5751 0.744 0.000 0.004 0.000 0.252
#> GSM337339 5 0.3074 0.6401 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337340 5 0.3461 0.5436 0.224 0.000 0.004 0.000 0.772
#> GSM337341 1 0.1018 0.7381 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM337342 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 5 0.6346 -0.2014 0.044 0.060 0.404 0.000 0.492
#> GSM337344 1 0.1410 0.7422 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM337345 1 0.4448 -0.0658 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> GSM337346 1 0.3491 0.6190 0.768 0.000 0.004 0.000 0.228
#> GSM337347 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.1018 0.7388 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM337349 1 0.1197 0.7448 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM337350 5 0.3336 0.6175 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM337351 1 0.3969 0.4367 0.692 0.000 0.004 0.000 0.304
#> GSM337352 5 0.4161 0.3429 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM337353 1 0.3132 0.6788 0.820 0.000 0.008 0.000 0.172
#> GSM337354 1 0.3607 0.5874 0.752 0.000 0.004 0.000 0.244
#> GSM337355 5 0.4227 0.2992 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM337356 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 5 0.4708 0.3070 0.436 0.000 0.016 0.000 0.548
#> GSM337358 1 0.3123 0.6654 0.812 0.000 0.004 0.000 0.184
#> GSM337359 5 0.3427 0.6404 0.192 0.000 0.012 0.000 0.796
#> GSM337360 1 0.0162 0.7486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337361 5 0.3074 0.6401 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337362 5 0.3395 0.6273 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM337363 1 0.0798 0.7430 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM337364 5 0.3074 0.6401 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337365 1 0.0912 0.7409 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM337366 1 0.4707 0.2644 0.588 0.000 0.020 0.000 0.392
#> GSM337367 1 0.0404 0.7500 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337368 5 0.3837 0.5809 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM337369 5 0.4232 0.5159 0.312 0.000 0.012 0.000 0.676
#> GSM337370 1 0.3010 0.6765 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> GSM337371 5 0.4390 0.2760 0.428 0.000 0.004 0.000 0.568
#> GSM337372 1 0.4702 -0.0560 0.552 0.000 0.016 0.000 0.432
#> GSM337373 1 0.1117 0.7446 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM337374 1 0.2389 0.7196 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> GSM337375 5 0.3074 0.6401 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM337376 1 0.1965 0.7301 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.3213 0.59460 0.000 0.784 0.000 0.004 0.204 0.008
#> GSM337198 4 0.5888 -0.23037 0.000 0.220 0.000 0.460 0.320 0.000
#> GSM337199 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337200 4 0.0653 0.78459 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> GSM337201 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337202 4 0.3371 0.74093 0.000 0.080 0.000 0.832 0.076 0.012
#> GSM337203 2 0.6152 0.03278 0.000 0.448 0.000 0.356 0.180 0.016
#> GSM337204 4 0.1500 0.77610 0.000 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM337205 4 0.5788 0.19189 0.000 0.136 0.000 0.504 0.348 0.012
#> GSM337206 4 0.0520 0.78310 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM337207 4 0.2755 0.76687 0.000 0.040 0.000 0.876 0.068 0.016
#> GSM337208 2 0.6260 -0.08360 0.000 0.452 0.000 0.220 0.312 0.016
#> GSM337209 2 0.5878 0.20404 0.000 0.544 0.000 0.284 0.152 0.020
#> GSM337210 4 0.2739 0.76170 0.000 0.064 0.000 0.876 0.048 0.012
#> GSM337211 4 0.0692 0.78557 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> GSM337212 4 0.0363 0.78474 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM337213 4 0.4070 0.61965 0.000 0.144 0.000 0.760 0.092 0.004
#> GSM337214 4 0.1194 0.78428 0.000 0.004 0.000 0.956 0.032 0.008
#> GSM337215 4 0.1180 0.78477 0.000 0.012 0.000 0.960 0.016 0.012
#> GSM337216 2 0.1863 0.65015 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM337217 5 0.5529 0.61044 0.000 0.228 0.000 0.212 0.560 0.000
#> GSM337218 4 0.1225 0.78297 0.000 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> GSM337219 4 0.5700 -0.23992 0.000 0.160 0.000 0.436 0.404 0.000
#> GSM337220 2 0.5852 0.00558 0.000 0.444 0.000 0.428 0.104 0.024
#> GSM337221 2 0.0260 0.66916 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM337222 2 0.3577 0.59547 0.000 0.772 0.000 0.016 0.200 0.012
#> GSM337223 2 0.4586 0.47123 0.000 0.684 0.024 0.004 0.260 0.028
#> GSM337224 4 0.1116 0.78404 0.000 0.004 0.000 0.960 0.028 0.008
#> GSM337225 4 0.3275 0.75083 0.000 0.064 0.000 0.844 0.072 0.020
#> GSM337226 4 0.3453 0.72509 0.000 0.100 0.000 0.824 0.064 0.012
#> GSM337227 2 0.2022 0.66850 0.000 0.916 0.000 0.024 0.052 0.008
#> GSM337228 2 0.0665 0.66799 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM337229 2 0.4720 0.52798 0.000 0.684 0.000 0.076 0.228 0.012
#> GSM337230 4 0.6205 0.06863 0.000 0.312 0.000 0.476 0.192 0.020
#> GSM337231 2 0.5159 0.43402 0.000 0.636 0.000 0.084 0.260 0.020
#> GSM337232 4 0.2867 0.76317 0.000 0.040 0.000 0.868 0.076 0.016
#> GSM337233 4 0.1442 0.78059 0.000 0.004 0.000 0.944 0.040 0.012
#> GSM337234 4 0.5683 0.18294 0.000 0.388 0.000 0.496 0.096 0.020
#> GSM337235 4 0.5993 0.20996 0.000 0.320 0.000 0.500 0.164 0.016
#> GSM337236 2 0.2712 0.64084 0.000 0.864 0.000 0.088 0.048 0.000
#> GSM337237 4 0.1594 0.77548 0.000 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016
#> GSM337238 4 0.5770 0.24610 0.000 0.356 0.000 0.512 0.112 0.020
#> GSM337239 3 0.6796 0.30147 0.008 0.112 0.536 0.000 0.204 0.140
#> GSM337240 4 0.0508 0.78352 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM337241 2 0.3577 0.55644 0.000 0.828 0.100 0.008 0.020 0.044
#> GSM337242 5 0.5284 0.60949 0.000 0.256 0.000 0.136 0.604 0.004
#> GSM337243 4 0.4252 0.64227 0.000 0.084 0.000 0.752 0.152 0.012
#> GSM337244 2 0.6117 -0.12954 0.000 0.352 0.000 0.348 0.300 0.000
#> GSM337245 2 0.2544 0.62262 0.000 0.864 0.000 0.120 0.012 0.004
#> GSM337246 2 0.0508 0.67030 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM337247 5 0.4892 0.65781 0.000 0.176 0.000 0.164 0.660 0.000
#> GSM337248 4 0.5527 -0.06371 0.000 0.136 0.000 0.484 0.380 0.000
#> GSM337249 2 0.0603 0.66406 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM337250 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337251 2 0.0837 0.67213 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> GSM337252 4 0.2006 0.76889 0.000 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> GSM337253 5 0.4039 0.21930 0.000 0.424 0.000 0.000 0.568 0.008
#> GSM337254 4 0.1785 0.77640 0.000 0.016 0.000 0.928 0.048 0.008
#> GSM337255 2 0.5138 0.35840 0.000 0.624 0.000 0.168 0.208 0.000
#> GSM337256 5 0.6173 0.39114 0.000 0.220 0.000 0.372 0.400 0.008
#> GSM337257 4 0.0260 0.78365 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337258 2 0.4023 0.55847 0.000 0.756 0.000 0.100 0.144 0.000
#> GSM337259 2 0.1994 0.65718 0.000 0.928 0.016 0.016 0.016 0.024
#> GSM337260 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337261 2 0.6970 0.10074 0.000 0.480 0.232 0.000 0.152 0.136
#> GSM337262 5 0.4209 0.60602 0.000 0.232 0.000 0.044 0.716 0.008
#> GSM337263 4 0.5225 0.29753 0.000 0.204 0.000 0.612 0.184 0.000
#> GSM337264 2 0.5435 0.10565 0.000 0.544 0.000 0.120 0.332 0.004
#> GSM337265 3 0.5072 0.31834 0.000 0.008 0.660 0.000 0.172 0.160
#> GSM337266 3 0.7484 0.22924 0.000 0.264 0.360 0.000 0.224 0.152
#> GSM337267 4 0.1074 0.78411 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012 0.000
#> GSM337268 4 0.5816 0.18489 0.000 0.192 0.000 0.552 0.244 0.012
#> GSM337269 4 0.3473 0.73427 0.000 0.088 0.000 0.824 0.076 0.012
#> GSM337270 2 0.0551 0.66697 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008 0.000
#> GSM337271 3 0.7484 0.22924 0.000 0.264 0.360 0.000 0.224 0.152
#> GSM337272 4 0.1364 0.78385 0.000 0.016 0.000 0.952 0.020 0.012
#> GSM337273 2 0.1528 0.67291 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM337274 2 0.5802 0.11203 0.000 0.484 0.000 0.380 0.120 0.016
#> GSM337275 5 0.5005 0.65841 0.000 0.192 0.000 0.164 0.644 0.000
#> GSM337276 2 0.0508 0.67030 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM337277 2 0.2454 0.59776 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM337278 4 0.2262 0.76793 0.000 0.008 0.000 0.896 0.080 0.016
#> GSM337279 4 0.0405 0.78456 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM337280 5 0.5530 0.63670 0.000 0.216 0.000 0.224 0.560 0.000
#> GSM337281 4 0.0653 0.78625 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM337282 4 0.4334 0.40357 0.000 0.012 0.000 0.608 0.368 0.012
#> GSM337283 6 0.5795 0.58817 0.220 0.000 0.284 0.000 0.000 0.496
#> GSM337284 2 0.3373 0.53171 0.000 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> GSM337285 3 0.7484 0.22924 0.000 0.264 0.360 0.000 0.224 0.152
#> GSM337286 2 0.3405 0.50126 0.000 0.724 0.000 0.000 0.272 0.004
#> GSM337287 3 0.7476 0.23077 0.000 0.260 0.364 0.000 0.224 0.152
#> GSM337288 5 0.4152 0.56202 0.000 0.124 0.028 0.028 0.792 0.028
#> GSM337289 2 0.1501 0.65647 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM337290 4 0.0260 0.78365 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337291 4 0.3133 0.65116 0.000 0.008 0.000 0.804 0.180 0.008
#> GSM337292 5 0.5508 0.63857 0.000 0.224 0.000 0.212 0.564 0.000
#> GSM337293 5 0.5755 0.57175 0.000 0.204 0.000 0.296 0.500 0.000
#> GSM337294 5 0.4189 0.61008 0.000 0.116 0.008 0.080 0.780 0.016
#> GSM337295 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337296 2 0.2786 0.63630 0.000 0.860 0.000 0.056 0.084 0.000
#> GSM337297 2 0.3340 0.59061 0.000 0.784 0.000 0.004 0.196 0.016
#> GSM337298 2 0.5403 0.19653 0.000 0.500 0.044 0.000 0.420 0.036
#> GSM337299 4 0.0146 0.78410 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337300 5 0.4339 0.48875 0.000 0.088 0.096 0.004 0.776 0.036
#> GSM337301 4 0.0622 0.78225 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM337302 2 0.4020 0.58990 0.000 0.764 0.000 0.068 0.160 0.008
#> GSM337303 4 0.4191 0.46538 0.000 0.040 0.000 0.676 0.284 0.000
#> GSM337304 2 0.4724 0.39122 0.000 0.616 0.000 0.040 0.332 0.012
#> GSM337305 2 0.2260 0.61817 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM337306 5 0.5196 0.61730 0.000 0.252 0.000 0.128 0.616 0.004
#> GSM337307 2 0.0405 0.66910 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM337308 4 0.4844 0.03960 0.000 0.056 0.000 0.504 0.440 0.000
#> GSM337309 4 0.4351 0.61624 0.000 0.148 0.000 0.740 0.104 0.008
#> GSM337310 5 0.5834 0.26072 0.000 0.400 0.000 0.112 0.468 0.020
#> GSM337311 4 0.5644 0.35008 0.000 0.224 0.000 0.592 0.168 0.016
#> GSM337312 3 0.6581 0.31305 0.008 0.104 0.568 0.000 0.180 0.140
#> GSM337313 5 0.4599 0.29110 0.000 0.328 0.016 0.000 0.628 0.028
#> GSM337314 2 0.1829 0.66389 0.000 0.920 0.000 0.024 0.056 0.000
#> GSM337315 3 0.5294 -0.11355 0.056 0.000 0.508 0.000 0.020 0.416
#> GSM337316 2 0.2462 0.61164 0.000 0.892 0.064 0.000 0.012 0.032
#> GSM337317 5 0.5950 0.26455 0.000 0.164 0.200 0.000 0.592 0.044
#> GSM337318 2 0.3445 0.52475 0.000 0.732 0.000 0.000 0.260 0.008
#> GSM337319 6 0.5523 0.62273 0.268 0.000 0.180 0.000 0.000 0.552
#> GSM337320 1 0.4018 0.40069 0.656 0.000 0.324 0.000 0.000 0.020
#> GSM337321 1 0.3955 -0.08781 0.608 0.000 0.008 0.000 0.000 0.384
#> GSM337322 1 0.1267 0.67686 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 6 0.5376 0.48028 0.112 0.000 0.408 0.000 0.000 0.480
#> GSM337324 6 0.4060 0.58927 0.284 0.000 0.032 0.000 0.000 0.684
#> GSM337325 6 0.5363 0.49328 0.112 0.000 0.396 0.000 0.000 0.492
#> GSM337326 6 0.5376 0.48028 0.112 0.000 0.408 0.000 0.000 0.480
#> GSM337327 3 0.3198 0.48622 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 3 0.5646 0.05335 0.220 0.000 0.536 0.000 0.000 0.244
#> GSM337329 6 0.5270 0.60201 0.144 0.000 0.268 0.000 0.000 0.588
#> GSM337330 1 0.4847 0.30548 0.588 0.000 0.340 0.000 0.000 0.072
#> GSM337331 6 0.3797 0.57655 0.292 0.000 0.016 0.000 0.000 0.692
#> GSM337332 1 0.3738 0.34064 0.704 0.000 0.016 0.000 0.000 0.280
#> GSM337333 1 0.0000 0.69143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 3 0.3101 0.49609 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.1204 0.67905 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 3 0.4569 0.08598 0.396 0.000 0.564 0.000 0.000 0.040
#> GSM337337 3 0.3101 0.49609 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0713 0.68963 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 3 0.3198 0.48622 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 3 0.5112 -0.12634 0.444 0.000 0.476 0.000 0.000 0.080
#> GSM337341 6 0.3978 0.59927 0.268 0.000 0.032 0.000 0.000 0.700
#> GSM337342 1 0.3855 0.34817 0.704 0.000 0.024 0.000 0.000 0.272
#> GSM337343 3 0.4916 0.33087 0.004 0.008 0.692 0.000 0.144 0.152
#> GSM337344 1 0.0713 0.68252 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM337345 1 0.3586 0.49745 0.720 0.000 0.268 0.000 0.000 0.012
#> GSM337346 1 0.0363 0.69301 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.3855 0.34817 0.704 0.000 0.024 0.000 0.000 0.272
#> GSM337348 6 0.4837 0.35327 0.432 0.000 0.056 0.000 0.000 0.512
#> GSM337349 1 0.1007 0.67339 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM337350 3 0.3221 0.48164 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.3215 0.53376 0.756 0.000 0.240 0.000 0.000 0.004
#> GSM337352 3 0.3547 0.36683 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.2869 0.57708 0.832 0.000 0.020 0.000 0.000 0.148
#> GSM337354 1 0.0632 0.69040 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.4788 0.28065 0.568 0.000 0.372 0.000 0.000 0.060
#> GSM337356 1 0.2112 0.63297 0.896 0.000 0.016 0.000 0.000 0.088
#> GSM337357 6 0.6048 0.29941 0.296 0.000 0.288 0.000 0.000 0.416
#> GSM337358 1 0.0291 0.69140 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337359 3 0.3101 0.49609 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.2572 0.59440 0.852 0.000 0.012 0.000 0.000 0.136
#> GSM337361 3 0.3101 0.49609 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 3 0.3409 0.44374 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 6 0.4095 0.36436 0.480 0.000 0.008 0.000 0.000 0.512
#> GSM337364 3 0.3421 0.48283 0.256 0.000 0.736 0.000 0.000 0.008
#> GSM337365 6 0.3999 0.59593 0.272 0.000 0.032 0.000 0.000 0.696
#> GSM337366 1 0.4978 -0.18635 0.500 0.000 0.068 0.000 0.000 0.432
#> GSM337367 1 0.3136 0.51383 0.796 0.000 0.016 0.000 0.000 0.188
#> GSM337368 3 0.3428 0.44250 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 1 0.6119 -0.12623 0.356 0.000 0.340 0.000 0.000 0.304
#> GSM337370 1 0.0000 0.69143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.3852 0.40529 0.664 0.000 0.324 0.000 0.000 0.012
#> GSM337372 6 0.5480 0.49910 0.308 0.000 0.152 0.000 0.000 0.540
#> GSM337373 6 0.4096 0.35687 0.484 0.000 0.008 0.000 0.000 0.508
#> GSM337374 1 0.0291 0.69051 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM337375 3 0.3198 0.48622 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0937 0.67735 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:mclust 177 2.30e-13 6.08e-32 2
#> ATC:mclust 152 1.73e-13 2.04e-32 3
#> ATC:mclust 150 4.69e-13 4.85e-32 4
#> ATC:mclust 115 4.38e-09 1.21e-23 5
#> ATC:mclust 104 3.50e-06 9.34e-20 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 180 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.4723 0.527 0.527
#> 3 3 0.946 0.935 0.969 0.1933 0.894 0.801
#> 4 4 0.760 0.805 0.903 0.0891 0.982 0.957
#> 5 5 0.663 0.677 0.851 0.0870 0.962 0.907
#> 6 6 0.665 0.632 0.819 0.0737 0.924 0.808
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM337197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337251 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337261 1 0.9129 0.513 0.672 0.328
#> GSM337262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337265 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337266 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> GSM337267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337271 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> GSM337272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337283 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337285 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> GSM337286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337287 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> GSM337288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337312 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337315 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM337319 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337322 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337323 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337324 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337325 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337326 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337327 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337332 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337337 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337338 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337342 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337343 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337344 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337348 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337354 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337357 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337358 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337364 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337365 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337366 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337367 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337368 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337369 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337370 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337373 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM337197 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM337198 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337199 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337200 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337202 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337203 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337204 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337205 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337206 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337207 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337208 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337209 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337210 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337212 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337214 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337215 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337216 3 0.1031 0.805 0.000 0.024 0.976
#> GSM337217 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337218 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337219 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337220 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337221 2 0.2165 0.912 0.000 0.936 0.064
#> GSM337222 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337223 2 0.4555 0.709 0.000 0.800 0.200
#> GSM337224 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337225 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337226 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337227 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337228 2 0.1289 0.949 0.000 0.968 0.032
#> GSM337229 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337230 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337231 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337232 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337233 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337234 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337235 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337236 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337237 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337238 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337239 3 0.1643 0.773 0.044 0.000 0.956
#> GSM337240 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337241 3 0.1289 0.807 0.000 0.032 0.968
#> GSM337242 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337243 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337244 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337245 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337246 3 0.6154 0.516 0.000 0.408 0.592
#> GSM337247 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337248 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337249 3 0.2959 0.797 0.000 0.100 0.900
#> GSM337250 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337251 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337252 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337253 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337254 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337255 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337256 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337257 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337258 2 0.4002 0.765 0.000 0.840 0.160
#> GSM337259 3 0.6026 0.572 0.000 0.376 0.624
#> GSM337260 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0848 0.798 0.008 0.008 0.984
#> GSM337262 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337263 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337265 3 0.0592 0.792 0.012 0.000 0.988
#> GSM337266 3 0.0592 0.793 0.012 0.000 0.988
#> GSM337267 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337268 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337269 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337270 3 0.4504 0.759 0.000 0.196 0.804
#> GSM337271 3 0.0747 0.792 0.016 0.000 0.984
#> GSM337272 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337273 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337274 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337275 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337276 3 0.6126 0.531 0.000 0.400 0.600
#> GSM337277 2 0.1163 0.955 0.000 0.972 0.028
#> GSM337278 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337279 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337280 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337281 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337282 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337283 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM337284 2 0.5178 0.576 0.000 0.744 0.256
#> GSM337285 3 0.0592 0.793 0.012 0.000 0.988
#> GSM337286 3 0.6215 0.470 0.000 0.428 0.572
#> GSM337287 3 0.0747 0.792 0.016 0.000 0.984
#> GSM337288 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> GSM337289 3 0.1860 0.807 0.000 0.052 0.948
#> GSM337290 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337292 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337293 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337294 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337295 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337296 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337297 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337298 3 0.6192 0.382 0.000 0.420 0.580
#> GSM337299 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337300 2 0.3752 0.803 0.000 0.856 0.144
#> GSM337301 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337302 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337303 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337304 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337305 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337306 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337307 3 0.6079 0.551 0.000 0.388 0.612
#> GSM337308 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337309 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337310 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337311 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 1 0.4974 0.714 0.764 0.000 0.236
#> GSM337313 2 0.2537 0.894 0.000 0.920 0.080
#> GSM337314 2 0.3551 0.812 0.000 0.868 0.132
#> GSM337315 1 0.2537 0.918 0.920 0.000 0.080
#> GSM337316 3 0.1529 0.808 0.000 0.040 0.960
#> GSM337317 2 0.1453 0.950 0.008 0.968 0.024
#> GSM337318 2 0.5678 0.445 0.000 0.684 0.316
#> GSM337319 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM337320 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> GSM337324 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337325 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> GSM337326 1 0.5529 0.609 0.704 0.000 0.296
#> GSM337327 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> GSM337330 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337332 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337333 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> GSM337337 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> GSM337338 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337341 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM337342 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337343 1 0.5178 0.677 0.744 0.000 0.256
#> GSM337344 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337346 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337348 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337349 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337354 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337356 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337357 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> GSM337358 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337360 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337361 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337363 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM337364 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> GSM337365 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM337366 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337367 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337368 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337369 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337370 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> GSM337373 1 0.0237 0.982 0.996 0.000 0.004
#> GSM337374 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM337197 2 0.4428 0.75353 0.000 0.808 0.124 0.068
#> GSM337198 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337199 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337200 2 0.0000 0.90937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337201 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337202 2 0.1211 0.90497 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM337203 2 0.1557 0.89473 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337204 2 0.1474 0.90044 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337205 2 0.1118 0.89563 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM337206 2 0.0592 0.90933 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337207 2 0.1118 0.90616 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM337208 2 0.0921 0.90817 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337209 2 0.1716 0.89507 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM337210 2 0.0921 0.90817 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337211 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337212 2 0.0000 0.90937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337213 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337214 2 0.0817 0.90840 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337215 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337216 3 0.3217 0.56587 0.000 0.012 0.860 0.128
#> GSM337217 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337218 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337219 2 0.2281 0.84990 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337220 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337221 2 0.3828 0.81823 0.000 0.848 0.084 0.068
#> GSM337222 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337223 2 0.5953 0.39628 0.000 0.656 0.076 0.268
#> GSM337224 2 0.0921 0.90792 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337225 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337226 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337227 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337228 2 0.5007 0.66356 0.000 0.760 0.172 0.068
#> GSM337229 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337230 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337231 2 0.3071 0.86345 0.000 0.888 0.044 0.068
#> GSM337232 2 0.1716 0.89530 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM337233 2 0.1716 0.89507 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM337234 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337235 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337236 2 0.2376 0.88381 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM337237 2 0.0817 0.90840 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337238 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337239 4 0.5349 -0.12618 0.012 0.004 0.368 0.616
#> GSM337240 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337241 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337242 2 0.2530 0.83868 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM337243 2 0.1474 0.88568 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337244 2 0.1557 0.89884 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM337245 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337246 3 0.6324 0.06132 0.000 0.400 0.536 0.064
#> GSM337247 2 0.2530 0.83410 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM337248 2 0.2281 0.84990 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM337249 3 0.4875 0.40461 0.000 0.160 0.772 0.068
#> GSM337250 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337251 2 0.1792 0.89300 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM337252 2 0.0921 0.90800 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337253 2 0.2530 0.83410 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM337254 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337255 2 0.2919 0.86707 0.000 0.896 0.044 0.060
#> GSM337256 2 0.1118 0.90304 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM337257 2 0.1211 0.90496 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM337258 2 0.4893 0.68254 0.000 0.768 0.168 0.064
#> GSM337259 3 0.4343 0.34334 0.000 0.264 0.732 0.004
#> GSM337260 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337261 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337262 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337263 2 0.0336 0.90978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337264 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337265 3 0.3311 0.55590 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM337266 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337267 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337268 2 0.1867 0.87092 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM337269 2 0.0469 0.90969 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337270 3 0.1520 0.65208 0.000 0.024 0.956 0.020
#> GSM337271 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337272 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337273 2 0.3320 0.84726 0.000 0.876 0.056 0.068
#> GSM337274 2 0.0592 0.90933 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337275 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337276 3 0.5957 0.14431 0.000 0.364 0.588 0.048
#> GSM337277 2 0.3335 0.81165 0.000 0.856 0.128 0.016
#> GSM337278 2 0.1118 0.90657 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM337279 2 0.0000 0.90937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337280 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337281 2 0.0817 0.90174 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM337282 2 0.1474 0.88568 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM337283 1 0.3528 0.85844 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM337284 2 0.5705 0.53762 0.000 0.712 0.180 0.108
#> GSM337285 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337286 3 0.6688 0.02554 0.000 0.368 0.536 0.096
#> GSM337287 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337288 2 0.4193 0.56428 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM337289 3 0.0000 0.67307 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337290 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337291 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337292 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337293 2 0.2216 0.85365 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM337294 2 0.2469 0.83801 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337295 2 0.0592 0.90933 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM337296 2 0.2376 0.88381 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM337297 2 0.2871 0.87170 0.000 0.896 0.032 0.072
#> GSM337298 4 0.7546 0.00334 0.000 0.188 0.404 0.408
#> GSM337299 2 0.1022 0.90706 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM337300 4 0.4981 0.32446 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM337301 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337302 2 0.1389 0.90218 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM337303 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337304 2 0.0469 0.91000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM337305 2 0.3320 0.84886 0.000 0.876 0.056 0.068
#> GSM337306 2 0.2530 0.83410 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM337307 3 0.5917 0.19016 0.000 0.320 0.624 0.056
#> GSM337308 2 0.1302 0.89089 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM337309 2 0.0188 0.90896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM337310 2 0.2469 0.84783 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM337311 2 0.0336 0.90979 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337312 4 0.2867 0.15082 0.104 0.000 0.012 0.884
#> GSM337313 2 0.5212 -0.04884 0.000 0.572 0.008 0.420
#> GSM337314 2 0.4428 0.75491 0.000 0.808 0.124 0.068
#> GSM337315 1 0.4990 0.70053 0.640 0.000 0.008 0.352
#> GSM337316 3 0.0188 0.67144 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337317 4 0.4967 0.35877 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM337318 2 0.5397 0.58277 0.000 0.720 0.212 0.068
#> GSM337319 1 0.3610 0.85226 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM337320 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.2814 0.88307 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM337322 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 1 0.4482 0.79807 0.728 0.000 0.008 0.264
#> GSM337324 1 0.3266 0.87011 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM337325 1 0.4428 0.79027 0.720 0.000 0.004 0.276
#> GSM337326 1 0.6704 0.64279 0.600 0.000 0.136 0.264
#> GSM337327 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.3486 0.85955 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM337330 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.3444 0.86173 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM337332 1 0.1389 0.90458 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM337333 1 0.0188 0.90855 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337334 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.3569 0.74738 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM337337 1 0.4008 0.67875 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM337338 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.0188 0.90870 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337341 1 0.3400 0.86410 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM337342 1 0.1637 0.90189 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM337343 1 0.3751 0.76101 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM337344 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.1557 0.90218 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM337348 1 0.2814 0.88503 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM337349 1 0.0188 0.90855 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337350 1 0.0707 0.90126 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM337351 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.2589 0.88787 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM337354 1 0.1474 0.90459 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM337355 1 0.1118 0.90692 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM337356 1 0.1389 0.90672 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM337357 1 0.4193 0.79760 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM337358 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.0188 0.90726 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337360 1 0.1940 0.89968 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM337361 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0188 0.90855 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337363 1 0.3610 0.85226 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM337364 1 0.4925 0.33688 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM337365 1 0.3610 0.85226 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM337366 1 0.2868 0.88052 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM337367 1 0.2149 0.89788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM337368 1 0.2647 0.88900 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM337369 1 0.3266 0.86724 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM337370 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337372 1 0.3726 0.84493 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM337373 1 0.3400 0.86276 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM337374 1 0.0000 0.90837 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0188 0.90735 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM337376 1 0.0592 0.90836 0.984 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM337197 4 0.6485 0.4330 0.000 0.032 0.176 0.596 0.196
#> GSM337198 4 0.1041 0.8388 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM337199 4 0.0404 0.8393 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337200 4 0.0000 0.8407 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337201 4 0.0162 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337202 4 0.0865 0.8378 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM337203 4 0.2233 0.8001 0.000 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM337204 4 0.1892 0.8151 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080
#> GSM337205 4 0.1341 0.8239 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM337206 4 0.0324 0.8407 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM337207 4 0.1124 0.8341 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM337208 4 0.0162 0.8408 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337209 4 0.3123 0.7643 0.000 0.012 0.000 0.828 0.160
#> GSM337210 4 0.0000 0.8407 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0404 0.8393 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337212 4 0.0000 0.8407 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337213 4 0.0290 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337214 4 0.0290 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337215 4 0.0290 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337216 3 0.4759 0.1889 0.000 0.016 0.592 0.004 0.388
#> GSM337217 4 0.3305 0.6710 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM337218 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337219 4 0.2806 0.7437 0.000 0.004 0.000 0.844 0.152
#> GSM337220 4 0.3492 0.7398 0.000 0.016 0.000 0.796 0.188
#> GSM337221 4 0.5614 0.6038 0.000 0.020 0.120 0.680 0.180
#> GSM337222 4 0.3710 0.7316 0.000 0.024 0.000 0.784 0.192
#> GSM337223 5 0.5456 0.2110 0.000 0.048 0.008 0.388 0.556
#> GSM337224 4 0.0671 0.8394 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337225 4 0.2890 0.7676 0.000 0.004 0.000 0.836 0.160
#> GSM337226 4 0.0404 0.8393 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM337227 4 0.4673 0.6887 0.000 0.040 0.016 0.732 0.212
#> GSM337228 4 0.7050 0.2408 0.000 0.040 0.228 0.520 0.212
#> GSM337229 4 0.3586 0.7400 0.000 0.020 0.000 0.792 0.188
#> GSM337230 4 0.4021 0.7194 0.000 0.036 0.000 0.764 0.200
#> GSM337231 4 0.6668 0.4101 0.000 0.040 0.168 0.580 0.212
#> GSM337232 4 0.2583 0.7868 0.000 0.004 0.000 0.864 0.132
#> GSM337233 4 0.2843 0.7768 0.000 0.008 0.000 0.848 0.144
#> GSM337234 4 0.3863 0.7249 0.000 0.028 0.000 0.772 0.200
#> GSM337235 4 0.3343 0.7511 0.000 0.016 0.000 0.812 0.172
#> GSM337236 4 0.3964 0.7342 0.000 0.016 0.020 0.788 0.176
#> GSM337237 4 0.0566 0.8398 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM337238 4 0.3381 0.7479 0.000 0.016 0.000 0.808 0.176
#> GSM337239 5 0.4315 0.3574 0.000 0.276 0.024 0.000 0.700
#> GSM337240 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337241 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.3662 0.6377 0.000 0.004 0.000 0.744 0.252
#> GSM337243 4 0.1502 0.8214 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM337244 4 0.0932 0.8386 0.000 0.004 0.004 0.972 0.020
#> GSM337245 4 0.3586 0.7372 0.000 0.020 0.000 0.792 0.188
#> GSM337246 3 0.6703 0.0670 0.000 0.012 0.436 0.388 0.164
#> GSM337247 4 0.3863 0.6258 0.000 0.012 0.000 0.740 0.248
#> GSM337248 4 0.2852 0.7244 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM337249 3 0.7048 0.1621 0.000 0.044 0.528 0.220 0.208
#> GSM337250 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337251 4 0.3419 0.7450 0.000 0.016 0.000 0.804 0.180
#> GSM337252 4 0.0671 0.8392 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM337253 4 0.3961 0.6303 0.000 0.016 0.000 0.736 0.248
#> GSM337254 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337255 4 0.3940 0.7571 0.000 0.012 0.044 0.808 0.136
#> GSM337256 4 0.3098 0.7969 0.000 0.016 0.000 0.836 0.148
#> GSM337257 4 0.0955 0.8366 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM337258 4 0.5972 0.5196 0.000 0.012 0.196 0.628 0.164
#> GSM337259 3 0.3530 0.4264 0.000 0.000 0.784 0.204 0.012
#> GSM337260 4 0.0162 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337261 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.3452 0.6444 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM337263 4 0.0000 0.8407 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337264 4 0.0703 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337265 3 0.4147 0.3613 0.000 0.008 0.676 0.000 0.316
#> GSM337266 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337268 4 0.1502 0.8217 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM337269 4 0.0162 0.8408 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337270 3 0.2006 0.5987 0.000 0.012 0.916 0.000 0.072
#> GSM337271 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.0290 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM337273 4 0.4709 0.6972 0.000 0.020 0.044 0.740 0.196
#> GSM337274 4 0.0451 0.8404 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM337275 4 0.3480 0.6385 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM337276 3 0.6164 0.2862 0.000 0.012 0.592 0.248 0.148
#> GSM337277 4 0.3535 0.7257 0.000 0.000 0.164 0.808 0.028
#> GSM337278 4 0.0771 0.8384 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM337279 4 0.0324 0.8410 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM337280 4 0.3582 0.6688 0.000 0.008 0.000 0.768 0.224
#> GSM337281 4 0.0703 0.8362 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM337282 4 0.1908 0.8015 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM337283 1 0.4390 -0.1360 0.568 0.428 0.000 0.000 0.004
#> GSM337284 4 0.5855 0.4004 0.000 0.004 0.148 0.616 0.232
#> GSM337285 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337286 3 0.6534 -0.0511 0.000 0.000 0.436 0.364 0.200
#> GSM337287 3 0.0000 0.6402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337288 4 0.4768 0.2759 0.000 0.024 0.000 0.592 0.384
#> GSM337289 3 0.0290 0.6363 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM337290 4 0.0162 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337291 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337292 4 0.3728 0.6368 0.000 0.008 0.000 0.748 0.244
#> GSM337293 4 0.2516 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM337294 4 0.3671 0.6472 0.000 0.008 0.000 0.756 0.236
#> GSM337295 4 0.0162 0.8408 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM337296 4 0.3697 0.7400 0.000 0.016 0.008 0.796 0.180
#> GSM337297 4 0.6834 0.3830 0.000 0.060 0.132 0.568 0.240
#> GSM337298 5 0.5146 0.3946 0.000 0.040 0.120 0.096 0.744
#> GSM337299 4 0.0771 0.8384 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM337300 5 0.4465 0.5717 0.000 0.056 0.000 0.212 0.732
#> GSM337301 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337302 4 0.1430 0.8283 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM337303 4 0.0510 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM337304 4 0.1914 0.8297 0.000 0.016 0.000 0.924 0.060
#> GSM337305 4 0.4681 0.6994 0.000 0.012 0.060 0.744 0.184
#> GSM337306 4 0.3988 0.6145 0.000 0.016 0.000 0.732 0.252
#> GSM337307 3 0.6462 0.2315 0.000 0.012 0.548 0.264 0.176
#> GSM337308 4 0.1671 0.8120 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM337309 4 0.0771 0.8387 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM337310 4 0.4302 0.6815 0.000 0.032 0.000 0.720 0.248
#> GSM337311 4 0.0000 0.8407 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM337312 5 0.3876 0.4163 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM337313 5 0.3961 0.5721 0.000 0.028 0.000 0.212 0.760
#> GSM337314 4 0.5499 0.6259 0.000 0.016 0.124 0.688 0.172
#> GSM337315 2 0.3455 0.8245 0.208 0.784 0.000 0.000 0.008
#> GSM337316 3 0.0794 0.6308 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM337317 5 0.4303 0.5768 0.000 0.056 0.000 0.192 0.752
#> GSM337318 4 0.5037 0.6748 0.000 0.016 0.080 0.724 0.180
#> GSM337319 1 0.4291 -0.2802 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM337320 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337321 1 0.3884 0.3989 0.708 0.288 0.000 0.000 0.004
#> GSM337322 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337323 2 0.4456 0.8409 0.248 0.716 0.032 0.000 0.004
#> GSM337324 1 0.3816 0.3945 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM337325 2 0.3521 0.8437 0.232 0.764 0.004 0.000 0.000
#> GSM337326 2 0.5005 0.7861 0.196 0.708 0.092 0.000 0.004
#> GSM337327 1 0.0609 0.8141 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM337328 1 0.0510 0.8194 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM337329 1 0.4045 0.2237 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> GSM337330 1 0.0162 0.8224 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337331 1 0.4126 0.1257 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> GSM337332 1 0.1197 0.8016 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM337333 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337334 1 0.0404 0.8185 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337335 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337336 1 0.5024 0.3869 0.692 0.096 0.000 0.000 0.212
#> GSM337337 1 0.2293 0.7334 0.900 0.084 0.000 0.000 0.016
#> GSM337338 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337339 1 0.0290 0.8203 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM337340 1 0.1836 0.7930 0.932 0.036 0.000 0.000 0.032
#> GSM337341 1 0.4135 0.2704 0.656 0.340 0.000 0.000 0.004
#> GSM337342 1 0.1197 0.8015 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM337343 1 0.2784 0.7167 0.872 0.016 0.108 0.000 0.004
#> GSM337344 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337345 1 0.0162 0.8224 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337346 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337347 1 0.1341 0.7958 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM337348 1 0.2773 0.6831 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> GSM337349 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337350 1 0.1478 0.7757 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM337351 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337352 1 0.0162 0.8218 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337353 1 0.3336 0.5454 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> GSM337354 1 0.1043 0.8058 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM337355 1 0.0404 0.8204 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337356 1 0.0963 0.8115 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM337357 2 0.3756 0.8338 0.248 0.744 0.000 0.000 0.008
#> GSM337358 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337359 1 0.1502 0.7807 0.940 0.056 0.000 0.000 0.004
#> GSM337360 1 0.1851 0.7659 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM337361 1 0.0404 0.8185 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM337362 1 0.0162 0.8218 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM337363 2 0.4390 0.6117 0.428 0.568 0.000 0.000 0.004
#> GSM337364 1 0.6133 -0.0293 0.496 0.136 0.000 0.000 0.368
#> GSM337365 1 0.4300 -0.3320 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> GSM337366 1 0.4015 0.2046 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> GSM337367 1 0.2329 0.7255 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM337368 1 0.1478 0.7931 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM337369 2 0.4425 0.7252 0.392 0.600 0.000 0.000 0.008
#> GSM337370 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337371 1 0.0162 0.8227 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337372 2 0.4126 0.7249 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000
#> GSM337373 1 0.4101 0.1134 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> GSM337374 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337375 1 0.0703 0.8113 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM337376 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM337197 2 0.5314 0.4008 0.000 0.528 0.096 0.372 0.000 0.004
#> GSM337198 4 0.2234 0.7225 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> GSM337199 4 0.0146 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337200 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337201 4 0.0000 0.7758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337202 4 0.1075 0.7688 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM337203 4 0.3141 0.7215 0.000 0.040 0.000 0.832 0.124 0.004
#> GSM337204 4 0.1663 0.7430 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM337205 4 0.0713 0.7744 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM337206 4 0.0508 0.7763 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM337207 4 0.0777 0.7745 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM337208 4 0.0713 0.7743 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM337209 4 0.3405 0.5611 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004 0.000
#> GSM337210 4 0.0865 0.7716 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM337211 4 0.0405 0.7747 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM337212 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337213 4 0.0291 0.7756 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM337214 4 0.0000 0.7758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337215 4 0.0000 0.7758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337216 3 0.4199 0.1598 0.000 0.004 0.544 0.008 0.444 0.000
#> GSM337217 4 0.3426 0.6029 0.000 0.004 0.000 0.720 0.276 0.000
#> GSM337218 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337219 4 0.2513 0.7008 0.000 0.008 0.000 0.852 0.140 0.000
#> GSM337220 4 0.3971 0.2083 0.000 0.448 0.000 0.548 0.000 0.004
#> GSM337221 4 0.5253 0.0863 0.000 0.408 0.084 0.504 0.004 0.000
#> GSM337222 4 0.3950 0.2468 0.000 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> GSM337223 2 0.4228 0.5448 0.000 0.716 0.000 0.072 0.212 0.000
#> GSM337224 4 0.0260 0.7762 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM337225 4 0.3351 0.5282 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM337226 4 0.0405 0.7747 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM337227 2 0.4187 0.5268 0.000 0.652 0.012 0.324 0.000 0.012
#> GSM337228 2 0.4681 0.6413 0.000 0.676 0.112 0.212 0.000 0.000
#> GSM337229 4 0.3804 0.4369 0.000 0.336 0.000 0.656 0.000 0.008
#> GSM337230 4 0.4097 0.0591 0.000 0.492 0.000 0.500 0.000 0.008
#> GSM337231 2 0.4714 0.6521 0.000 0.700 0.096 0.192 0.000 0.012
#> GSM337232 4 0.2762 0.6444 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> GSM337233 4 0.3426 0.5564 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004 0.000
#> GSM337234 4 0.3999 0.0563 0.000 0.496 0.000 0.500 0.000 0.004
#> GSM337235 4 0.3756 0.4304 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004 0.000
#> GSM337236 4 0.4401 0.3813 0.000 0.356 0.020 0.616 0.004 0.004
#> GSM337237 4 0.0603 0.7751 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM337238 4 0.3942 0.3893 0.000 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM337239 2 0.4870 0.1278 0.000 0.568 0.004 0.000 0.372 0.056
#> GSM337240 4 0.0405 0.7755 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM337241 3 0.0146 0.7507 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM337242 4 0.3713 0.5909 0.000 0.008 0.000 0.704 0.284 0.004
#> GSM337243 4 0.0806 0.7714 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> GSM337244 4 0.1155 0.7708 0.000 0.036 0.000 0.956 0.004 0.004
#> GSM337245 4 0.3854 0.1796 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM337246 4 0.6242 -0.3112 0.000 0.340 0.304 0.352 0.000 0.004
#> GSM337247 4 0.3508 0.5856 0.000 0.004 0.000 0.704 0.292 0.000
#> GSM337248 4 0.2593 0.6947 0.000 0.008 0.000 0.844 0.148 0.000
#> GSM337249 2 0.3650 0.4845 0.000 0.756 0.216 0.024 0.000 0.004
#> GSM337250 4 0.0405 0.7747 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM337251 4 0.3782 0.4086 0.000 0.360 0.000 0.636 0.000 0.004
#> GSM337252 4 0.0777 0.7735 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM337253 4 0.4998 0.4803 0.000 0.092 0.000 0.620 0.284 0.004
#> GSM337254 4 0.0520 0.7747 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> GSM337255 4 0.4628 0.5304 0.000 0.240 0.068 0.684 0.004 0.004
#> GSM337256 4 0.4552 0.4662 0.000 0.300 0.000 0.640 0.060 0.000
#> GSM337257 4 0.0858 0.7726 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> GSM337258 4 0.5726 0.1322 0.000 0.300 0.196 0.504 0.000 0.000
#> GSM337259 3 0.3136 0.4794 0.000 0.016 0.796 0.188 0.000 0.000
#> GSM337260 4 0.0000 0.7758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337261 3 0.0000 0.7514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337262 4 0.3371 0.5906 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM337263 4 0.0146 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337264 4 0.1078 0.7766 0.000 0.016 0.008 0.964 0.012 0.000
#> GSM337265 3 0.4273 0.3285 0.000 0.024 0.596 0.000 0.380 0.000
#> GSM337266 3 0.0000 0.7514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337267 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337268 4 0.0717 0.7724 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM337269 4 0.0405 0.7761 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM337270 3 0.2442 0.6631 0.000 0.144 0.852 0.000 0.004 0.000
#> GSM337271 3 0.0000 0.7514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337272 4 0.0000 0.7758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM337273 4 0.5040 0.1504 0.000 0.424 0.052 0.516 0.004 0.004
#> GSM337274 4 0.0935 0.7719 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM337275 4 0.3555 0.5934 0.000 0.008 0.000 0.712 0.280 0.000
#> GSM337276 3 0.5127 0.2214 0.000 0.268 0.616 0.112 0.004 0.000
#> GSM337277 4 0.4276 0.6351 0.000 0.016 0.156 0.752 0.076 0.000
#> GSM337278 4 0.1398 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008 0.000
#> GSM337279 4 0.0837 0.7750 0.000 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004
#> GSM337280 4 0.4297 0.6010 0.000 0.100 0.000 0.724 0.176 0.000
#> GSM337281 4 0.0260 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337282 4 0.1267 0.7625 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM337283 6 0.3606 0.8043 0.256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.728
#> GSM337284 4 0.4946 0.4759 0.000 0.000 0.100 0.616 0.284 0.000
#> GSM337285 3 0.0000 0.7514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337286 4 0.6015 -0.1015 0.000 0.000 0.376 0.384 0.240 0.000
#> GSM337287 3 0.0000 0.7514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM337288 4 0.4178 0.3240 0.000 0.008 0.000 0.560 0.428 0.004
#> GSM337289 3 0.1327 0.7142 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM337290 4 0.0291 0.7761 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM337291 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337292 4 0.3489 0.5907 0.000 0.004 0.000 0.708 0.288 0.000
#> GSM337293 4 0.2416 0.7082 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM337294 4 0.3508 0.5853 0.000 0.004 0.000 0.704 0.292 0.000
#> GSM337295 4 0.0146 0.7760 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM337296 4 0.3976 0.3720 0.000 0.380 0.004 0.612 0.004 0.000
#> GSM337297 2 0.3674 0.6270 0.000 0.808 0.084 0.096 0.000 0.012
#> GSM337298 2 0.4560 0.4018 0.000 0.708 0.048 0.012 0.224 0.008
#> GSM337299 4 0.0632 0.7743 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM337300 5 0.1674 0.6262 0.000 0.004 0.000 0.068 0.924 0.004
#> GSM337301 4 0.0146 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM337302 4 0.1471 0.7571 0.000 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> GSM337303 4 0.0260 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM337304 4 0.3133 0.6523 0.000 0.180 0.000 0.804 0.008 0.008
#> GSM337305 4 0.5236 0.2010 0.000 0.372 0.088 0.536 0.004 0.000
#> GSM337306 4 0.3371 0.5886 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM337307 3 0.5819 -0.2113 0.000 0.352 0.476 0.168 0.004 0.000
#> GSM337308 4 0.1007 0.7686 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM337309 4 0.1644 0.7433 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> GSM337310 4 0.5311 0.1857 0.000 0.380 0.000 0.528 0.084 0.008
#> GSM337311 4 0.0508 0.7760 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM337312 5 0.3766 0.4654 0.000 0.212 0.000 0.000 0.748 0.040
#> GSM337313 5 0.1814 0.6314 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM337314 4 0.5277 0.2757 0.000 0.340 0.100 0.556 0.004 0.000
#> GSM337315 6 0.2476 0.6244 0.032 0.072 0.000 0.000 0.008 0.888
#> GSM337316 3 0.1471 0.7280 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004 0.000
#> GSM337317 5 0.2848 0.5783 0.000 0.008 0.000 0.160 0.828 0.004
#> GSM337318 4 0.5307 0.1855 0.000 0.384 0.080 0.528 0.004 0.004
#> GSM337319 6 0.3265 0.8066 0.248 0.004 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM337320 1 0.0603 0.8595 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337321 1 0.3828 -0.2206 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM337322 1 0.0692 0.8591 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337323 6 0.2944 0.7264 0.092 0.028 0.020 0.000 0.000 0.860
#> GSM337324 6 0.3911 0.6984 0.368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM337325 6 0.1967 0.7188 0.084 0.012 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM337326 6 0.3149 0.7158 0.084 0.028 0.036 0.000 0.000 0.852
#> GSM337327 1 0.1700 0.8378 0.928 0.048 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM337328 1 0.1672 0.8426 0.932 0.048 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM337329 6 0.3890 0.6076 0.400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM337330 1 0.1471 0.8441 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM337331 6 0.3835 0.7623 0.320 0.012 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM337332 1 0.2048 0.8001 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM337333 1 0.0458 0.8579 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337334 1 0.1983 0.8369 0.908 0.072 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337335 1 0.0458 0.8584 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337336 1 0.4979 0.4279 0.636 0.048 0.000 0.000 0.288 0.028
#> GSM337337 1 0.2495 0.8115 0.892 0.060 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM337338 1 0.0363 0.8593 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337339 1 0.1719 0.8468 0.932 0.032 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM337340 1 0.4141 0.6170 0.740 0.000 0.000 0.000 0.092 0.168
#> GSM337341 6 0.3912 0.7268 0.340 0.012 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM337342 1 0.2402 0.7783 0.856 0.004 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM337343 1 0.5103 0.5829 0.692 0.048 0.176 0.000 0.000 0.084
#> GSM337344 1 0.0622 0.8597 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM337345 1 0.1563 0.8481 0.932 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM337346 1 0.0972 0.8521 0.964 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM337347 1 0.1863 0.8122 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM337348 1 0.3659 0.2385 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM337349 1 0.0937 0.8545 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM337350 1 0.1977 0.8318 0.920 0.040 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM337351 1 0.1074 0.8596 0.960 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM337352 1 0.1320 0.8468 0.948 0.036 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337353 1 0.3851 -0.2798 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM337354 1 0.1327 0.8379 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM337355 1 0.1267 0.8448 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM337356 1 0.1745 0.8417 0.920 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM337357 6 0.3307 0.6214 0.072 0.108 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM337358 1 0.1320 0.8577 0.948 0.016 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM337359 1 0.2272 0.8181 0.900 0.056 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM337360 1 0.2697 0.6770 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM337361 1 0.1616 0.8400 0.932 0.048 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM337362 1 0.0914 0.8592 0.968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337363 6 0.3900 0.8071 0.232 0.040 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM337364 5 0.4835 0.0755 0.420 0.024 0.000 0.000 0.536 0.020
#> GSM337365 6 0.3711 0.8058 0.260 0.020 0.000 0.000 0.000 0.720
#> GSM337366 6 0.3756 0.6508 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM337367 1 0.2969 0.6049 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM337368 1 0.2908 0.8138 0.848 0.048 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM337369 6 0.3803 0.7347 0.184 0.056 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM337370 1 0.0291 0.8592 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM337371 1 0.1461 0.8535 0.940 0.016 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM337372 6 0.2814 0.7860 0.172 0.008 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM337373 6 0.3954 0.7314 0.352 0.012 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM337374 1 0.1088 0.8595 0.960 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM337375 1 0.1863 0.8345 0.920 0.060 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM337376 1 0.0632 0.8572 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:NMF 180 3.26e-13 7.03e-32 2
#> ATC:NMF 177 6.49e-13 1.59e-35 3
#> ATC:NMF 166 2.84e-13 2.97e-35 4
#> ATC:NMF 150 7.90e-11 4.03e-31 5
#> ATC:NMF 141 1.96e-10 1.35e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0