Date: 2019-12-25 21:44:08 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 170
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.963 | 0.985 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.992 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.989 | 0.995 | ** | |
| SD:NMF | 2 | 1.000 | 0.976 | 0.991 | ** | |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.978 | 0.990 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.973 | 0.989 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.988 | 0.995 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.979 | 0.992 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 1.000 | 0.977 | 0.991 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.988 | 0.995 | ** | |
| MAD:NMF | 2 | 1.000 | 0.974 | 0.990 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.974 | 0.981 | ** | |
| MAD:mclust | 4 | 0.948 | 0.876 | 0.953 | * | 2 |
| MAD:pam | 4 | 0.946 | 0.937 | 0.972 | * | 2,3 |
| ATC:pam | 5 | 0.928 | 0.883 | 0.953 | * | |
| CV:skmeans | 3 | 0.926 | 0.948 | 0.953 | * | 2 |
| ATC:skmeans | 6 | 0.921 | 0.831 | 0.921 | * | 3,4 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.914 | 0.877 | 0.930 | * | 2,3,4 |
| SD:skmeans | 4 | 0.908 | 0.924 | 0.954 | * | 2,3 |
| ATC:kmeans | 2 | 0.882 | 0.897 | 0.960 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.728 | 0.937 | 0.959 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.466 | 0.734 | 0.832 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.976 0.991 0.503 0.498 0.498
#> CV:NMF 2 1.000 0.979 0.992 0.503 0.498 0.498
#> MAD:NMF 2 1.000 0.974 0.990 0.503 0.498 0.498
#> ATC:NMF 2 0.728 0.937 0.959 0.486 0.499 0.499
#> SD:skmeans 2 1.000 0.995 0.998 0.503 0.497 0.497
#> CV:skmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.503 0.497 0.497
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.992 0.997 0.503 0.497 0.497
#> ATC:skmeans 2 0.836 0.910 0.962 0.503 0.497 0.497
#> SD:mclust 2 1.000 0.989 0.995 0.503 0.498 0.498
#> CV:mclust 2 1.000 0.988 0.995 0.503 0.498 0.498
#> MAD:mclust 2 1.000 0.997 0.999 0.502 0.498 0.498
#> ATC:mclust 2 1.000 0.974 0.981 0.499 0.498 0.498
#> SD:kmeans 2 1.000 0.995 0.998 0.503 0.497 0.497
#> CV:kmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.503 0.497 0.497
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.988 0.995 0.503 0.497 0.497
#> ATC:kmeans 2 0.882 0.897 0.960 0.494 0.505 0.505
#> SD:pam 2 1.000 0.981 0.992 0.503 0.497 0.497
#> CV:pam 2 1.000 0.973 0.989 0.503 0.497 0.497
#> MAD:pam 2 1.000 0.993 0.997 0.503 0.497 0.497
#> ATC:pam 2 0.881 0.920 0.966 0.502 0.497 0.497
#> SD:hclust 2 1.000 0.963 0.985 0.502 0.497 0.497
#> CV:hclust 2 1.000 0.978 0.990 0.502 0.498 0.498
#> MAD:hclust 2 1.000 0.977 0.991 0.503 0.498 0.498
#> ATC:hclust 2 0.334 0.680 0.838 0.392 0.598 0.598
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.812 0.867 0.935 0.278 0.815 0.642
#> CV:NMF 3 0.866 0.897 0.949 0.283 0.806 0.627
#> MAD:NMF 3 0.878 0.877 0.946 0.284 0.807 0.629
#> ATC:NMF 3 0.687 0.795 0.912 0.136 0.586 0.382
#> SD:skmeans 3 0.935 0.940 0.963 0.269 0.843 0.691
#> CV:skmeans 3 0.926 0.948 0.953 0.267 0.843 0.689
#> MAD:skmeans 3 0.994 0.960 0.983 0.266 0.847 0.697
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.969 0.987 0.292 0.805 0.626
#> SD:mclust 3 0.746 0.718 0.836 0.204 0.906 0.813
#> CV:mclust 3 0.785 0.841 0.781 0.216 0.866 0.735
#> MAD:mclust 3 0.893 0.927 0.937 0.163 0.907 0.814
#> ATC:mclust 3 0.687 0.507 0.791 0.202 0.984 0.967
#> SD:kmeans 3 0.676 0.593 0.750 0.253 0.893 0.786
#> CV:kmeans 3 0.743 0.796 0.740 0.254 0.860 0.720
#> MAD:kmeans 3 0.745 0.788 0.765 0.258 0.840 0.685
#> ATC:kmeans 3 0.629 0.777 0.870 0.312 0.634 0.406
#> SD:pam 3 0.770 0.921 0.916 0.230 0.885 0.769
#> CV:pam 3 0.760 0.923 0.911 0.239 0.887 0.773
#> MAD:pam 3 0.994 0.961 0.984 0.232 0.867 0.735
#> ATC:pam 3 0.860 0.898 0.956 0.307 0.685 0.454
#> SD:hclust 3 0.763 0.816 0.904 0.254 0.868 0.735
#> CV:hclust 3 0.761 0.846 0.908 0.255 0.865 0.729
#> MAD:hclust 3 0.825 0.856 0.916 0.235 0.857 0.715
#> ATC:hclust 3 0.466 0.734 0.832 0.545 0.632 0.461
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.735 0.748 0.843 0.0968 0.881 0.687
#> CV:NMF 4 0.646 0.656 0.802 0.1017 0.900 0.730
#> MAD:NMF 4 0.791 0.752 0.872 0.0800 0.903 0.741
#> ATC:NMF 4 0.489 0.715 0.831 0.2338 0.838 0.643
#> SD:skmeans 4 0.908 0.924 0.954 0.1749 0.874 0.657
#> CV:skmeans 4 0.882 0.949 0.963 0.1771 0.873 0.654
#> MAD:skmeans 4 0.988 0.967 0.984 0.1754 0.871 0.653
#> ATC:skmeans 4 0.999 0.957 0.978 0.1260 0.871 0.654
#> SD:mclust 4 0.726 0.853 0.885 0.1419 0.856 0.665
#> CV:mclust 4 0.699 0.657 0.820 0.1296 0.820 0.588
#> MAD:mclust 4 0.948 0.876 0.953 0.1228 0.944 0.863
#> ATC:mclust 4 0.637 0.498 0.747 0.1823 0.759 0.507
#> SD:kmeans 4 0.725 0.833 0.802 0.1439 0.789 0.503
#> CV:kmeans 4 0.739 0.896 0.843 0.1490 0.854 0.614
#> MAD:kmeans 4 0.823 0.901 0.872 0.1500 0.857 0.617
#> ATC:kmeans 4 0.716 0.821 0.886 0.1497 0.799 0.505
#> SD:pam 4 0.847 0.886 0.924 0.1877 0.872 0.668
#> CV:pam 4 0.804 0.830 0.901 0.1812 0.865 0.651
#> MAD:pam 4 0.946 0.937 0.972 0.1964 0.862 0.643
#> ATC:pam 4 0.848 0.907 0.955 0.1325 0.755 0.421
#> SD:hclust 4 0.635 0.620 0.761 0.1084 0.980 0.946
#> CV:hclust 4 0.625 0.745 0.790 0.1014 1.000 1.000
#> MAD:hclust 4 0.705 0.833 0.852 0.1701 0.856 0.620
#> ATC:hclust 4 0.515 0.552 0.719 0.1498 0.917 0.796
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.698 0.636 0.781 0.0490 0.900 0.698
#> CV:NMF 5 0.686 0.488 0.695 0.0664 0.899 0.693
#> MAD:NMF 5 0.657 0.604 0.752 0.0620 0.937 0.808
#> ATC:NMF 5 0.563 0.596 0.777 0.1129 0.831 0.529
#> SD:skmeans 5 0.852 0.875 0.924 0.0509 0.942 0.777
#> CV:skmeans 5 0.852 0.762 0.879 0.0497 0.962 0.849
#> MAD:skmeans 5 0.914 0.877 0.930 0.0473 0.931 0.739
#> ATC:skmeans 5 0.894 0.887 0.918 0.0707 0.945 0.796
#> SD:mclust 5 0.736 0.746 0.866 0.1197 0.846 0.542
#> CV:mclust 5 0.695 0.686 0.819 0.1275 0.850 0.553
#> MAD:mclust 5 0.750 0.743 0.858 0.1655 0.818 0.515
#> ATC:mclust 5 0.614 0.734 0.783 0.0763 0.882 0.626
#> SD:kmeans 5 0.675 0.807 0.825 0.0744 0.941 0.773
#> CV:kmeans 5 0.672 0.797 0.793 0.0692 1.000 1.000
#> MAD:kmeans 5 0.733 0.746 0.842 0.0699 0.965 0.863
#> ATC:kmeans 5 0.758 0.678 0.828 0.0647 0.880 0.579
#> SD:pam 5 0.867 0.841 0.924 0.0555 0.933 0.759
#> CV:pam 5 0.812 0.733 0.871 0.0657 0.934 0.754
#> MAD:pam 5 0.894 0.881 0.943 0.0511 0.937 0.768
#> ATC:pam 5 0.928 0.883 0.953 0.0709 0.898 0.639
#> SD:hclust 5 0.668 0.749 0.791 0.0872 0.847 0.576
#> CV:hclust 5 0.611 0.588 0.697 0.0731 0.858 0.611
#> MAD:hclust 5 0.731 0.763 0.845 0.0521 0.960 0.842
#> ATC:hclust 5 0.567 0.657 0.760 0.0866 0.804 0.484
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.706 0.561 0.727 0.0476 0.927 0.750
#> CV:NMF 6 0.764 0.789 0.846 0.0583 0.854 0.504
#> MAD:NMF 6 0.632 0.494 0.693 0.0343 0.933 0.785
#> ATC:NMF 6 0.535 0.446 0.695 0.0532 0.904 0.637
#> SD:skmeans 6 0.852 0.768 0.864 0.0299 0.994 0.973
#> CV:skmeans 6 0.818 0.717 0.818 0.0306 0.947 0.769
#> MAD:skmeans 6 0.871 0.779 0.883 0.0283 0.998 0.991
#> ATC:skmeans 6 0.921 0.831 0.921 0.0432 0.924 0.679
#> SD:mclust 6 0.765 0.753 0.870 0.0271 0.935 0.728
#> CV:mclust 6 0.692 0.685 0.781 0.0223 0.955 0.803
#> MAD:mclust 6 0.800 0.762 0.876 0.0452 0.952 0.798
#> ATC:mclust 6 0.645 0.697 0.761 0.0234 0.943 0.782
#> SD:kmeans 6 0.764 0.781 0.816 0.0453 0.997 0.984
#> CV:kmeans 6 0.728 0.571 0.713 0.0441 0.928 0.715
#> MAD:kmeans 6 0.793 0.724 0.819 0.0390 0.955 0.810
#> ATC:kmeans 6 0.744 0.540 0.739 0.0401 0.943 0.736
#> SD:pam 6 0.877 0.771 0.885 0.0367 0.965 0.847
#> CV:pam 6 0.872 0.844 0.899 0.0273 0.948 0.774
#> MAD:pam 6 0.832 0.748 0.858 0.0409 0.978 0.905
#> ATC:pam 6 0.856 0.736 0.837 0.0334 0.959 0.808
#> SD:hclust 6 0.735 0.744 0.836 0.0327 0.994 0.973
#> CV:hclust 6 0.619 0.563 0.754 0.0394 0.941 0.761
#> MAD:hclust 6 0.787 0.760 0.878 0.0262 0.987 0.938
#> ATC:hclust 6 0.639 0.574 0.744 0.0622 0.927 0.707
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 166 1.000 1.42e-34 1.000 1.000 2
#> CV:NMF 169 1.000 1.28e-33 1.000 1.000 2
#> MAD:NMF 166 1.000 1.42e-34 1.000 1.000 2
#> ATC:NMF 169 1.000 3.36e-28 0.999 1.000 2
#> SD:skmeans 169 1.000 2.04e-34 1.000 1.000 2
#> CV:skmeans 170 1.000 1.24e-34 1.000 1.000 2
#> MAD:skmeans 170 1.000 8.39e-34 1.000 1.000 2
#> ATC:skmeans 163 0.407 8.40e-11 0.246 0.832 2
#> SD:mclust 170 1.000 4.64e-33 1.000 1.000 2
#> CV:mclust 169 1.000 1.28e-33 1.000 1.000 2
#> MAD:mclust 170 1.000 4.64e-33 1.000 1.000 2
#> ATC:mclust 170 1.000 3.13e-32 1.000 1.000 2
#> SD:kmeans 170 1.000 1.24e-34 1.000 1.000 2
#> CV:kmeans 170 1.000 1.24e-34 1.000 1.000 2
#> MAD:kmeans 169 1.000 1.39e-33 1.000 1.000 2
#> ATC:kmeans 160 0.255 3.62e-08 0.431 0.442 2
#> SD:pam 169 1.000 2.13e-34 1.000 1.000 2
#> CV:pam 168 1.000 5.17e-35 1.000 1.000 2
#> MAD:pam 169 1.000 2.13e-34 1.000 1.000 2
#> ATC:pam 164 0.682 6.74e-13 0.317 0.938 2
#> SD:hclust 168 1.000 2.10e-33 1.000 1.000 2
#> CV:hclust 169 1.000 1.28e-33 1.000 1.000 2
#> MAD:hclust 169 1.000 8.64e-33 1.000 1.000 2
#> ATC:hclust 150 0.254 1.02e-04 0.307 0.428 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 161 0.993 1.07e-28 0.755371 0.992 3
#> CV:NMF 162 0.998 6.90e-30 0.649756 0.992 3
#> MAD:NMF 160 0.999 2.55e-28 0.948164 0.980 3
#> ATC:NMF 151 0.349 3.74e-11 0.515111 0.191 3
#> SD:skmeans 168 1.000 2.95e-32 0.992644 0.982 3
#> CV:skmeans 168 1.000 4.62e-33 0.998016 0.979 3
#> MAD:skmeans 167 1.000 4.33e-32 0.990153 0.963 3
#> ATC:skmeans 168 0.978 1.66e-22 0.586936 0.890 3
#> SD:mclust 150 1.000 9.37e-31 0.642745 0.999 3
#> CV:mclust 164 1.000 5.68e-33 0.936085 1.000 3
#> MAD:mclust 166 1.000 2.08e-33 0.000946 0.996 3
#> ATC:mclust 91 0.957 3.54e-06 0.379500 0.430 3
#> SD:kmeans 148 1.000 2.58e-30 0.665034 0.980 3
#> CV:kmeans 164 1.000 5.58e-33 0.999601 0.989 3
#> MAD:kmeans 162 1.000 2.20e-33 0.995681 0.981 3
#> ATC:kmeans 160 0.285 2.61e-06 0.246032 0.599 3
#> SD:pam 165 1.000 5.06e-34 0.910601 1.000 3
#> CV:pam 168 1.000 1.14e-34 0.779244 1.000 3
#> MAD:pam 168 1.000 8.08e-34 0.904111 1.000 3
#> ATC:pam 161 0.654 1.48e-10 0.573935 0.635 3
#> SD:hclust 155 1.000 7.11e-32 0.710814 0.996 3
#> CV:hclust 161 1.000 2.50e-32 0.999441 0.986 3
#> MAD:hclust 160 1.000 2.79e-31 0.950160 0.982 3
#> ATC:hclust 149 0.242 1.49e-02 0.185292 0.505 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 150 0.960 1.78e-27 0.22813 0.896 4
#> CV:NMF 135 0.985 1.17e-24 0.38417 0.991 4
#> MAD:NMF 153 0.975 7.71e-27 0.00161 0.868 4
#> ATC:NMF 149 0.499 6.05e-13 0.67606 0.344 4
#> SD:skmeans 168 1.000 7.41e-33 0.89935 0.989 4
#> CV:skmeans 169 1.000 4.50e-33 0.92854 0.988 4
#> MAD:skmeans 169 0.999 3.16e-32 0.90811 0.987 4
#> ATC:skmeans 168 0.964 6.42e-23 0.58519 0.967 4
#> SD:mclust 162 0.998 8.68e-31 0.00537 0.985 4
#> CV:mclust 142 0.987 7.11e-29 0.00434 0.969 4
#> MAD:mclust 156 0.996 1.52e-29 0.00913 0.828 4
#> ATC:mclust 106 0.971 1.00e-22 0.67729 0.934 4
#> SD:kmeans 160 0.998 3.85e-31 0.85104 0.990 4
#> CV:kmeans 165 0.999 3.27e-32 0.92700 0.983 4
#> MAD:kmeans 167 0.999 1.22e-32 0.84026 0.991 4
#> ATC:kmeans 159 0.888 2.04e-21 0.41164 0.932 4
#> SD:pam 166 1.000 1.99e-32 0.98610 0.969 4
#> CV:pam 166 0.999 1.96e-32 0.88324 0.997 4
#> MAD:pam 167 1.000 1.21e-32 0.98440 0.975 4
#> ATC:pam 166 0.944 1.12e-23 0.62162 0.941 4
#> SD:hclust 133 0.999 4.60e-26 0.00984 0.952 4
#> CV:hclust 156 1.000 3.07e-31 0.98034 0.992 4
#> MAD:hclust 158 0.995 4.13e-29 0.83476 0.981 4
#> ATC:hclust 112 0.686 1.14e-09 0.38088 0.447 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 127 0.994 1.49e-23 0.00142 0.966 5
#> CV:NMF 107 0.999 3.88e-22 0.49333 0.969 5
#> MAD:NMF 120 0.990 7.70e-22 0.04965 0.927 5
#> ATC:NMF 119 0.270 4.24e-12 0.11887 0.737 5
#> SD:skmeans 168 0.985 2.86e-31 0.02663 0.957 5
#> CV:skmeans 143 0.997 1.43e-26 0.15105 0.996 5
#> MAD:skmeans 162 0.986 1.58e-31 0.02456 0.953 5
#> ATC:skmeans 167 0.995 6.69e-28 0.66713 0.835 5
#> SD:mclust 146 0.897 1.82e-26 0.00482 0.686 5
#> CV:mclust 155 0.939 2.10e-28 0.03610 0.922 5
#> MAD:mclust 152 0.884 9.27e-28 0.01697 0.698 5
#> ATC:mclust 156 0.992 1.14e-28 0.88705 0.977 5
#> SD:kmeans 161 0.981 1.75e-30 0.02309 0.835 5
#> CV:kmeans 165 0.999 3.27e-32 0.92700 0.983 5
#> MAD:kmeans 145 0.990 6.89e-28 0.53710 0.921 5
#> ATC:kmeans 134 0.882 2.61e-21 0.44164 0.923 5
#> SD:pam 158 0.988 1.11e-30 0.08569 0.917 5
#> CV:pam 140 0.995 1.42e-27 0.20805 0.983 5
#> MAD:pam 161 0.987 1.70e-30 0.06407 0.911 5
#> ATC:pam 158 0.907 1.29e-21 0.78186 0.829 5
#> SD:hclust 148 0.977 1.61e-28 0.03970 0.826 5
#> CV:hclust 127 0.943 8.14e-25 0.02769 0.547 5
#> MAD:hclust 145 0.986 4.58e-27 0.01917 0.795 5
#> ATC:hclust 148 0.896 5.71e-22 0.48664 0.866 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 113 0.995 9.11e-23 0.03266 0.747 6
#> CV:NMF 158 0.955 8.49e-29 0.08832 0.990 6
#> MAD:NMF 100 1.000 3.95e-19 0.07286 0.931 6
#> ATC:NMF 91 0.664 2.15e-10 0.36629 0.316 6
#> SD:skmeans 160 0.963 1.43e-29 0.01120 0.950 6
#> CV:skmeans 134 0.990 1.73e-25 0.07182 0.973 6
#> MAD:skmeans 153 0.949 1.33e-29 0.02397 0.860 6
#> ATC:skmeans 156 0.972 1.65e-25 0.65122 0.902 6
#> SD:mclust 150 0.961 5.67e-29 0.02131 0.822 6
#> CV:mclust 151 0.977 3.70e-29 0.01599 0.928 6
#> MAD:mclust 150 0.952 9.50e-28 0.04385 0.753 6
#> ATC:mclust 159 0.980 2.02e-29 0.86030 0.977 6
#> SD:kmeans 163 0.964 4.11e-30 0.00526 0.925 6
#> CV:kmeans 117 0.397 8.74e-22 0.35655 0.160 6
#> MAD:kmeans 151 0.953 2.23e-28 0.12906 0.533 6
#> ATC:kmeans 90 0.831 4.03e-14 0.64277 0.721 6
#> SD:pam 148 0.987 1.05e-27 0.17159 0.923 6
#> CV:pam 164 0.979 2.59e-30 0.01757 0.954 6
#> MAD:pam 152 0.977 9.05e-28 0.04667 0.659 6
#> ATC:pam 145 0.932 1.41e-22 0.49512 0.826 6
#> SD:hclust 150 0.976 5.88e-29 0.01982 0.893 6
#> CV:hclust 116 0.952 2.18e-22 0.00870 0.929 6
#> MAD:hclust 151 0.976 1.43e-27 0.00549 0.789 6
#> ATC:hclust 114 0.946 1.49e-21 0.19210 0.724 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.963 0.985 0.5022 0.497 0.497
#> 3 3 0.763 0.816 0.904 0.2543 0.868 0.735
#> 4 4 0.635 0.620 0.761 0.1084 0.980 0.946
#> 5 5 0.668 0.749 0.791 0.0872 0.847 0.576
#> 6 6 0.735 0.744 0.836 0.0327 0.994 0.973
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> GSM767980 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.9933 0.204 0.452 0.548
#> GSM768009 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM768031 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.8861 0.554 0.696 0.304
#> GSM768039 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM768046 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM768048 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM768068 2 0.9795 0.316 0.416 0.584
#> GSM768069 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> GSM768073 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.8661 0.611 0.288 0.712
#> GSM768082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM768100 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> GSM768101 2 0.7056 0.764 0.192 0.808
#> GSM768102 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> GSM768105 2 0.8443 0.638 0.272 0.728
#> GSM768106 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> GSM768113 2 0.8499 0.631 0.276 0.724
#> GSM768114 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.8608 0.595 0.716 0.284
#> GSM768132 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.6308 -0.1765 0.492 0.000 0.508
#> GSM767977 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0237 0.8458 0.004 0.000 0.996
#> GSM767979 2 0.1015 0.9620 0.008 0.980 0.012
#> GSM767980 3 0.0892 0.8479 0.020 0.000 0.980
#> GSM767981 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767982 3 0.5760 0.5355 0.328 0.000 0.672
#> GSM767983 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767984 1 0.6267 0.0797 0.548 0.000 0.452
#> GSM767985 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767989 3 0.2959 0.7928 0.100 0.000 0.900
#> GSM767990 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.5431 0.6099 0.284 0.000 0.716
#> GSM767992 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767993 1 0.5706 0.5154 0.680 0.000 0.320
#> GSM767994 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767995 1 0.3715 0.8044 0.868 0.004 0.128
#> GSM767996 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.5905 0.4954 0.352 0.000 0.648
#> GSM767998 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3816 0.7986 0.852 0.000 0.148
#> GSM768001 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1163 0.8486 0.028 0.000 0.972
#> GSM768004 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.4178 0.7434 0.172 0.000 0.828
#> GSM768006 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3879 0.7970 0.848 0.000 0.152
#> GSM768008 2 0.8562 0.2077 0.352 0.540 0.108
#> GSM768009 1 0.6308 0.2001 0.508 0.000 0.492
#> GSM768010 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768011 1 0.6308 0.2001 0.508 0.000 0.492
#> GSM768012 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1163 0.8470 0.028 0.000 0.972
#> GSM768014 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768017 1 0.3879 0.8054 0.848 0.000 0.152
#> GSM768018 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.2066 0.7903 0.940 0.000 0.060
#> GSM768020 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.1289 0.7731 0.968 0.000 0.032
#> GSM768022 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.3267 0.8061 0.884 0.000 0.116
#> GSM768024 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.1964 0.7882 0.944 0.000 0.056
#> GSM768016 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.4178 0.7948 0.828 0.000 0.172
#> GSM768026 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768027 1 0.3482 0.8066 0.872 0.000 0.128
#> GSM768028 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.3482 0.8066 0.872 0.000 0.128
#> GSM768030 2 0.0237 0.9720 0.004 0.996 0.000
#> GSM768031 1 0.4178 0.7910 0.828 0.000 0.172
#> GSM768032 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.6168 0.1446 0.412 0.000 0.588
#> GSM768034 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768035 1 0.2537 0.7598 0.920 0.000 0.080
#> GSM768036 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.1031 0.7699 0.976 0.000 0.024
#> GSM768038 1 0.5815 0.4728 0.692 0.304 0.004
#> GSM768039 3 0.4974 0.6898 0.236 0.000 0.764
#> GSM768040 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768041 1 0.3482 0.8066 0.872 0.000 0.128
#> GSM768042 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.3619 0.8062 0.864 0.000 0.136
#> GSM768045 2 0.0424 0.9688 0.008 0.992 0.000
#> GSM768046 1 0.1964 0.7897 0.944 0.000 0.056
#> GSM768047 2 0.0237 0.9720 0.004 0.996 0.000
#> GSM768048 3 0.5216 0.5868 0.260 0.000 0.740
#> GSM768049 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768050 3 0.0424 0.8470 0.008 0.000 0.992
#> GSM768051 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768052 3 0.0424 0.8470 0.008 0.000 0.992
#> GSM768053 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768054 3 0.0424 0.8469 0.008 0.000 0.992
#> GSM768055 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768056 3 0.0592 0.8470 0.012 0.000 0.988
#> GSM768057 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768059 3 0.1031 0.8471 0.024 0.000 0.976
#> GSM768060 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.3038 0.8024 0.896 0.000 0.104
#> GSM768063 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768064 1 0.5706 0.5154 0.680 0.000 0.320
#> GSM768065 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768066 1 0.5706 0.5154 0.680 0.000 0.320
#> GSM768067 2 0.0237 0.9718 0.004 0.996 0.000
#> GSM768068 2 0.8597 0.3260 0.292 0.576 0.132
#> GSM768069 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2066 0.8377 0.060 0.000 0.940
#> GSM768071 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.1289 0.8476 0.032 0.000 0.968
#> GSM768073 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768074 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.5905 0.3669 0.352 0.000 0.648
#> GSM768077 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3879 0.8027 0.848 0.000 0.152
#> GSM768079 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0892 0.8483 0.020 0.000 0.980
#> GSM768081 2 0.7297 0.6096 0.188 0.704 0.108
#> GSM768082 3 0.0424 0.8470 0.008 0.000 0.992
#> GSM768083 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.5948 0.5629 0.640 0.000 0.360
#> GSM768085 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768086 1 0.3879 0.8027 0.848 0.000 0.152
#> GSM768087 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.1163 0.8479 0.028 0.000 0.972
#> GSM768089 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768090 3 0.1163 0.8446 0.028 0.000 0.972
#> GSM768091 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.3551 0.7355 0.868 0.000 0.132
#> GSM768093 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5216 0.5664 0.260 0.000 0.740
#> GSM768095 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.1031 0.8444 0.024 0.000 0.976
#> GSM768097 3 0.0237 0.8458 0.004 0.000 0.996
#> GSM768098 1 0.6252 0.3839 0.556 0.000 0.444
#> GSM768099 2 0.0237 0.9720 0.004 0.996 0.000
#> GSM768100 1 0.5896 0.6804 0.700 0.008 0.292
#> GSM768101 2 0.5631 0.7648 0.132 0.804 0.064
#> GSM768102 3 0.2356 0.8296 0.072 0.000 0.928
#> GSM768103 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 3 0.6617 0.0452 0.436 0.008 0.556
#> GSM768105 2 0.6506 0.6260 0.236 0.720 0.044
#> GSM768106 1 0.5926 0.5682 0.644 0.000 0.356
#> GSM768107 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768108 1 0.1964 0.7897 0.944 0.000 0.056
#> GSM768109 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3752 0.8025 0.856 0.000 0.144
#> GSM768111 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3918 0.7982 0.856 0.004 0.140
#> GSM768113 2 0.6606 0.6191 0.236 0.716 0.048
#> GSM768114 3 0.0592 0.8464 0.012 0.000 0.988
#> GSM768115 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768116 1 0.3425 0.8059 0.884 0.004 0.112
#> GSM768117 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.4452 0.6802 0.808 0.000 0.192
#> GSM768119 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.3941 0.7351 0.156 0.000 0.844
#> GSM768121 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768122 1 0.3816 0.8021 0.852 0.000 0.148
#> GSM768123 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 3 0.6168 0.1446 0.412 0.000 0.588
#> GSM768125 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768126 3 0.0747 0.8477 0.016 0.000 0.984
#> GSM768127 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768128 3 0.0747 0.8477 0.016 0.000 0.984
#> GSM768129 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1031 0.8453 0.024 0.000 0.976
#> GSM768131 1 0.6507 0.4921 0.688 0.284 0.028
#> GSM768132 1 0.3267 0.7799 0.884 0.000 0.116
#> GSM768133 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.3267 0.7956 0.116 0.000 0.884
#> GSM768135 3 0.3267 0.7956 0.116 0.000 0.884
#> GSM768136 1 0.6260 0.3725 0.552 0.000 0.448
#> GSM768137 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0747 0.8477 0.016 0.000 0.984
#> GSM768139 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768140 1 0.3267 0.7452 0.884 0.000 0.116
#> GSM768141 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.3816 0.7519 0.852 0.000 0.148
#> GSM768143 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.3941 0.7351 0.156 0.000 0.844
#> GSM768145 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0237 0.8458 0.004 0.000 0.996
#> GSM768061 3 0.0592 0.8464 0.012 0.000 0.988
#> GSM768043 1 0.4062 0.7987 0.836 0.000 0.164
#> GSM767986 3 0.2356 0.8111 0.072 0.000 0.928
#> GSM767999 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767988 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM768058 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
#> GSM767987 2 0.0237 0.9739 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.5607 0.08023 0.492 0.000 0.488 0.020
#> GSM767977 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM767978 3 0.0188 0.79392 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767979 2 0.1042 0.73876 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM767980 3 0.1059 0.79276 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM767981 2 0.0707 0.76158 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM767982 3 0.6308 0.19511 0.208 0.000 0.656 0.136
#> GSM767983 2 0.0469 0.75761 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM767984 3 0.7714 -0.60293 0.332 0.000 0.432 0.236
#> GSM767985 2 0.0921 0.76143 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM767989 3 0.3168 0.69380 0.060 0.000 0.884 0.056
#> GSM767990 2 0.4817 0.77796 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM767991 3 0.5859 0.36126 0.156 0.000 0.704 0.140
#> GSM767992 2 0.1867 0.76852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM767993 4 0.7861 1.00000 0.360 0.000 0.272 0.368
#> GSM767994 2 0.0921 0.76280 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM767995 1 0.3810 0.57980 0.848 0.000 0.092 0.060
#> GSM767996 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM767997 3 0.6545 0.10106 0.216 0.000 0.632 0.152
#> GSM767998 2 0.4843 0.77639 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM768000 1 0.4072 0.58190 0.828 0.000 0.120 0.052
#> GSM768001 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768003 3 0.1284 0.79460 0.024 0.000 0.964 0.012
#> GSM768004 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768005 3 0.4710 0.58041 0.120 0.000 0.792 0.088
#> GSM768006 2 0.4830 0.77743 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM768007 1 0.4046 0.58139 0.828 0.000 0.124 0.048
#> GSM768008 2 0.7779 0.17398 0.324 0.528 0.100 0.048
#> GSM768009 1 0.5602 0.10997 0.508 0.000 0.472 0.020
#> GSM768010 2 0.0336 0.75856 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768011 1 0.5602 0.10997 0.508 0.000 0.472 0.020
#> GSM768012 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768013 3 0.1284 0.79142 0.024 0.000 0.964 0.012
#> GSM768014 2 0.0336 0.75856 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768017 1 0.2799 0.58117 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM768018 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768019 1 0.5200 0.36158 0.700 0.000 0.036 0.264
#> GSM768020 2 0.0707 0.76165 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM768021 1 0.5024 0.09820 0.632 0.000 0.008 0.360
#> GSM768022 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768023 1 0.2871 0.57736 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM768024 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768015 1 0.5070 0.00617 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM768016 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768025 1 0.3161 0.56634 0.864 0.000 0.124 0.012
#> GSM768026 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768027 1 0.2473 0.58014 0.908 0.000 0.080 0.012
#> GSM768028 2 0.4907 0.76921 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM768029 1 0.2473 0.58014 0.908 0.000 0.080 0.012
#> GSM768030 2 0.5028 0.77487 0.004 0.596 0.000 0.400
#> GSM768031 1 0.3856 0.57272 0.832 0.000 0.136 0.032
#> GSM768032 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768033 3 0.5847 0.16969 0.404 0.000 0.560 0.036
#> GSM768034 2 0.0336 0.75856 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768035 1 0.6033 0.08710 0.620 0.000 0.064 0.316
#> GSM768036 2 0.1940 0.76897 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768037 1 0.4792 0.24824 0.680 0.000 0.008 0.312
#> GSM768038 1 0.7272 0.12223 0.496 0.160 0.000 0.344
#> GSM768039 3 0.5031 0.56172 0.212 0.000 0.740 0.048
#> GSM768040 2 0.0336 0.75856 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768041 1 0.2473 0.58014 0.908 0.000 0.080 0.012
#> GSM768042 2 0.2216 0.77029 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM768044 1 0.2480 0.57954 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM768045 2 0.4722 0.77977 0.008 0.692 0.000 0.300
#> GSM768046 1 0.5113 0.37136 0.704 0.000 0.032 0.264
#> GSM768047 2 0.5088 0.76631 0.004 0.572 0.000 0.424
#> GSM768048 3 0.4826 0.48598 0.264 0.000 0.716 0.020
#> GSM768049 2 0.0336 0.75856 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768050 3 0.0895 0.79470 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM768051 2 0.0188 0.75767 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768052 3 0.0895 0.79470 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM768053 2 0.0188 0.75767 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768054 3 0.0804 0.79255 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM768055 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768056 3 0.0779 0.79424 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM768057 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768059 3 0.1151 0.79031 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM768060 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768062 1 0.4234 0.45234 0.816 0.000 0.052 0.132
#> GSM768063 2 0.0000 0.75571 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 4 0.7861 1.00000 0.360 0.000 0.272 0.368
#> GSM768065 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768066 4 0.7861 1.00000 0.360 0.000 0.272 0.368
#> GSM768067 2 0.4313 0.77932 0.004 0.736 0.000 0.260
#> GSM768068 2 0.7717 0.21699 0.268 0.568 0.116 0.048
#> GSM768069 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768070 3 0.1890 0.78302 0.056 0.000 0.936 0.008
#> GSM768071 2 0.4790 0.77911 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768072 3 0.1510 0.79029 0.028 0.000 0.956 0.016
#> GSM768073 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768074 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768075 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768076 3 0.5127 0.30135 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM768077 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768078 1 0.2867 0.57681 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM768079 2 0.4888 0.77180 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM768080 3 0.1151 0.79407 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM768081 2 0.6449 0.45927 0.168 0.700 0.096 0.036
#> GSM768082 3 0.0469 0.79472 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768083 2 0.4866 0.77477 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM768084 1 0.5038 0.35691 0.652 0.000 0.336 0.012
#> GSM768085 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768086 1 0.2867 0.57681 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM768087 2 0.3801 0.77857 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM768088 3 0.1256 0.79166 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM768089 2 0.0188 0.75725 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768090 3 0.1406 0.79090 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM768091 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768092 1 0.6627 -0.10575 0.588 0.000 0.112 0.300
#> GSM768093 2 0.4830 0.77743 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM768094 3 0.4767 0.48345 0.256 0.000 0.724 0.020
#> GSM768095 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768096 3 0.1297 0.79107 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM768097 3 0.0376 0.79383 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768098 1 0.5716 0.22761 0.552 0.000 0.420 0.028
#> GSM768099 2 0.5004 0.77672 0.004 0.604 0.000 0.392
#> GSM768100 1 0.5416 0.44001 0.692 0.000 0.260 0.048
#> GSM768101 2 0.5495 0.59797 0.116 0.776 0.056 0.052
#> GSM768102 3 0.2342 0.76722 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM768103 2 0.4817 0.77767 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM768104 3 0.6242 0.07355 0.424 0.000 0.520 0.056
#> GSM768105 2 0.6256 0.50077 0.208 0.696 0.036 0.060
#> GSM768106 1 0.5311 0.35816 0.648 0.000 0.328 0.024
#> GSM768107 2 0.0469 0.75762 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768108 1 0.5113 0.37136 0.704 0.000 0.032 0.264
#> GSM768109 2 0.4830 0.77743 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM768110 1 0.3978 0.57861 0.836 0.000 0.108 0.056
#> GSM768111 2 0.4746 0.77983 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM768112 1 0.4525 0.57237 0.804 0.000 0.116 0.080
#> GSM768113 2 0.6340 0.49297 0.208 0.692 0.040 0.060
#> GSM768114 3 0.0779 0.79419 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM768115 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768116 1 0.3621 0.56889 0.860 0.000 0.072 0.068
#> GSM768117 2 0.4804 0.77824 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM768118 1 0.7264 -0.45259 0.512 0.000 0.168 0.320
#> GSM768119 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768120 3 0.3743 0.64965 0.160 0.000 0.824 0.016
#> GSM768121 2 0.0592 0.75895 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768122 1 0.3958 0.57620 0.836 0.000 0.112 0.052
#> GSM768123 2 0.4790 0.77896 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768124 3 0.5837 0.17504 0.400 0.000 0.564 0.036
#> GSM768125 2 0.0469 0.75762 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768126 3 0.0895 0.79366 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM768127 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768128 3 0.0779 0.79264 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM768129 2 0.4830 0.77709 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM768130 3 0.1510 0.79027 0.028 0.000 0.956 0.016
#> GSM768131 1 0.7721 0.14402 0.500 0.144 0.020 0.336
#> GSM768132 1 0.6252 0.17467 0.624 0.000 0.088 0.288
#> GSM768133 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768134 3 0.3166 0.72700 0.116 0.000 0.868 0.016
#> GSM768135 3 0.3166 0.72700 0.116 0.000 0.868 0.016
#> GSM768136 1 0.5716 0.22402 0.552 0.000 0.420 0.028
#> GSM768137 2 0.4817 0.77767 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM768138 3 0.1042 0.79306 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM768139 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768140 1 0.6425 -0.02595 0.604 0.000 0.096 0.300
#> GSM768141 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768142 1 0.6660 -0.02460 0.592 0.000 0.120 0.288
#> GSM768143 2 0.4817 0.77768 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM768144 3 0.3743 0.64965 0.160 0.000 0.824 0.016
#> GSM768145 2 0.4925 0.76651 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM768002 3 0.0376 0.79383 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768061 3 0.0779 0.79419 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM768043 1 0.3047 0.56871 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM767986 3 0.2578 0.72635 0.052 0.000 0.912 0.036
#> GSM767999 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767988 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768058 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767987 2 0.0188 0.75418 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.4985 0.2434 0.524 0.008 0.452 0.000 0.016
#> GSM767977 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM767978 3 0.0798 0.8386 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0854 0.8715 0.004 0.012 0.008 0.976 0.000
#> GSM767980 3 0.0960 0.8376 0.016 0.008 0.972 0.000 0.004
#> GSM767981 4 0.1043 0.8819 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM767982 3 0.4886 0.4286 0.036 0.004 0.648 0.000 0.312
#> GSM767983 4 0.0609 0.8884 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM767984 5 0.5847 0.2354 0.096 0.000 0.424 0.000 0.480
#> GSM767985 4 0.1478 0.8624 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767989 3 0.3095 0.7601 0.016 0.024 0.868 0.000 0.092
#> GSM767990 2 0.3424 0.9106 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM767991 3 0.4581 0.5330 0.032 0.004 0.696 0.000 0.268
#> GSM767992 4 0.3109 0.6806 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM767993 5 0.6893 0.4857 0.168 0.036 0.268 0.000 0.528
#> GSM767994 4 0.1671 0.8518 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM767995 1 0.3661 0.6909 0.836 0.012 0.056 0.000 0.096
#> GSM767996 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM767997 3 0.4986 0.3696 0.036 0.004 0.624 0.000 0.336
#> GSM767998 2 0.3305 0.9249 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM768000 1 0.4155 0.7097 0.812 0.024 0.080 0.000 0.084
#> GSM768001 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768003 3 0.1153 0.8398 0.024 0.008 0.964 0.000 0.004
#> GSM768004 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768005 3 0.4506 0.6858 0.096 0.036 0.792 0.000 0.076
#> GSM768006 2 0.3242 0.9333 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM768007 1 0.4065 0.7100 0.816 0.020 0.080 0.000 0.084
#> GSM768008 4 0.6929 0.2707 0.344 0.036 0.092 0.512 0.016
#> GSM768009 1 0.4967 0.2948 0.540 0.008 0.436 0.000 0.016
#> GSM768010 4 0.1043 0.8827 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768011 1 0.4967 0.2948 0.540 0.008 0.436 0.000 0.016
#> GSM768012 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768013 3 0.1173 0.8364 0.020 0.004 0.964 0.000 0.012
#> GSM768014 4 0.0963 0.8843 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768017 1 0.3051 0.7322 0.864 0.000 0.076 0.000 0.060
#> GSM768018 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768019 5 0.4387 0.5449 0.348 0.000 0.012 0.000 0.640
#> GSM768020 4 0.1410 0.8687 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768021 5 0.3160 0.6458 0.188 0.004 0.000 0.000 0.808
#> GSM768022 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768023 1 0.2708 0.7100 0.884 0.000 0.044 0.000 0.072
#> GSM768024 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768015 5 0.4485 0.5834 0.224 0.036 0.008 0.000 0.732
#> GSM768016 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768025 1 0.2540 0.7376 0.888 0.000 0.088 0.000 0.024
#> GSM768026 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1907 0.7314 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> GSM768028 2 0.2929 0.9472 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM768029 1 0.1907 0.7314 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> GSM768030 2 0.3300 0.9405 0.004 0.792 0.000 0.204 0.000
#> GSM768031 1 0.3386 0.7288 0.856 0.020 0.088 0.000 0.036
#> GSM768032 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768033 3 0.5283 0.0721 0.420 0.012 0.540 0.000 0.028
#> GSM768034 4 0.0963 0.8843 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768035 5 0.4496 0.6699 0.216 0.000 0.056 0.000 0.728
#> GSM768036 4 0.3003 0.7000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM768037 5 0.3750 0.6394 0.232 0.012 0.000 0.000 0.756
#> GSM768038 5 0.7095 0.4078 0.220 0.300 0.000 0.024 0.456
#> GSM768039 3 0.5182 0.6732 0.168 0.020 0.720 0.000 0.092
#> GSM768040 4 0.1121 0.8807 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768041 1 0.1907 0.7314 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> GSM768042 4 0.3366 0.6191 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM768044 1 0.2054 0.7340 0.920 0.000 0.052 0.000 0.028
#> GSM768045 2 0.4455 0.6126 0.008 0.588 0.000 0.404 0.000
#> GSM768046 5 0.4416 0.5236 0.356 0.000 0.012 0.000 0.632
#> GSM768047 2 0.3086 0.9456 0.004 0.816 0.000 0.180 0.000
#> GSM768048 3 0.4583 0.5543 0.272 0.012 0.696 0.000 0.020
#> GSM768049 4 0.1043 0.8828 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768050 3 0.1492 0.8373 0.040 0.008 0.948 0.000 0.004
#> GSM768051 4 0.0794 0.8876 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768052 3 0.1492 0.8373 0.040 0.008 0.948 0.000 0.004
#> GSM768053 4 0.0794 0.8876 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768054 3 0.1299 0.8372 0.020 0.012 0.960 0.000 0.008
#> GSM768055 4 0.0162 0.8889 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768056 3 0.1412 0.8391 0.036 0.004 0.952 0.000 0.008
#> GSM768057 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0955 0.8355 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> GSM768060 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768062 1 0.4975 0.4635 0.676 0.012 0.040 0.000 0.272
#> GSM768063 4 0.0162 0.8890 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768064 5 0.6893 0.4857 0.168 0.036 0.268 0.000 0.528
#> GSM768065 4 0.0609 0.8882 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768066 5 0.6893 0.4857 0.168 0.036 0.268 0.000 0.528
#> GSM768067 2 0.4440 0.4427 0.004 0.528 0.000 0.468 0.000
#> GSM768068 4 0.6964 0.3593 0.284 0.040 0.108 0.552 0.016
#> GSM768069 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768070 3 0.1571 0.8313 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM768071 2 0.3561 0.8878 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM768072 3 0.1442 0.8358 0.032 0.012 0.952 0.000 0.004
#> GSM768073 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768076 3 0.4928 0.2830 0.376 0.008 0.596 0.000 0.020
#> GSM768077 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768078 1 0.2236 0.7387 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> GSM768079 2 0.3039 0.9443 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768080 3 0.1202 0.8381 0.032 0.004 0.960 0.000 0.004
#> GSM768081 4 0.5989 0.5948 0.172 0.040 0.092 0.684 0.012
#> GSM768082 3 0.1202 0.8387 0.032 0.004 0.960 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.3210 0.9356 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768084 1 0.4774 0.5964 0.660 0.012 0.308 0.000 0.020
#> GSM768085 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.2236 0.7387 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> GSM768087 4 0.4268 -0.1595 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM768088 3 0.1041 0.8364 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM768089 4 0.0404 0.8892 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768090 3 0.1901 0.8324 0.056 0.012 0.928 0.000 0.004
#> GSM768091 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768092 5 0.5177 0.6665 0.220 0.000 0.104 0.000 0.676
#> GSM768093 2 0.3242 0.9333 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM768094 3 0.4597 0.5408 0.260 0.012 0.704 0.000 0.024
#> GSM768095 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768096 3 0.1740 0.8332 0.056 0.012 0.932 0.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0912 0.8381 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.5089 0.4302 0.568 0.012 0.400 0.000 0.020
#> GSM768099 2 0.3366 0.9365 0.004 0.784 0.000 0.212 0.000
#> GSM768100 1 0.4573 0.6531 0.728 0.024 0.228 0.000 0.020
#> GSM768101 4 0.5304 0.7228 0.128 0.068 0.044 0.748 0.012
#> GSM768102 3 0.2689 0.8125 0.084 0.012 0.888 0.000 0.016
#> GSM768103 2 0.3336 0.9263 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM768104 3 0.5639 -0.0652 0.452 0.024 0.492 0.000 0.032
#> GSM768105 4 0.5840 0.6083 0.224 0.056 0.032 0.672 0.016
#> GSM768106 1 0.4645 0.5993 0.672 0.012 0.300 0.000 0.016
#> GSM768107 4 0.1121 0.8808 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768108 5 0.4416 0.5236 0.356 0.000 0.012 0.000 0.632
#> GSM768109 2 0.3242 0.9333 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM768110 1 0.3980 0.7080 0.824 0.024 0.072 0.000 0.080
#> GSM768111 2 0.3612 0.8830 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM768112 1 0.4733 0.6552 0.760 0.020 0.076 0.000 0.144
#> GSM768113 4 0.5914 0.6030 0.224 0.056 0.036 0.668 0.016
#> GSM768114 3 0.1525 0.8368 0.036 0.012 0.948 0.000 0.004
#> GSM768115 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.3551 0.6563 0.820 0.000 0.044 0.000 0.136
#> GSM768117 2 0.3452 0.9125 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM768118 5 0.5309 0.6254 0.164 0.000 0.160 0.000 0.676
#> GSM768119 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768120 3 0.3708 0.7134 0.160 0.012 0.808 0.000 0.020
#> GSM768121 4 0.0794 0.8873 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768122 1 0.3921 0.7132 0.828 0.024 0.076 0.000 0.072
#> GSM768123 2 0.3452 0.9121 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM768124 3 0.5277 0.0818 0.416 0.012 0.544 0.000 0.028
#> GSM768125 4 0.1121 0.8808 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768126 3 0.0963 0.8401 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0865 0.8376 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.3305 0.9294 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM768130 3 0.1857 0.8328 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004
#> GSM768131 5 0.7400 0.3979 0.244 0.284 0.008 0.024 0.440
#> GSM768132 5 0.5018 0.6481 0.268 0.000 0.068 0.000 0.664
#> GSM768133 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768134 3 0.3265 0.7766 0.128 0.012 0.844 0.000 0.016
#> GSM768135 3 0.3265 0.7766 0.128 0.012 0.844 0.000 0.016
#> GSM768136 1 0.5089 0.4274 0.568 0.012 0.400 0.000 0.020
#> GSM768137 2 0.3366 0.9235 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM768138 3 0.1116 0.8374 0.028 0.004 0.964 0.000 0.004
#> GSM768139 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 5 0.5010 0.6706 0.224 0.000 0.088 0.000 0.688
#> GSM768141 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768142 5 0.5440 0.6616 0.252 0.004 0.096 0.000 0.648
#> GSM768143 2 0.3424 0.9162 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM768144 3 0.3708 0.7134 0.160 0.012 0.808 0.000 0.020
#> GSM768145 2 0.2813 0.9490 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768002 3 0.0693 0.8384 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.1525 0.8368 0.036 0.012 0.948 0.000 0.004
#> GSM768043 1 0.2423 0.7371 0.896 0.000 0.080 0.000 0.024
#> GSM767986 3 0.2666 0.7881 0.012 0.020 0.892 0.000 0.076
#> GSM767999 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.4948 0.2473 0.512 0.000 0.436 0.000 0.012 NA
#> GSM767977 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM767978 3 0.1078 0.8202 0.016 0.000 0.964 0.008 0.000 NA
#> GSM767979 4 0.0692 0.8459 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000 NA
#> GSM767980 3 0.2015 0.8131 0.016 0.000 0.916 0.000 0.012 NA
#> GSM767981 4 0.2003 0.8828 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 NA
#> GSM767982 3 0.5055 0.2202 0.008 0.000 0.516 0.000 0.420 NA
#> GSM767983 4 0.1714 0.8872 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 NA
#> GSM767984 5 0.4943 0.3988 0.024 0.000 0.296 0.000 0.632 NA
#> GSM767985 4 0.2378 0.8582 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 NA
#> GSM767989 3 0.4367 0.6831 0.004 0.000 0.752 0.012 0.144 NA
#> GSM767990 2 0.1663 0.8963 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 NA
#> GSM767991 3 0.5032 0.4184 0.008 0.000 0.596 0.000 0.324 NA
#> GSM767992 4 0.3531 0.6241 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM767993 5 0.6633 0.5201 0.072 0.000 0.152 0.000 0.480 NA
#> GSM767994 4 0.2491 0.8493 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 NA
#> GSM767995 1 0.3158 0.7034 0.856 0.000 0.032 0.000 0.052 NA
#> GSM767996 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM767997 3 0.5027 0.1529 0.008 0.000 0.496 0.000 0.444 NA
#> GSM767998 2 0.1204 0.9217 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM768000 1 0.3655 0.7198 0.824 0.000 0.052 0.000 0.048 NA
#> GSM768001 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768003 3 0.2058 0.8166 0.024 0.000 0.916 0.000 0.012 NA
#> GSM768004 2 0.0146 0.9366 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768005 3 0.4563 0.6537 0.072 0.000 0.732 0.000 0.028 NA
#> GSM768006 2 0.1204 0.9249 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM768007 1 0.3655 0.7191 0.824 0.000 0.052 0.000 0.048 NA
#> GSM768008 4 0.6618 0.2143 0.324 0.048 0.080 0.508 0.000 NA
#> GSM768009 1 0.4930 0.2976 0.528 0.000 0.420 0.000 0.012 NA
#> GSM768010 4 0.2178 0.8749 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 NA
#> GSM768011 1 0.4930 0.2976 0.528 0.000 0.420 0.000 0.012 NA
#> GSM768012 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768013 3 0.1861 0.8160 0.020 0.000 0.928 0.000 0.016 NA
#> GSM768014 4 0.1957 0.8835 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 NA
#> GSM768017 1 0.2653 0.7389 0.876 0.000 0.056 0.000 0.064 NA
#> GSM768018 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768019 5 0.5255 0.5718 0.272 0.000 0.004 0.000 0.600 NA
#> GSM768020 4 0.2416 0.8577 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM768021 5 0.3683 0.6748 0.044 0.000 0.000 0.000 0.764 NA
#> GSM768022 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768023 1 0.2262 0.7210 0.908 0.000 0.020 0.000 0.036 NA
#> GSM768024 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768015 5 0.5419 0.5902 0.108 0.000 0.008 0.000 0.556 NA
#> GSM768016 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768025 1 0.2094 0.7471 0.908 0.000 0.064 0.000 0.024 NA
#> GSM768026 4 0.1327 0.8842 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768027 1 0.1257 0.7415 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028 NA
#> GSM768028 2 0.0363 0.9384 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM768029 1 0.1257 0.7415 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028 NA
#> GSM768030 2 0.1010 0.9338 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 NA
#> GSM768031 1 0.2891 0.7371 0.872 0.000 0.060 0.000 0.032 NA
#> GSM768032 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768033 3 0.5146 0.0863 0.408 0.000 0.532 0.012 0.008 NA
#> GSM768034 4 0.1957 0.8835 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 NA
#> GSM768035 5 0.3477 0.6894 0.132 0.000 0.004 0.000 0.808 NA
#> GSM768036 4 0.3482 0.6446 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 NA
#> GSM768037 5 0.4429 0.6704 0.144 0.000 0.000 0.000 0.716 NA
#> GSM768038 5 0.7686 0.4683 0.172 0.160 0.000 0.012 0.360 NA
#> GSM768039 3 0.5406 0.6547 0.156 0.000 0.692 0.012 0.080 NA
#> GSM768040 4 0.2219 0.8726 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 NA
#> GSM768041 1 0.1257 0.7415 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028 NA
#> GSM768042 4 0.3717 0.4887 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 NA
#> GSM768044 1 0.1341 0.7431 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024 NA
#> GSM768045 2 0.3398 0.6536 0.008 0.740 0.000 0.252 0.000 NA
#> GSM768046 5 0.5419 0.5372 0.296 0.000 0.004 0.000 0.568 NA
#> GSM768047 2 0.0508 0.9370 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM768048 3 0.4591 0.5252 0.284 0.000 0.668 0.012 0.012 NA
#> GSM768049 4 0.2178 0.8749 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 NA
#> GSM768050 3 0.1749 0.8196 0.036 0.000 0.932 0.000 0.008 NA
#> GSM768051 4 0.1765 0.8872 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 NA
#> GSM768052 3 0.1749 0.8196 0.036 0.000 0.932 0.000 0.008 NA
#> GSM768053 4 0.1765 0.8872 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 NA
#> GSM768054 3 0.1629 0.8190 0.020 0.000 0.944 0.012 0.012 NA
#> GSM768055 4 0.1444 0.8863 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM768056 3 0.1679 0.8211 0.036 0.000 0.936 0.000 0.012 NA
#> GSM768057 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768059 3 0.1401 0.8178 0.028 0.000 0.948 0.000 0.004 NA
#> GSM768060 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768062 1 0.5791 0.3336 0.536 0.000 0.024 0.004 0.096 NA
#> GSM768063 4 0.1444 0.8866 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM768064 5 0.6633 0.5201 0.072 0.000 0.152 0.000 0.480 NA
#> GSM768065 4 0.1863 0.8837 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 NA
#> GSM768066 5 0.6633 0.5201 0.072 0.000 0.152 0.000 0.480 NA
#> GSM768067 2 0.3636 0.5035 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000 NA
#> GSM768068 4 0.6425 0.3466 0.264 0.036 0.092 0.564 0.000 NA
#> GSM768069 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768070 3 0.1951 0.8132 0.060 0.000 0.916 0.000 0.004 NA
#> GSM768071 2 0.1714 0.8939 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 NA
#> GSM768072 3 0.1605 0.8197 0.032 0.000 0.940 0.012 0.000 NA
#> GSM768073 4 0.1327 0.8842 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768074 4 0.1327 0.8842 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768075 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768076 3 0.4841 0.2633 0.372 0.000 0.576 0.000 0.012 NA
#> GSM768077 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768078 1 0.1777 0.7473 0.928 0.000 0.044 0.000 0.024 NA
#> GSM768079 2 0.0632 0.9364 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM768080 3 0.1296 0.8208 0.032 0.000 0.952 0.004 0.000 NA
#> GSM768081 4 0.5584 0.5913 0.156 0.040 0.076 0.688 0.000 NA
#> GSM768082 3 0.1503 0.8207 0.032 0.000 0.944 0.000 0.008 NA
#> GSM768083 2 0.1007 0.9301 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 NA
#> GSM768084 1 0.4454 0.5812 0.652 0.000 0.308 0.000 0.020 NA
#> GSM768085 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768086 1 0.1777 0.7473 0.928 0.000 0.044 0.000 0.024 NA
#> GSM768087 2 0.3737 0.2924 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 NA
#> GSM768088 3 0.1245 0.8194 0.032 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> GSM768089 4 0.1610 0.8877 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 NA
#> GSM768090 3 0.1938 0.8129 0.040 0.000 0.920 0.000 0.004 NA
#> GSM768091 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768092 5 0.2958 0.6951 0.108 0.000 0.028 0.000 0.852 NA
#> GSM768093 2 0.1204 0.9249 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM768094 3 0.4568 0.5303 0.252 0.000 0.692 0.012 0.012 NA
#> GSM768095 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768096 3 0.1938 0.8132 0.040 0.000 0.920 0.004 0.000 NA
#> GSM768097 3 0.1180 0.8197 0.016 0.000 0.960 0.012 0.000 NA
#> GSM768098 1 0.5022 0.4008 0.556 0.000 0.392 0.012 0.012 NA
#> GSM768099 2 0.1152 0.9308 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000 NA
#> GSM768100 1 0.4718 0.6635 0.716 0.000 0.204 0.028 0.012 NA
#> GSM768101 4 0.5071 0.7185 0.112 0.084 0.032 0.736 0.000 NA
#> GSM768102 3 0.2624 0.7958 0.080 0.000 0.880 0.000 0.016 NA
#> GSM768103 2 0.1267 0.9231 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM768104 3 0.5673 -0.0647 0.436 0.000 0.472 0.028 0.008 NA
#> GSM768105 4 0.5502 0.5801 0.204 0.068 0.024 0.668 0.000 NA
#> GSM768106 1 0.4415 0.5837 0.660 0.000 0.300 0.000 0.016 NA
#> GSM768107 4 0.2092 0.8798 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 NA
#> GSM768108 5 0.5419 0.5372 0.296 0.000 0.004 0.000 0.568 NA
#> GSM768109 2 0.1204 0.9249 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM768110 1 0.3361 0.7220 0.844 0.000 0.048 0.000 0.064 NA
#> GSM768111 2 0.1910 0.8808 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 NA
#> GSM768112 1 0.4290 0.6715 0.776 0.000 0.048 0.000 0.076 NA
#> GSM768113 4 0.5528 0.5756 0.208 0.068 0.024 0.664 0.000 NA
#> GSM768114 3 0.1642 0.8189 0.028 0.000 0.936 0.000 0.004 NA
#> GSM768115 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768116 1 0.3275 0.6706 0.844 0.000 0.020 0.000 0.072 NA
#> GSM768117 2 0.1501 0.9127 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 NA
#> GSM768118 5 0.3390 0.6679 0.032 0.000 0.056 0.000 0.840 NA
#> GSM768119 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768120 3 0.3771 0.7031 0.148 0.000 0.796 0.012 0.008 NA
#> GSM768121 4 0.1765 0.8875 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 NA
#> GSM768122 1 0.3299 0.7284 0.848 0.000 0.052 0.000 0.060 NA
#> GSM768123 2 0.1610 0.9056 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 NA
#> GSM768124 3 0.5140 0.0968 0.404 0.000 0.536 0.012 0.008 NA
#> GSM768125 4 0.2092 0.8798 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 NA
#> GSM768126 3 0.1552 0.8219 0.036 0.000 0.940 0.000 0.004 NA
#> GSM768127 4 0.1327 0.8842 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768128 3 0.1321 0.8202 0.024 0.000 0.952 0.000 0.004 NA
#> GSM768129 2 0.1204 0.9254 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM768130 3 0.1924 0.8134 0.048 0.000 0.920 0.000 0.004 NA
#> GSM768131 5 0.7729 0.4494 0.204 0.144 0.000 0.012 0.336 NA
#> GSM768132 5 0.3452 0.6768 0.176 0.000 0.008 0.000 0.792 NA
#> GSM768133 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768134 3 0.3184 0.7616 0.120 0.000 0.836 0.000 0.016 NA
#> GSM768135 3 0.3184 0.7616 0.120 0.000 0.836 0.000 0.016 NA
#> GSM768136 1 0.5022 0.3979 0.556 0.000 0.392 0.012 0.012 NA
#> GSM768137 2 0.1327 0.9210 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 NA
#> GSM768138 3 0.1457 0.8203 0.028 0.000 0.948 0.004 0.004 NA
#> GSM768139 4 0.1327 0.8842 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768140 5 0.2450 0.6952 0.116 0.000 0.016 0.000 0.868 NA
#> GSM768141 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768142 5 0.3053 0.6922 0.144 0.000 0.024 0.000 0.828 NA
#> GSM768143 2 0.1444 0.9155 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 NA
#> GSM768144 3 0.3771 0.7031 0.148 0.000 0.796 0.012 0.008 NA
#> GSM768145 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768002 3 0.1509 0.8215 0.008 0.000 0.948 0.012 0.008 NA
#> GSM768061 3 0.1642 0.8189 0.028 0.000 0.936 0.000 0.004 NA
#> GSM768043 1 0.1972 0.7466 0.916 0.000 0.056 0.000 0.024 NA
#> GSM767986 3 0.2986 0.7775 0.012 0.000 0.868 0.012 0.076 NA
#> GSM767999 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM767988 4 0.1204 0.8785 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 NA
#> GSM768058 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM767987 4 0.1387 0.8858 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:hclust 168 1.000 2.10e-33 0.99998 1.000 2
#> SD:hclust 155 1.000 7.11e-32 0.71081 0.996 3
#> SD:hclust 133 0.999 4.60e-26 0.00984 0.952 4
#> SD:hclust 148 0.977 1.61e-28 0.03970 0.826 5
#> SD:hclust 150 0.976 5.88e-29 0.01982 0.893 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.5032 0.497 0.497
#> 3 3 0.676 0.593 0.750 0.2531 0.893 0.786
#> 4 4 0.725 0.833 0.802 0.1439 0.789 0.503
#> 5 5 0.675 0.807 0.825 0.0744 0.941 0.773
#> 6 6 0.764 0.781 0.816 0.0453 0.997 0.984
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768009 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.9087 0.521 0.676 0.324
#> GSM768069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768132 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.705 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM767978 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM767979 2 0.6026 0.246 0.376 0.624 0.000
#> GSM767980 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM767981 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 1 0.2959 0.616 0.900 0.000 0.100
#> GSM767983 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.3619 0.579 0.864 0.000 0.136
#> GSM767985 2 0.0237 0.781 0.000 0.996 0.004
#> GSM767989 1 0.1031 0.689 0.976 0.000 0.024
#> GSM767990 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM767991 1 0.3116 0.610 0.892 0.000 0.108
#> GSM767992 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM767993 1 0.3192 0.614 0.888 0.000 0.112
#> GSM767994 2 0.1753 0.782 0.000 0.952 0.048
#> GSM767995 3 0.6302 0.787 0.480 0.000 0.520
#> GSM767996 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM767997 1 0.3941 0.551 0.844 0.000 0.156
#> GSM767998 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768000 1 0.6260 -0.659 0.552 0.000 0.448
#> GSM768001 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768003 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768004 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768005 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768006 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768007 1 0.6308 -0.776 0.508 0.000 0.492
#> GSM768008 2 0.0592 0.771 0.012 0.988 0.000
#> GSM768009 1 0.6168 -0.557 0.588 0.000 0.412
#> GSM768010 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.6168 -0.557 0.588 0.000 0.412
#> GSM768012 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768013 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768014 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768018 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768019 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768020 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768022 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768023 1 0.6307 -0.742 0.512 0.000 0.488
#> GSM768024 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768015 3 0.6252 0.802 0.444 0.000 0.556
#> GSM768016 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768025 1 0.6235 -0.597 0.564 0.000 0.436
#> GSM768026 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768028 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768029 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768030 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768031 1 0.6308 -0.776 0.508 0.000 0.492
#> GSM768032 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768033 1 0.3267 0.557 0.884 0.000 0.116
#> GSM768034 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768036 2 0.4121 0.786 0.000 0.832 0.168
#> GSM768037 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768038 3 0.1411 0.160 0.000 0.036 0.964
#> GSM768039 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768040 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768042 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768045 2 0.5835 0.792 0.000 0.660 0.340
#> GSM768046 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768047 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768048 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768049 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.705 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768053 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768055 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768057 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768060 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768062 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768063 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 1 0.3752 0.579 0.856 0.000 0.144
#> GSM768065 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 1 0.3192 0.614 0.888 0.000 0.112
#> GSM768067 2 0.5785 0.791 0.000 0.668 0.332
#> GSM768068 1 0.9574 -0.248 0.480 0.244 0.276
#> GSM768069 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768070 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768071 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768072 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768073 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768076 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768077 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768078 1 0.6274 -0.657 0.544 0.000 0.456
#> GSM768079 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768080 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768081 2 0.3619 0.655 0.136 0.864 0.000
#> GSM768082 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768084 1 0.6244 -0.608 0.560 0.000 0.440
#> GSM768085 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768087 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768089 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.705 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768092 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768093 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768094 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768095 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768096 1 0.0000 0.705 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768098 1 0.5835 -0.281 0.660 0.000 0.340
#> GSM768099 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768100 1 0.6260 -0.659 0.552 0.000 0.448
#> GSM768101 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768103 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768104 1 0.6267 -0.661 0.548 0.000 0.452
#> GSM768105 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.6267 -0.652 0.548 0.000 0.452
#> GSM768107 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768109 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768110 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768111 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768112 1 0.6308 -0.776 0.508 0.000 0.492
#> GSM768113 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768115 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 3 0.6309 0.772 0.496 0.000 0.504
#> GSM768117 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768118 1 0.4062 0.538 0.836 0.000 0.164
#> GSM768119 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768120 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768121 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.6295 -0.728 0.528 0.000 0.472
#> GSM768123 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768124 1 0.6302 -0.740 0.520 0.000 0.480
#> GSM768125 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.705 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768129 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768130 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768131 3 0.3551 0.328 0.132 0.000 0.868
#> GSM768132 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768133 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768134 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768135 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768136 1 0.5905 -0.300 0.648 0.000 0.352
#> GSM768137 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768138 1 0.0592 0.702 0.988 0.000 0.012
#> GSM768139 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768141 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768142 3 0.6267 0.815 0.452 0.000 0.548
#> GSM768143 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768144 1 0.0424 0.703 0.992 0.000 0.008
#> GSM768145 2 0.6244 0.795 0.000 0.560 0.440
#> GSM768002 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768061 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM768043 1 0.6305 -0.736 0.516 0.000 0.484
#> GSM767986 1 0.0237 0.704 0.996 0.000 0.004
#> GSM767999 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.781 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0188 0.881 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767977 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM767978 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.4957 0.464 0.016 0.000 0.300 0.684
#> GSM767980 3 0.1677 0.871 0.040 0.012 0.948 0.000
#> GSM767981 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM767982 3 0.5998 0.618 0.092 0.240 0.668 0.000
#> GSM767983 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM767984 3 0.6953 0.447 0.128 0.336 0.536 0.000
#> GSM767985 4 0.0779 0.917 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM767989 3 0.1042 0.872 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM767990 2 0.5040 0.956 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM767991 3 0.6653 0.495 0.104 0.328 0.568 0.000
#> GSM767992 2 0.5284 0.945 0.016 0.616 0.000 0.368
#> GSM767993 3 0.7016 0.511 0.140 0.320 0.540 0.000
#> GSM767994 4 0.1798 0.868 0.016 0.040 0.000 0.944
#> GSM767995 1 0.2342 0.842 0.912 0.008 0.080 0.000
#> GSM767996 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM767997 3 0.7181 0.401 0.152 0.336 0.512 0.000
#> GSM767998 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768000 1 0.3539 0.827 0.820 0.004 0.176 0.000
#> GSM768001 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768003 3 0.1059 0.879 0.016 0.012 0.972 0.000
#> GSM768004 2 0.5269 0.953 0.016 0.620 0.000 0.364
#> GSM768005 3 0.2521 0.858 0.064 0.024 0.912 0.000
#> GSM768006 2 0.5269 0.951 0.016 0.620 0.000 0.364
#> GSM768007 1 0.3257 0.839 0.844 0.004 0.152 0.000
#> GSM768008 4 0.4955 0.574 0.244 0.004 0.024 0.728
#> GSM768009 1 0.3975 0.788 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM768010 4 0.0336 0.922 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768011 1 0.4008 0.788 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM768012 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768013 3 0.2142 0.864 0.056 0.016 0.928 0.000
#> GSM768014 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768017 1 0.2216 0.843 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM768018 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768019 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768020 4 0.0592 0.920 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768021 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768022 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768023 1 0.2675 0.841 0.892 0.008 0.100 0.000
#> GSM768024 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768015 1 0.5678 0.678 0.640 0.316 0.044 0.000
#> GSM768016 2 0.5159 0.956 0.012 0.624 0.000 0.364
#> GSM768025 1 0.3790 0.804 0.820 0.016 0.164 0.000
#> GSM768026 4 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.2216 0.843 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM768028 2 0.4730 0.958 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768029 1 0.2401 0.843 0.904 0.004 0.092 0.000
#> GSM768030 2 0.4905 0.957 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768031 1 0.3257 0.839 0.844 0.004 0.152 0.000
#> GSM768032 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768033 3 0.4585 0.346 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM768034 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768035 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768036 4 0.4323 0.491 0.020 0.204 0.000 0.776
#> GSM768037 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768038 2 0.5508 -0.567 0.476 0.508 0.000 0.016
#> GSM768039 3 0.0921 0.872 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768040 4 0.0336 0.922 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768041 1 0.2401 0.843 0.904 0.004 0.092 0.000
#> GSM768042 4 0.0657 0.920 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM768044 1 0.2611 0.842 0.896 0.008 0.096 0.000
#> GSM768045 2 0.5606 0.723 0.020 0.500 0.000 0.480
#> GSM768046 1 0.3312 0.821 0.876 0.052 0.072 0.000
#> GSM768047 2 0.5159 0.953 0.012 0.624 0.000 0.364
#> GSM768048 3 0.1637 0.870 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768049 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768050 3 0.0188 0.882 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768051 4 0.0188 0.923 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768052 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0592 0.919 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768054 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768056 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0469 0.921 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768059 3 0.2335 0.861 0.060 0.020 0.920 0.000
#> GSM768060 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768062 1 0.2741 0.841 0.892 0.012 0.096 0.000
#> GSM768063 4 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768064 3 0.7120 0.487 0.148 0.328 0.524 0.000
#> GSM768065 4 0.0592 0.920 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768066 3 0.7016 0.511 0.140 0.320 0.540 0.000
#> GSM768067 4 0.5399 -0.645 0.012 0.468 0.000 0.520
#> GSM768068 1 0.6376 0.641 0.680 0.012 0.120 0.188
#> GSM768069 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768070 3 0.2413 0.860 0.064 0.020 0.916 0.000
#> GSM768071 2 0.5040 0.955 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM768072 3 0.2222 0.862 0.060 0.016 0.924 0.000
#> GSM768073 4 0.0336 0.923 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768074 4 0.0336 0.923 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768075 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768076 3 0.1211 0.865 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768077 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768078 1 0.3335 0.827 0.856 0.016 0.128 0.000
#> GSM768079 2 0.4905 0.957 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768080 3 0.2335 0.861 0.060 0.020 0.920 0.000
#> GSM768081 4 0.4429 0.599 0.012 0.004 0.220 0.764
#> GSM768082 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.4730 0.958 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768084 1 0.3991 0.800 0.808 0.020 0.172 0.000
#> GSM768085 4 0.0336 0.922 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768086 1 0.2216 0.843 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM768087 4 0.1059 0.909 0.012 0.016 0.000 0.972
#> GSM768088 3 0.2489 0.858 0.068 0.020 0.912 0.000
#> GSM768089 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768090 3 0.0188 0.881 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768091 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768092 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768093 2 0.5269 0.951 0.016 0.620 0.000 0.364
#> GSM768094 3 0.0921 0.872 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768095 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768096 3 0.0188 0.881 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.4804 0.589 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM768099 2 0.5040 0.956 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM768100 1 0.3751 0.819 0.800 0.004 0.196 0.000
#> GSM768101 4 0.1004 0.913 0.024 0.004 0.000 0.972
#> GSM768102 3 0.2256 0.863 0.056 0.020 0.924 0.000
#> GSM768103 2 0.4905 0.957 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768104 1 0.3668 0.821 0.808 0.004 0.188 0.000
#> GSM768105 4 0.1004 0.913 0.024 0.004 0.000 0.972
#> GSM768106 1 0.3751 0.813 0.800 0.004 0.196 0.000
#> GSM768107 4 0.0524 0.921 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM768108 1 0.5693 0.734 0.688 0.240 0.072 0.000
#> GSM768109 2 0.5269 0.951 0.016 0.620 0.000 0.364
#> GSM768110 1 0.3301 0.825 0.876 0.048 0.076 0.000
#> GSM768111 2 0.5040 0.956 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM768112 1 0.3401 0.839 0.840 0.008 0.152 0.000
#> GSM768113 4 0.1151 0.910 0.024 0.008 0.000 0.968
#> GSM768114 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0469 0.921 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768116 1 0.2546 0.843 0.900 0.008 0.092 0.000
#> GSM768117 2 0.5040 0.956 0.008 0.628 0.000 0.364
#> GSM768118 3 0.7072 0.425 0.140 0.336 0.524 0.000
#> GSM768119 2 0.5159 0.954 0.012 0.624 0.000 0.364
#> GSM768120 3 0.1398 0.865 0.040 0.004 0.956 0.000
#> GSM768121 4 0.0469 0.922 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768122 1 0.3024 0.839 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768123 2 0.4730 0.958 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768124 1 0.3172 0.837 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM768125 4 0.0657 0.920 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM768126 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0188 0.923 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768128 3 0.0779 0.879 0.016 0.004 0.980 0.000
#> GSM768129 2 0.4730 0.958 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768130 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2908 0.812 0.896 0.064 0.040 0.000
#> GSM768132 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768133 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768134 3 0.1284 0.877 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM768135 3 0.1284 0.877 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM768136 1 0.4220 0.745 0.748 0.004 0.248 0.000
#> GSM768137 2 0.4905 0.957 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768138 3 0.2101 0.864 0.060 0.012 0.928 0.000
#> GSM768139 4 0.0188 0.923 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768140 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768141 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768142 1 0.6249 0.674 0.592 0.336 0.072 0.000
#> GSM768143 2 0.4730 0.958 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768144 3 0.0817 0.873 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM768145 2 0.4905 0.959 0.004 0.632 0.000 0.364
#> GSM768002 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.3166 0.832 0.868 0.016 0.116 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0336 0.922 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM767988 4 0.0188 0.923 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768058 4 0.0188 0.923 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM767987 4 0.0469 0.921 0.012 0.000 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.1329 0.904 0.008 0.000 0.956 0.032 0.004
#> GSM767977 2 0.2179 0.902 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> GSM767978 3 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM767979 4 0.4567 0.789 0.012 0.028 0.088 0.800 0.072
#> GSM767980 3 0.2766 0.877 0.040 0.000 0.892 0.056 0.012
#> GSM767981 4 0.3759 0.903 0.012 0.148 0.000 0.812 0.028
#> GSM767982 3 0.5595 0.507 0.048 0.000 0.680 0.056 0.216
#> GSM767983 4 0.2818 0.909 0.012 0.132 0.000 0.856 0.000
#> GSM767984 5 0.5689 0.565 0.072 0.000 0.320 0.012 0.596
#> GSM767985 4 0.3984 0.898 0.016 0.152 0.000 0.800 0.032
#> GSM767989 3 0.1012 0.898 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM767990 2 0.0794 0.900 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM767991 5 0.5961 0.428 0.052 0.000 0.396 0.028 0.524
#> GSM767992 2 0.2625 0.870 0.016 0.900 0.000 0.028 0.056
#> GSM767993 5 0.7037 0.365 0.100 0.000 0.384 0.064 0.452
#> GSM767994 4 0.4014 0.866 0.016 0.192 0.000 0.776 0.016
#> GSM767995 1 0.2053 0.828 0.928 0.000 0.040 0.016 0.016
#> GSM767996 2 0.1732 0.904 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM767997 5 0.6006 0.618 0.116 0.000 0.276 0.012 0.596
#> GSM767998 2 0.1544 0.906 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM768000 1 0.3587 0.816 0.824 0.000 0.140 0.012 0.024
#> GSM768001 2 0.2011 0.902 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> GSM768003 3 0.2060 0.893 0.016 0.000 0.924 0.052 0.008
#> GSM768004 2 0.2886 0.886 0.008 0.844 0.000 0.000 0.148
#> GSM768005 3 0.3794 0.832 0.072 0.000 0.832 0.080 0.016
#> GSM768006 2 0.2574 0.865 0.012 0.876 0.000 0.000 0.112
#> GSM768007 1 0.2411 0.826 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> GSM768008 4 0.7046 0.586 0.156 0.036 0.008 0.536 0.264
#> GSM768009 1 0.3777 0.779 0.784 0.000 0.192 0.020 0.004
#> GSM768010 4 0.3297 0.909 0.008 0.132 0.000 0.840 0.020
#> GSM768011 1 0.3777 0.779 0.784 0.000 0.192 0.020 0.004
#> GSM768012 2 0.2068 0.902 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768013 3 0.3689 0.838 0.068 0.000 0.836 0.084 0.012
#> GSM768014 4 0.3857 0.909 0.008 0.132 0.000 0.812 0.048
#> GSM768017 1 0.1443 0.832 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> GSM768018 2 0.2124 0.902 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM768019 5 0.5178 0.604 0.372 0.000 0.028 0.012 0.588
#> GSM768020 4 0.4955 0.871 0.012 0.164 0.000 0.732 0.092
#> GSM768021 5 0.4961 0.608 0.372 0.000 0.028 0.004 0.596
#> GSM768022 2 0.2233 0.901 0.004 0.892 0.000 0.000 0.104
#> GSM768023 1 0.2104 0.831 0.924 0.000 0.044 0.008 0.024
#> GSM768024 2 0.1732 0.904 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM768015 5 0.5304 0.544 0.420 0.000 0.020 0.020 0.540
#> GSM768016 2 0.2513 0.899 0.008 0.876 0.000 0.000 0.116
#> GSM768025 1 0.3680 0.792 0.840 0.000 0.088 0.052 0.020
#> GSM768026 4 0.4303 0.905 0.008 0.132 0.000 0.784 0.076
#> GSM768027 1 0.1197 0.833 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0703 0.902 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM768029 1 0.1408 0.830 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> GSM768030 2 0.1043 0.898 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM768031 1 0.2522 0.826 0.880 0.000 0.108 0.012 0.000
#> GSM768032 2 0.2068 0.902 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768033 3 0.5073 0.312 0.336 0.000 0.624 0.024 0.016
#> GSM768034 4 0.4059 0.907 0.008 0.132 0.000 0.800 0.060
#> GSM768035 5 0.5178 0.604 0.372 0.000 0.028 0.012 0.588
#> GSM768036 2 0.6978 -0.352 0.020 0.404 0.000 0.392 0.184
#> GSM768037 5 0.5270 0.602 0.372 0.000 0.028 0.016 0.584
#> GSM768038 5 0.6136 0.426 0.208 0.152 0.000 0.020 0.620
#> GSM768039 3 0.1461 0.897 0.016 0.000 0.952 0.028 0.004
#> GSM768040 4 0.3712 0.908 0.008 0.132 0.000 0.820 0.040
#> GSM768041 1 0.1408 0.830 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> GSM768042 4 0.5644 0.818 0.012 0.208 0.000 0.660 0.120
#> GSM768044 1 0.2026 0.830 0.928 0.000 0.044 0.012 0.016
#> GSM768045 2 0.5579 0.624 0.016 0.672 0.000 0.108 0.204
#> GSM768046 1 0.3639 0.708 0.828 0.000 0.028 0.016 0.128
#> GSM768047 2 0.3496 0.861 0.012 0.788 0.000 0.000 0.200
#> GSM768048 3 0.1356 0.907 0.028 0.000 0.956 0.012 0.004
#> GSM768049 4 0.3646 0.907 0.008 0.140 0.000 0.820 0.032
#> GSM768050 3 0.0510 0.911 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM768051 4 0.3264 0.909 0.004 0.132 0.000 0.840 0.024
#> GSM768052 3 0.0404 0.911 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM768053 4 0.5767 0.843 0.012 0.132 0.000 0.648 0.208
#> GSM768054 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.2818 0.909 0.012 0.132 0.000 0.856 0.000
#> GSM768056 3 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768057 4 0.3926 0.905 0.008 0.132 0.000 0.808 0.052
#> GSM768059 3 0.3253 0.855 0.068 0.000 0.864 0.056 0.012
#> GSM768060 2 0.1671 0.904 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM768062 1 0.3165 0.825 0.876 0.000 0.048 0.032 0.044
#> GSM768063 4 0.3387 0.911 0.008 0.132 0.000 0.836 0.024
#> GSM768064 5 0.7016 0.499 0.112 0.000 0.316 0.064 0.508
#> GSM768065 4 0.3357 0.905 0.016 0.136 0.000 0.836 0.012
#> GSM768066 5 0.7037 0.365 0.100 0.000 0.384 0.064 0.452
#> GSM768067 2 0.5712 0.548 0.008 0.648 0.000 0.140 0.204
#> GSM768068 1 0.5770 0.555 0.664 0.000 0.064 0.048 0.224
#> GSM768069 2 0.1671 0.904 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM768070 3 0.3647 0.846 0.068 0.000 0.844 0.068 0.020
#> GSM768071 2 0.1195 0.898 0.012 0.960 0.000 0.000 0.028
#> GSM768072 3 0.3113 0.865 0.068 0.000 0.872 0.048 0.012
#> GSM768073 4 0.3498 0.910 0.012 0.132 0.000 0.832 0.024
#> GSM768074 4 0.3387 0.910 0.008 0.132 0.000 0.836 0.024
#> GSM768075 2 0.2011 0.902 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> GSM768076 3 0.3183 0.791 0.108 0.000 0.856 0.028 0.008
#> GSM768077 2 0.2011 0.902 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> GSM768078 1 0.3383 0.799 0.860 0.000 0.068 0.052 0.020
#> GSM768079 2 0.0404 0.904 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM768080 3 0.3287 0.860 0.068 0.000 0.864 0.052 0.016
#> GSM768081 4 0.4238 0.840 0.008 0.060 0.052 0.824 0.056
#> GSM768082 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0609 0.903 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768084 1 0.4014 0.775 0.816 0.000 0.108 0.056 0.020
#> GSM768085 4 0.2920 0.909 0.016 0.132 0.000 0.852 0.000
#> GSM768086 1 0.1282 0.831 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM768087 4 0.5637 0.792 0.012 0.248 0.000 0.644 0.096
#> GSM768088 3 0.3771 0.840 0.072 0.000 0.836 0.072 0.020
#> GSM768089 4 0.3210 0.909 0.012 0.132 0.000 0.844 0.012
#> GSM768090 3 0.0566 0.910 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM768091 2 0.2068 0.902 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768092 5 0.4812 0.609 0.372 0.000 0.028 0.000 0.600
#> GSM768093 2 0.2909 0.844 0.012 0.848 0.000 0.000 0.140
#> GSM768094 3 0.1372 0.896 0.016 0.000 0.956 0.024 0.004
#> GSM768095 2 0.1671 0.904 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM768096 3 0.0727 0.910 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM768097 3 0.0451 0.909 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM768098 1 0.4917 0.469 0.588 0.000 0.384 0.024 0.004
#> GSM768099 2 0.1121 0.897 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM768100 1 0.3626 0.812 0.816 0.000 0.152 0.012 0.020
#> GSM768101 4 0.6618 0.756 0.020 0.184 0.000 0.548 0.248
#> GSM768102 3 0.3551 0.844 0.068 0.000 0.848 0.068 0.016
#> GSM768103 2 0.0794 0.900 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM768104 1 0.3817 0.809 0.808 0.000 0.152 0.016 0.024
#> GSM768105 4 0.6738 0.723 0.016 0.208 0.000 0.516 0.260
#> GSM768106 1 0.2997 0.816 0.840 0.000 0.148 0.012 0.000
#> GSM768107 4 0.5740 0.828 0.008 0.188 0.000 0.648 0.156
#> GSM768108 1 0.5309 -0.257 0.520 0.000 0.028 0.012 0.440
#> GSM768109 2 0.2909 0.844 0.012 0.848 0.000 0.000 0.140
#> GSM768110 1 0.3525 0.780 0.852 0.000 0.040 0.028 0.080
#> GSM768111 2 0.2304 0.879 0.008 0.892 0.000 0.000 0.100
#> GSM768112 1 0.3166 0.825 0.860 0.000 0.104 0.016 0.020
#> GSM768113 4 0.7671 0.665 0.088 0.188 0.000 0.464 0.260
#> GSM768114 3 0.0290 0.911 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768115 4 0.3926 0.905 0.008 0.132 0.000 0.808 0.052
#> GSM768116 1 0.2047 0.827 0.928 0.000 0.040 0.012 0.020
#> GSM768117 2 0.2377 0.846 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM768118 5 0.5760 0.576 0.080 0.000 0.312 0.012 0.596
#> GSM768119 2 0.2462 0.866 0.008 0.880 0.000 0.000 0.112
#> GSM768120 3 0.3257 0.791 0.104 0.000 0.856 0.024 0.016
#> GSM768121 4 0.3666 0.907 0.012 0.132 0.000 0.824 0.032
#> GSM768122 1 0.2674 0.827 0.868 0.000 0.120 0.012 0.000
#> GSM768123 2 0.0955 0.903 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM768124 1 0.3174 0.821 0.844 0.000 0.132 0.020 0.004
#> GSM768125 4 0.5809 0.825 0.008 0.188 0.000 0.640 0.164
#> GSM768126 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.3264 0.909 0.004 0.132 0.000 0.840 0.024
#> GSM768128 3 0.0290 0.911 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0162 0.905 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768130 3 0.0290 0.911 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768131 1 0.4193 0.686 0.784 0.008 0.012 0.024 0.172
#> GSM768132 5 0.5178 0.604 0.372 0.000 0.028 0.012 0.588
#> GSM768133 2 0.2179 0.902 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> GSM768134 3 0.1710 0.903 0.016 0.000 0.940 0.040 0.004
#> GSM768135 3 0.1710 0.903 0.016 0.000 0.940 0.040 0.004
#> GSM768136 1 0.3974 0.713 0.752 0.000 0.228 0.016 0.004
#> GSM768137 2 0.1041 0.898 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM768138 3 0.3184 0.856 0.068 0.000 0.868 0.052 0.012
#> GSM768139 4 0.3264 0.909 0.004 0.132 0.000 0.840 0.024
#> GSM768140 5 0.4812 0.609 0.372 0.000 0.028 0.000 0.600
#> GSM768141 2 0.1608 0.905 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM768142 5 0.4812 0.609 0.372 0.000 0.028 0.000 0.600
#> GSM768143 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.1372 0.897 0.016 0.000 0.956 0.024 0.004
#> GSM768145 2 0.1671 0.904 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM768002 3 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768061 3 0.0290 0.911 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768043 1 0.3117 0.801 0.876 0.000 0.052 0.052 0.020
#> GSM767986 3 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM767999 4 0.3926 0.905 0.008 0.132 0.000 0.808 0.052
#> GSM767988 4 0.2976 0.910 0.004 0.132 0.000 0.852 0.012
#> GSM768058 4 0.3264 0.909 0.004 0.132 0.000 0.840 0.024
#> GSM767987 4 0.3786 0.907 0.008 0.132 0.000 0.816 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.2781 0.8272 0.024 0.000 0.860 0.008 0.000 NA
#> GSM767977 2 0.2703 0.8531 0.000 0.824 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM767978 3 0.0146 0.8582 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM767979 4 0.3718 0.8060 0.008 0.012 0.040 0.836 0.028 NA
#> GSM767980 3 0.2779 0.8228 0.016 0.000 0.856 0.004 0.004 NA
#> GSM767981 4 0.4039 0.8556 0.000 0.060 0.000 0.796 0.052 NA
#> GSM767982 3 0.6099 0.0101 0.012 0.000 0.484 0.016 0.368 NA
#> GSM767983 4 0.3360 0.8609 0.000 0.056 0.000 0.844 0.040 NA
#> GSM767984 5 0.4688 0.7451 0.024 0.000 0.140 0.012 0.744 NA
#> GSM767985 4 0.4086 0.8549 0.000 0.060 0.000 0.792 0.052 NA
#> GSM767989 3 0.0806 0.8547 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> GSM767990 2 0.1082 0.8459 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM767991 5 0.5291 0.6829 0.020 0.000 0.196 0.016 0.676 NA
#> GSM767992 2 0.3625 0.7594 0.000 0.804 0.000 0.012 0.052 NA
#> GSM767993 5 0.6796 0.5907 0.048 0.000 0.180 0.024 0.524 NA
#> GSM767994 4 0.4549 0.8340 0.000 0.096 0.000 0.756 0.052 NA
#> GSM767995 1 0.1078 0.8282 0.964 0.000 0.008 0.000 0.016 NA
#> GSM767996 2 0.2668 0.8524 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM767997 5 0.4613 0.7667 0.056 0.000 0.096 0.008 0.764 NA
#> GSM767998 2 0.2219 0.8570 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768000 1 0.1768 0.8276 0.932 0.000 0.040 0.004 0.004 NA
#> GSM768001 2 0.2454 0.8524 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768003 3 0.2144 0.8399 0.004 0.000 0.896 0.004 0.004 NA
#> GSM768004 2 0.3617 0.8297 0.000 0.736 0.000 0.000 0.020 NA
#> GSM768005 3 0.5492 0.6528 0.056 0.000 0.640 0.028 0.024 NA
#> GSM768006 2 0.2932 0.7958 0.000 0.820 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM768007 1 0.2190 0.8277 0.908 0.000 0.040 0.000 0.044 NA
#> GSM768008 4 0.6946 0.3801 0.184 0.012 0.000 0.400 0.048 NA
#> GSM768009 1 0.4462 0.7783 0.764 0.000 0.104 0.008 0.024 NA
#> GSM768010 4 0.3704 0.8595 0.000 0.056 0.000 0.820 0.044 NA
#> GSM768011 1 0.4397 0.7816 0.764 0.000 0.100 0.004 0.024 NA
#> GSM768012 2 0.2527 0.8523 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768013 3 0.4596 0.7208 0.048 0.000 0.712 0.016 0.008 NA
#> GSM768014 4 0.4373 0.8597 0.004 0.056 0.000 0.772 0.048 NA
#> GSM768017 1 0.2321 0.8317 0.900 0.000 0.008 0.000 0.040 NA
#> GSM768018 2 0.2703 0.8513 0.000 0.824 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768019 5 0.3002 0.7782 0.136 0.000 0.008 0.000 0.836 NA
#> GSM768020 4 0.5175 0.8144 0.000 0.116 0.000 0.696 0.052 NA
#> GSM768021 5 0.2825 0.7823 0.136 0.000 0.008 0.000 0.844 NA
#> GSM768022 2 0.2980 0.8493 0.000 0.808 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768023 1 0.1498 0.8305 0.948 0.000 0.012 0.004 0.012 NA
#> GSM768024 2 0.2527 0.8528 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768015 5 0.5083 0.7142 0.168 0.000 0.004 0.016 0.684 NA
#> GSM768016 2 0.3541 0.8328 0.000 0.748 0.000 0.000 0.020 NA
#> GSM768025 1 0.4757 0.7045 0.680 0.000 0.028 0.000 0.048 NA
#> GSM768026 4 0.3448 0.8627 0.000 0.056 0.000 0.832 0.024 NA
#> GSM768027 1 0.1585 0.8319 0.940 0.000 0.012 0.000 0.036 NA
#> GSM768028 2 0.0858 0.8486 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768029 1 0.1649 0.8275 0.936 0.000 0.008 0.000 0.040 NA
#> GSM768030 2 0.1219 0.8479 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768031 1 0.2287 0.8259 0.904 0.000 0.036 0.000 0.048 NA
#> GSM768032 2 0.2527 0.8531 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768033 3 0.5734 0.2649 0.332 0.000 0.536 0.008 0.008 NA
#> GSM768034 4 0.4454 0.8583 0.004 0.056 0.000 0.764 0.048 NA
#> GSM768035 5 0.3002 0.7782 0.136 0.000 0.008 0.000 0.836 NA
#> GSM768036 2 0.6801 -0.0982 0.000 0.424 0.000 0.276 0.052 NA
#> GSM768037 5 0.3376 0.7740 0.136 0.000 0.008 0.004 0.820 NA
#> GSM768038 5 0.6573 0.5125 0.080 0.152 0.000 0.008 0.556 NA
#> GSM768039 3 0.3113 0.8098 0.048 0.000 0.844 0.008 0.000 NA
#> GSM768040 4 0.4104 0.8557 0.000 0.056 0.000 0.788 0.048 NA
#> GSM768041 1 0.1649 0.8275 0.936 0.000 0.008 0.000 0.040 NA
#> GSM768042 4 0.6143 0.7256 0.000 0.200 0.000 0.576 0.056 NA
#> GSM768044 1 0.1829 0.8290 0.928 0.000 0.008 0.000 0.036 NA
#> GSM768045 2 0.5540 0.5309 0.000 0.592 0.000 0.116 0.020 NA
#> GSM768046 1 0.4120 0.5643 0.692 0.000 0.008 0.000 0.276 NA
#> GSM768047 2 0.3956 0.8060 0.000 0.684 0.000 0.000 0.024 NA
#> GSM768048 3 0.3155 0.8247 0.068 0.000 0.840 0.004 0.000 NA
#> GSM768049 4 0.3990 0.8567 0.000 0.060 0.000 0.800 0.052 NA
#> GSM768050 3 0.0632 0.8587 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> GSM768051 4 0.1493 0.8627 0.000 0.056 0.000 0.936 0.004 NA
#> GSM768052 3 0.0260 0.8586 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM768053 4 0.5293 0.7772 0.008 0.056 0.000 0.668 0.048 NA
#> GSM768054 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768055 4 0.2815 0.8623 0.000 0.056 0.000 0.876 0.024 NA
#> GSM768056 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768057 4 0.2628 0.8553 0.004 0.056 0.000 0.888 0.012 NA
#> GSM768059 3 0.3350 0.8047 0.048 0.000 0.828 0.000 0.012 NA
#> GSM768060 2 0.2416 0.8533 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768062 1 0.4100 0.7579 0.756 0.000 0.008 0.020 0.024 NA
#> GSM768063 4 0.1606 0.8637 0.000 0.056 0.000 0.932 0.008 NA
#> GSM768064 5 0.6491 0.6503 0.048 0.000 0.136 0.024 0.568 NA
#> GSM768065 4 0.2862 0.8624 0.000 0.056 0.000 0.872 0.020 NA
#> GSM768066 5 0.6796 0.5907 0.048 0.000 0.180 0.024 0.524 NA
#> GSM768067 2 0.5548 0.4844 0.004 0.592 0.000 0.120 0.012 NA
#> GSM768068 1 0.4535 0.6944 0.700 0.000 0.008 0.012 0.040 NA
#> GSM768069 2 0.2416 0.8533 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768070 3 0.4545 0.7621 0.056 0.000 0.700 0.000 0.016 NA
#> GSM768071 2 0.1370 0.8444 0.000 0.948 0.000 0.004 0.012 NA
#> GSM768072 3 0.4084 0.7929 0.056 0.000 0.756 0.000 0.012 NA
#> GSM768073 4 0.1462 0.8631 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008 NA
#> GSM768074 4 0.1462 0.8631 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008 NA
#> GSM768075 2 0.2454 0.8524 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768076 3 0.4372 0.7207 0.140 0.000 0.748 0.008 0.004 NA
#> GSM768077 2 0.2454 0.8524 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768078 1 0.4684 0.7060 0.684 0.000 0.024 0.000 0.048 NA
#> GSM768079 2 0.0405 0.8530 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768080 3 0.3958 0.7982 0.052 0.000 0.768 0.000 0.012 NA
#> GSM768081 4 0.2985 0.8144 0.004 0.012 0.020 0.876 0.024 NA
#> GSM768082 3 0.0146 0.8586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM768083 2 0.0547 0.8506 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768084 1 0.5235 0.6731 0.644 0.000 0.056 0.000 0.048 NA
#> GSM768085 4 0.2414 0.8626 0.000 0.056 0.000 0.896 0.012 NA
#> GSM768086 1 0.2051 0.8329 0.916 0.000 0.008 0.000 0.040 NA
#> GSM768087 4 0.6141 0.7003 0.000 0.236 0.000 0.564 0.052 NA
#> GSM768088 3 0.4937 0.7192 0.064 0.000 0.652 0.000 0.020 NA
#> GSM768089 4 0.3669 0.8590 0.000 0.056 0.000 0.824 0.052 NA
#> GSM768090 3 0.1707 0.8524 0.012 0.000 0.928 0.000 0.004 NA
#> GSM768091 2 0.2527 0.8523 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768092 5 0.3002 0.7820 0.136 0.000 0.008 0.000 0.836 NA
#> GSM768093 2 0.3377 0.7761 0.000 0.784 0.000 0.000 0.028 NA
#> GSM768094 3 0.3176 0.8071 0.052 0.000 0.840 0.008 0.000 NA
#> GSM768095 2 0.2416 0.8533 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768096 3 0.1312 0.8566 0.012 0.000 0.956 0.004 0.008 NA
#> GSM768097 3 0.0551 0.8580 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> GSM768098 1 0.5848 0.4112 0.520 0.000 0.352 0.008 0.016 NA
#> GSM768099 2 0.1219 0.8456 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768100 1 0.2094 0.8281 0.912 0.000 0.060 0.004 0.004 NA
#> GSM768101 4 0.6819 0.6365 0.032 0.136 0.000 0.504 0.044 NA
#> GSM768102 3 0.4367 0.7566 0.044 0.000 0.748 0.012 0.016 NA
#> GSM768103 2 0.0858 0.8485 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768104 1 0.2308 0.8272 0.904 0.000 0.056 0.008 0.004 NA
#> GSM768105 4 0.6912 0.6110 0.032 0.156 0.000 0.484 0.040 NA
#> GSM768106 1 0.3327 0.8230 0.844 0.000 0.076 0.000 0.036 NA
#> GSM768107 4 0.5934 0.7369 0.004 0.176 0.000 0.596 0.032 NA
#> GSM768108 5 0.4529 0.3512 0.388 0.000 0.008 0.000 0.580 NA
#> GSM768109 2 0.3345 0.7790 0.000 0.788 0.000 0.000 0.028 NA
#> GSM768110 1 0.2741 0.7749 0.868 0.000 0.008 0.000 0.092 NA
#> GSM768111 2 0.2402 0.8157 0.000 0.868 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768112 1 0.2405 0.8206 0.904 0.000 0.036 0.004 0.020 NA
#> GSM768113 4 0.7264 0.5873 0.068 0.140 0.000 0.464 0.040 NA
#> GSM768114 3 0.0363 0.8586 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> GSM768115 4 0.2826 0.8523 0.004 0.056 0.000 0.876 0.012 NA
#> GSM768116 1 0.1312 0.8277 0.956 0.000 0.008 0.004 0.012 NA
#> GSM768117 2 0.2706 0.7892 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008 NA
#> GSM768118 5 0.4623 0.7531 0.032 0.000 0.128 0.008 0.752 NA
#> GSM768119 2 0.3202 0.7845 0.000 0.800 0.000 0.000 0.024 NA
#> GSM768120 3 0.5058 0.6552 0.172 0.000 0.688 0.008 0.012 NA
#> GSM768121 4 0.3882 0.8571 0.000 0.056 0.000 0.808 0.052 NA
#> GSM768122 1 0.2602 0.8294 0.892 0.000 0.052 0.004 0.032 NA
#> GSM768123 2 0.0713 0.8506 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768124 1 0.4200 0.7971 0.788 0.000 0.076 0.008 0.028 NA
#> GSM768125 4 0.5909 0.7300 0.004 0.168 0.000 0.592 0.028 NA
#> GSM768126 3 0.0146 0.8586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM768127 4 0.1462 0.8631 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008 NA
#> GSM768128 3 0.0508 0.8600 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> GSM768129 2 0.0291 0.8538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768130 3 0.0508 0.8585 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 NA
#> GSM768131 1 0.5215 0.5173 0.640 0.000 0.000 0.008 0.160 NA
#> GSM768132 5 0.3002 0.7782 0.136 0.000 0.008 0.000 0.836 NA
#> GSM768133 2 0.3071 0.8496 0.000 0.804 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM768134 3 0.3214 0.8298 0.016 0.000 0.812 0.004 0.004 NA
#> GSM768135 3 0.3087 0.8329 0.012 0.000 0.820 0.004 0.004 NA
#> GSM768136 1 0.4555 0.7578 0.748 0.000 0.124 0.008 0.016 NA
#> GSM768137 2 0.1010 0.8466 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768138 3 0.2937 0.8156 0.044 0.000 0.852 0.000 0.004 NA
#> GSM768139 4 0.1707 0.8622 0.000 0.056 0.000 0.928 0.004 NA
#> GSM768140 5 0.2473 0.7823 0.136 0.000 0.008 0.000 0.856 NA
#> GSM768141 2 0.2454 0.8534 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768142 5 0.2473 0.7823 0.136 0.000 0.008 0.000 0.856 NA
#> GSM768143 2 0.0000 0.8537 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768144 3 0.3113 0.8109 0.048 0.000 0.844 0.008 0.000 NA
#> GSM768145 2 0.2416 0.8533 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768002 3 0.0260 0.8585 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> GSM768061 3 0.0260 0.8586 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM768043 1 0.4526 0.7092 0.692 0.000 0.016 0.000 0.048 NA
#> GSM767986 3 0.0260 0.8585 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> GSM767999 4 0.2628 0.8562 0.004 0.056 0.000 0.888 0.012 NA
#> GSM767988 4 0.2103 0.8644 0.000 0.056 0.000 0.912 0.012 NA
#> GSM768058 4 0.1462 0.8624 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008 NA
#> GSM767987 4 0.2762 0.8556 0.004 0.056 0.000 0.880 0.012 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:kmeans 170 1.000 1.24e-34 0.99995 1.000 2
#> SD:kmeans 148 1.000 2.58e-30 0.66503 0.980 3
#> SD:kmeans 160 0.998 3.85e-31 0.85104 0.990 4
#> SD:kmeans 161 0.981 1.75e-30 0.02309 0.835 5
#> SD:kmeans 163 0.964 4.11e-30 0.00526 0.925 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.5033 0.497 0.497
#> 3 3 0.935 0.940 0.963 0.2693 0.843 0.691
#> 4 4 0.908 0.924 0.954 0.1749 0.874 0.657
#> 5 5 0.852 0.875 0.924 0.0509 0.942 0.777
#> 6 6 0.852 0.768 0.864 0.0299 0.994 0.973
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.925 0.485 0.660 0.340
#> GSM768069 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.163 0.972 0.976 0.024
#> GSM768132 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.5551 0.667 0.016 0.224 0.760
#> GSM767980 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM767981 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM767982 3 0.2711 0.876 0.088 0.000 0.912
#> GSM767983 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM767984 3 0.4178 0.797 0.172 0.000 0.828
#> GSM767985 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM767989 3 0.0424 0.930 0.008 0.000 0.992
#> GSM767990 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4178 0.797 0.172 0.000 0.828
#> GSM767992 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.4452 0.794 0.192 0.000 0.808
#> GSM767994 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM767995 1 0.0747 0.941 0.984 0.000 0.016
#> GSM767996 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.4452 0.775 0.192 0.000 0.808
#> GSM767998 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.1643 0.944 0.956 0.000 0.044
#> GSM768001 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> GSM768004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.1163 0.927 0.028 0.000 0.972
#> GSM768006 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.1643 0.944 0.956 0.000 0.044
#> GSM768008 2 0.1774 0.971 0.016 0.960 0.024
#> GSM768009 1 0.5650 0.660 0.688 0.000 0.312
#> GSM768010 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768011 1 0.5650 0.660 0.688 0.000 0.312
#> GSM768012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768014 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768017 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768018 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768020 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM768021 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768022 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768024 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0747 0.941 0.984 0.000 0.016
#> GSM768016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3038 0.891 0.896 0.000 0.104
#> GSM768026 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768027 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768030 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.1643 0.944 0.956 0.000 0.044
#> GSM768032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768034 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768035 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768036 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768038 1 0.3686 0.803 0.860 0.140 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768041 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768042 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM768044 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768049 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768055 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768059 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0747 0.941 0.984 0.000 0.016
#> GSM768063 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768064 3 0.4887 0.752 0.228 0.000 0.772
#> GSM768065 2 0.0592 0.993 0.012 0.988 0.000
#> GSM768066 3 0.4452 0.794 0.192 0.000 0.808
#> GSM768067 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 1 0.4968 0.804 0.800 0.012 0.188
#> GSM768069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768073 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768074 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1163 0.942 0.972 0.000 0.028
#> GSM768079 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768081 3 0.6587 0.451 0.016 0.352 0.632
#> GSM768082 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4399 0.810 0.812 0.000 0.188
#> GSM768085 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768086 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768087 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM768088 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768089 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 3 0.4062 0.762 0.164 0.000 0.836
#> GSM768099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.4605 0.813 0.796 0.000 0.204
#> GSM768101 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768102 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768103 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.4235 0.843 0.824 0.000 0.176
#> GSM768105 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM768106 1 0.4504 0.809 0.804 0.000 0.196
#> GSM768107 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768108 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.1643 0.944 0.956 0.000 0.044
#> GSM768113 2 0.0424 0.993 0.008 0.992 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768116 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM768117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 3 0.4931 0.722 0.232 0.000 0.768
#> GSM768119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768121 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768122 1 0.1643 0.944 0.956 0.000 0.044
#> GSM768123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.1860 0.942 0.948 0.000 0.052
#> GSM768125 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768127 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768128 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> GSM768129 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.1636 0.933 0.964 0.016 0.020
#> GSM768132 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> GSM768135 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> GSM768136 3 0.5988 0.369 0.368 0.000 0.632
#> GSM768137 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0892 0.929 0.020 0.000 0.980
#> GSM768139 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768140 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768141 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.1411 0.944 0.964 0.000 0.036
#> GSM768143 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0424 0.930 0.008 0.000 0.992
#> GSM768145 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM767986 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM767988 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM768058 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
#> GSM767987 2 0.0747 0.992 0.016 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767980 3 0.1792 0.922 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM767981 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767982 3 0.2216 0.883 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM767983 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767984 3 0.2944 0.847 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM767985 4 0.3219 0.825 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM767989 3 0.0336 0.935 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.2944 0.847 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM767992 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767993 3 0.3610 0.834 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM767994 4 0.3610 0.778 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM767995 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.2944 0.847 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM767998 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.1792 0.933 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1474 0.928 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2149 0.916 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.2125 0.932 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM768008 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768009 1 0.4406 0.710 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM768010 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768011 1 0.3907 0.806 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768014 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768017 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768020 4 0.3610 0.778 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM768021 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0817 0.921 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768026 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768027 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2125 0.932 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768035 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768038 2 0.2944 0.837 0.128 0.868 0.000 0.004
#> GSM768039 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768041 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768042 4 0.3123 0.835 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM768044 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768047 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.1792 0.922 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM768049 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768050 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768052 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768054 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768056 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768059 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768063 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768064 3 0.3610 0.834 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768065 4 0.1474 0.935 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM768066 3 0.3610 0.834 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768067 2 0.1389 0.931 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM768068 1 0.5624 0.710 0.724 0.148 0.128 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768073 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768074 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768075 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768081 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768082 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.2760 0.845 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM768085 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768086 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768087 4 0.2973 0.848 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM768088 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768089 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768090 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768093 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 3 0.2081 0.875 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3610 0.840 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM768101 2 0.4999 0.049 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM768102 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3311 0.869 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM768105 2 0.3569 0.757 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM768106 1 0.2973 0.846 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM768107 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768108 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.2125 0.932 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM768113 2 0.3569 0.757 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM768114 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768116 1 0.0336 0.925 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.2944 0.847 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM768119 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768121 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768122 1 0.2011 0.931 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2081 0.930 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM768125 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768126 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768128 3 0.1474 0.928 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2275 0.911 0.928 0.048 0.020 0.004
#> GSM768132 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768133 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1474 0.928 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768135 3 0.1474 0.928 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768136 3 0.4925 0.306 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.1867 0.921 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM768139 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768140 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.1978 0.932 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM768143 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0188 0.937 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2011 0.882 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767988 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768058 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767987 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.0880 0.925 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0451 0.940 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM767980 3 0.1251 0.920 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> GSM767981 4 0.0579 0.938 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM767982 3 0.2573 0.859 0.016 0.000 0.880 0.000 0.104
#> GSM767983 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 5 0.2583 0.784 0.004 0.000 0.132 0.000 0.864
#> GSM767985 4 0.2971 0.794 0.000 0.156 0.000 0.836 0.008
#> GSM767989 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM767990 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.2891 0.749 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM767992 2 0.0566 0.964 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM767993 5 0.4946 0.675 0.168 0.000 0.120 0.000 0.712
#> GSM767994 4 0.3353 0.747 0.000 0.196 0.000 0.796 0.008
#> GSM767995 1 0.2127 0.822 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM767996 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.2727 0.792 0.016 0.000 0.116 0.000 0.868
#> GSM767998 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3234 0.819 0.852 0.000 0.064 0.000 0.084
#> GSM768001 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0290 0.935 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.4395 0.755 0.188 0.000 0.748 0.000 0.064
#> GSM768006 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3399 0.774 0.812 0.000 0.020 0.000 0.168
#> GSM768008 4 0.2973 0.868 0.052 0.000 0.020 0.884 0.044
#> GSM768009 1 0.3756 0.690 0.744 0.000 0.248 0.000 0.008
#> GSM768010 4 0.0290 0.940 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768011 1 0.3487 0.728 0.780 0.000 0.212 0.000 0.008
#> GSM768012 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.3152 0.842 0.136 0.000 0.840 0.000 0.024
#> GSM768014 4 0.0451 0.940 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM768017 1 0.1430 0.835 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> GSM768018 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.2179 0.826 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM768020 4 0.3462 0.745 0.000 0.196 0.000 0.792 0.012
#> GSM768021 5 0.2074 0.828 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM768022 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1282 0.836 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM768024 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.3534 0.735 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM768016 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.1956 0.810 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> GSM768026 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768027 1 0.1282 0.839 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM768028 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1205 0.839 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM768030 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3550 0.772 0.796 0.000 0.020 0.000 0.184
#> GSM768032 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0671 0.932 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM768034 4 0.0451 0.940 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM768035 5 0.2179 0.826 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM768036 2 0.0566 0.964 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM768037 5 0.2179 0.826 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM768038 5 0.3555 0.738 0.052 0.124 0.000 0.000 0.824
#> GSM768039 3 0.0324 0.935 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM768040 4 0.0404 0.939 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768041 1 0.1205 0.839 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM768042 4 0.4430 0.480 0.000 0.360 0.000 0.628 0.012
#> GSM768044 1 0.1357 0.836 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM768045 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768046 1 0.3837 0.614 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM768047 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.1478 0.916 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM768049 4 0.0566 0.938 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM768050 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768052 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0771 0.936 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM768054 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768056 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0324 0.941 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM768059 3 0.3649 0.816 0.152 0.000 0.808 0.000 0.040
#> GSM768060 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.3885 0.670 0.268 0.000 0.008 0.000 0.724
#> GSM768063 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 5 0.4412 0.709 0.164 0.000 0.080 0.000 0.756
#> GSM768065 4 0.1282 0.910 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM768066 5 0.4946 0.675 0.168 0.000 0.120 0.000 0.712
#> GSM768067 2 0.0865 0.950 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM768068 1 0.2354 0.792 0.904 0.012 0.008 0.000 0.076
#> GSM768069 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4065 0.792 0.180 0.000 0.772 0.000 0.048
#> GSM768071 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768072 3 0.3608 0.821 0.148 0.000 0.812 0.000 0.040
#> GSM768073 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768074 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768075 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0880 0.925 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2193 0.804 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> GSM768079 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3432 0.834 0.132 0.000 0.828 0.000 0.040
#> GSM768081 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768082 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768084 1 0.2193 0.804 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> GSM768085 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768086 1 0.1124 0.838 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM768087 4 0.4323 0.542 0.000 0.332 0.000 0.656 0.012
#> GSM768088 3 0.4370 0.754 0.200 0.000 0.744 0.000 0.056
#> GSM768089 4 0.0290 0.940 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768090 3 0.0290 0.935 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.2074 0.828 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM768093 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0609 0.931 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768098 3 0.2304 0.862 0.100 0.000 0.892 0.000 0.008
#> GSM768099 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3495 0.774 0.812 0.000 0.160 0.000 0.028
#> GSM768101 2 0.5357 0.137 0.004 0.520 0.000 0.432 0.044
#> GSM768102 3 0.3904 0.801 0.156 0.000 0.792 0.000 0.052
#> GSM768103 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768104 1 0.3536 0.776 0.812 0.000 0.156 0.000 0.032
#> GSM768105 2 0.4218 0.707 0.004 0.760 0.000 0.196 0.040
#> GSM768106 1 0.2595 0.833 0.888 0.000 0.080 0.000 0.032
#> GSM768107 4 0.2784 0.838 0.004 0.108 0.000 0.872 0.016
#> GSM768108 5 0.3895 0.543 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM768109 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.4030 0.520 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM768111 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768112 1 0.3333 0.754 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> GSM768113 2 0.4290 0.703 0.004 0.756 0.000 0.196 0.044
#> GSM768114 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0324 0.941 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM768116 1 0.1205 0.839 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM768117 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768118 5 0.2513 0.794 0.008 0.000 0.116 0.000 0.876
#> GSM768119 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0566 0.935 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM768121 4 0.0290 0.940 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768122 1 0.3702 0.796 0.820 0.000 0.084 0.000 0.096
#> GSM768123 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768124 1 0.4879 0.729 0.720 0.000 0.156 0.000 0.124
#> GSM768125 4 0.0671 0.938 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> GSM768126 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768128 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 5 0.3452 0.679 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM768132 5 0.2179 0.826 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM768133 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1106 0.929 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> GSM768135 3 0.1106 0.929 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> GSM768136 1 0.3456 0.715 0.800 0.000 0.184 0.000 0.016
#> GSM768137 2 0.0162 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768138 3 0.3016 0.847 0.132 0.000 0.848 0.000 0.020
#> GSM768139 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768140 5 0.2074 0.828 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM768141 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.2074 0.828 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM768143 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0324 0.935 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2249 0.804 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> GSM767986 3 0.0162 0.936 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0162 0.941 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM767988 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768058 4 0.0162 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767987 4 0.0324 0.941 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.3612 0.7567 0.100 0.000 0.796 0.000 0.000 0.104
#> GSM767977 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767978 3 0.0000 0.8406 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.2730 0.6799 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 0.152
#> GSM767980 3 0.3712 0.7754 0.032 0.000 0.760 0.000 0.004 0.204
#> GSM767981 4 0.2070 0.7982 0.000 0.012 0.000 0.896 0.000 0.092
#> GSM767982 3 0.4886 0.6997 0.016 0.000 0.696 0.000 0.156 0.132
#> GSM767983 4 0.0632 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM767984 5 0.1341 0.8186 0.000 0.000 0.028 0.000 0.948 0.024
#> GSM767985 4 0.2956 0.7347 0.000 0.064 0.000 0.848 0.000 0.088
#> GSM767989 3 0.1245 0.8327 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM767990 2 0.0632 0.9515 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM767991 5 0.2579 0.7708 0.000 0.000 0.088 0.000 0.872 0.040
#> GSM767992 2 0.2092 0.8309 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM767993 5 0.5626 0.5300 0.088 0.000 0.028 0.000 0.552 0.332
#> GSM767994 4 0.3423 0.6643 0.000 0.100 0.000 0.812 0.000 0.088
#> GSM767995 1 0.2554 0.7718 0.876 0.000 0.000 0.000 0.048 0.076
#> GSM767996 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM767997 5 0.1257 0.8193 0.000 0.000 0.028 0.000 0.952 0.020
#> GSM767998 2 0.0260 0.9540 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768000 1 0.2421 0.7648 0.900 0.000 0.028 0.000 0.032 0.040
#> GSM768001 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768003 3 0.3343 0.7978 0.024 0.000 0.796 0.000 0.004 0.176
#> GSM768004 2 0.0363 0.9523 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768005 3 0.5910 0.4773 0.104 0.000 0.456 0.000 0.028 0.412
#> GSM768006 2 0.0458 0.9524 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768007 1 0.2282 0.7543 0.900 0.000 0.020 0.000 0.068 0.012
#> GSM768008 6 0.7101 0.1533 0.108 0.016 0.064 0.336 0.016 0.460
#> GSM768009 1 0.4466 0.6427 0.716 0.000 0.180 0.000 0.004 0.100
#> GSM768010 4 0.1765 0.8022 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768011 1 0.3932 0.6991 0.776 0.000 0.112 0.000 0.004 0.108
#> GSM768012 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768013 3 0.5320 0.6546 0.084 0.000 0.600 0.000 0.020 0.296
#> GSM768014 4 0.2562 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM768017 1 0.2581 0.7738 0.856 0.000 0.000 0.000 0.016 0.128
#> GSM768018 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768019 5 0.0972 0.8304 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM768020 4 0.4226 0.5255 0.000 0.152 0.000 0.736 0.000 0.112
#> GSM768021 5 0.0547 0.8327 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM768022 2 0.0547 0.9500 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768023 1 0.2513 0.7712 0.852 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140
#> GSM768024 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768015 5 0.3138 0.7552 0.108 0.000 0.000 0.000 0.832 0.060
#> GSM768016 2 0.0458 0.9511 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768025 1 0.4250 0.5404 0.528 0.000 0.000 0.000 0.016 0.456
#> GSM768026 4 0.1556 0.8094 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768027 1 0.2020 0.7788 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096
#> GSM768028 2 0.0547 0.9517 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768029 1 0.2121 0.7782 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM768030 2 0.0363 0.9537 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768031 1 0.2395 0.7531 0.892 0.000 0.020 0.000 0.076 0.012
#> GSM768032 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768033 3 0.1942 0.8145 0.012 0.000 0.916 0.000 0.008 0.064
#> GSM768034 4 0.2631 0.7538 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM768035 5 0.0972 0.8304 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM768036 2 0.2092 0.8309 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM768037 5 0.0891 0.8315 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM768038 5 0.2282 0.7718 0.012 0.068 0.000 0.000 0.900 0.020
#> GSM768039 3 0.1049 0.8317 0.008 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032
#> GSM768040 4 0.1863 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768041 1 0.2121 0.7782 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM768042 4 0.5362 -0.1762 0.000 0.356 0.000 0.524 0.000 0.120
#> GSM768044 1 0.2489 0.7726 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM768045 2 0.0713 0.9503 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM768046 1 0.3766 0.5269 0.684 0.000 0.000 0.000 0.304 0.012
#> GSM768047 2 0.0363 0.9523 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768048 3 0.2629 0.8184 0.060 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068
#> GSM768049 4 0.1863 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768050 3 0.1218 0.8424 0.012 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028
#> GSM768051 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0820 0.8415 0.012 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016
#> GSM768053 4 0.3259 0.6380 0.000 0.000 0.000 0.772 0.012 0.216
#> GSM768054 3 0.0458 0.8410 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM768055 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0508 0.8410 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM768057 4 0.1501 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768059 3 0.4961 0.6609 0.084 0.000 0.616 0.000 0.004 0.296
#> GSM768060 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768062 5 0.5877 0.4194 0.200 0.000 0.004 0.000 0.496 0.300
#> GSM768063 4 0.0713 0.8240 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768064 5 0.5037 0.5782 0.088 0.000 0.004 0.000 0.604 0.304
#> GSM768065 4 0.0858 0.8026 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> GSM768066 5 0.5626 0.5300 0.088 0.000 0.028 0.000 0.552 0.332
#> GSM768067 2 0.1003 0.9428 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> GSM768068 1 0.3290 0.7323 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252
#> GSM768069 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768070 3 0.5077 0.5677 0.080 0.000 0.516 0.000 0.000 0.404
#> GSM768071 2 0.0632 0.9504 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768072 3 0.4931 0.6370 0.084 0.000 0.592 0.000 0.000 0.324
#> GSM768073 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0146 0.8212 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768075 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768076 3 0.3423 0.7541 0.100 0.000 0.812 0.000 0.000 0.088
#> GSM768077 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768078 1 0.4250 0.5404 0.528 0.000 0.000 0.000 0.016 0.456
#> GSM768079 2 0.0547 0.9517 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768080 3 0.4945 0.6635 0.084 0.000 0.620 0.000 0.004 0.292
#> GSM768081 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0260 0.8417 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768083 2 0.0632 0.9504 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768084 1 0.4258 0.5391 0.516 0.000 0.000 0.000 0.016 0.468
#> GSM768085 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.2489 0.7747 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM768087 4 0.5371 -0.1828 0.000 0.360 0.000 0.520 0.000 0.120
#> GSM768088 3 0.5603 0.4797 0.100 0.000 0.456 0.000 0.012 0.432
#> GSM768089 4 0.1663 0.8049 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM768090 3 0.1176 0.8416 0.020 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024
#> GSM768091 2 0.0260 0.9538 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768092 5 0.0692 0.8324 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM768093 2 0.0458 0.9524 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768094 3 0.1524 0.8209 0.008 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060
#> GSM768095 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768096 3 0.0993 0.8421 0.012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024
#> GSM768097 3 0.0146 0.8398 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768098 3 0.3757 0.6947 0.136 0.000 0.780 0.000 0.000 0.084
#> GSM768099 2 0.0458 0.9526 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768100 1 0.2554 0.7433 0.876 0.000 0.092 0.000 0.004 0.028
#> GSM768101 6 0.6422 0.3634 0.000 0.360 0.000 0.256 0.016 0.368
#> GSM768102 3 0.5297 0.6117 0.080 0.000 0.556 0.000 0.012 0.352
#> GSM768103 2 0.0632 0.9504 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768104 1 0.3142 0.7377 0.840 0.000 0.108 0.000 0.008 0.044
#> GSM768105 2 0.5528 0.0327 0.000 0.568 0.000 0.108 0.016 0.308
#> GSM768106 1 0.2556 0.7758 0.888 0.000 0.048 0.000 0.012 0.052
#> GSM768107 4 0.5393 0.1823 0.000 0.128 0.000 0.592 0.008 0.272
#> GSM768108 5 0.3729 0.5040 0.296 0.000 0.000 0.000 0.692 0.012
#> GSM768109 2 0.0458 0.9524 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768110 1 0.3956 0.5247 0.684 0.000 0.000 0.000 0.292 0.024
#> GSM768111 2 0.0865 0.9475 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768112 1 0.2973 0.7426 0.860 0.000 0.016 0.000 0.084 0.040
#> GSM768113 2 0.5504 0.0409 0.000 0.568 0.000 0.104 0.016 0.312
#> GSM768114 3 0.0909 0.8417 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM768115 4 0.1501 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768116 1 0.2312 0.7772 0.876 0.000 0.000 0.000 0.012 0.112
#> GSM768117 2 0.0632 0.9504 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768118 5 0.1167 0.8262 0.008 0.000 0.012 0.000 0.960 0.020
#> GSM768119 2 0.0790 0.9495 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM768120 3 0.1267 0.8379 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM768121 4 0.1556 0.8085 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768122 1 0.3181 0.7495 0.856 0.000 0.044 0.000 0.048 0.052
#> GSM768123 2 0.0713 0.9504 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM768124 1 0.6376 0.5143 0.548 0.000 0.228 0.000 0.152 0.072
#> GSM768125 4 0.3767 0.5857 0.000 0.004 0.000 0.708 0.012 0.276
#> GSM768126 3 0.0603 0.8428 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM768127 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0547 0.8434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768129 2 0.0547 0.9517 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768130 3 0.1138 0.8421 0.012 0.000 0.960 0.000 0.004 0.024
#> GSM768131 5 0.4198 0.5868 0.232 0.000 0.000 0.000 0.708 0.060
#> GSM768132 5 0.0972 0.8304 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM768133 2 0.0458 0.9511 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768134 3 0.3529 0.7881 0.028 0.000 0.764 0.000 0.000 0.208
#> GSM768135 3 0.3470 0.7896 0.028 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200
#> GSM768136 1 0.5040 0.6071 0.636 0.000 0.212 0.000 0.000 0.152
#> GSM768137 2 0.0632 0.9504 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768138 3 0.4640 0.7099 0.084 0.000 0.680 0.000 0.004 0.232
#> GSM768139 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0632 0.8325 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM768141 2 0.0146 0.9542 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768142 5 0.0547 0.8327 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM768143 2 0.0713 0.9495 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM768144 3 0.1341 0.8326 0.000 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024
#> GSM768145 2 0.0363 0.9546 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768002 3 0.0405 0.8408 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM768061 3 0.0820 0.8415 0.012 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016
#> GSM768043 1 0.4484 0.5316 0.516 0.000 0.008 0.000 0.016 0.460
#> GSM767986 3 0.0508 0.8403 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM767999 4 0.1663 0.7869 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM767988 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.8221 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.1501 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:skmeans 169 1.000 2.04e-34 1.0000 1.000 2
#> SD:skmeans 168 1.000 2.95e-32 0.9926 0.982 3
#> SD:skmeans 168 1.000 7.41e-33 0.8994 0.989 4
#> SD:skmeans 168 0.985 2.86e-31 0.0266 0.957 5
#> SD:skmeans 160 0.963 1.43e-29 0.0112 0.950 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.5034 0.497 0.497
#> 3 3 0.770 0.921 0.916 0.2299 0.885 0.769
#> 4 4 0.847 0.886 0.924 0.1877 0.872 0.668
#> 5 5 0.867 0.841 0.924 0.0555 0.933 0.759
#> 6 6 0.877 0.771 0.885 0.0367 0.965 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.9286 0.485 0.344 0.656
#> GSM767980 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.7219 0.747 0.800 0.200
#> GSM768001 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0672 0.980 0.008 0.992
#> GSM768039 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.8267 0.652 0.260 0.740
#> GSM768069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.5842 0.835 0.140 0.860
#> GSM768082 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.5629 0.846 0.868 0.132
#> GSM768117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768131 2 0.8661 0.598 0.288 0.712
#> GSM768132 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM767977 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM767979 3 0.5618 0.9005 0.048 0.156 0.796
#> GSM767980 1 0.3752 0.9063 0.856 0.000 0.144
#> GSM767981 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767982 1 0.1860 0.9283 0.948 0.000 0.052
#> GSM767983 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767984 1 0.1643 0.9272 0.956 0.000 0.044
#> GSM767985 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767989 1 0.1411 0.9303 0.964 0.000 0.036
#> GSM767990 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 1 0.1753 0.9279 0.952 0.000 0.048
#> GSM767992 2 0.1289 0.9288 0.000 0.968 0.032
#> GSM767993 1 0.4555 0.8890 0.800 0.000 0.200
#> GSM767994 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767995 1 0.3752 0.9051 0.856 0.000 0.144
#> GSM767996 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.1643 0.9272 0.956 0.000 0.044
#> GSM767998 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3791 0.8992 0.892 0.060 0.048
#> GSM768001 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.3551 0.9098 0.868 0.000 0.132
#> GSM768004 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768006 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0592 0.9398 0.988 0.000 0.012
#> GSM768008 2 0.4555 0.6493 0.000 0.800 0.200
#> GSM768009 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768010 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768011 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768012 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768014 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768017 1 0.3879 0.9017 0.848 0.000 0.152
#> GSM768018 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768020 2 0.5968 0.1214 0.000 0.636 0.364
#> GSM768021 1 0.2066 0.9278 0.940 0.000 0.060
#> GSM768022 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.4413 0.8966 0.832 0.008 0.160
#> GSM768024 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.4605 0.8879 0.796 0.000 0.204
#> GSM768016 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.4002 0.9005 0.840 0.000 0.160
#> GSM768026 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.3879 0.9017 0.848 0.000 0.152
#> GSM768028 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.3879 0.9017 0.848 0.000 0.152
#> GSM768030 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0592 0.9398 0.988 0.000 0.012
#> GSM768032 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768035 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768036 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.2066 0.9278 0.940 0.000 0.060
#> GSM768038 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768041 1 0.3879 0.9017 0.848 0.000 0.152
#> GSM768042 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.3941 0.9012 0.844 0.000 0.156
#> GSM768045 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768047 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 1 0.1031 0.9385 0.976 0.000 0.024
#> GSM768049 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768050 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768051 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768052 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768053 3 0.6299 0.4653 0.000 0.476 0.524
#> GSM768054 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768056 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768059 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768060 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.3816 0.9036 0.852 0.000 0.148
#> GSM768063 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768064 1 0.4555 0.8890 0.800 0.000 0.200
#> GSM768065 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768066 1 0.4555 0.8890 0.800 0.000 0.200
#> GSM768067 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.9746 0.0375 0.228 0.408 0.364
#> GSM768069 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768071 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768073 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768074 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768075 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.4002 0.9005 0.840 0.000 0.160
#> GSM768079 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768081 3 0.5020 0.9542 0.012 0.192 0.796
#> GSM768082 1 0.0237 0.9396 0.996 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768085 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768086 1 0.3816 0.9060 0.852 0.000 0.148
#> GSM768087 3 0.6295 0.4868 0.000 0.472 0.528
#> GSM768088 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768089 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768090 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768091 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768093 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768097 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0237 0.9390 0.996 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.4887 0.5856 0.000 0.772 0.228
#> GSM768102 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768103 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0237 0.9390 0.996 0.000 0.004
#> GSM768105 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.1860 0.9334 0.948 0.000 0.052
#> GSM768107 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768109 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0237 0.9390 0.996 0.000 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0592 0.9398 0.988 0.000 0.012
#> GSM768113 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768115 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768116 1 0.9130 0.3398 0.492 0.356 0.152
#> GSM768117 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.1964 0.9283 0.944 0.000 0.056
#> GSM768119 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768121 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768122 1 0.0237 0.9390 0.996 0.000 0.004
#> GSM768123 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0237 0.9390 0.996 0.000 0.004
#> GSM768125 2 0.1031 0.9384 0.000 0.976 0.024
#> GSM768126 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768127 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768128 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768129 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768131 2 0.0661 0.9499 0.008 0.988 0.004
#> GSM768132 1 0.1753 0.9271 0.952 0.000 0.048
#> GSM768133 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768135 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768136 1 0.0237 0.9399 0.996 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.3941 0.9013 0.844 0.000 0.156
#> GSM768139 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768140 1 0.1643 0.9272 0.956 0.000 0.044
#> GSM768141 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.1860 0.9281 0.948 0.000 0.052
#> GSM768143 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0424 0.9397 0.992 0.000 0.008
#> GSM768043 1 0.4002 0.9005 0.840 0.000 0.160
#> GSM767986 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767988 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM768058 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
#> GSM767987 3 0.4605 0.9721 0.000 0.204 0.796
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0592 0.889 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0336 0.889 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM767979 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767980 3 0.2868 0.834 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM767981 4 0.2081 0.922 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM767982 3 0.2300 0.870 0.048 0.000 0.924 0.028
#> GSM767983 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767984 3 0.2214 0.868 0.044 0.000 0.928 0.028
#> GSM767985 4 0.2081 0.922 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM767989 3 0.1724 0.880 0.032 0.000 0.948 0.020
#> GSM767990 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.2300 0.869 0.048 0.000 0.924 0.028
#> GSM767992 2 0.1474 0.929 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM767993 3 0.4307 0.805 0.192 0.000 0.784 0.024
#> GSM767994 4 0.2081 0.922 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM767995 1 0.1211 0.875 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.2845 0.858 0.076 0.000 0.896 0.028
#> GSM767998 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2973 0.873 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.2814 0.836 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3444 0.814 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3873 0.852 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM768008 2 0.3528 0.757 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM768009 3 0.3486 0.743 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM768010 4 0.1716 0.936 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM768011 3 0.4500 0.430 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.3172 0.817 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768014 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768017 1 0.1022 0.873 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.4010 0.853 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM768020 2 0.4888 0.205 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM768021 1 0.3812 0.860 0.832 0.000 0.140 0.028
#> GSM768022 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1211 0.871 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.1151 0.851 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM768016 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.1302 0.869 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1022 0.873 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1022 0.873 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3837 0.853 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.3528 0.746 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768034 4 0.1716 0.931 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM768035 1 0.4010 0.853 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM768036 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.3812 0.860 0.832 0.000 0.140 0.028
#> GSM768038 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.1211 0.886 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768040 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768041 1 0.1022 0.873 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.1118 0.872 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.4010 0.853 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM768047 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.1637 0.886 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768049 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768050 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768052 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.4972 0.195 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM768054 3 0.1118 0.887 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768055 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768056 3 0.0469 0.888 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768057 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768059 3 0.3444 0.814 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1118 0.875 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM768063 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768064 3 0.4307 0.805 0.192 0.000 0.784 0.024
#> GSM768065 4 0.1940 0.929 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM768066 3 0.4307 0.805 0.192 0.000 0.784 0.024
#> GSM768067 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.2797 0.835 0.900 0.000 0.032 0.068
#> GSM768069 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3172 0.817 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.3444 0.814 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM768073 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768074 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768075 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.2011 0.861 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1302 0.869 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3219 0.817 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM768081 4 0.1042 0.943 0.008 0.020 0.000 0.972
#> GSM768082 3 0.0188 0.888 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 3 0.4477 0.673 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM768085 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768086 1 0.1474 0.875 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768087 4 0.4585 0.574 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM768088 3 0.3172 0.817 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768089 4 0.1940 0.928 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM768090 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 3 0.5587 0.343 0.372 0.000 0.600 0.028
#> GSM768093 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.1211 0.886 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 3 0.1022 0.888 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM768098 3 0.1211 0.886 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3528 0.856 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768101 2 0.3726 0.725 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM768102 3 0.3172 0.817 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3528 0.856 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768105 2 0.1474 0.930 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768106 1 0.4250 0.774 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.4010 0.853 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM768109 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3528 0.856 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3837 0.853 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM768113 2 0.1557 0.926 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM768114 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.1022 0.951 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768116 1 0.1022 0.873 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.2466 0.870 0.056 0.000 0.916 0.028
#> GSM768119 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.1118 0.887 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768121 4 0.2081 0.922 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM768122 1 0.3528 0.856 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.4382 0.736 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM768125 2 0.0921 0.954 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768126 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768128 3 0.0469 0.890 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.3982 0.694 0.776 0.220 0.004 0.000
#> GSM768132 1 0.4010 0.853 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM768133 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768136 3 0.3356 0.771 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3444 0.814 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM768139 4 0.1022 0.951 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768140 3 0.4562 0.719 0.208 0.000 0.764 0.028
#> GSM768141 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 3 0.4281 0.749 0.180 0.000 0.792 0.028
#> GSM768143 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.1211 0.886 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1118 0.887 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.888 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.1211 0.871 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM767986 3 0.1118 0.887 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM767999 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767988 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768058 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767987 4 0.0921 0.953 0.000 0.028 0.000 0.972
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.3790 0.55403 0.272 0.000 0.724 0.000 0.004
#> GSM767977 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0671 0.85884 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM767979 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767980 3 0.2674 0.81196 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM767981 4 0.1478 0.90114 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767982 3 0.4161 0.36226 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM767983 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0162 0.91681 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767985 4 0.1478 0.90114 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767989 3 0.1557 0.84847 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052
#> GSM767990 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.4302 -0.00455 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM767992 2 0.1341 0.92500 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM767993 5 0.5006 0.64922 0.156 0.000 0.136 0.000 0.708
#> GSM767994 4 0.1478 0.90114 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0162 0.91681 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767998 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2074 0.80138 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.2674 0.81154 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM768004 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3177 0.78948 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3210 0.76879 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.3074 0.76061 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM768009 1 0.4225 0.53343 0.632 0.000 0.364 0.000 0.004
#> GSM768010 4 0.1121 0.91670 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768011 1 0.4302 0.35376 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2848 0.80063 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> GSM768014 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0290 0.91748 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768020 2 0.4219 0.22843 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768021 5 0.0290 0.91748 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768022 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.3999 0.31688 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM768016 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3177 0.77086 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4211 0.54112 0.636 0.000 0.360 0.000 0.004
#> GSM768034 4 0.1043 0.91291 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768035 5 0.0290 0.91748 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768036 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.0290 0.91748 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768038 2 0.0880 0.95068 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM768039 3 0.4283 0.40644 0.348 0.000 0.644 0.000 0.008
#> GSM768040 4 0.0162 0.93949 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3305 0.64580 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM768047 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.1638 0.85114 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> GSM768049 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.85815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0162 0.85785 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768053 4 0.4273 0.17001 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM768054 3 0.1270 0.85195 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0162 0.85785 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768057 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.3177 0.78963 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0324 0.81092 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM768063 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 5 0.2886 0.78431 0.148 0.000 0.008 0.000 0.844
#> GSM768065 4 0.1341 0.90827 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM768066 3 0.4922 0.69994 0.156 0.000 0.716 0.000 0.128
#> GSM768067 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.1041 0.79285 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM768069 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2690 0.80082 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.3210 0.78732 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM768073 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.4331 0.15189 0.400 0.000 0.596 0.000 0.004
#> GSM768077 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0162 0.80952 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2852 0.80036 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0162 0.85818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3966 0.44760 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM768085 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0290 0.81109 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.3876 0.55766 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM768088 3 0.2732 0.80112 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.1341 0.90815 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM768090 3 0.0162 0.85818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768091 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0290 0.91719 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768093 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.2338 0.81647 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> GSM768095 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0290 0.85777 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768097 3 0.1628 0.85000 0.056 0.000 0.936 0.000 0.008
#> GSM768098 3 0.4009 0.47414 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> GSM768099 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2848 0.78249 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.3210 0.73610 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768102 3 0.2690 0.80082 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.2848 0.78249 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004
#> GSM768105 2 0.1410 0.92119 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768106 1 0.3730 0.68617 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.1043 0.89241 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM768109 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.2690 0.78361 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3177 0.77086 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.1478 0.91701 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM768114 3 0.0162 0.85785 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768115 4 0.0290 0.93722 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.0162 0.91745 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768119 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.2179 0.82513 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM768121 4 0.1478 0.90114 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM768122 1 0.2690 0.78361 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.3196 0.76356 0.804 0.000 0.192 0.000 0.004
#> GSM768125 2 0.0794 0.95339 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.85815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.1041 0.85641 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0162 0.85818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768131 1 0.4448 0.07083 0.516 0.480 0.004 0.000 0.000
#> GSM768132 5 0.0162 0.91757 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM768133 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0162 0.85818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768135 3 0.0162 0.85818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768136 1 0.4310 0.46982 0.604 0.000 0.392 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3177 0.78963 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0162 0.93976 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768140 5 0.0162 0.91745 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768141 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0162 0.91745 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768143 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.2488 0.80417 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.97752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1502 0.85102 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> GSM768061 3 0.0162 0.85785 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768043 1 0.0000 0.81035 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767986 3 0.1430 0.85212 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> GSM767999 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.94110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 6 0.2282 0.6399 0.024 0.000 0.088 0.000 0.000 0.888
#> GSM767977 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.3965 0.5234 0.008 0.000 0.604 0.000 0.000 0.388
#> GSM767979 4 0.0865 0.9167 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM767980 3 0.2562 0.6491 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM767981 4 0.1267 0.9026 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.5836 0.3772 0.000 0.000 0.472 0.000 0.320 0.208
#> GSM767983 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767985 4 0.1267 0.9026 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.4627 0.4121 0.008 0.000 0.512 0.000 0.024 0.456
#> GSM767990 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.5940 0.3337 0.000 0.000 0.440 0.000 0.332 0.228
#> GSM767992 2 0.1204 0.9151 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.5205 0.5755 0.096 0.000 0.188 0.000 0.676 0.040
#> GSM767994 4 0.1267 0.9026 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.0260 0.7978 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767996 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 6 0.3868 -0.0564 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM768001 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.3847 0.1413 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM768004 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3551 0.6243 0.168 0.000 0.784 0.000 0.000 0.048
#> GSM768006 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3370 0.7159 0.804 0.000 0.048 0.000 0.000 0.148
#> GSM768008 2 0.5423 -0.0308 0.000 0.444 0.000 0.116 0.000 0.440
#> GSM768009 6 0.3825 0.7186 0.072 0.000 0.160 0.000 0.000 0.768
#> GSM768010 4 0.0937 0.9182 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM768011 6 0.5224 0.3066 0.092 0.000 0.440 0.000 0.000 0.468
#> GSM768012 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2668 0.6526 0.004 0.000 0.828 0.000 0.000 0.168
#> GSM768014 4 0.0146 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768017 1 0.0146 0.7974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.3804 0.2060 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.2679 0.7250 0.864 0.000 0.000 0.000 0.096 0.040
#> GSM768016 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3101 0.7245 0.820 0.000 0.032 0.000 0.000 0.148
#> GSM768032 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 6 0.3532 0.7174 0.064 0.000 0.140 0.000 0.000 0.796
#> GSM768034 4 0.1082 0.9110 0.000 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> GSM768035 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0790 0.9416 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM768039 6 0.1219 0.6547 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948
#> GSM768040 4 0.0291 0.9373 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM768041 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.2793 0.6710 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.5185 0.3118 0.108 0.000 0.564 0.000 0.000 0.328
#> GSM768049 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0146 0.6933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768051 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0547 0.6932 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768053 4 0.3843 0.1593 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.3841 0.5493 0.032 0.000 0.724 0.000 0.000 0.244
#> GSM768055 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.3828 0.4590 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM768057 4 0.0146 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768059 3 0.2234 0.6719 0.124 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004
#> GSM768060 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.3584 0.5142 0.688 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308
#> GSM768063 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.2009 0.8992 0.040 0.000 0.004 0.000 0.916 0.040
#> GSM768065 4 0.1141 0.9097 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768066 3 0.4870 0.5786 0.092 0.000 0.720 0.000 0.144 0.044
#> GSM768067 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.3930 0.1995 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> GSM768069 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1910 0.6405 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM768071 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.2932 0.6449 0.164 0.000 0.820 0.000 0.000 0.016
#> GSM768073 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 6 0.3102 0.7125 0.028 0.000 0.156 0.000 0.000 0.816
#> GSM768077 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1863 0.7370 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM768079 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0865 0.6978 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0603 0.9299 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM768082 3 0.2996 0.5919 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM768083 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 3 0.3996 -0.1266 0.484 0.000 0.512 0.000 0.000 0.004
#> GSM768085 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.1010 0.7900 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> GSM768087 4 0.3428 0.5587 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.3514 0.6174 0.088 0.000 0.804 0.000 0.000 0.108
#> GSM768089 4 0.1141 0.9096 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.1501 0.6883 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM768091 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 6 0.3354 0.7087 0.036 0.000 0.168 0.000 0.000 0.796
#> GSM768095 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.2003 0.6811 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM768097 3 0.4468 0.4767 0.032 0.000 0.560 0.000 0.000 0.408
#> GSM768098 6 0.3740 0.6700 0.032 0.000 0.228 0.000 0.000 0.740
#> GSM768099 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3409 0.5802 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM768101 2 0.4518 0.6084 0.000 0.696 0.000 0.200 0.000 0.104
#> GSM768102 3 0.0146 0.6933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768103 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3804 0.3436 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM768105 2 0.1984 0.8885 0.000 0.912 0.000 0.056 0.000 0.032
#> GSM768106 1 0.3636 0.4834 0.676 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004
#> GSM768107 2 0.0146 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768108 5 0.1387 0.8960 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3330 0.6022 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM768111 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3134 0.7259 0.820 0.000 0.036 0.000 0.000 0.144
#> GSM768113 2 0.1625 0.9012 0.000 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> GSM768114 3 0.2260 0.6696 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM768115 4 0.0405 0.9355 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM768116 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.4666 0.2425 0.048 0.000 0.564 0.000 0.000 0.388
#> GSM768121 4 0.1267 0.9026 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM768122 6 0.3647 0.3355 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM768123 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.4469 0.1763 0.504 0.000 0.028 0.000 0.000 0.468
#> GSM768125 2 0.0858 0.9409 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM768126 3 0.0547 0.6975 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768127 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0777 0.6982 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0146 0.6940 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768131 1 0.3626 0.6289 0.788 0.144 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM768132 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1957 0.6395 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768135 3 0.1957 0.6395 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768136 6 0.5335 0.5920 0.148 0.000 0.276 0.000 0.000 0.576
#> GSM768137 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.1714 0.6861 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0146 0.9379 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.4664 0.3537 0.052 0.000 0.584 0.000 0.000 0.364
#> GSM768145 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 6 0.3978 0.2906 0.032 0.000 0.268 0.000 0.000 0.700
#> GSM768061 3 0.2697 0.6477 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM768043 1 0.1387 0.7665 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM767986 3 0.4534 0.3766 0.032 0.000 0.496 0.000 0.000 0.472
#> GSM767999 4 0.0146 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767988 4 0.0146 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768058 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0146 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:pam 169 1.000 2.13e-34 1.0000 1.000 2
#> SD:pam 165 1.000 5.06e-34 0.9106 1.000 3
#> SD:pam 166 1.000 1.99e-32 0.9861 0.969 4
#> SD:pam 158 0.988 1.11e-30 0.0857 0.917 5
#> SD:pam 148 0.987 1.05e-27 0.1716 0.923 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.995 0.5026 0.498 0.498
#> 3 3 0.746 0.718 0.836 0.2041 0.906 0.813
#> 4 4 0.726 0.853 0.885 0.1419 0.856 0.665
#> 5 5 0.736 0.746 0.866 0.1197 0.846 0.542
#> 6 6 0.765 0.753 0.870 0.0271 0.935 0.728
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.821 0.667 0.744 0.256
#> GSM768009 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.730 0.752 0.796 0.204
#> GSM768039 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.722 0.758 0.800 0.200
#> GSM768069 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.714 0.763 0.804 0.196
#> GSM768132 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.1163 0.7637 0.000 0.972 0.028
#> GSM767978 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 3 0.6291 0.8202 0.000 0.468 0.532
#> GSM767980 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM767981 2 0.6026 -0.2420 0.000 0.624 0.376
#> GSM767982 1 0.6252 0.6156 0.556 0.000 0.444
#> GSM767983 2 0.4842 0.4769 0.000 0.776 0.224
#> GSM767984 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM767985 2 0.4178 0.6155 0.000 0.828 0.172
#> GSM767989 1 0.2165 0.8742 0.936 0.000 0.064
#> GSM767990 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM767992 2 0.3412 0.6733 0.000 0.876 0.124
#> GSM767993 1 0.6267 0.6134 0.548 0.000 0.452
#> GSM767994 2 0.3619 0.6553 0.000 0.864 0.136
#> GSM767995 1 0.0237 0.9053 0.996 0.000 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM767998 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4062 0.7616 0.836 0.000 0.164
#> GSM768001 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.5760 -0.1116 0.000 0.672 0.328
#> GSM768005 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768006 2 0.0592 0.7720 0.000 0.988 0.012
#> GSM768007 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 3 0.9303 0.3022 0.316 0.184 0.500
#> GSM768009 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 2 0.4931 0.4659 0.000 0.768 0.232
#> GSM768011 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768014 2 0.5431 0.2914 0.000 0.716 0.284
#> GSM768017 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768018 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768020 2 0.4235 0.5843 0.000 0.824 0.176
#> GSM768021 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768022 2 0.0592 0.7634 0.000 0.988 0.012
#> GSM768023 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768024 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.6274 0.6099 0.544 0.000 0.456
#> GSM768016 2 0.1031 0.7673 0.000 0.976 0.024
#> GSM768025 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768026 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
#> GSM768027 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768028 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768030 2 0.1529 0.7517 0.000 0.960 0.040
#> GSM768031 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 2 0.5216 0.3823 0.000 0.740 0.260
#> GSM768035 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768036 2 0.2066 0.7459 0.000 0.940 0.060
#> GSM768037 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768038 3 0.9028 0.0398 0.168 0.292 0.540
#> GSM768039 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 2 0.5706 0.1208 0.000 0.680 0.320
#> GSM768041 1 0.0424 0.9047 0.992 0.000 0.008
#> GSM768042 2 0.5926 -0.1467 0.000 0.644 0.356
#> GSM768044 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768045 2 0.6260 -0.6151 0.000 0.552 0.448
#> GSM768046 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.4178 0.5587 0.000 0.828 0.172
#> GSM768048 1 0.0237 0.9053 0.996 0.000 0.004
#> GSM768049 2 0.3116 0.6941 0.000 0.892 0.108
#> GSM768050 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
#> GSM768052 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
#> GSM768054 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.6309 0.7704 0.000 0.500 0.500
#> GSM768056 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 3 0.6302 0.8218 0.000 0.480 0.520
#> GSM768059 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768060 2 0.0592 0.7634 0.000 0.988 0.012
#> GSM768062 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768063 3 0.6307 0.8044 0.000 0.488 0.512
#> GSM768064 1 0.6267 0.6134 0.548 0.000 0.452
#> GSM768065 2 0.4605 0.5526 0.000 0.796 0.204
#> GSM768066 1 0.6267 0.6134 0.548 0.000 0.452
#> GSM768067 2 0.6280 -0.6593 0.000 0.540 0.460
#> GSM768068 1 0.6608 0.4540 0.628 0.016 0.356
#> GSM768069 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768071 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768073 3 0.6302 0.8218 0.000 0.480 0.520
#> GSM768074 2 0.6274 -0.6252 0.000 0.544 0.456
#> GSM768075 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0592 0.7691 0.000 0.988 0.012
#> GSM768078 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768079 2 0.0237 0.7722 0.000 0.996 0.004
#> GSM768080 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768081 3 0.6291 0.8202 0.000 0.468 0.532
#> GSM768082 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0892 0.7662 0.000 0.980 0.020
#> GSM768084 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768085 2 0.6309 -0.7810 0.000 0.500 0.500
#> GSM768086 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768087 2 0.2537 0.7238 0.000 0.920 0.080
#> GSM768088 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768089 2 0.5650 0.1614 0.000 0.688 0.312
#> GSM768090 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0592 0.7634 0.000 0.988 0.012
#> GSM768092 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768093 2 0.2537 0.7225 0.000 0.920 0.080
#> GSM768094 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0237 0.7726 0.000 0.996 0.004
#> GSM768096 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.3267 0.6574 0.000 0.884 0.116
#> GSM768100 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 3 0.6291 0.8202 0.000 0.468 0.532
#> GSM768102 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768103 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 3 0.6291 0.8202 0.000 0.468 0.532
#> GSM768106 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.4887 0.4660 0.000 0.772 0.228
#> GSM768108 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768109 2 0.2066 0.7431 0.000 0.940 0.060
#> GSM768110 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0592 0.7634 0.000 0.988 0.012
#> GSM768112 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 3 0.6505 0.8143 0.004 0.468 0.528
#> GSM768114 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
#> GSM768116 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768117 2 0.0592 0.7724 0.000 0.988 0.012
#> GSM768118 1 0.6252 0.6156 0.556 0.000 0.444
#> GSM768119 2 0.1643 0.7604 0.000 0.956 0.044
#> GSM768120 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.4974 0.4564 0.000 0.764 0.236
#> GSM768122 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0592 0.7704 0.000 0.988 0.012
#> GSM768124 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 3 0.6302 0.8218 0.000 0.480 0.520
#> GSM768126 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 3 0.6307 0.8031 0.000 0.488 0.512
#> GSM768128 1 0.0424 0.9047 0.992 0.000 0.008
#> GSM768129 2 0.0747 0.7684 0.000 0.984 0.016
#> GSM768130 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.1860 0.8831 0.948 0.000 0.052
#> GSM768132 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768133 2 0.0237 0.7722 0.000 0.996 0.004
#> GSM768134 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0424 0.9047 0.992 0.000 0.008
#> GSM768137 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM768139 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
#> GSM768140 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768141 2 0.0237 0.7699 0.000 0.996 0.004
#> GSM768142 1 0.6244 0.6169 0.560 0.000 0.440
#> GSM768143 2 0.0237 0.7722 0.000 0.996 0.004
#> GSM768144 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.2356 0.7171 0.000 0.928 0.072
#> GSM768002 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0592 0.9040 0.988 0.000 0.012
#> GSM767986 1 0.0000 0.9058 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 2 0.5859 -0.0287 0.000 0.656 0.344
#> GSM767988 2 0.4974 0.4469 0.000 0.764 0.236
#> GSM768058 3 0.6302 0.8218 0.000 0.480 0.520
#> GSM767987 3 0.6299 0.8259 0.000 0.476 0.524
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.1004 0.9080 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM767977 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767978 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.1489 0.7402 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM767980 3 0.1867 0.9074 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM767981 2 0.3569 0.7786 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM767982 1 0.1557 0.9626 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM767983 2 0.3074 0.8287 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM767984 1 0.1940 0.9710 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM767985 2 0.2647 0.8543 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM767989 3 0.1792 0.8726 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM767990 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767991 1 0.1940 0.9710 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM767992 2 0.0592 0.9145 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM767993 1 0.0336 0.9282 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767994 2 0.2647 0.8539 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM767995 3 0.4274 0.8955 0.148 0.000 0.808 0.044
#> GSM767996 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM767998 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768000 4 0.6770 0.1754 0.128 0.000 0.292 0.580
#> GSM768001 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768004 4 0.4522 0.6545 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM768005 3 0.3074 0.9071 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768006 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768007 3 0.3907 0.8961 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM768008 4 0.2099 0.7304 0.012 0.044 0.008 0.936
#> GSM768009 3 0.2915 0.9135 0.080 0.000 0.892 0.028
#> GSM768010 2 0.3074 0.8287 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM768011 3 0.2111 0.9094 0.024 0.000 0.932 0.044
#> GSM768012 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2647 0.9095 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM768014 2 0.3172 0.8208 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM768017 3 0.4552 0.8890 0.172 0.000 0.784 0.044
#> GSM768018 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768020 2 0.2011 0.8801 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768021 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768024 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0707 0.9327 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768016 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768025 3 0.4238 0.8941 0.176 0.000 0.796 0.028
#> GSM768026 4 0.3172 0.7927 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM768027 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768028 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768029 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768030 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768031 3 0.3907 0.8961 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM768032 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.2704 0.9051 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM768034 2 0.3024 0.8319 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM768035 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768036 2 0.0336 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768037 1 0.1940 0.9710 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM768038 1 0.2563 0.9145 0.916 0.012 0.012 0.060
#> GSM768039 3 0.1474 0.9155 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768040 2 0.3074 0.8287 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM768041 3 0.4417 0.8930 0.160 0.000 0.796 0.044
#> GSM768042 2 0.3649 0.7670 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM768044 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768045 4 0.4431 0.6350 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM768046 3 0.4017 0.8937 0.128 0.000 0.828 0.044
#> GSM768047 2 0.3123 0.7434 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM768048 3 0.1211 0.9143 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768049 2 0.3024 0.8319 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM768050 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.2973 0.7922 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM768052 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.2973 0.7922 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM768054 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.4999 0.1648 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM768056 3 0.0188 0.9036 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768057 4 0.3266 0.7897 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM768059 3 0.2530 0.9097 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 3 0.3400 0.8989 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM768063 2 0.4981 0.0161 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM768064 1 0.0336 0.9282 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768065 2 0.3219 0.8170 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM768066 1 0.0336 0.9282 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768067 4 0.4972 0.2777 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM768068 4 0.3707 0.5091 0.132 0.000 0.028 0.840
#> GSM768069 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2281 0.9077 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM768071 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768072 3 0.2589 0.9095 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768073 2 0.4679 0.4473 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM768074 4 0.4941 0.3318 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM768075 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.1284 0.9103 0.012 0.000 0.964 0.024
#> GSM768077 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768078 3 0.4238 0.8941 0.176 0.000 0.796 0.028
#> GSM768079 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768080 3 0.2530 0.9097 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM768081 4 0.1489 0.7402 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM768082 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768084 3 0.3523 0.9105 0.112 0.000 0.856 0.032
#> GSM768085 4 0.4977 0.2711 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM768086 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768087 2 0.3024 0.8319 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM768088 3 0.2589 0.9099 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768089 2 0.3219 0.8170 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM768090 3 0.0188 0.9052 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768093 2 0.0336 0.9168 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768094 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768096 4 0.5294 0.1354 0.008 0.000 0.484 0.508
#> GSM768097 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 3 0.2773 0.9152 0.072 0.000 0.900 0.028
#> GSM768099 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768100 3 0.3907 0.8961 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM768101 4 0.1489 0.7402 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM768102 3 0.2589 0.9095 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768103 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768104 3 0.3638 0.9001 0.120 0.000 0.848 0.032
#> GSM768105 4 0.1489 0.7402 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM768106 3 0.2919 0.9133 0.060 0.000 0.896 0.044
#> GSM768107 2 0.3074 0.8287 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM768108 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768109 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768110 3 0.3962 0.8946 0.124 0.000 0.832 0.044
#> GSM768111 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768112 3 0.3907 0.8961 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM768113 4 0.2099 0.7304 0.012 0.044 0.008 0.936
#> GSM768114 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.2973 0.7922 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM768116 3 0.4595 0.8874 0.176 0.000 0.780 0.044
#> GSM768117 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768118 1 0.1792 0.9692 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768119 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768120 3 0.2281 0.9138 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM768121 2 0.3074 0.8287 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM768122 3 0.3907 0.8961 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM768123 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768124 3 0.3542 0.9011 0.120 0.000 0.852 0.028
#> GSM768125 4 0.3266 0.7903 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM768126 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.3610 0.7645 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM768128 3 0.1474 0.9102 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 3 0.5422 0.8631 0.136 0.008 0.756 0.100
#> GSM768132 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1109 0.9083 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM768135 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768136 3 0.3182 0.9178 0.096 0.000 0.876 0.028
#> GSM768137 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768138 3 0.2589 0.9099 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768139 4 0.3052 0.7893 0.004 0.136 0.000 0.860
#> GSM768140 1 0.1867 0.9726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.1940 0.9710 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM768143 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768144 3 0.2704 0.9051 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 3 0.4281 0.8929 0.180 0.000 0.792 0.028
#> GSM767986 3 0.0188 0.9036 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767999 2 0.3266 0.8126 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM767988 2 0.3400 0.7986 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM768058 4 0.3311 0.7869 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM767987 4 0.3219 0.7918 0.000 0.164 0.000 0.836
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.2377 0.817348 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0510 0.848840 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.1043 0.716685 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM767980 3 0.2522 0.822872 0.108 0.000 0.880 0.000 0.012
#> GSM767981 4 0.4192 0.425319 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM767982 5 0.3319 0.901275 0.160 0.000 0.020 0.000 0.820
#> GSM767983 4 0.4283 0.325184 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM767984 5 0.2798 0.924401 0.140 0.000 0.008 0.000 0.852
#> GSM767985 2 0.4283 -0.071195 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM767989 3 0.0865 0.842500 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM767990 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM767991 5 0.2707 0.924645 0.132 0.000 0.008 0.000 0.860
#> GSM767992 2 0.0794 0.900818 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM767993 5 0.2690 0.904158 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM767994 2 0.4219 0.082308 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM767995 1 0.0865 0.803177 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM767996 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.1671 0.925042 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM767998 2 0.0404 0.910338 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768000 1 0.3738 0.708063 0.832 0.000 0.012 0.092 0.064
#> GSM768001 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1121 0.849084 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.4201 0.173700 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM768005 3 0.3366 0.791963 0.140 0.000 0.828 0.000 0.032
#> GSM768006 2 0.0404 0.910338 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768007 1 0.2077 0.817572 0.920 0.000 0.040 0.000 0.040
#> GSM768008 4 0.4247 0.581790 0.008 0.008 0.156 0.788 0.040
#> GSM768009 3 0.4192 0.259800 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> GSM768010 4 0.4291 0.304484 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768011 1 0.4227 0.419934 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2951 0.811217 0.112 0.000 0.860 0.000 0.028
#> GSM768014 4 0.4235 0.395342 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM768017 1 0.3061 0.819597 0.844 0.000 0.136 0.000 0.020
#> GSM768018 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.1671 0.925042 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM768020 2 0.4242 0.039648 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM768021 5 0.1732 0.926547 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM768022 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768023 1 0.0898 0.818203 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM768024 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.2891 0.907438 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM768016 2 0.0609 0.906325 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768025 1 0.4726 0.261755 0.580 0.000 0.400 0.000 0.020
#> GSM768026 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768027 1 0.2249 0.836423 0.896 0.000 0.096 0.000 0.008
#> GSM768028 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1942 0.837123 0.920 0.000 0.068 0.000 0.012
#> GSM768030 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2830 0.833022 0.876 0.000 0.080 0.000 0.044
#> GSM768032 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.4283 0.234897 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768034 4 0.4291 0.304484 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768035 5 0.1671 0.925042 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM768036 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768037 5 0.2798 0.924401 0.140 0.000 0.008 0.000 0.852
#> GSM768038 5 0.3096 0.895583 0.108 0.024 0.000 0.008 0.860
#> GSM768039 3 0.2424 0.816796 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.3857 0.567516 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM768041 1 0.1818 0.828859 0.932 0.000 0.044 0.000 0.024
#> GSM768042 4 0.3636 0.604905 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM768044 1 0.1830 0.835513 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> GSM768045 4 0.4182 0.346480 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM768046 1 0.2727 0.741659 0.868 0.000 0.016 0.000 0.116
#> GSM768047 2 0.2732 0.721770 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM768048 3 0.2852 0.812409 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM768049 4 0.4302 0.259615 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM768050 3 0.0290 0.845126 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768052 3 0.0703 0.849668 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768054 3 0.0290 0.845126 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.2230 0.724612 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768056 3 0.0579 0.846612 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM768057 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768059 3 0.2864 0.817589 0.136 0.000 0.852 0.000 0.012
#> GSM768060 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.4113 0.645560 0.740 0.000 0.232 0.000 0.028
#> GSM768063 4 0.0609 0.736806 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768064 5 0.2690 0.904158 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM768065 4 0.4297 0.282294 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM768066 5 0.2690 0.904158 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM768067 4 0.3999 0.458678 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM768068 4 0.6249 0.352302 0.152 0.000 0.172 0.636 0.040
#> GSM768069 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3596 0.779289 0.212 0.000 0.776 0.000 0.012
#> GSM768071 2 0.0162 0.911185 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768072 3 0.2818 0.816873 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> GSM768073 4 0.1270 0.737223 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768074 4 0.0794 0.737701 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.2561 0.805625 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3970 0.694647 0.744 0.000 0.236 0.000 0.020
#> GSM768079 2 0.0162 0.911185 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768080 3 0.2674 0.816046 0.120 0.000 0.868 0.000 0.012
#> GSM768081 4 0.1043 0.716685 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM768082 3 0.0510 0.848238 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4009 0.584388 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM768085 4 0.0609 0.736641 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768086 1 0.2377 0.820216 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.4126 0.182886 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM768088 3 0.3242 0.804068 0.172 0.000 0.816 0.000 0.012
#> GSM768089 4 0.3949 0.542658 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM768090 3 0.2074 0.830693 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.1671 0.925042 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM768093 2 0.0609 0.906325 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768094 3 0.2377 0.817348 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0833 0.848876 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004
#> GSM768097 3 0.0510 0.848840 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM768098 3 0.3305 0.712362 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0609 0.906440 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768100 1 0.3274 0.764861 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.3731 0.661361 0.000 0.160 0.000 0.800 0.040
#> GSM768102 3 0.2777 0.818355 0.120 0.000 0.864 0.000 0.016
#> GSM768103 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768104 1 0.2616 0.838544 0.880 0.000 0.100 0.000 0.020
#> GSM768105 4 0.3885 0.648796 0.000 0.176 0.000 0.784 0.040
#> GSM768106 1 0.3752 0.675191 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.4235 0.000371 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM768108 5 0.3141 0.878703 0.152 0.000 0.016 0.000 0.832
#> GSM768109 2 0.0609 0.906325 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768110 1 0.1668 0.814752 0.940 0.000 0.028 0.000 0.032
#> GSM768111 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768112 1 0.1469 0.802524 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM768113 4 0.3885 0.648796 0.000 0.176 0.000 0.784 0.040
#> GSM768114 3 0.0609 0.849205 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768116 1 0.0671 0.805570 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM768117 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768118 5 0.2707 0.924645 0.132 0.000 0.008 0.000 0.860
#> GSM768119 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768120 3 0.4305 0.137608 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> GSM768121 4 0.4262 0.362299 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM768122 1 0.3368 0.812244 0.820 0.000 0.156 0.000 0.024
#> GSM768123 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768124 1 0.4000 0.738684 0.748 0.000 0.228 0.000 0.024
#> GSM768125 4 0.0290 0.733862 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768126 3 0.0290 0.845126 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768128 3 0.1571 0.843623 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0609 0.848933 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2017 0.770011 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> GSM768132 5 0.1792 0.923538 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM768133 2 0.0162 0.911936 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768134 3 0.2690 0.797208 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM768135 3 0.2230 0.824740 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM768136 3 0.3861 0.693649 0.284 0.000 0.712 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2873 0.811631 0.120 0.000 0.860 0.000 0.020
#> GSM768139 4 0.0671 0.728952 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM768140 5 0.1671 0.925042 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM768141 2 0.0162 0.911936 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768142 5 0.2286 0.929691 0.108 0.000 0.004 0.000 0.888
#> GSM768143 2 0.0510 0.909007 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768144 3 0.3508 0.709779 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.912068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0290 0.845126 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0703 0.849668 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768043 3 0.4980 0.118338 0.484 0.000 0.488 0.000 0.028
#> GSM767986 3 0.0000 0.842300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.3534 0.626002 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM767988 4 0.4242 0.387418 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM768058 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767987 4 0.0162 0.733244 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.2946 0.7766 0.176 0.000 0.812 0.000 0.000 0.012
#> GSM767977 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0146 0.8610 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767979 4 0.2527 0.6750 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM767980 3 0.2418 0.8374 0.092 0.000 0.884 0.000 0.016 0.008
#> GSM767981 4 0.2613 0.7839 0.000 0.140 0.000 0.848 0.000 0.012
#> GSM767982 5 0.2766 0.8246 0.124 0.000 0.020 0.000 0.852 0.004
#> GSM767983 4 0.2669 0.7734 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 0.008
#> GSM767984 5 0.2201 0.8577 0.076 0.000 0.028 0.000 0.896 0.000
#> GSM767985 4 0.3431 0.6958 0.000 0.228 0.000 0.756 0.000 0.016
#> GSM767989 3 0.1983 0.8409 0.012 0.000 0.916 0.000 0.060 0.012
#> GSM767990 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.2457 0.8511 0.084 0.000 0.036 0.000 0.880 0.000
#> GSM767992 2 0.0820 0.9272 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM767993 5 0.2402 0.8156 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM767994 4 0.3652 0.6595 0.000 0.264 0.000 0.720 0.000 0.016
#> GSM767995 1 0.1285 0.7101 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4488 0.4055 0.768 0.000 0.016 0.116 0.024 0.076
#> GSM768001 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1806 0.8448 0.088 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004
#> GSM768004 2 0.2513 0.7834 0.000 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> GSM768005 3 0.3043 0.8133 0.132 0.000 0.836 0.000 0.024 0.008
#> GSM768006 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.2221 0.7038 0.896 0.000 0.032 0.000 0.072 0.000
#> GSM768008 6 0.5949 0.3974 0.236 0.000 0.000 0.320 0.000 0.444
#> GSM768009 1 0.3847 0.5222 0.644 0.000 0.348 0.000 0.000 0.008
#> GSM768010 4 0.2669 0.7734 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 0.008
#> GSM768011 1 0.2805 0.6616 0.812 0.000 0.184 0.000 0.000 0.004
#> GSM768012 2 0.0146 0.9383 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768013 3 0.2834 0.8209 0.128 0.000 0.848 0.000 0.016 0.008
#> GSM768014 4 0.2631 0.7755 0.000 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008
#> GSM768017 1 0.1219 0.7110 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM768020 4 0.3555 0.6425 0.000 0.280 0.000 0.712 0.000 0.008
#> GSM768021 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0603 0.7070 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.4183 0.7457 0.152 0.000 0.000 0.000 0.740 0.108
#> GSM768016 2 0.0508 0.9352 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM768025 1 0.3607 0.5719 0.768 0.000 0.204 0.000 0.016 0.012
#> GSM768026 4 0.1370 0.7922 0.000 0.012 0.000 0.948 0.004 0.036
#> GSM768027 1 0.0547 0.7126 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM768028 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.0937 0.7123 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM768030 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2250 0.6945 0.888 0.000 0.020 0.000 0.092 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4387 0.3853 0.572 0.000 0.404 0.000 0.004 0.020
#> GSM768034 4 0.2915 0.7520 0.000 0.184 0.000 0.808 0.000 0.008
#> GSM768035 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM768036 2 0.1049 0.9176 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> GSM768037 5 0.2019 0.8640 0.088 0.000 0.012 0.000 0.900 0.000
#> GSM768038 6 0.5451 -0.1141 0.052 0.044 0.000 0.000 0.332 0.572
#> GSM768039 3 0.2738 0.7934 0.176 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004
#> GSM768040 4 0.2048 0.7929 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.1267 0.7089 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM768042 4 0.3394 0.6138 0.000 0.236 0.000 0.752 0.000 0.012
#> GSM768044 1 0.0632 0.7071 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM768045 2 0.3445 0.6432 0.000 0.732 0.000 0.260 0.000 0.008
#> GSM768046 1 0.4427 0.4016 0.716 0.000 0.000 0.000 0.148 0.136
#> GSM768047 2 0.1462 0.8894 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> GSM768048 3 0.3301 0.7791 0.216 0.000 0.772 0.000 0.004 0.008
#> GSM768049 2 0.4018 0.2129 0.000 0.580 0.000 0.412 0.000 0.008
#> GSM768050 3 0.0000 0.8612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768052 3 0.0291 0.8619 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM768053 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768054 3 0.0665 0.8633 0.008 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004
#> GSM768055 4 0.1434 0.8036 0.000 0.048 0.000 0.940 0.000 0.012
#> GSM768056 3 0.0405 0.8610 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM768057 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768059 3 0.2834 0.8209 0.128 0.000 0.848 0.000 0.016 0.008
#> GSM768060 2 0.0363 0.9358 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768062 1 0.4432 0.5019 0.700 0.000 0.244 0.000 0.028 0.028
#> GSM768063 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768064 5 0.2402 0.8156 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM768065 4 0.3156 0.7468 0.000 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> GSM768066 5 0.2402 0.8156 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM768067 2 0.3852 0.5299 0.000 0.664 0.000 0.324 0.000 0.012
#> GSM768068 6 0.5855 0.3400 0.400 0.000 0.000 0.192 0.000 0.408
#> GSM768069 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768070 3 0.3926 0.7393 0.268 0.000 0.708 0.000 0.012 0.012
#> GSM768071 2 0.0520 0.9350 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM768072 3 0.2883 0.8231 0.132 0.000 0.844 0.000 0.012 0.012
#> GSM768073 4 0.1268 0.8042 0.000 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008
#> GSM768074 4 0.0935 0.8036 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> GSM768075 2 0.0146 0.9383 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768076 1 0.4083 0.2911 0.532 0.000 0.460 0.000 0.000 0.008
#> GSM768077 2 0.0405 0.9362 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM768078 1 0.1592 0.6973 0.940 0.000 0.020 0.000 0.032 0.008
#> GSM768079 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768080 3 0.2791 0.8268 0.124 0.000 0.852 0.000 0.016 0.008
#> GSM768081 4 0.3881 0.3080 0.004 0.000 0.000 0.600 0.000 0.396
#> GSM768082 3 0.1958 0.8386 0.100 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.0520 0.9350 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM768084 1 0.2062 0.6956 0.900 0.000 0.088 0.000 0.004 0.008
#> GSM768085 4 0.1074 0.7970 0.000 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> GSM768086 1 0.0858 0.7055 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM768087 2 0.3911 0.3458 0.000 0.624 0.000 0.368 0.000 0.008
#> GSM768088 3 0.4014 0.7471 0.268 0.000 0.704 0.000 0.016 0.012
#> GSM768089 4 0.2553 0.7836 0.000 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> GSM768090 3 0.2743 0.7920 0.164 0.000 0.828 0.000 0.000 0.008
#> GSM768091 2 0.0260 0.9359 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768092 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM768093 2 0.0632 0.9274 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.2915 0.7714 0.184 0.000 0.808 0.000 0.000 0.008
#> GSM768095 2 0.0405 0.9362 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM768096 3 0.1088 0.8606 0.016 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM768097 3 0.0405 0.8617 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM768098 1 0.4091 0.2501 0.520 0.000 0.472 0.000 0.000 0.008
#> GSM768099 2 0.0865 0.9146 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2320 0.6935 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000
#> GSM768101 4 0.3944 0.2415 0.000 0.004 0.000 0.568 0.000 0.428
#> GSM768102 3 0.2699 0.8291 0.108 0.000 0.864 0.000 0.020 0.008
#> GSM768103 2 0.0520 0.9350 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM768104 1 0.2376 0.7109 0.884 0.000 0.096 0.000 0.012 0.008
#> GSM768105 4 0.3955 0.2250 0.000 0.004 0.000 0.560 0.000 0.436
#> GSM768106 1 0.2737 0.6773 0.832 0.000 0.160 0.000 0.004 0.004
#> GSM768107 2 0.4002 0.2569 0.000 0.588 0.000 0.404 0.000 0.008
#> GSM768108 5 0.5479 -0.0162 0.368 0.000 0.000 0.000 0.500 0.132
#> GSM768109 2 0.0520 0.9362 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM768110 1 0.2278 0.7038 0.904 0.000 0.032 0.000 0.052 0.012
#> GSM768111 2 0.0508 0.9350 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM768112 1 0.2394 0.7016 0.900 0.000 0.032 0.000 0.048 0.020
#> GSM768113 4 0.4093 0.2043 0.004 0.004 0.000 0.552 0.000 0.440
#> GSM768114 3 0.0146 0.8610 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768115 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768116 1 0.1010 0.7122 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM768117 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.2170 0.8570 0.100 0.000 0.012 0.000 0.888 0.000
#> GSM768119 2 0.0603 0.9334 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM768120 1 0.4453 0.2459 0.524 0.000 0.452 0.000 0.004 0.020
#> GSM768121 4 0.2669 0.7734 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 0.008
#> GSM768122 1 0.2340 0.7152 0.896 0.000 0.056 0.000 0.044 0.004
#> GSM768123 2 0.0405 0.9359 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM768124 1 0.2322 0.7153 0.896 0.000 0.064 0.000 0.036 0.004
#> GSM768125 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM768126 3 0.0551 0.8623 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> GSM768127 4 0.0508 0.7983 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM768128 3 0.1757 0.8563 0.052 0.000 0.928 0.000 0.012 0.008
#> GSM768129 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768130 3 0.2100 0.8312 0.112 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004
#> GSM768131 6 0.4409 0.2778 0.380 0.000 0.000 0.000 0.032 0.588
#> GSM768132 5 0.1007 0.8665 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM768133 2 0.0146 0.9390 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.2912 0.7801 0.172 0.000 0.816 0.000 0.000 0.012
#> GSM768135 3 0.2632 0.7920 0.164 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004
#> GSM768136 1 0.4294 0.2743 0.592 0.000 0.388 0.000 0.008 0.012
#> GSM768137 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768138 3 0.2920 0.8181 0.128 0.000 0.844 0.000 0.020 0.008
#> GSM768139 4 0.1858 0.7708 0.000 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> GSM768140 5 0.0937 0.8679 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.1524 0.8690 0.060 0.000 0.008 0.000 0.932 0.000
#> GSM768143 2 0.0291 0.9384 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM768144 3 0.3134 0.7762 0.208 0.000 0.784 0.000 0.004 0.004
#> GSM768145 2 0.0146 0.9392 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768002 3 0.0291 0.8622 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM768061 3 0.0146 0.8610 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768043 3 0.4922 0.3392 0.444 0.000 0.504 0.000 0.044 0.008
#> GSM767986 3 0.0260 0.8612 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767999 4 0.2400 0.7915 0.000 0.116 0.000 0.872 0.004 0.008
#> GSM767988 4 0.2734 0.7778 0.000 0.148 0.000 0.840 0.004 0.008
#> GSM768058 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> GSM767987 4 0.0870 0.7972 0.000 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:mclust 170 1.000 4.64e-33 0.99976 1.000 2
#> SD:mclust 150 1.000 9.37e-31 0.64275 0.999 3
#> SD:mclust 162 0.998 8.68e-31 0.00537 0.985 4
#> SD:mclust 146 0.897 1.82e-26 0.00482 0.686 5
#> SD:mclust 150 0.961 5.67e-29 0.02131 0.822 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.976 0.991 0.5026 0.498 0.498
#> 3 3 0.812 0.867 0.935 0.2777 0.815 0.642
#> 4 4 0.735 0.748 0.843 0.0968 0.881 0.687
#> 5 5 0.698 0.636 0.781 0.0490 0.900 0.698
#> 6 6 0.706 0.561 0.727 0.0476 0.927 0.750
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.981 0.284 0.580 0.420
#> GSM767980 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.925 0.489 0.660 0.340
#> GSM768009 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.118 0.971 0.984 0.016
#> GSM768069 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.939 0.432 0.356 0.644
#> GSM768082 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.988 0.236 0.564 0.436
#> GSM768132 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.5254 0.687 0.736 0.000 0.264
#> GSM767977 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.0237 0.820 0.000 0.004 0.996
#> GSM767980 3 0.1163 0.825 0.028 0.000 0.972
#> GSM767981 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 1 0.6302 -0.070 0.520 0.000 0.480
#> GSM767983 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.1860 0.903 0.948 0.000 0.052
#> GSM767985 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.1031 0.825 0.024 0.000 0.976
#> GSM767990 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.6225 0.339 0.432 0.000 0.568
#> GSM767992 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 1 0.2711 0.873 0.912 0.000 0.088
#> GSM767994 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.0892 0.921 0.980 0.000 0.020
#> GSM767998 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768001 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.6267 0.265 0.548 0.000 0.452
#> GSM768004 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.6274 0.266 0.456 0.000 0.544
#> GSM768006 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768008 3 0.5553 0.580 0.004 0.272 0.724
#> GSM768009 1 0.0747 0.923 0.984 0.000 0.016
#> GSM768010 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768012 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.6280 0.030 0.540 0.000 0.460
#> GSM768014 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0237 0.923 0.996 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768020 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0237 0.923 0.996 0.000 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0592 0.922 0.988 0.000 0.012
#> GSM768026 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0237 0.923 0.996 0.000 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4399 0.788 0.812 0.000 0.188
#> GSM768034 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.5733 0.449 0.676 0.324 0.000
#> GSM768039 3 0.1860 0.821 0.052 0.000 0.948
#> GSM768040 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0237 0.923 0.996 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768047 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 1 0.4291 0.766 0.820 0.000 0.180
#> GSM768049 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.1031 0.958 0.000 0.976 0.024
#> GSM768052 3 0.0237 0.821 0.004 0.000 0.996
#> GSM768053 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.4452 0.772 0.192 0.000 0.808
#> GSM768055 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0237 0.822 0.004 0.000 0.996
#> GSM768057 2 0.2165 0.914 0.000 0.936 0.064
#> GSM768059 3 0.4504 0.772 0.196 0.000 0.804
#> GSM768060 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.2165 0.893 0.936 0.000 0.064
#> GSM768063 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 1 0.2165 0.893 0.936 0.000 0.064
#> GSM768065 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 1 0.4842 0.692 0.776 0.000 0.224
#> GSM768067 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 1 0.2492 0.882 0.936 0.048 0.016
#> GSM768069 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.3551 0.829 0.868 0.000 0.132
#> GSM768071 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4452 0.775 0.192 0.000 0.808
#> GSM768073 2 0.3412 0.839 0.000 0.876 0.124
#> GSM768074 2 0.6215 0.160 0.000 0.572 0.428
#> GSM768075 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.5058 0.708 0.756 0.000 0.244
#> GSM768077 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0592 0.922 0.988 0.000 0.012
#> GSM768079 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4452 0.775 0.192 0.000 0.808
#> GSM768081 3 0.4682 0.743 0.004 0.192 0.804
#> GSM768082 3 0.0747 0.823 0.016 0.000 0.984
#> GSM768083 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> GSM768085 2 0.5016 0.652 0.000 0.760 0.240
#> GSM768086 1 0.0237 0.923 0.996 0.000 0.004
#> GSM768087 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.4605 0.763 0.204 0.000 0.796
#> GSM768089 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.4002 0.719 0.160 0.000 0.840
#> GSM768091 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0592 0.923 0.988 0.000 0.012
#> GSM768093 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 1 0.3116 0.858 0.892 0.000 0.108
#> GSM768095 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.1031 0.825 0.024 0.000 0.976
#> GSM768098 1 0.1163 0.918 0.972 0.000 0.028
#> GSM768099 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 3 0.5968 0.507 0.364 0.000 0.636
#> GSM768103 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.4178 0.789 0.000 0.828 0.172
#> GSM768106 1 0.0747 0.918 0.984 0.000 0.016
#> GSM768107 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.1753 0.896 0.952 0.000 0.048
#> GSM768113 2 0.4504 0.755 0.000 0.804 0.196
#> GSM768114 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 3 0.3192 0.773 0.000 0.112 0.888
#> GSM768116 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.1289 0.914 0.968 0.000 0.032
#> GSM768119 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.4399 0.775 0.188 0.000 0.812
#> GSM768121 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768123 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0592 0.923 0.988 0.000 0.012
#> GSM768125 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.4291 0.780 0.180 0.000 0.820
#> GSM768127 3 0.6079 0.427 0.000 0.388 0.612
#> GSM768128 3 0.4452 0.775 0.192 0.000 0.808
#> GSM768129 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0424 0.821 0.008 0.000 0.992
#> GSM768131 1 0.0237 0.922 0.996 0.004 0.000
#> GSM768132 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768133 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.1964 0.902 0.944 0.000 0.056
#> GSM768135 1 0.4062 0.812 0.836 0.000 0.164
#> GSM768136 1 0.1163 0.916 0.972 0.000 0.028
#> GSM768137 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.4504 0.772 0.196 0.000 0.804
#> GSM768139 3 0.4555 0.736 0.000 0.200 0.800
#> GSM768140 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0592 0.923 0.988 0.000 0.012
#> GSM768143 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.4452 0.772 0.192 0.000 0.808
#> GSM768145 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.3941 0.791 0.156 0.000 0.844
#> GSM768061 3 0.0237 0.821 0.004 0.000 0.996
#> GSM768043 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> GSM767986 3 0.1031 0.825 0.024 0.000 0.976
#> GSM767999 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 3 0.5733 0.560 0.000 0.324 0.676
#> GSM768058 3 0.6008 0.461 0.000 0.372 0.628
#> GSM767987 3 0.4452 0.734 0.000 0.192 0.808
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.5337 0.5117 0.012 0.000 0.564 0.424
#> GSM767977 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.1118 0.7721 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM767979 3 0.2469 0.7639 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM767980 3 0.3257 0.7460 0.152 0.000 0.844 0.004
#> GSM767981 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767982 1 0.4656 0.6702 0.784 0.000 0.160 0.056
#> GSM767983 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767984 1 0.2741 0.7146 0.892 0.000 0.012 0.096
#> GSM767985 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767989 3 0.1389 0.7772 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 1 0.5122 0.6575 0.756 0.000 0.164 0.080
#> GSM767992 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767993 1 0.2401 0.7006 0.904 0.000 0.092 0.004
#> GSM767994 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767995 4 0.4431 0.7087 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM767996 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 1 0.2281 0.7142 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM767998 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 4 0.2999 0.7094 0.132 0.004 0.000 0.864
#> GSM768001 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.6660 0.0267 0.452 0.000 0.464 0.084
#> GSM768004 2 0.4907 0.2696 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM768005 1 0.3790 0.6434 0.820 0.000 0.164 0.016
#> GSM768006 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 4 0.4331 0.7064 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM768008 3 0.5137 0.4608 0.000 0.004 0.544 0.452
#> GSM768009 4 0.3787 0.6962 0.124 0.000 0.036 0.840
#> GSM768010 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768011 4 0.3037 0.6718 0.076 0.000 0.036 0.888
#> GSM768012 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 1 0.3402 0.6523 0.832 0.000 0.164 0.004
#> GSM768014 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768017 1 0.3300 0.6198 0.848 0.000 0.008 0.144
#> GSM768018 2 0.0188 0.9664 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768019 1 0.2760 0.7031 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM768020 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768021 1 0.2589 0.7094 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM768022 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 4 0.5614 0.6101 0.336 0.000 0.036 0.628
#> GSM768024 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.1022 0.7146 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM768016 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3931 0.6625 0.832 0.000 0.040 0.128
#> GSM768026 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768027 4 0.5326 0.6532 0.380 0.000 0.016 0.604
#> GSM768028 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 4 0.4991 0.6756 0.388 0.000 0.004 0.608
#> GSM768030 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 4 0.4406 0.6989 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM768032 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.5496 0.5796 0.232 0.000 0.704 0.064
#> GSM768034 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768035 1 0.2760 0.7031 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM768036 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768037 1 0.2704 0.7056 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM768038 1 0.5873 0.3531 0.668 0.256 0.000 0.076
#> GSM768039 3 0.0927 0.7785 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM768040 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768041 4 0.4564 0.7057 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM768042 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768044 1 0.5615 0.0297 0.612 0.000 0.032 0.356
#> GSM768045 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768046 4 0.4830 0.5492 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM768047 2 0.0592 0.9573 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768048 3 0.6330 0.6452 0.200 0.000 0.656 0.144
#> GSM768049 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768050 3 0.3278 0.7637 0.020 0.000 0.864 0.116
#> GSM768051 2 0.4122 0.6521 0.000 0.760 0.236 0.004
#> GSM768052 3 0.2921 0.7575 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM768053 2 0.0524 0.9636 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM768054 3 0.3056 0.7682 0.072 0.000 0.888 0.040
#> GSM768055 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768056 3 0.1398 0.7776 0.040 0.000 0.956 0.004
#> GSM768057 2 0.4401 0.5827 0.000 0.724 0.272 0.004
#> GSM768059 3 0.4678 0.6584 0.232 0.000 0.744 0.024
#> GSM768060 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.4174 0.6454 0.816 0.000 0.140 0.044
#> GSM768063 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768064 1 0.1576 0.7131 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM768065 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768066 1 0.2760 0.6797 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 4 0.5822 0.5476 0.272 0.004 0.056 0.668
#> GSM768069 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 1 0.6936 0.2965 0.568 0.000 0.284 0.148
#> GSM768071 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4901 0.7323 0.108 0.000 0.780 0.112
#> GSM768073 2 0.4699 0.4748 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM768074 2 0.5105 0.1429 0.000 0.564 0.432 0.004
#> GSM768075 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 4 0.5085 0.3933 0.032 0.000 0.260 0.708
#> GSM768077 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2739 0.6998 0.904 0.000 0.036 0.060
#> GSM768079 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4375 0.7084 0.180 0.000 0.788 0.032
#> GSM768081 3 0.2775 0.7676 0.084 0.000 0.896 0.020
#> GSM768082 3 0.2036 0.7802 0.032 0.000 0.936 0.032
#> GSM768083 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3991 0.6438 0.808 0.000 0.020 0.172
#> GSM768085 2 0.1398 0.9332 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM768086 1 0.5808 -0.2462 0.544 0.000 0.032 0.424
#> GSM768087 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768088 1 0.7240 -0.1063 0.456 0.000 0.400 0.144
#> GSM768089 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768090 3 0.4331 0.6924 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM768091 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.2530 0.7105 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768093 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5681 0.6755 0.088 0.000 0.704 0.208
#> GSM768095 2 0.1302 0.9318 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM768096 3 0.4134 0.7077 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM768097 3 0.3325 0.7579 0.024 0.000 0.864 0.112
#> GSM768098 4 0.6346 0.6686 0.244 0.000 0.116 0.640
#> GSM768099 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 4 0.3196 0.7116 0.136 0.000 0.008 0.856
#> GSM768101 2 0.1792 0.9056 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM768102 1 0.3401 0.6614 0.840 0.000 0.152 0.008
#> GSM768103 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 4 0.4955 0.7166 0.268 0.000 0.024 0.708
#> GSM768105 4 0.6648 0.2469 0.000 0.372 0.092 0.536
#> GSM768106 4 0.5184 0.7098 0.212 0.000 0.056 0.732
#> GSM768107 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.4072 0.5519 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM768109 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 4 0.4356 0.7033 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM768111 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 4 0.3486 0.6892 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM768113 4 0.5484 0.4917 0.000 0.132 0.132 0.736
#> GSM768114 3 0.2589 0.7618 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM768115 3 0.5387 0.5802 0.000 0.256 0.696 0.048
#> GSM768116 4 0.4746 0.6930 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM768117 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 1 0.2281 0.7142 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM768119 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.2363 0.7776 0.056 0.000 0.920 0.024
#> GSM768121 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768122 4 0.4250 0.7135 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM768123 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.4560 0.4588 0.700 0.000 0.004 0.296
#> GSM768125 2 0.0188 0.9676 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768126 3 0.2081 0.7763 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM768127 3 0.5060 0.3426 0.000 0.412 0.584 0.004
#> GSM768128 3 0.2281 0.7651 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.2742 0.7714 0.024 0.000 0.900 0.076
#> GSM768131 1 0.4933 0.0310 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM768132 1 0.3123 0.6788 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM768133 2 0.0188 0.9664 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768134 3 0.7469 0.2569 0.340 0.000 0.472 0.188
#> GSM768135 3 0.5891 0.6755 0.132 0.000 0.700 0.168
#> GSM768136 4 0.6637 0.4689 0.324 0.000 0.104 0.572
#> GSM768137 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3688 0.6957 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM768139 3 0.5345 0.6451 0.080 0.168 0.748 0.004
#> GSM768140 1 0.2589 0.7094 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM768141 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.2647 0.7072 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM768143 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.3156 0.7576 0.048 0.000 0.884 0.068
#> GSM768145 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1807 0.7784 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM768061 3 0.3123 0.7544 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM768043 1 0.2408 0.7039 0.920 0.000 0.036 0.044
#> GSM767986 3 0.1211 0.7773 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM767999 2 0.0376 0.9663 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767988 3 0.5126 0.2479 0.000 0.444 0.552 0.004
#> GSM768058 3 0.5004 0.4017 0.000 0.392 0.604 0.004
#> GSM767987 3 0.4818 0.6292 0.000 0.216 0.748 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 4 0.6775 -0.0387 0.084 0.000 0.384 0.476 0.056
#> GSM767977 2 0.1282 0.8828 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM767978 3 0.0566 0.7053 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> GSM767979 3 0.2477 0.6498 0.008 0.008 0.892 0.092 0.000
#> GSM767980 3 0.4696 0.2328 0.400 0.000 0.584 0.004 0.012
#> GSM767981 2 0.2463 0.8868 0.008 0.888 0.004 0.100 0.000
#> GSM767982 5 0.6244 0.3066 0.160 0.000 0.336 0.000 0.504
#> GSM767983 2 0.2588 0.8852 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM767984 5 0.5153 0.4884 0.112 0.000 0.204 0.000 0.684
#> GSM767985 2 0.1282 0.9015 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> GSM767989 3 0.1836 0.6935 0.032 0.000 0.932 0.000 0.036
#> GSM767990 2 0.0290 0.8987 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767991 5 0.5938 0.2723 0.112 0.000 0.376 0.000 0.512
#> GSM767992 2 0.0992 0.9015 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> GSM767993 1 0.4277 0.7622 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> GSM767994 2 0.2588 0.8852 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM767995 5 0.6002 0.0918 0.116 0.000 0.000 0.392 0.492
#> GSM767996 2 0.1357 0.8805 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM767997 5 0.4266 0.5757 0.120 0.000 0.104 0.000 0.776
#> GSM767998 2 0.0404 0.8979 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768000 4 0.5778 0.2593 0.096 0.000 0.004 0.576 0.324
#> GSM768001 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768003 3 0.7586 0.2937 0.260 0.000 0.472 0.188 0.080
#> GSM768004 2 0.5070 0.4351 0.016 0.640 0.000 0.316 0.028
#> GSM768005 1 0.3644 0.7827 0.824 0.000 0.080 0.000 0.096
#> GSM768006 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768007 5 0.4982 0.1768 0.032 0.000 0.000 0.412 0.556
#> GSM768008 4 0.6085 -0.0441 0.076 0.012 0.344 0.560 0.008
#> GSM768009 4 0.6280 0.3463 0.112 0.000 0.032 0.600 0.256
#> GSM768010 2 0.2408 0.8886 0.008 0.892 0.004 0.096 0.000
#> GSM768011 4 0.6167 0.3984 0.128 0.000 0.036 0.636 0.200
#> GSM768012 2 0.0794 0.8929 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768013 1 0.5083 0.6977 0.696 0.000 0.120 0.000 0.184
#> GSM768014 2 0.2408 0.8884 0.008 0.892 0.004 0.096 0.000
#> GSM768017 1 0.4519 0.6855 0.720 0.000 0.000 0.052 0.228
#> GSM768018 2 0.1557 0.8758 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM768019 5 0.2189 0.6364 0.084 0.000 0.000 0.012 0.904
#> GSM768020 2 0.2249 0.8901 0.008 0.896 0.000 0.096 0.000
#> GSM768021 5 0.2660 0.6313 0.128 0.000 0.008 0.000 0.864
#> GSM768022 2 0.1597 0.8757 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM768023 1 0.4307 0.6287 0.772 0.000 0.000 0.128 0.100
#> GSM768024 2 0.0609 0.8959 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768015 1 0.4182 0.5638 0.644 0.000 0.004 0.000 0.352
#> GSM768016 2 0.1597 0.8757 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM768025 1 0.1877 0.7754 0.924 0.000 0.012 0.000 0.064
#> GSM768026 2 0.2407 0.8911 0.012 0.896 0.004 0.088 0.000
#> GSM768027 4 0.6821 0.0687 0.328 0.000 0.000 0.352 0.320
#> GSM768028 2 0.0404 0.8979 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768029 1 0.6813 -0.1393 0.356 0.000 0.000 0.304 0.340
#> GSM768030 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768031 5 0.4696 0.2667 0.024 0.000 0.000 0.360 0.616
#> GSM768032 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768033 3 0.4536 0.3145 0.008 0.000 0.640 0.008 0.344
#> GSM768034 2 0.2077 0.8931 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000
#> GSM768035 5 0.1608 0.6368 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM768036 2 0.1965 0.8924 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM768037 5 0.2753 0.6262 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> GSM768038 5 0.3634 0.5639 0.076 0.088 0.004 0.000 0.832
#> GSM768039 3 0.1106 0.7058 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> GSM768040 2 0.2463 0.8868 0.008 0.888 0.004 0.100 0.000
#> GSM768041 5 0.6626 -0.0128 0.224 0.000 0.000 0.352 0.424
#> GSM768042 2 0.2463 0.8868 0.008 0.888 0.004 0.100 0.000
#> GSM768044 1 0.3885 0.7255 0.784 0.000 0.000 0.040 0.176
#> GSM768045 2 0.2408 0.8887 0.008 0.892 0.004 0.096 0.000
#> GSM768046 5 0.2966 0.5381 0.016 0.000 0.000 0.136 0.848
#> GSM768047 2 0.1757 0.8734 0.004 0.936 0.000 0.048 0.012
#> GSM768048 3 0.6487 0.2752 0.316 0.000 0.476 0.208 0.000
#> GSM768049 2 0.2408 0.8886 0.008 0.892 0.004 0.096 0.000
#> GSM768050 3 0.3161 0.6792 0.032 0.000 0.860 0.100 0.008
#> GSM768051 2 0.4306 0.8155 0.012 0.792 0.096 0.100 0.000
#> GSM768052 3 0.2694 0.6849 0.008 0.000 0.876 0.108 0.008
#> GSM768053 2 0.2452 0.8914 0.004 0.896 0.016 0.084 0.000
#> GSM768054 3 0.1281 0.7057 0.032 0.000 0.956 0.000 0.012
#> GSM768055 2 0.2914 0.8804 0.016 0.872 0.012 0.100 0.000
#> GSM768056 3 0.1564 0.7012 0.024 0.000 0.948 0.004 0.024
#> GSM768057 2 0.5222 0.6816 0.008 0.696 0.196 0.100 0.000
#> GSM768059 1 0.3264 0.7224 0.820 0.000 0.164 0.016 0.000
#> GSM768060 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768062 1 0.4072 0.7605 0.792 0.000 0.048 0.008 0.152
#> GSM768063 2 0.2588 0.8852 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM768064 1 0.4297 0.7587 0.764 0.000 0.072 0.000 0.164
#> GSM768065 2 0.2802 0.8823 0.016 0.876 0.008 0.100 0.000
#> GSM768066 1 0.4277 0.7622 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> GSM768067 2 0.1041 0.9017 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM768068 1 0.4811 0.5338 0.748 0.008 0.020 0.184 0.040
#> GSM768069 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768070 1 0.3232 0.7672 0.864 0.000 0.084 0.016 0.036
#> GSM768071 2 0.0451 0.9009 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM768072 1 0.4707 0.5876 0.716 0.000 0.212 0.072 0.000
#> GSM768073 2 0.5554 0.6890 0.028 0.692 0.180 0.100 0.000
#> GSM768074 2 0.6356 0.4091 0.028 0.552 0.320 0.100 0.000
#> GSM768075 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768076 4 0.8053 0.2878 0.112 0.000 0.292 0.392 0.204
#> GSM768077 2 0.0609 0.8959 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768078 1 0.2761 0.7868 0.872 0.000 0.024 0.000 0.104
#> GSM768079 2 0.0290 0.8986 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768080 1 0.3280 0.7141 0.812 0.000 0.176 0.012 0.000
#> GSM768081 3 0.5862 0.5301 0.084 0.064 0.684 0.168 0.000
#> GSM768082 3 0.2060 0.7043 0.036 0.000 0.928 0.024 0.012
#> GSM768083 2 0.0404 0.8993 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768084 1 0.2569 0.7769 0.896 0.000 0.016 0.012 0.076
#> GSM768085 2 0.3561 0.8645 0.032 0.844 0.024 0.100 0.000
#> GSM768086 1 0.3988 0.7161 0.768 0.000 0.000 0.036 0.196
#> GSM768087 2 0.2116 0.8949 0.008 0.912 0.004 0.076 0.000
#> GSM768088 1 0.2466 0.7657 0.900 0.000 0.076 0.012 0.012
#> GSM768089 2 0.2802 0.8823 0.016 0.876 0.008 0.100 0.000
#> GSM768090 4 0.6151 -0.2104 0.116 0.000 0.396 0.484 0.004
#> GSM768091 2 0.0609 0.8959 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768092 5 0.2763 0.6202 0.148 0.000 0.004 0.000 0.848
#> GSM768093 2 0.0404 0.8979 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768094 3 0.6055 0.4639 0.096 0.000 0.640 0.224 0.040
#> GSM768095 2 0.1544 0.8718 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768096 3 0.5873 0.3682 0.112 0.000 0.540 0.348 0.000
#> GSM768097 3 0.4192 0.6158 0.068 0.000 0.784 0.144 0.004
#> GSM768098 5 0.7421 -0.0352 0.088 0.000 0.152 0.256 0.504
#> GSM768099 2 0.0404 0.8981 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768100 4 0.5999 0.1999 0.076 0.000 0.016 0.532 0.376
#> GSM768101 2 0.3112 0.8764 0.000 0.856 0.044 0.100 0.000
#> GSM768102 1 0.4102 0.7807 0.796 0.000 0.080 0.004 0.120
#> GSM768103 2 0.1282 0.9001 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> GSM768104 5 0.5511 0.1470 0.032 0.000 0.020 0.408 0.540
#> GSM768105 4 0.5350 0.1840 0.008 0.344 0.040 0.604 0.004
#> GSM768106 4 0.5032 0.3112 0.056 0.000 0.016 0.704 0.224
#> GSM768107 2 0.2077 0.8931 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000
#> GSM768108 5 0.1997 0.6161 0.036 0.000 0.000 0.040 0.924
#> GSM768109 2 0.0671 0.8958 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM768110 5 0.4801 0.2376 0.020 0.000 0.004 0.372 0.604
#> GSM768111 2 0.1341 0.8993 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768112 4 0.4811 -0.0257 0.020 0.000 0.000 0.528 0.452
#> GSM768113 4 0.3838 0.4318 0.028 0.028 0.056 0.852 0.036
#> GSM768114 3 0.1697 0.7017 0.008 0.000 0.932 0.060 0.000
#> GSM768115 2 0.6550 0.0613 0.024 0.444 0.424 0.108 0.000
#> GSM768116 4 0.6762 0.0753 0.272 0.000 0.000 0.388 0.340
#> GSM768117 2 0.1608 0.8971 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM768118 5 0.4548 0.5577 0.156 0.000 0.096 0.000 0.748
#> GSM768119 2 0.0404 0.9011 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768120 3 0.5066 0.6041 0.056 0.000 0.748 0.140 0.056
#> GSM768121 2 0.2588 0.8852 0.008 0.884 0.008 0.100 0.000
#> GSM768122 5 0.5298 0.1619 0.044 0.000 0.004 0.396 0.556
#> GSM768123 2 0.0290 0.9007 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768124 5 0.2467 0.6038 0.024 0.000 0.016 0.052 0.908
#> GSM768125 2 0.2136 0.8921 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> GSM768126 3 0.1913 0.7069 0.044 0.000 0.932 0.008 0.016
#> GSM768127 3 0.6542 -0.0116 0.028 0.412 0.460 0.100 0.000
#> GSM768128 3 0.1478 0.7026 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0290 0.8986 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768130 3 0.2917 0.6985 0.024 0.000 0.888 0.048 0.040
#> GSM768131 5 0.2775 0.5782 0.020 0.004 0.000 0.100 0.876
#> GSM768132 5 0.1502 0.6340 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> GSM768133 2 0.0865 0.8936 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM768134 3 0.7678 0.0603 0.328 0.000 0.340 0.284 0.048
#> GSM768135 3 0.7191 0.1844 0.336 0.000 0.396 0.248 0.020
#> GSM768136 4 0.6677 0.1653 0.416 0.000 0.060 0.456 0.068
#> GSM768137 2 0.1205 0.9005 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> GSM768138 1 0.3990 0.5869 0.688 0.000 0.308 0.000 0.004
#> GSM768139 2 0.7374 0.1596 0.100 0.452 0.348 0.100 0.000
#> GSM768140 5 0.2488 0.6305 0.124 0.000 0.004 0.000 0.872
#> GSM768141 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768142 5 0.2488 0.6311 0.124 0.000 0.004 0.000 0.872
#> GSM768143 2 0.0290 0.8986 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768144 3 0.2650 0.6683 0.036 0.000 0.892 0.004 0.068
#> GSM768145 2 0.0510 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768002 3 0.1267 0.7038 0.024 0.000 0.960 0.004 0.012
#> GSM768061 3 0.4209 0.5940 0.016 0.000 0.732 0.244 0.008
#> GSM768043 1 0.3413 0.7871 0.832 0.000 0.044 0.000 0.124
#> GSM767986 3 0.1216 0.7017 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> GSM767999 2 0.2699 0.8837 0.008 0.880 0.012 0.100 0.000
#> GSM767988 2 0.6257 0.3095 0.016 0.512 0.372 0.100 0.000
#> GSM768058 2 0.6512 0.2262 0.028 0.488 0.384 0.100 0.000
#> GSM767987 3 0.6155 0.0614 0.008 0.400 0.488 0.104 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 4 0.7073 0.1095 0.336 0.000 0.116 0.432 0.104 0.012
#> GSM767977 2 0.2212 0.7333 0.112 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.5524 0.3076 0.000 0.000 0.560 0.204 0.236 0.000
#> GSM767979 3 0.1524 0.1919 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008 0.000
#> GSM767980 6 0.7417 -0.0965 0.000 0.000 0.164 0.172 0.304 0.360
#> GSM767981 2 0.3409 0.7492 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM767982 5 0.4129 0.2501 0.000 0.000 0.092 0.120 0.772 0.016
#> GSM767983 2 0.3482 0.7399 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.2138 0.4721 0.008 0.000 0.012 0.060 0.912 0.008
#> GSM767985 2 0.1714 0.8089 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.5778 0.2899 0.000 0.000 0.520 0.160 0.312 0.008
#> GSM767990 2 0.0146 0.8074 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.4389 0.2032 0.000 0.000 0.120 0.124 0.744 0.012
#> GSM767992 2 0.1863 0.8078 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM767993 6 0.2178 0.7907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM767994 2 0.3409 0.7492 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.3375 0.6527 0.828 0.000 0.000 0.008 0.076 0.088
#> GSM767996 2 0.1700 0.7615 0.080 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.2508 0.4641 0.016 0.000 0.000 0.084 0.884 0.016
#> GSM767998 2 0.0146 0.8074 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4384 0.4820 0.696 0.016 0.000 0.260 0.008 0.020
#> GSM768001 2 0.0777 0.8004 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768003 4 0.6236 0.2138 0.004 0.000 0.084 0.444 0.412 0.056
#> GSM768004 2 0.3445 0.5507 0.244 0.744 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768005 6 0.0547 0.8332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM768006 2 0.1180 0.8067 0.012 0.960 0.016 0.012 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.2863 0.6720 0.864 0.000 0.000 0.036 0.088 0.012
#> GSM768008 4 0.3991 0.2822 0.176 0.020 0.020 0.772 0.012 0.000
#> GSM768009 1 0.5163 0.4220 0.572 0.000 0.004 0.360 0.044 0.020
#> GSM768010 2 0.3758 0.7570 0.016 0.700 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.5412 0.4097 0.528 0.000 0.004 0.392 0.052 0.024
#> GSM768012 2 0.1152 0.7901 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768013 6 0.5718 0.1814 0.000 0.000 0.020 0.096 0.428 0.456
#> GSM768014 2 0.3428 0.7471 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM768017 6 0.3979 0.3295 0.360 0.000 0.000 0.000 0.012 0.628
#> GSM768018 2 0.2100 0.7370 0.112 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.3758 0.7038 0.284 0.000 0.000 0.000 0.700 0.016
#> GSM768020 2 0.3758 0.7568 0.016 0.700 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.3858 0.7113 0.228 0.000 0.000 0.012 0.740 0.020
#> GSM768022 2 0.2402 0.7235 0.120 0.868 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768023 6 0.1471 0.8146 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932
#> GSM768024 2 0.0692 0.8017 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768015 6 0.2445 0.7887 0.020 0.000 0.000 0.000 0.108 0.872
#> GSM768016 2 0.2121 0.7432 0.096 0.892 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768025 6 0.0260 0.8339 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768026 2 0.3428 0.7471 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.3348 0.6678 0.812 0.000 0.000 0.020 0.016 0.152
#> GSM768028 2 0.0146 0.8074 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.4204 0.5571 0.688 0.000 0.000 0.004 0.036 0.272
#> GSM768030 2 0.0146 0.8084 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3812 0.3755 0.712 0.000 0.000 0.016 0.268 0.004
#> GSM768032 2 0.0777 0.8004 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.7217 -0.3420 0.272 0.000 0.356 0.088 0.284 0.000
#> GSM768034 2 0.3244 0.7655 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.3595 0.7023 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> GSM768036 2 0.3528 0.7517 0.000 0.700 0.296 0.004 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.4020 0.7012 0.276 0.000 0.000 0.000 0.692 0.032
#> GSM768038 5 0.5115 0.6014 0.228 0.112 0.000 0.000 0.648 0.012
#> GSM768039 3 0.6623 0.2689 0.064 0.000 0.492 0.184 0.260 0.000
#> GSM768040 2 0.3835 0.7492 0.016 0.684 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.3186 0.6767 0.836 0.000 0.000 0.004 0.060 0.100
#> GSM768042 2 0.3390 0.7518 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 6 0.0777 0.8308 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> GSM768045 2 0.3772 0.7499 0.008 0.692 0.296 0.004 0.000 0.000
#> GSM768046 5 0.4033 0.5809 0.404 0.000 0.000 0.004 0.588 0.004
#> GSM768047 2 0.2431 0.7175 0.132 0.860 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768048 4 0.8227 0.2161 0.080 0.000 0.260 0.344 0.092 0.224
#> GSM768049 2 0.3778 0.7546 0.016 0.696 0.288 0.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.6174 0.1620 0.000 0.000 0.424 0.228 0.340 0.008
#> GSM768051 2 0.3868 0.4597 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.5484 0.2762 0.000 0.000 0.568 0.204 0.228 0.000
#> GSM768053 2 0.3592 0.7134 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.5251 0.3143 0.000 0.000 0.592 0.116 0.288 0.004
#> GSM768055 2 0.3515 0.7327 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.5793 0.2897 0.000 0.000 0.520 0.164 0.308 0.008
#> GSM768057 2 0.3789 0.6214 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> GSM768059 6 0.1003 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016 0.964
#> GSM768060 2 0.0291 0.8067 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768062 6 0.2457 0.8045 0.036 0.000 0.044 0.004 0.016 0.900
#> GSM768063 2 0.3578 0.7195 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000
#> GSM768064 6 0.2219 0.7891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM768065 2 0.3499 0.7358 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM768066 6 0.2300 0.7835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM768067 2 0.1714 0.8092 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 6 0.3377 0.7418 0.084 0.008 0.000 0.080 0.000 0.828
#> GSM768069 2 0.0405 0.8056 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768070 6 0.0291 0.8345 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM768071 2 0.0547 0.8109 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 6 0.2630 0.7605 0.004 0.000 0.092 0.032 0.000 0.872
#> GSM768073 3 0.3789 -0.2541 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> GSM768074 3 0.4429 -0.1355 0.016 0.372 0.600 0.012 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0692 0.8021 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.5597 0.2707 0.496 0.000 0.044 0.420 0.028 0.012
#> GSM768077 2 0.0777 0.8004 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768078 6 0.0405 0.8347 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM768079 2 0.0000 0.8085 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 6 0.0622 0.8333 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM768081 3 0.3062 0.1596 0.024 0.032 0.872 0.060 0.004 0.008
#> GSM768082 3 0.5438 0.2666 0.000 0.000 0.568 0.172 0.260 0.000
#> GSM768083 2 0.0260 0.8100 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 6 0.0603 0.8339 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM768085 2 0.3620 0.7057 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> GSM768086 6 0.2006 0.7849 0.104 0.000 0.000 0.000 0.004 0.892
#> GSM768087 2 0.3288 0.7627 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000 0.000
#> GSM768088 6 0.0436 0.8345 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988
#> GSM768089 2 0.3464 0.7413 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> GSM768090 4 0.3164 0.4136 0.032 0.000 0.140 0.824 0.004 0.000
#> GSM768091 2 0.0692 0.8021 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.3710 0.7034 0.196 0.000 0.000 0.012 0.768 0.024
#> GSM768093 2 0.0862 0.8095 0.004 0.972 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.7057 0.1226 0.044 0.000 0.408 0.316 0.216 0.016
#> GSM768095 2 0.1644 0.7682 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.4161 -0.1267 0.000 0.000 0.540 0.448 0.012 0.000
#> GSM768097 3 0.5926 0.1875 0.028 0.000 0.568 0.236 0.168 0.000
#> GSM768098 5 0.6563 0.1793 0.364 0.000 0.044 0.176 0.416 0.000
#> GSM768099 2 0.0520 0.8102 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3801 0.6662 0.792 0.000 0.012 0.132 0.064 0.000
#> GSM768101 2 0.3996 0.6580 0.004 0.604 0.388 0.004 0.000 0.000
#> GSM768102 6 0.2357 0.7956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116 0.872
#> GSM768103 2 0.2340 0.7994 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.2206 0.6931 0.904 0.000 0.008 0.064 0.024 0.000
#> GSM768105 4 0.6990 0.1052 0.056 0.240 0.296 0.404 0.004 0.000
#> GSM768106 4 0.5468 -0.1484 0.372 0.000 0.004 0.528 0.088 0.008
#> GSM768107 2 0.3288 0.7623 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.3864 0.6539 0.344 0.000 0.000 0.004 0.648 0.004
#> GSM768109 2 0.0551 0.8077 0.004 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3023 0.5475 0.808 0.000 0.000 0.008 0.180 0.004
#> GSM768111 2 0.3371 0.7851 0.016 0.780 0.200 0.004 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.2237 0.6521 0.896 0.000 0.000 0.036 0.068 0.000
#> GSM768113 4 0.6086 0.2989 0.184 0.008 0.264 0.532 0.012 0.000
#> GSM768114 3 0.5260 0.2993 0.000 0.000 0.604 0.172 0.224 0.000
#> GSM768115 3 0.4331 -0.0777 0.016 0.340 0.632 0.012 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.3139 0.6661 0.836 0.000 0.000 0.008 0.036 0.120
#> GSM768117 2 0.3221 0.7668 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.1923 0.6137 0.064 0.000 0.004 0.000 0.916 0.016
#> GSM768119 2 0.1003 0.8123 0.004 0.964 0.028 0.004 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.5002 0.0715 0.116 0.000 0.724 0.112 0.040 0.008
#> GSM768121 2 0.3515 0.7327 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.3289 0.6860 0.836 0.000 0.004 0.092 0.064 0.004
#> GSM768123 2 0.0820 0.8095 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 5 0.4066 0.5961 0.392 0.000 0.000 0.012 0.596 0.000
#> GSM768125 2 0.3499 0.7361 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.5238 0.2849 0.000 0.000 0.580 0.128 0.292 0.000
#> GSM768127 3 0.3390 0.1077 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.5010 0.3133 0.000 0.000 0.632 0.104 0.260 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.8085 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.5631 0.1657 0.000 0.000 0.508 0.168 0.324 0.000
#> GSM768131 5 0.4230 0.5870 0.400 0.000 0.000 0.008 0.584 0.008
#> GSM768132 5 0.3772 0.6961 0.296 0.000 0.000 0.004 0.692 0.008
#> GSM768133 2 0.1049 0.7972 0.032 0.960 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768134 4 0.6638 0.3261 0.056 0.000 0.080 0.588 0.204 0.072
#> GSM768135 4 0.6719 0.4193 0.012 0.000 0.160 0.564 0.132 0.132
#> GSM768136 1 0.7074 0.1475 0.388 0.000 0.080 0.348 0.004 0.180
#> GSM768137 2 0.2178 0.8029 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 6 0.5420 0.4256 0.000 0.000 0.100 0.032 0.236 0.632
#> GSM768139 3 0.3710 0.1124 0.000 0.292 0.696 0.000 0.000 0.012
#> GSM768140 5 0.3431 0.7153 0.228 0.000 0.000 0.000 0.756 0.016
#> GSM768141 2 0.0146 0.8074 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.3507 0.7157 0.232 0.000 0.004 0.000 0.752 0.012
#> GSM768143 2 0.0146 0.8092 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.5612 0.3032 0.004 0.000 0.552 0.136 0.304 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.8085 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.5890 0.2844 0.000 0.000 0.508 0.184 0.300 0.008
#> GSM768061 4 0.6095 -0.0421 0.000 0.000 0.332 0.428 0.236 0.004
#> GSM768043 6 0.0291 0.8346 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> GSM767986 3 0.5676 0.3077 0.000 0.000 0.540 0.176 0.280 0.004
#> GSM767999 2 0.3684 0.6836 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> GSM767988 3 0.4722 -0.4433 0.000 0.468 0.492 0.036 0.004 0.000
#> GSM768058 3 0.3659 -0.0987 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> GSM767987 3 0.4206 -0.1157 0.012 0.356 0.624 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> SD:NMF 166 1.000 1.42e-34 0.99973 1.000 2
#> SD:NMF 161 0.993 1.07e-28 0.75537 0.992 3
#> SD:NMF 150 0.960 1.78e-27 0.22813 0.896 4
#> SD:NMF 127 0.994 1.49e-23 0.00142 0.966 5
#> SD:NMF 113 0.995 9.11e-23 0.03266 0.747 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.990 0.5021 0.498 0.498
#> 3 3 0.761 0.846 0.908 0.2550 0.865 0.729
#> 4 4 0.625 0.745 0.790 0.1014 1.000 1.000
#> 5 5 0.611 0.588 0.697 0.0731 0.858 0.611
#> 6 6 0.619 0.563 0.754 0.0394 0.941 0.761
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM767977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.7453 0.737 0.212 0.788
#> GSM767980 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768001 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768008 2 0.9850 0.261 0.428 0.572
#> GSM768009 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768010 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768012 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768020 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768026 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768027 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768034 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.6531 0.801 0.832 0.168
#> GSM768039 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768042 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768045 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768046 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768047 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768048 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> GSM768063 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768068 1 0.5294 0.863 0.880 0.120
#> GSM768069 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768079 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> GSM768082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768085 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768087 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768099 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768101 2 0.6531 0.800 0.168 0.832
#> GSM768102 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768105 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> GSM768106 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768107 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768113 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> GSM768114 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768116 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768123 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768125 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.6531 0.801 0.832 0.168
#> GSM768132 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768140 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM767986 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.6244 0.3985 0.560 0.000 0.440
#> GSM767977 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.1163 0.8663 0.028 0.000 0.972
#> GSM767979 2 0.5012 0.7346 0.008 0.788 0.204
#> GSM767980 3 0.0892 0.8609 0.020 0.000 0.980
#> GSM767981 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 3 0.3619 0.8160 0.136 0.000 0.864
#> GSM767983 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 3 0.3816 0.8081 0.148 0.000 0.852
#> GSM767985 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.1964 0.8480 0.056 0.000 0.944
#> GSM767990 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.2165 0.8480 0.064 0.000 0.936
#> GSM767992 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.5178 0.6323 0.256 0.000 0.744
#> GSM767994 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.2066 0.7811 0.940 0.000 0.060
#> GSM767996 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.3752 0.8147 0.144 0.000 0.856
#> GSM767998 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.1860 0.7753 0.948 0.000 0.052
#> GSM768001 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.2448 0.8522 0.076 0.000 0.924
#> GSM768004 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.1643 0.8525 0.044 0.000 0.956
#> GSM768006 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.1964 0.7762 0.944 0.000 0.056
#> GSM768008 2 0.8213 0.2476 0.344 0.568 0.088
#> GSM768009 1 0.6235 0.4100 0.564 0.000 0.436
#> GSM768010 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.6126 0.4810 0.600 0.000 0.400
#> GSM768012 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0892 0.8609 0.020 0.000 0.980
#> GSM768014 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.4504 0.7629 0.804 0.000 0.196
#> GSM768018 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.2625 0.7859 0.916 0.000 0.084
#> GSM768020 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.5465 0.6853 0.712 0.000 0.288
#> GSM768022 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.2625 0.7957 0.916 0.000 0.084
#> GSM768024 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.5760 0.6503 0.672 0.000 0.328
#> GSM768016 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3551 0.7889 0.868 0.000 0.132
#> GSM768026 2 0.0237 0.9821 0.004 0.996 0.000
#> GSM768027 1 0.2711 0.7962 0.912 0.000 0.088
#> GSM768028 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.2711 0.7962 0.912 0.000 0.088
#> GSM768030 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2711 0.7797 0.912 0.000 0.088
#> GSM768032 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.6192 0.4921 0.580 0.000 0.420
#> GSM768034 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.2959 0.7870 0.900 0.000 0.100
#> GSM768036 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.2959 0.7887 0.900 0.000 0.100
#> GSM768038 1 0.4121 0.6344 0.832 0.168 0.000
#> GSM768039 3 0.4504 0.7622 0.196 0.000 0.804
#> GSM768040 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.2711 0.7962 0.912 0.000 0.088
#> GSM768042 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.3116 0.7939 0.892 0.000 0.108
#> GSM768045 2 0.0237 0.9822 0.004 0.996 0.000
#> GSM768046 1 0.2625 0.7859 0.916 0.000 0.084
#> GSM768047 2 0.0237 0.9822 0.004 0.996 0.000
#> GSM768048 3 0.5497 0.5909 0.292 0.000 0.708
#> GSM768049 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.1860 0.8641 0.052 0.000 0.948
#> GSM768051 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.1860 0.8641 0.052 0.000 0.948
#> GSM768053 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.1411 0.8681 0.036 0.000 0.964
#> GSM768055 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.1753 0.8563 0.048 0.000 0.952
#> GSM768057 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.1031 0.8598 0.024 0.000 0.976
#> GSM768060 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.2682 0.7931 0.920 0.004 0.076
#> GSM768063 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 3 0.5178 0.6323 0.256 0.000 0.744
#> GSM768065 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 3 0.5178 0.6323 0.256 0.000 0.744
#> GSM768067 2 0.0237 0.9822 0.004 0.996 0.000
#> GSM768068 1 0.6462 0.6889 0.764 0.120 0.116
#> GSM768069 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2625 0.8526 0.084 0.000 0.916
#> GSM768071 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.2448 0.8678 0.076 0.000 0.924
#> GSM768073 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.6062 0.3120 0.384 0.000 0.616
#> GSM768077 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3816 0.7882 0.852 0.000 0.148
#> GSM768079 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2356 0.8673 0.072 0.000 0.928
#> GSM768081 2 0.3134 0.9063 0.052 0.916 0.032
#> GSM768082 3 0.1753 0.8652 0.048 0.000 0.952
#> GSM768083 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.5905 0.6090 0.648 0.000 0.352
#> GSM768085 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.3412 0.7923 0.876 0.000 0.124
#> GSM768087 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.1289 0.8621 0.032 0.000 0.968
#> GSM768089 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.2261 0.8621 0.068 0.000 0.932
#> GSM768091 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.5465 0.6721 0.712 0.000 0.288
#> GSM768093 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5138 0.6201 0.252 0.000 0.748
#> GSM768095 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.2448 0.8610 0.076 0.000 0.924
#> GSM768097 3 0.1163 0.8663 0.028 0.000 0.972
#> GSM768098 1 0.6111 0.5509 0.604 0.000 0.396
#> GSM768099 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.5529 0.6942 0.704 0.000 0.296
#> GSM768101 2 0.4865 0.7935 0.136 0.832 0.032
#> GSM768102 3 0.4235 0.7955 0.176 0.000 0.824
#> GSM768103 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.6168 0.5087 0.588 0.000 0.412
#> GSM768105 2 0.3459 0.8776 0.096 0.892 0.012
#> GSM768106 1 0.5706 0.6534 0.680 0.000 0.320
#> GSM768107 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.2625 0.7859 0.916 0.000 0.084
#> GSM768109 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.1964 0.7771 0.944 0.000 0.056
#> GSM768111 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.1964 0.7762 0.944 0.000 0.056
#> GSM768113 2 0.3459 0.8776 0.096 0.892 0.012
#> GSM768114 3 0.1860 0.8641 0.052 0.000 0.948
#> GSM768115 2 0.0237 0.9825 0.004 0.996 0.000
#> GSM768116 1 0.2261 0.7925 0.932 0.000 0.068
#> GSM768117 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.6295 0.2816 0.528 0.000 0.472
#> GSM768119 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.3941 0.7821 0.156 0.000 0.844
#> GSM768121 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.1964 0.7771 0.944 0.000 0.056
#> GSM768123 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.6154 0.5243 0.592 0.000 0.408
#> GSM768125 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.1289 0.8684 0.032 0.000 0.968
#> GSM768127 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.1411 0.8687 0.036 0.000 0.964
#> GSM768129 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1860 0.8658 0.052 0.000 0.948
#> GSM768131 1 0.4121 0.6344 0.832 0.168 0.000
#> GSM768132 1 0.4002 0.7704 0.840 0.000 0.160
#> GSM768133 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.6235 0.0955 0.436 0.000 0.564
#> GSM768135 3 0.6235 0.0955 0.436 0.000 0.564
#> GSM768136 1 0.6140 0.5460 0.596 0.000 0.404
#> GSM768137 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.1163 0.8672 0.028 0.000 0.972
#> GSM768139 2 0.0237 0.9821 0.004 0.996 0.000
#> GSM768140 1 0.5363 0.6794 0.724 0.000 0.276
#> GSM768141 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.5254 0.6873 0.736 0.000 0.264
#> GSM768143 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.3340 0.8265 0.120 0.000 0.880
#> GSM768145 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1163 0.8663 0.028 0.000 0.972
#> GSM768061 3 0.1860 0.8641 0.052 0.000 0.948
#> GSM768043 1 0.3752 0.7863 0.856 0.000 0.144
#> GSM767986 3 0.1031 0.8657 0.024 0.000 0.976
#> GSM767999 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.6155 0.3586 0.536 0.000 0.412 NA
#> GSM767977 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM767978 3 0.1297 0.8011 0.016 0.000 0.964 NA
#> GSM767979 2 0.5850 0.5791 0.000 0.700 0.184 NA
#> GSM767980 3 0.3707 0.7871 0.028 0.000 0.840 NA
#> GSM767981 2 0.0707 0.8463 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM767982 3 0.5910 0.6849 0.084 0.000 0.672 NA
#> GSM767983 2 0.1118 0.8362 0.000 0.964 0.000 NA
#> GSM767984 3 0.6056 0.6749 0.092 0.000 0.660 NA
#> GSM767985 2 0.1118 0.8437 0.000 0.964 0.000 NA
#> GSM767989 3 0.3577 0.7712 0.012 0.000 0.832 NA
#> GSM767990 2 0.3444 0.8547 0.000 0.816 0.000 NA
#> GSM767991 3 0.4524 0.7542 0.028 0.000 0.768 NA
#> GSM767992 2 0.0592 0.8480 0.000 0.984 0.000 NA
#> GSM767993 3 0.7663 0.3779 0.212 0.000 0.408 NA
#> GSM767994 2 0.1118 0.8439 0.000 0.964 0.000 NA
#> GSM767995 1 0.3088 0.7639 0.888 0.000 0.052 NA
#> GSM767996 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM767997 3 0.6025 0.6823 0.096 0.000 0.668 NA
#> GSM767998 2 0.3444 0.8547 0.000 0.816 0.000 NA
#> GSM768000 1 0.3247 0.7614 0.880 0.000 0.060 NA
#> GSM768001 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768003 3 0.4753 0.7763 0.084 0.000 0.788 NA
#> GSM768004 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768005 3 0.5662 0.7208 0.072 0.000 0.692 NA
#> GSM768006 2 0.3172 0.8560 0.000 0.840 0.000 NA
#> GSM768007 1 0.3471 0.7613 0.868 0.000 0.060 NA
#> GSM768008 2 0.7450 0.2187 0.336 0.544 0.072 NA
#> GSM768009 1 0.6148 0.3700 0.540 0.000 0.408 NA
#> GSM768010 2 0.0336 0.8431 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM768011 1 0.6176 0.4424 0.572 0.000 0.368 NA
#> GSM768012 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768013 3 0.3653 0.7891 0.028 0.000 0.844 NA
#> GSM768014 2 0.0469 0.8426 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM768017 1 0.4931 0.7374 0.776 0.000 0.132 NA
#> GSM768018 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768019 1 0.4203 0.7536 0.824 0.000 0.068 NA
#> GSM768020 2 0.0817 0.8444 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM768021 1 0.6855 0.6060 0.572 0.000 0.136 NA
#> GSM768022 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768023 1 0.2399 0.7643 0.920 0.000 0.032 NA
#> GSM768024 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768015 1 0.6140 0.6000 0.596 0.000 0.064 NA
#> GSM768016 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768025 1 0.2983 0.7575 0.892 0.000 0.068 NA
#> GSM768026 2 0.2125 0.8192 0.004 0.920 0.000 NA
#> GSM768027 1 0.2131 0.7657 0.932 0.000 0.032 NA
#> GSM768028 2 0.3837 0.8485 0.000 0.776 0.000 NA
#> GSM768029 1 0.2124 0.7648 0.932 0.000 0.028 NA
#> GSM768030 2 0.3975 0.8454 0.000 0.760 0.000 NA
#> GSM768031 1 0.3745 0.7613 0.852 0.000 0.088 NA
#> GSM768032 2 0.4543 0.8180 0.000 0.676 0.000 NA
#> GSM768033 1 0.5827 0.4570 0.568 0.000 0.396 NA
#> GSM768034 2 0.1792 0.8542 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768035 1 0.4552 0.7481 0.800 0.000 0.072 NA
#> GSM768036 2 0.0469 0.8462 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM768037 1 0.4706 0.7443 0.788 0.000 0.072 NA
#> GSM768038 1 0.5382 0.6457 0.744 0.124 0.000 NA
#> GSM768039 3 0.5859 0.6999 0.156 0.000 0.704 NA
#> GSM768040 2 0.0336 0.8431 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM768041 1 0.2124 0.7648 0.932 0.000 0.028 NA
#> GSM768042 2 0.1302 0.8524 0.000 0.956 0.000 NA
#> GSM768044 1 0.2500 0.7613 0.916 0.000 0.044 NA
#> GSM768045 2 0.2888 0.8562 0.004 0.872 0.000 NA
#> GSM768046 1 0.4144 0.7543 0.828 0.000 0.068 NA
#> GSM768047 2 0.4155 0.8466 0.004 0.756 0.000 NA
#> GSM768048 3 0.5546 0.5429 0.292 0.000 0.664 NA
#> GSM768049 2 0.0336 0.8431 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM768050 3 0.1624 0.8002 0.028 0.000 0.952 NA
#> GSM768051 2 0.1637 0.8288 0.000 0.940 0.000 NA
#> GSM768052 3 0.1624 0.8002 0.028 0.000 0.952 NA
#> GSM768053 2 0.1637 0.8288 0.000 0.940 0.000 NA
#> GSM768054 3 0.1624 0.8051 0.028 0.000 0.952 NA
#> GSM768055 2 0.1637 0.8282 0.000 0.940 0.000 NA
#> GSM768056 3 0.1890 0.7965 0.008 0.000 0.936 NA
#> GSM768057 2 0.1792 0.8253 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768059 3 0.4149 0.7807 0.036 0.000 0.812 NA
#> GSM768060 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768062 1 0.2676 0.7631 0.896 0.000 0.012 NA
#> GSM768063 2 0.1302 0.8340 0.000 0.956 0.000 NA
#> GSM768064 3 0.7663 0.3779 0.212 0.000 0.408 NA
#> GSM768065 2 0.1867 0.8227 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM768066 3 0.7663 0.3779 0.212 0.000 0.408 NA
#> GSM768067 2 0.3208 0.8563 0.004 0.848 0.000 NA
#> GSM768068 1 0.5423 0.6795 0.772 0.120 0.084 NA
#> GSM768069 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768070 3 0.4834 0.7742 0.096 0.000 0.784 NA
#> GSM768071 2 0.3400 0.8547 0.000 0.820 0.000 NA
#> GSM768072 3 0.4710 0.7915 0.088 0.000 0.792 NA
#> GSM768073 2 0.1940 0.8209 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM768074 2 0.1940 0.8209 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM768075 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768076 3 0.5913 0.3017 0.352 0.000 0.600 NA
#> GSM768077 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768078 1 0.3286 0.7583 0.876 0.000 0.080 NA
#> GSM768079 2 0.4134 0.8405 0.000 0.740 0.000 NA
#> GSM768080 3 0.4591 0.7906 0.084 0.000 0.800 NA
#> GSM768081 2 0.4081 0.7846 0.052 0.856 0.032 NA
#> GSM768082 3 0.1520 0.8006 0.024 0.000 0.956 NA
#> GSM768083 2 0.2647 0.8565 0.000 0.880 0.000 NA
#> GSM768084 1 0.6065 0.5882 0.644 0.000 0.276 NA
#> GSM768085 2 0.1940 0.8209 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM768086 1 0.2797 0.7612 0.900 0.000 0.068 NA
#> GSM768087 2 0.3356 0.8551 0.000 0.824 0.000 NA
#> GSM768088 3 0.4322 0.7809 0.044 0.000 0.804 NA
#> GSM768089 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 NA
#> GSM768090 3 0.2675 0.7947 0.048 0.000 0.908 NA
#> GSM768091 2 0.4477 0.8231 0.000 0.688 0.000 NA
#> GSM768092 1 0.6907 0.6046 0.588 0.000 0.172 NA
#> GSM768093 2 0.3172 0.8560 0.000 0.840 0.000 NA
#> GSM768094 3 0.4808 0.5788 0.236 0.000 0.736 NA
#> GSM768095 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768096 3 0.2844 0.7940 0.048 0.000 0.900 NA
#> GSM768097 3 0.0927 0.8008 0.016 0.000 0.976 NA
#> GSM768098 1 0.5821 0.5155 0.592 0.000 0.368 NA
#> GSM768099 2 0.3942 0.8461 0.000 0.764 0.000 NA
#> GSM768100 1 0.5195 0.6563 0.692 0.000 0.276 NA
#> GSM768101 2 0.4901 0.7548 0.144 0.792 0.020 NA
#> GSM768102 3 0.5454 0.7225 0.172 0.000 0.732 NA
#> GSM768103 2 0.4304 0.8326 0.000 0.716 0.000 NA
#> GSM768104 1 0.5660 0.4672 0.576 0.000 0.396 NA
#> GSM768105 2 0.4081 0.7990 0.084 0.844 0.008 NA
#> GSM768106 1 0.5970 0.6323 0.668 0.000 0.244 NA
#> GSM768107 2 0.1389 0.8499 0.000 0.952 0.000 NA
#> GSM768108 1 0.4144 0.7543 0.828 0.000 0.068 NA
#> GSM768109 2 0.3172 0.8560 0.000 0.840 0.000 NA
#> GSM768110 1 0.3323 0.7621 0.876 0.000 0.060 NA
#> GSM768111 2 0.3975 0.8459 0.000 0.760 0.000 NA
#> GSM768112 1 0.3471 0.7613 0.868 0.000 0.060 NA
#> GSM768113 2 0.4081 0.7990 0.084 0.844 0.008 NA
#> GSM768114 3 0.1733 0.7993 0.028 0.000 0.948 NA
#> GSM768115 2 0.2149 0.8154 0.000 0.912 0.000 NA
#> GSM768116 1 0.2222 0.7611 0.924 0.000 0.016 NA
#> GSM768117 2 0.4193 0.8380 0.000 0.732 0.000 NA
#> GSM768118 1 0.7754 0.2572 0.420 0.000 0.336 NA
#> GSM768119 2 0.4431 0.8260 0.000 0.696 0.000 NA
#> GSM768120 3 0.4008 0.7313 0.148 0.000 0.820 NA
#> GSM768121 2 0.1637 0.8282 0.000 0.940 0.000 NA
#> GSM768122 1 0.3323 0.7621 0.876 0.000 0.060 NA
#> GSM768123 2 0.4072 0.8430 0.000 0.748 0.000 NA
#> GSM768124 1 0.5649 0.4832 0.580 0.000 0.392 NA
#> GSM768125 2 0.1389 0.8499 0.000 0.952 0.000 NA
#> GSM768126 3 0.1406 0.8047 0.024 0.000 0.960 NA
#> GSM768127 2 0.1940 0.8209 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM768128 3 0.1936 0.8063 0.028 0.000 0.940 NA
#> GSM768129 2 0.4304 0.8326 0.000 0.716 0.000 NA
#> GSM768130 3 0.2227 0.8005 0.036 0.000 0.928 NA
#> GSM768131 1 0.5382 0.6457 0.744 0.124 0.000 NA
#> GSM768132 1 0.5624 0.7091 0.724 0.000 0.128 NA
#> GSM768133 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768134 3 0.6700 0.0407 0.432 0.000 0.480 NA
#> GSM768135 3 0.6700 0.0407 0.432 0.000 0.480 NA
#> GSM768136 1 0.5869 0.5245 0.596 0.000 0.360 NA
#> GSM768137 2 0.4193 0.8379 0.000 0.732 0.000 NA
#> GSM768138 3 0.2131 0.8063 0.032 0.000 0.932 NA
#> GSM768139 2 0.2125 0.8192 0.004 0.920 0.000 NA
#> GSM768140 1 0.6881 0.6085 0.592 0.000 0.172 NA
#> GSM768141 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768142 1 0.6921 0.6182 0.580 0.000 0.160 NA
#> GSM768143 2 0.4250 0.8356 0.000 0.724 0.000 NA
#> GSM768144 3 0.3523 0.7725 0.112 0.000 0.856 NA
#> GSM768145 2 0.4564 0.8165 0.000 0.672 0.000 NA
#> GSM768002 3 0.1059 0.8012 0.016 0.000 0.972 NA
#> GSM768061 3 0.1733 0.7993 0.028 0.000 0.948 NA
#> GSM768043 1 0.3198 0.7558 0.880 0.000 0.080 NA
#> GSM767986 3 0.1182 0.8027 0.016 0.000 0.968 NA
#> GSM767999 2 0.1940 0.8214 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM767988 2 0.2081 0.8175 0.000 0.916 0.000 NA
#> GSM768058 2 0.1940 0.8209 0.000 0.924 0.000 NA
#> GSM767987 2 0.2081 0.8174 0.000 0.916 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.5799 0.3240 0.536 0.020 0.392 0.000 0.052
#> GSM767977 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM767978 3 0.1306 0.7714 0.016 0.016 0.960 0.000 0.008
#> GSM767979 4 0.5147 0.4195 0.000 0.112 0.184 0.700 0.004
#> GSM767980 3 0.4231 0.7193 0.036 0.036 0.800 0.000 0.128
#> GSM767981 4 0.2424 0.6893 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM767982 3 0.6413 0.4341 0.076 0.060 0.588 0.000 0.276
#> GSM767983 4 0.1478 0.7207 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767984 3 0.6468 0.4107 0.076 0.060 0.576 0.000 0.288
#> GSM767985 4 0.2179 0.7018 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM767989 3 0.3690 0.6685 0.000 0.020 0.780 0.000 0.200
#> GSM767990 4 0.4294 -0.4384 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM767991 3 0.5156 0.6198 0.020 0.060 0.700 0.000 0.220
#> GSM767992 4 0.3336 0.5536 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM767993 5 0.7118 0.2111 0.128 0.060 0.320 0.000 0.492
#> GSM767994 4 0.2280 0.6972 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM767995 1 0.3723 0.6016 0.840 0.032 0.040 0.000 0.088
#> GSM767996 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM767997 3 0.6464 0.4302 0.080 0.060 0.584 0.000 0.276
#> GSM767998 4 0.4294 -0.4546 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM768000 1 0.4180 0.6010 0.812 0.036 0.052 0.000 0.100
#> GSM768001 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768003 3 0.4970 0.7085 0.084 0.032 0.752 0.000 0.132
#> GSM768004 2 0.3796 0.8997 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM768005 3 0.7068 0.4652 0.104 0.108 0.560 0.000 0.228
#> GSM768006 4 0.4227 -0.1181 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM768007 1 0.4277 0.6002 0.808 0.044 0.052 0.000 0.096
#> GSM768008 4 0.7705 0.0665 0.336 0.120 0.068 0.456 0.020
#> GSM768009 1 0.5791 0.3346 0.540 0.020 0.388 0.000 0.052
#> GSM768010 4 0.2424 0.6870 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM768011 1 0.5976 0.4076 0.568 0.036 0.344 0.000 0.052
#> GSM768012 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768013 3 0.4231 0.7203 0.036 0.036 0.800 0.000 0.128
#> GSM768014 4 0.2561 0.7008 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM768017 1 0.5452 0.4514 0.692 0.020 0.100 0.000 0.188
#> GSM768018 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768019 1 0.5057 0.0819 0.556 0.004 0.028 0.000 0.412
#> GSM768020 4 0.2471 0.6868 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM768021 5 0.5017 0.5402 0.236 0.012 0.056 0.000 0.696
#> GSM768022 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768023 1 0.1412 0.6041 0.952 0.008 0.004 0.000 0.036
#> GSM768024 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768015 5 0.4579 0.4675 0.308 0.008 0.016 0.000 0.668
#> GSM768016 2 0.3796 0.8997 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM768025 1 0.1981 0.6011 0.924 0.000 0.028 0.000 0.048
#> GSM768026 4 0.1041 0.7115 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> GSM768027 1 0.1364 0.6081 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> GSM768028 2 0.4273 0.7363 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM768029 1 0.1331 0.6067 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> GSM768030 2 0.4235 0.7900 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM768031 1 0.4362 0.6097 0.804 0.040 0.080 0.000 0.076
#> GSM768032 2 0.3895 0.9177 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM768033 1 0.5442 0.4090 0.560 0.004 0.380 0.000 0.056
#> GSM768034 4 0.3336 0.6126 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM768035 1 0.5181 -0.0659 0.512 0.004 0.032 0.000 0.452
#> GSM768036 4 0.3274 0.5779 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM768037 5 0.5114 0.1581 0.456 0.004 0.028 0.000 0.512
#> GSM768038 1 0.7104 0.0910 0.504 0.132 0.000 0.060 0.304
#> GSM768039 3 0.5806 0.5872 0.136 0.012 0.644 0.000 0.208
#> GSM768040 4 0.2471 0.6841 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM768041 1 0.1331 0.6067 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> GSM768042 4 0.3508 0.5391 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM768044 1 0.1469 0.6052 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM768045 4 0.4101 0.2965 0.004 0.332 0.000 0.664 0.000
#> GSM768046 1 0.5064 0.1890 0.596 0.008 0.028 0.000 0.368
#> GSM768047 2 0.4390 0.7379 0.004 0.568 0.000 0.428 0.000
#> GSM768048 3 0.5208 0.5143 0.304 0.012 0.640 0.000 0.044
#> GSM768049 4 0.2471 0.6841 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM768050 3 0.1498 0.7722 0.024 0.016 0.952 0.000 0.008
#> GSM768051 4 0.0963 0.7251 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768052 3 0.1498 0.7722 0.024 0.016 0.952 0.000 0.008
#> GSM768053 4 0.0963 0.7251 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768054 3 0.1483 0.7745 0.028 0.008 0.952 0.000 0.012
#> GSM768055 4 0.1043 0.7237 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768056 3 0.2248 0.7420 0.000 0.012 0.900 0.000 0.088
#> GSM768057 4 0.1270 0.7158 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768059 3 0.4636 0.7032 0.044 0.036 0.768 0.000 0.152
#> GSM768060 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768062 1 0.4028 0.4848 0.768 0.040 0.000 0.000 0.192
#> GSM768063 4 0.1671 0.7228 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM768064 5 0.7118 0.2111 0.128 0.060 0.320 0.000 0.492
#> GSM768065 4 0.0404 0.7203 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768066 5 0.7118 0.2111 0.128 0.060 0.320 0.000 0.492
#> GSM768067 4 0.4238 0.1439 0.004 0.368 0.000 0.628 0.000
#> GSM768068 1 0.4833 0.5255 0.792 0.036 0.064 0.084 0.024
#> GSM768069 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768070 3 0.5167 0.7017 0.100 0.036 0.740 0.000 0.124
#> GSM768071 4 0.4304 -0.5204 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM768072 3 0.5045 0.7289 0.100 0.032 0.748 0.000 0.120
#> GSM768073 4 0.0162 0.7182 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768074 4 0.0794 0.7182 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768075 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768076 3 0.5687 0.3077 0.348 0.020 0.580 0.000 0.052
#> GSM768077 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768078 1 0.2609 0.6031 0.896 0.004 0.052 0.000 0.048
#> GSM768079 2 0.4171 0.8542 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM768080 3 0.4836 0.7309 0.084 0.032 0.764 0.000 0.120
#> GSM768081 4 0.3309 0.6673 0.052 0.048 0.032 0.868 0.000
#> GSM768082 3 0.1372 0.7728 0.024 0.016 0.956 0.000 0.004
#> GSM768083 4 0.4060 0.1125 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM768084 1 0.5890 0.4591 0.640 0.032 0.244 0.000 0.084
#> GSM768085 4 0.0404 0.7202 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768086 1 0.1836 0.6078 0.932 0.000 0.036 0.000 0.032
#> GSM768087 4 0.4291 -0.4375 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768088 3 0.4785 0.7020 0.048 0.036 0.756 0.000 0.160
#> GSM768089 4 0.1197 0.7250 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM768090 3 0.2568 0.7655 0.048 0.032 0.904 0.000 0.016
#> GSM768091 2 0.3983 0.9092 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM768092 5 0.5416 0.5533 0.248 0.004 0.096 0.000 0.652
#> GSM768093 4 0.4227 -0.1181 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM768094 3 0.4403 0.5699 0.240 0.004 0.724 0.000 0.032
#> GSM768095 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768096 3 0.2747 0.7645 0.048 0.036 0.896 0.000 0.020
#> GSM768097 3 0.0960 0.7718 0.016 0.008 0.972 0.000 0.004
#> GSM768098 1 0.5523 0.4397 0.584 0.008 0.348 0.000 0.060
#> GSM768099 2 0.4249 0.7744 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> GSM768100 1 0.4952 0.5270 0.672 0.004 0.272 0.000 0.052
#> GSM768101 4 0.5725 0.5186 0.148 0.160 0.020 0.672 0.000
#> GSM768102 3 0.5561 0.6598 0.172 0.040 0.700 0.000 0.088
#> GSM768103 2 0.4088 0.8879 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768104 1 0.5324 0.4183 0.568 0.004 0.380 0.000 0.048
#> GSM768105 4 0.5552 0.5778 0.080 0.224 0.008 0.676 0.012
#> GSM768106 1 0.5885 0.4831 0.652 0.032 0.220 0.000 0.096
#> GSM768107 4 0.3109 0.6580 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768108 1 0.5064 0.1890 0.596 0.008 0.028 0.000 0.368
#> GSM768109 4 0.4227 -0.1181 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM768110 1 0.4232 0.5999 0.808 0.036 0.052 0.000 0.104
#> GSM768111 2 0.4268 0.7590 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM768112 1 0.4277 0.6002 0.808 0.044 0.052 0.000 0.096
#> GSM768113 4 0.5552 0.5778 0.080 0.224 0.008 0.676 0.012
#> GSM768114 3 0.1710 0.7718 0.024 0.020 0.944 0.000 0.012
#> GSM768115 4 0.1197 0.6871 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM768116 1 0.1956 0.5847 0.916 0.008 0.000 0.000 0.076
#> GSM768117 2 0.4192 0.8378 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM768118 5 0.6580 0.5326 0.176 0.024 0.236 0.000 0.564
#> GSM768119 2 0.3983 0.8946 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM768120 3 0.3831 0.7088 0.136 0.008 0.812 0.000 0.044
#> GSM768121 4 0.1043 0.7237 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768122 1 0.4232 0.5999 0.808 0.036 0.052 0.000 0.104
#> GSM768123 2 0.4227 0.8140 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM768124 1 0.5261 0.4230 0.572 0.004 0.380 0.000 0.044
#> GSM768125 4 0.3074 0.6620 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM768126 3 0.1280 0.7741 0.024 0.008 0.960 0.000 0.008
#> GSM768127 4 0.0162 0.7182 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768128 3 0.1978 0.7736 0.032 0.012 0.932 0.000 0.024
#> GSM768129 2 0.4088 0.8879 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768130 3 0.2149 0.7716 0.036 0.028 0.924 0.000 0.012
#> GSM768131 1 0.7104 0.0910 0.504 0.132 0.000 0.060 0.304
#> GSM768132 5 0.5423 0.3435 0.388 0.000 0.064 0.000 0.548
#> GSM768133 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768134 3 0.6750 0.0503 0.420 0.036 0.436 0.000 0.108
#> GSM768135 3 0.6750 0.0503 0.420 0.036 0.436 0.000 0.108
#> GSM768136 1 0.5438 0.4401 0.596 0.008 0.340 0.000 0.056
#> GSM768137 2 0.4138 0.8708 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM768138 3 0.2149 0.7710 0.036 0.012 0.924 0.000 0.028
#> GSM768139 4 0.1041 0.7115 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> GSM768140 5 0.5336 0.5485 0.252 0.000 0.100 0.000 0.648
#> GSM768141 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768142 5 0.5934 0.5236 0.260 0.020 0.100 0.000 0.620
#> GSM768143 2 0.4161 0.8619 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM768144 3 0.3514 0.7453 0.088 0.016 0.848 0.000 0.048
#> GSM768145 2 0.3876 0.9189 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM768002 3 0.1087 0.7720 0.016 0.008 0.968 0.000 0.008
#> GSM768061 3 0.1710 0.7718 0.024 0.020 0.944 0.000 0.012
#> GSM768043 1 0.2376 0.5996 0.904 0.000 0.044 0.000 0.052
#> GSM767986 3 0.1405 0.7733 0.016 0.008 0.956 0.000 0.020
#> GSM767999 4 0.0963 0.7069 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM767988 4 0.1341 0.6823 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM768058 4 0.0404 0.7154 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767987 4 0.1197 0.6868 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.6169 0.33587 0.508 0.000 0.348 0.004 0.064 0.076
#> GSM767977 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0777 0.65373 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM767979 4 0.3046 0.40637 0.000 0.000 0.188 0.800 0.000 0.012
#> GSM767980 3 0.4135 0.47216 0.028 0.000 0.712 0.000 0.012 0.248
#> GSM767981 4 0.3578 0.72003 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.5812 0.21176 0.036 0.000 0.552 0.000 0.312 0.100
#> GSM767983 4 0.3023 0.79704 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> GSM767984 3 0.5848 0.19366 0.036 0.000 0.540 0.000 0.324 0.100
#> GSM767985 4 0.3482 0.74462 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.4420 0.43351 0.000 0.000 0.716 0.004 0.192 0.088
#> GSM767990 2 0.3151 0.61809 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.5380 0.33981 0.020 0.000 0.636 0.000 0.208 0.136
#> GSM767992 4 0.3838 0.50757 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.7387 -0.37932 0.120 0.000 0.232 0.000 0.328 0.320
#> GSM767994 4 0.3531 0.73296 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.3348 0.56335 0.832 0.000 0.012 0.000 0.096 0.060
#> GSM767996 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.5858 0.20677 0.040 0.000 0.544 0.000 0.320 0.096
#> GSM767998 2 0.3101 0.62533 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3791 0.56165 0.800 0.000 0.016 0.000 0.112 0.072
#> GSM768001 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.4932 0.43869 0.072 0.000 0.664 0.000 0.020 0.244
#> GSM768004 2 0.0458 0.82330 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM768005 6 0.5238 0.00000 0.088 0.000 0.252 0.000 0.024 0.636
#> GSM768006 2 0.3592 0.40360 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.4180 0.54521 0.764 0.000 0.012 0.000 0.116 0.108
#> GSM768008 4 0.6271 0.04621 0.328 0.032 0.068 0.540 0.016 0.016
#> GSM768009 1 0.6160 0.34582 0.512 0.000 0.344 0.004 0.064 0.076
#> GSM768010 4 0.3563 0.72249 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.6223 0.41037 0.544 0.000 0.292 0.004 0.068 0.092
#> GSM768012 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.4222 0.46661 0.028 0.000 0.708 0.000 0.016 0.248
#> GSM768014 4 0.3371 0.74878 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.5472 0.39539 0.640 0.000 0.088 0.000 0.224 0.048
#> GSM768018 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.4862 0.20764 0.428 0.000 0.004 0.000 0.520 0.048
#> GSM768020 4 0.3578 0.72243 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.4058 0.54226 0.156 0.000 0.028 0.000 0.772 0.044
#> GSM768022 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1636 0.58534 0.936 0.000 0.004 0.000 0.036 0.024
#> GSM768024 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.5410 0.41438 0.248 0.000 0.000 0.000 0.576 0.176
#> GSM768016 2 0.0458 0.82330 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.2266 0.58477 0.908 0.000 0.024 0.000 0.040 0.028
#> GSM768026 4 0.2482 0.79126 0.004 0.148 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1726 0.58749 0.932 0.000 0.012 0.000 0.044 0.012
#> GSM768028 2 0.2378 0.76299 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1718 0.58594 0.932 0.000 0.008 0.000 0.044 0.016
#> GSM768030 2 0.2178 0.78920 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.4431 0.56599 0.760 0.000 0.036 0.000 0.100 0.104
#> GSM768032 2 0.0146 0.83466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.5551 0.39300 0.528 0.000 0.372 0.000 0.072 0.028
#> GSM768034 4 0.3717 0.61856 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.4892 0.31594 0.384 0.000 0.008 0.000 0.560 0.048
#> GSM768036 4 0.3817 0.54073 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.4806 0.41292 0.348 0.000 0.004 0.000 0.592 0.056
#> GSM768038 1 0.7397 -0.15307 0.396 0.128 0.000 0.036 0.356 0.084
#> GSM768039 3 0.5845 0.35857 0.124 0.000 0.612 0.000 0.208 0.056
#> GSM768040 4 0.3592 0.71295 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.1718 0.58594 0.932 0.000 0.008 0.000 0.044 0.016
#> GSM768042 4 0.3828 0.48460 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.1773 0.58787 0.932 0.000 0.016 0.000 0.036 0.016
#> GSM768045 2 0.3966 -0.03070 0.004 0.552 0.000 0.444 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.4935 -0.13338 0.484 0.000 0.004 0.000 0.460 0.052
#> GSM768047 2 0.2668 0.75678 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.5368 0.35471 0.268 0.000 0.624 0.000 0.048 0.060
#> GSM768049 4 0.3592 0.71295 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.1026 0.65964 0.008 0.000 0.968 0.004 0.012 0.008
#> GSM768051 4 0.2933 0.80556 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 0.004
#> GSM768052 3 0.1026 0.65964 0.008 0.000 0.968 0.004 0.012 0.008
#> GSM768053 4 0.2933 0.80556 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 0.004
#> GSM768054 3 0.1167 0.65572 0.012 0.000 0.960 0.000 0.008 0.020
#> GSM768055 4 0.2854 0.80287 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.2436 0.61208 0.000 0.000 0.880 0.000 0.088 0.032
#> GSM768057 4 0.2378 0.79716 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.4502 0.39337 0.032 0.000 0.664 0.000 0.016 0.288
#> GSM768060 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.5536 0.32020 0.632 0.000 0.000 0.028 0.180 0.160
#> GSM768063 4 0.2697 0.80417 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.7387 -0.37932 0.120 0.000 0.232 0.000 0.328 0.320
#> GSM768065 4 0.2597 0.80281 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM768066 5 0.7387 -0.37932 0.120 0.000 0.232 0.000 0.328 0.320
#> GSM768067 2 0.3890 0.19376 0.004 0.596 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.4532 0.53370 0.788 0.044 0.060 0.076 0.028 0.004
#> GSM768069 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.5241 0.43174 0.064 0.000 0.640 0.000 0.040 0.256
#> GSM768071 2 0.3101 0.62520 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.5007 0.43008 0.084 0.000 0.664 0.000 0.020 0.232
#> GSM768073 4 0.2491 0.80095 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.2527 0.79971 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.6099 0.23227 0.320 0.000 0.536 0.004 0.064 0.076
#> GSM768077 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2915 0.58805 0.872 0.000 0.048 0.000 0.036 0.044
#> GSM768079 2 0.1663 0.81883 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4731 0.46245 0.060 0.000 0.684 0.000 0.020 0.236
#> GSM768081 4 0.4429 0.75382 0.052 0.160 0.032 0.752 0.000 0.004
#> GSM768082 3 0.0924 0.65971 0.008 0.000 0.972 0.004 0.008 0.008
#> GSM768083 2 0.3727 0.17357 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.5994 0.47024 0.612 0.000 0.208 0.004 0.072 0.104
#> GSM768085 4 0.2597 0.80263 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.2100 0.59095 0.916 0.000 0.032 0.000 0.036 0.016
#> GSM768087 2 0.3221 0.58375 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.4743 0.37865 0.036 0.000 0.648 0.000 0.024 0.292
#> GSM768089 4 0.3076 0.79520 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.2395 0.64606 0.028 0.000 0.904 0.004 0.020 0.044
#> GSM768091 2 0.0937 0.83354 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.3999 0.57886 0.164 0.000 0.072 0.000 0.760 0.004
#> GSM768093 2 0.3592 0.40360 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.4617 0.44049 0.200 0.000 0.716 0.000 0.040 0.044
#> GSM768095 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.2574 0.64310 0.028 0.000 0.896 0.008 0.020 0.048
#> GSM768097 3 0.0458 0.65557 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM768098 1 0.5627 0.43111 0.548 0.000 0.344 0.000 0.068 0.040
#> GSM768099 2 0.2219 0.78612 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.5218 0.51628 0.636 0.000 0.264 0.000 0.064 0.036
#> GSM768101 4 0.5963 0.55892 0.148 0.320 0.020 0.512 0.000 0.000
#> GSM768102 3 0.5830 0.44583 0.144 0.000 0.632 0.004 0.052 0.168
#> GSM768103 2 0.1267 0.82886 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.5524 0.40075 0.532 0.000 0.372 0.000 0.064 0.032
#> GSM768105 4 0.5116 0.61105 0.072 0.208 0.008 0.688 0.008 0.016
#> GSM768106 1 0.6010 0.48479 0.620 0.000 0.188 0.004 0.088 0.100
#> GSM768107 4 0.3742 0.67997 0.000 0.348 0.000 0.648 0.000 0.004
#> GSM768108 1 0.4935 -0.13338 0.484 0.000 0.004 0.000 0.460 0.052
#> GSM768109 2 0.3592 0.40360 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3982 0.55952 0.784 0.000 0.016 0.000 0.120 0.080
#> GSM768111 2 0.2340 0.77131 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.4265 0.53929 0.756 0.000 0.012 0.000 0.120 0.112
#> GSM768113 4 0.5116 0.61105 0.072 0.208 0.008 0.688 0.008 0.016
#> GSM768114 3 0.1223 0.65842 0.008 0.000 0.960 0.004 0.012 0.016
#> GSM768115 4 0.1863 0.76787 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.2230 0.55651 0.892 0.000 0.000 0.000 0.084 0.024
#> GSM768117 2 0.1863 0.81273 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.5613 0.34778 0.100 0.000 0.184 0.000 0.648 0.068
#> GSM768119 2 0.1387 0.82927 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.3823 0.57051 0.124 0.000 0.800 0.000 0.032 0.044
#> GSM768121 4 0.2854 0.80287 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.3982 0.55952 0.784 0.000 0.016 0.000 0.120 0.080
#> GSM768123 2 0.1957 0.80328 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.5552 0.39333 0.524 0.000 0.380 0.000 0.060 0.036
#> GSM768125 4 0.3728 0.68534 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> GSM768126 3 0.0909 0.65717 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM768127 4 0.2491 0.80095 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.2255 0.63569 0.016 0.000 0.892 0.000 0.004 0.088
#> GSM768129 2 0.1267 0.82886 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.2001 0.65398 0.020 0.000 0.920 0.000 0.016 0.044
#> GSM768131 1 0.7397 -0.15307 0.396 0.128 0.000 0.036 0.356 0.084
#> GSM768132 5 0.4900 0.51377 0.268 0.000 0.040 0.000 0.656 0.036
#> GSM768133 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.6816 0.00529 0.392 0.000 0.396 0.004 0.080 0.128
#> GSM768135 3 0.6816 0.00529 0.392 0.000 0.396 0.004 0.080 0.128
#> GSM768136 1 0.5569 0.42887 0.556 0.000 0.340 0.000 0.064 0.040
#> GSM768137 2 0.1501 0.82411 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2526 0.62674 0.024 0.000 0.876 0.000 0.004 0.096
#> GSM768139 4 0.2482 0.79126 0.004 0.148 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.3946 0.58066 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.4696 0.56467 0.180 0.000 0.076 0.004 0.720 0.020
#> GSM768143 2 0.1610 0.82069 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.3531 0.61428 0.072 0.000 0.832 0.000 0.040 0.056
#> GSM768145 2 0.0000 0.83444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0790 0.65650 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM768061 3 0.1223 0.65842 0.008 0.000 0.960 0.004 0.012 0.016
#> GSM768043 1 0.2781 0.58518 0.880 0.000 0.040 0.000 0.036 0.044
#> GSM767986 3 0.1003 0.65555 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM767999 4 0.2219 0.78908 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.1663 0.75651 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.2416 0.79865 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.1765 0.76109 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:hclust 169 1.000 1.28e-33 0.9999 1.000 2
#> CV:hclust 161 1.000 2.50e-32 0.9994 0.986 3
#> CV:hclust 156 1.000 3.07e-31 0.9803 0.992 4
#> CV:hclust 127 0.943 8.14e-25 0.0277 0.547 5
#> CV:hclust 116 0.952 2.18e-22 0.0087 0.929 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5032 0.497 0.497
#> 3 3 0.743 0.796 0.740 0.2537 0.860 0.720
#> 4 4 0.739 0.896 0.843 0.1490 0.854 0.614
#> 5 5 0.672 0.797 0.793 0.0692 1.000 1.000
#> 6 6 0.728 0.571 0.713 0.0441 0.928 0.715
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM768009 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.7056 0.762 0.808 0.192
#> GSM768069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM767977 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM767978 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM767979 2 0.6260 0.0185 0.000 0.552 0.448
#> GSM767980 3 0.6252 0.8968 0.444 0.000 0.556
#> GSM767981 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 3 0.6295 0.9146 0.472 0.000 0.528
#> GSM767983 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 3 0.6308 0.8950 0.492 0.000 0.508
#> GSM767985 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.6295 0.9146 0.472 0.000 0.528
#> GSM767990 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM767991 3 0.6295 0.9146 0.472 0.000 0.528
#> GSM767992 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM767993 3 0.6280 0.8749 0.460 0.000 0.540
#> GSM767994 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.1289 0.8733 0.968 0.000 0.032
#> GSM767996 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM767997 3 0.6308 0.8950 0.492 0.000 0.508
#> GSM767998 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768000 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768003 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768004 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768005 3 0.6280 0.8783 0.460 0.000 0.540
#> GSM768006 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768007 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0661 0.7890 0.008 0.988 0.004
#> GSM768009 1 0.1031 0.8630 0.976 0.000 0.024
#> GSM768010 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.0892 0.8675 0.980 0.000 0.020
#> GSM768012 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768013 3 0.6252 0.8968 0.444 0.000 0.556
#> GSM768014 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768018 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768019 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768020 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768022 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768023 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768024 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768015 1 0.1643 0.8681 0.956 0.000 0.044
#> GSM768016 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768025 1 0.1529 0.8693 0.960 0.000 0.040
#> GSM768026 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768028 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768029 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768030 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768031 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768033 1 0.1289 0.8527 0.968 0.000 0.032
#> GSM768034 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768036 2 0.0592 0.7977 0.000 0.988 0.012
#> GSM768037 1 0.0424 0.8815 0.992 0.000 0.008
#> GSM768038 3 0.9641 -0.3995 0.356 0.212 0.432
#> GSM768039 3 0.6307 0.9120 0.488 0.000 0.512
#> GSM768040 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768042 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768045 2 0.5098 0.8014 0.000 0.752 0.248
#> GSM768046 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768047 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768048 3 0.6260 0.8940 0.448 0.000 0.552
#> GSM768049 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768051 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768053 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM768055 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM768057 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.6260 0.8940 0.448 0.000 0.552
#> GSM768060 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768062 1 0.1643 0.8669 0.956 0.000 0.044
#> GSM768063 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 3 0.6280 0.8749 0.460 0.000 0.540
#> GSM768065 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 3 0.6280 0.8749 0.460 0.000 0.540
#> GSM768067 2 0.5058 0.8013 0.000 0.756 0.244
#> GSM768068 1 0.2550 0.8402 0.936 0.024 0.040
#> GSM768069 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768070 3 0.6274 0.8891 0.456 0.000 0.544
#> GSM768071 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768072 3 0.6260 0.8940 0.448 0.000 0.552
#> GSM768073 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768076 1 0.5988 -0.5274 0.632 0.000 0.368
#> GSM768077 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768078 1 0.1529 0.8693 0.960 0.000 0.040
#> GSM768079 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768080 3 0.6260 0.8940 0.448 0.000 0.552
#> GSM768081 2 0.0237 0.7946 0.000 0.996 0.004
#> GSM768082 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM768083 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768084 1 0.1643 0.8664 0.956 0.000 0.044
#> GSM768085 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768087 2 0.1964 0.7982 0.000 0.944 0.056
#> GSM768088 3 0.6286 0.8804 0.464 0.000 0.536
#> GSM768089 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768091 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768092 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768093 2 0.6215 0.8040 0.000 0.572 0.428
#> GSM768094 3 0.6308 0.9069 0.492 0.000 0.508
#> GSM768095 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768096 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768097 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768098 1 0.1031 0.8630 0.976 0.000 0.024
#> GSM768099 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768100 1 0.0237 0.8814 0.996 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 3 0.6274 0.8891 0.456 0.000 0.544
#> GSM768103 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768104 1 0.0237 0.8814 0.996 0.000 0.004
#> GSM768105 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768109 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768110 1 0.0424 0.8817 0.992 0.000 0.008
#> GSM768111 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768112 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768115 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.1411 0.8709 0.964 0.000 0.036
#> GSM768117 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768118 1 0.6308 -0.8788 0.508 0.000 0.492
#> GSM768119 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768120 1 0.5859 -0.4295 0.656 0.000 0.344
#> GSM768121 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0237 0.8814 0.996 0.000 0.004
#> GSM768123 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768124 1 0.0424 0.8813 0.992 0.000 0.008
#> GSM768125 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM768127 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768129 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768130 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768131 1 0.4291 0.5712 0.820 0.000 0.180
#> GSM768132 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768133 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768134 1 0.6308 -0.8930 0.508 0.000 0.492
#> GSM768135 3 0.6307 0.9156 0.488 0.000 0.512
#> GSM768136 1 0.0237 0.8815 0.996 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768138 3 0.6260 0.8940 0.448 0.000 0.552
#> GSM768139 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0592 0.8807 0.988 0.000 0.012
#> GSM768141 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768142 1 0.0892 0.8754 0.980 0.000 0.020
#> GSM768143 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768144 3 0.6307 0.9070 0.488 0.000 0.512
#> GSM768145 2 0.6225 0.8040 0.000 0.568 0.432
#> GSM768002 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM768061 3 0.6302 0.9189 0.480 0.000 0.520
#> GSM768043 1 0.1529 0.8693 0.960 0.000 0.040
#> GSM767986 3 0.6299 0.9177 0.476 0.000 0.524
#> GSM767999 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.7974 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.2399 0.886 0.032 0.000 0.920 0.048
#> GSM767977 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM767979 4 0.6224 0.561 0.036 0.040 0.252 0.672
#> GSM767980 3 0.1929 0.898 0.024 0.000 0.940 0.036
#> GSM767981 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM767982 3 0.2021 0.890 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM767983 4 0.5026 0.955 0.016 0.312 0.000 0.672
#> GSM767984 3 0.5159 0.777 0.088 0.000 0.756 0.156
#> GSM767985 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM767989 3 0.0524 0.902 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM767990 2 0.0336 0.970 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.3105 0.854 0.012 0.000 0.868 0.120
#> GSM767992 2 0.1256 0.944 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM767993 3 0.4998 0.810 0.052 0.000 0.748 0.200
#> GSM767994 4 0.4792 0.956 0.008 0.312 0.000 0.680
#> GSM767995 1 0.2871 0.907 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM767996 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.5280 0.768 0.096 0.000 0.748 0.156
#> GSM767998 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2741 0.906 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM768001 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1211 0.902 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM768004 2 0.0469 0.969 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3647 0.870 0.040 0.000 0.852 0.108
#> GSM768006 2 0.0817 0.963 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3182 0.906 0.876 0.000 0.096 0.028
#> GSM768008 4 0.6264 0.753 0.116 0.160 0.020 0.704
#> GSM768009 1 0.4037 0.880 0.824 0.000 0.136 0.040
#> GSM768010 4 0.4477 0.956 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM768011 1 0.4100 0.882 0.824 0.000 0.128 0.048
#> GSM768012 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2742 0.888 0.024 0.000 0.900 0.076
#> GSM768014 4 0.4914 0.955 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM768017 1 0.3144 0.897 0.884 0.000 0.072 0.044
#> GSM768018 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.5050 0.858 0.764 0.000 0.084 0.152
#> GSM768020 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM768021 1 0.5096 0.856 0.760 0.000 0.084 0.156
#> GSM768022 2 0.0336 0.970 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.3547 0.891 0.864 0.000 0.072 0.064
#> GSM768024 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.5361 0.833 0.716 0.000 0.060 0.224
#> GSM768016 2 0.0469 0.969 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.4535 0.862 0.804 0.000 0.084 0.112
#> GSM768026 4 0.4477 0.956 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM768027 1 0.2450 0.905 0.912 0.000 0.072 0.016
#> GSM768028 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.3229 0.905 0.880 0.000 0.072 0.048
#> GSM768030 2 0.0336 0.971 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3182 0.906 0.876 0.000 0.096 0.028
#> GSM768032 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4499 0.858 0.792 0.000 0.160 0.048
#> GSM768034 4 0.4914 0.955 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM768035 1 0.5050 0.858 0.764 0.000 0.084 0.152
#> GSM768036 4 0.5311 0.928 0.024 0.328 0.000 0.648
#> GSM768037 1 0.5050 0.858 0.764 0.000 0.084 0.152
#> GSM768038 1 0.7091 0.344 0.508 0.356 0.000 0.136
#> GSM768039 3 0.2840 0.877 0.056 0.000 0.900 0.044
#> GSM768040 4 0.4477 0.956 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM768041 1 0.2965 0.907 0.892 0.000 0.072 0.036
#> GSM768042 4 0.4914 0.952 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM768044 1 0.3547 0.891 0.864 0.000 0.072 0.064
#> GSM768045 2 0.4927 0.383 0.024 0.712 0.000 0.264
#> GSM768046 1 0.3176 0.903 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM768047 2 0.0817 0.963 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.3383 0.881 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM768049 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM768050 3 0.0336 0.902 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768051 4 0.5228 0.954 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM768052 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768053 4 0.5322 0.952 0.028 0.312 0.000 0.660
#> GSM768054 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.5026 0.955 0.016 0.312 0.000 0.672
#> GSM768056 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.5496 0.952 0.036 0.312 0.000 0.652
#> GSM768059 3 0.2949 0.881 0.024 0.000 0.888 0.088
#> GSM768060 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.4352 0.872 0.816 0.000 0.080 0.104
#> GSM768063 4 0.5130 0.956 0.020 0.312 0.000 0.668
#> GSM768064 3 0.5179 0.794 0.052 0.000 0.728 0.220
#> GSM768065 4 0.5026 0.955 0.016 0.312 0.000 0.672
#> GSM768066 3 0.4998 0.810 0.052 0.000 0.748 0.200
#> GSM768067 2 0.4882 0.352 0.020 0.708 0.000 0.272
#> GSM768068 1 0.4475 0.859 0.816 0.008 0.056 0.120
#> GSM768069 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4514 0.856 0.064 0.000 0.800 0.136
#> GSM768071 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.3899 0.867 0.052 0.000 0.840 0.108
#> GSM768073 4 0.4914 0.956 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM768074 4 0.5228 0.954 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM768075 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.6028 0.295 0.364 0.000 0.584 0.052
#> GSM768077 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.4469 0.865 0.808 0.000 0.080 0.112
#> GSM768079 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3464 0.877 0.032 0.000 0.860 0.108
#> GSM768081 4 0.6299 0.772 0.048 0.172 0.068 0.712
#> GSM768082 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768083 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4773 0.851 0.788 0.000 0.092 0.120
#> GSM768085 4 0.4914 0.956 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM768086 1 0.2871 0.901 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM768087 4 0.5125 0.846 0.008 0.388 0.000 0.604
#> GSM768088 3 0.4534 0.854 0.068 0.000 0.800 0.132
#> GSM768089 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM768090 3 0.2385 0.887 0.028 0.000 0.920 0.052
#> GSM768091 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.5272 0.849 0.744 0.000 0.084 0.172
#> GSM768093 2 0.1151 0.956 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM768094 3 0.3071 0.869 0.068 0.000 0.888 0.044
#> GSM768095 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.1284 0.899 0.012 0.000 0.964 0.024
#> GSM768097 3 0.0592 0.902 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768098 1 0.3876 0.887 0.836 0.000 0.124 0.040
#> GSM768099 2 0.0592 0.967 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2741 0.906 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM768101 4 0.5389 0.948 0.032 0.308 0.000 0.660
#> GSM768102 3 0.3497 0.876 0.036 0.000 0.860 0.104
#> GSM768103 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.2741 0.906 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM768105 4 0.5475 0.946 0.036 0.308 0.000 0.656
#> GSM768106 1 0.3372 0.907 0.868 0.000 0.096 0.036
#> GSM768107 4 0.5026 0.954 0.016 0.312 0.000 0.672
#> GSM768108 1 0.3679 0.898 0.856 0.000 0.084 0.060
#> GSM768109 2 0.0817 0.963 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3333 0.906 0.872 0.000 0.088 0.040
#> GSM768111 2 0.0707 0.965 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3372 0.906 0.868 0.000 0.096 0.036
#> GSM768113 4 0.5453 0.944 0.036 0.304 0.000 0.660
#> GSM768114 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768115 4 0.5496 0.952 0.036 0.312 0.000 0.652
#> GSM768116 1 0.3547 0.903 0.864 0.000 0.072 0.064
#> GSM768117 2 0.1174 0.955 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM768118 3 0.5496 0.757 0.108 0.000 0.732 0.160
#> GSM768119 2 0.0817 0.963 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.5980 0.199 0.396 0.000 0.560 0.044
#> GSM768121 4 0.4655 0.955 0.004 0.312 0.000 0.684
#> GSM768122 1 0.2466 0.906 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM768123 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2401 0.907 0.904 0.000 0.092 0.004
#> GSM768125 4 0.5130 0.952 0.020 0.312 0.000 0.668
#> GSM768126 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.5228 0.954 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM768128 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768131 1 0.3189 0.894 0.888 0.004 0.060 0.048
#> GSM768132 1 0.5050 0.858 0.764 0.000 0.084 0.152
#> GSM768133 2 0.0336 0.970 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.3691 0.869 0.076 0.000 0.856 0.068
#> GSM768135 3 0.3071 0.887 0.044 0.000 0.888 0.068
#> GSM768136 1 0.3858 0.895 0.844 0.000 0.100 0.056
#> GSM768137 2 0.0188 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2521 0.888 0.024 0.000 0.912 0.064
#> GSM768139 4 0.5228 0.954 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM768140 1 0.5141 0.855 0.756 0.000 0.084 0.160
#> GSM768141 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.5229 0.852 0.748 0.000 0.084 0.168
#> GSM768143 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.2032 0.891 0.036 0.000 0.936 0.028
#> GSM768145 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0188 0.903 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768061 3 0.0469 0.902 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768043 1 0.4469 0.865 0.808 0.000 0.080 0.112
#> GSM767986 3 0.0188 0.903 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767999 4 0.5228 0.955 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM767988 4 0.5496 0.952 0.036 0.312 0.000 0.652
#> GSM768058 4 0.5228 0.954 0.024 0.312 0.000 0.664
#> GSM767987 4 0.5496 0.952 0.036 0.312 0.000 0.652
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.3527 0.7779 0.000 0.000 0.804 0.024 0.172
#> GSM767977 2 0.0162 0.8999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767978 3 0.0771 0.8333 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM767979 4 0.3642 0.7358 0.004 0.000 0.124 0.824 0.048
#> GSM767980 3 0.3204 0.8230 0.032 0.000 0.872 0.032 0.064
#> GSM767981 4 0.3794 0.8959 0.000 0.152 0.000 0.800 0.048
#> GSM767982 3 0.2889 0.8076 0.000 0.000 0.872 0.044 0.084
#> GSM767983 4 0.3326 0.8955 0.000 0.152 0.000 0.824 0.024
#> GSM767984 3 0.6328 0.6347 0.080 0.000 0.640 0.088 0.192
#> GSM767985 4 0.3723 0.8965 0.000 0.152 0.000 0.804 0.044
#> GSM767989 3 0.0703 0.8313 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM767990 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM767991 3 0.3182 0.7846 0.000 0.000 0.844 0.032 0.124
#> GSM767992 2 0.4186 0.8046 0.004 0.768 0.000 0.044 0.184
#> GSM767993 3 0.6292 0.6559 0.052 0.000 0.572 0.064 0.312
#> GSM767994 4 0.3794 0.8959 0.000 0.152 0.000 0.800 0.048
#> GSM767995 1 0.1300 0.8100 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM767996 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM767997 3 0.6506 0.6156 0.092 0.000 0.624 0.088 0.196
#> GSM767998 2 0.1638 0.8959 0.004 0.932 0.000 0.000 0.064
#> GSM768000 1 0.3989 0.8066 0.800 0.000 0.048 0.008 0.144
#> GSM768001 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768003 3 0.1915 0.8331 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040
#> GSM768004 2 0.2660 0.8473 0.008 0.864 0.000 0.000 0.128
#> GSM768005 3 0.5549 0.7278 0.056 0.000 0.668 0.036 0.240
#> GSM768006 2 0.3942 0.7896 0.012 0.728 0.000 0.000 0.260
#> GSM768007 1 0.1197 0.8065 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768008 4 0.6225 0.5728 0.032 0.024 0.024 0.488 0.432
#> GSM768009 1 0.5148 0.7663 0.712 0.000 0.096 0.012 0.180
#> GSM768010 4 0.4058 0.8943 0.000 0.152 0.000 0.784 0.064
#> GSM768011 1 0.5403 0.7598 0.696 0.000 0.096 0.020 0.188
#> GSM768012 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768013 3 0.3452 0.8146 0.032 0.000 0.852 0.024 0.092
#> GSM768014 4 0.4559 0.8947 0.004 0.152 0.000 0.756 0.088
#> GSM768017 1 0.3849 0.7862 0.752 0.000 0.016 0.000 0.232
#> GSM768018 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768019 1 0.5504 0.7287 0.708 0.000 0.048 0.076 0.168
#> GSM768020 4 0.5008 0.8652 0.000 0.152 0.000 0.708 0.140
#> GSM768021 1 0.5814 0.7218 0.684 0.000 0.052 0.092 0.172
#> GSM768022 2 0.0404 0.8986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM768023 1 0.3906 0.7748 0.744 0.000 0.016 0.000 0.240
#> GSM768024 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768015 1 0.5704 0.6705 0.580 0.000 0.016 0.060 0.344
#> GSM768016 2 0.2136 0.8722 0.008 0.904 0.000 0.000 0.088
#> GSM768025 1 0.4633 0.7279 0.632 0.000 0.016 0.004 0.348
#> GSM768026 4 0.4058 0.8964 0.000 0.152 0.000 0.784 0.064
#> GSM768027 1 0.3098 0.8045 0.836 0.000 0.016 0.000 0.148
#> GSM768028 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768029 1 0.2110 0.8053 0.912 0.000 0.016 0.000 0.072
#> GSM768030 2 0.2439 0.8817 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120
#> GSM768031 1 0.1197 0.8065 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.8997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.5994 0.6970 0.616 0.000 0.176 0.008 0.200
#> GSM768034 4 0.5352 0.8685 0.004 0.152 0.000 0.684 0.160
#> GSM768035 1 0.5504 0.7287 0.708 0.000 0.048 0.076 0.168
#> GSM768036 4 0.6577 0.6836 0.008 0.176 0.000 0.492 0.324
#> GSM768037 1 0.5467 0.7289 0.712 0.000 0.048 0.076 0.164
#> GSM768038 1 0.7829 0.1975 0.364 0.244 0.000 0.068 0.324
#> GSM768039 3 0.3250 0.7755 0.008 0.000 0.820 0.004 0.168
#> GSM768040 4 0.4609 0.8851 0.000 0.152 0.000 0.744 0.104
#> GSM768041 1 0.1845 0.8081 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> GSM768042 4 0.5590 0.8227 0.000 0.156 0.000 0.640 0.204
#> GSM768044 1 0.3819 0.7778 0.756 0.000 0.016 0.000 0.228
#> GSM768045 2 0.6682 0.2762 0.008 0.472 0.000 0.192 0.328
#> GSM768046 1 0.2291 0.8029 0.916 0.000 0.048 0.024 0.012
#> GSM768047 2 0.3835 0.8020 0.012 0.744 0.000 0.000 0.244
#> GSM768048 3 0.4529 0.7591 0.040 0.000 0.732 0.008 0.220
#> GSM768049 4 0.4119 0.8938 0.000 0.152 0.000 0.780 0.068
#> GSM768050 3 0.0992 0.8333 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM768051 4 0.3039 0.8960 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM768052 3 0.0898 0.8331 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM768053 4 0.5764 0.8114 0.000 0.152 0.000 0.612 0.236
#> GSM768054 3 0.0000 0.8330 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.3326 0.8955 0.000 0.152 0.000 0.824 0.024
#> GSM768056 3 0.0000 0.8330 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.3649 0.8927 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040
#> GSM768059 3 0.3920 0.7857 0.036 0.000 0.804 0.012 0.148
#> GSM768060 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768062 1 0.5190 0.7297 0.612 0.000 0.024 0.020 0.344
#> GSM768063 4 0.3649 0.8927 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040
#> GSM768064 3 0.6447 0.6020 0.052 0.000 0.520 0.064 0.364
#> GSM768065 4 0.2806 0.8965 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> GSM768066 3 0.6276 0.6596 0.052 0.000 0.576 0.064 0.308
#> GSM768067 2 0.6682 0.2696 0.008 0.472 0.000 0.192 0.328
#> GSM768068 1 0.5134 0.6639 0.544 0.000 0.012 0.020 0.424
#> GSM768069 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768070 3 0.5575 0.6848 0.056 0.000 0.604 0.016 0.324
#> GSM768071 2 0.2124 0.8891 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM768072 3 0.4977 0.7415 0.036 0.000 0.680 0.016 0.268
#> GSM768073 4 0.2806 0.8965 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> GSM768074 4 0.2929 0.8962 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> GSM768075 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768076 3 0.6859 0.2211 0.288 0.000 0.496 0.020 0.196
#> GSM768077 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768078 1 0.4633 0.7279 0.632 0.000 0.016 0.004 0.348
#> GSM768079 2 0.0771 0.9003 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM768080 3 0.4455 0.7735 0.032 0.000 0.740 0.012 0.216
#> GSM768081 4 0.3810 0.8467 0.000 0.084 0.012 0.828 0.076
#> GSM768082 3 0.0162 0.8332 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768084 1 0.5020 0.7178 0.620 0.000 0.020 0.016 0.344
#> GSM768085 4 0.2929 0.8962 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> GSM768086 1 0.3456 0.7995 0.800 0.000 0.016 0.000 0.184
#> GSM768087 4 0.5892 0.7683 0.000 0.220 0.000 0.600 0.180
#> GSM768088 3 0.5554 0.6703 0.056 0.000 0.588 0.012 0.344
#> GSM768089 4 0.3863 0.8958 0.000 0.152 0.000 0.796 0.052
#> GSM768090 3 0.3449 0.7834 0.000 0.000 0.812 0.024 0.164
#> GSM768091 2 0.0000 0.8997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.5911 0.7181 0.676 0.000 0.056 0.092 0.176
#> GSM768093 2 0.4560 0.7614 0.012 0.700 0.000 0.020 0.268
#> GSM768094 3 0.3612 0.7614 0.016 0.000 0.796 0.004 0.184
#> GSM768095 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768096 3 0.1741 0.8295 0.000 0.000 0.936 0.024 0.040
#> GSM768097 3 0.1082 0.8310 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM768098 1 0.5147 0.7597 0.700 0.000 0.112 0.004 0.184
#> GSM768099 2 0.2574 0.8831 0.012 0.876 0.000 0.000 0.112
#> GSM768100 1 0.3916 0.8032 0.804 0.000 0.056 0.004 0.136
#> GSM768101 4 0.6431 0.6957 0.008 0.148 0.000 0.500 0.344
#> GSM768102 3 0.4831 0.7667 0.052 0.000 0.740 0.024 0.184
#> GSM768103 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768104 1 0.4189 0.8006 0.788 0.000 0.060 0.008 0.144
#> GSM768105 4 0.6362 0.6910 0.004 0.148 0.000 0.484 0.364
#> GSM768106 1 0.2379 0.8119 0.912 0.000 0.048 0.012 0.028
#> GSM768107 4 0.5865 0.8248 0.004 0.152 0.000 0.616 0.228
#> GSM768108 1 0.3867 0.7807 0.836 0.000 0.048 0.044 0.072
#> GSM768109 2 0.3835 0.8020 0.012 0.744 0.000 0.000 0.244
#> GSM768110 1 0.2067 0.8073 0.920 0.000 0.048 0.000 0.032
#> GSM768111 2 0.2806 0.8671 0.004 0.844 0.000 0.000 0.152
#> GSM768112 1 0.1484 0.8067 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM768113 4 0.6332 0.6898 0.004 0.144 0.000 0.488 0.364
#> GSM768114 3 0.0898 0.8331 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM768115 4 0.3806 0.8919 0.004 0.152 0.000 0.804 0.040
#> GSM768116 1 0.2351 0.8032 0.896 0.000 0.016 0.000 0.088
#> GSM768117 2 0.3750 0.8102 0.012 0.756 0.000 0.000 0.232
#> GSM768118 3 0.6671 0.6005 0.104 0.000 0.608 0.088 0.200
#> GSM768119 2 0.3690 0.8187 0.012 0.764 0.000 0.000 0.224
#> GSM768120 3 0.6758 0.0953 0.308 0.000 0.468 0.008 0.216
#> GSM768121 4 0.3794 0.8966 0.000 0.152 0.000 0.800 0.048
#> GSM768122 1 0.3546 0.8065 0.832 0.000 0.048 0.004 0.116
#> GSM768123 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768124 1 0.4215 0.7959 0.772 0.000 0.052 0.004 0.172
#> GSM768125 4 0.5937 0.8189 0.004 0.152 0.000 0.604 0.240
#> GSM768126 3 0.0000 0.8330 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.3039 0.8960 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM768128 3 0.0000 0.8330 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0771 0.9005 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM768130 3 0.0798 0.8334 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM768131 1 0.3320 0.7505 0.820 0.000 0.004 0.012 0.164
#> GSM768132 1 0.5504 0.7287 0.708 0.000 0.048 0.076 0.168
#> GSM768133 2 0.0162 0.8999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768134 3 0.5277 0.7194 0.052 0.000 0.696 0.032 0.220
#> GSM768135 3 0.4073 0.7691 0.000 0.000 0.752 0.032 0.216
#> GSM768136 1 0.4860 0.7827 0.712 0.000 0.072 0.004 0.212
#> GSM768137 2 0.2068 0.8901 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> GSM768138 3 0.2995 0.8127 0.032 0.000 0.872 0.008 0.088
#> GSM768139 4 0.3039 0.8960 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM768140 1 0.5647 0.7258 0.696 0.000 0.048 0.084 0.172
#> GSM768141 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768142 1 0.5831 0.7187 0.680 0.000 0.052 0.088 0.180
#> GSM768143 2 0.0955 0.9004 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM768144 3 0.2237 0.8198 0.008 0.000 0.904 0.004 0.084
#> GSM768145 2 0.0290 0.8989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768002 3 0.0566 0.8333 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM768061 3 0.0898 0.8331 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM768043 1 0.4633 0.7279 0.632 0.000 0.016 0.004 0.348
#> GSM767986 3 0.0404 0.8327 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM767999 4 0.4151 0.8956 0.004 0.152 0.000 0.784 0.060
#> GSM767988 4 0.3573 0.8936 0.000 0.152 0.000 0.812 0.036
#> GSM768058 4 0.3039 0.8960 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM767987 4 0.3730 0.8930 0.004 0.152 0.000 0.808 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.4522 0.6707 0.236 0.000 0.700 0.036 0.000 0.028
#> GSM767977 2 0.1194 0.8444 0.004 0.956 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM767978 3 0.1168 0.7833 0.000 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> GSM767979 4 0.3430 0.6144 0.032 0.008 0.056 0.852 0.004 0.048
#> GSM767980 3 0.3395 0.7639 0.028 0.000 0.820 0.020 0.000 0.132
#> GSM767981 4 0.4166 0.7475 0.032 0.080 0.000 0.780 0.000 0.108
#> GSM767982 3 0.5208 0.6541 0.012 0.000 0.696 0.024 0.140 0.128
#> GSM767983 4 0.2953 0.7740 0.020 0.076 0.000 0.864 0.000 0.040
#> GSM767984 5 0.6201 -0.2067 0.020 0.000 0.404 0.020 0.456 0.100
#> GSM767985 4 0.4166 0.7491 0.032 0.080 0.000 0.780 0.000 0.108
#> GSM767989 3 0.2022 0.7705 0.008 0.000 0.916 0.024 0.000 0.052
#> GSM767990 2 0.2558 0.8230 0.004 0.840 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM767991 3 0.5514 0.5646 0.012 0.000 0.648 0.024 0.212 0.104
#> GSM767992 2 0.5023 0.5559 0.032 0.628 0.000 0.044 0.000 0.296
#> GSM767993 3 0.7739 0.3926 0.168 0.000 0.376 0.012 0.200 0.244
#> GSM767994 4 0.4002 0.7536 0.028 0.080 0.000 0.792 0.000 0.100
#> GSM767995 5 0.5553 -0.1442 0.436 0.000 0.012 0.016 0.480 0.056
#> GSM767996 2 0.0909 0.8404 0.020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM767997 5 0.6201 -0.2067 0.020 0.000 0.404 0.020 0.456 0.100
#> GSM767998 2 0.2020 0.8415 0.008 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM768000 1 0.5540 0.4003 0.548 0.000 0.012 0.016 0.360 0.064
#> GSM768001 2 0.1173 0.8389 0.016 0.960 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM768003 3 0.2807 0.7718 0.016 0.000 0.868 0.028 0.000 0.088
#> GSM768004 2 0.2946 0.7744 0.012 0.824 0.000 0.000 0.004 0.160
#> GSM768005 3 0.5893 0.5979 0.188 0.000 0.532 0.012 0.000 0.268
#> GSM768006 2 0.4211 0.6392 0.012 0.632 0.000 0.004 0.004 0.348
#> GSM768007 5 0.5603 -0.1063 0.404 0.000 0.016 0.016 0.508 0.056
#> GSM768008 6 0.6674 0.3953 0.200 0.020 0.004 0.380 0.008 0.388
#> GSM768009 1 0.5393 0.5468 0.596 0.000 0.056 0.016 0.316 0.016
#> GSM768010 4 0.4069 0.7482 0.032 0.076 0.000 0.788 0.000 0.104
#> GSM768011 1 0.5470 0.5468 0.604 0.000 0.048 0.024 0.304 0.020
#> GSM768012 2 0.1350 0.8374 0.020 0.952 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM768013 3 0.4555 0.7276 0.080 0.000 0.720 0.016 0.000 0.184
#> GSM768014 4 0.4687 0.7385 0.048 0.076 0.000 0.748 0.004 0.124
#> GSM768017 1 0.4698 0.5497 0.644 0.000 0.012 0.012 0.308 0.024
#> GSM768018 2 0.1350 0.8374 0.020 0.952 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM768019 5 0.0717 0.4306 0.008 0.000 0.016 0.000 0.976 0.000
#> GSM768020 4 0.4980 0.6019 0.032 0.076 0.000 0.684 0.000 0.208
#> GSM768021 5 0.1844 0.4244 0.012 0.000 0.024 0.004 0.932 0.028
#> GSM768022 2 0.1592 0.8381 0.020 0.940 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM768023 1 0.5736 0.4713 0.596 0.000 0.012 0.016 0.260 0.116
#> GSM768024 2 0.0806 0.8407 0.020 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768015 5 0.5371 0.2026 0.208 0.000 0.012 0.020 0.660 0.100
#> GSM768016 2 0.2833 0.7849 0.012 0.836 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM768025 1 0.5446 0.5040 0.656 0.000 0.016 0.012 0.180 0.136
#> GSM768026 4 0.4176 0.7126 0.020 0.076 0.000 0.768 0.000 0.136
#> GSM768027 1 0.5518 0.3931 0.540 0.000 0.012 0.016 0.372 0.060
#> GSM768028 2 0.2362 0.8291 0.004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM768029 5 0.5690 -0.1822 0.440 0.000 0.012 0.016 0.464 0.068
#> GSM768030 2 0.3271 0.7728 0.008 0.760 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM768031 5 0.5603 -0.1063 0.404 0.000 0.016 0.016 0.508 0.056
#> GSM768032 2 0.0862 0.8448 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM768033 1 0.6015 0.4898 0.592 0.000 0.156 0.008 0.212 0.032
#> GSM768034 4 0.5233 0.6458 0.048 0.076 0.000 0.684 0.004 0.188
#> GSM768035 5 0.0692 0.4327 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM768036 6 0.5830 0.4137 0.020 0.112 0.000 0.396 0.000 0.472
#> GSM768037 5 0.0862 0.4320 0.004 0.000 0.016 0.000 0.972 0.008
#> GSM768038 5 0.6576 0.0491 0.056 0.208 0.000 0.000 0.496 0.240
#> GSM768039 3 0.3874 0.6342 0.268 0.000 0.712 0.008 0.004 0.008
#> GSM768040 4 0.4550 0.6969 0.032 0.076 0.000 0.740 0.000 0.152
#> GSM768041 5 0.5687 -0.1694 0.432 0.000 0.012 0.016 0.472 0.068
#> GSM768042 4 0.5712 0.1321 0.036 0.084 0.000 0.548 0.000 0.332
#> GSM768044 1 0.5823 0.4570 0.576 0.000 0.012 0.016 0.280 0.116
#> GSM768045 6 0.6271 0.4180 0.020 0.312 0.000 0.180 0.004 0.484
#> GSM768046 5 0.4971 0.1388 0.260 0.000 0.016 0.008 0.660 0.056
#> GSM768047 2 0.4227 0.6368 0.020 0.632 0.000 0.000 0.004 0.344
#> GSM768048 3 0.4154 0.6132 0.324 0.000 0.652 0.004 0.000 0.020
#> GSM768049 4 0.4201 0.7418 0.032 0.076 0.000 0.776 0.000 0.116
#> GSM768050 3 0.1138 0.7845 0.004 0.000 0.960 0.012 0.000 0.024
#> GSM768051 4 0.2114 0.7695 0.008 0.076 0.000 0.904 0.000 0.012
#> GSM768052 3 0.0964 0.7842 0.004 0.000 0.968 0.012 0.000 0.016
#> GSM768053 4 0.5911 0.0698 0.052 0.076 0.000 0.560 0.004 0.308
#> GSM768054 3 0.0146 0.7842 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768055 4 0.2632 0.7749 0.012 0.076 0.000 0.880 0.000 0.032
#> GSM768056 3 0.0291 0.7842 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM768057 4 0.3036 0.7521 0.024 0.076 0.000 0.864 0.004 0.032
#> GSM768059 3 0.4459 0.6960 0.132 0.000 0.712 0.000 0.000 0.156
#> GSM768060 2 0.0820 0.8403 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768062 1 0.4888 0.4981 0.732 0.000 0.028 0.012 0.104 0.124
#> GSM768063 4 0.2792 0.7647 0.016 0.076 0.000 0.876 0.004 0.028
#> GSM768064 3 0.7888 0.2728 0.172 0.000 0.312 0.012 0.264 0.240
#> GSM768065 4 0.2182 0.7745 0.004 0.076 0.000 0.900 0.000 0.020
#> GSM768066 3 0.7707 0.3996 0.168 0.000 0.388 0.012 0.200 0.232
#> GSM768067 6 0.6323 0.4408 0.020 0.316 0.000 0.188 0.004 0.472
#> GSM768068 1 0.4360 0.4658 0.764 0.000 0.012 0.020 0.056 0.148
#> GSM768069 2 0.0717 0.8407 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768070 3 0.5894 0.5129 0.344 0.000 0.468 0.004 0.000 0.184
#> GSM768071 2 0.2442 0.8259 0.004 0.852 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM768072 3 0.5558 0.6013 0.284 0.000 0.556 0.004 0.000 0.156
#> GSM768073 4 0.1901 0.7739 0.004 0.076 0.000 0.912 0.000 0.008
#> GSM768074 4 0.2002 0.7709 0.004 0.076 0.000 0.908 0.000 0.012
#> GSM768075 2 0.1173 0.8389 0.016 0.960 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM768076 1 0.5997 0.0393 0.452 0.000 0.428 0.016 0.084 0.020
#> GSM768077 2 0.1262 0.8383 0.016 0.956 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM768078 1 0.5345 0.5149 0.660 0.000 0.012 0.012 0.188 0.128
#> GSM768079 2 0.1700 0.8445 0.004 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM768080 3 0.5422 0.6341 0.252 0.000 0.588 0.004 0.000 0.156
#> GSM768081 4 0.3364 0.6904 0.040 0.044 0.008 0.852 0.000 0.056
#> GSM768082 3 0.0260 0.7847 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768083 2 0.2320 0.8307 0.004 0.864 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM768084 1 0.5628 0.5008 0.640 0.000 0.020 0.012 0.180 0.148
#> GSM768085 4 0.2095 0.7766 0.004 0.076 0.000 0.904 0.000 0.016
#> GSM768086 1 0.5175 0.5031 0.588 0.000 0.012 0.016 0.344 0.040
#> GSM768087 4 0.6163 0.0415 0.032 0.164 0.000 0.520 0.000 0.284
#> GSM768088 3 0.5918 0.4930 0.360 0.000 0.452 0.004 0.000 0.184
#> GSM768089 4 0.4069 0.7498 0.032 0.076 0.000 0.788 0.000 0.104
#> GSM768090 3 0.3827 0.6982 0.192 0.000 0.764 0.012 0.000 0.032
#> GSM768091 2 0.1124 0.8487 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM768092 5 0.2159 0.4187 0.016 0.000 0.024 0.004 0.916 0.040
#> GSM768093 2 0.4866 0.5510 0.020 0.584 0.000 0.024 0.004 0.368
#> GSM768094 3 0.4103 0.5998 0.292 0.000 0.684 0.008 0.008 0.008
#> GSM768095 2 0.0820 0.8408 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768096 3 0.1675 0.7804 0.032 0.000 0.936 0.008 0.000 0.024
#> GSM768097 3 0.0632 0.7828 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.5274 0.5383 0.588 0.000 0.084 0.008 0.316 0.004
#> GSM768099 2 0.3190 0.7855 0.008 0.772 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM768100 1 0.5690 0.3804 0.524 0.000 0.020 0.016 0.380 0.060
#> GSM768101 6 0.6473 0.4859 0.068 0.076 0.000 0.420 0.012 0.424
#> GSM768102 3 0.5088 0.6723 0.180 0.000 0.648 0.004 0.000 0.168
#> GSM768103 2 0.2278 0.8322 0.004 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM768104 1 0.5797 0.4446 0.564 0.000 0.024 0.020 0.324 0.068
#> GSM768105 6 0.6647 0.5047 0.092 0.080 0.000 0.400 0.008 0.420
#> GSM768106 5 0.5790 -0.1804 0.424 0.000 0.016 0.020 0.476 0.064
#> GSM768107 4 0.5918 0.1334 0.044 0.080 0.000 0.540 0.004 0.332
#> GSM768108 5 0.4038 0.2735 0.160 0.000 0.016 0.000 0.768 0.056
#> GSM768109 2 0.4148 0.6422 0.016 0.636 0.000 0.000 0.004 0.344
#> GSM768110 5 0.5682 -0.1394 0.424 0.000 0.012 0.016 0.480 0.068
#> GSM768111 2 0.3736 0.7441 0.008 0.716 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM768112 5 0.5523 -0.0934 0.404 0.000 0.012 0.016 0.512 0.056
#> GSM768113 6 0.6643 0.5112 0.096 0.076 0.000 0.400 0.008 0.420
#> GSM768114 3 0.0964 0.7842 0.004 0.000 0.968 0.012 0.000 0.016
#> GSM768115 4 0.3177 0.7467 0.024 0.076 0.000 0.856 0.004 0.040
#> GSM768116 5 0.5692 -0.1908 0.452 0.000 0.012 0.016 0.452 0.068
#> GSM768117 2 0.4129 0.4790 0.012 0.564 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM768118 5 0.5989 -0.1891 0.028 0.000 0.404 0.008 0.472 0.088
#> GSM768119 2 0.4076 0.6404 0.012 0.636 0.000 0.000 0.004 0.348
#> GSM768120 1 0.6013 0.1065 0.472 0.000 0.404 0.008 0.084 0.032
#> GSM768121 4 0.4114 0.7475 0.032 0.076 0.000 0.784 0.000 0.108
#> GSM768122 1 0.5652 0.3638 0.504 0.000 0.016 0.016 0.404 0.060
#> GSM768123 2 0.2615 0.8342 0.004 0.852 0.000 0.000 0.008 0.136
#> GSM768124 1 0.4711 0.4895 0.564 0.000 0.032 0.004 0.396 0.004
#> GSM768125 4 0.5790 0.0912 0.036 0.076 0.000 0.540 0.004 0.344
#> GSM768126 3 0.0000 0.7843 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.2114 0.7695 0.008 0.076 0.000 0.904 0.000 0.012
#> GSM768128 3 0.0146 0.7851 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.1913 0.8451 0.012 0.908 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM768130 3 0.0951 0.7844 0.004 0.000 0.968 0.008 0.000 0.020
#> GSM768131 5 0.6028 0.0982 0.288 0.000 0.000 0.012 0.500 0.200
#> GSM768132 5 0.0692 0.4315 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM768133 2 0.1340 0.8435 0.004 0.948 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM768134 3 0.5713 0.5779 0.260 0.000 0.620 0.020 0.044 0.056
#> GSM768135 3 0.4627 0.6732 0.228 0.000 0.696 0.020 0.000 0.056
#> GSM768136 1 0.4356 0.5644 0.660 0.000 0.028 0.004 0.304 0.004
#> GSM768137 2 0.2402 0.8275 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM768138 3 0.3627 0.7423 0.080 0.000 0.792 0.000 0.000 0.128
#> GSM768139 4 0.2002 0.7709 0.004 0.076 0.000 0.908 0.000 0.012
#> GSM768140 5 0.1536 0.4270 0.012 0.000 0.020 0.000 0.944 0.024
#> GSM768141 2 0.0717 0.8407 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768142 5 0.1871 0.4228 0.016 0.000 0.024 0.000 0.928 0.032
#> GSM768143 2 0.2019 0.8446 0.012 0.900 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM768144 3 0.3229 0.7157 0.188 0.000 0.796 0.004 0.008 0.004
#> GSM768145 2 0.0820 0.8403 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768002 3 0.1334 0.7796 0.000 0.000 0.948 0.020 0.000 0.032
#> GSM768061 3 0.0964 0.7842 0.004 0.000 0.968 0.012 0.000 0.016
#> GSM768043 1 0.5345 0.5149 0.660 0.000 0.012 0.012 0.188 0.128
#> GSM767986 3 0.1257 0.7805 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> GSM767999 4 0.3665 0.7713 0.040 0.076 0.000 0.828 0.004 0.052
#> GSM767988 4 0.3108 0.7505 0.024 0.076 0.000 0.860 0.004 0.036
#> GSM768058 4 0.2002 0.7709 0.004 0.076 0.000 0.908 0.000 0.012
#> GSM767987 4 0.3177 0.7473 0.024 0.076 0.000 0.856 0.004 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:kmeans 170 1.000 1.24e-34 1.000 1.000 2
#> CV:kmeans 164 1.000 5.58e-33 1.000 0.989 3
#> CV:kmeans 165 0.999 3.27e-32 0.927 0.983 4
#> CV:kmeans 165 0.999 3.27e-32 0.927 0.983 5
#> CV:kmeans 117 0.397 8.74e-22 0.357 0.160 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5032 0.497 0.497
#> 3 3 0.926 0.948 0.953 0.2672 0.843 0.689
#> 4 4 0.882 0.949 0.963 0.1771 0.873 0.654
#> 5 5 0.852 0.762 0.879 0.0497 0.962 0.849
#> 6 6 0.818 0.717 0.818 0.0306 0.947 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.802 0.677 0.756 0.244
#> GSM768069 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.5435 0.710 0.024 0.192 0.784
#> GSM767980 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM767981 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767982 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767983 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767984 3 0.0237 0.945 0.004 0.000 0.996
#> GSM767985 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.3038 0.902 0.104 0.000 0.896
#> GSM767994 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767995 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM767996 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0237 0.945 0.004 0.000 0.996
#> GSM767998 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3192 0.936 0.888 0.000 0.112
#> GSM768001 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768006 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768008 2 0.1919 0.973 0.024 0.956 0.020
#> GSM768009 1 0.3879 0.915 0.848 0.000 0.152
#> GSM768010 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768011 1 0.3816 0.918 0.852 0.000 0.148
#> GSM768012 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768014 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768017 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768018 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768020 2 0.0892 0.989 0.020 0.980 0.000
#> GSM768021 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768022 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768024 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768016 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768026 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768027 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768028 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768030 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768032 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768034 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768035 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768036 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.3267 0.937 0.884 0.000 0.116
#> GSM768038 1 0.6192 0.308 0.580 0.420 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768041 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768042 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768044 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768045 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768047 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768049 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768055 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768059 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768060 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1411 0.916 0.964 0.000 0.036
#> GSM768063 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768064 3 0.3116 0.900 0.108 0.000 0.892
#> GSM768065 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768066 3 0.3038 0.902 0.104 0.000 0.896
#> GSM768067 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 1 0.1182 0.912 0.976 0.012 0.012
#> GSM768069 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768073 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768074 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768079 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768081 3 0.7174 0.111 0.024 0.460 0.516
#> GSM768082 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768085 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768086 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768087 2 0.0892 0.989 0.020 0.980 0.000
#> GSM768088 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768089 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768093 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 1 0.4605 0.863 0.796 0.000 0.204
#> GSM768099 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768101 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768102 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768103 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768105 2 0.0424 0.990 0.008 0.992 0.000
#> GSM768106 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768107 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768108 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768109 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768113 2 0.0424 0.990 0.008 0.992 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768116 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM768117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0592 0.940 0.012 0.000 0.988
#> GSM768119 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768121 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768122 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768123 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768125 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768127 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.3886 0.923 0.880 0.024 0.096
#> GSM768132 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768133 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768136 1 0.2625 0.933 0.916 0.000 0.084
#> GSM768137 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2878 0.906 0.096 0.000 0.904
#> GSM768139 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768140 1 0.3340 0.936 0.880 0.000 0.120
#> GSM768141 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.4346 0.884 0.816 0.000 0.184
#> GSM768143 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> GSM767986 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767988 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM768058 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
#> GSM767987 2 0.1031 0.988 0.024 0.976 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0336 0.967 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM767980 3 0.2281 0.918 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM767981 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM767982 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767983 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM767984 3 0.0376 0.957 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM767985 4 0.1867 0.922 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM767989 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767993 3 0.2773 0.907 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM767994 4 0.0921 0.960 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767995 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0376 0.957 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM767998 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2281 0.939 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2773 0.907 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM768006 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768008 4 0.0376 0.971 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM768009 1 0.3074 0.909 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM768010 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768011 1 0.3074 0.909 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2530 0.915 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM768014 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768017 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768020 4 0.2814 0.857 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM768021 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768016 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768026 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768027 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768035 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.2266 0.939 0.912 0.000 0.084 0.004
#> GSM768038 2 0.0188 0.986 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768039 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768041 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768042 4 0.1389 0.944 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM768044 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.0336 0.983 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768046 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.2593 0.913 0.104 0.000 0.892 0.004
#> GSM768049 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768050 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768052 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768054 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768056 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768059 3 0.2654 0.910 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM768060 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0895 0.916 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM768063 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768064 3 0.2918 0.905 0.116 0.000 0.876 0.008
#> GSM768065 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768066 3 0.2773 0.907 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM768067 2 0.1118 0.955 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM768068 1 0.0524 0.920 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM768069 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2773 0.907 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM768071 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.2654 0.910 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM768073 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768074 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768075 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768079 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2654 0.910 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM768081 4 0.0376 0.971 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM768082 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768085 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768086 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768087 4 0.3311 0.807 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM768088 3 0.2773 0.907 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM768089 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768090 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.2888 0.929 0.872 0.000 0.124 0.004
#> GSM768093 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.3444 0.877 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768101 4 0.4933 0.240 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM768102 3 0.2714 0.909 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM768103 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768105 2 0.3569 0.758 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM768106 1 0.2408 0.939 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM768107 4 0.0592 0.969 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768108 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768113 2 0.3569 0.758 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM768114 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768116 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0657 0.953 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM768119 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768121 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768122 1 0.2469 0.938 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768125 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768126 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768128 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2926 0.884 0.888 0.096 0.012 0.004
#> GSM768132 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768133 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0188 0.960 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768135 3 0.0188 0.960 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768136 1 0.1743 0.935 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2654 0.910 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM768139 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768140 1 0.2654 0.938 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.3494 0.889 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM768143 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767986 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM767988 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768058 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM767987 4 0.0336 0.974 0.000 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.1270 0.8267 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM767977 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.1251 0.9239 0.008 0.000 0.000 0.956 0.036
#> GSM767980 3 0.0609 0.8471 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM767981 4 0.0290 0.9410 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM767982 3 0.0510 0.8498 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM767983 4 0.0162 0.9416 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767984 3 0.6099 0.2701 0.352 0.000 0.512 0.000 0.136
#> GSM767985 4 0.2462 0.8428 0.000 0.112 0.000 0.880 0.008
#> GSM767989 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.2873 0.7537 0.020 0.000 0.860 0.000 0.120
#> GSM767992 2 0.0451 0.9689 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM767993 5 0.4752 0.0192 0.020 0.000 0.412 0.000 0.568
#> GSM767994 4 0.1697 0.8954 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> GSM767995 1 0.3661 0.6650 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM767996 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.6183 0.1654 0.408 0.000 0.456 0.000 0.136
#> GSM767998 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4067 0.6853 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300
#> GSM768001 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0404 0.8509 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768004 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.4287 0.2326 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM768006 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3783 0.6997 0.740 0.000 0.008 0.000 0.252
#> GSM768008 4 0.3067 0.8645 0.008 0.004 0.016 0.864 0.108
#> GSM768009 1 0.4949 0.6462 0.656 0.000 0.056 0.000 0.288
#> GSM768010 4 0.0404 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768011 1 0.4616 0.6677 0.676 0.000 0.036 0.000 0.288
#> GSM768012 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1965 0.8088 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768014 4 0.0609 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768017 5 0.4201 0.0737 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM768018 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.2304 0.6070 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM768020 4 0.2953 0.8052 0.000 0.144 0.000 0.844 0.012
#> GSM768021 1 0.2753 0.5746 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> GSM768022 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 5 0.3752 0.4315 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM768024 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.4101 0.3333 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM768016 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 5 0.3242 0.5311 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM768026 4 0.0404 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768027 1 0.4278 0.3335 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM768028 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.4273 0.3373 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768030 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3551 0.7036 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> GSM768032 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.3413 0.7368 0.124 0.000 0.832 0.000 0.044
#> GSM768034 4 0.0609 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768035 1 0.2304 0.6041 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM768036 2 0.0671 0.9635 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM768037 1 0.2674 0.5834 0.856 0.000 0.004 0.000 0.140
#> GSM768038 2 0.5525 0.4537 0.288 0.612 0.000 0.000 0.100
#> GSM768039 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0510 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768041 1 0.4262 0.3604 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM768042 4 0.2873 0.8265 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> GSM768044 5 0.3857 0.4020 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM768045 2 0.0798 0.9591 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM768046 1 0.3093 0.7110 0.824 0.000 0.008 0.000 0.168
#> GSM768047 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.3003 0.7150 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM768049 4 0.0404 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768050 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.1043 0.9284 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM768054 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0290 0.9407 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768059 3 0.3966 0.4935 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM768060 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.4086 0.4932 0.240 0.000 0.024 0.000 0.736
#> GSM768063 4 0.0162 0.9414 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768064 5 0.5892 0.3592 0.180 0.000 0.220 0.000 0.600
#> GSM768065 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 5 0.4689 -0.0142 0.016 0.000 0.424 0.000 0.560
#> GSM768067 2 0.0992 0.9501 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM768068 5 0.3003 0.4911 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM768069 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4300 0.1959 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM768071 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4150 0.4066 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM768073 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.3119 0.7589 0.072 0.000 0.860 0.000 0.068
#> GSM768077 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 5 0.3177 0.5356 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768079 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4045 0.4679 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM768081 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 5 0.3177 0.5356 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768085 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 5 0.4307 -0.2481 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM768087 4 0.4418 0.5341 0.000 0.332 0.000 0.652 0.016
#> GSM768088 5 0.4273 -0.0472 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM768089 4 0.0290 0.9410 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768090 3 0.0404 0.8502 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768091 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.2753 0.5746 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> GSM768093 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.1484 0.8293 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> GSM768095 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0162 0.8527 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.5896 0.5112 0.596 0.000 0.168 0.000 0.236
#> GSM768099 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3861 0.7016 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> GSM768101 4 0.5709 0.0886 0.008 0.456 0.000 0.476 0.060
#> GSM768102 3 0.4150 0.4121 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM768103 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3861 0.7016 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> GSM768105 2 0.4409 0.7120 0.008 0.760 0.000 0.180 0.052
#> GSM768106 1 0.3519 0.7041 0.776 0.000 0.008 0.000 0.216
#> GSM768107 4 0.3060 0.8197 0.000 0.128 0.000 0.848 0.024
#> GSM768108 1 0.1764 0.6858 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM768109 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3421 0.7116 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> GSM768111 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3461 0.7023 0.772 0.000 0.004 0.000 0.224
#> GSM768113 2 0.4409 0.7120 0.008 0.760 0.000 0.180 0.052
#> GSM768114 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0290 0.9407 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768116 1 0.4300 0.2525 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM768117 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.6133 0.2407 0.368 0.000 0.496 0.000 0.136
#> GSM768119 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.1430 0.8373 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> GSM768121 4 0.0290 0.9410 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768122 1 0.3809 0.7021 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> GSM768123 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2612 0.7035 0.868 0.000 0.008 0.000 0.124
#> GSM768125 4 0.1124 0.9324 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM768126 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0510 0.6622 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768132 1 0.2304 0.6041 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM768133 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1809 0.8314 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> GSM768135 3 0.1697 0.8332 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060
#> GSM768136 1 0.4713 0.4298 0.544 0.000 0.016 0.000 0.440
#> GSM768137 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2516 0.7590 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM768139 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.2753 0.5746 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> GSM768141 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.3152 0.5571 0.840 0.000 0.024 0.000 0.136
#> GSM768143 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0451 0.8508 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 5 0.3074 0.5358 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM767986 3 0.0000 0.8540 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0404 0.9404 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM767988 4 0.0290 0.9407 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768058 4 0.0000 0.9418 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0290 0.9407 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.3747 0.7512 0.048 0.000 0.816 0.000 0.048 0.088
#> GSM767977 2 0.0405 0.9596 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM767978 3 0.0820 0.8425 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM767979 4 0.3377 0.7743 0.000 0.000 0.000 0.784 0.188 0.028
#> GSM767980 3 0.2432 0.8094 0.000 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> GSM767981 4 0.2493 0.8914 0.000 0.004 0.000 0.884 0.036 0.076
#> GSM767982 3 0.2506 0.8159 0.000 0.000 0.880 0.000 0.068 0.052
#> GSM767983 4 0.0820 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM767984 5 0.5776 0.3696 0.112 0.000 0.272 0.000 0.580 0.036
#> GSM767985 4 0.2683 0.8908 0.000 0.028 0.000 0.884 0.032 0.056
#> GSM767989 3 0.1723 0.8356 0.000 0.000 0.928 0.000 0.036 0.036
#> GSM767990 2 0.0146 0.9599 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM767991 3 0.3794 0.6491 0.000 0.000 0.744 0.000 0.216 0.040
#> GSM767992 2 0.3207 0.8349 0.000 0.844 0.000 0.016 0.048 0.092
#> GSM767993 6 0.5383 0.5492 0.000 0.000 0.232 0.000 0.184 0.584
#> GSM767994 4 0.2240 0.8969 0.000 0.008 0.000 0.904 0.032 0.056
#> GSM767995 1 0.2094 0.6905 0.900 0.000 0.000 0.000 0.020 0.080
#> GSM767996 2 0.0146 0.9598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM767997 5 0.5907 0.4064 0.140 0.000 0.248 0.000 0.576 0.036
#> GSM767998 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.1723 0.6953 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036
#> GSM768001 2 0.0146 0.9595 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM768003 3 0.1829 0.8314 0.000 0.000 0.920 0.000 0.024 0.056
#> GSM768004 2 0.0622 0.9575 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768005 6 0.4319 0.3322 0.000 0.000 0.400 0.000 0.024 0.576
#> GSM768006 2 0.0820 0.9571 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM768007 1 0.0972 0.6914 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM768008 5 0.7953 -0.2642 0.060 0.008 0.052 0.312 0.348 0.220
#> GSM768009 1 0.5170 0.5480 0.704 0.000 0.120 0.000 0.072 0.104
#> GSM768010 4 0.2595 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.872 0.044 0.084
#> GSM768011 1 0.4728 0.5973 0.744 0.000 0.076 0.000 0.076 0.104
#> GSM768012 2 0.0291 0.9593 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM768013 3 0.3500 0.6929 0.000 0.000 0.768 0.000 0.028 0.204
#> GSM768014 4 0.3325 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.820 0.096 0.084
#> GSM768017 1 0.4938 0.3562 0.568 0.000 0.000 0.000 0.076 0.356
#> GSM768018 2 0.0291 0.9593 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM768019 5 0.3804 0.4481 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM768020 4 0.4096 0.8365 0.000 0.064 0.000 0.792 0.052 0.092
#> GSM768021 5 0.4037 0.4845 0.380 0.000 0.000 0.000 0.608 0.012
#> GSM768022 2 0.0405 0.9596 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM768023 1 0.4294 0.1731 0.552 0.000 0.000 0.000 0.020 0.428
#> GSM768024 2 0.0146 0.9598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768015 5 0.5259 -0.1384 0.096 0.000 0.000 0.000 0.468 0.436
#> GSM768016 2 0.0508 0.9586 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM768025 6 0.3695 0.4730 0.272 0.000 0.000 0.000 0.016 0.712
#> GSM768026 4 0.2009 0.8985 0.000 0.000 0.000 0.908 0.024 0.068
#> GSM768027 1 0.3231 0.6302 0.784 0.000 0.000 0.000 0.016 0.200
#> GSM768028 2 0.0622 0.9572 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768029 1 0.3284 0.6328 0.784 0.000 0.000 0.000 0.020 0.196
#> GSM768030 2 0.0820 0.9584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM768031 1 0.1075 0.6799 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM768032 2 0.0405 0.9597 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM768033 3 0.4833 0.6716 0.076 0.000 0.736 0.000 0.092 0.096
#> GSM768034 4 0.3520 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.804 0.100 0.096
#> GSM768035 5 0.3789 0.4591 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> GSM768036 2 0.3536 0.8085 0.000 0.812 0.000 0.008 0.064 0.116
#> GSM768037 5 0.4018 0.4647 0.412 0.000 0.000 0.000 0.580 0.008
#> GSM768038 5 0.5166 0.2164 0.060 0.400 0.000 0.000 0.528 0.012
#> GSM768039 3 0.1572 0.8362 0.000 0.000 0.936 0.000 0.036 0.028
#> GSM768040 4 0.2923 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.848 0.052 0.100
#> GSM768041 1 0.3189 0.6455 0.796 0.000 0.000 0.000 0.020 0.184
#> GSM768042 4 0.5222 0.7120 0.000 0.144 0.000 0.692 0.056 0.108
#> GSM768044 1 0.4294 0.1802 0.552 0.000 0.000 0.000 0.020 0.428
#> GSM768045 2 0.2477 0.9049 0.000 0.896 0.000 0.032 0.024 0.048
#> GSM768046 1 0.2219 0.6040 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM768047 2 0.0622 0.9575 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768048 3 0.3982 0.5655 0.016 0.000 0.696 0.000 0.008 0.280
#> GSM768049 4 0.2712 0.8837 0.000 0.000 0.000 0.864 0.048 0.088
#> GSM768050 3 0.1003 0.8414 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM768051 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0820 0.8426 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM768053 4 0.3354 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.812 0.128 0.060
#> GSM768054 3 0.0692 0.8424 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM768055 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0993 0.8432 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM768057 4 0.1075 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM768059 3 0.4067 0.0321 0.000 0.000 0.548 0.000 0.008 0.444
#> GSM768060 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 6 0.5352 0.4894 0.224 0.000 0.032 0.000 0.100 0.644
#> GSM768063 4 0.1049 0.9044 0.000 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM768064 6 0.4989 0.4393 0.000 0.000 0.092 0.000 0.316 0.592
#> GSM768065 4 0.0146 0.9027 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768066 6 0.5391 0.5400 0.000 0.000 0.244 0.000 0.176 0.580
#> GSM768067 2 0.2101 0.9179 0.000 0.912 0.000 0.008 0.028 0.052
#> GSM768068 6 0.4685 0.1810 0.388 0.004 0.000 0.000 0.040 0.568
#> GSM768069 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 6 0.3789 0.4514 0.000 0.000 0.332 0.000 0.008 0.660
#> GSM768071 2 0.0725 0.9569 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM768072 6 0.4086 0.1633 0.000 0.000 0.464 0.000 0.008 0.528
#> GSM768073 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0146 0.9027 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768075 2 0.0146 0.9595 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM768076 3 0.4491 0.6856 0.072 0.000 0.760 0.000 0.056 0.112
#> GSM768077 2 0.0291 0.9593 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM768078 6 0.3863 0.4868 0.260 0.000 0.000 0.000 0.028 0.712
#> GSM768079 2 0.0146 0.9599 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768080 3 0.4093 -0.0550 0.000 0.000 0.516 0.000 0.008 0.476
#> GSM768081 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0146 0.8435 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768083 2 0.0622 0.9572 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768084 6 0.3509 0.5082 0.240 0.000 0.000 0.000 0.016 0.744
#> GSM768085 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.3688 0.5859 0.724 0.000 0.000 0.000 0.020 0.256
#> GSM768087 4 0.5964 0.4933 0.000 0.280 0.000 0.564 0.052 0.104
#> GSM768088 6 0.3490 0.5528 0.000 0.000 0.268 0.000 0.008 0.724
#> GSM768089 4 0.2437 0.8913 0.000 0.004 0.000 0.888 0.036 0.072
#> GSM768090 3 0.0806 0.8416 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM768091 2 0.0405 0.9597 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM768092 5 0.4110 0.4848 0.376 0.000 0.000 0.000 0.608 0.016
#> GSM768093 2 0.0820 0.9571 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM768094 3 0.2959 0.7785 0.008 0.000 0.852 0.000 0.036 0.104
#> GSM768095 2 0.0146 0.9598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768096 3 0.0520 0.8429 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM768097 3 0.0622 0.8436 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM768098 1 0.6001 0.3131 0.584 0.000 0.248 0.000 0.076 0.092
#> GSM768099 2 0.0520 0.9584 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM768100 1 0.1333 0.6867 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> GSM768101 5 0.7604 -0.1899 0.000 0.280 0.000 0.276 0.284 0.160
#> GSM768102 3 0.4184 -0.1191 0.000 0.000 0.500 0.000 0.012 0.488
#> GSM768103 2 0.0622 0.9572 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768104 1 0.1528 0.6853 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> GSM768105 2 0.6115 0.4374 0.000 0.552 0.000 0.064 0.280 0.104
#> GSM768106 1 0.1152 0.6857 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM768107 4 0.5735 0.7221 0.000 0.104 0.000 0.652 0.124 0.120
#> GSM768108 1 0.3563 0.2128 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768109 2 0.0717 0.9578 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM768110 1 0.2178 0.6056 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM768111 2 0.1003 0.9547 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM768112 1 0.1219 0.6830 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> GSM768113 2 0.6163 0.4298 0.000 0.548 0.000 0.068 0.280 0.104
#> GSM768114 3 0.0520 0.8429 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM768115 4 0.1141 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM768116 1 0.3374 0.6231 0.772 0.000 0.000 0.000 0.020 0.208
#> GSM768117 2 0.0914 0.9546 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM768118 5 0.5862 0.3993 0.132 0.000 0.252 0.000 0.580 0.036
#> GSM768119 2 0.0717 0.9584 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM768120 3 0.3149 0.7707 0.000 0.000 0.824 0.000 0.044 0.132
#> GSM768121 4 0.1930 0.8980 0.000 0.000 0.000 0.916 0.036 0.048
#> GSM768122 1 0.1594 0.6824 0.932 0.000 0.000 0.000 0.052 0.016
#> GSM768123 2 0.0820 0.9557 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM768124 1 0.4436 0.3024 0.640 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048
#> GSM768125 4 0.4716 0.8109 0.000 0.020 0.000 0.720 0.136 0.124
#> GSM768126 3 0.0405 0.8437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM768127 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0405 0.8437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM768129 2 0.0622 0.9572 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768130 3 0.0146 0.8437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768131 1 0.4228 -0.0111 0.588 0.000 0.000 0.000 0.392 0.020
#> GSM768132 5 0.3797 0.4542 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM768133 2 0.0520 0.9590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM768134 3 0.3831 0.6803 0.012 0.000 0.744 0.000 0.020 0.224
#> GSM768135 3 0.3627 0.6883 0.004 0.000 0.752 0.000 0.020 0.224
#> GSM768136 1 0.4347 0.5946 0.720 0.000 0.036 0.000 0.024 0.220
#> GSM768137 2 0.0725 0.9557 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM768138 3 0.3373 0.5977 0.000 0.000 0.744 0.000 0.008 0.248
#> GSM768139 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.4084 0.4754 0.400 0.000 0.000 0.000 0.588 0.012
#> GSM768141 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.4528 0.4835 0.380 0.000 0.020 0.000 0.588 0.012
#> GSM768143 2 0.0405 0.9592 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM768144 3 0.1367 0.8379 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM768145 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1421 0.8396 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM768061 3 0.0717 0.8429 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM768043 6 0.4064 0.5068 0.236 0.000 0.004 0.000 0.040 0.720
#> GSM767986 3 0.1334 0.8411 0.000 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> GSM767999 4 0.1471 0.8980 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> GSM767988 4 0.1010 0.8978 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM768058 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.1219 0.8947 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:skmeans 170 1.000 1.24e-34 0.9999 1.000 2
#> CV:skmeans 168 1.000 4.62e-33 0.9980 0.979 3
#> CV:skmeans 169 1.000 4.50e-33 0.9285 0.988 4
#> CV:skmeans 143 0.997 1.43e-26 0.1511 0.996 5
#> CV:skmeans 134 0.990 1.73e-25 0.0718 0.973 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.989 0.5031 0.497 0.497
#> 3 3 0.760 0.923 0.911 0.2390 0.887 0.773
#> 4 4 0.804 0.830 0.901 0.1812 0.865 0.651
#> 5 5 0.812 0.733 0.871 0.0657 0.934 0.754
#> 6 6 0.872 0.844 0.899 0.0273 0.948 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.9850 0.262 0.428 0.572
#> GSM767980 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.7815 0.693 0.768 0.232
#> GSM768001 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.3114 0.934 0.056 0.944
#> GSM768009 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768039 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.9635 0.357 0.612 0.388
#> GSM768069 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.8909 0.559 0.308 0.692
#> GSM768082 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768102 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> GSM768114 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.2778 0.942 0.048 0.952
#> GSM768116 1 0.4939 0.873 0.892 0.108
#> GSM768117 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768131 2 0.6973 0.766 0.188 0.812
#> GSM768132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.2778 0.942 0.048 0.952
#> GSM768140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.2778 0.942 0.048 0.952
#> GSM768058 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.3116 0.8999 0.892 0.000 0.108
#> GSM767977 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM767979 3 0.4733 0.9880 0.004 0.196 0.800
#> GSM767980 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM767981 3 0.4605 0.9908 0.000 0.204 0.796
#> GSM767982 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM767984 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM767985 3 0.4605 0.9908 0.000 0.204 0.796
#> GSM767989 1 0.6140 0.2928 0.596 0.000 0.404
#> GSM767990 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM767992 2 0.1031 0.9558 0.000 0.976 0.024
#> GSM767993 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM767994 3 0.4605 0.9908 0.000 0.204 0.796
#> GSM767995 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4842 0.6756 0.776 0.224 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768004 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768006 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768008 2 0.6359 -0.0342 0.004 0.592 0.404
#> GSM768009 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 3 0.4605 0.9906 0.000 0.204 0.796
#> GSM768011 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768012 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768014 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768017 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.1289 0.9465 0.000 0.968 0.032
#> GSM768021 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0661 0.9063 0.988 0.008 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768016 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.4178 0.8888 0.828 0.000 0.172
#> GSM768026 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2537 0.9039 0.920 0.000 0.080
#> GSM768032 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 3 0.4842 0.9683 0.000 0.224 0.776
#> GSM768035 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768041 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768042 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0424 0.9104 0.992 0.000 0.008
#> GSM768045 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768049 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768050 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768051 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768052 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768053 3 0.4750 0.9777 0.000 0.216 0.784
#> GSM768054 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768056 1 0.5178 0.6225 0.744 0.000 0.256
#> GSM768057 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768059 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768060 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768063 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768064 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768065 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768066 1 0.4452 0.8842 0.808 0.000 0.192
#> GSM768067 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 1 0.6496 0.6380 0.736 0.056 0.208
#> GSM768069 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768071 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 1 0.3686 0.8951 0.860 0.000 0.140
#> GSM768073 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768074 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768075 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768079 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768081 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768082 1 0.2356 0.9049 0.928 0.000 0.072
#> GSM768083 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768085 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768086 1 0.0237 0.9100 0.996 0.000 0.004
#> GSM768087 2 0.0424 0.9739 0.000 0.992 0.008
#> GSM768088 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768089 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768090 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768091 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 1 0.4654 0.8758 0.792 0.000 0.208
#> GSM768097 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 3 0.5431 0.8855 0.000 0.284 0.716
#> GSM768102 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768103 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0237 0.9780 0.000 0.996 0.004
#> GSM768106 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768107 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3879 0.8924 0.848 0.000 0.152
#> GSM768113 2 0.0747 0.9656 0.000 0.984 0.016
#> GSM768114 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768115 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768116 1 0.4784 0.7087 0.796 0.200 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768121 3 0.4605 0.9908 0.000 0.204 0.796
#> GSM768122 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0892 0.9605 0.000 0.980 0.020
#> GSM768126 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768127 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768128 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768129 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768131 2 0.4504 0.6786 0.196 0.804 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768135 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768136 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.4555 0.8816 0.800 0.000 0.200
#> GSM768139 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768140 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768143 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.4504 0.8824 0.804 0.000 0.196
#> GSM768043 1 0.1163 0.9092 0.972 0.000 0.028
#> GSM767986 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM767988 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM768058 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
#> GSM767987 3 0.4555 0.9935 0.000 0.200 0.800
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.4643 0.7495 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767980 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM767981 4 0.1716 0.9256 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM767982 3 0.3688 0.5709 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM767983 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767984 3 0.3726 0.5672 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM767985 4 0.1716 0.9256 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM767989 3 0.5028 0.7120 0.400 0.000 0.596 0.004
#> GSM767990 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4830 0.7100 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM767992 2 0.3172 0.8071 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM767993 3 0.0000 0.6616 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767994 4 0.0817 0.9578 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM767995 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.4643 0.3087 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3649 0.6262 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM768008 2 0.4994 0.0495 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM768009 1 0.1557 0.7740 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768010 4 0.0707 0.9613 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM768011 1 0.4193 0.5393 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768020 2 0.3219 0.8017 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM768021 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3444 0.6526 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2011 0.7667 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.1557 0.7740 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768034 4 0.3123 0.8231 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM768035 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.4972 0.6420 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM768040 4 0.0188 0.9697 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768041 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0188 0.8155 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM768049 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768052 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768053 4 0.1940 0.9108 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM768054 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM768055 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768056 3 0.5125 0.7098 0.388 0.000 0.604 0.008
#> GSM768057 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768059 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768063 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768064 3 0.0000 0.6616 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768065 4 0.0188 0.9697 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768066 3 0.1389 0.7041 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.5694 0.5006 0.696 0.080 0.000 0.224
#> GSM768069 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4072 0.8029 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM768073 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.1716 0.7650 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3688 0.6205 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768081 4 0.0188 0.9695 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768082 3 0.4585 0.7641 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3907 0.5924 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM768085 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0592 0.9663 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768088 3 0.4008 0.7860 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM768089 4 0.0469 0.9655 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768090 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.4040 0.7173 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.4972 0.6420 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768097 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM768098 1 0.4967 -0.4555 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.4008 0.6940 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM768102 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.1716 0.9212 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768106 1 0.3726 0.6146 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.4661 0.6375 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM768113 2 0.1940 0.9095 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768114 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768115 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.3726 0.5672 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.4955 0.6609 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM768121 4 0.1637 0.9290 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM768122 1 0.0000 0.8168 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0817 0.8018 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768125 2 0.1940 0.9101 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768126 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768128 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768131 1 0.4134 0.5743 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.3528 0.7344 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768135 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768136 1 0.1557 0.7740 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768139 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.4040 0.7173 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 3 0.4998 -0.4635 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM768061 3 0.3528 0.8207 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768043 1 0.0921 0.8046 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM767986 3 0.4866 0.7121 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.9712 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 5 0.5210 0.6034 0.184 0.000 0.132 0.000 0.684
#> GSM767977 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 4 0.1478 0.9127 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767982 3 0.3242 0.6731 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM767983 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0609 0.6204 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM767985 4 0.1478 0.9127 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM767989 3 0.3333 0.6739 0.004 0.000 0.788 0.000 0.208
#> GSM767990 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4576 0.4633 0.016 0.000 0.608 0.000 0.376
#> GSM767992 2 0.2813 0.7953 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM767993 3 0.5820 0.6023 0.196 0.000 0.612 0.000 0.192
#> GSM767994 4 0.0703 0.9499 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM767995 1 0.3039 0.5233 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM767996 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0000 0.6274 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3003 0.5279 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM768001 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.3684 0.5670 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM768004 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3630 0.7017 0.204 0.000 0.780 0.000 0.016
#> GSM768006 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3266 0.5555 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004
#> GSM768008 2 0.6066 -0.0346 0.000 0.456 0.000 0.424 0.120
#> GSM768009 5 0.3177 0.7029 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768010 4 0.0510 0.9570 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768011 1 0.6452 0.1284 0.500 0.000 0.232 0.000 0.268
#> GSM768012 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1364 0.7549 0.036 0.000 0.952 0.000 0.012
#> GSM768014 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0404 0.6447 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768018 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.4192 0.4167 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM768020 2 0.2852 0.7897 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM768021 5 0.3534 0.3505 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM768022 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.6426 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.2773 0.5488 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM768016 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.6426 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0162 0.9735 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768027 1 0.0794 0.6433 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM768028 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0162 0.6438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3955 0.5695 0.800 0.000 0.084 0.000 0.116
#> GSM768032 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 5 0.3177 0.7029 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768034 4 0.2813 0.7794 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM768035 5 0.4114 0.0683 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM768036 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.4171 0.4260 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM768038 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768039 5 0.3455 0.7021 0.208 0.000 0.008 0.000 0.784
#> GSM768040 4 0.0162 0.9636 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768041 1 0.0794 0.6433 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM768042 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.6426 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.4045 0.4547 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM768047 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 5 0.5405 0.4783 0.328 0.000 0.076 0.000 0.596
#> GSM768049 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.1908 0.8781 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768054 3 0.5216 0.5808 0.092 0.000 0.660 0.000 0.248
#> GSM768055 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.3143 0.6782 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM768057 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.3242 0.6992 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.4437 0.3782 0.464 0.000 0.004 0.000 0.532
#> GSM768063 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 3 0.6537 0.3511 0.196 0.000 0.404 0.000 0.400
#> GSM768065 4 0.0162 0.9636 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768066 3 0.3231 0.7034 0.196 0.000 0.800 0.000 0.004
#> GSM768067 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.6726 0.1507 0.588 0.052 0.000 0.168 0.192
#> GSM768069 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.5711 0.4018 0.136 0.000 0.612 0.000 0.252
#> GSM768071 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 1 0.6797 -0.3006 0.356 0.000 0.356 0.000 0.288
#> GSM768073 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 5 0.3177 0.7029 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768077 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0609 0.6344 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768079 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3779 0.7073 0.200 0.000 0.776 0.000 0.024
#> GSM768081 4 0.0727 0.9543 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012
#> GSM768082 3 0.2424 0.7258 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM768083 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.5970 0.3035 0.588 0.000 0.228 0.000 0.184
#> GSM768085 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0703 0.6440 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768087 2 0.0510 0.9635 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768088 1 0.6812 -0.2198 0.364 0.000 0.324 0.000 0.312
#> GSM768089 4 0.0404 0.9589 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768090 3 0.6146 0.1225 0.136 0.000 0.488 0.000 0.376
#> GSM768091 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0290 0.6257 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM768093 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 5 0.3177 0.7029 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM768095 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0162 0.7540 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768097 3 0.5625 0.5211 0.160 0.000 0.636 0.000 0.204
#> GSM768098 5 0.3388 0.7028 0.200 0.000 0.008 0.000 0.792
#> GSM768099 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.4305 -0.1992 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM768101 4 0.3906 0.6655 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> GSM768102 3 0.2966 0.6511 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768103 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 5 0.4161 0.4521 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM768105 2 0.1478 0.9174 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM768106 1 0.3242 0.5477 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.4219 0.4001 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM768109 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3837 0.3528 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM768111 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.5562 0.4973 0.644 0.000 0.156 0.000 0.200
#> GSM768113 2 0.2770 0.8664 0.000 0.880 0.000 0.076 0.044
#> GSM768114 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0162 0.6440 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.4235 0.4660 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM768119 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 5 0.3586 0.6988 0.188 0.000 0.020 0.000 0.792
#> GSM768121 4 0.1410 0.9168 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768122 1 0.4304 -0.1870 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM768123 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 5 0.3143 0.7039 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM768125 2 0.1671 0.9071 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM768126 3 0.0451 0.7542 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM768127 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0771 0.7536 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0162 0.7540 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768131 1 0.5844 0.3771 0.608 0.208 0.000 0.000 0.184
#> GSM768132 5 0.3661 0.3225 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM768133 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.5940 0.3165 0.144 0.000 0.572 0.000 0.284
#> GSM768135 3 0.5784 0.3864 0.144 0.000 0.604 0.000 0.252
#> GSM768136 5 0.4066 0.5741 0.324 0.000 0.004 0.000 0.672
#> GSM768137 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3074 0.7098 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 5 0.2629 0.5347 0.136 0.000 0.004 0.000 0.860
#> GSM768141 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.3177 0.4658 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM768143 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 5 0.5973 0.4880 0.164 0.000 0.256 0.000 0.580
#> GSM768145 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.4887 0.5625 0.052 0.000 0.660 0.000 0.288
#> GSM768061 3 0.0000 0.7544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0510 0.6361 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM767986 3 0.3630 0.6682 0.016 0.000 0.780 0.000 0.204
#> GSM767999 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 6 0.2542 0.7803 0.000 0.000 0.080 0.000 0.044 0.876
#> GSM767977 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM767978 3 0.2398 0.8166 0.004 0.000 0.888 0.000 0.080 0.028
#> GSM767979 4 0.1010 0.9450 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036 0.000
#> GSM767980 3 0.0363 0.8240 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM767981 4 0.1007 0.9297 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.3683 0.7767 0.004 0.000 0.784 0.000 0.160 0.052
#> GSM767983 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.2212 0.8601 0.000 0.000 0.008 0.000 0.880 0.112
#> GSM767985 4 0.1007 0.9297 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.3670 0.7781 0.004 0.000 0.788 0.000 0.152 0.056
#> GSM767990 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.3912 0.7765 0.008 0.000 0.776 0.000 0.148 0.068
#> GSM767992 2 0.2527 0.7924 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM767993 3 0.5876 0.5789 0.224 0.000 0.572 0.000 0.180 0.024
#> GSM767994 4 0.0363 0.9592 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.3548 0.7112 0.796 0.000 0.000 0.000 0.068 0.136
#> GSM767996 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM767997 5 0.2553 0.8750 0.000 0.000 0.008 0.000 0.848 0.144
#> GSM767998 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3860 0.3632 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM768001 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768003 3 0.1686 0.8065 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> GSM768004 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3721 0.7533 0.220 0.000 0.752 0.000 0.012 0.016
#> GSM768006 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3728 0.7367 0.772 0.000 0.180 0.000 0.004 0.044
#> GSM768008 2 0.5700 -0.0180 0.000 0.464 0.000 0.432 0.036 0.068
#> GSM768009 6 0.0870 0.8042 0.012 0.000 0.004 0.000 0.012 0.972
#> GSM768010 4 0.0520 0.9591 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> GSM768011 6 0.3314 0.7520 0.032 0.000 0.144 0.000 0.008 0.816
#> GSM768012 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768013 3 0.1785 0.8255 0.048 0.000 0.928 0.000 0.008 0.016
#> GSM768014 4 0.0146 0.9649 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768017 1 0.0777 0.8302 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM768018 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768019 5 0.2790 0.8723 0.020 0.000 0.000 0.000 0.840 0.140
#> GSM768020 2 0.2562 0.7882 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.2593 0.8764 0.008 0.000 0.000 0.000 0.844 0.148
#> GSM768022 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768023 1 0.0146 0.8251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0260 0.8236 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0260 0.8237 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768026 2 0.0260 0.9685 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1196 0.8285 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM768028 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0632 0.8290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768030 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3924 0.7525 0.772 0.000 0.052 0.000 0.012 0.164
#> GSM768032 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768033 6 0.1802 0.7983 0.012 0.000 0.000 0.000 0.072 0.916
#> GSM768034 4 0.2597 0.7542 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.2553 0.8763 0.008 0.000 0.000 0.000 0.848 0.144
#> GSM768036 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.2826 0.8715 0.028 0.000 0.000 0.000 0.844 0.128
#> GSM768038 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768039 6 0.1225 0.8076 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.952
#> GSM768040 4 0.0146 0.9647 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.1196 0.8285 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM768042 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0146 0.8251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3901 0.6804 0.768 0.000 0.000 0.000 0.096 0.136
#> GSM768047 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 6 0.3309 0.7446 0.172 0.000 0.004 0.000 0.024 0.800
#> GSM768049 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0914 0.8206 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM768051 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0820 0.8232 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM768053 4 0.2060 0.8735 0.000 0.084 0.000 0.900 0.016 0.000
#> GSM768054 3 0.4495 0.6407 0.000 0.000 0.672 0.000 0.072 0.256
#> GSM768055 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.3765 0.7814 0.004 0.000 0.780 0.000 0.156 0.060
#> GSM768057 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.4035 0.7558 0.208 0.000 0.744 0.000 0.016 0.032
#> GSM768060 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768062 6 0.3307 0.7722 0.148 0.000 0.000 0.000 0.044 0.808
#> GSM768063 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.3357 0.6107 0.224 0.000 0.004 0.000 0.764 0.008
#> GSM768065 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768066 3 0.3920 0.7448 0.224 0.000 0.740 0.000 0.020 0.016
#> GSM768067 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 6 0.3642 0.6933 0.236 0.012 0.000 0.008 0.000 0.744
#> GSM768069 2 0.0260 0.9712 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM768070 6 0.4264 0.7154 0.036 0.000 0.232 0.000 0.016 0.716
#> GSM768071 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 6 0.6171 0.2217 0.224 0.000 0.300 0.000 0.012 0.464
#> GSM768073 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768076 6 0.0622 0.8043 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980
#> GSM768077 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768078 1 0.2772 0.6807 0.816 0.000 0.000 0.000 0.004 0.180
#> GSM768079 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4088 0.7576 0.200 0.000 0.744 0.000 0.012 0.044
#> GSM768081 4 0.0405 0.9611 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM768082 3 0.3395 0.8013 0.004 0.000 0.812 0.000 0.136 0.048
#> GSM768083 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3623 0.7158 0.764 0.000 0.208 0.000 0.008 0.020
#> GSM768085 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0806 0.8283 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM768087 2 0.0713 0.9523 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM768088 6 0.4342 0.6865 0.224 0.000 0.044 0.000 0.016 0.716
#> GSM768089 4 0.0146 0.9645 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768090 6 0.3707 0.6466 0.000 0.000 0.312 0.000 0.008 0.680
#> GSM768091 2 0.0260 0.9711 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM768092 5 0.2378 0.8747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM768093 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 6 0.1444 0.7989 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM768095 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768096 3 0.0547 0.8242 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768097 3 0.5255 0.5619 0.000 0.000 0.588 0.000 0.140 0.272
#> GSM768098 6 0.1701 0.7990 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.920
#> GSM768099 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 6 0.2365 0.7907 0.040 0.000 0.000 0.000 0.072 0.888
#> GSM768101 4 0.3671 0.6776 0.000 0.208 0.000 0.756 0.036 0.000
#> GSM768102 3 0.1536 0.8179 0.012 0.000 0.944 0.000 0.020 0.024
#> GSM768103 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 6 0.2066 0.7950 0.024 0.000 0.000 0.000 0.072 0.904
#> GSM768105 2 0.2119 0.9018 0.000 0.912 0.000 0.044 0.036 0.008
#> GSM768106 1 0.3594 0.7228 0.768 0.000 0.204 0.000 0.008 0.020
#> GSM768107 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.5586 0.0996 0.420 0.000 0.000 0.000 0.440 0.140
#> GSM768109 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.3804 0.4950 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM768111 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.4293 0.7529 0.772 0.000 0.100 0.000 0.036 0.092
#> GSM768113 2 0.2058 0.8964 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036 0.000
#> GSM768114 3 0.0622 0.8242 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM768115 4 0.0865 0.9472 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM768116 1 0.0291 0.8267 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.4059 0.7900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.752 0.148
#> GSM768119 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 6 0.2145 0.7936 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> GSM768121 4 0.0937 0.9338 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM768122 6 0.1010 0.7978 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960
#> GSM768123 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768124 6 0.2094 0.7932 0.020 0.000 0.000 0.000 0.080 0.900
#> GSM768125 2 0.1501 0.9042 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.1049 0.8207 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM768127 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.1151 0.8207 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM768129 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0891 0.8212 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM768131 1 0.4368 0.6935 0.764 0.040 0.000 0.000 0.072 0.124
#> GSM768132 5 0.2378 0.8747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM768133 2 0.0260 0.9710 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM768134 6 0.3394 0.7222 0.000 0.000 0.236 0.000 0.012 0.752
#> GSM768135 6 0.3420 0.7202 0.000 0.000 0.240 0.000 0.012 0.748
#> GSM768136 6 0.2288 0.7979 0.028 0.000 0.004 0.000 0.072 0.896
#> GSM768137 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.3659 0.7756 0.180 0.000 0.780 0.000 0.012 0.028
#> GSM768139 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.2378 0.8747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM768141 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.3171 0.6632 0.000 0.000 0.204 0.000 0.784 0.012
#> GSM768143 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.5025 0.2415 0.000 0.000 0.492 0.000 0.072 0.436
#> GSM768145 2 0.0363 0.9700 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM768002 3 0.4326 0.7633 0.004 0.000 0.732 0.000 0.096 0.168
#> GSM768061 3 0.1478 0.8246 0.004 0.000 0.944 0.000 0.020 0.032
#> GSM768043 1 0.0603 0.8177 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM767986 3 0.3670 0.7781 0.004 0.000 0.788 0.000 0.152 0.056
#> GSM767999 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.9662 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:pam 168 1.000 5.17e-35 1.0000 1.000 2
#> CV:pam 168 1.000 1.14e-34 0.7792 1.000 3
#> CV:pam 166 0.999 1.96e-32 0.8832 0.997 4
#> CV:pam 140 0.995 1.42e-27 0.2081 0.983 5
#> CV:pam 164 0.979 2.59e-30 0.0176 0.954 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.5027 0.498 0.498
#> 3 3 0.785 0.841 0.781 0.2157 0.866 0.735
#> 4 4 0.699 0.657 0.820 0.1296 0.820 0.588
#> 5 5 0.695 0.686 0.819 0.1275 0.850 0.553
#> 6 6 0.692 0.685 0.781 0.0223 0.955 0.803
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.1414 0.976 0.020 0.980
#> GSM767980 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> GSM768001 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.9661 0.350 0.392 0.608
#> GSM768009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> GSM768027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.8327 0.642 0.736 0.264
#> GSM768039 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.3114 0.939 0.944 0.056
#> GSM768069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> GSM768082 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> GSM768086 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.1414 0.976 0.020 0.980
#> GSM768114 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> GSM768132 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> GSM768140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 3 0.9522 0.516 0.188 0.400 0.412
#> GSM767980 1 0.1529 0.907 0.960 0.000 0.040
#> GSM767981 3 0.6235 0.885 0.000 0.436 0.564
#> GSM767982 1 0.5905 0.721 0.648 0.000 0.352
#> GSM767983 3 0.6274 0.865 0.000 0.456 0.544
#> GSM767984 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM767985 3 0.6291 0.846 0.000 0.468 0.532
#> GSM767989 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM767990 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM767992 2 0.4654 0.436 0.000 0.792 0.208
#> GSM767993 1 0.6111 0.712 0.604 0.000 0.396
#> GSM767994 3 0.6280 0.859 0.000 0.460 0.540
#> GSM767995 1 0.1163 0.909 0.972 0.000 0.028
#> GSM767996 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM767998 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0747 0.906 0.984 0.000 0.016
#> GSM768001 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM768004 2 0.1964 0.861 0.000 0.944 0.056
#> GSM768005 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768006 2 0.0892 0.905 0.000 0.980 0.020
#> GSM768007 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 1 0.8022 0.190 0.544 0.068 0.388
#> GSM768009 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 3 0.6260 0.875 0.000 0.448 0.552
#> GSM768011 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.1860 0.906 0.948 0.000 0.052
#> GSM768014 3 0.6204 0.897 0.000 0.424 0.576
#> GSM768017 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768018 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768020 3 0.6307 0.808 0.000 0.488 0.512
#> GSM768021 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768022 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768024 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.6126 0.709 0.600 0.000 0.400
#> GSM768016 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM768025 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768026 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768027 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768028 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768030 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 3 0.6267 0.871 0.000 0.452 0.548
#> GSM768035 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768036 2 0.5905 -0.301 0.000 0.648 0.352
#> GSM768037 1 0.5948 0.721 0.640 0.000 0.360
#> GSM768038 3 0.9102 -0.376 0.408 0.140 0.452
#> GSM768039 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 3 0.6204 0.897 0.000 0.424 0.576
#> GSM768041 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768042 3 0.6154 0.903 0.000 0.408 0.592
#> GSM768044 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768045 3 0.6244 0.871 0.000 0.440 0.560
#> GSM768046 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.1860 0.864 0.000 0.948 0.052
#> GSM768048 1 0.1529 0.907 0.960 0.000 0.040
#> GSM768049 3 0.6295 0.840 0.000 0.472 0.528
#> GSM768050 1 0.0237 0.911 0.996 0.000 0.004
#> GSM768051 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768052 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768054 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768056 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768059 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768060 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1753 0.905 0.952 0.000 0.048
#> GSM768063 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768064 1 0.6111 0.712 0.604 0.000 0.396
#> GSM768065 3 0.6274 0.865 0.000 0.456 0.544
#> GSM768066 1 0.6111 0.712 0.604 0.000 0.396
#> GSM768067 3 0.6252 0.870 0.000 0.444 0.556
#> GSM768068 1 0.3715 0.847 0.868 0.004 0.128
#> GSM768069 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768071 2 0.0592 0.914 0.000 0.988 0.012
#> GSM768072 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768073 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768074 3 0.6154 0.902 0.000 0.408 0.592
#> GSM768075 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768079 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768081 3 0.6513 0.896 0.008 0.400 0.592
#> GSM768082 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768085 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768086 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768087 2 0.5882 -0.294 0.000 0.652 0.348
#> GSM768088 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768089 3 0.6204 0.897 0.000 0.424 0.576
#> GSM768090 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768093 2 0.3686 0.671 0.000 0.860 0.140
#> GSM768094 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0237 0.923 0.000 0.996 0.004
#> GSM768100 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 3 0.6140 0.902 0.000 0.404 0.596
#> GSM768102 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768103 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 3 0.6359 0.900 0.004 0.404 0.592
#> GSM768106 1 0.0892 0.910 0.980 0.000 0.020
#> GSM768107 2 0.6309 -0.781 0.000 0.504 0.496
#> GSM768108 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768109 2 0.1289 0.889 0.000 0.968 0.032
#> GSM768110 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 3 0.8403 0.742 0.088 0.400 0.512
#> GSM768114 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768116 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768117 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768119 2 0.1031 0.899 0.000 0.976 0.024
#> GSM768120 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM768121 3 0.6204 0.897 0.000 0.424 0.576
#> GSM768122 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768126 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768128 1 0.0892 0.910 0.980 0.000 0.020
#> GSM768129 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.4504 0.816 0.804 0.000 0.196
#> GSM768132 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768133 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.1031 0.910 0.976 0.000 0.024
#> GSM768135 1 0.1031 0.910 0.976 0.000 0.024
#> GSM768136 1 0.1163 0.909 0.972 0.000 0.028
#> GSM768137 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM768139 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM768140 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768141 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.5859 0.722 0.656 0.000 0.344
#> GSM768143 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.1860 0.905 0.948 0.000 0.052
#> GSM767986 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.6192 0.899 0.000 0.420 0.580
#> GSM767988 3 0.6260 0.875 0.000 0.448 0.552
#> GSM768058 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
#> GSM767987 3 0.6126 0.903 0.000 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0188 0.7894 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767979 4 0.0524 0.6179 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM767980 3 0.3355 0.7347 0.160 0.000 0.836 0.004
#> GSM767981 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM767982 1 0.4817 0.8181 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM767983 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM767984 1 0.4790 0.8231 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM767985 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM767989 3 0.5055 -0.2455 0.368 0.000 0.624 0.008
#> GSM767990 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 1 0.4804 0.8214 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM767992 2 0.0188 0.7594 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767993 1 0.0817 0.5679 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM767994 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM767995 3 0.0921 0.7893 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 1 0.4761 0.8269 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 3 0.3335 0.6410 0.016 0.000 0.856 0.128
#> GSM768001 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0376 0.7899 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768004 2 0.4661 0.4230 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM768005 3 0.4920 0.6255 0.368 0.000 0.628 0.004
#> GSM768006 2 0.1557 0.7373 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM768007 3 0.0592 0.7870 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768008 4 0.0992 0.6058 0.012 0.008 0.004 0.976
#> GSM768009 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768010 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768011 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.4584 0.6661 0.300 0.000 0.696 0.004
#> GSM768014 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768017 3 0.4730 0.6357 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.4746 0.8276 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768020 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768021 1 0.4761 0.8269 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 3 0.4776 0.6261 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0469 0.5672 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768016 2 0.3486 0.6363 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM768025 3 0.4776 0.6261 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM768026 4 0.4356 0.6907 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM768027 3 0.4679 0.6437 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 3 0.4746 0.6328 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 3 0.0592 0.7870 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0657 0.7885 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM768034 2 0.4761 0.3875 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM768035 1 0.4746 0.8276 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768036 2 0.3688 0.6188 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM768037 1 0.4713 0.8235 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM768038 1 0.5333 0.1546 0.624 0.008 0.008 0.360
#> GSM768039 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768040 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768041 3 0.4624 0.6510 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM768042 2 0.4866 0.2954 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM768044 3 0.4776 0.6261 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM768045 2 0.4996 -0.0933 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM768046 3 0.0817 0.7814 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM768047 2 0.4804 0.3421 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM768048 3 0.2760 0.7507 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM768049 2 0.3975 0.5855 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM768050 3 0.0376 0.7899 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768051 4 0.4277 0.7005 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM768052 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768053 4 0.4277 0.7005 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM768054 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768055 4 0.4981 0.2950 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM768056 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768057 4 0.4277 0.7005 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM768059 3 0.4905 0.6250 0.364 0.000 0.632 0.004
#> GSM768060 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 3 0.4262 0.6964 0.236 0.000 0.756 0.008
#> GSM768063 4 0.4830 0.5286 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM768064 1 0.0817 0.5679 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768065 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768066 1 0.0817 0.5679 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768067 4 0.4746 0.5872 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM768068 4 0.5420 0.0378 0.352 0.000 0.024 0.624
#> GSM768069 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4746 0.6299 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768071 2 0.0817 0.7536 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768072 3 0.5143 0.6214 0.360 0.000 0.628 0.012
#> GSM768073 4 0.4761 0.5752 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM768074 4 0.4972 0.3193 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM768075 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 3 0.4776 0.6261 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM768079 2 0.1302 0.7438 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM768080 3 0.4905 0.6250 0.364 0.000 0.632 0.004
#> GSM768081 4 0.0524 0.6181 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM768082 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768083 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 3 0.4564 0.6577 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM768085 4 0.4933 0.4116 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM768086 3 0.4746 0.6328 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768087 2 0.0921 0.7497 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768088 3 0.4950 0.6261 0.376 0.000 0.620 0.004
#> GSM768089 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768090 3 0.0000 0.7893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.4746 0.8276 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768093 2 0.4697 0.4133 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM768094 3 0.0188 0.7894 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768095 2 0.0336 0.7589 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768096 3 0.3801 0.4902 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM768097 3 0.0469 0.7851 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768098 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768099 2 0.0469 0.7579 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768100 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768101 4 0.0657 0.6220 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM768102 3 0.4655 0.6601 0.312 0.000 0.684 0.004
#> GSM768103 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768105 4 0.0524 0.6179 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM768106 3 0.1474 0.7838 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM768107 2 0.3688 0.6091 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM768108 1 0.4877 0.7740 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM768109 2 0.4643 0.4348 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM768110 3 0.0592 0.7860 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768113 4 0.0859 0.6103 0.008 0.008 0.004 0.980
#> GSM768114 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768115 4 0.4277 0.7005 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM768116 3 0.4746 0.6328 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768117 2 0.1474 0.7399 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768118 1 0.4761 0.8266 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM768119 2 0.4134 0.5591 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM768120 3 0.0657 0.7885 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM768121 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768122 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 3 0.0469 0.7882 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768125 4 0.4624 0.6342 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM768126 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768127 4 0.4331 0.6950 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM768128 3 0.0376 0.7899 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768129 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768131 3 0.4908 0.1436 0.292 0.000 0.692 0.016
#> GSM768132 1 0.4746 0.8276 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1716 0.7801 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM768135 3 0.1637 0.7778 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768136 3 0.1557 0.7829 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.4905 0.6250 0.364 0.000 0.632 0.004
#> GSM768139 4 0.4188 0.6930 0.004 0.244 0.000 0.752
#> GSM768140 1 0.4746 0.8276 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.4761 0.8269 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768061 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768043 3 0.4950 0.6261 0.376 0.000 0.620 0.004
#> GSM767986 3 0.0188 0.7891 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767999 2 0.4907 0.2307 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM767988 2 0.4790 0.3720 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM768058 4 0.4277 0.7005 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM767987 4 0.4605 0.6391 0.000 0.336 0.000 0.664
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.5902 0.3402 0.600 0.000 0.192 0.000 0.208
#> GSM767977 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.5583 0.7249 0.084 0.000 0.564 0.000 0.352
#> GSM767979 4 0.0324 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM767980 3 0.3116 0.6758 0.064 0.000 0.860 0.000 0.076
#> GSM767981 4 0.3561 0.6995 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM767982 5 0.4796 0.6663 0.120 0.000 0.152 0.000 0.728
#> GSM767983 4 0.3796 0.6469 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM767984 5 0.4206 0.7621 0.288 0.000 0.016 0.000 0.696
#> GSM767985 4 0.4306 0.1252 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM767989 3 0.4743 0.6577 0.016 0.000 0.512 0.000 0.472
#> GSM767990 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.3734 0.6820 0.168 0.000 0.036 0.000 0.796
#> GSM767992 2 0.2179 0.8191 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM767993 5 0.4288 0.5445 0.004 0.000 0.384 0.000 0.612
#> GSM767994 4 0.4161 0.4602 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM767995 1 0.0963 0.7095 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.4327 0.7867 0.360 0.000 0.008 0.000 0.632
#> GSM767998 2 0.0609 0.8848 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768000 1 0.1661 0.6836 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.5594 0.7063 0.136 0.000 0.632 0.000 0.232
#> GSM768004 2 0.4066 0.5547 0.000 0.672 0.000 0.324 0.004
#> GSM768005 3 0.0671 0.6016 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM768006 2 0.0290 0.8909 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768007 1 0.0290 0.6944 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768008 4 0.0727 0.8077 0.012 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM768009 1 0.2020 0.6995 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM768010 2 0.4302 -0.0739 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM768011 1 0.1965 0.7039 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1493 0.6209 0.024 0.000 0.948 0.000 0.028
#> GSM768014 4 0.3636 0.6849 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM768017 1 0.3949 0.6551 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.4074 0.7876 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM768020 4 0.4088 0.5181 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768021 5 0.4088 0.7880 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM768022 2 0.0703 0.8827 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768023 1 0.4030 0.6037 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.4894 0.5597 0.036 0.000 0.352 0.000 0.612
#> GSM768016 2 0.2970 0.7564 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM768025 1 0.4256 0.5612 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM768026 4 0.0324 0.8190 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768027 1 0.3707 0.6835 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.3796 0.6736 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0794 0.7060 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.2006 0.7170 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012
#> GSM768034 4 0.3913 0.6136 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM768035 5 0.4060 0.7886 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM768036 2 0.3837 0.5285 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM768037 5 0.4444 0.7826 0.364 0.000 0.012 0.000 0.624
#> GSM768038 5 0.6303 0.6032 0.136 0.004 0.024 0.220 0.616
#> GSM768039 1 0.6085 -0.1540 0.472 0.000 0.404 0.000 0.124
#> GSM768040 4 0.3586 0.6942 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM768041 1 0.3508 0.6860 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM768042 4 0.3160 0.7598 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004
#> GSM768044 1 0.4101 0.6046 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM768045 4 0.2286 0.7975 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM768046 1 0.0771 0.6805 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM768047 2 0.4009 0.5710 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM768048 3 0.4659 -0.3907 0.488 0.000 0.500 0.000 0.012
#> GSM768049 2 0.4192 0.1970 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM768050 3 0.5285 0.7196 0.080 0.000 0.632 0.000 0.288
#> GSM768051 4 0.0324 0.8190 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768052 3 0.5155 0.7278 0.052 0.000 0.596 0.000 0.352
#> GSM768053 4 0.0324 0.8190 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM768054 3 0.5450 0.6990 0.132 0.000 0.652 0.000 0.216
#> GSM768055 4 0.2471 0.7896 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM768056 3 0.4763 0.7196 0.032 0.000 0.632 0.000 0.336
#> GSM768057 4 0.0162 0.8192 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768059 3 0.2338 0.5209 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> GSM768060 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.3932 0.6460 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM768063 4 0.0609 0.8229 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768064 5 0.4276 0.5475 0.004 0.000 0.380 0.000 0.616
#> GSM768065 4 0.4114 0.4996 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM768066 5 0.4288 0.5445 0.004 0.000 0.384 0.000 0.612
#> GSM768067 4 0.0771 0.8194 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM768068 4 0.6264 0.0172 0.160 0.000 0.344 0.496 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4415 -0.3961 0.444 0.000 0.552 0.000 0.004
#> GSM768071 2 0.0703 0.8825 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768072 3 0.2329 0.5071 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM768073 4 0.1121 0.8228 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768074 4 0.1410 0.8218 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.3489 0.6689 0.820 0.000 0.144 0.000 0.036
#> GSM768077 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.4182 0.5910 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0609 0.8849 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768080 3 0.2329 0.5071 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0324 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM768082 3 0.5019 0.7224 0.052 0.000 0.632 0.000 0.316
#> GSM768083 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4150 0.6052 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM768085 4 0.2179 0.8077 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM768086 1 0.3949 0.6503 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.3752 0.5149 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM768088 3 0.3521 0.2736 0.232 0.000 0.764 0.000 0.004
#> GSM768089 4 0.3561 0.6986 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM768090 1 0.6627 -0.0922 0.452 0.000 0.252 0.000 0.296
#> GSM768091 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.4074 0.7891 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM768093 2 0.4151 0.4301 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> GSM768094 1 0.4981 0.5506 0.704 0.000 0.188 0.000 0.108
#> GSM768095 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.6337 0.6720 0.192 0.000 0.512 0.000 0.296
#> GSM768097 3 0.6102 0.6983 0.140 0.000 0.520 0.000 0.340
#> GSM768098 1 0.2127 0.6955 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0404 0.8893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768100 1 0.1121 0.7115 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.0324 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM768102 3 0.0865 0.6214 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM768103 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0963 0.7118 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM768105 4 0.0324 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM768106 1 0.1732 0.7256 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.3966 0.4079 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM768108 5 0.4302 0.6523 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM768109 2 0.3048 0.7467 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> GSM768110 1 0.0290 0.6842 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768111 2 0.2127 0.8180 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768112 1 0.0162 0.6916 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768113 4 0.0486 0.8132 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004
#> GSM768114 3 0.4585 0.7169 0.020 0.000 0.628 0.000 0.352
#> GSM768115 4 0.0162 0.8192 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768116 1 0.3707 0.6661 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.2732 0.7689 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM768118 5 0.4468 0.7497 0.240 0.000 0.044 0.000 0.716
#> GSM768119 2 0.2813 0.7600 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM768120 1 0.2423 0.7218 0.896 0.000 0.080 0.000 0.024
#> GSM768121 4 0.3752 0.6590 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM768122 1 0.1043 0.7102 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.1764 0.7043 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> GSM768125 4 0.0290 0.8209 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768126 3 0.5252 0.7205 0.076 0.000 0.632 0.000 0.292
#> GSM768127 4 0.0290 0.8209 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768128 3 0.4624 0.7006 0.112 0.000 0.744 0.000 0.144
#> GSM768129 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.5182 0.7218 0.068 0.000 0.632 0.000 0.300
#> GSM768131 1 0.2761 0.5557 0.872 0.000 0.024 0.000 0.104
#> GSM768132 5 0.4101 0.7858 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM768133 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 1 0.4197 0.6725 0.728 0.000 0.244 0.000 0.028
#> GSM768135 1 0.5163 0.5624 0.636 0.000 0.296 0.000 0.068
#> GSM768136 1 0.3561 0.6966 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0324 0.6084 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM768139 4 0.0324 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM768140 5 0.4060 0.7886 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM768141 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.4114 0.7845 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM768143 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.5930 0.4134 0.372 0.000 0.516 0.000 0.112
#> GSM768145 2 0.0000 0.8936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.4570 0.7161 0.020 0.000 0.632 0.000 0.348
#> GSM768061 3 0.5675 0.7219 0.092 0.000 0.556 0.000 0.352
#> GSM768043 1 0.4291 0.5290 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM767986 3 0.4525 0.7146 0.016 0.000 0.624 0.000 0.360
#> GSM767999 4 0.3039 0.7562 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM767988 4 0.3752 0.6590 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM768058 4 0.0162 0.8192 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767987 4 0.0510 0.8224 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.7122 0.4025 0.376 0.000 0.344 0.000 0.176 NA
#> GSM767977 2 0.0777 0.9274 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM767978 3 0.1391 0.7260 0.040 0.000 0.944 0.000 0.000 NA
#> GSM767979 4 0.2146 0.7900 0.000 0.004 0.000 0.880 0.000 NA
#> GSM767980 3 0.5068 0.6707 0.160 0.000 0.700 0.000 0.048 NA
#> GSM767981 4 0.2882 0.8181 0.000 0.180 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM767982 5 0.4864 0.6203 0.096 0.000 0.104 0.000 0.732 NA
#> GSM767983 4 0.2669 0.8126 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 NA
#> GSM767984 5 0.2307 0.6924 0.004 0.000 0.068 0.000 0.896 NA
#> GSM767985 4 0.3833 0.5377 0.000 0.344 0.000 0.648 0.000 NA
#> GSM767989 3 0.2288 0.6781 0.004 0.000 0.876 0.000 0.116 NA
#> GSM767990 2 0.0748 0.9317 0.000 0.976 0.004 0.004 0.000 NA
#> GSM767991 5 0.4184 0.5851 0.008 0.000 0.228 0.000 0.720 NA
#> GSM767992 2 0.1713 0.9094 0.000 0.928 0.000 0.044 0.000 NA
#> GSM767993 5 0.5093 0.5226 0.292 0.000 0.008 0.000 0.612 NA
#> GSM767994 4 0.3245 0.7448 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000 NA
#> GSM767995 1 0.4066 0.5766 0.692 0.000 0.000 0.000 0.272 NA
#> GSM767996 2 0.0547 0.9293 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM767997 5 0.1679 0.7135 0.008 0.000 0.028 0.000 0.936 NA
#> GSM767998 2 0.0363 0.9304 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768000 1 0.7406 0.1237 0.320 0.000 0.040 0.032 0.316 NA
#> GSM768001 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768003 3 0.5265 0.5764 0.124 0.000 0.696 0.000 0.100 NA
#> GSM768004 2 0.3418 0.8208 0.000 0.820 0.004 0.092 0.000 NA
#> GSM768005 3 0.5184 0.5539 0.292 0.000 0.608 0.000 0.012 NA
#> GSM768006 2 0.0922 0.9270 0.000 0.968 0.004 0.004 0.000 NA
#> GSM768007 1 0.4039 0.5347 0.632 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> GSM768008 4 0.4569 0.6094 0.016 0.004 0.024 0.652 0.000 NA
#> GSM768009 1 0.6864 0.6156 0.448 0.000 0.136 0.000 0.312 NA
#> GSM768010 4 0.3620 0.5683 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 NA
#> GSM768011 1 0.6343 0.6237 0.500 0.000 0.104 0.000 0.324 NA
#> GSM768012 2 0.0146 0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768013 3 0.5376 0.6311 0.204 0.000 0.652 0.000 0.036 NA
#> GSM768014 4 0.2562 0.8176 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 NA
#> GSM768017 1 0.3462 0.5986 0.824 0.000 0.112 0.000 0.044 NA
#> GSM768018 2 0.0632 0.9285 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768019 5 0.1367 0.7251 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM768020 4 0.3360 0.7318 0.000 0.264 0.000 0.732 0.000 NA
#> GSM768021 5 0.0909 0.7240 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> GSM768022 2 0.1036 0.9263 0.000 0.964 0.004 0.008 0.000 NA
#> GSM768023 1 0.0547 0.5735 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768024 2 0.0146 0.9306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768015 5 0.4057 0.5079 0.388 0.000 0.000 0.000 0.600 NA
#> GSM768016 2 0.3161 0.8520 0.000 0.840 0.004 0.076 0.000 NA
#> GSM768025 1 0.4013 0.5393 0.768 0.000 0.104 0.000 0.004 NA
#> GSM768026 4 0.2119 0.8269 0.000 0.036 0.000 0.904 0.000 NA
#> GSM768027 1 0.2998 0.6247 0.856 0.000 0.072 0.000 0.064 NA
#> GSM768028 2 0.0713 0.9273 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768029 1 0.2803 0.6230 0.872 0.000 0.052 0.000 0.064 NA
#> GSM768030 2 0.0291 0.9311 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM768031 1 0.5520 0.5986 0.556 0.000 0.076 0.000 0.340 NA
#> GSM768032 2 0.0146 0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768033 1 0.7272 0.5129 0.400 0.000 0.236 0.000 0.248 NA
#> GSM768034 4 0.3052 0.7812 0.000 0.216 0.000 0.780 0.000 NA
#> GSM768035 5 0.1196 0.7268 0.008 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> GSM768036 2 0.2697 0.7579 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 NA
#> GSM768037 5 0.1196 0.7167 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> GSM768038 5 0.6554 0.5400 0.024 0.088 0.004 0.132 0.608 NA
#> GSM768039 3 0.7000 -0.3590 0.352 0.000 0.376 0.000 0.192 NA
#> GSM768040 4 0.2340 0.8307 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 NA
#> GSM768041 1 0.1802 0.5955 0.916 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> GSM768042 4 0.3295 0.8347 0.000 0.128 0.000 0.816 0.000 NA
#> GSM768044 1 0.1701 0.5844 0.920 0.000 0.072 0.000 0.000 NA
#> GSM768045 4 0.4660 0.5150 0.000 0.344 0.000 0.600 0.000 NA
#> GSM768046 5 0.6341 -0.0597 0.324 0.000 0.008 0.000 0.340 NA
#> GSM768047 2 0.3418 0.8196 0.000 0.820 0.004 0.092 0.000 NA
#> GSM768048 1 0.6575 0.4518 0.528 0.000 0.220 0.000 0.084 NA
#> GSM768049 4 0.3782 0.4314 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 NA
#> GSM768050 3 0.3266 0.7112 0.004 0.000 0.832 0.000 0.080 NA
#> GSM768051 4 0.1367 0.8395 0.000 0.044 0.000 0.944 0.000 NA
#> GSM768052 3 0.0935 0.7287 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> GSM768053 4 0.1863 0.8371 0.000 0.044 0.000 0.920 0.000 NA
#> GSM768054 3 0.4094 0.6927 0.016 0.000 0.776 0.000 0.100 NA
#> GSM768055 4 0.1471 0.8437 0.000 0.064 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768056 3 0.0551 0.7267 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768057 4 0.1007 0.8400 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 NA
#> GSM768059 3 0.5354 0.5288 0.328 0.000 0.556 0.000 0.004 NA
#> GSM768060 2 0.0713 0.9273 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768062 1 0.5172 0.5535 0.692 0.000 0.068 0.000 0.072 NA
#> GSM768063 4 0.1285 0.8424 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 NA
#> GSM768064 5 0.5093 0.5226 0.292 0.000 0.008 0.000 0.612 NA
#> GSM768065 4 0.3133 0.7617 0.000 0.212 0.000 0.780 0.000 NA
#> GSM768066 5 0.5093 0.5226 0.292 0.000 0.008 0.000 0.612 NA
#> GSM768067 4 0.4110 0.7039 0.000 0.236 0.000 0.712 0.000 NA
#> GSM768068 1 0.6684 0.0240 0.412 0.000 0.024 0.324 0.008 NA
#> GSM768069 2 0.0363 0.9304 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768070 1 0.4865 0.4326 0.676 0.000 0.176 0.000 0.004 NA
#> GSM768071 2 0.1644 0.9091 0.000 0.932 0.000 0.040 0.000 NA
#> GSM768072 3 0.5589 0.4944 0.340 0.000 0.528 0.000 0.008 NA
#> GSM768073 4 0.1141 0.8423 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 NA
#> GSM768074 4 0.1387 0.8440 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM768075 2 0.0146 0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768076 1 0.7166 0.5474 0.412 0.000 0.240 0.000 0.248 NA
#> GSM768077 2 0.0508 0.9299 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM768078 1 0.2796 0.5788 0.868 0.000 0.080 0.000 0.008 NA
#> GSM768079 2 0.0972 0.9270 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM768080 3 0.5456 0.5001 0.340 0.000 0.536 0.000 0.004 NA
#> GSM768081 4 0.3175 0.6979 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 NA
#> GSM768082 3 0.2103 0.7294 0.040 0.000 0.916 0.000 0.020 NA
#> GSM768083 2 0.0858 0.9267 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768084 1 0.3290 0.5910 0.840 0.000 0.084 0.000 0.016 NA
#> GSM768085 4 0.2328 0.8367 0.000 0.052 0.000 0.892 0.000 NA
#> GSM768086 1 0.2812 0.6131 0.872 0.000 0.072 0.000 0.040 NA
#> GSM768087 2 0.3725 0.4547 0.000 0.676 0.000 0.316 0.000 NA
#> GSM768088 1 0.5182 0.3360 0.628 0.000 0.224 0.000 0.004 NA
#> GSM768089 4 0.3268 0.8355 0.000 0.144 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM768090 3 0.6333 -0.2717 0.376 0.000 0.460 0.000 0.088 NA
#> GSM768091 2 0.0363 0.9303 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768092 5 0.1225 0.7267 0.012 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> GSM768093 2 0.3683 0.6932 0.000 0.768 0.000 0.184 0.000 NA
#> GSM768094 1 0.7264 0.4699 0.376 0.000 0.296 0.000 0.220 NA
#> GSM768095 2 0.0922 0.9273 0.000 0.968 0.004 0.004 0.000 NA
#> GSM768096 3 0.3461 0.6914 0.048 0.000 0.836 0.000 0.076 NA
#> GSM768097 3 0.2450 0.7139 0.048 0.000 0.896 0.000 0.016 NA
#> GSM768098 1 0.6947 0.6108 0.432 0.000 0.148 0.000 0.316 NA
#> GSM768099 2 0.0922 0.9270 0.000 0.968 0.004 0.004 0.000 NA
#> GSM768100 1 0.6350 0.6188 0.492 0.000 0.120 0.000 0.328 NA
#> GSM768101 4 0.3314 0.6999 0.000 0.004 0.000 0.740 0.000 NA
#> GSM768102 3 0.4769 0.5881 0.264 0.000 0.644 0.000 0.000 NA
#> GSM768103 2 0.0858 0.9267 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768104 1 0.5965 0.6183 0.524 0.000 0.104 0.000 0.332 NA
#> GSM768105 4 0.3652 0.6899 0.000 0.016 0.000 0.720 0.000 NA
#> GSM768106 1 0.5311 0.6363 0.608 0.000 0.072 0.000 0.292 NA
#> GSM768107 2 0.3996 -0.1664 0.000 0.512 0.000 0.484 0.000 NA
#> GSM768108 5 0.5336 0.4200 0.124 0.000 0.000 0.000 0.544 NA
#> GSM768109 2 0.2828 0.8587 0.000 0.864 0.004 0.060 0.000 NA
#> GSM768110 1 0.4522 0.5415 0.616 0.000 0.016 0.000 0.348 NA
#> GSM768111 2 0.1511 0.9121 0.000 0.940 0.004 0.044 0.000 NA
#> GSM768112 1 0.3899 0.5376 0.628 0.000 0.000 0.000 0.364 NA
#> GSM768113 4 0.3490 0.6888 0.000 0.008 0.000 0.724 0.000 NA
#> GSM768114 3 0.0777 0.7287 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> GSM768115 4 0.1152 0.8394 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 NA
#> GSM768116 1 0.1524 0.5936 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> GSM768117 2 0.1477 0.9084 0.000 0.940 0.004 0.048 0.000 NA
#> GSM768118 5 0.2875 0.6984 0.044 0.000 0.060 0.000 0.872 NA
#> GSM768119 2 0.2721 0.8735 0.000 0.868 0.004 0.088 0.000 NA
#> GSM768120 1 0.7308 0.5366 0.424 0.000 0.172 0.000 0.228 NA
#> GSM768121 4 0.2631 0.8120 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 NA
#> GSM768122 1 0.5588 0.6118 0.520 0.000 0.108 0.000 0.360 NA
#> GSM768123 2 0.0858 0.9267 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768124 1 0.6180 0.6030 0.492 0.000 0.112 0.000 0.348 NA
#> GSM768125 4 0.1219 0.8412 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000 NA
#> GSM768126 3 0.3517 0.7037 0.004 0.000 0.812 0.000 0.092 NA
#> GSM768127 4 0.1007 0.8400 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 NA
#> GSM768128 3 0.4688 0.6940 0.072 0.000 0.748 0.000 0.088 NA
#> GSM768129 2 0.0713 0.9273 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768130 3 0.2499 0.6967 0.072 0.000 0.880 0.000 0.048 NA
#> GSM768131 5 0.6691 0.1907 0.196 0.000 0.048 0.000 0.404 NA
#> GSM768132 5 0.1461 0.7250 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> GSM768133 2 0.0777 0.9274 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM768134 1 0.7173 0.4947 0.444 0.000 0.236 0.000 0.140 NA
#> GSM768135 1 0.7101 0.4553 0.444 0.000 0.260 0.000 0.124 NA
#> GSM768136 1 0.6341 0.6264 0.568 0.000 0.144 0.000 0.200 NA
#> GSM768137 2 0.0713 0.9273 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768138 3 0.5090 0.5636 0.296 0.000 0.604 0.000 0.004 NA
#> GSM768139 4 0.2088 0.8198 0.000 0.028 0.000 0.904 0.000 NA
#> GSM768140 5 0.1124 0.7272 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> GSM768141 2 0.0260 0.9308 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768142 5 0.1074 0.7140 0.012 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> GSM768143 2 0.0858 0.9279 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768144 3 0.6407 0.1347 0.204 0.000 0.532 0.000 0.208 NA
#> GSM768145 2 0.0713 0.9273 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768002 3 0.0858 0.7184 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> GSM768061 3 0.1391 0.7257 0.040 0.000 0.944 0.000 0.000 NA
#> GSM768043 1 0.3374 0.5537 0.824 0.000 0.120 0.000 0.012 NA
#> GSM767986 3 0.0951 0.7231 0.004 0.000 0.968 0.000 0.008 NA
#> GSM767999 4 0.1814 0.8414 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 NA
#> GSM767988 4 0.2669 0.8126 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 NA
#> GSM768058 4 0.1007 0.8400 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 NA
#> GSM767987 4 0.1633 0.8389 0.000 0.044 0.000 0.932 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:mclust 169 1.000 1.28e-33 0.99992 1.000 2
#> CV:mclust 164 1.000 5.68e-33 0.93609 1.000 3
#> CV:mclust 142 0.987 7.11e-29 0.00434 0.969 4
#> CV:mclust 155 0.939 2.10e-28 0.03610 0.922 5
#> CV:mclust 151 0.977 3.70e-29 0.01599 0.928 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.992 0.5027 0.498 0.498
#> 3 3 0.866 0.897 0.949 0.2826 0.806 0.627
#> 4 4 0.646 0.656 0.802 0.1017 0.900 0.730
#> 5 5 0.686 0.488 0.695 0.0664 0.899 0.693
#> 6 6 0.764 0.789 0.846 0.0583 0.854 0.504
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.9129 0.5149 0.672 0.328
#> GSM767980 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0376 0.9830 0.996 0.004
#> GSM768001 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768008 1 1.0000 0.0254 0.504 0.496
#> GSM768009 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.2236 0.9516 0.964 0.036
#> GSM768069 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.7815 0.6914 0.232 0.768
#> GSM768082 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.8763 0.5840 0.704 0.296
#> GSM768132 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.9970 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.4796 0.722 0.780 0.000 0.220
#> GSM767977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 3 0.5327 0.704 0.272 0.000 0.728
#> GSM767983 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.1031 0.948 0.976 0.000 0.024
#> GSM767985 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4504 0.779 0.196 0.000 0.804
#> GSM767992 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 1 0.2711 0.879 0.912 0.000 0.088
#> GSM767994 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM767998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.3551 0.772 0.132 0.000 0.868
#> GSM768004 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768005 3 0.5216 0.717 0.260 0.000 0.740
#> GSM768006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 3 0.6008 0.371 0.000 0.372 0.628
#> GSM768009 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768010 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768012 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.5178 0.721 0.256 0.000 0.744
#> GSM768014 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768022 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768023 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768025 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> GSM768026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.5058 0.690 0.756 0.000 0.244
#> GSM768034 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.6180 0.272 0.584 0.416 0.000
#> GSM768039 3 0.1289 0.836 0.032 0.000 0.968
#> GSM768040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768048 1 0.5363 0.546 0.724 0.000 0.276
#> GSM768049 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.0892 0.967 0.000 0.980 0.020
#> GSM768052 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.4555 0.776 0.200 0.000 0.800
#> GSM768055 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0747 0.971 0.000 0.984 0.016
#> GSM768059 3 0.4504 0.777 0.196 0.000 0.804
#> GSM768060 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0592 0.958 0.988 0.000 0.012
#> GSM768063 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 1 0.0892 0.953 0.980 0.000 0.020
#> GSM768065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 3 0.6274 0.335 0.456 0.000 0.544
#> GSM768067 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 1 0.0661 0.955 0.988 0.008 0.004
#> GSM768069 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.1411 0.939 0.964 0.000 0.036
#> GSM768071 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4504 0.777 0.196 0.000 0.804
#> GSM768073 2 0.0892 0.967 0.000 0.980 0.020
#> GSM768074 2 0.6225 0.122 0.000 0.568 0.432
#> GSM768075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.4555 0.740 0.800 0.000 0.200
#> GSM768077 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> GSM768079 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.4504 0.777 0.196 0.000 0.804
#> GSM768081 3 0.4555 0.734 0.000 0.200 0.800
#> GSM768082 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> GSM768085 2 0.1643 0.941 0.000 0.956 0.044
#> GSM768086 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.5529 0.669 0.296 0.000 0.704
#> GSM768089 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.0747 0.834 0.016 0.000 0.984
#> GSM768091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 1 0.1411 0.938 0.964 0.000 0.036
#> GSM768095 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768099 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 3 0.4702 0.765 0.212 0.000 0.788
#> GSM768103 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.4062 0.799 0.000 0.836 0.164
#> GSM768106 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.4504 0.755 0.000 0.804 0.196
#> GSM768114 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 3 0.5988 0.432 0.000 0.368 0.632
#> GSM768116 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.0892 0.951 0.980 0.000 0.020
#> GSM768119 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.6079 0.495 0.388 0.000 0.612
#> GSM768121 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768125 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.1643 0.834 0.044 0.000 0.956
#> GSM768127 3 0.6192 0.357 0.000 0.420 0.580
#> GSM768128 3 0.3686 0.804 0.140 0.000 0.860
#> GSM768129 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> GSM768134 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> GSM768135 1 0.1289 0.942 0.968 0.000 0.032
#> GSM768136 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.4504 0.777 0.196 0.000 0.804
#> GSM768139 3 0.4796 0.712 0.000 0.220 0.780
#> GSM768140 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> GSM768143 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.4555 0.776 0.200 0.000 0.800
#> GSM768145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1163 0.836 0.028 0.000 0.972
#> GSM768061 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> GSM767986 3 0.0000 0.837 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 3 0.3038 0.802 0.000 0.104 0.896
#> GSM768058 3 0.6168 0.377 0.000 0.412 0.588
#> GSM767987 3 0.2796 0.807 0.000 0.092 0.908
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.7270 0.3507 0.304 0.000 0.520 0.176
#> GSM767977 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM767978 3 0.0188 0.7292 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767979 3 0.1474 0.7207 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM767980 3 0.3271 0.7043 0.012 0.000 0.856 0.132
#> GSM767981 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM767982 4 0.7164 0.5035 0.156 0.000 0.320 0.524
#> GSM767983 2 0.2654 0.9036 0.000 0.888 0.004 0.108
#> GSM767984 4 0.7001 0.3713 0.420 0.000 0.116 0.464
#> GSM767985 2 0.1792 0.9172 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM767989 3 0.2300 0.7265 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM767990 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767991 4 0.6811 0.3379 0.100 0.000 0.404 0.496
#> GSM767992 2 0.1940 0.9159 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM767993 4 0.6086 0.6665 0.188 0.000 0.132 0.680
#> GSM767994 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM767995 1 0.0000 0.6389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM767997 1 0.6148 -0.3354 0.484 0.000 0.048 0.468
#> GSM767998 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768000 1 0.3706 0.5901 0.848 0.040 0.000 0.112
#> GSM768001 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768003 3 0.5866 0.3072 0.052 0.000 0.624 0.324
#> GSM768004 2 0.4360 0.6554 0.248 0.744 0.000 0.008
#> GSM768005 4 0.5719 0.6576 0.132 0.000 0.152 0.716
#> GSM768006 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768007 1 0.0469 0.6414 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM768008 3 0.7914 0.4377 0.204 0.040 0.560 0.196
#> GSM768009 1 0.4015 0.5764 0.832 0.000 0.052 0.116
#> GSM768010 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768011 1 0.3143 0.6151 0.876 0.000 0.024 0.100
#> GSM768012 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768013 4 0.6050 0.6097 0.100 0.000 0.232 0.668
#> GSM768014 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768017 4 0.4830 0.5371 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM768018 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768019 1 0.4916 -0.1234 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM768020 2 0.2216 0.9118 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM768021 1 0.5158 -0.2434 0.524 0.000 0.004 0.472
#> GSM768022 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768023 1 0.4746 0.2794 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM768024 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768015 4 0.4713 0.5624 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM768016 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768025 4 0.4008 0.6324 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM768026 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768027 1 0.3610 0.5189 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM768028 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.3356 0.5232 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM768030 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768031 1 0.0188 0.6385 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768032 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768033 3 0.4916 0.3416 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM768034 2 0.2281 0.9105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768035 1 0.4925 -0.1342 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM768036 2 0.2281 0.9105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768037 1 0.4972 -0.2110 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM768038 4 0.7795 0.1763 0.268 0.312 0.000 0.420
#> GSM768039 3 0.2670 0.7271 0.052 0.000 0.908 0.040
#> GSM768040 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768041 1 0.1867 0.6191 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM768042 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768044 4 0.4761 0.5124 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM768045 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768046 1 0.0188 0.6385 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768047 2 0.0927 0.9160 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM768048 3 0.6966 0.3839 0.128 0.000 0.532 0.340
#> GSM768049 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768050 3 0.0921 0.7281 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM768051 2 0.6685 0.3826 0.000 0.568 0.324 0.108
#> GSM768052 3 0.1389 0.7230 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM768053 2 0.3015 0.9018 0.000 0.884 0.024 0.092
#> GSM768054 3 0.3820 0.7006 0.088 0.000 0.848 0.064
#> GSM768055 2 0.2799 0.9013 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM768056 3 0.1902 0.7277 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM768057 2 0.5929 0.6545 0.000 0.688 0.204 0.108
#> GSM768059 3 0.6757 0.2810 0.100 0.000 0.524 0.376
#> GSM768060 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768062 4 0.4795 0.6318 0.292 0.000 0.012 0.696
#> GSM768063 2 0.2469 0.9058 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM768064 4 0.5546 0.6517 0.268 0.000 0.052 0.680
#> GSM768065 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768066 4 0.6163 0.6571 0.160 0.000 0.164 0.676
#> GSM768067 2 0.1474 0.9206 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768068 1 0.5125 0.2727 0.604 0.008 0.000 0.388
#> GSM768069 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768070 4 0.4685 0.6602 0.156 0.000 0.060 0.784
#> GSM768071 2 0.1022 0.9225 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM768072 3 0.5460 0.5509 0.028 0.000 0.632 0.340
#> GSM768073 2 0.5705 0.6966 0.000 0.712 0.180 0.108
#> GSM768074 2 0.6867 0.2019 0.000 0.508 0.384 0.108
#> GSM768075 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768076 1 0.6179 0.4213 0.672 0.000 0.188 0.140
#> GSM768077 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768078 4 0.4304 0.6334 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM768079 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.5666 0.5082 0.036 0.000 0.616 0.348
#> GSM768081 3 0.6565 0.5809 0.000 0.148 0.628 0.224
#> GSM768082 3 0.1452 0.7286 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM768083 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 4 0.4706 0.6238 0.248 0.000 0.020 0.732
#> GSM768085 2 0.3647 0.8779 0.000 0.852 0.040 0.108
#> GSM768086 4 0.4985 0.3015 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM768087 2 0.2345 0.9092 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM768088 4 0.5407 0.6362 0.152 0.000 0.108 0.740
#> GSM768089 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768090 3 0.3791 0.6710 0.004 0.000 0.796 0.200
#> GSM768091 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768092 1 0.5161 -0.2534 0.520 0.000 0.004 0.476
#> GSM768093 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.6353 0.5687 0.208 0.000 0.652 0.140
#> GSM768095 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768096 3 0.2921 0.7003 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM768097 3 0.2867 0.7241 0.012 0.000 0.884 0.104
#> GSM768098 1 0.2142 0.6340 0.928 0.000 0.016 0.056
#> GSM768099 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768100 1 0.2081 0.6264 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM768101 2 0.4163 0.8730 0.024 0.848 0.048 0.080
#> GSM768102 4 0.5582 0.6425 0.108 0.000 0.168 0.724
#> GSM768103 2 0.0817 0.9230 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768104 1 0.0707 0.6419 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768105 2 0.9032 0.0770 0.332 0.416 0.116 0.136
#> GSM768106 1 0.2413 0.6330 0.916 0.000 0.020 0.064
#> GSM768107 2 0.1940 0.9158 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768108 1 0.1118 0.6253 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768109 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768110 1 0.0336 0.6391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768111 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.2662 0.5864 0.900 0.000 0.016 0.084
#> GSM768113 1 0.9189 0.1957 0.456 0.228 0.132 0.184
#> GSM768114 3 0.0336 0.7289 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768115 3 0.6732 0.3374 0.000 0.336 0.556 0.108
#> GSM768116 1 0.3074 0.5414 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM768117 2 0.1022 0.9228 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM768118 4 0.6334 0.3491 0.456 0.000 0.060 0.484
#> GSM768119 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.5325 0.6187 0.160 0.000 0.744 0.096
#> GSM768121 2 0.2408 0.9077 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768122 1 0.1022 0.6407 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM768123 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.3024 0.5056 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM768125 2 0.2216 0.9120 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM768126 3 0.2300 0.7265 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM768127 3 0.6809 0.2914 0.000 0.360 0.532 0.108
#> GSM768128 3 0.3224 0.7082 0.016 0.000 0.864 0.120
#> GSM768129 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768130 3 0.0592 0.7286 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768131 1 0.0657 0.6356 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM768132 1 0.4866 -0.0724 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM768133 2 0.0524 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768134 4 0.7031 0.3808 0.348 0.000 0.132 0.520
#> GSM768135 3 0.6794 0.4253 0.136 0.000 0.584 0.280
#> GSM768136 1 0.4164 0.4763 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM768137 2 0.0921 0.9228 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768138 3 0.5233 0.4917 0.020 0.000 0.648 0.332
#> GSM768139 3 0.7363 0.4393 0.000 0.284 0.516 0.200
#> GSM768140 1 0.4972 -0.1945 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM768141 2 0.0336 0.9232 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768142 1 0.5263 -0.1722 0.544 0.000 0.008 0.448
#> GSM768143 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768144 3 0.4093 0.6920 0.096 0.000 0.832 0.072
#> GSM768145 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768002 3 0.2300 0.7265 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM768061 3 0.1637 0.7222 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM768043 4 0.4331 0.6347 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM767986 3 0.2300 0.7265 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM767999 2 0.3266 0.8906 0.000 0.868 0.024 0.108
#> GSM767988 3 0.5582 0.5905 0.000 0.168 0.724 0.108
#> GSM768058 3 0.6889 0.1851 0.000 0.396 0.496 0.108
#> GSM767987 3 0.5407 0.5996 0.000 0.152 0.740 0.108
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.6460 -0.3119 0.180 0.000 0.412 0.000 0.408
#> GSM767977 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.1216 0.6644 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> GSM767979 3 0.5126 0.1160 0.000 0.000 0.636 0.300 0.064
#> GSM767980 3 0.3772 0.4787 0.000 0.000 0.792 0.172 0.036
#> GSM767981 2 0.4210 0.6672 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM767982 3 0.4954 0.5086 0.052 0.000 0.700 0.012 0.236
#> GSM767983 2 0.4375 0.6587 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000
#> GSM767984 3 0.7071 0.1030 0.296 0.000 0.404 0.012 0.288
#> GSM767985 2 0.2561 0.7485 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM767989 3 0.1310 0.6769 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM767990 2 0.0162 0.7749 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM767991 3 0.4329 0.5185 0.032 0.000 0.716 0.000 0.252
#> GSM767992 2 0.3837 0.7037 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM767993 4 0.7084 0.2200 0.024 0.000 0.220 0.460 0.296
#> GSM767994 2 0.4210 0.6675 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM767995 1 0.1195 0.6375 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> GSM767996 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.7201 -0.0178 0.336 0.000 0.360 0.016 0.288
#> GSM767998 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.4848 0.3057 0.656 0.036 0.000 0.004 0.304
#> GSM768001 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.4843 0.4379 0.004 0.000 0.676 0.044 0.276
#> GSM768004 2 0.3177 0.5284 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 4 0.6527 0.2703 0.020 0.000 0.208 0.568 0.204
#> GSM768006 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0324 0.6412 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM768008 5 0.6796 0.5059 0.120 0.004 0.260 0.048 0.568
#> GSM768009 1 0.4883 0.2318 0.620 0.000 0.028 0.004 0.348
#> GSM768010 2 0.4210 0.6672 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM768011 1 0.4709 0.2250 0.612 0.000 0.024 0.000 0.364
#> GSM768012 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.6786 0.1461 0.004 0.000 0.428 0.332 0.236
#> GSM768014 2 0.4219 0.6650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768017 4 0.6147 0.1881 0.256 0.000 0.000 0.556 0.188
#> GSM768018 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.4755 0.6046 0.664 0.000 0.004 0.032 0.300
#> GSM768020 2 0.4192 0.6709 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM768021 1 0.5669 0.5675 0.608 0.000 0.048 0.028 0.316
#> GSM768022 2 0.0510 0.7639 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 4 0.6119 0.1967 0.160 0.000 0.000 0.544 0.296
#> GSM768024 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 4 0.6621 0.0720 0.240 0.000 0.000 0.448 0.312
#> GSM768016 2 0.0404 0.7670 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 4 0.5396 0.2722 0.064 0.000 0.000 0.560 0.376
#> GSM768026 2 0.4219 0.6651 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768027 1 0.5382 0.3367 0.580 0.000 0.000 0.352 0.068
#> GSM768028 2 0.0162 0.7749 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768029 1 0.5226 0.3211 0.572 0.000 0.000 0.376 0.052
#> GSM768030 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0486 0.6410 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.5343 0.4368 0.656 0.000 0.252 0.004 0.088
#> GSM768034 2 0.4201 0.6692 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM768035 1 0.4637 0.6092 0.676 0.000 0.004 0.028 0.292
#> GSM768036 2 0.4138 0.6793 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM768037 1 0.5213 0.5881 0.628 0.000 0.004 0.056 0.312
#> GSM768038 1 0.7155 0.3395 0.444 0.240 0.004 0.016 0.296
#> GSM768039 3 0.1211 0.6674 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM768040 2 0.4227 0.6620 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM768041 1 0.4455 0.4789 0.704 0.000 0.000 0.260 0.036
#> GSM768042 2 0.4210 0.6672 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM768044 4 0.6022 0.1889 0.280 0.000 0.000 0.564 0.156
#> GSM768045 2 0.4219 0.6648 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768046 1 0.1571 0.6508 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> GSM768047 2 0.0794 0.7543 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 4 0.7154 -0.2196 0.016 0.000 0.284 0.400 0.300
#> GSM768049 2 0.4219 0.6648 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768050 3 0.0451 0.6636 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM768051 4 0.6533 -0.4624 0.000 0.424 0.136 0.428 0.012
#> GSM768052 3 0.2488 0.5830 0.004 0.000 0.872 0.000 0.124
#> GSM768053 2 0.5184 0.6249 0.000 0.544 0.028 0.420 0.008
#> GSM768054 3 0.1743 0.6771 0.028 0.000 0.940 0.004 0.028
#> GSM768055 2 0.4383 0.6553 0.000 0.572 0.004 0.424 0.000
#> GSM768056 3 0.1310 0.6767 0.024 0.000 0.956 0.000 0.020
#> GSM768057 2 0.6477 0.4692 0.000 0.440 0.108 0.432 0.020
#> GSM768059 4 0.5793 0.1407 0.000 0.000 0.348 0.548 0.104
#> GSM768060 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 4 0.6053 0.2718 0.196 0.000 0.000 0.576 0.228
#> GSM768063 2 0.4390 0.6517 0.000 0.568 0.004 0.428 0.000
#> GSM768064 4 0.7362 0.2600 0.068 0.000 0.172 0.496 0.264
#> GSM768065 2 0.4367 0.6620 0.000 0.580 0.004 0.416 0.000
#> GSM768066 4 0.6476 0.2226 0.000 0.000 0.244 0.496 0.260
#> GSM768067 2 0.3999 0.6896 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM768068 4 0.6167 0.1062 0.128 0.004 0.000 0.520 0.348
#> GSM768069 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 4 0.6261 0.1942 0.036 0.000 0.072 0.544 0.348
#> GSM768071 2 0.0510 0.7750 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768072 4 0.6491 0.1096 0.012 0.000 0.160 0.528 0.300
#> GSM768073 2 0.5933 0.5580 0.000 0.492 0.052 0.432 0.024
#> GSM768074 4 0.6596 -0.4325 0.000 0.412 0.160 0.420 0.008
#> GSM768075 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.6040 -0.0362 0.504 0.000 0.124 0.000 0.372
#> GSM768077 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 4 0.5799 0.2905 0.112 0.000 0.000 0.564 0.324
#> GSM768079 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 4 0.6243 0.1522 0.000 0.000 0.240 0.544 0.216
#> GSM768081 4 0.7747 -0.0987 0.000 0.192 0.264 0.452 0.092
#> GSM768082 3 0.1442 0.6766 0.032 0.000 0.952 0.004 0.012
#> GSM768083 2 0.0162 0.7751 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768084 4 0.5386 0.2710 0.064 0.000 0.000 0.564 0.372
#> GSM768085 2 0.4658 0.6400 0.000 0.556 0.004 0.432 0.008
#> GSM768086 4 0.6067 0.1975 0.276 0.000 0.000 0.560 0.164
#> GSM768087 2 0.4210 0.6672 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM768088 4 0.5360 0.2536 0.048 0.000 0.004 0.552 0.396
#> GSM768089 2 0.4235 0.6590 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM768090 5 0.4841 0.4045 0.008 0.000 0.376 0.016 0.600
#> GSM768091 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.5648 0.5675 0.604 0.000 0.036 0.036 0.324
#> GSM768093 2 0.0290 0.7749 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768094 3 0.5873 0.0759 0.076 0.000 0.596 0.020 0.308
#> GSM768095 2 0.0290 0.7699 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 5 0.4865 0.3056 0.004 0.000 0.444 0.016 0.536
#> GSM768097 3 0.4130 0.4517 0.024 0.000 0.768 0.012 0.196
#> GSM768098 1 0.3906 0.5168 0.744 0.000 0.016 0.000 0.240
#> GSM768099 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3676 0.4643 0.760 0.000 0.004 0.004 0.232
#> GSM768101 2 0.5938 0.5837 0.000 0.512 0.044 0.412 0.032
#> GSM768102 4 0.6593 0.2533 0.020 0.000 0.228 0.556 0.196
#> GSM768103 2 0.0794 0.7734 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768104 1 0.1591 0.6226 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> GSM768105 5 0.8593 0.3410 0.220 0.092 0.032 0.268 0.388
#> GSM768106 1 0.4483 0.4852 0.740 0.000 0.020 0.024 0.216
#> GSM768107 2 0.4138 0.6785 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM768108 1 0.2930 0.6493 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> GSM768109 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0162 0.6415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0703 0.7742 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768112 1 0.1377 0.6272 0.956 0.000 0.020 0.004 0.020
#> GSM768113 5 0.7938 0.3263 0.316 0.036 0.032 0.196 0.420
#> GSM768114 3 0.0510 0.6553 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768115 4 0.7115 -0.2997 0.000 0.336 0.208 0.432 0.024
#> GSM768116 1 0.5005 0.3691 0.660 0.000 0.000 0.276 0.064
#> GSM768117 2 0.3143 0.7332 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM768118 3 0.7596 -0.0703 0.312 0.000 0.324 0.040 0.324
#> GSM768119 2 0.0510 0.7744 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768120 3 0.7223 -0.0526 0.332 0.000 0.464 0.052 0.152
#> GSM768121 2 0.4367 0.6620 0.000 0.580 0.004 0.416 0.000
#> GSM768122 1 0.1202 0.6338 0.960 0.000 0.004 0.004 0.032
#> GSM768123 2 0.0162 0.7749 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768124 1 0.3634 0.6429 0.796 0.000 0.008 0.012 0.184
#> GSM768125 2 0.4219 0.6650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM768126 3 0.1828 0.6749 0.028 0.000 0.936 0.004 0.032
#> GSM768127 4 0.7076 -0.3232 0.000 0.348 0.196 0.432 0.024
#> GSM768128 3 0.1186 0.6695 0.020 0.000 0.964 0.008 0.008
#> GSM768129 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1588 0.6675 0.028 0.000 0.948 0.008 0.016
#> GSM768131 1 0.2921 0.6523 0.856 0.020 0.000 0.000 0.124
#> GSM768132 1 0.4454 0.6212 0.708 0.000 0.004 0.028 0.260
#> GSM768133 2 0.0404 0.7672 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 5 0.7657 0.3336 0.132 0.000 0.124 0.268 0.476
#> GSM768135 5 0.7214 0.3256 0.020 0.000 0.312 0.268 0.400
#> GSM768136 1 0.6906 -0.0422 0.388 0.000 0.004 0.280 0.328
#> GSM768137 2 0.1270 0.7691 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768138 4 0.5529 0.0631 0.000 0.000 0.420 0.512 0.068
#> GSM768139 4 0.6999 -0.3682 0.000 0.372 0.164 0.436 0.028
#> GSM768140 1 0.5128 0.5913 0.640 0.000 0.016 0.032 0.312
#> GSM768141 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.5287 0.5948 0.648 0.000 0.028 0.032 0.292
#> GSM768143 2 0.0162 0.7749 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768144 3 0.3035 0.6331 0.032 0.000 0.856 0.000 0.112
#> GSM768145 2 0.0000 0.7746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.1399 0.6770 0.028 0.000 0.952 0.000 0.020
#> GSM768061 3 0.2488 0.5878 0.000 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM768043 4 0.5873 0.2924 0.124 0.000 0.000 0.564 0.312
#> GSM767986 3 0.1493 0.6771 0.028 0.000 0.948 0.000 0.024
#> GSM767999 2 0.4651 0.6438 0.000 0.560 0.004 0.428 0.008
#> GSM767988 4 0.6755 -0.0861 0.000 0.220 0.356 0.420 0.004
#> GSM768058 4 0.7103 -0.3070 0.000 0.340 0.204 0.432 0.024
#> GSM767987 4 0.7064 -0.1329 0.000 0.244 0.312 0.428 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 6 0.3675 0.5752 0.008 0.000 0.252 0.004 0.004 0.732
#> GSM767977 2 0.0458 0.9115 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM767978 3 0.1074 0.8176 0.000 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> GSM767979 4 0.3445 0.5001 0.000 0.000 0.244 0.744 0.000 0.012
#> GSM767980 3 0.2062 0.7725 0.000 0.000 0.900 0.004 0.088 0.008
#> GSM767981 4 0.2883 0.9312 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.2520 0.7388 0.152 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004
#> GSM767983 4 0.2793 0.9326 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM767984 3 0.3652 0.5754 0.324 0.000 0.672 0.000 0.000 0.004
#> GSM767985 2 0.3795 0.2796 0.000 0.632 0.004 0.364 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0508 0.8180 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM767990 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.2669 0.7345 0.156 0.000 0.836 0.000 0.000 0.008
#> GSM767992 4 0.3499 0.7915 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.1829 0.8901 0.012 0.000 0.064 0.000 0.920 0.004
#> GSM767994 4 0.2883 0.9312 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.4280 0.6879 0.708 0.056 0.000 0.004 0.000 0.232
#> GSM767996 2 0.0260 0.9153 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767997 3 0.3690 0.5867 0.308 0.000 0.684 0.000 0.000 0.008
#> GSM767998 2 0.1141 0.9371 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM768000 6 0.4380 0.5352 0.152 0.076 0.000 0.004 0.016 0.752
#> GSM768001 2 0.0632 0.9324 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.3457 0.7531 0.060 0.000 0.832 0.084 0.000 0.024
#> GSM768004 2 0.2051 0.8021 0.004 0.896 0.000 0.004 0.000 0.096
#> GSM768005 5 0.0363 0.9293 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768006 2 0.2146 0.8672 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> GSM768007 1 0.4242 0.6951 0.716 0.040 0.000 0.000 0.012 0.232
#> GSM768008 6 0.3726 0.6607 0.008 0.024 0.020 0.148 0.000 0.800
#> GSM768009 6 0.3035 0.5816 0.148 0.000 0.008 0.000 0.016 0.828
#> GSM768010 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768011 6 0.3027 0.5943 0.144 0.000 0.004 0.004 0.016 0.832
#> GSM768012 2 0.0260 0.9251 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.3669 0.6278 0.028 0.000 0.760 0.000 0.208 0.004
#> GSM768014 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768017 5 0.0993 0.9168 0.024 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012
#> GSM768018 2 0.0363 0.9123 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768019 1 0.0520 0.7808 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM768020 4 0.2912 0.9293 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM768021 1 0.1442 0.7680 0.944 0.000 0.040 0.000 0.004 0.012
#> GSM768022 2 0.0632 0.9046 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768023 5 0.0405 0.9296 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM768024 2 0.0547 0.9309 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.1610 0.8774 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM768016 2 0.0748 0.9070 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM768025 5 0.0000 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768026 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.5023 0.6011 0.636 0.000 0.000 0.000 0.220 0.144
#> GSM768028 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.4377 0.5335 0.644 0.000 0.000 0.000 0.312 0.044
#> GSM768030 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.2520 0.7575 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152
#> GSM768032 2 0.0632 0.9324 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.3179 0.7329 0.848 0.000 0.092 0.032 0.000 0.028
#> GSM768034 4 0.2883 0.9315 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0862 0.7775 0.972 0.000 0.016 0.000 0.008 0.004
#> GSM768036 4 0.2883 0.9312 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.1059 0.7760 0.964 0.000 0.016 0.000 0.016 0.004
#> GSM768038 1 0.4603 0.2883 0.600 0.368 0.012 0.004 0.012 0.004
#> GSM768039 3 0.1237 0.8169 0.004 0.000 0.956 0.020 0.000 0.020
#> GSM768040 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.4328 0.6647 0.716 0.000 0.000 0.000 0.192 0.092
#> GSM768042 4 0.2883 0.9312 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM768044 5 0.0260 0.9299 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM768045 4 0.2854 0.9315 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.1285 0.7822 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> GSM768047 2 0.0837 0.9052 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM768048 5 0.6380 -0.1906 0.000 0.000 0.288 0.012 0.384 0.316
#> GSM768049 4 0.2912 0.9293 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0993 0.8211 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM768051 4 0.2848 0.9225 0.000 0.176 0.008 0.816 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.2609 0.7837 0.000 0.000 0.868 0.036 0.000 0.096
#> GSM768053 4 0.2730 0.9303 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.1155 0.8206 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000 0.004
#> GSM768055 4 0.2762 0.9314 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0291 0.8198 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM768057 4 0.2697 0.9286 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM768059 5 0.1124 0.9148 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> GSM768060 2 0.1075 0.9374 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.0146 0.9314 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768063 4 0.2823 0.9331 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.1562 0.9068 0.032 0.000 0.024 0.000 0.940 0.004
#> GSM768065 4 0.2823 0.9331 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM768066 5 0.1845 0.8850 0.008 0.000 0.072 0.000 0.916 0.004
#> GSM768067 4 0.3592 0.7507 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM768068 5 0.0937 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM768069 2 0.1075 0.9374 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768070 5 0.0260 0.9297 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768071 2 0.1501 0.9234 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM768072 5 0.0458 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768073 4 0.2703 0.9199 0.000 0.172 0.004 0.824 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.3541 0.8213 0.000 0.260 0.012 0.728 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0790 0.9346 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768076 6 0.3225 0.6574 0.024 0.000 0.108 0.016 0.008 0.844
#> GSM768077 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768078 5 0.0146 0.9314 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768079 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768080 5 0.0622 0.9291 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM768081 4 0.2988 0.6357 0.000 0.000 0.144 0.828 0.000 0.028
#> GSM768082 3 0.2619 0.7958 0.008 0.000 0.880 0.040 0.000 0.072
#> GSM768083 2 0.1267 0.9342 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM768084 5 0.0146 0.9314 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768085 4 0.2730 0.9303 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM768086 5 0.0363 0.9297 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM768087 4 0.2912 0.9285 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM768088 5 0.0260 0.9297 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768089 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768090 6 0.3699 0.6511 0.000 0.000 0.032 0.188 0.008 0.772
#> GSM768091 2 0.1075 0.9374 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1296 0.7694 0.952 0.000 0.032 0.000 0.012 0.004
#> GSM768093 2 0.2805 0.7813 0.000 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004
#> GSM768094 6 0.5428 0.0919 0.012 0.000 0.460 0.040 0.020 0.468
#> GSM768095 2 0.0717 0.9163 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM768096 6 0.4367 0.5518 0.000 0.000 0.220 0.060 0.008 0.712
#> GSM768097 3 0.5009 0.0309 0.000 0.000 0.516 0.052 0.008 0.424
#> GSM768098 1 0.4453 0.3374 0.628 0.000 0.008 0.020 0.004 0.340
#> GSM768099 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768100 6 0.4393 -0.1624 0.448 0.000 0.000 0.008 0.012 0.532
#> GSM768101 4 0.2872 0.8998 0.000 0.152 0.004 0.832 0.000 0.012
#> GSM768102 5 0.2810 0.7744 0.008 0.000 0.156 0.000 0.832 0.004
#> GSM768103 2 0.2092 0.8683 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3788 0.6803 0.704 0.012 0.000 0.004 0.000 0.280
#> GSM768105 6 0.4336 0.4356 0.000 0.020 0.000 0.476 0.000 0.504
#> GSM768106 1 0.4259 0.7057 0.756 0.000 0.000 0.128 0.012 0.104
#> GSM768107 4 0.2969 0.9219 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0291 0.7828 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM768109 2 0.1555 0.9352 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000 0.004
#> GSM768110 1 0.3529 0.7212 0.764 0.028 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM768111 2 0.2762 0.7513 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.3938 0.7030 0.728 0.044 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM768113 6 0.4362 0.5427 0.020 0.000 0.000 0.392 0.004 0.584
#> GSM768114 3 0.2070 0.8058 0.000 0.000 0.908 0.048 0.000 0.044
#> GSM768115 4 0.2520 0.9064 0.000 0.152 0.004 0.844 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.5941 0.4925 0.556 0.028 0.000 0.000 0.264 0.152
#> GSM768117 4 0.3804 0.5690 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.4274 0.3961 0.432 0.000 0.552 0.000 0.012 0.004
#> GSM768119 2 0.1531 0.9292 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM768120 1 0.5413 0.5824 0.696 0.000 0.128 0.080 0.008 0.088
#> GSM768121 4 0.2854 0.9328 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.3351 0.6800 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM768123 2 0.1387 0.9288 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0653 0.7828 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM768125 4 0.2823 0.9331 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.1901 0.8147 0.008 0.000 0.924 0.040 0.000 0.028
#> GSM768127 4 0.2750 0.8918 0.000 0.136 0.020 0.844 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.1789 0.8120 0.000 0.000 0.924 0.044 0.000 0.032
#> GSM768129 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.2828 0.7898 0.012 0.000 0.868 0.040 0.000 0.080
#> GSM768131 1 0.0922 0.7850 0.968 0.000 0.000 0.004 0.004 0.024
#> GSM768132 1 0.0520 0.7808 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM768133 2 0.0291 0.9206 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM768134 6 0.4401 0.6324 0.156 0.000 0.016 0.020 0.048 0.760
#> GSM768135 6 0.6804 0.5815 0.080 0.000 0.080 0.072 0.184 0.584
#> GSM768136 6 0.5712 0.3653 0.088 0.000 0.004 0.024 0.340 0.544
#> GSM768137 2 0.1910 0.8901 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.4098 0.2075 0.000 0.000 0.548 0.004 0.444 0.004
#> GSM768139 4 0.2655 0.8968 0.000 0.140 0.004 0.848 0.008 0.000
#> GSM768140 1 0.1036 0.7750 0.964 0.000 0.024 0.000 0.008 0.004
#> GSM768141 2 0.1075 0.9374 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.1116 0.7731 0.960 0.000 0.028 0.000 0.008 0.004
#> GSM768143 2 0.1204 0.9363 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.1149 0.8209 0.008 0.000 0.960 0.024 0.000 0.008
#> GSM768145 2 0.1141 0.9371 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0260 0.8190 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768061 3 0.2822 0.7742 0.000 0.000 0.852 0.040 0.000 0.108
#> GSM768043 5 0.0146 0.9314 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM767986 3 0.0405 0.8198 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM767999 4 0.2793 0.9325 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.3790 0.8284 0.000 0.116 0.104 0.780 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.2692 0.9029 0.000 0.148 0.012 0.840 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.3544 0.8492 0.000 0.120 0.080 0.800 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> CV:NMF 169 1.000 1.28e-33 0.9999 1.000 2
#> CV:NMF 162 0.998 6.90e-30 0.6498 0.992 3
#> CV:NMF 135 0.985 1.17e-24 0.3842 0.991 4
#> CV:NMF 107 0.999 3.88e-22 0.4933 0.969 5
#> CV:NMF 158 0.955 8.49e-29 0.0883 0.990 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.991 0.5029 0.498 0.498
#> 3 3 0.825 0.856 0.916 0.2347 0.857 0.715
#> 4 4 0.705 0.833 0.852 0.1701 0.856 0.620
#> 5 5 0.731 0.763 0.845 0.0521 0.960 0.842
#> 6 6 0.787 0.760 0.878 0.0262 0.987 0.938
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> GSM767980 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> GSM768001 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.9996 0.051 0.512 0.488
#> GSM768009 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> GSM768034 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.9209 0.503 0.664 0.336
#> GSM768039 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> GSM768063 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.7453 0.733 0.212 0.788
#> GSM768069 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> GSM768082 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.2236 0.961 0.036 0.964
#> GSM768102 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> GSM768105 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> GSM768106 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.3114 0.932 0.944 0.056
#> GSM768111 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> GSM768113 2 0.3584 0.927 0.068 0.932
#> GSM768114 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> GSM768117 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.7950 0.686 0.760 0.240
#> GSM768132 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.6286 0.4659 0.536 0.000 0.464
#> GSM767977 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 2 0.0237 0.9844 0.004 0.996 0.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 3 0.1411 0.8729 0.036 0.000 0.964
#> GSM767983 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 3 0.5363 0.4775 0.276 0.000 0.724
#> GSM767985 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM767991 3 0.1860 0.8585 0.052 0.000 0.948
#> GSM767992 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.6308 -0.2756 0.492 0.000 0.508
#> GSM767994 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.2448 0.8070 0.924 0.000 0.076
#> GSM767996 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM767997 3 0.1643 0.8660 0.044 0.000 0.956
#> GSM767998 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768000 1 0.2590 0.8046 0.924 0.004 0.072
#> GSM768001 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768004 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768005 3 0.1860 0.8620 0.052 0.000 0.948
#> GSM768006 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768007 1 0.2711 0.8132 0.912 0.000 0.088
#> GSM768008 2 0.8671 -0.0514 0.416 0.480 0.104
#> GSM768009 1 0.6140 0.5962 0.596 0.000 0.404
#> GSM768010 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.6140 0.5962 0.596 0.000 0.404
#> GSM768012 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.3941 0.8323 0.844 0.000 0.156
#> GSM768018 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768019 1 0.5465 0.7559 0.712 0.000 0.288
#> GSM768020 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.5497 0.7632 0.708 0.000 0.292
#> GSM768022 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768023 1 0.2537 0.8095 0.920 0.000 0.080
#> GSM768024 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768015 1 0.5016 0.7933 0.760 0.000 0.240
#> GSM768016 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768025 1 0.5058 0.8060 0.756 0.000 0.244
#> GSM768026 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.3686 0.8311 0.860 0.000 0.140
#> GSM768028 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768029 1 0.3686 0.8311 0.860 0.000 0.140
#> GSM768030 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768031 1 0.3686 0.8311 0.860 0.000 0.140
#> GSM768032 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768033 1 0.6468 0.5104 0.552 0.004 0.444
#> GSM768034 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.5431 0.7602 0.716 0.000 0.284
#> GSM768036 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.4452 0.8190 0.808 0.000 0.192
#> GSM768038 1 0.5291 0.4842 0.732 0.268 0.000
#> GSM768039 3 0.1964 0.8507 0.056 0.000 0.944
#> GSM768040 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.3686 0.8311 0.860 0.000 0.140
#> GSM768042 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.3752 0.8316 0.856 0.000 0.144
#> GSM768045 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3267 0.8230 0.884 0.000 0.116
#> GSM768047 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768048 3 0.5926 0.1879 0.356 0.000 0.644
#> GSM768049 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768062 1 0.3784 0.8301 0.864 0.004 0.132
#> GSM768063 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 3 0.6308 -0.2756 0.492 0.000 0.508
#> GSM768065 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 3 0.6308 -0.2756 0.492 0.000 0.508
#> GSM768067 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768068 2 0.5847 0.7328 0.172 0.780 0.048
#> GSM768069 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768070 3 0.1163 0.8801 0.028 0.000 0.972
#> GSM768071 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768072 3 0.0424 0.8905 0.008 0.000 0.992
#> GSM768073 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768076 3 0.6026 0.1157 0.376 0.000 0.624
#> GSM768077 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768078 1 0.4654 0.8254 0.792 0.000 0.208
#> GSM768079 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768081 2 0.2383 0.9337 0.044 0.940 0.016
#> GSM768082 3 0.0237 0.8929 0.004 0.000 0.996
#> GSM768083 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768084 1 0.4654 0.8254 0.792 0.000 0.208
#> GSM768085 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.4399 0.8272 0.812 0.000 0.188
#> GSM768087 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.0237 0.8922 0.004 0.000 0.996
#> GSM768089 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.0237 0.8929 0.004 0.000 0.996
#> GSM768091 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768092 1 0.5760 0.7130 0.672 0.000 0.328
#> GSM768093 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768094 3 0.5926 0.1879 0.356 0.000 0.644
#> GSM768095 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768096 3 0.0592 0.8860 0.012 0.000 0.988
#> GSM768097 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 1 0.5785 0.7246 0.668 0.000 0.332
#> GSM768099 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768100 1 0.4750 0.8208 0.784 0.000 0.216
#> GSM768101 2 0.1529 0.9540 0.040 0.960 0.000
#> GSM768102 3 0.1163 0.8801 0.028 0.000 0.972
#> GSM768103 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768104 1 0.5956 0.7233 0.672 0.004 0.324
#> GSM768105 2 0.2165 0.9310 0.064 0.936 0.000
#> GSM768106 1 0.4346 0.8297 0.816 0.000 0.184
#> GSM768107 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.3267 0.8230 0.884 0.000 0.116
#> GSM768109 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768110 1 0.1031 0.7650 0.976 0.000 0.024
#> GSM768111 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768112 1 0.2066 0.7966 0.940 0.000 0.060
#> GSM768113 2 0.2356 0.9224 0.072 0.928 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.2066 0.7966 0.940 0.000 0.060
#> GSM768117 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768118 1 0.6140 0.5791 0.596 0.000 0.404
#> GSM768119 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768120 3 0.1163 0.8802 0.028 0.000 0.972
#> GSM768121 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.4750 0.8208 0.784 0.000 0.216
#> GSM768123 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768124 1 0.6180 0.5789 0.584 0.000 0.416
#> GSM768125 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768129 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.4409 0.5854 0.824 0.172 0.004
#> GSM768132 1 0.5621 0.7375 0.692 0.000 0.308
#> GSM768133 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768134 3 0.1163 0.8801 0.028 0.000 0.972
#> GSM768135 3 0.1163 0.8801 0.028 0.000 0.972
#> GSM768136 1 0.4842 0.8181 0.776 0.000 0.224
#> GSM768137 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.5621 0.7375 0.692 0.000 0.308
#> GSM768141 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768142 1 0.5621 0.7375 0.692 0.000 0.308
#> GSM768143 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768144 3 0.1163 0.8802 0.028 0.000 0.972
#> GSM768145 2 0.0237 0.9867 0.004 0.996 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.4931 0.8110 0.768 0.000 0.232
#> GSM767986 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.4916 0.4371 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.3726 0.9487 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM767980 3 0.0188 0.9153 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767981 4 0.4134 0.9409 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM767982 3 0.3858 0.8032 0.100 0.000 0.844 0.056
#> GSM767983 4 0.3837 0.9530 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM767984 3 0.6007 0.3056 0.340 0.000 0.604 0.056
#> GSM767985 4 0.3942 0.9513 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM767989 3 0.1406 0.9013 0.016 0.000 0.960 0.024
#> GSM767990 2 0.2011 0.8779 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM767991 3 0.3978 0.7914 0.108 0.000 0.836 0.056
#> GSM767992 4 0.4431 0.8953 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM767993 1 0.5984 0.4499 0.580 0.000 0.372 0.048
#> GSM767994 4 0.4103 0.9435 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM767995 1 0.1398 0.8011 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM767996 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.3978 0.7931 0.108 0.000 0.836 0.056
#> GSM767998 2 0.2011 0.8779 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768000 1 0.1677 0.8050 0.948 0.000 0.012 0.040
#> GSM768001 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0188 0.9153 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3245 0.8278 0.100 0.000 0.872 0.028
#> GSM768006 2 0.0469 0.9389 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768007 1 0.0927 0.8046 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM768008 1 0.8911 0.0158 0.416 0.156 0.088 0.340
#> GSM768009 1 0.4585 0.6102 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM768010 4 0.4103 0.9436 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM768011 1 0.4585 0.6102 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0336 0.9134 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768014 4 0.4164 0.9378 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM768017 1 0.1792 0.8176 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.4105 0.7713 0.812 0.000 0.156 0.032
#> GSM768020 4 0.4222 0.9313 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM768021 1 0.4638 0.7755 0.788 0.000 0.152 0.060
#> GSM768022 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.1284 0.8054 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM768024 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.3697 0.7939 0.852 0.000 0.100 0.048
#> GSM768016 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3400 0.7836 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM768026 4 0.3837 0.9530 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM768027 1 0.1474 0.8165 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1474 0.8165 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768030 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768031 1 0.1474 0.8165 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.5070 0.4495 0.580 0.000 0.416 0.004
#> GSM768034 4 0.4164 0.9378 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM768035 1 0.4057 0.7741 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM768036 4 0.4356 0.9097 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM768037 1 0.3144 0.8079 0.884 0.000 0.072 0.044
#> GSM768038 1 0.6673 0.5357 0.608 0.252 0.000 0.140
#> GSM768039 3 0.2706 0.8657 0.080 0.000 0.900 0.020
#> GSM768040 4 0.4222 0.9308 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM768041 1 0.1474 0.8165 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768042 4 0.4843 0.7311 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM768044 1 0.1557 0.8170 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768045 2 0.4955 -0.2607 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM768046 1 0.2222 0.8064 0.924 0.000 0.016 0.060
#> GSM768047 2 0.0592 0.9359 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768048 3 0.4761 0.2442 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM768049 4 0.4134 0.9411 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM768050 3 0.0188 0.9175 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768051 4 0.3837 0.9530 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM768052 3 0.0188 0.9175 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768053 4 0.3837 0.9530 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM768054 3 0.0469 0.9172 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768055 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768056 3 0.0188 0.9175 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768057 4 0.3873 0.9527 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM768059 3 0.0469 0.9172 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1837 0.8150 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM768063 4 0.3837 0.9532 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM768064 1 0.5984 0.4499 0.580 0.000 0.372 0.048
#> GSM768065 4 0.3801 0.9525 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM768066 1 0.5984 0.4499 0.580 0.000 0.372 0.048
#> GSM768067 2 0.4907 -0.1537 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM768068 4 0.6175 0.6995 0.168 0.096 0.024 0.712
#> GSM768069 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1118 0.9062 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768071 2 0.1792 0.9022 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM768072 3 0.0817 0.9149 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM768073 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768074 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768075 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.4855 0.1520 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2647 0.8112 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM768079 2 0.1211 0.9259 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM768080 3 0.0188 0.9175 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768081 4 0.5245 0.9057 0.044 0.196 0.012 0.748
#> GSM768082 3 0.0592 0.9169 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768083 2 0.1211 0.9266 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM768084 1 0.2647 0.8112 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM768085 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768086 1 0.2345 0.8135 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM768087 4 0.4477 0.8833 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM768088 3 0.0707 0.9155 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768089 4 0.4103 0.9436 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM768090 3 0.0592 0.9169 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.4630 0.7420 0.768 0.000 0.196 0.036
#> GSM768093 2 0.0469 0.9389 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768094 3 0.4761 0.2437 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.1004 0.9137 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM768097 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.4331 0.6811 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM768099 2 0.2011 0.8901 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768100 1 0.2921 0.8013 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM768101 4 0.4635 0.9282 0.028 0.216 0.000 0.756
#> GSM768102 3 0.1118 0.9062 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768103 2 0.1474 0.9179 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768104 1 0.4343 0.7044 0.732 0.000 0.264 0.004
#> GSM768105 4 0.4919 0.9026 0.048 0.200 0.000 0.752
#> GSM768106 1 0.2345 0.8135 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM768107 4 0.4193 0.9340 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM768108 1 0.2222 0.8064 0.924 0.000 0.016 0.060
#> GSM768109 2 0.0469 0.9389 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768110 1 0.2281 0.7897 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM768111 2 0.1637 0.9113 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM768112 1 0.2164 0.7973 0.924 0.004 0.004 0.068
#> GSM768113 4 0.5111 0.8918 0.056 0.204 0.000 0.740
#> GSM768114 3 0.0188 0.9175 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768115 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768116 1 0.2164 0.7973 0.924 0.004 0.004 0.068
#> GSM768117 2 0.2281 0.8709 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768118 1 0.5619 0.6511 0.676 0.000 0.268 0.056
#> GSM768119 2 0.0336 0.9400 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768120 3 0.1389 0.8991 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM768121 4 0.3942 0.9514 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM768122 1 0.2921 0.8013 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM768123 2 0.1474 0.9179 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768124 1 0.4761 0.5452 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM768125 4 0.4008 0.9488 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM768126 3 0.0469 0.9172 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768127 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768128 3 0.0336 0.9177 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768129 2 0.1474 0.9179 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768130 3 0.0469 0.9172 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768131 1 0.5950 0.6514 0.696 0.156 0.000 0.148
#> GSM768132 1 0.4462 0.7624 0.792 0.000 0.164 0.044
#> GSM768133 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1211 0.9044 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768135 3 0.1211 0.9044 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768136 1 0.3024 0.7984 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768137 2 0.2081 0.8859 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM768138 3 0.0336 0.9177 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768139 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768140 1 0.4462 0.7624 0.792 0.000 0.164 0.044
#> GSM768141 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.4462 0.7624 0.792 0.000 0.164 0.044
#> GSM768143 2 0.1474 0.9184 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768144 3 0.1389 0.8991 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0188 0.9153 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.3074 0.7983 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM767988 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768058 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM767987 4 0.3764 0.9517 0.000 0.216 0.000 0.784
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.4367 0.3430 0.580 0.000 0.416 0.000 0.004
#> GSM767977 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.1792 0.9301 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM767980 3 0.0162 0.8949 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767981 4 0.2648 0.9260 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM767982 3 0.4250 0.6045 0.028 0.000 0.720 0.000 0.252
#> GSM767983 4 0.2179 0.9385 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM767984 3 0.6439 -0.0890 0.192 0.000 0.476 0.000 0.332
#> GSM767985 4 0.2280 0.9377 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM767989 3 0.1764 0.8572 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> GSM767990 2 0.1732 0.8930 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM767991 3 0.4276 0.5963 0.028 0.000 0.716 0.000 0.256
#> GSM767992 4 0.3274 0.8600 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM767993 5 0.6755 0.4739 0.360 0.000 0.264 0.000 0.376
#> GSM767994 4 0.2605 0.9285 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM767995 1 0.3870 0.4022 0.732 0.000 0.004 0.004 0.260
#> GSM767996 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.4301 0.5899 0.028 0.000 0.712 0.000 0.260
#> GSM767998 2 0.1732 0.8930 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM768000 1 0.2845 0.5712 0.876 0.000 0.008 0.020 0.096
#> GSM768001 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0162 0.8949 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768004 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2903 0.8032 0.080 0.000 0.872 0.000 0.048
#> GSM768006 2 0.0404 0.9403 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768007 1 0.2017 0.5809 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> GSM768008 4 0.7528 -0.0123 0.404 0.072 0.080 0.420 0.024
#> GSM768009 1 0.4066 0.4518 0.672 0.000 0.324 0.000 0.004
#> GSM768010 4 0.2561 0.9301 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM768011 1 0.4066 0.4518 0.672 0.000 0.324 0.000 0.004
#> GSM768012 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0703 0.8887 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768014 4 0.2648 0.9255 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768017 1 0.1845 0.6436 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016
#> GSM768018 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.5325 0.6556 0.428 0.000 0.052 0.000 0.520
#> GSM768020 4 0.2732 0.9203 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768021 5 0.4630 0.6329 0.396 0.000 0.016 0.000 0.588
#> GSM768022 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.2408 0.5749 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> GSM768024 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.4448 0.5656 0.480 0.000 0.004 0.000 0.516
#> GSM768016 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3010 0.6268 0.824 0.000 0.172 0.000 0.004
#> GSM768026 4 0.1965 0.9369 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM768027 1 0.1282 0.6442 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1282 0.6442 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0703 0.9366 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768031 1 0.1522 0.6438 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> GSM768032 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4714 0.3520 0.576 0.000 0.408 0.004 0.012
#> GSM768034 4 0.2648 0.9255 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768035 5 0.5329 0.6519 0.432 0.000 0.052 0.000 0.516
#> GSM768036 4 0.3039 0.8914 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768037 5 0.4714 0.4877 0.408 0.000 0.012 0.004 0.576
#> GSM768038 5 0.7573 0.1731 0.200 0.240 0.000 0.080 0.480
#> GSM768039 3 0.2830 0.8301 0.080 0.000 0.876 0.000 0.044
#> GSM768040 4 0.2732 0.9198 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM768041 1 0.1282 0.6442 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM768042 4 0.3966 0.6643 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM768044 1 0.1357 0.6459 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.4302 -0.1440 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM768046 1 0.4478 0.2085 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM768047 2 0.0510 0.9380 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768048 3 0.4126 0.2643 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM768049 4 0.2605 0.9283 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM768050 3 0.0162 0.8973 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.2020 0.9382 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM768052 3 0.0162 0.8973 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.2020 0.9382 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM768054 3 0.0404 0.8970 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.2020 0.9379 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM768056 3 0.0162 0.8973 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.2230 0.9381 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM768059 3 0.0404 0.8970 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.4004 0.3904 0.748 0.000 0.016 0.004 0.232
#> GSM768063 4 0.2179 0.9387 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM768064 5 0.6755 0.4739 0.360 0.000 0.264 0.000 0.376
#> GSM768065 4 0.2074 0.9385 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM768066 5 0.6755 0.4739 0.360 0.000 0.264 0.000 0.376
#> GSM768067 2 0.4268 0.0103 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM768068 4 0.4827 0.7202 0.144 0.028 0.020 0.772 0.036
#> GSM768069 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1469 0.8798 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> GSM768071 2 0.1671 0.9055 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM768072 3 0.0703 0.8949 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768073 4 0.2020 0.9379 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM768074 4 0.1851 0.9330 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.4201 0.1761 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2338 0.6572 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> GSM768079 2 0.1043 0.9305 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM768080 3 0.0162 0.8973 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.3443 0.9035 0.032 0.084 0.012 0.860 0.012
#> GSM768082 3 0.0510 0.8967 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.1197 0.9273 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM768084 1 0.2338 0.6572 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> GSM768085 4 0.1908 0.9355 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768086 1 0.2068 0.6576 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> GSM768087 4 0.3336 0.8486 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM768088 3 0.0609 0.8955 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.2561 0.9301 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM768090 3 0.0609 0.8955 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.5713 0.6463 0.416 0.000 0.084 0.000 0.500
#> GSM768093 2 0.0404 0.9403 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768094 3 0.4126 0.2637 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0955 0.8924 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.3684 0.5163 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.1908 0.8904 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM768100 1 0.2424 0.6532 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.3043 0.9233 0.024 0.104 0.000 0.864 0.008
#> GSM768102 3 0.1469 0.8798 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> GSM768103 2 0.1341 0.9223 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768104 1 0.4070 0.5393 0.728 0.000 0.256 0.004 0.012
#> GSM768105 4 0.3367 0.9032 0.040 0.088 0.000 0.856 0.016
#> GSM768106 1 0.1908 0.6603 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM768107 4 0.2813 0.9132 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM768108 1 0.4478 0.2085 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM768109 2 0.0404 0.9403 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768110 1 0.4793 0.3379 0.684 0.000 0.000 0.056 0.260
#> GSM768111 2 0.1544 0.9137 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768112 1 0.4613 0.2423 0.580 0.000 0.004 0.008 0.408
#> GSM768113 4 0.3593 0.8956 0.044 0.092 0.000 0.844 0.020
#> GSM768114 3 0.0162 0.8973 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.1908 0.9354 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768116 1 0.4613 0.2423 0.580 0.000 0.004 0.008 0.408
#> GSM768117 2 0.2179 0.8692 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM768118 5 0.6066 0.6106 0.352 0.000 0.132 0.000 0.516
#> GSM768119 2 0.0290 0.9411 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768120 3 0.1270 0.8777 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768121 4 0.2329 0.9368 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM768122 1 0.2424 0.6532 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.1341 0.9223 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768124 1 0.4074 0.4221 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> GSM768125 4 0.2471 0.9334 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM768126 3 0.0404 0.8970 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.1908 0.9354 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768128 3 0.0290 0.8975 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.1341 0.9223 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768130 3 0.0510 0.8962 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM768131 5 0.7453 0.1279 0.304 0.152 0.000 0.076 0.468
#> GSM768132 5 0.5295 0.6676 0.408 0.000 0.052 0.000 0.540
#> GSM768133 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1549 0.8776 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> GSM768135 3 0.1549 0.8776 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> GSM768136 1 0.2516 0.6496 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.2074 0.8781 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM768138 3 0.0290 0.8975 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.1851 0.9330 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM768140 5 0.5295 0.6676 0.408 0.000 0.052 0.000 0.540
#> GSM768141 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.5295 0.6676 0.408 0.000 0.052 0.000 0.540
#> GSM768143 2 0.1341 0.9228 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768144 3 0.1270 0.8777 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0162 0.8949 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768061 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2719 0.6416 0.852 0.000 0.144 0.000 0.004
#> GSM767986 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.2074 0.9385 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM767988 4 0.1908 0.9354 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768058 4 0.1908 0.9354 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM767987 4 0.1908 0.9354 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.3923 0.4055 0.580 0.000 0.416 0.000 0.000 0.004
#> GSM767977 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.9009 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.8880 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0260 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767981 4 0.1714 0.8915 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.3855 0.5296 0.016 0.000 0.704 0.000 0.276 0.004
#> GSM767983 4 0.1075 0.9042 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.4659 0.2089 0.032 0.000 0.460 0.000 0.504 0.004
#> GSM767985 4 0.1141 0.9042 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.1674 0.8536 0.004 0.000 0.924 0.000 0.068 0.004
#> GSM767990 2 0.1556 0.8848 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.3875 0.5177 0.016 0.000 0.700 0.000 0.280 0.004
#> GSM767992 4 0.2762 0.7923 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.5496 0.5859 0.104 0.000 0.256 0.000 0.612 0.028
#> GSM767994 4 0.1714 0.8916 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.3998 0.3140 0.712 0.000 0.000 0.000 0.040 0.248
#> GSM767996 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.3895 0.5109 0.016 0.000 0.696 0.000 0.284 0.004
#> GSM767998 2 0.1556 0.8848 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2446 0.5452 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> GSM768001 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0146 0.8993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768004 2 0.0260 0.9422 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2980 0.7997 0.072 0.000 0.864 0.000 0.040 0.024
#> GSM768006 2 0.0547 0.9408 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.1700 0.5794 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM768008 4 0.5822 -0.0594 0.404 0.000 0.076 0.480 0.000 0.040
#> GSM768009 1 0.3636 0.5141 0.676 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004
#> GSM768010 4 0.1663 0.8931 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.3636 0.5141 0.676 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004
#> GSM768012 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0713 0.8894 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768014 4 0.1765 0.8886 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.2365 0.6549 0.888 0.000 0.040 0.000 0.072 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.3943 0.7168 0.168 0.000 0.040 0.000 0.772 0.020
#> GSM768020 4 0.1863 0.8840 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.2149 0.6677 0.104 0.000 0.004 0.000 0.888 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.2266 0.5549 0.880 0.000 0.000 0.000 0.012 0.108
#> GSM768024 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.3312 0.6310 0.180 0.000 0.000 0.000 0.792 0.028
#> GSM768016 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.2805 0.6616 0.828 0.000 0.160 0.000 0.012 0.000
#> GSM768026 4 0.0547 0.9010 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1421 0.6643 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.1421 0.6643 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028 0.000
#> GSM768030 2 0.0632 0.9383 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.1679 0.6626 0.936 0.000 0.028 0.000 0.028 0.008
#> GSM768032 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.4218 0.4180 0.584 0.000 0.400 0.004 0.000 0.012
#> GSM768034 4 0.1765 0.8886 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.3976 0.7133 0.172 0.000 0.040 0.000 0.768 0.020
#> GSM768036 4 0.2454 0.8333 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.4980 0.4300 0.184 0.000 0.000 0.000 0.648 0.168
#> GSM768038 6 0.6844 0.4829 0.104 0.188 0.000 0.000 0.212 0.496
#> GSM768039 3 0.2737 0.8296 0.084 0.000 0.868 0.000 0.044 0.004
#> GSM768040 4 0.1957 0.8771 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.1421 0.6643 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028 0.000
#> GSM768042 4 0.3482 0.6055 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.1498 0.6666 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028 0.000
#> GSM768045 4 0.3868 0.1051 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.5484 0.0916 0.568 0.000 0.000 0.000 0.204 0.228
#> GSM768047 2 0.0547 0.9384 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.3727 0.2460 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000
#> GSM768049 4 0.1814 0.8862 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0260 0.9031 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0547 0.9009 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0260 0.9031 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0547 0.9009 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.0458 0.9025 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0713 0.9028 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0260 0.9031 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.1141 0.9039 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0458 0.9025 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 6 0.5600 0.0696 0.412 0.000 0.004 0.000 0.124 0.460
#> GSM768063 4 0.0937 0.9046 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.5496 0.5859 0.104 0.000 0.256 0.000 0.612 0.028
#> GSM768065 4 0.0713 0.9029 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM768066 5 0.5496 0.5859 0.104 0.000 0.256 0.000 0.612 0.028
#> GSM768067 2 0.3854 0.0155 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM768068 4 0.4155 0.7010 0.128 0.000 0.016 0.780 0.008 0.068
#> GSM768069 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1408 0.8828 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000
#> GSM768071 2 0.1610 0.8910 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0713 0.9009 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM768073 4 0.0713 0.9028 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0146 0.8913 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.3789 0.1565 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2263 0.6850 0.884 0.000 0.100 0.000 0.016 0.000
#> GSM768079 2 0.0937 0.9306 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0260 0.9031 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.1511 0.8613 0.032 0.000 0.012 0.944 0.000 0.012
#> GSM768082 3 0.0547 0.9023 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.1075 0.9264 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.2263 0.6850 0.884 0.000 0.100 0.000 0.016 0.000
#> GSM768085 4 0.0547 0.9011 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.2006 0.6823 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016 0.000
#> GSM768087 4 0.2793 0.7853 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.0632 0.9013 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.1610 0.8950 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.0632 0.9013 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.3602 0.7255 0.136 0.000 0.072 0.000 0.792 0.000
#> GSM768093 2 0.0547 0.9408 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.3727 0.2456 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0935 0.8982 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.9009 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.3266 0.5616 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.1765 0.8785 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2048 0.6782 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.1875 0.8896 0.020 0.032 0.000 0.928 0.000 0.020
#> GSM768102 3 0.1408 0.8828 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000
#> GSM768103 2 0.1204 0.9199 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3584 0.5866 0.740 0.000 0.244 0.004 0.000 0.012
#> GSM768105 4 0.1930 0.8665 0.036 0.012 0.000 0.924 0.000 0.028
#> GSM768106 1 0.1700 0.6829 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000
#> GSM768107 4 0.2178 0.8607 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.5484 0.0916 0.568 0.000 0.000 0.000 0.204 0.228
#> GSM768109 2 0.0547 0.9408 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.4552 0.2091 0.640 0.000 0.000 0.000 0.060 0.300
#> GSM768111 2 0.1501 0.9018 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.4916 -0.1064 0.520 0.000 0.000 0.000 0.064 0.416
#> GSM768113 4 0.2171 0.8587 0.040 0.016 0.000 0.912 0.000 0.032
#> GSM768114 3 0.0260 0.9031 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0363 0.8970 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.4916 -0.1064 0.520 0.000 0.000 0.000 0.064 0.416
#> GSM768117 2 0.2003 0.8537 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.3469 0.6803 0.064 0.000 0.120 0.000 0.812 0.004
#> GSM768119 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.1267 0.8798 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM768121 4 0.1204 0.9038 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.2048 0.6782 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.1204 0.9199 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.3634 0.4846 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000
#> GSM768125 4 0.1501 0.8985 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.0458 0.9025 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0363 0.8970 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0363 0.9031 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.1204 0.9199 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0547 0.9018 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM768131 6 0.6668 0.5272 0.188 0.112 0.000 0.000 0.168 0.532
#> GSM768132 5 0.3764 0.7248 0.148 0.000 0.040 0.000 0.792 0.020
#> GSM768133 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1480 0.8805 0.040 0.000 0.940 0.000 0.020 0.000
#> GSM768135 3 0.1480 0.8805 0.040 0.000 0.940 0.000 0.020 0.000
#> GSM768136 1 0.2135 0.6756 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.1910 0.8643 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0363 0.9031 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0146 0.8913 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.3764 0.7248 0.148 0.000 0.040 0.000 0.792 0.020
#> GSM768141 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.3764 0.7248 0.148 0.000 0.040 0.000 0.792 0.020
#> GSM768143 2 0.1204 0.9206 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.1267 0.8798 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0146 0.8993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768061 3 0.0146 0.9020 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2623 0.6729 0.852 0.000 0.132 0.000 0.016 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.9009 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0937 0.9043 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0260 0.8942 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0363 0.8970 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0363 0.8970 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:hclust 169 1.000 8.64e-33 0.99999 1.000 2
#> MAD:hclust 160 1.000 2.79e-31 0.95016 0.982 3
#> MAD:hclust 158 0.995 4.13e-29 0.83476 0.981 4
#> MAD:hclust 145 0.986 4.58e-27 0.01917 0.795 5
#> MAD:hclust 151 0.976 1.43e-27 0.00549 0.789 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.5033 0.497 0.497
#> 3 3 0.745 0.788 0.765 0.2581 0.840 0.685
#> 4 4 0.823 0.901 0.872 0.1500 0.857 0.617
#> 5 5 0.733 0.746 0.842 0.0699 0.965 0.863
#> 6 6 0.793 0.724 0.819 0.0390 0.955 0.810
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.973 0.323 0.404 0.596
#> GSM768009 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.714 0.755 0.196 0.804
#> GSM768069 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.224 0.957 0.036 0.964
#> GSM768082 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.767 0.708 0.776 0.224
#> GSM768132 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 1 0.9447 -0.304 0.464 0.188 0.348
#> GSM767980 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM767981 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767982 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM767983 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767984 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM767985 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM767992 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM767994 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767995 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM767996 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM767998 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768001 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768008 1 0.7037 -0.465 0.636 0.328 0.036
#> GSM768009 1 0.6299 0.809 0.524 0.000 0.476
#> GSM768010 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768011 1 0.6295 0.816 0.528 0.000 0.472
#> GSM768012 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768014 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768017 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768018 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768020 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768021 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768022 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768024 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768016 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.6295 0.816 0.528 0.000 0.472
#> GSM768026 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768027 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768028 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768030 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768032 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.3752 0.667 0.144 0.000 0.856
#> GSM768034 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768035 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768036 2 0.5529 0.766 0.296 0.704 0.000
#> GSM768037 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768038 2 0.6008 0.240 0.372 0.628 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768041 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768042 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768044 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768045 2 0.2356 0.787 0.072 0.928 0.000
#> GSM768046 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768047 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768055 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768059 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768063 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768064 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM768065 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768066 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM768067 2 0.2448 0.786 0.076 0.924 0.000
#> GSM768068 1 0.7062 -0.223 0.696 0.236 0.068
#> GSM768069 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768074 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768079 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768081 1 0.9589 -0.357 0.464 0.220 0.316
#> GSM768082 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768085 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768086 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768087 2 0.6267 0.753 0.452 0.548 0.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768089 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768093 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 3 0.5926 -0.312 0.356 0.000 0.644
#> GSM768099 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768101 2 0.6286 0.750 0.464 0.536 0.000
#> GSM768102 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768105 2 0.5948 0.761 0.360 0.640 0.000
#> GSM768106 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768107 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768108 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768109 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768111 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768113 2 0.6267 0.752 0.452 0.548 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768116 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768117 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0592 0.950 0.012 0.000 0.988
#> GSM768119 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.1643 0.895 0.044 0.000 0.956
#> GSM768121 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768122 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768123 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.6291 0.822 0.532 0.000 0.468
#> GSM768125 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768127 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.8487 0.350 0.536 0.364 0.100
#> GSM768132 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768133 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768136 3 0.6026 -0.395 0.376 0.000 0.624
#> GSM768137 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768139 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768140 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768141 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.6286 0.821 0.536 0.000 0.464
#> GSM768143 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.6295 0.816 0.528 0.000 0.472
#> GSM767986 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767988 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM768058 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
#> GSM767987 2 0.6280 0.752 0.460 0.540 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.1059 0.938 0.012 0.016 0.972 0.000
#> GSM767977 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM767978 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.5311 0.656 0.040 0.012 0.212 0.736
#> GSM767980 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM767981 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767982 3 0.2450 0.899 0.016 0.072 0.912 0.000
#> GSM767983 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM767984 3 0.4610 0.765 0.020 0.236 0.744 0.000
#> GSM767985 4 0.0336 0.934 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM767989 3 0.0336 0.945 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM767990 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM767991 3 0.4399 0.787 0.020 0.212 0.768 0.000
#> GSM767992 2 0.4522 0.933 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM767993 3 0.4436 0.787 0.020 0.216 0.764 0.000
#> GSM767994 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM767995 1 0.2443 0.918 0.916 0.024 0.060 0.000
#> GSM767996 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM767997 3 0.4711 0.761 0.024 0.236 0.740 0.000
#> GSM767998 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768000 1 0.1970 0.918 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM768001 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768003 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768004 2 0.4483 0.969 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM768005 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768006 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768007 1 0.1970 0.919 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM768008 4 0.5366 0.571 0.264 0.024 0.012 0.700
#> GSM768009 1 0.2662 0.902 0.900 0.016 0.084 0.000
#> GSM768010 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.2124 0.914 0.924 0.008 0.068 0.000
#> GSM768012 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768013 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.1637 0.918 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768018 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768019 1 0.5219 0.809 0.712 0.244 0.044 0.000
#> GSM768020 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.5249 0.807 0.708 0.248 0.044 0.000
#> GSM768022 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768023 1 0.1970 0.918 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM768024 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768015 1 0.5249 0.807 0.708 0.248 0.044 0.000
#> GSM768016 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768025 1 0.2522 0.908 0.908 0.016 0.076 0.000
#> GSM768026 4 0.0469 0.934 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768027 1 0.1637 0.918 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768028 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768029 1 0.2222 0.918 0.924 0.016 0.060 0.000
#> GSM768030 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768031 1 0.2222 0.918 0.924 0.016 0.060 0.000
#> GSM768032 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768033 3 0.4690 0.612 0.260 0.016 0.724 0.000
#> GSM768034 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.5219 0.809 0.712 0.244 0.044 0.000
#> GSM768036 4 0.3764 0.524 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM768037 1 0.5249 0.807 0.708 0.248 0.044 0.000
#> GSM768038 2 0.6638 -0.219 0.420 0.496 0.000 0.084
#> GSM768039 3 0.1182 0.935 0.016 0.016 0.968 0.000
#> GSM768040 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.2222 0.918 0.924 0.016 0.060 0.000
#> GSM768042 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.1970 0.919 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM768045 2 0.5016 0.804 0.004 0.600 0.000 0.396
#> GSM768046 1 0.1888 0.912 0.940 0.016 0.044 0.000
#> GSM768047 2 0.4483 0.969 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM768048 3 0.0592 0.943 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM768049 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 3 0.0188 0.946 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768051 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768052 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0921 0.930 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM768054 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768056 3 0.0336 0.945 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM768057 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768059 3 0.0188 0.946 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768060 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768062 1 0.2699 0.910 0.904 0.028 0.068 0.000
#> GSM768063 4 0.0336 0.934 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768064 3 0.4642 0.764 0.020 0.240 0.740 0.000
#> GSM768065 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768066 3 0.4436 0.787 0.020 0.216 0.764 0.000
#> GSM768067 2 0.5028 0.797 0.004 0.596 0.000 0.400
#> GSM768068 4 0.5955 0.441 0.328 0.024 0.020 0.628
#> GSM768069 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768070 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768071 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768072 3 0.0707 0.943 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768073 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768074 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768075 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768076 3 0.1610 0.925 0.032 0.016 0.952 0.000
#> GSM768077 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768078 1 0.2255 0.913 0.920 0.012 0.068 0.000
#> GSM768079 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768080 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768081 4 0.5623 0.663 0.056 0.020 0.188 0.736
#> GSM768082 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768084 1 0.2255 0.913 0.920 0.012 0.068 0.000
#> GSM768085 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768086 1 0.1637 0.918 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768087 4 0.0817 0.911 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM768088 3 0.1042 0.940 0.008 0.020 0.972 0.000
#> GSM768089 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.0592 0.943 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM768091 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768092 1 0.5279 0.805 0.704 0.252 0.044 0.000
#> GSM768093 2 0.4483 0.969 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM768094 3 0.1182 0.935 0.016 0.016 0.968 0.000
#> GSM768095 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768096 3 0.0469 0.944 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768097 3 0.0469 0.944 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768098 1 0.5339 0.439 0.600 0.016 0.384 0.000
#> GSM768099 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768100 1 0.1970 0.918 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM768101 4 0.0921 0.930 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM768102 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768103 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768104 1 0.2222 0.916 0.924 0.016 0.060 0.000
#> GSM768105 4 0.1256 0.925 0.028 0.008 0.000 0.964
#> GSM768106 1 0.1637 0.918 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768107 4 0.0336 0.934 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768108 1 0.3286 0.891 0.876 0.080 0.044 0.000
#> GSM768109 2 0.4483 0.969 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM768110 1 0.2443 0.918 0.916 0.024 0.060 0.000
#> GSM768111 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768112 1 0.2443 0.918 0.916 0.024 0.060 0.000
#> GSM768113 4 0.1256 0.926 0.028 0.008 0.000 0.964
#> GSM768114 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768116 1 0.2443 0.918 0.916 0.024 0.060 0.000
#> GSM768117 2 0.4406 0.955 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM768118 3 0.5417 0.720 0.056 0.240 0.704 0.000
#> GSM768119 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768120 3 0.1975 0.914 0.048 0.016 0.936 0.000
#> GSM768121 4 0.0336 0.934 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768122 1 0.1637 0.918 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768123 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768124 1 0.1978 0.917 0.928 0.004 0.068 0.000
#> GSM768125 4 0.0592 0.933 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768126 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768128 3 0.0188 0.946 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768129 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768130 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2081 0.872 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.5219 0.809 0.712 0.244 0.044 0.000
#> GSM768133 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768134 3 0.0804 0.943 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM768135 3 0.0469 0.945 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM768136 1 0.5038 0.622 0.684 0.020 0.296 0.000
#> GSM768137 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768138 3 0.0336 0.945 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM768139 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768140 1 0.5219 0.809 0.712 0.244 0.044 0.000
#> GSM768141 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768142 1 0.5249 0.807 0.708 0.248 0.044 0.000
#> GSM768143 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768144 3 0.0927 0.940 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM768145 2 0.4304 0.971 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM768002 3 0.0336 0.945 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2473 0.907 0.908 0.012 0.080 0.000
#> GSM767986 3 0.0336 0.945 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM767999 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM767988 4 0.0817 0.933 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM768058 4 0.1211 0.931 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM767987 4 0.0817 0.933 0.024 0.000 0.000 0.976
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.2060 0.8606 0.012 0.000 0.928 0.024 0.036
#> GSM767977 2 0.0404 0.9222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM767978 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.3366 0.7843 0.004 0.012 0.084 0.860 0.040
#> GSM767980 3 0.1399 0.8720 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> GSM767981 4 0.3620 0.9037 0.000 0.108 0.000 0.824 0.068
#> GSM767982 3 0.3409 0.7573 0.000 0.000 0.824 0.032 0.144
#> GSM767983 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM767984 3 0.5097 0.0182 0.012 0.000 0.496 0.016 0.476
#> GSM767985 4 0.2848 0.9138 0.000 0.104 0.000 0.868 0.028
#> GSM767989 3 0.0451 0.8783 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM767990 2 0.2127 0.9135 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM767991 3 0.4999 0.3736 0.008 0.000 0.616 0.028 0.348
#> GSM767992 2 0.3012 0.8929 0.000 0.852 0.000 0.024 0.124
#> GSM767993 3 0.5209 0.3611 0.008 0.000 0.588 0.036 0.368
#> GSM767994 4 0.2813 0.9084 0.000 0.108 0.000 0.868 0.024
#> GSM767995 1 0.1830 0.7691 0.932 0.000 0.004 0.012 0.052
#> GSM767996 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767997 5 0.5785 -0.0319 0.052 0.000 0.452 0.016 0.480
#> GSM767998 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768000 1 0.1430 0.7687 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> GSM768001 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768003 3 0.1818 0.8688 0.000 0.000 0.932 0.024 0.044
#> GSM768004 2 0.0963 0.9169 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768005 3 0.2661 0.8516 0.000 0.000 0.888 0.056 0.056
#> GSM768006 2 0.2280 0.9118 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM768007 1 0.0727 0.7743 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM768008 1 0.6694 0.0941 0.408 0.000 0.000 0.244 0.348
#> GSM768009 1 0.2599 0.7509 0.904 0.000 0.024 0.028 0.044
#> GSM768010 4 0.3307 0.9089 0.000 0.104 0.000 0.844 0.052
#> GSM768011 1 0.2104 0.7579 0.924 0.000 0.008 0.024 0.044
#> GSM768012 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768013 3 0.2149 0.8596 0.000 0.000 0.916 0.036 0.048
#> GSM768014 4 0.3307 0.9089 0.000 0.104 0.000 0.844 0.052
#> GSM768017 1 0.0451 0.7761 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM768018 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768019 1 0.4881 0.2292 0.520 0.000 0.004 0.016 0.460
#> GSM768020 4 0.3862 0.8967 0.000 0.104 0.000 0.808 0.088
#> GSM768021 1 0.4596 0.1895 0.500 0.000 0.004 0.004 0.492
#> GSM768022 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768023 1 0.1282 0.7704 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM768024 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768015 1 0.4969 0.2117 0.508 0.000 0.004 0.020 0.468
#> GSM768016 2 0.0880 0.9181 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM768025 1 0.2971 0.7385 0.880 0.000 0.016 0.032 0.072
#> GSM768026 4 0.3749 0.9032 0.000 0.104 0.000 0.816 0.080
#> GSM768027 1 0.0324 0.7759 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM768028 2 0.2127 0.9135 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM768029 1 0.0727 0.7743 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM768030 2 0.2230 0.9129 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM768031 1 0.0727 0.7743 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM768032 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768033 3 0.5999 0.1317 0.424 0.000 0.496 0.028 0.052
#> GSM768034 4 0.3620 0.9037 0.000 0.108 0.000 0.824 0.068
#> GSM768035 1 0.4881 0.2292 0.520 0.000 0.004 0.016 0.460
#> GSM768036 4 0.6680 0.4106 0.000 0.296 0.000 0.436 0.268
#> GSM768037 1 0.4886 0.2204 0.512 0.000 0.004 0.016 0.468
#> GSM768038 5 0.6400 0.1590 0.152 0.224 0.000 0.028 0.596
#> GSM768039 3 0.1989 0.8610 0.016 0.000 0.932 0.020 0.032
#> GSM768040 4 0.3631 0.9038 0.000 0.104 0.000 0.824 0.072
#> GSM768041 1 0.0727 0.7743 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM768042 4 0.4901 0.8205 0.000 0.104 0.000 0.712 0.184
#> GSM768044 1 0.0486 0.7763 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM768045 2 0.5156 0.6461 0.000 0.620 0.000 0.060 0.320
#> GSM768046 1 0.1862 0.7584 0.932 0.000 0.004 0.016 0.048
#> GSM768047 2 0.2127 0.8870 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM768048 3 0.1106 0.8742 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM768049 4 0.3682 0.9023 0.000 0.108 0.000 0.820 0.072
#> GSM768050 3 0.0290 0.8804 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768051 4 0.3170 0.9051 0.004 0.104 0.000 0.856 0.036
#> GSM768052 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.5384 0.7975 0.004 0.104 0.000 0.664 0.228
#> GSM768054 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM768056 3 0.0162 0.8796 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768057 4 0.2761 0.9100 0.000 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM768059 3 0.1195 0.8741 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM768060 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768062 1 0.3752 0.7096 0.812 0.000 0.004 0.044 0.140
#> GSM768063 4 0.3090 0.9137 0.000 0.104 0.000 0.856 0.040
#> GSM768064 5 0.5368 -0.1683 0.008 0.000 0.476 0.036 0.480
#> GSM768065 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM768066 3 0.5209 0.3611 0.008 0.000 0.588 0.036 0.368
#> GSM768067 2 0.4946 0.7011 0.000 0.664 0.000 0.060 0.276
#> GSM768068 1 0.6056 0.2844 0.520 0.000 0.000 0.132 0.348
#> GSM768069 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768070 3 0.2278 0.8669 0.000 0.000 0.908 0.032 0.060
#> GSM768071 2 0.1965 0.9165 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM768072 3 0.1626 0.8752 0.000 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM768073 4 0.2761 0.9100 0.000 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM768074 4 0.2761 0.9100 0.000 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM768075 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768076 3 0.4410 0.6718 0.160 0.000 0.776 0.028 0.036
#> GSM768077 2 0.0000 0.9221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2694 0.7461 0.892 0.000 0.008 0.032 0.068
#> GSM768079 2 0.1851 0.9178 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM768080 3 0.1725 0.8750 0.000 0.000 0.936 0.020 0.044
#> GSM768081 4 0.3937 0.7704 0.012 0.016 0.060 0.836 0.076
#> GSM768082 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.1851 0.9178 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM768084 1 0.2694 0.7461 0.892 0.000 0.008 0.032 0.068
#> GSM768085 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM768086 1 0.0324 0.7759 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM768087 4 0.5109 0.8040 0.000 0.132 0.000 0.696 0.172
#> GSM768088 3 0.3067 0.8497 0.016 0.000 0.876 0.040 0.068
#> GSM768089 4 0.3012 0.9129 0.000 0.104 0.000 0.860 0.036
#> GSM768090 3 0.0865 0.8764 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM768091 2 0.0000 0.9221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.4596 -0.2937 0.492 0.000 0.004 0.004 0.500
#> GSM768093 2 0.2966 0.8720 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM768094 3 0.2253 0.8558 0.016 0.000 0.920 0.028 0.036
#> GSM768095 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768096 3 0.0609 0.8782 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM768097 3 0.0609 0.8782 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM768098 1 0.5279 0.4498 0.676 0.000 0.252 0.028 0.044
#> GSM768099 2 0.2179 0.9124 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768100 1 0.1357 0.7704 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM768101 4 0.5940 0.6570 0.004 0.104 0.000 0.544 0.348
#> GSM768102 3 0.2067 0.8633 0.000 0.000 0.920 0.032 0.048
#> GSM768103 2 0.2179 0.9123 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768104 1 0.1518 0.7703 0.944 0.000 0.004 0.004 0.048
#> GSM768105 5 0.6914 -0.3647 0.004 0.284 0.000 0.328 0.384
#> GSM768106 1 0.0613 0.7755 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM768107 4 0.5426 0.7600 0.000 0.108 0.000 0.640 0.252
#> GSM768108 1 0.4004 0.5909 0.748 0.000 0.004 0.016 0.232
#> GSM768109 2 0.2966 0.8720 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM768110 1 0.2037 0.7660 0.920 0.000 0.004 0.012 0.064
#> GSM768111 2 0.2966 0.8730 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM768112 1 0.1970 0.7667 0.924 0.000 0.004 0.012 0.060
#> GSM768113 5 0.7895 -0.2584 0.200 0.092 0.000 0.308 0.400
#> GSM768114 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.3170 0.9051 0.004 0.104 0.000 0.856 0.036
#> GSM768116 1 0.1970 0.7667 0.924 0.000 0.004 0.012 0.060
#> GSM768117 2 0.3612 0.7916 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM768118 5 0.6004 0.0177 0.064 0.000 0.420 0.020 0.496
#> GSM768119 2 0.2929 0.8746 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM768120 3 0.5861 0.4540 0.252 0.000 0.636 0.028 0.084
#> GSM768121 4 0.2848 0.9138 0.000 0.104 0.000 0.868 0.028
#> GSM768122 1 0.0740 0.7752 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM768123 2 0.2127 0.9135 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM768124 1 0.2931 0.7422 0.888 0.000 0.040 0.028 0.044
#> GSM768125 4 0.5205 0.7902 0.000 0.104 0.000 0.672 0.224
#> GSM768126 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.2761 0.9100 0.000 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM768128 3 0.0566 0.8800 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM768129 2 0.1851 0.9178 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM768130 3 0.0162 0.8803 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768131 1 0.4223 0.6004 0.724 0.000 0.000 0.028 0.248
#> GSM768132 1 0.4881 0.2292 0.520 0.000 0.004 0.016 0.460
#> GSM768133 2 0.0404 0.9222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM768134 3 0.2409 0.8632 0.000 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM768135 3 0.2409 0.8632 0.000 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM768136 1 0.5202 0.5142 0.712 0.000 0.196 0.028 0.064
#> GSM768137 2 0.2179 0.9123 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768138 3 0.1195 0.8741 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM768139 4 0.3170 0.9051 0.004 0.104 0.000 0.856 0.036
#> GSM768140 1 0.4452 0.1887 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> GSM768141 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768142 5 0.4451 -0.2954 0.492 0.000 0.004 0.000 0.504
#> GSM768143 2 0.1732 0.9192 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM768144 3 0.2409 0.8533 0.016 0.000 0.912 0.028 0.044
#> GSM768145 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768002 3 0.0162 0.8796 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768061 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.2868 0.7408 0.884 0.000 0.012 0.032 0.072
#> GSM767986 3 0.0162 0.8796 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM767999 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM767988 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM768058 4 0.2761 0.9100 0.000 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM767987 4 0.2074 0.9125 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.3073 0.7989 0.016 0.000 0.824 0.000 0.008 0.152
#> GSM767977 2 0.2969 0.8153 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM767978 3 0.0405 0.8769 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM767979 4 0.3684 0.6978 0.000 0.008 0.036 0.828 0.044 0.084
#> GSM767980 3 0.1549 0.8654 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM767981 4 0.3434 0.8071 0.000 0.052 0.000 0.840 0.056 0.052
#> GSM767982 3 0.4382 0.5969 0.000 0.000 0.724 0.008 0.192 0.076
#> GSM767983 4 0.1434 0.8230 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012 0.000
#> GSM767984 5 0.4691 0.5922 0.004 0.000 0.272 0.008 0.664 0.052
#> GSM767985 4 0.3114 0.8156 0.000 0.048 0.000 0.860 0.052 0.040
#> GSM767989 3 0.0603 0.8757 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM767990 2 0.0260 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767991 5 0.5299 0.4257 0.000 0.000 0.372 0.012 0.540 0.076
#> GSM767992 2 0.3371 0.6633 0.000 0.844 0.000 0.056 0.052 0.048
#> GSM767993 5 0.5669 0.4015 0.000 0.000 0.360 0.016 0.516 0.108
#> GSM767994 4 0.2754 0.8199 0.000 0.048 0.000 0.880 0.048 0.024
#> GSM767995 1 0.2078 0.7995 0.912 0.000 0.004 0.000 0.040 0.044
#> GSM767996 2 0.2996 0.8135 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM767997 5 0.5215 0.6281 0.048 0.000 0.236 0.008 0.664 0.044
#> GSM767998 2 0.2854 0.8161 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM768000 1 0.1716 0.8118 0.932 0.000 0.004 0.000 0.028 0.036
#> GSM768001 2 0.2854 0.8153 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM768003 3 0.1857 0.8618 0.000 0.000 0.924 0.004 0.028 0.044
#> GSM768004 2 0.3583 0.7992 0.004 0.728 0.000 0.000 0.008 0.260
#> GSM768005 3 0.3256 0.8064 0.000 0.000 0.836 0.020 0.032 0.112
#> GSM768006 2 0.1787 0.7822 0.004 0.920 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM768007 1 0.0692 0.8144 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM768008 6 0.6670 0.2291 0.288 0.004 0.000 0.068 0.148 0.492
#> GSM768009 1 0.3111 0.7814 0.820 0.000 0.008 0.000 0.016 0.156
#> GSM768010 4 0.3371 0.8089 0.000 0.048 0.000 0.844 0.056 0.052
#> GSM768011 1 0.2971 0.7857 0.832 0.000 0.004 0.000 0.020 0.144
#> GSM768012 2 0.2969 0.8142 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM768013 3 0.2764 0.8237 0.000 0.000 0.864 0.008 0.028 0.100
#> GSM768014 4 0.3371 0.8089 0.000 0.048 0.000 0.844 0.056 0.052
#> GSM768017 1 0.2261 0.8069 0.884 0.000 0.004 0.000 0.008 0.104
#> GSM768018 2 0.2996 0.8135 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM768019 5 0.3925 0.6354 0.280 0.000 0.004 0.004 0.700 0.012
#> GSM768020 4 0.4123 0.7686 0.000 0.072 0.000 0.792 0.060 0.076
#> GSM768021 5 0.3476 0.6501 0.260 0.000 0.004 0.004 0.732 0.000
#> GSM768022 2 0.3023 0.8132 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM768023 1 0.1401 0.8133 0.948 0.000 0.004 0.000 0.028 0.020
#> GSM768024 2 0.2996 0.8135 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM768015 5 0.4906 0.6264 0.268 0.000 0.004 0.016 0.656 0.056
#> GSM768016 2 0.3656 0.7994 0.004 0.728 0.000 0.000 0.012 0.256
#> GSM768025 1 0.3590 0.7597 0.776 0.000 0.004 0.000 0.032 0.188
#> GSM768026 4 0.4229 0.7826 0.000 0.048 0.000 0.780 0.068 0.104
#> GSM768027 1 0.0653 0.8198 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM768028 2 0.0260 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768029 1 0.0951 0.8123 0.968 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008
#> GSM768030 2 0.1657 0.7856 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> GSM768031 1 0.0951 0.8123 0.968 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008
#> GSM768032 2 0.2941 0.8157 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM768033 3 0.6238 -0.0574 0.396 0.000 0.416 0.000 0.024 0.164
#> GSM768034 4 0.3557 0.8023 0.000 0.056 0.000 0.832 0.056 0.056
#> GSM768035 5 0.3925 0.6354 0.280 0.000 0.004 0.004 0.700 0.012
#> GSM768036 2 0.6835 -0.4175 0.000 0.412 0.000 0.352 0.080 0.156
#> GSM768037 5 0.4330 0.6256 0.276 0.000 0.004 0.008 0.684 0.028
#> GSM768038 5 0.7021 -0.1334 0.056 0.176 0.000 0.016 0.440 0.312
#> GSM768039 3 0.3073 0.7972 0.016 0.000 0.824 0.000 0.008 0.152
#> GSM768040 4 0.3789 0.7915 0.000 0.056 0.000 0.816 0.060 0.068
#> GSM768041 1 0.0951 0.8123 0.968 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008
#> GSM768042 4 0.5962 0.4011 0.000 0.232 0.000 0.596 0.076 0.096
#> GSM768044 1 0.0862 0.8181 0.972 0.000 0.004 0.000 0.016 0.008
#> GSM768045 2 0.5299 0.3096 0.004 0.632 0.000 0.044 0.048 0.272
#> GSM768046 1 0.2932 0.7155 0.840 0.000 0.004 0.000 0.132 0.024
#> GSM768047 2 0.4035 0.7779 0.004 0.680 0.000 0.000 0.020 0.296
#> GSM768048 3 0.1806 0.8501 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM768049 4 0.3942 0.7788 0.000 0.084 0.000 0.804 0.056 0.056
#> GSM768050 3 0.0622 0.8764 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM768051 4 0.3166 0.7874 0.000 0.048 0.000 0.856 0.036 0.060
#> GSM768052 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.6266 0.3428 0.000 0.072 0.000 0.540 0.112 0.276
#> GSM768054 3 0.0146 0.8776 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768055 4 0.1219 0.8221 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.2477 0.8107 0.000 0.048 0.000 0.896 0.024 0.032
#> GSM768059 3 0.1176 0.8709 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM768060 2 0.2823 0.8155 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM768062 1 0.5503 0.5830 0.604 0.000 0.004 0.016 0.108 0.268
#> GSM768063 4 0.3166 0.8224 0.000 0.048 0.000 0.856 0.036 0.060
#> GSM768064 5 0.5350 0.5605 0.000 0.000 0.264 0.016 0.612 0.108
#> GSM768065 4 0.1364 0.8233 0.000 0.048 0.000 0.944 0.004 0.004
#> GSM768066 5 0.5669 0.4015 0.000 0.000 0.360 0.016 0.516 0.108
#> GSM768067 2 0.4903 0.4423 0.000 0.688 0.000 0.040 0.056 0.216
#> GSM768068 1 0.5688 0.0994 0.432 0.000 0.000 0.004 0.136 0.428
#> GSM768069 2 0.2823 0.8155 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM768070 3 0.3172 0.8232 0.000 0.000 0.816 0.000 0.036 0.148
#> GSM768071 2 0.0405 0.7972 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM768072 3 0.1464 0.8769 0.000 0.000 0.944 0.004 0.016 0.036
#> GSM768073 4 0.2477 0.8107 0.000 0.048 0.000 0.896 0.024 0.032
#> GSM768074 4 0.2477 0.8107 0.000 0.048 0.000 0.896 0.024 0.032
#> GSM768075 2 0.2823 0.8155 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM768076 3 0.4946 0.5995 0.152 0.000 0.676 0.000 0.008 0.164
#> GSM768077 2 0.2912 0.8148 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM768078 1 0.3485 0.7646 0.784 0.000 0.004 0.000 0.028 0.184
#> GSM768079 2 0.0146 0.8020 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768080 3 0.1492 0.8739 0.000 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036
#> GSM768081 4 0.4186 0.6208 0.000 0.012 0.012 0.772 0.056 0.148
#> GSM768082 3 0.0146 0.8776 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.0363 0.8007 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768084 1 0.3485 0.7646 0.784 0.000 0.004 0.000 0.028 0.184
#> GSM768085 4 0.1760 0.8184 0.000 0.048 0.000 0.928 0.020 0.004
#> GSM768086 1 0.2062 0.8117 0.900 0.000 0.004 0.000 0.008 0.088
#> GSM768087 4 0.5779 0.3941 0.000 0.260 0.000 0.596 0.060 0.084
#> GSM768088 3 0.3927 0.7777 0.012 0.000 0.756 0.000 0.036 0.196
#> GSM768089 4 0.3106 0.8160 0.000 0.048 0.000 0.860 0.056 0.036
#> GSM768090 3 0.1152 0.8723 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM768091 2 0.2912 0.8148 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM768092 5 0.3950 0.6464 0.264 0.000 0.004 0.000 0.708 0.024
#> GSM768093 2 0.2747 0.7333 0.004 0.860 0.000 0.000 0.028 0.108
#> GSM768094 3 0.3073 0.7953 0.016 0.000 0.824 0.000 0.008 0.152
#> GSM768095 2 0.2941 0.8146 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM768096 3 0.0922 0.8765 0.000 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024
#> GSM768097 3 0.0922 0.8765 0.000 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024
#> GSM768098 1 0.5587 0.5077 0.600 0.000 0.224 0.000 0.016 0.160
#> GSM768099 2 0.0806 0.7914 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM768100 1 0.1485 0.8172 0.944 0.000 0.004 0.000 0.024 0.028
#> GSM768101 6 0.7172 0.4358 0.000 0.152 0.000 0.320 0.132 0.396
#> GSM768102 3 0.2364 0.8434 0.000 0.000 0.892 0.004 0.032 0.072
#> GSM768103 2 0.0820 0.7903 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM768104 1 0.2344 0.8151 0.892 0.000 0.004 0.000 0.028 0.076
#> GSM768105 6 0.7353 0.5750 0.004 0.252 0.000 0.204 0.124 0.416
#> GSM768106 1 0.1036 0.8186 0.964 0.000 0.004 0.000 0.008 0.024
#> GSM768107 4 0.6380 0.2688 0.000 0.248 0.000 0.540 0.072 0.140
#> GSM768108 1 0.4610 0.3253 0.632 0.000 0.004 0.008 0.324 0.032
#> GSM768109 2 0.2747 0.7327 0.004 0.860 0.000 0.000 0.028 0.108
#> GSM768110 1 0.2676 0.7907 0.880 0.000 0.004 0.004 0.056 0.056
#> GSM768111 2 0.2288 0.7498 0.004 0.896 0.000 0.000 0.028 0.072
#> GSM768112 1 0.2290 0.7977 0.904 0.000 0.004 0.004 0.044 0.044
#> GSM768113 6 0.8144 0.6365 0.092 0.140 0.000 0.212 0.136 0.420
#> GSM768114 3 0.0260 0.8773 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768115 4 0.3166 0.7874 0.000 0.048 0.000 0.856 0.036 0.060
#> GSM768116 1 0.2290 0.7977 0.904 0.000 0.004 0.004 0.044 0.044
#> GSM768117 2 0.3646 0.6059 0.000 0.776 0.000 0.000 0.052 0.172
#> GSM768118 5 0.4961 0.6094 0.016 0.000 0.248 0.008 0.668 0.060
#> GSM768119 2 0.2476 0.7451 0.004 0.880 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM768120 3 0.6845 0.2452 0.248 0.000 0.452 0.000 0.068 0.232
#> GSM768121 4 0.3243 0.8128 0.000 0.048 0.000 0.852 0.056 0.044
#> GSM768122 1 0.1674 0.8185 0.924 0.000 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM768123 2 0.0405 0.7965 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM768124 1 0.3939 0.7576 0.776 0.000 0.044 0.000 0.020 0.160
#> GSM768125 4 0.6297 0.3230 0.000 0.216 0.000 0.560 0.068 0.156
#> GSM768126 3 0.0622 0.8771 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM768127 4 0.2477 0.8107 0.000 0.048 0.000 0.896 0.024 0.032
#> GSM768128 3 0.1092 0.8741 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM768129 2 0.0363 0.8037 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768130 3 0.0806 0.8798 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM768131 1 0.6046 0.2144 0.500 0.000 0.000 0.016 0.180 0.304
#> GSM768132 5 0.3925 0.6354 0.280 0.000 0.004 0.004 0.700 0.012
#> GSM768133 2 0.3248 0.8136 0.004 0.768 0.000 0.000 0.004 0.224
#> GSM768134 3 0.3275 0.8225 0.004 0.000 0.816 0.000 0.036 0.144
#> GSM768135 3 0.3134 0.8248 0.000 0.000 0.820 0.000 0.036 0.144
#> GSM768136 1 0.4786 0.6844 0.716 0.000 0.096 0.000 0.028 0.160
#> GSM768137 2 0.0909 0.7883 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM768138 3 0.1176 0.8709 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM768139 4 0.3166 0.7874 0.000 0.048 0.000 0.856 0.036 0.060
#> GSM768140 5 0.3360 0.6486 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732 0.000
#> GSM768141 2 0.2912 0.8153 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM768142 5 0.3360 0.6486 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732 0.000
#> GSM768143 2 0.0363 0.8037 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768144 3 0.3147 0.7922 0.008 0.000 0.816 0.000 0.016 0.160
#> GSM768145 2 0.2823 0.8155 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM768002 3 0.0291 0.8776 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM768061 3 0.0260 0.8773 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768043 1 0.3699 0.7568 0.772 0.000 0.008 0.000 0.032 0.188
#> GSM767986 3 0.0405 0.8769 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM767999 4 0.1219 0.8227 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM767988 4 0.2058 0.8157 0.000 0.048 0.000 0.916 0.024 0.012
#> GSM768058 4 0.2477 0.8107 0.000 0.048 0.000 0.896 0.024 0.032
#> GSM767987 4 0.2058 0.8157 0.000 0.048 0.000 0.916 0.024 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:kmeans 169 1.000 1.39e-33 1.000 1.000 2
#> MAD:kmeans 162 1.000 2.20e-33 0.996 0.981 3
#> MAD:kmeans 167 0.999 1.22e-32 0.840 0.991 4
#> MAD:kmeans 145 0.990 6.89e-28 0.537 0.921 5
#> MAD:kmeans 151 0.953 2.23e-28 0.129 0.533 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.5034 0.497 0.497
#> 3 3 0.994 0.960 0.983 0.2662 0.847 0.697
#> 4 4 0.988 0.967 0.984 0.1754 0.871 0.653
#> 5 5 0.914 0.877 0.930 0.0473 0.931 0.739
#> 6 6 0.871 0.779 0.883 0.0283 0.998 0.991
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.671 0.787 0.176 0.824
#> GSM768009 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.469 0.888 0.100 0.900
#> GSM768069 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.886 0.562 0.696 0.304
#> GSM768132 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.4883 0.712 0.004 0.208 0.788
#> GSM767980 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767981 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767982 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767983 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767984 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767985 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767994 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767995 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM767996 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768001 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768008 2 0.6148 0.435 0.004 0.640 0.356
#> GSM768009 1 0.4399 0.770 0.812 0.000 0.188
#> GSM768010 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768011 1 0.1031 0.957 0.976 0.000 0.024
#> GSM768012 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768014 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768017 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768020 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768021 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768016 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3686 0.834 0.860 0.000 0.140
#> GSM768026 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768027 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768028 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768034 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768035 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768038 1 0.6111 0.336 0.604 0.396 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768041 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768042 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768044 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768047 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768055 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768059 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1031 0.957 0.976 0.000 0.024
#> GSM768063 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768064 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768065 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768066 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.6111 0.331 0.396 0.604 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768074 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768079 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768081 3 0.5201 0.673 0.004 0.236 0.760
#> GSM768082 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768085 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768086 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768087 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768089 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768093 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 3 0.4887 0.693 0.228 0.000 0.772
#> GSM768099 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768105 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768107 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768108 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768113 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768116 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0747 0.963 0.016 0.000 0.984
#> GSM768119 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768121 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768122 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768123 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> GSM768125 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768127 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768131 1 0.0237 0.968 0.996 0.004 0.000
#> GSM768132 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768133 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768136 3 0.5138 0.652 0.252 0.000 0.748
#> GSM768137 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768139 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768140 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM768143 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> GSM767986 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767988 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM768058 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> GSM767987 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767980 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767981 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767982 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767983 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767984 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767985 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767989 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767992 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767993 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767994 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767995 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767998 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 4 0.4488 0.827 0.008 0.096 0.076 0.820
#> GSM768009 1 0.3726 0.743 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768010 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768011 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768014 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768017 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768020 4 0.0336 0.968 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768021 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768022 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768016 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.3024 0.832 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768026 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768027 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768035 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768036 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768038 2 0.1978 0.921 0.068 0.928 0.000 0.004
#> GSM768039 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768041 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 4 0.4477 0.576 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM768044 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768047 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768049 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768050 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768052 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768054 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768056 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768059 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.1792 0.919 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768063 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768064 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768065 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768066 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768067 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 2 0.3052 0.840 0.136 0.860 0.000 0.004
#> GSM768069 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768073 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768074 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0707 0.964 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768082 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768085 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768086 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.2760 0.853 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM768088 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768090 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768093 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 3 0.3649 0.741 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.3444 0.770 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768102 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 4 0.4697 0.477 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM768108 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768109 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768116 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.1004 0.965 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM768119 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768121 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768122 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0469 0.972 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768125 4 0.0817 0.954 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM768126 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768128 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768132 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768133 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768136 3 0.3688 0.735 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768140 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768141 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768143 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.3688 0.750 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767988 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768058 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767987 4 0.0188 0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.1106 0.9495 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> GSM767977 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM767980 3 0.0703 0.9610 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM767981 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM767982 3 0.0703 0.9564 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM767983 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 5 0.3398 0.7306 0.004 0.000 0.216 0.000 0.780
#> GSM767985 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM767989 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.3857 0.6390 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM767992 2 0.1485 0.9250 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM767993 5 0.3707 0.6476 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM767994 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM767995 1 0.0880 0.8382 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM767996 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.3264 0.7497 0.016 0.000 0.164 0.000 0.820
#> GSM767998 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0510 0.8397 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768001 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0880 0.9585 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM768004 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2020 0.8997 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM768006 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0510 0.8446 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768008 1 0.8319 0.0827 0.388 0.076 0.068 0.372 0.096
#> GSM768009 1 0.4555 0.6326 0.732 0.000 0.200 0.000 0.068
#> GSM768010 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768011 1 0.2554 0.8191 0.892 0.000 0.036 0.000 0.072
#> GSM768012 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1270 0.9468 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768014 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768017 1 0.1544 0.8388 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM768018 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.2966 0.7565 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM768020 4 0.1386 0.9478 0.000 0.016 0.000 0.952 0.032
#> GSM768021 5 0.2773 0.7664 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM768022 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0510 0.8413 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768024 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.2690 0.7666 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM768016 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.4010 0.7432 0.796 0.000 0.088 0.000 0.116
#> GSM768026 4 0.0794 0.9596 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM768027 1 0.0880 0.8444 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM768028 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0963 0.8443 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768030 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.1197 0.8429 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM768032 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0865 0.9561 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM768034 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768035 5 0.2929 0.7590 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM768036 2 0.1485 0.9250 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM768037 5 0.2966 0.7565 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM768038 5 0.4747 0.4647 0.032 0.332 0.000 0.000 0.636
#> GSM768039 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768041 1 0.0880 0.8453 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM768042 2 0.4949 0.2805 0.000 0.572 0.000 0.396 0.032
#> GSM768044 1 0.1341 0.8424 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM768045 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.2732 0.7643 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM768047 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0290 0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768049 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768050 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768052 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0794 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM768054 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0404 0.9625 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768056 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768059 3 0.0794 0.9588 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768060 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.4770 0.5372 0.320 0.000 0.036 0.000 0.644
#> GSM768063 4 0.0404 0.9617 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768064 5 0.3039 0.7298 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM768065 4 0.0404 0.9625 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768066 5 0.3730 0.6414 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM768067 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.3812 0.7072 0.812 0.092 0.000 0.000 0.096
#> GSM768069 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.1043 0.9558 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM768071 2 0.0162 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768072 3 0.0794 0.9588 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768073 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768074 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768075 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.1117 0.9469 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> GSM768077 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3196 0.7617 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> GSM768079 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0794 0.9588 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768081 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768082 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.2966 0.7716 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM768085 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768086 1 0.1270 0.8423 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM768087 4 0.4808 0.4263 0.000 0.348 0.000 0.620 0.032
#> GSM768088 3 0.1197 0.9508 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM768089 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768090 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.2605 0.7673 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> GSM768093 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0671 0.9577 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM768095 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 3 0.3983 0.7115 0.164 0.000 0.784 0.000 0.052
#> GSM768099 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0162 0.8426 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768101 2 0.4215 0.7164 0.000 0.768 0.000 0.168 0.064
#> GSM768102 3 0.1270 0.9468 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768103 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0290 0.8429 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768105 2 0.0963 0.9424 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768106 1 0.1043 0.8439 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM768107 2 0.4996 0.2084 0.000 0.548 0.000 0.420 0.032
#> GSM768108 1 0.3913 0.4991 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM768109 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.2966 0.7089 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM768111 2 0.0162 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768112 1 0.0963 0.8369 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768113 2 0.1331 0.9329 0.008 0.952 0.000 0.000 0.040
#> GSM768114 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768116 1 0.0880 0.8381 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM768117 2 0.0162 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768118 5 0.3535 0.7487 0.028 0.000 0.164 0.000 0.808
#> GSM768119 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0671 0.9631 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM768121 4 0.0880 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM768122 1 0.1121 0.8432 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM768123 2 0.0162 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768124 1 0.5787 0.4688 0.608 0.000 0.240 0.000 0.152
#> GSM768125 4 0.2344 0.8936 0.000 0.064 0.000 0.904 0.032
#> GSM768126 3 0.0162 0.9650 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768127 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768128 3 0.0510 0.9628 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768129 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.4219 0.2360 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM768132 5 0.2966 0.7565 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM768133 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.1430 0.9482 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> GSM768135 3 0.1270 0.9505 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM768136 3 0.5282 0.5019 0.268 0.000 0.644 0.000 0.088
#> GSM768137 2 0.0162 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768138 3 0.0794 0.9588 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768139 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768140 5 0.2648 0.7682 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM768141 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.2648 0.7682 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM768143 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.5541 0.5547 0.648 0.000 0.188 0.000 0.164
#> GSM767986 3 0.0000 0.9653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0290 0.9626 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM767988 4 0.0510 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768058 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM767987 4 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.2932 0.81871 0.004 0.000 0.836 0.000 0.020 0.140
#> GSM767977 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM767979 4 0.0363 0.81363 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM767980 3 0.1563 0.90573 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> GSM767981 4 0.3076 0.78597 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM767982 3 0.1865 0.89745 0.000 0.000 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM767983 4 0.1910 0.82213 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM767984 5 0.1908 0.80765 0.000 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> GSM767985 4 0.3023 0.79096 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM767989 3 0.0363 0.91002 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM767990 2 0.0865 0.91317 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM767991 5 0.2489 0.77928 0.000 0.000 0.128 0.000 0.860 0.012
#> GSM767992 2 0.3309 0.61636 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> GSM767993 5 0.3396 0.73230 0.000 0.000 0.116 0.000 0.812 0.072
#> GSM767994 4 0.2996 0.79290 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM767995 1 0.1867 0.73221 0.916 0.000 0.000 0.000 0.020 0.064
#> GSM767996 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.1787 0.81916 0.004 0.000 0.068 0.000 0.920 0.008
#> GSM767998 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2214 0.71733 0.888 0.000 0.000 0.000 0.016 0.096
#> GSM768001 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1867 0.90017 0.000 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> GSM768004 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768005 3 0.3125 0.84180 0.000 0.000 0.836 0.000 0.080 0.084
#> GSM768006 2 0.0146 0.91623 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768007 1 0.0993 0.75429 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> GSM768008 6 0.6584 0.00000 0.180 0.044 0.032 0.104 0.024 0.616
#> GSM768009 1 0.5727 0.40433 0.616 0.000 0.164 0.000 0.036 0.184
#> GSM768010 4 0.3050 0.78876 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM768011 1 0.4486 0.60277 0.728 0.000 0.032 0.000 0.048 0.192
#> GSM768012 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2554 0.87725 0.000 0.000 0.876 0.000 0.048 0.076
#> GSM768014 4 0.3050 0.78876 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM768017 1 0.2474 0.73310 0.880 0.000 0.000 0.000 0.040 0.080
#> GSM768018 2 0.0146 0.91623 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768019 5 0.1918 0.83289 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM768020 4 0.3629 0.75053 0.000 0.016 0.000 0.724 0.000 0.260
#> GSM768021 5 0.1444 0.84050 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM768022 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768023 1 0.1549 0.74406 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM768024 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.1757 0.83895 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> GSM768016 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768025 1 0.5765 0.45334 0.612 0.000 0.076 0.000 0.076 0.236
#> GSM768026 4 0.2969 0.79506 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM768027 1 0.0622 0.75497 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768028 2 0.0865 0.91271 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768029 1 0.0458 0.75465 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM768030 2 0.0865 0.91412 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768031 1 0.0806 0.75571 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM768032 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.2604 0.84993 0.008 0.000 0.872 0.000 0.020 0.100
#> GSM768034 4 0.3126 0.77963 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM768035 5 0.1918 0.83289 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM768036 2 0.3330 0.61299 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM768037 5 0.1866 0.83235 0.084 0.000 0.000 0.000 0.908 0.008
#> GSM768038 5 0.6036 0.26960 0.024 0.232 0.000 0.000 0.544 0.200
#> GSM768039 3 0.0458 0.91044 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM768040 4 0.3101 0.78292 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM768041 1 0.0458 0.75465 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM768042 2 0.5847 0.03021 0.000 0.484 0.000 0.232 0.000 0.284
#> GSM768044 1 0.1003 0.75602 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM768045 2 0.1141 0.90982 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM768046 1 0.2581 0.69869 0.860 0.000 0.000 0.000 0.120 0.020
#> GSM768047 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768048 3 0.1333 0.89512 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM768049 4 0.3221 0.76395 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM768050 3 0.0547 0.91202 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768051 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768053 4 0.2823 0.77905 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM768054 3 0.0146 0.91046 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768055 4 0.0632 0.82468 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768056 3 0.0146 0.91046 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768057 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.1682 0.90019 0.000 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052
#> GSM768060 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 5 0.6105 0.37150 0.276 0.000 0.048 0.000 0.548 0.128
#> GSM768063 4 0.2300 0.81638 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM768064 5 0.2852 0.77754 0.000 0.000 0.080 0.000 0.856 0.064
#> GSM768065 4 0.0865 0.82595 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM768066 5 0.3426 0.72485 0.000 0.000 0.124 0.000 0.808 0.068
#> GSM768067 2 0.0937 0.91190 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM768068 1 0.4794 0.48350 0.676 0.040 0.000 0.000 0.036 0.248
#> GSM768069 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3284 0.83000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.032 0.168
#> GSM768071 2 0.1075 0.90839 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM768072 3 0.1594 0.90528 0.000 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM768073 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.3300 0.80106 0.012 0.000 0.816 0.000 0.024 0.148
#> GSM768077 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.5423 0.48040 0.612 0.000 0.012 0.000 0.144 0.232
#> GSM768079 2 0.0865 0.91271 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768080 3 0.1682 0.90098 0.000 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052
#> GSM768081 4 0.0458 0.81024 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768082 3 0.0146 0.91046 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768083 2 0.1007 0.91000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM768084 1 0.5308 0.49438 0.620 0.000 0.008 0.000 0.144 0.228
#> GSM768085 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.2060 0.73560 0.900 0.000 0.000 0.000 0.016 0.084
#> GSM768087 4 0.6065 0.00366 0.000 0.316 0.000 0.404 0.000 0.280
#> GSM768088 3 0.2558 0.87506 0.000 0.000 0.868 0.000 0.028 0.104
#> GSM768089 4 0.3050 0.78876 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM768090 3 0.0146 0.91109 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768091 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.1204 0.83877 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM768093 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768094 3 0.2703 0.83541 0.008 0.000 0.860 0.000 0.016 0.116
#> GSM768095 2 0.0000 0.91706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768097 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768098 3 0.5283 0.54503 0.152 0.000 0.660 0.000 0.024 0.164
#> GSM768099 2 0.0937 0.91177 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM768100 1 0.1049 0.75295 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM768101 2 0.5345 0.19600 0.000 0.520 0.000 0.116 0.000 0.364
#> GSM768102 3 0.2474 0.87957 0.000 0.000 0.880 0.000 0.040 0.080
#> GSM768103 2 0.1075 0.90849 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM768104 1 0.0891 0.75434 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM768105 2 0.3512 0.66231 0.000 0.720 0.000 0.000 0.008 0.272
#> GSM768106 1 0.1779 0.74174 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 0.064
#> GSM768107 2 0.6069 -0.18849 0.000 0.404 0.000 0.288 0.000 0.308
#> GSM768108 1 0.4281 0.54211 0.708 0.000 0.000 0.000 0.220 0.072
#> GSM768109 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768110 1 0.4174 0.58535 0.736 0.000 0.000 0.000 0.172 0.092
#> GSM768111 2 0.1267 0.90452 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM768112 1 0.2527 0.70033 0.868 0.000 0.000 0.000 0.024 0.108
#> GSM768113 2 0.4141 0.43553 0.000 0.596 0.000 0.000 0.016 0.388
#> GSM768114 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768115 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.2527 0.70033 0.868 0.000 0.000 0.000 0.024 0.108
#> GSM768117 2 0.1141 0.90645 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM768118 5 0.2094 0.82201 0.016 0.000 0.068 0.000 0.908 0.008
#> GSM768119 2 0.0937 0.91361 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM768120 3 0.1845 0.90167 0.004 0.000 0.916 0.000 0.008 0.072
#> GSM768121 4 0.3050 0.78876 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM768122 1 0.2480 0.71667 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024 0.104
#> GSM768123 2 0.1141 0.90645 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM768124 1 0.7113 0.20732 0.468 0.000 0.192 0.000 0.176 0.164
#> GSM768125 4 0.4493 0.61513 0.000 0.052 0.000 0.636 0.000 0.312
#> GSM768126 3 0.0692 0.91178 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM768127 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.1151 0.90896 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM768129 2 0.0937 0.91150 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM768130 3 0.0777 0.91213 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM768131 1 0.5561 0.21197 0.528 0.000 0.000 0.000 0.164 0.308
#> GSM768132 5 0.1918 0.83289 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM768133 2 0.0260 0.91525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768134 3 0.3860 0.78375 0.008 0.000 0.756 0.000 0.036 0.200
#> GSM768135 3 0.3691 0.79711 0.004 0.000 0.768 0.000 0.036 0.192
#> GSM768136 3 0.6549 0.17881 0.276 0.000 0.464 0.000 0.040 0.220
#> GSM768137 2 0.1075 0.90849 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM768138 3 0.1594 0.90150 0.000 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM768139 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.1327 0.84105 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM768141 2 0.0146 0.91641 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768142 5 0.1327 0.84105 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM768143 2 0.0865 0.91271 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768144 3 0.0458 0.91215 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM768145 2 0.0547 0.91582 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM768002 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768061 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768043 1 0.6504 0.34405 0.532 0.000 0.084 0.000 0.144 0.240
#> GSM767986 3 0.0260 0.91013 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM767999 4 0.0937 0.82609 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM767988 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.82144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:skmeans 170 1.000 8.39e-34 1.0000 1.000 2
#> MAD:skmeans 167 1.000 4.33e-32 0.9902 0.963 3
#> MAD:skmeans 169 0.999 3.16e-32 0.9081 0.987 4
#> MAD:skmeans 162 0.986 1.58e-31 0.0246 0.953 5
#> MAD:skmeans 153 0.949 1.33e-29 0.0240 0.860 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.5034 0.497 0.497
#> 3 3 0.994 0.961 0.984 0.2321 0.867 0.735
#> 4 4 0.946 0.937 0.972 0.1964 0.862 0.643
#> 5 5 0.894 0.881 0.943 0.0511 0.937 0.768
#> 6 6 0.832 0.748 0.858 0.0409 0.978 0.905
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM768082 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> GSM768117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.9815 0.276 0.580 0.420
#> GSM768132 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 3 0.1289 0.932 0.000 0.032 0.968
#> GSM767982 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767985 3 0.0237 0.953 0.000 0.004 0.996
#> GSM767989 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767992 2 0.3551 0.835 0.000 0.868 0.132
#> GSM767993 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.4062 0.792 0.000 0.836 0.164
#> GSM768009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 3 0.1031 0.938 0.000 0.024 0.976
#> GSM768011 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768014 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 3 0.6305 0.128 0.000 0.484 0.516
#> GSM768021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.3038 0.868 0.000 0.896 0.104
#> GSM768027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 3 0.3192 0.853 0.000 0.112 0.888
#> GSM768035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768049 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 3 0.5678 0.555 0.000 0.316 0.684
#> GSM768054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768063 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768065 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.4702 0.722 0.000 0.788 0.212
#> GSM768069 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768073 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768074 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768081 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768085 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 3 0.5859 0.513 0.000 0.344 0.656
#> GSM768088 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768089 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.4702 0.722 0.000 0.788 0.212
#> GSM768102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0424 0.991 0.992 0.008 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768116 2 0.6260 0.195 0.448 0.552 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768121 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 2 0.2261 0.910 0.000 0.932 0.068
#> GSM768126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768139 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM768058 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
#> GSM767987 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767981 4 0.0817 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM767982 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767983 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767984 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767985 4 0.0188 0.949 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM767989 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.3074 0.820 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM767993 3 0.0469 0.977 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767994 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0817 0.967 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.4645 0.808 0.056 0.820 0.024 0.100
#> GSM768009 3 0.2814 0.855 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM768010 4 0.0592 0.940 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768011 3 0.2216 0.902 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768020 4 0.4948 0.274 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM768021 1 0.0336 0.932 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.2647 0.860 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM768027 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.3649 0.753 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM768034 4 0.2647 0.843 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM768035 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.0707 0.971 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768040 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768049 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.4697 0.480 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM768054 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768059 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768063 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768064 3 0.0336 0.980 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768065 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768066 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.5021 0.732 0.780 0.116 0.004 0.100
#> GSM768069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768073 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0817 0.967 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3123 0.820 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.2149 0.879 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM768085 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.4543 0.557 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM768088 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 3 0.2345 0.892 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0188 0.982 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.4585 0.567 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.2704 0.855 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM768102 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.1022 0.918 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 1 0.4406 0.627 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM768121 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0336 0.933 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2814 0.840 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM768125 2 0.1792 0.923 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM768126 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.2149 0.878 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768135 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.4164 0.679 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.4994 0.156 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 3 0.1792 0.926 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0469 0.977 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0336 0.933 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767986 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.2104 0.9164 0.024 0.000 0.916 0.000 0.060
#> GSM767977 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767979 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0510 0.9201 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM767981 4 0.0703 0.9210 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM767982 3 0.2074 0.8788 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM767983 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 5 0.1478 0.8839 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM767985 4 0.0162 0.9405 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767989 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767990 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4242 0.4203 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM767992 2 0.2561 0.8220 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM767993 5 0.0880 0.8940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM767994 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0963 0.8976 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM767998 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1792 0.9189 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM768004 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.3857 0.8445 0.084 0.000 0.808 0.000 0.108
#> GSM768006 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.5383 0.1879 0.408 0.540 0.004 0.048 0.000
#> GSM768009 1 0.2795 0.8125 0.872 0.000 0.028 0.000 0.100
#> GSM768010 4 0.0510 0.9293 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768011 1 0.2900 0.8060 0.864 0.000 0.028 0.000 0.108
#> GSM768012 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.2074 0.9137 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768014 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.2280 0.8631 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM768020 4 0.4219 0.3412 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM768021 5 0.2280 0.8631 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM768022 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.4304 -0.1105 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM768016 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.2179 0.8608 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.3019 0.8091 0.864 0.000 0.048 0.000 0.088
#> GSM768034 4 0.2280 0.8082 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM768035 5 0.2280 0.8631 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM768036 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.2280 0.8631 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM768038 2 0.0290 0.9735 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768039 1 0.5641 0.1069 0.488 0.000 0.436 0.000 0.076
#> GSM768040 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.2074 0.7913 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM768047 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.1851 0.9169 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM768049 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0510 0.9201 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768051 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768053 4 0.4030 0.4910 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM768054 3 0.0510 0.9221 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768055 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768057 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0404 0.9219 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768060 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768063 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 5 0.0290 0.9030 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768065 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 3 0.3774 0.7092 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM768067 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.2067 0.8268 0.920 0.032 0.000 0.048 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2179 0.9110 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM768071 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768073 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.4761 0.4904 0.616 0.000 0.356 0.000 0.028
#> GSM768077 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.2669 0.8127 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> GSM768079 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.1732 0.9190 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM768081 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768083 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.2573 0.8150 0.880 0.000 0.016 0.000 0.104
#> GSM768085 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.3796 0.5719 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM768088 3 0.3558 0.8635 0.064 0.000 0.828 0.000 0.108
#> GSM768089 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.1671 0.9209 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768091 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0404 0.9022 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768093 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.1168 0.9081 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> GSM768095 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768097 3 0.0404 0.9215 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768098 1 0.4609 0.6741 0.744 0.000 0.152 0.000 0.104
#> GSM768099 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.2074 0.8705 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM768102 3 0.2074 0.9123 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768103 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.4262 0.3128 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> GSM768109 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768114 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768115 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.0510 0.9009 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768119 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768120 1 0.5929 0.0235 0.464 0.000 0.432 0.000 0.104
#> GSM768121 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.2408 0.8235 0.892 0.000 0.016 0.000 0.092
#> GSM768125 2 0.1544 0.9134 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768126 3 0.2020 0.9132 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM768127 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.2074 0.9123 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768129 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.2074 0.9123 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768131 1 0.2891 0.6600 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 5 0.0579 0.9032 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM768133 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.2233 0.9110 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> GSM768135 3 0.2074 0.9123 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768136 1 0.2932 0.8039 0.864 0.000 0.032 0.000 0.104
#> GSM768137 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.2074 0.9123 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768139 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0579 0.9032 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM768141 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0290 0.9022 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM768143 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.3992 0.8050 0.124 0.000 0.796 0.000 0.080
#> GSM768145 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0510 0.9201 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768061 3 0.0290 0.9210 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768043 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767986 3 0.0510 0.9201 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM767999 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.4450 0.3071 0.012 0.000 0.592 0.000 0.016 0.380
#> GSM767977 2 0.2135 0.8587 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM767978 3 0.0260 0.7300 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0717 0.7313 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM767981 4 0.0891 0.9220 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> GSM767982 3 0.2609 0.7102 0.000 0.000 0.868 0.000 0.096 0.036
#> GSM767983 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0363 0.9294 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767985 4 0.0146 0.9453 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0260 0.7300 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767990 2 0.2527 0.8556 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM767991 3 0.3907 0.3908 0.000 0.000 0.588 0.000 0.408 0.004
#> GSM767992 2 0.3361 0.8316 0.000 0.816 0.000 0.076 0.000 0.108
#> GSM767993 5 0.4057 0.3825 0.000 0.000 0.012 0.000 0.600 0.388
#> GSM767994 4 0.0260 0.9430 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767995 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.3390 0.7975 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM767997 5 0.0363 0.9294 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767998 2 0.3563 0.7840 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM768000 1 0.3151 0.4459 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM768001 2 0.3578 0.7829 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM768003 3 0.4250 0.2829 0.000 0.000 0.528 0.000 0.016 0.456
#> GSM768004 2 0.0146 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768005 3 0.4110 0.6136 0.000 0.000 0.608 0.000 0.016 0.376
#> GSM768006 2 0.1075 0.8772 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM768007 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.6429 0.1111 0.200 0.504 0.000 0.044 0.000 0.252
#> GSM768009 6 0.4535 0.6566 0.424 0.000 0.016 0.000 0.012 0.548
#> GSM768010 4 0.0717 0.9300 0.000 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM768011 6 0.4395 0.7174 0.360 0.000 0.012 0.000 0.016 0.612
#> GSM768012 2 0.2300 0.8531 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM768013 3 0.3984 0.6518 0.000 0.000 0.648 0.000 0.016 0.336
#> GSM768014 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.1863 0.6919 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM768018 2 0.3351 0.8021 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM768019 5 0.0713 0.9303 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM768020 4 0.4384 0.4109 0.000 0.348 0.000 0.616 0.000 0.036
#> GSM768021 5 0.0713 0.9303 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM768022 2 0.2300 0.8531 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM768023 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.3126 0.8227 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM768015 1 0.3823 0.2136 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM768016 2 0.0146 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768025 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.1075 0.8579 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0146 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0146 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768033 1 0.5513 -0.4963 0.480 0.000 0.068 0.000 0.024 0.428
#> GSM768034 4 0.2843 0.7918 0.000 0.116 0.000 0.848 0.000 0.036
#> GSM768035 5 0.0713 0.9303 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM768036 2 0.0260 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768037 5 0.0713 0.9303 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768039 6 0.6467 0.5073 0.260 0.000 0.316 0.000 0.020 0.404
#> GSM768040 4 0.0713 0.9279 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768041 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.1204 0.7357 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.3883 0.6490 0.000 0.000 0.656 0.000 0.012 0.332
#> GSM768049 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.1088 0.7277 0.000 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM768051 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0891 0.7293 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM768053 4 0.3390 0.5702 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.1320 0.7292 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM768055 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0260 0.7300 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768057 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.1398 0.7302 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM768060 2 0.3578 0.7829 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM768062 1 0.2092 0.6667 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM768063 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.1806 0.8617 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM768065 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768066 3 0.5301 0.5928 0.000 0.000 0.568 0.000 0.132 0.300
#> GSM768067 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.5012 0.2277 0.640 0.032 0.000 0.048 0.000 0.280
#> GSM768069 2 0.3578 0.7829 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM768070 3 0.4261 0.5949 0.000 0.000 0.572 0.000 0.020 0.408
#> GSM768071 2 0.2762 0.8376 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM768072 3 0.1563 0.7307 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> GSM768073 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768075 2 0.3578 0.7829 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM768076 3 0.6479 -0.4603 0.276 0.000 0.404 0.000 0.020 0.300
#> GSM768077 2 0.3547 0.7848 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM768078 6 0.4364 0.6587 0.424 0.000 0.008 0.000 0.012 0.556
#> GSM768079 2 0.2730 0.8394 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM768080 3 0.3710 0.6697 0.000 0.000 0.696 0.000 0.012 0.292
#> GSM768081 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0363 0.7307 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768083 2 0.3563 0.7843 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM768084 1 0.4242 -0.1857 0.612 0.000 0.008 0.000 0.012 0.368
#> GSM768085 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.4014 0.6232 0.000 0.240 0.000 0.716 0.000 0.044
#> GSM768088 3 0.4419 0.5868 0.008 0.000 0.568 0.000 0.016 0.408
#> GSM768089 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.2446 0.7193 0.000 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> GSM768091 2 0.2730 0.8389 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM768092 5 0.0363 0.9294 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768093 2 0.0865 0.8782 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768094 3 0.3954 0.3703 0.012 0.000 0.688 0.000 0.008 0.292
#> GSM768095 2 0.3390 0.7975 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM768096 3 0.0363 0.7307 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768097 3 0.0363 0.7307 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768098 6 0.4453 0.7239 0.296 0.000 0.032 0.000 0.012 0.660
#> GSM768099 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.1910 0.8160 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768102 3 0.4026 0.6097 0.000 0.000 0.612 0.000 0.012 0.376
#> GSM768103 2 0.0260 0.8810 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768104 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.1610 0.6953 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM768107 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.3868 -0.0214 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.1007 0.8766 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM768112 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768114 3 0.0260 0.7300 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768115 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.7841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0260 0.8810 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768118 5 0.0458 0.9297 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768119 2 0.0865 0.8782 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM768120 6 0.5868 0.4873 0.192 0.000 0.256 0.000 0.012 0.540
#> GSM768121 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.3151 0.4459 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM768123 2 0.2664 0.8492 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM768124 1 0.3264 0.4184 0.796 0.000 0.008 0.000 0.012 0.184
#> GSM768125 2 0.1643 0.8434 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> GSM768126 3 0.3923 0.6136 0.000 0.000 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM768127 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.4026 0.6097 0.000 0.000 0.612 0.000 0.012 0.376
#> GSM768129 2 0.2762 0.8376 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM768130 3 0.4004 0.6138 0.000 0.000 0.620 0.000 0.012 0.368
#> GSM768131 1 0.1714 0.6661 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 5 0.0520 0.9333 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.4101 0.5972 0.000 0.000 0.580 0.000 0.012 0.408
#> GSM768135 3 0.4101 0.5972 0.000 0.000 0.580 0.000 0.012 0.408
#> GSM768136 6 0.4242 0.7137 0.368 0.000 0.008 0.000 0.012 0.612
#> GSM768137 2 0.0260 0.8810 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768138 3 0.4026 0.6097 0.000 0.000 0.612 0.000 0.012 0.376
#> GSM768139 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0520 0.9333 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0260 0.9318 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768143 2 0.3563 0.7843 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM768144 3 0.4742 0.6134 0.096 0.000 0.696 0.000 0.012 0.196
#> GSM768145 2 0.3578 0.7829 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM768002 3 0.0603 0.7287 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM768061 3 0.1049 0.7274 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM768043 1 0.3351 0.3630 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM767986 3 0.0458 0.7292 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:pam 169 1.000 2.13e-34 1.0000 1.000 2
#> MAD:pam 168 1.000 8.08e-34 0.9041 1.000 3
#> MAD:pam 167 1.000 1.21e-32 0.9844 0.975 4
#> MAD:pam 161 0.987 1.70e-30 0.0641 0.911 5
#> MAD:pam 152 0.977 9.05e-28 0.0467 0.659 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5024 0.498 0.498
#> 3 3 0.893 0.927 0.937 0.1635 0.907 0.814
#> 4 4 0.948 0.876 0.953 0.1228 0.944 0.863
#> 5 5 0.750 0.743 0.858 0.1655 0.818 0.515
#> 6 6 0.800 0.762 0.876 0.0452 0.952 0.798
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.5294 0.866 0.880 0.120
#> GSM768009 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.3114 0.941 0.944 0.056
#> GSM768039 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768068 1 0.2603 0.954 0.956 0.044
#> GSM768069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0672 0.990 0.992 0.008
#> GSM768132 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0237 0.97601 0.000 0.996 0.004
#> GSM767978 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 2 0.4974 0.76639 0.000 0.764 0.236
#> GSM767980 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM767982 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM767983 2 0.0237 0.97625 0.000 0.996 0.004
#> GSM767984 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM767985 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM767989 1 0.5835 0.00222 0.660 0.000 0.340
#> GSM767990 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM767991 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM767992 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM767993 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM767994 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM767995 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM767997 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM767998 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM768000 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768003 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768005 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768007 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 1 0.9598 0.05360 0.468 0.228 0.304
#> GSM768009 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768011 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768013 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768017 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM768019 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768020 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768021 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768022 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768023 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768015 3 0.5178 0.86244 0.256 0.000 0.744
#> GSM768016 2 0.1289 0.96376 0.000 0.968 0.032
#> GSM768025 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768027 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768029 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM768031 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768033 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM768035 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768036 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768037 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768038 3 0.1031 0.60481 0.000 0.024 0.976
#> GSM768039 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768041 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768044 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768046 1 0.2165 0.85688 0.936 0.000 0.064
#> GSM768047 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768048 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0237 0.97625 0.000 0.996 0.004
#> GSM768050 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768052 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768054 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768056 1 0.2537 0.82999 0.920 0.000 0.080
#> GSM768057 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768059 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768062 1 0.5138 0.56122 0.748 0.000 0.252
#> GSM768063 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768064 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768065 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768066 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768067 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768068 1 0.9598 0.05077 0.468 0.228 0.304
#> GSM768069 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768070 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768072 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768073 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768074 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768075 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM768076 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM768078 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768080 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768081 2 0.5560 0.68880 0.000 0.700 0.300
#> GSM768082 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0237 0.97601 0.000 0.996 0.004
#> GSM768084 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768086 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768088 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM768090 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768092 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768093 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768094 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768096 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM768100 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.5529 0.69395 0.000 0.704 0.296
#> GSM768102 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0237 0.97628 0.000 0.996 0.004
#> GSM768104 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.5016 0.76190 0.000 0.760 0.240
#> GSM768106 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768108 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768109 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768110 1 0.0592 0.93257 0.988 0.000 0.012
#> GSM768111 2 0.0747 0.97340 0.000 0.984 0.016
#> GSM768112 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.5591 0.68361 0.000 0.696 0.304
#> GSM768114 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768116 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0237 0.97601 0.000 0.996 0.004
#> GSM768118 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768119 2 0.1289 0.96376 0.000 0.968 0.032
#> GSM768120 1 0.4504 0.65538 0.804 0.000 0.196
#> GSM768121 2 0.0424 0.97558 0.000 0.992 0.008
#> GSM768122 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.97621 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768126 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768128 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768130 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.6079 0.30995 0.612 0.000 0.388
#> GSM768132 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768133 2 0.0237 0.97601 0.000 0.996 0.004
#> GSM768134 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768138 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768139 2 0.1031 0.96871 0.000 0.976 0.024
#> GSM768140 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768141 2 0.0592 0.97490 0.000 0.988 0.012
#> GSM768142 3 0.5835 0.96291 0.340 0.000 0.660
#> GSM768143 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768144 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM768002 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.94793 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM767988 2 0.0424 0.97598 0.000 0.992 0.008
#> GSM768058 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
#> GSM767987 2 0.0592 0.97488 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 3 0.0188 0.9835 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767979 4 0.2149 0.6626 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM767980 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.1118 0.8951 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM767982 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767984 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767989 3 0.4453 0.6775 0.244 0.000 0.744 0.012
#> GSM767990 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767992 2 0.1557 0.8673 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM767993 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767995 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM767996 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 3 0.2124 0.9425 0.008 0.000 0.924 0.068
#> GSM768001 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.4898 0.0723 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM768005 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768008 4 0.0992 0.6500 0.008 0.012 0.004 0.976
#> GSM768009 3 0.0804 0.9824 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM768010 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768011 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768012 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768017 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768018 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768021 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768023 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768024 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0188 0.9801 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768016 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768025 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768026 2 0.4679 0.3267 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM768027 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768028 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768030 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768032 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0524 0.9828 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM768034 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768035 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0188 0.9186 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768037 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.0921 0.9620 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM768039 3 0.0188 0.9835 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768040 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768041 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768042 2 0.1389 0.8827 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM768044 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768045 2 0.5000 -0.2764 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM768046 3 0.2021 0.9452 0.056 0.000 0.932 0.012
#> GSM768047 2 0.4103 0.5576 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM768048 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768050 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 4 0.4998 0.2291 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM768052 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.4999 0.2148 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM768054 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0921 0.9031 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM768056 3 0.1302 0.9523 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM768057 2 0.4804 0.2199 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM768059 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 3 0.1042 0.9747 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM768063 2 0.0707 0.9094 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM768064 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768066 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.4585 0.3773 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM768068 4 0.0927 0.6559 0.008 0.016 0.000 0.976
#> GSM768069 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0188 0.9835 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768073 2 0.0592 0.9126 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768074 2 0.4331 0.4983 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM768075 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0524 0.9832 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM768077 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768079 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0592 0.6642 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768082 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768085 2 0.0817 0.9065 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768086 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768087 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768088 3 0.0188 0.9835 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768089 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768090 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.1109 0.9681 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM768097 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 3 0.0672 0.9829 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM768099 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768101 4 0.0592 0.6642 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768102 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0804 0.9823 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM768105 4 0.1022 0.6685 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768106 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768107 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768108 1 0.3311 0.7139 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 3 0.1182 0.9777 0.016 0.000 0.968 0.016
#> GSM768111 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768113 4 0.0592 0.6642 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM768114 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 4 0.4998 0.2291 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM768116 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768117 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0672 0.9816 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM768121 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768122 3 0.0927 0.9815 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM768123 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 3 0.0672 0.9829 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM768125 2 0.4761 0.2623 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM768126 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.4898 0.0969 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM768128 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 3 0.3464 0.8815 0.076 0.000 0.868 0.056
#> GSM768132 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.0336 0.9832 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM768135 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768136 3 0.0672 0.9829 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM768137 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768139 4 0.4961 0.3251 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM768140 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0524 0.9828 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM768145 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768043 3 0.0672 0.9829 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM767986 3 0.0000 0.9834 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM767988 2 0.0336 0.9174 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768058 2 0.4907 0.0772 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM767987 2 0.4431 0.4574 0.000 0.696 0.000 0.304
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.2424 0.8208 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0703 0.8549 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 4 0.4138 0.5563 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM767982 5 0.0609 0.9750 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM767983 4 0.4114 0.5641 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM767984 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767985 4 0.4150 0.5511 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM767989 3 0.3305 0.6178 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM767990 2 0.0609 0.9318 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM767991 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767992 2 0.3305 0.5796 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM767993 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767994 4 0.4150 0.5511 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM767995 1 0.2378 0.7176 0.904 0.000 0.048 0.000 0.048
#> GSM767996 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767998 2 0.0609 0.9318 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768000 1 0.1430 0.6665 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> GSM768001 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.1043 0.8546 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.3949 0.3805 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM768005 3 0.1041 0.8558 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM768006 2 0.0290 0.9378 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768007 1 0.3710 0.7383 0.808 0.000 0.144 0.000 0.048
#> GSM768008 4 0.6598 0.1892 0.040 0.024 0.324 0.560 0.052
#> GSM768009 3 0.3999 0.4847 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM768010 4 0.4278 0.4295 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM768011 1 0.4114 0.5715 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0703 0.8448 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM768014 4 0.4138 0.5562 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM768017 1 0.4251 0.5805 0.624 0.000 0.372 0.000 0.004
#> GSM768018 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768020 4 0.4161 0.5461 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM768021 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768022 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768023 1 0.1774 0.6884 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> GSM768024 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.0609 0.9799 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM768016 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768025 3 0.3966 0.5069 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM768026 4 0.0162 0.6712 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768027 1 0.3949 0.6389 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.3961 0.7282 0.760 0.000 0.212 0.000 0.028
#> GSM768030 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.5053 0.6566 0.624 0.000 0.324 0.000 0.052
#> GSM768032 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.4781 0.6753 0.160 0.000 0.728 0.000 0.112
#> GSM768034 4 0.4161 0.5454 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM768035 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768036 2 0.2280 0.7916 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM768037 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768038 5 0.1704 0.9376 0.068 0.004 0.000 0.000 0.928
#> GSM768039 3 0.2286 0.8334 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> GSM768040 4 0.4138 0.5562 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM768041 1 0.4065 0.7356 0.772 0.000 0.180 0.000 0.048
#> GSM768042 4 0.4307 0.1415 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM768044 1 0.3561 0.7034 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM768045 4 0.4235 0.2484 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM768046 1 0.2927 0.6846 0.868 0.000 0.040 0.000 0.092
#> GSM768047 2 0.3210 0.6372 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768048 3 0.2179 0.8318 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM768049 4 0.4294 0.3918 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0162 0.8503 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 4 0.3452 0.6494 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM768056 3 0.2020 0.7853 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM768057 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0703 0.8549 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 3 0.5420 0.1575 0.416 0.000 0.524 0.000 0.060
#> GSM768063 4 0.1965 0.6961 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM768064 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768065 4 0.4150 0.5511 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM768066 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768067 4 0.4304 0.1225 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM768068 4 0.7486 0.3515 0.036 0.168 0.180 0.564 0.052
#> GSM768069 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2280 0.8272 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0794 0.8553 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM768073 4 0.1671 0.6919 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM768074 4 0.0510 0.6756 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.3081 0.7912 0.156 0.000 0.832 0.000 0.012
#> GSM768077 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 3 0.4420 0.0702 0.448 0.000 0.548 0.000 0.004
#> GSM768079 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0162 0.8503 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768082 3 0.0162 0.8503 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 3 0.4307 -0.1568 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM768085 4 0.2179 0.6932 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM768086 1 0.4101 0.5799 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.4300 -0.2930 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM768088 3 0.2074 0.8363 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.4138 0.5562 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM768090 3 0.2179 0.8318 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768093 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768094 3 0.2329 0.8244 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.0955 0.8555 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> GSM768097 3 0.0794 0.8553 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM768098 3 0.3608 0.7719 0.148 0.000 0.812 0.000 0.040
#> GSM768099 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.3884 0.6858 0.708 0.000 0.288 0.000 0.004
#> GSM768101 4 0.4015 0.4010 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM768102 3 0.0771 0.8479 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> GSM768103 2 0.0162 0.9394 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768104 1 0.4801 0.6900 0.668 0.000 0.284 0.000 0.048
#> GSM768105 4 0.4030 0.3941 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM768106 1 0.4101 0.5799 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.2020 0.8183 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM768108 1 0.5077 0.0519 0.536 0.000 0.036 0.000 0.428
#> GSM768109 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768110 1 0.3741 0.7043 0.816 0.000 0.076 0.000 0.108
#> GSM768111 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768112 1 0.2588 0.7255 0.892 0.000 0.060 0.000 0.048
#> GSM768113 4 0.4669 0.3796 0.012 0.352 0.000 0.628 0.008
#> GSM768114 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.1965 0.6965 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> GSM768117 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768118 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768119 2 0.0703 0.9291 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768120 3 0.4133 0.7338 0.180 0.000 0.768 0.000 0.052
#> GSM768121 4 0.3966 0.5976 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM768122 1 0.4101 0.5799 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0609 0.9318 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768124 1 0.5371 0.4792 0.524 0.000 0.420 0.000 0.056
#> GSM768125 4 0.3039 0.6123 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM768126 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1341 0.8511 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2377 0.6083 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM768132 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.2424 0.8183 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM768135 3 0.2329 0.8244 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM768136 3 0.2852 0.7864 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768139 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0000 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768143 2 0.0609 0.9318 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768144 3 0.3517 0.7927 0.100 0.000 0.832 0.000 0.068
#> GSM768145 2 0.0000 0.9409 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.0703 0.8549 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768043 3 0.3942 0.6418 0.260 0.000 0.728 0.000 0.012
#> GSM767986 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.3895 0.6073 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM767988 4 0.4088 0.5713 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768058 4 0.0000 0.6693 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 4 0.0290 0.6729 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.5220 0.6260 0.140 0.000 0.596 0.000 0.000 0.264
#> GSM767977 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0146 0.8029 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767979 4 0.2053 0.7353 0.000 0.004 0.000 0.888 0.000 0.108
#> GSM767980 3 0.0865 0.7939 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM767981 4 0.2320 0.7651 0.000 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> GSM767982 5 0.0458 0.9149 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM767983 4 0.1814 0.8011 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767985 4 0.2778 0.7501 0.000 0.168 0.000 0.824 0.000 0.008
#> GSM767989 3 0.3804 0.2602 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM767990 2 0.0363 0.9397 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM767991 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.2520 0.7903 0.000 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004
#> GSM767993 5 0.0363 0.9183 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767994 4 0.2212 0.7952 0.000 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> GSM767995 1 0.0520 0.8190 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM767996 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2658 0.6991 0.864 0.000 0.016 0.008 0.000 0.112
#> GSM768001 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.0713 0.8085 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.1610 0.8593 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.2146 0.7504 0.004 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 6 0.8520 0.5964 0.196 0.072 0.032 0.260 0.072 0.368
#> GSM768009 1 0.5238 0.4547 0.592 0.000 0.140 0.000 0.000 0.268
#> GSM768010 4 0.2003 0.7914 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.4281 0.6388 0.732 0.000 0.132 0.000 0.000 0.136
#> GSM768012 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.1204 0.7875 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM768014 4 0.1663 0.8047 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.1564 0.8118 0.936 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040
#> GSM768018 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768020 4 0.2378 0.7694 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.0260 0.8133 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768024 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 5 0.3210 0.7535 0.036 0.000 0.000 0.000 0.812 0.152
#> GSM768016 2 0.0858 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM768025 1 0.5138 0.4752 0.604 0.000 0.128 0.000 0.000 0.268
#> GSM768026 4 0.1500 0.7879 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> GSM768027 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.5899 0.2683 0.388 0.000 0.488 0.000 0.080 0.044
#> GSM768034 4 0.3101 0.6400 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.1910 0.8545 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768038 5 0.4089 0.3031 0.000 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468
#> GSM768039 3 0.2346 0.7859 0.124 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008
#> GSM768040 4 0.1714 0.8034 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.4175 0.0670 0.000 0.524 0.000 0.464 0.000 0.012
#> GSM768044 1 0.0363 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.3287 0.6966 0.000 0.768 0.000 0.220 0.000 0.012
#> GSM768046 1 0.3633 0.5469 0.800 0.000 0.004 0.000 0.076 0.120
#> GSM768047 2 0.1327 0.9002 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.4624 0.7017 0.120 0.000 0.688 0.000 0.000 0.192
#> GSM768049 4 0.3684 0.4241 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0865 0.7939 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768051 4 0.0508 0.7966 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM768052 3 0.1789 0.8054 0.044 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032
#> GSM768053 4 0.2402 0.7349 0.000 0.120 0.000 0.868 0.000 0.012
#> GSM768054 3 0.1995 0.8047 0.052 0.000 0.912 0.000 0.000 0.036
#> GSM768055 4 0.0146 0.8001 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.1007 0.7917 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM768057 4 0.0508 0.7978 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM768059 3 0.0000 0.8024 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 1 0.6371 0.1589 0.524 0.000 0.300 0.004 0.100 0.072
#> GSM768063 4 0.0146 0.8001 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768065 4 0.2212 0.7952 0.000 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> GSM768066 5 0.0363 0.9183 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768067 2 0.2454 0.7971 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM768068 6 0.8393 0.6047 0.284 0.084 0.020 0.172 0.072 0.368
#> GSM768069 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.4596 0.7042 0.120 0.000 0.692 0.000 0.000 0.188
#> GSM768071 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.1088 0.8039 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016
#> GSM768073 4 0.0632 0.8056 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768074 4 0.0405 0.7991 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM768075 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.5915 0.4040 0.264 0.000 0.468 0.000 0.000 0.268
#> GSM768077 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3955 0.6892 0.772 0.000 0.092 0.000 0.004 0.132
#> GSM768079 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2277 0.8011 0.076 0.000 0.892 0.000 0.000 0.032
#> GSM768081 4 0.6501 0.0304 0.000 0.096 0.008 0.500 0.072 0.324
#> GSM768082 3 0.2445 0.7925 0.108 0.000 0.872 0.000 0.000 0.020
#> GSM768083 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3395 0.7240 0.808 0.000 0.060 0.000 0.000 0.132
#> GSM768085 4 0.0146 0.8001 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.1408 0.8141 0.944 0.000 0.020 0.000 0.000 0.036
#> GSM768087 2 0.3747 0.2664 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.2450 0.7838 0.116 0.000 0.868 0.000 0.000 0.016
#> GSM768089 4 0.1714 0.8034 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.4624 0.7017 0.120 0.000 0.688 0.000 0.000 0.192
#> GSM768091 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0790 0.9295 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5026 0.6499 0.124 0.000 0.624 0.000 0.000 0.252
#> GSM768095 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.1341 0.8017 0.028 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024
#> GSM768097 3 0.0458 0.8043 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM768098 3 0.5902 0.4103 0.260 0.000 0.472 0.000 0.000 0.268
#> GSM768099 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.1572 0.8114 0.936 0.000 0.028 0.000 0.000 0.036
#> GSM768101 4 0.6070 0.0200 0.000 0.208 0.000 0.460 0.008 0.324
#> GSM768102 3 0.2048 0.7474 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM768103 2 0.0458 0.9383 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.1245 0.8090 0.952 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032
#> GSM768105 4 0.5871 0.0387 0.000 0.216 0.000 0.464 0.000 0.320
#> GSM768106 1 0.1480 0.8128 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.040
#> GSM768107 2 0.1910 0.8547 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.5188 0.1755 0.288 0.000 0.000 0.000 0.588 0.124
#> GSM768109 2 0.0458 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0363 0.8134 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768111 2 0.0790 0.9286 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0260 0.8133 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768113 4 0.7112 -0.1396 0.020 0.144 0.000 0.436 0.072 0.328
#> GSM768114 3 0.0547 0.7985 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM768115 4 0.0508 0.7978 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM768116 1 0.0363 0.8104 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768117 2 0.0935 0.9267 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> GSM768118 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.1245 0.9225 0.000 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> GSM768120 3 0.5912 0.2263 0.400 0.000 0.476 0.000 0.080 0.044
#> GSM768121 4 0.1765 0.8034 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.1926 0.8024 0.912 0.000 0.020 0.000 0.000 0.068
#> GSM768123 2 0.0790 0.9286 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.5128 0.4974 0.660 0.000 0.216 0.000 0.020 0.104
#> GSM768125 4 0.3014 0.6514 0.000 0.184 0.000 0.804 0.000 0.012
#> GSM768126 3 0.1010 0.7959 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM768127 4 0.0405 0.7991 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM768128 3 0.1124 0.7976 0.008 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036
#> GSM768129 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1908 0.7939 0.096 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004
#> GSM768131 6 0.5942 0.2726 0.356 0.000 0.000 0.000 0.220 0.424
#> GSM768132 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.4984 0.6569 0.124 0.000 0.632 0.000 0.000 0.244
#> GSM768135 3 0.4596 0.7042 0.120 0.000 0.692 0.000 0.000 0.188
#> GSM768136 3 0.5572 0.5567 0.188 0.000 0.544 0.000 0.000 0.268
#> GSM768137 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0865 0.7939 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768139 4 0.0790 0.7866 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM768140 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0000 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0632 0.9332 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.2346 0.7858 0.124 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008
#> GSM768145 2 0.0000 0.9444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0865 0.7939 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM768061 3 0.0508 0.8062 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM768043 3 0.6191 0.3253 0.348 0.000 0.488 0.000 0.044 0.120
#> GSM767986 3 0.0865 0.7939 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM767999 4 0.1444 0.8071 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.1765 0.8034 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM768058 4 0.0405 0.7991 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM767987 4 0.0291 0.7998 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:mclust 170 1.000 4.64e-33 0.999764 1.000 2
#> MAD:mclust 166 1.000 2.08e-33 0.000946 0.996 3
#> MAD:mclust 156 0.996 1.52e-29 0.009128 0.828 4
#> MAD:mclust 152 0.884 9.27e-28 0.016969 0.698 5
#> MAD:mclust 150 0.952 9.50e-28 0.043848 0.753 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.990 0.5029 0.498 0.498
#> 3 3 0.878 0.877 0.946 0.2835 0.807 0.629
#> 4 4 0.791 0.752 0.872 0.0800 0.903 0.741
#> 5 5 0.657 0.604 0.752 0.0620 0.937 0.808
#> 6 6 0.632 0.494 0.693 0.0343 0.933 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.963 0.373 0.612 0.388
#> GSM767980 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768006 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.943 0.443 0.640 0.360
#> GSM768009 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768018 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768052 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768062 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.978 0.285 0.412 0.588
#> GSM768069 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768073 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768081 1 0.971 0.341 0.600 0.400
#> GSM768082 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768085 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768087 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768091 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768093 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768095 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768104 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768112 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768116 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768131 2 0.494 0.874 0.108 0.892
#> GSM768132 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM767987 2 0.000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.5948 0.43989 0.640 0.000 0.360
#> GSM767977 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 3 0.0237 0.87634 0.000 0.004 0.996
#> GSM767980 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 3 0.3686 0.80286 0.140 0.000 0.860
#> GSM767983 2 0.0592 0.96610 0.000 0.988 0.012
#> GSM767984 1 0.5560 0.57806 0.700 0.000 0.300
#> GSM767985 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.4504 0.74994 0.196 0.000 0.804
#> GSM767992 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 3 0.5650 0.58342 0.312 0.000 0.688
#> GSM767994 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.2625 0.88887 0.916 0.000 0.084
#> GSM767998 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 3 0.4452 0.75358 0.192 0.000 0.808
#> GSM768004 2 0.1289 0.94908 0.032 0.968 0.000
#> GSM768005 3 0.2356 0.84933 0.072 0.000 0.928
#> GSM768006 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 2 0.4326 0.80381 0.012 0.844 0.144
#> GSM768009 1 0.1753 0.91732 0.952 0.000 0.048
#> GSM768010 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.1529 0.92195 0.960 0.000 0.040
#> GSM768012 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 3 0.4931 0.70687 0.232 0.000 0.768
#> GSM768014 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0424 0.96923 0.008 0.992 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.0237 0.93575 0.996 0.000 0.004
#> GSM768022 2 0.0424 0.96923 0.008 0.992 0.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0424 0.96923 0.008 0.992 0.000
#> GSM768025 1 0.1860 0.91467 0.948 0.000 0.052
#> GSM768026 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.5882 0.49160 0.348 0.000 0.652
#> GSM768034 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.4504 0.68050 0.804 0.196 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0892 0.95960 0.020 0.980 0.000
#> GSM768048 3 0.2165 0.85311 0.064 0.000 0.936
#> GSM768049 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768051 2 0.1289 0.94974 0.000 0.968 0.032
#> GSM768052 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768055 2 0.0237 0.97190 0.000 0.996 0.004
#> GSM768056 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.2261 0.91481 0.000 0.932 0.068
#> GSM768059 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 1 0.6095 0.34124 0.608 0.000 0.392
#> GSM768063 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 3 0.6235 0.27435 0.436 0.000 0.564
#> GSM768065 2 0.0592 0.96610 0.000 0.988 0.012
#> GSM768066 3 0.4931 0.70747 0.232 0.000 0.768
#> GSM768067 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.2537 0.89918 0.080 0.920 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3816 0.79568 0.148 0.000 0.852
#> GSM768071 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.3192 0.86461 0.000 0.888 0.112
#> GSM768074 2 0.5591 0.55290 0.000 0.696 0.304
#> GSM768075 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 1 0.5254 0.65200 0.736 0.000 0.264
#> GSM768077 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 1 0.1411 0.92388 0.964 0.000 0.036
#> GSM768079 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768081 3 0.0237 0.87634 0.000 0.004 0.996
#> GSM768082 3 0.0424 0.87754 0.008 0.000 0.992
#> GSM768083 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 1 0.1529 0.92195 0.960 0.000 0.040
#> GSM768085 2 0.1643 0.93889 0.000 0.956 0.044
#> GSM768086 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768089 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.3412 0.81545 0.124 0.000 0.876
#> GSM768091 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 1 0.1411 0.92388 0.964 0.000 0.036
#> GSM768093 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5905 0.49637 0.352 0.000 0.648
#> GSM768095 2 0.0237 0.97191 0.004 0.996 0.000
#> GSM768096 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768097 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768098 1 0.2448 0.89602 0.924 0.000 0.076
#> GSM768099 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 3 0.2878 0.83451 0.096 0.000 0.904
#> GSM768103 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0237 0.97191 0.004 0.996 0.000
#> GSM768114 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 3 0.6168 0.29185 0.000 0.412 0.588
#> GSM768116 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.4399 0.76785 0.812 0.000 0.188
#> GSM768119 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768121 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0237 0.93575 0.996 0.000 0.004
#> GSM768123 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.1643 0.91976 0.956 0.000 0.044
#> GSM768125 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768126 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768127 2 0.6305 0.03877 0.000 0.516 0.484
#> GSM768128 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768129 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1289 0.86797 0.032 0.000 0.968
#> GSM768131 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.93668 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0424 0.96923 0.008 0.992 0.000
#> GSM768134 1 0.4654 0.74121 0.792 0.000 0.208
#> GSM768135 3 0.5497 0.61270 0.292 0.000 0.708
#> GSM768136 1 0.2878 0.87788 0.904 0.000 0.096
#> GSM768137 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768139 3 0.1964 0.83272 0.000 0.056 0.944
#> GSM768140 1 0.0424 0.93464 0.992 0.000 0.008
#> GSM768141 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0892 0.93042 0.980 0.000 0.020
#> GSM768143 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768145 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0237 0.87883 0.004 0.000 0.996
#> GSM768061 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM768043 1 0.1860 0.91467 0.948 0.000 0.052
#> GSM767986 3 0.0000 0.87859 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.97443 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 3 0.6267 0.17318 0.000 0.452 0.548
#> GSM768058 2 0.6260 0.16920 0.000 0.552 0.448
#> GSM767987 3 0.6309 0.00709 0.000 0.496 0.504
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.5571 -0.1746 0.580 0.000 0.396 0.024
#> GSM767977 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0469 0.8098 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767979 3 0.0592 0.8090 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM767980 3 0.0779 0.8052 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM767981 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767982 4 0.4866 0.4453 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM767983 2 0.0336 0.9558 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM767984 4 0.3764 0.6493 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM767985 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0817 0.8001 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM767990 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767991 4 0.4730 0.5142 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM767992 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767993 4 0.4454 0.5882 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM767994 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.4866 0.6487 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM767996 2 0.0188 0.9585 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM767997 4 0.1637 0.7061 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM767998 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.2814 0.7161 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM768001 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.4224 0.7005 0.044 0.000 0.812 0.144
#> GSM768004 2 0.4500 0.5442 0.316 0.684 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.5807 0.3471 0.052 0.000 0.636 0.312
#> GSM768006 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.4643 0.7141 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM768008 1 0.7010 0.1716 0.576 0.184 0.240 0.000
#> GSM768009 1 0.2053 0.6826 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM768010 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.3791 0.7371 0.796 0.000 0.004 0.200
#> GSM768012 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 4 0.5535 0.3701 0.020 0.000 0.420 0.560
#> GSM768014 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.4746 0.6976 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM768018 2 0.0336 0.9557 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768019 4 0.0592 0.7038 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768020 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768021 4 0.0188 0.7097 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM768022 2 0.0376 0.9561 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM768023 1 0.3486 0.7334 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM768024 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 4 0.0469 0.7055 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768016 2 0.0188 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768025 1 0.2450 0.6662 0.912 0.000 0.016 0.072
#> GSM768026 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.4522 0.7287 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM768028 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.4746 0.6934 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM768030 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 4 0.4981 -0.4154 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM768032 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.5143 0.5716 0.036 0.000 0.708 0.256
#> GSM768034 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768035 4 0.0592 0.7038 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768036 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768037 4 0.0592 0.7038 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768038 4 0.2334 0.6265 0.004 0.088 0.000 0.908
#> GSM768039 3 0.0707 0.8108 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.4761 0.6897 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM768042 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.4661 0.7124 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM768045 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 4 0.3123 0.5334 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM768047 2 0.0469 0.9527 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.4761 0.6191 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0779 0.8052 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM768051 2 0.2408 0.8565 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM768052 3 0.0336 0.8097 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.0657 0.8100 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM768055 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0707 0.8023 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM768057 2 0.2469 0.8527 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM768059 3 0.2814 0.7910 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 3 0.6429 0.5747 0.192 0.000 0.648 0.160
#> GSM768063 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 4 0.4040 0.6343 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM768065 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768066 4 0.4564 0.5646 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM768067 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.0817 0.6203 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.5040 0.6261 0.364 0.000 0.628 0.008
#> GSM768071 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4193 0.7233 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM768073 2 0.4088 0.6704 0.004 0.764 0.232 0.000
#> GSM768074 2 0.4103 0.6338 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.5168 0.3487 0.712 0.000 0.248 0.040
#> GSM768077 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.5112 0.5442 0.560 0.000 0.004 0.436
#> GSM768079 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2401 0.7998 0.092 0.000 0.904 0.004
#> GSM768081 3 0.4356 0.7599 0.124 0.064 0.812 0.000
#> GSM768082 3 0.1118 0.8097 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.4699 0.6924 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM768085 2 0.0336 0.9550 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM768086 1 0.4431 0.7359 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM768087 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.4697 0.7003 0.296 0.000 0.696 0.008
#> GSM768089 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.4817 0.6082 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768092 4 0.0817 0.7105 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM768093 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.5472 0.4980 0.440 0.000 0.544 0.016
#> GSM768095 2 0.1022 0.9360 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.3942 0.7400 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM768097 3 0.4382 0.6960 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM768098 1 0.5228 0.6774 0.696 0.000 0.036 0.268
#> GSM768099 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.2868 0.7174 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM768101 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768102 4 0.5236 0.3735 0.008 0.000 0.432 0.560
#> GSM768103 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.4250 0.7414 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM768105 2 0.0336 0.9554 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.4500 0.7307 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM768107 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 4 0.1557 0.6721 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM768109 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 4 0.4941 -0.3395 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM768111 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.4888 0.6376 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM768113 2 0.4011 0.7172 0.208 0.784 0.000 0.008
#> GSM768114 3 0.0336 0.8097 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM768115 3 0.5137 0.1824 0.004 0.452 0.544 0.000
#> GSM768116 1 0.4804 0.6748 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM768117 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 4 0.2760 0.6857 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM768119 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.2334 0.8025 0.088 0.000 0.908 0.004
#> GSM768121 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.4193 0.7417 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM768123 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 4 0.2868 0.5827 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM768125 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.0804 0.8078 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM768127 2 0.5151 0.0775 0.004 0.532 0.464 0.000
#> GSM768128 3 0.0469 0.8103 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.1004 0.8033 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM768131 4 0.1792 0.6604 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM768132 4 0.0592 0.7038 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM768133 2 0.0188 0.9585 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768134 3 0.7650 0.2649 0.328 0.000 0.448 0.224
#> GSM768135 3 0.5113 0.6989 0.264 0.000 0.704 0.032
#> GSM768136 1 0.3037 0.6143 0.888 0.000 0.076 0.036
#> GSM768137 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0657 0.8065 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM768139 3 0.4776 0.5830 0.024 0.244 0.732 0.000
#> GSM768140 4 0.0336 0.7069 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768141 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 4 0.0336 0.7103 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM768143 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0921 0.7999 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM768145 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0779 0.8052 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM768061 3 0.0469 0.8104 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768043 4 0.5047 0.2120 0.316 0.000 0.016 0.668
#> GSM767986 3 0.0592 0.8039 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM767999 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767988 2 0.4888 0.2750 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM768058 2 0.5168 -0.0477 0.004 0.500 0.496 0.000
#> GSM767987 3 0.4998 0.0597 0.000 0.488 0.512 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.5870 0.2603 0.596 0.000 0.276 0.124 0.004
#> GSM767977 2 0.3720 0.7994 0.012 0.760 0.000 0.228 0.000
#> GSM767978 3 0.1082 0.6389 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> GSM767979 3 0.3857 0.5226 0.000 0.108 0.808 0.084 0.000
#> GSM767980 3 0.4354 0.1302 0.000 0.000 0.624 0.368 0.008
#> GSM767981 2 0.0404 0.8711 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM767982 4 0.6805 0.5490 0.000 0.000 0.312 0.372 0.316
#> GSM767983 2 0.1043 0.8590 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM767984 5 0.5690 0.2193 0.000 0.000 0.152 0.224 0.624
#> GSM767985 2 0.2280 0.8644 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM767989 3 0.3882 0.4518 0.000 0.000 0.756 0.224 0.020
#> GSM767990 2 0.2424 0.8609 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM767991 4 0.6821 0.5242 0.000 0.000 0.324 0.352 0.324
#> GSM767992 2 0.2377 0.8623 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM767993 4 0.6627 0.5635 0.000 0.000 0.252 0.452 0.296
#> GSM767994 2 0.0794 0.8721 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM767995 1 0.6068 0.4339 0.532 0.000 0.000 0.140 0.328
#> GSM767996 2 0.4086 0.7787 0.024 0.736 0.000 0.240 0.000
#> GSM767997 5 0.5897 0.1459 0.004 0.000 0.116 0.300 0.580
#> GSM767998 2 0.2690 0.8527 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM768000 1 0.3454 0.6058 0.816 0.000 0.000 0.156 0.028
#> GSM768001 2 0.2732 0.8508 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM768003 4 0.6633 0.5184 0.008 0.000 0.388 0.436 0.168
#> GSM768004 2 0.6540 0.4945 0.196 0.540 0.000 0.252 0.012
#> GSM768005 4 0.6376 0.5874 0.000 0.000 0.308 0.500 0.192
#> GSM768006 2 0.2773 0.8489 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM768007 1 0.5740 0.5245 0.612 0.000 0.000 0.144 0.244
#> GSM768008 1 0.7417 0.3277 0.452 0.068 0.152 0.328 0.000
#> GSM768009 1 0.2734 0.6011 0.888 0.000 0.028 0.076 0.008
#> GSM768010 2 0.0703 0.8643 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768011 1 0.3491 0.6056 0.836 0.000 0.012 0.124 0.028
#> GSM768012 2 0.3177 0.8235 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM768013 4 0.6714 0.5906 0.004 0.000 0.328 0.448 0.220
#> GSM768014 2 0.0703 0.8642 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768017 1 0.6568 0.3709 0.472 0.000 0.000 0.276 0.252
#> GSM768018 2 0.4197 0.7708 0.028 0.728 0.000 0.244 0.000
#> GSM768019 5 0.2583 0.6350 0.004 0.000 0.000 0.132 0.864
#> GSM768020 2 0.0609 0.8652 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768021 5 0.3074 0.6008 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM768022 2 0.4223 0.7670 0.028 0.724 0.000 0.248 0.000
#> GSM768023 1 0.4384 0.5548 0.660 0.000 0.000 0.324 0.016
#> GSM768024 2 0.2648 0.8544 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM768015 5 0.3662 0.5632 0.004 0.000 0.000 0.252 0.744
#> GSM768016 2 0.3937 0.7797 0.008 0.736 0.000 0.252 0.004
#> GSM768025 1 0.5166 0.3752 0.592 0.000 0.028 0.368 0.012
#> GSM768026 2 0.0703 0.8643 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768027 1 0.4501 0.6165 0.756 0.000 0.000 0.116 0.128
#> GSM768028 2 0.2377 0.8623 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM768029 1 0.5165 0.4002 0.576 0.000 0.000 0.048 0.376
#> GSM768030 2 0.1965 0.8684 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM768031 5 0.4451 0.1726 0.340 0.000 0.000 0.016 0.644
#> GSM768032 2 0.2605 0.8557 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768033 3 0.6880 0.2946 0.072 0.000 0.580 0.140 0.208
#> GSM768034 2 0.0162 0.8687 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768035 5 0.1608 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM768036 2 0.0963 0.8722 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM768037 5 0.2389 0.6402 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880
#> GSM768038 5 0.2928 0.5872 0.000 0.064 0.000 0.064 0.872
#> GSM768039 3 0.3366 0.5871 0.032 0.000 0.828 0.140 0.000
#> GSM768040 2 0.0510 0.8666 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768041 1 0.5769 0.4446 0.556 0.000 0.000 0.104 0.340
#> GSM768042 2 0.0290 0.8681 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768044 5 0.6684 -0.2406 0.372 0.000 0.000 0.236 0.392
#> GSM768045 2 0.0794 0.8629 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768046 5 0.3596 0.4406 0.212 0.000 0.000 0.012 0.776
#> GSM768047 2 0.3388 0.8242 0.008 0.792 0.000 0.200 0.000
#> GSM768048 3 0.5893 0.2618 0.436 0.000 0.464 0.100 0.000
#> GSM768049 2 0.0290 0.8683 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768050 3 0.2997 0.5625 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> GSM768051 2 0.1668 0.8515 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> GSM768052 3 0.1041 0.6377 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> GSM768053 2 0.1043 0.8651 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM768054 3 0.2522 0.6265 0.024 0.000 0.896 0.076 0.004
#> GSM768055 2 0.1197 0.8560 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM768056 3 0.3675 0.5033 0.000 0.000 0.788 0.188 0.024
#> GSM768057 2 0.3339 0.7686 0.000 0.836 0.124 0.040 0.000
#> GSM768059 3 0.6196 0.0525 0.152 0.000 0.508 0.340 0.000
#> GSM768060 2 0.2471 0.8598 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM768062 5 0.8608 0.0365 0.132 0.016 0.212 0.276 0.364
#> GSM768063 2 0.1043 0.8590 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM768064 5 0.6335 -0.1998 0.000 0.000 0.168 0.352 0.480
#> GSM768065 2 0.0794 0.8642 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768066 4 0.6721 0.4964 0.000 0.000 0.252 0.396 0.352
#> GSM768067 2 0.2020 0.8679 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM768068 1 0.3278 0.5571 0.824 0.000 0.020 0.156 0.000
#> GSM768069 2 0.2561 0.8571 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM768070 4 0.6581 0.3323 0.220 0.000 0.252 0.520 0.008
#> GSM768071 2 0.1965 0.8689 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM768072 3 0.6085 0.3164 0.216 0.000 0.572 0.212 0.000
#> GSM768073 2 0.4547 0.6484 0.000 0.736 0.192 0.072 0.000
#> GSM768074 2 0.5265 0.4798 0.000 0.636 0.284 0.080 0.000
#> GSM768075 2 0.2561 0.8571 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM768076 1 0.4116 0.4387 0.732 0.000 0.248 0.004 0.016
#> GSM768077 2 0.2648 0.8544 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM768078 4 0.6853 -0.1371 0.380 0.000 0.056 0.472 0.092
#> GSM768079 2 0.2230 0.8653 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM768080 4 0.5881 0.3206 0.088 0.000 0.400 0.508 0.004
#> GSM768081 3 0.6357 0.4077 0.080 0.196 0.636 0.088 0.000
#> GSM768082 3 0.3933 0.6091 0.100 0.000 0.824 0.052 0.024
#> GSM768083 2 0.2280 0.8643 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM768084 1 0.6405 0.3428 0.512 0.000 0.016 0.352 0.120
#> GSM768085 2 0.1741 0.8502 0.000 0.936 0.024 0.040 0.000
#> GSM768086 1 0.5480 0.4955 0.616 0.000 0.000 0.288 0.096
#> GSM768087 2 0.0404 0.8703 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768088 4 0.6246 0.3809 0.132 0.000 0.324 0.536 0.008
#> GSM768089 2 0.0703 0.8643 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM768090 3 0.5850 0.3764 0.372 0.000 0.544 0.072 0.012
#> GSM768091 2 0.2516 0.8586 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM768092 5 0.3527 0.5797 0.000 0.000 0.016 0.192 0.792
#> GSM768093 2 0.2605 0.8557 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768094 1 0.5155 0.1173 0.596 0.000 0.352 0.052 0.000
#> GSM768095 2 0.4066 0.8079 0.044 0.768 0.000 0.188 0.000
#> GSM768096 3 0.4028 0.5821 0.176 0.000 0.776 0.048 0.000
#> GSM768097 3 0.3988 0.5816 0.196 0.000 0.768 0.036 0.000
#> GSM768098 1 0.5800 0.5187 0.640 0.000 0.156 0.008 0.196
#> GSM768099 2 0.0963 0.8723 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM768100 1 0.3934 0.5979 0.792 0.000 0.032 0.008 0.168
#> GSM768101 2 0.1740 0.8650 0.000 0.932 0.012 0.056 0.000
#> GSM768102 5 0.6721 -0.3701 0.000 0.000 0.276 0.304 0.420
#> GSM768103 2 0.0162 0.8687 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768104 1 0.4240 0.5673 0.732 0.000 0.004 0.024 0.240
#> GSM768105 2 0.2457 0.8408 0.020 0.908 0.004 0.060 0.008
#> GSM768106 1 0.5185 0.4063 0.596 0.000 0.008 0.036 0.360
#> GSM768107 2 0.1121 0.8583 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM768108 5 0.2677 0.5511 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> GSM768109 2 0.2329 0.8649 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM768110 5 0.4398 0.3542 0.240 0.000 0.000 0.040 0.720
#> GSM768111 2 0.0609 0.8704 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768112 1 0.6081 0.3315 0.476 0.000 0.000 0.124 0.400
#> GSM768113 2 0.7799 0.3886 0.068 0.568 0.124 0.076 0.164
#> GSM768114 3 0.0771 0.6400 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> GSM768115 2 0.5425 0.4030 0.000 0.600 0.320 0.080 0.000
#> GSM768116 1 0.6060 0.3635 0.492 0.000 0.000 0.124 0.384
#> GSM768117 2 0.0609 0.8676 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768118 5 0.3772 0.5773 0.000 0.000 0.036 0.172 0.792
#> GSM768119 2 0.2230 0.8659 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM768120 3 0.6862 0.5022 0.132 0.056 0.652 0.104 0.056
#> GSM768121 2 0.1121 0.8576 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM768122 1 0.3317 0.5950 0.804 0.000 0.004 0.004 0.188
#> GSM768123 2 0.0794 0.8718 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM768124 5 0.3427 0.4711 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> GSM768125 2 0.2069 0.8371 0.000 0.912 0.012 0.076 0.000
#> GSM768126 3 0.3614 0.6207 0.048 0.000 0.852 0.052 0.048
#> GSM768127 2 0.5558 0.3054 0.000 0.560 0.360 0.080 0.000
#> GSM768128 3 0.2722 0.6346 0.040 0.000 0.892 0.060 0.008
#> GSM768129 2 0.1732 0.8706 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM768130 3 0.4629 0.5682 0.032 0.000 0.780 0.076 0.112
#> GSM768131 5 0.2966 0.5277 0.136 0.000 0.000 0.016 0.848
#> GSM768132 5 0.1300 0.6357 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> GSM768133 2 0.2605 0.8570 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768134 1 0.8099 0.0581 0.408 0.000 0.204 0.260 0.128
#> GSM768135 3 0.7615 0.0120 0.256 0.000 0.424 0.264 0.056
#> GSM768136 1 0.3950 0.5449 0.796 0.000 0.068 0.136 0.000
#> GSM768137 2 0.0404 0.8673 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768138 3 0.4455 0.0106 0.000 0.000 0.588 0.404 0.008
#> GSM768139 2 0.5856 0.1515 0.000 0.504 0.396 0.100 0.000
#> GSM768140 5 0.2424 0.6352 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM768141 2 0.2424 0.8609 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM768142 5 0.2471 0.6358 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM768143 2 0.2127 0.8669 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768144 3 0.3442 0.5837 0.000 0.000 0.836 0.104 0.060
#> GSM768145 2 0.2377 0.8645 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM768002 3 0.3607 0.4373 0.000 0.000 0.752 0.244 0.004
#> GSM768061 3 0.2450 0.6252 0.028 0.000 0.896 0.076 0.000
#> GSM768043 4 0.7196 0.4502 0.204 0.000 0.152 0.552 0.092
#> GSM767986 3 0.1331 0.6324 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> GSM767999 2 0.2569 0.8228 0.000 0.892 0.040 0.068 0.000
#> GSM767988 2 0.4335 0.6968 0.000 0.760 0.168 0.072 0.000
#> GSM768058 2 0.5213 0.4854 0.000 0.640 0.284 0.076 0.000
#> GSM767987 2 0.5432 0.2570 0.000 0.544 0.392 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.6706 0.14755 0.428 0.000 0.340 0.172 0.000 0.060
#> GSM767977 2 0.2907 0.58173 0.020 0.828 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.2186 0.62788 0.012 0.000 0.908 0.056 0.000 0.024
#> GSM767979 3 0.3851 0.40123 0.004 0.008 0.700 0.284 0.000 0.004
#> GSM767980 3 0.5537 0.42123 0.000 0.000 0.620 0.140 0.024 0.216
#> GSM767981 2 0.2854 0.72535 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.6778 0.05492 0.000 0.000 0.400 0.044 0.296 0.260
#> GSM767983 2 0.3541 0.70100 0.000 0.748 0.020 0.232 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.6136 0.18168 0.000 0.000 0.280 0.020 0.504 0.196
#> GSM767985 2 0.1728 0.74954 0.000 0.924 0.004 0.064 0.000 0.008
#> GSM767989 3 0.4260 0.54532 0.000 0.000 0.764 0.120 0.020 0.096
#> GSM767990 2 0.0363 0.73593 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM767991 3 0.7074 0.14258 0.000 0.000 0.420 0.088 0.232 0.260
#> GSM767992 2 0.1765 0.75048 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM767993 6 0.5357 0.43202 0.000 0.000 0.100 0.040 0.204 0.656
#> GSM767994 2 0.2941 0.71844 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.6771 0.25317 0.400 0.000 0.000 0.304 0.252 0.044
#> GSM767996 2 0.3062 0.56211 0.024 0.816 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM767997 5 0.7025 0.14934 0.008 0.000 0.248 0.060 0.440 0.244
#> GSM767998 2 0.1327 0.70313 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.5467 0.43570 0.616 0.008 0.000 0.280 0.032 0.064
#> GSM768001 2 0.1327 0.70215 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM768003 3 0.7076 0.04596 0.004 0.000 0.384 0.088 0.164 0.360
#> GSM768004 2 0.6497 -0.16108 0.156 0.500 0.000 0.296 0.040 0.008
#> GSM768005 6 0.3927 0.54321 0.000 0.000 0.100 0.004 0.120 0.776
#> GSM768006 2 0.2320 0.63625 0.004 0.864 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.6725 0.36490 0.492 0.000 0.000 0.236 0.196 0.076
#> GSM768008 4 0.8609 -0.39098 0.284 0.128 0.140 0.296 0.000 0.152
#> GSM768009 1 0.4010 0.49583 0.800 0.000 0.032 0.068 0.004 0.096
#> GSM768010 2 0.2912 0.72123 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.4684 0.49965 0.760 0.000 0.024 0.076 0.028 0.112
#> GSM768012 2 0.2212 0.64898 0.008 0.880 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM768013 6 0.6591 0.25705 0.000 0.000 0.272 0.044 0.220 0.464
#> GSM768014 2 0.2969 0.71579 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM768017 6 0.5923 0.35767 0.208 0.000 0.004 0.036 0.152 0.600
#> GSM768018 2 0.3580 0.48726 0.028 0.772 0.000 0.196 0.000 0.004
#> GSM768019 5 0.3025 0.61107 0.008 0.000 0.004 0.004 0.820 0.164
#> GSM768020 2 0.2969 0.71579 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM768021 5 0.4842 0.46428 0.000 0.000 0.028 0.040 0.648 0.284
#> GSM768022 2 0.4426 0.25949 0.028 0.664 0.000 0.296 0.004 0.008
#> GSM768023 6 0.6259 -0.11816 0.372 0.000 0.000 0.184 0.020 0.424
#> GSM768024 2 0.1204 0.70707 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM768015 6 0.4906 0.14037 0.004 0.000 0.004 0.044 0.404 0.544
#> GSM768016 2 0.4575 0.18586 0.008 0.636 0.000 0.324 0.024 0.008
#> GSM768025 6 0.4074 0.43204 0.252 0.000 0.008 0.008 0.016 0.716
#> GSM768026 2 0.3023 0.71154 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.5706 0.45236 0.624 0.000 0.000 0.040 0.172 0.164
#> GSM768028 2 0.0632 0.74383 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.6062 0.40700 0.544 0.000 0.000 0.032 0.264 0.160
#> GSM768030 2 0.0790 0.74441 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768031 5 0.4766 0.46525 0.212 0.000 0.004 0.032 0.704 0.048
#> GSM768032 2 0.0937 0.71920 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.6868 0.26731 0.084 0.000 0.512 0.044 0.292 0.068
#> GSM768034 2 0.2912 0.72123 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.2256 0.64014 0.008 0.000 0.004 0.004 0.892 0.092
#> GSM768036 2 0.2883 0.73102 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> GSM768037 5 0.2987 0.62006 0.008 0.000 0.004 0.008 0.832 0.148
#> GSM768038 5 0.4041 0.55601 0.000 0.100 0.000 0.036 0.792 0.072
#> GSM768039 3 0.4532 0.58325 0.032 0.000 0.748 0.100 0.000 0.120
#> GSM768040 2 0.3109 0.71891 0.000 0.772 0.004 0.224 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.6352 0.41093 0.532 0.000 0.000 0.072 0.272 0.124
#> GSM768042 2 0.2912 0.72124 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM768044 6 0.6741 0.16181 0.208 0.000 0.004 0.044 0.300 0.444
#> GSM768045 2 0.3151 0.71148 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM768046 5 0.4579 0.51141 0.180 0.000 0.008 0.032 0.736 0.044
#> GSM768047 2 0.2163 0.66437 0.008 0.892 0.000 0.096 0.004 0.000
#> GSM768048 1 0.6306 -0.00649 0.420 0.000 0.412 0.048 0.000 0.120
#> GSM768049 2 0.2854 0.72585 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.2656 0.62681 0.004 0.000 0.884 0.044 0.008 0.060
#> GSM768051 2 0.4809 0.56623 0.000 0.652 0.108 0.240 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.1129 0.63213 0.012 0.000 0.964 0.012 0.004 0.008
#> GSM768053 2 0.2831 0.74057 0.000 0.840 0.024 0.136 0.000 0.000
#> GSM768054 3 0.5028 0.59084 0.024 0.000 0.736 0.072 0.044 0.124
#> GSM768055 2 0.3126 0.69881 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.3121 0.60413 0.000 0.000 0.856 0.052 0.024 0.068
#> GSM768057 2 0.4866 0.55475 0.000 0.648 0.116 0.236 0.000 0.000
#> GSM768059 6 0.6265 0.23823 0.164 0.000 0.320 0.032 0.000 0.484
#> GSM768060 2 0.0363 0.73212 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768062 6 0.7897 0.25578 0.048 0.000 0.164 0.164 0.188 0.436
#> GSM768063 2 0.3126 0.69881 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM768064 6 0.5013 0.34708 0.000 0.000 0.064 0.012 0.320 0.604
#> GSM768065 2 0.3050 0.70887 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM768066 6 0.5515 0.37566 0.000 0.000 0.120 0.016 0.276 0.588
#> GSM768067 2 0.1141 0.74975 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM768068 1 0.4973 0.37697 0.708 0.044 0.024 0.028 0.000 0.196
#> GSM768069 2 0.0713 0.72552 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM768070 6 0.5307 0.41255 0.256 0.000 0.084 0.012 0.012 0.636
#> GSM768071 2 0.0865 0.74694 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM768072 6 0.6631 0.22817 0.268 0.000 0.220 0.048 0.000 0.464
#> GSM768073 2 0.4747 0.45494 0.000 0.608 0.068 0.324 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.5700 0.07330 0.000 0.516 0.160 0.320 0.000 0.004
#> GSM768075 2 0.0632 0.72657 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.4099 0.46307 0.748 0.000 0.196 0.036 0.000 0.020
#> GSM768077 2 0.1196 0.71495 0.008 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768078 6 0.3657 0.52976 0.116 0.000 0.024 0.012 0.028 0.820
#> GSM768079 2 0.0547 0.74419 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768080 6 0.4867 0.46167 0.092 0.000 0.208 0.016 0.000 0.684
#> GSM768081 3 0.7640 -0.39504 0.056 0.212 0.360 0.324 0.000 0.048
#> GSM768082 3 0.6125 0.54396 0.096 0.000 0.656 0.132 0.068 0.048
#> GSM768083 2 0.0146 0.73534 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768084 6 0.4512 0.52144 0.140 0.000 0.016 0.004 0.096 0.744
#> GSM768085 2 0.3633 0.68090 0.000 0.732 0.012 0.252 0.000 0.004
#> GSM768086 6 0.5758 0.20624 0.348 0.000 0.008 0.012 0.104 0.528
#> GSM768087 2 0.2762 0.73113 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM768088 6 0.3083 0.54076 0.064 0.000 0.076 0.004 0.004 0.852
#> GSM768089 2 0.2969 0.71579 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM768090 1 0.7197 -0.11885 0.392 0.000 0.380 0.124 0.028 0.076
#> GSM768091 2 0.0632 0.72667 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM768092 5 0.4418 0.50236 0.000 0.000 0.060 0.008 0.704 0.228
#> GSM768093 2 0.0937 0.71920 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM768094 1 0.5687 0.34608 0.596 0.000 0.264 0.040 0.000 0.100
#> GSM768095 2 0.2618 0.64044 0.052 0.872 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM768096 3 0.5824 0.43184 0.228 0.000 0.572 0.180 0.000 0.020
#> GSM768097 3 0.5593 0.43325 0.252 0.000 0.600 0.124 0.000 0.024
#> GSM768098 1 0.7145 0.29428 0.388 0.000 0.244 0.060 0.300 0.008
#> GSM768099 2 0.1267 0.74939 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.4285 0.50705 0.732 0.000 0.020 0.032 0.212 0.004
#> GSM768101 2 0.3691 0.70140 0.000 0.780 0.048 0.168 0.000 0.004
#> GSM768102 6 0.6049 0.27641 0.000 0.000 0.220 0.004 0.340 0.436
#> GSM768103 2 0.2631 0.73737 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.5518 0.40721 0.616 0.000 0.012 0.120 0.244 0.008
#> GSM768105 2 0.6221 0.46616 0.024 0.604 0.044 0.240 0.080 0.008
#> GSM768106 1 0.5613 0.21166 0.488 0.000 0.004 0.016 0.412 0.080
#> GSM768107 2 0.3050 0.70978 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM768108 5 0.2239 0.59537 0.072 0.000 0.000 0.020 0.900 0.008
#> GSM768109 2 0.1477 0.72260 0.000 0.940 0.000 0.048 0.008 0.004
#> GSM768110 5 0.5248 0.29510 0.204 0.000 0.004 0.168 0.624 0.000
#> GSM768111 2 0.2697 0.73834 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM768112 5 0.6273 -0.05448 0.328 0.000 0.000 0.216 0.440 0.016
#> GSM768113 4 0.8268 0.45352 0.044 0.268 0.096 0.328 0.252 0.012
#> GSM768114 3 0.2230 0.62442 0.000 0.000 0.892 0.084 0.000 0.024
#> GSM768115 2 0.5521 0.18786 0.000 0.528 0.128 0.340 0.000 0.004
#> GSM768116 5 0.6374 -0.15931 0.376 0.000 0.000 0.212 0.392 0.020
#> GSM768117 2 0.2697 0.73460 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM768118 5 0.4338 0.47635 0.000 0.000 0.072 0.004 0.716 0.208
#> GSM768119 2 0.1007 0.73823 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM768120 3 0.7686 0.30520 0.116 0.000 0.432 0.280 0.120 0.052
#> GSM768121 2 0.3175 0.69324 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.4033 0.51529 0.756 0.000 0.012 0.008 0.196 0.028
#> GSM768123 2 0.2048 0.74806 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM768124 5 0.3656 0.54456 0.096 0.000 0.036 0.040 0.824 0.004
#> GSM768125 2 0.3884 0.65768 0.000 0.708 0.012 0.272 0.004 0.004
#> GSM768126 3 0.6252 0.55602 0.044 0.000 0.636 0.144 0.120 0.056
#> GSM768127 4 0.6288 0.45787 0.000 0.308 0.288 0.396 0.000 0.008
#> GSM768128 3 0.5456 0.58558 0.040 0.000 0.708 0.124 0.044 0.084
#> GSM768129 2 0.0790 0.74510 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.6702 0.51186 0.040 0.000 0.576 0.160 0.168 0.056
#> GSM768131 5 0.3108 0.55474 0.076 0.000 0.000 0.076 0.844 0.004
#> GSM768132 5 0.1829 0.64243 0.012 0.000 0.004 0.000 0.920 0.064
#> GSM768133 2 0.1700 0.68877 0.004 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM768134 1 0.8088 -0.00277 0.344 0.000 0.212 0.028 0.204 0.212
#> GSM768135 3 0.8200 -0.03812 0.288 0.000 0.300 0.040 0.156 0.216
#> GSM768136 1 0.4609 0.39249 0.736 0.000 0.048 0.032 0.008 0.176
#> GSM768137 2 0.2527 0.73978 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM768138 6 0.4764 -0.00972 0.004 0.000 0.472 0.024 0.008 0.492
#> GSM768139 4 0.6662 0.45257 0.004 0.320 0.220 0.424 0.000 0.032
#> GSM768140 5 0.2848 0.62443 0.000 0.000 0.024 0.004 0.848 0.124
#> GSM768141 2 0.0547 0.73265 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.3029 0.61881 0.000 0.000 0.036 0.004 0.840 0.120
#> GSM768143 2 0.0146 0.73534 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.4929 0.55872 0.000 0.000 0.720 0.056 0.136 0.088
#> GSM768145 2 0.0363 0.73549 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.4233 0.54412 0.000 0.000 0.752 0.140 0.008 0.100
#> GSM768061 3 0.2813 0.62588 0.052 0.000 0.880 0.044 0.004 0.020
#> GSM768043 6 0.2484 0.54112 0.056 0.000 0.004 0.012 0.032 0.896
#> GSM767986 3 0.1708 0.62535 0.000 0.000 0.932 0.040 0.004 0.024
#> GSM767999 2 0.3512 0.66836 0.000 0.720 0.008 0.272 0.000 0.000
#> GSM767988 2 0.5877 0.34920 0.000 0.556 0.168 0.256 0.000 0.020
#> GSM768058 2 0.5334 0.28485 0.000 0.552 0.128 0.320 0.000 0.000
#> GSM767987 2 0.5832 0.08150 0.000 0.492 0.248 0.260 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> MAD:NMF 166 1.000 1.42e-34 0.99982 1.000 2
#> MAD:NMF 160 0.999 2.55e-28 0.94816 0.980 3
#> MAD:NMF 153 0.975 7.71e-27 0.00161 0.868 4
#> MAD:NMF 120 0.990 7.70e-22 0.04965 0.927 5
#> MAD:NMF 100 1.000 3.95e-19 0.07286 0.931 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.334 0.680 0.838 0.3921 0.598 0.598
#> 3 3 0.466 0.734 0.832 0.5449 0.632 0.461
#> 4 4 0.515 0.552 0.719 0.1498 0.917 0.796
#> 5 5 0.567 0.657 0.760 0.0866 0.804 0.484
#> 6 6 0.639 0.574 0.744 0.0622 0.927 0.707
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.7745 0.6349 0.772 0.228
#> GSM767977 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM767978 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.5294 0.7422 0.880 0.120
#> GSM767980 2 0.9635 0.5311 0.388 0.612
#> GSM767981 2 0.3733 0.7881 0.072 0.928
#> GSM767982 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM767984 1 0.8813 0.5168 0.700 0.300
#> GSM767985 2 0.8608 0.6843 0.284 0.716
#> GSM767989 2 0.9580 0.5462 0.380 0.620
#> GSM767990 2 0.2778 0.7874 0.048 0.952
#> GSM767991 2 0.9580 0.5462 0.380 0.620
#> GSM767992 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM767995 2 0.9323 0.5915 0.348 0.652
#> GSM767996 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM767997 2 0.9635 0.5311 0.388 0.612
#> GSM767998 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768000 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.3274 0.7880 0.060 0.940
#> GSM768003 2 0.9896 0.4027 0.440 0.560
#> GSM768004 2 0.2948 0.7877 0.052 0.948
#> GSM768005 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768006 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768007 2 0.9850 0.4359 0.428 0.572
#> GSM768008 2 0.0376 0.7818 0.004 0.996
#> GSM768009 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768010 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768011 2 0.9954 0.3383 0.460 0.540
#> GSM768012 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768013 2 0.9896 0.4027 0.440 0.560
#> GSM768014 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768017 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.8909 0.5008 0.692 0.308
#> GSM768020 2 0.7815 0.7331 0.232 0.768
#> GSM768021 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768022 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768023 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768016 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768025 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768027 1 0.9963 -0.0398 0.536 0.464
#> GSM768028 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768029 1 0.6712 0.6965 0.824 0.176
#> GSM768030 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768031 2 0.9775 0.4768 0.412 0.588
#> GSM768032 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768033 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768034 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.4431 0.7874 0.092 0.908
#> GSM768037 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768038 1 0.9954 -0.0154 0.540 0.460
#> GSM768039 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768040 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768041 2 0.9775 0.4768 0.412 0.588
#> GSM768042 2 0.4815 0.7863 0.104 0.896
#> GSM768044 2 0.9393 0.5781 0.356 0.644
#> GSM768045 2 0.9427 0.5604 0.360 0.640
#> GSM768046 1 0.7528 0.6505 0.784 0.216
#> GSM768047 2 0.2948 0.7877 0.052 0.948
#> GSM768048 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.2778 0.7874 0.048 0.952
#> GSM768050 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768052 2 0.9580 0.5462 0.380 0.620
#> GSM768053 2 0.0376 0.7818 0.004 0.996
#> GSM768054 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768056 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768057 2 0.5629 0.7820 0.132 0.868
#> GSM768059 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768062 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.7602 0.7414 0.220 0.780
#> GSM768064 2 0.9635 0.5311 0.388 0.612
#> GSM768065 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.4431 0.7874 0.092 0.908
#> GSM768068 2 0.0376 0.7818 0.004 0.996
#> GSM768069 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768070 2 0.8555 0.6809 0.280 0.720
#> GSM768071 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768072 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768074 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768075 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768076 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768077 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768078 2 0.8555 0.6809 0.280 0.720
#> GSM768079 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768080 2 0.8555 0.6809 0.280 0.720
#> GSM768081 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768082 2 0.9866 0.4251 0.432 0.568
#> GSM768083 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768084 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768085 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768086 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768087 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768088 2 0.8555 0.6809 0.280 0.720
#> GSM768089 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768090 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768092 2 0.4431 0.7876 0.092 0.908
#> GSM768093 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768094 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768095 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.9248 0.4233 0.660 0.340
#> GSM768097 1 0.0376 0.7995 0.996 0.004
#> GSM768098 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768100 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768104 2 0.0672 0.7827 0.008 0.992
#> GSM768105 2 0.6623 0.7676 0.172 0.828
#> GSM768106 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.7299 0.6653 0.796 0.204
#> GSM768109 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768110 1 0.6148 0.7180 0.848 0.152
#> GSM768111 2 0.9427 0.5604 0.360 0.640
#> GSM768112 2 0.9963 0.3219 0.464 0.536
#> GSM768113 2 0.5629 0.7820 0.132 0.868
#> GSM768114 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768115 1 0.9896 0.0821 0.560 0.440
#> GSM768116 1 0.9866 0.1161 0.568 0.432
#> GSM768117 2 0.6048 0.7775 0.148 0.852
#> GSM768118 2 0.9608 0.5384 0.384 0.616
#> GSM768119 2 0.2778 0.7874 0.048 0.952
#> GSM768120 2 0.9661 0.5218 0.392 0.608
#> GSM768121 2 0.8327 0.7056 0.264 0.736
#> GSM768122 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.6048 0.7775 0.148 0.852
#> GSM768124 1 0.9522 0.3331 0.628 0.372
#> GSM768125 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0376 0.7995 0.996 0.004
#> GSM768127 2 0.7528 0.7444 0.216 0.784
#> GSM768128 2 0.9833 0.4473 0.424 0.576
#> GSM768129 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768130 2 0.9580 0.5462 0.380 0.620
#> GSM768131 1 0.9963 -0.0352 0.536 0.464
#> GSM768132 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.5842 0.7801 0.140 0.860
#> GSM768134 1 0.6343 0.7112 0.840 0.160
#> GSM768135 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.9522 0.3331 0.628 0.372
#> GSM768137 2 0.7602 0.7414 0.220 0.780
#> GSM768138 2 0.9661 0.5232 0.392 0.608
#> GSM768139 1 0.9896 0.0821 0.560 0.440
#> GSM768140 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.6247 0.7743 0.156 0.844
#> GSM768142 1 0.8909 0.5008 0.692 0.308
#> GSM768143 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM768144 2 0.9358 0.5851 0.352 0.648
#> GSM768145 2 0.3274 0.7880 0.060 0.940
#> GSM768002 2 0.9580 0.5462 0.380 0.620
#> GSM768061 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM768043 2 0.9795 0.4672 0.416 0.584
#> GSM767986 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.7805 0.000 1.000
#> GSM767988 1 0.9896 0.0821 0.560 0.440
#> GSM768058 1 0.0000 0.8007 1.000 0.000
#> GSM767987 1 0.5294 0.7422 0.880 0.120
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 2 0.6244 -0.0124 0.440 0.560 0.000
#> GSM767977 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM767978 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.5988 0.5771 0.632 0.368 0.000
#> GSM767980 2 0.0424 0.7621 0.008 0.992 0.000
#> GSM767981 2 0.6126 0.4660 0.000 0.600 0.400
#> GSM767982 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM767984 2 0.5810 0.3143 0.336 0.664 0.000
#> GSM767985 2 0.5598 0.7714 0.052 0.800 0.148
#> GSM767989 2 0.0000 0.7639 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.6274 0.3140 0.000 0.544 0.456
#> GSM767991 2 0.0000 0.7639 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM767995 2 0.1643 0.7732 0.000 0.956 0.044
#> GSM767996 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM767997 2 0.0424 0.7621 0.008 0.992 0.000
#> GSM767998 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768000 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.6154 0.4461 0.000 0.592 0.408
#> GSM768003 2 0.2066 0.7404 0.060 0.940 0.000
#> GSM768004 2 0.6215 0.3948 0.000 0.572 0.428
#> GSM768005 3 0.4178 0.7785 0.000 0.172 0.828
#> GSM768006 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768007 2 0.1753 0.7454 0.048 0.952 0.000
#> GSM768008 3 0.1031 0.9174 0.000 0.024 0.976
#> GSM768009 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768010 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768011 2 0.2625 0.7254 0.084 0.916 0.000
#> GSM768012 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM768013 2 0.2066 0.7404 0.060 0.940 0.000
#> GSM768014 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 3 0.1529 0.9096 0.000 0.040 0.960
#> GSM768018 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768019 2 0.5785 0.3271 0.332 0.668 0.000
#> GSM768020 2 0.4353 0.7663 0.008 0.836 0.156
#> GSM768021 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768022 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768023 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768024 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768016 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768025 3 0.1529 0.9096 0.000 0.040 0.960
#> GSM768026 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768027 2 0.4346 0.6314 0.184 0.816 0.000
#> GSM768028 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM768029 1 0.6295 0.2991 0.528 0.472 0.000
#> GSM768030 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768031 2 0.1289 0.7530 0.032 0.968 0.000
#> GSM768032 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM768033 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768034 3 0.0592 0.9214 0.000 0.012 0.988
#> GSM768035 1 0.4702 0.8027 0.788 0.212 0.000
#> GSM768036 2 0.5948 0.5485 0.000 0.640 0.360
#> GSM768037 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768038 2 0.4178 0.6352 0.172 0.828 0.000
#> GSM768039 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768040 3 0.1753 0.9038 0.000 0.048 0.952
#> GSM768041 2 0.1289 0.7530 0.032 0.968 0.000
#> GSM768042 2 0.5882 0.5717 0.000 0.652 0.348
#> GSM768044 2 0.1411 0.7705 0.000 0.964 0.036
#> GSM768045 2 0.6792 0.7398 0.124 0.744 0.132
#> GSM768046 2 0.6291 -0.1083 0.468 0.532 0.000
#> GSM768047 2 0.6225 0.3847 0.000 0.568 0.432
#> GSM768048 3 0.1529 0.9096 0.000 0.040 0.960
#> GSM768049 2 0.6274 0.3140 0.000 0.544 0.456
#> GSM768050 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 2 0.0000 0.7639 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 3 0.1031 0.9174 0.000 0.024 0.976
#> GSM768054 1 0.3941 0.8513 0.844 0.156 0.000
#> GSM768055 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768056 3 0.4178 0.7785 0.000 0.172 0.828
#> GSM768057 2 0.5465 0.6620 0.000 0.712 0.288
#> GSM768059 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 3 0.0424 0.9221 0.000 0.008 0.992
#> GSM768062 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.4002 0.7630 0.000 0.840 0.160
#> GSM768064 2 0.0424 0.7621 0.008 0.992 0.000
#> GSM768065 3 0.0592 0.9214 0.000 0.012 0.988
#> GSM768066 1 0.1411 0.8664 0.964 0.036 0.000
#> GSM768067 2 0.5905 0.5628 0.000 0.648 0.352
#> GSM768068 3 0.1031 0.9174 0.000 0.024 0.976
#> GSM768069 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768070 2 0.4291 0.7500 0.000 0.820 0.180
#> GSM768071 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM768072 3 0.1529 0.9096 0.000 0.040 0.960
#> GSM768073 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768074 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768075 3 0.3551 0.8345 0.000 0.132 0.868
#> GSM768076 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768077 3 0.3551 0.8345 0.000 0.132 0.868
#> GSM768078 2 0.4291 0.7500 0.000 0.820 0.180
#> GSM768079 3 0.0424 0.9221 0.000 0.008 0.992
#> GSM768080 2 0.4291 0.7500 0.000 0.820 0.180
#> GSM768081 3 0.0424 0.9217 0.000 0.008 0.992
#> GSM768082 2 0.1860 0.7452 0.052 0.948 0.000
#> GSM768083 3 0.3551 0.8345 0.000 0.132 0.868
#> GSM768084 3 0.4178 0.7785 0.000 0.172 0.828
#> GSM768085 3 0.0592 0.9214 0.000 0.012 0.988
#> GSM768086 3 0.4178 0.7785 0.000 0.172 0.828
#> GSM768087 3 0.0424 0.9221 0.000 0.008 0.992
#> GSM768088 2 0.4291 0.7500 0.000 0.820 0.180
#> GSM768089 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.1529 0.9096 0.000 0.040 0.960
#> GSM768091 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768092 3 0.6225 0.0860 0.000 0.432 0.568
#> GSM768093 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM768094 3 0.4121 0.7817 0.000 0.168 0.832
#> GSM768095 3 0.3551 0.8345 0.000 0.132 0.868
#> GSM768096 2 0.5621 0.3985 0.308 0.692 0.000
#> GSM768097 1 0.4235 0.8371 0.824 0.176 0.000
#> GSM768098 1 0.3267 0.8640 0.884 0.116 0.000
#> GSM768099 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768100 1 0.3340 0.8634 0.880 0.120 0.000
#> GSM768101 1 0.0424 0.8649 0.992 0.008 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768104 3 0.4178 0.7785 0.000 0.172 0.828
#> GSM768105 2 0.4654 0.7343 0.000 0.792 0.208
#> GSM768106 1 0.3267 0.8640 0.884 0.116 0.000
#> GSM768107 1 0.0424 0.8649 0.992 0.008 0.000
#> GSM768108 2 0.6302 -0.1523 0.480 0.520 0.000
#> GSM768109 2 0.5138 0.7001 0.000 0.748 0.252
#> GSM768110 1 0.6244 0.3903 0.560 0.440 0.000
#> GSM768111 2 0.6792 0.7398 0.124 0.744 0.132
#> GSM768112 2 0.2625 0.7166 0.084 0.916 0.000
#> GSM768113 2 0.5465 0.6620 0.000 0.712 0.288
#> GSM768114 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 2 0.4452 0.6090 0.192 0.808 0.000
#> GSM768116 2 0.4555 0.5973 0.200 0.800 0.000
#> GSM768117 2 0.4974 0.7138 0.000 0.764 0.236
#> GSM768118 2 0.0237 0.7627 0.004 0.996 0.000
#> GSM768119 3 0.6308 -0.1641 0.000 0.492 0.508
#> GSM768120 2 0.0592 0.7600 0.012 0.988 0.000
#> GSM768121 2 0.5235 0.7704 0.036 0.812 0.152
#> GSM768122 1 0.3267 0.8640 0.884 0.116 0.000
#> GSM768123 2 0.4974 0.7138 0.000 0.764 0.236
#> GSM768124 2 0.5465 0.4596 0.288 0.712 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.4235 0.8371 0.824 0.176 0.000
#> GSM768127 2 0.4062 0.7613 0.000 0.836 0.164
#> GSM768128 2 0.1643 0.7493 0.044 0.956 0.000
#> GSM768129 2 0.5178 0.6967 0.000 0.744 0.256
#> GSM768130 2 0.0000 0.7639 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 2 0.4121 0.6403 0.168 0.832 0.000
#> GSM768132 1 0.3686 0.8582 0.860 0.140 0.000
#> GSM768133 2 0.5138 0.7001 0.000 0.748 0.252
#> GSM768134 1 0.6140 0.4625 0.596 0.404 0.000
#> GSM768135 1 0.3941 0.8513 0.844 0.156 0.000
#> GSM768136 2 0.5465 0.4596 0.288 0.712 0.000
#> GSM768137 2 0.4002 0.7630 0.000 0.840 0.160
#> GSM768138 2 0.0592 0.7614 0.012 0.988 0.000
#> GSM768139 2 0.4452 0.6090 0.192 0.808 0.000
#> GSM768140 1 0.3619 0.8596 0.864 0.136 0.000
#> GSM768141 2 0.4887 0.7206 0.000 0.772 0.228
#> GSM768142 2 0.5760 0.3356 0.328 0.672 0.000
#> GSM768143 3 0.0424 0.9221 0.000 0.008 0.992
#> GSM768144 2 0.1529 0.7720 0.000 0.960 0.040
#> GSM768145 2 0.6154 0.4461 0.000 0.592 0.408
#> GSM768002 2 0.0000 0.7639 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.3941 0.8513 0.844 0.156 0.000
#> GSM768043 2 0.1411 0.7513 0.036 0.964 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.8638 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.0000 0.9219 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.4452 0.6090 0.192 0.808 0.000
#> GSM768058 1 0.0424 0.8649 0.992 0.008 0.000
#> GSM767987 1 0.5988 0.5771 0.632 0.368 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.7433 0.6418 0.508 0.216 0.276 0.000
#> GSM767977 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM767978 3 0.1389 0.7806 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM767979 3 0.7021 -0.0211 0.400 0.120 0.480 0.000
#> GSM767980 2 0.4877 0.3661 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.4284 0.4686 0.012 0.764 0.000 0.224
#> GSM767982 3 0.0592 0.7680 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM767983 2 0.0336 0.5892 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM767984 1 0.7363 0.6817 0.516 0.284 0.200 0.000
#> GSM767985 2 0.3123 0.5193 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM767989 2 0.4643 0.4372 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.4718 0.4173 0.012 0.708 0.000 0.280
#> GSM767991 2 0.4643 0.4372 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM767993 3 0.0469 0.7694 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM767994 2 0.0336 0.5892 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM767995 2 0.5093 0.4484 0.348 0.640 0.000 0.012
#> GSM767996 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767997 2 0.4877 0.3661 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768000 4 0.3257 0.8119 0.152 0.004 0.000 0.844
#> GSM768001 2 0.4353 0.4617 0.012 0.756 0.000 0.232
#> GSM768003 2 0.5600 0.0779 0.468 0.512 0.020 0.000
#> GSM768004 2 0.4516 0.4425 0.012 0.736 0.000 0.252
#> GSM768005 4 0.6826 0.6176 0.416 0.100 0.000 0.484
#> GSM768006 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768007 2 0.5193 0.2232 0.412 0.580 0.008 0.000
#> GSM768008 4 0.3542 0.8286 0.120 0.028 0.000 0.852
#> GSM768009 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768010 4 0.0707 0.8403 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM768011 2 0.5938 -0.0218 0.476 0.488 0.036 0.000
#> GSM768012 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM768013 2 0.5600 0.0779 0.468 0.512 0.020 0.000
#> GSM768014 4 0.0707 0.8403 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM768017 4 0.5174 0.7200 0.368 0.012 0.000 0.620
#> GSM768018 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768019 1 0.7353 0.6794 0.516 0.288 0.196 0.000
#> GSM768020 2 0.1716 0.5757 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM768021 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768022 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768023 4 0.3257 0.8119 0.152 0.004 0.000 0.844
#> GSM768024 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768016 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768025 4 0.5174 0.7200 0.368 0.012 0.000 0.620
#> GSM768026 2 0.0707 0.5880 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.6542 0.3168 0.496 0.428 0.076 0.000
#> GSM768028 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM768029 1 0.7371 0.4682 0.472 0.168 0.360 0.000
#> GSM768030 2 0.0921 0.5886 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM768031 2 0.5080 0.2378 0.420 0.576 0.004 0.000
#> GSM768032 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM768033 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768034 4 0.2775 0.8367 0.084 0.020 0.000 0.896
#> GSM768035 3 0.5024 0.5707 0.360 0.008 0.632 0.000
#> GSM768036 2 0.4199 0.5079 0.032 0.804 0.000 0.164
#> GSM768037 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768038 2 0.6143 -0.2209 0.456 0.496 0.048 0.000
#> GSM768039 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768040 4 0.3245 0.8300 0.064 0.056 0.000 0.880
#> GSM768041 2 0.5080 0.2378 0.420 0.576 0.004 0.000
#> GSM768042 2 0.4057 0.5178 0.032 0.816 0.000 0.152
#> GSM768044 2 0.5024 0.4392 0.360 0.632 0.000 0.008
#> GSM768045 2 0.4767 0.3341 0.256 0.724 0.020 0.000
#> GSM768046 1 0.7373 0.6050 0.508 0.192 0.300 0.000
#> GSM768047 2 0.4546 0.4400 0.012 0.732 0.000 0.256
#> GSM768048 4 0.5174 0.7200 0.368 0.012 0.000 0.620
#> GSM768049 2 0.4718 0.4173 0.012 0.708 0.000 0.280
#> GSM768050 3 0.0592 0.7680 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768051 3 0.0921 0.7725 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM768052 2 0.4643 0.4372 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.3149 0.8347 0.088 0.032 0.000 0.880
#> GSM768054 3 0.4632 0.6846 0.308 0.004 0.688 0.000
#> GSM768055 2 0.1022 0.5874 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM768056 4 0.6826 0.6176 0.416 0.100 0.000 0.484
#> GSM768057 2 0.3215 0.5588 0.032 0.876 0.000 0.092
#> GSM768059 3 0.0592 0.7680 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768060 4 0.1118 0.8301 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768062 4 0.4720 0.7429 0.324 0.004 0.000 0.672
#> GSM768063 2 0.0921 0.5872 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM768064 2 0.4877 0.3661 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.2843 0.8361 0.088 0.020 0.000 0.892
#> GSM768066 3 0.3266 0.7683 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM768067 2 0.4105 0.5138 0.032 0.812 0.000 0.156
#> GSM768068 4 0.3542 0.8286 0.120 0.028 0.000 0.852
#> GSM768069 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768070 2 0.6616 0.3790 0.308 0.584 0.000 0.108
#> GSM768071 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM768072 4 0.5174 0.7200 0.368 0.012 0.000 0.620
#> GSM768073 2 0.0707 0.5880 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0336 0.5892 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.4690 0.6073 0.012 0.276 0.000 0.712
#> GSM768076 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768077 4 0.4690 0.6073 0.012 0.276 0.000 0.712
#> GSM768078 2 0.6616 0.3790 0.308 0.584 0.000 0.108
#> GSM768079 4 0.1118 0.8301 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768080 2 0.6616 0.3790 0.308 0.584 0.000 0.108
#> GSM768081 4 0.3047 0.8300 0.116 0.012 0.000 0.872
#> GSM768082 2 0.5508 0.1266 0.476 0.508 0.016 0.000
#> GSM768083 4 0.4663 0.6129 0.012 0.272 0.000 0.716
#> GSM768084 4 0.6826 0.6176 0.416 0.100 0.000 0.484
#> GSM768085 4 0.2775 0.8367 0.084 0.020 0.000 0.896
#> GSM768086 4 0.6826 0.6176 0.416 0.100 0.000 0.484
#> GSM768087 4 0.1118 0.8301 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768088 2 0.6616 0.3790 0.308 0.584 0.000 0.108
#> GSM768089 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768090 4 0.5174 0.7200 0.368 0.012 0.000 0.620
#> GSM768091 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM768092 1 0.7878 -0.2075 0.384 0.324 0.000 0.292
#> GSM768093 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768094 4 0.6780 0.6198 0.416 0.096 0.000 0.488
#> GSM768095 4 0.4690 0.6073 0.012 0.276 0.000 0.712
#> GSM768096 1 0.7359 0.6478 0.504 0.312 0.184 0.000
#> GSM768097 3 0.4978 0.6465 0.324 0.012 0.664 0.000
#> GSM768098 3 0.3610 0.7509 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768099 2 0.0921 0.5886 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM768100 3 0.3975 0.7391 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM768101 3 0.1940 0.7808 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM768102 3 0.0469 0.7758 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768103 2 0.0921 0.5886 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM768104 4 0.6822 0.6204 0.412 0.100 0.000 0.488
#> GSM768105 2 0.2002 0.5832 0.020 0.936 0.000 0.044
#> GSM768106 3 0.3610 0.7509 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768107 3 0.1940 0.7808 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM768108 1 0.7330 0.5818 0.508 0.180 0.312 0.000
#> GSM768109 2 0.2266 0.5733 0.004 0.912 0.000 0.084
#> GSM768110 1 0.7197 0.3570 0.468 0.140 0.392 0.000
#> GSM768111 2 0.4767 0.3341 0.256 0.724 0.020 0.000
#> GSM768112 2 0.5746 0.1407 0.396 0.572 0.032 0.000
#> GSM768113 2 0.3215 0.5588 0.032 0.876 0.000 0.092
#> GSM768114 3 0.0592 0.7680 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM768115 2 0.6275 -0.2685 0.460 0.484 0.056 0.000
#> GSM768116 1 0.6276 0.2779 0.480 0.464 0.056 0.000
#> GSM768117 2 0.1978 0.5785 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM768118 2 0.4730 0.4202 0.364 0.636 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.5018 0.3485 0.012 0.656 0.000 0.332
#> GSM768120 2 0.4877 0.2937 0.408 0.592 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.2760 0.5406 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM768122 3 0.3610 0.7509 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM768123 2 0.1978 0.5785 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM768124 1 0.7106 0.6131 0.528 0.324 0.148 0.000
#> GSM768125 3 0.1022 0.7711 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM768126 3 0.4978 0.6465 0.324 0.012 0.664 0.000
#> GSM768127 2 0.0707 0.5880 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768128 2 0.5402 0.1549 0.472 0.516 0.012 0.000
#> GSM768129 2 0.2334 0.5719 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM768130 2 0.4661 0.4348 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM768131 2 0.6140 -0.2059 0.452 0.500 0.048 0.000
#> GSM768132 3 0.4356 0.7056 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM768133 2 0.2266 0.5733 0.004 0.912 0.000 0.084
#> GSM768134 1 0.7154 0.2264 0.440 0.132 0.428 0.000
#> GSM768135 3 0.4632 0.6846 0.308 0.004 0.688 0.000
#> GSM768136 1 0.7106 0.6131 0.528 0.324 0.148 0.000
#> GSM768137 2 0.1211 0.5850 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM768138 2 0.4888 0.3589 0.412 0.588 0.000 0.000
#> GSM768139 2 0.6275 -0.2685 0.460 0.484 0.056 0.000
#> GSM768140 3 0.4250 0.7153 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM768141 2 0.2413 0.5801 0.020 0.916 0.000 0.064
#> GSM768142 1 0.7341 0.6762 0.516 0.292 0.192 0.000
#> GSM768143 4 0.1118 0.8301 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768144 2 0.4990 0.4474 0.352 0.640 0.000 0.008
#> GSM768145 2 0.4353 0.4617 0.012 0.756 0.000 0.232
#> GSM768002 2 0.4643 0.4372 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM768061 3 0.4632 0.6846 0.308 0.004 0.688 0.000
#> GSM768043 2 0.5126 0.1798 0.444 0.552 0.004 0.000
#> GSM767986 3 0.0592 0.7680 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM767999 4 0.0336 0.8399 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM767988 2 0.6275 -0.2685 0.460 0.484 0.056 0.000
#> GSM768058 3 0.1940 0.7808 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM767987 3 0.7021 -0.0211 0.400 0.120 0.480 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 3 0.3488 0.3146 0.008 0.008 0.804 0.000 0.180
#> GSM767977 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM767978 5 0.2144 0.7869 0.020 0.000 0.068 0.000 0.912
#> GSM767979 3 0.4670 -0.3049 0.004 0.008 0.548 0.000 0.440
#> GSM767980 3 0.5384 0.6896 0.140 0.196 0.664 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.2907 0.7598 0.012 0.864 0.008 0.116 0.000
#> GSM767982 5 0.0794 0.7634 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM767983 2 0.2424 0.8058 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM767984 3 0.3764 0.4879 0.024 0.032 0.828 0.000 0.116
#> GSM767985 2 0.4260 0.5954 0.004 0.680 0.308 0.000 0.008
#> GSM767989 3 0.5882 0.6636 0.148 0.264 0.588 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.3370 0.6931 0.028 0.824 0.000 0.148 0.000
#> GSM767991 3 0.5882 0.6636 0.148 0.264 0.588 0.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM767993 5 0.0955 0.7652 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> GSM767994 2 0.2424 0.8058 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM767995 3 0.6279 0.6430 0.200 0.268 0.532 0.000 0.000
#> GSM767996 4 0.1018 0.7623 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> GSM767997 3 0.5384 0.6896 0.140 0.196 0.664 0.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768000 4 0.4291 0.2413 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM768001 2 0.2488 0.7508 0.004 0.872 0.000 0.124 0.000
#> GSM768003 3 0.4031 0.6896 0.048 0.160 0.788 0.000 0.004
#> GSM768004 2 0.3012 0.7287 0.024 0.852 0.000 0.124 0.000
#> GSM768005 1 0.1661 0.8462 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> GSM768006 4 0.1018 0.7623 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> GSM768007 3 0.4503 0.6514 0.040 0.256 0.704 0.000 0.000
#> GSM768008 4 0.5854 0.2282 0.436 0.096 0.000 0.468 0.000
#> GSM768009 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768010 4 0.2179 0.7212 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM768011 3 0.4140 0.6879 0.048 0.148 0.792 0.000 0.012
#> GSM768012 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM768013 3 0.4031 0.6896 0.048 0.160 0.788 0.000 0.004
#> GSM768014 4 0.2179 0.7212 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM768017 1 0.2690 0.8102 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM768018 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768019 3 0.3968 0.4945 0.024 0.040 0.816 0.000 0.120
#> GSM768020 2 0.3333 0.7365 0.004 0.788 0.208 0.000 0.000
#> GSM768021 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768023 4 0.4291 0.2413 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM768024 4 0.1018 0.7623 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> GSM768015 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768025 1 0.2690 0.8102 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM768026 2 0.2719 0.7999 0.004 0.852 0.144 0.000 0.000
#> GSM768027 3 0.4680 0.6561 0.032 0.132 0.772 0.000 0.064
#> GSM768028 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM768029 3 0.4015 0.0780 0.008 0.004 0.724 0.000 0.264
#> GSM768030 2 0.3010 0.7757 0.004 0.824 0.172 0.000 0.000
#> GSM768031 3 0.4441 0.6679 0.044 0.236 0.720 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM768033 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768034 4 0.4843 0.5671 0.292 0.048 0.000 0.660 0.000
#> GSM768035 5 0.4542 0.6108 0.008 0.000 0.456 0.000 0.536
#> GSM768036 2 0.2492 0.7884 0.020 0.900 0.008 0.072 0.000
#> GSM768037 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768038 3 0.4267 0.5777 0.004 0.232 0.736 0.000 0.028
#> GSM768039 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.5382 0.5932 0.252 0.104 0.000 0.644 0.000
#> GSM768041 3 0.4441 0.6679 0.044 0.236 0.720 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.2476 0.7958 0.020 0.904 0.012 0.064 0.000
#> GSM768044 3 0.6185 0.6519 0.188 0.264 0.548 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.5222 0.2224 0.008 0.512 0.452 0.000 0.028
#> GSM768046 3 0.3873 0.2514 0.008 0.012 0.768 0.000 0.212
#> GSM768047 2 0.3060 0.7268 0.024 0.848 0.000 0.128 0.000
#> GSM768048 1 0.2690 0.8102 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM768049 2 0.3370 0.6931 0.028 0.824 0.000 0.148 0.000
#> GSM768050 5 0.0794 0.7634 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM768051 5 0.0798 0.7764 0.008 0.000 0.016 0.000 0.976
#> GSM768052 3 0.5882 0.6636 0.148 0.264 0.588 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.5691 0.5189 0.296 0.112 0.000 0.592 0.000
#> GSM768054 5 0.4446 0.7047 0.008 0.000 0.400 0.000 0.592
#> GSM768055 2 0.2890 0.7881 0.004 0.836 0.160 0.000 0.000
#> GSM768056 1 0.1661 0.8462 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> GSM768057 2 0.2180 0.8219 0.020 0.924 0.032 0.024 0.000
#> GSM768059 5 0.0794 0.7634 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM768060 4 0.1981 0.7520 0.016 0.064 0.000 0.920 0.000
#> GSM768062 1 0.3242 0.7001 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM768063 2 0.2848 0.7910 0.004 0.840 0.156 0.000 0.000
#> GSM768064 3 0.5384 0.6896 0.140 0.196 0.664 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.4863 0.5613 0.296 0.048 0.000 0.656 0.000
#> GSM768066 5 0.3461 0.7863 0.004 0.000 0.224 0.000 0.772
#> GSM768067 2 0.2364 0.7930 0.020 0.908 0.008 0.064 0.000
#> GSM768068 4 0.5854 0.2282 0.436 0.096 0.000 0.468 0.000
#> GSM768069 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768070 3 0.7051 0.5513 0.320 0.236 0.428 0.016 0.000
#> GSM768071 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM768072 1 0.2690 0.8102 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM768073 2 0.2719 0.7999 0.004 0.852 0.144 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.2424 0.8058 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.4898 0.4948 0.032 0.376 0.000 0.592 0.000
#> GSM768076 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768077 4 0.4898 0.4948 0.032 0.376 0.000 0.592 0.000
#> GSM768078 3 0.7051 0.5513 0.320 0.236 0.428 0.016 0.000
#> GSM768079 4 0.1981 0.7520 0.016 0.064 0.000 0.920 0.000
#> GSM768080 3 0.7051 0.5513 0.320 0.236 0.428 0.016 0.000
#> GSM768081 4 0.4872 0.3051 0.436 0.024 0.000 0.540 0.000
#> GSM768082 3 0.4452 0.6949 0.072 0.164 0.760 0.000 0.004
#> GSM768083 4 0.4886 0.4990 0.032 0.372 0.000 0.596 0.000
#> GSM768084 1 0.1661 0.8462 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> GSM768085 4 0.4843 0.5671 0.292 0.048 0.000 0.660 0.000
#> GSM768086 1 0.1661 0.8462 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> GSM768087 4 0.1981 0.7520 0.016 0.064 0.000 0.920 0.000
#> GSM768088 3 0.7051 0.5513 0.320 0.236 0.428 0.016 0.000
#> GSM768089 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768090 1 0.2690 0.8102 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM768091 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM768092 1 0.5325 0.4422 0.708 0.144 0.132 0.016 0.000
#> GSM768093 4 0.1018 0.7623 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> GSM768094 1 0.1741 0.8463 0.936 0.000 0.024 0.040 0.000
#> GSM768095 4 0.4898 0.4948 0.032 0.376 0.000 0.592 0.000
#> GSM768096 3 0.3481 0.5337 0.004 0.056 0.840 0.000 0.100
#> GSM768097 5 0.4497 0.6754 0.008 0.000 0.424 0.000 0.568
#> GSM768098 5 0.3835 0.7712 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> GSM768099 2 0.3010 0.7757 0.004 0.824 0.172 0.000 0.000
#> GSM768100 5 0.4009 0.7573 0.004 0.000 0.312 0.000 0.684
#> GSM768101 5 0.1892 0.7900 0.004 0.000 0.080 0.000 0.916
#> GSM768102 5 0.1493 0.7768 0.024 0.000 0.028 0.000 0.948
#> GSM768103 2 0.3086 0.7660 0.004 0.816 0.180 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.1822 0.8448 0.936 0.004 0.024 0.036 0.000
#> GSM768105 2 0.2392 0.8218 0.004 0.888 0.104 0.004 0.000
#> GSM768106 5 0.3835 0.7712 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> GSM768107 5 0.1892 0.7900 0.004 0.000 0.080 0.000 0.916
#> GSM768108 3 0.3828 0.2220 0.008 0.008 0.764 0.000 0.220
#> GSM768109 2 0.1800 0.8337 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000
#> GSM768110 3 0.4199 -0.0332 0.008 0.004 0.692 0.000 0.296
#> GSM768111 2 0.5222 0.2224 0.008 0.512 0.452 0.000 0.028
#> GSM768112 3 0.3835 0.6353 0.008 0.260 0.732 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.2180 0.8219 0.020 0.924 0.032 0.024 0.000
#> GSM768114 5 0.0794 0.7634 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM768115 3 0.4583 0.5342 0.004 0.256 0.704 0.000 0.036
#> GSM768116 3 0.4348 0.5651 0.008 0.216 0.744 0.000 0.032
#> GSM768117 2 0.1357 0.8320 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM768118 3 0.5762 0.6705 0.144 0.248 0.608 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.3863 0.6056 0.028 0.772 0.000 0.200 0.000
#> GSM768120 3 0.4693 0.6669 0.056 0.244 0.700 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.4111 0.6355 0.004 0.708 0.280 0.000 0.008
#> GSM768122 5 0.3835 0.7712 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> GSM768123 2 0.1357 0.8320 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM768124 3 0.4048 0.5530 0.032 0.052 0.820 0.000 0.096
#> GSM768125 5 0.0693 0.7748 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> GSM768126 5 0.4497 0.6754 0.008 0.000 0.424 0.000 0.568
#> GSM768127 2 0.2719 0.7999 0.004 0.852 0.144 0.000 0.000
#> GSM768128 3 0.4372 0.6935 0.072 0.172 0.756 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.1893 0.8337 0.000 0.928 0.048 0.024 0.000
#> GSM768130 3 0.5861 0.6651 0.148 0.260 0.592 0.000 0.000
#> GSM768131 3 0.4184 0.5802 0.004 0.232 0.740 0.000 0.024
#> GSM768132 5 0.4392 0.7216 0.008 0.000 0.380 0.000 0.612
#> GSM768133 2 0.1800 0.8337 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000
#> GSM768134 3 0.4370 -0.1540 0.008 0.004 0.656 0.000 0.332
#> GSM768135 5 0.4446 0.7047 0.008 0.000 0.400 0.000 0.592
#> GSM768136 3 0.4048 0.5530 0.032 0.052 0.820 0.000 0.096
#> GSM768137 2 0.3160 0.7607 0.004 0.808 0.188 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.5354 0.6906 0.140 0.192 0.668 0.000 0.000
#> GSM768139 3 0.4583 0.5342 0.004 0.256 0.704 0.000 0.036
#> GSM768140 5 0.4225 0.7307 0.004 0.000 0.364 0.000 0.632
#> GSM768141 2 0.1768 0.8286 0.004 0.924 0.072 0.000 0.000
#> GSM768142 3 0.3920 0.5010 0.024 0.040 0.820 0.000 0.116
#> GSM768143 4 0.1981 0.7520 0.016 0.064 0.000 0.920 0.000
#> GSM768144 3 0.6237 0.6481 0.196 0.264 0.540 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.2488 0.7508 0.004 0.872 0.000 0.124 0.000
#> GSM768002 3 0.5882 0.6636 0.148 0.264 0.588 0.000 0.000
#> GSM768061 5 0.4446 0.7047 0.008 0.000 0.400 0.000 0.592
#> GSM768043 3 0.4161 0.6743 0.040 0.208 0.752 0.000 0.000
#> GSM767986 5 0.0794 0.7634 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM767999 4 0.0162 0.7601 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM767988 3 0.4583 0.5342 0.004 0.256 0.704 0.000 0.036
#> GSM768058 5 0.1892 0.7900 0.004 0.000 0.080 0.000 0.916
#> GSM767987 3 0.4670 -0.3049 0.004 0.008 0.548 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 5 0.5597 0.28900 0.000 0.000 0.252 0.000 0.544 0.204
#> GSM767977 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM767978 5 0.3867 -0.76651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM767979 5 0.4958 0.35220 0.000 0.000 0.076 0.000 0.560 0.364
#> GSM767980 3 0.0820 0.70905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM767981 2 0.2973 0.77440 0.032 0.872 0.004 0.056 0.000 0.036
#> GSM767982 6 0.3659 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM767983 2 0.2726 0.83892 0.000 0.856 0.112 0.000 0.000 0.032
#> GSM767984 3 0.5807 0.14178 0.000 0.000 0.440 0.000 0.376 0.184
#> GSM767985 2 0.5397 0.64169 0.000 0.644 0.232 0.000 0.064 0.060
#> GSM767989 3 0.2056 0.72047 0.004 0.080 0.904 0.000 0.012 0.000
#> GSM767990 2 0.3597 0.71913 0.048 0.824 0.000 0.092 0.000 0.036
#> GSM767991 3 0.2056 0.72047 0.004 0.080 0.904 0.000 0.012 0.000
#> GSM767992 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM767993 6 0.3695 0.94423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM767994 2 0.2726 0.83892 0.000 0.856 0.112 0.000 0.000 0.032
#> GSM767995 3 0.2670 0.70584 0.040 0.084 0.872 0.000 0.000 0.004
#> GSM767996 4 0.0993 0.75780 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0820 0.70905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM767998 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768000 1 0.3998 -0.03826 0.504 0.000 0.000 0.492 0.000 0.004
#> GSM768001 2 0.2875 0.76621 0.028 0.872 0.000 0.064 0.000 0.036
#> GSM768003 3 0.3841 0.62637 0.000 0.000 0.764 0.000 0.068 0.168
#> GSM768004 2 0.3217 0.74826 0.044 0.852 0.000 0.068 0.000 0.036
#> GSM768005 1 0.2362 0.74427 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> GSM768006 4 0.0993 0.75780 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM768007 3 0.6204 0.54243 0.000 0.120 0.592 0.000 0.104 0.184
#> GSM768008 1 0.5566 -0.00346 0.480 0.088 0.000 0.416 0.000 0.016
#> GSM768009 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768010 4 0.2771 0.69526 0.116 0.000 0.000 0.852 0.000 0.032
#> GSM768011 3 0.4422 0.59505 0.000 0.004 0.720 0.000 0.096 0.180
#> GSM768012 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM768013 3 0.3841 0.62637 0.000 0.000 0.764 0.000 0.068 0.168
#> GSM768014 4 0.2771 0.69526 0.116 0.000 0.000 0.852 0.000 0.032
#> GSM768017 1 0.1464 0.73728 0.944 0.000 0.004 0.036 0.000 0.016
#> GSM768018 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768019 3 0.5813 0.12189 0.000 0.000 0.432 0.000 0.384 0.184
#> GSM768020 2 0.3990 0.77451 0.000 0.760 0.184 0.000 0.016 0.040
#> GSM768021 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768022 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768023 1 0.3998 -0.03826 0.504 0.000 0.000 0.492 0.000 0.004
#> GSM768024 4 0.0993 0.75780 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM768015 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768016 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768025 1 0.1464 0.73728 0.944 0.000 0.004 0.036 0.000 0.016
#> GSM768026 2 0.2901 0.83412 0.000 0.840 0.128 0.000 0.000 0.032
#> GSM768027 3 0.6366 0.35184 0.000 0.044 0.520 0.000 0.232 0.204
#> GSM768028 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM768029 5 0.5022 0.44417 0.000 0.000 0.156 0.000 0.640 0.204
#> GSM768030 2 0.3268 0.82011 0.000 0.812 0.144 0.000 0.000 0.044
#> GSM768031 3 0.4673 0.65120 0.000 0.088 0.740 0.000 0.044 0.128
#> GSM768032 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM768033 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768034 4 0.4979 0.43005 0.316 0.056 0.000 0.612 0.000 0.016
#> GSM768035 5 0.1563 0.45442 0.000 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM768036 2 0.3407 0.80977 0.044 0.856 0.032 0.036 0.000 0.032
#> GSM768037 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768038 3 0.7592 -0.03291 0.000 0.176 0.316 0.000 0.292 0.216
#> GSM768039 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768040 4 0.5431 0.46542 0.292 0.096 0.000 0.592 0.000 0.020
#> GSM768041 3 0.4673 0.65120 0.000 0.088 0.740 0.000 0.044 0.128
#> GSM768042 2 0.3185 0.81720 0.044 0.868 0.032 0.028 0.000 0.028
#> GSM768044 3 0.2398 0.71107 0.028 0.080 0.888 0.000 0.000 0.004
#> GSM768045 2 0.6834 0.37143 0.000 0.492 0.248 0.000 0.120 0.140
#> GSM768046 5 0.5325 0.37513 0.000 0.000 0.212 0.000 0.596 0.192
#> GSM768047 2 0.3469 0.74589 0.044 0.840 0.004 0.076 0.000 0.036
#> GSM768048 1 0.1464 0.73728 0.944 0.000 0.004 0.036 0.000 0.016
#> GSM768049 2 0.3597 0.71913 0.048 0.824 0.000 0.092 0.000 0.036
#> GSM768050 6 0.3659 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM768051 6 0.3872 0.86492 0.004 0.000 0.000 0.000 0.392 0.604
#> GSM768052 3 0.2056 0.72047 0.004 0.080 0.904 0.000 0.012 0.000
#> GSM768053 4 0.5591 0.34821 0.332 0.116 0.000 0.540 0.000 0.012
#> GSM768054 5 0.0363 0.42707 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768055 2 0.3101 0.82249 0.000 0.820 0.148 0.000 0.000 0.032
#> GSM768056 1 0.2362 0.74427 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> GSM768057 2 0.2551 0.84733 0.028 0.896 0.052 0.008 0.000 0.016
#> GSM768059 6 0.3659 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM768060 4 0.2566 0.74209 0.028 0.064 0.000 0.888 0.000 0.020
#> GSM768062 1 0.2214 0.70050 0.888 0.000 0.000 0.096 0.000 0.016
#> GSM768063 2 0.3155 0.82811 0.000 0.828 0.132 0.000 0.004 0.036
#> GSM768064 3 0.1926 0.69701 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.068
#> GSM768065 4 0.4923 0.41697 0.324 0.056 0.000 0.608 0.000 0.012
#> GSM768066 5 0.2883 -0.02002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM768067 2 0.3260 0.81520 0.044 0.864 0.032 0.028 0.000 0.032
#> GSM768068 1 0.5566 -0.00346 0.480 0.088 0.000 0.416 0.000 0.016
#> GSM768069 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768070 3 0.4264 0.57882 0.184 0.080 0.732 0.000 0.000 0.004
#> GSM768071 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM768072 1 0.1464 0.73728 0.944 0.000 0.004 0.036 0.000 0.016
#> GSM768073 2 0.2901 0.83412 0.000 0.840 0.128 0.000 0.000 0.032
#> GSM768074 2 0.2726 0.83892 0.000 0.856 0.112 0.000 0.000 0.032
#> GSM768075 4 0.5495 0.44592 0.052 0.372 0.000 0.536 0.000 0.040
#> GSM768076 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768077 4 0.5495 0.44592 0.052 0.372 0.000 0.536 0.000 0.040
#> GSM768078 3 0.4264 0.57882 0.184 0.080 0.732 0.000 0.000 0.004
#> GSM768079 4 0.2566 0.74209 0.028 0.064 0.000 0.888 0.000 0.020
#> GSM768080 3 0.4264 0.57882 0.184 0.080 0.732 0.000 0.000 0.004
#> GSM768081 4 0.4700 0.02824 0.472 0.028 0.000 0.492 0.000 0.008
#> GSM768082 3 0.3455 0.64812 0.000 0.000 0.800 0.000 0.056 0.144
#> GSM768083 4 0.5487 0.45014 0.052 0.368 0.000 0.540 0.000 0.040
#> GSM768084 1 0.2362 0.74427 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> GSM768085 4 0.4994 0.42262 0.320 0.056 0.000 0.608 0.000 0.016
#> GSM768086 1 0.2362 0.74427 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> GSM768087 4 0.2566 0.74209 0.028 0.064 0.000 0.888 0.000 0.020
#> GSM768088 3 0.4264 0.57882 0.184 0.080 0.732 0.000 0.000 0.004
#> GSM768089 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768090 1 0.1464 0.73728 0.944 0.000 0.004 0.036 0.000 0.016
#> GSM768091 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM768092 1 0.4993 0.34424 0.600 0.080 0.316 0.000 0.000 0.004
#> GSM768093 4 0.0993 0.75780 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM768094 1 0.2504 0.74466 0.856 0.000 0.136 0.004 0.000 0.004
#> GSM768095 4 0.5495 0.44592 0.052 0.372 0.000 0.536 0.000 0.040
#> GSM768096 3 0.5820 0.06452 0.000 0.000 0.416 0.000 0.400 0.184
#> GSM768097 5 0.0972 0.44398 0.000 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM768098 5 0.2823 0.10394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM768099 2 0.3268 0.82011 0.000 0.812 0.144 0.000 0.000 0.044
#> GSM768100 5 0.1910 0.26722 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM768101 5 0.4120 -0.65700 0.004 0.000 0.004 0.000 0.524 0.468
#> GSM768102 6 0.3797 0.89758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM768103 2 0.3370 0.81446 0.000 0.804 0.148 0.000 0.000 0.048
#> GSM768104 1 0.2473 0.74325 0.856 0.000 0.136 0.000 0.000 0.008
#> GSM768105 2 0.2218 0.84968 0.000 0.884 0.104 0.000 0.000 0.012
#> GSM768106 5 0.2823 0.10394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM768107 5 0.4120 -0.65700 0.004 0.000 0.004 0.000 0.524 0.468
#> GSM768108 5 0.5227 0.39917 0.000 0.000 0.200 0.000 0.612 0.188
#> GSM768109 2 0.1542 0.85638 0.000 0.936 0.052 0.004 0.000 0.008
#> GSM768110 5 0.4596 0.48547 0.000 0.000 0.120 0.000 0.692 0.188
#> GSM768111 2 0.6834 0.37143 0.000 0.492 0.248 0.000 0.120 0.140
#> GSM768112 3 0.6990 0.37972 0.000 0.124 0.480 0.000 0.200 0.196
#> GSM768113 2 0.2551 0.84733 0.028 0.896 0.052 0.008 0.000 0.016
#> GSM768114 6 0.3659 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM768115 5 0.7647 0.07749 0.000 0.228 0.268 0.000 0.312 0.192
#> GSM768116 5 0.7617 0.07137 0.000 0.196 0.280 0.000 0.320 0.204
#> GSM768117 2 0.1500 0.85610 0.000 0.936 0.052 0.000 0.000 0.012
#> GSM768118 3 0.2866 0.71677 0.000 0.060 0.868 0.000 0.012 0.060
#> GSM768119 2 0.4183 0.64841 0.048 0.772 0.000 0.140 0.000 0.040
#> GSM768120 3 0.3794 0.67818 0.000 0.080 0.792 0.000 0.008 0.120
#> GSM768121 2 0.5040 0.67956 0.000 0.672 0.228 0.000 0.044 0.056
#> GSM768122 5 0.2823 0.10394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM768123 2 0.1500 0.85610 0.000 0.936 0.052 0.000 0.000 0.012
#> GSM768124 3 0.6113 0.14785 0.000 0.008 0.432 0.000 0.352 0.208
#> GSM768125 6 0.3852 0.87214 0.004 0.000 0.000 0.000 0.384 0.612
#> GSM768126 5 0.0972 0.44398 0.000 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM768127 2 0.2901 0.83412 0.000 0.840 0.128 0.000 0.000 0.032
#> GSM768128 3 0.3332 0.65265 0.000 0.000 0.808 0.000 0.048 0.144
#> GSM768129 2 0.1655 0.85632 0.000 0.932 0.052 0.008 0.000 0.008
#> GSM768130 3 0.2002 0.72065 0.004 0.076 0.908 0.000 0.012 0.000
#> GSM768131 3 0.7590 -0.02242 0.000 0.176 0.320 0.000 0.288 0.216
#> GSM768132 5 0.0603 0.40328 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM768133 2 0.1542 0.85638 0.000 0.936 0.052 0.004 0.000 0.008
#> GSM768134 5 0.4302 0.48432 0.000 0.000 0.156 0.000 0.728 0.116
#> GSM768135 5 0.0363 0.42707 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768136 3 0.6113 0.14785 0.000 0.008 0.432 0.000 0.352 0.208
#> GSM768137 2 0.3628 0.80208 0.000 0.784 0.168 0.000 0.004 0.044
#> GSM768138 3 0.1926 0.69684 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.068
#> GSM768139 5 0.7647 0.07749 0.000 0.228 0.268 0.000 0.312 0.192
#> GSM768140 5 0.1007 0.37777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768141 2 0.1858 0.85491 0.000 0.912 0.076 0.000 0.000 0.012
#> GSM768142 3 0.5799 0.16295 0.000 0.000 0.448 0.000 0.368 0.184
#> GSM768143 4 0.2566 0.74209 0.028 0.064 0.000 0.888 0.000 0.020
#> GSM768144 3 0.2547 0.70814 0.036 0.080 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.2875 0.76621 0.028 0.872 0.000 0.064 0.000 0.036
#> GSM768002 3 0.2056 0.72047 0.004 0.080 0.904 0.000 0.012 0.000
#> GSM768061 5 0.0363 0.42707 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM768043 3 0.4273 0.63479 0.000 0.048 0.768 0.000 0.048 0.136
#> GSM767986 6 0.3659 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM767999 4 0.0935 0.75327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM767988 5 0.7647 0.07749 0.000 0.228 0.268 0.000 0.312 0.192
#> GSM768058 5 0.4120 -0.65700 0.004 0.000 0.004 0.000 0.524 0.468
#> GSM767987 5 0.4958 0.35220 0.000 0.000 0.076 0.000 0.560 0.364
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:hclust 150 0.254 1.02e-04 0.307 0.428 2
#> ATC:hclust 149 0.242 1.49e-02 0.185 0.505 3
#> ATC:hclust 112 0.686 1.14e-09 0.381 0.447 4
#> ATC:hclust 148 0.896 5.71e-22 0.487 0.866 5
#> ATC:hclust 114 0.946 1.49e-21 0.192 0.724 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.882 0.897 0.960 0.4938 0.505 0.505
#> 3 3 0.629 0.777 0.870 0.3120 0.634 0.406
#> 4 4 0.716 0.821 0.886 0.1497 0.799 0.505
#> 5 5 0.758 0.678 0.828 0.0647 0.880 0.579
#> 6 6 0.744 0.540 0.739 0.0401 0.943 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767985 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767989 1 0.6531 0.7682 0.832 0.168
#> GSM767990 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.9710 0.3152 0.600 0.400
#> GSM767992 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767995 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768000 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768005 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768009 2 0.9286 0.4883 0.344 0.656
#> GSM768010 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768017 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.9983 0.0980 0.476 0.524
#> GSM768021 2 0.9000 0.5474 0.316 0.684
#> GSM768022 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768023 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768025 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768033 2 0.9044 0.5397 0.320 0.680
#> GSM768034 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.9983 0.0688 0.524 0.476
#> GSM768038 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.9983 0.0688 0.524 0.476
#> GSM768040 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768044 2 0.9358 0.4700 0.352 0.648
#> GSM768045 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768048 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768052 1 0.9963 0.1129 0.536 0.464
#> GSM768053 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0376 0.9516 0.004 0.996
#> GSM768056 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768062 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.2778 0.9109 0.048 0.952
#> GSM768064 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768070 2 0.9044 0.5397 0.320 0.680
#> GSM768071 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768072 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768076 2 0.9044 0.5397 0.320 0.680
#> GSM768077 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768078 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768080 2 0.9044 0.5397 0.320 0.680
#> GSM768081 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768084 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768086 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768088 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768090 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768092 2 0.8386 0.6323 0.268 0.732
#> GSM768093 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768094 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768104 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768111 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768112 1 0.9686 0.3221 0.604 0.396
#> GSM768113 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768115 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768121 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.9044 0.5397 0.320 0.680
#> GSM768128 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.5946 0.8040 0.144 0.856
#> GSM768138 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768139 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768144 2 0.9710 0.3474 0.400 0.600
#> GSM768145 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.9635 0.3477 0.612 0.388
#> GSM768061 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000
#> GSM767988 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.9589 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM767978 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767980 3 0.3941 0.7196 0.156 0.000 0.844
#> GSM767981 3 0.5968 0.5384 0.000 0.364 0.636
#> GSM767982 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 3 0.4178 0.7296 0.000 0.172 0.828
#> GSM767984 1 0.2796 0.8772 0.908 0.000 0.092
#> GSM767985 3 0.4799 0.7455 0.132 0.032 0.836
#> GSM767989 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM767990 2 0.2878 0.8608 0.000 0.904 0.096
#> GSM767991 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM767992 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 3 0.5497 0.6319 0.000 0.292 0.708
#> GSM767995 3 0.0237 0.7704 0.000 0.004 0.996
#> GSM767996 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM767998 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 2 0.0237 0.9143 0.000 0.996 0.004
#> GSM768001 2 0.2878 0.8608 0.000 0.904 0.096
#> GSM768003 1 0.6295 -0.0634 0.528 0.000 0.472
#> GSM768004 2 0.2878 0.8608 0.000 0.904 0.096
#> GSM768005 3 0.6299 -0.0767 0.000 0.476 0.524
#> GSM768006 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768008 2 0.3038 0.8453 0.000 0.896 0.104
#> GSM768009 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768010 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 3 0.5178 0.6559 0.256 0.000 0.744
#> GSM768012 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768013 3 0.5948 0.4812 0.360 0.000 0.640
#> GSM768014 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 2 0.5138 0.6709 0.000 0.748 0.252
#> GSM768018 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.2796 0.8772 0.908 0.000 0.092
#> GSM768020 3 0.4062 0.7340 0.000 0.164 0.836
#> GSM768021 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768022 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 2 0.0237 0.9143 0.000 0.996 0.004
#> GSM768024 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 3 0.1529 0.7668 0.000 0.040 0.960
#> GSM768016 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 2 0.5138 0.6709 0.000 0.748 0.252
#> GSM768026 3 0.4062 0.7340 0.000 0.164 0.836
#> GSM768027 3 0.5497 0.6342 0.292 0.000 0.708
#> GSM768028 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768029 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 3 0.5363 0.6488 0.000 0.276 0.724
#> GSM768031 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768032 3 0.5968 0.5384 0.000 0.364 0.636
#> GSM768033 3 0.2066 0.7756 0.060 0.000 0.940
#> GSM768034 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.3340 0.8349 0.000 0.880 0.120
#> GSM768037 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768038 3 0.4504 0.7174 0.196 0.000 0.804
#> GSM768039 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768040 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768041 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768042 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768044 3 0.2165 0.7751 0.064 0.000 0.936
#> GSM768045 3 0.4399 0.7110 0.188 0.000 0.812
#> GSM768046 1 0.2796 0.8772 0.908 0.000 0.092
#> GSM768047 2 0.2878 0.8608 0.000 0.904 0.096
#> GSM768048 2 0.5138 0.6709 0.000 0.748 0.252
#> GSM768049 2 0.2878 0.8608 0.000 0.904 0.096
#> GSM768050 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768053 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 3 0.4178 0.7296 0.000 0.172 0.828
#> GSM768056 3 0.5926 0.3277 0.000 0.356 0.644
#> GSM768057 3 0.5431 0.6406 0.000 0.284 0.716
#> GSM768059 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 2 0.2165 0.8716 0.000 0.936 0.064
#> GSM768063 3 0.4504 0.7148 0.000 0.196 0.804
#> GSM768064 3 0.3879 0.7231 0.152 0.000 0.848
#> GSM768065 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768067 3 0.5968 0.5384 0.000 0.364 0.636
#> GSM768068 2 0.0892 0.9066 0.000 0.980 0.020
#> GSM768069 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768071 3 0.5968 0.5384 0.000 0.364 0.636
#> GSM768072 2 0.5138 0.6709 0.000 0.748 0.252
#> GSM768073 3 0.4062 0.7340 0.000 0.164 0.836
#> GSM768074 3 0.4178 0.7296 0.000 0.172 0.828
#> GSM768075 2 0.1964 0.8873 0.000 0.944 0.056
#> GSM768076 3 0.2066 0.7756 0.060 0.000 0.940
#> GSM768077 2 0.2448 0.8739 0.000 0.924 0.076
#> GSM768078 3 0.2269 0.7700 0.016 0.040 0.944
#> GSM768079 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768081 2 0.1529 0.8907 0.000 0.960 0.040
#> GSM768082 3 0.5397 0.6233 0.280 0.000 0.720
#> GSM768083 2 0.1643 0.8944 0.000 0.956 0.044
#> GSM768084 3 0.5948 0.3169 0.000 0.360 0.640
#> GSM768085 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 2 0.6008 0.4824 0.000 0.628 0.372
#> GSM768087 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.2269 0.7700 0.016 0.040 0.944
#> GSM768089 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 2 0.5363 0.6342 0.000 0.724 0.276
#> GSM768091 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 3 0.2926 0.7719 0.040 0.036 0.924
#> GSM768093 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 2 0.5363 0.6342 0.000 0.724 0.276
#> GSM768095 2 0.1529 0.8966 0.000 0.960 0.040
#> GSM768096 1 0.5678 0.4558 0.684 0.000 0.316
#> GSM768097 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 3 0.5291 0.6565 0.000 0.268 0.732
#> GSM768100 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 3 0.5363 0.6488 0.000 0.276 0.724
#> GSM768104 3 0.5859 0.3588 0.000 0.344 0.656
#> GSM768105 3 0.4062 0.7340 0.000 0.164 0.836
#> GSM768106 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768110 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 3 0.5454 0.7317 0.152 0.044 0.804
#> GSM768112 3 0.0000 0.7702 0.000 0.000 1.000
#> GSM768113 3 0.1163 0.7700 0.000 0.028 0.972
#> GSM768114 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 3 0.5058 0.6849 0.244 0.000 0.756
#> GSM768116 3 0.5948 0.5375 0.360 0.000 0.640
#> GSM768117 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768118 3 0.2537 0.7712 0.080 0.000 0.920
#> GSM768119 2 0.2625 0.8689 0.000 0.916 0.084
#> GSM768120 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768121 3 0.4799 0.7455 0.132 0.032 0.836
#> GSM768122 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768124 1 0.2796 0.8772 0.908 0.000 0.092
#> GSM768125 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 3 0.0747 0.7706 0.000 0.016 0.984
#> GSM768128 3 0.5882 0.5067 0.348 0.000 0.652
#> GSM768129 3 0.5968 0.5384 0.000 0.364 0.636
#> GSM768130 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768131 3 0.5254 0.6682 0.264 0.000 0.736
#> GSM768132 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768134 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 3 0.6252 0.3316 0.444 0.000 0.556
#> GSM768137 3 0.5138 0.6709 0.000 0.252 0.748
#> GSM768138 3 0.3941 0.7196 0.156 0.000 0.844
#> GSM768139 3 0.5431 0.6449 0.284 0.000 0.716
#> GSM768140 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 3 0.5926 0.5515 0.000 0.356 0.644
#> GSM768142 1 0.2796 0.8772 0.908 0.000 0.092
#> GSM768143 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768145 2 0.5591 0.4777 0.000 0.696 0.304
#> GSM768002 3 0.2448 0.7732 0.076 0.000 0.924
#> GSM768061 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 3 0.2537 0.7712 0.080 0.000 0.920
#> GSM767986 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 3 0.4654 0.7115 0.208 0.000 0.792
#> GSM768058 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.3828 0.8461 0.848 0.068 0.084 0.000
#> GSM767977 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM767978 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767979 1 0.0524 0.9591 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM767980 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM767981 2 0.2342 0.8851 0.000 0.912 0.008 0.080
#> GSM767982 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767983 2 0.1356 0.8675 0.008 0.960 0.032 0.000
#> GSM767984 3 0.6554 0.3135 0.400 0.080 0.520 0.000
#> GSM767985 2 0.3088 0.8031 0.008 0.864 0.128 0.000
#> GSM767989 3 0.1209 0.8329 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM767990 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM767991 3 0.1209 0.8329 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM767992 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM767993 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767994 2 0.2329 0.8877 0.000 0.916 0.012 0.072
#> GSM767995 3 0.2988 0.8117 0.000 0.112 0.876 0.012
#> GSM767996 4 0.1022 0.9108 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM767997 3 0.2466 0.8320 0.004 0.096 0.900 0.000
#> GSM767998 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768000 4 0.2266 0.8578 0.000 0.004 0.084 0.912
#> GSM768001 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768003 3 0.4487 0.7797 0.092 0.100 0.808 0.000
#> GSM768004 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768005 3 0.4086 0.6000 0.000 0.008 0.776 0.216
#> GSM768006 4 0.1022 0.9108 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768007 3 0.2408 0.8307 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM768008 4 0.5113 0.6435 0.000 0.024 0.292 0.684
#> GSM768009 3 0.2345 0.8210 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM768010 4 0.0817 0.9111 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM768011 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768012 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768013 3 0.2805 0.8295 0.012 0.100 0.888 0.000
#> GSM768014 4 0.0469 0.9078 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768017 4 0.4535 0.6590 0.000 0.004 0.292 0.704
#> GSM768018 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768019 3 0.6554 0.3135 0.400 0.080 0.520 0.000
#> GSM768020 2 0.1890 0.8536 0.008 0.936 0.056 0.000
#> GSM768021 3 0.2480 0.8140 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM768022 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768023 4 0.2011 0.8599 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM768024 4 0.1022 0.9108 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768015 3 0.2741 0.8074 0.000 0.096 0.892 0.012
#> GSM768016 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768025 4 0.4356 0.6599 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM768026 2 0.1452 0.8652 0.008 0.956 0.036 0.000
#> GSM768027 3 0.6019 0.6273 0.228 0.100 0.672 0.000
#> GSM768028 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768029 1 0.3691 0.8558 0.856 0.068 0.076 0.000
#> GSM768030 2 0.1516 0.8795 0.008 0.960 0.016 0.016
#> GSM768031 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768032 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768033 3 0.2408 0.8190 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM768034 4 0.1022 0.9114 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768035 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768036 2 0.2216 0.8774 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM768037 3 0.2011 0.8281 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM768038 2 0.4011 0.7138 0.008 0.784 0.208 0.000
#> GSM768039 3 0.2216 0.8295 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM768040 4 0.2101 0.8983 0.000 0.060 0.012 0.928
#> GSM768041 3 0.2408 0.8307 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM768042 2 0.2342 0.8851 0.000 0.912 0.008 0.080
#> GSM768044 3 0.2281 0.8228 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM768045 2 0.2976 0.8019 0.008 0.872 0.120 0.000
#> GSM768046 3 0.6562 0.3028 0.404 0.080 0.516 0.000
#> GSM768047 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768048 4 0.4608 0.6417 0.000 0.004 0.304 0.692
#> GSM768049 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768050 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768051 1 0.0524 0.9591 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM768052 3 0.2011 0.8281 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM768053 4 0.1388 0.9092 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM768054 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768055 2 0.1356 0.8675 0.008 0.960 0.032 0.000
#> GSM768056 3 0.4356 0.6799 0.000 0.048 0.804 0.148
#> GSM768057 2 0.2376 0.8873 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM768059 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768060 4 0.1118 0.9093 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768062 4 0.2345 0.8453 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM768063 2 0.1356 0.8675 0.008 0.960 0.032 0.000
#> GSM768064 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768065 4 0.1059 0.9051 0.000 0.016 0.012 0.972
#> GSM768066 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768067 2 0.2342 0.8851 0.000 0.912 0.008 0.080
#> GSM768068 4 0.3900 0.7805 0.000 0.164 0.020 0.816
#> GSM768069 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768070 3 0.2480 0.8140 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM768071 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768072 4 0.4356 0.6599 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM768073 2 0.1452 0.8652 0.008 0.956 0.036 0.000
#> GSM768074 2 0.1209 0.8684 0.004 0.964 0.032 0.000
#> GSM768075 4 0.1637 0.8981 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM768076 3 0.2408 0.8190 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM768077 4 0.2149 0.8751 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM768078 3 0.2676 0.8100 0.000 0.092 0.896 0.012
#> GSM768079 4 0.1022 0.9108 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768080 3 0.2480 0.8140 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM768081 4 0.2530 0.8452 0.000 0.004 0.100 0.896
#> GSM768082 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768083 4 0.1637 0.8981 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM768084 3 0.4635 0.6923 0.000 0.080 0.796 0.124
#> GSM768085 4 0.1584 0.9093 0.000 0.036 0.012 0.952
#> GSM768086 3 0.5465 0.1483 0.000 0.020 0.588 0.392
#> GSM768087 4 0.1118 0.9105 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM768088 3 0.2676 0.8100 0.000 0.092 0.896 0.012
#> GSM768089 4 0.0469 0.9078 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768090 4 0.5028 0.4597 0.000 0.004 0.400 0.596
#> GSM768091 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768092 3 0.2450 0.8045 0.000 0.072 0.912 0.016
#> GSM768093 4 0.0921 0.9117 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM768094 4 0.5080 0.4128 0.000 0.004 0.420 0.576
#> GSM768095 4 0.1637 0.8981 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM768096 3 0.6586 0.3856 0.368 0.088 0.544 0.000
#> GSM768097 1 0.1637 0.9342 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768098 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768099 2 0.1516 0.8795 0.008 0.960 0.016 0.016
#> GSM768100 1 0.0469 0.9666 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM768101 1 0.1109 0.9515 0.968 0.028 0.004 0.000
#> GSM768102 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768103 2 0.1516 0.8795 0.008 0.960 0.016 0.016
#> GSM768104 3 0.4655 0.6952 0.000 0.088 0.796 0.116
#> GSM768105 2 0.1452 0.8652 0.008 0.956 0.036 0.000
#> GSM768106 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768107 1 0.0524 0.9591 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM768108 1 0.4083 0.8249 0.832 0.068 0.100 0.000
#> GSM768109 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768110 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768111 2 0.2799 0.8120 0.008 0.884 0.108 0.000
#> GSM768112 2 0.5294 -0.1322 0.008 0.508 0.484 0.000
#> GSM768113 2 0.2408 0.8486 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM768114 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768115 2 0.3893 0.7189 0.008 0.796 0.196 0.000
#> GSM768116 2 0.7595 0.0318 0.372 0.428 0.200 0.000
#> GSM768117 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768118 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768119 2 0.2281 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM768120 3 0.2408 0.8307 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM768121 2 0.3088 0.8031 0.008 0.864 0.128 0.000
#> GSM768122 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768123 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768124 3 0.6562 0.3028 0.404 0.080 0.516 0.000
#> GSM768125 1 0.0524 0.9591 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM768126 1 0.1474 0.9404 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768127 2 0.1970 0.8500 0.008 0.932 0.060 0.000
#> GSM768128 3 0.2805 0.8295 0.012 0.100 0.888 0.000
#> GSM768129 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768130 3 0.2197 0.8338 0.004 0.080 0.916 0.000
#> GSM768131 3 0.6393 0.6340 0.188 0.160 0.652 0.000
#> GSM768132 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768133 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768134 1 0.3505 0.8646 0.864 0.048 0.088 0.000
#> GSM768135 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768136 3 0.6110 0.6123 0.240 0.100 0.660 0.000
#> GSM768137 2 0.1042 0.8726 0.008 0.972 0.020 0.000
#> GSM768138 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM768139 2 0.5727 0.6096 0.096 0.704 0.200 0.000
#> GSM768140 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768141 2 0.2473 0.8869 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM768142 3 0.6554 0.3135 0.400 0.080 0.520 0.000
#> GSM768143 4 0.1022 0.9108 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM768144 3 0.2281 0.8228 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM768145 2 0.2216 0.8774 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM768002 3 0.1209 0.8329 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM768061 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM768043 3 0.2530 0.8310 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM767986 1 0.0336 0.9684 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM767999 4 0.0469 0.9078 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM767988 2 0.3972 0.7193 0.008 0.788 0.204 0.000
#> GSM768058 1 0.0524 0.9591 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM767987 1 0.3464 0.8689 0.868 0.076 0.056 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.4291 -0.0736 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM767977 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM767978 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767979 5 0.2930 0.8384 0.164 0.004 0.000 0.000 0.832
#> GSM767980 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.1314 0.9092 0.012 0.960 0.012 0.016 0.000
#> GSM767982 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767983 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM767984 1 0.3437 0.6329 0.832 0.000 0.048 0.000 0.120
#> GSM767985 2 0.3857 0.6833 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> GSM767989 1 0.4307 -0.1739 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM767991 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM767993 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767994 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM767995 3 0.4046 0.4958 0.296 0.008 0.696 0.000 0.000
#> GSM767996 4 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768000 3 0.4658 -0.2951 0.012 0.000 0.504 0.484 0.000
#> GSM768001 2 0.1982 0.8957 0.012 0.932 0.028 0.028 0.000
#> GSM768003 1 0.3366 0.6421 0.828 0.000 0.140 0.000 0.032
#> GSM768004 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM768005 3 0.0955 0.5657 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM768006 4 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM768008 3 0.3779 0.3693 0.012 0.000 0.752 0.236 0.000
#> GSM768009 3 0.4262 0.3075 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM768010 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768011 1 0.2852 0.6311 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768013 1 0.3183 0.6385 0.828 0.000 0.156 0.000 0.016
#> GSM768014 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768017 3 0.3796 0.2740 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM768018 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768019 1 0.3389 0.6345 0.836 0.000 0.048 0.000 0.116
#> GSM768020 2 0.2179 0.8946 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM768021 3 0.3707 0.5123 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768023 4 0.4201 0.4458 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM768024 4 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 3 0.3534 0.5306 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768025 3 0.3876 0.2571 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM768026 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.1764 0.6331 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> GSM768028 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768029 5 0.4291 0.2670 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM768030 2 0.1965 0.9028 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768033 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768034 4 0.1195 0.8761 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> GSM768035 5 0.1121 0.8993 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM768036 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM768037 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.4045 0.1790 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.4696 0.7377 0.012 0.172 0.068 0.748 0.000
#> GSM768041 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.1074 0.9123 0.012 0.968 0.016 0.004 0.000
#> GSM768044 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.3857 0.6833 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.3291 0.6307 0.840 0.000 0.040 0.000 0.120
#> GSM768047 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM768048 3 0.3796 0.2740 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM768049 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM768050 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 5 0.1357 0.8916 0.048 0.004 0.000 0.000 0.948
#> GSM768052 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.2733 0.8330 0.012 0.004 0.112 0.872 0.000
#> GSM768054 5 0.1121 0.8993 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM768055 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0880 0.5652 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0613 0.9195 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> GSM768059 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 4 0.1569 0.8699 0.008 0.032 0.012 0.948 0.000
#> GSM768062 4 0.4262 0.3762 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM768063 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768064 1 0.2852 0.6311 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.2574 0.8402 0.012 0.000 0.112 0.876 0.000
#> GSM768066 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768067 2 0.1982 0.8957 0.012 0.932 0.028 0.028 0.000
#> GSM768068 3 0.5254 0.3121 0.012 0.236 0.680 0.072 0.000
#> GSM768069 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768070 3 0.3707 0.5123 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768072 3 0.3876 0.2571 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM768073 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.4424 0.7095 0.012 0.212 0.032 0.744 0.000
#> GSM768076 3 0.4262 0.3075 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM768077 4 0.5203 0.4634 0.012 0.356 0.032 0.600 0.000
#> GSM768078 3 0.3534 0.5306 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM768079 4 0.0613 0.8844 0.008 0.004 0.004 0.984 0.000
#> GSM768080 3 0.3707 0.5123 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM768081 3 0.4288 0.1685 0.012 0.000 0.664 0.324 0.000
#> GSM768082 1 0.2852 0.6311 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM768083 4 0.4424 0.7095 0.012 0.212 0.032 0.744 0.000
#> GSM768084 3 0.0703 0.5649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM768085 4 0.2575 0.8418 0.012 0.004 0.100 0.884 0.000
#> GSM768086 3 0.0898 0.5641 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> GSM768087 4 0.1106 0.8777 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> GSM768088 3 0.3534 0.5306 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768090 3 0.3480 0.3693 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> GSM768091 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768092 3 0.3274 0.5417 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM768093 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM768094 3 0.2011 0.5439 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM768095 4 0.4328 0.7222 0.012 0.200 0.032 0.756 0.000
#> GSM768096 1 0.3242 0.6329 0.844 0.000 0.040 0.000 0.116
#> GSM768097 5 0.4088 0.4923 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM768098 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768099 2 0.1965 0.9028 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 5 0.0324 0.9088 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM768101 5 0.3491 0.7918 0.228 0.004 0.000 0.000 0.768
#> GSM768102 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768103 2 0.1965 0.9028 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0771 0.5644 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> GSM768105 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768106 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768107 5 0.2629 0.8329 0.136 0.004 0.000 0.000 0.860
#> GSM768108 1 0.4192 0.1521 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM768109 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768110 5 0.2852 0.8045 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM768111 2 0.3730 0.7177 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.5325 0.3773 0.636 0.276 0.088 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.3169 0.8824 0.060 0.856 0.084 0.000 0.000
#> GSM768114 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 1 0.4138 0.0894 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.3809 0.4103 0.736 0.256 0.000 0.000 0.008
#> GSM768117 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768118 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.2067 0.8938 0.012 0.928 0.032 0.028 0.000
#> GSM768120 1 0.3612 0.5485 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.3857 0.6833 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> GSM768122 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768123 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768124 1 0.3291 0.6307 0.840 0.000 0.040 0.000 0.120
#> GSM768125 5 0.1282 0.8926 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> GSM768126 5 0.3949 0.5575 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM768127 2 0.2561 0.8693 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> GSM768128 1 0.3183 0.6385 0.828 0.000 0.156 0.000 0.016
#> GSM768129 2 0.0324 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM768130 1 0.3913 0.4358 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0703 0.5928 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 5 0.1121 0.8993 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM768133 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768134 1 0.4235 0.1019 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM768135 5 0.1121 0.8993 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM768136 1 0.3267 0.6450 0.844 0.000 0.112 0.000 0.044
#> GSM768137 2 0.2020 0.9015 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 1 0.3636 0.5440 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM768139 1 0.3837 0.3026 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768141 2 0.0162 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768142 1 0.3389 0.6345 0.836 0.000 0.048 0.000 0.116
#> GSM768143 4 0.0740 0.8836 0.008 0.008 0.004 0.980 0.000
#> GSM768144 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.1799 0.8997 0.012 0.940 0.020 0.028 0.000
#> GSM768002 3 0.4283 0.2773 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM768061 5 0.1121 0.8993 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM768043 1 0.2852 0.6311 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM767986 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 4 0.0703 0.8884 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM767988 1 0.4273 -0.1372 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> GSM768058 5 0.1768 0.8832 0.072 0.004 0.000 0.000 0.924
#> GSM767987 5 0.4029 0.6986 0.316 0.004 0.000 0.000 0.680
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.4066 0.3371 0.692 0.000 0.000 0.000 0.272 0.036
#> GSM767977 2 0.0260 0.7387 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767978 5 0.0146 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767979 5 0.6086 0.3768 0.288 0.000 0.008 0.000 0.472 0.232
#> GSM767980 1 0.3482 0.4609 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.1556 0.7108 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM767982 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.3531 0.4877 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM767984 1 0.0777 0.6563 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM767985 6 0.5385 0.2653 0.112 0.420 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM767989 1 0.3993 0.1170 0.520 0.004 0.476 0.000 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.2848 0.6590 0.000 0.828 0.004 0.008 0.000 0.160
#> GSM767991 3 0.4057 0.1035 0.436 0.008 0.556 0.000 0.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0260 0.7387 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM767995 3 0.3628 0.3456 0.268 0.008 0.720 0.000 0.000 0.004
#> GSM767996 4 0.0405 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM767997 1 0.3647 0.4049 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768000 3 0.5721 0.2725 0.000 0.000 0.480 0.176 0.000 0.344
#> GSM768001 2 0.2473 0.6770 0.000 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> GSM768003 1 0.1196 0.6647 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000
#> GSM768004 2 0.2848 0.6590 0.000 0.828 0.004 0.008 0.000 0.160
#> GSM768005 3 0.3916 0.4621 0.020 0.000 0.680 0.000 0.000 0.300
#> GSM768006 4 0.0405 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768007 1 0.3782 0.4036 0.636 0.000 0.360 0.000 0.000 0.004
#> GSM768008 3 0.4472 0.4264 0.000 0.012 0.628 0.024 0.000 0.336
#> GSM768009 3 0.4178 0.1135 0.428 0.008 0.560 0.000 0.000 0.004
#> GSM768010 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.1075 0.6619 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0260 0.7387 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768013 1 0.1152 0.6637 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000
#> GSM768014 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768017 3 0.5395 0.3774 0.000 0.000 0.556 0.144 0.000 0.300
#> GSM768018 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0777 0.6563 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM768020 2 0.3833 0.4399 0.008 0.648 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM768021 3 0.3490 0.3489 0.268 0.008 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768023 3 0.6021 0.1698 0.000 0.000 0.428 0.296 0.000 0.276
#> GSM768024 4 0.0405 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM768015 3 0.3421 0.3580 0.256 0.008 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768025 3 0.5602 0.3457 0.000 0.000 0.536 0.188 0.000 0.276
#> GSM768026 2 0.3547 0.4817 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM768027 1 0.0632 0.6471 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768028 2 0.0146 0.7390 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.4897 0.2027 0.616 0.000 0.000 0.000 0.292 0.092
#> GSM768030 2 0.3515 0.4918 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM768031 1 0.3714 0.4317 0.656 0.000 0.340 0.000 0.000 0.004
#> GSM768032 2 0.0000 0.7389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.4184 0.1059 0.432 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM768034 4 0.2700 0.7885 0.000 0.004 0.004 0.836 0.000 0.156
#> GSM768035 5 0.3027 0.7892 0.148 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028
#> GSM768036 2 0.2706 0.6612 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> GSM768037 3 0.4184 0.1059 0.432 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM768038 6 0.5565 0.6121 0.340 0.152 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM768039 3 0.4184 0.1059 0.432 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM768040 4 0.5961 0.4028 0.000 0.364 0.004 0.440 0.000 0.192
#> GSM768041 1 0.3918 0.3968 0.632 0.004 0.360 0.000 0.000 0.004
#> GSM768042 2 0.1267 0.7190 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM768044 3 0.4184 0.1059 0.432 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM768045 6 0.5442 0.3848 0.128 0.364 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM768046 1 0.0891 0.6558 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM768047 2 0.2706 0.6612 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> GSM768048 3 0.5395 0.3774 0.000 0.000 0.556 0.144 0.000 0.300
#> GSM768049 2 0.2848 0.6590 0.000 0.828 0.004 0.008 0.000 0.160
#> GSM768050 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768051 5 0.3418 0.7273 0.016 0.000 0.008 0.000 0.784 0.192
#> GSM768052 3 0.4057 0.1035 0.436 0.008 0.556 0.000 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.6623 0.5531 0.000 0.184 0.064 0.492 0.000 0.260
#> GSM768054 5 0.3065 0.7854 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820 0.028
#> GSM768055 2 0.3547 0.4817 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM768056 3 0.3879 0.4633 0.020 0.000 0.688 0.000 0.000 0.292
#> GSM768057 2 0.0363 0.7375 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768059 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768060 4 0.2615 0.7958 0.000 0.008 0.004 0.852 0.000 0.136
#> GSM768062 3 0.6021 0.1698 0.000 0.000 0.428 0.296 0.000 0.276
#> GSM768063 2 0.3547 0.4817 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM768064 1 0.2883 0.5568 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.4376 0.6988 0.000 0.004 0.056 0.692 0.000 0.248
#> GSM768066 5 0.0458 0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768067 2 0.1957 0.6952 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM768068 6 0.6204 -0.2158 0.000 0.248 0.316 0.008 0.000 0.428
#> GSM768069 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3490 0.3489 0.268 0.008 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.7389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.5602 0.3457 0.000 0.000 0.536 0.188 0.000 0.276
#> GSM768073 2 0.3547 0.4817 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM768074 2 0.3446 0.5072 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM768075 4 0.5796 0.4187 0.000 0.368 0.004 0.468 0.000 0.160
#> GSM768076 3 0.4178 0.1135 0.428 0.008 0.560 0.000 0.000 0.004
#> GSM768077 2 0.5470 0.1953 0.000 0.580 0.004 0.256 0.000 0.160
#> GSM768078 3 0.3421 0.3580 0.256 0.008 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM768079 4 0.2333 0.8028 0.000 0.004 0.004 0.872 0.000 0.120
#> GSM768080 3 0.3490 0.3489 0.268 0.008 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM768081 3 0.5390 0.3455 0.000 0.000 0.532 0.128 0.000 0.340
#> GSM768082 1 0.1075 0.6619 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM768083 4 0.5796 0.4187 0.000 0.368 0.004 0.468 0.000 0.160
#> GSM768084 3 0.3916 0.4621 0.020 0.000 0.680 0.000 0.000 0.300
#> GSM768085 4 0.5960 0.4985 0.000 0.296 0.004 0.480 0.000 0.220
#> GSM768086 3 0.3938 0.4548 0.012 0.000 0.672 0.004 0.000 0.312
#> GSM768087 4 0.2700 0.7885 0.000 0.004 0.004 0.836 0.000 0.156
#> GSM768088 3 0.3421 0.3580 0.256 0.008 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.5333 0.3849 0.000 0.000 0.564 0.136 0.000 0.300
#> GSM768091 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768092 3 0.3175 0.3582 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000
#> GSM768093 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.4118 0.4462 0.000 0.000 0.660 0.028 0.000 0.312
#> GSM768095 4 0.5796 0.4187 0.000 0.368 0.004 0.468 0.000 0.160
#> GSM768096 1 0.0632 0.6571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM768097 1 0.4456 -0.1620 0.524 0.000 0.000 0.000 0.448 0.028
#> GSM768098 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.3515 0.4918 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM768100 5 0.1913 0.8443 0.012 0.000 0.000 0.000 0.908 0.080
#> GSM768101 6 0.6259 -0.0138 0.264 0.000 0.008 0.000 0.324 0.404
#> GSM768102 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.3515 0.4918 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM768104 3 0.3916 0.4621 0.020 0.000 0.680 0.000 0.000 0.300
#> GSM768105 2 0.3531 0.4877 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM768106 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768107 5 0.4930 0.3557 0.048 0.000 0.008 0.000 0.540 0.404
#> GSM768108 1 0.4227 0.3458 0.692 0.000 0.000 0.000 0.256 0.052
#> GSM768109 2 0.0000 0.7389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 5 0.4983 0.4672 0.356 0.000 0.000 0.000 0.564 0.080
#> GSM768111 6 0.5307 0.3492 0.108 0.380 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM768112 6 0.7533 0.1495 0.216 0.160 0.292 0.000 0.000 0.332
#> GSM768113 2 0.4602 0.5157 0.000 0.696 0.160 0.000 0.000 0.144
#> GSM768114 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768115 6 0.5465 0.5990 0.360 0.132 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM768116 6 0.4939 0.5019 0.440 0.064 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM768117 2 0.0146 0.7390 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768118 1 0.3578 0.4325 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.2848 0.6590 0.000 0.828 0.004 0.008 0.000 0.160
#> GSM768120 1 0.3714 0.4317 0.656 0.000 0.340 0.000 0.000 0.004
#> GSM768121 6 0.5385 0.2653 0.112 0.420 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM768122 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0146 0.7390 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768124 1 0.0993 0.6526 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM768125 5 0.2658 0.7983 0.016 0.000 0.008 0.000 0.864 0.112
#> GSM768126 1 0.4467 -0.1974 0.508 0.000 0.000 0.000 0.464 0.028
#> GSM768127 2 0.4161 0.4071 0.016 0.632 0.004 0.000 0.000 0.348
#> GSM768128 1 0.1152 0.6637 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.7389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 1 0.3817 0.2519 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.3823 -0.3103 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM768132 5 0.3027 0.7892 0.148 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028
#> GSM768133 2 0.0260 0.7387 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM768134 1 0.3950 0.3401 0.696 0.000 0.000 0.000 0.276 0.028
#> GSM768135 5 0.3027 0.7892 0.148 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028
#> GSM768136 1 0.0520 0.6619 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM768137 2 0.3531 0.4877 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM768138 1 0.3482 0.4609 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM768139 6 0.4971 0.5226 0.424 0.068 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM768140 5 0.0458 0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM768141 2 0.0790 0.7293 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM768142 1 0.0777 0.6563 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM768143 4 0.2333 0.8028 0.000 0.004 0.004 0.872 0.000 0.120
#> GSM768144 3 0.4184 0.1059 0.432 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.2135 0.6867 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM768002 3 0.4057 0.1035 0.436 0.008 0.556 0.000 0.000 0.000
#> GSM768061 5 0.3027 0.7892 0.148 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028
#> GSM768043 1 0.2100 0.6280 0.884 0.000 0.112 0.000 0.000 0.004
#> GSM767986 5 0.0000 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0260 0.8321 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM767988 6 0.5683 0.5977 0.308 0.184 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM768058 5 0.4028 0.7082 0.036 0.000 0.008 0.000 0.732 0.224
#> GSM767987 6 0.5784 0.4237 0.328 0.004 0.008 0.000 0.136 0.524
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:kmeans 160 0.255 3.62e-08 0.431 0.442 2
#> ATC:kmeans 160 0.285 2.61e-06 0.246 0.599 3
#> ATC:kmeans 159 0.888 2.04e-21 0.412 0.932 4
#> ATC:kmeans 134 0.882 2.61e-21 0.442 0.923 5
#> ATC:kmeans 90 0.831 4.03e-14 0.643 0.721 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.836 0.910 0.962 0.5031 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.969 0.987 0.2922 0.805 0.626
#> 4 4 0.999 0.957 0.978 0.1260 0.871 0.654
#> 5 5 0.894 0.887 0.918 0.0707 0.945 0.796
#> 6 6 0.921 0.831 0.921 0.0432 0.924 0.679
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.1414 0.946 0.020 0.980
#> GSM767984 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767985 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767989 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767995 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768000 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768005 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.9087 0.548 0.676 0.324
#> GSM768010 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768017 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.9710 0.356 0.400 0.600
#> GSM768021 1 0.9552 0.441 0.624 0.376
#> GSM768022 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768023 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768025 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.7219 0.746 0.200 0.800
#> GSM768031 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.9393 0.485 0.644 0.356
#> GSM768034 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> GSM768038 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM768045 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768048 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768052 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM768053 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.9000 0.551 0.316 0.684
#> GSM768056 2 0.7299 0.725 0.204 0.796
#> GSM768057 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768062 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.9087 0.534 0.324 0.676
#> GSM768064 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.9460 0.468 0.636 0.364
#> GSM768071 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768072 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.7219 0.746 0.200 0.800
#> GSM768074 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.9580 0.431 0.620 0.380
#> GSM768077 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768078 2 0.7745 0.686 0.228 0.772
#> GSM768079 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.9552 0.441 0.624 0.376
#> GSM768081 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768084 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768086 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768088 2 0.7453 0.712 0.212 0.788
#> GSM768089 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768090 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.9710 0.381 0.600 0.400
#> GSM768093 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768094 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.7219 0.746 0.200 0.800
#> GSM768100 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.7219 0.746 0.200 0.800
#> GSM768104 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768111 1 0.7453 0.710 0.788 0.212
#> GSM768112 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768115 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768121 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768127 1 0.7883 0.672 0.764 0.236
#> GSM768128 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.9129 0.526 0.328 0.672
#> GSM768138 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768139 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM768145 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> GSM767988 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767985 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0747 0.977 0.016 0.000 0.984
#> GSM767990 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM767992 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM767993 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM767996 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM767997 3 0.4555 0.745 0.200 0.000 0.800
#> GSM767998 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768000 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768006 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768007 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768008 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768009 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768010 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768011 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768017 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768018 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768019 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.6126 0.345 0.400 0.600 0.000
#> GSM768021 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768022 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768023 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768015 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768016 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768025 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768034 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768035 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768038 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768041 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768045 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768048 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768054 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 2 0.4346 0.772 0.184 0.816 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.4346 0.772 0.184 0.816 0.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768066 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768069 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768070 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768078 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768079 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768080 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768081 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768084 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768085 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768086 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768087 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768088 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768089 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768090 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768092 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768093 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768094 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 1 0.4796 0.707 0.780 0.220 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768114 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768121 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 1 0.6235 0.201 0.564 0.436 0.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0747 0.977 0.016 0.000 0.984
#> GSM768131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.4346 0.772 0.184 0.816 0.000
#> GSM768138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768139 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM768144 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0747 0.974 0.000 0.984 0.016
#> GSM767988 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM767978 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767980 1 0.1118 0.952 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM767981 2 0.2216 0.902 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM767982 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767985 2 0.3610 0.737 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767991 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM767995 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767996 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767997 3 0.3528 0.739 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM767998 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768000 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.4916 0.341 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM768003 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768004 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768006 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768008 4 0.1022 0.964 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM768009 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768010 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768013 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768018 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768021 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768023 4 0.1022 0.964 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM768024 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768015 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768025 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768026 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768029 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768033 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768037 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768042 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768044 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.3610 0.737 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768047 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768048 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768049 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768062 4 0.1716 0.928 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM768063 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768067 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768068 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768069 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768072 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768073 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0188 0.927 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768075 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768078 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768079 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 4 0.1118 0.960 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM768082 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768083 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768084 3 0.1211 0.958 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM768085 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768087 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768091 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768092 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768093 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768094 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768095 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.1302 0.955 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM768105 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768110 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.1211 0.901 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM768112 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768115 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768118 1 0.4817 0.364 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM768119 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.3444 0.755 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768125 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768130 3 0.1022 0.948 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.1716 0.923 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768134 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 1 0.0707 0.966 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768139 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768143 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.1940 0.914 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768002 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM768058 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM767987 1 0.1716 0.939 0.936 0.064 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767977 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM767980 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM767981 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767983 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.3876 0.7328 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM767985 4 0.5277 0.8544 0.228 0.000 0.000 0.664 0.108
#> GSM767989 3 0.3966 0.6577 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM767990 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM767991 3 0.2230 0.8774 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767994 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767995 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.6758 0.0652 0.272 0.000 0.392 0.336 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 2 0.0510 0.9825 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM768001 5 0.3039 0.7112 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM768003 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768004 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768005 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768008 2 0.0703 0.9759 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM768009 3 0.0609 0.9347 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768011 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768012 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768017 3 0.0162 0.9352 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 1 0.3876 0.7328 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM768020 5 0.4297 0.1102 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM768021 3 0.0510 0.9358 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 2 0.0703 0.9759 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768026 5 0.0290 0.9620 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM768027 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768030 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768032 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768033 3 0.0609 0.9347 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768037 3 0.0703 0.9332 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM768038 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768039 3 0.2179 0.8805 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768042 2 0.0290 0.9896 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM768044 3 0.0703 0.9332 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM768045 4 0.5277 0.8544 0.228 0.000 0.000 0.664 0.108
#> GSM768046 1 0.1121 0.8082 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM768047 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768048 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768050 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768052 3 0.1732 0.9025 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768055 5 0.0880 0.9427 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM768056 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768059 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768062 2 0.2230 0.8755 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM768063 5 0.0703 0.9499 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM768064 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768068 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0510 0.9358 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM768071 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768073 5 0.0609 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM768074 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768076 3 0.0510 0.9358 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM768077 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768078 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0510 0.9358 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM768081 2 0.0703 0.9759 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM768082 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768083 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768084 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768086 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768090 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768096 1 0.3210 0.7593 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768099 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768103 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768104 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768109 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 4 0.5399 0.7994 0.188 0.000 0.000 0.664 0.148
#> GSM768112 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768115 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768116 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768117 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768119 2 0.0162 0.9927 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM768120 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768121 4 0.5277 0.8544 0.228 0.000 0.000 0.664 0.108
#> GSM768122 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768125 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768126 1 0.0880 0.8108 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM768127 4 0.4503 0.4544 0.024 0.000 0.000 0.664 0.312
#> GSM768128 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768129 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768130 3 0.3966 0.6577 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768133 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.1121 0.8082 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.3876 0.7328 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM768137 5 0.0162 0.9650 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM768138 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM768139 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.3876 0.7328 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.1732 0.9025 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM768145 5 0.0000 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768002 3 0.2230 0.8774 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.3966 0.7250 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM768058 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM767987 4 0.3966 0.9271 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM767977 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767978 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM767979 4 0.2996 0.7582 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM767980 3 0.1700 0.6751 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> GSM767981 6 0.0146 0.9400 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM767982 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM767983 6 0.1204 0.9243 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM767984 5 0.0935 0.8899 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> GSM767985 4 0.0291 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM767989 3 0.0000 0.6910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM767991 3 0.0458 0.6916 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767993 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM767994 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767995 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767996 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0603 0.6888 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768000 1 0.3592 0.5411 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768001 6 0.1610 0.8611 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM768003 5 0.3993 0.0420 0.000 0.000 0.476 0.004 0.520 0.000
#> GSM768004 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768005 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768006 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768007 5 0.3961 0.1642 0.000 0.000 0.440 0.004 0.556 0.000
#> GSM768008 1 0.3578 0.5491 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768009 3 0.3563 0.5250 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768011 5 0.3944 0.2011 0.000 0.000 0.428 0.004 0.568 0.000
#> GSM768012 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768013 3 0.3993 0.0679 0.000 0.000 0.520 0.004 0.476 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768017 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768019 5 0.0777 0.8966 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM768020 4 0.1957 0.7942 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM768021 3 0.3620 0.5043 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768023 1 0.3578 0.5491 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768025 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768026 6 0.2631 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM768027 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768028 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768029 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768030 6 0.1141 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM768031 3 0.3699 0.3969 0.000 0.000 0.660 0.004 0.336 0.000
#> GSM768032 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768033 3 0.3563 0.5250 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768036 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768037 3 0.2697 0.6308 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000
#> GSM768038 4 0.2597 0.8170 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM768039 3 0.0458 0.6916 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768041 3 0.3989 0.0968 0.000 0.000 0.528 0.004 0.468 0.000
#> GSM768042 2 0.0458 0.9873 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM768044 3 0.3198 0.5829 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM768045 4 0.0291 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768046 5 0.0291 0.9113 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM768047 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768048 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768049 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768050 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768051 4 0.1267 0.9232 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM768052 3 0.1863 0.6721 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768054 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768055 6 0.3634 0.5685 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM768056 1 0.0146 0.8769 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0632 0.9796 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM768059 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768060 2 0.0146 0.9937 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768062 1 0.1556 0.8119 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768063 6 0.3547 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM768064 3 0.3944 0.2069 0.000 0.000 0.568 0.004 0.428 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768066 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768067 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768068 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768070 3 0.3634 0.4982 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> GSM768071 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768073 6 0.3023 0.7633 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM768074 6 0.0363 0.9390 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768075 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768076 3 0.3592 0.5153 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> GSM768077 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768078 1 0.0146 0.8769 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768080 3 0.3647 0.4915 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000
#> GSM768081 1 0.3578 0.5491 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768082 3 0.3996 0.0390 0.000 0.000 0.512 0.004 0.484 0.000
#> GSM768083 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768084 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768088 1 0.0146 0.8769 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768090 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768092 3 0.3868 0.1823 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM768093 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768094 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768095 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768096 5 0.0291 0.9113 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM768097 5 0.0458 0.9256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM768098 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768099 6 0.1141 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM768100 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768101 4 0.1267 0.9232 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM768102 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768103 6 0.1141 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM768104 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768105 6 0.0363 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM768106 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768107 4 0.1204 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM768108 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768109 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768110 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768111 4 0.0291 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768112 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768114 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768115 4 0.1204 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM768116 4 0.3390 0.6644 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM768117 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768118 3 0.0692 0.6880 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM768119 2 0.0363 0.9906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM768120 5 0.3881 0.2986 0.000 0.000 0.396 0.004 0.600 0.000
#> GSM768121 4 0.0291 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM768122 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768123 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768124 5 0.0458 0.9256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM768125 4 0.1267 0.9232 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM768126 5 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768127 4 0.0458 0.8894 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM768128 3 0.3991 0.0814 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472 0.000
#> GSM768129 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.6910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768131 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768132 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768133 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768134 5 0.0291 0.9113 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM768135 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768136 5 0.0777 0.8966 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM768137 6 0.1501 0.9138 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM768138 3 0.1700 0.6751 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> GSM768139 4 0.1204 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM768140 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768141 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768142 5 0.0777 0.8966 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768144 3 0.2178 0.6618 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> GSM768145 6 0.0000 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768002 3 0.0458 0.6916 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM768061 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM768043 5 0.3652 0.4473 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672 0.000
#> GSM767986 5 0.0547 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767988 4 0.1075 0.9226 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM768058 4 0.1204 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM767987 4 0.1204 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:skmeans 163 0.407 8.40e-11 0.246 0.832 2
#> ATC:skmeans 168 0.978 1.66e-22 0.587 0.890 3
#> ATC:skmeans 168 0.964 6.42e-23 0.585 0.967 4
#> ATC:skmeans 167 0.995 6.69e-28 0.667 0.835 5
#> ATC:skmeans 156 0.972 1.65e-25 0.651 0.902 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.881 0.920 0.966 0.5017 0.497 0.497
#> 3 3 0.860 0.898 0.956 0.3074 0.685 0.454
#> 4 4 0.848 0.907 0.955 0.1325 0.755 0.421
#> 5 5 0.928 0.883 0.953 0.0709 0.898 0.639
#> 6 6 0.856 0.736 0.837 0.0334 0.959 0.808
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767985 1 0.9087 0.525 0.676 0.324
#> GSM767989 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.0376 0.953 0.996 0.004
#> GSM767992 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767995 2 0.7376 0.720 0.208 0.792
#> GSM767996 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768000 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768005 2 0.8955 0.526 0.312 0.688
#> GSM768006 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768008 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.7299 0.756 0.796 0.204
#> GSM768010 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768017 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768018 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.9552 0.387 0.376 0.624
#> GSM768021 1 0.7745 0.723 0.772 0.228
#> GSM768022 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768023 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.5294 0.843 0.120 0.880
#> GSM768016 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768025 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.7674 0.729 0.776 0.224
#> GSM768034 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.3431 0.906 0.936 0.064
#> GSM768038 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768039 1 0.2948 0.916 0.948 0.052
#> GSM768040 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM768045 1 0.2423 0.925 0.960 0.040
#> GSM768046 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768048 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768052 1 0.4161 0.888 0.916 0.084
#> GSM768053 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.2236 0.938 0.036 0.964
#> GSM768056 2 0.9491 0.397 0.368 0.632
#> GSM768057 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768062 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.2236 0.938 0.036 0.964
#> GSM768064 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.7674 0.729 0.776 0.224
#> GSM768071 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768072 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.9129 0.543 0.672 0.328
#> GSM768077 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768078 2 0.9661 0.331 0.392 0.608
#> GSM768079 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.7815 0.717 0.768 0.232
#> GSM768081 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768084 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768085 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768086 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768087 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768088 2 0.9552 0.376 0.376 0.624
#> GSM768089 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768090 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768091 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.9661 0.390 0.608 0.392
#> GSM768093 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768094 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768095 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> GSM768104 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768111 1 0.9491 0.424 0.632 0.368
#> GSM768112 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768115 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768121 1 0.2948 0.914 0.948 0.052
#> GSM768122 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768127 1 0.8713 0.619 0.708 0.292
#> GSM768128 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.2236 0.938 0.036 0.964
#> GSM768138 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768139 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM768145 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767988 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767980 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 1 0.5835 0.5767 0.660 0.340 0.000
#> GSM767990 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.6309 0.1818 0.504 0.496 0.000
#> GSM767992 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767995 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM767996 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.4605 0.7768 0.796 0.204 0.000
#> GSM767998 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768000 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768001 3 0.3116 0.8571 0.000 0.108 0.892
#> GSM768003 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768005 2 0.4555 0.7269 0.000 0.800 0.200
#> GSM768006 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768007 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768008 3 0.6126 0.2992 0.000 0.400 0.600
#> GSM768009 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768010 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768014 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768018 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768022 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768023 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768024 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768015 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768016 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768025 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768031 1 0.6126 0.4536 0.600 0.400 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768033 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768037 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768039 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768044 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.5560 0.5755 0.000 0.700 0.300
#> GSM768048 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768049 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768052 2 0.4654 0.6762 0.208 0.792 0.000
#> GSM768053 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 2 0.0237 0.9609 0.000 0.996 0.004
#> GSM768057 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768062 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM768065 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768068 2 0.6305 0.0686 0.000 0.516 0.484
#> GSM768069 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768070 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768072 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768076 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768078 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768079 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768080 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM768083 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768084 2 0.1643 0.9215 0.000 0.956 0.044
#> GSM768085 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 2 0.6140 0.3185 0.000 0.596 0.404
#> GSM768087 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768088 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768089 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.0424 0.9781 0.000 0.008 0.992
#> GSM768091 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768092 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768093 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 1 0.4931 0.6890 0.768 0.232 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 1 0.6126 0.3565 0.600 0.400 0.000
#> GSM768108 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768116 2 0.2066 0.9035 0.060 0.940 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768118 1 0.4605 0.7768 0.796 0.204 0.000
#> GSM768119 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768120 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 1 0.3551 0.8322 0.868 0.132 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768130 1 0.4605 0.7768 0.796 0.204 0.000
#> GSM768131 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 1 0.4555 0.7808 0.800 0.200 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768143 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM768144 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.6260 0.2025 0.000 0.552 0.448
#> GSM768002 1 0.6126 0.4536 0.600 0.400 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 1 0.4605 0.7768 0.796 0.204 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.0000 0.9863 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.9024 1.000 0.000 0.000
#> GSM767987 1 0.6168 0.3243 0.588 0.412 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.3400 0.773 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767980 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767984 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.3024 0.825 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM767991 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767995 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767996 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767997 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768000 4 0.1474 0.938 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM768001 2 0.0188 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768003 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768004 2 0.2973 0.829 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM768005 3 0.1557 0.879 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM768006 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768007 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768008 3 0.4500 0.586 0.000 0.000 0.684 0.316
#> GSM768009 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768010 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768011 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768017 3 0.4817 0.462 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM768018 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768019 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768021 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768023 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768024 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768015 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768025 3 0.4855 0.437 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM768026 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768027 3 0.3638 0.817 0.032 0.120 0.848 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0707 0.957 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM768030 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768031 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0188 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768037 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768038 2 0.4008 0.689 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM768039 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768041 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768044 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768046 3 0.3219 0.794 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM768047 2 0.2921 0.833 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM768048 3 0.4817 0.462 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM768049 2 0.2973 0.829 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM768050 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768062 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768064 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768065 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768068 2 0.3074 0.821 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM768069 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4855 0.437 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM768073 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768076 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768077 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768078 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768079 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768084 3 0.1557 0.879 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM768085 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768086 3 0.4008 0.680 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM768087 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768090 3 0.4406 0.609 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM768091 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768092 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768093 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768094 3 0.4008 0.680 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM768095 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768096 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.1637 0.873 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768108 1 0.4008 0.676 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768112 3 0.2973 0.811 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM768113 2 0.2921 0.836 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768115 2 0.4008 0.689 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM768116 2 0.5910 0.608 0.084 0.672 0.244 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.3172 0.812 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM768120 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768124 3 0.4608 0.579 0.304 0.004 0.692 0.000
#> GSM768125 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768126 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0188 0.946 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM768128 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768131 3 0.3583 0.769 0.004 0.180 0.816 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 1 0.4008 0.676 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768136 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768138 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.4188 0.685 0.004 0.752 0.244 0.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768142 3 0.3074 0.806 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM768143 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768144 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768043 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.2814 0.836 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM768058 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767987 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.0162 0.8818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM767977 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 5 0.0703 0.8880 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM767979 1 0.4235 0.1063 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM767980 3 0.4297 0.1131 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767982 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767985 2 0.2471 0.8379 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> GSM767989 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767990 2 0.0162 0.9802 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM767991 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767992 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767993 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767995 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767996 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767997 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM767998 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768000 4 0.1341 0.9346 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768006 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768007 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768008 3 0.1671 0.8746 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM768009 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768010 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768014 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768017 3 0.3109 0.7465 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM768018 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768021 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768022 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768023 4 0.0162 0.9946 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768024 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768015 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768016 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768025 3 0.4126 0.4295 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM768026 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768028 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0162 0.8818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 3 0.4182 0.3226 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM768032 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768034 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768035 5 0.4297 0.2319 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM768036 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768038 1 0.4015 0.4648 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> GSM768039 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768040 4 0.0162 0.9941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768041 3 0.0290 0.9301 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768042 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768045 2 0.3143 0.7402 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 3 0.3074 0.7515 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM768049 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768050 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768051 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768052 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768053 4 0.0162 0.9946 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768054 1 0.3274 0.6133 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM768055 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768056 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768057 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768059 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768060 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768062 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768065 4 0.0162 0.9946 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768066 5 0.2329 0.8197 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM768067 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 2 0.0671 0.9667 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM768069 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768070 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768071 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 3 0.4171 0.3907 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.0162 0.9941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768076 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768077 4 0.0162 0.9941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768078 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768079 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768080 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768081 4 0.0162 0.9946 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768083 4 0.0162 0.9941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768084 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768085 4 0.0162 0.9946 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM768086 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768087 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768088 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768089 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768090 3 0.1671 0.8748 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM768091 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768092 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768093 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768094 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768095 4 0.0162 0.9941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0162 0.8818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768098 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768101 5 0.4015 0.4893 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM768102 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0000 0.9320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768105 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768106 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768107 5 0.2516 0.7953 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> GSM768108 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768109 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 1 0.4306 -0.0947 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM768111 2 0.3074 0.7528 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM768112 3 0.1571 0.8809 0.004 0.060 0.936 0.000 0.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768114 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768115 1 0.2732 0.7244 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> GSM768116 1 0.0609 0.8683 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 3 0.0290 0.9301 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM768119 2 0.0510 0.9690 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM768120 1 0.4171 0.3202 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM768121 2 0.1270 0.9347 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM768122 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768125 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768126 1 0.0162 0.8818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM768127 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768132 5 0.4302 0.2070 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM768133 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768135 5 0.2813 0.7821 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM768136 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 1 0.3730 0.5366 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM768139 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768140 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.8842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768143 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768144 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.0162 0.9323 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768061 5 0.3661 0.6526 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM768043 1 0.2690 0.7311 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM767986 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767999 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767988 1 0.4074 0.4288 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> GSM768058 5 0.0000 0.9001 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM767987 1 0.0162 0.8818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767978 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767979 5 0.3101 0.567590 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM767980 6 0.5991 -0.038608 0.256 0.000 0.000 0.000 0.308 0.436
#> GSM767981 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767982 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767984 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.2260 0.481553 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM767989 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM767990 2 0.5529 0.541208 0.176 0.548 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM767991 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM767992 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM767993 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767994 2 0.1556 0.686371 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767995 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM767996 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM767997 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM767998 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768000 4 0.1327 0.859153 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM768001 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768003 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768005 6 0.2664 0.313437 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM768006 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768007 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768008 1 0.5073 0.797186 0.476 0.000 0.000 0.076 0.000 0.448
#> GSM768009 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768010 4 0.1863 0.882562 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM768011 5 0.0146 0.798768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768012 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768013 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768014 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768017 6 0.1387 0.537195 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM768018 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768019 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768021 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768022 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768023 4 0.3659 0.518202 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM768024 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768015 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768016 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768025 6 0.0146 0.530785 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768026 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768027 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.3747 0.766280 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768031 6 0.5969 -0.238260 0.324 0.000 0.000 0.000 0.240 0.436
#> GSM768032 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768033 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768034 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768035 5 0.3672 0.332984 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM768036 2 0.3833 0.773051 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768037 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768038 5 0.3864 0.442381 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM768039 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768040 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768041 1 0.3971 0.974834 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448
#> GSM768042 2 0.3833 0.773051 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768044 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768045 2 0.2854 0.350180 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM768046 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768048 6 0.1387 0.537195 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM768049 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768050 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768051 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768052 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768053 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768054 5 0.2912 0.604323 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768056 6 0.2697 0.301645 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM768057 2 0.1141 0.677270 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768059 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768060 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768062 6 0.3838 -0.453734 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM768063 2 0.0146 0.657654 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768064 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768065 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768066 3 0.0146 0.917105 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM768067 2 0.3833 0.773051 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768068 2 0.4238 0.232201 0.016 0.540 0.000 0.444 0.000 0.000
#> GSM768069 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768070 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768071 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 6 0.0000 0.528617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0937 0.673095 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768075 4 0.0937 0.883869 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM768076 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768077 4 0.1267 0.869041 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM768078 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768079 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768080 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768081 4 0.3647 0.524654 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM768082 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768083 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768084 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768085 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768086 1 0.3868 0.887288 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM768087 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768088 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768089 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768090 6 0.1649 0.529566 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000 0.932
#> GSM768091 4 0.2664 0.860555 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM768092 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768093 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768094 6 0.2664 0.313437 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM768095 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768096 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768097 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768098 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.3747 0.766280 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768100 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.5859 -0.331716 0.000 0.432 0.372 0.000 0.196 0.000
#> GSM768102 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.3817 0.771906 0.432 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768104 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768105 2 0.0458 0.663664 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768106 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768107 3 0.4624 0.416318 0.000 0.432 0.528 0.000 0.040 0.000
#> GSM768108 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768110 5 0.3050 0.579407 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM768111 2 0.2793 0.367739 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM768112 1 0.4941 0.811076 0.492 0.064 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM768113 2 0.3483 0.503239 0.016 0.748 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM768114 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768115 5 0.3838 0.491110 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM768116 5 0.3838 0.491110 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM768117 2 0.3833 0.773051 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768118 1 0.3971 0.974831 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448
#> GSM768119 2 0.4242 0.763270 0.448 0.536 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM768120 6 0.5976 0.000374 0.244 0.000 0.000 0.000 0.320 0.436
#> GSM768121 2 0.1204 0.600857 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM768122 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768124 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768125 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768126 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.655559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768128 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768130 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768131 5 0.3823 0.501582 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> GSM768132 5 0.3647 0.351067 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM768133 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768134 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768135 3 0.3823 0.205496 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM768136 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.0458 0.663427 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768138 5 0.2562 0.618829 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM768139 5 0.3838 0.491110 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM768140 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768142 5 0.0000 0.801108 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768143 4 0.0000 0.906539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768144 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768145 2 0.3838 0.772907 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768002 1 0.3838 0.982819 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM768061 5 0.3857 0.042452 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM768043 5 0.3817 -0.066905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM767986 3 0.0000 0.920500 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM767999 4 0.2793 0.851682 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM767988 5 0.3867 0.428833 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM768058 3 0.3774 0.498800 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> GSM767987 5 0.3838 0.491110 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:pam 164 0.682 6.74e-13 0.317 0.938 2
#> ATC:pam 161 0.654 1.48e-10 0.574 0.635 3
#> ATC:pam 166 0.944 1.12e-23 0.622 0.941 4
#> ATC:pam 158 0.907 1.29e-21 0.782 0.829 5
#> ATC:pam 145 0.932 1.41e-22 0.495 0.826 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.981 0.4986 0.498 0.498
#> 3 3 0.687 0.507 0.791 0.2020 0.984 0.967
#> 4 4 0.637 0.498 0.747 0.1823 0.759 0.507
#> 5 5 0.614 0.734 0.783 0.0763 0.882 0.626
#> 6 6 0.645 0.697 0.761 0.0234 0.943 0.782
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767978 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767979 2 0.5178 0.907 0.116 0.884
#> GSM767980 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767981 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767982 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767984 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767989 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767990 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767991 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767992 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767995 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767996 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM767997 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767998 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768000 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768001 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768003 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768005 1 0.1414 0.974 0.980 0.020
#> GSM768006 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768008 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM768009 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768010 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768012 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768013 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.4562 0.910 0.904 0.096
#> GSM768018 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768021 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768022 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768023 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768016 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.4562 0.910 0.904 0.096
#> GSM768026 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768027 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768028 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768029 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768030 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768031 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768032 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768033 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768034 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768037 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768038 1 0.4939 0.877 0.892 0.108
#> GSM768039 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768040 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768042 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768044 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768045 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768046 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768048 1 0.4562 0.910 0.904 0.096
#> GSM768049 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768050 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768052 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768053 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768056 1 0.1414 0.974 0.980 0.020
#> GSM768057 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768059 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768062 1 0.5178 0.891 0.884 0.116
#> GSM768063 2 0.3431 0.952 0.064 0.936
#> GSM768064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768065 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768068 2 0.1633 0.977 0.024 0.976
#> GSM768069 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768071 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768072 1 0.4562 0.910 0.904 0.096
#> GSM768073 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> GSM768074 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768075 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768076 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768077 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768078 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768079 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768081 2 0.4562 0.895 0.096 0.904
#> GSM768082 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768084 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM768085 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> GSM768087 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768089 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.4562 0.910 0.904 0.096
#> GSM768091 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> GSM768093 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.1414 0.974 0.980 0.020
#> GSM768095 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768096 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768100 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768102 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768104 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768105 2 0.3733 0.946 0.072 0.928
#> GSM768106 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768108 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768109 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768110 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.4298 0.934 0.088 0.912
#> GSM768112 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM768113 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768114 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768116 1 0.4939 0.877 0.892 0.108
#> GSM768117 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768118 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768119 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768120 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768121 2 0.4161 0.937 0.084 0.916
#> GSM768122 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768125 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768126 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768128 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768130 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768131 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768134 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768137 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768138 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768139 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768140 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768142 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768145 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> GSM768002 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768061 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767986 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM768058 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
#> GSM767987 2 0.4431 0.931 0.092 0.908
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.0237 0.92330 0.996 0.000 0.004
#> GSM767977 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM767978 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM767979 2 0.4002 0.12367 0.160 0.840 0.000
#> GSM767980 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM767981 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM767982 1 0.4842 0.82880 0.776 0.000 0.224
#> GSM767983 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM767984 1 0.2066 0.90716 0.940 0.000 0.060
#> GSM767985 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM767989 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM767990 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM767991 1 0.2537 0.89903 0.920 0.000 0.080
#> GSM767992 2 0.6267 -0.33168 0.000 0.548 0.452
#> GSM767993 1 0.0592 0.92347 0.988 0.000 0.012
#> GSM767994 2 0.0237 0.37235 0.000 0.996 0.004
#> GSM767995 1 0.5016 0.82014 0.760 0.000 0.240
#> GSM767996 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM767997 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM767998 3 0.6295 0.77516 0.000 0.472 0.528
#> GSM768000 1 0.0592 0.92237 0.988 0.000 0.012
#> GSM768001 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768003 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768004 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768005 1 0.4399 0.81191 0.812 0.000 0.188
#> GSM768006 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768007 1 0.4974 0.82045 0.764 0.000 0.236
#> GSM768008 1 0.3752 0.84590 0.856 0.000 0.144
#> GSM768009 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768010 2 0.4555 0.15610 0.000 0.800 0.200
#> GSM768011 1 0.4842 0.82831 0.776 0.000 0.224
#> GSM768012 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768013 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768014 2 0.5706 0.02257 0.000 0.680 0.320
#> GSM768017 1 0.4702 0.79795 0.788 0.000 0.212
#> GSM768018 2 0.6252 -0.28843 0.000 0.556 0.444
#> GSM768019 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM768020 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768021 1 0.5016 0.82014 0.760 0.000 0.240
#> GSM768022 2 0.6225 -0.22435 0.000 0.568 0.432
#> GSM768023 1 0.1031 0.92079 0.976 0.000 0.024
#> GSM768024 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768015 1 0.5016 0.82014 0.760 0.000 0.240
#> GSM768016 2 0.6252 -0.28843 0.000 0.556 0.444
#> GSM768025 1 0.4605 0.79844 0.796 0.000 0.204
#> GSM768026 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768027 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768028 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768029 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768030 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768031 1 0.4974 0.82045 0.764 0.000 0.236
#> GSM768032 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768033 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768034 2 0.0237 0.37235 0.000 0.996 0.004
#> GSM768035 1 0.4974 0.82045 0.764 0.000 0.236
#> GSM768036 2 0.1643 0.32789 0.000 0.956 0.044
#> GSM768037 1 0.4974 0.82045 0.764 0.000 0.236
#> GSM768038 1 0.6887 0.64074 0.720 0.204 0.076
#> GSM768039 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768040 2 0.0237 0.37235 0.000 0.996 0.004
#> GSM768041 1 0.2261 0.90561 0.932 0.000 0.068
#> GSM768042 2 0.0237 0.37235 0.000 0.996 0.004
#> GSM768044 1 0.0592 0.92237 0.988 0.000 0.012
#> GSM768045 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM768047 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768048 1 0.4654 0.79579 0.792 0.000 0.208
#> GSM768049 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768050 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768051 2 0.0892 0.35433 0.000 0.980 0.020
#> GSM768052 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768053 2 0.3482 0.24691 0.000 0.872 0.128
#> GSM768054 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768055 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768056 1 0.4121 0.82791 0.832 0.000 0.168
#> GSM768057 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768059 1 0.0592 0.92267 0.988 0.000 0.012
#> GSM768060 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768062 1 0.4654 0.79552 0.792 0.000 0.208
#> GSM768063 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768064 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768065 2 0.3551 0.24238 0.000 0.868 0.132
#> GSM768066 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768067 2 0.0237 0.37235 0.000 0.996 0.004
#> GSM768068 2 0.4326 0.21800 0.012 0.844 0.144
#> GSM768069 3 0.6299 0.50126 0.000 0.476 0.524
#> GSM768070 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768071 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768072 1 0.4605 0.79844 0.796 0.000 0.204
#> GSM768073 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768075 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768076 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768077 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768078 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768079 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768080 1 0.0424 0.92302 0.992 0.000 0.008
#> GSM768081 2 0.5835 0.00957 0.000 0.660 0.340
#> GSM768082 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768083 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768084 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768085 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768086 1 0.0592 0.92237 0.988 0.000 0.012
#> GSM768087 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768088 1 0.0424 0.92302 0.992 0.000 0.008
#> GSM768089 2 0.5785 0.01450 0.000 0.668 0.332
#> GSM768090 1 0.4605 0.79844 0.796 0.000 0.204
#> GSM768091 3 0.6295 0.77516 0.000 0.472 0.528
#> GSM768092 1 0.4974 0.82045 0.764 0.000 0.236
#> GSM768093 2 0.6204 -0.18129 0.000 0.576 0.424
#> GSM768094 1 0.4291 0.81843 0.820 0.000 0.180
#> GSM768095 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768096 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768097 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768098 1 0.0237 0.92330 0.996 0.000 0.004
#> GSM768099 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768100 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768101 2 0.0237 0.37152 0.000 0.996 0.004
#> GSM768102 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768103 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768104 1 0.0237 0.92350 0.996 0.000 0.004
#> GSM768105 2 0.1964 0.32071 0.000 0.944 0.056
#> GSM768106 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768107 2 0.0892 0.35433 0.000 0.980 0.020
#> GSM768108 1 0.5058 0.81772 0.756 0.000 0.244
#> GSM768109 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768110 1 0.4452 0.84887 0.808 0.000 0.192
#> GSM768111 2 0.6095 -0.14059 0.000 0.608 0.392
#> GSM768112 1 0.0892 0.92210 0.980 0.000 0.020
#> GSM768113 2 0.4326 0.21800 0.012 0.844 0.144
#> GSM768114 1 0.0592 0.92267 0.988 0.000 0.012
#> GSM768115 2 0.0424 0.36709 0.000 0.992 0.008
#> GSM768116 1 0.6977 0.62846 0.712 0.212 0.076
#> GSM768117 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768118 1 0.4504 0.84183 0.804 0.000 0.196
#> GSM768119 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768120 1 0.0424 0.92343 0.992 0.000 0.008
#> GSM768121 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768122 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768123 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768124 1 0.0747 0.92236 0.984 0.000 0.016
#> GSM768125 2 0.0892 0.35433 0.000 0.980 0.020
#> GSM768126 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768127 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768129 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768130 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768131 1 0.2356 0.89974 0.928 0.000 0.072
#> GSM768132 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM768133 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768134 1 0.0237 0.92330 0.996 0.000 0.004
#> GSM768135 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768136 1 0.0237 0.92330 0.996 0.000 0.004
#> GSM768137 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768138 1 0.0000 0.92334 1.000 0.000 0.000
#> GSM768139 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768140 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM768141 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768142 1 0.5016 0.81985 0.760 0.000 0.240
#> GSM768143 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768144 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768145 2 0.6168 -0.11600 0.000 0.588 0.412
#> GSM768002 1 0.0237 0.92318 0.996 0.000 0.004
#> GSM768061 1 0.0424 0.92322 0.992 0.000 0.008
#> GSM768043 1 0.0237 0.92330 0.996 0.000 0.004
#> GSM767986 1 0.0592 0.92267 0.988 0.000 0.012
#> GSM767999 2 0.5760 0.01727 0.000 0.672 0.328
#> GSM767988 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
#> GSM768058 2 0.0892 0.35433 0.000 0.980 0.020
#> GSM767987 2 0.0000 0.37450 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.4222 -0.00989 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM767977 2 0.0817 0.90083 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM767978 1 0.4998 -0.66668 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM767979 4 0.2715 0.74770 0.100 0.004 0.004 0.892
#> GSM767980 1 0.4998 -0.67152 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM767981 2 0.4175 0.61478 0.000 0.776 0.012 0.212
#> GSM767982 3 0.6552 0.67918 0.440 0.000 0.484 0.076
#> GSM767983 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM767984 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM767985 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM767989 1 0.4999 -0.67827 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM767990 2 0.0804 0.90100 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM767991 1 0.4994 -0.67049 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM767992 2 0.3215 0.85650 0.000 0.876 0.032 0.092
#> GSM767993 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM767994 4 0.4123 0.84745 0.000 0.220 0.008 0.772
#> GSM767995 1 0.3123 0.43683 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM767996 2 0.0804 0.90100 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM767997 1 0.2921 0.24790 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM767998 2 0.4949 0.70285 0.000 0.760 0.180 0.060
#> GSM768000 1 0.4522 0.36600 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.90117 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768003 1 0.4998 -0.67152 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM768004 2 0.0804 0.90100 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM768005 3 0.4543 0.68399 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM768006 2 0.1854 0.89122 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM768007 1 0.3024 0.43919 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM768008 3 0.5359 0.08057 0.288 0.000 0.676 0.036
#> GSM768009 3 0.4989 0.72574 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM768010 4 0.4562 0.85201 0.000 0.152 0.056 0.792
#> GSM768011 1 0.1118 0.41122 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM768012 2 0.0000 0.90117 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768013 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM768014 4 0.3836 0.75822 0.000 0.016 0.168 0.816
#> GSM768017 3 0.5980 0.54062 0.396 0.000 0.560 0.044
#> GSM768018 2 0.2489 0.88146 0.000 0.912 0.020 0.068
#> GSM768019 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768020 4 0.3528 0.85867 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM768021 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768022 2 0.2142 0.88895 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM768023 1 0.4522 0.36600 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM768024 2 0.1854 0.89122 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM768015 1 0.3123 0.43683 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM768016 2 0.2335 0.88589 0.000 0.920 0.020 0.060
#> GSM768025 3 0.4632 0.66995 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM768026 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM768027 1 0.2281 0.44921 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM768028 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.2334 0.44937 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM768030 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768031 1 0.1474 0.43244 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM768032 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768033 3 0.4981 0.72792 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768034 4 0.4553 0.84513 0.000 0.180 0.040 0.780
#> GSM768035 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768036 2 0.5404 -0.22046 0.000 0.512 0.012 0.476
#> GSM768037 1 0.1637 0.42981 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768038 1 0.8171 0.14540 0.532 0.140 0.268 0.060
#> GSM768039 3 0.4981 0.72792 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768040 4 0.4375 0.84749 0.000 0.180 0.032 0.788
#> GSM768041 1 0.2868 0.44397 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM768042 4 0.3900 0.85819 0.000 0.164 0.020 0.816
#> GSM768044 1 0.1792 0.42939 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM768045 4 0.4981 0.38832 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM768046 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768047 2 0.1854 0.89122 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM768048 3 0.5951 0.62690 0.300 0.000 0.636 0.064
#> GSM768049 2 0.1576 0.89349 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM768050 3 0.6693 0.67127 0.424 0.000 0.488 0.088
#> GSM768051 4 0.3013 0.79585 0.032 0.080 0.000 0.888
#> GSM768052 3 0.4972 0.73362 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM768053 4 0.4144 0.86323 0.004 0.152 0.028 0.816
#> GSM768054 1 0.4998 -0.66668 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM768055 4 0.3486 0.86029 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM768056 3 0.4543 0.68399 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM768057 4 0.3401 0.86490 0.000 0.152 0.008 0.840
#> GSM768059 3 0.6693 0.67127 0.424 0.000 0.488 0.088
#> GSM768060 2 0.1302 0.89560 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM768062 3 0.5256 0.44953 0.204 0.000 0.732 0.064
#> GSM768063 4 0.3649 0.85548 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM768064 3 0.4998 0.69966 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM768065 4 0.3910 0.86056 0.000 0.156 0.024 0.820
#> GSM768066 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM768067 2 0.5597 -0.16561 0.000 0.516 0.020 0.464
#> GSM768068 2 0.7890 -0.30932 0.016 0.412 0.164 0.408
#> GSM768069 2 0.3160 0.84912 0.000 0.872 0.020 0.108
#> GSM768070 3 0.4977 0.73305 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM768071 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768072 3 0.5951 0.62690 0.300 0.000 0.636 0.064
#> GSM768073 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM768074 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM768075 2 0.0000 0.90117 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768076 3 0.4985 0.72228 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM768077 2 0.1211 0.89709 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM768078 1 0.5000 -0.67549 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM768079 2 0.1854 0.89122 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM768080 3 0.4967 0.73497 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM768081 4 0.5697 0.72651 0.000 0.052 0.292 0.656
#> GSM768082 1 0.5000 -0.68604 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM768083 2 0.1389 0.89415 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM768084 3 0.4981 0.72792 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768085 4 0.4462 0.85391 0.000 0.164 0.044 0.792
#> GSM768086 1 0.3726 0.21933 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM768087 2 0.4718 0.54608 0.000 0.708 0.012 0.280
#> GSM768088 3 0.4981 0.72792 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768089 4 0.3937 0.74643 0.000 0.012 0.188 0.800
#> GSM768090 3 0.5951 0.62690 0.300 0.000 0.636 0.064
#> GSM768091 2 0.4949 0.70285 0.000 0.760 0.180 0.060
#> GSM768092 1 0.4830 -0.40393 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM768093 2 0.1854 0.89122 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM768094 3 0.4585 0.67531 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM768095 2 0.0524 0.90243 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM768096 1 0.4999 -0.67188 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM768097 1 0.4998 -0.66668 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM768098 1 0.2334 0.41569 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM768099 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768100 1 0.6164 0.33283 0.644 0.000 0.264 0.092
#> GSM768101 4 0.4888 0.42755 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM768102 3 0.6646 0.67406 0.428 0.000 0.488 0.084
#> GSM768103 2 0.0336 0.89888 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM768104 1 0.4277 0.34417 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM768105 4 0.5678 0.35190 0.000 0.452 0.024 0.524
#> GSM768106 1 0.2480 0.41658 0.904 0.000 0.008 0.088
#> GSM768107 4 0.4900 0.70175 0.032 0.236 0.000 0.732
#> GSM768108 1 0.2469 0.44955 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM768109 2 0.0804 0.90100 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM768110 1 0.2480 0.44875 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM768111 2 0.1940 0.83787 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM768112 1 0.4814 0.36442 0.676 0.000 0.316 0.008
#> GSM768113 4 0.7484 0.60741 0.012 0.288 0.160 0.540
#> GSM768114 3 0.6599 0.67630 0.432 0.000 0.488 0.080
#> GSM768115 4 0.3486 0.86029 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM768116 1 0.8171 0.16892 0.532 0.140 0.268 0.060
#> GSM768117 2 0.1174 0.90038 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM768118 3 0.4989 0.72574 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM768119 2 0.1389 0.89415 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM768120 1 0.4992 -0.67028 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM768121 4 0.3444 0.86031 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM768122 1 0.2334 0.41569 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM768123 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768124 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768125 4 0.5195 0.64659 0.032 0.276 0.000 0.692
#> GSM768126 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM768127 4 0.3074 0.86553 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM768128 3 0.4994 0.71099 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM768129 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768130 3 0.4972 0.73362 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM768131 1 0.4164 0.37429 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM768132 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.90117 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768134 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM768135 1 0.4996 -0.66520 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM768136 1 0.4985 -0.66214 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM768137 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768138 3 0.4985 0.72509 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM768139 4 0.3486 0.86029 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM768140 1 0.0000 0.44188 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0188 0.90062 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM768142 1 0.1637 0.38412 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM768143 2 0.1722 0.89250 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM768144 3 0.4981 0.72792 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768145 2 0.0000 0.90117 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM768002 3 0.4981 0.72931 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM768061 1 0.4998 -0.66668 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM768043 1 0.4981 -0.66023 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM767986 3 0.6693 0.67127 0.424 0.000 0.488 0.088
#> GSM767999 4 0.3937 0.74643 0.000 0.012 0.188 0.800
#> GSM767988 4 0.2973 0.86527 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM768058 4 0.3013 0.79585 0.032 0.080 0.000 0.888
#> GSM767987 4 0.2469 0.82742 0.000 0.108 0.000 0.892
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 1 0.4126 0.656 0.620 0.000 0.380 0.000 NA
#> GSM767977 2 0.0865 0.914 0.004 0.972 0.000 0.024 NA
#> GSM767978 3 0.6438 0.498 0.212 0.000 0.496 0.000 NA
#> GSM767979 4 0.3599 0.808 0.132 0.024 0.000 0.828 NA
#> GSM767980 3 0.4335 0.639 0.072 0.000 0.760 0.000 NA
#> GSM767981 2 0.3642 0.602 0.000 0.760 0.000 0.232 NA
#> GSM767982 3 0.6534 0.536 0.208 0.000 0.544 0.012 NA
#> GSM767983 4 0.2127 0.886 0.000 0.108 0.000 0.892 NA
#> GSM767984 3 0.3424 0.631 0.240 0.000 0.760 0.000 NA
#> GSM767985 4 0.2922 0.882 0.000 0.072 0.000 0.872 NA
#> GSM767989 3 0.4237 0.648 0.076 0.000 0.772 0.000 NA
#> GSM767990 2 0.0290 0.914 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM767991 3 0.3074 0.635 0.196 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM767992 2 0.2909 0.875 0.000 0.848 0.000 0.140 NA
#> GSM767993 3 0.6245 0.533 0.220 0.000 0.544 0.000 NA
#> GSM767994 4 0.3628 0.855 0.000 0.216 0.000 0.772 NA
#> GSM767995 1 0.3274 0.744 0.780 0.000 0.220 0.000 NA
#> GSM767996 2 0.0290 0.914 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM767997 1 0.3895 0.611 0.680 0.000 0.320 0.000 NA
#> GSM767998 2 0.5296 0.679 0.000 0.676 0.000 0.144 NA
#> GSM768000 1 0.6183 0.655 0.552 0.000 0.328 0.016 NA
#> GSM768001 2 0.0451 0.915 0.008 0.988 0.000 0.004 NA
#> GSM768003 3 0.4269 0.660 0.116 0.000 0.776 0.000 NA
#> GSM768004 2 0.0290 0.914 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM768005 3 0.1704 0.671 0.004 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM768006 2 0.2280 0.890 0.000 0.880 0.000 0.120 NA
#> GSM768007 1 0.3143 0.746 0.796 0.000 0.204 0.000 NA
#> GSM768008 3 0.6981 -0.193 0.296 0.000 0.456 0.016 NA
#> GSM768009 3 0.2179 0.620 0.112 0.000 0.888 0.000 NA
#> GSM768010 4 0.2535 0.851 0.000 0.076 0.000 0.892 NA
#> GSM768011 1 0.3274 0.745 0.780 0.000 0.220 0.000 NA
#> GSM768012 2 0.0451 0.915 0.008 0.988 0.000 0.004 NA
#> GSM768013 3 0.4504 0.640 0.084 0.000 0.748 0.000 NA
#> GSM768014 4 0.3318 0.815 0.000 0.012 0.000 0.808 NA
#> GSM768017 3 0.6326 0.144 0.300 0.000 0.512 0.000 NA
#> GSM768018 2 0.2629 0.880 0.000 0.860 0.000 0.136 NA
#> GSM768019 1 0.2929 0.755 0.820 0.000 0.180 0.000 NA
#> GSM768020 4 0.3875 0.870 0.000 0.160 0.000 0.792 NA
#> GSM768021 1 0.3305 0.746 0.776 0.000 0.224 0.000 NA
#> GSM768022 2 0.2471 0.882 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> GSM768023 1 0.6183 0.655 0.552 0.000 0.328 0.016 NA
#> GSM768024 2 0.2179 0.893 0.000 0.888 0.000 0.112 NA
#> GSM768015 1 0.3508 0.727 0.748 0.000 0.252 0.000 NA
#> GSM768016 2 0.2629 0.880 0.000 0.860 0.000 0.136 NA
#> GSM768025 3 0.2338 0.663 0.004 0.000 0.884 0.000 NA
#> GSM768026 4 0.1478 0.885 0.000 0.064 0.000 0.936 NA
#> GSM768027 1 0.3280 0.739 0.812 0.000 0.176 0.000 NA
#> GSM768028 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768029 1 0.3086 0.739 0.816 0.000 0.180 0.000 NA
#> GSM768030 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768031 1 0.3586 0.741 0.736 0.000 0.264 0.000 NA
#> GSM768032 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768033 3 0.1894 0.641 0.072 0.000 0.920 0.000 NA
#> GSM768034 4 0.2390 0.851 0.000 0.084 0.000 0.896 NA
#> GSM768035 1 0.2377 0.746 0.872 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM768036 4 0.3944 0.791 0.000 0.200 0.000 0.768 NA
#> GSM768037 1 0.3895 0.709 0.680 0.000 0.320 0.000 NA
#> GSM768038 1 0.8069 0.556 0.556 0.088 0.124 0.112 NA
#> GSM768039 3 0.0794 0.662 0.028 0.000 0.972 0.000 NA
#> GSM768040 4 0.2286 0.859 0.000 0.108 0.000 0.888 NA
#> GSM768041 1 0.3861 0.754 0.712 0.000 0.284 0.000 NA
#> GSM768042 4 0.3099 0.858 0.000 0.124 0.000 0.848 NA
#> GSM768044 1 0.4138 0.705 0.616 0.000 0.384 0.000 NA
#> GSM768045 4 0.4313 0.831 0.000 0.228 0.000 0.732 NA
#> GSM768046 1 0.2773 0.755 0.836 0.000 0.164 0.000 NA
#> GSM768047 2 0.2074 0.895 0.000 0.896 0.000 0.104 NA
#> GSM768048 3 0.3487 0.636 0.008 0.000 0.780 0.000 NA
#> GSM768049 2 0.2074 0.895 0.000 0.896 0.000 0.104 NA
#> GSM768050 3 0.6615 0.490 0.216 0.000 0.484 0.004 NA
#> GSM768051 4 0.3994 0.870 0.008 0.132 0.000 0.804 NA
#> GSM768052 3 0.3413 0.655 0.044 0.000 0.832 0.000 NA
#> GSM768053 4 0.2975 0.876 0.000 0.048 0.020 0.884 NA
#> GSM768054 3 0.6371 0.508 0.200 0.000 0.508 0.000 NA
#> GSM768055 4 0.2605 0.878 0.000 0.148 0.000 0.852 NA
#> GSM768056 3 0.1571 0.672 0.004 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM768057 4 0.1502 0.882 0.000 0.056 0.000 0.940 NA
#> GSM768059 3 0.6491 0.490 0.220 0.000 0.484 0.000 NA
#> GSM768060 2 0.2074 0.895 0.000 0.896 0.000 0.104 NA
#> GSM768062 3 0.5810 0.499 0.152 0.000 0.604 0.000 NA
#> GSM768063 4 0.2929 0.876 0.000 0.152 0.000 0.840 NA
#> GSM768064 3 0.3865 0.664 0.092 0.000 0.808 0.000 NA
#> GSM768065 4 0.2482 0.850 0.000 0.084 0.000 0.892 NA
#> GSM768066 3 0.6199 0.537 0.212 0.000 0.552 0.000 NA
#> GSM768067 4 0.4042 0.763 0.000 0.212 0.000 0.756 NA
#> GSM768068 4 0.6261 0.717 0.036 0.084 0.012 0.636 NA
#> GSM768069 2 0.3309 0.868 0.000 0.836 0.000 0.128 NA
#> GSM768070 3 0.0609 0.665 0.020 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM768071 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768072 3 0.3487 0.636 0.008 0.000 0.780 0.000 NA
#> GSM768073 4 0.1671 0.886 0.000 0.076 0.000 0.924 NA
#> GSM768074 4 0.1430 0.882 0.000 0.052 0.000 0.944 NA
#> GSM768075 2 0.0324 0.915 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> GSM768076 3 0.3305 0.438 0.224 0.000 0.776 0.000 NA
#> GSM768077 2 0.1851 0.900 0.000 0.912 0.000 0.088 NA
#> GSM768078 3 0.3966 0.168 0.336 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM768079 2 0.2179 0.893 0.000 0.888 0.000 0.112 NA
#> GSM768080 3 0.0404 0.667 0.012 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM768081 4 0.4699 0.790 0.024 0.004 0.048 0.764 NA
#> GSM768082 3 0.2249 0.673 0.096 0.000 0.896 0.000 NA
#> GSM768083 2 0.2127 0.894 0.000 0.892 0.000 0.108 NA
#> GSM768084 3 0.2377 0.591 0.128 0.000 0.872 0.000 NA
#> GSM768085 4 0.2423 0.849 0.000 0.080 0.000 0.896 NA
#> GSM768086 1 0.4297 0.538 0.528 0.000 0.472 0.000 NA
#> GSM768087 2 0.3671 0.764 0.000 0.756 0.000 0.236 NA
#> GSM768088 3 0.0703 0.662 0.024 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM768089 4 0.3659 0.797 0.000 0.012 0.000 0.768 NA
#> GSM768090 3 0.3210 0.639 0.000 0.000 0.788 0.000 NA
#> GSM768091 2 0.5296 0.679 0.000 0.676 0.000 0.144 NA
#> GSM768092 3 0.3913 0.286 0.324 0.000 0.676 0.000 NA
#> GSM768093 2 0.2471 0.882 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> GSM768094 3 0.1809 0.669 0.012 0.000 0.928 0.000 NA
#> GSM768095 2 0.0703 0.913 0.000 0.976 0.000 0.024 NA
#> GSM768096 3 0.3825 0.662 0.136 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM768097 3 0.6163 0.529 0.168 0.000 0.540 0.000 NA
#> GSM768098 1 0.3689 0.635 0.740 0.000 0.256 0.000 NA
#> GSM768099 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768100 1 0.4357 0.662 0.768 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM768101 4 0.4129 0.851 0.000 0.204 0.000 0.756 NA
#> GSM768102 3 0.6478 0.494 0.220 0.000 0.488 0.000 NA
#> GSM768103 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768104 1 0.4610 0.687 0.596 0.000 0.388 0.000 NA
#> GSM768105 4 0.3641 0.869 0.000 0.120 0.000 0.820 NA
#> GSM768106 1 0.3266 0.706 0.796 0.000 0.200 0.000 NA
#> GSM768107 4 0.4058 0.868 0.008 0.144 0.000 0.796 NA
#> GSM768108 1 0.2377 0.765 0.872 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM768109 2 0.0290 0.914 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM768110 1 0.2970 0.745 0.828 0.000 0.168 0.000 NA
#> GSM768111 2 0.1830 0.868 0.008 0.924 0.000 0.068 NA
#> GSM768112 1 0.6152 0.684 0.624 0.000 0.236 0.036 NA
#> GSM768113 4 0.5742 0.770 0.040 0.076 0.008 0.696 NA
#> GSM768114 3 0.6615 0.490 0.216 0.000 0.484 0.004 NA
#> GSM768115 4 0.2605 0.878 0.000 0.148 0.000 0.852 NA
#> GSM768116 1 0.8074 0.555 0.556 0.108 0.124 0.092 NA
#> GSM768117 2 0.0609 0.913 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> GSM768118 3 0.2873 0.646 0.020 0.000 0.860 0.000 NA
#> GSM768119 2 0.2074 0.895 0.000 0.896 0.000 0.104 NA
#> GSM768120 3 0.4298 0.354 0.352 0.000 0.640 0.000 NA
#> GSM768121 4 0.2929 0.876 0.000 0.152 0.000 0.840 NA
#> GSM768122 1 0.3461 0.690 0.772 0.000 0.224 0.000 NA
#> GSM768123 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768124 1 0.3508 0.724 0.748 0.000 0.252 0.000 NA
#> GSM768125 4 0.4100 0.868 0.008 0.148 0.000 0.792 NA
#> GSM768126 3 0.5798 0.570 0.156 0.000 0.608 0.000 NA
#> GSM768127 4 0.1430 0.882 0.000 0.052 0.000 0.944 NA
#> GSM768128 3 0.4449 0.640 0.080 0.000 0.752 0.000 NA
#> GSM768129 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768130 3 0.2813 0.613 0.000 0.000 0.832 0.000 NA
#> GSM768131 1 0.5101 0.685 0.704 0.000 0.184 0.004 NA
#> GSM768132 1 0.2377 0.746 0.872 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM768133 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768134 3 0.2891 0.662 0.176 0.000 0.824 0.000 NA
#> GSM768135 3 0.6174 0.540 0.208 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM768136 3 0.3366 0.599 0.232 0.000 0.768 0.000 NA
#> GSM768137 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768138 3 0.4177 0.641 0.064 0.000 0.772 0.000 NA
#> GSM768139 4 0.2605 0.878 0.000 0.148 0.000 0.852 NA
#> GSM768140 1 0.2377 0.746 0.872 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM768141 2 0.0579 0.914 0.008 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM768142 1 0.3395 0.725 0.764 0.000 0.236 0.000 NA
#> GSM768143 2 0.2179 0.893 0.000 0.888 0.000 0.112 NA
#> GSM768144 3 0.0794 0.661 0.028 0.000 0.972 0.000 NA
#> GSM768145 2 0.0451 0.915 0.008 0.988 0.000 0.004 NA
#> GSM768002 3 0.4088 0.637 0.056 0.000 0.776 0.000 NA
#> GSM768061 3 0.6394 0.505 0.204 0.000 0.504 0.000 NA
#> GSM768043 3 0.4015 0.382 0.348 0.000 0.652 0.000 NA
#> GSM767986 3 0.6478 0.494 0.220 0.000 0.488 0.000 NA
#> GSM767999 4 0.3659 0.797 0.000 0.012 0.000 0.768 NA
#> GSM767988 4 0.2011 0.887 0.000 0.088 0.000 0.908 NA
#> GSM768058 4 0.3201 0.875 0.008 0.132 0.000 0.844 NA
#> GSM767987 4 0.2648 0.876 0.000 0.152 0.000 0.848 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 1 0.4569 0.723 0.636 0.000 0.304 0.000 0.060 NA
#> GSM767977 2 0.1471 0.807 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM767978 5 0.1663 0.903 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 NA
#> GSM767979 4 0.4023 0.621 0.000 0.008 0.000 0.752 0.188 NA
#> GSM767980 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM767981 2 0.3426 0.484 0.000 0.720 0.000 0.276 0.000 NA
#> GSM767982 5 0.4062 0.824 0.068 0.000 0.196 0.000 0.736 NA
#> GSM767983 4 0.3373 0.740 0.000 0.248 0.000 0.744 0.000 NA
#> GSM767984 3 0.1327 0.793 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM767985 4 0.4239 0.734 0.000 0.248 0.000 0.696 0.000 NA
#> GSM767989 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM767990 2 0.1814 0.804 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM767991 3 0.1204 0.795 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 NA
#> GSM767992 2 0.4856 0.669 0.200 0.684 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM767993 5 0.4002 0.824 0.068 0.000 0.188 0.000 0.744 NA
#> GSM767994 4 0.4002 0.666 0.000 0.320 0.000 0.660 0.000 NA
#> GSM767995 1 0.3221 0.738 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 NA
#> GSM767996 2 0.2100 0.802 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM767997 1 0.3828 0.573 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000 NA
#> GSM767998 2 0.5572 0.599 0.248 0.608 0.000 0.028 0.000 NA
#> GSM768000 1 0.4564 0.718 0.688 0.000 0.256 0.004 0.028 NA
#> GSM768001 2 0.1895 0.800 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM768003 3 0.1053 0.791 0.012 0.000 0.964 0.000 0.020 NA
#> GSM768004 2 0.2053 0.803 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768005 3 0.1536 0.801 0.040 0.000 0.940 0.000 0.004 NA
#> GSM768006 2 0.4175 0.713 0.156 0.740 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768007 1 0.3221 0.738 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 NA
#> GSM768008 3 0.6721 0.119 0.296 0.000 0.448 0.012 0.028 NA
#> GSM768009 3 0.1753 0.780 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004 NA
#> GSM768010 4 0.5726 0.649 0.244 0.008 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM768011 1 0.3659 0.707 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000 NA
#> GSM768012 2 0.1471 0.804 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768013 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM768014 4 0.5534 0.645 0.248 0.000 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM768017 3 0.6122 0.262 0.324 0.000 0.424 0.000 0.004 NA
#> GSM768018 2 0.4817 0.672 0.196 0.684 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM768019 1 0.3659 0.707 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000 NA
#> GSM768020 4 0.4215 0.737 0.000 0.244 0.000 0.700 0.000 NA
#> GSM768021 1 0.3607 0.716 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000 NA
#> GSM768022 2 0.4954 0.671 0.196 0.680 0.000 0.008 0.004 NA
#> GSM768023 1 0.4564 0.718 0.688 0.000 0.256 0.004 0.028 NA
#> GSM768024 2 0.2070 0.803 0.008 0.892 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768015 1 0.3266 0.739 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000 NA
#> GSM768016 2 0.4817 0.672 0.196 0.684 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM768025 3 0.5038 0.570 0.072 0.000 0.644 0.000 0.020 NA
#> GSM768026 4 0.3103 0.765 0.000 0.208 0.000 0.784 0.000 NA
#> GSM768027 1 0.4328 0.684 0.708 0.000 0.080 0.000 0.212 NA
#> GSM768028 2 0.1327 0.804 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768029 1 0.4402 0.676 0.700 0.000 0.084 0.000 0.216 NA
#> GSM768030 2 0.1610 0.801 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768031 1 0.3634 0.712 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000 NA
#> GSM768032 2 0.1858 0.799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768033 3 0.2631 0.738 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008 NA
#> GSM768034 4 0.5619 0.649 0.248 0.004 0.000 0.560 0.000 NA
#> GSM768035 1 0.5058 0.683 0.636 0.000 0.164 0.000 0.200 NA
#> GSM768036 2 0.4698 -0.253 0.000 0.504 0.000 0.452 0.000 NA
#> GSM768037 1 0.3684 0.702 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 NA
#> GSM768038 1 0.5964 0.555 0.660 0.188 0.052 0.012 0.036 NA
#> GSM768039 3 0.2165 0.774 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008 NA
#> GSM768040 4 0.6090 0.711 0.060 0.192 0.000 0.588 0.000 NA
#> GSM768041 1 0.3490 0.738 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008 NA
#> GSM768042 4 0.5262 0.657 0.000 0.308 0.000 0.568 0.000 NA
#> GSM768044 1 0.3819 0.707 0.652 0.000 0.340 0.000 0.008 NA
#> GSM768045 4 0.4099 0.734 0.000 0.244 0.000 0.708 0.000 NA
#> GSM768046 1 0.3647 0.710 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> GSM768047 2 0.1910 0.803 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768048 3 0.5077 0.563 0.072 0.000 0.636 0.000 0.020 NA
#> GSM768049 2 0.2482 0.712 0.000 0.848 0.000 0.148 0.000 NA
#> GSM768050 5 0.1663 0.903 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 NA
#> GSM768051 4 0.2165 0.687 0.000 0.008 0.000 0.884 0.000 NA
#> GSM768052 3 0.0291 0.795 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> GSM768053 4 0.7092 0.690 0.108 0.148 0.024 0.524 0.000 NA
#> GSM768054 5 0.1714 0.904 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 NA
#> GSM768055 4 0.2762 0.768 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM768056 3 0.1036 0.801 0.024 0.000 0.964 0.000 0.008 NA
#> GSM768057 4 0.4729 0.729 0.000 0.248 0.000 0.656 0.000 NA
#> GSM768059 5 0.1970 0.900 0.008 0.000 0.092 0.000 0.900 NA
#> GSM768060 2 0.2070 0.807 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 NA
#> GSM768062 3 0.6153 0.489 0.184 0.000 0.508 0.000 0.024 NA
#> GSM768063 4 0.2762 0.768 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM768064 3 0.0146 0.798 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM768065 4 0.5774 0.653 0.240 0.012 0.000 0.560 0.000 NA
#> GSM768066 5 0.3835 0.835 0.048 0.000 0.204 0.000 0.748 NA
#> GSM768067 2 0.4804 -0.275 0.000 0.492 0.000 0.456 0.000 NA
#> GSM768068 2 0.7409 -0.348 0.020 0.352 0.028 0.324 0.016 NA
#> GSM768069 2 0.4734 0.675 0.196 0.692 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM768070 3 0.1010 0.798 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004 NA
#> GSM768071 2 0.1858 0.799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768072 3 0.5246 0.560 0.080 0.000 0.624 0.000 0.024 NA
#> GSM768073 4 0.2762 0.768 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM768074 4 0.3345 0.767 0.000 0.204 0.000 0.776 0.000 NA
#> GSM768075 2 0.0909 0.810 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768076 3 0.3323 0.605 0.240 0.000 0.752 0.000 0.008 NA
#> GSM768077 2 0.1610 0.808 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768078 3 0.3445 0.555 0.260 0.000 0.732 0.000 0.008 NA
#> GSM768079 2 0.1765 0.805 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768080 3 0.1010 0.798 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004 NA
#> GSM768081 4 0.6275 0.589 0.196 0.000 0.024 0.476 0.000 NA
#> GSM768082 3 0.0653 0.799 0.012 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> GSM768083 2 0.0547 0.810 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768084 3 0.2442 0.745 0.144 0.000 0.852 0.000 0.004 NA
#> GSM768085 4 0.5643 0.647 0.248 0.004 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM768086 1 0.4095 0.363 0.512 0.000 0.480 0.000 0.008 NA
#> GSM768087 2 0.3424 0.653 0.020 0.780 0.000 0.196 0.000 NA
#> GSM768088 3 0.2118 0.777 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008 NA
#> GSM768089 4 0.5534 0.645 0.248 0.000 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM768090 3 0.5077 0.563 0.072 0.000 0.636 0.000 0.020 NA
#> GSM768091 2 0.5572 0.599 0.248 0.608 0.000 0.028 0.000 NA
#> GSM768092 3 0.3221 0.508 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 NA
#> GSM768093 2 0.4691 0.677 0.196 0.696 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM768094 3 0.2056 0.792 0.080 0.000 0.904 0.000 0.004 NA
#> GSM768095 2 0.2053 0.803 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768096 5 0.4747 0.608 0.068 0.000 0.324 0.000 0.608 NA
#> GSM768097 5 0.1714 0.903 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 NA
#> GSM768098 1 0.5001 0.339 0.540 0.000 0.076 0.000 0.384 NA
#> GSM768099 2 0.1714 0.798 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768100 1 0.4009 0.553 0.684 0.000 0.000 0.000 0.288 NA
#> GSM768101 4 0.3020 0.748 0.000 0.080 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM768102 5 0.1765 0.903 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 NA
#> GSM768103 2 0.1327 0.804 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768104 1 0.4155 0.640 0.616 0.000 0.364 0.000 0.020 NA
#> GSM768105 4 0.5568 0.454 0.000 0.392 0.000 0.468 0.000 NA
#> GSM768106 1 0.4389 0.570 0.660 0.000 0.052 0.000 0.288 NA
#> GSM768107 4 0.2165 0.687 0.000 0.008 0.000 0.884 0.000 NA
#> GSM768108 1 0.4311 0.754 0.716 0.000 0.196 0.000 0.088 NA
#> GSM768109 2 0.1765 0.807 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768110 1 0.4349 0.680 0.708 0.000 0.084 0.000 0.208 NA
#> GSM768111 2 0.2571 0.775 0.000 0.876 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM768112 1 0.5551 0.650 0.692 0.128 0.120 0.004 0.028 NA
#> GSM768113 4 0.7420 0.586 0.032 0.176 0.072 0.424 0.000 NA
#> GSM768114 5 0.1663 0.903 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 NA
#> GSM768115 4 0.4556 0.755 0.000 0.124 0.000 0.752 0.072 NA
#> GSM768116 1 0.5785 0.564 0.672 0.188 0.052 0.012 0.036 NA
#> GSM768117 2 0.2416 0.703 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 NA
#> GSM768118 3 0.1194 0.801 0.032 0.000 0.956 0.000 0.008 NA
#> GSM768119 2 0.1663 0.807 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768120 3 0.3595 0.502 0.288 0.000 0.704 0.000 0.008 NA
#> GSM768121 4 0.2762 0.768 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 NA
#> GSM768122 1 0.4585 0.540 0.632 0.000 0.060 0.000 0.308 NA
#> GSM768123 2 0.1327 0.804 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768124 1 0.4700 0.741 0.648 0.000 0.268 0.000 0.084 NA
#> GSM768125 4 0.2165 0.687 0.000 0.008 0.000 0.884 0.000 NA
#> GSM768126 5 0.3349 0.840 0.008 0.000 0.244 0.000 0.748 NA
#> GSM768127 4 0.3012 0.768 0.000 0.196 0.000 0.796 0.000 NA
#> GSM768128 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM768129 2 0.1858 0.799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768130 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM768131 1 0.4861 0.659 0.684 0.000 0.064 0.000 0.224 NA
#> GSM768132 1 0.5062 0.686 0.636 0.000 0.168 0.000 0.196 NA
#> GSM768133 2 0.1471 0.804 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM768134 3 0.2897 0.740 0.060 0.000 0.852 0.000 0.088 NA
#> GSM768135 5 0.3572 0.849 0.032 0.000 0.204 0.000 0.764 NA
#> GSM768136 3 0.3073 0.624 0.204 0.000 0.788 0.000 0.008 NA
#> GSM768137 2 0.1806 0.798 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM768138 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM768139 4 0.4556 0.755 0.000 0.124 0.000 0.752 0.072 NA
#> GSM768140 1 0.5058 0.683 0.636 0.000 0.164 0.000 0.200 NA
#> GSM768141 2 0.1858 0.799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768142 1 0.3672 0.703 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 NA
#> GSM768143 2 0.1765 0.805 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM768144 3 0.1970 0.783 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008 NA
#> GSM768145 2 0.1858 0.799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM768002 3 0.1010 0.784 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> GSM768061 5 0.1663 0.903 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 NA
#> GSM768043 3 0.3934 0.154 0.376 0.000 0.616 0.000 0.008 NA
#> GSM767986 5 0.1663 0.903 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 NA
#> GSM767999 4 0.5378 0.643 0.140 0.000 0.000 0.556 0.000 NA
#> GSM767988 4 0.3582 0.763 0.000 0.196 0.000 0.768 0.000 NA
#> GSM768058 4 0.1524 0.696 0.000 0.008 0.000 0.932 0.000 NA
#> GSM767987 4 0.3649 0.761 0.000 0.196 0.000 0.764 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:mclust 170 1.000 3.13e-32 1.000 1.000 2
#> ATC:mclust 91 0.957 3.54e-06 0.380 0.430 3
#> ATC:mclust 106 0.971 1.00e-22 0.677 0.934 4
#> ATC:mclust 156 0.992 1.14e-28 0.887 0.977 5
#> ATC:mclust 159 0.980 2.02e-29 0.860 0.977 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 170 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.728 0.937 0.959 0.4860 0.499 0.499
#> 3 3 0.687 0.795 0.912 0.1359 0.586 0.382
#> 4 4 0.489 0.715 0.831 0.2338 0.838 0.643
#> 5 5 0.563 0.596 0.777 0.1129 0.831 0.529
#> 6 6 0.535 0.446 0.695 0.0532 0.904 0.637
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM767976 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767977 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767978 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767979 1 0.0376 0.922 0.996 0.004
#> GSM767980 1 0.0672 0.922 0.992 0.008
#> GSM767981 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767982 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767983 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767984 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767985 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767989 1 0.4690 0.907 0.900 0.100
#> GSM767990 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767991 1 0.4815 0.906 0.896 0.104
#> GSM767992 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767993 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767994 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767995 2 0.3114 0.926 0.056 0.944
#> GSM767996 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767997 1 0.2603 0.919 0.956 0.044
#> GSM767998 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768000 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768003 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768004 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768005 1 0.6438 0.878 0.836 0.164
#> GSM768006 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768007 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768008 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768009 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768010 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768011 1 0.1414 0.922 0.980 0.020
#> GSM768012 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768013 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768014 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768017 1 0.8861 0.694 0.696 0.304
#> GSM768018 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768019 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768020 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768021 1 0.5946 0.892 0.856 0.144
#> GSM768022 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768023 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768024 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768015 1 0.8555 0.735 0.720 0.280
#> GSM768016 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768025 1 0.7139 0.848 0.804 0.196
#> GSM768026 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768027 1 0.5737 0.895 0.864 0.136
#> GSM768028 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768029 1 0.0376 0.922 0.996 0.004
#> GSM768030 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768031 1 0.5294 0.901 0.880 0.120
#> GSM768032 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768033 1 0.6438 0.878 0.836 0.164
#> GSM768034 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768035 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768036 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768037 1 0.6048 0.890 0.852 0.148
#> GSM768038 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768039 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768040 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768041 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768042 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768044 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768045 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768046 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768047 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768048 1 0.7139 0.848 0.804 0.196
#> GSM768049 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768050 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768051 2 0.3431 0.922 0.064 0.936
#> GSM768052 1 0.5629 0.897 0.868 0.132
#> GSM768053 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768054 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768055 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768056 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768057 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768059 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768060 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768062 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768064 1 0.2603 0.919 0.956 0.044
#> GSM768065 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768066 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768067 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768068 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768069 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768070 1 0.5946 0.892 0.856 0.144
#> GSM768071 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768072 1 0.7674 0.815 0.776 0.224
#> GSM768073 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768074 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768075 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768076 1 0.6438 0.878 0.836 0.164
#> GSM768077 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768078 1 0.6623 0.872 0.828 0.172
#> GSM768079 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768080 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768081 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768083 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768084 1 0.7056 0.852 0.808 0.192
#> GSM768085 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768086 1 0.7950 0.794 0.760 0.240
#> GSM768087 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768088 1 0.6531 0.875 0.832 0.168
#> GSM768089 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768090 1 0.6623 0.872 0.828 0.172
#> GSM768091 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768092 1 0.5946 0.892 0.856 0.144
#> GSM768093 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768094 1 0.6973 0.856 0.812 0.188
#> GSM768095 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768096 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768097 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768098 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768100 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768104 2 1.0000 -0.196 0.496 0.504
#> GSM768105 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768106 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768108 1 0.0672 0.922 0.992 0.008
#> GSM768109 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768110 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768111 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768112 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768113 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768114 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768115 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768116 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768117 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768118 1 0.1414 0.922 0.980 0.020
#> GSM768119 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768120 1 0.6148 0.887 0.848 0.152
#> GSM768121 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768122 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768123 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768124 1 0.0938 0.922 0.988 0.012
#> GSM768125 2 0.6531 0.795 0.168 0.832
#> GSM768126 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768127 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768128 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768129 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768130 1 0.3879 0.913 0.924 0.076
#> GSM768131 1 0.7674 0.816 0.776 0.224
#> GSM768132 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768134 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768135 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768136 1 0.0938 0.922 0.988 0.012
#> GSM768137 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768138 1 0.0672 0.922 0.992 0.008
#> GSM768139 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768140 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768142 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768143 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768144 1 0.5946 0.892 0.856 0.144
#> GSM768145 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768002 1 0.5059 0.904 0.888 0.112
#> GSM768061 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM768043 1 0.4562 0.908 0.904 0.096
#> GSM767986 1 0.0000 0.922 1.000 0.000
#> GSM767999 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM767988 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM768058 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> GSM767987 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM767976 1 0.5254 0.6699 0.736 0.000 0.264
#> GSM767977 2 0.2261 0.8405 0.000 0.932 0.068
#> GSM767978 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM767979 1 0.4521 0.6554 0.816 0.180 0.004
#> GSM767980 3 0.5835 0.3928 0.340 0.000 0.660
#> GSM767981 2 0.5968 0.4643 0.000 0.636 0.364
#> GSM767982 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM767983 3 0.6026 0.4079 0.000 0.376 0.624
#> GSM767984 1 0.4842 0.6970 0.776 0.000 0.224
#> GSM767985 2 0.1643 0.8544 0.000 0.956 0.044
#> GSM767989 3 0.0747 0.9130 0.016 0.000 0.984
#> GSM767990 3 0.2165 0.8954 0.000 0.064 0.936
#> GSM767991 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM767992 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM767993 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM767994 3 0.5465 0.6053 0.000 0.288 0.712
#> GSM767995 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM767996 3 0.0892 0.9181 0.000 0.020 0.980
#> GSM767997 3 0.0424 0.9173 0.008 0.000 0.992
#> GSM767998 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768000 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768001 2 0.5098 0.6640 0.000 0.752 0.248
#> GSM768003 1 0.6215 0.4193 0.572 0.000 0.428
#> GSM768004 3 0.2165 0.8952 0.000 0.064 0.936
#> GSM768005 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768006 3 0.0892 0.9181 0.000 0.020 0.980
#> GSM768007 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768008 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768009 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768010 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768011 3 0.4796 0.6645 0.220 0.000 0.780
#> GSM768012 2 0.1163 0.8592 0.000 0.972 0.028
#> GSM768013 1 0.6225 0.4080 0.568 0.000 0.432
#> GSM768014 3 0.0592 0.9198 0.000 0.012 0.988
#> GSM768017 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768018 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768019 1 0.6204 0.4297 0.576 0.000 0.424
#> GSM768020 2 0.2165 0.8427 0.000 0.936 0.064
#> GSM768021 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768022 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768023 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768024 3 0.1289 0.9130 0.000 0.032 0.968
#> GSM768015 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768016 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768025 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768026 3 0.5948 0.4518 0.000 0.360 0.640
#> GSM768027 3 0.2537 0.8657 0.080 0.000 0.920
#> GSM768028 2 0.0892 0.8605 0.000 0.980 0.020
#> GSM768029 1 0.5621 0.6293 0.692 0.000 0.308
#> GSM768030 2 0.0592 0.8601 0.000 0.988 0.012
#> GSM768031 3 0.0424 0.9180 0.008 0.000 0.992
#> GSM768032 2 0.0747 0.8606 0.000 0.984 0.016
#> GSM768033 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768034 3 0.0892 0.9181 0.000 0.020 0.980
#> GSM768035 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768036 3 0.2066 0.8979 0.000 0.060 0.940
#> GSM768037 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768038 3 0.4346 0.7732 0.000 0.184 0.816
#> GSM768039 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768040 3 0.1031 0.9167 0.000 0.024 0.976
#> GSM768041 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768042 3 0.2625 0.8812 0.000 0.084 0.916
#> GSM768044 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768045 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768046 3 0.6309 -0.2060 0.500 0.000 0.500
#> GSM768047 3 0.2066 0.8979 0.000 0.060 0.940
#> GSM768048 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768049 3 0.5465 0.6096 0.000 0.288 0.712
#> GSM768050 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768051 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768052 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768053 3 0.0592 0.9198 0.000 0.012 0.988
#> GSM768054 1 0.0237 0.7900 0.996 0.000 0.004
#> GSM768055 2 0.4399 0.7257 0.000 0.812 0.188
#> GSM768056 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768057 3 0.1643 0.9072 0.000 0.044 0.956
#> GSM768059 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768060 3 0.2537 0.8837 0.000 0.080 0.920
#> GSM768062 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768063 2 0.3267 0.7979 0.000 0.884 0.116
#> GSM768064 3 0.4931 0.6421 0.232 0.000 0.768
#> GSM768065 3 0.0592 0.9198 0.000 0.012 0.988
#> GSM768066 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768067 3 0.1753 0.9051 0.000 0.048 0.952
#> GSM768068 3 0.0237 0.9203 0.000 0.004 0.996
#> GSM768069 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768070 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768071 2 0.0424 0.8594 0.000 0.992 0.008
#> GSM768072 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768073 3 0.3619 0.8327 0.000 0.136 0.864
#> GSM768074 3 0.3192 0.8574 0.000 0.112 0.888
#> GSM768075 3 0.4974 0.6979 0.000 0.236 0.764
#> GSM768076 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768077 3 0.3192 0.8562 0.000 0.112 0.888
#> GSM768078 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768079 3 0.1643 0.9072 0.000 0.044 0.956
#> GSM768080 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768081 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768082 1 0.6180 0.4496 0.584 0.000 0.416
#> GSM768083 3 0.4796 0.7232 0.000 0.220 0.780
#> GSM768084 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768085 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768086 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768087 3 0.1031 0.9167 0.000 0.024 0.976
#> GSM768088 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768089 3 0.0237 0.9203 0.000 0.004 0.996
#> GSM768090 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768091 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768092 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768093 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768094 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768095 3 0.2448 0.8865 0.000 0.076 0.924
#> GSM768096 1 0.5810 0.5925 0.664 0.000 0.336
#> GSM768097 1 0.2165 0.7709 0.936 0.000 0.064
#> GSM768098 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768099 2 0.0237 0.8580 0.000 0.996 0.004
#> GSM768100 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768101 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768102 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768104 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768105 3 0.2066 0.8982 0.000 0.060 0.940
#> GSM768106 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768107 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768108 1 0.6204 0.4204 0.576 0.000 0.424
#> GSM768109 2 0.6192 0.3144 0.000 0.580 0.420
#> GSM768110 1 0.3752 0.7371 0.856 0.000 0.144
#> GSM768111 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768112 3 0.0237 0.9203 0.000 0.004 0.996
#> GSM768113 3 0.0747 0.9191 0.000 0.016 0.984
#> GSM768114 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768115 2 0.5465 0.6069 0.000 0.712 0.288
#> GSM768116 3 0.5968 0.4354 0.000 0.364 0.636
#> GSM768117 2 0.6154 0.3495 0.000 0.592 0.408
#> GSM768118 3 0.5948 0.3397 0.360 0.000 0.640
#> GSM768119 3 0.4346 0.7732 0.000 0.184 0.816
#> GSM768120 3 0.0237 0.9195 0.004 0.000 0.996
#> GSM768121 2 0.1753 0.8523 0.000 0.952 0.048
#> GSM768122 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768123 2 0.1411 0.8572 0.000 0.964 0.036
#> GSM768124 1 0.6126 0.4816 0.600 0.000 0.400
#> GSM768125 2 0.0237 0.8527 0.004 0.996 0.000
#> GSM768126 1 0.0237 0.7900 0.996 0.000 0.004
#> GSM768127 3 0.3192 0.8576 0.000 0.112 0.888
#> GSM768128 1 0.6111 0.4935 0.604 0.000 0.396
#> GSM768129 2 0.0424 0.8594 0.000 0.992 0.008
#> GSM768130 3 0.2261 0.8732 0.068 0.000 0.932
#> GSM768131 3 0.1129 0.9176 0.004 0.020 0.976
#> GSM768132 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768133 2 0.0892 0.8604 0.000 0.980 0.020
#> GSM768134 1 0.4399 0.7172 0.812 0.000 0.188
#> GSM768135 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768136 3 0.6291 -0.0775 0.468 0.000 0.532
#> GSM768137 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768138 3 0.6045 0.2680 0.380 0.000 0.620
#> GSM768139 2 0.5058 0.6641 0.000 0.756 0.244
#> GSM768140 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768141 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM768142 1 0.5810 0.5924 0.664 0.000 0.336
#> GSM768143 3 0.1753 0.9051 0.000 0.048 0.952
#> GSM768144 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000
#> GSM768145 2 0.1964 0.8481 0.000 0.944 0.056
#> GSM768002 3 0.0237 0.9190 0.004 0.000 0.996
#> GSM768061 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM768043 3 0.2261 0.8732 0.068 0.000 0.932
#> GSM767986 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000
#> GSM767999 3 0.0237 0.9203 0.000 0.004 0.996
#> GSM767988 2 0.6267 0.1990 0.000 0.548 0.452
#> GSM768058 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
#> GSM767987 2 0.0000 0.8562 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM767976 1 0.4360 0.6379 0.744 0.000 0.248 0.008
#> GSM767977 2 0.4983 0.6936 0.272 0.704 0.000 0.024
#> GSM767978 3 0.1389 0.7335 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM767979 3 0.7538 0.5379 0.104 0.196 0.624 0.076
#> GSM767980 4 0.6428 0.4843 0.112 0.000 0.264 0.624
#> GSM767981 2 0.5152 0.3116 0.004 0.608 0.004 0.384
#> GSM767982 3 0.1637 0.7232 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM767983 4 0.7155 0.5294 0.072 0.272 0.048 0.608
#> GSM767984 1 0.6010 -0.0328 0.488 0.000 0.472 0.040
#> GSM767985 2 0.5742 0.7182 0.148 0.752 0.044 0.056
#> GSM767989 4 0.4344 0.7655 0.108 0.000 0.076 0.816
#> GSM767990 4 0.6330 0.6916 0.200 0.144 0.000 0.656
#> GSM767991 4 0.3606 0.7811 0.132 0.000 0.024 0.844
#> GSM767992 4 0.2198 0.8252 0.072 0.008 0.000 0.920
#> GSM767993 3 0.2281 0.7086 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM767994 4 0.7092 0.5832 0.096 0.244 0.036 0.624
#> GSM767995 1 0.3123 0.7491 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM767996 4 0.3479 0.8057 0.148 0.012 0.000 0.840
#> GSM767997 4 0.6286 0.2266 0.384 0.000 0.064 0.552
#> GSM767998 4 0.2053 0.8245 0.072 0.004 0.000 0.924
#> GSM768000 4 0.4624 0.6053 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM768001 2 0.5174 0.7664 0.152 0.756 0.000 0.092
#> GSM768003 3 0.7205 0.4388 0.168 0.000 0.528 0.304
#> GSM768004 1 0.6920 0.2837 0.552 0.132 0.000 0.316
#> GSM768005 4 0.0376 0.8251 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM768006 4 0.2266 0.8225 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM768007 1 0.2589 0.7795 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM768008 4 0.1118 0.8269 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM768009 4 0.3907 0.7190 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM768010 4 0.0188 0.8270 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM768011 1 0.4552 0.7596 0.800 0.000 0.072 0.128
#> GSM768012 2 0.3969 0.7967 0.180 0.804 0.000 0.016
#> GSM768013 3 0.7318 0.4356 0.196 0.000 0.524 0.280
#> GSM768014 4 0.0524 0.8252 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM768017 4 0.2530 0.8181 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM768018 4 0.2546 0.8192 0.092 0.008 0.000 0.900
#> GSM768019 1 0.2494 0.7923 0.916 0.000 0.036 0.048
#> GSM768020 2 0.2613 0.8283 0.052 0.916 0.008 0.024
#> GSM768021 1 0.3311 0.7427 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM768022 4 0.2466 0.8176 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM768023 4 0.3123 0.8036 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM768024 4 0.3143 0.8153 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM768015 1 0.2814 0.7692 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM768016 4 0.2466 0.8176 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM768025 4 0.0469 0.8277 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768026 4 0.6456 0.2568 0.016 0.408 0.040 0.536
#> GSM768027 1 0.1743 0.7936 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM768028 2 0.1489 0.8401 0.044 0.952 0.000 0.004
#> GSM768029 1 0.1674 0.7834 0.952 0.004 0.032 0.012
#> GSM768030 2 0.2466 0.8380 0.096 0.900 0.000 0.004
#> GSM768031 1 0.2401 0.7920 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM768032 2 0.2859 0.8318 0.112 0.880 0.000 0.008
#> GSM768033 4 0.2002 0.8198 0.044 0.000 0.020 0.936
#> GSM768034 4 0.1284 0.8296 0.012 0.024 0.000 0.964
#> GSM768035 1 0.2704 0.7233 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM768036 4 0.4171 0.8022 0.060 0.116 0.000 0.824
#> GSM768037 1 0.3649 0.7100 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM768038 1 0.2845 0.7795 0.896 0.028 0.000 0.076
#> GSM768039 4 0.3523 0.7889 0.112 0.000 0.032 0.856
#> GSM768040 4 0.1909 0.8205 0.004 0.048 0.008 0.940
#> GSM768041 1 0.2530 0.7813 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM768042 4 0.3760 0.7803 0.012 0.156 0.004 0.828
#> GSM768044 1 0.3311 0.7354 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM768045 2 0.1576 0.8380 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM768046 1 0.1406 0.7908 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM768047 4 0.6868 0.5534 0.264 0.152 0.000 0.584
#> GSM768048 4 0.0469 0.8278 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768049 4 0.4608 0.6268 0.004 0.304 0.000 0.692
#> GSM768050 3 0.1557 0.7220 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM768051 2 0.0376 0.8184 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM768052 4 0.3312 0.7987 0.072 0.000 0.052 0.876
#> GSM768053 4 0.0707 0.8301 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM768054 3 0.3168 0.7233 0.060 0.000 0.884 0.056
#> GSM768055 2 0.5315 0.6339 0.004 0.712 0.040 0.244
#> GSM768056 4 0.1706 0.8157 0.016 0.000 0.036 0.948
#> GSM768057 4 0.5364 0.7671 0.084 0.080 0.048 0.788
#> GSM768059 3 0.1792 0.7166 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM768060 4 0.4235 0.7979 0.092 0.084 0.000 0.824
#> GSM768062 4 0.1637 0.8269 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM768063 2 0.3901 0.7425 0.004 0.816 0.012 0.168
#> GSM768064 1 0.7799 0.0934 0.412 0.000 0.260 0.328
#> GSM768065 4 0.1042 0.8218 0.000 0.008 0.020 0.972
#> GSM768066 3 0.3400 0.6454 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM768067 4 0.4127 0.8172 0.124 0.052 0.000 0.824
#> GSM768068 4 0.2081 0.8262 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM768069 4 0.2412 0.8218 0.084 0.008 0.000 0.908
#> GSM768070 4 0.2670 0.8116 0.072 0.000 0.024 0.904
#> GSM768071 2 0.1109 0.8360 0.028 0.968 0.000 0.004
#> GSM768072 4 0.1109 0.8177 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM768073 4 0.4105 0.7717 0.008 0.100 0.052 0.840
#> GSM768074 4 0.4353 0.7672 0.012 0.108 0.052 0.828
#> GSM768075 4 0.7009 0.2437 0.120 0.392 0.000 0.488
#> GSM768076 4 0.2760 0.7974 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM768077 4 0.6390 0.6260 0.132 0.224 0.000 0.644
#> GSM768078 4 0.3266 0.7868 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM768079 4 0.3439 0.8150 0.084 0.048 0.000 0.868
#> GSM768080 4 0.1929 0.8157 0.024 0.000 0.036 0.940
#> GSM768081 4 0.1022 0.8169 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM768082 3 0.6785 0.4205 0.108 0.000 0.540 0.352
#> GSM768083 4 0.5662 0.6644 0.072 0.236 0.000 0.692
#> GSM768084 4 0.1211 0.8306 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM768085 4 0.1837 0.8159 0.000 0.028 0.028 0.944
#> GSM768086 4 0.2814 0.8163 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM768087 4 0.2032 0.8312 0.036 0.028 0.000 0.936
#> GSM768088 4 0.1520 0.8206 0.020 0.000 0.024 0.956
#> GSM768089 4 0.0469 0.8284 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM768090 4 0.0188 0.8259 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768091 4 0.2271 0.8239 0.076 0.008 0.000 0.916
#> GSM768092 4 0.4040 0.7036 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM768093 4 0.2011 0.8229 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM768094 4 0.0188 0.8259 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM768095 4 0.6883 0.5873 0.212 0.192 0.000 0.596
#> GSM768096 3 0.5860 0.4181 0.040 0.000 0.580 0.380
#> GSM768097 3 0.2647 0.7067 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM768098 1 0.4697 0.4631 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM768099 2 0.2401 0.8390 0.092 0.904 0.000 0.004
#> GSM768100 1 0.3681 0.6586 0.816 0.008 0.176 0.000
#> GSM768101 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM768102 3 0.2011 0.7153 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM768103 2 0.1305 0.8369 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM768104 4 0.3907 0.7489 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM768105 4 0.7550 0.3422 0.332 0.204 0.000 0.464
#> GSM768106 1 0.4477 0.5088 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM768107 2 0.0376 0.8182 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM768108 1 0.1229 0.7885 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM768109 2 0.5566 0.7180 0.224 0.704 0.000 0.072
#> GSM768110 1 0.1296 0.7775 0.964 0.004 0.028 0.004
#> GSM768111 2 0.1109 0.8343 0.028 0.968 0.000 0.004
#> GSM768112 1 0.2466 0.7848 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM768113 4 0.2216 0.8225 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM768114 3 0.1211 0.7275 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM768115 2 0.6449 0.3994 0.004 0.568 0.068 0.360
#> GSM768116 1 0.2256 0.7810 0.924 0.020 0.000 0.056
#> GSM768117 2 0.4669 0.7831 0.100 0.796 0.000 0.104
#> GSM768118 1 0.4686 0.7433 0.788 0.000 0.068 0.144
#> GSM768119 4 0.6585 0.4690 0.104 0.312 0.000 0.584
#> GSM768120 4 0.4405 0.7529 0.152 0.000 0.048 0.800
#> GSM768121 2 0.4628 0.7766 0.044 0.828 0.048 0.080
#> GSM768122 1 0.4679 0.4664 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM768123 2 0.1677 0.8417 0.040 0.948 0.000 0.012
#> GSM768124 1 0.3149 0.7722 0.880 0.000 0.088 0.032
#> GSM768125 2 0.0817 0.8107 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM768126 3 0.3071 0.7285 0.044 0.000 0.888 0.068
#> GSM768127 4 0.4116 0.7781 0.016 0.076 0.060 0.848
#> GSM768128 3 0.6262 0.3500 0.060 0.000 0.540 0.400
#> GSM768129 2 0.2334 0.8391 0.088 0.908 0.000 0.004
#> GSM768130 4 0.3441 0.7692 0.024 0.000 0.120 0.856
#> GSM768131 1 0.1867 0.7909 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM768132 1 0.2589 0.7344 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM768133 2 0.4776 0.7042 0.272 0.712 0.000 0.016
#> GSM768134 3 0.5673 0.0855 0.448 0.000 0.528 0.024
#> GSM768135 3 0.2522 0.7296 0.076 0.000 0.908 0.016
#> GSM768136 1 0.5339 0.7036 0.744 0.000 0.156 0.100
#> GSM768137 2 0.1305 0.8366 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM768138 4 0.5717 0.4201 0.044 0.000 0.324 0.632
#> GSM768139 2 0.6634 0.5543 0.020 0.636 0.080 0.264
#> GSM768140 1 0.3123 0.7063 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM768141 2 0.2831 0.8315 0.120 0.876 0.000 0.004
#> GSM768142 1 0.3149 0.7731 0.880 0.000 0.088 0.032
#> GSM768143 4 0.3453 0.8160 0.080 0.052 0.000 0.868
#> GSM768144 4 0.2706 0.8103 0.080 0.000 0.020 0.900
#> GSM768145 2 0.3404 0.8263 0.104 0.864 0.000 0.032
#> GSM768002 4 0.3323 0.7969 0.060 0.000 0.064 0.876
#> GSM768061 3 0.1356 0.7341 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM768043 1 0.3818 0.7894 0.844 0.000 0.048 0.108
#> GSM767986 3 0.1211 0.7275 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM767999 4 0.0376 0.8269 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM767988 4 0.8258 0.3534 0.124 0.296 0.068 0.512
#> GSM768058 2 0.1305 0.8120 0.004 0.960 0.036 0.000
#> GSM767987 2 0.3353 0.7860 0.004 0.880 0.060 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM767976 5 0.5488 0.32878 0.300 0.000 0.092 0.000 0.608
#> GSM767977 2 0.6516 0.43518 0.292 0.504 0.000 0.004 0.200
#> GSM767978 3 0.4937 0.39764 0.028 0.000 0.544 0.000 0.428
#> GSM767979 5 0.5676 0.45848 0.004 0.236 0.112 0.004 0.644
#> GSM767980 5 0.5227 0.50382 0.108 0.000 0.092 0.056 0.744
#> GSM767981 2 0.4851 0.22957 0.008 0.560 0.000 0.012 0.420
#> GSM767982 3 0.3060 0.73375 0.024 0.000 0.848 0.000 0.128
#> GSM767983 5 0.4709 0.26981 0.000 0.364 0.000 0.024 0.612
#> GSM767984 5 0.4889 0.42300 0.144 0.000 0.136 0.000 0.720
#> GSM767985 5 0.4288 0.25969 0.004 0.384 0.000 0.000 0.612
#> GSM767989 5 0.5105 0.53610 0.088 0.000 0.024 0.156 0.732
#> GSM767990 2 0.6863 0.34007 0.084 0.516 0.000 0.072 0.328
#> GSM767991 5 0.5073 0.53142 0.128 0.000 0.016 0.124 0.732
#> GSM767992 4 0.1857 0.81062 0.004 0.060 0.000 0.928 0.008
#> GSM767993 3 0.3983 0.72200 0.052 0.000 0.784 0.000 0.164
#> GSM767994 5 0.4865 0.29355 0.008 0.356 0.000 0.020 0.616
#> GSM767995 1 0.2859 0.76200 0.876 0.000 0.000 0.056 0.068
#> GSM767996 4 0.7278 0.39963 0.176 0.176 0.000 0.548 0.100
#> GSM767997 5 0.4999 0.51073 0.148 0.000 0.040 0.064 0.748
#> GSM767998 4 0.1717 0.81143 0.008 0.052 0.000 0.936 0.004
#> GSM768000 1 0.5457 0.30426 0.572 0.004 0.000 0.364 0.060
#> GSM768001 2 0.4492 0.65487 0.208 0.744 0.000 0.016 0.032
#> GSM768003 5 0.5121 0.45948 0.120 0.000 0.128 0.020 0.732
#> GSM768004 1 0.6090 0.23418 0.604 0.284 0.000 0.040 0.072
#> GSM768005 4 0.0992 0.81966 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> GSM768006 4 0.2131 0.80819 0.016 0.056 0.000 0.920 0.008
#> GSM768007 1 0.1484 0.78268 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> GSM768008 4 0.3550 0.71456 0.020 0.000 0.000 0.796 0.184
#> GSM768009 4 0.6120 0.33893 0.196 0.000 0.000 0.564 0.240
#> GSM768010 4 0.1082 0.82267 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM768011 1 0.4986 0.39664 0.600 0.000 0.024 0.008 0.368
#> GSM768012 2 0.4054 0.64446 0.224 0.748 0.000 0.000 0.028
#> GSM768013 5 0.5152 0.42202 0.124 0.000 0.156 0.008 0.712
#> GSM768014 4 0.0703 0.82057 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM768017 4 0.0798 0.81647 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> GSM768018 4 0.2544 0.79521 0.028 0.064 0.000 0.900 0.008
#> GSM768019 1 0.3768 0.67454 0.760 0.000 0.008 0.004 0.228
#> GSM768020 2 0.3333 0.60329 0.004 0.788 0.000 0.000 0.208
#> GSM768021 1 0.4269 0.63875 0.732 0.000 0.000 0.036 0.232
#> GSM768022 4 0.2464 0.79978 0.044 0.048 0.000 0.904 0.004
#> GSM768023 4 0.2439 0.77269 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM768024 4 0.4374 0.68320 0.072 0.144 0.000 0.776 0.008
#> GSM768015 1 0.2450 0.77269 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> GSM768016 4 0.1787 0.81193 0.016 0.044 0.000 0.936 0.004
#> GSM768025 4 0.0000 0.81935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768026 2 0.3646 0.65381 0.008 0.828 0.000 0.044 0.120
#> GSM768027 1 0.0693 0.78443 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM768028 2 0.0609 0.70227 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM768029 1 0.0671 0.78177 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM768030 2 0.2077 0.70713 0.084 0.908 0.000 0.000 0.008
#> GSM768031 1 0.1281 0.78542 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM768032 2 0.2929 0.68730 0.152 0.840 0.000 0.000 0.008
#> GSM768033 4 0.3241 0.73941 0.024 0.000 0.000 0.832 0.144
#> GSM768034 4 0.1484 0.81622 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM768035 1 0.2540 0.75762 0.888 0.000 0.088 0.000 0.024
#> GSM768036 2 0.5302 0.39273 0.008 0.608 0.000 0.336 0.048
#> GSM768037 1 0.3326 0.71234 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM768038 1 0.2228 0.77837 0.916 0.020 0.000 0.008 0.056
#> GSM768039 5 0.5049 0.00576 0.032 0.000 0.000 0.484 0.484
#> GSM768040 4 0.2616 0.80135 0.000 0.076 0.000 0.888 0.036
#> GSM768041 1 0.0798 0.78459 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM768042 2 0.4860 0.53268 0.004 0.712 0.000 0.212 0.072
#> GSM768044 1 0.2806 0.70734 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> GSM768045 2 0.2914 0.69787 0.076 0.872 0.000 0.000 0.052
#> GSM768046 1 0.1041 0.78293 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM768047 1 0.6811 -0.07663 0.476 0.324 0.000 0.184 0.016
#> GSM768048 4 0.0000 0.81935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM768049 2 0.3683 0.65342 0.004 0.828 0.000 0.072 0.096
#> GSM768050 3 0.0162 0.72006 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM768051 2 0.1197 0.68093 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM768052 4 0.5540 0.01598 0.036 0.000 0.016 0.504 0.444
#> GSM768053 4 0.0794 0.82062 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM768054 3 0.4563 0.68211 0.048 0.000 0.708 0.000 0.244
#> GSM768055 2 0.4688 0.39021 0.004 0.616 0.000 0.016 0.364
#> GSM768056 4 0.2305 0.78955 0.012 0.000 0.000 0.896 0.092
#> GSM768057 5 0.6129 0.41616 0.008 0.248 0.000 0.156 0.588
#> GSM768059 3 0.0955 0.70981 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> GSM768060 4 0.6379 0.17354 0.080 0.356 0.000 0.528 0.036
#> GSM768062 4 0.0162 0.81976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768063 2 0.1808 0.69358 0.004 0.936 0.000 0.020 0.040
#> GSM768064 5 0.8086 -0.05169 0.188 0.000 0.284 0.128 0.400
#> GSM768065 4 0.1041 0.82116 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM768066 3 0.5025 0.67107 0.124 0.000 0.704 0.000 0.172
#> GSM768067 4 0.6703 0.08588 0.036 0.400 0.000 0.460 0.104
#> GSM768068 4 0.2125 0.81463 0.052 0.004 0.000 0.920 0.024
#> GSM768069 4 0.2005 0.80739 0.016 0.056 0.000 0.924 0.004
#> GSM768070 4 0.3051 0.75633 0.028 0.000 0.000 0.852 0.120
#> GSM768071 2 0.0794 0.70394 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM768072 4 0.0404 0.82040 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM768073 2 0.6523 0.07776 0.004 0.444 0.000 0.168 0.384
#> GSM768074 2 0.6355 0.06379 0.004 0.448 0.000 0.140 0.408
#> GSM768075 2 0.6282 0.53229 0.136 0.608 0.000 0.228 0.028
#> GSM768076 4 0.4905 0.58584 0.080 0.000 0.000 0.696 0.224
#> GSM768077 2 0.6745 0.45782 0.180 0.532 0.000 0.264 0.024
#> GSM768078 4 0.5796 0.39095 0.128 0.000 0.000 0.588 0.284
#> GSM768079 4 0.4440 0.65121 0.028 0.200 0.000 0.752 0.020
#> GSM768080 4 0.3011 0.75045 0.016 0.000 0.000 0.844 0.140
#> GSM768081 4 0.0963 0.81924 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM768082 3 0.7348 0.25585 0.056 0.000 0.492 0.224 0.228
#> GSM768083 2 0.4673 0.51280 0.020 0.680 0.000 0.288 0.012
#> GSM768084 4 0.1012 0.82008 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> GSM768085 4 0.2679 0.80537 0.004 0.048 0.000 0.892 0.056
#> GSM768086 4 0.1557 0.81324 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> GSM768087 4 0.3037 0.77726 0.000 0.100 0.000 0.860 0.040
#> GSM768088 4 0.1597 0.81333 0.012 0.000 0.000 0.940 0.048
#> GSM768089 4 0.0162 0.81976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768090 4 0.0162 0.82003 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM768091 4 0.1934 0.80896 0.016 0.052 0.000 0.928 0.004
#> GSM768092 4 0.5830 0.43141 0.148 0.000 0.004 0.620 0.228
#> GSM768093 4 0.1442 0.81628 0.012 0.032 0.000 0.952 0.004
#> GSM768094 4 0.0912 0.82041 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> GSM768095 2 0.7161 0.36190 0.332 0.424 0.000 0.220 0.024
#> GSM768096 3 0.6288 0.36746 0.016 0.000 0.576 0.268 0.140
#> GSM768097 3 0.3544 0.69162 0.016 0.000 0.836 0.028 0.120
#> GSM768098 1 0.5153 0.27503 0.524 0.000 0.436 0.000 0.040
#> GSM768099 2 0.2233 0.70417 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> GSM768100 1 0.3506 0.71963 0.832 0.000 0.064 0.000 0.104
#> GSM768101 2 0.3276 0.69068 0.132 0.836 0.000 0.000 0.032
#> GSM768102 3 0.0510 0.72110 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM768103 2 0.1168 0.70524 0.032 0.960 0.000 0.000 0.008
#> GSM768104 4 0.4243 0.60174 0.264 0.000 0.000 0.712 0.024
#> GSM768105 2 0.7667 0.27740 0.376 0.380 0.000 0.080 0.164
#> GSM768106 1 0.4941 0.46740 0.628 0.000 0.328 0.000 0.044
#> GSM768107 2 0.1851 0.66882 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM768108 1 0.0451 0.78356 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM768109 2 0.4866 0.53294 0.352 0.620 0.000 0.016 0.012
#> GSM768110 1 0.0912 0.77814 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM768111 2 0.1018 0.69886 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> GSM768112 1 0.1278 0.77967 0.960 0.004 0.000 0.020 0.016
#> GSM768113 4 0.1106 0.81976 0.012 0.000 0.000 0.964 0.024
#> GSM768114 3 0.0404 0.71958 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM768115 2 0.4022 0.62380 0.004 0.776 0.004 0.024 0.192
#> GSM768116 1 0.1591 0.76679 0.940 0.004 0.000 0.004 0.052
#> GSM768117 2 0.1569 0.70766 0.044 0.944 0.000 0.004 0.008
#> GSM768118 1 0.7407 0.40685 0.540 0.000 0.164 0.128 0.168
#> GSM768119 2 0.5542 0.51420 0.084 0.632 0.000 0.276 0.008
#> GSM768120 4 0.7371 0.31884 0.152 0.000 0.104 0.532 0.212
#> GSM768121 2 0.4403 0.25996 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> GSM768122 1 0.4524 0.47252 0.644 0.000 0.336 0.000 0.020
#> GSM768123 2 0.0898 0.70338 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> GSM768124 1 0.1582 0.78208 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> GSM768125 2 0.4184 0.54217 0.004 0.764 0.040 0.000 0.192
#> GSM768126 3 0.4323 0.71605 0.044 0.000 0.752 0.004 0.200
#> GSM768127 5 0.6781 0.25506 0.008 0.288 0.004 0.204 0.496
#> GSM768128 3 0.7446 0.22220 0.064 0.000 0.468 0.180 0.288
#> GSM768129 2 0.1892 0.70655 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> GSM768130 4 0.5978 0.52381 0.048 0.000 0.100 0.664 0.188
#> GSM768131 1 0.1399 0.78441 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> GSM768132 1 0.2797 0.75960 0.880 0.000 0.060 0.000 0.060
#> GSM768133 2 0.4637 0.42576 0.420 0.568 0.000 0.004 0.008
#> GSM768134 3 0.6279 0.48247 0.200 0.000 0.532 0.000 0.268
#> GSM768135 3 0.4428 0.71780 0.084 0.000 0.756 0.000 0.160
#> GSM768136 1 0.6664 0.36203 0.548 0.000 0.296 0.044 0.112
#> GSM768137 2 0.0671 0.70216 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM768138 5 0.7167 0.31989 0.036 0.000 0.200 0.288 0.476
#> GSM768139 2 0.6139 0.18559 0.004 0.468 0.056 0.024 0.448
#> GSM768140 1 0.5043 0.62048 0.704 0.000 0.160 0.000 0.136
#> GSM768141 2 0.3366 0.66115 0.212 0.784 0.000 0.000 0.004
#> GSM768142 1 0.4780 0.57001 0.672 0.000 0.048 0.000 0.280
#> GSM768143 4 0.4891 0.54444 0.020 0.264 0.000 0.688 0.028
#> GSM768144 4 0.4635 0.61831 0.040 0.000 0.012 0.728 0.220
#> GSM768145 2 0.2692 0.70530 0.092 0.884 0.000 0.008 0.016
#> GSM768002 5 0.5646 0.47061 0.068 0.000 0.016 0.300 0.616
#> GSM768061 3 0.3319 0.73788 0.020 0.000 0.820 0.000 0.160
#> GSM768043 1 0.3227 0.76430 0.868 0.000 0.072 0.040 0.020
#> GSM767986 3 0.1608 0.73523 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM767999 4 0.0162 0.81976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM767988 5 0.4625 0.35454 0.004 0.324 0.000 0.020 0.652
#> GSM768058 2 0.1502 0.68449 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056
#> GSM767987 2 0.4341 0.33031 0.004 0.592 0.000 0.000 0.404
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM767976 3 0.5919 0.38601 0.136 0.008 0.620 0.004 0.032 0.200
#> GSM767977 6 0.6988 0.22294 0.060 0.376 0.148 0.016 0.000 0.400
#> GSM767978 5 0.4621 0.53427 0.000 0.000 0.304 0.000 0.632 0.064
#> GSM767979 3 0.5784 0.43644 0.000 0.144 0.644 0.000 0.092 0.120
#> GSM767980 3 0.2635 0.54921 0.012 0.000 0.888 0.004 0.048 0.048
#> GSM767981 2 0.5046 0.38707 0.000 0.620 0.256 0.000 0.000 0.124
#> GSM767982 5 0.3225 0.71432 0.036 0.000 0.064 0.000 0.852 0.048
#> GSM767983 3 0.4597 0.31099 0.000 0.276 0.652 0.000 0.000 0.072
#> GSM767984 3 0.5902 0.31849 0.104 0.000 0.628 0.000 0.168 0.100
#> GSM767985 3 0.5442 -0.01180 0.000 0.364 0.508 0.000 0.000 0.128
#> GSM767989 3 0.1880 0.57020 0.004 0.004 0.932 0.020 0.008 0.032
#> GSM767990 2 0.6795 -0.19344 0.004 0.412 0.208 0.044 0.000 0.332
#> GSM767991 3 0.4030 0.52880 0.048 0.000 0.808 0.024 0.024 0.096
#> GSM767992 4 0.2767 0.66639 0.000 0.072 0.004 0.868 0.000 0.056
#> GSM767993 5 0.4305 0.68892 0.052 0.000 0.096 0.000 0.776 0.076
#> GSM767994 3 0.5548 0.08577 0.000 0.288 0.540 0.000 0.000 0.172
#> GSM767995 1 0.5774 0.48377 0.604 0.000 0.176 0.032 0.000 0.188
#> GSM767996 6 0.7617 0.43695 0.032 0.228 0.084 0.244 0.000 0.412
#> GSM767997 3 0.4875 0.47720 0.092 0.000 0.732 0.008 0.036 0.132
#> GSM767998 4 0.2070 0.68006 0.000 0.044 0.000 0.908 0.000 0.048
#> GSM768000 6 0.7899 0.15790 0.268 0.012 0.260 0.168 0.000 0.292
#> GSM768001 2 0.5932 -0.07940 0.036 0.500 0.036 0.032 0.000 0.396
#> GSM768003 3 0.2883 0.53453 0.020 0.000 0.868 0.000 0.076 0.036
#> GSM768004 6 0.7757 0.47002 0.288 0.168 0.120 0.032 0.000 0.392
#> GSM768005 4 0.2558 0.69049 0.000 0.000 0.156 0.840 0.000 0.004
#> GSM768006 4 0.4232 0.58884 0.004 0.096 0.016 0.772 0.000 0.112
#> GSM768007 1 0.4875 0.58060 0.688 0.000 0.120 0.012 0.000 0.180
#> GSM768008 3 0.5189 0.41774 0.008 0.000 0.612 0.276 0.000 0.104
#> GSM768009 3 0.5409 0.52507 0.092 0.000 0.684 0.120 0.000 0.104
#> GSM768010 4 0.2151 0.72226 0.000 0.016 0.072 0.904 0.000 0.008
#> GSM768011 3 0.4977 0.44149 0.216 0.000 0.684 0.004 0.024 0.072
#> GSM768012 2 0.5785 0.09609 0.060 0.568 0.040 0.012 0.000 0.320
#> GSM768013 3 0.4698 0.43531 0.060 0.000 0.740 0.000 0.132 0.068
#> GSM768014 4 0.1958 0.71636 0.000 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004
#> GSM768017 4 0.0458 0.71570 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM768018 4 0.4201 0.52230 0.004 0.080 0.000 0.740 0.000 0.176
#> GSM768019 1 0.6173 0.54502 0.584 0.004 0.224 0.000 0.064 0.124
#> GSM768020 2 0.3207 0.55901 0.004 0.828 0.124 0.000 0.000 0.044
#> GSM768021 1 0.6867 0.19595 0.420 0.004 0.392 0.044 0.024 0.116
#> GSM768022 4 0.3633 0.58696 0.004 0.056 0.000 0.792 0.000 0.148
#> GSM768023 4 0.6733 0.25065 0.144 0.004 0.136 0.544 0.000 0.172
#> GSM768024 4 0.5529 0.28505 0.012 0.168 0.004 0.620 0.000 0.196
#> GSM768015 1 0.4968 0.62857 0.712 0.004 0.132 0.028 0.000 0.124
#> GSM768016 4 0.2842 0.64549 0.000 0.044 0.000 0.852 0.000 0.104
#> GSM768025 4 0.0937 0.71921 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM768026 2 0.3886 0.53390 0.000 0.772 0.164 0.008 0.000 0.056
#> GSM768027 1 0.3159 0.67675 0.832 0.000 0.068 0.000 0.000 0.100
#> GSM768028 2 0.1265 0.56396 0.008 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM768029 1 0.1867 0.69848 0.924 0.000 0.036 0.000 0.004 0.036
#> GSM768030 2 0.2126 0.56185 0.072 0.904 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM768031 1 0.2658 0.70803 0.864 0.000 0.112 0.000 0.016 0.008
#> GSM768032 2 0.4154 0.39296 0.036 0.712 0.000 0.008 0.000 0.244
#> GSM768033 3 0.5212 0.39045 0.016 0.000 0.596 0.312 0.000 0.076
#> GSM768034 4 0.1565 0.71845 0.000 0.028 0.028 0.940 0.000 0.004
#> GSM768035 1 0.3637 0.68788 0.820 0.000 0.052 0.000 0.096 0.032
#> GSM768036 2 0.4954 0.36783 0.000 0.676 0.100 0.208 0.000 0.016
#> GSM768037 1 0.5104 0.31246 0.560 0.000 0.060 0.368 0.000 0.012
#> GSM768038 1 0.4980 0.60795 0.724 0.052 0.092 0.000 0.004 0.128
#> GSM768039 3 0.3827 0.57197 0.012 0.000 0.804 0.116 0.008 0.060
#> GSM768040 4 0.4223 0.65145 0.000 0.116 0.112 0.760 0.000 0.012
#> GSM768041 1 0.2910 0.68670 0.852 0.000 0.068 0.000 0.000 0.080
#> GSM768042 2 0.5371 0.43893 0.000 0.636 0.232 0.028 0.000 0.104
#> GSM768044 1 0.3329 0.69512 0.840 0.000 0.076 0.064 0.000 0.020
#> GSM768045 2 0.5738 0.44483 0.088 0.620 0.068 0.000 0.000 0.224
#> GSM768046 1 0.2432 0.70840 0.892 0.000 0.072 0.000 0.020 0.016
#> GSM768047 2 0.7777 -0.42920 0.224 0.308 0.004 0.200 0.000 0.264
#> GSM768048 4 0.0713 0.71763 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM768049 2 0.4532 0.48650 0.004 0.760 0.072 0.044 0.000 0.120
#> GSM768050 5 0.1152 0.73138 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044
#> GSM768051 2 0.2315 0.55176 0.008 0.892 0.016 0.000 0.000 0.084
#> GSM768052 3 0.4467 0.56620 0.012 0.000 0.760 0.148 0.032 0.048
#> GSM768053 4 0.3230 0.64523 0.000 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> GSM768054 5 0.5195 0.33371 0.016 0.000 0.372 0.000 0.552 0.060
#> GSM768055 2 0.4751 0.42937 0.000 0.624 0.300 0.000 0.000 0.076
#> GSM768056 4 0.3710 0.54747 0.000 0.000 0.292 0.696 0.000 0.012
#> GSM768057 3 0.4577 0.45468 0.000 0.208 0.708 0.016 0.000 0.068
#> GSM768059 5 0.1471 0.72389 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM768060 4 0.6732 -0.43396 0.004 0.312 0.024 0.344 0.000 0.316
#> GSM768062 4 0.0547 0.71582 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768063 2 0.2433 0.57212 0.000 0.884 0.044 0.000 0.000 0.072
#> GSM768064 3 0.8507 -0.08127 0.120 0.004 0.332 0.148 0.288 0.108
#> GSM768065 4 0.2405 0.71096 0.000 0.004 0.100 0.880 0.000 0.016
#> GSM768066 5 0.5348 0.62701 0.112 0.004 0.132 0.000 0.692 0.060
#> GSM768067 2 0.7043 0.11394 0.012 0.456 0.280 0.184 0.000 0.068
#> GSM768068 4 0.5497 0.49362 0.032 0.016 0.096 0.668 0.000 0.188
#> GSM768069 4 0.3186 0.63052 0.004 0.060 0.000 0.836 0.000 0.100
#> GSM768070 4 0.5390 0.05340 0.016 0.000 0.452 0.480 0.020 0.032
#> GSM768071 2 0.2062 0.55213 0.008 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088
#> GSM768072 4 0.0865 0.71880 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM768073 2 0.6079 0.17537 0.000 0.460 0.392 0.036 0.000 0.112
#> GSM768074 2 0.6046 0.28254 0.000 0.496 0.364 0.052 0.000 0.088
#> GSM768075 2 0.6667 -0.25144 0.016 0.440 0.028 0.168 0.000 0.348
#> GSM768076 3 0.5612 0.47258 0.060 0.000 0.648 0.116 0.000 0.176
#> GSM768077 2 0.7077 -0.32770 0.024 0.404 0.040 0.192 0.000 0.340
#> GSM768078 3 0.5937 0.40560 0.052 0.000 0.604 0.172 0.000 0.172
#> GSM768079 4 0.6372 -0.13413 0.004 0.296 0.020 0.472 0.000 0.208
#> GSM768080 4 0.4306 0.14864 0.004 0.000 0.464 0.520 0.000 0.012
#> GSM768081 4 0.2218 0.71216 0.000 0.000 0.104 0.884 0.000 0.012
#> GSM768082 3 0.6515 0.25391 0.032 0.000 0.520 0.040 0.312 0.096
#> GSM768083 2 0.5249 0.25749 0.004 0.628 0.008 0.252 0.000 0.108
#> GSM768084 4 0.3264 0.66263 0.012 0.000 0.184 0.796 0.000 0.008
#> GSM768085 4 0.3245 0.70846 0.000 0.032 0.104 0.840 0.000 0.024
#> GSM768086 4 0.2982 0.69712 0.032 0.000 0.096 0.856 0.000 0.016
#> GSM768087 4 0.5521 0.32746 0.000 0.264 0.032 0.608 0.000 0.096
#> GSM768088 4 0.5181 0.31664 0.012 0.000 0.360 0.560 0.000 0.068
#> GSM768089 4 0.0547 0.71603 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM768090 4 0.1219 0.71821 0.000 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM768091 4 0.1572 0.69101 0.000 0.028 0.000 0.936 0.000 0.036
#> GSM768092 4 0.7366 0.14375 0.128 0.004 0.308 0.448 0.032 0.080
#> GSM768093 4 0.1575 0.69383 0.000 0.032 0.000 0.936 0.000 0.032
#> GSM768094 4 0.2420 0.69983 0.004 0.000 0.128 0.864 0.000 0.004
#> GSM768095 6 0.7659 0.40637 0.088 0.308 0.036 0.180 0.000 0.388
#> GSM768096 3 0.7647 -0.01005 0.020 0.000 0.336 0.092 0.312 0.240
#> GSM768097 5 0.6096 0.27732 0.008 0.000 0.312 0.004 0.484 0.192
#> GSM768098 1 0.4836 0.51273 0.644 0.000 0.004 0.000 0.268 0.084
#> GSM768099 2 0.2250 0.55374 0.040 0.896 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM768100 1 0.3083 0.65562 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 0.132
#> GSM768101 2 0.3618 0.52875 0.104 0.808 0.008 0.000 0.000 0.080
#> GSM768102 5 0.1151 0.73571 0.012 0.000 0.000 0.000 0.956 0.032
#> GSM768103 2 0.1578 0.57175 0.004 0.936 0.012 0.000 0.000 0.048
#> GSM768104 1 0.7319 0.05076 0.364 0.000 0.264 0.264 0.000 0.108
#> GSM768105 1 0.7516 -0.03717 0.348 0.232 0.292 0.004 0.000 0.124
#> GSM768106 1 0.4169 0.61345 0.744 0.000 0.004 0.000 0.172 0.080
#> GSM768107 2 0.3693 0.50060 0.012 0.756 0.016 0.000 0.000 0.216
#> GSM768108 1 0.1860 0.70291 0.928 0.004 0.036 0.000 0.004 0.028
#> GSM768109 2 0.5973 0.05609 0.148 0.528 0.004 0.016 0.000 0.304
#> GSM768110 1 0.1269 0.69886 0.956 0.000 0.020 0.000 0.012 0.012
#> GSM768111 2 0.2136 0.56671 0.012 0.908 0.016 0.000 0.000 0.064
#> GSM768112 1 0.3484 0.64291 0.808 0.004 0.040 0.004 0.000 0.144
#> GSM768113 4 0.5940 0.45390 0.092 0.004 0.204 0.620 0.000 0.080
#> GSM768114 5 0.1267 0.72870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM768115 2 0.5683 0.40779 0.000 0.552 0.220 0.004 0.000 0.224
#> GSM768116 1 0.2655 0.64215 0.848 0.008 0.004 0.000 0.000 0.140
#> GSM768117 2 0.2715 0.55159 0.012 0.872 0.028 0.000 0.000 0.088
#> GSM768118 1 0.8128 0.23125 0.400 0.000 0.212 0.124 0.196 0.068
#> GSM768119 2 0.5556 0.23742 0.004 0.608 0.016 0.248 0.000 0.124
#> GSM768120 3 0.7298 0.43502 0.096 0.000 0.504 0.080 0.072 0.248
#> GSM768121 2 0.5223 0.16113 0.000 0.472 0.436 0.000 0.000 0.092
#> GSM768122 1 0.4428 0.53908 0.676 0.000 0.004 0.000 0.268 0.052
#> GSM768123 2 0.2121 0.54745 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000 0.096
#> GSM768124 1 0.3605 0.70478 0.816 0.000 0.108 0.000 0.020 0.056
#> GSM768125 2 0.3750 0.47696 0.020 0.764 0.016 0.000 0.000 0.200
#> GSM768126 5 0.5478 0.38037 0.036 0.000 0.356 0.004 0.556 0.048
#> GSM768127 3 0.6289 0.39073 0.000 0.208 0.548 0.052 0.000 0.192
#> GSM768128 3 0.5406 0.42660 0.016 0.000 0.652 0.056 0.240 0.036
#> GSM768129 2 0.3187 0.47191 0.012 0.796 0.000 0.004 0.000 0.188
#> GSM768130 4 0.5555 0.08353 0.016 0.000 0.440 0.476 0.056 0.012
#> GSM768131 1 0.3033 0.70836 0.856 0.000 0.096 0.012 0.004 0.032
#> GSM768132 1 0.4258 0.67987 0.780 0.000 0.076 0.000 0.092 0.052
#> GSM768133 2 0.6147 -0.08233 0.216 0.484 0.004 0.008 0.000 0.288
#> GSM768134 3 0.6467 -0.14076 0.112 0.000 0.424 0.004 0.404 0.056
#> GSM768135 5 0.4847 0.65355 0.052 0.000 0.168 0.000 0.716 0.064
#> GSM768136 3 0.7514 -0.00209 0.324 0.000 0.368 0.012 0.176 0.120
#> GSM768137 2 0.1194 0.56920 0.008 0.956 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM768138 3 0.4429 0.51370 0.004 0.000 0.740 0.076 0.168 0.012
#> GSM768139 3 0.7068 0.13594 0.004 0.272 0.364 0.008 0.036 0.316
#> GSM768140 1 0.5477 0.51282 0.640 0.000 0.068 0.000 0.228 0.064
#> GSM768141 2 0.4601 0.38215 0.076 0.692 0.000 0.008 0.000 0.224
#> GSM768142 1 0.7224 0.34772 0.440 0.004 0.268 0.000 0.144 0.144
#> GSM768143 4 0.6624 -0.25504 0.004 0.324 0.028 0.420 0.000 0.224
#> GSM768144 3 0.5408 0.53993 0.024 0.000 0.676 0.184 0.020 0.096
#> GSM768145 2 0.4594 0.29593 0.016 0.656 0.016 0.012 0.000 0.300
#> GSM768002 3 0.2422 0.57607 0.004 0.000 0.900 0.056 0.016 0.024
#> GSM768061 5 0.4549 0.67304 0.020 0.004 0.156 0.000 0.740 0.080
#> GSM768043 1 0.5950 0.60813 0.644 0.000 0.160 0.016 0.060 0.120
#> GSM767986 5 0.0914 0.73784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> GSM767999 4 0.0790 0.71758 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM767988 3 0.4169 0.47361 0.000 0.172 0.744 0.004 0.000 0.080
#> GSM768058 2 0.3529 0.52779 0.000 0.764 0.028 0.000 0.000 0.208
#> GSM767987 2 0.4945 0.38693 0.000 0.588 0.328 0.000 0.000 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n other(p) disease.state(p) specimen(p) individual(p) k
#> ATC:NMF 169 1.000 3.36e-28 0.999 1.000 2
#> ATC:NMF 151 0.349 3.74e-11 0.515 0.191 3
#> ATC:NMF 149 0.499 6.05e-13 0.676 0.344 4
#> ATC:NMF 119 0.270 4.24e-12 0.119 0.737 5
#> ATC:NMF 91 0.664 2.15e-10 0.366 0.316 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0